Date: 2019-12-25 22:43:04 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17377 489
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.971 | 0.989 | ** | |
| CV:skmeans | 2 | 1.000 | 0.974 | 0.989 | ** | |
| ATC:kmeans | 3 | 1.000 | 0.964 | 0.987 | ** | 2 |
| SD:kmeans | 3 | 0.995 | 0.959 | 0.979 | ** | |
| SD:mclust | 2 | 0.986 | 0.957 | 0.982 | ** | |
| ATC:pam | 4 | 0.969 | 0.938 | 0.977 | ** | |
| MAD:NMF | 4 | 0.965 | 0.923 | 0.966 | ** | 2,3 |
| SD:pam | 3 | 0.963 | 0.930 | 0.974 | ** | 2 |
| SD:NMF | 4 | 0.956 | 0.920 | 0.963 | ** | 3 |
| CV:pam | 2 | 0.936 | 0.944 | 0.976 | * | |
| SD:skmeans | 6 | 0.934 | 0.908 | 0.945 | * | 2,3,4,5 |
| CV:NMF | 3 | 0.915 | 0.913 | 0.963 | * | 2 |
| ATC:mclust | 2 | 0.915 | 0.930 | 0.971 | * | |
| MAD:skmeans | 5 | 0.906 | 0.907 | 0.938 | * | 2,3,4 |
| MAD:pam | 4 | 0.903 | 0.882 | 0.941 | * | 2,3 |
| ATC:skmeans | 3 | 0.903 | 0.915 | 0.959 | * | 2 |
| MAD:mclust | 3 | 0.788 | 0.797 | 0.916 | ||
| CV:mclust | 4 | 0.780 | 0.837 | 0.905 | ||
| ATC:NMF | 2 | 0.774 | 0.898 | 0.954 | ||
| MAD:hclust | 3 | 0.666 | 0.779 | 0.908 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.558 | 0.953 | 0.949 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.514 | 0.776 | 0.884 | ||
| ATC:hclust | 4 | 0.472 | 0.630 | 0.803 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.463 | 0.811 | 0.871 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.896 0.918 0.968 0.500 0.500 0.500
#> CV:NMF 2 1.000 0.969 0.988 0.499 0.503 0.503
#> MAD:NMF 2 0.941 0.942 0.976 0.497 0.504 0.504
#> ATC:NMF 2 0.774 0.898 0.954 0.451 0.555 0.555
#> SD:skmeans 2 1.000 0.977 0.991 0.499 0.501 0.501
#> CV:skmeans 2 1.000 0.974 0.989 0.498 0.502 0.502
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.980 0.992 0.500 0.501 0.501
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.961 0.985 0.500 0.501 0.501
#> SD:mclust 2 0.986 0.957 0.982 0.443 0.562 0.562
#> CV:mclust 2 0.559 0.700 0.859 0.423 0.619 0.619
#> MAD:mclust 2 0.502 0.902 0.897 0.400 0.589 0.589
#> ATC:mclust 2 0.915 0.930 0.971 0.413 0.587 0.587
#> SD:kmeans 2 0.403 0.887 0.886 0.451 0.503 0.503
#> CV:kmeans 2 1.000 0.971 0.989 0.497 0.504 0.504
#> MAD:kmeans 2 0.558 0.953 0.949 0.474 0.502 0.502
#> ATC:kmeans 2 0.930 0.945 0.978 0.453 0.542 0.542
#> SD:pam 2 0.991 0.962 0.984 0.499 0.501 0.501
#> CV:pam 2 0.936 0.944 0.976 0.494 0.505 0.505
#> MAD:pam 2 0.945 0.951 0.979 0.500 0.501 0.501
#> ATC:pam 2 0.850 0.960 0.980 0.498 0.499 0.499
#> SD:hclust 2 0.410 0.744 0.786 0.291 0.760 0.760
#> CV:hclust 2 0.514 0.776 0.884 0.431 0.513 0.513
#> MAD:hclust 2 0.394 0.803 0.848 0.435 0.516 0.516
#> ATC:hclust 2 0.470 0.722 0.880 0.362 0.648 0.648
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.968 0.928 0.972 0.240 0.795 0.623
#> CV:NMF 3 0.915 0.913 0.963 0.298 0.805 0.629
#> MAD:NMF 3 0.939 0.918 0.967 0.267 0.818 0.657
#> ATC:NMF 3 0.568 0.767 0.872 0.425 0.708 0.516
#> SD:skmeans 3 0.995 0.967 0.986 0.279 0.831 0.673
#> CV:skmeans 3 0.769 0.817 0.834 0.236 0.887 0.777
#> MAD:skmeans 3 1.000 0.959 0.984 0.269 0.833 0.677
#> ATC:skmeans 3 0.903 0.915 0.959 0.250 0.844 0.696
#> SD:mclust 3 0.703 0.821 0.914 0.470 0.748 0.564
#> CV:mclust 3 0.580 0.741 0.749 0.408 0.712 0.541
#> MAD:mclust 3 0.788 0.797 0.916 0.572 0.748 0.587
#> ATC:mclust 3 0.417 0.715 0.816 0.228 0.561 0.422
#> SD:kmeans 3 0.995 0.959 0.979 0.359 0.869 0.744
#> CV:kmeans 3 0.665 0.654 0.793 0.233 0.948 0.897
#> MAD:kmeans 3 0.810 0.924 0.938 0.291 0.874 0.754
#> ATC:kmeans 3 1.000 0.964 0.987 0.312 0.686 0.502
#> SD:pam 3 0.963 0.930 0.974 0.212 0.888 0.778
#> CV:pam 3 0.745 0.882 0.908 0.220 0.898 0.798
#> MAD:pam 3 0.919 0.914 0.967 0.206 0.881 0.766
#> ATC:pam 3 0.898 0.930 0.972 0.160 0.909 0.821
#> SD:hclust 3 0.463 0.811 0.871 0.908 0.592 0.484
#> CV:hclust 3 0.454 0.629 0.805 0.244 0.884 0.786
#> MAD:hclust 3 0.666 0.779 0.908 0.340 0.842 0.710
#> ATC:hclust 3 0.322 0.533 0.735 0.520 0.599 0.447
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.956 0.920 0.963 0.0979 0.920 0.794
#> CV:NMF 4 0.852 0.851 0.924 0.0977 0.899 0.728
#> MAD:NMF 4 0.965 0.923 0.966 0.0988 0.907 0.760
#> ATC:NMF 4 0.607 0.738 0.848 0.1301 0.871 0.662
#> SD:skmeans 4 0.987 0.948 0.979 0.1345 0.899 0.726
#> CV:skmeans 4 0.857 0.895 0.945 0.1751 0.855 0.641
#> MAD:skmeans 4 0.973 0.942 0.977 0.1362 0.889 0.706
#> ATC:skmeans 4 0.868 0.910 0.944 0.1320 0.868 0.666
#> SD:mclust 4 0.679 0.675 0.847 0.0981 0.828 0.561
#> CV:mclust 4 0.780 0.837 0.905 0.2154 0.887 0.693
#> MAD:mclust 4 0.683 0.731 0.785 0.1268 0.832 0.581
#> ATC:mclust 4 0.631 0.823 0.891 0.3078 0.756 0.545
#> SD:kmeans 4 0.788 0.845 0.887 0.1236 0.900 0.746
#> CV:kmeans 4 0.652 0.727 0.809 0.1417 0.776 0.529
#> MAD:kmeans 4 0.748 0.713 0.837 0.1386 0.884 0.712
#> ATC:kmeans 4 0.882 0.913 0.962 0.1972 0.770 0.502
#> SD:pam 4 0.894 0.899 0.941 0.1678 0.885 0.714
#> CV:pam 4 0.661 0.696 0.851 0.1900 0.853 0.646
#> MAD:pam 4 0.903 0.882 0.941 0.1740 0.873 0.691
#> ATC:pam 4 0.969 0.938 0.977 0.2006 0.784 0.542
#> SD:hclust 4 0.642 0.716 0.869 0.1341 0.935 0.848
#> CV:hclust 4 0.665 0.715 0.842 0.1446 0.910 0.806
#> MAD:hclust 4 0.594 0.650 0.854 0.0905 0.960 0.905
#> ATC:hclust 4 0.472 0.630 0.803 0.2564 0.751 0.464
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.777 0.749 0.865 0.0712 0.953 0.858
#> CV:NMF 5 0.769 0.613 0.803 0.0583 0.941 0.810
#> MAD:NMF 5 0.746 0.706 0.823 0.0748 0.961 0.881
#> ATC:NMF 5 0.535 0.524 0.729 0.0618 0.901 0.677
#> SD:skmeans 5 0.963 0.918 0.955 0.0725 0.940 0.784
#> CV:skmeans 5 0.868 0.801 0.901 0.0632 0.921 0.724
#> MAD:skmeans 5 0.906 0.907 0.938 0.0724 0.939 0.786
#> ATC:skmeans 5 0.876 0.874 0.929 0.0570 0.952 0.837
#> SD:mclust 5 0.717 0.679 0.822 0.0721 0.870 0.586
#> CV:mclust 5 0.720 0.721 0.762 0.0644 0.953 0.840
#> MAD:mclust 5 0.630 0.675 0.768 0.0682 0.922 0.724
#> ATC:mclust 5 0.619 0.548 0.797 0.1096 0.824 0.537
#> SD:kmeans 5 0.724 0.691 0.818 0.0836 0.951 0.844
#> CV:kmeans 5 0.714 0.625 0.760 0.0841 0.900 0.663
#> MAD:kmeans 5 0.727 0.706 0.821 0.0834 0.857 0.582
#> ATC:kmeans 5 0.803 0.851 0.909 0.0765 0.826 0.500
#> SD:pam 5 0.846 0.772 0.890 0.0582 0.929 0.770
#> CV:pam 5 0.717 0.730 0.824 0.0705 0.901 0.669
#> MAD:pam 5 0.800 0.819 0.892 0.0909 0.897 0.664
#> ATC:pam 5 0.800 0.812 0.874 0.0881 0.895 0.680
#> SD:hclust 5 0.668 0.730 0.856 0.0870 0.930 0.815
#> CV:hclust 5 0.689 0.705 0.841 0.0498 0.974 0.933
#> MAD:hclust 5 0.622 0.655 0.828 0.0909 0.913 0.778
#> ATC:hclust 5 0.490 0.527 0.754 0.0725 0.982 0.938
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.694 0.584 0.768 0.0520 0.969 0.899
#> CV:NMF 6 0.764 0.652 0.819 0.0342 0.900 0.662
#> MAD:NMF 6 0.703 0.604 0.785 0.0449 0.927 0.771
#> ATC:NMF 6 0.531 0.387 0.626 0.0459 0.925 0.718
#> SD:skmeans 6 0.934 0.908 0.945 0.0499 0.940 0.742
#> CV:skmeans 6 0.890 0.851 0.915 0.0455 0.947 0.777
#> MAD:skmeans 6 0.860 0.878 0.918 0.0534 0.939 0.742
#> ATC:skmeans 6 0.891 0.784 0.890 0.0453 0.974 0.898
#> SD:mclust 6 0.776 0.784 0.874 0.0373 0.934 0.733
#> CV:mclust 6 0.718 0.585 0.783 0.0498 0.878 0.573
#> MAD:mclust 6 0.748 0.752 0.834 0.0577 0.923 0.700
#> ATC:mclust 6 0.638 0.571 0.782 0.0490 0.832 0.482
#> SD:kmeans 6 0.768 0.726 0.804 0.0618 0.896 0.643
#> CV:kmeans 6 0.797 0.727 0.844 0.0505 0.943 0.760
#> MAD:kmeans 6 0.769 0.743 0.831 0.0606 0.935 0.747
#> ATC:kmeans 6 0.730 0.628 0.776 0.0558 0.928 0.707
#> SD:pam 6 0.799 0.806 0.894 0.0647 0.900 0.644
#> CV:pam 6 0.812 0.764 0.885 0.0558 0.924 0.688
#> MAD:pam 6 0.893 0.873 0.936 0.0495 0.929 0.702
#> ATC:pam 6 0.786 0.773 0.848 0.0569 0.923 0.704
#> SD:hclust 6 0.675 0.683 0.837 0.0457 0.979 0.934
#> CV:hclust 6 0.690 0.688 0.841 0.0343 0.981 0.949
#> MAD:hclust 6 0.631 0.563 0.785 0.0498 0.999 0.997
#> ATC:hclust 6 0.583 0.525 0.722 0.0550 0.868 0.569
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.410 0.744 0.786 0.2914 0.760 0.760
#> 3 3 0.463 0.811 0.871 0.9078 0.592 0.484
#> 4 4 0.642 0.716 0.869 0.1341 0.935 0.848
#> 5 5 0.668 0.730 0.856 0.0870 0.930 0.815
#> 6 6 0.675 0.683 0.837 0.0457 0.979 0.934
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1468613 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR815184 2 0.1843 0.7730 0.028 0.972
#> SRR1381693 2 0.8499 0.7504 0.276 0.724
#> SRR1467904 1 0.7883 0.6616 0.764 0.236
#> SRR1442648 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1486174 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1349433 2 0.0672 0.7916 0.008 0.992
#> SRR1321283 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1387702 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1435584 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1406265 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1366367 2 0.3114 0.7997 0.056 0.944
#> SRR1458026 2 0.4161 0.7995 0.084 0.916
#> SRR1094192 2 0.0672 0.7929 0.008 0.992
#> SRR1397180 2 0.3733 0.8006 0.072 0.928
#> SRR657492 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR662665 2 0.9460 0.6025 0.364 0.636
#> SRR818530 2 0.1843 0.7730 0.028 0.972
#> SRR817563 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR613462 2 0.9491 0.5477 0.368 0.632
#> SRR1405206 2 0.1843 0.7730 0.028 0.972
#> SRR1454136 2 0.1184 0.7912 0.016 0.984
#> SRR1380785 2 0.6343 0.6187 0.160 0.840
#> SRR612875 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR808327 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1355194 2 0.6343 0.6187 0.160 0.840
#> SRR1408227 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1086304 2 0.8661 0.6215 0.288 0.712
#> SRR1080415 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1086140 2 0.3879 0.7231 0.076 0.924
#> SRR1084965 2 0.9323 0.6380 0.348 0.652
#> SRR1310563 2 0.8608 0.6178 0.284 0.716
#> SRR602437 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR663404 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1337238 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1360442 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1356487 2 0.1843 0.7730 0.028 0.972
#> SRR1479263 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1409641 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1442686 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1345736 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1345827 2 0.0938 0.7894 0.012 0.988
#> SRR1367456 2 0.7376 0.7534 0.208 0.792
#> SRR1072650 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1446393 2 0.3879 0.7231 0.076 0.924
#> SRR1087197 2 0.9286 0.6008 0.344 0.656
#> SRR1383960 2 0.8386 0.7583 0.268 0.732
#> SRR600924 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR662390 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1071692 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR658421 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1352936 1 0.9970 0.0669 0.532 0.468
#> SRR598148 2 0.7674 0.7615 0.224 0.776
#> SRR1444390 2 0.0672 0.7931 0.008 0.992
#> SRR1444644 1 0.1633 0.7899 0.976 0.024
#> SRR1389777 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR603918 2 0.3879 0.7833 0.076 0.924
#> SRR1468682 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1343859 2 0.8499 0.6890 0.276 0.724
#> SRR1075631 2 0.1414 0.7956 0.020 0.980
#> SRR1444954 2 0.3879 0.7231 0.076 0.924
#> SRR1479286 2 0.4690 0.7982 0.100 0.900
#> SRR1381524 1 0.8555 0.5933 0.720 0.280
#> SRR1392208 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1456693 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1358482 2 0.2043 0.7697 0.032 0.968
#> SRR658331 1 0.3431 0.7772 0.936 0.064
#> SRR810619 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR600829 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR599380 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1337388 2 0.4431 0.7989 0.092 0.908
#> SRR2185195 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1489693 1 0.7883 0.6616 0.764 0.236
#> SRR1318662 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1408657 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1384805 2 0.1414 0.7956 0.020 0.980
#> SRR661337 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR601239 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1468995 1 0.0672 0.7918 0.992 0.008
#> SRR1352111 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1330944 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1419453 1 0.6531 0.7300 0.832 0.168
#> SRR1437208 2 0.0938 0.7942 0.012 0.988
#> SRR1444914 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR660756 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1093269 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1341456 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR657456 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR807727 2 0.0376 0.7917 0.004 0.996
#> SRR816358 2 0.8443 0.7551 0.272 0.728
#> SRR658283 1 0.9970 0.0669 0.532 0.468
#> SRR813728 2 0.1843 0.7730 0.028 0.972
#> SRR1394520 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1308200 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.1414 0.7956 0.020 0.980
#> SRR1087992 2 0.9393 0.6217 0.356 0.644
#> SRR1405593 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1326040 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1312725 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1478189 2 0.8443 0.7550 0.272 0.728
#> SRR1488632 2 0.0672 0.7865 0.008 0.992
#> SRR1398706 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1368794 2 0.1184 0.7811 0.016 0.984
#> SRR1392749 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR603968 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR815661 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR663100 2 0.2778 0.7989 0.048 0.952
#> SRR661229 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR655792 2 0.8499 0.7504 0.276 0.724
#> SRR663705 2 0.8144 0.7655 0.252 0.748
#> SRR1464281 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1400397 2 0.1633 0.7962 0.024 0.976
#> SRR1331444 2 0.8443 0.7550 0.272 0.728
#> SRR1439958 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1384917 2 0.3879 0.7351 0.076 0.924
#> SRR1435182 2 0.4298 0.8005 0.088 0.912
#> SRR1477569 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR602461 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1334338 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1354710 2 0.8443 0.7550 0.272 0.728
#> SRR613510 1 0.8713 0.6150 0.708 0.292
#> SRR663014 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1417960 2 0.4562 0.7988 0.096 0.904
#> SRR1474730 1 0.2043 0.7883 0.968 0.032
#> SRR1381269 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR657695 2 0.0672 0.7865 0.008 0.992
#> SRR1357650 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1472237 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1458358 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR614683 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1318998 2 0.8763 0.5914 0.296 0.704
#> SRR1392795 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1469859 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1378243 2 0.0672 0.7865 0.008 0.992
#> SRR1360587 2 0.1414 0.7956 0.020 0.980
#> SRR604230 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1347667 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR608096 2 0.8386 0.7263 0.268 0.732
#> SRR665514 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1454522 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1419615 2 0.2236 0.7977 0.036 0.964
#> SRR1429802 2 0.4562 0.7992 0.096 0.904
#> SRR1345436 2 0.0938 0.7942 0.012 0.988
#> SRR1433684 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR613186 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1343795 2 0.0672 0.7872 0.008 0.992
#> SRR1417766 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1420606 2 0.2778 0.7583 0.048 0.952
#> SRR1326687 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1458973 1 0.0672 0.7918 0.992 0.008
#> SRR1309856 2 0.0672 0.7872 0.008 0.992
#> SRR1102756 2 0.1633 0.7941 0.024 0.976
#> SRR1366519 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1080438 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1391789 2 0.8081 0.7660 0.248 0.752
#> SRR1402195 2 0.8267 0.7632 0.260 0.740
#> SRR1429516 2 0.4562 0.7988 0.096 0.904
#> SRR1406662 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1333414 2 0.1843 0.7730 0.028 0.972
#> SRR1369030 2 0.0672 0.7864 0.008 0.992
#> SRR1342916 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1362824 2 0.2603 0.7739 0.044 0.956
#> SRR1455326 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1349956 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1409487 2 0.8267 0.7634 0.260 0.740
#> SRR1434568 2 0.3879 0.7996 0.076 0.924
#> SRR1341965 2 0.2778 0.7986 0.048 0.952
#> SRR1473505 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1402068 2 0.3879 0.7231 0.076 0.924
#> SRR1490076 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1435501 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1452491 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.4690 0.7619 0.900 0.100
#> SRR1093243 2 0.4298 0.7997 0.088 0.912
#> SRR1418390 2 0.0938 0.7855 0.012 0.988
#> SRR608480 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR598589 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR601868 2 0.8555 0.7455 0.280 0.720
#> SRR607313 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR812222 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.4298 0.7993 0.088 0.912
#> SRR1455503 2 0.0938 0.7940 0.012 0.988
#> SRR810737 2 0.4298 0.7993 0.088 0.912
#> SRR1347500 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1443182 2 0.0376 0.7921 0.004 0.996
#> SRR1457872 2 0.0938 0.7942 0.012 0.988
#> SRR658481 2 0.4690 0.7982 0.100 0.900
#> SRR1406243 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1332607 1 0.4298 0.7680 0.912 0.088
#> SRR656433 2 0.9000 0.6945 0.316 0.684
#> SRR1420811 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.1184 0.7912 0.016 0.984
#> SRR1338363 1 0.2043 0.7883 0.968 0.032
#> SRR1344271 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1321608 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1441464 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR607970 2 0.8499 0.7505 0.276 0.724
#> SRR1338171 2 0.4161 0.7260 0.084 0.916
#> SRR604174 2 0.8386 0.7589 0.268 0.732
#> SRR1345221 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR815517 2 0.8608 0.6178 0.284 0.716
#> SRR615970 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1370659 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1383125 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1331013 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1419638 2 0.9427 0.5825 0.360 0.640
#> SRR1434975 2 0.9286 0.5890 0.344 0.656
#> SRR1445741 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1088142 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR604206 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1358779 1 0.7674 0.6745 0.776 0.224
#> SRR1473142 2 0.3879 0.7996 0.076 0.924
#> SRR1410334 2 0.2948 0.7573 0.052 0.948
#> SRR1352234 2 0.4690 0.7982 0.100 0.900
#> SRR1487807 2 0.4298 0.8005 0.088 0.912
#> SRR1489715 2 0.4161 0.7404 0.084 0.916
#> SRR1364780 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1460124 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR813915 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1409748 2 0.0938 0.7943 0.012 0.988
#> SRR1325504 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1436490 2 0.0672 0.7864 0.008 0.992
#> SRR1316725 2 0.2043 0.7697 0.032 0.968
#> SRR1314851 2 0.4562 0.7997 0.096 0.904
#> SRR1354599 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1406599 2 0.8386 0.7583 0.268 0.732
#> SRR1308696 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR808772 2 0.9000 0.6945 0.316 0.684
#> SRR812649 2 0.0672 0.7872 0.008 0.992
#> SRR1366690 2 0.8016 0.7684 0.244 0.756
#> SRR1317707 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1339321 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.1843 0.7850 0.028 0.972
#> SRR1069690 2 0.0672 0.7865 0.008 0.992
#> SRR1319344 2 0.3733 0.7506 0.072 0.928
#> SRR1332835 2 0.1184 0.7912 0.016 0.984
#> SRR1334694 2 0.3584 0.7503 0.068 0.932
#> SRR1478434 2 0.4298 0.7993 0.088 0.912
#> SRR1479933 2 0.2043 0.7697 0.032 0.968
#> SRR1313853 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR661192 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1384827 2 0.4298 0.7359 0.088 0.912
#> SRR814587 2 0.0672 0.7931 0.008 0.992
#> SRR656899 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1088340 2 0.0938 0.7940 0.012 0.988
#> SRR1349772 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1317305 2 0.9608 0.5593 0.384 0.616
#> SRR1442273 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1490289 2 0.0672 0.7865 0.008 0.992
#> SRR1093649 2 0.4161 0.7285 0.084 0.916
#> SRR1478900 1 0.9209 0.4802 0.664 0.336
#> SRR1447652 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1324545 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR2170537 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR602106 2 0.9323 0.6376 0.348 0.652
#> SRR615335 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1321505 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1457768 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1340641 2 0.4562 0.7988 0.096 0.904
#> SRR657903 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1403458 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1460073 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1441850 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR613759 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1472281 2 0.1184 0.7949 0.016 0.984
#> SRR1440445 1 0.6148 0.7327 0.848 0.152
#> SRR1088734 2 0.0938 0.7941 0.012 0.988
#> SRR1455607 2 0.4161 0.7995 0.084 0.916
#> SRR1077528 2 0.4298 0.7993 0.088 0.912
#> SRR1364695 1 0.8661 0.6179 0.712 0.288
#> SRR1348226 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1313560 2 0.8267 0.7632 0.260 0.740
#> SRR1092889 2 0.2043 0.7697 0.032 0.968
#> SRR1352213 1 0.9323 0.4576 0.652 0.348
#> SRR2185233 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1353970 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR662641 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR817825 2 0.8443 0.6858 0.272 0.728
#> SRR660366 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR655423 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR821183 2 0.0672 0.7865 0.008 0.992
#> SRR1323512 2 0.0672 0.7872 0.008 0.992
#> SRR1325247 2 0.4298 0.7993 0.088 0.912
#> SRR1351583 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1437454 2 0.4690 0.7982 0.100 0.900
#> SRR1318484 2 0.0672 0.7904 0.008 0.992
#> SRR1322395 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1378131 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1325464 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1340280 2 0.8661 0.6215 0.288 0.712
#> SRR1455842 2 0.0376 0.7917 0.004 0.996
#> SRR1352619 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1076779 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR662763 2 0.7528 0.7383 0.216 0.784
#> SRR661120 2 0.8763 0.7265 0.296 0.704
#> SRR601613 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR811535 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR820316 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1368616 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1375677 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1365700 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR604122 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR598509 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1397052 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1339921 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR664743 2 0.2423 0.7981 0.040 0.960
#> SRR1339199 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1355660 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1481012 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR603449 2 0.8555 0.7455 0.280 0.720
#> SRR1400889 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR808808 1 0.9933 0.0947 0.548 0.452
#> SRR656288 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1405886 1 0.2043 0.7883 0.968 0.032
#> SRR1487233 2 0.2043 0.7697 0.032 0.968
#> SRR662043 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1381211 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1379365 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1384852 2 0.1184 0.7912 0.016 0.984
#> SRR1430357 2 0.0672 0.7929 0.008 0.992
#> SRR2164847 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR807901 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR816064 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR810507 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1358582 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1349893 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1444722 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1316483 2 0.8443 0.7559 0.272 0.728
#> SRR662749 2 0.8499 0.7504 0.276 0.724
#> SRR1342701 2 0.5519 0.6643 0.128 0.872
#> SRR1343653 2 0.0938 0.7942 0.012 0.988
#> SRR1336134 2 0.0376 0.7921 0.004 0.996
#> SRR654940 2 0.1184 0.7811 0.016 0.984
#> SRR1098288 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1326343 2 0.8267 0.7632 0.260 0.740
#> SRR811145 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR615359 2 0.7745 0.7724 0.228 0.772
#> SRR1075997 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.4562 0.7990 0.096 0.904
#> SRR1388698 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1312482 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1430420 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1387475 2 0.0672 0.7931 0.008 0.992
#> SRR1388419 2 0.2603 0.7739 0.044 0.956
#> SRR1442250 2 0.4562 0.7921 0.096 0.904
#> SRR1430679 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.4690 0.7982 0.100 0.900
#> SRR1478990 2 0.3879 0.7996 0.076 0.924
#> SRR1392434 2 0.0376 0.7921 0.004 0.996
#> SRR1085925 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR820655 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1383937 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.1843 0.7730 0.028 0.972
#> SRR1094506 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1330633 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1330153 2 0.8207 0.7637 0.256 0.744
#> SRR1451778 2 0.8207 0.7637 0.256 0.744
#> SRR657089 1 0.9358 0.4451 0.648 0.352
#> SRR1395659 2 0.0672 0.7865 0.008 0.992
#> SRR1385716 1 0.9427 0.4237 0.640 0.360
#> SRR1466109 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1080977 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1441725 2 0.8267 0.7632 0.260 0.740
#> SRR1485078 2 0.2043 0.7697 0.032 0.968
#> SRR661806 2 0.8386 0.7593 0.268 0.732
#> SRR1334919 1 0.9129 0.5006 0.672 0.328
#> SRR599249 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR810051 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1407202 2 0.8081 0.7671 0.248 0.752
#> SRR1434399 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1330965 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1369536 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1382508 1 0.9427 0.4237 0.640 0.360
#> SRR1405028 2 0.8016 0.7684 0.244 0.756
#> SRR612719 2 0.9460 0.6025 0.364 0.636
#> SRR1340617 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1448183 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1362488 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1361156 2 0.1184 0.7948 0.016 0.984
#> SRR1454374 2 0.8443 0.7550 0.272 0.728
#> SRR811891 2 0.8144 0.7655 0.252 0.748
#> SRR1477837 2 0.9881 0.1712 0.436 0.564
#> SRR607252 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1418946 2 0.9427 0.5825 0.360 0.640
#> SRR1456567 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1487425 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.1184 0.7824 0.016 0.984
#> SRR1327680 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1478812 2 0.6343 0.6187 0.160 0.840
#> SRR1447673 2 0.4298 0.8006 0.088 0.912
#> SRR815735 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1404251 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR601645 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR656300 2 0.7056 0.7788 0.192 0.808
#> SRR659983 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1402414 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR614215 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR659283 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1459956 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1340441 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1317428 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1403390 1 0.7453 0.6948 0.788 0.212
#> SRR1452741 1 0.9933 0.0947 0.548 0.452
#> SRR1458484 1 1.0000 0.0308 0.504 0.496
#> SRR1387091 2 0.3879 0.7996 0.076 0.924
#> SRR1358017 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1457039 2 0.3114 0.7997 0.056 0.944
#> SRR1376539 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1430639 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1406069 2 0.0672 0.7932 0.008 0.992
#> SRR1419829 2 0.0672 0.7865 0.008 0.992
#> SRR1434315 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR658457 2 0.8267 0.7632 0.260 0.740
#> SRR1367849 2 0.4022 0.7996 0.080 0.920
#> SRR1320939 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR656588 2 0.9000 0.6945 0.316 0.684
#> SRR599025 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1401446 1 0.8713 0.6150 0.708 0.292
#> SRR1398311 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1442149 2 0.4562 0.7988 0.096 0.904
#> SRR809137 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1414982 2 0.0672 0.7929 0.008 0.992
#> SRR600852 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1414857 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1321225 1 0.9970 0.0669 0.532 0.468
#> SRR1069802 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1077643 2 0.4298 0.7922 0.088 0.912
#> SRR1334154 2 0.2236 0.7977 0.036 0.964
#> SRR1390072 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1430133 2 0.4161 0.7404 0.084 0.916
#> SRR1468595 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1351931 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1374028 2 0.0672 0.7865 0.008 0.992
#> SRR1311243 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1385235 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1469638 2 0.8386 0.7593 0.268 0.732
#> SRR662150 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1400290 1 0.9866 0.1739 0.568 0.432
#> SRR1084892 2 0.0672 0.7872 0.008 0.992
#> SRR1416166 2 0.8144 0.7643 0.252 0.748
#> SRR1477015 1 0.9248 0.4739 0.660 0.340
#> SRR1380501 2 0.3274 0.7457 0.060 0.940
#> SRR1446156 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1488328 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR814611 2 0.9580 0.5665 0.380 0.620
#> SRR599086 2 0.8443 0.7551 0.272 0.728
#> SRR1086844 2 0.8443 0.7550 0.272 0.728
#> SRR1464535 2 0.7056 0.7788 0.192 0.808
#> SRR807877 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR1477033 2 0.9000 0.6945 0.316 0.684
#> SRR1335164 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.9044 0.5161 0.680 0.320
#> SRR1446226 2 0.8443 0.7550 0.272 0.728
#> SRR659637 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR600474 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1307699 2 0.8499 0.7504 0.276 0.724
#> SRR1312540 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1323628 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1430951 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1385364 1 0.9866 0.4354 0.568 0.432
#> SRR1478149 1 0.1414 0.7904 0.980 0.020
#> SRR1384413 2 0.4298 0.8006 0.088 0.912
#> SRR1366855 2 0.5946 0.7916 0.144 0.856
#> SRR1077115 2 0.0672 0.7931 0.008 0.992
#> SRR1399990 1 0.9866 0.1840 0.568 0.432
#> SRR1434093 1 0.9866 0.1739 0.568 0.432
#> SRR1341408 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR612335 2 0.8267 0.7634 0.260 0.740
#> SRR1321420 2 0.8327 0.7613 0.264 0.736
#> SRR1329177 1 0.9087 0.5095 0.676 0.324
#> SRR1398371 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR614996 2 0.8386 0.7591 0.268 0.732
#> SRR1431602 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1311509 2 0.8207 0.7637 0.256 0.744
#> SRR1507229 1 0.0376 0.7918 0.996 0.004
#> SRR1310373 1 0.0672 0.7918 0.992 0.008
#> SRR1408072 2 0.0672 0.7929 0.008 0.992
#> SRR1469591 1 0.9866 0.1840 0.568 0.432
#> SRR1392813 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1453026 2 0.0376 0.7885 0.004 0.996
#> SRR1388105 2 0.0672 0.7932 0.008 0.992
#> SRR1357558 2 0.8499 0.7504 0.276 0.724
#> SRR615898 1 0.1633 0.7899 0.976 0.024
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0475 0.7740 0.004 0.992 0.004
#> SRR1381693 1 0.0424 0.9071 0.992 0.000 0.008
#> SRR1467904 3 0.7507 0.5957 0.288 0.068 0.644
#> SRR1442648 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1486174 2 0.2860 0.8523 0.084 0.912 0.004
#> SRR1349433 2 0.3551 0.8767 0.132 0.868 0.000
#> SRR1321283 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1387702 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR1435584 2 0.3879 0.8899 0.152 0.848 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.5058 0.8456 0.244 0.756 0.000
#> SRR1458026 2 0.5733 0.7556 0.324 0.676 0.000
#> SRR1094192 2 0.4121 0.8903 0.168 0.832 0.000
#> SRR1397180 2 0.5835 0.7372 0.340 0.660 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.5393 0.7704 0.820 0.072 0.108
#> SRR818530 2 0.0475 0.7740 0.004 0.992 0.004
#> SRR817563 2 0.3879 0.8899 0.152 0.848 0.000
#> SRR613462 1 0.8042 0.5291 0.652 0.148 0.200
#> SRR1405206 2 0.0475 0.7740 0.004 0.992 0.004
#> SRR1454136 2 0.3482 0.8757 0.128 0.872 0.000
#> SRR1380785 2 0.4033 0.6535 0.008 0.856 0.136
#> SRR612875 1 0.1289 0.8930 0.968 0.032 0.000
#> SRR808327 2 0.3879 0.8900 0.152 0.848 0.000
#> SRR1355194 2 0.4033 0.6535 0.008 0.856 0.136
#> SRR1408227 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR1086304 2 0.9361 0.1490 0.396 0.436 0.168
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.2096 0.7426 0.004 0.944 0.052
#> SRR1084965 1 0.2537 0.8491 0.920 0.000 0.080
#> SRR1310563 2 0.9377 0.1924 0.380 0.448 0.172
#> SRR602437 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR1356487 2 0.0475 0.7740 0.004 0.992 0.004
#> SRR1479263 2 0.4002 0.8908 0.160 0.840 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.3412 0.8767 0.124 0.876 0.000
#> SRR1367456 2 0.8071 0.4464 0.360 0.564 0.076
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.2096 0.7426 0.004 0.944 0.052
#> SRR1087197 1 0.7396 0.6189 0.704 0.152 0.144
#> SRR1383960 1 0.2486 0.8670 0.932 0.060 0.008
#> SRR600924 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0592 0.9073 0.988 0.012 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.9074 0.1247 0.500 0.148 0.352
#> SRR598148 1 0.6875 0.5714 0.700 0.244 0.056
#> SRR1444390 2 0.4121 0.8902 0.168 0.832 0.000
#> SRR1444644 3 0.2860 0.8608 0.084 0.004 0.912
#> SRR1389777 1 0.0892 0.9031 0.980 0.020 0.000
#> SRR603918 2 0.4479 0.8065 0.096 0.860 0.044
#> SRR1468682 2 0.4887 0.8604 0.228 0.772 0.000
#> SRR1490505 2 0.3030 0.8579 0.092 0.904 0.004
#> SRR1343859 1 0.8884 -0.0468 0.460 0.420 0.120
#> SRR1075631 2 0.4399 0.8832 0.188 0.812 0.000
#> SRR1444954 2 0.2096 0.7426 0.004 0.944 0.052
#> SRR1479286 2 0.5988 0.6896 0.368 0.632 0.000
#> SRR1381524 3 0.6793 0.2229 0.452 0.012 0.536
#> SRR1392208 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1456693 2 0.3038 0.8681 0.104 0.896 0.000
#> SRR1358482 2 0.0661 0.7724 0.004 0.988 0.008
#> SRR658331 3 0.4519 0.8318 0.116 0.032 0.852
#> SRR810619 2 0.4062 0.8904 0.164 0.836 0.000
#> SRR600829 1 0.0592 0.9072 0.988 0.012 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.5948 0.7037 0.360 0.640 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.7507 0.5957 0.288 0.068 0.644
#> SRR1318662 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.4399 0.8832 0.188 0.812 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.1399 0.8865 0.028 0.004 0.968
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.4346 0.8852 0.184 0.816 0.000
#> SRR1419453 3 0.6211 0.7067 0.228 0.036 0.736
#> SRR1437208 2 0.4235 0.8882 0.176 0.824 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.3879 0.8899 0.152 0.848 0.000
#> SRR1093269 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1341456 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR657456 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR807727 2 0.4062 0.8904 0.164 0.836 0.000
#> SRR816358 1 0.0237 0.9090 0.996 0.000 0.004
#> SRR658283 1 0.9074 0.1247 0.500 0.148 0.352
#> SRR813728 2 0.0475 0.7740 0.004 0.992 0.004
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR1432366 2 0.4399 0.8832 0.188 0.812 0.000
#> SRR1087992 1 0.2711 0.8391 0.912 0.000 0.088
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.1860 0.8744 0.948 0.052 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0237 0.9090 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488632 2 0.3752 0.8876 0.144 0.856 0.000
#> SRR1398706 2 0.3030 0.8579 0.092 0.904 0.004
#> SRR1368794 2 0.1129 0.7924 0.020 0.976 0.004
#> SRR1392749 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR603968 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR815661 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR663100 2 0.5529 0.7935 0.296 0.704 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0424 0.9071 0.992 0.000 0.008
#> SRR663705 1 0.1289 0.8953 0.968 0.032 0.000
#> SRR1464281 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1400397 2 0.4654 0.8724 0.208 0.792 0.000
#> SRR1331444 1 0.0237 0.9090 0.996 0.000 0.004
#> SRR1439958 2 0.3879 0.8900 0.152 0.848 0.000
#> SRR1384917 2 0.3481 0.7912 0.044 0.904 0.052
#> SRR1435182 2 0.5926 0.7108 0.356 0.644 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0237 0.9090 0.996 0.000 0.004
#> SRR613510 3 0.8345 0.4425 0.344 0.096 0.560
#> SRR663014 2 0.3879 0.8899 0.152 0.848 0.000
#> SRR1417960 2 0.5948 0.7040 0.360 0.640 0.000
#> SRR1474730 3 0.3112 0.8535 0.096 0.004 0.900
#> SRR1381269 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR657695 2 0.3340 0.8774 0.120 0.880 0.000
#> SRR1357650 2 0.3941 0.8910 0.156 0.844 0.000
#> SRR1472237 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR1470816 2 0.3412 0.8796 0.124 0.876 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.9465 0.1997 0.372 0.444 0.184
#> SRR1392795 2 0.3941 0.8910 0.156 0.844 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.3686 0.8863 0.140 0.860 0.000
#> SRR1360587 2 0.5058 0.8457 0.244 0.756 0.000
#> SRR604230 1 0.0892 0.9031 0.980 0.020 0.000
#> SRR1347667 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR608096 2 0.8370 0.3003 0.416 0.500 0.084
#> SRR665514 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419615 2 0.5216 0.8310 0.260 0.740 0.000
#> SRR1429802 2 0.6008 0.6840 0.372 0.628 0.000
#> SRR1345436 2 0.4291 0.8868 0.180 0.820 0.000
#> SRR1433684 1 0.0592 0.9072 0.988 0.012 0.000
#> SRR613186 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1343795 2 0.3816 0.8869 0.148 0.852 0.000
#> SRR1417766 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1420606 2 0.4489 0.8342 0.108 0.856 0.036
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.1399 0.8865 0.028 0.004 0.968
#> SRR1309856 2 0.3816 0.8869 0.148 0.852 0.000
#> SRR1102756 2 0.3619 0.8708 0.136 0.864 0.000
#> SRR1366519 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1080438 2 0.4002 0.8908 0.160 0.840 0.000
#> SRR1391789 1 0.3670 0.8276 0.888 0.092 0.020
#> SRR1402195 1 0.1411 0.8910 0.964 0.036 0.000
#> SRR1429516 2 0.5948 0.7043 0.360 0.640 0.000
#> SRR1406662 2 0.3551 0.8834 0.132 0.868 0.000
#> SRR1333414 2 0.0475 0.7740 0.004 0.992 0.004
#> SRR1369030 2 0.3879 0.8900 0.152 0.848 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.3207 0.8335 0.084 0.904 0.012
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.5465 0.4577 0.712 0.288 0.000
#> SRR1434568 2 0.5465 0.7996 0.288 0.712 0.000
#> SRR1341965 2 0.5465 0.8025 0.288 0.712 0.000
#> SRR1473505 2 0.3816 0.8892 0.148 0.852 0.000
#> SRR1402068 2 0.2096 0.7426 0.004 0.944 0.052
#> SRR1490076 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR1397329 3 0.4280 0.8287 0.124 0.020 0.856
#> SRR1093243 2 0.5859 0.7298 0.344 0.656 0.000
#> SRR1418390 2 0.3619 0.8824 0.136 0.864 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0592 0.9074 0.988 0.012 0.000
#> SRR601868 1 0.0592 0.9038 0.988 0.000 0.012
#> SRR607313 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.4121 0.8901 0.168 0.832 0.000
#> SRR815893 2 0.5810 0.7397 0.336 0.664 0.000
#> SRR1455503 2 0.4235 0.8880 0.176 0.824 0.000
#> SRR810737 2 0.5810 0.7397 0.336 0.664 0.000
#> SRR1347500 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR1443182 2 0.4504 0.8792 0.196 0.804 0.000
#> SRR1457872 2 0.4235 0.8882 0.176 0.824 0.000
#> SRR658481 2 0.6008 0.6831 0.372 0.628 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.5268 0.7360 0.212 0.012 0.776
#> SRR656433 1 0.1753 0.8735 0.952 0.000 0.048
#> SRR1420811 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR1308674 2 0.3482 0.8757 0.128 0.872 0.000
#> SRR1338363 3 0.3030 0.8563 0.092 0.004 0.904
#> SRR1344271 2 0.3879 0.8900 0.152 0.848 0.000
#> SRR1321608 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1441464 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR607970 1 0.0424 0.9070 0.992 0.000 0.008
#> SRR1338171 2 0.2947 0.7393 0.020 0.920 0.060
#> SRR604174 1 0.2116 0.8843 0.948 0.040 0.012
#> SRR1345221 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR815517 2 0.9377 0.1924 0.380 0.448 0.172
#> SRR615970 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.4887 0.8604 0.228 0.772 0.000
#> SRR1419638 1 0.6981 0.6602 0.732 0.132 0.136
#> SRR1434975 1 0.7777 0.5745 0.676 0.160 0.164
#> SRR1445741 2 0.4002 0.8904 0.160 0.840 0.000
#> SRR1088142 1 0.0592 0.9072 0.988 0.012 0.000
#> SRR604206 1 0.0237 0.9102 0.996 0.004 0.000
#> SRR1358779 3 0.7300 0.6257 0.272 0.064 0.664
#> SRR1473142 2 0.5465 0.7996 0.288 0.712 0.000
#> SRR1410334 2 0.2056 0.7883 0.024 0.952 0.024
#> SRR1352234 2 0.5988 0.6896 0.368 0.632 0.000
#> SRR1487807 2 0.5968 0.6983 0.364 0.636 0.000
#> SRR1489715 2 0.4628 0.8071 0.088 0.856 0.056
#> SRR1364780 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1409748 2 0.4702 0.8702 0.212 0.788 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.3816 0.8891 0.148 0.852 0.000
#> SRR1316725 2 0.0661 0.7724 0.004 0.988 0.008
#> SRR1314851 2 0.6008 0.6843 0.372 0.628 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.2384 0.8712 0.936 0.056 0.008
#> SRR1308696 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR808772 1 0.1753 0.8735 0.952 0.000 0.048
#> SRR812649 2 0.3272 0.8584 0.104 0.892 0.004
#> SRR1366690 1 0.2496 0.8592 0.928 0.068 0.004
#> SRR1317707 2 0.3879 0.8899 0.152 0.848 0.000
#> SRR1339321 2 0.4062 0.8904 0.164 0.836 0.000
#> SRR1442487 2 0.3038 0.8604 0.104 0.896 0.000
#> SRR1069690 2 0.3686 0.8863 0.140 0.860 0.000
#> SRR1319344 2 0.3356 0.7878 0.036 0.908 0.056
#> SRR1332835 2 0.3482 0.8757 0.128 0.872 0.000
#> SRR1334694 2 0.5067 0.8276 0.116 0.832 0.052
#> SRR1478434 2 0.5835 0.7345 0.340 0.660 0.000
#> SRR1479933 2 0.0661 0.7724 0.004 0.988 0.008
#> SRR1313853 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.4709 0.7992 0.092 0.852 0.056
#> SRR814587 2 0.4121 0.8902 0.168 0.832 0.000
#> SRR656899 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR1088340 2 0.4235 0.8880 0.176 0.824 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.3412 0.7972 0.876 0.000 0.124
#> SRR1442273 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR1407470 2 0.3879 0.8900 0.152 0.848 0.000
#> SRR1490289 2 0.3816 0.8889 0.148 0.852 0.000
#> SRR1093649 2 0.2301 0.7366 0.004 0.936 0.060
#> SRR1478900 1 0.6500 0.0331 0.532 0.004 0.464
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.2537 0.8470 0.920 0.000 0.080
#> SRR615335 1 0.0592 0.9072 0.988 0.012 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1340641 2 0.5948 0.7040 0.360 0.640 0.000
#> SRR657903 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR1441850 2 0.4291 0.8868 0.180 0.820 0.000
#> SRR613759 1 0.0892 0.9031 0.980 0.020 0.000
#> SRR1472281 2 0.4291 0.8867 0.180 0.820 0.000
#> SRR1440445 3 0.5777 0.7830 0.160 0.052 0.788
#> SRR1088734 2 0.4178 0.8895 0.172 0.828 0.000
#> SRR1455607 2 0.5835 0.7347 0.340 0.660 0.000
#> SRR1077528 2 0.5905 0.7163 0.352 0.648 0.000
#> SRR1364695 3 0.8288 0.4789 0.332 0.096 0.572
#> SRR1348226 1 0.0592 0.9072 0.988 0.012 0.000
#> SRR1313560 1 0.0892 0.9033 0.980 0.020 0.000
#> SRR1092889 2 0.1170 0.7862 0.016 0.976 0.008
#> SRR1352213 1 0.6398 0.2113 0.580 0.004 0.416
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR817825 1 0.8937 -0.0822 0.448 0.428 0.124
#> SRR660366 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.2261 0.8406 0.068 0.932 0.000
#> SRR1323512 2 0.3038 0.8622 0.104 0.896 0.000
#> SRR1325247 2 0.5859 0.7287 0.344 0.656 0.000
#> SRR1351583 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1437454 2 0.5988 0.6896 0.368 0.632 0.000
#> SRR1318484 2 0.4002 0.8907 0.160 0.840 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.3941 0.8909 0.156 0.844 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 2 0.9361 0.1490 0.396 0.436 0.168
#> SRR1455842 2 0.4121 0.8899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1352619 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1076779 1 0.0237 0.9102 0.996 0.004 0.000
#> SRR662763 2 0.8288 0.4841 0.332 0.572 0.096
#> SRR661120 1 0.2918 0.8743 0.924 0.044 0.032
#> SRR601613 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.4121 0.8901 0.168 0.832 0.000
#> SRR604122 1 0.0892 0.9031 0.980 0.020 0.000
#> SRR598509 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1397052 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR1339921 1 0.0592 0.9072 0.988 0.012 0.000
#> SRR664743 2 0.5465 0.8027 0.288 0.712 0.000
#> SRR1339199 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0592 0.9038 0.988 0.000 0.012
#> SRR1400889 1 0.0592 0.9074 0.988 0.012 0.000
#> SRR808808 1 0.6445 0.4732 0.672 0.020 0.308
#> SRR656288 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.3030 0.8563 0.092 0.004 0.904
#> SRR1487233 2 0.1711 0.8031 0.032 0.960 0.008
#> SRR662043 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.2860 0.8523 0.084 0.912 0.004
#> SRR1379365 2 0.3941 0.8910 0.156 0.844 0.000
#> SRR1384852 2 0.3482 0.8757 0.128 0.872 0.000
#> SRR1430357 2 0.4178 0.8891 0.172 0.828 0.000
#> SRR2164847 1 0.1529 0.8867 0.960 0.040 0.000
#> SRR807901 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1316483 1 0.1950 0.8872 0.952 0.040 0.008
#> SRR662749 1 0.0424 0.9071 0.992 0.000 0.008
#> SRR1342701 2 0.3618 0.6906 0.012 0.884 0.104
#> SRR1343653 2 0.4235 0.8882 0.176 0.824 0.000
#> SRR1336134 2 0.4062 0.8906 0.164 0.836 0.000
#> SRR654940 2 0.1129 0.7924 0.020 0.976 0.004
#> SRR1098288 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1326343 1 0.0892 0.9033 0.980 0.020 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.3618 0.8118 0.884 0.104 0.012
#> SRR1075997 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR1090483 2 0.5948 0.7041 0.360 0.640 0.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1430420 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1387475 2 0.4121 0.8902 0.168 0.832 0.000
#> SRR1388419 2 0.3207 0.8335 0.084 0.904 0.012
#> SRR1442250 2 0.5047 0.7871 0.140 0.824 0.036
#> SRR1430679 2 0.4796 0.8656 0.220 0.780 0.000
#> SRR1311109 2 0.6008 0.6831 0.372 0.628 0.000
#> SRR1478990 2 0.5591 0.7833 0.304 0.696 0.000
#> SRR1392434 2 0.4062 0.8913 0.164 0.836 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.4842 0.8632 0.224 0.776 0.000
#> SRR1315393 2 0.0475 0.7740 0.004 0.992 0.004
#> SRR1094506 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1330633 2 0.2860 0.8523 0.084 0.912 0.004
#> SRR1330153 1 0.2982 0.8629 0.920 0.056 0.024
#> SRR1451778 1 0.2982 0.8629 0.920 0.056 0.024
#> SRR657089 1 0.6587 0.1799 0.568 0.008 0.424
#> SRR1395659 2 0.3340 0.8774 0.120 0.880 0.000
#> SRR1385716 1 0.6359 0.2491 0.592 0.004 0.404
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1441725 1 0.1753 0.8814 0.952 0.048 0.000
#> SRR1485078 2 0.0661 0.7724 0.004 0.988 0.008
#> SRR661806 1 0.2096 0.8750 0.944 0.052 0.004
#> SRR1334919 1 0.6476 0.1013 0.548 0.004 0.448
#> SRR599249 1 0.0892 0.9031 0.980 0.020 0.000
#> SRR810051 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1407202 1 0.2400 0.8635 0.932 0.064 0.004
#> SRR1434399 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR1330965 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.6359 0.2491 0.592 0.004 0.404
#> SRR1405028 1 0.2772 0.8450 0.916 0.080 0.004
#> SRR612719 1 0.5393 0.7704 0.820 0.072 0.108
#> SRR1340617 2 0.4062 0.8905 0.164 0.836 0.000
#> SRR1448183 1 0.0892 0.9031 0.980 0.020 0.000
#> SRR1362488 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1361156 2 0.5138 0.8385 0.252 0.748 0.000
#> SRR1454374 1 0.0237 0.9090 0.996 0.000 0.004
#> SRR811891 1 0.1289 0.8953 0.968 0.032 0.000
#> SRR1477837 1 0.9112 0.2804 0.540 0.188 0.272
#> SRR607252 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR1418946 1 0.6981 0.6602 0.732 0.132 0.136
#> SRR1456567 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1487425 2 0.4002 0.8904 0.160 0.840 0.000
#> SRR1335627 2 0.1753 0.8224 0.048 0.952 0.000
#> SRR1327680 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1478812 2 0.4033 0.6535 0.008 0.856 0.136
#> SRR1447673 2 0.5706 0.7635 0.320 0.680 0.000
#> SRR815735 1 0.0592 0.9072 0.988 0.012 0.000
#> SRR1404251 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.7021 -0.1427 0.544 0.436 0.020
#> SRR659983 1 0.0237 0.9102 0.996 0.004 0.000
#> SRR1402414 2 0.3412 0.8796 0.124 0.876 0.000
#> SRR614215 1 0.0892 0.9031 0.980 0.020 0.000
#> SRR659283 1 0.0592 0.9074 0.988 0.012 0.000
#> SRR1459956 2 0.3879 0.8900 0.152 0.848 0.000
#> SRR1340441 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1317428 1 0.0892 0.9031 0.980 0.020 0.000
#> SRR1403390 3 0.7101 0.6760 0.240 0.068 0.692
#> SRR1452741 1 0.6445 0.4732 0.672 0.020 0.308
#> SRR1458484 1 0.8040 0.4012 0.608 0.092 0.300
#> SRR1387091 2 0.5465 0.7996 0.288 0.712 0.000
#> SRR1358017 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1457039 2 0.5058 0.8456 0.244 0.756 0.000
#> SRR1376539 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.4452 0.8818 0.192 0.808 0.000
#> SRR1419829 2 0.2261 0.8406 0.068 0.932 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0892 0.9033 0.980 0.020 0.000
#> SRR1367849 2 0.5706 0.7613 0.320 0.680 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.1753 0.8735 0.952 0.000 0.048
#> SRR599025 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.8345 0.4425 0.344 0.096 0.560
#> SRR1398311 2 0.3816 0.8892 0.148 0.852 0.000
#> SRR1442149 2 0.6008 0.6826 0.372 0.628 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.4178 0.8891 0.172 0.828 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1321225 1 0.9074 0.1247 0.500 0.148 0.352
#> SRR1069802 1 0.0892 0.9031 0.980 0.020 0.000
#> SRR1077643 2 0.4799 0.7937 0.132 0.836 0.032
#> SRR1334154 2 0.5254 0.8269 0.264 0.736 0.000
#> SRR1390072 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR1467612 2 0.2860 0.8523 0.084 0.912 0.004
#> SRR1430133 2 0.4709 0.8048 0.092 0.852 0.056
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1374028 2 0.3879 0.8895 0.152 0.848 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.2096 0.8750 0.944 0.052 0.004
#> SRR662150 1 0.0237 0.9102 0.996 0.004 0.000
#> SRR1400290 1 0.6603 0.4220 0.648 0.020 0.332
#> SRR1084892 2 0.3272 0.8584 0.104 0.892 0.004
#> SRR1416166 1 0.3499 0.8462 0.900 0.072 0.028
#> SRR1477015 1 0.6451 0.1435 0.560 0.004 0.436
#> SRR1380501 2 0.4689 0.8205 0.096 0.852 0.052
#> SRR1446156 2 0.3879 0.8901 0.152 0.848 0.000
#> SRR1488328 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR1086889 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR814611 1 0.3340 0.8026 0.880 0.000 0.120
#> SRR599086 1 0.0237 0.9090 0.996 0.000 0.004
#> SRR1086844 1 0.0237 0.9096 0.996 0.000 0.004
#> SRR1464535 1 0.7021 -0.1427 0.544 0.436 0.020
#> SRR807877 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR1477033 1 0.1753 0.8735 0.952 0.000 0.048
#> SRR1335164 2 0.4178 0.8894 0.172 0.828 0.000
#> SRR601986 1 0.6654 0.0602 0.536 0.008 0.456
#> SRR1446226 1 0.0237 0.9090 0.996 0.000 0.004
#> SRR659637 1 0.1860 0.8744 0.948 0.052 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9112 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0424 0.9071 0.992 0.000 0.008
#> SRR1312540 1 0.0592 0.9072 0.988 0.012 0.000
#> SRR1323628 1 0.0747 0.9054 0.984 0.016 0.000
#> SRR1430951 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1385364 3 0.7526 0.2729 0.040 0.424 0.536
#> SRR1478149 3 0.1905 0.8833 0.028 0.016 0.956
#> SRR1384413 2 0.5706 0.7635 0.320 0.680 0.000
#> SRR1366855 2 0.6192 0.5836 0.420 0.580 0.000
#> SRR1077115 2 0.4235 0.8886 0.176 0.824 0.000
#> SRR1399990 1 0.6673 0.3897 0.636 0.020 0.344
#> SRR1434093 1 0.6603 0.4220 0.648 0.020 0.332
#> SRR1341408 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR612335 1 0.4750 0.6428 0.784 0.216 0.000
#> SRR1321420 1 0.0592 0.9074 0.988 0.012 0.000
#> SRR1329177 1 0.6483 0.0869 0.544 0.004 0.452
#> SRR1398371 2 0.3551 0.8834 0.132 0.868 0.000
#> SRR614996 1 0.0592 0.9072 0.988 0.012 0.000
#> SRR1431602 2 0.4002 0.8908 0.160 0.840 0.000
#> SRR1311509 1 0.2982 0.8629 0.920 0.056 0.024
#> SRR1507229 3 0.0237 0.8927 0.004 0.000 0.996
#> SRR1310373 3 0.1399 0.8865 0.028 0.004 0.968
#> SRR1408072 2 0.4178 0.8891 0.172 0.828 0.000
#> SRR1469591 1 0.6673 0.3897 0.636 0.020 0.344
#> SRR1392813 2 0.3941 0.8904 0.156 0.844 0.000
#> SRR1453026 2 0.3272 0.8649 0.104 0.892 0.004
#> SRR1388105 2 0.4399 0.8838 0.188 0.812 0.000
#> SRR1357558 1 0.0424 0.9071 0.992 0.000 0.008
#> SRR615898 3 0.2860 0.8608 0.084 0.004 0.912
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.4916 0.7170 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1381693 1 0.0336 0.8933 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.7391 0.5529 0.272 0.120 0.580 0.028
#> SRR1442648 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1486174 4 0.4353 0.4891 0.012 0.232 0.000 0.756
#> SRR1349433 4 0.4322 0.6541 0.044 0.152 0.000 0.804
#> SRR1321283 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1435584 4 0.1118 0.7957 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1406265 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.2921 0.7458 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1458026 4 0.3873 0.6518 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1094192 4 0.1890 0.8023 0.056 0.008 0.000 0.936
#> SRR1397180 4 0.4072 0.6189 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR657492 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.5313 0.7365 0.788 0.104 0.044 0.064
#> SRR818530 2 0.4998 0.5743 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR817563 4 0.1118 0.7957 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR613462 1 0.7973 0.4674 0.604 0.144 0.120 0.132
#> SRR1405206 2 0.4998 0.5743 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1454136 4 0.3758 0.7168 0.048 0.104 0.000 0.848
#> SRR1380785 2 0.2845 0.5718 0.000 0.896 0.028 0.076
#> SRR612875 1 0.1118 0.8782 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR808327 4 0.1677 0.7971 0.040 0.012 0.000 0.948
#> SRR1355194 2 0.2845 0.5718 0.000 0.896 0.028 0.076
#> SRR1408227 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1086304 1 0.9453 -0.2348 0.332 0.268 0.100 0.300
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.3444 0.7410 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1084965 1 0.2759 0.8340 0.904 0.052 0.044 0.000
#> SRR1310563 1 0.9499 -0.2668 0.320 0.280 0.104 0.296
#> SRR602437 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1356487 2 0.4661 0.7850 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1479263 4 0.1302 0.7999 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 4 0.3333 0.7379 0.040 0.088 0.000 0.872
#> SRR1367456 4 0.8801 -0.1358 0.304 0.232 0.052 0.412
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.3444 0.7410 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1087197 1 0.7278 0.5542 0.652 0.136 0.064 0.148
#> SRR1383960 1 0.2048 0.8505 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR600924 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0469 0.8936 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1071692 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.8864 0.0516 0.456 0.228 0.244 0.072
#> SRR598148 1 0.6843 0.5364 0.660 0.084 0.044 0.212
#> SRR1444390 4 0.1474 0.8019 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1444644 3 0.3470 0.7903 0.080 0.044 0.872 0.004
#> SRR1389777 1 0.0707 0.8897 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR603918 4 0.6984 -0.2713 0.068 0.392 0.020 0.520
#> SRR1468682 4 0.2530 0.7732 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1490505 4 0.4163 0.5829 0.020 0.188 0.000 0.792
#> SRR1343859 1 0.8991 -0.0806 0.396 0.240 0.064 0.300
#> SRR1075631 4 0.1867 0.7977 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1444954 2 0.3444 0.7410 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1479286 4 0.4428 0.5837 0.276 0.004 0.000 0.720
#> SRR1381524 3 0.7594 0.2190 0.416 0.116 0.448 0.020
#> SRR1392208 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1456693 4 0.3597 0.6342 0.016 0.148 0.000 0.836
#> SRR1358482 2 0.4855 0.7415 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR658331 3 0.4683 0.7619 0.100 0.084 0.808 0.008
#> SRR810619 4 0.1389 0.8009 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR600829 1 0.0469 0.8932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR599380 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.4372 0.5964 0.268 0.004 0.000 0.728
#> SRR2185195 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.7391 0.5529 0.272 0.120 0.580 0.028
#> SRR1318662 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.1867 0.7977 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR661337 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.2297 0.8144 0.024 0.044 0.928 0.004
#> SRR1352111 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.1792 0.7997 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1419453 3 0.6193 0.6348 0.224 0.084 0.680 0.012
#> SRR1437208 4 0.1637 0.8015 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.1118 0.7957 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1093269 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1341456 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 4 0.2586 0.7905 0.048 0.040 0.000 0.912
#> SRR816358 1 0.0336 0.8940 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR658283 1 0.8864 0.0516 0.456 0.228 0.244 0.072
#> SRR813728 2 0.4916 0.7170 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1394520 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1432366 4 0.1867 0.7977 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1087992 1 0.2928 0.8270 0.896 0.052 0.052 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.1557 0.8610 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0188 0.8948 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.2892 0.7525 0.036 0.068 0.000 0.896
#> SRR1398706 4 0.4163 0.5829 0.020 0.188 0.000 0.792
#> SRR1368794 2 0.4898 0.7297 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1392749 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR603968 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR663100 4 0.3569 0.6932 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR661229 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0336 0.8933 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.1211 0.8772 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1464281 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1400397 4 0.2281 0.7847 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1331444 1 0.0336 0.8941 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.1677 0.7971 0.040 0.012 0.000 0.948
#> SRR1384917 2 0.5626 0.6817 0.020 0.588 0.004 0.388
#> SRR1435182 4 0.4222 0.5885 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1477569 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0188 0.8948 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.8323 0.4498 0.320 0.128 0.488 0.064
#> SRR663014 4 0.1118 0.7957 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1417960 4 0.4193 0.5989 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1474730 3 0.3705 0.7853 0.084 0.052 0.860 0.004
#> SRR1381269 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR657695 4 0.2987 0.6926 0.016 0.104 0.000 0.880
#> SRR1357650 4 0.2002 0.7981 0.044 0.020 0.000 0.936
#> SRR1472237 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1470816 4 0.2861 0.7009 0.016 0.096 0.000 0.888
#> SRR1458358 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.9584 -0.2719 0.316 0.276 0.116 0.292
#> SRR1392795 4 0.2002 0.7981 0.044 0.020 0.000 0.936
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.2313 0.7704 0.032 0.044 0.000 0.924
#> SRR1360587 4 0.2868 0.7521 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR604230 1 0.0707 0.8897 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1347667 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 4 0.8664 -0.1509 0.352 0.228 0.040 0.380
#> SRR665514 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.3074 0.7378 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1429802 4 0.4456 0.5783 0.280 0.004 0.000 0.716
#> SRR1345436 4 0.1716 0.8006 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1433684 1 0.0469 0.8932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR613186 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.3266 0.7362 0.040 0.084 0.000 0.876
#> SRR1417766 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1420606 4 0.5429 0.3947 0.032 0.264 0.008 0.696
#> SRR1326687 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.2297 0.8144 0.024 0.044 0.928 0.004
#> SRR1309856 4 0.3266 0.7362 0.040 0.084 0.000 0.876
#> SRR1102756 4 0.4746 0.6212 0.056 0.168 0.000 0.776
#> SRR1366519 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1080438 4 0.1302 0.7999 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1391789 1 0.3283 0.7960 0.872 0.004 0.020 0.104
#> SRR1402195 1 0.1305 0.8776 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1429516 4 0.4193 0.5991 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1406662 4 0.2739 0.7670 0.036 0.060 0.000 0.904
#> SRR1333414 2 0.4916 0.7170 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1369030 4 0.1398 0.7984 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1342916 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 4 0.5460 0.1111 0.028 0.340 0.000 0.632
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.4406 0.5156 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1434568 4 0.3569 0.6880 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1341965 4 0.3444 0.7057 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1473505 4 0.1022 0.7928 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1402068 2 0.3444 0.7410 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1490076 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1435501 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1397329 3 0.4571 0.7520 0.116 0.072 0.808 0.004
#> SRR1093243 4 0.4072 0.6219 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1418390 4 0.3647 0.7132 0.040 0.108 0.000 0.852
#> SRR608480 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0469 0.8936 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR601868 1 0.0469 0.8902 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.1474 0.8014 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR815893 4 0.3975 0.6377 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1455503 4 0.1637 0.8017 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR810737 4 0.3975 0.6377 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1347500 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1443182 4 0.2473 0.7939 0.080 0.012 0.000 0.908
#> SRR1457872 4 0.1637 0.8015 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR658481 4 0.4277 0.5827 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1406243 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.5555 0.6685 0.200 0.052 0.732 0.016
#> SRR656433 1 0.2207 0.8489 0.928 0.056 0.012 0.004
#> SRR1420811 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1308674 4 0.3877 0.7081 0.048 0.112 0.000 0.840
#> SRR1338363 3 0.3637 0.7882 0.080 0.052 0.864 0.004
#> SRR1344271 4 0.1677 0.7971 0.040 0.012 0.000 0.948
#> SRR1321608 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1441464 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR607970 1 0.0336 0.8931 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.3765 0.7194 0.004 0.812 0.004 0.180
#> SRR604174 1 0.1767 0.8680 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1345221 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR815517 1 0.9499 -0.2668 0.320 0.280 0.104 0.296
#> SRR615970 3 0.0657 0.8235 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1370659 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.2530 0.7732 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1419638 1 0.6816 0.6087 0.688 0.132 0.056 0.124
#> SRR1434975 1 0.7696 0.5009 0.620 0.140 0.080 0.160
#> SRR1445741 4 0.1635 0.8003 0.044 0.008 0.000 0.948
#> SRR1088142 1 0.0469 0.8932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR604206 1 0.0188 0.8960 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358779 3 0.7252 0.5740 0.256 0.116 0.600 0.028
#> SRR1473142 4 0.3569 0.6880 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1410334 4 0.5454 -0.3957 0.008 0.468 0.004 0.520
#> SRR1352234 4 0.4428 0.5837 0.276 0.004 0.000 0.720
#> SRR1487807 4 0.4277 0.5771 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1489715 4 0.5984 -0.1696 0.028 0.404 0.008 0.560
#> SRR1364780 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1409748 4 0.2345 0.7823 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 4 0.1913 0.7956 0.040 0.020 0.000 0.940
#> SRR1316725 2 0.4697 0.7816 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1314851 4 0.4356 0.5588 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.1970 0.8546 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR1308696 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.2207 0.8489 0.928 0.056 0.012 0.004
#> SRR812649 4 0.4728 0.5292 0.032 0.216 0.000 0.752
#> SRR1366690 1 0.2197 0.8383 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR1317707 4 0.1118 0.7957 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1339321 4 0.1389 0.8009 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1442487 4 0.4839 0.5729 0.044 0.200 0.000 0.756
#> SRR1069690 4 0.2313 0.7704 0.032 0.044 0.000 0.924
#> SRR1319344 4 0.6008 -0.4226 0.012 0.464 0.020 0.504
#> SRR1332835 4 0.3877 0.7081 0.048 0.112 0.000 0.840
#> SRR1334694 4 0.5454 0.2492 0.028 0.304 0.004 0.664
#> SRR1478434 4 0.4008 0.6330 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1479933 2 0.4679 0.7836 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1313853 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR661192 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 4 0.6078 -0.1905 0.032 0.408 0.008 0.552
#> SRR814587 4 0.1474 0.8019 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR656899 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1088340 4 0.1637 0.8017 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1349772 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.3587 0.7904 0.860 0.052 0.088 0.000
#> SRR1442273 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1407470 4 0.1677 0.7971 0.040 0.012 0.000 0.948
#> SRR1490289 4 0.2411 0.7800 0.040 0.040 0.000 0.920
#> SRR1093649 2 0.3768 0.7379 0.000 0.808 0.008 0.184
#> SRR1478900 1 0.7407 0.0454 0.492 0.136 0.364 0.008
#> SRR1447652 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.1545 0.7979 0.040 0.008 0.000 0.952
#> SRR2170537 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.2675 0.8350 0.908 0.048 0.044 0.000
#> SRR615335 1 0.0469 0.8932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1321505 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.4193 0.5989 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR657903 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1403458 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1441850 4 0.1716 0.8008 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR613759 1 0.0707 0.8897 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1472281 4 0.1716 0.8004 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1440445 3 0.5926 0.7001 0.144 0.112 0.728 0.016
#> SRR1088734 4 0.1557 0.8022 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1455607 4 0.4008 0.6331 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1077528 4 0.4313 0.6081 0.260 0.004 0.000 0.736
#> SRR1364695 3 0.8175 0.4703 0.312 0.116 0.508 0.064
#> SRR1348226 1 0.0469 0.8932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1313560 1 0.0707 0.8899 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1092889 4 0.5294 -0.4767 0.008 0.484 0.000 0.508
#> SRR1352213 1 0.7196 0.2169 0.544 0.128 0.320 0.008
#> SRR2185233 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR817825 1 0.9064 -0.1158 0.384 0.244 0.068 0.304
#> SRR660366 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 4 0.4635 0.3846 0.012 0.268 0.000 0.720
#> SRR1323512 4 0.4290 0.6292 0.036 0.164 0.000 0.800
#> SRR1325247 4 0.4040 0.6276 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1351583 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.4428 0.5837 0.276 0.004 0.000 0.720
#> SRR1318484 4 0.1302 0.7997 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1322395 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.2111 0.7939 0.044 0.024 0.000 0.932
#> SRR1325464 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.9453 -0.2348 0.332 0.268 0.100 0.300
#> SRR1455842 4 0.1474 0.8016 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1352619 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0188 0.8960 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662763 4 0.8823 -0.1757 0.268 0.264 0.052 0.416
#> SRR661120 1 0.2694 0.8549 0.916 0.016 0.024 0.044
#> SRR601613 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1375677 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.1474 0.8014 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR604122 1 0.0707 0.8897 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR598509 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1339921 1 0.0469 0.8932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR664743 4 0.3486 0.7023 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1339199 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1355660 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0592 0.8889 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0469 0.8936 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR808808 1 0.7137 0.4481 0.624 0.144 0.208 0.024
#> SRR656288 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.3637 0.7882 0.080 0.052 0.864 0.004
#> SRR1487233 4 0.5204 -0.0102 0.012 0.376 0.000 0.612
#> SRR662043 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 4 0.4059 0.5507 0.012 0.200 0.000 0.788
#> SRR1379365 4 0.2002 0.7981 0.044 0.020 0.000 0.936
#> SRR1384852 4 0.3877 0.7081 0.048 0.112 0.000 0.840
#> SRR1430357 4 0.1557 0.8017 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2164847 1 0.1302 0.8726 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR807901 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR816064 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0188 0.8962 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.1545 0.8732 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR662749 1 0.0336 0.8933 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.3711 0.6599 0.000 0.836 0.024 0.140
#> SRR1343653 4 0.1637 0.8015 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1336134 4 0.2926 0.7749 0.048 0.056 0.000 0.896
#> SRR654940 2 0.4898 0.7297 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1098288 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1326343 1 0.0707 0.8899 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR811145 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.3304 0.7850 0.864 0.008 0.008 0.120
#> SRR1075997 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1090483 4 0.4372 0.5965 0.268 0.004 0.000 0.728
#> SRR1388698 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1430420 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.1474 0.8019 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1388419 4 0.5460 0.1111 0.028 0.340 0.000 0.632
#> SRR1442250 4 0.7601 -0.2530 0.116 0.360 0.024 0.500
#> SRR1430679 4 0.2408 0.7782 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1311109 4 0.4277 0.5827 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1478990 4 0.3688 0.6776 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1392434 4 0.2483 0.7958 0.052 0.032 0.000 0.916
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.2469 0.7760 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1315393 2 0.4643 0.7860 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1094506 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 4 0.4019 0.5574 0.012 0.196 0.000 0.792
#> SRR1330153 1 0.2797 0.8408 0.908 0.012 0.020 0.060
#> SRR1451778 1 0.2797 0.8408 0.908 0.012 0.020 0.060
#> SRR657089 1 0.7407 0.1811 0.528 0.136 0.324 0.012
#> SRR1395659 4 0.2987 0.6926 0.016 0.104 0.000 0.880
#> SRR1385716 1 0.7082 0.2568 0.556 0.136 0.304 0.004
#> SRR1466109 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.1389 0.8706 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1485078 2 0.4746 0.7748 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR661806 1 0.1743 0.8600 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1334919 1 0.7239 0.1161 0.512 0.136 0.348 0.004
#> SRR599249 1 0.0707 0.8897 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR810051 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1407202 1 0.2125 0.8425 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR1434399 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1330965 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.7082 0.2568 0.556 0.136 0.304 0.004
#> SRR1405028 1 0.2466 0.8206 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR612719 1 0.5313 0.7365 0.788 0.104 0.044 0.064
#> SRR1340617 4 0.1389 0.8008 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1448183 1 0.0707 0.8897 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1362488 4 0.1398 0.7977 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1361156 4 0.2973 0.7449 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1454374 1 0.0188 0.8948 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.1211 0.8772 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1477837 1 0.9151 0.1159 0.460 0.124 0.196 0.220
#> SRR607252 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1418946 1 0.6816 0.6087 0.688 0.132 0.056 0.124
#> SRR1456567 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1487425 4 0.2111 0.7963 0.044 0.024 0.000 0.932
#> SRR1335627 4 0.4891 0.2584 0.012 0.308 0.000 0.680
#> SRR1327680 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.2845 0.5718 0.000 0.896 0.028 0.076
#> SRR1447673 4 0.4018 0.6542 0.224 0.004 0.000 0.772
#> SRR815735 1 0.0469 0.8932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1404251 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR601645 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.5861 0.1912 0.476 0.032 0.000 0.492
#> SRR659983 1 0.0188 0.8960 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402414 4 0.2861 0.7009 0.016 0.096 0.000 0.888
#> SRR614215 1 0.0707 0.8897 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR659283 1 0.0469 0.8936 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1459956 4 0.1677 0.7971 0.040 0.012 0.000 0.948
#> SRR1340441 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0707 0.8897 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1403390 3 0.7130 0.6048 0.224 0.124 0.624 0.028
#> SRR1452741 1 0.7137 0.4481 0.624 0.144 0.208 0.024
#> SRR1458484 1 0.8560 0.2876 0.536 0.136 0.208 0.120
#> SRR1387091 4 0.3569 0.6880 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1358017 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.2921 0.7458 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1376539 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.1940 0.7964 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1419829 4 0.4635 0.3846 0.012 0.268 0.000 0.720
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0707 0.8899 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1367849 4 0.3837 0.6569 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1320939 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.2207 0.8489 0.928 0.056 0.012 0.004
#> SRR599025 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.8323 0.4498 0.320 0.128 0.488 0.064
#> SRR1398311 4 0.1022 0.7928 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1442149 4 0.4567 0.5785 0.276 0.008 0.000 0.716
#> SRR809137 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.1557 0.8017 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR600852 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1321225 1 0.8864 0.0516 0.456 0.228 0.244 0.072
#> SRR1069802 1 0.0707 0.8897 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1077643 4 0.7368 -0.2133 0.104 0.356 0.020 0.520
#> SRR1334154 4 0.3123 0.7336 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1390072 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1467612 4 0.4019 0.5574 0.012 0.196 0.000 0.792
#> SRR1430133 4 0.5993 -0.1834 0.028 0.408 0.008 0.556
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.2313 0.7868 0.044 0.032 0.000 0.924
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.1743 0.8600 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR662150 1 0.0188 0.8960 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400290 1 0.7090 0.3998 0.604 0.152 0.232 0.012
#> SRR1084892 4 0.4728 0.5292 0.032 0.216 0.000 0.752
#> SRR1416166 1 0.3232 0.8248 0.888 0.012 0.028 0.072
#> SRR1477015 1 0.7265 0.1545 0.524 0.128 0.340 0.008
#> SRR1380501 4 0.5369 0.2031 0.020 0.324 0.004 0.652
#> SRR1446156 4 0.2224 0.7842 0.040 0.032 0.000 0.928
#> SRR1488328 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1086889 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR814611 1 0.3521 0.7945 0.864 0.052 0.084 0.000
#> SRR599086 1 0.0336 0.8940 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0188 0.8956 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.5861 0.1912 0.476 0.032 0.000 0.492
#> SRR807877 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1477033 1 0.2207 0.8489 0.928 0.056 0.012 0.004
#> SRR1335164 4 0.1557 0.8016 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR601986 1 0.7501 0.0705 0.496 0.136 0.356 0.012
#> SRR1446226 1 0.0188 0.8948 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.1557 0.8610 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR600474 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0336 0.8933 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0469 0.8932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1323628 1 0.0592 0.8918 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1430951 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.7962 -0.0109 0.012 0.264 0.476 0.248
#> SRR1478149 3 0.2629 0.8102 0.024 0.060 0.912 0.004
#> SRR1384413 4 0.4018 0.6542 0.224 0.004 0.000 0.772
#> SRR1366855 4 0.4564 0.4993 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1077115 4 0.1637 0.8022 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1399990 1 0.7394 0.3673 0.588 0.144 0.244 0.024
#> SRR1434093 1 0.7090 0.3998 0.604 0.152 0.232 0.012
#> SRR1341408 4 0.1211 0.7981 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR612335 1 0.4018 0.6542 0.772 0.004 0.000 0.224
#> SRR1321420 1 0.0469 0.8936 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1329177 1 0.7311 0.0981 0.508 0.128 0.356 0.008
#> SRR1398371 4 0.2739 0.7670 0.036 0.060 0.000 0.904
#> SRR614996 1 0.0469 0.8932 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1431602 4 0.1302 0.7999 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1311509 1 0.2797 0.8408 0.908 0.012 0.020 0.060
#> SRR1507229 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.2207 0.8155 0.024 0.040 0.932 0.004
#> SRR1408072 4 0.1557 0.8017 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1469591 1 0.7394 0.3673 0.588 0.144 0.244 0.024
#> SRR1392813 4 0.1398 0.7985 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1453026 4 0.4139 0.6153 0.024 0.176 0.000 0.800
#> SRR1388105 4 0.1867 0.7980 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1357558 1 0.0336 0.8933 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.3470 0.7903 0.080 0.044 0.872 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 4 0.3689 0.7483 0.000 0.256 0.000 0.740 0.004
#> SRR1381693 1 0.0510 0.9276 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1467904 5 0.6137 -0.0609 0.072 0.000 0.388 0.024 0.516
#> SRR1442648 2 0.0960 0.8067 0.008 0.972 0.000 0.016 0.004
#> SRR1486174 2 0.5272 0.3226 0.000 0.620 0.000 0.308 0.072
#> SRR1349433 2 0.4869 0.5929 0.008 0.732 0.000 0.172 0.088
#> SRR1321283 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.1106 0.9213 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR1435584 2 0.0727 0.8075 0.004 0.980 0.000 0.012 0.004
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.2676 0.7730 0.080 0.884 0.000 0.000 0.036
#> SRR1458026 2 0.3848 0.6827 0.172 0.788 0.000 0.000 0.040
#> SRR1094192 2 0.1503 0.8123 0.020 0.952 0.000 0.020 0.008
#> SRR1397180 2 0.3789 0.6445 0.212 0.768 0.000 0.000 0.020
#> SRR657492 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.5104 0.2563 0.632 0.028 0.000 0.016 0.324
#> SRR818530 4 0.4822 0.7193 0.000 0.288 0.000 0.664 0.048
#> SRR817563 2 0.0727 0.8075 0.004 0.980 0.000 0.012 0.004
#> SRR613462 5 0.7216 0.5551 0.368 0.060 0.052 0.036 0.484
#> SRR1405206 4 0.4822 0.7193 0.000 0.288 0.000 0.664 0.048
#> SRR1454136 2 0.4220 0.6649 0.004 0.788 0.000 0.116 0.092
#> SRR1380785 4 0.4128 0.4897 0.000 0.008 0.020 0.752 0.220
#> SRR612875 1 0.1579 0.9002 0.944 0.032 0.000 0.000 0.024
#> SRR808327 2 0.1455 0.8037 0.008 0.952 0.000 0.032 0.008
#> SRR1355194 4 0.4128 0.4897 0.000 0.008 0.020 0.752 0.220
#> SRR1408227 2 0.1106 0.8109 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR1086304 5 0.6450 0.1851 0.060 0.112 0.004 0.188 0.636
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 4 0.2054 0.6183 0.000 0.028 0.000 0.920 0.052
#> SRR1084965 1 0.3327 0.7395 0.828 0.000 0.028 0.000 0.144
#> SRR1310563 5 0.6369 0.1598 0.048 0.108 0.008 0.192 0.644
#> SRR602437 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.1106 0.9212 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR1356487 4 0.3209 0.7511 0.000 0.180 0.000 0.812 0.008
#> SRR1479263 2 0.1299 0.8099 0.012 0.960 0.000 0.020 0.008
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0404 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345827 2 0.3359 0.7299 0.004 0.848 0.000 0.096 0.052
#> SRR1367456 5 0.7577 -0.1159 0.076 0.228 0.000 0.220 0.476
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 4 0.2054 0.6183 0.000 0.028 0.000 0.920 0.052
#> SRR1087197 5 0.6286 0.4597 0.416 0.064 0.000 0.036 0.484
#> SRR1383960 1 0.2946 0.8175 0.868 0.044 0.000 0.000 0.088
#> SRR600924 1 0.0162 0.9336 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662390 1 0.0693 0.9285 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1071692 1 0.0404 0.9314 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR658421 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 5 0.6096 0.5476 0.208 0.004 0.080 0.052 0.656
#> SRR598148 1 0.7234 -0.3207 0.452 0.104 0.000 0.080 0.364
#> SRR1444390 2 0.0807 0.8095 0.012 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1444644 3 0.4167 0.6882 0.024 0.000 0.724 0.000 0.252
#> SRR1389777 1 0.1018 0.9224 0.968 0.016 0.000 0.000 0.016
#> SRR603918 4 0.6532 0.6354 0.004 0.272 0.000 0.508 0.216
#> SRR1468682 2 0.2189 0.7846 0.084 0.904 0.000 0.000 0.012
#> SRR1490505 2 0.4904 0.4866 0.000 0.688 0.000 0.240 0.072
#> SRR1343859 5 0.7390 0.2805 0.152 0.124 0.000 0.184 0.540
#> SRR1075631 2 0.1310 0.8098 0.024 0.956 0.000 0.000 0.020
#> SRR1444954 4 0.2054 0.6183 0.000 0.028 0.000 0.920 0.052
#> SRR1479286 2 0.4453 0.6027 0.228 0.724 0.000 0.000 0.048
#> SRR1381524 5 0.6630 0.4472 0.236 0.004 0.272 0.000 0.488
#> SRR1392208 2 0.0898 0.8078 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000
#> SRR1456693 2 0.5082 0.4173 0.000 0.664 0.000 0.260 0.076
#> SRR1358482 4 0.4119 0.7545 0.000 0.212 0.000 0.752 0.036
#> SRR658331 3 0.5002 0.6022 0.036 0.000 0.644 0.008 0.312
#> SRR810619 2 0.1074 0.8115 0.016 0.968 0.000 0.004 0.012
#> SRR600829 1 0.0955 0.9239 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR599380 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.4394 0.6153 0.220 0.732 0.000 0.000 0.048
#> SRR2185195 1 0.0609 0.9289 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1489693 5 0.6137 -0.0609 0.072 0.000 0.388 0.024 0.516
#> SRR1318662 2 0.0867 0.8089 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.1310 0.8098 0.024 0.956 0.000 0.000 0.020
#> SRR661337 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.3274 0.7456 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.1285 0.8124 0.036 0.956 0.000 0.004 0.004
#> SRR1419453 3 0.5434 0.3160 0.048 0.004 0.496 0.000 0.452
#> SRR1437208 2 0.1012 0.8094 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0727 0.8075 0.004 0.980 0.000 0.012 0.004
#> SRR1093269 2 0.1059 0.8066 0.008 0.968 0.000 0.020 0.004
#> SRR1341456 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0290 0.8561 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR807727 2 0.2243 0.7973 0.012 0.916 0.000 0.056 0.016
#> SRR816358 1 0.1270 0.9065 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR658283 5 0.6096 0.5476 0.208 0.004 0.080 0.052 0.656
#> SRR813728 4 0.3689 0.7483 0.000 0.256 0.000 0.740 0.004
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.1106 0.8109 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR1432366 2 0.1310 0.8098 0.024 0.956 0.000 0.000 0.020
#> SRR1087992 1 0.3412 0.7253 0.820 0.000 0.028 0.000 0.152
#> SRR1405593 1 0.0162 0.9335 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326040 1 0.1992 0.8780 0.924 0.044 0.000 0.000 0.032
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0290 0.9317 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1488632 2 0.4096 0.6829 0.016 0.796 0.000 0.148 0.040
#> SRR1398706 2 0.4904 0.4866 0.000 0.688 0.000 0.240 0.072
#> SRR1368794 4 0.3700 0.7517 0.000 0.240 0.000 0.752 0.008
#> SRR1392749 2 0.0740 0.8087 0.008 0.980 0.000 0.004 0.008
#> SRR603968 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.1106 0.9213 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR663100 2 0.3488 0.7011 0.168 0.808 0.000 0.000 0.024
#> SRR661229 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0794 0.9220 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR663705 1 0.2208 0.8743 0.908 0.020 0.000 0.000 0.072
#> SRR1464281 2 0.1153 0.8064 0.008 0.964 0.000 0.024 0.004
#> SRR1400397 2 0.1981 0.8007 0.048 0.924 0.000 0.000 0.028
#> SRR1331444 1 0.0404 0.9305 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1439958 2 0.1455 0.8037 0.008 0.952 0.000 0.032 0.008
#> SRR1384917 4 0.6175 0.6734 0.008 0.304 0.004 0.568 0.116
#> SRR1435182 2 0.4086 0.6005 0.240 0.736 0.000 0.000 0.024
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0290 0.9317 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613510 5 0.6332 0.1632 0.088 0.008 0.300 0.024 0.580
#> SRR663014 2 0.1059 0.8063 0.004 0.968 0.000 0.020 0.008
#> SRR1417960 2 0.4295 0.6223 0.216 0.740 0.000 0.000 0.044
#> SRR1474730 3 0.4397 0.6596 0.028 0.000 0.696 0.000 0.276
#> SRR1381269 2 0.1059 0.8066 0.008 0.968 0.000 0.020 0.004
#> SRR657695 2 0.4528 0.5524 0.000 0.728 0.000 0.212 0.060
#> SRR1357650 2 0.1731 0.8056 0.012 0.940 0.000 0.040 0.008
#> SRR1472237 2 0.1106 0.8109 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR1470816 2 0.4465 0.5662 0.000 0.736 0.000 0.204 0.060
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 5 0.6626 0.1633 0.048 0.108 0.020 0.188 0.636
#> SRR1392795 2 0.1731 0.8056 0.012 0.940 0.000 0.040 0.008
#> SRR1469859 1 0.0404 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1378243 2 0.3405 0.7340 0.012 0.848 0.000 0.104 0.036
#> SRR1360587 2 0.2304 0.7719 0.100 0.892 0.000 0.000 0.008
#> SRR604230 1 0.0912 0.9243 0.972 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1347667 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 5 0.8062 0.0431 0.140 0.220 0.000 0.208 0.432
#> SRR665514 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.2727 0.7554 0.116 0.868 0.000 0.000 0.016
#> SRR1429802 2 0.4481 0.5959 0.232 0.720 0.000 0.000 0.048
#> SRR1345436 2 0.1117 0.8099 0.016 0.964 0.000 0.000 0.020
#> SRR1433684 1 0.0955 0.9239 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR613186 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.3558 0.7066 0.000 0.828 0.000 0.108 0.064
#> SRR1417766 2 0.1153 0.8064 0.008 0.964 0.000 0.024 0.004
#> SRR1420606 2 0.6001 0.2279 0.000 0.580 0.000 0.244 0.176
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.3274 0.7456 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1309856 2 0.3558 0.7066 0.000 0.828 0.000 0.108 0.064
#> SRR1102756 2 0.5422 0.5218 0.012 0.684 0.000 0.196 0.108
#> SRR1366519 2 0.0867 0.8089 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR1080438 2 0.1299 0.8091 0.012 0.960 0.000 0.020 0.008
#> SRR1391789 1 0.4248 0.6918 0.792 0.068 0.000 0.012 0.128
#> SRR1402195 1 0.2208 0.8762 0.908 0.020 0.000 0.000 0.072
#> SRR1429516 2 0.4364 0.6198 0.216 0.736 0.000 0.000 0.048
#> SRR1406662 2 0.3019 0.7531 0.012 0.864 0.000 0.108 0.016
#> SRR1333414 4 0.3689 0.7483 0.000 0.256 0.000 0.740 0.004
#> SRR1369030 2 0.1369 0.8065 0.008 0.956 0.000 0.028 0.008
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.6272 -0.1052 0.000 0.492 0.000 0.348 0.160
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.4269 0.3521 0.684 0.300 0.000 0.000 0.016
#> SRR1434568 2 0.3477 0.7197 0.136 0.824 0.000 0.000 0.040
#> SRR1341965 2 0.3321 0.7296 0.136 0.832 0.000 0.000 0.032
#> SRR1473505 2 0.1243 0.8044 0.004 0.960 0.000 0.028 0.008
#> SRR1402068 4 0.2054 0.6183 0.000 0.028 0.000 0.920 0.052
#> SRR1490076 2 0.0867 0.8089 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.1106 0.8109 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR1397329 3 0.4570 0.5847 0.020 0.000 0.632 0.000 0.348
#> SRR1093243 2 0.4129 0.6424 0.204 0.756 0.000 0.000 0.040
#> SRR1418390 2 0.3950 0.6689 0.000 0.796 0.000 0.136 0.068
#> SRR608480 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0693 0.9290 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR601868 1 0.1121 0.9088 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR607313 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.1012 0.8110 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> SRR815893 2 0.3958 0.6693 0.184 0.776 0.000 0.000 0.040
#> SRR1455503 2 0.0992 0.8114 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008
#> SRR810737 2 0.3958 0.6693 0.184 0.776 0.000 0.000 0.040
#> SRR1347500 1 0.0807 0.9268 0.976 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1443182 2 0.2228 0.8086 0.040 0.920 0.000 0.028 0.012
#> SRR1457872 2 0.1012 0.8094 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020
#> SRR658481 2 0.4413 0.6018 0.232 0.724 0.000 0.000 0.044
#> SRR1406243 1 0.0162 0.9336 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332607 3 0.5772 0.3429 0.108 0.000 0.564 0.000 0.328
#> SRR656433 1 0.2020 0.8470 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1420811 2 0.1106 0.8109 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR1308674 2 0.4314 0.6564 0.004 0.780 0.000 0.124 0.092
#> SRR1338363 3 0.4315 0.6661 0.024 0.000 0.700 0.000 0.276
#> SRR1344271 2 0.1455 0.8037 0.008 0.952 0.000 0.032 0.008
#> SRR1321608 2 0.1153 0.8064 0.008 0.964 0.000 0.024 0.004
#> SRR1441464 2 0.1106 0.8109 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR607970 1 0.0703 0.9240 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1338171 4 0.4940 0.6204 0.000 0.092 0.004 0.716 0.188
#> SRR604174 1 0.2769 0.8381 0.876 0.032 0.000 0.000 0.092
#> SRR1345221 1 0.1106 0.9213 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR815517 5 0.6369 0.1598 0.048 0.108 0.008 0.192 0.644
#> SRR615970 3 0.1043 0.8426 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1370659 1 0.0290 0.9329 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.2189 0.7846 0.084 0.904 0.000 0.000 0.012
#> SRR1419638 1 0.6203 -0.2426 0.512 0.060 0.000 0.036 0.392
#> SRR1434975 5 0.6579 0.5384 0.352 0.068 0.012 0.036 0.532
#> SRR1445741 2 0.1356 0.8096 0.012 0.956 0.000 0.028 0.004
#> SRR1088142 1 0.0955 0.9239 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR604206 1 0.0404 0.9319 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1358779 5 0.6118 -0.1156 0.068 0.000 0.408 0.024 0.500
#> SRR1473142 2 0.3477 0.7197 0.136 0.824 0.000 0.000 0.040
#> SRR1410334 4 0.5623 0.6800 0.000 0.300 0.000 0.596 0.104
#> SRR1352234 2 0.4453 0.6027 0.228 0.724 0.000 0.000 0.048
#> SRR1487807 2 0.4114 0.5945 0.244 0.732 0.000 0.000 0.024
#> SRR1489715 2 0.6728 -0.2888 0.000 0.440 0.004 0.336 0.220
#> SRR1364780 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0613 0.8084 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> SRR1409748 2 0.1845 0.7997 0.056 0.928 0.000 0.000 0.016
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.1913 0.7984 0.008 0.932 0.000 0.044 0.016
#> SRR1316725 4 0.3123 0.7529 0.000 0.184 0.000 0.812 0.004
#> SRR1314851 2 0.4250 0.5787 0.252 0.720 0.000 0.000 0.028
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.2983 0.8133 0.864 0.040 0.000 0.000 0.096
#> SRR1308696 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.2074 0.8431 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR812649 2 0.5379 0.4098 0.000 0.648 0.000 0.244 0.108
#> SRR1366690 1 0.3464 0.7730 0.836 0.068 0.000 0.000 0.096
#> SRR1317707 2 0.0727 0.8075 0.004 0.980 0.000 0.012 0.004
#> SRR1339321 2 0.0671 0.8112 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442487 2 0.5234 0.4819 0.004 0.680 0.000 0.220 0.096
#> SRR1069690 2 0.3405 0.7340 0.012 0.848 0.000 0.104 0.036
#> SRR1319344 4 0.6005 0.6708 0.000 0.276 0.000 0.568 0.156
#> SRR1332835 2 0.4267 0.6594 0.004 0.784 0.000 0.120 0.092
#> SRR1334694 2 0.6243 0.0876 0.000 0.544 0.000 0.240 0.216
#> SRR1478434 2 0.4028 0.6594 0.192 0.768 0.000 0.000 0.040
#> SRR1479933 4 0.3123 0.7530 0.000 0.184 0.000 0.812 0.004
#> SRR1313853 2 0.0960 0.8075 0.008 0.972 0.000 0.016 0.004
#> SRR661192 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.6887 -0.3053 0.004 0.432 0.004 0.336 0.224
#> SRR814587 2 0.0807 0.8095 0.012 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR656899 1 0.1195 0.9189 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028
#> SRR1088340 2 0.0992 0.8114 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008
#> SRR1349772 1 0.0162 0.9336 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317305 1 0.4042 0.5926 0.756 0.000 0.032 0.000 0.212
#> SRR1442273 2 0.1267 0.8131 0.024 0.960 0.000 0.004 0.012
#> SRR1407470 2 0.1455 0.8037 0.008 0.952 0.000 0.032 0.008
#> SRR1490289 2 0.3584 0.7352 0.016 0.840 0.000 0.104 0.040
#> SRR1093649 4 0.2521 0.6105 0.000 0.024 0.008 0.900 0.068
#> SRR1478900 5 0.6139 0.5328 0.260 0.000 0.184 0.000 0.556
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.1329 0.8055 0.008 0.956 0.000 0.032 0.004
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.3061 0.7604 0.844 0.000 0.020 0.000 0.136
#> SRR615335 1 0.0955 0.9239 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 2 0.4295 0.6223 0.216 0.740 0.000 0.000 0.044
#> SRR657903 1 0.1106 0.9213 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR1403458 1 0.0162 0.9336 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460073 1 0.1106 0.9212 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR1441850 2 0.1673 0.8135 0.032 0.944 0.000 0.016 0.008
#> SRR613759 1 0.1211 0.9185 0.960 0.016 0.000 0.000 0.024
#> SRR1472281 2 0.1018 0.8111 0.016 0.968 0.000 0.000 0.016
#> SRR1440445 3 0.5439 0.4421 0.028 0.000 0.544 0.020 0.408
#> SRR1088734 2 0.0798 0.8117 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455607 2 0.4100 0.6572 0.192 0.764 0.000 0.000 0.044
#> SRR1077528 2 0.4333 0.6272 0.212 0.740 0.000 0.000 0.048
#> SRR1364695 5 0.6648 0.1552 0.108 0.008 0.328 0.024 0.532
#> SRR1348226 1 0.0955 0.9239 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1313560 1 0.1740 0.8985 0.932 0.012 0.000 0.000 0.056
#> SRR1092889 4 0.5142 0.6218 0.000 0.348 0.000 0.600 0.052
#> SRR1352213 5 0.6299 0.5543 0.380 0.000 0.156 0.000 0.464
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0867 0.8089 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR817825 5 0.7329 0.2605 0.140 0.128 0.000 0.184 0.548
#> SRR660366 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.5589 0.0297 0.000 0.548 0.000 0.372 0.080
#> SRR1323512 2 0.4681 0.5676 0.000 0.728 0.000 0.188 0.084
#> SRR1325247 2 0.4134 0.6517 0.196 0.760 0.000 0.000 0.044
#> SRR1351583 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.4453 0.6027 0.228 0.724 0.000 0.000 0.048
#> SRR1318484 2 0.0693 0.8085 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.1883 0.7957 0.012 0.932 0.000 0.048 0.008
#> SRR1325464 1 0.0290 0.9325 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1340280 5 0.6450 0.1851 0.060 0.112 0.004 0.188 0.636
#> SRR1455842 2 0.0798 0.8102 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1352619 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0404 0.9319 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR662763 5 0.7253 -0.1576 0.052 0.220 0.000 0.224 0.504
#> SRR661120 1 0.3276 0.7821 0.836 0.032 0.000 0.000 0.132
#> SRR601613 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0162 0.9336 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR820316 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0960 0.8067 0.008 0.972 0.000 0.016 0.004
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.1012 0.8110 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> SRR604122 1 0.0912 0.9243 0.972 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR598509 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.1106 0.9213 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR1339921 1 0.0955 0.9239 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR664743 2 0.3368 0.7143 0.156 0.820 0.000 0.000 0.024
#> SRR1339199 2 0.1153 0.8064 0.008 0.964 0.000 0.024 0.004
#> SRR1355660 1 0.0404 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1481012 1 0.0290 0.9327 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603449 1 0.1043 0.9127 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1400889 1 0.0579 0.9301 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR808808 5 0.5204 0.5815 0.392 0.000 0.048 0.000 0.560
#> SRR656288 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.4315 0.6661 0.024 0.000 0.700 0.000 0.276
#> SRR1487233 4 0.5680 0.3968 0.000 0.428 0.000 0.492 0.080
#> SRR662043 1 0.0162 0.9336 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381211 2 0.5051 0.4337 0.000 0.664 0.000 0.264 0.072
#> SRR1379365 2 0.1596 0.8094 0.012 0.948 0.000 0.028 0.012
#> SRR1384852 2 0.4267 0.6594 0.004 0.784 0.000 0.120 0.092
#> SRR1430357 2 0.0898 0.8110 0.020 0.972 0.000 0.000 0.008
#> SRR2164847 1 0.1444 0.8970 0.948 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR807901 1 0.1195 0.9189 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028
#> SRR816064 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0162 0.9340 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.2054 0.8860 0.920 0.028 0.000 0.000 0.052
#> SRR662749 1 0.0510 0.9276 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1342701 4 0.5006 0.5627 0.000 0.060 0.016 0.712 0.212
#> SRR1343653 2 0.1012 0.8094 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020
#> SRR1336134 2 0.2956 0.7673 0.012 0.872 0.000 0.096 0.020
#> SRR654940 4 0.3700 0.7517 0.000 0.240 0.000 0.752 0.008
#> SRR1098288 2 0.1153 0.8061 0.008 0.964 0.000 0.024 0.004
#> SRR1326343 1 0.1740 0.8985 0.932 0.012 0.000 0.000 0.056
#> SRR811145 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.4966 0.5483 0.716 0.080 0.000 0.008 0.196
#> SRR1075997 2 0.1106 0.8109 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR1090483 2 0.4394 0.6153 0.220 0.732 0.000 0.000 0.048
#> SRR1388698 1 0.0162 0.9335 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312482 2 0.1186 0.8076 0.008 0.964 0.000 0.020 0.008
#> SRR1430420 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0807 0.8095 0.012 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1388419 2 0.6272 -0.1052 0.000 0.492 0.000 0.348 0.160
#> SRR1442250 4 0.6941 0.5918 0.016 0.272 0.000 0.472 0.240
#> SRR1430679 2 0.2069 0.7893 0.076 0.912 0.000 0.000 0.012
#> SRR1311109 2 0.4413 0.6018 0.232 0.724 0.000 0.000 0.044
#> SRR1478990 2 0.3681 0.7098 0.148 0.808 0.000 0.000 0.044
#> SRR1392434 2 0.1988 0.8040 0.016 0.928 0.000 0.048 0.008
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.2130 0.7873 0.080 0.908 0.000 0.000 0.012
#> SRR1315393 4 0.3086 0.7510 0.000 0.180 0.000 0.816 0.004
#> SRR1094506 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.5028 0.4420 0.000 0.668 0.000 0.260 0.072
#> SRR1330153 1 0.3438 0.7373 0.808 0.020 0.000 0.000 0.172
#> SRR1451778 1 0.3438 0.7373 0.808 0.020 0.000 0.000 0.172
#> SRR657089 5 0.6063 0.5759 0.316 0.000 0.144 0.000 0.540
#> SRR1395659 2 0.4528 0.5524 0.000 0.728 0.000 0.212 0.060
#> SRR1385716 5 0.6100 0.5737 0.368 0.000 0.132 0.000 0.500
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.1997 0.8865 0.924 0.040 0.000 0.000 0.036
#> SRR1485078 4 0.3231 0.7552 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR661806 1 0.2304 0.8655 0.908 0.044 0.000 0.000 0.048
#> SRR1334919 5 0.6401 0.5566 0.336 0.000 0.184 0.000 0.480
#> SRR599249 1 0.1211 0.9185 0.960 0.016 0.000 0.000 0.024
#> SRR810051 2 0.0898 0.8078 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000
#> SRR1407202 1 0.3346 0.7860 0.844 0.064 0.000 0.000 0.092
#> SRR1434399 1 0.1106 0.9213 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR1330965 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 5 0.6100 0.5737 0.368 0.000 0.132 0.000 0.500
#> SRR1405028 1 0.3934 0.7150 0.800 0.076 0.000 0.000 0.124
#> SRR612719 1 0.5104 0.2563 0.632 0.028 0.000 0.016 0.324
#> SRR1340617 2 0.0960 0.8116 0.016 0.972 0.000 0.004 0.008
#> SRR1448183 1 0.1211 0.9185 0.960 0.016 0.000 0.000 0.024
#> SRR1362488 2 0.1243 0.8057 0.008 0.960 0.000 0.028 0.004
#> SRR1361156 2 0.2727 0.7552 0.116 0.868 0.000 0.000 0.016
#> SRR1454374 1 0.0290 0.9317 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR811891 1 0.2208 0.8743 0.908 0.020 0.000 0.000 0.072
#> SRR1477837 5 0.8095 0.4208 0.320 0.212 0.092 0.004 0.372
#> SRR607252 1 0.1106 0.9213 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR1418946 1 0.6203 -0.2426 0.512 0.060 0.000 0.036 0.392
#> SRR1456567 2 0.0613 0.8084 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> SRR1487425 2 0.1444 0.8067 0.012 0.948 0.000 0.040 0.000
#> SRR1335627 2 0.5622 -0.1524 0.000 0.508 0.000 0.416 0.076
#> SRR1327680 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 4 0.4128 0.4897 0.000 0.008 0.020 0.752 0.220
#> SRR1447673 2 0.4122 0.6884 0.164 0.784 0.000 0.008 0.044
#> SRR815735 1 0.0955 0.9239 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1404251 2 0.1106 0.8109 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR601645 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 2 0.5976 0.1460 0.400 0.488 0.000 0.000 0.112
#> SRR659983 1 0.0404 0.9319 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1402414 2 0.4465 0.5662 0.000 0.736 0.000 0.204 0.060
#> SRR614215 1 0.1018 0.9224 0.968 0.016 0.000 0.000 0.016
#> SRR659283 1 0.0693 0.9290 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1459956 2 0.1455 0.8037 0.008 0.952 0.000 0.032 0.008
#> SRR1340441 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0912 0.9243 0.972 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1403390 5 0.5961 -0.2273 0.044 0.004 0.432 0.024 0.496
#> SRR1452741 5 0.5213 0.5748 0.396 0.000 0.048 0.000 0.556
#> SRR1458484 5 0.7437 0.5211 0.372 0.108 0.096 0.000 0.424
#> SRR1387091 2 0.3477 0.7197 0.136 0.824 0.000 0.000 0.040
#> SRR1358017 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.2676 0.7730 0.080 0.884 0.000 0.000 0.036
#> SRR1376539 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.1787 0.8113 0.032 0.940 0.000 0.012 0.016
#> SRR1419829 2 0.5589 0.0297 0.000 0.548 0.000 0.372 0.080
#> SRR1434315 1 0.0162 0.9337 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR658457 1 0.1740 0.8985 0.932 0.012 0.000 0.000 0.056
#> SRR1367849 2 0.3810 0.6873 0.168 0.792 0.000 0.000 0.040
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.2074 0.8431 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR599025 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 5 0.6332 0.1632 0.088 0.008 0.300 0.024 0.580
#> SRR1398311 2 0.1243 0.8044 0.004 0.960 0.000 0.028 0.008
#> SRR1442149 2 0.4555 0.5990 0.224 0.720 0.000 0.000 0.056
#> SRR809137 1 0.0404 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414982 2 0.0898 0.8110 0.020 0.972 0.000 0.000 0.008
#> SRR600852 1 0.0404 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414857 2 0.0613 0.8080 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> SRR1321225 5 0.6096 0.5476 0.208 0.004 0.080 0.052 0.656
#> SRR1069802 1 0.1211 0.9185 0.960 0.016 0.000 0.000 0.024
#> SRR1077643 4 0.6854 0.6059 0.012 0.272 0.000 0.476 0.240
#> SRR1334154 2 0.2777 0.7516 0.120 0.864 0.000 0.000 0.016
#> SRR1390072 2 0.1106 0.8109 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR1467612 2 0.5028 0.4420 0.000 0.668 0.000 0.260 0.072
#> SRR1430133 2 0.6745 -0.3005 0.000 0.436 0.004 0.336 0.224
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.3100 0.7626 0.020 0.868 0.000 0.092 0.020
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.2304 0.8655 0.908 0.044 0.000 0.000 0.048
#> SRR662150 1 0.0510 0.9307 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1400290 5 0.5706 0.5779 0.400 0.000 0.064 0.008 0.528
#> SRR1084892 2 0.5379 0.4098 0.000 0.648 0.000 0.244 0.108
#> SRR1416166 1 0.4260 0.6838 0.776 0.052 0.000 0.008 0.164
#> SRR1477015 5 0.6326 0.5609 0.336 0.000 0.172 0.000 0.492
#> SRR1380501 2 0.6268 0.0552 0.000 0.536 0.000 0.260 0.204
#> SRR1446156 2 0.2395 0.7805 0.016 0.904 0.000 0.072 0.008
#> SRR1488328 2 0.1106 0.8109 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR1086889 2 0.0867 0.8089 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR814611 1 0.3944 0.6181 0.768 0.000 0.032 0.000 0.200
#> SRR599086 1 0.1270 0.9065 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1086844 1 0.0609 0.9269 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1464535 2 0.5976 0.1460 0.400 0.488 0.000 0.000 0.112
#> SRR807877 2 0.0992 0.8117 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008
#> SRR1477033 1 0.2074 0.8431 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1335164 2 0.1106 0.8109 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR601986 5 0.6327 0.5540 0.308 0.000 0.184 0.000 0.508
#> SRR1446226 1 0.0290 0.9317 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659637 1 0.1992 0.8780 0.924 0.044 0.000 0.000 0.032
#> SRR600474 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0880 0.9191 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1312540 1 0.0955 0.9239 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1323628 1 0.1106 0.9213 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR1430951 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.8353 0.0587 0.004 0.192 0.408 0.180 0.216
#> SRR1478149 3 0.3480 0.7305 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1384413 2 0.4160 0.6833 0.168 0.780 0.000 0.008 0.044
#> SRR1366855 2 0.4800 0.5227 0.272 0.676 0.000 0.000 0.052
#> SRR1077115 2 0.1117 0.8121 0.020 0.964 0.000 0.000 0.016
#> SRR1399990 5 0.5498 0.5929 0.356 0.000 0.076 0.000 0.568
#> SRR1434093 5 0.5706 0.5779 0.400 0.000 0.064 0.008 0.528
#> SRR1341408 2 0.0613 0.8084 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> SRR612335 1 0.4412 0.5432 0.748 0.208 0.000 0.016 0.028
#> SRR1321420 1 0.0693 0.9291 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1329177 5 0.6406 0.5519 0.328 0.000 0.188 0.000 0.484
#> SRR1398371 2 0.3265 0.7400 0.012 0.848 0.000 0.120 0.020
#> SRR614996 1 0.0955 0.9239 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1431602 2 0.1299 0.8091 0.012 0.960 0.000 0.020 0.008
#> SRR1311509 1 0.3438 0.7373 0.808 0.020 0.000 0.000 0.172
#> SRR1507229 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.3242 0.7484 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1408072 2 0.0898 0.8110 0.020 0.972 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469591 5 0.5498 0.5929 0.356 0.000 0.076 0.000 0.568
#> SRR1392813 2 0.1243 0.8068 0.008 0.960 0.000 0.028 0.004
#> SRR1453026 2 0.4793 0.5283 0.000 0.708 0.000 0.216 0.076
#> SRR1388105 2 0.1701 0.8123 0.028 0.944 0.000 0.012 0.016
#> SRR1357558 1 0.0510 0.9276 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR615898 3 0.4167 0.6882 0.024 0.000 0.724 0.000 0.252
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 5 0.4847 0.2482 0.000 0.220 0.000 0.124 0.656 0.000
#> SRR1381693 1 0.0713 0.9158 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1467904 6 0.5746 0.0905 0.036 0.072 0.344 0.000 0.004 0.544
#> SRR1442648 4 0.1204 0.7831 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1486174 4 0.5714 -0.1839 0.000 0.088 0.000 0.460 0.428 0.024
#> SRR1349433 4 0.5488 0.3754 0.004 0.084 0.000 0.624 0.256 0.032
#> SRR1321283 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.1624 0.9030 0.936 0.008 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1435584 4 0.1075 0.7880 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.2562 0.7603 0.064 0.024 0.000 0.892 0.012 0.008
#> SRR1458026 4 0.3922 0.6779 0.144 0.036 0.000 0.792 0.016 0.012
#> SRR1094192 4 0.1180 0.7942 0.008 0.004 0.000 0.960 0.024 0.004
#> SRR1397180 4 0.3797 0.6368 0.192 0.028 0.000 0.768 0.008 0.004
#> SRR657492 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662665 1 0.5412 0.1793 0.572 0.032 0.000 0.012 0.036 0.348
#> SRR818530 5 0.4225 0.3380 0.000 0.124 0.000 0.124 0.748 0.004
#> SRR817563 4 0.1075 0.7880 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR613462 6 0.7072 0.4895 0.280 0.056 0.052 0.024 0.060 0.528
#> SRR1405206 5 0.4225 0.3380 0.000 0.124 0.000 0.124 0.748 0.004
#> SRR1454136 4 0.4961 0.4796 0.000 0.056 0.000 0.672 0.236 0.036
#> SRR1380785 2 0.2325 0.6600 0.000 0.884 0.008 0.000 0.100 0.008
#> SRR612875 1 0.1819 0.8893 0.932 0.008 0.000 0.032 0.004 0.024
#> SRR808327 4 0.1714 0.7684 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1355194 2 0.2325 0.6600 0.000 0.884 0.008 0.000 0.100 0.008
#> SRR1408227 4 0.0653 0.7917 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1086304 6 0.6052 0.1971 0.016 0.180 0.000 0.012 0.224 0.568
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.4098 0.6204 0.000 0.548 0.000 0.004 0.444 0.004
#> SRR1084965 1 0.2823 0.7136 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1310563 6 0.5907 0.1696 0.008 0.196 0.000 0.008 0.228 0.560
#> SRR602437 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.1624 0.9030 0.936 0.008 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1356487 5 0.4481 -0.0125 0.000 0.284 0.000 0.060 0.656 0.000
#> SRR1479263 4 0.1387 0.7856 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0363 0.9227 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345827 4 0.4000 0.6185 0.000 0.032 0.000 0.756 0.192 0.020
#> SRR1367456 6 0.7581 0.0356 0.040 0.140 0.000 0.100 0.296 0.424
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.4098 0.6204 0.000 0.548 0.000 0.004 0.444 0.004
#> SRR1087197 6 0.6371 0.4485 0.336 0.056 0.000 0.024 0.068 0.516
#> SRR1383960 1 0.3303 0.8017 0.844 0.012 0.000 0.044 0.008 0.092
#> SRR600924 1 0.0146 0.9246 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662390 1 0.0779 0.9188 0.976 0.008 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1071692 1 0.0458 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR658421 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 6 0.6099 0.5387 0.136 0.132 0.056 0.004 0.024 0.648
#> SRR598148 1 0.7107 -0.3358 0.400 0.064 0.000 0.028 0.128 0.380
#> SRR1444390 4 0.0653 0.7919 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1444644 3 0.4027 0.6111 0.012 0.008 0.672 0.000 0.000 0.308
#> SRR1389777 1 0.1628 0.9056 0.940 0.008 0.000 0.004 0.012 0.036
#> SRR603918 5 0.4985 0.1311 0.000 0.076 0.000 0.068 0.716 0.140
#> SRR1468682 4 0.1913 0.7764 0.060 0.012 0.000 0.920 0.004 0.004
#> SRR1490505 4 0.5483 0.1427 0.000 0.076 0.000 0.548 0.352 0.024
#> SRR1343859 6 0.7077 0.2697 0.096 0.172 0.000 0.016 0.212 0.504
#> SRR1075631 4 0.1129 0.7907 0.012 0.012 0.000 0.964 0.004 0.008
#> SRR1444954 2 0.4098 0.6204 0.000 0.548 0.000 0.004 0.444 0.004
#> SRR1479286 4 0.4589 0.5940 0.204 0.036 0.000 0.724 0.016 0.020
#> SRR1381524 6 0.5426 0.4695 0.164 0.004 0.216 0.000 0.004 0.612
#> SRR1392208 4 0.1141 0.7859 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1456693 5 0.4268 0.3295 0.000 0.004 0.000 0.428 0.556 0.012
#> SRR1358482 5 0.3841 0.1959 0.000 0.168 0.000 0.068 0.764 0.000
#> SRR658331 3 0.5008 0.5133 0.024 0.032 0.596 0.000 0.004 0.344
#> SRR810619 4 0.0653 0.7927 0.000 0.004 0.000 0.980 0.012 0.004
#> SRR600829 1 0.1138 0.9131 0.960 0.012 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR599380 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.4501 0.6120 0.192 0.036 0.000 0.736 0.016 0.020
#> SRR2185195 1 0.1155 0.9144 0.956 0.004 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1489693 6 0.5746 0.0905 0.036 0.072 0.344 0.000 0.004 0.544
#> SRR1318662 4 0.0935 0.7898 0.000 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.1129 0.7907 0.012 0.012 0.000 0.964 0.004 0.008
#> SRR661337 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR601239 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.3711 0.6713 0.000 0.020 0.720 0.000 0.000 0.260
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.1642 0.7932 0.032 0.004 0.000 0.936 0.028 0.000
#> SRR1419453 6 0.5143 -0.2055 0.016 0.032 0.440 0.000 0.008 0.504
#> SRR1437208 4 0.0748 0.7902 0.000 0.016 0.000 0.976 0.004 0.004
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.1075 0.7880 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1093269 4 0.1327 0.7811 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0260 0.8410 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR807727 4 0.2177 0.7748 0.000 0.032 0.000 0.908 0.052 0.008
#> SRR816358 1 0.1267 0.8983 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR658283 6 0.6099 0.5387 0.136 0.132 0.056 0.004 0.024 0.648
#> SRR813728 5 0.4847 0.2482 0.000 0.220 0.000 0.124 0.656 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 4 0.0653 0.7917 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1432366 4 0.1129 0.7907 0.012 0.012 0.000 0.964 0.004 0.008
#> SRR1087992 1 0.2883 0.6998 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1405593 1 0.0260 0.9246 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1326040 1 0.2327 0.8665 0.908 0.012 0.000 0.044 0.008 0.028
#> SRR1312725 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478189 1 0.0363 0.9228 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1488632 4 0.4062 0.4066 0.004 0.008 0.000 0.652 0.332 0.004
#> SRR1398706 4 0.5493 0.1313 0.000 0.076 0.000 0.544 0.356 0.024
#> SRR1368794 5 0.4931 0.2225 0.000 0.248 0.000 0.116 0.636 0.000
#> SRR1392749 4 0.1010 0.7894 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.1624 0.9030 0.936 0.008 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR663100 4 0.3551 0.6914 0.148 0.024 0.000 0.808 0.012 0.008
#> SRR661229 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655792 1 0.0937 0.9107 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR663705 1 0.2648 0.8561 0.876 0.008 0.000 0.004 0.020 0.092
#> SRR1464281 4 0.1327 0.7816 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1400397 4 0.1906 0.7834 0.040 0.016 0.000 0.928 0.008 0.008
#> SRR1331444 1 0.0692 0.9189 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1439958 4 0.1765 0.7663 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1384917 2 0.6171 -0.1733 0.004 0.424 0.000 0.168 0.392 0.012
#> SRR1435182 4 0.4081 0.5994 0.216 0.028 0.000 0.740 0.008 0.008
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0363 0.9228 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR613510 6 0.6016 0.2565 0.040 0.068 0.260 0.004 0.024 0.604
#> SRR663014 4 0.1531 0.7815 0.000 0.004 0.000 0.928 0.068 0.000
#> SRR1417960 4 0.4388 0.6207 0.188 0.036 0.000 0.744 0.016 0.016
#> SRR1474730 3 0.4119 0.5771 0.016 0.004 0.644 0.000 0.000 0.336
#> SRR1381269 4 0.1327 0.7811 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR657695 5 0.4413 0.1564 0.000 0.008 0.000 0.484 0.496 0.012
#> SRR1357650 4 0.2070 0.7704 0.000 0.008 0.000 0.892 0.100 0.000
#> SRR1472237 4 0.0653 0.7917 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1470816 4 0.4412 -0.1322 0.000 0.008 0.000 0.500 0.480 0.012
#> SRR1458358 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614683 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318998 6 0.6188 0.1715 0.008 0.192 0.012 0.008 0.224 0.556
#> SRR1392795 4 0.2070 0.7704 0.000 0.008 0.000 0.892 0.100 0.000
#> SRR1469859 1 0.0363 0.9227 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1378243 4 0.3691 0.5479 0.000 0.008 0.000 0.724 0.260 0.008
#> SRR1360587 4 0.2253 0.7587 0.084 0.012 0.000 0.896 0.004 0.004
#> SRR604230 1 0.1553 0.9080 0.944 0.008 0.000 0.004 0.012 0.032
#> SRR1347667 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 6 0.8278 0.1201 0.096 0.164 0.000 0.116 0.244 0.380
#> SRR665514 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454522 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.2635 0.7420 0.100 0.020 0.000 0.872 0.004 0.004
#> SRR1429802 4 0.4589 0.5938 0.204 0.036 0.000 0.724 0.016 0.020
#> SRR1345436 4 0.0912 0.7907 0.004 0.012 0.000 0.972 0.004 0.008
#> SRR1433684 1 0.1138 0.9131 0.960 0.012 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR613186 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.4176 0.6461 0.000 0.076 0.000 0.768 0.136 0.020
#> SRR1417766 4 0.1327 0.7816 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1420606 4 0.6695 -0.2131 0.000 0.172 0.000 0.436 0.332 0.060
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.3711 0.6713 0.000 0.020 0.720 0.000 0.000 0.260
#> SRR1309856 4 0.4176 0.6461 0.000 0.076 0.000 0.768 0.136 0.020
#> SRR1102756 4 0.6107 0.2513 0.012 0.092 0.000 0.560 0.292 0.044
#> SRR1366519 4 0.0935 0.7898 0.000 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1080438 4 0.1387 0.7836 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1391789 1 0.4580 0.6639 0.752 0.016 0.000 0.068 0.020 0.144
#> SRR1402195 1 0.2697 0.8580 0.876 0.012 0.000 0.004 0.020 0.088
#> SRR1429516 4 0.4501 0.6147 0.192 0.036 0.000 0.736 0.016 0.020
#> SRR1406662 4 0.3383 0.6507 0.004 0.008 0.000 0.776 0.208 0.004
#> SRR1333414 5 0.4847 0.2482 0.000 0.220 0.000 0.124 0.656 0.000
#> SRR1369030 4 0.1501 0.7796 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 5 0.6788 0.3474 0.000 0.212 0.000 0.340 0.396 0.052
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409487 1 0.4253 0.3897 0.664 0.000 0.000 0.304 0.008 0.024
#> SRR1434568 4 0.3491 0.7103 0.116 0.028 0.000 0.828 0.016 0.012
#> SRR1341965 4 0.3301 0.7200 0.116 0.028 0.000 0.836 0.008 0.012
#> SRR1473505 4 0.1806 0.7708 0.000 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> SRR1402068 2 0.4098 0.6204 0.000 0.548 0.000 0.004 0.444 0.004
#> SRR1490076 4 0.0935 0.7898 0.000 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1435501 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452491 4 0.0653 0.7917 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1397329 3 0.4655 0.4680 0.008 0.032 0.576 0.000 0.000 0.384
#> SRR1093243 4 0.4204 0.6400 0.176 0.036 0.000 0.760 0.016 0.012
#> SRR1418390 4 0.4557 0.5811 0.000 0.076 0.000 0.724 0.180 0.020
#> SRR608480 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.1307 0.9113 0.952 0.008 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR601868 1 0.1204 0.8990 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR607313 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.0508 0.7920 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR815893 4 0.4033 0.6647 0.156 0.036 0.000 0.780 0.016 0.012
#> SRR1455503 4 0.0798 0.7927 0.012 0.004 0.000 0.976 0.004 0.004
#> SRR810737 4 0.4033 0.6647 0.156 0.036 0.000 0.780 0.016 0.012
#> SRR1347500 1 0.1332 0.9113 0.952 0.008 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR1443182 4 0.2508 0.7829 0.024 0.012 0.000 0.892 0.068 0.004
#> SRR1457872 4 0.0748 0.7902 0.000 0.016 0.000 0.976 0.004 0.004
#> SRR658481 4 0.4534 0.5950 0.208 0.036 0.000 0.724 0.016 0.016
#> SRR1406243 1 0.0146 0.9249 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332607 3 0.5243 0.2460 0.084 0.004 0.512 0.000 0.000 0.400
#> SRR656433 1 0.2431 0.8106 0.860 0.008 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1420811 4 0.0653 0.7917 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1308674 4 0.5017 0.4527 0.000 0.060 0.000 0.660 0.248 0.032
#> SRR1338363 3 0.4034 0.5845 0.012 0.004 0.648 0.000 0.000 0.336
#> SRR1344271 4 0.1765 0.7663 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1321608 4 0.1327 0.7816 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1441464 4 0.0653 0.7917 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR607970 1 0.0865 0.9116 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1338171 2 0.4315 0.5529 0.000 0.704 0.000 0.040 0.244 0.012
#> SRR604174 1 0.3196 0.8245 0.844 0.012 0.000 0.020 0.012 0.112
#> SRR1345221 1 0.1624 0.9030 0.936 0.008 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR815517 6 0.5907 0.1696 0.008 0.196 0.000 0.008 0.228 0.560
#> SRR615970 3 0.1010 0.8257 0.000 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1370659 1 0.0363 0.9242 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1383125 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331013 4 0.1913 0.7764 0.060 0.012 0.000 0.920 0.004 0.004
#> SRR1419638 1 0.6433 -0.3095 0.444 0.056 0.000 0.024 0.064 0.412
#> SRR1434975 6 0.6517 0.4717 0.268 0.056 0.012 0.024 0.072 0.568
#> SRR1445741 4 0.1204 0.7873 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1088142 1 0.1138 0.9131 0.960 0.012 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR604206 1 0.0951 0.9182 0.968 0.004 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1358779 6 0.5722 0.0409 0.032 0.072 0.360 0.000 0.004 0.532
#> SRR1473142 4 0.3491 0.7103 0.116 0.028 0.000 0.828 0.016 0.012
#> SRR1410334 5 0.3797 0.2134 0.000 0.080 0.000 0.072 0.812 0.036
#> SRR1352234 4 0.4589 0.5940 0.204 0.036 0.000 0.724 0.016 0.020
#> SRR1487807 4 0.4098 0.5877 0.224 0.032 0.000 0.732 0.008 0.004
#> SRR1489715 5 0.6948 0.3036 0.000 0.308 0.000 0.304 0.336 0.052
#> SRR1364780 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0260 0.7909 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1409748 4 0.1810 0.7849 0.036 0.020 0.000 0.932 0.004 0.008
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 4 0.2165 0.7615 0.000 0.008 0.000 0.884 0.108 0.000
#> SRR1316725 5 0.4284 0.0286 0.000 0.256 0.000 0.056 0.688 0.000
#> SRR1314851 4 0.4328 0.5750 0.228 0.032 0.000 0.720 0.008 0.012
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.3333 0.7978 0.840 0.012 0.000 0.040 0.008 0.100
#> SRR1308696 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.2473 0.8067 0.856 0.008 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR812649 4 0.6071 -0.0102 0.000 0.112 0.000 0.500 0.348 0.040
#> SRR1366690 1 0.4046 0.7615 0.796 0.016 0.000 0.024 0.040 0.124
#> SRR1317707 4 0.1075 0.7880 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1339321 4 0.0405 0.7917 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1442487 4 0.5849 0.1587 0.000 0.104 0.000 0.548 0.312 0.036
#> SRR1069690 4 0.3691 0.5479 0.000 0.008 0.000 0.724 0.260 0.008
#> SRR1319344 5 0.4761 0.1401 0.000 0.108 0.000 0.064 0.740 0.088
#> SRR1332835 4 0.5016 0.4723 0.000 0.060 0.000 0.668 0.236 0.036
#> SRR1334694 4 0.6749 -0.2780 0.000 0.272 0.000 0.416 0.268 0.044
#> SRR1478434 4 0.4103 0.6551 0.164 0.036 0.000 0.772 0.016 0.012
#> SRR1479933 5 0.4339 0.0429 0.000 0.256 0.000 0.060 0.684 0.000
#> SRR1313853 4 0.1141 0.7852 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 5 0.7020 0.2973 0.000 0.308 0.000 0.292 0.340 0.060
#> SRR814587 4 0.0653 0.7919 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR656899 1 0.1692 0.9005 0.932 0.008 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1088340 4 0.0798 0.7927 0.012 0.004 0.000 0.976 0.004 0.004
#> SRR1349772 1 0.0146 0.9249 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317305 1 0.3371 0.5428 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1442273 4 0.0964 0.7936 0.000 0.012 0.000 0.968 0.016 0.004
#> SRR1407470 4 0.1714 0.7684 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1490289 4 0.3452 0.5852 0.004 0.004 0.000 0.736 0.256 0.000
#> SRR1093649 2 0.3742 0.6543 0.000 0.648 0.000 0.000 0.348 0.004
#> SRR1478900 6 0.4525 0.5267 0.152 0.004 0.128 0.000 0.000 0.716
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.1556 0.7783 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR2170537 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602106 1 0.2902 0.7212 0.800 0.004 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR615335 1 0.1138 0.9131 0.960 0.012 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.4388 0.6207 0.188 0.036 0.000 0.744 0.016 0.016
#> SRR657903 1 0.1624 0.9030 0.936 0.008 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1403458 1 0.0146 0.9249 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460073 1 0.1624 0.9030 0.936 0.008 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1441850 4 0.1894 0.7943 0.016 0.012 0.000 0.928 0.040 0.004
#> SRR613759 1 0.1699 0.9038 0.936 0.008 0.000 0.004 0.012 0.040
#> SRR1472281 4 0.0767 0.7937 0.004 0.012 0.000 0.976 0.008 0.000
#> SRR1440445 3 0.5374 0.2939 0.012 0.076 0.488 0.000 0.000 0.424
#> SRR1088734 4 0.0551 0.7936 0.004 0.004 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1455607 4 0.4227 0.6498 0.168 0.036 0.000 0.764 0.016 0.016
#> SRR1077528 4 0.4440 0.6240 0.184 0.036 0.000 0.744 0.016 0.020
#> SRR1364695 6 0.6334 0.2367 0.060 0.072 0.296 0.004 0.016 0.552
#> SRR1348226 1 0.1138 0.9131 0.960 0.012 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1313560 1 0.2215 0.8777 0.900 0.012 0.000 0.000 0.012 0.076
#> SRR1092889 5 0.4251 0.3946 0.000 0.092 0.000 0.152 0.748 0.008
#> SRR1352213 6 0.5201 0.5483 0.288 0.008 0.100 0.000 0.000 0.604
#> SRR2185233 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.1010 0.7888 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR817825 6 0.7000 0.2550 0.084 0.172 0.000 0.016 0.220 0.508
#> SRR660366 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR821183 5 0.3921 0.4394 0.000 0.004 0.000 0.308 0.676 0.012
#> SRR1323512 4 0.5501 0.3287 0.000 0.076 0.000 0.604 0.280 0.040
#> SRR1325247 4 0.4260 0.6443 0.172 0.036 0.000 0.760 0.016 0.016
#> SRR1351583 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.4560 0.5994 0.200 0.036 0.000 0.728 0.016 0.020
#> SRR1318484 4 0.0653 0.7930 0.000 0.004 0.000 0.980 0.012 0.004
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.2048 0.7500 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1325464 1 0.0260 0.9240 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1340280 6 0.6052 0.1971 0.016 0.180 0.000 0.012 0.224 0.568
#> SRR1455842 4 0.0582 0.7917 0.004 0.004 0.000 0.984 0.004 0.004
#> SRR1352619 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0508 0.9232 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR662763 6 0.7366 -0.0208 0.016 0.164 0.000 0.100 0.304 0.416
#> SRR661120 1 0.3688 0.7594 0.804 0.012 0.000 0.028 0.012 0.144
#> SRR601613 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR811535 1 0.0146 0.9246 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR820316 1 0.0260 0.9247 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368616 4 0.1204 0.7831 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1375677 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365700 4 0.0508 0.7920 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR604122 1 0.1553 0.9080 0.944 0.008 0.000 0.004 0.012 0.032
#> SRR598509 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.1624 0.9030 0.936 0.008 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1339921 1 0.1138 0.9131 0.960 0.012 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR664743 4 0.3434 0.7047 0.136 0.024 0.000 0.820 0.012 0.008
#> SRR1339199 4 0.1327 0.7816 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1355660 1 0.0363 0.9227 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1481012 1 0.0363 0.9240 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR603449 1 0.1285 0.8994 0.944 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1400889 1 0.1149 0.9151 0.960 0.008 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR808808 6 0.3791 0.5609 0.300 0.004 0.008 0.000 0.000 0.688
#> SRR656288 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.4034 0.5845 0.012 0.004 0.648 0.000 0.000 0.336
#> SRR1487233 5 0.3191 0.4116 0.000 0.012 0.000 0.164 0.812 0.012
#> SRR662043 1 0.0146 0.9246 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381211 4 0.5567 -0.0228 0.000 0.076 0.000 0.504 0.396 0.024
#> SRR1379365 4 0.1866 0.7798 0.000 0.008 0.000 0.908 0.084 0.000
#> SRR1384852 4 0.5016 0.4723 0.000 0.060 0.000 0.668 0.236 0.036
#> SRR1430357 4 0.0696 0.7924 0.008 0.004 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR2164847 1 0.1699 0.8861 0.936 0.008 0.000 0.040 0.004 0.012
#> SRR807901 1 0.1692 0.9005 0.932 0.008 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR816064 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR810507 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0405 0.9236 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.2393 0.8751 0.904 0.012 0.000 0.028 0.008 0.048
#> SRR662749 1 0.0713 0.9158 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1342701 2 0.3783 0.6082 0.000 0.752 0.008 0.008 0.220 0.012
#> SRR1343653 4 0.0748 0.7902 0.000 0.016 0.000 0.976 0.004 0.004
#> SRR1336134 4 0.3121 0.7238 0.000 0.044 0.000 0.836 0.116 0.004
#> SRR654940 5 0.4931 0.2225 0.000 0.248 0.000 0.116 0.636 0.000
#> SRR1098288 4 0.1387 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1326343 1 0.2215 0.8777 0.900 0.012 0.000 0.000 0.012 0.076
#> SRR811145 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615359 1 0.5191 0.5372 0.672 0.020 0.000 0.028 0.048 0.232
#> SRR1075997 4 0.0653 0.7917 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1090483 4 0.4501 0.6134 0.192 0.036 0.000 0.736 0.016 0.020
#> SRR1388698 1 0.0260 0.9246 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312482 4 0.1327 0.7841 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0653 0.7919 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1388419 5 0.6788 0.3474 0.000 0.212 0.000 0.340 0.396 0.052
#> SRR1442250 5 0.4949 0.1377 0.004 0.036 0.000 0.064 0.700 0.196
#> SRR1430679 4 0.1788 0.7807 0.052 0.012 0.000 0.928 0.004 0.004
#> SRR1311109 4 0.4534 0.5950 0.208 0.036 0.000 0.724 0.016 0.016
#> SRR1478990 4 0.3778 0.6991 0.128 0.032 0.000 0.808 0.012 0.020
#> SRR1392434 4 0.2149 0.7719 0.000 0.016 0.000 0.900 0.080 0.004
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.1851 0.7789 0.056 0.012 0.000 0.924 0.004 0.004
#> SRR1315393 5 0.4517 -0.0209 0.000 0.292 0.000 0.060 0.648 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 4 0.5562 -0.0104 0.000 0.076 0.000 0.508 0.392 0.024
#> SRR1330153 1 0.3889 0.7226 0.772 0.016 0.000 0.004 0.028 0.180
#> SRR1451778 1 0.3889 0.7226 0.772 0.016 0.000 0.004 0.028 0.180
#> SRR657089 6 0.4693 0.5758 0.216 0.008 0.088 0.000 0.000 0.688
#> SRR1395659 5 0.4413 0.1564 0.000 0.008 0.000 0.484 0.496 0.012
#> SRR1385716 6 0.4800 0.5679 0.280 0.004 0.076 0.000 0.000 0.640
#> SRR1466109 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1080977 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.2657 0.8695 0.888 0.008 0.000 0.032 0.012 0.060
#> SRR1485078 5 0.4271 0.0614 0.000 0.244 0.000 0.060 0.696 0.000
#> SRR661806 1 0.2639 0.8597 0.892 0.016 0.000 0.040 0.008 0.044
#> SRR1334919 6 0.5061 0.5543 0.252 0.000 0.128 0.000 0.000 0.620
#> SRR599249 1 0.1768 0.9016 0.932 0.008 0.000 0.004 0.012 0.044
#> SRR810051 4 0.1141 0.7859 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1407202 1 0.3897 0.7729 0.804 0.016 0.000 0.020 0.036 0.124
#> SRR1434399 1 0.1624 0.9030 0.936 0.008 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1330965 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 6 0.4800 0.5679 0.280 0.004 0.076 0.000 0.000 0.640
#> SRR1405028 1 0.4505 0.7070 0.760 0.020 0.000 0.028 0.044 0.148
#> SRR612719 1 0.5412 0.1793 0.572 0.032 0.000 0.012 0.036 0.348
#> SRR1340617 4 0.0551 0.7925 0.000 0.004 0.000 0.984 0.008 0.004
#> SRR1448183 1 0.1768 0.9016 0.932 0.008 0.000 0.004 0.012 0.044
#> SRR1362488 4 0.1444 0.7791 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1361156 4 0.2809 0.7445 0.096 0.020 0.000 0.868 0.008 0.008
#> SRR1454374 1 0.0363 0.9228 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR811891 1 0.2648 0.8561 0.876 0.008 0.000 0.004 0.020 0.092
#> SRR1477837 6 0.7373 0.3546 0.244 0.024 0.052 0.204 0.012 0.464
#> SRR607252 1 0.1624 0.9030 0.936 0.008 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1418946 1 0.6433 -0.3095 0.444 0.056 0.000 0.024 0.064 0.412
#> SRR1456567 4 0.0260 0.7909 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1487425 4 0.1668 0.7824 0.000 0.008 0.000 0.928 0.060 0.004
#> SRR1335627 5 0.3787 0.4394 0.000 0.008 0.000 0.260 0.720 0.012
#> SRR1327680 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.2325 0.6600 0.000 0.884 0.008 0.000 0.100 0.008
#> SRR1447673 4 0.4121 0.6801 0.144 0.024 0.000 0.784 0.024 0.024
#> SRR815735 1 0.1138 0.9131 0.960 0.012 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1404251 4 0.0653 0.7917 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR601645 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.6431 0.2111 0.356 0.036 0.000 0.484 0.020 0.104
#> SRR659983 1 0.0951 0.9182 0.968 0.004 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1402414 4 0.4413 -0.1598 0.000 0.008 0.000 0.492 0.488 0.012
#> SRR614215 1 0.1628 0.9056 0.940 0.008 0.000 0.004 0.012 0.036
#> SRR659283 1 0.1307 0.9113 0.952 0.008 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1459956 4 0.1765 0.7663 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.1553 0.9080 0.944 0.008 0.000 0.004 0.012 0.032
#> SRR1403390 6 0.5712 -0.0670 0.012 0.084 0.376 0.000 0.012 0.516
#> SRR1452741 6 0.3809 0.5583 0.304 0.004 0.008 0.000 0.000 0.684
#> SRR1458484 6 0.7000 0.4545 0.284 0.028 0.052 0.104 0.016 0.516
#> SRR1387091 4 0.3491 0.7103 0.116 0.028 0.000 0.828 0.016 0.012
#> SRR1358017 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.2562 0.7603 0.064 0.024 0.000 0.892 0.012 0.008
#> SRR1376539 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.1901 0.7925 0.016 0.016 0.000 0.932 0.024 0.012
#> SRR1419829 5 0.3921 0.4394 0.000 0.004 0.000 0.308 0.676 0.012
#> SRR1434315 1 0.0260 0.9239 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658457 1 0.2215 0.8777 0.900 0.012 0.000 0.000 0.012 0.076
#> SRR1367849 4 0.3883 0.6824 0.140 0.036 0.000 0.796 0.016 0.012
#> SRR1320939 1 0.0146 0.9250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656588 1 0.2473 0.8067 0.856 0.008 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR599025 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 6 0.6016 0.2565 0.040 0.068 0.260 0.004 0.024 0.604
#> SRR1398311 4 0.1806 0.7708 0.000 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> SRR1442149 4 0.4644 0.5954 0.200 0.032 0.000 0.724 0.016 0.028
#> SRR809137 1 0.0363 0.9227 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414982 4 0.0696 0.7924 0.008 0.004 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR600852 1 0.0363 0.9227 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414857 4 0.0858 0.7902 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR1321225 6 0.6099 0.5387 0.136 0.132 0.056 0.004 0.024 0.648
#> SRR1069802 1 0.1768 0.9016 0.932 0.008 0.000 0.004 0.012 0.044
#> SRR1077643 5 0.4780 0.1366 0.000 0.040 0.000 0.068 0.716 0.176
#> SRR1334154 4 0.2683 0.7389 0.104 0.020 0.000 0.868 0.004 0.004
#> SRR1390072 4 0.0653 0.7917 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1467612 4 0.5562 -0.0104 0.000 0.076 0.000 0.508 0.392 0.024
#> SRR1430133 5 0.6947 0.3000 0.000 0.312 0.000 0.300 0.336 0.052
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.3469 0.6357 0.008 0.004 0.000 0.764 0.220 0.004
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.2639 0.8597 0.892 0.016 0.000 0.040 0.008 0.044
#> SRR662150 1 0.1116 0.9155 0.960 0.004 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1400290 6 0.4241 0.5543 0.316 0.012 0.016 0.000 0.000 0.656
#> SRR1084892 4 0.6071 -0.0102 0.000 0.112 0.000 0.500 0.348 0.040
#> SRR1416166 1 0.4488 0.6426 0.724 0.012 0.000 0.032 0.020 0.212
#> SRR1477015 6 0.5150 0.5573 0.244 0.008 0.116 0.000 0.000 0.632
#> SRR1380501 4 0.6829 -0.3212 0.000 0.264 0.000 0.396 0.292 0.048
#> SRR1446156 4 0.2442 0.7254 0.004 0.000 0.000 0.852 0.144 0.000
#> SRR1488328 4 0.0653 0.7917 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1086889 4 0.1010 0.7898 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR814611 1 0.3309 0.5692 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR599086 1 0.1267 0.8983 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1086844 1 0.0790 0.9147 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1464535 4 0.6431 0.2111 0.356 0.036 0.000 0.484 0.020 0.104
#> SRR807877 4 0.0767 0.7923 0.000 0.012 0.000 0.976 0.008 0.004
#> SRR1477033 1 0.2473 0.8067 0.856 0.008 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1335164 4 0.0653 0.7917 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR601986 6 0.4834 0.5526 0.212 0.000 0.128 0.000 0.000 0.660
#> SRR1446226 1 0.0363 0.9228 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR659637 1 0.2327 0.8665 0.908 0.012 0.000 0.044 0.008 0.028
#> SRR600474 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.1007 0.9082 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1312540 1 0.1138 0.9131 0.960 0.012 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1323628 1 0.1555 0.9056 0.940 0.008 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1430951 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.8456 0.0586 0.000 0.156 0.380 0.120 0.192 0.152
#> SRR1478149 3 0.4066 0.6505 0.000 0.036 0.692 0.000 0.000 0.272
#> SRR1384413 4 0.4158 0.6749 0.148 0.024 0.000 0.780 0.024 0.024
#> SRR1366855 4 0.4994 0.5239 0.244 0.036 0.000 0.676 0.016 0.028
#> SRR1077115 4 0.0924 0.7935 0.008 0.008 0.000 0.972 0.004 0.008
#> SRR1399990 6 0.4001 0.5829 0.260 0.004 0.028 0.000 0.000 0.708
#> SRR1434093 6 0.4241 0.5543 0.316 0.012 0.016 0.000 0.000 0.656
#> SRR1341408 4 0.0260 0.7909 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR612335 1 0.4583 0.5774 0.724 0.004 0.000 0.196 0.028 0.048
#> SRR1321420 1 0.1218 0.9131 0.956 0.004 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR1329177 6 0.5273 0.5491 0.240 0.008 0.132 0.000 0.000 0.620
#> SRR1398371 4 0.3602 0.6107 0.004 0.008 0.000 0.744 0.240 0.004
#> SRR614996 1 0.1138 0.9131 0.960 0.012 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1431602 4 0.1387 0.7836 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1311509 1 0.3889 0.7226 0.772 0.016 0.000 0.004 0.028 0.180
#> SRR1507229 3 0.0000 0.8446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.3688 0.6747 0.000 0.020 0.724 0.000 0.000 0.256
#> SRR1408072 4 0.0696 0.7924 0.008 0.004 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1469591 6 0.4001 0.5829 0.260 0.004 0.028 0.000 0.000 0.708
#> SRR1392813 4 0.1471 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.932 0.064 0.000
#> SRR1453026 4 0.5401 0.1790 0.000 0.076 0.000 0.556 0.348 0.020
#> SRR1388105 4 0.1807 0.7930 0.012 0.016 0.000 0.936 0.024 0.012
#> SRR1357558 1 0.0713 0.9158 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR615898 3 0.4027 0.6111 0.012 0.008 0.672 0.000 0.000 0.308
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.403 0.887 0.886 0.4514 0.503 0.503
#> 3 3 0.995 0.959 0.979 0.3589 0.869 0.744
#> 4 4 0.788 0.845 0.887 0.1236 0.900 0.746
#> 5 5 0.724 0.691 0.818 0.0836 0.951 0.844
#> 6 6 0.768 0.726 0.804 0.0618 0.896 0.643
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1442648 2 0.7219 0.9649 0.200 0.800
#> SRR1486174 2 0.6712 0.9534 0.176 0.824
#> SRR1349433 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1321283 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1458026 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1094192 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1397180 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR657492 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR817563 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR613462 1 0.4298 0.8490 0.912 0.088
#> SRR1405206 2 0.6973 0.9617 0.188 0.812
#> SRR1454136 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1380785 2 0.0000 0.7412 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1355194 2 0.0000 0.7412 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1086304 1 0.9323 0.7025 0.652 0.348
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR602437 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1479263 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.6973 0.9617 0.188 0.812
#> SRR1367456 2 0.9552 0.6406 0.376 0.624
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1087197 1 0.2603 0.8704 0.956 0.044
#> SRR1383960 1 0.5178 0.7689 0.884 0.116
#> SRR600924 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR598148 1 0.4431 0.8351 0.908 0.092
#> SRR1444390 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1444644 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.7056 0.9636 0.192 0.808
#> SRR1468682 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1490505 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1343859 1 0.7219 0.7333 0.800 0.200
#> SRR1075631 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1444954 2 0.6048 0.9240 0.148 0.852
#> SRR1479286 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1381524 1 0.8499 0.7515 0.724 0.276
#> SRR1392208 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1456693 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1358482 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR658331 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR810619 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR600829 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.9922 0.5535 0.448 0.552
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1318662 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR661337 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1419453 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1437208 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1093269 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1341456 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR657456 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR807727 2 0.6973 0.9617 0.188 0.812
#> SRR816358 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR658283 1 0.8327 0.7293 0.736 0.264
#> SRR813728 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1432366 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.7299 0.9651 0.204 0.796
#> SRR1398706 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR1368794 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR1392749 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR603968 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR815661 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR661229 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1400397 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1384917 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1435182 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR663014 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1417960 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1474730 1 0.8327 0.7563 0.736 0.264
#> SRR1381269 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR657695 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1357650 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1472237 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1470816 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1392795 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1360587 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR604230 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR608096 2 0.9996 0.3565 0.488 0.512
#> SRR665514 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1454522 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1419615 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1429802 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1345436 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR613186 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1343795 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1417766 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1420606 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1309856 2 0.6973 0.9617 0.188 0.812
#> SRR1102756 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1366519 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1080438 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1391789 2 1.0000 0.3387 0.500 0.500
#> SRR1402195 1 0.4815 0.7869 0.896 0.104
#> SRR1429516 2 0.8909 0.8316 0.308 0.692
#> SRR1406662 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1333414 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1369030 2 0.6973 0.9617 0.188 0.812
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.3274 0.8452 0.940 0.060
#> SRR1434568 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1341965 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1473505 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1402068 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1490076 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1397329 1 0.9393 0.7006 0.644 0.356
#> SRR1093243 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1418390 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR608480 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR815893 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1455503 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR810737 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1457872 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR658481 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR656433 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1308674 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1338363 1 0.8499 0.7515 0.724 0.276
#> SRR1344271 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1321608 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1441464 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR607970 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR604174 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR815517 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR615970 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1419638 1 0.4298 0.8519 0.912 0.088
#> SRR1434975 1 0.6973 0.7318 0.812 0.188
#> SRR1445741 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.8386 0.7548 0.732 0.268
#> SRR1473142 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1410334 2 0.6343 0.9374 0.160 0.840
#> SRR1352234 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1487807 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1489715 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1364780 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1409748 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1316725 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1314851 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1308696 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR808772 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1339321 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1442487 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR1069690 2 0.6973 0.9617 0.188 0.812
#> SRR1319344 2 0.6343 0.9374 0.160 0.840
#> SRR1332835 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR1334694 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR1478434 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1479933 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1313853 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR661192 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.7412 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR656899 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1407470 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1490289 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1093649 2 0.4431 0.8564 0.092 0.908
#> SRR1478900 1 0.7376 0.7683 0.792 0.208
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.8813 0.7395 0.700 0.300
#> SRR1340641 1 0.9580 0.0195 0.620 0.380
#> SRR657903 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR613759 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1440445 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1088734 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1455607 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1077528 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1364695 1 0.8499 0.7515 0.724 0.276
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR1352213 1 0.1633 0.8924 0.976 0.024
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR817825 1 0.6973 0.7318 0.812 0.188
#> SRR660366 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.6973 0.9617 0.188 0.812
#> SRR1323512 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1325247 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1351583 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1437454 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1318484 2 0.7219 0.9649 0.200 0.800
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.3733 0.8634 0.928 0.072
#> SRR1455842 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1352619 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.8499 0.8021 0.276 0.724
#> SRR661120 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR604122 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR598509 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1339199 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.7376 0.7683 0.792 0.208
#> SRR1487233 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR662043 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1379365 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1384852 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1430357 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR2164847 1 0.0672 0.9004 0.992 0.008
#> SRR807901 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.7412 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1336134 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR654940 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1098288 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.5178 0.7689 0.884 0.116
#> SRR1075997 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1090483 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1430420 1 0.9129 0.7219 0.672 0.328
#> SRR1387475 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1388419 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1442250 2 0.9922 0.4332 0.448 0.552
#> SRR1430679 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1311109 2 0.8386 0.8905 0.268 0.732
#> SRR1478990 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1392434 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1315393 2 0.6623 0.9499 0.172 0.828
#> SRR1094506 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1330633 2 0.6973 0.9617 0.188 0.812
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.7376 0.7683 0.792 0.208
#> SRR1395659 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1385716 1 0.7376 0.7683 0.792 0.208
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR661806 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.7376 0.7683 0.792 0.208
#> SRR599249 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.7815 0.7652 0.768 0.232
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1361156 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.9775 0.5638 0.412 0.588
#> SRR607252 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1487425 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1335627 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR1327680 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1478812 2 0.0000 0.7412 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR815735 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR601645 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.6973 0.9617 0.188 0.812
#> SRR614215 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.6973 0.9617 0.188 0.812
#> SRR1340441 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.4298 0.8487 0.912 0.088
#> SRR1387091 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1358017 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1457039 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1376539 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1419829 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.2603 0.8637 0.956 0.044
#> SRR1367849 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1398311 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1442149 1 0.9933 -0.1927 0.548 0.452
#> SRR809137 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR600852 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1321225 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.9710 0.6135 0.400 0.600
#> SRR1334154 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1390072 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1467612 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1430133 2 0.4562 0.8614 0.096 0.904
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1374028 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.1414 0.8958 0.980 0.020
#> SRR1084892 2 0.6801 0.9567 0.180 0.820
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.6887 0.7800 0.816 0.184
#> SRR1380501 2 0.6712 0.9534 0.176 0.824
#> SRR1446156 2 0.7056 0.9635 0.192 0.808
#> SRR1488328 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1086889 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR814611 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR807877 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR601986 1 0.7376 0.7683 0.792 0.208
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1385364 2 0.7815 0.3980 0.232 0.768
#> SRR1478149 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1384413 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1366855 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1077115 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1399990 1 0.7299 0.7701 0.796 0.204
#> SRR1434093 1 0.0938 0.9003 0.988 0.012
#> SRR1341408 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR612335 1 0.9209 0.2108 0.664 0.336
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.6973 0.7775 0.812 0.188
#> SRR1398371 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR614996 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1311509 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR1507229 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1310373 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
#> SRR1408072 2 0.7376 0.9652 0.208 0.792
#> SRR1469591 1 0.6531 0.7907 0.832 0.168
#> SRR1392813 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1453026 2 0.6887 0.9595 0.184 0.816
#> SRR1388105 2 0.7139 0.9646 0.196 0.804
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9077 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.9427 0.6973 0.640 0.360
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1381693 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1442648 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1349433 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1387702 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435584 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR817563 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1454136 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1380785 3 0.0237 0.947 0.000 0.004 0.996
#> SRR612875 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0237 0.947 0.000 0.004 0.996
#> SRR1408227 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0237 0.947 0.000 0.004 0.996
#> SRR1080415 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1084965 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0237 0.947 0.000 0.004 0.996
#> SRR602437 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356487 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1479263 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.4796 0.742 0.000 0.780 0.220
#> SRR1072650 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1087197 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.0892 0.971 0.980 0.020 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR598148 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444390 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1389777 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR603918 2 0.1163 0.964 0.000 0.972 0.028
#> SRR1468682 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1343859 3 0.6062 0.429 0.384 0.000 0.616
#> SRR1075631 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.4796 0.742 0.000 0.780 0.220
#> SRR1479286 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.1031 0.958 0.024 0.000 0.976
#> SRR1392208 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1358482 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR658331 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR810619 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.5529 0.553 0.296 0.704 0.000
#> SRR2185195 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1489693 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1318662 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1352111 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1437208 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR657456 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR807727 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR816358 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.1482 0.956 0.020 0.012 0.968
#> SRR813728 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1394520 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398706 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1368794 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1392749 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR815661 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR663100 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1464281 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1435182 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR663014 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.1031 0.958 0.024 0.000 0.976
#> SRR1381269 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1357650 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0237 0.947 0.000 0.004 0.996
#> SRR1392795 2 0.0747 0.969 0.000 0.984 0.016
#> SRR1469859 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0237 0.972 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360587 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1347667 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR608096 2 0.4679 0.785 0.148 0.832 0.020
#> SRR665514 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1419615 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1343795 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1326687 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1309856 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1102756 2 0.0424 0.972 0.000 0.992 0.008
#> SRR1366519 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.4504 0.719 0.196 0.804 0.000
#> SRR1402195 1 0.0983 0.975 0.980 0.016 0.004
#> SRR1429516 2 0.1643 0.929 0.044 0.956 0.000
#> SRR1406662 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1333414 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1369030 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1342916 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1455326 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.1129 0.970 0.976 0.020 0.004
#> SRR1434568 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1490076 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1093243 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR608480 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR601868 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443182 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR656433 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.1031 0.958 0.024 0.000 0.976
#> SRR1344271 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR604174 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345221 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR815517 3 0.0237 0.947 0.000 0.004 0.996
#> SRR615970 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1370659 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419638 1 0.1163 0.966 0.972 0.000 0.028
#> SRR1434975 2 0.6126 0.393 0.000 0.600 0.400
#> SRR1445741 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1358779 3 0.1031 0.958 0.024 0.000 0.976
#> SRR1473142 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1352234 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1364780 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1460124 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1316725 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1314851 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR808772 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1366690 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1317707 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1069690 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1319344 2 0.6026 0.451 0.000 0.624 0.376
#> SRR1332835 2 0.0747 0.969 0.000 0.984 0.016
#> SRR1334694 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1313853 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.4504 0.770 0.000 0.804 0.196
#> SRR814587 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088340 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1317305 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093649 2 0.6280 0.223 0.000 0.540 0.460
#> SRR1478900 3 0.3116 0.884 0.108 0.000 0.892
#> SRR1447652 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.1031 0.958 0.024 0.000 0.976
#> SRR1340641 1 0.3193 0.862 0.896 0.100 0.004
#> SRR657903 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1403458 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441850 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472281 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1088734 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.1163 0.956 0.028 0.000 0.972
#> SRR1348226 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1092889 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1352213 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353970 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 2 0.6192 0.340 0.000 0.580 0.420
#> SRR660366 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1323512 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1437454 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.1643 0.951 0.956 0.000 0.044
#> SRR1455842 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1076779 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.6095 0.413 0.000 0.608 0.392
#> SRR661120 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1368616 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR598509 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1397052 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1339921 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR808808 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.1031 0.958 0.024 0.000 0.976
#> SRR1487233 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR662043 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1379365 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.0892 0.971 0.980 0.020 0.000
#> SRR807901 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR816064 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1316483 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.0237 0.947 0.000 0.004 0.996
#> SRR1343653 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR654940 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1098288 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR811145 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.1129 0.970 0.976 0.020 0.004
#> SRR1075997 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.1031 0.958 0.024 0.000 0.976
#> SRR1387475 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1442250 2 0.4796 0.742 0.000 0.780 0.220
#> SRR1430679 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1094506 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1330633 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1330153 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1451778 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR657089 3 0.4842 0.745 0.224 0.000 0.776
#> SRR1395659 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1385716 3 0.4796 0.751 0.220 0.000 0.780
#> SRR1466109 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1441725 1 0.0892 0.971 0.980 0.020 0.000
#> SRR1485078 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR661806 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.4842 0.745 0.224 0.000 0.776
#> SRR599249 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR810051 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434399 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330965 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1369536 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.4062 0.823 0.164 0.000 0.836
#> SRR1405028 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR612719 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362488 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1361156 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477837 2 0.0892 0.958 0.020 0.980 0.000
#> SRR607252 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418946 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1327680 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1478812 3 0.0237 0.947 0.000 0.004 0.996
#> SRR1447673 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.0237 0.990 0.996 0.004 0.000
#> SRR659983 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402414 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR614215 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR659283 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1459956 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1317428 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1403390 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1452741 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.4605 0.725 0.796 0.000 0.204
#> SRR1387091 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1457039 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1430639 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1434315 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.1129 0.970 0.976 0.020 0.004
#> SRR1367849 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1398311 2 0.0424 0.972 0.000 0.992 0.008
#> SRR1442149 2 0.6062 0.388 0.384 0.616 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1069802 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1077643 2 0.4842 0.739 0.000 0.776 0.224
#> SRR1334154 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1430133 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1468595 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1374028 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1311243 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400290 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1416166 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477015 1 0.4504 0.739 0.804 0.000 0.196
#> SRR1380501 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1446156 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.1031 0.967 0.976 0.024 0.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 3 0.5835 0.543 0.340 0.000 0.660
#> SRR1446226 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0892 0.971 0.980 0.020 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430951 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1385364 3 0.0661 0.953 0.008 0.004 0.988
#> SRR1478149 3 0.0237 0.947 0.000 0.004 0.996
#> SRR1384413 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.5948 0.500 0.360 0.000 0.640
#> SRR1434093 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 1 0.4521 0.735 0.816 0.180 0.004
#> SRR1321420 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.6204 0.337 0.424 0.000 0.576
#> SRR1398371 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1507229 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1310373 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
#> SRR1408072 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1453026 2 0.0892 0.968 0.000 0.980 0.020
#> SRR1388105 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.1129 0.961 0.020 0.004 0.976
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.2868 0.8349 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1442648 4 0.4933 0.8793 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1486174 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 4 0.4713 0.9323 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1321283 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.2216 0.8987 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1435584 4 0.4843 0.9109 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1458026 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1094192 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1397180 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR657492 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.4134 0.7305 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR818530 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817563 4 0.4925 0.8838 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR613462 1 0.4222 0.7219 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1405206 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.4981 -0.6907 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1380785 3 0.6586 0.3890 0.000 0.368 0.544 0.088
#> SRR612875 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808327 4 0.4925 0.8838 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1355194 3 0.6182 0.5596 0.000 0.276 0.636 0.088
#> SRR1408227 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1086304 2 0.6897 0.2479 0.000 0.544 0.124 0.332
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.7252 0.1442 0.000 0.544 0.228 0.228
#> SRR602437 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1356487 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 4 0.4925 0.8838 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 4 0.4916 0.8879 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1367456 2 0.5883 0.4179 0.000 0.640 0.060 0.300
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 1 0.4164 0.7276 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1383960 1 0.2011 0.8955 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR600924 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.3837 0.8052 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR598148 1 0.7878 0.0756 0.376 0.284 0.000 0.340
#> SRR1444390 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1444644 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR603918 2 0.3649 0.6322 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1468682 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1490505 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 2 0.7138 0.2403 0.008 0.536 0.116 0.340
#> SRR1075631 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1444954 2 0.2021 0.7804 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR1479286 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1381524 3 0.3837 0.8052 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1392208 4 0.4888 0.8992 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1456693 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658331 3 0.3837 0.8052 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR810619 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR600829 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.5767 0.8502 0.060 0.280 0.000 0.660
#> SRR2185195 1 0.1940 0.9069 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1489693 3 0.3837 0.8052 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1318662 4 0.4830 0.9137 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR661337 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1419453 3 0.3837 0.8052 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1437208 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.4790 0.9217 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1093269 4 0.4933 0.8793 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1341456 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 4 0.4977 0.7940 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR816358 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.7513 0.4740 0.000 0.284 0.492 0.224
#> SRR813728 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1432366 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.2589 0.8682 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.4999 0.7806 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1398706 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392749 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR603968 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR663100 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR661229 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.3873 0.8022 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1464281 4 0.4941 0.8746 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1400397 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.4925 0.8838 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1384917 2 0.1022 0.8007 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1435182 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.7551 0.4867 0.000 0.272 0.488 0.240
#> SRR663014 4 0.4898 0.8956 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1417960 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1474730 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381269 4 0.4916 0.8880 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR657695 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357650 4 0.4948 0.8694 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1472237 4 0.4730 0.9310 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1470816 4 0.4941 0.8746 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.6646 0.6795 0.000 0.156 0.620 0.224
#> SRR1392795 4 0.4992 0.8131 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.4382 0.8809 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1360587 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR604230 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1347667 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.5169 0.5020 0.032 0.696 0.000 0.272
#> SRR665514 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1429802 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1345436 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.4941 0.8746 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1417766 4 0.4941 0.8746 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1420606 2 0.2921 0.7160 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0188 0.8071 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1102756 4 0.4713 0.9319 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1366519 4 0.4830 0.9137 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1080438 4 0.4907 0.8919 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1391789 4 0.5862 0.2599 0.148 0.148 0.000 0.704
#> SRR1402195 1 0.3649 0.8242 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1429516 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1406662 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.2530 0.8876 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1434568 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1341965 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1473505 4 0.4941 0.8746 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1402068 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 4 0.4830 0.9137 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1397329 3 0.3074 0.8287 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1093243 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1418390 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR601868 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR815893 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1455503 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR810737 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1347500 1 0.2345 0.8945 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1443182 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1457872 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR658481 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.3837 0.8052 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR656433 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1308674 4 0.4916 0.8879 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1338363 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344271 4 0.4925 0.8838 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1321608 4 0.4941 0.8746 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1441464 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR607970 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.1637 0.7875 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR604174 1 0.3688 0.8207 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1345221 1 0.2216 0.8987 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR815517 2 0.7641 -0.1161 0.000 0.452 0.324 0.224
#> SRR615970 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1419638 1 0.4164 0.7276 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1434975 2 0.6323 0.4049 0.000 0.628 0.100 0.272
#> SRR1445741 4 0.4933 0.8793 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.2345 0.8945 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1358779 3 0.3837 0.8052 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1473142 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1410334 2 0.1302 0.7963 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1352234 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1487807 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1489715 2 0.1474 0.7918 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1364780 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1409748 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.2973 0.8438 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1308696 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.1792 0.7824 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1366690 1 0.3837 0.8063 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1317707 4 0.4925 0.8838 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1339321 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1442487 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319344 2 0.6240 0.3513 0.000 0.604 0.076 0.320
#> SRR1332835 2 0.5000 -0.7678 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1334694 4 0.4916 0.8879 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1478434 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1479933 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 4 0.4925 0.8838 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR661192 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.2654 0.7486 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR814587 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR656899 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1088340 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.2011 0.8955 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1442273 4 0.4790 0.9216 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1407470 4 0.4907 0.8918 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1490289 2 0.2704 0.5737 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1093649 2 0.6273 0.3818 0.000 0.636 0.264 0.100
#> SRR1478900 3 0.5213 0.7776 0.052 0.000 0.724 0.224
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.4967 0.8524 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.6337 -0.2074 0.468 0.060 0.000 0.472
#> SRR657903 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1441850 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR613759 1 0.3219 0.8564 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1472281 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1440445 3 0.3837 0.8052 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1088734 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1455607 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1077528 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1364695 3 0.6139 0.7218 0.100 0.000 0.656 0.244
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1092889 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352213 1 0.0336 0.9370 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR817825 2 0.6547 0.2956 0.000 0.568 0.092 0.340
#> SRR660366 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323512 4 0.4830 0.9146 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1325247 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1351583 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1318484 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.5769 0.6059 0.624 0.008 0.028 0.340
#> SRR1455842 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1352619 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.6015 0.4331 0.000 0.652 0.080 0.268
#> SRR661120 1 0.2530 0.8714 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR601613 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.1302 0.9224 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1368616 4 0.4877 0.9018 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR604122 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR598509 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1339199 4 0.4925 0.8838 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.3837 0.7559 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR656288 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379365 4 0.4877 0.9018 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1384852 4 0.4643 0.9412 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1430357 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR2164847 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807901 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR816064 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.1637 0.9089 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR662749 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.6773 0.1904 0.000 0.584 0.284 0.132
#> SRR1343653 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1336134 2 0.0469 0.7960 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR654940 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 4 0.4972 0.8464 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1326343 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR811145 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.3975 0.7902 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1075997 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1090483 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 4 0.4817 0.9165 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1430420 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1388419 2 0.1474 0.7918 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1442250 2 0.6203 0.3296 0.000 0.592 0.068 0.340
#> SRR1430679 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1311109 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1478990 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1392434 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.4843 0.9109 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1315393 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.3649 0.8242 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1451778 1 0.3649 0.8242 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR657089 3 0.7518 0.5437 0.244 0.000 0.496 0.260
#> SRR1395659 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385716 3 0.6344 0.7083 0.128 0.000 0.648 0.224
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0707 0.9330 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1485078 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.6435 0.6990 0.136 0.000 0.640 0.224
#> SRR599249 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR810051 4 0.4866 0.9054 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1407202 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1434399 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1330965 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.7737 0.3127 0.360 0.000 0.408 0.232
#> SRR1405028 1 0.3837 0.8063 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR612719 1 0.3873 0.7580 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1340617 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1448183 1 0.2345 0.8945 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1362488 2 0.4996 -0.7386 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1361156 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.4008 0.7861 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1477837 4 0.3837 0.7616 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR607252 1 0.2216 0.8987 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1418946 1 0.3837 0.7559 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1456567 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1487425 4 0.4955 0.8642 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1335627 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.6500 0.1588 0.000 0.580 0.328 0.092
#> SRR1447673 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR815735 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR601645 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.4485 0.6878 0.772 0.028 0.000 0.200
#> SRR659983 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614215 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR659283 1 0.2345 0.8945 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1459956 4 0.4941 0.8746 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1340441 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.2345 0.8945 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1403390 3 0.4609 0.7934 0.000 0.024 0.752 0.224
#> SRR1452741 1 0.2760 0.8583 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1458484 1 0.5857 0.6310 0.696 0.000 0.108 0.196
#> SRR1387091 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1358017 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1376539 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1419829 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.2589 0.8853 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1367849 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.5932 0.7399 0.000 0.096 0.680 0.224
#> SRR1398311 2 0.2216 0.6492 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1442149 4 0.7394 0.4884 0.236 0.244 0.000 0.520
#> SRR809137 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR600852 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1321225 3 0.5932 0.7399 0.000 0.096 0.680 0.224
#> SRR1069802 1 0.1211 0.9247 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1077643 2 0.5687 0.4934 0.000 0.684 0.068 0.248
#> SRR1334154 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1390072 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1467612 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.1557 0.7898 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.0188 0.8110 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.2345 0.8945 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1400290 1 0.3837 0.7559 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1084892 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.4072 0.7775 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1477015 1 0.5228 0.7065 0.756 0.000 0.120 0.124
#> SRR1380501 2 0.4697 0.4005 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1446156 4 0.4925 0.8838 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1488328 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1086889 4 0.4916 0.8879 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR814611 1 0.3024 0.8399 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR599086 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.4405 0.7228 0.800 0.048 0.000 0.152
#> SRR807877 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR601986 3 0.7387 0.5589 0.256 0.000 0.520 0.224
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.2149 0.8898 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR600474 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.2345 0.8945 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1430951 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.3453 0.8314 0.000 0.052 0.868 0.080
#> SRR1478149 3 0.2345 0.8441 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1384413 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1366855 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1077115 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1399990 1 0.7175 0.3130 0.556 0.000 0.220 0.224
#> SRR1434093 1 0.3837 0.7559 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1341408 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR612335 1 0.5055 0.6760 0.712 0.032 0.000 0.256
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.6069 0.4373 0.356 0.000 0.588 0.056
#> SRR1398371 4 0.4916 0.8882 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR614996 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 4 0.4907 0.8919 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1311509 1 0.3726 0.8171 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1507229 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1469591 1 0.3837 0.7559 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1392813 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.8126 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388105 4 0.4624 0.9434 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.2690 0.8134 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.5359 0.2709 0.000 0.080 0.616 0.000 0.304
#> SRR1442648 4 0.3039 0.6172 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1486174 2 0.2605 0.8165 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1349433 4 0.2280 0.6884 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.4014 0.6817 0.728 0.016 0.000 0.000 0.256
#> SRR1435584 4 0.1732 0.7180 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1458026 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1094192 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1397180 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR657492 1 0.0510 0.8580 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR662665 5 0.5594 0.3947 0.436 0.072 0.000 0.000 0.492
#> SRR818530 2 0.2127 0.8262 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR817563 4 0.3109 0.6068 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR613462 5 0.5687 0.3986 0.436 0.080 0.000 0.000 0.484
#> SRR1405206 2 0.2179 0.8264 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1454136 4 0.3707 0.4588 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1380785 2 0.5174 0.2233 0.000 0.604 0.340 0.000 0.056
#> SRR612875 1 0.1341 0.8437 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR808327 4 0.3074 0.6119 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1355194 3 0.5376 0.2796 0.000 0.424 0.520 0.000 0.056
#> SRR1408227 4 0.0963 0.7400 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1086304 2 0.4561 -0.1294 0.000 0.504 0.008 0.000 0.488
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.2522 0.8234 0.000 0.880 0.000 0.108 0.012
#> SRR1084965 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1310563 2 0.4890 -0.0798 0.000 0.524 0.024 0.000 0.452
#> SRR602437 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.4219 0.6713 0.716 0.024 0.000 0.000 0.260
#> SRR1356487 2 0.2179 0.8264 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1479263 4 0.3109 0.6068 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345827 4 0.3003 0.6215 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1367456 2 0.3242 0.5078 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.2522 0.8234 0.000 0.880 0.000 0.108 0.012
#> SRR1087197 5 0.5594 0.3947 0.436 0.072 0.000 0.000 0.492
#> SRR1383960 1 0.3305 0.6054 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR600924 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0609 0.8547 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1071692 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 5 0.5692 0.2000 0.000 0.080 0.448 0.000 0.472
#> SRR598148 5 0.5107 0.4171 0.064 0.296 0.000 0.000 0.640
#> SRR1444390 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.4301 0.6678 0.712 0.028 0.000 0.000 0.260
#> SRR603918 2 0.3132 0.6542 0.000 0.820 0.000 0.008 0.172
#> SRR1468682 4 0.2561 0.7750 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1490505 2 0.3586 0.7331 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1343859 5 0.4060 0.3090 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1075631 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1444954 2 0.2312 0.7955 0.000 0.912 0.016 0.060 0.012
#> SRR1479286 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1381524 5 0.6036 0.2313 0.012 0.080 0.436 0.000 0.472
#> SRR1392208 4 0.3399 0.6578 0.000 0.168 0.000 0.812 0.020
#> SRR1456693 2 0.2230 0.8258 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1358482 2 0.2522 0.8234 0.000 0.880 0.000 0.108 0.012
#> SRR658331 5 0.5694 0.1826 0.000 0.080 0.456 0.000 0.464
#> SRR810619 4 0.0963 0.7400 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR600829 1 0.1121 0.8371 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR599380 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.4141 0.7625 0.024 0.000 0.000 0.728 0.248
#> SRR2185195 1 0.3988 0.6851 0.732 0.016 0.000 0.000 0.252
#> SRR1489693 3 0.5687 -0.1492 0.000 0.080 0.484 0.000 0.436
#> SRR1318662 4 0.1792 0.7157 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR661337 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1419453 5 0.5687 0.2158 0.000 0.080 0.436 0.000 0.484
#> SRR1437208 4 0.0609 0.7550 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.1478 0.7271 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1093269 4 0.3074 0.6121 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.6108 0.5958 0.000 0.248 0.000 0.564 0.188
#> SRR816358 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658283 5 0.6640 0.3210 0.000 0.232 0.280 0.004 0.484
#> SRR813728 2 0.2516 0.8196 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1394520 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1308200 4 0.0609 0.7453 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1432366 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1087992 1 0.2690 0.6991 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1405593 1 0.0609 0.8547 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1326040 1 0.4114 0.2179 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.5811 0.6129 0.000 0.264 0.000 0.596 0.140
#> SRR1398706 2 0.2179 0.8264 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1368794 2 0.2179 0.8264 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1392749 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR603968 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.4132 0.6747 0.720 0.020 0.000 0.000 0.260
#> SRR663100 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR661229 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.5320 0.3642 0.524 0.052 0.000 0.000 0.424
#> SRR1464281 4 0.3305 0.5727 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1400397 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1331444 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.3109 0.6068 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1384917 2 0.1597 0.7834 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR1435182 4 0.0162 0.7511 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477569 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR602461 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1354710 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 5 0.6454 0.3411 0.000 0.304 0.208 0.000 0.488
#> SRR663014 4 0.5689 0.7155 0.000 0.136 0.000 0.616 0.248
#> SRR1417960 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 4 0.2732 0.6530 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR657695 2 0.2179 0.8264 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1357650 4 0.3636 0.4853 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1472237 4 0.1341 0.7313 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1470816 4 0.3242 0.5909 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 5 0.6589 0.3045 0.000 0.328 0.224 0.000 0.448
#> SRR1392795 4 0.4235 0.0187 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.4677 0.7105 0.000 0.036 0.000 0.664 0.300
#> SRR1360587 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR604230 1 0.4132 0.6747 0.720 0.020 0.000 0.000 0.260
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 5 0.4906 0.0792 0.000 0.480 0.000 0.024 0.496
#> SRR665514 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1429802 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1345436 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1433684 1 0.1121 0.8371 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR613186 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.3109 0.6068 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1417766 4 0.3274 0.5783 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1420606 2 0.2067 0.7368 0.000 0.920 0.000 0.032 0.048
#> SRR1326687 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.4060 0.6219 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1102756 4 0.2612 0.6904 0.000 0.124 0.000 0.868 0.008
#> SRR1366519 4 0.1908 0.7105 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1080438 4 0.2329 0.6867 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1391789 5 0.7198 0.3271 0.084 0.100 0.000 0.340 0.476
#> SRR1402195 1 0.5143 0.4861 0.584 0.048 0.000 0.000 0.368
#> SRR1429516 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1406662 2 0.2280 0.8252 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1333414 2 0.3857 0.6823 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1369030 2 0.4045 0.6279 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.2516 0.8196 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.4040 0.6779 0.724 0.016 0.000 0.000 0.260
#> SRR1434568 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1341965 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1473505 4 0.3774 0.4736 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1402068 2 0.2522 0.8234 0.000 0.880 0.000 0.108 0.012
#> SRR1490076 4 0.1851 0.7131 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.0404 0.7474 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1397329 3 0.4326 0.4704 0.000 0.028 0.708 0.000 0.264
#> SRR1093243 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1418390 2 0.3752 0.7054 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.4219 0.6713 0.716 0.024 0.000 0.000 0.260
#> SRR601868 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR607313 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.0963 0.7400 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR815893 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1455503 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR810737 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1347500 1 0.4014 0.6817 0.728 0.016 0.000 0.000 0.256
#> SRR1443182 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1457872 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR658481 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1406243 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 5 0.5604 0.1863 0.000 0.072 0.456 0.000 0.472
#> SRR656433 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.0000 0.7501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 4 0.3003 0.6215 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 4 0.3109 0.6068 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1321608 4 0.3636 0.4853 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1441464 4 0.0963 0.7400 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.1195 0.7621 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR604174 1 0.4846 0.5000 0.588 0.028 0.000 0.000 0.384
#> SRR1345221 1 0.4014 0.6817 0.728 0.016 0.000 0.000 0.256
#> SRR815517 2 0.5778 -0.1966 0.000 0.464 0.088 0.000 0.448
#> SRR615970 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0609 0.8563 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1383125 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.2068 0.7677 0.000 0.004 0.000 0.904 0.092
#> SRR1419638 5 0.5594 0.3947 0.436 0.072 0.000 0.000 0.492
#> SRR1434975 2 0.4305 -0.1066 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1445741 4 0.3274 0.5787 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1088142 1 0.0609 0.8547 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR604206 1 0.4014 0.6817 0.728 0.016 0.000 0.000 0.256
#> SRR1358779 5 0.5689 0.2111 0.000 0.080 0.440 0.000 0.480
#> SRR1473142 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1410334 2 0.1670 0.7872 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR1352234 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1487807 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1489715 2 0.2674 0.7770 0.000 0.868 0.000 0.120 0.012
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.2966 0.7785 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1409748 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.4045 0.6279 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1316725 2 0.2522 0.8234 0.000 0.880 0.000 0.108 0.012
#> SRR1314851 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.4287 -0.1260 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.2293 0.7941 0.000 0.900 0.000 0.084 0.016
#> SRR1366690 1 0.4917 0.4346 0.556 0.028 0.000 0.000 0.416
#> SRR1317707 4 0.3109 0.6068 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1339321 4 0.1608 0.7652 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1442487 2 0.4060 0.6219 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1069690 2 0.2127 0.8262 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1319344 2 0.2020 0.6575 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1332835 4 0.3366 0.5596 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1334694 4 0.2891 0.6357 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1478434 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1479933 2 0.2522 0.8234 0.000 0.880 0.000 0.108 0.012
#> SRR1313853 4 0.3109 0.6068 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.3691 0.6977 0.000 0.820 0.000 0.076 0.104
#> SRR814587 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR656899 1 0.4219 0.6713 0.716 0.024 0.000 0.000 0.260
#> SRR1088340 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1349772 1 0.3039 0.7443 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1317305 1 0.4219 0.0455 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1442273 4 0.1270 0.7338 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1407470 4 0.2852 0.6400 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1490289 2 0.4238 0.6969 0.000 0.756 0.000 0.192 0.052
#> SRR1093649 2 0.3674 0.6403 0.000 0.812 0.156 0.016 0.016
#> SRR1478900 5 0.6439 0.2920 0.040 0.072 0.408 0.000 0.480
#> SRR1447652 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.3932 0.3530 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.1478 0.8137 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR615335 1 0.1121 0.8371 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1321505 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 5 0.6709 -0.2400 0.136 0.024 0.000 0.356 0.484
#> SRR657903 1 0.4132 0.6747 0.720 0.020 0.000 0.000 0.260
#> SRR1403458 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.4132 0.6747 0.720 0.020 0.000 0.000 0.260
#> SRR1441850 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR613759 1 0.4655 0.5831 0.644 0.028 0.000 0.000 0.328
#> SRR1472281 4 0.3424 0.7829 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1440445 5 0.5691 0.2059 0.000 0.080 0.444 0.000 0.476
#> SRR1088734 4 0.3452 0.7831 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1455607 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1077528 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1364695 5 0.7348 0.4254 0.132 0.080 0.304 0.000 0.484
#> SRR1348226 1 0.0404 0.8588 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1313560 1 0.4301 0.6678 0.712 0.028 0.000 0.000 0.260
#> SRR1092889 2 0.2286 0.8255 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1352213 1 0.2929 0.6593 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2185233 1 0.1792 0.8204 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.0963 0.7400 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR817825 2 0.4307 -0.1265 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR660366 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0880 0.8503 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR821183 2 0.2179 0.8264 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1323512 4 0.2230 0.6935 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1325247 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1318484 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1322395 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1325464 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1340280 5 0.5303 0.4578 0.108 0.232 0.000 0.000 0.660
#> SRR1455842 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0609 0.8563 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR662763 2 0.3452 0.4567 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR661120 1 0.4182 0.1227 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR601613 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR811535 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.3395 0.7107 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1368616 4 0.2127 0.6995 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1375677 1 0.0290 0.8613 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365700 4 0.0963 0.7400 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR604122 1 0.4219 0.6713 0.716 0.024 0.000 0.000 0.260
#> SRR598509 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.4219 0.6713 0.716 0.024 0.000 0.000 0.260
#> SRR1339921 1 0.1043 0.8403 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR664743 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1339199 4 0.3109 0.6068 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1355660 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481012 1 0.0609 0.8563 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR603449 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.2329 0.7931 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR808808 5 0.5601 0.3791 0.448 0.072 0.000 0.000 0.480
#> SRR656288 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.2286 0.8255 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR662043 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.2516 0.8196 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1379365 4 0.2020 0.7056 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1384852 4 0.1197 0.7354 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1430357 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR2164847 1 0.0703 0.8572 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR807901 1 0.4132 0.6747 0.720 0.020 0.000 0.000 0.260
#> SRR816064 1 0.0290 0.8613 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR810507 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.3039 0.6610 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR662749 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.2446 0.6815 0.000 0.900 0.044 0.000 0.056
#> SRR1343653 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1336134 2 0.3774 0.6995 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR654940 2 0.2179 0.8264 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1098288 4 0.3999 0.3078 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1326343 1 0.4301 0.6678 0.712 0.028 0.000 0.000 0.260
#> SRR811145 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.5346 0.3053 0.496 0.052 0.000 0.000 0.452
#> SRR1075997 4 0.0963 0.7400 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1090483 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1388698 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312482 4 0.1671 0.7203 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1388419 2 0.1341 0.7952 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1442250 2 0.3424 0.4699 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1430679 4 0.0510 0.7464 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1311109 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1478990 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1392434 4 0.1211 0.7497 0.000 0.024 0.000 0.960 0.016
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.1792 0.7156 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1315393 2 0.2424 0.8221 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.4045 0.6279 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1330153 1 0.4874 0.5127 0.600 0.032 0.000 0.000 0.368
#> SRR1451778 1 0.4874 0.5127 0.600 0.032 0.000 0.000 0.368
#> SRR657089 5 0.7388 0.4531 0.164 0.072 0.272 0.000 0.492
#> SRR1395659 2 0.2179 0.8264 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1385716 5 0.6907 0.3569 0.080 0.072 0.368 0.000 0.480
#> SRR1466109 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.1671 0.8306 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1485078 2 0.2127 0.8262 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR661806 1 0.1341 0.8276 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1334919 5 0.6828 0.3466 0.072 0.072 0.376 0.000 0.480
#> SRR599249 1 0.4301 0.6678 0.712 0.028 0.000 0.000 0.260
#> SRR810051 4 0.2969 0.6958 0.000 0.128 0.000 0.852 0.020
#> SRR1407202 1 0.4301 0.6678 0.712 0.028 0.000 0.000 0.260
#> SRR1434399 1 0.4132 0.6747 0.720 0.020 0.000 0.000 0.260
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 5 0.7219 0.5140 0.328 0.072 0.120 0.000 0.480
#> SRR1405028 1 0.4957 0.3778 0.528 0.028 0.000 0.000 0.444
#> SRR612719 5 0.5405 0.3467 0.460 0.056 0.000 0.000 0.484
#> SRR1340617 4 0.0963 0.7400 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1448183 1 0.4014 0.6817 0.728 0.016 0.000 0.000 0.256
#> SRR1362488 4 0.4305 -0.2326 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1361156 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.5044 0.3190 0.504 0.032 0.000 0.000 0.464
#> SRR1477837 5 0.5678 -0.3038 0.000 0.084 0.000 0.392 0.524
#> SRR607252 1 0.4014 0.6817 0.728 0.016 0.000 0.000 0.256
#> SRR1418946 5 0.5601 0.3791 0.448 0.072 0.000 0.000 0.480
#> SRR1456567 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1487425 4 0.3561 0.5095 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1335627 2 0.2127 0.8262 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.3161 0.6562 0.000 0.860 0.092 0.004 0.044
#> SRR1447673 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR815735 1 0.0510 0.8568 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1404251 4 0.0963 0.7400 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.6755 0.1190 0.360 0.000 0.000 0.376 0.264
#> SRR659983 1 0.2471 0.7851 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1402414 2 0.2179 0.8264 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR614215 1 0.4301 0.6678 0.712 0.028 0.000 0.000 0.260
#> SRR659283 1 0.4014 0.6817 0.728 0.016 0.000 0.000 0.256
#> SRR1459956 4 0.3452 0.5382 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.4014 0.6817 0.728 0.016 0.000 0.000 0.256
#> SRR1403390 5 0.6100 0.2663 0.000 0.128 0.388 0.000 0.484
#> SRR1452741 1 0.4297 -0.1714 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1458484 1 0.6469 -0.3539 0.464 0.072 0.032 0.004 0.428
#> SRR1387091 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1419829 2 0.2127 0.8262 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.4301 0.6678 0.712 0.028 0.000 0.000 0.260
#> SRR1367849 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1320939 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656588 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 5 0.6344 0.2971 0.000 0.172 0.344 0.000 0.484
#> SRR1398311 2 0.3074 0.7732 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1442149 4 0.4780 0.7295 0.060 0.000 0.000 0.692 0.248
#> SRR809137 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR600852 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1414857 4 0.3452 0.7831 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1321225 5 0.6323 0.2859 0.000 0.164 0.360 0.000 0.476
#> SRR1069802 1 0.3183 0.7592 0.828 0.016 0.000 0.000 0.156
#> SRR1077643 2 0.4341 0.4266 0.000 0.628 0.000 0.008 0.364
#> SRR1334154 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1390072 4 0.0703 0.7441 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1467612 2 0.2690 0.8132 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1430133 2 0.2069 0.7752 0.000 0.912 0.000 0.076 0.012
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.2536 0.8048 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.1121 0.8371 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR662150 1 0.4014 0.6817 0.728 0.016 0.000 0.000 0.256
#> SRR1400290 5 0.5601 0.3791 0.448 0.072 0.000 0.000 0.480
#> SRR1084892 2 0.3752 0.7054 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1416166 5 0.4425 0.0852 0.392 0.008 0.000 0.000 0.600
#> SRR1477015 1 0.5419 0.0273 0.580 0.020 0.032 0.000 0.368
#> SRR1380501 4 0.6754 -0.2103 0.000 0.332 0.000 0.396 0.272
#> SRR1446156 4 0.6328 0.6380 0.000 0.244 0.000 0.528 0.228
#> SRR1488328 4 0.0963 0.7400 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1086889 4 0.2891 0.6355 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR814611 1 0.4650 -0.1968 0.520 0.012 0.000 0.000 0.468
#> SRR599086 1 0.0290 0.8605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1086844 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.6226 0.0489 0.504 0.000 0.000 0.340 0.156
#> SRR807877 4 0.0404 0.7474 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 4 0.0609 0.7453 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR601986 5 0.7515 0.4879 0.248 0.072 0.200 0.000 0.480
#> SRR1446226 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.3305 0.6054 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR600474 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0609 0.8547 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1323628 1 0.4014 0.6817 0.728 0.016 0.000 0.000 0.256
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.5091 0.5324 0.000 0.236 0.676 0.000 0.088
#> SRR1478149 3 0.4449 0.5879 0.000 0.080 0.752 0.000 0.168
#> SRR1384413 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1366855 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1077115 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1399990 5 0.6980 0.5180 0.360 0.072 0.088 0.000 0.480
#> SRR1434093 5 0.5601 0.3791 0.448 0.072 0.000 0.000 0.480
#> SRR1341408 4 0.0510 0.7469 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR612335 1 0.5721 0.4765 0.580 0.028 0.000 0.044 0.348
#> SRR1321420 1 0.0510 0.8580 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1329177 3 0.6812 -0.2999 0.324 0.000 0.364 0.000 0.312
#> SRR1398371 4 0.5971 0.7014 0.000 0.172 0.000 0.584 0.244
#> SRR614996 1 0.1121 0.8371 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1431602 4 0.2329 0.6867 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1311509 1 0.5458 0.4267 0.552 0.068 0.000 0.000 0.380
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1469591 5 0.5555 0.3699 0.452 0.068 0.000 0.000 0.480
#> SRR1392813 2 0.4060 0.6219 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1453026 2 0.3305 0.7693 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1388105 4 0.3480 0.7832 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1357558 1 0.0000 0.8639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9093 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1468613 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR815184 5 0.1434 0.8707 0.000 0.048 0.000 0.012 0.940 0.000
#> SRR1381693 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1467904 6 0.4504 0.3868 0.000 0.004 0.392 0.000 0.028 0.576
#> SRR1442648 2 0.5386 0.6866 0.000 0.548 0.000 0.316 0.136 0.000
#> SRR1486174 5 0.1225 0.8752 0.000 0.036 0.000 0.012 0.952 0.000
#> SRR1349433 2 0.5011 0.6734 0.000 0.552 0.000 0.368 0.080 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.5537 0.4478 0.492 0.368 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1435584 2 0.4957 0.6664 0.000 0.544 0.000 0.384 0.072 0.000
#> SRR1406265 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1094192 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397180 4 0.0260 0.9310 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0937 0.8302 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR662665 6 0.3276 0.7583 0.132 0.052 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR818530 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR817563 2 0.5378 0.6868 0.000 0.544 0.000 0.324 0.132 0.000
#> SRR613462 6 0.2876 0.7733 0.132 0.008 0.000 0.000 0.016 0.844
#> SRR1405206 5 0.1053 0.8777 0.000 0.020 0.000 0.012 0.964 0.004
#> SRR1454136 2 0.5539 0.6671 0.000 0.548 0.000 0.272 0.180 0.000
#> SRR1380785 5 0.4224 0.6344 0.000 0.004 0.156 0.000 0.744 0.096
#> SRR612875 1 0.3125 0.7786 0.836 0.080 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR808327 2 0.5354 0.6870 0.000 0.552 0.000 0.316 0.132 0.000
#> SRR1355194 5 0.5372 0.0887 0.000 0.004 0.412 0.000 0.488 0.096
#> SRR1408227 2 0.4648 0.6417 0.000 0.548 0.000 0.408 0.044 0.000
#> SRR1086304 6 0.3098 0.7284 0.000 0.024 0.000 0.000 0.164 0.812
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR1084965 1 0.1713 0.8119 0.928 0.044 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1310563 6 0.3623 0.6921 0.000 0.020 0.008 0.000 0.208 0.764
#> SRR602437 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR663404 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360442 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1356487 5 0.0909 0.8776 0.000 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR1479263 2 0.5354 0.6870 0.000 0.552 0.000 0.316 0.132 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345736 1 0.1003 0.8323 0.964 0.020 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1345827 2 0.5313 0.6875 0.000 0.552 0.000 0.324 0.124 0.000
#> SRR1367456 5 0.4011 0.4585 0.000 0.024 0.000 0.000 0.672 0.304
#> SRR1072650 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446393 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR1087197 6 0.3395 0.7596 0.132 0.060 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1383960 1 0.4517 0.4348 0.648 0.060 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR600924 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662390 1 0.2390 0.7864 0.888 0.056 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1071692 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658421 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352936 6 0.3175 0.7311 0.000 0.000 0.164 0.000 0.028 0.808
#> SRR598148 6 0.2364 0.7387 0.004 0.032 0.000 0.000 0.072 0.892
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR603918 5 0.3003 0.7431 0.000 0.172 0.000 0.000 0.812 0.016
#> SRR1468682 4 0.3175 0.4244 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1490505 5 0.1913 0.8489 0.000 0.080 0.000 0.012 0.908 0.000
#> SRR1343859 6 0.2282 0.7365 0.000 0.024 0.000 0.000 0.088 0.888
#> SRR1075631 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444954 5 0.0665 0.8728 0.000 0.008 0.000 0.008 0.980 0.004
#> SRR1479286 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381524 6 0.3017 0.7326 0.000 0.000 0.164 0.000 0.020 0.816
#> SRR1392208 2 0.5350 0.6153 0.000 0.476 0.000 0.416 0.108 0.000
#> SRR1456693 5 0.1511 0.8713 0.000 0.044 0.000 0.012 0.940 0.004
#> SRR1358482 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR658331 6 0.3312 0.7202 0.000 0.000 0.180 0.000 0.028 0.792
#> SRR810619 2 0.4648 0.6417 0.000 0.548 0.000 0.408 0.044 0.000
#> SRR600829 1 0.2837 0.7564 0.856 0.056 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR599380 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0291 0.9334 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR2185195 1 0.5449 0.4590 0.504 0.368 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1489693 6 0.3785 0.7023 0.000 0.012 0.196 0.000 0.028 0.764
#> SRR1318662 2 0.4985 0.6703 0.000 0.548 0.000 0.376 0.076 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR601239 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419453 6 0.3614 0.7282 0.000 0.016 0.164 0.000 0.028 0.792
#> SRR1437208 2 0.3998 0.4903 0.000 0.504 0.000 0.492 0.004 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.4750 0.6488 0.000 0.544 0.000 0.404 0.052 0.000
#> SRR1093269 2 0.5346 0.6873 0.000 0.548 0.000 0.324 0.128 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.3668 0.5515 0.000 0.028 0.000 0.744 0.228 0.000
#> SRR816358 1 0.1921 0.8057 0.916 0.052 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR658283 6 0.3424 0.7495 0.000 0.000 0.092 0.000 0.096 0.812
#> SRR813728 5 0.1225 0.8752 0.000 0.036 0.000 0.012 0.952 0.000
#> SRR1394520 1 0.1176 0.8279 0.956 0.020 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1308200 2 0.4234 0.5903 0.000 0.544 0.000 0.440 0.016 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.3803 0.6197 0.760 0.056 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1405593 1 0.2390 0.7864 0.888 0.056 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1326040 6 0.4607 0.5225 0.328 0.056 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1488632 4 0.3250 0.6516 0.000 0.012 0.000 0.788 0.196 0.004
#> SRR1398706 5 0.0993 0.8778 0.000 0.024 0.000 0.012 0.964 0.000
#> SRR1368794 5 0.0909 0.8776 0.000 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR1392749 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.5597 0.4356 0.480 0.372 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR663100 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661229 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR663705 2 0.6427 -0.2592 0.264 0.428 0.000 0.000 0.020 0.288
#> SRR1464281 2 0.5514 0.6683 0.000 0.552 0.000 0.272 0.176 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1439958 2 0.5354 0.6870 0.000 0.552 0.000 0.316 0.132 0.000
#> SRR1384917 5 0.0146 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1435182 2 0.3991 0.5193 0.000 0.524 0.000 0.472 0.000 0.004
#> SRR1477569 1 0.1657 0.8123 0.928 0.056 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR602461 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1334338 1 0.1984 0.8031 0.912 0.056 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1354710 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613510 6 0.3664 0.7465 0.000 0.020 0.060 0.000 0.108 0.812
#> SRR663014 4 0.1908 0.8056 0.000 0.004 0.000 0.900 0.096 0.000
#> SRR1417960 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1474730 3 0.0363 0.9579 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1381269 2 0.5230 0.6845 0.000 0.548 0.000 0.344 0.108 0.000
#> SRR657695 5 0.1511 0.8713 0.000 0.044 0.000 0.012 0.940 0.004
#> SRR1357650 2 0.5575 0.6552 0.000 0.548 0.000 0.252 0.200 0.000
#> SRR1472237 2 0.4831 0.6578 0.000 0.548 0.000 0.392 0.060 0.000
#> SRR1470816 2 0.5593 0.6687 0.000 0.536 0.000 0.280 0.184 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1318998 6 0.4276 0.7246 0.000 0.020 0.084 0.000 0.136 0.760
#> SRR1392795 2 0.5266 0.3937 0.000 0.544 0.000 0.112 0.344 0.000
#> SRR1469859 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1378243 4 0.2680 0.7625 0.000 0.108 0.000 0.860 0.032 0.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604230 1 0.5592 0.4398 0.484 0.368 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 6 0.3608 0.7360 0.000 0.064 0.000 0.000 0.148 0.788
#> SRR665514 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.2837 0.7564 0.856 0.056 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR613186 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.5408 0.6831 0.000 0.552 0.000 0.304 0.144 0.000
#> SRR1417766 2 0.5492 0.6723 0.000 0.552 0.000 0.280 0.168 0.000
#> SRR1420606 5 0.2882 0.7013 0.000 0.008 0.000 0.000 0.812 0.180
#> SRR1326687 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.4229 0.1165 0.000 0.548 0.000 0.016 0.436 0.000
#> SRR1102756 2 0.5065 0.6507 0.000 0.524 0.000 0.396 0.080 0.000
#> SRR1366519 2 0.5011 0.6748 0.000 0.552 0.000 0.368 0.080 0.000
#> SRR1080438 2 0.5147 0.6802 0.000 0.548 0.000 0.356 0.096 0.000
#> SRR1391789 6 0.3992 0.6268 0.016 0.264 0.000 0.000 0.012 0.708
#> SRR1402195 2 0.6291 -0.3755 0.368 0.388 0.000 0.000 0.012 0.232
#> SRR1429516 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406662 5 0.1391 0.8731 0.000 0.040 0.000 0.016 0.944 0.000
#> SRR1333414 5 0.2357 0.8106 0.000 0.116 0.000 0.012 0.872 0.000
#> SRR1369030 2 0.4184 -0.0478 0.000 0.500 0.000 0.012 0.488 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 5 0.1225 0.8752 0.000 0.036 0.000 0.012 0.952 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.5592 0.4398 0.484 0.368 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1434568 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341965 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473505 2 0.5848 0.6207 0.000 0.488 0.000 0.256 0.256 0.000
#> SRR1402068 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR1490076 2 0.4985 0.6703 0.000 0.548 0.000 0.376 0.076 0.000
#> SRR1435501 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452491 2 0.3857 0.5327 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1397329 6 0.4256 0.2307 0.000 0.016 0.464 0.000 0.000 0.520
#> SRR1093243 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418390 5 0.4129 0.2567 0.000 0.424 0.000 0.012 0.564 0.000
#> SRR608480 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598589 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR601868 1 0.0777 0.8361 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR607313 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR812222 2 0.4648 0.6417 0.000 0.548 0.000 0.408 0.044 0.000
#> SRR815893 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1347500 1 0.5592 0.4398 0.484 0.368 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1443182 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457872 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406243 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332607 6 0.3088 0.7275 0.000 0.000 0.172 0.000 0.020 0.808
#> SRR656433 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420811 2 0.3857 0.5327 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.5325 0.6870 0.000 0.548 0.000 0.328 0.124 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.5354 0.6870 0.000 0.552 0.000 0.316 0.132 0.000
#> SRR1321608 2 0.5557 0.6538 0.000 0.552 0.000 0.248 0.200 0.000
#> SRR1441464 2 0.4648 0.6417 0.000 0.548 0.000 0.408 0.044 0.000
#> SRR607970 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1338171 5 0.0146 0.8638 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR604174 2 0.5983 -0.3490 0.324 0.432 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1345221 1 0.5537 0.4478 0.492 0.368 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR815517 6 0.3834 0.6985 0.000 0.020 0.020 0.000 0.200 0.760
#> SRR615970 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.1007 0.8284 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1383125 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331013 4 0.3515 0.1774 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000
#> SRR1419638 6 0.2531 0.7727 0.132 0.000 0.000 0.000 0.012 0.856
#> SRR1434975 6 0.3017 0.7297 0.000 0.020 0.000 0.000 0.164 0.816
#> SRR1445741 2 0.5454 0.6784 0.000 0.552 0.000 0.292 0.156 0.000
#> SRR1088142 1 0.2390 0.7864 0.888 0.056 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR604206 1 0.5592 0.4398 0.484 0.368 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1358779 6 0.3614 0.7282 0.000 0.016 0.164 0.000 0.028 0.792
#> SRR1473142 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1410334 5 0.0146 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1352234 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1487807 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1489715 5 0.1757 0.8503 0.000 0.076 0.000 0.000 0.916 0.008
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR813915 4 0.2730 0.5983 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1409748 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 5 0.4181 0.1009 0.000 0.476 0.000 0.012 0.512 0.000
#> SRR1316725 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR1314851 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 6 0.4011 0.6952 0.212 0.056 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 5 0.1334 0.8544 0.000 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR1366690 2 0.6027 -0.3183 0.304 0.424 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1317707 2 0.5378 0.6868 0.000 0.544 0.000 0.324 0.132 0.000
#> SRR1339321 4 0.3854 -0.3835 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.4229 0.1165 0.000 0.548 0.000 0.016 0.436 0.000
#> SRR1069690 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR1319344 5 0.1341 0.8315 0.000 0.024 0.000 0.000 0.948 0.028
#> SRR1332835 2 0.5346 0.6873 0.000 0.548 0.000 0.324 0.128 0.000
#> SRR1334694 2 0.5390 0.6863 0.000 0.540 0.000 0.328 0.132 0.000
#> SRR1478434 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479933 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR1313853 2 0.5354 0.6870 0.000 0.552 0.000 0.316 0.132 0.000
#> SRR661192 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1384827 5 0.3487 0.6341 0.000 0.020 0.000 0.000 0.756 0.224
#> SRR814587 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656899 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.3832 0.7030 0.776 0.104 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1317305 6 0.4348 0.6345 0.268 0.056 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1442273 2 0.4597 0.6359 0.000 0.548 0.000 0.412 0.040 0.000
#> SRR1407470 2 0.5279 0.6861 0.000 0.548 0.000 0.336 0.116 0.000
#> SRR1490289 5 0.3881 0.6115 0.000 0.024 0.000 0.252 0.720 0.004
#> SRR1093649 5 0.2886 0.7378 0.000 0.004 0.144 0.000 0.836 0.016
#> SRR1478900 6 0.3004 0.7496 0.012 0.000 0.144 0.000 0.012 0.832
#> SRR1447652 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1324545 2 0.5607 0.6119 0.000 0.544 0.000 0.216 0.240 0.000
#> SRR2170537 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602106 1 0.2383 0.7659 0.880 0.024 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR615335 1 0.2837 0.7564 0.856 0.056 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1321505 1 0.2058 0.8011 0.908 0.056 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.3990 0.4798 0.016 0.304 0.000 0.676 0.000 0.004
#> SRR657903 1 0.5597 0.4356 0.480 0.372 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1403458 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460073 1 0.5597 0.4356 0.480 0.372 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1441850 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613759 1 0.5886 0.3229 0.412 0.388 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1472281 4 0.0363 0.9261 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1440445 6 0.3614 0.7282 0.000 0.016 0.164 0.000 0.028 0.792
#> SRR1088734 4 0.0260 0.9307 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1077528 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1364695 6 0.3702 0.7729 0.048 0.012 0.084 0.000 0.028 0.828
#> SRR1348226 1 0.2390 0.7864 0.888 0.056 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1313560 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1092889 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR1352213 1 0.3950 0.4865 0.696 0.028 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2185233 1 0.1908 0.8068 0.916 0.028 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.4648 0.6417 0.000 0.548 0.000 0.408 0.044 0.000
#> SRR817825 6 0.3134 0.7251 0.000 0.024 0.000 0.000 0.168 0.808
#> SRR660366 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655423 1 0.1007 0.8283 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR821183 5 0.1370 0.8744 0.000 0.036 0.000 0.012 0.948 0.004
#> SRR1323512 2 0.5203 0.6830 0.000 0.548 0.000 0.348 0.104 0.000
#> SRR1325247 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1378131 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.1461 0.8193 0.940 0.044 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1340280 6 0.1844 0.7287 0.004 0.024 0.000 0.000 0.048 0.924
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.1007 0.8283 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR662763 5 0.4134 0.4324 0.000 0.028 0.000 0.000 0.656 0.316
#> SRR661120 6 0.4532 0.5663 0.308 0.056 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR601613 1 0.2058 0.8011 0.908 0.056 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR811535 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR820316 1 0.4881 0.5922 0.648 0.232 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1368616 2 0.5117 0.6786 0.000 0.548 0.000 0.360 0.092 0.000
#> SRR1375677 1 0.0790 0.8339 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1365700 2 0.4648 0.6417 0.000 0.548 0.000 0.408 0.044 0.000
#> SRR604122 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR598509 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1339921 1 0.2625 0.7725 0.872 0.056 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR664743 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1339199 2 0.5354 0.6870 0.000 0.552 0.000 0.316 0.132 0.000
#> SRR1355660 1 0.1003 0.8323 0.964 0.020 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1481012 1 0.1075 0.8262 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR603449 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1400889 1 0.2450 0.7722 0.868 0.016 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR808808 6 0.3566 0.7461 0.156 0.056 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR656288 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR662043 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1381211 5 0.1225 0.8752 0.000 0.036 0.000 0.012 0.952 0.000
#> SRR1379365 2 0.5071 0.6679 0.000 0.540 0.000 0.376 0.084 0.000
#> SRR1384852 2 0.4690 0.6494 0.000 0.552 0.000 0.400 0.048 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.2625 0.7963 0.872 0.056 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR807901 1 0.5597 0.4356 0.480 0.372 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR816064 1 0.0790 0.8339 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR810507 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358582 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1349893 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.4368 0.4816 0.672 0.056 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR662749 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1342701 5 0.1970 0.7900 0.000 0.008 0.000 0.000 0.900 0.092
#> SRR1343653 4 0.0146 0.9351 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1336134 5 0.4209 0.3393 0.000 0.384 0.000 0.020 0.596 0.000
#> SRR654940 5 0.0820 0.8777 0.000 0.016 0.000 0.012 0.972 0.000
#> SRR1098288 2 0.5546 0.5752 0.000 0.552 0.000 0.192 0.256 0.000
#> SRR1326343 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR811145 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615359 2 0.6302 -0.2806 0.204 0.444 0.000 0.000 0.020 0.332
#> SRR1075997 2 0.4597 0.6364 0.000 0.548 0.000 0.412 0.040 0.000
#> SRR1090483 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1388698 1 0.2263 0.7925 0.896 0.056 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1312482 2 0.4949 0.6676 0.000 0.548 0.000 0.380 0.072 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388419 5 0.0777 0.8698 0.000 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR1442250 5 0.3993 0.4674 0.000 0.024 0.000 0.000 0.676 0.300
#> SRR1430679 2 0.3857 0.5327 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1478990 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.4742 0.5977 0.000 0.512 0.000 0.440 0.048 0.000
#> SRR1085925 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR820655 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383937 2 0.4949 0.6677 0.000 0.548 0.000 0.380 0.072 0.000
#> SRR1315393 5 0.1225 0.8752 0.000 0.036 0.000 0.012 0.952 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.4152 0.1034 0.000 0.548 0.000 0.012 0.440 0.000
#> SRR1330153 2 0.5994 -0.3912 0.380 0.388 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1451778 2 0.5994 -0.3912 0.380 0.388 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR657089 6 0.3366 0.7735 0.048 0.012 0.084 0.000 0.012 0.844
#> SRR1395659 5 0.1511 0.8713 0.000 0.044 0.000 0.012 0.940 0.004
#> SRR1385716 6 0.3111 0.7611 0.032 0.000 0.124 0.000 0.008 0.836
#> SRR1466109 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.3055 0.7825 0.840 0.096 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1485078 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR661806 1 0.3123 0.7344 0.832 0.056 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1334919 6 0.3178 0.7593 0.028 0.000 0.128 0.000 0.012 0.832
#> SRR599249 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR810051 2 0.5285 0.6121 0.000 0.480 0.000 0.420 0.100 0.000
#> SRR1407202 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1434399 1 0.5597 0.4356 0.480 0.372 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1382508 6 0.2933 0.7738 0.128 0.000 0.016 0.000 0.012 0.844
#> SRR1405028 2 0.5983 -0.2683 0.256 0.440 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR612719 6 0.3316 0.7571 0.136 0.052 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1340617 2 0.4648 0.6417 0.000 0.548 0.000 0.408 0.044 0.000
#> SRR1448183 1 0.5592 0.4398 0.484 0.368 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1362488 2 0.4648 0.2077 0.000 0.548 0.000 0.044 0.408 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR811891 2 0.5907 -0.2802 0.216 0.444 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1477837 6 0.4407 0.1029 0.000 0.000 0.000 0.484 0.024 0.492
#> SRR607252 1 0.5537 0.4478 0.492 0.368 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1418946 6 0.3394 0.7537 0.144 0.052 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1456567 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.5575 0.6552 0.000 0.548 0.000 0.252 0.200 0.000
#> SRR1335627 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 5 0.2398 0.7838 0.000 0.004 0.028 0.000 0.888 0.080
#> SRR1447673 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR815735 1 0.2390 0.7864 0.888 0.056 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1404251 2 0.4597 0.6364 0.000 0.548 0.000 0.412 0.040 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.4119 0.6268 0.128 0.056 0.000 0.780 0.000 0.036
#> SRR659983 1 0.3062 0.7501 0.836 0.052 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1402414 5 0.1511 0.8713 0.000 0.044 0.000 0.012 0.940 0.004
#> SRR614215 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR659283 1 0.5592 0.4398 0.484 0.368 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1459956 2 0.5557 0.6538 0.000 0.552 0.000 0.248 0.200 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.5592 0.4398 0.484 0.368 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1403390 6 0.3888 0.7434 0.000 0.016 0.116 0.000 0.076 0.792
#> SRR1452741 6 0.4011 0.6952 0.212 0.056 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1458484 6 0.3924 0.7415 0.164 0.000 0.000 0.052 0.012 0.772
#> SRR1387091 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0146 0.8449 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406069 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419829 5 0.0964 0.8779 0.000 0.016 0.000 0.012 0.968 0.004
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.5603 0.4312 0.476 0.376 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1367849 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1320939 1 0.1633 0.8161 0.932 0.044 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR656588 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR599025 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 6 0.3888 0.7434 0.000 0.016 0.116 0.000 0.076 0.792
#> SRR1398311 5 0.2306 0.8303 0.000 0.092 0.000 0.016 0.888 0.004
#> SRR1442149 4 0.0291 0.9334 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR809137 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600852 1 0.1003 0.8323 0.964 0.020 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1414857 4 0.0363 0.9263 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1321225 6 0.3426 0.7533 0.004 0.000 0.116 0.000 0.064 0.816
#> SRR1069802 1 0.4849 0.5821 0.648 0.240 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1077643 5 0.5645 0.2604 0.000 0.392 0.000 0.000 0.456 0.152
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.4300 0.6046 0.000 0.548 0.000 0.432 0.020 0.000
#> SRR1467612 5 0.1367 0.8729 0.000 0.044 0.000 0.012 0.944 0.000
#> SRR1430133 5 0.1225 0.8612 0.000 0.036 0.000 0.000 0.952 0.012
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 5 0.2520 0.7426 0.000 0.000 0.000 0.152 0.844 0.004
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8453 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469638 1 0.2786 0.7605 0.860 0.056 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR662150 1 0.5592 0.4398 0.484 0.368 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1400290 6 0.3065 0.7585 0.152 0.028 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1084892 5 0.4015 0.3885 0.000 0.372 0.000 0.012 0.616 0.000
#> SRR1416166 6 0.4242 0.5947 0.128 0.136 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1477015 6 0.4018 0.5749 0.324 0.020 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1380501 6 0.6764 0.2656 0.000 0.272 0.000 0.108 0.132 0.488
#> SRR1446156 4 0.3122 0.6490 0.000 0.020 0.000 0.804 0.176 0.000
#> SRR1488328 2 0.4648 0.6417 0.000 0.548 0.000 0.408 0.044 0.000
#> SRR1086889 2 0.5244 0.6861 0.000 0.552 0.000 0.336 0.112 0.000
#> SRR814611 6 0.3679 0.7322 0.176 0.052 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR599086 1 0.2066 0.8009 0.908 0.052 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1086844 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1464535 4 0.5105 0.3923 0.276 0.056 0.000 0.636 0.000 0.032
#> SRR807877 2 0.3851 0.5501 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335164 2 0.4234 0.5903 0.000 0.544 0.000 0.440 0.016 0.000
#> SRR601986 6 0.3238 0.7735 0.120 0.000 0.036 0.000 0.012 0.832
#> SRR1446226 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659637 1 0.4569 0.4193 0.636 0.060 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR600474 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1307699 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312540 1 0.2451 0.7835 0.884 0.056 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1323628 1 0.5565 0.4438 0.488 0.368 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.5889 0.2123 0.000 0.000 0.476 0.000 0.260 0.264
#> SRR1478149 3 0.4571 0.0354 0.000 0.004 0.536 0.000 0.028 0.432
#> SRR1384413 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1366855 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 6 0.3129 0.7591 0.152 0.024 0.004 0.000 0.000 0.820
#> SRR1434093 6 0.2830 0.7637 0.144 0.020 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1341408 2 0.4561 0.6167 0.000 0.536 0.000 0.428 0.036 0.000
#> SRR612335 2 0.7171 -0.3273 0.344 0.376 0.000 0.132 0.000 0.148
#> SRR1321420 1 0.0865 0.8321 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1329177 6 0.5625 0.5002 0.244 0.000 0.216 0.000 0.000 0.540
#> SRR1398371 4 0.1814 0.8079 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR614996 1 0.2837 0.7564 0.856 0.056 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1431602 2 0.5147 0.6799 0.000 0.548 0.000 0.356 0.096 0.000
#> SRR1311509 2 0.6439 -0.3549 0.352 0.392 0.000 0.000 0.020 0.236
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9383 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469591 6 0.3176 0.7549 0.156 0.032 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1392813 2 0.4229 0.1165 0.000 0.548 0.000 0.016 0.436 0.000
#> SRR1453026 5 0.2019 0.8438 0.000 0.088 0.000 0.012 0.900 0.000
#> SRR1388105 4 0.0146 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357558 1 0.0260 0.8445 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR615898 3 0.0000 0.9700 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.977 0.991 0.4991 0.501 0.501
#> 3 3 0.995 0.967 0.986 0.2794 0.831 0.673
#> 4 4 0.987 0.948 0.979 0.1345 0.899 0.726
#> 5 5 0.963 0.918 0.955 0.0725 0.940 0.784
#> 6 6 0.934 0.908 0.945 0.0499 0.940 0.742
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1321283 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.6623 0.79388 0.172 0.828
#> SRR602437 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.7056 0.76381 0.192 0.808
#> SRR1072650 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR598148 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1381524 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR658283 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1474730 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.9881 0.22334 0.564 0.436
#> SRR1392795 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.7219 0.75195 0.200 0.800
#> SRR665514 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1454522 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR613186 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.8499 0.62401 0.276 0.724
#> SRR1402195 1 0.6343 0.80604 0.840 0.160
#> SRR1429516 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR815517 2 0.9775 0.30564 0.412 0.588
#> SRR615970 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1419638 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1434975 1 1.0000 0.00194 0.504 0.496
#> SRR1445741 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1308696 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1340641 2 0.0376 0.98470 0.004 0.996
#> SRR657903 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1364695 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR817825 1 0.8386 0.63042 0.732 0.268
#> SRR660366 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1351583 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR598509 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.6343 0.80602 0.840 0.160
#> SRR1075997 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.7139 0.75794 0.196 0.804
#> SRR1430679 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1327680 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.5519 0.84940 0.872 0.128
#> SRR659983 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1442149 2 0.9393 0.45057 0.356 0.644
#> SRR809137 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.7219 0.75195 0.200 0.800
#> SRR1334154 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.7056 0.75994 0.808 0.192
#> SRR807877 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1385364 2 0.6623 0.79096 0.172 0.828
#> SRR1478149 1 0.6438 0.80140 0.836 0.164
#> SRR1384413 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.9710 0.34120 0.400 0.600
#> SRR1321420 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1507229 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.98847 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.0000 0.99215 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.6026 0.416 0.376 0.000 0.624
#> SRR818530 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 3 0.4555 0.749 0.000 0.200 0.800
#> SRR1072650 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087197 3 0.2165 0.911 0.064 0.000 0.936
#> SRR1383960 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR598148 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.4555 0.746 0.000 0.800 0.200
#> SRR1468682 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.5810 0.494 0.000 0.664 0.336
#> SRR1479286 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.3816 0.804 0.148 0.852 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 3 0.4555 0.754 0.000 0.200 0.800
#> SRR1326687 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 3 0.4654 0.737 0.000 0.208 0.792
#> SRR1402195 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429516 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0424 0.981 0.000 0.992 0.008
#> SRR604174 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434975 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.1860 0.936 0.000 0.948 0.052
#> SRR1352234 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.4887 0.699 0.000 0.772 0.228
#> SRR1366690 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319344 3 0.3267 0.856 0.000 0.116 0.884
#> SRR1332835 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0237 0.984 0.000 0.996 0.004
#> SRR1478434 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 3 0.4555 0.754 0.000 0.200 0.800
#> SRR814587 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093649 3 0.4555 0.749 0.000 0.200 0.800
#> SRR1478900 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340641 1 0.3686 0.810 0.860 0.140 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352213 1 0.4555 0.742 0.800 0.000 0.200
#> SRR2185233 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.4555 0.754 0.200 0.000 0.800
#> SRR656288 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.4887 0.699 0.000 0.772 0.228
#> SRR1442250 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385716 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.6215 0.227 0.572 0.000 0.428
#> SRR1340617 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477837 3 0.4555 0.754 0.000 0.200 0.800
#> SRR607252 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.4555 0.754 0.200 0.000 0.800
#> SRR1456567 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.1411 0.950 0.964 0.036 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452741 1 0.0747 0.977 0.984 0.000 0.016
#> SRR1458484 3 0.4555 0.754 0.200 0.000 0.800
#> SRR1387091 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 2 0.6056 0.666 0.032 0.744 0.224
#> SRR809137 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.6126 0.333 0.000 0.600 0.400
#> SRR1334154 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.6280 0.131 0.000 0.540 0.460
#> SRR1468595 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR1311243 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477015 3 0.5529 0.593 0.296 0.000 0.704
#> SRR1380501 3 0.4555 0.754 0.000 0.200 0.800
#> SRR1446156 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.5397 0.601 0.720 0.000 0.280
#> SRR599086 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.1643 0.940 0.956 0.044 0.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434093 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 1 0.1411 0.950 0.964 0.036 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.4555 0.754 0.200 0.000 0.800
#> SRR1398371 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.3619 0.838 0.864 0.000 0.136
#> SRR1507229 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.966 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0817 0.9577 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397180 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.4643 0.4794 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408227 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1086304 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.4855 0.3437 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 3 0.1867 0.8749 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1383960 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598148 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.3172 0.8019 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1468682 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.1118 0.9436 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR600829 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0707 0.9603 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437208 4 0.4643 0.4578 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.1022 0.9520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.1637 0.9239 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR816358 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.2149 0.8921 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392749 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435182 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663014 4 0.3356 0.7854 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1417960 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0817 0.9577 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.0336 0.9707 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.4843 0.3545 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 2 0.2921 0.8223 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.4830 0.3651 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1402195 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429516 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0707 0.9603 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.3610 0.7494 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR815893 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0921 0.9520 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1457872 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR607970 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.3873 0.7052 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1419638 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434975 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 4 0.1211 0.9401 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319344 2 0.4830 0.3639 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 3 0.4981 0.1593 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR814587 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.1022 0.9520 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093649 3 0.4925 0.2300 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0188 0.9878 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.1557 0.9229 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR613759 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088734 4 0.0469 0.9674 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364695 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352213 1 0.4356 0.5778 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0817 0.9577 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR817825 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.4661 0.4722 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.3610 0.7275 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0336 0.9676 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR604122 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.3610 0.7246 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343653 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075997 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1090483 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442250 3 0.4972 0.1380 0.000 0.456 0.544 0.000
#> SRR1430679 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1311109 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0707 0.9604 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657089 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385716 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.4989 0.0874 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1340617 2 0.0707 0.9603 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477837 3 0.3873 0.6858 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR607252 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.3610 0.7246 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1456567 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 3 0.1022 0.9222 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR601645 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.0817 0.9513 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR659983 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.3024 0.8189 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1458484 3 0.4244 0.7493 0.160 0.000 0.804 0.036
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442149 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0336 0.9709 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1321225 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.4072 0.6621 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.1004 0.9541 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477015 3 0.3610 0.7246 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1380501 3 0.4977 0.1725 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.4817 0.3523 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.4830 0.3570 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR807877 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.1211 0.9462 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR601986 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399990 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434093 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.2868 0.8446 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR612335 1 0.1302 0.9475 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.3610 0.7246 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.2530 0.8659 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9778 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469591 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9722 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388105 4 0.0188 0.9743 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9508 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1435584 2 0.0510 0.9438 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 4 0.0703 0.9455 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.4731 0.1529 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR818530 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR817563 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.0609 0.9200 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR612875 1 0.2280 0.8562 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR808327 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408227 2 0.1121 0.9271 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1356487 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.5559 0.3355 0.000 0.544 0.380 0.000 0.076
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1087197 3 0.2573 0.8123 0.104 0.000 0.880 0.000 0.016
#> SRR1383960 1 0.0798 0.9620 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR600924 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598148 3 0.2773 0.7845 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR603918 5 0.1211 0.8447 0.000 0.024 0.016 0.000 0.960
#> SRR1468682 4 0.1043 0.9332 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1490505 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1343859 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.2362 0.9219 0.000 0.900 0.024 0.000 0.076
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1358482 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR658331 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810619 2 0.1043 0.9298 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR600829 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR599380 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185195 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0404 0.9457 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437208 4 0.4074 0.4603 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0963 0.9323 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 2 0.2654 0.8922 0.000 0.884 0.000 0.084 0.032
#> SRR816358 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813728 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.1121 0.9271 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1405593 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1326040 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.2616 0.9152 0.000 0.888 0.000 0.036 0.076
#> SRR1398706 2 0.1544 0.9391 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1368794 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1392749 4 0.0162 0.9588 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815661 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR663100 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 5 0.1197 0.9178 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1435182 4 0.1792 0.8924 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663014 4 0.2848 0.7810 0.000 0.156 0.000 0.840 0.004
#> SRR1417960 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657695 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0404 0.9457 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470816 2 0.1121 0.9439 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.0794 0.9487 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.4313 0.4883 0.000 0.008 0.000 0.636 0.356
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 2 0.5252 0.3796 0.000 0.580 0.364 0.000 0.056
#> SRR665514 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR613186 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 2 0.4031 0.7532 0.000 0.772 0.184 0.000 0.044
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.4564 0.3777 0.000 0.612 0.372 0.000 0.016
#> SRR1402195 5 0.1197 0.9178 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1429516 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1333414 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1369030 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.1341 0.9420 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1402068 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1490076 2 0.0404 0.9457 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.3707 0.6331 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0880 0.9480 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR608480 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR601868 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.1121 0.9271 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1443182 4 0.1270 0.9210 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1457872 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.2127 0.8667 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.1121 0.9271 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.1478 0.9405 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR604174 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1345221 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR815517 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.4015 0.4994 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1419638 3 0.0510 0.9251 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1434975 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR604206 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0880 0.9479 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0609 0.9487 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1316725 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1314851 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1366690 5 0.1792 0.9491 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 4 0.2648 0.8141 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1319344 2 0.5559 0.3355 0.000 0.544 0.380 0.000 0.076
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 3 0.4971 0.0791 0.000 0.460 0.512 0.000 0.028
#> SRR814587 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 5 0.4015 0.6004 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1317305 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1442273 2 0.0794 0.9373 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1093649 3 0.5568 0.2043 0.000 0.384 0.540 0.000 0.076
#> SRR1478900 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0510 0.9496 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.4201 0.3209 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR657903 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1441850 4 0.1270 0.9128 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR613759 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1472281 4 0.0880 0.9395 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088734 4 0.1671 0.8990 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1313560 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1092889 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1352213 1 0.2329 0.8298 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.3003 0.7348 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0609 0.9418 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR817825 3 0.1197 0.8973 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR660366 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.5344 0.1435 0.000 0.500 0.000 0.448 0.052
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.0290 0.9288 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.3731 0.7496 0.000 0.112 0.816 0.000 0.072
#> SRR661120 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR601613 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 5 0.3684 0.7225 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1368616 2 0.0404 0.9457 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.1043 0.9300 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR604122 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR598509 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1339921 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR664743 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.3684 0.5417 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR808808 3 0.4682 0.2669 0.420 0.000 0.564 0.000 0.016
#> SRR656288 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR662043 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR807901 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR816064 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR662749 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.1121 0.9005 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1343653 4 0.0963 0.9364 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1336134 2 0.0963 0.9474 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR654940 2 0.1478 0.9405 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR811145 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 5 0.1121 0.9131 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1075997 2 0.1121 0.9271 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.1197 0.9451 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1442250 3 0.5576 0.1913 0.000 0.388 0.536 0.000 0.076
#> SRR1430679 2 0.1121 0.9271 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0162 0.9488 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0404 0.9457 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1315393 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 5 0.1410 0.9296 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1451778 5 0.1410 0.9296 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR657089 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1385716 3 0.0510 0.9251 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.2929 0.7481 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1485078 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR661806 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1334919 3 0.0404 0.9274 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR599249 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR810051 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1434399 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0404 0.9274 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1405028 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR612719 1 0.4511 0.4084 0.628 0.000 0.356 0.000 0.016
#> SRR1340617 2 0.0404 0.9457 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1448183 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 5 0.1121 0.9184 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1477837 3 0.3274 0.6927 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR607252 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1418946 3 0.3663 0.6727 0.208 0.000 0.776 0.000 0.016
#> SRR1456567 4 0.0703 0.9455 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 3 0.1579 0.8886 0.000 0.024 0.944 0.000 0.032
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1404251 2 0.1121 0.9271 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.3752 0.5725 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR659983 5 0.4256 0.3863 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1402414 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR614215 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR659283 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0671 0.9657 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1458484 3 0.3231 0.6995 0.196 0.000 0.800 0.004 0.000
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1442149 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069802 5 0.4256 0.3926 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1077643 5 0.0510 0.8607 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.1121 0.9271 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1467612 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1430133 2 0.0880 0.9479 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.3301 0.8975 0.000 0.864 0.024 0.036 0.076
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR662150 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1400290 3 0.0510 0.9251 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1084892 2 0.0794 0.9484 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1416166 5 0.1671 0.9420 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1477015 3 0.4470 0.4019 0.372 0.000 0.616 0.000 0.012
#> SRR1380501 3 0.4738 0.0959 0.000 0.464 0.520 0.000 0.016
#> SRR1446156 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1488328 2 0.1121 0.9271 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.2909 0.7992 0.848 0.000 0.140 0.000 0.012
#> SRR599086 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.3177 0.7046 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR807877 2 0.1121 0.9271 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.1121 0.9271 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR601986 3 0.0404 0.9274 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0798 0.9620 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR600474 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1323628 5 0.1908 0.9548 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0162 0.9315 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.0510 0.9251 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1434093 3 0.0510 0.9251 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1341408 2 0.2605 0.8180 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR612335 5 0.1341 0.9259 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.3109 0.6958 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.1671 0.9361 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR614996 1 0.0510 0.9691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311509 5 0.1041 0.8998 0.032 0.000 0.004 0.000 0.964
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9621 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.0912 0.9158 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.1121 0.9460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1388105 4 0.0162 0.9588 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0363 0.9479 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1468613 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR815184 5 0.1501 0.9308 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1381693 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486174 5 0.1556 0.9291 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397180 4 0.3833 0.1925 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR662665 3 0.5668 0.4208 0.316 0.000 0.568 0.000 0.060 0.056
#> SRR818530 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405206 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1454136 2 0.0146 0.9652 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1380785 3 0.3409 0.5795 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR612875 1 0.4147 0.6984 0.716 0.000 0.000 0.000 0.060 0.224
#> SRR808327 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0363 0.9374 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1408227 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1086140 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1084965 1 0.0458 0.9383 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1310563 3 0.0260 0.9401 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR602437 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR663404 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1337238 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1360442 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1356487 5 0.1387 0.9332 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1442686 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1345736 1 0.0458 0.9383 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 5 0.2218 0.8535 0.000 0.012 0.104 0.000 0.884 0.000
#> SRR1072650 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1446393 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1087197 3 0.3897 0.7909 0.076 0.000 0.808 0.000 0.060 0.056
#> SRR1383960 1 0.4716 0.7155 0.732 0.152 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR600924 1 0.0000 0.9449 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1071692 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR658421 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1352936 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598148 3 0.2494 0.8316 0.000 0.000 0.864 0.000 0.016 0.120
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR603918 5 0.1267 0.8791 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1468682 2 0.1501 0.8952 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1490505 5 0.1556 0.9291 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1343859 3 0.0146 0.9424 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444954 5 0.1480 0.9196 0.000 0.040 0.020 0.000 0.940 0.000
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1358482 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR599380 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1337388 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0363 0.9479 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR601239 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0363 0.9480 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.1204 0.9151 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR660756 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 5 0.4229 0.7112 0.000 0.068 0.000 0.220 0.712 0.000
#> SRR816358 1 0.0603 0.9370 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR658283 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813728 5 0.1501 0.9308 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1394520 1 0.0146 0.9435 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308200 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.1500 0.9119 0.936 0.000 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR1405593 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1326040 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1312725 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1478189 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1488632 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1398706 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1368794 5 0.1387 0.9332 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1392749 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR663100 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR655792 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR663705 6 0.1461 0.9488 0.044 0.000 0.000 0.000 0.016 0.940
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1435182 2 0.1267 0.9108 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.1082 0.9236 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR602461 1 0.0000 0.9449 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0937 0.9253 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1354710 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR613510 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663014 4 0.2250 0.8533 0.000 0.020 0.000 0.888 0.092 0.000
#> SRR1417960 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657695 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1357650 2 0.0713 0.9442 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.2597 0.7556 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1458358 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR614683 1 0.0146 0.9435 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318998 3 0.0260 0.9401 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1392795 5 0.2969 0.7814 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9449 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 5 0.4072 0.1900 0.000 0.000 0.000 0.448 0.544 0.008
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604230 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 5 0.3631 0.7239 0.000 0.008 0.156 0.000 0.792 0.044
#> SRR665514 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR613186 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 5 0.1563 0.9294 0.000 0.056 0.012 0.000 0.932 0.000
#> SRR1326687 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0547 0.9520 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.5226 0.6196 0.004 0.680 0.200 0.000 0.060 0.056
#> SRR1402195 6 0.1461 0.9488 0.044 0.000 0.000 0.000 0.016 0.940
#> SRR1429516 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406662 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1333414 5 0.1556 0.9291 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1369030 5 0.1610 0.9265 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1342916 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1362824 5 0.1501 0.9308 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1455326 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1349956 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1409487 6 0.1444 0.9483 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473505 5 0.3446 0.6359 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000
#> SRR1402068 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0363 0.9479 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1452491 2 0.0790 0.9404 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418390 5 0.2996 0.7764 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR608480 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR598589 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR601868 1 0.0000 0.9449 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR812222 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347500 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1443182 4 0.3592 0.4696 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR1457872 4 0.0363 0.9580 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1420811 2 0.1267 0.9108 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0363 0.9479 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1338171 5 0.1387 0.9332 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR604174 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1345221 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR815517 3 0.0260 0.9401 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.1327 0.9114 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1383125 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1331013 2 0.0547 0.9529 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.0713 0.9284 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1434975 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445741 2 0.0363 0.9591 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1088142 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR604206 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410334 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489715 5 0.1556 0.9291 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR813915 4 0.3810 0.2477 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1436490 5 0.1556 0.9290 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1316725 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1314851 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1406599 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR812649 5 0.1501 0.9308 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1366690 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.1075 0.9238 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1319344 5 0.1398 0.8899 0.000 0.008 0.052 0.000 0.940 0.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479933 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9449 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 5 0.4768 0.2339 0.000 0.052 0.416 0.000 0.532 0.000
#> SRR814587 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656899 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349772 6 0.3126 0.7503 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1317305 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1093649 5 0.2706 0.7997 0.000 0.008 0.160 0.000 0.832 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0363 0.9479 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1324545 2 0.3860 -0.0609 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR2170537 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR602106 1 0.0000 0.9449 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1321505 1 0.1082 0.9236 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.3023 0.6830 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR657903 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1403458 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1460073 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1441850 4 0.0260 0.9616 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR613759 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1472281 2 0.3547 0.5024 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.3515 0.5160 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1313560 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1092889 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1352213 1 0.2823 0.7269 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.3717 0.3332 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1353970 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR662641 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 3 0.3867 -0.0305 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR660366 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR655423 1 0.1957 0.8633 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR821183 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9449 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 5 0.4179 0.1442 0.000 0.012 0.000 0.472 0.516 0.000
#> SRR1325464 1 0.0458 0.9383 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1340280 3 0.0937 0.9167 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR662763 5 0.2631 0.7765 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR661120 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR601613 1 0.1151 0.9249 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR811535 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR820316 6 0.3221 0.7215 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1365700 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR604122 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR598509 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1339921 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR664743 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0458 0.9383 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1481012 1 0.1387 0.9076 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR603449 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1400889 6 0.3592 0.5763 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR808808 3 0.5705 0.3899 0.328 0.000 0.556 0.000 0.060 0.056
#> SRR656288 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9449 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 5 0.1501 0.9308 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR807901 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR816064 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR810507 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1358582 1 0.0363 0.9479 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1349893 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR662749 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1342701 5 0.1444 0.8767 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1343653 2 0.2219 0.8298 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1336134 5 0.1765 0.9177 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR654940 5 0.1387 0.9332 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1098288 2 0.0146 0.9652 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1326343 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR811145 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR615359 6 0.1572 0.9349 0.036 0.000 0.000 0.000 0.028 0.936
#> SRR1075997 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388419 5 0.1387 0.9332 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1442250 5 0.2020 0.8590 0.000 0.008 0.096 0.000 0.896 0.000
#> SRR1430679 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR820655 1 0.0000 0.9449 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315393 5 0.1501 0.9308 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0458 0.9557 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1330153 6 0.1333 0.9562 0.048 0.000 0.000 0.000 0.008 0.944
#> SRR1451778 6 0.1333 0.9562 0.048 0.000 0.000 0.000 0.008 0.944
#> SRR657089 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395659 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1385716 3 0.0713 0.9284 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1466109 1 0.0260 0.9471 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.3141 0.7438 0.788 0.000 0.000 0.000 0.012 0.200
#> SRR1485078 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR661806 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1334919 3 0.0260 0.9406 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR599249 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR810051 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1434399 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0363 0.9479 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1382508 3 0.0260 0.9406 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1405028 6 0.1141 0.9370 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR612719 1 0.5802 0.2427 0.516 0.000 0.368 0.000 0.060 0.056
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1362488 2 0.0363 0.9591 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR811891 6 0.0603 0.9056 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016 0.980
#> SRR1477837 3 0.2883 0.7247 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR607252 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1418946 3 0.4975 0.6472 0.184 0.000 0.700 0.000 0.060 0.056
#> SRR1456567 4 0.3151 0.6540 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0363 0.9591 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1335627 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 5 0.1501 0.8745 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815735 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1404251 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR656300 1 0.3864 0.6937 0.744 0.000 0.000 0.208 0.000 0.048
#> SRR659983 6 0.3266 0.7113 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1402414 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR614215 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR659283 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1458484 3 0.2981 0.7590 0.160 0.000 0.820 0.020 0.000 0.000
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419829 5 0.1267 0.9340 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1434315 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR658457 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0458 0.9383 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR656588 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR599025 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1401446 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 5 0.1327 0.9335 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1442149 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9449 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0260 0.9419 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1414857 4 0.0790 0.9375 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069802 6 0.3050 0.7645 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1077643 5 0.3409 0.5826 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467612 5 0.1556 0.9291 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1430133 5 0.1556 0.9291 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1468595 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 5 0.1349 0.9318 0.000 0.056 0.004 0.000 0.940 0.000
#> SRR1311243 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1385235 1 0.0146 0.9435 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469638 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR662150 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1400290 3 0.2129 0.8801 0.000 0.000 0.904 0.000 0.056 0.040
#> SRR1084892 5 0.2941 0.7865 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1416166 6 0.1657 0.8514 0.016 0.000 0.000 0.000 0.056 0.928
#> SRR1477015 3 0.2969 0.6872 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 3 0.5331 0.4477 0.000 0.268 0.580 0.000 0.152 0.000
#> SRR1446156 5 0.1643 0.9301 0.000 0.068 0.000 0.008 0.924 0.000
#> SRR1488328 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.4261 0.7049 0.744 0.000 0.184 0.000 0.020 0.052
#> SRR599086 1 0.0458 0.9383 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1086844 1 0.0363 0.9479 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1464535 1 0.3835 0.7003 0.748 0.000 0.000 0.204 0.000 0.048
#> SRR807877 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0363 0.9479 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1335164 2 0.0146 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.0363 0.9383 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1446226 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR659637 1 0.4680 0.7210 0.736 0.148 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR600474 1 0.0146 0.9460 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1307699 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1312540 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1323628 6 0.1204 0.9623 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.2562 0.7807 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.2129 0.8801 0.000 0.000 0.904 0.000 0.056 0.040
#> SRR1434093 3 0.2129 0.8801 0.000 0.000 0.904 0.000 0.056 0.040
#> SRR1341408 2 0.0363 0.9595 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR612335 6 0.1333 0.9562 0.048 0.000 0.000 0.000 0.008 0.944
#> SRR1321420 1 0.2048 0.8548 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1329177 3 0.2854 0.7065 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 5 0.1387 0.9326 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR614996 1 0.2451 0.8816 0.884 0.000 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311509 6 0.1461 0.9488 0.044 0.000 0.000 0.000 0.016 0.940
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.2272 0.8770 0.004 0.000 0.900 0.000 0.056 0.040
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9678 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 5 0.1556 0.9291 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1388105 4 0.0000 0.9691 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0458 0.9485 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR615898 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.991 0.962 0.984 0.4989 0.501 0.501
#> 3 3 0.963 0.930 0.974 0.2121 0.888 0.778
#> 4 4 0.894 0.899 0.941 0.1678 0.885 0.714
#> 5 5 0.846 0.772 0.890 0.0582 0.929 0.770
#> 6 6 0.799 0.806 0.894 0.0647 0.900 0.644
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1321283 1 0.0672 0.9793 0.992 0.008
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR818530 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.8555 0.6167 0.720 0.280
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.2603 0.9423 0.044 0.956
#> SRR602437 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.1414 0.9649 0.020 0.980
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1383960 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR598148 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.1414 0.9656 0.020 0.980
#> SRR1381524 1 0.0376 0.9818 0.996 0.004
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.0672 0.9794 0.992 0.008
#> SRR810619 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.9710 0.3353 0.600 0.400
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.1184 0.9734 0.984 0.016
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR657456 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR807727 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR658283 1 0.7299 0.7474 0.796 0.204
#> SRR813728 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.5178 0.8670 0.884 0.116
#> SRR815661 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.6048 0.8271 0.852 0.148
#> SRR663014 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1474730 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.5178 0.8658 0.116 0.884
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR608096 2 0.7745 0.7059 0.228 0.772
#> SRR665514 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1454522 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.8267 0.6536 0.260 0.740
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR613186 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.7453 0.7315 0.212 0.788
#> SRR1402195 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1429516 1 0.9993 0.0562 0.516 0.484
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0376 0.9791 0.004 0.996
#> SRR1341965 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.0672 0.9794 0.992 0.008
#> SRR1093243 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.6623 0.7915 0.172 0.828
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR656433 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR815517 2 0.2603 0.9423 0.044 0.956
#> SRR615970 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.7528 0.7256 0.216 0.784
#> SRR1419638 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1434975 2 0.2603 0.9423 0.044 0.956
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1473142 2 0.0376 0.9791 0.004 0.996
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.8386 0.6392 0.268 0.732
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1308696 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR808772 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1340641 1 0.7219 0.7495 0.800 0.200
#> SRR657903 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.8327 0.6464 0.264 0.736
#> SRR1364695 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.6531 0.7968 0.168 0.832
#> SRR660366 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.2603 0.9430 0.044 0.956
#> SRR1351583 1 0.1633 0.9663 0.976 0.024
#> SRR1437454 2 0.9686 0.3497 0.396 0.604
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR598509 1 0.7376 0.7406 0.792 0.208
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.6438 0.8050 0.836 0.164
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.7056 0.7610 0.808 0.192
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.0376 0.9791 0.004 0.996
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.3114 0.9304 0.056 0.944
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.9710 0.3403 0.400 0.600
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1327680 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.3431 0.9251 0.936 0.064
#> SRR659983 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.6623 0.7938 0.828 0.172
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0376 0.9819 0.996 0.004
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.1414 0.9699 0.980 0.020
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0376 0.9791 0.004 0.996
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1401446 2 0.9732 0.3329 0.404 0.596
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1442149 1 0.8955 0.5505 0.688 0.312
#> SRR809137 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.3879 0.9102 0.076 0.924
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1374028 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.2043 0.9577 0.968 0.032
#> SRR807877 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0376 0.9818 0.996 0.004
#> SRR600474 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.8207 0.6598 0.744 0.256
#> SRR1385364 2 0.3584 0.9175 0.068 0.932
#> SRR1478149 2 0.9358 0.4686 0.352 0.648
#> SRR1384413 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1366855 2 0.0376 0.9790 0.004 0.996
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0376 0.9818 0.996 0.004
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR612335 1 0.9209 0.4939 0.664 0.336
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1507229 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1310373 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.0938 0.9767 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.4099 0.8154 0.140 0.008 0.852
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.1031 0.9467 0.000 0.024 0.976
#> SRR602437 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087197 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR598148 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 1 0.0237 0.9715 0.996 0.000 0.004
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.1529 0.9273 0.000 0.960 0.040
#> SRR1479286 2 0.4750 0.6894 0.216 0.784 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.6154 0.2874 0.592 0.408 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.5461 0.6688 0.008 0.244 0.748
#> SRR813728 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0983 0.9522 0.016 0.004 0.980
#> SRR663014 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 2 0.6079 0.3852 0.388 0.612 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 2 0.4002 0.7651 0.160 0.840 0.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 2 0.6126 0.3540 0.400 0.600 0.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.5016 0.6426 0.240 0.760 0.000
#> SRR1402195 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429516 1 0.6225 0.2117 0.568 0.432 0.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.6062 0.3953 0.384 0.616 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.5216 0.6233 0.260 0.740 0.000
#> SRR1419638 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.0237 0.9610 0.004 0.996 0.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352234 2 0.6280 0.1751 0.460 0.540 0.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.2537 0.8737 0.080 0.920 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319344 2 0.1860 0.9149 0.000 0.948 0.052
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0237 0.9616 0.000 0.996 0.004
#> SRR814587 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093649 2 0.6126 0.3076 0.000 0.600 0.400
#> SRR1478900 1 0.6308 0.0168 0.508 0.000 0.492
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340641 1 0.4605 0.6968 0.796 0.204 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 2 0.6291 0.1480 0.468 0.532 0.000
#> SRR1364695 1 0.6168 0.2832 0.588 0.000 0.412
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 2 0.4121 0.7536 0.168 0.832 0.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 2 0.4452 0.7243 0.192 0.808 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 2 0.6215 0.2756 0.428 0.572 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.4702 0.7072 0.000 0.788 0.212
#> SRR661120 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.4062 0.7637 0.164 0.836 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.5397 0.6093 0.000 0.280 0.720
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.0237 0.9706 0.996 0.004 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 2 0.5926 0.4620 0.356 0.644 0.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442250 2 0.0237 0.9610 0.004 0.996 0.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.6309 0.0468 0.496 0.504 0.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.6260 0.1756 0.552 0.000 0.448
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385716 3 0.6026 0.3891 0.376 0.000 0.624
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.6026 0.3894 0.376 0.000 0.624
#> SRR599249 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.2448 0.8965 0.924 0.000 0.076
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 3 0.6244 0.2206 0.000 0.440 0.560
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.4796 0.6715 0.780 0.220 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 1 0.5905 0.4381 0.648 0.352 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.0237 0.9638 0.004 0.000 0.996
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0747 0.9481 0.016 0.984 0.000
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.1289 0.9437 0.968 0.000 0.032
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.4178 0.7453 0.828 0.172 0.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 1 0.6168 0.2832 0.588 0.000 0.412
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 2 0.2165 0.8931 0.064 0.936 0.000
#> SRR1366855 2 0.6111 0.3650 0.396 0.604 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 1 0.6225 0.2381 0.568 0.000 0.432
#> SRR1434093 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 1 0.1031 0.9469 0.976 0.024 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.6192 0.2601 0.580 0.000 0.420
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.9652 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9752 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1442648 4 0.4605 0.5400 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1486174 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1349433 4 0.4193 0.6710 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.2814 0.9014 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397180 4 0.0188 0.9251 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR657492 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.4331 0.6672 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR817563 2 0.3942 0.8035 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR613462 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1454136 2 0.1867 0.9243 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1380785 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1355194 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1408227 2 0.3074 0.8859 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1086304 3 0.6766 0.5121 0.004 0.128 0.608 0.260
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0707 0.8809 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.4685 0.8007 0.000 0.156 0.784 0.060
#> SRR602437 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1479263 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1367456 4 0.4711 0.7787 0.064 0.152 0.000 0.784
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 4 0.2973 0.8409 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1087197 1 0.4880 0.7030 0.760 0.052 0.000 0.188
#> SRR1383960 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR598148 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 4 0.3024 0.8365 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1468682 4 0.0336 0.9224 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1490505 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1343859 1 0.5358 0.6485 0.724 0.052 0.004 0.220
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.6285 0.4293 0.000 0.624 0.092 0.284
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381524 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1392208 2 0.4072 0.7830 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1456693 4 0.4250 0.6580 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1358482 2 0.1557 0.9258 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR658331 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR810619 2 0.3074 0.8859 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR600829 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1318662 2 0.2530 0.9094 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419453 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1437208 2 0.4008 0.7947 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.4925 0.1305 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1093269 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 4 0.0188 0.9253 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR816358 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.6404 0.6229 0.136 0.220 0.644 0.000
#> SRR813728 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.3024 0.8889 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.0817 0.9147 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1398706 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1368794 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1392749 4 0.0188 0.9253 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR603968 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1384917 4 0.2408 0.8592 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1435182 2 0.3074 0.8859 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.2246 0.9201 0.016 0.052 0.928 0.004
#> SRR663014 4 0.0707 0.9170 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1417960 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.2281 0.9184 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR657695 4 0.2345 0.8604 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1357650 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1472237 2 0.2868 0.8967 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1470816 4 0.3266 0.8060 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.2814 0.8712 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1392795 2 0.4804 0.4065 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.0895 0.8651 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR665514 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1417766 2 0.2011 0.9220 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1420606 2 0.0000 0.8773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1102756 2 0.3024 0.8913 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1366519 2 0.2345 0.9150 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1080438 2 0.4989 0.0984 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1391789 2 0.1118 0.8528 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1402195 1 0.5807 0.4724 0.636 0.052 0.000 0.312
#> SRR1429516 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406662 4 0.1211 0.9054 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1333414 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1369030 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473505 4 0.3356 0.7962 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1402068 2 0.1022 0.9053 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1490076 2 0.2647 0.9056 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.3074 0.8859 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1397329 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR608480 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.2973 0.8918 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR815893 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457872 4 0.4866 0.1555 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR658481 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.3074 0.8859 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1308674 2 0.1716 0.9256 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1321608 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1441464 2 0.3074 0.8859 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR607970 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.8773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604174 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.2011 0.9157 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.0469 0.9210 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1419638 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1434975 4 0.3907 0.8201 0.032 0.140 0.000 0.828
#> SRR1445741 2 0.4746 0.4836 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410334 4 0.4072 0.7493 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.4008 0.6119 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1409748 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1316725 2 0.1867 0.9230 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1314851 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0707 0.9588 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 4 0.4454 0.6029 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1366690 1 0.0592 0.9619 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.2704 0.9058 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1339321 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1069690 4 0.1022 0.9098 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1319344 4 0.5515 0.7197 0.000 0.152 0.116 0.732
#> SRR1332835 2 0.1557 0.9261 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1334694 2 0.2760 0.9016 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0469 0.8878 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1313853 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR661192 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.8773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814587 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 4 0.1792 0.8833 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1407470 2 0.1637 0.9259 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1490289 4 0.0817 0.9147 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1093649 4 0.6592 0.4653 0.000 0.116 0.284 0.600
#> SRR1478900 1 0.6067 0.2863 0.572 0.052 0.376 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.1792 0.9236 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.4072 0.5999 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR657903 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.3400 0.7498 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1440445 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1088734 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364695 1 0.5937 0.3862 0.608 0.052 0.340 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.1792 0.9248 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR817825 4 0.4565 0.7864 0.064 0.140 0.000 0.796
#> SRR660366 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.4500 0.5817 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1323512 2 0.2647 0.9056 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1325247 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.1716 0.9232 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.2760 0.7553 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.2216 0.9201 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.2921 0.8944 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR604122 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.2345 0.9172 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487233 4 0.2760 0.8418 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR662043 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1379365 4 0.4697 0.4806 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1384852 2 0.2868 0.8968 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.3257 0.8490 0.000 0.152 0.844 0.004
#> SRR1343653 4 0.0336 0.9231 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1336134 4 0.2647 0.8504 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR654940 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1098288 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.4387 0.7662 0.804 0.052 0.000 0.144
#> SRR1075997 2 0.3074 0.8859 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1090483 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1442250 4 0.3695 0.8220 0.016 0.156 0.000 0.828
#> SRR1430679 2 0.3074 0.8859 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1311109 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392434 4 0.4356 0.5238 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.3610 0.8266 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1315393 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1330153 1 0.1661 0.9299 0.944 0.052 0.000 0.004
#> SRR1451778 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.6028 0.3214 0.584 0.052 0.364 0.000
#> SRR1395659 4 0.1389 0.9000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1385716 3 0.6214 0.0668 0.468 0.052 0.480 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.1940 0.9210 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR661806 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.5713 0.4104 0.360 0.036 0.604 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.4008 0.7939 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.2282 0.9116 0.924 0.052 0.024 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.3024 0.8889 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.1637 0.9255 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1477837 4 0.0336 0.9224 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR607252 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1456567 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.2589 0.8979 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1335627 4 0.4008 0.7136 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 3 0.4994 0.1910 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.3074 0.8859 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR601645 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.3172 0.7447 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR659983 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 4 0.2704 0.8451 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR614215 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.1474 0.9241 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419829 4 0.3837 0.7379 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0188 0.9705 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1398311 4 0.3123 0.8173 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1442149 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321225 3 0.1661 0.9292 0.004 0.052 0.944 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 4 0.3529 0.8263 0.012 0.152 0.000 0.836
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.3024 0.8889 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1467612 2 0.1557 0.9258 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1430133 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.0707 0.9174 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1416166 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0921 0.9505 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1380501 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1446156 4 0.0336 0.9234 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1488328 2 0.3074 0.8859 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1086889 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR814611 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.0188 0.9235 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR807877 4 0.0188 0.9251 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.3074 0.8859 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR601986 1 0.5954 0.3761 0.604 0.052 0.344 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0188 0.9706 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.1867 0.9224 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1478149 3 0.1474 0.9310 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.5404 0.5919 0.700 0.052 0.248 0.000
#> SRR1434093 1 0.1474 0.9327 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.4985 0.3269 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR612335 1 0.4957 0.5050 0.668 0.012 0.000 0.320
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.4624 0.4779 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1398371 4 0.0188 0.9253 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR614996 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 4 0.4967 0.2056 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1311509 1 0.6028 0.3423 0.584 0.052 0.000 0.364
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0188 0.9710 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.1474 0.9257 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1453026 2 0.1557 0.9258 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1388105 4 0.0000 0.9269 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9413 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0162 0.96060 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468613 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.4084 0.72516 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1381693 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 5 0.4114 0.33009 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1442648 4 0.6589 0.11800 0.000 0.224 0.000 0.448 0.328
#> SRR1486174 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1349433 4 0.6383 0.22489 0.000 0.184 0.000 0.488 0.328
#> SRR1321283 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0162 0.78724 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 4 0.1341 0.84638 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.4219 0.26076 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR818530 2 0.6133 0.59406 0.000 0.524 0.000 0.148 0.328
#> SRR817563 2 0.4249 0.30560 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR613462 5 0.3932 0.48635 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1405206 2 0.4084 0.72516 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1454136 2 0.4334 0.74556 0.000 0.764 0.000 0.080 0.156
#> SRR1380785 5 0.4288 0.31596 0.000 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR612875 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR808327 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 5 0.4150 0.31007 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1408227 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 5 0.0162 0.54500 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1080415 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.4420 -0.39047 0.000 0.448 0.000 0.004 0.548
#> SRR1084965 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1310563 5 0.0510 0.54227 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR602437 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1479263 2 0.2848 0.76661 0.000 0.840 0.000 0.004 0.156
#> SRR1409641 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 5 0.0510 0.54452 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1072650 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.4300 -0.16893 0.000 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR1087197 5 0.3932 0.48635 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1383960 1 0.2438 0.88918 0.900 0.040 0.000 0.000 0.060
#> SRR600924 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.1043 0.93995 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1071692 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 5 0.4074 0.34709 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR598148 5 0.3932 0.48635 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1444390 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 5 0.4278 -0.10492 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR1468682 4 0.3039 0.73627 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1490505 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1343859 5 0.5051 0.49393 0.264 0.000 0.000 0.072 0.664
#> SRR1075631 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 5 0.4004 0.21029 0.000 0.232 0.004 0.016 0.748
#> SRR1479286 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 5 0.3966 0.37655 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1392208 2 0.3586 0.54631 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1456693 4 0.6553 0.14154 0.000 0.216 0.000 0.456 0.328
#> SRR1358482 2 0.3949 0.72330 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR658331 5 0.4088 0.34181 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR810619 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.1341 0.92702 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR599380 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 5 0.4045 0.35737 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1318662 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0162 0.96060 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR601239 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 5 0.4045 0.35737 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1437208 2 0.2732 0.64121 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.4307 -0.01055 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1093269 2 0.0162 0.78724 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0703 0.95050 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR658283 5 0.3876 0.39364 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR813728 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1394520 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.1341 0.92702 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1405593 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1326040 1 0.1478 0.92043 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1312725 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398706 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1368794 2 0.4084 0.72516 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1392749 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.3452 0.64981 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1464281 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 5 0.4029 0.25795 0.000 0.004 0.000 0.316 0.680
#> SRR1435182 2 0.0510 0.77774 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1477569 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR602461 1 0.0510 0.95467 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1334338 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1354710 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 5 0.2966 0.49077 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR663014 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0162 0.78724 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR657695 4 0.4213 0.55044 0.000 0.012 0.000 0.680 0.308
#> SRR1357650 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1472237 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470816 4 0.6101 0.32299 0.000 0.144 0.000 0.528 0.328
#> SRR1458358 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0510 0.95492 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1318998 5 0.3177 0.47599 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1392795 2 0.6821 0.27925 0.000 0.352 0.000 0.320 0.328
#> SRR1469859 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 5 0.0000 0.54536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.1341 0.92702 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR613186 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 5 0.3452 0.18818 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1326687 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1102756 2 0.5403 0.61504 0.000 0.644 0.000 0.248 0.108
#> SRR1366519 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.5646 0.12120 0.000 0.444 0.000 0.480 0.076
#> SRR1391789 5 0.4291 0.22784 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1402195 1 0.6085 0.26948 0.572 0.000 0.000 0.212 0.216
#> SRR1429516 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 4 0.0162 0.87990 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333414 2 0.4084 0.72516 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1369030 2 0.4084 0.72516 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1342916 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1455326 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 4 0.6133 0.31389 0.000 0.148 0.000 0.524 0.328
#> SRR1402068 5 0.4446 -0.45202 0.000 0.476 0.000 0.004 0.520
#> SRR1490076 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1452491 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.4273 0.07488 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1093243 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR608480 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.4273 0.11159 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 5 0.4074 0.34709 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR656433 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.1851 0.77866 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1441464 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 5 0.1410 0.51743 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR604174 1 0.3074 0.72324 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1345221 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 5 0.3612 0.43711 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR615970 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.2605 0.77759 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1419638 5 0.3932 0.48635 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1434975 5 0.0609 0.54828 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1445741 2 0.6333 0.55634 0.000 0.496 0.000 0.176 0.328
#> SRR1088142 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR604206 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 5 0.4015 0.36560 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1473142 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 5 0.1410 0.53045 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1352234 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.1732 0.82801 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1489715 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1364780 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.3452 0.59852 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.4084 0.72516 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1316725 2 0.4491 0.71635 0.000 0.652 0.000 0.020 0.328
#> SRR1314851 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.1908 0.89344 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1308696 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 5 0.5435 0.17510 0.000 0.188 0.000 0.152 0.660
#> SRR1366690 1 0.0963 0.93524 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1317707 2 0.0162 0.78724 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339321 4 0.3395 0.69162 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1442487 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1069690 4 0.1012 0.86168 0.000 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR1319344 5 0.1357 0.53427 0.000 0.000 0.004 0.048 0.948
#> SRR1332835 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0404 0.78486 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.3949 0.72330 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1313853 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0510 0.95486 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1384827 5 0.3661 0.10513 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR814587 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.1410 0.92373 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1442273 4 0.4283 0.33437 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093649 5 0.1597 0.53135 0.000 0.000 0.012 0.048 0.940
#> SRR1478900 5 0.5008 0.48071 0.300 0.000 0.056 0.000 0.644
#> SRR1447652 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.4084 0.72516 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR2170537 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.1121 0.93609 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR615335 1 0.1270 0.93042 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1321505 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1457768 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.3949 0.37609 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.3857 0.57434 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1440445 5 0.4045 0.35737 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1088734 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 5 0.4384 0.48633 0.324 0.000 0.016 0.000 0.660
#> SRR1348226 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1313560 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.4310 0.65779 0.000 0.604 0.000 0.004 0.392
#> SRR1352213 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 5 0.1410 0.54452 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR660366 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.6589 0.46380 0.000 0.448 0.000 0.224 0.328
#> SRR1323512 2 0.5270 0.65555 0.000 0.672 0.000 0.208 0.120
#> SRR1325247 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 5 0.3932 0.48635 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1455842 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.0290 0.54438 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR661120 1 0.1410 0.92373 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR601613 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR811535 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0162 0.78724 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR664743 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0162 0.78724 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 5 0.4182 0.35841 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR656288 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 5 0.5649 -0.17696 0.000 0.076 0.000 0.452 0.472
#> SRR662043 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1379365 4 0.6653 0.06717 0.000 0.240 0.000 0.432 0.328
#> SRR1384852 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.0880 0.94563 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR807901 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0404 0.95677 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1349893 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.1410 0.92373 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR662749 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 5 0.1041 0.53572 0.000 0.004 0.032 0.000 0.964
#> SRR1343653 4 0.3480 0.68133 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1336134 4 0.4655 0.50446 0.000 0.028 0.000 0.644 0.328
#> SRR654940 2 0.4084 0.72516 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1098288 2 0.1041 0.78604 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1326343 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.4206 0.52641 0.696 0.000 0.000 0.016 0.288
#> SRR1075997 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1312482 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.4249 0.60312 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1442250 5 0.0404 0.54516 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1430679 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 4 0.3534 0.57964 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0162 0.96057 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383937 2 0.2179 0.70182 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1315393 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1094506 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1330153 1 0.2929 0.74770 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1451778 1 0.3109 0.71554 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR657089 5 0.4366 0.48760 0.320 0.000 0.016 0.000 0.664
#> SRR1395659 4 0.2423 0.80392 0.000 0.024 0.000 0.896 0.080
#> SRR1385716 5 0.4677 0.48904 0.300 0.000 0.036 0.000 0.664
#> SRR1466109 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1080977 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0290 0.95875 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1485078 2 0.4306 0.72100 0.000 0.660 0.000 0.012 0.328
#> SRR661806 1 0.1341 0.92738 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1334919 5 0.5808 0.44649 0.232 0.000 0.160 0.000 0.608
#> SRR599249 1 0.0162 0.96057 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR810051 2 0.4307 0.11572 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 5 0.3932 0.48635 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1405028 1 0.0703 0.95077 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR612719 1 0.2329 0.85559 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1340617 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.4084 0.72516 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1361156 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.3857 0.52638 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1477837 4 0.1831 0.81306 0.000 0.004 0.000 0.920 0.076
#> SRR607252 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 5 0.3932 0.48635 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1456567 4 0.0162 0.87982 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1487425 2 0.5456 0.67069 0.000 0.592 0.000 0.080 0.328
#> SRR1335627 5 0.6557 -0.06549 0.000 0.204 0.000 0.368 0.428
#> SRR1327680 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 5 0.3601 0.49945 0.000 0.052 0.128 0.000 0.820
#> SRR1447673 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1404251 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.3650 0.61901 0.176 0.000 0.000 0.796 0.028
#> SRR659983 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 4 0.5731 0.40325 0.000 0.104 0.000 0.568 0.328
#> SRR614215 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 5 0.3966 0.37655 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1452741 1 0.1410 0.92373 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1458484 1 0.3090 0.81522 0.856 0.000 0.000 0.104 0.040
#> SRR1387091 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 4 0.6515 0.13811 0.000 0.196 0.000 0.440 0.364
#> SRR1434315 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367849 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 5 0.3999 0.36971 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1398311 4 0.5965 0.35595 0.000 0.128 0.000 0.544 0.328
#> SRR1442149 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0162 0.87982 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1321225 5 0.3932 0.38131 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1069802 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 5 0.4066 0.24056 0.004 0.000 0.000 0.324 0.672
#> SRR1334154 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1430133 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1468595 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0510 0.95461 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1469638 1 0.1410 0.92373 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR662150 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 5 0.4249 0.27372 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1084892 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1416166 1 0.3561 0.64503 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1477015 1 0.1197 0.93285 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1380501 5 0.3876 -0.02201 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1446156 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.1410 0.92373 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR599086 1 0.0794 0.94817 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1086844 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.2548 0.77597 0.072 0.004 0.000 0.896 0.028
#> SRR807877 4 0.3966 0.56389 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.78854 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 5 0.4366 0.48760 0.320 0.000 0.016 0.000 0.664
#> SRR1446226 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.5126 0.46887 0.636 0.300 0.000 0.000 0.064
#> SRR600474 1 0.0703 0.95036 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1307699 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0963 0.94287 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1323628 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 5 0.4448 0.10236 0.000 0.004 0.480 0.000 0.516
#> SRR1478149 5 0.4126 0.32384 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1384413 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 5 0.3932 0.48635 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1434093 5 0.3932 0.48635 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1341408 4 0.4273 0.07653 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR612335 1 0.4295 0.61532 0.740 0.000 0.000 0.216 0.044
#> SRR1321420 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.4849 0.40260 0.608 0.000 0.360 0.000 0.032
#> SRR1398371 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.1341 0.92702 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1431602 4 0.6718 -0.00239 0.000 0.260 0.000 0.412 0.328
#> SRR1311509 1 0.6307 0.16654 0.532 0.000 0.000 0.244 0.224
#> SRR1507229 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 1 0.3913 0.49271 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1392813 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1453026 2 0.3932 0.72616 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1388105 4 0.0000 0.88244 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.96241 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.98385 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.1267 0.8681 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 5 0.2278 0.8583 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR1381693 1 0.0146 0.9017 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467904 6 0.4482 0.2588 0.000 0.000 0.384 0.000 0.036 0.580
#> SRR1442648 5 0.4004 0.7624 0.000 0.120 0.000 0.120 0.760 0.000
#> SRR1486174 5 0.2416 0.8506 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1349433 5 0.3514 0.8064 0.000 0.088 0.000 0.108 0.804 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1435584 2 0.0777 0.9173 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.1333 0.8912 0.000 0.048 0.000 0.944 0.008 0.000
#> SRR1397180 4 0.1765 0.8552 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR662665 6 0.1007 0.7290 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR818530 5 0.2527 0.8579 0.000 0.108 0.000 0.024 0.868 0.000
#> SRR817563 4 0.3398 0.6690 0.000 0.252 0.000 0.740 0.008 0.000
#> SRR613462 6 0.1010 0.7370 0.004 0.000 0.000 0.000 0.036 0.960
#> SRR1405206 5 0.2278 0.8583 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR1454136 5 0.5310 0.4780 0.000 0.348 0.000 0.116 0.536 0.000
#> SRR1380785 5 0.6135 0.0588 0.000 0.004 0.360 0.000 0.396 0.240
#> SRR612875 1 0.4305 0.6304 0.684 0.000 0.000 0.000 0.056 0.260
#> SRR808327 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 5 0.5995 0.0848 0.000 0.000 0.356 0.000 0.408 0.236
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 6 0.1663 0.7125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.2985 0.8566 0.000 0.116 0.000 0.004 0.844 0.036
#> SRR1084965 1 0.3221 0.6408 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1310563 6 0.3076 0.5369 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR602437 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1356487 5 0.2416 0.8506 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1479263 2 0.3714 0.3799 0.000 0.656 0.000 0.004 0.340 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 5 0.3482 0.5799 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.2748 0.8101 0.000 0.000 0.000 0.128 0.848 0.024
#> SRR1087197 6 0.1010 0.7370 0.004 0.000 0.000 0.000 0.036 0.960
#> SRR1383960 6 0.5708 0.4746 0.264 0.216 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR600924 1 0.0146 0.9011 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662390 1 0.3695 0.3869 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 6 0.3699 0.5657 0.000 0.000 0.212 0.000 0.036 0.752
#> SRR598148 6 0.0865 0.7360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR603918 5 0.3752 0.7260 0.000 0.000 0.000 0.064 0.772 0.164
#> SRR1468682 4 0.3351 0.6094 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR1490505 5 0.2178 0.8576 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1343859 6 0.0865 0.7360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444954 5 0.2146 0.8065 0.000 0.004 0.000 0.000 0.880 0.116
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381524 6 0.1010 0.7355 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR1392208 2 0.3236 0.7424 0.000 0.796 0.000 0.180 0.024 0.000
#> SRR1456693 5 0.2402 0.8144 0.000 0.012 0.000 0.120 0.868 0.000
#> SRR1358482 5 0.2178 0.8576 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR658331 6 0.3699 0.5657 0.000 0.000 0.212 0.000 0.036 0.752
#> SRR810619 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 6 0.3789 0.3420 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR599380 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.1285 0.8832 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1489693 6 0.3642 0.5740 0.000 0.000 0.204 0.000 0.036 0.760
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661337 1 0.1007 0.8807 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR601239 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419453 6 0.3642 0.5740 0.000 0.000 0.204 0.000 0.036 0.760
#> SRR1437208 2 0.1863 0.8450 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.4011 0.5882 0.000 0.304 0.000 0.672 0.024 0.000
#> SRR1093269 2 0.0777 0.9173 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.1753 0.8673 0.000 0.004 0.000 0.912 0.084 0.000
#> SRR816358 1 0.1765 0.8428 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR658283 6 0.0937 0.7356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR813728 5 0.2378 0.8518 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087992 6 0.3515 0.5443 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1405593 1 0.3050 0.6824 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1326040 6 0.3499 0.5519 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.2730 0.7662 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1398706 5 0.2178 0.8576 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1368794 5 0.2278 0.8583 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR1392749 4 0.2432 0.8431 0.000 0.100 0.000 0.876 0.024 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR663100 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.4899 0.2777 0.532 0.000 0.000 0.000 0.064 0.404
#> SRR1464281 2 0.0146 0.9330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 5 0.2315 0.8240 0.000 0.008 0.000 0.016 0.892 0.084
#> SRR1435182 2 0.2048 0.8244 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.3023 0.6881 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR602461 1 0.2092 0.8118 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1334338 1 0.3050 0.6824 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 6 0.1124 0.7344 0.000 0.000 0.008 0.000 0.036 0.956
#> SRR663014 4 0.2416 0.8084 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1417960 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0632 0.9627 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1381269 2 0.0777 0.9173 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR657695 5 0.2454 0.7840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1357650 5 0.2260 0.8558 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470816 5 0.3997 0.7549 0.000 0.108 0.000 0.132 0.760 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.1910 0.8282 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1318998 6 0.4043 0.5949 0.000 0.000 0.116 0.000 0.128 0.756
#> SRR1392795 5 0.2672 0.8394 0.000 0.052 0.000 0.080 0.868 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.1349 0.8917 0.000 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604230 1 0.1858 0.8649 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 6 0.1663 0.6968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR665514 1 0.0146 0.9017 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433684 6 0.3789 0.3420 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR613186 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 5 0.2474 0.8291 0.000 0.040 0.000 0.000 0.880 0.080
#> SRR1326687 1 0.0363 0.8996 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 5 0.2416 0.8506 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1102756 5 0.5839 0.2517 0.000 0.188 0.000 0.404 0.408 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.5714 0.2301 0.000 0.340 0.000 0.484 0.176 0.000
#> SRR1391789 6 0.2491 0.6449 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1402195 1 0.4712 0.6368 0.708 0.000 0.000 0.016 0.096 0.180
#> SRR1429516 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406662 4 0.2697 0.7712 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1333414 5 0.2278 0.8583 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR1369030 5 0.2278 0.8583 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR1342916 1 0.0632 0.8958 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1362824 5 0.2416 0.8506 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.1411 0.8803 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473505 5 0.2320 0.8049 0.000 0.004 0.000 0.132 0.864 0.000
#> SRR1402068 5 0.2809 0.8579 0.000 0.128 0.000 0.004 0.848 0.020
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.2527 0.7655 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397329 6 0.3934 0.3120 0.000 0.000 0.376 0.000 0.008 0.616
#> SRR1093243 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418390 5 0.2416 0.8506 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR601868 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1443182 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457872 4 0.3531 0.5148 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 6 0.3699 0.5657 0.000 0.000 0.212 0.000 0.036 0.752
#> SRR656433 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.2527 0.7422 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 5 0.2165 0.8115 0.000 0.008 0.000 0.000 0.884 0.108
#> SRR604174 1 0.4812 0.5351 0.640 0.000 0.000 0.000 0.096 0.264
#> SRR1345221 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR815517 6 0.3912 0.5906 0.000 0.000 0.164 0.000 0.076 0.760
#> SRR615970 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.1007 0.8885 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1383125 1 0.0146 0.9012 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331013 4 0.3563 0.5518 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR1419638 6 0.1010 0.7370 0.004 0.000 0.000 0.000 0.036 0.960
#> SRR1434975 6 0.0937 0.7356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1445741 5 0.2647 0.8537 0.000 0.088 0.000 0.044 0.868 0.000
#> SRR1088142 1 0.3050 0.6824 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR604206 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1358779 6 0.3422 0.6071 0.000 0.000 0.176 0.000 0.036 0.788
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410334 5 0.1958 0.8160 0.000 0.000 0.000 0.004 0.896 0.100
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.1610 0.8634 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1489715 5 0.2416 0.8506 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.3025 0.7915 0.000 0.156 0.000 0.820 0.024 0.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 5 0.2278 0.8583 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR1316725 5 0.2278 0.8583 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR1314851 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 6 0.3126 0.6411 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 5 0.2434 0.8372 0.000 0.016 0.000 0.032 0.896 0.056
#> SRR1366690 1 0.3276 0.7841 0.816 0.000 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR1317707 2 0.0777 0.9173 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1339321 2 0.4405 0.0343 0.000 0.504 0.000 0.472 0.024 0.000
#> SRR1442487 5 0.2854 0.8125 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR1069690 4 0.2883 0.7396 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1319344 5 0.3101 0.6846 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.4556 0.6043 0.000 0.688 0.000 0.100 0.000 0.212
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479933 5 0.2178 0.8576 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1313853 2 0.0146 0.9330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR661192 1 0.1610 0.8499 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1384827 5 0.2822 0.8145 0.000 0.040 0.000 0.000 0.852 0.108
#> SRR814587 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656899 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1317305 6 0.3101 0.6390 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1442273 2 0.2790 0.7742 0.000 0.844 0.000 0.132 0.024 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 4 0.2300 0.8207 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1093649 5 0.4301 0.6384 0.000 0.000 0.064 0.000 0.696 0.240
#> SRR1478900 6 0.1124 0.7352 0.000 0.000 0.008 0.000 0.036 0.956
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 5 0.2278 0.8583 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.3847 0.0398 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR615335 1 0.3860 0.0548 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1321505 1 0.3050 0.6824 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.5384 0.1609 0.472 0.000 0.000 0.428 0.096 0.004
#> SRR657903 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1441850 4 0.1088 0.9020 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.3175 0.6597 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1440445 6 0.3642 0.5740 0.000 0.000 0.204 0.000 0.036 0.760
#> SRR1088734 4 0.0777 0.9068 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364695 6 0.1370 0.7355 0.012 0.000 0.004 0.000 0.036 0.948
#> SRR1348226 1 0.3050 0.6824 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1313560 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1092889 5 0.2320 0.8561 0.000 0.080 0.000 0.004 0.892 0.024
#> SRR1352213 1 0.1765 0.8300 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2185233 1 0.1285 0.8832 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 6 0.2536 0.6838 0.000 0.000 0.000 0.020 0.116 0.864
#> SRR660366 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.1010 0.8899 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR821183 5 0.2685 0.8433 0.000 0.060 0.000 0.072 0.868 0.000
#> SRR1323512 4 0.5959 0.1198 0.000 0.260 0.000 0.452 0.288 0.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.0632 0.9080 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 6 0.0865 0.7360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.3515 0.5664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR661120 6 0.3244 0.6257 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR601613 1 0.3791 0.6731 0.732 0.000 0.000 0.000 0.032 0.236
#> SRR811535 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.1349 0.8816 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1368616 2 0.1753 0.8656 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084 0.000
#> SRR1375677 1 0.1531 0.8776 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR598509 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1339921 1 0.3409 0.5695 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR664743 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0291 0.9303 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.1007 0.8885 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 6 0.1501 0.7166 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR656288 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0146 0.9839 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487233 5 0.2630 0.8320 0.000 0.000 0.000 0.064 0.872 0.064
#> SRR662043 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 5 0.2416 0.8506 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1379365 5 0.3989 0.6931 0.000 0.044 0.000 0.236 0.720 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.4950 0.4292 0.576 0.000 0.000 0.000 0.080 0.344
#> SRR807901 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR816064 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.2092 0.8119 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 6 0.3578 0.5140 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR662749 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 5 0.2902 0.7395 0.000 0.004 0.000 0.000 0.800 0.196
#> SRR1343653 4 0.3563 0.5117 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR1336134 5 0.2389 0.8084 0.000 0.008 0.000 0.128 0.864 0.000
#> SRR654940 5 0.2278 0.8583 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR1098288 2 0.2558 0.7788 0.000 0.840 0.000 0.004 0.156 0.000
#> SRR1326343 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR811145 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.4881 0.4204 0.588 0.000 0.000 0.000 0.076 0.336
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.3050 0.6824 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388419 5 0.2509 0.8478 0.000 0.088 0.000 0.000 0.876 0.036
#> SRR1442250 5 0.3727 0.4405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392434 4 0.1204 0.8832 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.1267 0.8682 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1383937 2 0.3515 0.4630 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1315393 5 0.2416 0.8506 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 5 0.2378 0.8518 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1330153 1 0.4050 0.6996 0.752 0.000 0.000 0.000 0.096 0.152
#> SRR1451778 1 0.3977 0.7072 0.760 0.000 0.000 0.000 0.096 0.144
#> SRR657089 6 0.1268 0.7360 0.008 0.000 0.004 0.000 0.036 0.952
#> SRR1395659 4 0.4490 0.6665 0.000 0.104 0.000 0.700 0.196 0.000
#> SRR1385716 6 0.0935 0.7358 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR1466109 1 0.2941 0.7047 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.2888 0.8373 0.852 0.000 0.000 0.000 0.056 0.092
#> SRR1485078 5 0.2278 0.8583 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR661806 1 0.3869 -0.0486 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1334919 6 0.1867 0.7354 0.036 0.000 0.004 0.000 0.036 0.924
#> SRR599249 1 0.2568 0.8587 0.876 0.000 0.000 0.000 0.068 0.056
#> SRR810051 4 0.3373 0.6745 0.000 0.248 0.000 0.744 0.008 0.000
#> SRR1407202 1 0.1285 0.8832 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1434399 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 6 0.1010 0.7370 0.004 0.000 0.000 0.000 0.036 0.960
#> SRR1405028 1 0.4408 0.5916 0.664 0.000 0.000 0.000 0.056 0.280
#> SRR612719 6 0.2912 0.6558 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 5 0.2738 0.8292 0.000 0.176 0.000 0.004 0.820 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 6 0.4743 0.1377 0.400 0.000 0.000 0.000 0.052 0.548
#> SRR1477837 4 0.2805 0.7416 0.000 0.004 0.000 0.812 0.000 0.184
#> SRR607252 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1418946 6 0.0146 0.7315 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1456567 4 0.1910 0.8494 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1487425 5 0.2402 0.8588 0.000 0.120 0.000 0.012 0.868 0.000
#> SRR1335627 5 0.2321 0.8358 0.000 0.008 0.000 0.052 0.900 0.040
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 5 0.3548 0.7733 0.000 0.008 0.068 0.000 0.812 0.112
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815735 1 0.3050 0.6824 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.4478 0.5565 0.084 0.000 0.000 0.688 0.000 0.228
#> SRR659983 1 0.1806 0.8673 0.908 0.000 0.000 0.000 0.088 0.004
#> SRR1402414 5 0.2178 0.8049 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR614215 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR659283 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.1285 0.8832 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1403390 6 0.1010 0.7355 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR1452741 6 0.3244 0.6236 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1458484 6 0.6258 0.5055 0.264 0.000 0.000 0.192 0.032 0.512
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419829 5 0.2398 0.8209 0.000 0.000 0.000 0.104 0.876 0.020
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 6 0.3172 0.6364 0.000 0.000 0.148 0.000 0.036 0.816
#> SRR1398311 5 0.2790 0.8026 0.000 0.024 0.000 0.132 0.844 0.000
#> SRR1442149 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.2398 0.8425 0.000 0.104 0.000 0.876 0.020 0.000
#> SRR1321225 6 0.1010 0.7355 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 5 0.3841 0.6403 0.000 0.000 0.000 0.032 0.724 0.244
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467612 5 0.2178 0.8576 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1430133 5 0.2416 0.8506 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.2135 0.8355 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.2178 0.8034 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1469638 6 0.3833 0.2449 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR662150 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1400290 6 0.1863 0.7081 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1084892 5 0.2416 0.8506 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1416166 6 0.2933 0.6633 0.200 0.000 0.000 0.000 0.004 0.796
#> SRR1477015 6 0.3515 0.5612 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1380501 6 0.5581 -0.0115 0.000 0.140 0.000 0.000 0.408 0.452
#> SRR1446156 4 0.2436 0.8496 0.000 0.088 0.000 0.880 0.032 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814611 6 0.3288 0.6177 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR599086 1 0.2941 0.7048 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.3975 0.6024 0.040 0.000 0.000 0.716 0.000 0.244
#> SRR807877 2 0.2790 0.7742 0.000 0.844 0.000 0.132 0.024 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 6 0.1010 0.7355 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 6 0.4723 0.6063 0.232 0.104 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR600474 1 0.2762 0.7321 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.3672 0.4090 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1323628 1 0.1908 0.8630 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.5516 0.4954 0.000 0.008 0.596 0.000 0.200 0.196
#> SRR1478149 6 0.4550 0.1634 0.000 0.000 0.420 0.000 0.036 0.544
#> SRR1384413 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 6 0.0146 0.7315 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1434093 6 0.0146 0.7315 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1341408 4 0.3023 0.7091 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR612335 1 0.3404 0.8103 0.832 0.000 0.000 0.052 0.096 0.020
#> SRR1321420 1 0.1007 0.8885 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1329177 6 0.5735 0.3483 0.388 0.000 0.168 0.000 0.000 0.444
#> SRR1398371 4 0.2378 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR614996 6 0.3797 0.3307 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1431602 5 0.2586 0.8280 0.000 0.032 0.000 0.100 0.868 0.000
#> SRR1311509 1 0.4569 0.6176 0.700 0.000 0.000 0.004 0.096 0.200
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469591 6 0.3023 0.6470 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1392813 5 0.3198 0.7523 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR1453026 5 0.2178 0.8576 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1388105 4 0.0000 0.9196 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9877 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.986 0.957 0.982 0.4431 0.562 0.562
#> 3 3 0.703 0.821 0.914 0.4700 0.748 0.564
#> 4 4 0.679 0.675 0.847 0.0981 0.828 0.561
#> 5 5 0.717 0.679 0.822 0.0721 0.870 0.586
#> 6 6 0.776 0.784 0.874 0.0373 0.934 0.733
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1467904 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1321283 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR662665 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR818530 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR613462 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR612875 2 0.9775 0.3191 0.412 0.588
#> SRR808327 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1086304 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR602437 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1087197 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1383960 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.7376 0.7388 0.792 0.208
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1352936 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR598148 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1444644 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1343859 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1381524 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR658331 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR810619 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR600829 2 0.9661 0.3738 0.392 0.608
#> SRR599380 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1489693 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1468995 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1419453 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1341456 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR657456 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR807727 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR658283 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR813728 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1087992 2 0.9998 0.0522 0.492 0.508
#> SRR1405593 1 0.7815 0.6989 0.768 0.232
#> SRR1326040 2 0.1633 0.9644 0.024 0.976
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR603968 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR815661 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.1184 0.9705 0.984 0.016
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR613510 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR663014 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1474730 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1347667 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR608096 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1454522 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1433684 2 0.9732 0.3415 0.404 0.596
#> SRR613186 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1458973 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1402195 1 0.1184 0.9705 0.984 0.016
#> SRR1429516 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.5842 0.8361 0.860 0.140
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1397329 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1093243 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1332607 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR656433 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1338363 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.4815 0.8818 0.896 0.104
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR815517 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR615970 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1419638 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1434975 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.4562 0.8898 0.904 0.096
#> SRR604206 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1358779 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1364780 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1406599 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1308696 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR808772 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.4298 0.8997 0.912 0.088
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1317305 2 0.8327 0.6483 0.264 0.736
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1478900 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR602106 2 0.9710 0.3521 0.400 0.600
#> SRR615335 2 0.8144 0.6692 0.252 0.748
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1457768 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1340641 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0672 0.9773 0.992 0.008
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1440445 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1364695 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1352213 2 0.9635 0.3834 0.388 0.612
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR660366 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1351583 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1437454 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1340280 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1352619 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR661120 2 0.9393 0.4624 0.356 0.644
#> SRR601613 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR598509 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.5629 0.8470 0.868 0.132
#> SRR664743 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR808808 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR656288 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1405886 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR2164847 2 0.0376 0.9782 0.004 0.996
#> SRR807901 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1444722 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1316483 2 0.9710 0.3525 0.400 0.600
#> SRR662749 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.9944 0.1459 0.544 0.456
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.7219 0.7514 0.800 0.200
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1430420 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1094506 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.1843 0.9598 0.972 0.028
#> SRR1451778 1 0.6973 0.7701 0.812 0.188
#> SRR657089 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1385716 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1080977 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1441725 2 0.9815 0.2959 0.420 0.580
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR661806 2 0.0672 0.9764 0.008 0.992
#> SRR1334919 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR599249 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1330965 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1382508 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1405028 1 0.1843 0.9598 0.972 0.028
#> SRR612719 2 0.5946 0.8302 0.144 0.856
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.5178 0.8688 0.884 0.116
#> SRR1477837 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1418946 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1327680 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.7056 0.7636 0.808 0.192
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR656300 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1340441 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1403390 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1452741 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1458484 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1358017 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1376539 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1401446 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1442149 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1321225 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0672 0.9764 0.008 0.992
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1351931 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1374028 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1469638 2 0.5842 0.8354 0.140 0.860
#> SRR662150 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1400290 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1416166 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1477015 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR814611 2 0.5059 0.8700 0.112 0.888
#> SRR599086 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR601986 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR659637 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1312540 2 0.9732 0.3419 0.404 0.596
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1430951 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1385364 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1478149 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1384413 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1399990 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1434093 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.4939 0.8734 0.108 0.892
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR1329177 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR614996 2 0.9608 0.3945 0.384 0.616
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.6801 0.7819 0.820 0.180
#> SRR1507229 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1310373 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1469591 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.9799 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9840 1.000 0.000
#> SRR615898 2 0.0938 0.9745 0.012 0.988
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.1289 0.8956 0.000 0.968 0.032
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.4291 0.7803 0.000 0.820 0.180
#> SRR1349433 2 0.1163 0.8964 0.000 0.972 0.028
#> SRR1321283 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.5291 0.6861 0.000 0.268 0.732
#> SRR818530 2 0.5397 0.6613 0.000 0.720 0.280
#> SRR817563 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405206 2 0.5397 0.6609 0.000 0.720 0.280
#> SRR1454136 2 0.4178 0.7875 0.000 0.828 0.172
#> SRR1380785 3 0.2261 0.8229 0.000 0.068 0.932
#> SRR612875 3 0.7868 0.4340 0.056 0.420 0.524
#> SRR808327 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0237 0.8511 0.000 0.004 0.996
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.2356 0.8255 0.000 0.072 0.928
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR1084965 3 0.8507 0.0967 0.424 0.092 0.484
#> SRR1310563 3 0.0237 0.8511 0.000 0.004 0.996
#> SRR602437 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.4277 0.8020 0.852 0.016 0.132
#> SRR1356487 2 0.5016 0.7142 0.000 0.760 0.240
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 3 0.3686 0.7866 0.000 0.140 0.860
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR1087197 3 0.4974 0.7183 0.000 0.236 0.764
#> SRR1383960 3 0.6204 0.4717 0.000 0.424 0.576
#> SRR600924 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.9714 0.1259 0.440 0.324 0.236
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR598148 3 0.3686 0.7866 0.000 0.140 0.860
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.7377 0.1051 0.516 0.032 0.452
#> SRR603918 3 0.4235 0.7659 0.000 0.176 0.824
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.1860 0.8827 0.000 0.948 0.052
#> SRR1343859 3 0.3686 0.7866 0.000 0.140 0.860
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR1479286 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.3941 0.8014 0.000 0.844 0.156
#> SRR1358482 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR658331 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 3 0.6407 0.6524 0.028 0.272 0.700
#> SRR599380 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.4750 0.6377 0.000 0.784 0.216
#> SRR2185195 1 0.0424 0.9367 0.992 0.008 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.2173 0.8929 0.944 0.048 0.008
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.1643 0.8874 0.000 0.956 0.044
#> SRR816358 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR813728 2 0.4235 0.7839 0.000 0.824 0.176
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 3 0.4121 0.8015 0.024 0.108 0.868
#> SRR1405593 1 0.9714 0.1256 0.440 0.324 0.236
#> SRR1326040 3 0.5785 0.6058 0.000 0.332 0.668
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.4346 0.7745 0.000 0.816 0.184
#> SRR1398706 2 0.4842 0.7334 0.000 0.776 0.224
#> SRR1368794 2 0.4291 0.7803 0.000 0.820 0.180
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0592 0.9332 0.988 0.012 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 3 0.4575 0.7620 0.004 0.184 0.812
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.6168 0.3854 0.000 0.588 0.412
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0424 0.9365 0.992 0.008 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR663014 2 0.5098 0.7008 0.000 0.752 0.248
#> SRR1417960 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.5178 0.6906 0.000 0.744 0.256
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.5363 0.6636 0.000 0.724 0.276
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0237 0.9401 0.996 0.004 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 3 0.6095 0.5138 0.000 0.392 0.608
#> SRR665514 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 3 0.9509 0.4342 0.220 0.296 0.484
#> SRR613186 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 3 0.6309 -0.1243 0.000 0.496 0.504
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0424 0.9084 0.000 0.992 0.008
#> SRR1102756 2 0.4235 0.7839 0.000 0.824 0.176
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 3 0.6286 0.3733 0.000 0.464 0.536
#> SRR1402195 3 0.5355 0.7677 0.032 0.168 0.800
#> SRR1429516 2 0.0237 0.9101 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406662 2 0.3340 0.8330 0.000 0.880 0.120
#> SRR1333414 2 0.0592 0.9066 0.000 0.988 0.012
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0237 0.9403 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362824 2 0.4291 0.7803 0.000 0.820 0.180
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 3 0.8657 0.6175 0.164 0.244 0.592
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.5397 0.6609 0.000 0.720 0.280
#> SRR1402068 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.4178 0.7875 0.000 0.828 0.172
#> SRR608480 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 3 0.6775 0.7286 0.144 0.112 0.744
#> SRR601868 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.4235 0.7839 0.000 0.824 0.176
#> SRR1338363 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR604174 3 0.6228 0.6303 0.012 0.316 0.672
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434975 3 0.1411 0.8433 0.000 0.036 0.964
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.9730 0.1470 0.448 0.296 0.256
#> SRR604206 1 0.0237 0.9401 0.996 0.004 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR1352234 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.6045 0.4592 0.000 0.620 0.380
#> SRR1364780 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR1314851 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.5835 0.5965 0.000 0.340 0.660
#> SRR1308696 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.5859 0.5567 0.000 0.656 0.344
#> SRR1366690 3 0.4887 0.7281 0.000 0.228 0.772
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.4235 0.7839 0.000 0.824 0.176
#> SRR1069690 2 0.5178 0.6906 0.000 0.744 0.256
#> SRR1319344 3 0.3686 0.7866 0.000 0.140 0.860
#> SRR1332835 2 0.4235 0.7839 0.000 0.824 0.176
#> SRR1334694 2 0.5988 0.4824 0.000 0.632 0.368
#> SRR1478434 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 3 0.5859 0.4182 0.000 0.344 0.656
#> SRR814587 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.5115 0.7305 0.796 0.016 0.188
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 3 0.3192 0.8064 0.000 0.112 0.888
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.3192 0.8375 0.000 0.888 0.112
#> SRR1093649 3 0.3686 0.7866 0.000 0.140 0.860
#> SRR1478900 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 3 0.2301 0.8320 0.004 0.060 0.936
#> SRR615335 3 0.6172 0.6251 0.012 0.308 0.680
#> SRR1321505 1 0.0237 0.9399 0.996 0.004 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340641 3 0.6192 0.4796 0.000 0.420 0.580
#> SRR657903 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0747 0.9297 0.984 0.016 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 3 0.6986 0.6897 0.180 0.096 0.724
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348226 1 0.8595 0.4656 0.604 0.216 0.180
#> SRR1313560 1 0.6129 0.5712 0.700 0.016 0.284
#> SRR1092889 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR1352213 3 0.0237 0.8510 0.000 0.004 0.996
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 3 0.3686 0.7866 0.000 0.140 0.860
#> SRR660366 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.5254 0.6813 0.000 0.736 0.264
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 2 0.1753 0.8744 0.000 0.952 0.048
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.2448 0.8604 0.000 0.924 0.076
#> SRR1325464 1 0.1031 0.9211 0.976 0.024 0.000
#> SRR1340280 3 0.3619 0.7893 0.000 0.136 0.864
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.3686 0.7866 0.000 0.140 0.860
#> SRR661120 3 0.5835 0.5981 0.000 0.340 0.660
#> SRR601613 1 0.5138 0.6422 0.748 0.252 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.4539 0.7824 0.836 0.016 0.148
#> SRR598509 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.6096 0.5818 0.704 0.016 0.280
#> SRR1339921 3 0.9868 0.1203 0.360 0.256 0.384
#> SRR664743 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.3192 0.8074 0.000 0.112 0.888
#> SRR656288 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487233 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR662043 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.4291 0.7803 0.000 0.820 0.180
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.4399 0.7695 0.000 0.812 0.188
#> SRR2164847 3 0.6410 0.4774 0.004 0.420 0.576
#> SRR807901 1 0.0747 0.9297 0.984 0.016 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 3 0.5873 0.6250 0.004 0.312 0.684
#> SRR662749 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.2711 0.8137 0.000 0.088 0.912
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.4235 0.7839 0.000 0.824 0.176
#> SRR654940 2 0.5178 0.6939 0.000 0.744 0.256
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.5269 0.7117 0.784 0.016 0.200
#> SRR811145 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 3 0.4605 0.7478 0.000 0.204 0.796
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.8375 0.3997 0.572 0.324 0.104
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.5810 0.5664 0.000 0.664 0.336
#> SRR1442250 3 0.3686 0.7866 0.000 0.140 0.860
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.2066 0.8752 0.000 0.940 0.060
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.4346 0.7764 0.000 0.816 0.184
#> SRR1094506 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 3 0.5581 0.7655 0.040 0.168 0.792
#> SRR1451778 3 0.5355 0.7677 0.032 0.168 0.800
#> SRR657089 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395659 2 0.5098 0.7008 0.000 0.752 0.248
#> SRR1385716 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 3 0.8783 0.3747 0.112 0.420 0.468
#> SRR1485078 2 0.5363 0.6670 0.000 0.724 0.276
#> SRR661806 3 0.6410 0.4774 0.004 0.420 0.576
#> SRR1334919 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR599249 1 0.6630 0.5285 0.672 0.028 0.300
#> SRR810051 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.6762 0.5386 0.676 0.036 0.288
#> SRR1434399 1 0.5318 0.7100 0.780 0.016 0.204
#> SRR1330965 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405028 3 0.6255 0.6250 0.012 0.320 0.668
#> SRR612719 3 0.3267 0.8058 0.000 0.116 0.884
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0747 0.9304 0.984 0.000 0.016
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.4750 0.7386 0.000 0.216 0.784
#> SRR1477837 3 0.3619 0.7684 0.000 0.136 0.864
#> SRR607252 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.3192 0.8074 0.000 0.112 0.888
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR1327680 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 3 0.3116 0.8018 0.000 0.108 0.892
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.9687 0.1680 0.456 0.296 0.248
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 3 0.6008 0.5519 0.000 0.372 0.628
#> SRR659983 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.5098 0.7023 0.000 0.752 0.248
#> SRR614215 3 0.7386 0.0914 0.460 0.032 0.508
#> SRR659283 1 0.4540 0.8026 0.848 0.028 0.124
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452741 3 0.3116 0.8086 0.000 0.108 0.892
#> SRR1458484 3 0.0237 0.8510 0.000 0.004 0.996
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.5431 0.6555 0.000 0.716 0.284
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.6629 0.4093 0.624 0.016 0.360
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398311 2 0.5178 0.6906 0.000 0.744 0.256
#> SRR1442149 3 0.6307 0.3113 0.000 0.488 0.512
#> SRR809137 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069802 1 0.7067 0.3484 0.596 0.028 0.376
#> SRR1077643 3 0.4121 0.7727 0.000 0.168 0.832
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.4121 0.7913 0.000 0.832 0.168
#> SRR1430133 3 0.6309 -0.1100 0.000 0.496 0.504
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 2 0.6225 0.3269 0.000 0.568 0.432
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 3 0.6081 0.5887 0.004 0.344 0.652
#> SRR662150 1 0.0237 0.9401 0.996 0.004 0.000
#> SRR1400290 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084892 2 0.4235 0.7839 0.000 0.824 0.176
#> SRR1416166 3 0.6140 0.5059 0.000 0.404 0.596
#> SRR1477015 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380501 3 0.5859 0.4216 0.000 0.344 0.656
#> SRR1446156 2 0.0424 0.9091 0.000 0.992 0.008
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 3 0.3116 0.8086 0.000 0.108 0.892
#> SRR599086 1 0.9833 0.0501 0.424 0.276 0.300
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.6309 -0.2793 0.000 0.504 0.496
#> SRR807877 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.6305 0.3288 0.000 0.484 0.516
#> SRR600474 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.9978 0.1701 0.336 0.304 0.360
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 3 0.2165 0.8244 0.000 0.064 0.936
#> SRR1478149 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 2 0.1411 0.8853 0.000 0.964 0.036
#> SRR1366855 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434093 3 0.0237 0.8510 0.000 0.004 0.996
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 3 0.4399 0.7595 0.000 0.188 0.812
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398371 2 0.1031 0.8996 0.000 0.976 0.024
#> SRR614996 3 0.8616 0.5681 0.148 0.264 0.588
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 3 0.5355 0.7677 0.032 0.168 0.800
#> SRR1507229 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9130 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392813 2 0.4178 0.7875 0.000 0.828 0.172
#> SRR1453026 2 0.2625 0.8607 0.000 0.916 0.084
#> SRR1388105 2 0.1411 0.8921 0.000 0.964 0.036
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9433 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.8518 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.5158 0.24720 0.000 0.524 0.004 0.472
#> SRR1381693 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.4897 0.58992 0.000 0.332 0.660 0.008
#> SRR1442648 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.4767 0.59292 0.000 0.724 0.020 0.256
#> SRR1349433 4 0.3649 0.70774 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1321283 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.1557 0.87096 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1435584 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094192 4 0.0336 0.90778 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1397180 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 2 0.6653 0.12609 0.000 0.568 0.328 0.104
#> SRR818530 2 0.4576 0.56962 0.000 0.728 0.012 0.260
#> SRR817563 4 0.0336 0.90917 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR613462 3 0.6633 0.38520 0.000 0.416 0.500 0.084
#> SRR1405206 2 0.4690 0.55517 0.000 0.712 0.012 0.276
#> SRR1454136 4 0.4998 -0.10885 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1380785 2 0.5055 0.39324 0.000 0.712 0.256 0.032
#> SRR612875 1 0.9242 0.14063 0.428 0.140 0.152 0.280
#> SRR808327 4 0.0469 0.90702 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1355194 2 0.4697 0.30534 0.000 0.696 0.296 0.008
#> SRR1408227 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086304 2 0.4088 0.42891 0.000 0.764 0.232 0.004
#> SRR1080415 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.2984 0.63107 0.000 0.888 0.028 0.084
#> SRR1084965 1 0.8554 0.24563 0.516 0.144 0.248 0.092
#> SRR1310563 2 0.4509 0.32431 0.000 0.708 0.288 0.004
#> SRR602437 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.5080 0.43222 0.576 0.420 0.000 0.004
#> SRR1356487 2 0.4574 0.61020 0.000 0.756 0.024 0.220
#> SRR1479263 4 0.0336 0.90917 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1409641 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 4 0.4304 0.55943 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1367456 2 0.2610 0.58092 0.000 0.900 0.088 0.012
#> SRR1072650 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.2984 0.63107 0.000 0.888 0.028 0.084
#> SRR1087197 2 0.6399 0.27752 0.000 0.620 0.276 0.104
#> SRR1383960 4 0.6816 0.27855 0.000 0.212 0.184 0.604
#> SRR600924 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.8227 0.31496 0.536 0.076 0.264 0.124
#> SRR1071692 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.5161 0.53787 0.000 0.400 0.592 0.008
#> SRR598148 2 0.2402 0.58409 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1444390 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444644 3 0.0336 0.67092 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1389777 2 0.4155 0.36275 0.240 0.756 0.000 0.004
#> SRR603918 2 0.2546 0.60011 0.000 0.912 0.060 0.028
#> SRR1468682 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490505 4 0.4999 -0.12861 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1343859 2 0.2342 0.58041 0.000 0.912 0.080 0.008
#> SRR1075631 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.2892 0.62578 0.000 0.896 0.036 0.068
#> SRR1479286 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381524 3 0.5183 0.52893 0.000 0.408 0.584 0.008
#> SRR1392208 4 0.0188 0.91118 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1456693 2 0.4999 0.05773 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1358482 2 0.2984 0.63107 0.000 0.888 0.028 0.084
#> SRR658331 3 0.4917 0.58736 0.000 0.336 0.656 0.008
#> SRR810619 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.9257 -0.14022 0.376 0.180 0.336 0.108
#> SRR599380 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0707 0.89443 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR2185195 1 0.3486 0.77720 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.4917 0.58736 0.000 0.336 0.656 0.008
#> SRR1318662 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0336 0.67092 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1352111 1 0.0336 0.89392 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1330944 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419453 3 0.5161 0.53864 0.000 0.400 0.592 0.008
#> SRR1437208 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093269 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 4 0.4843 0.24951 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR816358 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 2 0.5938 -0.31185 0.000 0.484 0.480 0.036
#> SRR813728 2 0.4910 0.58203 0.000 0.704 0.020 0.276
#> SRR1394520 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087992 3 0.9388 0.17260 0.328 0.220 0.348 0.104
#> SRR1405593 1 0.7833 0.37811 0.568 0.056 0.256 0.120
#> SRR1326040 2 0.7859 0.11519 0.024 0.508 0.308 0.160
#> SRR1312725 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.4343 0.56812 0.000 0.732 0.004 0.264
#> SRR1398706 2 0.5125 0.46811 0.000 0.604 0.008 0.388
#> SRR1368794 2 0.5108 0.56129 0.000 0.672 0.020 0.308
#> SRR1392749 4 0.1211 0.87817 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR603968 3 0.0336 0.66718 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR815661 1 0.4283 0.70182 0.740 0.256 0.000 0.004
#> SRR663100 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 2 0.1617 0.57562 0.024 0.956 0.008 0.012
#> SRR1464281 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.2081 0.84745 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1384917 2 0.2983 0.62556 0.000 0.892 0.040 0.068
#> SRR1435182 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.1978 0.83703 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR602461 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 2 0.5040 0.12864 0.000 0.628 0.364 0.008
#> SRR663014 4 0.5000 -0.01339 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1417960 4 0.0469 0.90462 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1474730 3 0.4877 0.59078 0.000 0.328 0.664 0.008
#> SRR1381269 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.4428 0.55724 0.000 0.720 0.004 0.276
#> SRR1357650 4 0.2149 0.84144 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1472237 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470816 4 0.1022 0.88639 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1458358 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.4560 0.30792 0.000 0.700 0.296 0.004
#> SRR1392795 4 0.4008 0.63222 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1469859 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.3501 0.63224 0.000 0.848 0.020 0.132
#> SRR1360587 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.3024 0.81059 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.5369 0.57484 0.000 0.740 0.096 0.164
#> SRR665514 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.1389 0.87495 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1429802 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.8809 0.10594 0.456 0.116 0.312 0.116
#> SRR613186 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.0592 0.90452 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1417766 4 0.0592 0.90460 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1420606 2 0.5171 0.58395 0.000 0.760 0.112 0.128
#> SRR1326687 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.4049 0.62490 0.000 0.212 0.780 0.008
#> SRR1309856 4 0.4331 0.54901 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1102756 2 0.4978 0.47301 0.000 0.612 0.004 0.384
#> SRR1366519 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080438 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.6741 0.30543 0.000 0.484 0.092 0.424
#> SRR1402195 2 0.1617 0.57562 0.024 0.956 0.008 0.012
#> SRR1429516 4 0.0469 0.90244 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1406662 2 0.4988 0.57419 0.000 0.692 0.020 0.288
#> SRR1333414 4 0.4999 -0.12861 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1369030 4 0.4134 0.60906 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1342916 1 0.0188 0.89733 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362824 2 0.4574 0.60066 0.000 0.756 0.024 0.220
#> SRR1455326 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.8207 0.22189 0.308 0.512 0.100 0.080
#> SRR1434568 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473505 4 0.4713 0.44208 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1402068 2 0.2984 0.63107 0.000 0.888 0.028 0.084
#> SRR1490076 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397329 3 0.4897 0.58992 0.000 0.332 0.660 0.008
#> SRR1093243 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.5253 0.51924 0.000 0.624 0.016 0.360
#> SRR608480 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 2 0.2365 0.55045 0.064 0.920 0.004 0.012
#> SRR601868 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.2814 0.82218 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.1302 0.87869 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1457872 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.5172 0.53420 0.000 0.404 0.588 0.008
#> SRR656433 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.4973 0.52741 0.000 0.644 0.008 0.348
#> SRR1338363 3 0.4746 0.59744 0.000 0.304 0.688 0.008
#> SRR1344271 4 0.2345 0.83132 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1321608 4 0.0336 0.90917 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1441464 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.4849 0.60635 0.000 0.772 0.064 0.164
#> SRR604174 2 0.4410 0.46088 0.144 0.812 0.012 0.032
#> SRR1345221 1 0.1474 0.87321 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR815517 2 0.4673 0.31385 0.000 0.700 0.292 0.008
#> SRR615970 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419638 3 0.5865 0.49507 0.000 0.412 0.552 0.036
#> SRR1434975 2 0.5247 0.53158 0.000 0.752 0.148 0.100
#> SRR1445741 4 0.0336 0.90917 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1088142 1 0.7936 0.32493 0.548 0.068 0.284 0.100
#> SRR604206 1 0.2760 0.82436 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.5183 0.52893 0.000 0.408 0.584 0.008
#> SRR1473142 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.2871 0.62742 0.000 0.896 0.032 0.072
#> SRR1352234 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487807 4 0.1302 0.88136 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1489715 2 0.5199 0.59328 0.000 0.756 0.100 0.144
#> SRR1364780 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 4 0.4040 0.63019 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1316725 2 0.2949 0.63176 0.000 0.888 0.024 0.088
#> SRR1314851 4 0.2530 0.82042 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1354599 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.7916 0.02448 0.000 0.336 0.352 0.312
#> SRR1308696 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.5280 0.57976 0.000 0.752 0.128 0.120
#> SRR1366690 2 0.1853 0.57164 0.028 0.948 0.012 0.012
#> SRR1317707 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339321 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.4610 0.59637 0.000 0.744 0.020 0.236
#> SRR1069690 2 0.4212 0.59890 0.000 0.772 0.012 0.216
#> SRR1319344 2 0.2473 0.58386 0.000 0.908 0.080 0.012
#> SRR1332835 2 0.4574 0.60066 0.000 0.756 0.024 0.220
#> SRR1334694 2 0.5229 0.60173 0.000 0.748 0.084 0.168
#> SRR1478434 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.2984 0.63107 0.000 0.888 0.028 0.084
#> SRR1313853 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.4979 0.53108 0.000 0.760 0.176 0.064
#> SRR814587 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.5097 0.41495 0.568 0.428 0.000 0.004
#> SRR1088340 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.1302 0.87773 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1317305 2 0.6884 -0.20738 0.000 0.464 0.432 0.104
#> SRR1442273 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407470 4 0.3266 0.75354 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1490289 2 0.4948 0.24888 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1093649 2 0.2805 0.57538 0.000 0.888 0.100 0.012
#> SRR1478900 3 0.5408 0.52413 0.000 0.408 0.576 0.016
#> SRR1447652 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.0469 0.90757 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2170537 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 3 0.7386 0.27730 0.016 0.436 0.444 0.104
#> SRR615335 1 0.9252 -0.09894 0.388 0.168 0.328 0.116
#> SRR1321505 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 2 0.8691 0.26985 0.236 0.496 0.080 0.188
#> SRR657903 1 0.3024 0.81059 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.4018 0.73848 0.772 0.224 0.000 0.004
#> SRR1441850 4 0.1118 0.88816 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR613759 2 0.1917 0.56869 0.036 0.944 0.008 0.012
#> SRR1472281 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440445 3 0.4990 0.57678 0.000 0.352 0.640 0.008
#> SRR1088734 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077528 4 0.0188 0.90983 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1364695 3 0.5517 0.51999 0.000 0.412 0.568 0.020
#> SRR1348226 1 0.6958 0.44610 0.616 0.024 0.264 0.096
#> SRR1313560 2 0.5126 -0.09254 0.444 0.552 0.000 0.004
#> SRR1092889 2 0.3598 0.63128 0.000 0.848 0.028 0.124
#> SRR1352213 3 0.6884 0.29566 0.000 0.432 0.464 0.104
#> SRR2185233 1 0.0336 0.89599 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.2473 0.58386 0.000 0.908 0.080 0.012
#> SRR660366 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.4560 0.53960 0.000 0.700 0.004 0.296
#> SRR1323512 4 0.2814 0.79507 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1325247 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0524 0.90348 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1318484 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.3219 0.75954 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1325464 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 2 0.2271 0.58078 0.000 0.916 0.076 0.008
#> SRR1455842 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.3351 0.53617 0.000 0.844 0.148 0.008
#> SRR661120 3 0.9842 0.01725 0.276 0.272 0.288 0.164
#> SRR601613 1 0.3208 0.75050 0.848 0.004 0.000 0.148
#> SRR811535 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.2011 0.85467 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1368616 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.5147 0.34136 0.536 0.460 0.000 0.004
#> SRR598509 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.5400 0.40050 0.560 0.428 0.008 0.004
#> SRR1339921 1 0.8413 0.16867 0.484 0.096 0.324 0.096
#> SRR664743 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339199 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.1302 0.87812 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR808808 2 0.6878 -0.18039 0.000 0.472 0.424 0.104
#> SRR656288 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.4769 0.59616 0.000 0.308 0.684 0.008
#> SRR1487233 2 0.3542 0.63185 0.000 0.852 0.028 0.120
#> SRR662043 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.4644 0.60257 0.000 0.748 0.024 0.228
#> SRR1379365 4 0.2589 0.81235 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1384852 4 0.3873 0.66830 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1430357 4 0.2011 0.83801 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR2164847 4 0.9654 -0.17583 0.292 0.168 0.184 0.356
#> SRR807901 1 0.3945 0.74621 0.780 0.216 0.000 0.004
#> SRR816064 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316483 3 0.9429 0.16122 0.308 0.208 0.368 0.116
#> SRR662749 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.4838 0.40338 0.000 0.724 0.252 0.024
#> SRR1343653 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.5143 0.51516 0.000 0.628 0.012 0.360
#> SRR654940 2 0.4891 0.54320 0.000 0.680 0.012 0.308
#> SRR1098288 4 0.0336 0.90917 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1326343 2 0.5165 -0.21421 0.484 0.512 0.000 0.004
#> SRR811145 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.0927 0.58600 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1075997 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.5548 0.65863 0.748 0.008 0.124 0.120
#> SRR1312482 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.5033 0.59708 0.000 0.760 0.072 0.168
#> SRR1442250 2 0.2473 0.58386 0.000 0.908 0.080 0.012
#> SRR1430679 4 0.1022 0.89199 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1311109 4 0.1209 0.88217 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR1478990 4 0.2149 0.82342 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1392434 4 0.2589 0.81233 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1085925 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.4609 0.60640 0.000 0.752 0.024 0.224
#> SRR1094506 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 4 0.3356 0.74127 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1330153 2 0.1394 0.57932 0.016 0.964 0.008 0.012
#> SRR1451778 2 0.0992 0.58376 0.004 0.976 0.008 0.012
#> SRR657089 3 0.5517 0.51999 0.000 0.412 0.568 0.020
#> SRR1395659 2 0.4522 0.51817 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1385716 3 0.5517 0.51999 0.000 0.412 0.568 0.020
#> SRR1466109 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.8900 0.22793 0.468 0.108 0.148 0.276
#> SRR1485078 2 0.4361 0.61454 0.000 0.772 0.020 0.208
#> SRR661806 1 0.9889 -0.19759 0.292 0.224 0.192 0.292
#> SRR1334919 3 0.5408 0.52413 0.000 0.408 0.576 0.016
#> SRR599249 2 0.5167 -0.23511 0.488 0.508 0.000 0.004
#> SRR810051 4 0.0336 0.90917 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1407202 2 0.5288 -0.19019 0.472 0.520 0.000 0.008
#> SRR1434399 1 0.4489 0.75088 0.780 0.192 0.024 0.004
#> SRR1330965 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.5517 0.51999 0.000 0.412 0.568 0.020
#> SRR1405028 2 0.5482 0.35395 0.232 0.716 0.012 0.040
#> SRR612719 2 0.6773 0.00514 0.000 0.532 0.364 0.104
#> SRR1340617 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.3074 0.80824 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1362488 4 0.0921 0.89622 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1361156 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 2 0.1617 0.57562 0.024 0.956 0.008 0.012
#> SRR1477837 2 0.4990 0.51540 0.000 0.756 0.184 0.060
#> SRR607252 1 0.2408 0.83972 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1418946 2 0.6857 -0.12127 0.000 0.492 0.404 0.104
#> SRR1456567 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487425 4 0.0336 0.90917 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1335627 2 0.4139 0.61742 0.000 0.800 0.024 0.176
#> SRR1327680 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.4669 0.49508 0.000 0.764 0.200 0.036
#> SRR1447673 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.8014 0.30732 0.540 0.072 0.288 0.100
#> SRR1404251 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.7216 -0.21988 0.000 0.412 0.140 0.448
#> SRR659983 1 0.0336 0.89599 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.4576 0.58181 0.000 0.728 0.012 0.260
#> SRR614215 2 0.3892 0.41320 0.192 0.800 0.004 0.004
#> SRR659283 1 0.4941 0.40499 0.564 0.436 0.000 0.000
#> SRR1459956 4 0.3907 0.65004 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1340441 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.2921 0.81671 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.5300 0.52680 0.000 0.408 0.580 0.012
#> SRR1452741 2 0.6887 -0.23406 0.000 0.456 0.440 0.104
#> SRR1458484 3 0.5643 0.48647 0.000 0.428 0.548 0.024
#> SRR1387091 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0188 0.91052 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419829 2 0.4406 0.60868 0.000 0.780 0.028 0.192
#> SRR1434315 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 2 0.5451 -0.17006 0.464 0.524 0.008 0.004
#> SRR1367849 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.5543 0.49187 0.000 0.424 0.556 0.020
#> SRR1398311 2 0.4933 0.23728 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1442149 2 0.5610 0.56968 0.000 0.720 0.104 0.176
#> SRR809137 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321225 3 0.5508 0.52044 0.000 0.408 0.572 0.020
#> SRR1069802 2 0.5000 -0.23233 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.2101 0.58776 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR1334154 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390072 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.5151 0.27211 0.000 0.532 0.004 0.464
#> SRR1430133 2 0.5128 0.55993 0.000 0.760 0.148 0.092
#> SRR1468595 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.2871 0.62742 0.000 0.896 0.032 0.072
#> SRR1311243 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.9828 -0.16487 0.324 0.188 0.280 0.208
#> SRR662150 1 0.3649 0.76191 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.5865 0.49507 0.000 0.412 0.552 0.036
#> SRR1084892 2 0.4814 0.55100 0.000 0.676 0.008 0.316
#> SRR1416166 2 0.6278 0.49803 0.000 0.652 0.120 0.228
#> SRR1477015 3 0.5708 0.50177 0.000 0.416 0.556 0.028
#> SRR1380501 2 0.5128 0.55784 0.000 0.760 0.148 0.092
#> SRR1446156 4 0.4643 0.44915 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1488328 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086889 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814611 2 0.6885 -0.22076 0.000 0.460 0.436 0.104
#> SRR599086 1 0.8737 0.27495 0.516 0.172 0.200 0.112
#> SRR1086844 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.4614 0.66444 0.000 0.144 0.064 0.792
#> SRR807877 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601986 3 0.5517 0.51999 0.000 0.412 0.568 0.020
#> SRR1446226 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 4 0.6418 0.37763 0.000 0.216 0.140 0.644
#> SRR600474 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.8441 0.22978 0.504 0.096 0.292 0.108
#> SRR1323628 1 0.2868 0.81896 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385364 2 0.5432 0.25945 0.000 0.652 0.316 0.032
#> SRR1478149 3 0.5024 0.56898 0.000 0.360 0.632 0.008
#> SRR1384413 4 0.4134 0.56335 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1366855 4 0.0188 0.90986 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1077115 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399990 3 0.5517 0.51999 0.000 0.412 0.568 0.020
#> SRR1434093 3 0.6016 0.47983 0.000 0.412 0.544 0.044
#> SRR1341408 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.5300 0.50461 0.104 0.788 0.068 0.040
#> SRR1321420 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.5526 0.51322 0.000 0.416 0.564 0.020
#> SRR1398371 4 0.4761 0.40520 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR614996 1 0.9019 -0.02443 0.416 0.144 0.332 0.108
#> SRR1431602 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311509 2 0.0992 0.58376 0.004 0.976 0.008 0.012
#> SRR1507229 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.67151 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.91301 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469591 3 0.5700 0.50854 0.000 0.412 0.560 0.028
#> SRR1392813 4 0.5000 -0.14142 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1453026 4 0.4999 -0.13387 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1388105 4 0.4730 0.31989 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1357558 1 0.0000 0.90003 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0469 0.67044 0.000 0.012 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.3988 0.5524 0.000 0.732 0.000 0.252 0.016
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 2 0.4957 0.1460 0.000 0.528 0.444 0.000 0.028
#> SRR1442648 4 0.0162 0.9142 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1486174 2 0.2719 0.6022 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR1349433 4 0.2471 0.8517 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1321283 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1387702 5 0.3730 0.6042 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1435584 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0162 0.9133 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1397180 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.7758 0.4184 0.000 0.252 0.396 0.064 0.288
#> SRR818530 2 0.4113 0.6132 0.000 0.784 0.000 0.076 0.140
#> SRR817563 4 0.0609 0.9109 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR613462 2 0.5493 0.0913 0.000 0.488 0.456 0.004 0.052
#> SRR1405206 2 0.4487 0.6028 0.000 0.756 0.000 0.104 0.140
#> SRR1454136 2 0.3949 0.3821 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1380785 2 0.1018 0.6067 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> SRR612875 5 0.9732 -0.2196 0.192 0.112 0.252 0.172 0.272
#> SRR808327 4 0.2648 0.8363 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1355194 2 0.3749 0.6012 0.000 0.816 0.080 0.000 0.104
#> SRR1408227 4 0.1410 0.8957 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1086304 2 0.4637 0.5788 0.000 0.740 0.100 0.000 0.160
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.2909 0.6155 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1084965 3 0.9028 0.3149 0.236 0.104 0.320 0.052 0.288
#> SRR1310563 2 0.4630 0.5685 0.000 0.744 0.140 0.000 0.116
#> SRR602437 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 5 0.1074 0.7838 0.012 0.016 0.000 0.004 0.968
#> SRR1356487 2 0.3323 0.6260 0.000 0.844 0.000 0.056 0.100
#> SRR1479263 4 0.1341 0.8982 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.1043 0.9099 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.4300 -0.0458 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1367456 2 0.4472 0.5894 0.000 0.760 0.076 0.004 0.160
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.2909 0.6155 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1087197 2 0.7574 -0.1575 0.000 0.396 0.384 0.100 0.120
#> SRR1383960 4 0.7247 0.1826 0.000 0.092 0.184 0.548 0.176
#> SRR600924 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 3 0.8775 0.2336 0.288 0.052 0.328 0.068 0.264
#> SRR1071692 1 0.2329 0.8157 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR658421 1 0.1851 0.8603 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1352936 2 0.5107 0.1453 0.000 0.520 0.448 0.004 0.028
#> SRR598148 2 0.4776 0.5844 0.000 0.736 0.076 0.008 0.180
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.1399 0.6572 0.000 0.028 0.952 0.000 0.020
#> SRR1389777 5 0.0671 0.7798 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR603918 2 0.4407 0.5902 0.000 0.760 0.064 0.004 0.172
#> SRR1468682 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.3661 0.5057 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1343859 2 0.4393 0.5878 0.000 0.756 0.076 0.000 0.168
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.2956 0.6121 0.000 0.848 0.008 0.004 0.140
#> SRR1479286 4 0.1608 0.8650 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1381524 2 0.5114 0.1367 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR1392208 4 0.0162 0.9142 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1456693 2 0.5297 0.3656 0.000 0.580 0.000 0.360 0.060
#> SRR1358482 2 0.2909 0.6155 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR658331 2 0.5103 0.1472 0.000 0.524 0.444 0.004 0.028
#> SRR810619 4 0.2471 0.8490 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR600829 3 0.8892 0.3997 0.156 0.092 0.388 0.076 0.288
#> SRR599380 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.3375 0.7835 0.000 0.104 0.000 0.840 0.056
#> SRR2185195 5 0.2516 0.7350 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1489693 2 0.5099 0.1512 0.000 0.528 0.440 0.004 0.028
#> SRR1318662 4 0.1410 0.8957 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.1493 0.6564 0.000 0.028 0.948 0.000 0.024
#> SRR1352111 1 0.2027 0.8797 0.928 0.000 0.008 0.040 0.024
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 2 0.5099 0.1512 0.000 0.528 0.440 0.004 0.028
#> SRR1437208 4 0.1478 0.8946 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 4 0.0162 0.9142 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1341456 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR807727 2 0.4150 0.2361 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 2 0.5083 0.1809 0.000 0.540 0.428 0.004 0.028
#> SRR813728 2 0.2488 0.6099 0.000 0.872 0.000 0.124 0.004
#> SRR1394520 1 0.3561 0.6012 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1308200 4 0.1478 0.8946 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 3 0.8562 0.4260 0.048 0.228 0.376 0.060 0.288
#> SRR1405593 3 0.8344 0.1907 0.320 0.020 0.328 0.068 0.264
#> SRR1326040 3 0.8234 0.3985 0.000 0.196 0.380 0.148 0.276
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.5414 0.5446 0.000 0.660 0.000 0.200 0.140
#> SRR1398706 2 0.3010 0.5891 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR1368794 2 0.2848 0.5965 0.000 0.840 0.000 0.156 0.004
#> SRR1392749 4 0.0290 0.9136 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR603968 3 0.3642 0.4388 0.000 0.232 0.760 0.000 0.008
#> SRR815661 5 0.1525 0.7845 0.036 0.012 0.000 0.004 0.948
#> SRR663100 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.3534 0.6088 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR663705 5 0.2390 0.7338 0.000 0.084 0.000 0.020 0.896
#> SRR1464281 4 0.1341 0.8982 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.2891 0.8161 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1384917 2 0.2798 0.6152 0.000 0.852 0.000 0.008 0.140
#> SRR1435182 4 0.1544 0.8933 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1477569 1 0.2180 0.8799 0.924 0.000 0.020 0.032 0.024
#> SRR602461 1 0.0609 0.9288 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1334338 1 0.3366 0.6529 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 2 0.5668 0.2874 0.000 0.556 0.364 0.004 0.076
#> SRR663014 2 0.5930 0.3053 0.000 0.516 0.000 0.372 0.112
#> SRR1417960 4 0.0798 0.9067 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1474730 2 0.4890 0.1401 0.000 0.524 0.452 0.000 0.024
#> SRR1381269 4 0.0162 0.9142 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR657695 2 0.4930 0.5797 0.000 0.716 0.000 0.144 0.140
#> SRR1357650 4 0.2471 0.8337 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1472237 4 0.1608 0.8914 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1470816 4 0.0290 0.9136 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1458358 1 0.0162 0.9394 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614683 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.4630 0.5685 0.000 0.744 0.140 0.000 0.116
#> SRR1392795 4 0.4161 0.4431 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.5533 0.5905 0.000 0.696 0.032 0.092 0.180
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 5 0.2020 0.7647 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1347667 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR608096 2 0.5215 0.4804 0.000 0.704 0.096 0.188 0.012
#> SRR665514 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0671 0.9087 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1429802 4 0.2124 0.8642 0.000 0.056 0.000 0.916 0.028
#> SRR1345436 4 0.0290 0.9126 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1433684 3 0.9131 0.3348 0.208 0.100 0.340 0.072 0.280
#> SRR613186 3 0.0865 0.6645 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1343795 4 0.2813 0.8233 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1417766 4 0.2648 0.8355 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1420606 2 0.0671 0.6149 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.4080 0.4568 0.000 0.252 0.728 0.000 0.020
#> SRR1309856 2 0.4227 0.1299 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1102756 2 0.3636 0.5020 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1366519 4 0.1478 0.8946 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1080438 4 0.0162 0.9142 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1391789 2 0.6337 0.2133 0.000 0.464 0.124 0.404 0.008
#> SRR1402195 5 0.2286 0.7108 0.000 0.108 0.000 0.004 0.888
#> SRR1429516 4 0.1628 0.8747 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056
#> SRR1406662 2 0.3274 0.5755 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1333414 2 0.3636 0.5098 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1369030 4 0.4101 0.4292 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1342916 1 0.1270 0.8982 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1362824 2 0.1965 0.6152 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 5 0.5661 0.4672 0.000 0.024 0.148 0.144 0.684
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 4 0.6199 0.0073 0.000 0.392 0.000 0.468 0.140
#> SRR1402068 2 0.2909 0.6155 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1490076 4 0.1410 0.8957 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.1478 0.8946 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1397329 2 0.4957 0.1460 0.000 0.528 0.444 0.000 0.028
#> SRR1093243 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.3730 0.4772 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 5 0.1831 0.7437 0.000 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR601868 1 0.4455 0.5485 0.704 0.036 0.000 0.000 0.260
#> SRR607313 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.1544 0.8931 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0162 0.9135 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 5 0.2929 0.7016 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1443182 4 0.0510 0.9101 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1457872 4 0.0162 0.9135 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR658481 4 0.1430 0.8818 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 2 0.5094 0.1510 0.000 0.532 0.436 0.004 0.028
#> SRR656433 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.1671 0.8896 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1308674 2 0.3730 0.4765 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1338363 2 0.4882 0.1434 0.000 0.532 0.444 0.000 0.024
#> SRR1344271 4 0.2929 0.8118 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1321608 4 0.1270 0.9000 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1441464 4 0.2377 0.8556 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.1331 0.6217 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR604174 5 0.1568 0.7656 0.000 0.020 0.000 0.036 0.944
#> SRR1345221 5 0.3876 0.5639 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR815517 2 0.4630 0.5685 0.000 0.744 0.140 0.000 0.116
#> SRR615970 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0703 0.9259 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.0404 0.9114 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1419638 2 0.5251 0.1227 0.000 0.504 0.456 0.004 0.036
#> SRR1434975 2 0.3825 0.5411 0.000 0.816 0.136 0.020 0.028
#> SRR1445741 4 0.1341 0.8941 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1088142 3 0.8282 0.1963 0.320 0.016 0.324 0.068 0.272
#> SRR604206 5 0.2732 0.7253 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1358779 2 0.5099 0.1512 0.000 0.528 0.440 0.004 0.028
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.2956 0.6139 0.000 0.848 0.004 0.008 0.140
#> SRR1352234 4 0.2390 0.8350 0.000 0.084 0.000 0.896 0.020
#> SRR1487807 4 0.1410 0.8934 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1489715 2 0.0510 0.6157 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1364780 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 4 0.0404 0.9114 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 4 0.4150 0.3745 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1316725 2 0.2909 0.6155 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1314851 4 0.2179 0.8426 0.000 0.100 0.000 0.896 0.004
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.7546 0.1609 0.000 0.360 0.372 0.220 0.048
#> SRR1308696 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.3074 0.7132 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR812649 2 0.0880 0.6173 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1366690 5 0.2824 0.7143 0.000 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR1317707 4 0.1341 0.8982 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1339321 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.2813 0.5893 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1069690 2 0.4226 0.6106 0.000 0.776 0.000 0.084 0.140
#> SRR1319344 2 0.4370 0.5909 0.000 0.764 0.064 0.004 0.168
#> SRR1332835 2 0.2516 0.6027 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1334694 2 0.1908 0.6076 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.2909 0.6155 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1313853 4 0.1270 0.8986 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0968 0.6121 0.000 0.972 0.004 0.012 0.012
#> SRR814587 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 5 0.0833 0.7817 0.004 0.016 0.000 0.004 0.976
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 5 0.4273 0.2475 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR1317305 3 0.7712 0.4198 0.000 0.252 0.400 0.060 0.288
#> SRR1442273 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 4 0.3480 0.7248 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1490289 2 0.5252 0.4475 0.000 0.616 0.000 0.316 0.068
#> SRR1093649 2 0.4433 0.5910 0.000 0.764 0.076 0.004 0.156
#> SRR1478900 2 0.5114 0.1367 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.0510 0.9125 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 3 0.7753 0.4213 0.004 0.252 0.404 0.052 0.288
#> SRR615335 3 0.9048 0.3790 0.168 0.100 0.372 0.080 0.280
#> SRR1321505 1 0.0880 0.9091 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1457768 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1340641 5 0.6856 0.2221 0.000 0.116 0.040 0.384 0.460
#> SRR657903 5 0.1851 0.7698 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1403458 1 0.1410 0.8901 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1460073 5 0.1857 0.7813 0.060 0.008 0.000 0.004 0.928
#> SRR1441850 4 0.0671 0.9096 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR613759 5 0.1502 0.7598 0.000 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR1472281 4 0.0162 0.9143 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1440445 2 0.5099 0.1512 0.000 0.528 0.440 0.004 0.028
#> SRR1088734 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.2011 0.8459 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1364695 2 0.5114 0.1367 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR1348226 1 0.8112 -0.3634 0.332 0.008 0.324 0.068 0.268
#> SRR1313560 5 0.0671 0.7798 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR1092889 2 0.3011 0.6164 0.000 0.844 0.000 0.016 0.140
#> SRR1352213 3 0.7116 0.4148 0.000 0.252 0.440 0.020 0.288
#> SRR2185233 1 0.3895 0.4987 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.0510 0.9117 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR817825 2 0.4335 0.5890 0.000 0.760 0.072 0.000 0.168
#> SRR660366 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.2074 0.8472 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR821183 2 0.4968 0.5771 0.000 0.712 0.000 0.152 0.136
#> SRR1323512 4 0.3039 0.7970 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1325247 4 0.1478 0.8693 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1351583 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.2707 0.8239 0.000 0.100 0.000 0.876 0.024
#> SRR1318484 4 0.0162 0.9142 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1322395 1 0.0955 0.9206 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1378131 4 0.1893 0.8846 0.000 0.024 0.000 0.928 0.048
#> SRR1325464 1 0.0880 0.9091 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1340280 2 0.4691 0.5838 0.000 0.736 0.076 0.004 0.184
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0703 0.9259 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR662763 2 0.4390 0.5885 0.000 0.760 0.084 0.000 0.156
#> SRR661120 3 0.8259 0.3888 0.000 0.228 0.368 0.136 0.268
#> SRR601613 1 0.3980 0.7610 0.824 0.024 0.000 0.072 0.080
#> SRR811535 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 5 0.3999 0.5076 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1368616 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.2329 0.8586 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR604122 5 0.0960 0.7829 0.008 0.016 0.000 0.004 0.972
#> SRR598509 3 0.0865 0.6645 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1397052 5 0.0671 0.7798 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR1339921 3 0.8978 0.3405 0.216 0.092 0.344 0.060 0.288
#> SRR664743 4 0.0162 0.9133 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1339199 4 0.1410 0.8965 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0703 0.9259 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR603449 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 5 0.3661 0.6123 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR808808 2 0.5829 0.0748 0.000 0.480 0.452 0.024 0.044
#> SRR656288 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 2 0.4882 0.1434 0.000 0.532 0.444 0.000 0.024
#> SRR1487233 2 0.2909 0.6155 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR662043 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.2233 0.6134 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR1379365 4 0.2773 0.8229 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1384852 4 0.3949 0.5767 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1430357 4 0.0162 0.9133 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2164847 3 0.9094 0.3396 0.064 0.112 0.356 0.200 0.268
#> SRR807901 5 0.2054 0.7778 0.072 0.008 0.000 0.004 0.916
#> SRR816064 1 0.1341 0.8934 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR810507 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0992 0.6630 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1316483 3 0.8957 0.4059 0.128 0.100 0.396 0.096 0.280
#> SRR662749 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.2519 0.6171 0.000 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR1343653 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.3424 0.5382 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR654940 2 0.4210 0.6127 0.000 0.780 0.000 0.124 0.096
#> SRR1098288 4 0.0290 0.9138 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1326343 5 0.0833 0.7817 0.004 0.016 0.000 0.004 0.976
#> SRR811145 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 5 0.2984 0.7004 0.000 0.108 0.000 0.032 0.860
#> SRR1075997 4 0.1478 0.8946 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1090483 4 0.0880 0.8966 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1388698 1 0.6907 0.3495 0.600 0.012 0.212 0.068 0.108
#> SRR1312482 4 0.1478 0.8946 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1430420 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.0671 0.6169 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1442250 2 0.4431 0.5894 0.000 0.760 0.068 0.004 0.168
#> SRR1430679 4 0.2690 0.8340 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1311109 4 0.1764 0.8686 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064
#> SRR1478990 4 0.0807 0.9092 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR1392434 4 0.2929 0.8118 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0290 0.9371 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383937 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.2011 0.6180 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1094506 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1330633 4 0.4262 0.3191 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1330153 5 0.2439 0.6957 0.000 0.120 0.000 0.004 0.876
#> SRR1451778 5 0.4196 0.2718 0.000 0.356 0.000 0.004 0.640
#> SRR657089 2 0.5114 0.1367 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR1395659 2 0.5264 0.5480 0.000 0.676 0.000 0.196 0.128
#> SRR1385716 2 0.5114 0.1367 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1441725 5 0.9666 -0.1385 0.196 0.088 0.220 0.224 0.272
#> SRR1485078 2 0.3477 0.6197 0.000 0.824 0.000 0.040 0.136
#> SRR661806 3 0.8804 0.3466 0.028 0.132 0.360 0.212 0.268
#> SRR1334919 2 0.5114 0.1367 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR599249 5 0.0671 0.7798 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR810051 4 0.2561 0.8410 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1407202 5 0.0833 0.7815 0.004 0.016 0.000 0.004 0.976
#> SRR1434399 5 0.2491 0.7770 0.068 0.016 0.008 0.004 0.904
#> SRR1330965 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 2 0.5114 0.1367 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR1405028 5 0.1568 0.7658 0.000 0.020 0.000 0.036 0.944
#> SRR612719 3 0.7712 0.4198 0.000 0.252 0.400 0.060 0.288
#> SRR1340617 4 0.1544 0.8931 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1448183 5 0.2773 0.7142 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1362488 4 0.2929 0.8081 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 5 0.2570 0.7297 0.000 0.084 0.000 0.028 0.888
#> SRR1477837 2 0.2900 0.5823 0.000 0.876 0.092 0.012 0.020
#> SRR607252 5 0.3395 0.6536 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1418946 2 0.7309 -0.1073 0.000 0.412 0.400 0.092 0.096
#> SRR1456567 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 4 0.2561 0.8410 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1335627 2 0.3366 0.6185 0.000 0.828 0.000 0.032 0.140
#> SRR1327680 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0912 0.6076 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1447673 4 0.0290 0.9126 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR815735 3 0.8282 0.1963 0.320 0.016 0.324 0.068 0.272
#> SRR1404251 4 0.1478 0.8946 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.7899 -0.2877 0.000 0.220 0.308 0.388 0.084
#> SRR659983 1 0.2966 0.7406 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1402414 2 0.4361 0.6124 0.000 0.768 0.000 0.108 0.124
#> SRR614215 5 0.0671 0.7798 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR659283 5 0.1356 0.7847 0.028 0.012 0.000 0.004 0.956
#> SRR1459956 2 0.4304 -0.0650 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1340441 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1317428 5 0.2852 0.7083 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1403390 2 0.5099 0.1512 0.000 0.528 0.440 0.004 0.028
#> SRR1452741 3 0.7390 0.4176 0.000 0.252 0.424 0.036 0.288
#> SRR1458484 2 0.5493 0.0916 0.000 0.488 0.456 0.004 0.052
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0865 0.6645 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0162 0.9133 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1419829 2 0.3366 0.6185 0.000 0.828 0.000 0.032 0.140
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 5 0.0671 0.7798 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.3561 0.6012 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR599025 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 2 0.5099 0.1512 0.000 0.528 0.440 0.004 0.028
#> SRR1398311 2 0.5680 0.4957 0.000 0.620 0.000 0.240 0.140
#> SRR1442149 2 0.7798 0.0176 0.000 0.392 0.224 0.312 0.072
#> SRR809137 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 2 0.5114 0.1401 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR1069802 5 0.2233 0.7724 0.080 0.016 0.000 0.000 0.904
#> SRR1077643 2 0.4382 0.5899 0.000 0.760 0.060 0.004 0.176
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 4 0.1341 0.8973 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1467612 2 0.3452 0.5413 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1430133 2 0.0510 0.6157 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.2909 0.6155 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 3 0.9261 0.3618 0.140 0.100 0.360 0.128 0.272
#> SRR662150 5 0.2179 0.7581 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1400290 2 0.5114 0.1367 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR1084892 2 0.3003 0.5765 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1416166 3 0.8362 0.3177 0.000 0.280 0.308 0.136 0.276
#> SRR1477015 2 0.5251 0.1227 0.000 0.504 0.456 0.004 0.036
#> SRR1380501 2 0.0912 0.6127 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1446156 4 0.4430 0.1577 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004
#> SRR1488328 4 0.1544 0.8931 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1086889 4 0.2020 0.8763 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR814611 3 0.7712 0.4198 0.000 0.252 0.400 0.060 0.288
#> SRR599086 1 0.8519 -0.0318 0.432 0.088 0.132 0.060 0.288
#> SRR1086844 1 0.3003 0.7238 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1464535 4 0.5675 0.5857 0.000 0.116 0.092 0.712 0.080
#> SRR807877 4 0.0162 0.9135 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1477033 1 0.3561 0.6012 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1335164 4 0.1478 0.8946 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR601986 2 0.5114 0.1367 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 4 0.7191 0.2085 0.000 0.092 0.176 0.556 0.176
#> SRR600474 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.9030 0.2736 0.256 0.072 0.324 0.076 0.272
#> SRR1323628 5 0.2561 0.7369 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1430951 3 0.0865 0.6645 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1385364 2 0.2448 0.5831 0.000 0.892 0.088 0.000 0.020
#> SRR1478149 2 0.5024 0.1487 0.000 0.528 0.440 0.000 0.032
#> SRR1384413 4 0.1082 0.9021 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1366855 4 0.0451 0.9116 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 2 0.5114 0.1367 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR1434093 2 0.5251 0.1227 0.000 0.504 0.456 0.004 0.036
#> SRR1341408 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 5 0.4736 0.6170 0.000 0.044 0.068 0.112 0.776
#> SRR1321420 1 0.0404 0.9347 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1329177 2 0.5251 0.1227 0.000 0.504 0.456 0.004 0.036
#> SRR1398371 4 0.5083 0.1726 0.000 0.432 0.000 0.532 0.036
#> SRR614996 3 0.9181 0.3607 0.180 0.104 0.344 0.084 0.288
#> SRR1431602 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 2 0.4182 0.4371 0.000 0.644 0.000 0.004 0.352
#> SRR1507229 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0703 0.6650 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 2 0.5114 0.1367 0.000 0.512 0.456 0.004 0.028
#> SRR1392813 2 0.3816 0.4445 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1453026 2 0.3857 0.4308 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1388105 4 0.3928 0.5298 0.000 0.296 0.000 0.700 0.004
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9421 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.2208 0.6283 0.000 0.072 0.908 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 5 0.1700 0.7724 0.000 0.000 0.004 0.080 0.916 0.000
#> SRR1381693 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 6 0.4979 0.3515 0.000 0.004 0.064 0.000 0.376 0.556
#> SRR1442648 4 0.0547 0.8829 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1486174 5 0.1124 0.7770 0.000 0.000 0.008 0.036 0.956 0.000
#> SRR1349433 4 0.3514 0.7064 0.000 0.000 0.020 0.752 0.228 0.000
#> SRR1321283 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1387702 2 0.2135 0.8234 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 4 0.0508 0.8830 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1406265 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0547 0.8794 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1458026 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1094192 4 0.0363 0.8833 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1397180 4 0.0000 0.8819 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 6 0.2808 0.7065 0.000 0.016 0.012 0.044 0.044 0.884
#> SRR818530 5 0.2299 0.7798 0.000 0.020 0.004 0.048 0.908 0.020
#> SRR817563 4 0.1701 0.8699 0.000 0.000 0.008 0.920 0.072 0.000
#> SRR613462 6 0.2501 0.7141 0.000 0.004 0.016 0.000 0.108 0.872
#> SRR1405206 5 0.2345 0.7788 0.000 0.020 0.000 0.060 0.900 0.020
#> SRR1454136 5 0.3916 0.5409 0.000 0.000 0.020 0.300 0.680 0.000
#> SRR1380785 5 0.3014 0.7406 0.000 0.000 0.036 0.000 0.832 0.132
#> SRR612875 6 0.5193 0.5011 0.084 0.024 0.000 0.252 0.000 0.640
#> SRR808327 4 0.3649 0.7456 0.000 0.000 0.040 0.764 0.196 0.000
#> SRR1355194 5 0.3402 0.7251 0.000 0.004 0.072 0.000 0.820 0.104
#> SRR1408227 4 0.2501 0.8595 0.000 0.004 0.040 0.896 0.048 0.012
#> SRR1086304 5 0.4557 0.6765 0.000 0.044 0.092 0.000 0.752 0.112
#> SRR1080415 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.1875 0.7715 0.000 0.020 0.020 0.000 0.928 0.032
#> SRR1084965 6 0.3481 0.5851 0.180 0.012 0.008 0.000 0.008 0.792
#> SRR1310563 5 0.4317 0.6655 0.000 0.024 0.084 0.000 0.760 0.132
#> SRR602437 1 0.0692 0.9637 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 2 0.0291 0.8981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1356487 5 0.1874 0.7785 0.000 0.020 0.028 0.008 0.932 0.012
#> SRR1479263 4 0.1686 0.8705 0.000 0.000 0.012 0.924 0.064 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0806 0.9627 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 5 0.4524 0.3581 0.000 0.000 0.040 0.376 0.584 0.000
#> SRR1367456 5 0.4087 0.6992 0.000 0.044 0.084 0.000 0.792 0.080
#> SRR1072650 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.1798 0.7718 0.000 0.020 0.020 0.000 0.932 0.028
#> SRR1087197 6 0.3730 0.6883 0.000 0.016 0.012 0.096 0.056 0.820
#> SRR1383960 6 0.4226 0.3235 0.000 0.012 0.004 0.404 0.000 0.580
#> SRR600924 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 6 0.5244 0.5138 0.216 0.012 0.008 0.108 0.000 0.656
#> SRR1071692 1 0.0146 0.9661 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.1003 0.9586 0.964 0.016 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 6 0.2887 0.7009 0.000 0.000 0.036 0.000 0.120 0.844
#> SRR598148 5 0.4598 0.6726 0.000 0.048 0.080 0.000 0.748 0.124
#> SRR1444390 4 0.0146 0.8822 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1444644 3 0.3862 0.3496 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1389777 2 0.0291 0.8981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR603918 5 0.3819 0.7187 0.000 0.048 0.084 0.000 0.812 0.056
#> SRR1468682 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1490505 5 0.3221 0.6980 0.000 0.000 0.020 0.188 0.792 0.000
#> SRR1343859 5 0.4552 0.6757 0.000 0.044 0.088 0.000 0.752 0.116
#> SRR1075631 4 0.0146 0.8822 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1444954 5 0.1861 0.7720 0.000 0.020 0.016 0.000 0.928 0.036
#> SRR1479286 4 0.2697 0.7337 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1381524 6 0.2491 0.7123 0.000 0.000 0.020 0.000 0.112 0.868
#> SRR1392208 4 0.1049 0.8810 0.000 0.000 0.008 0.960 0.032 0.000
#> SRR1456693 5 0.4371 0.6849 0.000 0.020 0.012 0.228 0.720 0.020
#> SRR1358482 5 0.1798 0.7718 0.000 0.020 0.020 0.000 0.932 0.028
#> SRR658331 6 0.3511 0.6760 0.000 0.004 0.064 0.000 0.124 0.808
#> SRR810619 4 0.3304 0.8021 0.000 0.004 0.040 0.816 0.140 0.000
#> SRR600829 6 0.3867 0.6474 0.088 0.012 0.008 0.068 0.008 0.816
#> SRR599380 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.2964 0.7091 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR2185195 2 0.1075 0.8953 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 6 0.4723 0.4898 0.000 0.004 0.064 0.000 0.296 0.636
#> SRR1318662 4 0.1713 0.8691 0.000 0.000 0.028 0.928 0.044 0.000
#> SRR1408657 1 0.0146 0.9664 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.8819 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0632 0.9654 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.4152 0.4189 0.000 0.000 0.548 0.000 0.012 0.440
#> SRR1352111 1 0.1734 0.9227 0.932 0.004 0.008 0.008 0.000 0.048
#> SRR1330944 4 0.0000 0.8819 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419453 6 0.4288 0.5913 0.000 0.004 0.064 0.000 0.216 0.716
#> SRR1437208 4 0.1745 0.8675 0.000 0.000 0.020 0.924 0.056 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.0260 0.8827 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1093269 4 0.0603 0.8836 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1341456 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR657456 3 0.2941 0.8046 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR807727 5 0.3998 0.4669 0.000 0.000 0.016 0.340 0.644 0.000
#> SRR816358 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 6 0.2706 0.7058 0.000 0.000 0.024 0.000 0.124 0.852
#> SRR813728 5 0.0891 0.7776 0.000 0.000 0.008 0.024 0.968 0.000
#> SRR1394520 1 0.2905 0.8181 0.836 0.012 0.008 0.000 0.000 0.144
#> SRR1308200 4 0.3082 0.8409 0.000 0.008 0.040 0.860 0.080 0.012
#> SRR1432366 4 0.0000 0.8819 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087992 6 0.2763 0.6821 0.048 0.012 0.008 0.024 0.016 0.892
#> SRR1405593 6 0.5156 0.4810 0.240 0.012 0.004 0.096 0.000 0.648
#> SRR1326040 6 0.3160 0.6553 0.000 0.012 0.004 0.128 0.020 0.836
#> SRR1312725 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 5 0.5001 0.5757 0.000 0.020 0.012 0.292 0.640 0.036
#> SRR1398706 5 0.1686 0.7734 0.000 0.000 0.012 0.064 0.924 0.000
#> SRR1368794 5 0.1462 0.7742 0.000 0.000 0.008 0.056 0.936 0.000
#> SRR1392749 4 0.1007 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR603968 3 0.4371 0.6906 0.000 0.004 0.732 0.000 0.148 0.116
#> SRR815661 2 0.1010 0.8977 0.036 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR663100 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR661229 1 0.0363 0.9660 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0767 0.9569 0.976 0.012 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR663705 2 0.0603 0.8953 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1464281 4 0.1594 0.8718 0.000 0.000 0.016 0.932 0.052 0.000
#> SRR1400397 4 0.0146 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1331444 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.4392 0.5014 0.000 0.000 0.040 0.628 0.332 0.000
#> SRR1384917 5 0.1932 0.7691 0.000 0.020 0.016 0.000 0.924 0.040
#> SRR1435182 4 0.2536 0.8345 0.000 0.000 0.020 0.864 0.116 0.000
#> SRR1477569 1 0.2265 0.8844 0.900 0.000 0.008 0.024 0.000 0.068
#> SRR602461 1 0.0972 0.9503 0.964 0.028 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.1251 0.9441 0.956 0.012 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR1354710 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 5 0.5192 0.4064 0.000 0.024 0.068 0.000 0.616 0.292
#> SRR663014 5 0.4314 0.6344 0.000 0.020 0.004 0.252 0.704 0.020
#> SRR1417960 4 0.1349 0.8676 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1474730 6 0.3285 0.6836 0.000 0.000 0.064 0.000 0.116 0.820
#> SRR1381269 4 0.0972 0.8803 0.000 0.000 0.008 0.964 0.028 0.000
#> SRR657695 5 0.2929 0.7730 0.000 0.020 0.012 0.076 0.872 0.020
#> SRR1357650 4 0.3398 0.6707 0.000 0.000 0.008 0.740 0.252 0.000
#> SRR1472237 4 0.2537 0.8437 0.000 0.000 0.032 0.872 0.096 0.000
#> SRR1470816 4 0.1327 0.8691 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1458358 1 0.0146 0.9661 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 5 0.4393 0.6591 0.000 0.024 0.084 0.000 0.752 0.140
#> SRR1392795 4 0.4096 0.0663 0.000 0.000 0.008 0.508 0.484 0.000
#> SRR1469859 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 5 0.3679 0.7707 0.000 0.020 0.028 0.084 0.832 0.036
#> SRR1360587 4 0.0632 0.8786 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR604230 2 0.1349 0.8913 0.056 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347667 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR608096 5 0.6704 0.1546 0.000 0.004 0.036 0.228 0.436 0.296
#> SRR665514 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1419615 4 0.1411 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1429802 4 0.2772 0.7439 0.000 0.000 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1345436 4 0.0000 0.8819 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433684 6 0.4256 0.6264 0.104 0.012 0.008 0.092 0.004 0.780
#> SRR613186 3 0.2361 0.9270 0.000 0.004 0.880 0.000 0.012 0.104
#> SRR1343795 4 0.3432 0.7353 0.000 0.000 0.020 0.764 0.216 0.000
#> SRR1417766 4 0.3766 0.7235 0.000 0.000 0.040 0.748 0.212 0.000
#> SRR1420606 5 0.2491 0.7517 0.000 0.000 0.020 0.000 0.868 0.112
#> SRR1326687 1 0.0692 0.9637 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 6 0.5325 0.1873 0.000 0.000 0.328 0.000 0.124 0.548
#> SRR1309856 5 0.4155 0.4145 0.000 0.000 0.020 0.364 0.616 0.000
#> SRR1102756 5 0.4427 0.6008 0.000 0.000 0.024 0.256 0.692 0.028
#> SRR1366519 4 0.2579 0.8455 0.000 0.000 0.040 0.872 0.088 0.000
#> SRR1080438 4 0.0547 0.8829 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1391789 6 0.6331 0.0955 0.000 0.000 0.008 0.332 0.304 0.356
#> SRR1402195 2 0.0692 0.8930 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1429516 4 0.2597 0.7509 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1406662 5 0.3271 0.6814 0.000 0.000 0.000 0.232 0.760 0.008
#> SRR1333414 5 0.2531 0.7386 0.000 0.000 0.012 0.132 0.856 0.000
#> SRR1369030 4 0.3996 0.0153 0.000 0.000 0.004 0.512 0.484 0.000
#> SRR1342916 1 0.1053 0.9603 0.964 0.004 0.020 0.000 0.000 0.012
#> SRR1362824 5 0.1675 0.7735 0.000 0.000 0.008 0.024 0.936 0.032
#> SRR1455326 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.4407 0.6531 0.024 0.736 0.004 0.024 0.008 0.204
#> SRR1434568 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1341965 4 0.1327 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1473505 5 0.4286 0.6010 0.000 0.020 0.000 0.272 0.688 0.020
#> SRR1402068 5 0.1787 0.7721 0.000 0.020 0.016 0.000 0.932 0.032
#> SRR1490076 4 0.1713 0.8691 0.000 0.000 0.028 0.928 0.044 0.000
#> SRR1435501 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.2883 0.8390 0.000 0.008 0.040 0.860 0.092 0.000
#> SRR1397329 6 0.3965 0.6398 0.000 0.004 0.072 0.000 0.160 0.764
#> SRR1093243 4 0.1327 0.8642 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1418390 5 0.3629 0.5911 0.000 0.000 0.012 0.276 0.712 0.000
#> SRR608480 1 0.0692 0.9637 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 2 0.0603 0.8953 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR601868 1 0.3562 0.6907 0.756 0.012 0.008 0.000 0.000 0.224
#> SRR607313 1 0.0692 0.9637 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.3174 0.8320 0.000 0.004 0.040 0.848 0.096 0.012
#> SRR815893 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1455503 4 0.0820 0.8816 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016 0.000
#> SRR810737 4 0.1327 0.8643 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1347500 2 0.1267 0.8881 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0603 0.8838 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1457872 4 0.0820 0.8816 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016 0.000
#> SRR658481 4 0.2048 0.8182 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1406243 1 0.0692 0.9637 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 6 0.3014 0.6940 0.000 0.000 0.036 0.000 0.132 0.832
#> SRR656433 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.3333 0.8269 0.000 0.008 0.040 0.840 0.100 0.012
#> SRR1308674 5 0.4308 0.5626 0.000 0.004 0.040 0.280 0.676 0.000
#> SRR1338363 6 0.3481 0.6719 0.000 0.000 0.072 0.000 0.124 0.804
#> SRR1344271 4 0.4316 0.5479 0.000 0.000 0.040 0.648 0.312 0.000
#> SRR1321608 4 0.1500 0.8740 0.000 0.000 0.012 0.936 0.052 0.000
#> SRR1441464 4 0.3767 0.7802 0.000 0.004 0.040 0.792 0.152 0.012
#> SRR607970 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 5 0.1116 0.7763 0.000 0.000 0.028 0.004 0.960 0.008
#> SRR604174 2 0.1453 0.8650 0.000 0.944 0.000 0.040 0.008 0.008
#> SRR1345221 2 0.2260 0.8099 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 5 0.4393 0.6591 0.000 0.024 0.084 0.000 0.752 0.140
#> SRR615970 3 0.1957 0.9307 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1370659 1 0.0909 0.9613 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.1556 0.8525 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1419638 6 0.2408 0.7153 0.000 0.004 0.012 0.000 0.108 0.876
#> SRR1434975 5 0.4986 0.5274 0.000 0.016 0.076 0.000 0.648 0.260
#> SRR1445741 4 0.2191 0.8328 0.000 0.000 0.004 0.876 0.120 0.000
#> SRR1088142 6 0.4913 0.5476 0.192 0.012 0.008 0.092 0.000 0.696
#> SRR604206 2 0.1327 0.8853 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 6 0.3553 0.6732 0.000 0.004 0.064 0.000 0.128 0.804
#> SRR1473142 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1410334 5 0.2089 0.7676 0.000 0.020 0.020 0.000 0.916 0.044
#> SRR1352234 4 0.2730 0.7276 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1487807 4 0.2121 0.8517 0.000 0.000 0.012 0.892 0.096 0.000
#> SRR1489715 5 0.2420 0.7543 0.000 0.000 0.032 0.004 0.888 0.076
#> SRR1364780 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1460124 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0405 0.8826 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1409748 4 0.1349 0.8682 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1325504 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 5 0.3979 0.2191 0.000 0.000 0.004 0.456 0.540 0.000
#> SRR1316725 5 0.1798 0.7718 0.000 0.020 0.020 0.000 0.932 0.028
#> SRR1314851 4 0.2841 0.7473 0.000 0.000 0.000 0.824 0.012 0.164
#> SRR1354599 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 6 0.3360 0.6550 0.000 0.012 0.004 0.132 0.028 0.824
#> SRR1308696 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR808772 1 0.0146 0.9661 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 5 0.1967 0.7558 0.000 0.000 0.012 0.000 0.904 0.084
#> SRR1366690 2 0.0964 0.8906 0.000 0.968 0.000 0.012 0.016 0.004
#> SRR1317707 4 0.1657 0.8709 0.000 0.000 0.016 0.928 0.056 0.000
#> SRR1339321 4 0.0146 0.8822 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1442487 5 0.3120 0.7384 0.000 0.000 0.040 0.112 0.840 0.008
#> SRR1069690 5 0.2639 0.7786 0.000 0.020 0.012 0.056 0.892 0.020
#> SRR1319344 5 0.3755 0.7189 0.000 0.044 0.084 0.000 0.816 0.056
#> SRR1332835 5 0.3789 0.7162 0.000 0.004 0.040 0.136 0.800 0.020
#> SRR1334694 5 0.3582 0.7146 0.000 0.004 0.040 0.016 0.816 0.124
#> SRR1478434 4 0.1327 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1479933 5 0.1798 0.7718 0.000 0.020 0.020 0.000 0.932 0.028
#> SRR1313853 4 0.1616 0.8713 0.000 0.000 0.020 0.932 0.048 0.000
#> SRR661192 1 0.0405 0.9645 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1384827 5 0.2706 0.7356 0.000 0.000 0.024 0.000 0.852 0.124
#> SRR814587 4 0.0146 0.8822 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR656899 2 0.0436 0.8994 0.004 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1088340 4 0.0000 0.8819 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349772 2 0.3756 0.4954 0.352 0.644 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 6 0.1862 0.6895 0.008 0.012 0.000 0.032 0.016 0.932
#> SRR1442273 4 0.0363 0.8829 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1407470 4 0.4644 0.1178 0.000 0.000 0.040 0.504 0.456 0.000
#> SRR1490289 5 0.4918 0.4987 0.000 0.020 0.012 0.344 0.604 0.020
#> SRR1093649 5 0.3754 0.7170 0.000 0.040 0.080 0.000 0.816 0.064
#> SRR1478900 6 0.2312 0.7151 0.000 0.000 0.012 0.000 0.112 0.876
#> SRR1447652 1 0.0405 0.9664 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1324545 4 0.1141 0.8768 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR2170537 1 0.0260 0.9651 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 6 0.1498 0.6996 0.012 0.012 0.004 0.000 0.024 0.948
#> SRR615335 6 0.4225 0.6405 0.084 0.012 0.008 0.092 0.012 0.792
#> SRR1321505 1 0.0405 0.9645 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457768 3 0.1910 0.9331 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1340641 4 0.6117 0.3694 0.000 0.216 0.000 0.560 0.040 0.184
#> SRR657903 2 0.1285 0.8933 0.052 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403458 1 0.1053 0.9601 0.964 0.004 0.020 0.000 0.000 0.012
#> SRR1460073 2 0.1219 0.8947 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1441850 4 0.1588 0.8584 0.000 0.000 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR613759 2 0.0603 0.8953 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1472281 4 0.1082 0.8802 0.000 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR1440445 6 0.3748 0.6567 0.000 0.004 0.064 0.000 0.148 0.784
#> SRR1088734 4 0.0260 0.8827 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1455607 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1077528 4 0.2762 0.7219 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1364695 6 0.2940 0.7029 0.000 0.004 0.036 0.000 0.112 0.848
#> SRR1348226 6 0.4810 0.4197 0.308 0.012 0.008 0.036 0.000 0.636
#> SRR1313560 2 0.0291 0.8981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1092889 5 0.1546 0.7728 0.000 0.020 0.016 0.000 0.944 0.020
#> SRR1352213 6 0.2077 0.7086 0.008 0.012 0.008 0.000 0.056 0.916
#> SRR2185233 1 0.3756 0.6089 0.712 0.268 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0260 0.9664 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.0972 0.8792 0.000 0.000 0.008 0.964 0.028 0.000
#> SRR817825 5 0.4284 0.6903 0.000 0.044 0.088 0.000 0.776 0.092
#> SRR660366 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0692 0.9648 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.2662 0.7747 0.000 0.020 0.004 0.072 0.884 0.020
#> SRR1323512 4 0.3916 0.5937 0.000 0.000 0.020 0.680 0.300 0.000
#> SRR1325247 4 0.2730 0.7276 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1351583 3 0.1957 0.9307 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1437454 4 0.2964 0.7091 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR1318484 4 0.0547 0.8829 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1322395 1 0.1592 0.9326 0.940 0.032 0.008 0.000 0.000 0.020
#> SRR1378131 4 0.2306 0.8399 0.000 0.004 0.000 0.888 0.092 0.016
#> SRR1325464 1 0.0405 0.9645 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340280 5 0.4664 0.6668 0.000 0.044 0.084 0.000 0.740 0.132
#> SRR1455842 4 0.0146 0.8826 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1352619 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1076779 1 0.0806 0.9631 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.4185 0.6935 0.000 0.044 0.080 0.000 0.784 0.092
#> SRR661120 6 0.4084 0.6379 0.020 0.016 0.008 0.148 0.020 0.788
#> SRR601613 1 0.4358 0.6558 0.740 0.000 0.008 0.108 0.000 0.144
#> SRR811535 1 0.0405 0.9645 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR820316 2 0.2597 0.7642 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 4 0.0622 0.8830 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1375677 1 0.0692 0.9637 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.3601 0.8062 0.000 0.008 0.040 0.816 0.124 0.012
#> SRR604122 2 0.0291 0.8981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR598509 3 0.2361 0.9270 0.000 0.004 0.880 0.000 0.012 0.104
#> SRR1397052 2 0.0653 0.9004 0.012 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1339921 6 0.3285 0.6371 0.108 0.012 0.008 0.032 0.000 0.840
#> SRR664743 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1339199 4 0.1745 0.8691 0.000 0.000 0.020 0.924 0.056 0.000
#> SRR1355660 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0806 0.9631 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 2 0.3765 0.3602 0.404 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 6 0.1862 0.7008 0.000 0.012 0.008 0.016 0.032 0.932
#> SRR656288 1 0.0146 0.9663 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 6 0.3396 0.6768 0.000 0.000 0.072 0.000 0.116 0.812
#> SRR1487233 5 0.1710 0.7725 0.000 0.020 0.016 0.000 0.936 0.028
#> SRR662043 1 0.0405 0.9645 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381211 5 0.1382 0.7765 0.000 0.000 0.008 0.036 0.948 0.008
#> SRR1379365 4 0.3629 0.6593 0.000 0.000 0.016 0.724 0.260 0.000
#> SRR1384852 5 0.4760 0.1585 0.000 0.004 0.040 0.436 0.520 0.000
#> SRR1430357 4 0.1409 0.8766 0.000 0.008 0.000 0.948 0.032 0.012
#> SRR2164847 6 0.4493 0.4376 0.016 0.012 0.000 0.348 0.004 0.620
#> SRR807901 2 0.1219 0.8947 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR816064 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0405 0.9645 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349893 1 0.0692 0.9637 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.2361 0.9270 0.000 0.004 0.880 0.000 0.012 0.104
#> SRR1316483 6 0.3665 0.6489 0.068 0.012 0.000 0.092 0.008 0.820
#> SRR662749 1 0.0146 0.9661 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 5 0.2288 0.7640 0.000 0.004 0.028 0.000 0.896 0.072
#> SRR1343653 4 0.0820 0.8816 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016 0.000
#> SRR1336134 5 0.3947 0.6148 0.000 0.000 0.016 0.256 0.716 0.012
#> SRR654940 5 0.2364 0.7801 0.000 0.020 0.004 0.052 0.904 0.020
#> SRR1098288 4 0.0935 0.8817 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032 0.000
#> SRR1326343 2 0.0291 0.8981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR811145 1 0.0692 0.9637 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.1542 0.8740 0.000 0.944 0.000 0.024 0.016 0.016
#> SRR1075997 4 0.3134 0.8385 0.000 0.008 0.040 0.856 0.084 0.012
#> SRR1090483 4 0.2597 0.7498 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1388698 1 0.5355 0.3269 0.584 0.000 0.012 0.100 0.000 0.304
#> SRR1312482 4 0.1745 0.8675 0.000 0.000 0.020 0.924 0.056 0.000
#> SRR1430420 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1387475 4 0.0146 0.8822 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1388419 5 0.2122 0.7685 0.000 0.000 0.024 0.000 0.900 0.076
#> SRR1442250 5 0.4087 0.6992 0.000 0.044 0.084 0.000 0.792 0.080
#> SRR1430679 4 0.3727 0.7515 0.000 0.004 0.040 0.768 0.188 0.000
#> SRR1311109 4 0.2135 0.8099 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1478990 4 0.1745 0.8684 0.000 0.020 0.000 0.924 0.000 0.056
#> SRR1392434 4 0.3734 0.6640 0.000 0.000 0.020 0.716 0.264 0.000
#> SRR1085925 1 0.0692 0.9637 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0891 0.9534 0.968 0.024 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.0146 0.8822 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1315393 5 0.1700 0.7768 0.000 0.000 0.024 0.012 0.936 0.028
#> SRR1094506 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1330633 4 0.4331 0.1256 0.000 0.000 0.020 0.516 0.464 0.000
#> SRR1330153 2 0.0806 0.8910 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1451778 2 0.3236 0.6873 0.000 0.796 0.000 0.000 0.180 0.024
#> SRR657089 6 0.2715 0.7093 0.000 0.004 0.024 0.000 0.112 0.860
#> SRR1395659 5 0.3087 0.7684 0.000 0.020 0.012 0.088 0.860 0.020
#> SRR1385716 6 0.2312 0.7151 0.000 0.000 0.012 0.000 0.112 0.876
#> SRR1466109 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1441725 6 0.5337 0.4825 0.072 0.036 0.000 0.268 0.000 0.624
#> SRR1485078 5 0.1237 0.7743 0.000 0.020 0.004 0.000 0.956 0.020
#> SRR661806 6 0.4499 0.4472 0.008 0.012 0.000 0.344 0.012 0.624
#> SRR1334919 6 0.2212 0.7160 0.000 0.000 0.008 0.000 0.112 0.880
#> SRR599249 2 0.0405 0.8975 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR810051 4 0.3221 0.7684 0.000 0.000 0.020 0.792 0.188 0.000
#> SRR1407202 2 0.0291 0.8981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1434399 2 0.1364 0.8949 0.048 0.944 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1330965 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1369536 1 0.0405 0.9645 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1382508 6 0.2358 0.7148 0.000 0.000 0.016 0.000 0.108 0.876
#> SRR1405028 2 0.1382 0.8699 0.000 0.948 0.000 0.036 0.008 0.008
#> SRR612719 6 0.1705 0.7020 0.000 0.016 0.012 0.008 0.024 0.940
#> SRR1340617 4 0.2579 0.8437 0.000 0.000 0.040 0.872 0.088 0.000
#> SRR1448183 2 0.1141 0.8932 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 4 0.3855 0.6386 0.000 0.000 0.024 0.704 0.272 0.000
#> SRR1361156 4 0.0937 0.8743 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1454374 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 2 0.0748 0.8946 0.000 0.976 0.000 0.004 0.016 0.004
#> SRR1477837 5 0.4067 0.2057 0.000 0.000 0.008 0.000 0.548 0.444
#> SRR607252 2 0.1863 0.8489 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 6 0.2077 0.6996 0.000 0.012 0.004 0.032 0.032 0.920
#> SRR1456567 4 0.0146 0.8822 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1487425 4 0.3133 0.7502 0.000 0.000 0.008 0.780 0.212 0.000
#> SRR1335627 5 0.1237 0.7743 0.000 0.020 0.004 0.000 0.956 0.020
#> SRR1327680 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1478812 5 0.2798 0.7453 0.000 0.000 0.036 0.000 0.852 0.112
#> SRR1447673 4 0.0146 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR815735 6 0.4511 0.5942 0.148 0.012 0.008 0.088 0.000 0.744
#> SRR1404251 4 0.2527 0.8575 0.000 0.004 0.040 0.892 0.056 0.008
#> SRR601645 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 6 0.4719 0.3195 0.000 0.012 0.004 0.408 0.020 0.556
#> SRR659983 1 0.3374 0.7209 0.772 0.208 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 5 0.2862 0.7795 0.000 0.020 0.012 0.060 0.880 0.028
#> SRR614215 2 0.0291 0.8981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR659283 2 0.0767 0.9010 0.012 0.976 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1459956 5 0.4523 0.0708 0.000 0.000 0.032 0.452 0.516 0.000
#> SRR1340441 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1317428 2 0.1267 0.8881 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 6 0.4415 0.5700 0.000 0.004 0.064 0.000 0.236 0.696
#> SRR1452741 6 0.1448 0.6901 0.000 0.012 0.000 0.024 0.016 0.948
#> SRR1458484 6 0.2520 0.7162 0.000 0.012 0.008 0.000 0.108 0.872
#> SRR1387091 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1358017 3 0.2361 0.9270 0.000 0.004 0.880 0.000 0.012 0.104
#> SRR1457039 4 0.0146 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376539 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1430639 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1419829 5 0.1495 0.7754 0.000 0.020 0.008 0.004 0.948 0.020
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 2 0.0291 0.8981 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1367849 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1320939 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.2376 0.8706 0.884 0.012 0.008 0.000 0.000 0.096
#> SRR599025 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 6 0.4390 0.5751 0.000 0.004 0.064 0.000 0.232 0.700
#> SRR1398311 5 0.2876 0.7688 0.000 0.020 0.004 0.088 0.868 0.020
#> SRR1442149 6 0.5216 0.3278 0.000 0.008 0.000 0.400 0.072 0.520
#> SRR809137 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.1204 0.8681 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR600852 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0622 0.8830 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1321225 6 0.2491 0.7123 0.000 0.000 0.020 0.000 0.112 0.868
#> SRR1069802 2 0.1003 0.8957 0.028 0.964 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1077643 5 0.4171 0.7012 0.000 0.060 0.084 0.000 0.788 0.068
#> SRR1334154 4 0.0146 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1390072 4 0.1334 0.8746 0.000 0.000 0.020 0.948 0.032 0.000
#> SRR1467612 5 0.2346 0.7458 0.000 0.000 0.008 0.124 0.868 0.000
#> SRR1430133 5 0.2728 0.7474 0.000 0.000 0.040 0.000 0.860 0.100
#> SRR1468595 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1374028 5 0.2183 0.7685 0.000 0.020 0.028 0.000 0.912 0.040
#> SRR1311243 1 0.0547 0.9649 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 6 0.4622 0.5786 0.068 0.012 0.004 0.188 0.004 0.724
#> SRR662150 2 0.1349 0.8913 0.056 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400290 6 0.2165 0.7165 0.000 0.000 0.008 0.000 0.108 0.884
#> SRR1084892 5 0.2682 0.7574 0.000 0.000 0.020 0.084 0.876 0.020
#> SRR1416166 6 0.6051 0.5200 0.000 0.032 0.024 0.248 0.100 0.596
#> SRR1477015 6 0.2053 0.7169 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108 0.888
#> SRR1380501 5 0.3012 0.6847 0.000 0.000 0.008 0.000 0.796 0.196
#> SRR1446156 5 0.4598 0.2508 0.000 0.008 0.004 0.440 0.532 0.016
#> SRR1488328 4 0.3174 0.8320 0.000 0.004 0.040 0.848 0.096 0.012
#> SRR1086889 4 0.2581 0.8346 0.000 0.000 0.020 0.860 0.120 0.000
#> SRR814611 6 0.1325 0.6973 0.000 0.012 0.004 0.012 0.016 0.956
#> SRR599086 6 0.4668 0.5757 0.180 0.012 0.008 0.068 0.004 0.728
#> SRR1086844 1 0.0622 0.9610 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1464535 4 0.3189 0.6606 0.000 0.004 0.000 0.760 0.000 0.236
#> SRR807877 4 0.0291 0.8825 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1477033 1 0.2274 0.8782 0.892 0.012 0.008 0.000 0.000 0.088
#> SRR1335164 4 0.3285 0.8301 0.000 0.008 0.040 0.844 0.096 0.012
#> SRR601986 6 0.2053 0.7169 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108 0.888
#> SRR1446226 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 6 0.4312 0.0866 0.000 0.012 0.004 0.476 0.000 0.508
#> SRR600474 1 0.0405 0.9645 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1307699 1 0.0260 0.9657 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 6 0.4409 0.6257 0.108 0.012 0.008 0.092 0.008 0.772
#> SRR1323628 2 0.1327 0.8852 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.2361 0.9270 0.000 0.004 0.880 0.000 0.012 0.104
#> SRR1385364 5 0.4264 0.4682 0.000 0.000 0.032 0.000 0.636 0.332
#> SRR1478149 6 0.5175 0.4399 0.000 0.004 0.100 0.000 0.308 0.588
#> SRR1384413 4 0.2383 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.880 0.024 0.096
#> SRR1366855 4 0.1444 0.8592 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1077115 4 0.0000 0.8819 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 6 0.2312 0.7151 0.000 0.000 0.012 0.000 0.112 0.876
#> SRR1434093 6 0.2165 0.7165 0.000 0.000 0.008 0.000 0.108 0.884
#> SRR1341408 4 0.0692 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR612335 2 0.2012 0.8602 0.000 0.924 0.008 0.032 0.008 0.028
#> SRR1321420 1 0.1983 0.9059 0.908 0.072 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 6 0.2053 0.7169 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108 0.888
#> SRR1398371 4 0.4565 -0.0315 0.000 0.008 0.000 0.496 0.476 0.020
#> SRR614996 6 0.3636 0.6491 0.096 0.012 0.008 0.040 0.012 0.832
#> SRR1431602 4 0.0547 0.8829 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1311509 2 0.4867 0.0315 0.000 0.504 0.020 0.000 0.452 0.024
#> SRR1507229 3 0.1863 0.9350 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1310373 3 0.1957 0.9307 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1408072 4 0.1007 0.8729 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1469591 6 0.2165 0.7165 0.000 0.000 0.008 0.000 0.108 0.884
#> SRR1392813 5 0.3819 0.5790 0.000 0.000 0.020 0.280 0.700 0.000
#> SRR1453026 5 0.3766 0.5417 0.000 0.000 0.012 0.304 0.684 0.000
#> SRR1388105 4 0.3514 0.6707 0.000 0.000 0.000 0.752 0.228 0.020
#> SRR1357558 1 0.0146 0.9661 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.3868 0.3019 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.896 0.918 0.968 0.4996 0.500 0.500
#> 3 3 0.968 0.928 0.972 0.2403 0.795 0.623
#> 4 4 0.956 0.920 0.963 0.0979 0.920 0.794
#> 5 5 0.777 0.749 0.865 0.0712 0.953 0.858
#> 6 6 0.694 0.584 0.768 0.0520 0.969 0.899
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1467904 2 0.5294 0.8479 0.120 0.880
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1321283 2 0.1633 0.9469 0.024 0.976
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1458026 1 0.9881 0.2458 0.564 0.436
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.2236 0.9362 0.036 0.964
#> SRR657492 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1086304 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1352936 2 0.9427 0.4388 0.360 0.640
#> SRR598148 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1444644 2 0.7219 0.7422 0.200 0.800
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.9983 0.0699 0.476 0.524
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1343859 2 0.6623 0.7897 0.172 0.828
#> SRR1075631 2 0.0672 0.9608 0.008 0.992
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1479286 1 0.9988 0.0964 0.520 0.480
#> SRR1381524 1 0.0376 0.9596 0.996 0.004
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR658331 2 0.9000 0.5376 0.316 0.684
#> SRR810619 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.8207 0.6512 0.744 0.256
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1489693 2 0.6887 0.7654 0.184 0.816
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1468995 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1419453 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1341456 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR657456 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR658283 2 0.3114 0.9169 0.056 0.944
#> SRR813728 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0376 0.9641 0.004 0.996
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR603968 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.9795 0.2754 0.416 0.584
#> SRR661229 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.5294 0.8476 0.120 0.880
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR613510 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.9850 0.2381 0.428 0.572
#> SRR1474730 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1347667 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR608096 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1454522 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1429802 1 0.9933 0.1948 0.548 0.452
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR613186 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1458973 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.2423 0.9325 0.040 0.960
#> SRR1402195 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1429516 1 0.5059 0.8497 0.888 0.112
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.9460 0.4200 0.364 0.636
#> SRR1341965 2 0.8267 0.6416 0.260 0.740
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.8909 0.5486 0.308 0.692
#> SRR1397329 2 0.6712 0.7773 0.176 0.824
#> SRR1093243 1 0.9815 0.2933 0.580 0.420
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR815893 1 0.9815 0.2933 0.580 0.420
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR810737 1 0.9491 0.4289 0.632 0.368
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR658481 1 0.8955 0.5498 0.688 0.312
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1332607 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.6623 0.7701 0.828 0.172
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR815517 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR615970 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.9491 0.4098 0.368 0.632
#> SRR1419638 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1473142 1 0.9909 0.2208 0.556 0.444
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1352234 1 0.9209 0.5007 0.664 0.336
#> SRR1487807 2 0.0376 0.9641 0.004 0.996
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1364780 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.0376 0.9641 0.004 0.996
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.7219 0.7402 0.200 0.800
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1308696 2 0.7219 0.7422 0.200 0.800
#> SRR808772 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1478434 1 0.9710 0.3485 0.600 0.400
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.9710 0.3189 0.600 0.400
#> SRR1340641 1 0.0376 0.9597 0.996 0.004
#> SRR657903 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1440445 2 0.6343 0.7988 0.160 0.840
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.9087 0.5142 0.324 0.676
#> SRR1077528 1 0.7950 0.6772 0.760 0.240
#> SRR1364695 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1325247 1 0.9522 0.4193 0.628 0.372
#> SRR1351583 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1437454 1 0.9686 0.3591 0.604 0.396
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1352619 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR598509 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR664743 1 0.9896 0.2334 0.560 0.440
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1444722 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1090483 1 0.9933 0.1948 0.548 0.452
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1430420 2 0.4690 0.8707 0.100 0.900
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1311109 1 0.7219 0.7370 0.800 0.200
#> SRR1478990 2 0.9460 0.4200 0.364 0.636
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1094506 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1080977 2 0.7219 0.7422 0.200 0.800
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1330965 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.2236 0.9362 0.036 0.964
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1327680 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.6148 0.8015 0.848 0.152
#> SRR659983 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1340441 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1403390 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.8081 0.6627 0.248 0.752
#> SRR1358017 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.3431 0.9091 0.064 0.936
#> SRR1376539 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.4161 0.8883 0.084 0.916
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 1.0000 -0.0102 0.496 0.504
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1401446 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1442149 1 0.9170 0.5093 0.668 0.332
#> SRR809137 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.5737 0.8281 0.136 0.864
#> SRR600852 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1321225 2 0.9608 0.3791 0.384 0.616
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1351931 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.1414 0.9450 0.980 0.020
#> SRR807877 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1430951 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1385364 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1478149 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1384413 2 0.8763 0.5732 0.296 0.704
#> SRR1366855 1 0.9993 0.0813 0.516 0.484
#> SRR1077115 2 0.2423 0.9325 0.040 0.960
#> SRR1399990 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR612335 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1507229 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1310373 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0672 0.9608 0.008 0.992
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000
#> SRR615898 2 0.0000 0.9673 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0592 0.9646 0.000 0.988 0.012
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0237 0.9829 0.996 0.000 0.004
#> SRR818530 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 1 0.5882 0.4535 0.652 0.000 0.348
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.0237 0.9064 0.000 0.004 0.996
#> SRR612875 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.6095 0.3356 0.000 0.608 0.392
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 3 0.6295 0.1205 0.000 0.472 0.528
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.6126 0.3133 0.000 0.600 0.400
#> SRR1087197 1 0.4796 0.7072 0.780 0.000 0.220
#> SRR1383960 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.3412 0.8046 0.124 0.000 0.876
#> SRR598148 3 0.6235 0.2338 0.436 0.000 0.564
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.6286 0.1067 0.000 0.536 0.464
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 3 0.0237 0.9065 0.004 0.000 0.996
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 3 0.6204 0.2698 0.000 0.424 0.576
#> SRR1479286 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.6140 0.3161 0.404 0.000 0.596
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.6079 0.3465 0.000 0.612 0.388
#> SRR658331 3 0.4002 0.7654 0.160 0.000 0.840
#> SRR810619 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.0237 0.9065 0.004 0.000 0.996
#> SRR813728 2 0.0237 0.9721 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0237 0.9829 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398706 2 0.0592 0.9646 0.000 0.988 0.012
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0424 0.9794 0.992 0.000 0.008
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.6235 0.2247 0.436 0.000 0.564
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 3 0.5926 0.4423 0.000 0.356 0.644
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 3 0.3879 0.7754 0.152 0.000 0.848
#> SRR1402195 1 0.0592 0.9721 0.988 0.012 0.000
#> SRR1429516 2 0.0237 0.9712 0.004 0.996 0.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.6008 0.3883 0.000 0.628 0.372
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.5254 0.6161 0.264 0.000 0.736
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 3 0.6308 0.0477 0.000 0.492 0.508
#> SRR604174 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.6180 0.2837 0.416 0.000 0.584
#> SRR1434975 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.4399 0.7309 0.188 0.000 0.812
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.6079 0.3465 0.000 0.612 0.388
#> SRR1352234 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.6062 0.3571 0.000 0.616 0.384
#> SRR1314851 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319344 3 0.4842 0.6754 0.000 0.224 0.776
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 3 0.6295 0.1205 0.000 0.472 0.528
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093649 3 0.6267 0.1865 0.000 0.452 0.548
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0237 0.9065 0.004 0.000 0.996
#> SRR1340641 2 0.1163 0.9424 0.028 0.972 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 1 0.6225 0.2243 0.568 0.000 0.432
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.3816 0.8071 0.000 0.852 0.148
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.5138 0.6469 0.252 0.000 0.748
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0892 0.9679 0.980 0.000 0.020
#> SRR656288 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.6308 0.0154 0.508 0.000 0.492
#> SRR1487233 2 0.3941 0.7961 0.000 0.844 0.156
#> SRR662043 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.4702 0.6923 0.000 0.212 0.788
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0892 0.9569 0.000 0.980 0.020
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442250 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.6095 0.3357 0.000 0.608 0.392
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0424 0.9793 0.992 0.000 0.008
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385716 1 0.0592 0.9756 0.988 0.000 0.012
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.0747 0.9716 0.984 0.000 0.016
#> SRR599249 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.6095 0.3417 0.608 0.000 0.392
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0747 0.9718 0.984 0.000 0.016
#> SRR1477837 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0237 0.9829 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.1031 0.9529 0.000 0.976 0.024
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 3 0.0747 0.8975 0.000 0.016 0.984
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 2 0.0747 0.9570 0.016 0.984 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 2 0.6204 0.2612 0.424 0.576 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.1964 0.9193 0.000 0.944 0.056
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.3752 0.7837 0.144 0.000 0.856
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 3 0.6026 0.3940 0.000 0.376 0.624
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.2796 0.8887 0.908 0.000 0.092
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.0237 0.9829 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.6295 0.1049 0.472 0.528 0.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 1 0.1163 0.9596 0.972 0.000 0.028
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 1 0.2356 0.9123 0.928 0.000 0.072
#> SRR1434093 1 0.2066 0.9260 0.940 0.000 0.060
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.5465 0.5348 0.712 0.288 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.9757 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9864 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9090 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 4 0.2124 0.9218 0.000 0.028 0.040 0.932
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.3219 0.7798 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1442648 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1486174 4 0.0336 0.9789 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1349433 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1321283 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1387702 1 0.0188 0.9784 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1435584 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1458026 4 0.0188 0.9793 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1094192 4 0.0336 0.9789 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1397180 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR657492 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.1520 0.8480 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR817563 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR613462 1 0.4456 0.5913 0.716 0.004 0.280 0.000
#> SRR1405206 2 0.1677 0.8425 0.000 0.948 0.012 0.040
#> SRR1454136 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380785 3 0.0672 0.8926 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR612875 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808327 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355194 3 0.1305 0.8821 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1408227 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1086304 2 0.2149 0.8159 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.1510 0.8484 0.000 0.956 0.028 0.016
#> SRR1084965 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.2921 0.7999 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.1022 0.9600 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.6413 0.2566 0.000 0.516 0.416 0.068
#> SRR1479263 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 4 0.0336 0.9776 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1367456 2 0.1867 0.8271 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.1584 0.8468 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1087197 1 0.1743 0.9311 0.940 0.004 0.056 0.000
#> SRR1383960 1 0.2021 0.9241 0.932 0.012 0.056 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0804 0.8903 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR598148 2 0.1510 0.8321 0.028 0.956 0.016 0.000
#> SRR1444390 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444644 3 0.0188 0.8969 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1389777 1 0.4304 0.6218 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0657 0.8452 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1468682 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1490505 4 0.0336 0.9789 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1343859 2 0.0779 0.8419 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.2402 0.8297 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381524 3 0.2179 0.8402 0.064 0.012 0.924 0.000
#> SRR1392208 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1456693 2 0.3569 0.7088 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1358482 2 0.1767 0.8447 0.000 0.944 0.044 0.012
#> SRR658331 3 0.1398 0.8679 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR810619 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR600829 1 0.0376 0.9767 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0188 0.9793 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2185195 1 0.0469 0.9741 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0707 0.8917 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1318662 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419453 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1437208 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1093269 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1341456 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR816358 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.0188 0.8969 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR813728 4 0.1706 0.9384 0.000 0.016 0.036 0.948
#> SRR1394520 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1308200 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.4933 0.3298 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1398706 4 0.2450 0.8996 0.000 0.072 0.016 0.912
#> SRR1368794 4 0.0927 0.9669 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1392749 4 0.0469 0.9763 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR603968 2 0.2814 0.7799 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR815661 1 0.0707 0.9689 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR661229 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 2 0.1211 0.8260 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1464281 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384917 4 0.4661 0.4110 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1435182 4 0.0469 0.9744 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1477569 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.2469 0.8328 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR663014 4 0.0592 0.9736 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1417960 4 0.0657 0.9743 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR1474730 3 0.4137 0.6658 0.208 0.012 0.780 0.000
#> SRR1381269 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR657695 2 0.3024 0.7569 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1357650 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1472237 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1470816 4 0.1022 0.9591 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.4103 0.6334 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1392795 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.1004 0.8443 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0707 0.9689 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1429802 4 0.0188 0.9793 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1345436 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1433684 1 0.0524 0.9744 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR613186 3 0.2868 0.8079 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1343795 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417766 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420606 3 0.1902 0.8263 0.000 0.004 0.932 0.064
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309856 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1102756 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366519 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080438 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1391789 3 0.0937 0.8877 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR1402195 2 0.0817 0.8341 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1429516 4 0.0336 0.9758 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1406662 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1333414 4 0.0336 0.9789 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1369030 4 0.0469 0.9763 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0469 0.9741 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1434568 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473505 4 0.2973 0.8205 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1402068 2 0.1610 0.8479 0.000 0.952 0.032 0.016
#> SRR1490076 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1397329 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1093243 4 0.0376 0.9790 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1418390 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR608480 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0707 0.9689 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR815893 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810737 4 0.0188 0.9793 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1347500 1 0.0188 0.9784 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457872 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658481 4 0.0188 0.9793 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0779 0.8911 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1308674 4 0.0336 0.9776 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1338363 3 0.1854 0.8568 0.048 0.012 0.940 0.000
#> SRR1344271 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1321608 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1441464 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR607970 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 3 0.6511 0.4611 0.000 0.188 0.640 0.172
#> SRR604174 1 0.0921 0.9630 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0188 0.9784 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.3024 0.7933 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419638 3 0.4677 0.5170 0.316 0.004 0.680 0.000
#> SRR1434975 3 0.1867 0.8604 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1445741 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1088142 1 0.0469 0.9743 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0188 0.9784 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.4155 0.6247 0.240 0.004 0.756 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.1356 0.8460 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1352234 4 0.0376 0.9777 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1487807 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1489715 4 0.2760 0.8409 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1364780 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1409748 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 4 0.0469 0.9763 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1316725 2 0.1677 0.8456 0.000 0.948 0.040 0.012
#> SRR1314851 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.2796 0.8801 0.892 0.016 0.092 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1366690 1 0.3486 0.7756 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR1317707 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1339321 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442487 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0817 0.8451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1319344 2 0.1109 0.8442 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1332835 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1334694 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1478434 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1479933 2 0.2342 0.8269 0.000 0.912 0.080 0.008
#> SRR1313853 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 4 0.0657 0.9723 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR814587 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR656899 1 0.1211 0.9535 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0188 0.9784 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0336 0.9766 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1442273 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407470 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.4730 0.5013 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1093649 2 0.1584 0.8468 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1478900 1 0.0657 0.9722 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.0469 0.9763 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0779 0.9691 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1321505 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.4312 0.7783 0.056 0.132 0.812 0.000
#> SRR1340641 4 0.5496 0.3105 0.372 0.024 0.000 0.604
#> SRR657903 1 0.0592 0.9716 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0817 0.9660 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0336 0.9790 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR613759 1 0.1302 0.9497 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088734 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077528 4 0.0376 0.9777 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1364695 1 0.4941 0.1789 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1348226 1 0.0469 0.9743 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.4643 0.4929 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.1297 0.8485 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1352213 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0188 0.9784 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.1389 0.8366 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0188 0.9784 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.3448 0.7370 0.000 0.828 0.004 0.168
#> SRR1323512 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325247 4 0.0376 0.9777 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1351583 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0188 0.9793 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1318484 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.0921 0.9630 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1325464 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1340280 2 0.2797 0.7984 0.068 0.900 0.032 0.000
#> SRR1455842 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1352619 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.4382 0.5356 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR661120 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0188 0.9784 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1368616 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR604122 1 0.1474 0.9421 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.1389 0.8766 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1397052 1 0.0921 0.9630 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0469 0.9743 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.0188 0.9793 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1339199 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0188 0.9784 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.5387 0.3699 0.400 0.016 0.584 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.3495 0.7494 0.140 0.016 0.844 0.000
#> SRR1487233 2 0.1059 0.8474 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR662043 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 4 0.1890 0.9240 0.000 0.008 0.056 0.936
#> SRR1379365 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384852 4 0.0469 0.9744 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1430357 4 0.0592 0.9736 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2164847 1 0.0336 0.9762 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR807901 1 0.0707 0.9689 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.2973 0.7979 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1316483 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.3494 0.7461 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR1343653 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336134 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.5987 0.2732 0.000 0.520 0.040 0.440
#> SRR1098288 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1326343 1 0.2345 0.8934 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.1389 0.8179 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1075997 4 0.0336 0.9776 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1090483 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1388698 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312482 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430420 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1387475 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1388419 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1442250 2 0.1211 0.8407 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1430679 4 0.0336 0.9776 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1311109 4 0.0336 0.9758 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1478990 4 0.1557 0.9350 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1392434 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315393 4 0.5602 0.0744 0.000 0.020 0.472 0.508
#> SRR1094506 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1330153 2 0.1474 0.8145 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1451778 2 0.1637 0.8064 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0524 0.9743 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1395659 2 0.4382 0.6021 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1385716 1 0.2662 0.8909 0.900 0.016 0.084 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.2335 0.8307 0.000 0.920 0.020 0.060
#> SRR661806 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.2861 0.8743 0.888 0.016 0.096 0.000
#> SRR599249 1 0.0469 0.9741 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR810051 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1407202 1 0.0817 0.9659 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0707 0.9689 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.4137 0.6660 0.208 0.012 0.780 0.000
#> SRR1405028 1 0.0707 0.9689 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1340617 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1448183 1 0.0336 0.9764 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1362488 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 2 0.3105 0.7144 0.140 0.856 0.004 0.000
#> SRR1477837 4 0.0336 0.9776 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR607252 1 0.0188 0.9784 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0804 0.9687 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR1456567 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487425 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1335627 2 0.2413 0.8279 0.000 0.916 0.020 0.064
#> SRR1327680 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1478812 3 0.0524 0.8933 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0657 0.9719 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1404251 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR601645 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.0524 0.9740 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR659983 1 0.0188 0.9784 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.4304 0.6151 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR614215 1 0.4761 0.4298 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0592 0.9716 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1459956 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340441 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1317428 1 0.0592 0.9716 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0779 0.9691 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1458484 4 0.1635 0.9258 0.044 0.008 0.000 0.948
#> SRR1387091 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1358017 3 0.1211 0.8811 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419829 2 0.1629 0.8479 0.000 0.952 0.024 0.024
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.2281 0.8967 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1367849 4 0.0188 0.9793 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1398311 2 0.4661 0.5348 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1442149 4 0.0336 0.9758 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR809137 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR600852 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1321225 3 0.0937 0.8877 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR1069802 1 0.0336 0.9764 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0657 0.8430 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1334154 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1390072 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467612 4 0.0469 0.9763 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1430133 4 0.4040 0.6633 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1374028 2 0.1557 0.8312 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0376 0.9767 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR662150 1 0.0592 0.9716 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.4098 0.6683 0.204 0.012 0.784 0.000
#> SRR1084892 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0336 0.9766 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1380501 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1446156 4 0.0469 0.9763 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1488328 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1086889 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.1488 0.9389 0.032 0.012 0.000 0.956
#> SRR807877 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 4 0.0188 0.9799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR601986 1 0.3529 0.8029 0.836 0.012 0.152 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.2924 0.8704 0.884 0.016 0.100 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0779 0.9691 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1323628 1 0.0469 0.9741 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0707 0.8915 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1385364 4 0.3751 0.7420 0.000 0.004 0.196 0.800
#> SRR1478149 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1384413 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1366855 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399990 3 0.5237 0.4537 0.356 0.016 0.628 0.000
#> SRR1434093 3 0.5231 0.4159 0.384 0.012 0.604 0.000
#> SRR1341408 4 0.0000 0.9811 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.4994 0.0445 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0188 0.9785 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.0336 0.9789 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR614996 1 0.0779 0.9691 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1431602 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1311509 2 0.0592 0.8383 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1507229 3 0.0188 0.8979 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1469591 1 0.1114 0.9631 0.972 0.016 0.008 0.004
#> SRR1392813 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1453026 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1388105 4 0.0188 0.9809 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9799 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.8983 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0162 0.77707 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468613 1 0.0880 0.77315 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR815184 2 0.3533 0.84119 0.000 0.836 0.004 0.104 0.056
#> SRR1381693 1 0.0794 0.77316 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1467904 3 0.4443 0.16283 0.000 0.000 0.524 0.004 0.472
#> SRR1442648 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.2777 0.86541 0.000 0.864 0.016 0.120 0.000
#> SRR1349433 2 0.0794 0.93077 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1321283 3 0.0566 0.87485 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1387702 1 0.4210 0.01308 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0404 0.77662 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1366367 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1458026 2 0.1792 0.90648 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1094192 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1397180 2 0.0703 0.93277 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR657492 1 0.1410 0.76350 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR662665 1 0.1792 0.75465 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR818530 5 0.0324 0.82276 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR817563 2 0.0162 0.93355 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR613462 1 0.4906 0.48822 0.692 0.000 0.232 0.076 0.000
#> SRR1405206 5 0.0566 0.82394 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1454136 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.2824 0.82725 0.000 0.000 0.864 0.116 0.020
#> SRR612875 1 0.1410 0.76540 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR808327 2 0.1732 0.90517 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1355194 3 0.2325 0.85411 0.000 0.000 0.904 0.068 0.028
#> SRR1408227 2 0.1121 0.92598 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1086304 5 0.0510 0.81940 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1080415 1 0.0609 0.77757 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1086140 5 0.2913 0.79731 0.000 0.004 0.040 0.080 0.876
#> SRR1084965 1 0.2230 0.73614 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1310563 5 0.2852 0.69510 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR602437 1 0.0794 0.77316 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR663404 1 0.2516 0.71300 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1337238 1 0.2561 0.70432 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1360442 1 0.4744 -0.33781 0.508 0.000 0.000 0.476 0.016
#> SRR1356487 5 0.7570 0.35714 0.000 0.272 0.128 0.116 0.484
#> SRR1479263 2 0.1544 0.91201 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1409641 1 0.2732 0.69229 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1442686 1 0.3816 0.43284 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1345736 1 0.1197 0.76957 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1345827 2 0.1608 0.91075 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1367456 5 0.0290 0.82100 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1072650 1 0.2127 0.73433 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1446393 5 0.1877 0.81306 0.000 0.000 0.012 0.064 0.924
#> SRR1087197 1 0.5478 0.46359 0.656 0.000 0.180 0.164 0.000
#> SRR1383960 1 0.4725 0.59168 0.732 0.000 0.076 0.188 0.004
#> SRR600924 1 0.0609 0.77572 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR662390 1 0.1124 0.77417 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1071692 1 0.0510 0.77578 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR658421 1 0.3003 0.65931 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1352936 3 0.2068 0.85104 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR598148 5 0.0671 0.81909 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR1444390 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1444644 3 0.0771 0.87679 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1389777 1 0.5834 0.10267 0.584 0.000 0.000 0.132 0.284
#> SRR603918 5 0.2179 0.79923 0.004 0.000 0.000 0.100 0.896
#> SRR1468682 2 0.0404 0.93413 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1490505 2 0.1197 0.92138 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1343859 5 0.0290 0.82100 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1075631 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1444954 5 0.3169 0.77517 0.000 0.000 0.084 0.060 0.856
#> SRR1479286 2 0.1197 0.92671 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1381524 3 0.5124 0.65609 0.144 0.000 0.708 0.144 0.004
#> SRR1392208 2 0.0290 0.93381 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1456693 5 0.1386 0.81918 0.000 0.032 0.000 0.016 0.952
#> SRR1358482 5 0.0324 0.82276 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR658331 3 0.1285 0.85946 0.036 0.000 0.956 0.004 0.004
#> SRR810619 2 0.0510 0.93212 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR600829 1 0.2719 0.71414 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> SRR599380 1 0.1197 0.76884 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1337388 2 0.3209 0.78397 0.008 0.812 0.000 0.180 0.000
#> SRR2185195 1 0.2471 0.71282 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1489693 3 0.2645 0.82687 0.008 0.000 0.884 0.012 0.096
#> SRR1318662 2 0.0963 0.92675 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1408657 1 0.3143 0.63064 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1384805 2 0.1121 0.92883 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR661337 1 0.0703 0.77404 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR601239 1 0.1608 0.75681 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1468995 3 0.0162 0.87733 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1352111 1 0.1410 0.76476 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1330944 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1419453 3 0.0609 0.87627 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1437208 2 0.0162 0.93355 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1444914 1 0.3366 0.59274 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR660756 2 0.0609 0.93327 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1093269 2 0.0703 0.93015 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1341456 3 0.0898 0.87201 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR657456 3 0.0865 0.87499 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR807727 2 0.1121 0.93000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR816358 1 0.1341 0.76713 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR658283 3 0.2536 0.81713 0.000 0.000 0.868 0.128 0.004
#> SRR813728 2 0.2818 0.86511 0.000 0.860 0.008 0.128 0.004
#> SRR1394520 1 0.1544 0.76047 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1308200 2 0.0162 0.93343 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1432366 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1087992 1 0.2930 0.69806 0.832 0.000 0.000 0.164 0.004
#> SRR1405593 1 0.3266 0.66739 0.796 0.000 0.000 0.200 0.004
#> SRR1326040 1 0.3550 0.63144 0.760 0.000 0.000 0.236 0.004
#> SRR1312725 1 0.2813 0.68445 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1478189 1 0.0162 0.77666 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1488632 5 0.3452 0.61282 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1398706 5 0.4847 0.62909 0.000 0.196 0.004 0.080 0.720
#> SRR1368794 2 0.3169 0.85591 0.000 0.856 0.000 0.060 0.084
#> SRR1392749 2 0.1043 0.93110 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR603968 5 0.3305 0.62926 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR815661 4 0.4452 0.33070 0.496 0.000 0.000 0.500 0.004
#> SRR663100 2 0.3949 0.57938 0.004 0.696 0.000 0.300 0.000
#> SRR661229 1 0.3305 0.60656 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR655792 1 0.0609 0.77695 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR663705 5 0.0566 0.82057 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR1464281 2 0.2233 0.89138 0.000 0.892 0.004 0.104 0.000
#> SRR1400397 2 0.1043 0.92948 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1331444 1 0.1732 0.75491 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1439958 2 0.1965 0.89551 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1384917 5 0.4802 0.07541 0.000 0.480 0.004 0.012 0.504
#> SRR1435182 2 0.0404 0.93327 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1477569 1 0.1608 0.75921 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR602461 1 0.0794 0.77377 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1334338 1 0.1608 0.75885 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1354710 1 0.2179 0.73514 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR613510 3 0.2625 0.81900 0.016 0.000 0.876 0.000 0.108
#> SRR663014 2 0.2329 0.87391 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1417960 4 0.4305 -0.08092 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1474730 3 0.4393 0.63457 0.192 0.000 0.752 0.052 0.004
#> SRR1381269 2 0.0404 0.93210 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR657695 5 0.0963 0.81822 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1357650 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.1478 0.91856 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1470816 5 0.4301 0.58930 0.000 0.260 0.000 0.028 0.712
#> SRR1458358 1 0.1478 0.76129 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR614683 1 0.1043 0.77205 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1318998 5 0.1671 0.78653 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1392795 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0404 0.77662 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1378243 5 0.5037 0.60030 0.000 0.048 0.000 0.336 0.616
#> SRR1360587 2 0.1043 0.92948 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR604230 1 0.3816 0.41394 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1347667 3 0.0566 0.87532 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR608096 3 0.5225 0.68854 0.100 0.000 0.684 0.212 0.004
#> SRR665514 1 0.2966 0.66094 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.87706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.1851 0.90523 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1429802 2 0.2561 0.84359 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1345436 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1433684 1 0.3333 0.65990 0.788 0.000 0.000 0.208 0.004
#> SRR613186 3 0.3636 0.63331 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1343795 2 0.1952 0.90100 0.000 0.912 0.004 0.084 0.000
#> SRR1417766 2 0.1608 0.90982 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1420606 2 0.6731 0.24508 0.000 0.500 0.304 0.180 0.016
#> SRR1326687 1 0.3074 0.64445 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1458973 3 0.0955 0.87406 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1309856 2 0.1892 0.90333 0.000 0.916 0.004 0.080 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0880 0.92729 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391789 3 0.6347 0.59042 0.104 0.024 0.580 0.288 0.004
#> SRR1402195 5 0.5414 0.40223 0.060 0.000 0.000 0.412 0.528
#> SRR1429516 4 0.5777 0.17957 0.088 0.444 0.000 0.468 0.000
#> SRR1406662 2 0.0404 0.93373 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1333414 2 0.0963 0.92597 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1369030 2 0.2681 0.87790 0.000 0.876 0.004 0.108 0.012
#> SRR1342916 1 0.3395 0.58324 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1362824 2 0.1965 0.89551 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1455326 1 0.2377 0.71849 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1349956 1 0.2929 0.66894 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1409487 4 0.4294 0.40877 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1434568 2 0.1608 0.91602 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1341965 2 0.1043 0.92948 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1473505 2 0.3366 0.71760 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1402068 5 0.2813 0.79749 0.000 0.004 0.048 0.064 0.884
#> SRR1490076 2 0.0963 0.92745 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1435501 1 0.0290 0.77635 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1452491 2 0.0290 0.93339 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1397329 3 0.3160 0.80883 0.072 0.000 0.872 0.024 0.032
#> SRR1093243 2 0.3561 0.68083 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1418390 2 0.3236 0.83492 0.000 0.828 0.020 0.152 0.000
#> SRR608480 1 0.1965 0.74267 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR598589 1 0.4256 -0.11167 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR601868 1 0.1121 0.77066 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR607313 1 0.2127 0.73445 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR812222 2 0.1197 0.92317 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR815893 2 0.1043 0.92948 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1455503 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR810737 2 0.1270 0.92497 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1347500 1 0.3895 0.36677 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1443182 2 0.0880 0.93139 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1457872 2 0.0880 0.93139 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR658481 2 0.4473 0.46897 0.020 0.656 0.000 0.324 0.000
#> SRR1406243 1 0.0963 0.77105 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1332607 3 0.4118 0.68394 0.000 0.000 0.660 0.336 0.004
#> SRR656433 1 0.1851 0.75083 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.1544 0.91280 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1338363 3 0.3239 0.79934 0.012 0.000 0.828 0.156 0.004
#> SRR1344271 2 0.2488 0.87610 0.000 0.872 0.004 0.124 0.000
#> SRR1321608 2 0.1908 0.89890 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1441464 2 0.0609 0.93087 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR607970 1 0.0609 0.77572 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1338171 5 0.5411 0.65390 0.000 0.124 0.092 0.056 0.728
#> SRR604174 1 0.4302 0.50754 0.720 0.000 0.000 0.032 0.248
#> SRR1345221 1 0.4219 -0.00747 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR815517 5 0.3074 0.66609 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR615970 3 0.0510 0.87655 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1370659 1 0.3452 0.55957 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1383125 1 0.0609 0.77447 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1331013 2 0.0703 0.93125 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1419638 1 0.5847 0.42089 0.624 0.000 0.172 0.200 0.004
#> SRR1434975 3 0.1739 0.86381 0.004 0.000 0.940 0.024 0.032
#> SRR1445741 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.3300 0.66360 0.792 0.000 0.000 0.204 0.004
#> SRR604206 1 0.4138 0.14035 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1358779 3 0.5790 0.43023 0.296 0.000 0.604 0.088 0.012
#> SRR1473142 2 0.1478 0.91956 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1410334 5 0.0290 0.82100 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1352234 2 0.1732 0.90781 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1487807 2 0.0794 0.93211 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1489715 2 0.3828 0.80514 0.000 0.808 0.072 0.120 0.000
#> SRR1364780 3 0.0609 0.87606 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1460124 1 0.2929 0.66901 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR813915 2 0.0880 0.93139 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1409748 2 0.1043 0.92948 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1325504 1 0.2020 0.74293 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1436490 2 0.1818 0.91280 0.000 0.932 0.000 0.024 0.044
#> SRR1316725 5 0.1026 0.82227 0.000 0.004 0.004 0.024 0.968
#> SRR1314851 2 0.0794 0.93211 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1354599 1 0.3177 0.63040 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1406599 1 0.4941 0.56032 0.708 0.000 0.080 0.208 0.004
#> SRR1308696 3 0.0162 0.87679 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR808772 1 0.3210 0.61840 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR812649 2 0.0963 0.92628 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1366690 5 0.4304 -0.11989 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1317707 2 0.0162 0.93309 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339321 2 0.0290 0.93365 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1442487 2 0.2338 0.88212 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1069690 5 0.2482 0.78546 0.000 0.084 0.000 0.024 0.892
#> SRR1319344 5 0.0671 0.82131 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1332835 2 0.1965 0.89551 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1334694 2 0.0510 0.93132 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1478434 2 0.1121 0.92828 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1479933 5 0.0451 0.82153 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1313853 2 0.2020 0.89385 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.77648 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.3012 0.85454 0.000 0.852 0.024 0.124 0.000
#> SRR814587 2 0.1043 0.92948 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR656899 4 0.4811 0.44702 0.452 0.000 0.000 0.528 0.020
#> SRR1088340 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1349772 1 0.2852 0.67458 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1317305 1 0.3266 0.66731 0.796 0.000 0.000 0.200 0.004
#> SRR1442273 2 0.0290 0.93339 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1407470 2 0.0290 0.93260 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1490289 5 0.4193 0.52763 0.000 0.304 0.000 0.012 0.684
#> SRR1093649 5 0.0693 0.82161 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1478900 1 0.4779 0.57463 0.716 0.000 0.084 0.200 0.000
#> SRR1447652 1 0.0162 0.77681 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1324545 2 0.0290 0.93383 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2170537 1 0.2813 0.68593 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR602106 1 0.1121 0.77066 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR615335 1 0.3430 0.64844 0.776 0.000 0.000 0.220 0.004
#> SRR1321505 1 0.1544 0.76047 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1457768 3 0.3774 0.72188 0.008 0.000 0.780 0.012 0.200
#> SRR1340641 4 0.5984 0.47676 0.208 0.204 0.000 0.588 0.000
#> SRR657903 1 0.2124 0.74900 0.900 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1403458 1 0.4101 0.20793 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1460073 1 0.4403 -0.12400 0.560 0.000 0.000 0.436 0.004
#> SRR1441850 2 0.0963 0.93092 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR613759 1 0.2690 0.67872 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1472281 2 0.0703 0.93277 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1440445 3 0.1893 0.85993 0.028 0.000 0.936 0.024 0.012
#> SRR1088734 2 0.0703 0.93280 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1455607 2 0.1121 0.92828 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1077528 2 0.1121 0.92888 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1364695 3 0.3695 0.69137 0.164 0.000 0.800 0.036 0.000
#> SRR1348226 1 0.3300 0.66360 0.792 0.000 0.000 0.204 0.004
#> SRR1313560 4 0.5904 0.52339 0.360 0.000 0.000 0.528 0.112
#> SRR1092889 5 0.0671 0.82264 0.000 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1352213 1 0.2377 0.72651 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2185233 1 0.3177 0.62490 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1353970 1 0.1341 0.76429 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR662641 2 0.0404 0.93204 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR817825 5 0.0290 0.82100 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR660366 1 0.1341 0.76420 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR655423 1 0.2424 0.71566 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR821183 5 0.0880 0.81973 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1323512 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 2 0.1608 0.91613 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1351583 3 0.0880 0.87339 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1437454 2 0.1270 0.92497 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1318484 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1322395 1 0.1043 0.77068 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1378131 2 0.0992 0.93114 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1325464 1 0.1043 0.77068 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1340280 5 0.0324 0.82170 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1455842 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.87706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.3480 0.55157 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR662763 5 0.4342 0.62279 0.000 0.000 0.232 0.040 0.728
#> SRR661120 1 0.2329 0.73010 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR601613 1 0.2074 0.74123 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR811535 1 0.2471 0.71649 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR820316 1 0.3210 0.61909 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0510 0.77704 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1365700 2 0.1544 0.91306 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR604122 1 0.5165 -0.31845 0.512 0.000 0.000 0.448 0.040
#> SRR598509 3 0.1195 0.86787 0.000 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR1397052 4 0.4632 0.45288 0.448 0.000 0.000 0.540 0.012
#> SRR1339921 1 0.3398 0.65263 0.780 0.000 0.000 0.216 0.004
#> SRR664743 2 0.1908 0.89731 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1339199 2 0.0510 0.93132 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1355660 1 0.1121 0.77107 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1481012 1 0.3274 0.60487 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR603449 1 0.1121 0.76996 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1400889 1 0.2648 0.69625 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR808808 1 0.5762 0.43742 0.632 0.000 0.152 0.212 0.004
#> SRR656288 1 0.0162 0.77666 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405886 3 0.6821 0.16132 0.368 0.000 0.392 0.236 0.004
#> SRR1487233 5 0.0324 0.82316 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR662043 1 0.0703 0.77519 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1381211 2 0.2935 0.86249 0.000 0.860 0.016 0.120 0.004
#> SRR1379365 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.1270 0.91973 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1430357 2 0.1197 0.92733 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2164847 1 0.2020 0.76587 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR807901 1 0.4307 -0.36409 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR816064 1 0.1270 0.76563 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR810507 1 0.0510 0.77758 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1358582 1 0.0290 0.77635 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1349893 1 0.2179 0.73845 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1444722 3 0.3684 0.62186 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1316483 1 0.3491 0.64059 0.768 0.000 0.000 0.228 0.004
#> SRR662749 1 0.2813 0.68339 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1342701 5 0.4229 0.57381 0.000 0.000 0.276 0.020 0.704
#> SRR1343653 2 0.0703 0.93277 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654940 5 0.4382 0.52180 0.000 0.276 0.004 0.020 0.700
#> SRR1098288 2 0.1571 0.91487 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR1326343 4 0.5646 0.50521 0.400 0.000 0.000 0.520 0.080
#> SRR811145 1 0.0510 0.77520 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR615359 5 0.1800 0.79292 0.048 0.000 0.000 0.020 0.932
#> SRR1075997 2 0.1197 0.92550 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1090483 2 0.1043 0.92948 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1388698 1 0.3109 0.66981 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1312482 2 0.2488 0.87610 0.000 0.872 0.004 0.124 0.000
#> SRR1430420 3 0.0771 0.87272 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1387475 2 0.1270 0.92785 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1388419 2 0.2445 0.88269 0.000 0.884 0.004 0.108 0.004
#> SRR1442250 5 0.0579 0.82185 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1430679 2 0.0404 0.93295 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1311109 2 0.5026 0.27437 0.040 0.588 0.000 0.372 0.000
#> SRR1478990 4 0.5320 0.20898 0.052 0.424 0.000 0.524 0.000
#> SRR1392434 2 0.0404 0.93373 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1085925 1 0.3242 0.62063 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR820655 1 0.0794 0.77456 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1383937 2 0.1121 0.92659 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1315393 2 0.6150 0.53582 0.000 0.628 0.220 0.120 0.032
#> SRR1094506 3 0.0000 0.87706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.1608 0.90974 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1330153 5 0.5443 0.34796 0.060 0.000 0.000 0.436 0.504
#> SRR1451778 5 0.5283 0.32898 0.048 0.000 0.000 0.444 0.508
#> SRR657089 1 0.2929 0.68713 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1395659 5 0.1270 0.81083 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1385716 1 0.3912 0.64034 0.768 0.000 0.020 0.208 0.004
#> SRR1466109 1 0.0000 0.77648 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0324 0.87634 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1441725 1 0.1121 0.77248 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1485078 5 0.1591 0.81002 0.000 0.052 0.004 0.004 0.940
#> SRR661806 1 0.0865 0.77574 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1334919 1 0.4165 0.62808 0.756 0.000 0.032 0.208 0.004
#> SRR599249 1 0.1571 0.76146 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR810051 2 0.0794 0.93259 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1407202 1 0.3196 0.62750 0.804 0.000 0.000 0.004 0.192
#> SRR1434399 4 0.4446 0.39205 0.476 0.000 0.000 0.520 0.004
#> SRR1330965 3 0.0162 0.87717 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1369536 1 0.0404 0.77649 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1382508 3 0.6480 0.28114 0.340 0.000 0.484 0.172 0.004
#> SRR1405028 1 0.3732 0.61568 0.792 0.000 0.000 0.032 0.176
#> SRR612719 1 0.2813 0.69690 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1340617 2 0.1851 0.90514 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1448183 1 0.0566 0.77632 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1362488 2 0.0162 0.93312 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1361156 2 0.1121 0.92828 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1454374 1 0.1121 0.76996 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR811891 5 0.0609 0.81707 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1477837 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR607252 1 0.4242 -0.06562 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1418946 1 0.4215 0.64439 0.772 0.000 0.052 0.172 0.004
#> SRR1456567 2 0.0880 0.93139 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1487425 2 0.0162 0.93355 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335627 5 0.0451 0.82350 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1327680 3 0.0609 0.87606 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1478812 3 0.3012 0.79828 0.000 0.024 0.852 0.124 0.000
#> SRR1447673 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR815735 1 0.3300 0.66406 0.792 0.000 0.000 0.204 0.004
#> SRR1404251 2 0.1341 0.92207 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR601645 1 0.2179 0.73473 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR656300 2 0.0609 0.93211 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR659983 1 0.4182 0.07140 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1402414 5 0.1121 0.81562 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR614215 4 0.6632 0.45768 0.380 0.000 0.000 0.400 0.220
#> SRR659283 1 0.3752 0.44928 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR1459956 2 0.2286 0.88525 0.000 0.888 0.004 0.108 0.000
#> SRR1340441 3 0.0162 0.87679 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1317428 1 0.3003 0.65459 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1403390 3 0.1121 0.87234 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1452741 1 0.3521 0.63593 0.764 0.000 0.000 0.232 0.004
#> SRR1458484 2 0.4720 0.62422 0.124 0.736 0.000 0.140 0.000
#> SRR1387091 2 0.1478 0.91975 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1358017 3 0.1430 0.85959 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1457039 2 0.0963 0.93054 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1376539 3 0.0162 0.87717 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1430639 1 0.2230 0.72823 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1406069 2 0.1197 0.92671 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1419829 5 0.0324 0.82276 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1434315 1 0.1851 0.75034 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR658457 4 0.5456 0.43575 0.456 0.000 0.000 0.484 0.060
#> SRR1367849 2 0.1043 0.92948 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1320939 1 0.1671 0.75712 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR656588 1 0.2230 0.73265 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR599025 1 0.2074 0.74063 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1401446 3 0.0671 0.87755 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1398311 5 0.3508 0.59802 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1442149 4 0.5068 0.30375 0.044 0.364 0.000 0.592 0.000
#> SRR809137 1 0.0510 0.77624 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1414982 2 0.1908 0.90164 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR600852 1 0.1270 0.76822 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1414857 2 0.0880 0.93139 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1321225 3 0.2783 0.83072 0.012 0.000 0.868 0.116 0.004
#> SRR1069802 1 0.0162 0.77681 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1077643 5 0.0955 0.81916 0.004 0.000 0.000 0.028 0.968
#> SRR1334154 2 0.1410 0.92284 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1390072 2 0.0162 0.93343 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467612 2 0.1952 0.90168 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1430133 2 0.5083 0.64272 0.000 0.696 0.184 0.120 0.000
#> SRR1468595 1 0.0963 0.77225 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1351931 3 0.0404 0.87705 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1374028 5 0.5002 0.65076 0.000 0.160 0.000 0.132 0.708
#> SRR1311243 1 0.1732 0.75634 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1385235 1 0.0404 0.77616 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1469638 1 0.2763 0.71139 0.848 0.000 0.000 0.148 0.004
#> SRR662150 1 0.4088 0.20730 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1400290 1 0.5947 0.06842 0.484 0.000 0.420 0.092 0.004
#> SRR1084892 2 0.2753 0.86070 0.000 0.856 0.008 0.136 0.000
#> SRR1416166 1 0.3875 0.67019 0.804 0.000 0.000 0.124 0.072
#> SRR1477015 1 0.3003 0.68305 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1380501 2 0.2470 0.88426 0.000 0.884 0.012 0.104 0.000
#> SRR1446156 2 0.0794 0.93211 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1488328 2 0.1608 0.91335 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1086889 2 0.1608 0.91275 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR814611 1 0.2516 0.72035 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR599086 1 0.1043 0.77188 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1086844 1 0.0404 0.77664 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1464535 2 0.1386 0.91610 0.032 0.952 0.000 0.016 0.000
#> SRR807877 2 0.0162 0.93343 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477033 1 0.0162 0.77666 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335164 2 0.0609 0.93176 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR601986 1 0.3901 0.64976 0.776 0.000 0.024 0.196 0.004
#> SRR1446226 1 0.0963 0.77225 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR659637 1 0.4552 0.57830 0.716 0.000 0.040 0.240 0.004
#> SRR600474 1 0.0162 0.77662 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1307699 1 0.0290 0.77683 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1312540 1 0.3461 0.64441 0.772 0.000 0.000 0.224 0.004
#> SRR1323628 1 0.4235 -0.04947 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1430951 3 0.0794 0.87082 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1385364 2 0.3309 0.83892 0.000 0.836 0.036 0.128 0.000
#> SRR1478149 3 0.0771 0.87714 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1384413 2 0.1121 0.92828 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1366855 2 0.1908 0.89959 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1077115 2 0.1043 0.92948 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1399990 1 0.4860 0.55797 0.704 0.000 0.064 0.228 0.004
#> SRR1434093 1 0.5098 0.50265 0.696 0.000 0.208 0.092 0.004
#> SRR1341408 2 0.0609 0.93320 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR612335 4 0.6685 0.44921 0.376 0.000 0.000 0.388 0.236
#> SRR1321420 1 0.2852 0.67686 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1329177 1 0.1608 0.76064 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1398371 2 0.0794 0.93211 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR614996 1 0.3300 0.66360 0.792 0.000 0.000 0.204 0.004
#> SRR1431602 2 0.0000 0.93324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311509 5 0.4392 0.53715 0.008 0.000 0.000 0.380 0.612
#> SRR1507229 3 0.0000 0.87706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0404 0.87745 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1408072 2 0.1043 0.92948 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1469591 1 0.3647 0.63593 0.764 0.000 0.004 0.228 0.004
#> SRR1392813 2 0.2660 0.86759 0.000 0.864 0.008 0.128 0.000
#> SRR1453026 2 0.2497 0.88031 0.000 0.880 0.004 0.112 0.004
#> SRR1388105 2 0.0880 0.93139 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1357558 1 0.2648 0.70086 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR615898 3 0.0162 0.87679 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0790 0.70349 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1468613 1 0.1082 0.70047 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR815184 4 0.5688 -0.31836 0.000 0.396 0.004 0.484 0.108 0.008
#> SRR1381693 1 0.1411 0.69561 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1467904 3 0.5369 0.25090 0.012 0.056 0.508 0.000 0.416 0.008
#> SRR1442648 4 0.0458 0.76787 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.4483 0.40469 0.000 0.548 0.016 0.428 0.004 0.004
#> SRR1349433 4 0.1049 0.77135 0.000 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR1321283 3 0.0653 0.78504 0.000 0.012 0.980 0.000 0.004 0.004
#> SRR1387702 1 0.3862 -0.31051 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1435584 4 0.1075 0.76313 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.1010 0.70121 0.960 0.004 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1366367 4 0.1858 0.75925 0.000 0.004 0.000 0.904 0.000 0.092
#> SRR1458026 4 0.3586 0.67231 0.000 0.028 0.000 0.756 0.000 0.216
#> SRR1094192 4 0.1957 0.75482 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1397180 4 0.0692 0.77142 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR657492 1 0.2257 0.66416 0.876 0.008 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR662665 1 0.3039 0.66738 0.848 0.060 0.004 0.000 0.000 0.088
#> SRR818530 5 0.0146 0.79721 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR817563 4 0.0717 0.77214 0.000 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> SRR613462 1 0.6334 0.20603 0.500 0.108 0.324 0.000 0.000 0.068
#> SRR1405206 5 0.1434 0.79139 0.000 0.020 0.000 0.024 0.948 0.008
#> SRR1454136 4 0.0603 0.76966 0.000 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1380785 3 0.3950 0.27846 0.000 0.432 0.564 0.000 0.000 0.004
#> SRR612875 1 0.2058 0.69573 0.908 0.056 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR808327 4 0.3601 0.46040 0.000 0.312 0.004 0.684 0.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.4279 0.28194 0.000 0.436 0.548 0.000 0.012 0.004
#> SRR1408227 4 0.2003 0.73240 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1086304 5 0.0291 0.79713 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1080415 1 0.1176 0.70668 0.956 0.024 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1086140 5 0.5212 0.56214 0.000 0.300 0.016 0.000 0.604 0.080
#> SRR1084965 1 0.4757 0.53183 0.676 0.180 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1310563 5 0.1285 0.78146 0.000 0.004 0.052 0.000 0.944 0.000
#> SRR602437 1 0.1493 0.69793 0.936 0.004 0.004 0.000 0.000 0.056
#> SRR663404 1 0.2520 0.63628 0.844 0.004 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1337238 1 0.2668 0.61928 0.828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1360442 6 0.4389 0.45533 0.468 0.004 0.000 0.000 0.016 0.512
#> SRR1356487 2 0.6628 0.27601 0.000 0.448 0.048 0.160 0.340 0.004
#> SRR1479263 4 0.3482 0.46799 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.2668 0.62002 0.828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1442686 1 0.3404 0.55920 0.760 0.016 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1345736 1 0.3013 0.66295 0.844 0.088 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1345827 4 0.2871 0.65464 0.000 0.192 0.004 0.804 0.000 0.000
#> SRR1367456 5 0.0458 0.79796 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1072650 1 0.2300 0.64137 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1446393 5 0.4646 0.65517 0.000 0.216 0.008 0.000 0.692 0.084
#> SRR1087197 1 0.7332 -0.04676 0.380 0.176 0.300 0.000 0.000 0.144
#> SRR1383960 1 0.4489 0.61393 0.756 0.128 0.052 0.000 0.000 0.064
#> SRR600924 1 0.1794 0.69803 0.924 0.040 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR662390 1 0.2609 0.67939 0.868 0.096 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1071692 1 0.1168 0.70477 0.956 0.016 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR658421 1 0.2805 0.59864 0.812 0.004 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1352936 3 0.4148 0.67076 0.012 0.184 0.748 0.000 0.000 0.056
#> SRR598148 5 0.2058 0.76899 0.016 0.056 0.004 0.000 0.916 0.008
#> SRR1444390 4 0.2039 0.76200 0.000 0.020 0.000 0.904 0.000 0.076
#> SRR1444644 3 0.0508 0.78620 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389777 1 0.6049 -0.28702 0.456 0.004 0.000 0.000 0.300 0.240
#> SRR603918 5 0.3376 0.69567 0.000 0.016 0.000 0.000 0.764 0.220
#> SRR1468682 4 0.1049 0.76990 0.000 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR1490505 4 0.1668 0.75251 0.000 0.060 0.000 0.928 0.008 0.004
#> SRR1343859 5 0.0405 0.79764 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1075631 4 0.2257 0.74958 0.000 0.008 0.000 0.876 0.000 0.116
#> SRR1444954 5 0.5165 0.44531 0.000 0.380 0.036 0.000 0.552 0.032
#> SRR1479286 4 0.2821 0.72876 0.000 0.016 0.000 0.832 0.000 0.152
#> SRR1381524 3 0.6676 0.34737 0.264 0.108 0.504 0.000 0.000 0.124
#> SRR1392208 4 0.0891 0.77249 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> SRR1456693 5 0.2022 0.76450 0.000 0.024 0.000 0.052 0.916 0.008
#> SRR1358482 5 0.0891 0.79677 0.000 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> SRR658331 3 0.2856 0.73099 0.076 0.068 0.856 0.000 0.000 0.000
#> SRR810619 4 0.3198 0.57334 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.2826 0.66818 0.856 0.052 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR599380 1 0.1387 0.68924 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1337388 4 0.3821 0.65685 0.000 0.040 0.000 0.740 0.000 0.220
#> SRR2185195 1 0.2882 0.60022 0.812 0.008 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1489693 3 0.4500 0.69313 0.024 0.088 0.772 0.000 0.096 0.020
#> SRR1318662 4 0.2178 0.71860 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.3081 0.54897 0.776 0.004 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1384805 4 0.3409 0.69455 0.000 0.028 0.000 0.780 0.000 0.192
#> SRR661337 1 0.1367 0.70144 0.944 0.012 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR601239 1 0.1863 0.67147 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1468995 3 0.0603 0.78653 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1352111 1 0.1913 0.69664 0.908 0.012 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1330944 4 0.2163 0.75596 0.000 0.016 0.000 0.892 0.000 0.092
#> SRR1419453 3 0.1398 0.77846 0.000 0.052 0.940 0.000 0.000 0.008
#> SRR1437208 4 0.0146 0.76928 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.2948 0.59585 0.804 0.008 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR660756 4 0.1075 0.76585 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1093269 4 0.1007 0.76389 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0777 0.78590 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR657456 3 0.0937 0.78347 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.3293 0.72301 0.000 0.048 0.000 0.812 0.000 0.140
#> SRR816358 1 0.3558 0.63919 0.800 0.112 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR658283 2 0.4161 -0.07825 0.012 0.540 0.448 0.000 0.000 0.000
#> SRR813728 4 0.4428 -0.17088 0.000 0.440 0.004 0.540 0.008 0.008
#> SRR1394520 1 0.2145 0.68677 0.900 0.028 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1308200 4 0.1444 0.75469 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.2911 0.72938 0.000 0.024 0.000 0.832 0.000 0.144
#> SRR1087992 1 0.3947 0.60582 0.764 0.100 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1405593 1 0.4095 0.59406 0.748 0.100 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1326040 1 0.4638 0.56223 0.704 0.148 0.004 0.000 0.000 0.144
#> SRR1312725 1 0.2948 0.61060 0.804 0.008 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1478189 1 0.0692 0.70447 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1488632 5 0.3163 0.50302 0.000 0.000 0.000 0.232 0.764 0.004
#> SRR1398706 5 0.3645 0.61642 0.000 0.052 0.000 0.144 0.796 0.008
#> SRR1368794 4 0.6046 -0.33547 0.000 0.368 0.008 0.468 0.148 0.008
#> SRR1392749 4 0.2218 0.75780 0.000 0.012 0.000 0.884 0.000 0.104
#> SRR603968 5 0.2902 0.63577 0.000 0.004 0.196 0.000 0.800 0.000
#> SRR815661 6 0.4199 0.49972 0.444 0.008 0.000 0.000 0.004 0.544
#> SRR663100 4 0.4460 0.54191 0.000 0.052 0.000 0.644 0.000 0.304
#> SRR661229 1 0.2882 0.60892 0.812 0.008 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR655792 1 0.0972 0.70415 0.964 0.008 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR663705 5 0.0291 0.79752 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1464281 4 0.3329 0.59936 0.000 0.236 0.000 0.756 0.004 0.004
#> SRR1400397 4 0.3139 0.72015 0.000 0.028 0.000 0.812 0.000 0.160
#> SRR1331444 1 0.1765 0.67841 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1439958 4 0.3309 0.52769 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1384917 5 0.5234 0.15668 0.000 0.052 0.004 0.376 0.552 0.016
#> SRR1435182 4 0.1957 0.73606 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.2145 0.68728 0.900 0.028 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR602461 1 0.1297 0.70058 0.948 0.012 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1334338 1 0.1983 0.68989 0.908 0.020 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1354710 1 0.2212 0.66897 0.880 0.008 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR613510 3 0.4404 0.56863 0.036 0.012 0.680 0.000 0.272 0.000
#> SRR663014 4 0.5472 0.31888 0.000 0.076 0.000 0.600 0.036 0.288
#> SRR1417960 6 0.4904 -0.15100 0.016 0.028 0.004 0.388 0.000 0.564
#> SRR1474730 3 0.4830 0.54890 0.204 0.048 0.700 0.000 0.000 0.048
#> SRR1381269 4 0.1267 0.75912 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR657695 5 0.0508 0.79755 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1357650 4 0.0632 0.76653 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1472237 4 0.2520 0.70650 0.000 0.152 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR1470816 5 0.4407 0.36761 0.000 0.052 0.000 0.264 0.680 0.004
#> SRR1458358 1 0.1471 0.69833 0.932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR614683 1 0.1480 0.70020 0.940 0.020 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1318998 5 0.0291 0.79675 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1392795 4 0.0547 0.76746 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0820 0.70542 0.972 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1378243 5 0.5084 0.53991 0.000 0.012 0.000 0.060 0.568 0.360
#> SRR1360587 4 0.3210 0.71225 0.000 0.028 0.000 0.804 0.000 0.168
#> SRR604230 1 0.3841 0.12871 0.616 0.004 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1347667 3 0.0909 0.78469 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012 0.000
#> SRR608096 2 0.5805 -0.02294 0.068 0.524 0.364 0.000 0.004 0.040
#> SRR665514 1 0.2805 0.59860 0.812 0.004 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1454522 3 0.0713 0.78387 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.4228 0.62263 0.000 0.064 0.000 0.708 0.000 0.228
#> SRR1429802 4 0.3671 0.67555 0.000 0.036 0.000 0.756 0.000 0.208
#> SRR1345436 4 0.3345 0.69241 0.000 0.020 0.000 0.776 0.000 0.204
#> SRR1433684 1 0.3914 0.61496 0.768 0.104 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR613186 3 0.3619 0.55485 0.000 0.004 0.680 0.000 0.316 0.000
#> SRR1343795 4 0.4062 0.03828 0.000 0.440 0.008 0.552 0.000 0.000
#> SRR1417766 4 0.3076 0.59691 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1420606 4 0.7657 -0.48545 0.000 0.268 0.256 0.348 0.116 0.012
#> SRR1326687 1 0.3109 0.55451 0.772 0.004 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1458973 3 0.1204 0.77813 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 4 0.4080 -0.04969 0.000 0.456 0.008 0.536 0.000 0.000
#> SRR1102756 4 0.0363 0.76812 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1366519 4 0.2135 0.72075 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.0458 0.76787 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.4509 0.18895 0.016 0.636 0.328 0.016 0.000 0.004
#> SRR1402195 6 0.5733 -0.09908 0.120 0.012 0.000 0.000 0.388 0.480
#> SRR1429516 6 0.5889 -0.15889 0.040 0.084 0.000 0.392 0.000 0.484
#> SRR1406662 4 0.1461 0.76782 0.000 0.000 0.000 0.940 0.044 0.016
#> SRR1333414 4 0.1958 0.73375 0.000 0.100 0.000 0.896 0.000 0.004
#> SRR1369030 4 0.5166 -0.06819 0.000 0.384 0.000 0.524 0.092 0.000
#> SRR1342916 1 0.2994 0.56955 0.788 0.004 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1362824 4 0.3905 0.24672 0.000 0.356 0.000 0.636 0.004 0.004
#> SRR1455326 1 0.2597 0.61390 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1349956 1 0.2703 0.61777 0.824 0.004 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1409487 1 0.4806 -0.36389 0.488 0.052 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1434568 4 0.3619 0.66194 0.000 0.024 0.000 0.744 0.000 0.232
#> SRR1341965 4 0.3245 0.71001 0.000 0.028 0.000 0.800 0.000 0.172
#> SRR1473505 4 0.3969 0.33281 0.000 0.008 0.000 0.644 0.344 0.004
#> SRR1402068 5 0.5484 0.43879 0.000 0.372 0.024 0.000 0.532 0.072
#> SRR1490076 4 0.2260 0.71280 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.1549 0.70485 0.936 0.020 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1452491 4 0.1714 0.74668 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.4207 0.71675 0.044 0.080 0.804 0.000 0.040 0.032
#> SRR1093243 4 0.4024 0.61700 0.000 0.036 0.000 0.700 0.000 0.264
#> SRR1418390 2 0.4512 0.34655 0.000 0.540 0.012 0.436 0.004 0.008
#> SRR608480 1 0.2003 0.66484 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR598589 6 0.4217 0.45428 0.464 0.008 0.000 0.000 0.004 0.524
#> SRR601868 1 0.2956 0.66542 0.848 0.064 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR607313 1 0.2340 0.63892 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR812222 4 0.2941 0.63315 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.2932 0.72278 0.000 0.016 0.000 0.820 0.000 0.164
#> SRR1455503 4 0.2020 0.75690 0.000 0.008 0.000 0.896 0.000 0.096
#> SRR810737 4 0.3134 0.71504 0.000 0.024 0.000 0.808 0.000 0.168
#> SRR1347500 1 0.3636 0.35052 0.676 0.004 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1443182 4 0.1219 0.76895 0.000 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR1457872 4 0.0458 0.77091 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR658481 4 0.4611 0.54124 0.020 0.036 0.000 0.664 0.000 0.280
#> SRR1406243 1 0.1075 0.69691 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1332607 3 0.6543 0.33506 0.064 0.344 0.456 0.000 0.000 0.136
#> SRR656433 1 0.2118 0.67433 0.888 0.008 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1420811 4 0.0790 0.76697 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1308674 4 0.2871 0.65801 0.000 0.192 0.004 0.804 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.4322 0.68731 0.036 0.116 0.768 0.000 0.000 0.080
#> SRR1344271 4 0.3565 0.53241 0.000 0.276 0.004 0.716 0.000 0.004
#> SRR1321608 4 0.3668 0.42966 0.000 0.328 0.000 0.668 0.004 0.000
#> SRR1441464 4 0.1501 0.75067 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.1644 0.69933 0.932 0.028 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1338171 5 0.3722 0.70136 0.000 0.080 0.048 0.044 0.824 0.004
#> SRR604174 5 0.6459 -0.19625 0.360 0.024 0.000 0.000 0.396 0.220
#> SRR1345221 1 0.3996 -0.35618 0.512 0.004 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR815517 5 0.1349 0.77533 0.000 0.004 0.056 0.000 0.940 0.000
#> SRR615970 3 0.0632 0.78440 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.3409 0.38645 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1383125 1 0.0632 0.70316 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1331013 4 0.1788 0.75298 0.004 0.076 0.000 0.916 0.000 0.004
#> SRR1419638 1 0.7140 0.24873 0.460 0.204 0.184 0.000 0.000 0.152
#> SRR1434975 3 0.4181 0.70067 0.012 0.132 0.780 0.000 0.060 0.016
#> SRR1445741 4 0.0146 0.76928 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.4393 0.57334 0.720 0.140 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR604206 1 0.3984 -0.00389 0.596 0.008 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1358779 3 0.5773 0.50392 0.200 0.132 0.624 0.000 0.004 0.040
#> SRR1473142 4 0.3168 0.70355 0.000 0.016 0.000 0.792 0.000 0.192
#> SRR1410334 5 0.0405 0.79754 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1352234 4 0.3245 0.71256 0.000 0.028 0.000 0.800 0.000 0.172
#> SRR1487807 4 0.0547 0.77095 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1489715 4 0.4471 -0.31299 0.000 0.472 0.028 0.500 0.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.1957 0.74916 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.2738 0.60932 0.820 0.004 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR813915 4 0.0713 0.77082 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1409748 4 0.3189 0.70710 0.000 0.020 0.000 0.796 0.000 0.184
#> SRR1325504 1 0.1957 0.66599 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1436490 4 0.4085 0.56891 0.000 0.096 0.000 0.748 0.156 0.000
#> SRR1316725 5 0.2095 0.78145 0.000 0.076 0.004 0.000 0.904 0.016
#> SRR1314851 4 0.1141 0.76859 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1354599 1 0.2902 0.59041 0.800 0.004 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1406599 1 0.5606 0.44337 0.616 0.252 0.068 0.000 0.000 0.064
#> SRR1308696 3 0.0405 0.78565 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR808772 1 0.3023 0.55832 0.784 0.004 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR812649 4 0.1082 0.76310 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR1366690 5 0.3584 0.31929 0.308 0.000 0.000 0.000 0.688 0.004
#> SRR1317707 4 0.1007 0.76304 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1339321 4 0.0692 0.77142 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1442487 4 0.3426 0.50737 0.000 0.276 0.004 0.720 0.000 0.000
#> SRR1069690 5 0.3035 0.73779 0.000 0.024 0.000 0.076 0.860 0.040
#> SRR1319344 5 0.1584 0.78466 0.000 0.008 0.000 0.000 0.928 0.064
#> SRR1332835 4 0.3774 0.16018 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1334694 4 0.2562 0.68303 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.2877 0.72298 0.000 0.012 0.000 0.820 0.000 0.168
#> SRR1479933 5 0.1863 0.78611 0.000 0.060 0.004 0.000 0.920 0.016
#> SRR1313853 4 0.3807 0.32400 0.000 0.368 0.004 0.628 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.1074 0.70517 0.960 0.012 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1384827 4 0.3483 0.55261 0.000 0.236 0.016 0.748 0.000 0.000
#> SRR814587 4 0.1141 0.77070 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR656899 6 0.4135 0.52693 0.404 0.004 0.000 0.000 0.008 0.584
#> SRR1088340 4 0.2911 0.72938 0.000 0.024 0.000 0.832 0.000 0.144
#> SRR1349772 1 0.3050 0.52763 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1317305 1 0.5554 0.44406 0.596 0.228 0.012 0.000 0.000 0.164
#> SRR1442273 4 0.0713 0.76784 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1407470 4 0.1610 0.74536 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1490289 5 0.4444 0.06797 0.000 0.000 0.000 0.436 0.536 0.028
#> SRR1093649 5 0.2776 0.76321 0.000 0.104 0.004 0.000 0.860 0.032
#> SRR1478900 1 0.7003 0.27299 0.472 0.236 0.128 0.000 0.000 0.164
#> SRR1447652 1 0.1341 0.70207 0.948 0.024 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1324545 4 0.2006 0.73691 0.000 0.004 0.000 0.892 0.104 0.000
#> SRR2170537 1 0.2703 0.61626 0.824 0.004 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR602106 1 0.3327 0.65093 0.820 0.092 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR615335 1 0.4752 0.53444 0.676 0.184 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1321505 1 0.2066 0.68828 0.904 0.024 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1457768 3 0.5103 0.65990 0.036 0.092 0.724 0.000 0.128 0.020
#> SRR1340641 6 0.4304 0.22873 0.076 0.004 0.000 0.196 0.000 0.724
#> SRR657903 1 0.4025 0.27428 0.668 0.004 0.000 0.000 0.016 0.312
#> SRR1403458 1 0.3595 0.40351 0.704 0.008 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1460073 6 0.3997 0.39341 0.488 0.000 0.000 0.000 0.004 0.508
#> SRR1441850 4 0.1858 0.76018 0.000 0.004 0.000 0.904 0.000 0.092
#> SRR613759 1 0.3816 0.38883 0.688 0.000 0.000 0.000 0.296 0.016
#> SRR1472281 4 0.0632 0.77097 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1440445 3 0.2946 0.75620 0.032 0.044 0.880 0.000 0.024 0.020
#> SRR1088734 4 0.0713 0.77082 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1455607 4 0.2744 0.73244 0.000 0.016 0.000 0.840 0.000 0.144
#> SRR1077528 4 0.3071 0.71351 0.000 0.016 0.000 0.804 0.000 0.180
#> SRR1364695 3 0.4407 0.65139 0.100 0.096 0.764 0.000 0.000 0.040
#> SRR1348226 1 0.4159 0.59257 0.744 0.116 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1313560 6 0.4630 0.52993 0.404 0.008 0.000 0.000 0.028 0.560
#> SRR1092889 5 0.0520 0.79828 0.000 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1352213 1 0.4809 0.51872 0.668 0.192 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2185233 1 0.2964 0.57075 0.792 0.004 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1353970 1 0.1349 0.69563 0.940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR662641 4 0.3151 0.58708 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR817825 5 0.0291 0.79727 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR660366 1 0.1910 0.67010 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR655423 1 0.2703 0.61140 0.824 0.004 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR821183 5 0.0603 0.79698 0.000 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000
#> SRR1323512 4 0.2048 0.72827 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.3555 0.69180 0.000 0.040 0.000 0.776 0.000 0.184
#> SRR1351583 3 0.1765 0.76076 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.2768 0.72953 0.000 0.012 0.000 0.832 0.000 0.156
#> SRR1318484 4 0.2122 0.76252 0.000 0.024 0.000 0.900 0.000 0.076
#> SRR1322395 1 0.1829 0.69369 0.920 0.024 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1378131 4 0.2046 0.76007 0.000 0.000 0.000 0.908 0.060 0.032
#> SRR1325464 1 0.2201 0.68903 0.900 0.052 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1340280 5 0.0405 0.79782 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1455842 4 0.2988 0.72464 0.000 0.024 0.000 0.824 0.000 0.152
#> SRR1352619 3 0.0713 0.78385 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.3189 0.52427 0.760 0.004 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR662763 5 0.6436 0.44620 0.000 0.288 0.112 0.000 0.516 0.084
#> SRR661120 1 0.5680 0.50121 0.644 0.148 0.060 0.000 0.000 0.148
#> SRR601613 1 0.2733 0.67583 0.864 0.056 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR811535 1 0.2489 0.65896 0.860 0.012 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR820316 1 0.2964 0.57164 0.792 0.004 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1368616 4 0.0547 0.76746 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.2121 0.66415 0.892 0.012 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1365700 4 0.3636 0.44994 0.000 0.320 0.004 0.676 0.000 0.000
#> SRR604122 6 0.4559 0.46508 0.460 0.008 0.000 0.000 0.020 0.512
#> SRR598509 3 0.1865 0.77819 0.000 0.040 0.920 0.000 0.040 0.000
#> SRR1397052 6 0.4546 0.51394 0.432 0.016 0.000 0.000 0.012 0.540
#> SRR1339921 1 0.4535 0.55546 0.704 0.144 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR664743 4 0.3551 0.69248 0.000 0.036 0.000 0.772 0.000 0.192
#> SRR1339199 4 0.1075 0.76137 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.3006 0.66265 0.844 0.092 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1481012 1 0.3244 0.46279 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR603449 1 0.1204 0.69369 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1400889 1 0.2871 0.58723 0.804 0.004 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR808808 1 0.6799 0.30832 0.492 0.256 0.112 0.000 0.000 0.140
#> SRR656288 1 0.0363 0.70309 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1405886 3 0.7433 0.29340 0.196 0.264 0.380 0.000 0.000 0.160
#> SRR1487233 5 0.0146 0.79734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR662043 1 0.1408 0.70099 0.944 0.020 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1381211 2 0.4446 0.32032 0.000 0.520 0.008 0.460 0.008 0.004
#> SRR1379365 4 0.0865 0.76538 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1384852 4 0.2378 0.69745 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.3483 0.68054 0.000 0.024 0.000 0.764 0.000 0.212
#> SRR2164847 1 0.3571 0.55945 0.760 0.216 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR807901 6 0.3843 0.48498 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR816064 1 0.1444 0.68775 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR810507 1 0.0891 0.70488 0.968 0.008 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1358582 1 0.1007 0.69725 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1349893 1 0.2482 0.65748 0.848 0.004 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1444722 3 0.3684 0.53682 0.000 0.004 0.664 0.000 0.332 0.000
#> SRR1316483 1 0.4530 0.55976 0.704 0.136 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR662749 1 0.2668 0.62473 0.828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1342701 5 0.6128 0.34753 0.000 0.268 0.236 0.000 0.484 0.012
#> SRR1343653 4 0.0146 0.76928 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1336134 4 0.0260 0.76904 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR654940 2 0.6199 0.28243 0.000 0.392 0.000 0.228 0.372 0.008
#> SRR1098288 4 0.3136 0.59653 0.000 0.228 0.000 0.768 0.004 0.000
#> SRR1326343 6 0.4612 0.51995 0.424 0.012 0.000 0.000 0.020 0.544
#> SRR811145 1 0.0146 0.70326 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615359 5 0.2404 0.76067 0.036 0.000 0.000 0.000 0.884 0.080
#> SRR1075997 4 0.1863 0.74012 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.3014 0.71305 0.000 0.012 0.000 0.804 0.000 0.184
#> SRR1388698 1 0.3384 0.64125 0.812 0.068 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1312482 4 0.4199 0.01224 0.000 0.444 0.004 0.544 0.000 0.008
#> SRR1430420 3 0.0909 0.78271 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012 0.000
#> SRR1387475 4 0.2554 0.75740 0.000 0.028 0.004 0.876 0.000 0.092
#> SRR1388419 4 0.4746 0.44967 0.000 0.232 0.008 0.676 0.084 0.000
#> SRR1442250 5 0.0363 0.79766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1430679 4 0.2092 0.72609 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.4982 0.47645 0.028 0.036 0.000 0.600 0.000 0.336
#> SRR1478990 6 0.5476 -0.08044 0.028 0.056 0.004 0.364 0.000 0.548
#> SRR1392434 4 0.0363 0.77080 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1085925 1 0.2964 0.59406 0.792 0.004 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR820655 1 0.0935 0.70286 0.964 0.004 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1383937 4 0.2558 0.70353 0.000 0.156 0.000 0.840 0.000 0.004
#> SRR1315393 2 0.5743 0.59105 0.000 0.572 0.148 0.264 0.012 0.004
#> SRR1094506 3 0.0405 0.78576 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330633 4 0.2871 0.64488 0.000 0.192 0.000 0.804 0.004 0.000
#> SRR1330153 6 0.5585 -0.16252 0.100 0.012 0.000 0.000 0.404 0.484
#> SRR1451778 6 0.5730 -0.15161 0.116 0.012 0.000 0.000 0.428 0.444
#> SRR657089 1 0.5619 0.39622 0.564 0.208 0.004 0.000 0.000 0.224
#> SRR1395659 5 0.0713 0.79114 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1385716 1 0.6587 0.35013 0.524 0.228 0.084 0.000 0.000 0.164
#> SRR1466109 1 0.1003 0.70484 0.964 0.016 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1080977 3 0.0653 0.78523 0.000 0.012 0.980 0.000 0.004 0.004
#> SRR1441725 1 0.2325 0.69203 0.892 0.048 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1485078 5 0.2051 0.77811 0.000 0.036 0.000 0.040 0.916 0.008
#> SRR661806 1 0.2066 0.69782 0.908 0.052 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1334919 1 0.5840 0.41578 0.572 0.244 0.024 0.000 0.000 0.160
#> SRR599249 1 0.3261 0.55752 0.780 0.000 0.000 0.000 0.204 0.016
#> SRR810051 4 0.0713 0.77121 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1407202 1 0.3564 0.44342 0.724 0.000 0.000 0.000 0.264 0.012
#> SRR1434399 6 0.3989 0.45920 0.468 0.004 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1330965 3 0.0508 0.78595 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1369536 1 0.0713 0.70372 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1382508 3 0.7285 0.27953 0.292 0.184 0.392 0.000 0.000 0.132
#> SRR1405028 1 0.5220 0.08701 0.480 0.048 0.000 0.000 0.452 0.020
#> SRR612719 1 0.4893 0.51553 0.660 0.172 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1340617 4 0.3109 0.62595 0.000 0.224 0.000 0.772 0.000 0.004
#> SRR1448183 1 0.1074 0.70456 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR1362488 4 0.0858 0.76583 0.000 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR1361156 4 0.3065 0.72493 0.000 0.028 0.000 0.820 0.000 0.152
#> SRR1454374 1 0.1267 0.69440 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR811891 5 0.0551 0.79690 0.008 0.004 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR1477837 4 0.2302 0.74879 0.000 0.008 0.000 0.872 0.000 0.120
#> SRR607252 1 0.3996 -0.35961 0.512 0.004 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1418946 1 0.6102 0.44637 0.600 0.176 0.080 0.000 0.000 0.144
#> SRR1456567 4 0.0790 0.77070 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1487425 4 0.0405 0.77078 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1335627 5 0.0146 0.79797 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1327680 3 0.1610 0.76508 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 3 0.4849 0.04516 0.000 0.460 0.496 0.036 0.004 0.004
#> SRR1447673 4 0.2805 0.72814 0.000 0.012 0.000 0.828 0.000 0.160
#> SRR815735 1 0.3953 0.61363 0.764 0.104 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1404251 4 0.2482 0.70917 0.000 0.148 0.000 0.848 0.000 0.004
#> SRR601645 1 0.2092 0.66229 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR656300 4 0.1850 0.76509 0.008 0.052 0.000 0.924 0.000 0.016
#> SRR659983 1 0.3874 0.17876 0.636 0.008 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1402414 5 0.1074 0.79087 0.000 0.012 0.000 0.028 0.960 0.000
#> SRR614215 6 0.5952 0.47307 0.380 0.008 0.000 0.000 0.168 0.444
#> SRR659283 1 0.3547 0.28821 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1459956 4 0.3975 -0.01799 0.000 0.452 0.004 0.544 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0291 0.78585 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317428 1 0.3101 0.51523 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1403390 3 0.2218 0.76180 0.000 0.104 0.884 0.000 0.000 0.012
#> SRR1452741 1 0.5373 0.44562 0.596 0.248 0.004 0.000 0.000 0.152
#> SRR1458484 4 0.4619 0.62324 0.028 0.056 0.000 0.712 0.000 0.204
#> SRR1387091 4 0.3558 0.67591 0.000 0.028 0.000 0.760 0.000 0.212
#> SRR1358017 3 0.1753 0.75719 0.000 0.004 0.912 0.000 0.084 0.000
#> SRR1457039 4 0.1204 0.76783 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1376539 3 0.0790 0.78351 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.2260 0.64498 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1406069 4 0.3046 0.70984 0.000 0.012 0.000 0.800 0.000 0.188
#> SRR1419829 5 0.0146 0.79734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1434315 1 0.1663 0.68663 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR658457 1 0.5170 -0.48188 0.468 0.020 0.000 0.000 0.044 0.468
#> SRR1367849 4 0.3014 0.71289 0.000 0.012 0.000 0.804 0.000 0.184
#> SRR1320939 1 0.2325 0.68578 0.892 0.048 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR656588 1 0.2362 0.64989 0.860 0.004 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR599025 1 0.2257 0.66642 0.876 0.008 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1401446 3 0.1700 0.77160 0.004 0.080 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 5 0.3905 0.42925 0.000 0.012 0.000 0.264 0.712 0.012
#> SRR1442149 4 0.5025 0.39617 0.000 0.084 0.000 0.560 0.000 0.356
#> SRR809137 1 0.1088 0.70308 0.960 0.016 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1414982 4 0.3874 0.65026 0.000 0.040 0.000 0.732 0.000 0.228
#> SRR600852 1 0.3013 0.66295 0.844 0.088 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1414857 4 0.0790 0.77089 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1321225 3 0.5991 0.39546 0.072 0.312 0.544 0.000 0.000 0.072
#> SRR1069802 1 0.0547 0.70384 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1077643 5 0.2912 0.72444 0.000 0.012 0.000 0.000 0.816 0.172
#> SRR1334154 4 0.3766 0.66484 0.000 0.040 0.000 0.748 0.000 0.212
#> SRR1390072 4 0.1610 0.74879 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1467612 4 0.3662 0.62813 0.000 0.172 0.000 0.780 0.044 0.004
#> SRR1430133 2 0.5541 0.59156 0.000 0.536 0.136 0.324 0.000 0.004
#> SRR1468595 1 0.1462 0.69844 0.936 0.008 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1351931 3 0.1556 0.76699 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 5 0.5968 0.27324 0.000 0.008 0.000 0.248 0.508 0.236
#> SRR1311243 1 0.2517 0.69003 0.876 0.016 0.008 0.000 0.000 0.100
#> SRR1385235 1 0.0935 0.70246 0.964 0.004 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1469638 1 0.2897 0.66677 0.852 0.060 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR662150 1 0.3860 -0.29692 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1400290 3 0.6066 0.10479 0.416 0.032 0.436 0.000 0.000 0.116
#> SRR1084892 4 0.3699 0.54778 0.000 0.256 0.008 0.728 0.004 0.004
#> SRR1416166 1 0.5636 0.49905 0.660 0.104 0.000 0.000 0.096 0.140
#> SRR1477015 1 0.5359 0.45320 0.604 0.228 0.004 0.000 0.000 0.164
#> SRR1380501 4 0.4026 0.27678 0.000 0.376 0.012 0.612 0.000 0.000
#> SRR1446156 4 0.0790 0.77070 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1488328 4 0.2772 0.67840 0.000 0.180 0.000 0.816 0.000 0.004
#> SRR1086889 4 0.3023 0.63821 0.000 0.212 0.004 0.784 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.5434 0.47048 0.616 0.212 0.012 0.000 0.000 0.160
#> SRR599086 1 0.3503 0.65159 0.816 0.108 0.008 0.000 0.000 0.068
#> SRR1086844 1 0.1088 0.70490 0.960 0.024 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1464535 4 0.3188 0.73471 0.040 0.076 0.000 0.852 0.000 0.032
#> SRR807877 4 0.0508 0.76942 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1477033 1 0.0632 0.70488 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1335164 4 0.2178 0.72234 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR601986 1 0.5973 0.43928 0.592 0.204 0.048 0.000 0.000 0.156
#> SRR1446226 1 0.1075 0.70053 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR659637 1 0.5842 0.38663 0.548 0.296 0.024 0.000 0.000 0.132
#> SRR600474 1 0.0914 0.70482 0.968 0.016 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1307699 1 0.1856 0.69832 0.920 0.048 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1312540 1 0.4781 0.53078 0.672 0.188 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1323628 6 0.3860 0.44657 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1430951 3 0.1176 0.78398 0.000 0.020 0.956 0.000 0.024 0.000
#> SRR1385364 4 0.3888 0.36316 0.000 0.312 0.016 0.672 0.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0865 0.78409 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.2778 0.72519 0.000 0.008 0.000 0.824 0.000 0.168
#> SRR1366855 4 0.2968 0.72676 0.000 0.016 0.000 0.816 0.000 0.168
#> SRR1077115 4 0.2709 0.74006 0.000 0.020 0.000 0.848 0.000 0.132
#> SRR1399990 1 0.5965 0.39146 0.552 0.276 0.032 0.000 0.000 0.140
#> SRR1434093 1 0.5759 0.35674 0.584 0.036 0.268 0.000 0.000 0.112
#> SRR1341408 4 0.0146 0.77009 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR612335 1 0.6194 -0.46013 0.412 0.020 0.000 0.000 0.168 0.400
#> SRR1321420 1 0.3073 0.57702 0.788 0.008 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1329177 1 0.3790 0.62337 0.780 0.104 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1398371 4 0.0937 0.77016 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR614996 1 0.3854 0.61606 0.772 0.092 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1431602 4 0.0865 0.76702 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1311509 5 0.4622 0.41503 0.020 0.012 0.000 0.000 0.536 0.432
#> SRR1507229 3 0.0713 0.78387 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0405 0.78619 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1408072 4 0.3122 0.71215 0.000 0.020 0.000 0.804 0.000 0.176
#> SRR1469591 1 0.5571 0.41354 0.564 0.284 0.008 0.000 0.000 0.144
#> SRR1392813 4 0.3983 0.35412 0.000 0.348 0.004 0.640 0.000 0.008
#> SRR1453026 4 0.4771 0.45884 0.000 0.188 0.004 0.684 0.124 0.000
#> SRR1388105 4 0.2595 0.73436 0.000 0.004 0.000 0.836 0.000 0.160
#> SRR1357558 1 0.2632 0.62045 0.832 0.004 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR615898 3 0.0508 0.78675 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.514 0.776 0.884 0.4310 0.513 0.513
#> 3 3 0.454 0.629 0.805 0.2435 0.884 0.786
#> 4 4 0.665 0.715 0.842 0.1446 0.910 0.806
#> 5 5 0.689 0.705 0.841 0.0498 0.974 0.933
#> 6 6 0.690 0.688 0.841 0.0343 0.981 0.949
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1442648 2 0.5842 0.7794 0.140 0.860
#> SRR1486174 2 0.2603 0.7775 0.044 0.956
#> SRR1349433 2 0.9209 0.6887 0.336 0.664
#> SRR1321283 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1435584 2 0.2043 0.7740 0.032 0.968
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.9833 0.5777 0.424 0.576
#> SRR1458026 2 1.0000 0.4232 0.496 0.504
#> SRR1094192 2 0.9833 0.5791 0.424 0.576
#> SRR1397180 2 0.8955 0.7068 0.312 0.688
#> SRR657492 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.4690 0.7800 0.100 0.900
#> SRR817563 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.6973 0.7680 0.188 0.812
#> SRR1380785 2 0.3584 0.7818 0.068 0.932
#> SRR612875 1 0.2603 0.8952 0.956 0.044
#> SRR808327 2 0.2043 0.7731 0.032 0.968
#> SRR1355194 2 0.9427 0.6617 0.360 0.640
#> SRR1408227 2 0.3274 0.7801 0.060 0.940
#> SRR1086304 1 0.1184 0.9256 0.984 0.016
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.1633 0.7709 0.024 0.976
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.0938 0.9282 0.988 0.012
#> SRR602437 1 0.0938 0.9275 0.988 0.012
#> SRR663404 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.8861 0.7123 0.304 0.696
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.2043 0.7730 0.032 0.968
#> SRR1367456 2 0.9963 0.4333 0.464 0.536
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.1414 0.7691 0.020 0.980
#> SRR1087197 1 0.1843 0.9137 0.972 0.028
#> SRR1383960 1 0.6148 0.7485 0.848 0.152
#> SRR600924 1 0.2603 0.8938 0.956 0.044
#> SRR662390 1 0.1184 0.9238 0.984 0.016
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.4939 0.8123 0.892 0.108
#> SRR598148 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1444390 2 0.9552 0.6452 0.376 0.624
#> SRR1444644 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.9044 0.6802 0.320 0.680
#> SRR1468682 2 0.9815 0.5800 0.420 0.580
#> SRR1490505 2 0.4562 0.7829 0.096 0.904
#> SRR1343859 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1075631 2 0.9944 0.5198 0.456 0.544
#> SRR1444954 2 0.1414 0.7691 0.020 0.980
#> SRR1479286 2 0.9998 0.4342 0.492 0.508
#> SRR1381524 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0672 0.7633 0.008 0.992
#> SRR1456693 2 0.5059 0.7796 0.112 0.888
#> SRR1358482 2 0.1184 0.7671 0.016 0.984
#> SRR658331 1 0.9323 0.2317 0.652 0.348
#> SRR810619 2 0.0938 0.7650 0.012 0.988
#> SRR600829 1 0.2236 0.9032 0.964 0.036
#> SRR599380 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.9996 0.4452 0.488 0.512
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.9922 0.5361 0.448 0.552
#> SRR661337 1 0.0376 0.9338 0.996 0.004
#> SRR601239 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.9881 0.5589 0.436 0.564
#> SRR1419453 1 0.0376 0.9339 0.996 0.004
#> SRR1437208 2 0.6712 0.7687 0.176 0.824
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.5946 0.7786 0.144 0.856
#> SRR1341456 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.9795 0.5906 0.416 0.584
#> SRR816358 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR658283 1 0.9635 0.0703 0.612 0.388
#> SRR813728 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.3431 0.7809 0.064 0.936
#> SRR1432366 2 0.9754 0.6032 0.408 0.592
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0672 0.9309 0.992 0.008
#> SRR1326040 1 0.1414 0.9213 0.980 0.020
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.7299 0.7524 0.204 0.796
#> SRR1398706 2 0.6247 0.7763 0.156 0.844
#> SRR1368794 2 0.2236 0.7752 0.036 0.964
#> SRR1392749 2 0.8813 0.7137 0.300 0.700
#> SRR603968 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR663100 2 0.9933 0.5285 0.452 0.548
#> SRR661229 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1464281 2 0.0672 0.7630 0.008 0.992
#> SRR1400397 2 0.9635 0.6319 0.388 0.612
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0376 0.7608 0.004 0.996
#> SRR1384917 2 0.9866 0.5588 0.432 0.568
#> SRR1435182 2 0.3114 0.7795 0.056 0.944
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.1414 0.9202 0.980 0.020
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR663014 2 0.8861 0.7111 0.304 0.696
#> SRR1417960 1 0.9460 0.1319 0.636 0.364
#> SRR1474730 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.6623 0.7598 0.172 0.828
#> SRR1357650 2 0.9580 0.6432 0.380 0.620
#> SRR1472237 2 0.3431 0.7809 0.064 0.936
#> SRR1470816 2 0.5946 0.7747 0.144 0.856
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1392795 2 0.9460 0.6612 0.364 0.636
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1378243 1 0.9996 -0.3739 0.512 0.488
#> SRR1360587 2 0.9896 0.5506 0.440 0.560
#> SRR604230 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1347667 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR608096 1 0.6247 0.7416 0.844 0.156
#> SRR665514 1 0.2603 0.8938 0.956 0.044
#> SRR1454522 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.9909 0.5437 0.444 0.556
#> SRR1429802 1 0.9993 -0.3671 0.516 0.484
#> SRR1345436 2 0.9933 0.5280 0.452 0.548
#> SRR1433684 1 0.1184 0.9238 0.984 0.016
#> SRR613186 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.3879 0.7815 0.076 0.924
#> SRR1417766 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1420606 1 0.9129 0.3021 0.672 0.328
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.8955 0.7071 0.312 0.688
#> SRR1102756 2 0.8713 0.7202 0.292 0.708
#> SRR1366519 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.5178 0.7817 0.116 0.884
#> SRR1391789 1 0.6247 0.7416 0.844 0.156
#> SRR1402195 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1429516 1 0.9993 -0.3647 0.516 0.484
#> SRR1406662 2 0.9710 0.6141 0.400 0.600
#> SRR1333414 2 0.1633 0.7709 0.024 0.976
#> SRR1369030 2 0.4431 0.7823 0.092 0.908
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.9393 0.6700 0.356 0.644
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.1184 0.9245 0.984 0.016
#> SRR1434568 2 0.9970 0.4938 0.468 0.532
#> SRR1341965 2 0.9977 0.4849 0.472 0.528
#> SRR1473505 2 0.2603 0.7775 0.044 0.956
#> SRR1402068 2 0.1633 0.7709 0.024 0.976
#> SRR1490076 2 0.0376 0.7608 0.004 0.996
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.3584 0.7815 0.068 0.932
#> SRR1397329 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1093243 1 0.9460 0.1319 0.636 0.364
#> SRR1418390 2 0.6973 0.7669 0.188 0.812
#> SRR608480 1 0.2603 0.8938 0.956 0.044
#> SRR598589 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR601868 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.2603 0.7769 0.044 0.956
#> SRR815893 2 0.9970 0.4949 0.468 0.532
#> SRR1455503 2 0.9635 0.6309 0.388 0.612
#> SRR810737 2 0.9983 0.4758 0.476 0.524
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.9580 0.6443 0.380 0.620
#> SRR1457872 2 0.6343 0.7733 0.160 0.840
#> SRR658481 2 0.9993 0.4556 0.484 0.516
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.0376 0.9339 0.996 0.004
#> SRR656433 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.2043 0.7732 0.032 0.968
#> SRR1308674 2 0.3584 0.7818 0.068 0.932
#> SRR1338363 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.1414 0.7688 0.020 0.980
#> SRR1321608 2 0.0376 0.7609 0.004 0.996
#> SRR1441464 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.2603 0.8938 0.956 0.044
#> SRR1338171 2 0.9427 0.6617 0.360 0.640
#> SRR604174 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1345221 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR815517 1 0.0938 0.9282 0.988 0.012
#> SRR615970 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.9815 0.5800 0.420 0.580
#> SRR1419638 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1434975 1 0.1843 0.9137 0.972 0.028
#> SRR1445741 2 0.9209 0.6882 0.336 0.664
#> SRR1088142 1 0.0376 0.9338 0.996 0.004
#> SRR604206 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.9970 0.4938 0.468 0.532
#> SRR1410334 2 0.5178 0.7661 0.116 0.884
#> SRR1352234 1 0.9996 -0.3797 0.512 0.488
#> SRR1487807 2 0.8861 0.7132 0.304 0.696
#> SRR1489715 2 0.4022 0.7831 0.080 0.920
#> SRR1364780 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1409748 1 0.9983 -0.3388 0.524 0.476
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.4161 0.7818 0.084 0.916
#> SRR1316725 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.9977 0.4844 0.472 0.528
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.4431 0.8328 0.908 0.092
#> SRR1308696 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.9427 0.6653 0.360 0.640
#> SRR1366690 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1317707 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.9580 0.6414 0.380 0.620
#> SRR1442487 2 0.1633 0.7706 0.024 0.976
#> SRR1069690 2 0.2603 0.7746 0.044 0.956
#> SRR1319344 2 0.9833 0.5222 0.424 0.576
#> SRR1332835 2 0.1633 0.7703 0.024 0.976
#> SRR1334694 2 0.3431 0.7811 0.064 0.936
#> SRR1478434 2 0.9993 0.4556 0.484 0.516
#> SRR1479933 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.5842 0.7788 0.140 0.860
#> SRR814587 2 0.9044 0.7003 0.320 0.680
#> SRR656899 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1088340 2 0.9754 0.6027 0.408 0.592
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.9460 0.6622 0.364 0.636
#> SRR1407470 2 0.2043 0.7731 0.032 0.968
#> SRR1490289 2 0.8443 0.7197 0.272 0.728
#> SRR1093649 2 0.7815 0.7421 0.232 0.768
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.9209 0.6874 0.336 0.664
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.1184 0.9238 0.984 0.016
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.9087 0.2852 0.676 0.324
#> SRR657903 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.9710 0.6146 0.400 0.600
#> SRR613759 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.8555 0.7263 0.280 0.720
#> SRR1440445 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.9833 0.5777 0.424 0.576
#> SRR1455607 2 0.9998 0.4342 0.492 0.508
#> SRR1077528 2 0.9970 0.4942 0.468 0.532
#> SRR1364695 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0376 0.9338 0.996 0.004
#> SRR1313560 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1092889 2 0.4939 0.7795 0.108 0.892
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.4161 0.7832 0.084 0.916
#> SRR817825 1 0.5178 0.8087 0.884 0.116
#> SRR660366 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.4939 0.7795 0.108 0.892
#> SRR1323512 1 1.0000 -0.3866 0.504 0.496
#> SRR1325247 2 0.9970 0.4945 0.468 0.532
#> SRR1351583 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.9998 0.4342 0.492 0.508
#> SRR1318484 2 0.9170 0.6906 0.332 0.668
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.9427 0.6651 0.360 0.640
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1455842 2 0.9850 0.5723 0.428 0.572
#> SRR1352619 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR662763 1 0.9635 0.0703 0.612 0.388
#> SRR661120 1 0.6887 0.6812 0.816 0.184
#> SRR601613 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR811535 1 0.2603 0.8938 0.956 0.044
#> SRR820316 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.5842 0.7794 0.140 0.860
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.2043 0.7730 0.032 0.968
#> SRR604122 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR598509 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1339921 1 0.0672 0.9309 0.992 0.008
#> SRR664743 2 0.9954 0.5118 0.460 0.540
#> SRR1339199 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.5178 0.8003 0.884 0.116
#> SRR656288 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.5946 0.7747 0.144 0.856
#> SRR662043 1 0.2603 0.8938 0.956 0.044
#> SRR1381211 2 0.6343 0.7744 0.160 0.840
#> SRR1379365 2 0.9491 0.6566 0.368 0.632
#> SRR1384852 2 0.1633 0.7703 0.024 0.976
#> SRR1430357 2 0.9933 0.5280 0.452 0.548
#> SRR2164847 1 0.6247 0.7416 0.844 0.156
#> SRR807901 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR816064 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0672 0.9309 0.992 0.008
#> SRR662749 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.9775 0.5882 0.412 0.588
#> SRR1343653 2 0.0672 0.7631 0.008 0.992
#> SRR1336134 2 0.9460 0.6602 0.364 0.636
#> SRR654940 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR811145 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1075997 2 0.3274 0.7801 0.060 0.940
#> SRR1090483 2 0.9970 0.4940 0.468 0.532
#> SRR1388698 1 0.0672 0.9309 0.992 0.008
#> SRR1312482 2 0.2043 0.7734 0.032 0.968
#> SRR1430420 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.9170 0.6904 0.332 0.668
#> SRR1388419 2 0.9635 0.6328 0.388 0.612
#> SRR1442250 2 0.9833 0.5222 0.424 0.576
#> SRR1430679 2 0.2043 0.7732 0.032 0.968
#> SRR1311109 1 0.9993 -0.3671 0.516 0.484
#> SRR1478990 2 0.9983 0.4586 0.476 0.524
#> SRR1392434 2 0.9460 0.6602 0.364 0.636
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.1414 0.9202 0.980 0.020
#> SRR1383937 2 0.4431 0.7836 0.092 0.908
#> SRR1315393 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.6801 0.7683 0.180 0.820
#> SRR1330153 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1451778 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR657089 1 0.0672 0.9314 0.992 0.008
#> SRR1395659 2 0.5519 0.7766 0.128 0.872
#> SRR1385716 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1485078 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR661806 1 0.9635 0.0703 0.612 0.388
#> SRR1334919 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR810051 2 0.3879 0.7822 0.076 0.924
#> SRR1407202 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1434399 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1330965 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR612719 1 0.8763 0.4093 0.704 0.296
#> SRR1340617 2 0.3274 0.7802 0.060 0.940
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.1184 0.7670 0.016 0.984
#> SRR1361156 2 0.9850 0.5723 0.428 0.572
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1477837 1 0.9993 -0.3658 0.516 0.484
#> SRR607252 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1418946 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.6712 0.7697 0.176 0.824
#> SRR1487425 2 0.9209 0.6874 0.336 0.664
#> SRR1335627 2 0.5946 0.7747 0.144 0.856
#> SRR1327680 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.3733 0.7824 0.072 0.928
#> SRR1447673 1 0.9998 -0.3921 0.508 0.492
#> SRR815735 1 0.0376 0.9338 0.996 0.004
#> SRR1404251 2 0.4022 0.7826 0.080 0.920
#> SRR601645 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.8713 0.3931 0.708 0.292
#> SRR659983 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1402414 2 0.5946 0.7747 0.144 0.856
#> SRR614215 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.0672 0.9315 0.992 0.008
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.5059 0.7946 0.888 0.112
#> SRR1387091 2 0.9963 0.5029 0.464 0.536
#> SRR1358017 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.9815 0.5839 0.420 0.580
#> SRR1376539 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.9998 0.4345 0.492 0.508
#> SRR1419829 2 0.4939 0.7795 0.108 0.892
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1367849 2 1.0000 0.4220 0.496 0.504
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0376 0.9338 0.996 0.004
#> SRR1401446 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.2043 0.7739 0.032 0.968
#> SRR1442149 1 0.9460 0.1319 0.636 0.364
#> SRR809137 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.9933 0.5280 0.452 0.548
#> SRR600852 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.8909 0.7083 0.308 0.692
#> SRR1321225 1 0.4939 0.8123 0.892 0.108
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.1843 0.9148 0.972 0.028
#> SRR1334154 2 0.9909 0.5437 0.444 0.556
#> SRR1390072 2 0.4161 0.7829 0.084 0.916
#> SRR1467612 2 0.7745 0.7521 0.228 0.772
#> SRR1430133 2 0.2603 0.7768 0.044 0.956
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.8443 0.7197 0.272 0.728
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.1414 0.9198 0.980 0.020
#> SRR662150 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.1414 0.7688 0.020 0.980
#> SRR1416166 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1380501 1 0.9996 -0.3638 0.512 0.488
#> SRR1446156 2 0.2603 0.7746 0.044 0.956
#> SRR1488328 2 0.1843 0.7723 0.028 0.972
#> SRR1086889 2 0.4562 0.7836 0.096 0.904
#> SRR814611 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.8713 0.3931 0.708 0.292
#> SRR807877 2 0.8813 0.7158 0.300 0.700
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.3274 0.7801 0.060 0.940
#> SRR601986 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.6247 0.7416 0.844 0.156
#> SRR600474 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0672 0.9309 0.992 0.008
#> SRR1323628 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1430951 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1385364 1 0.8144 0.5535 0.748 0.252
#> SRR1478149 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1384413 1 0.9993 -0.3658 0.516 0.484
#> SRR1366855 1 0.9209 0.2448 0.664 0.336
#> SRR1077115 2 0.9686 0.6201 0.396 0.604
#> SRR1399990 1 0.0376 0.9339 0.996 0.004
#> SRR1434093 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.9170 0.6672 0.332 0.668
#> SRR1321420 1 0.0376 0.9340 0.996 0.004
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.9896 0.5456 0.440 0.560
#> SRR614996 1 0.1184 0.9238 0.984 0.016
#> SRR1431602 2 0.8955 0.7077 0.312 0.688
#> SRR1311509 1 0.0672 0.9313 0.992 0.008
#> SRR1507229 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.9866 0.5653 0.432 0.568
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.7585 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.7528 0.7574 0.216 0.784
#> SRR1388105 1 0.9983 -0.3388 0.524 0.476
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9359 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.7219 0.6503 0.800 0.200
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0237 0.94518 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468613 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 3 0.6180 0.50219 0.000 0.416 0.584
#> SRR1381693 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.1919 0.93068 0.956 0.024 0.020
#> SRR1442648 2 0.6208 0.30100 0.048 0.752 0.200
#> SRR1486174 2 0.5864 0.12918 0.008 0.704 0.288
#> SRR1349433 2 0.6731 0.50207 0.172 0.740 0.088
#> SRR1321283 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.1620 0.93217 0.964 0.024 0.012
#> SRR1435584 2 0.6809 -0.26445 0.012 0.524 0.464
#> SRR1406265 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.5595 0.51512 0.228 0.756 0.016
#> SRR1458026 2 0.5431 0.48188 0.284 0.716 0.000
#> SRR1094192 2 0.5506 0.51234 0.220 0.764 0.016
#> SRR1397180 2 0.6062 0.49691 0.160 0.776 0.064
#> SRR657492 1 0.0848 0.94290 0.984 0.008 0.008
#> SRR662665 1 0.0829 0.94239 0.984 0.004 0.012
#> SRR818530 3 0.6672 0.46751 0.008 0.472 0.520
#> SRR817563 2 0.6299 -0.28695 0.000 0.524 0.476
#> SRR613462 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR1405206 3 0.5058 0.66013 0.000 0.244 0.756
#> SRR1454136 2 0.6431 0.37814 0.084 0.760 0.156
#> SRR1380785 2 0.6906 0.06169 0.032 0.644 0.324
#> SRR612875 1 0.4206 0.85681 0.872 0.088 0.040
#> SRR808327 2 0.5815 0.13523 0.004 0.692 0.304
#> SRR1355194 2 0.8478 0.39097 0.204 0.616 0.180
#> SRR1408227 2 0.5619 0.22813 0.012 0.744 0.244
#> SRR1086304 1 0.4370 0.87124 0.868 0.056 0.076
#> SRR1080415 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 3 0.5365 0.66419 0.004 0.252 0.744
#> SRR1084965 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.3683 0.89376 0.896 0.044 0.060
#> SRR602437 1 0.2918 0.91111 0.924 0.032 0.044
#> SRR663404 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 3 0.6267 0.41351 0.000 0.452 0.548
#> SRR1479263 2 0.7724 0.47106 0.164 0.680 0.156
#> SRR1409641 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345736 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.5928 0.15521 0.008 0.696 0.296
#> SRR1367456 3 0.9617 0.23074 0.280 0.248 0.472
#> SRR1072650 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 3 0.5138 0.66339 0.000 0.252 0.748
#> SRR1087197 1 0.4095 0.88007 0.880 0.056 0.064
#> SRR1383960 1 0.7129 0.63808 0.716 0.180 0.104
#> SRR600924 1 0.6322 0.75486 0.772 0.120 0.108
#> SRR662390 1 0.2918 0.90831 0.924 0.044 0.032
#> SRR1071692 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0475 0.94451 0.992 0.004 0.004
#> SRR1352936 1 0.5831 0.76169 0.796 0.128 0.076
#> SRR598148 1 0.3155 0.90533 0.916 0.040 0.044
#> SRR1444390 2 0.5627 0.51377 0.188 0.780 0.032
#> SRR1444644 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389777 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 3 0.9208 0.36652 0.204 0.264 0.532
#> SRR1468682 2 0.6506 0.49303 0.236 0.720 0.044
#> SRR1490505 2 0.7124 0.21999 0.048 0.656 0.296
#> SRR1343859 1 0.3263 0.90453 0.912 0.040 0.048
#> SRR1075631 2 0.5058 0.50704 0.244 0.756 0.000
#> SRR1444954 3 0.5138 0.66339 0.000 0.252 0.748
#> SRR1479286 2 0.5397 0.48587 0.280 0.720 0.000
#> SRR1381524 1 0.0661 0.94339 0.988 0.004 0.008
#> SRR1392208 2 0.6274 -0.25839 0.000 0.544 0.456
#> SRR1456693 3 0.6825 0.42246 0.012 0.488 0.500
#> SRR1358482 3 0.5098 0.66273 0.000 0.248 0.752
#> SRR658331 1 0.9833 -0.15267 0.412 0.332 0.256
#> SRR810619 2 0.5902 0.12031 0.004 0.680 0.316
#> SRR600829 1 0.5662 0.79716 0.808 0.100 0.092
#> SRR599380 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337388 2 0.5363 0.48873 0.276 0.724 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318662 2 0.5905 0.05342 0.000 0.648 0.352
#> SRR1408657 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.4974 0.50969 0.236 0.764 0.000
#> SRR661337 1 0.1751 0.93245 0.960 0.028 0.012
#> SRR601239 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330944 2 0.5070 0.51318 0.224 0.772 0.004
#> SRR1419453 1 0.1182 0.93915 0.976 0.012 0.012
#> SRR1437208 2 0.7403 0.33586 0.096 0.688 0.216
#> SRR1444914 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR660756 2 0.6299 -0.27765 0.000 0.524 0.476
#> SRR1093269 2 0.6723 0.31381 0.064 0.724 0.212
#> SRR1341456 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 2 0.5680 0.51211 0.212 0.764 0.024
#> SRR816358 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 1 0.9934 -0.26109 0.376 0.344 0.280
#> SRR813728 3 0.6180 0.50219 0.000 0.416 0.584
#> SRR1394520 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.5536 0.23709 0.012 0.752 0.236
#> SRR1432366 2 0.5414 0.51727 0.212 0.772 0.016
#> SRR1087992 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.2318 0.92246 0.944 0.028 0.028
#> SRR1326040 1 0.3253 0.89828 0.912 0.052 0.036
#> SRR1312725 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.8209 -0.33061 0.072 0.472 0.456
#> SRR1398706 2 0.6633 0.30842 0.060 0.728 0.212
#> SRR1368794 3 0.6677 0.61932 0.024 0.324 0.652
#> SRR1392749 2 0.6374 0.45201 0.132 0.768 0.100
#> SRR603968 1 0.1129 0.93942 0.976 0.004 0.020
#> SRR815661 1 0.1620 0.93217 0.964 0.024 0.012
#> SRR663100 2 0.5016 0.51063 0.240 0.760 0.000
#> SRR661229 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR655792 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.3896 0.88490 0.888 0.052 0.060
#> SRR1464281 2 0.6104 0.04449 0.004 0.648 0.348
#> SRR1400397 2 0.5678 0.51471 0.192 0.776 0.032
#> SRR1331444 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.6008 0.09849 0.004 0.664 0.332
#> SRR1384917 2 0.7746 0.45448 0.244 0.656 0.100
#> SRR1435182 2 0.5698 0.21780 0.012 0.736 0.252
#> SRR1477569 1 0.0475 0.94464 0.992 0.004 0.004
#> SRR602461 1 0.5263 0.82239 0.828 0.088 0.084
#> SRR1334338 1 0.0475 0.94464 0.992 0.004 0.004
#> SRR1354710 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR663014 2 0.6374 0.45159 0.132 0.768 0.100
#> SRR1417960 2 0.6204 0.31315 0.424 0.576 0.000
#> SRR1474730 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381269 2 0.6280 -0.25309 0.000 0.540 0.460
#> SRR657695 3 0.7838 0.39406 0.052 0.460 0.488
#> SRR1357650 2 0.6354 0.51546 0.204 0.744 0.052
#> SRR1472237 2 0.5450 0.24429 0.012 0.760 0.228
#> SRR1470816 2 0.7377 -0.35731 0.032 0.516 0.452
#> SRR1458358 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0424 0.94444 0.992 0.000 0.008
#> SRR1318998 1 0.3589 0.89546 0.900 0.048 0.052
#> SRR1392795 2 0.6007 0.51411 0.184 0.768 0.048
#> SRR1469859 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378243 2 0.6512 0.44425 0.300 0.676 0.024
#> SRR1360587 2 0.5158 0.51041 0.232 0.764 0.004
#> SRR604230 1 0.1491 0.93544 0.968 0.016 0.016
#> SRR1347667 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 1 0.7228 0.62139 0.708 0.188 0.104
#> SRR665514 1 0.6322 0.75486 0.772 0.120 0.108
#> SRR1454522 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.5158 0.51061 0.232 0.764 0.004
#> SRR1429802 2 0.5591 0.45900 0.304 0.696 0.000
#> SRR1345436 2 0.5016 0.50772 0.240 0.760 0.000
#> SRR1433684 1 0.2918 0.90831 0.924 0.044 0.032
#> SRR613186 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.7084 0.10858 0.036 0.628 0.336
#> SRR1417766 2 0.5926 0.04482 0.000 0.644 0.356
#> SRR1420606 2 0.8211 0.20355 0.464 0.464 0.072
#> SRR1326687 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1458973 1 0.0424 0.94419 0.992 0.000 0.008
#> SRR1309856 2 0.7777 0.46694 0.164 0.676 0.160
#> SRR1102756 2 0.6208 0.47118 0.136 0.776 0.088
#> SRR1366519 2 0.5905 0.05342 0.000 0.648 0.352
#> SRR1080438 2 0.6835 0.18159 0.040 0.676 0.284
#> SRR1391789 1 0.7228 0.62139 0.708 0.188 0.104
#> SRR1402195 1 0.3683 0.89193 0.896 0.044 0.060
#> SRR1429516 2 0.5591 0.45242 0.304 0.696 0.000
#> SRR1406662 2 0.7101 0.48619 0.216 0.704 0.080
#> SRR1333414 2 0.6180 0.09755 0.008 0.660 0.332
#> SRR1369030 2 0.7013 0.12518 0.036 0.640 0.324
#> SRR1342916 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362824 2 0.6083 0.49886 0.168 0.772 0.060
#> SRR1455326 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.3472 0.89643 0.904 0.056 0.040
#> SRR1434568 2 0.5178 0.50141 0.256 0.744 0.000
#> SRR1341965 2 0.5216 0.50034 0.260 0.740 0.000
#> SRR1473505 2 0.6754 -0.27675 0.012 0.556 0.432
#> SRR1402068 3 0.5365 0.66419 0.004 0.252 0.744
#> SRR1490076 2 0.5982 0.10396 0.004 0.668 0.328
#> SRR1435501 1 0.0661 0.94380 0.988 0.004 0.008
#> SRR1452491 2 0.5450 0.24388 0.012 0.760 0.228
#> SRR1397329 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 2 0.6204 0.31315 0.424 0.576 0.000
#> SRR1418390 2 0.7330 0.34531 0.092 0.692 0.216
#> SRR608480 1 0.6322 0.75486 0.772 0.120 0.108
#> SRR598589 1 0.1337 0.93703 0.972 0.016 0.012
#> SRR601868 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR812222 2 0.5404 0.20093 0.004 0.740 0.256
#> SRR815893 2 0.5178 0.50202 0.256 0.744 0.000
#> SRR1455503 2 0.5356 0.51650 0.196 0.784 0.020
#> SRR810737 2 0.5254 0.49607 0.264 0.736 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.6007 0.51539 0.192 0.764 0.044
#> SRR1457872 2 0.7101 0.31973 0.080 0.704 0.216
#> SRR658481 2 0.5327 0.49029 0.272 0.728 0.000
#> SRR1406243 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1332607 1 0.1636 0.93387 0.964 0.016 0.020
#> SRR656433 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.5864 0.16341 0.008 0.704 0.288
#> SRR1308674 2 0.5536 0.23286 0.012 0.752 0.236
#> SRR1338363 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR1344271 2 0.5902 0.10885 0.004 0.680 0.316
#> SRR1321608 2 0.5988 0.02506 0.000 0.632 0.368
#> SRR1441464 2 0.5859 0.06840 0.000 0.656 0.344
#> SRR607970 1 0.6322 0.75486 0.772 0.120 0.108
#> SRR1338171 2 0.8478 0.39182 0.204 0.616 0.180
#> SRR604174 1 0.1620 0.93353 0.964 0.024 0.012
#> SRR1345221 1 0.1620 0.93217 0.964 0.024 0.012
#> SRR815517 1 0.3683 0.89376 0.896 0.044 0.060
#> SRR615970 1 0.0475 0.94455 0.992 0.004 0.004
#> SRR1370659 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1383125 1 0.0661 0.94380 0.988 0.004 0.008
#> SRR1331013 2 0.6506 0.49303 0.236 0.720 0.044
#> SRR1419638 1 0.0424 0.94419 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434975 1 0.4095 0.88007 0.880 0.056 0.064
#> SRR1445741 2 0.6955 0.49693 0.172 0.728 0.100
#> SRR1088142 1 0.2056 0.92734 0.952 0.024 0.024
#> SRR604206 1 0.0661 0.94371 0.988 0.004 0.008
#> SRR1358779 1 0.1636 0.93435 0.964 0.020 0.016
#> SRR1473142 2 0.5178 0.50141 0.256 0.744 0.000
#> SRR1410334 3 0.6402 0.62035 0.040 0.236 0.724
#> SRR1352234 2 0.5560 0.46390 0.300 0.700 0.000
#> SRR1487807 2 0.5307 0.48308 0.136 0.816 0.048
#> SRR1489715 2 0.6597 0.18721 0.036 0.696 0.268
#> SRR1364780 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.6291 -0.26806 0.000 0.532 0.468
#> SRR1409748 2 0.5650 0.44946 0.312 0.688 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.7107 0.09849 0.036 0.624 0.340
#> SRR1316725 3 0.5058 0.66013 0.000 0.244 0.756
#> SRR1314851 2 0.5216 0.49987 0.260 0.740 0.000
#> SRR1354599 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406599 1 0.5237 0.79618 0.824 0.120 0.056
#> SRR1308696 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.6728 0.49810 0.184 0.736 0.080
#> SRR1366690 1 0.3155 0.90533 0.916 0.040 0.044
#> SRR1317707 2 0.6299 -0.28695 0.000 0.524 0.476
#> SRR1339321 2 0.5842 0.51715 0.196 0.768 0.036
#> SRR1442487 2 0.5873 0.12695 0.004 0.684 0.312
#> SRR1069690 3 0.6442 0.50944 0.004 0.432 0.564
#> SRR1319344 3 0.9581 0.25325 0.288 0.236 0.476
#> SRR1332835 2 0.5988 0.14536 0.008 0.688 0.304
#> SRR1334694 2 0.5578 0.22890 0.012 0.748 0.240
#> SRR1478434 2 0.5327 0.49198 0.272 0.728 0.000
#> SRR1479933 3 0.5016 0.65933 0.000 0.240 0.760
#> SRR1313853 2 0.5968 -0.01012 0.000 0.636 0.364
#> SRR661192 1 0.0475 0.94464 0.992 0.004 0.004
#> SRR1384827 2 0.7187 0.29054 0.076 0.692 0.232
#> SRR814587 2 0.5667 0.48259 0.140 0.800 0.060
#> SRR656899 1 0.1491 0.93544 0.968 0.016 0.016
#> SRR1088340 2 0.5597 0.51698 0.216 0.764 0.020
#> SRR1349772 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1317305 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.6354 0.50633 0.196 0.748 0.056
#> SRR1407470 2 0.5815 0.13523 0.004 0.692 0.304
#> SRR1490289 2 0.8618 -0.17270 0.104 0.508 0.388
#> SRR1093649 3 0.8132 0.50526 0.104 0.284 0.612
#> SRR1478900 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.6351 0.50485 0.168 0.760 0.072
#> SRR2170537 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.3009 0.90475 0.920 0.052 0.028
#> SRR1321505 1 0.0475 0.94464 0.992 0.004 0.004
#> SRR1457768 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 2 0.6286 0.26955 0.464 0.536 0.000
#> SRR657903 1 0.1620 0.93217 0.964 0.024 0.012
#> SRR1403458 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1460073 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.6302 0.50568 0.208 0.744 0.048
#> SRR613759 1 0.0237 0.94499 0.996 0.004 0.000
#> SRR1472281 2 0.6128 0.46646 0.136 0.780 0.084
#> SRR1440445 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088734 2 0.5595 0.51512 0.228 0.756 0.016
#> SRR1455607 2 0.5397 0.48587 0.280 0.720 0.000
#> SRR1077528 2 0.5178 0.50171 0.256 0.744 0.000
#> SRR1364695 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348226 1 0.2318 0.92292 0.944 0.028 0.028
#> SRR1313560 1 0.1620 0.93217 0.964 0.024 0.012
#> SRR1092889 3 0.6683 0.42904 0.008 0.492 0.500
#> SRR1352213 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0424 0.94444 0.992 0.000 0.008
#> SRR1353970 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.6452 0.24703 0.036 0.712 0.252
#> SRR817825 1 0.7397 0.65960 0.704 0.148 0.148
#> SRR660366 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0424 0.94444 0.992 0.000 0.008
#> SRR821183 3 0.6683 0.42904 0.008 0.492 0.500
#> SRR1323512 2 0.7285 0.42007 0.320 0.632 0.048
#> SRR1325247 2 0.5178 0.50175 0.256 0.744 0.000
#> SRR1351583 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.5397 0.48587 0.280 0.720 0.000
#> SRR1318484 2 0.5974 0.48686 0.148 0.784 0.068
#> SRR1322395 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.6388 0.51254 0.184 0.752 0.064
#> SRR1325464 1 0.0475 0.94464 0.992 0.004 0.004
#> SRR1340280 1 0.3589 0.89546 0.900 0.048 0.052
#> SRR1455842 2 0.5360 0.51452 0.220 0.768 0.012
#> SRR1352619 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 1 0.9934 -0.26109 0.376 0.344 0.280
#> SRR661120 1 0.8595 0.44767 0.604 0.216 0.180
#> SRR601613 1 0.1620 0.93353 0.964 0.024 0.012
#> SRR811535 1 0.6322 0.75486 0.772 0.120 0.108
#> SRR820316 1 0.0424 0.94444 0.992 0.000 0.008
#> SRR1368616 2 0.6208 0.30100 0.048 0.752 0.200
#> SRR1375677 1 0.1015 0.94214 0.980 0.008 0.012
#> SRR1365700 2 0.5928 0.15521 0.008 0.696 0.296
#> SRR604122 1 0.0237 0.94499 0.996 0.004 0.000
#> SRR598509 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.2187 0.92561 0.948 0.028 0.024
#> SRR1339921 1 0.2318 0.92246 0.944 0.028 0.028
#> SRR664743 2 0.5098 0.50645 0.248 0.752 0.000
#> SRR1339199 2 0.5859 0.06520 0.000 0.656 0.344
#> SRR1355660 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.6025 0.74282 0.784 0.140 0.076
#> SRR656288 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR1487233 2 0.7377 -0.35731 0.032 0.516 0.452
#> SRR662043 1 0.6322 0.75486 0.772 0.120 0.108
#> SRR1381211 2 0.7489 0.28869 0.080 0.664 0.256
#> SRR1379365 2 0.5956 0.51583 0.188 0.768 0.044
#> SRR1384852 2 0.5988 0.14536 0.008 0.688 0.304
#> SRR1430357 2 0.5016 0.50772 0.240 0.760 0.000
#> SRR2164847 1 0.7228 0.62139 0.708 0.188 0.104
#> SRR807901 1 0.1491 0.93544 0.968 0.016 0.016
#> SRR816064 1 0.0424 0.94444 0.992 0.000 0.008
#> SRR810507 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444722 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.2313 0.92223 0.944 0.032 0.024
#> SRR662749 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1342701 2 0.8408 0.38769 0.244 0.612 0.144
#> SRR1343653 2 0.6169 -0.00663 0.004 0.636 0.360
#> SRR1336134 2 0.6007 0.51576 0.184 0.768 0.048
#> SRR654940 3 0.5431 0.64195 0.000 0.284 0.716
#> SRR1098288 2 0.6295 -0.27060 0.000 0.528 0.472
#> SRR1326343 1 0.1620 0.93217 0.964 0.024 0.012
#> SRR811145 1 0.0661 0.94380 0.988 0.004 0.008
#> SRR615359 1 0.3028 0.90892 0.920 0.032 0.048
#> SRR1075997 2 0.5619 0.22813 0.012 0.744 0.244
#> SRR1090483 2 0.5178 0.50275 0.256 0.744 0.000
#> SRR1388698 1 0.2187 0.92468 0.948 0.028 0.024
#> SRR1312482 2 0.6129 0.10198 0.008 0.668 0.324
#> SRR1430420 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.5659 0.49307 0.152 0.796 0.052
#> SRR1388419 2 0.6354 0.50870 0.196 0.748 0.056
#> SRR1442250 3 0.9581 0.25325 0.288 0.236 0.476
#> SRR1430679 2 0.5864 0.16341 0.008 0.704 0.288
#> SRR1311109 2 0.5591 0.45900 0.304 0.696 0.000
#> SRR1478990 2 0.8013 0.42088 0.296 0.612 0.092
#> SRR1392434 2 0.6007 0.51576 0.184 0.768 0.048
#> SRR1085925 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.5263 0.82239 0.828 0.088 0.084
#> SRR1383937 2 0.5939 0.25313 0.028 0.748 0.224
#> SRR1315393 3 0.6235 0.45302 0.000 0.436 0.564
#> SRR1094506 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.7979 0.34454 0.112 0.640 0.248
#> SRR1330153 1 0.3683 0.89193 0.896 0.044 0.060
#> SRR1451778 1 0.3683 0.89193 0.896 0.044 0.060
#> SRR657089 1 0.3554 0.89120 0.900 0.064 0.036
#> SRR1395659 2 0.7186 -0.40791 0.024 0.500 0.476
#> SRR1385716 1 0.0424 0.94419 0.992 0.000 0.008
#> SRR1466109 1 0.0661 0.94380 0.988 0.004 0.008
#> SRR1080977 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.2926 0.91201 0.924 0.036 0.040
#> SRR1485078 3 0.5058 0.66013 0.000 0.244 0.756
#> SRR661806 1 0.9934 -0.26109 0.376 0.344 0.280
#> SRR1334919 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR599249 1 0.3253 0.90361 0.912 0.036 0.052
#> SRR810051 2 0.7508 -0.15935 0.040 0.544 0.416
#> SRR1407202 1 0.3692 0.89205 0.896 0.048 0.056
#> SRR1434399 1 0.1620 0.93217 0.964 0.024 0.012
#> SRR1330965 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0661 0.94380 0.988 0.004 0.008
#> SRR1382508 1 0.0424 0.94419 0.992 0.000 0.008
#> SRR1405028 1 0.3589 0.89397 0.900 0.048 0.052
#> SRR612719 1 0.9571 0.05612 0.472 0.304 0.224
#> SRR1340617 2 0.5843 0.22787 0.016 0.732 0.252
#> SRR1448183 1 0.0237 0.94499 0.996 0.004 0.000
#> SRR1362488 2 0.6228 0.00037 0.004 0.624 0.372
#> SRR1361156 2 0.5024 0.51452 0.220 0.776 0.004
#> SRR1454374 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.3253 0.90361 0.912 0.036 0.052
#> SRR1477837 2 0.5591 0.46025 0.304 0.696 0.000
#> SRR607252 1 0.1620 0.93217 0.964 0.024 0.012
#> SRR1418946 1 0.0424 0.94419 0.992 0.000 0.008
#> SRR1456567 2 0.7814 0.31032 0.104 0.652 0.244
#> SRR1487425 2 0.6351 0.50485 0.168 0.760 0.072
#> SRR1335627 2 0.7377 -0.35731 0.032 0.516 0.452
#> SRR1327680 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.6373 0.17027 0.028 0.704 0.268
#> SRR1447673 2 0.5529 0.46858 0.296 0.704 0.000
#> SRR815735 1 0.2318 0.92292 0.944 0.028 0.028
#> SRR1404251 2 0.5903 0.25672 0.024 0.744 0.232
#> SRR601645 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR656300 2 0.6309 0.18180 0.496 0.504 0.000
#> SRR659983 1 0.1337 0.93701 0.972 0.016 0.012
#> SRR1402414 2 0.7377 -0.35731 0.032 0.516 0.452
#> SRR614215 1 0.0237 0.94499 0.996 0.004 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.5948 0.03676 0.000 0.640 0.360
#> SRR1340441 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0237 0.94499 0.996 0.004 0.000
#> SRR1403390 1 0.2689 0.91941 0.932 0.036 0.032
#> SRR1452741 1 0.1453 0.93543 0.968 0.008 0.024
#> SRR1458484 1 0.5327 0.55734 0.728 0.272 0.000
#> SRR1387091 2 0.5138 0.50392 0.252 0.748 0.000
#> SRR1358017 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.5687 0.51551 0.224 0.756 0.020
#> SRR1376539 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.5397 0.48337 0.280 0.720 0.000
#> SRR1419829 3 0.6683 0.42904 0.008 0.492 0.500
#> SRR1434315 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.3263 0.90300 0.912 0.048 0.040
#> SRR1367849 2 0.5431 0.48183 0.284 0.716 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.1919 0.93069 0.956 0.020 0.024
#> SRR1401446 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398311 2 0.6460 -0.29127 0.004 0.556 0.440
#> SRR1442149 2 0.6204 0.31315 0.424 0.576 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.5016 0.50772 0.240 0.760 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.5897 0.46748 0.132 0.792 0.076
#> SRR1321225 1 0.5831 0.76169 0.796 0.128 0.076
#> SRR1069802 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.4281 0.87154 0.872 0.056 0.072
#> SRR1334154 2 0.5158 0.51061 0.232 0.764 0.004
#> SRR1390072 2 0.5680 0.27320 0.024 0.764 0.212
#> SRR1467612 2 0.7542 0.40128 0.120 0.688 0.192
#> SRR1430133 2 0.6603 0.13334 0.020 0.648 0.332
#> SRR1468595 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1351931 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.8618 -0.17270 0.104 0.508 0.388
#> SRR1311243 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0237 0.94509 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469638 1 0.3028 0.90477 0.920 0.048 0.032
#> SRR662150 1 0.1182 0.93904 0.976 0.012 0.012
#> SRR1400290 1 0.0424 0.94419 0.992 0.000 0.008
#> SRR1084892 2 0.5929 0.09837 0.004 0.676 0.320
#> SRR1416166 1 0.2926 0.91201 0.924 0.036 0.040
#> SRR1477015 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.7214 0.41711 0.324 0.632 0.044
#> SRR1446156 2 0.6516 -0.42040 0.004 0.516 0.480
#> SRR1488328 2 0.5690 0.16350 0.004 0.708 0.288
#> SRR1086889 2 0.5826 0.28592 0.032 0.764 0.204
#> SRR814611 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.6309 0.18180 0.496 0.504 0.000
#> SRR807877 2 0.6546 0.48614 0.148 0.756 0.096
#> SRR1477033 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.5619 0.22813 0.012 0.744 0.244
#> SRR601986 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.7228 0.62139 0.708 0.188 0.104
#> SRR600474 1 0.0475 0.94464 0.992 0.004 0.004
#> SRR1307699 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.2318 0.92246 0.944 0.028 0.028
#> SRR1323628 1 0.1636 0.93332 0.964 0.020 0.016
#> SRR1430951 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 1 0.7306 0.29485 0.616 0.340 0.044
#> SRR1478149 1 0.0475 0.94443 0.992 0.004 0.004
#> SRR1384413 2 0.5591 0.46045 0.304 0.696 0.000
#> SRR1366855 2 0.6267 0.28263 0.452 0.548 0.000
#> SRR1077115 2 0.5536 0.51544 0.200 0.776 0.024
#> SRR1399990 1 0.1636 0.93387 0.964 0.016 0.020
#> SRR1434093 1 0.0424 0.94419 0.992 0.000 0.008
#> SRR1341408 2 0.6291 -0.26806 0.000 0.532 0.468
#> SRR612335 3 0.9231 0.35444 0.216 0.252 0.532
#> SRR1321420 1 0.2187 0.92561 0.948 0.028 0.024
#> SRR1329177 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.7606 0.45813 0.244 0.664 0.092
#> SRR614996 1 0.3009 0.90475 0.920 0.052 0.028
#> SRR1431602 2 0.6990 0.48550 0.164 0.728 0.108
#> SRR1311509 1 0.3683 0.89193 0.896 0.044 0.060
#> SRR1507229 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0237 0.94496 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408072 2 0.5070 0.51353 0.224 0.772 0.004
#> SRR1469591 1 0.1482 0.93504 0.968 0.012 0.020
#> SRR1392813 2 0.5859 0.06520 0.000 0.656 0.344
#> SRR1453026 2 0.6886 0.37256 0.088 0.728 0.184
#> SRR1388105 2 0.5650 0.44946 0.312 0.688 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.94560 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 1 0.8753 0.41017 0.588 0.224 0.188
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0188 0.9466 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.6213 -0.2042 0.000 0.484 0.464 0.052
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.1617 0.9321 0.956 0.012 0.008 0.024
#> SRR1442648 4 0.5883 -0.1100 0.000 0.388 0.040 0.572
#> SRR1486174 2 0.6417 0.6517 0.000 0.540 0.072 0.388
#> SRR1349433 4 0.5044 0.5753 0.020 0.156 0.044 0.780
#> SRR1321283 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.1284 0.9336 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1435584 2 0.7220 0.5032 0.000 0.548 0.240 0.212
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.2408 0.6926 0.036 0.044 0.000 0.920
#> SRR1458026 4 0.1940 0.6901 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1094192 4 0.2261 0.6965 0.036 0.024 0.008 0.932
#> SRR1397180 4 0.3852 0.5420 0.012 0.180 0.000 0.808
#> SRR657492 1 0.0672 0.9444 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR662665 1 0.0937 0.9408 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR818530 3 0.6465 0.2976 0.000 0.072 0.516 0.412
#> SRR817563 2 0.6339 0.5044 0.000 0.656 0.196 0.148
#> SRR613462 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1405206 3 0.4800 0.5834 0.000 0.196 0.760 0.044
#> SRR1454136 4 0.5530 0.0205 0.004 0.360 0.020 0.616
#> SRR1380785 2 0.7555 0.5167 0.008 0.452 0.148 0.392
#> SRR612875 1 0.4174 0.8191 0.836 0.024 0.024 0.116
#> SRR808327 2 0.4608 0.7515 0.000 0.692 0.004 0.304
#> SRR1355194 4 0.6697 0.5239 0.064 0.072 0.176 0.688
#> SRR1408227 2 0.4830 0.6819 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1086304 1 0.3841 0.8716 0.868 0.048 0.032 0.052
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 3 0.4219 0.5983 0.004 0.136 0.820 0.040
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.3221 0.8911 0.892 0.048 0.012 0.048
#> SRR602437 1 0.2944 0.8925 0.900 0.044 0.004 0.052
#> SRR663404 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.6498 0.0228 0.000 0.488 0.440 0.072
#> SRR1479263 4 0.5579 0.3385 0.012 0.268 0.032 0.688
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.4500 0.7438 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1367456 3 0.8050 0.4063 0.268 0.060 0.544 0.128
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 3 0.4037 0.5965 0.000 0.136 0.824 0.040
#> SRR1087197 1 0.3617 0.8762 0.876 0.048 0.020 0.056
#> SRR1383960 1 0.6618 0.5738 0.664 0.096 0.024 0.216
#> SRR600924 1 0.6808 0.5970 0.668 0.108 0.036 0.188
#> SRR662390 1 0.2529 0.9070 0.920 0.024 0.008 0.048
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0524 0.9450 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1352936 1 0.5248 0.7317 0.768 0.060 0.016 0.156
#> SRR598148 1 0.2685 0.9035 0.912 0.040 0.004 0.044
#> SRR1444390 4 0.2708 0.6642 0.016 0.076 0.004 0.904
#> SRR1444644 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 3 0.6311 0.4901 0.192 0.020 0.692 0.096
#> SRR1468682 4 0.4700 0.6199 0.084 0.124 0.000 0.792
#> SRR1490505 2 0.6310 0.5754 0.000 0.512 0.060 0.428
#> SRR1343859 1 0.2742 0.9056 0.912 0.040 0.008 0.040
#> SRR1075631 4 0.1398 0.6950 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR1444954 3 0.4037 0.5965 0.000 0.136 0.824 0.040
#> SRR1479286 4 0.1867 0.6918 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1381524 1 0.0844 0.9419 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1392208 2 0.6439 0.5399 0.000 0.648 0.176 0.176
#> SRR1456693 3 0.6327 0.2288 0.000 0.060 0.496 0.444
#> SRR1358482 3 0.4206 0.5955 0.000 0.136 0.816 0.048
#> SRR658331 4 0.9512 -0.0499 0.300 0.160 0.164 0.376
#> SRR810619 2 0.4304 0.7548 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR600829 1 0.6142 0.6777 0.720 0.096 0.028 0.156
#> SRR599380 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.1792 0.6940 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.3873 0.7386 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.1452 0.6943 0.036 0.008 0.000 0.956
#> SRR661337 1 0.1639 0.9294 0.952 0.008 0.004 0.036
#> SRR601239 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.1486 0.6893 0.024 0.008 0.008 0.960
#> SRR1419453 1 0.1674 0.9273 0.952 0.004 0.012 0.032
#> SRR1437208 4 0.6044 -0.3683 0.000 0.428 0.044 0.528
#> SRR1444914 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.6416 0.5100 0.000 0.648 0.200 0.152
#> SRR1093269 4 0.6066 -0.1435 0.004 0.392 0.040 0.564
#> SRR1341456 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.2694 0.6852 0.024 0.044 0.016 0.916
#> SRR816358 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 4 0.9663 -0.0666 0.264 0.180 0.184 0.372
#> SRR813728 2 0.6213 -0.2042 0.000 0.484 0.464 0.052
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.4888 0.6553 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1432366 4 0.2282 0.6781 0.024 0.052 0.000 0.924
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.2115 0.9187 0.936 0.024 0.004 0.036
#> SRR1326040 1 0.3703 0.8581 0.868 0.032 0.020 0.080
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.7192 -0.1273 0.036 0.056 0.432 0.476
#> SRR1398706 4 0.6302 -0.1181 0.000 0.368 0.068 0.564
#> SRR1368794 3 0.6216 0.5109 0.000 0.240 0.652 0.108
#> SRR1392749 4 0.4312 0.5601 0.000 0.132 0.056 0.812
#> SRR603968 1 0.0967 0.9407 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR815661 1 0.1284 0.9336 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR663100 4 0.1767 0.6972 0.044 0.012 0.000 0.944
#> SRR661229 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.3338 0.8822 0.884 0.052 0.008 0.056
#> SRR1464281 2 0.6052 0.7400 0.000 0.640 0.076 0.284
#> SRR1400397 4 0.2433 0.6588 0.008 0.060 0.012 0.920
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.4164 0.7564 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1384917 4 0.4907 0.6500 0.072 0.036 0.080 0.812
#> SRR1435182 2 0.4817 0.6887 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1477569 1 0.0376 0.9462 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR602461 1 0.5651 0.7270 0.752 0.092 0.020 0.136
#> SRR1334338 1 0.0376 0.9462 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR663014 4 0.4282 0.5680 0.000 0.124 0.060 0.816
#> SRR1417960 4 0.3764 0.5319 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1474730 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.6586 0.4919 0.000 0.628 0.216 0.156
#> SRR657695 3 0.7294 0.2057 0.032 0.068 0.464 0.436
#> SRR1357650 4 0.3771 0.6644 0.032 0.084 0.020 0.864
#> SRR1472237 2 0.4916 0.6360 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1470816 4 0.6550 -0.0822 0.008 0.056 0.432 0.504
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0524 0.9456 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1318998 1 0.3081 0.8971 0.900 0.040 0.016 0.044
#> SRR1392795 4 0.3599 0.6524 0.020 0.092 0.020 0.868
#> SRR1469859 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.3221 0.6663 0.100 0.004 0.020 0.876
#> SRR1360587 4 0.1443 0.6916 0.028 0.008 0.004 0.960
#> SRR604230 1 0.1297 0.9359 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR1347667 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 1 0.6712 0.5491 0.652 0.096 0.024 0.228
#> SRR665514 1 0.6808 0.5970 0.668 0.108 0.036 0.188
#> SRR1454522 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.1296 0.6908 0.028 0.004 0.004 0.964
#> SRR1429802 4 0.2281 0.6753 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1345436 4 0.1305 0.6938 0.036 0.004 0.000 0.960
#> SRR1433684 1 0.2529 0.9070 0.920 0.024 0.008 0.048
#> SRR613186 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.6988 0.5257 0.000 0.500 0.120 0.380
#> SRR1417766 2 0.3726 0.7267 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1420606 4 0.6534 0.3377 0.280 0.056 0.028 0.636
#> SRR1326687 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.0564 0.9448 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1309856 4 0.5842 0.3872 0.012 0.248 0.052 0.688
#> SRR1102756 4 0.5010 0.4347 0.016 0.244 0.012 0.728
#> SRR1366519 2 0.3873 0.7386 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1080438 4 0.7075 -0.2860 0.000 0.384 0.128 0.488
#> SRR1391789 1 0.6712 0.5491 0.652 0.096 0.024 0.228
#> SRR1402195 1 0.3089 0.8929 0.896 0.052 0.008 0.044
#> SRR1429516 4 0.2281 0.6753 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1406662 4 0.4974 0.6561 0.060 0.068 0.060 0.812
#> SRR1333414 2 0.6407 0.7009 0.000 0.584 0.084 0.332
#> SRR1369030 4 0.7283 -0.4123 0.000 0.420 0.148 0.432
#> SRR1342916 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1362824 4 0.3694 0.6490 0.016 0.092 0.028 0.864
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.2845 0.8980 0.904 0.036 0.004 0.056
#> SRR1434568 4 0.1389 0.6962 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1341965 4 0.1474 0.6972 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1473505 2 0.7661 0.4263 0.000 0.464 0.264 0.272
#> SRR1402068 3 0.4219 0.5983 0.004 0.136 0.820 0.040
#> SRR1490076 2 0.4250 0.7577 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1435501 1 0.0524 0.9453 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1452491 2 0.4916 0.6372 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1397329 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.3764 0.5319 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1418390 4 0.6524 -0.0454 0.008 0.344 0.068 0.580
#> SRR608480 1 0.6808 0.5970 0.668 0.108 0.036 0.188
#> SRR598589 1 0.1174 0.9375 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR601868 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.4761 0.7052 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR815893 4 0.1389 0.6972 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1455503 4 0.2563 0.6699 0.020 0.072 0.000 0.908
#> SRR810737 4 0.1557 0.6962 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.3316 0.6685 0.020 0.064 0.028 0.888
#> SRR1457872 4 0.6068 -0.4238 0.000 0.448 0.044 0.508
#> SRR658481 4 0.1716 0.6949 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1406243 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.2010 0.9198 0.940 0.012 0.008 0.040
#> SRR656433 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.4543 0.7416 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1308674 2 0.4898 0.6548 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1338363 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.5182 0.7588 0.000 0.684 0.028 0.288
#> SRR1321608 2 0.5890 0.7488 0.000 0.660 0.072 0.268
#> SRR1441464 2 0.3975 0.7464 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR607970 1 0.6808 0.5970 0.668 0.108 0.036 0.188
#> SRR1338171 4 0.6761 0.5187 0.064 0.076 0.176 0.684
#> SRR604174 1 0.1388 0.9336 0.960 0.012 0.000 0.028
#> SRR1345221 1 0.1284 0.9336 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR815517 1 0.3221 0.8911 0.892 0.048 0.012 0.048
#> SRR615970 1 0.0524 0.9448 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1370659 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0524 0.9453 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1331013 4 0.4700 0.6199 0.084 0.124 0.000 0.792
#> SRR1419638 1 0.0376 0.9456 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1434975 1 0.3617 0.8762 0.876 0.048 0.020 0.056
#> SRR1445741 4 0.5140 0.5820 0.020 0.144 0.056 0.780
#> SRR1088142 1 0.1811 0.9265 0.948 0.020 0.004 0.028
#> SRR604206 1 0.0804 0.9426 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1358779 1 0.1377 0.9357 0.964 0.008 0.008 0.020
#> SRR1473142 4 0.1389 0.6962 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1410334 3 0.5910 0.5652 0.028 0.096 0.740 0.136
#> SRR1352234 4 0.2216 0.6791 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1487807 4 0.3718 0.5645 0.012 0.168 0.000 0.820
#> SRR1489715 2 0.6794 0.5095 0.008 0.476 0.072 0.444
#> SRR1364780 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.6240 0.5308 0.000 0.668 0.176 0.156
#> SRR1409748 4 0.2654 0.6664 0.108 0.004 0.000 0.888
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.7279 0.4386 0.000 0.444 0.148 0.408
#> SRR1316725 3 0.4800 0.5834 0.000 0.196 0.760 0.044
#> SRR1314851 4 0.2174 0.6978 0.052 0.020 0.000 0.928
#> SRR1354599 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.4675 0.7725 0.800 0.044 0.012 0.144
#> SRR1308696 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 4 0.5555 0.5897 0.048 0.160 0.036 0.756
#> SRR1366690 1 0.2597 0.9064 0.916 0.040 0.004 0.040
#> SRR1317707 2 0.6303 0.5093 0.000 0.660 0.192 0.148
#> SRR1339321 4 0.3653 0.6450 0.024 0.112 0.008 0.856
#> SRR1442487 2 0.4770 0.7592 0.000 0.700 0.012 0.288
#> SRR1069690 3 0.7529 0.2773 0.000 0.224 0.488 0.288
#> SRR1319344 3 0.7579 0.4203 0.276 0.036 0.568 0.120
#> SRR1332835 2 0.4431 0.7493 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1334694 2 0.4888 0.6606 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1478434 4 0.1716 0.6948 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1479933 3 0.4636 0.5871 0.000 0.188 0.772 0.040
#> SRR1313853 2 0.4831 0.7091 0.000 0.752 0.040 0.208
#> SRR661192 1 0.0376 0.9462 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1384827 4 0.6514 -0.2856 0.008 0.408 0.056 0.528
#> SRR814587 4 0.3392 0.6016 0.000 0.124 0.020 0.856
#> SRR656899 1 0.1182 0.9368 0.968 0.016 0.000 0.016
#> SRR1088340 4 0.2282 0.6792 0.024 0.052 0.000 0.924
#> SRR1349772 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0188 0.9464 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442273 4 0.4711 0.6104 0.052 0.144 0.008 0.796
#> SRR1407470 2 0.4608 0.7515 0.000 0.692 0.004 0.304
#> SRR1490289 4 0.7246 0.0559 0.048 0.052 0.372 0.528
#> SRR1093649 3 0.5040 0.5484 0.096 0.020 0.796 0.088
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.3914 0.6197 0.008 0.104 0.040 0.848
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.2667 0.8998 0.912 0.020 0.008 0.060
#> SRR1321505 1 0.0376 0.9462 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1457768 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.4134 0.4627 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR657903 1 0.1284 0.9336 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1403458 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.3924 0.6865 0.052 0.052 0.032 0.864
#> SRR613759 1 0.0336 0.9459 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1472281 4 0.4429 0.4660 0.012 0.220 0.004 0.764
#> SRR1440445 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1088734 4 0.2408 0.6926 0.036 0.044 0.000 0.920
#> SRR1455607 4 0.1867 0.6918 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1077528 4 0.1389 0.6967 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1364695 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.2115 0.9191 0.936 0.024 0.004 0.036
#> SRR1313560 1 0.1284 0.9336 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1092889 3 0.6384 0.2363 0.000 0.064 0.496 0.440
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0336 0.9459 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.4866 0.6744 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR817825 1 0.6734 0.6418 0.696 0.060 0.132 0.112
#> SRR660366 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0336 0.9459 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR821183 3 0.6384 0.2363 0.000 0.064 0.496 0.440
#> SRR1323512 4 0.5239 0.5959 0.140 0.064 0.020 0.776
#> SRR1325247 4 0.1661 0.6972 0.052 0.004 0.000 0.944
#> SRR1351583 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.1867 0.6918 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1318484 4 0.3681 0.6176 0.004 0.104 0.036 0.856
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.3633 0.6437 0.012 0.084 0.036 0.868
#> SRR1325464 1 0.0376 0.9462 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1340280 1 0.3081 0.8971 0.900 0.040 0.016 0.044
#> SRR1455842 4 0.2301 0.6900 0.028 0.028 0.012 0.932
#> SRR1352619 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 4 0.9663 -0.0666 0.264 0.180 0.184 0.372
#> SRR661120 1 0.8591 0.2012 0.496 0.132 0.092 0.280
#> SRR601613 1 0.1388 0.9336 0.960 0.012 0.000 0.028
#> SRR811535 1 0.6808 0.5970 0.668 0.108 0.036 0.188
#> SRR820316 1 0.0336 0.9459 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1368616 4 0.5883 -0.1100 0.000 0.388 0.040 0.572
#> SRR1375677 1 0.0804 0.9436 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1365700 2 0.4500 0.7438 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR604122 1 0.0188 0.9465 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR598509 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.1733 0.9270 0.948 0.024 0.000 0.028
#> SRR1339921 1 0.2115 0.9187 0.936 0.024 0.004 0.036
#> SRR664743 4 0.1489 0.6966 0.044 0.004 0.000 0.952
#> SRR1339199 2 0.4040 0.7516 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.5382 0.7137 0.756 0.060 0.016 0.168
#> SRR656288 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1487233 4 0.6550 -0.0822 0.008 0.056 0.432 0.504
#> SRR662043 1 0.6808 0.5970 0.668 0.108 0.036 0.188
#> SRR1381211 4 0.7016 -0.2377 0.008 0.380 0.096 0.516
#> SRR1379365 4 0.3487 0.6540 0.020 0.092 0.016 0.872
#> SRR1384852 2 0.4431 0.7493 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1430357 4 0.1305 0.6938 0.036 0.004 0.000 0.960
#> SRR2164847 1 0.6712 0.5491 0.652 0.096 0.024 0.228
#> SRR807901 1 0.1182 0.9368 0.968 0.016 0.000 0.016
#> SRR816064 1 0.0336 0.9459 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.2189 0.9155 0.932 0.020 0.004 0.044
#> SRR662749 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1342701 4 0.6505 0.5537 0.104 0.056 0.128 0.712
#> SRR1343653 2 0.6248 0.6630 0.000 0.640 0.100 0.260
#> SRR1336134 4 0.3505 0.6302 0.012 0.108 0.016 0.864
#> SRR654940 3 0.5074 0.5482 0.000 0.236 0.724 0.040
#> SRR1098288 2 0.6664 0.4703 0.000 0.616 0.232 0.152
#> SRR1326343 1 0.1284 0.9336 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR811145 1 0.0524 0.9453 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR615359 1 0.2594 0.9081 0.916 0.044 0.004 0.036
#> SRR1075997 2 0.4830 0.6819 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1090483 4 0.1389 0.6968 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1388698 1 0.1733 0.9262 0.948 0.024 0.000 0.028
#> SRR1312482 2 0.6033 0.7423 0.000 0.620 0.064 0.316
#> SRR1430420 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.3037 0.6208 0.000 0.100 0.020 0.880
#> SRR1388419 4 0.2981 0.6714 0.016 0.048 0.032 0.904
#> SRR1442250 3 0.7579 0.4203 0.276 0.036 0.568 0.120
#> SRR1430679 2 0.4543 0.7416 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1311109 4 0.2281 0.6753 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1478990 4 0.5416 0.5793 0.088 0.012 0.140 0.760
#> SRR1392434 4 0.3505 0.6302 0.012 0.108 0.016 0.864
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.5651 0.7270 0.752 0.092 0.020 0.136
#> SRR1383937 4 0.6306 -0.4147 0.004 0.448 0.048 0.500
#> SRR1315393 3 0.6332 0.1025 0.000 0.452 0.488 0.060
#> SRR1094506 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 4 0.6670 -0.1827 0.004 0.376 0.080 0.540
#> SRR1330153 1 0.3089 0.8929 0.896 0.052 0.008 0.044
#> SRR1451778 1 0.3089 0.8929 0.896 0.052 0.008 0.044
#> SRR657089 1 0.3855 0.8502 0.856 0.040 0.012 0.092
#> SRR1395659 4 0.6786 -0.1300 0.008 0.072 0.432 0.488
#> SRR1385716 1 0.0564 0.9447 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1466109 1 0.0524 0.9453 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1080977 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.2411 0.9109 0.920 0.040 0.000 0.040
#> SRR1485078 3 0.4800 0.5834 0.000 0.196 0.760 0.044
#> SRR661806 4 0.9663 -0.0666 0.264 0.180 0.184 0.372
#> SRR1334919 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR599249 1 0.2680 0.9046 0.912 0.048 0.004 0.036
#> SRR810051 2 0.7126 0.5524 0.000 0.552 0.176 0.272
#> SRR1407202 1 0.3091 0.8931 0.896 0.048 0.008 0.048
#> SRR1434399 1 0.1284 0.9336 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1330965 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0524 0.9453 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1382508 1 0.0564 0.9447 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1405028 1 0.3005 0.8950 0.900 0.044 0.008 0.048
#> SRR612719 4 0.9276 -0.0486 0.356 0.136 0.144 0.364
#> SRR1340617 2 0.4843 0.6791 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1448183 1 0.0188 0.9465 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362488 2 0.6783 0.6840 0.000 0.572 0.124 0.304
#> SRR1361156 4 0.1406 0.6890 0.024 0.016 0.000 0.960
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.2680 0.9046 0.912 0.048 0.004 0.036
#> SRR1477837 4 0.2281 0.6772 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR607252 1 0.1284 0.9336 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1418946 1 0.0376 0.9456 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1456567 4 0.6537 -0.3903 0.000 0.424 0.076 0.500
#> SRR1487425 4 0.3914 0.6197 0.008 0.104 0.040 0.848
#> SRR1335627 4 0.6550 -0.0822 0.008 0.056 0.432 0.504
#> SRR1327680 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.6794 0.5092 0.008 0.476 0.072 0.444
#> SRR1447673 4 0.2401 0.6811 0.092 0.004 0.000 0.904
#> SRR815735 1 0.2115 0.9191 0.936 0.024 0.004 0.036
#> SRR1404251 2 0.5097 0.6325 0.000 0.568 0.004 0.428
#> SRR601645 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.4356 0.4092 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR659983 1 0.1059 0.9384 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1402414 4 0.6550 -0.0822 0.008 0.056 0.432 0.504
#> SRR614215 1 0.0188 0.9465 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR659283 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.3649 0.7190 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1340441 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0188 0.9465 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403390 1 0.2546 0.9137 0.920 0.028 0.008 0.044
#> SRR1452741 1 0.1362 0.9349 0.964 0.020 0.004 0.012
#> SRR1458484 1 0.4992 0.0142 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1387091 4 0.1302 0.6959 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1358017 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.2570 0.6828 0.028 0.052 0.004 0.916
#> SRR1376539 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.1867 0.6926 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1419829 3 0.6384 0.2363 0.000 0.064 0.496 0.440
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.3016 0.8915 0.896 0.040 0.004 0.060
#> SRR1367849 4 0.1940 0.6902 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.2115 0.9192 0.936 0.024 0.004 0.036
#> SRR1401446 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.7645 0.4252 0.000 0.468 0.268 0.264
#> SRR1442149 4 0.3764 0.5319 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR809137 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.1305 0.6938 0.036 0.004 0.000 0.960
#> SRR600852 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.3793 0.5983 0.000 0.112 0.044 0.844
#> SRR1321225 1 0.5248 0.7317 0.768 0.060 0.016 0.156
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.3756 0.8749 0.872 0.052 0.032 0.044
#> SRR1334154 4 0.1590 0.6916 0.028 0.008 0.008 0.956
#> SRR1390072 2 0.5147 0.5680 0.000 0.536 0.004 0.460
#> SRR1467612 4 0.6059 0.1987 0.004 0.300 0.060 0.636
#> SRR1430133 2 0.5666 0.7550 0.004 0.660 0.040 0.296
#> SRR1468595 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.7246 0.0559 0.048 0.052 0.372 0.528
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0188 0.9465 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.2695 0.9001 0.912 0.024 0.008 0.056
#> SRR662150 1 0.0937 0.9405 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1400290 1 0.0564 0.9447 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1084892 2 0.5712 0.7471 0.000 0.644 0.048 0.308
#> SRR1416166 1 0.2411 0.9109 0.920 0.040 0.000 0.040
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 4 0.5091 0.5998 0.140 0.056 0.020 0.784
#> SRR1446156 3 0.7870 0.0423 0.000 0.324 0.388 0.288
#> SRR1488328 2 0.4564 0.7405 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1086889 2 0.5000 0.4852 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR814611 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.4356 0.4092 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR807877 4 0.4861 0.4887 0.008 0.196 0.032 0.764
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.4830 0.6819 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR601986 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.6712 0.5491 0.652 0.096 0.024 0.228
#> SRR600474 1 0.0376 0.9462 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.2115 0.9187 0.936 0.024 0.004 0.036
#> SRR1323628 1 0.1297 0.9347 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR1430951 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 1 0.7118 -0.0782 0.488 0.068 0.024 0.420
#> SRR1478149 1 0.0524 0.9452 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1384413 4 0.2281 0.6764 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1366855 4 0.4252 0.4820 0.252 0.004 0.000 0.744
#> SRR1077115 4 0.2328 0.6714 0.016 0.056 0.004 0.924
#> SRR1399990 1 0.2010 0.9198 0.940 0.012 0.008 0.040
#> SRR1434093 1 0.0564 0.9447 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1341408 2 0.6240 0.5308 0.000 0.668 0.176 0.156
#> SRR612335 3 0.6517 0.4817 0.204 0.024 0.676 0.096
#> SRR1321420 1 0.1733 0.9270 0.948 0.024 0.000 0.028
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.4748 0.6546 0.072 0.032 0.076 0.820
#> SRR614996 1 0.2667 0.8998 0.912 0.020 0.008 0.060
#> SRR1431602 4 0.5108 0.5515 0.016 0.164 0.048 0.772
#> SRR1311509 1 0.3089 0.8929 0.896 0.052 0.008 0.044
#> SRR1507229 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0188 0.9464 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.1510 0.6919 0.028 0.016 0.000 0.956
#> SRR1469591 1 0.1484 0.9321 0.960 0.016 0.004 0.020
#> SRR1392813 2 0.4040 0.7516 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1453026 4 0.6385 0.2259 0.008 0.288 0.076 0.628
#> SRR1388105 4 0.2654 0.6664 0.108 0.004 0.000 0.888
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 1 0.8716 0.1544 0.480 0.132 0.100 0.288
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0162 0.9205 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 5 0.5190 0.3807 0.000 0.404 0.016 0.020 0.560
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.1522 0.9002 0.944 0.000 0.044 0.012 0.000
#> SRR1442648 4 0.5947 -0.0265 0.000 0.396 0.012 0.516 0.076
#> SRR1486174 2 0.6372 0.5817 0.000 0.568 0.048 0.308 0.076
#> SRR1349433 4 0.4718 0.6460 0.016 0.172 0.012 0.760 0.040
#> SRR1321283 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.1364 0.8993 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1435584 2 0.6436 0.3588 0.000 0.568 0.036 0.104 0.292
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.1907 0.7421 0.028 0.044 0.000 0.928 0.000
#> SRR1458026 4 0.1704 0.7366 0.068 0.000 0.004 0.928 0.000
#> SRR1094192 4 0.1988 0.7448 0.028 0.016 0.008 0.936 0.012
#> SRR1397180 4 0.3628 0.5997 0.012 0.216 0.000 0.772 0.000
#> SRR657492 1 0.0609 0.9179 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0955 0.9115 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR818530 5 0.6747 0.1176 0.000 0.032 0.116 0.404 0.448
#> SRR817563 2 0.5006 0.3709 0.000 0.672 0.008 0.048 0.272
#> SRR613462 1 0.0404 0.9186 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1405206 5 0.2952 0.7075 0.000 0.104 0.008 0.020 0.868
#> SRR1454136 4 0.5202 0.1420 0.000 0.392 0.008 0.568 0.032
#> SRR1380785 2 0.7515 0.4177 0.008 0.448 0.060 0.344 0.140
#> SRR612875 1 0.3828 0.7270 0.808 0.000 0.120 0.072 0.000
#> SRR808327 2 0.3190 0.7155 0.000 0.840 0.012 0.140 0.008
#> SRR1355194 4 0.6434 0.5822 0.048 0.064 0.060 0.680 0.148
#> SRR1408227 2 0.3671 0.7082 0.000 0.756 0.008 0.236 0.000
#> SRR1086304 1 0.3657 0.7453 0.804 0.004 0.172 0.016 0.004
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.3611 0.6989 0.000 0.076 0.064 0.016 0.844
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.3381 0.7697 0.820 0.004 0.160 0.016 0.000
#> SRR602437 1 0.2563 0.8244 0.872 0.000 0.120 0.008 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0162 0.9202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.5868 -0.0957 0.000 0.472 0.052 0.020 0.456
#> SRR1479263 4 0.5267 0.2748 0.004 0.348 0.016 0.608 0.024
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.2806 0.7154 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR1367456 3 0.7972 0.4086 0.184 0.020 0.408 0.056 0.332
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.3546 0.6992 0.000 0.076 0.060 0.016 0.848
#> SRR1087197 1 0.3631 0.7673 0.820 0.004 0.148 0.020 0.008
#> SRR1383960 1 0.6092 0.3093 0.632 0.024 0.200 0.144 0.000
#> SRR600924 1 0.5415 -0.0352 0.552 0.000 0.384 0.064 0.000
#> SRR662390 1 0.2172 0.8658 0.908 0.000 0.076 0.016 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0955 0.9093 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1352936 1 0.4624 0.6193 0.752 0.004 0.148 0.096 0.000
#> SRR598148 1 0.2722 0.8323 0.872 0.000 0.108 0.020 0.000
#> SRR1444390 4 0.2401 0.7222 0.008 0.076 0.008 0.904 0.004
#> SRR1444644 1 0.0510 0.9176 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0290 0.9204 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR603918 5 0.7439 -0.0987 0.132 0.024 0.336 0.036 0.472
#> SRR1468682 4 0.4848 0.6219 0.076 0.176 0.012 0.736 0.000
#> SRR1490505 2 0.5938 0.4680 0.000 0.536 0.028 0.384 0.052
#> SRR1343859 1 0.2966 0.8061 0.848 0.000 0.136 0.016 0.000
#> SRR1075631 4 0.1329 0.7424 0.032 0.008 0.004 0.956 0.000
#> SRR1444954 5 0.3546 0.6992 0.000 0.076 0.060 0.016 0.848
#> SRR1479286 4 0.1638 0.7376 0.064 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR1381524 1 0.0771 0.9151 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1392208 2 0.5200 0.4206 0.000 0.676 0.008 0.072 0.244
#> SRR1456693 4 0.6680 -0.0496 0.000 0.024 0.124 0.436 0.416
#> SRR1358482 5 0.3700 0.6923 0.000 0.080 0.060 0.020 0.840
#> SRR658331 3 0.6130 0.6526 0.168 0.012 0.656 0.144 0.020
#> SRR810619 2 0.2597 0.7062 0.000 0.872 0.004 0.120 0.004
#> SRR600829 1 0.5052 0.2156 0.612 0.000 0.340 0.048 0.000
#> SRR599380 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.1571 0.7402 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000
#> SRR2185195 1 0.0290 0.9204 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.0404 0.9186 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.2179 0.6711 0.000 0.912 0.008 0.072 0.008
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.1356 0.7419 0.028 0.012 0.004 0.956 0.000
#> SRR661337 1 0.1740 0.8870 0.932 0.000 0.056 0.012 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.1692 0.7405 0.020 0.016 0.008 0.948 0.008
#> SRR1419453 1 0.1774 0.8859 0.932 0.000 0.052 0.016 0.000
#> SRR1437208 2 0.5302 0.4510 0.000 0.536 0.000 0.412 0.052
#> SRR1444914 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.5271 0.3781 0.000 0.660 0.016 0.052 0.272
#> SRR1093269 4 0.5929 -0.1254 0.000 0.428 0.016 0.492 0.064
#> SRR1341456 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.2277 0.7370 0.016 0.052 0.000 0.916 0.016
#> SRR816358 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.6799 0.6311 0.152 0.032 0.632 0.144 0.040
#> SRR813728 5 0.5190 0.3807 0.000 0.404 0.016 0.020 0.560
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.3835 0.6984 0.000 0.732 0.008 0.260 0.000
#> SRR1432366 4 0.2005 0.7313 0.016 0.056 0.004 0.924 0.000
#> SRR1087992 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.1671 0.8792 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.3242 0.7841 0.844 0.000 0.116 0.040 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.7229 0.1089 0.032 0.012 0.144 0.472 0.340
#> SRR1398706 4 0.6032 0.1331 0.000 0.364 0.036 0.548 0.052
#> SRR1368794 5 0.5246 0.6529 0.000 0.144 0.040 0.084 0.732
#> SRR1392749 4 0.4348 0.6413 0.000 0.128 0.016 0.788 0.068
#> SRR603968 1 0.1732 0.8765 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.1364 0.8993 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR663100 4 0.1538 0.7442 0.036 0.008 0.008 0.948 0.000
#> SRR661229 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.3513 0.7367 0.800 0.000 0.180 0.020 0.000
#> SRR1464281 2 0.5383 0.6704 0.000 0.712 0.036 0.172 0.080
#> SRR1400397 4 0.2326 0.7197 0.004 0.072 0.004 0.908 0.012
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.2392 0.6972 0.000 0.888 0.004 0.104 0.004
#> SRR1384917 4 0.4706 0.7036 0.068 0.028 0.028 0.800 0.076
#> SRR1435182 2 0.3642 0.7111 0.000 0.760 0.008 0.232 0.000
#> SRR1477569 1 0.0290 0.9203 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.4748 0.3897 0.660 0.000 0.300 0.040 0.000
#> SRR1334338 1 0.0290 0.9203 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0404 0.9198 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR663014 4 0.4350 0.6476 0.000 0.120 0.020 0.792 0.068
#> SRR1417960 4 0.3421 0.5352 0.204 0.000 0.008 0.788 0.000
#> SRR1474730 1 0.0510 0.9176 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.5046 0.3276 0.000 0.656 0.008 0.044 0.292
#> SRR657695 4 0.7291 -0.0318 0.028 0.012 0.156 0.432 0.372
#> SRR1357650 4 0.3731 0.7182 0.028 0.096 0.016 0.844 0.016
#> SRR1472237 2 0.3980 0.6749 0.000 0.708 0.008 0.284 0.000
#> SRR1470816 4 0.6717 0.1497 0.008 0.020 0.116 0.500 0.356
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0404 0.9199 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.3011 0.8001 0.844 0.000 0.140 0.016 0.000
#> SRR1392795 4 0.3616 0.7083 0.016 0.108 0.016 0.844 0.016
#> SRR1469859 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.2981 0.7198 0.084 0.000 0.024 0.876 0.016
#> SRR1360587 4 0.1334 0.7391 0.020 0.012 0.004 0.960 0.004
#> SRR604230 1 0.1282 0.9026 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1347667 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR608096 1 0.6235 0.2664 0.620 0.028 0.204 0.148 0.000
#> SRR665514 1 0.5423 -0.0534 0.548 0.000 0.388 0.064 0.000
#> SRR1454522 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.1220 0.7383 0.020 0.008 0.004 0.964 0.004
#> SRR1429802 4 0.2011 0.7225 0.088 0.000 0.004 0.908 0.000
#> SRR1345436 4 0.1116 0.7405 0.028 0.004 0.004 0.964 0.000
#> SRR1433684 1 0.2172 0.8658 0.908 0.000 0.076 0.016 0.000
#> SRR613186 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.6692 0.4640 0.000 0.504 0.016 0.308 0.172
#> SRR1417766 2 0.2228 0.6540 0.000 0.916 0.008 0.056 0.020
#> SRR1420606 4 0.6538 0.2284 0.240 0.024 0.100 0.612 0.024
#> SRR1326687 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.0794 0.9153 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1309856 4 0.5518 0.3676 0.004 0.304 0.016 0.628 0.048
#> SRR1102756 4 0.4594 0.5045 0.012 0.280 0.004 0.692 0.012
#> SRR1366519 2 0.2179 0.6711 0.000 0.912 0.008 0.072 0.008
#> SRR1080438 4 0.6979 -0.2202 0.000 0.376 0.024 0.428 0.172
#> SRR1391789 1 0.6235 0.2664 0.620 0.028 0.204 0.148 0.000
#> SRR1402195 1 0.3011 0.8010 0.844 0.000 0.140 0.016 0.000
#> SRR1429516 4 0.2077 0.7250 0.084 0.000 0.008 0.908 0.000
#> SRR1406662 4 0.4810 0.7110 0.056 0.076 0.024 0.796 0.048
#> SRR1333414 2 0.6231 0.6135 0.000 0.604 0.044 0.268 0.084
#> SRR1369030 2 0.7096 0.3453 0.000 0.412 0.024 0.368 0.196
#> SRR1342916 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1362824 4 0.3486 0.7061 0.008 0.100 0.024 0.852 0.016
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.2685 0.8433 0.880 0.000 0.092 0.028 0.000
#> SRR1434568 4 0.1205 0.7421 0.040 0.000 0.004 0.956 0.000
#> SRR1341965 4 0.1282 0.7434 0.044 0.000 0.004 0.952 0.000
#> SRR1473505 2 0.7249 0.2261 0.000 0.444 0.036 0.200 0.320
#> SRR1402068 5 0.3611 0.6989 0.000 0.076 0.064 0.016 0.844
#> SRR1490076 2 0.2497 0.7049 0.000 0.880 0.004 0.112 0.004
#> SRR1435501 1 0.0404 0.9195 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.3957 0.6799 0.000 0.712 0.008 0.280 0.000
#> SRR1397329 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.3421 0.5352 0.204 0.000 0.008 0.788 0.000
#> SRR1418390 4 0.6537 -0.0583 0.008 0.396 0.044 0.496 0.056
#> SRR608480 1 0.5415 -0.0352 0.552 0.000 0.384 0.064 0.000
#> SRR598589 1 0.1124 0.9077 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.3914 0.7154 0.000 0.760 0.016 0.220 0.004
#> SRR815893 4 0.1365 0.7435 0.040 0.004 0.004 0.952 0.000
#> SRR1455503 4 0.2130 0.7240 0.012 0.080 0.000 0.908 0.000
#> SRR810737 4 0.1357 0.7422 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR1347500 1 0.0162 0.9202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.2896 0.7270 0.016 0.068 0.004 0.888 0.024
#> SRR1457872 2 0.5255 0.5035 0.000 0.560 0.000 0.388 0.052
#> SRR658481 4 0.1502 0.7408 0.056 0.000 0.004 0.940 0.000
#> SRR1406243 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.1893 0.8820 0.928 0.000 0.048 0.024 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.2930 0.7176 0.000 0.832 0.004 0.164 0.000
#> SRR1308674 2 0.3884 0.6780 0.000 0.708 0.004 0.288 0.000
#> SRR1338363 1 0.0510 0.9176 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.4289 0.7071 0.000 0.788 0.036 0.148 0.028
#> SRR1321608 2 0.4707 0.6831 0.000 0.776 0.036 0.112 0.076
#> SRR1441464 2 0.2116 0.6760 0.000 0.912 0.008 0.076 0.004
#> SRR607970 1 0.5415 -0.0352 0.552 0.000 0.384 0.064 0.000
#> SRR1338171 4 0.6524 0.5708 0.048 0.072 0.056 0.672 0.152
#> SRR604174 1 0.1444 0.9013 0.948 0.000 0.040 0.012 0.000
#> SRR1345221 1 0.1364 0.8993 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR815517 1 0.3381 0.7697 0.820 0.004 0.160 0.016 0.000
#> SRR615970 1 0.0955 0.9130 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1370659 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0404 0.9195 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.4848 0.6219 0.076 0.176 0.012 0.736 0.000
#> SRR1419638 1 0.0609 0.9159 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1434975 1 0.3631 0.7673 0.820 0.004 0.148 0.020 0.008
#> SRR1445741 4 0.4846 0.6518 0.016 0.160 0.016 0.760 0.048
#> SRR1088142 1 0.1478 0.8892 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.1124 0.9086 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR1358779 1 0.1281 0.9068 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> SRR1473142 4 0.1205 0.7421 0.040 0.000 0.004 0.956 0.000
#> SRR1410334 5 0.6693 0.4699 0.016 0.032 0.240 0.116 0.596
#> SRR1352234 4 0.1952 0.7258 0.084 0.000 0.004 0.912 0.000
#> SRR1487807 4 0.3496 0.6239 0.012 0.200 0.000 0.788 0.000
#> SRR1489715 2 0.6700 0.3935 0.008 0.488 0.060 0.392 0.052
#> SRR1364780 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.4990 0.4102 0.000 0.688 0.008 0.056 0.248
#> SRR1409748 4 0.2339 0.7129 0.100 0.004 0.004 0.892 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.7114 0.3688 0.000 0.424 0.024 0.348 0.204
#> SRR1316725 5 0.2952 0.7075 0.000 0.104 0.008 0.020 0.868
#> SRR1314851 4 0.2067 0.7440 0.044 0.028 0.004 0.924 0.000
#> SRR1354599 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.4305 0.6770 0.780 0.004 0.128 0.088 0.000
#> SRR1308696 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 4 0.5104 0.6595 0.040 0.164 0.024 0.748 0.024
#> SRR1366690 1 0.2616 0.8406 0.880 0.000 0.100 0.020 0.000
#> SRR1317707 2 0.4983 0.3774 0.000 0.676 0.008 0.048 0.268
#> SRR1339321 4 0.3844 0.6822 0.024 0.148 0.008 0.812 0.008
#> SRR1442487 2 0.3145 0.7173 0.000 0.844 0.008 0.136 0.012
#> SRR1069690 5 0.6194 0.4222 0.000 0.164 0.008 0.248 0.580
#> SRR1319344 3 0.8287 0.3996 0.208 0.024 0.352 0.068 0.348
#> SRR1332835 2 0.2674 0.7132 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000
#> SRR1334694 2 0.3861 0.6825 0.000 0.712 0.004 0.284 0.000
#> SRR1478434 4 0.1502 0.7408 0.056 0.000 0.004 0.940 0.000
#> SRR1479933 5 0.3069 0.7070 0.000 0.104 0.016 0.016 0.864
#> SRR1313853 2 0.3275 0.6332 0.000 0.860 0.008 0.064 0.068
#> SRR661192 1 0.0290 0.9203 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1384827 4 0.6400 -0.1480 0.008 0.432 0.048 0.472 0.040
#> SRR814587 4 0.3443 0.6823 0.000 0.120 0.012 0.840 0.028
#> SRR656899 1 0.1205 0.9034 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR1088340 4 0.2005 0.7319 0.016 0.056 0.004 0.924 0.000
#> SRR1349772 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1442273 4 0.4858 0.6213 0.044 0.192 0.016 0.740 0.008
#> SRR1407470 2 0.3190 0.7155 0.000 0.840 0.012 0.140 0.008
#> SRR1490289 4 0.7268 0.2275 0.044 0.008 0.160 0.508 0.280
#> SRR1093649 5 0.6442 0.3393 0.040 0.024 0.356 0.036 0.544
#> SRR1478900 1 0.0162 0.9198 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.3714 0.6832 0.004 0.116 0.012 0.832 0.036
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.2540 0.8454 0.888 0.000 0.088 0.024 0.000
#> SRR1321505 1 0.0290 0.9203 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.3756 0.4293 0.248 0.000 0.008 0.744 0.000
#> SRR657903 1 0.1364 0.8993 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1403458 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0162 0.9202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.3542 0.7398 0.044 0.032 0.024 0.868 0.032
#> SRR613759 1 0.0880 0.9135 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.4194 0.4917 0.012 0.276 0.000 0.708 0.004
#> SRR1440445 1 0.0609 0.9164 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1088734 4 0.1907 0.7421 0.028 0.044 0.000 0.928 0.000
#> SRR1455607 4 0.1638 0.7376 0.064 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR1077528 4 0.1205 0.7428 0.040 0.000 0.004 0.956 0.000
#> SRR1364695 1 0.0404 0.9198 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.1768 0.8797 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR1313560 1 0.1281 0.9020 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> SRR1092889 4 0.6681 -0.0606 0.000 0.024 0.124 0.432 0.420
#> SRR1352213 1 0.0162 0.9198 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0290 0.9200 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.3934 0.6949 0.000 0.716 0.008 0.276 0.000
#> SRR817825 1 0.6415 0.2416 0.612 0.012 0.260 0.048 0.068
#> SRR660366 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0290 0.9200 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR821183 4 0.6681 -0.0606 0.000 0.024 0.124 0.432 0.420
#> SRR1323512 4 0.4883 0.6476 0.124 0.068 0.020 0.772 0.016
#> SRR1325247 4 0.1443 0.7434 0.044 0.004 0.004 0.948 0.000
#> SRR1351583 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.1638 0.7376 0.064 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR1318484 4 0.3531 0.6925 0.000 0.100 0.016 0.844 0.040
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.3445 0.7027 0.008 0.092 0.012 0.856 0.032
#> SRR1325464 1 0.0290 0.9203 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.3011 0.8001 0.844 0.000 0.140 0.016 0.000
#> SRR1455842 4 0.1967 0.7396 0.020 0.036 0.000 0.932 0.012
#> SRR1352619 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.6799 0.6311 0.152 0.032 0.632 0.144 0.040
#> SRR661120 3 0.5946 0.5650 0.380 0.000 0.508 0.112 0.000
#> SRR601613 1 0.1364 0.9038 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR811535 1 0.5423 -0.0534 0.548 0.000 0.388 0.064 0.000
#> SRR820316 1 0.0290 0.9200 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1368616 4 0.5947 -0.0265 0.000 0.396 0.012 0.516 0.076
#> SRR1375677 1 0.0703 0.9170 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.2806 0.7154 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR604122 1 0.0290 0.9198 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR598509 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.1670 0.8900 0.936 0.000 0.052 0.012 0.000
#> SRR1339921 1 0.1671 0.8792 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.1285 0.7430 0.036 0.004 0.004 0.956 0.000
#> SRR1339199 2 0.2753 0.6960 0.000 0.876 0.008 0.104 0.012
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0162 0.9202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.4763 0.5937 0.740 0.004 0.152 0.104 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0510 0.9176 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1487233 4 0.6717 0.1497 0.008 0.020 0.116 0.500 0.356
#> SRR662043 1 0.5423 -0.0534 0.548 0.000 0.388 0.064 0.000
#> SRR1381211 4 0.6812 -0.1471 0.008 0.412 0.048 0.460 0.072
#> SRR1379365 4 0.3565 0.7072 0.016 0.112 0.012 0.844 0.016
#> SRR1384852 2 0.2674 0.7132 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000
#> SRR1430357 4 0.1116 0.7405 0.028 0.004 0.004 0.964 0.000
#> SRR2164847 1 0.6235 0.2664 0.620 0.028 0.204 0.148 0.000
#> SRR807901 1 0.1124 0.9059 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR816064 1 0.0290 0.9200 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.1831 0.8765 0.920 0.000 0.076 0.004 0.000
#> SRR662749 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1342701 4 0.6369 0.6049 0.076 0.048 0.076 0.696 0.104
#> SRR1343653 2 0.5543 0.5707 0.000 0.672 0.008 0.160 0.160
#> SRR1336134 4 0.3546 0.6871 0.008 0.128 0.012 0.836 0.016
#> SRR654940 5 0.4241 0.6936 0.000 0.124 0.064 0.016 0.796
#> SRR1098288 2 0.5226 0.3035 0.000 0.636 0.012 0.044 0.308
#> SRR1326343 1 0.1364 0.8993 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR811145 1 0.0404 0.9195 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.2625 0.8391 0.876 0.000 0.108 0.016 0.000
#> SRR1075997 2 0.3671 0.7082 0.000 0.756 0.008 0.236 0.000
#> SRR1090483 4 0.1205 0.7430 0.040 0.000 0.004 0.956 0.000
#> SRR1388698 1 0.1478 0.8894 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.5333 0.6916 0.000 0.716 0.044 0.176 0.064
#> SRR1430420 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.3096 0.6945 0.000 0.108 0.008 0.860 0.024
#> SRR1388419 4 0.2840 0.7253 0.008 0.052 0.028 0.896 0.016
#> SRR1442250 3 0.8287 0.3996 0.208 0.024 0.352 0.068 0.348
#> SRR1430679 2 0.2930 0.7176 0.000 0.832 0.004 0.164 0.000
#> SRR1311109 4 0.2011 0.7225 0.088 0.000 0.004 0.908 0.000
#> SRR1478990 4 0.4925 0.6445 0.076 0.008 0.020 0.760 0.136
#> SRR1392434 4 0.3546 0.6871 0.008 0.128 0.012 0.836 0.016
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.4748 0.3897 0.660 0.000 0.300 0.040 0.000
#> SRR1383937 2 0.6209 0.3786 0.004 0.504 0.044 0.408 0.040
#> SRR1315393 5 0.5546 0.2645 0.000 0.416 0.044 0.012 0.528
#> SRR1094506 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1330633 4 0.6211 -0.0546 0.000 0.408 0.032 0.496 0.064
#> SRR1330153 1 0.3098 0.7904 0.836 0.000 0.148 0.016 0.000
#> SRR1451778 1 0.3098 0.7904 0.836 0.000 0.148 0.016 0.000
#> SRR657089 1 0.3958 0.6872 0.780 0.000 0.176 0.044 0.000
#> SRR1395659 4 0.6823 0.0854 0.008 0.024 0.116 0.480 0.372
#> SRR1385716 1 0.0703 0.9143 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0404 0.9195 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.2390 0.8593 0.896 0.000 0.084 0.020 0.000
#> SRR1485078 5 0.2952 0.7075 0.000 0.104 0.008 0.020 0.868
#> SRR661806 3 0.6799 0.6311 0.152 0.032 0.632 0.144 0.040
#> SRR1334919 1 0.0404 0.9186 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR599249 1 0.2777 0.8256 0.864 0.000 0.120 0.016 0.000
#> SRR810051 2 0.6182 0.4457 0.000 0.584 0.008 0.168 0.240
#> SRR1407202 1 0.2921 0.8157 0.856 0.000 0.124 0.020 0.000
#> SRR1434399 1 0.1364 0.8993 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1330965 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0404 0.9195 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0703 0.9143 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.2824 0.8238 0.864 0.000 0.116 0.020 0.000
#> SRR612719 3 0.5581 0.6635 0.224 0.000 0.636 0.140 0.000
#> SRR1340617 2 0.3700 0.7087 0.000 0.752 0.008 0.240 0.000
#> SRR1448183 1 0.0404 0.9196 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.6657 0.5744 0.000 0.588 0.056 0.232 0.124
#> SRR1361156 4 0.1372 0.7373 0.016 0.024 0.004 0.956 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.2777 0.8256 0.864 0.000 0.120 0.016 0.000
#> SRR1477837 4 0.2011 0.7234 0.088 0.000 0.004 0.908 0.000
#> SRR607252 1 0.1364 0.8993 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1418946 1 0.0609 0.9159 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.5883 0.4586 0.000 0.508 0.000 0.388 0.104
#> SRR1487425 4 0.3714 0.6832 0.004 0.116 0.012 0.832 0.036
#> SRR1335627 4 0.6717 0.1497 0.008 0.020 0.116 0.500 0.356
#> SRR1327680 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.6700 0.3924 0.008 0.488 0.060 0.392 0.052
#> SRR1447673 4 0.2177 0.7300 0.080 0.004 0.008 0.908 0.000
#> SRR815735 1 0.1768 0.8797 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR1404251 2 0.4040 0.6856 0.000 0.712 0.012 0.276 0.000
#> SRR601645 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.4138 0.3439 0.276 0.000 0.016 0.708 0.000
#> SRR659983 1 0.1124 0.9059 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR1402414 4 0.6717 0.1497 0.008 0.020 0.116 0.500 0.356
#> SRR614215 1 0.0404 0.9189 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0162 0.9202 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.2086 0.6444 0.000 0.924 0.008 0.048 0.020
#> SRR1340441 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0290 0.9198 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.2550 0.8601 0.892 0.000 0.084 0.020 0.004
#> SRR1452741 1 0.1197 0.9006 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.4656 -0.2408 0.508 0.000 0.012 0.480 0.000
#> SRR1387091 4 0.1124 0.7421 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1358017 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.2238 0.7323 0.020 0.064 0.000 0.912 0.004
#> SRR1376539 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.1638 0.7383 0.064 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR1419829 4 0.6681 -0.0606 0.000 0.024 0.124 0.432 0.420
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.3115 0.8103 0.852 0.000 0.112 0.036 0.000
#> SRR1367849 4 0.1704 0.7366 0.068 0.000 0.004 0.928 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.1981 0.8735 0.920 0.000 0.064 0.016 0.000
#> SRR1401446 1 0.0404 0.9198 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.7139 0.2251 0.000 0.452 0.032 0.188 0.328
#> SRR1442149 4 0.3421 0.5352 0.204 0.000 0.008 0.788 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.1116 0.7405 0.028 0.004 0.004 0.964 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.3843 0.6809 0.000 0.100 0.020 0.828 0.052
#> SRR1321225 1 0.4624 0.6193 0.752 0.004 0.148 0.096 0.000
#> SRR1069802 1 0.0290 0.9204 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.3817 0.7517 0.808 0.000 0.152 0.016 0.024
#> SRR1334154 4 0.1460 0.7393 0.020 0.012 0.004 0.956 0.008
#> SRR1390072 2 0.4251 0.6336 0.000 0.672 0.012 0.316 0.000
#> SRR1467612 4 0.5696 0.3225 0.000 0.320 0.032 0.604 0.044
#> SRR1430133 2 0.4477 0.7087 0.004 0.780 0.040 0.152 0.024
#> SRR1468595 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.7268 0.2275 0.044 0.008 0.160 0.508 0.280
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.2331 0.8577 0.900 0.000 0.080 0.020 0.000
#> SRR662150 1 0.0955 0.9106 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1400290 1 0.0703 0.9143 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.5167 0.6838 0.000 0.712 0.036 0.204 0.048
#> SRR1416166 1 0.2390 0.8593 0.896 0.000 0.084 0.020 0.000
#> SRR1477015 1 0.0162 0.9198 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1380501 4 0.4759 0.6514 0.124 0.060 0.020 0.780 0.016
#> SRR1446156 5 0.6762 0.2816 0.000 0.264 0.008 0.248 0.480
#> SRR1488328 2 0.3010 0.7209 0.000 0.824 0.004 0.172 0.000
#> SRR1086889 2 0.4415 0.5069 0.000 0.604 0.008 0.388 0.000
#> SRR814611 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.4138 0.3439 0.276 0.000 0.016 0.708 0.000
#> SRR807877 4 0.4848 0.5140 0.008 0.248 0.008 0.704 0.032
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.3671 0.7082 0.000 0.756 0.008 0.236 0.000
#> SRR601986 1 0.0162 0.9203 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.6235 0.2664 0.620 0.028 0.204 0.148 0.000
#> SRR600474 1 0.0290 0.9203 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.1671 0.8792 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.1251 0.9033 0.956 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR1430951 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1385364 1 0.6864 -0.3436 0.468 0.068 0.056 0.400 0.008
#> SRR1478149 1 0.0794 0.9135 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.2077 0.7257 0.084 0.000 0.008 0.908 0.000
#> SRR1366855 4 0.3855 0.4524 0.240 0.004 0.008 0.748 0.000
#> SRR1077115 4 0.2017 0.7259 0.008 0.060 0.004 0.924 0.004
#> SRR1399990 1 0.1893 0.8820 0.928 0.000 0.048 0.024 0.000
#> SRR1434093 1 0.0703 0.9143 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.4990 0.4102 0.000 0.688 0.008 0.056 0.248
#> SRR612335 5 0.7522 -0.1710 0.144 0.024 0.332 0.036 0.464
#> SRR1321420 1 0.1670 0.8900 0.936 0.000 0.052 0.012 0.000
#> SRR1329177 1 0.0162 0.9198 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.4561 0.7066 0.072 0.028 0.024 0.808 0.068
#> SRR614996 1 0.2540 0.8454 0.888 0.000 0.088 0.024 0.000
#> SRR1431602 4 0.5165 0.5907 0.012 0.192 0.016 0.724 0.056
#> SRR1311509 1 0.3098 0.7904 0.836 0.000 0.148 0.016 0.000
#> SRR1507229 1 0.0404 0.9179 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0510 0.9176 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.1377 0.7397 0.020 0.020 0.004 0.956 0.000
#> SRR1469591 1 0.1357 0.8975 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1392813 2 0.2753 0.6960 0.000 0.876 0.008 0.104 0.012
#> SRR1453026 4 0.6024 0.3574 0.004 0.288 0.036 0.612 0.060
#> SRR1388105 4 0.2339 0.7129 0.100 0.004 0.004 0.892 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.5912 0.5939 0.348 0.000 0.536 0.116 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0405 0.91116 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1468613 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 5 0.4291 0.51478 0.000 0.316 0.012 0.004 0.656 0.012
#> SRR1381693 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.1657 0.88497 0.928 0.000 0.056 0.000 0.000 0.016
#> SRR1442648 4 0.5878 -0.00853 0.000 0.412 0.028 0.476 0.076 0.008
#> SRR1486174 2 0.6137 0.53473 0.000 0.576 0.076 0.264 0.076 0.008
#> SRR1349433 4 0.4582 0.63374 0.008 0.180 0.040 0.740 0.028 0.004
#> SRR1321283 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387702 1 0.1549 0.88345 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020
#> SRR1435584 2 0.6343 0.23676 0.000 0.500 0.056 0.084 0.348 0.012
#> SRR1406265 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.1410 0.73663 0.008 0.044 0.004 0.944 0.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.1296 0.73430 0.044 0.000 0.004 0.948 0.000 0.004
#> SRR1094192 4 0.1481 0.73944 0.008 0.016 0.008 0.952 0.012 0.004
#> SRR1397180 4 0.3437 0.58921 0.004 0.236 0.008 0.752 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0806 0.90884 0.972 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020
#> SRR662665 1 0.1542 0.88714 0.936 0.000 0.008 0.004 0.000 0.052
#> SRR818530 4 0.6631 -0.09265 0.000 0.020 0.268 0.364 0.344 0.004
#> SRR817563 2 0.4901 0.26710 0.000 0.608 0.012 0.024 0.340 0.016
#> SRR613462 1 0.0837 0.90658 0.972 0.000 0.004 0.004 0.000 0.020
#> SRR1405206 5 0.1860 0.66509 0.000 0.036 0.028 0.004 0.928 0.004
#> SRR1454136 4 0.5388 0.14154 0.000 0.396 0.036 0.528 0.036 0.004
#> SRR1380785 2 0.7352 0.34859 0.000 0.424 0.084 0.308 0.160 0.024
#> SRR612875 1 0.3991 0.64011 0.764 0.000 0.016 0.044 0.000 0.176
#> SRR808327 2 0.2383 0.68988 0.000 0.880 0.024 0.096 0.000 0.000
#> SRR1355194 4 0.6193 0.58071 0.032 0.028 0.092 0.656 0.160 0.032
#> SRR1408227 2 0.3014 0.68814 0.000 0.804 0.012 0.184 0.000 0.000
#> SRR1086304 1 0.4213 0.62278 0.744 0.004 0.160 0.000 0.000 0.092
#> SRR1080415 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.2456 0.64119 0.000 0.008 0.076 0.000 0.888 0.028
#> SRR1084965 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.4002 0.67379 0.768 0.004 0.132 0.000 0.000 0.096
#> SRR602437 1 0.2482 0.78775 0.848 0.000 0.004 0.000 0.000 0.148
#> SRR663404 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0260 0.91092 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 5 0.5440 0.19228 0.000 0.420 0.092 0.000 0.480 0.008
#> SRR1479263 4 0.5130 0.27515 0.000 0.356 0.052 0.572 0.020 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345736 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.1910 0.69110 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1367456 3 0.6360 0.63014 0.140 0.012 0.624 0.008 0.092 0.124
#> SRR1072650 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.2401 0.64256 0.000 0.008 0.072 0.000 0.892 0.028
#> SRR1087197 1 0.4107 0.68766 0.772 0.004 0.132 0.008 0.000 0.084
#> SRR1383960 1 0.5937 0.12619 0.592 0.020 0.024 0.104 0.000 0.260
#> SRR600924 6 0.3843 0.52289 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR662390 1 0.2665 0.81749 0.868 0.000 0.016 0.012 0.000 0.104
#> SRR1071692 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0865 0.90009 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1352936 1 0.4735 0.52002 0.712 0.004 0.020 0.072 0.000 0.192
#> SRR598148 1 0.3401 0.77548 0.828 0.004 0.092 0.004 0.000 0.072
#> SRR1444390 4 0.2262 0.72079 0.000 0.080 0.016 0.896 0.008 0.000
#> SRR1444644 1 0.0837 0.90562 0.972 0.000 0.020 0.004 0.000 0.004
#> SRR1389777 1 0.0508 0.91136 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR603918 3 0.6046 0.64848 0.088 0.008 0.624 0.000 0.184 0.096
#> SRR1468682 4 0.4521 0.59736 0.068 0.200 0.016 0.716 0.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.5981 0.44229 0.000 0.532 0.056 0.344 0.060 0.008
#> SRR1343859 1 0.3492 0.73468 0.804 0.000 0.120 0.000 0.000 0.076
#> SRR1075631 4 0.0665 0.73586 0.008 0.008 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1444954 5 0.2401 0.64256 0.000 0.008 0.072 0.000 0.892 0.028
#> SRR1479286 4 0.1226 0.73521 0.040 0.000 0.004 0.952 0.000 0.004
#> SRR1381524 1 0.1003 0.90201 0.964 0.000 0.004 0.004 0.000 0.028
#> SRR1392208 2 0.5225 0.32189 0.000 0.612 0.012 0.052 0.308 0.016
#> SRR1456693 4 0.6480 0.02606 0.000 0.012 0.280 0.396 0.308 0.004
#> SRR1358482 5 0.2846 0.58092 0.000 0.016 0.116 0.004 0.856 0.008
#> SRR658331 6 0.2489 -0.05079 0.052 0.000 0.016 0.012 0.020 0.900
#> SRR810619 2 0.1444 0.67784 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.4224 -0.37413 0.512 0.000 0.008 0.004 0.000 0.476
#> SRR599380 1 0.0260 0.91116 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337388 4 0.1010 0.73699 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR2185195 1 0.0717 0.90944 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1489693 1 0.0551 0.90995 0.984 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008
#> SRR1318662 2 0.1604 0.63610 0.000 0.944 0.008 0.024 0.016 0.008
#> SRR1408657 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0912 0.73668 0.008 0.012 0.004 0.972 0.000 0.004
#> SRR661337 1 0.2062 0.85417 0.900 0.000 0.004 0.008 0.000 0.088
#> SRR601239 1 0.0146 0.91091 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468995 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352111 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330944 4 0.1354 0.73655 0.004 0.020 0.008 0.956 0.008 0.004
#> SRR1419453 1 0.2101 0.86434 0.912 0.000 0.028 0.008 0.000 0.052
#> SRR1437208 2 0.5268 0.44208 0.000 0.540 0.008 0.380 0.068 0.004
#> SRR1444914 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660756 2 0.5277 0.26315 0.000 0.588 0.028 0.028 0.340 0.016
#> SRR1093269 4 0.5936 -0.08025 0.000 0.428 0.044 0.456 0.068 0.004
#> SRR1341456 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR657456 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR807727 4 0.2006 0.73356 0.004 0.060 0.004 0.916 0.016 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 6 0.2970 -0.09106 0.040 0.004 0.020 0.012 0.044 0.880
#> SRR813728 5 0.4291 0.51478 0.000 0.316 0.012 0.004 0.656 0.012
#> SRR1394520 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.3201 0.67991 0.000 0.780 0.012 0.208 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.1668 0.72868 0.004 0.060 0.008 0.928 0.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0363 0.91113 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1405593 1 0.2313 0.83536 0.884 0.000 0.012 0.004 0.000 0.100
#> SRR1326040 1 0.3372 0.71604 0.804 0.000 0.016 0.016 0.000 0.164
#> SRR1312725 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.6743 0.15538 0.020 0.004 0.316 0.436 0.212 0.012
#> SRR1398706 4 0.6096 0.13557 0.000 0.364 0.080 0.500 0.052 0.004
#> SRR1368794 5 0.4127 0.60325 0.000 0.044 0.080 0.068 0.800 0.008
#> SRR1392749 4 0.4385 0.65137 0.000 0.112 0.028 0.772 0.080 0.008
#> SRR603968 1 0.2384 0.83284 0.888 0.000 0.048 0.000 0.000 0.064
#> SRR815661 1 0.1549 0.88345 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020
#> SRR663100 4 0.0912 0.73825 0.012 0.008 0.004 0.972 0.000 0.004
#> SRR661229 1 0.0260 0.91148 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR655792 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.4343 0.61107 0.736 0.004 0.128 0.000 0.000 0.132
#> SRR1464281 2 0.4821 0.63253 0.000 0.732 0.072 0.128 0.068 0.000
#> SRR1400397 4 0.2262 0.72101 0.000 0.080 0.008 0.896 0.016 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.1606 0.66712 0.000 0.932 0.004 0.056 0.008 0.000
#> SRR1384917 4 0.4437 0.70173 0.048 0.024 0.080 0.796 0.044 0.008
#> SRR1435182 2 0.2980 0.69052 0.000 0.808 0.012 0.180 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0508 0.91051 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR602461 1 0.3923 -0.06803 0.580 0.000 0.004 0.000 0.000 0.416
#> SRR1334338 1 0.0508 0.91051 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1354710 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0837 0.90800 0.972 0.000 0.004 0.004 0.000 0.020
#> SRR663014 4 0.4306 0.65674 0.000 0.108 0.032 0.776 0.080 0.004
#> SRR1417960 4 0.3349 0.59956 0.164 0.000 0.008 0.804 0.000 0.024
#> SRR1474730 1 0.1053 0.90378 0.964 0.000 0.020 0.004 0.000 0.012
#> SRR1381269 2 0.4725 0.22710 0.000 0.600 0.016 0.012 0.360 0.012
#> SRR657695 4 0.6870 0.02998 0.020 0.004 0.332 0.388 0.244 0.012
#> SRR1357650 4 0.3609 0.70895 0.020 0.100 0.040 0.828 0.012 0.000
#> SRR1472237 2 0.3368 0.66793 0.000 0.756 0.012 0.232 0.000 0.000
#> SRR1470816 4 0.6448 0.19496 0.004 0.012 0.284 0.456 0.240 0.004
#> SRR1458358 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0748 0.90960 0.976 0.000 0.004 0.004 0.000 0.016
#> SRR1318998 1 0.3707 0.69699 0.784 0.000 0.136 0.000 0.000 0.080
#> SRR1392795 4 0.3348 0.69960 0.008 0.116 0.036 0.832 0.008 0.000
#> SRR1469859 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378243 4 0.2818 0.72407 0.044 0.000 0.036 0.884 0.008 0.028
#> SRR1360587 4 0.1038 0.73545 0.004 0.016 0.004 0.968 0.004 0.004
#> SRR604230 1 0.1492 0.88958 0.940 0.000 0.036 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347667 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR608096 1 0.6011 0.07318 0.580 0.020 0.024 0.108 0.000 0.268
#> SRR665514 6 0.3828 0.52760 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1454522 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419615 4 0.0943 0.73466 0.004 0.012 0.004 0.972 0.004 0.004
#> SRR1429802 4 0.1707 0.72577 0.056 0.000 0.004 0.928 0.000 0.012
#> SRR1345436 4 0.0696 0.73508 0.008 0.004 0.004 0.980 0.000 0.004
#> SRR1433684 1 0.2665 0.81749 0.868 0.000 0.016 0.012 0.000 0.104
#> SRR613186 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343795 2 0.6693 0.38712 0.000 0.456 0.032 0.276 0.228 0.008
#> SRR1417766 2 0.2076 0.61745 0.000 0.920 0.012 0.016 0.044 0.008
#> SRR1420606 4 0.6733 0.33227 0.208 0.016 0.120 0.580 0.024 0.052
#> SRR1326687 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458973 1 0.1148 0.90395 0.960 0.000 0.016 0.004 0.000 0.020
#> SRR1309856 4 0.5436 0.37653 0.000 0.296 0.056 0.600 0.048 0.000
#> SRR1102756 4 0.4414 0.49472 0.004 0.296 0.020 0.668 0.008 0.004
#> SRR1366519 2 0.1604 0.63610 0.000 0.944 0.008 0.024 0.016 0.008
#> SRR1080438 4 0.6916 -0.18752 0.000 0.344 0.044 0.392 0.212 0.008
#> SRR1391789 1 0.6011 0.07318 0.580 0.020 0.024 0.108 0.000 0.268
#> SRR1402195 1 0.3742 0.72084 0.792 0.004 0.116 0.000 0.000 0.088
#> SRR1429516 4 0.2058 0.72826 0.048 0.000 0.012 0.916 0.000 0.024
#> SRR1406662 4 0.4580 0.70536 0.040 0.072 0.064 0.788 0.028 0.008
#> SRR1333414 2 0.6074 0.56251 0.000 0.604 0.080 0.224 0.084 0.008
#> SRR1369030 2 0.7055 0.28247 0.000 0.364 0.048 0.332 0.248 0.008
#> SRR1342916 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362824 4 0.3699 0.70307 0.004 0.092 0.056 0.824 0.020 0.004
#> SRR1455326 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.3023 0.81711 0.860 0.004 0.084 0.012 0.000 0.040
#> SRR1434568 4 0.0603 0.73671 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1341965 4 0.0837 0.73827 0.020 0.000 0.004 0.972 0.000 0.004
#> SRR1473505 2 0.7149 0.07298 0.000 0.376 0.072 0.172 0.368 0.012
#> SRR1402068 5 0.2456 0.64119 0.000 0.008 0.076 0.000 0.888 0.028
#> SRR1490076 2 0.1769 0.67315 0.000 0.924 0.012 0.060 0.004 0.000
#> SRR1435501 1 0.0603 0.90975 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1452491 2 0.3342 0.67062 0.000 0.760 0.012 0.228 0.000 0.000
#> SRR1397329 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1093243 4 0.3349 0.59956 0.164 0.000 0.008 0.804 0.000 0.024
#> SRR1418390 4 0.6403 -0.04834 0.004 0.392 0.080 0.456 0.064 0.004
#> SRR608480 6 0.3843 0.52289 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR598589 1 0.1341 0.89518 0.948 0.000 0.028 0.000 0.000 0.024
#> SRR601868 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR812222 2 0.3168 0.69345 0.000 0.804 0.024 0.172 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0837 0.73863 0.020 0.004 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR1455503 4 0.1753 0.72214 0.000 0.084 0.004 0.912 0.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0777 0.73783 0.024 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR1347500 1 0.0260 0.91092 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.2923 0.72420 0.008 0.072 0.016 0.872 0.032 0.000
#> SRR1457872 2 0.5214 0.49311 0.000 0.564 0.008 0.356 0.068 0.004
#> SRR658481 4 0.0972 0.73783 0.028 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008
#> SRR1406243 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332607 1 0.2169 0.85134 0.900 0.000 0.008 0.012 0.000 0.080
#> SRR656433 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.2212 0.69210 0.000 0.880 0.008 0.112 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.3215 0.66735 0.000 0.756 0.004 0.240 0.000 0.000
#> SRR1338363 1 0.1053 0.90378 0.964 0.000 0.020 0.004 0.000 0.012
#> SRR1344271 2 0.3699 0.67404 0.000 0.812 0.060 0.104 0.024 0.000
#> SRR1321608 2 0.4070 0.64814 0.000 0.796 0.076 0.064 0.064 0.000
#> SRR1441464 2 0.1375 0.64225 0.000 0.952 0.008 0.028 0.004 0.008
#> SRR607970 6 0.3843 0.52289 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1338171 4 0.6328 0.57234 0.032 0.040 0.092 0.652 0.152 0.032
#> SRR604174 1 0.1649 0.88575 0.932 0.000 0.036 0.000 0.000 0.032
#> SRR1345221 1 0.1549 0.88345 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020
#> SRR815517 1 0.4002 0.67379 0.768 0.004 0.132 0.000 0.000 0.096
#> SRR615970 1 0.1401 0.89554 0.948 0.000 0.020 0.004 0.000 0.028
#> SRR1370659 1 0.0458 0.91052 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1383125 1 0.0603 0.91010 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1331013 4 0.4521 0.59736 0.068 0.200 0.016 0.716 0.000 0.000
#> SRR1419638 1 0.1003 0.90124 0.964 0.000 0.004 0.004 0.000 0.028
#> SRR1434975 1 0.4057 0.69533 0.776 0.004 0.132 0.008 0.000 0.080
#> SRR1445741 4 0.4743 0.63915 0.008 0.168 0.052 0.736 0.032 0.004
#> SRR1088142 1 0.2162 0.84872 0.896 0.000 0.012 0.004 0.000 0.088
#> SRR604206 1 0.1196 0.89851 0.952 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040
#> SRR1358779 1 0.1549 0.89327 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020
#> SRR1473142 4 0.0603 0.73671 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1410334 3 0.6148 0.06940 0.008 0.020 0.492 0.080 0.384 0.016
#> SRR1352234 4 0.1606 0.72691 0.056 0.000 0.004 0.932 0.000 0.008
#> SRR1487807 4 0.3412 0.61882 0.004 0.212 0.008 0.772 0.004 0.000
#> SRR1489715 2 0.6659 0.37440 0.000 0.476 0.088 0.352 0.060 0.024
#> SRR1364780 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460124 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.4954 0.31058 0.000 0.624 0.012 0.032 0.316 0.016
#> SRR1409748 4 0.1845 0.71620 0.072 0.004 0.000 0.916 0.000 0.008
#> SRR1325504 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.6973 0.29104 0.000 0.376 0.040 0.316 0.260 0.008
#> SRR1316725 5 0.1860 0.66509 0.000 0.036 0.028 0.004 0.928 0.004
#> SRR1314851 4 0.1401 0.73944 0.020 0.028 0.000 0.948 0.000 0.004
#> SRR1354599 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406599 1 0.4401 0.58994 0.740 0.004 0.016 0.060 0.000 0.180
#> SRR1308696 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR808772 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 4 0.4750 0.64939 0.032 0.172 0.044 0.736 0.012 0.004
#> SRR1366690 1 0.3121 0.79999 0.848 0.004 0.088 0.004 0.000 0.056
#> SRR1317707 2 0.4887 0.27542 0.000 0.612 0.012 0.024 0.336 0.016
#> SRR1339321 4 0.3252 0.67836 0.008 0.156 0.016 0.816 0.004 0.000
#> SRR1442487 2 0.2637 0.68778 0.000 0.876 0.024 0.088 0.012 0.000
#> SRR1069690 5 0.5895 0.40020 0.000 0.108 0.048 0.220 0.616 0.008
#> SRR1319344 3 0.6627 0.67031 0.156 0.004 0.600 0.024 0.120 0.096
#> SRR1332835 2 0.1714 0.68683 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.3189 0.66963 0.000 0.760 0.004 0.236 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0935 0.73729 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1479933 5 0.1518 0.65882 0.000 0.024 0.024 0.000 0.944 0.008
#> SRR1313853 2 0.3033 0.59453 0.000 0.860 0.016 0.024 0.092 0.008
#> SRR661192 1 0.0508 0.91051 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1384827 4 0.6240 -0.14163 0.000 0.432 0.064 0.440 0.040 0.024
#> SRR814587 4 0.3457 0.68683 0.000 0.124 0.020 0.820 0.036 0.000
#> SRR656899 1 0.1408 0.89036 0.944 0.000 0.036 0.000 0.000 0.020
#> SRR1088340 4 0.1668 0.72926 0.004 0.060 0.008 0.928 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317305 1 0.0146 0.91147 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442273 4 0.4710 0.60167 0.040 0.212 0.036 0.708 0.004 0.000
#> SRR1407470 2 0.2383 0.68988 0.000 0.880 0.024 0.096 0.000 0.000
#> SRR1490289 4 0.6567 0.24153 0.028 0.000 0.308 0.484 0.164 0.016
#> SRR1093649 3 0.4880 0.37140 0.000 0.008 0.664 0.000 0.232 0.096
#> SRR1478900 1 0.0291 0.91036 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1447652 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.3757 0.67827 0.000 0.124 0.040 0.804 0.032 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.2975 0.78126 0.840 0.000 0.016 0.012 0.000 0.132
#> SRR1321505 1 0.0508 0.91051 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457768 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340641 4 0.3593 0.52441 0.208 0.000 0.004 0.764 0.000 0.024
#> SRR657903 1 0.1549 0.88345 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020
#> SRR1403458 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460073 1 0.0260 0.91092 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.3039 0.73624 0.024 0.032 0.028 0.880 0.032 0.004
#> SRR613759 1 0.1461 0.89079 0.940 0.000 0.016 0.000 0.000 0.044
#> SRR1472281 4 0.4095 0.49147 0.004 0.284 0.008 0.692 0.008 0.004
#> SRR1440445 1 0.1148 0.90115 0.960 0.000 0.020 0.004 0.000 0.016
#> SRR1088734 4 0.1410 0.73663 0.008 0.044 0.004 0.944 0.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.1226 0.73521 0.040 0.000 0.004 0.952 0.000 0.004
#> SRR1077528 4 0.0603 0.73692 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1364695 1 0.0603 0.91005 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1348226 1 0.2313 0.83576 0.884 0.000 0.012 0.004 0.000 0.100
#> SRR1313560 1 0.1480 0.88663 0.940 0.000 0.040 0.000 0.000 0.020
#> SRR1092889 4 0.6486 0.01516 0.000 0.012 0.280 0.392 0.312 0.004
#> SRR1352213 1 0.0291 0.91036 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2185233 1 0.0405 0.91105 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1353970 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.3533 0.67267 0.000 0.748 0.012 0.236 0.004 0.000
#> SRR817825 1 0.5795 -0.03325 0.548 0.004 0.308 0.004 0.008 0.128
#> SRR660366 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0405 0.91105 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR821183 4 0.6486 0.01516 0.000 0.012 0.280 0.392 0.312 0.004
#> SRR1323512 4 0.5096 0.64531 0.104 0.064 0.036 0.752 0.024 0.020
#> SRR1325247 4 0.0837 0.73852 0.020 0.004 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR1351583 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437454 4 0.1226 0.73521 0.040 0.000 0.004 0.952 0.000 0.004
#> SRR1318484 4 0.3530 0.69656 0.000 0.104 0.028 0.824 0.044 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.3491 0.69645 0.000 0.100 0.040 0.828 0.032 0.000
#> SRR1325464 1 0.0405 0.91135 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1340280 1 0.3707 0.69699 0.784 0.000 0.136 0.000 0.000 0.080
#> SRR1455842 4 0.1699 0.73680 0.008 0.040 0.004 0.936 0.012 0.000
#> SRR1352619 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076779 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 6 0.2970 -0.09106 0.040 0.004 0.020 0.012 0.044 0.880
#> SRR661120 6 0.3534 0.38565 0.276 0.000 0.008 0.000 0.000 0.716
#> SRR601613 1 0.1572 0.88877 0.936 0.000 0.036 0.000 0.000 0.028
#> SRR811535 6 0.3828 0.52760 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR820316 1 0.0405 0.91105 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368616 4 0.5878 -0.00853 0.000 0.412 0.028 0.476 0.076 0.008
#> SRR1375677 1 0.1003 0.90654 0.964 0.000 0.016 0.000 0.000 0.020
#> SRR1365700 2 0.1910 0.69110 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0405 0.91030 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR598509 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397052 1 0.1829 0.87303 0.920 0.000 0.056 0.000 0.000 0.024
#> SRR1339921 1 0.2313 0.83536 0.884 0.000 0.012 0.004 0.000 0.100
#> SRR664743 4 0.0653 0.73685 0.012 0.004 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1339199 2 0.2319 0.66314 0.000 0.904 0.008 0.060 0.020 0.008
#> SRR1355660 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0363 0.91105 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.4864 0.48699 0.700 0.004 0.020 0.080 0.000 0.196
#> SRR656288 1 0.0146 0.91101 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405886 1 0.1053 0.90378 0.964 0.000 0.020 0.004 0.000 0.012
#> SRR1487233 4 0.6448 0.19496 0.004 0.012 0.284 0.456 0.240 0.004
#> SRR662043 6 0.3828 0.52760 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1381211 4 0.6790 -0.14522 0.004 0.404 0.080 0.420 0.076 0.016
#> SRR1379365 4 0.3276 0.70095 0.008 0.116 0.032 0.836 0.008 0.000
#> SRR1384852 2 0.1714 0.68683 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0696 0.73508 0.008 0.004 0.004 0.980 0.000 0.004
#> SRR2164847 1 0.6011 0.07318 0.580 0.020 0.024 0.108 0.000 0.268
#> SRR807901 1 0.1334 0.89314 0.948 0.000 0.032 0.000 0.000 0.020
#> SRR816064 1 0.0291 0.91141 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR810507 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0146 0.91101 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349893 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444722 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316483 1 0.2356 0.83668 0.884 0.000 0.016 0.004 0.000 0.096
#> SRR662749 1 0.0260 0.91148 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1342701 4 0.6220 0.60225 0.056 0.028 0.108 0.672 0.104 0.032
#> SRR1343653 2 0.5588 0.49434 0.000 0.632 0.016 0.128 0.212 0.012
#> SRR1336134 4 0.3299 0.67948 0.000 0.140 0.028 0.820 0.012 0.000
#> SRR654940 5 0.2858 0.64344 0.000 0.028 0.092 0.000 0.864 0.016
#> SRR1098288 2 0.5051 0.19284 0.000 0.576 0.028 0.012 0.368 0.016
#> SRR1326343 1 0.1549 0.88345 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020
#> SRR811145 1 0.0603 0.91010 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR615359 1 0.3161 0.79413 0.840 0.004 0.080 0.000 0.000 0.076
#> SRR1075997 2 0.3014 0.68814 0.000 0.804 0.012 0.184 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0603 0.73731 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1388698 1 0.2070 0.84968 0.896 0.000 0.012 0.000 0.000 0.092
#> SRR1312482 2 0.4783 0.65456 0.000 0.732 0.076 0.136 0.056 0.000
#> SRR1430420 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387475 4 0.3170 0.69882 0.000 0.112 0.016 0.840 0.032 0.000
#> SRR1388419 4 0.3057 0.72261 0.004 0.048 0.060 0.868 0.016 0.004
#> SRR1442250 3 0.6627 0.67031 0.156 0.004 0.600 0.024 0.120 0.096
#> SRR1430679 2 0.2212 0.69210 0.000 0.880 0.008 0.112 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.1707 0.72577 0.056 0.000 0.004 0.928 0.000 0.012
#> SRR1478990 4 0.4769 0.64978 0.040 0.004 0.064 0.768 0.096 0.028
#> SRR1392434 4 0.3299 0.67948 0.000 0.140 0.028 0.820 0.012 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.3923 -0.06803 0.580 0.000 0.004 0.000 0.000 0.416
#> SRR1383937 2 0.6032 0.37378 0.004 0.504 0.084 0.364 0.044 0.000
#> SRR1315393 5 0.5162 0.40276 0.000 0.336 0.080 0.000 0.576 0.008
#> SRR1094506 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330633 4 0.6273 -0.03956 0.000 0.396 0.048 0.464 0.080 0.012
#> SRR1330153 1 0.3833 0.70694 0.784 0.004 0.120 0.000 0.000 0.092
#> SRR1451778 1 0.3833 0.70694 0.784 0.004 0.120 0.000 0.000 0.092
#> SRR657089 1 0.4022 0.49569 0.708 0.000 0.040 0.000 0.000 0.252
#> SRR1395659 4 0.6696 0.13203 0.004 0.024 0.256 0.436 0.276 0.004
#> SRR1385716 1 0.1080 0.89894 0.960 0.000 0.004 0.004 0.000 0.032
#> SRR1466109 1 0.0692 0.90894 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR1080977 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1441725 1 0.2828 0.82854 0.864 0.004 0.072 0.000 0.000 0.060
#> SRR1485078 5 0.1860 0.66509 0.000 0.036 0.028 0.004 0.928 0.004
#> SRR661806 6 0.2970 -0.09106 0.040 0.004 0.020 0.012 0.044 0.880
#> SRR1334919 1 0.0603 0.90862 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR599249 1 0.3337 0.76762 0.824 0.004 0.108 0.000 0.000 0.064
#> SRR810051 2 0.6137 0.34404 0.000 0.528 0.012 0.148 0.296 0.016
#> SRR1407202 1 0.3497 0.76511 0.820 0.004 0.100 0.004 0.000 0.072
#> SRR1434399 1 0.1549 0.88345 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020
#> SRR1330965 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369536 1 0.0603 0.91010 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1382508 1 0.1080 0.89894 0.960 0.000 0.004 0.004 0.000 0.032
#> SRR1405028 1 0.3395 0.77486 0.828 0.004 0.096 0.004 0.000 0.068
#> SRR612719 6 0.2122 0.02796 0.084 0.000 0.008 0.008 0.000 0.900
#> SRR1340617 2 0.3046 0.68887 0.000 0.800 0.012 0.188 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0820 0.90787 0.972 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1362488 2 0.6260 0.51858 0.000 0.580 0.096 0.200 0.124 0.000
#> SRR1361156 4 0.1067 0.73563 0.004 0.024 0.004 0.964 0.000 0.004
#> SRR1454374 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.3337 0.76762 0.824 0.004 0.108 0.000 0.000 0.064
#> SRR1477837 4 0.1524 0.72460 0.060 0.000 0.000 0.932 0.000 0.008
#> SRR607252 1 0.1549 0.88345 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020
#> SRR1418946 1 0.1003 0.90124 0.964 0.000 0.004 0.004 0.000 0.028
#> SRR1456567 2 0.5888 0.43221 0.000 0.484 0.008 0.364 0.140 0.004
#> SRR1487425 4 0.3757 0.67827 0.000 0.124 0.040 0.804 0.032 0.000
#> SRR1335627 4 0.6448 0.19496 0.004 0.012 0.284 0.456 0.240 0.004
#> SRR1327680 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478812 2 0.6659 0.37297 0.000 0.476 0.088 0.352 0.060 0.024
#> SRR1447673 4 0.1816 0.73190 0.048 0.004 0.004 0.928 0.000 0.016
#> SRR815735 1 0.2313 0.83576 0.884 0.000 0.012 0.004 0.000 0.100
#> SRR1404251 2 0.3404 0.67370 0.000 0.760 0.016 0.224 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0260 0.91116 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656300 4 0.3973 0.46818 0.232 0.000 0.004 0.728 0.000 0.036
#> SRR659983 1 0.1334 0.89400 0.948 0.000 0.032 0.000 0.000 0.020
#> SRR1402414 4 0.6448 0.19496 0.004 0.012 0.284 0.456 0.240 0.004
#> SRR614215 1 0.0520 0.90951 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR659283 1 0.0363 0.91105 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.1881 0.60686 0.000 0.928 0.012 0.008 0.044 0.008
#> SRR1340441 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317428 1 0.0405 0.91030 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403390 1 0.2771 0.83529 0.868 0.000 0.068 0.004 0.000 0.060
#> SRR1452741 1 0.1901 0.86430 0.912 0.000 0.008 0.004 0.000 0.076
#> SRR1458484 4 0.4758 -0.10001 0.460 0.000 0.008 0.500 0.000 0.032
#> SRR1387091 4 0.0508 0.73588 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1358017 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457039 4 0.1818 0.72783 0.004 0.068 0.004 0.920 0.004 0.000
#> SRR1376539 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430639 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.1124 0.73740 0.036 0.000 0.000 0.956 0.000 0.008
#> SRR1419829 4 0.6486 0.01516 0.000 0.012 0.280 0.392 0.312 0.004
#> SRR1434315 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.3513 0.75152 0.812 0.004 0.084 0.000 0.000 0.100
#> SRR1367849 4 0.1340 0.73527 0.040 0.000 0.004 0.948 0.000 0.008
#> SRR1320939 1 0.0260 0.91092 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656588 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.1908 0.84933 0.900 0.000 0.004 0.000 0.000 0.096
#> SRR1401446 1 0.0748 0.90843 0.976 0.000 0.004 0.004 0.000 0.016
#> SRR1398311 2 0.7057 0.06924 0.000 0.384 0.068 0.160 0.376 0.012
#> SRR1442149 4 0.3349 0.59956 0.164 0.000 0.008 0.804 0.000 0.024
#> SRR809137 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0696 0.73508 0.008 0.004 0.004 0.980 0.000 0.004
#> SRR600852 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.3791 0.68622 0.000 0.104 0.032 0.808 0.056 0.000
#> SRR1321225 1 0.4735 0.52002 0.712 0.004 0.020 0.072 0.000 0.192
#> SRR1069802 1 0.0717 0.90944 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1077643 1 0.4327 0.64805 0.752 0.004 0.140 0.000 0.008 0.096
#> SRR1334154 4 0.1152 0.73542 0.004 0.016 0.004 0.964 0.008 0.004
#> SRR1390072 2 0.3652 0.64665 0.000 0.720 0.016 0.264 0.000 0.000
#> SRR1467612 4 0.5715 0.31067 0.000 0.324 0.056 0.568 0.044 0.008
#> SRR1430133 2 0.3851 0.67345 0.000 0.808 0.064 0.100 0.024 0.004
#> SRR1468595 1 0.0146 0.91119 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351931 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374028 4 0.6567 0.24153 0.028 0.000 0.308 0.484 0.164 0.016
#> SRR1311243 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0363 0.91104 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1469638 1 0.2850 0.80302 0.856 0.000 0.016 0.016 0.000 0.112
#> SRR662150 1 0.0993 0.90135 0.964 0.000 0.024 0.000 0.000 0.012
#> SRR1400290 1 0.1296 0.89779 0.952 0.000 0.012 0.004 0.000 0.032
#> SRR1084892 2 0.4735 0.64735 0.000 0.732 0.064 0.160 0.040 0.004
#> SRR1416166 1 0.2828 0.82854 0.864 0.004 0.072 0.000 0.000 0.060
#> SRR1477015 1 0.0291 0.91036 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380501 4 0.4983 0.64949 0.104 0.056 0.036 0.760 0.024 0.020
#> SRR1446156 5 0.6722 0.36000 0.000 0.196 0.048 0.220 0.520 0.016
#> SRR1488328 2 0.2346 0.69710 0.000 0.868 0.008 0.124 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.4076 0.51666 0.000 0.636 0.012 0.348 0.004 0.000
#> SRR814611 1 0.0363 0.91113 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR599086 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.3973 0.46818 0.232 0.000 0.004 0.728 0.000 0.036
#> SRR807877 4 0.4621 0.50937 0.004 0.268 0.020 0.676 0.032 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.3014 0.68814 0.000 0.804 0.012 0.184 0.000 0.000
#> SRR601986 1 0.0458 0.90997 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1446226 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.6011 0.07318 0.580 0.020 0.024 0.108 0.000 0.268
#> SRR600474 1 0.0508 0.91051 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1307699 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.2313 0.83536 0.884 0.000 0.012 0.004 0.000 0.100
#> SRR1323628 1 0.1492 0.88804 0.940 0.000 0.036 0.000 0.000 0.024
#> SRR1430951 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1385364 1 0.6629 -0.28923 0.444 0.068 0.072 0.396 0.004 0.016
#> SRR1478149 1 0.1321 0.89680 0.952 0.000 0.024 0.004 0.000 0.020
#> SRR1384413 4 0.1738 0.72804 0.052 0.000 0.004 0.928 0.000 0.016
#> SRR1366855 4 0.3719 0.54459 0.196 0.004 0.004 0.768 0.000 0.028
#> SRR1077115 4 0.1900 0.72499 0.000 0.068 0.008 0.916 0.008 0.000
#> SRR1399990 1 0.2222 0.84903 0.896 0.000 0.008 0.012 0.000 0.084
#> SRR1434093 1 0.1080 0.89894 0.960 0.000 0.004 0.004 0.000 0.032
#> SRR1341408 2 0.4954 0.31058 0.000 0.624 0.012 0.032 0.316 0.016
#> SRR612335 3 0.6185 0.66879 0.104 0.008 0.612 0.000 0.180 0.096
#> SRR1321420 1 0.1829 0.87303 0.920 0.000 0.056 0.000 0.000 0.024
#> SRR1329177 1 0.0291 0.91036 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398371 4 0.4251 0.70726 0.048 0.024 0.076 0.808 0.036 0.008
#> SRR614996 1 0.2975 0.78126 0.840 0.000 0.016 0.012 0.000 0.132
#> SRR1431602 4 0.4986 0.59504 0.008 0.184 0.056 0.708 0.044 0.000
#> SRR1311509 1 0.3833 0.70694 0.784 0.004 0.120 0.000 0.000 0.092
#> SRR1507229 1 0.0603 0.90690 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310373 1 0.0692 0.90661 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408072 4 0.0982 0.73614 0.004 0.020 0.004 0.968 0.000 0.004
#> SRR1469591 1 0.1897 0.85984 0.908 0.000 0.004 0.004 0.000 0.084
#> SRR1392813 2 0.2319 0.66314 0.000 0.904 0.008 0.060 0.020 0.008
#> SRR1453026 4 0.5953 0.36562 0.000 0.284 0.088 0.572 0.052 0.004
#> SRR1388105 4 0.1845 0.71620 0.072 0.004 0.000 0.916 0.000 0.008
#> SRR1357558 1 0.0000 0.91093 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 6 0.2933 0.26728 0.200 0.000 0.004 0.000 0.000 0.796
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.971 0.989 0.4967 0.504 0.504
#> 3 3 0.665 0.654 0.793 0.2330 0.948 0.897
#> 4 4 0.652 0.727 0.809 0.1417 0.776 0.529
#> 5 5 0.714 0.625 0.760 0.0841 0.900 0.663
#> 6 6 0.797 0.727 0.844 0.0505 0.943 0.760
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1321283 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.605 0.821 0.148 0.852
#> SRR1408227 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR602437 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1367456 1 0.971 0.335 0.600 0.400
#> SRR1072650 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR598148 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1444390 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.730 0.740 0.204 0.796
#> SRR1468682 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1381524 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.995 0.145 0.460 0.540
#> SRR2185195 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR658283 2 0.952 0.405 0.372 0.628
#> SRR813728 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR663014 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1474730 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR608096 1 0.973 0.324 0.596 0.404
#> SRR665514 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1454522 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1345436 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR613186 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.971 0.330 0.400 0.600
#> SRR1402195 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1429516 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1093243 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR815517 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR615970 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1419638 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1434975 1 0.697 0.765 0.812 0.188
#> SRR1445741 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1487807 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1308696 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1319344 1 0.992 0.190 0.552 0.448
#> SRR1332835 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657903 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1364695 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR817825 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR660366 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1351583 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1318484 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.714 0.752 0.196 0.804
#> SRR661120 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR598509 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.653 0.794 0.832 0.168
#> SRR807901 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1075997 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1442250 1 0.886 0.563 0.696 0.304
#> SRR1430679 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661806 2 0.722 0.746 0.200 0.800
#> SRR1334919 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1327680 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.973 0.321 0.596 0.404
#> SRR659983 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1442149 1 0.971 0.332 0.600 0.400
#> SRR809137 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.595 0.827 0.856 0.144
#> SRR1334154 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.118 0.972 0.984 0.016
#> SRR807877 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.615 0.816 0.848 0.152
#> SRR600474 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1385364 2 0.980 0.286 0.416 0.584
#> SRR1478149 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1384413 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1366855 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR612335 1 0.615 0.816 0.848 0.152
#> SRR1321420 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1507229 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.000 0.988 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1381693 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.6079 0.5529 0.612 0.000 0.388
#> SRR1442648 2 0.2356 0.6954 0.000 0.928 0.072
#> SRR1486174 2 0.1860 0.6695 0.000 0.948 0.052
#> SRR1349433 2 0.4178 0.6773 0.000 0.828 0.172
#> SRR1321283 1 0.4399 0.7437 0.812 0.000 0.188
#> SRR1387702 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0592 0.6877 0.000 0.988 0.012
#> SRR1406265 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1458026 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1094192 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1397180 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR657492 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.6079 0.5542 0.612 0.000 0.388
#> SRR818530 2 0.3619 0.6194 0.000 0.864 0.136
#> SRR817563 2 0.0592 0.6877 0.000 0.988 0.012
#> SRR613462 1 0.5497 0.6730 0.708 0.000 0.292
#> SRR1405206 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1454136 2 0.1163 0.6955 0.000 0.972 0.028
#> SRR1380785 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR612875 1 0.5098 0.6974 0.752 0.000 0.248
#> SRR808327 2 0.1163 0.6955 0.000 0.972 0.028
#> SRR1355194 3 0.8937 0.2214 0.124 0.428 0.448
#> SRR1408227 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1086304 1 0.6111 0.5409 0.604 0.000 0.396
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.3752 0.6219 0.000 0.856 0.144
#> SRR1084965 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.6307 -0.2660 0.488 0.000 0.512
#> SRR602437 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1479263 2 0.0237 0.6901 0.000 0.996 0.004
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1367456 3 0.8716 0.1976 0.348 0.120 0.532
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.3686 0.6206 0.000 0.860 0.140
#> SRR1087197 1 0.6026 0.5676 0.624 0.000 0.376
#> SRR1383960 1 0.6008 0.5737 0.628 0.000 0.372
#> SRR600924 1 0.4291 0.7443 0.820 0.000 0.180
#> SRR662390 1 0.2625 0.8109 0.916 0.000 0.084
#> SRR1071692 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.5810 0.6239 0.664 0.000 0.336
#> SRR598148 1 0.6111 0.5409 0.604 0.000 0.396
#> SRR1444390 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1444644 1 0.5529 0.6671 0.704 0.000 0.296
#> SRR1389777 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 3 0.9413 0.1980 0.184 0.348 0.468
#> SRR1468682 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1490505 2 0.1411 0.6774 0.000 0.964 0.036
#> SRR1343859 1 0.6079 0.5529 0.612 0.000 0.388
#> SRR1075631 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1444954 2 0.3619 0.6194 0.000 0.864 0.136
#> SRR1479286 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1381524 1 0.5465 0.6762 0.712 0.000 0.288
#> SRR1392208 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.4842 0.6252 0.000 0.776 0.224
#> SRR1358482 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR658331 3 0.6516 -0.2347 0.480 0.004 0.516
#> SRR810619 2 0.1163 0.6955 0.000 0.972 0.028
#> SRR600829 1 0.5706 0.6355 0.680 0.000 0.320
#> SRR599380 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 3 0.9624 -0.0346 0.256 0.272 0.472
#> SRR2185195 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.5560 0.6630 0.700 0.000 0.300
#> SRR1318662 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR661337 1 0.2066 0.8192 0.940 0.000 0.060
#> SRR601239 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.5497 0.6708 0.708 0.000 0.292
#> SRR1352111 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1419453 1 0.6111 0.5409 0.604 0.000 0.396
#> SRR1437208 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0237 0.6901 0.000 0.996 0.004
#> SRR1341456 1 0.5327 0.6884 0.728 0.000 0.272
#> SRR657456 1 0.5363 0.6852 0.724 0.000 0.276
#> SRR807727 2 0.6180 0.5653 0.000 0.584 0.416
#> SRR816358 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 2 0.9111 -0.1919 0.144 0.472 0.384
#> SRR813728 2 0.3412 0.6243 0.000 0.876 0.124
#> SRR1394520 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1432366 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1087992 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.2959 0.8023 0.900 0.000 0.100
#> SRR1326040 1 0.6008 0.5737 0.628 0.000 0.372
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 3 0.6252 -0.4517 0.000 0.444 0.556
#> SRR1398706 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1368794 2 0.3619 0.6194 0.000 0.864 0.136
#> SRR1392749 2 0.6215 0.5435 0.000 0.572 0.428
#> SRR603968 1 0.6111 0.5409 0.604 0.000 0.396
#> SRR815661 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR661229 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.6062 0.5544 0.616 0.000 0.384
#> SRR1464281 2 0.0424 0.6888 0.000 0.992 0.008
#> SRR1400397 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1331444 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 3 0.6079 -0.4478 0.000 0.388 0.612
#> SRR1435182 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1477569 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0592 0.8359 0.988 0.000 0.012
#> SRR1334338 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 1 0.6111 0.5409 0.604 0.000 0.396
#> SRR663014 2 0.6204 0.5379 0.000 0.576 0.424
#> SRR1417960 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1474730 1 0.5216 0.6981 0.740 0.000 0.260
#> SRR1381269 2 0.0592 0.6877 0.000 0.988 0.012
#> SRR657695 2 0.5560 0.6040 0.000 0.700 0.300
#> SRR1357650 2 0.4121 0.6786 0.000 0.832 0.168
#> SRR1472237 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1470816 2 0.5327 0.6167 0.000 0.728 0.272
#> SRR1458358 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.6111 0.5409 0.604 0.000 0.396
#> SRR1392795 2 0.6215 0.5667 0.000 0.572 0.428
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 3 0.6225 -0.4865 0.000 0.432 0.568
#> SRR1360587 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR604230 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.5363 0.6851 0.724 0.000 0.276
#> SRR608096 3 0.9457 0.2773 0.312 0.204 0.484
#> SRR665514 1 0.4062 0.7533 0.836 0.000 0.164
#> SRR1454522 1 0.5397 0.6817 0.720 0.000 0.280
#> SRR1419615 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1429802 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1345436 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1433684 1 0.1860 0.8239 0.948 0.000 0.052
#> SRR613186 1 0.5431 0.6783 0.716 0.000 0.284
#> SRR1343795 2 0.0747 0.6863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1417766 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 3 0.6079 0.0407 0.000 0.388 0.612
#> SRR1326687 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.5835 0.6189 0.660 0.000 0.340
#> SRR1309856 2 0.2448 0.6562 0.000 0.924 0.076
#> SRR1102756 2 0.3340 0.6898 0.000 0.880 0.120
#> SRR1366519 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.3551 0.6840 0.000 0.868 0.132
#> SRR1391789 3 0.9841 0.3997 0.252 0.348 0.400
#> SRR1402195 1 0.1753 0.8196 0.952 0.000 0.048
#> SRR1429516 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1406662 2 0.4842 0.6576 0.000 0.776 0.224
#> SRR1333414 2 0.1289 0.6793 0.000 0.968 0.032
#> SRR1369030 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1342916 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.2625 0.6839 0.000 0.916 0.084
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.3686 0.7340 0.860 0.000 0.140
#> SRR1434568 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1341965 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1473505 2 0.3941 0.6242 0.000 0.844 0.156
#> SRR1402068 2 0.3619 0.6194 0.000 0.864 0.136
#> SRR1490076 2 0.0424 0.6926 0.000 0.992 0.008
#> SRR1435501 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.4750 0.6619 0.000 0.784 0.216
#> SRR1397329 1 0.5327 0.6884 0.728 0.000 0.272
#> SRR1093243 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1418390 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR608480 1 0.4555 0.7294 0.800 0.000 0.200
#> SRR598589 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR815893 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1455503 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR810737 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1347500 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1457872 2 0.5058 0.6355 0.000 0.756 0.244
#> SRR658481 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1406243 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.5859 0.6143 0.656 0.000 0.344
#> SRR656433 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1308674 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1338363 1 0.5254 0.6948 0.736 0.000 0.264
#> SRR1344271 2 0.1031 0.6951 0.000 0.976 0.024
#> SRR1321608 2 0.0747 0.6862 0.000 0.984 0.016
#> SRR1441464 2 0.1031 0.6951 0.000 0.976 0.024
#> SRR607970 1 0.3941 0.7584 0.844 0.000 0.156
#> SRR1338171 2 0.3816 0.6186 0.000 0.852 0.148
#> SRR604174 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.6302 -0.2401 0.480 0.000 0.520
#> SRR615970 1 0.6079 0.5542 0.612 0.000 0.388
#> SRR1370659 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1419638 1 0.6095 0.5476 0.608 0.000 0.392
#> SRR1434975 3 0.6786 -0.1231 0.448 0.012 0.540
#> SRR1445741 2 0.4178 0.6773 0.000 0.828 0.172
#> SRR1088142 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.5363 0.6851 0.724 0.000 0.276
#> SRR1473142 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1410334 2 0.4178 0.6142 0.000 0.828 0.172
#> SRR1352234 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1487807 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1489715 2 0.1163 0.6955 0.000 0.972 0.028
#> SRR1364780 1 0.5397 0.6817 0.720 0.000 0.280
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1316725 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1314851 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.5678 0.6466 0.684 0.000 0.316
#> SRR1308696 1 0.5327 0.6884 0.728 0.000 0.272
#> SRR808772 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.4605 0.6793 0.000 0.796 0.204
#> SRR1366690 1 0.2625 0.8120 0.916 0.000 0.084
#> SRR1317707 2 0.0592 0.6877 0.000 0.988 0.012
#> SRR1339321 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1442487 2 0.0592 0.6933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1069690 2 0.4555 0.6289 0.000 0.800 0.200
#> SRR1319344 3 0.8404 0.3094 0.288 0.120 0.592
#> SRR1332835 2 0.1163 0.6955 0.000 0.972 0.028
#> SRR1334694 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1478434 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1479933 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1313853 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.1411 0.6962 0.000 0.964 0.036
#> SRR814587 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR656899 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1349772 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.5016 0.6520 0.000 0.760 0.240
#> SRR1407470 2 0.1860 0.6969 0.000 0.948 0.052
#> SRR1490289 3 0.6252 -0.4430 0.000 0.444 0.556
#> SRR1093649 2 0.5363 0.4329 0.000 0.724 0.276
#> SRR1478900 1 0.3340 0.7856 0.880 0.000 0.120
#> SRR1447652 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.4974 0.6272 0.000 0.764 0.236
#> SRR2170537 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.5733 0.6325 0.676 0.000 0.324
#> SRR1321505 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.4399 0.7437 0.812 0.000 0.188
#> SRR1340641 1 0.6295 -0.1437 0.528 0.000 0.472
#> SRR657903 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR613759 1 0.2261 0.8096 0.932 0.000 0.068
#> SRR1472281 2 0.6291 0.5507 0.000 0.532 0.468
#> SRR1440445 1 0.6111 0.5409 0.604 0.000 0.396
#> SRR1088734 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1455607 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1077528 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1364695 1 0.4555 0.7363 0.800 0.000 0.200
#> SRR1348226 1 0.1289 0.8306 0.968 0.000 0.032
#> SRR1313560 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.3941 0.6107 0.000 0.844 0.156
#> SRR1352213 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR817825 3 0.6302 -0.2401 0.480 0.000 0.520
#> SRR660366 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.3816 0.6080 0.000 0.852 0.148
#> SRR1323512 2 0.4002 0.6807 0.000 0.840 0.160
#> SRR1325247 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1351583 1 0.5621 0.6549 0.692 0.000 0.308
#> SRR1437454 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1318484 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1322395 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1325464 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.6079 0.5529 0.612 0.000 0.388
#> SRR1455842 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1352619 1 0.5327 0.6884 0.728 0.000 0.272
#> SRR1076779 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.6673 0.2213 0.020 0.636 0.344
#> SRR661120 1 0.6026 0.5676 0.624 0.000 0.376
#> SRR601613 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.4504 0.7333 0.804 0.000 0.196
#> SRR820316 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR604122 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 1 0.6111 0.5409 0.604 0.000 0.396
#> SRR1397052 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.2711 0.8084 0.912 0.000 0.088
#> SRR664743 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1339199 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.5968 0.5884 0.636 0.000 0.364
#> SRR656288 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.5098 0.7059 0.752 0.000 0.248
#> SRR1487233 2 0.5138 0.6157 0.000 0.748 0.252
#> SRR662043 1 0.4452 0.7370 0.808 0.000 0.192
#> SRR1381211 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1379365 2 0.4062 0.6768 0.000 0.836 0.164
#> SRR1384852 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1430357 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR2164847 1 0.8455 0.4081 0.584 0.120 0.296
#> SRR807901 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.6079 0.5529 0.612 0.000 0.388
#> SRR1316483 1 0.4605 0.7446 0.796 0.000 0.204
#> SRR662749 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.5588 0.1929 0.004 0.276 0.720
#> SRR1343653 2 0.1163 0.6955 0.000 0.972 0.028
#> SRR1336134 2 0.3267 0.6926 0.000 0.884 0.116
#> SRR654940 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1098288 2 0.1964 0.6674 0.000 0.944 0.056
#> SRR1326343 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.6026 0.5676 0.624 0.000 0.376
#> SRR1075997 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1090483 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1388698 1 0.2537 0.8118 0.920 0.000 0.080
#> SRR1312482 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 1 0.4654 0.7328 0.792 0.000 0.208
#> SRR1387475 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1388419 2 0.5431 0.6484 0.000 0.716 0.284
#> SRR1442250 3 0.8212 0.1534 0.360 0.084 0.556
#> SRR1430679 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1311109 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1478990 3 0.6280 -0.4829 0.000 0.460 0.540
#> SRR1392434 2 0.6215 0.5652 0.000 0.572 0.428
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0424 0.8378 0.992 0.000 0.008
#> SRR1383937 2 0.2796 0.6968 0.000 0.908 0.092
#> SRR1315393 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1094506 1 0.5363 0.6851 0.724 0.000 0.276
#> SRR1330633 2 0.1411 0.6774 0.000 0.964 0.036
#> SRR1330153 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.6026 0.5711 0.624 0.000 0.376
#> SRR1395659 2 0.4887 0.6214 0.000 0.772 0.228
#> SRR1385716 1 0.5254 0.6948 0.736 0.000 0.264
#> SRR1466109 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.5327 0.6884 0.728 0.000 0.272
#> SRR1441725 1 0.0592 0.8368 0.988 0.000 0.012
#> SRR1485078 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR661806 2 0.8939 -0.0792 0.140 0.520 0.340
#> SRR1334919 1 0.4452 0.7411 0.808 0.000 0.192
#> SRR599249 1 0.4121 0.7673 0.832 0.000 0.168
#> SRR810051 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.5138 0.6930 0.748 0.000 0.252
#> SRR1434399 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.5431 0.6787 0.716 0.000 0.284
#> SRR1369536 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.5733 0.6381 0.676 0.000 0.324
#> SRR1405028 1 0.6026 0.5676 0.624 0.000 0.376
#> SRR612719 1 0.6026 0.5676 0.624 0.000 0.376
#> SRR1340617 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR1448183 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.1289 0.6795 0.000 0.968 0.032
#> SRR1361156 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.6079 0.5529 0.612 0.000 0.388
#> SRR1477837 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR607252 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.5327 0.6919 0.728 0.000 0.272
#> SRR1456567 2 0.6225 0.5636 0.000 0.568 0.432
#> SRR1487425 2 0.2796 0.6965 0.000 0.908 0.092
#> SRR1335627 2 0.5138 0.6159 0.000 0.748 0.252
#> SRR1327680 1 0.5363 0.6851 0.724 0.000 0.276
#> SRR1478812 2 0.2537 0.6882 0.000 0.920 0.080
#> SRR1447673 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR815735 1 0.2165 0.8186 0.936 0.000 0.064
#> SRR1404251 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR601645 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 3 0.8944 0.1272 0.228 0.204 0.568
#> SRR659983 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.5291 0.6130 0.000 0.732 0.268
#> SRR614215 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 1 0.5363 0.6851 0.724 0.000 0.276
#> SRR1317428 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.6111 0.5409 0.604 0.000 0.396
#> SRR1452741 1 0.4002 0.7700 0.840 0.000 0.160
#> SRR1458484 1 0.0592 0.8310 0.988 0.000 0.012
#> SRR1387091 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1358017 1 0.5621 0.6556 0.692 0.000 0.308
#> SRR1457039 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1376539 1 0.5327 0.6884 0.728 0.000 0.272
#> SRR1430639 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1419829 2 0.4887 0.6179 0.000 0.772 0.228
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.4504 0.7305 0.804 0.000 0.196
#> SRR1367849 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1320939 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.5882 0.6088 0.652 0.000 0.348
#> SRR1398311 2 0.3752 0.6219 0.000 0.856 0.144
#> SRR1442149 3 0.9212 0.1958 0.372 0.156 0.472
#> SRR809137 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR600852 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1321225 1 0.5882 0.6088 0.652 0.000 0.348
#> SRR1069802 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 3 0.7036 -0.0980 0.444 0.020 0.536
#> SRR1334154 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1390072 2 0.3116 0.6935 0.000 0.892 0.108
#> SRR1467612 2 0.3686 0.6206 0.000 0.860 0.140
#> SRR1430133 2 0.1163 0.6955 0.000 0.972 0.028
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.5560 0.6632 0.700 0.000 0.300
#> SRR1374028 3 0.6180 -0.4376 0.000 0.416 0.584
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.4062 0.7691 0.836 0.000 0.164
#> SRR662150 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.5760 0.6334 0.672 0.000 0.328
#> SRR1084892 2 0.1753 0.6832 0.000 0.952 0.048
#> SRR1416166 1 0.5835 0.6176 0.660 0.000 0.340
#> SRR1477015 1 0.0892 0.8334 0.980 0.000 0.020
#> SRR1380501 2 0.4796 0.6613 0.000 0.780 0.220
#> SRR1446156 2 0.5138 0.6253 0.000 0.748 0.252
#> SRR1488328 2 0.1289 0.6959 0.000 0.968 0.032
#> SRR1086889 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR814611 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 3 0.6627 0.3176 0.336 0.020 0.644
#> SRR807877 2 0.4062 0.6797 0.000 0.836 0.164
#> SRR1477033 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.2066 0.6969 0.000 0.940 0.060
#> SRR601986 1 0.5016 0.7115 0.760 0.000 0.240
#> SRR1446226 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.8230 0.4120 0.564 0.088 0.348
#> SRR600474 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.3879 0.7766 0.848 0.000 0.152
#> SRR1323628 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.6079 0.5529 0.612 0.000 0.388
#> SRR1385364 3 0.9783 0.3797 0.256 0.312 0.432
#> SRR1478149 1 0.6111 0.5409 0.604 0.000 0.396
#> SRR1384413 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1366855 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1077115 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1399990 1 0.5465 0.6762 0.712 0.000 0.288
#> SRR1434093 1 0.5363 0.6866 0.724 0.000 0.276
#> SRR1341408 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 1 0.5926 0.4560 0.644 0.000 0.356
#> SRR1321420 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0892 0.8334 0.980 0.000 0.020
#> SRR1398371 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR614996 1 0.4702 0.7396 0.788 0.000 0.212
#> SRR1431602 2 0.4346 0.6552 0.000 0.816 0.184
#> SRR1311509 1 0.3551 0.7712 0.868 0.000 0.132
#> SRR1507229 1 0.5363 0.6851 0.724 0.000 0.276
#> SRR1310373 1 0.6079 0.5542 0.612 0.000 0.388
#> SRR1408072 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1469591 1 0.5363 0.6864 0.724 0.000 0.276
#> SRR1392813 2 0.0000 0.6910 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.3551 0.6181 0.000 0.868 0.132
#> SRR1388105 2 0.6295 0.5491 0.000 0.528 0.472
#> SRR1357558 1 0.0000 0.8416 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 1 0.6111 0.5409 0.604 0.000 0.396
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0592 0.7823 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.5182 0.7133 0.288 0.000 0.684 0.028
#> SRR1442648 2 0.5619 0.7285 0.000 0.724 0.124 0.152
#> SRR1486174 2 0.1022 0.7945 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1349433 2 0.4830 0.4316 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1321283 1 0.5435 -0.3027 0.564 0.000 0.420 0.016
#> SRR1387702 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.2861 0.8047 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR1406265 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1458026 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1094192 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1397180 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR657492 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.4883 0.7118 0.288 0.000 0.696 0.016
#> SRR818530 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR817563 2 0.2861 0.8047 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR613462 1 0.5691 -0.4844 0.508 0.000 0.468 0.024
#> SRR1405206 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1454136 2 0.2345 0.8019 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1380785 2 0.3873 0.7160 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR612875 1 0.6527 -0.3016 0.508 0.000 0.416 0.076
#> SRR808327 2 0.2345 0.8019 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1355194 3 0.6167 -0.0155 0.008 0.308 0.628 0.056
#> SRR1408227 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1086304 3 0.5195 0.7103 0.276 0.000 0.692 0.032
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.3229 0.5889 0.072 0.000 0.880 0.048
#> SRR602437 1 0.0592 0.8800 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR663404 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.1637 0.7742 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1479263 2 0.3796 0.8022 0.000 0.848 0.056 0.096
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1367456 3 0.5567 0.4931 0.060 0.100 0.776 0.064
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1087197 3 0.6023 0.6745 0.328 0.000 0.612 0.060
#> SRR1383960 3 0.6074 0.6706 0.340 0.000 0.600 0.060
#> SRR600924 1 0.6269 0.2055 0.632 0.000 0.272 0.096
#> SRR662390 1 0.3790 0.6453 0.820 0.000 0.164 0.016
#> SRR1071692 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.5352 0.6689 0.388 0.000 0.596 0.016
#> SRR598148 3 0.6221 0.6814 0.316 0.000 0.608 0.076
#> SRR1444390 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1444644 3 0.5488 0.6017 0.452 0.000 0.532 0.016
#> SRR1389777 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 3 0.6901 -0.1425 0.004 0.312 0.568 0.116
#> SRR1468682 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1490505 2 0.1978 0.8033 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR1343859 3 0.5247 0.7128 0.284 0.000 0.684 0.032
#> SRR1075631 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1444954 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1479286 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1381524 3 0.5682 0.5891 0.456 0.000 0.520 0.024
#> SRR1392208 2 0.2861 0.8047 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR1456693 2 0.6206 0.6198 0.000 0.632 0.280 0.088
#> SRR1358482 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR658331 3 0.5355 0.5366 0.064 0.052 0.788 0.096
#> SRR810619 2 0.2345 0.8019 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR600829 3 0.6799 0.4833 0.440 0.000 0.464 0.096
#> SRR599380 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.3323 0.8449 0.064 0.060 0.000 0.876
#> SRR2185195 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.5427 0.6439 0.416 0.000 0.568 0.016
#> SRR1318662 2 0.2281 0.8027 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR661337 1 0.3333 0.7502 0.872 0.000 0.088 0.040
#> SRR601239 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.5472 0.6167 0.440 0.000 0.544 0.016
#> SRR1352111 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1419453 3 0.4690 0.7137 0.276 0.000 0.712 0.012
#> SRR1437208 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.2861 0.8047 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR1093269 2 0.2861 0.8047 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR1341456 3 0.5497 0.5875 0.460 0.000 0.524 0.016
#> SRR657456 3 0.5497 0.5874 0.460 0.000 0.524 0.016
#> SRR807727 4 0.3726 0.8002 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR816358 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.7742 0.1814 0.060 0.280 0.564 0.096
#> SRR813728 2 0.0592 0.7823 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1432366 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1087992 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.3647 0.6723 0.832 0.000 0.152 0.016
#> SRR1326040 3 0.6007 0.6719 0.340 0.000 0.604 0.056
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.6886 0.5780 0.000 0.200 0.204 0.596
#> SRR1398706 2 0.4134 0.7010 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1368794 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1392749 4 0.3196 0.9051 0.000 0.136 0.008 0.856
#> SRR603968 3 0.5247 0.7128 0.284 0.000 0.684 0.032
#> SRR815661 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR661229 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 3 0.5392 0.6366 0.204 0.000 0.724 0.072
#> SRR1464281 2 0.1867 0.8036 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1400397 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1331444 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.2281 0.8027 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1384917 4 0.7325 0.4644 0.000 0.208 0.264 0.528
#> SRR1435182 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1477569 1 0.0188 0.8902 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR602461 1 0.2227 0.8216 0.928 0.000 0.036 0.036
#> SRR1334338 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.5105 0.7099 0.276 0.000 0.696 0.028
#> SRR663014 4 0.4379 0.8423 0.000 0.172 0.036 0.792
#> SRR1417960 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1474730 3 0.5506 0.5594 0.472 0.000 0.512 0.016
#> SRR1381269 2 0.2796 0.8051 0.000 0.892 0.016 0.092
#> SRR657695 2 0.7497 0.3849 0.000 0.496 0.280 0.224
#> SRR1357650 2 0.5353 0.3236 0.000 0.556 0.012 0.432
#> SRR1472237 2 0.3074 0.7729 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1470816 2 0.6992 0.5245 0.000 0.564 0.280 0.156
#> SRR1458358 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0188 0.8902 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1318998 3 0.5222 0.7127 0.280 0.000 0.688 0.032
#> SRR1392795 4 0.3024 0.8945 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.4798 0.8108 0.000 0.180 0.052 0.768
#> SRR1360587 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR604230 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.5488 0.6010 0.452 0.000 0.532 0.016
#> SRR608096 3 0.7257 0.4977 0.108 0.160 0.656 0.076
#> SRR665514 1 0.6112 0.2848 0.656 0.000 0.248 0.096
#> SRR1454522 3 0.5488 0.6017 0.452 0.000 0.532 0.016
#> SRR1419615 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1429802 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1345436 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1433684 1 0.3428 0.6901 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR613186 3 0.5483 0.6062 0.448 0.000 0.536 0.016
#> SRR1343795 2 0.2376 0.8034 0.000 0.916 0.016 0.068
#> SRR1417766 2 0.2281 0.8027 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1420606 3 0.4285 0.3147 0.000 0.156 0.804 0.040
#> SRR1326687 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.5352 0.6689 0.388 0.000 0.596 0.016
#> SRR1309856 2 0.1557 0.7750 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1102756 2 0.4134 0.6626 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1366519 2 0.2281 0.8027 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1080438 2 0.7307 0.4694 0.000 0.524 0.192 0.284
#> SRR1391789 3 0.8298 0.4571 0.128 0.296 0.508 0.068
#> SRR1402195 1 0.2521 0.8010 0.912 0.000 0.064 0.024
#> SRR1429516 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1406662 4 0.7563 -0.0496 0.000 0.364 0.196 0.440
#> SRR1333414 2 0.1792 0.8030 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1369030 2 0.4164 0.6997 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.1211 0.7966 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.4547 0.6430 0.804 0.000 0.104 0.092
#> SRR1434568 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1341965 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1473505 2 0.4428 0.6910 0.000 0.720 0.276 0.004
#> SRR1402068 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1490076 2 0.2345 0.8019 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1435501 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.4356 0.5862 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1397329 3 0.5493 0.5952 0.456 0.000 0.528 0.016
#> SRR1093243 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1418390 2 0.4134 0.7010 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR608480 1 0.6317 0.1797 0.624 0.000 0.280 0.096
#> SRR598589 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR815893 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1455503 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR810737 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1347500 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1457872 2 0.4643 0.4665 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR658481 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1406243 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.5269 0.6860 0.364 0.000 0.620 0.016
#> SRR656433 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1308674 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1338363 3 0.5693 0.5582 0.472 0.000 0.504 0.024
#> SRR1344271 2 0.2345 0.8019 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1321608 2 0.1867 0.8036 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1441464 2 0.2345 0.8019 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR607970 1 0.5628 0.4104 0.704 0.000 0.216 0.080
#> SRR1338171 2 0.4277 0.6905 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.2761 0.5556 0.048 0.000 0.904 0.048
#> SRR615970 3 0.5472 0.7128 0.280 0.000 0.676 0.044
#> SRR1370659 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.2589 0.9333 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1419638 3 0.5036 0.7106 0.280 0.000 0.696 0.024
#> SRR1434975 3 0.5826 0.6142 0.124 0.056 0.756 0.064
#> SRR1445741 2 0.5126 0.2942 0.000 0.552 0.004 0.444
#> SRR1088142 1 0.2101 0.8184 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR604206 1 0.0188 0.8907 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358779 3 0.5483 0.6062 0.448 0.000 0.536 0.016
#> SRR1473142 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1410334 2 0.4594 0.6860 0.000 0.712 0.280 0.008
#> SRR1352234 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1487807 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1489715 2 0.2345 0.8019 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1364780 3 0.5488 0.6017 0.452 0.000 0.532 0.016
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.2861 0.8047 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR1409748 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.4164 0.6997 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1316725 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1314851 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.6130 0.5912 0.440 0.000 0.512 0.048
#> SRR1308696 3 0.5497 0.5875 0.460 0.000 0.524 0.016
#> SRR808772 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.7271 0.5697 0.000 0.540 0.216 0.244
#> SRR1366690 1 0.3142 0.7206 0.860 0.000 0.132 0.008
#> SRR1317707 2 0.2861 0.8047 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR1339321 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1442487 2 0.2345 0.8019 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1069690 2 0.6182 0.6232 0.000 0.636 0.276 0.088
#> SRR1319344 3 0.4193 0.3926 0.004 0.100 0.832 0.064
#> SRR1332835 2 0.2345 0.8019 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1334694 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1478434 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1479933 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1313853 2 0.2281 0.8027 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR661192 1 0.0188 0.8902 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1384827 2 0.2530 0.7972 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR814587 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR656899 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1349772 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0592 0.8800 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1442273 4 0.4877 0.2913 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1407470 2 0.2704 0.7914 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1490289 4 0.7583 0.3789 0.000 0.240 0.280 0.480
#> SRR1093649 3 0.6268 -0.3908 0.000 0.448 0.496 0.056
#> SRR1478900 1 0.4567 0.4042 0.740 0.000 0.244 0.016
#> SRR1447652 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.6347 0.6098 0.000 0.624 0.276 0.100
#> SRR2170537 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 3 0.6445 0.4923 0.444 0.000 0.488 0.068
#> SRR1321505 1 0.0188 0.8902 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457768 1 0.5435 -0.3059 0.564 0.000 0.420 0.016
#> SRR1340641 4 0.3688 0.6347 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR657903 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR613759 1 0.3108 0.7312 0.872 0.000 0.112 0.016
#> SRR1472281 4 0.2589 0.9328 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1440445 3 0.4831 0.7136 0.280 0.000 0.704 0.016
#> SRR1088734 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1455607 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1077528 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1364695 1 0.5161 -0.2154 0.592 0.000 0.400 0.008
#> SRR1348226 1 0.2730 0.7725 0.896 0.000 0.088 0.016
#> SRR1313560 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.4456 0.6884 0.000 0.716 0.280 0.004
#> SRR1352213 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR817825 3 0.4746 0.5437 0.064 0.052 0.824 0.060
#> SRR660366 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.4277 0.6905 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR1323512 2 0.4624 0.5288 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1325247 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1351583 3 0.5452 0.6331 0.428 0.000 0.556 0.016
#> SRR1437454 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1318484 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1322395 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1325464 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.5272 0.7126 0.288 0.000 0.680 0.032
#> SRR1455842 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1352619 3 0.5497 0.5875 0.460 0.000 0.524 0.016
#> SRR1076779 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.6640 -0.1787 0.000 0.352 0.552 0.096
#> SRR661120 3 0.6584 0.6596 0.336 0.000 0.568 0.096
#> SRR601613 1 0.0524 0.8839 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR811535 1 0.6293 0.1912 0.628 0.000 0.276 0.096
#> SRR820316 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.2861 0.8047 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR1375677 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR604122 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.5105 0.7129 0.276 0.000 0.696 0.028
#> SRR1397052 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.3547 0.6811 0.840 0.000 0.144 0.016
#> SRR664743 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1339199 2 0.2281 0.8027 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1355660 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.6000 0.6842 0.356 0.000 0.592 0.052
#> SRR656288 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.5512 -0.5209 0.492 0.000 0.492 0.016
#> SRR1487233 2 0.6370 0.6062 0.000 0.620 0.280 0.100
#> SRR662043 1 0.6293 0.1912 0.628 0.000 0.276 0.096
#> SRR1381211 2 0.3444 0.7344 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1379365 4 0.5296 -0.0552 0.000 0.492 0.008 0.500
#> SRR1384852 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1430357 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR2164847 3 0.8009 0.5876 0.352 0.096 0.492 0.060
#> SRR807901 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.5182 0.7129 0.288 0.000 0.684 0.028
#> SRR1316483 1 0.4914 0.1951 0.676 0.000 0.312 0.012
#> SRR662749 1 0.0188 0.8907 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1342701 3 0.3441 0.3702 0.000 0.120 0.856 0.024
#> SRR1343653 2 0.2345 0.8019 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1336134 2 0.6081 0.6550 0.000 0.652 0.088 0.260
#> SRR654940 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1098288 2 0.0592 0.7823 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 3 0.6478 0.6618 0.336 0.000 0.576 0.088
#> SRR1075997 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1090483 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1388698 1 0.3597 0.6781 0.836 0.000 0.148 0.016
#> SRR1312482 2 0.2281 0.8027 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1430420 1 0.5493 -0.4181 0.528 0.000 0.456 0.016
#> SRR1387475 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1388419 2 0.6621 0.6085 0.000 0.616 0.244 0.140
#> SRR1442250 3 0.4581 0.4162 0.016 0.100 0.820 0.064
#> SRR1430679 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1311109 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1478990 4 0.4880 0.8031 0.000 0.188 0.052 0.760
#> SRR1392434 4 0.3610 0.8214 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.1022 0.8667 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1383937 2 0.3486 0.7380 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1315393 2 0.0000 0.7835 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.5493 0.5952 0.456 0.000 0.528 0.016
#> SRR1330633 2 0.1890 0.8013 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1330153 1 0.0921 0.8680 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1451778 1 0.0592 0.8801 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR657089 3 0.6568 0.6666 0.332 0.000 0.572 0.096
#> SRR1395659 2 0.6317 0.6108 0.000 0.624 0.280 0.096
#> SRR1385716 3 0.5693 0.5586 0.472 0.000 0.504 0.024
#> SRR1466109 1 0.0188 0.8902 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1080977 3 0.5493 0.5952 0.456 0.000 0.528 0.016
#> SRR1441725 1 0.1510 0.8518 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR1485078 2 0.4250 0.6931 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR661806 3 0.8081 -0.0194 0.060 0.344 0.492 0.104
#> SRR1334919 1 0.5398 -0.2465 0.580 0.000 0.404 0.016
#> SRR599249 1 0.4769 0.2982 0.684 0.000 0.308 0.008
#> SRR810051 2 0.2861 0.8047 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR1407202 1 0.6206 -0.2110 0.540 0.000 0.404 0.056
#> SRR1434399 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.5452 0.6309 0.428 0.000 0.556 0.016
#> SRR1369536 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.5376 0.6635 0.396 0.000 0.588 0.016
#> SRR1405028 3 0.6058 0.6698 0.336 0.000 0.604 0.060
#> SRR612719 3 0.6501 0.6633 0.316 0.000 0.588 0.096
#> SRR1340617 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1448183 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.2255 0.8034 0.000 0.920 0.012 0.068
#> SRR1361156 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.5272 0.7126 0.288 0.000 0.680 0.032
#> SRR1477837 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR607252 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.6079 -0.3312 0.544 0.000 0.408 0.048
#> SRR1456567 4 0.3074 0.8905 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1487425 2 0.4467 0.7547 0.000 0.788 0.040 0.172
#> SRR1335627 2 0.6876 0.5424 0.000 0.572 0.288 0.140
#> SRR1327680 3 0.5493 0.5952 0.456 0.000 0.528 0.016
#> SRR1478812 2 0.2011 0.8039 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1447673 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR815735 1 0.3495 0.6938 0.844 0.000 0.140 0.016
#> SRR1404251 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR601645 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.3744 0.8356 0.028 0.052 0.048 0.872
#> SRR659983 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.6954 0.5312 0.000 0.568 0.280 0.152
#> SRR614215 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.2281 0.8027 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1340441 3 0.5478 0.6108 0.444 0.000 0.540 0.016
#> SRR1317428 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.4428 0.7135 0.276 0.000 0.720 0.004
#> SRR1452741 1 0.4795 0.2678 0.696 0.000 0.292 0.012
#> SRR1458484 1 0.0469 0.8813 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1387091 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1358017 3 0.5364 0.6641 0.392 0.000 0.592 0.016
#> SRR1457039 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1376539 3 0.5497 0.5875 0.460 0.000 0.524 0.016
#> SRR1430639 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1419829 2 0.6206 0.6198 0.000 0.632 0.280 0.088
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.6285 0.1782 0.624 0.000 0.284 0.092
#> SRR1367849 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1320939 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0592 0.8811 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1401446 3 0.5284 0.6853 0.368 0.000 0.616 0.016
#> SRR1398311 2 0.4428 0.6910 0.000 0.720 0.276 0.004
#> SRR1442149 4 0.4462 0.6991 0.164 0.044 0.000 0.792
#> SRR809137 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR600852 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1321225 3 0.5659 0.6837 0.368 0.000 0.600 0.032
#> SRR1069802 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 3 0.5580 0.4987 0.064 0.096 0.776 0.064
#> SRR1334154 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1390072 2 0.3649 0.7205 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1467612 2 0.4134 0.7010 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1430133 2 0.2345 0.8019 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.5444 0.6372 0.424 0.000 0.560 0.016
#> SRR1374028 4 0.7318 0.4147 0.000 0.196 0.280 0.524
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.5416 0.3240 0.692 0.000 0.260 0.048
#> SRR662150 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.5364 0.6656 0.392 0.000 0.592 0.016
#> SRR1084892 2 0.1867 0.8036 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1416166 3 0.5746 0.6517 0.396 0.000 0.572 0.032
#> SRR1477015 1 0.2255 0.7977 0.920 0.000 0.068 0.012
#> SRR1380501 2 0.5288 0.1615 0.000 0.520 0.008 0.472
#> SRR1446156 2 0.6855 0.5482 0.000 0.580 0.276 0.144
#> SRR1488328 2 0.2530 0.7972 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1086889 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR814611 1 0.0188 0.8902 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR599086 1 0.0188 0.8902 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.4827 0.6583 0.092 0.000 0.124 0.784
#> SRR807877 2 0.4950 0.4658 0.000 0.620 0.004 0.376
#> SRR1477033 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.2760 0.7893 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR601986 1 0.5220 -0.3055 0.568 0.000 0.424 0.008
#> SRR1446226 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.8127 0.6212 0.304 0.120 0.516 0.060
#> SRR600474 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.4767 0.3982 0.724 0.000 0.256 0.020
#> SRR1323628 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.4857 0.7135 0.284 0.000 0.700 0.016
#> SRR1385364 3 0.8340 0.5398 0.140 0.128 0.568 0.164
#> SRR1478149 3 0.4804 0.7134 0.276 0.000 0.708 0.016
#> SRR1384413 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1366855 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1077115 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1399990 3 0.5497 0.5800 0.460 0.000 0.524 0.016
#> SRR1434093 3 0.5396 0.5745 0.464 0.000 0.524 0.012
#> SRR1341408 2 0.2861 0.8047 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR612335 1 0.6886 -0.1449 0.488 0.008 0.424 0.080
#> SRR1321420 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.2255 0.7977 0.920 0.000 0.068 0.012
#> SRR1398371 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR614996 1 0.6263 -0.1722 0.576 0.000 0.356 0.068
#> SRR1431602 2 0.6238 0.6242 0.000 0.632 0.276 0.092
#> SRR1311509 1 0.4868 0.4294 0.720 0.000 0.256 0.024
#> SRR1507229 3 0.5493 0.5952 0.456 0.000 0.528 0.016
#> SRR1310373 3 0.4883 0.7134 0.288 0.000 0.696 0.016
#> SRR1408072 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1469591 3 0.5500 0.5718 0.464 0.000 0.520 0.016
#> SRR1392813 2 0.2281 0.8027 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1453026 2 0.3726 0.7231 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1388105 4 0.2530 0.9370 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1357558 1 0.0000 0.8937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.6293 0.6974 0.276 0.000 0.628 0.096
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.5959 -0.122656 0.000 0.532 0.032 0.048 0.388
#> SRR1381693 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.4172 0.764470 0.092 0.028 0.812 0.000 0.068
#> SRR1442648 2 0.3798 0.522091 0.000 0.816 0.004 0.120 0.060
#> SRR1486174 5 0.5538 0.377443 0.000 0.428 0.000 0.068 0.504
#> SRR1349433 2 0.6820 -0.053536 0.000 0.352 0.000 0.316 0.332
#> SRR1321283 3 0.3586 0.721100 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435584 2 0.6437 -0.304586 0.000 0.460 0.024 0.096 0.420
#> SRR1406265 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 4 0.0290 0.943893 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR657492 1 0.0566 0.909486 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR662665 3 0.4280 0.772364 0.084 0.008 0.788 0.000 0.120
#> SRR818530 2 0.1800 0.561048 0.000 0.932 0.020 0.048 0.000
#> SRR817563 2 0.6569 -0.288671 0.000 0.464 0.032 0.096 0.408
#> SRR613462 3 0.6587 0.543644 0.352 0.008 0.472 0.000 0.168
#> SRR1405206 2 0.2450 0.559065 0.000 0.900 0.052 0.048 0.000
#> SRR1454136 5 0.5889 0.442768 0.000 0.392 0.000 0.104 0.504
#> SRR1380785 2 0.5038 0.406882 0.000 0.740 0.048 0.048 0.164
#> SRR612875 3 0.6899 0.562598 0.248 0.008 0.432 0.000 0.312
#> SRR808327 5 0.5889 0.442768 0.000 0.392 0.000 0.104 0.504
#> SRR1355194 2 0.6441 0.110129 0.000 0.504 0.240 0.000 0.256
#> SRR1408227 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR1086304 3 0.5757 0.674666 0.044 0.064 0.660 0.000 0.232
#> SRR1080415 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.2588 0.560143 0.000 0.892 0.060 0.048 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.5745 0.575841 0.008 0.096 0.608 0.000 0.288
#> SRR602437 1 0.1845 0.865856 0.928 0.000 0.016 0.000 0.056
#> SRR663404 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356487 2 0.5765 -0.053298 0.000 0.560 0.024 0.048 0.368
#> SRR1479263 2 0.5844 -0.289857 0.000 0.484 0.000 0.096 0.420
#> SRR1409641 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 5 0.6040 0.448420 0.000 0.372 0.000 0.124 0.504
#> SRR1367456 2 0.6651 0.008584 0.000 0.444 0.256 0.000 0.300
#> SRR1072650 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.2588 0.560143 0.000 0.892 0.060 0.048 0.000
#> SRR1087197 3 0.7522 0.591036 0.152 0.076 0.436 0.000 0.336
#> SRR1383960 3 0.6551 0.644520 0.192 0.008 0.516 0.000 0.284
#> SRR600924 5 0.6391 -0.348980 0.384 0.004 0.148 0.000 0.464
#> SRR662390 1 0.6163 0.017274 0.540 0.008 0.332 0.000 0.120
#> SRR1071692 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0566 0.909728 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1352936 3 0.4733 0.787073 0.124 0.008 0.752 0.000 0.116
#> SRR598148 3 0.7132 0.586464 0.104 0.068 0.428 0.000 0.400
#> SRR1444390 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.2891 0.801557 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603918 2 0.6708 0.120844 0.000 0.480 0.180 0.012 0.328
#> SRR1468682 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.5691 -0.312873 0.000 0.476 0.000 0.080 0.444
#> SRR1343859 3 0.5077 0.735707 0.084 0.040 0.748 0.000 0.128
#> SRR1075631 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.2588 0.560143 0.000 0.892 0.060 0.048 0.000
#> SRR1479286 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.3597 0.798126 0.180 0.008 0.800 0.000 0.012
#> SRR1392208 2 0.6509 -0.311372 0.000 0.456 0.028 0.096 0.420
#> SRR1456693 2 0.3170 0.554001 0.000 0.852 0.012 0.120 0.016
#> SRR1358482 2 0.2588 0.560143 0.000 0.892 0.060 0.048 0.000
#> SRR658331 5 0.6839 -0.461036 0.032 0.132 0.368 0.000 0.468
#> SRR810619 5 0.5889 0.442768 0.000 0.392 0.000 0.104 0.504
#> SRR600829 5 0.6503 -0.530278 0.204 0.000 0.332 0.000 0.464
#> SRR599380 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0703 0.920312 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.3521 0.800599 0.172 0.008 0.808 0.000 0.012
#> SRR1318662 5 0.5976 0.426485 0.000 0.408 0.004 0.096 0.492
#> SRR1408657 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.5372 0.524049 0.676 0.008 0.100 0.000 0.216
#> SRR601239 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.1990 0.778814 0.068 0.004 0.920 0.000 0.008
#> SRR1437208 5 0.6237 0.445869 0.000 0.364 0.004 0.132 0.500
#> SRR1444914 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.6509 -0.311372 0.000 0.456 0.028 0.096 0.420
#> SRR1093269 2 0.5916 -0.198649 0.000 0.528 0.004 0.096 0.372
#> SRR1341456 3 0.3003 0.797084 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.0794 0.922591 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 5 0.6465 -0.351126 0.016 0.140 0.312 0.000 0.532
#> SRR813728 2 0.5992 -0.170763 0.000 0.512 0.032 0.048 0.408
#> SRR1394520 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR1432366 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0324 0.914128 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405593 1 0.6223 -0.000766 0.528 0.008 0.340 0.000 0.124
#> SRR1326040 3 0.6389 0.667871 0.204 0.008 0.556 0.000 0.232
#> SRR1312725 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.4911 0.303171 0.000 0.400 0.012 0.576 0.012
#> SRR1398706 2 0.1981 0.550434 0.000 0.924 0.000 0.048 0.028
#> SRR1368794 2 0.2520 0.560271 0.000 0.896 0.056 0.048 0.000
#> SRR1392749 4 0.0963 0.916904 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR603968 3 0.4959 0.735103 0.084 0.036 0.756 0.000 0.124
#> SRR815661 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR663100 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 5 0.7134 -0.467719 0.036 0.164 0.380 0.000 0.420
#> SRR1464281 5 0.5668 0.405531 0.000 0.416 0.000 0.080 0.504
#> SRR1400397 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 5 0.5821 0.433234 0.000 0.400 0.000 0.096 0.504
#> SRR1384917 2 0.5000 -0.049046 0.000 0.500 0.008 0.476 0.016
#> SRR1435182 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR1477569 1 0.1405 0.886821 0.956 0.008 0.020 0.000 0.016
#> SRR602461 1 0.4096 0.674668 0.760 0.000 0.040 0.000 0.200
#> SRR1334338 1 0.0324 0.914128 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1354710 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.5534 0.733348 0.072 0.036 0.688 0.000 0.204
#> SRR663014 4 0.2624 0.821493 0.000 0.116 0.012 0.872 0.000
#> SRR1417960 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.2966 0.797792 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.6509 -0.311372 0.000 0.456 0.028 0.096 0.420
#> SRR657695 2 0.3948 0.505782 0.000 0.776 0.012 0.196 0.016
#> SRR1357650 2 0.6186 0.206809 0.000 0.452 0.000 0.412 0.136
#> SRR1472237 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR1470816 2 0.3336 0.543103 0.000 0.832 0.008 0.144 0.016
#> SRR1458358 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.1377 0.886449 0.956 0.004 0.020 0.000 0.020
#> SRR1318998 3 0.4606 0.735479 0.068 0.048 0.788 0.000 0.096
#> SRR1392795 4 0.2329 0.824053 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.1956 0.873799 0.000 0.076 0.008 0.916 0.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1347667 3 0.2891 0.800940 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR608096 3 0.7001 0.462489 0.024 0.184 0.452 0.000 0.340
#> SRR665514 5 0.6248 -0.349977 0.384 0.000 0.148 0.000 0.468
#> SRR1454522 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.5855 0.091030 0.564 0.008 0.340 0.000 0.088
#> SRR613186 3 0.3328 0.799773 0.176 0.004 0.812 0.000 0.008
#> SRR1343795 5 0.6126 0.345405 0.000 0.444 0.016 0.080 0.460
#> SRR1417766 5 0.5976 0.426485 0.000 0.408 0.004 0.096 0.492
#> SRR1420606 2 0.6688 0.235553 0.000 0.568 0.232 0.036 0.164
#> SRR1326687 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.2280 0.797458 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.5250 -0.155328 0.000 0.536 0.000 0.048 0.416
#> SRR1102756 5 0.6590 0.306770 0.000 0.320 0.000 0.228 0.452
#> SRR1366519 5 0.5976 0.426485 0.000 0.408 0.004 0.096 0.492
#> SRR1080438 2 0.3838 0.452097 0.000 0.716 0.004 0.280 0.000
#> SRR1391789 3 0.5146 0.527903 0.020 0.012 0.536 0.000 0.432
#> SRR1402195 1 0.4287 0.687188 0.780 0.032 0.024 0.000 0.164
#> SRR1429516 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 2 0.4698 0.146710 0.000 0.520 0.004 0.468 0.008
#> SRR1333414 5 0.5668 0.405531 0.000 0.416 0.000 0.080 0.504
#> SRR1369030 2 0.1960 0.557805 0.000 0.928 0.020 0.048 0.004
#> SRR1342916 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 5 0.5631 0.389237 0.000 0.424 0.000 0.076 0.500
#> SRR1455326 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.5960 0.458071 0.640 0.016 0.048 0.032 0.264
#> SRR1434568 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.2434 0.556604 0.000 0.908 0.036 0.048 0.008
#> SRR1402068 2 0.2588 0.560143 0.000 0.892 0.060 0.048 0.000
#> SRR1490076 5 0.5856 0.438445 0.000 0.396 0.000 0.100 0.504
#> SRR1435501 1 0.0566 0.908299 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1452491 5 0.6436 0.279988 0.000 0.264 0.000 0.232 0.504
#> SRR1397329 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.2588 0.532644 0.000 0.892 0.000 0.048 0.060
#> SRR608480 5 0.6391 -0.348980 0.384 0.004 0.148 0.000 0.464
#> SRR598589 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR601868 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR815893 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443182 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 5 0.6649 0.184784 0.000 0.208 0.004 0.324 0.464
#> SRR658481 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.4166 0.795454 0.120 0.008 0.796 0.000 0.076
#> SRR656433 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR1308674 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR1338363 3 0.3123 0.798568 0.184 0.004 0.812 0.000 0.000
#> SRR1344271 5 0.5889 0.442768 0.000 0.392 0.000 0.104 0.504
#> SRR1321608 5 0.5668 0.405531 0.000 0.416 0.000 0.080 0.504
#> SRR1441464 5 0.6045 0.436327 0.000 0.400 0.004 0.104 0.492
#> SRR607970 1 0.6178 0.089655 0.484 0.000 0.140 0.000 0.376
#> SRR1338171 2 0.2149 0.561152 0.000 0.916 0.036 0.048 0.000
#> SRR604174 1 0.0451 0.913408 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345221 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR815517 3 0.5851 0.535444 0.000 0.132 0.580 0.000 0.288
#> SRR615970 3 0.2878 0.776456 0.068 0.004 0.880 0.000 0.048
#> SRR1370659 1 0.0162 0.916511 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383125 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.1750 0.898974 0.000 0.028 0.000 0.936 0.036
#> SRR1419638 3 0.5017 0.744442 0.072 0.020 0.728 0.000 0.180
#> SRR1434975 3 0.7181 0.421503 0.024 0.220 0.408 0.000 0.348
#> SRR1445741 4 0.6066 -0.231968 0.000 0.424 0.000 0.456 0.120
#> SRR1088142 1 0.4901 0.487546 0.696 0.008 0.244 0.000 0.052
#> SRR604206 1 0.1300 0.891440 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1358779 3 0.3160 0.797214 0.188 0.004 0.808 0.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.2518 0.537932 0.000 0.908 0.036 0.020 0.036
#> SRR1352234 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 5 0.5889 0.442768 0.000 0.392 0.000 0.104 0.504
#> SRR1364780 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.6509 -0.311372 0.000 0.456 0.028 0.096 0.420
#> SRR1409748 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.2053 0.557409 0.000 0.924 0.024 0.048 0.004
#> SRR1316725 2 0.2520 0.558444 0.000 0.896 0.056 0.048 0.000
#> SRR1314851 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.6743 0.617423 0.268 0.008 0.484 0.000 0.240
#> SRR1308696 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.4254 0.484890 0.000 0.740 0.000 0.220 0.040
#> SRR1366690 1 0.4522 0.688992 0.788 0.040 0.116 0.000 0.056
#> SRR1317707 2 0.6509 -0.311372 0.000 0.456 0.028 0.096 0.420
#> SRR1339321 4 0.0703 0.932770 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1442487 5 0.5889 0.442768 0.000 0.392 0.000 0.104 0.504
#> SRR1069690 2 0.3763 0.561167 0.000 0.832 0.056 0.096 0.016
#> SRR1319344 2 0.6575 0.039283 0.000 0.464 0.236 0.000 0.300
#> SRR1332835 5 0.5889 0.442768 0.000 0.392 0.000 0.104 0.504
#> SRR1334694 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR1478434 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.2520 0.558444 0.000 0.896 0.056 0.048 0.000
#> SRR1313853 5 0.5976 0.426485 0.000 0.408 0.004 0.096 0.492
#> SRR661192 1 0.1059 0.896509 0.968 0.004 0.020 0.000 0.008
#> SRR1384827 5 0.6019 0.445826 0.000 0.380 0.000 0.120 0.500
#> SRR814587 4 0.0162 0.947554 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR656899 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1088340 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.2732 0.810740 0.884 0.008 0.088 0.000 0.020
#> SRR1442273 4 0.5019 0.289528 0.000 0.316 0.000 0.632 0.052
#> SRR1407470 5 0.6040 0.448420 0.000 0.372 0.000 0.124 0.504
#> SRR1490289 2 0.5087 0.162953 0.000 0.572 0.016 0.396 0.016
#> SRR1093649 2 0.5680 0.341039 0.000 0.620 0.140 0.000 0.240
#> SRR1478900 1 0.4126 0.224089 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.2694 0.553662 0.000 0.864 0.004 0.128 0.004
#> SRR2170537 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 3 0.6696 0.627841 0.208 0.008 0.484 0.000 0.300
#> SRR1321505 1 0.1377 0.886449 0.956 0.004 0.020 0.000 0.020
#> SRR1457768 3 0.4114 0.543932 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.2445 0.787857 0.108 0.000 0.004 0.884 0.004
#> SRR657903 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1403458 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441850 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.3427 0.766108 0.844 0.004 0.056 0.000 0.096
#> SRR1472281 4 0.0162 0.946437 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1440445 3 0.2006 0.779130 0.072 0.012 0.916 0.000 0.000
#> SRR1088734 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 1 0.4300 -0.173427 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.5110 0.417295 0.668 0.008 0.268 0.000 0.056
#> SRR1313560 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092889 2 0.2204 0.561904 0.000 0.920 0.016 0.048 0.016
#> SRR1352213 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR817825 3 0.7039 0.284650 0.008 0.300 0.368 0.000 0.324
#> SRR660366 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.2204 0.561904 0.000 0.920 0.016 0.048 0.016
#> SRR1323512 5 0.6781 0.163226 0.000 0.292 0.000 0.320 0.388
#> SRR1325247 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.2813 0.802311 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.1043 0.920310 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.4674 0.751034 0.088 0.036 0.780 0.000 0.096
#> SRR1455842 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.6405 -0.234951 0.000 0.384 0.172 0.000 0.444
#> SRR661120 5 0.6868 -0.516072 0.160 0.024 0.348 0.000 0.468
#> SRR601613 1 0.2158 0.855408 0.920 0.008 0.020 0.000 0.052
#> SRR811535 5 0.6391 -0.348980 0.384 0.004 0.148 0.000 0.464
#> SRR820316 1 0.0162 0.916645 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368616 2 0.5898 -0.184022 0.000 0.536 0.004 0.096 0.364
#> SRR1375677 1 0.0566 0.909486 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1365700 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR604122 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR598509 3 0.4709 0.743129 0.084 0.028 0.772 0.000 0.116
#> SRR1397052 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1339921 1 0.5465 0.161263 0.588 0.008 0.348 0.000 0.056
#> SRR664743 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 5 0.5980 0.420742 0.000 0.412 0.004 0.096 0.488
#> SRR1355660 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0162 0.916511 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603449 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.6159 0.718047 0.168 0.008 0.588 0.000 0.236
#> SRR656288 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.3242 0.775148 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.3265 0.550687 0.000 0.844 0.012 0.128 0.016
#> SRR662043 5 0.6391 -0.348980 0.384 0.004 0.148 0.000 0.464
#> SRR1381211 2 0.3914 0.419625 0.000 0.788 0.000 0.048 0.164
#> SRR1379365 4 0.5499 -0.016750 0.000 0.400 0.000 0.532 0.068
#> SRR1384852 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR1430357 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 3 0.6570 0.632881 0.184 0.008 0.504 0.000 0.304
#> SRR807901 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR816064 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.4179 0.762466 0.088 0.028 0.812 0.000 0.072
#> SRR1316483 1 0.6318 -0.339570 0.444 0.008 0.428 0.000 0.120
#> SRR662749 1 0.0609 0.907469 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1342701 2 0.6850 0.065761 0.000 0.508 0.284 0.024 0.184
#> SRR1343653 5 0.6155 0.433774 0.000 0.400 0.008 0.104 0.488
#> SRR1336134 2 0.5618 0.323008 0.000 0.632 0.000 0.224 0.144
#> SRR654940 2 0.2588 0.559333 0.000 0.892 0.060 0.048 0.000
#> SRR1098288 2 0.5909 -0.149415 0.000 0.524 0.028 0.048 0.400
#> SRR1326343 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR811145 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 5 0.7304 -0.537404 0.176 0.048 0.324 0.000 0.452
#> SRR1075997 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR1090483 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.5982 0.217664 0.588 0.008 0.284 0.000 0.120
#> SRR1312482 5 0.5821 0.433234 0.000 0.400 0.000 0.096 0.504
#> SRR1430420 3 0.3336 0.762833 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0162 0.947554 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1388419 2 0.4409 0.512780 0.000 0.752 0.000 0.176 0.072
#> SRR1442250 2 0.6637 0.009057 0.000 0.448 0.252 0.000 0.300
#> SRR1430679 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR1311109 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.1410 0.894397 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1392434 4 0.2903 0.810581 0.000 0.080 0.000 0.872 0.048
#> SRR1085925 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.2448 0.832251 0.892 0.000 0.020 0.000 0.088
#> SRR1383937 5 0.6296 0.359443 0.000 0.360 0.000 0.160 0.480
#> SRR1315393 5 0.5542 0.312281 0.000 0.448 0.008 0.048 0.496
#> SRR1094506 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.5594 -0.266430 0.000 0.492 0.000 0.072 0.436
#> SRR1330153 1 0.1908 0.871659 0.936 0.024 0.024 0.000 0.016
#> SRR1451778 1 0.1524 0.885954 0.952 0.016 0.016 0.000 0.016
#> SRR657089 5 0.6576 -0.570778 0.160 0.008 0.380 0.000 0.452
#> SRR1395659 2 0.3059 0.554920 0.000 0.856 0.008 0.120 0.016
#> SRR1385716 3 0.3373 0.801622 0.168 0.008 0.816 0.000 0.008
#> SRR1466109 1 0.1186 0.893633 0.964 0.008 0.020 0.000 0.008
#> SRR1080977 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.3525 0.729382 0.816 0.004 0.024 0.000 0.156
#> SRR1485078 2 0.2520 0.558444 0.000 0.896 0.056 0.048 0.000
#> SRR661806 5 0.6537 -0.252207 0.008 0.212 0.252 0.000 0.528
#> SRR1334919 3 0.3876 0.653125 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR599249 1 0.6145 0.074096 0.556 0.036 0.344 0.000 0.064
#> SRR810051 5 0.6287 0.369752 0.000 0.432 0.016 0.096 0.456
#> SRR1407202 1 0.7580 -0.421767 0.344 0.040 0.328 0.000 0.288
#> SRR1434399 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1330965 3 0.2773 0.801263 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.4640 0.787980 0.120 0.008 0.760 0.000 0.112
#> SRR1405028 3 0.7318 0.599664 0.196 0.040 0.428 0.000 0.336
#> SRR612719 5 0.6864 -0.507927 0.136 0.032 0.364 0.000 0.468
#> SRR1340617 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR1448183 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.5677 -0.258050 0.000 0.496 0.000 0.080 0.424
#> SRR1361156 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.4622 0.752842 0.088 0.036 0.784 0.000 0.092
#> SRR1477837 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1418946 3 0.6762 0.509351 0.348 0.008 0.444 0.000 0.200
#> SRR1456567 4 0.1168 0.913081 0.000 0.032 0.008 0.960 0.000
#> SRR1487425 2 0.5814 0.045496 0.000 0.584 0.000 0.128 0.288
#> SRR1335627 2 0.3402 0.544786 0.000 0.832 0.012 0.140 0.016
#> SRR1327680 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1478812 5 0.5861 0.426480 0.000 0.400 0.000 0.100 0.500
#> SRR1447673 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.5935 0.152738 0.576 0.008 0.312 0.000 0.104
#> SRR1404251 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR601645 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.1492 0.891491 0.000 0.008 0.004 0.948 0.040
#> SRR659983 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1402414 2 0.3402 0.544786 0.000 0.832 0.012 0.140 0.016
#> SRR614215 1 0.0451 0.913408 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR659283 1 0.0162 0.916511 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459956 5 0.5976 0.426485 0.000 0.408 0.004 0.096 0.492
#> SRR1340441 3 0.2891 0.800940 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1403390 3 0.2632 0.781491 0.072 0.004 0.892 0.000 0.032
#> SRR1452741 1 0.5695 -0.199491 0.500 0.008 0.432 0.000 0.060
#> SRR1458484 1 0.1469 0.876713 0.948 0.000 0.016 0.036 0.000
#> SRR1387091 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.3336 0.795365 0.144 0.016 0.832 0.000 0.008
#> SRR1457039 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.3122 0.556520 0.000 0.860 0.016 0.108 0.016
#> SRR1434315 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 5 0.6471 -0.344536 0.380 0.012 0.132 0.000 0.476
#> SRR1367849 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.1626 0.876657 0.940 0.000 0.016 0.000 0.044
#> SRR1401446 3 0.5145 0.774862 0.120 0.008 0.712 0.000 0.160
#> SRR1398311 2 0.2520 0.558352 0.000 0.896 0.056 0.048 0.000
#> SRR1442149 4 0.1341 0.874551 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0162 0.947554 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1321225 3 0.5331 0.769609 0.124 0.008 0.692 0.000 0.176
#> SRR1069802 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.6655 -0.004523 0.000 0.444 0.260 0.000 0.296
#> SRR1334154 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 5 0.6296 0.382038 0.000 0.324 0.000 0.172 0.504
#> SRR1467612 2 0.2067 0.548809 0.000 0.920 0.000 0.048 0.032
#> SRR1430133 5 0.5889 0.442768 0.000 0.392 0.000 0.104 0.504
#> SRR1468595 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.2852 0.802078 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.5250 -0.025618 0.000 0.520 0.016 0.444 0.020
#> SRR1311243 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0162 0.916083 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1469638 3 0.6875 0.409907 0.380 0.008 0.392 0.000 0.220
#> SRR662150 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1400290 3 0.4166 0.795458 0.120 0.008 0.796 0.000 0.076
#> SRR1084892 5 0.5747 0.418544 0.000 0.408 0.000 0.088 0.504
#> SRR1416166 3 0.6842 0.678148 0.232 0.032 0.540 0.000 0.196
#> SRR1477015 1 0.3210 0.637162 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1380501 4 0.7115 -0.096282 0.000 0.248 0.028 0.476 0.248
#> SRR1446156 2 0.3608 0.546484 0.000 0.812 0.040 0.148 0.000
#> SRR1488328 5 0.5953 0.445913 0.000 0.384 0.000 0.112 0.504
#> SRR1086889 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR814611 1 0.1173 0.893635 0.964 0.004 0.012 0.000 0.020
#> SRR599086 1 0.1018 0.896076 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1086844 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.3274 0.800327 0.008 0.008 0.072 0.868 0.044
#> SRR807877 2 0.6760 -0.013559 0.000 0.400 0.000 0.284 0.316
#> SRR1477033 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 5 0.6092 0.448322 0.000 0.364 0.000 0.132 0.504
#> SRR601986 3 0.5818 0.521795 0.380 0.008 0.536 0.000 0.076
#> SRR1446226 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.6409 0.636760 0.152 0.008 0.516 0.000 0.324
#> SRR600474 1 0.0854 0.903393 0.976 0.008 0.012 0.000 0.004
#> SRR1307699 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.6436 -0.305019 0.444 0.008 0.412 0.000 0.136
#> SRR1323628 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430951 3 0.2701 0.781664 0.092 0.012 0.884 0.000 0.012
#> SRR1385364 3 0.5255 0.562552 0.004 0.116 0.744 0.096 0.040
#> SRR1478149 3 0.2291 0.777820 0.072 0.012 0.908 0.000 0.008
#> SRR1384413 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.5182 0.785227 0.164 0.008 0.708 0.000 0.120
#> SRR1434093 3 0.5317 0.776258 0.196 0.008 0.688 0.000 0.108
#> SRR1341408 2 0.6509 -0.311372 0.000 0.456 0.028 0.096 0.420
#> SRR612335 5 0.8378 -0.326299 0.256 0.192 0.160 0.004 0.388
#> SRR1321420 1 0.0290 0.915266 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329177 1 0.3452 0.578445 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.0703 0.932770 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR614996 3 0.6874 0.594067 0.264 0.008 0.448 0.000 0.280
#> SRR1431602 2 0.2722 0.556327 0.000 0.868 0.008 0.120 0.004
#> SRR1311509 1 0.6318 0.391692 0.628 0.040 0.160 0.000 0.172
#> SRR1507229 3 0.2929 0.800656 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.1965 0.785486 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.5125 0.785323 0.184 0.008 0.708 0.000 0.100
#> SRR1392813 5 0.5976 0.426485 0.000 0.408 0.004 0.096 0.492
#> SRR1453026 2 0.3339 0.479891 0.000 0.840 0.000 0.048 0.112
#> SRR1388105 4 0.0000 0.949824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.918082 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.5550 0.588003 0.056 0.004 0.472 0.000 0.468
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR815184 2 0.4968 0.54684 0.000 0.632 0.000 0.000 0.120 0.248
#> SRR1381693 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467904 3 0.2918 0.57583 0.020 0.000 0.868 0.000 0.064 0.048
#> SRR1442648 5 0.5076 0.69909 0.000 0.236 0.000 0.020 0.656 0.088
#> SRR1486174 2 0.1049 0.85673 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1349433 2 0.5683 0.41375 0.000 0.572 0.004 0.196 0.224 0.004
#> SRR1321283 3 0.2730 0.59299 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.1148 0.89881 0.960 0.000 0.004 0.000 0.020 0.016
#> SRR1435584 2 0.4542 0.71331 0.000 0.724 0.000 0.016 0.084 0.176
#> SRR1406265 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1366367 4 0.0146 0.96313 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1397180 4 0.0777 0.94702 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0363 0.91016 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.4216 0.33719 0.024 0.004 0.696 0.000 0.008 0.268
#> SRR818530 5 0.3532 0.77702 0.000 0.140 0.000 0.000 0.796 0.064
#> SRR817563 2 0.4403 0.69409 0.000 0.712 0.000 0.016 0.048 0.224
#> SRR613462 3 0.6414 -0.08824 0.276 0.004 0.384 0.000 0.008 0.328
#> SRR1405206 5 0.5288 0.73075 0.000 0.156 0.000 0.000 0.592 0.252
#> SRR1454136 2 0.0862 0.86611 0.000 0.972 0.000 0.016 0.004 0.008
#> SRR1380785 5 0.5875 0.53010 0.000 0.324 0.004 0.000 0.484 0.188
#> SRR612875 6 0.5639 0.45375 0.108 0.004 0.364 0.000 0.008 0.516
#> SRR808327 2 0.0820 0.86530 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR1355194 5 0.4594 0.52489 0.000 0.012 0.160 0.000 0.720 0.108
#> SRR1408227 2 0.1075 0.86307 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.4605 0.39270 0.004 0.004 0.716 0.000 0.164 0.112
#> SRR1080415 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1086140 5 0.4836 0.75913 0.000 0.140 0.000 0.000 0.664 0.196
#> SRR1084965 1 0.0146 0.91369 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1310563 3 0.4634 0.34996 0.000 0.000 0.688 0.000 0.188 0.124
#> SRR602437 1 0.1462 0.87190 0.936 0.000 0.008 0.000 0.000 0.056
#> SRR663404 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.1377 0.89654 0.952 0.004 0.004 0.000 0.024 0.016
#> SRR1356487 2 0.5383 0.41201 0.000 0.580 0.000 0.000 0.248 0.172
#> SRR1479263 2 0.3449 0.71745 0.000 0.780 0.000 0.016 0.196 0.008
#> SRR1409641 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1442686 1 0.0146 0.91376 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345736 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345827 2 0.1007 0.86459 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1367456 5 0.4950 0.37925 0.000 0.000 0.164 0.000 0.652 0.184
#> SRR1072650 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446393 5 0.4871 0.75796 0.000 0.144 0.000 0.000 0.660 0.196
#> SRR1087197 6 0.6435 0.44930 0.044 0.000 0.332 0.000 0.160 0.464
#> SRR1383960 3 0.5494 -0.31121 0.060 0.004 0.460 0.000 0.020 0.456
#> SRR600924 6 0.5625 0.62097 0.192 0.008 0.124 0.000 0.032 0.644
#> SRR662390 1 0.6251 -0.48433 0.344 0.004 0.324 0.000 0.000 0.328
#> SRR1071692 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR658421 1 0.0665 0.90873 0.980 0.000 0.008 0.000 0.008 0.004
#> SRR1352936 3 0.4790 0.42528 0.080 0.004 0.648 0.000 0.000 0.268
#> SRR598148 6 0.6231 0.52810 0.024 0.008 0.268 0.000 0.168 0.532
#> SRR1444390 4 0.0405 0.96179 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1444644 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.1465 0.89247 0.948 0.004 0.004 0.000 0.024 0.020
#> SRR603918 5 0.4640 0.45824 0.000 0.000 0.108 0.000 0.680 0.212
#> SRR1468682 4 0.0260 0.95930 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.2982 0.76996 0.000 0.828 0.000 0.012 0.152 0.008
#> SRR1343859 3 0.4630 0.43910 0.016 0.004 0.732 0.000 0.148 0.100
#> SRR1075631 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1444954 5 0.4924 0.75607 0.000 0.144 0.000 0.000 0.652 0.204
#> SRR1479286 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.3887 0.61368 0.104 0.004 0.780 0.000 0.000 0.112
#> SRR1392208 2 0.4252 0.70650 0.000 0.724 0.000 0.016 0.040 0.220
#> SRR1456693 5 0.2636 0.78052 0.000 0.120 0.000 0.016 0.860 0.004
#> SRR1358482 5 0.4843 0.75890 0.000 0.144 0.000 0.000 0.664 0.192
#> SRR658331 6 0.4840 0.58616 0.004 0.008 0.204 0.000 0.096 0.688
#> SRR810619 2 0.0603 0.86555 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR600829 6 0.5325 0.61452 0.084 0.008 0.232 0.000 0.024 0.652
#> SRR599380 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0363 0.95170 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0806 0.90782 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1489693 3 0.3011 0.66250 0.100 0.000 0.852 0.000 0.036 0.012
#> SRR1318662 2 0.1779 0.85093 0.000 0.920 0.000 0.016 0.000 0.064
#> SRR1408657 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1384805 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR661337 6 0.5343 0.30103 0.444 0.004 0.068 0.000 0.008 0.476
#> SRR601239 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0405 0.96179 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1419453 3 0.1003 0.62075 0.004 0.000 0.964 0.000 0.004 0.028
#> SRR1437208 2 0.1333 0.86325 0.000 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR1444914 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.4252 0.70650 0.000 0.724 0.000 0.016 0.040 0.220
#> SRR1093269 2 0.4605 0.52338 0.000 0.652 0.000 0.016 0.296 0.036
#> SRR1341456 3 0.2149 0.68172 0.104 0.000 0.888 0.000 0.004 0.004
#> SRR657456 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.0665 0.95684 0.000 0.008 0.004 0.980 0.000 0.008
#> SRR816358 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 6 0.4383 0.58098 0.004 0.008 0.168 0.000 0.080 0.740
#> SRR813728 2 0.4121 0.68069 0.000 0.720 0.000 0.000 0.060 0.220
#> SRR1394520 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1308200 2 0.1219 0.86282 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR1432366 4 0.0405 0.96179 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1087992 1 0.0767 0.90712 0.976 0.004 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1405593 6 0.6235 0.21903 0.324 0.004 0.304 0.000 0.000 0.368
#> SRR1326040 3 0.5482 -0.22170 0.084 0.004 0.496 0.000 0.008 0.408
#> SRR1312725 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 5 0.3533 0.61587 0.000 0.012 0.000 0.236 0.748 0.004
#> SRR1398706 5 0.3329 0.73435 0.000 0.220 0.004 0.000 0.768 0.008
#> SRR1368794 5 0.4843 0.75896 0.000 0.144 0.000 0.000 0.664 0.192
#> SRR1392749 4 0.1508 0.93222 0.000 0.012 0.004 0.948 0.016 0.020
#> SRR603968 3 0.3942 0.50109 0.020 0.000 0.792 0.000 0.084 0.104
#> SRR815661 1 0.1457 0.89440 0.948 0.004 0.004 0.000 0.028 0.016
#> SRR663100 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR661229 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 6 0.6062 0.55137 0.016 0.008 0.200 0.000 0.220 0.556
#> SRR1464281 2 0.0964 0.86366 0.000 0.968 0.000 0.012 0.016 0.004
#> SRR1400397 4 0.0405 0.96179 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1331444 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1439958 2 0.0717 0.86533 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1384917 5 0.2838 0.65577 0.000 0.000 0.000 0.188 0.808 0.004
#> SRR1435182 2 0.1219 0.86282 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR1477569 1 0.1901 0.84197 0.912 0.004 0.008 0.000 0.000 0.076
#> SRR602461 6 0.5149 0.40948 0.396 0.008 0.048 0.000 0.008 0.540
#> SRR1334338 1 0.0405 0.90958 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1354710 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR613510 3 0.4768 0.38183 0.008 0.004 0.696 0.000 0.092 0.200
#> SRR663014 4 0.3992 0.76052 0.000 0.020 0.004 0.796 0.088 0.092
#> SRR1417960 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.2053 0.67550 0.108 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381269 2 0.4198 0.71363 0.000 0.732 0.000 0.016 0.040 0.212
#> SRR657695 5 0.2715 0.78011 0.000 0.112 0.000 0.024 0.860 0.004
#> SRR1357650 5 0.6401 0.28888 0.000 0.300 0.004 0.288 0.400 0.008
#> SRR1472237 2 0.1285 0.86069 0.000 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1470816 5 0.2790 0.77998 0.000 0.116 0.000 0.020 0.856 0.008
#> SRR1458358 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.1845 0.84466 0.916 0.004 0.008 0.000 0.000 0.072
#> SRR1318998 3 0.3189 0.54130 0.008 0.000 0.840 0.000 0.096 0.056
#> SRR1392795 4 0.3937 0.58020 0.000 0.008 0.004 0.700 0.280 0.008
#> SRR1469859 1 0.0146 0.91376 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1378243 4 0.2562 0.79779 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1360587 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR604230 1 0.1377 0.89469 0.952 0.004 0.004 0.000 0.024 0.016
#> SRR1347667 3 0.1908 0.68184 0.096 0.000 0.900 0.000 0.004 0.000
#> SRR608096 6 0.5232 0.43531 0.004 0.004 0.368 0.000 0.076 0.548
#> SRR665514 6 0.5625 0.62097 0.192 0.008 0.124 0.000 0.032 0.644
#> SRR1454522 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1429802 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1433684 1 0.6183 -0.37140 0.400 0.004 0.324 0.000 0.000 0.272
#> SRR613186 3 0.2426 0.67574 0.092 0.000 0.884 0.000 0.012 0.012
#> SRR1343795 2 0.3100 0.80224 0.000 0.836 0.000 0.012 0.024 0.128
#> SRR1417766 2 0.1391 0.85901 0.000 0.944 0.000 0.016 0.000 0.040
#> SRR1420606 5 0.3237 0.70948 0.000 0.052 0.072 0.004 0.852 0.020
#> SRR1326687 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1458973 3 0.1700 0.67722 0.080 0.000 0.916 0.000 0.000 0.004
#> SRR1309856 2 0.3243 0.70331 0.000 0.780 0.000 0.004 0.208 0.008
#> SRR1102756 2 0.2442 0.77489 0.000 0.852 0.000 0.144 0.000 0.004
#> SRR1366519 2 0.1320 0.86009 0.000 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> SRR1080438 5 0.6018 0.70153 0.000 0.136 0.000 0.140 0.620 0.104
#> SRR1391789 6 0.5432 0.24395 0.004 0.068 0.456 0.000 0.012 0.460
#> SRR1402195 1 0.4271 0.69718 0.772 0.004 0.028 0.000 0.132 0.064
#> SRR1429516 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406662 5 0.5336 0.58664 0.000 0.120 0.004 0.268 0.604 0.004
#> SRR1333414 2 0.1434 0.86232 0.000 0.948 0.000 0.012 0.028 0.012
#> SRR1369030 5 0.4603 0.75916 0.000 0.156 0.000 0.000 0.696 0.148
#> SRR1342916 1 0.0146 0.91376 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362824 2 0.1476 0.86042 0.000 0.948 0.004 0.008 0.028 0.012
#> SRR1455326 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.5710 -0.04631 0.508 0.004 0.028 0.000 0.072 0.388
#> SRR1434568 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0146 0.96315 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473505 5 0.4834 0.75811 0.000 0.144 0.004 0.000 0.680 0.172
#> SRR1402068 5 0.4871 0.75796 0.000 0.144 0.000 0.000 0.660 0.196
#> SRR1490076 2 0.0603 0.86555 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1435501 1 0.0551 0.90924 0.984 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004
#> SRR1452491 2 0.1531 0.84768 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1397329 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418390 5 0.3606 0.69678 0.000 0.264 0.004 0.000 0.724 0.008
#> SRR608480 6 0.5625 0.62097 0.192 0.008 0.124 0.000 0.032 0.644
#> SRR598589 1 0.1377 0.89469 0.952 0.004 0.004 0.000 0.024 0.016
#> SRR601868 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.1075 0.86307 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0405 0.96179 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR810737 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.1148 0.90054 0.960 0.000 0.004 0.000 0.020 0.016
#> SRR1443182 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.2982 0.73229 0.000 0.820 0.004 0.164 0.000 0.012
#> SRR658481 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0146 0.91376 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1332607 3 0.4644 0.41650 0.068 0.004 0.660 0.000 0.000 0.268
#> SRR656433 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0865 0.86558 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.1219 0.86282 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR1338363 3 0.2165 0.67401 0.108 0.000 0.884 0.000 0.000 0.008
#> SRR1344271 2 0.0820 0.86530 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR1321608 2 0.1275 0.86460 0.000 0.956 0.000 0.012 0.016 0.016
#> SRR1441464 2 0.1320 0.86009 0.000 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> SRR607970 6 0.5557 0.60022 0.216 0.008 0.108 0.000 0.028 0.640
#> SRR1338171 5 0.3985 0.78015 0.000 0.140 0.004 0.000 0.768 0.088
#> SRR604174 1 0.2008 0.87506 0.920 0.004 0.004 0.000 0.040 0.032
#> SRR1345221 1 0.1232 0.89860 0.956 0.000 0.004 0.000 0.024 0.016
#> SRR815517 3 0.5296 0.16943 0.000 0.000 0.564 0.000 0.308 0.128
#> SRR615970 3 0.1643 0.60246 0.008 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068
#> SRR1370659 1 0.0717 0.91004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1383125 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1331013 4 0.2814 0.84423 0.000 0.080 0.000 0.864 0.052 0.004
#> SRR1419638 3 0.4527 0.20378 0.008 0.004 0.640 0.000 0.028 0.320
#> SRR1434975 6 0.5867 0.45321 0.004 0.000 0.304 0.000 0.196 0.496
#> SRR1445741 5 0.6396 0.29071 0.000 0.260 0.004 0.348 0.380 0.008
#> SRR1088142 1 0.6068 -0.24689 0.456 0.004 0.272 0.000 0.000 0.268
#> SRR604206 1 0.1911 0.87998 0.928 0.004 0.012 0.000 0.020 0.036
#> SRR1358779 3 0.2620 0.66876 0.108 0.000 0.868 0.000 0.012 0.012
#> SRR1473142 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410334 5 0.3168 0.77953 0.000 0.116 0.000 0.000 0.828 0.056
#> SRR1352234 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0964 0.86493 0.000 0.968 0.000 0.016 0.012 0.004
#> SRR1364780 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR813915 2 0.4252 0.70650 0.000 0.724 0.000 0.016 0.040 0.220
#> SRR1409748 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1436490 5 0.4915 0.74765 0.000 0.156 0.000 0.000 0.656 0.188
#> SRR1316725 5 0.5288 0.73183 0.000 0.156 0.000 0.000 0.592 0.252
#> SRR1314851 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1406599 6 0.6111 0.16243 0.172 0.004 0.404 0.000 0.008 0.412
#> SRR1308696 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 5 0.4667 0.70613 0.000 0.180 0.004 0.096 0.712 0.008
#> SRR1366690 1 0.4916 0.62770 0.728 0.004 0.116 0.000 0.108 0.044
#> SRR1317707 2 0.4198 0.71363 0.000 0.732 0.000 0.016 0.040 0.212
#> SRR1339321 4 0.1370 0.92624 0.000 0.012 0.000 0.948 0.036 0.004
#> SRR1442487 2 0.0964 0.86493 0.000 0.968 0.000 0.016 0.012 0.004
#> SRR1069690 5 0.5433 0.73844 0.000 0.144 0.000 0.008 0.596 0.252
#> SRR1319344 5 0.4666 0.42373 0.000 0.000 0.144 0.000 0.688 0.168
#> SRR1332835 2 0.0458 0.86561 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.1219 0.86282 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR1478434 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479933 5 0.5269 0.73389 0.000 0.156 0.000 0.000 0.596 0.248
#> SRR1313853 2 0.1594 0.85544 0.000 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> SRR661192 1 0.0862 0.89986 0.972 0.004 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR1384827 2 0.1053 0.86541 0.000 0.964 0.000 0.020 0.012 0.004
#> SRR814587 4 0.0508 0.96024 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR656899 1 0.1457 0.89440 0.948 0.004 0.004 0.000 0.028 0.016
#> SRR1088340 4 0.0405 0.96179 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1349772 1 0.0405 0.91105 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1317305 1 0.3660 0.68587 0.800 0.004 0.100 0.000 0.000 0.096
#> SRR1442273 4 0.5528 0.31626 0.000 0.196 0.000 0.580 0.220 0.004
#> SRR1407470 2 0.0937 0.86557 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1490289 5 0.2678 0.71311 0.000 0.020 0.000 0.116 0.860 0.004
#> SRR1093649 5 0.3777 0.65090 0.000 0.008 0.028 0.000 0.756 0.208
#> SRR1478900 1 0.3833 0.11454 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 5 0.3154 0.78064 0.000 0.124 0.000 0.020 0.836 0.020
#> SRR2170537 1 0.0146 0.91369 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 6 0.5301 0.36426 0.088 0.004 0.416 0.000 0.000 0.492
#> SRR1321505 1 0.2265 0.82988 0.896 0.004 0.008 0.000 0.008 0.084
#> SRR1457768 3 0.3788 0.44368 0.280 0.000 0.704 0.000 0.012 0.004
#> SRR1340641 4 0.1573 0.89477 0.052 0.004 0.000 0.936 0.004 0.004
#> SRR657903 1 0.1377 0.89469 0.952 0.004 0.004 0.000 0.024 0.016
#> SRR1403458 1 0.0146 0.91376 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1460073 1 0.1377 0.89654 0.952 0.004 0.004 0.000 0.024 0.016
#> SRR1441850 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR613759 1 0.3946 0.73064 0.808 0.004 0.064 0.000 0.040 0.084
#> SRR1472281 4 0.0405 0.96134 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1440445 3 0.0779 0.62533 0.008 0.000 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR1088734 4 0.0146 0.96313 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364695 1 0.3979 0.02119 0.540 0.000 0.456 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348226 1 0.6101 -0.27738 0.444 0.004 0.280 0.000 0.000 0.272
#> SRR1313560 1 0.1534 0.89399 0.944 0.004 0.004 0.000 0.032 0.016
#> SRR1092889 5 0.2362 0.77782 0.000 0.136 0.000 0.000 0.860 0.004
#> SRR1352213 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0291 0.91379 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353970 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR662641 2 0.1219 0.86282 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR817825 5 0.5594 0.10960 0.000 0.004 0.272 0.000 0.556 0.168
#> SRR660366 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.2362 0.77782 0.000 0.136 0.000 0.000 0.860 0.004
#> SRR1323512 2 0.3739 0.66553 0.000 0.752 0.004 0.220 0.020 0.004
#> SRR1325247 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.1814 0.68277 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0405 0.96179 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1322395 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.2178 0.83950 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.3380 0.54404 0.016 0.000 0.832 0.000 0.096 0.056
#> SRR1455842 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1352619 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR662763 6 0.5250 0.01281 0.000 0.008 0.084 0.000 0.352 0.556
#> SRR661120 6 0.5453 0.61441 0.040 0.008 0.216 0.000 0.080 0.656
#> SRR601613 1 0.3488 0.56338 0.744 0.004 0.008 0.000 0.000 0.244
#> SRR811535 6 0.5625 0.62097 0.192 0.008 0.124 0.000 0.032 0.644
#> SRR820316 1 0.0551 0.90998 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008
#> SRR1368616 2 0.4926 0.59092 0.000 0.668 0.000 0.016 0.232 0.084
#> SRR1375677 1 0.0984 0.90580 0.968 0.000 0.012 0.000 0.012 0.008
#> SRR1365700 2 0.1075 0.86307 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.1377 0.89469 0.952 0.004 0.004 0.000 0.024 0.016
#> SRR598509 3 0.3133 0.55509 0.016 0.000 0.852 0.000 0.064 0.068
#> SRR1397052 1 0.1457 0.89440 0.948 0.004 0.004 0.000 0.028 0.016
#> SRR1339921 3 0.6205 -0.09445 0.360 0.004 0.364 0.000 0.000 0.272
#> SRR664743 4 0.0146 0.96315 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1339199 2 0.1982 0.84758 0.000 0.912 0.000 0.016 0.004 0.068
#> SRR1355660 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1481012 1 0.0405 0.91135 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR603449 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0405 0.91105 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR808808 3 0.5447 -0.10242 0.080 0.004 0.496 0.000 0.008 0.412
#> SRR656288 1 0.0146 0.91369 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405886 3 0.2048 0.67079 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 5 0.2678 0.78044 0.000 0.116 0.000 0.020 0.860 0.004
#> SRR662043 6 0.5625 0.62097 0.192 0.008 0.124 0.000 0.032 0.644
#> SRR1381211 5 0.3940 0.59304 0.000 0.336 0.004 0.000 0.652 0.008
#> SRR1379365 4 0.6176 0.00805 0.000 0.228 0.004 0.480 0.280 0.008
#> SRR1384852 2 0.1075 0.86307 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2164847 3 0.5753 -0.30331 0.044 0.032 0.456 0.000 0.016 0.452
#> SRR807901 1 0.1457 0.89622 0.948 0.004 0.004 0.000 0.028 0.016
#> SRR816064 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.2975 0.57301 0.020 0.000 0.864 0.000 0.068 0.048
#> SRR1316483 3 0.6160 -0.05999 0.260 0.004 0.408 0.000 0.000 0.328
#> SRR662749 1 0.0632 0.90310 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1342701 5 0.2199 0.64758 0.000 0.000 0.088 0.000 0.892 0.020
#> SRR1343653 2 0.1895 0.84880 0.000 0.912 0.000 0.016 0.000 0.072
#> SRR1336134 5 0.5833 0.48095 0.000 0.288 0.004 0.160 0.540 0.008
#> SRR654940 5 0.4999 0.75227 0.000 0.144 0.000 0.000 0.640 0.216
#> SRR1098288 2 0.4254 0.67124 0.000 0.712 0.000 0.000 0.072 0.216
#> SRR1326343 1 0.1457 0.89440 0.948 0.004 0.004 0.000 0.028 0.016
#> SRR811145 1 0.0146 0.91331 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 6 0.6067 0.59342 0.036 0.008 0.200 0.000 0.164 0.592
#> SRR1075997 2 0.1075 0.86307 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.6210 -0.42456 0.384 0.004 0.284 0.000 0.000 0.328
#> SRR1312482 2 0.0820 0.86530 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR1430420 3 0.2632 0.62377 0.164 0.000 0.832 0.000 0.004 0.000
#> SRR1387475 4 0.0508 0.96024 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1388419 5 0.4248 0.73726 0.000 0.172 0.004 0.060 0.752 0.012
#> SRR1442250 5 0.4800 0.39713 0.000 0.000 0.160 0.000 0.672 0.168
#> SRR1430679 2 0.1075 0.86307 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.1080 0.93942 0.000 0.000 0.004 0.960 0.032 0.004
#> SRR1392434 4 0.3070 0.82457 0.000 0.084 0.004 0.852 0.056 0.004
#> SRR1085925 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR820655 1 0.2859 0.74551 0.828 0.000 0.016 0.000 0.000 0.156
#> SRR1383937 2 0.1909 0.84916 0.000 0.920 0.000 0.024 0.052 0.004
#> SRR1315393 2 0.2384 0.82478 0.000 0.884 0.000 0.000 0.032 0.084
#> SRR1094506 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.2994 0.75736 0.000 0.820 0.000 0.008 0.164 0.008
#> SRR1330153 1 0.3510 0.78200 0.832 0.004 0.028 0.000 0.096 0.040
#> SRR1451778 1 0.3167 0.81102 0.856 0.004 0.028 0.000 0.080 0.032
#> SRR657089 6 0.5414 0.60870 0.072 0.004 0.244 0.000 0.040 0.640
#> SRR1395659 5 0.3834 0.77927 0.000 0.132 0.000 0.016 0.792 0.060
#> SRR1385716 3 0.2964 0.66108 0.108 0.004 0.848 0.000 0.000 0.040
#> SRR1466109 1 0.1375 0.89079 0.952 0.004 0.008 0.000 0.008 0.028
#> SRR1080977 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.3964 0.42022 0.676 0.004 0.008 0.000 0.004 0.308
#> SRR1485078 5 0.5307 0.72956 0.000 0.156 0.000 0.000 0.588 0.256
#> SRR661806 6 0.4146 0.56847 0.004 0.008 0.136 0.000 0.084 0.768
#> SRR1334919 3 0.3163 0.53594 0.232 0.000 0.764 0.000 0.000 0.004
#> SRR599249 1 0.6168 0.06469 0.516 0.004 0.336 0.000 0.088 0.056
#> SRR810051 2 0.3502 0.77862 0.000 0.800 0.000 0.016 0.024 0.160
#> SRR1407202 1 0.7040 -0.13598 0.460 0.004 0.280 0.000 0.120 0.136
#> SRR1434399 1 0.1377 0.89654 0.952 0.004 0.004 0.000 0.024 0.016
#> SRR1330965 3 0.1843 0.67644 0.080 0.000 0.912 0.000 0.004 0.004
#> SRR1369536 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1382508 3 0.5068 0.40761 0.080 0.004 0.632 0.000 0.008 0.276
#> SRR1405028 6 0.6616 0.44213 0.044 0.004 0.336 0.000 0.168 0.448
#> SRR612719 6 0.5499 0.61453 0.040 0.008 0.216 0.000 0.084 0.652
#> SRR1340617 2 0.1219 0.86282 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR1448183 1 0.1546 0.89452 0.944 0.004 0.004 0.000 0.028 0.020
#> SRR1362488 2 0.3701 0.74298 0.000 0.784 0.000 0.012 0.168 0.036
#> SRR1361156 4 0.0405 0.96179 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1454374 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR811891 3 0.3908 0.51603 0.016 0.004 0.796 0.000 0.120 0.064
#> SRR1477837 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607252 1 0.1293 0.89676 0.956 0.004 0.004 0.000 0.020 0.016
#> SRR1418946 3 0.6339 -0.13787 0.208 0.004 0.404 0.000 0.012 0.372
#> SRR1456567 4 0.2306 0.87875 0.000 0.016 0.004 0.888 0.000 0.092
#> SRR1487425 2 0.5465 0.18442 0.000 0.532 0.004 0.052 0.384 0.028
#> SRR1335627 5 0.2678 0.78044 0.000 0.116 0.000 0.020 0.860 0.004
#> SRR1327680 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.1204 0.86486 0.000 0.960 0.004 0.016 0.016 0.004
#> SRR1447673 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815735 1 0.6251 -0.48433 0.344 0.004 0.324 0.000 0.000 0.328
#> SRR1404251 2 0.1219 0.86282 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR601645 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.0653 0.94726 0.000 0.004 0.004 0.980 0.000 0.012
#> SRR659983 1 0.0436 0.91158 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1402414 5 0.2678 0.78044 0.000 0.116 0.000 0.020 0.860 0.004
#> SRR614215 1 0.1710 0.88409 0.936 0.004 0.004 0.000 0.028 0.028
#> SRR659283 1 0.0914 0.90254 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR1459956 2 0.1657 0.85412 0.000 0.928 0.000 0.016 0.000 0.056
#> SRR1340441 3 0.2001 0.68011 0.092 0.000 0.900 0.000 0.004 0.004
#> SRR1317428 1 0.0964 0.90249 0.968 0.000 0.004 0.000 0.012 0.016
#> SRR1403390 3 0.1036 0.62492 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1452741 3 0.6157 -0.00845 0.312 0.004 0.416 0.000 0.000 0.268
#> SRR1458484 1 0.1434 0.88979 0.948 0.000 0.024 0.020 0.008 0.000
#> SRR1387091 4 0.0146 0.96315 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1358017 3 0.3125 0.63580 0.064 0.000 0.856 0.000 0.056 0.024
#> SRR1457039 4 0.0146 0.96285 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376539 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419829 5 0.2544 0.78040 0.000 0.120 0.000 0.012 0.864 0.004
#> SRR1434315 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR658457 6 0.6066 0.60155 0.180 0.012 0.096 0.000 0.084 0.628
#> SRR1367849 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.1477 0.87881 0.940 0.000 0.008 0.000 0.004 0.048
#> SRR1401446 3 0.4943 0.42482 0.076 0.004 0.652 0.000 0.008 0.260
#> SRR1398311 5 0.5325 0.72762 0.000 0.156 0.000 0.000 0.584 0.260
#> SRR1442149 4 0.0508 0.94847 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1414982 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR600852 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0508 0.96024 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1321225 3 0.5238 0.28187 0.076 0.004 0.580 0.000 0.008 0.332
#> SRR1069802 1 0.0806 0.90782 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1077643 5 0.5117 0.33405 0.000 0.004 0.180 0.000 0.644 0.172
#> SRR1334154 4 0.0405 0.96179 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1390072 2 0.1285 0.86069 0.000 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1467612 5 0.3329 0.73457 0.000 0.220 0.004 0.000 0.768 0.008
#> SRR1430133 2 0.0964 0.86493 0.000 0.968 0.000 0.016 0.012 0.004
#> SRR1468595 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.1814 0.68277 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 5 0.2902 0.64933 0.000 0.000 0.000 0.196 0.800 0.004
#> SRR1311243 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1385235 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1469638 6 0.6153 0.21403 0.252 0.004 0.340 0.000 0.000 0.404
#> SRR662150 1 0.1148 0.89881 0.960 0.000 0.004 0.000 0.020 0.016
#> SRR1400290 3 0.4790 0.42528 0.080 0.004 0.648 0.000 0.000 0.268
#> SRR1084892 2 0.0964 0.86366 0.000 0.968 0.000 0.012 0.016 0.004
#> SRR1416166 3 0.6822 0.02443 0.104 0.008 0.460 0.000 0.096 0.332
#> SRR1477015 1 0.2883 0.66929 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.7556 0.11833 0.000 0.392 0.016 0.272 0.104 0.216
#> SRR1446156 5 0.5603 0.74354 0.000 0.132 0.000 0.024 0.604 0.240
#> SRR1488328 2 0.0790 0.86650 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.1219 0.86282 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR814611 1 0.2099 0.83742 0.904 0.004 0.004 0.000 0.008 0.080
#> SRR599086 1 0.1643 0.84981 0.924 0.000 0.008 0.000 0.000 0.068
#> SRR1086844 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1464535 4 0.2209 0.87154 0.000 0.004 0.052 0.904 0.000 0.040
#> SRR807877 2 0.5777 0.33549 0.000 0.536 0.000 0.176 0.280 0.008
#> SRR1477033 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.1075 0.86307 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.5948 0.19975 0.248 0.004 0.492 0.000 0.000 0.256
#> SRR1446226 1 0.0260 0.91364 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR659637 3 0.5655 -0.29552 0.036 0.028 0.460 0.000 0.020 0.456
#> SRR600474 1 0.0748 0.90301 0.976 0.004 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1307699 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.6139 -0.17038 0.240 0.004 0.384 0.000 0.000 0.372
#> SRR1323628 1 0.1457 0.89622 0.948 0.004 0.004 0.000 0.028 0.016
#> SRR1430951 3 0.2239 0.60571 0.020 0.000 0.908 0.000 0.048 0.024
#> SRR1385364 3 0.4427 0.50365 0.004 0.096 0.780 0.060 0.056 0.004
#> SRR1478149 3 0.0779 0.62533 0.008 0.000 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR1384413 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0405 0.96179 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1399990 3 0.5400 0.29070 0.120 0.004 0.556 0.000 0.000 0.320
#> SRR1434093 3 0.5201 0.39548 0.120 0.004 0.608 0.000 0.000 0.268
#> SRR1341408 2 0.4225 0.71059 0.000 0.728 0.000 0.016 0.040 0.216
#> SRR612335 6 0.6882 0.54185 0.172 0.004 0.104 0.000 0.212 0.508
#> SRR1321420 1 0.0508 0.91200 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1329177 1 0.2912 0.66327 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.1411 0.91692 0.000 0.000 0.004 0.936 0.060 0.000
#> SRR614996 6 0.5766 0.28206 0.156 0.004 0.364 0.000 0.000 0.476
#> SRR1431602 5 0.3998 0.77803 0.000 0.128 0.000 0.036 0.788 0.048
#> SRR1311509 1 0.6464 0.29328 0.576 0.004 0.140 0.000 0.172 0.108
#> SRR1507229 3 0.1863 0.68277 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0692 0.63369 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1408072 4 0.0291 0.96281 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1469591 3 0.5237 0.38151 0.120 0.004 0.600 0.000 0.000 0.276
#> SRR1392813 2 0.1719 0.85265 0.000 0.924 0.000 0.016 0.000 0.060
#> SRR1453026 5 0.3628 0.68633 0.000 0.268 0.004 0.000 0.720 0.008
#> SRR1388105 4 0.0000 0.96336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.91371 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 6 0.4686 0.53702 0.004 0.008 0.296 0.000 0.044 0.648
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.974 0.989 0.4980 0.502 0.502
#> 3 3 0.769 0.817 0.834 0.2365 0.887 0.777
#> 4 4 0.857 0.895 0.945 0.1751 0.855 0.641
#> 5 5 0.868 0.801 0.901 0.0632 0.921 0.724
#> 6 6 0.890 0.851 0.915 0.0455 0.947 0.777
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1321283 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> SRR1408227 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1367456 1 0.9954 0.144 0.540 0.460
#> SRR1072650 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR598148 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.7219 0.750 0.200 0.800
#> SRR1468682 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1381524 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.4690 0.884 0.900 0.100
#> SRR810619 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.7219 0.751 0.200 0.800
#> SRR2185195 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR658283 2 0.7219 0.750 0.200 0.800
#> SRR813728 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1474730 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.9850 0.255 0.428 0.572
#> SRR665514 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1454522 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR613186 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.8661 0.598 0.288 0.712
#> SRR1402195 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1429516 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR815517 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR615970 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1419638 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1434975 1 0.8327 0.641 0.736 0.264
#> SRR1445741 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1308696 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.9710 0.337 0.400 0.600
#> SRR1332835 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.6973 0.764 0.812 0.188
#> SRR657903 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1364695 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR817825 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1351583 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0938 0.975 0.012 0.988
#> SRR661120 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR598509 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.7219 0.748 0.800 0.200
#> SRR807901 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1442250 1 0.9909 0.198 0.556 0.444
#> SRR1430679 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661806 2 0.7139 0.756 0.196 0.804
#> SRR1334919 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1327680 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR656300 2 0.6623 0.791 0.172 0.828
#> SRR659983 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1442149 2 0.9323 0.475 0.348 0.652
#> SRR809137 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.7219 0.748 0.800 0.200
#> SRR1334154 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.8909 0.562 0.308 0.692
#> SRR807877 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.7219 0.748 0.800 0.200
#> SRR600474 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1385364 2 0.7219 0.751 0.200 0.800
#> SRR1478149 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1384413 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR612335 1 0.7219 0.748 0.800 0.200
#> SRR1321420 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1507229 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321283 1 0.6192 0.6946 0.580 0.000 0.420
#> SRR1387702 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1458026 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1094192 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1397180 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR657492 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR818530 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR612875 1 0.1643 0.8381 0.956 0.000 0.044
#> SRR808327 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.4842 0.5435 0.000 0.776 0.224
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR602437 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 3 0.9527 -0.4165 0.372 0.192 0.436
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087197 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1383960 1 0.6608 0.6818 0.560 0.008 0.432
#> SRR600924 1 0.0592 0.8461 0.988 0.000 0.012
#> SRR662390 1 0.0592 0.8479 0.988 0.000 0.012
#> SRR1071692 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR598148 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1444390 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1444644 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1389777 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.5115 0.4849 0.188 0.796 0.016
#> SRR1468682 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1075631 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479286 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1381524 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR658331 3 0.9502 -0.0233 0.188 0.376 0.436
#> SRR810619 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.6140 0.7022 0.596 0.000 0.404
#> SRR599380 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 3 0.8801 0.4695 0.284 0.152 0.564
#> SRR2185195 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR661337 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1352111 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1419453 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR657456 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR807727 3 0.6252 0.8209 0.000 0.444 0.556
#> SRR816358 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 2 0.5974 0.5071 0.148 0.784 0.068
#> SRR813728 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1087992 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0592 0.8479 0.988 0.000 0.012
#> SRR1326040 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.3941 0.6270 0.000 0.844 0.156
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392749 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR603968 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR815661 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR661229 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1331444 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0592 0.9429 0.000 0.988 0.012
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0237 0.8494 0.996 0.000 0.004
#> SRR1334338 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR663014 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1417960 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1474730 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1392795 2 0.0592 0.9429 0.000 0.988 0.012
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1360587 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR604230 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR608096 3 0.9633 -0.0790 0.212 0.352 0.436
#> SRR665514 1 0.0592 0.8461 0.988 0.000 0.012
#> SRR1454522 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1419615 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1429802 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1345436 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1433684 1 0.0747 0.8468 0.984 0.000 0.016
#> SRR613186 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 2 0.6111 0.2749 0.000 0.604 0.396
#> SRR1326687 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 3 0.9507 -0.0209 0.188 0.380 0.432
#> SRR1402195 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429516 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0424 0.8457 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434568 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1341965 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1093243 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0592 0.8461 0.988 0.000 0.012
#> SRR598589 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1455503 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR810737 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1347500 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1457872 3 0.6308 0.7258 0.000 0.492 0.508
#> SRR658481 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1406243 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR656433 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0592 0.8461 0.988 0.000 0.012
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR615970 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1370659 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0747 0.9364 0.000 0.984 0.016
#> SRR1419638 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1434975 1 0.7021 0.6661 0.544 0.020 0.436
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0592 0.8479 0.988 0.000 0.012
#> SRR604206 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1473142 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352234 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1487807 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364780 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.2261 0.8410 0.000 0.932 0.068
#> SRR1409748 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314851 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1308696 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR808772 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 3 0.6308 0.7268 0.000 0.492 0.508
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319344 3 0.9361 -0.0386 0.168 0.396 0.436
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478434 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR814587 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR656899 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1349772 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.5968 -0.2872 0.000 0.636 0.364
#> SRR1093649 2 0.0592 0.9414 0.000 0.988 0.012
#> SRR1478900 1 0.6045 0.7095 0.620 0.000 0.380
#> SRR1447652 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.6215 0.6914 0.572 0.000 0.428
#> SRR1321505 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.6180 0.6959 0.584 0.000 0.416
#> SRR1340641 3 0.6598 0.2300 0.428 0.008 0.564
#> SRR657903 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR613759 1 0.0592 0.8461 0.988 0.000 0.012
#> SRR1472281 3 0.6260 0.8140 0.000 0.448 0.552
#> SRR1440445 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1088734 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1455607 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1077528 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1364695 1 0.6140 0.7003 0.596 0.000 0.404
#> SRR1348226 1 0.0592 0.8479 0.988 0.000 0.012
#> SRR1313560 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR660366 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1351583 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1437454 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1318484 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1322395 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 3 0.6244 0.8277 0.000 0.440 0.560
#> SRR1325464 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1455842 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1352619 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1076779 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.1163 0.9138 0.000 0.972 0.028
#> SRR661120 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR601613 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0592 0.8461 0.988 0.000 0.012
#> SRR820316 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1397052 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0592 0.8479 0.988 0.000 0.012
#> SRR664743 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.6215 0.6909 0.572 0.000 0.428
#> SRR656288 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0592 0.8461 0.988 0.000 0.012
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR2164847 1 0.8528 0.5314 0.604 0.240 0.156
#> SRR807901 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1316483 1 0.5835 0.7259 0.660 0.000 0.340
#> SRR662749 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.6168 0.2552 0.000 0.588 0.412
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1388698 1 0.0592 0.8479 0.988 0.000 0.012
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 1 0.6192 0.6946 0.580 0.000 0.420
#> SRR1387475 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442250 3 0.9550 -0.0417 0.196 0.368 0.436
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1478990 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1392434 2 0.5706 -0.0577 0.000 0.680 0.320
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094506 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385716 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1466109 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1441725 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR661806 2 0.1774 0.8908 0.024 0.960 0.016
#> SRR1334919 1 0.6192 0.6948 0.580 0.000 0.420
#> SRR599249 1 0.1289 0.8418 0.968 0.000 0.032
#> SRR810051 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.1289 0.8418 0.968 0.000 0.032
#> SRR1434399 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1369536 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1405028 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR612719 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1477837 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR607252 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.6180 0.6966 0.584 0.000 0.416
#> SRR1456567 3 0.6274 0.8002 0.000 0.456 0.544
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327680 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447673 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR815735 1 0.0592 0.8479 0.988 0.000 0.012
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 3 0.8948 0.5652 0.188 0.248 0.564
#> SRR659983 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1317428 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1452741 1 0.6045 0.7107 0.620 0.000 0.380
#> SRR1458484 1 0.4235 0.6660 0.824 0.000 0.176
#> SRR1387091 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1358017 1 0.6225 0.6886 0.568 0.000 0.432
#> SRR1457039 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1376539 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1430639 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0592 0.8461 0.988 0.000 0.012
#> SRR1367849 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1320939 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 3 0.7533 0.3148 0.392 0.044 0.564
#> SRR809137 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR600852 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1321225 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1069802 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.6617 0.6788 0.556 0.008 0.436
#> SRR1334154 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1374028 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0747 0.8468 0.984 0.000 0.016
#> SRR662150 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1477015 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 3 0.7366 0.2966 0.400 0.036 0.564
#> SRR807877 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 1 0.6192 0.6948 0.580 0.000 0.420
#> SRR1446226 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.9481 -0.4351 0.384 0.184 0.432
#> SRR600474 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.1289 0.8417 0.968 0.000 0.032
#> SRR1323628 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1385364 2 0.6154 0.2599 0.000 0.592 0.408
#> SRR1478149 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1384413 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1366855 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1077115 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1399990 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1434093 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 1 0.0592 0.8461 0.988 0.000 0.012
#> SRR1321420 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR614996 1 0.4121 0.7916 0.832 0.000 0.168
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.0592 0.8474 0.988 0.000 0.012
#> SRR1507229 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1310373 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
#> SRR1408072 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1469591 1 0.6204 0.6930 0.576 0.000 0.424
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9610 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 3 0.6235 0.8342 0.000 0.436 0.564
#> SRR1357558 1 0.0000 0.8509 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 1 0.6235 0.6863 0.564 0.000 0.436
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.3942 0.8115 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1458026 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1094192 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1397180 4 0.0921 0.9481 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR657492 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.0921 0.8230 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR818530 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613462 3 0.3837 0.8238 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1405206 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612875 3 0.5070 0.2677 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR808327 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.3982 0.7530 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0188 0.8096 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 3 0.3448 0.6749 0.000 0.168 0.828 0.004
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1087197 3 0.0779 0.8178 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1383960 3 0.2706 0.7892 0.024 0.064 0.908 0.004
#> SRR600924 1 0.3870 0.7124 0.788 0.000 0.208 0.004
#> SRR662390 1 0.3311 0.7409 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.3444 0.8426 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR598148 3 0.0779 0.8178 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1444390 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444644 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.4155 0.7266 0.000 0.756 0.240 0.004
#> SRR1468682 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1075631 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444954 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1479286 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1381524 3 0.3837 0.8233 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1358482 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR658331 3 0.0188 0.8054 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR810619 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600829 3 0.3982 0.6958 0.220 0.000 0.776 0.004
#> SRR599380 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0188 0.9636 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR661337 1 0.0707 0.9385 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419453 3 0.0188 0.8096 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR657456 3 0.3726 0.8336 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR807727 4 0.4843 0.3434 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR816358 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 2 0.5039 0.4091 0.000 0.592 0.404 0.004
#> SRR813728 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.3123 0.7666 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1326040 3 0.0895 0.8199 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.5590 0.1595 0.000 0.456 0.020 0.524
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0592 0.9667 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1392749 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR603968 3 0.0469 0.8157 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR661229 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 3 0.0188 0.8054 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.1174 0.9572 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.2345 0.8519 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR663014 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1417960 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1474730 3 0.3837 0.8233 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.0336 0.9691 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.0895 0.9543 0.000 0.004 0.020 0.976
#> SRR1360587 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR604230 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR608096 3 0.5323 0.2281 0.008 0.396 0.592 0.004
#> SRR665514 1 0.3668 0.7368 0.808 0.000 0.188 0.004
#> SRR1454522 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1419615 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1429802 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1345436 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1433684 1 0.3610 0.6917 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR613186 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 2 0.0817 0.9625 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.3444 0.8426 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.5375 0.3276 0.008 0.572 0.416 0.004
#> SRR1402195 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429516 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0188 0.9543 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434568 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1341965 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1093243 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608480 1 0.3870 0.7124 0.788 0.000 0.208 0.004
#> SRR598589 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455503 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR810737 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1457872 2 0.4843 0.3283 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR658481 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.3444 0.8426 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.3837 0.8233 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.3688 0.7168 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1338171 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615970 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.4103 0.6344 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1419638 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1434975 3 0.0376 0.8088 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.3074 0.7725 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1473142 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1410334 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1352234 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1487807 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0336 0.9683 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1409748 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1314851 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.3870 0.8335 0.208 0.000 0.788 0.004
#> SRR1308696 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 4 0.4746 0.4441 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1319344 3 0.2773 0.7256 0.000 0.116 0.880 0.004
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1479933 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814587 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR656899 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 4 0.4245 0.7473 0.000 0.196 0.020 0.784
#> SRR1093649 2 0.4053 0.7433 0.000 0.768 0.228 0.004
#> SRR1478900 1 0.4855 0.1257 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0188 0.9720 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 3 0.2999 0.7935 0.132 0.000 0.864 0.004
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.4103 0.7893 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1340641 4 0.0188 0.9636 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR657903 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR613759 1 0.3400 0.7554 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1472281 4 0.3266 0.7997 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1440445 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1088734 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455607 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1077528 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1364695 3 0.4941 0.4555 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1348226 1 0.3074 0.7725 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817825 3 0.0188 0.8054 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660366 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1351583 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1437454 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1318484 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.3907 0.7029 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1455842 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1352619 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.4155 0.7266 0.000 0.756 0.240 0.004
#> SRR661120 3 0.0779 0.8178 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR601613 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.3870 0.7124 0.788 0.000 0.208 0.004
#> SRR820316 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.3528 0.7074 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR664743 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.3157 0.8438 0.144 0.000 0.852 0.004
#> SRR656288 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.3837 0.8233 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1487233 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR662043 1 0.3870 0.7124 0.788 0.000 0.208 0.004
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2164847 3 0.5660 0.2395 0.020 0.400 0.576 0.004
#> SRR807901 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1316483 1 0.4994 -0.1926 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.4134 0.6541 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 3 0.0779 0.8178 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1388698 1 0.3123 0.7666 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1387475 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442250 3 0.0376 0.8041 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1478990 4 0.0657 0.9602 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1392434 2 0.3907 0.6916 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0817 0.9345 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657089 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1395659 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1385716 3 0.3837 0.8233 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1441725 1 0.0188 0.9543 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1485078 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR661806 2 0.4155 0.7266 0.000 0.756 0.240 0.004
#> SRR1334919 3 0.3975 0.8064 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR599249 3 0.4981 0.1292 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.5000 0.0253 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.3444 0.8427 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.3726 0.8336 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1405028 3 0.0895 0.8199 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR612719 3 0.0188 0.8054 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1477837 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR607252 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.4584 0.7269 0.300 0.000 0.696 0.004
#> SRR1456567 4 0.2868 0.8350 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1327680 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447673 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR815735 1 0.3266 0.7474 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.0188 0.9636 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR659983 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1452741 3 0.4776 0.5902 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1458484 1 0.1716 0.8908 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1387091 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1358017 3 0.2814 0.8422 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1457039 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1376539 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419829 2 0.0707 0.9649 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.3751 0.7272 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1367849 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.3444 0.8426 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1398311 2 0.0592 0.9667 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1442149 4 0.0188 0.9636 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR809137 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR600852 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1321225 3 0.3626 0.8426 0.184 0.000 0.812 0.004
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 3 0.2888 0.7183 0.000 0.124 0.872 0.004
#> SRR1334154 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1374028 4 0.0895 0.9543 0.000 0.004 0.020 0.976
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.3494 0.7366 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR662150 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.3649 0.8380 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416166 3 0.3569 0.8401 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.0469 0.9685 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.0188 0.9636 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR807877 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.4072 0.7923 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.5660 0.2395 0.020 0.400 0.576 0.004
#> SRR600474 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.4905 0.2645 0.632 0.000 0.364 0.004
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1385364 3 0.4866 0.3307 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1478149 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1384413 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1366855 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1077115 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1399990 3 0.3837 0.8233 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1434093 3 0.3873 0.8194 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612335 1 0.3791 0.7238 0.796 0.000 0.200 0.004
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.2589 0.8553 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR614996 1 0.5039 0.1226 0.592 0.000 0.404 0.004
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.2973 0.8027 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1507229 3 0.3688 0.8367 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1310373 3 0.0707 0.8207 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1408072 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1469591 3 0.3873 0.8194 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9738 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388105 4 0.0188 0.9684 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0779 0.8178 0.016 0.000 0.980 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.3003 0.6941 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1442648 2 0.0510 0.9269 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0404 0.8148 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0162 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.4307 -0.0636 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.1124 0.8070 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR818530 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR817563 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR613462 3 0.3562 0.6826 0.196 0.000 0.788 0.000 0.016
#> SRR1405206 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380785 2 0.0162 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR612875 3 0.6553 0.3697 0.328 0.000 0.456 0.000 0.216
#> SRR808327 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 5 0.4817 0.5825 0.000 0.264 0.056 0.000 0.680
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.3816 0.5772 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 5 0.3857 0.2310 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR602437 1 0.1197 0.9103 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR663404 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0404 0.9312 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 5 0.2505 0.4987 0.000 0.020 0.092 0.000 0.888
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1087197 5 0.3814 0.2036 0.004 0.000 0.276 0.000 0.720
#> SRR1383960 3 0.5413 0.5561 0.000 0.172 0.664 0.000 0.164
#> SRR600924 1 0.4557 0.3532 0.516 0.000 0.008 0.000 0.476
#> SRR662390 3 0.5291 0.1887 0.456 0.000 0.496 0.000 0.048
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.1300 0.8089 0.016 0.000 0.956 0.000 0.028
#> SRR598148 5 0.3649 0.3662 0.040 0.000 0.152 0.000 0.808
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 5 0.1997 0.5278 0.000 0.040 0.036 0.000 0.924
#> SRR1468682 4 0.0404 0.9663 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 3 0.4193 0.5693 0.012 0.000 0.684 0.000 0.304
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.1408 0.8031 0.044 0.000 0.948 0.000 0.008
#> SRR1392208 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1456693 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1358482 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR658331 5 0.2020 0.4144 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR810619 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 5 0.6571 -0.1976 0.268 0.000 0.260 0.000 0.472
#> SRR599380 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0963 0.8070 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.2848 0.8093 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156
#> SRR601239 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.8105 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1093269 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1341456 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0404 0.8148 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.3508 0.6141 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 5 0.3912 0.4429 0.000 0.228 0.020 0.000 0.752
#> SRR813728 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.5119 0.2884 0.592 0.000 0.360 0.000 0.048
#> SRR1326040 3 0.2516 0.7547 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 5 0.5678 0.5156 0.000 0.392 0.000 0.084 0.524
#> SRR1398706 2 0.2471 0.7442 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1368794 2 0.4126 -0.0323 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1392749 4 0.0290 0.9708 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR603968 3 0.3796 0.5819 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR815661 1 0.0162 0.9439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR663100 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 5 0.1341 0.4902 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 5 0.4735 0.5120 0.000 0.460 0.000 0.016 0.524
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0609 0.9325 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR602461 1 0.2563 0.8431 0.872 0.000 0.008 0.000 0.120
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.3039 0.6907 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR663014 4 0.0404 0.9677 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1417960 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0794 0.8117 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR657695 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470816 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0703 0.9297 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1318998 3 0.3452 0.6427 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1392795 2 0.0798 0.9190 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.4283 0.2374 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0162 0.9439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347667 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR608096 5 0.3890 0.2708 0.000 0.012 0.252 0.000 0.736
#> SRR665514 1 0.4555 0.3592 0.520 0.000 0.008 0.000 0.472
#> SRR1454522 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 3 0.5211 0.2676 0.432 0.000 0.524 0.000 0.044
#> SRR613186 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0162 0.9372 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 5 0.4304 0.4970 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0162 0.9372 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.2074 0.8049 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1391789 2 0.6347 -0.0513 0.000 0.460 0.376 0.000 0.164
#> SRR1402195 1 0.1168 0.9188 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032
#> SRR1429516 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 2 0.3508 0.4669 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.2230 0.7848 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.1908 0.8720 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.4219 -0.1857 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1402068 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608480 1 0.4557 0.3532 0.516 0.000 0.008 0.000 0.476
#> SRR598589 1 0.0162 0.9439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR601868 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.3837 0.4066 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0992 0.8099 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> SRR656433 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0992 0.8119 0.024 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.4555 0.3592 0.520 0.000 0.008 0.000 0.472
#> SRR1338171 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR604174 1 0.0162 0.9439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 5 0.3612 0.3136 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR615970 3 0.1544 0.7919 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0290 0.9301 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1419638 3 0.0000 0.8105 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434975 5 0.2230 0.4722 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.5216 0.0332 0.520 0.000 0.436 0.000 0.044
#> SRR604206 1 0.1043 0.9178 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1358779 3 0.0609 0.8133 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.0609 0.9578 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0451 0.9325 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1409748 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.2280 0.7777 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1316725 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1314851 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.5986 0.5821 0.040 0.168 0.664 0.000 0.128
#> SRR1308696 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0290 0.9346 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1366690 1 0.1764 0.8857 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
#> SRR1317707 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1339321 2 0.3039 0.6238 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1319344 5 0.2286 0.4839 0.000 0.004 0.108 0.000 0.888
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0404 0.9382 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814587 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0162 0.9439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.4016 0.5560 0.716 0.000 0.272 0.000 0.012
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 5 0.6248 0.4120 0.000 0.176 0.000 0.300 0.524
#> SRR1093649 5 0.3386 0.5784 0.000 0.128 0.040 0.000 0.832
#> SRR1478900 3 0.4297 0.1987 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 5 0.4302 0.5014 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 3 0.4953 0.6506 0.124 0.000 0.712 0.000 0.164
#> SRR1321505 1 0.0510 0.9354 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1457768 3 0.3816 0.5402 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.0290 0.9684 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR657903 1 0.0162 0.9439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.3727 0.7208 0.768 0.000 0.016 0.000 0.216
#> SRR1472281 2 0.4304 0.0335 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1440445 3 0.0290 0.8091 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1088734 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.4304 0.1593 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.5232 -0.0472 0.500 0.000 0.456 0.000 0.044
#> SRR1313560 1 0.0162 0.9439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092889 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 5 0.2230 0.4739 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR660366 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.4724 0.6313 0.000 0.104 0.000 0.732 0.164
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.3452 0.6427 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.0992 0.5146 0.000 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR661120 5 0.3112 0.3821 0.044 0.000 0.100 0.000 0.856
#> SRR601613 1 0.0609 0.9325 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR811535 1 0.4557 0.3532 0.516 0.000 0.008 0.000 0.476
#> SRR820316 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0162 0.9439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598509 3 0.3707 0.5998 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1397052 1 0.0162 0.9439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339921 3 0.5230 0.2046 0.452 0.000 0.504 0.000 0.044
#> SRR664743 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.2674 0.7569 0.004 0.000 0.856 0.000 0.140
#> SRR656288 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0794 0.8117 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1487233 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR662043 1 0.4557 0.3532 0.516 0.000 0.008 0.000 0.476
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0162 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 3 0.6241 0.3071 0.000 0.324 0.512 0.000 0.164
#> SRR807901 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.3003 0.6941 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1316483 3 0.4938 0.5378 0.312 0.000 0.640 0.000 0.048
#> SRR662749 1 0.0963 0.9199 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1342701 5 0.5913 0.5367 0.000 0.364 0.112 0.000 0.524
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR654940 5 0.4302 0.5016 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1098288 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1326343 1 0.0162 0.9439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR811145 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 5 0.3390 0.3953 0.060 0.000 0.100 0.000 0.840
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.5066 0.3355 0.608 0.000 0.344 0.000 0.048
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.1121 0.8878 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1442250 5 0.2074 0.4819 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.1792 0.8969 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1392434 2 0.3242 0.5824 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.1502 0.9006 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0451 0.9384 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1451778 1 0.0451 0.9384 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR657089 3 0.5691 0.3810 0.080 0.000 0.476 0.000 0.444
#> SRR1395659 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1385716 3 0.0898 0.8130 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR1466109 1 0.0404 0.9382 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1080977 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0880 0.9243 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1485078 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR661806 5 0.3551 0.4589 0.000 0.220 0.008 0.000 0.772
#> SRR1334919 3 0.1732 0.7836 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR599249 1 0.5444 0.5481 0.660 0.000 0.160 0.000 0.180
#> SRR810051 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1407202 1 0.5644 0.4412 0.584 0.000 0.100 0.000 0.316
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0162 0.8130 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0898 0.8130 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR1405028 5 0.6763 -0.1487 0.332 0.000 0.276 0.000 0.392
#> SRR612719 5 0.2020 0.4144 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0162 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.3395 0.6506 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1477837 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.5357 0.5840 0.264 0.000 0.640 0.000 0.096
#> SRR1456567 4 0.2891 0.7412 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1487425 2 0.0162 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335627 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1327680 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 3 0.5291 0.1887 0.456 0.000 0.496 0.000 0.048
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR614215 1 0.0162 0.9439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659283 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.8105 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452741 3 0.2580 0.7806 0.064 0.000 0.892 0.000 0.044
#> SRR1458484 1 0.4237 0.6931 0.772 0.000 0.152 0.076 0.000
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0451 0.8145 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.4510 0.4217 0.560 0.000 0.008 0.000 0.432
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.1121 0.9136 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1401446 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1398311 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1442149 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.1774 0.8009 0.016 0.000 0.932 0.000 0.052
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 5 0.2179 0.4773 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.1478 0.8643 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1374028 5 0.4300 -0.0736 0.000 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 3 0.5965 0.3172 0.392 0.000 0.496 0.000 0.112
#> SRR662150 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.0992 0.8105 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416166 3 0.1205 0.8045 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1477015 1 0.2648 0.7714 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446156 5 0.4300 0.5106 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807877 2 0.0162 0.9373 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.2516 0.7392 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.6241 0.3071 0.000 0.324 0.512 0.000 0.164
#> SRR600474 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.5766 0.3343 0.392 0.000 0.516 0.000 0.092
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0290 0.8091 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1385364 3 0.4219 0.1372 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0290 0.8091 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1384413 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.1992 0.7982 0.032 0.000 0.924 0.000 0.044
#> SRR1434093 3 0.2228 0.7917 0.048 0.000 0.912 0.000 0.040
#> SRR1341408 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR612335 5 0.2304 0.4562 0.100 0.000 0.008 0.000 0.892
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.2648 0.7714 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.2966 0.7727 0.000 0.136 0.000 0.848 0.016
#> SRR614996 3 0.5840 0.5374 0.232 0.000 0.604 0.000 0.164
#> SRR1431602 2 0.2329 0.7718 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1311509 1 0.5308 0.5043 0.620 0.000 0.076 0.000 0.304
#> SRR1507229 3 0.0290 0.8150 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.8105 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.2304 0.7901 0.048 0.000 0.908 0.000 0.044
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9393 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0290 0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1388105 4 0.0000 0.9777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9461 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.4297 0.4595 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.3101 0.7289 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.3522 0.7086 0.000 0.000 0.784 0.000 0.044 0.172
#> SRR1442648 2 0.2941 0.7663 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0603 0.8427 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387702 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1435584 2 0.2048 0.8808 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0260 0.9569 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1397180 2 0.1663 0.8582 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.1075 0.8357 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR818530 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR817563 2 0.2697 0.8100 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR613462 3 0.5071 0.3727 0.212 0.000 0.632 0.000 0.000 0.156
#> SRR1405206 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380785 2 0.1863 0.8934 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR612875 6 0.2830 0.7372 0.020 0.000 0.144 0.000 0.000 0.836
#> SRR808327 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 5 0.2862 0.8267 0.000 0.056 0.020 0.000 0.872 0.052
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.3953 0.6721 0.000 0.000 0.744 0.000 0.060 0.196
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.4475 0.6289 0.000 0.000 0.700 0.000 0.100 0.200
#> SRR602437 1 0.1501 0.8976 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR663404 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0692 0.9484 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1356487 2 0.2996 0.7536 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1479263 2 0.1863 0.8922 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 5 0.3982 0.5921 0.000 0.000 0.060 0.000 0.740 0.200
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1087197 6 0.5148 0.3461 0.000 0.000 0.296 0.000 0.116 0.588
#> SRR1383960 6 0.3541 0.7159 0.000 0.020 0.232 0.000 0.000 0.748
#> SRR600924 6 0.1341 0.7122 0.024 0.000 0.000 0.000 0.028 0.948
#> SRR662390 6 0.5504 0.6398 0.188 0.000 0.252 0.000 0.000 0.560
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.2595 0.6587 0.004 0.000 0.836 0.000 0.000 0.160
#> SRR598148 3 0.5421 0.3812 0.000 0.000 0.528 0.000 0.132 0.340
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0777 0.9463 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR603918 5 0.2772 0.6667 0.000 0.000 0.004 0.000 0.816 0.180
#> SRR1468682 4 0.3101 0.6760 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0937 0.9272 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1343859 3 0.4011 0.6659 0.000 0.000 0.736 0.000 0.060 0.204
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444954 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.0914 0.8306 0.016 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016
#> SRR1392208 2 0.1663 0.9034 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1456693 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1358482 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR658331 6 0.1320 0.7050 0.000 0.000 0.016 0.000 0.036 0.948
#> SRR810619 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 6 0.1401 0.7124 0.020 0.000 0.004 0.000 0.028 0.948
#> SRR599380 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0632 0.9485 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1489693 3 0.1390 0.8259 0.032 0.000 0.948 0.000 0.016 0.004
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661337 6 0.2941 0.6326 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR601239 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.8461 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.1610 0.9057 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1093269 2 0.2340 0.8551 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1341456 3 0.0291 0.8475 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR657456 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.3101 0.6493 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 6 0.1401 0.7033 0.000 0.020 0.004 0.000 0.028 0.948
#> SRR813728 2 0.2454 0.8425 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0260 0.9535 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1405593 6 0.5186 0.6789 0.156 0.000 0.232 0.000 0.000 0.612
#> SRR1326040 6 0.3515 0.6616 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 5 0.1950 0.8662 0.000 0.064 0.000 0.024 0.912 0.000
#> SRR1398706 5 0.3756 0.3693 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1368794 5 0.2092 0.8562 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1392749 4 0.1610 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR603968 3 0.3925 0.6725 0.000 0.000 0.744 0.000 0.056 0.200
#> SRR815661 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR663100 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 5 0.4026 0.4592 0.000 0.000 0.016 0.000 0.636 0.348
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.3409 0.5338 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR602461 6 0.2823 0.6431 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1334338 1 0.0260 0.9535 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.3739 0.6966 0.000 0.000 0.768 0.000 0.056 0.176
#> SRR663014 4 0.2631 0.7675 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1417960 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0291 0.8457 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381269 2 0.1863 0.8929 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR657695 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1357650 2 0.0790 0.9297 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470816 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.3244 0.6002 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1318998 3 0.3771 0.6924 0.000 0.000 0.764 0.000 0.056 0.180
#> SRR1392795 2 0.3351 0.8096 0.000 0.800 0.000 0.040 0.160 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 5 0.1765 0.7948 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1347667 3 0.0000 0.8461 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 6 0.3352 0.7294 0.000 0.012 0.172 0.000 0.016 0.800
#> SRR665514 6 0.1341 0.7122 0.024 0.000 0.000 0.000 0.028 0.948
#> SRR1454522 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433684 6 0.5575 0.6273 0.200 0.000 0.252 0.000 0.000 0.548
#> SRR613186 3 0.0603 0.8429 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1343795 2 0.1327 0.9164 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 5 0.2092 0.8609 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.1957 0.8865 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 5 0.2793 0.7813 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1391789 6 0.3641 0.7165 0.000 0.028 0.224 0.000 0.000 0.748
#> SRR1402195 1 0.2437 0.8762 0.888 0.000 0.004 0.000 0.072 0.036
#> SRR1429516 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406662 5 0.2527 0.8174 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1333414 2 0.0547 0.9342 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1369030 5 0.2697 0.7951 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.1649 0.9182 0.932 0.000 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473505 5 0.1714 0.8815 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1402068 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0146 0.9557 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.1663 0.9019 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR608480 6 0.1341 0.7122 0.024 0.000 0.000 0.000 0.028 0.948
#> SRR598589 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR601868 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1443182 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.1075 0.8997 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.2378 0.6744 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR656433 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0405 0.8437 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 6 0.1341 0.7122 0.024 0.000 0.000 0.000 0.028 0.948
#> SRR1338171 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR604174 1 0.1492 0.9230 0.940 0.000 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR1345221 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR815517 3 0.4792 0.5926 0.000 0.000 0.668 0.000 0.132 0.200
#> SRR615970 3 0.2048 0.7543 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1370659 1 0.0458 0.9519 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0146 0.9376 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.1334 0.8318 0.000 0.000 0.948 0.000 0.032 0.020
#> SRR1434975 5 0.4757 0.4617 0.000 0.000 0.084 0.000 0.636 0.280
#> SRR1445741 2 0.1204 0.9199 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1088142 6 0.5587 0.6210 0.212 0.000 0.240 0.000 0.000 0.548
#> SRR604206 1 0.1610 0.9020 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1358779 3 0.0964 0.8408 0.012 0.000 0.968 0.000 0.016 0.004
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410334 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.3244 0.6391 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.1700 0.9066 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 5 0.2697 0.7951 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1316725 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1314851 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 6 0.4304 0.7140 0.028 0.020 0.248 0.000 0.000 0.704
#> SRR1308696 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.2219 0.8650 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1366690 1 0.3779 0.7800 0.812 0.000 0.092 0.000 0.060 0.036
#> SRR1317707 2 0.1765 0.8983 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1339321 2 0.1267 0.8979 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1319344 5 0.3221 0.6434 0.000 0.000 0.020 0.000 0.792 0.188
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479933 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.1141 0.9172 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814587 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0692 0.9484 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1317305 1 0.2985 0.7924 0.844 0.000 0.100 0.000 0.000 0.056
#> SRR1442273 2 0.0146 0.9394 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 5 0.1970 0.8323 0.000 0.028 0.000 0.060 0.912 0.000
#> SRR1093649 5 0.0713 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1478900 3 0.3737 0.2980 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 6 0.3345 0.7290 0.020 0.000 0.204 0.000 0.000 0.776
#> SRR1321505 1 0.1714 0.8744 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1457768 3 0.2933 0.6022 0.200 0.000 0.796 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340641 4 0.1391 0.9009 0.040 0.000 0.000 0.944 0.000 0.016
#> SRR657903 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1441850 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613759 1 0.4088 0.6348 0.716 0.000 0.004 0.000 0.040 0.240
#> SRR1472281 2 0.2092 0.8231 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0891 0.8393 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1088734 4 0.0632 0.9399 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.3782 0.2681 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348226 6 0.5528 0.6358 0.192 0.000 0.252 0.000 0.000 0.556
#> SRR1313560 1 0.0806 0.9465 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1092889 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 5 0.4340 0.5588 0.000 0.000 0.088 0.000 0.712 0.200
#> SRR660366 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 5 0.3403 0.6887 0.000 0.020 0.000 0.212 0.768 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.3771 0.6924 0.000 0.000 0.764 0.000 0.056 0.180
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.3823 0.3910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR661120 6 0.1268 0.7066 0.008 0.000 0.004 0.000 0.036 0.952
#> SRR601613 1 0.2762 0.7312 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR811535 6 0.1341 0.7122 0.024 0.000 0.000 0.000 0.028 0.948
#> SRR820316 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1368616 2 0.2378 0.8511 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0692 0.9484 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR598509 3 0.3520 0.6993 0.000 0.000 0.776 0.000 0.036 0.188
#> SRR1397052 1 0.0806 0.9465 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1339921 6 0.5438 0.6454 0.160 0.000 0.280 0.000 0.000 0.560
#> SRR664743 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0458 0.9519 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR603449 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR808808 6 0.3515 0.6620 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR656288 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR662043 6 0.1341 0.7122 0.024 0.000 0.000 0.000 0.028 0.948
#> SRR1381211 2 0.1910 0.8884 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1379365 2 0.1765 0.8989 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164847 6 0.3541 0.7159 0.000 0.020 0.232 0.000 0.000 0.748
#> SRR807901 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR816064 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.3522 0.7086 0.000 0.000 0.784 0.000 0.044 0.172
#> SRR1316483 6 0.5045 0.6048 0.084 0.000 0.364 0.000 0.000 0.552
#> SRR662749 1 0.1141 0.9199 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1342701 5 0.0972 0.8225 0.000 0.008 0.028 0.000 0.964 0.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.2454 0.8424 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR654940 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1098288 2 0.2260 0.8627 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1326343 1 0.0806 0.9465 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR811145 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 6 0.4218 0.5435 0.000 0.000 0.108 0.000 0.156 0.736
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388698 6 0.5571 0.6151 0.224 0.000 0.224 0.000 0.000 0.552
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0405 0.8467 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387475 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.2996 0.7306 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1442250 5 0.3284 0.6356 0.000 0.000 0.020 0.000 0.784 0.196
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.3833 0.2132 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR1392434 2 0.2793 0.7458 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.3351 0.5970 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.1444 0.9116 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1330153 1 0.1972 0.9013 0.916 0.000 0.004 0.000 0.056 0.024
#> SRR1451778 1 0.1909 0.9051 0.920 0.000 0.004 0.000 0.052 0.024
#> SRR657089 6 0.4449 -0.0949 0.000 0.000 0.440 0.000 0.028 0.532
#> SRR1395659 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1385716 3 0.0405 0.8437 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466109 1 0.1663 0.8802 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1080977 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.3409 0.5317 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1485078 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR661806 6 0.1334 0.7008 0.000 0.020 0.000 0.000 0.032 0.948
#> SRR1334919 3 0.1007 0.8099 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR599249 1 0.6734 -0.0538 0.428 0.000 0.324 0.000 0.056 0.192
#> SRR810051 2 0.1444 0.9121 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1407202 1 0.6653 0.2095 0.512 0.000 0.188 0.000 0.080 0.220
#> SRR1434399 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1330965 3 0.0146 0.8462 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0405 0.8437 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1405028 3 0.6707 0.3300 0.180 0.000 0.508 0.000 0.088 0.224
#> SRR612719 6 0.1225 0.7033 0.000 0.000 0.012 0.000 0.036 0.952
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0777 0.9466 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1362488 2 0.2003 0.8839 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.3896 0.6802 0.000 0.000 0.748 0.000 0.056 0.196
#> SRR1477837 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1418946 6 0.5288 0.6140 0.240 0.000 0.164 0.000 0.000 0.596
#> SRR1456567 4 0.3446 0.5624 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.2260 0.8624 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1335627 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1327680 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815735 6 0.5227 0.6732 0.148 0.000 0.252 0.000 0.000 0.600
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.0405 0.9547 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR659983 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1402414 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR614215 1 0.1562 0.9229 0.940 0.000 0.004 0.000 0.032 0.024
#> SRR659283 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0146 0.8462 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317428 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1403390 3 0.0000 0.8461 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452741 6 0.5029 0.5915 0.080 0.000 0.376 0.000 0.000 0.544
#> SRR1458484 1 0.2867 0.8077 0.848 0.000 0.040 0.112 0.000 0.000
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.1176 0.8347 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419829 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.4856 0.0707 0.476 0.000 0.000 0.000 0.056 0.468
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.1444 0.9020 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1401446 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1442149 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321225 6 0.3971 0.4923 0.004 0.000 0.448 0.000 0.000 0.548
#> SRR1069802 1 0.0632 0.9485 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1077643 5 0.3982 0.5921 0.000 0.000 0.060 0.000 0.740 0.200
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.3868 -0.0100 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 5 0.1556 0.8046 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 6 0.4590 0.7160 0.096 0.000 0.224 0.000 0.000 0.680
#> SRR662150 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1400290 3 0.1700 0.7760 0.004 0.000 0.916 0.000 0.000 0.080
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416166 3 0.2475 0.7997 0.036 0.000 0.892 0.000 0.060 0.012
#> SRR1477015 1 0.0865 0.9326 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446156 5 0.1663 0.8842 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0146 0.9557 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR599086 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.0806 0.9412 0.000 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR807877 2 0.2003 0.8839 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.3394 0.5538 0.200 0.000 0.776 0.000 0.000 0.024
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 6 0.3541 0.7159 0.000 0.020 0.232 0.000 0.000 0.748
#> SRR600474 1 0.0547 0.9459 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 6 0.4616 0.6944 0.072 0.000 0.280 0.000 0.000 0.648
#> SRR1323628 1 0.0547 0.9502 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1430951 3 0.1176 0.8347 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1385364 3 0.3756 0.3535 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0891 0.8393 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1384413 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 6 0.4067 0.4997 0.008 0.000 0.444 0.000 0.000 0.548
#> SRR1434093 3 0.1745 0.7928 0.020 0.000 0.924 0.000 0.000 0.056
#> SRR1341408 2 0.1501 0.9101 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR612335 5 0.4989 0.3913 0.076 0.000 0.004 0.000 0.592 0.328
#> SRR1321420 1 0.0363 0.9535 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1329177 1 0.0865 0.9326 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.4191 0.5226 0.000 0.040 0.000 0.676 0.284 0.000
#> SRR614996 6 0.3374 0.7283 0.020 0.000 0.208 0.000 0.000 0.772
#> SRR1431602 5 0.2562 0.8118 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1311509 1 0.5482 0.5139 0.648 0.000 0.068 0.000 0.072 0.212
#> SRR1507229 3 0.0146 0.8475 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.8461 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469591 6 0.4067 0.4994 0.008 0.000 0.444 0.000 0.000 0.548
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9406 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.2597 0.8232 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1388105 4 0.0000 0.9639 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 6 0.1341 0.7055 0.000 0.000 0.024 0.000 0.028 0.948
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.936 0.944 0.976 0.4940 0.505 0.505
#> 3 3 0.745 0.882 0.908 0.2195 0.898 0.798
#> 4 4 0.661 0.696 0.851 0.1900 0.853 0.646
#> 5 5 0.717 0.730 0.824 0.0705 0.901 0.669
#> 6 6 0.812 0.764 0.885 0.0558 0.924 0.688
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1321283 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.6343 0.8104 0.160 0.840
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0938 0.9707 0.988 0.012
#> SRR808327 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.9580 0.3891 0.380 0.620
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.4022 0.9031 0.920 0.080
#> SRR602437 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1367456 1 0.9248 0.4930 0.660 0.340
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.4298 0.8945 0.912 0.088
#> SRR600924 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR598148 1 0.3114 0.9285 0.944 0.056
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.7815 0.7002 0.232 0.768
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.6712 0.7899 0.176 0.824
#> SRR1381524 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.6048 0.8197 0.852 0.148
#> SRR810619 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.9552 0.4291 0.376 0.624
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR658283 1 0.9358 0.4649 0.648 0.352
#> SRR813728 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0376 0.9779 0.996 0.004
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.9323 0.4955 0.348 0.652
#> SRR1474730 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR608096 1 0.9358 0.4647 0.648 0.352
#> SRR665514 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1454522 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.8909 0.5792 0.308 0.692
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR613186 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.6343 0.8056 0.160 0.840
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1391789 1 0.9248 0.4927 0.660 0.340
#> SRR1402195 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1429516 2 0.6343 0.8106 0.160 0.840
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.6148 0.8144 0.848 0.152
#> SRR1434568 2 0.4939 0.8701 0.108 0.892
#> SRR1341965 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1093243 2 0.5059 0.8658 0.112 0.888
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.5842 0.8345 0.140 0.860
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.6712 0.7899 0.176 0.824
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR815517 1 0.4022 0.9031 0.920 0.080
#> SRR615970 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1419638 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1434975 1 0.5842 0.8305 0.860 0.140
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.8608 0.6241 0.284 0.716
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.5294 0.8561 0.120 0.880
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0672 0.9744 0.992 0.008
#> SRR1308696 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1319344 1 0.9996 0.0517 0.512 0.488
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.5737 0.8391 0.136 0.864
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.3879 0.9008 0.076 0.924
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.3274 0.9238 0.940 0.060
#> SRR657903 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.8909 0.5792 0.308 0.692
#> SRR1364695 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR817825 1 0.4431 0.8898 0.908 0.092
#> SRR660366 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.6712 0.7899 0.176 0.824
#> SRR1351583 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.8909 0.5792 0.308 0.692
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.6148 0.8159 0.152 0.848
#> SRR661120 1 0.2236 0.9483 0.964 0.036
#> SRR601613 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR598509 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.3879 0.9022 0.076 0.924
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.2603 0.9407 0.956 0.044
#> SRR807901 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.7299 0.7437 0.204 0.796
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.0376 0.9779 0.996 0.004
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.3114 0.9209 0.056 0.944
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1442250 1 0.8713 0.5934 0.708 0.292
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.8909 0.5792 0.308 0.692
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR661806 1 0.9922 0.1913 0.552 0.448
#> SRR1334919 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.3733 0.9118 0.928 0.072
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.8909 0.5792 0.308 0.692
#> SRR607252 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1327680 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR656300 2 0.9044 0.5554 0.320 0.680
#> SRR659983 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.3879 0.9022 0.076 0.924
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1442149 2 0.9933 0.2164 0.452 0.548
#> SRR809137 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.7528 0.7249 0.784 0.216
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.1414 0.9515 0.020 0.980
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0376 0.9645 0.004 0.996
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.7602 0.7135 0.780 0.220
#> SRR807877 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.4562 0.8861 0.904 0.096
#> SRR600474 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1385364 1 0.9993 0.0243 0.516 0.484
#> SRR1478149 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1384413 2 0.3879 0.9024 0.076 0.924
#> SRR1366855 2 0.9988 0.1109 0.480 0.520
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR612335 1 0.3879 0.9081 0.924 0.076
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1507229 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9676 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.0376 0.9645 0.004 0.996
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.3431 0.9203 0.936 0.064
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.1860 0.9460 0.948 0.000 0.052
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.3038 0.9368 0.896 0.000 0.104
#> SRR1442648 2 0.1411 0.8612 0.000 0.964 0.036
#> SRR1486174 2 0.0747 0.8627 0.000 0.984 0.016
#> SRR1349433 2 0.3879 0.7930 0.000 0.848 0.152
#> SRR1321283 1 0.0747 0.9473 0.984 0.000 0.016
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.1163 0.8614 0.000 0.972 0.028
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1458026 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1094192 3 0.3551 0.9297 0.000 0.132 0.868
#> SRR1397180 3 0.5138 0.7918 0.000 0.252 0.748
#> SRR657492 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR818530 2 0.3879 0.8090 0.000 0.848 0.152
#> SRR817563 2 0.0747 0.8640 0.000 0.984 0.016
#> SRR613462 1 0.3038 0.9360 0.896 0.000 0.104
#> SRR1405206 2 0.3752 0.8143 0.000 0.856 0.144
#> SRR1454136 2 0.1289 0.8614 0.000 0.968 0.032
#> SRR1380785 2 0.3619 0.8244 0.000 0.864 0.136
#> SRR612875 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR808327 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.9025 0.4444 0.172 0.544 0.284
#> SRR1408227 2 0.1163 0.8606 0.000 0.972 0.028
#> SRR1086304 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.4504 0.7813 0.000 0.804 0.196
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR602437 1 0.2356 0.9426 0.928 0.000 0.072
#> SRR663404 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0237 0.9482 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345827 2 0.3267 0.8177 0.000 0.884 0.116
#> SRR1367456 1 0.8024 0.6436 0.648 0.220 0.132
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.4178 0.7938 0.000 0.828 0.172
#> SRR1087197 1 0.2878 0.9386 0.904 0.000 0.096
#> SRR1383960 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR600924 1 0.2711 0.9399 0.912 0.000 0.088
#> SRR662390 1 0.3192 0.9337 0.888 0.000 0.112
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0424 0.9483 0.992 0.000 0.008
#> SRR1352936 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR598148 1 0.2959 0.9375 0.900 0.000 0.100
#> SRR1444390 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1444644 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.8729 0.4812 0.204 0.592 0.204
#> SRR1468682 3 0.3879 0.9131 0.000 0.152 0.848
#> SRR1490505 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 1 0.1643 0.9475 0.956 0.000 0.044
#> SRR1075631 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1444954 2 0.4062 0.8005 0.000 0.836 0.164
#> SRR1479286 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1381524 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1392208 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.4002 0.8037 0.000 0.840 0.160
#> SRR1358482 2 0.2448 0.8493 0.000 0.924 0.076
#> SRR658331 1 0.4887 0.8356 0.772 0.000 0.228
#> SRR810619 2 0.1163 0.8606 0.000 0.972 0.028
#> SRR600829 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR599380 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 3 0.3769 0.9198 0.016 0.104 0.880
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.1753 0.9467 0.952 0.000 0.048
#> SRR1318662 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR661337 1 0.3038 0.9360 0.896 0.000 0.104
#> SRR601239 1 0.0237 0.9483 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468995 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1352111 1 0.1163 0.9483 0.972 0.000 0.028
#> SRR1330944 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1419453 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1437208 2 0.5465 0.5607 0.000 0.712 0.288
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 1 0.1411 0.9467 0.964 0.000 0.036
#> SRR657456 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR807727 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR816358 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 1 0.8624 0.5635 0.596 0.240 0.164
#> SRR813728 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0237 0.9482 0.996 0.000 0.004
#> SRR1308200 2 0.3482 0.8083 0.000 0.872 0.128
#> SRR1432366 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1087992 1 0.2625 0.9420 0.916 0.000 0.084
#> SRR1405593 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1326040 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.5431 0.6767 0.000 0.716 0.284
#> SRR1398706 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.3816 0.8141 0.000 0.852 0.148
#> SRR1392749 3 0.4702 0.8348 0.000 0.212 0.788
#> SRR603968 1 0.3267 0.9327 0.884 0.000 0.116
#> SRR815661 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR661229 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.3116 0.9352 0.892 0.000 0.108
#> SRR1464281 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.6280 0.2505 0.000 0.540 0.460
#> SRR1435182 3 0.5835 0.6674 0.000 0.340 0.660
#> SRR1477569 1 0.2537 0.9415 0.920 0.000 0.080
#> SRR602461 1 0.1643 0.9470 0.956 0.000 0.044
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR663014 3 0.5254 0.7568 0.000 0.264 0.736
#> SRR1417960 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1474730 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1381269 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.4121 0.7976 0.000 0.832 0.168
#> SRR1357650 2 0.2878 0.8460 0.000 0.904 0.096
#> SRR1472237 2 0.2796 0.8332 0.000 0.908 0.092
#> SRR1470816 2 0.3752 0.8156 0.000 0.856 0.144
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0747 0.9486 0.984 0.000 0.016
#> SRR1318998 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1392795 2 0.5733 0.6104 0.000 0.676 0.324
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1360587 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR604230 1 0.0424 0.9486 0.992 0.000 0.008
#> SRR1347667 1 0.1964 0.9447 0.944 0.000 0.056
#> SRR608096 1 0.7633 0.6960 0.680 0.200 0.120
#> SRR665514 1 0.2711 0.9399 0.912 0.000 0.088
#> SRR1454522 1 0.2878 0.9390 0.904 0.000 0.096
#> SRR1419615 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1429802 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1345436 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1433684 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR613186 1 0.3116 0.9355 0.892 0.000 0.108
#> SRR1343795 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 2 0.8047 0.5680 0.112 0.632 0.256
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1309856 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 3 0.6095 0.5563 0.000 0.392 0.608
#> SRR1366519 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.4002 0.8041 0.000 0.840 0.160
#> SRR1391789 1 0.8129 0.6145 0.632 0.244 0.124
#> SRR1402195 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429516 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1406662 2 0.6295 0.1630 0.000 0.528 0.472
#> SRR1333414 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.2796 0.8333 0.000 0.908 0.092
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.5397 0.6367 0.720 0.000 0.280
#> SRR1434568 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1341965 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1473505 2 0.3941 0.8089 0.000 0.844 0.156
#> SRR1402068 2 0.3941 0.8086 0.000 0.844 0.156
#> SRR1490076 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.5785 0.4501 0.000 0.668 0.332
#> SRR1397329 1 0.2356 0.9434 0.928 0.000 0.072
#> SRR1093243 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1418390 2 0.0237 0.8639 0.000 0.996 0.004
#> SRR608480 1 0.3038 0.9360 0.896 0.000 0.104
#> SRR598589 1 0.2448 0.9424 0.924 0.000 0.076
#> SRR601868 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.2066 0.8498 0.000 0.940 0.060
#> SRR815893 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1455503 3 0.3551 0.9301 0.000 0.132 0.868
#> SRR810737 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 3 0.3482 0.9329 0.000 0.128 0.872
#> SRR1457872 3 0.5327 0.7639 0.000 0.272 0.728
#> SRR658481 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR656433 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.4750 0.7029 0.000 0.784 0.216
#> SRR1308674 2 0.3482 0.8072 0.000 0.872 0.128
#> SRR1338363 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1344271 2 0.1163 0.8606 0.000 0.972 0.028
#> SRR1321608 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0592 0.9486 0.988 0.000 0.012
#> SRR1338171 2 0.4121 0.7970 0.000 0.832 0.168
#> SRR604174 1 0.2261 0.9445 0.932 0.000 0.068
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR615970 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 3 0.5397 0.7587 0.000 0.280 0.720
#> SRR1419638 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1434975 1 0.3879 0.9093 0.848 0.000 0.152
#> SRR1445741 2 0.4702 0.7748 0.000 0.788 0.212
#> SRR1088142 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR604206 1 0.2537 0.9414 0.920 0.000 0.080
#> SRR1358779 1 0.0237 0.9477 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473142 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1410334 2 0.4002 0.8037 0.000 0.840 0.160
#> SRR1352234 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1487807 3 0.5327 0.7645 0.000 0.272 0.728
#> SRR1489715 2 0.1643 0.8561 0.000 0.956 0.044
#> SRR1364780 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.4796 0.7403 0.000 0.780 0.220
#> SRR1409748 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.3941 0.8061 0.000 0.844 0.156
#> SRR1314851 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1308696 1 0.1643 0.9463 0.956 0.000 0.044
#> SRR808772 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.5098 0.7340 0.000 0.752 0.248
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.4750 0.7179 0.000 0.784 0.216
#> SRR1442487 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.4235 0.7903 0.000 0.824 0.176
#> SRR1319344 2 0.9001 0.2989 0.332 0.520 0.148
#> SRR1332835 2 0.1289 0.8602 0.000 0.968 0.032
#> SRR1334694 2 0.4121 0.7678 0.000 0.832 0.168
#> SRR1478434 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1479933 2 0.0237 0.8639 0.000 0.996 0.004
#> SRR1313853 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.2625 0.9410 0.916 0.000 0.084
#> SRR1384827 2 0.0237 0.8636 0.000 0.996 0.004
#> SRR814587 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR656899 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.2625 0.9408 0.916 0.000 0.084
#> SRR1442273 2 0.1163 0.8639 0.000 0.972 0.028
#> SRR1407470 2 0.3482 0.8078 0.000 0.872 0.128
#> SRR1490289 2 0.4555 0.7662 0.000 0.800 0.200
#> SRR1093649 2 0.7739 0.6242 0.136 0.676 0.188
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.3619 0.8192 0.000 0.864 0.136
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.1031 0.9485 0.976 0.000 0.024
#> SRR615335 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1321505 1 0.0592 0.9487 0.988 0.000 0.012
#> SRR1457768 1 0.0237 0.9477 0.996 0.000 0.004
#> SRR1340641 3 0.4399 0.6868 0.188 0.000 0.812
#> SRR657903 1 0.0747 0.9487 0.984 0.000 0.016
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR613759 1 0.2165 0.9441 0.936 0.000 0.064
#> SRR1472281 3 0.5363 0.7590 0.000 0.276 0.724
#> SRR1440445 1 0.3267 0.9324 0.884 0.000 0.116
#> SRR1088734 3 0.3551 0.9297 0.000 0.132 0.868
#> SRR1455607 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1077528 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1364695 1 0.0892 0.9487 0.980 0.000 0.020
#> SRR1348226 1 0.1411 0.9471 0.964 0.000 0.036
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.3941 0.8064 0.000 0.844 0.156
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.3551 0.8049 0.000 0.868 0.132
#> SRR817825 1 0.3116 0.9353 0.892 0.000 0.108
#> SRR660366 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.2261 0.8536 0.000 0.932 0.068
#> SRR1323512 3 0.5968 0.5672 0.000 0.364 0.636
#> SRR1325247 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1351583 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1437454 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1318484 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.6309 0.0791 0.000 0.500 0.500
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.3192 0.9343 0.888 0.000 0.112
#> SRR1455842 3 0.3551 0.9297 0.000 0.132 0.868
#> SRR1352619 1 0.3116 0.9355 0.892 0.000 0.108
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.7412 0.5387 0.176 0.700 0.124
#> SRR661120 1 0.3192 0.9340 0.888 0.000 0.112
#> SRR601613 1 0.2796 0.9395 0.908 0.000 0.092
#> SRR811535 1 0.2625 0.9408 0.916 0.000 0.084
#> SRR820316 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0424 0.8642 0.000 0.992 0.008
#> SRR1375677 1 0.0424 0.9484 0.992 0.000 0.008
#> SRR1365700 2 0.1163 0.8611 0.000 0.972 0.028
#> SRR604122 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.3116 0.9353 0.892 0.000 0.108
#> SRR664743 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1339199 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0424 0.9483 0.992 0.000 0.008
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR656288 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.3116 0.9355 0.892 0.000 0.108
#> SRR1487233 2 0.3941 0.8066 0.000 0.844 0.156
#> SRR662043 1 0.2625 0.9407 0.916 0.000 0.084
#> SRR1381211 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.4887 0.7528 0.000 0.772 0.228
#> SRR1384852 2 0.3551 0.8053 0.000 0.868 0.132
#> SRR1430357 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR2164847 1 0.3412 0.9291 0.876 0.000 0.124
#> SRR807901 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.1643 0.9474 0.956 0.000 0.044
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1316483 1 0.3116 0.9350 0.892 0.000 0.108
#> SRR662749 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.7658 0.5716 0.056 0.588 0.356
#> SRR1343653 3 0.5905 0.6595 0.000 0.352 0.648
#> SRR1336134 2 0.4702 0.7671 0.000 0.788 0.212
#> SRR654940 2 0.0892 0.8640 0.000 0.980 0.020
#> SRR1098288 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.2165 0.9437 0.936 0.000 0.064
#> SRR615359 1 0.3038 0.9365 0.896 0.000 0.104
#> SRR1075997 2 0.3340 0.8132 0.000 0.880 0.120
#> SRR1090483 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1388698 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1312482 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 1 0.0747 0.9473 0.984 0.000 0.016
#> SRR1387475 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1388419 2 0.2845 0.8535 0.012 0.920 0.068
#> SRR1442250 1 0.8175 0.6131 0.632 0.236 0.132
#> SRR1430679 2 0.3816 0.7889 0.000 0.852 0.148
#> SRR1311109 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1478990 3 0.3482 0.9329 0.000 0.128 0.872
#> SRR1392434 3 0.4121 0.8925 0.000 0.168 0.832
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0592 0.9486 0.988 0.000 0.012
#> SRR1383937 2 0.1031 0.8614 0.000 0.976 0.024
#> SRR1315393 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094506 1 0.2448 0.9433 0.924 0.000 0.076
#> SRR1330633 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1395659 2 0.3941 0.8061 0.000 0.844 0.156
#> SRR1385716 1 0.1753 0.9452 0.952 0.000 0.048
#> SRR1466109 1 0.1643 0.9474 0.956 0.000 0.044
#> SRR1080977 1 0.3038 0.9368 0.896 0.000 0.104
#> SRR1441725 1 0.3038 0.9360 0.896 0.000 0.104
#> SRR1485078 2 0.3752 0.8137 0.000 0.856 0.144
#> SRR661806 1 0.6738 0.6063 0.624 0.020 0.356
#> SRR1334919 1 0.1753 0.9468 0.952 0.000 0.048
#> SRR599249 1 0.2261 0.9447 0.932 0.000 0.068
#> SRR810051 2 0.0237 0.8639 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407202 1 0.0747 0.9480 0.984 0.000 0.016
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.1411 0.9467 0.964 0.000 0.036
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.3116 0.9350 0.892 0.000 0.108
#> SRR1405028 1 0.2796 0.9397 0.908 0.000 0.092
#> SRR612719 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1340617 2 0.3340 0.8138 0.000 0.880 0.120
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0747 0.8640 0.000 0.984 0.016
#> SRR1361156 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.1753 0.9473 0.952 0.000 0.048
#> SRR1477837 3 0.3678 0.8922 0.028 0.080 0.892
#> SRR607252 1 0.0424 0.9483 0.992 0.000 0.008
#> SRR1418946 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1456567 3 0.4062 0.9003 0.000 0.164 0.836
#> SRR1487425 2 0.4842 0.7454 0.000 0.776 0.224
#> SRR1335627 2 0.3941 0.8088 0.000 0.844 0.156
#> SRR1327680 1 0.3116 0.9355 0.892 0.000 0.108
#> SRR1478812 2 0.3551 0.8053 0.000 0.868 0.132
#> SRR1447673 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR815735 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1404251 2 0.1529 0.8574 0.000 0.960 0.040
#> SRR601645 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 3 0.6999 0.4607 0.268 0.052 0.680
#> SRR659983 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.3941 0.8071 0.000 0.844 0.156
#> SRR614215 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 1 0.1643 0.9463 0.956 0.000 0.044
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1452741 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1458484 1 0.2878 0.8687 0.904 0.000 0.096
#> SRR1387091 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1358017 1 0.1753 0.9456 0.952 0.000 0.048
#> SRR1457039 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1376539 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1419829 2 0.4002 0.8036 0.000 0.840 0.160
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.3038 0.9360 0.896 0.000 0.104
#> SRR1367849 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1320939 1 0.0237 0.9483 0.996 0.000 0.004
#> SRR656588 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.2537 0.9414 0.920 0.000 0.080
#> SRR1401446 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1398311 2 0.4062 0.8003 0.000 0.836 0.164
#> SRR1442149 3 0.3850 0.9006 0.028 0.088 0.884
#> SRR809137 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR600852 1 0.1031 0.9485 0.976 0.000 0.024
#> SRR1414857 3 0.3551 0.9311 0.000 0.132 0.868
#> SRR1321225 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.6949 0.7689 0.732 0.156 0.112
#> SRR1334154 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1390072 2 0.3551 0.8043 0.000 0.868 0.132
#> SRR1467612 2 0.3412 0.8272 0.000 0.876 0.124
#> SRR1430133 2 0.2959 0.8293 0.000 0.900 0.100
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1374028 3 0.3551 0.9297 0.000 0.132 0.868
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0237 0.9482 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469638 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR662150 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1084892 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.3192 0.9337 0.888 0.000 0.112
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.6126 0.4612 0.004 0.644 0.352
#> SRR1446156 2 0.4002 0.8038 0.000 0.840 0.160
#> SRR1488328 2 0.0237 0.8636 0.000 0.996 0.004
#> SRR1086889 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.2537 0.9414 0.920 0.000 0.080
#> SRR599086 1 0.2356 0.9426 0.928 0.000 0.072
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.6307 0.3463 0.512 0.000 0.488
#> SRR807877 2 0.1643 0.8599 0.000 0.956 0.044
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.3340 0.8132 0.000 0.880 0.120
#> SRR601986 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.4270 0.9182 0.860 0.024 0.116
#> SRR600474 1 0.2878 0.9380 0.904 0.000 0.096
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1385364 3 0.7757 -0.0356 0.408 0.052 0.540
#> SRR1478149 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1384413 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1366855 3 0.1832 0.7986 0.036 0.008 0.956
#> SRR1077115 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1399990 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1434093 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1341408 2 0.0237 0.8637 0.000 0.996 0.004
#> SRR612335 1 0.4842 0.8060 0.776 0.000 0.224
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.5948 0.5498 0.000 0.640 0.360
#> SRR614996 1 0.3267 0.9323 0.884 0.000 0.116
#> SRR1431602 2 0.4121 0.7970 0.000 0.832 0.168
#> SRR1311509 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR1507229 1 0.2796 0.9403 0.908 0.000 0.092
#> SRR1310373 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
#> SRR1408072 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1469591 1 0.2959 0.9380 0.900 0.000 0.100
#> SRR1392813 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 3 0.3340 0.9393 0.000 0.120 0.880
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9481 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 1 0.3340 0.9308 0.880 0.000 0.120
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.3528 0.641575 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0188 0.845886 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.3764 0.687045 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1442648 2 0.1576 0.840168 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1486174 2 0.2676 0.839715 0.000 0.896 0.092 0.012
#> SRR1349433 2 0.3870 0.757746 0.000 0.788 0.004 0.208
#> SRR1321283 1 0.4989 -0.113996 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.1890 0.849080 0.000 0.936 0.056 0.008
#> SRR1406265 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094192 4 0.0336 0.916477 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1397180 4 0.4035 0.724925 0.000 0.176 0.020 0.804
#> SRR657492 1 0.0592 0.823144 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR662665 3 0.4998 0.269605 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR818530 2 0.3751 0.764713 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR817563 2 0.1767 0.849172 0.000 0.944 0.044 0.012
#> SRR613462 1 0.4972 -0.064126 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1405206 2 0.3668 0.770514 0.000 0.808 0.004 0.188
#> SRR1454136 2 0.1584 0.850909 0.000 0.952 0.012 0.036
#> SRR1380785 2 0.4663 0.805418 0.000 0.788 0.064 0.148
#> SRR612875 3 0.4992 0.296877 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR808327 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1355194 3 0.6215 0.531956 0.052 0.256 0.668 0.024
#> SRR1408227 2 0.2909 0.838476 0.000 0.888 0.092 0.020
#> SRR1086304 3 0.2589 0.740192 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.4262 0.738339 0.000 0.756 0.008 0.236
#> SRR1084965 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1310563 3 0.2281 0.739305 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR602437 1 0.4277 0.477457 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR663404 1 0.0188 0.826339 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0188 0.845129 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1479263 2 0.1557 0.847373 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345736 1 0.1118 0.811280 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1345827 2 0.4426 0.805821 0.000 0.812 0.092 0.096
#> SRR1367456 3 0.6471 0.627220 0.132 0.212 0.652 0.004
#> SRR1072650 1 0.0188 0.826447 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446393 2 0.3945 0.749403 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR1087197 1 0.4746 0.243384 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1383960 3 0.4843 0.490587 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR600924 1 0.4776 0.239890 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR662390 1 0.4999 -0.198957 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1071692 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR658421 1 0.1022 0.810977 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1352936 3 0.2530 0.740957 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR598148 1 0.4955 -0.027088 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1444390 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444644 3 0.2281 0.739305 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1389777 1 0.0188 0.824921 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603918 2 0.8009 0.543554 0.176 0.568 0.056 0.200
#> SRR1468682 4 0.1302 0.889045 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1490505 2 0.1022 0.848409 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1343859 3 0.4955 0.340495 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1075631 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.3908 0.752454 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1479286 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381524 3 0.2704 0.739394 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1392208 2 0.0336 0.846235 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1456693 2 0.3945 0.749235 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR1358482 2 0.2654 0.817149 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR658331 3 0.4896 0.643694 0.280 0.004 0.704 0.012
#> SRR810619 2 0.2909 0.838476 0.000 0.888 0.092 0.020
#> SRR600829 3 0.4977 0.339353 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.4804 0.450843 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1318662 2 0.1940 0.843562 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.4941 0.020015 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR601239 1 0.0336 0.825098 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1468995 3 0.2408 0.739519 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1352111 1 0.1389 0.800830 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419453 3 0.2281 0.739305 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1437208 2 0.6189 0.594181 0.000 0.640 0.092 0.268
#> SRR1444914 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.1118 0.847035 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1093269 2 0.0188 0.845129 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341456 3 0.4916 0.365490 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR657456 3 0.2469 0.740760 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR807727 4 0.0188 0.919123 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR816358 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR658283 3 0.7343 0.491219 0.104 0.300 0.568 0.028
#> SRR813728 2 0.0188 0.845129 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1394520 1 0.1211 0.808233 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1308200 2 0.4662 0.795638 0.000 0.796 0.092 0.112
#> SRR1432366 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.4624 0.332585 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1405593 1 0.4994 -0.155755 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1326040 3 0.4776 0.525147 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.4837 0.610604 0.000 0.648 0.004 0.348
#> SRR1398706 2 0.0188 0.845129 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1368794 2 0.3710 0.769235 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1392749 4 0.2814 0.793316 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR603968 3 0.2469 0.740039 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.4981 -0.113619 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1464281 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1384917 4 0.5147 -0.162987 0.000 0.460 0.004 0.536
#> SRR1435182 4 0.6138 0.519068 0.000 0.260 0.092 0.648
#> SRR1477569 1 0.4193 0.510174 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR602461 1 0.3400 0.659538 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1334338 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1354710 1 0.0188 0.826447 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR613510 3 0.3942 0.692324 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR663014 4 0.3569 0.713156 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1417960 4 0.0376 0.915666 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1474730 3 0.2704 0.739719 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1381269 2 0.1118 0.846808 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR657695 2 0.3945 0.749567 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR1357650 2 0.2944 0.825897 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1472237 2 0.4030 0.819187 0.000 0.836 0.092 0.072
#> SRR1470816 2 0.3791 0.763341 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1458358 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0921 0.816933 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1318998 3 0.2469 0.740411 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1392795 2 0.5028 0.526705 0.000 0.596 0.004 0.400
#> SRR1469859 1 0.0469 0.824772 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1378243 4 0.0188 0.919482 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1360587 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0707 0.819135 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1347667 3 0.4406 0.574548 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR608096 3 0.6492 0.616960 0.144 0.220 0.636 0.000
#> SRR665514 1 0.4477 0.420197 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1454522 3 0.3266 0.711516 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.5000 -0.229476 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR613186 3 0.2530 0.740005 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1343795 2 0.1302 0.846215 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1417766 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1420606 2 0.7957 0.142410 0.052 0.460 0.392 0.096
#> SRR1326687 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.2281 0.739305 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1309856 2 0.1211 0.847090 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1102756 4 0.4769 0.545585 0.000 0.308 0.008 0.684
#> SRR1366519 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1080438 2 0.3982 0.746078 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1391789 3 0.6127 0.615476 0.108 0.228 0.664 0.000
#> SRR1402195 1 0.1474 0.795155 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1429516 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406662 4 0.5105 -0.015609 0.000 0.432 0.004 0.564
#> SRR1333414 2 0.1389 0.846634 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1369030 2 0.0188 0.845129 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.3900 0.821908 0.000 0.844 0.072 0.084
#> SRR1455326 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.4605 0.626000 0.796 0.000 0.072 0.132
#> SRR1434568 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.3583 0.777848 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1402068 2 0.3870 0.758310 0.000 0.788 0.004 0.208
#> SRR1490076 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1435501 1 0.0817 0.818302 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1452491 2 0.6430 0.505022 0.000 0.596 0.092 0.312
#> SRR1397329 3 0.3975 0.651301 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0376 0.845308 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR608480 1 0.4961 -0.047253 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR598589 1 0.4543 0.372240 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0188 0.826339 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR812222 2 0.3732 0.826657 0.000 0.852 0.092 0.056
#> SRR815893 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455503 4 0.0469 0.913274 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR810737 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0817 0.905397 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1457872 4 0.5109 0.642928 0.000 0.212 0.052 0.736
#> SRR658481 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1332607 3 0.2345 0.740353 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.5517 0.725008 0.000 0.724 0.092 0.184
#> SRR1308674 2 0.4662 0.794618 0.000 0.796 0.092 0.112
#> SRR1338363 3 0.2408 0.740949 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1344271 2 0.2909 0.838476 0.000 0.888 0.092 0.020
#> SRR1321608 2 0.2081 0.842200 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1441464 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR607970 1 0.2281 0.754437 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1338171 2 0.3908 0.752454 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR604174 1 0.4624 0.325186 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.2281 0.739305 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR615970 3 0.2281 0.739305 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1370659 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1383125 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1331013 4 0.5363 0.626978 0.000 0.216 0.064 0.720
#> SRR1419638 3 0.4643 0.575753 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1434975 1 0.4998 -0.190880 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1445741 2 0.4677 0.667091 0.000 0.680 0.004 0.316
#> SRR1088142 1 0.5000 -0.214883 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR604206 1 0.4585 0.352167 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1358779 1 0.4941 -0.001694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.3908 0.752454 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1352234 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487807 4 0.3649 0.707053 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1489715 2 0.3308 0.836835 0.000 0.872 0.092 0.036
#> SRR1364780 3 0.2408 0.739519 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1460124 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR813915 2 0.4331 0.688010 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1409748 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0188 0.845129 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1316725 2 0.3870 0.755377 0.000 0.788 0.004 0.208
#> SRR1314851 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1406599 3 0.4985 0.320081 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1308696 3 0.4304 0.595869 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.4632 0.670424 0.000 0.688 0.004 0.308
#> SRR1366690 1 0.1022 0.814097 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1317707 2 0.1211 0.846505 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1339321 2 0.4072 0.697999 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1442487 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1069690 2 0.3982 0.745748 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1319344 3 0.6150 0.364007 0.060 0.360 0.580 0.000
#> SRR1332835 2 0.2909 0.838476 0.000 0.888 0.092 0.020
#> SRR1334694 2 0.5080 0.768084 0.000 0.764 0.092 0.144
#> SRR1478434 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0376 0.845308 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1313853 2 0.1302 0.846215 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR661192 1 0.4008 0.559216 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1384827 2 0.1902 0.846133 0.000 0.932 0.064 0.004
#> SRR814587 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.4500 0.392750 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1442273 2 0.1576 0.843347 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1407470 2 0.4605 0.797740 0.000 0.800 0.092 0.108
#> SRR1490289 2 0.4122 0.730138 0.000 0.760 0.004 0.236
#> SRR1093649 2 0.7474 0.626274 0.056 0.616 0.112 0.216
#> SRR1478900 1 0.1557 0.777586 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1447652 1 0.0188 0.826579 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1324545 2 0.3710 0.768361 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR2170537 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.2408 0.746765 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR615335 3 0.4992 0.296507 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1321505 1 0.1211 0.810232 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1457768 1 0.4948 -0.020066 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1340641 4 0.3837 0.659283 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR657903 1 0.1302 0.803654 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.4103 0.526182 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1472281 4 0.3688 0.702033 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1440445 3 0.2921 0.728585 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1088734 4 0.0817 0.905806 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1455607 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364695 1 0.3907 0.571011 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1348226 1 0.3726 0.605207 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.3870 0.755377 0.000 0.788 0.004 0.208
#> SRR1352213 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.4718 0.792408 0.000 0.792 0.092 0.116
#> SRR817825 3 0.5151 0.370453 0.464 0.004 0.532 0.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.2266 0.827879 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR1323512 4 0.6544 0.467890 0.000 0.284 0.112 0.604
#> SRR1325247 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351583 3 0.2345 0.739927 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1378131 4 0.4916 0.000441 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1325464 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1340280 3 0.3219 0.722337 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1455842 4 0.0336 0.916477 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1352619 3 0.2647 0.738763 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.5673 0.145463 0.024 0.448 0.528 0.000
#> SRR661120 1 0.5000 -0.227629 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR601613 1 0.4933 0.034027 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR811535 1 0.4564 0.369109 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0376 0.845475 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1375677 1 0.1211 0.809659 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1365700 2 0.3015 0.837881 0.000 0.884 0.092 0.024
#> SRR604122 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.2469 0.740427 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1397052 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1339921 1 0.4961 -0.030097 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR664743 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.1302 0.846215 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1355660 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.1118 0.807370 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.4746 0.536952 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.2760 0.738407 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1487233 2 0.3945 0.749235 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR662043 1 0.4761 0.251290 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1381211 2 0.0336 0.845908 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1379365 2 0.4509 0.691452 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR1384852 2 0.4718 0.792520 0.000 0.792 0.092 0.116
#> SRR1430357 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164847 3 0.4996 0.270783 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.2814 0.722211 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.2647 0.739915 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1316483 3 0.4961 0.378139 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR662749 1 0.0188 0.826472 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1342701 3 0.6671 0.347673 0.036 0.332 0.592 0.040
#> SRR1343653 4 0.6164 0.520771 0.000 0.264 0.092 0.644
#> SRR1336134 2 0.4220 0.730914 0.000 0.748 0.004 0.248
#> SRR654940 2 0.0657 0.845386 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1098288 2 0.0188 0.846077 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.3764 0.594717 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR615359 1 0.4981 -0.122327 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1075997 2 0.4605 0.797296 0.000 0.800 0.092 0.108
#> SRR1090483 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.4992 -0.149309 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1312482 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1430420 1 0.4967 -0.053405 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.4332 0.742939 0.000 0.800 0.160 0.040
#> SRR1442250 3 0.5113 0.675733 0.088 0.152 0.760 0.000
#> SRR1430679 2 0.4931 0.779130 0.000 0.776 0.092 0.132
#> SRR1311109 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478990 4 0.0188 0.919135 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1392434 4 0.1474 0.878223 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1085925 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.1867 0.777072 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1383937 2 0.2909 0.839905 0.000 0.888 0.092 0.020
#> SRR1315393 2 0.2216 0.842481 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1094506 3 0.3649 0.687902 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1330633 2 0.0592 0.846566 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1330153 1 0.0336 0.822971 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1451778 1 0.0336 0.823224 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR657089 3 0.4877 0.478942 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1395659 2 0.3908 0.752579 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1385716 3 0.4996 0.302103 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1466109 1 0.3764 0.605798 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1080977 3 0.2814 0.734904 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1441725 1 0.4941 0.015670 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1485078 2 0.3751 0.764713 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR661806 3 0.7518 0.446098 0.140 0.012 0.500 0.348
#> SRR1334919 1 0.4948 -0.052161 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR599249 1 0.4222 0.525109 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR810051 2 0.1888 0.848479 0.000 0.940 0.016 0.044
#> SRR1407202 1 0.1637 0.785752 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.4830 0.428099 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1369536 1 0.0469 0.824634 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1382508 3 0.4941 0.408286 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1405028 1 0.4661 0.299681 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR612719 3 0.4977 0.340524 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1340617 2 0.4547 0.800018 0.000 0.804 0.092 0.104
#> SRR1448183 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.1004 0.845467 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1361156 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.4985 -0.077330 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1477837 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.1940 0.772406 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1418946 1 0.5000 -0.230928 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1456567 4 0.1722 0.880353 0.000 0.048 0.008 0.944
#> SRR1487425 2 0.4401 0.712244 0.000 0.724 0.004 0.272
#> SRR1335627 2 0.3908 0.752579 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1327680 3 0.2647 0.738859 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1478812 2 0.4655 0.796608 0.000 0.796 0.088 0.116
#> SRR1447673 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815735 3 0.4998 0.259579 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1404251 2 0.3486 0.831517 0.000 0.864 0.092 0.044
#> SRR601645 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.4819 0.405435 0.004 0.000 0.344 0.652
#> SRR659983 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.3982 0.745748 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR614215 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1340441 3 0.4331 0.594988 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.2345 0.740353 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1452741 3 0.4999 0.247445 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1458484 1 0.1722 0.775163 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR1387091 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358017 3 0.4855 0.420059 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376539 3 0.2408 0.739519 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.3908 0.752579 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1434315 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR658457 1 0.4925 0.028659 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1367849 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.1118 0.810028 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.4103 0.526993 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1401446 3 0.4250 0.651674 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1398311 2 0.3870 0.755377 0.000 0.788 0.004 0.208
#> SRR1442149 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809137 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.2081 0.770659 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1414857 4 0.0779 0.909985 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1321225 3 0.4277 0.647431 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1069802 1 0.0336 0.822565 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1077643 3 0.7277 0.466379 0.360 0.156 0.484 0.000
#> SRR1334154 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.4773 0.790977 0.000 0.788 0.092 0.120
#> SRR1467612 2 0.3402 0.786635 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR1430133 2 0.4235 0.813148 0.000 0.824 0.092 0.084
#> SRR1468595 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1351931 3 0.2408 0.739519 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1374028 4 0.1557 0.880774 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1311243 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1385235 1 0.0469 0.824683 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1469638 1 0.5000 -0.229476 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.4164 0.661362 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1084892 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1416166 3 0.4998 0.258212 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1477015 1 0.1211 0.793782 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1380501 2 0.7835 0.226743 0.000 0.396 0.336 0.268
#> SRR1446156 2 0.3982 0.749122 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1488328 2 0.2401 0.840502 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR1086889 2 0.2216 0.840616 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR814611 1 0.4605 0.348678 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR599086 1 0.4406 0.444419 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1086844 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1464535 4 0.6693 -0.116053 0.088 0.000 0.424 0.488
#> SRR807877 2 0.1661 0.845459 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1477033 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.4605 0.797296 0.000 0.800 0.092 0.108
#> SRR601986 3 0.4843 0.494880 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1446226 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR659637 3 0.4817 0.505506 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR600474 1 0.4843 0.175350 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.4994 0.283790 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.2530 0.739742 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1385364 3 0.4828 0.578783 0.032 0.020 0.788 0.160
#> SRR1478149 3 0.2281 0.739305 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399990 3 0.4697 0.556047 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1434093 3 0.4898 0.449480 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1341408 2 0.1302 0.846215 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR612335 1 0.4546 0.504412 0.732 0.000 0.256 0.012
#> SRR1321420 1 0.0336 0.825478 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329177 1 0.4164 0.444604 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1398371 2 0.4972 0.428960 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR614996 3 0.4994 0.283790 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1431602 2 0.3945 0.749235 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR1311509 1 0.1118 0.801662 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1507229 3 0.3172 0.722658 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1310373 3 0.2345 0.739927 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469591 3 0.4967 0.384806 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1392813 2 0.1302 0.846215 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1453026 2 0.0188 0.845129 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1388105 4 0.0000 0.921845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.827206 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.2345 0.740353 0.100 0.000 0.900 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.3684 0.58885 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0510 0.86215 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0794 0.82170 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1381693 1 0.0162 0.86264 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.5854 0.61198 0.152 0.000 0.596 0.000 0.252
#> SRR1442648 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1486174 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1349433 2 0.5547 0.46743 0.000 0.644 0.000 0.208 0.148
#> SRR1321283 1 0.6627 -0.07578 0.452 0.000 0.296 0.000 0.252
#> SRR1387702 1 0.0162 0.86293 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.4268 -0.33054 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1406265 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 4 0.2890 0.78804 0.000 0.004 0.000 0.836 0.160
#> SRR657492 1 0.1965 0.82607 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.3949 0.60171 0.300 0.000 0.696 0.000 0.004
#> SRR818530 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR817563 5 0.4297 0.61562 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR613462 3 0.4015 0.49599 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454136 2 0.4088 0.58561 0.000 0.776 0.000 0.056 0.168
#> SRR1380785 2 0.4101 0.28715 0.000 0.664 0.000 0.004 0.332
#> SRR612875 3 0.3508 0.62552 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR808327 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1355194 3 0.4390 0.14115 0.000 0.428 0.568 0.004 0.000
#> SRR1408227 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1086304 3 0.2409 0.70655 0.032 0.000 0.900 0.000 0.068
#> SRR1080415 1 0.0290 0.86293 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0703 0.83414 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1084965 1 0.1043 0.85707 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.1608 0.68729 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR602437 1 0.4015 0.41236 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0290 0.86332 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0404 0.86271 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.2471 0.69066 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1479263 5 0.4227 0.71241 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1409641 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.1270 0.85275 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.1544 0.84563 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1345827 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1367456 3 0.3995 0.62566 0.044 0.180 0.776 0.000 0.000
#> SRR1072650 1 0.0162 0.86264 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0290 0.84069 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1087197 3 0.4235 0.32897 0.424 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1383960 3 0.3305 0.65025 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR600924 1 0.4219 0.24834 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR662390 3 0.3636 0.59955 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0703 0.86016 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.1270 0.84876 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0794 0.71080 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR598148 3 0.3983 0.51977 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1444390 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.3508 0.65303 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1389777 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.4696 0.53290 0.172 0.740 0.084 0.004 0.000
#> SRR1468682 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.2648 0.69202 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1343859 1 0.6232 -0.00560 0.492 0.000 0.356 0.000 0.152
#> SRR1075631 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479286 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.1043 0.71442 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.2605 0.66950 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1456693 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.83949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658331 3 0.1908 0.70917 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR810619 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR600829 3 0.3242 0.65559 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0404 0.86275 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.5087 0.49310 0.292 0.000 0.644 0.000 0.064
#> SRR1318662 5 0.3857 0.84177 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1408657 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 3 0.4030 0.46996 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0404 0.86316 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.3783 0.65254 0.008 0.000 0.740 0.000 0.252
#> SRR1352111 1 0.1908 0.82744 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.1608 0.68729 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1437208 5 0.4000 0.86402 0.000 0.228 0.000 0.024 0.748
#> SRR1444914 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.3752 0.29409 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1093269 2 0.0000 0.83949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.6714 0.31187 0.344 0.000 0.404 0.000 0.252
#> SRR657456 3 0.3890 0.65531 0.012 0.000 0.736 0.000 0.252
#> SRR807727 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.1043 0.85707 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.3872 0.63696 0.008 0.116 0.816 0.000 0.060
#> SRR813728 2 0.0290 0.83588 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1394520 1 0.1792 0.83488 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1308200 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1432366 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 3 0.4304 0.16241 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1405593 3 0.4219 0.33312 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR1326040 3 0.3210 0.65915 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0609 0.86212 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.2690 0.71857 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.83949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.83949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392749 4 0.2966 0.75381 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR603968 3 0.4404 0.64782 0.036 0.000 0.712 0.000 0.252
#> SRR815661 1 0.0703 0.85884 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0510 0.86215 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR663705 3 0.4171 0.41401 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1464281 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1400397 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0290 0.86320 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1439958 5 0.3534 0.88917 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1384917 2 0.3561 0.59276 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1435182 5 0.3878 0.57134 0.000 0.016 0.000 0.236 0.748
#> SRR1477569 1 0.3857 0.49640 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.3661 0.59890 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.1341 0.85149 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0880 0.86012 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.2280 0.71025 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR663014 4 0.3796 0.57989 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1417960 4 0.0162 0.95010 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1474730 3 0.3012 0.70411 0.036 0.000 0.860 0.000 0.104
#> SRR1381269 5 0.4305 0.57877 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR657695 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357650 2 0.2233 0.77213 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR1472237 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1470816 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.1732 0.84034 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.4167 0.65205 0.024 0.000 0.724 0.000 0.252
#> SRR1392795 2 0.3274 0.64169 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1469859 1 0.1270 0.85335 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.2561 0.80932 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.1671 0.83109 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.6231 0.52303 0.204 0.000 0.544 0.000 0.252
#> SRR608096 3 0.3854 0.69296 0.100 0.080 0.816 0.000 0.004
#> SRR665514 1 0.4201 0.28584 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.4980 0.63958 0.072 0.000 0.676 0.000 0.252
#> SRR1419615 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 3 0.3561 0.61493 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.4615 0.64708 0.048 0.000 0.700 0.000 0.252
#> SRR1343795 5 0.4291 0.63240 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1417766 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1420606 3 0.4704 0.53570 0.000 0.192 0.736 0.064 0.008
#> SRR1326687 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.1608 0.68729 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1309856 2 0.4307 -0.56508 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1102756 4 0.5213 0.42232 0.000 0.076 0.000 0.640 0.284
#> SRR1366519 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1080438 2 0.0404 0.83803 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1391789 3 0.3211 0.62538 0.008 0.004 0.824 0.000 0.164
#> SRR1402195 1 0.2074 0.80781 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1429516 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 2 0.4127 0.52007 0.000 0.680 0.000 0.312 0.008
#> SRR1333414 5 0.4262 0.67441 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1369030 2 0.0000 0.83949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0510 0.86216 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.4297 0.39650 0.000 0.692 0.000 0.020 0.288
#> SRR1455326 1 0.0794 0.85982 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.5664 0.45516 0.632 0.000 0.168 0.200 0.000
#> SRR1434568 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1402068 2 0.0771 0.83544 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1490076 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1435501 1 0.2230 0.81723 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1452491 5 0.4270 0.83161 0.000 0.204 0.000 0.048 0.748
#> SRR1397329 3 0.5748 0.59664 0.140 0.000 0.608 0.000 0.252
#> SRR1093243 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.1043 0.81302 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR608480 1 0.4304 -0.05191 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.3932 0.43381 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0609 0.86224 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0162 0.86266 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR812222 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR815893 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0290 0.94788 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR810737 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0162 0.86293 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.1197 0.91342 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1457872 5 0.4383 0.19442 0.000 0.004 0.000 0.424 0.572
#> SRR658481 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0794 0.85982 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0510 0.69694 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR656433 1 0.0162 0.86284 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1420811 5 0.3728 0.88328 0.000 0.244 0.000 0.008 0.748
#> SRR1308674 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1338363 3 0.3783 0.65828 0.008 0.000 0.740 0.000 0.252
#> SRR1344271 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1321608 5 0.3661 0.87533 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1441464 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR607970 1 0.2813 0.75017 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0290 0.84069 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR604174 1 0.4305 -0.11817 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0162 0.86293 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.1608 0.68729 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR615970 3 0.3461 0.66164 0.004 0.000 0.772 0.000 0.224
#> SRR1370659 1 0.0794 0.85982 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.1270 0.85275 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.4251 0.42614 0.000 0.004 0.000 0.624 0.372
#> SRR1419638 3 0.2732 0.69025 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1434975 3 0.5263 0.62686 0.176 0.144 0.680 0.000 0.000
#> SRR1445741 2 0.2798 0.72838 0.000 0.852 0.000 0.140 0.008
#> SRR1088142 3 0.3612 0.60817 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.4030 0.37138 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.6581 -0.00519 0.468 0.000 0.280 0.000 0.252
#> SRR1473142 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1352234 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.0324 0.94757 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1489715 5 0.3730 0.85951 0.000 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1364780 3 0.3988 0.65125 0.016 0.000 0.732 0.000 0.252
#> SRR1460124 1 0.0703 0.86016 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.5734 0.11470 0.000 0.472 0.000 0.444 0.084
#> SRR1409748 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0290 0.86320 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.83949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314851 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.1043 0.85707 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.3336 0.64687 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.6128 0.54204 0.188 0.000 0.560 0.000 0.252
#> SRR808772 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.2416 0.77007 0.000 0.888 0.000 0.100 0.012
#> SRR1366690 1 0.2377 0.80730 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1317707 5 0.4294 0.62466 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1339321 2 0.3895 0.50947 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1442487 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1069690 2 0.0290 0.84008 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1319344 2 0.4088 0.52901 0.004 0.712 0.276 0.000 0.008
#> SRR1332835 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1334694 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1478434 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.83949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 5 0.4283 0.64728 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR661192 1 0.3966 0.46662 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1384827 5 0.4101 0.77310 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR814587 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0162 0.86264 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.4278 0.06452 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.2511 0.76700 0.000 0.892 0.000 0.028 0.080
#> SRR1407470 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1490289 2 0.0609 0.83562 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1093649 2 0.3559 0.65153 0.012 0.804 0.176 0.008 0.000
#> SRR1478900 1 0.2790 0.78781 0.880 0.000 0.068 0.000 0.052
#> SRR1447652 1 0.0963 0.86053 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.2230 0.79121 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR615335 3 0.3508 0.62340 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.2516 0.79747 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.6510 0.02390 0.488 0.000 0.260 0.000 0.252
#> SRR1340641 4 0.3143 0.69947 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR657903 1 0.2074 0.80950 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0162 0.86264 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0162 0.86293 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.3774 0.50787 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.0162 0.95103 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1440445 3 0.3090 0.69075 0.040 0.000 0.856 0.000 0.104
#> SRR1088734 4 0.2424 0.82387 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 1 0.2690 0.76727 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.3999 0.43762 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0963 0.85629 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1352213 1 0.0510 0.86215 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR817825 3 0.5163 0.63184 0.156 0.152 0.692 0.000 0.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1323512 5 0.7529 0.32087 0.000 0.056 0.264 0.232 0.448
#> SRR1325247 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.3890 0.65313 0.012 0.000 0.736 0.000 0.252
#> SRR1437454 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.1197 0.85416 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.3837 0.53498 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1325464 1 0.1043 0.85707 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.5240 0.66108 0.092 0.000 0.656 0.000 0.252
#> SRR1455842 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.4547 0.65037 0.044 0.000 0.704 0.000 0.252
#> SRR1076779 1 0.0162 0.86264 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.4135 0.46109 0.004 0.656 0.340 0.000 0.000
#> SRR661120 3 0.3684 0.59036 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR601613 3 0.4305 0.10796 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.4192 0.25351 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.83949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.2329 0.80682 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1365700 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR604122 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.4329 0.65056 0.032 0.000 0.716 0.000 0.252
#> SRR1397052 1 0.1908 0.83000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1339921 3 0.4304 0.12087 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 5 0.4291 0.63240 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1355660 1 0.1121 0.85604 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0963 0.85113 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.3039 0.67069 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0510 0.86215 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.4329 0.66017 0.032 0.000 0.716 0.000 0.252
#> SRR1487233 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR662043 1 0.4201 0.27414 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0404 0.83523 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1379365 2 0.2377 0.75075 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1384852 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1430357 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 3 0.4029 0.63782 0.232 0.000 0.744 0.000 0.024
#> SRR807901 1 0.0162 0.86264 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.1043 0.85707 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0162 0.86314 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.2966 0.72853 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.4477 0.65310 0.040 0.000 0.708 0.000 0.252
#> SRR1316483 3 0.3452 0.63608 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.4865 0.25676 0.000 0.552 0.428 0.012 0.008
#> SRR1343653 5 0.3635 0.55546 0.000 0.004 0.000 0.248 0.748
#> SRR1336134 2 0.0794 0.83170 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.83949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.1197 0.80561 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1326343 1 0.0794 0.85623 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.3661 0.57694 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR615359 3 0.4015 0.51163 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1075997 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1090483 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 3 0.3932 0.52093 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR1312482 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1430420 1 0.6680 -0.13227 0.428 0.000 0.320 0.000 0.252
#> SRR1387475 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.1331 0.82177 0.000 0.952 0.008 0.040 0.000
#> SRR1442250 3 0.2813 0.61920 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1430679 5 0.3635 0.88777 0.000 0.248 0.000 0.004 0.748
#> SRR1311109 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 4 0.2424 0.82211 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.2690 0.76541 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1383937 5 0.3561 0.88562 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1315393 5 0.3707 0.86312 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1094506 3 0.5635 0.61438 0.128 0.000 0.620 0.000 0.252
#> SRR1330633 2 0.3424 0.41889 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1330153 1 0.1608 0.83556 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0880 0.85614 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR657089 3 0.3210 0.67584 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1385716 3 0.4638 0.47947 0.324 0.000 0.648 0.000 0.028
#> SRR1466109 1 0.4101 0.38785 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.4547 0.65454 0.044 0.000 0.704 0.000 0.252
#> SRR1441725 3 0.4030 0.47049 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR661806 3 0.5659 0.65711 0.060 0.036 0.744 0.092 0.068
#> SRR1334919 3 0.4443 0.19234 0.472 0.000 0.524 0.000 0.004
#> SRR599249 1 0.4520 0.50513 0.684 0.000 0.284 0.000 0.032
#> SRR810051 5 0.5650 0.53736 0.000 0.460 0.000 0.076 0.464
#> SRR1407202 1 0.2648 0.77786 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0162 0.86248 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.6673 0.36358 0.316 0.000 0.432 0.000 0.252
#> SRR1369536 1 0.1341 0.85150 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.3452 0.63628 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.4182 0.31465 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR612719 3 0.3305 0.65406 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1340617 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1448183 1 0.0963 0.85873 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.2690 0.66218 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1361156 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0290 0.86320 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.6300 -0.17483 0.428 0.000 0.420 0.000 0.152
#> SRR1477837 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607252 1 0.2471 0.77505 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.3661 0.59547 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1456567 4 0.1894 0.88676 0.000 0.008 0.000 0.920 0.072
#> SRR1487425 2 0.3143 0.65336 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1335627 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327680 3 0.4681 0.64675 0.052 0.000 0.696 0.000 0.252
#> SRR1478812 5 0.3774 0.85115 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1447673 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 3 0.3534 0.61965 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1404251 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR601645 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.3424 0.62423 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0290 0.84008 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614215 1 0.0290 0.86236 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 5 0.3534 0.88917 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1340441 3 0.6278 0.52538 0.212 0.000 0.536 0.000 0.252
#> SRR1317428 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.1571 0.69199 0.004 0.000 0.936 0.000 0.060
#> SRR1452741 3 0.3684 0.60506 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.1661 0.84400 0.940 0.000 0.036 0.024 0.000
#> SRR1387091 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.6700 0.34750 0.332 0.000 0.416 0.000 0.252
#> SRR1457039 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.4329 0.64765 0.032 0.000 0.716 0.000 0.252
#> SRR1430639 1 0.0162 0.86264 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434315 1 0.0963 0.85840 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR658457 3 0.4219 0.39491 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR1367849 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.2179 0.82024 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.3966 0.46029 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.2179 0.70500 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1442149 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.1121 0.85586 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.2074 0.81102 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0162 0.95115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1321225 3 0.1671 0.71104 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0693 0.86185 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1077643 3 0.4808 0.62820 0.108 0.168 0.724 0.000 0.000
#> SRR1334154 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1467612 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430133 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1468595 1 0.0794 0.85998 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.3783 0.65254 0.008 0.000 0.740 0.000 0.252
#> SRR1374028 4 0.4287 0.14806 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1311243 1 0.1121 0.85604 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.1410 0.85012 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1469638 3 0.3561 0.61493 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.2707 0.71325 0.100 0.000 0.876 0.000 0.024
#> SRR1084892 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1416166 3 0.3561 0.61623 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.2193 0.81397 0.912 0.000 0.028 0.000 0.060
#> SRR1380501 3 0.7965 0.11368 0.000 0.108 0.404 0.300 0.188
#> SRR1446156 2 0.1300 0.82445 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1488328 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1086889 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR814611 1 0.4161 0.28871 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.4060 0.40077 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0794 0.85998 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1464535 3 0.4450 0.07467 0.004 0.000 0.508 0.488 0.000
#> SRR807877 2 0.1549 0.81410 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040
#> SRR1477033 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 5 0.3508 0.89165 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR601986 3 0.3424 0.63957 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.1043 0.85707 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.4096 0.67023 0.176 0.000 0.772 0.000 0.052
#> SRR600474 1 0.4294 0.07131 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0794 0.86118 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.3508 0.62340 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.1341 0.84944 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.4477 0.64738 0.040 0.000 0.708 0.000 0.252
#> SRR1385364 3 0.6194 0.56774 0.000 0.032 0.608 0.104 0.256
#> SRR1478149 3 0.3508 0.65303 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1384413 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.3003 0.67459 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1434093 3 0.3210 0.66189 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1341408 5 0.4291 0.63240 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR612335 1 0.4029 0.45210 0.680 0.000 0.316 0.004 0.000
#> SRR1321420 1 0.0794 0.86045 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.5844 0.34919 0.608 0.000 0.184 0.000 0.208
#> SRR1398371 4 0.4242 0.12379 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR614996 3 0.3508 0.62340 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0162 0.84141 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311509 1 0.2233 0.80617 0.892 0.000 0.104 0.000 0.004
#> SRR1507229 3 0.5336 0.63261 0.100 0.000 0.648 0.000 0.252
#> SRR1310373 3 0.3662 0.65351 0.004 0.000 0.744 0.000 0.252
#> SRR1408072 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.3661 0.62471 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1392813 5 0.4268 0.66821 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1453026 2 0.0000 0.83949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388105 4 0.0000 0.95400 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.86232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0290 0.70023 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 6 0.3860 0.1849 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1468613 1 0.0865 0.8600 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR815184 5 0.1148 0.8805 0.000 0.020 0.016 0.000 0.960 0.004
#> SRR1381693 1 0.0146 0.8618 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467904 3 0.1082 0.8669 0.040 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442648 5 0.0508 0.8891 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 5 0.4969 0.6400 0.000 0.156 0.000 0.196 0.648 0.000
#> SRR1321283 3 0.1411 0.8529 0.060 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387702 1 0.0146 0.8620 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1435584 2 0.3668 0.5415 0.000 0.668 0.004 0.000 0.328 0.000
#> SRR1406265 1 0.0363 0.8635 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0551 0.9500 0.000 0.000 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR1397180 4 0.2631 0.7657 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.3854 -0.0407 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR662665 6 0.5837 0.2928 0.352 0.000 0.196 0.000 0.000 0.452
#> SRR818530 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 2 0.3516 0.7359 0.000 0.760 0.016 0.000 0.220 0.004
#> SRR613462 6 0.3684 0.5215 0.332 0.000 0.004 0.000 0.000 0.664
#> SRR1405206 5 0.0603 0.8886 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1454136 5 0.4289 0.6872 0.000 0.192 0.012 0.052 0.740 0.004
#> SRR1380785 5 0.3695 0.4696 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR612875 6 0.2571 0.7290 0.060 0.000 0.064 0.000 0.000 0.876
#> SRR808327 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 5 0.6088 -0.1637 0.000 0.000 0.356 0.000 0.368 0.276
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.4002 0.5929 0.020 0.000 0.660 0.000 0.000 0.320
#> SRR1080415 1 0.0146 0.8618 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1086140 5 0.0508 0.8886 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR1084965 1 0.1007 0.8576 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1310563 3 0.3390 0.6425 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR602437 6 0.3804 0.3279 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR663404 1 0.0790 0.8618 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1337238 1 0.0458 0.8637 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1360442 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 5 0.2597 0.7459 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1479263 2 0.2597 0.8041 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1409641 1 0.0146 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442686 1 0.1556 0.8393 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1345736 1 0.1501 0.8419 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 6 0.5233 0.5752 0.036 0.000 0.092 0.000 0.208 0.664
#> SRR1072650 1 0.0547 0.8633 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1446393 5 0.0146 0.8900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1087197 6 0.4911 0.2840 0.412 0.000 0.064 0.000 0.000 0.524
#> SRR1383960 6 0.2554 0.7219 0.048 0.000 0.076 0.000 0.000 0.876
#> SRR600924 6 0.3508 0.5374 0.292 0.000 0.004 0.000 0.000 0.704
#> SRR662390 6 0.2629 0.7380 0.092 0.000 0.040 0.000 0.000 0.868
#> SRR1071692 1 0.0146 0.8618 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR658421 1 0.1387 0.8456 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1352936 6 0.2581 0.6825 0.016 0.000 0.128 0.000 0.000 0.856
#> SRR598148 6 0.1789 0.6869 0.032 0.000 0.044 0.000 0.000 0.924
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.1663 0.8490 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1389777 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 5 0.4012 0.6287 0.176 0.000 0.000 0.000 0.748 0.076
#> SRR1468682 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490505 5 0.2378 0.7921 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1343859 3 0.3076 0.6011 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444954 5 0.0508 0.8893 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381524 6 0.2432 0.7033 0.024 0.000 0.100 0.000 0.000 0.876
#> SRR1392208 5 0.3570 0.6598 0.000 0.228 0.016 0.000 0.752 0.004
#> SRR1456693 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 5 0.0146 0.8900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR658331 6 0.0508 0.6956 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
#> SRR810619 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 6 0.0260 0.6960 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR599380 1 0.0865 0.8599 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1337388 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0363 0.8635 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1489693 3 0.4146 0.6334 0.036 0.000 0.676 0.000 0.000 0.288
#> SRR1318662 2 0.1644 0.8837 0.000 0.932 0.012 0.000 0.052 0.004
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661337 6 0.2668 0.7288 0.168 0.000 0.004 0.000 0.000 0.828
#> SRR601239 1 0.0790 0.8618 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1468995 3 0.1082 0.8779 0.004 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040
#> SRR1352111 1 0.1610 0.8370 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.3446 0.6279 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0547 0.8631 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR660756 5 0.4025 0.5074 0.000 0.312 0.016 0.000 0.668 0.004
#> SRR1093269 5 0.0405 0.8896 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1341456 3 0.0777 0.8786 0.024 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004
#> SRR657456 3 0.1644 0.8544 0.004 0.000 0.920 0.000 0.000 0.076
#> SRR807727 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816358 1 0.1204 0.8533 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR658283 6 0.0520 0.6930 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000 0.984
#> SRR813728 5 0.0748 0.8875 0.000 0.004 0.016 0.000 0.976 0.004
#> SRR1394520 1 0.1663 0.8355 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.3864 0.0156 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1405593 6 0.4066 0.6295 0.272 0.000 0.036 0.000 0.000 0.692
#> SRR1326040 6 0.2510 0.7050 0.028 0.000 0.100 0.000 0.000 0.872
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.1007 0.8576 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1488632 5 0.2260 0.8074 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1398706 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368794 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392749 4 0.2920 0.7669 0.000 0.000 0.008 0.820 0.168 0.004
#> SRR603968 3 0.1049 0.8787 0.008 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032
#> SRR815661 1 0.2912 0.6295 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR663100 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0937 0.8584 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR663705 6 0.2431 0.7069 0.132 0.000 0.008 0.000 0.000 0.860
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0790 0.8614 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1439958 2 0.0146 0.9142 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1384917 5 0.2883 0.7270 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.2912 0.6963 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR602461 6 0.3528 0.5282 0.296 0.000 0.004 0.000 0.000 0.700
#> SRR1334338 1 0.1663 0.8339 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1354710 1 0.1007 0.8576 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR613510 6 0.3953 0.6037 0.060 0.000 0.196 0.000 0.000 0.744
#> SRR663014 4 0.3828 0.5790 0.000 0.000 0.012 0.696 0.288 0.004
#> SRR1417960 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.4131 0.5116 0.020 0.000 0.624 0.000 0.000 0.356
#> SRR1381269 2 0.3570 0.7253 0.000 0.752 0.016 0.000 0.228 0.004
#> SRR657695 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 5 0.1644 0.8552 0.000 0.004 0.000 0.076 0.920 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470816 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.2003 0.8142 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1318998 3 0.0692 0.8840 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1392795 5 0.2762 0.7493 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1469859 1 0.1556 0.8396 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1378243 4 0.2454 0.7890 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604230 1 0.3804 0.0881 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1347667 3 0.0603 0.8833 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR608096 6 0.2092 0.6758 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR665514 6 0.3489 0.5384 0.288 0.000 0.004 0.000 0.000 0.708
#> SRR1454522 3 0.0603 0.8833 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433684 6 0.3766 0.6768 0.212 0.000 0.040 0.000 0.000 0.748
#> SRR613186 3 0.0725 0.8837 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1343795 2 0.3370 0.7499 0.000 0.772 0.012 0.000 0.212 0.004
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 6 0.4946 0.4410 0.000 0.004 0.252 0.012 0.072 0.660
#> SRR1326687 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.3515 0.6070 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1309856 2 0.3151 0.7208 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1102756 2 0.3868 0.0513 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 5 0.0508 0.8891 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1391789 6 0.2191 0.6810 0.004 0.000 0.120 0.000 0.000 0.876
#> SRR1402195 1 0.3727 0.2233 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1429516 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406662 5 0.2882 0.7630 0.000 0.008 0.000 0.180 0.812 0.000
#> SRR1333414 2 0.3056 0.7825 0.000 0.804 0.008 0.000 0.184 0.004
#> SRR1369030 5 0.0405 0.8896 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1342916 1 0.0260 0.8622 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1362824 5 0.3895 0.6236 0.000 0.284 0.004 0.016 0.696 0.000
#> SRR1455326 1 0.0260 0.8623 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.5713 0.0630 0.496 0.000 0.004 0.152 0.000 0.348
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473505 5 0.0508 0.8893 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1402068 5 0.0653 0.8881 0.000 0.004 0.004 0.012 0.980 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.3288 0.5929 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0632 0.8824 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1093243 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418390 5 0.1007 0.8714 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR608480 6 0.3468 0.5507 0.284 0.000 0.004 0.000 0.000 0.712
#> SRR598589 6 0.3867 0.2245 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR601868 1 0.1007 0.8585 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR607313 1 0.0458 0.8639 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR812222 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0260 0.9535 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0146 0.8620 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443182 4 0.1204 0.9123 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1457872 2 0.2491 0.7771 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0547 0.8635 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1332607 6 0.3843 -0.0403 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR656433 1 0.0146 0.8627 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.2595 0.7783 0.004 0.000 0.836 0.000 0.000 0.160
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0865 0.9012 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1441464 2 0.0146 0.9145 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 6 0.3668 0.4758 0.328 0.000 0.004 0.000 0.000 0.668
#> SRR1338171 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604174 6 0.3390 0.6461 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1345221 1 0.0146 0.8620 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR815517 3 0.3390 0.6432 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR615970 3 0.2703 0.7795 0.004 0.000 0.824 0.000 0.000 0.172
#> SRR1370659 1 0.0458 0.8622 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1383125 1 0.1910 0.8220 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1331013 4 0.3852 0.3742 0.000 0.384 0.000 0.612 0.004 0.000
#> SRR1419638 6 0.3979 0.5298 0.036 0.000 0.256 0.000 0.000 0.708
#> SRR1434975 6 0.3266 0.7334 0.132 0.000 0.008 0.000 0.036 0.824
#> SRR1445741 5 0.2513 0.8077 0.000 0.008 0.000 0.140 0.852 0.000
#> SRR1088142 6 0.3240 0.7229 0.148 0.000 0.040 0.000 0.000 0.812
#> SRR604206 6 0.3860 0.2632 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1358779 3 0.1757 0.8292 0.076 0.000 0.916 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410334 5 0.0146 0.8900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0632 0.9033 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1364780 3 0.0547 0.8822 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1460124 1 0.0146 0.8618 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR813915 4 0.5403 0.5058 0.000 0.112 0.016 0.628 0.240 0.004
#> SRR1409748 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0713 0.8622 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1436490 5 0.0603 0.8886 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1316725 5 0.0603 0.8886 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1314851 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.1075 0.8565 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1406599 6 0.2527 0.7164 0.040 0.000 0.084 0.000 0.000 0.876
#> SRR1308696 3 0.0725 0.8829 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR808772 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 5 0.1858 0.8517 0.000 0.012 0.000 0.076 0.912 0.000
#> SRR1366690 1 0.3810 0.1939 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1317707 2 0.3430 0.7503 0.000 0.772 0.016 0.000 0.208 0.004
#> SRR1339321 5 0.3446 0.5898 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 5 0.0603 0.8886 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1319344 5 0.4009 0.4335 0.004 0.000 0.356 0.000 0.632 0.008
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479933 5 0.0508 0.8893 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1313853 2 0.2730 0.7812 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR661192 1 0.3383 0.6102 0.728 0.000 0.004 0.000 0.000 0.268
#> SRR1384827 2 0.2092 0.8411 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR814587 4 0.0260 0.9544 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0146 0.8618 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317305 1 0.3584 0.5000 0.688 0.000 0.004 0.000 0.000 0.308
#> SRR1442273 5 0.2009 0.8506 0.000 0.068 0.000 0.024 0.908 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 5 0.0146 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1093649 5 0.2879 0.7418 0.004 0.000 0.176 0.000 0.816 0.004
#> SRR1478900 1 0.2618 0.8059 0.872 0.000 0.076 0.000 0.000 0.052
#> SRR1447652 1 0.1204 0.8534 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1324545 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0632 0.8626 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR602106 1 0.2003 0.8030 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR615335 6 0.2527 0.7369 0.084 0.000 0.040 0.000 0.000 0.876
#> SRR1321505 1 0.3819 0.3715 0.624 0.000 0.004 0.000 0.000 0.372
#> SRR1457768 3 0.1610 0.8262 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.3076 0.6528 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR657903 1 0.3737 0.2154 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1403458 1 0.0260 0.8628 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1460073 1 0.0260 0.8625 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441850 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613759 1 0.3810 0.1731 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1472281 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.3230 0.7361 0.012 0.000 0.776 0.000 0.000 0.212
#> SRR1088734 4 0.2664 0.7566 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364695 1 0.0937 0.8608 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1348226 1 0.4592 -0.0803 0.496 0.000 0.036 0.000 0.000 0.468
#> SRR1313560 1 0.2260 0.7499 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1092889 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352213 1 0.0458 0.8634 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2185233 1 0.0146 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353970 1 0.0146 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662641 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 6 0.6905 0.1292 0.068 0.000 0.332 0.000 0.200 0.400
#> SRR660366 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.6340 0.4085 0.000 0.512 0.004 0.176 0.032 0.276
#> SRR1325247 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0603 0.8833 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1437454 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0405 0.9517 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1322395 1 0.1556 0.8388 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1378131 5 0.3151 0.6777 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR1325464 1 0.1204 0.8533 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1340280 3 0.1720 0.8624 0.040 0.000 0.928 0.000 0.000 0.032
#> SRR1455842 4 0.0146 0.9567 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1352619 3 0.1151 0.8796 0.012 0.000 0.956 0.000 0.000 0.032
#> SRR1076779 1 0.0146 0.8618 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662763 6 0.3923 0.2671 0.000 0.000 0.008 0.000 0.372 0.620
#> SRR661120 6 0.0405 0.6986 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR601613 6 0.4078 0.5560 0.320 0.000 0.024 0.000 0.000 0.656
#> SRR811535 6 0.3528 0.5301 0.296 0.000 0.004 0.000 0.000 0.700
#> SRR820316 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 5 0.0405 0.8896 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1375677 1 0.3995 -0.1024 0.516 0.000 0.004 0.000 0.000 0.480
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0717 0.8840 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1397052 1 0.3747 0.2272 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1339921 6 0.4470 0.4851 0.356 0.000 0.040 0.000 0.000 0.604
#> SRR664743 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.3341 0.7534 0.000 0.776 0.012 0.000 0.208 0.004
#> SRR1355660 1 0.1141 0.8555 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1481012 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0865 0.8508 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1400889 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 6 0.2092 0.6758 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR656288 1 0.0865 0.8600 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1405886 3 0.1745 0.8580 0.012 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068
#> SRR1487233 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662043 6 0.3489 0.5440 0.288 0.000 0.004 0.000 0.000 0.708
#> SRR1381211 5 0.0363 0.8878 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1379365 5 0.2003 0.8290 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164847 6 0.2527 0.7369 0.084 0.000 0.040 0.000 0.000 0.876
#> SRR807901 1 0.0146 0.8618 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR816064 1 0.1007 0.8576 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR810507 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.2558 0.7641 0.840 0.000 0.004 0.000 0.000 0.156
#> SRR1349893 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0717 0.8840 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1316483 6 0.2527 0.7167 0.040 0.000 0.084 0.000 0.000 0.876
#> SRR662749 1 0.0547 0.8631 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1342701 5 0.4238 0.4512 0.000 0.000 0.340 0.008 0.636 0.016
#> SRR1343653 2 0.0508 0.9098 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336134 5 0.0790 0.8818 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR654940 5 0.0146 0.8900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1098288 5 0.1982 0.8495 0.000 0.068 0.016 0.000 0.912 0.004
#> SRR1326343 1 0.1610 0.8087 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR811145 1 0.2941 0.6913 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR615359 6 0.0858 0.7089 0.028 0.000 0.004 0.000 0.000 0.968
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388698 6 0.2907 0.7337 0.152 0.000 0.020 0.000 0.000 0.828
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0790 0.8733 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0146 0.9569 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1388419 5 0.0790 0.8810 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1442250 6 0.5227 0.4228 0.000 0.000 0.252 0.000 0.148 0.600
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.0436 0.9525 0.000 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1392434 4 0.3607 0.4081 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 6 0.3636 0.4872 0.320 0.000 0.004 0.000 0.000 0.676
#> SRR1383937 2 0.0146 0.9140 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1315393 2 0.0547 0.9052 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1094506 3 0.0725 0.8837 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1330633 5 0.3782 0.1849 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1330153 1 0.3659 0.2935 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1451778 1 0.3217 0.6051 0.768 0.000 0.008 0.000 0.000 0.224
#> SRR657089 6 0.0993 0.7013 0.024 0.000 0.012 0.000 0.000 0.964
#> SRR1395659 5 0.0508 0.8891 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1385716 3 0.5257 0.3370 0.104 0.000 0.524 0.000 0.000 0.372
#> SRR1466109 6 0.3969 0.5729 0.312 0.000 0.020 0.000 0.000 0.668
#> SRR1080977 3 0.0717 0.8840 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1441725 6 0.2442 0.7351 0.144 0.000 0.004 0.000 0.000 0.852
#> SRR1485078 5 0.0603 0.8886 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR661806 6 0.0520 0.6930 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000 0.984
#> SRR1334919 1 0.5404 -0.0502 0.480 0.000 0.116 0.000 0.000 0.404
#> SRR599249 1 0.5610 0.1856 0.516 0.000 0.316 0.000 0.000 0.168
#> SRR810051 2 0.4654 0.6973 0.000 0.704 0.012 0.068 0.212 0.004
#> SRR1407202 1 0.5669 0.1061 0.504 0.000 0.176 0.000 0.000 0.320
#> SRR1434399 1 0.1663 0.8063 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1330965 3 0.0717 0.8824 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1369536 1 0.1610 0.8364 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1382508 6 0.2930 0.7346 0.124 0.000 0.036 0.000 0.000 0.840
#> SRR1405028 6 0.4690 0.3555 0.400 0.000 0.048 0.000 0.000 0.552
#> SRR612719 6 0.0508 0.6956 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.1141 0.8552 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1362488 5 0.2946 0.7358 0.000 0.184 0.004 0.000 0.808 0.004
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0458 0.8636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR811891 3 0.2868 0.7516 0.132 0.000 0.840 0.000 0.000 0.028
#> SRR1477837 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607252 1 0.3868 -0.1683 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1418946 6 0.2537 0.7392 0.096 0.000 0.032 0.000 0.000 0.872
#> SRR1456567 4 0.2338 0.8802 0.000 0.068 0.016 0.900 0.012 0.004
#> SRR1487425 5 0.2730 0.7512 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1335627 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327680 3 0.0725 0.8837 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1478812 2 0.0713 0.9010 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815735 6 0.3041 0.7313 0.128 0.000 0.040 0.000 0.000 0.832
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0146 0.8626 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656300 4 0.1075 0.9136 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR659983 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614215 1 0.1007 0.8443 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR659283 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0146 0.9142 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1340441 3 0.0717 0.8824 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1317428 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.3833 0.3376 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1452741 6 0.3679 0.6860 0.200 0.000 0.040 0.000 0.000 0.760
#> SRR1458484 1 0.1777 0.8389 0.928 0.000 0.004 0.044 0.000 0.024
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0935 0.8741 0.032 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0935 0.8798 0.004 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR1430639 1 0.0363 0.8634 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419829 5 0.0146 0.8900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1434315 1 0.0937 0.8592 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR658457 6 0.2320 0.7020 0.132 0.000 0.004 0.000 0.000 0.864
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.3789 0.2393 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR656588 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 6 0.3810 0.3205 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1401446 6 0.2527 0.7004 0.024 0.000 0.108 0.000 0.000 0.868
#> SRR1398311 5 0.0603 0.8886 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1442149 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.1267 0.8513 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600852 1 0.1663 0.8301 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1414857 4 0.0551 0.9497 0.000 0.004 0.008 0.984 0.000 0.004
#> SRR1321225 6 0.2302 0.6837 0.008 0.000 0.120 0.000 0.000 0.872
#> SRR1069802 1 0.1492 0.8537 0.940 0.000 0.024 0.000 0.000 0.036
#> SRR1077643 6 0.6432 0.4650 0.080 0.000 0.156 0.000 0.216 0.548
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467612 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0790 0.8614 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1351931 3 0.0603 0.8823 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1374028 5 0.3823 0.2778 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1311243 1 0.1075 0.8569 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1385235 1 0.1814 0.8266 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1469638 6 0.2537 0.7389 0.096 0.000 0.032 0.000 0.000 0.872
#> SRR662150 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 6 0.4899 -0.1302 0.060 0.000 0.452 0.000 0.000 0.488
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416166 6 0.2579 0.7385 0.088 0.000 0.040 0.000 0.000 0.872
#> SRR1477015 1 0.2680 0.7809 0.860 0.000 0.108 0.000 0.000 0.032
#> SRR1380501 2 0.7147 0.1802 0.000 0.364 0.016 0.284 0.040 0.296
#> SRR1446156 5 0.1148 0.8805 0.000 0.020 0.016 0.000 0.960 0.004
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.3076 0.6520 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR599086 1 0.3782 0.2312 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1086844 1 0.0790 0.8614 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1464535 6 0.5071 0.2889 0.000 0.000 0.080 0.400 0.000 0.520
#> SRR807877 5 0.1341 0.8784 0.000 0.028 0.000 0.024 0.948 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 6 0.2510 0.7394 0.100 0.000 0.028 0.000 0.000 0.872
#> SRR1446226 1 0.1007 0.8576 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR659637 6 0.2542 0.7192 0.044 0.000 0.080 0.000 0.000 0.876
#> SRR600474 6 0.3992 0.4674 0.364 0.000 0.012 0.000 0.000 0.624
#> SRR1307699 1 0.1007 0.8576 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1312540 6 0.2795 0.7368 0.100 0.000 0.044 0.000 0.000 0.856
#> SRR1323628 1 0.3309 0.5201 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1430951 3 0.0622 0.8832 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR1385364 3 0.2474 0.8079 0.000 0.004 0.884 0.080 0.032 0.000
#> SRR1478149 3 0.0547 0.8822 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1384413 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 6 0.2462 0.7069 0.028 0.000 0.096 0.000 0.000 0.876
#> SRR1434093 6 0.3328 0.6924 0.064 0.000 0.120 0.000 0.000 0.816
#> SRR1341408 2 0.3430 0.7503 0.000 0.772 0.016 0.000 0.208 0.004
#> SRR612335 1 0.4224 -0.1337 0.512 0.000 0.004 0.008 0.000 0.476
#> SRR1321420 1 0.0260 0.8627 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329177 1 0.4598 0.3761 0.592 0.000 0.360 0.000 0.000 0.048
#> SRR1398371 4 0.3023 0.6798 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR614996 6 0.2527 0.7369 0.084 0.000 0.040 0.000 0.000 0.876
#> SRR1431602 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.4893 0.1459 0.572 0.000 0.072 0.000 0.000 0.356
#> SRR1507229 3 0.0725 0.8837 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1310373 3 0.0603 0.8833 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469591 6 0.4992 0.5389 0.260 0.000 0.116 0.000 0.000 0.624
#> SRR1392813 2 0.3053 0.7907 0.000 0.812 0.012 0.000 0.172 0.004
#> SRR1453026 5 0.0000 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 4 0.0000 0.9593 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.8614 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 6 0.0508 0.6956 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.559 0.700 0.859 0.4235 0.619 0.619
#> 3 3 0.580 0.741 0.749 0.4077 0.712 0.541
#> 4 4 0.780 0.837 0.905 0.2154 0.887 0.693
#> 5 5 0.720 0.721 0.762 0.0644 0.953 0.840
#> 6 6 0.718 0.585 0.783 0.0498 0.878 0.573
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1467904 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1442648 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1321283 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR662665 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR818530 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR613462 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1405206 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR612875 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR808327 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.2043 0.7661 0.032 0.968
#> SRR1408227 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1086304 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR602437 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.8327 0.5067 0.736 0.264
#> SRR1356487 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.9087 0.3272 0.676 0.324
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.9866 0.4633 0.432 0.568
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1087197 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1383960 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR600924 2 0.9963 0.4116 0.464 0.536
#> SRR662390 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1352936 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR598148 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1444390 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1444644 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1389777 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR603918 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1343859 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1075631 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1381524 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1392208 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR658331 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR810619 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR600829 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR599380 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR2185195 2 0.9993 0.3604 0.484 0.516
#> SRR1489693 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1318662 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR661337 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR601239 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1468995 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1419453 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR1437208 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1341456 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR657456 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR807727 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR658283 2 0.9358 0.5394 0.352 0.648
#> SRR813728 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1087992 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1405593 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1326040 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR603968 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR815661 1 0.6801 0.6871 0.820 0.180
#> SRR663100 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR663705 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR1464281 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.9963 -0.2048 0.536 0.464
#> SRR602461 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.9710 0.0560 0.600 0.400
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR613510 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR663014 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1474730 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1381269 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1392795 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.6623 0.7015 0.828 0.172
#> SRR1347667 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR608096 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR665514 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1454522 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1419615 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1433684 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR613186 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1343795 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.2043 0.7661 0.032 0.968
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1458973 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1309856 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.9286 0.5467 0.344 0.656
#> SRR1402195 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1429516 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.2043 0.7661 0.032 0.968
#> SRR1434568 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1397329 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1093243 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR608480 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR598589 2 0.9993 0.3588 0.484 0.516
#> SRR601868 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1332607 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR656433 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1338363 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1344271 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR604174 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR815517 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR615970 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1419638 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1434975 2 0.9866 0.4633 0.432 0.568
#> SRR1445741 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1088142 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR604206 1 0.7528 0.6172 0.784 0.216
#> SRR1358779 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1473142 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1364780 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1406599 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR1308696 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR808772 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1366690 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1317707 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.8713 0.5920 0.292 0.708
#> SRR1332835 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0376 0.9331 0.996 0.004
#> SRR1384827 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.8661 0.4430 0.712 0.288
#> SRR1088340 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1317305 2 0.9944 0.4310 0.456 0.544
#> SRR1442273 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1478900 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.3114 0.8744 0.944 0.056
#> SRR615335 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1321505 1 0.9358 0.2409 0.648 0.352
#> SRR1457768 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1340641 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR657903 1 0.7219 0.6503 0.800 0.200
#> SRR1403458 1 0.3274 0.8689 0.940 0.060
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR613759 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1472281 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1440445 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1088734 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1364695 2 0.9944 0.4308 0.456 0.544
#> SRR1348226 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1313560 1 0.9983 -0.2441 0.524 0.476
#> SRR1092889 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.9580 0.1358 0.620 0.380
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.9866 0.4633 0.432 0.568
#> SRR660366 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1351583 2 0.8327 0.6141 0.264 0.736
#> SRR1437454 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1340280 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1455842 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1352619 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.7815 0.6397 0.232 0.768
#> SRR661120 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR601613 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR811535 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR820316 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.7815 0.5825 0.768 0.232
#> SRR598509 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1397052 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1339921 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR664743 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR808808 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR656288 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1405886 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1487233 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR662043 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1381211 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR2164847 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR807901 1 0.0672 0.9291 0.992 0.008
#> SRR816064 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1444722 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1316483 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR662749 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.2043 0.7661 0.032 0.968
#> SRR1343653 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1326343 2 0.9954 0.4214 0.460 0.540
#> SRR811145 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR615359 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1075997 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1388698 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1312482 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1430420 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1387475 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.9866 0.4633 0.432 0.568
#> SRR1430679 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1094506 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1330633 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1330153 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1451778 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR657089 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1395659 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1385716 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1080977 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1441725 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1485078 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR661806 2 0.6973 0.6717 0.188 0.812
#> SRR1334919 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR599249 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR810051 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1407202 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1434399 1 0.1414 0.9164 0.980 0.020
#> SRR1330965 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1382508 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1405028 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR612719 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR1340617 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1448183 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1362488 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR811891 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1477837 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1418946 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1456567 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1327680 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1478812 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR815735 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1404251 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR656300 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR614215 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR659283 1 0.9988 -0.2597 0.520 0.480
#> SRR1459956 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1340441 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1403390 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1452741 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1458484 2 0.9933 0.0852 0.452 0.548
#> SRR1387091 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1358017 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1457039 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1376539 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR658457 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1367849 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1401446 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1398311 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1442149 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1321225 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1069802 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1077643 2 0.9866 0.4633 0.432 0.568
#> SRR1334154 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1351931 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1374028 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1469638 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR662150 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1400290 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1084892 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1416166 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1477015 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1380501 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.9732 0.0389 0.596 0.404
#> SRR599086 1 0.7299 0.6411 0.796 0.204
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.2043 0.7661 0.032 0.968
#> SRR807877 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR601986 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR659637 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
#> SRR600474 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1312540 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1323628 1 0.1184 0.9207 0.984 0.016
#> SRR1430951 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1385364 2 0.2603 0.7600 0.044 0.956
#> SRR1478149 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1384413 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1399990 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1434093 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1341408 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.9833 0.4712 0.424 0.576
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.9896 -0.1142 0.560 0.440
#> SRR1398371 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR614996 2 0.9922 0.4461 0.448 0.552
#> SRR1431602 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1311509 2 0.9896 0.4551 0.440 0.560
#> SRR1507229 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1310373 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1408072 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1469591 2 0.9933 0.4400 0.452 0.548
#> SRR1392813 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.7813 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9371 1.000 0.000
#> SRR615898 2 0.9909 0.4509 0.444 0.556
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.5650 0.6568 0.688 0.000 0.312
#> SRR1468613 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1381693 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1442648 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1486174 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1349433 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1321283 3 0.5016 0.7213 0.240 0.000 0.760
#> SRR1387702 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1406265 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.6267 0.7201 0.000 0.548 0.452
#> SRR657492 1 0.5678 0.6516 0.684 0.000 0.316
#> SRR662665 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR818530 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR817563 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR613462 3 0.2066 0.8886 0.060 0.000 0.940
#> SRR1405206 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1454136 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1380785 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR612875 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR808327 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1355194 3 0.6260 -0.5807 0.000 0.448 0.552
#> SRR1408227 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1086304 3 0.1529 0.8837 0.040 0.000 0.960
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1084965 1 0.0237 0.8951 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310563 3 0.1411 0.8805 0.036 0.000 0.964
#> SRR602437 1 0.5650 0.6571 0.688 0.000 0.312
#> SRR663404 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.5047 0.8169 0.824 0.036 0.140
#> SRR1356487 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1479263 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.6026 0.6511 0.732 0.024 0.244
#> SRR1345736 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1367456 3 0.3377 0.7485 0.012 0.092 0.896
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1087197 3 0.4269 0.8265 0.052 0.076 0.872
#> SRR1383960 3 0.1643 0.8864 0.044 0.000 0.956
#> SRR600924 3 0.5178 0.6762 0.256 0.000 0.744
#> SRR662390 3 0.1964 0.8889 0.056 0.000 0.944
#> SRR1071692 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.3941 0.8126 0.844 0.000 0.156
#> SRR1352936 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR598148 3 0.4035 0.8092 0.040 0.080 0.880
#> SRR1444390 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1389777 1 0.6292 0.7249 0.740 0.044 0.216
#> SRR603918 3 0.6140 -0.4441 0.000 0.404 0.596
#> SRR1468682 2 0.6280 0.7248 0.000 0.540 0.460
#> SRR1490505 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1343859 3 0.3856 0.8197 0.040 0.072 0.888
#> SRR1075631 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1479286 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1392208 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1456693 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1358482 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR658331 3 0.1585 0.8690 0.028 0.008 0.964
#> SRR810619 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR600829 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR599380 1 0.2066 0.8733 0.940 0.000 0.060
#> SRR1337388 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185195 3 0.6665 0.5990 0.276 0.036 0.688
#> SRR1489693 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1318662 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 3 0.3293 0.8658 0.088 0.012 0.900
#> SRR601239 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.2261 0.8854 0.068 0.000 0.932
#> SRR1352111 1 0.0237 0.8953 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330944 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.1643 0.8864 0.044 0.000 0.956
#> SRR1437208 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1093269 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1341456 3 0.4062 0.8088 0.164 0.000 0.836
#> SRR657456 3 0.1964 0.8897 0.056 0.000 0.944
#> SRR807727 2 0.6295 0.7312 0.000 0.528 0.472
#> SRR816358 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.3618 0.7268 0.012 0.104 0.884
#> SRR813728 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1394520 1 0.4842 0.7482 0.776 0.000 0.224
#> SRR1308200 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1432366 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 3 0.2625 0.8763 0.084 0.000 0.916
#> SRR1405593 3 0.2448 0.8745 0.076 0.000 0.924
#> SRR1326040 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.6274 0.7200 0.000 0.544 0.456
#> SRR1398706 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1368794 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1392749 2 0.0424 0.5439 0.000 0.992 0.008
#> SRR603968 3 0.1529 0.8837 0.040 0.000 0.960
#> SRR815661 1 0.1999 0.8770 0.952 0.036 0.012
#> SRR663100 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.1163 0.8866 0.972 0.000 0.028
#> SRR655792 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 3 0.4174 0.7868 0.036 0.092 0.872
#> SRR1464281 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1400397 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1384917 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1435182 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1477569 3 0.4654 0.7008 0.208 0.000 0.792
#> SRR602461 1 0.5905 0.6097 0.648 0.000 0.352
#> SRR1334338 3 0.5363 0.5527 0.276 0.000 0.724
#> SRR1354710 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR663014 2 0.5465 0.6333 0.000 0.712 0.288
#> SRR1417960 2 0.0424 0.5439 0.000 0.992 0.008
#> SRR1474730 3 0.2261 0.8854 0.068 0.000 0.932
#> SRR1381269 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR657695 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1357650 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1472237 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1470816 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1458358 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.5882 0.6099 0.652 0.000 0.348
#> SRR1318998 3 0.1529 0.8837 0.040 0.000 0.960
#> SRR1392795 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.5397 0.6299 0.000 0.720 0.280
#> SRR1360587 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.2564 0.8745 0.936 0.036 0.028
#> SRR1347667 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR608096 3 0.4174 0.7868 0.036 0.092 0.872
#> SRR665514 3 0.5276 0.7841 0.052 0.128 0.820
#> SRR1454522 3 0.2165 0.8871 0.064 0.000 0.936
#> SRR1419615 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR613186 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1343795 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1417766 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1420606 3 0.6244 -0.5540 0.000 0.440 0.560
#> SRR1326687 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1309856 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1102756 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1366519 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1080438 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1391789 3 0.1989 0.8009 0.004 0.048 0.948
#> SRR1402195 3 0.6383 0.7558 0.104 0.128 0.768
#> SRR1429516 2 0.1031 0.5480 0.000 0.976 0.024
#> SRR1406662 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1333414 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1369030 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1342916 1 0.3116 0.8490 0.892 0.000 0.108
#> SRR1362824 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.5216 0.5843 0.000 0.740 0.260
#> SRR1434568 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1402068 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1490076 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1435501 1 0.5760 0.6375 0.672 0.000 0.328
#> SRR1452491 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1397329 3 0.2261 0.8854 0.068 0.000 0.932
#> SRR1093243 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR608480 3 0.5067 0.8023 0.052 0.116 0.832
#> SRR598589 1 0.6414 0.6459 0.716 0.036 0.248
#> SRR601868 1 0.3551 0.8311 0.868 0.000 0.132
#> SRR607313 1 0.0237 0.8953 0.996 0.000 0.004
#> SRR812222 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR815893 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.1529 0.5520 0.000 0.960 0.040
#> SRR810737 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.6267 0.7201 0.000 0.548 0.452
#> SRR1457872 2 0.6267 0.7201 0.000 0.548 0.452
#> SRR658481 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR656433 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1308674 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1338363 3 0.2066 0.8886 0.060 0.000 0.940
#> SRR1344271 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1321608 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1441464 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR607970 1 0.5882 0.6155 0.652 0.000 0.348
#> SRR1338171 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR604174 3 0.2096 0.8894 0.052 0.004 0.944
#> SRR1345221 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.1411 0.8805 0.036 0.000 0.964
#> SRR615970 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1370659 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.5678 0.6516 0.684 0.000 0.316
#> SRR1331013 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1419638 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1434975 3 0.3670 0.7622 0.020 0.092 0.888
#> SRR1445741 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1088142 3 0.2448 0.8745 0.076 0.000 0.924
#> SRR604206 1 0.7061 0.6198 0.632 0.036 0.332
#> SRR1358779 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1473142 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1352234 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 2 0.6295 0.7313 0.000 0.528 0.472
#> SRR1489715 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1364780 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.2796 0.5665 0.000 0.908 0.092
#> SRR1409748 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1316725 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1314851 2 0.6252 0.7160 0.000 0.556 0.444
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.1411 0.8805 0.036 0.000 0.964
#> SRR1308696 3 0.2625 0.8763 0.084 0.000 0.916
#> SRR808772 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1366690 3 0.4768 0.8093 0.052 0.100 0.848
#> SRR1317707 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1339321 2 0.6267 0.7201 0.000 0.548 0.452
#> SRR1442487 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1069690 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1319344 3 0.3213 0.7411 0.008 0.092 0.900
#> SRR1332835 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1334694 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1478434 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1313853 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR661192 1 0.5882 0.6068 0.652 0.000 0.348
#> SRR1384827 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR814587 2 0.0237 0.5428 0.000 0.996 0.004
#> SRR656899 1 0.4636 0.8331 0.848 0.036 0.116
#> SRR1088340 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 3 0.2625 0.8763 0.084 0.000 0.916
#> SRR1442273 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1407470 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1490289 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1093649 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1478900 3 0.4974 0.7262 0.236 0.000 0.764
#> SRR1447652 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR2170537 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.5397 0.6944 0.720 0.000 0.280
#> SRR615335 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1321505 3 0.5785 0.4238 0.332 0.000 0.668
#> SRR1457768 3 0.4842 0.7411 0.224 0.000 0.776
#> SRR1340641 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR657903 1 0.7263 0.5506 0.592 0.036 0.372
#> SRR1403458 1 0.2959 0.8536 0.900 0.000 0.100
#> SRR1460073 1 0.2434 0.8753 0.940 0.036 0.024
#> SRR1441850 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 3 0.3009 0.8794 0.052 0.028 0.920
#> SRR1472281 2 0.6267 0.7201 0.000 0.548 0.452
#> SRR1440445 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1088734 2 0.0237 0.5428 0.000 0.996 0.004
#> SRR1455607 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.5706 0.5859 0.320 0.000 0.680
#> SRR1348226 3 0.2448 0.8745 0.076 0.000 0.924
#> SRR1313560 1 0.6519 0.7568 0.760 0.108 0.132
#> SRR1092889 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1352213 1 0.5397 0.5393 0.720 0.000 0.280
#> SRR2185233 1 0.0892 0.8869 0.980 0.020 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR817825 3 0.3528 0.7555 0.016 0.092 0.892
#> SRR660366 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1323512 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1325247 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.3856 0.8055 0.040 0.072 0.888
#> SRR1437454 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 2 0.2537 0.5634 0.000 0.920 0.080
#> SRR1322395 1 0.3038 0.8453 0.896 0.000 0.104
#> SRR1378131 2 0.6252 0.7160 0.000 0.556 0.444
#> SRR1325464 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.1753 0.8887 0.048 0.000 0.952
#> SRR1455842 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.2448 0.8813 0.076 0.000 0.924
#> SRR1076779 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.5619 0.3265 0.012 0.244 0.744
#> SRR661120 3 0.2903 0.8723 0.048 0.028 0.924
#> SRR601613 3 0.2796 0.8676 0.092 0.000 0.908
#> SRR811535 3 0.4556 0.8318 0.060 0.080 0.860
#> SRR820316 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1375677 1 0.5882 0.6103 0.652 0.000 0.348
#> SRR1365700 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR604122 1 0.4489 0.8383 0.856 0.036 0.108
#> SRR598509 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1397052 1 0.6975 0.7238 0.732 0.124 0.144
#> SRR1339921 3 0.2165 0.8841 0.064 0.000 0.936
#> SRR664743 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1355660 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR656288 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.2448 0.8813 0.076 0.000 0.924
#> SRR1487233 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR662043 3 0.1964 0.8889 0.056 0.000 0.944
#> SRR1381211 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1379365 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1384852 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1430357 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 3 0.2269 0.8753 0.040 0.016 0.944
#> SRR807901 1 0.2689 0.8733 0.932 0.036 0.032
#> SRR816064 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.5650 0.6568 0.688 0.000 0.312
#> SRR1349893 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.1753 0.8887 0.048 0.000 0.952
#> SRR1316483 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR662749 1 0.2356 0.8665 0.928 0.000 0.072
#> SRR1342701 3 0.6260 -0.5755 0.000 0.448 0.552
#> SRR1343653 2 0.6267 0.7201 0.000 0.548 0.452
#> SRR1336134 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR654940 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1098288 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1326343 1 0.6079 0.7821 0.784 0.088 0.128
#> SRR811145 1 0.5621 0.6615 0.692 0.000 0.308
#> SRR615359 3 0.4527 0.8111 0.052 0.088 0.860
#> SRR1075997 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1090483 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 3 0.2448 0.8745 0.076 0.000 0.924
#> SRR1312482 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1430420 3 0.4974 0.7265 0.236 0.000 0.764
#> SRR1387475 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1442250 3 0.3377 0.7485 0.012 0.092 0.896
#> SRR1430679 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1311109 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.3038 0.5697 0.000 0.896 0.104
#> SRR1392434 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.5882 0.6155 0.652 0.000 0.348
#> SRR1383937 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1315393 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1094506 3 0.2448 0.8813 0.076 0.000 0.924
#> SRR1330633 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1330153 3 0.6663 0.7406 0.124 0.124 0.752
#> SRR1451778 3 0.6389 0.7579 0.108 0.124 0.768
#> SRR657089 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1395659 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1385716 3 0.2261 0.8854 0.068 0.000 0.932
#> SRR1466109 1 0.5926 0.5976 0.644 0.000 0.356
#> SRR1080977 3 0.2625 0.8763 0.084 0.000 0.916
#> SRR1441725 3 0.4709 0.8101 0.056 0.092 0.852
#> SRR1485078 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR661806 3 0.5929 -0.0858 0.004 0.320 0.676
#> SRR1334919 3 0.2625 0.8763 0.084 0.000 0.916
#> SRR599249 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR810051 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1407202 3 0.4920 0.8062 0.052 0.108 0.840
#> SRR1434399 1 0.4335 0.8428 0.864 0.036 0.100
#> SRR1330965 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1369536 1 0.5678 0.6516 0.684 0.000 0.316
#> SRR1382508 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1405028 3 0.4087 0.8358 0.052 0.068 0.880
#> SRR612719 3 0.2297 0.8687 0.036 0.020 0.944
#> SRR1340617 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1448183 3 0.3415 0.8674 0.080 0.020 0.900
#> SRR1362488 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1361156 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.1753 0.8887 0.048 0.000 0.952
#> SRR1477837 2 0.6215 0.6945 0.000 0.572 0.428
#> SRR607252 1 0.3192 0.8433 0.888 0.000 0.112
#> SRR1418946 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1456567 2 0.4452 0.5956 0.000 0.808 0.192
#> SRR1487425 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1335627 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1327680 3 0.2356 0.8835 0.072 0.000 0.928
#> SRR1478812 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1447673 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 3 0.2356 0.8779 0.072 0.000 0.928
#> SRR1404251 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR601645 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 2 0.6305 0.7238 0.000 0.516 0.484
#> SRR659983 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR614215 3 0.5764 0.7860 0.076 0.124 0.800
#> SRR659283 1 0.2564 0.8712 0.936 0.036 0.028
#> SRR1459956 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1340441 3 0.2066 0.8886 0.060 0.000 0.940
#> SRR1317428 1 0.1860 0.8763 0.948 0.000 0.052
#> SRR1403390 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1452741 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1458484 1 0.9520 -0.1208 0.416 0.396 0.188
#> SRR1387091 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1457039 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.2448 0.8813 0.076 0.000 0.924
#> SRR1430639 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 3 0.5276 0.7924 0.052 0.128 0.820
#> SRR1367849 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.5397 0.6931 0.720 0.000 0.280
#> SRR656588 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.5678 0.6516 0.684 0.000 0.316
#> SRR1401446 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1398311 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1442149 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.1643 0.5530 0.000 0.956 0.044
#> SRR1321225 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1069802 3 0.5461 0.7131 0.244 0.008 0.748
#> SRR1077643 3 0.3377 0.7485 0.012 0.092 0.896
#> SRR1334154 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1467612 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1430133 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1374028 2 0.6274 0.7200 0.000 0.544 0.456
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.5650 0.6568 0.688 0.000 0.312
#> SRR1469638 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR662150 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1084892 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1416166 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1477015 3 0.5016 0.7213 0.240 0.000 0.760
#> SRR1380501 3 0.6302 -0.6545 0.000 0.480 0.520
#> SRR1446156 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1488328 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1086889 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR814611 3 0.4291 0.7728 0.180 0.000 0.820
#> SRR599086 1 0.5882 0.5960 0.652 0.000 0.348
#> SRR1086844 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.6302 0.7284 0.000 0.520 0.480
#> SRR807877 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1477033 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR601986 3 0.2261 0.8854 0.068 0.000 0.932
#> SRR1446226 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.1411 0.8805 0.036 0.000 0.964
#> SRR600474 1 0.5968 0.5841 0.636 0.000 0.364
#> SRR1307699 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1323628 1 0.1411 0.8789 0.964 0.036 0.000
#> SRR1430951 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1385364 3 0.5882 -0.2929 0.000 0.348 0.652
#> SRR1478149 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1384413 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 2 0.1289 0.5495 0.000 0.968 0.032
#> SRR1077115 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1434093 3 0.1964 0.8897 0.056 0.000 0.944
#> SRR1341408 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR612335 3 0.6387 0.4409 0.020 0.300 0.680
#> SRR1321420 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.6168 0.1732 0.588 0.000 0.412
#> SRR1398371 2 0.6267 0.7209 0.000 0.548 0.452
#> SRR614996 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1431602 2 0.6299 0.7329 0.000 0.524 0.476
#> SRR1311509 3 0.4964 0.7837 0.048 0.116 0.836
#> SRR1507229 3 0.2537 0.8789 0.080 0.000 0.920
#> SRR1310373 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1408072 2 0.0000 0.5416 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.1860 0.8904 0.052 0.000 0.948
#> SRR1392813 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1453026 2 0.6302 0.7303 0.000 0.520 0.480
#> SRR1388105 2 0.5178 0.6130 0.000 0.744 0.256
#> SRR1357558 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.1643 0.8864 0.044 0.000 0.956
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.4222 0.6648 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.1489 0.9132 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1381693 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.1284 0.8951 0.000 0.024 0.964 0.012
#> SRR1442648 2 0.2530 0.9134 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1486174 2 0.1389 0.9166 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1349433 2 0.2048 0.9202 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1321283 3 0.3649 0.7188 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.2408 0.9141 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1406265 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1458026 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1094192 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1397180 2 0.3074 0.8825 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR657492 1 0.4431 0.6126 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR662665 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR817563 2 0.2408 0.9134 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR613462 3 0.0336 0.8974 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1405206 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1454136 2 0.1557 0.9177 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1380785 2 0.0779 0.9068 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR612875 3 0.0927 0.8981 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR808327 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1355194 2 0.4590 0.7348 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1408227 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1086304 3 0.2131 0.8878 0.000 0.036 0.932 0.032
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1084965 1 0.1867 0.8465 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1310563 3 0.3144 0.8600 0.000 0.072 0.884 0.044
#> SRR602437 1 0.4103 0.6848 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.5496 0.6838 0.704 0.000 0.232 0.064
#> SRR1356487 2 0.0895 0.9087 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1479263 2 0.1637 0.9182 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.3895 0.7651 0.804 0.000 0.184 0.012
#> SRR1345736 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1367456 3 0.6262 0.2953 0.000 0.400 0.540 0.060
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1087197 3 0.2494 0.8792 0.000 0.036 0.916 0.048
#> SRR1383960 3 0.0937 0.8987 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR600924 3 0.3561 0.8147 0.120 0.012 0.856 0.012
#> SRR662390 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.3123 0.7972 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598148 3 0.2399 0.8814 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1444390 4 0.1474 0.9292 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1444644 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389777 3 0.7001 0.0526 0.424 0.004 0.472 0.100
#> SRR603918 2 0.3978 0.8006 0.000 0.836 0.108 0.056
#> SRR1468682 2 0.3450 0.8758 0.000 0.836 0.008 0.156
#> SRR1490505 2 0.1637 0.9185 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1343859 3 0.2399 0.8814 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1075631 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1444954 2 0.1824 0.9097 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1479286 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1381524 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.2345 0.9154 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1456693 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1358482 2 0.1824 0.9097 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR658331 3 0.2796 0.8598 0.000 0.092 0.892 0.016
#> SRR810619 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR600829 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.1389 0.8617 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1337388 4 0.1109 0.9433 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR2185195 3 0.5744 0.5787 0.256 0.000 0.676 0.068
#> SRR1489693 3 0.0469 0.8978 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1318662 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR661337 3 0.2335 0.8801 0.044 0.008 0.928 0.020
#> SRR601239 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0336 0.8974 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1352111 1 0.0188 0.8799 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330944 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1419453 3 0.1488 0.8943 0.000 0.032 0.956 0.012
#> SRR1437208 2 0.2149 0.9183 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.2408 0.9141 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1093269 2 0.2345 0.9154 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1341456 3 0.2973 0.7935 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR657456 3 0.0188 0.8983 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR807727 2 0.3172 0.8797 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR816358 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 2 0.5406 -0.1033 0.000 0.508 0.480 0.012
#> SRR813728 2 0.2334 0.9187 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1394520 1 0.3942 0.7124 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1308200 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1432366 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1087992 3 0.2345 0.8336 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1405593 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326040 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.2048 0.9068 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1398706 2 0.1661 0.9109 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1368794 2 0.1824 0.9097 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1392749 4 0.2530 0.8710 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR603968 3 0.1724 0.8926 0.000 0.032 0.948 0.020
#> SRR815661 1 0.4130 0.7925 0.828 0.000 0.108 0.064
#> SRR663100 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR661229 1 0.0817 0.8720 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 3 0.2675 0.8761 0.000 0.044 0.908 0.048
#> SRR1464281 2 0.1557 0.9177 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1400397 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1331444 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1384917 2 0.2048 0.9068 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1435182 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1477569 3 0.1637 0.8734 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR602461 1 0.4989 0.2486 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1334338 3 0.2408 0.8308 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.1936 0.8903 0.000 0.032 0.940 0.028
#> SRR663014 2 0.4624 0.5803 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1417960 4 0.2868 0.8501 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1474730 3 0.0469 0.8961 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1381269 2 0.2149 0.9183 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR657695 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1357650 2 0.2480 0.9192 0.000 0.904 0.008 0.088
#> SRR1472237 2 0.1557 0.9148 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1470816 2 0.2048 0.9068 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1458358 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 3 0.4817 0.2809 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1318998 3 0.1724 0.8926 0.000 0.032 0.948 0.020
#> SRR1392795 2 0.2654 0.9120 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.4730 0.5186 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1360587 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR604230 1 0.4410 0.7826 0.808 0.000 0.128 0.064
#> SRR1347667 3 0.0188 0.8984 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR608096 3 0.5069 0.5774 0.000 0.320 0.664 0.016
#> SRR665514 3 0.3370 0.8695 0.028 0.028 0.888 0.056
#> SRR1454522 3 0.0469 0.8961 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1419615 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1429802 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1345436 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1433684 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0657 0.8986 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1343795 2 0.1557 0.9177 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1417766 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1420606 2 0.4701 0.7171 0.000 0.780 0.164 0.056
#> SRR1326687 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.1557 0.9202 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1102756 2 0.1557 0.9177 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1366519 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1080438 2 0.2530 0.9134 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1391789 3 0.4770 0.6151 0.000 0.288 0.700 0.012
#> SRR1402195 3 0.4330 0.8352 0.032 0.032 0.836 0.100
#> SRR1429516 4 0.4008 0.6849 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1406662 2 0.2124 0.9111 0.000 0.924 0.008 0.068
#> SRR1333414 2 0.1637 0.9185 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1369030 2 0.1824 0.9097 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1342916 1 0.3529 0.7921 0.836 0.000 0.152 0.012
#> SRR1362824 2 0.1743 0.9188 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 4 0.7188 0.1101 0.000 0.428 0.136 0.436
#> SRR1434568 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1341965 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1473505 2 0.2334 0.9145 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1402068 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1490076 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1435501 1 0.4866 0.4289 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1452491 2 0.1557 0.9148 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1397329 3 0.0592 0.8947 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1093243 4 0.1022 0.9441 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1418390 2 0.0895 0.9081 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR608480 3 0.3146 0.8738 0.016 0.032 0.896 0.056
#> SRR598589 1 0.6640 0.3681 0.552 0.000 0.352 0.096
#> SRR601868 1 0.2345 0.8356 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR607313 1 0.0188 0.8799 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR812222 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR815893 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1455503 4 0.3837 0.7150 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR810737 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1347500 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.3810 0.8485 0.000 0.804 0.008 0.188
#> SRR1457872 2 0.2216 0.9175 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR658481 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1406243 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1308674 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1338363 3 0.0188 0.8983 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1344271 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1321608 2 0.1557 0.9177 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1441464 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR607970 1 0.5150 0.4348 0.596 0.000 0.396 0.008
#> SRR1338171 2 0.1824 0.9097 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR604174 3 0.2089 0.8856 0.000 0.020 0.932 0.048
#> SRR1345221 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.2943 0.8649 0.000 0.076 0.892 0.032
#> SRR615970 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.4382 0.6244 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR1331013 2 0.2611 0.9165 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR1419638 3 0.0657 0.8979 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1434975 3 0.5426 0.6488 0.000 0.232 0.708 0.060
#> SRR1445741 2 0.2654 0.9120 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1088142 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.6376 0.2756 0.504 0.000 0.432 0.064
#> SRR1358779 3 0.0469 0.8978 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1473142 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1410334 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1352234 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1487807 2 0.3123 0.8761 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1489715 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1364780 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.4222 0.7205 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1409748 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1316725 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1314851 2 0.4134 0.7519 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.0657 0.8987 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1308696 3 0.1792 0.8619 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.2198 0.9147 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR1366690 3 0.2399 0.8814 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1317707 2 0.2216 0.9175 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1339321 2 0.3726 0.8208 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1442487 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1069690 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1319344 3 0.6334 0.1125 0.000 0.456 0.484 0.060
#> SRR1332835 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1334694 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1478434 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1479933 2 0.1824 0.9097 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1313853 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR661192 3 0.4406 0.5424 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1384827 2 0.1661 0.9171 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR814587 4 0.1792 0.9156 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR656899 1 0.5559 0.6709 0.696 0.000 0.240 0.064
#> SRR1088340 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1349772 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 3 0.1940 0.8550 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1442273 2 0.2530 0.9153 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1407470 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1490289 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1093649 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1478900 3 0.3610 0.7244 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.2125 0.9136 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR2170537 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.4898 0.3875 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR615335 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321505 3 0.2921 0.8011 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1457768 3 0.3583 0.7511 0.180 0.000 0.816 0.004
#> SRR1340641 4 0.3662 0.8761 0.028 0.048 0.048 0.876
#> SRR657903 1 0.6380 0.2390 0.500 0.000 0.436 0.064
#> SRR1403458 1 0.3479 0.7953 0.840 0.000 0.148 0.012
#> SRR1460073 1 0.3474 0.8191 0.868 0.000 0.068 0.064
#> SRR1441850 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR613759 3 0.2197 0.8843 0.000 0.024 0.928 0.048
#> SRR1472281 2 0.3074 0.8832 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1440445 3 0.0804 0.8978 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1088734 4 0.3610 0.7507 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1455607 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1077528 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1364695 3 0.4821 0.6692 0.236 0.008 0.740 0.016
#> SRR1348226 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.6221 0.6025 0.644 0.000 0.256 0.100
#> SRR1092889 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1352213 1 0.3801 0.7107 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.1474 0.9158 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR817825 3 0.5221 0.6834 0.000 0.208 0.732 0.060
#> SRR660366 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1323512 2 0.1743 0.9198 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1325247 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1351583 3 0.2489 0.8593 0.000 0.068 0.912 0.020
#> SRR1437454 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1318484 4 0.4948 0.1454 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1322395 1 0.2589 0.8258 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1378131 2 0.3306 0.8834 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1325464 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.1936 0.8906 0.000 0.032 0.940 0.028
#> SRR1455842 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1352619 3 0.0817 0.8913 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.5569 0.4850 0.000 0.660 0.296 0.044
#> SRR661120 3 0.2224 0.8865 0.000 0.040 0.928 0.032
#> SRR601613 3 0.0336 0.8974 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR811535 3 0.2861 0.8788 0.012 0.032 0.908 0.048
#> SRR820316 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.2149 0.9186 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1375677 3 0.4994 -0.0689 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1365700 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR604122 1 0.5021 0.7408 0.756 0.000 0.180 0.064
#> SRR598509 3 0.1624 0.8934 0.000 0.028 0.952 0.020
#> SRR1397052 1 0.6649 0.4380 0.560 0.000 0.340 0.100
#> SRR1339921 3 0.0188 0.8983 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR664743 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1339199 2 0.1474 0.9172 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1355660 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0707 0.8931 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1487233 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR662043 3 0.2089 0.8856 0.000 0.020 0.932 0.048
#> SRR1381211 2 0.0779 0.9068 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1379365 2 0.2401 0.9174 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1384852 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1430357 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR2164847 3 0.2402 0.8660 0.000 0.076 0.912 0.012
#> SRR807901 1 0.4071 0.7975 0.832 0.000 0.104 0.064
#> SRR816064 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.4193 0.6717 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.1520 0.8942 0.000 0.024 0.956 0.020
#> SRR1316483 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.1474 0.8602 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1342701 2 0.4010 0.8093 0.000 0.836 0.100 0.064
#> SRR1343653 2 0.2216 0.9175 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1336134 2 0.2197 0.9206 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR654940 2 0.1824 0.9097 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1098288 2 0.2216 0.9175 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1326343 1 0.5998 0.6285 0.664 0.000 0.248 0.088
#> SRR811145 1 0.4103 0.6811 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR615359 3 0.2399 0.8814 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1075997 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1090483 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1388698 3 0.0188 0.8983 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1312482 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1430420 3 0.3528 0.7352 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1387475 4 0.1474 0.9292 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1388419 2 0.1970 0.9083 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1442250 3 0.6106 0.4361 0.000 0.348 0.592 0.060
#> SRR1430679 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1311109 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1478990 4 0.4996 -0.0145 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1392434 2 0.2053 0.9203 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.4843 0.4503 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1383937 2 0.2011 0.9193 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1315393 2 0.1474 0.9153 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1094506 3 0.0707 0.8931 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1330633 2 0.1557 0.9177 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1330153 3 0.4598 0.8260 0.044 0.032 0.824 0.100
#> SRR1451778 3 0.4423 0.8324 0.036 0.032 0.832 0.100
#> SRR657089 3 0.0336 0.8983 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1395659 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1385716 3 0.0592 0.8947 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1466109 3 0.4713 0.3718 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1080977 3 0.1389 0.8769 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1441725 3 0.2089 0.8856 0.000 0.020 0.932 0.048
#> SRR1485078 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR661806 2 0.4630 0.5760 0.000 0.732 0.252 0.016
#> SRR1334919 3 0.2281 0.8371 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR599249 3 0.1854 0.8877 0.000 0.012 0.940 0.048
#> SRR810051 2 0.2216 0.9175 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1407202 3 0.2399 0.8814 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1434399 1 0.5142 0.7299 0.744 0.000 0.192 0.064
#> SRR1330965 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.4431 0.6144 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1382508 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405028 3 0.2399 0.8814 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR612719 3 0.2500 0.8811 0.000 0.044 0.916 0.040
#> SRR1340617 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1448183 3 0.4272 0.8220 0.108 0.012 0.832 0.048
#> SRR1362488 2 0.2216 0.9177 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1361156 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.2399 0.8814 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1477837 4 0.7188 0.4800 0.000 0.244 0.204 0.552
#> SRR607252 1 0.2011 0.8455 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1418946 3 0.1059 0.8974 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR1456567 2 0.4040 0.7658 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1487425 2 0.2281 0.9169 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1335627 2 0.2048 0.9068 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1327680 3 0.0469 0.8961 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1478812 2 0.1305 0.9136 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1447673 4 0.1022 0.9441 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR815735 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR601645 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 2 0.6222 0.4971 0.000 0.616 0.304 0.080
#> SRR659983 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.2048 0.9068 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR614215 3 0.4402 0.8303 0.044 0.024 0.832 0.100
#> SRR659283 1 0.5077 0.7200 0.760 0.000 0.160 0.080
#> SRR1459956 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1340441 3 0.0524 0.8984 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1317428 1 0.1302 0.8642 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1403390 3 0.0469 0.8978 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1452741 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.7801 0.3352 0.528 0.076 0.068 0.328
#> SRR1387091 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1358017 3 0.1174 0.8960 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1457039 4 0.1211 0.9390 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1376539 3 0.0817 0.8913 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1419829 2 0.1902 0.9086 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 3 0.3497 0.8444 0.000 0.036 0.860 0.104
#> SRR1367849 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1320939 1 0.4277 0.6506 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.4250 0.6542 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1401446 3 0.0804 0.8977 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1398311 2 0.1824 0.9097 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1442149 4 0.1913 0.9271 0.000 0.040 0.020 0.940
#> SRR809137 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR600852 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.4967 0.2789 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1321225 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069802 3 0.5292 0.6832 0.224 0.008 0.728 0.040
#> SRR1077643 3 0.5966 0.5114 0.000 0.316 0.624 0.060
#> SRR1334154 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1390072 2 0.1557 0.9148 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1467612 2 0.1824 0.9097 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1430133 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0188 0.8983 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1374028 2 0.2048 0.9068 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.4543 0.5829 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1469638 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.1557 0.9148 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1416166 3 0.2399 0.8814 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1477015 3 0.3649 0.7188 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1380501 2 0.2256 0.8907 0.000 0.924 0.056 0.020
#> SRR1446156 2 0.2266 0.9145 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR1488328 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1086889 2 0.1557 0.9148 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR814611 3 0.1940 0.8628 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR599086 1 0.4989 0.2156 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.5972 0.4859 0.000 0.632 0.304 0.064
#> SRR807877 2 0.2345 0.9154 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1477033 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.1637 0.9135 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR601986 3 0.0469 0.8961 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.1938 0.8827 0.000 0.052 0.936 0.012
#> SRR600474 3 0.4713 0.3718 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.3245 0.8216 0.880 0.000 0.056 0.064
#> SRR1430951 3 0.1284 0.8951 0.000 0.024 0.964 0.012
#> SRR1385364 3 0.5476 0.3362 0.000 0.396 0.584 0.020
#> SRR1478149 3 0.1388 0.8945 0.000 0.028 0.960 0.012
#> SRR1384413 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1366855 4 0.1389 0.9353 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1077115 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1399990 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434093 3 0.0188 0.8983 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1341408 2 0.2216 0.9175 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR612335 3 0.7688 0.1341 0.000 0.364 0.416 0.220
#> SRR1321420 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.4888 0.3273 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1398371 2 0.3710 0.8458 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR614996 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.2266 0.9145 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR1311509 3 0.3526 0.8495 0.004 0.032 0.864 0.100
#> SRR1507229 3 0.0921 0.8892 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0921 0.9463 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1469591 3 0.0000 0.8988 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.1557 0.9148 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1453026 2 0.0895 0.9081 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1388105 4 0.3810 0.7602 0.000 0.188 0.008 0.804
#> SRR1357558 1 0.0000 0.8813 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.1388 0.8945 0.000 0.028 0.960 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.5640 0.5397 0.636 0.000 0.188 0.000 0.176
#> SRR1468613 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.2074 0.7908 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1381693 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.1701 0.6826 0.000 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1442648 2 0.2416 0.7980 0.000 0.888 0.012 0.000 0.100
#> SRR1486174 2 0.3837 0.7728 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1349433 2 0.2648 0.8015 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1321283 3 0.6555 0.6311 0.200 0.004 0.492 0.000 0.304
#> SRR1387702 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.3686 0.7969 0.000 0.780 0.012 0.004 0.204
#> SRR1406265 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.4918 0.7647 0.000 0.740 0.012 0.108 0.140
#> SRR657492 1 0.5820 0.5057 0.612 0.000 0.192 0.000 0.196
#> SRR662665 3 0.4481 0.7591 0.000 0.008 0.576 0.000 0.416
#> SRR818530 2 0.1522 0.7646 0.000 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR817563 2 0.3530 0.7974 0.000 0.784 0.012 0.000 0.204
#> SRR613462 3 0.4727 0.7588 0.008 0.008 0.576 0.000 0.408
#> SRR1405206 2 0.1571 0.7604 0.000 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR1454136 2 0.3395 0.7929 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1380785 2 0.2773 0.7937 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR612875 3 0.4481 0.7480 0.000 0.048 0.720 0.000 0.232
#> SRR808327 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1355194 2 0.5049 0.4366 0.000 0.644 0.296 0.000 0.060
#> SRR1408227 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1086304 3 0.3234 0.6350 0.000 0.084 0.852 0.000 0.064
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.1597 0.7632 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR1084965 1 0.1503 0.8313 0.952 0.008 0.020 0.000 0.020
#> SRR1310563 3 0.4522 0.4834 0.000 0.196 0.736 0.000 0.068
#> SRR602437 1 0.5653 0.5395 0.632 0.000 0.208 0.000 0.160
#> SRR663404 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.1197 0.8371 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1360442 3 0.5217 0.4659 0.232 0.004 0.676 0.000 0.088
#> SRR1356487 2 0.2020 0.7916 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1479263 2 0.3336 0.7945 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.4960 0.6086 0.668 0.000 0.268 0.000 0.064
#> SRR1345736 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1367456 2 0.5389 0.1756 0.000 0.508 0.436 0.000 0.056
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.1697 0.7591 0.000 0.932 0.008 0.000 0.060
#> SRR1087197 3 0.2930 0.6397 0.000 0.164 0.832 0.000 0.004
#> SRR1383960 3 0.4849 0.7374 0.000 0.032 0.608 0.000 0.360
#> SRR600924 3 0.5471 0.6214 0.164 0.016 0.692 0.000 0.128
#> SRR662390 3 0.4517 0.7524 0.000 0.008 0.556 0.000 0.436
#> SRR1071692 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.4219 0.7270 0.780 0.000 0.104 0.000 0.116
#> SRR1352936 3 0.4533 0.7532 0.000 0.008 0.544 0.000 0.448
#> SRR598148 3 0.2172 0.6708 0.000 0.076 0.908 0.000 0.016
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.4410 0.7536 0.000 0.004 0.556 0.000 0.440
#> SRR1389777 3 0.5190 0.6319 0.104 0.060 0.748 0.000 0.088
#> SRR603918 2 0.3911 0.6594 0.000 0.796 0.144 0.000 0.060
#> SRR1468682 2 0.4622 0.7528 0.000 0.764 0.012 0.136 0.088
#> SRR1490505 2 0.3039 0.8009 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1343859 3 0.2144 0.6737 0.000 0.068 0.912 0.000 0.020
#> SRR1075631 4 0.0833 0.9290 0.000 0.016 0.004 0.976 0.004
#> SRR1444954 2 0.1478 0.7598 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.4533 0.7532 0.000 0.008 0.544 0.000 0.448
#> SRR1392208 2 0.3496 0.7977 0.000 0.788 0.012 0.000 0.200
#> SRR1456693 2 0.1597 0.7625 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR1358482 2 0.1478 0.7598 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR658331 3 0.5283 0.5588 0.000 0.204 0.672 0.000 0.124
#> SRR810619 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR600829 3 0.4283 0.7511 0.000 0.008 0.644 0.000 0.348
#> SRR599380 1 0.2054 0.8220 0.920 0.000 0.028 0.000 0.052
#> SRR1337388 4 0.0324 0.9371 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2185195 3 0.5211 0.6617 0.100 0.036 0.736 0.000 0.128
#> SRR1489693 3 0.4066 0.7593 0.000 0.004 0.672 0.000 0.324
#> SRR1318662 2 0.4297 0.6987 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 3 0.6474 0.7041 0.084 0.060 0.588 0.000 0.268
#> SRR601239 1 0.0290 0.8480 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1468995 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR1352111 1 0.1740 0.8304 0.932 0.000 0.012 0.000 0.056
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.3160 0.7167 0.000 0.004 0.808 0.000 0.188
#> SRR1437208 2 0.3305 0.7954 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1444914 1 0.1270 0.8355 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR660756 2 0.3751 0.7964 0.000 0.772 0.012 0.004 0.212
#> SRR1093269 2 0.3353 0.7983 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1341456 3 0.5543 0.7353 0.064 0.004 0.556 0.000 0.376
#> SRR657456 3 0.4410 0.7536 0.000 0.004 0.556 0.000 0.440
#> SRR807727 2 0.5078 0.7665 0.000 0.720 0.012 0.096 0.172
#> SRR816358 1 0.0794 0.8445 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR658283 3 0.6572 -0.0687 0.000 0.364 0.428 0.000 0.208
#> SRR813728 2 0.2732 0.8026 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1394520 1 0.5404 0.5832 0.664 0.000 0.184 0.000 0.152
#> SRR1308200 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 3 0.5120 0.7448 0.024 0.008 0.540 0.000 0.428
#> SRR1405593 3 0.4617 0.7529 0.000 0.012 0.552 0.000 0.436
#> SRR1326040 3 0.4313 0.7498 0.000 0.008 0.636 0.000 0.356
#> SRR1312725 1 0.0451 0.8474 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1478189 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0693 0.7760 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1398706 2 0.0290 0.7792 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368794 2 0.0794 0.7741 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1392749 4 0.2929 0.8037 0.000 0.152 0.000 0.840 0.008
#> SRR603968 3 0.2278 0.6702 0.000 0.060 0.908 0.000 0.032
#> SRR815661 1 0.5788 0.1330 0.480 0.004 0.440 0.000 0.076
#> SRR663100 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.2012 0.8236 0.920 0.000 0.020 0.000 0.060
#> SRR655792 1 0.1270 0.8364 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR663705 3 0.4101 0.5138 0.000 0.184 0.768 0.000 0.048
#> SRR1464281 2 0.3586 0.7858 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1384917 2 0.1106 0.7719 0.000 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1435182 2 0.4300 0.6962 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1477569 3 0.5046 0.7451 0.020 0.008 0.540 0.000 0.432
#> SRR602461 1 0.6225 0.3842 0.548 0.000 0.228 0.000 0.224
#> SRR1334338 3 0.5256 0.7416 0.032 0.008 0.540 0.000 0.420
#> SRR1354710 1 0.1197 0.8371 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR613510 3 0.1981 0.6775 0.000 0.064 0.920 0.000 0.016
#> SRR663014 2 0.4684 0.4171 0.000 0.664 0.012 0.308 0.016
#> SRR1417960 4 0.2338 0.8477 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR1474730 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR1381269 2 0.3242 0.7959 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR657695 2 0.0693 0.7760 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1357650 2 0.2286 0.7982 0.000 0.888 0.004 0.000 0.108
#> SRR1472237 2 0.4287 0.7048 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1470816 2 0.0807 0.7751 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1458358 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.6914 -0.1411 0.384 0.004 0.328 0.000 0.284
#> SRR1318998 3 0.2797 0.6546 0.000 0.060 0.880 0.000 0.060
#> SRR1392795 2 0.1095 0.7822 0.000 0.968 0.012 0.008 0.012
#> SRR1469859 1 0.1430 0.8340 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1378243 2 0.3873 0.5950 0.000 0.768 0.012 0.212 0.008
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 3 0.5909 0.0395 0.424 0.004 0.484 0.000 0.088
#> SRR1347667 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR608096 3 0.6149 0.2636 0.000 0.296 0.540 0.000 0.164
#> SRR665514 3 0.5585 0.6825 0.068 0.080 0.740 0.016 0.096
#> SRR1454522 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 3 0.4510 0.7530 0.000 0.008 0.560 0.000 0.432
#> SRR613186 3 0.3861 0.7562 0.000 0.004 0.712 0.000 0.284
#> SRR1343795 2 0.3424 0.7920 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1417766 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1420606 2 0.4226 0.6336 0.000 0.764 0.176 0.000 0.060
#> SRR1326687 1 0.0609 0.8458 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1458973 3 0.4410 0.7536 0.000 0.004 0.556 0.000 0.440
#> SRR1309856 2 0.3039 0.8013 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1102756 2 0.3366 0.7935 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1366519 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1080438 2 0.0693 0.7786 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1391789 3 0.6581 0.4341 0.000 0.212 0.432 0.000 0.356
#> SRR1402195 3 0.2295 0.6580 0.004 0.088 0.900 0.000 0.008
#> SRR1429516 4 0.3242 0.7033 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1406662 2 0.0693 0.7767 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1333414 2 0.3242 0.7963 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1369030 2 0.0794 0.7741 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1342916 1 0.3906 0.7478 0.800 0.000 0.132 0.000 0.068
#> SRR1362824 2 0.3109 0.7998 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 4 0.7586 0.2305 0.000 0.280 0.292 0.384 0.044
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.0912 0.7783 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1402068 2 0.1410 0.7616 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1490076 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1435501 1 0.6036 0.4514 0.580 0.000 0.212 0.000 0.208
#> SRR1452491 2 0.4235 0.7664 0.000 0.656 0.008 0.000 0.336
#> SRR1397329 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR1093243 4 0.0162 0.9403 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1418390 2 0.2605 0.7923 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR608480 3 0.3918 0.6602 0.080 0.068 0.828 0.000 0.024
#> SRR598589 3 0.6223 0.5000 0.216 0.060 0.636 0.000 0.088
#> SRR601868 1 0.3669 0.7558 0.816 0.000 0.056 0.000 0.128
#> SRR607313 1 0.1430 0.8341 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR812222 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR815893 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.4329 0.6709 0.000 0.224 0.008 0.740 0.028
#> SRR810737 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0771 0.8459 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1443182 2 0.3596 0.6915 0.000 0.776 0.012 0.212 0.000
#> SRR1457872 2 0.4080 0.7950 0.000 0.760 0.012 0.016 0.212
#> SRR658481 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.4327 0.7495 0.000 0.008 0.632 0.000 0.360
#> SRR656433 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1308674 2 0.4291 0.7015 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1338363 3 0.4557 0.7527 0.004 0.004 0.552 0.000 0.440
#> SRR1344271 2 0.4300 0.6956 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1321608 2 0.3586 0.7858 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1441464 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR607970 1 0.6097 0.3974 0.556 0.000 0.276 0.000 0.168
#> SRR1338171 2 0.1341 0.7636 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR604174 3 0.3291 0.6930 0.000 0.064 0.848 0.000 0.088
#> SRR1345221 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.5062 0.3506 0.000 0.276 0.656 0.000 0.068
#> SRR615970 3 0.4410 0.7536 0.000 0.004 0.556 0.000 0.440
#> SRR1370659 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.5773 0.5036 0.616 0.000 0.216 0.000 0.168
#> SRR1331013 2 0.3592 0.7985 0.000 0.808 0.012 0.012 0.168
#> SRR1419638 3 0.3093 0.7377 0.000 0.008 0.824 0.000 0.168
#> SRR1434975 3 0.5267 0.0399 0.000 0.428 0.524 0.000 0.048
#> SRR1445741 2 0.2723 0.7989 0.000 0.864 0.012 0.000 0.124
#> SRR1088142 3 0.4517 0.7524 0.000 0.008 0.556 0.000 0.436
#> SRR604206 3 0.5717 0.2178 0.368 0.000 0.540 0.000 0.092
#> SRR1358779 3 0.2723 0.7220 0.000 0.012 0.864 0.000 0.124
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.1877 0.7555 0.000 0.924 0.012 0.000 0.064
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 2 0.4838 0.7664 0.000 0.748 0.012 0.112 0.128
#> SRR1489715 2 0.4273 0.7095 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1364780 3 0.4410 0.7536 0.000 0.004 0.556 0.000 0.440
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.6118 0.5031 0.000 0.576 0.012 0.292 0.120
#> SRR1409748 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0609 0.7763 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1316725 2 0.1809 0.7575 0.000 0.928 0.012 0.000 0.060
#> SRR1314851 2 0.5115 0.6657 0.000 0.696 0.012 0.224 0.068
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.4990 0.7303 0.000 0.040 0.600 0.000 0.360
#> SRR1308696 3 0.4764 0.7506 0.012 0.004 0.548 0.000 0.436
#> SRR808772 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR812649 2 0.0880 0.7876 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1366690 3 0.3297 0.6909 0.000 0.068 0.848 0.000 0.084
#> SRR1317707 2 0.3274 0.7956 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1339321 2 0.5041 0.6180 0.000 0.680 0.012 0.260 0.048
#> SRR1442487 2 0.4294 0.6992 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1069690 2 0.0807 0.7752 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1319344 2 0.5454 0.2379 0.000 0.532 0.404 0.000 0.064
#> SRR1332835 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1334694 2 0.4297 0.6974 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.1478 0.7598 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1313853 2 0.4300 0.6962 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR661192 1 0.6952 -0.2174 0.356 0.004 0.328 0.000 0.312
#> SRR1384827 2 0.4101 0.7437 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR814587 4 0.1670 0.9012 0.000 0.052 0.000 0.936 0.012
#> SRR656899 3 0.5559 0.3419 0.304 0.004 0.608 0.000 0.084
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 3 0.4777 0.7491 0.008 0.008 0.548 0.000 0.436
#> SRR1442273 2 0.3521 0.7988 0.000 0.808 0.012 0.008 0.172
#> SRR1407470 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1490289 2 0.0693 0.7760 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1093649 2 0.2046 0.7519 0.000 0.916 0.016 0.000 0.068
#> SRR1478900 3 0.6531 0.6555 0.176 0.008 0.508 0.000 0.308
#> SRR1447652 1 0.0963 0.8422 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1324545 2 0.0693 0.7760 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR2170537 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.6385 0.4082 0.556 0.008 0.236 0.000 0.200
#> SRR615335 3 0.4425 0.7554 0.000 0.008 0.600 0.000 0.392
#> SRR1321505 3 0.6186 0.6812 0.120 0.008 0.532 0.000 0.340
#> SRR1457768 3 0.5844 0.7191 0.092 0.004 0.544 0.000 0.360
#> SRR1340641 4 0.3309 0.8434 0.004 0.068 0.064 0.860 0.004
#> SRR657903 3 0.5163 0.4862 0.224 0.004 0.684 0.000 0.088
#> SRR1403458 1 0.3825 0.7518 0.804 0.000 0.136 0.000 0.060
#> SRR1460073 1 0.5181 0.5583 0.652 0.000 0.268 0.000 0.080
#> SRR1441850 4 0.0510 0.9332 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR613759 3 0.3354 0.6913 0.000 0.068 0.844 0.000 0.088
#> SRR1472281 2 0.5038 0.7348 0.000 0.728 0.012 0.152 0.108
#> SRR1440445 3 0.3662 0.7475 0.000 0.004 0.744 0.000 0.252
#> SRR1088734 4 0.1682 0.9018 0.000 0.044 0.012 0.940 0.004
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.5450 0.6525 0.112 0.064 0.728 0.000 0.096
#> SRR1348226 3 0.4517 0.7524 0.000 0.008 0.556 0.000 0.436
#> SRR1313560 3 0.5165 0.5144 0.208 0.008 0.696 0.000 0.088
#> SRR1092889 2 0.1478 0.7598 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1352213 1 0.5057 0.6019 0.728 0.012 0.140 0.000 0.120
#> SRR2185233 1 0.0609 0.8458 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.3816 0.7763 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR817825 3 0.5359 0.0696 0.000 0.412 0.532 0.000 0.056
#> SRR660366 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.1478 0.7598 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1323512 2 0.2929 0.8019 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1325247 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.4989 0.7370 0.000 0.056 0.648 0.000 0.296
#> SRR1437454 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.4730 0.2677 0.000 0.416 0.012 0.568 0.004
#> SRR1322395 1 0.2511 0.7981 0.892 0.000 0.080 0.000 0.028
#> SRR1378131 2 0.2881 0.7295 0.000 0.860 0.012 0.124 0.004
#> SRR1325464 1 0.0693 0.8445 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1340280 3 0.2012 0.6752 0.000 0.060 0.920 0.000 0.020
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR1076779 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.5274 0.3512 0.000 0.600 0.336 0.000 0.064
#> SRR661120 3 0.3692 0.6770 0.000 0.136 0.812 0.000 0.052
#> SRR601613 3 0.4962 0.7521 0.008 0.016 0.544 0.000 0.432
#> SRR811535 3 0.4237 0.6672 0.084 0.064 0.812 0.000 0.040
#> SRR820316 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.3177 0.7967 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1375677 1 0.6433 0.2136 0.488 0.000 0.312 0.000 0.200
#> SRR1365700 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR604122 3 0.5715 0.2877 0.332 0.004 0.576 0.000 0.088
#> SRR598509 3 0.1943 0.6771 0.000 0.056 0.924 0.000 0.020
#> SRR1397052 3 0.4675 0.5773 0.164 0.004 0.744 0.000 0.088
#> SRR1339921 3 0.4517 0.7524 0.000 0.008 0.556 0.000 0.436
#> SRR664743 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.3636 0.7843 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1355660 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0162 0.8475 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.4497 0.7566 0.000 0.008 0.568 0.000 0.424
#> SRR656288 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR1487233 2 0.1809 0.7574 0.000 0.928 0.012 0.000 0.060
#> SRR662043 3 0.4526 0.6782 0.080 0.064 0.796 0.000 0.060
#> SRR1381211 2 0.2852 0.7933 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1379365 2 0.2818 0.7990 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132
#> SRR1384852 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 3 0.5939 0.6705 0.000 0.120 0.536 0.000 0.344
#> SRR807901 1 0.5179 0.5345 0.640 0.000 0.288 0.000 0.072
#> SRR816064 1 0.1270 0.8355 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR810507 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.5575 0.5496 0.644 0.000 0.188 0.000 0.168
#> SRR1349893 1 0.0794 0.8438 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1444722 3 0.2012 0.6752 0.000 0.060 0.920 0.000 0.020
#> SRR1316483 3 0.4528 0.7534 0.000 0.008 0.548 0.000 0.444
#> SRR662749 1 0.3033 0.7886 0.864 0.000 0.052 0.000 0.084
#> SRR1342701 2 0.4098 0.6381 0.000 0.780 0.156 0.000 0.064
#> SRR1343653 2 0.3981 0.7957 0.000 0.764 0.012 0.012 0.212
#> SRR1336134 2 0.2074 0.7982 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR654940 2 0.1270 0.7652 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1098288 2 0.3210 0.7963 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1326343 3 0.5040 0.5451 0.192 0.008 0.712 0.000 0.088
#> SRR811145 1 0.5283 0.5928 0.676 0.000 0.188 0.000 0.136
#> SRR615359 3 0.1768 0.6708 0.000 0.072 0.924 0.000 0.004
#> SRR1075997 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1090483 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 3 0.4610 0.7539 0.000 0.012 0.556 0.000 0.432
#> SRR1312482 2 0.4304 0.6930 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1430420 3 0.6444 0.6571 0.168 0.004 0.492 0.000 0.336
#> SRR1387475 4 0.0324 0.9385 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1388419 2 0.2230 0.7542 0.000 0.912 0.044 0.000 0.044
#> SRR1442250 2 0.5450 0.1550 0.000 0.496 0.444 0.000 0.060
#> SRR1430679 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1311109 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.4114 0.3421 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1392434 2 0.3167 0.8001 0.000 0.820 0.004 0.004 0.172
#> SRR1085925 1 0.0290 0.8479 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR820655 1 0.5904 0.4857 0.600 0.000 0.204 0.000 0.196
#> SRR1383937 2 0.3430 0.7959 0.000 0.776 0.004 0.000 0.220
#> SRR1315393 2 0.3857 0.7578 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1094506 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR1330633 2 0.3534 0.7885 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1330153 3 0.2522 0.6710 0.004 0.076 0.896 0.000 0.024
#> SRR1451778 3 0.3354 0.6895 0.000 0.068 0.844 0.000 0.088
#> SRR657089 3 0.3421 0.7485 0.000 0.008 0.788 0.000 0.204
#> SRR1395659 2 0.1281 0.7687 0.000 0.956 0.012 0.000 0.032
#> SRR1385716 3 0.4792 0.7504 0.008 0.008 0.536 0.000 0.448
#> SRR1466109 1 0.6731 -0.0115 0.416 0.000 0.304 0.000 0.280
#> SRR1080977 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR1441725 3 0.5239 0.6815 0.080 0.064 0.744 0.000 0.112
#> SRR1485078 2 0.1410 0.7616 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR661806 2 0.5934 0.5805 0.000 0.592 0.232 0.000 0.176
#> SRR1334919 3 0.4977 0.7488 0.016 0.008 0.532 0.000 0.444
#> SRR599249 3 0.1764 0.6758 0.000 0.064 0.928 0.000 0.008
#> SRR810051 2 0.3563 0.7969 0.000 0.780 0.012 0.000 0.208
#> SRR1407202 3 0.1830 0.6700 0.000 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR1434399 1 0.5422 0.4033 0.580 0.000 0.348 0.000 0.072
#> SRR1330965 3 0.4383 0.7569 0.000 0.004 0.572 0.000 0.424
#> SRR1369536 1 0.5848 0.4948 0.608 0.000 0.200 0.000 0.192
#> SRR1382508 3 0.4517 0.7567 0.000 0.008 0.556 0.000 0.436
#> SRR1405028 3 0.1704 0.6711 0.000 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR612719 3 0.4627 0.5703 0.000 0.188 0.732 0.000 0.080
#> SRR1340617 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1448183 3 0.4675 0.6895 0.044 0.064 0.780 0.000 0.112
#> SRR1362488 2 0.3109 0.7980 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.2144 0.6737 0.000 0.068 0.912 0.000 0.020
#> SRR1477837 4 0.6372 0.0635 0.000 0.408 0.128 0.456 0.008
#> SRR607252 1 0.3019 0.7897 0.864 0.000 0.048 0.000 0.088
#> SRR1418946 3 0.4313 0.7453 0.000 0.040 0.732 0.000 0.228
#> SRR1456567 2 0.5902 0.4720 0.000 0.576 0.012 0.324 0.088
#> SRR1487425 2 0.2891 0.7996 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1335627 2 0.1809 0.7570 0.000 0.928 0.012 0.000 0.060
#> SRR1327680 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR1478812 2 0.4465 0.7511 0.000 0.672 0.024 0.000 0.304
#> SRR1447673 4 0.0162 0.9403 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR815735 3 0.4517 0.7524 0.000 0.008 0.556 0.000 0.436
#> SRR1404251 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR601645 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 2 0.4555 0.5897 0.000 0.720 0.224 0.000 0.056
#> SRR659983 1 0.0794 0.8439 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1402414 2 0.1809 0.7570 0.000 0.928 0.012 0.000 0.060
#> SRR614215 3 0.3354 0.6913 0.000 0.068 0.844 0.000 0.088
#> SRR659283 1 0.5670 0.1522 0.488 0.044 0.452 0.000 0.016
#> SRR1459956 2 0.4291 0.7032 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1340441 3 0.4524 0.7565 0.004 0.004 0.572 0.000 0.420
#> SRR1317428 1 0.3362 0.7785 0.844 0.000 0.076 0.000 0.080
#> SRR1403390 3 0.3790 0.7495 0.000 0.004 0.724 0.000 0.272
#> SRR1452741 3 0.4517 0.7533 0.000 0.008 0.556 0.000 0.436
#> SRR1458484 1 0.8281 0.2309 0.424 0.156 0.160 0.252 0.008
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.1768 0.7169 0.000 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR1457039 4 0.0162 0.9407 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1376539 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR1430639 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.1877 0.7555 0.000 0.924 0.012 0.000 0.064
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 3 0.2237 0.6615 0.000 0.084 0.904 0.004 0.008
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.5532 0.5649 0.648 0.000 0.196 0.000 0.156
#> SRR656588 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.5692 0.5294 0.628 0.000 0.204 0.000 0.168
#> SRR1401446 3 0.4219 0.7522 0.000 0.024 0.716 0.000 0.260
#> SRR1398311 2 0.0693 0.7760 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1442149 4 0.1074 0.9249 0.000 0.016 0.012 0.968 0.004
#> SRR809137 1 0.1701 0.8309 0.936 0.000 0.016 0.000 0.048
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.6075 0.2359 0.000 0.368 0.012 0.528 0.092
#> SRR1321225 3 0.4533 0.7532 0.000 0.008 0.544 0.000 0.448
#> SRR1069802 3 0.5865 0.6524 0.124 0.064 0.692 0.000 0.120
#> SRR1077643 2 0.5406 0.1006 0.000 0.476 0.468 0.000 0.056
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.3876 0.7719 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1467612 2 0.0794 0.7741 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1430133 2 0.4294 0.7014 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.4557 0.7527 0.004 0.004 0.552 0.000 0.440
#> SRR1374028 2 0.0898 0.7750 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.5877 0.4975 0.604 0.000 0.196 0.000 0.200
#> SRR1469638 3 0.4510 0.7530 0.000 0.008 0.560 0.000 0.432
#> SRR662150 1 0.0324 0.8479 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1400290 3 0.4533 0.7532 0.000 0.008 0.544 0.000 0.448
#> SRR1084892 2 0.4227 0.7219 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1416166 3 0.2426 0.6901 0.000 0.064 0.900 0.000 0.036
#> SRR1477015 3 0.6799 0.5864 0.232 0.008 0.464 0.000 0.296
#> SRR1380501 2 0.4334 0.7656 0.000 0.764 0.080 0.000 0.156
#> SRR1446156 2 0.0693 0.7760 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1488328 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1086889 2 0.4242 0.7222 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR814611 3 0.5611 0.7348 0.060 0.008 0.552 0.000 0.380
#> SRR599086 1 0.6397 0.2166 0.504 0.004 0.328 0.000 0.164
#> SRR1086844 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.4933 0.5654 0.000 0.688 0.236 0.000 0.076
#> SRR807877 2 0.3462 0.7979 0.000 0.792 0.012 0.000 0.196
#> SRR1477033 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.4302 0.6934 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR601986 3 0.4777 0.7504 0.008 0.008 0.548 0.000 0.436
#> SRR1446226 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.5783 0.6867 0.000 0.100 0.540 0.000 0.360
#> SRR600474 1 0.6749 -0.0368 0.408 0.000 0.304 0.000 0.288
#> SRR1307699 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.4510 0.7530 0.000 0.008 0.560 0.000 0.432
#> SRR1323628 1 0.5409 0.4608 0.612 0.000 0.304 0.000 0.084
#> SRR1430951 3 0.2583 0.7305 0.000 0.004 0.864 0.000 0.132
#> SRR1385364 3 0.6439 0.2104 0.000 0.372 0.448 0.000 0.180
#> SRR1478149 3 0.3333 0.7320 0.000 0.004 0.788 0.000 0.208
#> SRR1384413 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.2818 0.8144 0.000 0.132 0.012 0.856 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.4533 0.7532 0.000 0.008 0.544 0.000 0.448
#> SRR1434093 3 0.4533 0.7532 0.000 0.008 0.544 0.000 0.448
#> SRR1341408 2 0.3628 0.7963 0.000 0.772 0.012 0.000 0.216
#> SRR612335 3 0.6892 0.0530 0.000 0.384 0.452 0.128 0.036
#> SRR1321420 1 0.1638 0.8295 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1329177 1 0.6096 0.3080 0.592 0.008 0.248 0.000 0.152
#> SRR1398371 2 0.3634 0.6620 0.000 0.796 0.012 0.184 0.008
#> SRR614996 3 0.4517 0.7533 0.000 0.008 0.556 0.000 0.436
#> SRR1431602 2 0.0404 0.7783 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1311509 3 0.2077 0.6621 0.000 0.084 0.908 0.000 0.008
#> SRR1507229 3 0.4670 0.7513 0.008 0.004 0.548 0.000 0.440
#> SRR1310373 3 0.4101 0.7527 0.000 0.004 0.664 0.000 0.332
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9427 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.4533 0.7532 0.000 0.008 0.544 0.000 0.448
#> SRR1392813 2 0.4291 0.7017 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1453026 2 0.2074 0.7979 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1388105 4 0.3476 0.7536 0.000 0.176 0.020 0.804 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.8486 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.3639 0.7203 0.000 0.024 0.792 0.000 0.184
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.5753 3.78e-01 0.520 0.056 0.368 0.000 0.000 0.056
#> SRR1468613 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 5 0.2730 5.18e-01 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1381693 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.4098 -3.90e-01 0.000 0.000 0.496 0.000 0.008 0.496
#> SRR1442648 5 0.3464 2.51e-01 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR1486174 5 0.3862 -3.02e-01 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1349433 5 0.3547 1.86e-01 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> SRR1321283 3 0.4011 4.16e-01 0.204 0.000 0.736 0.000 0.000 0.060
#> SRR1387702 1 0.0291 8.68e-01 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1435584 2 0.3838 5.78e-01 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0146 8.70e-01 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1397180 4 0.5878 -7.09e-02 0.000 0.204 0.000 0.440 0.356 0.000
#> SRR657492 1 0.6307 3.18e-01 0.476 0.072 0.360 0.000 0.000 0.092
#> SRR662665 3 0.2489 6.43e-01 0.000 0.000 0.860 0.000 0.012 0.128
#> SRR818530 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR817563 2 0.3854 5.49e-01 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR613462 3 0.2531 6.38e-01 0.000 0.000 0.856 0.000 0.012 0.132
#> SRR1405206 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1454136 2 0.3810 6.12e-01 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1380785 5 0.1075 7.01e-01 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR612875 3 0.4306 4.68e-01 0.000 0.020 0.684 0.000 0.020 0.276
#> SRR808327 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1355194 5 0.3409 5.56e-01 0.000 0.028 0.000 0.000 0.780 0.192
#> SRR1408227 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1086304 6 0.4325 4.38e-01 0.000 0.000 0.456 0.000 0.020 0.524
#> SRR1080415 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1084965 1 0.3307 7.81e-01 0.820 0.072 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1310563 6 0.4581 4.44e-01 0.000 0.000 0.448 0.000 0.036 0.516
#> SRR602437 1 0.5891 4.99e-01 0.572 0.040 0.268 0.000 0.000 0.120
#> SRR663404 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0291 8.69e-01 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 6 0.3546 5.01e-01 0.076 0.044 0.024 0.000 0.016 0.840
#> SRR1356487 5 0.1141 7.00e-01 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1479263 5 0.3862 -3.75e-01 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1409641 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.5001 4.78e-01 0.596 0.096 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1345736 1 0.0725 8.64e-01 0.976 0.012 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345827 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1367456 5 0.3955 1.96e-01 0.000 0.000 0.004 0.000 0.560 0.436
#> SRR1072650 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1087197 6 0.4919 4.35e-01 0.000 0.000 0.388 0.000 0.068 0.544
#> SRR1383960 3 0.4117 4.74e-01 0.000 0.016 0.708 0.000 0.020 0.256
#> SRR600924 3 0.6480 1.95e-01 0.136 0.068 0.500 0.000 0.000 0.296
#> SRR662390 3 0.2213 6.54e-01 0.000 0.008 0.888 0.000 0.004 0.100
#> SRR1071692 1 0.0405 8.67e-01 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658421 1 0.4625 7.27e-01 0.744 0.084 0.044 0.000 0.000 0.128
#> SRR1352936 3 0.0665 6.60e-01 0.000 0.004 0.980 0.000 0.008 0.008
#> SRR598148 6 0.4747 4.78e-01 0.000 0.000 0.376 0.000 0.056 0.568
#> SRR1444390 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0260 6.59e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1389777 6 0.3518 5.18e-01 0.044 0.044 0.044 0.000 0.020 0.848
#> SRR603918 5 0.3052 5.53e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.780 0.216
#> SRR1468682 4 0.5254 6.17e-02 0.000 0.100 0.000 0.508 0.392 0.000
#> SRR1490505 5 0.3789 -1.78e-01 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1343859 6 0.4428 4.67e-01 0.000 0.000 0.388 0.000 0.032 0.580
#> SRR1075631 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444954 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1479286 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.0260 6.61e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1392208 2 0.3833 5.86e-01 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1456693 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1358482 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR658331 3 0.5997 1.22e-01 0.000 0.024 0.552 0.000 0.200 0.224
#> SRR810619 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR600829 3 0.3583 5.21e-01 0.000 0.004 0.728 0.000 0.008 0.260
#> SRR599380 1 0.1411 8.41e-01 0.936 0.004 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 6 0.6622 2.14e-01 0.260 0.008 0.320 0.000 0.016 0.396
#> SRR1489693 3 0.3717 -5.27e-02 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1318662 2 0.2300 7.52e-01 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1408657 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661337 3 0.5057 5.12e-01 0.072 0.072 0.708 0.000 0.000 0.148
#> SRR601239 1 0.0291 8.69e-01 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0260 6.59e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1352111 1 0.2978 8.12e-01 0.860 0.072 0.012 0.000 0.000 0.056
#> SRR1330944 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.4600 3.27e-01 0.000 0.024 0.692 0.000 0.044 0.240
#> SRR1437208 2 0.3789 6.27e-01 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1444914 1 0.0508 8.67e-01 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR660756 2 0.3838 5.78e-01 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1093269 2 0.3851 5.51e-01 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR1341456 3 0.4732 3.54e-01 0.164 0.008 0.700 0.000 0.000 0.128
#> SRR657456 3 0.0260 6.59e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR807727 5 0.5771 -2.65e-01 0.000 0.380 0.000 0.176 0.444 0.000
#> SRR816358 1 0.3038 8.09e-01 0.856 0.072 0.012 0.000 0.000 0.060
#> SRR658283 5 0.6543 2.66e-01 0.000 0.088 0.160 0.000 0.536 0.216
#> SRR813728 5 0.3717 -4.21e-02 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> SRR1394520 1 0.5428 6.04e-01 0.648 0.072 0.220 0.000 0.000 0.060
#> SRR1308200 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087992 3 0.3500 6.36e-01 0.024 0.044 0.832 0.000 0.004 0.096
#> SRR1405593 3 0.3265 6.28e-01 0.000 0.056 0.828 0.000 0.004 0.112
#> SRR1326040 3 0.3404 5.21e-01 0.000 0.004 0.744 0.000 0.004 0.248
#> SRR1312725 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478189 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 5 0.2046 6.95e-01 0.000 0.060 0.000 0.000 0.908 0.032
#> SRR1398706 5 0.0790 7.09e-01 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1368794 5 0.0405 7.13e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1392749 4 0.1745 8.27e-01 0.000 0.012 0.000 0.920 0.068 0.000
#> SRR603968 6 0.4256 4.26e-01 0.000 0.000 0.464 0.000 0.016 0.520
#> SRR815661 6 0.5357 1.73e-02 0.368 0.044 0.024 0.000 0.008 0.556
#> SRR663100 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661229 1 0.1426 8.57e-01 0.948 0.016 0.008 0.000 0.000 0.028
#> SRR655792 1 0.1332 8.59e-01 0.952 0.012 0.008 0.000 0.000 0.028
#> SRR663705 6 0.4868 5.01e-01 0.000 0.000 0.332 0.000 0.076 0.592
#> SRR1464281 2 0.3737 6.51e-01 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1384917 5 0.1528 7.06e-01 0.000 0.048 0.000 0.000 0.936 0.016
#> SRR1435182 2 0.2300 7.52e-01 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1477569 3 0.3717 5.83e-01 0.000 0.064 0.776 0.000 0.000 0.160
#> SRR602461 3 0.6046 3.33e-02 0.376 0.072 0.488 0.000 0.000 0.064
#> SRR1334338 3 0.4759 5.41e-01 0.048 0.072 0.728 0.000 0.000 0.152
#> SRR1354710 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 6 0.4467 4.17e-01 0.000 0.000 0.464 0.000 0.028 0.508
#> SRR663014 4 0.5239 1.31e-01 0.000 0.064 0.000 0.504 0.420 0.012
#> SRR1417960 4 0.2933 7.20e-01 0.000 0.004 0.000 0.796 0.200 0.000
#> SRR1474730 3 0.0260 6.59e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1381269 2 0.3810 6.12e-01 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR657695 5 0.1625 6.98e-01 0.000 0.060 0.000 0.000 0.928 0.012
#> SRR1357650 5 0.3076 4.50e-01 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1472237 2 0.2631 7.49e-01 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1470816 5 0.1333 7.04e-01 0.000 0.048 0.000 0.000 0.944 0.008
#> SRR1458358 1 0.0405 8.67e-01 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR614683 3 0.5874 3.25e-01 0.232 0.072 0.604 0.000 0.000 0.092
#> SRR1318998 6 0.4256 4.27e-01 0.000 0.000 0.464 0.000 0.016 0.520
#> SRR1392795 5 0.3947 5.46e-01 0.000 0.136 0.000 0.100 0.764 0.000
#> SRR1469859 1 0.1448 8.55e-01 0.948 0.024 0.012 0.000 0.000 0.016
#> SRR1378243 5 0.5179 2.25e-01 0.000 0.064 0.000 0.380 0.544 0.012
#> SRR1360587 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604230 6 0.5172 1.84e-01 0.308 0.044 0.024 0.000 0.008 0.616
#> SRR1347667 3 0.0458 6.58e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR608096 3 0.6506 -9.42e-02 0.000 0.028 0.396 0.000 0.360 0.216
#> SRR665514 3 0.6509 2.55e-01 0.040 0.064 0.536 0.012 0.032 0.316
#> SRR1454522 3 0.0260 6.59e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1419615 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433684 3 0.2308 6.52e-01 0.000 0.008 0.880 0.000 0.004 0.108
#> SRR613186 3 0.3774 -1.48e-01 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1343795 2 0.3774 6.33e-01 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1417766 2 0.2260 7.52e-01 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1420606 5 0.3583 5.95e-01 0.000 0.032 0.108 0.000 0.820 0.040
#> SRR1326687 1 0.0458 8.67e-01 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0405 6.59e-01 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1309856 5 0.3634 1.06e-01 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1102756 2 0.3804 6.15e-01 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1366519 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1080438 5 0.2355 6.57e-01 0.000 0.112 0.000 0.004 0.876 0.008
#> SRR1391789 3 0.6633 -4.90e-03 0.000 0.048 0.440 0.000 0.320 0.192
#> SRR1402195 6 0.3986 5.64e-01 0.000 0.012 0.204 0.000 0.036 0.748
#> SRR1429516 4 0.2994 7.14e-01 0.000 0.004 0.000 0.788 0.208 0.000
#> SRR1406662 5 0.1267 6.94e-01 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1333414 2 0.3823 6.00e-01 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR1369030 5 0.0363 7.12e-01 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1342916 1 0.4507 5.69e-01 0.664 0.068 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1362824 5 0.3578 1.71e-01 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 4 0.6536 1.35e-01 0.000 0.004 0.016 0.400 0.268 0.312
#> SRR1434568 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473505 5 0.3110 5.46e-01 0.000 0.196 0.000 0.000 0.792 0.012
#> SRR1402068 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1490076 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1435501 3 0.6128 -1.71e-01 0.428 0.072 0.432 0.000 0.000 0.068
#> SRR1452491 2 0.4144 6.68e-01 0.000 0.620 0.000 0.020 0.360 0.000
#> SRR1397329 3 0.0363 6.59e-01 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1093243 4 0.0790 8.55e-01 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1418390 5 0.1387 6.91e-01 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR608480 6 0.5385 4.70e-01 0.000 0.052 0.312 0.000 0.044 0.592
#> SRR598589 6 0.5733 4.00e-01 0.212 0.040 0.084 0.000 0.020 0.644
#> SRR601868 1 0.4413 7.35e-01 0.764 0.072 0.116 0.000 0.000 0.048
#> SRR607313 1 0.0508 8.66e-01 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR812222 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.3493 7.14e-01 0.000 0.056 0.000 0.796 0.148 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.1148 8.60e-01 0.960 0.016 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR1443182 5 0.4897 8.53e-02 0.000 0.060 0.000 0.448 0.492 0.000
#> SRR1457872 2 0.5178 5.00e-01 0.000 0.488 0.000 0.088 0.424 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.1794 8.42e-01 0.924 0.040 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1332607 3 0.3329 5.27e-01 0.000 0.012 0.796 0.000 0.012 0.180
#> SRR656433 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1308674 2 0.3266 7.09e-01 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1338363 3 0.0260 6.59e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1344271 2 0.2300 7.52e-01 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1321608 2 0.3747 6.45e-01 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1441464 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR607970 1 0.6853 2.69e-01 0.440 0.072 0.296 0.000 0.000 0.192
#> SRR1338171 5 0.0520 7.10e-01 0.000 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR604174 6 0.4482 4.10e-01 0.000 0.000 0.416 0.000 0.032 0.552
#> SRR1345221 1 0.0508 8.66e-01 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR815517 6 0.5191 4.57e-01 0.000 0.000 0.400 0.000 0.092 0.508
#> SRR615970 3 0.0508 6.59e-01 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1370659 1 0.0291 8.68e-01 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383125 1 0.5720 5.90e-01 0.632 0.068 0.200 0.000 0.000 0.100
#> SRR1331013 5 0.5070 -1.26e-01 0.000 0.380 0.004 0.008 0.556 0.052
#> SRR1419638 3 0.3758 1.83e-01 0.000 0.000 0.668 0.000 0.008 0.324
#> SRR1434975 6 0.5995 3.66e-01 0.000 0.000 0.260 0.000 0.304 0.436
#> SRR1445741 5 0.4897 1.73e-01 0.000 0.292 0.000 0.092 0.616 0.000
#> SRR1088142 3 0.2747 6.45e-01 0.000 0.028 0.860 0.000 0.004 0.108
#> SRR604206 6 0.5731 4.72e-01 0.160 0.068 0.116 0.000 0.004 0.652
#> SRR1358779 3 0.4226 -3.68e-01 0.000 0.004 0.504 0.000 0.008 0.484
#> SRR1473142 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410334 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1352234 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.6088 -2.64e-01 0.000 0.276 0.000 0.368 0.356 0.000
#> SRR1489715 2 0.3860 3.46e-01 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR1364780 3 0.1007 6.50e-01 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1460124 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.6020 2.57e-01 0.000 0.408 0.000 0.248 0.344 0.000
#> SRR1409748 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 5 0.1007 7.04e-01 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1316725 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1314851 4 0.4751 3.95e-01 0.000 0.076 0.000 0.624 0.300 0.000
#> SRR1354599 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.4140 4.71e-01 0.000 0.024 0.688 0.000 0.008 0.280
#> SRR1308696 3 0.0622 6.57e-01 0.012 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008
#> SRR808772 1 0.0520 8.67e-01 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR812649 5 0.1444 6.87e-01 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1366690 6 0.4552 5.25e-01 0.000 0.012 0.320 0.000 0.032 0.636
#> SRR1317707 2 0.3810 6.12e-01 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1339321 4 0.4955 3.66e-01 0.000 0.096 0.000 0.608 0.296 0.000
#> SRR1442487 2 0.3151 7.13e-01 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1069690 5 0.1500 7.03e-01 0.000 0.052 0.000 0.000 0.936 0.012
#> SRR1319344 5 0.3659 3.68e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1332835 2 0.2260 7.52e-01 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1334694 2 0.2730 7.47e-01 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479933 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1313853 2 0.2260 7.52e-01 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR661192 3 0.5798 4.04e-01 0.152 0.072 0.636 0.000 0.000 0.140
#> SRR1384827 5 0.3993 -2.29e-01 0.000 0.476 0.000 0.000 0.520 0.004
#> SRR814587 4 0.1334 8.47e-01 0.000 0.020 0.000 0.948 0.032 0.000
#> SRR656899 6 0.3570 4.97e-01 0.084 0.044 0.020 0.000 0.016 0.836
#> SRR1088340 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0717 8.63e-01 0.976 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1317305 3 0.2800 6.45e-01 0.000 0.036 0.860 0.000 0.004 0.100
#> SRR1442273 5 0.4109 -1.74e-01 0.000 0.412 0.000 0.012 0.576 0.000
#> SRR1407470 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1490289 5 0.1625 6.98e-01 0.000 0.060 0.000 0.000 0.928 0.012
#> SRR1093649 5 0.2613 6.17e-01 0.000 0.012 0.000 0.000 0.848 0.140
#> SRR1478900 3 0.5481 3.68e-01 0.216 0.000 0.616 0.000 0.016 0.152
#> SRR1447652 1 0.0777 8.61e-01 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1324545 5 0.1625 6.98e-01 0.000 0.060 0.000 0.000 0.928 0.012
#> SRR2170537 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.6192 5.07e-01 0.576 0.072 0.216 0.000 0.000 0.136
#> SRR615335 3 0.3221 5.85e-01 0.000 0.004 0.772 0.000 0.004 0.220
#> SRR1321505 3 0.4736 5.40e-01 0.040 0.072 0.724 0.000 0.000 0.164
#> SRR1457768 3 0.5029 3.17e-01 0.172 0.004 0.656 0.000 0.000 0.168
#> SRR1340641 4 0.5584 5.65e-01 0.000 0.000 0.032 0.620 0.224 0.124
#> SRR657903 6 0.4285 4.59e-01 0.136 0.040 0.048 0.000 0.004 0.772
#> SRR1403458 1 0.4151 5.76e-01 0.684 0.040 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1460073 1 0.4819 3.55e-01 0.512 0.044 0.004 0.000 0.000 0.440
#> SRR1441850 4 0.0405 8.66e-01 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR613759 6 0.4303 5.22e-01 0.000 0.008 0.316 0.000 0.024 0.652
#> SRR1472281 4 0.5528 1.15e-01 0.000 0.144 0.000 0.508 0.348 0.000
#> SRR1440445 3 0.3728 1.17e-01 0.000 0.004 0.652 0.000 0.000 0.344
#> SRR1088734 4 0.0858 8.58e-01 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364695 6 0.6921 2.93e-01 0.176 0.028 0.364 0.000 0.028 0.404
#> SRR1348226 3 0.3031 6.37e-01 0.000 0.044 0.844 0.000 0.004 0.108
#> SRR1313560 6 0.3135 5.09e-01 0.048 0.044 0.024 0.000 0.016 0.868
#> SRR1092889 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1352213 1 0.4302 7.30e-01 0.768 0.064 0.020 0.000 0.008 0.140
#> SRR2185233 1 0.0603 8.67e-01 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353970 1 0.0291 8.68e-01 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662641 2 0.3266 7.20e-01 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR817825 6 0.5620 4.11e-01 0.000 0.000 0.168 0.000 0.320 0.512
#> SRR660366 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1323512 5 0.3789 -1.34e-01 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1325247 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.3658 4.72e-01 0.000 0.020 0.776 0.000 0.016 0.188
#> SRR1437454 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.3763 6.62e-01 0.000 0.060 0.000 0.768 0.172 0.000
#> SRR1322395 1 0.3551 7.46e-01 0.804 0.012 0.144 0.000 0.000 0.040
#> SRR1378131 5 0.4867 4.01e-01 0.000 0.064 0.000 0.284 0.640 0.012
#> SRR1325464 1 0.2744 8.13e-01 0.864 0.072 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1340280 6 0.4328 4.31e-01 0.000 0.000 0.460 0.000 0.020 0.520
#> SRR1455842 4 0.0146 8.70e-01 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1352619 3 0.0260 6.59e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1076779 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.3984 5.14e-01 0.000 0.028 0.012 0.000 0.736 0.224
#> SRR661120 3 0.4632 -9.42e-02 0.000 0.000 0.520 0.000 0.040 0.440
#> SRR601613 3 0.3468 6.10e-01 0.000 0.068 0.804 0.000 0.000 0.128
#> SRR811535 6 0.5786 2.36e-01 0.012 0.060 0.408 0.000 0.028 0.492
#> SRR820316 1 0.0405 8.67e-01 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368616 2 0.3817 6.06e-01 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR1375677 3 0.6309 1.91e-01 0.328 0.068 0.500 0.000 0.000 0.104
#> SRR1365700 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR604122 6 0.4069 4.78e-01 0.120 0.044 0.024 0.000 0.016 0.796
#> SRR598509 6 0.4183 4.02e-01 0.000 0.000 0.480 0.000 0.012 0.508
#> SRR1397052 6 0.3223 5.19e-01 0.032 0.044 0.044 0.000 0.016 0.864
#> SRR1339921 3 0.2501 6.50e-01 0.000 0.016 0.872 0.000 0.004 0.108
#> SRR664743 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.3499 7.01e-01 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1355660 1 0.0508 8.66e-01 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481012 1 0.0291 8.68e-01 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603449 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0909 8.62e-01 0.968 0.012 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR808808 3 0.2879 6.17e-01 0.000 0.004 0.816 0.000 0.004 0.176
#> SRR656288 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0260 6.59e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1487233 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR662043 3 0.5487 2.27e-01 0.008 0.060 0.548 0.000 0.020 0.364
#> SRR1381211 5 0.1267 6.95e-01 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1379365 5 0.3684 1.70e-02 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1384852 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164847 3 0.4470 4.54e-01 0.000 0.016 0.680 0.000 0.036 0.268
#> SRR807901 1 0.4878 2.78e-01 0.484 0.040 0.008 0.000 0.000 0.468
#> SRR816064 1 0.1053 8.61e-01 0.964 0.020 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR810507 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.5681 4.66e-01 0.564 0.060 0.320 0.000 0.000 0.056
#> SRR1349893 1 0.0458 8.67e-01 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 6 0.4260 4.15e-01 0.000 0.000 0.472 0.000 0.016 0.512
#> SRR1316483 3 0.1858 6.57e-01 0.000 0.000 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR662749 1 0.1448 8.56e-01 0.948 0.024 0.012 0.000 0.000 0.016
#> SRR1342701 5 0.1657 6.76e-01 0.000 0.016 0.000 0.000 0.928 0.056
#> SRR1343653 2 0.5007 5.42e-01 0.000 0.512 0.000 0.072 0.416 0.000
#> SRR1336134 5 0.2793 5.25e-01 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR654940 5 0.0508 7.13e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1098288 2 0.3843 5.69e-01 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR1326343 6 0.3261 5.06e-01 0.056 0.044 0.024 0.000 0.016 0.860
#> SRR811145 1 0.5399 6.23e-01 0.664 0.052 0.184 0.000 0.000 0.100
#> SRR615359 6 0.4400 4.66e-01 0.000 0.000 0.376 0.000 0.032 0.592
#> SRR1075997 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388698 3 0.3382 6.23e-01 0.000 0.064 0.820 0.000 0.004 0.112
#> SRR1312482 2 0.2260 7.52e-01 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1430420 3 0.4037 4.18e-01 0.200 0.000 0.736 0.000 0.000 0.064
#> SRR1387475 4 0.0458 8.64e-01 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1388419 5 0.1080 7.10e-01 0.000 0.032 0.004 0.000 0.960 0.004
#> SRR1442250 5 0.4067 1.49e-01 0.000 0.000 0.008 0.000 0.548 0.444
#> SRR1430679 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.5186 2.73e-01 0.000 0.064 0.000 0.540 0.384 0.012
#> SRR1392434 5 0.5077 -2.67e-01 0.000 0.404 0.000 0.080 0.516 0.000
#> SRR1085925 1 0.0260 8.68e-01 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.6070 2.76e-01 0.468 0.072 0.396 0.000 0.000 0.064
#> SRR1383937 2 0.3782 6.29e-01 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR1315393 5 0.3647 2.59e-01 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1094506 3 0.0363 6.59e-01 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1330633 2 0.3866 4.85e-01 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR1330153 6 0.3590 5.53e-01 0.000 0.032 0.136 0.000 0.024 0.808
#> SRR1451778 6 0.3668 5.54e-01 0.000 0.032 0.144 0.000 0.024 0.800
#> SRR657089 3 0.4212 2.73e-02 0.000 0.000 0.560 0.000 0.016 0.424
#> SRR1395659 5 0.0622 7.13e-01 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1385716 3 0.1644 6.59e-01 0.000 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR1466109 3 0.5906 2.54e-01 0.300 0.072 0.560 0.000 0.000 0.068
#> SRR1080977 3 0.0363 6.59e-01 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1441725 6 0.6273 1.85e-01 0.028 0.072 0.424 0.000 0.032 0.444
#> SRR1485078 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR661806 5 0.5862 3.42e-01 0.000 0.212 0.020 0.000 0.568 0.200
#> SRR1334919 3 0.1949 6.58e-01 0.004 0.000 0.904 0.000 0.004 0.088
#> SRR599249 6 0.4445 4.38e-01 0.000 0.000 0.396 0.000 0.032 0.572
#> SRR810051 2 0.3810 6.12e-01 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1407202 6 0.4060 5.47e-01 0.000 0.000 0.284 0.000 0.032 0.684
#> SRR1434399 6 0.4898 -8.03e-02 0.420 0.044 0.008 0.000 0.000 0.528
#> SRR1330965 3 0.1327 6.38e-01 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1369536 1 0.6000 3.32e-01 0.492 0.072 0.376 0.000 0.000 0.060
#> SRR1382508 3 0.2346 6.48e-01 0.000 0.000 0.868 0.000 0.008 0.124
#> SRR1405028 6 0.4409 4.60e-01 0.000 0.000 0.380 0.000 0.032 0.588
#> SRR612719 3 0.5789 4.26e-02 0.000 0.024 0.520 0.000 0.108 0.348
#> SRR1340617 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1448183 6 0.5658 4.49e-01 0.080 0.008 0.316 0.000 0.024 0.572
#> SRR1362488 2 0.3857 5.34e-01 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 6 0.4456 4.45e-01 0.000 0.000 0.448 0.000 0.028 0.524
#> SRR1477837 4 0.6167 1.95e-01 0.000 0.000 0.080 0.480 0.372 0.068
#> SRR607252 1 0.2507 8.35e-01 0.892 0.028 0.020 0.000 0.000 0.060
#> SRR1418946 3 0.3922 3.88e-01 0.000 0.000 0.664 0.000 0.016 0.320
#> SRR1456567 4 0.5956 1.09e-02 0.000 0.256 0.000 0.452 0.292 0.000
#> SRR1487425 2 0.3868 4.63e-01 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1335627 5 0.0458 7.11e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1327680 3 0.0260 6.59e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1478812 5 0.3728 3.12e-01 0.000 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004
#> SRR1447673 4 0.1765 8.12e-01 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR815735 3 0.2308 6.52e-01 0.000 0.008 0.880 0.000 0.004 0.108
#> SRR1404251 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 5 0.6379 3.68e-01 0.000 0.120 0.200 0.008 0.584 0.088
#> SRR659983 1 0.1492 8.53e-01 0.940 0.024 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1402414 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR614215 6 0.3952 5.57e-01 0.000 0.032 0.176 0.000 0.024 0.768
#> SRR659283 1 0.5402 4.67e-01 0.616 0.012 0.084 0.000 0.012 0.276
#> SRR1459956 2 0.2969 7.40e-01 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1340441 3 0.1910 6.05e-01 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1317428 1 0.4527 5.50e-01 0.624 0.040 0.004 0.000 0.000 0.332
#> SRR1403390 3 0.3245 4.36e-01 0.000 0.008 0.764 0.000 0.000 0.228
#> SRR1452741 3 0.2213 6.54e-01 0.000 0.008 0.888 0.000 0.004 0.100
#> SRR1458484 1 0.8147 3.25e-01 0.444 0.048 0.036 0.172 0.224 0.076
#> SRR1387091 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.3997 -3.63e-01 0.000 0.000 0.508 0.000 0.004 0.488
#> SRR1457039 4 0.0458 8.65e-01 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1376539 3 0.0260 6.59e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430639 1 0.0146 8.69e-01 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419829 5 0.0363 7.13e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1434315 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 6 0.4136 5.58e-01 0.000 0.000 0.248 0.004 0.040 0.708
#> SRR1367849 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.5744 5.94e-01 0.632 0.072 0.196 0.000 0.000 0.100
#> SRR656588 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.5871 4.52e-01 0.548 0.040 0.312 0.000 0.000 0.100
#> SRR1401446 3 0.3403 5.28e-01 0.000 0.000 0.768 0.000 0.020 0.212
#> SRR1398311 5 0.1563 7.01e-01 0.000 0.056 0.000 0.000 0.932 0.012
#> SRR1442149 4 0.2946 7.34e-01 0.000 0.000 0.004 0.808 0.184 0.004
#> SRR809137 1 0.2287 8.35e-01 0.904 0.048 0.012 0.000 0.000 0.036
#> SRR1414982 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0291 8.68e-01 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414857 4 0.5966 3.81e-02 0.000 0.256 0.000 0.448 0.296 0.000
#> SRR1321225 3 0.0767 6.60e-01 0.000 0.004 0.976 0.000 0.012 0.008
#> SRR1069802 3 0.6431 -1.56e-03 0.196 0.004 0.460 0.000 0.024 0.316
#> SRR1077643 5 0.4473 -2.54e-02 0.000 0.000 0.028 0.000 0.492 0.480
#> SRR1334154 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.3620 6.81e-01 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1467612 5 0.0632 7.12e-01 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1430133 2 0.3684 5.86e-01 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0363 6.59e-01 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1374028 5 0.1890 7.01e-01 0.000 0.060 0.000 0.000 0.916 0.024
#> SRR1311243 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.5898 4.55e-01 0.552 0.072 0.312 0.000 0.000 0.064
#> SRR1469638 3 0.2920 6.34e-01 0.000 0.008 0.820 0.000 0.004 0.168
#> SRR662150 1 0.2872 7.67e-01 0.832 0.012 0.004 0.000 0.000 0.152
#> SRR1400290 3 0.0777 6.63e-01 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1084892 2 0.3737 5.75e-01 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1416166 6 0.4523 3.13e-01 0.000 0.000 0.452 0.000 0.032 0.516
#> SRR1477015 3 0.6345 3.22e-01 0.228 0.044 0.564 0.000 0.012 0.152
#> SRR1380501 5 0.4169 5.17e-01 0.000 0.080 0.172 0.000 0.744 0.004
#> SRR1446156 5 0.1625 6.98e-01 0.000 0.060 0.000 0.000 0.928 0.012
#> SRR1488328 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1086889 2 0.2597 7.51e-01 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR814611 3 0.5956 4.26e-01 0.168 0.064 0.624 0.000 0.004 0.140
#> SRR599086 1 0.6497 4.38e-01 0.532 0.072 0.220 0.000 0.000 0.176
#> SRR1086844 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 5 0.6375 3.27e-01 0.000 0.116 0.224 0.004 0.568 0.088
#> SRR807877 2 0.4083 5.47e-01 0.000 0.532 0.000 0.008 0.460 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.2219 7.51e-01 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR601986 3 0.1700 6.57e-01 0.000 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR1446226 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.4948 4.09e-01 0.000 0.016 0.668 0.000 0.088 0.228
#> SRR600474 3 0.5954 2.65e-01 0.288 0.072 0.564 0.000 0.000 0.076
#> SRR1307699 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.2313 6.54e-01 0.000 0.012 0.884 0.000 0.004 0.100
#> SRR1323628 1 0.4927 4.46e-01 0.560 0.044 0.012 0.000 0.000 0.384
#> SRR1430951 3 0.3833 -2.42e-01 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1385364 3 0.5665 1.20e-02 0.000 0.028 0.460 0.000 0.436 0.076
#> SRR1478149 3 0.3830 3.72e-05 0.000 0.004 0.620 0.000 0.000 0.376
#> SRR1384413 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.2854 7.14e-01 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.2051 6.56e-01 0.000 0.004 0.896 0.000 0.004 0.096
#> SRR1434093 3 0.1806 6.57e-01 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1341408 2 0.3810 6.12e-01 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR612335 6 0.6352 1.80e-01 0.000 0.000 0.028 0.188 0.328 0.456
#> SRR1321420 1 0.2074 8.40e-01 0.912 0.036 0.004 0.000 0.000 0.048
#> SRR1329177 1 0.6340 2.62e-01 0.556 0.048 0.240 0.000 0.008 0.148
#> SRR1398371 5 0.5270 2.10e-01 0.000 0.100 0.000 0.404 0.496 0.000
#> SRR614996 3 0.2213 6.54e-01 0.000 0.008 0.888 0.000 0.004 0.100
#> SRR1431602 5 0.1806 6.79e-01 0.000 0.088 0.000 0.000 0.908 0.004
#> SRR1311509 6 0.4075 5.61e-01 0.000 0.000 0.240 0.000 0.048 0.712
#> SRR1507229 3 0.0458 6.58e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1310373 3 0.2520 5.55e-01 0.000 0.004 0.844 0.000 0.000 0.152
#> SRR1408072 4 0.0000 8.72e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.1908 6.56e-01 0.000 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1392813 2 0.3266 7.07e-01 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1453026 5 0.2003 6.51e-01 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1388105 4 0.2923 7.73e-01 0.000 0.000 0.000 0.848 0.100 0.052
#> SRR1357558 1 0.0000 8.69e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.4993 2.95e-01 0.000 0.024 0.652 0.000 0.064 0.260
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.969 0.988 0.4986 0.503 0.503
#> 3 3 0.915 0.913 0.963 0.2980 0.805 0.629
#> 4 4 0.852 0.851 0.924 0.0977 0.899 0.728
#> 5 5 0.769 0.613 0.803 0.0583 0.941 0.810
#> 6 6 0.764 0.652 0.819 0.0342 0.900 0.662
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1321283 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.722 0.754 0.800 0.200
#> SRR602437 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1367456 1 0.767 0.718 0.776 0.224
#> SRR1072650 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR598148 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1444390 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.981 0.243 0.420 0.580
#> SRR1468682 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381524 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2185195 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.971 0.362 0.600 0.400
#> SRR1437208 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR658283 1 0.141 0.963 0.980 0.020
#> SRR813728 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.141 0.963 0.980 0.020
#> SRR815661 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR663014 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1474730 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.939 0.470 0.644 0.356
#> SRR1392795 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR608096 1 0.388 0.907 0.924 0.076
#> SRR665514 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1454522 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345436 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR613186 1 0.494 0.872 0.892 0.108
#> SRR1343795 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.242 0.944 0.960 0.040
#> SRR1309856 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1391789 1 0.973 0.351 0.596 0.404
#> SRR1402195 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1429516 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1093243 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.141 0.963 0.980 0.020
#> SRR656433 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR815517 1 0.767 0.718 0.776 0.224
#> SRR615970 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419638 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1434975 1 0.416 0.899 0.916 0.084
#> SRR1445741 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1487807 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.998 0.130 0.524 0.476
#> SRR1460124 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1308696 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.958 0.360 0.380 0.620
#> SRR1332835 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1340641 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR657903 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1364695 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR817825 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR660366 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1351583 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1437454 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1318484 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR662763 1 0.963 0.393 0.612 0.388
#> SRR661120 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR598509 1 0.998 0.130 0.524 0.476
#> SRR1397052 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR807901 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.998 0.144 0.528 0.472
#> SRR1316483 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1075997 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1442250 1 0.939 0.470 0.644 0.356
#> SRR1430679 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661806 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1327680 1 0.745 0.736 0.788 0.212
#> SRR1478812 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR656300 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR659983 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1458484 2 0.373 0.917 0.072 0.928
#> SRR1387091 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.163 0.959 0.976 0.024
#> SRR1457039 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1442149 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR809137 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.242 0.944 0.960 0.040
#> SRR1334154 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.260 0.940 0.956 0.044
#> SRR1374028 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR807877 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR600474 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.921 0.514 0.664 0.336
#> SRR1385364 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1478149 1 0.781 0.705 0.768 0.232
#> SRR1384413 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1366855 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR612335 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1507229 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.000 0.980 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.000 0.980 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.1031 0.9597 0.000 0.976 0.024
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.5327 0.6560 0.272 0.000 0.728
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.6309 -0.0818 0.504 0.000 0.496
#> SRR818530 3 0.6168 0.2557 0.000 0.412 0.588
#> SRR817563 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 1 0.4842 0.6857 0.776 0.000 0.224
#> SRR1405206 3 0.5529 0.5380 0.000 0.296 0.704
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.1753 0.9252 0.952 0.000 0.048
#> SRR808327 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 3 0.3752 0.7717 0.000 0.144 0.856
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 3 0.0237 0.8973 0.000 0.004 0.996
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.6280 0.0663 0.540 0.000 0.460
#> SRR1383960 3 0.5254 0.6685 0.264 0.000 0.736
#> SRR600924 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.4605 0.7513 0.204 0.000 0.796
#> SRR598148 3 0.1031 0.8911 0.024 0.000 0.976
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.3482 0.8247 0.128 0.000 0.872
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.6008 0.4654 0.372 0.000 0.628
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 3 0.6252 0.1538 0.000 0.444 0.556
#> SRR1358482 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.4605 0.7511 0.204 0.000 0.796
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.3816 0.8078 0.148 0.000 0.852
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.4605 0.7513 0.204 0.000 0.796
#> SRR807727 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.1289 0.8872 0.032 0.000 0.968
#> SRR813728 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 3 0.4555 0.7562 0.200 0.000 0.800
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.2711 0.8946 0.000 0.912 0.088
#> SRR1398706 2 0.5016 0.6750 0.000 0.760 0.240
#> SRR1368794 3 0.5560 0.5310 0.000 0.300 0.700
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0237 0.9774 0.000 0.996 0.004
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.6126 0.3984 0.400 0.000 0.600
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.5905 0.4791 0.000 0.648 0.352
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.2537 0.9026 0.000 0.920 0.080
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0424 0.9741 0.000 0.992 0.008
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0592 0.8959 0.012 0.000 0.988
#> SRR608096 3 0.1031 0.8910 0.024 0.000 0.976
#> SRR665514 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.3038 0.8428 0.104 0.000 0.896
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0892 0.8928 0.020 0.000 0.980
#> SRR1309856 2 0.1860 0.9316 0.000 0.948 0.052
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 3 0.4346 0.7733 0.184 0.000 0.816
#> SRR1402195 1 0.3038 0.8622 0.896 0.000 0.104
#> SRR1429516 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.6008 0.4310 0.000 0.628 0.372
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 3 0.0892 0.8896 0.000 0.020 0.980
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.4178 0.7854 0.172 0.000 0.828
#> SRR1093243 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 3 0.6192 0.2389 0.000 0.420 0.580
#> SRR608480 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.3941 0.8008 0.156 0.000 0.844
#> SRR656433 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.6280 0.2257 0.460 0.000 0.540
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR615970 3 0.3340 0.8310 0.120 0.000 0.880
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.1643 0.8808 0.044 0.000 0.956
#> SRR1434975 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.6309 0.0965 0.496 0.000 0.504
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0747 0.8944 0.016 0.000 0.984
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.5650 0.5646 0.000 0.688 0.312
#> SRR1316725 3 0.1031 0.8874 0.000 0.024 0.976
#> SRR1314851 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.4974 0.6647 0.764 0.000 0.236
#> SRR1308696 3 0.5968 0.4833 0.364 0.000 0.636
#> SRR808772 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.0237 0.9706 0.996 0.000 0.004
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.5497 0.6027 0.000 0.708 0.292
#> SRR1319344 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.5431 0.6175 0.000 0.716 0.284
#> SRR1093649 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0237 0.9708 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.5988 0.3715 0.632 0.000 0.368
#> SRR1340641 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 1 0.0747 0.9594 0.984 0.000 0.016
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.2356 0.8564 0.000 0.072 0.928
#> SRR1437454 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0592 0.8958 0.012 0.000 0.988
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.5882 0.4246 0.652 0.000 0.348
#> SRR601613 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.6140 0.3886 0.404 0.000 0.596
#> SRR656288 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.5926 0.4039 0.644 0.000 0.356
#> SRR1487233 3 0.0424 0.8956 0.000 0.008 0.992
#> SRR662043 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 3 0.1643 0.8733 0.000 0.044 0.956
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 3 0.6295 0.2118 0.472 0.000 0.528
#> SRR807901 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 3 0.1411 0.8789 0.000 0.036 0.964
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 3 0.5016 0.7005 0.240 0.000 0.760
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0592 0.8958 0.012 0.000 0.988
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.0424 0.9737 0.000 0.992 0.008
#> SRR1442250 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.0424 0.9741 0.000 0.992 0.008
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 3 0.5529 0.5732 0.000 0.296 0.704
#> SRR1094506 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0237 0.9706 0.996 0.000 0.004
#> SRR1451778 1 0.0237 0.9706 0.996 0.000 0.004
#> SRR657089 1 0.5254 0.6129 0.736 0.000 0.264
#> SRR1395659 2 0.6309 0.0564 0.000 0.504 0.496
#> SRR1385716 1 0.3619 0.8194 0.864 0.000 0.136
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.4654 0.7462 0.208 0.000 0.792
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 3 0.1163 0.8848 0.000 0.028 0.972
#> SRR661806 1 0.5650 0.5116 0.688 0.000 0.312
#> SRR1334919 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR599249 1 0.1643 0.9298 0.956 0.000 0.044
#> SRR810051 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.1289 0.9440 0.968 0.000 0.032
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.6154 0.2524 0.592 0.000 0.408
#> SRR1405028 3 0.4452 0.7644 0.192 0.000 0.808
#> SRR612719 3 0.4504 0.7519 0.196 0.000 0.804
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477837 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0424 0.9670 0.992 0.000 0.008
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 3 0.1163 0.8847 0.000 0.028 0.972
#> SRR1327680 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 2 0.6308 -0.0324 0.000 0.508 0.492
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 3 0.5621 0.5139 0.000 0.308 0.692
#> SRR614215 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0592 0.8958 0.012 0.000 0.988
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 2 0.0237 0.9766 0.004 0.996 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0424 0.8970 0.008 0.000 0.992
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0892 0.8928 0.020 0.000 0.980
#> SRR1398311 2 0.0424 0.9740 0.000 0.992 0.008
#> SRR1442149 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.4605 0.7513 0.204 0.000 0.796
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.3116 0.8696 0.000 0.892 0.108
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 2 0.5138 0.6730 0.000 0.748 0.252
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.6204 0.3345 0.424 0.000 0.576
#> SRR1084892 2 0.0237 0.9772 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416166 3 0.3038 0.8431 0.104 0.000 0.896
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.4504 0.7605 0.196 0.000 0.804
#> SRR600474 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 2 0.0592 0.9702 0.000 0.988 0.012
#> SRR1478149 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 1 0.5363 0.5889 0.724 0.000 0.276
#> SRR1434093 1 0.4605 0.7189 0.796 0.000 0.204
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 1 0.0237 0.9706 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0892 0.9634 0.000 0.980 0.020
#> SRR1311509 3 0.1643 0.8780 0.044 0.000 0.956
#> SRR1507229 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.8989 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0592 0.9703 0.000 0.988 0.012
#> SRR1388105 2 0.0000 0.9807 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9743 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0237 0.8980 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 4 0.4281 0.7859 0.000 0.028 0.180 0.792
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 2 0.0592 0.9342 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1442648 4 0.2281 0.8873 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1486174 4 0.4961 0.3306 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1349433 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321283 3 0.5636 0.4009 0.424 0.024 0.552 0.000
#> SRR1387702 1 0.0592 0.9416 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1435584 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0921 0.9352 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1458026 4 0.1389 0.9271 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1094192 4 0.0817 0.9363 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1397180 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.4855 0.1875 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR818530 2 0.0376 0.9365 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR817563 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.4193 0.5636 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1405206 2 0.0336 0.9369 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1454136 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380785 3 0.2053 0.7386 0.000 0.072 0.924 0.004
#> SRR612875 3 0.4543 0.5827 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR808327 4 0.1716 0.9113 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1355194 3 0.4103 0.6093 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR1408227 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086304 2 0.0336 0.9370 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1080415 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1086140 2 0.0188 0.9372 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.0707 0.9320 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337238 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1360442 1 0.1807 0.9067 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR1356487 3 0.2742 0.7320 0.000 0.076 0.900 0.024
#> SRR1479263 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1442686 1 0.0592 0.9416 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 4 0.2011 0.8932 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1367456 2 0.0188 0.9372 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0336 0.9369 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1087197 1 0.4509 0.5714 0.708 0.288 0.004 0.000
#> SRR1383960 3 0.2011 0.7726 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.4222 0.5529 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1071692 1 0.0336 0.9455 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.1940 0.7727 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR598148 2 0.0469 0.9302 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1444390 4 0.0707 0.9372 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1444644 3 0.2730 0.7738 0.088 0.016 0.896 0.000
#> SRR1389777 1 0.4669 0.7136 0.780 0.168 0.052 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490505 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343859 2 0.0336 0.9340 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1075631 4 0.0188 0.9398 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1444954 2 0.0469 0.9362 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1479286 4 0.0336 0.9393 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1381524 3 0.4040 0.7207 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1392208 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0376 0.9365 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1358482 2 0.0469 0.9362 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR658331 3 0.2282 0.7560 0.024 0.052 0.924 0.000
#> SRR810619 4 0.1118 0.9267 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR600829 1 0.4697 0.3351 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR2185195 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1489693 3 0.7238 0.4801 0.332 0.160 0.508 0.000
#> SRR1318662 4 0.3266 0.8229 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1408657 1 0.0707 0.9391 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1384805 4 0.0707 0.9372 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR661337 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468995 3 0.4204 0.7438 0.192 0.020 0.788 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0707 0.9372 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1419453 3 0.1940 0.7375 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1437208 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0336 0.9455 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR660756 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093269 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341456 3 0.4585 0.4616 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR657456 3 0.2053 0.7724 0.072 0.004 0.924 0.000
#> SRR807727 4 0.0188 0.9398 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR816358 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.2300 0.7678 0.048 0.028 0.924 0.000
#> SRR813728 4 0.3494 0.8158 0.000 0.004 0.172 0.824
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432366 4 0.0707 0.9372 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 3 0.3907 0.7288 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1312725 1 0.0707 0.9391 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.1022 0.9153 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1398706 4 0.2909 0.8789 0.000 0.020 0.092 0.888
#> SRR1368794 2 0.4012 0.6906 0.000 0.800 0.016 0.184
#> SRR1392749 4 0.0592 0.9381 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR603968 2 0.0336 0.9366 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR815661 1 0.1305 0.9241 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR663100 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR661229 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 2 0.0188 0.9372 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1464281 4 0.2011 0.9002 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1400397 4 0.1211 0.9310 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.3311 0.8192 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1384917 2 0.4431 0.5324 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1435182 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 2 0.1211 0.9188 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR663014 4 0.1356 0.9324 0.000 0.008 0.032 0.960
#> SRR1417960 4 0.1389 0.9271 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1474730 3 0.4134 0.7122 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1381269 4 0.2281 0.8869 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR657695 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357650 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472237 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470816 4 0.4916 0.3103 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1458358 1 0.0592 0.9416 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.0469 0.9362 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1392795 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.3144 0.8589 0.000 0.884 0.072 0.044
#> SRR1360587 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR604230 1 0.1118 0.9267 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1347667 3 0.5110 0.7275 0.132 0.104 0.764 0.000
#> SRR608096 3 0.2124 0.7452 0.008 0.068 0.924 0.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.4049 0.7302 0.212 0.008 0.780 0.000
#> SRR1419615 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1429802 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1345436 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1433684 1 0.4072 0.5984 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR613186 2 0.4477 0.4908 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1343795 4 0.3356 0.8152 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1417766 4 0.3486 0.8029 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1420606 3 0.3837 0.6273 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR1326687 1 0.0707 0.9391 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1458973 3 0.2313 0.7662 0.044 0.032 0.924 0.000
#> SRR1309856 4 0.3494 0.7959 0.000 0.004 0.172 0.824
#> SRR1102756 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366519 4 0.2408 0.8808 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1080438 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391789 3 0.2328 0.7701 0.056 0.016 0.924 0.004
#> SRR1402195 2 0.1174 0.9225 0.012 0.968 0.020 0.000
#> SRR1429516 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1406662 4 0.0469 0.9371 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1333414 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369030 4 0.4745 0.7432 0.000 0.036 0.208 0.756
#> SRR1342916 1 0.0469 0.9437 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1362824 4 0.4040 0.7287 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1455326 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1349956 1 0.0707 0.9391 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1409487 1 0.1890 0.9033 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR1434568 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1341965 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1473505 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0336 0.9370 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1490076 4 0.3074 0.8385 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397329 3 0.4453 0.7200 0.244 0.012 0.744 0.000
#> SRR1093243 4 0.1389 0.9271 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1418390 3 0.5750 0.0142 0.000 0.028 0.532 0.440
#> SRR608480 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0592 0.9416 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR812222 4 0.0188 0.9393 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR815893 4 0.0188 0.9398 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1455503 4 0.0188 0.9398 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR810737 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1347500 1 0.0817 0.9363 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457872 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658481 4 0.1022 0.9339 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.2222 0.7708 0.060 0.016 0.924 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308674 4 0.4382 0.6066 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1338363 3 0.4103 0.7159 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1344271 4 0.4877 0.4339 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1321608 4 0.3400 0.8112 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1441464 4 0.0336 0.9382 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR607970 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0707 0.9320 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR604174 1 0.0469 0.9419 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0707 0.9391 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR815517 2 0.1557 0.9026 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR615970 3 0.2282 0.7688 0.052 0.024 0.924 0.000
#> SRR1370659 1 0.0336 0.9455 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419638 3 0.5837 0.4605 0.400 0.036 0.564 0.000
#> SRR1434975 2 0.1004 0.9292 0.004 0.972 0.024 0.000
#> SRR1445741 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.0188 0.9455 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR604206 1 0.0469 0.9437 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1358779 2 0.5268 0.1128 0.452 0.540 0.008 0.000
#> SRR1473142 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1410334 2 0.0336 0.9370 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1352234 4 0.1211 0.9310 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1487807 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489715 3 0.3907 0.5781 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1364780 3 0.2111 0.7668 0.044 0.024 0.932 0.000
#> SRR1460124 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR813915 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409748 4 0.0707 0.9372 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1325504 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436490 4 0.5717 0.5103 0.000 0.324 0.044 0.632
#> SRR1316725 2 0.0188 0.9372 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1314851 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.1118 0.9278 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1406599 3 0.4103 0.7159 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1308696 3 0.4560 0.6537 0.296 0.004 0.700 0.000
#> SRR808772 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR812649 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366690 2 0.1388 0.9139 0.028 0.960 0.012 0.000
#> SRR1317707 4 0.2081 0.8961 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1339321 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442487 4 0.4996 0.2185 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319344 2 0.0188 0.9372 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1332835 4 0.4830 0.4713 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1334694 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478434 4 0.1211 0.9310 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1479933 2 0.2530 0.8475 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1313853 4 0.3356 0.8153 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR661192 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 3 0.4996 -0.1276 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR814587 4 0.0336 0.9393 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR656899 1 0.1890 0.9033 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR1088340 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1349772 1 0.0817 0.9363 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407470 4 0.1940 0.9027 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1490289 2 0.0336 0.9332 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1093649 2 0.0188 0.9372 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.0592 0.9360 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 3 0.3528 0.7471 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.5724 0.2291 0.548 0.424 0.028 0.000
#> SRR1340641 4 0.1389 0.9271 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR657903 1 0.0707 0.9391 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1403458 1 0.0592 0.9416 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1460073 1 0.1576 0.9146 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1441850 4 0.0707 0.9375 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR613759 1 0.4560 0.5702 0.700 0.296 0.004 0.000
#> SRR1472281 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440445 3 0.4420 0.6297 0.012 0.240 0.748 0.000
#> SRR1088734 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455607 4 0.0707 0.9372 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1077528 4 0.0921 0.9352 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1364695 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.1807 0.9075 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR1092889 2 0.0469 0.9362 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0469 0.9437 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.0188 0.9372 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR660366 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR655423 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR821183 2 0.0336 0.9370 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1323512 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325247 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1351583 3 0.1489 0.7388 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR1437454 4 0.0592 0.9381 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.0336 0.9393 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 2 0.0336 0.9370 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1455842 4 0.0921 0.9352 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1352619 3 0.2214 0.7666 0.044 0.028 0.928 0.000
#> SRR1076779 1 0.0592 0.9416 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR662763 3 0.2704 0.7100 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR661120 1 0.3610 0.6951 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0469 0.9437 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1368616 4 0.0336 0.9385 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.1211 0.9229 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR604122 1 0.1576 0.9128 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR598509 2 0.2973 0.8017 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1397052 1 0.1576 0.9138 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1339921 1 0.0592 0.9363 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR664743 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1339199 4 0.2868 0.8534 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0469 0.9437 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0921 0.9334 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR808808 3 0.4072 0.7182 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.4134 0.7122 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1487233 2 0.0188 0.9372 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 3 0.3598 0.6806 0.000 0.028 0.848 0.124
#> SRR1379365 4 0.2530 0.8741 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR1384852 4 0.0336 0.9383 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1430357 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR2164847 3 0.2011 0.7726 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR807901 1 0.1389 0.9167 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0707 0.9391 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1444722 2 0.0336 0.9370 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1316483 1 0.4855 0.1878 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR662749 1 0.0336 0.9455 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1342701 2 0.0469 0.9362 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1343653 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336134 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.3444 0.7581 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1098288 4 0.0707 0.9337 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1326343 1 0.2282 0.8945 0.924 0.024 0.052 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.1557 0.8866 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1075997 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090483 4 0.1118 0.9325 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 4 0.4661 0.5646 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1430420 3 0.6396 0.3671 0.076 0.360 0.564 0.000
#> SRR1387475 4 0.0707 0.9372 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1388419 4 0.2081 0.8979 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1442250 2 0.0336 0.9370 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1430679 4 0.3172 0.8309 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1311109 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1478990 2 0.2363 0.8856 0.000 0.920 0.056 0.024
#> SRR1392434 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0817 0.9363 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.1302 0.9219 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1315393 3 0.3427 0.6919 0.000 0.028 0.860 0.112
#> SRR1094506 3 0.2376 0.7497 0.016 0.068 0.916 0.000
#> SRR1330633 4 0.0336 0.9383 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1330153 2 0.1867 0.8986 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1451778 2 0.1867 0.8986 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR657089 1 0.3569 0.7019 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1395659 2 0.0188 0.9372 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1385716 3 0.4916 0.4205 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.4134 0.7123 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0469 0.9362 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR661806 1 0.4999 -0.1719 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1334919 1 0.3649 0.6885 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR599249 2 0.3311 0.7274 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR810051 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407202 2 0.1042 0.9219 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1434399 1 0.1302 0.9195 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1330965 3 0.4072 0.6135 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.4977 0.3285 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1405028 2 0.1151 0.9194 0.024 0.968 0.008 0.000
#> SRR612719 1 0.5220 0.3380 0.632 0.016 0.352 0.000
#> SRR1340617 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0188 0.9461 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1362488 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361156 4 0.1211 0.9310 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 2 0.0336 0.9370 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1477837 4 0.0188 0.9398 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR607252 1 0.0469 0.9437 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1418946 1 0.4585 0.4050 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1456567 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487425 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0469 0.9362 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1327680 3 0.1938 0.7502 0.012 0.052 0.936 0.000
#> SRR1478812 3 0.2011 0.7261 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1447673 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR815735 1 0.0707 0.9328 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1404251 4 0.1302 0.9223 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR601645 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656300 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659983 1 0.1302 0.9195 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1402414 2 0.0376 0.9366 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR614215 2 0.4511 0.6941 0.176 0.784 0.040 0.000
#> SRR659283 1 0.0817 0.9363 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1459956 4 0.4543 0.6092 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1340441 3 0.3942 0.6095 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1317428 1 0.1302 0.9195 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1403390 3 0.4285 0.7552 0.104 0.076 0.820 0.000
#> SRR1452741 3 0.4972 0.3408 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1458484 4 0.1824 0.9187 0.004 0.000 0.060 0.936
#> SRR1387091 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1358017 2 0.1211 0.9275 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376539 3 0.2313 0.7662 0.044 0.032 0.924 0.000
#> SRR1430639 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406069 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1419829 2 0.0336 0.9369 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1434315 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR658457 1 0.2546 0.8593 0.900 0.092 0.008 0.000
#> SRR1367849 4 0.1118 0.9325 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.3820 0.7641 0.088 0.064 0.848 0.000
#> SRR1398311 2 0.2704 0.8069 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1442149 4 0.1576 0.9252 0.000 0.004 0.048 0.948
#> SRR809137 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.1389 0.9271 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR600852 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321225 3 0.2281 0.7727 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1069802 1 0.0657 0.9394 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1077643 2 0.0592 0.9310 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1334154 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1390072 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467612 4 0.4406 0.7716 0.000 0.028 0.192 0.780
#> SRR1430133 3 0.3688 0.6054 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.2255 0.7479 0.012 0.068 0.920 0.000
#> SRR1374028 2 0.1042 0.9248 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.4304 0.5270 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR662150 1 0.1022 0.9302 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1400290 3 0.4103 0.7151 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1084892 3 0.4103 0.5469 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1416166 1 0.5168 0.0140 0.500 0.496 0.004 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 3 0.2149 0.7223 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1446156 4 0.2345 0.8705 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1488328 4 0.3074 0.8385 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1086889 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807877 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.3726 0.6744 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.2125 0.7726 0.076 0.004 0.920 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.4989 0.2982 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1323628 1 0.0817 0.9378 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1430951 3 0.4776 0.3769 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1385364 3 0.2741 0.7123 0.000 0.012 0.892 0.096
#> SRR1478149 3 0.1940 0.7375 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1384413 4 0.1211 0.9310 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1366855 4 0.0336 0.9393 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1077115 4 0.0707 0.9372 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1399990 3 0.2216 0.7721 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1434093 3 0.4624 0.5975 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1341408 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.3205 0.8022 0.104 0.872 0.024 0.000
#> SRR1321420 1 0.0592 0.9416 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.0000 0.9401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614996 3 0.4933 0.4064 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1431602 4 0.1474 0.9145 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1311509 2 0.0707 0.9297 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1507229 3 0.2489 0.7518 0.020 0.068 0.912 0.000
#> SRR1310373 3 0.4426 0.6564 0.024 0.204 0.772 0.000
#> SRR1408072 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1469591 3 0.4761 0.5390 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1392813 4 0.4679 0.5568 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1453026 4 0.3597 0.8319 0.000 0.016 0.148 0.836
#> SRR1388105 4 0.1302 0.9293 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1357558 1 0.0188 0.9470 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615898 3 0.2319 0.7649 0.040 0.036 0.924 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.4352 0.39074 0.000 0.720 0.244 0.000 0.036
#> SRR1381693 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 5 0.2732 0.73587 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1442648 2 0.0671 0.50944 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1486174 2 0.4009 0.36218 0.000 0.684 0.312 0.004 0.000
#> SRR1349433 2 0.2561 0.45268 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1321283 3 0.7079 0.54576 0.200 0.000 0.564 0.084 0.152
#> SRR1387702 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.1544 0.49615 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.4182 0.06243 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1458026 4 0.4307 0.39893 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1094192 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1397180 2 0.3876 0.25046 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.1282 0.91097 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> SRR818530 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.3242 0.37900 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR613462 1 0.4015 0.39501 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1405206 5 0.0703 0.85347 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1454136 2 0.2179 0.47523 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1380785 3 0.3689 0.55087 0.000 0.256 0.740 0.004 0.000
#> SRR612875 1 0.4166 0.41150 0.648 0.004 0.348 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.3461 0.42572 0.000 0.772 0.224 0.004 0.000
#> SRR1355194 3 0.2284 0.69963 0.000 0.028 0.912 0.004 0.056
#> SRR1408227 2 0.0880 0.50664 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1086304 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.3752 0.68752 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1084965 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 5 0.2127 0.79373 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR602437 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0609 0.93463 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1356487 2 0.6910 -0.14558 0.000 0.384 0.332 0.004 0.280
#> SRR1479263 2 0.0162 0.50909 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0609 0.93369 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.3607 0.41370 0.000 0.752 0.244 0.004 0.000
#> SRR1367456 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.3636 0.70511 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1087197 5 0.6865 0.05702 0.288 0.000 0.292 0.004 0.416
#> SRR1383960 3 0.1864 0.69740 0.004 0.068 0.924 0.004 0.000
#> SRR600924 1 0.1608 0.88645 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.2377 0.81950 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0932 0.71903 0.004 0.020 0.972 0.004 0.000
#> SRR598148 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444390 2 0.4161 0.09196 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1444644 3 0.1211 0.73039 0.024 0.000 0.960 0.016 0.000
#> SRR1389777 1 0.2377 0.81797 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR603918 5 0.2329 0.81056 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1468682 2 0.3109 0.40398 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1490505 2 0.0566 0.50769 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1343859 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075631 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1444954 5 0.0290 0.86285 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1479286 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1381524 3 0.2177 0.72858 0.080 0.008 0.908 0.004 0.000
#> SRR1392208 2 0.3752 0.28331 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1456693 5 0.0162 0.86320 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1358482 5 0.0404 0.85981 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR658331 3 0.2228 0.71696 0.056 0.020 0.916 0.000 0.008
#> SRR810619 2 0.2719 0.46507 0.000 0.852 0.144 0.004 0.000
#> SRR600829 3 0.4262 0.31073 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.4182 0.06243 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.6889 0.19869 0.004 0.000 0.396 0.272 0.328
#> SRR1318662 2 0.3010 0.45043 0.000 0.824 0.172 0.004 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.4150 0.10450 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR661337 1 0.0404 0.93866 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.3011 0.70858 0.140 0.000 0.844 0.016 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.4201 0.02395 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1419453 3 0.0162 0.72093 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.3661 0.31302 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.2280 0.46920 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1093269 2 0.0703 0.50776 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1341456 3 0.4452 0.66609 0.000 0.000 0.696 0.272 0.032
#> SRR657456 3 0.0162 0.72093 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR807727 2 0.4161 0.08945 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.1410 0.70333 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR813728 2 0.3430 0.42702 0.000 0.776 0.220 0.004 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.1792 0.49028 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1432366 2 0.4150 0.10450 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1087992 1 0.0609 0.93231 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0510 0.93586 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1326040 3 0.3461 0.66293 0.224 0.000 0.772 0.004 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.5739 0.07882 0.000 0.556 0.100 0.000 0.344
#> SRR1368794 5 0.3932 0.51198 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1392749 2 0.4219 -0.01680 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR603968 5 0.0794 0.85140 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR815661 1 0.3534 0.68102 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR663100 4 0.4138 0.72009 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464281 2 0.3123 0.44569 0.000 0.812 0.184 0.004 0.000
#> SRR1400397 4 0.3684 0.78512 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.3766 0.39938 0.000 0.728 0.268 0.004 0.000
#> SRR1384917 5 0.2929 0.65556 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1435182 2 0.1608 0.49580 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0510 0.93586 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 5 0.0510 0.85729 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR663014 4 0.3730 0.78604 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1417960 4 0.3684 0.78512 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1474730 3 0.3305 0.65972 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.1043 0.50270 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR657695 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0510 0.50874 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1472237 2 0.0898 0.50988 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR1470816 5 0.4066 0.45835 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672
#> SRR1458358 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0404 0.93866 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1318998 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.2074 0.47989 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 5 0.6628 -0.38382 0.000 0.220 0.000 0.372 0.408
#> SRR1360587 2 0.4278 -0.19814 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR604230 1 0.1671 0.88773 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1347667 3 0.4292 0.67019 0.000 0.000 0.704 0.272 0.024
#> SRR608096 3 0.1518 0.70771 0.004 0.048 0.944 0.004 0.000
#> SRR665514 1 0.0510 0.93586 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.3636 0.68147 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1419615 2 0.4307 -0.40236 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1429802 2 0.4201 0.03040 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1345436 4 0.3913 0.78254 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1433684 1 0.0794 0.92814 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR613186 5 0.3561 0.59429 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1343795 2 0.3635 0.41121 0.000 0.748 0.248 0.004 0.000
#> SRR1417766 2 0.3814 0.39367 0.000 0.720 0.276 0.004 0.000
#> SRR1420606 3 0.4735 0.65603 0.000 0.000 0.680 0.272 0.048
#> SRR1326687 1 0.0162 0.94385 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1458973 3 0.0579 0.72038 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR1309856 2 0.3790 0.39669 0.000 0.724 0.272 0.004 0.000
#> SRR1102756 2 0.3586 0.32921 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1366519 2 0.3123 0.44340 0.000 0.812 0.184 0.004 0.000
#> SRR1080438 2 0.2130 0.48792 0.000 0.908 0.000 0.080 0.012
#> SRR1391789 3 0.2536 0.65764 0.000 0.128 0.868 0.004 0.000
#> SRR1402195 5 0.3684 0.69879 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1429516 4 0.3730 0.78604 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1406662 2 0.4219 0.30255 0.000 0.716 0.000 0.260 0.024
#> SRR1333414 2 0.0162 0.50933 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1369030 2 0.5187 0.33567 0.000 0.656 0.260 0.000 0.084
#> SRR1342916 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.3398 0.42924 0.000 0.780 0.216 0.004 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.4161 0.46818 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1434568 2 0.4227 -0.03049 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1341965 2 0.4219 -0.01457 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1473505 2 0.5030 -0.01626 0.000 0.604 0.000 0.044 0.352
#> SRR1402068 5 0.0162 0.86383 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1490076 2 0.2763 0.46173 0.000 0.848 0.148 0.004 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.2230 0.47281 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1397329 3 0.4866 0.65277 0.216 0.000 0.720 0.044 0.020
#> SRR1093243 4 0.4088 0.74435 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1418390 2 0.4066 0.35070 0.000 0.672 0.324 0.004 0.000
#> SRR608480 1 0.1732 0.87814 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0290 0.94173 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0671 0.50714 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR815893 2 0.4150 0.10450 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1455503 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR810737 2 0.4171 0.07730 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.4060 0.17093 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1457872 2 0.4060 0.17093 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR658481 2 0.4150 0.10450 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.1282 0.70845 0.000 0.044 0.952 0.004 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.1121 0.50422 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1308674 2 0.3766 0.39928 0.000 0.728 0.268 0.004 0.000
#> SRR1338363 3 0.3236 0.70231 0.152 0.000 0.828 0.020 0.000
#> SRR1344271 2 0.3814 0.39367 0.000 0.720 0.276 0.004 0.000
#> SRR1321608 2 0.3689 0.40707 0.000 0.740 0.256 0.004 0.000
#> SRR1441464 2 0.0162 0.50909 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR607970 1 0.1043 0.91804 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1338171 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0510 0.93555 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1345221 1 0.0404 0.93926 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR815517 5 0.3209 0.70845 0.000 0.000 0.180 0.008 0.812
#> SRR615970 3 0.0290 0.72055 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.1544 0.49688 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1419638 3 0.4546 0.57854 0.304 0.000 0.668 0.000 0.028
#> SRR1434975 5 0.3913 0.45837 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1445741 2 0.2966 0.41891 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1088142 1 0.0404 0.93838 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0162 0.94367 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1358779 5 0.7227 -0.00606 0.228 0.000 0.312 0.028 0.432
#> SRR1473142 2 0.4182 0.06243 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1410334 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.4171 0.07823 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1487807 2 0.3774 0.28292 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR1489715 2 0.4047 0.35449 0.000 0.676 0.320 0.004 0.000
#> SRR1364780 3 0.0290 0.72242 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.4074 0.15936 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1409748 2 0.4171 0.07823 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.5937 0.18801 0.000 0.564 0.136 0.000 0.300
#> SRR1316725 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1354599 1 0.2732 0.78400 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1406599 3 0.2437 0.71222 0.032 0.060 0.904 0.004 0.000
#> SRR1308696 3 0.4599 0.67896 0.040 0.000 0.688 0.272 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.1608 0.49545 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1366690 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317707 2 0.1106 0.50861 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> SRR1339321 2 0.3336 0.37419 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1442487 2 0.3790 0.39657 0.000 0.724 0.272 0.004 0.000
#> SRR1069690 5 0.0703 0.85766 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1319344 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.4084 0.34635 0.000 0.668 0.328 0.004 0.000
#> SRR1334694 2 0.1331 0.50264 0.000 0.952 0.040 0.008 0.000
#> SRR1478434 2 0.4171 0.07730 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1479933 5 0.1195 0.84595 0.000 0.028 0.012 0.000 0.960
#> SRR1313853 2 0.3766 0.39939 0.000 0.728 0.268 0.004 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.3814 0.39367 0.000 0.720 0.276 0.004 0.000
#> SRR814587 2 0.4150 0.10450 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR656899 1 0.3966 0.56378 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> SRR1088340 2 0.4305 -0.37080 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.2471 0.45873 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1407470 2 0.3160 0.44372 0.000 0.808 0.188 0.004 0.000
#> SRR1490289 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093649 5 0.1732 0.83441 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1478900 1 0.1544 0.88671 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 5 0.3662 0.53019 0.000 0.252 0.000 0.004 0.744
#> SRR2170537 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 3 0.4138 0.44467 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 5 0.7896 0.10083 0.084 0.000 0.240 0.272 0.404
#> SRR1340641 4 0.4256 0.60669 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0162 0.94385 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1441850 2 0.4138 0.11656 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR613759 1 0.4727 0.16298 0.532 0.000 0.016 0.000 0.452
#> SRR1472281 2 0.3913 0.23623 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1440445 3 0.5009 0.66255 0.008 0.000 0.704 0.216 0.072
#> SRR1088734 2 0.4060 0.17086 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1455607 2 0.4150 0.10552 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1077528 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1364695 1 0.5794 0.03812 0.520 0.000 0.384 0.096 0.000
#> SRR1348226 1 0.1043 0.91485 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0794 0.92843 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1092889 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0290 0.50930 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR817825 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0771 0.50964 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1325247 2 0.4182 0.06243 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1351583 3 0.4044 0.68734 0.000 0.012 0.732 0.252 0.004
#> SRR1437454 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1318484 2 0.4138 0.11656 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.4088 0.15458 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455842 2 0.4171 0.07823 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1352619 3 0.1671 0.72251 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.2966 0.60170 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR661120 1 0.4307 -0.13731 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0162 0.94367 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.1965 0.85934 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0404 0.50907 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.2249 0.48274 0.000 0.896 0.096 0.008 0.000
#> SRR604122 1 0.0794 0.92834 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR598509 3 0.4227 0.23423 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1397052 1 0.3983 0.55713 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1339921 1 0.1608 0.88675 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.4227 -0.03059 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1339199 2 0.1851 0.48611 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.2570 0.72180 0.108 0.008 0.880 0.004 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.3789 0.65800 0.224 0.000 0.760 0.016 0.000
#> SRR1487233 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.3143 0.70543 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.4047 0.35449 0.000 0.676 0.320 0.004 0.000
#> SRR1379365 2 0.0451 0.50954 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1384852 2 0.1502 0.49560 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> SRR1430357 2 0.4192 0.04469 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR2164847 3 0.4132 0.58731 0.032 0.204 0.760 0.004 0.000
#> SRR807901 1 0.1043 0.91920 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.3210 0.69496 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0510 0.93586 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1342701 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.3661 0.31072 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1336134 2 0.1732 0.49165 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR654940 5 0.4024 0.75358 0.000 0.092 0.064 0.024 0.820
#> SRR1098288 2 0.0162 0.50862 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326343 1 0.4339 0.54548 0.652 0.000 0.000 0.336 0.012
#> SRR811145 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 5 0.1774 0.81598 0.052 0.000 0.016 0.000 0.932
#> SRR1075997 2 0.0703 0.50820 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1090483 2 0.4182 0.06243 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1388698 1 0.0290 0.94189 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.3884 0.38369 0.000 0.708 0.288 0.004 0.000
#> SRR1430420 3 0.5620 0.59317 0.000 0.000 0.612 0.272 0.116
#> SRR1387475 4 0.3949 0.77893 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1388419 2 0.2286 0.47575 0.000 0.888 0.108 0.004 0.000
#> SRR1442250 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.2674 0.46470 0.000 0.856 0.140 0.004 0.000
#> SRR1311109 2 0.4182 0.06243 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1478990 4 0.4734 0.16529 0.000 0.036 0.000 0.652 0.312
#> SRR1392434 2 0.3336 0.37384 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0510 0.93586 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0794 0.50585 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1315393 3 0.4383 0.26568 0.000 0.424 0.572 0.004 0.000
#> SRR1094506 3 0.1908 0.72132 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1330633 2 0.1430 0.49741 0.000 0.944 0.052 0.004 0.000
#> SRR1330153 5 0.3932 0.65688 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR1451778 5 0.1478 0.84204 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR657089 3 0.4300 0.20239 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1395659 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385716 3 0.4898 0.68210 0.068 0.000 0.684 0.248 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.4909 0.68778 0.120 0.000 0.716 0.164 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 5 0.0162 0.86326 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR661806 3 0.4227 0.35895 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.4211 0.35682 0.636 0.000 0.360 0.004 0.000
#> SRR599249 5 0.1908 0.78333 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR810051 2 0.3424 0.35788 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1407202 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434399 1 0.2127 0.85840 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1330965 3 0.5192 0.63284 0.000 0.000 0.664 0.244 0.092
#> SRR1369536 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.4193 0.58908 0.304 0.000 0.684 0.012 0.000
#> SRR1405028 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612719 3 0.4604 0.33407 0.428 0.000 0.560 0.000 0.012
#> SRR1340617 2 0.0566 0.50769 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.1197 0.50267 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1361156 2 0.4235 -0.05457 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477837 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR607252 1 0.0671 0.93518 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1418946 1 0.4227 0.16007 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1487425 2 0.3039 0.41212 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1335627 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327680 3 0.3636 0.68147 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1478812 3 0.4299 0.34473 0.000 0.388 0.608 0.004 0.000
#> SRR1447673 2 0.4201 0.02647 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR815735 1 0.0609 0.93409 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0865 0.50565 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 2 0.3684 0.30736 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR659983 1 0.1544 0.89604 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1402414 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614215 5 0.4604 0.25236 0.428 0.000 0.000 0.012 0.560
#> SRR659283 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.3861 0.38714 0.000 0.712 0.284 0.004 0.000
#> SRR1340441 3 0.4924 0.64711 0.000 0.000 0.668 0.272 0.060
#> SRR1317428 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0880 0.72393 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1452741 1 0.3774 0.53013 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1458484 2 0.4192 0.05695 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1387091 4 0.4305 0.43147 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1358017 5 0.6599 0.18981 0.000 0.000 0.268 0.268 0.464
#> SRR1457039 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1376539 3 0.0510 0.72304 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.4161 0.09064 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1419829 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.5873 0.41906 0.580 0.000 0.004 0.304 0.112
#> SRR1367849 2 0.4138 0.11656 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.3239 0.70287 0.156 0.012 0.828 0.004 0.000
#> SRR1398311 5 0.1408 0.84891 0.000 0.008 0.000 0.044 0.948
#> SRR1442149 4 0.3661 0.78126 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.4182 0.69190 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1321225 3 0.0727 0.72082 0.004 0.012 0.980 0.004 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 5 0.0000 0.86472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334154 4 0.3661 0.78126 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1390072 2 0.1043 0.50477 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1467612 2 0.3734 0.41397 0.000 0.752 0.240 0.004 0.004
#> SRR1430133 3 0.4390 0.25095 0.000 0.428 0.568 0.004 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.3636 0.68147 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1374028 5 0.3143 0.75839 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1311243 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.3210 0.69158 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.4133 0.71117 0.052 0.000 0.768 0.180 0.000
#> SRR1084892 2 0.3990 0.36589 0.000 0.688 0.308 0.004 0.000
#> SRR1416166 5 0.5268 0.46222 0.248 0.000 0.084 0.004 0.664
#> SRR1477015 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 3 0.4367 0.23090 0.000 0.416 0.580 0.004 0.000
#> SRR1446156 2 0.6054 -0.13616 0.000 0.496 0.000 0.124 0.380
#> SRR1488328 2 0.3366 0.43167 0.000 0.784 0.212 0.004 0.000
#> SRR1086889 2 0.0162 0.50909 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR814611 1 0.0162 0.94366 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.3857 0.25712 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR807877 2 0.3242 0.38720 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0703 0.50820 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR601986 3 0.4297 0.21989 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.2763 0.64273 0.000 0.148 0.848 0.004 0.000
#> SRR600474 1 0.0290 0.94125 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.4306 -0.10096 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0609 0.93385 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1430951 3 0.6538 0.39023 0.000 0.000 0.480 0.272 0.248
#> SRR1385364 2 0.4288 0.27727 0.000 0.612 0.384 0.004 0.000
#> SRR1478149 3 0.0566 0.72278 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1384413 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1366855 2 0.4126 0.12832 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1077115 2 0.4150 0.10450 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1399990 3 0.1202 0.71543 0.004 0.032 0.960 0.004 0.000
#> SRR1434093 3 0.3969 0.59048 0.304 0.000 0.692 0.004 0.000
#> SRR1341408 2 0.2179 0.47423 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR612335 5 0.6333 0.42473 0.176 0.000 0.000 0.328 0.496
#> SRR1321420 1 0.0404 0.93899 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.4074 0.16290 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR614996 3 0.4304 0.17635 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.3857 0.39862 0.000 0.808 0.000 0.084 0.108
#> SRR1311509 5 0.2648 0.79232 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1507229 3 0.3636 0.68147 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1310373 3 0.4206 0.67234 0.000 0.000 0.708 0.272 0.020
#> SRR1408072 2 0.4210 0.00644 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1469591 3 0.4227 0.60417 0.292 0.000 0.692 0.016 0.000
#> SRR1392813 2 0.3838 0.39047 0.000 0.716 0.280 0.004 0.000
#> SRR1453026 2 0.3333 0.43389 0.000 0.788 0.208 0.004 0.000
#> SRR1388105 2 0.4192 0.04837 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.94587 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.1750 0.71752 0.036 0.028 0.936 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0146 0.92862 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468613 1 0.0146 0.92893 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR815184 2 0.4637 0.56192 0.000 0.752 0.000 0.072 0.080 0.096
#> SRR1381693 1 0.0363 0.92816 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1467904 5 0.2743 0.71343 0.000 0.000 0.164 0.000 0.828 0.008
#> SRR1442648 4 0.4816 0.50407 0.000 0.308 0.000 0.632 0.028 0.032
#> SRR1486174 2 0.1010 0.57106 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1349433 4 0.3244 0.62497 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.3991 0.61321 0.176 0.000 0.764 0.000 0.044 0.016
#> SRR1387702 1 0.0547 0.92266 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1435584 4 0.3782 0.35343 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0260 0.92840 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1366367 4 0.0260 0.77417 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1458026 4 0.1387 0.73389 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1094192 4 0.1075 0.75585 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1397180 4 0.0937 0.77028 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662665 1 0.3020 0.76421 0.824 0.000 0.156 0.000 0.008 0.012
#> SRR818530 5 0.0146 0.84244 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR817563 4 0.5870 0.11819 0.000 0.328 0.000 0.460 0.000 0.212
#> SRR613462 1 0.3126 0.63521 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405206 5 0.2255 0.79556 0.000 0.028 0.000 0.000 0.892 0.080
#> SRR1454136 4 0.3810 0.31889 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1380785 2 0.3150 0.35050 0.000 0.832 0.104 0.000 0.000 0.064
#> SRR612875 1 0.5250 0.47713 0.664 0.164 0.148 0.000 0.000 0.024
#> SRR808327 2 0.3531 0.42699 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.4984 -0.08650 0.000 0.640 0.280 0.000 0.024 0.056
#> SRR1408227 4 0.3330 0.60543 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1086304 5 0.0146 0.84239 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1080415 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1086140 6 0.4351 0.24982 0.000 0.044 0.000 0.004 0.276 0.676
#> SRR1084965 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1310563 5 0.0146 0.84239 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR602437 1 0.0622 0.92280 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR663404 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360442 1 0.0790 0.91563 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1356487 2 0.1542 0.54028 0.000 0.936 0.000 0.004 0.052 0.008
#> SRR1479263 4 0.3995 0.12987 0.000 0.480 0.000 0.516 0.004 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0632 0.92130 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1345736 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345827 2 0.3634 0.37867 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1367456 5 0.0260 0.84176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1072650 1 0.0146 0.92893 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446393 6 0.4118 0.18084 0.000 0.028 0.000 0.000 0.312 0.660
#> SRR1087197 5 0.5638 -0.13573 0.104 0.000 0.440 0.000 0.444 0.012
#> SRR1383960 2 0.3996 -0.17112 0.004 0.636 0.352 0.000 0.000 0.008
#> SRR600924 1 0.5786 -0.00161 0.504 0.020 0.364 0.000 0.000 0.112
#> SRR662390 1 0.2274 0.84670 0.892 0.008 0.088 0.000 0.000 0.012
#> SRR1071692 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658421 1 0.0146 0.92862 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352936 2 0.4226 -0.44014 0.004 0.504 0.484 0.000 0.000 0.008
#> SRR598148 5 0.1176 0.82999 0.000 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020
#> SRR1444390 4 0.0713 0.76630 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1444644 3 0.4113 0.64047 0.016 0.308 0.668 0.000 0.000 0.008
#> SRR1389777 1 0.3954 0.36200 0.636 0.000 0.000 0.000 0.352 0.012
#> SRR603918 5 0.2823 0.70792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1468682 4 0.2854 0.68226 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1490505 4 0.3955 0.27962 0.000 0.436 0.000 0.560 0.004 0.000
#> SRR1343859 5 0.0146 0.84239 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1075631 4 0.0363 0.77523 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1444954 5 0.5873 0.22287 0.000 0.368 0.000 0.000 0.432 0.200
#> SRR1479286 4 0.0260 0.77549 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.4868 0.61235 0.052 0.352 0.588 0.000 0.000 0.008
#> SRR1392208 4 0.2489 0.73563 0.000 0.128 0.000 0.860 0.000 0.012
#> SRR1456693 5 0.0146 0.84244 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1358482 5 0.0146 0.84208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR658331 3 0.5996 0.56800 0.004 0.292 0.512 0.000 0.008 0.184
#> SRR810619 2 0.3833 0.13021 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR600829 3 0.5900 0.39796 0.352 0.040 0.516 0.000 0.000 0.092
#> SRR599380 1 0.0146 0.92862 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337388 4 0.0260 0.77417 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2185195 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.3506 0.53778 0.000 0.000 0.792 0.000 0.052 0.156
#> SRR1318662 2 0.4334 0.21246 0.000 0.568 0.000 0.408 0.000 0.024
#> SRR1408657 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1384805 4 0.0632 0.76849 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR661337 1 0.0935 0.90912 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR601239 1 0.0146 0.92862 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468995 3 0.4513 0.68119 0.084 0.212 0.700 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352111 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.2664 0.58320 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1419453 3 0.4261 0.55060 0.000 0.408 0.572 0.000 0.000 0.020
#> SRR1437208 4 0.2664 0.70149 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.5067 0.49018 0.000 0.268 0.000 0.612 0.000 0.120
#> SRR1093269 4 0.3508 0.59282 0.000 0.292 0.000 0.704 0.004 0.000
#> SRR1341456 3 0.1918 0.61794 0.000 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR657456 3 0.4018 0.55601 0.000 0.412 0.580 0.000 0.000 0.008
#> SRR807727 4 0.0865 0.76235 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR816358 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR658283 3 0.5636 0.47721 0.000 0.424 0.428 0.000 0.000 0.148
#> SRR813728 2 0.3590 0.61211 0.000 0.804 0.000 0.116 0.004 0.076
#> SRR1394520 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1308200 4 0.3309 0.61045 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0632 0.76849 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1087992 1 0.0725 0.92303 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1405593 1 0.0820 0.91979 0.972 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1326040 3 0.6193 0.48330 0.228 0.360 0.404 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312725 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1488632 5 0.0146 0.84244 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1398706 5 0.4655 0.36146 0.000 0.300 0.000 0.068 0.632 0.000
#> SRR1368794 2 0.5365 0.33615 0.000 0.616 0.000 0.012 0.240 0.132
#> SRR1392749 4 0.3620 0.25289 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR603968 5 0.2623 0.74457 0.000 0.000 0.132 0.000 0.852 0.016
#> SRR815661 1 0.3890 0.24434 0.596 0.000 0.000 0.004 0.000 0.400
#> SRR663100 4 0.3101 0.46456 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR661229 1 0.0146 0.92862 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655792 1 0.0520 0.92675 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR663705 5 0.0146 0.84239 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1464281 2 0.3996 -0.02317 0.000 0.512 0.000 0.484 0.004 0.000
#> SRR1400397 6 0.3747 0.48914 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1331444 1 0.0260 0.92840 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1439958 2 0.2178 0.62306 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1384917 5 0.3128 0.71463 0.000 0.008 0.000 0.096 0.844 0.052
#> SRR1435182 4 0.3244 0.62496 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR602461 1 0.3117 0.80229 0.852 0.016 0.080 0.000 0.000 0.052
#> SRR1334338 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1354710 1 0.0260 0.92833 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613510 5 0.2346 0.74736 0.000 0.000 0.124 0.000 0.868 0.008
#> SRR663014 6 0.3464 0.56192 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1417960 6 0.3634 0.54132 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1474730 3 0.5446 0.63233 0.156 0.236 0.600 0.000 0.000 0.008
#> SRR1381269 2 0.4880 0.26863 0.000 0.564 0.000 0.376 0.004 0.056
#> SRR657695 5 0.0146 0.84244 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1357650 4 0.3371 0.59523 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR1472237 4 0.3351 0.60195 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR1470816 5 0.3736 0.59383 0.000 0.156 0.000 0.068 0.776 0.000
#> SRR1458358 1 0.0146 0.92839 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614683 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1318998 5 0.0146 0.84239 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1392795 4 0.3189 0.65707 0.000 0.236 0.000 0.760 0.004 0.000
#> SRR1469859 1 0.0260 0.92833 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1378243 4 0.5147 -0.05257 0.000 0.000 0.004 0.528 0.392 0.076
#> SRR1360587 4 0.1204 0.74582 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR604230 1 0.1411 0.89008 0.936 0.000 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR1347667 3 0.1625 0.64752 0.000 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR608096 2 0.3967 -0.17951 0.000 0.632 0.356 0.000 0.000 0.012
#> SRR665514 1 0.4223 0.69371 0.768 0.020 0.104 0.000 0.000 0.108
#> SRR1454522 3 0.0725 0.65521 0.000 0.012 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1419615 4 0.1863 0.69393 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1429802 4 0.0547 0.77070 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1345436 4 0.1910 0.68736 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1433684 1 0.2613 0.79610 0.848 0.000 0.140 0.000 0.000 0.012
#> SRR613186 5 0.3101 0.61091 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1343795 2 0.3370 0.61214 0.000 0.804 0.000 0.148 0.000 0.048
#> SRR1417766 2 0.2946 0.59658 0.000 0.812 0.000 0.176 0.000 0.012
#> SRR1420606 3 0.3424 0.58579 0.000 0.032 0.816 0.000 0.016 0.136
#> SRR1326687 1 0.0458 0.92430 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1458973 3 0.4039 0.53867 0.000 0.424 0.568 0.000 0.000 0.008
#> SRR1309856 2 0.2871 0.58798 0.000 0.804 0.000 0.192 0.004 0.000
#> SRR1102756 4 0.2823 0.68633 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.3857 0.02454 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.5264 0.46918 0.000 0.304 0.000 0.588 0.008 0.100
#> SRR1391789 2 0.3725 -0.07388 0.000 0.676 0.316 0.000 0.000 0.008
#> SRR1402195 6 0.4179 -0.11676 0.012 0.000 0.000 0.000 0.472 0.516
#> SRR1429516 6 0.3482 0.55731 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1406662 4 0.3370 0.70147 0.000 0.148 0.000 0.804 0.048 0.000
#> SRR1333414 4 0.3866 0.12842 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.5408 0.09754 0.000 0.504 0.000 0.024 0.412 0.060
#> SRR1342916 1 0.0458 0.92430 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1362824 2 0.2595 0.61025 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004 0.000
#> SRR1455326 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1349956 1 0.0146 0.92839 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409487 6 0.4306 0.37640 0.344 0.000 0.000 0.032 0.000 0.624
#> SRR1434568 4 0.0632 0.76812 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1341965 4 0.0790 0.76383 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1473505 4 0.4630 0.29240 0.000 0.028 0.000 0.560 0.404 0.008
#> SRR1402068 5 0.5761 0.21626 0.000 0.396 0.000 0.000 0.432 0.172
#> SRR1490076 4 0.3866 0.12786 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.3266 0.62035 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.4153 0.60070 0.208 0.020 0.744 0.000 0.016 0.012
#> SRR1093243 4 0.3446 0.32648 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1418390 2 0.1226 0.57438 0.000 0.952 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR608480 1 0.6235 -0.24767 0.424 0.024 0.388 0.000 0.000 0.164
#> SRR598589 1 0.0713 0.91870 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR601868 1 0.0508 0.92706 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR607313 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.3847 0.22455 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0146 0.77496 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455503 4 0.0291 0.77549 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR810737 4 0.0260 0.77438 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1347500 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443182 4 0.0458 0.77474 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1457872 4 0.0790 0.77244 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.0260 0.77417 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1406243 1 0.0363 0.92816 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1332607 2 0.4076 -0.37817 0.000 0.540 0.452 0.000 0.000 0.008
#> SRR656433 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420811 4 0.3309 0.61083 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.3868 -0.06980 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.4075 0.67788 0.048 0.240 0.712 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.2340 0.61919 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.3636 0.43933 0.000 0.676 0.000 0.320 0.004 0.000
#> SRR1441464 2 0.3854 0.06846 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.5515 0.25922 0.576 0.020 0.304 0.000 0.000 0.100
#> SRR1338171 5 0.0146 0.84282 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR604174 1 0.1176 0.90730 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR1345221 1 0.0632 0.92052 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR815517 5 0.0458 0.83906 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR615970 3 0.4191 0.64213 0.000 0.284 0.676 0.000 0.000 0.040
#> SRR1370659 1 0.0458 0.92430 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1383125 1 0.0146 0.92839 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331013 4 0.3050 0.65737 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.5141 0.55644 0.232 0.008 0.648 0.000 0.108 0.004
#> SRR1434975 5 0.5347 0.38743 0.000 0.020 0.292 0.000 0.600 0.088
#> SRR1445741 4 0.3198 0.63360 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.1151 0.90886 0.956 0.000 0.032 0.000 0.000 0.012
#> SRR604206 1 0.0520 0.92582 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1358779 3 0.5577 0.46868 0.156 0.000 0.588 0.000 0.244 0.012
#> SRR1473142 4 0.0146 0.77496 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1410334 5 0.0363 0.84031 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1352234 4 0.0260 0.77417 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1487807 4 0.1663 0.75320 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.1036 0.55809 0.000 0.964 0.008 0.024 0.000 0.004
#> SRR1364780 3 0.4045 0.53514 0.000 0.428 0.564 0.000 0.000 0.008
#> SRR1460124 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR813915 4 0.2119 0.75427 0.000 0.036 0.000 0.904 0.000 0.060
#> SRR1409748 4 0.0363 0.77296 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1325504 1 0.0260 0.92895 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1436490 5 0.5569 0.07254 0.000 0.428 0.000 0.020 0.472 0.080
#> SRR1316725 5 0.2531 0.76705 0.000 0.012 0.000 0.000 0.856 0.132
#> SRR1314851 4 0.0291 0.77549 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1354599 1 0.3283 0.72724 0.804 0.000 0.160 0.000 0.000 0.036
#> SRR1406599 2 0.4696 -0.25948 0.032 0.592 0.364 0.000 0.000 0.012
#> SRR1308696 3 0.2695 0.57883 0.008 0.000 0.844 0.000 0.004 0.144
#> SRR808772 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 4 0.3426 0.61282 0.000 0.276 0.000 0.720 0.004 0.000
#> SRR1366690 5 0.0260 0.83953 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1317707 2 0.4629 0.10233 0.000 0.524 0.000 0.436 0.000 0.040
#> SRR1339321 4 0.2762 0.69166 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.2340 0.61960 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1069690 5 0.3679 0.64287 0.000 0.012 0.000 0.004 0.724 0.260
#> SRR1319344 5 0.0146 0.84208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332835 2 0.0858 0.56572 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1334694 4 0.3774 0.36861 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0146 0.77496 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479933 5 0.2912 0.76419 0.000 0.072 0.000 0.000 0.852 0.076
#> SRR1313853 2 0.3636 0.43650 0.000 0.676 0.000 0.320 0.004 0.000
#> SRR661192 1 0.0146 0.92862 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1384827 2 0.1765 0.61308 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR814587 4 0.0458 0.77190 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR656899 6 0.3998 0.09890 0.492 0.000 0.000 0.004 0.000 0.504
#> SRR1088340 4 0.1387 0.73389 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1349772 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1317305 1 0.0725 0.92311 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1442273 4 0.3266 0.62035 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.3515 0.43394 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1490289 5 0.0405 0.84020 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1093649 5 0.3774 0.52977 0.000 0.008 0.000 0.000 0.664 0.328
#> SRR1478900 1 0.3368 0.64595 0.756 0.000 0.232 0.000 0.000 0.012
#> SRR1447652 1 0.0260 0.92833 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1324545 5 0.2350 0.72541 0.000 0.020 0.000 0.100 0.880 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR615335 3 0.6570 0.39735 0.348 0.220 0.400 0.000 0.000 0.032
#> SRR1321505 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457768 3 0.5323 0.35586 0.012 0.000 0.632 0.000 0.204 0.152
#> SRR1340641 4 0.1387 0.73984 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR657903 1 0.0547 0.92266 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1403458 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1460073 1 0.0458 0.92430 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1441850 4 0.0405 0.77539 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR613759 5 0.5259 0.04282 0.420 0.008 0.020 0.000 0.516 0.036
#> SRR1472281 4 0.1141 0.76696 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.3032 0.64491 0.004 0.024 0.840 0.000 0.128 0.004
#> SRR1088734 4 0.0547 0.77431 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0146 0.77558 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0405 0.77521 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1364695 3 0.5449 0.24571 0.424 0.000 0.456 0.000 0.000 0.120
#> SRR1348226 1 0.1225 0.90547 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1313560 1 0.1007 0.90682 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1092889 5 0.0146 0.84244 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1352213 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2185233 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0146 0.92893 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662641 2 0.3854 0.06882 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR817825 5 0.0146 0.84239 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR660366 1 0.0146 0.92839 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655423 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.0000 0.84244 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.3634 0.37147 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.0260 0.77435 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1351583 3 0.4125 0.64232 0.000 0.124 0.748 0.000 0.000 0.128
#> SRR1437454 4 0.0291 0.77556 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1318484 4 0.3101 0.50253 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1322395 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1378131 4 0.0862 0.77564 0.000 0.016 0.000 0.972 0.004 0.008
#> SRR1325464 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1340280 5 0.0146 0.84239 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1455842 4 0.0937 0.76092 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1352619 3 0.3383 0.65442 0.000 0.268 0.728 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076779 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662763 3 0.6134 0.51937 0.000 0.372 0.448 0.000 0.020 0.160
#> SRR661120 3 0.5924 0.42250 0.312 0.024 0.528 0.000 0.000 0.136
#> SRR601613 1 0.0146 0.92862 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR811535 1 0.6170 -0.22890 0.432 0.024 0.392 0.000 0.000 0.152
#> SRR820316 1 0.0146 0.92839 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368616 4 0.3584 0.56892 0.000 0.308 0.000 0.688 0.004 0.000
#> SRR1375677 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365700 2 0.3737 0.30012 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0547 0.92293 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR598509 3 0.6256 0.46844 0.000 0.060 0.548 0.000 0.252 0.140
#> SRR1397052 6 0.3966 0.24489 0.444 0.000 0.000 0.004 0.000 0.552
#> SRR1339921 1 0.2805 0.76705 0.828 0.000 0.160 0.000 0.000 0.012
#> SRR664743 4 0.0713 0.76726 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1339199 4 0.4592 0.12650 0.000 0.468 0.000 0.496 0.000 0.036
#> SRR1355660 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1481012 1 0.0363 0.92614 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR603449 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR808808 3 0.4680 0.51969 0.028 0.440 0.524 0.000 0.000 0.008
#> SRR656288 1 0.0146 0.92862 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405886 3 0.4328 0.62578 0.192 0.092 0.716 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 5 0.0000 0.84244 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662043 3 0.6152 0.27669 0.404 0.024 0.424 0.000 0.000 0.148
#> SRR1381211 2 0.1003 0.56595 0.000 0.964 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR1379365 4 0.3975 0.39452 0.000 0.392 0.000 0.600 0.000 0.008
#> SRR1384852 2 0.3351 0.48415 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0363 0.77296 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2164847 2 0.4015 0.06454 0.028 0.720 0.244 0.000 0.000 0.008
#> SRR807901 1 0.1858 0.85721 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR816064 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1358582 1 0.0146 0.92862 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349893 1 0.0146 0.92839 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444722 5 0.0146 0.84239 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1316483 1 0.3470 0.62641 0.740 0.000 0.248 0.000 0.000 0.012
#> SRR662749 1 0.1225 0.90177 0.952 0.000 0.012 0.000 0.000 0.036
#> SRR1342701 5 0.0777 0.83674 0.000 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR1343653 4 0.3364 0.68715 0.000 0.196 0.000 0.780 0.000 0.024
#> SRR1336134 4 0.3244 0.62522 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR654940 2 0.6028 0.15182 0.000 0.544 0.024 0.000 0.240 0.192
#> SRR1098288 2 0.4033 0.25335 0.000 0.588 0.000 0.404 0.004 0.004
#> SRR1326343 6 0.4366 0.25745 0.440 0.000 0.000 0.004 0.016 0.540
#> SRR811145 1 0.0146 0.92839 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615359 5 0.2471 0.79039 0.032 0.004 0.020 0.000 0.900 0.044
#> SRR1075997 4 0.3330 0.60543 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0458 0.77170 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1388698 1 0.0820 0.92027 0.972 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1312482 2 0.1501 0.60220 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.2655 0.57527 0.000 0.004 0.848 0.000 0.008 0.140
#> SRR1387475 6 0.3782 0.45577 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1388419 2 0.6007 0.16782 0.000 0.404 0.000 0.356 0.240 0.000
#> SRR1442250 5 0.0146 0.84239 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1430679 2 0.3765 0.26574 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0260 0.77417 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1478990 6 0.4145 0.54899 0.000 0.000 0.000 0.252 0.048 0.700
#> SRR1392434 4 0.2597 0.70562 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR820655 1 0.2202 0.86332 0.908 0.012 0.028 0.000 0.000 0.052
#> SRR1383937 4 0.3737 0.41027 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0984 0.53583 0.000 0.968 0.012 0.008 0.000 0.012
#> SRR1094506 3 0.3351 0.68159 0.000 0.168 0.800 0.000 0.028 0.004
#> SRR1330633 2 0.3937 0.20505 0.000 0.572 0.000 0.424 0.004 0.000
#> SRR1330153 6 0.4089 0.17738 0.012 0.000 0.000 0.004 0.352 0.632
#> SRR1451778 5 0.3946 0.65249 0.012 0.000 0.032 0.000 0.748 0.208
#> SRR657089 3 0.5642 0.44492 0.308 0.020 0.560 0.000 0.000 0.112
#> SRR1395659 5 0.0508 0.84058 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1385716 3 0.1518 0.65980 0.024 0.008 0.944 0.000 0.000 0.024
#> SRR1466109 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.2889 0.66943 0.096 0.044 0.856 0.000 0.000 0.004
#> SRR1441725 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1485078 5 0.2629 0.78217 0.000 0.040 0.000 0.000 0.868 0.092
#> SRR661806 3 0.6949 0.55262 0.088 0.280 0.444 0.000 0.000 0.188
#> SRR1334919 1 0.4181 -0.06287 0.512 0.000 0.476 0.000 0.000 0.012
#> SRR599249 5 0.0458 0.83349 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR810051 4 0.3284 0.69068 0.000 0.196 0.000 0.784 0.000 0.020
#> SRR1407202 5 0.0692 0.83683 0.004 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1434399 1 0.2482 0.78647 0.848 0.000 0.000 0.004 0.000 0.148
#> SRR1330965 3 0.2665 0.64336 0.000 0.012 0.868 0.000 0.104 0.016
#> SRR1369536 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1382508 3 0.3592 0.57664 0.240 0.020 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405028 5 0.0146 0.84239 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR612719 3 0.6813 0.43469 0.276 0.064 0.484 0.000 0.008 0.168
#> SRR1340617 4 0.3446 0.57184 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.1219 0.89716 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1362488 4 0.3428 0.57785 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.1075 0.75335 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1454374 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR811891 5 0.0000 0.84244 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477837 4 0.0260 0.77549 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0508 0.92563 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1418946 1 0.4189 0.64857 0.748 0.096 0.152 0.000 0.000 0.004
#> SRR1456567 4 0.0603 0.77373 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR1487425 4 0.2562 0.70870 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1335627 5 0.0260 0.84151 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1327680 3 0.3200 0.67693 0.000 0.196 0.788 0.000 0.000 0.016
#> SRR1478812 2 0.1049 0.51901 0.000 0.960 0.032 0.000 0.000 0.008
#> SRR1447673 4 0.0632 0.76819 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR815735 1 0.2070 0.84996 0.896 0.000 0.092 0.000 0.000 0.012
#> SRR1404251 4 0.3409 0.58545 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.1444 0.75957 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR659983 1 0.1219 0.90055 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1402414 5 0.0790 0.82514 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR614215 1 0.4249 0.38832 0.640 0.000 0.000 0.000 0.328 0.032
#> SRR659283 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1459956 2 0.1856 0.58343 0.000 0.920 0.000 0.048 0.000 0.032
#> SRR1340441 3 0.2613 0.57840 0.000 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1317428 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1403390 3 0.3543 0.65390 0.000 0.272 0.720 0.000 0.004 0.004
#> SRR1452741 1 0.4097 0.52689 0.688 0.016 0.284 0.000 0.000 0.012
#> SRR1458484 4 0.0748 0.77344 0.000 0.004 0.016 0.976 0.000 0.004
#> SRR1387091 4 0.1387 0.73387 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1358017 3 0.5486 0.10299 0.000 0.000 0.496 0.000 0.372 0.132
#> SRR1457039 4 0.0405 0.77580 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1376539 3 0.3774 0.62241 0.000 0.328 0.664 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430639 1 0.0260 0.92751 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406069 4 0.0363 0.77326 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1419829 5 0.0146 0.84244 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1434315 1 0.0260 0.92840 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658457 6 0.5631 0.26152 0.380 0.024 0.012 0.000 0.056 0.528
#> SRR1367849 4 0.0146 0.77510 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1320939 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR656588 1 0.0146 0.92862 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR599025 1 0.0405 0.92692 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401446 3 0.5287 0.51930 0.076 0.424 0.492 0.000 0.000 0.008
#> SRR1398311 5 0.3892 0.67916 0.000 0.020 0.000 0.020 0.752 0.208
#> SRR1442149 6 0.3620 0.54602 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR809137 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414982 4 0.2597 0.59105 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR600852 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414857 4 0.0520 0.77582 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1321225 2 0.4225 -0.43252 0.004 0.508 0.480 0.000 0.000 0.008
#> SRR1069802 1 0.0458 0.92801 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1077643 5 0.0363 0.84121 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1334154 6 0.3756 0.48429 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1390072 4 0.3309 0.61045 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.5449 0.18417 0.000 0.456 0.000 0.120 0.424 0.000
#> SRR1430133 2 0.0951 0.53978 0.000 0.968 0.020 0.008 0.000 0.004
#> SRR1468595 1 0.0146 0.92893 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351931 3 0.2358 0.67824 0.000 0.108 0.876 0.000 0.000 0.016
#> SRR1374028 5 0.3695 0.61606 0.000 0.000 0.000 0.024 0.732 0.244
#> SRR1311243 1 0.0458 0.92801 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1385235 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1469638 1 0.2361 0.83137 0.880 0.004 0.104 0.000 0.000 0.012
#> SRR662150 1 0.0458 0.92430 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1400290 3 0.3631 0.69320 0.032 0.168 0.788 0.000 0.000 0.012
#> SRR1084892 2 0.1075 0.58084 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1416166 5 0.2680 0.67479 0.124 0.000 0.016 0.000 0.856 0.004
#> SRR1477015 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1380501 2 0.4532 0.48963 0.000 0.696 0.108 0.196 0.000 0.000
#> SRR1446156 6 0.6333 0.26208 0.000 0.024 0.000 0.360 0.188 0.428
#> SRR1488328 2 0.3828 0.15191 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1086889 4 0.3547 0.53045 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.1367 0.89801 0.944 0.000 0.044 0.000 0.000 0.012
#> SRR599086 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1086844 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1464535 4 0.1010 0.77081 0.000 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR807877 4 0.2883 0.67896 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1335164 4 0.3330 0.60543 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR601986 1 0.3841 0.30845 0.616 0.000 0.380 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446226 1 0.0260 0.92840 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659637 2 0.3653 -0.03762 0.000 0.692 0.300 0.000 0.000 0.008
#> SRR600474 1 0.0146 0.92862 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1307699 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1312540 1 0.4255 0.50725 0.680 0.024 0.284 0.000 0.000 0.012
#> SRR1323628 1 0.0713 0.91819 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1430951 3 0.2164 0.63929 0.000 0.000 0.900 0.000 0.068 0.032
#> SRR1385364 2 0.1471 0.58862 0.000 0.932 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1478149 3 0.4662 0.65784 0.000 0.228 0.680 0.000 0.088 0.004
#> SRR1384413 4 0.0622 0.77608 0.000 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1366855 4 0.0520 0.77590 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1077115 4 0.0458 0.77189 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1399990 2 0.4559 -0.39334 0.016 0.528 0.444 0.000 0.000 0.012
#> SRR1434093 3 0.5864 0.46890 0.316 0.172 0.504 0.000 0.000 0.008
#> SRR1341408 4 0.5187 0.08055 0.000 0.440 0.000 0.472 0.000 0.088
#> SRR612335 6 0.5321 0.35090 0.156 0.000 0.000 0.004 0.232 0.608
#> SRR1321420 1 0.0790 0.91545 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1329177 1 0.0363 0.92761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1398371 4 0.0547 0.77451 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR614996 1 0.5657 0.24876 0.580 0.148 0.256 0.000 0.000 0.016
#> SRR1431602 4 0.4253 0.56428 0.000 0.284 0.000 0.672 0.044 0.000
#> SRR1311509 5 0.3899 0.35932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.592 0.404
#> SRR1507229 3 0.1075 0.66746 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0820 0.64913 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1408072 4 0.0713 0.76582 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1469591 3 0.4784 0.55631 0.260 0.060 0.664 0.000 0.000 0.016
#> SRR1392813 2 0.3280 0.60479 0.000 0.808 0.000 0.160 0.004 0.028
#> SRR1453026 2 0.5902 0.34441 0.000 0.472 0.000 0.260 0.268 0.000
#> SRR1388105 4 0.0260 0.77437 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1357558 1 0.0000 0.92881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.5690 0.58772 0.004 0.284 0.536 0.000 0.000 0.176
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.394 0.803 0.848 0.4349 0.516 0.516
#> 3 3 0.666 0.779 0.908 0.3404 0.842 0.710
#> 4 4 0.594 0.650 0.854 0.0905 0.960 0.905
#> 5 5 0.622 0.655 0.828 0.0909 0.913 0.778
#> 6 6 0.631 0.563 0.785 0.0498 0.999 0.997
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1381693 1 0.0672 0.8640 0.992 0.008
#> SRR1467904 1 0.6973 0.7890 0.812 0.188
#> SRR1442648 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1486174 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1349433 2 0.7376 0.9481 0.208 0.792
#> SRR1321283 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1387702 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR1435584 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1406265 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.8955 0.8347 0.312 0.688
#> SRR1458026 2 0.9988 0.4797 0.480 0.520
#> SRR1094192 2 0.7453 0.9495 0.212 0.788
#> SRR1397180 2 0.9460 0.7505 0.364 0.636
#> SRR657492 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.4161 0.8235 0.916 0.084
#> SRR818530 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR817563 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR613462 1 0.4431 0.8155 0.908 0.092
#> SRR1405206 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1454136 2 0.7453 0.9495 0.212 0.788
#> SRR1380785 2 0.7219 0.9348 0.200 0.800
#> SRR612875 1 0.3879 0.8079 0.924 0.076
#> SRR808327 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1355194 2 0.7219 0.9348 0.200 0.800
#> SRR1408227 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR1086304 1 0.8955 0.5048 0.688 0.312
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1084965 1 0.0376 0.8654 0.996 0.004
#> SRR1310563 1 0.9044 0.4864 0.680 0.320
#> SRR602437 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1479263 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR1367456 1 0.9977 -0.3010 0.528 0.472
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1087197 1 0.4161 0.8234 0.916 0.084
#> SRR1383960 1 0.4022 0.8037 0.920 0.080
#> SRR600924 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.2423 0.8404 0.960 0.040
#> SRR1071692 1 0.0376 0.8653 0.996 0.004
#> SRR658421 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.5294 0.8004 0.880 0.120
#> SRR598148 1 0.7056 0.6479 0.808 0.192
#> SRR1444390 2 0.7376 0.9509 0.208 0.792
#> SRR1444644 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1389777 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.7674 0.9405 0.224 0.776
#> SRR1468682 2 0.9881 0.6015 0.436 0.564
#> SRR1490505 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1343859 1 0.8713 0.5548 0.708 0.292
#> SRR1075631 2 0.7528 0.9471 0.216 0.784
#> SRR1444954 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1479286 1 0.9815 -0.1203 0.580 0.420
#> SRR1381524 1 0.6887 0.7612 0.816 0.184
#> SRR1392208 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1456693 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1358482 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR658331 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR810619 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR600829 1 0.0672 0.8626 0.992 0.008
#> SRR599380 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.9635 0.0286 0.612 0.388
#> SRR2185195 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.6148 0.8092 0.848 0.152
#> SRR1318662 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.7528 0.9471 0.216 0.784
#> SRR661337 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.7815 0.7409 0.768 0.232
#> SRR1352111 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.8144 0.9142 0.252 0.748
#> SRR1419453 1 0.8955 0.6989 0.688 0.312
#> SRR1437208 2 0.7453 0.9495 0.212 0.788
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1093269 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1341456 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR657456 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR807727 2 0.7528 0.9471 0.216 0.784
#> SRR816358 1 0.0376 0.8645 0.996 0.004
#> SRR658283 1 0.5294 0.8004 0.880 0.120
#> SRR813728 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1394520 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR1432366 2 0.7528 0.9471 0.216 0.784
#> SRR1087992 1 0.1184 0.8608 0.984 0.016
#> SRR1405593 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.3879 0.8079 0.924 0.076
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0672 0.8641 0.992 0.008
#> SRR1488632 2 0.7528 0.9469 0.216 0.784
#> SRR1398706 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1368794 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1392749 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR603968 1 0.7376 0.7462 0.792 0.208
#> SRR815661 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR663100 1 0.9998 -0.3979 0.508 0.492
#> SRR661229 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0938 0.8627 0.988 0.012
#> SRR663705 1 0.2043 0.8482 0.968 0.032
#> SRR1464281 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1400397 2 0.8608 0.8744 0.284 0.716
#> SRR1331444 1 0.0672 0.8641 0.992 0.008
#> SRR1439958 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1384917 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR1435182 2 0.9248 0.7914 0.340 0.660
#> SRR1477569 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0672 0.8641 0.992 0.008
#> SRR613510 1 0.8081 0.7085 0.752 0.248
#> SRR663014 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1417960 1 0.9795 -0.1019 0.584 0.416
#> SRR1474730 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1381269 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR657695 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1357650 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1472237 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR1470816 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1458358 1 0.0672 0.8640 0.992 0.008
#> SRR614683 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.8955 0.5048 0.688 0.312
#> SRR1392795 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1360587 2 0.9896 0.5916 0.440 0.560
#> SRR604230 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR608096 1 0.8955 0.3626 0.688 0.312
#> SRR665514 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1454522 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1419615 2 0.9815 0.6394 0.420 0.580
#> SRR1429802 1 0.9833 -0.1358 0.576 0.424
#> SRR1345436 2 0.7745 0.9376 0.228 0.772
#> SRR1433684 1 0.0672 0.8626 0.992 0.008
#> SRR613186 1 0.7376 0.7462 0.792 0.208
#> SRR1343795 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1417766 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1420606 2 0.8555 0.8222 0.280 0.720
#> SRR1326687 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.7745 0.7422 0.772 0.228
#> SRR1309856 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1102756 2 0.7602 0.9412 0.220 0.780
#> SRR1366519 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1080438 2 0.7745 0.9371 0.228 0.772
#> SRR1391789 1 0.4815 0.7763 0.896 0.104
#> SRR1402195 1 0.0376 0.8644 0.996 0.004
#> SRR1429516 1 0.9933 -0.2488 0.548 0.452
#> SRR1406662 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1333414 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1369030 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1342916 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.7528 0.9472 0.216 0.784
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.8016 0.5304 0.756 0.244
#> SRR1434568 2 0.9850 0.6183 0.428 0.572
#> SRR1341965 2 0.9944 0.5495 0.456 0.544
#> SRR1473505 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1402068 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1490076 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1435501 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR1397329 1 0.7745 0.7451 0.772 0.228
#> SRR1093243 1 0.9922 -0.2366 0.552 0.448
#> SRR1418390 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR608480 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0938 0.8627 0.988 0.012
#> SRR607313 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR815893 2 0.9993 0.4648 0.484 0.516
#> SRR1455503 2 0.7528 0.9471 0.216 0.784
#> SRR810737 2 1.0000 0.4297 0.496 0.504
#> SRR1347500 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.8144 0.9146 0.252 0.748
#> SRR1457872 2 0.7528 0.9473 0.216 0.784
#> SRR658481 1 0.9795 -0.1009 0.584 0.416
#> SRR1406243 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.7056 0.7585 0.808 0.192
#> SRR656433 1 0.4939 0.8101 0.892 0.108
#> SRR1420811 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1308674 2 0.7528 0.9472 0.216 0.784
#> SRR1338363 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1344271 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1321608 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1441464 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR607970 1 0.0376 0.8653 0.996 0.004
#> SRR1338171 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR604174 1 0.3431 0.8200 0.936 0.064
#> SRR1345221 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR815517 1 0.9044 0.4864 0.680 0.320
#> SRR615970 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1370659 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.9881 0.6015 0.436 0.564
#> SRR1419638 1 0.3879 0.8298 0.924 0.076
#> SRR1434975 1 0.6438 0.7262 0.836 0.164
#> SRR1445741 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1088142 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.7528 0.7580 0.784 0.216
#> SRR1473142 2 0.9850 0.6188 0.428 0.572
#> SRR1410334 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1352234 1 0.9815 -0.1199 0.580 0.420
#> SRR1487807 2 0.9661 0.6989 0.392 0.608
#> SRR1489715 2 0.7299 0.9341 0.204 0.796
#> SRR1364780 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1409748 2 0.8608 0.8748 0.284 0.716
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1316725 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1314851 2 0.9710 0.6816 0.400 0.600
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.4298 0.8021 0.912 0.088
#> SRR1308696 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR808772 1 0.4939 0.8101 0.892 0.108
#> SRR812649 2 0.7299 0.9488 0.204 0.796
#> SRR1366690 1 0.3584 0.8182 0.932 0.068
#> SRR1317707 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1339321 2 0.7453 0.9494 0.212 0.788
#> SRR1442487 2 0.7528 0.9472 0.216 0.784
#> SRR1069690 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1319344 2 0.7674 0.9405 0.224 0.776
#> SRR1332835 2 0.7453 0.9495 0.212 0.788
#> SRR1334694 2 0.7299 0.9341 0.204 0.796
#> SRR1478434 1 0.9993 -0.3683 0.516 0.484
#> SRR1479933 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1313853 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR661192 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.7376 0.9313 0.208 0.792
#> SRR814587 2 0.7376 0.9509 0.208 0.792
#> SRR656899 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR1088340 2 0.7528 0.9471 0.216 0.784
#> SRR1349772 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.1414 0.8618 0.980 0.020
#> SRR1442273 2 0.8144 0.9133 0.252 0.748
#> SRR1407470 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR1490289 2 0.7528 0.9469 0.216 0.784
#> SRR1093649 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1478900 1 0.6887 0.7612 0.816 0.184
#> SRR1447652 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR2170537 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.1184 0.8610 0.984 0.016
#> SRR615335 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1340641 1 0.9795 -0.1019 0.584 0.416
#> SRR657903 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR1403458 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.7950 0.9260 0.240 0.760
#> SRR613759 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.7602 0.9448 0.220 0.780
#> SRR1440445 1 0.7056 0.7726 0.808 0.192
#> SRR1088734 2 0.7453 0.9495 0.212 0.788
#> SRR1455607 1 0.9970 -0.3102 0.532 0.468
#> SRR1077528 1 0.9775 -0.0792 0.588 0.412
#> SRR1364695 1 0.6148 0.8094 0.848 0.152
#> SRR1348226 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR1092889 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1352213 1 0.6801 0.7640 0.820 0.180
#> SRR2185233 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR817825 1 0.8955 0.5081 0.688 0.312
#> SRR660366 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1323512 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1325247 1 0.9944 -0.2650 0.544 0.456
#> SRR1351583 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1437454 1 0.9775 -0.0850 0.588 0.412
#> SRR1318484 2 0.7376 0.9509 0.208 0.792
#> SRR1322395 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1325464 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.8955 0.5048 0.688 0.312
#> SRR1455842 2 0.7602 0.9443 0.220 0.780
#> SRR1352619 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1076779 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR662763 1 0.9970 -0.2872 0.532 0.468
#> SRR661120 1 0.3114 0.8425 0.944 0.056
#> SRR601613 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1375677 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR604122 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR598509 1 0.7376 0.7462 0.792 0.208
#> SRR1397052 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR1339921 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR664743 1 0.9998 -0.3979 0.508 0.492
#> SRR1339199 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1355660 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0938 0.8627 0.988 0.012
#> SRR1400889 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.3274 0.8519 0.940 0.060
#> SRR656288 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1487233 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR662043 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1379365 2 0.7815 0.9335 0.232 0.768
#> SRR1384852 2 0.7453 0.9495 0.212 0.788
#> SRR1430357 2 0.7453 0.9495 0.212 0.788
#> SRR2164847 1 0.4298 0.7939 0.912 0.088
#> SRR807901 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR816064 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0938 0.8627 0.988 0.012
#> SRR1349893 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.7376 0.7462 0.792 0.208
#> SRR1316483 1 0.2043 0.8464 0.968 0.032
#> SRR662749 1 0.0672 0.8640 0.992 0.008
#> SRR1342701 2 0.7219 0.9348 0.200 0.800
#> SRR1343653 2 0.7453 0.9495 0.212 0.788
#> SRR1336134 2 0.7528 0.9442 0.216 0.784
#> SRR654940 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1098288 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1326343 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR811145 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.6801 0.6681 0.820 0.180
#> SRR1075997 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR1090483 1 0.9922 -0.2350 0.552 0.448
#> SRR1388698 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1430420 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1387475 2 0.7376 0.9509 0.208 0.792
#> SRR1388419 2 0.7528 0.9472 0.216 0.784
#> SRR1442250 2 0.7950 0.9253 0.240 0.760
#> SRR1430679 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1311109 1 0.9795 -0.1009 0.584 0.416
#> SRR1478990 2 0.9896 0.5928 0.440 0.560
#> SRR1392434 2 0.7453 0.9495 0.212 0.788
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.9491 0.7455 0.368 0.632
#> SRR1315393 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1094506 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1330633 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1330153 1 0.2236 0.8445 0.964 0.036
#> SRR1451778 1 0.2236 0.8445 0.964 0.036
#> SRR657089 1 0.7139 0.7621 0.804 0.196
#> SRR1395659 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1385716 1 0.6801 0.7640 0.820 0.180
#> SRR1466109 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1441725 1 0.3733 0.8125 0.928 0.072
#> SRR1485078 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR661806 1 0.3733 0.8123 0.928 0.072
#> SRR1334919 1 0.6887 0.7612 0.816 0.184
#> SRR599249 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.7376 0.9509 0.208 0.792
#> SRR1407202 1 0.3584 0.8182 0.932 0.068
#> SRR1434399 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR1330965 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1369536 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.6801 0.7640 0.820 0.180
#> SRR1405028 1 0.4690 0.7839 0.900 0.100
#> SRR612719 1 0.4161 0.8235 0.916 0.084
#> SRR1340617 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR1448183 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1361156 2 0.9635 0.7057 0.388 0.612
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.2043 0.8482 0.968 0.032
#> SRR1477837 1 0.9580 0.4877 0.620 0.380
#> SRR607252 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR1418946 1 0.4022 0.8217 0.920 0.080
#> SRR1456567 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1487425 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1335627 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1327680 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1478812 2 0.7219 0.9348 0.200 0.800
#> SRR1447673 2 0.9850 0.6228 0.428 0.572
#> SRR815735 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR601645 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.7602 0.6903 0.780 0.220
#> SRR659983 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR614215 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR659283 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1340441 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1317428 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.7453 0.7077 0.788 0.212
#> SRR1452741 1 0.2043 0.8532 0.968 0.032
#> SRR1458484 1 0.7139 0.7788 0.804 0.196
#> SRR1387091 2 0.9850 0.6188 0.428 0.572
#> SRR1358017 1 0.7376 0.7462 0.792 0.208
#> SRR1457039 2 0.9000 0.8287 0.316 0.684
#> SRR1376539 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1430639 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.8267 0.9041 0.260 0.740
#> SRR1419829 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR1367849 2 0.9988 0.4797 0.480 0.520
#> SRR1320939 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.4939 0.8101 0.892 0.108
#> SRR599025 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.8081 0.7085 0.752 0.248
#> SRR1398311 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1442149 1 0.9732 -0.0494 0.596 0.404
#> SRR809137 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.7674 0.9415 0.224 0.776
#> SRR600852 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1321225 1 0.5294 0.8004 0.880 0.120
#> SRR1069802 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.8267 0.9036 0.260 0.740
#> SRR1334154 2 0.9815 0.6394 0.420 0.580
#> SRR1390072 2 0.7453 0.9495 0.212 0.788
#> SRR1467612 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1430133 2 0.7299 0.9341 0.204 0.796
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1374028 2 0.7950 0.9268 0.240 0.760
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.3733 0.8123 0.928 0.072
#> SRR662150 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.5842 0.7903 0.860 0.140
#> SRR1084892 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR1416166 1 0.6247 0.7040 0.844 0.156
#> SRR1477015 1 0.6801 0.7640 0.820 0.180
#> SRR1380501 2 0.7219 0.9360 0.200 0.800
#> SRR1446156 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1488328 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1086889 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR814611 1 0.1414 0.8618 0.980 0.020
#> SRR599086 1 0.0376 0.8645 0.996 0.004
#> SRR1086844 1 0.0376 0.8653 0.996 0.004
#> SRR1464535 1 0.7602 0.6903 0.780 0.220
#> SRR807877 2 0.8144 0.9131 0.252 0.748
#> SRR1477033 1 0.4939 0.8101 0.892 0.108
#> SRR1335164 2 0.7376 0.9508 0.208 0.792
#> SRR601986 1 0.6712 0.7667 0.824 0.176
#> SRR1446226 1 0.0672 0.8641 0.992 0.008
#> SRR659637 1 0.3879 0.8079 0.924 0.076
#> SRR600474 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0938 0.8627 0.988 0.012
#> SRR1312540 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR1430951 1 0.7376 0.7462 0.792 0.208
#> SRR1385364 2 0.9881 -0.2237 0.436 0.564
#> SRR1478149 1 0.8267 0.7336 0.740 0.260
#> SRR1384413 1 0.9850 -0.1501 0.572 0.428
#> SRR1366855 1 0.9754 -0.0647 0.592 0.408
#> SRR1077115 2 0.8207 0.9085 0.256 0.744
#> SRR1399990 1 0.6887 0.7612 0.816 0.184
#> SRR1434093 1 0.5842 0.7903 0.860 0.140
#> SRR1341408 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR612335 1 0.7528 0.5952 0.784 0.216
#> SRR1321420 1 0.0672 0.8627 0.992 0.008
#> SRR1329177 1 0.6712 0.7666 0.824 0.176
#> SRR1398371 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR614996 1 0.0000 0.8663 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.7745 0.9371 0.228 0.772
#> SRR1311509 1 0.2236 0.8445 0.964 0.036
#> SRR1507229 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
#> SRR1310373 1 0.7528 0.7449 0.784 0.216
#> SRR1408072 2 0.7453 0.9495 0.212 0.788
#> SRR1469591 1 0.6887 0.7612 0.816 0.184
#> SRR1392813 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1453026 2 0.7299 0.9518 0.204 0.796
#> SRR1388105 2 0.8267 0.9041 0.260 0.740
#> SRR1357558 1 0.0672 0.8640 0.992 0.008
#> SRR615898 1 0.7299 0.7462 0.796 0.204
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1381693 1 0.0424 0.87891 0.992 0.000 0.008
#> SRR1467904 3 0.8468 0.51745 0.308 0.116 0.576
#> SRR1442648 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1486174 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1349433 2 0.0848 0.89494 0.008 0.984 0.008
#> SRR1321283 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1387702 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR1435584 2 0.0237 0.89714 0.004 0.996 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.4047 0.78775 0.148 0.848 0.004
#> SRR1458026 2 0.6008 0.54288 0.332 0.664 0.004
#> SRR1094192 2 0.0592 0.89721 0.012 0.988 0.000
#> SRR1397180 2 0.4931 0.69729 0.232 0.768 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.4821 0.75909 0.840 0.120 0.040
#> SRR818530 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR817563 2 0.0237 0.89714 0.004 0.996 0.000
#> SRR613462 1 0.5538 0.72717 0.808 0.132 0.060
#> SRR1405206 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1454136 2 0.0661 0.89623 0.008 0.988 0.004
#> SRR1380785 2 0.1585 0.88395 0.008 0.964 0.028
#> SRR612875 1 0.3038 0.80128 0.896 0.104 0.000
#> SRR808327 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1355194 2 0.1585 0.88395 0.008 0.964 0.028
#> SRR1408227 2 0.0592 0.89726 0.012 0.988 0.000
#> SRR1086304 1 0.9347 0.15084 0.464 0.364 0.172
#> SRR1080415 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1084965 1 0.1753 0.85219 0.952 0.000 0.048
#> SRR1310563 1 0.9290 0.15533 0.464 0.372 0.164
#> SRR602437 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1479263 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0661 0.89713 0.008 0.988 0.004
#> SRR1367456 2 0.6677 0.49986 0.324 0.652 0.024
#> SRR1072650 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1087197 1 0.4891 0.75479 0.836 0.124 0.040
#> SRR1383960 1 0.3116 0.79746 0.892 0.108 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.2261 0.83449 0.932 0.068 0.000
#> SRR1071692 1 0.0237 0.88084 0.996 0.000 0.004
#> SRR658421 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.7431 0.57634 0.696 0.188 0.116
#> SRR598148 1 0.5486 0.67196 0.780 0.196 0.024
#> SRR1444390 2 0.1163 0.89179 0.028 0.972 0.000
#> SRR1444644 3 0.3116 0.83415 0.108 0.000 0.892
#> SRR1389777 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.1267 0.88904 0.004 0.972 0.024
#> SRR1468682 2 0.5948 0.49352 0.360 0.640 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 1 0.8000 0.37453 0.580 0.344 0.076
#> SRR1075631 2 0.1529 0.88567 0.040 0.960 0.000
#> SRR1444954 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1479286 2 0.6521 0.10810 0.492 0.504 0.004
#> SRR1381524 1 0.6309 -0.09455 0.504 0.000 0.496
#> SRR1392208 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR658331 3 0.4121 0.78889 0.168 0.000 0.832
#> SRR810619 2 0.0424 0.89745 0.008 0.992 0.000
#> SRR600829 1 0.0424 0.87901 0.992 0.008 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.6509 0.01596 0.524 0.472 0.004
#> SRR2185195 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.8935 0.40051 0.352 0.136 0.512
#> SRR1318662 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.1529 0.88567 0.040 0.960 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.4045 0.83165 0.104 0.024 0.872
#> SRR1352111 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.3412 0.81670 0.124 0.876 0.000
#> SRR1419453 3 0.7316 0.70143 0.184 0.112 0.704
#> SRR1437208 2 0.0892 0.89535 0.020 0.980 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0237 0.89714 0.004 0.996 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR657456 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR807727 2 0.0592 0.89693 0.012 0.988 0.000
#> SRR816358 1 0.0237 0.88045 0.996 0.004 0.000
#> SRR658283 1 0.7431 0.57634 0.696 0.188 0.116
#> SRR813728 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394520 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0892 0.89505 0.020 0.980 0.000
#> SRR1432366 2 0.1529 0.88567 0.040 0.960 0.000
#> SRR1087992 1 0.1163 0.86714 0.972 0.000 0.028
#> SRR1405593 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.3038 0.80128 0.896 0.104 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0424 0.87860 0.992 0.000 0.008
#> SRR1488632 2 0.0892 0.89556 0.020 0.980 0.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1392749 2 0.1031 0.89342 0.024 0.976 0.000
#> SRR603968 3 0.0237 0.86697 0.004 0.000 0.996
#> SRR815661 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR663100 2 0.6451 0.29950 0.436 0.560 0.004
#> SRR661229 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0592 0.87665 0.988 0.000 0.012
#> SRR663705 1 0.1877 0.85845 0.956 0.032 0.012
#> SRR1464281 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.3715 0.80954 0.128 0.868 0.004
#> SRR1331444 1 0.0424 0.87860 0.992 0.000 0.008
#> SRR1439958 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1384917 2 0.0424 0.89412 0.000 0.992 0.008
#> SRR1435182 2 0.4178 0.76068 0.172 0.828 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0424 0.87860 0.992 0.000 0.008
#> SRR613510 1 0.9641 0.02292 0.456 0.228 0.316
#> SRR663014 2 0.0424 0.89753 0.008 0.992 0.000
#> SRR1417960 2 0.6521 0.09268 0.496 0.500 0.004
#> SRR1474730 3 0.4121 0.78976 0.168 0.000 0.832
#> SRR1381269 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1472237 2 0.0892 0.89505 0.020 0.980 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0424 0.87891 0.992 0.000 0.008
#> SRR614683 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.9347 0.15084 0.464 0.364 0.172
#> SRR1392795 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1360587 2 0.5982 0.55841 0.328 0.668 0.004
#> SRR604230 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR608096 1 0.6950 0.29600 0.572 0.408 0.020
#> SRR665514 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1419615 2 0.5591 0.60658 0.304 0.696 0.000
#> SRR1429802 2 0.6520 0.12175 0.488 0.508 0.004
#> SRR1345436 2 0.1753 0.88056 0.048 0.952 0.000
#> SRR1433684 1 0.0424 0.87901 0.992 0.008 0.000
#> SRR613186 3 0.0237 0.86697 0.004 0.000 0.996
#> SRR1343795 2 0.0237 0.89654 0.004 0.996 0.000
#> SRR1417766 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420606 2 0.5466 0.72163 0.160 0.800 0.040
#> SRR1326687 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.3832 0.83490 0.100 0.020 0.880
#> SRR1309856 2 0.0237 0.89654 0.004 0.996 0.000
#> SRR1102756 2 0.1315 0.89295 0.020 0.972 0.008
#> SRR1366519 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1080438 2 0.1163 0.89166 0.028 0.972 0.000
#> SRR1391789 1 0.3941 0.74736 0.844 0.156 0.000
#> SRR1402195 1 0.0475 0.87970 0.992 0.004 0.004
#> SRR1429516 2 0.6460 0.28064 0.440 0.556 0.004
#> SRR1406662 2 0.0475 0.89652 0.004 0.992 0.004
#> SRR1333414 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1369030 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.1129 0.89284 0.020 0.976 0.004
#> SRR1455326 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.5835 0.47294 0.660 0.340 0.000
#> SRR1434568 2 0.5480 0.64898 0.264 0.732 0.004
#> SRR1341965 2 0.6081 0.52603 0.344 0.652 0.004
#> SRR1473505 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1490076 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0892 0.89505 0.020 0.980 0.000
#> SRR1397329 3 0.4540 0.81704 0.124 0.028 0.848
#> SRR1093243 2 0.6500 0.20788 0.464 0.532 0.004
#> SRR1418390 2 0.0237 0.89654 0.004 0.996 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0592 0.87665 0.988 0.000 0.012
#> SRR607313 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0424 0.89745 0.008 0.992 0.000
#> SRR815893 2 0.6033 0.53415 0.336 0.660 0.004
#> SRR1455503 2 0.1529 0.88567 0.040 0.960 0.000
#> SRR810737 2 0.6104 0.50917 0.348 0.648 0.004
#> SRR1347500 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.2878 0.84307 0.096 0.904 0.000
#> SRR1457872 2 0.1031 0.89421 0.024 0.976 0.000
#> SRR658481 1 0.6518 -0.03960 0.512 0.484 0.004
#> SRR1406243 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.6513 0.17551 0.476 0.004 0.520
#> SRR656433 1 0.3267 0.78911 0.884 0.000 0.116
#> SRR1420811 2 0.0592 0.89727 0.012 0.988 0.000
#> SRR1308674 2 0.0983 0.89593 0.016 0.980 0.004
#> SRR1338363 3 0.3816 0.80812 0.148 0.000 0.852
#> SRR1344271 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0424 0.89745 0.008 0.992 0.000
#> SRR607970 1 0.0237 0.88084 0.996 0.000 0.004
#> SRR1338171 2 0.0661 0.89539 0.004 0.988 0.008
#> SRR604174 1 0.2774 0.83006 0.920 0.072 0.008
#> SRR1345221 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR815517 1 0.9290 0.15533 0.464 0.372 0.164
#> SRR615970 3 0.0747 0.86732 0.016 0.000 0.984
#> SRR1370659 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.5948 0.49352 0.360 0.640 0.000
#> SRR1419638 1 0.4859 0.76044 0.840 0.116 0.044
#> SRR1434975 1 0.6208 0.64391 0.752 0.200 0.048
#> SRR1445741 2 0.0237 0.89713 0.004 0.996 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.6565 0.69537 0.232 0.048 0.720
#> SRR1473142 2 0.5480 0.64921 0.264 0.732 0.004
#> SRR1410334 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1352234 2 0.6521 0.10767 0.492 0.504 0.004
#> SRR1487807 2 0.5216 0.66368 0.260 0.740 0.000
#> SRR1489715 2 0.2056 0.87914 0.024 0.952 0.024
#> SRR1364780 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1460124 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0592 0.89686 0.012 0.988 0.000
#> SRR1409748 2 0.3752 0.79552 0.144 0.856 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1314851 2 0.5291 0.65290 0.268 0.732 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.3573 0.78628 0.876 0.120 0.004
#> SRR1308696 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR808772 1 0.3267 0.78911 0.884 0.000 0.116
#> SRR812649 2 0.0848 0.89379 0.008 0.984 0.008
#> SRR1366690 1 0.2448 0.83131 0.924 0.076 0.000
#> SRR1317707 2 0.0237 0.89714 0.004 0.996 0.000
#> SRR1339321 2 0.1289 0.89090 0.032 0.968 0.000
#> SRR1442487 2 0.0983 0.89593 0.016 0.980 0.004
#> SRR1069690 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1319344 2 0.1267 0.88904 0.004 0.972 0.024
#> SRR1332835 2 0.0829 0.89703 0.012 0.984 0.004
#> SRR1334694 2 0.2056 0.87914 0.024 0.952 0.024
#> SRR1478434 2 0.6264 0.43912 0.380 0.616 0.004
#> SRR1479933 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1313853 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.2187 0.87609 0.028 0.948 0.024
#> SRR814587 2 0.1163 0.89179 0.028 0.972 0.000
#> SRR656899 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR1088340 2 0.1529 0.88567 0.040 0.960 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.2400 0.84185 0.932 0.004 0.064
#> SRR1442273 2 0.2448 0.85797 0.076 0.924 0.000
#> SRR1407470 2 0.0424 0.89759 0.008 0.992 0.000
#> SRR1490289 2 0.1031 0.89409 0.024 0.976 0.000
#> SRR1093649 2 0.0424 0.89497 0.000 0.992 0.008
#> SRR1478900 3 0.6308 0.12295 0.492 0.000 0.508
#> SRR1447652 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.2261 0.83673 0.932 0.000 0.068
#> SRR615335 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1340641 2 0.6521 0.09268 0.496 0.500 0.004
#> SRR657903 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.2356 0.86233 0.072 0.928 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.1529 0.88611 0.040 0.960 0.000
#> SRR1440445 3 0.5847 0.76764 0.172 0.048 0.780
#> SRR1088734 2 0.1163 0.89227 0.028 0.972 0.000
#> SRR1455607 2 0.6359 0.38082 0.404 0.592 0.004
#> SRR1077528 2 0.6495 0.21164 0.460 0.536 0.004
#> SRR1364695 1 0.8872 0.19945 0.536 0.140 0.324
#> SRR1348226 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0661 0.87824 0.988 0.008 0.004
#> SRR1092889 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1352213 1 0.6267 0.06684 0.548 0.000 0.452
#> SRR2185233 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR817825 1 0.8087 0.33872 0.560 0.364 0.076
#> SRR660366 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0661 0.89693 0.008 0.988 0.004
#> SRR1325247 2 0.6398 0.34854 0.416 0.580 0.004
#> SRR1351583 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1437454 1 0.6521 -0.08573 0.500 0.496 0.004
#> SRR1318484 2 0.1163 0.89179 0.028 0.972 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0424 0.89739 0.008 0.992 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.9311 0.15894 0.468 0.364 0.168
#> SRR1455842 2 0.1529 0.88570 0.040 0.960 0.000
#> SRR1352619 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1076779 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.6750 0.47333 0.336 0.640 0.024
#> SRR661120 1 0.3337 0.82874 0.908 0.060 0.032
#> SRR601613 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0424 0.89745 0.008 0.992 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0237 0.86697 0.004 0.000 0.996
#> SRR1397052 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.6451 0.29950 0.436 0.560 0.004
#> SRR1339199 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0592 0.87665 0.988 0.000 0.012
#> SRR1400889 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.3983 0.81147 0.884 0.048 0.068
#> SRR656288 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.3816 0.80812 0.148 0.000 0.852
#> SRR1487233 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR662043 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1379365 2 0.1289 0.88950 0.032 0.968 0.000
#> SRR1384852 2 0.0829 0.89703 0.012 0.984 0.004
#> SRR1430357 2 0.1289 0.89008 0.032 0.968 0.000
#> SRR2164847 1 0.3267 0.78752 0.884 0.116 0.000
#> SRR807901 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0592 0.87612 0.988 0.000 0.012
#> SRR1349893 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0237 0.86697 0.004 0.000 0.996
#> SRR1316483 1 0.1411 0.86027 0.964 0.036 0.000
#> SRR662749 1 0.0424 0.87891 0.992 0.000 0.008
#> SRR1342701 2 0.1585 0.88395 0.008 0.964 0.028
#> SRR1343653 2 0.1031 0.89435 0.024 0.976 0.000
#> SRR1336134 2 0.0983 0.89500 0.016 0.980 0.004
#> SRR654940 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098288 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0661 0.87824 0.988 0.008 0.004
#> SRR811145 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.5200 0.69141 0.796 0.184 0.020
#> SRR1075997 2 0.0592 0.89726 0.012 0.988 0.000
#> SRR1090483 2 0.6421 0.32649 0.424 0.572 0.004
#> SRR1388698 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1430420 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1387475 2 0.1163 0.89179 0.028 0.972 0.000
#> SRR1388419 2 0.1129 0.89284 0.020 0.976 0.004
#> SRR1442250 2 0.1919 0.88218 0.020 0.956 0.024
#> SRR1430679 2 0.0592 0.89727 0.012 0.988 0.000
#> SRR1311109 1 0.6518 -0.03960 0.512 0.484 0.004
#> SRR1478990 2 0.5982 0.55964 0.328 0.668 0.004
#> SRR1392434 2 0.0424 0.89755 0.008 0.992 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.5497 0.61528 0.292 0.708 0.000
#> SRR1315393 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1094506 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1330633 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330153 1 0.2176 0.85431 0.948 0.032 0.020
#> SRR1451778 1 0.2176 0.85431 0.948 0.032 0.020
#> SRR657089 1 0.6701 0.19846 0.576 0.012 0.412
#> SRR1395659 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385716 1 0.6309 -0.10945 0.500 0.000 0.500
#> SRR1466109 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1441725 1 0.2537 0.82681 0.920 0.080 0.000
#> SRR1485078 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR661806 1 0.3193 0.80448 0.896 0.100 0.004
#> SRR1334919 3 0.6244 0.29746 0.440 0.000 0.560
#> SRR599249 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0237 0.89715 0.004 0.996 0.000
#> SRR1407202 1 0.2448 0.83131 0.924 0.076 0.000
#> SRR1434399 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR1330965 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1369536 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.6295 0.00739 0.528 0.000 0.472
#> SRR1405028 1 0.3116 0.80122 0.892 0.108 0.000
#> SRR612719 1 0.4821 0.75909 0.840 0.120 0.040
#> SRR1340617 2 0.0592 0.89726 0.012 0.988 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.5216 0.66365 0.260 0.740 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.1877 0.85845 0.956 0.032 0.012
#> SRR1477837 1 0.9070 0.26268 0.528 0.308 0.164
#> SRR607252 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR1418946 1 0.4662 0.76209 0.844 0.124 0.032
#> SRR1456567 2 0.0592 0.89686 0.012 0.988 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1327680 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1478812 2 0.1585 0.88395 0.008 0.964 0.028
#> SRR1447673 2 0.5363 0.64269 0.276 0.724 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0592 0.89726 0.012 0.988 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.6673 0.61539 0.732 0.200 0.068
#> SRR659983 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR614215 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1340441 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1317428 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.9815 0.30702 0.332 0.252 0.416
#> SRR1452741 1 0.2537 0.82707 0.920 0.000 0.080
#> SRR1458484 1 0.6521 0.57373 0.712 0.040 0.248
#> SRR1387091 2 0.5480 0.64921 0.264 0.732 0.004
#> SRR1358017 3 0.0237 0.86697 0.004 0.000 0.996
#> SRR1457039 2 0.4110 0.78332 0.152 0.844 0.004
#> SRR1376539 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1430639 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.2796 0.84513 0.092 0.908 0.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0661 0.87824 0.988 0.008 0.004
#> SRR1367849 2 0.6008 0.54288 0.332 0.664 0.004
#> SRR1320939 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.3267 0.78911 0.884 0.000 0.116
#> SRR599025 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.9641 0.02292 0.456 0.228 0.316
#> SRR1398311 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 1 0.6520 -0.05427 0.508 0.488 0.004
#> SRR809137 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.1878 0.88211 0.044 0.952 0.004
#> SRR600852 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.1031 0.89342 0.024 0.976 0.000
#> SRR1321225 1 0.7431 0.57634 0.696 0.188 0.116
#> SRR1069802 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.2550 0.86899 0.040 0.936 0.024
#> SRR1334154 2 0.5621 0.59955 0.308 0.692 0.000
#> SRR1390072 2 0.1031 0.89382 0.024 0.976 0.000
#> SRR1467612 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR1430133 2 0.2056 0.87914 0.024 0.952 0.024
#> SRR1468595 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1374028 2 0.1964 0.87442 0.056 0.944 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.3193 0.80448 0.896 0.100 0.004
#> SRR662150 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.6675 0.22539 0.584 0.012 0.404
#> SRR1084892 2 0.0661 0.89512 0.008 0.988 0.004
#> SRR1416166 1 0.4862 0.72197 0.820 0.160 0.020
#> SRR1477015 1 0.6267 0.06684 0.548 0.000 0.452
#> SRR1380501 2 0.1919 0.88171 0.020 0.956 0.024
#> SRR1446156 2 0.0237 0.89713 0.004 0.996 0.000
#> SRR1488328 2 0.0424 0.89745 0.008 0.992 0.000
#> SRR1086889 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR814611 1 0.2400 0.84172 0.932 0.004 0.064
#> SRR599086 1 0.0237 0.88045 0.996 0.004 0.000
#> SRR1086844 1 0.0237 0.88084 0.996 0.000 0.004
#> SRR1464535 1 0.6673 0.61539 0.732 0.200 0.068
#> SRR807877 2 0.2448 0.85772 0.076 0.924 0.000
#> SRR1477033 1 0.3267 0.78911 0.884 0.000 0.116
#> SRR1335164 2 0.0892 0.89505 0.020 0.980 0.000
#> SRR601986 3 0.6274 0.25095 0.456 0.000 0.544
#> SRR1446226 1 0.0424 0.87860 0.992 0.000 0.008
#> SRR659637 1 0.3038 0.80128 0.896 0.104 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0592 0.87665 0.988 0.000 0.012
#> SRR1312540 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR1430951 3 0.0237 0.86697 0.004 0.000 0.996
#> SRR1385364 3 0.7263 0.37567 0.036 0.372 0.592
#> SRR1478149 3 0.5667 0.78640 0.140 0.060 0.800
#> SRR1384413 2 0.6305 0.13797 0.484 0.516 0.000
#> SRR1366855 1 0.6516 -0.02164 0.516 0.480 0.004
#> SRR1077115 2 0.2878 0.84172 0.096 0.904 0.000
#> SRR1399990 1 0.6291 0.01589 0.532 0.000 0.468
#> SRR1434093 1 0.6675 0.22539 0.584 0.012 0.404
#> SRR1341408 2 0.0592 0.89686 0.012 0.988 0.000
#> SRR612335 1 0.5178 0.60642 0.744 0.256 0.000
#> SRR1321420 1 0.0424 0.87922 0.992 0.008 0.000
#> SRR1329177 1 0.6252 0.09802 0.556 0.000 0.444
#> SRR1398371 2 0.0237 0.89493 0.000 0.996 0.004
#> SRR614996 1 0.0000 0.88227 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.1163 0.89166 0.028 0.972 0.000
#> SRR1311509 1 0.2176 0.85431 0.948 0.032 0.020
#> SRR1507229 3 0.0424 0.86916 0.008 0.000 0.992
#> SRR1310373 3 0.3043 0.84402 0.084 0.008 0.908
#> SRR1408072 2 0.1289 0.89008 0.032 0.968 0.000
#> SRR1469591 1 0.6291 0.01589 0.532 0.000 0.468
#> SRR1392813 2 0.0237 0.89692 0.004 0.996 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.89566 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 2 0.2796 0.84513 0.092 0.908 0.000
#> SRR1357558 1 0.0424 0.87891 0.992 0.000 0.008
#> SRR615898 3 0.3116 0.83415 0.108 0.000 0.892
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR815184 4 0.4955 -0.48510 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1381693 1 0.0524 0.86879 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1467904 3 0.8469 0.52352 0.224 0.168 0.528 0.080
#> SRR1442648 4 0.0469 0.71035 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1486174 4 0.3649 0.45650 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1349433 4 0.1978 0.68299 0.004 0.068 0.000 0.928
#> SRR1321283 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR1435584 4 0.1118 0.70800 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1406265 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.3606 0.57514 0.132 0.024 0.000 0.844
#> SRR1458026 4 0.5614 0.32086 0.304 0.044 0.000 0.652
#> SRR1094192 4 0.1174 0.71522 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR1397180 4 0.4599 0.46397 0.212 0.028 0.000 0.760
#> SRR657492 1 0.0000 0.87052 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.5768 0.68931 0.732 0.160 0.012 0.096
#> SRR818530 4 0.4999 -0.62486 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR817563 4 0.1118 0.70800 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR613462 1 0.6601 0.63907 0.688 0.172 0.036 0.104
#> SRR1405206 4 0.4999 -0.62486 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1454136 4 0.2271 0.67571 0.008 0.076 0.000 0.916
#> SRR1380785 2 0.3942 0.77836 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR612875 1 0.3557 0.78635 0.856 0.036 0.000 0.108
#> SRR808327 4 0.0707 0.70859 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1355194 2 0.3942 0.77836 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1408227 4 0.0376 0.71209 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1086304 1 0.9403 -0.01687 0.368 0.292 0.104 0.236
#> SRR1080415 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.4103 0.80817 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1084965 1 0.2002 0.84345 0.936 0.020 0.044 0.000
#> SRR1310563 1 0.9352 -0.02187 0.368 0.292 0.096 0.244
#> SRR602437 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0336 0.87055 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.1022 0.86385 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.4972 0.72253 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1479263 4 0.0592 0.70955 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1409641 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345827 4 0.1398 0.70208 0.004 0.040 0.000 0.956
#> SRR1367456 4 0.7803 -0.11361 0.284 0.248 0.004 0.464
#> SRR1072650 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.4103 0.80817 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1087197 1 0.5896 0.67706 0.720 0.172 0.012 0.096
#> SRR1383960 1 0.3557 0.78697 0.856 0.036 0.000 0.108
#> SRR600924 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.2670 0.82420 0.904 0.024 0.000 0.072
#> SRR1071692 1 0.0376 0.87022 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR658421 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.7861 0.48270 0.592 0.216 0.084 0.108
#> SRR598148 1 0.5937 0.66045 0.716 0.124 0.008 0.152
#> SRR1444390 4 0.1297 0.70948 0.016 0.020 0.000 0.964
#> SRR1444644 3 0.3521 0.78769 0.084 0.052 0.864 0.000
#> SRR1389777 1 0.1022 0.86385 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.5155 0.66466 0.000 0.528 0.004 0.468
#> SRR1468682 4 0.5698 0.27923 0.320 0.044 0.000 0.636
#> SRR1490505 4 0.2760 0.60743 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1343859 1 0.7905 0.28156 0.484 0.280 0.012 0.224
#> SRR1075631 4 0.1406 0.70383 0.024 0.016 0.000 0.960
#> SRR1444954 2 0.4103 0.80817 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1479286 4 0.6079 0.14026 0.464 0.044 0.000 0.492
#> SRR1381524 1 0.7187 -0.15866 0.440 0.136 0.424 0.000
#> SRR1392208 4 0.1118 0.70392 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1456693 4 0.2921 0.58937 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1358482 4 0.4996 -0.60516 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR658331 3 0.4656 0.74851 0.136 0.072 0.792 0.000
#> SRR810619 4 0.0188 0.71042 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR600829 1 0.1284 0.86406 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR599380 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.6077 -0.02435 0.496 0.044 0.000 0.460
#> SRR2185195 1 0.0469 0.86913 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.9045 0.44312 0.248 0.212 0.448 0.092
#> SRR1318662 4 0.0336 0.71041 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1408657 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.1406 0.70383 0.024 0.016 0.000 0.960
#> SRR661337 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.4235 0.77806 0.084 0.092 0.824 0.000
#> SRR1352111 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.3205 0.61958 0.104 0.024 0.000 0.872
#> SRR1419453 3 0.7284 0.64148 0.152 0.152 0.644 0.052
#> SRR1437208 4 0.1174 0.71041 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR1444914 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.1118 0.70800 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1093269 4 0.1118 0.70318 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1341456 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 4 0.1284 0.71427 0.012 0.024 0.000 0.964
#> SRR816358 1 0.0657 0.86910 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR658283 1 0.7861 0.48270 0.592 0.216 0.084 0.108
#> SRR813728 4 0.4955 -0.48510 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1394520 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1308200 4 0.0657 0.71271 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1432366 4 0.1406 0.70383 0.024 0.016 0.000 0.960
#> SRR1087992 1 0.1284 0.86035 0.964 0.012 0.024 0.000
#> SRR1405593 1 0.0188 0.87046 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.3557 0.78635 0.856 0.036 0.000 0.108
#> SRR1312725 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0657 0.86755 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1488632 4 0.1890 0.70391 0.008 0.056 0.000 0.936
#> SRR1398706 4 0.2589 0.62356 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1368794 4 0.4999 -0.63025 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1392749 4 0.1174 0.71271 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR603968 3 0.0188 0.81593 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR815661 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR663100 4 0.5999 0.20774 0.404 0.044 0.000 0.552
#> SRR661229 1 0.0336 0.87055 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0657 0.86718 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR663705 1 0.2549 0.84425 0.916 0.056 0.004 0.024
#> SRR1464281 4 0.1118 0.70441 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1400397 4 0.3464 0.60367 0.108 0.032 0.000 0.860
#> SRR1331444 1 0.0657 0.86755 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1439958 4 0.0707 0.70859 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1384917 4 0.4998 -0.61381 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1435182 4 0.3853 0.53459 0.160 0.020 0.000 0.820
#> SRR1477569 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.87052 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0657 0.86755 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR613510 1 0.9629 -0.14178 0.360 0.268 0.232 0.140
#> SRR663014 4 0.1211 0.70930 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1417960 4 0.6147 0.12628 0.464 0.048 0.000 0.488
#> SRR1474730 3 0.4656 0.74933 0.136 0.072 0.792 0.000
#> SRR1381269 4 0.1118 0.70318 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR657695 4 0.2868 0.59874 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1357650 4 0.0592 0.71005 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1472237 4 0.0657 0.71271 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1470816 4 0.2868 0.59874 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1458358 1 0.0524 0.86879 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR614683 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.9403 -0.01687 0.368 0.292 0.104 0.236
#> SRR1392795 4 0.0592 0.71005 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1469859 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.1389 0.69850 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1360587 4 0.5489 0.34263 0.296 0.040 0.000 0.664
#> SRR604230 1 0.1022 0.86385 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 1 0.7670 0.20692 0.484 0.212 0.004 0.300
#> SRR665514 1 0.0336 0.87055 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.5339 0.37383 0.272 0.040 0.000 0.688
#> SRR1429802 4 0.6077 0.14839 0.460 0.044 0.000 0.496
#> SRR1345436 4 0.1610 0.69972 0.032 0.016 0.000 0.952
#> SRR1433684 1 0.1284 0.86406 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR613186 3 0.0188 0.81593 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1343795 4 0.1389 0.69848 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1417766 4 0.0469 0.71035 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1420606 4 0.5979 0.25416 0.076 0.228 0.008 0.688
#> SRR1326687 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.4104 0.78123 0.080 0.088 0.832 0.000
#> SRR1309856 4 0.1389 0.69848 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1102756 4 0.2593 0.67590 0.016 0.080 0.000 0.904
#> SRR1366519 4 0.0336 0.71041 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1080438 4 0.1406 0.71275 0.024 0.016 0.000 0.960
#> SRR1391789 1 0.5217 0.70681 0.756 0.108 0.000 0.136
#> SRR1402195 1 0.1585 0.85955 0.952 0.040 0.004 0.004
#> SRR1429516 4 0.6197 0.19885 0.400 0.056 0.000 0.544
#> SRR1406662 4 0.1576 0.70088 0.004 0.048 0.000 0.948
#> SRR1333414 4 0.4955 -0.48510 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1369030 4 0.0707 0.70978 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1342916 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1362824 4 0.3591 0.54025 0.008 0.168 0.000 0.824
#> SRR1455326 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.5460 0.43815 0.632 0.028 0.000 0.340
#> SRR1434568 4 0.4964 0.40433 0.244 0.032 0.000 0.724
#> SRR1341965 4 0.5578 0.32190 0.312 0.040 0.000 0.648
#> SRR1473505 4 0.1557 0.69072 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1402068 2 0.4103 0.80817 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1490076 4 0.0336 0.71041 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1435501 1 0.0000 0.87052 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.0657 0.71271 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1397329 3 0.4731 0.76635 0.096 0.100 0.800 0.004
#> SRR1093243 4 0.6055 0.17390 0.436 0.044 0.000 0.520
#> SRR1418390 4 0.1389 0.69848 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR608480 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.1022 0.86385 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0657 0.86718 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR607313 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.0188 0.71042 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR815893 4 0.5578 0.31339 0.312 0.040 0.000 0.648
#> SRR1455503 4 0.1406 0.70383 0.024 0.016 0.000 0.960
#> SRR810737 4 0.5698 0.30003 0.320 0.044 0.000 0.636
#> SRR1347500 1 0.1022 0.86385 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.2542 0.65616 0.084 0.012 0.000 0.904
#> SRR1457872 4 0.1297 0.70963 0.016 0.020 0.000 0.964
#> SRR658481 1 0.6149 -0.07364 0.480 0.048 0.000 0.472
#> SRR1406243 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.7383 0.28757 0.388 0.164 0.448 0.000
#> SRR656433 1 0.4171 0.75225 0.828 0.088 0.084 0.000
#> SRR1420811 4 0.0376 0.71201 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1308674 4 0.1970 0.69205 0.008 0.060 0.000 0.932
#> SRR1338363 3 0.4499 0.75997 0.124 0.072 0.804 0.000
#> SRR1344271 4 0.0707 0.70859 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1321608 4 0.1118 0.70441 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1441464 4 0.0188 0.71042 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR607970 1 0.0376 0.87022 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1338171 2 0.4761 0.79290 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR604174 1 0.3658 0.80871 0.864 0.064 0.004 0.068
#> SRR1345221 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR815517 1 0.9352 -0.02187 0.368 0.292 0.096 0.244
#> SRR615970 3 0.0336 0.81569 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1370659 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.5698 0.27923 0.320 0.044 0.000 0.636
#> SRR1419638 1 0.5909 0.68121 0.724 0.168 0.016 0.092
#> SRR1434975 1 0.6790 0.56922 0.636 0.220 0.012 0.132
#> SRR1445741 4 0.1209 0.70942 0.004 0.032 0.000 0.964
#> SRR1088142 1 0.0524 0.86931 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR604206 1 0.0707 0.86889 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.6699 0.66634 0.180 0.112 0.676 0.032
#> SRR1473142 4 0.5021 0.40640 0.240 0.036 0.000 0.724
#> SRR1410334 4 0.4996 -0.60274 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1352234 4 0.6079 0.13985 0.464 0.044 0.000 0.492
#> SRR1487807 4 0.4840 0.42617 0.240 0.028 0.000 0.732
#> SRR1489715 4 0.3768 0.51563 0.008 0.184 0.000 0.808
#> SRR1364780 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0779 0.71326 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR1409748 4 0.3542 0.58839 0.120 0.028 0.000 0.852
#> SRR1325504 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1436490 4 0.1118 0.70378 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1316725 2 0.4933 0.75915 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1314851 4 0.4903 0.41445 0.248 0.028 0.000 0.724
#> SRR1354599 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.4525 0.75502 0.804 0.080 0.000 0.116
#> SRR1308696 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.4171 0.75225 0.828 0.088 0.084 0.000
#> SRR812649 4 0.2081 0.66858 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1366690 1 0.3471 0.81111 0.868 0.060 0.000 0.072
#> SRR1317707 4 0.1118 0.70800 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1339321 4 0.1174 0.71213 0.020 0.012 0.000 0.968
#> SRR1442487 4 0.2124 0.68567 0.008 0.068 0.000 0.924
#> SRR1069690 4 0.1389 0.69850 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1319344 2 0.5147 0.67221 0.000 0.536 0.004 0.460
#> SRR1332835 4 0.1890 0.69424 0.008 0.056 0.000 0.936
#> SRR1334694 4 0.3636 0.53811 0.008 0.172 0.000 0.820
#> SRR1478434 4 0.5839 0.26462 0.352 0.044 0.000 0.604
#> SRR1479933 2 0.4941 0.75605 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1313853 4 0.1118 0.70318 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR661192 1 0.0000 0.87052 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 4 0.3978 0.48256 0.012 0.192 0.000 0.796
#> SRR814587 4 0.1297 0.70948 0.016 0.020 0.000 0.964
#> SRR656899 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR1088340 4 0.1406 0.70383 0.024 0.016 0.000 0.960
#> SRR1349772 1 0.0188 0.87032 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.2360 0.83842 0.924 0.020 0.052 0.004
#> SRR1442273 4 0.2124 0.67554 0.068 0.008 0.000 0.924
#> SRR1407470 4 0.0817 0.70933 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1490289 4 0.1970 0.70395 0.008 0.060 0.000 0.932
#> SRR1093649 2 0.4072 0.80519 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1478900 3 0.7313 0.21981 0.416 0.152 0.432 0.000
#> SRR1447652 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.1302 0.69958 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR2170537 1 0.0336 0.87055 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.2300 0.82955 0.920 0.016 0.064 0.000
#> SRR615335 1 0.0524 0.86931 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1321505 1 0.0000 0.87052 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.6147 0.12628 0.464 0.048 0.000 0.488
#> SRR657903 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR1403458 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.1022 0.86385 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.2174 0.68363 0.052 0.020 0.000 0.928
#> SRR613759 1 0.1211 0.86153 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.1388 0.70829 0.028 0.012 0.000 0.960
#> SRR1440445 3 0.5990 0.72793 0.112 0.132 0.732 0.024
#> SRR1088734 4 0.1042 0.71240 0.020 0.008 0.000 0.972
#> SRR1455607 4 0.5923 0.23921 0.376 0.044 0.000 0.580
#> SRR1077528 4 0.6050 0.17357 0.432 0.044 0.000 0.524
#> SRR1364695 1 0.9149 0.03412 0.436 0.212 0.252 0.100
#> SRR1348226 1 0.0524 0.86931 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1313560 1 0.1732 0.85831 0.948 0.040 0.004 0.008
#> SRR1092889 4 0.4193 0.27970 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1352213 1 0.7098 -0.07092 0.472 0.128 0.400 0.000
#> SRR2185233 1 0.0336 0.87055 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.0469 0.71035 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR817825 1 0.7991 0.22720 0.464 0.292 0.012 0.232
#> SRR660366 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0336 0.87055 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR821183 4 0.3356 0.52485 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1323512 4 0.1716 0.68752 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1325247 4 0.5959 0.22609 0.388 0.044 0.000 0.568
#> SRR1351583 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.6081 0.11065 0.472 0.044 0.000 0.484
#> SRR1318484 4 0.1182 0.71099 0.016 0.016 0.000 0.968
#> SRR1322395 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.0657 0.71287 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR1325464 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.9365 -0.00719 0.372 0.292 0.100 0.236
#> SRR1455842 4 0.1388 0.70398 0.028 0.012 0.000 0.960
#> SRR1352619 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662763 4 0.7867 -0.13274 0.288 0.260 0.004 0.448
#> SRR661120 1 0.4322 0.78609 0.828 0.104 0.008 0.060
#> SRR601613 1 0.0188 0.87046 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0336 0.87055 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1368616 4 0.0469 0.71035 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1375677 1 0.0000 0.87052 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.0188 0.71042 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR604122 1 0.1022 0.86385 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0188 0.81593 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1397052 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR1339921 1 0.0524 0.86931 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR664743 4 0.5999 0.20774 0.404 0.044 0.000 0.552
#> SRR1339199 4 0.0469 0.71035 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1355660 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0657 0.86718 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1400889 1 0.1022 0.86385 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.4946 0.76254 0.808 0.100 0.044 0.048
#> SRR656288 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.4499 0.75997 0.124 0.072 0.804 0.000
#> SRR1487233 4 0.3688 0.45511 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR662043 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1381211 4 0.2973 0.57920 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1379365 4 0.1388 0.71131 0.028 0.012 0.000 0.960
#> SRR1384852 4 0.1890 0.69424 0.008 0.056 0.000 0.936
#> SRR1430357 4 0.1174 0.70748 0.020 0.012 0.000 0.968
#> SRR2164847 1 0.3821 0.77085 0.840 0.040 0.000 0.120
#> SRR807901 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR816064 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.1042 0.86275 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1349893 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0188 0.81593 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1316483 1 0.2124 0.84733 0.932 0.028 0.000 0.040
#> SRR662749 1 0.0524 0.86879 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1342701 2 0.4431 0.80499 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1343653 4 0.1297 0.71010 0.016 0.020 0.000 0.964
#> SRR1336134 4 0.1584 0.71050 0.012 0.036 0.000 0.952
#> SRR654940 2 0.4989 0.69450 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1098288 4 0.1118 0.70318 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1326343 1 0.1732 0.85831 0.948 0.040 0.004 0.008
#> SRR811145 1 0.0000 0.87052 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.5608 0.68393 0.736 0.120 0.004 0.140
#> SRR1075997 4 0.0376 0.71209 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1090483 4 0.5980 0.21468 0.396 0.044 0.000 0.560
#> SRR1388698 1 0.0188 0.87046 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312482 4 0.0592 0.70955 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1430420 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.1297 0.70948 0.016 0.020 0.000 0.964
#> SRR1388419 4 0.3591 0.54025 0.008 0.168 0.000 0.824
#> SRR1442250 2 0.5669 0.64936 0.016 0.516 0.004 0.464
#> SRR1430679 4 0.0376 0.71201 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1311109 1 0.6149 -0.07364 0.480 0.048 0.000 0.472
#> SRR1478990 4 0.5697 0.32437 0.292 0.052 0.000 0.656
#> SRR1392434 4 0.1151 0.71315 0.008 0.024 0.000 0.968
#> SRR1085925 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.5279 0.37272 0.252 0.044 0.000 0.704
#> SRR1315393 2 0.4933 0.75898 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1094506 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 4 0.2973 0.57920 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1330153 1 0.2597 0.83757 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR1451778 1 0.2597 0.83757 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR657089 1 0.7534 0.10312 0.500 0.160 0.332 0.008
#> SRR1395659 4 0.2868 0.59874 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1385716 1 0.7253 -0.18540 0.432 0.144 0.424 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.87052 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.3383 0.81069 0.872 0.052 0.000 0.076
#> SRR1485078 2 0.4941 0.75527 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR661806 1 0.3404 0.79389 0.864 0.032 0.000 0.104
#> SRR1334919 3 0.7165 0.36522 0.372 0.140 0.488 0.000
#> SRR599249 1 0.1211 0.86153 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR810051 4 0.1209 0.70917 0.004 0.032 0.000 0.964
#> SRR1407202 1 0.3471 0.81111 0.868 0.060 0.000 0.072
#> SRR1434399 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR1330965 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.7292 -0.07028 0.460 0.152 0.388 0.000
#> SRR1405028 1 0.4071 0.77883 0.832 0.064 0.000 0.104
#> SRR612719 1 0.5768 0.68931 0.732 0.160 0.012 0.096
#> SRR1340617 4 0.0376 0.71209 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1448183 1 0.1211 0.86153 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1362488 4 0.1792 0.68307 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1361156 4 0.4808 0.43100 0.236 0.028 0.000 0.736
#> SRR1454374 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.2549 0.84425 0.916 0.056 0.004 0.024
#> SRR1477837 1 0.9116 0.13688 0.440 0.188 0.104 0.268
#> SRR607252 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR1418946 1 0.5644 0.69561 0.736 0.160 0.008 0.096
#> SRR1456567 4 0.0779 0.71326 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR1487425 4 0.0921 0.70723 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1335627 4 0.3688 0.45511 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1327680 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.3942 0.77836 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1447673 4 0.4868 0.40230 0.256 0.024 0.000 0.720
#> SRR815735 1 0.0524 0.86931 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1404251 4 0.0376 0.71209 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR601645 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.6835 0.57152 0.656 0.132 0.024 0.188
#> SRR659983 1 0.0707 0.86889 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1402414 4 0.2868 0.59874 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR614215 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR659283 1 0.1022 0.86385 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1459956 4 0.0707 0.70859 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1340441 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.1022 0.86385 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.9619 0.28606 0.224 0.276 0.360 0.140
#> SRR1452741 1 0.3353 0.80851 0.880 0.056 0.060 0.004
#> SRR1458484 1 0.7214 0.47776 0.620 0.172 0.184 0.024
#> SRR1387091 4 0.5021 0.40640 0.240 0.036 0.000 0.724
#> SRR1358017 3 0.0188 0.81593 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457039 4 0.3659 0.56906 0.136 0.024 0.000 0.840
#> SRR1376539 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.2670 0.65444 0.072 0.024 0.000 0.904
#> SRR1419829 4 0.3356 0.52485 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1434315 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.1732 0.85831 0.948 0.040 0.004 0.008
#> SRR1367849 4 0.5614 0.32086 0.304 0.044 0.000 0.652
#> SRR1320939 1 0.0188 0.87046 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.4171 0.75225 0.828 0.088 0.084 0.000
#> SRR599025 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.9629 -0.14178 0.360 0.268 0.232 0.140
#> SRR1398311 4 0.1557 0.69072 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1442149 4 0.6149 0.08623 0.476 0.048 0.000 0.476
#> SRR809137 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.1610 0.70028 0.032 0.016 0.000 0.952
#> SRR600852 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.1174 0.71271 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR1321225 1 0.7861 0.48270 0.592 0.216 0.084 0.108
#> SRR1069802 1 0.1211 0.86153 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.6101 0.63110 0.036 0.496 0.004 0.464
#> SRR1334154 4 0.5366 0.36873 0.276 0.040 0.000 0.684
#> SRR1390072 4 0.0779 0.71311 0.016 0.004 0.000 0.980
#> SRR1467612 4 0.2973 0.57920 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1430133 4 0.3768 0.51563 0.008 0.184 0.000 0.808
#> SRR1468595 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.2660 0.68613 0.036 0.056 0.000 0.908
#> SRR1311243 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0188 0.87080 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.3404 0.79389 0.864 0.032 0.000 0.104
#> SRR662150 1 0.0707 0.86889 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.7679 0.09315 0.492 0.164 0.332 0.012
#> SRR1084892 4 0.2149 0.66273 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1416166 1 0.5191 0.71840 0.768 0.108 0.004 0.120
#> SRR1477015 1 0.7098 -0.07092 0.472 0.128 0.400 0.000
#> SRR1380501 4 0.3494 0.54342 0.004 0.172 0.000 0.824
#> SRR1446156 4 0.1209 0.70955 0.004 0.032 0.000 0.964
#> SRR1488328 4 0.0188 0.71042 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1086889 4 0.0817 0.70823 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR814611 1 0.2360 0.83835 0.924 0.020 0.052 0.004
#> SRR599086 1 0.0657 0.86910 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1086844 1 0.0376 0.87022 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1464535 1 0.6835 0.57152 0.656 0.132 0.024 0.188
#> SRR807877 4 0.1978 0.67395 0.068 0.004 0.000 0.928
#> SRR1477033 1 0.4171 0.75225 0.828 0.088 0.084 0.000
#> SRR1335164 4 0.0657 0.71271 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR601986 3 0.7125 0.31378 0.392 0.132 0.476 0.000
#> SRR1446226 1 0.0657 0.86755 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR659637 1 0.3557 0.78635 0.856 0.036 0.000 0.108
#> SRR600474 1 0.0000 0.87052 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0657 0.86718 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1312540 1 0.0524 0.86931 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1323628 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR1430951 3 0.0188 0.81593 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1385364 3 0.7571 0.17677 0.016 0.160 0.540 0.284
#> SRR1478149 3 0.5825 0.73232 0.108 0.116 0.748 0.028
#> SRR1384413 4 0.5771 0.15097 0.460 0.028 0.000 0.512
#> SRR1366855 1 0.6148 -0.05707 0.484 0.048 0.000 0.468
#> SRR1077115 4 0.2706 0.65008 0.080 0.020 0.000 0.900
#> SRR1399990 1 0.7358 -0.10407 0.448 0.160 0.392 0.000
#> SRR1434093 1 0.7679 0.09315 0.492 0.164 0.332 0.012
#> SRR1341408 4 0.0779 0.71326 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR612335 1 0.5343 0.60728 0.708 0.052 0.000 0.240
#> SRR1321420 1 0.1545 0.85942 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR1329177 1 0.7049 -0.03595 0.484 0.124 0.392 0.000
#> SRR1398371 4 0.1302 0.69935 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR614996 1 0.0524 0.86931 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1431602 4 0.1406 0.71275 0.024 0.016 0.000 0.960
#> SRR1311509 1 0.2597 0.83757 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR1507229 3 0.0000 0.81685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.3323 0.79297 0.064 0.060 0.876 0.000
#> SRR1408072 4 0.1174 0.70748 0.020 0.012 0.000 0.968
#> SRR1469591 1 0.7358 -0.10407 0.448 0.160 0.392 0.000
#> SRR1392813 4 0.0592 0.70968 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1453026 4 0.2081 0.66475 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1388105 4 0.2670 0.65444 0.072 0.024 0.000 0.904
#> SRR1357558 1 0.0524 0.86879 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR615898 3 0.3754 0.78540 0.084 0.064 0.852 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 4 0.4430 0.4637 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004
#> SRR1381693 1 0.0290 0.8356 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1467904 3 0.6719 0.2497 0.076 0.012 0.448 0.032 0.432
#> SRR1442648 2 0.0451 0.7766 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1486174 2 0.3990 0.3670 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> SRR1349433 2 0.2654 0.7484 0.000 0.888 0.000 0.064 0.048
#> SRR1321283 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.3616 0.6789 0.768 0.004 0.000 0.004 0.224
#> SRR1435584 2 0.1082 0.7756 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1406265 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.3800 0.6854 0.080 0.812 0.000 0.000 0.108
#> SRR1458026 2 0.5790 0.4645 0.184 0.616 0.000 0.000 0.200
#> SRR1094192 2 0.1653 0.7817 0.004 0.944 0.000 0.024 0.028
#> SRR1397180 2 0.4805 0.6024 0.128 0.728 0.000 0.000 0.144
#> SRR657492 1 0.0510 0.8372 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR662665 5 0.5493 0.2208 0.468 0.020 0.004 0.020 0.488
#> SRR818530 4 0.3969 0.7378 0.000 0.304 0.000 0.692 0.004
#> SRR817563 2 0.1082 0.7756 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR613462 5 0.6014 0.4399 0.388 0.020 0.028 0.024 0.540
#> SRR1405206 4 0.3969 0.7378 0.000 0.304 0.000 0.692 0.004
#> SRR1454136 2 0.2110 0.7509 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016
#> SRR1380785 4 0.2848 0.6097 0.000 0.028 0.000 0.868 0.104
#> SRR612875 1 0.5192 0.4767 0.664 0.092 0.000 0.000 0.244
#> SRR808327 2 0.0566 0.7756 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1355194 4 0.2848 0.6097 0.000 0.028 0.000 0.868 0.104
#> SRR1408227 2 0.0703 0.7781 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1086304 5 0.5095 0.3744 0.044 0.044 0.044 0.088 0.780
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 4 0.1211 0.6395 0.000 0.024 0.000 0.960 0.016
#> SRR1084965 1 0.1893 0.7926 0.928 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR1310563 5 0.5093 0.3717 0.044 0.048 0.040 0.088 0.780
#> SRR602437 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0162 0.8387 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337238 1 0.0290 0.8388 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360442 1 0.2629 0.7712 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR1356487 4 0.3662 0.7567 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR1479263 2 0.0693 0.7759 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0290 0.8388 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345736 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.1281 0.7749 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR1367456 5 0.7093 -0.1759 0.028 0.260 0.000 0.232 0.480
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 4 0.1211 0.6395 0.000 0.024 0.000 0.960 0.016
#> SRR1087197 5 0.5619 0.3439 0.428 0.024 0.004 0.024 0.520
#> SRR1383960 1 0.5414 0.3894 0.624 0.092 0.000 0.000 0.284
#> SRR600924 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.3953 0.6885 0.792 0.060 0.000 0.000 0.148
#> SRR1071692 1 0.0162 0.8378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR658421 1 0.0290 0.8388 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1352936 5 0.7225 0.5401 0.360 0.028 0.064 0.060 0.488
#> SRR598148 5 0.5810 0.3390 0.396 0.048 0.004 0.016 0.536
#> SRR1444390 2 0.1651 0.7780 0.012 0.944 0.000 0.008 0.036
#> SRR1444644 3 0.3924 0.7585 0.032 0.000 0.800 0.012 0.156
#> SRR1389777 1 0.2583 0.7770 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR603918 4 0.5572 0.6858 0.000 0.192 0.000 0.644 0.164
#> SRR1468682 2 0.5810 0.4317 0.212 0.612 0.000 0.000 0.176
#> SRR1490505 2 0.2719 0.6785 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR1343859 5 0.5448 0.5011 0.152 0.044 0.000 0.088 0.716
#> SRR1075631 2 0.1597 0.7733 0.012 0.940 0.000 0.000 0.048
#> SRR1444954 4 0.1211 0.6395 0.000 0.024 0.000 0.960 0.016
#> SRR1479286 2 0.6523 0.1258 0.332 0.460 0.000 0.000 0.208
#> SRR1381524 5 0.7017 0.3236 0.280 0.000 0.336 0.008 0.376
#> SRR1392208 2 0.1331 0.7701 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1456693 2 0.4277 0.5820 0.000 0.768 0.000 0.156 0.076
#> SRR1358482 4 0.4009 0.7318 0.000 0.312 0.000 0.684 0.004
#> SRR658331 3 0.4918 0.6742 0.076 0.000 0.728 0.012 0.184
#> SRR810619 2 0.0609 0.7777 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR600829 1 0.2660 0.7757 0.864 0.008 0.000 0.000 0.128
#> SRR599380 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.6632 0.0368 0.344 0.428 0.000 0.000 0.228
#> SRR2185195 1 0.2020 0.8026 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1489693 5 0.6913 -0.0731 0.088 0.012 0.368 0.040 0.492
#> SRR1318662 2 0.0451 0.7773 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.1597 0.7733 0.012 0.940 0.000 0.000 0.048
#> SRR661337 1 0.0162 0.8389 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR601239 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.4033 0.7406 0.004 0.000 0.744 0.016 0.236
#> SRR1352111 1 0.0290 0.8388 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1330944 2 0.3392 0.7197 0.080 0.852 0.000 0.008 0.060
#> SRR1419453 3 0.5104 0.5416 0.016 0.000 0.564 0.016 0.404
#> SRR1437208 2 0.1443 0.7777 0.004 0.948 0.000 0.004 0.044
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.1082 0.7756 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1093269 2 0.1124 0.7694 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1341456 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 2 0.1750 0.7778 0.000 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR816358 1 0.0703 0.8360 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR658283 5 0.7225 0.5401 0.360 0.028 0.064 0.060 0.488
#> SRR813728 4 0.4430 0.4637 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004
#> SRR1394520 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.1082 0.7797 0.008 0.964 0.000 0.000 0.028
#> SRR1432366 2 0.1597 0.7733 0.012 0.940 0.000 0.000 0.048
#> SRR1087992 1 0.1329 0.8230 0.956 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR1405593 1 0.1544 0.8154 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1326040 1 0.5192 0.4767 0.664 0.092 0.000 0.000 0.244
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0404 0.8326 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1488632 2 0.2597 0.7569 0.004 0.896 0.000 0.060 0.040
#> SRR1398706 2 0.2583 0.6911 0.000 0.864 0.000 0.132 0.004
#> SRR1368794 4 0.4182 0.6828 0.000 0.352 0.000 0.644 0.004
#> SRR1392749 2 0.1393 0.7802 0.012 0.956 0.000 0.008 0.024
#> SRR603968 3 0.0162 0.8462 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR815661 1 0.3616 0.6789 0.768 0.004 0.000 0.004 0.224
#> SRR663100 2 0.6294 0.2837 0.284 0.524 0.000 0.000 0.192
#> SRR661229 1 0.0162 0.8387 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655792 1 0.0451 0.8331 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR663705 1 0.4178 0.5724 0.696 0.008 0.000 0.004 0.292
#> SRR1464281 2 0.1041 0.7720 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1400397 2 0.3471 0.7083 0.072 0.836 0.000 0.000 0.092
#> SRR1331444 1 0.0404 0.8326 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1439958 2 0.0566 0.7756 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1384917 4 0.5467 0.5871 0.000 0.384 0.000 0.548 0.068
#> SRR1435182 2 0.4149 0.6587 0.088 0.784 0.000 0.000 0.128
#> SRR1477569 1 0.0162 0.8389 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602461 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0290 0.8386 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1354710 1 0.0404 0.8326 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR613510 5 0.6510 0.3894 0.112 0.020 0.176 0.044 0.648
#> SRR663014 2 0.1568 0.7777 0.000 0.944 0.000 0.036 0.020
#> SRR1417960 2 0.6590 0.1128 0.320 0.452 0.000 0.000 0.228
#> SRR1474730 3 0.4883 0.6787 0.076 0.000 0.732 0.012 0.180
#> SRR1381269 2 0.1124 0.7694 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR657695 2 0.4254 0.5909 0.000 0.772 0.000 0.148 0.080
#> SRR1357650 2 0.0693 0.7774 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1472237 2 0.1082 0.7797 0.008 0.964 0.000 0.000 0.028
#> SRR1470816 2 0.4254 0.5909 0.000 0.772 0.000 0.148 0.080
#> SRR1458358 1 0.0290 0.8356 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR614683 1 0.0162 0.8389 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318998 5 0.5095 0.3744 0.044 0.044 0.044 0.088 0.780
#> SRR1392795 2 0.0693 0.7774 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.1872 0.7633 0.000 0.928 0.000 0.052 0.020
#> SRR1360587 2 0.5638 0.4896 0.192 0.636 0.000 0.000 0.172
#> SRR604230 1 0.2488 0.7814 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR1347667 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 5 0.7188 0.4074 0.196 0.176 0.000 0.080 0.548
#> SRR665514 1 0.0162 0.8387 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454522 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.5446 0.5195 0.176 0.660 0.000 0.000 0.164
#> SRR1429802 2 0.6545 0.1390 0.316 0.464 0.000 0.000 0.220
#> SRR1345436 2 0.1788 0.7720 0.008 0.932 0.000 0.004 0.056
#> SRR1433684 1 0.2660 0.7757 0.864 0.008 0.000 0.000 0.128
#> SRR613186 3 0.0162 0.8462 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1343795 2 0.1399 0.7711 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1417766 2 0.0324 0.7766 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1420606 2 0.6234 0.3002 0.048 0.628 0.000 0.100 0.224
#> SRR1326687 1 0.0290 0.8388 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1458973 3 0.3974 0.7450 0.004 0.000 0.752 0.016 0.228
#> SRR1309856 2 0.1399 0.7711 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1102756 2 0.2790 0.7412 0.000 0.880 0.000 0.068 0.052
#> SRR1366519 2 0.0451 0.7773 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1080438 2 0.1612 0.7807 0.012 0.948 0.000 0.016 0.024
#> SRR1391789 1 0.6224 -0.0370 0.504 0.072 0.000 0.028 0.396
#> SRR1402195 1 0.3635 0.6519 0.748 0.000 0.000 0.004 0.248
#> SRR1429516 2 0.6400 0.2665 0.260 0.512 0.000 0.000 0.228
#> SRR1406662 2 0.2172 0.7625 0.004 0.916 0.000 0.060 0.020
#> SRR1333414 4 0.4430 0.4637 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004
#> SRR1369030 2 0.0771 0.7749 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1342916 1 0.0404 0.8383 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1362824 2 0.3875 0.6203 0.000 0.792 0.000 0.160 0.048
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.6486 -0.0747 0.472 0.324 0.000 0.000 0.204
#> SRR1434568 2 0.5200 0.5463 0.152 0.688 0.000 0.000 0.160
#> SRR1341965 2 0.5787 0.4639 0.204 0.616 0.000 0.000 0.180
#> SRR1473505 2 0.1628 0.7600 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1402068 4 0.1211 0.6395 0.000 0.024 0.000 0.960 0.016
#> SRR1490076 2 0.0451 0.7773 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1435501 1 0.0290 0.8386 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1452491 2 0.1082 0.7797 0.008 0.964 0.000 0.000 0.028
#> SRR1397329 3 0.4288 0.7206 0.008 0.000 0.720 0.016 0.256
#> SRR1093243 2 0.6483 0.1977 0.300 0.484 0.000 0.000 0.216
#> SRR1418390 2 0.1399 0.7711 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR608480 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.2338 0.7878 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR601868 1 0.0451 0.8331 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR607313 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0609 0.7777 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR815893 2 0.5817 0.4586 0.184 0.612 0.000 0.000 0.204
#> SRR1455503 2 0.1597 0.7733 0.012 0.940 0.000 0.000 0.048
#> SRR810737 2 0.5900 0.4437 0.188 0.600 0.000 0.000 0.212
#> SRR1347500 1 0.2629 0.7711 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR1443182 2 0.2747 0.7486 0.060 0.888 0.000 0.004 0.048
#> SRR1457872 2 0.1569 0.7778 0.008 0.944 0.000 0.004 0.044
#> SRR658481 2 0.6604 0.0704 0.336 0.440 0.000 0.000 0.224
#> SRR1406243 1 0.0290 0.8388 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1332607 5 0.7021 0.2538 0.240 0.000 0.352 0.012 0.396
#> SRR656433 1 0.3634 0.6262 0.820 0.000 0.040 0.004 0.136
#> SRR1420811 2 0.0771 0.7791 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1308674 2 0.1872 0.7657 0.000 0.928 0.000 0.052 0.020
#> SRR1338363 3 0.4732 0.6984 0.068 0.000 0.744 0.012 0.176
#> SRR1344271 2 0.0566 0.7756 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1321608 2 0.1041 0.7720 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1441464 2 0.0609 0.7777 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR607970 1 0.0162 0.8378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338171 4 0.4865 0.7171 0.000 0.252 0.000 0.684 0.064
#> SRR604174 1 0.4996 0.4752 0.652 0.032 0.000 0.012 0.304
#> SRR1345221 1 0.3616 0.6789 0.768 0.004 0.000 0.004 0.224
#> SRR815517 5 0.5093 0.3717 0.044 0.048 0.040 0.088 0.780
#> SRR615970 3 0.0290 0.8448 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1370659 1 0.0963 0.8316 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1383125 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.5810 0.4317 0.212 0.612 0.000 0.000 0.176
#> SRR1419638 5 0.5661 0.3272 0.436 0.020 0.008 0.024 0.512
#> SRR1434975 5 0.5409 0.5307 0.320 0.024 0.004 0.028 0.624
#> SRR1445741 2 0.1682 0.7757 0.004 0.940 0.000 0.044 0.012
#> SRR1088142 1 0.2074 0.7961 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR604206 1 0.1792 0.8111 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1358779 3 0.5704 0.5486 0.060 0.004 0.596 0.012 0.328
#> SRR1473142 2 0.5198 0.5466 0.148 0.688 0.000 0.000 0.164
#> SRR1410334 4 0.5062 0.7214 0.000 0.276 0.000 0.656 0.068
#> SRR1352234 2 0.6523 0.1245 0.332 0.460 0.000 0.000 0.208
#> SRR1487807 2 0.5123 0.5673 0.144 0.696 0.000 0.000 0.160
#> SRR1489715 2 0.4493 0.5683 0.000 0.756 0.000 0.136 0.108
#> SRR1364780 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0854 0.7802 0.004 0.976 0.000 0.008 0.012
#> SRR1409748 2 0.3579 0.7004 0.072 0.828 0.000 0.000 0.100
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.1168 0.7705 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1316725 4 0.3430 0.7586 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004
#> SRR1314851 2 0.5195 0.5589 0.144 0.688 0.000 0.000 0.168
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.5735 0.2255 0.568 0.076 0.000 0.008 0.348
#> SRR1308696 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.3634 0.6262 0.820 0.000 0.040 0.004 0.136
#> SRR812649 2 0.2569 0.7397 0.000 0.892 0.000 0.068 0.040
#> SRR1366690 1 0.5042 0.4156 0.628 0.028 0.000 0.012 0.332
#> SRR1317707 2 0.1082 0.7756 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1339321 2 0.1630 0.7791 0.016 0.944 0.000 0.004 0.036
#> SRR1442487 2 0.1943 0.7613 0.000 0.924 0.000 0.056 0.020
#> SRR1069690 2 0.1872 0.7633 0.000 0.928 0.000 0.052 0.020
#> SRR1319344 4 0.5673 0.6772 0.000 0.184 0.000 0.632 0.184
#> SRR1332835 2 0.1670 0.7662 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR1334694 2 0.4364 0.5948 0.000 0.768 0.000 0.120 0.112
#> SRR1478434 2 0.6085 0.3990 0.216 0.572 0.000 0.000 0.212
#> SRR1479933 4 0.3461 0.7603 0.000 0.224 0.000 0.772 0.004
#> SRR1313853 2 0.1041 0.7704 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR661192 1 0.0290 0.8386 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1384827 2 0.4807 0.5400 0.000 0.728 0.000 0.140 0.132
#> SRR814587 2 0.1651 0.7780 0.012 0.944 0.000 0.008 0.036
#> SRR656899 1 0.3522 0.6952 0.780 0.004 0.000 0.004 0.212
#> SRR1088340 2 0.1597 0.7733 0.012 0.940 0.000 0.000 0.048
#> SRR1349772 1 0.1608 0.8160 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1317305 1 0.3387 0.7268 0.836 0.000 0.032 0.004 0.128
#> SRR1442273 2 0.2304 0.7588 0.048 0.908 0.000 0.000 0.044
#> SRR1407470 2 0.0807 0.7773 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1490289 2 0.2529 0.7623 0.004 0.900 0.000 0.056 0.040
#> SRR1093649 4 0.1117 0.6338 0.000 0.020 0.000 0.964 0.016
#> SRR1478900 1 0.6957 -0.4579 0.384 0.000 0.360 0.008 0.248
#> SRR1447652 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.1282 0.7661 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR2170537 1 0.0162 0.8387 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602106 1 0.2149 0.7720 0.916 0.000 0.036 0.000 0.048
#> SRR615335 1 0.2127 0.7938 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1321505 1 0.0290 0.8386 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1457768 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 2 0.6590 0.1128 0.320 0.452 0.000 0.000 0.228
#> SRR657903 1 0.3616 0.6789 0.768 0.004 0.000 0.004 0.224
#> SRR1403458 1 0.0880 0.8332 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1460073 1 0.2674 0.7687 0.856 0.000 0.000 0.004 0.140
#> SRR1441850 2 0.2193 0.7627 0.028 0.912 0.000 0.000 0.060
#> SRR613759 1 0.2719 0.7665 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1472281 2 0.1739 0.7773 0.024 0.940 0.000 0.004 0.032
#> SRR1440445 3 0.5189 0.6563 0.020 0.008 0.652 0.020 0.300
#> SRR1088734 2 0.1588 0.7806 0.016 0.948 0.000 0.008 0.028
#> SRR1455607 2 0.6216 0.3484 0.244 0.548 0.000 0.000 0.208
#> SRR1077528 2 0.6496 0.2091 0.280 0.488 0.000 0.000 0.232
#> SRR1364695 5 0.7317 0.4786 0.208 0.016 0.200 0.040 0.536
#> SRR1348226 1 0.2074 0.7961 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1313560 1 0.3762 0.6526 0.748 0.004 0.000 0.004 0.244
#> SRR1092889 2 0.5179 0.2935 0.000 0.640 0.000 0.288 0.072
#> SRR1352213 1 0.6840 -0.3715 0.444 0.000 0.320 0.008 0.228
#> SRR2185233 1 0.0162 0.8387 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0451 0.7766 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR817825 5 0.5255 0.4744 0.128 0.044 0.000 0.092 0.736
#> SRR660366 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0162 0.8387 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR821183 2 0.4627 0.5165 0.000 0.732 0.000 0.188 0.080
#> SRR1323512 2 0.1670 0.7635 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR1325247 2 0.6304 0.3173 0.248 0.532 0.000 0.000 0.220
#> SRR1351583 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.6550 0.1038 0.336 0.452 0.000 0.000 0.212
#> SRR1318484 2 0.1569 0.7789 0.012 0.948 0.000 0.008 0.032
#> SRR1322395 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.1471 0.7803 0.004 0.952 0.000 0.024 0.020
#> SRR1325464 1 0.0162 0.8389 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340280 5 0.5165 0.3797 0.048 0.044 0.044 0.088 0.776
#> SRR1455842 2 0.1522 0.7748 0.012 0.944 0.000 0.000 0.044
#> SRR1352619 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0290 0.8395 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662763 5 0.7090 -0.1507 0.032 0.256 0.000 0.220 0.492
#> SRR661120 1 0.5122 0.3347 0.608 0.032 0.004 0.004 0.352
#> SRR601613 1 0.0609 0.8367 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR811535 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0290 0.8389 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368616 2 0.0451 0.7766 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1375677 1 0.0510 0.8372 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1365700 2 0.0609 0.7777 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR604122 1 0.2439 0.7839 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR598509 3 0.0162 0.8462 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1397052 1 0.3647 0.6735 0.764 0.004 0.000 0.004 0.228
#> SRR1339921 1 0.2074 0.7961 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR664743 2 0.6294 0.2837 0.284 0.524 0.000 0.000 0.192
#> SRR1339199 2 0.0566 0.7775 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1355660 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0404 0.8387 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR603449 1 0.0451 0.8331 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1400889 1 0.2338 0.7878 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR808808 1 0.5470 0.2780 0.604 0.016 0.024 0.012 0.344
#> SRR656288 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.4732 0.6984 0.068 0.000 0.744 0.012 0.176
#> SRR1487233 2 0.4933 0.4366 0.000 0.692 0.000 0.228 0.080
#> SRR662043 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.2930 0.6530 0.000 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR1379365 2 0.1569 0.7819 0.012 0.948 0.000 0.008 0.032
#> SRR1384852 2 0.1670 0.7662 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR1430357 2 0.1281 0.7779 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032
#> SRR2164847 1 0.5379 0.4388 0.648 0.108 0.000 0.000 0.244
#> SRR807901 1 0.3456 0.7035 0.788 0.004 0.000 0.004 0.204
#> SRR816064 1 0.0162 0.8389 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR810507 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0771 0.8244 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1349893 1 0.0290 0.8388 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444722 3 0.0162 0.8462 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1316483 1 0.4042 0.6527 0.756 0.032 0.000 0.000 0.212
#> SRR662749 1 0.0290 0.8356 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1342701 4 0.3918 0.6735 0.000 0.096 0.000 0.804 0.100
#> SRR1343653 2 0.1569 0.7781 0.008 0.944 0.000 0.004 0.044
#> SRR1336134 2 0.1997 0.7731 0.000 0.924 0.000 0.036 0.040
#> SRR654940 4 0.3814 0.7515 0.000 0.276 0.000 0.720 0.004
#> SRR1098288 2 0.1124 0.7694 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1326343 1 0.3762 0.6526 0.748 0.004 0.000 0.004 0.244
#> SRR811145 1 0.0290 0.8386 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR615359 5 0.5670 0.1727 0.452 0.044 0.000 0.016 0.488
#> SRR1075997 2 0.0703 0.7781 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1090483 2 0.6332 0.2952 0.264 0.524 0.000 0.000 0.212
#> SRR1388698 1 0.1478 0.8177 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1312482 2 0.0693 0.7759 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1430420 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.1651 0.7780 0.012 0.944 0.000 0.008 0.036
#> SRR1388419 2 0.3875 0.6203 0.000 0.792 0.000 0.160 0.048
#> SRR1442250 4 0.5817 0.6640 0.000 0.184 0.000 0.612 0.204
#> SRR1430679 2 0.0771 0.7791 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1311109 2 0.6604 0.0704 0.336 0.440 0.000 0.000 0.224
#> SRR1478990 2 0.5731 0.4706 0.196 0.624 0.000 0.000 0.180
#> SRR1392434 2 0.1668 0.7776 0.000 0.940 0.000 0.032 0.028
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.5083 0.5224 0.184 0.696 0.000 0.000 0.120
#> SRR1315393 4 0.3274 0.7584 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.2930 0.6530 0.000 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR1330153 1 0.3969 0.5612 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1451778 1 0.3969 0.5612 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR657089 5 0.6956 0.4359 0.316 0.000 0.264 0.008 0.412
#> SRR1395659 2 0.4254 0.5909 0.000 0.772 0.000 0.148 0.080
#> SRR1385716 5 0.7019 0.3163 0.280 0.000 0.340 0.008 0.372
#> SRR1466109 1 0.0290 0.8386 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1080977 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.4975 0.5244 0.676 0.040 0.000 0.012 0.272
#> SRR1485078 4 0.3491 0.7603 0.000 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR661806 1 0.5117 0.4960 0.672 0.088 0.000 0.000 0.240
#> SRR1334919 3 0.6942 -0.1213 0.308 0.000 0.420 0.008 0.264
#> SRR599249 1 0.2719 0.7665 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR810051 2 0.1549 0.7740 0.000 0.944 0.000 0.040 0.016
#> SRR1407202 1 0.5042 0.4156 0.628 0.028 0.000 0.012 0.332
#> SRR1434399 1 0.3647 0.6735 0.764 0.004 0.000 0.004 0.228
#> SRR1330965 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 5 0.7002 0.3795 0.296 0.000 0.300 0.008 0.396
#> SRR1405028 1 0.5408 0.2953 0.588 0.044 0.000 0.012 0.356
#> SRR612719 5 0.5493 0.2208 0.468 0.020 0.004 0.020 0.488
#> SRR1340617 2 0.0703 0.7781 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1448183 1 0.2719 0.7665 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1362488 2 0.1638 0.7567 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1361156 2 0.4968 0.5762 0.152 0.712 0.000 0.000 0.136
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.4178 0.5724 0.696 0.008 0.000 0.004 0.292
#> SRR1477837 5 0.8344 0.3715 0.304 0.228 0.064 0.028 0.376
#> SRR607252 1 0.3616 0.6789 0.768 0.004 0.000 0.004 0.224
#> SRR1418946 5 0.5496 0.2463 0.460 0.028 0.000 0.020 0.492
#> SRR1456567 2 0.0854 0.7802 0.004 0.976 0.000 0.008 0.012
#> SRR1487425 2 0.1168 0.7752 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1335627 2 0.4933 0.4366 0.000 0.692 0.000 0.228 0.080
#> SRR1327680 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 4 0.2848 0.6097 0.000 0.028 0.000 0.868 0.104
#> SRR1447673 2 0.5120 0.5560 0.164 0.696 0.000 0.000 0.140
#> SRR815735 1 0.2074 0.7961 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1404251 2 0.0703 0.7781 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR601645 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.6533 -0.0936 0.488 0.156 0.004 0.004 0.348
#> SRR659983 1 0.1792 0.8114 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1402414 2 0.4254 0.5909 0.000 0.772 0.000 0.148 0.080
#> SRR614215 1 0.3352 0.7165 0.800 0.004 0.000 0.004 0.192
#> SRR659283 1 0.2338 0.7878 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR1459956 2 0.0566 0.7756 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1340441 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.2338 0.7878 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR1403390 5 0.6916 0.0695 0.064 0.024 0.284 0.060 0.568
#> SRR1452741 1 0.4681 0.5118 0.696 0.000 0.040 0.004 0.260
#> SRR1458484 1 0.6290 -0.2712 0.484 0.004 0.116 0.004 0.392
#> SRR1387091 2 0.5162 0.5490 0.148 0.692 0.000 0.000 0.160
#> SRR1358017 3 0.0162 0.8462 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1457039 2 0.3857 0.6807 0.084 0.808 0.000 0.000 0.108
#> SRR1376539 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.2712 0.7443 0.032 0.880 0.000 0.000 0.088
#> SRR1419829 2 0.4627 0.5165 0.000 0.732 0.000 0.188 0.080
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.3762 0.6526 0.748 0.004 0.000 0.004 0.244
#> SRR1367849 2 0.5790 0.4645 0.184 0.616 0.000 0.000 0.200
#> SRR1320939 1 0.0404 0.8384 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR656588 1 0.3634 0.6262 0.820 0.000 0.040 0.004 0.136
#> SRR599025 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 5 0.6510 0.3894 0.112 0.020 0.176 0.044 0.648
#> SRR1398311 2 0.1628 0.7600 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1442149 2 0.6576 0.0814 0.340 0.444 0.000 0.000 0.216
#> SRR809137 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.1648 0.7753 0.020 0.940 0.000 0.000 0.040
#> SRR600852 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.1393 0.7802 0.012 0.956 0.000 0.008 0.024
#> SRR1321225 5 0.7225 0.5401 0.360 0.028 0.064 0.060 0.488
#> SRR1069802 1 0.2719 0.7665 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1077643 4 0.6028 0.6628 0.008 0.192 0.000 0.612 0.188
#> SRR1334154 2 0.5478 0.5141 0.180 0.656 0.000 0.000 0.164
#> SRR1390072 2 0.1168 0.7802 0.008 0.960 0.000 0.000 0.032
#> SRR1467612 2 0.2930 0.6530 0.000 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR1430133 2 0.4493 0.5683 0.000 0.756 0.000 0.136 0.108
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.3319 0.7531 0.020 0.864 0.000 0.052 0.064
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8386 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0162 0.8389 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469638 1 0.5117 0.4960 0.672 0.088 0.000 0.000 0.240
#> SRR662150 1 0.1908 0.8071 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1400290 5 0.6973 0.4577 0.316 0.000 0.240 0.012 0.432
#> SRR1084892 2 0.2540 0.7281 0.000 0.888 0.000 0.088 0.024
#> SRR1416166 1 0.5573 0.0934 0.528 0.040 0.000 0.016 0.416
#> SRR1477015 1 0.6840 -0.3715 0.444 0.000 0.320 0.008 0.228
#> SRR1380501 2 0.4266 0.6004 0.000 0.776 0.000 0.120 0.104
#> SRR1446156 2 0.2067 0.7741 0.004 0.924 0.000 0.044 0.028
#> SRR1488328 2 0.0609 0.7777 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1086889 2 0.0898 0.7745 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR814611 1 0.3387 0.7230 0.836 0.000 0.032 0.004 0.128
#> SRR599086 1 0.0703 0.8360 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1086844 1 0.0162 0.8378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464535 1 0.6533 -0.0936 0.488 0.156 0.004 0.004 0.348
#> SRR807877 2 0.2376 0.7545 0.052 0.904 0.000 0.000 0.044
#> SRR1477033 1 0.3634 0.6262 0.820 0.000 0.040 0.004 0.136
#> SRR1335164 2 0.1082 0.7797 0.008 0.964 0.000 0.000 0.028
#> SRR601986 3 0.6952 -0.1761 0.328 0.000 0.408 0.008 0.256
#> SRR1446226 1 0.0404 0.8326 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR659637 1 0.5192 0.4767 0.664 0.092 0.000 0.000 0.244
#> SRR600474 1 0.0290 0.8386 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1307699 1 0.0451 0.8331 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1312540 1 0.2074 0.7961 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1323628 1 0.3047 0.7480 0.832 0.004 0.000 0.004 0.160
#> SRR1430951 3 0.0162 0.8462 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1385364 3 0.7576 0.1457 0.000 0.272 0.472 0.084 0.172
#> SRR1478149 3 0.4481 0.6790 0.000 0.004 0.668 0.016 0.312
#> SRR1384413 2 0.6432 0.1702 0.320 0.484 0.000 0.000 0.196
#> SRR1366855 2 0.6610 0.0562 0.340 0.436 0.000 0.000 0.224
#> SRR1077115 2 0.2853 0.7406 0.052 0.876 0.000 0.000 0.072
#> SRR1399990 5 0.7079 0.3709 0.288 0.000 0.300 0.012 0.400
#> SRR1434093 5 0.6973 0.4577 0.316 0.000 0.240 0.012 0.432
#> SRR1341408 2 0.0727 0.7795 0.004 0.980 0.000 0.004 0.012
#> SRR612335 1 0.6882 0.0799 0.528 0.184 0.000 0.032 0.256
#> SRR1321420 1 0.3522 0.6938 0.780 0.004 0.000 0.004 0.212
#> SRR1329177 1 0.6706 -0.3523 0.456 0.000 0.316 0.004 0.224
#> SRR1398371 2 0.2193 0.7623 0.000 0.912 0.000 0.060 0.028
#> SRR614996 1 0.2127 0.7938 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1431602 2 0.1612 0.7807 0.012 0.948 0.000 0.016 0.024
#> SRR1311509 1 0.3969 0.5612 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1507229 3 0.0000 0.8473 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.3492 0.7691 0.000 0.000 0.796 0.016 0.188
#> SRR1408072 2 0.1281 0.7779 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032
#> SRR1469591 5 0.7079 0.3709 0.288 0.000 0.300 0.012 0.400
#> SRR1392813 2 0.0693 0.7769 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1453026 2 0.2304 0.7217 0.000 0.892 0.000 0.100 0.008
#> SRR1388105 2 0.2712 0.7443 0.032 0.880 0.000 0.000 0.088
#> SRR1357558 1 0.0290 0.8356 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR615898 3 0.4043 0.7514 0.032 0.000 0.788 0.012 0.168
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0260 0.7917 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0146 0.7915 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 5 0.4092 0.4681 0.000 0.020 0.000 0.344 0.636 0.000
#> SRR1381693 1 0.0363 0.7890 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 6 0.5293 -0.1608 0.056 0.024 0.372 0.000 0.000 0.548
#> SRR1442648 4 0.0909 0.7503 0.000 0.012 0.000 0.968 0.020 0.000
#> SRR1486174 4 0.4237 0.2875 0.000 0.020 0.000 0.584 0.396 0.000
#> SRR1349433 4 0.3230 0.7201 0.000 0.052 0.000 0.852 0.060 0.036
#> SRR1321283 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.4957 0.5433 0.664 0.184 0.000 0.004 0.000 0.148
#> SRR1435584 4 0.1500 0.7517 0.000 0.012 0.000 0.936 0.052 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.3781 0.6443 0.044 0.120 0.000 0.804 0.000 0.032
#> SRR1458026 4 0.5816 0.2718 0.096 0.252 0.000 0.596 0.000 0.056
#> SRR1094192 4 0.1972 0.7527 0.004 0.056 0.000 0.916 0.024 0.000
#> SRR1397180 4 0.5001 0.5094 0.092 0.152 0.000 0.708 0.000 0.048
#> SRR657492 1 0.0972 0.7870 0.964 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662665 6 0.5661 0.0995 0.376 0.124 0.000 0.008 0.000 0.492
#> SRR818530 5 0.3319 0.6962 0.000 0.036 0.000 0.164 0.800 0.000
#> SRR817563 4 0.1500 0.7517 0.000 0.012 0.000 0.936 0.052 0.000
#> SRR613462 6 0.5803 0.1900 0.296 0.120 0.020 0.004 0.000 0.560
#> SRR1405206 5 0.3319 0.6962 0.000 0.036 0.000 0.164 0.800 0.000
#> SRR1454136 4 0.2937 0.7164 0.000 0.044 0.000 0.852 0.100 0.004
#> SRR1380785 5 0.4590 0.5972 0.000 0.224 0.000 0.000 0.680 0.096
#> SRR612875 1 0.6327 0.1931 0.552 0.240 0.000 0.076 0.000 0.132
#> SRR808327 4 0.1151 0.7491 0.000 0.012 0.000 0.956 0.032 0.000
#> SRR1355194 5 0.4590 0.5972 0.000 0.224 0.000 0.000 0.680 0.096
#> SRR1408227 4 0.0865 0.7466 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1086304 6 0.1584 0.3517 0.000 0.064 0.000 0.008 0.000 0.928
#> SRR1080415 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.2416 0.6561 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1084965 1 0.1991 0.7462 0.920 0.024 0.012 0.000 0.000 0.044
#> SRR1310563 6 0.1745 0.3464 0.000 0.068 0.000 0.012 0.000 0.920
#> SRR602437 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0260 0.7918 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0508 0.7913 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360442 1 0.3575 0.6918 0.796 0.128 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1356487 5 0.2300 0.7140 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1479263 4 0.1564 0.7481 0.000 0.024 0.000 0.936 0.040 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0603 0.7908 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345736 1 0.0146 0.7915 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 4 0.1616 0.7495 0.000 0.020 0.000 0.932 0.048 0.000
#> SRR1367456 6 0.6992 -0.0945 0.004 0.120 0.000 0.168 0.212 0.496
#> SRR1072650 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.2416 0.6561 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1087197 6 0.5569 0.1538 0.332 0.124 0.000 0.008 0.000 0.536
#> SRR1383960 1 0.6656 0.0828 0.512 0.216 0.000 0.080 0.000 0.192
#> SRR600924 1 0.0146 0.7911 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.5037 0.5384 0.696 0.180 0.000 0.048 0.000 0.076
#> SRR1071692 1 0.0146 0.7911 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0508 0.7913 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352936 6 0.6280 0.2292 0.248 0.168 0.024 0.004 0.008 0.548
#> SRR598148 6 0.6235 0.0374 0.308 0.164 0.000 0.032 0.000 0.496
#> SRR1444390 4 0.1757 0.7462 0.008 0.052 0.000 0.928 0.012 0.000
#> SRR1444644 3 0.4227 0.6901 0.020 0.032 0.724 0.000 0.000 0.224
#> SRR1389777 1 0.3268 0.7129 0.824 0.100 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR603918 5 0.6206 0.6264 0.000 0.208 0.000 0.064 0.572 0.156
#> SRR1468682 4 0.6018 0.1323 0.184 0.172 0.000 0.592 0.000 0.052
#> SRR1490505 4 0.3658 0.6238 0.000 0.032 0.000 0.752 0.216 0.000
#> SRR1343859 6 0.3927 0.3216 0.084 0.128 0.000 0.008 0.000 0.780
#> SRR1075631 4 0.1524 0.7387 0.008 0.060 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1444954 5 0.2416 0.6561 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1479286 4 0.6865 -0.2859 0.224 0.264 0.000 0.444 0.000 0.068
#> SRR1381524 6 0.7584 0.2370 0.232 0.176 0.252 0.000 0.000 0.340
#> SRR1392208 4 0.2030 0.7375 0.000 0.028 0.000 0.908 0.064 0.000
#> SRR1456693 4 0.6491 0.3075 0.000 0.156 0.000 0.556 0.184 0.104
#> SRR1358482 5 0.3551 0.6926 0.000 0.048 0.000 0.168 0.784 0.000
#> SRR658331 3 0.5168 0.6031 0.060 0.040 0.648 0.000 0.000 0.252
#> SRR810619 4 0.0777 0.7483 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR600829 1 0.3923 0.6569 0.772 0.144 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR599380 1 0.0146 0.7911 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.7072 -0.3729 0.236 0.268 0.000 0.412 0.000 0.084
#> SRR2185195 1 0.2568 0.7491 0.876 0.068 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1489693 6 0.5037 0.0466 0.056 0.024 0.292 0.000 0.000 0.628
#> SRR1318662 4 0.1088 0.7510 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024 0.000
#> SRR1408657 1 0.0260 0.7919 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.1524 0.7387 0.008 0.060 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0260 0.7923 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0146 0.7911 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.4320 0.6597 0.004 0.036 0.664 0.000 0.000 0.296
#> SRR1352111 1 0.0508 0.7913 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330944 4 0.3719 0.6791 0.068 0.076 0.000 0.824 0.024 0.008
#> SRR1419453 3 0.4778 0.4407 0.004 0.040 0.492 0.000 0.000 0.464
#> SRR1437208 4 0.1141 0.7449 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.1500 0.7517 0.000 0.012 0.000 0.936 0.052 0.000
#> SRR1093269 4 0.2201 0.7336 0.000 0.028 0.000 0.896 0.076 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.2133 0.7496 0.000 0.052 0.000 0.912 0.020 0.016
#> SRR816358 1 0.1168 0.7843 0.956 0.028 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR658283 6 0.6280 0.2292 0.248 0.168 0.024 0.004 0.008 0.548
#> SRR813728 5 0.4092 0.4681 0.000 0.020 0.000 0.344 0.636 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 4 0.1265 0.7462 0.008 0.044 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.1524 0.7387 0.008 0.060 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.1498 0.7749 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1405593 1 0.2826 0.7229 0.856 0.092 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1326040 1 0.6327 0.1931 0.552 0.240 0.000 0.076 0.000 0.132
#> SRR1312725 1 0.0146 0.7911 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0458 0.7865 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.3927 0.6934 0.004 0.104 0.000 0.800 0.072 0.020
#> SRR1398706 4 0.3481 0.6472 0.000 0.032 0.000 0.776 0.192 0.000
#> SRR1368794 5 0.3719 0.6134 0.000 0.024 0.000 0.248 0.728 0.000
#> SRR1392749 4 0.1821 0.7509 0.008 0.040 0.000 0.928 0.024 0.000
#> SRR603968 3 0.0146 0.8230 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.4957 0.5433 0.664 0.184 0.000 0.004 0.000 0.148
#> SRR663100 4 0.6526 -0.0940 0.192 0.248 0.000 0.504 0.000 0.056
#> SRR661229 1 0.0260 0.7918 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0458 0.7869 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.5261 0.4623 0.620 0.160 0.000 0.004 0.000 0.216
#> SRR1464281 4 0.1584 0.7462 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064 0.000
#> SRR1400397 4 0.3475 0.6659 0.040 0.132 0.000 0.816 0.004 0.008
#> SRR1331444 1 0.0458 0.7865 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.1151 0.7491 0.000 0.012 0.000 0.956 0.032 0.000
#> SRR1384917 5 0.6753 0.4739 0.000 0.196 0.000 0.300 0.444 0.060
#> SRR1435182 4 0.4295 0.6039 0.052 0.132 0.000 0.768 0.000 0.048
#> SRR1477569 1 0.0260 0.7924 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0405 0.7921 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1354710 1 0.0458 0.7865 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 6 0.4257 0.3680 0.056 0.032 0.124 0.008 0.000 0.780
#> SRR663014 4 0.2134 0.7477 0.000 0.052 0.000 0.904 0.044 0.000
#> SRR1417960 4 0.6911 -0.2910 0.212 0.284 0.000 0.432 0.000 0.072
#> SRR1474730 3 0.5136 0.6061 0.064 0.036 0.652 0.000 0.000 0.248
#> SRR1381269 4 0.2201 0.7336 0.000 0.028 0.000 0.896 0.076 0.000
#> SRR657695 4 0.6368 0.3503 0.000 0.164 0.000 0.576 0.152 0.108
#> SRR1357650 4 0.1498 0.7521 0.000 0.028 0.000 0.940 0.032 0.000
#> SRR1472237 4 0.1265 0.7462 0.008 0.044 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1470816 4 0.6368 0.3503 0.000 0.164 0.000 0.576 0.152 0.108
#> SRR1458358 1 0.0363 0.7890 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0260 0.7923 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 6 0.1584 0.3517 0.000 0.064 0.000 0.008 0.000 0.928
#> SRR1392795 4 0.1498 0.7521 0.000 0.028 0.000 0.940 0.032 0.000
#> SRR1469859 1 0.0146 0.7915 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.3270 0.6999 0.000 0.084 0.000 0.836 0.072 0.008
#> SRR1360587 4 0.5747 0.2980 0.132 0.208 0.000 0.616 0.000 0.044
#> SRR604230 1 0.3307 0.7118 0.820 0.108 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1347667 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 6 0.6908 -0.0501 0.124 0.116 0.000 0.132 0.048 0.580
#> SRR665514 1 0.0363 0.7926 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.5513 0.3543 0.128 0.196 0.000 0.640 0.000 0.036
#> SRR1429802 4 0.6875 -0.2622 0.208 0.276 0.000 0.444 0.000 0.072
#> SRR1345436 4 0.1588 0.7396 0.004 0.072 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.3923 0.6569 0.772 0.144 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR613186 3 0.0146 0.8230 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.2186 0.7437 0.000 0.024 0.000 0.908 0.056 0.012
#> SRR1417766 4 0.0891 0.7501 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024 0.000
#> SRR1420606 4 0.6355 0.2371 0.020 0.052 0.000 0.556 0.096 0.276
#> SRR1326687 1 0.0692 0.7897 0.976 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458973 3 0.4165 0.6657 0.000 0.036 0.672 0.000 0.000 0.292
#> SRR1309856 4 0.2186 0.7437 0.000 0.024 0.000 0.908 0.056 0.012
#> SRR1102756 4 0.3531 0.7112 0.000 0.056 0.000 0.832 0.072 0.040
#> SRR1366519 4 0.1088 0.7510 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024 0.000
#> SRR1080438 4 0.2390 0.7515 0.008 0.044 0.000 0.896 0.052 0.000
#> SRR1391789 1 0.6986 -0.3432 0.372 0.220 0.000 0.056 0.004 0.348
#> SRR1402195 1 0.4863 0.5381 0.664 0.168 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1429516 4 0.6628 -0.0879 0.152 0.280 0.000 0.492 0.000 0.076
#> SRR1406662 4 0.3042 0.7281 0.004 0.044 0.000 0.856 0.088 0.008
#> SRR1333414 5 0.4092 0.4681 0.000 0.020 0.000 0.344 0.636 0.000
#> SRR1369030 4 0.1867 0.7463 0.000 0.020 0.000 0.916 0.064 0.000
#> SRR1342916 1 0.0806 0.7891 0.972 0.020 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1362824 4 0.4986 0.5731 0.000 0.072 0.000 0.696 0.188 0.044
#> SRR1455326 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.7275 -0.5354 0.380 0.188 0.000 0.308 0.000 0.124
#> SRR1434568 4 0.5222 0.4450 0.068 0.204 0.000 0.672 0.000 0.056
#> SRR1341965 4 0.5897 0.2495 0.132 0.224 0.000 0.596 0.000 0.048
#> SRR1473505 4 0.2724 0.7188 0.000 0.052 0.000 0.864 0.084 0.000
#> SRR1402068 5 0.2416 0.6561 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1490076 4 0.1088 0.7510 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024 0.000
#> SRR1435501 1 0.0603 0.7912 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452491 4 0.1265 0.7462 0.008 0.044 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.4370 0.6354 0.004 0.032 0.640 0.000 0.000 0.324
#> SRR1093243 4 0.6743 -0.2104 0.200 0.272 0.000 0.464 0.000 0.064
#> SRR1418390 4 0.2247 0.7429 0.000 0.024 0.000 0.904 0.060 0.012
#> SRR608480 1 0.0146 0.7916 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.3045 0.7248 0.840 0.100 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR601868 1 0.0458 0.7869 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.0865 0.7472 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.5878 0.2676 0.092 0.252 0.000 0.592 0.000 0.064
#> SRR1455503 4 0.1524 0.7387 0.008 0.060 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR810737 4 0.5955 0.2356 0.096 0.260 0.000 0.580 0.000 0.064
#> SRR1347500 1 0.3481 0.6987 0.804 0.124 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1443182 4 0.3156 0.7089 0.056 0.068 0.000 0.856 0.016 0.004
#> SRR1457872 4 0.1204 0.7444 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.6961 -0.3313 0.228 0.280 0.000 0.420 0.000 0.072
#> SRR1406243 1 0.0405 0.7919 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332607 6 0.7550 0.2495 0.188 0.196 0.264 0.000 0.000 0.352
#> SRR656433 1 0.3175 0.5805 0.808 0.164 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1420811 4 0.1010 0.7474 0.004 0.036 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1308674 4 0.2617 0.7322 0.000 0.040 0.000 0.876 0.080 0.004
#> SRR1338363 3 0.5007 0.6256 0.056 0.036 0.664 0.000 0.000 0.244
#> SRR1344271 4 0.1074 0.7491 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028 0.000
#> SRR1321608 4 0.1584 0.7462 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064 0.000
#> SRR1441464 4 0.0790 0.7466 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0146 0.7911 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 5 0.6146 0.6184 0.000 0.208 0.000 0.196 0.556 0.040
#> SRR604174 1 0.6058 0.2390 0.532 0.180 0.000 0.024 0.000 0.264
#> SRR1345221 1 0.4957 0.5433 0.664 0.184 0.000 0.004 0.000 0.148
#> SRR815517 6 0.1745 0.3464 0.000 0.068 0.000 0.012 0.000 0.920
#> SRR615970 3 0.0405 0.8202 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1370659 1 0.1649 0.7775 0.932 0.036 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1383125 1 0.0260 0.7924 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.6018 0.1323 0.184 0.172 0.000 0.592 0.000 0.052
#> SRR1419638 6 0.5489 0.1538 0.340 0.124 0.000 0.004 0.000 0.532
#> SRR1434975 6 0.5084 0.2124 0.232 0.116 0.000 0.008 0.000 0.644
#> SRR1445741 4 0.2322 0.7463 0.004 0.036 0.000 0.896 0.064 0.000
#> SRR1088142 1 0.3534 0.6768 0.800 0.124 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR604206 1 0.2837 0.7396 0.856 0.088 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1358779 3 0.5299 0.4514 0.052 0.024 0.520 0.000 0.000 0.404
#> SRR1473142 4 0.5184 0.4399 0.072 0.208 0.000 0.672 0.000 0.048
#> SRR1410334 5 0.5960 0.6758 0.000 0.184 0.000 0.116 0.616 0.084
#> SRR1352234 4 0.6865 -0.2879 0.224 0.264 0.000 0.444 0.000 0.068
#> SRR1487807 4 0.5336 0.4543 0.100 0.168 0.000 0.676 0.000 0.056
#> SRR1489715 4 0.5698 0.5048 0.000 0.108 0.000 0.656 0.124 0.112
#> SRR1364780 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.1092 0.7515 0.000 0.020 0.000 0.960 0.020 0.000
#> SRR1409748 4 0.3543 0.6507 0.052 0.124 0.000 0.812 0.000 0.012
#> SRR1325504 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 4 0.2182 0.7415 0.000 0.020 0.000 0.900 0.076 0.004
#> SRR1316725 5 0.2257 0.7241 0.000 0.008 0.000 0.116 0.876 0.000
#> SRR1314851 4 0.5444 0.4409 0.100 0.168 0.000 0.668 0.000 0.064
#> SRR1354599 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.6826 -0.1651 0.432 0.220 0.000 0.060 0.000 0.288
#> SRR1308696 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.3175 0.5805 0.808 0.164 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR812649 4 0.3532 0.7003 0.000 0.044 0.000 0.828 0.092 0.036
#> SRR1366690 1 0.5988 0.2436 0.540 0.164 0.000 0.024 0.000 0.272
#> SRR1317707 4 0.1500 0.7517 0.000 0.012 0.000 0.936 0.052 0.000
#> SRR1339321 4 0.1398 0.7452 0.008 0.052 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1442487 4 0.2863 0.7212 0.000 0.036 0.000 0.860 0.096 0.008
#> SRR1069690 4 0.3270 0.6999 0.000 0.084 0.000 0.836 0.072 0.008
#> SRR1319344 5 0.6259 0.5999 0.000 0.204 0.000 0.048 0.548 0.200
#> SRR1332835 4 0.2457 0.7307 0.000 0.036 0.000 0.880 0.084 0.000
#> SRR1334694 4 0.5459 0.5426 0.000 0.108 0.000 0.680 0.100 0.112
#> SRR1478434 4 0.6226 0.1381 0.120 0.260 0.000 0.552 0.000 0.068
#> SRR1479933 5 0.2843 0.7258 0.000 0.036 0.000 0.116 0.848 0.000
#> SRR1313853 4 0.1890 0.7393 0.000 0.024 0.000 0.916 0.060 0.000
#> SRR661192 1 0.0405 0.7921 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1384827 4 0.5851 0.4826 0.000 0.112 0.000 0.640 0.128 0.120
#> SRR814587 4 0.1757 0.7462 0.008 0.052 0.000 0.928 0.012 0.000
#> SRR656899 1 0.4794 0.5733 0.684 0.176 0.000 0.004 0.000 0.136
#> SRR1088340 4 0.1524 0.7387 0.008 0.060 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.2058 0.7655 0.908 0.056 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1317305 1 0.3794 0.6573 0.796 0.060 0.016 0.000 0.000 0.128
#> SRR1442273 4 0.2627 0.7262 0.036 0.064 0.000 0.884 0.016 0.000
#> SRR1407470 4 0.1313 0.7505 0.000 0.016 0.000 0.952 0.028 0.004
#> SRR1490289 4 0.3651 0.7063 0.004 0.100 0.000 0.816 0.068 0.012
#> SRR1093649 5 0.2697 0.6505 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1478900 1 0.7284 -0.4197 0.372 0.120 0.312 0.000 0.000 0.196
#> SRR1447652 1 0.0260 0.7919 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.2145 0.7354 0.000 0.028 0.000 0.900 0.072 0.000
#> SRR2170537 1 0.0260 0.7918 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.2240 0.7295 0.908 0.032 0.016 0.000 0.000 0.044
#> SRR615335 1 0.3575 0.6741 0.796 0.128 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1321505 1 0.0405 0.7921 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457768 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.6911 -0.2910 0.212 0.284 0.000 0.432 0.000 0.072
#> SRR657903 1 0.4957 0.5433 0.664 0.184 0.000 0.004 0.000 0.148
#> SRR1403458 1 0.1649 0.7770 0.932 0.036 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1460073 1 0.3627 0.6890 0.792 0.128 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1441850 4 0.2349 0.7296 0.020 0.080 0.000 0.892 0.008 0.000
#> SRR613759 1 0.3449 0.6989 0.808 0.116 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1472281 4 0.1528 0.7424 0.016 0.048 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.4664 0.5598 0.008 0.032 0.572 0.000 0.000 0.388
#> SRR1088734 4 0.1370 0.7469 0.012 0.036 0.000 0.948 0.004 0.000
#> SRR1455607 4 0.6370 0.0469 0.140 0.268 0.000 0.528 0.000 0.064
#> SRR1077528 4 0.6855 -0.1867 0.172 0.264 0.000 0.472 0.000 0.092
#> SRR1364695 6 0.5392 0.3577 0.140 0.040 0.140 0.004 0.000 0.676
#> SRR1348226 1 0.3534 0.6768 0.800 0.124 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1313560 1 0.4968 0.5381 0.664 0.164 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1092889 4 0.6890 -0.0660 0.000 0.152 0.000 0.444 0.308 0.096
#> SRR1352213 1 0.7256 -0.3240 0.424 0.192 0.244 0.000 0.000 0.140
#> SRR2185233 1 0.0260 0.7918 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.0777 0.7492 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR817825 6 0.3662 0.3263 0.064 0.128 0.000 0.008 0.000 0.800
#> SRR660366 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0260 0.7918 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 4 0.6737 0.1977 0.000 0.164 0.000 0.516 0.212 0.108
#> SRR1323512 4 0.2563 0.7319 0.000 0.028 0.000 0.880 0.084 0.008
#> SRR1325247 4 0.6489 0.0054 0.140 0.276 0.000 0.512 0.000 0.072
#> SRR1351583 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.6921 -0.3057 0.228 0.264 0.000 0.436 0.000 0.072
#> SRR1318484 4 0.1718 0.7477 0.008 0.044 0.000 0.932 0.016 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.2195 0.7510 0.004 0.056 0.000 0.908 0.028 0.004
#> SRR1325464 1 0.0405 0.7921 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340280 6 0.1728 0.3521 0.004 0.064 0.000 0.008 0.000 0.924
#> SRR1455842 4 0.1462 0.7407 0.008 0.056 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0508 0.7928 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662763 6 0.6866 -0.0705 0.004 0.112 0.000 0.168 0.200 0.516
#> SRR661120 1 0.6025 0.0979 0.504 0.144 0.000 0.024 0.000 0.328
#> SRR601613 1 0.1225 0.7836 0.952 0.036 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR811535 1 0.0146 0.7911 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0508 0.7920 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368616 4 0.0909 0.7503 0.000 0.012 0.000 0.968 0.020 0.000
#> SRR1375677 1 0.0972 0.7870 0.964 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365700 4 0.0865 0.7472 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.3112 0.7205 0.836 0.096 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR598509 3 0.0146 0.8230 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.5019 0.5316 0.656 0.188 0.000 0.004 0.000 0.152
#> SRR1339921 1 0.3534 0.6768 0.800 0.124 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR664743 4 0.6526 -0.0940 0.192 0.248 0.000 0.504 0.000 0.056
#> SRR1339199 4 0.1074 0.7506 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028 0.000
#> SRR1355660 1 0.0146 0.7915 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0806 0.7911 0.972 0.020 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603449 1 0.0458 0.7869 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.2997 0.7261 0.844 0.096 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR808808 1 0.6105 -0.0308 0.480 0.192 0.004 0.008 0.000 0.316
#> SRR656288 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.5007 0.6256 0.056 0.036 0.664 0.000 0.000 0.244
#> SRR1487233 4 0.6901 0.0830 0.000 0.168 0.000 0.480 0.244 0.108
#> SRR662043 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 4 0.3841 0.5874 0.000 0.032 0.000 0.724 0.244 0.000
#> SRR1379365 4 0.2113 0.7530 0.008 0.048 0.000 0.912 0.032 0.000
#> SRR1384852 4 0.2457 0.7307 0.000 0.036 0.000 0.880 0.084 0.000
#> SRR1430357 4 0.1410 0.7451 0.008 0.044 0.000 0.944 0.004 0.000
#> SRR2164847 1 0.6442 0.1116 0.532 0.260 0.000 0.088 0.000 0.120
#> SRR807901 1 0.4689 0.5872 0.696 0.172 0.000 0.004 0.000 0.128
#> SRR816064 1 0.0260 0.7923 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0713 0.7786 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0603 0.7908 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444722 3 0.0146 0.8230 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.5300 0.4702 0.652 0.172 0.000 0.020 0.000 0.156
#> SRR662749 1 0.0363 0.7890 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 5 0.5413 0.6542 0.000 0.192 0.000 0.052 0.660 0.096
#> SRR1343653 4 0.1349 0.7438 0.004 0.056 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1336134 4 0.2604 0.7447 0.000 0.056 0.000 0.888 0.032 0.024
#> SRR654940 5 0.2882 0.6952 0.000 0.008 0.000 0.180 0.812 0.000
#> SRR1098288 4 0.2201 0.7336 0.000 0.028 0.000 0.896 0.076 0.000
#> SRR1326343 1 0.4999 0.5345 0.660 0.168 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR811145 1 0.0405 0.7921 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615359 6 0.6404 -0.0209 0.348 0.180 0.000 0.032 0.000 0.440
#> SRR1075997 4 0.0865 0.7466 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.6597 -0.0610 0.160 0.256 0.000 0.508 0.000 0.076
#> SRR1388698 1 0.2762 0.7262 0.860 0.092 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1312482 4 0.1480 0.7489 0.000 0.020 0.000 0.940 0.040 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.1757 0.7462 0.008 0.052 0.000 0.928 0.012 0.000
#> SRR1388419 4 0.4956 0.5780 0.000 0.072 0.000 0.700 0.184 0.044
#> SRR1442250 5 0.6298 0.5871 0.000 0.192 0.000 0.048 0.540 0.220
#> SRR1430679 4 0.1010 0.7474 0.004 0.036 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.6961 -0.3313 0.228 0.280 0.000 0.420 0.000 0.072
#> SRR1478990 4 0.5792 0.2792 0.120 0.224 0.000 0.608 0.000 0.048
#> SRR1392434 4 0.2371 0.7483 0.000 0.052 0.000 0.900 0.032 0.016
#> SRR1085925 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.5519 0.3505 0.164 0.132 0.000 0.664 0.012 0.028
#> SRR1315393 5 0.2868 0.7249 0.000 0.028 0.000 0.132 0.840 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 4 0.3841 0.5874 0.000 0.032 0.000 0.724 0.244 0.000
#> SRR1330153 1 0.5202 0.4441 0.612 0.164 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1451778 1 0.5202 0.4441 0.612 0.164 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR657089 6 0.7562 0.1904 0.288 0.156 0.240 0.000 0.000 0.316
#> SRR1395659 4 0.6368 0.3503 0.000 0.164 0.000 0.576 0.152 0.108
#> SRR1385716 6 0.7544 0.2398 0.240 0.160 0.256 0.000 0.000 0.344
#> SRR1466109 1 0.0603 0.7912 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1080977 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.6112 0.2786 0.548 0.208 0.000 0.032 0.000 0.212
#> SRR1485078 5 0.2402 0.7241 0.000 0.012 0.000 0.120 0.868 0.000
#> SRR661806 1 0.6305 0.2605 0.568 0.196 0.000 0.076 0.000 0.160
#> SRR1334919 3 0.7329 -0.1222 0.292 0.112 0.360 0.000 0.000 0.236
#> SRR599249 1 0.3449 0.6989 0.808 0.116 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR810051 4 0.2119 0.7422 0.000 0.036 0.000 0.904 0.060 0.000
#> SRR1407202 1 0.5988 0.2436 0.540 0.164 0.000 0.024 0.000 0.272
#> SRR1434399 1 0.5019 0.5316 0.656 0.188 0.000 0.004 0.000 0.152
#> SRR1330965 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 6 0.7494 0.2472 0.252 0.164 0.216 0.000 0.000 0.368
#> SRR1405028 1 0.6295 0.0733 0.488 0.176 0.000 0.032 0.000 0.304
#> SRR612719 6 0.5661 0.0995 0.376 0.124 0.000 0.008 0.000 0.492
#> SRR1340617 4 0.0865 0.7466 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.3449 0.6989 0.808 0.116 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1362488 4 0.2480 0.7236 0.000 0.024 0.000 0.872 0.104 0.000
#> SRR1361156 4 0.5019 0.4722 0.108 0.164 0.000 0.696 0.000 0.032
#> SRR1454374 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.5261 0.4623 0.620 0.160 0.000 0.004 0.000 0.216
#> SRR1477837 2 0.8426 0.0000 0.252 0.288 0.040 0.212 0.004 0.204
#> SRR607252 1 0.4957 0.5433 0.664 0.184 0.000 0.004 0.000 0.148
#> SRR1418946 6 0.5837 0.0980 0.348 0.156 0.000 0.008 0.000 0.488
#> SRR1456567 4 0.1092 0.7515 0.000 0.020 0.000 0.960 0.020 0.000
#> SRR1487425 4 0.1865 0.7455 0.000 0.040 0.000 0.920 0.040 0.000
#> SRR1335627 4 0.6901 0.0830 0.000 0.168 0.000 0.480 0.244 0.108
#> SRR1327680 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 5 0.4590 0.5972 0.000 0.224 0.000 0.000 0.680 0.096
#> SRR1447673 4 0.5234 0.4508 0.104 0.172 0.000 0.680 0.000 0.044
#> SRR815735 1 0.3534 0.6768 0.800 0.124 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1404251 4 0.0865 0.7466 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.7285 -0.6096 0.372 0.324 0.000 0.144 0.000 0.160
#> SRR659983 1 0.2837 0.7397 0.856 0.088 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1402414 4 0.6368 0.3503 0.000 0.164 0.000 0.576 0.152 0.108
#> SRR614215 1 0.4451 0.6159 0.724 0.148 0.000 0.004 0.000 0.124
#> SRR659283 1 0.2997 0.7261 0.844 0.096 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1459956 4 0.1074 0.7491 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.2997 0.7245 0.844 0.096 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1403390 6 0.5133 0.1585 0.024 0.076 0.216 0.000 0.008 0.676
#> SRR1452741 1 0.5487 0.3512 0.608 0.164 0.012 0.000 0.000 0.216
#> SRR1458484 1 0.7066 -0.4700 0.380 0.340 0.068 0.004 0.000 0.208
#> SRR1387091 4 0.5158 0.4446 0.072 0.204 0.000 0.676 0.000 0.048
#> SRR1358017 3 0.0146 0.8230 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.3823 0.6390 0.044 0.124 0.000 0.800 0.000 0.032
#> SRR1376539 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0146 0.7911 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.2652 0.7072 0.020 0.104 0.000 0.868 0.000 0.008
#> SRR1419829 4 0.6737 0.1977 0.000 0.164 0.000 0.516 0.212 0.108
#> SRR1434315 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.4968 0.5381 0.664 0.164 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1367849 4 0.5816 0.2718 0.096 0.252 0.000 0.596 0.000 0.056
#> SRR1320939 1 0.0806 0.7899 0.972 0.020 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656588 1 0.3175 0.5805 0.808 0.164 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR599025 1 0.0260 0.7917 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 6 0.4257 0.3680 0.056 0.032 0.124 0.008 0.000 0.780
#> SRR1398311 4 0.2724 0.7188 0.000 0.052 0.000 0.864 0.084 0.000
#> SRR1442149 4 0.6946 -0.3297 0.232 0.268 0.000 0.428 0.000 0.072
#> SRR809137 1 0.0146 0.7915 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.1836 0.7430 0.012 0.048 0.000 0.928 0.004 0.008
#> SRR600852 1 0.0146 0.7915 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.1821 0.7509 0.008 0.040 0.000 0.928 0.024 0.000
#> SRR1321225 6 0.6280 0.2292 0.248 0.168 0.024 0.004 0.008 0.548
#> SRR1069802 1 0.3449 0.6989 0.808 0.116 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1077643 5 0.6455 0.6040 0.004 0.200 0.000 0.064 0.552 0.180
#> SRR1334154 4 0.5539 0.3452 0.128 0.200 0.000 0.636 0.000 0.036
#> SRR1390072 4 0.1333 0.7464 0.008 0.048 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1467612 4 0.3841 0.5874 0.000 0.032 0.000 0.724 0.244 0.000
#> SRR1430133 4 0.5698 0.5048 0.000 0.108 0.000 0.656 0.124 0.112
#> SRR1468595 1 0.0000 0.7913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.3799 0.6986 0.008 0.128 0.000 0.804 0.044 0.016
#> SRR1311243 1 0.0146 0.7915 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0260 0.7923 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.6305 0.2605 0.568 0.196 0.000 0.076 0.000 0.160
#> SRR662150 1 0.2956 0.7338 0.848 0.088 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1400290 6 0.7289 0.2418 0.264 0.172 0.152 0.000 0.000 0.412
#> SRR1084892 4 0.3386 0.6920 0.000 0.032 0.000 0.824 0.124 0.020
#> SRR1416166 1 0.6472 -0.1818 0.416 0.192 0.000 0.032 0.000 0.360
#> SRR1477015 1 0.7256 -0.3240 0.424 0.192 0.244 0.000 0.000 0.140
#> SRR1380501 4 0.5417 0.5449 0.000 0.100 0.000 0.684 0.104 0.112
#> SRR1446156 4 0.2909 0.7378 0.004 0.060 0.000 0.868 0.060 0.008
#> SRR1488328 4 0.0790 0.7466 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1086889 4 0.1572 0.7480 0.000 0.028 0.000 0.936 0.036 0.000
#> SRR814611 1 0.3735 0.6590 0.800 0.056 0.016 0.000 0.000 0.128
#> SRR599086 1 0.1168 0.7843 0.956 0.028 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1086844 1 0.0260 0.7905 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.7285 -0.6096 0.372 0.324 0.000 0.144 0.000 0.160
#> SRR807877 4 0.2294 0.7183 0.036 0.072 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.3175 0.5805 0.808 0.164 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1335164 4 0.1265 0.7462 0.008 0.044 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.7405 -0.1618 0.300 0.128 0.348 0.000 0.000 0.224
#> SRR1446226 1 0.0458 0.7865 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.6327 0.1931 0.552 0.240 0.000 0.076 0.000 0.132
#> SRR600474 1 0.0508 0.7918 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1307699 1 0.0458 0.7869 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.3534 0.6768 0.800 0.124 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1323628 1 0.4131 0.6489 0.752 0.156 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1430951 3 0.0146 0.8230 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.8027 0.1658 0.000 0.068 0.400 0.224 0.096 0.212
#> SRR1478149 3 0.4552 0.5920 0.000 0.044 0.592 0.000 0.000 0.364
#> SRR1384413 4 0.6802 -0.2905 0.252 0.208 0.000 0.468 0.000 0.072
#> SRR1366855 4 0.6975 -0.3459 0.232 0.280 0.000 0.416 0.000 0.072
#> SRR1077115 4 0.2706 0.6990 0.036 0.104 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1399990 6 0.7597 0.2317 0.236 0.204 0.212 0.000 0.000 0.348
#> SRR1434093 6 0.7289 0.2418 0.264 0.172 0.152 0.000 0.000 0.412
#> SRR1341408 4 0.1003 0.7505 0.000 0.020 0.000 0.964 0.016 0.000
#> SRR612335 1 0.7481 -0.3251 0.424 0.232 0.000 0.160 0.008 0.176
#> SRR1321420 1 0.4853 0.5605 0.676 0.184 0.000 0.004 0.000 0.136
#> SRR1329177 1 0.7192 -0.3018 0.436 0.192 0.240 0.000 0.000 0.132
#> SRR1398371 4 0.3265 0.7191 0.000 0.068 0.000 0.836 0.088 0.008
#> SRR614996 1 0.3575 0.6741 0.796 0.128 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1431602 4 0.2390 0.7515 0.008 0.044 0.000 0.896 0.052 0.000
#> SRR1311509 1 0.5202 0.4441 0.612 0.164 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1507229 3 0.0000 0.8242 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.3888 0.6961 0.000 0.032 0.716 0.000 0.000 0.252
#> SRR1408072 4 0.1410 0.7451 0.008 0.044 0.000 0.944 0.004 0.000
#> SRR1469591 6 0.7597 0.2317 0.236 0.204 0.212 0.000 0.000 0.348
#> SRR1392813 4 0.1049 0.7500 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032 0.000
#> SRR1453026 4 0.3351 0.6793 0.000 0.036 0.000 0.808 0.152 0.004
#> SRR1388105 4 0.2652 0.7072 0.020 0.104 0.000 0.868 0.000 0.008
#> SRR1357558 1 0.0363 0.7890 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.4303 0.6813 0.020 0.032 0.712 0.000 0.000 0.236
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.558 0.953 0.949 0.4738 0.502 0.502
#> 3 3 0.810 0.924 0.938 0.2914 0.874 0.754
#> 4 4 0.748 0.713 0.837 0.1386 0.884 0.712
#> 5 5 0.727 0.706 0.821 0.0834 0.857 0.582
#> 6 6 0.769 0.743 0.831 0.0606 0.935 0.747
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1468613 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR815184 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1467904 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1321283 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1435584 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1366367 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR662665 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR818530 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.4431 0.959 0.908 0.092
#> SRR1405206 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.4690 0.882 0.100 0.900
#> SRR612875 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR808327 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.4690 0.882 0.100 0.900
#> SRR1408227 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.3114 0.941 0.944 0.056
#> SRR1080415 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1086140 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1310563 1 0.8661 0.544 0.712 0.288
#> SRR602437 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR663404 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1337238 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1360442 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1356487 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1442686 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1345736 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1345827 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.4161 0.892 0.084 0.916
#> SRR1072650 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1446393 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1383960 1 0.9044 0.663 0.680 0.320
#> SRR600924 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR662390 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1071692 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR658421 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1352936 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR598148 1 0.4562 0.961 0.904 0.096
#> SRR1444390 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR603918 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.3114 0.941 0.944 0.056
#> SRR1075631 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0938 0.975 0.012 0.988
#> SRR1479286 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1381524 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR599380 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1337388 1 0.9998 0.215 0.508 0.492
#> SRR2185195 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1489693 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1384805 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR601239 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1468995 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1330944 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR660756 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR658283 1 0.4298 0.957 0.912 0.088
#> SRR813728 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1308200 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1405593 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1326040 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1312725 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1478189 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1488632 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR663100 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR655792 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR663705 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1464281 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1439958 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR602461 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1334338 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1354710 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR613510 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1474730 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR614683 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1318998 1 0.4562 0.851 0.904 0.096
#> SRR1392795 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1378243 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1347667 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.4161 0.892 0.084 0.916
#> SRR665514 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1454522 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.1843 0.958 0.028 0.972
#> SRR1345436 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR613186 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1458973 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.4690 0.871 0.100 0.900
#> SRR1402195 1 0.8327 0.761 0.736 0.264
#> SRR1429516 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1362824 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1349956 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1409487 1 0.4815 0.959 0.896 0.104
#> SRR1434568 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1452491 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR598589 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR601868 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR607313 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR812222 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1443182 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1332607 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1420811 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1338171 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1345221 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR815517 1 0.4022 0.866 0.920 0.080
#> SRR615970 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1383125 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1331013 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1419638 1 0.4022 0.953 0.920 0.080
#> SRR1434975 2 0.8909 0.487 0.308 0.692
#> SRR1445741 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR604206 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1358779 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR813915 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1436490 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1406599 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1308696 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR812649 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1317707 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.1414 0.967 0.020 0.980
#> SRR1332835 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1384827 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1088340 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1317305 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1442273 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.2423 0.946 0.040 0.960
#> SRR1478900 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1324545 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR602106 1 0.3879 0.951 0.924 0.076
#> SRR615335 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1321505 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1457768 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.7376 0.844 0.792 0.208
#> SRR657903 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1403458 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1460073 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1441850 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1472281 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1364695 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1313560 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1092889 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.1633 0.923 0.976 0.024
#> SRR2185233 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1353970 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR662641 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR817825 1 0.9754 0.442 0.592 0.408
#> SRR660366 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR655423 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR821183 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1351583 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.7139 0.723 0.196 0.804
#> SRR1318484 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1378131 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1340280 1 0.4298 0.957 0.912 0.088
#> SRR1455842 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR662763 2 0.0938 0.975 0.012 0.988
#> SRR661120 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR601613 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR811535 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR820316 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1368616 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1365700 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR598509 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1339921 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR664743 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1481012 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR603449 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1400889 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR808808 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR656288 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1405886 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1381211 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.5408 0.941 0.876 0.124
#> SRR807901 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR816064 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR810507 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1358582 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1349893 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1444722 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR662749 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1342701 2 0.4690 0.882 0.100 0.900
#> SRR1343653 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR811145 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR615359 1 0.9286 0.615 0.656 0.344
#> SRR1075997 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1312482 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.7056 0.737 0.192 0.808
#> SRR1430679 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR820655 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1383937 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.4562 0.961 0.904 0.096
#> SRR1451778 1 0.4431 0.959 0.908 0.092
#> SRR657089 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1080977 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1485078 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661806 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1334919 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR810051 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1434399 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1330965 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1382508 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR612719 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1340617 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1362488 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR811891 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1477837 2 0.6801 0.750 0.180 0.820
#> SRR607252 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1418946 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1456567 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1327680 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.4690 0.882 0.100 0.900
#> SRR1447673 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1404251 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR656300 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR659983 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1402414 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR659283 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1459956 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1403390 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1458484 1 0.3114 0.940 0.944 0.056
#> SRR1387091 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1406069 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR658457 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1367849 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR656588 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR599025 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1401446 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1442149 1 0.8661 0.722 0.712 0.288
#> SRR809137 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1414982 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1414857 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.1843 0.925 0.972 0.028
#> SRR1069802 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1077643 2 0.7056 0.737 0.192 0.808
#> SRR1334154 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1351931 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1385235 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1469638 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR662150 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1400290 1 0.2236 0.930 0.964 0.036
#> SRR1084892 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1477015 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR599086 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1086844 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1464535 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR807877 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1335164 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR659637 1 0.8555 0.735 0.720 0.280
#> SRR600474 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1307699 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1312540 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1323628 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1430951 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1385364 2 0.9944 0.283 0.456 0.544
#> SRR1478149 1 0.0672 0.908 0.992 0.008
#> SRR1384413 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.4431 0.959 0.908 0.092
#> SRR1341408 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.9393 0.356 0.356 0.644
#> SRR1321420 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1329177 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR1431602 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.4562 0.961 0.904 0.096
#> SRR1507229 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.4690 0.963 0.900 0.100
#> SRR615898 1 0.0000 0.910 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1381693 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1442648 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1349433 2 0.1289 0.932 0.000 0.968 0.032
#> SRR1321283 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1387702 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.1753 0.932 0.000 0.952 0.048
#> SRR1406265 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1458026 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1094192 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1397180 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR657492 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR817563 2 0.0237 0.930 0.000 0.996 0.004
#> SRR613462 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR1405206 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1454136 2 0.1163 0.925 0.000 0.972 0.028
#> SRR1380785 3 0.3551 0.793 0.000 0.132 0.868
#> SRR612875 1 0.0747 0.962 0.984 0.000 0.016
#> SRR808327 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR1355194 3 0.3412 0.800 0.000 0.124 0.876
#> SRR1408227 2 0.2165 0.931 0.000 0.936 0.064
#> SRR1086304 3 0.4737 0.881 0.084 0.064 0.852
#> SRR1080415 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1084965 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.2878 0.822 0.000 0.096 0.904
#> SRR602437 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1479263 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR1409641 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367456 2 0.4504 0.764 0.000 0.804 0.196
#> SRR1072650 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1087197 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.4326 0.761 0.844 0.144 0.012
#> SRR600924 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR598148 1 0.4291 0.729 0.820 0.000 0.180
#> SRR1444390 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1444644 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1389777 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1468682 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1490505 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1343859 3 0.4504 0.892 0.196 0.000 0.804
#> SRR1075631 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1444954 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1479286 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1381524 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1392208 2 0.1031 0.931 0.000 0.976 0.024
#> SRR1456693 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1358482 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR658331 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR810619 2 0.2165 0.931 0.000 0.936 0.064
#> SRR600829 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.8561 0.225 0.420 0.484 0.096
#> SRR2185195 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1318662 2 0.0237 0.931 0.000 0.996 0.004
#> SRR1408657 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR661337 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1352111 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1419453 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1437208 2 0.2625 0.928 0.000 0.916 0.084
#> SRR1444914 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.2625 0.928 0.000 0.916 0.084
#> SRR1093269 2 0.0237 0.930 0.000 0.996 0.004
#> SRR1341456 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR657456 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR807727 2 0.2165 0.930 0.000 0.936 0.064
#> SRR816358 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.8546 0.572 0.132 0.284 0.584
#> SRR813728 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1394520 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.2537 0.929 0.000 0.920 0.080
#> SRR1432366 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1087992 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.2165 0.931 0.000 0.936 0.064
#> SRR1398706 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1368794 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1392749 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR603968 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR815661 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR661229 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0592 0.928 0.000 0.988 0.012
#> SRR1400397 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1331444 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR1384917 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1435182 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1477569 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR663014 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> SRR1417960 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1474730 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1381269 2 0.0237 0.930 0.000 0.996 0.004
#> SRR657695 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1357650 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR1472237 2 0.1860 0.932 0.000 0.948 0.052
#> SRR1470816 2 0.0592 0.931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1458358 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.3572 0.870 0.040 0.060 0.900
#> SRR1392795 2 0.1031 0.926 0.000 0.976 0.024
#> SRR1469859 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1360587 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR604230 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR608096 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR665514 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1419615 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1429802 2 0.6719 0.744 0.160 0.744 0.096
#> SRR1345436 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1433684 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1343795 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR1417766 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR1420606 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1326687 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1309856 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1102756 2 0.1643 0.932 0.000 0.956 0.044
#> SRR1366519 2 0.0237 0.930 0.000 0.996 0.004
#> SRR1080438 2 0.2066 0.931 0.000 0.940 0.060
#> SRR1391789 2 0.1711 0.919 0.032 0.960 0.008
#> SRR1402195 1 0.1267 0.948 0.972 0.004 0.024
#> SRR1429516 2 0.8410 0.388 0.360 0.544 0.096
#> SRR1406662 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1333414 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1369030 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1342916 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1455326 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.2793 0.892 0.928 0.028 0.044
#> SRR1434568 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1341965 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1473505 2 0.0592 0.929 0.000 0.988 0.012
#> SRR1402068 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1490076 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1397329 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1093243 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1418390 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR608480 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.2165 0.931 0.000 0.936 0.064
#> SRR815893 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1455503 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR810737 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1347500 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1457872 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR658481 2 0.6605 0.756 0.152 0.752 0.096
#> SRR1406243 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR656433 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1308674 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR1338363 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1344271 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR1321608 2 0.0747 0.928 0.000 0.984 0.016
#> SRR1441464 2 0.2261 0.931 0.000 0.932 0.068
#> SRR607970 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR604174 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.3030 0.827 0.004 0.092 0.904
#> SRR615970 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1370659 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1419638 1 0.5785 0.371 0.668 0.000 0.332
#> SRR1434975 2 0.6793 0.565 0.036 0.672 0.292
#> SRR1445741 2 0.0747 0.928 0.000 0.984 0.016
#> SRR1088142 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1473142 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1410334 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1352234 2 0.6719 0.744 0.160 0.744 0.096
#> SRR1487807 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1489715 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1364780 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1460124 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1409748 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1325504 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1316725 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1314851 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1354599 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR808772 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1366690 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0237 0.930 0.000 0.996 0.004
#> SRR1339321 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1442487 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1069690 2 0.1753 0.925 0.000 0.952 0.048
#> SRR1319344 2 0.4887 0.717 0.000 0.772 0.228
#> SRR1332835 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334694 2 0.0747 0.932 0.000 0.984 0.016
#> SRR1478434 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1479933 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1313853 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR661192 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR814587 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR656899 1 0.0747 0.962 0.984 0.000 0.016
#> SRR1088340 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1349772 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.2625 0.928 0.000 0.916 0.084
#> SRR1407470 2 0.0237 0.930 0.000 0.996 0.004
#> SRR1490289 2 0.1643 0.932 0.000 0.956 0.044
#> SRR1093649 2 0.6095 0.387 0.000 0.608 0.392
#> SRR1478900 3 0.4062 0.925 0.164 0.000 0.836
#> SRR1447652 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.1289 0.924 0.000 0.968 0.032
#> SRR2170537 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1340641 1 0.5663 0.720 0.808 0.096 0.096
#> SRR657903 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR613759 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1440445 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1088734 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1455607 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1077528 2 0.6605 0.756 0.152 0.752 0.096
#> SRR1364695 3 0.4178 0.918 0.172 0.000 0.828
#> SRR1348226 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.1031 0.953 0.976 0.000 0.024
#> SRR1092889 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1352213 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.2165 0.931 0.000 0.936 0.064
#> SRR817825 2 0.7438 0.305 0.040 0.568 0.392
#> SRR660366 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1323512 2 0.0237 0.931 0.000 0.996 0.004
#> SRR1325247 2 0.3752 0.913 0.020 0.884 0.096
#> SRR1351583 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1437454 2 0.7036 0.707 0.184 0.720 0.096
#> SRR1318484 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1322395 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1325464 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.4605 0.684 0.796 0.000 0.204
#> SRR1455842 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1352619 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1076779 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.4750 0.735 0.000 0.784 0.216
#> SRR661120 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.2165 0.931 0.000 0.936 0.064
#> SRR604122 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1397052 1 0.1031 0.953 0.976 0.000 0.024
#> SRR1339921 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1339199 2 0.0237 0.930 0.000 0.996 0.004
#> SRR1355660 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1487233 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR662043 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1379365 2 0.2066 0.931 0.000 0.940 0.060
#> SRR1384852 2 0.1163 0.932 0.000 0.972 0.028
#> SRR1430357 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR2164847 1 0.2187 0.918 0.948 0.028 0.024
#> SRR807901 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1316483 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.5591 0.586 0.000 0.696 0.304
#> SRR1343653 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1336134 2 0.1289 0.924 0.000 0.968 0.032
#> SRR654940 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1098288 2 0.1289 0.924 0.000 0.968 0.032
#> SRR1326343 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> SRR811145 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.5470 0.676 0.796 0.168 0.036
#> SRR1075997 2 0.2356 0.930 0.000 0.928 0.072
#> SRR1090483 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1388698 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0237 0.931 0.000 0.996 0.004
#> SRR1430420 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1387475 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1388419 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1442250 2 0.4887 0.717 0.000 0.772 0.228
#> SRR1430679 2 0.2537 0.929 0.000 0.920 0.080
#> SRR1311109 2 0.7180 0.688 0.196 0.708 0.096
#> SRR1478990 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1392434 2 0.2066 0.931 0.000 0.940 0.060
#> SRR1085925 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.2165 0.931 0.000 0.936 0.064
#> SRR1315393 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1094506 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1330633 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1330153 1 0.0424 0.971 0.992 0.000 0.008
#> SRR1451778 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 3 0.4555 0.888 0.200 0.000 0.800
#> SRR1395659 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1385716 3 0.4121 0.922 0.168 0.000 0.832
#> SRR1466109 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1441725 1 0.1774 0.933 0.960 0.016 0.024
#> SRR1485078 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR661806 1 0.0592 0.966 0.988 0.000 0.012
#> SRR1334919 3 0.4654 0.876 0.208 0.000 0.792
#> SRR599249 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.1411 0.932 0.000 0.964 0.036
#> SRR1407202 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> SRR1330965 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1369536 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.4346 0.906 0.184 0.000 0.816
#> SRR1405028 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.2165 0.931 0.000 0.936 0.064
#> SRR1448183 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1361156 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1454374 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.3610 0.920 0.016 0.888 0.096
#> SRR607252 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1487425 2 0.1163 0.925 0.000 0.972 0.028
#> SRR1335627 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1327680 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1478812 2 0.1529 0.921 0.000 0.960 0.040
#> SRR1447673 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR815735 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.2356 0.930 0.000 0.928 0.072
#> SRR601645 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.2590 0.887 0.924 0.004 0.072
#> SRR659983 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR614215 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0592 0.928 0.000 0.988 0.012
#> SRR1340441 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1317428 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1452741 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> SRR1387091 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1358017 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1457039 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1376539 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1430639 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1419829 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1434315 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.1620 0.939 0.964 0.012 0.024
#> SRR1367849 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1320939 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1398311 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1442149 1 0.7916 0.366 0.620 0.292 0.088
#> SRR809137 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR600852 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1321225 3 0.4390 0.935 0.148 0.012 0.840
#> SRR1069802 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.5486 0.745 0.024 0.780 0.196
#> SRR1334154 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1390072 2 0.2625 0.928 0.000 0.916 0.084
#> SRR1467612 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1430133 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1468595 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1374028 2 0.3038 0.929 0.000 0.896 0.104
#> SRR1311243 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.6008 0.237 0.628 0.000 0.372
#> SRR1084892 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1416166 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.1753 0.926 0.952 0.000 0.048
#> SRR1380501 2 0.0892 0.932 0.000 0.980 0.020
#> SRR1446156 2 0.1411 0.932 0.000 0.964 0.036
#> SRR1488328 2 0.2165 0.931 0.000 0.936 0.064
#> SRR1086889 2 0.0237 0.930 0.000 0.996 0.004
#> SRR814611 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.3752 0.832 0.884 0.020 0.096
#> SRR807877 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1477033 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.2537 0.929 0.000 0.920 0.080
#> SRR601986 3 0.6140 0.536 0.404 0.000 0.596
#> SRR1446226 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.2116 0.919 0.948 0.040 0.012
#> SRR600474 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.3482 0.949 0.128 0.000 0.872
#> SRR1385364 3 0.4097 0.887 0.060 0.060 0.880
#> SRR1478149 3 0.3998 0.884 0.056 0.060 0.884
#> SRR1384413 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1366855 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1077115 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1399990 3 0.6302 0.331 0.480 0.000 0.520
#> SRR1434093 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.2625 0.928 0.000 0.916 0.084
#> SRR612335 1 0.7794 0.269 0.572 0.368 0.060
#> SRR1321420 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.6308 0.288 0.492 0.000 0.508
#> SRR1398371 2 0.2165 0.931 0.000 0.936 0.064
#> SRR614996 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.2066 0.931 0.000 0.940 0.060
#> SRR1311509 1 0.1411 0.948 0.964 0.000 0.036
#> SRR1507229 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1310373 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
#> SRR1408072 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1469591 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR1392813 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1453026 2 0.1411 0.923 0.000 0.964 0.036
#> SRR1388105 2 0.2878 0.926 0.000 0.904 0.096
#> SRR1357558 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.3551 0.952 0.132 0.000 0.868
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.4456 0.77336 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1381693 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.2988 0.84194 0.012 0.112 0.876 0.000
#> SRR1442648 4 0.5060 0.19914 0.000 0.412 0.004 0.584
#> SRR1486174 2 0.4456 0.77336 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1349433 4 0.4936 0.29061 0.000 0.372 0.004 0.624
#> SRR1321283 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1387702 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1435584 4 0.4872 0.34798 0.000 0.356 0.004 0.640
#> SRR1406265 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397180 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.4222 0.71190 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR817563 4 0.5105 0.13420 0.000 0.432 0.004 0.564
#> SRR613462 1 0.4428 0.70432 0.720 0.276 0.004 0.000
#> SRR1405206 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1454136 2 0.5119 0.38917 0.000 0.556 0.004 0.440
#> SRR1380785 2 0.4423 0.67904 0.000 0.792 0.040 0.168
#> SRR612875 1 0.2469 0.87197 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR808327 4 0.5126 0.08861 0.000 0.444 0.004 0.552
#> SRR1355194 2 0.6229 -0.02274 0.000 0.528 0.416 0.056
#> SRR1408227 4 0.4560 0.46465 0.000 0.296 0.004 0.700
#> SRR1086304 2 0.4713 -0.31338 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1084965 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.4761 -0.32725 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0707 0.93154 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1479263 4 0.5132 0.07251 0.000 0.448 0.004 0.548
#> SRR1409641 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 4 0.5126 0.08861 0.000 0.444 0.004 0.552
#> SRR1367456 2 0.2814 0.30351 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1087197 1 0.4250 0.70759 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.6027 0.61593 0.656 0.272 0.004 0.068
#> SRR600924 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0592 0.93214 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.4576 0.78805 0.012 0.260 0.728 0.000
#> SRR598148 2 0.7202 -0.25821 0.396 0.464 0.140 0.000
#> SRR1444390 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444644 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1389777 1 0.0817 0.93006 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.3933 0.70464 0.000 0.792 0.008 0.200
#> SRR1468682 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.4277 0.77090 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1343859 2 0.6709 -0.56849 0.088 0.460 0.452 0.000
#> SRR1075631 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1479286 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381524 3 0.4606 0.78601 0.012 0.264 0.724 0.000
#> SRR1392208 4 0.5119 0.10440 0.000 0.440 0.004 0.556
#> SRR1456693 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1358482 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR658331 3 0.4353 0.80105 0.012 0.232 0.756 0.000
#> SRR810619 4 0.4535 0.47169 0.000 0.292 0.004 0.704
#> SRR600829 1 0.2760 0.85476 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.2973 0.55509 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2185195 1 0.0336 0.93582 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.4546 0.79001 0.012 0.256 0.732 0.000
#> SRR1318662 4 0.5080 0.17467 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR1408657 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419453 3 0.4175 0.80950 0.012 0.212 0.776 0.000
#> SRR1437208 4 0.0779 0.73188 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1444914 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.4252 0.53787 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR1093269 4 0.5132 0.07298 0.000 0.448 0.004 0.548
#> SRR1341456 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR657456 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR807727 4 0.4877 0.07591 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR816358 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 2 0.5372 -0.47822 0.012 0.544 0.444 0.000
#> SRR813728 2 0.4456 0.77336 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1394520 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 4 0.2593 0.68337 0.000 0.104 0.004 0.892
#> SRR1432366 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.1637 0.90519 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0921 0.92605 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.4164 0.71711 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.2921 0.65572 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1398706 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1368794 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1392749 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603968 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR815661 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.4456 0.70327 0.716 0.280 0.004 0.000
#> SRR1464281 4 0.5167 -0.11718 0.000 0.488 0.004 0.508
#> SRR1400397 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.5126 0.08861 0.000 0.444 0.004 0.552
#> SRR1384917 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1435182 4 0.0524 0.73452 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1477569 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.5163 0.58742 0.004 0.480 0.516 0.000
#> SRR663014 4 0.2868 0.65863 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1417960 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474730 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1381269 4 0.5112 0.11969 0.000 0.436 0.004 0.560
#> SRR657695 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1357650 4 0.5155 -0.02175 0.000 0.468 0.004 0.528
#> SRR1472237 4 0.4372 0.51546 0.000 0.268 0.004 0.728
#> SRR1470816 4 0.5119 0.10230 0.000 0.440 0.004 0.556
#> SRR1458358 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.4304 0.77455 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1392795 2 0.5168 0.17358 0.000 0.504 0.004 0.492
#> SRR1469859 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR608096 2 0.0336 0.52181 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR665514 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429802 4 0.1302 0.69039 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1345436 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.2589 0.86469 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1343795 4 0.5137 0.05548 0.000 0.452 0.004 0.544
#> SRR1417766 4 0.5132 0.07251 0.000 0.448 0.004 0.548
#> SRR1420606 2 0.3636 0.68016 0.000 0.820 0.008 0.172
#> SRR1326687 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1309856 2 0.4584 0.73675 0.000 0.696 0.004 0.300
#> SRR1102756 4 0.4535 0.43923 0.000 0.292 0.004 0.704
#> SRR1366519 4 0.5097 0.14795 0.000 0.428 0.004 0.568
#> SRR1080438 4 0.4313 0.52647 0.000 0.260 0.004 0.736
#> SRR1391789 2 0.3539 0.45260 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1402195 1 0.3105 0.85976 0.868 0.120 0.000 0.012
#> SRR1429516 4 0.1867 0.65428 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1406662 2 0.4456 0.77329 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1333414 2 0.4277 0.77090 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1369030 2 0.4456 0.76755 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1342916 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1455326 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.1174 0.92462 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1434568 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.5296 0.18124 0.000 0.500 0.008 0.492
#> SRR1402068 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1490076 4 0.5080 0.17467 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR1435501 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.1004 0.72881 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR1397329 3 0.2402 0.85209 0.012 0.076 0.912 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.4456 0.76755 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR608480 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0707 0.93154 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.4560 0.46465 0.000 0.296 0.004 0.700
#> SRR815893 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457872 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658481 4 0.1302 0.69039 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1406243 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.4175 0.80950 0.012 0.212 0.776 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.0524 0.73452 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1308674 4 0.5112 0.11931 0.000 0.436 0.004 0.560
#> SRR1338363 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1344271 4 0.5126 0.08861 0.000 0.444 0.004 0.552
#> SRR1321608 2 0.5168 0.17358 0.000 0.504 0.004 0.492
#> SRR1441464 4 0.4535 0.47091 0.000 0.292 0.004 0.704
#> SRR607970 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR604174 1 0.4193 0.72226 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.5000 0.56197 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR615970 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419638 1 0.7530 0.19566 0.492 0.272 0.236 0.000
#> SRR1434975 2 0.3498 0.26091 0.000 0.832 0.160 0.008
#> SRR1445741 4 0.5168 -0.15382 0.000 0.496 0.004 0.500
#> SRR1088142 1 0.0817 0.92804 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.4606 0.78601 0.012 0.264 0.724 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1352234 4 0.1302 0.69039 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1487807 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.4277 0.77090 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1364780 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0524 0.73452 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1409748 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.4456 0.76755 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1316725 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1314851 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.4164 0.71711 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1366690 1 0.3942 0.75908 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1317707 4 0.5112 0.11969 0.000 0.436 0.004 0.560
#> SRR1339321 4 0.0376 0.73593 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1442487 2 0.4456 0.76755 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1069690 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1319344 2 0.3935 0.48372 0.000 0.840 0.100 0.060
#> SRR1332835 4 0.5132 0.07132 0.000 0.448 0.004 0.548
#> SRR1334694 4 0.4855 0.35648 0.000 0.352 0.004 0.644
#> SRR1478434 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1313853 4 0.5137 0.05548 0.000 0.452 0.004 0.544
#> SRR661192 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.3801 0.72453 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR814587 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.1151 0.92588 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR1088340 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.4008 0.73828 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1442273 4 0.2999 0.66297 0.000 0.132 0.004 0.864
#> SRR1407470 4 0.5097 0.14795 0.000 0.428 0.004 0.568
#> SRR1490289 4 0.4855 0.16958 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1093649 2 0.6776 0.56942 0.000 0.608 0.216 0.176
#> SRR1478900 3 0.5227 0.77945 0.040 0.256 0.704 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.4920 0.59608 0.000 0.628 0.004 0.368
#> SRR2170537 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.2868 0.84784 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1340641 4 0.5865 0.08903 0.412 0.036 0.000 0.552
#> SRR657903 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.1022 0.92696 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440445 3 0.4576 0.78805 0.012 0.260 0.728 0.000
#> SRR1088734 4 0.0188 0.73720 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1455607 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077528 4 0.0336 0.73059 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1364695 3 0.7627 0.51739 0.256 0.272 0.472 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.1284 0.92316 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1092889 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1352213 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.4819 0.37494 0.000 0.344 0.004 0.652
#> SRR817825 2 0.3610 0.13928 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1323512 4 0.5070 0.18349 0.000 0.416 0.004 0.580
#> SRR1325247 4 0.0188 0.73459 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1351583 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1437454 4 0.1302 0.69039 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1318484 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.6876 0.44325 0.576 0.280 0.144 0.000
#> SRR1455842 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352619 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.3196 0.31146 0.000 0.856 0.136 0.008
#> SRR661120 1 0.4164 0.71711 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0817 0.92804 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 4 0.5080 0.17467 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR1375677 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.4560 0.46465 0.000 0.296 0.004 0.700
#> SRR604122 1 0.0707 0.93154 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1397052 1 0.1284 0.92316 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1339921 1 0.0592 0.93214 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339199 4 0.5119 0.10449 0.000 0.440 0.004 0.556
#> SRR1355660 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.4164 0.71711 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1487233 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR662043 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.4456 0.77336 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1379365 4 0.3791 0.59923 0.000 0.200 0.004 0.796
#> SRR1384852 4 0.4936 0.29504 0.000 0.372 0.004 0.624
#> SRR1430357 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.2675 0.87457 0.892 0.100 0.000 0.008
#> SRR807901 1 0.0927 0.92852 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR816064 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1316483 1 0.4134 0.72205 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.4182 0.69070 0.000 0.796 0.024 0.180
#> SRR1343653 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.4356 0.75577 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR654940 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1098288 2 0.4964 0.56564 0.000 0.616 0.004 0.380
#> SRR1326343 1 0.1151 0.92588 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR811145 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.5139 0.55257 0.612 0.380 0.004 0.004
#> SRR1075997 4 0.4343 0.51459 0.000 0.264 0.004 0.732
#> SRR1090483 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.0817 0.92804 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1312482 4 0.5080 0.17467 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR1430420 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1442250 2 0.2868 0.29533 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1430679 4 0.2401 0.69142 0.000 0.092 0.004 0.904
#> SRR1311109 4 0.1792 0.65964 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1478990 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392434 4 0.3982 0.55633 0.000 0.220 0.004 0.776
#> SRR1085925 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.4252 0.53791 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR1315393 2 0.4456 0.77336 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1094506 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1330633 2 0.4456 0.76755 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1330153 1 0.2611 0.88112 0.896 0.096 0.000 0.008
#> SRR1451778 1 0.2216 0.88790 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR657089 3 0.7692 0.49079 0.268 0.276 0.456 0.000
#> SRR1395659 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1385716 3 0.5256 0.77716 0.040 0.260 0.700 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1441725 1 0.2271 0.89634 0.916 0.076 0.000 0.008
#> SRR1485078 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR661806 1 0.3172 0.82746 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.5810 0.75894 0.072 0.256 0.672 0.000
#> SRR599249 1 0.1118 0.92509 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR810051 4 0.5088 0.15744 0.000 0.424 0.004 0.572
#> SRR1407202 1 0.1211 0.92285 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.1042 0.92742 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1330965 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.7730 0.45348 0.292 0.264 0.444 0.000
#> SRR1405028 1 0.4277 0.70685 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.4164 0.71711 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1340617 4 0.4560 0.46465 0.000 0.296 0.004 0.700
#> SRR1448183 1 0.0336 0.93582 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.4761 0.67604 0.000 0.664 0.004 0.332
#> SRR1361156 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.4277 0.70685 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1477837 4 0.3074 0.55828 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR607252 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.4164 0.71711 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1456567 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.4978 0.55851 0.000 0.612 0.004 0.384
#> SRR1335627 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1327680 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1478812 2 0.4567 0.77252 0.000 0.716 0.008 0.276
#> SRR1447673 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0817 0.92804 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1404251 4 0.4343 0.51459 0.000 0.264 0.004 0.732
#> SRR601645 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.6928 -0.14741 0.436 0.108 0.000 0.456
#> SRR659983 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR614215 1 0.0817 0.93006 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1459956 4 0.5158 -0.04133 0.000 0.472 0.004 0.524
#> SRR1340441 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1317428 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.4957 0.75341 0.012 0.320 0.668 0.000
#> SRR1452741 1 0.4134 0.72079 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0592 0.92988 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1387091 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358017 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376539 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1434315 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.1677 0.91631 0.948 0.040 0.000 0.012
#> SRR1367849 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.5273 0.61623 0.008 0.456 0.536 0.000
#> SRR1398311 2 0.4594 0.77502 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1442149 4 0.5206 0.30888 0.308 0.024 0.000 0.668
#> SRR809137 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0188 0.73719 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1321225 3 0.5406 0.57891 0.012 0.480 0.508 0.000
#> SRR1069802 1 0.0336 0.93582 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.5380 0.53414 0.000 0.744 0.136 0.120
#> SRR1334154 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390072 4 0.2999 0.66280 0.000 0.132 0.004 0.864
#> SRR1467612 2 0.4456 0.77336 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1430133 2 0.4277 0.77090 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1468595 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1374028 4 0.4535 0.27550 0.000 0.292 0.004 0.704
#> SRR1311243 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.3074 0.83482 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.7730 0.00323 0.444 0.264 0.292 0.000
#> SRR1084892 2 0.4277 0.77090 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1416166 1 0.4277 0.70685 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.2450 0.88755 0.912 0.072 0.016 0.000
#> SRR1380501 2 0.5167 -0.02412 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR1446156 4 0.4277 0.49338 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1488328 4 0.4560 0.46465 0.000 0.296 0.004 0.700
#> SRR1086889 4 0.5112 0.11931 0.000 0.436 0.004 0.560
#> SRR814611 1 0.4103 0.72558 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.1022 0.92351 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.6650 0.21595 0.484 0.084 0.000 0.432
#> SRR807877 4 0.0779 0.73212 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1477033 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 4 0.2654 0.68071 0.000 0.108 0.004 0.888
#> SRR601986 1 0.7792 -0.11046 0.416 0.260 0.324 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.4401 0.70746 0.724 0.272 0.004 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.1637 0.90544 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0592 0.93267 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1385364 3 0.2797 0.79732 0.008 0.028 0.908 0.056
#> SRR1478149 3 0.3355 0.82729 0.004 0.160 0.836 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399990 3 0.7843 0.26403 0.364 0.264 0.372 0.000
#> SRR1434093 1 0.4164 0.71711 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1341408 4 0.1661 0.71422 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR612335 4 0.6826 0.04051 0.416 0.100 0.000 0.484
#> SRR1321420 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.4830 0.37268 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1398371 4 0.3024 0.64858 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR614996 1 0.1716 0.90260 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1431602 4 0.4252 0.53340 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR1311509 1 0.3561 0.85039 0.856 0.120 0.012 0.012
#> SRR1507229 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1310373 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.5172 0.67237 0.704 0.260 0.036 0.000
#> SRR1392813 2 0.4837 0.64157 0.000 0.648 0.004 0.348
#> SRR1453026 2 0.4277 0.77090 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1388105 4 0.0000 0.73831 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.93876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0469 0.87080 0.012 0.000 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.3366 0.6676 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.2891 0.7260 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1442648 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1486174 2 0.3074 0.6797 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1349433 2 0.3210 0.6258 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.3506 0.7903 0.832 0.000 0.000 0.064 0.104
#> SRR1435584 2 0.3366 0.5980 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1458026 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1094192 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1397180 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 5 0.4227 0.4473 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR818530 2 0.3966 0.6155 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR817563 2 0.2813 0.6660 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR613462 5 0.4299 0.4960 0.388 0.000 0.004 0.000 0.608
#> SRR1405206 2 0.3895 0.6256 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1454136 2 0.1544 0.7046 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1380785 2 0.4425 0.5405 0.000 0.600 0.008 0.000 0.392
#> SRR612875 1 0.4644 0.5070 0.680 0.000 0.000 0.040 0.280
#> SRR808327 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1355194 2 0.6213 0.3322 0.000 0.452 0.140 0.000 0.408
#> SRR1408227 2 0.3752 0.5157 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1086304 5 0.2869 0.4254 0.000 0.040 0.056 0.016 0.888
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.3999 0.6101 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1084965 1 0.0404 0.8920 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1310563 5 0.3866 0.3903 0.000 0.096 0.076 0.008 0.820
#> SRR602437 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.3806 0.7742 0.812 0.000 0.000 0.084 0.104
#> SRR1356487 2 0.3707 0.6449 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1479263 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1367456 5 0.4318 0.1265 0.000 0.292 0.000 0.020 0.688
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.3999 0.6101 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1087197 5 0.4126 0.5094 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1383960 5 0.5477 0.4835 0.396 0.056 0.000 0.004 0.544
#> SRR600924 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.1965 0.8176 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 5 0.4287 0.0595 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR598148 5 0.3331 0.4890 0.068 0.000 0.044 0.024 0.864
#> SRR1444390 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.3806 0.7742 0.812 0.000 0.000 0.084 0.104
#> SRR603918 2 0.5289 0.3952 0.000 0.500 0.000 0.048 0.452
#> SRR1468682 4 0.1908 0.9130 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1490505 2 0.2127 0.7052 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1343859 5 0.2540 0.4243 0.000 0.000 0.088 0.024 0.888
#> SRR1075631 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1444954 2 0.3999 0.6101 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1479286 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1381524 5 0.4538 0.0850 0.008 0.000 0.452 0.000 0.540
#> SRR1392208 2 0.2773 0.6689 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1456693 2 0.3913 0.6231 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1358482 2 0.3983 0.6130 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR658331 3 0.4297 0.1116 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR810619 2 0.3752 0.5157 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR600829 1 0.3876 0.3988 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR599380 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.1965 0.8844 0.024 0.052 0.000 0.924 0.000
#> SRR2185195 1 0.3269 0.8032 0.848 0.000 0.000 0.056 0.096
#> SRR1489693 5 0.4294 0.0391 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1318662 2 0.2813 0.6660 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1419453 3 0.4182 0.3176 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1437208 4 0.4304 0.1698 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.3966 0.4171 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1093269 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 2 0.5364 0.3662 0.000 0.572 0.000 0.364 0.064
#> SRR816358 1 0.0162 0.8975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR658283 5 0.4689 0.3215 0.000 0.048 0.264 0.000 0.688
#> SRR813728 2 0.3452 0.6628 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.4210 0.2166 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1432366 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1087992 1 0.3109 0.6618 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1405593 1 0.2605 0.7509 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1326040 5 0.4283 0.3941 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.4752 0.6843 0.000 0.184 0.000 0.724 0.092
#> SRR1398706 2 0.3895 0.6256 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1368794 2 0.3816 0.6346 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1392749 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.3749 0.7777 0.816 0.000 0.000 0.080 0.104
#> SRR663100 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 5 0.5296 0.5250 0.280 0.000 0.000 0.084 0.636
#> SRR1464281 2 0.1341 0.7065 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1400397 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1384917 2 0.4045 0.5993 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1435182 4 0.4192 0.4208 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 5 0.4050 0.3777 0.000 0.036 0.172 0.008 0.784
#> SRR663014 4 0.3621 0.7654 0.000 0.192 0.000 0.788 0.020
#> SRR1417960 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.2813 0.6660 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR657695 2 0.4015 0.6064 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1357650 2 0.1792 0.6996 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1472237 2 0.3949 0.4270 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1470816 2 0.2891 0.6599 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 5 0.4890 0.1126 0.000 0.024 0.340 0.008 0.628
#> SRR1392795 2 0.1893 0.7120 0.000 0.928 0.000 0.048 0.024
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.1608 0.9098 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1360587 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR604230 1 0.3691 0.7811 0.820 0.000 0.000 0.076 0.104
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 5 0.2732 0.4043 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR665514 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1429802 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1345436 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1433684 1 0.3876 0.3988 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR613186 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1417766 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1420606 2 0.4227 0.5179 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.7125 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.3684 0.5415 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1366519 2 0.2813 0.6660 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1080438 2 0.3966 0.4194 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1391789 5 0.4930 0.1942 0.000 0.424 0.000 0.028 0.548
#> SRR1402195 1 0.5816 0.3782 0.588 0.000 0.000 0.132 0.280
#> SRR1429516 4 0.1671 0.9138 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1406662 2 0.3966 0.6156 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1333414 2 0.1410 0.7135 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1369030 2 0.1197 0.7138 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.3424 0.6644 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.3916 0.7663 0.804 0.000 0.000 0.092 0.104
#> SRR1434568 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1341965 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1473505 2 0.2139 0.7125 0.000 0.916 0.000 0.052 0.032
#> SRR1402068 2 0.3999 0.6101 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1490076 2 0.2813 0.6660 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.4256 0.3377 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1397329 3 0.2773 0.7367 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1093243 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1418390 2 0.1341 0.7141 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR608480 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.3749 0.7777 0.816 0.000 0.000 0.080 0.104
#> SRR601868 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.3752 0.5157 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR815893 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1455503 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR810737 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1347500 1 0.3506 0.7903 0.832 0.000 0.000 0.064 0.104
#> SRR1443182 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1457872 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR658481 4 0.1671 0.9138 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.4242 0.2414 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR656433 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.4256 0.3358 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1308674 2 0.2813 0.6660 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1321608 2 0.1197 0.7082 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1441464 2 0.3730 0.5224 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.3999 0.6101 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR604174 5 0.5546 0.4466 0.340 0.000 0.000 0.084 0.576
#> SRR1345221 1 0.3506 0.7903 0.832 0.000 0.000 0.064 0.104
#> SRR815517 5 0.3834 0.3780 0.000 0.052 0.124 0.008 0.816
#> SRR615970 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.2648 0.8557 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1419638 5 0.4977 0.5441 0.356 0.000 0.040 0.000 0.604
#> SRR1434975 5 0.3393 0.4062 0.000 0.100 0.044 0.008 0.848
#> SRR1445741 2 0.1341 0.7065 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1088142 1 0.2516 0.7623 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR604206 1 0.3506 0.7903 0.832 0.000 0.000 0.064 0.104
#> SRR1358779 5 0.4283 0.0668 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1473142 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1410334 2 0.4045 0.5993 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1352234 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1487807 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1489715 2 0.1410 0.7140 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.3534 0.7089 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1409748 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.1544 0.7133 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1316725 2 0.3966 0.6155 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1314851 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 5 0.4287 0.3882 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.3534 0.6580 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1366690 5 0.5559 0.4384 0.344 0.000 0.000 0.084 0.572
#> SRR1317707 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1339321 4 0.3508 0.7231 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.7125 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.4356 0.6073 0.000 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR1319344 5 0.4793 -0.2463 0.000 0.436 0.000 0.020 0.544
#> SRR1332835 2 0.2561 0.6782 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1334694 2 0.3586 0.5554 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1478434 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1479933 2 0.3983 0.6130 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1313853 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.2690 0.6768 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR814587 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR656899 1 0.3806 0.7742 0.812 0.000 0.000 0.084 0.104
#> SRR1088340 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1349772 1 0.2922 0.8225 0.872 0.000 0.000 0.056 0.072
#> SRR1317305 1 0.4287 -0.1621 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1442273 2 0.4192 0.2400 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1407470 2 0.2813 0.6660 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1490289 4 0.6352 0.1227 0.000 0.336 0.000 0.488 0.176
#> SRR1093649 2 0.5654 0.4744 0.000 0.536 0.084 0.000 0.380
#> SRR1478900 5 0.4632 0.0971 0.012 0.000 0.448 0.000 0.540
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.1117 0.7139 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.3966 0.3358 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1321505 1 0.0162 0.8975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.3239 0.6453 0.080 0.000 0.000 0.852 0.068
#> SRR657903 1 0.3691 0.7811 0.820 0.000 0.000 0.076 0.104
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.3749 0.7777 0.816 0.000 0.000 0.080 0.104
#> SRR1441850 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR613759 1 0.4049 0.7537 0.792 0.000 0.000 0.084 0.124
#> SRR1472281 4 0.2329 0.8852 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1440445 5 0.4283 0.0668 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1088734 4 0.2179 0.8957 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1455607 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1077528 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1364695 5 0.6166 0.4786 0.200 0.000 0.244 0.000 0.556
#> SRR1348226 1 0.0404 0.8930 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1313560 1 0.3806 0.7742 0.812 0.000 0.000 0.084 0.104
#> SRR1092889 2 0.3966 0.6155 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1352213 1 0.0794 0.8796 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2185233 1 0.1300 0.8768 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.3480 0.5776 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR817825 5 0.2901 0.4223 0.000 0.044 0.048 0.020 0.888
#> SRR660366 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.3932 0.6205 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1323512 2 0.2813 0.6660 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1325247 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.1831 0.9137 0.004 0.076 0.000 0.920 0.000
#> SRR1318484 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 5 0.5091 0.5612 0.208 0.000 0.056 0.024 0.712
#> SRR1455842 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.4269 0.1133 0.000 0.300 0.000 0.016 0.684
#> SRR661120 5 0.4262 0.4222 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR601613 1 0.2179 0.7957 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR811535 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.2446 0.8415 0.900 0.000 0.000 0.044 0.056
#> SRR1368616 2 0.2813 0.6660 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.3752 0.5157 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR604122 1 0.3806 0.7742 0.812 0.000 0.000 0.084 0.104
#> SRR598509 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.3806 0.7742 0.812 0.000 0.000 0.084 0.104
#> SRR1339921 1 0.2516 0.7623 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR664743 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1339199 2 0.2773 0.6688 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0794 0.8849 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR808808 5 0.4287 0.3882 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR656288 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.4015 0.6064 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR662043 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.3480 0.6611 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1379365 2 0.4256 0.1431 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1384852 2 0.3210 0.6258 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1430357 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR2164847 1 0.3630 0.6551 0.780 0.000 0.000 0.016 0.204
#> SRR807901 1 0.3691 0.7811 0.820 0.000 0.000 0.076 0.104
#> SRR816064 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 5 0.4306 0.3111 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR662749 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.4201 0.5309 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1343653 4 0.2179 0.8964 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1336134 2 0.1478 0.7138 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR654940 2 0.3730 0.6429 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1098288 2 0.0609 0.7118 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1326343 1 0.3806 0.7742 0.812 0.000 0.000 0.084 0.104
#> SRR811145 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 5 0.4841 0.5454 0.208 0.000 0.000 0.084 0.708
#> SRR1075997 2 0.3774 0.5086 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR1090483 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1388698 1 0.2516 0.7623 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1312482 2 0.2813 0.6660 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1388419 2 0.3966 0.6156 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1442250 5 0.3882 0.2587 0.000 0.224 0.000 0.020 0.756
#> SRR1430679 2 0.4262 0.1166 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1311109 4 0.1544 0.9053 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1478990 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1392434 2 0.4060 0.3951 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.3966 0.4171 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1315393 2 0.3561 0.6561 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0162 0.7126 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330153 1 0.5040 0.5723 0.680 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1451778 1 0.5040 0.5723 0.680 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR657089 5 0.6155 0.4949 0.212 0.000 0.228 0.000 0.560
#> SRR1395659 2 0.4015 0.6064 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1385716 5 0.4798 0.1168 0.020 0.000 0.440 0.000 0.540
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.4496 0.6410 0.728 0.000 0.000 0.056 0.216
#> SRR1485078 2 0.3966 0.6155 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR661806 1 0.4256 -0.0566 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1334919 5 0.5220 0.1152 0.044 0.000 0.440 0.000 0.516
#> SRR599249 1 0.3840 0.7715 0.808 0.000 0.000 0.076 0.116
#> SRR810051 2 0.3003 0.6538 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1407202 1 0.4139 0.7442 0.784 0.000 0.000 0.084 0.132
#> SRR1434399 1 0.3749 0.7777 0.816 0.000 0.000 0.080 0.104
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 5 0.6202 0.5020 0.228 0.000 0.220 0.000 0.552
#> SRR1405028 5 0.5546 0.4466 0.340 0.000 0.000 0.084 0.576
#> SRR612719 5 0.4268 0.4102 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR1340617 2 0.3661 0.5407 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1448183 1 0.3375 0.7968 0.840 0.000 0.000 0.056 0.104
#> SRR1362488 2 0.0162 0.7126 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1361156 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 5 0.5274 0.4697 0.336 0.000 0.000 0.064 0.600
#> SRR1477837 4 0.4481 0.6537 0.000 0.048 0.000 0.720 0.232
#> SRR607252 1 0.3506 0.7903 0.832 0.000 0.000 0.064 0.104
#> SRR1418946 5 0.4273 0.4118 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR1456567 4 0.2280 0.8890 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1487425 2 0.0794 0.7112 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1335627 2 0.4015 0.6064 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.4114 0.5687 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1447673 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR815735 1 0.2516 0.7623 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1404251 2 0.3774 0.5086 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.4072 0.6613 0.108 0.000 0.000 0.792 0.100
#> SRR659983 1 0.2077 0.8552 0.920 0.000 0.000 0.040 0.040
#> SRR1402414 2 0.4166 0.6056 0.000 0.648 0.000 0.004 0.348
#> SRR614215 1 0.3806 0.7742 0.812 0.000 0.000 0.084 0.104
#> SRR659283 1 0.3506 0.7903 0.832 0.000 0.000 0.064 0.104
#> SRR1459956 2 0.1197 0.7083 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.3506 0.7903 0.832 0.000 0.000 0.064 0.104
#> SRR1403390 5 0.4118 0.2476 0.000 0.004 0.336 0.000 0.660
#> SRR1452741 5 0.4306 0.3111 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1458484 1 0.1851 0.8242 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1387091 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1419829 2 0.4015 0.6064 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.4094 0.7488 0.788 0.000 0.000 0.084 0.128
#> SRR1367849 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 5 0.4475 0.3118 0.000 0.032 0.276 0.000 0.692
#> SRR1398311 2 0.3857 0.6302 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1442149 4 0.2754 0.7904 0.080 0.040 0.000 0.880 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.2127 0.9000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1321225 5 0.4734 0.3095 0.008 0.028 0.288 0.000 0.676
#> SRR1069802 1 0.2511 0.8358 0.892 0.000 0.000 0.028 0.080
#> SRR1077643 5 0.5456 -0.0605 0.000 0.328 0.000 0.080 0.592
#> SRR1334154 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1390072 2 0.4192 0.2421 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1467612 2 0.3395 0.6658 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1430133 2 0.1608 0.7122 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.6016 0.4290 0.000 0.236 0.000 0.580 0.184
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.4045 0.2691 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR662150 1 0.3506 0.7903 0.832 0.000 0.000 0.064 0.104
#> SRR1400290 5 0.5873 0.5576 0.348 0.000 0.112 0.000 0.540
#> SRR1084892 2 0.1341 0.7141 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1416166 5 0.4339 0.5050 0.336 0.000 0.000 0.012 0.652
#> SRR1477015 1 0.3242 0.6283 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1380501 2 0.5981 0.5002 0.000 0.576 0.000 0.160 0.264
#> SRR1446156 4 0.4360 0.5791 0.000 0.284 0.000 0.692 0.024
#> SRR1488328 2 0.3752 0.5157 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1086889 2 0.2813 0.6660 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR814611 1 0.4304 -0.2369 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR599086 1 0.2516 0.7597 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.4522 0.5618 0.196 0.000 0.000 0.736 0.068
#> SRR807877 4 0.4287 0.2607 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.4192 0.2421 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR601986 5 0.5873 0.5542 0.348 0.000 0.112 0.000 0.540
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 5 0.5236 0.4708 0.408 0.048 0.000 0.000 0.544
#> SRR600474 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.3336 0.6092 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1323628 1 0.3569 0.7874 0.828 0.000 0.000 0.068 0.104
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.3992 0.6780 0.000 0.124 0.796 0.000 0.080
#> SRR1478149 3 0.3816 0.5261 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1384413 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1366855 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1077115 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1399990 5 0.6188 0.5308 0.284 0.000 0.176 0.000 0.540
#> SRR1434093 5 0.4287 0.3882 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1341408 2 0.4268 0.1080 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR612335 4 0.5848 0.2034 0.192 0.000 0.000 0.608 0.200
#> SRR1321420 1 0.1251 0.8781 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1329177 3 0.4150 0.1786 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.3492 0.7760 0.000 0.188 0.000 0.796 0.016
#> SRR614996 1 0.3480 0.5651 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1431602 2 0.4101 0.3508 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1311509 1 0.6000 0.2520 0.540 0.000 0.000 0.132 0.328
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.1792 0.9183 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1469591 5 0.5394 0.4983 0.400 0.000 0.060 0.000 0.540
#> SRR1392813 2 0.0162 0.7127 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1453026 2 0.2179 0.7041 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1388105 4 0.1732 0.9172 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9200 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0146 0.8441 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 5 0.4212 0.8489 0.000 0.424 0.000 0.000 0.560 0.016
#> SRR1381693 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.4172 0.5110 0.000 0.000 0.680 0.000 0.040 0.280
#> SRR1442648 2 0.2212 0.7920 0.000 0.880 0.000 0.112 0.000 0.008
#> SRR1486174 5 0.4224 0.8374 0.000 0.432 0.000 0.000 0.552 0.016
#> SRR1349433 2 0.2706 0.7848 0.000 0.832 0.000 0.160 0.000 0.008
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.5001 0.5700 0.596 0.000 0.000 0.000 0.308 0.096
#> SRR1435584 2 0.2768 0.7849 0.000 0.832 0.000 0.156 0.000 0.012
#> SRR1406265 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1458026 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1094192 4 0.0508 0.9300 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1397180 4 0.0363 0.9300 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 6 0.2531 0.7851 0.128 0.000 0.000 0.004 0.008 0.860
#> SRR818530 5 0.3915 0.8624 0.000 0.412 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR817563 2 0.2312 0.7903 0.000 0.876 0.000 0.112 0.000 0.012
#> SRR613462 6 0.2826 0.7860 0.128 0.000 0.000 0.000 0.028 0.844
#> SRR1405206 5 0.4109 0.8603 0.000 0.412 0.000 0.000 0.576 0.012
#> SRR1454136 2 0.1707 0.7423 0.000 0.928 0.000 0.056 0.004 0.012
#> SRR1380785 5 0.4518 0.8244 0.000 0.352 0.000 0.000 0.604 0.044
#> SRR612875 6 0.5798 0.4311 0.264 0.000 0.000 0.004 0.208 0.524
#> SRR808327 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1355194 5 0.5243 0.7827 0.000 0.304 0.044 0.000 0.608 0.044
#> SRR1408227 2 0.2996 0.7588 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1086304 6 0.3012 0.7232 0.000 0.000 0.008 0.000 0.196 0.796
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.4101 0.8629 0.000 0.408 0.000 0.000 0.580 0.012
#> SRR1084965 1 0.1265 0.8128 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1310563 6 0.4767 0.4424 0.000 0.044 0.008 0.000 0.356 0.592
#> SRR602437 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.5105 0.5377 0.564 0.000 0.000 0.000 0.340 0.096
#> SRR1356487 5 0.4192 0.8585 0.000 0.412 0.000 0.000 0.572 0.016
#> SRR1479263 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0405 0.8403 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1345827 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1367456 5 0.5595 0.3301 0.000 0.164 0.000 0.000 0.516 0.320
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.4101 0.8629 0.000 0.408 0.000 0.000 0.580 0.012
#> SRR1087197 6 0.2581 0.7865 0.128 0.000 0.000 0.000 0.016 0.856
#> SRR1383960 6 0.3445 0.7762 0.100 0.048 0.000 0.004 0.016 0.832
#> SRR600924 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR662390 1 0.4008 0.4344 0.672 0.000 0.000 0.004 0.016 0.308
#> SRR1071692 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 6 0.2831 0.7234 0.000 0.000 0.136 0.000 0.024 0.840
#> SRR598148 6 0.2346 0.7256 0.000 0.000 0.008 0.000 0.124 0.868
#> SRR1444390 4 0.0508 0.9300 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.5127 0.5284 0.556 0.000 0.000 0.000 0.348 0.096
#> SRR603918 5 0.3555 0.7499 0.000 0.280 0.000 0.000 0.712 0.008
#> SRR1468682 4 0.1471 0.8840 0.000 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004
#> SRR1490505 2 0.4152 -0.6124 0.000 0.548 0.000 0.000 0.440 0.012
#> SRR1343859 6 0.2593 0.7099 0.000 0.000 0.008 0.000 0.148 0.844
#> SRR1075631 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1444954 5 0.4093 0.8616 0.000 0.404 0.000 0.000 0.584 0.012
#> SRR1479286 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1381524 6 0.2572 0.7259 0.000 0.000 0.136 0.000 0.012 0.852
#> SRR1392208 2 0.1957 0.7922 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1456693 5 0.4109 0.8603 0.000 0.412 0.000 0.000 0.576 0.012
#> SRR1358482 5 0.4101 0.8629 0.000 0.408 0.000 0.000 0.580 0.012
#> SRR658331 6 0.3834 0.5805 0.000 0.000 0.268 0.000 0.024 0.708
#> SRR810619 2 0.2996 0.7588 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR600829 6 0.4338 0.3648 0.420 0.000 0.000 0.004 0.016 0.560
#> SRR599380 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0291 0.9306 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR2185195 1 0.4831 0.6040 0.636 0.000 0.000 0.000 0.268 0.096
#> SRR1489693 6 0.3896 0.6599 0.000 0.000 0.204 0.000 0.052 0.744
#> SRR1318662 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR661337 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1330944 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1419453 6 0.4508 0.4714 0.000 0.000 0.316 0.000 0.052 0.632
#> SRR1437208 2 0.3531 0.6385 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.3314 0.7569 0.000 0.764 0.000 0.224 0.000 0.012
#> SRR1093269 2 0.2053 0.7918 0.000 0.888 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.5845 -0.0884 0.000 0.384 0.000 0.468 0.136 0.012
#> SRR816358 1 0.1605 0.8042 0.936 0.000 0.000 0.004 0.016 0.044
#> SRR658283 6 0.2775 0.7412 0.000 0.000 0.040 0.000 0.104 0.856
#> SRR813728 5 0.4199 0.8560 0.000 0.416 0.000 0.000 0.568 0.016
#> SRR1394520 1 0.0520 0.8380 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1308200 2 0.3330 0.7085 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1087992 1 0.4211 0.2708 0.616 0.000 0.000 0.004 0.016 0.364
#> SRR1405593 1 0.4105 0.3785 0.648 0.000 0.000 0.004 0.016 0.332
#> SRR1326040 6 0.2806 0.7802 0.136 0.000 0.000 0.004 0.016 0.844
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.3835 0.7393 0.000 0.072 0.000 0.796 0.116 0.016
#> SRR1398706 5 0.4109 0.8589 0.000 0.412 0.000 0.000 0.576 0.012
#> SRR1368794 5 0.4192 0.8585 0.000 0.412 0.000 0.000 0.572 0.016
#> SRR1392749 4 0.0508 0.9300 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR603968 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.5057 0.5548 0.580 0.000 0.000 0.000 0.324 0.096
#> SRR663100 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR661229 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 6 0.4261 0.5012 0.020 0.000 0.000 0.000 0.408 0.572
#> SRR1464281 2 0.0865 0.7260 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1331444 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1384917 5 0.3965 0.8529 0.000 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008
#> SRR1435182 2 0.3774 0.4540 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.1232 0.8203 0.956 0.000 0.000 0.004 0.016 0.024
#> SRR602461 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334338 1 0.0993 0.8250 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR1354710 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 6 0.3248 0.7307 0.000 0.000 0.032 0.000 0.164 0.804
#> SRR663014 4 0.2982 0.8094 0.000 0.068 0.000 0.860 0.060 0.012
#> SRR1417960 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1474730 3 0.0146 0.9402 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381269 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR657695 5 0.4109 0.8603 0.000 0.412 0.000 0.000 0.576 0.012
#> SRR1357650 2 0.1760 0.7324 0.000 0.928 0.000 0.048 0.004 0.020
#> SRR1472237 2 0.2912 0.7635 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.2699 0.7890 0.000 0.856 0.000 0.124 0.012 0.008
#> SRR1458358 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1318998 6 0.6084 0.4707 0.000 0.036 0.192 0.000 0.212 0.560
#> SRR1392795 2 0.3164 0.5795 0.000 0.844 0.000 0.032 0.104 0.020
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.1232 0.9143 0.000 0.004 0.000 0.956 0.024 0.016
#> SRR1360587 4 0.0146 0.9338 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR604230 1 0.5044 0.5588 0.584 0.000 0.000 0.000 0.320 0.096
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 6 0.2662 0.7401 0.000 0.024 0.000 0.000 0.120 0.856
#> SRR665514 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0146 0.9338 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1345436 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1433684 6 0.4344 0.3536 0.424 0.000 0.000 0.004 0.016 0.556
#> SRR613186 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1420606 5 0.5428 0.7289 0.000 0.320 0.000 0.000 0.540 0.140
#> SRR1326687 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0508 0.6641 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1102756 2 0.3311 0.7648 0.000 0.780 0.000 0.204 0.004 0.012
#> SRR1366519 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.3201 0.7634 0.000 0.780 0.000 0.208 0.000 0.012
#> SRR1391789 6 0.2631 0.7106 0.000 0.128 0.000 0.004 0.012 0.856
#> SRR1402195 5 0.7188 -0.2373 0.288 0.000 0.000 0.096 0.388 0.228
#> SRR1429516 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1406662 5 0.4218 0.8420 0.000 0.428 0.000 0.000 0.556 0.016
#> SRR1333414 2 0.4234 -0.6217 0.000 0.544 0.000 0.000 0.440 0.016
#> SRR1369030 2 0.2165 0.5043 0.000 0.884 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR1342916 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 5 0.4205 0.8525 0.000 0.420 0.000 0.000 0.564 0.016
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.5970 0.5051 0.536 0.000 0.000 0.048 0.320 0.096
#> SRR1434568 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1341965 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1473505 2 0.4675 -0.2054 0.000 0.616 0.000 0.036 0.336 0.012
#> SRR1402068 5 0.4101 0.8629 0.000 0.408 0.000 0.000 0.580 0.012
#> SRR1490076 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0146 0.8441 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1452491 2 0.3756 0.4742 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.3126 0.6080 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1093243 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1418390 2 0.1563 0.5929 0.000 0.932 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR608480 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.5070 0.5506 0.576 0.000 0.000 0.000 0.328 0.096
#> SRR601868 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.2996 0.7588 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1455503 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR810737 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1347500 1 0.5016 0.5663 0.592 0.000 0.000 0.000 0.312 0.096
#> SRR1443182 4 0.0146 0.9338 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1457872 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR658481 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1406243 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 6 0.3629 0.5693 0.000 0.000 0.276 0.000 0.012 0.712
#> SRR656433 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.3727 0.5047 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.2408 0.7878 0.000 0.876 0.000 0.108 0.004 0.012
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.1863 0.7900 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0790 0.7211 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.2996 0.7588 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 5 0.4261 0.8594 0.000 0.408 0.000 0.000 0.572 0.020
#> SRR604174 6 0.4583 0.5069 0.044 0.000 0.000 0.000 0.376 0.580
#> SRR1345221 1 0.5001 0.5700 0.596 0.000 0.000 0.000 0.308 0.096
#> SRR815517 6 0.4778 0.4346 0.000 0.044 0.008 0.000 0.360 0.588
#> SRR615970 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.2697 0.7134 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1419638 6 0.2748 0.7868 0.120 0.000 0.008 0.000 0.016 0.856
#> SRR1434975 6 0.2778 0.7276 0.000 0.000 0.008 0.000 0.168 0.824
#> SRR1445741 2 0.1268 0.7227 0.000 0.952 0.000 0.036 0.004 0.008
#> SRR1088142 1 0.4074 0.3970 0.656 0.000 0.000 0.004 0.016 0.324
#> SRR604206 1 0.5001 0.5700 0.596 0.000 0.000 0.000 0.308 0.096
#> SRR1358779 6 0.3377 0.7174 0.000 0.000 0.136 0.000 0.056 0.808
#> SRR1473142 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1410334 5 0.3955 0.8501 0.000 0.384 0.000 0.000 0.608 0.008
#> SRR1352234 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1487807 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1489715 2 0.2859 0.3686 0.000 0.828 0.000 0.000 0.156 0.016
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.4026 0.2061 0.000 0.376 0.000 0.612 0.000 0.012
#> SRR1409748 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.3911 -0.4104 0.000 0.624 0.000 0.000 0.368 0.008
#> SRR1316725 5 0.4018 0.8625 0.000 0.412 0.000 0.000 0.580 0.008
#> SRR1314851 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 6 0.2806 0.7802 0.136 0.000 0.000 0.004 0.016 0.844
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 5 0.4147 0.8331 0.000 0.436 0.000 0.000 0.552 0.012
#> SRR1366690 6 0.4640 0.5039 0.048 0.000 0.000 0.000 0.376 0.576
#> SRR1317707 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1339321 4 0.4004 0.2612 0.000 0.368 0.000 0.620 0.000 0.012
#> SRR1442487 2 0.0508 0.6641 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1069690 5 0.4317 0.8569 0.000 0.408 0.000 0.004 0.572 0.016
#> SRR1319344 5 0.4083 0.7815 0.000 0.304 0.000 0.000 0.668 0.028
#> SRR1332835 2 0.2408 0.7878 0.000 0.876 0.000 0.108 0.004 0.012
#> SRR1334694 2 0.3187 0.7769 0.000 0.796 0.000 0.188 0.004 0.012
#> SRR1478434 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1479933 5 0.4101 0.8629 0.000 0.408 0.000 0.000 0.580 0.012
#> SRR1313853 2 0.1863 0.7900 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1384827 2 0.4254 0.1522 0.000 0.712 0.000 0.000 0.216 0.072
#> SRR814587 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR656899 1 0.5116 0.5333 0.560 0.000 0.000 0.000 0.344 0.096
#> SRR1088340 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1349772 1 0.4831 0.6034 0.636 0.000 0.000 0.000 0.268 0.096
#> SRR1317305 6 0.3037 0.7639 0.160 0.000 0.000 0.004 0.016 0.820
#> SRR1442273 2 0.3288 0.7197 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1490289 4 0.5455 0.4491 0.000 0.188 0.000 0.624 0.172 0.016
#> SRR1093649 5 0.4618 0.7979 0.000 0.320 0.036 0.000 0.632 0.012
#> SRR1478900 6 0.2673 0.7298 0.004 0.000 0.132 0.000 0.012 0.852
#> SRR1447652 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.2085 0.6489 0.000 0.912 0.000 0.024 0.056 0.008
#> SRR2170537 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0520 0.8380 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR615335 6 0.4317 0.3977 0.408 0.000 0.000 0.004 0.016 0.572
#> SRR1321505 1 0.1464 0.8110 0.944 0.000 0.000 0.004 0.016 0.036
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.2703 0.7509 0.000 0.000 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR657903 1 0.5044 0.5588 0.584 0.000 0.000 0.000 0.320 0.096
#> SRR1403458 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.5057 0.5548 0.580 0.000 0.000 0.000 0.324 0.096
#> SRR1441850 4 0.0146 0.9338 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR613759 1 0.5276 0.5052 0.540 0.000 0.000 0.000 0.348 0.112
#> SRR1472281 4 0.1753 0.8615 0.000 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004
#> SRR1440445 6 0.3054 0.7219 0.000 0.000 0.136 0.000 0.036 0.828
#> SRR1088734 4 0.1500 0.8918 0.000 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012
#> SRR1455607 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1077528 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1364695 6 0.3360 0.7807 0.084 0.000 0.044 0.000 0.032 0.840
#> SRR1348226 1 0.2306 0.7635 0.888 0.000 0.000 0.004 0.016 0.092
#> SRR1313560 1 0.5116 0.5333 0.560 0.000 0.000 0.000 0.344 0.096
#> SRR1092889 5 0.3915 0.8624 0.000 0.412 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR1352213 1 0.1124 0.8186 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR2185233 1 0.2318 0.7886 0.892 0.000 0.000 0.000 0.064 0.044
#> SRR1353970 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.2730 0.7750 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR817825 6 0.3831 0.6542 0.000 0.012 0.008 0.000 0.268 0.712
#> SRR660366 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.4109 0.8603 0.000 0.412 0.000 0.000 0.576 0.012
#> SRR1323512 2 0.2544 0.7910 0.000 0.864 0.000 0.120 0.004 0.012
#> SRR1325247 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1318484 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1322395 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1378131 4 0.0653 0.9283 0.000 0.004 0.000 0.980 0.004 0.012
#> SRR1325464 1 0.1138 0.8231 0.960 0.000 0.000 0.004 0.012 0.024
#> SRR1340280 6 0.2825 0.7171 0.012 0.000 0.008 0.000 0.136 0.844
#> SRR1455842 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.5421 0.3052 0.000 0.136 0.000 0.000 0.536 0.328
#> SRR661120 6 0.2806 0.7802 0.136 0.000 0.000 0.004 0.016 0.844
#> SRR601613 1 0.3543 0.5830 0.756 0.000 0.000 0.004 0.016 0.224
#> SRR811535 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.4422 0.6551 0.700 0.000 0.000 0.000 0.212 0.088
#> SRR1368616 2 0.2165 0.7911 0.000 0.884 0.000 0.108 0.000 0.008
#> SRR1375677 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.2996 0.7588 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.5116 0.5333 0.560 0.000 0.000 0.000 0.344 0.096
#> SRR598509 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.5116 0.5333 0.560 0.000 0.000 0.000 0.344 0.096
#> SRR1339921 1 0.4074 0.3970 0.656 0.000 0.000 0.004 0.016 0.324
#> SRR664743 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1339199 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0405 0.8403 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1481012 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.1556 0.8012 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR808808 6 0.2806 0.7802 0.136 0.000 0.000 0.004 0.016 0.844
#> SRR656288 1 0.0146 0.8441 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 5 0.3915 0.8624 0.000 0.412 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR662043 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1381211 5 0.4199 0.8560 0.000 0.416 0.000 0.000 0.568 0.016
#> SRR1379365 2 0.3874 0.5956 0.000 0.636 0.000 0.356 0.000 0.008
#> SRR1384852 2 0.2491 0.7834 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0508 0.9300 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR2164847 1 0.5241 -0.1062 0.472 0.000 0.000 0.004 0.080 0.444
#> SRR807901 1 0.5044 0.5588 0.584 0.000 0.000 0.000 0.320 0.096
#> SRR816064 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 6 0.2925 0.7730 0.148 0.000 0.000 0.004 0.016 0.832
#> SRR662749 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 5 0.4506 0.8214 0.000 0.348 0.000 0.000 0.608 0.044
#> SRR1343653 4 0.1411 0.8875 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1336134 2 0.2264 0.5343 0.000 0.888 0.000 0.004 0.096 0.012
#> SRR654940 5 0.4341 0.8569 0.000 0.412 0.000 0.000 0.564 0.024
#> SRR1098288 2 0.0713 0.7158 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.5116 0.5333 0.560 0.000 0.000 0.000 0.344 0.096
#> SRR811145 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 6 0.4192 0.5001 0.016 0.000 0.000 0.000 0.412 0.572
#> SRR1075997 2 0.3023 0.7559 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1388698 1 0.4042 0.4135 0.664 0.000 0.000 0.004 0.016 0.316
#> SRR1312482 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0508 0.9300 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1388419 5 0.4109 0.8589 0.000 0.412 0.000 0.000 0.576 0.012
#> SRR1442250 5 0.5324 0.2262 0.000 0.120 0.000 0.000 0.540 0.340
#> SRR1430679 2 0.3390 0.6899 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1478990 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1392434 2 0.3867 0.7005 0.000 0.688 0.000 0.296 0.004 0.012
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1383937 2 0.3245 0.7542 0.000 0.764 0.000 0.228 0.000 0.008
#> SRR1315393 5 0.4199 0.8560 0.000 0.416 0.000 0.000 0.568 0.016
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0508 0.6641 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1330153 1 0.5925 0.2651 0.416 0.000 0.000 0.000 0.372 0.212
#> SRR1451778 1 0.5909 0.2743 0.420 0.000 0.000 0.000 0.372 0.208
#> SRR657089 6 0.3234 0.7820 0.080 0.000 0.044 0.000 0.028 0.848
#> SRR1395659 5 0.4109 0.8603 0.000 0.412 0.000 0.000 0.576 0.012
#> SRR1385716 6 0.2926 0.7472 0.024 0.000 0.112 0.000 0.012 0.852
#> SRR1466109 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.6129 -0.0270 0.384 0.000 0.000 0.004 0.236 0.376
#> SRR1485078 5 0.3782 0.8624 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR661806 6 0.3790 0.6657 0.264 0.000 0.000 0.004 0.016 0.716
#> SRR1334919 6 0.2841 0.7350 0.012 0.000 0.128 0.000 0.012 0.848
#> SRR599249 1 0.5233 0.5261 0.556 0.000 0.000 0.000 0.332 0.112
#> SRR810051 2 0.2300 0.7899 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.5310 0.4996 0.536 0.000 0.000 0.000 0.348 0.116
#> SRR1434399 1 0.5057 0.5548 0.580 0.000 0.000 0.000 0.324 0.096
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 6 0.2847 0.7848 0.120 0.000 0.016 0.000 0.012 0.852
#> SRR1405028 6 0.4453 0.5141 0.036 0.000 0.000 0.000 0.372 0.592
#> SRR612719 6 0.2531 0.7851 0.128 0.000 0.000 0.004 0.008 0.860
#> SRR1340617 2 0.2912 0.7652 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.4955 0.5806 0.608 0.000 0.000 0.000 0.296 0.096
#> SRR1362488 2 0.0146 0.6704 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1361156 4 0.0146 0.9338 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 6 0.4144 0.5405 0.020 0.000 0.000 0.000 0.360 0.620
#> SRR1477837 4 0.3470 0.6310 0.000 0.000 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR607252 1 0.5001 0.5700 0.596 0.000 0.000 0.000 0.308 0.096
#> SRR1418946 6 0.2615 0.7823 0.136 0.000 0.000 0.004 0.008 0.852
#> SRR1456567 4 0.2019 0.8526 0.000 0.088 0.000 0.900 0.000 0.012
#> SRR1487425 2 0.1483 0.7096 0.000 0.944 0.000 0.036 0.012 0.008
#> SRR1335627 5 0.3915 0.8624 0.000 0.412 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 5 0.4283 0.8496 0.000 0.384 0.000 0.000 0.592 0.024
#> SRR1447673 4 0.0405 0.9338 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR815735 1 0.4058 0.4052 0.660 0.000 0.000 0.004 0.016 0.320
#> SRR1404251 2 0.3023 0.7559 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.3331 0.7392 0.020 0.000 0.000 0.808 0.012 0.160
#> SRR659983 1 0.4075 0.6851 0.740 0.000 0.000 0.000 0.184 0.076
#> SRR1402414 5 0.4109 0.8603 0.000 0.412 0.000 0.000 0.576 0.012
#> SRR614215 1 0.5127 0.5284 0.556 0.000 0.000 0.000 0.348 0.096
#> SRR659283 1 0.5001 0.5700 0.596 0.000 0.000 0.000 0.308 0.096
#> SRR1459956 2 0.0937 0.7308 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.4986 0.5735 0.600 0.000 0.000 0.000 0.304 0.096
#> SRR1403390 6 0.3215 0.7311 0.000 0.000 0.100 0.000 0.072 0.828
#> SRR1452741 6 0.2925 0.7730 0.148 0.000 0.000 0.004 0.016 0.832
#> SRR1458484 1 0.2921 0.6993 0.828 0.000 0.000 0.008 0.008 0.156
#> SRR1387091 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0405 0.9338 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1419829 5 0.3915 0.8624 0.000 0.412 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.5310 0.4990 0.536 0.000 0.000 0.000 0.348 0.116
#> SRR1367849 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1320939 1 0.1232 0.8203 0.956 0.000 0.000 0.004 0.016 0.024
#> SRR656588 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 6 0.3150 0.7360 0.000 0.000 0.052 0.000 0.120 0.828
#> SRR1398311 5 0.4192 0.8581 0.000 0.412 0.000 0.000 0.572 0.016
#> SRR1442149 4 0.0603 0.9188 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR809137 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1414982 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR600852 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1414857 4 0.1745 0.8760 0.000 0.068 0.000 0.920 0.000 0.012
#> SRR1321225 6 0.3156 0.7556 0.020 0.000 0.056 0.000 0.072 0.852
#> SRR1069802 1 0.3693 0.7200 0.788 0.000 0.000 0.000 0.120 0.092
#> SRR1077643 5 0.3914 0.3819 0.000 0.104 0.000 0.000 0.768 0.128
#> SRR1334154 4 0.0146 0.9338 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.3288 0.7198 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1467612 5 0.4109 0.8589 0.000 0.412 0.000 0.000 0.576 0.012
#> SRR1430133 2 0.3071 0.2986 0.000 0.804 0.000 0.000 0.180 0.016
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.3907 0.7314 0.000 0.108 0.000 0.784 0.100 0.008
#> SRR1311243 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1469638 6 0.4148 0.5388 0.344 0.000 0.000 0.004 0.016 0.636
#> SRR662150 1 0.5016 0.5663 0.592 0.000 0.000 0.000 0.312 0.096
#> SRR1400290 6 0.2531 0.7848 0.128 0.000 0.008 0.004 0.000 0.860
#> SRR1084892 2 0.1913 0.5505 0.000 0.908 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR1416166 6 0.1716 0.7609 0.036 0.000 0.000 0.004 0.028 0.932
#> SRR1477015 1 0.3874 0.3270 0.636 0.000 0.000 0.000 0.008 0.356
#> SRR1380501 2 0.5764 0.4544 0.000 0.572 0.000 0.096 0.040 0.292
#> SRR1446156 4 0.4062 0.6543 0.000 0.160 0.000 0.764 0.064 0.012
#> SRR1488328 2 0.2996 0.7588 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.1910 0.7923 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR814611 6 0.2963 0.7704 0.152 0.000 0.000 0.004 0.016 0.828
#> SRR599086 1 0.3430 0.6030 0.772 0.000 0.000 0.004 0.016 0.208
#> SRR1086844 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.4078 0.6862 0.072 0.000 0.000 0.772 0.016 0.140
#> SRR807877 2 0.3634 0.5772 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.3288 0.7195 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR601986 6 0.2742 0.7854 0.128 0.000 0.008 0.000 0.012 0.852
#> SRR1446226 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 6 0.3445 0.7762 0.100 0.048 0.000 0.004 0.016 0.832
#> SRR600474 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.4332 0.1194 0.564 0.000 0.000 0.004 0.016 0.416
#> SRR1323628 1 0.5016 0.5663 0.592 0.000 0.000 0.000 0.312 0.096
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.3946 0.7094 0.000 0.068 0.784 0.000 0.132 0.016
#> SRR1478149 3 0.4797 0.0312 0.000 0.000 0.504 0.000 0.052 0.444
#> SRR1384413 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1366855 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1077115 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1399990 6 0.2841 0.7837 0.124 0.000 0.012 0.004 0.008 0.852
#> SRR1434093 6 0.2504 0.7830 0.136 0.000 0.000 0.004 0.004 0.856
#> SRR1341408 2 0.3508 0.6981 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000 0.004
#> SRR612335 4 0.6655 0.0406 0.036 0.000 0.000 0.376 0.360 0.228
#> SRR1321420 1 0.2527 0.7508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1329177 3 0.3997 -0.0109 0.488 0.000 0.508 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398371 4 0.2535 0.8391 0.000 0.064 0.000 0.888 0.036 0.012
#> SRR614996 1 0.4356 0.0665 0.548 0.000 0.000 0.004 0.016 0.432
#> SRR1431602 2 0.3852 0.6473 0.000 0.664 0.000 0.324 0.000 0.012
#> SRR1311509 5 0.6911 -0.2918 0.324 0.000 0.000 0.060 0.388 0.228
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0291 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1469591 6 0.2716 0.7828 0.132 0.000 0.004 0.004 0.008 0.852
#> SRR1392813 2 0.0508 0.6641 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1453026 2 0.3954 -0.3632 0.000 0.636 0.000 0.000 0.352 0.012
#> SRR1388105 4 0.0291 0.9340 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1357558 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9435 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.992 0.4995 0.501 0.501
#> 3 3 1.000 0.959 0.984 0.2694 0.833 0.677
#> 4 4 0.973 0.942 0.977 0.1362 0.889 0.706
#> 5 5 0.906 0.907 0.938 0.0724 0.939 0.786
#> 6 6 0.860 0.878 0.918 0.0534 0.939 0.742
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1321283 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR602437 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.7299 0.744 0.796 0.204
#> SRR600924 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR598148 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1381524 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.7453 0.729 0.212 0.788
#> SRR2185195 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR658283 1 0.4690 0.884 0.900 0.100
#> SRR813728 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1474730 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1318998 1 0.9710 0.338 0.600 0.400
#> SRR1392795 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1454522 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR613186 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1402195 1 0.7219 0.750 0.800 0.200
#> SRR1429516 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR815517 2 0.4690 0.886 0.100 0.900
#> SRR615970 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1419638 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.0938 0.982 0.012 0.988
#> SRR1445741 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1308696 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.9732 0.327 0.596 0.404
#> SRR657903 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1364695 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.9686 0.339 0.396 0.604
#> SRR660366 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1351583 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR598509 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.0376 0.986 0.996 0.004
#> SRR807901 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.8327 0.644 0.736 0.264
#> SRR1075997 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.0672 0.986 0.008 0.992
#> SRR1430679 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1327680 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.0376 0.986 0.996 0.004
#> SRR659983 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1442149 1 0.9710 0.338 0.600 0.400
#> SRR809137 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.6801 0.778 0.180 0.820
#> SRR1334154 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.4298 0.898 0.912 0.088
#> SRR807877 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.7219 0.750 0.800 0.200
#> SRR600474 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1385364 2 0.7219 0.748 0.200 0.800
#> SRR1478149 1 0.8713 0.590 0.708 0.292
#> SRR1384413 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.9000 0.535 0.316 0.684
#> SRR1321420 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1507229 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.6111 0.341 0.396 0.000 0.604
#> SRR818530 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 3 0.6111 0.373 0.000 0.396 0.604
#> SRR1072650 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087197 3 0.0747 0.932 0.016 0.000 0.984
#> SRR1383960 1 0.2261 0.905 0.932 0.068 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR598148 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479286 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.6126 0.325 0.400 0.600 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 3 0.4605 0.735 0.000 0.204 0.796
#> SRR665514 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 3 0.6302 0.135 0.000 0.480 0.520
#> SRR1326687 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 3 0.6252 0.240 0.000 0.444 0.556
#> SRR1402195 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429516 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434975 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352234 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319344 3 0.4555 0.740 0.000 0.200 0.800
#> SRR1332835 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 3 0.6305 0.121 0.000 0.484 0.516
#> SRR814587 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093649 3 0.6126 0.363 0.000 0.400 0.600
#> SRR1478900 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340641 1 0.4121 0.766 0.832 0.168 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.1289 0.918 0.032 0.000 0.968
#> SRR656288 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.3340 0.839 0.000 0.120 0.880
#> SRR1343653 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.4195 0.804 0.852 0.136 0.012
#> SRR1075997 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442250 3 0.0747 0.932 0.000 0.016 0.984
#> SRR1430679 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385716 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.4974 0.683 0.764 0.000 0.236
#> SRR1340617 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> SRR1477837 3 0.4887 0.705 0.000 0.228 0.772
#> SRR607252 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.4555 0.727 0.200 0.000 0.800
#> SRR1456567 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 3 0.4931 0.699 0.000 0.232 0.768
#> SRR1447673 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.0237 0.982 0.996 0.004 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 3 0.4750 0.703 0.216 0.000 0.784
#> SRR1387091 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 1 0.6111 0.344 0.604 0.396 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.6126 0.291 0.000 0.600 0.400
#> SRR1334154 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.0747 0.972 0.984 0.000 0.016
#> SRR1477015 1 0.6180 0.276 0.584 0.000 0.416
#> SRR1380501 3 0.6235 0.274 0.000 0.436 0.564
#> SRR1446156 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.3038 0.875 0.896 0.000 0.104
#> SRR599086 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.0237 0.982 0.996 0.004 0.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434093 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 1 0.6126 0.339 0.600 0.400 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.6126 0.330 0.400 0.000 0.600
#> SRR1398371 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.4235 0.779 0.824 0.000 0.176
#> SRR1507229 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397180 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.4585 0.512 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.4661 0.470 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.3837 0.718 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 3 0.0336 0.949 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1383960 1 0.4679 0.456 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598148 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444390 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075631 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479286 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.4222 0.634 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1444914 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.3444 0.770 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR816358 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.4972 0.156 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1398706 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392749 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435182 2 0.4916 0.281 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1477569 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663014 4 0.1022 0.946 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1417960 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.1211 0.933 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.0707 0.951 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1402195 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429516 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.4790 0.388 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1397329 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457872 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.3123 0.806 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1308674 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.4072 0.660 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1419638 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434975 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352234 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.3837 0.698 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1409748 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.4817 0.377 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1442487 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319344 2 0.3837 0.718 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.2408 0.863 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR814587 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093649 2 0.4008 0.687 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.1637 0.915 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1440445 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088734 4 0.4925 0.222 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1455607 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364695 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817825 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.4134 0.654 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1325464 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455842 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.3873 0.712 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.1637 0.891 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.4972 0.175 0.000 0.456 0.544 0.000
#> SRR1343653 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.5069 0.508 0.664 0.320 0.016 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442250 2 0.4746 0.447 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0188 0.981 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1451778 1 0.0188 0.981 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR657089 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385716 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.4713 0.421 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0592 0.969 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1477837 3 0.4855 0.333 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR607252 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.3610 0.720 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1456567 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.3801 0.687 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR659983 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 3 0.3610 0.720 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1387091 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367849 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442149 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321225 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.3801 0.724 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1334154 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.2530 0.854 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1311243 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.0592 0.969 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1477015 3 0.4855 0.347 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1380501 2 0.4193 0.619 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.3569 0.744 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.4898 0.279 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR807877 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.4500 0.536 0.684 0.316 0.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.3400 0.757 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399990 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434093 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.1211 0.932 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR612335 1 0.6805 0.446 0.604 0.176 0.000 0.220
#> SRR1321420 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.4277 0.615 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.3400 0.769 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469591 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388105 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.958 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 4 0.0609 0.9647 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.6125 0.2282 0.364 0.000 0.500 0.000 0.136
#> SRR818530 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR817563 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.4461 0.6359 0.000 0.220 0.728 0.000 0.052
#> SRR612875 1 0.3366 0.7789 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR808327 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.1270 0.9041 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0290 0.9362 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1084965 1 0.1608 0.9077 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1310563 3 0.0290 0.9362 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR602437 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1356487 2 0.1121 0.9414 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.1197 0.9201 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.5067 0.5816 0.000 0.648 0.288 0.000 0.064
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1087197 3 0.3061 0.8255 0.020 0.000 0.844 0.000 0.136
#> SRR1383960 1 0.5251 0.6116 0.680 0.184 0.000 0.000 0.136
#> SRR600924 1 0.0963 0.9247 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR662390 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598148 3 0.2230 0.8501 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR603918 2 0.3816 0.6599 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1468682 4 0.0703 0.9610 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1490505 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1343859 3 0.0404 0.9346 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1358482 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR658331 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR599380 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185195 5 0.3177 0.9508 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.1043 0.9234 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR601239 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.2929 0.7744 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 2 0.3550 0.7731 0.000 0.796 0.000 0.184 0.020
#> SRR816358 1 0.1851 0.8983 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR658283 3 0.1121 0.9161 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR813728 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1394520 1 0.1197 0.9201 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.1908 0.8958 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1405593 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1326040 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.5507 0.0915 0.000 0.480 0.000 0.456 0.064
#> SRR1398706 2 0.1341 0.9378 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1368794 2 0.1121 0.9414 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1392749 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815661 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR663100 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 5 0.2773 0.9259 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1435182 2 0.2773 0.7963 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1477569 1 0.1908 0.8958 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR602461 1 0.1043 0.9234 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1334338 1 0.1792 0.9007 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663014 4 0.1041 0.9441 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1417960 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657695 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1357650 2 0.0162 0.9479 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.1197 0.9403 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.1197 0.9201 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1318998 3 0.0290 0.9362 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1392795 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.1341 0.9325 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 2 0.2628 0.8938 0.000 0.884 0.028 0.000 0.088
#> SRR665514 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR613186 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.2351 0.8748 0.000 0.896 0.016 0.000 0.088
#> SRR1402195 5 0.2773 0.9259 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1429516 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 2 0.1341 0.9378 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1333414 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1369030 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.1341 0.9378 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1402068 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.2179 0.8546 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0290 0.9476 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR608480 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR601868 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1443182 4 0.0162 0.9781 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1457872 4 0.0404 0.9715 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.1197 0.9173 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR604174 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1345221 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR815517 3 0.0290 0.9362 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR615970 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.4171 0.3620 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1419638 3 0.1478 0.9036 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1434975 3 0.0290 0.9362 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1445741 2 0.0703 0.9456 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1088142 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR604206 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0290 0.9476 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.3612 0.6208 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.1341 0.9378 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1316725 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1314851 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1366690 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.2852 0.7850 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1319344 2 0.5126 0.5581 0.000 0.636 0.300 0.000 0.064
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.1121 0.9219 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1384827 2 0.2540 0.8765 0.000 0.888 0.088 0.000 0.024
#> SRR814587 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 5 0.3424 0.9152 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR1317305 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1093649 2 0.5274 0.4822 0.000 0.600 0.336 0.000 0.064
#> SRR1478900 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.1043 0.9235 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR615335 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1321505 1 0.1908 0.8958 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.2179 0.8661 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR657903 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1441850 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1472281 4 0.2074 0.8639 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.4278 0.2017 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1313560 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1092889 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1352213 1 0.1106 0.9249 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR2185233 1 0.2891 0.7017 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 3 0.1410 0.8976 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR660366 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.1197 0.9201 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1378131 2 0.5027 0.5498 0.000 0.640 0.000 0.304 0.056
#> SRR1325464 1 0.1608 0.9077 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1340280 3 0.1043 0.9161 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.5144 0.5502 0.000 0.632 0.304 0.000 0.064
#> SRR661120 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR601613 1 0.1908 0.8958 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR811535 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 5 0.4074 0.7228 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR598509 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1339921 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR664743 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.1197 0.9201 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.4088 0.1270 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR808808 3 0.6108 0.2528 0.356 0.000 0.508 0.000 0.136
#> SRR656288 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR662043 1 0.0963 0.9247 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1381211 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR807901 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR816064 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR662749 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.4865 0.5791 0.000 0.252 0.684 0.000 0.064
#> SRR1343653 4 0.0703 0.9610 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1336134 2 0.0703 0.9455 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR654940 2 0.1341 0.9378 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR811145 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 5 0.3002 0.8306 0.068 0.048 0.008 0.000 0.876
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.1341 0.9378 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1442250 2 0.5547 0.4106 0.000 0.564 0.356 0.000 0.080
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0963 0.9247 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 5 0.3039 0.9516 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1451778 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR657089 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1385716 3 0.1121 0.9161 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1466109 1 0.1121 0.9219 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.3452 0.7336 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1485078 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR661806 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1334919 3 0.0324 0.9363 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR599249 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR810051 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1434399 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0794 0.9256 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1405028 5 0.2280 0.8877 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR612719 1 0.5184 0.6416 0.688 0.000 0.176 0.000 0.136
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 5 0.3177 0.9508 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 5 0.2377 0.8970 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1477837 3 0.4182 0.3461 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR607252 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1418946 3 0.6090 0.2769 0.348 0.000 0.516 0.000 0.136
#> SRR1456567 4 0.0510 0.9681 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1487425 2 0.0290 0.9476 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335627 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.1121 0.9414 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.4725 0.6636 0.720 0.000 0.000 0.200 0.080
#> SRR659983 5 0.4300 0.4527 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1402414 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR614215 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR659283 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1458484 3 0.3305 0.6613 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.1608 0.9077 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR656588 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.1478 0.9349 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1442149 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.1121 0.9219 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.1121 0.9219 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1414857 4 0.0162 0.9781 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1321225 3 0.1121 0.9161 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1069802 5 0.4074 0.7311 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1077643 5 0.3019 0.7189 0.000 0.088 0.048 0.000 0.864
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1430133 2 0.0290 0.9476 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.2171 0.8994 0.000 0.024 0.000 0.912 0.064
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.1197 0.9201 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1469638 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR662150 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1400290 3 0.1792 0.8892 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1084892 2 0.0162 0.9479 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416166 5 0.1478 0.8274 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1477015 1 0.4304 0.0524 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.3561 0.6321 0.000 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.1341 0.9378 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.1908 0.8958 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR599086 1 0.1732 0.9031 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.4810 0.6518 0.712 0.000 0.000 0.204 0.084
#> SRR807877 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.2446 0.8656 0.056 0.000 0.900 0.000 0.044
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.4929 0.6745 0.716 0.148 0.000 0.000 0.136
#> SRR600474 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1323628 5 0.3109 0.9581 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.2068 0.8432 0.000 0.092 0.904 0.000 0.004
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.1908 0.8831 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1434093 3 0.2011 0.8834 0.004 0.000 0.908 0.000 0.088
#> SRR1341408 2 0.0404 0.9427 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR612335 5 0.3992 0.8728 0.108 0.036 0.000 0.036 0.820
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.4114 0.4007 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.1502 0.9368 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR614996 1 0.2471 0.8646 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311509 5 0.3289 0.8639 0.108 0.000 0.048 0.000 0.844
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.2932 0.8437 0.032 0.000 0.864 0.000 0.104
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9481 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0880 0.9442 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1388105 4 0.0000 0.9812 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9401 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0146 0.9216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 5 0.2730 0.8824 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486174 5 0.2762 0.8795 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 6 0.2300 0.9416 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397180 4 0.3428 0.5584 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.6803 0.3692 0.264 0.000 0.488 0.000 0.116 0.132
#> SRR818530 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405206 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380785 5 0.3297 0.8484 0.000 0.068 0.112 0.000 0.820 0.000
#> SRR612875 1 0.4613 0.7045 0.688 0.000 0.000 0.000 0.116 0.196
#> SRR808327 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 5 0.2562 0.7730 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.1124 0.9009 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1084965 1 0.1387 0.8895 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1310563 3 0.0713 0.9105 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1356487 5 0.2697 0.8850 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.1007 0.9029 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 5 0.2426 0.8283 0.000 0.012 0.092 0.000 0.884 0.012
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1087197 3 0.4288 0.7413 0.008 0.000 0.748 0.000 0.112 0.132
#> SRR1383960 1 0.6963 0.2491 0.420 0.332 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR600924 1 0.0146 0.9216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662390 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598148 3 0.4552 0.6501 0.000 0.000 0.700 0.000 0.172 0.128
#> SRR1444390 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR603918 5 0.2218 0.8186 0.000 0.012 0.000 0.000 0.884 0.104
#> SRR1468682 2 0.3330 0.5793 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR1490505 5 0.2762 0.8795 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1343859 3 0.0909 0.9104 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444954 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1479286 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1358482 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR599380 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 6 0.2762 0.9041 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0363 0.9187 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR601239 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.1556 0.8551 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 5 0.5178 0.5544 0.000 0.116 0.000 0.304 0.580 0.000
#> SRR816358 1 0.2070 0.8657 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR658283 3 0.1866 0.8734 0.000 0.000 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR813728 5 0.2697 0.8850 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1394520 1 0.0547 0.9152 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.2446 0.8471 0.864 0.000 0.000 0.000 0.012 0.124
#> SRR1405593 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1326040 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 5 0.2266 0.9084 0.000 0.108 0.000 0.012 0.880 0.000
#> SRR1398706 5 0.2048 0.9134 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1368794 5 0.2631 0.8898 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR1392749 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 6 0.2260 0.9423 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR663100 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 6 0.2680 0.8712 0.056 0.000 0.000 0.000 0.076 0.868
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1435182 2 0.1204 0.8819 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.2346 0.8494 0.868 0.000 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR602461 1 0.0260 0.9203 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1334338 1 0.1957 0.8620 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663014 4 0.2030 0.8825 0.000 0.028 0.000 0.908 0.064 0.000
#> SRR1417960 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657695 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1357650 2 0.3706 0.1889 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470816 5 0.3866 0.2775 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.1075 0.9008 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1318998 3 0.0458 0.9176 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1392795 5 0.3023 0.8430 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 5 0.3774 0.2912 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604230 6 0.2300 0.9416 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 5 0.1995 0.8051 0.000 0.052 0.000 0.000 0.912 0.036
#> SRR665514 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR613186 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.3396 0.7510 0.000 0.812 0.000 0.000 0.116 0.072
#> SRR1402195 6 0.2688 0.8805 0.064 0.000 0.000 0.000 0.068 0.868
#> SRR1429516 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406662 5 0.2048 0.9134 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1333414 5 0.2762 0.8795 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1369030 5 0.2793 0.8761 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 5 0.2762 0.8795 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 6 0.2793 0.9000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473505 5 0.2219 0.9095 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1402068 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0146 0.9216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418390 5 0.3823 0.4696 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 6 0.2260 0.9423 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR601868 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347500 6 0.2300 0.9416 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1443182 4 0.1663 0.8865 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1457872 4 0.3151 0.6603 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0458 0.9244 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 5 0.2048 0.9136 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR604174 6 0.1910 0.9251 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1345221 6 0.2300 0.9416 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR815517 3 0.0458 0.9176 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.1765 0.8463 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.2586 0.8455 0.000 0.000 0.868 0.000 0.100 0.032
#> SRR1434975 3 0.3804 0.2226 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1445741 5 0.3634 0.6547 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1088142 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR604206 6 0.2300 0.9416 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410334 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.3797 0.0316 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.3151 0.6405 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 5 0.2300 0.9069 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1316725 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1314851 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.4515 0.7531 0.736 0.016 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 5 0.2697 0.8850 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1366690 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0632 0.9162 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1319344 5 0.2426 0.8283 0.000 0.012 0.092 0.000 0.884 0.012
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479933 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0363 0.9187 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1384827 5 0.3719 0.8074 0.000 0.248 0.024 0.000 0.728 0.000
#> SRR814587 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656899 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349772 6 0.3175 0.8413 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1317305 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1093649 5 0.2218 0.8256 0.000 0.012 0.104 0.000 0.884 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 5 0.2854 0.8695 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0146 0.9216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615335 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1321505 1 0.2346 0.8494 0.868 0.000 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.2416 0.8040 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR657903 6 0.2260 0.9423 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 6 0.2260 0.9423 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1441850 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613759 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1472281 2 0.3782 0.2959 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.1910 0.8311 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1313560 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1092889 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1352213 1 0.0363 0.9166 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.2883 0.6393 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 5 0.3670 0.5877 0.000 0.000 0.284 0.000 0.704 0.012
#> SRR660366 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0458 0.9170 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1378131 5 0.3062 0.8313 0.000 0.052 0.000 0.112 0.836 0.000
#> SRR1325464 1 0.1387 0.8895 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1340280 3 0.1367 0.8939 0.000 0.000 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.2218 0.8256 0.000 0.012 0.104 0.000 0.884 0.000
#> SRR661120 1 0.3953 0.7768 0.764 0.000 0.000 0.000 0.104 0.132
#> SRR601613 1 0.2494 0.8477 0.864 0.000 0.000 0.000 0.016 0.120
#> SRR811535 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 6 0.3547 0.7286 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR598509 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1339921 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR664743 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.1007 0.9029 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 6 0.3756 0.5970 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR808808 3 0.6728 0.4120 0.244 0.000 0.508 0.000 0.116 0.132
#> SRR656288 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 5 0.2697 0.8850 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.4222 0.7640 0.748 0.004 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR807901 6 0.2300 0.9416 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR816064 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0146 0.9216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR662749 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 5 0.2333 0.8995 0.000 0.092 0.024 0.000 0.884 0.000
#> SRR1343653 2 0.2762 0.7161 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1336134 5 0.2996 0.8480 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR654940 5 0.2219 0.9098 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR811145 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 6 0.2527 0.8243 0.024 0.000 0.000 0.000 0.108 0.868
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388419 5 0.2219 0.9098 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1442250 5 0.2426 0.8283 0.000 0.012 0.092 0.000 0.884 0.012
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0146 0.9216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315393 5 0.2697 0.8850 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 6 0.2527 0.9237 0.108 0.000 0.000 0.000 0.024 0.868
#> SRR1451778 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR657089 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395659 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1385716 3 0.1610 0.8784 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1466109 1 0.0458 0.9170 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.3743 0.7262 0.724 0.000 0.000 0.000 0.024 0.252
#> SRR1485078 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR661806 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1334919 3 0.0508 0.9189 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR599249 6 0.2260 0.9411 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR810051 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1434399 6 0.2260 0.9423 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0146 0.9216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1382508 3 0.1141 0.8983 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1405028 6 0.1204 0.8751 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR612719 1 0.6677 0.4154 0.516 0.000 0.240 0.000 0.112 0.132
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 6 0.2631 0.9167 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 6 0.2568 0.8733 0.056 0.000 0.000 0.000 0.068 0.876
#> SRR1477837 3 0.3756 0.3579 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR607252 6 0.2300 0.9416 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1418946 3 0.6803 0.3692 0.264 0.000 0.488 0.000 0.116 0.132
#> SRR1456567 4 0.3563 0.4897 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.3446 0.4195 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1335627 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 5 0.2597 0.8915 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815735 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.3962 0.7582 0.764 0.000 0.000 0.120 0.000 0.116
#> SRR659983 6 0.3578 0.7159 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR1402414 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR614215 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR659283 6 0.2300 0.9416 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 6 0.2664 0.9136 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1458484 3 0.2854 0.6962 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419829 5 0.2003 0.9139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 6 0.2178 0.9417 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.1531 0.8877 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR656588 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 5 0.2092 0.9127 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1442149 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0260 0.9203 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0363 0.9188 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414857 4 0.0363 0.9672 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.1866 0.8734 0.000 0.000 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR1069802 6 0.3578 0.7123 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR1077643 5 0.2854 0.7071 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467612 5 0.2697 0.8850 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1430133 2 0.3804 0.0142 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 5 0.2301 0.8284 0.000 0.020 0.000 0.096 0.884 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0458 0.9170 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1469638 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR662150 6 0.2300 0.9416 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1400290 3 0.3405 0.8012 0.000 0.000 0.812 0.000 0.112 0.076
#> SRR1084892 2 0.3817 -0.0216 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR1416166 6 0.1814 0.7425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1477015 3 0.3899 0.3405 0.404 0.000 0.592 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380501 2 0.3266 0.6045 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446156 5 0.2178 0.9106 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.2446 0.8471 0.864 0.000 0.000 0.000 0.012 0.124
#> SRR599086 1 0.1643 0.8857 0.924 0.000 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.4196 0.7286 0.740 0.000 0.000 0.144 0.000 0.116
#> SRR807877 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.1701 0.8825 0.008 0.000 0.920 0.000 0.072 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.6992 0.1264 0.380 0.372 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR600474 1 0.0146 0.9216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1323628 6 0.2300 0.9416 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.1910 0.8395 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.3650 0.7837 0.000 0.000 0.792 0.000 0.116 0.092
#> SRR1434093 3 0.3607 0.7874 0.000 0.000 0.796 0.000 0.112 0.092
#> SRR1341408 2 0.0260 0.9323 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR612335 6 0.2860 0.8696 0.052 0.000 0.000 0.012 0.068 0.868
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.3684 0.4229 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 5 0.2278 0.9114 0.000 0.128 0.000 0.004 0.868 0.000
#> SRR614996 1 0.4083 0.7674 0.752 0.000 0.000 0.000 0.116 0.132
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311509 6 0.2685 0.8759 0.060 0.000 0.000 0.000 0.072 0.868
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.3650 0.7837 0.000 0.000 0.792 0.000 0.116 0.092
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 5 0.2762 0.8795 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1388105 4 0.0000 0.9790 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9260 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.945 0.951 0.979 0.4995 0.501 0.501
#> 3 3 0.919 0.914 0.967 0.2057 0.881 0.766
#> 4 4 0.903 0.882 0.941 0.1740 0.873 0.691
#> 5 5 0.800 0.819 0.892 0.0909 0.897 0.664
#> 6 6 0.893 0.873 0.936 0.0495 0.929 0.702
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1321283 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.9866 0.2556 0.568 0.432
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.1414 0.9610 0.020 0.980
#> SRR602437 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.1184 0.9645 0.016 0.984
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.1633 0.9578 0.976 0.024
#> SRR1383960 1 0.8016 0.6852 0.756 0.244
#> SRR600924 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1352936 1 0.5059 0.8685 0.888 0.112
#> SRR598148 1 0.1414 0.9613 0.980 0.020
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.6801 0.7786 0.180 0.820
#> SRR1381524 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.9686 0.3367 0.604 0.396
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.4690 0.8819 0.900 0.100
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.5059 0.8685 0.888 0.112
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.5178 0.8641 0.884 0.116
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR658283 1 0.9988 0.0902 0.520 0.480
#> SRR813728 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.0376 0.9755 0.996 0.004
#> SRR815661 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.9661 0.3664 0.608 0.392
#> SRR663014 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1474730 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.7745 0.7092 0.228 0.772
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1347667 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.1843 0.9538 0.028 0.972
#> SRR665514 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1454522 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.9170 0.5162 0.332 0.668
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR613186 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.6247 0.8152 0.844 0.156
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.3114 0.9266 0.056 0.944
#> SRR1402195 1 0.6531 0.7999 0.832 0.168
#> SRR1429516 2 0.9795 0.2947 0.416 0.584
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.0376 0.9747 0.004 0.996
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.7815 0.6999 0.232 0.768
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.0376 0.9755 0.996 0.004
#> SRR656433 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR815517 2 0.2603 0.9386 0.044 0.956
#> SRR615970 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.5946 0.8259 0.144 0.856
#> SRR1419638 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.1843 0.9538 0.028 0.972
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.7950 0.6869 0.240 0.760
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.0376 0.9755 0.996 0.004
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.2236 0.9462 0.036 0.964
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.5059 0.8685 0.888 0.112
#> SRR1308696 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.9044 0.5312 0.680 0.320
#> SRR657903 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.9323 0.4818 0.348 0.652
#> SRR1364695 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.6887 0.7710 0.184 0.816
#> SRR660366 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.8555 0.6200 0.280 0.720
#> SRR1351583 1 0.0376 0.9755 0.996 0.004
#> SRR1437454 2 0.9775 0.3101 0.412 0.588
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR598509 1 0.4161 0.8995 0.916 0.084
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0376 0.9747 0.004 0.996
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.5737 0.8403 0.864 0.136
#> SRR807901 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.0672 0.9722 0.992 0.008
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.9775 0.3116 0.588 0.412
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.2043 0.9500 0.032 0.968
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.4431 0.8882 0.092 0.908
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.9427 0.4433 0.360 0.640
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1080977 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR661806 1 0.3431 0.9196 0.936 0.064
#> SRR1334919 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1330965 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1327680 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.6148 0.8160 0.848 0.152
#> SRR659983 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.7602 0.7240 0.780 0.220
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.0376 0.9755 0.996 0.004
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1401446 2 0.9323 0.4664 0.348 0.652
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1442149 1 0.8499 0.6172 0.724 0.276
#> SRR809137 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.7528 0.7296 0.784 0.216
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.5059 0.8650 0.112 0.888
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.4939 0.8708 0.892 0.108
#> SRR807877 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.7950 0.6918 0.760 0.240
#> SRR600474 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1430951 1 0.5842 0.8363 0.860 0.140
#> SRR1385364 2 0.3274 0.9232 0.060 0.940
#> SRR1478149 2 0.7883 0.6943 0.236 0.764
#> SRR1384413 2 0.2236 0.9464 0.036 0.964
#> SRR1366855 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.9460 0.4243 0.364 0.636
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.3274 0.9243 0.940 0.060
#> SRR1507229 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.0000 0.9787 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.1643 0.9060 0.044 0.956 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.2066 0.9099 0.000 0.060 0.940
#> SRR612875 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.5363 0.6182 0.000 0.276 0.724
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.8064 0.4530 0.328 0.084 0.588
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.2066 0.9107 0.000 0.060 0.940
#> SRR602437 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.1031 0.9257 0.024 0.976 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087197 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383960 1 0.5397 0.5614 0.720 0.280 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR598148 1 0.0237 0.9693 0.996 0.004 0.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 1 0.2959 0.8719 0.900 0.000 0.100
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479286 2 0.6008 0.4336 0.372 0.628 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.6252 0.1642 0.556 0.444 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.5810 0.4989 0.000 0.336 0.664
#> SRR813728 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.2165 0.8843 0.064 0.936 0.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.1643 0.9060 0.044 0.956 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.4915 0.7536 0.184 0.012 0.804
#> SRR663014 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 2 0.6192 0.3081 0.420 0.580 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 2 0.0592 0.9374 0.012 0.988 0.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 2 0.0237 0.9448 0.004 0.996 0.000
#> SRR1429802 2 0.6252 0.2379 0.444 0.556 0.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.0424 0.9411 0.008 0.992 0.000
#> SRR1402195 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429516 1 0.6299 0.0470 0.524 0.476 0.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.1643 0.9060 0.044 0.956 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 2 0.5706 0.5413 0.320 0.680 0.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.4062 0.7642 0.164 0.836 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.6260 0.2257 0.448 0.552 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.5760 0.5251 0.328 0.672 0.000
#> SRR1419638 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.1647 0.9112 0.036 0.960 0.004
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473142 2 0.1643 0.9060 0.044 0.956 0.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352234 2 0.6267 0.2127 0.452 0.548 0.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.5363 0.6068 0.276 0.724 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314851 2 0.3941 0.7726 0.156 0.844 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319344 2 0.3879 0.7871 0.000 0.848 0.152
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478434 2 0.1964 0.8936 0.056 0.944 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093649 2 0.5178 0.6283 0.000 0.744 0.256
#> SRR1478900 3 0.6192 0.2954 0.420 0.000 0.580
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340641 1 0.5327 0.5924 0.728 0.272 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.3941 0.7726 0.156 0.844 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.1643 0.9060 0.044 0.956 0.000
#> SRR1077528 2 0.6267 0.2128 0.452 0.548 0.000
#> SRR1364695 1 0.1411 0.9394 0.964 0.000 0.036
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 2 0.7129 0.6065 0.180 0.716 0.104
#> SRR660366 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 2 0.5988 0.4430 0.368 0.632 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 2 0.6286 0.1725 0.464 0.536 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0592 0.9629 0.988 0.000 0.012
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.4555 0.7198 0.000 0.800 0.200
#> SRR661120 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.5560 0.5714 0.300 0.700 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.6168 0.2681 0.000 0.588 0.412
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.3752 0.7899 0.856 0.144 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 2 0.6026 0.4240 0.376 0.624 0.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442250 2 0.4469 0.8156 0.076 0.864 0.060
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 1 0.6299 0.0469 0.524 0.476 0.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.1860 0.9244 0.948 0.000 0.052
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385716 3 0.3038 0.8632 0.104 0.000 0.896
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.5859 0.4865 0.344 0.000 0.656
#> SRR599249 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.2711 0.8865 0.912 0.000 0.088
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.3192 0.8297 0.112 0.888 0.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 2 0.6299 0.0559 0.000 0.524 0.476
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.4654 0.6953 0.792 0.208 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.1643 0.9060 0.044 0.956 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.1643 0.9255 0.000 0.044 0.956
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 1 0.5529 0.5541 0.704 0.296 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.1643 0.9255 0.000 0.044 0.956
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.4945 0.7835 0.104 0.840 0.056
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.3192 0.8577 0.888 0.000 0.112
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.4178 0.7498 0.828 0.172 0.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 1 0.4235 0.7685 0.824 0.000 0.176
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.1643 0.9214 0.956 0.044 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 2 0.5988 0.4430 0.368 0.632 0.000
#> SRR1366855 2 0.6168 0.3314 0.412 0.588 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 1 0.6252 0.1905 0.556 0.000 0.444
#> SRR1434093 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 1 0.4605 0.6988 0.796 0.204 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.6026 0.3618 0.624 0.000 0.376
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 1 0.3267 0.8530 0.884 0.000 0.116
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 2 0.3941 0.7726 0.156 0.844 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9737 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9610 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0188 0.9716 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0336 0.9540 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1442648 4 0.4431 0.6385 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1486174 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1349433 2 0.4994 -0.0287 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.1716 0.9210 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397180 4 0.1389 0.8642 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR657492 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0707 0.9643 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR817563 2 0.1867 0.9168 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR613462 1 0.0707 0.9643 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1454136 2 0.1716 0.9211 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1380785 3 0.1792 0.9070 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR612875 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1355194 3 0.1211 0.9327 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1408227 2 0.2149 0.9070 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1086304 4 0.6919 0.3169 0.000 0.116 0.368 0.516
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.2530 0.8668 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1084965 1 0.0188 0.9716 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.5833 0.5957 0.000 0.096 0.692 0.212
#> SRR602437 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1479263 2 0.0817 0.9276 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1367456 4 0.5722 0.6243 0.044 0.292 0.004 0.660
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 4 0.4454 0.6229 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1087197 1 0.5487 0.2937 0.580 0.020 0.000 0.400
#> SRR1383960 1 0.4661 0.4865 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0188 0.9555 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR598148 1 0.3900 0.7731 0.816 0.020 0.000 0.164
#> SRR1444390 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 4 0.3801 0.7420 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1468682 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1343859 1 0.7030 0.3798 0.580 0.012 0.112 0.296
#> SRR1075631 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.2704 0.8434 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1479286 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381524 3 0.0707 0.9476 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1392208 2 0.3528 0.7990 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1456693 4 0.4907 0.4226 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1358482 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR658331 3 0.0188 0.9555 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR810619 2 0.2149 0.9070 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR600829 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0336 0.9540 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1318662 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419453 3 0.0336 0.9540 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1437208 2 0.3311 0.8222 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.4996 0.1184 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1093269 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.4382 0.5866 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR813728 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.2149 0.9070 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1432366 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0707 0.9643 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.0188 0.8866 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1398706 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1368794 2 0.0921 0.9263 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1392749 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0707 0.9643 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0921 0.9280 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1400397 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1384917 4 0.2081 0.8462 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1435182 2 0.2281 0.9016 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1477569 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0188 0.9716 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.4301 0.7196 0.192 0.008 0.788 0.012
#> SRR663014 4 0.0592 0.8812 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1417960 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR657695 4 0.3764 0.7380 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1357650 2 0.3528 0.7363 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1472237 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1470816 4 0.4817 0.4943 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0817 0.9451 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1392795 2 0.4994 -0.1165 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.0000 0.9125 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1417766 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1420606 2 0.1716 0.8964 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1102756 2 0.4304 0.6656 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1366519 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1080438 4 0.4877 0.4184 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1391789 2 0.0817 0.9210 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1402195 1 0.4897 0.4803 0.660 0.008 0.000 0.332
#> SRR1429516 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406662 4 0.1792 0.8571 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1333414 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1369030 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0592 0.9606 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1434568 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473505 4 0.4790 0.4833 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1402068 2 0.1867 0.9031 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1490076 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1435501 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.2281 0.9011 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1397329 3 0.0188 0.9555 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR608480 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.2081 0.9097 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR815893 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457872 4 0.3172 0.7648 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR658481 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0188 0.9555 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.2149 0.9070 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1308674 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1321608 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1441464 2 0.2149 0.9070 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR607970 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.2469 0.8661 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR604174 1 0.0336 0.9689 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0336 0.9540 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.2149 0.8374 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1419638 1 0.0707 0.9643 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1434975 4 0.2266 0.8447 0.004 0.084 0.000 0.912
#> SRR1445741 2 0.2814 0.8360 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1088142 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.0336 0.9540 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410334 4 0.4804 0.5161 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1352234 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.4843 0.4324 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1409748 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1316725 2 0.0921 0.9262 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1314851 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0707 0.9643 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 4 0.3975 0.7224 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1366690 1 0.0469 0.9681 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.1716 0.9210 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1339321 4 0.0469 0.8836 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1442487 2 0.0921 0.9279 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1069690 4 0.3400 0.7635 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1319344 4 0.6613 0.5606 0.000 0.288 0.116 0.596
#> SRR1332835 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1334694 2 0.1940 0.9148 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1478434 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0592 0.9245 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1313853 2 0.1211 0.9282 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR661192 1 0.0336 0.9702 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0469 0.9216 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR814587 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1442273 4 0.4500 0.5839 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1407470 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1490289 4 0.0592 0.8812 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1093649 4 0.7175 0.5175 0.000 0.224 0.220 0.556
#> SRR1478900 1 0.5217 0.3720 0.608 0.012 0.380 0.000
#> SRR1447652 1 0.0188 0.9716 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0188 0.9716 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.4522 0.4709 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR657903 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.3837 0.7065 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1440445 3 0.0336 0.9540 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1088734 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364695 1 0.1042 0.9539 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR1348226 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR817825 4 0.5484 0.7208 0.072 0.040 0.112 0.776
#> SRR660366 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.2011 0.8913 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1323512 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1325247 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.1297 0.9520 0.964 0.020 0.016 0.000
#> SRR1455842 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.2647 0.8054 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR661120 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.4072 0.6865 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.1637 0.9230 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR604122 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0707 0.9643 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487233 4 0.4843 0.4785 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR662043 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1379365 4 0.4500 0.6202 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1384852 2 0.2149 0.9070 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1430357 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0188 0.9716 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.7668 0.2148 0.000 0.288 0.460 0.252
#> SRR1343653 4 0.4040 0.6853 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1336134 4 0.2530 0.8315 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR654940 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1098288 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.5099 0.3606 0.612 0.008 0.000 0.380
#> SRR1075997 2 0.2149 0.9070 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1090483 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0817 0.9269 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1442250 4 0.6936 0.5875 0.048 0.292 0.052 0.608
#> SRR1430679 2 0.2149 0.9070 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1311109 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392434 4 0.4994 -0.0839 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.5000 -0.1201 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1315393 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1330153 1 0.0672 0.9634 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1451778 1 0.0336 0.9689 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.1452 0.9388 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR1395659 4 0.3219 0.7869 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1385716 3 0.4319 0.6784 0.228 0.012 0.760 0.000
#> SRR1466109 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR661806 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.5320 0.2576 0.416 0.012 0.572 0.000
#> SRR599249 1 0.0336 0.9702 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.4564 0.5853 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.2843 0.8777 0.892 0.020 0.088 0.000
#> SRR1405028 1 0.0592 0.9666 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.1792 0.9193 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1361156 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0707 0.9643 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1477837 4 0.0188 0.8849 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR607252 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0707 0.9643 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1456567 4 0.2973 0.7953 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1487425 2 0.3356 0.7919 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1335627 4 0.4843 0.4785 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.2760 0.8028 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.2081 0.9098 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR601645 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.3764 0.6998 0.172 0.012 0.000 0.816
#> SRR659983 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 4 0.4746 0.5340 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR614215 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0707 0.9476 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1452741 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0188 0.9706 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387091 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419829 4 0.4843 0.4785 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0672 0.9634 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1367849 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0469 0.9521 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1398311 4 0.4888 0.4067 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1442149 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0707 0.8803 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1321225 3 0.2081 0.8914 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 4 0.5972 0.6662 0.068 0.244 0.008 0.680
#> SRR1334154 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.1716 0.9219 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1467612 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1430133 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.2563 0.8955 0.908 0.020 0.072 0.000
#> SRR1084892 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1416166 1 0.0707 0.9643 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.2149 0.8819 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1446156 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.2149 0.9070 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1086889 2 0.1302 0.9281 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR814611 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.2928 0.7776 0.108 0.012 0.000 0.880
#> SRR807877 4 0.2814 0.8048 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.2149 0.9070 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR601986 1 0.2775 0.8830 0.896 0.020 0.084 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 2 0.4955 0.1643 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0188 0.9555 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1478149 3 0.0336 0.9540 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.5130 0.4787 0.652 0.016 0.332 0.000
#> SRR1434093 1 0.0707 0.9643 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.2973 0.8571 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR612335 1 0.5288 0.0891 0.520 0.008 0.000 0.472
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.4304 0.5970 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1398371 4 0.0336 0.8855 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR614996 1 0.0469 0.9686 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1431602 4 0.4817 0.4856 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1311509 1 0.5040 0.4044 0.628 0.008 0.000 0.364
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.2676 0.8790 0.896 0.012 0.092 0.000
#> SRR1392813 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1453026 2 0.0707 0.9270 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1388105 4 0.0000 0.8883 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9729 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9566 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.1478 0.88595 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1468613 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1381693 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.3424 0.76889 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1442648 4 0.5733 0.55593 0.000 0.256 0.000 0.608 0.136
#> SRR1486174 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1349433 2 0.5508 -0.08040 0.000 0.476 0.000 0.460 0.064
#> SRR1321283 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0963 0.87924 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 4 0.1410 0.86348 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR818530 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR817563 2 0.2773 0.81813 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR613462 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1405206 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1454136 2 0.1914 0.87952 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> SRR1380785 3 0.5084 0.65153 0.000 0.052 0.616 0.000 0.332
#> SRR612875 5 0.4161 0.60484 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR808327 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1355194 3 0.4232 0.70749 0.000 0.012 0.676 0.000 0.312
#> SRR1408227 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1086304 5 0.0880 0.60923 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1080415 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.4844 0.78446 0.000 0.720 0.000 0.108 0.172
#> SRR1084965 1 0.4182 -0.01425 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1310563 5 0.3612 0.32476 0.000 0.008 0.228 0.000 0.764
#> SRR602437 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1479263 2 0.1831 0.88102 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR1409641 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1367456 5 0.5686 -0.09840 0.000 0.092 0.000 0.356 0.552
#> SRR1072650 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 4 0.4789 0.71456 0.000 0.116 0.000 0.728 0.156
#> SRR1087197 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1383960 5 0.3064 0.66922 0.036 0.108 0.000 0.000 0.856
#> SRR600924 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1071692 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.3480 0.76063 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR598148 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1444390 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 4 0.4190 0.75316 0.000 0.060 0.000 0.768 0.172
#> SRR1468682 4 0.1671 0.85406 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1490505 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1343859 5 0.4792 0.69728 0.228 0.000 0.016 0.040 0.716
#> SRR1075631 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.4936 0.77626 0.000 0.712 0.000 0.116 0.172
#> SRR1479286 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 5 0.2605 0.58897 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1392208 2 0.2966 0.78206 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1456693 4 0.5784 0.55099 0.000 0.252 0.000 0.604 0.144
#> SRR1358482 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR658331 3 0.3395 0.76822 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR810619 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR600829 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR599380 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.3480 0.76167 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1318662 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 5 0.4192 0.58590 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR601239 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.3480 0.76167 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1437208 2 0.1671 0.85319 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.4150 0.42223 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1093269 2 0.0404 0.87925 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1341456 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.4171 0.00307 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR658283 5 0.2561 0.59099 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR813728 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1394520 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 5 0.3305 0.76568 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1405593 5 0.4161 0.60484 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1326040 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1312725 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.0162 0.89167 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1398706 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1368794 2 0.2719 0.87134 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR1392749 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.4262 -0.10184 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1464281 2 0.0404 0.88014 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1384917 4 0.3691 0.77524 0.000 0.040 0.000 0.804 0.156
#> SRR1435182 2 0.1478 0.86714 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1477569 5 0.4161 0.60484 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR602461 1 0.3003 0.68012 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1334338 5 0.4242 0.54238 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1354710 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 5 0.3752 0.36790 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR663014 4 0.0671 0.88511 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1417960 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR657695 4 0.5258 0.65163 0.000 0.180 0.000 0.680 0.140
#> SRR1357650 2 0.5263 0.68833 0.000 0.680 0.000 0.176 0.144
#> SRR1472237 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1470816 4 0.5689 0.57284 0.000 0.248 0.000 0.616 0.136
#> SRR1458358 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 5 0.4294 0.45566 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1318998 3 0.4065 0.74399 0.000 0.016 0.720 0.000 0.264
#> SRR1392795 4 0.6144 0.33455 0.000 0.344 0.000 0.512 0.144
#> SRR1469859 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 5 0.1270 0.57777 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR665514 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR613186 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1417766 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1420606 2 0.4161 0.61621 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1326687 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1102756 2 0.3796 0.61169 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1366519 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1080438 4 0.5565 0.57781 0.000 0.240 0.000 0.632 0.128
#> SRR1391789 5 0.2561 0.61853 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1402195 1 0.3112 0.80067 0.856 0.000 0.000 0.044 0.100
#> SRR1429516 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 4 0.0992 0.87524 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR1333414 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1369030 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1342916 1 0.0290 0.94974 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1362824 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1455326 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 4 0.5618 0.57980 0.000 0.224 0.000 0.632 0.144
#> SRR1402068 2 0.4075 0.83540 0.000 0.780 0.000 0.060 0.160
#> SRR1490076 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1435501 5 0.4161 0.60484 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1452491 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1397329 3 0.0963 0.90200 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1093243 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR608480 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 4 0.2966 0.76015 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.3452 0.76444 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR656433 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1308674 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1321608 2 0.2471 0.87343 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1441464 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.4647 0.80032 0.000 0.736 0.000 0.092 0.172
#> SRR604174 1 0.2074 0.84312 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1345221 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.3508 0.75745 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR615970 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0404 0.94589 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1331013 4 0.3177 0.75421 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1419638 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1434975 5 0.1478 0.62595 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1445741 2 0.4212 0.82254 0.000 0.776 0.000 0.080 0.144
#> SRR1088142 5 0.4161 0.60484 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR604206 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.3636 0.73499 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1473142 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 4 0.5608 0.62244 0.000 0.188 0.000 0.640 0.172
#> SRR1352234 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.1121 0.87085 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1489715 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1364780 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.4161 0.46199 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1316725 2 0.2719 0.87132 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR1314851 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1308696 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 4 0.5452 0.63104 0.000 0.200 0.000 0.656 0.144
#> SRR1366690 1 0.2127 0.83456 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1317707 2 0.0963 0.87924 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1339321 4 0.1043 0.87610 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1442487 2 0.0912 0.88242 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1069690 4 0.2554 0.83914 0.000 0.072 0.000 0.892 0.036
#> SRR1319344 4 0.6639 0.61732 0.000 0.092 0.116 0.620 0.172
#> SRR1332835 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1334694 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1313853 2 0.0703 0.88151 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR661192 1 0.4306 -0.35669 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1384827 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR814587 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1442273 4 0.3983 0.59945 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1407470 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1490289 4 0.0671 0.88511 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1093649 4 0.6713 0.55962 0.000 0.060 0.192 0.596 0.152
#> SRR1478900 5 0.3909 0.75750 0.216 0.000 0.024 0.000 0.760
#> SRR1447652 1 0.0290 0.94977 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1324545 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR2170537 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0794 0.92925 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR615335 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1321505 5 0.4182 0.59250 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1457768 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.4294 0.15856 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.2424 0.82171 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1440445 3 0.3534 0.75325 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1088734 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 5 0.3790 0.72230 0.272 0.000 0.004 0.000 0.724
#> SRR1348226 5 0.4161 0.60484 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1313560 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1352213 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR817825 5 0.4442 0.35698 0.004 0.000 0.016 0.304 0.676
#> SRR660366 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.3911 0.83893 0.000 0.796 0.000 0.060 0.144
#> SRR1323512 2 0.3255 0.87779 0.000 0.848 0.000 0.052 0.100
#> SRR1325247 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1455842 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.2574 0.49663 0.000 0.112 0.012 0.000 0.876
#> SRR661120 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR601613 5 0.4161 0.60484 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR811535 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.2535 0.86370 0.000 0.892 0.000 0.076 0.032
#> SRR1375677 1 0.1671 0.87179 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1365700 2 0.0880 0.88057 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.1478 0.88724 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1339921 5 0.4161 0.60484 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR664743 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR656288 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 4 0.5716 0.57217 0.000 0.240 0.000 0.616 0.144
#> SRR662043 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1379365 4 0.5632 0.58856 0.000 0.232 0.000 0.628 0.140
#> SRR1384852 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR807901 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.1544 0.88111 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1349893 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR662749 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.6964 0.46189 0.000 0.092 0.456 0.064 0.388
#> SRR1343653 4 0.3949 0.61160 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1336134 4 0.4268 0.75423 0.000 0.084 0.000 0.772 0.144
#> SRR654940 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1098288 2 0.1043 0.88095 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1326343 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 5 0.5785 0.61269 0.332 0.000 0.000 0.108 0.560
#> SRR1075997 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 5 0.4161 0.60484 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1312482 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.2806 0.86805 0.000 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR1442250 5 0.5440 -0.17274 0.000 0.064 0.000 0.396 0.540
#> SRR1430679 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.4278 0.32106 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0290 0.94962 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383937 4 0.4294 0.31247 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1315393 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1094506 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1330153 1 0.0794 0.92670 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1451778 1 0.0794 0.92670 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR657089 5 0.3421 0.76004 0.204 0.000 0.008 0.000 0.788
#> SRR1395659 4 0.4179 0.74700 0.000 0.152 0.000 0.776 0.072
#> SRR1385716 5 0.3593 0.71541 0.088 0.000 0.084 0.000 0.828
#> SRR1466109 5 0.4161 0.60484 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1080977 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 5 0.4297 0.43573 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1485078 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR661806 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1334919 5 0.2970 0.78594 0.168 0.000 0.004 0.000 0.828
#> SRR599249 1 0.2179 0.82403 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR810051 2 0.3999 0.56024 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1407202 1 0.1410 0.89249 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1434399 1 0.0609 0.93786 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1330965 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 5 0.2753 0.77298 0.136 0.000 0.008 0.000 0.856
#> SRR1405028 5 0.4262 0.50878 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR612719 5 0.2773 0.78567 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1340617 2 0.0963 0.87933 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.2471 0.87343 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1361156 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 5 0.4074 0.63384 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1477837 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1456567 4 0.2773 0.78073 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1487425 2 0.4322 0.82994 0.000 0.768 0.000 0.088 0.144
#> SRR1335627 4 0.5716 0.57217 0.000 0.240 0.000 0.616 0.144
#> SRR1327680 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.4981 0.74525 0.000 0.708 0.120 0.000 0.172
#> SRR1447673 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 5 0.4060 0.64908 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1404251 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 5 0.5425 0.49606 0.080 0.000 0.000 0.320 0.600
#> SRR659983 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 4 0.5668 0.58485 0.000 0.232 0.000 0.624 0.144
#> SRR614215 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 5 0.2561 0.59099 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1452741 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1458484 1 0.0912 0.93057 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1387091 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 4 0.5716 0.57217 0.000 0.240 0.000 0.616 0.144
#> SRR1434315 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.1965 0.85328 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1367849 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 5 0.4114 0.15465 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1398311 4 0.5847 0.50223 0.000 0.264 0.000 0.592 0.144
#> SRR1442149 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.1121 0.87297 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1321225 5 0.2561 0.59099 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1069802 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 4 0.6148 0.64510 0.068 0.064 0.000 0.632 0.236
#> SRR1334154 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0880 0.88062 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1467612 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1430133 2 0.2471 0.87360 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1468595 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.4307 -0.36940 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1469638 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR662150 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 5 0.2806 0.78218 0.152 0.000 0.004 0.000 0.844
#> SRR1084892 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1416166 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1477015 1 0.1608 0.86905 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1380501 2 0.3534 0.66937 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1446156 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1086889 2 0.0794 0.88164 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR814611 5 0.3242 0.76992 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR599086 5 0.4305 0.40373 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1086844 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 5 0.5338 0.47436 0.060 0.004 0.000 0.328 0.608
#> SRR807877 4 0.3774 0.66115 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.1043 0.87772 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR601986 5 0.2773 0.78568 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1446226 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 5 0.2753 0.63046 0.008 0.136 0.000 0.000 0.856
#> SRR600474 5 0.4249 0.52812 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1307699 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1323628 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0703 0.90683 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1478149 3 0.3480 0.76167 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1384413 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 5 0.3242 0.70289 0.072 0.000 0.076 0.000 0.852
#> SRR1434093 5 0.2561 0.77942 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1341408 2 0.3003 0.79401 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR612335 1 0.4291 0.66723 0.772 0.000 0.000 0.136 0.092
#> SRR1321420 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.4517 0.33685 0.600 0.000 0.388 0.000 0.012
#> SRR1398371 4 0.0162 0.89166 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614996 5 0.2852 0.78686 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1431602 4 0.5644 0.58434 0.000 0.228 0.000 0.628 0.144
#> SRR1311509 1 0.2438 0.84292 0.900 0.000 0.000 0.060 0.040
#> SRR1507229 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 5 0.2970 0.78611 0.168 0.000 0.004 0.000 0.828
#> SRR1392813 2 0.2471 0.87343 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1453026 2 0.2561 0.87219 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1388105 4 0.0000 0.89320 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.95704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.91908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.2219 0.822 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1468613 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 5 0.0713 0.917 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.2219 0.825 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1442648 5 0.2257 0.832 0.000 0.116 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1486174 5 0.0790 0.918 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1349433 5 0.3650 0.622 0.000 0.280 0.000 0.012 0.708 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.1501 0.919 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0146 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1397180 4 0.1663 0.878 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0458 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818530 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 4 0.3842 0.723 0.000 0.156 0.000 0.768 0.076 0.000
#> SRR613462 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405206 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.2506 0.890 0.000 0.880 0.000 0.052 0.068 0.000
#> SRR1380785 5 0.2957 0.818 0.000 0.032 0.120 0.000 0.844 0.004
#> SRR612875 6 0.2219 0.807 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR808327 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1355194 5 0.3337 0.636 0.000 0.000 0.260 0.000 0.736 0.004
#> SRR1408227 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1086304 6 0.2402 0.749 0.000 0.000 0.012 0.000 0.120 0.868
#> SRR1080415 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084965 6 0.3868 0.213 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1310563 5 0.5119 0.498 0.000 0.000 0.220 0.000 0.624 0.156
#> SRR602437 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.3151 0.725 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1367456 5 0.0146 0.927 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1072650 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087197 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383960 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1071692 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.3823 0.345 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR598148 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444390 4 0.0146 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 5 0.1116 0.904 0.000 0.028 0.000 0.008 0.960 0.004
#> SRR1468682 4 0.2378 0.810 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1490505 5 0.0260 0.926 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1343859 6 0.3668 0.656 0.228 0.028 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1075631 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444954 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479286 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381524 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392208 2 0.3821 0.692 0.000 0.740 0.000 0.220 0.040 0.000
#> SRR1456693 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658331 3 0.3717 0.466 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR810619 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR600829 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR599380 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.3409 0.623 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1318662 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661337 6 0.2793 0.760 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR601239 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.2378 0.811 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1437208 2 0.1524 0.885 0.000 0.932 0.000 0.060 0.008 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.4106 0.679 0.000 0.188 0.000 0.736 0.076 0.000
#> SRR1093269 2 0.2003 0.891 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.0146 0.941 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR816358 6 0.3854 0.316 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR658283 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813728 5 0.0713 0.917 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087992 6 0.1556 0.823 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1405593 6 0.2219 0.807 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1326040 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.0865 0.921 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1398706 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368794 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392749 4 0.0790 0.923 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 6 0.3782 0.381 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1464281 2 0.1501 0.919 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1384917 5 0.1007 0.892 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1435182 2 0.2003 0.903 0.000 0.912 0.000 0.044 0.044 0.000
#> SRR1477569 6 0.2219 0.807 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR602461 1 0.3351 0.539 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1334338 6 0.2730 0.764 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1354710 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 6 0.2697 0.668 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR663014 4 0.1714 0.877 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1417960 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.1501 0.919 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR657695 5 0.0363 0.922 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1357650 5 0.0260 0.926 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1472237 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1470816 5 0.2257 0.832 0.000 0.116 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 6 0.3371 0.662 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1318998 3 0.5527 0.250 0.000 0.000 0.484 0.000 0.380 0.136
#> SRR1392795 5 0.0260 0.926 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 4 0.0146 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604230 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 6 0.0937 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR665514 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429802 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433684 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR613186 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1417766 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1420606 5 0.0937 0.915 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1326687 1 0.0260 0.967 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 5 0.1387 0.900 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1102756 2 0.3741 0.531 0.000 0.672 0.000 0.320 0.008 0.000
#> SRR1366519 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1080438 4 0.5199 0.446 0.000 0.120 0.000 0.580 0.300 0.000
#> SRR1391789 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402195 1 0.2842 0.850 0.852 0.044 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1429516 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406662 4 0.1267 0.905 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1333414 5 0.0260 0.926 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1369030 5 0.0260 0.926 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1342916 1 0.0914 0.957 0.968 0.016 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1362824 5 0.0790 0.918 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473505 5 0.0146 0.927 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1402068 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1435501 6 0.2762 0.755 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1452491 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1397329 3 0.0458 0.907 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1093243 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418390 5 0.1075 0.912 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0547 0.962 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457872 4 0.3782 0.428 0.000 0.360 0.000 0.636 0.004 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.2631 0.783 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR656433 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1308674 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1321608 2 0.3823 0.301 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR1441464 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 5 0.0790 0.918 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR604174 1 0.2934 0.840 0.844 0.044 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1345221 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.5515 0.262 0.000 0.000 0.492 0.000 0.372 0.136
#> SRR615970 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0790 0.957 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0547 0.957 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1331013 4 0.3446 0.591 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1419638 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434975 6 0.0458 0.847 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1445741 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 6 0.2219 0.807 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR604206 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.3857 0.260 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1473142 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410334 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352234 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.1007 0.913 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1489715 5 0.1387 0.900 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.3728 0.471 0.000 0.344 0.000 0.652 0.004 0.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314851 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 5 0.1245 0.914 0.000 0.032 0.000 0.016 0.952 0.000
#> SRR1366690 1 0.2219 0.835 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1317707 2 0.1501 0.919 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1339321 4 0.1753 0.881 0.000 0.084 0.000 0.912 0.004 0.000
#> SRR1442487 5 0.3862 0.121 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1069690 4 0.3266 0.662 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1319344 5 0.0146 0.927 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332835 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1334694 2 0.5507 0.530 0.000 0.612 0.000 0.268 0.044 0.076
#> SRR1478434 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479933 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.1501 0.919 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR661192 6 0.3659 0.561 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1384827 5 0.0937 0.915 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR814587 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656899 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0865 0.955 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1442273 2 0.2250 0.900 0.000 0.896 0.000 0.040 0.064 0.000
#> SRR1407470 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1490289 4 0.1714 0.877 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1093649 5 0.2902 0.744 0.000 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1478900 6 0.2191 0.795 0.120 0.000 0.004 0.000 0.000 0.876
#> SRR1447652 1 0.0260 0.965 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1324545 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.1267 0.919 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR615335 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1321505 6 0.2340 0.799 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1457768 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.4518 0.436 0.604 0.044 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR657903 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.3014 0.794 0.000 0.132 0.000 0.832 0.036 0.000
#> SRR1440445 3 0.3833 0.324 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1088734 4 0.0146 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364695 6 0.2491 0.761 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1348226 6 0.2219 0.807 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1313560 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR817825 6 0.4563 0.259 0.000 0.000 0.000 0.044 0.368 0.588
#> SRR660366 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 5 0.5875 0.248 0.000 0.236 0.000 0.288 0.476 0.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318484 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.0790 0.923 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455842 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.0972 0.914 0.000 0.008 0.000 0.000 0.964 0.028
#> SRR661120 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR601613 6 0.2219 0.807 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR811535 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.3023 0.839 0.000 0.836 0.000 0.044 0.120 0.000
#> SRR1375677 1 0.2889 0.844 0.848 0.044 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1365700 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR604122 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.2647 0.868 0.868 0.044 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1339921 6 0.2219 0.807 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR664743 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.1387 0.924 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 5 0.0937 0.915 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1379365 5 0.4246 0.281 0.000 0.020 0.000 0.400 0.580 0.000
#> SRR1384852 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1430357 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164847 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR807901 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.1957 0.856 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1349893 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR662749 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 5 0.0790 0.918 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1343653 4 0.4552 0.300 0.000 0.388 0.000 0.572 0.040 0.000
#> SRR1336134 5 0.2046 0.880 0.000 0.032 0.000 0.060 0.908 0.000
#> SRR654940 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.2697 0.816 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1326343 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 6 0.4389 0.734 0.160 0.028 0.000 0.064 0.000 0.748
#> SRR1075997 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388698 6 0.2219 0.807 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1312482 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0146 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1388419 5 0.0790 0.918 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1442250 5 0.2562 0.779 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1430679 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392434 4 0.2697 0.763 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0146 0.967 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383937 4 0.4703 0.315 0.000 0.380 0.000 0.568 0.052 0.000
#> SRR1315393 5 0.1141 0.910 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 5 0.0260 0.926 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1330153 1 0.1152 0.949 0.952 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1451778 1 0.1152 0.949 0.952 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657089 6 0.2060 0.814 0.084 0.016 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1395659 4 0.4662 0.605 0.000 0.096 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR1385716 6 0.0146 0.855 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1466109 6 0.2219 0.807 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1080977 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 6 0.3023 0.722 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1485078 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661806 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1334919 6 0.0260 0.856 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR599249 1 0.2730 0.761 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR810051 2 0.4523 0.137 0.000 0.516 0.000 0.452 0.032 0.000
#> SRR1407202 1 0.1610 0.896 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1434399 1 0.1713 0.931 0.928 0.044 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1330965 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405028 6 0.2762 0.757 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR612719 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1340617 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 5 0.2340 0.805 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 6 0.2219 0.806 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1477837 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607252 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456567 4 0.2357 0.838 0.000 0.116 0.000 0.872 0.012 0.000
#> SRR1487425 5 0.1549 0.891 0.000 0.020 0.000 0.044 0.936 0.000
#> SRR1335627 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 5 0.0790 0.918 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815735 6 0.2003 0.817 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1404251 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 6 0.2980 0.703 0.008 0.000 0.000 0.192 0.000 0.800
#> SRR659983 1 0.0458 0.964 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 5 0.0260 0.925 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR614215 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452741 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1458484 1 0.0820 0.953 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1387091 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419829 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.2795 0.855 0.856 0.044 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1367849 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 6 0.3737 0.219 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1398311 5 0.0146 0.927 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1442149 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.1745 0.888 0.000 0.068 0.000 0.920 0.012 0.000
#> SRR1321225 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 5 0.3524 0.797 0.068 0.036 0.000 0.000 0.832 0.064
#> SRR1334154 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1467612 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 5 0.1814 0.875 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 4 0.0146 0.941 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 6 0.3547 0.616 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1469638 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR662150 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084892 5 0.0937 0.915 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1416166 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477015 1 0.1075 0.930 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1380501 5 0.4920 0.568 0.000 0.220 0.000 0.000 0.648 0.132
#> SRR1446156 4 0.0790 0.923 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1488328 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1086889 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR814611 6 0.1387 0.830 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR599086 6 0.3446 0.644 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1086844 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 6 0.2260 0.753 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR807877 2 0.2350 0.861 0.000 0.888 0.000 0.076 0.036 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.1007 0.937 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR601986 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600474 6 0.3175 0.686 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1307699 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1323628 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0935 0.888 0.000 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478149 3 0.2219 0.825 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1384413 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434093 6 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341408 4 0.3025 0.780 0.000 0.156 0.000 0.820 0.024 0.000
#> SRR612335 1 0.3208 0.853 0.848 0.044 0.000 0.024 0.000 0.084
#> SRR1321420 1 0.1007 0.951 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.3955 0.232 0.560 0.000 0.436 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398371 4 0.0865 0.921 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR614996 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1431602 5 0.1610 0.861 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1311509 1 0.1549 0.939 0.936 0.044 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1507229 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469591 6 0.0146 0.857 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1392813 5 0.2416 0.812 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1453026 5 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 4 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.502 0.902 0.897 0.4000 0.589 0.589
#> 3 3 0.788 0.797 0.916 0.5716 0.748 0.587
#> 4 4 0.683 0.731 0.785 0.1268 0.832 0.581
#> 5 5 0.630 0.675 0.768 0.0682 0.922 0.724
#> 6 6 0.748 0.752 0.834 0.0577 0.923 0.700
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1467904 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1442648 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1486174 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1349433 2 0.2423 0.8517 0.040 0.960
#> SRR1321283 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1458026 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1094192 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1397180 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR657492 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR662665 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR818530 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR817563 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR613462 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1405206 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1454136 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR1380785 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR612875 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR808327 2 0.2778 0.8548 0.048 0.952
#> SRR1355194 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR1086304 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1084965 1 0.9970 -0.2480 0.532 0.468
#> SRR1310563 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1479263 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.2778 0.8548 0.048 0.952
#> SRR1367456 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1087197 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1383960 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR600924 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR662390 2 0.7745 0.8913 0.228 0.772
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1352936 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR598148 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1444390 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1444644 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1468682 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1490505 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1343859 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1075631 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1444954 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1479286 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1381524 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1392208 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1456693 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1358482 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR658331 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR810619 2 0.6973 0.9024 0.188 0.812
#> SRR600829 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR599380 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1489693 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1318662 2 0.2423 0.8517 0.040 0.960
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR661337 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1468995 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1419453 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1437208 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1093269 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1341456 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR657456 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR807727 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR816358 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR658283 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR813728 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.2603 0.8532 0.044 0.956
#> SRR1432366 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1087992 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1405593 2 0.8207 0.8603 0.256 0.744
#> SRR1326040 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1398706 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1368794 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1392749 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR603968 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR815661 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR661229 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR663705 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1464281 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1400397 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.2778 0.8548 0.048 0.952
#> SRR1384917 2 0.7219 0.9058 0.200 0.800
#> SRR1435182 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR613510 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR663014 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1417960 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1474730 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1381269 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR657695 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1357650 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1472237 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1470816 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1392795 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1360587 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR604230 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1347667 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR608096 2 0.4298 0.8685 0.088 0.912
#> SRR665514 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1454522 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1419615 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1429802 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1345436 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1433684 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR613186 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1343795 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1417766 2 0.6973 0.9024 0.188 0.812
#> SRR1420606 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1458973 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1309856 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1102756 2 0.0938 0.8389 0.012 0.988
#> SRR1366519 2 0.2423 0.8517 0.040 0.960
#> SRR1080438 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1391789 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR1402195 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1429516 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1406662 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1333414 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1369030 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.7602 0.8992 0.220 0.780
#> SRR1434568 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1341965 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1473505 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1402068 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1490076 2 0.2423 0.8517 0.040 0.960
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1397329 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1093243 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1418390 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR608480 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.6887 0.7029 0.816 0.184
#> SRR601868 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR815893 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1455503 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR810737 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1457872 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR658481 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1332607 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR656433 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.2778 0.8548 0.048 0.952
#> SRR1308674 2 0.0938 0.8389 0.012 0.988
#> SRR1338363 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1344271 2 0.2778 0.8548 0.048 0.952
#> SRR1321608 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1441464 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR607970 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR604174 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR815517 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR615970 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1419638 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1434975 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1445741 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1088142 2 0.8016 0.8742 0.244 0.756
#> SRR604206 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1358779 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1473142 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1410334 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1352234 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1487807 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1489715 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1364780 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1409748 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1316725 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1314851 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1406599 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1308696 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR808772 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1366690 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1317707 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1339321 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1442487 2 0.0376 0.8349 0.004 0.996
#> SRR1069690 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1319344 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1332835 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1479933 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1313853 2 0.3114 0.8576 0.056 0.944
#> SRR661192 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR656899 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1317305 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1442273 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1407470 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR1490289 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1093649 2 0.7219 0.9058 0.200 0.800
#> SRR1478900 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR602106 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR615335 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1457768 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1340641 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR657903 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR613759 2 0.9170 0.7520 0.332 0.668
#> SRR1472281 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1440445 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1088734 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1455607 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1077528 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1364695 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1348226 1 0.8386 0.5084 0.732 0.268
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1352213 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR817825 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR660366 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1323512 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1325247 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1351583 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1437454 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1318484 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1340280 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1455842 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1352619 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR661120 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR601613 1 0.6531 0.7338 0.832 0.168
#> SRR811535 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.2603 0.8532 0.044 0.956
#> SRR604122 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR598509 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1339921 2 0.7883 0.8830 0.236 0.764
#> SRR664743 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1339199 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR808808 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR656288 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1405886 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1487233 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR662043 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.2948 0.8562 0.052 0.948
#> SRR1379365 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1384852 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR1430357 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR2164847 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR807901 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1444722 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1316483 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR662749 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1336134 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR654940 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1098288 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR615359 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1075997 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR1090483 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1388698 1 0.9833 -0.0673 0.576 0.424
#> SRR1312482 2 0.3274 0.8590 0.060 0.940
#> SRR1430420 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1387475 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1388419 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1430679 2 0.2778 0.8548 0.048 0.952
#> SRR1311109 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1478990 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1392434 2 0.6247 0.8917 0.156 0.844
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1315393 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1094506 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1330633 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1330153 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1451778 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR657089 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1395659 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1385716 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1080977 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1441725 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1485078 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR661806 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1334919 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR599249 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1330965 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1382508 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1405028 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR612719 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1340617 2 0.2603 0.8532 0.044 0.956
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1361156 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR811891 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1477837 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1418946 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1456567 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1487425 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1335627 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1327680 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1478812 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR815735 2 0.7883 0.8830 0.236 0.764
#> SRR1404251 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR601645 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR656300 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR659983 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR614215 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.6247 0.8917 0.156 0.844
#> SRR1340441 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1403390 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1452741 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1458484 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1387091 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1358017 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1457039 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1376539 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1419829 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1401446 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1398311 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1442149 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR809137 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR600852 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1321225 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1334154 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1390072 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1467612 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1430133 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1351931 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1374028 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1469638 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR662150 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1400290 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1084892 2 0.0938 0.8389 0.012 0.988
#> SRR1416166 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1477015 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1380501 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1488328 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR1086889 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR814611 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR599086 1 0.9661 0.0814 0.608 0.392
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR807877 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR601986 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR659637 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR600474 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1312540 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1430951 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1385364 2 0.0000 0.8325 0.000 1.000
#> SRR1478149 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1384413 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1366855 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1077115 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1399990 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1434093 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1341408 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR612335 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR1329177 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1398371 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR614996 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1431602 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1311509 2 0.7453 0.9060 0.212 0.788
#> SRR1507229 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1310373 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1408072 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1469591 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
#> SRR1392813 2 0.2236 0.8500 0.036 0.964
#> SRR1453026 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1388105 2 0.7376 0.9082 0.208 0.792
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9830 1.000 0.000
#> SRR615898 2 0.0376 0.8325 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.1289 0.86544 0.000 0.968 0.032
#> SRR1381693 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.2448 0.83870 0.000 0.924 0.076
#> SRR1349433 2 0.0424 0.87461 0.000 0.992 0.008
#> SRR1321283 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.5216 0.66025 0.000 0.260 0.740
#> SRR818530 2 0.2537 0.83674 0.000 0.920 0.080
#> SRR817563 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0424 0.88907 0.000 0.008 0.992
#> SRR1405206 2 0.2356 0.84221 0.000 0.928 0.072
#> SRR1454136 2 0.1289 0.86331 0.000 0.968 0.032
#> SRR1380785 3 0.4452 0.72443 0.000 0.192 0.808
#> SRR612875 2 0.6045 0.35171 0.000 0.620 0.380
#> SRR808327 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.4062 0.75772 0.000 0.164 0.836
#> SRR1408227 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.4121 0.75232 0.000 0.168 0.832
#> SRR1080415 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1084965 3 0.3356 0.85068 0.036 0.056 0.908
#> SRR1310563 3 0.4002 0.76184 0.000 0.160 0.840
#> SRR602437 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.8759 0.22640 0.520 0.360 0.120
#> SRR1356487 2 0.2537 0.83628 0.000 0.920 0.080
#> SRR1479263 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.6280 0.21974 0.000 0.540 0.460
#> SRR1072650 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1087197 3 0.5678 0.55994 0.000 0.316 0.684
#> SRR1383960 2 0.6045 0.35171 0.000 0.620 0.380
#> SRR600924 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 3 0.6209 0.44355 0.004 0.368 0.628
#> SRR1071692 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR598148 2 0.6274 0.22476 0.000 0.544 0.456
#> SRR1444390 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 2 0.9815 0.00226 0.256 0.420 0.324
#> SRR603918 2 0.6008 0.40925 0.000 0.628 0.372
#> SRR1468682 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.1411 0.86310 0.000 0.964 0.036
#> SRR1343859 2 0.6295 0.18194 0.000 0.528 0.472
#> SRR1075631 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1479286 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.1411 0.86285 0.000 0.964 0.036
#> SRR1358482 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR658331 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 3 0.4002 0.79086 0.000 0.160 0.840
#> SRR599380 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.4291 0.70822 0.000 0.820 0.180
#> SRR2185195 1 0.1031 0.93514 0.976 0.024 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.1289 0.92771 0.968 0.032 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0237 0.87625 0.000 0.996 0.004
#> SRR816358 1 0.0237 0.95615 0.996 0.004 0.000
#> SRR658283 3 0.0424 0.88907 0.000 0.008 0.992
#> SRR813728 2 0.2448 0.83870 0.000 0.924 0.076
#> SRR1394520 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 3 0.2261 0.86069 0.000 0.068 0.932
#> SRR1405593 3 0.6451 0.24959 0.004 0.436 0.560
#> SRR1326040 3 0.5363 0.64018 0.000 0.276 0.724
#> SRR1312725 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.1529 0.86071 0.000 0.960 0.040
#> SRR1398706 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1368794 2 0.2448 0.83870 0.000 0.924 0.076
#> SRR1392749 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.7665 0.37095 0.600 0.340 0.060
#> SRR663100 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 2 0.6192 0.29484 0.000 0.580 0.420
#> SRR1464281 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1435182 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.1529 0.91652 0.960 0.040 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.1905 0.92073 0.956 0.028 0.016
#> SRR1354710 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.3192 0.81396 0.000 0.112 0.888
#> SRR663014 2 0.1411 0.86285 0.000 0.964 0.036
#> SRR1417960 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.1529 0.86071 0.000 0.960 0.040
#> SRR1357650 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.4002 0.76184 0.000 0.160 0.840
#> SRR1392795 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.1529 0.86071 0.000 0.960 0.040
#> SRR1360587 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0592 0.94814 0.988 0.012 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 2 0.6244 0.22414 0.000 0.560 0.440
#> SRR665514 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 3 0.5327 0.64658 0.000 0.272 0.728
#> SRR613186 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 2 0.6252 0.20168 0.000 0.556 0.444
#> SRR1326687 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0237 0.87625 0.000 0.996 0.004
#> SRR1102756 2 0.1411 0.86109 0.000 0.964 0.036
#> SRR1366519 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.6280 0.11466 0.000 0.540 0.460
#> SRR1402195 2 0.6192 0.29484 0.000 0.580 0.420
#> SRR1429516 2 0.0592 0.87223 0.000 0.988 0.012
#> SRR1406662 2 0.2448 0.83870 0.000 0.924 0.076
#> SRR1333414 2 0.0592 0.87365 0.000 0.988 0.012
#> SRR1369030 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.2448 0.83870 0.000 0.924 0.076
#> SRR1455326 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.6045 0.35171 0.000 0.620 0.380
#> SRR1434568 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.1411 0.86285 0.000 0.964 0.036
#> SRR1402068 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1490076 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.1753 0.85447 0.000 0.952 0.048
#> SRR608480 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 2 0.8350 0.20463 0.088 0.532 0.380
#> SRR601868 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.1163 0.86601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1338363 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR604174 2 0.6126 0.32475 0.000 0.600 0.400
#> SRR1345221 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.3752 0.78052 0.000 0.144 0.856
#> SRR615970 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434975 3 0.4178 0.74833 0.000 0.172 0.828
#> SRR1445741 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 3 0.5722 0.61044 0.004 0.292 0.704
#> SRR604206 1 0.0237 0.95615 0.996 0.004 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1352234 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.6215 0.23470 0.000 0.572 0.428
#> SRR1364780 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0237 0.87633 0.000 0.996 0.004
#> SRR1316725 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1314851 2 0.1753 0.84718 0.000 0.952 0.048
#> SRR1354599 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.4702 0.73063 0.000 0.212 0.788
#> SRR1308696 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.6215 0.23470 0.000 0.572 0.428
#> SRR1366690 2 0.6192 0.29484 0.000 0.580 0.420
#> SRR1317707 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.1860 0.85261 0.000 0.948 0.052
#> SRR1069690 2 0.1529 0.86071 0.000 0.960 0.040
#> SRR1319344 2 0.6280 0.21974 0.000 0.540 0.460
#> SRR1332835 2 0.3551 0.77859 0.000 0.868 0.132
#> SRR1334694 2 0.6154 0.26303 0.000 0.592 0.408
#> SRR1478434 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1313853 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.6286 0.13817 0.000 0.536 0.464
#> SRR814587 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.9550 -0.03120 0.408 0.400 0.192
#> SRR1088340 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 3 0.2261 0.86069 0.000 0.068 0.932
#> SRR1442273 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.1411 0.86285 0.000 0.964 0.036
#> SRR1093649 2 0.6280 0.21974 0.000 0.540 0.460
#> SRR1478900 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 3 0.1964 0.86818 0.000 0.056 0.944
#> SRR615335 3 0.4702 0.73204 0.000 0.212 0.788
#> SRR1321505 1 0.1289 0.92723 0.968 0.032 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340641 2 0.6045 0.35171 0.000 0.620 0.380
#> SRR657903 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.5810 0.72161 0.796 0.132 0.072
#> SRR1441850 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 2 0.6962 0.27485 0.020 0.568 0.412
#> SRR1472281 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 2 0.2261 0.83273 0.000 0.932 0.068
#> SRR1364695 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348226 3 0.8792 0.53669 0.244 0.176 0.580
#> SRR1313560 2 0.9572 0.08489 0.388 0.416 0.196
#> SRR1092889 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1352213 3 0.1289 0.87973 0.000 0.032 0.968
#> SRR2185233 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 2 0.6286 0.20782 0.000 0.536 0.464
#> SRR660366 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.1643 0.85882 0.000 0.956 0.044
#> SRR1323512 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 2 0.2261 0.83265 0.000 0.932 0.068
#> SRR1318484 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0237 0.87624 0.000 0.996 0.004
#> SRR1325464 1 0.1411 0.92330 0.964 0.036 0.000
#> SRR1340280 2 0.6305 0.14083 0.000 0.516 0.484
#> SRR1455842 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.5327 0.60334 0.000 0.272 0.728
#> SRR661120 3 0.6225 0.26598 0.000 0.432 0.568
#> SRR601613 2 0.9754 0.07379 0.292 0.444 0.264
#> SRR811535 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.9274 0.08320 0.456 0.384 0.160
#> SRR598509 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 2 0.9852 0.00803 0.272 0.416 0.312
#> SRR1339921 3 0.2959 0.84224 0.000 0.100 0.900
#> SRR664743 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.1411 0.87614 0.000 0.036 0.964
#> SRR656288 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487233 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR662043 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.2448 0.83870 0.000 0.924 0.076
#> SRR1379365 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 2 0.6045 0.35171 0.000 0.620 0.380
#> SRR807901 1 0.3670 0.83455 0.888 0.092 0.020
#> SRR816064 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 3 0.5327 0.64662 0.000 0.272 0.728
#> SRR662749 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.5621 0.52306 0.000 0.308 0.692
#> SRR1343653 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.1964 0.85056 0.000 0.944 0.056
#> SRR654940 2 0.2537 0.83674 0.000 0.920 0.080
#> SRR1098288 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.9383 0.11810 0.460 0.364 0.176
#> SRR811145 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.6192 0.29484 0.000 0.580 0.420
#> SRR1075997 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 3 0.8524 0.10783 0.092 0.452 0.456
#> SRR1312482 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.5760 0.48603 0.000 0.672 0.328
#> SRR1442250 2 0.6286 0.20782 0.000 0.536 0.464
#> SRR1430679 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.1529 0.85490 0.000 0.960 0.040
#> SRR1478990 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.2448 0.83870 0.000 0.924 0.076
#> SRR1094506 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 2 0.6192 0.29484 0.000 0.580 0.420
#> SRR1451778 2 0.6192 0.29484 0.000 0.580 0.420
#> SRR657089 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395659 2 0.1529 0.86071 0.000 0.960 0.040
#> SRR1385716 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 2 0.6045 0.35171 0.000 0.620 0.380
#> SRR1485078 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR661806 2 0.6095 0.32288 0.000 0.608 0.392
#> SRR1334919 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR599249 2 0.9895 -0.02160 0.284 0.404 0.312
#> SRR810051 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 2 0.9836 0.03669 0.280 0.424 0.296
#> SRR1434399 1 0.8379 0.37494 0.604 0.128 0.268
#> SRR1330965 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405028 2 0.6345 0.32028 0.004 0.596 0.400
#> SRR612719 3 0.2261 0.86388 0.000 0.068 0.932
#> SRR1340617 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0747 0.94489 0.984 0.000 0.016
#> SRR1362488 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 2 0.6192 0.29484 0.000 0.580 0.420
#> SRR1477837 3 0.2537 0.84896 0.000 0.080 0.920
#> SRR607252 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.2448 0.85709 0.000 0.076 0.924
#> SRR1456567 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1327680 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 3 0.5968 0.38984 0.000 0.364 0.636
#> SRR1447673 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 3 0.5722 0.61044 0.004 0.292 0.704
#> SRR1404251 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 3 0.5678 0.56443 0.000 0.316 0.684
#> SRR659983 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.1529 0.86071 0.000 0.960 0.040
#> SRR614215 2 0.9815 0.00226 0.256 0.420 0.324
#> SRR659283 1 0.8013 0.42648 0.612 0.296 0.092
#> SRR1459956 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452741 3 0.2066 0.86558 0.000 0.060 0.940
#> SRR1458484 3 0.0424 0.88907 0.000 0.008 0.992
#> SRR1387091 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.2625 0.83369 0.000 0.916 0.084
#> SRR1434315 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 2 0.9833 0.03349 0.276 0.424 0.300
#> SRR1367849 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398311 2 0.1529 0.86071 0.000 0.960 0.040
#> SRR1442149 2 0.6026 0.36076 0.000 0.624 0.376
#> SRR809137 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069802 1 0.9882 -0.07250 0.408 0.280 0.312
#> SRR1077643 2 0.6192 0.29484 0.000 0.580 0.420
#> SRR1334154 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.2448 0.83870 0.000 0.924 0.076
#> SRR1430133 2 0.6244 0.19989 0.000 0.560 0.440
#> SRR1468595 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 2 0.4750 0.70666 0.000 0.784 0.216
#> SRR1311243 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 3 0.6140 0.34912 0.000 0.404 0.596
#> SRR662150 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.0424 0.88907 0.000 0.008 0.992
#> SRR1084892 2 0.2356 0.84132 0.000 0.928 0.072
#> SRR1416166 2 0.6045 0.35171 0.000 0.620 0.380
#> SRR1477015 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380501 3 0.6045 0.35714 0.000 0.380 0.620
#> SRR1446156 2 0.0592 0.87359 0.000 0.988 0.012
#> SRR1488328 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 3 0.2165 0.86335 0.000 0.064 0.936
#> SRR599086 3 0.8238 0.52851 0.104 0.300 0.596
#> SRR1086844 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 3 0.6295 0.13148 0.000 0.472 0.528
#> SRR807877 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 2 0.6045 0.35171 0.000 0.620 0.380
#> SRR600474 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.5497 0.61160 0.000 0.292 0.708
#> SRR1323628 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 3 0.0237 0.89004 0.000 0.004 0.996
#> SRR1478149 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 2 0.2356 0.82884 0.000 0.928 0.072
#> SRR1366855 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.0424 0.88907 0.000 0.008 0.992
#> SRR1434093 3 0.0424 0.88907 0.000 0.008 0.992
#> SRR1341408 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 2 0.6095 0.33610 0.000 0.608 0.392
#> SRR1321420 1 0.0237 0.95615 0.996 0.004 0.000
#> SRR1329177 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398371 2 0.0592 0.87344 0.000 0.988 0.012
#> SRR614996 3 0.2959 0.84224 0.000 0.100 0.900
#> SRR1431602 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 2 0.6192 0.29484 0.000 0.580 0.420
#> SRR1507229 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.0424 0.88907 0.000 0.008 0.992
#> SRR1392813 2 0.1411 0.86182 0.000 0.964 0.036
#> SRR1453026 2 0.1163 0.86619 0.000 0.972 0.028
#> SRR1388105 2 0.0000 0.87773 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.95981 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.89153 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.3726 0.47881 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1381693 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.2089 0.79245 0.000 0.048 0.932 0.020
#> SRR1442648 4 0.4605 0.95396 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1486174 2 0.3024 0.59478 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1349433 2 0.7576 0.43415 0.000 0.464 0.212 0.324
#> SRR1321283 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1387702 1 0.2751 0.90880 0.904 0.056 0.000 0.040
#> SRR1435584 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1406265 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1458026 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1094192 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1397180 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR657492 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 2 0.4992 -0.07885 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR818530 2 0.3528 0.51488 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR817563 4 0.4661 0.94478 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR613462 3 0.2973 0.75761 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1405206 2 0.3528 0.51488 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1454136 2 0.6780 0.56381 0.000 0.604 0.164 0.232
#> SRR1380785 2 0.5695 -0.15383 0.000 0.500 0.476 0.024
#> SRR612875 2 0.7539 -0.08091 0.040 0.552 0.096 0.312
#> SRR808327 4 0.4624 0.91957 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1355194 3 0.5355 0.49854 0.000 0.360 0.620 0.020
#> SRR1408227 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1086304 2 0.4877 0.08576 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.2845 0.62525 0.000 0.896 0.028 0.076
#> SRR1084965 3 0.5483 0.69475 0.136 0.128 0.736 0.000
#> SRR1310563 3 0.5212 0.38861 0.000 0.420 0.572 0.008
#> SRR602437 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.6558 0.08339 0.472 0.452 0.000 0.076
#> SRR1356487 2 0.2704 0.59414 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1479263 4 0.4500 0.94142 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1409641 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.3975 0.46760 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1367456 2 0.2011 0.64099 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.2988 0.60545 0.000 0.876 0.012 0.112
#> SRR1087197 2 0.4898 0.09071 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1383960 2 0.6957 0.44909 0.000 0.580 0.248 0.172
#> SRR600924 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 3 0.6629 0.40422 0.076 0.340 0.576 0.008
#> SRR1071692 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0336 0.95977 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.1389 0.79237 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR598148 2 0.2149 0.64373 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1444390 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1444644 3 0.1211 0.78036 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1389777 2 0.3699 0.58729 0.048 0.864 0.008 0.080
#> SRR603918 2 0.2089 0.64205 0.000 0.932 0.048 0.020
#> SRR1468682 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1490505 2 0.3726 0.48770 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1343859 2 0.1867 0.64184 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1075631 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1444954 2 0.2500 0.63817 0.000 0.916 0.044 0.040
#> SRR1479286 4 0.4679 0.93244 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1381524 3 0.1389 0.79237 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1392208 4 0.4564 0.95098 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1456693 2 0.3764 0.47189 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1358482 2 0.2928 0.60783 0.000 0.880 0.012 0.108
#> SRR658331 3 0.1389 0.79237 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR810619 4 0.4500 0.94142 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR600829 3 0.5658 0.61375 0.044 0.244 0.700 0.012
#> SRR599380 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.6361 -0.46464 0.008 0.504 0.044 0.444
#> SRR2185195 1 0.3286 0.88890 0.876 0.080 0.000 0.044
#> SRR1489693 3 0.2089 0.79245 0.000 0.048 0.932 0.020
#> SRR1318662 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1408657 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1384805 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR661337 1 0.0336 0.95870 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.1389 0.77890 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1352111 1 0.1302 0.92944 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1419453 3 0.1938 0.79328 0.000 0.052 0.936 0.012
#> SRR1437208 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1444914 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1093269 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1341456 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR657456 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR807727 2 0.4134 0.35794 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR816358 1 0.0592 0.95298 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.3356 0.73470 0.000 0.176 0.824 0.000
#> SRR813728 2 0.3444 0.52686 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1394520 1 0.0336 0.95956 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1308200 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1432366 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1087992 3 0.3962 0.76301 0.044 0.124 0.832 0.000
#> SRR1405593 3 0.7060 0.08275 0.084 0.440 0.464 0.012
#> SRR1326040 3 0.5517 0.30862 0.000 0.412 0.568 0.020
#> SRR1312725 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488632 2 0.3266 0.55830 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1398706 2 0.3486 0.52168 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1368794 2 0.3486 0.52168 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1392749 4 0.4605 0.95396 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR603968 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR815661 1 0.6004 0.53073 0.648 0.276 0.000 0.076
#> SRR663100 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR661229 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 2 0.1798 0.61880 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1464281 4 0.4500 0.94142 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1400397 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1331444 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.4843 0.83752 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1384917 2 0.2623 0.62916 0.000 0.908 0.028 0.064
#> SRR1435182 4 0.5592 0.77964 0.000 0.404 0.024 0.572
#> SRR1477569 1 0.0921 0.94226 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334338 1 0.1798 0.92019 0.944 0.016 0.040 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.4624 0.55059 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR663014 2 0.4304 0.28744 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1417960 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1474730 3 0.1820 0.79109 0.000 0.036 0.944 0.020
#> SRR1381269 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR657695 2 0.3074 0.56775 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1357650 2 0.4804 -0.19635 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1472237 4 0.4522 0.94557 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1470816 4 0.4605 0.95396 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1458358 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614683 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.5213 0.57190 0.000 0.328 0.652 0.020
#> SRR1392795 2 0.4790 -0.17765 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1469859 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.3626 0.54223 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR1360587 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR604230 1 0.3216 0.89166 0.880 0.076 0.000 0.044
#> SRR1347667 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR608096 2 0.4643 0.26351 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1419615 4 0.4996 0.64116 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1429802 4 0.4679 0.93244 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1345436 4 0.4605 0.95078 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1433684 3 0.5934 0.59358 0.064 0.248 0.680 0.008
#> SRR613186 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1343795 4 0.4961 0.72789 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1417766 4 0.4746 0.87877 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1420606 2 0.5957 0.23561 0.000 0.588 0.364 0.048
#> SRR1326687 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458973 3 0.1411 0.78834 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR1309856 2 0.4040 0.44879 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1102756 2 0.7220 0.48281 0.000 0.544 0.260 0.196
#> SRR1366519 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1080438 4 0.4605 0.95396 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1391789 2 0.5271 0.28731 0.000 0.640 0.340 0.020
#> SRR1402195 2 0.1888 0.61702 0.000 0.940 0.016 0.044
#> SRR1429516 4 0.4741 0.95204 0.000 0.328 0.004 0.668
#> SRR1406662 2 0.2760 0.59087 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1333414 2 0.3801 0.46234 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1369030 2 0.4134 0.35749 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1342916 1 0.0188 0.96241 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.6323 0.41697 0.000 0.628 0.272 0.100
#> SRR1455326 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.7017 -0.19122 0.028 0.564 0.068 0.340
#> SRR1434568 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1341965 4 0.4605 0.95078 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1473505 2 0.4866 -0.26412 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1402068 2 0.2730 0.61849 0.000 0.896 0.016 0.088
#> SRR1490076 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1435501 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1397329 3 0.2089 0.79245 0.000 0.048 0.932 0.020
#> SRR1093243 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1418390 2 0.5531 0.62138 0.000 0.732 0.140 0.128
#> SRR608480 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR598589 2 0.2744 0.60959 0.020 0.908 0.008 0.064
#> SRR601868 1 0.0336 0.95989 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR607313 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR812222 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR815893 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1455503 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR810737 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1347500 1 0.3056 0.89742 0.888 0.072 0.000 0.040
#> SRR1443182 4 0.4989 0.67782 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1457872 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR658481 4 0.4741 0.95279 0.004 0.328 0.000 0.668
#> SRR1406243 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332607 3 0.1389 0.79237 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1308674 2 0.6723 0.45758 0.000 0.600 0.260 0.140
#> SRR1338363 3 0.2131 0.78865 0.000 0.032 0.932 0.036
#> SRR1344271 4 0.4981 0.68367 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1321608 4 0.4585 0.94916 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1441464 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR607970 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.6298 0.42472 0.000 0.632 0.268 0.100
#> SRR604174 2 0.2221 0.61333 0.008 0.932 0.016 0.044
#> SRR1345221 1 0.2751 0.90880 0.904 0.056 0.000 0.040
#> SRR815517 3 0.5130 0.59762 0.000 0.312 0.668 0.020
#> SRR615970 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1370659 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383125 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.4837 0.93064 0.000 0.348 0.004 0.648
#> SRR1419638 3 0.2281 0.78366 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1434975 2 0.4843 0.11340 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR1445741 4 0.4877 0.85540 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1088142 3 0.6066 0.58733 0.072 0.248 0.672 0.008
#> SRR604206 1 0.3198 0.89139 0.880 0.080 0.000 0.040
#> SRR1358779 3 0.1557 0.79217 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1473142 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1410334 2 0.2494 0.63915 0.000 0.916 0.048 0.036
#> SRR1352234 4 0.4605 0.95078 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1487807 4 0.7325 0.10329 0.000 0.232 0.236 0.532
#> SRR1489715 2 0.6477 0.35613 0.000 0.600 0.300 0.100
#> SRR1364780 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1460124 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1409748 4 0.4730 0.91736 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1325504 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.3975 0.41480 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1316725 2 0.2988 0.60545 0.000 0.876 0.012 0.112
#> SRR1314851 2 0.7795 0.48361 0.000 0.420 0.268 0.312
#> SRR1354599 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.4999 0.50750 0.000 0.328 0.660 0.012
#> SRR1308696 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR808772 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.6845 0.37261 0.000 0.564 0.308 0.128
#> SRR1366690 2 0.1798 0.61880 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1317707 4 0.4500 0.94142 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1339321 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1442487 2 0.6723 0.45758 0.000 0.600 0.260 0.140
#> SRR1069690 2 0.2921 0.58006 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1319344 2 0.2053 0.64186 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR1332835 2 0.6402 0.42130 0.000 0.624 0.268 0.108
#> SRR1334694 2 0.6578 0.35479 0.000 0.592 0.300 0.108
#> SRR1478434 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1479933 2 0.2988 0.60545 0.000 0.876 0.012 0.112
#> SRR1313853 4 0.4500 0.94142 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR661192 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.6468 0.25701 0.000 0.568 0.348 0.084
#> SRR814587 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR656899 2 0.6075 0.34793 0.288 0.636 0.000 0.076
#> SRR1088340 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1349772 1 0.2908 0.90312 0.896 0.064 0.000 0.040
#> SRR1317305 3 0.2704 0.77118 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1442273 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1407470 2 0.4431 0.28867 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1490289 2 0.3764 0.47138 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1093649 2 0.2011 0.64099 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1478900 3 0.1792 0.79120 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.4817 0.88882 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR2170537 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 3 0.3749 0.76614 0.032 0.128 0.840 0.000
#> SRR615335 3 0.5719 0.62525 0.052 0.232 0.704 0.012
#> SRR1321505 1 0.1356 0.93380 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR1457768 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1340641 2 0.6908 -0.50024 0.012 0.468 0.072 0.448
#> SRR657903 1 0.3198 0.89139 0.880 0.080 0.000 0.040
#> SRR1403458 1 0.0376 0.96157 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1460073 1 0.4010 0.85062 0.836 0.100 0.000 0.064
#> SRR1441850 4 0.4817 0.88632 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR613759 2 0.2602 0.61150 0.008 0.908 0.008 0.076
#> SRR1472281 4 0.4605 0.95400 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1440445 3 0.1576 0.79258 0.000 0.048 0.948 0.004
#> SRR1088734 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1455607 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1077528 4 0.5400 0.88171 0.000 0.372 0.020 0.608
#> SRR1364695 3 0.2011 0.78818 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1348226 3 0.7795 0.43705 0.256 0.244 0.492 0.008
#> SRR1313560 2 0.4419 0.54225 0.104 0.812 0.000 0.084
#> SRR1092889 2 0.2988 0.60545 0.000 0.876 0.012 0.112
#> SRR1352213 3 0.3552 0.76827 0.024 0.128 0.848 0.000
#> SRR2185233 1 0.1118 0.94709 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1353970 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR817825 2 0.2011 0.64167 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR660366 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655423 1 0.0336 0.96167 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR821183 2 0.3528 0.51488 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1323512 2 0.4477 0.16745 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1325247 4 0.4605 0.95078 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1351583 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1437454 4 0.5353 0.76188 0.000 0.432 0.012 0.556
#> SRR1318484 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1322395 1 0.0895 0.94732 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1378131 4 0.4730 0.92404 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1325464 1 0.1209 0.93629 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR1340280 2 0.2469 0.64072 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1455842 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1352619 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1076779 1 0.0336 0.96167 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662763 2 0.4889 0.20731 0.000 0.636 0.360 0.004
#> SRR661120 2 0.6044 0.21372 0.004 0.572 0.384 0.040
#> SRR601613 1 0.7798 -0.03794 0.460 0.368 0.156 0.016
#> SRR811535 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.2319 0.92242 0.924 0.036 0.000 0.040
#> SRR1368616 4 0.4543 0.95422 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1375677 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR604122 2 0.6316 0.30925 0.324 0.596 0.000 0.080
#> SRR598509 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1397052 2 0.5398 0.51084 0.120 0.768 0.016 0.096
#> SRR1339921 3 0.5653 0.67654 0.088 0.172 0.732 0.008
#> SRR664743 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1339199 4 0.4522 0.93948 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1355660 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603449 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.2224 0.92519 0.928 0.032 0.000 0.040
#> SRR808808 3 0.3074 0.75114 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.1724 0.79043 0.000 0.032 0.948 0.020
#> SRR1487233 2 0.2988 0.60545 0.000 0.876 0.012 0.112
#> SRR662043 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.4824 0.62723 0.000 0.780 0.076 0.144
#> SRR1379365 2 0.4356 0.25102 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1384852 2 0.4799 0.53817 0.000 0.744 0.032 0.224
#> SRR1430357 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR2164847 2 0.7731 -0.30530 0.020 0.472 0.136 0.372
#> SRR807901 1 0.3810 0.86270 0.848 0.092 0.000 0.060
#> SRR816064 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1316483 3 0.5338 0.59446 0.028 0.264 0.700 0.008
#> SRR662749 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.5212 0.03906 0.000 0.572 0.420 0.008
#> SRR1343653 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1336134 2 0.6957 0.47080 0.000 0.576 0.260 0.164
#> SRR654940 2 0.3528 0.51488 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1098288 4 0.4679 0.94044 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1326343 2 0.6182 0.32901 0.308 0.616 0.000 0.076
#> SRR811145 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.2300 0.60303 0.000 0.920 0.016 0.064
#> SRR1075997 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1090483 4 0.4661 0.93775 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1388698 2 0.7942 0.17294 0.248 0.456 0.288 0.008
#> SRR1312482 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1430420 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1387475 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1388419 2 0.5972 0.39728 0.000 0.640 0.292 0.068
#> SRR1442250 2 0.2081 0.63990 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1430679 4 0.4843 0.83436 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1311109 4 0.4877 0.94845 0.008 0.328 0.000 0.664
#> SRR1478990 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1392434 2 0.4647 0.35934 0.000 0.704 0.008 0.288
#> SRR1085925 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0188 0.96323 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383937 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1315393 2 0.5188 0.62249 0.000 0.756 0.148 0.096
#> SRR1094506 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1330633 2 0.4985 -0.47622 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1330153 2 0.2593 0.61197 0.000 0.904 0.016 0.080
#> SRR1451778 2 0.2593 0.61197 0.000 0.904 0.016 0.080
#> SRR657089 3 0.1940 0.78929 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1395659 2 0.3266 0.54885 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1385716 3 0.1716 0.79170 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1441725 2 0.7524 -0.34113 0.036 0.496 0.084 0.384
#> SRR1485078 2 0.2814 0.58763 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR661806 2 0.6699 0.45019 0.008 0.644 0.192 0.156
#> SRR1334919 3 0.1716 0.79170 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR599249 2 0.4364 0.56051 0.084 0.828 0.008 0.080
#> SRR810051 4 0.4730 0.90223 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1407202 2 0.3944 0.57068 0.068 0.848 0.004 0.080
#> SRR1434399 1 0.5072 0.77991 0.772 0.164 0.012 0.052
#> SRR1330965 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1369536 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.1792 0.79120 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1405028 2 0.2221 0.61333 0.008 0.932 0.016 0.044
#> SRR612719 3 0.4817 0.41113 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1340617 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1448183 1 0.3333 0.88519 0.872 0.088 0.000 0.040
#> SRR1362488 4 0.4898 0.82582 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1361156 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1454374 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 2 0.1913 0.61991 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1477837 2 0.5167 -0.15051 0.000 0.508 0.488 0.004
#> SRR607252 1 0.2830 0.90599 0.900 0.060 0.000 0.040
#> SRR1418946 3 0.4454 0.56478 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1456567 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1487425 4 0.4877 0.83981 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1335627 2 0.2988 0.60545 0.000 0.876 0.012 0.112
#> SRR1327680 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1478812 2 0.6067 0.17573 0.000 0.572 0.376 0.052
#> SRR1447673 4 0.4679 0.93244 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR815735 3 0.6066 0.58733 0.072 0.248 0.672 0.008
#> SRR1404251 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR601645 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 2 0.5842 0.00479 0.000 0.520 0.448 0.032
#> SRR659983 1 0.2224 0.92506 0.928 0.032 0.000 0.040
#> SRR1402414 2 0.2831 0.59820 0.000 0.876 0.004 0.120
#> SRR614215 2 0.3504 0.59183 0.036 0.872 0.008 0.084
#> SRR659283 1 0.6500 0.39484 0.544 0.376 0.000 0.080
#> SRR1459956 4 0.4967 0.76245 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1340441 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1317428 1 0.3056 0.89742 0.888 0.072 0.000 0.040
#> SRR1403390 3 0.2647 0.77420 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR1452741 3 0.2704 0.77118 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1458484 3 0.2281 0.78365 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1387091 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1358017 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1457039 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1376539 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1430639 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1419829 2 0.2831 0.59820 0.000 0.876 0.004 0.120
#> SRR1434315 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 2 0.4102 0.57178 0.040 0.840 0.012 0.108
#> SRR1367849 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1320939 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.2814 0.76787 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1398311 2 0.3801 0.46754 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1442149 2 0.3439 0.62237 0.000 0.868 0.084 0.048
#> SRR809137 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR600852 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1321225 3 0.2469 0.77938 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1069802 2 0.6461 0.20479 0.344 0.584 0.008 0.064
#> SRR1077643 2 0.1890 0.64188 0.000 0.936 0.056 0.008
#> SRR1334154 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1390072 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1467612 2 0.3528 0.51488 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1430133 2 0.6466 0.31704 0.000 0.588 0.320 0.092
#> SRR1468595 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1374028 2 0.2494 0.63969 0.000 0.916 0.048 0.036
#> SRR1311243 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 3 0.6613 0.26797 0.036 0.388 0.548 0.028
#> SRR662150 1 0.3128 0.89455 0.884 0.076 0.000 0.040
#> SRR1400290 3 0.1792 0.79120 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1084892 2 0.6883 0.46705 0.000 0.584 0.260 0.156
#> SRR1416166 2 0.3521 0.61881 0.000 0.864 0.084 0.052
#> SRR1477015 3 0.2281 0.78363 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1380501 2 0.6009 0.19652 0.000 0.572 0.380 0.048
#> SRR1446156 2 0.3873 0.44512 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1488328 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1086889 4 0.4543 0.93629 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR814611 3 0.2760 0.76884 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR599086 3 0.7830 0.18755 0.268 0.332 0.400 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.6587 0.55241 0.008 0.652 0.204 0.136
#> SRR807877 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1477033 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 4 0.4477 0.94261 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR601986 3 0.1792 0.79120 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 2 0.7091 0.36767 0.000 0.564 0.188 0.248
#> SRR600474 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.6001 0.59065 0.068 0.248 0.676 0.008
#> SRR1323628 1 0.3198 0.89139 0.880 0.080 0.000 0.040
#> SRR1430951 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1385364 3 0.4313 0.65911 0.000 0.260 0.736 0.004
#> SRR1478149 3 0.2060 0.79319 0.000 0.052 0.932 0.016
#> SRR1384413 2 0.4576 0.40527 0.000 0.728 0.012 0.260
#> SRR1366855 4 0.4661 0.93742 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1077115 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1399990 3 0.1792 0.79120 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1434093 3 0.2216 0.78457 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1341408 4 0.4585 0.95542 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR612335 2 0.5672 0.18315 0.000 0.668 0.056 0.276
#> SRR1321420 1 0.0817 0.94630 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.2149 0.78643 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1398371 2 0.3975 0.41428 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR614996 3 0.5240 0.68012 0.052 0.192 0.748 0.008
#> SRR1431602 4 0.4605 0.95396 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1311509 2 0.2593 0.61197 0.000 0.904 0.016 0.080
#> SRR1507229 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1310373 3 0.4193 0.71956 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1408072 4 0.4564 0.95567 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1469591 3 0.1867 0.79042 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1392813 2 0.7147 0.55857 0.000 0.560 0.216 0.224
#> SRR1453026 2 0.3873 0.49156 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1388105 2 0.4072 0.38177 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1357558 1 0.0000 0.96453 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.1706 0.78531 0.000 0.016 0.948 0.036
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0404 0.89582 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.4527 0.66180 0.000 0.732 0.064 0.204 0.000
#> SRR1381693 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.5874 0.55299 0.000 0.208 0.604 0.000 0.188
#> SRR1442648 4 0.1357 0.83034 0.000 0.048 0.004 0.948 0.000
#> SRR1486174 2 0.5058 0.65061 0.000 0.732 0.068 0.172 0.028
#> SRR1349433 2 0.6516 0.11850 0.000 0.436 0.104 0.436 0.024
#> SRR1321283 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1387702 1 0.5847 0.66070 0.680 0.100 0.172 0.000 0.048
#> SRR1435584 4 0.0671 0.84152 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1406265 1 0.0510 0.89525 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.84011 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0693 0.83632 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR1094192 4 0.0162 0.84095 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1397180 4 0.0963 0.84073 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 3 0.4880 0.62189 0.000 0.196 0.728 0.060 0.016
#> SRR818530 2 0.3282 0.66870 0.000 0.804 0.000 0.188 0.008
#> SRR817563 4 0.2741 0.77609 0.000 0.132 0.004 0.860 0.004
#> SRR613462 3 0.3659 0.70699 0.000 0.220 0.768 0.000 0.012
#> SRR1405206 2 0.3456 0.66841 0.000 0.800 0.000 0.184 0.016
#> SRR1454136 2 0.5818 0.60056 0.000 0.660 0.104 0.208 0.028
#> SRR1380785 2 0.4957 0.46727 0.000 0.724 0.176 0.008 0.092
#> SRR612875 4 0.6838 0.29159 0.096 0.052 0.316 0.532 0.004
#> SRR808327 4 0.4148 0.67543 0.000 0.216 0.004 0.752 0.028
#> SRR1355194 2 0.5173 0.44930 0.000 0.704 0.184 0.008 0.104
#> SRR1408227 4 0.2419 0.81966 0.000 0.064 0.004 0.904 0.028
#> SRR1086304 2 0.5717 0.32708 0.000 0.640 0.228 0.008 0.124
#> SRR1080415 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.3381 0.66817 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016
#> SRR1084965 3 0.3184 0.64551 0.052 0.068 0.868 0.012 0.000
#> SRR1310563 2 0.6039 0.23478 0.000 0.592 0.264 0.008 0.136
#> SRR602437 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0404 0.89582 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.9478 0.19591 0.336 0.156 0.216 0.088 0.204
#> SRR1356487 2 0.4429 0.66197 0.000 0.744 0.064 0.192 0.000
#> SRR1479263 4 0.3264 0.77583 0.000 0.132 0.004 0.840 0.024
#> SRR1409641 1 0.0404 0.89582 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.6083 0.42374 0.000 0.564 0.072 0.336 0.028
#> SRR1367456 2 0.5742 0.57938 0.000 0.704 0.068 0.124 0.104
#> SRR1072650 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.3381 0.66817 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016
#> SRR1087197 3 0.5061 0.56514 0.000 0.312 0.644 0.024 0.020
#> SRR1383960 4 0.4807 0.18919 0.000 0.020 0.448 0.532 0.000
#> SRR600924 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR662390 3 0.5278 0.41163 0.252 0.016 0.672 0.060 0.000
#> SRR1071692 1 0.0510 0.89525 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.1608 0.85727 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.4649 0.68061 0.000 0.212 0.720 0.000 0.068
#> SRR598148 2 0.5985 0.49832 0.000 0.680 0.148 0.068 0.104
#> SRR1444390 4 0.0324 0.84102 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1444644 3 0.4630 -0.06133 0.000 0.016 0.588 0.000 0.396
#> SRR1389777 2 0.9060 0.22334 0.068 0.400 0.192 0.128 0.212
#> SRR603918 2 0.5961 0.60065 0.000 0.668 0.048 0.180 0.104
#> SRR1468682 4 0.0912 0.83963 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR1490505 2 0.5214 0.65670 0.000 0.704 0.064 0.208 0.024
#> SRR1343859 2 0.5455 0.49601 0.000 0.724 0.112 0.052 0.112
#> SRR1075631 4 0.0162 0.84095 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1444954 2 0.3669 0.64565 0.000 0.816 0.000 0.128 0.056
#> SRR1479286 4 0.1195 0.82782 0.000 0.012 0.028 0.960 0.000
#> SRR1381524 3 0.3789 0.70597 0.000 0.212 0.768 0.000 0.020
#> SRR1392208 4 0.1990 0.82394 0.000 0.068 0.004 0.920 0.008
#> SRR1456693 2 0.4201 0.39348 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1358482 2 0.3381 0.66817 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016
#> SRR658331 3 0.4998 0.65496 0.000 0.196 0.700 0.000 0.104
#> SRR810619 4 0.3059 0.79645 0.000 0.108 0.004 0.860 0.028
#> SRR600829 3 0.3457 0.63657 0.008 0.064 0.848 0.080 0.000
#> SRR599380 1 0.0404 0.89582 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.4017 0.67434 0.000 0.064 0.148 0.788 0.000
#> SRR2185195 1 0.7580 0.48943 0.524 0.116 0.208 0.004 0.148
#> SRR1489693 3 0.5567 0.59848 0.000 0.196 0.644 0.000 0.160
#> SRR1318662 4 0.2353 0.82129 0.000 0.060 0.004 0.908 0.028
#> SRR1408657 1 0.0162 0.89635 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.84011 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.4367 -0.14398 0.000 0.004 0.580 0.000 0.416
#> SRR1352111 1 0.1356 0.88204 0.956 0.004 0.028 0.012 0.000
#> SRR1330944 4 0.0162 0.84095 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1419453 3 0.5496 0.60637 0.000 0.196 0.652 0.000 0.152
#> SRR1437208 4 0.2353 0.82114 0.000 0.060 0.004 0.908 0.028
#> SRR1444914 1 0.0404 0.89582 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.0451 0.84143 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1093269 4 0.0671 0.84187 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1341456 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR657456 5 0.3561 0.95986 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR807727 2 0.6127 0.31800 0.000 0.492 0.068 0.416 0.024
#> SRR816358 1 0.1798 0.85970 0.928 0.004 0.064 0.004 0.000
#> SRR658283 3 0.4066 0.62409 0.000 0.324 0.672 0.000 0.004
#> SRR813728 2 0.4704 0.66136 0.000 0.736 0.064 0.192 0.008
#> SRR1394520 1 0.3048 0.78985 0.820 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR1308200 4 0.2729 0.81061 0.000 0.084 0.004 0.884 0.028
#> SRR1432366 4 0.0000 0.84011 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 3 0.2124 0.67867 0.000 0.096 0.900 0.004 0.000
#> SRR1405593 3 0.5464 0.39128 0.264 0.016 0.652 0.068 0.000
#> SRR1326040 3 0.4127 0.60656 0.000 0.080 0.784 0.136 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0510 0.89525 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.3861 0.62059 0.000 0.712 0.004 0.284 0.000
#> SRR1398706 2 0.4272 0.66546 0.000 0.752 0.052 0.196 0.000
#> SRR1368794 2 0.5033 0.65951 0.000 0.720 0.064 0.196 0.020
#> SRR1392749 4 0.0404 0.84195 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR603968 5 0.3388 0.93756 0.000 0.008 0.200 0.000 0.792
#> SRR815661 1 0.9109 0.29786 0.396 0.132 0.216 0.072 0.184
#> SRR663100 4 0.0693 0.83632 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.2488 0.82988 0.872 0.000 0.124 0.004 0.000
#> SRR663705 2 0.8048 0.36508 0.000 0.432 0.136 0.228 0.204
#> SRR1464281 4 0.3264 0.77525 0.000 0.132 0.004 0.840 0.024
#> SRR1400397 4 0.0000 0.84011 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0510 0.89525 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.5769 0.31092 0.000 0.364 0.044 0.564 0.028
#> SRR1384917 2 0.3213 0.66457 0.000 0.836 0.004 0.144 0.016
#> SRR1435182 4 0.3678 0.78263 0.000 0.100 0.048 0.836 0.016
#> SRR1477569 1 0.3010 0.76574 0.824 0.000 0.172 0.004 0.000
#> SRR602461 1 0.0162 0.89539 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334338 1 0.4425 0.43174 0.600 0.000 0.392 0.008 0.000
#> SRR1354710 1 0.0510 0.89525 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR613510 2 0.6104 0.16516 0.000 0.564 0.304 0.008 0.124
#> SRR663014 2 0.4201 0.39422 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1417960 4 0.0798 0.83513 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR1474730 3 0.5222 0.63284 0.000 0.196 0.680 0.000 0.124
#> SRR1381269 4 0.1124 0.83712 0.000 0.036 0.004 0.960 0.000
#> SRR657695 2 0.3366 0.66326 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1357650 4 0.5293 0.21086 0.000 0.388 0.032 0.568 0.012
#> SRR1472237 4 0.3257 0.78356 0.000 0.124 0.004 0.844 0.028
#> SRR1470816 4 0.1544 0.82617 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1458358 1 0.0162 0.89635 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.6180 0.21200 0.000 0.588 0.224 0.008 0.180
#> SRR1392795 4 0.4872 0.08954 0.000 0.436 0.024 0.540 0.000
#> SRR1469859 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.5628 0.52839 0.000 0.576 0.032 0.360 0.032
#> SRR1360587 4 0.0162 0.83984 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR604230 1 0.7465 0.48932 0.524 0.116 0.208 0.000 0.152
#> SRR1347667 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR608096 2 0.5476 0.30186 0.000 0.616 0.320 0.040 0.024
#> SRR665514 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1419615 4 0.2338 0.78535 0.000 0.112 0.004 0.884 0.000
#> SRR1429802 4 0.1568 0.82209 0.000 0.020 0.036 0.944 0.000
#> SRR1345436 4 0.0162 0.84082 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1433684 3 0.4039 0.59349 0.060 0.036 0.824 0.080 0.000
#> SRR613186 5 0.3521 0.98754 0.000 0.004 0.232 0.000 0.764
#> SRR1343795 4 0.5935 0.30717 0.000 0.340 0.060 0.572 0.028
#> SRR1417766 4 0.4387 0.63761 0.000 0.232 0.008 0.732 0.028
#> SRR1420606 2 0.5036 0.54691 0.000 0.740 0.164 0.052 0.044
#> SRR1326687 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.5420 0.21788 0.000 0.076 0.592 0.000 0.332
#> SRR1309856 2 0.6090 0.42874 0.000 0.548 0.068 0.356 0.028
#> SRR1102756 2 0.5377 0.59707 0.000 0.716 0.132 0.124 0.028
#> SRR1366519 4 0.2610 0.81384 0.000 0.076 0.004 0.892 0.028
#> SRR1080438 4 0.0290 0.84170 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1391789 2 0.6099 0.31683 0.000 0.580 0.312 0.080 0.028
#> SRR1402195 2 0.8064 0.36892 0.000 0.424 0.132 0.240 0.204
#> SRR1429516 4 0.1557 0.81138 0.000 0.008 0.052 0.940 0.000
#> SRR1406662 2 0.4429 0.66287 0.000 0.744 0.064 0.192 0.000
#> SRR1333414 2 0.5156 0.65634 0.000 0.700 0.060 0.220 0.020
#> SRR1369030 4 0.4964 -0.00761 0.000 0.460 0.020 0.516 0.004
#> SRR1342916 1 0.0794 0.89207 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.4719 0.58557 0.000 0.768 0.132 0.072 0.028
#> SRR1455326 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0404 0.89582 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1409487 4 0.8750 0.08892 0.064 0.132 0.244 0.436 0.124
#> SRR1434568 4 0.0451 0.83836 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1341965 4 0.0807 0.83563 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR1473505 4 0.4283 0.00480 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1402068 2 0.3381 0.66817 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016
#> SRR1490076 4 0.2284 0.82271 0.000 0.056 0.004 0.912 0.028
#> SRR1435501 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.1978 0.82875 0.000 0.044 0.004 0.928 0.024
#> SRR1397329 3 0.5761 0.55932 0.000 0.196 0.620 0.000 0.184
#> SRR1093243 4 0.0898 0.83272 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000
#> SRR1418390 2 0.5264 0.64025 0.000 0.716 0.080 0.176 0.028
#> SRR608480 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 2 0.8184 0.29831 0.016 0.472 0.136 0.164 0.212
#> SRR601868 1 0.3048 0.79586 0.820 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.3257 0.78593 0.000 0.124 0.004 0.844 0.028
#> SRR815893 4 0.0324 0.83973 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1455503 4 0.0324 0.84102 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR810737 4 0.0898 0.83272 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000
#> SRR1347500 1 0.7345 0.50847 0.540 0.116 0.204 0.000 0.140
#> SRR1443182 4 0.2278 0.80862 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR1457872 4 0.0955 0.83884 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000
#> SRR658481 4 0.1251 0.82372 0.000 0.008 0.036 0.956 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.4998 0.65497 0.000 0.196 0.700 0.000 0.104
#> SRR656433 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.3110 0.79374 0.000 0.112 0.004 0.856 0.028
#> SRR1308674 2 0.5104 0.59683 0.000 0.740 0.128 0.104 0.028
#> SRR1338363 3 0.5849 0.53789 0.000 0.196 0.608 0.000 0.196
#> SRR1344271 4 0.6010 0.19749 0.000 0.392 0.056 0.524 0.028
#> SRR1321608 4 0.3174 0.77189 0.000 0.132 0.004 0.844 0.020
#> SRR1441464 4 0.3351 0.77954 0.000 0.132 0.004 0.836 0.028
#> SRR607970 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.4470 0.58674 0.000 0.784 0.128 0.064 0.024
#> SRR604174 2 0.8266 0.28568 0.000 0.340 0.140 0.316 0.204
#> SRR1345221 1 0.5603 0.67649 0.696 0.100 0.168 0.000 0.036
#> SRR815517 2 0.6304 0.16725 0.000 0.560 0.264 0.008 0.168
#> SRR615970 5 0.3508 0.96910 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1370659 1 0.0162 0.89539 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383125 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.1836 0.83190 0.000 0.032 0.036 0.932 0.000
#> SRR1419638 3 0.3596 0.70883 0.000 0.212 0.776 0.000 0.012
#> SRR1434975 2 0.5680 0.28764 0.000 0.616 0.284 0.008 0.092
#> SRR1445741 4 0.3949 0.52006 0.000 0.300 0.004 0.696 0.000
#> SRR1088142 3 0.4752 0.42475 0.256 0.016 0.700 0.028 0.000
#> SRR604206 1 0.7516 0.49933 0.532 0.116 0.208 0.004 0.140
#> SRR1358779 3 0.4847 0.66870 0.000 0.216 0.704 0.000 0.080
#> SRR1473142 4 0.0451 0.83893 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1410334 2 0.3532 0.64796 0.000 0.824 0.000 0.128 0.048
#> SRR1352234 4 0.1364 0.82329 0.000 0.012 0.036 0.952 0.000
#> SRR1487807 4 0.3787 0.74687 0.000 0.064 0.104 0.824 0.008
#> SRR1489715 2 0.4599 0.58202 0.000 0.776 0.132 0.064 0.028
#> SRR1364780 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1460124 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0451 0.84152 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1409748 4 0.1251 0.83302 0.000 0.036 0.008 0.956 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.4227 0.34981 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1316725 2 0.3381 0.66817 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016
#> SRR1314851 4 0.5574 0.46677 0.000 0.112 0.244 0.640 0.004
#> SRR1354599 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.4630 0.57904 0.000 0.088 0.736 0.176 0.000
#> SRR1308696 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR808772 1 0.1831 0.86289 0.920 0.000 0.076 0.004 0.000
#> SRR812649 2 0.4635 0.58714 0.000 0.772 0.132 0.072 0.024
#> SRR1366690 2 0.8106 0.35462 0.000 0.420 0.140 0.236 0.204
#> SRR1317707 4 0.2932 0.78938 0.000 0.112 0.004 0.864 0.020
#> SRR1339321 4 0.0162 0.84095 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1442487 2 0.4834 0.58902 0.000 0.760 0.132 0.080 0.028
#> SRR1069690 2 0.3366 0.66326 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1319344 2 0.5524 0.58660 0.000 0.716 0.048 0.124 0.112
#> SRR1332835 2 0.4943 0.59005 0.000 0.752 0.132 0.088 0.028
#> SRR1334694 2 0.5048 0.59308 0.000 0.744 0.132 0.096 0.028
#> SRR1478434 4 0.0898 0.83272 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000
#> SRR1479933 2 0.3381 0.66817 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016
#> SRR1313853 4 0.2729 0.81080 0.000 0.084 0.004 0.884 0.028
#> SRR661192 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.4953 0.55221 0.000 0.748 0.156 0.056 0.040
#> SRR814587 4 0.0162 0.84095 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR656899 2 0.9851 0.09040 0.208 0.240 0.220 0.120 0.212
#> SRR1088340 4 0.0162 0.84095 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1349772 1 0.6041 0.64480 0.664 0.100 0.180 0.000 0.056
#> SRR1317305 3 0.2351 0.67534 0.000 0.088 0.896 0.016 0.000
#> SRR1442273 4 0.0671 0.84104 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1407470 2 0.6309 0.05828 0.000 0.452 0.076 0.444 0.028
#> SRR1490289 2 0.4150 0.44443 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1093649 2 0.5524 0.58660 0.000 0.716 0.048 0.124 0.112
#> SRR1478900 3 0.3789 0.70505 0.000 0.212 0.768 0.000 0.020
#> SRR1447652 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.3048 0.73000 0.000 0.176 0.004 0.820 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 3 0.2179 0.68051 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR615335 3 0.3980 0.63317 0.024 0.072 0.824 0.080 0.000
#> SRR1321505 1 0.3652 0.70014 0.784 0.004 0.200 0.012 0.000
#> SRR1457768 5 0.3635 0.97027 0.000 0.004 0.248 0.000 0.748
#> SRR1340641 4 0.5738 0.47919 0.016 0.088 0.240 0.652 0.004
#> SRR657903 1 0.7518 0.47844 0.516 0.116 0.212 0.000 0.156
#> SRR1403458 1 0.0609 0.88920 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.8186 0.40435 0.464 0.116 0.216 0.016 0.188
#> SRR1441850 4 0.2068 0.80664 0.000 0.092 0.004 0.904 0.000
#> SRR613759 2 0.7867 0.30404 0.004 0.488 0.140 0.156 0.212
#> SRR1472281 4 0.1121 0.83981 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1440445 3 0.5345 0.62493 0.000 0.196 0.668 0.000 0.136
#> SRR1088734 4 0.0162 0.84095 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1455607 4 0.0290 0.83899 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1077528 4 0.2110 0.79106 0.000 0.016 0.072 0.912 0.000
#> SRR1364695 3 0.4325 0.69064 0.000 0.220 0.736 0.000 0.044
#> SRR1348226 3 0.4906 0.35062 0.316 0.016 0.648 0.020 0.000
#> SRR1313560 2 0.9640 0.15590 0.132 0.312 0.220 0.124 0.212
#> SRR1092889 2 0.3381 0.66817 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016
#> SRR1352213 3 0.2127 0.68287 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.2158 0.85712 0.920 0.052 0.020 0.000 0.008
#> SRR1353970 1 0.0290 0.89616 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.1285 0.83630 0.000 0.036 0.004 0.956 0.004
#> SRR817825 2 0.5669 0.53889 0.000 0.712 0.084 0.084 0.120
#> SRR660366 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.3210 0.66681 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1323512 4 0.6224 0.10624 0.000 0.396 0.072 0.504 0.028
#> SRR1325247 4 0.1195 0.82782 0.000 0.012 0.028 0.960 0.000
#> SRR1351583 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1437454 4 0.2291 0.80267 0.000 0.036 0.056 0.908 0.000
#> SRR1318484 4 0.1270 0.82755 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1322395 1 0.0324 0.89429 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1378131 4 0.2020 0.79876 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1325464 1 0.3612 0.71963 0.796 0.004 0.184 0.016 0.000
#> SRR1340280 2 0.5700 0.46616 0.000 0.700 0.128 0.048 0.124
#> SRR1455842 4 0.0162 0.84095 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1352619 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1076779 1 0.0162 0.89539 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662763 2 0.5512 0.41607 0.000 0.676 0.196 0.012 0.116
#> SRR661120 3 0.4840 0.57606 0.000 0.092 0.744 0.152 0.012
#> SRR601613 1 0.5670 0.17328 0.512 0.004 0.416 0.068 0.000
#> SRR811535 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.5341 0.70260 0.724 0.080 0.152 0.000 0.044
#> SRR1368616 4 0.0671 0.84152 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.3160 0.79136 0.000 0.116 0.004 0.852 0.028
#> SRR604122 2 0.9748 0.09200 0.220 0.260 0.216 0.100 0.204
#> SRR598509 5 0.3521 0.98754 0.000 0.004 0.232 0.000 0.764
#> SRR1397052 2 0.9760 0.14741 0.136 0.288 0.220 0.144 0.212
#> SRR1339921 3 0.4078 0.51905 0.160 0.020 0.792 0.028 0.000
#> SRR664743 4 0.0898 0.83272 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000
#> SRR1339199 4 0.3122 0.78370 0.000 0.120 0.004 0.852 0.024
#> SRR1355660 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.2775 0.82594 0.876 0.004 0.100 0.000 0.020
#> SRR808808 3 0.4021 0.70729 0.000 0.200 0.764 0.036 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.5700 0.56730 0.000 0.196 0.628 0.000 0.176
#> SRR1487233 2 0.3381 0.66817 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016
#> SRR662043 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.5058 0.65061 0.000 0.732 0.068 0.172 0.028
#> SRR1379365 4 0.6235 0.07166 0.000 0.404 0.072 0.496 0.028
#> SRR1384852 2 0.6158 0.40068 0.000 0.552 0.076 0.344 0.028
#> SRR1430357 4 0.0290 0.84157 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2164847 4 0.5172 0.40922 0.036 0.008 0.356 0.600 0.000
#> SRR807901 1 0.7742 0.45595 0.500 0.116 0.216 0.004 0.164
#> SRR816064 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 5 0.3521 0.98754 0.000 0.004 0.232 0.000 0.764
#> SRR1316483 3 0.3579 0.64667 0.004 0.080 0.836 0.080 0.000
#> SRR662749 1 0.0510 0.89525 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.4599 0.48635 0.000 0.760 0.144 0.008 0.088
#> SRR1343653 4 0.1116 0.83878 0.000 0.028 0.004 0.964 0.004
#> SRR1336134 2 0.5202 0.60186 0.000 0.732 0.124 0.116 0.028
#> SRR654940 2 0.3143 0.66778 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1098288 4 0.3044 0.75793 0.000 0.148 0.004 0.840 0.008
#> SRR1326343 2 0.9663 0.08727 0.228 0.260 0.216 0.084 0.212
#> SRR811145 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 4 0.8150 -0.28144 0.000 0.328 0.120 0.348 0.204
#> SRR1075997 4 0.3160 0.79089 0.000 0.116 0.004 0.852 0.028
#> SRR1090483 4 0.1106 0.83034 0.000 0.012 0.024 0.964 0.000
#> SRR1388698 3 0.5932 0.28831 0.368 0.016 0.544 0.072 0.000
#> SRR1312482 4 0.2670 0.81228 0.000 0.080 0.004 0.888 0.028
#> SRR1430420 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1387475 4 0.0162 0.84095 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1388419 2 0.4826 0.58122 0.000 0.760 0.140 0.068 0.032
#> SRR1442250 2 0.5837 0.56711 0.000 0.696 0.068 0.120 0.116
#> SRR1430679 4 0.4704 0.70955 0.000 0.168 0.048 0.756 0.028
#> SRR1311109 4 0.1408 0.81828 0.000 0.008 0.044 0.948 0.000
#> SRR1478990 4 0.0290 0.83950 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1392434 4 0.6309 -0.03970 0.000 0.444 0.076 0.452 0.028
#> SRR1085925 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.0794 0.83944 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1315393 2 0.5063 0.64823 0.000 0.736 0.076 0.160 0.028
#> SRR1094506 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1330633 4 0.6150 0.02911 0.000 0.416 0.064 0.492 0.028
#> SRR1330153 2 0.7237 0.39448 0.000 0.536 0.076 0.176 0.212
#> SRR1451778 2 0.7030 0.40519 0.000 0.552 0.060 0.176 0.212
#> SRR657089 3 0.4295 0.69195 0.000 0.216 0.740 0.000 0.044
#> SRR1395659 2 0.3305 0.66535 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1385716 3 0.3487 0.70793 0.000 0.212 0.780 0.000 0.008
#> SRR1466109 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1080977 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1441725 4 0.5813 0.43797 0.036 0.036 0.300 0.620 0.008
#> SRR1485078 2 0.3196 0.66894 0.000 0.804 0.004 0.192 0.000
#> SRR661806 4 0.4894 0.17496 0.000 0.024 0.456 0.520 0.000
#> SRR1334919 3 0.3596 0.70758 0.000 0.212 0.776 0.000 0.012
#> SRR599249 2 0.8928 0.23819 0.056 0.416 0.172 0.144 0.212
#> SRR810051 4 0.3354 0.75608 0.000 0.140 0.004 0.832 0.024
#> SRR1407202 2 0.9298 0.21096 0.052 0.328 0.216 0.196 0.208
#> SRR1434399 1 0.8063 0.38204 0.452 0.132 0.224 0.004 0.188
#> SRR1330965 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1369536 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.3596 0.70758 0.000 0.212 0.776 0.000 0.012
#> SRR1405028 2 0.8220 0.31630 0.000 0.368 0.136 0.292 0.204
#> SRR612719 3 0.3294 0.67580 0.000 0.104 0.852 0.036 0.008
#> SRR1340617 4 0.3209 0.78875 0.000 0.120 0.004 0.848 0.028
#> SRR1448183 1 0.7618 0.46254 0.504 0.120 0.208 0.000 0.168
#> SRR1362488 4 0.5276 0.40416 0.000 0.324 0.028 0.624 0.024
#> SRR1361156 4 0.0290 0.83899 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1454374 1 0.0510 0.89525 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR811891 2 0.8016 0.36703 0.000 0.436 0.132 0.232 0.200
#> SRR1477837 3 0.4865 0.32656 0.000 0.444 0.536 0.004 0.016
#> SRR607252 1 0.6910 0.56684 0.592 0.116 0.184 0.000 0.108
#> SRR1418946 3 0.3307 0.67523 0.000 0.104 0.844 0.052 0.000
#> SRR1456567 4 0.0162 0.84095 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1487425 4 0.4597 0.49432 0.000 0.300 0.004 0.672 0.024
#> SRR1335627 2 0.3381 0.66817 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016
#> SRR1327680 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1478812 2 0.4810 0.49052 0.000 0.740 0.160 0.008 0.092
#> SRR1447673 4 0.0404 0.83953 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR815735 3 0.4640 0.48106 0.204 0.024 0.740 0.032 0.000
#> SRR1404251 4 0.2484 0.81828 0.000 0.068 0.004 0.900 0.028
#> SRR601645 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 3 0.4480 0.55691 0.000 0.064 0.752 0.180 0.004
#> SRR659983 1 0.3142 0.81732 0.868 0.056 0.068 0.000 0.008
#> SRR1402414 2 0.3074 0.66975 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR614215 2 0.9106 0.21669 0.060 0.380 0.212 0.136 0.212
#> SRR659283 1 0.9543 0.06902 0.288 0.228 0.208 0.072 0.204
#> SRR1459956 4 0.5841 0.12908 0.000 0.396 0.044 0.532 0.028
#> SRR1340441 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1317428 1 0.7345 0.50847 0.540 0.116 0.204 0.000 0.140
#> SRR1403390 3 0.4905 0.66622 0.000 0.224 0.696 0.000 0.080
#> SRR1452741 3 0.3058 0.67287 0.000 0.096 0.860 0.044 0.000
#> SRR1458484 3 0.3010 0.70835 0.000 0.172 0.824 0.000 0.004
#> SRR1387091 4 0.0290 0.83899 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1358017 5 0.3521 0.98754 0.000 0.004 0.232 0.000 0.764
#> SRR1457039 4 0.0000 0.84011 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1430639 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0451 0.83836 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1419829 2 0.3381 0.66817 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016
#> SRR1434315 1 0.0404 0.89582 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR658457 2 0.9444 0.18637 0.080 0.332 0.220 0.156 0.212
#> SRR1367849 4 0.0579 0.83772 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1320939 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.2536 0.82676 0.868 0.000 0.128 0.004 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.5074 0.64647 0.000 0.268 0.660 0.000 0.072
#> SRR1398311 2 0.4015 0.51592 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1442149 2 0.7121 0.30294 0.000 0.372 0.300 0.316 0.012
#> SRR809137 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.84011 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0324 0.84102 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1321225 3 0.3487 0.70764 0.000 0.212 0.780 0.000 0.008
#> SRR1069802 2 0.8838 0.11868 0.196 0.412 0.136 0.044 0.212
#> SRR1077643 2 0.6251 0.58516 0.000 0.648 0.064 0.180 0.108
#> SRR1334154 4 0.0162 0.83984 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1390072 4 0.1041 0.83799 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> SRR1467612 2 0.5152 0.65837 0.000 0.712 0.064 0.200 0.024
#> SRR1430133 2 0.4596 0.57449 0.000 0.776 0.136 0.056 0.032
#> SRR1468595 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1374028 2 0.5105 0.63330 0.000 0.736 0.048 0.164 0.052
#> SRR1311243 1 0.0000 0.89638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1469638 3 0.4486 0.47897 0.012 0.032 0.736 0.220 0.000
#> SRR662150 1 0.7434 0.49431 0.528 0.116 0.208 0.000 0.148
#> SRR1400290 3 0.3333 0.70931 0.000 0.208 0.788 0.000 0.004
#> SRR1084892 2 0.4915 0.60394 0.000 0.756 0.120 0.096 0.028
#> SRR1416166 3 0.7578 -0.18731 0.000 0.300 0.356 0.304 0.040
#> SRR1477015 3 0.3160 0.71092 0.000 0.188 0.808 0.000 0.004
#> SRR1380501 2 0.5484 0.49330 0.000 0.676 0.232 0.060 0.032
#> SRR1446156 2 0.4126 0.46366 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1488328 4 0.3351 0.77954 0.000 0.132 0.004 0.836 0.028
#> SRR1086889 4 0.3769 0.72967 0.000 0.172 0.004 0.796 0.028
#> SRR814611 3 0.2568 0.67763 0.000 0.092 0.888 0.016 0.004
#> SRR599086 3 0.5324 0.43297 0.232 0.016 0.680 0.072 0.000
#> SRR1086844 1 0.1124 0.88777 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR1464535 3 0.4915 0.18668 0.000 0.020 0.556 0.420 0.004
#> SRR807877 4 0.0566 0.84161 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR1477033 1 0.2439 0.83294 0.876 0.000 0.120 0.004 0.000
#> SRR1335164 4 0.3110 0.79442 0.000 0.112 0.004 0.856 0.028
#> SRR601986 3 0.3300 0.71013 0.000 0.204 0.792 0.000 0.004
#> SRR1446226 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR659637 4 0.4730 0.30994 0.000 0.012 0.416 0.568 0.004
#> SRR600474 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1312540 3 0.4428 0.60474 0.088 0.068 0.800 0.044 0.000
#> SRR1323628 1 0.7335 0.50901 0.540 0.116 0.208 0.000 0.136
#> SRR1430951 5 0.3521 0.98754 0.000 0.004 0.232 0.000 0.764
#> SRR1385364 3 0.6047 0.46094 0.000 0.376 0.500 0.000 0.124
#> SRR1478149 3 0.5841 0.55953 0.000 0.212 0.608 0.000 0.180
#> SRR1384413 4 0.4168 0.61280 0.000 0.200 0.044 0.756 0.000
#> SRR1366855 4 0.1211 0.82801 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> SRR1077115 4 0.0162 0.84095 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1399990 3 0.3596 0.70732 0.000 0.212 0.776 0.000 0.012
#> SRR1434093 3 0.3333 0.70931 0.000 0.208 0.788 0.000 0.004
#> SRR1341408 4 0.1041 0.83841 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> SRR612335 4 0.7993 -0.03508 0.000 0.252 0.176 0.436 0.136
#> SRR1321420 1 0.1310 0.87265 0.956 0.000 0.020 0.024 0.000
#> SRR1329177 3 0.3266 0.71053 0.000 0.200 0.796 0.000 0.004
#> SRR1398371 2 0.4161 0.42834 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR614996 3 0.3980 0.63317 0.024 0.072 0.824 0.080 0.000
#> SRR1431602 4 0.0290 0.84170 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1311509 2 0.6357 0.53018 0.000 0.624 0.048 0.204 0.124
#> SRR1507229 5 0.3366 0.99086 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1310373 5 0.3508 0.96910 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1408072 4 0.0000 0.84011 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.3333 0.70931 0.000 0.208 0.788 0.000 0.004
#> SRR1392813 2 0.5279 0.61590 0.000 0.724 0.108 0.140 0.028
#> SRR1453026 2 0.5615 0.61410 0.000 0.648 0.068 0.260 0.024
#> SRR1388105 2 0.5115 0.25484 0.000 0.484 0.036 0.480 0.000
#> SRR1357558 1 0.0609 0.89440 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.5538 0.21972 0.000 0.088 0.588 0.000 0.324
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0622 0.93766 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1468613 1 0.0458 0.93525 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR815184 5 0.2889 0.75835 0.000 0.016 0.000 0.048 0.868 0.068
#> SRR1381693 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1467904 6 0.4672 0.72571 0.000 0.032 0.144 0.000 0.092 0.732
#> SRR1442648 4 0.1765 0.79845 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1486174 5 0.2545 0.74856 0.000 0.000 0.024 0.020 0.888 0.068
#> SRR1349433 5 0.4471 0.66913 0.000 0.000 0.040 0.152 0.748 0.060
#> SRR1321283 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1387702 2 0.4264 0.06540 0.492 0.492 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1435584 4 0.1931 0.80229 0.000 0.004 0.004 0.916 0.068 0.008
#> SRR1406265 1 0.0458 0.93525 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1366367 4 0.0820 0.81117 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1458026 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1094192 4 0.0458 0.81246 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1397180 4 0.1686 0.81028 0.000 0.000 0.000 0.924 0.064 0.012
#> SRR657492 1 0.0547 0.93611 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 6 0.2570 0.83769 0.000 0.036 0.020 0.020 0.024 0.900
#> SRR818530 5 0.4146 0.71290 0.000 0.164 0.012 0.044 0.768 0.012
#> SRR817563 4 0.3894 0.67653 0.000 0.004 0.016 0.732 0.240 0.008
#> SRR613462 6 0.3098 0.82642 0.000 0.032 0.056 0.000 0.052 0.860
#> SRR1405206 5 0.4146 0.71290 0.000 0.164 0.012 0.044 0.768 0.012
#> SRR1454136 5 0.3494 0.72464 0.000 0.000 0.052 0.052 0.836 0.060
#> SRR1380785 5 0.3380 0.73622 0.000 0.016 0.056 0.000 0.832 0.096
#> SRR612875 4 0.4278 0.46108 0.000 0.016 0.000 0.624 0.008 0.352
#> SRR808327 5 0.5395 -0.23175 0.000 0.008 0.056 0.460 0.464 0.012
#> SRR1355194 5 0.3788 0.72895 0.000 0.040 0.056 0.000 0.812 0.092
#> SRR1408227 4 0.5071 0.59389 0.000 0.012 0.056 0.624 0.300 0.008
#> SRR1086304 5 0.6602 0.57673 0.000 0.200 0.100 0.000 0.536 0.164
#> SRR1080415 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 5 0.4665 0.70532 0.000 0.164 0.032 0.036 0.744 0.024
#> SRR1084965 6 0.1952 0.79839 0.052 0.016 0.000 0.012 0.000 0.920
#> SRR1310563 5 0.6543 0.58756 0.000 0.188 0.104 0.000 0.548 0.160
#> SRR602437 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0520 0.93817 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337238 1 0.0547 0.93611 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 2 0.3313 0.71900 0.140 0.820 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1356487 5 0.4820 0.73740 0.000 0.128 0.028 0.020 0.744 0.080
#> SRR1479263 4 0.4511 0.60522 0.000 0.004 0.028 0.644 0.316 0.008
#> SRR1409641 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1345827 5 0.4239 0.70361 0.000 0.004 0.056 0.092 0.788 0.060
#> SRR1367456 5 0.6495 0.59997 0.000 0.216 0.096 0.036 0.588 0.064
#> SRR1072650 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 5 0.4665 0.70532 0.000 0.164 0.032 0.036 0.744 0.024
#> SRR1087197 6 0.3698 0.81339 0.000 0.044 0.032 0.016 0.076 0.832
#> SRR1383960 4 0.4260 0.17218 0.000 0.016 0.000 0.512 0.000 0.472
#> SRR600924 1 0.0458 0.93525 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR662390 6 0.2685 0.76810 0.068 0.016 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1071692 1 0.0146 0.93671 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR658421 1 0.0858 0.93231 0.968 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352936 6 0.2985 0.81389 0.000 0.000 0.100 0.000 0.056 0.844
#> SRR598148 5 0.7168 0.57665 0.000 0.224 0.096 0.036 0.516 0.128
#> SRR1444390 4 0.0363 0.81204 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1444644 6 0.3564 0.65479 0.000 0.000 0.264 0.000 0.012 0.724
#> SRR1389777 2 0.1931 0.73196 0.004 0.924 0.000 0.040 0.004 0.028
#> SRR603918 5 0.6810 0.60191 0.000 0.200 0.096 0.084 0.572 0.048
#> SRR1468682 4 0.1059 0.80996 0.000 0.016 0.000 0.964 0.004 0.016
#> SRR1490505 5 0.2451 0.75356 0.000 0.004 0.000 0.040 0.888 0.068
#> SRR1343859 5 0.6591 0.57091 0.000 0.220 0.096 0.024 0.572 0.088
#> SRR1075631 4 0.0520 0.81188 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR1444954 5 0.4665 0.70532 0.000 0.164 0.032 0.036 0.744 0.024
#> SRR1479286 4 0.1321 0.80502 0.000 0.020 0.000 0.952 0.004 0.024
#> SRR1381524 6 0.2506 0.83047 0.000 0.000 0.068 0.000 0.052 0.880
#> SRR1392208 4 0.3967 0.68048 0.000 0.004 0.016 0.720 0.252 0.008
#> SRR1456693 5 0.5117 0.67964 0.000 0.140 0.000 0.188 0.660 0.012
#> SRR1358482 5 0.4665 0.70532 0.000 0.164 0.032 0.036 0.744 0.024
#> SRR658331 6 0.3486 0.79742 0.000 0.016 0.116 0.000 0.048 0.820
#> SRR810619 4 0.5109 0.54807 0.000 0.008 0.056 0.592 0.336 0.008
#> SRR600829 6 0.1369 0.81822 0.016 0.016 0.000 0.016 0.000 0.952
#> SRR599380 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.1578 0.79577 0.000 0.012 0.000 0.936 0.004 0.048
#> SRR2185195 2 0.3457 0.68372 0.232 0.752 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1489693 6 0.4339 0.75235 0.000 0.024 0.120 0.000 0.096 0.760
#> SRR1318662 4 0.4668 0.61811 0.000 0.004 0.044 0.652 0.292 0.008
#> SRR1408657 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0820 0.81081 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR661337 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR601239 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 6 0.4152 0.63525 0.000 0.024 0.264 0.000 0.012 0.700
#> SRR1352111 1 0.1082 0.91938 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1330944 4 0.0363 0.81255 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1419453 6 0.3865 0.78281 0.000 0.020 0.116 0.000 0.068 0.796
#> SRR1437208 4 0.4710 0.62752 0.000 0.004 0.052 0.660 0.276 0.008
#> SRR1444914 1 0.0146 0.93783 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.1204 0.80861 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1093269 4 0.2163 0.79352 0.000 0.004 0.000 0.892 0.096 0.008
#> SRR1341456 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR657456 3 0.3563 0.54887 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR807727 5 0.3990 0.71751 0.000 0.000 0.020 0.128 0.784 0.068
#> SRR816358 1 0.1471 0.89363 0.932 0.000 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR658283 6 0.2474 0.83009 0.000 0.000 0.040 0.000 0.080 0.880
#> SRR813728 5 0.2520 0.75457 0.000 0.008 0.008 0.024 0.892 0.068
#> SRR1394520 1 0.3724 0.61593 0.716 0.012 0.000 0.004 0.000 0.268
#> SRR1308200 4 0.5054 0.59836 0.000 0.012 0.056 0.628 0.296 0.008
#> SRR1432366 4 0.0622 0.81215 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1087992 6 0.1180 0.82218 0.012 0.016 0.000 0.012 0.000 0.960
#> SRR1405593 6 0.3142 0.73806 0.092 0.016 0.000 0.044 0.000 0.848
#> SRR1326040 6 0.2195 0.80058 0.000 0.016 0.000 0.068 0.012 0.904
#> SRR1312725 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0820 0.93781 0.972 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1488632 5 0.5892 0.65904 0.000 0.152 0.020 0.160 0.636 0.032
#> SRR1398706 5 0.2566 0.75619 0.000 0.020 0.000 0.028 0.888 0.064
#> SRR1368794 5 0.2231 0.75357 0.000 0.004 0.000 0.028 0.900 0.068
#> SRR1392749 4 0.1983 0.80694 0.000 0.000 0.000 0.908 0.072 0.020
#> SRR603968 3 0.2034 0.92710 0.000 0.024 0.912 0.000 0.004 0.060
#> SRR815661 2 0.3438 0.70513 0.184 0.788 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR663100 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR661229 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0891 0.92895 0.968 0.008 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR663705 2 0.3856 0.67087 0.000 0.796 0.004 0.132 0.016 0.052
#> SRR1464281 4 0.4455 0.60659 0.000 0.004 0.024 0.644 0.320 0.008
#> SRR1400397 4 0.1059 0.80970 0.000 0.016 0.000 0.964 0.004 0.016
#> SRR1331444 1 0.0458 0.93525 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1439958 5 0.4925 0.61466 0.000 0.008 0.056 0.176 0.716 0.044
#> SRR1384917 5 0.4800 0.70353 0.000 0.172 0.036 0.036 0.732 0.024
#> SRR1435182 4 0.5133 0.58663 0.000 0.008 0.052 0.616 0.308 0.016
#> SRR1477569 1 0.3288 0.61795 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR602461 1 0.1434 0.92219 0.940 0.048 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1334338 1 0.4076 0.47919 0.636 0.012 0.000 0.004 0.000 0.348
#> SRR1354710 1 0.0363 0.93638 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR613510 5 0.6488 0.40984 0.000 0.088 0.112 0.000 0.508 0.292
#> SRR663014 5 0.5421 0.67454 0.000 0.140 0.004 0.168 0.660 0.028
#> SRR1417960 4 0.1321 0.80502 0.000 0.020 0.000 0.952 0.004 0.024
#> SRR1474730 6 0.3481 0.77191 0.000 0.000 0.160 0.000 0.048 0.792
#> SRR1381269 4 0.2926 0.77123 0.000 0.004 0.012 0.844 0.132 0.008
#> SRR657695 5 0.4569 0.71353 0.000 0.160 0.008 0.084 0.736 0.012
#> SRR1357650 5 0.4320 0.63518 0.000 0.004 0.020 0.228 0.720 0.028
#> SRR1472237 4 0.5041 0.57672 0.000 0.008 0.056 0.612 0.316 0.008
#> SRR1470816 4 0.1779 0.80726 0.000 0.000 0.000 0.920 0.064 0.016
#> SRR1458358 1 0.0260 0.93795 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0458 0.93525 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1318998 5 0.6409 0.58521 0.000 0.184 0.108 0.000 0.568 0.140
#> SRR1392795 5 0.4244 0.70393 0.000 0.012 0.008 0.180 0.752 0.048
#> SRR1469859 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1378243 5 0.7309 0.57229 0.000 0.180 0.092 0.180 0.508 0.040
#> SRR1360587 4 0.1059 0.80970 0.000 0.016 0.000 0.964 0.004 0.016
#> SRR604230 2 0.3431 0.68583 0.228 0.756 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1347667 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR608096 5 0.5300 0.55994 0.000 0.016 0.032 0.036 0.624 0.292
#> SRR665514 1 0.0713 0.93253 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1419615 4 0.3580 0.70116 0.000 0.036 0.000 0.808 0.136 0.020
#> SRR1429802 4 0.1401 0.80447 0.000 0.020 0.000 0.948 0.004 0.028
#> SRR1345436 4 0.0603 0.81236 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1433684 6 0.1794 0.80788 0.028 0.016 0.000 0.024 0.000 0.932
#> SRR613186 3 0.2425 0.95736 0.000 0.024 0.884 0.000 0.004 0.088
#> SRR1343795 5 0.4942 0.61278 0.000 0.004 0.052 0.184 0.708 0.052
#> SRR1417766 5 0.5335 0.15080 0.000 0.004 0.056 0.364 0.556 0.020
#> SRR1420606 5 0.3227 0.74040 0.000 0.012 0.052 0.000 0.840 0.096
#> SRR1326687 1 0.0713 0.93253 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 6 0.4067 0.70816 0.000 0.000 0.212 0.000 0.060 0.728
#> SRR1309856 5 0.4223 0.70684 0.000 0.000 0.052 0.108 0.780 0.060
#> SRR1102756 5 0.3552 0.72667 0.000 0.000 0.052 0.052 0.832 0.064
#> SRR1366519 4 0.4966 0.56969 0.000 0.004 0.056 0.608 0.324 0.008
#> SRR1080438 4 0.0937 0.81174 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1391789 5 0.4956 0.50987 0.000 0.000 0.004 0.072 0.592 0.332
#> SRR1402195 2 0.3732 0.68029 0.000 0.808 0.004 0.120 0.016 0.052
#> SRR1429516 4 0.1552 0.79999 0.000 0.020 0.000 0.940 0.004 0.036
#> SRR1406662 5 0.3803 0.76016 0.000 0.048 0.004 0.056 0.820 0.072
#> SRR1333414 5 0.2384 0.75272 0.000 0.000 0.000 0.048 0.888 0.064
#> SRR1369030 5 0.3934 0.70834 0.000 0.012 0.000 0.180 0.764 0.044
#> SRR1342916 1 0.0260 0.93690 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1362824 5 0.2265 0.74414 0.000 0.000 0.024 0.004 0.896 0.076
#> SRR1455326 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0260 0.93795 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.5040 0.56605 0.004 0.656 0.000 0.236 0.008 0.096
#> SRR1434568 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1341965 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1473505 5 0.5550 0.64938 0.000 0.148 0.000 0.196 0.628 0.028
#> SRR1402068 5 0.4665 0.70532 0.000 0.164 0.032 0.036 0.744 0.024
#> SRR1490076 4 0.4495 0.62530 0.000 0.004 0.032 0.660 0.296 0.008
#> SRR1435501 1 0.0717 0.93801 0.976 0.016 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1452491 4 0.4992 0.64188 0.000 0.008 0.056 0.656 0.264 0.016
#> SRR1397329 6 0.4010 0.76219 0.000 0.024 0.152 0.000 0.048 0.776
#> SRR1093243 4 0.1321 0.80502 0.000 0.020 0.000 0.952 0.004 0.024
#> SRR1418390 5 0.3210 0.73960 0.000 0.000 0.032 0.048 0.852 0.068
#> SRR608480 1 0.1007 0.92229 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 2 0.2599 0.72814 0.004 0.888 0.000 0.048 0.008 0.052
#> SRR601868 1 0.3797 0.57037 0.692 0.016 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR607313 1 0.0632 0.93443 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.5118 0.57782 0.000 0.012 0.056 0.612 0.312 0.008
#> SRR815893 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1455503 4 0.0622 0.81170 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008 0.000
#> SRR810737 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1347500 2 0.3534 0.67314 0.244 0.740 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1443182 4 0.1528 0.81152 0.000 0.012 0.000 0.944 0.028 0.016
#> SRR1457872 4 0.2457 0.78835 0.000 0.000 0.036 0.880 0.084 0.000
#> SRR658481 4 0.1478 0.80277 0.000 0.020 0.000 0.944 0.004 0.032
#> SRR1406243 1 0.0865 0.92794 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 6 0.3017 0.81105 0.000 0.000 0.108 0.000 0.052 0.840
#> SRR656433 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1420811 4 0.5087 0.58812 0.000 0.012 0.056 0.620 0.304 0.008
#> SRR1308674 5 0.3631 0.72598 0.000 0.004 0.052 0.048 0.832 0.064
#> SRR1338363 6 0.3683 0.74670 0.000 0.000 0.184 0.000 0.048 0.768
#> SRR1344271 5 0.4678 0.66608 0.000 0.008 0.056 0.140 0.748 0.048
#> SRR1321608 4 0.4401 0.57078 0.000 0.004 0.016 0.624 0.348 0.008
#> SRR1441464 4 0.5087 0.58812 0.000 0.012 0.056 0.620 0.304 0.008
#> SRR607970 1 0.0458 0.93525 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1338171 5 0.2617 0.74744 0.000 0.004 0.032 0.004 0.880 0.080
#> SRR604174 2 0.4515 0.59237 0.000 0.688 0.000 0.244 0.008 0.060
#> SRR1345221 1 0.4093 0.26048 0.584 0.404 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR815517 5 0.6570 0.57716 0.000 0.168 0.112 0.000 0.548 0.172
#> SRR615970 3 0.2178 0.92877 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1370659 1 0.1327 0.91103 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.1346 0.81270 0.000 0.016 0.000 0.952 0.008 0.024
#> SRR1419638 6 0.2490 0.83744 0.000 0.012 0.044 0.000 0.052 0.892
#> SRR1434975 5 0.6198 0.41005 0.000 0.064 0.104 0.000 0.528 0.304
#> SRR1445741 5 0.4541 0.11567 0.000 0.008 0.012 0.476 0.500 0.004
#> SRR1088142 6 0.2375 0.77672 0.068 0.016 0.000 0.020 0.000 0.896
#> SRR604206 2 0.3509 0.67755 0.240 0.744 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1358779 6 0.3776 0.79130 0.000 0.028 0.104 0.000 0.060 0.808
#> SRR1473142 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1410334 5 0.4767 0.70064 0.000 0.168 0.036 0.036 0.736 0.024
#> SRR1352234 4 0.1478 0.80098 0.000 0.020 0.000 0.944 0.004 0.032
#> SRR1487807 4 0.5357 0.64773 0.000 0.000 0.040 0.668 0.140 0.152
#> SRR1489715 5 0.2670 0.73866 0.000 0.004 0.040 0.000 0.872 0.084
#> SRR1364780 3 0.1714 0.97087 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1460124 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0820 0.81163 0.000 0.000 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR1409748 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1325504 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 5 0.5190 0.69154 0.000 0.136 0.004 0.184 0.664 0.012
#> SRR1316725 5 0.4665 0.70532 0.000 0.164 0.032 0.036 0.744 0.024
#> SRR1314851 4 0.5074 0.39535 0.000 0.008 0.020 0.560 0.028 0.384
#> SRR1354599 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 6 0.2899 0.76022 0.000 0.016 0.004 0.104 0.016 0.860
#> SRR1308696 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR808772 1 0.0717 0.93426 0.976 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR812649 5 0.2126 0.74615 0.000 0.004 0.020 0.000 0.904 0.072
#> SRR1366690 2 0.4052 0.66010 0.000 0.780 0.004 0.140 0.016 0.060
#> SRR1317707 4 0.4347 0.61777 0.000 0.004 0.020 0.656 0.312 0.008
#> SRR1339321 4 0.0000 0.81168 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442487 5 0.3263 0.73239 0.000 0.004 0.052 0.024 0.852 0.068
#> SRR1069690 5 0.4377 0.71396 0.000 0.156 0.004 0.080 0.748 0.012
#> SRR1319344 5 0.6284 0.59870 0.000 0.216 0.096 0.036 0.604 0.048
#> SRR1332835 5 0.3318 0.73135 0.000 0.004 0.052 0.024 0.848 0.072
#> SRR1334694 5 0.3578 0.72958 0.000 0.004 0.052 0.032 0.832 0.080
#> SRR1478434 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1479933 5 0.4665 0.70532 0.000 0.164 0.032 0.036 0.744 0.024
#> SRR1313853 4 0.4595 0.60097 0.000 0.004 0.032 0.636 0.320 0.008
#> SRR661192 1 0.0632 0.93212 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1384827 5 0.2702 0.74130 0.000 0.004 0.036 0.000 0.868 0.092
#> SRR814587 4 0.0603 0.81362 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR656899 2 0.2458 0.73518 0.068 0.892 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1088340 4 0.0000 0.81168 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.4234 0.11899 0.544 0.440 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1317305 6 0.0964 0.82911 0.000 0.016 0.000 0.012 0.004 0.968
#> SRR1442273 4 0.1152 0.81077 0.000 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1407470 5 0.4543 0.69400 0.000 0.008 0.056 0.104 0.768 0.064
#> SRR1490289 5 0.5538 0.66268 0.000 0.140 0.004 0.184 0.644 0.028
#> SRR1093649 5 0.6152 0.61371 0.000 0.208 0.088 0.036 0.620 0.048
#> SRR1478900 6 0.2459 0.83859 0.000 0.020 0.032 0.000 0.052 0.896
#> SRR1447652 1 0.0146 0.93671 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1324545 4 0.3583 0.63695 0.000 0.004 0.000 0.728 0.260 0.008
#> SRR2170537 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 6 0.1078 0.82359 0.012 0.016 0.000 0.008 0.000 0.964
#> SRR615335 6 0.1630 0.81228 0.024 0.016 0.000 0.020 0.000 0.940
#> SRR1321505 1 0.3078 0.72479 0.796 0.000 0.000 0.012 0.000 0.192
#> SRR1457768 3 0.2544 0.92851 0.000 0.004 0.864 0.000 0.012 0.120
#> SRR1340641 4 0.4415 0.61870 0.004 0.172 0.000 0.736 0.008 0.080
#> SRR657903 2 0.3457 0.68340 0.232 0.752 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1403458 1 0.1152 0.92027 0.952 0.044 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460073 2 0.3374 0.69557 0.208 0.772 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1441850 4 0.3822 0.70803 0.000 0.068 0.000 0.800 0.112 0.020
#> SRR613759 2 0.2633 0.72688 0.004 0.888 0.000 0.044 0.012 0.052
#> SRR1472281 4 0.2358 0.78564 0.000 0.000 0.016 0.876 0.108 0.000
#> SRR1440445 6 0.3614 0.79162 0.000 0.020 0.120 0.000 0.048 0.812
#> SRR1088734 4 0.0363 0.81204 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1455607 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1077528 4 0.1401 0.80263 0.000 0.020 0.000 0.948 0.004 0.028
#> SRR1364695 6 0.3455 0.81445 0.000 0.036 0.076 0.000 0.052 0.836
#> SRR1348226 6 0.2975 0.70770 0.132 0.012 0.000 0.016 0.000 0.840
#> SRR1313560 2 0.1592 0.73105 0.012 0.944 0.000 0.016 0.004 0.024
#> SRR1092889 5 0.4665 0.70532 0.000 0.164 0.032 0.036 0.744 0.024
#> SRR1352213 6 0.1078 0.83359 0.000 0.016 0.000 0.008 0.012 0.964
#> SRR2185233 1 0.2730 0.76122 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.2932 0.77172 0.000 0.004 0.020 0.852 0.116 0.008
#> SRR817825 5 0.6684 0.57794 0.000 0.220 0.096 0.032 0.568 0.084
#> SRR660366 1 0.1007 0.92229 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.1327 0.91103 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821183 5 0.4003 0.71612 0.000 0.164 0.004 0.048 0.772 0.012
#> SRR1323512 5 0.4433 0.68593 0.000 0.000 0.052 0.128 0.760 0.060
#> SRR1325247 4 0.1321 0.80502 0.000 0.020 0.000 0.952 0.004 0.024
#> SRR1351583 3 0.1714 0.97087 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1437454 4 0.1478 0.80098 0.000 0.020 0.000 0.944 0.004 0.032
#> SRR1318484 4 0.1141 0.80835 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1322395 1 0.2202 0.89991 0.908 0.052 0.000 0.012 0.000 0.028
#> SRR1378131 4 0.3482 0.69007 0.000 0.012 0.000 0.796 0.168 0.024
#> SRR1325464 1 0.2915 0.73903 0.808 0.000 0.000 0.008 0.000 0.184
#> SRR1340280 5 0.6964 0.52261 0.000 0.252 0.096 0.028 0.520 0.104
#> SRR1455842 4 0.0458 0.81246 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1352619 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1076779 1 0.1327 0.91103 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 5 0.6163 0.63636 0.000 0.176 0.092 0.004 0.608 0.120
#> SRR661120 6 0.3409 0.64862 0.000 0.024 0.000 0.184 0.004 0.788
#> SRR601613 1 0.4973 0.34427 0.572 0.016 0.000 0.044 0.000 0.368
#> SRR811535 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR820316 1 0.4080 0.08740 0.536 0.456 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368616 4 0.2044 0.80132 0.000 0.004 0.008 0.912 0.068 0.008
#> SRR1375677 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.5147 0.56846 0.000 0.012 0.056 0.604 0.320 0.008
#> SRR604122 2 0.1944 0.73621 0.036 0.924 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR598509 3 0.2425 0.95736 0.000 0.024 0.884 0.000 0.004 0.088
#> SRR1397052 2 0.1592 0.73105 0.012 0.944 0.000 0.016 0.004 0.024
#> SRR1339921 6 0.1980 0.79338 0.048 0.016 0.000 0.016 0.000 0.920
#> SRR664743 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1339199 4 0.4528 0.57628 0.000 0.004 0.024 0.624 0.340 0.008
#> SRR1355660 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1481012 1 0.1267 0.91305 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1400889 1 0.2883 0.73136 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 6 0.1647 0.83949 0.000 0.016 0.008 0.004 0.032 0.940
#> SRR656288 1 0.0820 0.93781 0.972 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1405886 6 0.3618 0.75507 0.000 0.000 0.176 0.000 0.048 0.776
#> SRR1487233 5 0.4665 0.70532 0.000 0.164 0.032 0.036 0.744 0.024
#> SRR662043 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1381211 5 0.2322 0.74441 0.000 0.000 0.024 0.008 0.896 0.072
#> SRR1379365 5 0.4755 0.68680 0.000 0.000 0.048 0.164 0.724 0.064
#> SRR1384852 5 0.4227 0.70269 0.000 0.004 0.052 0.096 0.788 0.060
#> SRR1430357 4 0.1148 0.81197 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR2164847 4 0.4174 0.48088 0.000 0.016 0.000 0.628 0.004 0.352
#> SRR807901 2 0.3404 0.68848 0.224 0.760 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR816064 1 0.0790 0.93026 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0632 0.93212 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1349893 1 0.0547 0.93611 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.2373 0.95494 0.000 0.024 0.888 0.000 0.004 0.084
#> SRR1316483 6 0.1605 0.82488 0.000 0.016 0.000 0.032 0.012 0.940
#> SRR662749 1 0.0146 0.93671 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1342701 5 0.5213 0.70481 0.000 0.164 0.044 0.000 0.684 0.108
#> SRR1343653 4 0.2331 0.79216 0.000 0.000 0.032 0.888 0.080 0.000
#> SRR1336134 5 0.3418 0.73529 0.000 0.000 0.044 0.048 0.840 0.068
#> SRR654940 5 0.4003 0.71612 0.000 0.164 0.004 0.048 0.772 0.012
#> SRR1098288 4 0.3878 0.61777 0.000 0.004 0.000 0.668 0.320 0.008
#> SRR1326343 2 0.1995 0.73498 0.036 0.924 0.000 0.012 0.004 0.024
#> SRR811145 1 0.0547 0.93611 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.5071 0.48213 0.000 0.616 0.000 0.300 0.016 0.068
#> SRR1075997 4 0.5118 0.57782 0.000 0.012 0.056 0.612 0.312 0.008
#> SRR1090483 4 0.1321 0.80502 0.000 0.020 0.000 0.952 0.004 0.024
#> SRR1388698 6 0.4510 0.48238 0.268 0.012 0.000 0.044 0.000 0.676
#> SRR1312482 4 0.5070 0.56457 0.000 0.008 0.056 0.604 0.324 0.008
#> SRR1430420 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1387475 4 0.0363 0.81204 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1388419 5 0.2932 0.74467 0.000 0.012 0.040 0.000 0.860 0.088
#> SRR1442250 5 0.6393 0.59651 0.000 0.216 0.096 0.036 0.596 0.056
#> SRR1430679 4 0.5205 0.52219 0.000 0.008 0.052 0.572 0.356 0.012
#> SRR1311109 4 0.1552 0.79999 0.000 0.020 0.000 0.940 0.004 0.036
#> SRR1478990 4 0.1003 0.80938 0.000 0.020 0.000 0.964 0.000 0.016
#> SRR1392434 5 0.4642 0.67784 0.000 0.004 0.052 0.124 0.752 0.068
#> SRR1085925 1 0.0713 0.93256 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.1297 0.92769 0.948 0.040 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1383937 4 0.1267 0.80783 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1315393 5 0.2862 0.74421 0.000 0.000 0.048 0.008 0.864 0.080
#> SRR1094506 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1330633 5 0.3998 0.70467 0.000 0.000 0.036 0.128 0.788 0.048
#> SRR1330153 2 0.2948 0.72103 0.004 0.868 0.000 0.056 0.012 0.060
#> SRR1451778 2 0.3825 0.69302 0.004 0.824 0.004 0.056 0.044 0.068
#> SRR657089 6 0.3177 0.82255 0.000 0.024 0.072 0.000 0.052 0.852
#> SRR1395659 5 0.4461 0.71423 0.000 0.160 0.004 0.084 0.740 0.012
#> SRR1385716 6 0.1845 0.83873 0.000 0.000 0.028 0.000 0.052 0.920
#> SRR1466109 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1080977 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1441725 4 0.3979 0.60527 0.000 0.020 0.000 0.708 0.008 0.264
#> SRR1485078 5 0.4146 0.71357 0.000 0.164 0.012 0.044 0.768 0.012
#> SRR661806 4 0.4238 0.25233 0.000 0.016 0.000 0.540 0.000 0.444
#> SRR1334919 6 0.1826 0.83931 0.000 0.004 0.020 0.000 0.052 0.924
#> SRR599249 2 0.2421 0.72971 0.004 0.896 0.000 0.044 0.004 0.052
#> SRR810051 4 0.4720 0.40653 0.000 0.004 0.024 0.544 0.420 0.008
#> SRR1407202 2 0.2316 0.72913 0.004 0.900 0.000 0.064 0.004 0.028
#> SRR1434399 2 0.3459 0.70619 0.172 0.792 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1330965 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1369536 1 0.0547 0.93440 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1382508 6 0.1921 0.83838 0.000 0.000 0.032 0.000 0.052 0.916
#> SRR1405028 2 0.4545 0.59355 0.000 0.688 0.000 0.240 0.008 0.064
#> SRR612719 6 0.2006 0.83873 0.000 0.036 0.008 0.008 0.024 0.924
#> SRR1340617 4 0.5175 0.55702 0.000 0.012 0.056 0.596 0.328 0.008
#> SRR1448183 2 0.3348 0.69214 0.216 0.768 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1362488 5 0.4623 0.57631 0.000 0.004 0.020 0.224 0.704 0.048
#> SRR1361156 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1454374 1 0.0725 0.93792 0.976 0.012 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR811891 2 0.4342 0.65145 0.000 0.764 0.004 0.136 0.024 0.072
#> SRR1477837 6 0.4311 0.57255 0.000 0.008 0.040 0.000 0.260 0.692
#> SRR607252 2 0.3922 0.55847 0.320 0.664 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1418946 6 0.1705 0.83784 0.000 0.016 0.008 0.012 0.024 0.940
#> SRR1456567 4 0.0363 0.81204 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1487425 5 0.4331 0.49061 0.000 0.004 0.024 0.272 0.688 0.012
#> SRR1335627 5 0.4665 0.70532 0.000 0.164 0.032 0.036 0.744 0.024
#> SRR1327680 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1478812 5 0.3190 0.73814 0.000 0.012 0.056 0.000 0.844 0.088
#> SRR1447673 4 0.0862 0.81063 0.000 0.016 0.000 0.972 0.004 0.008
#> SRR815735 6 0.2045 0.79361 0.052 0.016 0.000 0.016 0.000 0.916
#> SRR1404251 4 0.5087 0.58870 0.000 0.012 0.056 0.620 0.304 0.008
#> SRR601645 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 6 0.3073 0.69834 0.000 0.016 0.000 0.152 0.008 0.824
#> SRR659983 1 0.2300 0.82859 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 5 0.4111 0.71645 0.000 0.164 0.008 0.048 0.768 0.012
#> SRR614215 2 0.1852 0.73181 0.004 0.928 0.000 0.040 0.004 0.024
#> SRR659283 2 0.2315 0.73824 0.016 0.908 0.000 0.040 0.004 0.032
#> SRR1459956 5 0.4331 0.69802 0.000 0.004 0.056 0.116 0.776 0.048
#> SRR1340441 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1317428 2 0.3483 0.68110 0.236 0.748 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1403390 6 0.4289 0.75894 0.000 0.028 0.100 0.000 0.104 0.768
#> SRR1452741 6 0.1439 0.83287 0.000 0.016 0.008 0.012 0.012 0.952
#> SRR1458484 6 0.1476 0.83934 0.000 0.012 0.008 0.004 0.028 0.948
#> SRR1387091 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1358017 3 0.2425 0.95736 0.000 0.024 0.884 0.000 0.004 0.088
#> SRR1457039 4 0.0914 0.81022 0.000 0.016 0.000 0.968 0.000 0.016
#> SRR1376539 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1430639 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1419829 5 0.4665 0.70532 0.000 0.164 0.032 0.036 0.744 0.024
#> SRR1434315 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 2 0.1684 0.73067 0.008 0.940 0.000 0.016 0.008 0.028
#> SRR1367849 4 0.1148 0.80880 0.000 0.020 0.000 0.960 0.004 0.016
#> SRR1320939 1 0.0260 0.93660 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656588 1 0.1049 0.92387 0.960 0.008 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR599025 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 6 0.4331 0.75659 0.000 0.028 0.096 0.000 0.112 0.764
#> SRR1398311 5 0.4621 0.71213 0.000 0.152 0.004 0.104 0.728 0.012
#> SRR1442149 4 0.7641 -0.11120 0.000 0.140 0.008 0.356 0.216 0.280
#> SRR809137 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1414982 4 0.0820 0.81117 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR600852 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1414857 4 0.1471 0.80703 0.000 0.004 0.000 0.932 0.064 0.000
#> SRR1321225 6 0.2451 0.83211 0.000 0.000 0.056 0.000 0.060 0.884
#> SRR1069802 2 0.2849 0.73482 0.020 0.880 0.000 0.036 0.008 0.056
#> SRR1077643 5 0.6917 0.59710 0.000 0.200 0.096 0.084 0.564 0.056
#> SRR1334154 4 0.1059 0.80970 0.000 0.016 0.000 0.964 0.004 0.016
#> SRR1390072 4 0.3001 0.77193 0.000 0.004 0.028 0.852 0.108 0.008
#> SRR1467612 5 0.2231 0.75357 0.000 0.004 0.000 0.028 0.900 0.068
#> SRR1430133 5 0.2452 0.74161 0.000 0.004 0.028 0.000 0.884 0.084
#> SRR1468595 1 0.0458 0.93747 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1374028 5 0.5877 0.61736 0.000 0.212 0.096 0.036 0.632 0.024
#> SRR1311243 1 0.0363 0.93785 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1469638 6 0.3629 0.52348 0.000 0.016 0.000 0.260 0.000 0.724
#> SRR662150 2 0.3483 0.68110 0.236 0.748 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1400290 6 0.1845 0.83873 0.000 0.000 0.028 0.000 0.052 0.920
#> SRR1084892 5 0.2952 0.73471 0.000 0.000 0.052 0.016 0.864 0.068
#> SRR1416166 4 0.7820 0.00158 0.000 0.096 0.040 0.364 0.192 0.308
#> SRR1477015 6 0.1261 0.84069 0.000 0.004 0.008 0.004 0.028 0.956
#> SRR1380501 5 0.4164 0.63749 0.000 0.004 0.032 0.004 0.708 0.252
#> SRR1446156 5 0.5280 0.67983 0.000 0.140 0.004 0.192 0.652 0.012
#> SRR1488328 4 0.5118 0.57782 0.000 0.012 0.056 0.612 0.312 0.008
#> SRR1086889 4 0.5094 0.45030 0.000 0.004 0.052 0.544 0.392 0.008
#> SRR814611 6 0.1508 0.83429 0.000 0.016 0.004 0.012 0.020 0.948
#> SRR599086 6 0.3476 0.64539 0.176 0.016 0.000 0.016 0.000 0.792
#> SRR1086844 1 0.0632 0.93251 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1464535 4 0.4246 0.24915 0.000 0.016 0.000 0.532 0.000 0.452
#> SRR807877 4 0.1026 0.81045 0.000 0.004 0.008 0.968 0.012 0.008
#> SRR1477033 1 0.0806 0.93115 0.972 0.008 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1335164 4 0.5133 0.57267 0.000 0.012 0.056 0.608 0.316 0.008
#> SRR601986 6 0.1644 0.83877 0.000 0.004 0.012 0.000 0.052 0.932
#> SRR1446226 1 0.0458 0.93525 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR659637 4 0.4088 0.46657 0.000 0.016 0.000 0.616 0.000 0.368
#> SRR600474 1 0.0632 0.93212 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1307699 1 0.0547 0.93389 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1312540 6 0.1861 0.80443 0.036 0.016 0.000 0.020 0.000 0.928
#> SRR1323628 2 0.3534 0.67376 0.244 0.740 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1430951 3 0.2425 0.95736 0.000 0.024 0.884 0.000 0.004 0.088
#> SRR1385364 6 0.5572 0.17897 0.000 0.016 0.092 0.000 0.388 0.504
#> SRR1478149 6 0.5040 0.68490 0.000 0.032 0.172 0.000 0.104 0.692
#> SRR1384413 4 0.3757 0.71227 0.000 0.032 0.000 0.804 0.124 0.040
#> SRR1366855 4 0.1321 0.80502 0.000 0.020 0.000 0.952 0.004 0.024
#> SRR1077115 4 0.0458 0.81246 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1399990 6 0.2066 0.83757 0.000 0.000 0.040 0.000 0.052 0.908
#> SRR1434093 6 0.1452 0.84076 0.000 0.008 0.008 0.004 0.032 0.948
#> SRR1341408 4 0.2144 0.80000 0.000 0.004 0.012 0.908 0.068 0.008
#> SRR612335 2 0.5393 0.44158 0.000 0.596 0.000 0.296 0.024 0.084
#> SRR1321420 1 0.2171 0.87984 0.912 0.032 0.000 0.040 0.000 0.016
#> SRR1329177 6 0.1340 0.84074 0.000 0.004 0.008 0.000 0.040 0.948
#> SRR1398371 5 0.5307 0.67662 0.000 0.140 0.004 0.196 0.648 0.012
#> SRR614996 6 0.1542 0.81367 0.024 0.016 0.000 0.016 0.000 0.944
#> SRR1431602 4 0.1082 0.81214 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1311509 2 0.6601 -0.27965 0.004 0.440 0.024 0.056 0.408 0.068
#> SRR1507229 3 0.1663 0.97306 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1310373 3 0.1765 0.96794 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1408072 4 0.0820 0.81117 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1469591 6 0.1644 0.84199 0.000 0.000 0.028 0.000 0.040 0.932
#> SRR1392813 5 0.3552 0.72667 0.000 0.000 0.052 0.052 0.832 0.064
#> SRR1453026 5 0.3141 0.74717 0.000 0.004 0.008 0.068 0.852 0.068
#> SRR1388105 5 0.6674 0.55373 0.000 0.144 0.004 0.284 0.496 0.072
#> SRR1357558 1 0.0260 0.93658 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR615898 6 0.3619 0.69593 0.000 0.000 0.232 0.000 0.024 0.744
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.941 0.942 0.976 0.4970 0.504 0.504
#> 3 3 0.939 0.918 0.967 0.2673 0.818 0.657
#> 4 4 0.965 0.923 0.966 0.0988 0.907 0.760
#> 5 5 0.746 0.706 0.823 0.0748 0.961 0.881
#> 6 6 0.703 0.604 0.785 0.0449 0.927 0.771
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1467904 2 0.0376 0.9695 0.004 0.996
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1321283 2 0.5519 0.8421 0.128 0.872
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.8267 0.6522 0.260 0.740
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.6247 0.8060 0.844 0.156
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1086304 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.5737 0.8318 0.864 0.136
#> SRR1383960 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1352936 2 0.3584 0.9097 0.068 0.932
#> SRR598148 2 0.8861 0.5655 0.304 0.696
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1444644 2 0.3879 0.9013 0.076 0.924
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.7883 0.6921 0.236 0.764
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1343859 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.9209 0.5043 0.336 0.664
#> SRR1381524 1 0.9170 0.5008 0.668 0.332
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR658331 2 0.6623 0.7854 0.172 0.828
#> SRR810619 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.9732 0.3180 0.596 0.404
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1489693 2 0.2043 0.9448 0.032 0.968
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1468995 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1419453 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1341456 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR657456 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR658283 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR603968 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.6623 0.7865 0.172 0.828
#> SRR661229 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR613510 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.1843 0.9486 0.028 0.972
#> SRR1474730 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1347667 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR608096 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1454522 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.9608 0.3894 0.384 0.616
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR613186 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1458973 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1402195 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1429516 1 0.7056 0.7566 0.808 0.192
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.0376 0.9695 0.004 0.996
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0938 0.9627 0.012 0.988
#> SRR1397329 2 0.2423 0.9375 0.040 0.960
#> SRR1093243 2 0.9460 0.4397 0.364 0.636
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.9000 0.5467 0.316 0.684
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.9833 0.2770 0.424 0.576
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR658481 1 0.9881 0.2196 0.564 0.436
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1332607 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.8081 0.6661 0.752 0.248
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR815517 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR615970 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.5294 0.8523 0.120 0.880
#> SRR1419638 1 0.7883 0.6868 0.764 0.236
#> SRR1434975 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.8813 0.5788 0.300 0.700
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1352234 1 0.9775 0.2945 0.588 0.412
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1364780 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1308696 2 0.7219 0.7455 0.200 0.800
#> SRR808772 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.9580 0.3997 0.380 0.620
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.5842 0.8271 0.860 0.140
#> SRR1340641 1 0.7056 0.7566 0.808 0.192
#> SRR657903 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1440445 2 0.4161 0.8927 0.084 0.916
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.3274 0.9179 0.060 0.940
#> SRR1077528 1 0.9732 0.3180 0.596 0.404
#> SRR1364695 1 0.2603 0.9357 0.956 0.044
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.9963 0.1464 0.464 0.536
#> SRR1351583 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1437454 2 0.9993 0.0729 0.484 0.516
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.7056 0.7582 0.808 0.192
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1352619 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR598509 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.9358 0.4682 0.352 0.648
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1444722 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.9323 0.4774 0.348 0.652
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1430420 2 0.8081 0.6696 0.248 0.752
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1311109 1 0.8955 0.5443 0.688 0.312
#> SRR1478990 2 0.0376 0.9695 0.004 0.996
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1094506 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1080977 2 0.7219 0.7455 0.200 0.800
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR661806 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1330965 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1327680 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.7453 0.7263 0.788 0.212
#> SRR659983 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1340441 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1403390 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1358017 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1376539 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.8555 0.6166 0.280 0.720
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1401446 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1442149 1 0.9686 0.3406 0.604 0.396
#> SRR809137 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1321225 2 0.2043 0.9449 0.032 0.968
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1351931 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0376 0.9742 0.996 0.004
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.6343 0.8012 0.840 0.160
#> SRR807877 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1430951 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1385364 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1478149 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1384413 2 0.0938 0.9628 0.012 0.988
#> SRR1366855 2 0.3431 0.9139 0.064 0.936
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR612335 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1311509 1 0.1414 0.9593 0.980 0.020
#> SRR1507229 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1310373 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000
#> SRR615898 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0892 0.9540 0.000 0.980 0.020
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.1031 0.9506 0.000 0.976 0.024
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.2448 0.8968 0.924 0.000 0.076
#> SRR818530 2 0.1411 0.9399 0.000 0.964 0.036
#> SRR817563 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 3 0.5785 0.5140 0.332 0.000 0.668
#> SRR1405206 2 0.1031 0.9507 0.000 0.976 0.024
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.5882 0.4909 0.000 0.652 0.348
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.6252 0.2444 0.000 0.556 0.444
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.6126 0.3686 0.000 0.600 0.400
#> SRR1087197 3 0.4750 0.7128 0.216 0.000 0.784
#> SRR1383960 1 0.6308 -0.0146 0.508 0.000 0.492
#> SRR600924 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR598148 3 0.0592 0.9204 0.012 0.000 0.988
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.6095 0.3887 0.000 0.608 0.392
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1343859 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 3 0.6180 0.2380 0.000 0.416 0.584
#> SRR1479286 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.1163 0.9090 0.028 0.000 0.972
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.6111 0.3787 0.000 0.604 0.396
#> SRR658331 3 0.0424 0.9231 0.008 0.000 0.992
#> SRR810619 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR813728 2 0.1289 0.9436 0.000 0.968 0.032
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0592 0.9625 0.988 0.000 0.012
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398706 2 0.3551 0.8390 0.000 0.868 0.132
#> SRR1368794 2 0.0424 0.9637 0.000 0.992 0.008
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.4062 0.7815 0.836 0.000 0.164
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.5431 0.6064 0.284 0.000 0.716
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429802 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345436 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 3 0.4974 0.6518 0.000 0.236 0.764
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402195 1 0.5247 0.6457 0.768 0.224 0.008
#> SRR1429516 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.5810 0.5162 0.000 0.664 0.336
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR608480 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.2796 0.8552 0.092 0.000 0.908
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 3 0.6111 0.2994 0.000 0.396 0.604
#> SRR604174 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.2711 0.8590 0.088 0.000 0.912
#> SRR1434975 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.0747 0.9176 0.016 0.000 0.984
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.6126 0.3685 0.000 0.600 0.400
#> SRR1352234 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0892 0.9546 0.000 0.980 0.020
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.5859 0.4992 0.000 0.656 0.344
#> SRR1314851 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.4842 0.6952 0.776 0.000 0.224
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319344 3 0.5138 0.6234 0.000 0.252 0.748
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.6308 0.0826 0.000 0.508 0.492
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0592 0.9605 0.000 0.988 0.012
#> SRR814587 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093649 2 0.6235 0.2688 0.000 0.564 0.436
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.4002 0.7838 0.160 0.000 0.840
#> SRR1340641 2 0.1529 0.9256 0.040 0.960 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.5016 0.6781 0.240 0.000 0.760
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.4291 0.7781 0.000 0.820 0.180
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.1411 0.9039 0.036 0.000 0.964
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.2066 0.9139 0.940 0.000 0.060
#> SRR601613 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.6079 0.3848 0.388 0.000 0.612
#> SRR656288 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.6140 0.3423 0.404 0.000 0.596
#> SRR1487233 2 0.4178 0.7888 0.000 0.828 0.172
#> SRR662043 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.3116 0.8666 0.000 0.892 0.108
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.4750 0.6830 0.000 0.216 0.784
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 2 0.1031 0.9506 0.000 0.976 0.024
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 1 0.1643 0.9297 0.956 0.000 0.044
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442250 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.6126 0.3686 0.000 0.600 0.400
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.4452 0.7453 0.808 0.000 0.192
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385716 1 0.5621 0.5378 0.692 0.000 0.308
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0592 0.9605 0.000 0.988 0.012
#> SRR661806 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.5529 0.5629 0.704 0.000 0.296
#> SRR599249 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.3816 0.7980 0.148 0.000 0.852
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.5760 0.4829 0.672 0.000 0.328
#> SRR1477837 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.6095 0.3308 0.608 0.000 0.392
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.3879 0.8144 0.000 0.848 0.152
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.6267 0.1837 0.548 0.452 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.3686 0.8294 0.000 0.860 0.140
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 3 0.6095 0.3093 0.000 0.392 0.608
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0424 0.9637 0.000 0.992 0.008
#> SRR1430133 2 0.1964 0.9209 0.000 0.944 0.056
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.5178 0.6532 0.256 0.000 0.744
#> SRR1084892 2 0.0424 0.9637 0.000 0.992 0.008
#> SRR1416166 1 0.5058 0.6600 0.756 0.000 0.244
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.6309 0.0281 0.504 0.496 0.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 1 0.6079 0.3431 0.612 0.000 0.388
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 1 0.4002 0.7974 0.840 0.000 0.160
#> SRR600474 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 2 0.3038 0.8711 0.000 0.896 0.104
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.6204 0.2859 0.424 0.000 0.576
#> SRR1434093 3 0.5968 0.4429 0.364 0.000 0.636
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 1 0.0592 0.9595 0.988 0.012 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 2 0.9268 0.2287 0.300 0.512 0.188
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1388105 2 0.0000 0.9696 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9733 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9282 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 4 0.1661 0.935 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR1381693 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.4283 0.651 0.004 0.256 0.740 0.000
#> SRR1442648 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1486174 4 0.1820 0.937 0.000 0.020 0.036 0.944
#> SRR1349433 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1321283 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1387702 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1435584 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1406265 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094192 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1397180 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR657492 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0524 0.898 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR817563 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR613462 3 0.5004 0.415 0.392 0.004 0.604 0.000
#> SRR1405206 2 0.0657 0.897 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1454136 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380785 3 0.0469 0.896 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808327 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1355194 3 0.1118 0.883 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1408227 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1086304 2 0.2011 0.851 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0672 0.898 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1084965 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.4304 0.588 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0921 0.962 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.6274 0.510 0.000 0.620 0.292 0.088
#> SRR1479263 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1367456 2 0.1557 0.872 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0524 0.898 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1087197 3 0.5080 0.340 0.420 0.004 0.576 0.000
#> SRR1383960 3 0.0921 0.884 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0188 0.979 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352936 3 0.0188 0.898 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR598148 2 0.1724 0.878 0.020 0.948 0.032 0.000
#> SRR1444390 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444644 3 0.0000 0.899 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.4730 0.449 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0376 0.897 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1468682 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1490505 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1343859 2 0.0336 0.896 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1075631 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0921 0.891 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1479286 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381524 3 0.0188 0.898 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1392208 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1456693 2 0.2149 0.838 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1358482 2 0.0524 0.898 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR658331 3 0.0188 0.898 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR810619 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR600829 1 0.0469 0.974 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 3 0.0707 0.893 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1318662 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1408657 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419453 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1437208 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444914 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1093269 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1341456 3 0.0336 0.898 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.899 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR816358 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 3 0.0000 0.899 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813728 4 0.1661 0.936 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR1394520 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1432366 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.1637 0.927 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.4500 0.575 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1398706 2 0.5290 0.361 0.000 0.584 0.012 0.404
#> SRR1368794 4 0.1302 0.947 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1392749 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR603968 2 0.1557 0.872 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR815661 1 0.0469 0.974 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 2 0.0657 0.893 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1464281 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1384917 2 0.4941 0.283 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1435182 4 0.0376 0.977 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1477569 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.3356 0.754 0.000 0.176 0.824 0.000
#> SRR663014 4 0.1211 0.950 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1417960 4 0.0592 0.972 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1474730 3 0.1867 0.842 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1381269 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR657695 2 0.0817 0.892 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1357650 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1472237 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1470816 4 0.1474 0.939 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1458358 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.2647 0.818 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1392795 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1469859 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0707 0.893 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1360587 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR608096 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR665514 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454522 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1419615 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1429802 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345436 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433684 1 0.0469 0.974 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR613186 3 0.3356 0.760 0.000 0.176 0.824 0.000
#> SRR1343795 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417766 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420606 3 0.1209 0.870 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1326687 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.899 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309856 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1102756 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1366519 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1080438 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1391789 3 0.0188 0.898 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1402195 2 0.0469 0.892 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1429516 4 0.0188 0.978 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1406662 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1333414 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1369030 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1342916 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455326 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1434568 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473505 4 0.3172 0.804 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1402068 2 0.0672 0.898 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1490076 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1435501 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452491 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1397329 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418390 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR608480 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR815893 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455503 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457872 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR658481 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0188 0.897 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1308674 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1338363 3 0.0376 0.896 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1344271 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1321608 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1441464 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR607970 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 3 0.5052 0.622 0.000 0.244 0.720 0.036
#> SRR604174 1 0.2053 0.915 0.924 0.072 0.004 0.000
#> SRR1345221 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.4250 0.607 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.899 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419638 3 0.3402 0.734 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1434975 3 0.1716 0.865 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1445741 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1088142 1 0.0336 0.977 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR604206 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.4214 0.678 0.204 0.016 0.780 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0524 0.898 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1352234 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487807 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1489715 4 0.3975 0.689 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1364780 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409748 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 4 0.1022 0.958 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1316725 2 0.0524 0.898 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1314851 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1354599 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 3 0.1305 0.876 0.036 0.004 0.960 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.899 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1366690 1 0.4843 0.367 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1317707 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339321 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442487 4 0.0376 0.977 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1069690 2 0.1004 0.892 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1319344 2 0.0336 0.896 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1332835 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1334694 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1478434 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.1022 0.889 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1313853 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 4 0.2345 0.882 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR814587 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656899 1 0.1118 0.954 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0469 0.974 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1442273 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407470 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1490289 2 0.4103 0.649 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1093649 2 0.0469 0.896 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1478900 1 0.1118 0.951 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 4 0.0592 0.972 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2170537 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0592 0.970 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.5815 0.532 0.288 0.060 0.652 0.000
#> SRR1340641 4 0.5592 0.277 0.404 0.024 0.000 0.572
#> SRR657903 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0707 0.968 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR613759 1 0.1118 0.954 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440445 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1088734 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364695 3 0.4889 0.479 0.360 0.004 0.636 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.4817 0.389 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0524 0.898 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1352213 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.0817 0.891 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR821183 2 0.1305 0.884 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1323512 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.899 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318484 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1322395 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.1389 0.943 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1325464 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 2 0.0804 0.894 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1455842 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1352619 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1076779 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662763 3 0.2408 0.827 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR661120 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1368616 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1375677 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR604122 1 0.1389 0.943 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0921 0.889 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1397052 1 0.1118 0.954 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339199 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.0779 0.891 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.1743 0.857 0.056 0.004 0.940 0.000
#> SRR1487233 2 0.0524 0.898 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR662043 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 4 0.2546 0.885 0.000 0.008 0.092 0.900
#> SRR1379365 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384852 4 0.0376 0.977 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1430357 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2164847 1 0.1302 0.942 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR807901 1 0.0469 0.974 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 2 0.4955 0.167 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.2081 0.853 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1343653 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1336134 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654940 4 0.4560 0.565 0.000 0.296 0.004 0.700
#> SRR1098288 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1326343 1 0.2589 0.871 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.1004 0.884 0.024 0.972 0.004 0.000
#> SRR1075997 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1090483 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312482 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1430420 3 0.0336 0.898 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1387475 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1388419 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1442250 2 0.0469 0.896 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1430679 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1311109 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478990 4 0.1867 0.918 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1392434 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1085925 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315393 4 0.5643 0.241 0.000 0.024 0.428 0.548
#> SRR1094506 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1330633 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1330153 2 0.0592 0.889 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1451778 2 0.0817 0.883 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.2530 0.863 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1395659 2 0.3266 0.751 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1385716 3 0.3688 0.681 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.1398 0.881 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR661806 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.4999 0.114 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR599249 1 0.0469 0.974 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR810051 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.2081 0.907 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.1118 0.877 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1405028 1 0.0707 0.967 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1448183 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1361156 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 2 0.1489 0.864 0.044 0.952 0.004 0.000
#> SRR1477837 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR607252 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.4250 0.593 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1456567 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487425 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1335627 2 0.0672 0.898 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1327680 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1478812 3 0.0657 0.895 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1447673 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0524 0.974 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1404251 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR601645 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR659983 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1402414 2 0.2345 0.826 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR614215 1 0.4925 0.279 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1459956 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1340441 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1317428 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452741 1 0.1824 0.924 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1458484 4 0.1743 0.914 0.056 0.004 0.000 0.940
#> SRR1387091 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358017 3 0.1637 0.867 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376539 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1419829 2 0.0524 0.898 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1434315 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 1 0.2704 0.860 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1367849 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1398311 2 0.4134 0.644 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1442149 4 0.0188 0.978 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR809137 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321225 3 0.0188 0.898 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0336 0.896 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1334154 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390072 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1467612 4 0.0592 0.972 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1430133 4 0.4008 0.682 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1468595 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1374028 2 0.0707 0.893 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1311243 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR662150 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1400290 3 0.0469 0.894 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1084892 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1416166 1 0.0188 0.979 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 4 0.0376 0.977 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1446156 4 0.0707 0.968 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1488328 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1086889 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR814611 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.0376 0.977 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR807877 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1477033 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 4 0.0188 0.980 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR601986 3 0.4855 0.395 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 3 0.1637 0.854 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0657 0.971 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1323628 1 0.0188 0.980 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1430951 3 0.0592 0.894 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1385364 4 0.4040 0.677 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1478149 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077115 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399990 3 0.1209 0.880 0.032 0.004 0.964 0.000
#> SRR1434093 3 0.0707 0.890 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1341408 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.4222 0.552 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.0469 0.975 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR614996 1 0.0657 0.971 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1431602 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1311509 2 0.0376 0.896 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1507229 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1310373 3 0.0188 0.899 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.5105 0.175 0.564 0.004 0.432 0.000
#> SRR1392813 4 0.0188 0.979 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1453026 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1388105 4 0.0336 0.977 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1357558 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.899 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.1121 0.7446 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1468613 1 0.0510 0.7424 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR815184 2 0.3838 0.7816 0.000 0.804 0.004 0.148 0.044
#> SRR1381693 1 0.0609 0.7420 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1467904 3 0.4341 0.4105 0.000 0.000 0.628 0.008 0.364
#> SRR1442648 2 0.0566 0.8576 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1486174 2 0.3552 0.7858 0.000 0.812 0.012 0.164 0.012
#> SRR1349433 2 0.2074 0.8389 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1321283 3 0.0324 0.8771 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1387702 1 0.4114 0.4003 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1435584 2 0.0510 0.8572 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1406265 1 0.0880 0.7452 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1366367 2 0.0880 0.8491 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1458026 2 0.3305 0.5956 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1094192 2 0.0703 0.8516 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1397180 2 0.0404 0.8547 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR657492 1 0.0510 0.7433 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR662665 1 0.3132 0.7065 0.820 0.000 0.008 0.172 0.000
#> SRR818530 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0451 0.8575 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR613462 3 0.6356 0.1482 0.364 0.000 0.468 0.168 0.000
#> SRR1405206 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0794 0.8591 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1380785 3 0.2848 0.7932 0.000 0.000 0.840 0.156 0.004
#> SRR612875 1 0.2852 0.7102 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR808327 2 0.2605 0.8147 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1355194 3 0.2338 0.8296 0.000 0.000 0.884 0.112 0.004
#> SRR1408227 2 0.2605 0.8194 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1086304 5 0.0404 0.8538 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1080415 1 0.1341 0.7441 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1086140 5 0.1410 0.8426 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1084965 1 0.3143 0.6907 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1310563 5 0.3177 0.6817 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR602437 1 0.0703 0.7440 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR663404 1 0.1965 0.7159 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1337238 1 0.2966 0.6611 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1360442 1 0.4341 0.3319 0.592 0.000 0.000 0.404 0.004
#> SRR1356487 5 0.7423 -0.0148 0.000 0.364 0.060 0.160 0.416
#> SRR1479263 2 0.2648 0.8126 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1409641 1 0.2966 0.6581 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1442686 1 0.4030 0.4413 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1345736 1 0.2179 0.7314 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1345827 2 0.3010 0.7961 0.000 0.824 0.004 0.172 0.000
#> SRR1367456 5 0.0162 0.8553 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1072650 1 0.1671 0.7250 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1446393 5 0.1410 0.8426 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1087197 1 0.6780 0.1713 0.436 0.000 0.320 0.240 0.004
#> SRR1383960 1 0.6544 0.3061 0.468 0.000 0.224 0.308 0.000
#> SRR600924 1 0.1732 0.7396 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR662390 1 0.2852 0.7105 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1071692 1 0.0510 0.7434 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR658421 1 0.2966 0.6600 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1352936 3 0.2074 0.8425 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR598148 5 0.0865 0.8497 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR1444390 2 0.0963 0.8497 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1444644 3 0.0290 0.8779 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1389777 1 0.6188 0.2055 0.524 0.000 0.000 0.160 0.316
#> SRR603918 5 0.0703 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1468682 2 0.0510 0.8578 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1490505 2 0.2563 0.8276 0.000 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR1343859 5 0.0324 0.8551 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1075631 2 0.0794 0.8505 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1444954 5 0.1918 0.8388 0.000 0.000 0.036 0.036 0.928
#> SRR1479286 2 0.1544 0.8291 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1381524 3 0.4086 0.7086 0.012 0.000 0.704 0.284 0.000
#> SRR1392208 2 0.0404 0.8547 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1456693 5 0.0566 0.8519 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1358482 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658331 3 0.0912 0.8733 0.016 0.000 0.972 0.012 0.000
#> SRR810619 2 0.2074 0.8370 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR600829 1 0.3796 0.6259 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR599380 1 0.0609 0.7414 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1337388 2 0.5049 0.0510 0.060 0.644 0.000 0.296 0.000
#> SRR2185195 1 0.2020 0.7151 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1489693 3 0.1282 0.8587 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1318662 2 0.2230 0.8312 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1408657 1 0.3480 0.5955 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1384805 2 0.1544 0.8313 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR661337 1 0.1043 0.7454 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR601239 1 0.0880 0.7389 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1468995 3 0.0162 0.8777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1352111 1 0.1341 0.7351 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1330944 2 0.0794 0.8505 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1419453 3 0.0963 0.8701 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1437208 2 0.0290 0.8569 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1444914 1 0.3274 0.6270 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR660756 2 0.0324 0.8565 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1093269 2 0.1357 0.8539 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1341456 3 0.0324 0.8771 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR657456 3 0.0510 0.8766 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR807727 2 0.0963 0.8493 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR816358 1 0.2516 0.7216 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR658283 3 0.3010 0.7771 0.000 0.004 0.824 0.172 0.000
#> SRR813728 2 0.3733 0.7801 0.000 0.804 0.004 0.160 0.032
#> SRR1394520 1 0.2773 0.7111 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1308200 2 0.0880 0.8570 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1432366 2 0.1043 0.8458 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1087992 1 0.3480 0.6626 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1405593 1 0.3857 0.6158 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR1326040 1 0.4047 0.6050 0.676 0.000 0.004 0.320 0.000
#> SRR1312725 1 0.3210 0.6363 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1478189 1 0.0162 0.7444 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1488632 5 0.2230 0.7465 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1398706 5 0.3693 0.7267 0.000 0.088 0.004 0.080 0.828
#> SRR1368794 2 0.3798 0.7825 0.000 0.808 0.000 0.128 0.064
#> SRR1392749 2 0.1341 0.8426 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR603968 5 0.3123 0.7115 0.000 0.000 0.184 0.004 0.812
#> SRR815661 1 0.4182 0.3522 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR663100 2 0.4229 0.3607 0.020 0.704 0.000 0.276 0.000
#> SRR661229 1 0.3039 0.6519 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR655792 1 0.0609 0.7454 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR663705 5 0.0290 0.8531 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1464281 2 0.2891 0.7974 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1400397 2 0.1341 0.8398 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1331444 1 0.1410 0.7307 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1439958 2 0.2773 0.8045 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1384917 5 0.4108 0.3705 0.000 0.308 0.000 0.008 0.684
#> SRR1435182 2 0.2074 0.8408 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1477569 1 0.2929 0.7049 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR602461 1 0.1965 0.7357 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1334338 1 0.2891 0.7055 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1354710 1 0.1792 0.7212 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR613510 3 0.2280 0.7987 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR663014 2 0.2416 0.8047 0.000 0.888 0.000 0.100 0.012
#> SRR1417960 2 0.5049 -0.5471 0.032 0.484 0.000 0.484 0.000
#> SRR1474730 3 0.2036 0.8384 0.056 0.000 0.920 0.024 0.000
#> SRR1381269 2 0.1608 0.8479 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR657695 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0609 0.8573 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1472237 2 0.2377 0.8309 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1470816 5 0.3675 0.6359 0.000 0.188 0.000 0.024 0.788
#> SRR1458358 1 0.2280 0.7040 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR614683 1 0.2377 0.7273 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1318998 5 0.1410 0.8301 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1392795 2 0.0451 0.8575 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1469859 1 0.0404 0.7450 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1378243 5 0.4134 0.7194 0.000 0.044 0.000 0.196 0.760
#> SRR1360587 2 0.1478 0.8325 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR604230 1 0.3796 0.5287 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1347667 3 0.0324 0.8771 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR608096 3 0.4594 0.6476 0.012 0.004 0.620 0.364 0.000
#> SRR665514 1 0.2605 0.6864 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1454522 3 0.0162 0.8783 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1419615 2 0.2424 0.7667 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1429802 2 0.4428 0.3256 0.032 0.700 0.000 0.268 0.000
#> SRR1345436 2 0.1608 0.8288 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1433684 1 0.3857 0.6158 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR613186 3 0.2848 0.7600 0.000 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1343795 2 0.2890 0.8053 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1417766 2 0.2230 0.8313 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1420606 2 0.6997 0.3402 0.000 0.552 0.176 0.216 0.056
#> SRR1326687 1 0.3534 0.5891 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1458973 3 0.0703 0.8745 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1309856 2 0.2929 0.8076 0.000 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR1102756 2 0.0404 0.8580 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1366519 2 0.2329 0.8274 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1080438 2 0.0451 0.8575 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1391789 3 0.5309 0.5472 0.028 0.012 0.520 0.440 0.000
#> SRR1402195 5 0.4329 0.6038 0.016 0.000 0.000 0.312 0.672
#> SRR1429516 2 0.6149 -0.5787 0.140 0.500 0.000 0.360 0.000
#> SRR1406662 2 0.0693 0.8563 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1333414 2 0.2462 0.8325 0.000 0.880 0.000 0.112 0.008
#> SRR1369030 2 0.3609 0.7914 0.000 0.816 0.004 0.148 0.032
#> SRR1342916 1 0.3796 0.5287 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1362824 2 0.3006 0.8052 0.000 0.836 0.004 0.156 0.004
#> SRR1455326 1 0.2230 0.7059 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1349956 1 0.3109 0.6442 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1409487 1 0.4434 0.1730 0.536 0.004 0.000 0.460 0.000
#> SRR1434568 2 0.3039 0.6711 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1341965 2 0.1544 0.8294 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1473505 2 0.3913 0.4468 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1402068 5 0.1197 0.8465 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1490076 2 0.2127 0.8361 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1435501 1 0.1197 0.7455 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1452491 2 0.1043 0.8575 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1397329 3 0.0771 0.8722 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1093243 2 0.4354 0.0400 0.008 0.624 0.000 0.368 0.000
#> SRR1418390 2 0.3559 0.7796 0.000 0.804 0.012 0.176 0.008
#> SRR608480 1 0.2230 0.7063 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR598589 1 0.4030 0.4449 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR601868 1 0.1851 0.7378 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR607313 1 0.2280 0.7036 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR812222 2 0.2329 0.8306 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR815893 2 0.1197 0.8420 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1455503 2 0.0794 0.8505 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR810737 2 0.1792 0.8152 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1347500 1 0.4045 0.4367 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1443182 2 0.0609 0.8529 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1457872 2 0.0404 0.8547 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR658481 2 0.5144 0.0282 0.068 0.640 0.000 0.292 0.000
#> SRR1406243 1 0.0609 0.7414 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1332607 3 0.4201 0.6256 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR656433 1 0.0880 0.7391 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1420811 2 0.0510 0.8572 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1308674 2 0.2690 0.8119 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1338363 3 0.3132 0.7958 0.008 0.000 0.820 0.172 0.000
#> SRR1344271 2 0.2966 0.7909 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1321608 2 0.2719 0.8148 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR1441464 2 0.2329 0.8288 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR607970 1 0.1478 0.7427 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1338171 5 0.6033 0.5713 0.000 0.136 0.080 0.104 0.680
#> SRR604174 1 0.4818 0.2370 0.520 0.000 0.000 0.020 0.460
#> SRR1345221 1 0.4114 0.4009 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR815517 5 0.3336 0.6534 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR615970 3 0.0162 0.8783 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1370659 1 0.3366 0.6135 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1383125 1 0.0290 0.7431 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1331013 2 0.1197 0.8534 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1419638 3 0.6801 0.0595 0.348 0.000 0.360 0.292 0.000
#> SRR1434975 3 0.1195 0.8680 0.000 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR1445741 2 0.0451 0.8580 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1088142 1 0.3857 0.6158 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR604206 1 0.4126 0.3898 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1358779 3 0.2787 0.7957 0.088 0.000 0.880 0.028 0.004
#> SRR1473142 2 0.2020 0.8014 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1410334 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.2953 0.7114 0.012 0.844 0.000 0.144 0.000
#> SRR1487807 2 0.0404 0.8547 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1489715 2 0.4021 0.7492 0.000 0.780 0.052 0.168 0.000
#> SRR1364780 3 0.0703 0.8750 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1460124 1 0.3177 0.6369 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR813915 2 0.0609 0.8529 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1409748 2 0.1410 0.8355 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1325504 1 0.1341 0.7322 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1436490 2 0.3467 0.7729 0.000 0.832 0.004 0.036 0.128
#> SRR1316725 5 0.0510 0.8543 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1314851 2 0.0609 0.8529 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1354599 1 0.3210 0.6334 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1406599 1 0.6603 0.1520 0.396 0.000 0.212 0.392 0.000
#> SRR1308696 3 0.0162 0.8776 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR808772 1 0.3210 0.6338 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR812649 2 0.2179 0.8351 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1366690 5 0.3612 0.4905 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1317707 2 0.0963 0.8562 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1339321 2 0.0404 0.8547 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1442487 2 0.3093 0.7951 0.000 0.824 0.008 0.168 0.000
#> SRR1069690 5 0.0898 0.8467 0.000 0.020 0.000 0.008 0.972
#> SRR1319344 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.3093 0.7951 0.000 0.824 0.008 0.168 0.000
#> SRR1334694 2 0.2230 0.8320 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1478434 2 0.1270 0.8403 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1479933 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.2970 0.8001 0.000 0.828 0.004 0.168 0.000
#> SRR661192 1 0.1341 0.7440 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1384827 2 0.3456 0.7742 0.000 0.800 0.016 0.184 0.000
#> SRR814587 2 0.0794 0.8507 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR656899 1 0.4767 0.2587 0.560 0.000 0.000 0.420 0.020
#> SRR1088340 2 0.0880 0.8491 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1349772 1 0.3305 0.6225 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1317305 1 0.3796 0.6257 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1442273 2 0.0404 0.8571 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1407470 2 0.1608 0.8488 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1490289 5 0.4047 0.3862 0.000 0.320 0.000 0.004 0.676
#> SRR1093649 5 0.0794 0.8519 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1478900 1 0.5867 0.5010 0.588 0.000 0.144 0.268 0.000
#> SRR1447652 1 0.0963 0.7450 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1324545 2 0.1704 0.8401 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR2170537 1 0.2516 0.6909 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR602106 1 0.2074 0.7336 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR615335 1 0.4047 0.6050 0.676 0.000 0.004 0.320 0.000
#> SRR1321505 1 0.3109 0.6926 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1457768 3 0.4493 0.7094 0.100 0.000 0.772 0.008 0.120
#> SRR1340641 4 0.6485 0.6573 0.288 0.224 0.000 0.488 0.000
#> SRR657903 1 0.1341 0.7360 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1403458 1 0.4161 0.3631 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1460073 1 0.4201 0.3302 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1441850 2 0.0880 0.8505 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR613759 1 0.3366 0.6400 0.784 0.000 0.000 0.004 0.212
#> SRR1472281 2 0.0404 0.8547 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1440445 3 0.0162 0.8777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088734 2 0.0404 0.8547 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1455607 2 0.1341 0.8373 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1077528 2 0.1270 0.8397 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1364695 3 0.1492 0.8513 0.040 0.000 0.948 0.008 0.004
#> SRR1348226 1 0.3816 0.6226 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1313560 1 0.6300 -0.1202 0.428 0.000 0.000 0.420 0.152
#> SRR1092889 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.3242 0.6833 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR2185233 1 0.2891 0.6660 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1353970 1 0.1478 0.7295 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR662641 2 0.1410 0.8512 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR817825 5 0.0451 0.8544 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR660366 1 0.0794 0.7404 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR655423 1 0.1792 0.7224 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR821183 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0794 0.8574 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1325247 2 0.2329 0.7668 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1351583 3 0.1341 0.8603 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1437454 2 0.1544 0.8291 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1318484 2 0.0963 0.8491 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1322395 1 0.2179 0.7314 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1378131 2 0.1568 0.8494 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1325464 1 0.2648 0.7167 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1340280 5 0.0162 0.8548 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1455842 2 0.0880 0.8491 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1352619 3 0.0162 0.8783 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1076779 1 0.3534 0.5855 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR662763 5 0.4555 0.6275 0.000 0.000 0.224 0.056 0.720
#> SRR661120 1 0.4509 0.6409 0.716 0.000 0.048 0.236 0.000
#> SRR601613 1 0.3242 0.6831 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR811535 1 0.1671 0.7249 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR820316 1 0.3074 0.6498 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1368616 2 0.0510 0.8572 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1375677 1 0.1908 0.7428 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1365700 2 0.2890 0.8060 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR604122 1 0.5028 0.2688 0.564 0.000 0.000 0.400 0.036
#> SRR598509 3 0.0579 0.8753 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1397052 1 0.4425 0.2144 0.544 0.000 0.000 0.452 0.004
#> SRR1339921 1 0.3857 0.6158 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR664743 2 0.2843 0.7257 0.008 0.848 0.000 0.144 0.000
#> SRR1339199 2 0.1043 0.8556 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1355660 1 0.2179 0.7314 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1481012 1 0.3508 0.5909 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR603449 1 0.0609 0.7415 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1400889 1 0.2773 0.6747 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR808808 1 0.6800 0.0378 0.364 0.000 0.292 0.344 0.000
#> SRR656288 1 0.1043 0.7448 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1405886 3 0.6623 0.3447 0.236 0.000 0.444 0.320 0.000
#> SRR1487233 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.1851 0.7378 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1381211 2 0.3552 0.7858 0.000 0.812 0.012 0.164 0.012
#> SRR1379365 2 0.0609 0.8573 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1384852 2 0.2605 0.8168 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1430357 2 0.1908 0.8125 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2164847 1 0.2589 0.7301 0.888 0.008 0.012 0.092 0.000
#> SRR807901 1 0.4235 0.2929 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR816064 1 0.0609 0.7414 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR810507 1 0.1043 0.7458 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1358582 1 0.0404 0.7451 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1349893 1 0.3707 0.5510 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1444722 3 0.3607 0.6410 0.000 0.000 0.752 0.004 0.244
#> SRR1316483 1 0.3876 0.6124 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR662749 1 0.3143 0.6414 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1342701 5 0.4223 0.6175 0.000 0.000 0.248 0.028 0.724
#> SRR1343653 2 0.0404 0.8547 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1336134 2 0.0794 0.8592 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR654940 2 0.5238 0.0534 0.000 0.484 0.000 0.044 0.472
#> SRR1098288 2 0.2909 0.8154 0.000 0.848 0.000 0.140 0.012
#> SRR1326343 1 0.5872 0.0814 0.492 0.000 0.000 0.408 0.100
#> SRR811145 1 0.0162 0.7444 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR615359 5 0.0290 0.8531 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1075997 2 0.2732 0.8110 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1090483 2 0.1121 0.8441 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1388698 1 0.3837 0.6191 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1312482 2 0.3048 0.7942 0.000 0.820 0.004 0.176 0.000
#> SRR1430420 3 0.0451 0.8760 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1387475 2 0.1341 0.8435 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1388419 2 0.3771 0.7809 0.000 0.804 0.004 0.156 0.036
#> SRR1442250 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.2020 0.8395 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1311109 2 0.5652 -0.3927 0.088 0.552 0.000 0.360 0.000
#> SRR1478990 4 0.5939 0.7016 0.108 0.400 0.000 0.492 0.000
#> SRR1392434 2 0.0404 0.8547 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1085925 1 0.3730 0.5451 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR820655 1 0.1851 0.7378 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1383937 2 0.1043 0.8573 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1315393 2 0.5867 0.5504 0.000 0.656 0.156 0.168 0.020
#> SRR1094506 3 0.0324 0.8771 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1330633 2 0.2629 0.8196 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR1330153 5 0.4400 0.5803 0.020 0.000 0.000 0.308 0.672
#> SRR1451778 5 0.4418 0.5271 0.016 0.000 0.000 0.332 0.652
#> SRR657089 1 0.3707 0.6373 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1395659 5 0.0162 0.8553 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1385716 1 0.5835 0.4843 0.568 0.000 0.120 0.312 0.000
#> SRR1466109 1 0.1544 0.7434 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1080977 3 0.0324 0.8770 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1441725 1 0.2648 0.7167 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1485078 5 0.1041 0.8380 0.000 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR661806 1 0.2377 0.7279 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1334919 1 0.5433 0.5462 0.620 0.000 0.092 0.288 0.000
#> SRR599249 1 0.2361 0.7238 0.892 0.000 0.000 0.012 0.096
#> SRR810051 2 0.0510 0.8538 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1407202 1 0.4211 0.4585 0.636 0.000 0.000 0.004 0.360
#> SRR1434399 1 0.4235 0.2938 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1330965 3 0.0162 0.8777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1369536 1 0.1197 0.7442 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1382508 3 0.5905 0.5277 0.144 0.000 0.580 0.276 0.000
#> SRR1405028 1 0.4890 0.5558 0.680 0.000 0.000 0.064 0.256
#> SRR612719 1 0.3452 0.6665 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1340617 2 0.2773 0.8073 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1448183 1 0.1484 0.7445 0.944 0.000 0.000 0.048 0.008
#> SRR1362488 2 0.1043 0.8560 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1361156 2 0.1410 0.8356 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1454374 1 0.0290 0.7430 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR811891 5 0.0404 0.8505 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1477837 2 0.0794 0.8505 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR607252 1 0.4138 0.3850 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1418946 1 0.6303 0.4218 0.524 0.000 0.196 0.280 0.000
#> SRR1456567 2 0.0609 0.8529 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1487425 2 0.0404 0.8547 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1335627 5 0.0162 0.8555 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1327680 3 0.0510 0.8766 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1478812 3 0.3123 0.7767 0.000 0.012 0.828 0.160 0.000
#> SRR1447673 2 0.0794 0.8505 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR815735 1 0.3857 0.6158 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR1404251 2 0.2732 0.8114 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR601645 1 0.2516 0.6906 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR656300 2 0.0510 0.8582 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR659983 1 0.4161 0.3643 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1402414 5 0.0404 0.8532 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR614215 5 0.6746 -0.0787 0.344 0.000 0.000 0.264 0.392
#> SRR659283 1 0.3452 0.6007 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1459956 2 0.3010 0.7957 0.000 0.824 0.004 0.172 0.000
#> SRR1340441 3 0.0324 0.8771 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1317428 1 0.3305 0.6224 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1403390 3 0.1043 0.8694 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1452741 1 0.4084 0.5975 0.668 0.000 0.004 0.328 0.000
#> SRR1458484 2 0.6358 -0.5477 0.208 0.516 0.000 0.276 0.000
#> SRR1387091 2 0.2424 0.7639 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1358017 3 0.0798 0.8726 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1457039 2 0.0794 0.8505 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1376539 3 0.0162 0.8783 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1430639 1 0.2377 0.6983 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1406069 2 0.2074 0.7952 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1419829 5 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.1410 0.7307 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR658457 1 0.5892 0.1725 0.520 0.000 0.000 0.372 0.108
#> SRR1367849 2 0.1410 0.8349 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1320939 1 0.3039 0.6971 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR656588 1 0.1478 0.7295 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR599025 1 0.1478 0.7295 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1401446 3 0.0566 0.8778 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1398311 5 0.2891 0.6541 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1442149 4 0.6343 0.8047 0.176 0.332 0.000 0.492 0.000
#> SRR809137 1 0.1671 0.7404 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1414982 2 0.2516 0.7557 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR600852 1 0.2179 0.7314 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1414857 2 0.0703 0.8516 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1321225 3 0.2929 0.7888 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1069802 1 0.0162 0.7444 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1077643 5 0.0162 0.8555 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1334154 2 0.1965 0.8106 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1390072 2 0.0794 0.8571 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1467612 2 0.3193 0.8095 0.000 0.840 0.000 0.132 0.028
#> SRR1430133 2 0.4624 0.6910 0.000 0.740 0.096 0.164 0.000
#> SRR1468595 1 0.1043 0.7371 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1351931 3 0.0404 0.8774 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1374028 5 0.3573 0.7710 0.000 0.036 0.000 0.152 0.812
#> SRR1311243 1 0.2127 0.7145 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1385235 1 0.1792 0.7387 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1469638 1 0.3796 0.6259 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR662150 1 0.3876 0.5046 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR1400290 3 0.4072 0.7312 0.100 0.000 0.792 0.108 0.000
#> SRR1084892 2 0.3132 0.7927 0.000 0.820 0.008 0.172 0.000
#> SRR1416166 1 0.5040 0.6349 0.712 0.000 0.008 0.192 0.088
#> SRR1477015 1 0.3480 0.6626 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1380501 2 0.3280 0.7860 0.000 0.812 0.012 0.176 0.000
#> SRR1446156 2 0.0898 0.8535 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1488328 2 0.2648 0.8156 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1086889 2 0.2970 0.8011 0.000 0.828 0.004 0.168 0.000
#> SRR814611 1 0.4240 0.6558 0.736 0.000 0.036 0.228 0.000
#> SRR599086 1 0.2127 0.7326 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1086844 1 0.1043 0.7451 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1464535 2 0.1197 0.8506 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR807877 2 0.0290 0.8569 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1477033 1 0.0703 0.7453 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1335164 2 0.2020 0.8424 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR601986 1 0.6120 0.4665 0.556 0.000 0.176 0.268 0.000
#> SRR1446226 1 0.0609 0.7416 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR659637 1 0.5302 0.4352 0.536 0.000 0.052 0.412 0.000
#> SRR600474 1 0.1270 0.7445 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1307699 1 0.0703 0.7458 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1312540 1 0.3876 0.6121 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR1323628 1 0.4138 0.3840 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1430951 3 0.0324 0.8771 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1385364 2 0.3527 0.7774 0.000 0.804 0.024 0.172 0.000
#> SRR1478149 3 0.0451 0.8781 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1384413 2 0.1478 0.8324 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1366855 2 0.1851 0.8114 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1077115 2 0.1043 0.8463 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1399990 1 0.6652 0.2088 0.420 0.000 0.232 0.348 0.000
#> SRR1434093 1 0.6534 0.1084 0.436 0.000 0.364 0.200 0.000
#> SRR1341408 2 0.0290 0.8554 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR612335 5 0.6752 -0.0808 0.264 0.000 0.000 0.352 0.384
#> SRR1321420 1 0.3366 0.6161 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1329177 1 0.1908 0.7368 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1398371 2 0.0771 0.8540 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR614996 1 0.3876 0.6121 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR1431602 2 0.0566 0.8576 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1311509 5 0.3452 0.6795 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1507229 3 0.0162 0.8783 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1310373 3 0.0162 0.8783 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1408072 2 0.1341 0.8388 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1469591 1 0.4575 0.5777 0.648 0.000 0.024 0.328 0.000
#> SRR1392813 2 0.2806 0.8099 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR1453026 2 0.3606 0.7852 0.000 0.808 0.004 0.164 0.024
#> SRR1388105 2 0.0794 0.8505 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1357558 1 0.2891 0.6648 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR615898 3 0.0162 0.8783 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0547 0.69702 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1468613 1 0.0363 0.69145 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR815184 2 0.4735 0.66295 0.000 0.632 0.000 0.312 0.040 0.016
#> SRR1381693 1 0.0713 0.68837 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1467904 3 0.4224 0.60964 0.000 0.036 0.700 0.000 0.256 0.008
#> SRR1442648 4 0.1349 0.78403 0.000 0.056 0.000 0.940 0.000 0.004
#> SRR1486174 2 0.3606 0.68913 0.000 0.708 0.000 0.284 0.004 0.004
#> SRR1349433 4 0.2201 0.77507 0.000 0.048 0.000 0.900 0.000 0.052
#> SRR1321283 3 0.0146 0.85973 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387702 1 0.4093 -0.49532 0.516 0.008 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1435584 4 0.2178 0.74273 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0363 0.69664 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1366367 4 0.0632 0.78724 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.3241 0.69303 0.000 0.112 0.000 0.824 0.000 0.064
#> SRR1094192 4 0.1088 0.78542 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> SRR1397180 4 0.0632 0.78774 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR657492 1 0.1204 0.67655 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR662665 1 0.3655 0.65165 0.808 0.008 0.012 0.000 0.036 0.136
#> SRR818530 5 0.0260 0.83768 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR817563 4 0.2053 0.76157 0.000 0.108 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR613462 3 0.6285 0.41835 0.236 0.040 0.528 0.000 0.000 0.196
#> SRR1405206 5 0.1261 0.83113 0.000 0.024 0.000 0.024 0.952 0.000
#> SRR1454136 4 0.2003 0.75570 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1380785 2 0.4180 0.21621 0.000 0.628 0.348 0.000 0.000 0.024
#> SRR612875 1 0.2230 0.68830 0.892 0.024 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR808327 2 0.4165 0.40265 0.000 0.536 0.000 0.452 0.000 0.012
#> SRR1355194 2 0.4521 0.03729 0.000 0.568 0.400 0.000 0.004 0.028
#> SRR1408227 4 0.2790 0.72837 0.000 0.132 0.000 0.844 0.000 0.024
#> SRR1086304 5 0.0291 0.83723 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1080415 1 0.2361 0.69099 0.884 0.028 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1086140 5 0.5101 0.42000 0.000 0.424 0.004 0.000 0.504 0.068
#> SRR1084965 1 0.4347 0.55291 0.668 0.040 0.004 0.000 0.000 0.288
#> SRR1310563 5 0.1285 0.82175 0.000 0.004 0.052 0.000 0.944 0.000
#> SRR602437 1 0.1176 0.69596 0.956 0.020 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR663404 1 0.1858 0.64429 0.904 0.004 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1337238 1 0.2191 0.61955 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1360442 6 0.4499 0.65665 0.428 0.032 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1356487 2 0.5084 0.46992 0.000 0.692 0.020 0.084 0.192 0.012
#> SRR1479263 2 0.3890 0.54333 0.000 0.596 0.000 0.400 0.000 0.004
#> SRR1409641 1 0.2489 0.60021 0.860 0.012 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1442686 1 0.4331 0.31061 0.704 0.076 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1345736 1 0.3354 0.64872 0.796 0.036 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1345827 4 0.4292 0.31231 0.000 0.340 0.000 0.628 0.000 0.032
#> SRR1367456 5 0.1088 0.83468 0.000 0.024 0.000 0.000 0.960 0.016
#> SRR1072650 1 0.1588 0.65945 0.924 0.004 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1446393 5 0.4694 0.64944 0.000 0.268 0.000 0.004 0.656 0.072
#> SRR1087197 3 0.7010 0.29910 0.252 0.060 0.416 0.000 0.004 0.268
#> SRR1383960 1 0.6488 0.36597 0.564 0.160 0.132 0.000 0.000 0.144
#> SRR600924 1 0.2311 0.68627 0.880 0.016 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR662390 1 0.2197 0.68976 0.900 0.044 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1071692 1 0.1644 0.69475 0.932 0.028 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR658421 1 0.2302 0.61414 0.872 0.008 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1352936 3 0.3683 0.69991 0.000 0.192 0.764 0.000 0.000 0.044
#> SRR598148 5 0.2393 0.80516 0.000 0.064 0.004 0.000 0.892 0.040
#> SRR1444390 4 0.0790 0.78696 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0260 0.85996 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.6153 -0.37146 0.444 0.012 0.000 0.000 0.344 0.200
#> SRR603918 5 0.3885 0.69836 0.000 0.044 0.000 0.000 0.736 0.220
#> SRR1468682 4 0.1049 0.78879 0.000 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR1490505 4 0.2793 0.66206 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1343859 5 0.0363 0.83720 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1075631 4 0.0713 0.78521 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.4816 -0.26871 0.000 0.500 0.008 0.000 0.456 0.036
#> SRR1479286 4 0.1444 0.77159 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.6492 0.51106 0.156 0.092 0.548 0.000 0.000 0.204
#> SRR1392208 4 0.1686 0.78618 0.000 0.064 0.000 0.924 0.000 0.012
#> SRR1456693 5 0.2103 0.80214 0.000 0.020 0.000 0.056 0.912 0.012
#> SRR1358482 5 0.1010 0.83510 0.000 0.036 0.000 0.000 0.960 0.004
#> SRR658331 3 0.1245 0.84943 0.016 0.032 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR810619 4 0.4168 0.14539 0.000 0.400 0.000 0.584 0.000 0.016
#> SRR600829 1 0.3103 0.63338 0.784 0.008 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR599380 1 0.1010 0.68145 0.960 0.004 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1337388 4 0.3426 0.68199 0.004 0.116 0.000 0.816 0.000 0.064
#> SRR2185195 1 0.2146 0.62227 0.880 0.004 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1489693 3 0.3399 0.78456 0.004 0.040 0.836 0.000 0.100 0.020
#> SRR1318662 4 0.3043 0.65931 0.000 0.200 0.000 0.792 0.000 0.008
#> SRR1408657 1 0.3046 0.51961 0.800 0.012 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1384805 4 0.2070 0.75770 0.000 0.092 0.000 0.896 0.000 0.012
#> SRR661337 1 0.0622 0.69688 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR601239 1 0.1082 0.67968 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1468995 3 0.0000 0.85987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.1168 0.69168 0.956 0.016 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1330944 4 0.0865 0.78417 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0858 0.85478 0.000 0.028 0.968 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437208 4 0.1610 0.77309 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.3172 0.54436 0.816 0.036 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR660756 4 0.1765 0.76864 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1093269 4 0.2020 0.76511 0.000 0.096 0.000 0.896 0.000 0.008
#> SRR1341456 3 0.0146 0.85996 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0632 0.85690 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.1588 0.77545 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> SRR816358 1 0.4013 0.60213 0.728 0.040 0.004 0.000 0.000 0.228
#> SRR658283 2 0.3819 0.25226 0.000 0.652 0.340 0.000 0.000 0.008
#> SRR813728 2 0.4342 0.66236 0.000 0.656 0.000 0.308 0.008 0.028
#> SRR1394520 1 0.2595 0.66358 0.836 0.004 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1308200 4 0.2019 0.76826 0.000 0.088 0.000 0.900 0.000 0.012
#> SRR1432366 4 0.1588 0.77026 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> SRR1087992 1 0.4060 0.56432 0.684 0.032 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1405593 1 0.4083 0.54620 0.668 0.028 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1326040 1 0.4316 0.52588 0.648 0.040 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1312725 1 0.3332 0.55342 0.808 0.048 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1478189 1 0.0260 0.69609 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1488632 5 0.3134 0.61658 0.000 0.004 0.000 0.208 0.784 0.004
#> SRR1398706 5 0.2959 0.72917 0.000 0.036 0.000 0.104 0.852 0.008
#> SRR1368794 2 0.5091 0.66486 0.000 0.628 0.000 0.288 0.056 0.028
#> SRR1392749 4 0.1124 0.78812 0.000 0.036 0.000 0.956 0.000 0.008
#> SRR603968 5 0.1411 0.81599 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936 0.000
#> SRR815661 6 0.4246 0.63149 0.452 0.016 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR663100 4 0.3753 0.65997 0.004 0.104 0.000 0.792 0.000 0.100
#> SRR661229 1 0.2768 0.56228 0.832 0.012 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR655792 1 0.0547 0.69768 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR663705 5 0.0405 0.83714 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1464281 4 0.4219 0.38558 0.000 0.320 0.000 0.648 0.000 0.032
#> SRR1400397 4 0.1644 0.76894 0.000 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR1331444 1 0.1152 0.67732 0.952 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1439958 2 0.4177 0.36357 0.000 0.520 0.000 0.468 0.000 0.012
#> SRR1384917 5 0.4186 0.61751 0.000 0.044 0.000 0.180 0.752 0.024
#> SRR1435182 4 0.2445 0.75507 0.000 0.108 0.000 0.872 0.000 0.020
#> SRR1477569 1 0.2135 0.67982 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR602461 1 0.1765 0.68942 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1334338 1 0.2135 0.67924 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1354710 1 0.1411 0.66775 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR613510 3 0.3852 0.48585 0.000 0.012 0.664 0.000 0.324 0.000
#> SRR663014 4 0.5121 0.28278 0.000 0.096 0.000 0.596 0.004 0.304
#> SRR1417960 4 0.5115 0.07451 0.000 0.080 0.000 0.464 0.000 0.456
#> SRR1474730 3 0.1686 0.81864 0.064 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012
#> SRR1381269 4 0.2048 0.75051 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR657695 5 0.0405 0.83769 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1357650 4 0.1556 0.77244 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1472237 4 0.3102 0.70249 0.000 0.156 0.000 0.816 0.000 0.028
#> SRR1470816 5 0.3550 0.65402 0.000 0.024 0.000 0.156 0.800 0.020
#> SRR1458358 1 0.1895 0.66891 0.912 0.016 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR614683 1 0.1908 0.68937 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1318998 5 0.0436 0.83679 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR1392795 4 0.1444 0.77647 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0806 0.69838 0.972 0.008 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1378243 5 0.4980 0.56917 0.000 0.032 0.000 0.036 0.616 0.316
#> SRR1360587 4 0.1858 0.76087 0.000 0.092 0.000 0.904 0.000 0.004
#> SRR604230 1 0.4184 -0.25592 0.576 0.016 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1347667 3 0.0146 0.85973 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR608096 2 0.4653 0.25251 0.004 0.644 0.292 0.000 0.000 0.060
#> SRR665514 1 0.2362 0.59878 0.860 0.004 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1454522 3 0.0363 0.85942 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.2798 0.72221 0.000 0.112 0.000 0.852 0.000 0.036
#> SRR1429802 4 0.2905 0.72255 0.004 0.092 0.000 0.856 0.000 0.048
#> SRR1345436 4 0.2680 0.73645 0.000 0.076 0.000 0.868 0.000 0.056
#> SRR1433684 1 0.4107 0.55798 0.684 0.036 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR613186 3 0.2416 0.76574 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1343795 2 0.3489 0.68235 0.000 0.708 0.000 0.288 0.000 0.004
#> SRR1417766 4 0.3802 0.44210 0.000 0.312 0.000 0.676 0.000 0.012
#> SRR1420606 5 0.8317 -0.26822 0.000 0.280 0.196 0.196 0.284 0.044
#> SRR1326687 1 0.2933 0.51406 0.796 0.004 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1458973 3 0.0632 0.85690 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.3606 0.68812 0.000 0.708 0.004 0.284 0.000 0.004
#> SRR1102756 4 0.1387 0.77708 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1366519 4 0.3421 0.56871 0.000 0.256 0.000 0.736 0.000 0.008
#> SRR1080438 4 0.1007 0.78506 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.4139 0.34498 0.004 0.700 0.260 0.000 0.000 0.036
#> SRR1402195 6 0.5799 -0.06995 0.064 0.052 0.000 0.000 0.368 0.516
#> SRR1429516 4 0.5818 0.37113 0.044 0.132 0.000 0.604 0.000 0.220
#> SRR1406662 4 0.1297 0.78600 0.000 0.012 0.000 0.948 0.040 0.000
#> SRR1333414 4 0.4289 0.22407 0.000 0.360 0.000 0.612 0.000 0.028
#> SRR1369030 2 0.6268 0.48207 0.000 0.396 0.000 0.332 0.264 0.008
#> SRR1342916 1 0.3431 0.43066 0.756 0.016 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1362824 2 0.3923 0.61616 0.000 0.620 0.000 0.372 0.000 0.008
#> SRR1455326 1 0.1806 0.64804 0.908 0.004 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1349956 1 0.2664 0.58615 0.848 0.016 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1409487 6 0.5187 0.59566 0.440 0.088 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1434568 4 0.3215 0.69716 0.000 0.100 0.000 0.828 0.000 0.072
#> SRR1341965 4 0.1858 0.76102 0.000 0.092 0.000 0.904 0.000 0.004
#> SRR1473505 4 0.4609 0.07107 0.000 0.024 0.000 0.532 0.436 0.008
#> SRR1402068 2 0.4634 -0.15949 0.000 0.556 0.000 0.000 0.400 0.044
#> SRR1490076 4 0.3088 0.68928 0.000 0.172 0.000 0.808 0.000 0.020
#> SRR1435501 1 0.0603 0.69575 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1452491 4 0.2039 0.77336 0.000 0.076 0.000 0.904 0.000 0.020
#> SRR1397329 3 0.1364 0.85037 0.000 0.016 0.952 0.000 0.020 0.012
#> SRR1093243 4 0.4141 0.60958 0.004 0.128 0.000 0.756 0.000 0.112
#> SRR1418390 2 0.3859 0.67934 0.000 0.692 0.000 0.288 0.000 0.020
#> SRR608480 1 0.1806 0.65021 0.908 0.004 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR598589 6 0.4473 0.55965 0.480 0.028 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR601868 1 0.2312 0.68356 0.876 0.012 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR607313 1 0.1858 0.64444 0.904 0.004 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR812222 4 0.3853 0.46479 0.000 0.304 0.000 0.680 0.000 0.016
#> SRR815893 4 0.1701 0.76880 0.000 0.072 0.000 0.920 0.000 0.008
#> SRR1455503 4 0.0713 0.78536 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR810737 4 0.1866 0.76273 0.000 0.084 0.000 0.908 0.000 0.008
#> SRR1347500 1 0.4437 -0.26428 0.576 0.032 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1443182 4 0.0146 0.78841 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1457872 4 0.1267 0.78155 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.4561 0.58881 0.040 0.084 0.000 0.748 0.000 0.128
#> SRR1406243 1 0.1010 0.68201 0.960 0.004 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1332607 3 0.7119 0.28737 0.076 0.276 0.368 0.000 0.000 0.280
#> SRR656433 1 0.1082 0.67968 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1420811 4 0.1501 0.77501 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1308674 4 0.4098 0.44560 0.000 0.292 0.000 0.676 0.000 0.032
#> SRR1338363 3 0.2890 0.79202 0.004 0.024 0.844 0.000 0.000 0.128
#> SRR1344271 4 0.4292 0.31120 0.000 0.340 0.000 0.628 0.000 0.032
#> SRR1321608 4 0.4238 -0.05394 0.000 0.444 0.000 0.540 0.000 0.016
#> SRR1441464 4 0.3240 0.59167 0.000 0.244 0.000 0.752 0.000 0.004
#> SRR607970 1 0.1556 0.69428 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1338171 5 0.4401 0.64790 0.000 0.192 0.032 0.028 0.740 0.008
#> SRR604174 5 0.6801 -0.22404 0.360 0.056 0.000 0.000 0.384 0.200
#> SRR1345221 1 0.4184 -0.53249 0.504 0.012 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR815517 5 0.1075 0.82431 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR615970 3 0.0260 0.85996 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.3528 0.23735 0.700 0.004 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1383125 1 0.0458 0.69002 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1331013 4 0.1926 0.77865 0.000 0.068 0.000 0.912 0.000 0.020
#> SRR1419638 3 0.6944 0.27774 0.256 0.060 0.392 0.000 0.000 0.292
#> SRR1434975 3 0.4181 0.76750 0.004 0.056 0.792 0.000 0.092 0.056
#> SRR1445741 4 0.1075 0.78326 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.4326 0.53280 0.656 0.044 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR604206 1 0.4219 -0.24674 0.592 0.020 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1358779 3 0.3879 0.77836 0.040 0.048 0.824 0.000 0.020 0.068
#> SRR1473142 4 0.2527 0.74096 0.000 0.084 0.000 0.876 0.000 0.040
#> SRR1410334 5 0.0508 0.83763 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR1352234 4 0.1967 0.76150 0.000 0.084 0.000 0.904 0.000 0.012
#> SRR1487807 4 0.0547 0.78819 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.3816 0.68540 0.000 0.688 0.016 0.296 0.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.1327 0.83875 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.2805 0.56314 0.828 0.012 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR813915 4 0.0632 0.78816 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1409748 4 0.2094 0.75889 0.000 0.080 0.000 0.900 0.000 0.020
#> SRR1325504 1 0.1285 0.67283 0.944 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1436490 4 0.6072 -0.18227 0.000 0.176 0.000 0.440 0.372 0.012
#> SRR1316725 5 0.2605 0.80432 0.000 0.108 0.000 0.000 0.864 0.028
#> SRR1314851 4 0.0363 0.78825 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.2877 0.54318 0.820 0.012 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1406599 1 0.7021 0.09328 0.408 0.336 0.120 0.000 0.000 0.136
#> SRR1308696 3 0.0146 0.85973 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR808772 1 0.2805 0.52695 0.812 0.004 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR812649 4 0.2695 0.71986 0.000 0.144 0.000 0.844 0.004 0.008
#> SRR1366690 5 0.2393 0.74711 0.092 0.020 0.000 0.000 0.884 0.004
#> SRR1317707 4 0.2340 0.72611 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR1339321 4 0.0547 0.78822 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.3830 0.60428 0.000 0.620 0.000 0.376 0.000 0.004
#> SRR1069690 5 0.1886 0.83037 0.000 0.024 0.000 0.024 0.928 0.024
#> SRR1319344 5 0.1257 0.82938 0.000 0.020 0.000 0.000 0.952 0.028
#> SRR1332835 2 0.3756 0.63904 0.000 0.644 0.000 0.352 0.000 0.004
#> SRR1334694 4 0.3608 0.53260 0.000 0.272 0.000 0.716 0.000 0.012
#> SRR1478434 4 0.1644 0.76863 0.000 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR1479933 5 0.2019 0.81883 0.000 0.088 0.000 0.000 0.900 0.012
#> SRR1313853 2 0.4129 0.47896 0.000 0.564 0.000 0.424 0.000 0.012
#> SRR661192 1 0.0806 0.69780 0.972 0.008 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1384827 4 0.4181 -0.22599 0.000 0.476 0.000 0.512 0.000 0.012
#> SRR814587 4 0.0146 0.78872 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR656899 6 0.4508 0.68125 0.396 0.036 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1088340 4 0.1501 0.77069 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.3240 0.41255 0.752 0.004 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1317305 1 0.5504 0.44813 0.568 0.056 0.044 0.000 0.000 0.332
#> SRR1442273 4 0.1398 0.78398 0.000 0.052 0.000 0.940 0.000 0.008
#> SRR1407470 4 0.2730 0.67032 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1490289 4 0.4004 0.38909 0.000 0.004 0.000 0.656 0.328 0.012
#> SRR1093649 5 0.3240 0.77885 0.000 0.148 0.000 0.000 0.812 0.040
#> SRR1478900 1 0.6944 0.17736 0.392 0.064 0.228 0.000 0.000 0.316
#> SRR1447652 1 0.1007 0.69813 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1324545 4 0.3141 0.62710 0.000 0.012 0.000 0.788 0.200 0.000
#> SRR2170537 1 0.2191 0.61619 0.876 0.004 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR602106 1 0.3134 0.65552 0.808 0.024 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR615335 1 0.4508 0.51101 0.632 0.052 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1321505 1 0.2668 0.65952 0.828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1457768 3 0.4222 0.73870 0.024 0.036 0.780 0.000 0.140 0.020
#> SRR1340641 6 0.5965 0.30884 0.092 0.060 0.000 0.284 0.000 0.564
#> SRR657903 1 0.3368 0.40996 0.756 0.012 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1403458 1 0.4637 -0.01953 0.628 0.064 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1460073 6 0.4256 0.61003 0.464 0.016 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1441850 4 0.0547 0.78693 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR613759 1 0.3942 0.20415 0.624 0.004 0.000 0.000 0.368 0.004
#> SRR1472281 4 0.0713 0.78748 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0146 0.85973 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1088734 4 0.0363 0.78862 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.1387 0.77295 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.2176 0.75642 0.000 0.080 0.000 0.896 0.000 0.024
#> SRR1364695 3 0.2775 0.81120 0.016 0.052 0.876 0.000 0.000 0.056
#> SRR1348226 1 0.4029 0.55500 0.680 0.028 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1313560 6 0.4378 0.68169 0.388 0.016 0.000 0.000 0.008 0.588
#> SRR1092889 5 0.0692 0.83864 0.000 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1352213 1 0.4515 0.54389 0.656 0.064 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2185233 1 0.2668 0.55316 0.828 0.004 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1353970 1 0.1082 0.68152 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR662641 4 0.3950 0.04916 0.000 0.432 0.000 0.564 0.000 0.004
#> SRR817825 5 0.0000 0.83691 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660366 1 0.1531 0.66393 0.928 0.004 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR655423 1 0.1908 0.64019 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR821183 5 0.0622 0.83756 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1323512 4 0.3126 0.58790 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.2350 0.74441 0.000 0.100 0.000 0.880 0.000 0.020
#> SRR1351583 3 0.1327 0.83677 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.1588 0.77052 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> SRR1318484 4 0.0865 0.78615 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.2003 0.68341 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1378131 4 0.1850 0.77683 0.000 0.016 0.000 0.924 0.052 0.008
#> SRR1325464 1 0.3388 0.64515 0.792 0.036 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1340280 5 0.0551 0.83657 0.004 0.004 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1455842 4 0.1610 0.76844 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0458 0.85876 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.3454 0.46432 0.768 0.024 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR662763 5 0.6195 0.45848 0.000 0.364 0.068 0.000 0.484 0.084
#> SRR661120 1 0.6213 0.38772 0.532 0.048 0.140 0.000 0.000 0.280
#> SRR601613 1 0.3672 0.63742 0.776 0.056 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR811535 1 0.1588 0.65992 0.924 0.004 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR820316 1 0.2703 0.54779 0.824 0.004 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1368616 4 0.1387 0.77732 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.2357 0.64443 0.872 0.012 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1365700 2 0.4084 0.53533 0.000 0.588 0.000 0.400 0.000 0.012
#> SRR604122 6 0.4930 0.67686 0.404 0.048 0.000 0.000 0.008 0.540
#> SRR598509 3 0.0725 0.85675 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012 0.000
#> SRR1397052 6 0.4388 0.68019 0.400 0.028 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1339921 1 0.4236 0.53339 0.656 0.036 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR664743 4 0.2333 0.74775 0.000 0.092 0.000 0.884 0.000 0.024
#> SRR1339199 4 0.2053 0.75660 0.000 0.108 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1355660 1 0.3388 0.64638 0.792 0.036 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1481012 1 0.3489 0.28626 0.708 0.004 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR603449 1 0.0405 0.69141 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1400889 1 0.2278 0.61023 0.868 0.004 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR808808 1 0.6956 0.25868 0.440 0.108 0.148 0.000 0.000 0.304
#> SRR656288 1 0.0260 0.69565 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1405886 3 0.5978 0.52754 0.076 0.064 0.536 0.000 0.000 0.324
#> SRR1487233 5 0.0260 0.83761 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR662043 1 0.2402 0.68139 0.868 0.012 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1381211 2 0.3626 0.68809 0.000 0.704 0.004 0.288 0.004 0.000
#> SRR1379365 4 0.1663 0.76859 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1384852 4 0.4238 -0.10477 0.000 0.444 0.000 0.540 0.000 0.016
#> SRR1430357 4 0.2888 0.72243 0.000 0.092 0.000 0.852 0.000 0.056
#> SRR2164847 1 0.3571 0.51142 0.760 0.216 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR807901 6 0.4494 0.66316 0.424 0.032 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR816064 1 0.0858 0.68492 0.968 0.004 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR810507 1 0.1616 0.69758 0.932 0.020 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1358582 1 0.0547 0.69374 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1349893 1 0.3247 0.55222 0.808 0.036 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1444722 3 0.3595 0.59210 0.000 0.008 0.704 0.000 0.288 0.000
#> SRR1316483 1 0.4420 0.50484 0.620 0.040 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR662749 1 0.2744 0.57861 0.840 0.016 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1342701 5 0.5969 0.50817 0.000 0.304 0.128 0.000 0.536 0.032
#> SRR1343653 4 0.1141 0.78246 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1336134 4 0.1349 0.78103 0.000 0.056 0.000 0.940 0.000 0.004
#> SRR654940 2 0.5761 0.52375 0.000 0.604 0.000 0.160 0.204 0.032
#> SRR1098288 2 0.3737 0.57666 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1326343 6 0.4453 0.68032 0.400 0.032 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR811145 1 0.0363 0.69115 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR615359 5 0.1092 0.83224 0.000 0.020 0.000 0.000 0.960 0.020
#> SRR1075997 4 0.2858 0.73201 0.000 0.124 0.000 0.844 0.000 0.032
#> SRR1090483 4 0.1807 0.77066 0.000 0.060 0.000 0.920 0.000 0.020
#> SRR1388698 1 0.3812 0.58042 0.712 0.024 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1312482 2 0.4076 0.59872 0.000 0.620 0.000 0.364 0.000 0.016
#> SRR1430420 3 0.0291 0.85941 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1387475 4 0.1780 0.78333 0.000 0.048 0.000 0.924 0.000 0.028
#> SRR1388419 4 0.5658 -0.08445 0.000 0.316 0.000 0.508 0.176 0.000
#> SRR1442250 5 0.0405 0.83656 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1430679 4 0.3017 0.69676 0.000 0.164 0.000 0.816 0.000 0.020
#> SRR1311109 4 0.4742 0.56259 0.028 0.108 0.000 0.724 0.000 0.140
#> SRR1478990 6 0.6139 -0.00068 0.028 0.136 0.000 0.400 0.000 0.436
#> SRR1392434 4 0.0937 0.78529 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.3971 0.43545 0.748 0.068 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR820655 1 0.1501 0.69385 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1383937 4 0.2869 0.72330 0.000 0.148 0.000 0.832 0.000 0.020
#> SRR1315393 2 0.4447 0.67428 0.000 0.724 0.068 0.196 0.008 0.004
#> SRR1094506 3 0.0000 0.85987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 4 0.3737 0.20462 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1330153 6 0.5353 -0.21888 0.032 0.044 0.000 0.000 0.432 0.492
#> SRR1451778 6 0.5228 -0.16132 0.044 0.024 0.000 0.000 0.436 0.496
#> SRR657089 1 0.5386 0.42914 0.548 0.072 0.020 0.000 0.000 0.360
#> SRR1395659 5 0.0622 0.83756 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1385716 1 0.6213 0.36174 0.504 0.056 0.108 0.000 0.000 0.332
#> SRR1466109 1 0.0806 0.69780 0.972 0.008 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1080977 3 0.0146 0.85973 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1441725 1 0.3412 0.65956 0.808 0.064 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1485078 5 0.2613 0.81226 0.000 0.068 0.000 0.032 0.884 0.016
#> SRR661806 1 0.1950 0.69353 0.912 0.024 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1334919 1 0.6578 0.30730 0.468 0.068 0.140 0.000 0.000 0.324
#> SRR599249 1 0.2963 0.59456 0.828 0.004 0.000 0.000 0.152 0.016
#> SRR810051 4 0.1285 0.79031 0.000 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR1407202 1 0.3727 0.18008 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1434399 6 0.4157 0.64442 0.444 0.012 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1330965 3 0.0146 0.85973 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369536 1 0.0865 0.69768 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1382508 3 0.6485 0.46974 0.140 0.068 0.504 0.000 0.000 0.288
#> SRR1405028 5 0.5804 0.04789 0.380 0.044 0.000 0.000 0.504 0.072
#> SRR612719 1 0.4477 0.53445 0.648 0.036 0.008 0.000 0.000 0.308
#> SRR1340617 4 0.3956 0.47607 0.000 0.292 0.000 0.684 0.000 0.024
#> SRR1448183 1 0.1080 0.69877 0.960 0.004 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1362488 4 0.2092 0.74400 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.1501 0.77145 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0405 0.69141 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR811891 5 0.0551 0.83657 0.004 0.004 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1477837 4 0.1141 0.77960 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR607252 1 0.4098 -0.55308 0.496 0.008 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1418946 1 0.5512 0.47584 0.588 0.064 0.044 0.000 0.000 0.304
#> SRR1456567 4 0.0260 0.78857 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1487425 4 0.1141 0.78234 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1335627 5 0.0520 0.83796 0.000 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1327680 3 0.0937 0.85152 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.4074 0.29539 0.000 0.656 0.324 0.004 0.000 0.016
#> SRR1447673 4 0.1398 0.77912 0.000 0.052 0.000 0.940 0.000 0.008
#> SRR815735 1 0.4079 0.55309 0.680 0.032 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1404251 4 0.3065 0.70765 0.000 0.152 0.000 0.820 0.000 0.028
#> SRR601645 1 0.1908 0.64554 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR656300 4 0.1429 0.78677 0.004 0.052 0.000 0.940 0.000 0.004
#> SRR659983 1 0.4747 -0.30538 0.568 0.056 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1402414 5 0.0881 0.83715 0.000 0.008 0.000 0.008 0.972 0.012
#> SRR614215 6 0.6322 0.53765 0.300 0.016 0.000 0.000 0.244 0.440
#> SRR659283 1 0.3547 0.24657 0.696 0.004 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1459956 2 0.3847 0.63034 0.000 0.644 0.000 0.348 0.000 0.008
#> SRR1340441 3 0.0146 0.85996 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.2871 0.53101 0.804 0.004 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1403390 3 0.1528 0.84068 0.000 0.048 0.936 0.000 0.000 0.016
#> SRR1452741 1 0.4989 0.47524 0.592 0.076 0.004 0.000 0.000 0.328
#> SRR1458484 4 0.3975 0.64166 0.020 0.132 0.000 0.784 0.000 0.064
#> SRR1387091 4 0.2897 0.72092 0.000 0.088 0.000 0.852 0.000 0.060
#> SRR1358017 3 0.1501 0.82973 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1457039 4 0.0146 0.78804 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0458 0.85876 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.1958 0.63890 0.896 0.004 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1406069 4 0.2554 0.74108 0.000 0.076 0.000 0.876 0.000 0.048
#> SRR1419829 5 0.0260 0.83761 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1434315 1 0.1010 0.68150 0.960 0.004 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR658457 6 0.4751 0.63183 0.448 0.032 0.000 0.000 0.008 0.512
#> SRR1367849 4 0.2221 0.75585 0.000 0.072 0.000 0.896 0.000 0.032
#> SRR1320939 1 0.3354 0.64731 0.796 0.036 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR656588 1 0.1471 0.66530 0.932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR599025 1 0.1411 0.66810 0.936 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1401446 3 0.0632 0.85690 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 5 0.3717 0.67923 0.000 0.040 0.000 0.152 0.792 0.016
#> SRR1442149 4 0.5477 0.43972 0.032 0.144 0.000 0.644 0.000 0.180
#> SRR809137 1 0.1588 0.69435 0.924 0.004 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1414982 4 0.2923 0.71706 0.000 0.100 0.000 0.848 0.000 0.052
#> SRR600852 1 0.3354 0.64872 0.796 0.036 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1414857 4 0.0547 0.78864 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1321225 2 0.4591 -0.13891 0.000 0.500 0.464 0.000 0.000 0.036
#> SRR1069802 1 0.0363 0.69650 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1077643 5 0.2972 0.76699 0.000 0.036 0.000 0.000 0.836 0.128
#> SRR1334154 4 0.2301 0.74856 0.000 0.096 0.000 0.884 0.000 0.020
#> SRR1390072 4 0.2450 0.75160 0.000 0.116 0.000 0.868 0.000 0.016
#> SRR1467612 4 0.4929 0.30131 0.000 0.280 0.000 0.620 0.100 0.000
#> SRR1430133 2 0.4139 0.69071 0.000 0.700 0.036 0.260 0.000 0.004
#> SRR1468595 1 0.0777 0.68802 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1351931 3 0.0790 0.85439 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 5 0.6515 0.46512 0.000 0.064 0.000 0.176 0.516 0.244
#> SRR1311243 1 0.2380 0.67054 0.892 0.036 0.004 0.000 0.000 0.068
#> SRR1385235 1 0.1387 0.69492 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1469638 1 0.3314 0.61964 0.764 0.012 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR662150 1 0.3930 -0.31094 0.576 0.004 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1400290 3 0.4132 0.68298 0.136 0.004 0.756 0.000 0.000 0.104
#> SRR1084892 4 0.4273 0.19871 0.000 0.380 0.000 0.596 0.000 0.024
#> SRR1416166 1 0.5630 0.50583 0.628 0.048 0.004 0.000 0.084 0.236
#> SRR1477015 1 0.4621 0.52058 0.632 0.064 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1380501 2 0.4093 0.31971 0.000 0.516 0.000 0.476 0.000 0.008
#> SRR1446156 4 0.0458 0.78956 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1488328 4 0.3876 0.51021 0.000 0.276 0.000 0.700 0.000 0.024
#> SRR1086889 4 0.3956 0.51791 0.000 0.264 0.000 0.704 0.000 0.032
#> SRR814611 1 0.5903 0.43984 0.564 0.056 0.088 0.000 0.000 0.292
#> SRR599086 1 0.3706 0.64162 0.780 0.040 0.008 0.000 0.000 0.172
#> SRR1086844 1 0.1983 0.69376 0.908 0.020 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1464535 4 0.1152 0.78911 0.000 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR807877 4 0.1152 0.78540 0.000 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR1477033 1 0.0458 0.69679 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1335164 4 0.2911 0.71756 0.000 0.144 0.000 0.832 0.000 0.024
#> SRR601986 1 0.6552 0.33398 0.488 0.060 0.164 0.000 0.000 0.288
#> SRR1446226 1 0.0405 0.69141 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659637 1 0.5652 0.40260 0.548 0.132 0.012 0.000 0.000 0.308
#> SRR600474 1 0.0547 0.69702 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1307699 1 0.1950 0.69474 0.912 0.024 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1312540 1 0.4452 0.51432 0.636 0.048 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1323628 6 0.3997 0.55035 0.488 0.004 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1430951 3 0.0405 0.85954 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1385364 4 0.4147 -0.06082 0.000 0.436 0.000 0.552 0.000 0.012
#> SRR1478149 3 0.0632 0.85690 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.2294 0.75318 0.000 0.072 0.000 0.892 0.000 0.036
#> SRR1366855 4 0.1320 0.78411 0.000 0.036 0.000 0.948 0.000 0.016
#> SRR1077115 4 0.1327 0.77533 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1399990 1 0.6572 0.32502 0.476 0.088 0.112 0.000 0.000 0.324
#> SRR1434093 1 0.6245 0.28499 0.496 0.024 0.268 0.000 0.000 0.212
#> SRR1341408 4 0.1501 0.77575 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR612335 6 0.6258 0.61435 0.356 0.048 0.000 0.000 0.120 0.476
#> SRR1321420 1 0.3398 0.38262 0.740 0.008 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1329177 1 0.2709 0.67354 0.848 0.020 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1398371 4 0.0146 0.78841 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR614996 1 0.4247 0.54086 0.664 0.040 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1431602 4 0.1444 0.77596 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1311509 5 0.4650 0.30837 0.000 0.040 0.000 0.000 0.488 0.472
#> SRR1507229 3 0.0363 0.85942 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0146 0.85996 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.2039 0.76184 0.000 0.076 0.000 0.904 0.000 0.020
#> SRR1469591 1 0.5344 0.45485 0.576 0.076 0.020 0.000 0.000 0.328
#> SRR1392813 4 0.4310 -0.04451 0.000 0.440 0.000 0.540 0.000 0.020
#> SRR1453026 4 0.5995 -0.05252 0.000 0.272 0.000 0.512 0.204 0.012
#> SRR1388105 4 0.1644 0.77745 0.000 0.040 0.000 0.932 0.000 0.028
#> SRR1357558 1 0.2118 0.63436 0.888 0.008 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR615898 3 0.0000 0.85987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.470 0.722 0.880 0.3618 0.648 0.648
#> 3 3 0.322 0.533 0.735 0.5195 0.599 0.447
#> 4 4 0.472 0.630 0.803 0.2564 0.751 0.464
#> 5 5 0.490 0.527 0.754 0.0725 0.982 0.938
#> 6 6 0.583 0.525 0.722 0.0550 0.868 0.569
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 2 0.9286 0.49483 0.344 0.656
#> SRR1468613 2 0.9710 0.34798 0.400 0.600
#> SRR815184 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.7745 0.68102 0.772 0.228
#> SRR1467904 1 0.0672 0.79024 0.992 0.008
#> SRR1442648 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1486174 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.8499 0.62436 0.276 0.724
#> SRR1321283 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1387702 2 0.7139 0.72692 0.196 0.804
#> SRR1435584 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1406265 2 0.8386 0.63646 0.268 0.732
#> SRR1366367 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1458026 2 0.1633 0.85649 0.024 0.976
#> SRR1094192 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0938 0.86034 0.012 0.988
#> SRR657492 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR662665 2 0.8861 0.57359 0.304 0.696
#> SRR818530 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR613462 2 0.6531 0.75797 0.168 0.832
#> SRR1405206 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1380785 2 0.0672 0.86152 0.008 0.992
#> SRR612875 2 0.0672 0.86158 0.008 0.992
#> SRR808327 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0672 0.86152 0.008 0.992
#> SRR1408227 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.9896 0.29177 0.560 0.440
#> SRR1080415 1 0.9983 0.15767 0.524 0.476
#> SRR1086140 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.9044 0.56867 0.680 0.320
#> SRR1310563 1 0.9775 0.37250 0.588 0.412
#> SRR602437 2 0.8267 0.64893 0.260 0.740
#> SRR663404 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1337238 2 0.8499 0.62411 0.276 0.724
#> SRR1360442 2 0.2423 0.84995 0.040 0.960
#> SRR1356487 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1409641 2 0.9815 0.28254 0.420 0.580
#> SRR1442686 2 0.8267 0.64888 0.260 0.740
#> SRR1345736 1 0.9833 0.34049 0.576 0.424
#> SRR1345827 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1072650 2 0.9522 0.42345 0.372 0.628
#> SRR1446393 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1087197 2 0.6247 0.76928 0.156 0.844
#> SRR1383960 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR600924 1 0.9977 0.17441 0.528 0.472
#> SRR662390 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1071692 1 0.7528 0.69146 0.784 0.216
#> SRR658421 2 0.2043 0.85358 0.032 0.968
#> SRR1352936 1 0.1184 0.78835 0.984 0.016
#> SRR598148 2 0.9661 0.36372 0.392 0.608
#> SRR1444390 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1389777 2 0.1414 0.85801 0.020 0.980
#> SRR603918 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.4690 0.81359 0.100 0.900
#> SRR1490505 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1343859 2 0.9963 0.10693 0.464 0.536
#> SRR1075631 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.4939 0.80700 0.108 0.892
#> SRR1381524 1 0.0376 0.79093 0.996 0.004
#> SRR1392208 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.0376 0.79093 0.996 0.004
#> SRR810619 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR600829 2 0.8081 0.66561 0.248 0.752
#> SRR599380 2 0.9286 0.49483 0.344 0.656
#> SRR1337388 2 0.9044 0.54342 0.320 0.680
#> SRR2185195 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1489693 1 0.9881 0.30492 0.564 0.436
#> SRR1318662 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.9248 0.53739 0.660 0.340
#> SRR1384805 2 0.0938 0.86045 0.012 0.988
#> SRR661337 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR601239 2 0.9129 0.52756 0.328 0.672
#> SRR1468995 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1352111 2 0.8555 0.61745 0.280 0.720
#> SRR1330944 2 0.2236 0.85112 0.036 0.964
#> SRR1419453 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1444914 2 0.9491 0.43631 0.368 0.632
#> SRR660756 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR816358 2 0.8443 0.63275 0.272 0.728
#> SRR658283 2 0.0672 0.86152 0.008 0.992
#> SRR813728 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.9833 0.34049 0.576 0.424
#> SRR1308200 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1087992 1 0.9775 0.37461 0.588 0.412
#> SRR1405593 2 0.6247 0.76918 0.156 0.844
#> SRR1326040 2 0.8081 0.66525 0.248 0.752
#> SRR1312725 2 0.9491 0.43683 0.368 0.632
#> SRR1478189 1 0.7528 0.69146 0.784 0.216
#> SRR1488632 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0672 0.86138 0.008 0.992
#> SRR1368794 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR815661 2 0.7139 0.72692 0.196 0.804
#> SRR663100 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR661229 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR655792 1 0.9710 0.40607 0.600 0.400
#> SRR663705 2 0.3584 0.83475 0.068 0.932
#> SRR1464281 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0672 0.86120 0.008 0.992
#> SRR1331444 1 0.9286 0.53010 0.656 0.344
#> SRR1439958 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1477569 2 0.8081 0.66530 0.248 0.752
#> SRR602461 2 0.8267 0.64800 0.260 0.740
#> SRR1334338 1 0.9580 0.45464 0.620 0.380
#> SRR1354710 1 0.9087 0.56486 0.676 0.324
#> SRR613510 2 0.9998 -0.03906 0.492 0.508
#> SRR663014 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.2948 0.84280 0.052 0.948
#> SRR1474730 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.1184 0.85949 0.016 0.984
#> SRR1357650 2 0.1633 0.85673 0.024 0.976
#> SRR1472237 2 0.2043 0.85345 0.032 0.968
#> SRR1470816 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1458358 1 0.9129 0.55807 0.672 0.328
#> SRR614683 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1318998 1 0.0672 0.79024 0.992 0.008
#> SRR1392795 2 0.1633 0.85673 0.024 0.976
#> SRR1469859 2 0.9710 0.34798 0.400 0.600
#> SRR1378243 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0938 0.86045 0.012 0.988
#> SRR604230 2 0.4431 0.81851 0.092 0.908
#> SRR1347667 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.1843 0.85535 0.028 0.972
#> SRR665514 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1454522 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.4161 0.82466 0.084 0.916
#> SRR1429802 2 0.8955 0.56029 0.312 0.688
#> SRR1345436 2 0.9732 0.32868 0.404 0.596
#> SRR1433684 2 0.8081 0.66561 0.248 0.752
#> SRR613186 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.9896 0.19917 0.440 0.560
#> SRR1326687 2 0.8909 0.56823 0.308 0.692
#> SRR1458973 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1366519 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1391789 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1402195 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1429516 2 0.0938 0.86034 0.012 0.988
#> SRR1406662 2 0.2778 0.84627 0.048 0.952
#> SRR1333414 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1342916 2 0.9491 0.43631 0.368 0.632
#> SRR1362824 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1455326 2 0.9491 0.43631 0.368 0.632
#> SRR1349956 2 0.9815 0.28254 0.420 0.580
#> SRR1409487 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1434568 2 0.3114 0.84242 0.056 0.944
#> SRR1341965 2 0.4562 0.81557 0.096 0.904
#> SRR1473505 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1435501 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1093243 2 0.6712 0.74851 0.176 0.824
#> SRR1418390 2 0.0938 0.86064 0.012 0.988
#> SRR608480 2 0.9963 0.11315 0.464 0.536
#> SRR598589 1 0.9896 0.29097 0.560 0.440
#> SRR601868 1 0.6531 0.72491 0.832 0.168
#> SRR607313 2 0.8267 0.64893 0.260 0.740
#> SRR812222 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.2423 0.84922 0.040 0.960
#> SRR1347500 2 0.9087 0.53632 0.324 0.676
#> SRR1443182 2 0.3879 0.82910 0.076 0.924
#> SRR1457872 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1406243 2 0.9044 0.54386 0.320 0.680
#> SRR1332607 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.8144 0.65752 0.748 0.252
#> SRR1420811 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1338363 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.9170 0.55146 0.668 0.332
#> SRR1338171 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR604174 2 0.8763 0.59219 0.296 0.704
#> SRR1345221 2 0.7139 0.72692 0.196 0.804
#> SRR815517 1 0.9775 0.37250 0.588 0.412
#> SRR615970 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1370659 2 0.9522 0.42345 0.372 0.628
#> SRR1383125 2 0.9393 0.46349 0.356 0.644
#> SRR1331013 2 0.6887 0.74217 0.184 0.816
#> SRR1419638 1 0.9954 0.22463 0.540 0.460
#> SRR1434975 2 0.6531 0.75797 0.168 0.832
#> SRR1445741 2 0.0672 0.86138 0.008 0.992
#> SRR1088142 2 0.6438 0.76069 0.164 0.836
#> SRR604206 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1358779 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.3733 0.83147 0.072 0.928
#> SRR1487807 2 0.3879 0.82910 0.076 0.924
#> SRR1489715 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1364780 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1460124 2 0.9552 0.41586 0.376 0.624
#> SRR813915 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1409748 2 0.9393 0.46063 0.356 0.644
#> SRR1325504 2 0.9393 0.46405 0.356 0.644
#> SRR1436490 2 0.0672 0.86138 0.008 0.992
#> SRR1316725 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.5059 0.80391 0.112 0.888
#> SRR1354599 2 0.9393 0.46349 0.356 0.644
#> SRR1406599 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1308696 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.8144 0.65752 0.748 0.252
#> SRR812649 2 0.8499 0.62436 0.276 0.724
#> SRR1366690 2 0.7453 0.71149 0.212 0.788
#> SRR1317707 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1069690 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1334694 2 0.4298 0.82178 0.088 0.912
#> SRR1478434 2 0.2236 0.85112 0.036 0.964
#> SRR1479933 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR661192 2 0.1414 0.85805 0.020 0.980
#> SRR1384827 2 0.9998 -0.03906 0.492 0.508
#> SRR814587 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR656899 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1088340 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1349772 2 0.9044 0.54386 0.320 0.680
#> SRR1317305 1 0.9000 0.57472 0.684 0.316
#> SRR1442273 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1407470 2 0.1633 0.85673 0.024 0.976
#> SRR1490289 2 0.1633 0.85660 0.024 0.976
#> SRR1093649 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.9963 0.20513 0.536 0.464
#> SRR1324545 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR2170537 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR602106 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR615335 2 0.8081 0.66561 0.248 0.752
#> SRR1321505 2 0.8081 0.66530 0.248 0.752
#> SRR1457768 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1340641 2 0.5629 0.78912 0.132 0.868
#> SRR657903 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1403458 2 0.9491 0.43631 0.368 0.632
#> SRR1460073 2 0.2423 0.84995 0.040 0.960
#> SRR1441850 2 0.8955 0.56029 0.312 0.688
#> SRR613759 2 0.9833 0.26215 0.424 0.576
#> SRR1472281 2 0.0938 0.86034 0.012 0.988
#> SRR1440445 1 0.0376 0.79093 0.996 0.004
#> SRR1088734 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.2236 0.85112 0.036 0.964
#> SRR1077528 2 0.4939 0.80700 0.108 0.892
#> SRR1364695 1 0.1633 0.78616 0.976 0.024
#> SRR1348226 2 0.8081 0.66561 0.248 0.752
#> SRR1313560 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR2185233 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1353970 2 0.9608 0.39088 0.384 0.616
#> SRR662641 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR817825 2 0.9954 0.12151 0.460 0.540
#> SRR660366 2 0.6973 0.73649 0.188 0.812
#> SRR655423 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR821183 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1325247 2 0.3733 0.83147 0.072 0.928
#> SRR1351583 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.8661 0.60591 0.288 0.712
#> SRR1318484 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1322395 2 0.8267 0.64800 0.260 0.740
#> SRR1378131 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1325464 2 0.8081 0.66530 0.248 0.752
#> SRR1340280 1 0.4022 0.76699 0.920 0.080
#> SRR1455842 2 0.0938 0.86045 0.012 0.988
#> SRR1352619 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1076779 2 0.8443 0.63043 0.272 0.728
#> SRR662763 2 0.2043 0.85356 0.032 0.968
#> SRR661120 2 0.6712 0.75017 0.176 0.824
#> SRR601613 2 0.8713 0.59979 0.292 0.708
#> SRR811535 2 0.9286 0.49356 0.344 0.656
#> SRR820316 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1375677 2 0.7376 0.71475 0.208 0.792
#> SRR1365700 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR604122 2 0.0672 0.86144 0.008 0.992
#> SRR598509 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1397052 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1339921 1 0.9580 0.45464 0.620 0.380
#> SRR664743 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.9833 0.34049 0.576 0.424
#> SRR1481012 2 0.9170 0.51864 0.332 0.668
#> SRR603449 1 0.7528 0.69146 0.784 0.216
#> SRR1400889 2 0.9427 0.45475 0.360 0.640
#> SRR808808 2 0.9996 -0.00953 0.488 0.512
#> SRR656288 2 0.8661 0.60514 0.288 0.712
#> SRR1405886 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.9970 0.19052 0.532 0.468
#> SRR1381211 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.1633 0.85673 0.024 0.976
#> SRR1384852 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1430357 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR2164847 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR807901 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR816064 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR810507 1 0.9983 0.15767 0.524 0.476
#> SRR1358582 1 0.9044 0.57082 0.680 0.320
#> SRR1349893 2 0.8267 0.64878 0.260 0.740
#> SRR1444722 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1316483 2 0.8081 0.66525 0.248 0.752
#> SRR662749 1 0.8955 0.58252 0.688 0.312
#> SRR1342701 2 0.9896 0.19917 0.440 0.560
#> SRR1343653 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR654940 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1326343 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR811145 2 0.9323 0.48248 0.348 0.652
#> SRR615359 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.4939 0.80700 0.108 0.892
#> SRR1388698 2 0.6247 0.76918 0.156 0.844
#> SRR1312482 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.3431 0.83572 0.064 0.936
#> SRR1442250 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1085925 2 0.8016 0.67052 0.244 0.756
#> SRR820655 2 0.8267 0.64800 0.260 0.740
#> SRR1383937 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1315393 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1330153 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1451778 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR657089 1 0.0672 0.79023 0.992 0.008
#> SRR1395659 2 0.1414 0.85829 0.020 0.980
#> SRR1385716 1 0.0376 0.79093 0.996 0.004
#> SRR1466109 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1080977 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1441725 2 0.0672 0.86158 0.008 0.992
#> SRR1485078 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR661806 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1334919 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR599249 1 1.0000 0.06628 0.504 0.496
#> SRR810051 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1407202 2 0.0376 0.86162 0.004 0.996
#> SRR1434399 2 0.7139 0.72692 0.196 0.804
#> SRR1330965 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1369536 2 0.9963 0.11362 0.464 0.536
#> SRR1382508 1 0.4298 0.76383 0.912 0.088
#> SRR1405028 2 0.8499 0.62294 0.276 0.724
#> SRR612719 2 0.9954 0.12009 0.460 0.540
#> SRR1340617 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1448183 2 0.8861 0.57216 0.304 0.696
#> SRR1362488 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.3733 0.83147 0.072 0.928
#> SRR1454374 2 0.9686 0.35969 0.396 0.604
#> SRR811891 2 1.0000 -0.05812 0.500 0.500
#> SRR1477837 1 0.9993 0.13087 0.516 0.484
#> SRR607252 2 0.7139 0.72692 0.196 0.804
#> SRR1418946 2 0.7376 0.71640 0.208 0.792
#> SRR1456567 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.1414 0.85829 0.020 0.980
#> SRR1327680 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0672 0.86152 0.008 0.992
#> SRR1447673 2 0.3114 0.84242 0.056 0.944
#> SRR815735 2 0.6438 0.76069 0.164 0.836
#> SRR1404251 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR601645 2 0.9850 0.25442 0.428 0.572
#> SRR656300 2 0.3733 0.83203 0.072 0.928
#> SRR659983 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1402414 2 0.1184 0.85952 0.016 0.984
#> SRR614215 2 0.0672 0.86144 0.008 0.992
#> SRR659283 2 0.9732 0.33264 0.404 0.596
#> SRR1459956 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1317428 2 0.8861 0.57501 0.304 0.696
#> SRR1403390 1 0.1633 0.78617 0.976 0.024
#> SRR1452741 1 0.9954 0.22864 0.540 0.460
#> SRR1458484 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.1843 0.85490 0.028 0.972
#> SRR1358017 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1430639 2 0.9815 0.28254 0.420 0.580
#> SRR1406069 2 0.2948 0.84280 0.052 0.948
#> SRR1419829 2 0.1414 0.85829 0.020 0.980
#> SRR1434315 2 0.9815 0.28254 0.420 0.580
#> SRR658457 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1367849 2 0.1414 0.85788 0.020 0.980
#> SRR1320939 2 0.8713 0.59979 0.292 0.708
#> SRR656588 1 0.8144 0.65752 0.748 0.252
#> SRR599025 2 0.9129 0.52756 0.328 0.672
#> SRR1401446 2 0.9998 -0.03906 0.492 0.508
#> SRR1398311 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1442149 1 0.9248 0.53739 0.660 0.340
#> SRR809137 2 0.9866 0.24015 0.432 0.568
#> SRR1414982 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.9608 0.44452 0.616 0.384
#> SRR1414857 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1321225 2 0.9998 -0.03906 0.492 0.508
#> SRR1069802 1 0.9170 0.55153 0.668 0.332
#> SRR1077643 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1334154 2 0.2423 0.84917 0.040 0.960
#> SRR1390072 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0672 0.86152 0.008 0.992
#> SRR1468595 2 0.9460 0.44639 0.364 0.636
#> SRR1351931 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1374028 2 0.9866 0.23122 0.432 0.568
#> SRR1311243 2 0.8555 0.61745 0.280 0.720
#> SRR1385235 2 0.8327 0.64409 0.264 0.736
#> SRR1469638 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR662150 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1400290 1 0.6247 0.73238 0.844 0.156
#> SRR1084892 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1416166 2 0.8713 0.59979 0.292 0.708
#> SRR1477015 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.9896 0.19917 0.440 0.560
#> SRR1446156 2 0.1633 0.85660 0.024 0.976
#> SRR1488328 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.9944 0.23961 0.544 0.456
#> SRR599086 2 0.8763 0.59367 0.296 0.704
#> SRR1086844 1 0.7528 0.69146 0.784 0.216
#> SRR1464535 2 0.6343 0.76520 0.160 0.840
#> SRR807877 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1477033 1 0.6531 0.72491 0.832 0.168
#> SRR1335164 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0376 0.79093 0.996 0.004
#> SRR1446226 1 0.9044 0.57082 0.680 0.320
#> SRR659637 2 0.0672 0.86158 0.008 0.992
#> SRR600474 2 0.9933 0.16380 0.452 0.548
#> SRR1307699 1 0.7745 0.68102 0.772 0.228
#> SRR1312540 2 0.6438 0.76069 0.164 0.836
#> SRR1323628 2 0.2236 0.85183 0.036 0.964
#> SRR1430951 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1385364 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1478149 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1384413 2 0.5059 0.80442 0.112 0.888
#> SRR1366855 2 0.0672 0.86137 0.008 0.992
#> SRR1077115 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.6247 0.73238 0.844 0.156
#> SRR1434093 1 1.0000 0.06494 0.500 0.500
#> SRR1341408 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1321420 2 0.7528 0.70557 0.216 0.784
#> SRR1329177 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR614996 2 0.8016 0.67026 0.244 0.756
#> SRR1431602 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1311509 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1507229 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.86158 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.6247 0.73238 0.844 0.156
#> SRR1392813 2 0.3879 0.82949 0.076 0.924
#> SRR1453026 2 0.0376 0.86180 0.004 0.996
#> SRR1388105 2 0.9866 0.23122 0.432 0.568
#> SRR1357558 1 0.8144 0.65744 0.748 0.252
#> SRR615898 1 0.0000 0.79118 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.3454 0.65437 0.888 0.104 0.008
#> SRR1468613 1 0.3623 0.65239 0.896 0.072 0.032
#> SRR815184 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.5859 0.04612 0.656 0.000 0.344
#> SRR1467904 3 0.4605 0.83579 0.204 0.000 0.796
#> SRR1442648 2 0.6126 0.44706 0.400 0.600 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349433 1 0.4915 0.62319 0.804 0.184 0.012
#> SRR1321283 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.5216 0.54820 0.740 0.260 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.4291 0.62639 0.820 0.180 0.000
#> SRR1366367 2 0.4842 0.65244 0.224 0.776 0.000
#> SRR1458026 2 0.6267 0.31079 0.452 0.548 0.000
#> SRR1094192 2 0.1643 0.69991 0.044 0.956 0.000
#> SRR1397180 2 0.6126 0.44988 0.400 0.600 0.000
#> SRR657492 2 0.6215 0.38584 0.428 0.572 0.000
#> SRR662665 1 0.4575 0.63171 0.828 0.160 0.012
#> SRR818530 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 1 0.5465 0.49273 0.712 0.288 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.6286 0.28045 0.464 0.536 0.000
#> SRR1380785 1 0.6280 0.00726 0.540 0.460 0.000
#> SRR612875 2 0.5926 0.52287 0.356 0.644 0.000
#> SRR808327 2 0.0237 0.69319 0.004 0.996 0.000
#> SRR1355194 1 0.6280 0.00726 0.540 0.460 0.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 1 0.3644 0.54991 0.872 0.004 0.124
#> SRR1080415 1 0.3459 0.59370 0.892 0.012 0.096
#> SRR1086140 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.5216 0.32906 0.740 0.000 0.260
#> SRR1310563 1 0.4002 0.50560 0.840 0.000 0.160
#> SRR602437 1 0.4399 0.62183 0.812 0.188 0.000
#> SRR663404 1 0.6291 -0.03340 0.532 0.468 0.000
#> SRR1337238 1 0.4178 0.63153 0.828 0.172 0.000
#> SRR1360442 1 0.6280 0.01525 0.540 0.460 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.3356 0.64786 0.908 0.056 0.036
#> SRR1442686 1 0.4399 0.62173 0.812 0.188 0.000
#> SRR1345736 1 0.3619 0.52763 0.864 0.000 0.136
#> SRR1345827 2 0.1031 0.69771 0.024 0.976 0.000
#> SRR1367456 2 0.5560 0.58849 0.300 0.700 0.000
#> SRR1072650 1 0.3120 0.65384 0.908 0.080 0.012
#> SRR1446393 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087197 1 0.5560 0.47322 0.700 0.300 0.000
#> SRR1383960 2 0.5859 0.54004 0.344 0.656 0.000
#> SRR600924 1 0.3539 0.58963 0.888 0.012 0.100
#> SRR662390 2 0.6204 0.39955 0.424 0.576 0.000
#> SRR1071692 1 0.5926 0.00239 0.644 0.000 0.356
#> SRR658421 1 0.6295 -0.04801 0.528 0.472 0.000
#> SRR1352936 3 0.5591 0.75642 0.304 0.000 0.696
#> SRR598148 1 0.3183 0.64937 0.908 0.076 0.016
#> SRR1444390 2 0.0424 0.69423 0.008 0.992 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.6280 0.01856 0.540 0.460 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468682 1 0.6140 0.24332 0.596 0.404 0.000
#> SRR1490505 2 0.1163 0.69787 0.028 0.972 0.000
#> SRR1343859 1 0.2773 0.63374 0.928 0.024 0.048
#> SRR1075631 2 0.4504 0.66858 0.196 0.804 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479286 1 0.5905 0.37417 0.648 0.352 0.000
#> SRR1381524 3 0.5216 0.80430 0.260 0.000 0.740
#> SRR1392208 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.1860 0.69906 0.052 0.948 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR658331 3 0.5291 0.79591 0.268 0.000 0.732
#> SRR810619 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.4555 0.61289 0.800 0.200 0.000
#> SRR599380 1 0.3454 0.65437 0.888 0.104 0.008
#> SRR1337388 1 0.3851 0.64974 0.860 0.136 0.004
#> SRR2185195 1 0.6291 -0.03340 0.532 0.468 0.000
#> SRR1489693 1 0.3715 0.54497 0.868 0.004 0.128
#> SRR1318662 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.4796 0.38401 0.780 0.000 0.220
#> SRR1384805 2 0.5988 0.50738 0.368 0.632 0.000
#> SRR661337 2 0.6260 0.33804 0.448 0.552 0.000
#> SRR601239 1 0.3755 0.65159 0.872 0.120 0.008
#> SRR1468995 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.4121 0.63337 0.832 0.168 0.000
#> SRR1330944 2 0.6309 0.15508 0.496 0.504 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.3207 0.65409 0.904 0.084 0.012
#> SRR660756 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.2959 0.69756 0.100 0.900 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.6180 0.41404 0.416 0.584 0.000
#> SRR816358 1 0.4291 0.62747 0.820 0.180 0.000
#> SRR658283 1 0.6291 -0.02784 0.532 0.468 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.3619 0.52763 0.864 0.000 0.136
#> SRR1308200 2 0.0237 0.69319 0.004 0.996 0.000
#> SRR1432366 2 0.5397 0.60751 0.280 0.720 0.000
#> SRR1087992 1 0.3816 0.51081 0.852 0.000 0.148
#> SRR1405593 1 0.5497 0.49353 0.708 0.292 0.000
#> SRR1326040 1 0.4555 0.61314 0.800 0.200 0.000
#> SRR1312725 1 0.3445 0.65461 0.896 0.088 0.016
#> SRR1478189 1 0.5926 0.00239 0.644 0.000 0.356
#> SRR1488632 2 0.6204 0.39479 0.424 0.576 0.000
#> SRR1398706 1 0.6260 0.06954 0.552 0.448 0.000
#> SRR1368794 2 0.0424 0.69432 0.008 0.992 0.000
#> SRR1392749 2 0.3267 0.69676 0.116 0.884 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.5216 0.54820 0.740 0.260 0.000
#> SRR663100 2 0.4178 0.67569 0.172 0.828 0.000
#> SRR661229 1 0.6291 -0.03340 0.532 0.468 0.000
#> SRR655792 1 0.4002 0.49307 0.840 0.000 0.160
#> SRR663705 1 0.6140 0.22330 0.596 0.404 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.5905 0.53069 0.352 0.648 0.000
#> SRR1331444 1 0.4842 0.38173 0.776 0.000 0.224
#> SRR1439958 2 0.3340 0.69524 0.120 0.880 0.000
#> SRR1384917 2 0.6204 0.39612 0.424 0.576 0.000
#> SRR1435182 2 0.6079 0.47021 0.388 0.612 0.000
#> SRR1477569 1 0.4555 0.61260 0.800 0.200 0.000
#> SRR602461 1 0.4346 0.62414 0.816 0.184 0.000
#> SRR1334338 1 0.4291 0.45575 0.820 0.000 0.180
#> SRR1354710 1 0.5058 0.33745 0.756 0.000 0.244
#> SRR613510 1 0.4399 0.61879 0.864 0.044 0.092
#> SRR663014 2 0.3482 0.69152 0.128 0.872 0.000
#> SRR1417960 1 0.6260 0.08654 0.552 0.448 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.6295 0.24777 0.472 0.528 0.000
#> SRR1357650 2 0.6260 0.33981 0.448 0.552 0.000
#> SRR1472237 1 0.6204 0.16052 0.576 0.424 0.000
#> SRR1470816 2 0.6154 0.42962 0.408 0.592 0.000
#> SRR1458358 1 0.4974 0.35274 0.764 0.000 0.236
#> SRR614683 2 0.6286 0.29470 0.464 0.536 0.000
#> SRR1318998 3 0.4974 0.81721 0.236 0.000 0.764
#> SRR1392795 2 0.6260 0.33981 0.448 0.552 0.000
#> SRR1469859 1 0.3623 0.65239 0.896 0.072 0.032
#> SRR1378243 2 0.0237 0.69289 0.004 0.996 0.000
#> SRR1360587 2 0.5988 0.50738 0.368 0.632 0.000
#> SRR604230 1 0.6062 0.29414 0.616 0.384 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 1 0.6309 -0.15019 0.500 0.500 0.000
#> SRR665514 1 0.6295 -0.04903 0.528 0.472 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 1 0.6062 0.28776 0.616 0.384 0.000
#> SRR1429802 1 0.3983 0.64455 0.852 0.144 0.004
#> SRR1345436 1 0.3141 0.64823 0.912 0.068 0.020
#> SRR1433684 1 0.4555 0.61289 0.800 0.200 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.5859 0.54231 0.344 0.656 0.000
#> SRR1417766 2 0.3340 0.69524 0.120 0.880 0.000
#> SRR1420606 1 0.3589 0.64018 0.900 0.052 0.048
#> SRR1326687 1 0.3686 0.64580 0.860 0.140 0.000
#> SRR1458973 3 0.4235 0.84914 0.176 0.000 0.824
#> SRR1309856 2 0.5859 0.54231 0.344 0.656 0.000
#> SRR1102756 2 0.6252 0.34231 0.444 0.556 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.6140 0.44066 0.404 0.596 0.000
#> SRR1391789 2 0.5859 0.54004 0.344 0.656 0.000
#> SRR1402195 2 0.6286 0.28018 0.464 0.536 0.000
#> SRR1429516 2 0.6126 0.44988 0.400 0.600 0.000
#> SRR1406662 1 0.6168 0.18270 0.588 0.412 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.6140 0.44066 0.404 0.596 0.000
#> SRR1342916 1 0.3207 0.65409 0.904 0.084 0.012
#> SRR1362824 2 0.6225 0.36402 0.432 0.568 0.000
#> SRR1455326 1 0.3207 0.65409 0.904 0.084 0.012
#> SRR1349956 1 0.3356 0.64786 0.908 0.056 0.036
#> SRR1409487 2 0.4842 0.65244 0.224 0.776 0.000
#> SRR1434568 1 0.6299 -0.07897 0.524 0.476 0.000
#> SRR1341965 1 0.5968 0.34436 0.636 0.364 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 2 0.6215 0.38584 0.428 0.572 0.000
#> SRR1452491 2 0.3340 0.69524 0.120 0.880 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 1 0.5363 0.52369 0.724 0.276 0.000
#> SRR1418390 2 0.6305 0.21216 0.484 0.516 0.000
#> SRR608480 1 0.3456 0.63624 0.904 0.036 0.060
#> SRR598589 1 0.3644 0.55083 0.872 0.004 0.124
#> SRR601868 1 0.6180 -0.19916 0.584 0.000 0.416
#> SRR607313 1 0.4399 0.62183 0.812 0.188 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.5216 0.62611 0.260 0.740 0.000
#> SRR1455503 2 0.4750 0.65645 0.216 0.784 0.000
#> SRR810737 1 0.6309 -0.12758 0.504 0.496 0.000
#> SRR1347500 1 0.3826 0.65092 0.868 0.124 0.008
#> SRR1443182 1 0.6079 0.27548 0.612 0.388 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.4178 0.67569 0.172 0.828 0.000
#> SRR1406243 1 0.3896 0.65010 0.864 0.128 0.008
#> SRR1332607 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.5678 0.13190 0.684 0.000 0.316
#> SRR1420811 2 0.3116 0.69702 0.108 0.892 0.000
#> SRR1308674 2 0.6267 0.31934 0.452 0.548 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344271 2 0.3340 0.69524 0.120 0.880 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.4931 0.36103 0.768 0.000 0.232
#> SRR1338171 2 0.6192 0.40395 0.420 0.580 0.000
#> SRR604174 1 0.3941 0.63523 0.844 0.156 0.000
#> SRR1345221 1 0.5216 0.54820 0.740 0.260 0.000
#> SRR815517 1 0.4002 0.50560 0.840 0.000 0.160
#> SRR615970 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.3120 0.65384 0.908 0.080 0.012
#> SRR1383125 1 0.3213 0.65400 0.900 0.092 0.008
#> SRR1331013 1 0.5327 0.52826 0.728 0.272 0.000
#> SRR1419638 1 0.3607 0.57077 0.880 0.008 0.112
#> SRR1434975 1 0.5465 0.49273 0.712 0.288 0.000
#> SRR1445741 1 0.6260 0.06954 0.552 0.448 0.000
#> SRR1088142 1 0.5431 0.50901 0.716 0.284 0.000
#> SRR604206 1 0.6295 -0.05010 0.528 0.472 0.000
#> SRR1358779 3 0.4974 0.82147 0.236 0.000 0.764
#> SRR1473142 2 0.4796 0.65441 0.220 0.780 0.000
#> SRR1410334 2 0.6079 0.46667 0.388 0.612 0.000
#> SRR1352234 1 0.6111 0.25557 0.604 0.396 0.000
#> SRR1487807 1 0.6079 0.27548 0.612 0.388 0.000
#> SRR1489715 2 0.6286 0.28045 0.464 0.536 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.3502 0.65444 0.896 0.084 0.020
#> SRR813915 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.3618 0.65230 0.884 0.104 0.012
#> SRR1325504 1 0.3213 0.65404 0.900 0.092 0.008
#> SRR1436490 1 0.6260 0.06954 0.552 0.448 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314851 1 0.5859 0.39017 0.656 0.344 0.000
#> SRR1354599 1 0.3213 0.65400 0.900 0.092 0.008
#> SRR1406599 2 0.5882 0.53536 0.348 0.652 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.5678 0.13190 0.684 0.000 0.316
#> SRR812649 1 0.4915 0.62319 0.804 0.184 0.012
#> SRR1366690 1 0.5098 0.54851 0.752 0.248 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.3551 0.69226 0.132 0.868 0.000
#> SRR1442487 2 0.6267 0.31934 0.452 0.548 0.000
#> SRR1069690 2 0.0592 0.69506 0.012 0.988 0.000
#> SRR1319344 2 0.6111 0.45250 0.396 0.604 0.000
#> SRR1332835 2 0.6225 0.37736 0.432 0.568 0.000
#> SRR1334694 1 0.5968 0.34162 0.636 0.364 0.000
#> SRR1478434 2 0.6309 0.15508 0.496 0.504 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.6267 0.04068 0.548 0.452 0.000
#> SRR1384827 1 0.4399 0.61879 0.864 0.044 0.092
#> SRR814587 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 2 0.6308 0.17837 0.492 0.508 0.000
#> SRR1088340 2 0.5465 0.60093 0.288 0.712 0.000
#> SRR1349772 1 0.3896 0.65010 0.864 0.128 0.008
#> SRR1317305 1 0.5291 0.31354 0.732 0.000 0.268
#> SRR1442273 2 0.5760 0.55982 0.328 0.672 0.000
#> SRR1407470 2 0.6111 0.46242 0.396 0.604 0.000
#> SRR1490289 1 0.6225 0.13082 0.568 0.432 0.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.5016 0.81908 0.240 0.000 0.760
#> SRR1447652 1 0.3454 0.58034 0.888 0.008 0.104
#> SRR1324545 2 0.5760 0.56022 0.328 0.672 0.000
#> SRR2170537 1 0.6291 -0.03340 0.532 0.468 0.000
#> SRR602106 3 0.5098 0.81298 0.248 0.000 0.752
#> SRR615335 1 0.4555 0.61289 0.800 0.200 0.000
#> SRR1321505 1 0.4555 0.61260 0.800 0.200 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340641 1 0.5760 0.42794 0.672 0.328 0.000
#> SRR657903 2 0.6308 0.17837 0.492 0.508 0.000
#> SRR1403458 1 0.3207 0.65409 0.904 0.084 0.012
#> SRR1460073 1 0.6280 0.01525 0.540 0.460 0.000
#> SRR1441850 1 0.3983 0.64455 0.852 0.144 0.004
#> SRR613759 1 0.3028 0.64647 0.920 0.048 0.032
#> SRR1472281 2 0.6168 0.42370 0.412 0.588 0.000
#> SRR1440445 3 0.5291 0.79591 0.268 0.000 0.732
#> SRR1088734 2 0.4002 0.68392 0.160 0.840 0.000
#> SRR1455607 2 0.6291 0.26109 0.468 0.532 0.000
#> SRR1077528 1 0.5905 0.37417 0.648 0.352 0.000
#> SRR1364695 3 0.5678 0.74002 0.316 0.000 0.684
#> SRR1348226 1 0.4555 0.61289 0.800 0.200 0.000
#> SRR1313560 2 0.6062 0.47121 0.384 0.616 0.000
#> SRR1092889 2 0.1860 0.69906 0.052 0.948 0.000
#> SRR1352213 3 0.5016 0.81908 0.240 0.000 0.760
#> SRR2185233 2 0.2261 0.69787 0.068 0.932 0.000
#> SRR1353970 1 0.3091 0.65341 0.912 0.072 0.016
#> SRR662641 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 1 0.3356 0.63649 0.908 0.036 0.056
#> SRR660366 1 0.5216 0.54500 0.740 0.260 0.000
#> SRR655423 2 0.6267 0.32774 0.452 0.548 0.000
#> SRR821183 2 0.1860 0.69906 0.052 0.948 0.000
#> SRR1323512 2 0.6192 0.40563 0.420 0.580 0.000
#> SRR1325247 1 0.6111 0.25557 0.604 0.396 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 1 0.4351 0.63534 0.828 0.168 0.004
#> SRR1318484 2 0.5363 0.61199 0.276 0.724 0.000
#> SRR1322395 1 0.4346 0.62414 0.816 0.184 0.000
#> SRR1378131 2 0.5465 0.60128 0.288 0.712 0.000
#> SRR1325464 1 0.4555 0.61260 0.800 0.200 0.000
#> SRR1340280 3 0.5968 0.65074 0.364 0.000 0.636
#> SRR1455842 2 0.5988 0.50738 0.368 0.632 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.4465 0.63146 0.820 0.176 0.004
#> SRR662763 1 0.6309 -0.13239 0.504 0.496 0.000
#> SRR661120 1 0.5431 0.49978 0.716 0.284 0.000
#> SRR601613 1 0.4002 0.63331 0.840 0.160 0.000
#> SRR811535 1 0.3695 0.65436 0.880 0.108 0.012
#> SRR820316 2 0.6215 0.38584 0.428 0.572 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.5058 0.56670 0.756 0.244 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 2 0.6309 0.15971 0.496 0.504 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 2 0.6308 0.17837 0.492 0.508 0.000
#> SRR1339921 1 0.4291 0.45575 0.820 0.000 0.180
#> SRR664743 2 0.4178 0.67569 0.172 0.828 0.000
#> SRR1339199 2 0.1031 0.69753 0.024 0.976 0.000
#> SRR1355660 1 0.3619 0.52763 0.864 0.000 0.136
#> SRR1481012 1 0.3755 0.65179 0.872 0.120 0.008
#> SRR603449 1 0.5926 0.00239 0.644 0.000 0.356
#> SRR1400889 1 0.3610 0.65460 0.888 0.096 0.016
#> SRR808808 1 0.4007 0.62559 0.880 0.036 0.084
#> SRR656288 1 0.4293 0.63656 0.832 0.164 0.004
#> SRR1405886 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487233 2 0.1860 0.69845 0.052 0.948 0.000
#> SRR662043 1 0.3618 0.58482 0.884 0.012 0.104
#> SRR1381211 2 0.0424 0.69432 0.008 0.992 0.000
#> SRR1379365 2 0.6260 0.33981 0.448 0.552 0.000
#> SRR1384852 2 0.6225 0.37736 0.432 0.568 0.000
#> SRR1430357 2 0.1860 0.70049 0.052 0.948 0.000
#> SRR2164847 2 0.2261 0.69787 0.068 0.932 0.000
#> SRR807901 2 0.6308 0.17837 0.492 0.508 0.000
#> SRR816064 2 0.6260 0.33804 0.448 0.552 0.000
#> SRR810507 1 0.3459 0.59370 0.892 0.012 0.096
#> SRR1358582 1 0.5098 0.32897 0.752 0.000 0.248
#> SRR1349893 1 0.4399 0.62145 0.812 0.188 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.4555 0.61314 0.800 0.200 0.000
#> SRR662749 1 0.5178 0.30747 0.744 0.000 0.256
#> SRR1342701 1 0.3589 0.64018 0.900 0.052 0.048
#> SRR1343653 2 0.2711 0.69846 0.088 0.912 0.000
#> SRR1336134 2 0.6180 0.41376 0.416 0.584 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 2 0.6308 0.17837 0.492 0.508 0.000
#> SRR811145 1 0.3375 0.65374 0.892 0.100 0.008
#> SRR615359 2 0.4702 0.65531 0.212 0.788 0.000
#> SRR1075997 2 0.0237 0.69319 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090483 1 0.5905 0.37417 0.648 0.352 0.000
#> SRR1388698 1 0.5497 0.49353 0.708 0.292 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.2356 0.69982 0.072 0.928 0.000
#> SRR1388419 1 0.6126 0.21831 0.600 0.400 0.000
#> SRR1442250 2 0.6111 0.45250 0.396 0.604 0.000
#> SRR1430679 2 0.3879 0.68713 0.152 0.848 0.000
#> SRR1311109 2 0.4178 0.67569 0.172 0.828 0.000
#> SRR1478990 2 0.3412 0.69517 0.124 0.876 0.000
#> SRR1392434 2 0.3752 0.68929 0.144 0.856 0.000
#> SRR1085925 1 0.4555 0.61218 0.800 0.200 0.000
#> SRR820655 1 0.4346 0.62414 0.816 0.184 0.000
#> SRR1383937 2 0.5859 0.53901 0.344 0.656 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 1 0.6302 -0.06781 0.520 0.480 0.000
#> SRR1451778 1 0.6299 -0.05359 0.524 0.476 0.000
#> SRR657089 3 0.5465 0.77545 0.288 0.000 0.712
#> SRR1395659 1 0.6286 0.00186 0.536 0.464 0.000
#> SRR1385716 3 0.5291 0.79591 0.268 0.000 0.732
#> SRR1466109 2 0.6274 0.31885 0.456 0.544 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 2 0.5760 0.55881 0.328 0.672 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR661806 2 0.5882 0.53438 0.348 0.652 0.000
#> SRR1334919 3 0.5098 0.81298 0.248 0.000 0.752
#> SRR599249 1 0.2496 0.61391 0.928 0.004 0.068
#> SRR810051 2 0.1031 0.69771 0.024 0.976 0.000
#> SRR1407202 2 0.6286 0.27719 0.464 0.536 0.000
#> SRR1434399 1 0.5216 0.54820 0.740 0.260 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.3669 0.63657 0.896 0.040 0.064
#> SRR1382508 3 0.6154 0.58471 0.408 0.000 0.592
#> SRR1405028 1 0.4291 0.61962 0.820 0.180 0.000
#> SRR612719 1 0.3888 0.63650 0.888 0.048 0.064
#> SRR1340617 2 0.1529 0.69943 0.040 0.960 0.000
#> SRR1448183 1 0.4164 0.64384 0.848 0.144 0.008
#> SRR1362488 2 0.0892 0.69678 0.020 0.980 0.000
#> SRR1361156 1 0.6111 0.25557 0.604 0.396 0.000
#> SRR1454374 1 0.3713 0.65274 0.892 0.076 0.032
#> SRR811891 1 0.2400 0.61755 0.932 0.004 0.064
#> SRR1477837 1 0.3752 0.59752 0.884 0.020 0.096
#> SRR607252 1 0.5216 0.54820 0.740 0.260 0.000
#> SRR1418946 1 0.5058 0.56185 0.756 0.244 0.000
#> SRR1456567 2 0.4555 0.66486 0.200 0.800 0.000
#> SRR1487425 2 0.3752 0.68929 0.144 0.856 0.000
#> SRR1335627 1 0.6286 0.00186 0.536 0.464 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 1 0.6280 0.00726 0.540 0.460 0.000
#> SRR1447673 1 0.6299 -0.07897 0.524 0.476 0.000
#> SRR815735 1 0.5431 0.50901 0.716 0.284 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.4189 0.64750 0.876 0.068 0.056
#> SRR656300 1 0.6062 0.29204 0.616 0.384 0.000
#> SRR659983 1 0.6295 -0.05010 0.528 0.472 0.000
#> SRR1402414 1 0.6291 -0.01353 0.532 0.468 0.000
#> SRR614215 2 0.6309 0.14691 0.500 0.500 0.000
#> SRR659283 1 0.2599 0.64986 0.932 0.052 0.016
#> SRR1459956 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.4164 0.64559 0.848 0.144 0.008
#> SRR1403390 3 0.5678 0.73870 0.316 0.000 0.684
#> SRR1452741 1 0.4209 0.57512 0.860 0.020 0.120
#> SRR1458484 3 0.5098 0.81298 0.248 0.000 0.752
#> SRR1387091 2 0.6299 0.22849 0.476 0.524 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.3879 0.68681 0.152 0.848 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.3356 0.64786 0.908 0.056 0.036
#> SRR1406069 1 0.6192 0.18134 0.580 0.420 0.000
#> SRR1419829 1 0.6286 0.00186 0.536 0.464 0.000
#> SRR1434315 1 0.3356 0.64786 0.908 0.056 0.036
#> SRR658457 2 0.5621 0.57679 0.308 0.692 0.000
#> SRR1367849 2 0.6244 0.34772 0.440 0.560 0.000
#> SRR1320939 1 0.4002 0.63331 0.840 0.160 0.000
#> SRR656588 1 0.5678 0.13190 0.684 0.000 0.316
#> SRR599025 1 0.3755 0.65159 0.872 0.120 0.008
#> SRR1401446 1 0.4399 0.61879 0.864 0.044 0.092
#> SRR1398311 2 0.0237 0.69289 0.004 0.996 0.000
#> SRR1442149 1 0.4796 0.38401 0.780 0.000 0.220
#> SRR809137 1 0.3896 0.64607 0.888 0.060 0.052
#> SRR1414982 2 0.4399 0.67111 0.188 0.812 0.000
#> SRR600852 1 0.4235 0.47079 0.824 0.000 0.176
#> SRR1414857 2 0.5058 0.63744 0.244 0.756 0.000
#> SRR1321225 1 0.4399 0.61879 0.864 0.044 0.092
#> SRR1069802 1 0.4931 0.36063 0.768 0.000 0.232
#> SRR1077643 2 0.0747 0.69388 0.016 0.984 0.000
#> SRR1334154 1 0.6309 -0.14508 0.500 0.500 0.000
#> SRR1390072 2 0.3340 0.69524 0.120 0.880 0.000
#> SRR1467612 2 0.1860 0.70023 0.052 0.948 0.000
#> SRR1430133 1 0.6280 0.00726 0.540 0.460 0.000
#> SRR1468595 1 0.3293 0.65435 0.900 0.088 0.012
#> SRR1351931 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 1 0.3253 0.64351 0.912 0.052 0.036
#> SRR1311243 1 0.4121 0.63337 0.832 0.168 0.000
#> SRR1385235 1 0.4629 0.62327 0.808 0.188 0.004
#> SRR1469638 2 0.6079 0.47283 0.388 0.612 0.000
#> SRR662150 1 0.6295 -0.05010 0.528 0.472 0.000
#> SRR1400290 1 0.6302 -0.33375 0.520 0.000 0.480
#> SRR1084892 2 0.6192 0.40395 0.420 0.580 0.000
#> SRR1416166 1 0.4002 0.63331 0.840 0.160 0.000
#> SRR1477015 3 0.5016 0.81908 0.240 0.000 0.760
#> SRR1380501 1 0.3589 0.64018 0.900 0.052 0.048
#> SRR1446156 1 0.6225 0.13082 0.568 0.432 0.000
#> SRR1488328 2 0.0237 0.69319 0.004 0.996 0.000
#> SRR1086889 2 0.3192 0.69623 0.112 0.888 0.000
#> SRR814611 1 0.3607 0.56845 0.880 0.008 0.112
#> SRR599086 1 0.4233 0.63953 0.836 0.160 0.004
#> SRR1086844 1 0.5926 0.00239 0.644 0.000 0.356
#> SRR1464535 1 0.5529 0.48846 0.704 0.296 0.000
#> SRR807877 2 0.5650 0.57767 0.312 0.688 0.000
#> SRR1477033 1 0.6180 -0.19916 0.584 0.000 0.416
#> SRR1335164 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 3 0.5216 0.80430 0.260 0.000 0.740
#> SRR1446226 1 0.5098 0.32897 0.752 0.000 0.248
#> SRR659637 2 0.5948 0.51658 0.360 0.640 0.000
#> SRR600474 1 0.3369 0.64041 0.908 0.040 0.052
#> SRR1307699 1 0.5859 0.04612 0.656 0.000 0.344
#> SRR1312540 1 0.5431 0.50901 0.716 0.284 0.000
#> SRR1323628 1 0.6286 -0.00355 0.536 0.464 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 1 0.5882 0.38272 0.652 0.348 0.000
#> SRR1366855 2 0.5948 0.51470 0.360 0.640 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 1 0.6302 -0.33375 0.520 0.000 0.480
#> SRR1434093 1 0.4174 0.61590 0.872 0.036 0.092
#> SRR1341408 2 0.0000 0.69194 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 2 0.1411 0.69804 0.036 0.964 0.000
#> SRR1321420 1 0.4974 0.57639 0.764 0.236 0.000
#> SRR1329177 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398371 2 0.5058 0.63506 0.244 0.756 0.000
#> SRR614996 1 0.4605 0.60918 0.796 0.204 0.000
#> SRR1431602 2 0.5859 0.53901 0.344 0.656 0.000
#> SRR1311509 2 0.6286 0.28018 0.464 0.536 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.4974 0.64495 0.236 0.764 0.000
#> SRR1469591 1 0.6302 -0.33375 0.520 0.000 0.480
#> SRR1392813 1 0.6126 0.24417 0.600 0.400 0.000
#> SRR1453026 2 0.6180 0.41376 0.416 0.584 0.000
#> SRR1388105 1 0.3253 0.64351 0.912 0.052 0.036
#> SRR1357558 1 0.5706 0.13461 0.680 0.000 0.320
#> SRR615898 3 0.0000 0.91286 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.4585 0.63213 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1468613 1 0.4134 0.68221 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR815184 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.3528 0.40181 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1467904 3 0.4522 0.68868 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1442648 4 0.3978 0.70975 0.012 0.192 0.000 0.796
#> SRR1486174 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 1 0.4977 0.41696 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1321283 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 4 0.4866 -0.00546 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1435584 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.4977 0.44184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1366367 2 0.5161 0.09866 0.004 0.520 0.000 0.476
#> SRR1458026 4 0.4552 0.73650 0.044 0.172 0.000 0.784
#> SRR1094192 2 0.3024 0.77140 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1397180 4 0.4986 0.69918 0.044 0.216 0.000 0.740
#> SRR657492 4 0.3711 0.74009 0.024 0.140 0.000 0.836
#> SRR662665 1 0.4941 0.45254 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR818530 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0188 0.84388 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613462 4 0.4522 0.34070 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1405206 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454136 4 0.2988 0.75453 0.012 0.112 0.000 0.876
#> SRR1380785 4 0.1118 0.73387 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR612875 4 0.4855 0.61915 0.020 0.268 0.000 0.712
#> SRR808327 2 0.0469 0.84337 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1355194 4 0.1118 0.73387 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1408227 2 0.0188 0.84388 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1086304 1 0.1545 0.66470 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1080415 1 0.2546 0.70243 0.900 0.000 0.008 0.092
#> SRR1086140 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.3105 0.54944 0.868 0.000 0.120 0.012
#> SRR1310563 1 0.2032 0.63986 0.936 0.000 0.036 0.028
#> SRR602437 1 0.4992 0.40762 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR663404 4 0.0817 0.73528 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1337238 1 0.4967 0.45556 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1360442 4 0.2563 0.73422 0.072 0.020 0.000 0.908
#> SRR1356487 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.4228 0.69755 0.760 0.000 0.008 0.232
#> SRR1442686 1 0.4985 0.42399 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1345736 1 0.1610 0.65266 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR1345827 2 0.1118 0.83658 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1367456 4 0.4776 0.39194 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1072650 1 0.4356 0.66787 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1446393 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 4 0.4608 0.38378 0.304 0.004 0.000 0.692
#> SRR1383960 4 0.4560 0.56850 0.004 0.296 0.000 0.700
#> SRR600924 1 0.2480 0.70002 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR662390 4 0.3813 0.73678 0.024 0.148 0.000 0.828
#> SRR1071692 1 0.3649 0.38253 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR658421 4 0.3128 0.74313 0.076 0.040 0.000 0.884
#> SRR1352936 3 0.4972 0.53198 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR598148 1 0.3873 0.69300 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1444390 2 0.0707 0.84249 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1444644 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389777 4 0.1389 0.72747 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR603918 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 4 0.4793 0.60055 0.204 0.040 0.000 0.756
#> SRR1490505 2 0.1792 0.82301 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1343859 1 0.2760 0.71305 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1075631 2 0.5143 0.18241 0.004 0.540 0.000 0.456
#> SRR1444954 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479286 4 0.4134 0.48935 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1381524 3 0.4888 0.61030 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.4008 0.68823 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1358482 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658331 3 0.4907 0.59542 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR810619 2 0.0188 0.84388 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR600829 1 0.4992 0.39192 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR599380 1 0.4585 0.63213 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1337388 1 0.4679 0.62011 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR2185195 4 0.0817 0.73528 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1489693 1 0.1452 0.66116 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1318662 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.2662 0.58081 0.900 0.000 0.084 0.016
#> SRR1384805 4 0.4883 0.59666 0.016 0.288 0.000 0.696
#> SRR661337 4 0.3015 0.75513 0.024 0.092 0.000 0.884
#> SRR601239 1 0.4697 0.60437 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1468995 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.4961 0.46381 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1330944 4 0.4297 0.74304 0.084 0.096 0.000 0.820
#> SRR1419453 3 0.0469 0.86282 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.4356 0.66270 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR660756 2 0.0188 0.84388 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1093269 2 0.4134 0.64853 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1341456 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 4 0.3895 0.71671 0.012 0.184 0.000 0.804
#> SRR816358 1 0.4972 0.45074 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR658283 4 0.0921 0.73485 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR813728 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.1610 0.65266 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR1308200 2 0.0469 0.84368 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1432366 4 0.5097 0.26496 0.004 0.428 0.000 0.568
#> SRR1087992 1 0.1520 0.64147 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1405593 4 0.4454 0.38820 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1326040 1 0.4992 0.39358 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1312725 1 0.4382 0.66257 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1478189 1 0.3649 0.38253 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1488632 4 0.3088 0.74932 0.008 0.128 0.000 0.864
#> SRR1398706 4 0.1902 0.72543 0.064 0.004 0.000 0.932
#> SRR1368794 2 0.0707 0.84202 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1392749 2 0.4164 0.64424 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR603968 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815661 4 0.4866 -0.00546 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR663100 2 0.5212 0.34961 0.008 0.572 0.000 0.420
#> SRR661229 4 0.0817 0.73528 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR655792 1 0.1624 0.63374 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR663705 4 0.3626 0.63425 0.184 0.004 0.000 0.812
#> SRR1464281 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.4957 0.54285 0.012 0.320 0.000 0.668
#> SRR1331444 1 0.3080 0.57807 0.880 0.000 0.096 0.024
#> SRR1439958 2 0.4431 0.58416 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1384917 4 0.3401 0.73645 0.008 0.152 0.000 0.840
#> SRR1435182 4 0.4283 0.64011 0.004 0.256 0.000 0.740
#> SRR1477569 1 0.4998 0.37395 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR602461 1 0.4981 0.43104 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1334338 1 0.2089 0.61765 0.932 0.000 0.048 0.020
#> SRR1354710 1 0.3048 0.55407 0.876 0.000 0.108 0.016
#> SRR613510 1 0.2408 0.70092 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR663014 2 0.4872 0.50708 0.004 0.640 0.000 0.356
#> SRR1417960 4 0.4171 0.71353 0.116 0.060 0.000 0.824
#> SRR1474730 3 0.0188 0.86574 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657695 4 0.3286 0.75803 0.044 0.080 0.000 0.876
#> SRR1357650 4 0.4274 0.74839 0.044 0.148 0.000 0.808
#> SRR1472237 4 0.2408 0.69871 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1470816 4 0.3494 0.72772 0.004 0.172 0.000 0.824
#> SRR1458358 1 0.2741 0.56367 0.892 0.000 0.096 0.012
#> SRR614683 4 0.2813 0.75679 0.024 0.080 0.000 0.896
#> SRR1318998 3 0.4790 0.64160 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1392795 4 0.4274 0.74839 0.044 0.148 0.000 0.808
#> SRR1469859 1 0.4134 0.68221 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1378243 2 0.0336 0.84333 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1360587 4 0.4883 0.59666 0.016 0.288 0.000 0.696
#> SRR604230 4 0.3569 0.57626 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1347667 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 4 0.4055 0.74736 0.060 0.108 0.000 0.832
#> SRR665514 4 0.1004 0.73735 0.024 0.004 0.000 0.972
#> SRR1454522 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.3831 0.59224 0.204 0.004 0.000 0.792
#> SRR1429802 1 0.4679 0.60272 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1345436 1 0.3764 0.69718 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1433684 1 0.4992 0.39192 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR613186 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.4744 0.59206 0.012 0.284 0.000 0.704
#> SRR1417766 2 0.4431 0.58416 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1420606 1 0.3219 0.70824 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1326687 1 0.4817 0.56367 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1458973 3 0.4522 0.69629 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1309856 4 0.4744 0.59206 0.012 0.284 0.000 0.704
#> SRR1102756 4 0.3479 0.74068 0.012 0.148 0.000 0.840
#> SRR1366519 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.4163 0.71209 0.020 0.188 0.000 0.792
#> SRR1391789 4 0.4535 0.57423 0.004 0.292 0.000 0.704
#> SRR1402195 4 0.1978 0.75167 0.004 0.068 0.000 0.928
#> SRR1429516 4 0.4986 0.69918 0.044 0.216 0.000 0.740
#> SRR1406662 4 0.2647 0.69585 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1333414 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 4 0.4163 0.71209 0.020 0.188 0.000 0.792
#> SRR1342916 1 0.4356 0.66270 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1362824 4 0.3803 0.74951 0.032 0.132 0.000 0.836
#> SRR1455326 1 0.4406 0.66098 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1349956 1 0.4228 0.69755 0.760 0.000 0.008 0.232
#> SRR1409487 2 0.5161 0.09866 0.004 0.520 0.000 0.476
#> SRR1434568 4 0.4274 0.73678 0.108 0.072 0.000 0.820
#> SRR1341965 4 0.3942 0.53611 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1473505 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0188 0.84388 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435501 4 0.3711 0.74009 0.024 0.140 0.000 0.836
#> SRR1452491 2 0.4500 0.56439 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1397329 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.4817 0.08955 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1418390 4 0.3616 0.75775 0.036 0.112 0.000 0.852
#> SRR608480 1 0.3539 0.71225 0.820 0.000 0.004 0.176
#> SRR598589 1 0.2174 0.66990 0.928 0.000 0.020 0.052
#> SRR601868 1 0.4164 0.24836 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR607313 1 0.4992 0.40762 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR812222 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.5105 0.25001 0.004 0.432 0.000 0.564
#> SRR1455503 2 0.4989 0.11685 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR810737 4 0.4300 0.74046 0.088 0.092 0.000 0.820
#> SRR1347500 1 0.4697 0.60682 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1443182 4 0.3668 0.61637 0.188 0.004 0.000 0.808
#> SRR1457872 2 0.0188 0.84363 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658481 2 0.5212 0.34961 0.008 0.572 0.000 0.420
#> SRR1406243 1 0.4761 0.58350 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1332607 3 0.0188 0.86574 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR656433 1 0.3448 0.45202 0.828 0.000 0.168 0.004
#> SRR1420811 2 0.4277 0.62395 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1308674 4 0.3217 0.75092 0.012 0.128 0.000 0.860
#> SRR1338363 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.4431 0.58416 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1321608 2 0.0188 0.84388 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441464 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.3037 0.56883 0.880 0.000 0.100 0.020
#> SRR1338171 4 0.3808 0.72089 0.012 0.176 0.000 0.812
#> SRR604174 1 0.4817 0.54607 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1345221 4 0.4866 -0.00546 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR815517 1 0.2032 0.63986 0.936 0.000 0.036 0.028
#> SRR615970 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.4356 0.66787 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1383125 1 0.4500 0.65133 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1331013 4 0.4697 0.19165 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1419638 1 0.1890 0.67606 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR1434975 4 0.4522 0.34070 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1445741 4 0.1902 0.72543 0.064 0.004 0.000 0.932
#> SRR1088142 4 0.4522 0.33708 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR604206 4 0.1151 0.73942 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR1358779 3 0.4804 0.63981 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1473142 2 0.4989 0.11841 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1410334 4 0.3668 0.70225 0.004 0.188 0.000 0.808
#> SRR1352234 4 0.3539 0.62708 0.176 0.004 0.000 0.820
#> SRR1487807 4 0.3668 0.61637 0.188 0.004 0.000 0.808
#> SRR1489715 4 0.2988 0.75453 0.012 0.112 0.000 0.876
#> SRR1364780 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.4304 0.66919 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR813915 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.4222 0.67051 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1325504 1 0.4522 0.64398 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1436490 4 0.1902 0.72543 0.064 0.004 0.000 0.932
#> SRR1316725 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 4 0.4164 0.48569 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1354599 1 0.4500 0.65133 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1406599 4 0.4509 0.58256 0.004 0.288 0.000 0.708
#> SRR1308696 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.3448 0.45202 0.828 0.000 0.168 0.004
#> SRR812649 1 0.4977 0.41696 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1366690 4 0.5126 -0.04888 0.444 0.004 0.000 0.552
#> SRR1317707 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.4500 0.56778 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1442487 4 0.3217 0.75092 0.012 0.128 0.000 0.860
#> SRR1069690 2 0.0592 0.84285 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1319344 4 0.3539 0.71300 0.004 0.176 0.000 0.820
#> SRR1332835 4 0.3718 0.72816 0.012 0.168 0.000 0.820
#> SRR1334694 4 0.3444 0.60969 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1478434 4 0.4231 0.74461 0.080 0.096 0.000 0.824
#> SRR1479933 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661192 4 0.1970 0.73188 0.060 0.008 0.000 0.932
#> SRR1384827 1 0.2408 0.70092 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR814587 2 0.0188 0.84363 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656899 4 0.1209 0.74659 0.004 0.032 0.000 0.964
#> SRR1088340 4 0.5060 0.30921 0.004 0.412 0.000 0.584
#> SRR1349772 1 0.4761 0.58350 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1317305 1 0.3032 0.53808 0.868 0.000 0.124 0.008
#> SRR1442273 4 0.4781 0.50094 0.004 0.336 0.000 0.660
#> SRR1407470 4 0.4934 0.64811 0.028 0.252 0.000 0.720
#> SRR1490289 4 0.2216 0.70745 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1093649 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.4830 0.63239 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1447652 1 0.2198 0.68973 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1324545 4 0.4781 0.50083 0.004 0.336 0.000 0.660
#> SRR2170537 4 0.0817 0.73528 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR602106 3 0.4855 0.62336 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR615335 1 0.4992 0.39192 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1321505 1 0.4992 0.39805 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1457768 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.4193 0.46304 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR657903 4 0.1209 0.74659 0.004 0.032 0.000 0.964
#> SRR1403458 1 0.4356 0.66270 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1460073 4 0.2563 0.73422 0.072 0.020 0.000 0.908
#> SRR1441850 1 0.4679 0.60272 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR613759 1 0.3688 0.70785 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1472281 4 0.4877 0.71109 0.044 0.204 0.000 0.752
#> SRR1440445 3 0.4907 0.59542 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1088734 2 0.4978 0.41619 0.004 0.612 0.000 0.384
#> SRR1455607 4 0.4499 0.74906 0.072 0.124 0.000 0.804
#> SRR1077528 4 0.4134 0.48935 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1364695 3 0.5147 0.50884 0.460 0.000 0.536 0.004
#> SRR1348226 1 0.4992 0.39192 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1313560 4 0.4088 0.65355 0.004 0.232 0.000 0.764
#> SRR1092889 2 0.4008 0.68823 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1352213 3 0.4830 0.63239 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR2185233 2 0.4018 0.70751 0.004 0.772 0.000 0.224
#> SRR1353970 1 0.4193 0.68164 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR662641 2 0.0188 0.84388 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR817825 1 0.2921 0.71338 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR660366 4 0.4830 0.06657 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR655423 4 0.3080 0.75533 0.024 0.096 0.000 0.880
#> SRR821183 2 0.4008 0.68823 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1323512 4 0.3895 0.72064 0.012 0.184 0.000 0.804
#> SRR1325247 4 0.3539 0.62708 0.176 0.004 0.000 0.820
#> SRR1351583 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.4948 0.46491 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1318484 4 0.5088 0.27919 0.004 0.424 0.000 0.572
#> SRR1322395 1 0.4981 0.43104 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1378131 4 0.5060 0.29616 0.004 0.412 0.000 0.584
#> SRR1325464 1 0.4998 0.37395 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1340280 1 0.4996 -0.42402 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1455842 4 0.4857 0.60151 0.016 0.284 0.000 0.700
#> SRR1352619 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.4961 0.46290 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR662763 4 0.4130 0.74559 0.064 0.108 0.000 0.828
#> SRR661120 4 0.4543 0.31763 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR601613 1 0.4855 0.52859 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR811535 1 0.4624 0.62439 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR820316 4 0.3711 0.74009 0.024 0.140 0.000 0.836
#> SRR1368616 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 4 0.4941 -0.12350 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1365700 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604122 4 0.1356 0.74745 0.008 0.032 0.000 0.960
#> SRR598509 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397052 4 0.1209 0.74659 0.004 0.032 0.000 0.964
#> SRR1339921 1 0.2089 0.61765 0.932 0.000 0.048 0.020
#> SRR664743 2 0.5212 0.34961 0.008 0.572 0.000 0.420
#> SRR1339199 2 0.1637 0.82754 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1355660 1 0.1610 0.65266 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR1481012 1 0.4605 0.63279 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR603449 1 0.3649 0.38253 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1400889 1 0.4431 0.65857 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR808808 1 0.3324 0.71395 0.852 0.000 0.012 0.136
#> SRR656288 1 0.4933 0.49674 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1405886 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.4072 0.67804 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR662043 1 0.2610 0.69847 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1381211 2 0.0707 0.84202 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1379365 4 0.4274 0.74839 0.044 0.148 0.000 0.808
#> SRR1384852 4 0.3718 0.72816 0.012 0.168 0.000 0.820
#> SRR1430357 2 0.2868 0.77942 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR2164847 2 0.4018 0.70751 0.004 0.772 0.000 0.224
#> SRR807901 4 0.1209 0.74659 0.004 0.032 0.000 0.964
#> SRR816064 4 0.3015 0.75513 0.024 0.092 0.000 0.884
#> SRR810507 1 0.2546 0.70243 0.900 0.000 0.008 0.092
#> SRR1358582 1 0.2928 0.54837 0.880 0.000 0.108 0.012
#> SRR1349893 1 0.4967 0.45253 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1444722 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.4992 0.39358 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR662749 1 0.3047 0.53780 0.872 0.000 0.116 0.012
#> SRR1342701 1 0.3219 0.70824 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1343653 2 0.2973 0.76599 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1336134 4 0.3852 0.71858 0.012 0.180 0.000 0.808
#> SRR654940 2 0.0188 0.84388 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1098288 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 4 0.1209 0.74659 0.004 0.032 0.000 0.964
#> SRR811145 1 0.4543 0.64428 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR615359 2 0.5168 0.06010 0.004 0.500 0.000 0.496
#> SRR1075997 2 0.0469 0.84368 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1090483 4 0.4134 0.48935 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1388698 4 0.4454 0.38820 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1312482 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.2973 0.76898 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1388419 4 0.3123 0.65899 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1442250 4 0.3539 0.71300 0.004 0.176 0.000 0.820
#> SRR1430679 2 0.4679 0.49327 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1311109 2 0.5212 0.34961 0.008 0.572 0.000 0.420
#> SRR1478990 2 0.4277 0.61896 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1392434 2 0.4661 0.49497 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1085925 4 0.5000 -0.33802 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR820655 1 0.4981 0.43104 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1383937 4 0.4963 0.59613 0.020 0.284 0.000 0.696
#> SRR1315393 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 4 0.1059 0.74005 0.016 0.012 0.000 0.972
#> SRR1451778 4 0.0707 0.73431 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR657089 3 0.4948 0.56034 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1395659 4 0.1902 0.72600 0.064 0.004 0.000 0.932
#> SRR1385716 3 0.4907 0.59542 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1466109 4 0.2882 0.75495 0.024 0.084 0.000 0.892
#> SRR1080977 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 4 0.5213 0.52056 0.020 0.328 0.000 0.652
#> SRR1485078 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661806 4 0.4509 0.58370 0.004 0.288 0.000 0.708
#> SRR1334919 3 0.4855 0.62336 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR599249 1 0.2281 0.71044 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR810051 2 0.1118 0.83658 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1407202 4 0.2611 0.75858 0.008 0.096 0.000 0.896
#> SRR1434399 4 0.4866 -0.00546 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1330965 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.3591 0.71348 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR1382508 1 0.5126 -0.30010 0.552 0.000 0.444 0.004
#> SRR1405028 1 0.5080 0.48450 0.576 0.004 0.000 0.420
#> SRR612719 1 0.3074 0.71112 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1340617 2 0.2408 0.79884 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1448183 1 0.4855 0.54223 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1362488 2 0.1389 0.83244 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1361156 4 0.3539 0.62708 0.176 0.004 0.000 0.820
#> SRR1454374 1 0.4164 0.67952 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR811891 1 0.2408 0.71359 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1477837 1 0.2197 0.69102 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR607252 4 0.4866 -0.00546 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1418946 4 0.4941 -0.10595 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1456567 2 0.4898 0.30467 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1487425 2 0.4661 0.49497 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1335627 4 0.1902 0.72600 0.064 0.004 0.000 0.932
#> SRR1327680 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 4 0.1118 0.73387 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1447673 4 0.4274 0.73678 0.108 0.072 0.000 0.820
#> SRR815735 4 0.4522 0.33708 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1404251 2 0.0188 0.84388 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR601645 1 0.3764 0.70253 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR656300 4 0.3172 0.63653 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR659983 4 0.1151 0.73942 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR1402414 4 0.1824 0.72764 0.060 0.004 0.000 0.936
#> SRR614215 4 0.1151 0.74415 0.008 0.024 0.000 0.968
#> SRR659283 1 0.4040 0.69211 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1459956 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.4855 0.54936 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1403390 3 0.4985 0.50511 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1452741 1 0.2179 0.68100 0.924 0.000 0.012 0.064
#> SRR1458484 3 0.4855 0.62336 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1387091 4 0.4514 0.74472 0.056 0.148 0.000 0.796
#> SRR1358017 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.4522 0.54978 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1376539 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.4228 0.69755 0.760 0.000 0.008 0.232
#> SRR1406069 4 0.3763 0.67477 0.144 0.024 0.000 0.832
#> SRR1419829 4 0.1902 0.72600 0.064 0.004 0.000 0.932
#> SRR1434315 1 0.4228 0.69755 0.760 0.000 0.008 0.232
#> SRR658457 4 0.4800 0.43430 0.004 0.340 0.000 0.656
#> SRR1367849 4 0.4459 0.72109 0.032 0.188 0.000 0.780
#> SRR1320939 1 0.4855 0.52859 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR656588 1 0.3448 0.45202 0.828 0.000 0.168 0.004
#> SRR599025 1 0.4697 0.60437 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1401446 1 0.2408 0.70092 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1398311 2 0.0336 0.84333 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1442149 1 0.2662 0.58081 0.900 0.000 0.084 0.016
#> SRR809137 1 0.3908 0.70438 0.784 0.000 0.004 0.212
#> SRR1414982 2 0.4855 0.35595 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR600852 1 0.2002 0.62378 0.936 0.000 0.044 0.020
#> SRR1414857 2 0.5168 -0.00954 0.004 0.500 0.000 0.496
#> SRR1321225 1 0.2408 0.70092 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1069802 1 0.2676 0.56944 0.896 0.000 0.092 0.012
#> SRR1077643 2 0.2281 0.80821 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1334154 4 0.4297 0.74263 0.084 0.096 0.000 0.820
#> SRR1390072 2 0.4500 0.56439 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1467612 2 0.2530 0.79718 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1430133 4 0.1118 0.73387 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1468595 1 0.4431 0.65777 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1351931 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 1 0.3400 0.70652 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1311243 1 0.4933 0.49230 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1385235 1 0.4989 0.41375 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1469638 4 0.3982 0.68424 0.004 0.220 0.000 0.776
#> SRR662150 4 0.1151 0.73942 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR1400290 1 0.4564 0.05274 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1084892 4 0.3764 0.72399 0.012 0.172 0.000 0.816
#> SRR1416166 1 0.4855 0.52859 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1477015 3 0.4830 0.63239 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1380501 1 0.3219 0.70824 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1446156 4 0.2216 0.70745 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1488328 2 0.0469 0.84368 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1086889 2 0.4331 0.61149 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR814611 1 0.1661 0.67431 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR599086 1 0.4866 0.53759 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1086844 1 0.3649 0.38253 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1464535 4 0.4713 0.22026 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR807877 4 0.4872 0.46394 0.004 0.356 0.000 0.640
#> SRR1477033 1 0.4164 0.24836 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.4888 0.61030 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1446226 1 0.2928 0.54837 0.880 0.000 0.108 0.012
#> SRR659637 4 0.4983 0.61127 0.024 0.272 0.000 0.704
#> SRR600474 1 0.3668 0.71047 0.808 0.000 0.004 0.188
#> SRR1307699 1 0.3528 0.40181 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1312540 4 0.4522 0.33708 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1323628 4 0.2489 0.73577 0.068 0.020 0.000 0.912
#> SRR1430951 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.4250 0.45882 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1366855 4 0.5085 0.64290 0.032 0.260 0.000 0.708
#> SRR1077115 2 0.0188 0.84363 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1399990 1 0.4564 0.05274 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1434093 1 0.2281 0.69840 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1341408 2 0.0000 0.84327 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612335 2 0.1792 0.82195 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1321420 4 0.4989 -0.24139 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1329177 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.4981 0.08599 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR614996 1 0.4994 0.38155 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1431602 4 0.4963 0.59613 0.020 0.284 0.000 0.696
#> SRR1311509 4 0.1978 0.75167 0.004 0.068 0.000 0.928
#> SRR1507229 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.86703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.5163 0.06765 0.004 0.480 0.000 0.516
#> SRR1469591 1 0.4564 0.05274 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1392813 4 0.3577 0.66066 0.156 0.012 0.000 0.832
#> SRR1453026 4 0.3852 0.71858 0.012 0.180 0.000 0.808
#> SRR1388105 1 0.3400 0.70652 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1357558 1 0.3266 0.44410 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR615898 3 0.0188 0.86574 0.004 0.000 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.3863 0.61557 0.772 0.000 0.000 0.200 0.028
#> SRR1468613 1 0.3366 0.60611 0.828 0.000 0.000 0.140 0.032
#> SRR815184 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.5691 -0.51281 0.476 0.000 0.080 0.000 0.444
#> SRR1467904 3 0.5584 -0.03866 0.092 0.000 0.584 0.000 0.324
#> SRR1442648 4 0.4149 0.68006 0.004 0.188 0.000 0.768 0.040
#> SRR1486174 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 1 0.5509 0.42323 0.564 0.000 0.000 0.360 0.076
#> SRR1321283 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 4 0.5895 -0.09367 0.444 0.000 0.000 0.456 0.100
#> SRR1435584 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.5390 0.45169 0.600 0.000 0.000 0.324 0.076
#> SRR1366367 2 0.4650 0.09703 0.000 0.520 0.000 0.468 0.012
#> SRR1458026 4 0.4259 0.70694 0.036 0.172 0.000 0.776 0.016
#> SRR1094192 2 0.2843 0.76781 0.000 0.848 0.000 0.144 0.008
#> SRR1397180 4 0.4654 0.67004 0.028 0.216 0.000 0.732 0.024
#> SRR657492 4 0.5951 0.62950 0.028 0.140 0.000 0.656 0.176
#> SRR662665 1 0.5343 0.43863 0.592 0.000 0.000 0.340 0.068
#> SRR818530 2 0.0162 0.84598 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR817563 2 0.0162 0.84649 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR613462 4 0.5606 0.34887 0.296 0.000 0.000 0.600 0.104
#> SRR1405206 2 0.0162 0.84598 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454136 4 0.2677 0.72414 0.000 0.112 0.000 0.872 0.016
#> SRR1380785 4 0.1750 0.71072 0.036 0.000 0.000 0.936 0.028
#> SRR612875 4 0.4516 0.60060 0.008 0.264 0.000 0.704 0.024
#> SRR808327 2 0.0404 0.84481 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1355194 4 0.1750 0.71072 0.036 0.000 0.000 0.936 0.028
#> SRR1408227 2 0.0162 0.84649 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1086304 1 0.3809 0.29680 0.736 0.000 0.000 0.008 0.256
#> SRR1080415 1 0.3675 0.41842 0.788 0.000 0.000 0.024 0.188
#> SRR1086140 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.5188 -0.07972 0.612 0.000 0.060 0.000 0.328
#> SRR1310563 1 0.4468 0.16934 0.696 0.000 0.024 0.004 0.276
#> SRR602437 1 0.5658 0.42229 0.572 0.000 0.000 0.332 0.096
#> SRR663404 4 0.3810 0.65953 0.040 0.000 0.000 0.792 0.168
#> SRR1337238 1 0.5252 0.46562 0.616 0.000 0.000 0.316 0.068
#> SRR1360442 4 0.3519 0.71568 0.068 0.020 0.000 0.852 0.060
#> SRR1356487 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.3849 0.57784 0.808 0.000 0.000 0.112 0.080
#> SRR1442686 1 0.5368 0.44237 0.596 0.000 0.000 0.332 0.072
#> SRR1345736 1 0.3452 0.28818 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1345827 2 0.0963 0.83773 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1367456 4 0.5106 0.38300 0.004 0.372 0.000 0.588 0.036
#> SRR1072650 1 0.3284 0.61127 0.828 0.000 0.000 0.148 0.024
#> SRR1446393 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 4 0.5617 0.39677 0.276 0.004 0.000 0.620 0.100
#> SRR1383960 4 0.4227 0.55327 0.000 0.292 0.000 0.692 0.016
#> SRR600924 1 0.3710 0.41325 0.784 0.000 0.000 0.024 0.192
#> SRR662390 4 0.5925 0.63855 0.028 0.148 0.000 0.660 0.164
#> SRR1071692 1 0.5778 -0.54107 0.464 0.000 0.088 0.000 0.448
#> SRR658421 4 0.5150 0.68248 0.080 0.040 0.000 0.740 0.140
#> SRR1352936 5 0.6325 0.54115 0.156 0.000 0.420 0.000 0.424
#> SRR598148 1 0.5730 0.41000 0.548 0.000 0.000 0.096 0.356
#> SRR1444390 2 0.0609 0.84293 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 4 0.2726 0.70738 0.052 0.000 0.000 0.884 0.064
#> SRR603918 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 4 0.5515 0.56816 0.224 0.040 0.000 0.680 0.056
#> SRR1490505 2 0.1638 0.82232 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1343859 1 0.4096 0.47840 0.760 0.000 0.000 0.040 0.200
#> SRR1075631 2 0.4538 0.18291 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008
#> SRR1444954 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479286 4 0.4857 0.37258 0.324 0.000 0.000 0.636 0.040
#> SRR1381524 3 0.6150 -0.44293 0.132 0.000 0.464 0.000 0.404
#> SRR1392208 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.4073 0.69262 0.000 0.752 0.000 0.216 0.032
#> SRR1358482 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658331 3 0.6097 -0.46072 0.124 0.000 0.456 0.000 0.420
#> SRR810619 2 0.0162 0.84654 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR600829 1 0.5865 0.41164 0.552 0.000 0.000 0.332 0.116
#> SRR599380 1 0.3863 0.61557 0.772 0.000 0.000 0.200 0.028
#> SRR1337388 1 0.4555 0.60864 0.732 0.000 0.000 0.200 0.068
#> SRR2185195 4 0.3810 0.65953 0.040 0.000 0.000 0.792 0.168
#> SRR1489693 1 0.3835 0.28809 0.732 0.000 0.000 0.008 0.260
#> SRR1318662 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.4015 0.03131 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1384805 4 0.4477 0.57358 0.016 0.288 0.000 0.688 0.008
#> SRR661337 4 0.5339 0.67633 0.024 0.092 0.000 0.708 0.176
#> SRR601239 1 0.3628 0.60917 0.772 0.000 0.000 0.216 0.012
#> SRR1468995 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.5235 0.47243 0.620 0.000 0.000 0.312 0.068
#> SRR1330944 4 0.4460 0.72019 0.084 0.096 0.000 0.792 0.028
#> SRR1419453 3 0.0404 0.77017 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1437208 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.2929 0.61175 0.840 0.000 0.000 0.152 0.008
#> SRR660756 2 0.0162 0.84654 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1093269 2 0.3689 0.64209 0.000 0.740 0.000 0.256 0.004
#> SRR1341456 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.3550 0.68902 0.000 0.184 0.000 0.796 0.020
#> SRR816358 1 0.6035 0.42787 0.536 0.000 0.000 0.328 0.136
#> SRR658283 4 0.1836 0.71152 0.036 0.000 0.000 0.932 0.032
#> SRR813728 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.3508 0.27794 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1308200 2 0.0404 0.84505 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1432366 4 0.4604 0.26143 0.000 0.428 0.000 0.560 0.012
#> SRR1087992 1 0.3636 0.23885 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1405593 4 0.5791 0.40444 0.260 0.000 0.000 0.600 0.140
#> SRR1326040 1 0.5865 0.41302 0.552 0.000 0.000 0.332 0.116
#> SRR1312725 1 0.3326 0.61311 0.824 0.000 0.000 0.152 0.024
#> SRR1478189 1 0.5778 -0.54107 0.464 0.000 0.088 0.000 0.448
#> SRR1488632 4 0.3779 0.71400 0.004 0.124 0.000 0.816 0.056
#> SRR1398706 4 0.2952 0.70744 0.036 0.004 0.000 0.872 0.088
#> SRR1368794 2 0.0609 0.84243 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1392749 2 0.3835 0.63574 0.000 0.732 0.000 0.260 0.008
#> SRR603968 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815661 4 0.5895 -0.09367 0.444 0.000 0.000 0.456 0.100
#> SRR663100 2 0.5940 0.41566 0.000 0.568 0.000 0.292 0.140
#> SRR661229 4 0.3810 0.65953 0.040 0.000 0.000 0.792 0.168
#> SRR655792 1 0.3730 0.20510 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR663705 4 0.4522 0.60297 0.196 0.000 0.000 0.736 0.068
#> SRR1464281 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.4635 0.51824 0.008 0.320 0.000 0.656 0.016
#> SRR1331444 1 0.4540 -0.03128 0.640 0.000 0.020 0.000 0.340
#> SRR1439958 2 0.3949 0.57876 0.000 0.696 0.000 0.300 0.004
#> SRR1384917 4 0.3821 0.69741 0.000 0.148 0.000 0.800 0.052
#> SRR1435182 4 0.3809 0.61353 0.000 0.256 0.000 0.736 0.008
#> SRR1477569 1 0.5922 0.38291 0.532 0.000 0.000 0.352 0.116
#> SRR602461 1 0.5759 0.43639 0.568 0.000 0.000 0.324 0.108
#> SRR1334338 1 0.3857 0.15835 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1354710 1 0.4613 -0.09309 0.620 0.000 0.020 0.000 0.360
#> SRR613510 1 0.4433 0.44454 0.740 0.000 0.000 0.060 0.200
#> SRR663014 2 0.5569 0.55133 0.000 0.636 0.000 0.228 0.136
#> SRR1417960 4 0.4580 0.67627 0.136 0.060 0.000 0.776 0.028
#> SRR1474730 3 0.0162 0.77764 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381269 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657695 4 0.4028 0.73611 0.032 0.076 0.000 0.824 0.068
#> SRR1357650 4 0.4115 0.71887 0.036 0.148 0.000 0.796 0.020
#> SRR1472237 4 0.3401 0.68991 0.064 0.000 0.000 0.840 0.096
#> SRR1470816 4 0.4243 0.69398 0.004 0.168 0.000 0.772 0.056
#> SRR1458358 1 0.4444 -0.07108 0.624 0.000 0.012 0.000 0.364
#> SRR614683 4 0.5181 0.68818 0.024 0.080 0.000 0.720 0.176
#> SRR1318998 3 0.5938 -0.28671 0.112 0.000 0.512 0.000 0.376
#> SRR1392795 4 0.4115 0.71887 0.036 0.148 0.000 0.796 0.020
#> SRR1469859 1 0.3366 0.60611 0.828 0.000 0.000 0.140 0.032
#> SRR1378243 2 0.0451 0.84503 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1360587 4 0.4477 0.57358 0.016 0.288 0.000 0.688 0.008
#> SRR604230 4 0.5116 0.49688 0.248 0.000 0.000 0.668 0.084
#> SRR1347667 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 4 0.4587 0.73347 0.056 0.104 0.000 0.788 0.052
#> SRR665514 4 0.3966 0.66155 0.040 0.004 0.000 0.788 0.168
#> SRR1454522 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.4503 0.50352 0.268 0.004 0.000 0.700 0.028
#> SRR1429802 1 0.4678 0.58994 0.712 0.000 0.000 0.224 0.064
#> SRR1345436 1 0.5672 0.40925 0.544 0.000 0.000 0.088 0.368
#> SRR1433684 1 0.5865 0.41164 0.552 0.000 0.000 0.332 0.116
#> SRR613186 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.4134 0.57605 0.004 0.284 0.000 0.704 0.008
#> SRR1417766 2 0.3949 0.57876 0.000 0.696 0.000 0.300 0.004
#> SRR1420606 1 0.3966 0.51686 0.796 0.000 0.000 0.072 0.132
#> SRR1326687 1 0.4693 0.56547 0.700 0.000 0.000 0.244 0.056
#> SRR1458973 3 0.5429 -0.07487 0.068 0.000 0.564 0.000 0.368
#> SRR1309856 4 0.4134 0.57605 0.004 0.284 0.000 0.704 0.008
#> SRR1102756 4 0.3194 0.70797 0.000 0.148 0.000 0.832 0.020
#> SRR1366519 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.3770 0.68361 0.008 0.188 0.000 0.788 0.016
#> SRR1391789 4 0.4206 0.55929 0.000 0.288 0.000 0.696 0.016
#> SRR1402195 4 0.2928 0.72529 0.000 0.064 0.000 0.872 0.064
#> SRR1429516 4 0.4654 0.67004 0.028 0.216 0.000 0.732 0.024
#> SRR1406662 4 0.3526 0.68858 0.072 0.000 0.000 0.832 0.096
#> SRR1333414 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 4 0.3770 0.68361 0.008 0.188 0.000 0.788 0.016
#> SRR1342916 1 0.2929 0.61175 0.840 0.000 0.000 0.152 0.008
#> SRR1362824 4 0.3780 0.73018 0.020 0.132 0.000 0.820 0.028
#> SRR1455326 1 0.2971 0.61334 0.836 0.000 0.000 0.156 0.008
#> SRR1349956 1 0.3849 0.57784 0.808 0.000 0.000 0.112 0.080
#> SRR1409487 2 0.4650 0.09703 0.000 0.520 0.000 0.468 0.012
#> SRR1434568 4 0.4415 0.72410 0.088 0.072 0.000 0.800 0.040
#> SRR1341965 4 0.4748 0.42699 0.300 0.000 0.000 0.660 0.040
#> SRR1473505 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0162 0.84649 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1435501 4 0.5951 0.62950 0.028 0.140 0.000 0.656 0.176
#> SRR1452491 2 0.4009 0.56018 0.000 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1397329 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.5810 -0.03383 0.428 0.000 0.000 0.480 0.092
#> SRR1418390 4 0.3624 0.73592 0.032 0.112 0.000 0.836 0.020
#> SRR608480 1 0.3791 0.53964 0.812 0.000 0.000 0.076 0.112
#> SRR598589 1 0.3491 0.32207 0.768 0.000 0.000 0.004 0.228
#> SRR601868 5 0.6210 0.65971 0.404 0.000 0.140 0.000 0.456
#> SRR607313 1 0.5658 0.42229 0.572 0.000 0.000 0.332 0.096
#> SRR812222 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.4510 0.24548 0.000 0.432 0.000 0.560 0.008
#> SRR1455503 2 0.4644 0.11194 0.000 0.528 0.000 0.460 0.012
#> SRR810737 4 0.4516 0.71537 0.092 0.092 0.000 0.788 0.028
#> SRR1347500 1 0.4337 0.60818 0.744 0.000 0.000 0.204 0.052
#> SRR1443182 4 0.4423 0.54747 0.232 0.004 0.000 0.728 0.036
#> SRR1457872 2 0.0162 0.84638 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR658481 2 0.5940 0.41566 0.000 0.568 0.000 0.292 0.140
#> SRR1406243 1 0.4248 0.58781 0.728 0.000 0.000 0.240 0.032
#> SRR1332607 3 0.0162 0.77764 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656433 1 0.5393 -0.43472 0.504 0.000 0.056 0.000 0.440
#> SRR1420811 2 0.3814 0.61983 0.000 0.720 0.000 0.276 0.004
#> SRR1308674 4 0.2873 0.71723 0.000 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR1338363 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.3949 0.57876 0.000 0.696 0.000 0.300 0.004
#> SRR1321608 2 0.0162 0.84649 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.4639 -0.10868 0.612 0.000 0.020 0.000 0.368
#> SRR1338171 4 0.3476 0.69305 0.000 0.176 0.000 0.804 0.020
#> SRR604174 1 0.6658 0.33657 0.444 0.000 0.000 0.264 0.292
#> SRR1345221 4 0.5895 -0.09367 0.444 0.000 0.000 0.456 0.100
#> SRR815517 1 0.4468 0.16934 0.696 0.000 0.024 0.004 0.276
#> SRR615970 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.3284 0.61127 0.828 0.000 0.000 0.148 0.024
#> SRR1383125 1 0.3163 0.61370 0.824 0.000 0.000 0.164 0.012
#> SRR1331013 4 0.5376 0.05041 0.424 0.000 0.000 0.520 0.056
#> SRR1419638 1 0.4067 0.35885 0.748 0.000 0.004 0.020 0.228
#> SRR1434975 4 0.5606 0.34887 0.296 0.000 0.000 0.600 0.104
#> SRR1445741 4 0.2952 0.70744 0.036 0.004 0.000 0.872 0.088
#> SRR1088142 4 0.5816 0.35206 0.280 0.000 0.000 0.588 0.132
#> SRR604206 4 0.3928 0.66685 0.028 0.008 0.000 0.788 0.176
#> SRR1358779 3 0.5996 -0.33307 0.116 0.000 0.496 0.000 0.388
#> SRR1473142 2 0.4644 0.11891 0.000 0.528 0.000 0.460 0.012
#> SRR1410334 4 0.4234 0.66075 0.000 0.184 0.000 0.760 0.056
#> SRR1352234 4 0.4318 0.55335 0.228 0.004 0.000 0.736 0.032
#> SRR1487807 4 0.4423 0.54747 0.232 0.004 0.000 0.728 0.036
#> SRR1489715 4 0.2677 0.72414 0.000 0.112 0.000 0.872 0.016
#> SRR1364780 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.3452 0.61113 0.820 0.000 0.000 0.148 0.032
#> SRR813915 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.4155 0.58644 0.780 0.000 0.000 0.144 0.076
#> SRR1325504 1 0.3132 0.61350 0.820 0.000 0.000 0.172 0.008
#> SRR1436490 4 0.2952 0.70744 0.036 0.004 0.000 0.872 0.088
#> SRR1316725 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 4 0.4925 0.36988 0.324 0.000 0.000 0.632 0.044
#> SRR1354599 1 0.3163 0.61370 0.824 0.000 0.000 0.164 0.012
#> SRR1406599 4 0.4184 0.56511 0.000 0.284 0.000 0.700 0.016
#> SRR1308696 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.5393 -0.43472 0.504 0.000 0.056 0.000 0.440
#> SRR812649 1 0.5509 0.42323 0.564 0.000 0.000 0.360 0.076
#> SRR1366690 4 0.6660 0.09988 0.324 0.000 0.000 0.432 0.244
#> SRR1317707 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.4009 0.55842 0.000 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1442487 4 0.2873 0.71723 0.000 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR1069690 2 0.0671 0.84337 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1319344 4 0.4125 0.67063 0.000 0.172 0.000 0.772 0.056
#> SRR1332835 4 0.3399 0.69577 0.000 0.168 0.000 0.812 0.020
#> SRR1334694 4 0.4481 0.53498 0.232 0.000 0.000 0.720 0.048
#> SRR1478434 4 0.4460 0.72014 0.084 0.096 0.000 0.792 0.028
#> SRR1479933 2 0.0162 0.84598 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1313853 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 4 0.4724 0.64894 0.080 0.008 0.000 0.744 0.168
#> SRR1384827 1 0.4433 0.44454 0.740 0.000 0.000 0.060 0.200
#> SRR814587 2 0.0162 0.84638 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656899 4 0.2260 0.72425 0.000 0.028 0.000 0.908 0.064
#> SRR1088340 4 0.4574 0.30521 0.000 0.412 0.000 0.576 0.012
#> SRR1349772 1 0.4248 0.58781 0.728 0.000 0.000 0.240 0.032
#> SRR1317305 1 0.5260 -0.10562 0.604 0.000 0.064 0.000 0.332
#> SRR1442273 4 0.4339 0.47712 0.000 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR1407470 4 0.4727 0.62760 0.028 0.252 0.000 0.704 0.016
#> SRR1490289 4 0.3215 0.69476 0.056 0.000 0.000 0.852 0.092
#> SRR1093649 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.6012 -0.36470 0.116 0.000 0.484 0.000 0.400
#> SRR1447652 1 0.3630 0.38312 0.780 0.000 0.000 0.016 0.204
#> SRR1324545 4 0.4339 0.47744 0.000 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR2170537 4 0.3810 0.65953 0.040 0.000 0.000 0.792 0.168
#> SRR602106 3 0.6051 -0.39264 0.120 0.000 0.476 0.000 0.404
#> SRR615335 1 0.5865 0.41164 0.552 0.000 0.000 0.332 0.116
#> SRR1321505 1 0.5826 0.41881 0.556 0.000 0.000 0.332 0.112
#> SRR1457768 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.5029 0.41944 0.292 0.000 0.000 0.648 0.060
#> SRR657903 4 0.2260 0.72425 0.000 0.028 0.000 0.908 0.064
#> SRR1403458 1 0.2929 0.61175 0.840 0.000 0.000 0.152 0.008
#> SRR1460073 4 0.3519 0.71568 0.068 0.020 0.000 0.852 0.060
#> SRR1441850 1 0.4678 0.58994 0.712 0.000 0.000 0.224 0.064
#> SRR613759 1 0.3536 0.57124 0.832 0.000 0.000 0.084 0.084
#> SRR1472281 4 0.4552 0.68405 0.032 0.204 0.000 0.744 0.020
#> SRR1440445 3 0.6097 -0.46072 0.124 0.000 0.456 0.000 0.420
#> SRR1088734 2 0.4392 0.40356 0.000 0.612 0.000 0.380 0.008
#> SRR1455607 4 0.4570 0.72965 0.068 0.124 0.000 0.780 0.028
#> SRR1077528 4 0.4857 0.37258 0.324 0.000 0.000 0.636 0.040
#> SRR1364695 5 0.6349 0.56657 0.160 0.000 0.412 0.000 0.428
#> SRR1348226 1 0.5865 0.41164 0.552 0.000 0.000 0.332 0.116
#> SRR1313560 4 0.4584 0.61834 0.000 0.228 0.000 0.716 0.056
#> SRR1092889 2 0.4073 0.69262 0.000 0.752 0.000 0.216 0.032
#> SRR1352213 3 0.6012 -0.36470 0.116 0.000 0.484 0.000 0.400
#> SRR2185233 2 0.4361 0.71602 0.000 0.768 0.000 0.108 0.124
#> SRR1353970 1 0.3309 0.60762 0.836 0.000 0.000 0.128 0.036
#> SRR662641 2 0.0162 0.84654 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR817825 1 0.4237 0.47086 0.752 0.000 0.000 0.048 0.200
#> SRR660366 4 0.5406 -0.06543 0.464 0.000 0.000 0.480 0.056
#> SRR655423 4 0.5471 0.67624 0.028 0.096 0.000 0.700 0.176
#> SRR821183 2 0.4073 0.69262 0.000 0.752 0.000 0.216 0.032
#> SRR1323512 4 0.3402 0.68998 0.004 0.184 0.000 0.804 0.008
#> SRR1325247 4 0.4318 0.55335 0.228 0.004 0.000 0.736 0.032
#> SRR1351583 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.5268 0.48010 0.612 0.000 0.000 0.320 0.068
#> SRR1318484 4 0.4597 0.27247 0.000 0.424 0.000 0.564 0.012
#> SRR1322395 1 0.5759 0.43639 0.568 0.000 0.000 0.324 0.108
#> SRR1378131 4 0.4828 0.29529 0.008 0.408 0.000 0.572 0.012
#> SRR1325464 1 0.5901 0.39533 0.540 0.000 0.000 0.344 0.116
#> SRR1340280 5 0.6598 0.64403 0.212 0.000 0.376 0.000 0.412
#> SRR1455842 4 0.4455 0.57833 0.016 0.284 0.000 0.692 0.008
#> SRR1352619 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.5272 0.47610 0.620 0.000 0.000 0.308 0.072
#> SRR662763 4 0.4652 0.73229 0.060 0.104 0.000 0.784 0.052
#> SRR661120 4 0.5714 0.34095 0.292 0.000 0.000 0.592 0.116
#> SRR601613 1 0.6637 0.34494 0.452 0.000 0.000 0.268 0.280
#> SRR811535 1 0.3596 0.61265 0.784 0.000 0.000 0.200 0.016
#> SRR820316 4 0.5951 0.62950 0.028 0.140 0.000 0.656 0.176
#> SRR1368616 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.5887 0.19060 0.476 0.000 0.000 0.424 0.100
#> SRR1365700 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 4 0.2369 0.72626 0.004 0.032 0.000 0.908 0.056
#> SRR598509 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 4 0.2260 0.72425 0.000 0.028 0.000 0.908 0.064
#> SRR1339921 1 0.3857 0.15835 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR664743 2 0.5940 0.41566 0.000 0.568 0.000 0.292 0.140
#> SRR1339199 2 0.1502 0.82779 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1355660 1 0.3452 0.28818 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1481012 1 0.3885 0.61419 0.784 0.000 0.000 0.176 0.040
#> SRR603449 1 0.5778 -0.54107 0.464 0.000 0.088 0.000 0.448
#> SRR1400889 1 0.3454 0.61319 0.816 0.000 0.000 0.156 0.028
#> SRR808808 1 0.4850 0.46580 0.700 0.000 0.000 0.076 0.224
#> SRR656288 1 0.4927 0.51174 0.652 0.000 0.000 0.296 0.052
#> SRR1405886 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.4134 0.68342 0.000 0.744 0.000 0.224 0.032
#> SRR662043 1 0.3779 0.40198 0.776 0.000 0.000 0.024 0.200
#> SRR1381211 2 0.0609 0.84243 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1379365 4 0.4115 0.71887 0.036 0.148 0.000 0.796 0.020
#> SRR1384852 4 0.3399 0.69577 0.000 0.168 0.000 0.812 0.020
#> SRR1430357 2 0.2707 0.77738 0.000 0.860 0.000 0.132 0.008
#> SRR2164847 2 0.4361 0.71602 0.000 0.768 0.000 0.108 0.124
#> SRR807901 4 0.2260 0.72425 0.000 0.028 0.000 0.908 0.064
#> SRR816064 4 0.5339 0.67633 0.024 0.092 0.000 0.708 0.176
#> SRR810507 1 0.3675 0.41842 0.788 0.000 0.000 0.024 0.188
#> SRR1358582 1 0.4626 -0.10448 0.616 0.000 0.020 0.000 0.364
#> SRR1349893 1 0.5393 0.46294 0.608 0.000 0.000 0.312 0.080
#> SRR1444722 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.5865 0.41302 0.552 0.000 0.000 0.332 0.116
#> SRR662749 1 0.4800 -0.15044 0.604 0.000 0.028 0.000 0.368
#> SRR1342701 1 0.3966 0.51686 0.796 0.000 0.000 0.072 0.132
#> SRR1343653 2 0.2674 0.76195 0.000 0.856 0.000 0.140 0.004
#> SRR1336134 4 0.3513 0.69076 0.000 0.180 0.000 0.800 0.020
#> SRR654940 2 0.0162 0.84654 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 4 0.2260 0.72425 0.000 0.028 0.000 0.908 0.064
#> SRR811145 1 0.3304 0.61366 0.816 0.000 0.000 0.168 0.016
#> SRR615359 2 0.5234 0.10198 0.000 0.496 0.000 0.460 0.044
#> SRR1075997 2 0.0404 0.84505 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1090483 4 0.4857 0.37258 0.324 0.000 0.000 0.636 0.040
#> SRR1388698 4 0.5791 0.40444 0.260 0.000 0.000 0.600 0.140
#> SRR1312482 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.2561 0.76459 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1388419 4 0.3958 0.61625 0.184 0.000 0.000 0.776 0.040
#> SRR1442250 4 0.4125 0.67063 0.000 0.172 0.000 0.772 0.056
#> SRR1430679 2 0.4268 0.48953 0.000 0.648 0.000 0.344 0.008
#> SRR1311109 2 0.5940 0.41566 0.000 0.568 0.000 0.292 0.140
#> SRR1478990 2 0.3934 0.60882 0.000 0.716 0.000 0.276 0.008
#> SRR1392434 2 0.4151 0.48855 0.000 0.652 0.000 0.344 0.004
#> SRR1085925 1 0.5672 0.36053 0.544 0.000 0.000 0.368 0.088
#> SRR820655 1 0.5759 0.43639 0.568 0.000 0.000 0.324 0.108
#> SRR1383937 4 0.4546 0.58002 0.008 0.284 0.000 0.688 0.020
#> SRR1315393 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 4 0.2116 0.71739 0.004 0.008 0.000 0.912 0.076
#> SRR1451778 4 0.1894 0.71440 0.008 0.000 0.000 0.920 0.072
#> SRR657089 3 0.6162 -0.52807 0.132 0.000 0.436 0.000 0.432
#> SRR1395659 4 0.3056 0.70234 0.068 0.000 0.000 0.864 0.068
#> SRR1385716 3 0.6097 -0.46072 0.124 0.000 0.456 0.000 0.420
#> SRR1466109 4 0.5317 0.68266 0.028 0.084 0.000 0.712 0.176
#> SRR1080977 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 4 0.4826 0.50652 0.008 0.324 0.000 0.644 0.024
#> SRR1485078 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661806 4 0.4184 0.56827 0.000 0.284 0.000 0.700 0.016
#> SRR1334919 3 0.6051 -0.39264 0.120 0.000 0.476 0.000 0.404
#> SRR599249 1 0.2583 0.46450 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR810051 2 0.0963 0.83773 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1407202 4 0.3482 0.73014 0.008 0.096 0.000 0.844 0.052
#> SRR1434399 4 0.5895 -0.09367 0.444 0.000 0.000 0.456 0.100
#> SRR1330965 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.3791 0.53777 0.812 0.000 0.000 0.076 0.112
#> SRR1382508 5 0.6694 0.71041 0.252 0.000 0.328 0.000 0.420
#> SRR1405028 1 0.6912 0.22736 0.392 0.004 0.000 0.300 0.304
#> SRR612719 1 0.3950 0.52547 0.796 0.000 0.000 0.068 0.136
#> SRR1340617 2 0.2179 0.79882 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR1448183 1 0.4527 0.57506 0.700 0.000 0.000 0.260 0.040
#> SRR1362488 2 0.1197 0.83197 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1361156 4 0.4318 0.55335 0.228 0.004 0.000 0.736 0.032
#> SRR1454374 1 0.3327 0.60732 0.828 0.000 0.000 0.144 0.028
#> SRR811891 1 0.2909 0.47749 0.848 0.000 0.000 0.012 0.140
#> SRR1477837 1 0.4021 0.41222 0.764 0.000 0.000 0.036 0.200
#> SRR607252 4 0.5895 -0.09367 0.444 0.000 0.000 0.456 0.100
#> SRR1418946 4 0.6003 -0.13846 0.440 0.000 0.000 0.448 0.112
#> SRR1456567 2 0.4649 0.28805 0.000 0.580 0.000 0.404 0.016
#> SRR1487425 2 0.4151 0.48855 0.000 0.652 0.000 0.344 0.004
#> SRR1335627 4 0.3056 0.70234 0.068 0.000 0.000 0.864 0.068
#> SRR1327680 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 4 0.1750 0.71072 0.036 0.000 0.000 0.936 0.028
#> SRR1447673 4 0.4415 0.72410 0.088 0.072 0.000 0.800 0.040
#> SRR815735 4 0.5816 0.35206 0.280 0.000 0.000 0.588 0.132
#> SRR1404251 2 0.0162 0.84649 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR601645 1 0.4121 0.57873 0.788 0.000 0.000 0.112 0.100
#> SRR656300 4 0.4496 0.60750 0.156 0.000 0.000 0.752 0.092
#> SRR659983 4 0.3928 0.66685 0.028 0.008 0.000 0.788 0.176
#> SRR1402414 4 0.2992 0.70458 0.064 0.000 0.000 0.868 0.068
#> SRR614215 4 0.2264 0.72299 0.004 0.024 0.000 0.912 0.060
#> SRR659283 1 0.3507 0.59697 0.828 0.000 0.000 0.120 0.052
#> SRR1459956 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.4681 0.56618 0.696 0.000 0.000 0.252 0.052
#> SRR1403390 5 0.6347 0.57483 0.160 0.000 0.408 0.000 0.432
#> SRR1452741 1 0.4354 0.34986 0.712 0.000 0.000 0.032 0.256
#> SRR1458484 3 0.6051 -0.39264 0.120 0.000 0.476 0.000 0.404
#> SRR1387091 4 0.4502 0.72275 0.064 0.148 0.000 0.772 0.016
#> SRR1358017 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.4127 0.53983 0.000 0.680 0.000 0.312 0.008
#> SRR1376539 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.3849 0.57784 0.808 0.000 0.000 0.112 0.080
#> SRR1406069 4 0.4325 0.63078 0.168 0.024 0.000 0.776 0.032
#> SRR1419829 4 0.3056 0.70234 0.068 0.000 0.000 0.864 0.068
#> SRR1434315 1 0.3791 0.57944 0.812 0.000 0.000 0.112 0.076
#> SRR658457 4 0.5099 0.42524 0.000 0.336 0.000 0.612 0.052
#> SRR1367849 4 0.4245 0.69180 0.028 0.188 0.000 0.768 0.016
#> SRR1320939 1 0.6637 0.34494 0.452 0.000 0.000 0.268 0.280
#> SRR656588 1 0.5393 -0.43472 0.504 0.000 0.056 0.000 0.440
#> SRR599025 1 0.3628 0.60917 0.772 0.000 0.000 0.216 0.012
#> SRR1401446 1 0.4433 0.44454 0.740 0.000 0.000 0.060 0.200
#> SRR1398311 2 0.0451 0.84503 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1442149 1 0.4015 0.03131 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR809137 1 0.3506 0.58093 0.832 0.000 0.000 0.104 0.064
#> SRR1414982 2 0.4610 0.34043 0.000 0.596 0.000 0.388 0.016
#> SRR600852 1 0.3774 0.18687 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1414857 2 0.4659 -0.00272 0.000 0.500 0.000 0.488 0.012
#> SRR1321225 1 0.4433 0.44454 0.740 0.000 0.000 0.060 0.200
#> SRR1069802 1 0.4416 -0.04842 0.632 0.000 0.012 0.000 0.356
#> SRR1077643 2 0.2362 0.81007 0.000 0.900 0.000 0.076 0.024
#> SRR1334154 4 0.4484 0.71643 0.092 0.096 0.000 0.788 0.024
#> SRR1390072 2 0.4009 0.56018 0.000 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1467612 2 0.2286 0.79459 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1430133 4 0.1750 0.71072 0.036 0.000 0.000 0.936 0.028
#> SRR1468595 1 0.3183 0.61368 0.828 0.000 0.000 0.156 0.016
#> SRR1351931 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 1 0.3791 0.53680 0.812 0.000 0.000 0.076 0.112
#> SRR1311243 1 0.5163 0.49622 0.636 0.000 0.000 0.296 0.068
#> SRR1385235 1 0.5688 0.43696 0.572 0.000 0.000 0.328 0.100
#> SRR1469638 4 0.3821 0.65757 0.000 0.216 0.000 0.764 0.020
#> SRR662150 4 0.3928 0.66685 0.028 0.008 0.000 0.788 0.176
#> SRR1400290 5 0.6557 0.76515 0.340 0.000 0.212 0.000 0.448
#> SRR1084892 4 0.3438 0.69604 0.000 0.172 0.000 0.808 0.020
#> SRR1416166 1 0.6638 0.34466 0.452 0.000 0.000 0.272 0.276
#> SRR1477015 3 0.6012 -0.36470 0.116 0.000 0.484 0.000 0.400
#> SRR1380501 1 0.3966 0.51686 0.796 0.000 0.000 0.072 0.132
#> SRR1446156 4 0.3215 0.69476 0.056 0.000 0.000 0.852 0.092
#> SRR1488328 2 0.0404 0.84505 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1086889 2 0.3861 0.60452 0.000 0.712 0.000 0.284 0.004
#> SRR814611 1 0.3912 0.36190 0.752 0.000 0.000 0.020 0.228
#> SRR599086 1 0.5888 0.50500 0.580 0.000 0.000 0.280 0.140
#> SRR1086844 1 0.5778 -0.54107 0.464 0.000 0.088 0.000 0.448
#> SRR1464535 4 0.5492 0.11680 0.396 0.000 0.000 0.536 0.068
#> SRR807877 4 0.4416 0.43990 0.000 0.356 0.000 0.632 0.012
#> SRR1477033 5 0.6210 0.65971 0.404 0.000 0.140 0.000 0.456
#> SRR1335164 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.6150 -0.44293 0.132 0.000 0.464 0.000 0.404
#> SRR1446226 1 0.4626 -0.10448 0.616 0.000 0.020 0.000 0.364
#> SRR659637 4 0.4622 0.59272 0.008 0.268 0.000 0.696 0.028
#> SRR600474 1 0.3749 0.54960 0.816 0.000 0.000 0.080 0.104
#> SRR1307699 1 0.5691 -0.51281 0.476 0.000 0.080 0.000 0.444
#> SRR1312540 4 0.5816 0.35206 0.280 0.000 0.000 0.588 0.132
#> SRR1323628 4 0.3452 0.71644 0.068 0.020 0.000 0.856 0.056
#> SRR1430951 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.4950 0.32399 0.348 0.000 0.000 0.612 0.040
#> SRR1366855 4 0.4786 0.62520 0.024 0.260 0.000 0.696 0.020
#> SRR1077115 2 0.0162 0.84638 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1399990 5 0.6557 0.76515 0.340 0.000 0.212 0.000 0.448
#> SRR1434093 1 0.4305 0.44183 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1341408 2 0.0000 0.84632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612335 2 0.1704 0.82259 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR1321420 1 0.5908 0.29580 0.512 0.000 0.000 0.380 0.108
#> SRR1329177 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.5109 0.05481 0.000 0.460 0.000 0.504 0.036
#> SRR614996 1 0.5878 0.40514 0.548 0.000 0.000 0.336 0.116
#> SRR1431602 4 0.4546 0.58002 0.008 0.284 0.000 0.688 0.020
#> SRR1311509 4 0.2928 0.72529 0.000 0.064 0.000 0.872 0.064
#> SRR1507229 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.78100 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.4559 0.05024 0.000 0.480 0.000 0.512 0.008
#> SRR1469591 5 0.6557 0.76515 0.340 0.000 0.212 0.000 0.448
#> SRR1392813 4 0.4485 0.61086 0.184 0.012 0.000 0.756 0.048
#> SRR1453026 4 0.3513 0.69076 0.000 0.180 0.000 0.800 0.020
#> SRR1388105 1 0.3791 0.53680 0.812 0.000 0.000 0.076 0.112
#> SRR1357558 1 0.5492 -0.43455 0.504 0.000 0.064 0.000 0.432
#> SRR615898 3 0.0162 0.77764 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.4339 0.5614 0.728 0.000 0.000 0.036 0.028 0.208
#> SRR1468613 1 0.3872 0.4799 0.712 0.000 0.000 0.004 0.020 0.264
#> SRR815184 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 6 0.3016 0.6050 0.136 0.000 0.016 0.000 0.012 0.836
#> SRR1467904 3 0.4467 0.1354 0.000 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1442648 4 0.4457 0.5735 0.048 0.156 0.000 0.748 0.048 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 1 0.5882 0.5364 0.632 0.000 0.000 0.160 0.100 0.108
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.3792 0.4498 0.764 0.000 0.000 0.188 0.044 0.004
#> SRR1435584 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.3157 0.6051 0.848 0.000 0.000 0.088 0.016 0.048
#> SRR1366367 4 0.4653 0.0542 0.012 0.484 0.000 0.484 0.020 0.000
#> SRR1458026 4 0.4808 0.5674 0.108 0.156 0.000 0.712 0.024 0.000
#> SRR1094192 2 0.2527 0.7451 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1397180 4 0.4686 0.5648 0.084 0.184 0.000 0.712 0.020 0.000
#> SRR657492 5 0.6843 0.7522 0.156 0.108 0.000 0.248 0.488 0.000
#> SRR662665 1 0.6332 0.5145 0.584 0.000 0.000 0.152 0.124 0.140
#> SRR818530 2 0.0146 0.8423 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0363 0.8423 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR613462 1 0.6425 -0.0104 0.448 0.000 0.000 0.356 0.152 0.044
#> SRR1405206 2 0.0146 0.8423 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1454136 4 0.5014 0.5048 0.076 0.088 0.000 0.728 0.104 0.004
#> SRR1380785 4 0.4937 0.2849 0.164 0.000 0.000 0.668 0.164 0.004
#> SRR612875 4 0.4738 0.5449 0.044 0.228 0.000 0.692 0.036 0.000
#> SRR808327 2 0.0547 0.8401 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1355194 4 0.4937 0.2849 0.164 0.000 0.000 0.668 0.164 0.004
#> SRR1408227 2 0.0603 0.8407 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1086304 6 0.5327 0.2352 0.372 0.000 0.000 0.000 0.112 0.516
#> SRR1080415 6 0.4335 0.1573 0.472 0.000 0.000 0.000 0.020 0.508
#> SRR1086140 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 6 0.4595 0.5214 0.280 0.000 0.016 0.000 0.040 0.664
#> SRR1310563 6 0.5438 0.3589 0.328 0.000 0.016 0.000 0.092 0.564
#> SRR602437 1 0.2894 0.5893 0.864 0.000 0.000 0.088 0.020 0.028
#> SRR663404 5 0.5607 0.7768 0.240 0.000 0.000 0.216 0.544 0.000
#> SRR1337238 1 0.3198 0.6120 0.844 0.000 0.000 0.084 0.012 0.060
#> SRR1360442 4 0.5198 0.2790 0.200 0.012 0.000 0.648 0.140 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.4302 0.3623 0.628 0.000 0.000 0.004 0.024 0.344
#> SRR1442686 1 0.3487 0.6033 0.824 0.000 0.000 0.100 0.016 0.060
#> SRR1345736 6 0.4419 0.3622 0.384 0.000 0.000 0.000 0.032 0.584
#> SRR1345827 2 0.1349 0.8282 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004 0.000
#> SRR1367456 4 0.4787 0.4412 0.020 0.340 0.000 0.608 0.032 0.000
#> SRR1072650 1 0.3809 0.5101 0.732 0.000 0.000 0.004 0.024 0.240
#> SRR1446393 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 1 0.6352 -0.0576 0.452 0.004 0.000 0.368 0.144 0.032
#> SRR1383960 4 0.4592 0.5264 0.020 0.252 0.000 0.684 0.044 0.000
#> SRR600924 6 0.4333 0.1703 0.468 0.000 0.000 0.000 0.020 0.512
#> SRR662390 5 0.6895 0.6595 0.128 0.112 0.000 0.324 0.436 0.000
#> SRR1071692 6 0.3019 0.6055 0.128 0.000 0.020 0.000 0.012 0.840
#> SRR658421 5 0.6466 0.7007 0.252 0.020 0.000 0.332 0.396 0.000
#> SRR1352936 6 0.4859 0.2949 0.020 0.000 0.324 0.000 0.040 0.616
#> SRR598148 1 0.5667 0.3544 0.548 0.000 0.000 0.028 0.332 0.092
#> SRR1444390 2 0.0632 0.8391 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 4 0.4148 0.3892 0.148 0.000 0.000 0.744 0.108 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 4 0.5818 -0.0460 0.432 0.024 0.000 0.468 0.060 0.016
#> SRR1490505 2 0.1588 0.8174 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR1343859 1 0.5617 0.1645 0.504 0.000 0.000 0.004 0.136 0.356
#> SRR1075631 2 0.4492 0.0206 0.008 0.496 0.000 0.480 0.016 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479286 1 0.4909 0.0919 0.552 0.000 0.000 0.392 0.048 0.008
#> SRR1381524 6 0.4490 0.2185 0.004 0.000 0.360 0.000 0.032 0.604
#> SRR1392208 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.3445 0.6573 0.000 0.744 0.000 0.244 0.012 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658331 6 0.4319 0.2330 0.000 0.000 0.348 0.000 0.032 0.620
#> SRR810619 2 0.0622 0.8407 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR600829 1 0.3491 0.5929 0.828 0.000 0.000 0.100 0.040 0.032
#> SRR599380 1 0.4339 0.5614 0.728 0.000 0.000 0.036 0.028 0.208
#> SRR1337388 1 0.4597 0.5724 0.732 0.000 0.000 0.036 0.064 0.168
#> SRR2185195 5 0.5607 0.7768 0.240 0.000 0.000 0.216 0.544 0.000
#> SRR1489693 6 0.5319 0.2460 0.368 0.000 0.000 0.000 0.112 0.520
#> SRR1318662 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 6 0.3690 0.5220 0.288 0.000 0.000 0.000 0.012 0.700
#> SRR1384805 4 0.4712 0.5373 0.044 0.260 0.000 0.672 0.024 0.000
#> SRR661337 5 0.6660 0.7675 0.160 0.068 0.000 0.304 0.468 0.000
#> SRR601239 1 0.3990 0.5772 0.760 0.000 0.000 0.040 0.016 0.184
#> SRR1468995 3 0.0146 0.9688 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352111 1 0.3146 0.6145 0.848 0.000 0.000 0.080 0.012 0.060
#> SRR1330944 4 0.4983 0.4524 0.216 0.072 0.000 0.680 0.032 0.000
#> SRR1419453 3 0.0603 0.9549 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1437208 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.3705 0.5134 0.740 0.000 0.000 0.004 0.020 0.236
#> SRR660756 2 0.0622 0.8407 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1093269 2 0.3767 0.5832 0.004 0.708 0.000 0.276 0.012 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.5366 0.5338 0.056 0.160 0.000 0.684 0.096 0.004
#> SRR816358 1 0.4286 0.5739 0.772 0.000 0.000 0.108 0.084 0.036
#> SRR658283 4 0.5001 0.2221 0.160 0.000 0.000 0.644 0.196 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 6 0.4273 0.3762 0.380 0.000 0.000 0.000 0.024 0.596
#> SRR1308200 2 0.0935 0.8362 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1432366 4 0.4537 0.3707 0.012 0.384 0.000 0.584 0.020 0.000
#> SRR1087992 6 0.4155 0.4111 0.364 0.000 0.000 0.000 0.020 0.616
#> SRR1405593 1 0.5958 -0.0634 0.484 0.000 0.000 0.368 0.124 0.024
#> SRR1326040 1 0.3491 0.5941 0.828 0.000 0.000 0.100 0.040 0.032
#> SRR1312725 1 0.3653 0.5200 0.748 0.000 0.000 0.004 0.020 0.228
#> SRR1478189 6 0.3019 0.6055 0.128 0.000 0.020 0.000 0.012 0.840
#> SRR1488632 4 0.3869 0.5347 0.032 0.096 0.000 0.804 0.068 0.000
#> SRR1398706 4 0.4621 0.4229 0.152 0.004 0.000 0.728 0.104 0.012
#> SRR1368794 2 0.1007 0.8340 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.3778 0.5770 0.000 0.696 0.000 0.288 0.016 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.3792 0.4498 0.764 0.000 0.000 0.188 0.044 0.004
#> SRR663100 2 0.5857 0.3211 0.008 0.524 0.000 0.192 0.276 0.000
#> SRR661229 5 0.5607 0.7768 0.240 0.000 0.000 0.216 0.544 0.000
#> SRR655792 6 0.4092 0.4395 0.344 0.000 0.000 0.000 0.020 0.636
#> SRR663705 4 0.5672 0.1636 0.284 0.000 0.000 0.584 0.096 0.036
#> SRR1464281 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.4525 0.5178 0.032 0.276 0.000 0.672 0.020 0.000
#> SRR1331444 6 0.3448 0.5370 0.280 0.000 0.000 0.000 0.004 0.716
#> SRR1439958 2 0.4004 0.5004 0.004 0.656 0.000 0.328 0.012 0.000
#> SRR1384917 4 0.3817 0.5387 0.024 0.120 0.000 0.800 0.056 0.000
#> SRR1435182 4 0.5161 0.5317 0.040 0.232 0.000 0.660 0.068 0.000
#> SRR1477569 1 0.3363 0.5777 0.832 0.000 0.000 0.108 0.036 0.024
#> SRR602461 1 0.3101 0.5985 0.852 0.000 0.000 0.092 0.024 0.032
#> SRR1334338 6 0.3852 0.4713 0.324 0.000 0.000 0.000 0.012 0.664
#> SRR1354710 6 0.3337 0.5521 0.260 0.000 0.000 0.000 0.004 0.736
#> SRR613510 1 0.5668 0.0604 0.476 0.000 0.000 0.016 0.100 0.408
#> SRR663014 2 0.5403 0.4756 0.004 0.592 0.000 0.156 0.248 0.000
#> SRR1417960 4 0.5209 0.3151 0.296 0.048 0.000 0.616 0.040 0.000
#> SRR1474730 3 0.0405 0.9628 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1381269 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657695 4 0.4703 0.4917 0.104 0.060 0.000 0.752 0.080 0.004
#> SRR1357650 4 0.5088 0.5452 0.096 0.112 0.000 0.720 0.068 0.004
#> SRR1472237 4 0.5079 0.3707 0.196 0.000 0.000 0.672 0.112 0.020
#> SRR1470816 4 0.4417 0.5633 0.040 0.140 0.000 0.756 0.064 0.000
#> SRR1458358 6 0.3360 0.5485 0.264 0.000 0.000 0.000 0.004 0.732
#> SRR614683 5 0.6602 0.7175 0.160 0.056 0.000 0.344 0.440 0.000
#> SRR1318998 6 0.4475 0.0968 0.000 0.000 0.412 0.000 0.032 0.556
#> SRR1392795 4 0.5088 0.5452 0.096 0.112 0.000 0.720 0.068 0.004
#> SRR1469859 1 0.3872 0.4799 0.712 0.000 0.000 0.004 0.020 0.264
#> SRR1378243 2 0.0458 0.8412 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1360587 4 0.4712 0.5373 0.044 0.260 0.000 0.672 0.024 0.000
#> SRR604230 4 0.5045 -0.0210 0.412 0.000 0.000 0.512 0.076 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 4 0.5601 0.5000 0.128 0.092 0.000 0.684 0.084 0.012
#> SRR665514 5 0.5630 0.7885 0.228 0.000 0.000 0.232 0.540 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.5016 0.0317 0.456 0.000 0.000 0.488 0.044 0.012
#> SRR1429802 1 0.5372 0.5509 0.668 0.000 0.000 0.072 0.072 0.188
#> SRR1345436 1 0.5440 0.3382 0.536 0.000 0.000 0.012 0.360 0.092
#> SRR1433684 1 0.3491 0.5929 0.828 0.000 0.000 0.100 0.040 0.032
#> SRR613186 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.5069 0.5302 0.036 0.236 0.000 0.664 0.064 0.000
#> SRR1417766 2 0.4004 0.5004 0.004 0.656 0.000 0.328 0.012 0.000
#> SRR1420606 1 0.5577 0.2536 0.544 0.000 0.000 0.016 0.104 0.336
#> SRR1326687 1 0.3305 0.6141 0.836 0.000 0.000 0.040 0.020 0.104
#> SRR1458973 3 0.4535 0.0803 0.000 0.000 0.484 0.000 0.032 0.484
#> SRR1309856 4 0.5069 0.5302 0.036 0.236 0.000 0.664 0.064 0.000
#> SRR1102756 4 0.5155 0.5286 0.064 0.124 0.000 0.712 0.096 0.004
#> SRR1366519 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.4506 0.5758 0.060 0.156 0.000 0.744 0.040 0.000
#> SRR1391789 4 0.4570 0.5283 0.020 0.248 0.000 0.688 0.044 0.000
#> SRR1402195 4 0.3583 0.4815 0.032 0.040 0.000 0.820 0.108 0.000
#> SRR1429516 4 0.4811 0.5604 0.088 0.184 0.000 0.704 0.024 0.000
#> SRR1406662 4 0.5215 0.3524 0.188 0.000 0.000 0.664 0.124 0.024
#> SRR1333414 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 4 0.4506 0.5758 0.060 0.156 0.000 0.744 0.040 0.000
#> SRR1342916 1 0.3705 0.5134 0.740 0.000 0.000 0.004 0.020 0.236
#> SRR1362824 4 0.5967 0.3948 0.104 0.108 0.000 0.644 0.136 0.008
#> SRR1455326 1 0.3627 0.5238 0.752 0.000 0.000 0.004 0.020 0.224
#> SRR1349956 1 0.4302 0.3623 0.628 0.000 0.000 0.004 0.024 0.344
#> SRR1409487 2 0.4653 -0.0705 0.012 0.484 0.000 0.484 0.020 0.000
#> SRR1434568 4 0.5566 0.4654 0.192 0.064 0.000 0.668 0.060 0.016
#> SRR1341965 1 0.4962 0.0101 0.516 0.000 0.000 0.428 0.048 0.008
#> SRR1473505 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0363 0.8416 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1435501 5 0.6843 0.7522 0.156 0.108 0.000 0.248 0.488 0.000
#> SRR1452491 2 0.4048 0.4747 0.004 0.644 0.000 0.340 0.012 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 1 0.3825 0.4187 0.744 0.000 0.000 0.220 0.032 0.004
#> SRR1418390 4 0.5324 0.4940 0.120 0.088 0.000 0.700 0.088 0.004
#> SRR608480 1 0.4237 0.2095 0.584 0.000 0.000 0.000 0.020 0.396
#> SRR598589 6 0.4326 0.3282 0.404 0.000 0.000 0.000 0.024 0.572
#> SRR601868 6 0.3255 0.5992 0.084 0.000 0.052 0.000 0.020 0.844
#> SRR607313 1 0.2894 0.5893 0.864 0.000 0.000 0.088 0.020 0.028
#> SRR812222 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.4385 0.3616 0.012 0.388 0.000 0.588 0.012 0.000
#> SRR1455503 2 0.4635 -0.0203 0.008 0.488 0.000 0.480 0.024 0.000
#> SRR810737 4 0.5049 0.4356 0.224 0.068 0.000 0.672 0.036 0.000
#> SRR1347500 1 0.3663 0.5908 0.796 0.000 0.000 0.032 0.020 0.152
#> SRR1443182 4 0.4735 0.0770 0.432 0.000 0.000 0.520 0.048 0.000
#> SRR1457872 2 0.0260 0.8425 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR658481 2 0.5857 0.3211 0.008 0.524 0.000 0.192 0.276 0.000
#> SRR1406243 1 0.3967 0.6012 0.776 0.000 0.000 0.056 0.016 0.152
#> SRR1332607 3 0.0405 0.9628 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR656433 6 0.2883 0.6010 0.152 0.000 0.008 0.000 0.008 0.832
#> SRR1420811 2 0.3885 0.5492 0.004 0.684 0.000 0.300 0.012 0.000
#> SRR1308674 4 0.5099 0.5156 0.072 0.104 0.000 0.720 0.100 0.004
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.4004 0.5004 0.004 0.656 0.000 0.328 0.012 0.000
#> SRR1321608 2 0.0363 0.8416 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 6 0.3633 0.5581 0.252 0.000 0.004 0.000 0.012 0.732
#> SRR1338171 4 0.5300 0.5356 0.056 0.152 0.000 0.692 0.096 0.004
#> SRR604174 1 0.6308 0.3028 0.552 0.000 0.000 0.120 0.248 0.080
#> SRR1345221 1 0.3792 0.4498 0.764 0.000 0.000 0.188 0.044 0.004
#> SRR815517 6 0.5438 0.3589 0.328 0.000 0.016 0.000 0.092 0.564
#> SRR615970 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.3809 0.5101 0.732 0.000 0.000 0.004 0.024 0.240
#> SRR1383125 1 0.3777 0.5424 0.756 0.000 0.000 0.008 0.028 0.208
#> SRR1331013 1 0.5196 0.3639 0.656 0.000 0.000 0.232 0.076 0.036
#> SRR1419638 6 0.5283 0.2119 0.400 0.000 0.000 0.004 0.088 0.508
#> SRR1434975 1 0.6425 -0.0104 0.448 0.000 0.000 0.356 0.152 0.044
#> SRR1445741 4 0.4621 0.4229 0.152 0.004 0.000 0.728 0.104 0.012
#> SRR1088142 1 0.5567 0.0525 0.540 0.000 0.000 0.336 0.112 0.012
#> SRR604206 5 0.5676 0.8076 0.196 0.000 0.000 0.284 0.520 0.000
#> SRR1358779 6 0.4437 0.1458 0.000 0.000 0.392 0.000 0.032 0.576
#> SRR1473142 2 0.4635 -0.0112 0.008 0.488 0.000 0.480 0.024 0.000
#> SRR1410334 4 0.4006 0.5111 0.012 0.160 0.000 0.768 0.060 0.000
#> SRR1352234 4 0.4676 0.0962 0.428 0.000 0.000 0.528 0.044 0.000
#> SRR1487807 4 0.4735 0.0770 0.432 0.000 0.000 0.520 0.048 0.000
#> SRR1489715 4 0.5014 0.5048 0.076 0.088 0.000 0.728 0.104 0.004
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.3834 0.5065 0.728 0.000 0.000 0.004 0.024 0.244
#> SRR813915 2 0.0146 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.5266 0.4670 0.640 0.000 0.000 0.032 0.080 0.248
#> SRR1325504 1 0.3971 0.5446 0.748 0.000 0.000 0.020 0.024 0.208
#> SRR1436490 4 0.4621 0.4229 0.152 0.004 0.000 0.728 0.104 0.012
#> SRR1316725 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 1 0.4976 0.0742 0.540 0.000 0.000 0.400 0.052 0.008
#> SRR1354599 1 0.3777 0.5424 0.756 0.000 0.000 0.008 0.028 0.208
#> SRR1406599 4 0.4547 0.5299 0.020 0.244 0.000 0.692 0.044 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 6 0.2883 0.6010 0.152 0.000 0.008 0.000 0.008 0.832
#> SRR812649 1 0.5882 0.5364 0.632 0.000 0.000 0.160 0.100 0.108
#> SRR1366690 1 0.6754 -0.0773 0.388 0.000 0.000 0.336 0.232 0.044
#> SRR1317707 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.4048 0.4763 0.004 0.644 0.000 0.340 0.012 0.000
#> SRR1442487 4 0.5099 0.5156 0.072 0.104 0.000 0.720 0.100 0.004
#> SRR1069690 2 0.0713 0.8392 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1319344 4 0.3917 0.5180 0.012 0.144 0.000 0.780 0.064 0.000
#> SRR1332835 4 0.5231 0.5380 0.056 0.144 0.000 0.700 0.096 0.004
#> SRR1334694 4 0.5751 -0.0772 0.424 0.000 0.000 0.456 0.100 0.020
#> SRR1478434 4 0.4983 0.4534 0.216 0.072 0.000 0.680 0.032 0.000
#> SRR1479933 2 0.0146 0.8423 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 5 0.5930 0.7366 0.240 0.000 0.000 0.304 0.456 0.000
#> SRR1384827 1 0.5668 0.0604 0.476 0.000 0.000 0.016 0.100 0.408
#> SRR814587 2 0.0260 0.8425 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR656899 4 0.3736 0.4672 0.056 0.020 0.000 0.804 0.120 0.000
#> SRR1088340 4 0.4497 0.4081 0.012 0.368 0.000 0.600 0.020 0.000
#> SRR1349772 1 0.3967 0.6012 0.776 0.000 0.000 0.056 0.016 0.152
#> SRR1317305 6 0.4617 0.5253 0.272 0.000 0.016 0.000 0.044 0.668
#> SRR1442273 4 0.4478 0.5106 0.024 0.296 0.000 0.660 0.020 0.000
#> SRR1407470 4 0.5640 0.5328 0.064 0.216 0.000 0.640 0.076 0.004
#> SRR1490289 4 0.4912 0.3846 0.184 0.000 0.000 0.688 0.112 0.016
#> SRR1093649 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478900 6 0.4409 0.1730 0.000 0.000 0.380 0.000 0.032 0.588
#> SRR1447652 6 0.4310 0.2388 0.440 0.000 0.000 0.000 0.020 0.540
#> SRR1324545 4 0.4478 0.5105 0.024 0.296 0.000 0.660 0.020 0.000
#> SRR2170537 5 0.5607 0.7768 0.240 0.000 0.000 0.216 0.544 0.000
#> SRR602106 6 0.4378 0.1986 0.000 0.000 0.368 0.000 0.032 0.600
#> SRR615335 1 0.3491 0.5929 0.828 0.000 0.000 0.100 0.040 0.032
#> SRR1321505 1 0.3325 0.5953 0.840 0.000 0.000 0.092 0.036 0.032
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.4690 0.0307 0.552 0.000 0.000 0.400 0.048 0.000
#> SRR657903 4 0.3736 0.4672 0.056 0.020 0.000 0.804 0.120 0.000
#> SRR1403458 1 0.3705 0.5134 0.740 0.000 0.000 0.004 0.020 0.236
#> SRR1460073 4 0.5198 0.2790 0.200 0.012 0.000 0.648 0.140 0.000
#> SRR1441850 1 0.5372 0.5509 0.668 0.000 0.000 0.072 0.072 0.188
#> SRR613759 1 0.4845 0.3393 0.604 0.000 0.000 0.004 0.064 0.328
#> SRR1472281 4 0.4807 0.5640 0.100 0.176 0.000 0.704 0.020 0.000
#> SRR1440445 6 0.4319 0.2330 0.000 0.000 0.348 0.000 0.032 0.620
#> SRR1088734 2 0.4395 0.3099 0.008 0.580 0.000 0.396 0.016 0.000
#> SRR1455607 4 0.5074 0.4945 0.188 0.096 0.000 0.684 0.032 0.000
#> SRR1077528 1 0.4909 0.0919 0.552 0.000 0.000 0.392 0.048 0.008
#> SRR1364695 6 0.4570 0.3120 0.012 0.000 0.308 0.000 0.036 0.644
#> SRR1348226 1 0.3491 0.5929 0.828 0.000 0.000 0.100 0.040 0.032
#> SRR1313560 4 0.4783 0.4846 0.024 0.200 0.000 0.700 0.076 0.000
#> SRR1092889 2 0.3445 0.6573 0.000 0.744 0.000 0.244 0.012 0.000
#> SRR1352213 6 0.4409 0.1730 0.000 0.000 0.380 0.000 0.032 0.588
#> SRR2185233 2 0.4035 0.6634 0.004 0.744 0.000 0.056 0.196 0.000
#> SRR1353970 1 0.3979 0.4874 0.712 0.000 0.000 0.004 0.028 0.256
#> SRR662641 2 0.0291 0.8423 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR817825 1 0.5976 0.1338 0.476 0.000 0.000 0.020 0.136 0.368
#> SRR660366 1 0.5596 0.3973 0.648 0.000 0.000 0.164 0.136 0.052
#> SRR655423 5 0.6706 0.7677 0.164 0.072 0.000 0.296 0.468 0.000
#> SRR821183 2 0.3445 0.6573 0.000 0.744 0.000 0.244 0.012 0.000
#> SRR1323512 4 0.4967 0.5551 0.060 0.156 0.000 0.712 0.072 0.000
#> SRR1325247 4 0.4676 0.0962 0.428 0.000 0.000 0.528 0.044 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.5619 0.5795 0.660 0.000 0.000 0.128 0.080 0.132
#> SRR1318484 4 0.4426 0.3857 0.008 0.376 0.000 0.596 0.020 0.000
#> SRR1322395 1 0.3101 0.5985 0.852 0.000 0.000 0.092 0.024 0.032
#> SRR1378131 4 0.4894 0.3777 0.028 0.376 0.000 0.572 0.024 0.000
#> SRR1325464 1 0.3270 0.5838 0.840 0.000 0.000 0.100 0.036 0.024
#> SRR1340280 6 0.5257 0.3716 0.044 0.000 0.280 0.000 0.052 0.624
#> SRR1455842 4 0.4691 0.5399 0.044 0.256 0.000 0.676 0.024 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.3324 0.6175 0.840 0.000 0.000 0.080 0.020 0.060
#> SRR662763 4 0.5638 0.4984 0.132 0.092 0.000 0.680 0.084 0.012
#> SRR661120 1 0.6334 -0.0138 0.456 0.000 0.000 0.344 0.168 0.032
#> SRR601613 1 0.6112 0.3272 0.572 0.000 0.000 0.108 0.248 0.072
#> SRR811535 1 0.4006 0.5639 0.748 0.000 0.000 0.032 0.016 0.204
#> SRR820316 5 0.6843 0.7522 0.156 0.108 0.000 0.248 0.488 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.3461 0.4978 0.804 0.000 0.000 0.152 0.036 0.008
#> SRR1365700 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 4 0.3987 0.4784 0.064 0.024 0.000 0.796 0.112 0.004
#> SRR598509 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 4 0.3736 0.4672 0.056 0.020 0.000 0.804 0.120 0.000
#> SRR1339921 6 0.3852 0.4713 0.324 0.000 0.000 0.000 0.012 0.664
#> SRR664743 2 0.5857 0.3211 0.008 0.524 0.000 0.192 0.276 0.000
#> SRR1339199 2 0.1700 0.8156 0.000 0.916 0.000 0.080 0.004 0.000
#> SRR1355660 6 0.4419 0.3622 0.384 0.000 0.000 0.000 0.032 0.584
#> SRR1481012 1 0.3659 0.5643 0.780 0.000 0.000 0.012 0.028 0.180
#> SRR603449 6 0.3019 0.6055 0.128 0.000 0.020 0.000 0.012 0.840
#> SRR1400889 1 0.3622 0.5319 0.760 0.000 0.000 0.004 0.024 0.212
#> SRR808808 1 0.5486 0.0240 0.484 0.000 0.000 0.012 0.088 0.416
#> SRR656288 1 0.3649 0.6248 0.816 0.000 0.000 0.076 0.020 0.088
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.3558 0.6481 0.000 0.736 0.000 0.248 0.016 0.000
#> SRR662043 6 0.4328 0.1949 0.460 0.000 0.000 0.000 0.020 0.520
#> SRR1381211 2 0.1007 0.8340 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1379365 4 0.5140 0.5428 0.096 0.112 0.000 0.716 0.072 0.004
#> SRR1384852 4 0.5231 0.5380 0.056 0.144 0.000 0.700 0.096 0.004
#> SRR1430357 2 0.2378 0.7565 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR2164847 2 0.4035 0.6634 0.004 0.744 0.000 0.056 0.196 0.000
#> SRR807901 4 0.3736 0.4672 0.056 0.020 0.000 0.804 0.120 0.000
#> SRR816064 5 0.6660 0.7675 0.160 0.068 0.000 0.304 0.468 0.000
#> SRR810507 6 0.4335 0.1573 0.472 0.000 0.000 0.000 0.020 0.508
#> SRR1358582 6 0.3314 0.5547 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.740
#> SRR1349893 1 0.3178 0.6113 0.848 0.000 0.000 0.080 0.016 0.056
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.3491 0.5941 0.828 0.000 0.000 0.100 0.040 0.032
#> SRR662749 6 0.3240 0.5618 0.244 0.000 0.000 0.000 0.004 0.752
#> SRR1342701 1 0.5577 0.2536 0.544 0.000 0.000 0.016 0.104 0.336
#> SRR1343653 2 0.2778 0.7353 0.000 0.824 0.000 0.168 0.008 0.000
#> SRR1336134 4 0.5289 0.5376 0.056 0.156 0.000 0.692 0.092 0.004
#> SRR654940 2 0.0622 0.8407 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 4 0.3736 0.4672 0.056 0.020 0.000 0.804 0.120 0.000
#> SRR811145 1 0.3719 0.5484 0.764 0.000 0.000 0.008 0.028 0.200
#> SRR615359 4 0.5155 -0.0233 0.016 0.468 0.000 0.476 0.032 0.008
#> SRR1075997 2 0.0935 0.8362 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1090483 1 0.4909 0.0919 0.552 0.000 0.000 0.392 0.048 0.008
#> SRR1388698 1 0.5958 -0.0634 0.484 0.000 0.000 0.368 0.124 0.024
#> SRR1312482 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.2877 0.7387 0.000 0.820 0.000 0.168 0.012 0.000
#> SRR1388419 4 0.5890 0.0701 0.292 0.000 0.000 0.544 0.140 0.024
#> SRR1442250 4 0.3917 0.5180 0.012 0.144 0.000 0.780 0.064 0.000
#> SRR1430679 2 0.4234 0.3888 0.004 0.608 0.000 0.372 0.016 0.000
#> SRR1311109 2 0.5857 0.3211 0.008 0.524 0.000 0.192 0.276 0.000
#> SRR1478990 2 0.3853 0.5466 0.000 0.680 0.000 0.304 0.016 0.000
#> SRR1392434 2 0.4150 0.4025 0.004 0.612 0.000 0.372 0.012 0.000
#> SRR1085925 1 0.3104 0.5720 0.844 0.000 0.000 0.112 0.020 0.024
#> SRR820655 1 0.3101 0.5985 0.852 0.000 0.000 0.092 0.024 0.032
#> SRR1383937 4 0.5249 0.5160 0.052 0.244 0.000 0.648 0.056 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 4 0.3762 0.4450 0.072 0.004 0.000 0.796 0.124 0.004
#> SRR1451778 4 0.3735 0.4364 0.084 0.000 0.000 0.792 0.120 0.004
#> SRR657089 6 0.4400 0.2666 0.004 0.000 0.332 0.000 0.032 0.632
#> SRR1395659 4 0.4499 0.3641 0.168 0.000 0.000 0.716 0.112 0.004
#> SRR1385716 6 0.4319 0.2330 0.000 0.000 0.348 0.000 0.032 0.620
#> SRR1466109 5 0.6614 0.7604 0.164 0.060 0.000 0.312 0.464 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 4 0.4706 0.5066 0.036 0.284 0.000 0.656 0.024 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661806 4 0.4547 0.5315 0.020 0.244 0.000 0.692 0.044 0.000
#> SRR1334919 6 0.4378 0.1986 0.000 0.000 0.368 0.000 0.032 0.600
#> SRR599249 1 0.5099 0.0384 0.496 0.000 0.000 0.000 0.080 0.424
#> SRR810051 2 0.1349 0.8282 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004 0.000
#> SRR1407202 4 0.4608 0.5091 0.060 0.076 0.000 0.760 0.100 0.004
#> SRR1434399 1 0.3792 0.4498 0.764 0.000 0.000 0.188 0.044 0.004
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.4528 0.2008 0.564 0.000 0.000 0.004 0.028 0.404
#> SRR1382508 6 0.4985 0.4488 0.056 0.000 0.240 0.000 0.036 0.668
#> SRR1405028 1 0.6949 0.1542 0.468 0.004 0.000 0.192 0.256 0.080
#> SRR612719 1 0.5355 0.2711 0.576 0.000 0.000 0.008 0.108 0.308
#> SRR1340617 2 0.2346 0.7796 0.000 0.868 0.000 0.124 0.008 0.000
#> SRR1448183 1 0.4850 0.5722 0.716 0.000 0.000 0.044 0.076 0.164
#> SRR1362488 2 0.1444 0.8215 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.4676 0.0962 0.428 0.000 0.000 0.528 0.044 0.000
#> SRR1454374 1 0.3850 0.4855 0.716 0.000 0.000 0.004 0.020 0.260
#> SRR811891 1 0.5087 0.0785 0.508 0.000 0.000 0.000 0.080 0.412
#> SRR1477837 1 0.5424 -0.0739 0.452 0.000 0.000 0.004 0.100 0.444
#> SRR607252 1 0.3792 0.4498 0.764 0.000 0.000 0.188 0.044 0.004
#> SRR1418946 1 0.5824 0.3631 0.592 0.000 0.000 0.248 0.116 0.044
#> SRR1456567 2 0.4504 0.1737 0.004 0.540 0.000 0.432 0.024 0.000
#> SRR1487425 2 0.4150 0.4025 0.004 0.612 0.000 0.372 0.012 0.000
#> SRR1335627 4 0.4499 0.3641 0.168 0.000 0.000 0.716 0.112 0.004
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 4 0.4937 0.2849 0.164 0.000 0.000 0.668 0.164 0.004
#> SRR1447673 4 0.5566 0.4654 0.192 0.064 0.000 0.668 0.060 0.016
#> SRR815735 1 0.5567 0.0525 0.540 0.000 0.000 0.336 0.112 0.012
#> SRR1404251 2 0.0603 0.8407 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR601645 1 0.4274 0.3580 0.636 0.000 0.000 0.004 0.024 0.336
#> SRR656300 4 0.5731 0.0919 0.372 0.000 0.000 0.504 0.104 0.020
#> SRR659983 5 0.5676 0.8076 0.196 0.000 0.000 0.284 0.520 0.000
#> SRR1402414 4 0.4540 0.3569 0.168 0.000 0.000 0.712 0.116 0.004
#> SRR614215 4 0.3865 0.4655 0.064 0.016 0.000 0.800 0.116 0.004
#> SRR659283 1 0.4427 0.4341 0.660 0.000 0.000 0.004 0.044 0.292
#> SRR1459956 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.3900 0.6093 0.792 0.000 0.000 0.056 0.024 0.128
#> SRR1403390 6 0.4570 0.3153 0.012 0.000 0.308 0.000 0.036 0.644
#> SRR1452741 6 0.5248 0.2522 0.404 0.000 0.000 0.004 0.084 0.508
#> SRR1458484 6 0.4378 0.1986 0.000 0.000 0.368 0.000 0.032 0.600
#> SRR1387091 4 0.5051 0.5418 0.148 0.132 0.000 0.692 0.028 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.4275 0.4706 0.008 0.644 0.000 0.328 0.020 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.4302 0.3623 0.628 0.000 0.000 0.004 0.024 0.344
#> SRR1406069 4 0.4906 0.2270 0.344 0.016 0.000 0.596 0.044 0.000
#> SRR1419829 4 0.4499 0.3641 0.168 0.000 0.000 0.716 0.112 0.004
#> SRR1434315 1 0.4289 0.3695 0.632 0.000 0.000 0.004 0.024 0.340
#> SRR658457 4 0.5205 0.3994 0.024 0.308 0.000 0.604 0.064 0.000
#> SRR1367849 4 0.4687 0.5727 0.092 0.172 0.000 0.716 0.020 0.000
#> SRR1320939 1 0.6112 0.3272 0.572 0.000 0.000 0.108 0.248 0.072
#> SRR656588 6 0.2883 0.6010 0.152 0.000 0.008 0.000 0.008 0.832
#> SRR599025 1 0.3990 0.5772 0.760 0.000 0.000 0.040 0.016 0.184
#> SRR1401446 1 0.5668 0.0604 0.476 0.000 0.000 0.016 0.100 0.408
#> SRR1398311 2 0.0363 0.8411 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1442149 6 0.3690 0.5220 0.288 0.000 0.000 0.000 0.012 0.700
#> SRR809137 1 0.4094 0.3788 0.652 0.000 0.000 0.000 0.024 0.324
#> SRR1414982 2 0.4481 0.2372 0.004 0.556 0.000 0.416 0.024 0.000
#> SRR600852 6 0.4306 0.4436 0.344 0.000 0.000 0.000 0.032 0.624
#> SRR1414857 4 0.4627 0.1320 0.008 0.456 0.000 0.512 0.024 0.000
#> SRR1321225 1 0.5668 0.0604 0.476 0.000 0.000 0.016 0.100 0.408
#> SRR1069802 6 0.3674 0.5411 0.268 0.000 0.000 0.000 0.016 0.716
#> SRR1077643 2 0.2070 0.7999 0.000 0.896 0.000 0.092 0.012 0.000
#> SRR1334154 4 0.5100 0.4396 0.224 0.072 0.000 0.668 0.036 0.000
#> SRR1390072 2 0.4048 0.4747 0.004 0.644 0.000 0.340 0.012 0.000
#> SRR1467612 2 0.2431 0.7805 0.000 0.860 0.000 0.132 0.008 0.000
#> SRR1430133 4 0.4937 0.2849 0.164 0.000 0.000 0.668 0.164 0.004
#> SRR1468595 1 0.3571 0.5294 0.760 0.000 0.000 0.004 0.020 0.216
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 1 0.5383 0.3042 0.576 0.000 0.000 0.012 0.100 0.312
#> SRR1311243 1 0.3098 0.6243 0.852 0.000 0.000 0.068 0.012 0.068
#> SRR1385235 1 0.3178 0.5975 0.848 0.000 0.000 0.088 0.020 0.044
#> SRR1469638 4 0.5338 0.5226 0.044 0.192 0.000 0.664 0.100 0.000
#> SRR662150 5 0.5676 0.8076 0.196 0.000 0.000 0.284 0.520 0.000
#> SRR1400290 6 0.4526 0.5809 0.092 0.000 0.136 0.000 0.028 0.744
#> SRR1084892 4 0.5321 0.5331 0.060 0.148 0.000 0.692 0.096 0.004
#> SRR1416166 1 0.6093 0.3293 0.576 0.000 0.000 0.108 0.244 0.072
#> SRR1477015 6 0.4409 0.1730 0.000 0.000 0.380 0.000 0.032 0.588
#> SRR1380501 1 0.5577 0.2536 0.544 0.000 0.000 0.016 0.104 0.336
#> SRR1446156 4 0.4912 0.3846 0.184 0.000 0.000 0.688 0.112 0.016
#> SRR1488328 2 0.0935 0.8362 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1086889 2 0.3938 0.5325 0.004 0.672 0.000 0.312 0.012 0.000
#> SRR814611 6 0.5321 0.2069 0.400 0.000 0.000 0.004 0.092 0.504
#> SRR599086 1 0.4790 0.5974 0.740 0.000 0.000 0.092 0.088 0.080
#> SRR1086844 6 0.3019 0.6055 0.128 0.000 0.020 0.000 0.012 0.840
#> SRR1464535 1 0.4774 0.3189 0.648 0.000 0.000 0.288 0.044 0.020
#> SRR807877 4 0.4482 0.4935 0.024 0.316 0.000 0.644 0.016 0.000
#> SRR1477033 6 0.3255 0.5992 0.084 0.000 0.052 0.000 0.020 0.844
#> SRR1335164 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 6 0.4490 0.2185 0.004 0.000 0.360 0.000 0.032 0.604
#> SRR1446226 6 0.3314 0.5547 0.256 0.000 0.000 0.000 0.004 0.740
#> SRR659637 4 0.4661 0.5479 0.048 0.228 0.000 0.696 0.028 0.000
#> SRR600474 1 0.4209 0.2447 0.596 0.000 0.000 0.000 0.020 0.384
#> SRR1307699 6 0.3016 0.6050 0.136 0.000 0.016 0.000 0.012 0.836
#> SRR1312540 1 0.5567 0.0525 0.540 0.000 0.000 0.336 0.112 0.012
#> SRR1323628 4 0.5205 0.2771 0.196 0.012 0.000 0.648 0.144 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384413 1 0.4946 0.1443 0.572 0.000 0.000 0.368 0.048 0.012
#> SRR1366855 4 0.5446 0.5187 0.076 0.224 0.000 0.644 0.056 0.000
#> SRR1077115 2 0.0260 0.8425 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1399990 6 0.4526 0.5809 0.092 0.000 0.136 0.000 0.028 0.744
#> SRR1434093 1 0.5676 0.0307 0.464 0.000 0.000 0.016 0.100 0.420
#> SRR1341408 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612335 2 0.1753 0.8135 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004 0.000
#> SRR1321420 1 0.3301 0.5425 0.828 0.000 0.000 0.124 0.032 0.016
#> SRR1329177 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.4756 0.1745 0.004 0.432 0.000 0.524 0.040 0.000
#> SRR614996 1 0.3422 0.5918 0.832 0.000 0.000 0.100 0.036 0.032
#> SRR1431602 4 0.5249 0.5160 0.052 0.244 0.000 0.648 0.056 0.000
#> SRR1311509 4 0.3583 0.4815 0.032 0.040 0.000 0.820 0.108 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9716 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.4469 0.2053 0.012 0.436 0.000 0.540 0.012 0.000
#> SRR1469591 6 0.4526 0.5809 0.092 0.000 0.136 0.000 0.028 0.744
#> SRR1392813 4 0.5764 0.0263 0.360 0.004 0.000 0.516 0.104 0.016
#> SRR1453026 4 0.5289 0.5376 0.056 0.156 0.000 0.692 0.092 0.004
#> SRR1388105 1 0.5383 0.3042 0.576 0.000 0.000 0.012 0.100 0.312
#> SRR1357558 6 0.3155 0.6009 0.160 0.000 0.012 0.000 0.012 0.816
#> SRR615898 3 0.0291 0.9659 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.930 0.945 0.978 0.4531 0.542 0.542
#> 3 3 1.000 0.964 0.987 0.3119 0.686 0.502
#> 4 4 0.882 0.913 0.962 0.1972 0.770 0.502
#> 5 5 0.803 0.851 0.909 0.0765 0.826 0.500
#> 6 6 0.730 0.628 0.776 0.0558 0.928 0.707
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.6973 0.7849 0.812 0.188
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1321283 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1387702 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1406265 2 0.0376 0.9833 0.004 0.996
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR657492 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR662665 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR613462 2 0.1843 0.9582 0.028 0.972
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR612875 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR602437 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR663404 1 0.8081 0.6995 0.752 0.248
#> SRR1337238 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1360442 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1442686 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1072650 1 0.4815 0.8791 0.896 0.104
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1087197 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1383960 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR662390 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR658421 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1352936 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR598148 1 0.5629 0.8514 0.868 0.132
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1389777 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1381524 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.5629 0.8513 0.868 0.132
#> SRR599380 1 0.4939 0.8755 0.892 0.108
#> SRR1337388 1 0.7950 0.7122 0.760 0.240
#> SRR2185195 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1489693 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR661337 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR601239 2 0.9922 0.1247 0.448 0.552
#> SRR1468995 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1352111 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.4939 0.8755 0.892 0.108
#> SRR660756 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR816358 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR658283 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1405593 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1326040 1 0.4939 0.8755 0.892 0.108
#> SRR1312725 1 0.4939 0.8755 0.892 0.108
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR815661 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR661229 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR663705 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1477569 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR602461 2 0.0376 0.9833 0.004 0.996
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1474730 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR614683 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1318998 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR604230 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1347667 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR665514 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1454522 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1429802 2 0.9795 0.2337 0.416 0.584
#> SRR1345436 1 0.7219 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1433684 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR613186 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1420606 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.7950 0.7120 0.760 0.240
#> SRR1458973 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1402195 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1429516 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.5059 0.8716 0.888 0.112
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1435501 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1093243 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.4690 0.8825 0.900 0.100
#> SRR598589 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR607313 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.8763 0.6175 0.704 0.296
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1406243 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1332607 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR604174 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1345221 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR815517 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR615970 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1383125 2 0.9996 -0.0324 0.488 0.512
#> SRR1331013 2 0.9795 0.2337 0.416 0.584
#> SRR1419638 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1088142 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR604206 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1409748 1 0.9881 0.2889 0.564 0.436
#> SRR1325504 1 0.5629 0.8512 0.868 0.132
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1314851 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.9775 0.3549 0.588 0.412
#> SRR1406599 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1308696 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR812649 1 0.4815 0.8790 0.896 0.104
#> SRR1366690 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR661192 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1384827 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR656899 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1349772 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR2170537 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.9491 0.4689 0.632 0.368
#> SRR1321505 2 0.3114 0.9273 0.056 0.944
#> SRR1457768 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1340641 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR657903 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1403458 1 0.0672 0.9519 0.992 0.008
#> SRR1460073 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1441850 2 0.9815 0.2208 0.420 0.580
#> SRR613759 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1077528 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1364695 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.3733 0.9053 0.928 0.072
#> SRR1313560 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR2185233 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR817825 1 0.9460 0.4807 0.636 0.364
#> SRR660366 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR655423 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1325247 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1351583 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1437454 2 0.0376 0.9833 0.004 0.996
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1322395 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1325464 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1076779 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR661120 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR601613 1 0.8861 0.6036 0.696 0.304
#> SRR811535 1 0.4939 0.8755 0.892 0.108
#> SRR820316 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1375677 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR604122 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR598509 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1397052 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.9996 0.1166 0.512 0.488
#> SRR603449 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.4939 0.8755 0.892 0.108
#> SRR808808 1 0.2778 0.9236 0.952 0.048
#> SRR656288 2 0.1414 0.9668 0.020 0.980
#> SRR1405886 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR2164847 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR807901 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR816064 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR810507 1 0.4939 0.8755 0.892 0.108
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1349893 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1444722 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1316483 2 0.0376 0.9833 0.004 0.996
#> SRR662749 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1342701 1 0.7950 0.7119 0.760 0.240
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1326343 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR811145 2 0.8499 0.5903 0.276 0.724
#> SRR615359 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1090483 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1388698 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1388419 2 0.0938 0.9751 0.012 0.988
#> SRR1442250 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1085925 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR820655 1 0.6887 0.7901 0.816 0.184
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1330153 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1451778 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR657089 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1466109 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1080977 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1441725 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR661806 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1334919 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1407202 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1434399 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1330965 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1405028 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1448183 2 0.9866 0.1813 0.432 0.568
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1477837 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR607252 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1418946 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1327680 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR815735 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR656300 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR659983 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR614215 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1317428 2 0.9993 -0.0163 0.484 0.516
#> SRR1403390 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR658457 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1320939 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR599025 2 0.8327 0.6143 0.264 0.736
#> SRR1401446 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1442149 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.5629 0.8513 0.868 0.132
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.4815 0.8791 0.896 0.104
#> SRR1351931 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1374028 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.9944 0.2266 0.544 0.456
#> SRR1385235 1 1.0000 0.0714 0.500 0.500
#> SRR1469638 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR662150 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1416166 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1380501 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.4939 0.8755 0.892 0.108
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1464535 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR659637 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1312540 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1323628 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1430951 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1385364 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1478149 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1384413 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1321420 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR614996 2 0.0376 0.9833 0.004 0.996
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1311509 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1507229 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000
#> SRR1388105 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.0000 0.9572 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349433 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 1 0.3619 0.797 0.864 0.136 0.000
#> SRR612875 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087197 2 0.6154 0.309 0.408 0.592 0.000
#> SRR1383960 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 2 0.5363 0.596 0.276 0.724 0.000
#> SRR1352936 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR598148 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468682 2 0.4654 0.707 0.208 0.792 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479286 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR658331 3 0.3551 0.843 0.132 0.000 0.868
#> SRR810619 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489693 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398706 2 0.1753 0.928 0.048 0.952 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 2 0.5810 0.493 0.336 0.664 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 2 0.6126 0.331 0.400 0.600 0.000
#> SRR665514 2 0.5529 0.563 0.296 0.704 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429802 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402195 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429516 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 1 0.6154 0.312 0.592 0.408 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0237 0.979 0.004 0.996 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 3 0.5650 0.555 0.312 0.000 0.688
#> SRR607313 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419638 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434975 1 0.6126 0.334 0.600 0.400 0.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352234 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487807 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.2066 0.913 0.060 0.940 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314851 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384827 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR602106 3 0.6215 0.267 0.428 0.000 0.572
#> SRR615335 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340641 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR657903 2 0.0237 0.979 0.004 0.996 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.6140 0.316 0.596 0.404 0.000
#> SRR1441850 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364695 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352213 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185233 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 2 0.0237 0.979 0.004 0.996 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 2 0.4062 0.772 0.164 0.836 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR807901 2 0.4702 0.700 0.212 0.788 0.000
#> SRR816064 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388698 2 0.4931 0.669 0.232 0.768 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442250 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 2 0.4062 0.772 0.164 0.836 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 3 0.4291 0.778 0.180 0.000 0.820
#> SRR1395659 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385716 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466109 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR661806 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.1529 0.938 0.040 0.960 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477837 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 1 0.5591 0.526 0.696 0.304 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR614215 2 0.1643 0.933 0.044 0.956 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.1529 0.938 0.040 0.960 0.000
#> SRR1419829 1 0.1289 0.944 0.968 0.032 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334154 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.5760 0.483 0.672 0.328 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477015 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380501 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.6168 0.293 0.588 0.412 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442648 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 4 0.2921 0.8196 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.1211 0.9347 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1366367 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1458026 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1094192 2 0.2760 0.8295 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1397180 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR657492 4 0.1389 0.9165 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR662665 1 0.3400 0.7734 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR818530 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613462 1 0.1118 0.9420 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454136 4 0.0469 0.9414 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1380785 4 0.0188 0.9429 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR612875 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR808327 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310563 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR602437 4 0.3688 0.7322 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR663404 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.3172 0.7955 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1360442 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 4 0.2589 0.8464 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 4 0.2973 0.8206 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383960 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR600924 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1352936 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR598148 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389777 4 0.2647 0.8421 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR603918 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075631 4 0.4008 0.6748 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479286 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1381524 3 0.1716 0.9276 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.2281 0.8596 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658331 1 0.1576 0.9224 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR810619 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR599380 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 4 0.2081 0.8797 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1489693 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR661337 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR601239 1 0.0188 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.1557 0.9190 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1330944 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.4776 0.4378 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR816358 1 0.1302 0.9313 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR658283 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.1118 0.9258 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1087992 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405593 4 0.2589 0.8464 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1326040 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1398706 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.2469 0.8488 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR603968 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.4164 0.6494 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR663100 4 0.1637 0.9070 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR661229 4 0.2973 0.8151 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR655792 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 4 0.0469 0.9398 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1435182 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1477569 4 0.3123 0.8010 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR602461 1 0.0592 0.9556 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663014 2 0.2760 0.8295 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1417960 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657695 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1357650 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1472237 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1470816 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1318998 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392795 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360587 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR604230 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665514 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1429802 1 0.0469 0.9585 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345436 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433684 1 0.1302 0.9313 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR613186 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.2149 0.8828 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0592 0.9732 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1309856 2 0.4008 0.6837 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1102756 4 0.1557 0.9108 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1391789 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1402195 4 0.0592 0.9389 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1429516 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1406662 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 4 0.2345 0.8714 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 4 0.0336 0.9433 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1434568 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1341965 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1452491 2 0.4134 0.6756 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.1302 0.9152 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1418390 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.2469 0.8622 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR607313 1 0.1022 0.9426 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR812222 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455503 2 0.3444 0.7682 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR810737 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1406243 1 0.2760 0.8360 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308674 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.4961 0.2234 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR604174 4 0.2973 0.8052 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1345221 1 0.1118 0.9390 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR815517 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR615970 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0188 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331013 1 0.0817 0.9492 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1419638 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434975 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445741 4 0.2647 0.8496 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1088142 1 0.1302 0.9315 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR604206 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.3649 0.7386 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1410334 2 0.1211 0.9056 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1352234 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1487807 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1489715 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.0592 0.9557 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 1 0.3726 0.7276 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1366690 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.2589 0.8412 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1442487 4 0.1557 0.9108 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1069690 2 0.2081 0.8698 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1319344 4 0.2149 0.8831 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1332835 4 0.2149 0.8828 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1334694 4 0.2408 0.8553 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1478434 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661192 4 0.2081 0.8797 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1384827 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814587 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656899 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1088340 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1349772 1 0.4761 0.4186 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1317305 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442273 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1407470 4 0.0469 0.9414 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1490289 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.4643 0.5175 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR2170537 4 0.2973 0.8151 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR602106 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR615335 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.0921 0.9283 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR657903 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1441850 1 0.0817 0.9496 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR613759 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1440445 1 0.3402 0.7821 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1077528 4 0.2530 0.8506 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1364695 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 4 0.2973 0.8192 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1092889 2 0.3024 0.8089 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1352213 3 0.1211 0.9507 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR2185233 2 0.4008 0.6971 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817825 1 0.0336 0.9633 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR660366 4 0.2973 0.8151 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR655423 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR821183 2 0.2345 0.8561 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1323512 4 0.0469 0.9414 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1325247 4 0.2345 0.8632 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.0817 0.9496 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1318484 4 0.3764 0.7219 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1322395 1 0.0707 0.9524 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1378131 4 0.3266 0.7920 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1325464 1 0.0707 0.9527 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1340280 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455842 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.3024 0.8110 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR662763 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661120 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 4 0.3356 0.7777 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.4843 0.3612 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604122 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR598509 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397052 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1339199 2 0.2469 0.8488 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0188 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603449 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656288 1 0.0592 0.9556 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379365 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1384852 2 0.4972 0.1946 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164847 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807901 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR816064 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR810507 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.1211 0.9353 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0336 0.9635 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662749 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 1 0.1557 0.9215 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1343653 2 0.2345 0.8562 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1336134 4 0.1557 0.9108 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR654940 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR811145 1 0.0188 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR615359 4 0.4992 0.0195 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 1 0.4605 0.5121 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1388698 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388419 1 0.4817 0.3971 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1442250 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1430679 2 0.4866 0.3730 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1311109 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1478990 2 0.2868 0.8213 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1392434 2 0.0469 0.9272 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1085925 1 0.2149 0.8839 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR820655 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.3074 0.8094 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1451778 4 0.2647 0.8421 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR657089 1 0.2714 0.8560 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR1395659 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1385716 3 0.1716 0.9276 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1466109 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661806 4 0.0469 0.9412 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1334919 3 0.1211 0.9511 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1434399 4 0.2345 0.8632 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405028 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612719 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0188 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477837 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR607252 4 0.2647 0.8421 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1418946 1 0.1211 0.9386 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1456567 4 0.3873 0.7028 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335627 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 4 0.0336 0.9420 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1447673 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR815735 1 0.4967 0.1876 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.2760 0.8333 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR659983 4 0.1302 0.9153 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1402414 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614215 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR659283 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0188 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403390 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452741 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458484 3 0.3486 0.7830 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1387091 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1419829 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 2 0.3907 0.7122 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1367849 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1320939 1 0.0921 0.9461 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR656588 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0469 0.9585 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1401446 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442149 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.2011 0.8891 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR600852 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.4713 0.4851 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1321225 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334154 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1390072 4 0.0817 0.9336 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1467612 4 0.4925 0.2185 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1430133 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR662150 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1400290 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084892 4 0.2408 0.8666 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1416166 4 0.4985 0.1033 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1477015 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380501 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446156 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR599086 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.2530 0.8506 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR807877 4 0.1211 0.9230 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.3311 0.8024 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR600474 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 4 0.4193 0.6415 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1323628 4 0.0188 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.3569 0.7480 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1366855 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434093 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612335 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.3726 0.7250 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1329177 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.4761 0.4569 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR614996 1 0.0336 0.9635 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1431602 4 0.2589 0.8527 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1311509 4 0.0188 0.9452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0707 0.9362 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1469591 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392813 4 0.0000 0.9443 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453026 4 0.4431 0.5508 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1388105 1 0.0188 0.9646 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1468613 1 0.4306 -0.1553 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR815184 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1467904 5 0.3305 0.6466 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1442648 4 0.0404 0.9015 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 4 0.4367 0.2123 0.416 0.000 0.000 0.580 0.004
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.2426 0.8170 0.900 0.000 0.000 0.036 0.064
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1366367 4 0.1597 0.9019 0.012 0.000 0.000 0.940 0.048
#> SRR1458026 4 0.1965 0.8984 0.024 0.000 0.000 0.924 0.052
#> SRR1094192 4 0.2719 0.8372 0.000 0.144 0.000 0.852 0.004
#> SRR1397180 4 0.1725 0.9010 0.020 0.000 0.000 0.936 0.044
#> SRR657492 4 0.3019 0.8800 0.048 0.000 0.000 0.864 0.088
#> SRR662665 1 0.1549 0.8753 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR818530 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613462 1 0.3846 0.7562 0.800 0.000 0.000 0.056 0.144
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454136 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380785 4 0.5375 0.2648 0.368 0.000 0.000 0.568 0.064
#> SRR612875 4 0.2426 0.8924 0.036 0.000 0.000 0.900 0.064
#> SRR808327 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 5 0.1965 0.9078 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1080415 1 0.2179 0.8187 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1310563 5 0.1965 0.9078 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR602437 1 0.1281 0.8538 0.956 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR663404 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1337238 1 0.0000 0.8711 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.2645 0.8090 0.888 0.000 0.000 0.044 0.068
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.4297 -0.0764 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1442686 1 0.2426 0.8170 0.900 0.000 0.000 0.036 0.064
#> SRR1345736 1 0.2471 0.7915 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 4 0.0451 0.9018 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1072650 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 4 0.2068 0.8437 0.092 0.000 0.000 0.904 0.004
#> SRR1383960 4 0.0807 0.9045 0.012 0.000 0.000 0.976 0.012
#> SRR600924 1 0.1908 0.8384 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR662390 4 0.2793 0.8846 0.036 0.000 0.000 0.876 0.088
#> SRR1071692 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR658421 4 0.4734 0.7540 0.188 0.000 0.000 0.724 0.088
#> SRR1352936 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR598148 1 0.4060 0.4288 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.2409 0.8174 0.900 0.000 0.000 0.032 0.068
#> SRR603918 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 4 0.1741 0.9009 0.024 0.000 0.000 0.936 0.040
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 5 0.2516 0.8921 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1075631 4 0.0794 0.9015 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479286 1 0.3532 0.7539 0.824 0.000 0.000 0.128 0.048
#> SRR1381524 5 0.2471 0.7588 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 4 0.2193 0.8646 0.000 0.092 0.000 0.900 0.008
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658331 5 0.2124 0.9076 0.096 0.000 0.004 0.000 0.900
#> SRR810619 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.1043 0.8772 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR599380 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1337388 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2185195 1 0.2628 0.8055 0.884 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR1489693 5 0.1965 0.9078 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 5 0.2813 0.8990 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1384805 4 0.0693 0.9043 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR661337 4 0.3912 0.8403 0.108 0.000 0.000 0.804 0.088
#> SRR601239 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0880 0.8787 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1330944 4 0.1648 0.9016 0.020 0.000 0.000 0.940 0.040
#> SRR1419453 3 0.0162 0.9866 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR660756 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.1478 0.8824 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR816358 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR658283 4 0.0794 0.9009 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR813728 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.1364 0.9047 0.000 0.012 0.000 0.952 0.036
#> SRR1087992 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1405593 1 0.1638 0.8451 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1326040 1 0.1965 0.8315 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1312725 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1478189 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1488632 4 0.2036 0.9000 0.024 0.000 0.000 0.920 0.056
#> SRR1398706 4 0.0290 0.9021 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392749 4 0.2891 0.8047 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0671 0.8640 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR663100 4 0.2793 0.8846 0.036 0.000 0.000 0.876 0.088
#> SRR661229 1 0.2248 0.8153 0.900 0.000 0.000 0.012 0.088
#> SRR655792 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR663705 1 0.3002 0.7816 0.856 0.000 0.000 0.116 0.028
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.1800 0.9004 0.020 0.000 0.000 0.932 0.048
#> SRR1331444 5 0.3143 0.8616 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1439958 2 0.4060 0.3876 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1384917 4 0.0404 0.9015 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1435182 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477569 1 0.0963 0.8571 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR602461 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1334338 5 0.3983 0.6413 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR1354710 5 0.4287 0.3140 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR613510 5 0.3837 0.6510 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR663014 2 0.5534 0.0704 0.000 0.508 0.000 0.424 0.068
#> SRR1417960 4 0.2036 0.8988 0.024 0.000 0.000 0.920 0.056
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657695 4 0.0404 0.9015 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1357650 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472237 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470816 4 0.0404 0.9015 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1458358 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR614683 4 0.5385 0.5987 0.288 0.000 0.000 0.624 0.088
#> SRR1318998 5 0.3039 0.6917 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1392795 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1469859 1 0.4182 0.2108 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360587 4 0.1741 0.9009 0.024 0.000 0.000 0.936 0.040
#> SRR604230 1 0.2992 0.7917 0.868 0.000 0.000 0.064 0.068
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 4 0.3010 0.7529 0.172 0.000 0.000 0.824 0.004
#> SRR665514 4 0.5282 0.6387 0.268 0.000 0.000 0.644 0.088
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 1 0.4031 0.7022 0.772 0.000 0.000 0.184 0.044
#> SRR1429802 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1345436 1 0.3455 0.7184 0.784 0.000 0.000 0.008 0.208
#> SRR1433684 1 0.1043 0.8785 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR613186 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.0162 0.9026 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 5 0.2891 0.8622 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1326687 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1458973 5 0.3074 0.6864 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1309856 4 0.2230 0.8487 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1102756 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1391789 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1402195 4 0.2676 0.8893 0.036 0.000 0.000 0.884 0.080
#> SRR1429516 4 0.2554 0.8899 0.036 0.000 0.000 0.892 0.072
#> SRR1406662 4 0.3700 0.6470 0.240 0.000 0.000 0.752 0.008
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 4 0.0290 0.9021 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1342916 1 0.1043 0.8772 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1362824 4 0.0162 0.9026 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1455326 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1349956 1 0.4306 -0.1539 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1409487 4 0.2793 0.8846 0.036 0.000 0.000 0.876 0.088
#> SRR1434568 4 0.1106 0.9041 0.024 0.000 0.000 0.964 0.012
#> SRR1341965 1 0.4370 0.6439 0.724 0.000 0.000 0.236 0.040
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 4 0.3912 0.8403 0.108 0.000 0.000 0.804 0.088
#> SRR1452491 4 0.1544 0.8874 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 1 0.2674 0.7931 0.868 0.000 0.000 0.120 0.012
#> SRR1418390 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR608480 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR598589 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR601868 5 0.2124 0.9076 0.096 0.000 0.004 0.000 0.900
#> SRR607313 1 0.0000 0.8711 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.1893 0.8994 0.024 0.000 0.000 0.928 0.048
#> SRR1455503 4 0.2595 0.8800 0.000 0.080 0.000 0.888 0.032
#> SRR810737 4 0.2036 0.8976 0.024 0.000 0.000 0.920 0.056
#> SRR1347500 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1443182 4 0.2563 0.8250 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.2793 0.8846 0.036 0.000 0.000 0.876 0.088
#> SRR1406243 1 0.0000 0.8711 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656433 5 0.3143 0.8616 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308674 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.4262 0.1778 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1338171 4 0.1608 0.8720 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR604174 1 0.3246 0.7375 0.808 0.000 0.000 0.184 0.008
#> SRR1345221 1 0.0000 0.8711 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 5 0.1965 0.9078 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR615970 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1383125 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1331013 1 0.1043 0.8772 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1419638 5 0.1965 0.9078 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1434975 4 0.3196 0.7269 0.192 0.000 0.000 0.804 0.004
#> SRR1445741 4 0.0451 0.9018 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1088142 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR604206 4 0.3912 0.8403 0.108 0.000 0.000 0.804 0.088
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.2736 0.8938 0.024 0.016 0.000 0.892 0.068
#> SRR1410334 4 0.2929 0.8106 0.000 0.152 0.000 0.840 0.008
#> SRR1352234 1 0.3657 0.7530 0.820 0.000 0.000 0.116 0.064
#> SRR1487807 4 0.5103 0.3029 0.404 0.000 0.000 0.556 0.040
#> SRR1489715 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR813915 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.1043 0.8785 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1325504 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1436490 4 0.0290 0.9021 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 1 0.1300 0.8753 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1354599 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1406599 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 5 0.2813 0.8990 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR812649 5 0.5396 0.1979 0.444 0.000 0.000 0.056 0.500
#> SRR1366690 1 0.3203 0.7467 0.820 0.000 0.000 0.168 0.012
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 4 0.2280 0.8566 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1442487 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1069690 2 0.3983 0.4407 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1319344 4 0.0579 0.9016 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1332835 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1334694 1 0.4420 0.2652 0.548 0.000 0.000 0.448 0.004
#> SRR1478434 4 0.1893 0.8993 0.024 0.000 0.000 0.928 0.048
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.2248 0.8153 0.900 0.000 0.000 0.012 0.088
#> SRR1384827 5 0.3573 0.8609 0.152 0.000 0.000 0.036 0.812
#> SRR814587 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656899 4 0.3535 0.8617 0.088 0.000 0.000 0.832 0.080
#> SRR1088340 4 0.1522 0.9024 0.012 0.000 0.000 0.944 0.044
#> SRR1349772 1 0.1597 0.8429 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1317305 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1442273 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407470 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1490289 4 0.4380 0.3828 0.376 0.000 0.000 0.616 0.008
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.4126 0.3910 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1447652 1 0.4306 -0.1553 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1324545 4 0.1557 0.8849 0.000 0.052 0.000 0.940 0.008
#> SRR2170537 1 0.2540 0.8082 0.888 0.000 0.000 0.024 0.088
#> SRR602106 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR615335 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1321505 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.2504 0.8144 0.896 0.000 0.000 0.040 0.064
#> SRR657903 4 0.3741 0.8464 0.108 0.000 0.000 0.816 0.076
#> SRR1403458 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1460073 4 0.5192 0.6219 0.280 0.000 0.000 0.644 0.076
#> SRR1441850 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR613759 1 0.1965 0.8320 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1472281 4 0.0912 0.9045 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1440445 5 0.2248 0.9018 0.088 0.000 0.012 0.000 0.900
#> SRR1088734 4 0.3274 0.7462 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1455607 4 0.1965 0.8984 0.024 0.000 0.000 0.924 0.052
#> SRR1077528 1 0.1571 0.8479 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR1364695 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1348226 1 0.1043 0.8772 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1313560 4 0.2905 0.8841 0.036 0.000 0.000 0.868 0.096
#> SRR1092889 4 0.1628 0.8839 0.000 0.056 0.000 0.936 0.008
#> SRR1352213 5 0.2471 0.7588 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR2185233 2 0.6417 0.2693 0.036 0.540 0.000 0.336 0.088
#> SRR1353970 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR662641 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 1 0.4973 0.4436 0.632 0.000 0.000 0.048 0.320
#> SRR660366 1 0.2248 0.8153 0.900 0.000 0.000 0.012 0.088
#> SRR655423 4 0.3912 0.8403 0.108 0.000 0.000 0.804 0.088
#> SRR821183 4 0.2249 0.8591 0.000 0.096 0.000 0.896 0.008
#> SRR1323512 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1325247 1 0.2659 0.8167 0.888 0.000 0.000 0.060 0.052
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1318484 4 0.1012 0.9039 0.000 0.020 0.000 0.968 0.012
#> SRR1322395 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1378131 4 0.1018 0.9034 0.000 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR1325464 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1340280 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1455842 4 0.0912 0.9045 0.012 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0510 0.8652 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR662763 4 0.0290 0.9021 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR661120 4 0.4383 0.1848 0.424 0.000 0.000 0.572 0.004
#> SRR601613 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR811535 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR820316 4 0.3649 0.8562 0.088 0.000 0.000 0.824 0.088
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0807 0.8628 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 4 0.3800 0.8460 0.108 0.000 0.000 0.812 0.080
#> SRR598509 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 4 0.3620 0.8494 0.108 0.000 0.000 0.824 0.068
#> SRR1339921 5 0.2561 0.9063 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR664743 4 0.2793 0.8846 0.036 0.000 0.000 0.876 0.088
#> SRR1339199 4 0.2020 0.8660 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1355660 1 0.4300 -0.0926 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1481012 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR603449 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1400889 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR808808 1 0.4138 0.3599 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR656288 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0451 0.9515 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR662043 1 0.3684 0.5531 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1381211 2 0.0404 0.9504 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1379365 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1384852 4 0.1965 0.8588 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164847 2 0.0162 0.9587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR807901 4 0.4149 0.8230 0.128 0.000 0.000 0.784 0.088
#> SRR816064 4 0.3912 0.8403 0.108 0.000 0.000 0.804 0.088
#> SRR810507 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1358582 5 0.2813 0.8990 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1349893 1 0.0404 0.8742 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR662749 5 0.2813 0.8990 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1342701 1 0.5246 0.3579 0.596 0.000 0.000 0.060 0.344
#> SRR1343653 4 0.2648 0.8296 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1336134 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR654940 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 4 0.3800 0.8460 0.108 0.000 0.000 0.812 0.080
#> SRR811145 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR615359 4 0.1251 0.8980 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 1 0.0671 0.8698 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1388698 4 0.2249 0.8738 0.096 0.000 0.000 0.896 0.008
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0290 0.9532 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1388419 1 0.5053 0.5099 0.624 0.000 0.000 0.324 0.052
#> SRR1442250 4 0.0404 0.9015 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1430679 4 0.1197 0.8942 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1311109 4 0.2793 0.8846 0.036 0.000 0.000 0.876 0.088
#> SRR1478990 4 0.3110 0.8722 0.000 0.080 0.000 0.860 0.060
#> SRR1392434 4 0.2561 0.8223 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.8711 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1383937 4 0.1894 0.8991 0.008 0.000 0.000 0.920 0.072
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 4 0.3682 0.8491 0.108 0.000 0.000 0.820 0.072
#> SRR1451778 1 0.2388 0.8180 0.900 0.000 0.000 0.028 0.072
#> SRR657089 5 0.2124 0.9076 0.096 0.000 0.004 0.000 0.900
#> SRR1395659 4 0.0404 0.9015 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1385716 5 0.2471 0.7588 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1466109 4 0.3912 0.8403 0.108 0.000 0.000 0.804 0.088
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 4 0.0898 0.9044 0.020 0.000 0.000 0.972 0.008
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661806 4 0.1845 0.9019 0.016 0.000 0.000 0.928 0.056
#> SRR1334919 5 0.2471 0.7588 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR599249 5 0.2813 0.8990 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR810051 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 4 0.3593 0.8603 0.088 0.000 0.000 0.828 0.084
#> SRR1434399 1 0.2426 0.8170 0.900 0.000 0.000 0.036 0.064
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.1478 0.8619 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1382508 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1405028 1 0.3720 0.6857 0.760 0.000 0.000 0.228 0.012
#> SRR612719 5 0.2074 0.9092 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.2036 0.8976 0.024 0.000 0.000 0.920 0.056
#> SRR1454374 1 0.2561 0.7825 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR811891 5 0.2813 0.8997 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1477837 5 0.1965 0.9078 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR607252 1 0.2426 0.8170 0.900 0.000 0.000 0.036 0.064
#> SRR1418946 1 0.2843 0.8239 0.876 0.000 0.000 0.048 0.076
#> SRR1456567 4 0.2278 0.8965 0.000 0.032 0.000 0.908 0.060
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335627 4 0.0404 0.9015 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447673 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR815735 1 0.0798 0.8693 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR656300 1 0.1670 0.8485 0.936 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR659983 1 0.2448 0.8108 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1402414 4 0.4444 0.3666 0.364 0.000 0.000 0.624 0.012
#> SRR614215 4 0.3800 0.8460 0.108 0.000 0.000 0.812 0.080
#> SRR659283 1 0.1043 0.8772 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1403390 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1452741 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1458484 5 0.2020 0.8062 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1387091 4 0.1965 0.8984 0.024 0.000 0.000 0.924 0.052
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.3074 0.7022 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.1732 0.8490 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1406069 4 0.1965 0.8997 0.024 0.000 0.000 0.924 0.052
#> SRR1419829 4 0.2771 0.8041 0.128 0.000 0.000 0.860 0.012
#> SRR1434315 1 0.1121 0.8747 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR658457 4 0.3569 0.8785 0.036 0.040 0.000 0.852 0.072
#> SRR1367849 4 0.1893 0.8993 0.024 0.000 0.000 0.928 0.048
#> SRR1320939 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR656588 5 0.2813 0.8990 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR599025 1 0.0880 0.8787 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1401446 5 0.1965 0.9078 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442149 5 0.2813 0.8997 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR809137 1 0.2074 0.8256 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1414982 4 0.2236 0.8957 0.024 0.000 0.000 0.908 0.068
#> SRR600852 5 0.2377 0.9084 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1414857 4 0.2514 0.8891 0.000 0.060 0.000 0.896 0.044
#> SRR1321225 1 0.4709 0.3606 0.612 0.000 0.000 0.024 0.364
#> SRR1069802 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1077643 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334154 4 0.1741 0.9009 0.024 0.000 0.000 0.936 0.040
#> SRR1390072 4 0.0000 0.9029 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 4 0.0451 0.9018 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1430133 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468595 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 5 0.3752 0.6826 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1311243 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1385235 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1469638 4 0.1310 0.9037 0.024 0.000 0.000 0.956 0.020
#> SRR662150 1 0.5708 0.1087 0.528 0.000 0.000 0.384 0.088
#> SRR1400290 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1084892 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416166 1 0.2179 0.8229 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR1477015 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 5 0.3039 0.8434 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1446156 4 0.0579 0.9036 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 4 0.4219 0.3263 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR814611 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR599086 1 0.1544 0.8568 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1086844 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1464535 1 0.2504 0.8225 0.896 0.000 0.000 0.064 0.040
#> SRR807877 4 0.0162 0.9026 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1477033 5 0.2561 0.9063 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 5 0.2020 0.8062 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1446226 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR659637 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR600474 1 0.1121 0.8747 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1307699 5 0.2732 0.9027 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1312540 1 0.1430 0.8520 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1323628 4 0.5538 0.5254 0.324 0.000 0.000 0.588 0.088
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384413 1 0.1697 0.8460 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1366855 4 0.1965 0.8984 0.024 0.000 0.000 0.924 0.052
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1434093 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612335 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.8711 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.1195 0.8998 0.000 0.028 0.000 0.960 0.012
#> SRR614996 1 0.0963 0.8792 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1431602 4 0.1768 0.8998 0.000 0.004 0.000 0.924 0.072
#> SRR1311509 4 0.3234 0.8759 0.064 0.000 0.000 0.852 0.084
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.1893 0.8994 0.024 0.000 0.000 0.928 0.048
#> SRR1469591 5 0.2020 0.9094 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1392813 4 0.0162 0.9024 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1453026 4 0.1082 0.8946 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1388105 5 0.2966 0.8533 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1357558 5 0.2773 0.9015 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR615898 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0405 0.76422 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1468613 1 0.3023 0.50196 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR815184 2 0.0146 0.94887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381693 6 0.3244 0.73329 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1467904 6 0.2499 0.73069 0.000 0.000 0.048 0.000 0.072 0.880
#> SRR1442648 5 0.4168 0.49887 0.000 0.000 0.000 0.400 0.584 0.016
#> SRR1486174 2 0.0146 0.94887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1349433 5 0.3637 0.31553 0.164 0.000 0.000 0.040 0.788 0.008
#> SRR1321283 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.4996 0.65129 0.644 0.000 0.000 0.200 0.156 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.2318 0.77473 0.892 0.000 0.000 0.044 0.064 0.000
#> SRR1366367 4 0.3464 0.28761 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1458026 4 0.3390 0.37292 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1094192 4 0.5036 0.30974 0.000 0.140 0.000 0.632 0.228 0.000
#> SRR1397180 4 0.3607 0.30122 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR657492 4 0.0508 0.49309 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR662665 1 0.4940 0.67602 0.628 0.000 0.000 0.076 0.288 0.008
#> SRR818530 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613462 1 0.5706 0.38676 0.480 0.000 0.000 0.000 0.348 0.172
#> SRR1405206 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1454136 5 0.3531 0.54107 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1380785 5 0.4243 0.35561 0.112 0.000 0.000 0.072 0.776 0.040
#> SRR612875 4 0.1957 0.48158 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 5 0.2912 0.50414 0.000 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 6 0.2971 0.75975 0.052 0.000 0.000 0.000 0.104 0.844
#> SRR1080415 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1086140 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1084965 6 0.1168 0.78051 0.028 0.000 0.000 0.000 0.016 0.956
#> SRR1310563 6 0.1983 0.77133 0.020 0.000 0.000 0.000 0.072 0.908
#> SRR602437 1 0.3509 0.75441 0.804 0.000 0.000 0.112 0.084 0.000
#> SRR663404 1 0.0508 0.76275 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1337238 1 0.2744 0.77013 0.864 0.000 0.000 0.072 0.064 0.000
#> SRR1360442 1 0.5876 0.51702 0.508 0.000 0.000 0.264 0.224 0.004
#> SRR1356487 2 0.0146 0.94887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.2631 0.59618 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1442686 1 0.5008 0.64995 0.644 0.000 0.000 0.188 0.168 0.000
#> SRR1345736 1 0.1663 0.71576 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1345827 2 0.0146 0.94759 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1367456 5 0.4325 0.46976 0.000 0.004 0.000 0.412 0.568 0.016
#> SRR1072650 1 0.0632 0.75652 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1446393 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1087197 5 0.2875 0.43147 0.052 0.000 0.000 0.096 0.852 0.000
#> SRR1383960 4 0.3659 0.13533 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR600924 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR662390 4 0.0692 0.49637 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1071692 6 0.3244 0.73329 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR658421 4 0.3317 0.39828 0.032 0.000 0.000 0.808 0.156 0.004
#> SRR1352936 6 0.1807 0.77028 0.020 0.000 0.000 0.000 0.060 0.920
#> SRR598148 1 0.5565 0.29330 0.508 0.000 0.000 0.000 0.152 0.340
#> SRR1444390 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.5671 0.57459 0.552 0.000 0.000 0.244 0.200 0.004
#> SRR603918 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1468682 4 0.3765 0.27024 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1490505 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343859 6 0.4834 0.61403 0.212 0.000 0.000 0.000 0.128 0.660
#> SRR1075631 4 0.4064 0.15619 0.000 0.016 0.000 0.624 0.360 0.000
#> SRR1444954 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1479286 1 0.5425 0.56312 0.552 0.000 0.000 0.148 0.300 0.000
#> SRR1381524 6 0.2145 0.74375 0.000 0.000 0.028 0.000 0.072 0.900
#> SRR1392208 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 5 0.5224 0.39254 0.000 0.056 0.000 0.420 0.508 0.016
#> SRR1358482 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR658331 6 0.2039 0.76185 0.016 0.000 0.004 0.000 0.072 0.908
#> SRR810619 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.2402 0.75548 0.868 0.000 0.000 0.000 0.120 0.012
#> SRR599380 1 0.0547 0.75831 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1337388 1 0.1075 0.77520 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2185195 4 0.5947 -0.31430 0.404 0.000 0.000 0.408 0.184 0.004
#> SRR1489693 6 0.1983 0.77133 0.020 0.000 0.000 0.000 0.072 0.908
#> SRR1318662 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 6 0.3446 0.70600 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1384805 4 0.3789 0.09985 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR661337 4 0.0508 0.49309 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR601239 1 0.0260 0.76796 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1468995 3 0.1075 0.95121 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1352111 1 0.2685 0.77222 0.868 0.000 0.000 0.060 0.072 0.000
#> SRR1330944 4 0.3774 0.24665 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR1419453 3 0.3894 0.75868 0.000 0.000 0.760 0.000 0.072 0.168
#> SRR1437208 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0547 0.75831 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR660756 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0363 0.94211 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 5 0.4177 0.46092 0.000 0.012 0.000 0.468 0.520 0.000
#> SRR816358 1 0.3725 0.75467 0.792 0.000 0.000 0.060 0.140 0.008
#> SRR658283 5 0.3717 0.48333 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR813728 2 0.0146 0.94887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394520 6 0.3409 0.71433 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1308200 2 0.0458 0.93925 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.3482 0.27974 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1087992 6 0.0713 0.78160 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1405593 1 0.4965 0.69200 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1326040 1 0.2945 0.73160 0.824 0.000 0.000 0.000 0.156 0.020
#> SRR1312725 1 0.0632 0.75652 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1478189 6 0.3244 0.73329 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1488632 4 0.4224 0.26529 0.000 0.000 0.000 0.552 0.432 0.016
#> SRR1398706 5 0.2400 0.45788 0.004 0.000 0.000 0.116 0.872 0.008
#> SRR1368794 2 0.0146 0.94887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392749 4 0.4921 0.31105 0.000 0.180 0.000 0.656 0.164 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.3341 0.75540 0.816 0.000 0.000 0.116 0.068 0.000
#> SRR663100 4 0.1219 0.49469 0.000 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004
#> SRR661229 1 0.5921 0.37515 0.432 0.000 0.000 0.384 0.180 0.004
#> SRR655792 6 0.3409 0.71481 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR663705 1 0.6105 0.54185 0.476 0.000 0.000 0.180 0.328 0.016
#> SRR1464281 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.3499 0.31177 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR1331444 6 0.3695 0.61210 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1439958 2 0.5797 -0.00805 0.000 0.488 0.000 0.304 0.208 0.000
#> SRR1384917 5 0.4184 0.50130 0.000 0.000 0.000 0.408 0.576 0.016
#> SRR1435182 5 0.3828 0.49977 0.000 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1477569 1 0.3748 0.74841 0.784 0.000 0.000 0.108 0.108 0.000
#> SRR602461 1 0.1794 0.77633 0.924 0.000 0.000 0.036 0.040 0.000
#> SRR1334338 1 0.3221 0.43612 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1354710 1 0.3288 0.40313 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR613510 6 0.5092 0.56021 0.232 0.000 0.000 0.000 0.144 0.624
#> SRR663014 4 0.4518 0.31701 0.000 0.236 0.000 0.688 0.072 0.004
#> SRR1417960 4 0.3838 0.28008 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR1474730 3 0.1204 0.94642 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657695 5 0.4192 0.46229 0.000 0.000 0.000 0.412 0.572 0.016
#> SRR1357650 5 0.3857 0.46083 0.000 0.000 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1472237 5 0.3309 0.48033 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1470816 5 0.4121 0.49335 0.000 0.000 0.000 0.380 0.604 0.016
#> SRR1458358 6 0.3288 0.73030 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR614683 4 0.3494 0.38883 0.036 0.000 0.000 0.792 0.168 0.004
#> SRR1318998 6 0.2499 0.73069 0.000 0.000 0.048 0.000 0.072 0.880
#> SRR1392795 5 0.3828 0.49977 0.000 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1469859 1 0.1765 0.70807 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1378243 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1360587 4 0.3804 0.20601 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR604230 1 0.5703 0.54947 0.524 0.000 0.000 0.244 0.232 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 5 0.2680 0.42254 0.056 0.000 0.000 0.076 0.868 0.000
#> SRR665514 4 0.3164 0.41963 0.044 0.000 0.000 0.832 0.120 0.004
#> SRR1454522 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 1 0.5442 0.47800 0.508 0.000 0.000 0.128 0.364 0.000
#> SRR1429802 1 0.0937 0.77450 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1345436 1 0.5088 0.56392 0.632 0.000 0.000 0.000 0.168 0.200
#> SRR1433684 1 0.3801 0.75212 0.784 0.000 0.000 0.060 0.148 0.008
#> SRR613186 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 5 0.3996 0.44154 0.000 0.004 0.000 0.484 0.512 0.000
#> SRR1417766 2 0.2048 0.83889 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1420606 6 0.4663 0.64646 0.192 0.000 0.000 0.000 0.124 0.684
#> SRR1326687 1 0.0865 0.77399 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1458973 6 0.2499 0.73069 0.000 0.000 0.048 0.000 0.072 0.880
#> SRR1309856 5 0.4651 0.40419 0.000 0.040 0.000 0.476 0.484 0.000
#> SRR1102756 5 0.3789 0.52492 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 5 0.3833 0.47704 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1391789 5 0.3727 0.53574 0.000 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1402195 4 0.2257 0.48048 0.000 0.000 0.000 0.876 0.116 0.008
#> SRR1429516 4 0.2562 0.46924 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1406662 5 0.2250 0.36959 0.092 0.000 0.000 0.020 0.888 0.000
#> SRR1333414 2 0.0146 0.94887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1369030 5 0.3499 0.53444 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1342916 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1362824 5 0.3989 0.47049 0.000 0.004 0.000 0.468 0.528 0.000
#> SRR1455326 1 0.0458 0.75992 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1349956 1 0.2969 0.51748 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1409487 4 0.1267 0.49611 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1434568 5 0.3991 -0.08743 0.004 0.000 0.000 0.472 0.524 0.000
#> SRR1341965 1 0.5655 0.41831 0.480 0.000 0.000 0.160 0.360 0.000
#> SRR1473505 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1402068 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 4 0.0653 0.49319 0.012 0.000 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1452491 4 0.4026 0.17378 0.000 0.016 0.000 0.636 0.348 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 1 0.4973 0.66267 0.624 0.000 0.000 0.112 0.264 0.000
#> SRR1418390 5 0.3565 0.52779 0.004 0.000 0.000 0.304 0.692 0.000
#> SRR608480 1 0.0865 0.75034 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR598589 6 0.3547 0.68263 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR601868 6 0.2685 0.77329 0.060 0.000 0.000 0.000 0.072 0.868
#> SRR607313 1 0.2328 0.77491 0.892 0.000 0.000 0.056 0.052 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.3351 0.33295 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1455503 4 0.3888 0.27385 0.000 0.016 0.000 0.672 0.312 0.000
#> SRR810737 4 0.3659 0.32511 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1347500 1 0.0790 0.77373 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1443182 5 0.4357 0.35434 0.076 0.000 0.000 0.224 0.700 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.1707 0.49907 0.012 0.000 0.000 0.928 0.056 0.004
#> SRR1406243 1 0.2629 0.77145 0.872 0.000 0.000 0.068 0.060 0.000
#> SRR1332607 3 0.3017 0.86249 0.000 0.000 0.844 0.000 0.072 0.084
#> SRR656433 6 0.3672 0.62741 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1420811 2 0.0713 0.92936 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1308674 5 0.3563 0.53605 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.6075 -0.29501 0.000 0.392 0.000 0.332 0.276 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 6 0.3330 0.72468 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1338171 5 0.4366 0.49461 0.000 0.024 0.000 0.428 0.548 0.000
#> SRR604174 1 0.5606 0.49292 0.468 0.000 0.000 0.112 0.412 0.008
#> SRR1345221 1 0.2688 0.77101 0.868 0.000 0.000 0.068 0.064 0.000
#> SRR815517 6 0.1983 0.77133 0.020 0.000 0.000 0.000 0.072 0.908
#> SRR615970 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.1444 0.72617 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1383125 1 0.0547 0.77118 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1331013 1 0.1327 0.77592 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1419638 6 0.2647 0.76643 0.044 0.000 0.000 0.000 0.088 0.868
#> SRR1434975 5 0.3161 0.40808 0.076 0.000 0.000 0.080 0.840 0.004
#> SRR1445741 5 0.4082 0.44735 0.000 0.004 0.000 0.432 0.560 0.004
#> SRR1088142 1 0.3763 0.75371 0.788 0.000 0.000 0.060 0.144 0.008
#> SRR604206 4 0.1442 0.48695 0.012 0.000 0.000 0.944 0.040 0.004
#> SRR1358779 3 0.3307 0.83753 0.000 0.000 0.820 0.000 0.072 0.108
#> SRR1473142 4 0.3288 0.34868 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1410334 5 0.5732 0.30513 0.000 0.108 0.000 0.404 0.472 0.016
#> SRR1352234 1 0.5910 0.37750 0.460 0.000 0.000 0.308 0.232 0.000
#> SRR1487807 5 0.5888 0.05453 0.220 0.000 0.000 0.320 0.460 0.000
#> SRR1489715 5 0.2772 0.48281 0.004 0.000 0.000 0.180 0.816 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.1075 0.74305 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR813915 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.2212 0.76520 0.880 0.000 0.000 0.000 0.112 0.008
#> SRR1325504 1 0.0458 0.75992 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1436490 5 0.3619 0.49381 0.000 0.000 0.000 0.316 0.680 0.004
#> SRR1316725 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1314851 1 0.4448 0.71698 0.708 0.000 0.000 0.068 0.216 0.008
#> SRR1354599 1 0.0260 0.76796 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1406599 5 0.3528 0.52862 0.004 0.000 0.000 0.296 0.700 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 6 0.3409 0.71156 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR812649 1 0.6117 -0.04521 0.352 0.000 0.000 0.000 0.300 0.348
#> SRR1366690 1 0.5803 0.50156 0.448 0.000 0.000 0.140 0.404 0.008
#> SRR1317707 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 4 0.4508 0.22025 0.000 0.052 0.000 0.632 0.316 0.000
#> SRR1442487 5 0.3789 0.52412 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1069690 4 0.5787 0.13561 0.000 0.424 0.000 0.440 0.124 0.012
#> SRR1319344 5 0.4199 0.43346 0.000 0.000 0.000 0.416 0.568 0.016
#> SRR1332835 5 0.3804 0.52040 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1334694 5 0.4394 0.18394 0.276 0.000 0.000 0.040 0.676 0.008
#> SRR1478434 4 0.3684 0.31113 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1479933 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 1 0.5912 0.43070 0.456 0.000 0.000 0.356 0.184 0.004
#> SRR1384827 6 0.4671 0.65384 0.156 0.000 0.000 0.000 0.156 0.688
#> SRR814587 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656899 4 0.2162 0.47377 0.012 0.000 0.000 0.896 0.088 0.004
#> SRR1088340 4 0.3482 0.27974 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1349772 1 0.3375 0.75466 0.816 0.000 0.000 0.088 0.096 0.000
#> SRR1317305 6 0.0692 0.78059 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR1442273 5 0.3717 0.52486 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1407470 5 0.3847 0.47471 0.000 0.000 0.000 0.456 0.544 0.000
#> SRR1490289 5 0.4637 0.25113 0.140 0.000 0.000 0.152 0.704 0.004
#> SRR1093649 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1478900 6 0.4597 0.41695 0.000 0.000 0.276 0.000 0.072 0.652
#> SRR1447652 1 0.2854 0.54958 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1324545 5 0.4452 0.46386 0.000 0.008 0.000 0.428 0.548 0.016
#> SRR2170537 1 0.5927 0.34866 0.420 0.000 0.000 0.396 0.180 0.004
#> SRR602106 6 0.2145 0.76703 0.028 0.000 0.000 0.000 0.072 0.900
#> SRR615335 1 0.3182 0.75998 0.832 0.000 0.000 0.036 0.124 0.008
#> SRR1321505 1 0.2457 0.77499 0.880 0.000 0.000 0.036 0.084 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.5223 0.62479 0.612 0.000 0.000 0.208 0.180 0.000
#> SRR657903 4 0.3705 0.39556 0.024 0.000 0.000 0.748 0.224 0.004
#> SRR1403458 1 0.1075 0.74305 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1460073 4 0.3955 0.37091 0.032 0.000 0.000 0.724 0.240 0.004
#> SRR1441850 1 0.0937 0.77450 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR613759 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1472281 4 0.3854 0.06847 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1440445 6 0.2039 0.76185 0.016 0.000 0.004 0.000 0.072 0.908
#> SRR1088734 4 0.5643 0.14682 0.000 0.248 0.000 0.536 0.216 0.000
#> SRR1455607 4 0.3464 0.35812 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1077528 1 0.5095 0.67299 0.632 0.000 0.000 0.104 0.256 0.008
#> SRR1364695 6 0.2039 0.76414 0.020 0.000 0.000 0.000 0.076 0.904
#> SRR1348226 1 0.1594 0.74326 0.932 0.000 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR1313560 4 0.1858 0.48550 0.000 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR1092889 5 0.4446 0.45763 0.000 0.008 0.000 0.424 0.552 0.016
#> SRR1352213 6 0.2145 0.74375 0.000 0.000 0.028 0.000 0.072 0.900
#> SRR2185233 4 0.3405 0.28625 0.000 0.272 0.000 0.724 0.000 0.004
#> SRR1353970 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR662641 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 1 0.5848 0.31369 0.480 0.000 0.000 0.000 0.296 0.224
#> SRR660366 1 0.5505 0.58622 0.572 0.000 0.000 0.264 0.160 0.004
#> SRR655423 4 0.0508 0.49309 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR821183 5 0.4821 0.44581 0.000 0.028 0.000 0.416 0.540 0.016
#> SRR1323512 5 0.3860 0.46734 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1325247 1 0.4745 0.66959 0.672 0.000 0.000 0.124 0.204 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.1625 0.77765 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060 0.000
#> SRR1318484 4 0.3607 0.19116 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1322395 1 0.2190 0.77550 0.900 0.000 0.000 0.040 0.060 0.000
#> SRR1378131 4 0.3684 0.19010 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1325464 1 0.3686 0.75557 0.796 0.000 0.000 0.060 0.136 0.008
#> SRR1340280 6 0.1334 0.77614 0.020 0.000 0.000 0.000 0.032 0.948
#> SRR1455842 4 0.3695 0.17786 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.2794 0.76868 0.860 0.000 0.000 0.080 0.060 0.000
#> SRR662763 5 0.2191 0.46258 0.004 0.000 0.000 0.120 0.876 0.000
#> SRR661120 5 0.4507 0.24309 0.156 0.000 0.000 0.112 0.724 0.008
#> SRR601613 1 0.3224 0.75840 0.828 0.000 0.000 0.036 0.128 0.008
#> SRR811535 1 0.0547 0.75831 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR820316 4 0.0508 0.49309 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1368616 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.3196 0.75841 0.828 0.000 0.000 0.108 0.064 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 4 0.3543 0.40743 0.020 0.000 0.000 0.764 0.212 0.004
#> SRR598509 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 4 0.3908 0.37170 0.028 0.000 0.000 0.724 0.244 0.004
#> SRR1339921 6 0.3266 0.73817 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR664743 4 0.1588 0.49716 0.000 0.000 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR1339199 4 0.4919 -0.13438 0.000 0.068 0.000 0.544 0.388 0.000
#> SRR1355660 1 0.2883 0.54670 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1481012 1 0.1391 0.77624 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040 0.000
#> SRR603449 6 0.3244 0.73329 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1400889 1 0.0865 0.75034 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR808808 1 0.5560 0.17515 0.476 0.000 0.000 0.000 0.140 0.384
#> SRR656288 1 0.1720 0.77650 0.928 0.000 0.000 0.032 0.040 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.4094 0.75411 0.000 0.776 0.000 0.108 0.100 0.016
#> SRR662043 1 0.1765 0.70885 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1381211 2 0.4701 0.59366 0.000 0.684 0.000 0.148 0.168 0.000
#> SRR1379365 5 0.3634 0.51468 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1384852 5 0.4434 0.49328 0.000 0.028 0.000 0.428 0.544 0.000
#> SRR1430357 2 0.0858 0.92852 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR2164847 2 0.0291 0.94569 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR807901 4 0.3878 0.37412 0.032 0.000 0.000 0.736 0.228 0.004
#> SRR816064 4 0.0508 0.49309 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR810507 1 0.0713 0.75458 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1358582 6 0.3464 0.70230 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR1349893 1 0.2571 0.77229 0.876 0.000 0.000 0.060 0.064 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.3737 0.74173 0.780 0.000 0.000 0.044 0.168 0.008
#> SRR662749 6 0.3390 0.71482 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1342701 1 0.5983 0.23287 0.432 0.000 0.000 0.000 0.324 0.244
#> SRR1343653 4 0.4746 0.30233 0.000 0.104 0.000 0.660 0.236 0.000
#> SRR1336134 5 0.3810 0.51807 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR654940 2 0.0146 0.94887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098288 2 0.0146 0.94887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1326343 4 0.3514 0.40981 0.020 0.000 0.000 0.768 0.208 0.004
#> SRR811145 1 0.1196 0.77566 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040 0.000
#> SRR615359 4 0.4555 -0.01335 0.000 0.012 0.000 0.532 0.440 0.016
#> SRR1075997 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 1 0.4261 0.73864 0.748 0.000 0.000 0.096 0.148 0.008
#> SRR1388698 5 0.4632 -0.07452 0.040 0.000 0.000 0.440 0.520 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.3151 0.66281 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1388419 5 0.5474 -0.25371 0.412 0.000 0.000 0.020 0.496 0.072
#> SRR1442250 5 0.3695 0.50995 0.000 0.000 0.000 0.272 0.712 0.016
#> SRR1430679 4 0.4439 -0.21505 0.000 0.028 0.000 0.540 0.432 0.000
#> SRR1311109 4 0.1588 0.49716 0.000 0.000 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR1478990 4 0.3908 0.41390 0.000 0.100 0.000 0.768 0.132 0.000
#> SRR1392434 5 0.4794 0.44443 0.000 0.052 0.000 0.440 0.508 0.000
#> SRR1085925 1 0.2688 0.77101 0.868 0.000 0.000 0.068 0.064 0.000
#> SRR820655 1 0.0146 0.76674 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1383937 4 0.3482 0.27527 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 4 0.4039 0.36824 0.028 0.000 0.000 0.716 0.248 0.008
#> SRR1451778 1 0.5880 0.55153 0.528 0.000 0.000 0.240 0.224 0.008
#> SRR657089 6 0.1983 0.76483 0.020 0.000 0.000 0.000 0.072 0.908
#> SRR1395659 5 0.3816 0.49925 0.000 0.000 0.000 0.296 0.688 0.016
#> SRR1385716 6 0.2145 0.74375 0.000 0.000 0.028 0.000 0.072 0.900
#> SRR1466109 4 0.0653 0.49319 0.012 0.000 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1080977 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 4 0.3592 0.22196 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1485078 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR661806 4 0.3189 0.38595 0.000 0.000 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR1334919 6 0.2145 0.74375 0.000 0.000 0.028 0.000 0.072 0.900
#> SRR599249 6 0.3797 0.54675 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR810051 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 4 0.2222 0.47409 0.012 0.000 0.000 0.896 0.084 0.008
#> SRR1434399 1 0.5058 0.64468 0.636 0.000 0.000 0.200 0.164 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1382508 6 0.1807 0.77028 0.020 0.000 0.000 0.000 0.060 0.920
#> SRR1405028 5 0.5653 -0.21360 0.324 0.000 0.000 0.100 0.552 0.024
#> SRR612719 6 0.4328 0.68866 0.192 0.000 0.000 0.000 0.092 0.716
#> SRR1340617 2 0.1957 0.84732 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0458 0.77024 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1362488 2 0.2003 0.84313 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.3695 0.31477 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1454374 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR811891 6 0.4897 0.43340 0.448 0.000 0.000 0.000 0.060 0.492
#> SRR1477837 6 0.3775 0.73617 0.128 0.000 0.000 0.000 0.092 0.780
#> SRR607252 1 0.4990 0.65164 0.644 0.000 0.000 0.204 0.152 0.000
#> SRR1418946 1 0.5684 0.54245 0.560 0.000 0.000 0.028 0.312 0.100
#> SRR1456567 4 0.3619 0.27643 0.000 0.004 0.000 0.680 0.316 0.000
#> SRR1487425 2 0.2581 0.81553 0.000 0.856 0.000 0.128 0.016 0.000
#> SRR1335627 5 0.3570 0.47164 0.004 0.000 0.000 0.228 0.752 0.016
#> SRR1327680 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 5 0.3390 0.54067 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR1447673 5 0.3265 0.51899 0.004 0.000 0.000 0.248 0.748 0.000
#> SRR815735 1 0.4178 0.74252 0.756 0.000 0.000 0.092 0.144 0.008
#> SRR1404251 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.1444 0.72617 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR656300 1 0.5189 0.65725 0.612 0.000 0.000 0.104 0.276 0.008
#> SRR659983 4 0.5993 -0.29282 0.384 0.000 0.000 0.416 0.196 0.004
#> SRR1402414 5 0.3647 0.32233 0.104 0.000 0.000 0.068 0.812 0.016
#> SRR614215 4 0.3680 0.39275 0.020 0.000 0.000 0.744 0.232 0.004
#> SRR659283 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1459956 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0865 0.77399 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1403390 6 0.1867 0.76899 0.020 0.000 0.000 0.000 0.064 0.916
#> SRR1452741 6 0.1845 0.78279 0.052 0.000 0.000 0.000 0.028 0.920
#> SRR1458484 6 0.2239 0.75162 0.008 0.000 0.020 0.000 0.072 0.900
#> SRR1387091 4 0.3737 0.31054 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.3996 0.01873 0.000 0.512 0.000 0.484 0.004 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1406069 4 0.3847 0.26686 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1419829 5 0.2831 0.41331 0.048 0.000 0.000 0.064 0.872 0.016
#> SRR1434315 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR658457 4 0.2384 0.47292 0.000 0.064 0.000 0.888 0.048 0.000
#> SRR1367849 4 0.3684 0.31610 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1320939 1 0.3686 0.75641 0.796 0.000 0.000 0.060 0.136 0.008
#> SRR656588 6 0.3390 0.71387 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR599025 1 0.0508 0.77039 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1401446 6 0.4111 0.71381 0.144 0.000 0.000 0.000 0.108 0.748
#> SRR1398311 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1442149 6 0.3774 0.56970 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR809137 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1414982 4 0.3309 0.34290 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR600852 6 0.2996 0.75535 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1414857 4 0.3819 0.27156 0.000 0.012 0.000 0.672 0.316 0.000
#> SRR1321225 1 0.5830 0.26441 0.484 0.000 0.000 0.000 0.220 0.296
#> SRR1069802 6 0.3244 0.73329 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1077643 2 0.0260 0.94782 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334154 4 0.3782 0.25336 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR1390072 4 0.3706 0.06994 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1467612 5 0.4222 0.46415 0.000 0.004 0.000 0.472 0.516 0.008
#> SRR1430133 5 0.3563 0.53605 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1468595 1 0.0865 0.75034 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1351931 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 6 0.5523 0.22749 0.360 0.000 0.000 0.000 0.140 0.500
#> SRR1311243 1 0.1010 0.77482 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR1385235 1 0.0865 0.77399 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1469638 4 0.3717 0.22297 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR662150 4 0.5057 0.26197 0.164 0.000 0.000 0.652 0.180 0.004
#> SRR1400290 6 0.0692 0.78059 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR1084892 5 0.3823 0.51179 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1416166 1 0.4948 0.68562 0.652 0.000 0.000 0.096 0.244 0.008
#> SRR1477015 3 0.3754 0.78180 0.000 0.000 0.776 0.000 0.072 0.152
#> SRR1380501 6 0.4532 0.66279 0.196 0.000 0.000 0.000 0.108 0.696
#> SRR1446156 5 0.3636 0.43428 0.000 0.000 0.000 0.320 0.676 0.004
#> SRR1488328 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 4 0.6114 -0.08500 0.000 0.304 0.000 0.368 0.328 0.000
#> SRR814611 6 0.3176 0.76152 0.084 0.000 0.000 0.000 0.084 0.832
#> SRR599086 1 0.2531 0.74915 0.856 0.000 0.000 0.000 0.132 0.012
#> SRR1086844 6 0.3175 0.77533 0.164 0.000 0.000 0.000 0.028 0.808
#> SRR1464535 1 0.4756 0.68219 0.664 0.000 0.000 0.112 0.224 0.000
#> SRR807877 5 0.3989 0.47070 0.000 0.004 0.000 0.468 0.528 0.000
#> SRR1477033 6 0.3582 0.76804 0.196 0.000 0.000 0.000 0.036 0.768
#> SRR1335164 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 6 0.2058 0.75484 0.008 0.000 0.012 0.000 0.072 0.908
#> SRR1446226 6 0.3244 0.73329 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR659637 5 0.3563 0.54029 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR600474 1 0.1610 0.71856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1307699 6 0.3050 0.75128 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1312540 1 0.4466 0.72896 0.724 0.000 0.000 0.096 0.172 0.008
#> SRR1323628 4 0.4467 0.33504 0.068 0.000 0.000 0.692 0.236 0.004
#> SRR1430951 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.1007 0.95348 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1478149 3 0.1745 0.93240 0.000 0.000 0.924 0.000 0.056 0.020
#> SRR1384413 1 0.5090 0.67783 0.640 0.000 0.000 0.112 0.240 0.008
#> SRR1366855 4 0.3531 0.34789 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 6 0.1257 0.77728 0.020 0.000 0.000 0.000 0.028 0.952
#> SRR1434093 6 0.3757 0.74033 0.136 0.000 0.000 0.000 0.084 0.780
#> SRR1341408 2 0.0000 0.94963 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612335 2 0.3595 0.61112 0.000 0.704 0.000 0.288 0.008 0.000
#> SRR1321420 1 0.3321 0.76011 0.820 0.000 0.000 0.100 0.080 0.000
#> SRR1329177 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.4293 0.09455 0.000 0.004 0.000 0.584 0.396 0.016
#> SRR614996 1 0.3375 0.75754 0.816 0.000 0.000 0.040 0.136 0.008
#> SRR1431602 4 0.3482 0.27527 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1311509 4 0.2274 0.47204 0.012 0.000 0.000 0.892 0.088 0.008
#> SRR1507229 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.97655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.3371 0.33577 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000
#> SRR1469591 6 0.1745 0.77062 0.020 0.000 0.000 0.000 0.056 0.924
#> SRR1392813 5 0.3547 0.53404 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1453026 5 0.3955 0.50306 0.000 0.004 0.000 0.436 0.560 0.000
#> SRR1388105 6 0.4601 0.65443 0.200 0.000 0.000 0.000 0.112 0.688
#> SRR1357558 6 0.3244 0.73329 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR615898 3 0.1204 0.94642 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.961 0.985 0.4995 0.501 0.501
#> 3 3 0.903 0.915 0.959 0.2501 0.844 0.696
#> 4 4 0.868 0.910 0.944 0.1320 0.868 0.666
#> 5 5 0.876 0.874 0.929 0.0570 0.952 0.837
#> 6 6 0.891 0.784 0.890 0.0453 0.974 0.898
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0938 0.9762 0.012 0.988
#> SRR1321283 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.9170 0.5064 0.668 0.332
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR657492 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.9580 0.3806 0.380 0.620
#> SRR612875 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR602437 1 0.0672 0.9737 0.992 0.008
#> SRR663404 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1360442 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1442686 2 0.8955 0.5414 0.312 0.688
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1087197 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1383960 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR662390 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR658421 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1352936 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR598148 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.8555 0.6105 0.720 0.280
#> SRR603918 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1381524 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2185195 2 0.8763 0.5746 0.296 0.704
#> SRR1489693 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR661337 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR658283 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1405593 2 0.1184 0.9725 0.016 0.984
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.9970 0.1318 0.532 0.468
#> SRR655792 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR663705 2 0.9044 0.5306 0.320 0.680
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.5408 0.8480 0.876 0.124
#> SRR602461 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1474730 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR614683 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1318998 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR604230 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1347667 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR665514 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1454522 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1419615 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1429802 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1345436 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR613186 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1420606 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1402195 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1429516 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1435501 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1093243 1 0.9000 0.5410 0.684 0.316
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR604174 2 0.9815 0.2685 0.420 0.580
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR815517 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR615970 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1331013 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1419638 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR604206 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1409748 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1314851 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1406599 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1308696 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR812649 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1366690 2 0.1843 0.9601 0.028 0.972
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1334694 1 0.1414 0.9623 0.980 0.020
#> SRR1478434 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR661192 2 0.7453 0.7251 0.212 0.788
#> SRR1384827 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR656899 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR2170537 2 0.9661 0.3472 0.392 0.608
#> SRR602106 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1457768 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1340641 2 0.7056 0.7561 0.192 0.808
#> SRR657903 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1460073 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1441850 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1077528 1 0.7219 0.7448 0.800 0.200
#> SRR1364695 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1313560 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2185233 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR817825 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR660366 1 0.9954 0.1593 0.540 0.460
#> SRR655423 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1325247 1 0.9522 0.4137 0.628 0.372
#> SRR1351583 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR661120 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR820316 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR604122 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR598509 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1397052 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR2164847 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR807901 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR816064 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1444722 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1342701 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1326343 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR615359 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1090483 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1388698 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1388419 1 0.2236 0.9464 0.964 0.036
#> SRR1442250 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1330153 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1451778 1 0.9988 0.0884 0.520 0.480
#> SRR657089 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1466109 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1080977 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1441725 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR661806 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1334919 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1407202 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1434399 2 0.9491 0.4111 0.368 0.632
#> SRR1330965 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1405028 2 0.0376 0.9839 0.004 0.996
#> SRR612719 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1477837 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR607252 1 0.9944 0.1728 0.544 0.456
#> SRR1418946 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1327680 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.7453 0.7267 0.788 0.212
#> SRR659983 2 0.5059 0.8655 0.112 0.888
#> SRR1402414 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR614215 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR658457 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1442149 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1374028 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1469638 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR662150 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1380501 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.9970 0.1318 0.532 0.468
#> SRR807877 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR659637 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0938 0.9700 0.988 0.012
#> SRR1323628 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1430951 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1385364 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1478149 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1384413 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1311509 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1507229 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9877 0.000 1.000
#> SRR1388105 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR1468613 1 0.6126 0.507 0.600 0.000 0.400
#> SRR815184 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381693 3 0.6154 0.108 0.408 0.000 0.592
#> SRR1467904 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349433 3 0.5706 0.486 0.000 0.320 0.680
#> SRR1321283 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR662665 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR612875 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080415 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR1086140 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084965 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.3551 0.824 0.868 0.000 0.132
#> SRR1337238 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0424 0.867 0.992 0.008 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR1442686 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.6095 0.522 0.608 0.000 0.392
#> SRR1345827 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072650 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR1446393 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087197 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383960 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.4002 0.809 0.840 0.000 0.160
#> SRR662390 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071692 3 0.0237 0.971 0.004 0.000 0.996
#> SRR658421 2 0.4504 0.739 0.196 0.804 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR598148 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479286 1 0.6244 0.263 0.560 0.440 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 3 0.1529 0.936 0.040 0.000 0.960
#> SRR599380 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337388 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR2185195 1 0.5016 0.674 0.760 0.240 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.6126 0.507 0.600 0.000 0.400
#> SRR1384805 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468995 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330944 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.4002 0.808 0.840 0.000 0.160
#> SRR660756 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR658283 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 3 0.0892 0.954 0.020 0.000 0.980
#> SRR1308200 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312725 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR1478189 1 0.6154 0.491 0.592 0.000 0.408
#> SRR1488632 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.4555 0.717 0.800 0.200 0.000
#> SRR655792 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR663705 1 0.1643 0.842 0.956 0.044 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR1439958 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.6309 0.252 0.504 0.000 0.496
#> SRR1354710 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR613510 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.6204 0.455 0.576 0.000 0.424
#> SRR614683 2 0.4555 0.732 0.200 0.800 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.6111 0.515 0.604 0.000 0.396
#> SRR1378243 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR665514 2 0.5760 0.478 0.328 0.672 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 2 0.1163 0.960 0.028 0.972 0.000
#> SRR1429802 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR1345436 3 0.4555 0.724 0.200 0.000 0.800
#> SRR1433684 1 0.2448 0.838 0.924 0.000 0.076
#> SRR613186 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR1458973 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402195 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429516 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 2 0.0237 0.985 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR1362824 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0424 0.870 0.992 0.000 0.008
#> SRR1349956 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR1409487 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR598589 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR601868 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.5363 0.699 0.724 0.000 0.276
#> SRR1420811 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 3 0.6291 -0.138 0.468 0.000 0.532
#> SRR1338171 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR604174 2 0.9236 0.285 0.248 0.532 0.220
#> SRR1345221 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.4399 0.790 0.812 0.000 0.188
#> SRR1383125 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR1331013 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419638 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434975 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352234 2 0.6079 0.322 0.388 0.612 0.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR813915 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325504 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR1436490 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314851 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354599 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR1406599 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.5760 0.629 0.672 0.000 0.328
#> SRR812649 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366690 2 0.4887 0.716 0.228 0.772 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478434 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.5363 0.631 0.724 0.276 0.000
#> SRR1384827 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.0237 0.985 0.004 0.996 0.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447652 1 0.4399 0.790 0.812 0.000 0.188
#> SRR1324545 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.4555 0.717 0.800 0.200 0.000
#> SRR602106 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR615335 1 0.2356 0.841 0.928 0.000 0.072
#> SRR1321505 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457768 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340641 1 0.1289 0.854 0.968 0.032 0.000
#> SRR657903 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.4452 0.787 0.808 0.000 0.192
#> SRR1460073 2 0.4555 0.732 0.200 0.800 0.000
#> SRR1441850 1 0.5621 0.659 0.692 0.000 0.308
#> SRR613759 1 0.6204 0.455 0.576 0.000 0.424
#> SRR1472281 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364695 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348226 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313560 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352213 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185233 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.4235 0.798 0.824 0.000 0.176
#> SRR662641 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 1 0.4452 0.725 0.808 0.192 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR1318484 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661120 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.3482 0.803 0.872 0.000 0.128
#> SRR811535 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR820316 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 2 0.0237 0.985 0.004 0.996 0.000
#> SRR1339921 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.6168 0.482 0.588 0.000 0.412
#> SRR1481012 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 3 0.6154 0.108 0.408 0.000 0.592
#> SRR1400889 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR808808 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR656288 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR1405886 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR662043 1 0.6180 0.473 0.584 0.000 0.416
#> SRR1381211 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR807901 2 0.3192 0.860 0.112 0.888 0.000
#> SRR816064 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR1358582 1 0.5810 0.617 0.664 0.000 0.336
#> SRR1349893 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 3 0.3116 0.858 0.108 0.000 0.892
#> SRR662749 1 0.6126 0.507 0.600 0.000 0.400
#> SRR1342701 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 1 0.1643 0.860 0.956 0.000 0.044
#> SRR1388698 2 0.0237 0.985 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR1383937 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 2 0.0237 0.985 0.004 0.996 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385716 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466109 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661806 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR599249 1 0.6204 0.455 0.576 0.000 0.424
#> SRR810051 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.4121 0.803 0.832 0.000 0.168
#> SRR1382508 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405028 2 0.4555 0.756 0.200 0.800 0.000
#> SRR612719 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR1362488 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR811891 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477837 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR656300 1 0.4235 0.739 0.824 0.176 0.000
#> SRR659983 1 0.4555 0.716 0.800 0.200 0.000
#> SRR1402414 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR614215 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR1459956 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452741 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458484 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.3038 0.837 0.896 0.000 0.104
#> SRR1406069 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434315 1 0.3482 0.826 0.872 0.000 0.128
#> SRR658457 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.6045 0.544 0.620 0.000 0.380
#> SRR599025 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR1401446 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR809137 1 0.4842 0.759 0.776 0.000 0.224
#> SRR1414982 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069802 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334154 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0592 0.870 0.988 0.000 0.012
#> SRR1351931 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311243 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR1385235 1 0.0237 0.870 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469638 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.6111 0.388 0.604 0.396 0.000
#> SRR1400290 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416166 3 0.6140 0.325 0.404 0.000 0.596
#> SRR1477015 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380501 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR599086 3 0.0892 0.956 0.020 0.000 0.980
#> SRR1086844 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464535 1 0.0747 0.863 0.984 0.016 0.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446226 1 0.6204 0.455 0.576 0.000 0.424
#> SRR659637 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR600474 1 0.4555 0.781 0.800 0.000 0.200
#> SRR1307699 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 2 0.6126 0.284 0.400 0.600 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 1 0.2448 0.849 0.924 0.000 0.076
#> SRR1366855 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434093 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.870 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 3 0.3192 0.853 0.112 0.000 0.888
#> SRR1431602 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357558 1 0.6154 0.491 0.592 0.000 0.408
#> SRR615898 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1468613 1 0.3266 0.8660 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.4134 0.7735 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.4804 0.3814 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 4 0.1118 0.8462 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0592 0.8875 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.4454 0.4649 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657492 4 0.3311 0.8710 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR662665 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613462 3 0.1474 0.9231 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612875 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.1557 0.9069 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602437 1 0.1792 0.8767 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR663404 1 0.2345 0.8974 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1337238 1 0.0188 0.8886 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360442 4 0.1520 0.8692 0.020 0.024 0.000 0.956
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.2760 0.8875 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1442686 4 0.2011 0.8338 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1345736 1 0.2345 0.8956 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072650 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383960 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600924 1 0.1792 0.9047 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR662390 2 0.4996 -0.1830 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1071692 1 0.4855 0.5277 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR658421 4 0.2216 0.8987 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1352936 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598148 3 0.3612 0.8340 0.100 0.000 0.856 0.044
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389777 4 0.1302 0.8453 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR603918 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479286 4 0.2589 0.8979 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1381524 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.3176 0.8642 0.880 0.000 0.084 0.036
#> SRR599380 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1337388 1 0.2814 0.8854 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR2185195 4 0.2227 0.8759 0.036 0.036 0.000 0.928
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.3219 0.8687 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661337 4 0.3311 0.8709 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR601239 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0188 0.8886 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816358 1 0.1302 0.8831 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR658283 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.4072 0.7847 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087992 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.2011 0.8723 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1326040 3 0.3392 0.8293 0.124 0.000 0.856 0.020
#> SRR1312725 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1478189 1 0.3311 0.8633 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1488632 4 0.2408 0.8989 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1398706 2 0.0469 0.9644 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.2281 0.8730 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR663100 4 0.2973 0.8890 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR661229 4 0.2125 0.8387 0.076 0.004 0.000 0.920
#> SRR655792 3 0.4948 -0.0231 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR663705 4 0.0707 0.8462 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.2760 0.8875 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.1716 0.8779 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR602461 1 0.1302 0.8831 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1334338 1 0.3801 0.8223 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1354710 1 0.2760 0.8875 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663014 4 0.3123 0.8824 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1417960 4 0.1792 0.8963 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0336 0.9681 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.1118 0.9404 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.3528 0.8462 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR614683 4 0.3688 0.8419 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1318998 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.3219 0.8691 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604230 4 0.0000 0.8437 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.0469 0.9646 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR665514 4 0.2011 0.8977 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.2179 0.8943 0.012 0.064 0.000 0.924
#> SRR1429802 1 0.2814 0.8854 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1345436 3 0.4440 0.7751 0.136 0.000 0.804 0.060
#> SRR1433684 1 0.1824 0.8795 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR613186 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402195 4 0.4431 0.7038 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1429516 4 0.3726 0.8375 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1406662 2 0.3013 0.8542 0.032 0.888 0.000 0.080
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.2760 0.8875 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1349956 1 0.2760 0.8875 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1409487 4 0.4624 0.6448 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1434568 2 0.0817 0.9528 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1341965 2 0.4907 0.0961 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 4 0.2921 0.8910 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093243 1 0.2011 0.8723 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608480 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR598589 1 0.4955 0.4171 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR601868 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.8887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810737 4 0.2814 0.8947 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1347500 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.2814 0.8947 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1406243 1 0.1474 0.8822 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.2814 0.8854 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.3528 0.8492 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604174 2 0.7922 0.4122 0.180 0.596 0.144 0.080
#> SRR1345221 1 0.2011 0.8784 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR815517 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.2760 0.8875 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1383125 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1331013 3 0.2973 0.8156 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1419638 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.1716 0.8779 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR604206 4 0.2011 0.8977 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.1474 0.9195 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352234 4 0.2589 0.8979 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409748 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1436490 2 0.0469 0.9644 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1406599 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.3172 0.8667 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR812649 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366690 2 0.6403 0.4363 0.112 0.628 0.000 0.260
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319344 2 0.0469 0.9644 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478434 4 0.4746 0.5860 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661192 4 0.2345 0.8989 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1384827 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656899 4 0.1637 0.8945 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.3266 0.7975 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1317305 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.3801 0.7134 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.1637 0.9069 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170537 4 0.2385 0.8660 0.052 0.028 0.000 0.920
#> SRR602106 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.1637 0.8791 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1321505 1 0.1635 0.8845 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.1452 0.8542 0.036 0.008 0.000 0.956
#> SRR657903 4 0.1637 0.8945 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1403458 1 0.2760 0.8875 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1460073 4 0.1637 0.8945 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1441850 3 0.4040 0.6417 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR613759 1 0.3528 0.8472 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.4193 0.7642 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1077528 1 0.1867 0.8757 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1364695 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.1302 0.8831 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1313560 4 0.2704 0.8962 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352213 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185233 4 0.3123 0.8821 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1353970 1 0.2011 0.9027 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817825 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660366 4 0.2011 0.8338 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR655423 4 0.3074 0.8846 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR821183 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.2125 0.8387 0.076 0.004 0.000 0.920
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.2814 0.8854 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.1637 0.8791 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.1637 0.8791 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1340280 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.1474 0.8822 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR662763 2 0.0188 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661120 2 0.2759 0.8696 0.052 0.904 0.000 0.044
#> SRR601613 1 0.1970 0.8798 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR811535 1 0.2760 0.8875 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR820316 4 0.2814 0.8947 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.1389 0.8824 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604122 4 0.1716 0.8956 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR598509 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397052 4 0.1302 0.8844 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1339921 3 0.4999 -0.2281 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR664743 4 0.2814 0.8947 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.2345 0.8956 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1481012 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR603449 1 0.3837 0.8164 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1400889 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR808808 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.8887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662043 1 0.2589 0.8950 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164847 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807901 4 0.1637 0.8945 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR816064 4 0.3074 0.8846 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR810507 1 0.0707 0.8974 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1358582 1 0.3024 0.8779 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1349893 1 0.1211 0.8839 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.4417 0.7918 0.796 0.000 0.160 0.044
#> SRR662749 1 0.3610 0.8385 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1342701 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 4 0.1637 0.8945 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR811145 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR615359 2 0.0469 0.9644 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 1 0.2101 0.9073 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR1388698 2 0.1940 0.8964 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388419 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442250 2 0.0469 0.9644 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.2814 0.8947 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.1022 0.8851 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR820655 1 0.0336 0.8884 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 4 0.1302 0.8844 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1451778 4 0.1118 0.8462 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR657089 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0336 0.9681 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1385716 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466109 4 0.3688 0.8419 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661806 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.3837 0.8130 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 4 0.3569 0.8507 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1434399 4 0.1302 0.8453 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1382508 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405028 2 0.4688 0.7267 0.128 0.792 0.000 0.080
#> SRR612719 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.2814 0.8947 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1454374 1 0.2760 0.8875 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR811891 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477837 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607252 4 0.1118 0.8462 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1418946 3 0.1661 0.9198 0.052 0.000 0.944 0.004
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335627 4 0.4992 0.2255 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815735 1 0.1716 0.8779 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR656300 1 0.3726 0.8162 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR659983 4 0.1557 0.8922 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1402414 4 0.4992 0.2255 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR614215 4 0.1637 0.8945 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR659283 1 0.2760 0.8875 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452741 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458484 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387091 4 0.2814 0.8947 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1406069 4 0.2530 0.8981 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1419829 2 0.0336 0.9681 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434315 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR658457 4 0.3688 0.8419 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1367849 2 0.4454 0.4649 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1320939 1 0.1792 0.8767 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR656588 1 0.3311 0.8583 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR599025 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442149 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.2149 0.9033 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1414982 2 0.4454 0.4649 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR600852 1 0.4746 0.5955 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321225 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.4877 0.5093 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334154 2 0.3726 0.6780 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.1474 0.9067 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0188 0.8886 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1385235 1 0.0000 0.8887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662150 4 0.1716 0.8956 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1400290 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.2402 0.8727 0.912 0.000 0.012 0.076
#> SRR1477015 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380501 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.2011 0.8937 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814611 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.3812 0.8253 0.832 0.000 0.140 0.028
#> SRR1086844 3 0.3837 0.6460 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1464535 1 0.2480 0.8699 0.904 0.008 0.000 0.088
#> SRR807877 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.4877 0.5093 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.3610 0.8385 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR659637 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600474 1 0.1557 0.9065 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1307699 1 0.4877 0.5093 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1312540 1 0.1716 0.8779 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1323628 4 0.1637 0.8945 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384413 1 0.3606 0.8793 0.840 0.000 0.140 0.020
#> SRR1366855 4 0.3873 0.8183 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434093 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612335 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.1792 0.8767 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1329177 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614996 1 0.2214 0.8834 0.928 0.000 0.028 0.044
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311509 4 0.1637 0.8945 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469591 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388105 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.3610 0.8385 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9774 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0404 0.9091 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.1270 0.8722 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 2 0.4283 0.1523 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 4 0.2189 0.7961 0.012 0.000 0.000 0.904 0.084
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.2424 0.7668 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1366367 2 0.2909 0.8392 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1458026 2 0.5638 0.4924 0.000 0.632 0.000 0.216 0.152
#> SRR1094192 2 0.2909 0.8392 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1397180 2 0.3649 0.8010 0.000 0.808 0.000 0.040 0.152
#> SRR657492 4 0.2329 0.7752 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR662665 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613462 3 0.0162 0.9906 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380785 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612875 2 0.2424 0.8392 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602437 5 0.3844 0.8474 0.164 0.000 0.000 0.044 0.792
#> SRR663404 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.1341 0.8647 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1360442 4 0.1768 0.8034 0.004 0.000 0.000 0.924 0.072
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1442686 4 0.0510 0.8034 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1345736 5 0.5325 0.7093 0.308 0.000 0.076 0.000 0.616
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072650 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383960 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0162 0.9084 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662390 4 0.4273 0.2348 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1071692 1 0.4101 0.4004 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR658421 4 0.0290 0.8104 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598148 5 0.3366 0.6486 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 4 0.2189 0.7961 0.012 0.000 0.000 0.904 0.084
#> SRR603918 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 2 0.3723 0.7969 0.000 0.804 0.000 0.044 0.152
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479286 4 0.3723 0.7678 0.000 0.044 0.000 0.804 0.152
#> SRR1381524 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 5 0.3929 0.8503 0.208 0.000 0.028 0.000 0.764
#> SRR599380 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.0404 0.9091 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2185195 4 0.0404 0.8043 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0404 0.9091 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.2909 0.8392 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR661337 4 0.2280 0.7784 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR601239 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0963 0.8839 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1330944 2 0.3495 0.8088 0.000 0.816 0.000 0.032 0.152
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0404 0.9405 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816358 5 0.3336 0.8495 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR658283 2 0.1671 0.8891 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.4126 0.3873 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.2909 0.8392 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1087992 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 5 0.2966 0.8333 0.136 0.000 0.000 0.016 0.848
#> SRR1326040 5 0.3612 0.6148 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1312725 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0510 0.9069 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.4170 0.7691 0.000 0.048 0.000 0.760 0.192
#> SRR1398706 2 0.0162 0.9446 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.2909 0.8392 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR603968 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815661 1 0.6717 -0.2094 0.388 0.000 0.000 0.248 0.364
#> SRR663100 4 0.4350 0.7472 0.000 0.084 0.000 0.764 0.152
#> SRR661229 4 0.0609 0.8023 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR655792 1 0.4201 0.3455 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR663705 4 0.2305 0.7923 0.012 0.000 0.000 0.896 0.092
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.3495 0.8088 0.000 0.816 0.000 0.032 0.152
#> SRR1331444 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477569 5 0.3210 0.8572 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR602461 5 0.3336 0.8495 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1334338 1 0.4114 0.3942 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663014 4 0.4890 0.7020 0.000 0.140 0.000 0.720 0.140
#> SRR1417960 4 0.3880 0.7687 0.004 0.020 0.000 0.772 0.204
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0794 0.9287 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.1831 0.8908 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR1470816 2 0.0794 0.9287 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1458358 1 0.0510 0.9069 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR614683 4 0.2605 0.7535 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0566 0.9384 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1360587 2 0.3236 0.8202 0.000 0.828 0.000 0.020 0.152
#> SRR604230 4 0.2068 0.7965 0.004 0.000 0.000 0.904 0.092
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665514 4 0.0162 0.8090 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.2648 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1429802 1 0.0807 0.9028 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1345436 5 0.3530 0.6727 0.012 0.000 0.204 0.000 0.784
#> SRR1433684 5 0.3274 0.8543 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR613186 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402195 4 0.4252 0.7201 0.000 0.172 0.000 0.764 0.064
#> SRR1429516 4 0.5638 0.6029 0.000 0.216 0.000 0.632 0.152
#> SRR1406662 5 0.4253 0.3902 0.004 0.332 0.000 0.004 0.660
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1409487 4 0.4726 0.3923 0.000 0.400 0.000 0.580 0.020
#> SRR1434568 2 0.3630 0.7766 0.000 0.780 0.000 0.016 0.204
#> SRR1341965 2 0.6164 0.1957 0.000 0.520 0.000 0.328 0.152
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 4 0.1608 0.8067 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 5 0.0162 0.6835 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.4126 0.3892 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR601868 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0162 0.9084 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR812222 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 2 0.3106 0.8317 0.000 0.840 0.000 0.020 0.140
#> SRR1455503 2 0.2909 0.8392 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR810737 4 0.3863 0.7660 0.000 0.052 0.000 0.796 0.152
#> SRR1347500 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.4119 0.7705 0.000 0.780 0.000 0.068 0.152
#> SRR1457872 2 0.2920 0.8430 0.000 0.852 0.000 0.016 0.132
#> SRR658481 4 0.3863 0.7660 0.000 0.052 0.000 0.796 0.152
#> SRR1406243 1 0.0703 0.8930 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0510 0.9069 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0609 0.9043 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604174 5 0.2648 0.6737 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1345221 1 0.1281 0.8759 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR815517 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1331013 1 0.3266 0.6553 0.796 0.000 0.200 0.000 0.004
#> SRR1419638 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088142 5 0.3177 0.8577 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR604206 4 0.0162 0.8090 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.3445 0.8168 0.000 0.824 0.000 0.036 0.140
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352234 4 0.3649 0.7683 0.000 0.040 0.000 0.808 0.152
#> SRR1487807 2 0.4509 0.7355 0.000 0.752 0.000 0.096 0.152
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409748 3 0.2723 0.8248 0.124 0.000 0.864 0.000 0.012
#> SRR1325504 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0162 0.9446 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 3 0.0404 0.9836 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1354599 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406599 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0609 0.9038 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR812649 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366690 5 0.2648 0.6737 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0290 0.9427 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1319344 2 0.1251 0.9167 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334694 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478434 2 0.6240 0.0497 0.000 0.488 0.000 0.360 0.152
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 4 0.1106 0.8117 0.012 0.024 0.000 0.964 0.000
#> SRR1384827 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814587 2 0.2818 0.8460 0.000 0.856 0.000 0.012 0.132
#> SRR656899 4 0.2206 0.8082 0.004 0.016 0.000 0.912 0.068
#> SRR1088340 2 0.2909 0.8392 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1349772 1 0.2424 0.7739 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1317305 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490289 2 0.6367 0.1594 0.004 0.464 0.000 0.144 0.388
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170537 4 0.0404 0.8043 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR602106 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 5 0.3274 0.8543 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1321505 5 0.3366 0.8465 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.2068 0.8043 0.004 0.000 0.000 0.904 0.092
#> SRR657903 4 0.2206 0.8082 0.004 0.016 0.000 0.912 0.068
#> SRR1403458 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1460073 4 0.1704 0.8043 0.004 0.000 0.000 0.928 0.068
#> SRR1441850 1 0.3242 0.6890 0.816 0.000 0.172 0.000 0.012
#> SRR613759 1 0.0510 0.9069 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.2909 0.8392 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455607 4 0.6196 0.4297 0.000 0.340 0.000 0.508 0.152
#> SRR1077528 5 0.1197 0.7379 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1364695 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348226 5 0.3366 0.8465 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1313560 4 0.2376 0.8114 0.000 0.052 0.000 0.904 0.044
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352213 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 4 0.2074 0.7900 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1353970 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660366 4 0.0510 0.8034 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR655423 4 0.1792 0.8016 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.4294 0.7157 0.080 0.000 0.000 0.768 0.152
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.0693 0.9044 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1318484 2 0.2674 0.8457 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> SRR1322395 5 0.3274 0.8543 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325464 5 0.3274 0.8543 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1340280 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.2909 0.8392 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0404 0.9008 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661120 5 0.3395 0.5741 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR601613 5 0.3210 0.8572 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR811535 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR820316 4 0.1197 0.8126 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 5 0.3807 0.8291 0.240 0.000 0.000 0.012 0.748
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 4 0.2238 0.8088 0.004 0.020 0.000 0.912 0.064
#> SRR598509 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 4 0.1952 0.7996 0.004 0.000 0.000 0.912 0.084
#> SRR1339921 3 0.2929 0.7189 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.3863 0.7660 0.000 0.052 0.000 0.796 0.152
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355660 5 0.5639 0.7160 0.260 0.000 0.124 0.000 0.616
#> SRR1481012 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0703 0.9007 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0162 0.9084 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0404 0.9089 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.0162 0.9453 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.2909 0.8392 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR2164847 2 0.0880 0.9288 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR807901 4 0.1704 0.8043 0.004 0.000 0.000 0.928 0.068
#> SRR816064 4 0.1732 0.8035 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR810507 1 0.0162 0.9084 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358582 1 0.0404 0.9091 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1349893 5 0.3816 0.7587 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 5 0.3897 0.8515 0.204 0.000 0.028 0.000 0.768
#> SRR662749 1 0.0609 0.9038 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343653 2 0.2864 0.8426 0.000 0.852 0.000 0.012 0.136
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 4 0.2102 0.8079 0.004 0.012 0.000 0.916 0.068
#> SRR811145 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.0880 0.9257 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 1 0.3231 0.6944 0.800 0.000 0.004 0.000 0.196
#> SRR1388698 5 0.3710 0.6448 0.000 0.048 0.000 0.144 0.808
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.2864 0.8426 0.000 0.852 0.000 0.012 0.136
#> SRR1388419 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442250 2 0.0880 0.9257 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311109 4 0.3863 0.7660 0.000 0.052 0.000 0.796 0.152
#> SRR1478990 2 0.3106 0.8317 0.000 0.840 0.000 0.020 0.140
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085925 5 0.4088 0.6460 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR820655 1 0.1671 0.8413 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1383937 2 0.2964 0.8475 0.000 0.856 0.000 0.024 0.120
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 4 0.1952 0.7996 0.004 0.000 0.000 0.912 0.084
#> SRR1451778 4 0.2189 0.7961 0.012 0.000 0.000 0.904 0.084
#> SRR657089 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.1043 0.9197 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1385716 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466109 4 0.2732 0.7411 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661806 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0510 0.9069 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 4 0.3995 0.7260 0.000 0.180 0.000 0.776 0.044
#> SRR1434399 4 0.2130 0.7977 0.012 0.000 0.000 0.908 0.080
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405028 5 0.3291 0.6851 0.000 0.088 0.000 0.064 0.848
#> SRR612719 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.3863 0.7660 0.000 0.052 0.000 0.796 0.152
#> SRR1454374 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477837 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607252 4 0.2189 0.7961 0.012 0.000 0.000 0.904 0.084
#> SRR1418946 3 0.0609 0.9753 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1456567 2 0.3011 0.8355 0.000 0.844 0.000 0.016 0.140
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335627 4 0.5294 0.3338 0.004 0.432 0.000 0.524 0.040
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815735 5 0.3210 0.8572 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR656300 5 0.3921 0.8471 0.172 0.000 0.000 0.044 0.784
#> SRR659983 4 0.0162 0.8069 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1402414 4 0.5250 0.3996 0.004 0.404 0.000 0.552 0.040
#> SRR614215 4 0.2206 0.8082 0.004 0.016 0.000 0.912 0.068
#> SRR659283 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452741 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387091 4 0.4541 0.7562 0.000 0.084 0.000 0.744 0.172
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.2723 0.8526 0.000 0.864 0.000 0.012 0.124
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.4303 0.7674 0.000 0.056 0.000 0.752 0.192
#> SRR1419829 2 0.1205 0.9166 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1434315 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR658457 4 0.3993 0.6883 0.000 0.216 0.000 0.756 0.028
#> SRR1367849 2 0.5930 0.4207 0.000 0.596 0.000 0.208 0.196
#> SRR1320939 5 0.3143 0.8578 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR656588 1 0.0609 0.9038 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442149 3 0.0404 0.9819 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.5435 0.5565 0.000 0.660 0.000 0.188 0.152
#> SRR600852 1 0.4304 0.1641 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.2909 0.8392 0.000 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1321225 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.1121 0.8810 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0162 0.9449 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334154 2 0.4968 0.6615 0.000 0.712 0.000 0.136 0.152
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0880 0.8876 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1385235 1 0.0162 0.9084 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469638 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662150 4 0.0162 0.8069 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1400290 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416166 5 0.2732 0.8467 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1477015 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.4323 0.7399 0.004 0.752 0.000 0.044 0.200
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814611 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 5 0.4087 0.8454 0.208 0.000 0.036 0.000 0.756
#> SRR1086844 1 0.4256 0.3055 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1464535 5 0.3930 0.8393 0.152 0.000 0.000 0.056 0.792
#> SRR807877 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.1197 0.8767 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0510 0.9069 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR659637 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0162 0.9121 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.4015 0.4359 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1312540 5 0.3177 0.8577 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1323628 4 0.1502 0.8069 0.004 0.000 0.000 0.940 0.056
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384413 1 0.3402 0.6885 0.804 0.000 0.008 0.004 0.184
#> SRR1366855 4 0.6024 0.5082 0.000 0.288 0.000 0.560 0.152
#> SRR1077115 2 0.3011 0.8355 0.000 0.844 0.000 0.016 0.140
#> SRR1399990 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434093 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612335 2 0.0404 0.9405 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1321420 5 0.3427 0.8566 0.192 0.000 0.000 0.012 0.796
#> SRR1329177 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614996 5 0.3659 0.8520 0.220 0.000 0.012 0.000 0.768
#> SRR1431602 2 0.0324 0.9432 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1311509 4 0.2206 0.8082 0.004 0.016 0.000 0.912 0.068
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.3011 0.8355 0.000 0.844 0.000 0.016 0.140
#> SRR1469591 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388105 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0510 0.9069 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0146 0.8679 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381693 1 0.0713 0.9095 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.1913 0.8330 0.000 0.908 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR1486174 2 0.0865 0.8596 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1349433 2 0.5292 0.3367 0.000 0.580 0.312 0.000 0.100 0.008
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR1435584 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406265 1 0.2823 0.7211 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1366367 2 0.4230 0.4829 0.000 0.612 0.000 0.024 0.364 0.000
#> SRR1458026 2 0.4534 0.4315 0.000 0.580 0.000 0.040 0.380 0.000
#> SRR1094192 2 0.4155 0.4888 0.000 0.616 0.000 0.020 0.364 0.000
#> SRR1397180 2 0.5228 0.3086 0.000 0.524 0.000 0.100 0.376 0.000
#> SRR657492 4 0.1408 0.5447 0.000 0.036 0.000 0.944 0.020 0.000
#> SRR662665 3 0.0146 0.9911 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR818530 2 0.1152 0.8570 0.000 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR817563 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR613462 3 0.1500 0.9334 0.000 0.000 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1405206 2 0.0935 0.8616 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1454136 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1380785 3 0.1787 0.9143 0.000 0.004 0.920 0.000 0.068 0.008
#> SRR612875 2 0.2006 0.8006 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.8683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1408227 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1086304 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084965 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602437 6 0.0665 0.8963 0.004 0.000 0.000 0.008 0.008 0.980
#> SRR663404 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.2135 0.8177 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1360442 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR1356487 2 0.0713 0.8618 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.8683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 4 0.0603 0.4833 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> SRR1345736 6 0.2237 0.8508 0.068 0.000 0.036 0.000 0.000 0.896
#> SRR1345827 2 0.1584 0.8437 0.000 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR1367456 2 0.1411 0.8506 0.000 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1087197 2 0.1757 0.8378 0.000 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1383960 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 4 0.2869 0.4538 0.000 0.148 0.000 0.832 0.020 0.000
#> SRR1071692 1 0.3659 0.4773 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 4 0.0547 0.5174 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1352936 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598148 6 0.0713 0.8860 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1444390 2 0.0363 0.8662 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR603918 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468682 2 0.5071 0.3466 0.000 0.540 0.000 0.084 0.376 0.000
#> SRR1490505 2 0.0865 0.8601 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1343859 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1444954 2 0.0146 0.8679 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479286 4 0.4640 0.5194 0.000 0.048 0.000 0.576 0.376 0.000
#> SRR1381524 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1456693 2 0.1152 0.8570 0.000 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR1358482 2 0.0146 0.8679 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR658331 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR600829 6 0.0777 0.9032 0.024 0.000 0.004 0.000 0.000 0.972
#> SRR599380 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 4 0.0777 0.4649 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR1489693 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.4189 0.4715 0.000 0.604 0.000 0.020 0.376 0.000
#> SRR661337 4 0.1408 0.5447 0.000 0.036 0.000 0.944 0.020 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.2092 0.8214 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1330944 2 0.4847 0.3902 0.000 0.560 0.000 0.064 0.376 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.1418 0.8427 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.8683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 2 0.1531 0.8435 0.000 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR816358 6 0.0713 0.9028 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR658283 4 0.5216 0.1094 0.000 0.448 0.000 0.476 0.068 0.008
#> SRR813728 2 0.0458 0.8656 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1394520 1 0.3717 0.4336 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1432366 2 0.4356 0.4764 0.000 0.608 0.000 0.032 0.360 0.000
#> SRR1087992 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 6 0.0665 0.8963 0.004 0.000 0.000 0.008 0.008 0.980
#> SRR1326040 6 0.0790 0.8832 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 5 0.3011 0.2270 0.000 0.100 0.000 0.036 0.852 0.012
#> SRR1398706 2 0.2932 0.7527 0.000 0.820 0.000 0.000 0.164 0.016
#> SRR1368794 2 0.0713 0.8618 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1392749 2 0.4367 0.4703 0.000 0.604 0.000 0.032 0.364 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 5 0.4998 0.5962 0.024 0.000 0.000 0.444 0.504 0.028
#> SRR663100 4 0.4664 0.5249 0.000 0.052 0.000 0.584 0.364 0.000
#> SRR661229 4 0.0858 0.4945 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR655792 1 0.3747 0.4050 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 5 0.4289 0.5930 0.000 0.000 0.000 0.424 0.556 0.020
#> SRR1464281 2 0.0000 0.8683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.4847 0.3902 0.000 0.560 0.000 0.064 0.376 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.8683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.1967 0.8320 0.000 0.904 0.000 0.000 0.084 0.012
#> SRR1435182 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477569 6 0.0632 0.9041 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR602461 6 0.0713 0.9028 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1334338 1 0.3706 0.4430 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663014 4 0.5353 0.4712 0.000 0.116 0.000 0.516 0.368 0.000
#> SRR1417960 5 0.2250 0.2277 0.000 0.040 0.000 0.064 0.896 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR657695 2 0.3259 0.6828 0.000 0.772 0.000 0.000 0.216 0.012
#> SRR1357650 2 0.0363 0.8673 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1472237 2 0.3534 0.6247 0.000 0.740 0.000 0.000 0.244 0.016
#> SRR1470816 2 0.3287 0.6780 0.000 0.768 0.000 0.000 0.220 0.012
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 4 0.1408 0.5447 0.000 0.036 0.000 0.944 0.020 0.000
#> SRR1318998 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.1141 0.8548 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.1672 0.8384 0.000 0.932 0.000 0.016 0.048 0.004
#> SRR1360587 2 0.4463 0.4445 0.000 0.588 0.000 0.036 0.376 0.000
#> SRR604230 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 2 0.1757 0.8378 0.000 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR665514 4 0.0547 0.5174 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.4404 0.5077 0.008 0.016 0.000 0.576 0.400 0.000
#> SRR1429802 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 6 0.0632 0.8888 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1433684 6 0.0632 0.9041 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR613186 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0146 0.8679 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1417766 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420606 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0146 0.8679 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102756 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1366519 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1080438 2 0.1297 0.8514 0.000 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR1391789 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1402195 5 0.4876 0.5702 0.000 0.048 0.000 0.444 0.504 0.004
#> SRR1429516 4 0.4894 0.5088 0.000 0.068 0.000 0.556 0.376 0.000
#> SRR1406662 6 0.5844 0.1791 0.000 0.308 0.000 0.000 0.216 0.476
#> SRR1333414 2 0.0146 0.8679 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1369030 2 0.1913 0.8330 0.000 0.908 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0865 0.8596 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.5625 0.2741 0.000 0.532 0.000 0.276 0.192 0.000
#> SRR1434568 5 0.2838 0.1641 0.000 0.188 0.000 0.004 0.808 0.000
#> SRR1341965 4 0.5368 0.4661 0.000 0.116 0.000 0.508 0.376 0.000
#> SRR1473505 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1402068 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490076 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1435501 4 0.1408 0.5447 0.000 0.036 0.000 0.944 0.020 0.000
#> SRR1452491 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 6 0.4181 0.3157 0.000 0.000 0.000 0.012 0.476 0.512
#> SRR1418390 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR608480 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.3695 0.4512 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR815893 2 0.4463 0.4445 0.000 0.588 0.000 0.036 0.376 0.000
#> SRR1455503 2 0.4443 0.4574 0.000 0.596 0.000 0.036 0.368 0.000
#> SRR810737 4 0.4694 0.5173 0.000 0.052 0.000 0.572 0.376 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 5 0.6099 -0.2781 0.000 0.284 0.000 0.348 0.368 0.000
#> SRR1457872 2 0.4384 0.4873 0.000 0.616 0.000 0.036 0.348 0.000
#> SRR658481 4 0.4144 0.5305 0.000 0.020 0.000 0.620 0.360 0.000
#> SRR1406243 1 0.0806 0.9140 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1308674 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0146 0.8679 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.8683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR607970 1 0.0146 0.9299 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR604174 6 0.0717 0.8915 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR1345221 1 0.2691 0.8240 0.872 0.000 0.000 0.032 0.088 0.008
#> SRR815517 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 1 0.0547 0.9160 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419638 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.1757 0.8378 0.000 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1445741 2 0.1152 0.8555 0.000 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR1088142 6 0.0632 0.9041 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR604206 4 0.0547 0.5174 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.4524 0.4373 0.000 0.584 0.000 0.040 0.376 0.000
#> SRR1410334 2 0.1858 0.8358 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR1352234 4 0.4189 0.5270 0.000 0.020 0.000 0.604 0.376 0.000
#> SRR1487807 4 0.5432 0.4565 0.000 0.124 0.000 0.500 0.376 0.000
#> SRR1489715 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0260 0.8674 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1409748 3 0.2092 0.8419 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.2841 0.7396 0.000 0.824 0.000 0.000 0.164 0.012
#> SRR1316725 2 0.0603 0.8659 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1314851 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366690 6 0.0520 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1317707 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339321 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1442487 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1069690 2 0.0405 0.8678 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1319344 2 0.4169 0.1426 0.000 0.532 0.000 0.000 0.456 0.012
#> SRR1332835 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1334694 3 0.0622 0.9766 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1478434 2 0.6005 -0.1164 0.000 0.388 0.000 0.236 0.376 0.000
#> SRR1479933 2 0.1010 0.8596 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1313853 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR661192 4 0.1168 0.5113 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000
#> SRR1384827 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814587 2 0.4384 0.4873 0.000 0.616 0.000 0.036 0.348 0.000
#> SRR656899 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR1088340 2 0.4453 0.4512 0.000 0.592 0.000 0.036 0.372 0.000
#> SRR1349772 1 0.2568 0.8306 0.876 0.000 0.000 0.068 0.056 0.000
#> SRR1317305 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.1010 0.8593 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1407470 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490289 5 0.2532 0.2740 0.000 0.052 0.000 0.036 0.892 0.020
#> SRR1093649 2 0.0260 0.8674 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.1285 0.8535 0.000 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR2170537 4 0.0603 0.4833 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> SRR602106 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 6 0.0632 0.9041 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1321505 6 0.0713 0.9028 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 5 0.4095 0.6229 0.000 0.000 0.000 0.480 0.512 0.008
#> SRR657903 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR1441850 1 0.0458 0.9190 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.4463 0.4445 0.000 0.588 0.000 0.036 0.376 0.000
#> SRR1440445 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1455607 4 0.5368 0.4661 0.000 0.116 0.000 0.508 0.376 0.000
#> SRR1077528 6 0.0935 0.8900 0.004 0.000 0.000 0.000 0.032 0.964
#> SRR1364695 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348226 6 0.0713 0.9028 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1313560 4 0.5448 -0.4882 0.000 0.104 0.000 0.472 0.420 0.004
#> SRR1092889 2 0.1967 0.8320 0.000 0.904 0.000 0.000 0.084 0.012
#> SRR1352213 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185233 4 0.1408 0.5447 0.000 0.036 0.000 0.944 0.020 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR817825 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660366 4 0.1088 0.4557 0.024 0.000 0.000 0.960 0.016 0.000
#> SRR655423 4 0.1408 0.5447 0.000 0.036 0.000 0.944 0.020 0.000
#> SRR821183 2 0.1802 0.8386 0.000 0.916 0.000 0.000 0.072 0.012
#> SRR1323512 2 0.0260 0.8674 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1325247 4 0.4977 0.4815 0.076 0.000 0.000 0.552 0.372 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318484 2 0.4064 0.5002 0.000 0.624 0.000 0.016 0.360 0.000
#> SRR1322395 6 0.0632 0.9041 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1378131 2 0.0291 0.8681 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1325464 6 0.0713 0.9028 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1340280 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.4110 0.4777 0.000 0.608 0.000 0.016 0.376 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0458 0.9213 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.1913 0.8346 0.000 0.908 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR661120 6 0.1480 0.8645 0.000 0.020 0.000 0.000 0.040 0.940
#> SRR601613 6 0.0632 0.9041 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR811535 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 4 0.1176 0.5383 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020 0.000
#> SRR1368616 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375677 6 0.5504 0.5761 0.088 0.000 0.000 0.180 0.072 0.660
#> SRR1365700 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR604122 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR598509 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR1339921 3 0.0547 0.9712 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.4333 0.5257 0.000 0.028 0.000 0.596 0.376 0.000
#> SRR1339199 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1355660 6 0.2221 0.8350 0.032 0.000 0.072 0.000 0.000 0.896
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0146 0.9299 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.1858 0.8358 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR662043 1 0.0260 0.9270 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.1010 0.8584 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1379365 2 0.0260 0.8682 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1384852 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1430357 2 0.4076 0.4946 0.000 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR2164847 2 0.2748 0.7671 0.000 0.848 0.000 0.128 0.024 0.000
#> SRR807901 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR816064 4 0.1408 0.5447 0.000 0.036 0.000 0.944 0.020 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 6 0.3547 0.5040 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 6 0.0806 0.9021 0.020 0.000 0.008 0.000 0.000 0.972
#> SRR662749 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343653 2 0.4408 0.4750 0.000 0.608 0.000 0.036 0.356 0.000
#> SRR1336134 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR654940 2 0.0000 0.8683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0146 0.8679 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1326343 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR811145 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.0603 0.8655 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1075997 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090483 1 0.3003 0.7311 0.812 0.000 0.000 0.000 0.172 0.016
#> SRR1388698 6 0.3307 0.7011 0.000 0.120 0.000 0.012 0.040 0.828
#> SRR1312482 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.4131 0.4991 0.000 0.624 0.000 0.020 0.356 0.000
#> SRR1388419 3 0.0260 0.9872 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1442250 2 0.4066 0.3582 0.000 0.596 0.000 0.000 0.392 0.012
#> SRR1430679 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311109 4 0.4155 0.5298 0.000 0.020 0.000 0.616 0.364 0.000
#> SRR1478990 2 0.4432 0.4636 0.000 0.600 0.000 0.036 0.364 0.000
#> SRR1392434 2 0.0363 0.8665 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1085925 6 0.3854 0.1372 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR820655 1 0.2597 0.7593 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1383937 2 0.4269 0.5338 0.000 0.648 0.000 0.036 0.316 0.000
#> SRR1315393 2 0.0363 0.8665 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0458 0.8656 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1330153 5 0.4093 0.6243 0.000 0.000 0.000 0.476 0.516 0.008
#> SRR1451778 5 0.4093 0.6243 0.000 0.000 0.000 0.476 0.516 0.008
#> SRR657089 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.3979 0.4128 0.000 0.628 0.000 0.000 0.360 0.012
#> SRR1385716 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466109 4 0.1480 0.5412 0.000 0.040 0.000 0.940 0.020 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1485078 2 0.0458 0.8656 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR661806 2 0.0520 0.8673 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1334919 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.8683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 4 0.6000 -0.3363 0.000 0.204 0.000 0.440 0.352 0.004
#> SRR1434399 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405028 6 0.0260 0.8945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR612719 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0458 0.8656 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1361156 4 0.4694 0.5173 0.000 0.052 0.000 0.572 0.376 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477837 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607252 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR1418946 3 0.2730 0.7634 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1456567 2 0.4443 0.4574 0.000 0.596 0.000 0.036 0.368 0.000
#> SRR1487425 2 0.0458 0.8656 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1335627 5 0.4935 0.2188 0.000 0.388 0.000 0.044 0.556 0.012
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1447673 2 0.0363 0.8667 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR815735 6 0.0632 0.9041 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1404251 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 6 0.3353 0.8083 0.016 0.000 0.000 0.068 0.080 0.836
#> SRR659983 4 0.0865 0.4426 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1402414 5 0.5273 0.2179 0.000 0.360 0.000 0.076 0.552 0.012
#> SRR614215 5 0.4097 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.488 0.504 0.008
#> SRR659283 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0146 0.8679 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452741 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387091 5 0.4336 0.0577 0.000 0.160 0.000 0.116 0.724 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.4028 0.5583 0.000 0.668 0.000 0.024 0.308 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 5 0.2775 0.1775 0.000 0.104 0.000 0.040 0.856 0.000
#> SRR1419829 2 0.4026 0.3825 0.000 0.612 0.000 0.000 0.376 0.012
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 4 0.5814 -0.0982 0.000 0.384 0.000 0.452 0.160 0.004
#> SRR1367849 5 0.4555 -0.1163 0.000 0.424 0.000 0.036 0.540 0.000
#> SRR1320939 6 0.0622 0.9005 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR656588 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0291 0.8681 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1442149 3 0.0146 0.9904 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.4798 0.3984 0.000 0.564 0.000 0.060 0.376 0.000
#> SRR600852 1 0.3869 0.0868 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.4453 0.4512 0.000 0.592 0.000 0.036 0.372 0.000
#> SRR1321225 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0713 0.9095 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0603 0.8655 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1334154 2 0.5071 0.3465 0.000 0.540 0.000 0.084 0.376 0.000
#> SRR1390072 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467612 2 0.1141 0.8548 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1430133 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.2003 0.8300 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 2 0.0972 0.8620 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> SRR662150 4 0.0865 0.4426 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1400290 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.1643 0.8414 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1416166 6 0.0260 0.8945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1477015 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380501 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446156 5 0.2841 0.2430 0.000 0.164 0.000 0.000 0.824 0.012
#> SRR1488328 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1086889 2 0.0260 0.8673 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR814611 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599086 6 0.0891 0.9016 0.024 0.000 0.008 0.000 0.000 0.968
#> SRR1086844 1 0.3789 0.3534 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 6 0.2617 0.8253 0.016 0.000 0.000 0.100 0.012 0.872
#> SRR807877 2 0.0000 0.8683 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0632 0.9132 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR601986 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 2 0.1265 0.8524 0.000 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR600474 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.3563 0.5242 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 6 0.0632 0.9041 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1323628 5 0.3998 0.6230 0.000 0.000 0.000 0.492 0.504 0.004
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384413 1 0.3390 0.5616 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1366855 4 0.5190 0.4858 0.000 0.096 0.000 0.528 0.376 0.000
#> SRR1077115 2 0.4420 0.4699 0.000 0.604 0.000 0.036 0.360 0.000
#> SRR1399990 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434093 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0146 0.8683 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR612335 2 0.0692 0.8625 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1321420 6 0.0964 0.8923 0.004 0.000 0.000 0.016 0.012 0.968
#> SRR1329177 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0935 0.8609 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR614996 6 0.0713 0.9028 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1431602 2 0.1789 0.8295 0.000 0.924 0.000 0.032 0.044 0.000
#> SRR1311509 5 0.4093 0.6243 0.000 0.000 0.000 0.476 0.516 0.008
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.4463 0.4445 0.000 0.588 0.000 0.036 0.376 0.000
#> SRR1469591 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.1411 0.8509 0.000 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR1453026 2 0.1757 0.8378 0.000 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1388105 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9328 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9946 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.850 0.960 0.980 0.4985 0.499 0.499
#> 3 3 0.898 0.930 0.972 0.1599 0.909 0.821
#> 4 4 0.969 0.938 0.977 0.2006 0.784 0.542
#> 5 5 0.800 0.812 0.874 0.0881 0.895 0.680
#> 6 6 0.786 0.773 0.848 0.0569 0.923 0.704
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1467904 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.9983 0.0198 0.476 0.524
#> SRR1321283 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1406265 1 0.1184 0.9599 0.984 0.016
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR657492 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR662665 1 0.1633 0.9558 0.976 0.024
#> SRR818530 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR613462 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.8763 0.5552 0.296 0.704
#> SRR612875 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1086304 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR602437 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR663404 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1360442 1 0.7815 0.7420 0.768 0.232
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1087197 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1383960 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR662390 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR658421 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1352936 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR598148 1 0.3879 0.9256 0.924 0.076
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1444644 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1389777 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR603918 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1468682 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1479286 2 0.0938 0.9793 0.012 0.988
#> SRR1381524 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR658331 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.9427 0.4604 0.640 0.360
#> SRR1489693 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR661337 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1468995 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1419453 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1341456 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR657456 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR658283 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR603968 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR663100 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR661229 1 0.9393 0.4701 0.644 0.356
#> SRR655792 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1477569 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR602461 1 0.1633 0.9558 0.976 0.024
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1417960 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1474730 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1472237 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR614683 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1318998 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR604230 1 0.9983 0.1650 0.524 0.476
#> SRR1347667 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR665514 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1454522 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1419615 1 0.4815 0.9061 0.896 0.104
#> SRR1429802 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1345436 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1433684 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR613186 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1420606 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1391789 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1402195 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1429516 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1406662 2 0.0938 0.9792 0.012 0.988
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1434568 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1341965 2 0.0938 0.9793 0.012 0.988
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1435501 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1397329 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1093243 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.4022 0.9235 0.920 0.080
#> SRR812222 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1332607 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1338363 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.4939 0.9022 0.892 0.108
#> SRR1345221 1 0.1414 0.9579 0.980 0.020
#> SRR815517 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR615970 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1331013 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1419638 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.0376 0.9871 0.004 0.996
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR604206 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1352234 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1487807 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1364780 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1409748 1 0.3879 0.9258 0.924 0.076
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1314851 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1406599 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1308696 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR812649 1 0.4161 0.9206 0.916 0.084
#> SRR1366690 2 0.8081 0.6528 0.248 0.752
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1334694 1 0.4939 0.9022 0.892 0.108
#> SRR1478434 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.8608 0.6545 0.716 0.284
#> SRR1384827 1 0.2778 0.9425 0.952 0.048
#> SRR814587 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR656899 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.2236 0.9494 0.964 0.036
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1490289 2 0.9833 0.2118 0.424 0.576
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.8081 0.7060 0.752 0.248
#> SRR602106 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.1184 0.9599 0.984 0.016
#> SRR1457768 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1340641 1 0.5178 0.8942 0.884 0.116
#> SRR657903 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1460073 2 0.5294 0.8526 0.120 0.880
#> SRR1441850 1 0.3274 0.9358 0.940 0.060
#> SRR613759 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1077528 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1364695 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1313560 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR2185233 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR817825 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR660366 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR655423 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1325247 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1351583 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.2043 0.9516 0.968 0.032
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1340280 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1352619 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.4161 0.9208 0.916 0.084
#> SRR662763 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR661120 2 0.0376 0.9871 0.004 0.996
#> SRR601613 1 0.0376 0.9658 0.996 0.004
#> SRR811535 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR820316 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1375677 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR604122 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR598509 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1397052 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1405886 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1379365 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR2164847 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR807901 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR816064 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1444722 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.4022 0.9235 0.920 0.080
#> SRR662749 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1342701 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1326343 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR615359 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1090483 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1388698 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1430420 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1388419 1 0.5519 0.8812 0.872 0.128
#> SRR1442250 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1085925 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR820655 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1094506 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1330153 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1451778 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR657089 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1466109 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1080977 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1441725 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR661806 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1334919 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1407202 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1434399 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1330965 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR612719 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1361156 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1477837 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR607252 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1418946 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.3431 0.9225 0.064 0.936
#> SRR1327680 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1447673 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR659983 1 0.5059 0.8983 0.888 0.112
#> SRR1402414 1 0.4939 0.9022 0.892 0.108
#> SRR614215 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1340441 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1358017 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1376539 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1419829 2 0.1843 0.9628 0.028 0.972
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR658457 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.4298 0.9182 0.912 0.088
#> SRR656588 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1442149 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.4562 0.9127 0.904 0.096
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1351931 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1374028 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1469638 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR662150 2 0.9286 0.4394 0.344 0.656
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1380501 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR807877 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR659637 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1323628 2 0.2043 0.9583 0.032 0.968
#> SRR1430951 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1385364 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1478149 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1384413 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1366855 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR612335 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1321420 1 0.4690 0.9098 0.900 0.100
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.4562 0.9126 0.904 0.096
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1311509 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1507229 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1310373 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9910 0.000 1.000
#> SRR1388105 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
#> SRR615898 1 0.0000 0.9677 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349433 1 0.6154 0.2537 0.592 0.408 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 2 0.6244 0.2890 0.440 0.560 0.000
#> SRR612875 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086304 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.2448 0.8816 0.924 0.076 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367456 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087197 2 0.4796 0.7305 0.220 0.780 0.000
#> SRR1383960 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR662390 2 0.1289 0.9248 0.032 0.968 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR658421 2 0.4062 0.8025 0.164 0.836 0.000
#> SRR1352936 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR598148 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468682 2 0.3879 0.8165 0.152 0.848 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075631 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479286 2 0.6204 0.3448 0.424 0.576 0.000
#> SRR1381524 1 0.2165 0.9132 0.936 0.000 0.064
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR658331 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.3412 0.8119 0.876 0.124 0.000
#> SRR1489693 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 2 0.2261 0.8964 0.068 0.932 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR658283 2 0.3340 0.8486 0.120 0.880 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432366 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 2 0.3941 0.8119 0.156 0.844 0.000
#> SRR1398706 2 0.3482 0.8396 0.128 0.872 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392749 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR663100 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.3816 0.7752 0.852 0.148 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400397 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435182 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR663014 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417960 2 0.3340 0.8486 0.120 0.880 0.000
#> SRR1474730 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.4291 0.7807 0.180 0.820 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR614683 2 0.3879 0.8165 0.152 0.848 0.000
#> SRR1318998 3 0.5397 0.6132 0.280 0.000 0.720
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.3686 0.7877 0.860 0.140 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 2 0.4931 0.7100 0.232 0.768 0.000
#> SRR665514 2 0.3879 0.8165 0.152 0.848 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429802 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420606 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.6295 0.1169 0.472 0.000 0.528
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080438 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402195 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429516 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 2 0.6095 0.4208 0.392 0.608 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369030 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434568 2 0.2796 0.8744 0.092 0.908 0.000
#> SRR1341965 2 0.6204 0.3448 0.424 0.576 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435501 2 0.2625 0.8830 0.084 0.916 0.000
#> SRR1452491 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093243 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.2625 0.8815 0.084 0.916 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR815893 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 2 0.3941 0.8120 0.156 0.844 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR815517 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419638 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.5397 0.6382 0.280 0.720 0.000
#> SRR1445741 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR604206 2 0.2261 0.8964 0.068 0.932 0.000
#> SRR1358779 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473142 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352234 2 0.5988 0.4863 0.368 0.632 0.000
#> SRR1487807 2 0.3879 0.8165 0.152 0.848 0.000
#> SRR1489715 2 0.1529 0.9186 0.040 0.960 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314851 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 2 0.3340 0.8486 0.120 0.880 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR812649 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366690 1 0.6308 -0.0731 0.508 0.492 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319344 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 1 0.1289 0.9409 0.968 0.032 0.000
#> SRR1478434 2 0.3816 0.8207 0.148 0.852 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR661192 1 0.1643 0.9253 0.956 0.044 0.000
#> SRR1384827 1 0.1289 0.9409 0.968 0.032 0.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 2 0.1289 0.9239 0.032 0.968 0.000
#> SRR1088340 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 1 0.5948 0.3843 0.640 0.360 0.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170537 1 0.0237 0.9753 0.996 0.004 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340641 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR657903 2 0.3879 0.8165 0.152 0.848 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 2 0.5859 0.5403 0.344 0.656 0.000
#> SRR1441850 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364695 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352213 1 0.6140 0.2845 0.596 0.000 0.404
#> SRR2185233 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR655423 2 0.2165 0.8995 0.064 0.936 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437454 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455842 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.3551 0.8359 0.132 0.868 0.000
#> SRR661120 2 0.6154 0.3882 0.408 0.592 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR820316 2 0.0592 0.9398 0.012 0.988 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 2 0.3879 0.8165 0.152 0.848 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397052 2 0.4750 0.7360 0.216 0.784 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR664743 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.3340 0.8486 0.120 0.880 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164847 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR807901 2 0.4452 0.7677 0.192 0.808 0.000
#> SRR816064 2 0.2066 0.9028 0.060 0.940 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 1 0.1289 0.9409 0.968 0.032 0.000
#> SRR1343653 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326343 2 0.2625 0.8830 0.084 0.916 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388698 2 0.4750 0.7360 0.216 0.784 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 1 0.1643 0.9271 0.956 0.044 0.000
#> SRR1442250 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430679 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478990 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330153 2 0.4750 0.7360 0.216 0.784 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.3340 0.8486 0.120 0.880 0.000
#> SRR1385716 1 0.1289 0.9484 0.968 0.000 0.032
#> SRR1466109 2 0.3879 0.8165 0.152 0.848 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441725 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR661806 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.5926 0.4170 0.644 0.000 0.356
#> SRR599249 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407202 2 0.3879 0.8165 0.152 0.848 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361156 2 0.0592 0.9401 0.012 0.988 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477837 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456567 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335627 2 0.6225 0.3124 0.432 0.568 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447673 2 0.2625 0.8815 0.084 0.916 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402414 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR614215 2 0.4121 0.7977 0.168 0.832 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387091 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457039 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 2 0.3340 0.8486 0.120 0.880 0.000
#> SRR1419829 2 0.6154 0.3797 0.408 0.592 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR658457 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367849 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334154 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374028 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 2 0.3340 0.8486 0.120 0.880 0.000
#> SRR662150 1 0.6140 0.2647 0.596 0.404 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477015 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380501 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446156 2 0.3267 0.8528 0.116 0.884 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR807877 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR659637 2 0.3340 0.8486 0.120 0.880 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323628 2 0.4555 0.7578 0.200 0.800 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385364 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478149 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384413 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366855 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398371 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 2 0.0424 0.9429 0.008 0.992 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408072 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.2711 0.8779 0.088 0.912 0.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9488 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9800 1.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 0.9828 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467904 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442648 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321283 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 4 0.3400 0.748 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1435584 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397180 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657492 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662665 1 0.4134 0.610 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR818530 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613462 1 0.3356 0.747 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1405206 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454136 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380785 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612875 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310563 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602437 4 0.4643 0.484 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR663404 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.3024 0.783 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1360442 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 4 0.0188 0.965 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1345736 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 4 0.4564 0.499 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1072650 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383960 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658421 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352936 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598148 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444390 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389777 4 0.2921 0.803 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR603918 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075631 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479286 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381524 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658331 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 4 0.0336 0.961 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1489693 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661337 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330944 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419453 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437208 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807727 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658283 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308200 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087992 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405593 4 0.0707 0.948 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1326040 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488632 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398706 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392749 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603968 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661229 4 0.1940 0.884 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR655792 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663705 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0188 0.955 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1384917 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435182 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477569 4 0.4843 0.355 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR602461 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663014 4 0.0817 0.946 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1417960 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657695 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357650 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472237 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470816 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614683 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318998 1 0.4804 0.382 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1392795 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604230 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665514 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454522 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429802 1 0.0592 0.956 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1345436 1 0.3219 0.764 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1433684 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420606 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 1 0.4804 0.382 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1309856 4 0.4643 0.462 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1102756 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391789 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402195 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429516 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406662 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434568 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341965 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452491 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397329 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418390 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658481 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420811 2 0.0188 0.955 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1308674 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.4866 0.338 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR604174 4 0.4431 0.544 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1345221 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615970 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419638 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434975 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445741 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604206 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358779 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410334 2 0.2921 0.777 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1352234 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489715 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364780 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.3801 0.679 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1325504 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 4 0.1022 0.934 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1354599 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308696 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812649 1 0.1867 0.888 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1366690 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 4 0.0188 0.965 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1442487 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069690 2 0.0188 0.955 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319344 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332835 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334694 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661192 4 0.0188 0.965 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1384827 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814587 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656899 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088340 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349772 1 0.4855 0.321 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1317305 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442273 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407470 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490289 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.4855 0.349 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR2170537 4 0.3649 0.713 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR602106 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340641 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657903 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441850 4 0.4713 0.430 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR613759 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440445 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088734 2 0.4382 0.552 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1455607 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077528 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364695 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092889 2 0.3024 0.765 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1352213 1 0.1792 0.907 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2185233 2 0.4843 0.349 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1353970 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817825 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660366 4 0.0336 0.961 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR655423 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323512 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325247 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351583 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437454 4 0.4866 0.312 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1318484 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378131 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455842 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352619 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661120 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.4730 0.420 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1365700 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604122 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR598509 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397052 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664743 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339199 4 0.4454 0.551 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1355660 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379365 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384852 4 0.3649 0.728 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1430357 2 0.0188 0.955 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2164847 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807901 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816064 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 1 0.3649 0.704 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1343653 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336134 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 2 0.4898 0.304 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1075997 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388698 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.3486 0.755 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1388419 1 0.4972 0.171 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1442250 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430679 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311109 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478990 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392434 2 0.4193 0.593 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1085925 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451778 4 0.4431 0.558 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR657089 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395659 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385716 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466109 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080977 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441725 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661806 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334919 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434399 4 0.0188 0.965 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1330965 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405028 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477837 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607252 4 0.0188 0.965 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1418946 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456567 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487425 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335627 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327680 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815735 1 0.0921 0.942 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1404251 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.0188 0.965 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR659983 4 0.0188 0.965 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1402414 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614215 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452741 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387091 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376539 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419829 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 4 0.4817 0.345 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1367849 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398311 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442149 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414857 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321225 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334154 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390072 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467612 4 0.1389 0.922 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1430133 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374028 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662150 4 0.0188 0.965 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1400290 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084892 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0188 0.969 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477015 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380501 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446156 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814611 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464535 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807877 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601986 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.4406 0.546 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1323628 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430951 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366855 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077115 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399990 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434093 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341408 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612335 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329177 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431602 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311509 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1507229 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392813 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453026 4 0.4817 0.350 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1388105 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.3612 0.7648 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR815184 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1467904 3 0.4201 0.6202 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1442648 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 4 0.2424 0.7365 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 5 0.4537 0.4323 0.396 0.000 0.000 0.012 0.592
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1366367 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458026 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094192 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397180 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657492 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR662665 1 0.2377 0.7217 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613462 4 0.4390 0.2260 0.428 0.000 0.000 0.568 0.004
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454136 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380785 4 0.3274 0.5885 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR612875 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 1 0.3424 0.7741 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 1 0.4171 0.6938 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1310563 1 0.4182 0.6909 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR602437 5 0.4617 0.3548 0.436 0.000 0.000 0.012 0.552
#> SRR663404 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.3689 0.5021 0.740 0.000 0.000 0.004 0.256
#> SRR1360442 5 0.5815 0.5701 0.272 0.000 0.000 0.136 0.592
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1442686 5 0.4768 0.7328 0.024 0.000 0.000 0.384 0.592
#> SRR1345736 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 4 0.1197 0.8627 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR1383960 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662390 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1071692 1 0.4138 0.7012 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR658421 5 0.4201 0.7338 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1352936 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR598148 1 0.2377 0.7982 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1444390 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 5 0.4537 0.4323 0.396 0.000 0.000 0.012 0.592
#> SRR603918 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 1 0.1410 0.8246 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1075631 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479286 4 0.0510 0.9029 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1381524 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.0510 0.9399 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658331 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR810619 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR599380 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185195 5 0.4768 0.7328 0.024 0.000 0.000 0.384 0.592
#> SRR1489693 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1384805 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661337 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR601239 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468995 3 0.0290 0.9566 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1352111 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330944 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419453 3 0.4201 0.6202 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816358 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR658283 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.4171 0.6938 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1405593 4 0.4321 0.2764 0.396 0.000 0.000 0.600 0.004
#> SRR1326040 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1488632 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1398706 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392749 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815661 5 0.4201 0.4063 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR663100 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661229 5 0.5037 0.7262 0.040 0.000 0.000 0.376 0.584
#> SRR655792 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR663705 5 0.4537 0.4323 0.396 0.000 0.000 0.012 0.592
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1439958 2 0.4227 0.3114 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1384917 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435182 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0566 0.8308 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR602461 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334338 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR613510 1 0.2329 0.7992 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR663014 4 0.3805 0.5773 0.000 0.032 0.000 0.784 0.184
#> SRR1417960 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1474730 3 0.0404 0.9546 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657695 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470816 4 0.1043 0.8738 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1458358 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR614683 5 0.4201 0.7338 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1318998 5 0.6600 -0.3676 0.212 0.000 0.380 0.000 0.408
#> SRR1392795 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360587 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604230 5 0.5737 0.6884 0.120 0.000 0.000 0.288 0.592
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608096 4 0.0510 0.9029 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR665514 5 0.4201 0.7338 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.0609 0.8983 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1429802 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345436 4 0.4420 0.1928 0.448 0.000 0.000 0.548 0.004
#> SRR1433684 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613186 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417766 2 0.0510 0.9399 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1420606 1 0.0963 0.8321 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1326687 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 5 0.6586 -0.3724 0.208 0.000 0.384 0.000 0.408
#> SRR1309856 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102756 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402195 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1429516 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406662 4 0.3210 0.6023 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1409487 5 0.4235 0.7121 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1434568 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341965 4 0.0510 0.9029 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1452491 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.3231 0.6250 0.196 0.000 0.000 0.800 0.004
#> SRR1418390 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR601868 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR607313 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR812222 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455503 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443182 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658481 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1406243 1 0.3395 0.5491 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1332607 3 0.3242 0.8027 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR656433 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1420811 2 0.4088 0.4358 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1308674 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 2 0.3913 0.5282 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1338171 4 0.0290 0.9124 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR604174 5 0.4341 0.4154 0.404 0.000 0.000 0.004 0.592
#> SRR1345221 5 0.4201 0.4063 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR815517 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR615970 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419638 1 0.4171 0.6938 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1434975 4 0.3561 0.5185 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR1445741 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR604206 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1358779 3 0.2891 0.8364 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1473142 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410334 4 0.3586 0.5274 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1352234 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487807 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489715 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 1 0.4440 -0.0276 0.528 0.000 0.000 0.468 0.004
#> SRR1354599 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406599 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR812649 1 0.2329 0.7992 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1366690 5 0.5418 0.4836 0.364 0.000 0.000 0.068 0.568
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 4 0.0162 0.9169 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1442487 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069690 2 0.4101 0.4293 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1319344 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1332835 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334694 4 0.0794 0.8889 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1478434 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 5 0.5490 0.7062 0.084 0.000 0.000 0.324 0.592
#> SRR1384827 1 0.2329 0.7992 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR814587 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656899 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1088340 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349772 5 0.4537 0.4323 0.396 0.000 0.000 0.012 0.592
#> SRR1317305 1 0.4171 0.6938 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1442273 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490289 4 0.0798 0.8973 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478900 3 0.4201 0.6202 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1447652 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1324545 4 0.0404 0.9080 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2170537 5 0.4768 0.7328 0.024 0.000 0.000 0.384 0.592
#> SRR602106 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR615335 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321505 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 5 0.4620 0.7337 0.016 0.000 0.000 0.392 0.592
#> SRR657903 5 0.4201 0.7338 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1403458 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 5 0.4201 0.7338 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1441850 1 0.1270 0.8114 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472281 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440445 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1088734 4 0.2179 0.7707 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1455607 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077528 4 0.2848 0.6926 0.156 0.000 0.000 0.840 0.004
#> SRR1364695 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1348226 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313560 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1092889 2 0.2561 0.7682 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1352213 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2185233 5 0.4630 0.1392 0.000 0.396 0.000 0.016 0.588
#> SRR1353970 1 0.1965 0.8229 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR662641 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 1 0.0912 0.8282 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR660366 5 0.5958 0.6394 0.204 0.000 0.000 0.204 0.592
#> SRR655423 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR821183 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323512 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325247 4 0.0771 0.8947 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318484 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378131 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340280 1 0.4171 0.6938 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1455842 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 5 0.4201 0.4063 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR662763 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661120 4 0.3790 0.4915 0.272 0.000 0.000 0.724 0.004
#> SRR601613 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR811535 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820316 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 5 0.4341 0.4154 0.404 0.000 0.000 0.004 0.592
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR598509 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 5 0.4201 0.7338 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1339921 1 0.4171 0.6938 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR664743 4 0.1851 0.8031 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1339199 4 0.3074 0.6445 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603449 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1400889 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0290 0.8386 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656288 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379365 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430357 4 0.4182 0.2670 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR2164847 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807901 5 0.4201 0.7338 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR816064 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR810507 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1349893 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662749 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1342701 1 0.3496 0.5924 0.788 0.000 0.000 0.200 0.012
#> SRR1343653 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 5 0.4201 0.7338 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR811145 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615359 4 0.0290 0.9124 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.4437 0.1411 0.464 0.000 0.000 0.532 0.004
#> SRR1388698 4 0.0162 0.9169 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.2179 0.7747 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1388419 1 0.3109 0.6041 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1442250 4 0.3508 0.4080 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1430679 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311109 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1478990 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392434 4 0.2605 0.7158 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1085925 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR820655 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 5 0.4341 0.7345 0.004 0.000 0.000 0.404 0.592
#> SRR1451778 5 0.4697 0.4457 0.388 0.000 0.000 0.020 0.592
#> SRR657089 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1395659 4 0.1544 0.8347 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1385716 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1466109 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661806 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334919 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR599249 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR810051 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407202 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1434399 5 0.5815 0.6846 0.136 0.000 0.000 0.272 0.592
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1405028 4 0.3790 0.4915 0.272 0.000 0.000 0.724 0.004
#> SRR612719 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1477837 1 0.2471 0.7986 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR607252 5 0.4537 0.4323 0.396 0.000 0.000 0.012 0.592
#> SRR1418946 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1456567 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.0290 0.9488 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1335627 5 0.4547 0.7335 0.012 0.000 0.000 0.400 0.588
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447673 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 1 0.3630 0.6074 0.780 0.000 0.000 0.204 0.016
#> SRR659983 5 0.4768 0.7328 0.024 0.000 0.000 0.384 0.592
#> SRR1402414 5 0.4768 0.7328 0.024 0.000 0.000 0.384 0.592
#> SRR614215 5 0.4201 0.7338 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR659283 1 0.1671 0.8277 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403390 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1452741 1 0.4171 0.6938 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1458484 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1387091 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.3177 0.7897 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1406069 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419829 4 0.2293 0.7983 0.016 0.000 0.000 0.900 0.084
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 5 0.5908 0.4854 0.000 0.256 0.000 0.156 0.588
#> SRR1367849 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656588 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR599025 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401446 1 0.2329 0.7992 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442149 1 0.3242 0.7867 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR809137 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.4171 0.6938 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1414857 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 1 0.0510 0.8371 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1069802 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1077643 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334154 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390072 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467612 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430133 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1385235 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662150 5 0.4341 0.7346 0.004 0.000 0.000 0.404 0.592
#> SRR1400290 1 0.4171 0.6938 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1084892 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416166 1 0.4084 0.3476 0.668 0.000 0.000 0.328 0.004
#> SRR1477015 3 0.2732 0.8484 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1380501 1 0.0963 0.8366 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1446156 4 0.2329 0.7389 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 2 0.4074 0.4544 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR814611 1 0.2329 0.7992 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR599086 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.4171 0.6938 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1464535 4 0.3766 0.4986 0.268 0.000 0.000 0.728 0.004
#> SRR807877 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.4182 0.6908 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1446226 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR659637 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.8398 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.4150 0.6986 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1312540 1 0.0324 0.8362 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1323628 5 0.4620 0.7337 0.016 0.000 0.000 0.392 0.592
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0162 0.9585 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1478149 3 0.0510 0.9523 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1384413 4 0.3790 0.4915 0.272 0.000 0.000 0.724 0.004
#> SRR1366855 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077115 2 0.2891 0.7366 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1399990 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1434093 1 0.2690 0.7961 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9575 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612335 2 0.3796 0.5642 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1321420 1 0.1121 0.8097 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1329177 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0162 0.8385 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1431602 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311509 5 0.4210 0.7315 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9602 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469591 1 0.4201 0.6847 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1392813 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453026 4 0.0000 0.9208 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388105 1 0.0290 0.8394 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357558 1 0.3636 0.7630 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR615898 3 0.0404 0.9546 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0458 0.8127 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1468613 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR815184 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381693 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1467904 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442648 4 0.1863 0.8127 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349433 4 0.4099 0.5096 0.016 0.000 0.000 0.612 0.372 0.000
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 5 0.2312 0.5581 0.112 0.000 0.000 0.012 0.876 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1366367 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1458026 4 0.1714 0.8133 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1094192 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1397180 4 0.1765 0.8134 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR657492 5 0.3737 0.6677 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR662665 1 0.3499 0.7138 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR818530 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817563 2 0.0146 0.9659 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR613462 4 0.6788 0.2003 0.096 0.000 0.000 0.460 0.308 0.136
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454136 4 0.0713 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1380785 4 0.3835 0.5306 0.016 0.000 0.000 0.684 0.300 0.000
#> SRR612875 4 0.1556 0.8160 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355194 4 0.0632 0.8288 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1408227 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086304 6 0.3684 0.6809 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1080415 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084965 6 0.2135 0.7639 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1310563 6 0.3175 0.7316 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR602437 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1360442 5 0.3693 0.6965 0.092 0.000 0.000 0.120 0.788 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409641 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1442686 5 0.5604 0.0696 0.404 0.000 0.000 0.144 0.452 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367456 4 0.0146 0.8276 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1072650 1 0.0363 0.8125 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087197 4 0.3706 0.5291 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1383960 4 0.0363 0.8290 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR600924 1 0.0458 0.8127 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR662390 5 0.3765 0.6598 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1071692 1 0.1863 0.7514 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR658421 5 0.3482 0.7214 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1352936 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR598148 6 0.4871 0.5324 0.088 0.000 0.000 0.000 0.296 0.616
#> SRR1444390 2 0.0363 0.9573 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389777 5 0.1957 0.5409 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR603918 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468682 4 0.1863 0.8127 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343859 6 0.4057 0.6480 0.388 0.000 0.000 0.000 0.012 0.600
#> SRR1075631 4 0.0937 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479286 4 0.3221 0.6569 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1381524 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392208 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456693 2 0.3076 0.6723 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658331 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810619 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600829 1 0.3309 0.7386 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR599380 1 0.0458 0.8127 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1337388 1 0.0260 0.8128 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2185195 5 0.2300 0.7650 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1489693 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318662 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1384805 4 0.1714 0.8133 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR661337 5 0.3499 0.7185 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR601239 1 0.2260 0.7895 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1468995 3 0.3371 0.6693 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1352111 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1330944 4 0.1863 0.8127 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1419453 6 0.1663 0.7110 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1437208 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0458 0.8127 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807727 4 0.1556 0.8195 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR816358 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR658283 4 0.1007 0.8306 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394520 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1308200 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432366 4 0.1610 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1087992 6 0.3409 0.7114 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1405593 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1326040 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1488632 5 0.3371 0.7359 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR1398706 4 0.2664 0.6855 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392749 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR603968 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815661 5 0.2135 0.5254 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR663100 4 0.1610 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR661229 5 0.4989 0.5596 0.220 0.000 0.000 0.140 0.640 0.000
#> SRR655792 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR663705 5 0.1814 0.5475 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400397 4 0.1663 0.8144 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1331444 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1439958 4 0.3774 0.4085 0.000 0.328 0.000 0.664 0.008 0.000
#> SRR1384917 4 0.1765 0.8149 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1435182 4 0.0458 0.8295 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1477569 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR602461 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR613510 6 0.4922 0.6835 0.288 0.000 0.000 0.000 0.096 0.616
#> SRR663014 4 0.3110 0.5844 0.000 0.012 0.000 0.792 0.196 0.000
#> SRR1417960 5 0.3175 0.7503 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR1474730 3 0.3390 0.6640 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1381269 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657695 4 0.1610 0.8200 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1357650 4 0.0790 0.8302 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1472237 4 0.2048 0.7842 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1470816 4 0.2300 0.7837 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1458358 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR614683 5 0.3446 0.7231 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1318998 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392795 4 0.0632 0.8296 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360587 4 0.1714 0.8133 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR604230 5 0.3595 0.7038 0.084 0.000 0.000 0.120 0.796 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 4 0.3446 0.5508 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR665514 5 0.3428 0.7228 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.3221 0.6569 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1429802 1 0.2491 0.7805 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1345436 4 0.6077 0.0628 0.300 0.000 0.000 0.400 0.300 0.000
#> SRR1433684 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR613186 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343795 4 0.0146 0.8276 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1417766 2 0.3076 0.6719 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1420606 6 0.3765 0.6434 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1326687 1 0.2562 0.7772 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1458973 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309856 4 0.0260 0.8265 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1102756 4 0.0458 0.8278 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080438 4 0.0547 0.8295 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1391789 4 0.0458 0.8295 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1402195 5 0.3756 0.6597 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1429516 4 0.1663 0.8144 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1406662 4 0.3853 0.5198 0.016 0.000 0.000 0.680 0.304 0.000
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369030 4 0.0790 0.8302 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1342916 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362824 4 0.0458 0.8278 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1455326 1 0.0458 0.8127 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1349956 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1409487 5 0.3607 0.6976 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1434568 4 0.3151 0.6622 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1341965 4 0.3221 0.6569 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490076 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435501 5 0.3482 0.7183 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1452491 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1397329 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.4025 0.6138 0.048 0.000 0.000 0.720 0.232 0.000
#> SRR1418390 4 0.1141 0.8206 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR608480 1 0.0363 0.8124 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR598589 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR601868 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607313 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR812222 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815893 4 0.1610 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1455503 4 0.1610 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR810737 4 0.1714 0.8133 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1347500 1 0.2631 0.7739 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1443182 4 0.2912 0.7200 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1457872 2 0.1411 0.9040 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> SRR658481 5 0.3482 0.7183 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1406243 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1332607 6 0.1663 0.7062 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR656433 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1420811 2 0.3998 0.0120 0.000 0.504 0.000 0.492 0.004 0.000
#> SRR1308674 4 0.0713 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1338363 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344271 4 0.4039 0.1922 0.000 0.424 0.000 0.568 0.008 0.000
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607970 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1338171 4 0.0458 0.8278 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR604174 5 0.1910 0.5435 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1345221 1 0.2941 0.7615 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR815517 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615970 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 1 0.2048 0.7990 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1419638 6 0.3390 0.7138 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1434975 4 0.4859 0.4405 0.080 0.000 0.000 0.604 0.316 0.000
#> SRR1445741 4 0.0146 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1088142 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR604206 5 0.3499 0.7173 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1358779 6 0.1007 0.7483 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1473142 4 0.1610 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1410334 4 0.2473 0.7012 0.000 0.136 0.000 0.856 0.008 0.000
#> SRR1352234 4 0.2562 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1487807 4 0.1910 0.8118 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1489715 4 0.2527 0.7274 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1364780 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.2300 0.7865 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1325504 1 0.0458 0.8127 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1436490 4 0.0937 0.8280 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314851 4 0.6091 0.0566 0.292 0.000 0.000 0.388 0.320 0.000
#> SRR1354599 1 0.0458 0.8127 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1406599 4 0.2631 0.7740 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR812649 6 0.5375 0.6715 0.268 0.000 0.000 0.008 0.128 0.596
#> SRR1366690 5 0.2282 0.5628 0.088 0.000 0.000 0.024 0.888 0.000
#> SRR1317707 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339321 4 0.1556 0.8179 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1442487 4 0.0713 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1069690 4 0.3986 0.1616 0.000 0.464 0.000 0.532 0.004 0.000
#> SRR1319344 5 0.3727 0.6668 0.000 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1332835 4 0.0363 0.8282 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1334694 4 0.3706 0.5291 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1478434 4 0.1765 0.8135 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661192 5 0.5328 -0.1259 0.440 0.000 0.000 0.104 0.456 0.000
#> SRR1384827 6 0.4843 0.6878 0.300 0.000 0.000 0.000 0.084 0.616
#> SRR814587 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656899 5 0.3482 0.7183 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1088340 4 0.1610 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1349772 1 0.5127 0.4048 0.544 0.000 0.000 0.092 0.364 0.000
#> SRR1317305 6 0.3390 0.7138 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1442273 4 0.0632 0.8296 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1407470 4 0.0146 0.8276 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1490289 4 0.3266 0.6473 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478900 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447652 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1324545 4 0.0260 0.8265 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2170537 5 0.2300 0.7650 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR602106 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615335 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1321505 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1457768 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340641 5 0.2553 0.7654 0.008 0.000 0.000 0.144 0.848 0.000
#> SRR657903 5 0.2416 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 5 0.2416 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1441850 1 0.3612 0.7375 0.764 0.000 0.000 0.036 0.200 0.000
#> SRR613759 1 0.0458 0.8127 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1472281 4 0.1714 0.8133 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1440445 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088734 4 0.1411 0.7895 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004 0.000
#> SRR1455607 4 0.1714 0.8133 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1077528 4 0.3929 0.6076 0.028 0.000 0.000 0.700 0.272 0.000
#> SRR1364695 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348226 1 0.2219 0.7807 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1313560 5 0.3531 0.7149 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1092889 2 0.3349 0.6603 0.000 0.748 0.000 0.244 0.008 0.000
#> SRR1352213 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185233 5 0.5341 0.5592 0.000 0.224 0.000 0.184 0.592 0.000
#> SRR1353970 1 0.0937 0.7946 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR662641 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817825 6 0.5304 0.5492 0.144 0.000 0.000 0.000 0.276 0.580
#> SRR660366 5 0.4513 0.6356 0.172 0.000 0.000 0.124 0.704 0.000
#> SRR655423 5 0.3531 0.7149 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR821183 2 0.1007 0.9256 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1323512 4 0.0458 0.8278 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1325247 1 0.6075 -0.0705 0.372 0.000 0.000 0.360 0.268 0.000
#> SRR1351583 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437454 1 0.3103 0.7625 0.784 0.000 0.000 0.008 0.208 0.000
#> SRR1318484 4 0.1610 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1322395 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1378131 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1325464 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1340280 6 0.3050 0.7387 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1455842 4 0.1714 0.8133 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.3309 0.7385 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR662763 4 0.3409 0.5616 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR661120 4 0.4947 0.4195 0.088 0.000 0.000 0.596 0.316 0.000
#> SRR601613 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR811535 1 0.0458 0.8127 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR820316 5 0.3531 0.7149 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1368616 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604122 5 0.3330 0.7416 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR598509 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397052 5 0.2416 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1339921 6 0.3464 0.7029 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR664743 4 0.2631 0.7244 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1339199 4 0.1152 0.8007 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.2631 0.7739 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR603449 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1400889 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 6 0.5137 0.6619 0.284 0.000 0.000 0.000 0.120 0.596
#> SRR656288 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1405886 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.1958 0.8688 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR1379365 4 0.0790 0.8302 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1384852 4 0.0146 0.8276 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1430357 4 0.3337 0.5801 0.000 0.260 0.000 0.736 0.004 0.000
#> SRR2164847 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807901 5 0.2416 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR816064 5 0.3531 0.7149 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR810507 1 0.0458 0.8127 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1358582 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1349893 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1444722 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316483 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR662749 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1342701 6 0.5616 0.5057 0.148 0.000 0.000 0.008 0.288 0.556
#> SRR1343653 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1336134 4 0.0458 0.8278 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326343 5 0.3198 0.7492 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR811145 1 0.2762 0.7693 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR615359 4 0.0405 0.8270 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1075997 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090483 4 0.6118 -0.0302 0.328 0.000 0.000 0.364 0.308 0.000
#> SRR1388698 4 0.3695 0.5300 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1312482 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.1297 0.8070 0.000 0.040 0.000 0.948 0.012 0.000
#> SRR1388419 1 0.5856 -0.2771 0.432 0.000 0.000 0.008 0.148 0.412
#> SRR1442250 4 0.3620 0.3284 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR1430679 4 0.0260 0.8265 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1311109 5 0.3499 0.7173 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1478990 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1392434 4 0.1701 0.7698 0.000 0.072 0.000 0.920 0.008 0.000
#> SRR1085925 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR820655 1 0.0865 0.8113 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1383937 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330153 5 0.2416 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1451778 5 0.2100 0.5469 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR657089 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395659 4 0.2562 0.7521 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1385716 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466109 5 0.3547 0.7152 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1080977 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441725 4 0.0260 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661806 4 0.0146 0.8276 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1334919 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599249 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR810051 2 0.0458 0.9543 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1407202 5 0.3515 0.7181 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000
#> SRR1434399 5 0.3254 0.7415 0.048 0.000 0.000 0.136 0.816 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405028 4 0.4974 0.4207 0.088 0.000 0.000 0.588 0.324 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.1007 0.9256 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0713 0.8108 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361156 4 0.1863 0.8127 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1477837 6 0.3620 0.6944 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR607252 5 0.3607 0.6535 0.112 0.000 0.000 0.092 0.796 0.000
#> SRR1418946 1 0.5614 0.5681 0.556 0.000 0.000 0.016 0.312 0.116
#> SRR1456567 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1487425 2 0.2048 0.8442 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1335627 5 0.2378 0.7659 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 4 0.0713 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1447673 4 0.2664 0.7480 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR815735 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1404251 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0363 0.8124 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR656300 1 0.3531 0.7073 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR659983 5 0.2416 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1402414 5 0.2300 0.7650 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR614215 5 0.2454 0.7680 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR659283 1 0.1267 0.7839 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.2631 0.7739 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1403390 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452741 6 0.3390 0.7138 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1458484 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387091 4 0.1814 0.8132 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1358017 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457039 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.1501 0.7746 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1406069 4 0.2300 0.7912 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1419829 4 0.3578 0.5363 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 5 0.5153 0.6241 0.000 0.120 0.000 0.288 0.592 0.000
#> SRR1367849 4 0.1714 0.8133 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1320939 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR656588 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR599025 1 0.0458 0.8127 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401446 6 0.3717 0.6701 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1398311 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442149 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR809137 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414982 4 0.1610 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR600852 1 0.3409 0.3916 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1414857 4 0.0790 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1321225 6 0.5464 0.6592 0.252 0.000 0.000 0.008 0.148 0.592
#> SRR1069802 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1077643 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334154 4 0.1863 0.8127 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1390072 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1467612 4 0.0260 0.8265 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1430133 4 0.0713 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374028 1 0.0146 0.8121 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311243 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1385235 1 0.1204 0.8091 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1469638 4 0.1814 0.8158 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR662150 5 0.2300 0.7650 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1400290 6 0.3390 0.7138 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1084892 4 0.0458 0.8278 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1416166 1 0.3428 0.7264 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1477015 6 0.1075 0.7451 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1380501 6 0.3672 0.6754 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1446156 4 0.2793 0.6688 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1488328 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086889 4 0.3955 0.3131 0.000 0.384 0.000 0.608 0.008 0.000
#> SRR814611 6 0.3717 0.6701 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR599086 1 0.2219 0.7807 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1086844 6 0.2912 0.7156 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1464535 1 0.3515 0.7105 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR807877 4 0.0000 0.8284 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477033 6 0.3717 0.3539 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1335164 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601986 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446226 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR659637 4 0.1814 0.7776 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.8109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.1863 0.7514 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1312540 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1323628 5 0.2340 0.7662 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1430951 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385364 3 0.0146 0.9727 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478149 6 0.3288 0.5003 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1384413 4 0.4556 0.5442 0.100 0.000 0.000 0.688 0.212 0.000
#> SRR1366855 4 0.1714 0.8133 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1077115 2 0.2838 0.7147 0.000 0.808 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR1399990 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434093 6 0.3695 0.6774 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1341408 2 0.0000 0.9692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612335 4 0.3982 0.0881 0.000 0.460 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR1321420 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1329177 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398371 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR614996 1 0.3409 0.7294 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1431602 4 0.0363 0.8284 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1311509 5 0.3482 0.7183 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.0000 0.9759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408072 4 0.1610 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1469591 6 0.0000 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392813 4 0.0713 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1453026 4 0.0260 0.8281 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1388105 1 0.1075 0.7904 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1357558 1 0.1663 0.7668 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR615898 3 0.3390 0.6640 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.915 0.930 0.971 0.413 0.587 0.587
#> 3 3 0.417 0.715 0.816 0.228 0.561 0.422
#> 4 4 0.631 0.823 0.891 0.308 0.756 0.545
#> 5 5 0.619 0.548 0.797 0.110 0.824 0.537
#> 6 6 0.638 0.571 0.782 0.049 0.832 0.482
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.7139 0.76730 0.196 0.804
#> SRR1381693 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1467904 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1442648 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1321283 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1435584 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1366367 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1458026 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1094192 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1397180 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR657492 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR818530 2 0.9522 0.45106 0.372 0.628
#> SRR817563 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR613462 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1405206 1 0.9460 0.39889 0.636 0.364
#> SRR1454136 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.6712 0.79021 0.176 0.824
#> SRR1355194 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1408227 1 0.0376 0.97402 0.996 0.004
#> SRR1086304 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1080415 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1086140 1 0.8443 0.60890 0.728 0.272
#> SRR1084965 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1479263 1 0.9358 0.43404 0.648 0.352
#> SRR1409641 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1367456 1 0.9522 0.38424 0.628 0.372
#> SRR1072650 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1446393 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1087197 2 0.7376 0.75022 0.208 0.792
#> SRR1383960 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1071692 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1352936 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR598148 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1444390 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1444644 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1389777 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR603918 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1468682 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.3584 0.90212 0.068 0.932
#> SRR1343859 2 0.4815 0.87047 0.104 0.896
#> SRR1075631 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1444954 1 0.0376 0.97402 0.996 0.004
#> SRR1479286 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1381524 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1392208 1 0.7376 0.72072 0.792 0.208
#> SRR1456693 1 0.3584 0.90930 0.932 0.068
#> SRR1358482 2 0.8955 0.57769 0.312 0.688
#> SRR658331 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR810619 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR600829 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1489693 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1318662 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1408657 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1384805 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1468995 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1330944 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1419453 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1437208 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR660756 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1093269 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1341456 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR657456 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.3733 0.89779 0.072 0.928
#> SRR816358 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR658283 2 0.9427 0.47867 0.360 0.640
#> SRR813728 2 0.0672 0.94428 0.008 0.992
#> SRR1394520 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1308200 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1432366 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1087992 1 0.8016 0.66396 0.756 0.244
#> SRR1405593 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1488632 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1392749 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR603968 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR663100 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR661229 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR655792 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1464281 1 0.8608 0.58772 0.716 0.284
#> SRR1400397 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1439958 1 0.9993 0.00105 0.516 0.484
#> SRR1384917 2 0.9522 0.45696 0.372 0.628
#> SRR1435182 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1477569 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR613510 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR663014 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1417960 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1474730 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1381269 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR657695 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1357650 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1472237 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1470816 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1392795 2 0.8386 0.66014 0.268 0.732
#> SRR1469859 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1378243 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1360587 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1347667 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR608096 2 0.2236 0.92648 0.036 0.964
#> SRR665514 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1454522 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1419615 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1429802 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1345436 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR613186 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1343795 1 0.2778 0.93058 0.952 0.048
#> SRR1417766 1 0.8386 0.61525 0.732 0.268
#> SRR1420606 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1458973 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 1.0000 0.05431 0.500 0.500
#> SRR1102756 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1366519 1 0.7883 0.67505 0.764 0.236
#> SRR1080438 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1391789 1 0.9491 0.39348 0.632 0.368
#> SRR1402195 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1429516 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1406662 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1333414 2 0.4431 0.88136 0.092 0.908
#> SRR1369030 1 0.8763 0.56026 0.704 0.296
#> SRR1342916 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.2236 0.92578 0.036 0.964
#> SRR1455326 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1434568 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1341965 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1473505 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1402068 1 0.4161 0.89177 0.916 0.084
#> SRR1490076 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1435501 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1452491 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1397329 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1093243 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.5294 0.85490 0.120 0.880
#> SRR608480 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR812222 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR815893 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1455503 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR810737 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1443182 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1457872 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR658481 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1332607 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1420811 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1338363 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1344271 1 0.2948 0.92635 0.948 0.052
#> SRR1321608 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1441464 1 0.9909 0.15608 0.556 0.444
#> SRR607970 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR815517 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR615970 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1331013 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1419638 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1434975 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1445741 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1088142 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1358779 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1473142 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1410334 2 0.6712 0.79167 0.176 0.824
#> SRR1352234 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1487807 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1489715 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1364780 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR813915 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1409748 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1436490 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1316725 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1314851 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1354599 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1308696 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1317707 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1339321 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1069690 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1319344 1 0.1843 0.95098 0.972 0.028
#> SRR1332835 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1478434 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.2236 0.92580 0.036 0.964
#> SRR1313853 1 0.9710 0.29795 0.600 0.400
#> SRR661192 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1384827 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR814587 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1088340 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.5059 0.85921 0.888 0.112
#> SRR1442273 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1407470 1 0.9522 0.37685 0.628 0.372
#> SRR1490289 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1093649 2 0.7219 0.76001 0.200 0.800
#> SRR1478900 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1324545 1 0.9954 0.09862 0.540 0.460
#> SRR2170537 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.3274 0.91856 0.940 0.060
#> SRR615335 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1457768 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1340641 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1441850 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1472281 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1440445 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1088734 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1455607 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1077528 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1364695 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1352213 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR2185233 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR662641 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR817825 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR660366 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.9129 0.54681 0.328 0.672
#> SRR1323512 1 0.4562 0.87791 0.904 0.096
#> SRR1325247 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1351583 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1437454 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1318484 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1378131 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1325464 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1340280 2 0.9909 0.24969 0.444 0.556
#> SRR1455842 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1352619 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.2778 0.91704 0.048 0.952
#> SRR661120 1 0.6801 0.76707 0.820 0.180
#> SRR601613 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1368616 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1365700 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR598509 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR664743 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1339199 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR808808 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1405886 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1487233 1 0.9970 0.07007 0.532 0.468
#> SRR662043 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1379365 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1430357 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1444722 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1343653 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR654940 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.8443 0.65404 0.272 0.728
#> SRR1326343 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1075997 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1090483 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1312482 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1430420 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1387475 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1442250 1 0.6801 0.76809 0.820 0.180
#> SRR1430679 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1311109 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1478990 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1392434 1 0.5737 0.82810 0.864 0.136
#> SRR1085925 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1383937 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1315393 2 0.5737 0.83734 0.136 0.864
#> SRR1094506 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.8713 0.61602 0.292 0.708
#> SRR1330153 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR657089 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1395659 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1385716 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1080977 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.4022 0.89112 0.080 0.920
#> SRR661806 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1334919 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR599249 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.9710 0.37630 0.400 0.600
#> SRR1407202 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1330965 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1382508 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1405028 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.1843 0.95143 0.972 0.028
#> SRR1340617 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1448183 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1361156 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1418946 2 0.1184 0.93923 0.016 0.984
#> SRR1456567 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.9661 0.39894 0.392 0.608
#> SRR1335627 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1327680 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1447673 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR815735 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1404251 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1402414 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR614215 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.2603 0.92003 0.044 0.956
#> SRR1340441 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1403390 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1452741 1 0.8016 0.66467 0.756 0.244
#> SRR1458484 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1387091 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1358017 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1457039 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1376539 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1406069 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1367849 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1401446 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1398311 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1442149 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1414982 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR600852 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1414857 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1321225 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1334154 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1390072 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.2948 0.91373 0.052 0.948
#> SRR1430133 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1351931 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1374028 1 0.0376 0.97401 0.996 0.004
#> SRR1311243 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1400290 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1477015 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1380501 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1446156 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1488328 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1086889 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR814611 2 0.9963 0.18455 0.464 0.536
#> SRR599086 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR807877 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1477033 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1335164 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR601986 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1430951 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1385364 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1478149 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1384413 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1366855 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1077115 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1399990 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1434093 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1341408 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR612335 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1329177 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1398371 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR614996 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1431602 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1311509 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1507229 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1310373 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1408072 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR1469591 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1392813 2 0.5842 0.83070 0.140 0.860
#> SRR1453026 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
#> SRR1388105 2 0.5294 0.85174 0.120 0.880
#> SRR1357558 1 0.0000 0.97771 1.000 0.000
#> SRR615898 2 0.0000 0.94915 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1468613 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR815184 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1381693 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1467904 3 0.4796 0.58141 0.000 0.220 0.780
#> SRR1442648 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486174 2 0.5098 0.64641 0.000 0.752 0.248
#> SRR1349433 2 0.5363 0.61641 0.000 0.724 0.276
#> SRR1321283 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1387702 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1435584 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1366367 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR1458026 2 0.3941 0.64625 0.156 0.844 0.000
#> SRR1094192 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR1397180 2 0.0892 0.76986 0.020 0.980 0.000
#> SRR657492 2 0.5497 0.31902 0.292 0.708 0.000
#> SRR662665 2 0.2066 0.76653 0.000 0.940 0.060
#> SRR818530 2 0.4399 0.70212 0.000 0.812 0.188
#> SRR817563 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR613462 2 0.5926 0.54649 0.000 0.644 0.356
#> SRR1405206 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1454136 2 0.5363 0.61641 0.000 0.724 0.276
#> SRR1380785 2 0.5465 0.60439 0.000 0.712 0.288
#> SRR612875 2 0.1964 0.74953 0.056 0.944 0.000
#> SRR808327 2 0.4504 0.69620 0.000 0.804 0.196
#> SRR1355194 2 0.5397 0.61203 0.000 0.720 0.280
#> SRR1408227 2 0.3879 0.72520 0.000 0.848 0.152
#> SRR1086304 2 0.5948 0.53986 0.000 0.640 0.360
#> SRR1080415 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1086140 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1084965 2 0.4206 0.74209 0.088 0.872 0.040
#> SRR1310563 2 0.6111 0.47121 0.000 0.604 0.396
#> SRR602437 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR663404 1 0.5785 0.89588 0.668 0.332 0.000
#> SRR1337238 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1360442 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1356487 2 0.5016 0.65545 0.000 0.760 0.240
#> SRR1479263 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1409641 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1442686 2 0.6204 -0.23723 0.424 0.576 0.000
#> SRR1345736 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1345827 2 0.5058 0.65098 0.000 0.756 0.244
#> SRR1367456 2 0.4887 0.66802 0.000 0.772 0.228
#> SRR1072650 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1446393 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1087197 2 0.5327 0.62045 0.000 0.728 0.272
#> SRR1383960 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR600924 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR662390 2 0.1163 0.76586 0.028 0.972 0.000
#> SRR1071692 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR658421 1 0.6215 0.71091 0.572 0.428 0.000
#> SRR1352936 3 0.5882 0.32864 0.000 0.348 0.652
#> SRR598148 2 0.5731 0.72521 0.108 0.804 0.088
#> SRR1444390 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444644 3 0.3267 0.72996 0.044 0.044 0.912
#> SRR1389777 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR603918 2 0.3116 0.74731 0.000 0.892 0.108
#> SRR1468682 2 0.4002 0.63928 0.160 0.840 0.000
#> SRR1490505 2 0.4750 0.67904 0.000 0.784 0.216
#> SRR1343859 2 0.6081 0.56318 0.004 0.652 0.344
#> SRR1075631 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR1444954 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1479286 2 0.3192 0.69938 0.112 0.888 0.000
#> SRR1381524 3 0.5733 0.38673 0.000 0.324 0.676
#> SRR1392208 2 0.3192 0.74523 0.000 0.888 0.112
#> SRR1456693 2 0.3340 0.74212 0.000 0.880 0.120
#> SRR1358482 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR658331 3 0.5216 0.51699 0.000 0.260 0.740
#> SRR810619 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR600829 2 0.3412 0.68616 0.124 0.876 0.000
#> SRR599380 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1337388 2 0.5291 0.41238 0.268 0.732 0.000
#> SRR2185195 1 0.6267 0.65976 0.548 0.452 0.000
#> SRR1489693 2 0.5948 0.53986 0.000 0.640 0.360
#> SRR1318662 2 0.4062 0.71809 0.000 0.836 0.164
#> SRR1408657 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1384805 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR661337 2 0.5529 0.30537 0.296 0.704 0.000
#> SRR601239 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1468995 3 0.3038 0.69597 0.000 0.104 0.896
#> SRR1352111 2 0.5016 0.48722 0.240 0.760 0.000
#> SRR1330944 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR1419453 3 0.4291 0.62957 0.000 0.180 0.820
#> SRR1437208 2 0.0892 0.77576 0.000 0.980 0.020
#> SRR1444914 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR660756 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093269 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341456 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR657456 3 0.1643 0.72256 0.000 0.044 0.956
#> SRR807727 2 0.5058 0.65098 0.000 0.756 0.244
#> SRR816358 2 0.3686 0.67327 0.140 0.860 0.000
#> SRR658283 2 0.5254 0.62683 0.000 0.736 0.264
#> SRR813728 2 0.4750 0.67920 0.000 0.784 0.216
#> SRR1394520 1 0.5706 0.91201 0.680 0.320 0.000
#> SRR1308200 2 0.0892 0.77579 0.000 0.980 0.020
#> SRR1432366 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087992 2 0.6869 0.64421 0.048 0.688 0.264
#> SRR1405593 1 0.5560 0.93758 0.700 0.300 0.000
#> SRR1326040 2 0.3678 0.74612 0.080 0.892 0.028
#> SRR1312725 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1478189 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1488632 2 0.3192 0.69803 0.112 0.888 0.000
#> SRR1398706 2 0.5363 0.61641 0.000 0.724 0.276
#> SRR1368794 2 0.5016 0.65545 0.000 0.760 0.240
#> SRR1392749 2 0.0237 0.77672 0.004 0.996 0.000
#> SRR603968 3 0.1860 0.73095 0.052 0.000 0.948
#> SRR815661 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR663100 2 0.3816 0.65303 0.148 0.852 0.000
#> SRR661229 2 0.5016 0.47153 0.240 0.760 0.000
#> SRR655792 2 0.4605 0.56520 0.204 0.796 0.000
#> SRR663705 2 0.4235 0.61573 0.176 0.824 0.000
#> SRR1464281 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1400397 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1439958 2 0.4504 0.69590 0.000 0.804 0.196
#> SRR1384917 2 0.5216 0.63195 0.000 0.740 0.260
#> SRR1435182 2 0.0237 0.77798 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477569 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR602461 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1334338 2 0.6192 -0.21863 0.420 0.580 0.000
#> SRR1354710 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR613510 2 0.5905 0.54757 0.000 0.648 0.352
#> SRR663014 2 0.1860 0.75032 0.052 0.948 0.000
#> SRR1417960 2 0.3752 0.66175 0.144 0.856 0.000
#> SRR1474730 3 0.3116 0.69350 0.000 0.108 0.892
#> SRR1381269 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR657695 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357650 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472237 2 0.3686 0.66625 0.140 0.860 0.000
#> SRR1470816 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458358 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR614683 2 0.6244 -0.31463 0.440 0.560 0.000
#> SRR1318998 3 0.4796 0.58117 0.000 0.220 0.780
#> SRR1392795 2 0.4974 0.65990 0.000 0.764 0.236
#> SRR1469859 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1378243 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360587 2 0.1031 0.76781 0.024 0.976 0.000
#> SRR604230 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1347667 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR608096 2 0.5327 0.62613 0.000 0.728 0.272
#> SRR665514 2 0.5835 0.13397 0.340 0.660 0.000
#> SRR1454522 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1419615 2 0.1411 0.76114 0.036 0.964 0.000
#> SRR1429802 2 0.4702 0.54622 0.212 0.788 0.000
#> SRR1345436 2 0.6046 0.69810 0.136 0.784 0.080
#> SRR1433684 2 0.3340 0.69104 0.120 0.880 0.000
#> SRR613186 3 0.2590 0.73182 0.072 0.004 0.924
#> SRR1343795 2 0.4605 0.68933 0.000 0.796 0.204
#> SRR1417766 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1420606 2 0.5948 0.53986 0.000 0.640 0.360
#> SRR1326687 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1458973 3 0.4555 0.60734 0.000 0.200 0.800
#> SRR1309856 2 0.4887 0.66794 0.000 0.772 0.228
#> SRR1102756 2 0.5363 0.61641 0.000 0.724 0.276
#> SRR1366519 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1080438 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.5016 0.65545 0.000 0.760 0.240
#> SRR1402195 2 0.3482 0.68146 0.128 0.872 0.000
#> SRR1429516 2 0.3619 0.66928 0.136 0.864 0.000
#> SRR1406662 2 0.4745 0.74100 0.068 0.852 0.080
#> SRR1333414 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1369030 2 0.4346 0.70691 0.000 0.816 0.184
#> SRR1342916 2 0.5621 0.28484 0.308 0.692 0.000
#> SRR1362824 2 0.5058 0.65098 0.000 0.756 0.244
#> SRR1455326 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1349956 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1409487 2 0.2625 0.72772 0.084 0.916 0.000
#> SRR1434568 2 0.3192 0.70017 0.112 0.888 0.000
#> SRR1341965 2 0.2261 0.74061 0.068 0.932 0.000
#> SRR1473505 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402068 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1490076 2 0.0237 0.77802 0.000 0.996 0.004
#> SRR1435501 2 0.6095 -0.11173 0.392 0.608 0.000
#> SRR1452491 2 0.0592 0.77355 0.012 0.988 0.000
#> SRR1397329 3 0.1289 0.72606 0.000 0.032 0.968
#> SRR1093243 2 0.4346 0.60393 0.184 0.816 0.000
#> SRR1418390 2 0.5254 0.62683 0.000 0.736 0.264
#> SRR608480 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR598589 1 0.5760 0.89975 0.672 0.328 0.000
#> SRR601868 2 0.6309 -0.50764 0.496 0.504 0.000
#> SRR607313 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR812222 2 0.1411 0.77234 0.000 0.964 0.036
#> SRR815893 2 0.1860 0.75059 0.052 0.948 0.000
#> SRR1455503 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR810737 2 0.3551 0.67373 0.132 0.868 0.000
#> SRR1347500 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1443182 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457872 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR658481 2 0.4887 0.49913 0.228 0.772 0.000
#> SRR1406243 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1332607 3 0.3116 0.69350 0.000 0.108 0.892
#> SRR656433 1 0.5785 0.89588 0.668 0.332 0.000
#> SRR1420811 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308674 2 0.5363 0.61641 0.000 0.724 0.276
#> SRR1338363 3 0.2066 0.73127 0.060 0.000 0.940
#> SRR1344271 2 0.1964 0.76690 0.000 0.944 0.056
#> SRR1321608 2 0.3340 0.74169 0.000 0.880 0.120
#> SRR1441464 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR607970 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1338171 2 0.5363 0.61641 0.000 0.724 0.276
#> SRR604174 2 0.3192 0.70017 0.112 0.888 0.000
#> SRR1345221 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR815517 2 0.6026 0.51155 0.000 0.624 0.376
#> SRR615970 3 0.3879 0.72460 0.152 0.000 0.848
#> SRR1370659 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1383125 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1331013 2 0.1964 0.74894 0.056 0.944 0.000
#> SRR1419638 2 0.5948 0.53986 0.000 0.640 0.360
#> SRR1434975 2 0.5397 0.61361 0.000 0.720 0.280
#> SRR1445741 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088142 2 0.6260 -0.32957 0.448 0.552 0.000
#> SRR604206 2 0.5098 0.45092 0.248 0.752 0.000
#> SRR1358779 3 0.6267 -0.00104 0.000 0.452 0.548
#> SRR1473142 2 0.1529 0.75835 0.040 0.960 0.000
#> SRR1410334 2 0.4887 0.66787 0.000 0.772 0.228
#> SRR1352234 2 0.3752 0.65884 0.144 0.856 0.000
#> SRR1487807 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR1489715 2 0.5397 0.61203 0.000 0.720 0.280
#> SRR1364780 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1460124 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR813915 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409748 2 0.3816 0.65960 0.148 0.852 0.000
#> SRR1325504 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1436490 2 0.0661 0.77852 0.004 0.988 0.008
#> SRR1316725 2 0.1753 0.76966 0.000 0.952 0.048
#> SRR1314851 2 0.2066 0.76625 0.000 0.940 0.060
#> SRR1354599 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1406599 2 0.3686 0.73364 0.000 0.860 0.140
#> SRR1308696 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR808772 1 0.5785 0.89588 0.668 0.332 0.000
#> SRR812649 2 0.5835 0.55983 0.000 0.660 0.340
#> SRR1366690 2 0.3031 0.74353 0.076 0.912 0.012
#> SRR1317707 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339321 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.5327 0.61938 0.000 0.728 0.272
#> SRR1069690 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319344 2 0.3686 0.73255 0.000 0.860 0.140
#> SRR1332835 2 0.5327 0.61938 0.000 0.728 0.272
#> SRR1334694 2 0.5327 0.61938 0.000 0.728 0.272
#> SRR1478434 2 0.2356 0.73634 0.072 0.928 0.000
#> SRR1479933 2 0.4796 0.67552 0.000 0.780 0.220
#> SRR1313853 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR661192 2 0.4842 0.51074 0.224 0.776 0.000
#> SRR1384827 2 0.5905 0.54757 0.000 0.648 0.352
#> SRR814587 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR656899 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1088340 2 0.0237 0.77669 0.004 0.996 0.000
#> SRR1349772 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1317305 2 0.6651 0.58840 0.024 0.656 0.320
#> SRR1442273 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407470 2 0.4399 0.70393 0.000 0.812 0.188
#> SRR1490289 2 0.3482 0.68109 0.128 0.872 0.000
#> SRR1093649 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1478900 3 0.6274 -0.01686 0.000 0.456 0.544
#> SRR1447652 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1324545 2 0.4452 0.69909 0.000 0.808 0.192
#> SRR2170537 1 0.6062 0.81016 0.616 0.384 0.000
#> SRR602106 2 0.6806 0.67329 0.060 0.712 0.228
#> SRR615335 2 0.4002 0.63997 0.160 0.840 0.000
#> SRR1321505 2 0.4178 0.62523 0.172 0.828 0.000
#> SRR1457768 3 0.5138 0.71136 0.252 0.000 0.748
#> SRR1340641 1 0.5650 0.92264 0.688 0.312 0.000
#> SRR657903 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1403458 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1460073 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1441850 2 0.4291 0.60909 0.180 0.820 0.000
#> SRR613759 1 0.5905 0.86158 0.648 0.352 0.000
#> SRR1472281 2 0.0592 0.77355 0.012 0.988 0.000
#> SRR1440445 3 0.5016 0.55088 0.000 0.240 0.760
#> SRR1088734 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455607 2 0.2261 0.73937 0.068 0.932 0.000
#> SRR1077528 2 0.3482 0.68109 0.128 0.872 0.000
#> SRR1364695 2 0.6204 0.40679 0.000 0.576 0.424
#> SRR1348226 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1313560 2 0.6309 -0.51136 0.496 0.504 0.000
#> SRR1092889 2 0.5216 0.63371 0.000 0.740 0.260
#> SRR1352213 2 0.6275 0.55486 0.008 0.644 0.348
#> SRR2185233 2 0.4974 0.48171 0.236 0.764 0.000
#> SRR1353970 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR662641 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR817825 2 0.5948 0.53986 0.000 0.640 0.360
#> SRR660366 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR655423 2 0.6192 -0.24382 0.420 0.580 0.000
#> SRR821183 2 0.4931 0.66390 0.000 0.768 0.232
#> SRR1323512 2 0.5016 0.65545 0.000 0.760 0.240
#> SRR1325247 2 0.3752 0.65884 0.144 0.856 0.000
#> SRR1351583 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1437454 2 0.4121 0.62925 0.168 0.832 0.000
#> SRR1318484 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322395 1 0.5291 0.97335 0.732 0.268 0.000
#> SRR1378131 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR1325464 2 0.4002 0.64367 0.160 0.840 0.000
#> SRR1340280 2 0.6956 0.60944 0.040 0.660 0.300
#> SRR1455842 2 0.0747 0.77177 0.016 0.984 0.000
#> SRR1352619 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1076779 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR662763 2 0.5291 0.62431 0.000 0.732 0.268
#> SRR661120 2 0.3879 0.72852 0.000 0.848 0.152
#> SRR601613 2 0.4002 0.63810 0.160 0.840 0.000
#> SRR811535 2 0.5178 0.43246 0.256 0.744 0.000
#> SRR820316 2 0.5948 0.04904 0.360 0.640 0.000
#> SRR1368616 2 0.0237 0.77796 0.000 0.996 0.004
#> SRR1375677 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1365700 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR604122 1 0.5529 0.94331 0.704 0.296 0.000
#> SRR598509 3 0.3272 0.69754 0.004 0.104 0.892
#> SRR1397052 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1339921 2 0.4452 0.58876 0.192 0.808 0.000
#> SRR664743 2 0.4842 0.50875 0.224 0.776 0.000
#> SRR1339199 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355660 1 0.5363 0.96513 0.724 0.276 0.000
#> SRR1481012 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR603449 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1400889 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR808808 2 0.5905 0.55289 0.000 0.648 0.352
#> SRR656288 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1405886 3 0.2356 0.73110 0.072 0.000 0.928
#> SRR1487233 2 0.4452 0.69938 0.000 0.808 0.192
#> SRR662043 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1381211 2 0.5291 0.62330 0.000 0.732 0.268
#> SRR1379365 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384852 2 0.5327 0.61938 0.000 0.728 0.272
#> SRR1430357 2 0.0237 0.77669 0.004 0.996 0.000
#> SRR2164847 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR807901 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR816064 1 0.6192 0.73602 0.580 0.420 0.000
#> SRR810507 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1358582 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1349893 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1444722 3 0.5138 0.71136 0.252 0.000 0.748
#> SRR1316483 2 0.3272 0.74129 0.080 0.904 0.016
#> SRR662749 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1342701 2 0.5810 0.56356 0.000 0.664 0.336
#> SRR1343653 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.5291 0.62330 0.000 0.732 0.268
#> SRR654940 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098288 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1326343 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR811145 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR615359 2 0.3454 0.70615 0.104 0.888 0.008
#> SRR1075997 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090483 2 0.3941 0.64785 0.156 0.844 0.000
#> SRR1388698 2 0.4346 0.60417 0.184 0.816 0.000
#> SRR1312482 2 0.1964 0.76702 0.000 0.944 0.056
#> SRR1430420 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1387475 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.5678 0.58135 0.000 0.684 0.316
#> SRR1442250 2 0.4887 0.66844 0.000 0.772 0.228
#> SRR1430679 2 0.0424 0.77772 0.000 0.992 0.008
#> SRR1311109 2 0.4931 0.49153 0.232 0.768 0.000
#> SRR1478990 2 0.1163 0.76553 0.028 0.972 0.000
#> SRR1392434 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1085925 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR820655 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1383937 2 0.0892 0.76986 0.020 0.980 0.000
#> SRR1315393 2 0.4842 0.67173 0.000 0.776 0.224
#> SRR1094506 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1330633 2 0.4605 0.68956 0.000 0.796 0.204
#> SRR1330153 1 0.5431 0.95643 0.716 0.284 0.000
#> SRR1451778 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR657089 3 0.6274 -0.01686 0.000 0.456 0.544
#> SRR1395659 2 0.0424 0.77764 0.000 0.992 0.008
#> SRR1385716 3 0.6267 -0.00103 0.000 0.452 0.548
#> SRR1466109 1 0.6291 0.61166 0.532 0.468 0.000
#> SRR1080977 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1441725 2 0.3340 0.69104 0.120 0.880 0.000
#> SRR1485078 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR661806 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334919 3 0.6286 -0.05167 0.000 0.464 0.536
#> SRR599249 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR810051 2 0.4235 0.71058 0.000 0.824 0.176
#> SRR1407202 2 0.5882 0.11125 0.348 0.652 0.000
#> SRR1434399 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1330965 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1369536 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1382508 3 0.6274 -0.01686 0.000 0.456 0.544
#> SRR1405028 2 0.3755 0.69659 0.120 0.872 0.008
#> SRR612719 2 0.6703 0.64351 0.040 0.692 0.268
#> SRR1340617 2 0.3816 0.72748 0.000 0.852 0.148
#> SRR1448183 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1362488 2 0.4931 0.66391 0.000 0.768 0.232
#> SRR1361156 2 0.3116 0.70184 0.108 0.892 0.000
#> SRR1454374 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR811891 2 0.4235 0.61657 0.176 0.824 0.000
#> SRR1477837 2 0.5948 0.53986 0.000 0.640 0.360
#> SRR607252 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1418946 2 0.5785 0.57425 0.000 0.668 0.332
#> SRR1456567 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR1487425 2 0.4291 0.70779 0.000 0.820 0.180
#> SRR1335627 2 0.2261 0.76397 0.000 0.932 0.068
#> SRR1327680 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1478812 2 0.5397 0.61203 0.000 0.720 0.280
#> SRR1447673 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR815735 2 0.5098 0.46833 0.248 0.752 0.000
#> SRR1404251 2 0.1964 0.76679 0.000 0.944 0.056
#> SRR601645 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR656300 2 0.4291 0.60945 0.180 0.820 0.000
#> SRR659983 1 0.5560 0.93803 0.700 0.300 0.000
#> SRR1402414 2 0.0424 0.77779 0.000 0.992 0.008
#> SRR614215 1 0.5363 0.96567 0.724 0.276 0.000
#> SRR659283 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1459956 2 0.4504 0.69608 0.000 0.804 0.196
#> SRR1340441 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1317428 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1403390 3 0.6267 -0.00104 0.000 0.452 0.548
#> SRR1452741 2 0.6448 0.58062 0.016 0.656 0.328
#> SRR1458484 2 0.6126 0.55055 0.004 0.644 0.352
#> SRR1387091 2 0.3340 0.68971 0.120 0.880 0.000
#> SRR1358017 3 0.2066 0.73138 0.060 0.000 0.940
#> SRR1457039 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376539 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1430639 1 0.5291 0.97343 0.732 0.268 0.000
#> SRR1406069 2 0.3482 0.68140 0.128 0.872 0.000
#> SRR1419829 2 0.5291 0.62330 0.000 0.732 0.268
#> SRR1434315 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR658457 2 0.3752 0.65911 0.144 0.856 0.000
#> SRR1367849 2 0.4654 0.55641 0.208 0.792 0.000
#> SRR1320939 1 0.5560 0.93758 0.700 0.300 0.000
#> SRR656588 1 0.5785 0.89588 0.668 0.332 0.000
#> SRR599025 1 0.5733 0.90739 0.676 0.324 0.000
#> SRR1401446 2 0.5948 0.53986 0.000 0.640 0.360
#> SRR1398311 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442149 2 0.4346 0.60219 0.184 0.816 0.000
#> SRR809137 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1414982 2 0.1163 0.76553 0.028 0.972 0.000
#> SRR600852 1 0.5810 0.89017 0.664 0.336 0.000
#> SRR1414857 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321225 2 0.5835 0.55983 0.000 0.660 0.340
#> SRR1069802 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1077643 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334154 2 0.0892 0.76989 0.020 0.980 0.000
#> SRR1390072 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR1467612 2 0.4931 0.66391 0.000 0.768 0.232
#> SRR1430133 2 0.5363 0.61641 0.000 0.724 0.276
#> SRR1468595 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1351931 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1374028 2 0.6488 0.71188 0.084 0.756 0.160
#> SRR1311243 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1385235 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1469638 2 0.0424 0.77558 0.008 0.992 0.000
#> SRR662150 1 0.5968 0.84651 0.636 0.364 0.000
#> SRR1400290 2 0.6126 0.55055 0.004 0.644 0.352
#> SRR1084892 2 0.5363 0.61641 0.000 0.724 0.276
#> SRR1416166 2 0.3340 0.69104 0.120 0.880 0.000
#> SRR1477015 2 0.5948 0.53986 0.000 0.640 0.360
#> SRR1380501 2 0.5859 0.55841 0.000 0.656 0.344
#> SRR1446156 2 0.2959 0.70915 0.100 0.900 0.000
#> SRR1488328 2 0.3412 0.74001 0.000 0.876 0.124
#> SRR1086889 2 0.3619 0.73371 0.000 0.864 0.136
#> SRR814611 2 0.6229 0.56686 0.008 0.652 0.340
#> SRR599086 2 0.3129 0.72997 0.088 0.904 0.008
#> SRR1086844 1 0.5327 0.96961 0.728 0.272 0.000
#> SRR1464535 2 0.4291 0.60945 0.180 0.820 0.000
#> SRR807877 2 0.1163 0.77423 0.000 0.972 0.028
#> SRR1477033 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1335164 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR601986 3 0.6274 -0.01686 0.000 0.456 0.544
#> SRR1446226 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR659637 2 0.0892 0.77578 0.000 0.980 0.020
#> SRR600474 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1307699 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1312540 2 0.3412 0.68619 0.124 0.876 0.000
#> SRR1323628 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1430951 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1385364 3 0.4452 0.61705 0.000 0.192 0.808
#> SRR1478149 2 0.5988 0.52600 0.000 0.632 0.368
#> SRR1384413 2 0.3941 0.64809 0.156 0.844 0.000
#> SRR1366855 2 0.2356 0.73444 0.072 0.928 0.000
#> SRR1077115 2 0.0237 0.77669 0.004 0.996 0.000
#> SRR1399990 2 0.6026 0.51136 0.000 0.624 0.376
#> SRR1434093 2 0.5926 0.54649 0.000 0.644 0.356
#> SRR1341408 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR612335 2 0.0424 0.77522 0.008 0.992 0.000
#> SRR1321420 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR1329177 2 0.6299 0.26053 0.000 0.524 0.476
#> SRR1398371 2 0.0000 0.77796 0.000 1.000 0.000
#> SRR614996 2 0.2772 0.73488 0.080 0.916 0.004
#> SRR1431602 2 0.0237 0.77672 0.004 0.996 0.000
#> SRR1311509 1 0.5291 0.97338 0.732 0.268 0.000
#> SRR1507229 3 0.5254 0.70874 0.264 0.000 0.736
#> SRR1310373 3 0.4605 0.71857 0.204 0.000 0.796
#> SRR1408072 2 0.2356 0.73413 0.072 0.928 0.000
#> SRR1469591 2 0.6126 0.55055 0.004 0.644 0.352
#> SRR1392813 2 0.5254 0.62683 0.000 0.736 0.264
#> SRR1453026 2 0.5254 0.62683 0.000 0.736 0.264
#> SRR1388105 2 0.6081 0.56288 0.004 0.652 0.344
#> SRR1357558 1 0.5254 0.97701 0.736 0.264 0.000
#> SRR615898 3 0.3038 0.69597 0.000 0.104 0.896
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1468613 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR815184 2 0.4543 0.5725 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1381693 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1467904 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1442648 4 0.0469 0.8659 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1486174 2 0.2011 0.8337 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1349433 2 0.1474 0.8415 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1435584 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1406265 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1366367 4 0.0376 0.8691 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1458026 4 0.2081 0.8541 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1094192 4 0.0376 0.8691 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1397180 4 0.0817 0.8686 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR657492 4 0.2271 0.8545 0.076 0.008 0.000 0.916
#> SRR662665 4 0.3895 0.8126 0.036 0.132 0.000 0.832
#> SRR818530 4 0.3907 0.6694 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR817563 4 0.0592 0.8642 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR613462 2 0.0376 0.8431 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1405206 4 0.4477 0.5130 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1454136 2 0.2011 0.8337 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1380785 2 0.1474 0.8416 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR612875 4 0.0592 0.8696 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR808327 2 0.4564 0.5678 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1355194 2 0.1792 0.8384 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1408227 4 0.2281 0.8169 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1086304 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1080415 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1086140 2 0.4643 0.5422 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1084965 4 0.5964 0.6929 0.108 0.208 0.000 0.684
#> SRR1310563 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR602437 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR663404 4 0.3528 0.7525 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1337238 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1360442 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1356487 2 0.1867 0.8371 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1479263 4 0.4008 0.6473 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1409641 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1442686 4 0.2530 0.8377 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1345736 1 0.1792 0.9502 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1345827 2 0.2408 0.8201 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1367456 4 0.4222 0.6349 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1072650 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1446393 4 0.3942 0.6656 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1087197 2 0.3764 0.7043 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1383960 4 0.0188 0.8692 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR600924 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR662390 4 0.1211 0.8664 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1071692 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR658421 4 0.3444 0.7707 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1352936 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR598148 4 0.5998 0.6335 0.092 0.240 0.000 0.668
#> SRR1444390 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444644 2 0.4565 0.7250 0.064 0.796 0.140 0.000
#> SRR1389777 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR603918 4 0.4933 0.2137 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1468682 4 0.1716 0.8600 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1490505 2 0.4543 0.5751 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1343859 2 0.2125 0.8375 0.076 0.920 0.000 0.004
#> SRR1075631 4 0.2216 0.8386 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1444954 4 0.4304 0.5742 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1479286 4 0.1902 0.8591 0.064 0.004 0.000 0.932
#> SRR1381524 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1392208 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1456693 4 0.2469 0.8095 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1358482 2 0.4406 0.6008 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR658331 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR810619 4 0.0707 0.8623 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR600829 4 0.5159 0.7599 0.088 0.156 0.000 0.756
#> SRR599380 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1337388 4 0.3908 0.7395 0.212 0.004 0.000 0.784
#> SRR2185195 4 0.2198 0.8561 0.072 0.008 0.000 0.920
#> SRR1489693 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1318662 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1408657 1 0.2081 0.9330 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1384805 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR661337 4 0.2124 0.8574 0.068 0.008 0.000 0.924
#> SRR601239 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1468995 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1352111 4 0.2053 0.8571 0.072 0.004 0.000 0.924
#> SRR1330944 4 0.0524 0.8695 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1419453 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1437208 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1444914 1 0.3024 0.8552 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR660756 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1093269 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657456 2 0.2048 0.8382 0.064 0.928 0.008 0.000
#> SRR807727 2 0.2149 0.8299 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR816358 4 0.3142 0.8200 0.132 0.008 0.000 0.860
#> SRR658283 2 0.1716 0.8386 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR813728 2 0.3942 0.6798 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1394520 1 0.1867 0.9463 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1308200 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1432366 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1087992 2 0.3143 0.8234 0.100 0.876 0.000 0.024
#> SRR1405593 1 0.5427 0.7076 0.736 0.164 0.000 0.100
#> SRR1326040 4 0.5288 0.7317 0.068 0.200 0.000 0.732
#> SRR1312725 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1478189 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1488632 4 0.1716 0.8600 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1398706 2 0.1867 0.8371 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1368794 2 0.2011 0.8337 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1392749 4 0.0376 0.8691 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR603968 2 0.4245 0.7512 0.064 0.820 0.116 0.000
#> SRR815661 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR663100 4 0.1970 0.8601 0.060 0.008 0.000 0.932
#> SRR661229 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR655792 4 0.4814 0.5454 0.316 0.008 0.000 0.676
#> SRR663705 4 0.2915 0.8499 0.080 0.028 0.000 0.892
#> SRR1464281 4 0.4222 0.5976 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1400397 4 0.0376 0.8691 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1331444 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1439958 4 0.4103 0.6299 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1384917 2 0.2345 0.8220 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1435182 4 0.0817 0.8604 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1477569 1 0.1792 0.9502 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR602461 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1334338 1 0.4624 0.5459 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1354710 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR613510 2 0.0376 0.8431 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR663014 4 0.1635 0.8664 0.044 0.008 0.000 0.948
#> SRR1417960 4 0.1716 0.8600 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1474730 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1381269 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR657695 4 0.0469 0.8690 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1357650 4 0.0336 0.8673 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1472237 4 0.5151 0.7609 0.140 0.100 0.000 0.760
#> SRR1470816 4 0.0188 0.8692 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1458358 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR614683 4 0.3208 0.8059 0.148 0.004 0.000 0.848
#> SRR1318998 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1392795 2 0.2408 0.8194 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1469859 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1378243 4 0.0657 0.8700 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR1360587 4 0.0817 0.8686 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR604230 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608096 2 0.2149 0.8300 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR665514 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.1557 0.8625 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1429802 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR1345436 4 0.6181 0.6658 0.128 0.204 0.000 0.668
#> SRR1433684 4 0.4710 0.7917 0.088 0.120 0.000 0.792
#> SRR613186 2 0.4937 0.6853 0.064 0.764 0.172 0.000
#> SRR1343795 2 0.4977 0.2032 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1417766 4 0.4406 0.5391 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1420606 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1326687 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1458973 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1309856 2 0.3486 0.7421 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1102756 2 0.1940 0.8355 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1366519 4 0.4277 0.5806 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1080438 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1391789 2 0.4454 0.5693 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1402195 4 0.4610 0.7976 0.100 0.100 0.000 0.800
#> SRR1429516 4 0.1716 0.8600 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1406662 4 0.5218 0.7307 0.064 0.200 0.000 0.736
#> SRR1333414 2 0.4454 0.5926 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1369030 2 0.4040 0.6695 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1342916 4 0.3908 0.7359 0.212 0.004 0.000 0.784
#> SRR1362824 2 0.2011 0.8337 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1455326 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1349956 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1409487 4 0.1211 0.8669 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1434568 4 0.4203 0.8134 0.068 0.108 0.000 0.824
#> SRR1341965 4 0.1716 0.8600 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1473505 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1402068 2 0.4585 0.5592 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1490076 4 0.1716 0.8353 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1435501 4 0.2546 0.8465 0.092 0.008 0.000 0.900
#> SRR1452491 4 0.1356 0.8683 0.008 0.032 0.000 0.960
#> SRR1397329 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1093243 4 0.4057 0.7933 0.152 0.032 0.000 0.816
#> SRR1418390 2 0.2081 0.8318 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR608480 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR598589 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR601868 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR607313 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR812222 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR815893 4 0.1118 0.8677 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1455503 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR810737 4 0.1716 0.8600 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1347500 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1443182 4 0.0336 0.8697 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1457872 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR658481 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR1406243 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1332607 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR656433 1 0.4679 0.5603 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1420811 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1308674 2 0.1867 0.8371 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1338363 2 0.4711 0.7098 0.064 0.784 0.152 0.000
#> SRR1344271 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1321608 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1441464 4 0.2589 0.8028 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR607970 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1338171 2 0.1792 0.8384 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR604174 4 0.5318 0.7325 0.072 0.196 0.000 0.732
#> SRR1345221 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR815517 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR615970 3 0.5528 0.6640 0.064 0.236 0.700 0.000
#> SRR1370659 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1383125 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1331013 4 0.1970 0.8601 0.060 0.008 0.000 0.932
#> SRR1419638 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1434975 2 0.1716 0.8393 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1445741 4 0.1389 0.8494 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1088142 1 0.4916 0.2934 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR604206 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR1358779 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1473142 4 0.0336 0.8694 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1410334 2 0.4730 0.4873 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1352234 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR1487807 4 0.1211 0.8665 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1489715 2 0.1792 0.8384 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1364780 3 0.2197 0.9400 0.024 0.048 0.928 0.000
#> SRR1460124 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR813915 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1409748 4 0.2402 0.8540 0.076 0.012 0.000 0.912
#> SRR1325504 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1436490 4 0.0921 0.8664 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1316725 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1314851 4 0.4745 0.7329 0.036 0.208 0.000 0.756
#> SRR1354599 1 0.3444 0.8062 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1406599 4 0.4008 0.6808 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808772 1 0.4304 0.6620 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR812649 2 0.0376 0.8431 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1366690 4 0.4789 0.7652 0.056 0.172 0.000 0.772
#> SRR1317707 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1339321 4 0.0376 0.8691 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1442487 2 0.1867 0.8371 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1069690 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1319344 4 0.2216 0.8251 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1332835 2 0.1867 0.8371 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1334694 2 0.0921 0.8437 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1478434 4 0.1716 0.8600 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1479933 2 0.4500 0.5861 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1313853 4 0.4955 0.1154 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR661192 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR1384827 2 0.0844 0.8439 0.012 0.980 0.004 0.004
#> SRR814587 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR656899 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1088340 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1349772 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1317305 2 0.2831 0.8150 0.120 0.876 0.004 0.000
#> SRR1442273 4 0.1211 0.8544 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1407470 2 0.3649 0.7249 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1490289 4 0.4235 0.8146 0.092 0.084 0.000 0.824
#> SRR1093649 4 0.5000 -0.1218 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1478900 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1447652 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1324545 4 0.3873 0.6738 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR2170537 4 0.2611 0.8437 0.096 0.008 0.000 0.896
#> SRR602106 2 0.2773 0.8182 0.116 0.880 0.004 0.000
#> SRR615335 4 0.5731 0.7070 0.172 0.116 0.000 0.712
#> SRR1321505 4 0.3751 0.7557 0.196 0.004 0.000 0.800
#> SRR1457768 3 0.2521 0.9293 0.024 0.064 0.912 0.000
#> SRR1340641 1 0.4877 0.3279 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR657903 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1403458 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1460073 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1441850 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR613759 1 0.3907 0.7318 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1472281 4 0.0376 0.8691 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1440445 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1088734 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455607 4 0.1474 0.8637 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1077528 4 0.2473 0.8541 0.080 0.012 0.000 0.908
#> SRR1364695 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1348226 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1313560 1 0.5016 0.4034 0.600 0.004 0.000 0.396
#> SRR1092889 2 0.2081 0.8321 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1352213 2 0.2654 0.8234 0.108 0.888 0.004 0.000
#> SRR2185233 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR1353970 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR662641 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR817825 2 0.1847 0.8425 0.052 0.940 0.004 0.004
#> SRR660366 1 0.3356 0.8184 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR655423 4 0.2530 0.8436 0.100 0.004 0.000 0.896
#> SRR821183 2 0.4072 0.6637 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1323512 2 0.4866 0.3288 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1325247 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR1351583 3 0.0469 0.9616 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1437454 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR1318484 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1322395 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1378131 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1325464 4 0.3764 0.7801 0.172 0.012 0.000 0.816
#> SRR1340280 2 0.3052 0.8032 0.136 0.860 0.004 0.000
#> SRR1455842 4 0.0188 0.8692 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR662763 2 0.4250 0.6114 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR661120 4 0.4500 0.5814 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR601613 4 0.5395 0.7342 0.084 0.184 0.000 0.732
#> SRR811535 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR820316 4 0.2342 0.8528 0.080 0.008 0.000 0.912
#> SRR1368616 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1375677 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1365700 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR604122 1 0.2408 0.9096 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR598509 2 0.2413 0.8322 0.064 0.916 0.020 0.000
#> SRR1397052 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1339921 4 0.5329 0.2961 0.420 0.012 0.000 0.568
#> SRR664743 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR1339199 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1355660 1 0.1867 0.9463 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1481012 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR603449 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1400889 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR808808 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR656288 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1405886 2 0.5102 0.6623 0.064 0.748 0.188 0.000
#> SRR1487233 4 0.4522 0.4996 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR662043 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1381211 2 0.1940 0.8355 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1379365 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1384852 2 0.2011 0.8337 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1430357 4 0.1398 0.8654 0.004 0.040 0.000 0.956
#> SRR2164847 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR807901 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR816064 1 0.5004 0.4385 0.604 0.004 0.000 0.392
#> SRR810507 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1358582 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1349893 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1444722 3 0.2670 0.9229 0.024 0.072 0.904 0.000
#> SRR1316483 4 0.5218 0.7348 0.064 0.200 0.000 0.736
#> SRR662749 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1342701 2 0.0376 0.8431 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1343653 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1336134 2 0.2011 0.8337 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR654940 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1098288 4 0.4164 0.6117 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1326343 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR811145 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR615359 4 0.5147 0.7337 0.060 0.200 0.000 0.740
#> SRR1075997 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1090483 4 0.1867 0.8580 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1388698 4 0.5355 0.7245 0.180 0.084 0.000 0.736
#> SRR1312482 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387475 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1388419 2 0.0657 0.8439 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1442250 4 0.4431 0.6075 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1430679 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1311109 4 0.2048 0.8584 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR1478990 4 0.0188 0.8692 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1392434 4 0.2921 0.7826 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1085925 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR820655 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1383937 4 0.0524 0.8696 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1315393 2 0.2081 0.8318 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.3726 0.7170 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1330153 1 0.2124 0.9430 0.924 0.008 0.000 0.068
#> SRR1451778 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR657089 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1395659 4 0.1022 0.8660 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1385716 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1466109 4 0.3908 0.7329 0.212 0.004 0.000 0.784
#> SRR1080977 3 0.0469 0.9616 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1441725 4 0.5200 0.7436 0.072 0.184 0.000 0.744
#> SRR1485078 2 0.4877 0.4147 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR661806 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1334919 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR599249 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR810051 4 0.4888 0.2310 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1407202 4 0.4188 0.6863 0.244 0.004 0.000 0.752
#> SRR1434399 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1382508 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1405028 4 0.5218 0.7319 0.064 0.200 0.000 0.736
#> SRR612719 2 0.4245 0.7723 0.116 0.820 0.000 0.064
#> SRR1340617 4 0.2530 0.8058 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1448183 1 0.1792 0.9502 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1362488 2 0.2408 0.8194 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1361156 4 0.1890 0.8615 0.056 0.008 0.000 0.936
#> SRR1454374 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR811891 4 0.5209 0.7580 0.140 0.104 0.000 0.756
#> SRR1477837 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR607252 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1418946 2 0.0707 0.8443 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1456567 4 0.0376 0.8691 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1487425 4 0.4843 0.2857 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1335627 4 0.5193 0.5061 0.020 0.324 0.000 0.656
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.1792 0.8384 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1447673 4 0.3266 0.7729 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR815735 4 0.4220 0.6851 0.248 0.004 0.000 0.748
#> SRR1404251 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR601645 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR656300 4 0.2266 0.8521 0.084 0.004 0.000 0.912
#> SRR659983 4 0.4998 -0.0638 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1402414 4 0.2908 0.8536 0.040 0.064 0.000 0.896
#> SRR614215 1 0.1940 0.9420 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR659283 1 0.2281 0.9175 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1459956 2 0.4103 0.6520 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1403390 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1452741 2 0.2654 0.8225 0.108 0.888 0.000 0.004
#> SRR1458484 2 0.2125 0.8376 0.076 0.920 0.004 0.000
#> SRR1387091 4 0.1716 0.8600 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1358017 2 0.4849 0.7038 0.064 0.772 0.164 0.000
#> SRR1457039 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1406069 4 0.1716 0.8600 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1419829 2 0.2053 0.8384 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1434315 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR658457 4 0.3751 0.7576 0.196 0.004 0.000 0.800
#> SRR1367849 4 0.4436 0.7251 0.216 0.020 0.000 0.764
#> SRR1320939 1 0.2473 0.9286 0.908 0.012 0.000 0.080
#> SRR656588 1 0.4855 0.4433 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR599025 4 0.3975 0.6826 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1401446 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1398311 4 0.0469 0.8690 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1442149 4 0.5298 0.6642 0.244 0.048 0.000 0.708
#> SRR809137 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1414982 4 0.0592 0.8693 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR600852 1 0.6034 0.6547 0.688 0.164 0.000 0.148
#> SRR1414857 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1321225 2 0.0376 0.8431 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1069802 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1077643 4 0.3801 0.7280 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1334154 4 0.1211 0.8664 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1390072 4 0.0188 0.8685 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1467612 2 0.2345 0.8222 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1430133 2 0.1716 0.8393 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1468595 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1351931 3 0.2197 0.9400 0.024 0.048 0.928 0.000
#> SRR1374028 2 0.6201 0.5422 0.124 0.664 0.000 0.212
#> SRR1311243 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1385235 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1469638 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662150 4 0.2714 0.8338 0.112 0.004 0.000 0.884
#> SRR1400290 2 0.2334 0.8333 0.088 0.908 0.004 0.000
#> SRR1084892 2 0.1867 0.8371 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1416166 4 0.5318 0.7325 0.072 0.196 0.000 0.732
#> SRR1477015 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1380501 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1446156 4 0.1716 0.8611 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1488328 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1086889 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR814611 2 0.1978 0.8392 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR599086 4 0.5318 0.7325 0.072 0.196 0.000 0.732
#> SRR1086844 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1464535 4 0.1978 0.8583 0.068 0.004 0.000 0.928
#> SRR807877 4 0.1792 0.8324 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1477033 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1335164 4 0.0817 0.8604 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR601986 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1446226 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR659637 4 0.3311 0.7769 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR600474 1 0.1867 0.9461 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1307699 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1312540 4 0.4888 0.7819 0.096 0.124 0.000 0.780
#> SRR1323628 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1430951 3 0.2197 0.9400 0.024 0.048 0.928 0.000
#> SRR1385364 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1478149 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1384413 4 0.1792 0.8592 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1366855 4 0.1474 0.8637 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1077115 4 0.0376 0.8691 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1399990 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1434093 2 0.1902 0.8398 0.064 0.932 0.000 0.004
#> SRR1341408 4 0.0817 0.8604 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR612335 4 0.1890 0.8583 0.008 0.056 0.000 0.936
#> SRR1321420 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1329177 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
#> SRR1398371 4 0.0336 0.8673 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR614996 4 0.4534 0.7964 0.068 0.132 0.000 0.800
#> SRR1431602 4 0.0376 0.8691 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1311509 1 0.1792 0.9497 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310373 3 0.3497 0.8662 0.024 0.124 0.852 0.000
#> SRR1408072 4 0.1557 0.8629 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1469591 2 0.2530 0.8279 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR1392813 2 0.2081 0.8318 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1453026 2 0.2345 0.8220 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1388105 2 0.2654 0.8236 0.108 0.888 0.004 0.000
#> SRR1357558 1 0.1716 0.9539 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR615898 2 0.1902 0.8400 0.064 0.932 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0671 0.9260 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR815184 2 0.1704 0.6479 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR1381693 1 0.0671 0.9260 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467904 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1442648 2 0.4444 0.2288 0.012 0.624 0.000 0.364 0.000
#> SRR1486174 2 0.1106 0.6566 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> SRR1349433 2 0.3934 0.2287 0.000 0.716 0.276 0.008 0.000
#> SRR1321283 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435584 4 0.4527 0.3090 0.012 0.392 0.000 0.596 0.000
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366367 4 0.4675 0.3461 0.020 0.380 0.000 0.600 0.000
#> SRR1458026 4 0.3110 0.5977 0.060 0.080 0.000 0.860 0.000
#> SRR1094192 4 0.4697 0.3272 0.020 0.388 0.000 0.592 0.000
#> SRR1397180 4 0.2079 0.6069 0.020 0.064 0.000 0.916 0.000
#> SRR657492 4 0.1518 0.6103 0.020 0.012 0.016 0.952 0.000
#> SRR662665 4 0.4065 0.4773 0.016 0.264 0.000 0.720 0.000
#> SRR818530 2 0.4165 0.3565 0.000 0.672 0.008 0.320 0.000
#> SRR817563 4 0.4310 0.2907 0.004 0.392 0.000 0.604 0.000
#> SRR613462 2 0.4306 -0.3968 0.000 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR1405206 2 0.3707 0.4014 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1454136 2 0.1768 0.6188 0.000 0.924 0.072 0.004 0.000
#> SRR1380785 2 0.2660 0.5532 0.000 0.864 0.128 0.008 0.000
#> SRR612875 4 0.3550 0.5426 0.020 0.184 0.000 0.796 0.000
#> SRR808327 2 0.1331 0.6561 0.000 0.952 0.008 0.040 0.000
#> SRR1355194 2 0.2017 0.6086 0.000 0.912 0.080 0.008 0.000
#> SRR1408227 2 0.4182 0.1925 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1086304 3 0.3480 0.6359 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1080415 1 0.0609 0.9258 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1086140 2 0.4138 0.2270 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1084965 2 0.8255 -0.1346 0.288 0.360 0.216 0.136 0.000
#> SRR1310563 3 0.3143 0.6542 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR602437 1 0.1106 0.9200 0.964 0.012 0.000 0.024 0.000
#> SRR663404 4 0.3106 0.5530 0.140 0.000 0.020 0.840 0.000
#> SRR1337238 1 0.0162 0.9294 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0290 0.9290 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1356487 2 0.1117 0.6579 0.000 0.964 0.020 0.016 0.000
#> SRR1479263 2 0.4088 0.2498 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442686 4 0.3882 0.5187 0.224 0.020 0.000 0.756 0.000
#> SRR1345736 1 0.2331 0.8684 0.900 0.020 0.000 0.080 0.000
#> SRR1345827 2 0.1300 0.6561 0.000 0.956 0.028 0.016 0.000
#> SRR1367456 2 0.1557 0.6494 0.000 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.4291 0.0339 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1087197 2 0.4402 -0.0483 0.000 0.636 0.352 0.012 0.000
#> SRR1383960 4 0.4456 0.4230 0.020 0.320 0.000 0.660 0.000
#> SRR600924 1 0.2012 0.8896 0.920 0.020 0.000 0.060 0.000
#> SRR662390 4 0.2293 0.5953 0.016 0.084 0.000 0.900 0.000
#> SRR1071692 1 0.2012 0.8865 0.920 0.020 0.000 0.060 0.000
#> SRR658421 4 0.4441 0.4740 0.280 0.012 0.012 0.696 0.000
#> SRR1352936 3 0.2852 0.6607 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR598148 3 0.5109 0.0934 0.000 0.036 0.504 0.460 0.000
#> SRR1444390 4 0.4557 0.3041 0.012 0.404 0.000 0.584 0.000
#> SRR1444644 3 0.1117 0.6535 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603918 2 0.3612 0.5007 0.000 0.764 0.008 0.228 0.000
#> SRR1468682 4 0.2077 0.6122 0.040 0.040 0.000 0.920 0.000
#> SRR1490505 2 0.0771 0.6556 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1343859 3 0.4776 0.5968 0.004 0.364 0.612 0.020 0.000
#> SRR1075631 2 0.4588 0.1871 0.016 0.604 0.000 0.380 0.000
#> SRR1444954 2 0.4201 0.2096 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1479286 4 0.1741 0.6137 0.040 0.024 0.000 0.936 0.000
#> SRR1381524 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1392208 2 0.4397 0.1318 0.000 0.564 0.004 0.432 0.000
#> SRR1456693 2 0.2377 0.6025 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1358482 2 0.4210 0.1738 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR658331 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR810619 4 0.4171 0.2666 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR600829 4 0.5537 0.2554 0.048 0.380 0.012 0.560 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337388 4 0.5002 0.2964 0.364 0.040 0.000 0.596 0.000
#> SRR2185195 4 0.0609 0.5995 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1489693 3 0.3612 0.6275 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1318662 2 0.4192 0.1774 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1408657 1 0.0510 0.9258 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1384805 2 0.4824 -0.0431 0.020 0.512 0.000 0.468 0.000
#> SRR661337 4 0.0912 0.6058 0.012 0.000 0.016 0.972 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468995 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1352111 4 0.3215 0.5919 0.092 0.056 0.000 0.852 0.000
#> SRR1330944 4 0.4360 0.4270 0.020 0.300 0.000 0.680 0.000
#> SRR1419453 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1437208 4 0.4268 0.1826 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1444914 1 0.2411 0.8355 0.884 0.008 0.000 0.108 0.000
#> SRR660756 4 0.4430 0.3275 0.012 0.360 0.000 0.628 0.000
#> SRR1093269 2 0.4135 0.2991 0.004 0.656 0.000 0.340 0.000
#> SRR1341456 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657456 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR807727 2 0.1106 0.6566 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> SRR816358 4 0.5638 0.2691 0.072 0.372 0.004 0.552 0.000
#> SRR658283 2 0.2921 0.5838 0.000 0.856 0.124 0.020 0.000
#> SRR813728 2 0.1310 0.6585 0.000 0.956 0.020 0.024 0.000
#> SRR1394520 1 0.2828 0.8395 0.872 0.020 0.004 0.104 0.000
#> SRR1308200 2 0.4242 0.1194 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1432366 4 0.4640 0.3153 0.016 0.400 0.000 0.584 0.000
#> SRR1087992 3 0.5869 0.5315 0.020 0.372 0.548 0.060 0.000
#> SRR1405593 1 0.7074 0.1570 0.456 0.360 0.044 0.140 0.000
#> SRR1326040 4 0.6208 0.1380 0.012 0.396 0.100 0.492 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.1121 0.9054 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1488632 4 0.1907 0.6131 0.028 0.044 0.000 0.928 0.000
#> SRR1398706 2 0.3756 0.2898 0.000 0.744 0.248 0.008 0.000
#> SRR1368794 2 0.1117 0.6579 0.000 0.964 0.020 0.016 0.000
#> SRR1392749 4 0.4610 0.3259 0.016 0.388 0.000 0.596 0.000
#> SRR603968 3 0.0898 0.6659 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR815661 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663100 4 0.0290 0.6029 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR661229 4 0.0609 0.5995 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR655792 4 0.4907 -0.0255 0.484 0.024 0.000 0.492 0.000
#> SRR663705 4 0.5435 0.4006 0.060 0.280 0.016 0.644 0.000
#> SRR1464281 2 0.4126 0.2258 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1400397 4 0.4525 0.3451 0.016 0.360 0.000 0.624 0.000
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.1082 0.6556 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR1384917 2 0.2208 0.6349 0.000 0.908 0.072 0.020 0.000
#> SRR1435182 2 0.3636 0.4305 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1477569 1 0.1281 0.9160 0.956 0.012 0.000 0.032 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.3106 0.7972 0.840 0.020 0.000 0.140 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613510 2 0.4451 -0.3984 0.000 0.504 0.492 0.004 0.000
#> SRR663014 4 0.3741 0.4250 0.000 0.264 0.004 0.732 0.000
#> SRR1417960 4 0.1997 0.6126 0.040 0.036 0.000 0.924 0.000
#> SRR1474730 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1381269 2 0.3774 0.3865 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR657695 2 0.4482 0.2546 0.016 0.636 0.000 0.348 0.000
#> SRR1357650 2 0.4731 -0.0121 0.016 0.528 0.000 0.456 0.000
#> SRR1472237 4 0.6175 0.2741 0.120 0.336 0.008 0.536 0.000
#> SRR1470816 4 0.4576 0.3586 0.016 0.376 0.000 0.608 0.000
#> SRR1458358 1 0.0771 0.9229 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR614683 4 0.4042 0.5388 0.196 0.020 0.012 0.772 0.000
#> SRR1318998 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1392795 2 0.1282 0.6477 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> SRR1469859 1 0.1310 0.9167 0.956 0.020 0.000 0.024 0.000
#> SRR1378243 4 0.5000 0.1581 0.016 0.476 0.008 0.500 0.000
#> SRR1360587 4 0.2209 0.6125 0.032 0.056 0.000 0.912 0.000
#> SRR604230 1 0.0703 0.9237 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1347667 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608096 2 0.4599 -0.1542 0.000 0.600 0.384 0.016 0.000
#> SRR665514 4 0.0609 0.5995 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1454522 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419615 4 0.1579 0.6147 0.032 0.024 0.000 0.944 0.000
#> SRR1429802 4 0.1331 0.6123 0.040 0.008 0.000 0.952 0.000
#> SRR1345436 3 0.5109 0.0934 0.000 0.036 0.504 0.460 0.000
#> SRR1433684 4 0.5597 0.2555 0.052 0.380 0.012 0.556 0.000
#> SRR613186 3 0.1012 0.6640 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1343795 2 0.1357 0.6560 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1417766 2 0.1851 0.6335 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1420606 3 0.4101 0.5991 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458973 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1309856 2 0.1251 0.6583 0.000 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR1102756 2 0.1502 0.6350 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> SRR1366519 2 0.4114 0.2353 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1080438 2 0.4658 0.1011 0.016 0.576 0.000 0.408 0.000
#> SRR1391789 2 0.1399 0.6580 0.000 0.952 0.020 0.028 0.000
#> SRR1402195 4 0.6103 0.2758 0.060 0.348 0.036 0.556 0.000
#> SRR1429516 4 0.1403 0.6137 0.024 0.024 0.000 0.952 0.000
#> SRR1406662 4 0.5996 0.1451 0.000 0.368 0.120 0.512 0.000
#> SRR1333414 2 0.1502 0.6520 0.000 0.940 0.004 0.056 0.000
#> SRR1369030 2 0.2172 0.6368 0.000 0.908 0.016 0.076 0.000
#> SRR1342916 1 0.4752 0.2852 0.568 0.020 0.000 0.412 0.000
#> SRR1362824 2 0.1386 0.6515 0.000 0.952 0.032 0.016 0.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409487 4 0.1943 0.6108 0.020 0.056 0.000 0.924 0.000
#> SRR1434568 4 0.5475 0.2533 0.044 0.380 0.012 0.564 0.000
#> SRR1341965 4 0.2077 0.6122 0.040 0.040 0.000 0.920 0.000
#> SRR1473505 4 0.4547 0.3049 0.012 0.400 0.000 0.588 0.000
#> SRR1402068 2 0.4249 0.1052 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1490076 4 0.4446 0.1527 0.004 0.476 0.000 0.520 0.000
#> SRR1435501 4 0.0609 0.5995 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1452491 2 0.4815 -0.0173 0.020 0.524 0.000 0.456 0.000
#> SRR1397329 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1093243 4 0.6080 0.3120 0.132 0.308 0.004 0.556 0.000
#> SRR1418390 2 0.2304 0.6153 0.000 0.892 0.100 0.008 0.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598589 1 0.2505 0.8529 0.888 0.020 0.000 0.092 0.000
#> SRR601868 1 0.2669 0.8389 0.876 0.020 0.000 0.104 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812222 4 0.4283 0.1586 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR815893 4 0.2079 0.6100 0.020 0.064 0.000 0.916 0.000
#> SRR1455503 4 0.4576 0.3279 0.016 0.376 0.000 0.608 0.000
#> SRR810737 4 0.1403 0.6137 0.024 0.024 0.000 0.952 0.000
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443182 4 0.3264 0.5544 0.016 0.164 0.000 0.820 0.000
#> SRR1457872 4 0.4538 0.3292 0.016 0.364 0.000 0.620 0.000
#> SRR658481 4 0.0290 0.6029 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332607 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR656433 4 0.3852 0.4910 0.220 0.000 0.020 0.760 0.000
#> SRR1420811 4 0.4649 0.3104 0.016 0.404 0.000 0.580 0.000
#> SRR1308674 2 0.1557 0.6367 0.000 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1338363 3 0.1117 0.6535 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020
#> SRR1344271 2 0.4497 0.2942 0.000 0.632 0.016 0.352 0.000
#> SRR1321608 2 0.4150 0.2383 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1441464 2 0.4171 0.1962 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR607970 1 0.1701 0.8997 0.936 0.016 0.000 0.048 0.000
#> SRR1338171 2 0.1628 0.6330 0.000 0.936 0.056 0.008 0.000
#> SRR604174 4 0.6232 0.1109 0.004 0.380 0.128 0.488 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815517 3 0.4227 0.5381 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR615970 3 0.2563 0.5090 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331013 4 0.1469 0.6141 0.036 0.016 0.000 0.948 0.000
#> SRR1419638 3 0.1792 0.6711 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1434975 2 0.4127 0.0969 0.000 0.680 0.312 0.008 0.000
#> SRR1445741 2 0.4121 0.4127 0.012 0.720 0.004 0.264 0.000
#> SRR1088142 1 0.3386 0.7920 0.832 0.040 0.000 0.128 0.000
#> SRR604206 4 0.0609 0.5995 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1358779 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1473142 4 0.2669 0.5963 0.020 0.104 0.000 0.876 0.000
#> SRR1410334 2 0.0955 0.6533 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1352234 4 0.1310 0.6136 0.024 0.020 0.000 0.956 0.000
#> SRR1487807 4 0.1872 0.6112 0.020 0.052 0.000 0.928 0.000
#> SRR1489715 2 0.2136 0.5995 0.000 0.904 0.088 0.008 0.000
#> SRR1364780 5 0.4383 0.5358 0.000 0.004 0.424 0.000 0.572
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813915 4 0.4630 0.3142 0.016 0.396 0.000 0.588 0.000
#> SRR1409748 4 0.3995 0.5211 0.044 0.180 0.000 0.776 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.4366 0.3090 0.016 0.664 0.000 0.320 0.000
#> SRR1316725 4 0.4294 0.1436 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1314851 4 0.5576 0.1915 0.032 0.400 0.024 0.544 0.000
#> SRR1354599 1 0.2732 0.7564 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1406599 2 0.3607 0.4945 0.000 0.752 0.004 0.244 0.000
#> SRR1308696 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808772 4 0.4576 0.2832 0.376 0.000 0.016 0.608 0.000
#> SRR812649 2 0.4510 -0.2858 0.000 0.560 0.432 0.008 0.000
#> SRR1366690 4 0.5827 0.1910 0.024 0.396 0.048 0.532 0.000
#> SRR1317707 4 0.4273 0.1837 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1339321 2 0.4740 -0.0805 0.016 0.516 0.000 0.468 0.000
#> SRR1442487 2 0.1331 0.6451 0.000 0.952 0.040 0.008 0.000
#> SRR1069690 4 0.4610 0.3259 0.016 0.388 0.000 0.596 0.000
#> SRR1319344 2 0.2389 0.6096 0.004 0.880 0.000 0.116 0.000
#> SRR1332835 2 0.1484 0.6400 0.000 0.944 0.048 0.008 0.000
#> SRR1334694 2 0.2843 0.5650 0.000 0.848 0.144 0.008 0.000
#> SRR1478434 4 0.2139 0.6127 0.032 0.052 0.000 0.916 0.000
#> SRR1479933 2 0.1800 0.6535 0.000 0.932 0.020 0.048 0.000
#> SRR1313853 2 0.4201 0.1756 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR661192 4 0.0671 0.6107 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR1384827 2 0.4504 -0.2798 0.000 0.564 0.428 0.008 0.000
#> SRR814587 4 0.4551 0.3286 0.016 0.368 0.000 0.616 0.000
#> SRR656899 1 0.0703 0.9237 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1088340 4 0.4686 0.3246 0.020 0.384 0.000 0.596 0.000
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317305 3 0.4722 0.6002 0.000 0.368 0.608 0.024 0.000
#> SRR1442273 2 0.3962 0.4424 0.012 0.744 0.004 0.240 0.000
#> SRR1407470 2 0.2036 0.6544 0.000 0.920 0.024 0.056 0.000
#> SRR1490289 4 0.5773 0.3133 0.068 0.332 0.016 0.584 0.000
#> SRR1093649 2 0.2966 0.5408 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1478900 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.1251 0.6530 0.000 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR2170537 4 0.0898 0.6000 0.008 0.000 0.020 0.972 0.000
#> SRR602106 3 0.5647 0.5244 0.004 0.376 0.548 0.072 0.000
#> SRR615335 4 0.7468 0.1294 0.292 0.320 0.032 0.356 0.000
#> SRR1321505 4 0.6646 0.1687 0.376 0.172 0.008 0.444 0.000
#> SRR1457768 5 0.4397 0.5270 0.000 0.004 0.432 0.000 0.564
#> SRR1340641 1 0.1281 0.9118 0.956 0.012 0.000 0.032 0.000
#> SRR657903 1 0.0794 0.9222 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1403458 1 0.0162 0.9294 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441850 4 0.1331 0.6123 0.040 0.008 0.000 0.952 0.000
#> SRR613759 1 0.2775 0.8470 0.876 0.020 0.004 0.100 0.000
#> SRR1472281 4 0.4491 0.4113 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000
#> SRR1440445 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1088734 4 0.4666 0.2995 0.016 0.412 0.000 0.572 0.000
#> SRR1455607 4 0.1485 0.6128 0.020 0.032 0.000 0.948 0.000
#> SRR1077528 4 0.4946 0.3859 0.052 0.300 0.000 0.648 0.000
#> SRR1364695 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.1701 0.9015 0.936 0.016 0.000 0.048 0.000
#> SRR1313560 1 0.4900 0.3046 0.564 0.020 0.004 0.412 0.000
#> SRR1092889 2 0.0880 0.6525 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1352213 3 0.4654 0.6125 0.000 0.348 0.628 0.024 0.000
#> SRR2185233 4 0.0609 0.5995 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662641 4 0.4380 0.3079 0.008 0.376 0.000 0.616 0.000
#> SRR817825 3 0.4302 0.4392 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR660366 1 0.2377 0.8053 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR655423 4 0.2618 0.6118 0.052 0.036 0.012 0.900 0.000
#> SRR821183 2 0.0865 0.6563 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1323512 2 0.2511 0.6449 0.000 0.892 0.028 0.080 0.000
#> SRR1325247 4 0.1205 0.6127 0.040 0.004 0.000 0.956 0.000
#> SRR1351583 5 0.0880 0.8487 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1437454 4 0.1830 0.6133 0.040 0.028 0.000 0.932 0.000
#> SRR1318484 4 0.4640 0.3153 0.016 0.400 0.000 0.584 0.000
#> SRR1322395 1 0.0609 0.9250 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1378131 2 0.4525 0.2250 0.016 0.624 0.000 0.360 0.000
#> SRR1325464 4 0.5647 0.2646 0.064 0.372 0.008 0.556 0.000
#> SRR1340280 3 0.5669 0.5798 0.040 0.352 0.580 0.028 0.000
#> SRR1455842 4 0.3675 0.5622 0.024 0.188 0.000 0.788 0.000
#> SRR1352619 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662763 2 0.4147 0.0887 0.000 0.676 0.316 0.008 0.000
#> SRR661120 2 0.6203 0.0885 0.000 0.464 0.140 0.396 0.000
#> SRR601613 2 0.8090 -0.0114 0.152 0.376 0.148 0.324 0.000
#> SRR811535 4 0.1041 0.6117 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000
#> SRR820316 4 0.0609 0.5995 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1368616 4 0.4273 0.2021 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365700 4 0.4235 0.2222 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR604122 1 0.1444 0.9110 0.948 0.012 0.000 0.040 0.000
#> SRR598509 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1397052 1 0.0510 0.9266 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1339921 1 0.5726 0.5064 0.640 0.188 0.004 0.168 0.000
#> SRR664743 4 0.0290 0.6029 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1339199 4 0.4494 0.3141 0.012 0.380 0.000 0.608 0.000
#> SRR1355660 1 0.2722 0.8380 0.872 0.020 0.000 0.108 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0566 0.9275 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808808 3 0.4517 0.5760 0.000 0.388 0.600 0.012 0.000
#> SRR656288 1 0.0290 0.9286 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405886 3 0.1117 0.6535 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020
#> SRR1487233 2 0.1792 0.6328 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR662043 1 0.2390 0.8647 0.896 0.020 0.000 0.084 0.000
#> SRR1381211 2 0.1281 0.6505 0.000 0.956 0.032 0.012 0.000
#> SRR1379365 4 0.4891 0.1070 0.016 0.480 0.004 0.500 0.000
#> SRR1384852 2 0.1444 0.6466 0.000 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1430357 2 0.4607 0.2967 0.020 0.656 0.004 0.320 0.000
#> SRR2164847 4 0.3809 0.4499 0.008 0.256 0.000 0.736 0.000
#> SRR807901 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816064 4 0.5076 0.0534 0.444 0.012 0.016 0.528 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0510 0.9266 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1444722 5 0.4449 0.4294 0.000 0.004 0.484 0.000 0.512
#> SRR1316483 4 0.5772 0.1938 0.016 0.392 0.056 0.536 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.4528 -0.3088 0.000 0.548 0.444 0.008 0.000
#> SRR1343653 4 0.4551 0.3286 0.016 0.368 0.000 0.616 0.000
#> SRR1336134 2 0.1410 0.6330 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR654940 4 0.4380 0.3078 0.008 0.376 0.000 0.616 0.000
#> SRR1098288 2 0.4210 0.1671 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1326343 1 0.0609 0.9250 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615359 4 0.6032 0.1092 0.000 0.388 0.120 0.492 0.000
#> SRR1075997 2 0.4354 0.2615 0.000 0.624 0.008 0.368 0.000
#> SRR1090483 4 0.3731 0.5493 0.040 0.160 0.000 0.800 0.000
#> SRR1388698 4 0.6732 0.2171 0.184 0.328 0.012 0.476 0.000
#> SRR1312482 2 0.4305 -0.0041 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1430420 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387475 4 0.4620 0.3211 0.016 0.392 0.000 0.592 0.000
#> SRR1388419 2 0.4549 -0.3469 0.000 0.528 0.464 0.008 0.000
#> SRR1442250 2 0.4010 0.5790 0.000 0.792 0.072 0.136 0.000
#> SRR1430679 2 0.4297 0.0408 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1311109 4 0.0290 0.6029 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1478990 4 0.3912 0.5082 0.020 0.228 0.000 0.752 0.000
#> SRR1392434 2 0.1331 0.6515 0.000 0.952 0.008 0.040 0.000
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383937 4 0.4418 0.3720 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000
#> SRR1315393 2 0.1216 0.6567 0.000 0.960 0.020 0.020 0.000
#> SRR1094506 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330633 2 0.1310 0.6585 0.000 0.956 0.020 0.024 0.000
#> SRR1330153 1 0.3994 0.7218 0.804 0.132 0.008 0.056 0.000
#> SRR1451778 1 0.0404 0.9279 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR657089 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1395659 2 0.4714 0.1403 0.012 0.576 0.004 0.408 0.000
#> SRR1385716 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1466109 4 0.4645 0.4388 0.300 0.016 0.012 0.672 0.000
#> SRR1080977 5 0.1341 0.8343 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1441725 4 0.6173 0.1416 0.016 0.396 0.088 0.500 0.000
#> SRR1485078 2 0.1704 0.6424 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR661806 4 0.4551 0.3481 0.016 0.368 0.000 0.616 0.000
#> SRR1334919 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR599249 1 0.0566 0.9279 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR810051 2 0.1043 0.6488 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1407202 4 0.4865 0.3866 0.324 0.032 0.004 0.640 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330965 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382508 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1405028 4 0.6243 0.0867 0.000 0.380 0.148 0.472 0.000
#> SRR612719 3 0.6130 0.4899 0.016 0.372 0.524 0.088 0.000
#> SRR1340617 2 0.3586 0.4738 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1448183 1 0.0162 0.9289 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362488 2 0.1106 0.6566 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> SRR1361156 4 0.1216 0.6130 0.020 0.020 0.000 0.960 0.000
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811891 4 0.7561 0.1972 0.128 0.320 0.100 0.452 0.000
#> SRR1477837 3 0.4171 0.5712 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR607252 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418946 3 0.4307 0.3977 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR1456567 4 0.4663 0.3296 0.020 0.376 0.000 0.604 0.000
#> SRR1487425 2 0.1043 0.6488 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1335627 2 0.5342 0.3255 0.012 0.620 0.048 0.320 0.000
#> SRR1327680 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478812 2 0.2017 0.6086 0.000 0.912 0.080 0.008 0.000
#> SRR1447673 4 0.5020 0.2050 0.012 0.408 0.016 0.564 0.000
#> SRR815735 1 0.5449 0.2343 0.532 0.052 0.004 0.412 0.000
#> SRR1404251 2 0.4304 -0.0496 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR601645 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.2450 0.6086 0.052 0.048 0.000 0.900 0.000
#> SRR659983 4 0.4337 0.4744 0.284 0.004 0.016 0.696 0.000
#> SRR1402414 2 0.5180 -0.0686 0.020 0.492 0.012 0.476 0.000
#> SRR614215 1 0.1168 0.9180 0.960 0.008 0.000 0.032 0.000
#> SRR659283 1 0.0963 0.9063 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1459956 2 0.1117 0.6579 0.000 0.964 0.020 0.016 0.000
#> SRR1340441 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1452741 3 0.4883 0.5933 0.004 0.372 0.600 0.024 0.000
#> SRR1458484 3 0.4491 0.6239 0.000 0.328 0.652 0.020 0.000
#> SRR1387091 4 0.1997 0.6126 0.040 0.036 0.000 0.924 0.000
#> SRR1358017 3 0.3530 0.3422 0.000 0.012 0.784 0.000 0.204
#> SRR1457039 4 0.4610 0.3259 0.016 0.388 0.000 0.596 0.000
#> SRR1376539 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0510 0.9263 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406069 4 0.2077 0.6123 0.040 0.040 0.000 0.920 0.000
#> SRR1419829 2 0.3366 0.4018 0.000 0.784 0.212 0.004 0.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658457 4 0.5650 0.4737 0.228 0.108 0.012 0.652 0.000
#> SRR1367849 4 0.6365 0.3248 0.196 0.260 0.004 0.540 0.000
#> SRR1320939 1 0.5535 0.4521 0.620 0.288 0.004 0.088 0.000
#> SRR656588 4 0.3513 0.5212 0.180 0.000 0.020 0.800 0.000
#> SRR599025 4 0.3194 0.5627 0.148 0.000 0.020 0.832 0.000
#> SRR1401446 3 0.4268 0.5008 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1398311 4 0.4744 0.1703 0.016 0.476 0.000 0.508 0.000
#> SRR1442149 4 0.7657 0.2155 0.312 0.236 0.056 0.396 0.000
#> SRR809137 1 0.2012 0.8891 0.920 0.020 0.000 0.060 0.000
#> SRR1414982 4 0.2408 0.5982 0.016 0.092 0.000 0.892 0.000
#> SRR600852 1 0.7422 0.0847 0.420 0.364 0.064 0.152 0.000
#> SRR1414857 4 0.4538 0.3292 0.016 0.364 0.000 0.620 0.000
#> SRR1321225 2 0.4557 -0.3688 0.000 0.516 0.476 0.008 0.000
#> SRR1069802 1 0.0671 0.9260 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1077643 2 0.4570 0.4607 0.008 0.720 0.036 0.236 0.000
#> SRR1334154 4 0.1965 0.6123 0.024 0.052 0.000 0.924 0.000
#> SRR1390072 4 0.4807 0.2330 0.020 0.448 0.000 0.532 0.000
#> SRR1467612 2 0.1106 0.6566 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> SRR1430133 2 0.2136 0.6185 0.000 0.904 0.088 0.008 0.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351931 5 0.4383 0.5358 0.000 0.004 0.424 0.000 0.572
#> SRR1374028 3 0.7181 0.3049 0.024 0.372 0.388 0.216 0.000
#> SRR1311243 1 0.1310 0.9164 0.956 0.020 0.000 0.024 0.000
#> SRR1385235 1 0.0290 0.9286 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469638 4 0.2669 0.5982 0.020 0.104 0.000 0.876 0.000
#> SRR662150 4 0.1485 0.5973 0.032 0.000 0.020 0.948 0.000
#> SRR1400290 3 0.4981 0.5973 0.012 0.360 0.608 0.020 0.000
#> SRR1084892 2 0.1557 0.6367 0.000 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1416166 4 0.6181 0.1612 0.016 0.376 0.092 0.516 0.000
#> SRR1477015 3 0.1704 0.6721 0.000 0.068 0.928 0.004 0.000
#> SRR1380501 3 0.4114 0.5939 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR1446156 4 0.4597 0.4349 0.044 0.260 0.000 0.696 0.000
#> SRR1488328 2 0.4138 0.2205 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1086889 2 0.4130 0.3964 0.000 0.696 0.012 0.292 0.000
#> SRR814611 3 0.4511 0.6079 0.000 0.356 0.628 0.016 0.000
#> SRR599086 4 0.5895 0.2016 0.020 0.384 0.060 0.536 0.000
#> SRR1086844 1 0.2144 0.8790 0.912 0.020 0.000 0.068 0.000
#> SRR1464535 4 0.2228 0.6108 0.040 0.048 0.000 0.912 0.000
#> SRR807877 2 0.3210 0.5013 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1477033 1 0.0451 0.9286 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335164 4 0.4367 0.2754 0.004 0.416 0.000 0.580 0.000
#> SRR601986 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659637 2 0.4974 0.0114 0.000 0.508 0.028 0.464 0.000
#> SRR600474 1 0.1211 0.9189 0.960 0.016 0.000 0.024 0.000
#> SRR1307699 1 0.1725 0.9000 0.936 0.020 0.000 0.044 0.000
#> SRR1312540 4 0.5497 0.2579 0.052 0.380 0.008 0.560 0.000
#> SRR1323628 1 0.0290 0.9291 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1430951 5 0.4390 0.5300 0.000 0.004 0.428 0.000 0.568
#> SRR1385364 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1478149 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1384413 4 0.3141 0.5868 0.040 0.108 0.000 0.852 0.000
#> SRR1366855 4 0.1300 0.6121 0.016 0.028 0.000 0.956 0.000
#> SRR1077115 4 0.4564 0.3288 0.016 0.372 0.000 0.612 0.000
#> SRR1399990 3 0.4015 0.6206 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR1434093 3 0.4114 0.5941 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR1341408 4 0.4201 0.2686 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR612335 2 0.5062 0.2609 0.020 0.628 0.020 0.332 0.000
#> SRR1321420 1 0.1399 0.9141 0.952 0.020 0.000 0.028 0.000
#> SRR1329177 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1398371 2 0.4748 -0.1456 0.016 0.492 0.000 0.492 0.000
#> SRR614996 4 0.5420 0.2533 0.040 0.384 0.012 0.564 0.000
#> SRR1431602 4 0.4525 0.3356 0.016 0.360 0.000 0.624 0.000
#> SRR1311509 1 0.0794 0.9222 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1507229 5 0.0000 0.8635 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310373 5 0.4552 0.4438 0.000 0.008 0.468 0.000 0.524
#> SRR1408072 4 0.2915 0.5940 0.024 0.116 0.000 0.860 0.000
#> SRR1469591 3 0.5062 0.5991 0.016 0.356 0.608 0.020 0.000
#> SRR1392813 2 0.2358 0.6122 0.000 0.888 0.104 0.008 0.000
#> SRR1453026 2 0.1270 0.6388 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1388105 3 0.5169 0.5866 0.016 0.364 0.596 0.024 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615898 3 0.0703 0.6759 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.0865 0.8617 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1468613 1 0.1176 0.8651 0.956 0.000 0.000 0.024 0.020 0.000
#> SRR815184 2 0.0713 0.6950 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1381693 1 0.1285 0.8606 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1467904 6 0.0146 0.7561 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1442648 2 0.5278 0.3226 0.000 0.512 0.000 0.384 0.104 0.000
#> SRR1486174 2 0.0458 0.6925 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1349433 2 0.3239 0.5566 0.000 0.808 0.000 0.024 0.004 0.164
#> SRR1321283 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387702 1 0.0146 0.8657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1435584 2 0.5778 0.3135 0.000 0.464 0.000 0.352 0.184 0.000
#> SRR1406265 1 0.0291 0.8664 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1366367 4 0.5581 -0.1290 0.000 0.408 0.000 0.452 0.140 0.000
#> SRR1458026 4 0.3086 0.5849 0.020 0.048 0.000 0.856 0.076 0.000
#> SRR1094192 2 0.5635 0.2253 0.000 0.432 0.000 0.420 0.148 0.000
#> SRR1397180 4 0.5877 0.1584 0.004 0.300 0.000 0.496 0.200 0.000
#> SRR657492 5 0.3436 0.7647 0.012 0.020 0.000 0.172 0.796 0.000
#> SRR662665 4 0.4464 0.5002 0.000 0.140 0.000 0.712 0.148 0.000
#> SRR818530 2 0.2492 0.6883 0.000 0.876 0.000 0.020 0.100 0.004
#> SRR817563 2 0.5673 0.3095 0.000 0.468 0.000 0.372 0.160 0.000
#> SRR613462 2 0.4647 -0.2023 0.000 0.508 0.000 0.012 0.020 0.460
#> SRR1405206 2 0.1700 0.6915 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000
#> SRR1454136 2 0.1003 0.6893 0.000 0.964 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR1380785 2 0.2532 0.6434 0.000 0.884 0.000 0.024 0.012 0.080
#> SRR612875 4 0.3270 0.5837 0.008 0.084 0.000 0.836 0.072 0.000
#> SRR808327 2 0.0458 0.6925 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1355194 2 0.1549 0.6745 0.000 0.936 0.000 0.020 0.000 0.044
#> SRR1408227 2 0.2357 0.6809 0.000 0.872 0.000 0.012 0.116 0.000
#> SRR1086304 6 0.3331 0.6570 0.000 0.160 0.000 0.012 0.020 0.808
#> SRR1080415 1 0.3109 0.7421 0.772 0.000 0.000 0.224 0.004 0.000
#> SRR1086140 2 0.2260 0.6784 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1084965 4 0.4371 0.5134 0.068 0.016 0.000 0.780 0.028 0.108
#> SRR1310563 6 0.2803 0.6986 0.000 0.116 0.000 0.016 0.012 0.856
#> SRR602437 1 0.3937 0.4145 0.572 0.000 0.000 0.424 0.004 0.000
#> SRR663404 5 0.2404 0.7827 0.036 0.000 0.000 0.080 0.884 0.000
#> SRR1337238 1 0.0363 0.8646 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1360442 1 0.1588 0.8481 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR1356487 2 0.0458 0.6925 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1479263 2 0.1970 0.6871 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR1409641 1 0.0790 0.8624 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1442686 1 0.5160 0.3584 0.572 0.000 0.000 0.320 0.108 0.000
#> SRR1345736 4 0.4180 0.2343 0.348 0.000 0.000 0.628 0.024 0.000
#> SRR1345827 2 0.0870 0.6893 0.000 0.972 0.000 0.012 0.012 0.004
#> SRR1367456 2 0.1116 0.6955 0.000 0.960 0.000 0.028 0.008 0.004
#> SRR1072650 1 0.0632 0.8623 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1446393 2 0.2950 0.6666 0.000 0.828 0.000 0.024 0.148 0.000
#> SRR1087197 2 0.2803 0.6453 0.000 0.872 0.000 0.052 0.012 0.064
#> SRR1383960 4 0.5515 0.0059 0.000 0.372 0.000 0.492 0.136 0.000
#> SRR600924 4 0.4393 -0.1333 0.452 0.000 0.000 0.524 0.024 0.000
#> SRR662390 5 0.6063 -0.0393 0.000 0.264 0.000 0.348 0.388 0.000
#> SRR1071692 1 0.3898 0.5699 0.652 0.000 0.000 0.336 0.012 0.000
#> SRR658421 1 0.5403 0.4339 0.592 0.004 0.000 0.248 0.156 0.000
#> SRR1352936 6 0.1245 0.7484 0.000 0.032 0.000 0.016 0.000 0.952
#> SRR598148 6 0.4616 0.4179 0.004 0.000 0.000 0.384 0.036 0.576
#> SRR1444390 2 0.5691 0.3109 0.000 0.468 0.000 0.368 0.164 0.000
#> SRR1444644 6 0.1307 0.7420 0.000 0.000 0.032 0.008 0.008 0.952
#> SRR1389777 1 0.0858 0.8649 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR603918 2 0.2145 0.6972 0.000 0.900 0.000 0.028 0.072 0.000
#> SRR1468682 4 0.3269 0.5666 0.020 0.028 0.000 0.832 0.120 0.000
#> SRR1490505 2 0.0363 0.6934 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1343859 6 0.5160 0.5177 0.000 0.068 0.000 0.324 0.016 0.592
#> SRR1075631 4 0.5140 -0.0132 0.004 0.424 0.000 0.512 0.052 0.008
#> SRR1444954 2 0.2431 0.6775 0.000 0.860 0.000 0.008 0.132 0.000
#> SRR1479286 4 0.3482 0.5353 0.012 0.024 0.000 0.796 0.168 0.000
#> SRR1381524 6 0.0458 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1392208 2 0.2476 0.6888 0.000 0.880 0.000 0.024 0.092 0.004
#> SRR1456693 2 0.1745 0.6969 0.000 0.920 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR1358482 2 0.2653 0.6710 0.000 0.844 0.000 0.012 0.144 0.000
#> SRR658331 6 0.0508 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR810619 2 0.5703 0.3241 0.000 0.472 0.000 0.360 0.168 0.000
#> SRR600829 4 0.1973 0.5837 0.028 0.008 0.000 0.924 0.036 0.004
#> SRR599380 1 0.0790 0.8624 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1337388 4 0.4013 0.4471 0.228 0.004 0.000 0.728 0.040 0.000
#> SRR2185195 5 0.1908 0.7972 0.004 0.000 0.000 0.096 0.900 0.000
#> SRR1489693 6 0.3865 0.5908 0.000 0.216 0.000 0.016 0.020 0.748
#> SRR1318662 2 0.2450 0.6801 0.000 0.868 0.000 0.016 0.116 0.000
#> SRR1408657 1 0.1007 0.8631 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1384805 4 0.5436 -0.0615 0.000 0.404 0.000 0.476 0.120 0.000
#> SRR661337 5 0.2909 0.7812 0.004 0.012 0.000 0.156 0.828 0.000
#> SRR601239 1 0.0713 0.8625 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1468995 6 0.0520 0.7540 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1352111 4 0.3243 0.5720 0.076 0.016 0.000 0.844 0.064 0.000
#> SRR1330944 4 0.5645 -0.0901 0.000 0.392 0.000 0.456 0.152 0.000
#> SRR1419453 6 0.0260 0.7558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1437208 2 0.5611 0.4142 0.000 0.528 0.000 0.292 0.180 0.000
#> SRR1444914 1 0.1700 0.8450 0.928 0.000 0.000 0.024 0.048 0.000
#> SRR660756 2 0.5927 0.3280 0.000 0.448 0.000 0.228 0.324 0.000
#> SRR1093269 2 0.2554 0.6902 0.000 0.876 0.000 0.076 0.048 0.000
#> SRR1341456 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657456 6 0.1149 0.7464 0.000 0.000 0.024 0.008 0.008 0.960
#> SRR807727 2 0.0000 0.6952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816358 4 0.2078 0.5829 0.040 0.012 0.000 0.916 0.032 0.000
#> SRR658283 2 0.4667 0.5843 0.000 0.732 0.000 0.132 0.028 0.108
#> SRR813728 2 0.0458 0.6925 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1394520 4 0.4435 0.1719 0.364 0.000 0.000 0.604 0.028 0.004
#> SRR1308200 2 0.3062 0.6712 0.000 0.836 0.000 0.052 0.112 0.000
#> SRR1432366 2 0.5478 0.2364 0.000 0.452 0.000 0.424 0.124 0.000
#> SRR1087992 4 0.4642 0.3281 0.004 0.032 0.000 0.672 0.020 0.272
#> SRR1405593 4 0.4005 0.5274 0.124 0.012 0.000 0.796 0.020 0.048
#> SRR1326040 4 0.3433 0.5147 0.004 0.024 0.000 0.832 0.032 0.108
#> SRR1312725 1 0.0291 0.8662 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1478189 1 0.1152 0.8641 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1488632 4 0.3985 0.5326 0.008 0.068 0.000 0.768 0.156 0.000
#> SRR1398706 2 0.2069 0.6582 0.000 0.908 0.000 0.020 0.004 0.068
#> SRR1368794 2 0.0363 0.6934 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1392749 2 0.5713 0.2639 0.000 0.448 0.000 0.388 0.164 0.000
#> SRR603968 6 0.1307 0.7420 0.000 0.000 0.032 0.008 0.008 0.952
#> SRR815661 1 0.1700 0.8453 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004 0.000
#> SRR663100 5 0.2278 0.8027 0.000 0.004 0.000 0.128 0.868 0.000
#> SRR661229 5 0.2135 0.8036 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR655792 4 0.4954 0.3143 0.324 0.016 0.000 0.608 0.052 0.000
#> SRR663705 4 0.1959 0.5845 0.032 0.020 0.000 0.924 0.024 0.000
#> SRR1464281 2 0.2165 0.6834 0.000 0.884 0.000 0.008 0.108 0.000
#> SRR1400397 2 0.5784 0.1991 0.000 0.416 0.000 0.408 0.176 0.000
#> SRR1331444 1 0.0790 0.8624 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1439958 2 0.0748 0.6928 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR1384917 2 0.1719 0.6932 0.000 0.924 0.000 0.060 0.000 0.016
#> SRR1435182 2 0.5274 0.2808 0.000 0.492 0.000 0.408 0.100 0.000
#> SRR1477569 1 0.3995 0.2934 0.516 0.000 0.000 0.480 0.004 0.000
#> SRR602461 1 0.1152 0.8613 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1334338 4 0.4246 -0.0751 0.452 0.000 0.000 0.532 0.016 0.000
#> SRR1354710 1 0.0790 0.8624 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR613510 6 0.4356 0.3309 0.000 0.432 0.000 0.016 0.004 0.548
#> SRR663014 5 0.4506 0.5611 0.000 0.120 0.000 0.176 0.704 0.000
#> SRR1417960 4 0.3580 0.5568 0.020 0.036 0.000 0.808 0.136 0.000
#> SRR1474730 6 0.0520 0.7540 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1381269 2 0.2846 0.6859 0.000 0.856 0.000 0.060 0.084 0.000
#> SRR657695 2 0.5278 0.3187 0.000 0.512 0.000 0.384 0.104 0.000
#> SRR1357650 2 0.5284 0.3154 0.000 0.508 0.000 0.388 0.104 0.000
#> SRR1472237 4 0.2558 0.5913 0.040 0.036 0.000 0.896 0.024 0.004
#> SRR1470816 4 0.5583 -0.1495 0.000 0.412 0.000 0.448 0.140 0.000
#> SRR1458358 1 0.1075 0.8621 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR614683 4 0.5991 0.0405 0.380 0.004 0.000 0.420 0.196 0.000
#> SRR1318998 6 0.0260 0.7558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1392795 2 0.0806 0.6958 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1469859 1 0.3103 0.7425 0.784 0.000 0.000 0.208 0.008 0.000
#> SRR1378243 2 0.5585 0.1881 0.000 0.444 0.000 0.416 0.140 0.000
#> SRR1360587 4 0.4250 0.5237 0.004 0.108 0.000 0.744 0.144 0.000
#> SRR604230 1 0.3835 0.5942 0.668 0.000 0.000 0.320 0.012 0.000
#> SRR1347667 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608096 2 0.2703 0.6361 0.000 0.876 0.000 0.028 0.016 0.080
#> SRR665514 5 0.2092 0.8042 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1454522 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419615 4 0.3670 0.5390 0.004 0.056 0.000 0.788 0.152 0.000
#> SRR1429802 4 0.4136 0.4279 0.032 0.004 0.000 0.692 0.272 0.000
#> SRR1345436 6 0.4649 0.3868 0.004 0.000 0.000 0.400 0.036 0.560
#> SRR1433684 4 0.1924 0.5849 0.028 0.012 0.000 0.928 0.028 0.004
#> SRR613186 6 0.1230 0.7443 0.000 0.000 0.028 0.008 0.008 0.956
#> SRR1343795 2 0.0806 0.6973 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1417766 2 0.0146 0.6947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420606 6 0.3565 0.6971 0.000 0.112 0.000 0.056 0.016 0.816
#> SRR1326687 1 0.0146 0.8653 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1458973 6 0.0520 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1309856 2 0.0146 0.6959 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.0820 0.6903 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1366519 2 0.2070 0.6855 0.000 0.892 0.000 0.008 0.100 0.000
#> SRR1080438 2 0.5449 0.2115 0.000 0.456 0.000 0.424 0.120 0.000
#> SRR1391789 2 0.0972 0.6937 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1402195 4 0.2923 0.5926 0.020 0.060 0.000 0.868 0.052 0.000
#> SRR1429516 4 0.5224 0.3213 0.008 0.096 0.000 0.592 0.304 0.000
#> SRR1406662 6 0.6070 0.2666 0.004 0.136 0.000 0.416 0.016 0.428
#> SRR1333414 2 0.0547 0.6936 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1369030 2 0.1888 0.6946 0.000 0.916 0.000 0.068 0.012 0.004
#> SRR1342916 1 0.4972 0.2815 0.536 0.000 0.000 0.392 0.072 0.000
#> SRR1362824 2 0.0146 0.6959 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1455326 1 0.0547 0.8633 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1349956 1 0.0790 0.8624 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1409487 4 0.6144 0.1259 0.004 0.252 0.000 0.412 0.332 0.000
#> SRR1434568 4 0.2088 0.5927 0.024 0.036 0.000 0.920 0.016 0.004
#> SRR1341965 4 0.3346 0.5486 0.008 0.036 0.000 0.816 0.140 0.000
#> SRR1473505 2 0.5852 0.3231 0.000 0.464 0.000 0.328 0.208 0.000
#> SRR1402068 2 0.2362 0.6795 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136 0.000
#> SRR1490076 2 0.3637 0.6528 0.000 0.792 0.000 0.084 0.124 0.000
#> SRR1435501 5 0.2053 0.7774 0.000 0.004 0.000 0.108 0.888 0.000
#> SRR1452491 4 0.4763 0.2971 0.008 0.336 0.000 0.608 0.048 0.000
#> SRR1397329 6 0.1149 0.7464 0.000 0.000 0.024 0.008 0.008 0.960
#> SRR1093243 4 0.2016 0.5854 0.040 0.016 0.000 0.920 0.024 0.000
#> SRR1418390 2 0.2796 0.6768 0.000 0.868 0.000 0.080 0.008 0.044
#> SRR608480 1 0.0547 0.8654 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR598589 4 0.3236 0.5215 0.180 0.000 0.000 0.796 0.024 0.000
#> SRR601868 4 0.4317 0.2882 0.328 0.000 0.000 0.640 0.028 0.004
#> SRR607313 1 0.0363 0.8646 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR812222 2 0.5370 0.4962 0.000 0.588 0.000 0.220 0.192 0.000
#> SRR815893 4 0.4865 0.4489 0.004 0.196 0.000 0.672 0.128 0.000
#> SRR1455503 2 0.5627 0.2623 0.000 0.452 0.000 0.400 0.148 0.000
#> SRR810737 4 0.4822 0.3643 0.004 0.072 0.000 0.628 0.296 0.000
#> SRR1347500 1 0.0777 0.8651 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1443182 4 0.5498 0.1446 0.000 0.324 0.000 0.528 0.148 0.000
#> SRR1457872 2 0.5961 0.3113 0.000 0.452 0.000 0.264 0.284 0.000
#> SRR658481 5 0.2234 0.8040 0.000 0.004 0.000 0.124 0.872 0.000
#> SRR1406243 1 0.0547 0.8633 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1332607 6 0.0520 0.7540 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR656433 5 0.2733 0.7707 0.056 0.000 0.000 0.080 0.864 0.000
#> SRR1420811 2 0.5443 0.2964 0.000 0.492 0.000 0.384 0.124 0.000
#> SRR1308674 2 0.0806 0.6919 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1338363 6 0.1307 0.7420 0.000 0.000 0.032 0.008 0.008 0.952
#> SRR1344271 2 0.1700 0.6973 0.000 0.936 0.000 0.024 0.028 0.012
#> SRR1321608 2 0.2726 0.6826 0.000 0.856 0.000 0.032 0.112 0.000
#> SRR1441464 2 0.2389 0.6778 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128 0.000
#> SRR607970 1 0.3360 0.6821 0.732 0.000 0.000 0.264 0.004 0.000
#> SRR1338171 2 0.0622 0.6906 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR604174 4 0.4730 0.3337 0.004 0.028 0.000 0.684 0.036 0.248
#> SRR1345221 1 0.0692 0.8651 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR815517 6 0.4042 0.4786 0.000 0.316 0.000 0.016 0.004 0.664
#> SRR615970 6 0.2325 0.6904 0.000 0.000 0.100 0.008 0.008 0.884
#> SRR1370659 1 0.0790 0.8624 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1383125 1 0.0713 0.8625 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1331013 4 0.3381 0.5451 0.004 0.040 0.000 0.808 0.148 0.000
#> SRR1419638 6 0.1887 0.7411 0.000 0.048 0.000 0.012 0.016 0.924
#> SRR1434975 2 0.2587 0.6219 0.000 0.868 0.000 0.020 0.004 0.108
#> SRR1445741 2 0.2766 0.6814 0.000 0.852 0.000 0.124 0.020 0.004
#> SRR1088142 4 0.3219 0.5222 0.168 0.008 0.000 0.808 0.016 0.000
#> SRR604206 5 0.2146 0.8042 0.000 0.004 0.000 0.116 0.880 0.000
#> SRR1358779 6 0.0458 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1473142 4 0.6140 0.0924 0.004 0.308 0.000 0.424 0.264 0.000
#> SRR1410334 2 0.0363 0.6953 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1352234 4 0.4234 0.1670 0.004 0.012 0.000 0.576 0.408 0.000
#> SRR1487807 4 0.4406 0.5121 0.004 0.116 0.000 0.728 0.152 0.000
#> SRR1489715 2 0.1549 0.6735 0.000 0.936 0.000 0.020 0.000 0.044
#> SRR1364780 6 0.4261 0.2053 0.000 0.000 0.416 0.008 0.008 0.568
#> SRR1460124 1 0.0260 0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR813915 2 0.5763 0.3118 0.000 0.464 0.000 0.356 0.180 0.000
#> SRR1409748 4 0.3440 0.5794 0.036 0.028 0.000 0.828 0.108 0.000
#> SRR1325504 1 0.0632 0.8623 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1436490 2 0.4523 0.5721 0.000 0.704 0.000 0.212 0.076 0.008
#> SRR1316725 2 0.3424 0.6397 0.000 0.780 0.000 0.020 0.196 0.004
#> SRR1314851 4 0.4222 0.5474 0.000 0.132 0.000 0.748 0.116 0.004
#> SRR1354599 1 0.1950 0.8346 0.912 0.000 0.000 0.024 0.064 0.000
#> SRR1406599 2 0.4968 0.3641 0.000 0.556 0.000 0.368 0.076 0.000
#> SRR1308696 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808772 5 0.3017 0.7399 0.084 0.000 0.000 0.072 0.844 0.000
#> SRR812649 2 0.4374 -0.1481 0.000 0.532 0.000 0.016 0.004 0.448
#> SRR1366690 4 0.2405 0.5786 0.004 0.036 0.000 0.904 0.036 0.020
#> SRR1317707 2 0.4516 0.6001 0.000 0.700 0.000 0.112 0.188 0.000
#> SRR1339321 2 0.5357 0.2309 0.000 0.464 0.000 0.428 0.108 0.000
#> SRR1442487 2 0.0405 0.6958 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1069690 2 0.5648 0.2935 0.000 0.472 0.000 0.372 0.156 0.000
#> SRR1319344 2 0.2056 0.6951 0.000 0.904 0.000 0.080 0.012 0.004
#> SRR1332835 2 0.0717 0.6913 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1334694 2 0.4550 0.3696 0.000 0.668 0.000 0.044 0.012 0.276
#> SRR1478434 4 0.4055 0.5314 0.008 0.068 0.000 0.760 0.164 0.000
#> SRR1479933 2 0.0603 0.6930 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1313853 2 0.2346 0.6793 0.000 0.868 0.000 0.008 0.124 0.000
#> SRR661192 5 0.3560 0.6690 0.004 0.008 0.000 0.256 0.732 0.000
#> SRR1384827 2 0.4649 -0.2304 0.000 0.504 0.000 0.012 0.020 0.464
#> SRR814587 2 0.5946 0.3305 0.000 0.456 0.000 0.256 0.288 0.000
#> SRR656899 1 0.3500 0.7410 0.768 0.000 0.000 0.204 0.028 0.000
#> SRR1088340 2 0.5508 0.2202 0.000 0.444 0.000 0.428 0.128 0.000
#> SRR1349772 1 0.0363 0.8646 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1317305 6 0.5012 0.4029 0.004 0.016 0.000 0.412 0.032 0.536
#> SRR1442273 2 0.4718 0.4966 0.000 0.632 0.000 0.292 0.076 0.000
#> SRR1407470 2 0.1524 0.6975 0.000 0.932 0.000 0.060 0.008 0.000
#> SRR1490289 4 0.2171 0.5924 0.032 0.032 0.000 0.916 0.016 0.004
#> SRR1093649 2 0.1643 0.6919 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068 0.000
#> SRR1478900 6 0.0458 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1447652 1 0.0865 0.8647 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0748 0.6930 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR2170537 5 0.2070 0.7959 0.012 0.000 0.000 0.092 0.896 0.000
#> SRR602106 4 0.4554 0.2123 0.000 0.016 0.000 0.640 0.028 0.316
#> SRR615335 4 0.2329 0.5822 0.056 0.012 0.000 0.904 0.024 0.004
#> SRR1321505 4 0.2307 0.5758 0.068 0.004 0.000 0.896 0.032 0.000
#> SRR1457768 6 0.4291 0.1333 0.000 0.000 0.436 0.008 0.008 0.548
#> SRR1340641 1 0.2831 0.8068 0.840 0.000 0.000 0.136 0.024 0.000
#> SRR657903 1 0.4153 0.5512 0.636 0.000 0.000 0.340 0.024 0.000
#> SRR1403458 1 0.1225 0.8577 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036 0.000
#> SRR1460073 1 0.1700 0.8444 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004 0.000
#> SRR1441850 4 0.3698 0.5427 0.028 0.020 0.000 0.788 0.164 0.000
#> SRR613759 4 0.4218 -0.0193 0.428 0.000 0.000 0.556 0.016 0.000
#> SRR1472281 4 0.5517 -0.0758 0.000 0.396 0.000 0.472 0.132 0.000
#> SRR1440445 6 0.0405 0.7575 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1088734 2 0.5537 0.2865 0.000 0.476 0.000 0.388 0.136 0.000
#> SRR1455607 4 0.5856 0.2603 0.004 0.208 0.000 0.508 0.280 0.000
#> SRR1077528 4 0.1959 0.5881 0.032 0.024 0.000 0.924 0.020 0.000
#> SRR1364695 6 0.0603 0.7572 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1348226 4 0.4260 -0.1812 0.472 0.000 0.000 0.512 0.016 0.000
#> SRR1313560 1 0.5205 0.5892 0.644 0.020 0.000 0.236 0.100 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.6952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352213 6 0.4585 0.4508 0.000 0.016 0.000 0.404 0.016 0.564
#> SRR2185233 5 0.2100 0.7990 0.000 0.004 0.000 0.112 0.884 0.000
#> SRR1353970 1 0.0146 0.8653 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR662641 2 0.5726 0.3171 0.000 0.468 0.000 0.360 0.172 0.000
#> SRR817825 6 0.4537 0.3987 0.000 0.384 0.000 0.012 0.020 0.584
#> SRR660366 1 0.1867 0.8434 0.916 0.000 0.000 0.020 0.064 0.000
#> SRR655423 5 0.6437 0.3651 0.288 0.020 0.000 0.268 0.424 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.6952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323512 2 0.2643 0.6662 0.000 0.856 0.000 0.128 0.008 0.008
#> SRR1325247 4 0.3855 0.4205 0.016 0.004 0.000 0.704 0.276 0.000
#> SRR1351583 3 0.2013 0.9025 0.000 0.000 0.908 0.008 0.008 0.076
#> SRR1437454 4 0.3351 0.5601 0.028 0.016 0.000 0.820 0.136 0.000
#> SRR1318484 2 0.5472 0.2616 0.000 0.464 0.000 0.412 0.124 0.000
#> SRR1322395 1 0.2408 0.8267 0.876 0.004 0.000 0.108 0.012 0.000
#> SRR1378131 2 0.5259 0.2120 0.000 0.468 0.000 0.436 0.096 0.000
#> SRR1325464 4 0.1829 0.5825 0.036 0.008 0.000 0.928 0.028 0.000
#> SRR1340280 6 0.5062 0.4020 0.008 0.020 0.000 0.416 0.024 0.532
#> SRR1455842 4 0.5301 0.2422 0.000 0.300 0.000 0.568 0.132 0.000
#> SRR1352619 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076779 1 0.0363 0.8646 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR662763 2 0.2443 0.6350 0.000 0.880 0.000 0.020 0.004 0.096
#> SRR661120 4 0.5717 0.1008 0.000 0.424 0.000 0.472 0.044 0.060
#> SRR601613 4 0.3602 0.5291 0.028 0.012 0.000 0.832 0.036 0.092
#> SRR811535 5 0.3782 0.7146 0.036 0.000 0.000 0.224 0.740 0.000
#> SRR820316 5 0.2100 0.7727 0.000 0.004 0.000 0.112 0.884 0.000
#> SRR1368616 2 0.5797 0.3612 0.000 0.488 0.000 0.304 0.208 0.000
#> SRR1375677 1 0.1152 0.8609 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1365700 2 0.5706 0.3368 0.000 0.480 0.000 0.348 0.172 0.000
#> SRR604122 1 0.4434 0.3896 0.544 0.000 0.000 0.428 0.028 0.000
#> SRR598509 6 0.0976 0.7496 0.000 0.000 0.016 0.008 0.008 0.968
#> SRR1397052 1 0.2662 0.8139 0.856 0.000 0.000 0.120 0.024 0.000
#> SRR1339921 4 0.3419 0.5385 0.148 0.008 0.000 0.812 0.028 0.004
#> SRR664743 5 0.2234 0.8040 0.000 0.004 0.000 0.124 0.872 0.000
#> SRR1339199 2 0.5456 0.3182 0.000 0.500 0.000 0.372 0.128 0.000
#> SRR1355660 4 0.3950 0.4295 0.264 0.004 0.000 0.708 0.024 0.000
#> SRR1481012 1 0.0146 0.8657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR603449 1 0.1341 0.8637 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1400889 1 0.0146 0.8653 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR808808 6 0.5271 0.5649 0.000 0.108 0.000 0.248 0.016 0.628
#> SRR656288 1 0.0713 0.8625 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1405886 6 0.1307 0.7420 0.000 0.000 0.032 0.008 0.008 0.952
#> SRR1487233 2 0.0777 0.6971 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR662043 4 0.4139 0.2763 0.336 0.000 0.000 0.640 0.024 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.6952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379365 2 0.5408 0.2660 0.000 0.476 0.000 0.408 0.116 0.000
#> SRR1384852 2 0.0508 0.6918 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1430357 4 0.5119 -0.1128 0.004 0.452 0.000 0.476 0.068 0.000
#> SRR2164847 5 0.6019 -0.1442 0.000 0.356 0.000 0.244 0.400 0.000
#> SRR807901 1 0.1913 0.8413 0.908 0.000 0.000 0.080 0.012 0.000
#> SRR816064 5 0.5556 0.3694 0.264 0.000 0.000 0.188 0.548 0.000
#> SRR810507 1 0.1285 0.8605 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1358582 1 0.0790 0.8624 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1349893 1 0.2146 0.8264 0.880 0.000 0.000 0.116 0.004 0.000
#> SRR1444722 6 0.4161 0.3069 0.000 0.000 0.372 0.008 0.008 0.612
#> SRR1316483 4 0.2841 0.5748 0.012 0.024 0.000 0.884 0.040 0.040
#> SRR662749 1 0.0790 0.8624 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1342701 2 0.4378 -0.1592 0.000 0.528 0.000 0.016 0.004 0.452
#> SRR1343653 2 0.5731 0.2914 0.000 0.464 0.000 0.364 0.172 0.000
#> SRR1336134 2 0.0909 0.6904 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR654940 2 0.5818 0.3096 0.000 0.456 0.000 0.352 0.192 0.000
#> SRR1098288 2 0.2531 0.6755 0.000 0.856 0.000 0.012 0.132 0.000
#> SRR1326343 1 0.2662 0.8143 0.856 0.000 0.000 0.120 0.024 0.000
#> SRR811145 1 0.0713 0.8625 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR615359 4 0.5883 0.2849 0.004 0.128 0.000 0.596 0.036 0.236
#> SRR1075997 2 0.2113 0.6928 0.000 0.908 0.000 0.028 0.060 0.004
#> SRR1090483 4 0.3014 0.5852 0.028 0.024 0.000 0.864 0.080 0.004
#> SRR1388698 4 0.2434 0.5828 0.056 0.016 0.000 0.896 0.032 0.000
#> SRR1312482 2 0.3717 0.6445 0.000 0.776 0.000 0.064 0.160 0.000
#> SRR1430420 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387475 2 0.5608 0.2894 0.000 0.472 0.000 0.380 0.148 0.000
#> SRR1388419 2 0.4338 -0.0612 0.000 0.560 0.000 0.016 0.004 0.420
#> SRR1442250 2 0.2719 0.6477 0.000 0.876 0.000 0.072 0.012 0.040
#> SRR1430679 2 0.5144 0.4008 0.000 0.560 0.000 0.340 0.100 0.000
#> SRR1311109 5 0.2234 0.8040 0.000 0.004 0.000 0.124 0.872 0.000
#> SRR1478990 4 0.6210 0.0162 0.004 0.328 0.000 0.384 0.284 0.000
#> SRR1392434 2 0.0603 0.6930 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1085925 1 0.1082 0.8620 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR820655 1 0.0458 0.8659 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1383937 2 0.6173 0.2043 0.004 0.408 0.000 0.316 0.272 0.000
#> SRR1315393 2 0.0603 0.6918 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1094506 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330633 2 0.0458 0.6925 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1330153 1 0.4631 0.2741 0.504 0.008 0.000 0.464 0.024 0.000
#> SRR1451778 1 0.2165 0.8285 0.884 0.000 0.000 0.108 0.008 0.000
#> SRR657089 6 0.0458 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1395659 2 0.5294 0.1851 0.000 0.464 0.000 0.436 0.100 0.000
#> SRR1385716 6 0.0000 0.7565 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466109 1 0.5795 0.2682 0.496 0.004 0.000 0.328 0.172 0.000
#> SRR1080977 3 0.2068 0.8975 0.000 0.000 0.904 0.008 0.008 0.080
#> SRR1441725 4 0.2457 0.5859 0.012 0.032 0.000 0.904 0.036 0.016
#> SRR1485078 2 0.0777 0.6942 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR661806 2 0.5701 0.2198 0.000 0.432 0.000 0.408 0.160 0.000
#> SRR1334919 6 0.0458 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR599249 1 0.0622 0.8669 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR810051 2 0.0692 0.6933 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1407202 4 0.5080 0.2835 0.308 0.020 0.000 0.612 0.060 0.000
#> SRR1434399 1 0.0458 0.8666 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1330965 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369536 1 0.0363 0.8646 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1382508 6 0.0458 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1405028 4 0.5208 -0.1253 0.004 0.028 0.000 0.536 0.032 0.400
#> SRR612719 4 0.5021 0.1340 0.004 0.040 0.000 0.604 0.020 0.332
#> SRR1340617 2 0.2214 0.6893 0.000 0.888 0.000 0.016 0.096 0.000
#> SRR1448183 1 0.0260 0.8650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1362488 2 0.0146 0.6947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1361156 4 0.5322 0.1787 0.004 0.096 0.000 0.524 0.376 0.000
#> SRR1454374 1 0.0790 0.8624 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR811891 4 0.2628 0.5803 0.032 0.012 0.000 0.896 0.036 0.024
#> SRR1477837 6 0.3192 0.6844 0.000 0.136 0.000 0.016 0.020 0.828
#> SRR607252 1 0.0935 0.8639 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1418946 2 0.5964 -0.1533 0.000 0.480 0.000 0.124 0.024 0.372
#> SRR1456567 2 0.5740 0.2436 0.000 0.436 0.000 0.396 0.168 0.000
#> SRR1487425 2 0.0653 0.6911 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1335627 2 0.5801 0.2965 0.000 0.500 0.000 0.372 0.104 0.024
#> SRR1327680 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478812 2 0.1620 0.6819 0.000 0.940 0.000 0.024 0.012 0.024
#> SRR1447673 2 0.5121 0.3753 0.000 0.604 0.000 0.320 0.040 0.036
#> SRR815735 4 0.2663 0.5703 0.084 0.012 0.000 0.876 0.028 0.000
#> SRR1404251 2 0.2972 0.6735 0.000 0.836 0.000 0.036 0.128 0.000
#> SRR601645 1 0.0146 0.8661 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR656300 4 0.3075 0.5783 0.040 0.016 0.000 0.852 0.092 0.000
#> SRR659983 1 0.5360 -0.0832 0.456 0.000 0.000 0.108 0.436 0.000
#> SRR1402414 4 0.5369 0.1894 0.000 0.332 0.000 0.540 0.128 0.000
#> SRR614215 1 0.4355 0.4136 0.556 0.000 0.000 0.420 0.024 0.000
#> SRR659283 1 0.0865 0.8625 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1459956 2 0.0458 0.6925 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1340441 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403390 6 0.0820 0.7559 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1452741 6 0.5031 0.3478 0.000 0.040 0.000 0.440 0.016 0.504
#> SRR1458484 6 0.4513 0.5303 0.000 0.024 0.000 0.324 0.016 0.636
#> SRR1387091 4 0.3719 0.5460 0.012 0.048 0.000 0.792 0.148 0.000
#> SRR1358017 6 0.2225 0.7034 0.000 0.000 0.092 0.008 0.008 0.892
#> SRR1457039 2 0.5666 0.2743 0.000 0.456 0.000 0.388 0.156 0.000
#> SRR1376539 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430639 1 0.0146 0.8653 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406069 4 0.3535 0.5533 0.016 0.036 0.000 0.808 0.140 0.000
#> SRR1419829 2 0.2615 0.6394 0.000 0.876 0.000 0.028 0.008 0.088
#> SRR1434315 1 0.0713 0.8625 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR658457 4 0.7367 0.1114 0.272 0.196 0.000 0.388 0.144 0.000
#> SRR1367849 4 0.3133 0.5781 0.072 0.032 0.000 0.856 0.040 0.000
#> SRR1320939 4 0.3484 0.5093 0.188 0.012 0.000 0.784 0.016 0.000
#> SRR656588 5 0.2672 0.7736 0.052 0.000 0.000 0.080 0.868 0.000
#> SRR599025 5 0.2905 0.7692 0.064 0.000 0.000 0.084 0.852 0.000
#> SRR1401446 6 0.4148 0.4430 0.000 0.344 0.000 0.016 0.004 0.636
#> SRR1398311 2 0.5667 0.3116 0.000 0.472 0.000 0.368 0.160 0.000
#> SRR1442149 4 0.3324 0.5576 0.108 0.012 0.000 0.840 0.024 0.016
#> SRR809137 1 0.4129 0.3807 0.564 0.000 0.000 0.424 0.012 0.000
#> SRR1414982 4 0.6178 0.0833 0.004 0.308 0.000 0.408 0.280 0.000
#> SRR600852 4 0.3790 0.5504 0.108 0.012 0.000 0.816 0.028 0.036
#> SRR1414857 2 0.5595 0.2770 0.000 0.464 0.000 0.392 0.144 0.000
#> SRR1321225 2 0.4389 -0.1813 0.000 0.512 0.000 0.016 0.004 0.468
#> SRR1069802 1 0.1225 0.8648 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1077643 2 0.3630 0.6102 0.000 0.772 0.000 0.196 0.020 0.012
#> SRR1334154 4 0.4932 0.4532 0.004 0.176 0.000 0.668 0.152 0.000
#> SRR1390072 4 0.5480 -0.1874 0.000 0.432 0.000 0.444 0.124 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.6952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430133 2 0.1269 0.6909 0.000 0.956 0.000 0.012 0.012 0.020
#> SRR1468595 1 0.0547 0.8654 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1351931 6 0.4261 0.2053 0.000 0.000 0.416 0.008 0.008 0.568
#> SRR1374028 4 0.5066 -0.2467 0.004 0.028 0.000 0.488 0.020 0.460
#> SRR1311243 1 0.3782 0.5316 0.636 0.000 0.000 0.360 0.004 0.000
#> SRR1385235 1 0.0858 0.8658 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1469638 4 0.5288 0.3432 0.000 0.252 0.000 0.592 0.156 0.000
#> SRR662150 5 0.2020 0.7958 0.008 0.000 0.000 0.096 0.896 0.000
#> SRR1400290 6 0.4810 0.5310 0.000 0.044 0.000 0.316 0.016 0.624
#> SRR1084892 2 0.0717 0.6913 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1416166 4 0.2450 0.5689 0.004 0.016 0.000 0.900 0.032 0.048
#> SRR1477015 6 0.3852 0.6004 0.000 0.012 0.000 0.240 0.016 0.732
#> SRR1380501 6 0.2838 0.7000 0.000 0.116 0.000 0.028 0.004 0.852
#> SRR1446156 4 0.3577 0.5800 0.012 0.088 0.000 0.816 0.084 0.000
#> SRR1488328 2 0.2480 0.6849 0.000 0.872 0.000 0.024 0.104 0.000
#> SRR1086889 2 0.1434 0.6967 0.000 0.948 0.000 0.024 0.020 0.008
#> SRR814611 6 0.4883 0.5359 0.000 0.048 0.000 0.320 0.016 0.616
#> SRR599086 4 0.2777 0.5586 0.012 0.012 0.000 0.884 0.040 0.052
#> SRR1086844 1 0.3874 0.5468 0.636 0.000 0.000 0.356 0.008 0.000
#> SRR1464535 4 0.3150 0.5752 0.036 0.016 0.000 0.844 0.104 0.000
#> SRR807877 2 0.3297 0.6689 0.000 0.820 0.000 0.112 0.068 0.000
#> SRR1477033 1 0.1498 0.8621 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032 0.000
#> SRR1335164 2 0.5792 0.3149 0.000 0.464 0.000 0.348 0.188 0.000
#> SRR601986 6 0.0458 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1446226 1 0.1418 0.8626 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032 0.000
#> SRR659637 2 0.4798 0.4572 0.000 0.632 0.000 0.308 0.040 0.020
#> SRR600474 1 0.2972 0.7810 0.836 0.000 0.000 0.128 0.036 0.000
#> SRR1307699 1 0.2593 0.8038 0.844 0.000 0.000 0.148 0.008 0.000
#> SRR1312540 4 0.1760 0.5842 0.028 0.012 0.000 0.936 0.020 0.004
#> SRR1323628 1 0.1471 0.8556 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004 0.000
#> SRR1430951 6 0.4238 0.2366 0.000 0.000 0.404 0.008 0.008 0.580
#> SRR1385364 6 0.0508 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1478149 6 0.0458 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1384413 4 0.3371 0.5721 0.036 0.020 0.000 0.828 0.116 0.000
#> SRR1366855 4 0.6004 0.2213 0.004 0.236 0.000 0.472 0.288 0.000
#> SRR1077115 2 0.5916 0.3310 0.000 0.460 0.000 0.236 0.304 0.000
#> SRR1399990 6 0.1528 0.7420 0.000 0.048 0.000 0.016 0.000 0.936
#> SRR1434093 6 0.2762 0.7141 0.000 0.092 0.000 0.048 0.000 0.860
#> SRR1341408 2 0.5742 0.3170 0.000 0.468 0.000 0.356 0.176 0.000
#> SRR612335 4 0.4835 0.2304 0.008 0.360 0.000 0.584 0.048 0.000
#> SRR1321420 1 0.4080 0.3552 0.536 0.000 0.000 0.456 0.008 0.000
#> SRR1329177 6 0.0520 0.7540 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1398371 2 0.5524 0.2670 0.000 0.464 0.000 0.404 0.132 0.000
#> SRR614996 4 0.2854 0.5891 0.020 0.028 0.000 0.884 0.048 0.020
#> SRR1431602 2 0.5814 0.2705 0.000 0.448 0.000 0.364 0.188 0.000
#> SRR1311509 1 0.3345 0.7633 0.788 0.000 0.000 0.184 0.028 0.000
#> SRR1507229 3 0.0000 0.9849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310373 6 0.4172 0.3005 0.000 0.000 0.376 0.008 0.008 0.608
#> SRR1408072 4 0.4271 0.5277 0.012 0.172 0.000 0.744 0.072 0.000
#> SRR1469591 6 0.4750 0.5325 0.000 0.040 0.000 0.316 0.016 0.628
#> SRR1392813 2 0.3092 0.6696 0.000 0.852 0.000 0.088 0.016 0.044
#> SRR1453026 2 0.0820 0.6903 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1388105 6 0.5279 0.5024 0.000 0.076 0.000 0.332 0.016 0.576
#> SRR1357558 1 0.1151 0.8631 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032 0.000
#> SRR615898 6 0.0520 0.7540 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17377 rows and 489 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.774 0.898 0.954 0.4508 0.555 0.555
#> 3 3 0.568 0.767 0.872 0.4254 0.708 0.516
#> 4 4 0.607 0.738 0.848 0.1301 0.871 0.662
#> 5 5 0.535 0.524 0.729 0.0618 0.901 0.677
#> 6 6 0.531 0.387 0.626 0.0459 0.925 0.718
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR606939 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1468613 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR815184 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1381693 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1467904 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1442648 1 0.5946 0.8324 0.856 0.144
#> SRR1486174 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1349433 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1321283 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1387702 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1435584 1 0.9323 0.5098 0.652 0.348
#> SRR1406265 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1366367 1 0.0672 0.9490 0.992 0.008
#> SRR1458026 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1094192 1 0.2778 0.9208 0.952 0.048
#> SRR1397180 1 0.0376 0.9514 0.996 0.004
#> SRR657492 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR662665 1 0.3584 0.9055 0.932 0.068
#> SRR818530 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR817563 2 0.3584 0.8962 0.068 0.932
#> SRR613462 2 0.8144 0.6981 0.252 0.748
#> SRR1405206 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1454136 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1380785 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR612875 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR808327 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1355194 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1408227 2 0.7602 0.7186 0.220 0.780
#> SRR1086304 2 0.6343 0.8107 0.160 0.840
#> SRR1080415 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1086140 2 0.0376 0.9428 0.004 0.996
#> SRR1084965 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1310563 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR602437 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR663404 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1337238 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1360442 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1356487 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1479263 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1409641 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1442686 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1345736 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1345827 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1367456 2 0.0376 0.9428 0.004 0.996
#> SRR1072650 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1446393 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1087197 1 0.9996 0.0595 0.512 0.488
#> SRR1383960 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR600924 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR662390 1 0.2603 0.9239 0.956 0.044
#> SRR1071692 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR658421 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1352936 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR598148 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1444390 1 0.8443 0.6570 0.728 0.272
#> SRR1444644 2 0.7219 0.7643 0.200 0.800
#> SRR1389777 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR603918 1 0.9286 0.5177 0.656 0.344
#> SRR1468682 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1490505 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1343859 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1075631 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1444954 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1479286 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1381524 1 0.8813 0.5484 0.700 0.300
#> SRR1392208 2 0.2423 0.9202 0.040 0.960
#> SRR1456693 2 0.8763 0.5814 0.296 0.704
#> SRR1358482 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR658331 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR810619 2 0.2948 0.9095 0.052 0.948
#> SRR600829 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR599380 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1337388 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR2185195 1 0.0672 0.9490 0.992 0.008
#> SRR1489693 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1318662 2 0.5946 0.8281 0.144 0.856
#> SRR1408657 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1384805 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR661337 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR601239 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1468995 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1352111 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1330944 1 0.3733 0.9013 0.928 0.072
#> SRR1419453 2 0.5737 0.8334 0.136 0.864
#> SRR1437208 2 0.8955 0.5454 0.312 0.688
#> SRR1444914 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR660756 1 0.8443 0.6574 0.728 0.272
#> SRR1093269 1 0.5059 0.8653 0.888 0.112
#> SRR1341456 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR657456 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR807727 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR816358 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR658283 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1394520 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1308200 1 0.7376 0.7515 0.792 0.208
#> SRR1432366 1 0.3114 0.9145 0.944 0.056
#> SRR1087992 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1405593 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1326040 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1312725 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1478189 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1488632 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1398706 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1368794 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1392749 1 0.6973 0.7782 0.812 0.188
#> SRR603968 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR815661 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR663100 1 0.7139 0.7681 0.804 0.196
#> SRR661229 1 0.6247 0.8173 0.844 0.156
#> SRR655792 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR663705 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1464281 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1400397 1 0.5294 0.8561 0.880 0.120
#> SRR1331444 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1439958 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1384917 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1435182 1 0.2778 0.9211 0.952 0.048
#> SRR1477569 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR602461 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1334338 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1354710 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR613510 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR663014 1 0.7883 0.7141 0.764 0.236
#> SRR1417960 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1474730 2 0.8713 0.6303 0.292 0.708
#> SRR1381269 1 0.9833 0.2994 0.576 0.424
#> SRR657695 1 0.5408 0.8530 0.876 0.124
#> SRR1357650 1 0.9170 0.5413 0.668 0.332
#> SRR1472237 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1470816 1 0.2603 0.9238 0.956 0.044
#> SRR1458358 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR614683 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1318998 2 0.0938 0.9382 0.012 0.988
#> SRR1392795 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1469859 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1378243 1 0.3431 0.9080 0.936 0.064
#> SRR1360587 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR604230 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1347667 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR608096 2 0.6973 0.7812 0.188 0.812
#> SRR665514 1 0.0938 0.9464 0.988 0.012
#> SRR1454522 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1419615 1 0.1184 0.9437 0.984 0.016
#> SRR1429802 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1345436 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1433684 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR613186 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1343795 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1417766 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1420606 2 0.7745 0.7302 0.228 0.772
#> SRR1326687 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1458973 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1309856 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1102756 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1366519 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1080438 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1391789 2 0.4690 0.8672 0.100 0.900
#> SRR1402195 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1429516 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1406662 1 0.6148 0.8001 0.848 0.152
#> SRR1333414 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1369030 2 0.7453 0.7519 0.212 0.788
#> SRR1342916 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1362824 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1455326 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1349956 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1409487 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1434568 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1341965 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1473505 1 0.9635 0.4136 0.612 0.388
#> SRR1402068 2 0.0376 0.9428 0.004 0.996
#> SRR1490076 2 0.7883 0.6999 0.236 0.764
#> SRR1435501 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1452491 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1397329 1 0.9580 0.3392 0.620 0.380
#> SRR1093243 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1418390 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR608480 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR598589 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR601868 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR607313 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR812222 2 0.8144 0.6648 0.252 0.748
#> SRR815893 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1455503 1 0.4161 0.8908 0.916 0.084
#> SRR810737 1 0.0376 0.9514 0.996 0.004
#> SRR1347500 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1443182 1 0.3114 0.9144 0.944 0.056
#> SRR1457872 1 0.8386 0.6642 0.732 0.268
#> SRR658481 1 0.7139 0.7681 0.804 0.196
#> SRR1406243 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1332607 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR656433 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1420811 1 0.2236 0.9299 0.964 0.036
#> SRR1308674 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1338363 2 0.7139 0.7693 0.196 0.804
#> SRR1344271 2 0.4815 0.8667 0.104 0.896
#> SRR1321608 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1441464 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR607970 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1338171 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR604174 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1345221 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR815517 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR615970 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1370659 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1383125 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1331013 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1419638 2 0.9970 0.2005 0.468 0.532
#> SRR1434975 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1445741 1 0.9896 0.1889 0.560 0.440
#> SRR1088142 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR604206 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1358779 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1473142 1 0.0376 0.9514 0.996 0.004
#> SRR1410334 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1352234 1 0.0376 0.9514 0.996 0.004
#> SRR1487807 1 0.0938 0.9463 0.988 0.012
#> SRR1489715 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1364780 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1460124 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR813915 1 0.8499 0.6508 0.724 0.276
#> SRR1409748 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1325504 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1436490 2 0.9954 0.1559 0.460 0.540
#> SRR1316725 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1314851 1 0.0672 0.9490 0.992 0.008
#> SRR1354599 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1406599 1 0.7950 0.7083 0.760 0.240
#> SRR1308696 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR808772 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR812649 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1366690 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1317707 2 0.2043 0.9247 0.032 0.968
#> SRR1339321 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1442487 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1069690 1 0.9393 0.4916 0.644 0.356
#> SRR1319344 2 0.1633 0.9301 0.024 0.976
#> SRR1332835 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1334694 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1478434 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1479933 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1313853 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR661192 1 0.0672 0.9490 0.992 0.008
#> SRR1384827 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR814587 1 0.7674 0.7314 0.776 0.224
#> SRR656899 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1088340 1 0.2948 0.9177 0.948 0.052
#> SRR1349772 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1317305 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1442273 1 0.2236 0.9301 0.964 0.036
#> SRR1407470 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1490289 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1093649 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1478900 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1447652 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1324545 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR2170537 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR602106 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR615335 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1321505 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1457768 2 0.8909 0.6021 0.308 0.692
#> SRR1340641 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR657903 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1403458 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1460073 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1441850 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR613759 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1472281 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1440445 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1088734 1 0.6801 0.7898 0.820 0.180
#> SRR1455607 1 0.0376 0.9514 0.996 0.004
#> SRR1077528 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1364695 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1348226 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1313560 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1092889 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1352213 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR2185233 1 0.3274 0.9115 0.940 0.060
#> SRR1353970 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR662641 2 0.8443 0.6282 0.272 0.728
#> SRR817825 2 0.6531 0.8019 0.168 0.832
#> SRR660366 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR655423 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR821183 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1323512 2 0.0376 0.9428 0.004 0.996
#> SRR1325247 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1351583 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1437454 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1318484 1 0.4690 0.8769 0.900 0.100
#> SRR1322395 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1378131 1 0.0376 0.9514 0.996 0.004
#> SRR1325464 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1340280 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1455842 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1352619 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1076779 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR662763 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR661120 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR601613 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR811535 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR820316 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1368616 1 0.9815 0.3255 0.580 0.420
#> SRR1375677 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1365700 2 0.5842 0.8245 0.140 0.860
#> SRR604122 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR598509 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1397052 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1339921 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR664743 1 0.2043 0.9327 0.968 0.032
#> SRR1339199 2 0.9129 0.5097 0.328 0.672
#> SRR1355660 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1481012 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR603449 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1400889 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR808808 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR656288 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1405886 2 0.9954 0.2277 0.460 0.540
#> SRR1487233 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR662043 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1381211 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1379365 1 0.5946 0.8313 0.856 0.144
#> SRR1384852 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1430357 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR2164847 1 0.7453 0.7478 0.788 0.212
#> SRR807901 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR816064 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR810507 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1358582 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1349893 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1444722 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1316483 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR662749 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1342701 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1343653 1 0.7219 0.7634 0.800 0.200
#> SRR1336134 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR654940 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1098288 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1326343 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR811145 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR615359 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1075997 1 0.9795 0.2793 0.584 0.416
#> SRR1090483 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1388698 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1312482 2 0.4161 0.8821 0.084 0.916
#> SRR1430420 2 0.2423 0.9196 0.040 0.960
#> SRR1387475 1 0.7674 0.7315 0.776 0.224
#> SRR1388419 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1442250 2 0.6712 0.7959 0.176 0.824
#> SRR1430679 1 1.0000 0.0470 0.500 0.500
#> SRR1311109 1 0.2603 0.9241 0.956 0.044
#> SRR1478990 1 0.0376 0.9514 0.996 0.004
#> SRR1392434 2 0.3879 0.8936 0.076 0.924
#> SRR1085925 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR820655 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1383937 1 0.5408 0.8521 0.876 0.124
#> SRR1315393 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1094506 2 0.0376 0.9428 0.004 0.996
#> SRR1330633 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1330153 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1451778 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR657089 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1395659 1 0.4298 0.8873 0.912 0.088
#> SRR1385716 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1466109 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1080977 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1441725 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1485078 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR661806 1 0.3733 0.9015 0.928 0.072
#> SRR1334919 1 0.0376 0.9513 0.996 0.004
#> SRR599249 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR810051 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1407202 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1434399 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1330965 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1369536 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1382508 1 0.0672 0.9488 0.992 0.008
#> SRR1405028 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR612719 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1340617 2 0.2423 0.9187 0.040 0.960
#> SRR1448183 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1362488 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1361156 1 0.4022 0.8943 0.920 0.080
#> SRR1454374 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR811891 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1477837 2 0.5629 0.8440 0.132 0.868
#> SRR607252 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1418946 1 0.3733 0.8983 0.928 0.072
#> SRR1456567 1 0.3879 0.8979 0.924 0.076
#> SRR1487425 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1335627 2 0.9833 0.2480 0.424 0.576
#> SRR1327680 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1478812 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1447673 1 0.0376 0.9513 0.996 0.004
#> SRR815735 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1404251 1 0.9000 0.5756 0.684 0.316
#> SRR601645 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR656300 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR659983 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1402414 1 0.7299 0.7587 0.796 0.204
#> SRR614215 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR659283 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1459956 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1340441 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1317428 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1403390 2 0.6973 0.7794 0.188 0.812
#> SRR1452741 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1458484 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1387091 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1358017 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1457039 1 0.4939 0.8683 0.892 0.108
#> SRR1376539 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1430639 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1406069 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1419829 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1434315 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR658457 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1367849 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1320939 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR656588 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR599025 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1401446 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1398311 1 0.7745 0.7256 0.772 0.228
#> SRR1442149 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR809137 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1414982 1 0.2423 0.9267 0.960 0.040
#> SRR600852 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1414857 1 0.8608 0.6369 0.716 0.284
#> SRR1321225 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1069802 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1077643 1 0.4815 0.8729 0.896 0.104
#> SRR1334154 1 0.0376 0.9514 0.996 0.004
#> SRR1390072 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1467612 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1430133 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1468595 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1351931 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1374028 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1311243 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1385235 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1469638 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR662150 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1400290 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1084892 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1416166 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1477015 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1380501 2 0.1843 0.9284 0.028 0.972
#> SRR1446156 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1488328 2 0.8081 0.6873 0.248 0.752
#> SRR1086889 2 0.3431 0.9009 0.064 0.936
#> SRR814611 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR599086 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1086844 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1464535 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR807877 1 0.4431 0.8850 0.908 0.092
#> SRR1477033 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1335164 1 0.8955 0.5848 0.688 0.312
#> SRR601986 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR659637 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR600474 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1307699 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1312540 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1323628 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1430951 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1385364 2 0.8909 0.6021 0.308 0.692
#> SRR1478149 2 0.7299 0.7596 0.204 0.796
#> SRR1384413 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1366855 1 0.0672 0.9490 0.992 0.008
#> SRR1077115 1 0.7139 0.7681 0.804 0.196
#> SRR1399990 1 0.4939 0.8671 0.892 0.108
#> SRR1434093 1 0.7674 0.7321 0.776 0.224
#> SRR1341408 1 0.9881 0.2771 0.564 0.436
#> SRR612335 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1321420 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1329177 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1398371 1 0.7376 0.7538 0.792 0.208
#> SRR614996 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1431602 1 0.7745 0.7259 0.772 0.228
#> SRR1311509 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1507229 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1310373 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1408072 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1469591 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1392813 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1453026 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
#> SRR1388105 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR1357558 1 0.0000 0.9537 1.000 0.000
#> SRR615898 2 0.0000 0.9450 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR606939 1 0.1643 0.8510 0.956 0.000 0.044
#> SRR1468613 1 0.2711 0.8298 0.912 0.000 0.088
#> SRR815184 2 0.0747 0.8630 0.016 0.984 0.000
#> SRR1381693 1 0.4178 0.7510 0.828 0.000 0.172
#> SRR1467904 2 0.3551 0.8146 0.000 0.868 0.132
#> SRR1442648 2 0.5115 0.7123 0.228 0.768 0.004
#> SRR1486174 2 0.0892 0.8625 0.020 0.980 0.000
#> SRR1349433 2 0.2165 0.8479 0.000 0.936 0.064
#> SRR1321283 2 0.4750 0.7317 0.000 0.784 0.216
#> SRR1387702 1 0.2261 0.8411 0.932 0.000 0.068
#> SRR1435584 2 0.5845 0.5778 0.308 0.688 0.004
#> SRR1406265 1 0.3482 0.7980 0.872 0.000 0.128
#> SRR1366367 1 0.4291 0.7607 0.820 0.180 0.000
#> SRR1458026 1 0.1129 0.8565 0.976 0.004 0.020
#> SRR1094192 1 0.4784 0.7387 0.796 0.200 0.004
#> SRR1397180 1 0.3340 0.8087 0.880 0.120 0.000
#> SRR657492 1 0.0892 0.8545 0.980 0.020 0.000
#> SRR662665 1 0.4047 0.7850 0.848 0.148 0.004
#> SRR818530 2 0.1643 0.8568 0.000 0.956 0.044
#> SRR817563 2 0.4575 0.7596 0.184 0.812 0.004
#> SRR613462 3 0.3038 0.7464 0.000 0.104 0.896
#> SRR1405206 2 0.1267 0.8615 0.024 0.972 0.004
#> SRR1454136 2 0.3267 0.8198 0.000 0.884 0.116
#> SRR1380785 2 0.0424 0.8631 0.000 0.992 0.008
#> SRR612875 1 0.3213 0.8387 0.900 0.008 0.092
#> SRR808327 2 0.0661 0.8636 0.004 0.988 0.008
#> SRR1355194 2 0.1411 0.8573 0.000 0.964 0.036
#> SRR1408227 2 0.1711 0.8622 0.008 0.960 0.032
#> SRR1086304 3 0.2711 0.7570 0.000 0.088 0.912
#> SRR1080415 3 0.5785 0.5997 0.332 0.000 0.668
#> SRR1086140 2 0.1647 0.8586 0.036 0.960 0.004
#> SRR1084965 3 0.4002 0.8161 0.160 0.000 0.840
#> SRR1310563 2 0.4504 0.7566 0.000 0.804 0.196
#> SRR602437 3 0.6305 0.1764 0.484 0.000 0.516
#> SRR663404 1 0.0747 0.8546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1337238 1 0.2878 0.8234 0.904 0.000 0.096
#> SRR1360442 1 0.1964 0.8470 0.944 0.000 0.056
#> SRR1356487 2 0.0592 0.8633 0.012 0.988 0.000
#> SRR1479263 2 0.0747 0.8622 0.000 0.984 0.016
#> SRR1409641 1 0.0892 0.8558 0.980 0.000 0.020
#> SRR1442686 1 0.0747 0.8560 0.984 0.000 0.016
#> SRR1345736 3 0.4605 0.7807 0.204 0.000 0.796
#> SRR1345827 2 0.2448 0.8428 0.000 0.924 0.076
#> SRR1367456 2 0.4504 0.7669 0.000 0.804 0.196
#> SRR1072650 1 0.1753 0.8497 0.952 0.000 0.048
#> SRR1446393 2 0.2400 0.8484 0.064 0.932 0.004
#> SRR1087197 3 0.3752 0.7096 0.000 0.144 0.856
#> SRR1383960 1 0.4172 0.8243 0.868 0.104 0.028
#> SRR600924 3 0.5016 0.7421 0.240 0.000 0.760
#> SRR662390 1 0.2796 0.8261 0.908 0.092 0.000
#> SRR1071692 1 0.5706 0.4900 0.680 0.000 0.320
#> SRR658421 1 0.1015 0.8565 0.980 0.008 0.012
#> SRR1352936 2 0.3551 0.8104 0.000 0.868 0.132
#> SRR598148 3 0.0661 0.8288 0.008 0.004 0.988
#> SRR1444390 2 0.5560 0.5948 0.300 0.700 0.000
#> SRR1444644 3 0.3267 0.7319 0.000 0.116 0.884
#> SRR1389777 1 0.1163 0.8562 0.972 0.000 0.028
#> SRR603918 2 0.3918 0.8002 0.140 0.856 0.004
#> SRR1468682 1 0.1315 0.8568 0.972 0.008 0.020
#> SRR1490505 2 0.0661 0.8634 0.008 0.988 0.004
#> SRR1343859 3 0.1163 0.8392 0.028 0.000 0.972
#> SRR1075631 3 0.1643 0.8434 0.044 0.000 0.956
#> SRR1444954 2 0.2496 0.8465 0.068 0.928 0.004
#> SRR1479286 1 0.0747 0.8546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1381524 3 0.0661 0.8288 0.008 0.004 0.988
#> SRR1392208 2 0.5291 0.6699 0.000 0.732 0.268
#> SRR1456693 2 0.1878 0.8564 0.044 0.952 0.004
#> SRR1358482 2 0.1129 0.8622 0.020 0.976 0.004
#> SRR658331 2 0.0892 0.8625 0.000 0.980 0.020
#> SRR810619 2 0.5098 0.6840 0.248 0.752 0.000
#> SRR600829 3 0.3752 0.8255 0.144 0.000 0.856
#> SRR599380 1 0.1753 0.8497 0.952 0.000 0.048
#> SRR1337388 1 0.1643 0.8511 0.956 0.000 0.044
#> SRR2185195 1 0.2400 0.8390 0.932 0.064 0.004
#> SRR1489693 3 0.5760 0.3907 0.000 0.328 0.672
#> SRR1318662 2 0.1860 0.8540 0.000 0.948 0.052
#> SRR1408657 1 0.3879 0.7740 0.848 0.000 0.152
#> SRR1384805 1 0.8071 0.2580 0.548 0.072 0.380
#> SRR661337 1 0.1529 0.8495 0.960 0.040 0.000
#> SRR601239 1 0.1643 0.8510 0.956 0.000 0.044
#> SRR1468995 2 0.2772 0.8401 0.080 0.916 0.004
#> SRR1352111 1 0.2261 0.8422 0.932 0.000 0.068
#> SRR1330944 1 0.4978 0.7175 0.780 0.216 0.004
#> SRR1419453 2 0.5244 0.7019 0.240 0.756 0.004
#> SRR1437208 2 0.2796 0.8337 0.092 0.908 0.000
#> SRR1444914 1 0.1163 0.8548 0.972 0.000 0.028
#> SRR660756 1 0.5656 0.6121 0.712 0.284 0.004
#> SRR1093269 2 0.5024 0.7343 0.004 0.776 0.220
#> SRR1341456 2 0.5138 0.6890 0.000 0.748 0.252
#> SRR657456 2 0.2066 0.8513 0.060 0.940 0.000
#> SRR807727 2 0.0424 0.8635 0.008 0.992 0.000
#> SRR816358 3 0.4235 0.8045 0.176 0.000 0.824
#> SRR658283 2 0.4555 0.7455 0.200 0.800 0.000
#> SRR813728 2 0.0000 0.8633 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394520 3 0.4974 0.7471 0.236 0.000 0.764
#> SRR1308200 2 0.2590 0.8495 0.004 0.924 0.072
#> SRR1432366 1 0.5178 0.6640 0.744 0.256 0.000
#> SRR1087992 3 0.4504 0.7880 0.196 0.000 0.804
#> SRR1405593 3 0.3412 0.8338 0.124 0.000 0.876
#> SRR1326040 3 0.2356 0.8447 0.072 0.000 0.928
#> SRR1312725 1 0.3267 0.8079 0.884 0.000 0.116
#> SRR1478189 1 0.3879 0.7740 0.848 0.000 0.152
#> SRR1488632 1 0.2590 0.8351 0.924 0.072 0.004
#> SRR1398706 2 0.2066 0.8521 0.000 0.940 0.060
#> SRR1368794 2 0.0747 0.8630 0.016 0.984 0.000
#> SRR1392749 1 0.5285 0.6779 0.752 0.244 0.004
#> SRR603968 2 0.3715 0.8164 0.004 0.868 0.128
#> SRR815661 1 0.4235 0.7466 0.824 0.000 0.176
#> SRR663100 1 0.3851 0.7945 0.860 0.136 0.004
#> SRR661229 1 0.2878 0.8235 0.904 0.096 0.000
#> SRR655792 1 0.1964 0.8470 0.944 0.000 0.056
#> SRR663705 1 0.2945 0.8373 0.908 0.004 0.088
#> SRR1464281 2 0.0747 0.8630 0.016 0.984 0.000
#> SRR1400397 1 0.4842 0.7110 0.776 0.224 0.000
#> SRR1331444 1 0.1860 0.8482 0.948 0.000 0.052
#> SRR1439958 2 0.3267 0.8210 0.000 0.884 0.116
#> SRR1384917 2 0.3425 0.8198 0.112 0.884 0.004
#> SRR1435182 2 0.7160 0.7318 0.132 0.720 0.148
#> SRR1477569 1 0.6309 -0.1332 0.500 0.000 0.500
#> SRR602461 1 0.5859 0.4298 0.656 0.000 0.344
#> SRR1334338 1 0.4605 0.7101 0.796 0.000 0.204
#> SRR1354710 1 0.1289 0.8540 0.968 0.000 0.032
#> SRR613510 2 0.0592 0.8632 0.000 0.988 0.012
#> SRR663014 1 0.5024 0.7118 0.776 0.220 0.004
#> SRR1417960 1 0.1878 0.8474 0.952 0.044 0.004
#> SRR1474730 3 0.1411 0.8029 0.000 0.036 0.964
#> SRR1381269 2 0.1585 0.8628 0.008 0.964 0.028
#> SRR657695 2 0.4733 0.7492 0.196 0.800 0.004
#> SRR1357650 2 0.5201 0.7018 0.236 0.760 0.004
#> SRR1472237 3 0.3412 0.8348 0.124 0.000 0.876
#> SRR1470816 1 0.4629 0.7507 0.808 0.188 0.004
#> SRR1458358 1 0.4399 0.7311 0.812 0.000 0.188
#> SRR614683 1 0.1832 0.8559 0.956 0.008 0.036
#> SRR1318998 2 0.3851 0.8070 0.136 0.860 0.004
#> SRR1392795 2 0.1989 0.8550 0.048 0.948 0.004
#> SRR1469859 1 0.4121 0.7558 0.832 0.000 0.168
#> SRR1378243 1 0.4575 0.7548 0.812 0.184 0.004
#> SRR1360587 1 0.2116 0.8530 0.948 0.040 0.012
#> SRR604230 1 0.5650 0.5137 0.688 0.000 0.312
#> SRR1347667 2 0.3340 0.8183 0.000 0.880 0.120
#> SRR608096 3 0.4931 0.5747 0.000 0.232 0.768
#> SRR665514 1 0.2356 0.8364 0.928 0.072 0.000
#> SRR1454522 2 0.4887 0.7184 0.000 0.772 0.228
#> SRR1419615 1 0.3715 0.8008 0.868 0.128 0.004
#> SRR1429802 1 0.1411 0.8506 0.964 0.036 0.000
#> SRR1345436 3 0.1031 0.8365 0.024 0.000 0.976
#> SRR1433684 3 0.3686 0.8276 0.140 0.000 0.860
#> SRR613186 3 0.6305 -0.1103 0.000 0.484 0.516
#> SRR1343795 2 0.1267 0.8630 0.024 0.972 0.004
#> SRR1417766 2 0.0592 0.8627 0.000 0.988 0.012
#> SRR1420606 3 0.6126 0.1824 0.000 0.400 0.600
#> SRR1326687 1 0.2959 0.8204 0.900 0.000 0.100
#> SRR1458973 2 0.0237 0.8633 0.000 0.996 0.004
#> SRR1309856 2 0.1529 0.8580 0.040 0.960 0.000
#> SRR1102756 2 0.2261 0.8469 0.000 0.932 0.068
#> SRR1366519 2 0.1015 0.8639 0.008 0.980 0.012
#> SRR1080438 2 0.7169 0.1242 0.456 0.520 0.024
#> SRR1391789 2 0.1529 0.8579 0.000 0.960 0.040
#> SRR1402195 1 0.4702 0.7150 0.788 0.000 0.212
#> SRR1429516 1 0.1643 0.8482 0.956 0.044 0.000
#> SRR1406662 3 0.0661 0.8245 0.004 0.008 0.988
#> SRR1333414 2 0.0237 0.8633 0.004 0.996 0.000
#> SRR1369030 2 0.1267 0.8640 0.004 0.972 0.024
#> SRR1342916 1 0.1411 0.8531 0.964 0.000 0.036
#> SRR1362824 2 0.1753 0.8554 0.048 0.952 0.000
#> SRR1455326 1 0.2537 0.8343 0.920 0.000 0.080
#> SRR1349956 1 0.1860 0.8482 0.948 0.000 0.052
#> SRR1409487 1 0.2165 0.8404 0.936 0.064 0.000
#> SRR1434568 3 0.2625 0.8437 0.084 0.000 0.916
#> SRR1341965 1 0.0848 0.8564 0.984 0.008 0.008
#> SRR1473505 1 0.6513 0.0851 0.520 0.476 0.004
#> SRR1402068 2 0.2301 0.8500 0.060 0.936 0.004
#> SRR1490076 2 0.1999 0.8625 0.036 0.952 0.012
#> SRR1435501 1 0.1163 0.8523 0.972 0.028 0.000
#> SRR1452491 3 0.5560 0.6454 0.300 0.000 0.700
#> SRR1397329 3 0.3845 0.7463 0.012 0.116 0.872
#> SRR1093243 3 0.5621 0.6395 0.308 0.000 0.692
#> SRR1418390 2 0.2878 0.8312 0.096 0.904 0.000
#> SRR608480 1 0.3340 0.8045 0.880 0.000 0.120
#> SRR598589 3 0.5098 0.7325 0.248 0.000 0.752
#> SRR601868 3 0.5591 0.6505 0.304 0.000 0.696
#> SRR607313 1 0.2261 0.8411 0.932 0.000 0.068
#> SRR812222 2 0.2772 0.8422 0.080 0.916 0.004
#> SRR815893 1 0.1585 0.8551 0.964 0.028 0.008
#> SRR1455503 1 0.5058 0.6830 0.756 0.244 0.000
#> SRR810737 1 0.2356 0.8364 0.928 0.072 0.000
#> SRR1347500 1 0.3752 0.7821 0.856 0.000 0.144
#> SRR1443182 1 0.4504 0.7459 0.804 0.196 0.000
#> SRR1457872 1 0.5465 0.6101 0.712 0.288 0.000
#> SRR658481 1 0.3425 0.8118 0.884 0.112 0.004
#> SRR1406243 1 0.1643 0.8511 0.956 0.000 0.044
#> SRR1332607 2 0.3340 0.8201 0.000 0.880 0.120
#> SRR656433 1 0.0747 0.8546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1420811 2 0.5894 0.7238 0.220 0.752 0.028
#> SRR1308674 2 0.1031 0.8611 0.000 0.976 0.024
#> SRR1338363 3 0.2066 0.7830 0.000 0.060 0.940
#> SRR1344271 2 0.6305 0.2033 0.000 0.516 0.484
#> SRR1321608 2 0.2400 0.8481 0.064 0.932 0.004
#> SRR1441464 2 0.2625 0.8392 0.000 0.916 0.084
#> SRR607970 3 0.6309 0.1422 0.496 0.000 0.504
#> SRR1338171 2 0.1411 0.8573 0.000 0.964 0.036
#> SRR604174 3 0.1964 0.8452 0.056 0.000 0.944
#> SRR1345221 1 0.3267 0.8076 0.884 0.000 0.116
#> SRR815517 2 0.2261 0.8481 0.000 0.932 0.068
#> SRR615970 2 0.3267 0.8202 0.000 0.884 0.116
#> SRR1370659 1 0.0592 0.8562 0.988 0.000 0.012
#> SRR1383125 1 0.1529 0.8521 0.960 0.000 0.040
#> SRR1331013 1 0.2537 0.8325 0.920 0.080 0.000
#> SRR1419638 3 0.0592 0.8198 0.000 0.012 0.988
#> SRR1434975 2 0.3267 0.8227 0.000 0.884 0.116
#> SRR1445741 2 0.5859 0.5477 0.000 0.656 0.344
#> SRR1088142 3 0.4121 0.8107 0.168 0.000 0.832
#> SRR604206 1 0.2356 0.8364 0.928 0.072 0.000
#> SRR1358779 3 0.1163 0.8380 0.028 0.000 0.972
#> SRR1473142 1 0.3038 0.8193 0.896 0.104 0.000
#> SRR1410334 2 0.0829 0.8635 0.012 0.984 0.004
#> SRR1352234 1 0.2537 0.8324 0.920 0.080 0.000
#> SRR1487807 1 0.3644 0.8081 0.872 0.124 0.004
#> SRR1489715 2 0.2261 0.8458 0.000 0.932 0.068
#> SRR1364780 2 0.0829 0.8639 0.004 0.984 0.012
#> SRR1460124 1 0.2625 0.8317 0.916 0.000 0.084
#> SRR813915 2 0.6126 0.3623 0.400 0.600 0.000
#> SRR1409748 1 0.1129 0.8537 0.976 0.020 0.004
#> SRR1325504 1 0.2261 0.8411 0.932 0.000 0.068
#> SRR1436490 2 0.3272 0.8268 0.104 0.892 0.004
#> SRR1316725 2 0.3941 0.7952 0.000 0.844 0.156
#> SRR1314851 1 0.4465 0.7648 0.820 0.176 0.004
#> SRR1354599 1 0.0848 0.8562 0.984 0.008 0.008
#> SRR1406599 1 0.6451 0.2368 0.560 0.436 0.004
#> SRR1308696 2 0.5560 0.6203 0.000 0.700 0.300
#> SRR808772 1 0.0747 0.8546 0.984 0.016 0.000
#> SRR812649 2 0.1529 0.8561 0.000 0.960 0.040
#> SRR1366690 3 0.2537 0.8439 0.080 0.000 0.920
#> SRR1317707 2 0.2261 0.8471 0.068 0.932 0.000
#> SRR1339321 1 0.4723 0.7710 0.824 0.160 0.016
#> SRR1442487 2 0.0829 0.8637 0.012 0.984 0.004
#> SRR1069690 1 0.6476 0.1873 0.548 0.448 0.004
#> SRR1319344 2 0.1337 0.8648 0.016 0.972 0.012
#> SRR1332835 2 0.0592 0.8627 0.000 0.988 0.012
#> SRR1334694 2 0.2537 0.8409 0.080 0.920 0.000
#> SRR1478434 1 0.1753 0.8468 0.952 0.048 0.000
#> SRR1479933 2 0.0475 0.8633 0.004 0.992 0.004
#> SRR1313853 2 0.1015 0.8639 0.008 0.980 0.012
#> SRR661192 1 0.1643 0.8482 0.956 0.044 0.000
#> SRR1384827 2 0.3267 0.8198 0.000 0.884 0.116
#> SRR814587 1 0.5656 0.6128 0.712 0.284 0.004
#> SRR656899 1 0.2066 0.8453 0.940 0.000 0.060
#> SRR1088340 1 0.4931 0.6998 0.768 0.232 0.000
#> SRR1349772 1 0.1289 0.8540 0.968 0.000 0.032
#> SRR1317305 3 0.2356 0.8446 0.072 0.000 0.928
#> SRR1442273 2 0.6924 0.3888 0.020 0.580 0.400
#> SRR1407470 2 0.1315 0.8639 0.020 0.972 0.008
#> SRR1490289 3 0.4346 0.7949 0.184 0.000 0.816
#> SRR1093649 2 0.0475 0.8633 0.004 0.992 0.004
#> SRR1478900 3 0.1031 0.8366 0.024 0.000 0.976
#> SRR1447652 1 0.5058 0.6447 0.756 0.000 0.244
#> SRR1324545 2 0.1753 0.8556 0.000 0.952 0.048
#> SRR2170537 1 0.0892 0.8539 0.980 0.020 0.000
#> SRR602106 3 0.4235 0.8051 0.176 0.000 0.824
#> SRR615335 3 0.3412 0.8337 0.124 0.000 0.876
#> SRR1321505 3 0.4702 0.7725 0.212 0.000 0.788
#> SRR1457768 3 0.1267 0.8139 0.004 0.024 0.972
#> SRR1340641 1 0.1163 0.8549 0.972 0.000 0.028
#> SRR657903 1 0.5560 0.5378 0.700 0.000 0.300
#> SRR1403458 1 0.1031 0.8553 0.976 0.000 0.024
#> SRR1460073 1 0.0592 0.8562 0.988 0.000 0.012
#> SRR1441850 1 0.2096 0.8442 0.944 0.052 0.004
#> SRR613759 1 0.3686 0.7863 0.860 0.000 0.140
#> SRR1472281 1 0.4887 0.7096 0.772 0.228 0.000
#> SRR1440445 2 0.2959 0.8325 0.000 0.900 0.100
#> SRR1088734 2 0.3412 0.8114 0.124 0.876 0.000
#> SRR1455607 1 0.2711 0.8282 0.912 0.088 0.000
#> SRR1077528 3 0.5465 0.6716 0.288 0.000 0.712
#> SRR1364695 3 0.0829 0.8309 0.012 0.004 0.984
#> SRR1348226 3 0.4931 0.7517 0.232 0.000 0.768
#> SRR1313560 1 0.0848 0.8561 0.984 0.008 0.008
#> SRR1092889 2 0.1267 0.8618 0.024 0.972 0.004
#> SRR1352213 3 0.3551 0.8310 0.132 0.000 0.868
#> SRR2185233 1 0.2796 0.8259 0.908 0.092 0.000
#> SRR1353970 1 0.2796 0.8261 0.908 0.000 0.092
#> SRR662641 2 0.5722 0.6087 0.292 0.704 0.004
#> SRR817825 3 0.3816 0.6927 0.000 0.148 0.852
#> SRR660366 1 0.1170 0.8566 0.976 0.008 0.016
#> SRR655423 1 0.0829 0.8558 0.984 0.012 0.004
#> SRR821183 2 0.2301 0.8501 0.060 0.936 0.004
#> SRR1323512 2 0.2796 0.8337 0.092 0.908 0.000
#> SRR1325247 1 0.1529 0.8493 0.960 0.040 0.000
#> SRR1351583 2 0.2711 0.8369 0.000 0.912 0.088
#> SRR1437454 1 0.0661 0.8561 0.988 0.008 0.004
#> SRR1318484 2 0.6274 0.1739 0.456 0.544 0.000
#> SRR1322395 3 0.6111 0.4572 0.396 0.000 0.604
#> SRR1378131 1 0.8336 0.5249 0.624 0.152 0.224
#> SRR1325464 3 0.4121 0.8108 0.168 0.000 0.832
#> SRR1340280 3 0.4062 0.8159 0.164 0.000 0.836
#> SRR1455842 1 0.5174 0.7881 0.832 0.076 0.092
#> SRR1352619 2 0.3412 0.8160 0.000 0.876 0.124
#> SRR1076779 1 0.1860 0.8484 0.948 0.000 0.052
#> SRR662763 2 0.5621 0.6114 0.000 0.692 0.308
#> SRR661120 3 0.1399 0.8383 0.028 0.004 0.968
#> SRR601613 3 0.2711 0.8426 0.088 0.000 0.912
#> SRR811535 1 0.0747 0.8546 0.984 0.016 0.000
#> SRR820316 1 0.1860 0.8452 0.948 0.052 0.000
#> SRR1368616 2 0.4629 0.7555 0.188 0.808 0.004
#> SRR1375677 1 0.3879 0.7744 0.848 0.000 0.152
#> SRR1365700 2 0.3412 0.8121 0.124 0.876 0.000
#> SRR604122 1 0.2165 0.8433 0.936 0.000 0.064
#> SRR598509 2 0.0424 0.8630 0.000 0.992 0.008
#> SRR1397052 1 0.2261 0.8417 0.932 0.000 0.068
#> SRR1339921 3 0.4842 0.7600 0.224 0.000 0.776
#> SRR664743 1 0.2878 0.8235 0.904 0.096 0.000
#> SRR1339199 2 0.5244 0.6943 0.240 0.756 0.004
#> SRR1355660 3 0.4062 0.8135 0.164 0.000 0.836
#> SRR1481012 1 0.2448 0.8369 0.924 0.000 0.076
#> SRR603449 1 0.3192 0.8108 0.888 0.000 0.112
#> SRR1400889 1 0.2261 0.8411 0.932 0.000 0.068
#> SRR808808 3 0.0592 0.8318 0.012 0.000 0.988
#> SRR656288 1 0.2448 0.8375 0.924 0.000 0.076
#> SRR1405886 3 0.0829 0.8219 0.004 0.012 0.984
#> SRR1487233 2 0.1399 0.8610 0.028 0.968 0.004
#> SRR662043 3 0.5058 0.7371 0.244 0.000 0.756
#> SRR1381211 2 0.0892 0.8625 0.020 0.980 0.000
#> SRR1379365 2 0.6307 0.0714 0.488 0.512 0.000
#> SRR1384852 2 0.2261 0.8464 0.000 0.932 0.068
#> SRR1430357 1 0.3454 0.8173 0.888 0.104 0.008
#> SRR2164847 1 0.4654 0.7316 0.792 0.208 0.000
#> SRR807901 1 0.1031 0.8554 0.976 0.000 0.024
#> SRR816064 1 0.1015 0.8565 0.980 0.008 0.012
#> SRR810507 1 0.5905 0.4088 0.648 0.000 0.352
#> SRR1358582 1 0.1411 0.8532 0.964 0.000 0.036
#> SRR1349893 1 0.4931 0.6655 0.768 0.000 0.232
#> SRR1444722 2 0.0747 0.8631 0.000 0.984 0.016
#> SRR1316483 3 0.2796 0.8420 0.092 0.000 0.908
#> SRR662749 1 0.1289 0.8540 0.968 0.000 0.032
#> SRR1342701 2 0.0892 0.8623 0.000 0.980 0.020
#> SRR1343653 1 0.5431 0.6175 0.716 0.284 0.000
#> SRR1336134 2 0.3038 0.8282 0.000 0.896 0.104
#> SRR654940 2 0.5404 0.6701 0.256 0.740 0.004
#> SRR1098288 2 0.1529 0.8564 0.000 0.960 0.040
#> SRR1326343 1 0.2066 0.8453 0.940 0.000 0.060
#> SRR811145 1 0.1411 0.8531 0.964 0.000 0.036
#> SRR615359 3 0.1753 0.8442 0.048 0.000 0.952
#> SRR1075997 3 0.4291 0.6552 0.000 0.180 0.820
#> SRR1090483 1 0.2711 0.8326 0.912 0.000 0.088
#> SRR1388698 3 0.3752 0.8255 0.144 0.000 0.856
#> SRR1312482 2 0.2200 0.8538 0.056 0.940 0.004
#> SRR1430420 3 0.6969 0.2393 0.024 0.380 0.596
#> SRR1387475 2 0.6483 0.1918 0.452 0.544 0.004
#> SRR1388419 2 0.1411 0.8585 0.000 0.964 0.036
#> SRR1442250 2 0.6295 0.2265 0.000 0.528 0.472
#> SRR1430679 2 0.2945 0.8383 0.088 0.908 0.004
#> SRR1311109 1 0.2796 0.8259 0.908 0.092 0.000
#> SRR1478990 1 0.3038 0.8193 0.896 0.104 0.000
#> SRR1392434 2 0.5591 0.6206 0.000 0.696 0.304
#> SRR1085925 1 0.4654 0.7029 0.792 0.000 0.208
#> SRR820655 1 0.4504 0.7203 0.804 0.000 0.196
#> SRR1383937 1 0.4575 0.7536 0.812 0.184 0.004
#> SRR1315393 2 0.1860 0.8541 0.052 0.948 0.000
#> SRR1094506 2 0.5325 0.6908 0.004 0.748 0.248
#> SRR1330633 2 0.1860 0.8542 0.052 0.948 0.000
#> SRR1330153 3 0.6140 0.4329 0.404 0.000 0.596
#> SRR1451778 1 0.2711 0.8331 0.912 0.000 0.088
#> SRR657089 3 0.0747 0.8330 0.016 0.000 0.984
#> SRR1395659 2 0.6448 0.5272 0.328 0.656 0.016
#> SRR1385716 3 0.1411 0.8410 0.036 0.000 0.964
#> SRR1466109 1 0.1170 0.8566 0.976 0.008 0.016
#> SRR1080977 2 0.4235 0.7723 0.000 0.824 0.176
#> SRR1441725 3 0.2356 0.8447 0.072 0.000 0.928
#> SRR1485078 2 0.0475 0.8633 0.004 0.992 0.004
#> SRR661806 1 0.5058 0.6843 0.756 0.244 0.000
#> SRR1334919 3 0.0661 0.8288 0.008 0.004 0.988
#> SRR599249 1 0.1163 0.8558 0.972 0.000 0.028
#> SRR810051 2 0.1411 0.8573 0.000 0.964 0.036
#> SRR1407202 1 0.0983 0.8566 0.980 0.004 0.016
#> SRR1434399 1 0.1289 0.8540 0.968 0.000 0.032
#> SRR1330965 2 0.4931 0.7130 0.000 0.768 0.232
#> SRR1369536 1 0.3116 0.8141 0.892 0.000 0.108
#> SRR1382508 3 0.0237 0.8247 0.000 0.004 0.996
#> SRR1405028 3 0.1860 0.8449 0.052 0.000 0.948
#> SRR612719 3 0.3192 0.8373 0.112 0.000 0.888
#> SRR1340617 2 0.1989 0.8569 0.048 0.948 0.004
#> SRR1448183 1 0.1163 0.8548 0.972 0.000 0.028
#> SRR1362488 2 0.0592 0.8627 0.000 0.988 0.012
#> SRR1361156 1 0.3267 0.8114 0.884 0.116 0.000
#> SRR1454374 1 0.2261 0.8411 0.932 0.000 0.068
#> SRR811891 1 0.4834 0.7207 0.792 0.004 0.204
#> SRR1477837 3 0.4178 0.6685 0.000 0.172 0.828
#> SRR607252 1 0.2878 0.8232 0.904 0.000 0.096
#> SRR1418946 3 0.2496 0.7825 0.004 0.068 0.928
#> SRR1456567 1 0.5024 0.7125 0.776 0.220 0.004
#> SRR1487425 2 0.1964 0.8510 0.000 0.944 0.056
#> SRR1335627 2 0.6359 0.3549 0.404 0.592 0.004
#> SRR1327680 2 0.4796 0.7255 0.000 0.780 0.220
#> SRR1478812 2 0.0237 0.8633 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447673 3 0.0661 0.8227 0.004 0.008 0.988
#> SRR815735 3 0.5363 0.6932 0.276 0.000 0.724
#> SRR1404251 2 0.2318 0.8651 0.028 0.944 0.028
#> SRR601645 1 0.3267 0.8076 0.884 0.000 0.116
#> SRR656300 1 0.1647 0.8553 0.960 0.004 0.036
#> SRR659983 1 0.0592 0.8551 0.988 0.012 0.000
#> SRR1402414 1 0.5553 0.6327 0.724 0.272 0.004
#> SRR614215 1 0.3816 0.7792 0.852 0.000 0.148
#> SRR659283 1 0.0661 0.8559 0.988 0.008 0.004
#> SRR1459956 2 0.0475 0.8634 0.004 0.992 0.004
#> SRR1340441 2 0.5327 0.6614 0.000 0.728 0.272
#> SRR1317428 1 0.2261 0.8411 0.932 0.000 0.068
#> SRR1403390 3 0.6140 0.1717 0.000 0.404 0.596
#> SRR1452741 3 0.2356 0.8446 0.072 0.000 0.928
#> SRR1458484 3 0.3686 0.8278 0.140 0.000 0.860
#> SRR1387091 1 0.1989 0.8459 0.948 0.048 0.004
#> SRR1358017 2 0.1399 0.8619 0.028 0.968 0.004
#> SRR1457039 1 0.5291 0.6452 0.732 0.268 0.000
#> SRR1376539 2 0.4291 0.7692 0.000 0.820 0.180
#> SRR1430639 1 0.2448 0.8366 0.924 0.000 0.076
#> SRR1406069 1 0.1647 0.8499 0.960 0.036 0.004
#> SRR1419829 2 0.1267 0.8618 0.024 0.972 0.004
#> SRR1434315 1 0.1753 0.8497 0.952 0.000 0.048
#> SRR658457 1 0.0661 0.8559 0.988 0.008 0.004
#> SRR1367849 1 0.4702 0.7009 0.788 0.000 0.212
#> SRR1320939 3 0.3816 0.8233 0.148 0.000 0.852
#> SRR656588 1 0.1163 0.8524 0.972 0.028 0.000
#> SRR599025 1 0.0424 0.8554 0.992 0.008 0.000
#> SRR1401446 2 0.2261 0.8459 0.000 0.932 0.068
#> SRR1398311 2 0.6033 0.5186 0.336 0.660 0.004
#> SRR1442149 1 0.3879 0.7747 0.848 0.000 0.152
#> SRR809137 1 0.5497 0.5540 0.708 0.000 0.292
#> SRR1414982 1 0.3644 0.8038 0.872 0.124 0.004
#> SRR600852 3 0.3619 0.8293 0.136 0.000 0.864
#> SRR1414857 1 0.6451 0.2244 0.560 0.436 0.004
#> SRR1321225 2 0.1643 0.8560 0.000 0.956 0.044
#> SRR1069802 1 0.2066 0.8448 0.940 0.000 0.060
#> SRR1077643 3 0.9736 0.1815 0.240 0.324 0.436
#> SRR1334154 1 0.3412 0.8061 0.876 0.124 0.000
#> SRR1390072 1 0.7462 0.6418 0.696 0.124 0.180
#> SRR1467612 2 0.1525 0.8596 0.032 0.964 0.004
#> SRR1430133 2 0.1643 0.8570 0.044 0.956 0.000
#> SRR1468595 1 0.3941 0.7694 0.844 0.000 0.156
#> SRR1351931 2 0.1031 0.8605 0.000 0.976 0.024
#> SRR1374028 3 0.1529 0.8424 0.040 0.000 0.960
#> SRR1311243 1 0.4931 0.6658 0.768 0.000 0.232
#> SRR1385235 1 0.3619 0.7909 0.864 0.000 0.136
#> SRR1469638 1 0.3472 0.8475 0.904 0.056 0.040
#> SRR662150 1 0.1647 0.8498 0.960 0.036 0.004
#> SRR1400290 3 0.3941 0.8193 0.156 0.000 0.844
#> SRR1084892 2 0.0592 0.8627 0.000 0.988 0.012
#> SRR1416166 3 0.1964 0.8452 0.056 0.000 0.944
#> SRR1477015 3 0.2066 0.8452 0.060 0.000 0.940
#> SRR1380501 2 0.2446 0.8588 0.052 0.936 0.012
#> SRR1446156 1 0.4063 0.8106 0.868 0.112 0.020
#> SRR1488328 2 0.3551 0.8124 0.000 0.868 0.132
#> SRR1086889 2 0.6168 0.4003 0.000 0.588 0.412
#> SRR814611 3 0.1753 0.8441 0.048 0.000 0.952
#> SRR599086 3 0.3116 0.8383 0.108 0.000 0.892
#> SRR1086844 1 0.4235 0.7465 0.824 0.000 0.176
#> SRR1464535 1 0.1529 0.8527 0.960 0.000 0.040
#> SRR807877 2 0.4634 0.7900 0.012 0.824 0.164
#> SRR1477033 1 0.2711 0.8292 0.912 0.000 0.088
#> SRR1335164 2 0.5733 0.5444 0.324 0.676 0.000
#> SRR601986 3 0.1031 0.8365 0.024 0.000 0.976
#> SRR1446226 1 0.2625 0.8317 0.916 0.000 0.084
#> SRR659637 3 0.0892 0.8360 0.020 0.000 0.980
#> SRR600474 1 0.2356 0.8389 0.928 0.000 0.072
#> SRR1307699 1 0.4062 0.7606 0.836 0.000 0.164
#> SRR1312540 3 0.3551 0.8312 0.132 0.000 0.868
#> SRR1323628 1 0.0592 0.8562 0.988 0.000 0.012
#> SRR1430951 2 0.1643 0.8555 0.000 0.956 0.044
#> SRR1385364 3 0.2301 0.7880 0.004 0.060 0.936
#> SRR1478149 3 0.2165 0.7800 0.000 0.064 0.936
#> SRR1384413 1 0.0848 0.8564 0.984 0.008 0.008
#> SRR1366855 1 0.3116 0.8164 0.892 0.108 0.000
#> SRR1077115 1 0.4931 0.7001 0.768 0.232 0.000
#> SRR1399990 3 0.3193 0.7578 0.004 0.100 0.896
#> SRR1434093 2 0.6448 0.5248 0.328 0.656 0.016
#> SRR1341408 2 0.4887 0.7119 0.228 0.772 0.000
#> SRR612335 1 0.2550 0.8516 0.936 0.040 0.024
#> SRR1321420 1 0.5706 0.4938 0.680 0.000 0.320
#> SRR1329177 3 0.6305 0.1894 0.484 0.000 0.516
#> SRR1398371 2 0.4110 0.7901 0.152 0.844 0.004
#> SRR614996 3 0.3619 0.8296 0.136 0.000 0.864
#> SRR1431602 1 0.5365 0.6650 0.744 0.252 0.004
#> SRR1311509 1 0.0848 0.8560 0.984 0.008 0.008
#> SRR1507229 2 0.5678 0.5986 0.000 0.684 0.316
#> SRR1310373 2 0.4178 0.7751 0.000 0.828 0.172
#> SRR1408072 1 0.0892 0.8553 0.980 0.020 0.000
#> SRR1469591 3 0.5465 0.6772 0.288 0.000 0.712
#> SRR1392813 2 0.3918 0.7996 0.140 0.856 0.004
#> SRR1453026 2 0.3267 0.8198 0.000 0.884 0.116
#> SRR1388105 3 0.3966 0.7761 0.024 0.100 0.876
#> SRR1357558 1 0.1860 0.8482 0.948 0.000 0.052
#> SRR615898 2 0.3482 0.8119 0.000 0.872 0.128
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR606939 1 0.1362 0.84724 0.964 0.012 0.020 0.004
#> SRR1468613 1 0.1661 0.83937 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR815184 2 0.2281 0.83968 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1381693 1 0.3335 0.78596 0.856 0.000 0.128 0.016
#> SRR1467904 4 0.1722 0.80034 0.000 0.048 0.008 0.944
#> SRR1442648 4 0.1820 0.80417 0.020 0.036 0.000 0.944
#> SRR1486174 2 0.1389 0.85444 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1349433 2 0.1824 0.84981 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1321283 2 0.5820 0.67349 0.000 0.680 0.240 0.080
#> SRR1387702 1 0.1936 0.84013 0.940 0.000 0.028 0.032
#> SRR1435584 2 0.4491 0.74798 0.140 0.800 0.000 0.060
#> SRR1406265 1 0.2342 0.82689 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR1366367 1 0.5798 0.61648 0.696 0.096 0.000 0.208
#> SRR1458026 1 0.2695 0.83913 0.912 0.008 0.024 0.056
#> SRR1094192 4 0.4426 0.69440 0.204 0.024 0.000 0.772
#> SRR1397180 1 0.3978 0.73375 0.796 0.192 0.000 0.012
#> SRR657492 1 0.1722 0.83900 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR662665 1 0.5770 0.67533 0.712 0.148 0.000 0.140
#> SRR818530 4 0.2773 0.77256 0.000 0.116 0.004 0.880
#> SRR817563 2 0.4171 0.78784 0.084 0.828 0.000 0.088
#> SRR613462 3 0.3257 0.72838 0.000 0.152 0.844 0.004
#> SRR1405206 4 0.2281 0.78689 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1454136 2 0.2775 0.84448 0.000 0.896 0.084 0.020
#> SRR1380785 2 0.0927 0.85757 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR612875 1 0.3988 0.77110 0.820 0.020 0.156 0.004
#> SRR808327 2 0.0188 0.85631 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.1833 0.85572 0.000 0.944 0.024 0.032
#> SRR1408227 2 0.1545 0.85387 0.008 0.952 0.040 0.000
#> SRR1086304 4 0.4737 0.60070 0.000 0.020 0.252 0.728
#> SRR1080415 3 0.5807 0.44832 0.364 0.000 0.596 0.040
#> SRR1086140 2 0.4679 0.49551 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1084965 3 0.2334 0.82524 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1310563 4 0.1724 0.79857 0.000 0.032 0.020 0.948
#> SRR602437 3 0.5497 0.15663 0.460 0.000 0.524 0.016
#> SRR663404 1 0.1004 0.84443 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1337238 1 0.1854 0.83922 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR1360442 1 0.4188 0.75234 0.812 0.000 0.040 0.148
#> SRR1356487 2 0.1867 0.84942 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1479263 2 0.0707 0.85634 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1409641 1 0.0524 0.84649 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1442686 1 0.0992 0.84770 0.976 0.004 0.012 0.008
#> SRR1345736 3 0.3208 0.79152 0.148 0.000 0.848 0.004
#> SRR1345827 2 0.2081 0.84108 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1367456 4 0.3853 0.75041 0.000 0.160 0.020 0.820
#> SRR1072650 1 0.0804 0.84625 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1446393 4 0.3444 0.71722 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1087197 3 0.3933 0.68367 0.000 0.200 0.792 0.008
#> SRR1383960 1 0.5937 0.63803 0.680 0.256 0.048 0.016
#> SRR600924 3 0.4053 0.72444 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR662390 1 0.4318 0.71387 0.776 0.208 0.004 0.012
#> SRR1071692 1 0.4776 0.59509 0.712 0.000 0.272 0.016
#> SRR658421 1 0.0564 0.84715 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1352936 2 0.3257 0.80471 0.000 0.844 0.152 0.004
#> SRR598148 3 0.1807 0.81390 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR1444390 2 0.3421 0.80804 0.088 0.868 0.000 0.044
#> SRR1444644 3 0.3047 0.75008 0.000 0.116 0.872 0.012
#> SRR1389777 4 0.5750 0.19864 0.440 0.000 0.028 0.532
#> SRR603918 4 0.2081 0.79455 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1468682 1 0.1484 0.84724 0.960 0.020 0.016 0.004
#> SRR1490505 4 0.3569 0.70241 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1343859 4 0.2748 0.76325 0.020 0.004 0.072 0.904
#> SRR1075631 3 0.2055 0.81793 0.008 0.008 0.936 0.048
#> SRR1444954 2 0.3681 0.77053 0.008 0.816 0.000 0.176
#> SRR1479286 1 0.1585 0.84104 0.952 0.040 0.004 0.004
#> SRR1381524 3 0.1576 0.80437 0.004 0.048 0.948 0.000
#> SRR1392208 2 0.5798 0.70405 0.000 0.696 0.208 0.096
#> SRR1456693 4 0.3311 0.73935 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1358482 4 0.3837 0.67141 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR658331 2 0.2456 0.84460 0.008 0.916 0.068 0.008
#> SRR810619 2 0.3108 0.79332 0.112 0.872 0.000 0.016
#> SRR600829 3 0.1743 0.83203 0.056 0.004 0.940 0.000
#> SRR599380 1 0.0927 0.84692 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1337388 1 0.2652 0.83865 0.912 0.004 0.028 0.056
#> SRR2185195 1 0.1913 0.83950 0.940 0.040 0.000 0.020
#> SRR1489693 3 0.4609 0.62400 0.000 0.224 0.752 0.024
#> SRR1318662 2 0.2565 0.85373 0.000 0.912 0.032 0.056
#> SRR1408657 1 0.3215 0.81123 0.876 0.000 0.092 0.032
#> SRR1384805 3 0.8861 0.33101 0.272 0.216 0.444 0.068
#> SRR661337 1 0.1807 0.83765 0.940 0.052 0.000 0.008
#> SRR601239 1 0.1114 0.84733 0.972 0.004 0.016 0.008
#> SRR1468995 2 0.2610 0.83888 0.012 0.900 0.000 0.088
#> SRR1352111 1 0.2515 0.83145 0.912 0.012 0.072 0.004
#> SRR1330944 1 0.5457 0.66178 0.728 0.184 0.000 0.088
#> SRR1419453 4 0.6207 0.03904 0.052 0.452 0.000 0.496
#> SRR1437208 2 0.1661 0.84184 0.052 0.944 0.000 0.004
#> SRR1444914 1 0.0672 0.84777 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR660756 1 0.5878 0.51630 0.632 0.312 0.000 0.056
#> SRR1093269 4 0.2101 0.79589 0.000 0.060 0.012 0.928
#> SRR1341456 2 0.5279 0.67220 0.000 0.704 0.252 0.044
#> SRR657456 2 0.1284 0.85307 0.024 0.964 0.000 0.012
#> SRR807727 2 0.0804 0.85798 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR816358 3 0.3102 0.81518 0.116 0.008 0.872 0.004
#> SRR658283 2 0.2676 0.81349 0.092 0.896 0.000 0.012
#> SRR813728 2 0.1389 0.85440 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1394520 3 0.3973 0.75567 0.200 0.004 0.792 0.004
#> SRR1308200 2 0.2480 0.84037 0.008 0.904 0.088 0.000
#> SRR1432366 1 0.5229 0.33797 0.564 0.428 0.000 0.008
#> SRR1087992 3 0.3781 0.80300 0.124 0.028 0.844 0.004
#> SRR1405593 3 0.2222 0.82939 0.060 0.000 0.924 0.016
#> SRR1326040 3 0.1489 0.83109 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1312725 1 0.2142 0.83443 0.928 0.000 0.056 0.016
#> SRR1478189 1 0.2412 0.82241 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR1488632 4 0.2737 0.77109 0.104 0.008 0.000 0.888
#> SRR1398706 4 0.1305 0.79807 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1368794 2 0.1389 0.85422 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1392749 4 0.7153 0.12728 0.424 0.132 0.000 0.444
#> SRR603968 4 0.0859 0.79741 0.008 0.008 0.004 0.980
#> SRR815661 1 0.5209 0.71214 0.756 0.000 0.140 0.104
#> SRR663100 1 0.2988 0.79517 0.876 0.112 0.000 0.012
#> SRR661229 1 0.2610 0.81805 0.900 0.088 0.000 0.012
#> SRR655792 1 0.1878 0.84400 0.944 0.008 0.040 0.008
#> SRR663705 4 0.3013 0.76663 0.080 0.000 0.032 0.888
#> SRR1464281 2 0.1389 0.85356 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1400397 1 0.4957 0.59273 0.684 0.300 0.000 0.016
#> SRR1331444 1 0.0927 0.84692 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1439958 2 0.3687 0.84055 0.000 0.856 0.064 0.080
#> SRR1384917 4 0.3606 0.76263 0.020 0.140 0.000 0.840
#> SRR1435182 2 0.4506 0.78741 0.052 0.812 0.128 0.008
#> SRR1477569 3 0.5088 0.32879 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR602461 1 0.4761 0.48124 0.664 0.000 0.332 0.004
#> SRR1334338 1 0.3355 0.76267 0.836 0.000 0.160 0.004
#> SRR1354710 1 0.0657 0.84681 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR613510 2 0.4252 0.65583 0.000 0.744 0.004 0.252
#> SRR663014 1 0.5913 0.62088 0.696 0.180 0.000 0.124
#> SRR1417960 4 0.4957 0.47561 0.336 0.004 0.004 0.656
#> SRR1474730 3 0.4850 0.51919 0.004 0.292 0.696 0.008
#> SRR1381269 2 0.5057 0.54269 0.000 0.648 0.012 0.340
#> SRR657695 4 0.1059 0.80068 0.016 0.012 0.000 0.972
#> SRR1357650 4 0.6395 0.00362 0.064 0.460 0.000 0.476
#> SRR1472237 3 0.5564 0.66612 0.076 0.000 0.708 0.216
#> SRR1470816 4 0.2060 0.79591 0.052 0.016 0.000 0.932
#> SRR1458358 1 0.4514 0.75262 0.800 0.000 0.136 0.064
#> SRR614683 1 0.2644 0.84062 0.916 0.044 0.032 0.008
#> SRR1318998 4 0.1004 0.79876 0.024 0.004 0.000 0.972
#> SRR1392795 2 0.4843 0.40409 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1469859 1 0.2976 0.79579 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR1378243 4 0.3219 0.76887 0.112 0.020 0.000 0.868
#> SRR1360587 1 0.2807 0.83903 0.912 0.040 0.016 0.032
#> SRR604230 1 0.6350 0.53083 0.636 0.000 0.252 0.112
#> SRR1347667 2 0.4667 0.79005 0.000 0.796 0.096 0.108
#> SRR608096 3 0.3962 0.70537 0.000 0.152 0.820 0.028
#> SRR665514 1 0.1970 0.83276 0.932 0.060 0.000 0.008
#> SRR1454522 2 0.5168 0.68894 0.000 0.712 0.248 0.040
#> SRR1419615 1 0.4491 0.75124 0.800 0.060 0.000 0.140
#> SRR1429802 1 0.1284 0.84381 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1345436 3 0.2329 0.81219 0.012 0.000 0.916 0.072
#> SRR1433684 3 0.1576 0.83188 0.048 0.004 0.948 0.000
#> SRR613186 4 0.7431 0.13350 0.000 0.172 0.380 0.448
#> SRR1343795 2 0.1940 0.84950 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1417766 2 0.2048 0.85369 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1420606 4 0.2742 0.77057 0.000 0.024 0.076 0.900
#> SRR1326687 1 0.1975 0.83766 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1458973 2 0.0657 0.85666 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1309856 2 0.1743 0.85176 0.004 0.940 0.000 0.056
#> SRR1102756 2 0.2311 0.84350 0.004 0.916 0.076 0.004
#> SRR1366519 2 0.1398 0.85593 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1080438 4 0.4205 0.76403 0.056 0.124 0.000 0.820
#> SRR1391789 2 0.1396 0.85657 0.004 0.960 0.032 0.004
#> SRR1402195 4 0.3793 0.73742 0.112 0.000 0.044 0.844
#> SRR1429516 1 0.2021 0.83451 0.932 0.056 0.000 0.012
#> SRR1406662 3 0.4252 0.65270 0.004 0.000 0.744 0.252
#> SRR1333414 2 0.2149 0.84334 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1369030 4 0.1661 0.79652 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR1342916 1 0.0779 0.84674 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1362824 2 0.1109 0.85723 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1455326 1 0.1305 0.84345 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1349956 1 0.0937 0.84582 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1409487 1 0.2101 0.83303 0.928 0.060 0.000 0.012
#> SRR1434568 3 0.4153 0.77158 0.048 0.000 0.820 0.132
#> SRR1341965 1 0.1690 0.84353 0.952 0.032 0.008 0.008
#> SRR1473505 4 0.6756 0.53825 0.148 0.252 0.000 0.600
#> SRR1402068 2 0.3088 0.81771 0.008 0.864 0.000 0.128
#> SRR1490076 2 0.2704 0.82570 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1435501 1 0.1545 0.83966 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR1452491 3 0.5048 0.74544 0.180 0.020 0.768 0.032
#> SRR1397329 4 0.1706 0.78424 0.016 0.000 0.036 0.948
#> SRR1093243 3 0.6317 0.56400 0.280 0.000 0.624 0.096
#> SRR1418390 2 0.2521 0.84478 0.024 0.912 0.000 0.064
#> SRR608480 1 0.2635 0.82321 0.904 0.000 0.076 0.020
#> SRR598589 3 0.7017 0.51991 0.236 0.000 0.576 0.188
#> SRR601868 3 0.5127 0.49431 0.356 0.000 0.632 0.012
#> SRR607313 1 0.1452 0.84315 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR812222 2 0.1545 0.84656 0.040 0.952 0.000 0.008
#> SRR815893 1 0.1674 0.84235 0.952 0.032 0.004 0.012
#> SRR1455503 1 0.5452 0.46179 0.616 0.360 0.000 0.024
#> SRR810737 1 0.1576 0.83696 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR1347500 1 0.4901 0.74177 0.780 0.000 0.108 0.112
#> SRR1443182 1 0.4720 0.64803 0.720 0.264 0.000 0.016
#> SRR1457872 1 0.5337 0.32891 0.564 0.424 0.000 0.012
#> SRR658481 1 0.2530 0.81095 0.896 0.100 0.000 0.004
#> SRR1406243 1 0.1406 0.84383 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1332607 2 0.3484 0.80760 0.004 0.844 0.144 0.008
#> SRR656433 1 0.1356 0.84364 0.960 0.032 0.000 0.008
#> SRR1420811 2 0.3705 0.82295 0.076 0.868 0.040 0.016
#> SRR1308674 2 0.1022 0.85466 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1338363 3 0.3219 0.71583 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1344271 2 0.6557 0.20525 0.000 0.476 0.448 0.076
#> SRR1321608 2 0.4123 0.73145 0.008 0.772 0.000 0.220
#> SRR1441464 2 0.2081 0.84306 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR607970 1 0.5168 -0.07174 0.500 0.000 0.496 0.004
#> SRR1338171 2 0.1406 0.85666 0.000 0.960 0.024 0.016
#> SRR604174 3 0.3658 0.76893 0.020 0.000 0.836 0.144
#> SRR1345221 1 0.3216 0.81641 0.880 0.000 0.076 0.044
#> SRR815517 4 0.4767 0.63736 0.000 0.256 0.020 0.724
#> SRR615970 2 0.2805 0.83279 0.000 0.888 0.100 0.012
#> SRR1370659 1 0.1059 0.84561 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1383125 1 0.0927 0.84653 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1331013 1 0.2546 0.81777 0.900 0.092 0.000 0.008
#> SRR1419638 3 0.0817 0.81515 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1434975 2 0.3271 0.81888 0.000 0.856 0.132 0.012
#> SRR1445741 4 0.1406 0.79679 0.000 0.024 0.016 0.960
#> SRR1088142 3 0.2928 0.81555 0.108 0.000 0.880 0.012
#> SRR604206 1 0.1305 0.84033 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR1358779 3 0.3597 0.76505 0.016 0.000 0.836 0.148
#> SRR1473142 1 0.2644 0.82323 0.908 0.060 0.000 0.032
#> SRR1410334 4 0.2081 0.79507 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1352234 1 0.1970 0.83207 0.932 0.060 0.000 0.008
#> SRR1487807 1 0.4997 0.60898 0.688 0.296 0.004 0.012
#> SRR1489715 2 0.2089 0.85409 0.000 0.932 0.048 0.020
#> SRR1364780 2 0.2271 0.85057 0.000 0.916 0.008 0.076
#> SRR1460124 1 0.1610 0.84266 0.952 0.000 0.032 0.016
#> SRR813915 2 0.4182 0.71110 0.180 0.796 0.000 0.024
#> SRR1409748 1 0.5408 0.24932 0.556 0.004 0.008 0.432
#> SRR1325504 1 0.1543 0.84497 0.956 0.004 0.032 0.008
#> SRR1436490 4 0.1182 0.80120 0.016 0.016 0.000 0.968
#> SRR1316725 4 0.1722 0.79665 0.000 0.048 0.008 0.944
#> SRR1314851 1 0.5712 0.36892 0.572 0.404 0.012 0.012
#> SRR1354599 1 0.0188 0.84652 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406599 2 0.4655 0.70977 0.176 0.784 0.032 0.008
#> SRR1308696 2 0.5578 0.59002 0.000 0.648 0.312 0.040
#> SRR808772 1 0.0927 0.84485 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR812649 2 0.1913 0.85487 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1366690 3 0.4149 0.74836 0.036 0.000 0.812 0.152
#> SRR1317707 2 0.2021 0.85046 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1339321 4 0.6725 0.03504 0.456 0.076 0.004 0.464
#> SRR1442487 2 0.1302 0.85411 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1069690 4 0.2845 0.79779 0.028 0.076 0.000 0.896
#> SRR1319344 4 0.0967 0.79962 0.004 0.016 0.004 0.976
#> SRR1332835 2 0.0524 0.85671 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1334694 2 0.1820 0.84785 0.036 0.944 0.000 0.020
#> SRR1478434 1 0.1305 0.84068 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR1479933 4 0.3356 0.72743 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1313853 2 0.1557 0.85213 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR661192 1 0.2876 0.81868 0.892 0.092 0.008 0.008
#> SRR1384827 2 0.2796 0.83852 0.000 0.892 0.092 0.016
#> SRR814587 1 0.5482 0.44638 0.608 0.368 0.000 0.024
#> SRR656899 1 0.4937 0.71531 0.764 0.000 0.064 0.172
#> SRR1088340 1 0.5577 0.51091 0.636 0.328 0.000 0.036
#> SRR1349772 1 0.1820 0.84038 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1317305 3 0.0921 0.82852 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1442273 4 0.7854 0.20473 0.000 0.304 0.296 0.400
#> SRR1407470 2 0.2053 0.85190 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR1490289 4 0.2844 0.76728 0.048 0.000 0.052 0.900
#> SRR1093649 4 0.4972 0.15423 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1478900 3 0.0927 0.82460 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1447652 1 0.4054 0.72181 0.796 0.000 0.188 0.016
#> SRR1324545 4 0.2401 0.78809 0.000 0.092 0.004 0.904
#> SRR2170537 1 0.1109 0.84333 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR602106 3 0.2452 0.82830 0.084 0.004 0.908 0.004
#> SRR615335 3 0.2101 0.83000 0.060 0.000 0.928 0.012
#> SRR1321505 3 0.3105 0.80221 0.140 0.004 0.856 0.000
#> SRR1457768 3 0.2412 0.79751 0.008 0.000 0.908 0.084
#> SRR1340641 1 0.2587 0.82984 0.908 0.004 0.012 0.076
#> SRR657903 1 0.5608 0.58263 0.684 0.000 0.256 0.060
#> SRR1403458 1 0.0524 0.84706 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1460073 1 0.3216 0.79732 0.864 0.004 0.008 0.124
#> SRR1441850 1 0.4546 0.64190 0.732 0.012 0.000 0.256
#> SRR613759 4 0.6357 0.31363 0.388 0.000 0.068 0.544
#> SRR1472281 1 0.6323 0.53442 0.628 0.272 0.000 0.100
#> SRR1440445 2 0.3450 0.80050 0.000 0.836 0.156 0.008
#> SRR1088734 2 0.4008 0.79299 0.032 0.820 0.000 0.148
#> SRR1455607 1 0.1970 0.83031 0.932 0.060 0.000 0.008
#> SRR1077528 3 0.4434 0.71818 0.228 0.000 0.756 0.016
#> SRR1364695 3 0.1488 0.82186 0.012 0.000 0.956 0.032
#> SRR1348226 3 0.3908 0.73984 0.212 0.000 0.784 0.004
#> SRR1313560 1 0.5080 0.40781 0.628 0.004 0.004 0.364
#> SRR1092889 4 0.2589 0.77903 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1352213 3 0.2300 0.82860 0.064 0.000 0.920 0.016
#> SRR2185233 1 0.2048 0.83092 0.928 0.064 0.000 0.008
#> SRR1353970 1 0.1833 0.84130 0.944 0.000 0.032 0.024
#> SRR662641 2 0.3813 0.75484 0.148 0.828 0.000 0.024
#> SRR817825 4 0.4019 0.67490 0.000 0.012 0.196 0.792
#> SRR660366 1 0.0524 0.84649 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR655423 1 0.1356 0.84396 0.960 0.032 0.000 0.008
#> SRR821183 4 0.3448 0.74860 0.004 0.168 0.000 0.828
#> SRR1323512 2 0.1820 0.84698 0.036 0.944 0.000 0.020
#> SRR1325247 1 0.1398 0.83902 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR1351583 2 0.2522 0.84343 0.000 0.908 0.076 0.016
#> SRR1437454 1 0.1082 0.84521 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR1318484 2 0.5636 0.55460 0.260 0.680 0.000 0.060
#> SRR1322395 3 0.4790 0.46002 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1378131 4 0.2368 0.78808 0.032 0.008 0.032 0.928
#> SRR1325464 3 0.2281 0.82419 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1340280 4 0.3004 0.76286 0.048 0.000 0.060 0.892
#> SRR1455842 4 0.5268 0.42756 0.348 0.004 0.012 0.636
#> SRR1352619 2 0.4514 0.78727 0.000 0.796 0.148 0.056
#> SRR1076779 1 0.1284 0.84494 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR662763 4 0.6373 0.59202 0.000 0.216 0.136 0.648
#> SRR661120 3 0.1635 0.81508 0.008 0.044 0.948 0.000
#> SRR601613 3 0.2174 0.82934 0.052 0.000 0.928 0.020
#> SRR811535 1 0.1452 0.84272 0.956 0.036 0.000 0.008
#> SRR820316 1 0.1398 0.83992 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR1368616 2 0.4083 0.79137 0.068 0.832 0.000 0.100
#> SRR1375677 1 0.2924 0.81011 0.884 0.000 0.100 0.016
#> SRR1365700 2 0.2174 0.84000 0.052 0.928 0.000 0.020
#> SRR604122 1 0.5742 0.48917 0.648 0.000 0.052 0.300
#> SRR598509 2 0.1635 0.85806 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1397052 1 0.4462 0.76423 0.804 0.000 0.064 0.132
#> SRR1339921 3 0.3895 0.76219 0.184 0.000 0.804 0.012
#> SRR664743 1 0.1938 0.83151 0.936 0.052 0.000 0.012
#> SRR1339199 2 0.5031 0.73357 0.092 0.768 0.000 0.140
#> SRR1355660 3 0.2714 0.81424 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR1481012 1 0.1733 0.84197 0.948 0.000 0.028 0.024
#> SRR603449 1 0.1970 0.83570 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1400889 1 0.1936 0.84106 0.940 0.000 0.028 0.032
#> SRR808808 3 0.2053 0.79513 0.000 0.072 0.924 0.004
#> SRR656288 1 0.2234 0.83431 0.924 0.008 0.064 0.004
#> SRR1405886 3 0.0779 0.81441 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1487233 4 0.1474 0.80139 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR662043 3 0.4088 0.71947 0.232 0.000 0.764 0.004
#> SRR1381211 2 0.1637 0.85158 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1379365 2 0.4840 0.63413 0.240 0.732 0.000 0.028
#> SRR1384852 2 0.1978 0.84660 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR1430357 4 0.3583 0.71099 0.180 0.000 0.004 0.816
#> SRR2164847 1 0.5026 0.57898 0.672 0.312 0.000 0.016
#> SRR807901 1 0.2457 0.82976 0.912 0.004 0.008 0.076
#> SRR816064 1 0.1114 0.84667 0.972 0.016 0.004 0.008
#> SRR810507 1 0.5364 0.48689 0.652 0.000 0.320 0.028
#> SRR1358582 1 0.0779 0.84674 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1349893 1 0.4137 0.70320 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1444722 4 0.2868 0.76013 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1316483 3 0.1398 0.83130 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR662749 1 0.0657 0.84681 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1342701 4 0.2944 0.76082 0.000 0.128 0.004 0.868
#> SRR1343653 1 0.5510 0.13979 0.504 0.480 0.000 0.016
#> SRR1336134 2 0.2611 0.83706 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR654940 2 0.4410 0.75114 0.128 0.808 0.000 0.064
#> SRR1098288 2 0.2662 0.84468 0.000 0.900 0.016 0.084
#> SRR1326343 1 0.5733 0.48551 0.640 0.000 0.048 0.312
#> SRR811145 1 0.0657 0.84681 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR615359 3 0.4035 0.73485 0.020 0.000 0.804 0.176
#> SRR1075997 3 0.4431 0.49192 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1090483 1 0.2198 0.83415 0.920 0.000 0.072 0.008
#> SRR1388698 3 0.2179 0.82991 0.064 0.000 0.924 0.012
#> SRR1312482 2 0.1284 0.85170 0.024 0.964 0.000 0.012
#> SRR1430420 3 0.6806 0.14738 0.024 0.384 0.540 0.052
#> SRR1387475 2 0.6248 0.52501 0.260 0.640 0.000 0.100
#> SRR1388419 2 0.4098 0.74832 0.000 0.784 0.012 0.204
#> SRR1442250 4 0.1406 0.79803 0.000 0.024 0.016 0.960
#> SRR1430679 2 0.1854 0.84207 0.048 0.940 0.000 0.012
#> SRR1311109 1 0.1970 0.83031 0.932 0.060 0.000 0.008
#> SRR1478990 1 0.3088 0.81937 0.888 0.052 0.000 0.060
#> SRR1392434 2 0.4382 0.63741 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1085925 1 0.3529 0.76485 0.836 0.000 0.152 0.012
#> SRR820655 1 0.3448 0.75649 0.828 0.000 0.168 0.004
#> SRR1383937 1 0.3598 0.77649 0.848 0.124 0.000 0.028
#> SRR1315393 2 0.1635 0.85313 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR1094506 2 0.6264 0.60520 0.004 0.636 0.280 0.080
#> SRR1330633 2 0.0927 0.85590 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1330153 4 0.4740 0.68768 0.132 0.000 0.080 0.788
#> SRR1451778 4 0.4323 0.69097 0.184 0.000 0.028 0.788
#> SRR657089 3 0.0524 0.81846 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1395659 4 0.1339 0.79946 0.024 0.008 0.004 0.964
#> SRR1385716 3 0.2234 0.80174 0.008 0.064 0.924 0.004
#> SRR1466109 1 0.1339 0.84537 0.964 0.024 0.004 0.008
#> SRR1080977 2 0.3725 0.78028 0.000 0.812 0.180 0.008
#> SRR1441725 3 0.1004 0.82770 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1485078 2 0.4072 0.68833 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR661806 1 0.5606 0.45638 0.604 0.372 0.016 0.008
#> SRR1334919 3 0.0657 0.81944 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR599249 4 0.5503 0.15794 0.468 0.000 0.016 0.516
#> SRR810051 2 0.1510 0.85636 0.000 0.956 0.028 0.016
#> SRR1407202 1 0.5732 0.28427 0.580 0.004 0.024 0.392
#> SRR1434399 1 0.1975 0.83900 0.936 0.000 0.016 0.048
#> SRR1330965 2 0.6238 0.64549 0.000 0.652 0.236 0.112
#> SRR1369536 1 0.1743 0.83768 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1382508 3 0.0779 0.81769 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR1405028 3 0.3749 0.77735 0.032 0.000 0.840 0.128
#> SRR612719 3 0.3168 0.81539 0.056 0.000 0.884 0.060
#> SRR1340617 2 0.0927 0.85379 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1448183 1 0.2867 0.80635 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR1362488 2 0.1970 0.85283 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1361156 1 0.2473 0.81684 0.908 0.080 0.000 0.012
#> SRR1454374 1 0.1209 0.84525 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR811891 4 0.3013 0.76835 0.080 0.000 0.032 0.888
#> SRR1477837 3 0.4103 0.59399 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR607252 1 0.2408 0.83422 0.920 0.000 0.044 0.036
#> SRR1418946 3 0.3123 0.73425 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1456567 1 0.5417 0.66547 0.732 0.180 0.000 0.088
#> SRR1487425 2 0.1936 0.85723 0.000 0.940 0.032 0.028
#> SRR1335627 4 0.1305 0.79731 0.036 0.004 0.000 0.960
#> SRR1327680 2 0.5705 0.65143 0.000 0.676 0.260 0.064
#> SRR1478812 2 0.1305 0.85611 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1447673 3 0.1042 0.81421 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR815735 3 0.4401 0.67288 0.272 0.000 0.724 0.004
#> SRR1404251 2 0.1610 0.85376 0.016 0.952 0.032 0.000
#> SRR601645 1 0.2300 0.83069 0.920 0.000 0.064 0.016
#> SRR656300 1 0.2269 0.84832 0.932 0.008 0.032 0.028
#> SRR659983 1 0.0937 0.84552 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1402414 4 0.1545 0.79761 0.040 0.008 0.000 0.952
#> SRR614215 4 0.6610 0.08320 0.452 0.000 0.080 0.468
#> SRR659283 1 0.2124 0.83059 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1459956 2 0.0188 0.85719 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1340441 2 0.6194 0.58471 0.000 0.628 0.288 0.084
#> SRR1317428 1 0.2644 0.82831 0.908 0.000 0.032 0.060
#> SRR1403390 4 0.5365 0.55781 0.000 0.044 0.264 0.692
#> SRR1452741 3 0.1584 0.83023 0.036 0.012 0.952 0.000
#> SRR1458484 3 0.2266 0.82677 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1387091 1 0.4079 0.74228 0.800 0.020 0.000 0.180
#> SRR1358017 4 0.2342 0.79530 0.008 0.080 0.000 0.912
#> SRR1457039 1 0.5487 0.37191 0.580 0.400 0.000 0.020
#> SRR1376539 2 0.4839 0.75023 0.000 0.756 0.200 0.044
#> SRR1430639 1 0.1624 0.84336 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1406069 4 0.4339 0.66709 0.224 0.004 0.008 0.764
#> SRR1419829 4 0.0895 0.80014 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR1434315 1 0.0779 0.84674 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR658457 1 0.2732 0.83046 0.904 0.012 0.008 0.076
#> SRR1367849 1 0.5394 0.64925 0.712 0.000 0.228 0.060
#> SRR1320939 3 0.3399 0.81151 0.092 0.000 0.868 0.040
#> SRR656588 1 0.1938 0.83595 0.936 0.052 0.000 0.012
#> SRR599025 1 0.1256 0.84428 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1401446 2 0.2227 0.85522 0.000 0.928 0.036 0.036
#> SRR1398311 4 0.1406 0.80269 0.016 0.024 0.000 0.960
#> SRR1442149 1 0.5722 0.70111 0.716 0.000 0.136 0.148
#> SRR809137 1 0.4313 0.62822 0.736 0.000 0.260 0.004
#> SRR1414982 1 0.3320 0.80768 0.876 0.068 0.000 0.056
#> SRR600852 3 0.1970 0.83022 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1414857 2 0.5971 0.35471 0.368 0.584 0.000 0.048
#> SRR1321225 2 0.1847 0.85064 0.004 0.940 0.052 0.004
#> SRR1069802 1 0.3013 0.81485 0.888 0.000 0.032 0.080
#> SRR1077643 4 0.1271 0.79892 0.008 0.012 0.012 0.968
#> SRR1334154 1 0.3754 0.79302 0.852 0.064 0.000 0.084
#> SRR1390072 1 0.8829 0.32704 0.480 0.272 0.128 0.120
#> SRR1467612 4 0.4522 0.49757 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1430133 2 0.1545 0.85435 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1468595 1 0.2662 0.81998 0.900 0.000 0.084 0.016
#> SRR1351931 2 0.2255 0.85318 0.000 0.920 0.012 0.068
#> SRR1374028 4 0.3384 0.72896 0.024 0.000 0.116 0.860
#> SRR1311243 1 0.4284 0.68179 0.764 0.000 0.224 0.012
#> SRR1385235 1 0.2530 0.81611 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR1469638 1 0.6181 0.64458 0.680 0.216 0.096 0.008
#> SRR662150 1 0.1629 0.84398 0.952 0.024 0.000 0.024
#> SRR1400290 3 0.3004 0.82488 0.100 0.008 0.884 0.008
#> SRR1084892 2 0.1059 0.85766 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1416166 3 0.2565 0.81903 0.032 0.000 0.912 0.056
#> SRR1477015 3 0.1724 0.82849 0.032 0.000 0.948 0.020
#> SRR1380501 2 0.2528 0.84847 0.008 0.908 0.004 0.080
#> SRR1446156 4 0.1635 0.78988 0.044 0.000 0.008 0.948
#> SRR1488328 2 0.2589 0.83103 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1086889 2 0.6324 0.35991 0.000 0.536 0.400 0.064
#> SRR814611 3 0.1059 0.82476 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR599086 3 0.1635 0.83192 0.044 0.008 0.948 0.000
#> SRR1086844 1 0.3142 0.78766 0.860 0.000 0.132 0.008
#> SRR1464535 1 0.1593 0.84741 0.956 0.016 0.024 0.004
#> SRR807877 2 0.3575 0.81049 0.008 0.844 0.140 0.008
#> SRR1477033 1 0.1398 0.84289 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1335164 2 0.3224 0.78616 0.120 0.864 0.000 0.016
#> SRR601986 3 0.0927 0.82460 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1446226 1 0.1576 0.84076 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR659637 3 0.1637 0.80087 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR600474 1 0.1732 0.84364 0.948 0.008 0.040 0.004
#> SRR1307699 1 0.3161 0.79144 0.864 0.000 0.124 0.012
#> SRR1312540 3 0.1807 0.83225 0.052 0.008 0.940 0.000
#> SRR1323628 1 0.2048 0.83252 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR1430951 2 0.4866 0.39943 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1385364 3 0.4244 0.73208 0.000 0.036 0.804 0.160
#> SRR1478149 3 0.4290 0.67840 0.000 0.016 0.772 0.212
#> SRR1384413 1 0.2510 0.83730 0.916 0.012 0.008 0.064
#> SRR1366855 1 0.2179 0.82769 0.924 0.064 0.000 0.012
#> SRR1077115 1 0.5003 0.58114 0.676 0.308 0.000 0.016
#> SRR1399990 3 0.5432 0.29644 0.008 0.388 0.596 0.008
#> SRR1434093 2 0.4292 0.79642 0.072 0.832 0.088 0.008
#> SRR1341408 2 0.2542 0.81788 0.084 0.904 0.000 0.012
#> SRR612335 4 0.5893 0.36397 0.372 0.008 0.028 0.592
#> SRR1321420 1 0.4910 0.58813 0.704 0.000 0.276 0.020
#> SRR1329177 1 0.5378 0.11072 0.540 0.000 0.448 0.012
#> SRR1398371 4 0.1610 0.80326 0.016 0.032 0.000 0.952
#> SRR614996 3 0.3056 0.82354 0.072 0.032 0.892 0.004
#> SRR1431602 1 0.5624 0.57877 0.668 0.280 0.000 0.052
#> SRR1311509 4 0.3479 0.73123 0.148 0.000 0.012 0.840
#> SRR1507229 2 0.5698 0.57600 0.000 0.636 0.320 0.044
#> SRR1310373 2 0.5771 0.71546 0.000 0.712 0.144 0.144
#> SRR1408072 1 0.4831 0.61531 0.704 0.000 0.016 0.280
#> SRR1469591 3 0.4303 0.73759 0.220 0.008 0.768 0.004
#> SRR1392813 2 0.3601 0.81492 0.056 0.860 0.000 0.084
#> SRR1453026 2 0.3687 0.82437 0.000 0.856 0.064 0.080
#> SRR1388105 4 0.2670 0.76186 0.024 0.000 0.072 0.904
#> SRR1357558 1 0.1284 0.84494 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR615898 2 0.3196 0.81253 0.000 0.856 0.136 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR606939 1 0.1588 0.74641 0.948 0.028 0.008 0.016 0.000
#> SRR1468613 1 0.1686 0.75103 0.944 0.004 0.036 0.012 0.004
#> SRR815184 2 0.4832 0.53747 0.000 0.712 0.000 0.200 0.088
#> SRR1381693 1 0.3147 0.71708 0.856 0.000 0.112 0.024 0.008
#> SRR1467904 5 0.2158 0.79329 0.000 0.020 0.052 0.008 0.920
#> SRR1442648 5 0.3218 0.75897 0.024 0.004 0.000 0.128 0.844
#> SRR1486174 2 0.2426 0.62167 0.000 0.900 0.000 0.036 0.064
#> SRR1349433 2 0.3961 0.56593 0.000 0.780 0.184 0.032 0.004
#> SRR1321283 4 0.7732 -0.10780 0.000 0.352 0.220 0.364 0.064
#> SRR1387702 1 0.2173 0.74757 0.920 0.000 0.012 0.052 0.016
#> SRR1435584 4 0.6599 0.08110 0.180 0.400 0.000 0.416 0.004
#> SRR1406265 1 0.2728 0.73981 0.896 0.012 0.068 0.016 0.008
#> SRR1366367 1 0.6573 0.16893 0.468 0.084 0.000 0.408 0.040
#> SRR1458026 1 0.5186 0.48563 0.612 0.000 0.040 0.340 0.008
#> SRR1094192 4 0.7316 0.08992 0.332 0.016 0.004 0.372 0.276
#> SRR1397180 1 0.6175 0.39226 0.596 0.200 0.004 0.196 0.004
#> SRR657492 1 0.4268 0.62468 0.760 0.200 0.000 0.020 0.020
#> SRR662665 5 0.6865 0.45263 0.196 0.216 0.008 0.024 0.556
#> SRR818530 5 0.2305 0.79454 0.000 0.028 0.012 0.044 0.916
#> SRR817563 4 0.5890 0.19704 0.076 0.368 0.000 0.544 0.012
#> SRR613462 3 0.4825 0.34445 0.000 0.368 0.608 0.012 0.012
#> SRR1405206 5 0.3489 0.74326 0.000 0.036 0.000 0.144 0.820
#> SRR1454136 2 0.5160 0.40103 0.000 0.608 0.056 0.336 0.000
#> SRR1380785 2 0.1544 0.62676 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR612875 1 0.7637 0.09320 0.456 0.200 0.292 0.028 0.024
#> SRR808327 2 0.3123 0.58210 0.004 0.812 0.000 0.184 0.000
#> SRR1355194 2 0.3095 0.61008 0.000 0.868 0.092 0.016 0.024
#> SRR1408227 2 0.2872 0.62933 0.008 0.884 0.048 0.060 0.000
#> SRR1086304 5 0.4181 0.64089 0.000 0.016 0.240 0.008 0.736
#> SRR1080415 1 0.5547 0.27763 0.556 0.000 0.384 0.048 0.012
#> SRR1086140 5 0.6097 -0.03709 0.000 0.420 0.000 0.124 0.456
#> SRR1084965 3 0.2976 0.72501 0.128 0.004 0.856 0.008 0.004
#> SRR1310563 5 0.1989 0.79926 0.000 0.016 0.032 0.020 0.932
#> SRR602437 3 0.4997 0.19705 0.456 0.000 0.520 0.012 0.012
#> SRR663404 1 0.2568 0.73392 0.904 0.048 0.000 0.016 0.032
#> SRR1337238 1 0.1569 0.74798 0.944 0.000 0.044 0.008 0.004
#> SRR1360442 1 0.4642 0.67504 0.760 0.000 0.032 0.040 0.168
#> SRR1356487 2 0.4125 0.57918 0.000 0.772 0.000 0.172 0.056
#> SRR1479263 2 0.2409 0.63097 0.008 0.908 0.028 0.056 0.000
#> SRR1409641 1 0.0162 0.75016 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442686 1 0.1299 0.74659 0.960 0.020 0.000 0.012 0.008
#> SRR1345736 3 0.3724 0.68303 0.184 0.000 0.788 0.028 0.000
#> SRR1345827 2 0.2727 0.61301 0.000 0.868 0.116 0.016 0.000
#> SRR1367456 5 0.3503 0.76379 0.000 0.080 0.060 0.012 0.848
#> SRR1072650 1 0.0968 0.75050 0.972 0.000 0.012 0.004 0.012
#> SRR1446393 5 0.4411 0.66178 0.000 0.116 0.000 0.120 0.764
#> SRR1087197 3 0.5305 0.16371 0.000 0.436 0.524 0.012 0.028
#> SRR1383960 2 0.6061 0.21730 0.368 0.548 0.032 0.048 0.004
#> SRR600924 3 0.4560 0.56592 0.304 0.000 0.672 0.016 0.008
#> SRR662390 1 0.5214 0.22538 0.540 0.424 0.000 0.024 0.012
#> SRR1071692 1 0.4578 0.59788 0.724 0.000 0.224 0.048 0.004
#> SRR658421 1 0.2228 0.73763 0.920 0.044 0.000 0.016 0.020
#> SRR1352936 2 0.4538 0.37854 0.004 0.648 0.336 0.008 0.004
#> SRR598148 3 0.1668 0.72795 0.000 0.000 0.940 0.032 0.028
#> SRR1444390 2 0.6949 -0.10140 0.216 0.400 0.000 0.372 0.012
#> SRR1444644 3 0.3752 0.65509 0.000 0.048 0.804 0.148 0.000
#> SRR1389777 5 0.4824 0.55944 0.268 0.000 0.028 0.016 0.688
#> SRR603918 5 0.2506 0.79091 0.008 0.036 0.000 0.052 0.904
#> SRR1468682 1 0.4193 0.67127 0.776 0.016 0.020 0.184 0.004
#> SRR1490505 5 0.2859 0.77186 0.000 0.068 0.000 0.056 0.876
#> SRR1343859 5 0.2378 0.79865 0.012 0.000 0.064 0.016 0.908
#> SRR1075631 3 0.5831 0.33879 0.096 0.000 0.496 0.408 0.000
#> SRR1444954 2 0.4999 0.41471 0.004 0.640 0.004 0.032 0.320
#> SRR1479286 1 0.4318 0.66030 0.772 0.040 0.008 0.176 0.004
#> SRR1381524 3 0.2408 0.70833 0.016 0.092 0.892 0.000 0.000
#> SRR1392208 4 0.6803 0.21100 0.000 0.220 0.284 0.484 0.012
#> SRR1456693 5 0.1616 0.80121 0.004 0.032 0.008 0.008 0.948
#> SRR1358482 5 0.3247 0.73230 0.000 0.136 0.008 0.016 0.840
#> SRR658331 2 0.3924 0.55735 0.008 0.796 0.168 0.024 0.004
#> SRR810619 2 0.4617 0.48240 0.184 0.748 0.000 0.056 0.012
#> SRR600829 3 0.2727 0.73849 0.080 0.012 0.888 0.020 0.000
#> SRR599380 1 0.1918 0.74796 0.940 0.020 0.012 0.016 0.012
#> SRR1337388 1 0.4911 0.54707 0.652 0.000 0.032 0.308 0.008
#> SRR2185195 1 0.4531 0.66768 0.780 0.128 0.000 0.024 0.068
#> SRR1489693 3 0.6400 0.23577 0.000 0.344 0.504 0.008 0.144
#> SRR1318662 4 0.4211 0.20798 0.004 0.360 0.000 0.636 0.000
#> SRR1408657 1 0.3788 0.71656 0.820 0.000 0.072 0.104 0.004
#> SRR1384805 4 0.5575 0.19681 0.324 0.016 0.056 0.604 0.000
#> SRR661337 1 0.4183 0.64272 0.776 0.180 0.000 0.024 0.020
#> SRR601239 1 0.2225 0.74706 0.928 0.020 0.016 0.016 0.020
#> SRR1468995 2 0.4354 0.58976 0.012 0.788 0.000 0.092 0.108
#> SRR1352111 1 0.3334 0.73508 0.868 0.044 0.064 0.020 0.004
#> SRR1330944 1 0.6764 0.01766 0.436 0.160 0.000 0.388 0.016
#> SRR1419453 4 0.5780 0.41399 0.056 0.136 0.000 0.696 0.112
#> SRR1437208 2 0.2914 0.59676 0.076 0.872 0.000 0.052 0.000
#> SRR1444914 1 0.0807 0.74840 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR660756 1 0.6972 0.15333 0.468 0.368 0.000 0.112 0.052
#> SRR1093269 5 0.5751 0.39591 0.008 0.012 0.040 0.424 0.516
#> SRR1341456 4 0.7028 -0.12752 0.000 0.368 0.240 0.380 0.012
#> SRR657456 2 0.2407 0.62306 0.012 0.896 0.000 0.088 0.004
#> SRR807727 2 0.2208 0.61896 0.000 0.916 0.060 0.012 0.012
#> SRR816358 3 0.4269 0.71499 0.116 0.048 0.808 0.012 0.016
#> SRR658283 2 0.2949 0.59252 0.076 0.880 0.000 0.028 0.016
#> SRR813728 2 0.2419 0.62775 0.000 0.904 0.004 0.064 0.028
#> SRR1394520 3 0.4264 0.61240 0.280 0.004 0.704 0.008 0.004
#> SRR1308200 2 0.6608 0.38461 0.052 0.600 0.108 0.236 0.004
#> SRR1432366 1 0.6254 0.13481 0.488 0.392 0.004 0.112 0.004
#> SRR1087992 3 0.5449 0.66547 0.120 0.152 0.708 0.012 0.008
#> SRR1405593 3 0.3828 0.71245 0.072 0.000 0.808 0.120 0.000
#> SRR1326040 3 0.3051 0.72950 0.060 0.000 0.864 0.076 0.000
#> SRR1312725 1 0.2026 0.74615 0.928 0.000 0.044 0.016 0.012
#> SRR1478189 1 0.2813 0.73216 0.880 0.000 0.084 0.032 0.004
#> SRR1488632 5 0.2719 0.77387 0.068 0.000 0.000 0.048 0.884
#> SRR1398706 5 0.4752 0.43876 0.000 0.004 0.012 0.428 0.556
#> SRR1368794 2 0.2905 0.61545 0.000 0.868 0.000 0.096 0.036
#> SRR1392749 1 0.7521 0.02724 0.424 0.156 0.000 0.348 0.072
#> SRR603968 5 0.1758 0.80060 0.004 0.008 0.020 0.024 0.944
#> SRR815661 1 0.5515 0.65845 0.716 0.000 0.132 0.104 0.048
#> SRR663100 1 0.4671 0.64491 0.756 0.172 0.000 0.044 0.028
#> SRR661229 1 0.5181 0.52796 0.668 0.272 0.000 0.028 0.032
#> SRR655792 1 0.4814 0.69868 0.792 0.088 0.064 0.028 0.028
#> SRR663705 5 0.1278 0.80169 0.020 0.000 0.016 0.004 0.960
#> SRR1464281 2 0.3511 0.57914 0.004 0.800 0.000 0.184 0.012
#> SRR1400397 1 0.6444 0.22052 0.516 0.292 0.000 0.188 0.004
#> SRR1331444 1 0.0451 0.75070 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1439958 4 0.3403 0.41154 0.008 0.160 0.012 0.820 0.000
#> SRR1384917 5 0.1442 0.80265 0.004 0.032 0.000 0.012 0.952
#> SRR1435182 2 0.6095 0.50698 0.096 0.676 0.160 0.064 0.004
#> SRR1477569 3 0.4831 0.23559 0.452 0.004 0.532 0.008 0.004
#> SRR602461 1 0.4737 0.39488 0.640 0.004 0.336 0.016 0.004
#> SRR1334338 1 0.3578 0.68058 0.812 0.004 0.164 0.016 0.004
#> SRR1354710 1 0.0566 0.74932 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR613510 2 0.6118 -0.04651 0.000 0.456 0.072 0.020 0.452
#> SRR663014 1 0.7464 0.28947 0.508 0.240 0.000 0.156 0.096
#> SRR1417960 1 0.6422 0.35950 0.528 0.000 0.008 0.300 0.164
#> SRR1474730 3 0.4761 0.26161 0.008 0.408 0.576 0.004 0.004
#> SRR1381269 4 0.2464 0.43117 0.000 0.096 0.000 0.888 0.016
#> SRR657695 5 0.0960 0.80416 0.008 0.000 0.004 0.016 0.972
#> SRR1357650 4 0.5006 0.42455 0.048 0.168 0.000 0.740 0.044
#> SRR1472237 4 0.5904 0.27187 0.260 0.000 0.124 0.608 0.008
#> SRR1470816 5 0.0912 0.80422 0.012 0.000 0.000 0.016 0.972
#> SRR1458358 1 0.4630 0.68778 0.776 0.000 0.132 0.056 0.036
#> SRR614683 1 0.5862 0.49609 0.648 0.260 0.048 0.028 0.016
#> SRR1318998 5 0.1026 0.80301 0.004 0.000 0.004 0.024 0.968
#> SRR1392795 4 0.4547 0.34769 0.000 0.252 0.000 0.704 0.044
#> SRR1469859 1 0.2629 0.72593 0.880 0.000 0.104 0.012 0.004
#> SRR1378243 5 0.2491 0.77949 0.068 0.000 0.000 0.036 0.896
#> SRR1360587 1 0.5471 0.44137 0.588 0.028 0.020 0.360 0.004
#> SRR604230 1 0.5658 0.59811 0.688 0.000 0.192 0.068 0.052
#> SRR1347667 2 0.7865 0.12288 0.000 0.376 0.156 0.360 0.108
#> SRR608096 3 0.4528 0.63571 0.000 0.172 0.756 0.064 0.008
#> SRR665514 1 0.4204 0.67200 0.792 0.148 0.000 0.024 0.036
#> SRR1454522 2 0.6752 0.14055 0.000 0.408 0.216 0.372 0.004
#> SRR1419615 1 0.6074 0.53932 0.648 0.064 0.000 0.216 0.072
#> SRR1429802 1 0.4161 0.65974 0.772 0.024 0.000 0.188 0.016
#> SRR1345436 3 0.4865 0.58194 0.044 0.000 0.672 0.280 0.004
#> SRR1433684 3 0.2693 0.73969 0.060 0.016 0.896 0.028 0.000
#> SRR613186 3 0.7884 0.12691 0.000 0.076 0.388 0.272 0.264
#> SRR1343795 4 0.3928 0.30712 0.004 0.296 0.000 0.700 0.000
#> SRR1417766 4 0.4173 0.30477 0.012 0.300 0.000 0.688 0.000
#> SRR1420606 4 0.3359 0.42709 0.016 0.000 0.060 0.860 0.064
#> SRR1326687 1 0.2130 0.74691 0.924 0.000 0.044 0.016 0.016
#> SRR1458973 2 0.1653 0.62921 0.000 0.944 0.028 0.024 0.004
#> SRR1309856 4 0.4541 0.16170 0.008 0.380 0.000 0.608 0.004
#> SRR1102756 2 0.2833 0.59544 0.000 0.852 0.140 0.004 0.004
#> SRR1366519 2 0.4443 0.16183 0.004 0.524 0.000 0.472 0.000
#> SRR1080438 4 0.5101 0.34283 0.256 0.008 0.016 0.688 0.032
#> SRR1391789 2 0.3030 0.62509 0.004 0.872 0.088 0.032 0.004
#> SRR1402195 5 0.2568 0.78733 0.048 0.000 0.032 0.016 0.904
#> SRR1429516 1 0.2740 0.72431 0.888 0.064 0.000 0.044 0.004
#> SRR1406662 3 0.5781 0.30633 0.032 0.000 0.484 0.452 0.032
#> SRR1333414 2 0.5028 0.27020 0.000 0.564 0.000 0.400 0.036
#> SRR1369030 4 0.4724 0.29560 0.020 0.016 0.008 0.720 0.236
#> SRR1342916 1 0.0324 0.75081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1362824 2 0.2906 0.61042 0.012 0.880 0.000 0.028 0.080
#> SRR1455326 1 0.1356 0.74974 0.956 0.000 0.028 0.012 0.004
#> SRR1349956 1 0.0981 0.75100 0.972 0.000 0.008 0.008 0.012
#> SRR1409487 1 0.3717 0.70805 0.836 0.100 0.000 0.024 0.040
#> SRR1434568 4 0.6868 0.00032 0.244 0.000 0.304 0.444 0.008
#> SRR1341965 1 0.5000 0.57335 0.680 0.028 0.016 0.272 0.004
#> SRR1473505 5 0.7104 0.34671 0.112 0.220 0.000 0.108 0.560
#> SRR1402068 2 0.5375 0.47911 0.016 0.684 0.000 0.084 0.216
#> SRR1490076 4 0.3170 0.42065 0.008 0.160 0.000 0.828 0.004
#> SRR1435501 1 0.3511 0.71202 0.848 0.096 0.000 0.028 0.028
#> SRR1452491 4 0.6499 0.04405 0.348 0.008 0.156 0.488 0.000
#> SRR1397329 5 0.2952 0.78600 0.004 0.000 0.036 0.088 0.872
#> SRR1093243 4 0.6780 -0.09813 0.388 0.000 0.196 0.408 0.008
#> SRR1418390 4 0.5630 0.00172 0.048 0.436 0.000 0.504 0.012
#> SRR608480 1 0.2900 0.73565 0.884 0.000 0.064 0.040 0.012
#> SRR598589 3 0.6874 0.17148 0.392 0.000 0.456 0.048 0.104
#> SRR601868 1 0.5383 0.20630 0.540 0.000 0.408 0.048 0.004
#> SRR607313 1 0.2045 0.74970 0.932 0.004 0.032 0.012 0.020
#> SRR812222 2 0.4847 0.48580 0.080 0.720 0.000 0.196 0.004
#> SRR815893 1 0.4708 0.64019 0.744 0.048 0.012 0.192 0.004
#> SRR1455503 1 0.6721 0.13856 0.484 0.304 0.004 0.204 0.004
#> SRR810737 1 0.3888 0.68209 0.812 0.072 0.000 0.112 0.004
#> SRR1347500 1 0.4916 0.69586 0.768 0.000 0.096 0.080 0.056
#> SRR1443182 1 0.5294 0.41956 0.620 0.324 0.000 0.044 0.012
#> SRR1457872 2 0.5781 0.09318 0.416 0.508 0.000 0.068 0.008
#> SRR658481 1 0.4793 0.64324 0.748 0.176 0.000 0.040 0.036
#> SRR1406243 1 0.1469 0.75090 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> SRR1332607 2 0.4564 0.57545 0.004 0.756 0.180 0.052 0.008
#> SRR656433 1 0.2941 0.72610 0.884 0.064 0.000 0.020 0.032
#> SRR1420811 4 0.6982 0.26145 0.168 0.312 0.024 0.492 0.004
#> SRR1308674 2 0.2516 0.60661 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1338363 3 0.4360 0.60327 0.008 0.208 0.752 0.028 0.004
#> SRR1344271 4 0.3758 0.41207 0.000 0.088 0.096 0.816 0.000
#> SRR1321608 4 0.4464 0.31007 0.000 0.288 0.000 0.684 0.028
#> SRR1441464 2 0.3714 0.60942 0.000 0.812 0.132 0.056 0.000
#> SRR607970 1 0.5085 0.38894 0.612 0.000 0.344 0.040 0.004
#> SRR1338171 2 0.2880 0.60596 0.000 0.868 0.108 0.004 0.020
#> SRR604174 3 0.4071 0.69450 0.004 0.004 0.808 0.088 0.096
#> SRR1345221 1 0.3319 0.73491 0.864 0.000 0.052 0.064 0.020
#> SRR815517 5 0.4322 0.71432 0.000 0.124 0.076 0.012 0.788
#> SRR615970 2 0.5769 0.45246 0.000 0.628 0.144 0.224 0.004
#> SRR1370659 1 0.1117 0.75021 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1383125 1 0.0981 0.75086 0.972 0.000 0.008 0.008 0.012
#> SRR1331013 1 0.5097 0.59375 0.720 0.116 0.004 0.156 0.004
#> SRR1419638 3 0.3218 0.67613 0.000 0.124 0.848 0.012 0.016
#> SRR1434975 2 0.4715 0.44154 0.000 0.668 0.300 0.008 0.024
#> SRR1445741 4 0.5343 0.00464 0.020 0.004 0.028 0.624 0.324
#> SRR1088142 3 0.4838 0.68730 0.144 0.004 0.744 0.104 0.004
#> SRR604206 1 0.3920 0.69180 0.820 0.116 0.000 0.024 0.040
#> SRR1358779 3 0.3806 0.69459 0.004 0.000 0.804 0.152 0.040
#> SRR1473142 1 0.5197 0.59724 0.712 0.080 0.000 0.188 0.020
#> SRR1410334 5 0.1473 0.80338 0.008 0.020 0.008 0.008 0.956
#> SRR1352234 1 0.3757 0.69817 0.828 0.088 0.000 0.076 0.008
#> SRR1487807 1 0.6362 0.28403 0.552 0.276 0.004 0.164 0.004
#> SRR1489715 2 0.4375 0.28410 0.000 0.576 0.004 0.420 0.000
#> SRR1364780 4 0.4802 -0.10145 0.004 0.480 0.000 0.504 0.012
#> SRR1460124 1 0.1996 0.74691 0.928 0.000 0.032 0.036 0.004
#> SRR813915 2 0.5580 0.31811 0.256 0.640 0.000 0.096 0.008
#> SRR1409748 4 0.5215 0.05269 0.380 0.000 0.016 0.580 0.024
#> SRR1325504 1 0.1812 0.74998 0.940 0.004 0.036 0.012 0.008
#> SRR1436490 4 0.4498 0.33552 0.040 0.012 0.004 0.760 0.184
#> SRR1316725 5 0.3972 0.71454 0.000 0.008 0.016 0.212 0.764
#> SRR1314851 1 0.6744 0.16834 0.500 0.316 0.012 0.168 0.004
#> SRR1354599 1 0.1507 0.74503 0.952 0.024 0.000 0.012 0.012
#> SRR1406599 2 0.3572 0.59382 0.056 0.856 0.060 0.024 0.004
#> SRR1308696 4 0.6763 -0.05935 0.000 0.332 0.276 0.392 0.000
#> SRR808772 1 0.1967 0.74160 0.932 0.020 0.000 0.012 0.036
#> SRR812649 2 0.4837 0.38965 0.000 0.624 0.008 0.348 0.020
#> SRR1366690 3 0.5457 0.48632 0.036 0.024 0.672 0.012 0.256
#> SRR1317707 4 0.4668 0.21750 0.024 0.352 0.000 0.624 0.000
#> SRR1339321 1 0.7464 0.10891 0.436 0.060 0.020 0.388 0.096
#> SRR1442487 4 0.4450 -0.11219 0.004 0.488 0.000 0.508 0.000
#> SRR1069690 5 0.1314 0.80522 0.016 0.012 0.000 0.012 0.960
#> SRR1319344 5 0.1285 0.80467 0.004 0.000 0.004 0.036 0.956
#> SRR1332835 2 0.2304 0.62262 0.000 0.892 0.008 0.100 0.000
#> SRR1334694 4 0.5347 0.03404 0.044 0.424 0.000 0.528 0.004
#> SRR1478434 1 0.4546 0.65012 0.764 0.060 0.008 0.164 0.004
#> SRR1479933 5 0.1756 0.79835 0.000 0.036 0.008 0.016 0.940
#> SRR1313853 2 0.4700 0.16365 0.004 0.516 0.000 0.472 0.008
#> SRR661192 1 0.4857 0.52790 0.684 0.272 0.000 0.024 0.020
#> SRR1384827 2 0.5379 0.51124 0.000 0.672 0.116 0.208 0.004
#> SRR814587 1 0.6428 0.07820 0.456 0.400 0.000 0.136 0.008
#> SRR656899 1 0.5295 0.67686 0.736 0.000 0.056 0.080 0.128
#> SRR1088340 1 0.6844 0.06582 0.460 0.232 0.004 0.300 0.004
#> SRR1349772 1 0.2610 0.74704 0.900 0.000 0.020 0.020 0.060
#> SRR1317305 3 0.1412 0.73703 0.036 0.004 0.952 0.008 0.000
#> SRR1442273 4 0.6085 0.33840 0.068 0.020 0.168 0.688 0.056
#> SRR1407470 4 0.3789 0.38253 0.016 0.224 0.000 0.760 0.000
#> SRR1490289 5 0.6677 0.31357 0.068 0.000 0.060 0.416 0.456
#> SRR1093649 5 0.4742 0.41240 0.000 0.344 0.012 0.012 0.632
#> SRR1478900 3 0.0981 0.73150 0.008 0.008 0.972 0.012 0.000
#> SRR1447652 1 0.3484 0.69458 0.824 0.000 0.144 0.028 0.004
#> SRR1324545 5 0.2060 0.79669 0.000 0.016 0.008 0.052 0.924
#> SRR2170537 1 0.3034 0.72592 0.880 0.060 0.000 0.020 0.040
#> SRR602106 3 0.3559 0.72189 0.140 0.012 0.828 0.016 0.004
#> SRR615335 3 0.3535 0.72249 0.080 0.000 0.832 0.088 0.000
#> SRR1321505 3 0.3854 0.69369 0.180 0.016 0.792 0.008 0.004
#> SRR1457768 3 0.2989 0.71824 0.004 0.000 0.872 0.080 0.044
#> SRR1340641 1 0.4074 0.68278 0.780 0.000 0.012 0.180 0.028
#> SRR657903 1 0.5381 0.54033 0.676 0.000 0.244 0.036 0.044
#> SRR1403458 1 0.0404 0.75021 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1460073 1 0.3400 0.73520 0.852 0.000 0.016 0.036 0.096
#> SRR1441850 1 0.5310 0.48545 0.616 0.012 0.000 0.328 0.044
#> SRR613759 5 0.4522 0.68325 0.144 0.000 0.068 0.016 0.772
#> SRR1472281 4 0.6067 0.12235 0.388 0.108 0.000 0.500 0.004
#> SRR1440445 2 0.4624 0.42521 0.000 0.676 0.296 0.012 0.016
#> SRR1088734 4 0.4698 0.37938 0.040 0.244 0.000 0.708 0.008
#> SRR1455607 1 0.4937 0.59289 0.720 0.100 0.000 0.176 0.004
#> SRR1077528 1 0.6352 0.14744 0.456 0.000 0.380 0.164 0.000
#> SRR1364695 3 0.3250 0.69633 0.008 0.000 0.820 0.168 0.004
#> SRR1348226 3 0.5218 0.50953 0.308 0.000 0.624 0.068 0.000
#> SRR1313560 5 0.4565 0.43233 0.352 0.000 0.008 0.008 0.632
#> SRR1092889 5 0.1498 0.80148 0.000 0.024 0.008 0.016 0.952
#> SRR1352213 3 0.4022 0.70706 0.104 0.000 0.796 0.100 0.000
#> SRR2185233 1 0.5057 0.55240 0.688 0.252 0.000 0.024 0.036
#> SRR1353970 1 0.2418 0.74677 0.912 0.000 0.044 0.024 0.020
#> SRR662641 2 0.4860 0.43921 0.204 0.720 0.000 0.068 0.008
#> SRR817825 5 0.3190 0.74520 0.000 0.012 0.140 0.008 0.840
#> SRR660366 1 0.2157 0.74209 0.928 0.028 0.004 0.016 0.024
#> SRR655423 1 0.4042 0.66008 0.796 0.156 0.000 0.024 0.024
#> SRR821183 5 0.1441 0.80287 0.004 0.024 0.008 0.008 0.956
#> SRR1323512 2 0.4622 0.52548 0.084 0.748 0.000 0.164 0.004
#> SRR1325247 1 0.3651 0.69061 0.828 0.060 0.000 0.108 0.004
#> SRR1351583 2 0.5195 0.30480 0.000 0.564 0.048 0.388 0.000
#> SRR1437454 1 0.3519 0.69627 0.820 0.012 0.008 0.156 0.004
#> SRR1318484 4 0.7009 0.24340 0.296 0.304 0.000 0.392 0.008
#> SRR1322395 1 0.4889 -0.03310 0.504 0.000 0.476 0.016 0.004
#> SRR1378131 5 0.6423 0.49594 0.084 0.004 0.036 0.308 0.568
#> SRR1325464 3 0.3169 0.72154 0.140 0.004 0.840 0.016 0.000
#> SRR1340280 5 0.2341 0.79630 0.012 0.000 0.056 0.020 0.912
#> SRR1455842 4 0.6052 0.05349 0.372 0.000 0.036 0.540 0.052
#> SRR1352619 2 0.6744 0.13286 0.000 0.408 0.188 0.396 0.008
#> SRR1076779 1 0.1074 0.75079 0.968 0.000 0.012 0.004 0.016
#> SRR662763 5 0.6327 0.36430 0.000 0.136 0.308 0.012 0.544
#> SRR661120 3 0.4588 0.54898 0.004 0.248 0.716 0.012 0.020
#> SRR601613 3 0.3354 0.72429 0.068 0.000 0.844 0.088 0.000
#> SRR811535 1 0.3827 0.67313 0.812 0.144 0.000 0.024 0.020
#> SRR820316 1 0.4135 0.68118 0.804 0.128 0.000 0.024 0.044
#> SRR1368616 2 0.6249 0.43880 0.120 0.664 0.000 0.096 0.120
#> SRR1375677 1 0.2820 0.73721 0.884 0.000 0.056 0.056 0.004
#> SRR1365700 2 0.4123 0.54254 0.108 0.796 0.000 0.092 0.004
#> SRR604122 5 0.5473 0.49536 0.300 0.000 0.056 0.016 0.628
#> SRR598509 2 0.3476 0.58690 0.000 0.816 0.004 0.160 0.020
#> SRR1397052 1 0.4995 0.66375 0.728 0.000 0.048 0.192 0.032
#> SRR1339921 3 0.5972 0.48459 0.276 0.000 0.572 0.152 0.000
#> SRR664743 1 0.4123 0.69964 0.816 0.084 0.000 0.072 0.028
#> SRR1339199 4 0.5572 0.30641 0.064 0.296 0.000 0.624 0.016
#> SRR1355660 3 0.3634 0.70929 0.136 0.000 0.820 0.040 0.004
#> SRR1481012 1 0.2379 0.74762 0.912 0.000 0.028 0.048 0.012
#> SRR603449 1 0.2061 0.74644 0.924 0.004 0.056 0.012 0.004
#> SRR1400889 1 0.2036 0.74902 0.928 0.000 0.036 0.008 0.028
#> SRR808808 3 0.3930 0.62495 0.012 0.200 0.776 0.008 0.004
#> SRR656288 1 0.2832 0.74267 0.896 0.036 0.044 0.020 0.004
#> SRR1405886 3 0.2434 0.72444 0.008 0.036 0.908 0.048 0.000
#> SRR1487233 5 0.1143 0.80395 0.004 0.012 0.008 0.008 0.968
#> SRR662043 3 0.4759 0.50630 0.328 0.000 0.644 0.020 0.008
#> SRR1381211 2 0.3055 0.61575 0.000 0.864 0.000 0.072 0.064
#> SRR1379365 4 0.6030 0.32058 0.148 0.264 0.000 0.584 0.004
#> SRR1384852 2 0.2992 0.62654 0.000 0.868 0.068 0.064 0.000
#> SRR1430357 4 0.6772 0.07288 0.352 0.000 0.020 0.472 0.156
#> SRR2164847 2 0.5619 0.08521 0.428 0.516 0.000 0.032 0.024
#> SRR807901 1 0.2584 0.74662 0.900 0.000 0.008 0.040 0.052
#> SRR816064 1 0.2862 0.72991 0.892 0.060 0.004 0.020 0.024
#> SRR810507 1 0.4798 0.52450 0.684 0.000 0.272 0.036 0.008
#> SRR1358582 1 0.0566 0.75072 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1349893 1 0.3888 0.68984 0.796 0.000 0.148 0.056 0.000
#> SRR1444722 5 0.2341 0.79230 0.000 0.020 0.012 0.056 0.912
#> SRR1316483 3 0.2234 0.73438 0.036 0.024 0.924 0.008 0.008
#> SRR662749 1 0.0324 0.75040 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1342701 5 0.4477 0.63663 0.000 0.040 0.000 0.252 0.708
#> SRR1343653 1 0.6615 -0.03529 0.424 0.388 0.000 0.184 0.004
#> SRR1336134 2 0.4826 0.40370 0.000 0.644 0.324 0.008 0.024
#> SRR654940 2 0.5819 0.45879 0.152 0.692 0.000 0.064 0.092
#> SRR1098288 2 0.4675 0.36036 0.000 0.600 0.000 0.380 0.020
#> SRR1326343 1 0.5826 0.60758 0.672 0.000 0.040 0.096 0.192
#> SRR811145 1 0.0740 0.75116 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR615359 3 0.4467 0.52835 0.004 0.008 0.712 0.016 0.260
#> SRR1075997 3 0.5647 0.31277 0.016 0.344 0.584 0.056 0.000
#> SRR1090483 1 0.5688 0.49530 0.608 0.004 0.072 0.308 0.008
#> SRR1388698 3 0.4295 0.70958 0.084 0.004 0.780 0.132 0.000
#> SRR1312482 2 0.4031 0.55166 0.048 0.788 0.000 0.160 0.004
#> SRR1430420 3 0.7543 0.07476 0.036 0.248 0.412 0.300 0.004
#> SRR1387475 4 0.6383 0.30743 0.188 0.276 0.000 0.532 0.004
#> SRR1388419 2 0.6255 0.28193 0.000 0.516 0.024 0.084 0.376
#> SRR1442250 5 0.2018 0.79994 0.008 0.012 0.040 0.008 0.932
#> SRR1430679 2 0.4675 0.50802 0.088 0.744 0.000 0.164 0.004
#> SRR1311109 1 0.3411 0.72113 0.860 0.072 0.000 0.036 0.032
#> SRR1478990 1 0.5685 0.60323 0.692 0.068 0.000 0.180 0.060
#> SRR1392434 2 0.4637 0.23700 0.000 0.568 0.420 0.008 0.004
#> SRR1085925 1 0.3243 0.71435 0.848 0.000 0.116 0.032 0.004
#> SRR820655 1 0.3592 0.68850 0.816 0.004 0.156 0.020 0.004
#> SRR1383937 1 0.6423 0.43814 0.604 0.168 0.000 0.196 0.032
#> SRR1315393 2 0.4095 0.52827 0.016 0.748 0.000 0.228 0.008
#> SRR1094506 4 0.7113 -0.05070 0.004 0.328 0.264 0.396 0.008
#> SRR1330633 2 0.2072 0.62503 0.016 0.928 0.000 0.036 0.020
#> SRR1330153 5 0.5436 0.69630 0.080 0.000 0.096 0.092 0.732
#> SRR1451778 5 0.3564 0.74978 0.100 0.000 0.028 0.028 0.844
#> SRR657089 3 0.3317 0.71578 0.008 0.032 0.848 0.112 0.000
#> SRR1395659 5 0.0451 0.80443 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR1385716 3 0.4363 0.57508 0.016 0.244 0.728 0.008 0.004
#> SRR1466109 1 0.3162 0.71788 0.868 0.092 0.004 0.020 0.016
#> SRR1080977 2 0.6239 0.37466 0.000 0.556 0.172 0.268 0.004
#> SRR1441725 3 0.1725 0.73605 0.024 0.004 0.944 0.024 0.004
#> SRR1485078 2 0.4819 0.26720 0.000 0.576 0.008 0.012 0.404
#> SRR661806 2 0.5526 0.45372 0.192 0.704 0.068 0.024 0.012
#> SRR1334919 3 0.2241 0.70712 0.000 0.076 0.908 0.008 0.008
#> SRR599249 5 0.4164 0.65139 0.200 0.000 0.024 0.012 0.764
#> SRR810051 2 0.2824 0.62401 0.000 0.872 0.032 0.096 0.000
#> SRR1407202 5 0.4216 0.68252 0.164 0.008 0.024 0.016 0.788
#> SRR1434399 1 0.2984 0.74007 0.880 0.000 0.020 0.072 0.028
#> SRR1330965 4 0.7423 -0.05473 0.000 0.328 0.240 0.396 0.036
#> SRR1369536 1 0.1644 0.74689 0.940 0.000 0.048 0.008 0.004
#> SRR1382508 3 0.1991 0.70936 0.004 0.076 0.916 0.004 0.000
#> SRR1405028 3 0.3612 0.62889 0.000 0.004 0.796 0.016 0.184
#> SRR612719 3 0.4320 0.65978 0.044 0.008 0.784 0.008 0.156
#> SRR1340617 2 0.5449 0.21529 0.052 0.532 0.000 0.412 0.004
#> SRR1448183 1 0.5658 0.28049 0.556 0.008 0.028 0.020 0.388
#> SRR1362488 4 0.4310 0.12887 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR1361156 1 0.5060 0.60992 0.728 0.124 0.000 0.136 0.012
#> SRR1454374 1 0.1299 0.75042 0.960 0.008 0.020 0.012 0.000
#> SRR811891 5 0.1419 0.80243 0.016 0.000 0.016 0.012 0.956
#> SRR1477837 3 0.4359 0.46443 0.008 0.304 0.680 0.008 0.000
#> SRR607252 1 0.2899 0.74350 0.888 0.000 0.032 0.056 0.024
#> SRR1418946 3 0.4626 0.43936 0.012 0.332 0.648 0.004 0.004
#> SRR1456567 1 0.6688 0.16021 0.488 0.180 0.000 0.320 0.012
#> SRR1487425 2 0.4004 0.54239 0.000 0.748 0.016 0.232 0.004
#> SRR1335627 5 0.0693 0.80396 0.008 0.000 0.000 0.012 0.980
#> SRR1327680 4 0.7021 -0.07120 0.000 0.352 0.240 0.396 0.012
#> SRR1478812 2 0.2929 0.58409 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1447673 3 0.4727 0.61580 0.036 0.008 0.696 0.260 0.000
#> SRR815735 3 0.4858 0.55026 0.316 0.008 0.652 0.020 0.004
#> SRR1404251 2 0.3569 0.61387 0.036 0.852 0.040 0.072 0.000
#> SRR601645 1 0.2011 0.74513 0.928 0.000 0.044 0.020 0.008
#> SRR656300 1 0.5251 0.47212 0.600 0.008 0.032 0.356 0.004
#> SRR659983 1 0.2532 0.74033 0.908 0.028 0.000 0.028 0.036
#> SRR1402414 5 0.1117 0.80378 0.020 0.000 0.000 0.016 0.964
#> SRR614215 5 0.5122 0.61620 0.204 0.000 0.072 0.016 0.708
#> SRR659283 1 0.2964 0.73108 0.868 0.012 0.004 0.008 0.108
#> SRR1459956 2 0.2763 0.60150 0.004 0.848 0.000 0.148 0.000
#> SRR1340441 4 0.7059 -0.03199 0.000 0.316 0.268 0.404 0.012
#> SRR1317428 1 0.3046 0.74276 0.880 0.000 0.020 0.052 0.048
#> SRR1403390 5 0.4768 0.56973 0.000 0.004 0.288 0.036 0.672
#> SRR1452741 3 0.2654 0.73813 0.044 0.016 0.900 0.040 0.000
#> SRR1458484 3 0.5217 0.57542 0.232 0.000 0.676 0.088 0.004
#> SRR1387091 1 0.5432 0.58045 0.672 0.012 0.004 0.240 0.072
#> SRR1358017 5 0.1605 0.79923 0.000 0.012 0.004 0.040 0.944
#> SRR1457039 1 0.6881 0.02640 0.448 0.308 0.004 0.236 0.004
#> SRR1376539 2 0.6686 0.15755 0.000 0.420 0.200 0.376 0.004
#> SRR1430639 1 0.2040 0.74691 0.928 0.000 0.032 0.032 0.008
#> SRR1406069 1 0.6930 0.21364 0.456 0.000 0.012 0.276 0.256
#> SRR1419829 5 0.1026 0.80234 0.000 0.004 0.004 0.024 0.968
#> SRR1434315 1 0.0693 0.75057 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR658457 1 0.3832 0.70792 0.824 0.016 0.004 0.032 0.124
#> SRR1367849 1 0.6199 0.23644 0.468 0.000 0.120 0.408 0.004
#> SRR1320939 3 0.4141 0.71202 0.104 0.000 0.800 0.088 0.008
#> SRR656588 1 0.2861 0.73141 0.888 0.064 0.000 0.024 0.024
#> SRR599025 1 0.2507 0.73450 0.908 0.044 0.000 0.020 0.028
#> SRR1401446 2 0.3265 0.62258 0.000 0.856 0.096 0.040 0.008
#> SRR1398311 5 0.1787 0.80180 0.016 0.004 0.000 0.044 0.936
#> SRR1442149 4 0.6247 -0.07502 0.396 0.000 0.104 0.488 0.012
#> SRR809137 1 0.4594 0.46579 0.672 0.004 0.304 0.016 0.004
#> SRR1414982 1 0.5916 0.50653 0.640 0.088 0.000 0.240 0.032
#> SRR600852 3 0.3798 0.70984 0.120 0.000 0.816 0.060 0.004
#> SRR1414857 4 0.6455 0.28130 0.192 0.288 0.000 0.516 0.004
#> SRR1321225 2 0.3538 0.56270 0.000 0.804 0.176 0.016 0.004
#> SRR1069802 1 0.4126 0.70286 0.800 0.000 0.032 0.028 0.140
#> SRR1077643 5 0.1362 0.80523 0.012 0.008 0.016 0.004 0.960
#> SRR1334154 1 0.5903 0.38149 0.568 0.076 0.000 0.340 0.016
#> SRR1390072 4 0.4914 0.29923 0.284 0.016 0.028 0.672 0.000
#> SRR1467612 5 0.6556 0.10430 0.000 0.260 0.000 0.264 0.476
#> SRR1430133 2 0.4127 0.45568 0.008 0.680 0.000 0.312 0.000
#> SRR1468595 1 0.2568 0.73094 0.888 0.000 0.092 0.016 0.004
#> SRR1351931 2 0.4321 0.31476 0.000 0.600 0.000 0.396 0.004
#> SRR1374028 5 0.6932 0.38701 0.036 0.000 0.140 0.348 0.476
#> SRR1311243 1 0.3705 0.65448 0.788 0.000 0.192 0.012 0.008
#> SRR1385235 1 0.2943 0.72627 0.868 0.004 0.108 0.016 0.004
#> SRR1469638 2 0.7379 0.14704 0.244 0.484 0.232 0.028 0.012
#> SRR662150 1 0.2989 0.73115 0.884 0.040 0.000 0.024 0.052
#> SRR1400290 3 0.5550 0.64272 0.124 0.008 0.680 0.184 0.004
#> SRR1084892 2 0.2331 0.62871 0.000 0.908 0.008 0.068 0.016
#> SRR1416166 3 0.3402 0.70786 0.012 0.000 0.832 0.140 0.016
#> SRR1477015 3 0.2769 0.72617 0.032 0.000 0.876 0.092 0.000
#> SRR1380501 4 0.3727 0.38977 0.016 0.216 0.000 0.768 0.000
#> SRR1446156 4 0.6194 0.28611 0.184 0.000 0.028 0.628 0.160
#> SRR1488328 2 0.6284 0.36071 0.012 0.576 0.160 0.252 0.000
#> SRR1086889 4 0.6495 0.26216 0.000 0.196 0.264 0.532 0.008
#> SRR814611 3 0.2744 0.71877 0.016 0.056 0.900 0.012 0.016
#> SRR599086 3 0.3126 0.72948 0.044 0.044 0.884 0.012 0.016
#> SRR1086844 1 0.2890 0.72697 0.872 0.004 0.104 0.016 0.004
#> SRR1464535 1 0.3573 0.71244 0.836 0.016 0.020 0.124 0.004
#> SRR807877 2 0.6792 0.39935 0.036 0.548 0.252 0.164 0.000
#> SRR1477033 1 0.1251 0.74971 0.956 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR1335164 2 0.5087 0.42377 0.188 0.704 0.000 0.104 0.004
#> SRR601986 3 0.0693 0.73145 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000
#> SRR1446226 1 0.1364 0.74940 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR659637 3 0.3517 0.65472 0.012 0.168 0.812 0.004 0.004
#> SRR600474 1 0.2005 0.74959 0.932 0.012 0.040 0.012 0.004
#> SRR1307699 1 0.2784 0.72324 0.872 0.000 0.108 0.016 0.004
#> SRR1312540 3 0.3152 0.73981 0.064 0.016 0.872 0.048 0.000
#> SRR1323628 1 0.2886 0.74336 0.884 0.004 0.012 0.020 0.080
#> SRR1430951 4 0.6507 0.08290 0.000 0.164 0.004 0.436 0.396
#> SRR1385364 4 0.3484 0.38534 0.000 0.024 0.152 0.820 0.004
#> SRR1478149 3 0.5068 0.45339 0.000 0.004 0.580 0.384 0.032
#> SRR1384413 1 0.4994 0.51854 0.636 0.004 0.024 0.328 0.008
#> SRR1366855 1 0.4071 0.68118 0.808 0.108 0.000 0.072 0.012
#> SRR1077115 1 0.5620 0.35248 0.580 0.344 0.000 0.068 0.008
#> SRR1399990 2 0.5044 0.22881 0.012 0.584 0.388 0.008 0.008
#> SRR1434093 2 0.4780 0.54338 0.048 0.764 0.156 0.024 0.008
#> SRR1341408 2 0.4431 0.49036 0.168 0.760 0.000 0.068 0.004
#> SRR612335 5 0.6640 0.21596 0.360 0.000 0.020 0.136 0.484
#> SRR1321420 1 0.4617 0.59982 0.716 0.000 0.224 0.060 0.000
#> SRR1329177 1 0.6584 0.15497 0.464 0.000 0.344 0.188 0.004
#> SRR1398371 5 0.3759 0.72536 0.024 0.004 0.000 0.180 0.792
#> SRR614996 3 0.4491 0.67406 0.064 0.168 0.760 0.008 0.000
#> SRR1431602 1 0.7050 0.13453 0.476 0.268 0.000 0.232 0.024
#> SRR1311509 5 0.3294 0.75572 0.104 0.000 0.008 0.036 0.852
#> SRR1507229 4 0.6905 -0.07527 0.000 0.336 0.276 0.384 0.004
#> SRR1310373 4 0.5907 0.20534 0.000 0.240 0.116 0.628 0.016
#> SRR1408072 4 0.5174 -0.15818 0.452 0.000 0.016 0.516 0.016
#> SRR1469591 3 0.5976 0.58443 0.264 0.028 0.628 0.076 0.004
#> SRR1392813 4 0.5148 0.23041 0.032 0.340 0.000 0.616 0.012
#> SRR1453026 2 0.6326 0.41994 0.000 0.576 0.280 0.024 0.120
#> SRR1388105 4 0.6755 0.23781 0.128 0.000 0.084 0.604 0.184
#> SRR1357558 1 0.1087 0.75009 0.968 0.000 0.016 0.008 0.008
#> SRR615898 2 0.5243 0.49513 0.000 0.668 0.244 0.084 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR606939 1 0.1606 0.65386 0.932 0.004 0.056 0.000 0.000 0.008
#> SRR1468613 1 0.2812 0.64296 0.856 0.000 0.096 0.000 0.000 0.048
#> SRR815184 2 0.5975 0.29519 0.000 0.528 0.100 0.328 0.044 0.000
#> SRR1381693 1 0.3196 0.61463 0.836 0.000 0.064 0.004 0.000 0.096
#> SRR1467904 5 0.1624 0.72314 0.000 0.020 0.040 0.000 0.936 0.004
#> SRR1442648 5 0.3868 0.66045 0.016 0.024 0.052 0.080 0.824 0.004
#> SRR1486174 2 0.4107 0.51728 0.000 0.780 0.032 0.128 0.060 0.000
#> SRR1349433 2 0.7113 0.43600 0.000 0.556 0.088 0.060 0.152 0.144
#> SRR1321283 4 0.8214 -0.11396 0.004 0.316 0.116 0.328 0.056 0.180
#> SRR1387702 1 0.4109 0.59563 0.772 0.008 0.172 0.020 0.008 0.020
#> SRR1435584 4 0.6601 0.28509 0.152 0.240 0.088 0.520 0.000 0.000
#> SRR1406265 1 0.3913 0.61613 0.788 0.012 0.104 0.000 0.000 0.096
#> SRR1366367 1 0.6893 -0.12837 0.352 0.016 0.288 0.328 0.008 0.008
#> SRR1458026 1 0.6615 0.22224 0.500 0.000 0.240 0.212 0.008 0.040
#> SRR1094192 4 0.7735 -0.26836 0.272 0.008 0.260 0.336 0.120 0.004
#> SRR1397180 4 0.6952 0.09447 0.392 0.108 0.068 0.408 0.000 0.024
#> SRR657492 1 0.5130 0.52618 0.656 0.156 0.180 0.004 0.004 0.000
#> SRR662665 5 0.6095 0.45663 0.080 0.168 0.112 0.000 0.628 0.012
#> SRR818530 5 0.1483 0.72491 0.000 0.036 0.012 0.008 0.944 0.000
#> SRR817563 4 0.6643 0.23002 0.080 0.280 0.148 0.492 0.000 0.000
#> SRR613462 2 0.5709 -0.17180 0.004 0.448 0.140 0.000 0.000 0.408
#> SRR1405206 5 0.2772 0.69904 0.000 0.036 0.020 0.068 0.876 0.000
#> SRR1454136 2 0.5100 0.30625 0.000 0.552 0.040 0.384 0.000 0.024
#> SRR1380785 2 0.3240 0.52377 0.000 0.812 0.040 0.148 0.000 0.000
#> SRR612875 1 0.6957 0.10877 0.472 0.172 0.112 0.000 0.000 0.244
#> SRR808327 2 0.3945 0.34342 0.000 0.612 0.008 0.380 0.000 0.000
#> SRR1355194 2 0.3266 0.53003 0.000 0.844 0.100 0.024 0.004 0.028
#> SRR1408227 2 0.5695 0.48730 0.016 0.656 0.060 0.196 0.000 0.072
#> SRR1086304 5 0.3501 0.66593 0.000 0.040 0.044 0.000 0.832 0.084
#> SRR1080415 1 0.5668 0.26546 0.556 0.000 0.164 0.008 0.000 0.272
#> SRR1086140 2 0.8105 0.03681 0.032 0.316 0.192 0.172 0.288 0.000
#> SRR1084965 6 0.3416 0.56954 0.120 0.008 0.044 0.000 0.004 0.824
#> SRR1310563 5 0.1350 0.72219 0.000 0.020 0.020 0.000 0.952 0.008
#> SRR602437 1 0.5743 0.17774 0.532 0.004 0.152 0.000 0.004 0.308
#> SRR663404 1 0.3702 0.61783 0.784 0.040 0.168 0.000 0.004 0.004
#> SRR1337238 1 0.2237 0.63762 0.896 0.000 0.080 0.004 0.000 0.020
#> SRR1360442 1 0.5414 0.49982 0.672 0.004 0.188 0.012 0.104 0.020
#> SRR1356487 2 0.5197 0.37908 0.000 0.600 0.016 0.308 0.076 0.000
#> SRR1479263 2 0.3699 0.52287 0.000 0.780 0.012 0.176 0.000 0.032
#> SRR1409641 1 0.2058 0.65181 0.916 0.000 0.056 0.008 0.004 0.016
#> SRR1442686 1 0.1858 0.64864 0.924 0.012 0.052 0.012 0.000 0.000
#> SRR1345736 6 0.4131 0.52627 0.176 0.004 0.064 0.000 0.004 0.752
#> SRR1345827 2 0.3483 0.54175 0.000 0.828 0.028 0.044 0.000 0.100
#> SRR1367456 5 0.5240 0.59693 0.000 0.136 0.092 0.000 0.696 0.076
#> SRR1072650 1 0.1542 0.65523 0.936 0.000 0.052 0.000 0.004 0.008
#> SRR1446393 5 0.6914 0.36760 0.012 0.144 0.204 0.112 0.528 0.000
#> SRR1087197 2 0.5784 -0.09114 0.004 0.488 0.084 0.000 0.024 0.400
#> SRR1383960 2 0.7099 0.24057 0.252 0.468 0.176 0.008 0.000 0.096
#> SRR600924 6 0.5999 0.02826 0.388 0.008 0.176 0.000 0.000 0.428
#> SRR662390 2 0.6477 0.00945 0.376 0.416 0.180 0.012 0.000 0.016
#> SRR1071692 1 0.4692 0.47989 0.680 0.000 0.068 0.012 0.000 0.240
#> SRR658421 1 0.2715 0.64136 0.860 0.024 0.112 0.000 0.004 0.000
#> SRR1352936 2 0.4875 0.28451 0.000 0.636 0.104 0.000 0.000 0.260
#> SRR598148 6 0.4528 0.39095 0.000 0.024 0.312 0.008 0.008 0.648
#> SRR1444390 4 0.7453 0.18040 0.240 0.164 0.212 0.384 0.000 0.000
#> SRR1444644 6 0.6629 0.33320 0.000 0.128 0.236 0.112 0.000 0.524
#> SRR1389777 5 0.6514 -0.14017 0.332 0.004 0.232 0.004 0.416 0.012
#> SRR603918 5 0.6833 0.33295 0.032 0.048 0.304 0.096 0.512 0.008
#> SRR1468682 1 0.6405 0.46401 0.604 0.008 0.132 0.172 0.008 0.076
#> SRR1490505 5 0.2108 0.71296 0.000 0.056 0.016 0.016 0.912 0.000
#> SRR1343859 5 0.3328 0.67867 0.000 0.004 0.112 0.008 0.832 0.044
#> SRR1075631 6 0.6873 -0.12423 0.060 0.000 0.216 0.324 0.000 0.400
#> SRR1444954 2 0.6229 0.31879 0.012 0.540 0.088 0.052 0.308 0.000
#> SRR1479286 1 0.5649 0.46216 0.616 0.016 0.076 0.264 0.000 0.028
#> SRR1381524 6 0.4300 0.51898 0.000 0.208 0.080 0.000 0.000 0.712
#> SRR1392208 3 0.7524 0.11965 0.000 0.152 0.356 0.328 0.008 0.156
#> SRR1456693 5 0.1642 0.72526 0.000 0.032 0.028 0.004 0.936 0.000
#> SRR1358482 5 0.4922 0.57898 0.004 0.168 0.084 0.032 0.712 0.000
#> SRR658331 2 0.3790 0.49476 0.000 0.780 0.104 0.000 0.000 0.116
#> SRR810619 2 0.5694 0.42262 0.104 0.664 0.136 0.092 0.004 0.000
#> SRR600829 6 0.2973 0.58784 0.084 0.032 0.016 0.000 0.004 0.864
#> SRR599380 1 0.1180 0.65477 0.960 0.004 0.024 0.000 0.004 0.008
#> SRR1337388 1 0.7200 0.28217 0.488 0.000 0.180 0.196 0.012 0.124
#> SRR2185195 1 0.5921 0.52851 0.644 0.112 0.172 0.008 0.060 0.004
#> SRR1489693 2 0.6813 -0.10221 0.000 0.428 0.116 0.000 0.108 0.348
#> SRR1318662 4 0.3454 0.32002 0.000 0.224 0.012 0.760 0.000 0.004
#> SRR1408657 1 0.6245 0.39765 0.576 0.000 0.176 0.044 0.008 0.196
#> SRR1384805 4 0.6166 0.15767 0.188 0.024 0.152 0.604 0.000 0.032
#> SRR661337 1 0.4726 0.57357 0.712 0.120 0.156 0.008 0.000 0.004
#> SRR601239 1 0.2089 0.65089 0.908 0.004 0.072 0.000 0.004 0.012
#> SRR1468995 2 0.6474 0.44112 0.016 0.592 0.116 0.096 0.180 0.000
#> SRR1352111 1 0.4563 0.58610 0.748 0.036 0.108 0.000 0.000 0.108
#> SRR1330944 4 0.4854 0.35771 0.188 0.048 0.048 0.712 0.000 0.004
#> SRR1419453 4 0.5479 0.36948 0.028 0.084 0.036 0.688 0.164 0.000
#> SRR1437208 2 0.4883 0.46266 0.060 0.712 0.056 0.172 0.000 0.000
#> SRR1444914 1 0.1218 0.65403 0.956 0.004 0.028 0.000 0.000 0.012
#> SRR660756 1 0.7770 -0.07407 0.336 0.300 0.176 0.176 0.012 0.000
#> SRR1093269 5 0.5949 0.34315 0.000 0.032 0.064 0.348 0.536 0.020
#> SRR1341456 2 0.7454 0.12816 0.004 0.344 0.136 0.336 0.000 0.180
#> SRR657456 2 0.4539 0.50621 0.008 0.728 0.096 0.164 0.000 0.004
#> SRR807727 2 0.2709 0.55200 0.000 0.892 0.024 0.020 0.020 0.044
#> SRR816358 6 0.5683 0.54177 0.108 0.164 0.068 0.000 0.004 0.656
#> SRR658283 2 0.4755 0.47662 0.060 0.732 0.164 0.036 0.008 0.000
#> SRR813728 2 0.4081 0.51147 0.000 0.760 0.052 0.172 0.016 0.000
#> SRR1394520 6 0.4853 0.38328 0.292 0.004 0.076 0.000 0.000 0.628
#> SRR1308200 2 0.8072 0.17372 0.080 0.388 0.088 0.256 0.000 0.188
#> SRR1432366 1 0.7232 0.05337 0.416 0.164 0.144 0.276 0.000 0.000
#> SRR1087992 6 0.6150 0.49817 0.088 0.252 0.092 0.000 0.000 0.568
#> SRR1405593 6 0.3956 0.54062 0.056 0.000 0.136 0.016 0.004 0.788
#> SRR1326040 6 0.3309 0.57611 0.080 0.004 0.052 0.012 0.004 0.848
#> SRR1312725 1 0.2065 0.64003 0.912 0.000 0.052 0.000 0.004 0.032
#> SRR1478189 1 0.3725 0.59841 0.804 0.000 0.064 0.016 0.000 0.116
#> SRR1488632 5 0.1275 0.72467 0.012 0.000 0.016 0.016 0.956 0.000
#> SRR1398706 5 0.5088 0.50744 0.000 0.004 0.084 0.252 0.648 0.012
#> SRR1368794 2 0.4621 0.47535 0.000 0.700 0.024 0.224 0.052 0.000
#> SRR1392749 4 0.6925 0.02275 0.312 0.048 0.176 0.448 0.016 0.000
#> SRR603968 5 0.0909 0.72489 0.000 0.012 0.020 0.000 0.968 0.000
#> SRR815661 1 0.6179 0.36388 0.588 0.000 0.236 0.032 0.024 0.120
#> SRR663100 1 0.6057 0.46735 0.584 0.160 0.204 0.052 0.000 0.000
#> SRR661229 1 0.5868 0.40350 0.552 0.236 0.200 0.008 0.004 0.000
#> SRR655792 1 0.4201 0.62003 0.792 0.040 0.108 0.000 0.012 0.048
#> SRR663705 5 0.1007 0.72324 0.016 0.000 0.008 0.004 0.968 0.004
#> SRR1464281 2 0.4430 0.37097 0.000 0.624 0.016 0.344 0.016 0.000
#> SRR1400397 4 0.6520 0.20408 0.352 0.104 0.084 0.460 0.000 0.000
#> SRR1331444 1 0.1552 0.65078 0.940 0.000 0.036 0.004 0.000 0.020
#> SRR1439958 4 0.2532 0.40725 0.000 0.076 0.032 0.884 0.000 0.008
#> SRR1384917 5 0.1080 0.72603 0.000 0.032 0.004 0.004 0.960 0.000
#> SRR1435182 2 0.7180 0.43099 0.068 0.544 0.072 0.156 0.000 0.160
#> SRR1477569 6 0.4947 0.28677 0.384 0.004 0.060 0.000 0.000 0.552
#> SRR602461 1 0.4454 0.47373 0.692 0.000 0.084 0.000 0.000 0.224
#> SRR1334338 1 0.6617 -0.08232 0.396 0.028 0.212 0.004 0.000 0.360
#> SRR1354710 1 0.2653 0.64279 0.868 0.000 0.100 0.000 0.004 0.028
#> SRR613510 5 0.4930 0.14669 0.000 0.460 0.044 0.000 0.488 0.008
#> SRR663014 1 0.7967 0.14115 0.392 0.196 0.196 0.184 0.032 0.000
#> SRR1417960 1 0.7714 -0.11313 0.388 0.000 0.236 0.244 0.108 0.024
#> SRR1474730 2 0.5598 -0.11136 0.004 0.464 0.124 0.000 0.000 0.408
#> SRR1381269 4 0.3281 0.38708 0.000 0.040 0.104 0.840 0.008 0.008
#> SRR657695 5 0.0291 0.72493 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1357650 4 0.3835 0.40626 0.004 0.112 0.032 0.808 0.044 0.000
#> SRR1472237 4 0.7359 -0.04908 0.096 0.000 0.200 0.372 0.008 0.324
#> SRR1470816 5 0.1828 0.71998 0.008 0.008 0.028 0.016 0.936 0.004
#> SRR1458358 1 0.4652 0.56160 0.744 0.000 0.104 0.012 0.016 0.124
#> SRR614683 1 0.5159 0.52656 0.688 0.160 0.112 0.000 0.000 0.040
#> SRR1318998 5 0.0291 0.72547 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1392795 4 0.4865 0.32969 0.004 0.208 0.016 0.692 0.080 0.000
#> SRR1469859 1 0.3505 0.59890 0.808 0.000 0.048 0.008 0.000 0.136
#> SRR1378243 5 0.7070 0.09310 0.184 0.020 0.268 0.060 0.468 0.000
#> SRR1360587 4 0.6301 -0.04611 0.388 0.008 0.128 0.448 0.000 0.028
#> SRR604230 1 0.6698 0.04520 0.472 0.000 0.344 0.028 0.040 0.116
#> SRR1347667 2 0.8273 0.12190 0.004 0.340 0.120 0.324 0.092 0.120
#> SRR608096 6 0.6652 0.27437 0.000 0.260 0.216 0.036 0.008 0.480
#> SRR665514 1 0.5070 0.54267 0.668 0.124 0.196 0.008 0.004 0.000
#> SRR1454522 4 0.7308 -0.11962 0.004 0.348 0.124 0.364 0.000 0.160
#> SRR1419615 1 0.6207 0.29381 0.520 0.024 0.068 0.352 0.032 0.004
#> SRR1429802 1 0.5309 0.53515 0.668 0.004 0.088 0.212 0.008 0.020
#> SRR1345436 6 0.6754 -0.12383 0.044 0.000 0.356 0.192 0.004 0.404
#> SRR1433684 6 0.4658 0.57956 0.068 0.068 0.104 0.000 0.004 0.756
#> SRR613186 3 0.8247 0.08988 0.000 0.160 0.396 0.112 0.104 0.228
#> SRR1343795 4 0.2653 0.37928 0.000 0.144 0.012 0.844 0.000 0.000
#> SRR1417766 4 0.3099 0.35785 0.000 0.176 0.008 0.808 0.000 0.008
#> SRR1420606 4 0.5604 0.12955 0.000 0.000 0.176 0.640 0.044 0.140
#> SRR1326687 1 0.2101 0.64725 0.912 0.000 0.052 0.000 0.008 0.028
#> SRR1458973 2 0.2231 0.54680 0.000 0.900 0.028 0.068 0.000 0.004
#> SRR1309856 4 0.3866 0.30278 0.008 0.232 0.024 0.736 0.000 0.000
#> SRR1102756 2 0.3192 0.54008 0.000 0.844 0.028 0.016 0.004 0.108
#> SRR1366519 4 0.4561 0.03344 0.000 0.404 0.024 0.564 0.000 0.008
#> SRR1080438 4 0.7716 0.23756 0.136 0.036 0.108 0.548 0.092 0.080
#> SRR1391789 2 0.4037 0.53916 0.000 0.784 0.108 0.020 0.000 0.088
#> SRR1402195 5 0.6140 0.33905 0.072 0.004 0.296 0.020 0.568 0.040
#> SRR1429516 1 0.3867 0.62720 0.800 0.024 0.104 0.072 0.000 0.000
#> SRR1406662 6 0.6766 -0.06510 0.012 0.000 0.300 0.244 0.024 0.420
#> SRR1333414 4 0.5168 -0.10837 0.000 0.456 0.056 0.476 0.012 0.000
#> SRR1369030 4 0.5831 0.19649 0.000 0.040 0.076 0.572 0.304 0.008
#> SRR1342916 1 0.2339 0.64684 0.904 0.000 0.056 0.016 0.004 0.020
#> SRR1362824 2 0.4422 0.52668 0.016 0.784 0.080 0.076 0.044 0.000
#> SRR1455326 1 0.1788 0.64494 0.928 0.000 0.040 0.000 0.004 0.028
#> SRR1349956 1 0.1325 0.65296 0.956 0.000 0.012 0.004 0.012 0.016
#> SRR1409487 1 0.4783 0.56525 0.708 0.064 0.192 0.036 0.000 0.000
#> SRR1434568 3 0.7668 0.40504 0.168 0.000 0.360 0.280 0.008 0.184
#> SRR1341965 1 0.6143 0.30625 0.516 0.012 0.092 0.344 0.000 0.036
#> SRR1473505 5 0.8466 0.04817 0.112 0.240 0.172 0.124 0.352 0.000
#> SRR1402068 2 0.6993 0.33934 0.036 0.560 0.120 0.136 0.148 0.000
#> SRR1490076 4 0.4346 0.39916 0.004 0.124 0.060 0.776 0.004 0.032
#> SRR1435501 1 0.5989 0.48219 0.600 0.144 0.220 0.016 0.004 0.016
#> SRR1452491 4 0.7617 0.02705 0.168 0.016 0.152 0.412 0.000 0.252
#> SRR1397329 5 0.3134 0.69043 0.004 0.000 0.068 0.024 0.860 0.044
#> SRR1093243 1 0.7564 -0.15539 0.368 0.000 0.216 0.264 0.004 0.148
#> SRR1418390 4 0.4380 0.18418 0.008 0.320 0.020 0.648 0.004 0.000
#> SRR608480 1 0.3976 0.59110 0.768 0.000 0.176 0.012 0.004 0.040
#> SRR598589 3 0.7256 0.29084 0.344 0.000 0.364 0.020 0.052 0.220
#> SRR601868 1 0.5392 0.22338 0.528 0.000 0.084 0.012 0.000 0.376
#> SRR607313 1 0.3304 0.61649 0.820 0.008 0.144 0.004 0.000 0.024
#> SRR812222 2 0.6133 0.25656 0.068 0.516 0.060 0.348 0.000 0.008
#> SRR815893 1 0.5907 0.47916 0.616 0.048 0.140 0.192 0.000 0.004
#> SRR1455503 4 0.6368 0.35327 0.244 0.156 0.052 0.544 0.000 0.004
#> SRR810737 1 0.4400 0.56943 0.732 0.008 0.096 0.164 0.000 0.000
#> SRR1347500 1 0.5510 0.47205 0.656 0.000 0.224 0.032 0.024 0.064
#> SRR1443182 1 0.7093 0.29470 0.520 0.236 0.104 0.116 0.008 0.016
#> SRR1457872 1 0.7320 -0.01440 0.376 0.308 0.140 0.176 0.000 0.000
#> SRR658481 1 0.5831 0.49773 0.612 0.144 0.196 0.048 0.000 0.000
#> SRR1406243 1 0.4586 0.60567 0.752 0.004 0.144 0.008 0.020 0.072
#> SRR1332607 2 0.4974 0.45925 0.008 0.692 0.060 0.028 0.000 0.212
#> SRR656433 1 0.3887 0.61972 0.792 0.052 0.140 0.004 0.004 0.008
#> SRR1420811 4 0.4972 0.31716 0.040 0.228 0.024 0.688 0.000 0.020
#> SRR1308674 2 0.4129 0.48764 0.000 0.716 0.020 0.244 0.000 0.020
#> SRR1338363 6 0.4864 0.49102 0.004 0.256 0.092 0.000 0.000 0.648
#> SRR1344271 4 0.4861 0.33144 0.000 0.044 0.112 0.724 0.000 0.120
#> SRR1321608 4 0.5016 0.30271 0.000 0.236 0.036 0.668 0.060 0.000
#> SRR1441464 2 0.4138 0.53857 0.000 0.768 0.012 0.112 0.000 0.108
#> SRR607970 1 0.5520 0.38845 0.612 0.000 0.136 0.020 0.000 0.232
#> SRR1338171 2 0.2834 0.54291 0.000 0.880 0.028 0.012 0.016 0.064
#> SRR604174 6 0.6520 0.09958 0.020 0.008 0.340 0.036 0.092 0.504
#> SRR1345221 1 0.4570 0.56154 0.732 0.000 0.188 0.028 0.008 0.044
#> SRR815517 5 0.3182 0.68701 0.004 0.084 0.044 0.000 0.852 0.016
#> SRR615970 2 0.6173 0.39411 0.000 0.596 0.140 0.172 0.000 0.092
#> SRR1370659 1 0.2708 0.64798 0.864 0.004 0.112 0.008 0.012 0.000
#> SRR1383125 1 0.1138 0.65363 0.960 0.000 0.024 0.000 0.004 0.012
#> SRR1331013 1 0.8157 0.24381 0.456 0.080 0.160 0.200 0.020 0.084
#> SRR1419638 6 0.5220 0.46906 0.004 0.276 0.104 0.000 0.004 0.612
#> SRR1434975 2 0.4525 0.36346 0.000 0.696 0.068 0.000 0.008 0.228
#> SRR1445741 4 0.7617 -0.16066 0.008 0.000 0.240 0.392 0.192 0.168
#> SRR1088142 6 0.5171 0.51316 0.112 0.008 0.168 0.016 0.004 0.692
#> SRR604206 1 0.5153 0.55561 0.668 0.104 0.208 0.008 0.012 0.000
#> SRR1358779 6 0.4392 0.45240 0.004 0.000 0.196 0.028 0.036 0.736
#> SRR1473142 1 0.6245 0.39889 0.556 0.040 0.180 0.220 0.004 0.000
#> SRR1410334 5 0.1296 0.72504 0.000 0.012 0.032 0.004 0.952 0.000
#> SRR1352234 1 0.4237 0.60559 0.768 0.024 0.084 0.124 0.000 0.000
#> SRR1487807 1 0.6366 0.00521 0.448 0.132 0.048 0.372 0.000 0.000
#> SRR1489715 4 0.4604 -0.08015 0.000 0.432 0.024 0.536 0.000 0.008
#> SRR1364780 4 0.4993 0.07596 0.000 0.344 0.084 0.572 0.000 0.000
#> SRR1460124 1 0.2689 0.65157 0.884 0.000 0.060 0.012 0.004 0.040
#> SRR813915 1 0.7609 -0.06532 0.332 0.264 0.212 0.192 0.000 0.000
#> SRR1409748 4 0.6481 0.14521 0.212 0.000 0.140 0.568 0.012 0.068
#> SRR1325504 1 0.1857 0.65158 0.924 0.000 0.044 0.000 0.004 0.028
#> SRR1436490 4 0.5271 0.19644 0.008 0.000 0.168 0.680 0.120 0.024
#> SRR1316725 5 0.6117 0.46964 0.000 0.012 0.208 0.152 0.592 0.036
#> SRR1314851 4 0.7389 0.21685 0.292 0.248 0.056 0.380 0.000 0.024
#> SRR1354599 1 0.2009 0.64968 0.904 0.008 0.084 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406599 2 0.4672 0.50621 0.064 0.760 0.120 0.008 0.004 0.044
#> SRR1308696 4 0.7488 -0.09469 0.004 0.308 0.132 0.356 0.000 0.200
#> SRR808772 1 0.2597 0.64364 0.868 0.012 0.112 0.004 0.004 0.000
#> SRR812649 2 0.7269 0.23858 0.000 0.440 0.060 0.248 0.228 0.024
#> SRR1366690 3 0.7620 0.08055 0.048 0.064 0.384 0.000 0.184 0.320
#> SRR1317707 4 0.3967 0.29033 0.008 0.252 0.016 0.720 0.004 0.000
#> SRR1339321 4 0.6759 0.06016 0.300 0.012 0.148 0.496 0.016 0.028
#> SRR1442487 4 0.4099 0.10171 0.000 0.372 0.016 0.612 0.000 0.000
#> SRR1069690 5 0.3673 0.65831 0.016 0.020 0.140 0.016 0.808 0.000
#> SRR1319344 5 0.2573 0.69167 0.000 0.000 0.104 0.012 0.872 0.012
#> SRR1332835 2 0.3426 0.51225 0.000 0.784 0.012 0.192 0.000 0.012
#> SRR1334694 4 0.5151 0.14188 0.020 0.336 0.048 0.592 0.000 0.004
#> SRR1478434 1 0.5484 0.46688 0.628 0.016 0.076 0.260 0.000 0.020
#> SRR1479933 5 0.1578 0.72174 0.000 0.048 0.012 0.004 0.936 0.000
#> SRR1313853 4 0.4118 0.05766 0.000 0.396 0.004 0.592 0.008 0.000
#> SRR661192 1 0.5956 0.40380 0.572 0.244 0.160 0.004 0.004 0.016
#> SRR1384827 2 0.5225 0.46139 0.000 0.660 0.044 0.224 0.000 0.072
#> SRR814587 1 0.7395 0.06861 0.400 0.240 0.164 0.196 0.000 0.000
#> SRR656899 1 0.6144 0.29129 0.544 0.000 0.320 0.024 0.076 0.036
#> SRR1088340 4 0.5632 0.39909 0.192 0.112 0.056 0.640 0.000 0.000
#> SRR1349772 1 0.1630 0.65223 0.940 0.000 0.024 0.000 0.020 0.016
#> SRR1317305 6 0.2447 0.57893 0.020 0.052 0.024 0.000 0.004 0.900
#> SRR1442273 4 0.9314 0.05334 0.080 0.080 0.160 0.312 0.132 0.236
#> SRR1407470 4 0.2748 0.39250 0.000 0.120 0.016 0.856 0.000 0.008
#> SRR1490289 5 0.7542 0.07673 0.012 0.000 0.272 0.172 0.404 0.140
#> SRR1093649 5 0.6916 0.23281 0.004 0.320 0.196 0.060 0.420 0.000
#> SRR1478900 6 0.2257 0.57062 0.004 0.060 0.028 0.000 0.004 0.904
#> SRR1447652 1 0.3808 0.58762 0.792 0.000 0.088 0.008 0.000 0.112
#> SRR1324545 5 0.2032 0.72082 0.000 0.020 0.036 0.024 0.920 0.000
#> SRR2170537 1 0.4491 0.58801 0.728 0.076 0.184 0.004 0.004 0.004
#> SRR602106 6 0.6022 0.34502 0.216 0.024 0.212 0.000 0.000 0.548
#> SRR615335 6 0.3797 0.55407 0.076 0.000 0.112 0.008 0.004 0.800
#> SRR1321505 6 0.5408 0.51189 0.196 0.056 0.088 0.000 0.000 0.660
#> SRR1457768 6 0.3856 0.51758 0.000 0.000 0.132 0.012 0.068 0.788
#> SRR1340641 1 0.5399 0.51475 0.672 0.000 0.196 0.084 0.012 0.036
#> SRR657903 1 0.6056 0.22646 0.556 0.000 0.260 0.004 0.028 0.152
#> SRR1403458 1 0.1555 0.65397 0.940 0.000 0.040 0.012 0.008 0.000
#> SRR1460073 1 0.4869 0.54397 0.712 0.008 0.188 0.016 0.072 0.004
#> SRR1441850 1 0.6345 0.15862 0.452 0.004 0.088 0.408 0.032 0.016
#> SRR613759 5 0.4431 0.58563 0.132 0.004 0.076 0.000 0.760 0.028
#> SRR1472281 4 0.5591 0.21080 0.208 0.024 0.136 0.628 0.000 0.004
#> SRR1440445 2 0.4670 0.37963 0.000 0.692 0.076 0.000 0.012 0.220
#> SRR1088734 4 0.6043 0.20037 0.096 0.068 0.240 0.592 0.000 0.004
#> SRR1455607 1 0.5926 0.40420 0.572 0.024 0.080 0.300 0.000 0.024
#> SRR1077528 1 0.6439 0.10768 0.448 0.000 0.100 0.076 0.000 0.376
#> SRR1364695 6 0.4487 0.41500 0.008 0.004 0.280 0.028 0.004 0.676
#> SRR1348226 6 0.5439 0.43846 0.204 0.000 0.156 0.016 0.000 0.624
#> SRR1313560 1 0.6349 0.11709 0.496 0.016 0.236 0.008 0.244 0.000
#> SRR1092889 5 0.1232 0.72511 0.000 0.024 0.016 0.004 0.956 0.000
#> SRR1352213 6 0.3960 0.54435 0.100 0.000 0.092 0.012 0.004 0.792
#> SRR2185233 1 0.6126 0.39401 0.540 0.232 0.208 0.008 0.008 0.004
#> SRR1353970 1 0.4429 0.60087 0.760 0.000 0.116 0.008 0.016 0.100
#> SRR662641 2 0.6787 0.22702 0.188 0.520 0.144 0.148 0.000 0.000
#> SRR817825 5 0.3161 0.69313 0.000 0.020 0.068 0.000 0.852 0.060
#> SRR660366 1 0.1983 0.65003 0.916 0.012 0.060 0.000 0.012 0.000
#> SRR655423 1 0.4603 0.58774 0.724 0.096 0.168 0.004 0.004 0.004
#> SRR821183 5 0.1893 0.72217 0.008 0.024 0.036 0.000 0.928 0.004
#> SRR1323512 2 0.5334 0.28729 0.036 0.556 0.036 0.368 0.004 0.000
#> SRR1325247 1 0.4230 0.59908 0.756 0.008 0.076 0.156 0.000 0.004
#> SRR1351583 2 0.5896 0.15736 0.000 0.448 0.088 0.428 0.000 0.036
#> SRR1437454 1 0.4584 0.56326 0.724 0.000 0.064 0.184 0.000 0.028
#> SRR1318484 4 0.4953 0.42056 0.108 0.088 0.068 0.732 0.000 0.004
#> SRR1322395 1 0.4978 0.05031 0.500 0.000 0.068 0.000 0.000 0.432
#> SRR1378131 3 0.8341 0.43064 0.152 0.020 0.424 0.200 0.148 0.056
#> SRR1325464 6 0.3799 0.57760 0.124 0.024 0.052 0.000 0.000 0.800
#> SRR1340280 5 0.2263 0.71009 0.008 0.000 0.036 0.004 0.908 0.044
#> SRR1455842 4 0.7048 0.07575 0.216 0.004 0.116 0.548 0.056 0.060
#> SRR1352619 4 0.7013 -0.12036 0.000 0.364 0.116 0.384 0.000 0.136
#> SRR1076779 1 0.3172 0.63080 0.848 0.008 0.112 0.012 0.008 0.012
#> SRR662763 5 0.7842 -0.05344 0.000 0.224 0.252 0.008 0.320 0.196
#> SRR661120 6 0.5591 0.28424 0.004 0.400 0.124 0.000 0.000 0.472
#> SRR601613 6 0.3730 0.48575 0.032 0.000 0.188 0.004 0.004 0.772
#> SRR811535 1 0.4428 0.59726 0.752 0.096 0.136 0.004 0.004 0.008
#> SRR820316 1 0.4647 0.58057 0.708 0.084 0.196 0.008 0.004 0.000
#> SRR1368616 2 0.7680 0.27004 0.060 0.440 0.084 0.152 0.264 0.000
#> SRR1375677 1 0.4728 0.56688 0.724 0.000 0.168 0.024 0.004 0.080
#> SRR1365700 2 0.5690 0.41796 0.052 0.632 0.124 0.192 0.000 0.000
#> SRR604122 1 0.6807 -0.08911 0.436 0.008 0.352 0.008 0.160 0.036
#> SRR598509 2 0.4789 0.44751 0.000 0.688 0.072 0.220 0.020 0.000
#> SRR1397052 1 0.6612 0.24676 0.524 0.000 0.300 0.092 0.036 0.048
#> SRR1339921 6 0.5753 0.45064 0.160 0.000 0.192 0.028 0.004 0.616
#> SRR664743 1 0.5114 0.58175 0.696 0.044 0.152 0.108 0.000 0.000
#> SRR1339199 4 0.6249 0.29075 0.064 0.244 0.052 0.596 0.044 0.000
#> SRR1355660 6 0.3615 0.54690 0.140 0.000 0.060 0.000 0.004 0.796
#> SRR1481012 1 0.4896 0.61056 0.720 0.004 0.168 0.020 0.008 0.080
#> SRR603449 1 0.2213 0.63964 0.904 0.000 0.044 0.004 0.000 0.048
#> SRR1400889 1 0.3209 0.61761 0.828 0.008 0.140 0.000 0.008 0.016
#> SRR808808 6 0.5194 0.45733 0.016 0.320 0.072 0.000 0.000 0.592
#> SRR656288 1 0.2593 0.65193 0.884 0.012 0.068 0.000 0.000 0.036
#> SRR1405886 6 0.2994 0.57043 0.000 0.080 0.064 0.004 0.000 0.852
#> SRR1487233 5 0.0717 0.72628 0.000 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR662043 6 0.5425 0.11203 0.396 0.004 0.104 0.000 0.000 0.496
#> SRR1381211 2 0.5719 0.45631 0.000 0.628 0.048 0.184 0.140 0.000
#> SRR1379365 4 0.6967 0.27030 0.136 0.224 0.096 0.524 0.000 0.020
#> SRR1384852 2 0.3662 0.54229 0.000 0.804 0.012 0.124 0.000 0.060
#> SRR1430357 4 0.7599 -0.31352 0.304 0.004 0.288 0.324 0.052 0.028
#> SRR2164847 2 0.6499 0.18229 0.308 0.468 0.188 0.032 0.004 0.000
#> SRR807901 1 0.5142 0.51275 0.672 0.012 0.244 0.024 0.040 0.008
#> SRR816064 1 0.2902 0.64253 0.852 0.024 0.116 0.004 0.000 0.004
#> SRR810507 1 0.4832 0.45565 0.672 0.000 0.116 0.004 0.000 0.208
#> SRR1358582 1 0.3266 0.64454 0.840 0.000 0.108 0.016 0.004 0.032
#> SRR1349893 1 0.4146 0.58231 0.768 0.000 0.068 0.020 0.000 0.144
#> SRR1444722 5 0.1844 0.72541 0.000 0.024 0.048 0.004 0.924 0.000
#> SRR1316483 6 0.4729 0.58420 0.072 0.116 0.060 0.000 0.004 0.748
#> SRR662749 1 0.2302 0.65251 0.900 0.000 0.072 0.012 0.004 0.012
#> SRR1342701 5 0.6576 0.40000 0.000 0.084 0.136 0.240 0.536 0.004
#> SRR1343653 4 0.6843 0.24537 0.304 0.216 0.060 0.420 0.000 0.000
#> SRR1336134 2 0.4489 0.40959 0.000 0.712 0.068 0.000 0.012 0.208
#> SRR654940 2 0.7339 0.28629 0.132 0.532 0.140 0.140 0.056 0.000
#> SRR1098288 4 0.6541 0.12836 0.000 0.284 0.284 0.412 0.008 0.012
#> SRR1326343 1 0.6420 0.23276 0.524 0.000 0.324 0.044 0.072 0.036
#> SRR811145 1 0.2546 0.65046 0.876 0.004 0.104 0.008 0.004 0.004
#> SRR615359 6 0.6900 -0.06968 0.004 0.028 0.292 0.008 0.260 0.408
#> SRR1075997 2 0.6249 0.08486 0.000 0.428 0.056 0.100 0.000 0.416
#> SRR1090483 1 0.6542 0.21708 0.476 0.000 0.112 0.328 0.000 0.084
#> SRR1388698 6 0.4672 0.54079 0.072 0.012 0.152 0.016 0.004 0.744
#> SRR1312482 2 0.5479 0.38959 0.032 0.608 0.072 0.284 0.000 0.004
#> SRR1430420 6 0.8137 0.02687 0.016 0.248 0.132 0.248 0.016 0.340
#> SRR1387475 4 0.6395 0.20128 0.184 0.072 0.192 0.552 0.000 0.000
#> SRR1388419 2 0.7318 0.27016 0.000 0.456 0.220 0.096 0.212 0.016
#> SRR1442250 5 0.1757 0.72073 0.000 0.012 0.052 0.000 0.928 0.008
#> SRR1430679 2 0.6531 0.34934 0.068 0.548 0.124 0.248 0.000 0.012
#> SRR1311109 1 0.4622 0.60380 0.740 0.060 0.148 0.052 0.000 0.000
#> SRR1478990 1 0.6438 0.39758 0.560 0.048 0.204 0.176 0.012 0.000
#> SRR1392434 2 0.4365 0.32314 0.000 0.664 0.040 0.000 0.004 0.292
#> SRR1085925 1 0.3575 0.60734 0.816 0.000 0.092 0.012 0.000 0.080
#> SRR820655 1 0.3754 0.58820 0.776 0.000 0.072 0.000 0.000 0.152
#> SRR1383937 1 0.8000 0.04589 0.424 0.156 0.108 0.256 0.044 0.012
#> SRR1315393 2 0.5043 0.31966 0.008 0.584 0.056 0.348 0.004 0.000
#> SRR1094506 4 0.7527 -0.08367 0.004 0.308 0.120 0.368 0.004 0.196
#> SRR1330633 2 0.4422 0.52890 0.012 0.780 0.052 0.116 0.036 0.004
#> SRR1330153 5 0.7373 0.10568 0.068 0.000 0.304 0.068 0.456 0.104
#> SRR1451778 5 0.4948 0.51192 0.076 0.000 0.204 0.004 0.692 0.024
#> SRR657089 6 0.3802 0.55180 0.000 0.056 0.144 0.012 0.000 0.788
#> SRR1395659 5 0.1138 0.72592 0.004 0.012 0.024 0.000 0.960 0.000
#> SRR1385716 6 0.5213 0.39949 0.024 0.360 0.052 0.000 0.000 0.564
#> SRR1466109 1 0.3901 0.61592 0.792 0.064 0.128 0.000 0.004 0.012
#> SRR1080977 2 0.6769 0.29107 0.000 0.500 0.112 0.248 0.000 0.140
#> SRR1441725 6 0.5215 0.32894 0.052 0.032 0.316 0.000 0.000 0.600
#> SRR1485078 2 0.5746 0.24648 0.004 0.544 0.072 0.036 0.344 0.000
#> SRR661806 2 0.5609 0.41873 0.160 0.656 0.132 0.000 0.004 0.048
#> SRR1334919 6 0.4937 0.50672 0.004 0.192 0.124 0.000 0.004 0.676
#> SRR599249 5 0.3497 0.59082 0.156 0.000 0.036 0.000 0.800 0.008
#> SRR810051 2 0.4536 0.50953 0.000 0.720 0.076 0.188 0.000 0.016
#> SRR1407202 5 0.3523 0.62092 0.124 0.008 0.048 0.000 0.816 0.004
#> SRR1434399 1 0.4320 0.57095 0.748 0.000 0.188 0.028 0.012 0.024
#> SRR1330965 4 0.7981 -0.09117 0.004 0.308 0.124 0.352 0.032 0.180
#> SRR1369536 1 0.1257 0.64959 0.952 0.000 0.020 0.000 0.000 0.028
#> SRR1382508 6 0.3878 0.54404 0.000 0.176 0.056 0.000 0.004 0.764
#> SRR1405028 6 0.6244 0.30996 0.012 0.036 0.184 0.000 0.192 0.576
#> SRR612719 6 0.6860 0.29847 0.064 0.036 0.096 0.000 0.304 0.500
#> SRR1340617 4 0.5197 -0.05410 0.016 0.432 0.036 0.508 0.000 0.008
#> SRR1448183 1 0.5357 0.28766 0.588 0.000 0.092 0.000 0.304 0.016
#> SRR1362488 4 0.4407 0.19508 0.000 0.316 0.020 0.648 0.016 0.000
#> SRR1361156 1 0.5575 0.47786 0.632 0.044 0.108 0.216 0.000 0.000
#> SRR1454374 1 0.2864 0.64261 0.864 0.004 0.088 0.004 0.000 0.040
#> SRR811891 5 0.0993 0.72420 0.012 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000
#> SRR1477837 6 0.4709 0.30062 0.000 0.400 0.040 0.000 0.004 0.556
#> SRR607252 1 0.4612 0.53328 0.708 0.004 0.232 0.020 0.012 0.024
#> SRR1418946 6 0.5029 0.19976 0.000 0.444 0.072 0.000 0.000 0.484
#> SRR1456567 4 0.6031 0.14834 0.336 0.044 0.104 0.516 0.000 0.000
#> SRR1487425 2 0.4330 0.43397 0.000 0.660 0.008 0.308 0.004 0.020
#> SRR1335627 5 0.0436 0.72541 0.004 0.000 0.004 0.004 0.988 0.000
#> SRR1327680 4 0.7335 -0.06728 0.004 0.304 0.120 0.392 0.000 0.180
#> SRR1478812 2 0.4620 0.40795 0.000 0.640 0.068 0.292 0.000 0.000
#> SRR1447673 6 0.5780 0.41018 0.008 0.048 0.164 0.136 0.000 0.644
#> SRR815735 6 0.5869 0.47715 0.176 0.040 0.164 0.004 0.000 0.616
#> SRR1404251 2 0.7388 0.40597 0.076 0.552 0.088 0.172 0.012 0.100
#> SRR601645 1 0.2724 0.63582 0.876 0.000 0.076 0.016 0.000 0.032
#> SRR656300 6 0.8151 0.03721 0.284 0.024 0.272 0.128 0.008 0.284
#> SRR659983 1 0.5488 0.56345 0.656 0.052 0.240 0.020 0.016 0.016
#> SRR1402414 5 0.0653 0.72585 0.004 0.000 0.012 0.004 0.980 0.000
#> SRR614215 5 0.7236 -0.16735 0.244 0.008 0.304 0.008 0.388 0.048
#> SRR659283 1 0.3560 0.62502 0.820 0.008 0.096 0.000 0.072 0.004
#> SRR1459956 2 0.3853 0.42436 0.000 0.680 0.016 0.304 0.000 0.000
#> SRR1340441 4 0.7423 -0.09227 0.004 0.308 0.128 0.372 0.000 0.188
#> SRR1317428 1 0.4320 0.55855 0.740 0.004 0.204 0.016 0.008 0.028
#> SRR1403390 5 0.3807 0.65949 0.000 0.008 0.068 0.012 0.808 0.104
#> SRR1452741 6 0.4914 0.56994 0.044 0.084 0.144 0.000 0.004 0.724
#> SRR1458484 6 0.5840 0.32878 0.260 0.000 0.160 0.020 0.000 0.560
#> SRR1387091 1 0.6118 0.27994 0.524 0.004 0.284 0.172 0.012 0.004
#> SRR1358017 5 0.1036 0.72704 0.000 0.008 0.024 0.004 0.964 0.000
#> SRR1457039 4 0.7357 0.25681 0.256 0.216 0.136 0.392 0.000 0.000
#> SRR1376539 4 0.7242 -0.10654 0.004 0.344 0.120 0.380 0.000 0.152
#> SRR1430639 1 0.2334 0.64477 0.904 0.000 0.044 0.008 0.004 0.040
#> SRR1406069 1 0.7841 -0.17186 0.344 0.004 0.116 0.312 0.204 0.020
#> SRR1419829 5 0.0862 0.72592 0.000 0.016 0.008 0.004 0.972 0.000
#> SRR1434315 1 0.1844 0.65065 0.924 0.000 0.048 0.004 0.000 0.024
#> SRR658457 1 0.5634 0.46526 0.628 0.036 0.264 0.020 0.048 0.004
#> SRR1367849 1 0.7087 0.03147 0.424 0.000 0.196 0.280 0.000 0.100
#> SRR1320939 6 0.4077 0.51207 0.048 0.000 0.160 0.012 0.008 0.772
#> SRR656588 1 0.4203 0.61111 0.764 0.052 0.164 0.012 0.004 0.004
#> SRR599025 1 0.2357 0.64749 0.888 0.012 0.092 0.004 0.004 0.000
#> SRR1401446 2 0.4215 0.54034 0.000 0.788 0.100 0.056 0.004 0.052
#> SRR1398311 5 0.5552 0.52043 0.028 0.012 0.236 0.060 0.652 0.012
#> SRR1442149 4 0.7902 -0.23379 0.208 0.000 0.244 0.348 0.016 0.184
#> SRR809137 1 0.4579 0.45743 0.676 0.004 0.056 0.004 0.000 0.260
#> SRR1414982 1 0.6521 0.29689 0.508 0.028 0.172 0.276 0.016 0.000
#> SRR600852 6 0.4902 0.46142 0.168 0.000 0.128 0.008 0.004 0.692
#> SRR1414857 4 0.3877 0.41531 0.056 0.120 0.020 0.800 0.004 0.000
#> SRR1321225 2 0.3334 0.51891 0.000 0.820 0.052 0.000 0.004 0.124
#> SRR1069802 1 0.4420 0.59529 0.772 0.000 0.064 0.004 0.108 0.052
#> SRR1077643 5 0.4502 0.58631 0.004 0.008 0.220 0.016 0.720 0.032
#> SRR1334154 4 0.5621 0.18014 0.324 0.024 0.056 0.580 0.004 0.012
#> SRR1390072 4 0.6343 0.28164 0.136 0.020 0.100 0.636 0.008 0.100
#> SRR1467612 5 0.6085 0.31450 0.000 0.200 0.044 0.184 0.572 0.000
#> SRR1430133 2 0.4866 0.21327 0.004 0.516 0.048 0.432 0.000 0.000
#> SRR1468595 1 0.2594 0.63284 0.880 0.000 0.056 0.004 0.000 0.060
#> SRR1351931 4 0.5200 -0.12905 0.000 0.444 0.076 0.476 0.004 0.000
#> SRR1374028 5 0.7759 -0.12259 0.012 0.000 0.288 0.220 0.336 0.144
#> SRR1311243 1 0.3585 0.58845 0.792 0.000 0.048 0.000 0.004 0.156
#> SRR1385235 1 0.2350 0.64338 0.888 0.000 0.076 0.000 0.000 0.036
#> SRR1469638 2 0.6520 0.27696 0.184 0.556 0.128 0.000 0.000 0.132
#> SRR662150 1 0.4731 0.59119 0.720 0.060 0.188 0.008 0.024 0.000
#> SRR1400290 6 0.5890 0.46581 0.120 0.024 0.236 0.016 0.000 0.604
#> SRR1084892 2 0.4829 0.51650 0.000 0.732 0.036 0.148 0.076 0.008
#> SRR1416166 6 0.4754 0.39850 0.016 0.004 0.276 0.028 0.008 0.668
#> SRR1477015 6 0.2504 0.55635 0.004 0.000 0.104 0.012 0.004 0.876
#> SRR1380501 4 0.3715 0.38670 0.000 0.132 0.052 0.800 0.000 0.016
#> SRR1446156 4 0.7641 -0.11958 0.044 0.000 0.272 0.436 0.108 0.140
#> SRR1488328 2 0.5941 0.22389 0.000 0.448 0.024 0.412 0.000 0.116
#> SRR1086889 4 0.5284 0.35608 0.000 0.132 0.068 0.700 0.004 0.096
#> SRR814611 6 0.5427 0.46280 0.012 0.156 0.216 0.000 0.000 0.616
#> SRR599086 6 0.5556 0.50318 0.036 0.140 0.168 0.000 0.004 0.652
#> SRR1086844 1 0.3801 0.57809 0.784 0.000 0.060 0.008 0.000 0.148
#> SRR1464535 1 0.5671 0.57542 0.680 0.024 0.152 0.080 0.000 0.064
#> SRR807877 2 0.8744 0.19686 0.128 0.388 0.132 0.136 0.020 0.196
#> SRR1477033 1 0.2755 0.63552 0.876 0.000 0.040 0.016 0.000 0.068
#> SRR1335164 2 0.6567 0.33310 0.108 0.568 0.104 0.208 0.000 0.012
#> SRR601986 6 0.4667 0.49632 0.004 0.100 0.208 0.000 0.000 0.688
#> SRR1446226 1 0.2796 0.62869 0.868 0.000 0.044 0.008 0.000 0.080
#> SRR659637 6 0.5306 0.42876 0.008 0.316 0.100 0.000 0.000 0.576
#> SRR600474 1 0.2670 0.64497 0.876 0.004 0.084 0.004 0.000 0.032
#> SRR1307699 1 0.3956 0.57394 0.776 0.000 0.056 0.004 0.008 0.156
#> SRR1312540 6 0.4864 0.56427 0.084 0.048 0.132 0.000 0.004 0.732
#> SRR1323628 1 0.4203 0.58107 0.764 0.008 0.172 0.008 0.040 0.008
#> SRR1430951 5 0.6736 0.05077 0.000 0.136 0.080 0.376 0.408 0.000
#> SRR1385364 4 0.5811 0.00468 0.000 0.000 0.192 0.512 0.004 0.292
#> SRR1478149 6 0.6155 0.19443 0.000 0.004 0.240 0.204 0.020 0.532
#> SRR1384413 1 0.6775 0.15996 0.468 0.000 0.228 0.256 0.012 0.036
#> SRR1366855 1 0.6313 0.49774 0.624 0.068 0.112 0.172 0.012 0.012
#> SRR1077115 1 0.6982 0.25297 0.480 0.228 0.140 0.152 0.000 0.000
#> SRR1399990 2 0.5739 -0.04306 0.016 0.496 0.096 0.004 0.000 0.388
#> SRR1434093 2 0.4351 0.49998 0.028 0.768 0.076 0.000 0.004 0.124
#> SRR1341408 2 0.6536 0.26624 0.144 0.552 0.116 0.188 0.000 0.000
#> SRR612335 3 0.7041 0.14879 0.368 0.008 0.428 0.096 0.088 0.012
#> SRR1321420 1 0.5103 0.49067 0.664 0.000 0.120 0.016 0.000 0.200
#> SRR1329177 6 0.6774 0.23867 0.264 0.000 0.204 0.056 0.004 0.472
#> SRR1398371 5 0.5164 0.56845 0.004 0.008 0.168 0.120 0.688 0.012
#> SRR614996 6 0.5730 0.50536 0.072 0.268 0.064 0.000 0.000 0.596
#> SRR1431602 4 0.6991 0.28695 0.240 0.200 0.068 0.480 0.012 0.000
#> SRR1311509 5 0.5095 0.49494 0.084 0.004 0.212 0.008 0.680 0.012
#> SRR1507229 2 0.7461 0.10592 0.004 0.332 0.116 0.328 0.000 0.220
#> SRR1310373 4 0.5954 0.18950 0.000 0.196 0.160 0.596 0.000 0.048
#> SRR1408072 4 0.7050 -0.23900 0.320 0.000 0.236 0.388 0.012 0.044
#> SRR1469591 6 0.6627 0.44621 0.148 0.056 0.200 0.028 0.000 0.568
#> SRR1392813 4 0.5627 0.22381 0.016 0.288 0.060 0.604 0.032 0.000
#> SRR1453026 2 0.6660 0.43191 0.000 0.584 0.092 0.032 0.188 0.104
#> SRR1388105 4 0.7199 0.04870 0.056 0.000 0.132 0.544 0.168 0.100
#> SRR1357558 1 0.2162 0.64804 0.916 0.000 0.032 0.008 0.008 0.036
#> SRR615898 2 0.5933 0.33404 0.000 0.596 0.184 0.044 0.000 0.176
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0