Date: 2019-12-25 22:44:30 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17723 374
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 0.999 | 0.999 | ** | |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.969 | 0.986 | ** | |
| ATC:mclust | 2 | 0.994 | 0.969 | 0.986 | ** | |
| ATC:pam | 3 | 0.986 | 0.945 | 0.979 | ** | 2 |
| SD:skmeans | 2 | 0.983 | 0.960 | 0.984 | ** | |
| MAD:NMF | 2 | 0.966 | 0.957 | 0.982 | ** | |
| SD:kmeans | 2 | 0.961 | 0.949 | 0.976 | ** | |
| CV:kmeans | 3 | 0.953 | 0.927 | 0.960 | ** | |
| ATC:skmeans | 4 | 0.944 | 0.921 | 0.967 | * | 2,3 |
| CV:NMF | 3 | 0.943 | 0.930 | 0.972 | * | |
| SD:NMF | 2 | 0.933 | 0.940 | 0.975 | * | |
| MAD:skmeans | 3 | 0.930 | 0.932 | 0.969 | * | 2 |
| ATC:NMF | 2 | 0.924 | 0.943 | 0.975 | * | |
| CV:mclust | 3 | 0.913 | 0.916 | 0.963 | * | |
| MAD:pam | 2 | 0.886 | 0.936 | 0.973 | ||
| CV:skmeans | 3 | 0.862 | 0.894 | 0.955 | ||
| SD:pam | 2 | 0.854 | 0.918 | 0.965 | ||
| CV:pam | 3 | 0.823 | 0.858 | 0.934 | ||
| MAD:mclust | 4 | 0.797 | 0.902 | 0.909 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.704 | 0.854 | 0.937 | ||
| SD:mclust | 3 | 0.469 | 0.570 | 0.781 | ||
| CV:hclust | 3 | 0.381 | 0.504 | 0.796 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.285 | 0.760 | 0.836 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.111 | 0.683 | 0.746 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.933 0.940 0.975 0.498 0.501 0.501
#> CV:NMF 2 0.488 0.789 0.878 0.482 0.499 0.499
#> MAD:NMF 2 0.966 0.957 0.982 0.498 0.502 0.502
#> ATC:NMF 2 0.924 0.943 0.975 0.350 0.642 0.642
#> SD:skmeans 2 0.983 0.960 0.984 0.501 0.500 0.500
#> CV:skmeans 2 0.499 0.861 0.891 0.493 0.499 0.499
#> MAD:skmeans 2 0.989 0.955 0.982 0.501 0.501 0.501
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.973 0.990 0.484 0.516 0.516
#> SD:mclust 2 0.337 0.687 0.851 0.420 0.556 0.556
#> CV:mclust 2 0.481 0.901 0.906 0.404 0.586 0.586
#> MAD:mclust 2 0.665 0.913 0.952 0.425 0.590 0.590
#> ATC:mclust 2 0.994 0.969 0.986 0.479 0.523 0.523
#> SD:kmeans 2 0.961 0.949 0.976 0.497 0.501 0.501
#> CV:kmeans 2 0.463 0.635 0.648 0.422 0.499 0.499
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.969 0.986 0.499 0.501 0.501
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.999 0.999 0.443 0.557 0.557
#> SD:pam 2 0.854 0.918 0.965 0.484 0.512 0.512
#> CV:pam 2 0.655 0.848 0.928 0.498 0.501 0.501
#> MAD:pam 2 0.886 0.936 0.973 0.480 0.519 0.519
#> ATC:pam 2 1.000 0.977 0.990 0.425 0.573 0.573
#> SD:hclust 2 0.111 0.683 0.746 0.421 0.506 0.506
#> CV:hclust 2 0.773 0.864 0.944 0.303 0.709 0.709
#> MAD:hclust 2 0.285 0.760 0.836 0.449 0.508 0.508
#> ATC:hclust 2 0.704 0.854 0.937 0.406 0.605 0.605
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.565 0.703 0.828 0.267 0.868 0.744
#> CV:NMF 3 0.943 0.930 0.972 0.306 0.810 0.643
#> MAD:NMF 3 0.568 0.689 0.839 0.301 0.814 0.644
#> ATC:NMF 3 0.783 0.857 0.937 0.775 0.690 0.535
#> SD:skmeans 3 0.867 0.860 0.934 0.294 0.818 0.649
#> CV:skmeans 3 0.862 0.894 0.955 0.329 0.774 0.577
#> MAD:skmeans 3 0.930 0.932 0.969 0.292 0.817 0.647
#> ATC:skmeans 3 0.964 0.945 0.977 0.280 0.830 0.680
#> SD:mclust 3 0.469 0.570 0.781 0.542 0.671 0.463
#> CV:mclust 3 0.913 0.916 0.963 0.642 0.732 0.548
#> MAD:mclust 3 0.775 0.856 0.923 0.492 0.752 0.590
#> ATC:mclust 3 0.710 0.817 0.882 0.297 0.860 0.737
#> SD:kmeans 3 0.610 0.710 0.819 0.278 0.828 0.668
#> CV:kmeans 3 0.953 0.927 0.960 0.476 0.822 0.661
#> MAD:kmeans 3 0.670 0.704 0.804 0.277 0.822 0.657
#> ATC:kmeans 3 0.894 0.893 0.956 0.420 0.757 0.585
#> SD:pam 3 0.655 0.796 0.859 0.283 0.814 0.653
#> CV:pam 3 0.823 0.858 0.934 0.255 0.847 0.705
#> MAD:pam 3 0.884 0.898 0.947 0.295 0.816 0.658
#> ATC:pam 3 0.986 0.945 0.979 0.444 0.772 0.616
#> SD:hclust 3 0.231 0.471 0.702 0.408 0.818 0.685
#> CV:hclust 3 0.381 0.504 0.796 0.568 0.873 0.823
#> MAD:hclust 3 0.327 0.539 0.735 0.330 0.861 0.738
#> ATC:hclust 3 0.528 0.721 0.854 0.405 0.811 0.694
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.599 0.617 0.804 0.1029 0.799 0.560
#> CV:NMF 4 0.689 0.697 0.846 0.1409 0.849 0.626
#> MAD:NMF 4 0.714 0.790 0.871 0.1099 0.807 0.526
#> ATC:NMF 4 0.776 0.809 0.907 0.1881 0.795 0.514
#> SD:skmeans 4 0.787 0.752 0.873 0.1362 0.828 0.561
#> CV:skmeans 4 0.744 0.689 0.823 0.1178 0.881 0.677
#> MAD:skmeans 4 0.874 0.897 0.950 0.1460 0.865 0.638
#> ATC:skmeans 4 0.944 0.921 0.967 0.1915 0.856 0.633
#> SD:mclust 4 0.502 0.556 0.759 0.1302 0.801 0.499
#> CV:mclust 4 0.646 0.682 0.813 0.0862 0.937 0.817
#> MAD:mclust 4 0.797 0.902 0.909 0.1539 0.787 0.490
#> ATC:mclust 4 0.718 0.731 0.857 0.1687 0.840 0.616
#> SD:kmeans 4 0.710 0.746 0.847 0.1437 0.839 0.588
#> CV:kmeans 4 0.703 0.497 0.729 0.1406 0.891 0.728
#> MAD:kmeans 4 0.856 0.873 0.921 0.1559 0.835 0.576
#> ATC:kmeans 4 0.674 0.418 0.608 0.1479 0.738 0.422
#> SD:pam 4 0.795 0.846 0.919 0.1473 0.876 0.685
#> CV:pam 4 0.699 0.720 0.852 0.1411 0.793 0.526
#> MAD:pam 4 0.895 0.864 0.939 0.1404 0.884 0.702
#> ATC:pam 4 0.893 0.890 0.953 0.2139 0.862 0.648
#> SD:hclust 4 0.340 0.489 0.710 0.1290 0.818 0.627
#> CV:hclust 4 0.355 0.619 0.743 0.2847 0.680 0.499
#> MAD:hclust 4 0.360 0.468 0.704 0.1064 0.910 0.792
#> ATC:hclust 4 0.539 0.621 0.802 0.0946 0.912 0.807
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.865 0.855 0.924 0.0904 0.827 0.523
#> CV:NMF 5 0.795 0.771 0.895 0.0893 0.848 0.529
#> MAD:NMF 5 0.824 0.831 0.910 0.0511 0.943 0.800
#> ATC:NMF 5 0.726 0.713 0.857 0.0589 0.912 0.692
#> SD:skmeans 5 0.793 0.812 0.888 0.0629 0.915 0.695
#> CV:skmeans 5 0.764 0.760 0.860 0.0764 0.877 0.594
#> MAD:skmeans 5 0.812 0.798 0.892 0.0516 0.943 0.786
#> ATC:skmeans 5 0.836 0.817 0.861 0.0422 0.910 0.687
#> SD:mclust 5 0.534 0.489 0.692 0.0468 0.911 0.683
#> CV:mclust 5 0.640 0.532 0.745 0.0746 0.894 0.659
#> MAD:mclust 5 0.601 0.524 0.719 0.0442 0.901 0.657
#> ATC:mclust 5 0.731 0.797 0.866 0.0726 0.893 0.642
#> SD:kmeans 5 0.722 0.705 0.830 0.0625 0.934 0.763
#> CV:kmeans 5 0.681 0.660 0.782 0.0817 0.802 0.456
#> MAD:kmeans 5 0.739 0.694 0.826 0.0565 0.965 0.866
#> ATC:kmeans 5 0.786 0.780 0.864 0.0872 0.893 0.637
#> SD:pam 5 0.747 0.775 0.863 0.0839 0.917 0.720
#> CV:pam 5 0.655 0.640 0.820 0.0750 0.891 0.652
#> MAD:pam 5 0.746 0.707 0.859 0.0872 0.932 0.771
#> ATC:pam 5 0.830 0.802 0.915 0.0420 0.957 0.835
#> SD:hclust 5 0.436 0.455 0.664 0.0679 0.957 0.870
#> CV:hclust 5 0.354 0.500 0.723 0.1090 0.922 0.795
#> MAD:hclust 5 0.416 0.462 0.685 0.0598 0.904 0.747
#> ATC:hclust 5 0.503 0.575 0.754 0.0706 0.925 0.813
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.735 0.656 0.825 0.0418 0.967 0.867
#> CV:NMF 6 0.743 0.659 0.826 0.0357 0.940 0.739
#> MAD:NMF 6 0.714 0.637 0.817 0.0378 0.961 0.846
#> ATC:NMF 6 0.664 0.584 0.776 0.0402 0.950 0.793
#> SD:skmeans 6 0.773 0.658 0.829 0.0404 0.909 0.632
#> CV:skmeans 6 0.759 0.716 0.828 0.0369 0.947 0.762
#> MAD:skmeans 6 0.748 0.681 0.823 0.0418 0.963 0.837
#> ATC:skmeans 6 0.893 0.879 0.915 0.0348 0.967 0.859
#> SD:mclust 6 0.548 0.438 0.655 0.0334 0.902 0.632
#> CV:mclust 6 0.645 0.532 0.738 0.0358 0.912 0.646
#> MAD:mclust 6 0.665 0.716 0.799 0.0471 0.873 0.522
#> ATC:mclust 6 0.709 0.613 0.750 0.0375 0.972 0.877
#> SD:kmeans 6 0.713 0.573 0.760 0.0420 0.951 0.800
#> CV:kmeans 6 0.698 0.602 0.754 0.0472 0.943 0.756
#> MAD:kmeans 6 0.714 0.558 0.738 0.0437 0.930 0.725
#> ATC:kmeans 6 0.765 0.629 0.789 0.0409 0.962 0.833
#> SD:pam 6 0.737 0.486 0.702 0.0578 0.939 0.740
#> CV:pam 6 0.707 0.634 0.779 0.0463 0.927 0.719
#> MAD:pam 6 0.747 0.417 0.734 0.0576 0.881 0.561
#> ATC:pam 6 0.836 0.786 0.884 0.0325 0.951 0.792
#> SD:hclust 6 0.480 0.447 0.657 0.0408 0.958 0.864
#> CV:hclust 6 0.470 0.435 0.706 0.0759 0.953 0.862
#> MAD:hclust 6 0.490 0.492 0.689 0.0554 0.896 0.681
#> ATC:hclust 6 0.516 0.370 0.712 0.0708 0.968 0.908
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.111 0.683 0.746 0.4213 0.506 0.506
#> 3 3 0.231 0.471 0.702 0.4081 0.818 0.685
#> 4 4 0.340 0.489 0.710 0.1290 0.818 0.627
#> 5 5 0.436 0.455 0.664 0.0679 0.957 0.870
#> 6 6 0.480 0.447 0.657 0.0408 0.958 0.864
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.7745 0.78103 0.772 0.228
#> SRR603858 1 0.8661 0.72240 0.712 0.288
#> SRR817070 2 0.3733 0.78256 0.072 0.928
#> SRR1486995 1 0.7219 0.76917 0.800 0.200
#> SRR813043 2 0.7453 0.77604 0.212 0.788
#> SRR656874 2 0.6531 0.79543 0.168 0.832
#> SRR659037 2 0.9635 0.37880 0.388 0.612
#> SRR662031 1 0.5842 0.78290 0.860 0.140
#> SRR1081283 2 0.2236 0.76001 0.036 0.964
#> SRR1481036 1 0.9608 0.60725 0.616 0.384
#> SRR1434009 2 0.9993 0.24912 0.484 0.516
#> SRR1376676 1 0.5408 0.78081 0.876 0.124
#> SRR1396967 2 0.9491 0.60224 0.368 0.632
#> SRR665429 2 0.6531 0.79543 0.168 0.832
#> SRR1388025 2 0.0376 0.73276 0.004 0.996
#> SRR600784 1 0.8267 0.75719 0.740 0.260
#> SRR657611 1 0.8555 0.75929 0.720 0.280
#> SRR1333659 1 0.9954 0.10785 0.540 0.460
#> SRR1323896 2 0.6247 0.79713 0.156 0.844
#> SRR1453971 1 0.9044 0.60371 0.680 0.320
#> SRR1421010 1 0.3584 0.74925 0.932 0.068
#> SRR1334490 1 0.7056 0.69659 0.808 0.192
#> SRR1309468 1 0.5408 0.78136 0.876 0.124
#> SRR1468637 2 0.9993 0.14038 0.484 0.516
#> SRR1365489 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR627445 1 0.9129 0.67290 0.672 0.328
#> SRR607863 2 0.6623 0.79318 0.172 0.828
#> SRR1475524 1 0.0376 0.69729 0.996 0.004
#> SRR1405504 2 0.6247 0.79713 0.156 0.844
#> SRR615695 1 0.5946 0.78334 0.856 0.144
#> SRR600900 2 0.5629 0.79304 0.132 0.868
#> SRR601477 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR1487215 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR1310797 2 0.7528 0.77637 0.216 0.784
#> SRR1362713 2 0.9970 -0.12132 0.468 0.532
#> SRR1431385 1 0.5294 0.77933 0.880 0.120
#> SRR1379089 2 0.7453 0.77604 0.212 0.788
#> SRR1102079 1 0.9170 0.59759 0.668 0.332
#> SRR1357210 1 0.6048 0.79095 0.852 0.148
#> SRR657659 2 0.3733 0.78256 0.072 0.928
#> SRR663573 2 0.4022 0.78059 0.080 0.920
#> SRR603188 2 0.7602 0.78005 0.220 0.780
#> SRR1471200 2 0.7528 0.77495 0.216 0.784
#> SRR1310975 2 0.7299 0.78145 0.204 0.796
#> SRR627457 1 0.8499 0.69510 0.724 0.276
#> SRR1367654 2 0.9795 0.48962 0.416 0.584
#> SRR1488410 1 0.1184 0.70349 0.984 0.016
#> SRR1457750 2 0.9896 0.06106 0.440 0.560
#> SRR1099546 1 0.6531 0.79438 0.832 0.168
#> SRR604480 2 0.7139 0.78713 0.196 0.804
#> SRR1390477 2 0.7453 0.77604 0.212 0.788
#> SRR1458447 2 0.7139 0.78713 0.196 0.804
#> SRR1473161 2 0.4690 0.79457 0.100 0.900
#> SRR1409813 1 1.0000 -0.20986 0.504 0.496
#> SRR612791 1 0.5842 0.78971 0.860 0.140
#> SRR1470580 2 0.9933 0.12994 0.452 0.548
#> SRR1444063 1 0.9909 0.25788 0.556 0.444
#> SRR1355578 1 0.9977 0.33796 0.528 0.472
#> SRR1429203 1 0.5408 0.78081 0.876 0.124
#> SRR599154 2 1.0000 0.21290 0.496 0.504
#> SRR814244 1 0.6623 0.66447 0.828 0.172
#> SRR1404123 2 0.3733 0.78256 0.072 0.928
#> SRR656934 1 0.9732 0.57113 0.596 0.404
#> SRR1339029 2 0.7056 0.78909 0.192 0.808
#> SRR821525 2 0.0376 0.73276 0.004 0.996
#> SRR1443677 1 0.5737 0.78422 0.864 0.136
#> SRR1406330 1 0.1414 0.70875 0.980 0.020
#> SRR1338124 2 0.7219 0.75824 0.200 0.800
#> SRR1391376 1 0.8016 0.76815 0.756 0.244
#> SRR661842 2 0.0376 0.73276 0.004 0.996
#> SRR1395699 1 0.7219 0.77133 0.800 0.200
#> SRR1312209 1 0.7376 0.78689 0.792 0.208
#> SRR1359469 1 0.5408 0.78081 0.876 0.124
#> SRR658885 1 0.8081 0.63106 0.752 0.248
#> SRR1414578 1 0.6048 0.78482 0.852 0.148
#> SRR603620 2 0.8144 0.66348 0.252 0.748
#> SRR604677 1 0.7883 0.77958 0.764 0.236
#> SRR603800 2 0.7376 0.77940 0.208 0.792
#> SRR602058 2 0.4298 0.75099 0.088 0.912
#> SRR817488 2 0.7299 0.78217 0.204 0.796
#> SRR655601 2 0.3733 0.78256 0.072 0.928
#> SRR1434821 2 0.7528 0.77637 0.216 0.784
#> SRR1349166 2 0.9795 0.48962 0.416 0.584
#> SRR615129 2 0.9833 0.11216 0.424 0.576
#> SRR607586 2 0.7139 0.78713 0.196 0.804
#> SRR602680 2 0.8081 0.76148 0.248 0.752
#> SRR1411070 2 0.2236 0.76001 0.036 0.964
#> SRR663038 2 0.6531 0.79543 0.168 0.832
#> SRR1489416 2 0.5842 0.79840 0.140 0.860
#> SRR1479155 1 0.5629 0.78263 0.868 0.132
#> SRR662162 1 0.5408 0.78136 0.876 0.124
#> SRR1374567 1 0.8016 0.76932 0.756 0.244
#> SRR1434048 2 0.7299 0.78145 0.204 0.796
#> SRR2184865 2 0.2603 0.73577 0.044 0.956
#> SRR2170135 1 0.5408 0.78136 0.876 0.124
#> SRR615551 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR1335513 2 0.3733 0.78256 0.072 0.928
#> SRR1370216 1 0.7056 0.69659 0.808 0.192
#> SRR662954 2 0.8207 0.58119 0.256 0.744
#> SRR1375738 1 0.8327 0.75736 0.736 0.264
#> SRR1356577 2 0.7219 0.61216 0.200 0.800
#> SRR1073119 1 0.8713 0.73778 0.708 0.292
#> SRR663549 1 0.8327 0.75736 0.736 0.264
#> SRR1478015 2 0.6343 0.79677 0.160 0.840
#> SRR600632 2 0.3274 0.76493 0.060 0.940
#> SRR811866 2 0.9896 -0.11533 0.440 0.560
#> SRR1401101 2 0.7453 0.78022 0.212 0.788
#> SRR1477797 2 0.4939 0.71001 0.108 0.892
#> SRR1402986 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR658897 2 0.9833 0.11216 0.424 0.576
#> SRR1419869 1 0.7815 0.77574 0.768 0.232
#> SRR1490700 2 0.8555 0.55176 0.280 0.720
#> SRR601723 2 0.7056 0.69627 0.192 0.808
#> SRR1384115 1 0.9933 0.03942 0.548 0.452
#> SRR1476927 2 0.5842 0.79840 0.140 0.860
#> SRR1387769 1 0.8327 0.75736 0.736 0.264
#> SRR1322595 1 0.9552 0.39888 0.624 0.376
#> SRR1370423 2 0.9580 0.41700 0.380 0.620
#> SRR1314976 2 0.9044 0.41245 0.320 0.680
#> SRR1319560 2 0.8144 0.66348 0.252 0.748
#> SRR1352683 2 0.7602 0.65022 0.220 0.780
#> SRR1473800 1 0.5408 0.78081 0.876 0.124
#> SRR1326384 1 0.9170 0.59759 0.668 0.332
#> SRR1360807 2 0.3431 0.72834 0.064 0.936
#> SRR1332544 1 0.2603 0.71191 0.956 0.044
#> SRR598695 1 0.6247 0.78313 0.844 0.156
#> SRR807824 2 0.7674 0.77157 0.224 0.776
#> SRR809296 1 0.6148 0.74081 0.848 0.152
#> SRR657927 1 0.7745 0.78103 0.772 0.228
#> SRR1440682 2 0.5408 0.79266 0.124 0.876
#> SRR1454415 2 0.6247 0.79637 0.156 0.844
#> SRR1419131 2 0.0672 0.73327 0.008 0.992
#> SRR1404293 1 0.9983 0.32962 0.524 0.476
#> SRR1473340 1 0.5842 0.78971 0.860 0.140
#> SRR1345563 1 0.0672 0.69829 0.992 0.008
#> SRR1323382 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR1480697 2 0.9970 0.14704 0.468 0.532
#> SRR1321808 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR1382756 2 0.5294 0.79407 0.120 0.880
#> SRR1312558 2 0.8713 0.67770 0.292 0.708
#> SRR1417088 2 0.1633 0.75347 0.024 0.976
#> SRR1433027 2 0.4690 0.79335 0.100 0.900
#> SRR662257 2 0.5519 0.71944 0.128 0.872
#> SRR600417 2 0.0376 0.73276 0.004 0.996
#> SRR812493 2 0.5842 0.69867 0.140 0.860
#> SRR612743 1 0.8713 0.73778 0.708 0.292
#> SRR1361345 2 0.9323 0.30587 0.348 0.652
#> SRR600584 2 0.3733 0.78256 0.072 0.928
#> SRR1310520 2 0.2603 0.73577 0.044 0.956
#> SRR1395595 1 0.8144 0.63120 0.748 0.252
#> SRR1334074 1 0.8016 0.64571 0.756 0.244
#> SRR654838 2 0.7139 0.78631 0.196 0.804
#> SRR1376694 1 0.0376 0.69729 0.996 0.004
#> SRR1433841 1 0.9909 0.25788 0.556 0.444
#> SRR1366837 1 0.9323 0.66722 0.652 0.348
#> SRR1467479 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR1459055 1 0.1184 0.70349 0.984 0.016
#> SRR1471050 2 0.7299 0.78145 0.204 0.796
#> SRR603004 2 0.8608 0.71252 0.284 0.716
#> SRR814703 2 0.7453 0.77960 0.212 0.788
#> SRR661937 2 0.3879 0.78334 0.076 0.924
#> SRR614359 1 0.5842 0.78971 0.860 0.140
#> SRR1071568 2 0.5294 0.79407 0.120 0.880
#> SRR1389084 1 0.7745 0.77393 0.772 0.228
#> SRR1337624 2 0.3274 0.76493 0.060 0.940
#> SRR1344400 2 0.7453 0.77960 0.212 0.788
#> SRR1414290 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR1413644 2 0.9795 0.48962 0.416 0.584
#> SRR1098998 1 0.5294 0.77933 0.880 0.120
#> SRR1481279 1 0.6343 0.79434 0.840 0.160
#> SRR1315103 1 0.1184 0.70349 0.984 0.016
#> SRR1099286 1 0.7139 0.78810 0.804 0.196
#> SRR2166570 2 0.4690 0.77901 0.100 0.900
#> SRR601445 1 0.8386 0.76348 0.732 0.268
#> SRR1439719 2 0.4690 0.79335 0.100 0.900
#> SRR1377026 2 0.5842 0.79410 0.140 0.860
#> SRR1327386 1 0.6531 0.77699 0.832 0.168
#> SRR654826 2 0.7299 0.78282 0.204 0.796
#> SRR1460433 2 0.4161 0.73523 0.084 0.916
#> SRR1469345 1 0.5178 0.77573 0.884 0.116
#> SRR1421462 2 0.7056 0.78807 0.192 0.808
#> SRR662966 1 0.7815 0.66468 0.768 0.232
#> SRR1339175 1 0.5842 0.78971 0.860 0.140
#> SRR1447736 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR1434671 2 0.8327 0.75075 0.264 0.736
#> SRR660800 2 0.7139 0.78739 0.196 0.804
#> SRR1465543 1 0.9710 0.23968 0.600 0.400
#> SRR1342023 1 0.6712 0.79229 0.824 0.176
#> SRR1335670 1 0.8661 0.75130 0.712 0.288
#> SRR1400955 2 0.7453 0.78022 0.212 0.788
#> SRR1072150 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR1442822 1 0.5294 0.77933 0.880 0.120
#> SRR1364658 1 0.5842 0.78971 0.860 0.140
#> SRR1098074 1 0.9661 0.27461 0.608 0.392
#> SRR1442778 1 0.6531 0.79147 0.832 0.168
#> SRR1086728 1 0.9580 0.29329 0.620 0.380
#> SRR627464 1 0.8499 0.69510 0.724 0.276
#> SRR1409193 2 0.9427 0.34360 0.360 0.640
#> SRR2168286 2 0.3431 0.73944 0.064 0.936
#> SRR615539 2 0.4431 0.79196 0.092 0.908
#> SRR663623 1 0.8081 0.76854 0.752 0.248
#> SRR1471989 1 0.7453 0.67555 0.788 0.212
#> SRR1468828 2 0.3274 0.76493 0.060 0.940
#> SRR1381934 1 0.8608 0.75553 0.716 0.284
#> SRR1471098 1 0.7950 0.76895 0.760 0.240
#> SRR1314749 1 0.9358 0.65658 0.648 0.352
#> SRR2166874 2 0.9000 0.55805 0.316 0.684
#> SRR821302 1 0.6438 0.79134 0.836 0.164
#> SRR1435066 2 0.7528 0.77729 0.216 0.784
#> SRR661601 2 0.8016 0.76270 0.244 0.756
#> SRR1446546 2 0.6048 0.78620 0.148 0.852
#> SRR1419784 1 0.8016 0.64571 0.756 0.244
#> SRR1357233 2 0.7815 0.67914 0.232 0.768
#> SRR1441889 1 0.5408 0.78136 0.876 0.124
#> SRR1413940 1 0.1184 0.70349 0.984 0.016
#> SRR1324250 2 0.5178 0.79387 0.116 0.884
#> SRR1442862 1 0.9970 -0.04341 0.532 0.468
#> SRR662474 2 0.4431 0.79196 0.092 0.908
#> SRR1416226 1 0.9522 0.62809 0.628 0.372
#> SRR1417404 2 0.8207 0.54549 0.256 0.744
#> SRR665466 2 0.4562 0.79197 0.096 0.904
#> SRR658849 1 0.7745 0.77393 0.772 0.228
#> SRR1460025 2 0.5294 0.79407 0.120 0.880
#> SRR1408136 1 0.5408 0.78163 0.876 0.124
#> SRR1489995 2 0.7299 0.78145 0.204 0.796
#> SRR1374092 1 0.9608 0.60725 0.616 0.384
#> SRR1488429 1 0.8955 0.59436 0.688 0.312
#> SRR1087559 2 0.8499 0.61176 0.276 0.724
#> SRR817004 1 0.9954 0.11564 0.540 0.460
#> SRR1429660 2 0.9522 0.60366 0.372 0.628
#> SRR604390 2 0.9988 0.16581 0.480 0.520
#> SRR614936 2 0.3274 0.76493 0.060 0.940
#> SRR1365938 2 0.9866 0.05699 0.432 0.568
#> SRR1437324 1 0.5946 0.78334 0.856 0.144
#> SRR613414 2 0.6343 0.75309 0.160 0.840
#> SRR660414 2 0.4690 0.77901 0.100 0.900
#> SRR1452185 1 0.5408 0.78081 0.876 0.124
#> SRR1347020 1 0.8327 0.76649 0.736 0.264
#> SRR1398036 2 0.4939 0.71001 0.108 0.892
#> SRR1436674 1 0.7674 0.77727 0.776 0.224
#> SRR603750 1 0.9129 0.67290 0.672 0.328
#> SRR608630 2 0.8207 0.58119 0.256 0.744
#> SRR655625 2 0.0376 0.73276 0.004 0.996
#> SRR599059 2 0.8661 0.69393 0.288 0.712
#> SRR615189 2 0.9881 0.24141 0.436 0.564
#> SRR1466889 2 0.7815 0.75953 0.232 0.768
#> SRR1084602 2 0.3431 0.72834 0.064 0.936
#> SRR1335422 1 0.6048 0.78929 0.852 0.148
#> SRR1356805 2 0.7950 0.75230 0.240 0.760
#> SRR1385300 1 0.8081 0.69684 0.752 0.248
#> SRR654814 1 0.6148 0.78067 0.848 0.152
#> SRR658385 2 0.7528 0.77729 0.216 0.784
#> SRR820596 1 0.8713 0.73778 0.708 0.292
#> SRR1318118 1 0.8443 0.76009 0.728 0.272
#> SRR1480766 2 0.4431 0.79186 0.092 0.908
#> SRR1406539 1 0.7528 0.78684 0.784 0.216
#> SRR1341833 2 0.7745 0.77887 0.228 0.772
#> SRR1441826 2 0.0376 0.73276 0.004 0.996
#> SRR1448051 1 0.6148 0.78067 0.848 0.152
#> SRR1326752 1 0.6801 0.77775 0.820 0.180
#> SRR665217 1 0.9896 0.30666 0.560 0.440
#> SRR819186 2 0.7376 0.77940 0.208 0.792
#> SRR661517 1 0.7219 0.76917 0.800 0.200
#> SRR607166 2 0.7528 0.78014 0.216 0.784
#> SRR809065 2 0.3584 0.77800 0.068 0.932
#> SRR1415872 2 0.6801 0.79684 0.180 0.820
#> SRR1415463 1 0.9358 0.65658 0.648 0.352
#> SRR1381161 2 0.5294 0.70042 0.120 0.880
#> SRR1442231 2 0.9896 0.06106 0.440 0.560
#> SRR1374696 1 0.9866 0.46378 0.568 0.432
#> SRR1451988 2 0.9944 0.01698 0.456 0.544
#> SRR660555 1 0.6247 0.78313 0.844 0.156
#> SRR657801 1 0.5629 0.78372 0.868 0.132
#> SRR663344 2 0.7674 0.76929 0.224 0.776
#> SRR1472462 2 0.6623 0.79487 0.172 0.828
#> SRR1406176 2 0.9815 0.19573 0.420 0.580
#> SRR656886 2 0.5294 0.79407 0.120 0.880
#> SRR1498337 2 0.4939 0.71001 0.108 0.892
#> SRR613066 1 0.2603 0.71191 0.956 0.044
#> SRR1309490 1 0.5408 0.78163 0.876 0.124
#> SRR602492 2 0.4939 0.71001 0.108 0.892
#> SRR1447347 1 0.8267 0.76915 0.740 0.260
#> SRR1475546 2 0.6801 0.79211 0.180 0.820
#> SRR627459 2 0.7056 0.69627 0.192 0.808
#> SRR1434332 2 0.4431 0.79186 0.092 0.908
#> SRR1070358 2 0.7219 0.77689 0.200 0.800
#> SRR1345936 2 0.8081 0.61417 0.248 0.752
#> SRR665658 2 0.7528 0.77840 0.216 0.784
#> SRR1321351 2 0.3733 0.78256 0.072 0.928
#> SRR657880 2 0.8144 0.75376 0.252 0.748
#> SRR1373903 2 0.5059 0.79643 0.112 0.888
#> SRR657396 2 0.8144 0.66348 0.252 0.748
#> SRR660981 2 0.5842 0.79840 0.140 0.860
#> SRR818499 1 0.6247 0.78313 0.844 0.156
#> SRR819658 2 0.7453 0.78022 0.212 0.788
#> SRR1376316 1 0.5737 0.78349 0.864 0.136
#> SRR1323723 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR1476719 1 0.8327 0.76408 0.736 0.264
#> SRR1403478 2 0.7528 0.77729 0.216 0.784
#> SRR1095695 1 0.8327 0.75180 0.736 0.264
#> SRR1352391 2 0.8763 0.51738 0.296 0.704
#> SRR1498813 2 0.0376 0.73276 0.004 0.996
#> SRR627437 2 0.7056 0.69627 0.192 0.808
#> SRR2185097 1 0.5842 0.78290 0.860 0.140
#> SRR817166 1 0.9996 -0.00594 0.512 0.488
#> SRR1091670 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR603776 1 0.8267 0.74986 0.740 0.260
#> SRR1479640 2 0.5946 0.79772 0.144 0.856
#> SRR660152 1 0.6973 0.78043 0.812 0.188
#> SRR1074769 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR656153 2 0.4690 0.79310 0.100 0.900
#> SRR1392502 1 0.8327 0.62204 0.736 0.264
#> SRR1359609 1 0.0672 0.69829 0.992 0.008
#> SRR601925 2 0.7602 0.77147 0.220 0.780
#> SRR2165182 2 0.6531 0.79543 0.168 0.832
#> SRR608542 2 0.5519 0.71696 0.128 0.872
#> SRR655064 2 0.2603 0.73577 0.044 0.956
#> SRR1432430 1 0.8909 0.69355 0.692 0.308
#> SRR808472 2 0.4022 0.78108 0.080 0.920
#> SRR1414958 1 0.7453 0.67555 0.788 0.212
#> SRR598484 2 0.6048 0.78620 0.148 0.852
#> SRR612755 1 0.7745 0.78103 0.772 0.228
#> SRR1365808 1 0.5408 0.78081 0.876 0.124
#> SRR1391724 2 0.7056 0.69627 0.192 0.808
#> SRR1322373 1 0.7745 0.77393 0.772 0.228
#> SRR1489265 2 0.6973 0.78999 0.188 0.812
#> SRR1359099 2 0.7528 0.77729 0.216 0.784
#> SRR607279 2 0.6247 0.79713 0.156 0.844
#> SRR810461 2 0.7299 0.78217 0.204 0.796
#> SRR627427 1 0.8499 0.69510 0.724 0.276
#> SRR612887 2 0.6801 0.79620 0.180 0.820
#> SRR809807 1 0.9522 0.35462 0.628 0.372
#> SRR663112 2 0.7299 0.75375 0.204 0.796
#> SRR1346933 2 0.9000 0.55805 0.316 0.684
#> SRR1487910 1 0.8081 0.75649 0.752 0.248
#> SRR603092 2 0.2236 0.76001 0.036 0.964
#> SRR1417680 2 0.4431 0.79085 0.092 0.908
#> SRR1383785 1 0.6438 0.79162 0.836 0.164
#> SRR1070015 1 0.9710 0.23968 0.600 0.400
#> SRR1466222 2 0.9460 0.46700 0.364 0.636
#> SRR1416119 1 0.7056 0.69659 0.808 0.192
#> SRR819318 1 0.7883 0.77958 0.764 0.236
#> SRR608288 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR811121 2 1.0000 0.21290 0.496 0.504
#> SRR613138 2 0.7299 0.78145 0.204 0.796
#> SRR810483 1 0.8327 0.75736 0.736 0.264
#> SRR607839 1 0.5408 0.78081 0.876 0.124
#> SRR1337031 1 0.5178 0.78199 0.884 0.116
#> SRR601311 2 0.0376 0.73276 0.004 0.996
#> SRR1406685 2 0.1184 0.74407 0.016 0.984
#> SRR1467500 2 0.1414 0.74699 0.020 0.980
#> SRR1308504 1 0.5408 0.78136 0.876 0.124
#> SRR1312865 1 0.9427 0.52231 0.640 0.360
#> SRR1312522 1 0.6712 0.77373 0.824 0.176
#> SRR1490486 2 0.7376 0.78296 0.208 0.792
#> SRR1325888 1 0.8081 0.76300 0.752 0.248
#> SRR1472885 1 0.5294 0.77933 0.880 0.120
#> SRR1098785 2 0.1633 0.75035 0.024 0.976
#> SRR1084766 2 0.3431 0.73944 0.064 0.936
#> SRR1102804 2 0.7139 0.78731 0.196 0.804
#> SRR1336636 1 0.8713 0.73778 0.708 0.292
#> SRR1347795 1 0.2603 0.71191 0.956 0.044
#> SRR601900 2 0.8081 0.76148 0.248 0.752
#> SRR1330989 2 0.4298 0.78059 0.088 0.912
#> SRR658445 1 0.9710 0.23968 0.600 0.400
#> SRR1368754 1 0.9000 0.68542 0.684 0.316
#> SRR1460001 2 0.7376 0.77865 0.208 0.792
#> SRR1414934 1 0.5408 0.78081 0.876 0.124
#> SRR1326249 1 0.6343 0.75579 0.840 0.160
#> SRR614948 1 0.0672 0.69829 0.992 0.008
#> SRR1472952 1 0.8016 0.76932 0.756 0.244
#> SRR1321528 1 0.8144 0.75948 0.748 0.252
#> SRR627447 1 0.8267 0.75719 0.740 0.260
#> SRR612239 2 0.7056 0.69627 0.192 0.808
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.6775 0.64705 0.740 0.164 0.096
#> SRR603858 1 0.8472 0.48706 0.612 0.228 0.160
#> SRR817070 2 0.5269 0.62653 0.016 0.784 0.200
#> SRR1486995 1 0.8977 0.36389 0.560 0.188 0.252
#> SRR813043 2 0.1129 0.65530 0.020 0.976 0.004
#> SRR656874 2 0.2492 0.66664 0.016 0.936 0.048
#> SRR659037 2 0.8892 0.15120 0.120 0.444 0.436
#> SRR662031 1 0.3722 0.68416 0.888 0.088 0.024
#> SRR1081283 2 0.6597 0.53251 0.024 0.664 0.312
#> SRR1481036 1 0.8386 0.48922 0.620 0.224 0.156
#> SRR1434009 2 0.7600 0.10063 0.060 0.612 0.328
#> SRR1376676 1 0.2492 0.66513 0.936 0.048 0.016
#> SRR1396967 2 0.6781 0.47675 0.052 0.704 0.244
#> SRR665429 2 0.2492 0.66664 0.016 0.936 0.048
#> SRR1388025 2 0.7372 0.38156 0.032 0.520 0.448
#> SRR600784 1 0.7431 0.59990 0.696 0.188 0.116
#> SRR657611 1 0.6425 0.64781 0.764 0.140 0.096
#> SRR1333659 2 0.9113 -0.02324 0.172 0.528 0.300
#> SRR1323896 2 0.3528 0.66493 0.016 0.892 0.092
#> SRR1453971 2 0.9920 -0.48033 0.332 0.388 0.280
#> SRR1421010 1 0.4618 0.58500 0.840 0.024 0.136
#> SRR1334490 3 0.9863 0.37951 0.340 0.260 0.400
#> SRR1309468 1 0.1878 0.66858 0.952 0.044 0.004
#> SRR1468637 2 0.9811 -0.05994 0.244 0.404 0.352
#> SRR1365489 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR627445 1 0.8762 0.41454 0.576 0.264 0.160
#> SRR607863 2 0.4953 0.65633 0.016 0.808 0.176
#> SRR1475524 1 0.5291 0.41526 0.732 0.000 0.268
#> SRR1405504 2 0.3528 0.66493 0.016 0.892 0.092
#> SRR615695 1 0.3213 0.66007 0.912 0.060 0.028
#> SRR600900 2 0.6245 0.60624 0.060 0.760 0.180
#> SRR601477 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR1487215 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR1310797 2 0.2176 0.65967 0.020 0.948 0.032
#> SRR1362713 1 0.9438 0.10247 0.504 0.252 0.244
#> SRR1431385 1 0.2383 0.66423 0.940 0.044 0.016
#> SRR1379089 2 0.1129 0.65530 0.020 0.976 0.004
#> SRR1102079 2 0.9990 -0.57317 0.312 0.348 0.340
#> SRR1357210 1 0.2982 0.67831 0.920 0.056 0.024
#> SRR657659 2 0.5269 0.62653 0.016 0.784 0.200
#> SRR663573 2 0.7181 0.52676 0.048 0.648 0.304
#> SRR603188 2 0.4390 0.64973 0.012 0.840 0.148
#> SRR1471200 2 0.1482 0.65717 0.020 0.968 0.012
#> SRR1310975 2 0.1170 0.65868 0.016 0.976 0.008
#> SRR627457 1 0.6523 0.54329 0.724 0.228 0.048
#> SRR1367654 2 0.6588 0.42300 0.060 0.732 0.208
#> SRR1488410 1 0.5690 0.39726 0.708 0.004 0.288
#> SRR1457750 1 0.9445 0.00261 0.472 0.336 0.192
#> SRR1099546 1 0.6783 0.63783 0.744 0.140 0.116
#> SRR604480 2 0.1482 0.66184 0.020 0.968 0.012
#> SRR1390477 2 0.1129 0.65530 0.020 0.976 0.004
#> SRR1458447 2 0.1482 0.66184 0.020 0.968 0.012
#> SRR1473161 2 0.4575 0.64754 0.012 0.828 0.160
#> SRR1409813 2 0.7705 0.04703 0.060 0.592 0.348
#> SRR612791 1 0.3370 0.67989 0.904 0.072 0.024
#> SRR1470580 2 0.8242 -0.02051 0.336 0.572 0.092
#> SRR1444063 2 0.7841 -0.12718 0.468 0.480 0.052
#> SRR1355578 1 0.8911 0.26376 0.572 0.204 0.224
#> SRR1429203 1 0.2636 0.66376 0.932 0.048 0.020
#> SRR599154 2 0.7851 0.09361 0.080 0.616 0.304
#> SRR814244 1 0.8752 0.11498 0.568 0.148 0.284
#> SRR1404123 2 0.5269 0.62653 0.016 0.784 0.200
#> SRR656934 1 0.8624 0.44890 0.596 0.240 0.164
#> SRR1339029 2 0.1491 0.66364 0.016 0.968 0.016
#> SRR821525 2 0.7372 0.38156 0.032 0.520 0.448
#> SRR1443677 1 0.2496 0.67776 0.928 0.068 0.004
#> SRR1406330 1 0.5493 0.47415 0.756 0.012 0.232
#> SRR1338124 2 0.7431 0.51835 0.116 0.696 0.188
#> SRR1391376 1 0.7797 0.57684 0.672 0.188 0.140
#> SRR661842 2 0.7372 0.38156 0.032 0.520 0.448
#> SRR1395699 1 0.8972 0.36843 0.564 0.200 0.236
#> SRR1312209 1 0.4790 0.67399 0.848 0.096 0.056
#> SRR1359469 1 0.2339 0.66655 0.940 0.048 0.012
#> SRR658885 3 0.9808 0.51279 0.264 0.308 0.428
#> SRR1414578 1 0.3120 0.68092 0.908 0.080 0.012
#> SRR603620 2 0.7951 0.48981 0.104 0.636 0.260
#> SRR604677 1 0.7451 0.61984 0.700 0.156 0.144
#> SRR603800 2 0.1267 0.65824 0.024 0.972 0.004
#> SRR602058 2 0.6935 0.50770 0.024 0.604 0.372
#> SRR817488 2 0.1129 0.65903 0.020 0.976 0.004
#> SRR655601 2 0.5269 0.62653 0.016 0.784 0.200
#> SRR1434821 2 0.2176 0.65967 0.020 0.948 0.032
#> SRR1349166 2 0.6588 0.42300 0.060 0.732 0.208
#> SRR615129 1 0.9550 -0.07584 0.436 0.368 0.196
#> SRR607586 2 0.1482 0.66184 0.020 0.968 0.012
#> SRR602680 2 0.2743 0.64407 0.020 0.928 0.052
#> SRR1411070 2 0.6597 0.53251 0.024 0.664 0.312
#> SRR663038 2 0.2492 0.66664 0.016 0.936 0.048
#> SRR1489416 2 0.3610 0.66443 0.016 0.888 0.096
#> SRR1479155 1 0.2846 0.66373 0.924 0.056 0.020
#> SRR662162 1 0.1878 0.66858 0.952 0.044 0.004
#> SRR1374567 1 0.7750 0.58534 0.676 0.184 0.140
#> SRR1434048 2 0.1170 0.65868 0.016 0.976 0.008
#> SRR2184865 2 0.8033 0.35664 0.064 0.512 0.424
#> SRR2170135 1 0.1878 0.66858 0.952 0.044 0.004
#> SRR615551 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR1335513 2 0.5269 0.62653 0.016 0.784 0.200
#> SRR1370216 3 0.9863 0.37951 0.340 0.260 0.400
#> SRR662954 3 0.9858 0.03184 0.256 0.348 0.396
#> SRR1375738 1 0.7437 0.60762 0.692 0.200 0.108
#> SRR1356577 3 0.9578 0.09889 0.248 0.272 0.480
#> SRR1073119 1 0.7036 0.62366 0.720 0.184 0.096
#> SRR663549 1 0.7437 0.60762 0.692 0.200 0.108
#> SRR1478015 2 0.2804 0.66593 0.016 0.924 0.060
#> SRR600632 2 0.6730 0.54950 0.036 0.680 0.284
#> SRR811866 1 0.9549 0.14098 0.484 0.240 0.276
#> SRR1401101 2 0.2846 0.66234 0.020 0.924 0.056
#> SRR1477797 2 0.6745 0.45981 0.012 0.560 0.428
#> SRR1402986 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR658897 1 0.9550 -0.07584 0.436 0.368 0.196
#> SRR1419869 1 0.7815 0.57149 0.672 0.180 0.148
#> SRR1490700 2 0.9912 0.02258 0.300 0.400 0.300
#> SRR601723 2 0.9641 0.18160 0.228 0.456 0.316
#> SRR1384115 2 0.8108 -0.11914 0.072 0.536 0.392
#> SRR1476927 2 0.3610 0.66443 0.016 0.888 0.096
#> SRR1387769 1 0.7437 0.60762 0.692 0.200 0.108
#> SRR1322595 2 0.9789 -0.34491 0.236 0.396 0.368
#> SRR1370423 2 0.8876 0.07498 0.204 0.576 0.220
#> SRR1314976 1 0.9982 -0.15937 0.348 0.304 0.348
#> SRR1319560 2 0.7951 0.48981 0.104 0.636 0.260
#> SRR1352683 2 0.9776 0.10455 0.252 0.432 0.316
#> SRR1473800 1 0.2492 0.66513 0.936 0.048 0.016
#> SRR1326384 2 0.9990 -0.57317 0.312 0.348 0.340
#> SRR1360807 3 0.8909 -0.20211 0.124 0.400 0.476
#> SRR1332544 1 0.8784 0.01229 0.524 0.124 0.352
#> SRR598695 1 0.3375 0.67396 0.892 0.100 0.008
#> SRR807824 2 0.1620 0.65253 0.024 0.964 0.012
#> SRR809296 1 0.9478 0.06979 0.468 0.196 0.336
#> SRR657927 1 0.6775 0.64705 0.740 0.164 0.096
#> SRR1440682 2 0.4465 0.64979 0.004 0.820 0.176
#> SRR1454415 2 0.4692 0.65602 0.012 0.820 0.168
#> SRR1419131 2 0.7471 0.37519 0.036 0.516 0.448
#> SRR1404293 1 0.8985 0.24497 0.564 0.220 0.216
#> SRR1473340 1 0.3370 0.67989 0.904 0.072 0.024
#> SRR1345563 1 0.5623 0.40381 0.716 0.004 0.280
#> SRR1323382 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR1480697 2 0.9461 -0.19722 0.216 0.492 0.292
#> SRR1321808 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR1382756 2 0.6007 0.61510 0.048 0.768 0.184
#> SRR1312558 2 0.5449 0.49964 0.068 0.816 0.116
#> SRR1417088 2 0.5650 0.55323 0.000 0.688 0.312
#> SRR1433027 2 0.4353 0.64767 0.008 0.836 0.156
#> SRR662257 2 0.6373 0.48838 0.004 0.588 0.408
#> SRR600417 2 0.7372 0.38156 0.032 0.520 0.448
#> SRR812493 2 0.6779 0.43777 0.012 0.544 0.444
#> SRR612743 1 0.7036 0.62366 0.720 0.184 0.096
#> SRR1361345 1 0.9810 -0.10494 0.388 0.240 0.372
#> SRR600584 2 0.5269 0.62653 0.016 0.784 0.200
#> SRR1310520 2 0.8107 0.34987 0.068 0.508 0.424
#> SRR1395595 3 0.9825 0.51081 0.268 0.308 0.424
#> SRR1334074 3 0.9796 0.51682 0.264 0.304 0.432
#> SRR654838 2 0.1453 0.66193 0.024 0.968 0.008
#> SRR1376694 1 0.5588 0.40075 0.720 0.004 0.276
#> SRR1433841 2 0.7841 -0.12718 0.468 0.480 0.052
#> SRR1366837 1 0.8126 0.54198 0.644 0.208 0.148
#> SRR1467479 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR1459055 1 0.5690 0.39726 0.708 0.004 0.288
#> SRR1471050 2 0.1337 0.66019 0.016 0.972 0.012
#> SRR603004 2 0.4565 0.59685 0.064 0.860 0.076
#> SRR814703 2 0.1170 0.65672 0.016 0.976 0.008
#> SRR661937 2 0.5982 0.61116 0.028 0.744 0.228
#> SRR614359 1 0.3742 0.67992 0.892 0.072 0.036
#> SRR1071568 2 0.6007 0.61510 0.048 0.768 0.184
#> SRR1389084 1 0.8219 0.52191 0.640 0.180 0.180
#> SRR1337624 2 0.6730 0.54950 0.036 0.680 0.284
#> SRR1344400 2 0.1170 0.65672 0.016 0.976 0.008
#> SRR1414290 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR1413644 2 0.6588 0.42300 0.060 0.732 0.208
#> SRR1098998 1 0.1878 0.66741 0.952 0.044 0.004
#> SRR1481279 1 0.5804 0.66465 0.800 0.112 0.088
#> SRR1315103 1 0.5690 0.39726 0.708 0.004 0.288
#> SRR1099286 1 0.6935 0.63681 0.728 0.176 0.096
#> SRR2166570 2 0.7618 0.50712 0.068 0.628 0.304
#> SRR601445 1 0.7564 0.62867 0.692 0.156 0.152
#> SRR1439719 2 0.4353 0.64767 0.008 0.836 0.156
#> SRR1377026 2 0.4521 0.65021 0.004 0.816 0.180
#> SRR1327386 1 0.4075 0.64656 0.880 0.072 0.048
#> SRR654826 2 0.0747 0.65929 0.016 0.984 0.000
#> SRR1460433 2 0.8587 0.32297 0.100 0.500 0.400
#> SRR1469345 1 0.7766 0.49460 0.676 0.148 0.176
#> SRR1421462 2 0.1620 0.66329 0.024 0.964 0.012
#> SRR662966 3 0.9790 0.50673 0.272 0.292 0.436
#> SRR1339175 1 0.3370 0.67989 0.904 0.072 0.024
#> SRR1447736 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR1434671 2 0.3181 0.63401 0.024 0.912 0.064
#> SRR660800 2 0.1482 0.66195 0.020 0.968 0.012
#> SRR1465543 2 0.8445 -0.24704 0.088 0.488 0.424
#> SRR1342023 1 0.3765 0.68076 0.888 0.084 0.028
#> SRR1335670 1 0.6529 0.63894 0.756 0.152 0.092
#> SRR1400955 2 0.2846 0.66234 0.020 0.924 0.056
#> SRR1072150 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR1442822 1 0.2383 0.66423 0.940 0.044 0.016
#> SRR1364658 1 0.3370 0.67989 0.904 0.072 0.024
#> SRR1098074 2 0.8511 -0.27281 0.092 0.480 0.428
#> SRR1442778 1 0.4165 0.68182 0.876 0.076 0.048
#> SRR1086728 2 0.8876 -0.32249 0.120 0.468 0.412
#> SRR627464 1 0.6523 0.54329 0.724 0.228 0.048
#> SRR1409193 1 0.9940 -0.11009 0.388 0.308 0.304
#> SRR2168286 2 0.8157 0.39146 0.076 0.540 0.384
#> SRR615539 2 0.4110 0.64956 0.004 0.844 0.152
#> SRR663623 1 0.7726 0.59750 0.676 0.192 0.132
#> SRR1471989 3 0.9681 0.50306 0.256 0.284 0.460
#> SRR1468828 2 0.6730 0.54950 0.036 0.680 0.284
#> SRR1381934 1 0.7192 0.63255 0.716 0.164 0.120
#> SRR1471098 1 0.8067 0.54521 0.652 0.188 0.160
#> SRR1314749 1 0.8576 0.47523 0.596 0.252 0.152
#> SRR2166874 2 0.8955 0.32722 0.144 0.524 0.332
#> SRR821302 1 0.4137 0.68414 0.872 0.096 0.032
#> SRR1435066 2 0.1337 0.65588 0.016 0.972 0.012
#> SRR661601 2 0.2636 0.64631 0.020 0.932 0.048
#> SRR1446546 2 0.6527 0.59347 0.068 0.744 0.188
#> SRR1419784 3 0.9796 0.51682 0.264 0.304 0.432
#> SRR1357233 2 0.7309 0.43829 0.032 0.552 0.416
#> SRR1441889 1 0.1765 0.66768 0.956 0.040 0.004
#> SRR1413940 1 0.5690 0.39726 0.708 0.004 0.288
#> SRR1324250 2 0.5955 0.61657 0.048 0.772 0.180
#> SRR1442862 2 0.7925 0.04463 0.072 0.584 0.344
#> SRR662474 2 0.4110 0.64956 0.004 0.844 0.152
#> SRR1416226 1 0.8399 0.49841 0.620 0.220 0.160
#> SRR1417404 3 0.9836 0.14097 0.296 0.280 0.424
#> SRR665466 2 0.3918 0.65202 0.004 0.856 0.140
#> SRR658849 1 0.8219 0.52191 0.640 0.180 0.180
#> SRR1460025 2 0.6007 0.61510 0.048 0.768 0.184
#> SRR1408136 1 0.1950 0.66773 0.952 0.040 0.008
#> SRR1489995 2 0.1170 0.65868 0.016 0.976 0.008
#> SRR1374092 1 0.8386 0.48922 0.620 0.224 0.156
#> SRR1488429 3 0.9953 0.43815 0.300 0.320 0.380
#> SRR1087559 2 0.9409 0.21166 0.256 0.508 0.236
#> SRR817004 2 0.9172 -0.04360 0.180 0.524 0.296
#> SRR1429660 2 0.5777 0.50256 0.052 0.788 0.160
#> SRR604390 2 0.9438 -0.12419 0.196 0.480 0.324
#> SRR614936 2 0.6730 0.54950 0.036 0.680 0.284
#> SRR1365938 1 0.9550 -0.07590 0.436 0.368 0.196
#> SRR1437324 1 0.2584 0.67653 0.928 0.064 0.008
#> SRR613414 2 0.6473 0.55500 0.020 0.668 0.312
#> SRR660414 2 0.7618 0.50712 0.068 0.628 0.304
#> SRR1452185 1 0.2492 0.66513 0.936 0.048 0.016
#> SRR1347020 1 0.6463 0.65223 0.756 0.164 0.080
#> SRR1398036 2 0.6745 0.45981 0.012 0.560 0.428
#> SRR1436674 1 0.5307 0.66940 0.820 0.124 0.056
#> SRR603750 1 0.8762 0.41454 0.576 0.264 0.160
#> SRR608630 3 0.9858 0.03184 0.256 0.348 0.396
#> SRR655625 2 0.7372 0.38156 0.032 0.520 0.448
#> SRR599059 2 0.5576 0.54845 0.104 0.812 0.084
#> SRR615189 2 0.7806 0.09346 0.352 0.584 0.064
#> SRR1466889 2 0.2297 0.64621 0.020 0.944 0.036
#> SRR1084602 3 0.8909 -0.20211 0.124 0.400 0.476
#> SRR1335422 1 0.3141 0.68033 0.912 0.068 0.020
#> SRR1356805 2 0.2793 0.64356 0.028 0.928 0.044
#> SRR1385300 1 0.9908 -0.25615 0.392 0.276 0.332
#> SRR654814 1 0.3234 0.67941 0.908 0.072 0.020
#> SRR658385 2 0.1337 0.65588 0.016 0.972 0.012
#> SRR820596 1 0.7036 0.62366 0.720 0.184 0.096
#> SRR1318118 1 0.7617 0.62618 0.688 0.160 0.152
#> SRR1480766 2 0.4110 0.64847 0.004 0.844 0.152
#> SRR1406539 1 0.6208 0.65891 0.768 0.164 0.068
#> SRR1341833 2 0.3752 0.65309 0.020 0.884 0.096
#> SRR1441826 2 0.7372 0.38156 0.032 0.520 0.448
#> SRR1448051 1 0.3234 0.67941 0.908 0.072 0.020
#> SRR1326752 1 0.8693 0.42354 0.592 0.176 0.232
#> SRR665217 2 0.9880 -0.41368 0.332 0.400 0.268
#> SRR819186 2 0.0892 0.65713 0.020 0.980 0.000
#> SRR661517 1 0.8977 0.36389 0.560 0.188 0.252
#> SRR607166 2 0.2793 0.65020 0.044 0.928 0.028
#> SRR809065 2 0.6771 0.56769 0.040 0.684 0.276
#> SRR1415872 2 0.3272 0.66765 0.016 0.904 0.080
#> SRR1415463 1 0.8576 0.47523 0.596 0.252 0.152
#> SRR1381161 2 0.6617 0.45338 0.008 0.556 0.436
#> SRR1442231 1 0.9445 0.00261 0.472 0.336 0.192
#> SRR1374696 1 0.8532 0.39778 0.608 0.224 0.168
#> SRR1451988 2 0.9638 -0.25458 0.308 0.460 0.232
#> SRR660555 1 0.3375 0.67396 0.892 0.100 0.008
#> SRR657801 1 0.3805 0.68430 0.884 0.092 0.024
#> SRR663344 2 0.2176 0.65303 0.020 0.948 0.032
#> SRR1472462 2 0.2116 0.66684 0.012 0.948 0.040
#> SRR1406176 2 0.9437 -0.12198 0.300 0.492 0.208
#> SRR656886 2 0.6007 0.61510 0.048 0.768 0.184
#> SRR1498337 2 0.6745 0.45981 0.012 0.560 0.428
#> SRR613066 1 0.8769 0.01580 0.528 0.124 0.348
#> SRR1309490 1 0.1950 0.66773 0.952 0.040 0.008
#> SRR602492 2 0.6745 0.45981 0.012 0.560 0.428
#> SRR1447347 1 0.6324 0.65455 0.764 0.160 0.076
#> SRR1475546 2 0.2031 0.66513 0.016 0.952 0.032
#> SRR627459 2 0.9641 0.18160 0.228 0.456 0.316
#> SRR1434332 2 0.4110 0.64847 0.004 0.844 0.152
#> SRR1070358 2 0.5360 0.63160 0.012 0.768 0.220
#> SRR1345936 2 0.8206 0.32508 0.072 0.480 0.448
#> SRR665658 2 0.2773 0.64952 0.048 0.928 0.024
#> SRR1321351 2 0.5269 0.62653 0.016 0.784 0.200
#> SRR657880 2 0.2743 0.63798 0.020 0.928 0.052
#> SRR1373903 2 0.4485 0.65383 0.020 0.844 0.136
#> SRR657396 2 0.7951 0.48981 0.104 0.636 0.260
#> SRR660981 2 0.3610 0.66443 0.016 0.888 0.096
#> SRR818499 1 0.3375 0.67396 0.892 0.100 0.008
#> SRR819658 2 0.2846 0.66234 0.020 0.924 0.056
#> SRR1376316 1 0.2486 0.67487 0.932 0.060 0.008
#> SRR1323723 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR1476719 1 0.6128 0.65460 0.780 0.136 0.084
#> SRR1403478 2 0.1337 0.65588 0.016 0.972 0.012
#> SRR1095695 1 0.8331 0.52139 0.628 0.208 0.164
#> SRR1352391 2 0.9963 -0.05718 0.308 0.376 0.316
#> SRR1498813 2 0.7372 0.38156 0.032 0.520 0.448
#> SRR627437 2 0.9641 0.18160 0.228 0.456 0.316
#> SRR2185097 1 0.3722 0.68416 0.888 0.088 0.024
#> SRR817166 2 0.9606 -0.29640 0.212 0.448 0.340
#> SRR1091670 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR603776 1 0.8029 0.56850 0.656 0.172 0.172
#> SRR1479640 2 0.3528 0.66431 0.016 0.892 0.092
#> SRR660152 1 0.8061 0.53119 0.652 0.156 0.192
#> SRR1074769 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR656153 2 0.3851 0.65309 0.004 0.860 0.136
#> SRR1392502 3 0.9573 0.50780 0.212 0.328 0.460
#> SRR1359609 1 0.5397 0.40704 0.720 0.000 0.280
#> SRR601925 2 0.3888 0.62511 0.064 0.888 0.048
#> SRR2165182 2 0.2492 0.66664 0.016 0.936 0.048
#> SRR608542 2 0.6373 0.48586 0.004 0.588 0.408
#> SRR655064 2 0.8033 0.35664 0.064 0.512 0.424
#> SRR1432430 1 0.8614 0.46892 0.600 0.228 0.172
#> SRR808472 2 0.6828 0.54261 0.032 0.656 0.312
#> SRR1414958 3 0.9681 0.50306 0.256 0.284 0.460
#> SRR598484 2 0.6527 0.59347 0.068 0.744 0.188
#> SRR612755 1 0.6775 0.64705 0.740 0.164 0.096
#> SRR1365808 1 0.2636 0.66376 0.932 0.048 0.020
#> SRR1391724 2 0.9641 0.18160 0.228 0.456 0.316
#> SRR1322373 1 0.8219 0.52191 0.640 0.180 0.180
#> SRR1489265 2 0.1482 0.66467 0.020 0.968 0.012
#> SRR1359099 2 0.1337 0.65588 0.016 0.972 0.012
#> SRR607279 2 0.3528 0.66493 0.016 0.892 0.092
#> SRR810461 2 0.1129 0.65903 0.020 0.976 0.004
#> SRR627427 1 0.6523 0.54329 0.724 0.228 0.048
#> SRR612887 2 0.4139 0.66419 0.016 0.860 0.124
#> SRR809807 2 0.8842 -0.34352 0.116 0.452 0.432
#> SRR663112 2 0.7431 0.51848 0.116 0.696 0.188
#> SRR1346933 2 0.8955 0.32722 0.144 0.524 0.332
#> SRR1487910 1 0.5603 0.63446 0.804 0.136 0.060
#> SRR603092 2 0.6597 0.53251 0.024 0.664 0.312
#> SRR1417680 2 0.3983 0.65101 0.004 0.852 0.144
#> SRR1383785 1 0.4256 0.68497 0.868 0.096 0.036
#> SRR1070015 2 0.8445 -0.24704 0.088 0.488 0.424
#> SRR1466222 2 0.8013 0.18993 0.252 0.636 0.112
#> SRR1416119 3 0.9863 0.37951 0.340 0.260 0.400
#> SRR819318 1 0.7451 0.61984 0.700 0.156 0.144
#> SRR608288 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR811121 2 0.7851 0.09361 0.080 0.616 0.304
#> SRR613138 2 0.1170 0.65868 0.016 0.976 0.008
#> SRR810483 1 0.7437 0.60762 0.692 0.200 0.108
#> SRR607839 1 0.2492 0.66513 0.936 0.048 0.016
#> SRR1337031 1 0.3472 0.67271 0.904 0.056 0.040
#> SRR601311 2 0.7372 0.38156 0.032 0.520 0.448
#> SRR1406685 2 0.7263 0.47593 0.036 0.592 0.372
#> SRR1467500 2 0.6726 0.51645 0.024 0.644 0.332
#> SRR1308504 1 0.1765 0.66768 0.956 0.040 0.004
#> SRR1312865 3 0.9994 0.42644 0.316 0.340 0.344
#> SRR1312522 1 0.8550 0.49561 0.608 0.176 0.216
#> SRR1490486 2 0.1620 0.65930 0.024 0.964 0.012
#> SRR1325888 1 0.8249 0.52176 0.636 0.200 0.164
#> SRR1472885 1 0.1643 0.66800 0.956 0.044 0.000
#> SRR1098785 2 0.5902 0.54759 0.004 0.680 0.316
#> SRR1084766 2 0.8157 0.39146 0.076 0.540 0.384
#> SRR1102804 2 0.1337 0.66276 0.016 0.972 0.012
#> SRR1336636 1 0.7036 0.62366 0.720 0.184 0.096
#> SRR1347795 1 0.8784 0.01229 0.524 0.124 0.352
#> SRR601900 2 0.2743 0.64407 0.020 0.928 0.052
#> SRR1330989 2 0.7274 0.52251 0.052 0.644 0.304
#> SRR658445 2 0.8445 -0.24704 0.088 0.488 0.424
#> SRR1368754 1 0.8824 0.41164 0.572 0.260 0.168
#> SRR1460001 2 0.0983 0.65686 0.016 0.980 0.004
#> SRR1414934 1 0.2492 0.66513 0.936 0.048 0.016
#> SRR1326249 1 0.9320 0.19456 0.496 0.184 0.320
#> SRR614948 1 0.5623 0.40381 0.716 0.004 0.280
#> SRR1472952 1 0.7750 0.58534 0.676 0.184 0.140
#> SRR1321528 1 0.5659 0.64036 0.796 0.152 0.052
#> SRR627447 1 0.7431 0.59990 0.696 0.188 0.116
#> SRR612239 2 0.9654 0.17361 0.228 0.452 0.320
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 1 0.6221 0.6624 0.716 0.108 0.148 0.028
#> SRR603858 1 0.8121 0.4527 0.548 0.184 0.216 0.052
#> SRR817070 2 0.4313 0.5127 0.000 0.736 0.004 0.260
#> SRR1486995 1 0.7301 0.2425 0.464 0.132 0.400 0.004
#> SRR813043 2 0.0336 0.7036 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR656874 2 0.1576 0.6978 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR659037 2 0.8453 -0.2320 0.020 0.348 0.340 0.292
#> SRR662031 1 0.4715 0.6865 0.824 0.040 0.064 0.072
#> SRR1081283 2 0.5178 0.1654 0.004 0.600 0.004 0.392
#> SRR1481036 1 0.8020 0.5523 0.600 0.128 0.128 0.144
#> SRR1434009 2 0.5088 0.0330 0.000 0.572 0.424 0.004
#> SRR1376676 1 0.4488 0.5766 0.808 0.000 0.096 0.096
#> SRR1396967 2 0.6447 0.4359 0.008 0.660 0.216 0.116
#> SRR665429 2 0.1576 0.6978 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1388025 4 0.4991 0.5557 0.004 0.316 0.008 0.672
#> SRR600784 1 0.6312 0.6281 0.688 0.124 0.176 0.012
#> SRR657611 1 0.6161 0.6644 0.736 0.064 0.072 0.128
#> SRR1333659 2 0.7490 -0.0938 0.044 0.480 0.408 0.068
#> SRR1323896 2 0.2611 0.6777 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR1453971 3 0.8722 0.4805 0.184 0.328 0.428 0.060
#> SRR1421010 1 0.5612 0.4099 0.692 0.004 0.252 0.052
#> SRR1334490 3 0.6852 0.4937 0.192 0.208 0.600 0.000
#> SRR1309468 1 0.0937 0.6649 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1468637 3 0.8962 -0.1990 0.060 0.340 0.368 0.232
#> SRR1365489 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR627445 1 0.7899 0.4429 0.548 0.204 0.216 0.032
#> SRR607863 2 0.4234 0.6499 0.000 0.816 0.052 0.132
#> SRR1475524 3 0.6337 0.1024 0.468 0.000 0.472 0.060
#> SRR1405504 2 0.2611 0.6777 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR615695 1 0.5633 0.5261 0.740 0.008 0.108 0.144
#> SRR600900 2 0.5895 0.4777 0.024 0.692 0.040 0.244
#> SRR601477 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1487215 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1310797 2 0.1411 0.7050 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1362713 4 0.8831 0.3051 0.276 0.140 0.108 0.476
#> SRR1431385 1 0.4163 0.5916 0.828 0.000 0.096 0.076
#> SRR1379089 2 0.0336 0.7036 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1102079 3 0.8273 0.4814 0.236 0.264 0.472 0.028
#> SRR1357210 1 0.2421 0.6847 0.924 0.008 0.048 0.020
#> SRR657659 2 0.4343 0.5077 0.000 0.732 0.004 0.264
#> SRR663573 2 0.5953 0.0511 0.020 0.548 0.012 0.420
#> SRR603188 2 0.4104 0.6664 0.000 0.832 0.088 0.080
#> SRR1471200 2 0.0657 0.7051 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1310975 2 0.0376 0.7055 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR627457 1 0.8693 0.3350 0.524 0.204 0.144 0.128
#> SRR1367654 2 0.4744 0.4552 0.000 0.704 0.284 0.012
#> SRR1488410 3 0.6660 0.1208 0.452 0.000 0.464 0.084
#> SRR1457750 4 0.9287 0.4021 0.244 0.240 0.104 0.412
#> SRR1099546 1 0.5589 0.6445 0.724 0.080 0.192 0.004
#> SRR604480 2 0.0672 0.7062 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1390477 2 0.0336 0.7036 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1458447 2 0.0672 0.7062 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1473161 2 0.3751 0.5945 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1409813 2 0.5360 -0.0403 0.000 0.552 0.436 0.012
#> SRR612791 1 0.3084 0.6897 0.896 0.028 0.064 0.012
#> SRR1470580 2 0.7717 0.0744 0.292 0.556 0.100 0.052
#> SRR1444063 2 0.8188 -0.1445 0.376 0.460 0.084 0.080
#> SRR1355578 4 0.8661 0.1111 0.324 0.092 0.124 0.460
#> SRR1429203 1 0.4610 0.5697 0.800 0.000 0.100 0.100
#> SRR599154 2 0.5515 0.0033 0.008 0.564 0.420 0.008
#> SRR814244 3 0.8763 0.2850 0.372 0.132 0.408 0.088
#> SRR1404123 2 0.4343 0.5077 0.000 0.732 0.004 0.264
#> SRR656934 1 0.8256 0.5060 0.576 0.144 0.120 0.160
#> SRR1339029 2 0.0927 0.7067 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR821525 4 0.4991 0.5557 0.004 0.316 0.008 0.672
#> SRR1443677 1 0.2605 0.6648 0.920 0.016 0.024 0.040
#> SRR1406330 1 0.6227 0.1455 0.588 0.004 0.352 0.056
#> SRR1338124 2 0.7172 0.3119 0.096 0.620 0.040 0.244
#> SRR1391376 1 0.6393 0.6007 0.656 0.120 0.220 0.004
#> SRR661842 4 0.4991 0.5557 0.004 0.316 0.008 0.672
#> SRR1395699 1 0.7367 0.2918 0.480 0.144 0.372 0.004
#> SRR1312209 1 0.4402 0.6743 0.832 0.024 0.044 0.100
#> SRR1359469 1 0.4362 0.5824 0.816 0.000 0.096 0.088
#> SRR658885 3 0.6623 0.5684 0.120 0.252 0.624 0.004
#> SRR1414578 1 0.3827 0.6855 0.868 0.028 0.052 0.052
#> SRR603620 2 0.7587 0.2716 0.032 0.588 0.172 0.208
#> SRR604677 1 0.6721 0.6284 0.664 0.104 0.204 0.028
#> SRR603800 2 0.0712 0.7057 0.004 0.984 0.004 0.008
#> SRR602058 2 0.6921 -0.1964 0.004 0.456 0.092 0.448
#> SRR817488 2 0.0376 0.7056 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR655601 2 0.4343 0.5077 0.000 0.732 0.004 0.264
#> SRR1434821 2 0.1411 0.7050 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1349166 2 0.4744 0.4552 0.000 0.704 0.284 0.012
#> SRR615129 4 0.9370 0.4255 0.236 0.276 0.104 0.384
#> SRR607586 2 0.0672 0.7062 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR602680 2 0.2198 0.6836 0.000 0.920 0.072 0.008
#> SRR1411070 2 0.5178 0.1654 0.004 0.600 0.004 0.392
#> SRR663038 2 0.1576 0.6978 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1489416 2 0.2675 0.6749 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1479155 1 0.5331 0.5470 0.764 0.008 0.108 0.120
#> SRR662162 1 0.0657 0.6674 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1374567 1 0.6895 0.5962 0.640 0.128 0.212 0.020
#> SRR1434048 2 0.0376 0.7055 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2184865 4 0.5186 0.5323 0.016 0.344 0.000 0.640
#> SRR2170135 1 0.0657 0.6674 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR615551 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1335513 2 0.4313 0.5127 0.000 0.736 0.004 0.260
#> SRR1370216 3 0.6852 0.4937 0.192 0.208 0.600 0.000
#> SRR662954 4 0.7058 0.5477 0.076 0.180 0.080 0.664
#> SRR1375738 1 0.6827 0.6331 0.676 0.128 0.156 0.040
#> SRR1356577 4 0.3779 0.4671 0.068 0.040 0.024 0.868
#> SRR1073119 1 0.6585 0.6520 0.700 0.120 0.136 0.044
#> SRR663549 1 0.6827 0.6331 0.676 0.128 0.156 0.040
#> SRR1478015 2 0.1970 0.6922 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR600632 2 0.5429 0.1440 0.012 0.592 0.004 0.392
#> SRR811866 4 0.7840 -0.1311 0.392 0.072 0.064 0.472
#> SRR1401101 2 0.2131 0.7021 0.000 0.932 0.036 0.032
#> SRR1477797 4 0.7317 0.2334 0.004 0.424 0.132 0.440
#> SRR1402986 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR658897 4 0.9370 0.4255 0.236 0.276 0.104 0.384
#> SRR1419869 1 0.6493 0.5857 0.640 0.116 0.240 0.004
#> SRR1490700 4 0.8206 0.5567 0.168 0.280 0.044 0.508
#> SRR601723 4 0.8285 0.4998 0.196 0.308 0.032 0.464
#> SRR1384115 3 0.5597 0.2727 0.000 0.464 0.516 0.020
#> SRR1476927 2 0.2675 0.6749 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1387769 1 0.6827 0.6331 0.676 0.128 0.156 0.040
#> SRR1322595 3 0.8135 0.3103 0.072 0.352 0.484 0.092
#> SRR1370423 2 0.8866 0.0702 0.156 0.504 0.208 0.132
#> SRR1314976 4 0.7067 0.3849 0.180 0.104 0.056 0.660
#> SRR1319560 2 0.7587 0.2716 0.032 0.588 0.172 0.208
#> SRR1352683 4 0.8477 0.5010 0.212 0.292 0.040 0.456
#> SRR1473800 1 0.4488 0.5766 0.808 0.000 0.096 0.096
#> SRR1326384 3 0.8273 0.4814 0.236 0.264 0.472 0.028
#> SRR1360807 4 0.4148 0.5905 0.016 0.156 0.012 0.816
#> SRR1332544 3 0.6957 0.4004 0.312 0.100 0.576 0.012
#> SRR598695 1 0.3299 0.6599 0.888 0.056 0.012 0.044
#> SRR807824 2 0.0895 0.7020 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR809296 3 0.7181 0.1663 0.336 0.152 0.512 0.000
#> SRR657927 1 0.6221 0.6624 0.716 0.108 0.148 0.028
#> SRR1440682 2 0.4244 0.6204 0.000 0.800 0.032 0.168
#> SRR1454415 2 0.4088 0.6437 0.000 0.820 0.040 0.140
#> SRR1419131 4 0.4875 0.5669 0.004 0.296 0.008 0.692
#> SRR1404293 4 0.8816 0.1241 0.332 0.108 0.120 0.440
#> SRR1473340 1 0.2954 0.6898 0.900 0.028 0.064 0.008
#> SRR1345563 3 0.6506 0.1213 0.456 0.000 0.472 0.072
#> SRR1323382 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1480697 2 0.9033 -0.2912 0.140 0.412 0.336 0.112
#> SRR1321808 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1382756 2 0.5607 0.4944 0.012 0.700 0.040 0.248
#> SRR1312558 2 0.4419 0.5524 0.040 0.804 0.152 0.004
#> SRR1417088 2 0.4819 0.3221 0.000 0.652 0.004 0.344
#> SRR1433027 2 0.3583 0.6126 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR662257 2 0.7065 -0.0963 0.000 0.472 0.124 0.404
#> SRR600417 4 0.4991 0.5557 0.004 0.316 0.008 0.672
#> SRR812493 4 0.7559 0.2466 0.004 0.404 0.164 0.428
#> SRR612743 1 0.6504 0.6506 0.704 0.120 0.136 0.040
#> SRR1361345 4 0.6920 0.4107 0.160 0.084 0.076 0.680
#> SRR600584 2 0.4313 0.5127 0.000 0.736 0.004 0.260
#> SRR1310520 4 0.5167 0.5379 0.016 0.340 0.000 0.644
#> SRR1395595 3 0.6804 0.5648 0.124 0.252 0.616 0.008
#> SRR1334074 3 0.6370 0.5826 0.100 0.252 0.644 0.004
#> SRR654838 2 0.0859 0.7065 0.004 0.980 0.008 0.008
#> SRR1376694 3 0.6275 0.1229 0.460 0.000 0.484 0.056
#> SRR1433841 2 0.8188 -0.1445 0.376 0.460 0.084 0.080
#> SRR1366837 1 0.7697 0.5928 0.628 0.128 0.136 0.108
#> SRR1467479 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459055 3 0.6660 0.1208 0.452 0.000 0.464 0.084
#> SRR1471050 2 0.0524 0.7058 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR603004 2 0.4571 0.6280 0.040 0.832 0.064 0.064
#> SRR814703 2 0.0524 0.7051 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR661937 2 0.5112 0.4109 0.004 0.668 0.012 0.316
#> SRR614359 1 0.3174 0.6904 0.888 0.028 0.076 0.008
#> SRR1071568 2 0.5607 0.4944 0.012 0.700 0.040 0.248
#> SRR1389084 1 0.6827 0.5143 0.584 0.116 0.296 0.004
#> SRR1337624 2 0.5429 0.1440 0.012 0.592 0.004 0.392
#> SRR1344400 2 0.0524 0.7051 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1414290 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1413644 2 0.4744 0.4552 0.000 0.704 0.284 0.012
#> SRR1098998 1 0.1520 0.6600 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1481279 1 0.4960 0.6760 0.780 0.060 0.152 0.008
#> SRR1315103 3 0.6660 0.1208 0.452 0.000 0.464 0.084
#> SRR1099286 1 0.7028 0.6308 0.672 0.128 0.140 0.060
#> SRR2166570 2 0.6439 -0.0182 0.044 0.528 0.012 0.416
#> SRR601445 1 0.7373 0.6402 0.648 0.092 0.164 0.096
#> SRR1439719 2 0.3583 0.6126 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1377026 2 0.4379 0.6190 0.000 0.792 0.036 0.172
#> SRR1327386 1 0.5967 0.4939 0.708 0.008 0.104 0.180
#> SRR654826 2 0.0524 0.7064 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1460433 4 0.5705 0.5394 0.032 0.336 0.004 0.628
#> SRR1469345 1 0.6649 0.4145 0.628 0.096 0.264 0.012
#> SRR1421462 2 0.0844 0.7061 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR662966 3 0.6420 0.5795 0.108 0.244 0.644 0.004
#> SRR1339175 1 0.3084 0.6897 0.896 0.028 0.064 0.012
#> SRR1447736 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1434671 2 0.2546 0.6693 0.000 0.900 0.092 0.008
#> SRR660800 2 0.0804 0.7065 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1465543 3 0.5337 0.3849 0.000 0.424 0.564 0.012
#> SRR1342023 1 0.4910 0.6345 0.804 0.020 0.096 0.080
#> SRR1335670 1 0.6466 0.6540 0.712 0.064 0.076 0.148
#> SRR1400955 2 0.2131 0.7021 0.000 0.932 0.036 0.032
#> SRR1072150 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1442822 1 0.4163 0.5916 0.828 0.000 0.096 0.076
#> SRR1364658 1 0.2954 0.6898 0.900 0.028 0.064 0.008
#> SRR1098074 3 0.5310 0.4107 0.000 0.412 0.576 0.012
#> SRR1442778 1 0.4106 0.6870 0.852 0.024 0.072 0.052
#> SRR1086728 3 0.5886 0.4525 0.024 0.400 0.568 0.008
#> SRR627464 1 0.8693 0.3350 0.524 0.204 0.144 0.128
#> SRR1409193 4 0.8016 0.3640 0.240 0.140 0.060 0.560
#> SRR2168286 4 0.5498 0.4357 0.020 0.404 0.000 0.576
#> SRR615539 2 0.3494 0.6210 0.000 0.824 0.004 0.172
#> SRR663623 1 0.7087 0.6131 0.640 0.132 0.196 0.032
#> SRR1471989 3 0.5936 0.5738 0.080 0.232 0.684 0.004
#> SRR1468828 2 0.5429 0.1440 0.012 0.592 0.004 0.392
#> SRR1381934 1 0.6968 0.6627 0.684 0.088 0.132 0.096
#> SRR1471098 1 0.6623 0.5638 0.624 0.120 0.252 0.004
#> SRR1314749 1 0.7513 0.5405 0.604 0.180 0.180 0.036
#> SRR2166874 2 0.8507 -0.1639 0.032 0.424 0.244 0.300
#> SRR821302 1 0.3673 0.6941 0.872 0.040 0.068 0.020
#> SRR1435066 2 0.0592 0.7040 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR661601 2 0.2124 0.6864 0.000 0.924 0.068 0.008
#> SRR1446546 2 0.6270 0.4622 0.040 0.680 0.044 0.236
#> SRR1419784 3 0.6370 0.5826 0.100 0.252 0.644 0.004
#> SRR1357233 2 0.7668 -0.1249 0.000 0.432 0.220 0.348
#> SRR1441889 1 0.0804 0.6678 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1413940 3 0.6660 0.1208 0.452 0.000 0.464 0.084
#> SRR1324250 2 0.5523 0.4978 0.012 0.704 0.036 0.248
#> SRR1442862 2 0.5678 -0.0800 0.000 0.524 0.452 0.024
#> SRR662474 2 0.3494 0.6210 0.000 0.824 0.004 0.172
#> SRR1416226 1 0.7978 0.5653 0.604 0.128 0.140 0.128
#> SRR1417404 4 0.5286 0.4476 0.108 0.064 0.040 0.788
#> SRR665466 2 0.3257 0.6329 0.000 0.844 0.004 0.152
#> SRR658849 1 0.6827 0.5143 0.584 0.116 0.296 0.004
#> SRR1460025 2 0.5607 0.4944 0.012 0.700 0.040 0.248
#> SRR1408136 1 0.3198 0.6383 0.880 0.000 0.080 0.040
#> SRR1489995 2 0.0376 0.7055 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1374092 1 0.8020 0.5523 0.600 0.128 0.128 0.144
#> SRR1488429 3 0.8229 0.4967 0.204 0.260 0.500 0.036
#> SRR1087559 2 0.8830 -0.3654 0.168 0.392 0.072 0.368
#> SRR817004 2 0.7680 -0.1253 0.056 0.472 0.404 0.068
#> SRR1429660 2 0.4158 0.5294 0.000 0.768 0.224 0.008
#> SRR604390 2 0.8756 -0.2015 0.088 0.416 0.364 0.132
#> SRR614936 2 0.5429 0.1440 0.012 0.592 0.004 0.392
#> SRR1365938 4 0.9393 0.4238 0.240 0.280 0.104 0.376
#> SRR1437324 1 0.3652 0.6428 0.868 0.008 0.064 0.060
#> SRR613414 2 0.6704 0.2981 0.000 0.600 0.136 0.264
#> SRR660414 2 0.6439 -0.0182 0.044 0.528 0.012 0.416
#> SRR1452185 1 0.4488 0.5766 0.808 0.000 0.096 0.096
#> SRR1347020 1 0.6033 0.6752 0.744 0.108 0.100 0.048
#> SRR1398036 4 0.7317 0.2334 0.004 0.424 0.132 0.440
#> SRR1436674 1 0.5564 0.6754 0.772 0.048 0.064 0.116
#> SRR603750 1 0.7899 0.4429 0.548 0.204 0.216 0.032
#> SRR608630 4 0.7058 0.5477 0.076 0.180 0.080 0.664
#> SRR655625 4 0.4991 0.5557 0.004 0.316 0.008 0.672
#> SRR599059 2 0.5503 0.5603 0.052 0.780 0.092 0.076
#> SRR615189 2 0.7692 0.0630 0.288 0.564 0.068 0.080
#> SRR1466889 2 0.1722 0.6921 0.000 0.944 0.048 0.008
#> SRR1084602 4 0.4148 0.5905 0.016 0.156 0.012 0.816
#> SRR1335422 1 0.2700 0.6858 0.916 0.020 0.044 0.020
#> SRR1356805 2 0.2101 0.6887 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR1385300 3 0.7731 0.3788 0.256 0.232 0.504 0.008
#> SRR654814 1 0.3290 0.6729 0.888 0.012 0.040 0.060
#> SRR658385 2 0.0592 0.7040 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR820596 1 0.6504 0.6506 0.704 0.120 0.136 0.040
#> SRR1318118 1 0.7466 0.6373 0.640 0.092 0.168 0.100
#> SRR1480766 2 0.3311 0.6208 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1406539 1 0.5771 0.6698 0.752 0.112 0.108 0.028
#> SRR1341833 2 0.2908 0.6889 0.000 0.896 0.064 0.040
#> SRR1441826 4 0.4991 0.5557 0.004 0.316 0.008 0.672
#> SRR1448051 1 0.3290 0.6729 0.888 0.012 0.040 0.060
#> SRR1326752 1 0.7211 0.3439 0.500 0.128 0.368 0.004
#> SRR665217 3 0.9264 0.3782 0.228 0.328 0.356 0.088
#> SRR819186 2 0.0188 0.7048 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR661517 1 0.7301 0.2425 0.464 0.132 0.400 0.004
#> SRR607166 2 0.2424 0.6858 0.020 0.928 0.032 0.020
#> SRR809065 2 0.5313 0.2328 0.016 0.608 0.000 0.376
#> SRR1415872 2 0.2565 0.6974 0.000 0.912 0.032 0.056
#> SRR1415463 1 0.7513 0.5405 0.604 0.180 0.180 0.036
#> SRR1381161 4 0.7221 0.2179 0.000 0.424 0.140 0.436
#> SRR1442231 4 0.9287 0.4021 0.244 0.240 0.104 0.412
#> SRR1374696 1 0.7745 0.4414 0.540 0.084 0.060 0.316
#> SRR1451988 2 0.9329 -0.2748 0.276 0.400 0.216 0.108
#> SRR660555 1 0.3299 0.6599 0.888 0.056 0.012 0.044
#> SRR657801 1 0.3935 0.6930 0.864 0.048 0.052 0.036
#> SRR663344 2 0.1584 0.6987 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1472462 2 0.1489 0.7001 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1406176 2 0.9343 -0.1411 0.268 0.420 0.172 0.140
#> SRR656886 2 0.5607 0.4944 0.012 0.700 0.040 0.248
#> SRR1498337 4 0.7317 0.2334 0.004 0.424 0.132 0.440
#> SRR613066 3 0.7024 0.3940 0.316 0.104 0.568 0.012
#> SRR1309490 1 0.3198 0.6383 0.880 0.000 0.080 0.040
#> SRR602492 4 0.7317 0.2334 0.004 0.424 0.132 0.440
#> SRR1447347 1 0.5838 0.6781 0.756 0.104 0.096 0.044
#> SRR1475546 2 0.1209 0.7015 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR627459 4 0.8285 0.4998 0.196 0.308 0.032 0.464
#> SRR1434332 2 0.3311 0.6208 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1070358 2 0.5395 0.5754 0.000 0.736 0.092 0.172
#> SRR1345936 4 0.8122 0.2683 0.008 0.364 0.264 0.364
#> SRR665658 2 0.2261 0.6900 0.008 0.932 0.024 0.036
#> SRR1321351 2 0.4313 0.5127 0.000 0.736 0.004 0.260
#> SRR657880 2 0.1902 0.6852 0.000 0.932 0.064 0.004
#> SRR1373903 2 0.3311 0.6278 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR657396 2 0.7587 0.2716 0.032 0.588 0.172 0.208
#> SRR660981 2 0.2675 0.6749 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR818499 1 0.3299 0.6599 0.888 0.056 0.012 0.044
#> SRR819658 2 0.2131 0.7021 0.000 0.932 0.036 0.032
#> SRR1376316 1 0.4006 0.6279 0.848 0.008 0.084 0.060
#> SRR1323723 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1476719 1 0.6068 0.6649 0.736 0.052 0.068 0.144
#> SRR1403478 2 0.0592 0.7040 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1095695 1 0.6938 0.5392 0.604 0.136 0.252 0.008
#> SRR1352391 4 0.8849 0.4350 0.268 0.240 0.060 0.432
#> SRR1498813 4 0.4991 0.5557 0.004 0.316 0.008 0.672
#> SRR627437 4 0.8285 0.4998 0.196 0.308 0.032 0.464
#> SRR2185097 1 0.4715 0.6865 0.824 0.040 0.064 0.072
#> SRR817166 3 0.8598 0.3555 0.104 0.376 0.424 0.096
#> SRR1091670 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR603776 1 0.7876 0.5212 0.568 0.120 0.252 0.060
#> SRR1479640 2 0.2611 0.6756 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR660152 1 0.6940 0.5283 0.584 0.116 0.292 0.008
#> SRR1074769 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR656153 2 0.3257 0.6346 0.000 0.844 0.004 0.152
#> SRR1392502 3 0.6572 0.5754 0.064 0.264 0.644 0.028
#> SRR1359609 3 0.6452 0.1095 0.464 0.000 0.468 0.068
#> SRR601925 2 0.3674 0.6460 0.048 0.876 0.032 0.044
#> SRR2165182 2 0.1576 0.6978 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR608542 2 0.7069 -0.1156 0.000 0.468 0.124 0.408
#> SRR655064 4 0.5186 0.5323 0.016 0.344 0.000 0.640
#> SRR1432430 1 0.7491 0.4959 0.572 0.164 0.244 0.020
#> SRR808472 2 0.5967 0.0264 0.012 0.540 0.020 0.428
#> SRR1414958 3 0.5936 0.5738 0.080 0.232 0.684 0.004
#> SRR598484 2 0.6270 0.4622 0.040 0.680 0.044 0.236
#> SRR612755 1 0.6221 0.6624 0.716 0.108 0.148 0.028
#> SRR1365808 1 0.4610 0.5697 0.800 0.000 0.100 0.100
#> SRR1391724 4 0.8285 0.4998 0.196 0.308 0.032 0.464
#> SRR1322373 1 0.6827 0.5143 0.584 0.116 0.296 0.004
#> SRR1489265 2 0.1114 0.7068 0.004 0.972 0.008 0.016
#> SRR1359099 2 0.0592 0.7040 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR607279 2 0.2611 0.6777 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR810461 2 0.0376 0.7056 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR627427 1 0.8693 0.3350 0.524 0.204 0.144 0.128
#> SRR612887 2 0.3370 0.6823 0.000 0.872 0.048 0.080
#> SRR809807 3 0.5391 0.4583 0.004 0.380 0.604 0.012
#> SRR663112 2 0.7064 0.3294 0.096 0.628 0.036 0.240
#> SRR1346933 2 0.8507 -0.1639 0.032 0.424 0.244 0.300
#> SRR1487910 1 0.7150 0.5809 0.664 0.076 0.100 0.160
#> SRR603092 2 0.5178 0.1654 0.004 0.600 0.004 0.392
#> SRR1417680 2 0.3306 0.6303 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1383785 1 0.4195 0.6946 0.848 0.048 0.076 0.028
#> SRR1070015 3 0.5337 0.3849 0.000 0.424 0.564 0.012
#> SRR1466222 2 0.7645 0.1938 0.228 0.600 0.108 0.064
#> SRR1416119 3 0.6852 0.4937 0.192 0.208 0.600 0.000
#> SRR819318 1 0.6721 0.6284 0.664 0.104 0.204 0.028
#> SRR608288 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR811121 2 0.5515 0.0033 0.008 0.564 0.420 0.008
#> SRR613138 2 0.0376 0.7055 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR810483 1 0.6827 0.6331 0.676 0.128 0.156 0.040
#> SRR607839 1 0.4488 0.5766 0.808 0.000 0.096 0.096
#> SRR1337031 1 0.3442 0.6664 0.876 0.012 0.084 0.028
#> SRR601311 4 0.4991 0.5557 0.004 0.316 0.008 0.672
#> SRR1406685 4 0.5384 0.3799 0.004 0.420 0.008 0.568
#> SRR1467500 2 0.5201 0.1582 0.004 0.592 0.004 0.400
#> SRR1308504 1 0.0804 0.6678 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1312865 3 0.8356 0.5081 0.204 0.272 0.484 0.040
#> SRR1312522 1 0.7326 0.4559 0.536 0.128 0.324 0.012
#> SRR1490486 2 0.0895 0.7047 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1325888 1 0.6835 0.5338 0.600 0.132 0.264 0.004
#> SRR1472885 1 0.1297 0.6615 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1098785 2 0.4855 0.3039 0.000 0.644 0.004 0.352
#> SRR1084766 4 0.5498 0.4357 0.020 0.404 0.000 0.576
#> SRR1102804 2 0.0779 0.7066 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1336636 1 0.6504 0.6506 0.704 0.120 0.136 0.040
#> SRR1347795 3 0.6957 0.4004 0.312 0.100 0.576 0.012
#> SRR601900 2 0.2198 0.6836 0.000 0.920 0.072 0.008
#> SRR1330989 2 0.6126 0.0337 0.028 0.544 0.012 0.416
#> SRR658445 3 0.5337 0.3849 0.000 0.424 0.564 0.012
#> SRR1368754 1 0.8308 0.3560 0.508 0.228 0.220 0.044
#> SRR1460001 2 0.0188 0.7046 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1414934 1 0.4549 0.5734 0.804 0.000 0.096 0.100
#> SRR1326249 3 0.7386 0.0144 0.372 0.132 0.488 0.008
#> SRR614948 3 0.6452 0.1175 0.460 0.000 0.472 0.068
#> SRR1472952 1 0.6863 0.5993 0.644 0.128 0.208 0.020
#> SRR1321528 1 0.6558 0.6354 0.712 0.080 0.080 0.128
#> SRR627447 1 0.6312 0.6281 0.688 0.124 0.176 0.012
#> SRR612239 4 0.8273 0.5038 0.196 0.304 0.032 0.468
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 1 0.5378 0.622657 0.728 0.060 0.156 0.004 0.052
#> SRR603858 1 0.7643 0.409199 0.540 0.144 0.224 0.048 0.044
#> SRR817070 2 0.3906 0.472471 0.000 0.704 0.004 0.292 0.000
#> SRR1486995 3 0.6015 -0.066856 0.420 0.088 0.484 0.000 0.008
#> SRR813043 2 0.0290 0.701282 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.1557 0.694166 0.000 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR659037 4 0.7920 0.265030 0.004 0.280 0.292 0.364 0.060
#> SRR662031 1 0.4294 0.619610 0.788 0.016 0.040 0.004 0.152
#> SRR1081283 2 0.4718 -0.000869 0.000 0.540 0.016 0.444 0.000
#> SRR1481036 1 0.7204 0.527144 0.604 0.072 0.152 0.144 0.028
#> SRR1434009 2 0.6490 -0.164712 0.000 0.516 0.364 0.072 0.048
#> SRR1376676 1 0.4362 0.305153 0.632 0.000 0.004 0.004 0.360
#> SRR1396967 2 0.6945 0.293198 0.008 0.580 0.160 0.204 0.048
#> SRR665429 2 0.1430 0.693543 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1388025 4 0.4067 0.599175 0.000 0.228 0.020 0.748 0.004
#> SRR600784 1 0.5411 0.588612 0.712 0.072 0.184 0.008 0.024
#> SRR657611 1 0.5896 0.623684 0.728 0.040 0.084 0.092 0.056
#> SRR1333659 2 0.8202 -0.264676 0.024 0.424 0.316 0.104 0.132
#> SRR1323896 2 0.2462 0.667807 0.000 0.880 0.008 0.112 0.000
#> SRR1453971 3 0.8379 0.514325 0.128 0.272 0.456 0.052 0.092
#> SRR1421010 1 0.6532 -0.014195 0.512 0.000 0.180 0.008 0.300
#> SRR1334490 3 0.5160 0.600118 0.132 0.148 0.712 0.000 0.008
#> SRR1309468 1 0.2392 0.591823 0.888 0.000 0.004 0.004 0.104
#> SRR1468637 2 0.8869 -0.344941 0.012 0.288 0.244 0.252 0.204
#> SRR1365489 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR627445 1 0.7076 0.384737 0.544 0.148 0.256 0.008 0.044
#> SRR607863 2 0.3881 0.628021 0.000 0.788 0.024 0.180 0.008
#> SRR1475524 5 0.7114 0.511335 0.284 0.000 0.336 0.012 0.368
#> SRR1405504 2 0.2462 0.667807 0.000 0.880 0.008 0.112 0.000
#> SRR615695 1 0.4702 0.145544 0.552 0.000 0.000 0.016 0.432
#> SRR600900 2 0.5556 0.405250 0.012 0.648 0.044 0.280 0.016
#> SRR601477 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.1471 0.700732 0.000 0.952 0.020 0.024 0.004
#> SRR1362713 5 0.8007 0.283977 0.136 0.104 0.012 0.324 0.424
#> SRR1431385 1 0.4218 0.362988 0.668 0.000 0.004 0.004 0.324
#> SRR1379089 2 0.0290 0.701282 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.7583 0.578774 0.180 0.200 0.540 0.044 0.036
#> SRR1357210 1 0.3353 0.628311 0.852 0.004 0.040 0.004 0.100
#> SRR657659 2 0.3928 0.466895 0.000 0.700 0.004 0.296 0.000
#> SRR663573 2 0.5601 -0.112959 0.008 0.488 0.020 0.464 0.020
#> SRR603188 2 0.4194 0.639983 0.000 0.800 0.064 0.120 0.016
#> SRR1471200 2 0.0613 0.702445 0.000 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR1310975 2 0.0324 0.702852 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR627457 1 0.8505 0.060332 0.376 0.136 0.096 0.044 0.348
#> SRR1367654 2 0.5938 0.351206 0.000 0.652 0.224 0.076 0.048
#> SRR1488410 5 0.7147 0.531570 0.272 0.000 0.312 0.016 0.400
#> SRR1457750 5 0.8482 0.138465 0.124 0.200 0.012 0.316 0.348
#> SRR1099546 1 0.4820 0.584762 0.708 0.044 0.236 0.000 0.012
#> SRR604480 2 0.0579 0.703175 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1390477 2 0.0290 0.701282 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0579 0.703175 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1473161 2 0.3398 0.576728 0.000 0.780 0.004 0.216 0.000
#> SRR1409813 2 0.6751 -0.223446 0.000 0.496 0.364 0.080 0.060
#> SRR612791 1 0.2708 0.640172 0.884 0.000 0.072 0.000 0.044
#> SRR1470580 2 0.8049 -0.018981 0.272 0.484 0.128 0.044 0.072
#> SRR1444063 2 0.8370 -0.147391 0.324 0.412 0.060 0.060 0.144
#> SRR1355578 5 0.7756 0.373394 0.176 0.060 0.016 0.272 0.476
#> SRR1429203 1 0.4491 0.290513 0.624 0.000 0.004 0.008 0.364
#> SRR599154 2 0.6576 -0.137300 0.008 0.524 0.360 0.064 0.044
#> SRR814244 5 0.9392 0.358157 0.240 0.100 0.276 0.096 0.288
#> SRR1404123 2 0.3928 0.466895 0.000 0.700 0.004 0.296 0.000
#> SRR656934 1 0.7454 0.495554 0.580 0.084 0.144 0.164 0.028
#> SRR1339029 2 0.1082 0.702611 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR821525 4 0.4067 0.599175 0.000 0.228 0.020 0.748 0.004
#> SRR1443677 1 0.3459 0.568756 0.832 0.016 0.000 0.016 0.136
#> SRR1406330 1 0.6967 -0.328967 0.412 0.000 0.276 0.008 0.304
#> SRR1338124 2 0.6973 0.218814 0.084 0.568 0.044 0.276 0.028
#> SRR1391376 1 0.5813 0.532382 0.636 0.076 0.264 0.004 0.020
#> SRR661842 4 0.4067 0.599175 0.000 0.228 0.020 0.748 0.004
#> SRR1395699 1 0.6164 0.152884 0.452 0.092 0.444 0.000 0.012
#> SRR1312209 1 0.4971 0.601553 0.764 0.008 0.036 0.060 0.132
#> SRR1359469 1 0.4333 0.316587 0.640 0.000 0.004 0.004 0.352
#> SRR658885 3 0.5348 0.641216 0.064 0.188 0.716 0.012 0.020
#> SRR1414578 1 0.4315 0.613650 0.792 0.008 0.032 0.020 0.148
#> SRR603620 2 0.7252 0.098023 0.008 0.520 0.048 0.268 0.156
#> SRR604677 1 0.6046 0.583132 0.660 0.072 0.220 0.016 0.032
#> SRR603800 2 0.0613 0.703310 0.004 0.984 0.004 0.008 0.000
#> SRR602058 4 0.6183 0.386795 0.000 0.376 0.040 0.528 0.056
#> SRR817488 2 0.0324 0.702632 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR655601 2 0.3928 0.466895 0.000 0.700 0.004 0.296 0.000
#> SRR1434821 2 0.1377 0.701603 0.000 0.956 0.020 0.020 0.004
#> SRR1349166 2 0.5938 0.351206 0.000 0.652 0.224 0.076 0.048
#> SRR615129 5 0.8496 0.057716 0.112 0.240 0.012 0.292 0.344
#> SRR607586 2 0.0579 0.703175 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR602680 2 0.2696 0.666700 0.000 0.896 0.052 0.040 0.012
#> SRR1411070 2 0.4718 -0.000869 0.000 0.540 0.016 0.444 0.000
#> SRR663038 2 0.1430 0.693543 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1489416 2 0.2358 0.671764 0.000 0.888 0.008 0.104 0.000
#> SRR1479155 1 0.4911 0.204570 0.576 0.000 0.012 0.012 0.400
#> SRR662162 1 0.2295 0.599798 0.900 0.000 0.004 0.008 0.088
#> SRR1374567 1 0.5561 0.546936 0.656 0.084 0.244 0.000 0.016
#> SRR1434048 2 0.0324 0.702852 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2184865 4 0.4892 0.586533 0.000 0.276 0.008 0.676 0.040
#> SRR2170135 1 0.2295 0.599798 0.900 0.000 0.004 0.008 0.088
#> SRR615551 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.3906 0.472471 0.000 0.704 0.004 0.292 0.000
#> SRR1370216 3 0.5160 0.600118 0.132 0.148 0.712 0.000 0.008
#> SRR662954 4 0.6828 0.213539 0.004 0.124 0.044 0.556 0.272
#> SRR1375738 1 0.5631 0.588819 0.704 0.088 0.172 0.012 0.024
#> SRR1356577 4 0.5077 0.169821 0.016 0.000 0.052 0.692 0.240
#> SRR1073119 1 0.5505 0.615613 0.728 0.076 0.148 0.016 0.032
#> SRR663549 1 0.5631 0.588819 0.704 0.088 0.172 0.012 0.024
#> SRR1478015 2 0.1697 0.690474 0.000 0.932 0.008 0.060 0.000
#> SRR600632 2 0.5242 0.040768 0.008 0.548 0.000 0.412 0.032
#> SRR811866 4 0.8441 -0.205241 0.356 0.048 0.080 0.376 0.140
#> SRR1401101 2 0.2228 0.696907 0.000 0.920 0.028 0.040 0.012
#> SRR1477797 4 0.6259 0.437698 0.000 0.336 0.048 0.556 0.060
#> SRR1402986 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR658897 5 0.8496 0.057716 0.112 0.240 0.012 0.292 0.344
#> SRR1419869 1 0.5587 0.508911 0.620 0.072 0.296 0.000 0.012
#> SRR1490700 4 0.8540 0.338459 0.112 0.228 0.032 0.432 0.196
#> SRR601723 4 0.7913 0.447069 0.180 0.240 0.036 0.492 0.052
#> SRR1384115 3 0.7047 0.469623 0.000 0.384 0.452 0.096 0.068
#> SRR1476927 2 0.2358 0.671764 0.000 0.888 0.008 0.104 0.000
#> SRR1387769 1 0.5631 0.588819 0.704 0.088 0.172 0.012 0.024
#> SRR1322595 3 0.8651 0.340341 0.036 0.284 0.400 0.124 0.156
#> SRR1370423 2 0.8484 -0.107206 0.148 0.432 0.244 0.152 0.024
#> SRR1314976 4 0.8165 0.052718 0.144 0.064 0.076 0.516 0.200
#> SRR1319560 2 0.7252 0.098023 0.008 0.520 0.048 0.268 0.156
#> SRR1352683 4 0.8183 0.415067 0.196 0.240 0.044 0.464 0.056
#> SRR1473800 1 0.4375 0.297301 0.628 0.000 0.004 0.004 0.364
#> SRR1326384 3 0.7583 0.578774 0.180 0.200 0.540 0.044 0.036
#> SRR1360807 4 0.4993 0.430702 0.008 0.084 0.024 0.760 0.124
#> SRR1332544 3 0.6392 0.105425 0.184 0.052 0.628 0.000 0.136
#> SRR598695 1 0.4202 0.560175 0.808 0.052 0.004 0.020 0.116
#> SRR807824 2 0.0960 0.702524 0.004 0.972 0.016 0.008 0.000
#> SRR809296 3 0.5808 0.321397 0.292 0.100 0.600 0.000 0.008
#> SRR657927 1 0.5378 0.622657 0.728 0.060 0.156 0.004 0.052
#> SRR1440682 2 0.4004 0.578427 0.000 0.748 0.016 0.232 0.004
#> SRR1454415 2 0.3840 0.614716 0.000 0.780 0.016 0.196 0.008
#> SRR1419131 4 0.4229 0.580937 0.000 0.208 0.024 0.756 0.012
#> SRR1404293 5 0.7967 0.368087 0.184 0.076 0.016 0.264 0.460
#> SRR1473340 1 0.2632 0.640805 0.888 0.000 0.072 0.000 0.040
#> SRR1345563 5 0.7171 0.525682 0.276 0.000 0.324 0.016 0.384
#> SRR1323382 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1480697 2 0.8511 -0.422044 0.128 0.356 0.352 0.136 0.028
#> SRR1321808 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.5205 0.422984 0.000 0.656 0.044 0.284 0.016
#> SRR1312558 2 0.4156 0.540471 0.044 0.784 0.164 0.004 0.004
#> SRR1417088 2 0.4403 0.244601 0.000 0.608 0.008 0.384 0.000
#> SRR1433027 2 0.3366 0.582830 0.000 0.784 0.004 0.212 0.000
#> SRR662257 4 0.6335 0.314434 0.000 0.392 0.056 0.504 0.048
#> SRR600417 4 0.4067 0.599175 0.000 0.228 0.020 0.748 0.004
#> SRR812493 4 0.6656 0.452855 0.000 0.308 0.072 0.548 0.072
#> SRR612743 1 0.5597 0.611700 0.724 0.076 0.148 0.020 0.032
#> SRR1361345 4 0.6962 -0.123876 0.056 0.040 0.032 0.476 0.396
#> SRR600584 2 0.3906 0.472471 0.000 0.704 0.004 0.292 0.000
#> SRR1310520 4 0.4939 0.588922 0.000 0.272 0.008 0.676 0.044
#> SRR1395595 3 0.5373 0.641643 0.072 0.188 0.712 0.012 0.016
#> SRR1334074 3 0.5137 0.629499 0.052 0.192 0.720 0.000 0.036
#> SRR654838 2 0.1029 0.702796 0.008 0.972 0.008 0.008 0.004
#> SRR1376694 5 0.7023 0.504924 0.280 0.000 0.348 0.008 0.364
#> SRR1433841 2 0.8370 -0.147391 0.324 0.412 0.060 0.060 0.144
#> SRR1366837 1 0.6746 0.570402 0.648 0.068 0.152 0.104 0.028
#> SRR1467479 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1459055 5 0.7147 0.531570 0.272 0.000 0.312 0.016 0.400
#> SRR1471050 2 0.0451 0.703079 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR603004 2 0.4564 0.613819 0.036 0.804 0.052 0.092 0.016
#> SRR814703 2 0.0798 0.700551 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR661937 2 0.4697 0.326749 0.000 0.620 0.012 0.360 0.008
#> SRR614359 1 0.3191 0.642348 0.860 0.004 0.084 0.000 0.052
#> SRR1071568 2 0.5205 0.422984 0.000 0.656 0.044 0.284 0.016
#> SRR1389084 1 0.5885 0.416032 0.560 0.080 0.348 0.000 0.012
#> SRR1337624 2 0.5242 0.040768 0.008 0.548 0.000 0.412 0.032
#> SRR1344400 2 0.0798 0.700551 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1414290 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.5938 0.351206 0.000 0.652 0.224 0.076 0.048
#> SRR1098998 1 0.2694 0.576907 0.864 0.000 0.004 0.004 0.128
#> SRR1481279 1 0.4496 0.625848 0.756 0.036 0.188 0.000 0.020
#> SRR1315103 5 0.7147 0.531570 0.272 0.000 0.312 0.016 0.400
#> SRR1099286 1 0.6954 0.551516 0.628 0.076 0.148 0.024 0.124
#> SRR2166570 2 0.6016 -0.160548 0.028 0.472 0.020 0.460 0.020
#> SRR601445 1 0.6720 0.602336 0.648 0.056 0.176 0.044 0.076
#> SRR1439719 2 0.3366 0.582830 0.000 0.784 0.004 0.212 0.000
#> SRR1377026 2 0.4089 0.570146 0.000 0.736 0.016 0.244 0.004
#> SRR1327386 1 0.4964 0.065359 0.516 0.000 0.004 0.020 0.460
#> SRR654826 2 0.0451 0.703686 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1460433 4 0.5945 0.564893 0.000 0.276 0.008 0.596 0.120
#> SRR1469345 1 0.6272 0.355214 0.572 0.064 0.324 0.008 0.032
#> SRR1421462 2 0.1121 0.702795 0.008 0.968 0.004 0.016 0.004
#> SRR662966 3 0.5163 0.625454 0.060 0.180 0.724 0.000 0.036
#> SRR1339175 1 0.2708 0.640172 0.884 0.000 0.072 0.000 0.044
#> SRR1447736 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.3186 0.647233 0.000 0.872 0.056 0.052 0.020
#> SRR660800 2 0.0693 0.703406 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1465543 3 0.6778 0.537338 0.000 0.352 0.504 0.080 0.064
#> SRR1342023 1 0.5539 0.468983 0.668 0.016 0.040 0.020 0.256
#> SRR1335670 1 0.6404 0.608980 0.692 0.040 0.084 0.092 0.092
#> SRR1400955 2 0.2228 0.696907 0.000 0.920 0.028 0.040 0.012
#> SRR1072150 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.4218 0.362988 0.668 0.000 0.004 0.004 0.324
#> SRR1364658 1 0.2632 0.640805 0.888 0.000 0.072 0.000 0.040
#> SRR1098074 3 0.6637 0.561376 0.000 0.320 0.540 0.080 0.060
#> SRR1442778 1 0.4760 0.625167 0.788 0.020 0.088 0.020 0.084
#> SRR1086728 3 0.6448 0.559601 0.008 0.352 0.540 0.056 0.044
#> SRR627464 1 0.8505 0.060332 0.376 0.136 0.096 0.044 0.348
#> SRR1409193 4 0.8584 -0.040436 0.212 0.088 0.064 0.460 0.176
#> SRR2168286 4 0.5466 0.509194 0.004 0.340 0.008 0.600 0.048
#> SRR615539 2 0.3266 0.594584 0.000 0.796 0.004 0.200 0.000
#> SRR663623 1 0.6049 0.567091 0.660 0.092 0.208 0.012 0.028
#> SRR1471989 3 0.3678 0.612770 0.020 0.168 0.804 0.000 0.008
#> SRR1468828 2 0.5242 0.040768 0.008 0.548 0.000 0.412 0.032
#> SRR1381934 1 0.6569 0.631942 0.668 0.056 0.156 0.052 0.068
#> SRR1471098 1 0.5726 0.482537 0.604 0.080 0.304 0.000 0.012
#> SRR1314749 1 0.6668 0.508734 0.620 0.116 0.208 0.028 0.028
#> SRR2166874 4 0.7949 0.322946 0.000 0.340 0.088 0.356 0.216
#> SRR821302 1 0.3840 0.644755 0.840 0.012 0.064 0.012 0.072
#> SRR1435066 2 0.0579 0.701397 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR661601 2 0.2618 0.669737 0.000 0.900 0.052 0.036 0.012
#> SRR1446546 2 0.5892 0.388499 0.020 0.636 0.044 0.276 0.024
#> SRR1419784 3 0.5104 0.629041 0.052 0.188 0.724 0.000 0.036
#> SRR1357233 4 0.7391 0.325617 0.000 0.352 0.136 0.440 0.072
#> SRR1441889 1 0.2112 0.601672 0.908 0.000 0.004 0.004 0.084
#> SRR1413940 5 0.7147 0.531570 0.272 0.000 0.312 0.016 0.400
#> SRR1324250 2 0.5136 0.427261 0.000 0.660 0.040 0.284 0.016
#> SRR1442862 2 0.7125 -0.324145 0.000 0.440 0.388 0.104 0.068
#> SRR662474 2 0.3266 0.594584 0.000 0.796 0.004 0.200 0.000
#> SRR1416226 1 0.7249 0.539057 0.604 0.068 0.164 0.128 0.036
#> SRR1417404 4 0.6634 0.106792 0.064 0.020 0.060 0.612 0.244
#> SRR665466 2 0.3048 0.610670 0.000 0.820 0.004 0.176 0.000
#> SRR658849 1 0.5885 0.416032 0.560 0.080 0.348 0.000 0.012
#> SRR1460025 2 0.5205 0.422984 0.000 0.656 0.044 0.284 0.016
#> SRR1408136 1 0.3333 0.507463 0.788 0.000 0.004 0.000 0.208
#> SRR1489995 2 0.0324 0.702852 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1374092 1 0.7204 0.527144 0.604 0.072 0.152 0.144 0.028
#> SRR1488429 3 0.7174 0.614668 0.160 0.200 0.572 0.052 0.016
#> SRR1087559 4 0.8807 0.393267 0.152 0.340 0.068 0.352 0.088
#> SRR817004 2 0.8410 -0.302120 0.036 0.408 0.320 0.108 0.128
#> SRR1429660 2 0.5218 0.487651 0.000 0.736 0.144 0.072 0.048
#> SRR604390 2 0.8632 -0.333168 0.076 0.364 0.332 0.176 0.052
#> SRR614936 2 0.5242 0.040768 0.008 0.548 0.000 0.412 0.032
#> SRR1365938 5 0.8495 0.057226 0.112 0.244 0.012 0.284 0.348
#> SRR1437324 1 0.4584 0.477190 0.708 0.000 0.016 0.020 0.256
#> SRR613414 2 0.6432 0.106222 0.000 0.528 0.056 0.356 0.060
#> SRR660414 2 0.6016 -0.160548 0.028 0.472 0.020 0.460 0.020
#> SRR1452185 1 0.4375 0.297301 0.628 0.000 0.004 0.004 0.364
#> SRR1347020 1 0.5093 0.642805 0.772 0.060 0.104 0.020 0.044
#> SRR1398036 4 0.6259 0.437698 0.000 0.336 0.048 0.556 0.060
#> SRR1436674 1 0.5688 0.609266 0.732 0.024 0.052 0.072 0.120
#> SRR603750 1 0.7076 0.384737 0.544 0.148 0.256 0.008 0.044
#> SRR608630 4 0.6828 0.213539 0.004 0.124 0.044 0.556 0.272
#> SRR655625 4 0.4067 0.599175 0.000 0.228 0.020 0.748 0.004
#> SRR599059 2 0.5638 0.532378 0.048 0.744 0.084 0.088 0.036
#> SRR615189 2 0.7881 0.055693 0.240 0.524 0.056 0.064 0.116
#> SRR1466889 2 0.1844 0.686631 0.000 0.936 0.040 0.012 0.012
#> SRR1084602 4 0.4993 0.430702 0.008 0.084 0.024 0.760 0.124
#> SRR1335422 1 0.2792 0.629378 0.884 0.000 0.040 0.004 0.072
#> SRR1356805 2 0.2270 0.682543 0.000 0.916 0.052 0.020 0.012
#> SRR1385300 3 0.6624 0.541473 0.188 0.164 0.604 0.004 0.040
#> SRR654814 1 0.4477 0.586079 0.780 0.004 0.024 0.040 0.152
#> SRR658385 2 0.0579 0.701397 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR820596 1 0.5597 0.611700 0.724 0.076 0.148 0.020 0.032
#> SRR1318118 1 0.6818 0.599270 0.640 0.056 0.180 0.048 0.076
#> SRR1480766 2 0.3143 0.592860 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1406539 1 0.5281 0.636577 0.748 0.088 0.104 0.004 0.056
#> SRR1341833 2 0.3107 0.667761 0.000 0.868 0.032 0.088 0.012
#> SRR1441826 4 0.4067 0.599175 0.000 0.228 0.020 0.748 0.004
#> SRR1448051 1 0.4477 0.586079 0.780 0.004 0.024 0.040 0.152
#> SRR1326752 1 0.5993 0.226976 0.472 0.076 0.440 0.000 0.012
#> SRR665217 3 0.8429 0.468762 0.188 0.268 0.420 0.096 0.028
#> SRR819186 2 0.0162 0.702246 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.6015 -0.066856 0.420 0.088 0.484 0.000 0.008
#> SRR607166 2 0.2597 0.678138 0.024 0.912 0.028 0.020 0.016
#> SRR809065 2 0.4658 0.116454 0.008 0.556 0.000 0.432 0.004
#> SRR1415872 2 0.2476 0.694078 0.000 0.904 0.020 0.064 0.012
#> SRR1415463 1 0.6668 0.508734 0.620 0.116 0.208 0.028 0.028
#> SRR1381161 4 0.6431 0.428694 0.000 0.336 0.056 0.544 0.064
#> SRR1442231 5 0.8482 0.138465 0.124 0.200 0.012 0.316 0.348
#> SRR1374696 1 0.7946 0.349539 0.508 0.048 0.068 0.252 0.124
#> SRR1451988 2 0.8728 -0.367162 0.272 0.344 0.244 0.116 0.024
#> SRR660555 1 0.4202 0.560175 0.808 0.052 0.004 0.020 0.116
#> SRR657801 1 0.3756 0.641730 0.836 0.024 0.048 0.000 0.092
#> SRR663344 2 0.1673 0.693865 0.000 0.944 0.032 0.016 0.008
#> SRR1472462 2 0.1282 0.697260 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1406176 2 0.8778 -0.214907 0.264 0.376 0.188 0.144 0.028
#> SRR656886 2 0.5205 0.422984 0.000 0.656 0.044 0.284 0.016
#> SRR1498337 4 0.6259 0.437698 0.000 0.336 0.048 0.556 0.060
#> SRR613066 3 0.6549 0.102302 0.192 0.056 0.612 0.000 0.140
#> SRR1309490 1 0.3333 0.507463 0.788 0.000 0.004 0.000 0.208
#> SRR602492 4 0.6259 0.437698 0.000 0.336 0.048 0.556 0.060
#> SRR1447347 1 0.4862 0.645050 0.784 0.056 0.104 0.016 0.040
#> SRR1475546 2 0.1041 0.698478 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR627459 4 0.7913 0.447069 0.180 0.240 0.036 0.492 0.052
#> SRR1434332 2 0.3143 0.592860 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1070358 2 0.5227 0.508512 0.000 0.688 0.052 0.236 0.024
#> SRR1345936 4 0.7586 0.426973 0.000 0.296 0.184 0.448 0.072
#> SRR665658 2 0.2190 0.687728 0.008 0.928 0.020 0.028 0.016
#> SRR1321351 2 0.3906 0.472471 0.000 0.704 0.004 0.292 0.000
#> SRR657880 2 0.2424 0.669980 0.000 0.908 0.052 0.032 0.008
#> SRR1373903 2 0.3003 0.615955 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR657396 2 0.7252 0.098023 0.008 0.520 0.048 0.268 0.156
#> SRR660981 2 0.2358 0.671764 0.000 0.888 0.008 0.104 0.000
#> SRR818499 1 0.4202 0.560175 0.808 0.052 0.004 0.020 0.116
#> SRR819658 2 0.2228 0.696907 0.000 0.920 0.028 0.040 0.012
#> SRR1376316 1 0.4657 0.452144 0.696 0.000 0.016 0.020 0.268
#> SRR1323723 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.6034 0.609412 0.712 0.028 0.064 0.084 0.112
#> SRR1403478 2 0.0579 0.701397 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1095695 1 0.6036 0.462500 0.584 0.092 0.308 0.004 0.012
#> SRR1352391 4 0.8402 0.291473 0.252 0.188 0.060 0.444 0.056
#> SRR1498813 4 0.4067 0.599175 0.000 0.228 0.020 0.748 0.004
#> SRR627437 4 0.7913 0.447069 0.180 0.240 0.036 0.492 0.052
#> SRR2185097 1 0.4294 0.619610 0.788 0.016 0.040 0.004 0.152
#> SRR817166 3 0.8529 0.442986 0.092 0.308 0.412 0.136 0.052
#> SRR1091670 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.7330 0.446146 0.536 0.076 0.292 0.056 0.040
#> SRR1479640 2 0.2304 0.672024 0.000 0.892 0.008 0.100 0.000
#> SRR660152 1 0.5976 0.451479 0.568 0.076 0.336 0.000 0.020
#> SRR1074769 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.3048 0.612643 0.000 0.820 0.004 0.176 0.000
#> SRR1392502 3 0.5945 0.599604 0.028 0.208 0.676 0.024 0.064
#> SRR1359609 5 0.7104 0.521525 0.284 0.000 0.324 0.012 0.380
#> SRR601925 2 0.3676 0.634726 0.052 0.856 0.040 0.044 0.008
#> SRR2165182 2 0.1557 0.694166 0.000 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR608542 4 0.6280 0.321240 0.000 0.392 0.048 0.508 0.052
#> SRR655064 4 0.4892 0.586533 0.000 0.276 0.008 0.676 0.040
#> SRR1432430 1 0.6460 0.429564 0.576 0.124 0.268 0.000 0.032
#> SRR808472 4 0.5573 0.170862 0.000 0.460 0.024 0.488 0.028
#> SRR1414958 3 0.3678 0.612770 0.020 0.168 0.804 0.000 0.008
#> SRR598484 2 0.5892 0.388499 0.020 0.636 0.044 0.276 0.024
#> SRR612755 1 0.5378 0.622657 0.728 0.060 0.156 0.004 0.052
#> SRR1365808 1 0.4491 0.290513 0.624 0.000 0.004 0.008 0.364
#> SRR1391724 4 0.7913 0.447069 0.180 0.240 0.036 0.492 0.052
#> SRR1322373 1 0.5885 0.416032 0.560 0.080 0.348 0.000 0.012
#> SRR1489265 2 0.1441 0.702140 0.008 0.956 0.008 0.024 0.004
#> SRR1359099 2 0.0579 0.701397 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR607279 2 0.2462 0.667807 0.000 0.880 0.008 0.112 0.000
#> SRR810461 2 0.0324 0.702632 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR627427 1 0.8505 0.060332 0.376 0.136 0.096 0.044 0.348
#> SRR612887 2 0.3451 0.660806 0.000 0.836 0.024 0.128 0.012
#> SRR809807 3 0.6578 0.573234 0.000 0.280 0.572 0.088 0.060
#> SRR663112 2 0.6889 0.240818 0.084 0.576 0.040 0.272 0.028
#> SRR1346933 4 0.7949 0.322946 0.000 0.340 0.088 0.356 0.216
#> SRR1487910 1 0.6887 0.366896 0.564 0.052 0.016 0.084 0.284
#> SRR603092 2 0.4718 -0.000869 0.000 0.540 0.016 0.444 0.000
#> SRR1417680 2 0.3086 0.607926 0.000 0.816 0.004 0.180 0.000
#> SRR1383785 1 0.3860 0.650229 0.836 0.036 0.064 0.000 0.064
#> SRR1070015 3 0.6778 0.537338 0.000 0.352 0.504 0.080 0.064
#> SRR1466222 2 0.8013 0.108338 0.212 0.524 0.136 0.072 0.056
#> SRR1416119 3 0.5160 0.600118 0.132 0.148 0.712 0.000 0.008
#> SRR819318 1 0.6046 0.583132 0.660 0.072 0.220 0.016 0.032
#> SRR608288 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.6576 -0.137300 0.008 0.524 0.360 0.064 0.044
#> SRR613138 2 0.0324 0.702852 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR810483 1 0.5631 0.588819 0.704 0.088 0.172 0.012 0.024
#> SRR607839 1 0.4362 0.305153 0.632 0.000 0.004 0.004 0.360
#> SRR1337031 1 0.4529 0.576461 0.772 0.008 0.072 0.004 0.144
#> SRR601311 4 0.4217 0.600685 0.000 0.232 0.020 0.740 0.008
#> SRR1406685 4 0.4570 0.496551 0.000 0.348 0.020 0.632 0.000
#> SRR1467500 2 0.4542 0.024283 0.000 0.536 0.008 0.456 0.000
#> SRR1308504 1 0.2237 0.601244 0.904 0.000 0.004 0.008 0.084
#> SRR1312865 3 0.7586 0.600708 0.164 0.204 0.544 0.060 0.028
#> SRR1312522 1 0.6081 0.386179 0.544 0.088 0.352 0.000 0.016
#> SRR1490486 2 0.1074 0.701219 0.004 0.968 0.016 0.000 0.012
#> SRR1325888 1 0.5869 0.444136 0.576 0.084 0.328 0.000 0.012
#> SRR1472885 1 0.2597 0.580560 0.872 0.000 0.004 0.004 0.120
#> SRR1098785 2 0.4425 0.223364 0.000 0.600 0.008 0.392 0.000
#> SRR1084766 4 0.5466 0.509194 0.004 0.340 0.008 0.600 0.048
#> SRR1102804 2 0.0771 0.703318 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1336636 1 0.5426 0.613714 0.732 0.076 0.148 0.016 0.028
#> SRR1347795 3 0.6392 0.105425 0.184 0.052 0.628 0.000 0.136
#> SRR601900 2 0.2696 0.666700 0.000 0.896 0.052 0.040 0.012
#> SRR1330989 2 0.5704 -0.128745 0.016 0.484 0.020 0.464 0.016
#> SRR658445 3 0.6778 0.537338 0.000 0.352 0.504 0.080 0.064
#> SRR1368754 1 0.7786 0.329205 0.504 0.168 0.244 0.032 0.052
#> SRR1460001 2 0.0162 0.702134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.4389 0.289532 0.624 0.000 0.004 0.004 0.368
#> SRR1326249 3 0.5943 0.203412 0.336 0.084 0.568 0.004 0.008
#> SRR614948 5 0.7097 0.524369 0.280 0.000 0.324 0.012 0.384
#> SRR1472952 1 0.5536 0.550698 0.660 0.084 0.240 0.000 0.016
#> SRR1321528 1 0.6311 0.547916 0.672 0.044 0.036 0.068 0.180
#> SRR627447 1 0.5411 0.588612 0.712 0.072 0.184 0.008 0.024
#> SRR612239 4 0.7895 0.445413 0.180 0.236 0.036 0.496 0.052
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 1 0.4892 0.59251 0.756 0.052 0.100 0.008 0.012 0.072
#> SRR603858 1 0.7418 0.38302 0.540 0.116 0.184 0.032 0.024 0.104
#> SRR817070 2 0.3955 0.41644 0.000 0.648 0.000 0.340 0.004 0.008
#> SRR1486995 3 0.5726 -0.05689 0.436 0.080 0.460 0.000 0.008 0.016
#> SRR813043 2 0.0146 0.71673 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.1531 0.70829 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR659037 4 0.8205 0.23089 0.000 0.196 0.244 0.376 0.088 0.096
#> SRR662031 1 0.4363 0.59578 0.764 0.008 0.024 0.000 0.144 0.060
#> SRR1081283 4 0.4542 0.11813 0.000 0.480 0.008 0.496 0.012 0.004
#> SRR1481036 1 0.6353 0.49513 0.656 0.052 0.096 0.128 0.016 0.052
#> SRR1434009 2 0.6846 -0.22219 0.004 0.472 0.348 0.060 0.028 0.088
#> SRR1376676 1 0.3868 0.11982 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1396967 2 0.7475 0.21178 0.016 0.528 0.120 0.200 0.048 0.088
#> SRR665429 2 0.1327 0.70730 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.3914 0.54371 0.000 0.148 0.020 0.792 0.024 0.016
#> SRR600784 1 0.4756 0.58443 0.736 0.064 0.148 0.000 0.004 0.048
#> SRR657611 1 0.5728 0.59242 0.716 0.032 0.068 0.032 0.100 0.052
#> SRR1333659 2 0.8401 -0.33421 0.024 0.372 0.308 0.104 0.100 0.092
#> SRR1323896 2 0.2377 0.68174 0.000 0.868 0.004 0.124 0.000 0.004
#> SRR1453971 3 0.8104 0.47536 0.128 0.252 0.448 0.032 0.076 0.064
#> SRR1421010 5 0.6078 0.16817 0.392 0.000 0.160 0.000 0.432 0.016
#> SRR1334490 3 0.4664 0.56384 0.140 0.128 0.720 0.000 0.004 0.008
#> SRR1309468 1 0.2915 0.56825 0.808 0.000 0.000 0.000 0.184 0.008
#> SRR1468637 5 0.8922 -0.15528 0.000 0.196 0.192 0.228 0.232 0.152
#> SRR1365489 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 1 0.6546 0.36045 0.556 0.128 0.228 0.004 0.004 0.080
#> SRR607863 2 0.3733 0.62185 0.000 0.760 0.004 0.208 0.004 0.024
#> SRR1475524 5 0.6396 0.44245 0.148 0.000 0.312 0.012 0.500 0.028
#> SRR1405504 2 0.2377 0.68174 0.000 0.868 0.004 0.124 0.000 0.004
#> SRR615695 5 0.4039 0.05755 0.424 0.000 0.000 0.008 0.568 0.000
#> SRR600900 2 0.6033 0.35758 0.020 0.608 0.040 0.264 0.016 0.052
#> SRR601477 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.1269 0.71665 0.000 0.956 0.012 0.020 0.000 0.012
#> SRR1362713 5 0.7622 0.17796 0.092 0.084 0.016 0.240 0.500 0.068
#> SRR1431385 1 0.3843 0.20169 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR1379089 2 0.0146 0.71673 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.7000 0.53476 0.176 0.168 0.560 0.020 0.048 0.028
#> SRR1357210 1 0.3493 0.61381 0.812 0.004 0.016 0.000 0.144 0.024
#> SRR657659 2 0.3983 0.40155 0.000 0.640 0.000 0.348 0.004 0.008
#> SRR663573 4 0.5489 0.22067 0.016 0.428 0.012 0.504 0.016 0.024
#> SRR603188 2 0.4430 0.63301 0.000 0.772 0.036 0.132 0.020 0.040
#> SRR1471200 2 0.0436 0.71803 0.000 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1310975 2 0.0146 0.71813 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR627457 6 0.4608 1.00000 0.192 0.036 0.004 0.028 0.008 0.732
#> SRR1367654 2 0.6190 0.31022 0.000 0.616 0.208 0.064 0.028 0.084
#> SRR1488410 5 0.6376 0.45158 0.140 0.000 0.276 0.008 0.532 0.044
#> SRR1457750 5 0.8320 0.14525 0.092 0.172 0.016 0.236 0.408 0.076
#> SRR1099546 1 0.4972 0.57975 0.700 0.040 0.208 0.000 0.036 0.016
#> SRR604480 2 0.0603 0.71812 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0146 0.71673 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0603 0.71812 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.3398 0.55656 0.000 0.740 0.000 0.252 0.000 0.008
#> SRR1409813 2 0.7159 -0.29260 0.004 0.444 0.348 0.068 0.036 0.100
#> SRR612791 1 0.2812 0.62563 0.856 0.000 0.048 0.000 0.096 0.000
#> SRR1470580 2 0.7508 -0.00975 0.288 0.460 0.072 0.036 0.012 0.132
#> SRR1444063 2 0.8049 -0.16002 0.296 0.388 0.012 0.052 0.084 0.168
#> SRR1355578 5 0.7156 0.18132 0.128 0.044 0.020 0.184 0.564 0.060
#> SRR1429203 1 0.3999 0.09858 0.500 0.000 0.000 0.004 0.496 0.000
#> SRR599154 2 0.6814 -0.16922 0.016 0.492 0.344 0.048 0.032 0.068
#> SRR814244 5 0.8813 0.31446 0.128 0.048 0.220 0.112 0.396 0.096
#> SRR1404123 2 0.3969 0.40898 0.000 0.644 0.000 0.344 0.004 0.008
#> SRR656934 1 0.6724 0.45423 0.628 0.056 0.088 0.144 0.024 0.060
#> SRR1339029 2 0.1155 0.71750 0.000 0.956 0.004 0.036 0.000 0.004
#> SRR821525 4 0.3914 0.54371 0.000 0.148 0.020 0.792 0.024 0.016
#> SRR1443677 1 0.3791 0.53274 0.748 0.016 0.000 0.008 0.224 0.004
#> SRR1406330 5 0.6752 0.36054 0.292 0.000 0.252 0.008 0.420 0.028
#> SRR1338124 2 0.7040 0.15351 0.096 0.524 0.044 0.268 0.008 0.060
#> SRR1391376 1 0.5440 0.52459 0.656 0.068 0.228 0.000 0.020 0.028
#> SRR661842 4 0.3914 0.54371 0.000 0.148 0.020 0.792 0.024 0.016
#> SRR1395699 1 0.5846 0.13828 0.464 0.084 0.424 0.000 0.012 0.016
#> SRR1312209 1 0.5104 0.57601 0.712 0.008 0.028 0.028 0.188 0.036
#> SRR1359469 1 0.3866 0.13578 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR658885 3 0.4958 0.61099 0.068 0.164 0.724 0.004 0.012 0.028
#> SRR1414578 1 0.4613 0.58535 0.748 0.004 0.012 0.012 0.144 0.080
#> SRR603620 2 0.7573 -0.07251 0.004 0.432 0.024 0.284 0.140 0.116
#> SRR604677 1 0.5748 0.57026 0.672 0.056 0.180 0.008 0.020 0.064
#> SRR603800 2 0.0653 0.71878 0.000 0.980 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR602058 4 0.6640 0.51055 0.000 0.260 0.028 0.548 0.076 0.088
#> SRR817488 2 0.0405 0.71779 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR655601 2 0.3996 0.39359 0.000 0.636 0.000 0.352 0.004 0.008
#> SRR1434821 2 0.1180 0.71728 0.000 0.960 0.012 0.016 0.000 0.012
#> SRR1349166 2 0.6190 0.31022 0.000 0.616 0.208 0.064 0.028 0.084
#> SRR615129 5 0.8291 0.08274 0.084 0.216 0.016 0.216 0.400 0.068
#> SRR607586 2 0.0603 0.71812 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.2786 0.67618 0.000 0.884 0.036 0.040 0.004 0.036
#> SRR1411070 2 0.4543 -0.11301 0.000 0.488 0.008 0.488 0.012 0.004
#> SRR663038 2 0.1327 0.70730 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.2191 0.68431 0.000 0.876 0.004 0.120 0.000 0.000
#> SRR1479155 5 0.4211 -0.02546 0.456 0.000 0.008 0.004 0.532 0.000
#> SRR662162 1 0.2841 0.57948 0.824 0.000 0.000 0.000 0.164 0.012
#> SRR1374567 1 0.5216 0.54042 0.676 0.068 0.212 0.000 0.008 0.036
#> SRR1434048 2 0.0146 0.71813 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.5338 0.54021 0.000 0.200 0.020 0.676 0.080 0.024
#> SRR2170135 1 0.2841 0.57948 0.824 0.000 0.000 0.000 0.164 0.012
#> SRR615551 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.3955 0.41644 0.000 0.648 0.000 0.340 0.004 0.008
#> SRR1370216 3 0.4664 0.56384 0.140 0.128 0.720 0.000 0.004 0.008
#> SRR662954 4 0.7529 0.03549 0.000 0.076 0.100 0.404 0.348 0.072
#> SRR1375738 1 0.4775 0.58615 0.744 0.072 0.140 0.004 0.008 0.032
#> SRR1356577 4 0.6719 -0.01475 0.016 0.000 0.124 0.480 0.324 0.056
#> SRR1073119 1 0.4604 0.59526 0.768 0.068 0.096 0.000 0.012 0.056
#> SRR663549 1 0.4775 0.58615 0.744 0.072 0.140 0.004 0.008 0.032
#> SRR1478015 2 0.1588 0.70479 0.000 0.924 0.004 0.072 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.5590 -0.01624 0.008 0.508 0.012 0.408 0.056 0.008
#> SRR811866 1 0.8607 -0.05295 0.360 0.040 0.092 0.248 0.208 0.052
#> SRR1401101 2 0.1922 0.71326 0.000 0.924 0.024 0.040 0.000 0.012
#> SRR1477797 4 0.6561 0.50792 0.000 0.196 0.036 0.592 0.076 0.100
#> SRR1402986 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 5 0.8291 0.08274 0.084 0.216 0.016 0.216 0.400 0.068
#> SRR1419869 1 0.5287 0.50203 0.644 0.068 0.256 0.000 0.016 0.016
#> SRR1490700 4 0.8614 0.30306 0.092 0.184 0.032 0.384 0.232 0.076
#> SRR601723 4 0.8171 0.32826 0.172 0.160 0.036 0.472 0.052 0.108
#> SRR1384115 3 0.7659 0.48704 0.012 0.316 0.432 0.096 0.044 0.100
#> SRR1476927 2 0.2191 0.68431 0.000 0.876 0.004 0.120 0.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.4775 0.58615 0.744 0.072 0.140 0.004 0.008 0.032
#> SRR1322595 3 0.8934 0.30083 0.024 0.204 0.356 0.132 0.160 0.124
#> SRR1370423 2 0.8386 -0.20294 0.172 0.388 0.228 0.132 0.008 0.072
#> SRR1314976 4 0.8696 -0.11665 0.152 0.048 0.096 0.356 0.284 0.064
#> SRR1319560 2 0.7573 -0.07251 0.004 0.432 0.024 0.284 0.140 0.116
#> SRR1352683 4 0.8354 0.29566 0.188 0.172 0.036 0.440 0.052 0.112
#> SRR1473800 1 0.3868 0.10840 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1326384 3 0.7000 0.53476 0.176 0.168 0.560 0.020 0.048 0.028
#> SRR1360807 4 0.5829 0.28822 0.008 0.032 0.080 0.664 0.184 0.032
#> SRR1332544 3 0.5812 0.13974 0.112 0.040 0.632 0.000 0.204 0.012
#> SRR598695 1 0.4414 0.53480 0.740 0.044 0.004 0.012 0.192 0.008
#> SRR807824 2 0.0767 0.71799 0.004 0.976 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR809296 3 0.5331 0.33430 0.308 0.092 0.588 0.000 0.004 0.008
#> SRR657927 1 0.4892 0.59251 0.756 0.052 0.100 0.008 0.012 0.072
#> SRR1440682 2 0.3897 0.56826 0.000 0.712 0.000 0.264 0.008 0.016
#> SRR1454415 2 0.3653 0.61025 0.000 0.748 0.000 0.228 0.004 0.020
#> SRR1419131 4 0.5107 0.49077 0.000 0.132 0.080 0.724 0.048 0.016
#> SRR1404293 5 0.7406 0.18837 0.136 0.060 0.020 0.180 0.544 0.060
#> SRR1473340 1 0.2762 0.62583 0.860 0.000 0.048 0.000 0.092 0.000
#> SRR1345563 5 0.6506 0.44956 0.140 0.000 0.288 0.012 0.516 0.044
#> SRR1323382 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.8537 0.36562 0.144 0.312 0.336 0.108 0.020 0.080
#> SRR1321808 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.5648 0.38785 0.012 0.624 0.040 0.272 0.012 0.040
#> SRR1312558 2 0.4002 0.54801 0.048 0.772 0.160 0.000 0.000 0.020
#> SRR1417088 2 0.4070 0.20145 0.000 0.568 0.004 0.424 0.004 0.000
#> SRR1433027 2 0.3329 0.58089 0.000 0.756 0.000 0.236 0.004 0.004
#> SRR662257 4 0.6774 0.46584 0.000 0.264 0.032 0.532 0.064 0.108
#> SRR600417 4 0.3914 0.54371 0.000 0.148 0.020 0.792 0.024 0.016
#> SRR812493 4 0.6750 0.47973 0.000 0.172 0.040 0.584 0.088 0.116
#> SRR612743 1 0.4718 0.58742 0.760 0.068 0.096 0.000 0.012 0.064
#> SRR1361345 5 0.7283 0.02228 0.028 0.032 0.108 0.276 0.504 0.052
#> SRR600584 2 0.3955 0.41644 0.000 0.648 0.000 0.340 0.004 0.008
#> SRR1310520 4 0.5385 0.53993 0.000 0.200 0.020 0.672 0.084 0.024
#> SRR1395595 3 0.5132 0.61095 0.076 0.164 0.712 0.004 0.012 0.032
#> SRR1334074 3 0.5002 0.59374 0.056 0.160 0.728 0.004 0.032 0.020
#> SRR654838 2 0.1015 0.71813 0.012 0.968 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR1376694 5 0.6338 0.43621 0.148 0.000 0.324 0.008 0.492 0.028
#> SRR1433841 2 0.8049 -0.16002 0.296 0.388 0.012 0.052 0.084 0.168
#> SRR1366837 1 0.5892 0.55014 0.700 0.052 0.100 0.080 0.016 0.052
#> SRR1467479 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 5 0.6376 0.45158 0.140 0.000 0.276 0.008 0.532 0.044
#> SRR1471050 2 0.0260 0.71809 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.4487 0.61634 0.032 0.792 0.044 0.076 0.004 0.052
#> SRR814703 2 0.0692 0.71545 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR661937 2 0.4849 0.22583 0.008 0.560 0.008 0.400 0.004 0.020
#> SRR614359 1 0.3186 0.62955 0.836 0.004 0.060 0.000 0.100 0.000
#> SRR1071568 2 0.5648 0.38785 0.012 0.624 0.040 0.272 0.012 0.040
#> SRR1389084 1 0.5557 0.41114 0.580 0.068 0.320 0.000 0.016 0.016
#> SRR1337624 2 0.5590 -0.01624 0.008 0.508 0.012 0.408 0.056 0.008
#> SRR1344400 2 0.0692 0.71545 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1414290 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.6190 0.31022 0.000 0.616 0.208 0.064 0.028 0.084
#> SRR1098998 1 0.2969 0.54594 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1481279 1 0.4814 0.61224 0.732 0.032 0.164 0.000 0.056 0.016
#> SRR1315103 5 0.6376 0.45158 0.140 0.000 0.276 0.008 0.532 0.044
#> SRR1099286 1 0.6578 0.42618 0.616 0.056 0.092 0.012 0.044 0.180
#> SRR2166570 4 0.5741 0.25315 0.036 0.416 0.012 0.500 0.016 0.020
#> SRR601445 1 0.6333 0.57792 0.660 0.048 0.136 0.024 0.084 0.048
#> SRR1439719 2 0.3329 0.58089 0.000 0.756 0.000 0.236 0.004 0.004
#> SRR1377026 2 0.4002 0.54817 0.000 0.692 0.000 0.284 0.008 0.016
#> SRR1327386 5 0.4100 0.13810 0.388 0.000 0.004 0.008 0.600 0.000
#> SRR654826 2 0.0603 0.71904 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.6198 0.51298 0.000 0.200 0.020 0.592 0.156 0.032
#> SRR1469345 1 0.6368 0.35570 0.552 0.064 0.292 0.004 0.072 0.016
#> SRR1421462 2 0.1167 0.71811 0.012 0.960 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR662966 3 0.5113 0.58993 0.064 0.152 0.724 0.004 0.036 0.020
#> SRR1339175 1 0.2812 0.62563 0.856 0.000 0.048 0.000 0.096 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.3235 0.65782 0.000 0.860 0.040 0.052 0.008 0.040
#> SRR660800 2 0.0692 0.71846 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000
#> SRR1465543 3 0.7237 0.51911 0.008 0.292 0.488 0.072 0.040 0.100
#> SRR1342023 1 0.4931 0.37479 0.592 0.008 0.024 0.008 0.360 0.008
#> SRR1335670 1 0.5978 0.58627 0.684 0.032 0.068 0.036 0.144 0.036
#> SRR1400955 2 0.1922 0.71326 0.000 0.924 0.024 0.040 0.000 0.012
#> SRR1072150 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.3843 0.20169 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR1364658 1 0.2762 0.62583 0.860 0.000 0.048 0.000 0.092 0.000
#> SRR1098074 3 0.7293 0.53756 0.020 0.264 0.512 0.072 0.036 0.096
#> SRR1442778 1 0.4707 0.60854 0.752 0.012 0.060 0.008 0.144 0.024
#> SRR1086728 3 0.6712 0.53185 0.020 0.316 0.524 0.040 0.032 0.068
#> SRR627464 6 0.4608 1.00000 0.192 0.036 0.004 0.028 0.008 0.732
#> SRR1409193 4 0.8893 -0.12928 0.212 0.076 0.064 0.316 0.268 0.064
#> SRR2168286 4 0.5704 0.54311 0.004 0.268 0.020 0.612 0.080 0.016
#> SRR615539 2 0.3248 0.59198 0.000 0.768 0.000 0.224 0.004 0.004
#> SRR663623 1 0.5158 0.56372 0.700 0.076 0.176 0.004 0.004 0.040
#> SRR1471989 3 0.3412 0.57836 0.028 0.136 0.820 0.000 0.008 0.008
#> SRR1468828 2 0.5590 -0.01624 0.008 0.508 0.012 0.408 0.056 0.008
#> SRR1381934 1 0.5803 0.61012 0.708 0.044 0.112 0.032 0.068 0.036
#> SRR1471098 1 0.5384 0.47898 0.624 0.068 0.276 0.000 0.016 0.016
#> SRR1314749 1 0.5924 0.52241 0.660 0.096 0.168 0.020 0.008 0.048
#> SRR2166874 4 0.8351 0.30033 0.000 0.216 0.060 0.340 0.220 0.164
#> SRR821302 1 0.3711 0.62965 0.820 0.012 0.040 0.004 0.112 0.012
#> SRR1435066 2 0.0436 0.71715 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR661601 2 0.2713 0.67864 0.000 0.888 0.036 0.040 0.004 0.032
#> SRR1446546 2 0.6123 0.36024 0.032 0.608 0.040 0.256 0.012 0.052
#> SRR1419784 3 0.4968 0.59322 0.056 0.156 0.732 0.004 0.032 0.020
#> SRR1357233 4 0.7649 0.40509 0.000 0.240 0.104 0.468 0.068 0.120
#> SRR1441889 1 0.2805 0.58234 0.828 0.000 0.000 0.000 0.160 0.012
#> SRR1413940 5 0.6376 0.45158 0.140 0.000 0.276 0.008 0.532 0.044
#> SRR1324250 2 0.5586 0.39244 0.012 0.628 0.036 0.272 0.012 0.040
#> SRR1442862 2 0.7704 -0.40705 0.008 0.376 0.368 0.104 0.048 0.096
#> SRR662474 2 0.3276 0.58791 0.000 0.764 0.000 0.228 0.004 0.004
#> SRR1416226 1 0.6364 0.52043 0.660 0.048 0.104 0.112 0.020 0.056
#> SRR1417404 4 0.7590 -0.07067 0.072 0.012 0.104 0.432 0.328 0.052
#> SRR665466 2 0.3074 0.60973 0.000 0.792 0.000 0.200 0.004 0.004
#> SRR658849 1 0.5557 0.41114 0.580 0.068 0.320 0.000 0.016 0.016
#> SRR1460025 2 0.5648 0.38785 0.012 0.624 0.040 0.272 0.012 0.040
#> SRR1408136 1 0.3703 0.43291 0.688 0.000 0.004 0.000 0.304 0.004
#> SRR1489995 2 0.0146 0.71813 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.6353 0.49513 0.656 0.052 0.096 0.128 0.016 0.052
#> SRR1488429 3 0.6703 0.56962 0.164 0.176 0.580 0.036 0.012 0.032
#> SRR1087559 4 0.8989 0.32888 0.148 0.300 0.064 0.308 0.112 0.068
#> SRR817004 2 0.8622 -0.37475 0.040 0.352 0.312 0.104 0.100 0.092
#> SRR1429660 2 0.5366 0.48968 0.000 0.716 0.112 0.060 0.028 0.084
#> SRR604390 2 0.8741 -0.38830 0.088 0.324 0.312 0.144 0.036 0.096
#> SRR614936 2 0.5590 -0.01624 0.008 0.508 0.012 0.408 0.056 0.008
#> SRR1365938 5 0.8203 0.08350 0.076 0.220 0.016 0.208 0.412 0.068
#> SRR1437324 1 0.4620 0.38109 0.620 0.000 0.004 0.012 0.340 0.024
#> SRR613414 2 0.7025 -0.08305 0.008 0.440 0.028 0.372 0.068 0.084
#> SRR660414 4 0.5741 0.25315 0.036 0.416 0.012 0.500 0.016 0.020
#> SRR1452185 1 0.3868 0.10840 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1347020 1 0.4177 0.60552 0.804 0.056 0.056 0.004 0.008 0.072
#> SRR1398036 4 0.6561 0.50792 0.000 0.196 0.036 0.592 0.076 0.100
#> SRR1436674 1 0.5436 0.58962 0.712 0.024 0.040 0.020 0.156 0.048
#> SRR603750 1 0.6546 0.36045 0.556 0.128 0.228 0.004 0.004 0.080
#> SRR608630 4 0.7529 0.03549 0.000 0.076 0.100 0.404 0.348 0.072
#> SRR655625 4 0.3914 0.54371 0.000 0.148 0.020 0.792 0.024 0.016
#> SRR599059 2 0.5848 0.50714 0.056 0.708 0.068 0.100 0.028 0.040
#> SRR615189 2 0.7655 0.07753 0.228 0.500 0.020 0.056 0.072 0.124
#> SRR1466889 2 0.1599 0.70489 0.000 0.940 0.028 0.008 0.000 0.024
#> SRR1084602 4 0.5829 0.28822 0.008 0.032 0.080 0.664 0.184 0.032
#> SRR1335422 1 0.2982 0.61627 0.844 0.000 0.016 0.000 0.124 0.016
#> SRR1356805 2 0.2016 0.70063 0.000 0.920 0.040 0.016 0.000 0.024
#> SRR1385300 3 0.6392 0.48761 0.156 0.136 0.588 0.000 0.004 0.116
#> SRR654814 1 0.4527 0.55573 0.720 0.004 0.012 0.016 0.220 0.028
#> SRR658385 2 0.0436 0.71715 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR820596 1 0.4718 0.58742 0.760 0.068 0.096 0.000 0.012 0.064
#> SRR1318118 1 0.6413 0.57549 0.652 0.048 0.140 0.024 0.088 0.048
#> SRR1480766 2 0.3248 0.59078 0.000 0.768 0.000 0.224 0.004 0.004
#> SRR1406539 1 0.5171 0.59572 0.744 0.068 0.072 0.004 0.032 0.080
#> SRR1341833 2 0.3100 0.67520 0.000 0.848 0.012 0.108 0.004 0.028
#> SRR1441826 4 0.3914 0.54371 0.000 0.148 0.020 0.792 0.024 0.016
#> SRR1448051 1 0.4527 0.55573 0.720 0.004 0.012 0.016 0.220 0.028
#> SRR1326752 1 0.5750 0.20942 0.492 0.076 0.404 0.000 0.012 0.016
#> SRR665217 3 0.8321 0.40500 0.200 0.232 0.400 0.076 0.020 0.072
#> SRR819186 2 0.0291 0.71757 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.5726 -0.05689 0.436 0.080 0.460 0.000 0.008 0.016
#> SRR607166 2 0.2663 0.69276 0.036 0.900 0.012 0.020 0.012 0.020
#> SRR809065 2 0.5130 -0.04755 0.004 0.488 0.004 0.460 0.020 0.024
#> SRR1415872 2 0.2458 0.70720 0.000 0.896 0.012 0.068 0.012 0.012
#> SRR1415463 1 0.5924 0.52241 0.660 0.096 0.168 0.020 0.008 0.048
#> SRR1381161 4 0.6651 0.50091 0.000 0.192 0.036 0.584 0.076 0.112
#> SRR1442231 5 0.8320 0.14525 0.092 0.172 0.016 0.236 0.408 0.076
#> SRR1374696 1 0.7855 0.31336 0.512 0.044 0.060 0.164 0.160 0.060
#> SRR1451988 2 0.8419 -0.39686 0.284 0.304 0.228 0.108 0.004 0.072
#> SRR660555 1 0.4414 0.53480 0.740 0.044 0.004 0.012 0.192 0.008
#> SRR657801 1 0.4179 0.60775 0.796 0.012 0.032 0.000 0.084 0.076
#> SRR663344 2 0.1452 0.71145 0.000 0.948 0.020 0.012 0.000 0.020
#> SRR1472462 2 0.1204 0.71162 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1406176 2 0.8298 -0.25187 0.288 0.340 0.172 0.140 0.004 0.056
#> SRR656886 2 0.5648 0.38785 0.012 0.624 0.040 0.272 0.012 0.040
#> SRR1498337 4 0.6561 0.50792 0.000 0.196 0.036 0.592 0.076 0.100
#> SRR613066 3 0.5972 0.13382 0.120 0.044 0.616 0.000 0.208 0.012
#> SRR1309490 1 0.3703 0.43291 0.688 0.000 0.004 0.000 0.304 0.004
#> SRR602492 4 0.6561 0.50792 0.000 0.196 0.036 0.592 0.076 0.100
#> SRR1447347 1 0.3865 0.61119 0.820 0.052 0.056 0.000 0.008 0.064
#> SRR1475546 2 0.0937 0.71329 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.8171 0.32826 0.172 0.160 0.036 0.472 0.052 0.108
#> SRR1434332 2 0.3248 0.59078 0.000 0.768 0.000 0.224 0.004 0.004
#> SRR1070358 2 0.5497 0.47342 0.000 0.644 0.040 0.248 0.024 0.044
#> SRR1345936 4 0.7728 0.42058 0.000 0.180 0.144 0.484 0.076 0.116
#> SRR665658 2 0.2045 0.70166 0.016 0.928 0.012 0.024 0.016 0.004
#> SRR1321351 2 0.3955 0.41644 0.000 0.648 0.000 0.340 0.004 0.008
#> SRR657880 2 0.2415 0.68400 0.000 0.904 0.024 0.036 0.004 0.032
#> SRR1373903 2 0.3052 0.60968 0.000 0.780 0.000 0.216 0.000 0.004
#> SRR657396 2 0.7573 -0.07251 0.004 0.432 0.024 0.284 0.140 0.116
#> SRR660981 2 0.2191 0.68431 0.000 0.876 0.004 0.120 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.4414 0.53480 0.740 0.044 0.004 0.012 0.192 0.008
#> SRR819658 2 0.1922 0.71326 0.000 0.924 0.024 0.040 0.000 0.012
#> SRR1376316 1 0.4530 0.34913 0.608 0.000 0.004 0.012 0.360 0.016
#> SRR1323723 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.5839 0.58257 0.692 0.028 0.056 0.024 0.144 0.056
#> SRR1403478 2 0.0436 0.71715 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1095695 1 0.5678 0.45874 0.604 0.080 0.280 0.004 0.016 0.016
#> SRR1352391 4 0.8533 0.13751 0.240 0.132 0.044 0.408 0.056 0.120
#> SRR1498813 4 0.3914 0.54371 0.000 0.148 0.020 0.792 0.024 0.016
#> SRR627437 4 0.8171 0.32826 0.172 0.160 0.036 0.472 0.052 0.108
#> SRR2185097 1 0.4363 0.59578 0.764 0.008 0.024 0.000 0.144 0.060
#> SRR817166 3 0.8642 0.43789 0.108 0.260 0.388 0.104 0.036 0.104
#> SRR1091670 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.6861 0.42212 0.572 0.072 0.236 0.024 0.040 0.056
#> SRR1479640 2 0.2146 0.68506 0.000 0.880 0.004 0.116 0.000 0.000
#> SRR660152 1 0.5495 0.45517 0.596 0.068 0.304 0.000 0.012 0.020
#> SRR1074769 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.3104 0.60803 0.000 0.788 0.000 0.204 0.004 0.004
#> SRR1392502 3 0.6053 0.57488 0.036 0.172 0.660 0.016 0.080 0.036
#> SRR1359609 5 0.6519 0.44874 0.148 0.000 0.292 0.012 0.508 0.040
#> SRR601925 2 0.3766 0.64335 0.064 0.836 0.024 0.044 0.004 0.028
#> SRR2165182 2 0.1531 0.70829 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR608542 4 0.6710 0.46955 0.000 0.264 0.028 0.536 0.064 0.108
#> SRR655064 4 0.5338 0.54021 0.000 0.200 0.020 0.676 0.080 0.024
#> SRR1432430 1 0.5901 0.43981 0.592 0.100 0.256 0.000 0.004 0.048
#> SRR808472 4 0.5425 0.33208 0.004 0.380 0.012 0.548 0.024 0.032
#> SRR1414958 3 0.3412 0.57836 0.028 0.136 0.820 0.000 0.008 0.008
#> SRR598484 2 0.6123 0.36024 0.032 0.608 0.040 0.256 0.012 0.052
#> SRR612755 1 0.4892 0.59251 0.756 0.052 0.100 0.008 0.012 0.072
#> SRR1365808 1 0.3999 0.09858 0.500 0.000 0.000 0.004 0.496 0.000
#> SRR1391724 4 0.8171 0.32826 0.172 0.160 0.036 0.472 0.052 0.108
#> SRR1322373 1 0.5557 0.41114 0.580 0.068 0.320 0.000 0.016 0.016
#> SRR1489265 2 0.1476 0.71743 0.012 0.948 0.004 0.028 0.000 0.008
#> SRR1359099 2 0.0436 0.71715 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR607279 2 0.2377 0.68174 0.000 0.868 0.004 0.124 0.000 0.004
#> SRR810461 2 0.0405 0.71779 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR627427 6 0.4608 1.00000 0.192 0.036 0.004 0.028 0.008 0.732
#> SRR612887 2 0.3270 0.66318 0.000 0.816 0.004 0.152 0.004 0.024
#> SRR809807 3 0.7202 0.54885 0.020 0.224 0.544 0.076 0.036 0.100
#> SRR663112 2 0.6952 0.18748 0.096 0.536 0.040 0.260 0.008 0.060
#> SRR1346933 4 0.8351 0.30033 0.000 0.216 0.060 0.340 0.220 0.164
#> SRR1487910 1 0.6866 0.33496 0.528 0.032 0.020 0.056 0.296 0.068
#> SRR603092 4 0.4542 0.11813 0.000 0.480 0.008 0.496 0.012 0.004
#> SRR1417680 2 0.3104 0.60672 0.000 0.788 0.000 0.204 0.004 0.004
#> SRR1383785 1 0.4169 0.62077 0.804 0.020 0.040 0.000 0.076 0.060
#> SRR1070015 3 0.7237 0.51911 0.008 0.292 0.488 0.072 0.040 0.100
#> SRR1466222 2 0.7727 0.10651 0.220 0.492 0.104 0.060 0.012 0.112
#> SRR1416119 3 0.4664 0.56384 0.140 0.128 0.720 0.000 0.004 0.008
#> SRR819318 1 0.5748 0.57026 0.672 0.056 0.180 0.008 0.020 0.064
#> SRR608288 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.6814 -0.16922 0.016 0.492 0.344 0.048 0.032 0.068
#> SRR613138 2 0.0146 0.71813 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR810483 1 0.4775 0.58615 0.744 0.072 0.140 0.004 0.008 0.032
#> SRR607839 1 0.3868 0.11982 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1337031 1 0.4421 0.54472 0.708 0.008 0.064 0.000 0.220 0.000
#> SRR601311 4 0.4028 0.54589 0.000 0.152 0.020 0.784 0.028 0.016
#> SRR1406685 4 0.4320 0.55337 0.000 0.280 0.012 0.684 0.016 0.008
#> SRR1467500 4 0.4124 0.08452 0.000 0.476 0.004 0.516 0.004 0.000
#> SRR1308504 1 0.2805 0.58132 0.828 0.000 0.000 0.000 0.160 0.012
#> SRR1312865 3 0.7191 0.55928 0.160 0.180 0.552 0.036 0.032 0.040
#> SRR1312522 1 0.5730 0.36842 0.556 0.072 0.324 0.000 0.000 0.048
#> SRR1490486 2 0.1223 0.71573 0.016 0.960 0.012 0.004 0.008 0.000
#> SRR1325888 1 0.5533 0.44084 0.596 0.072 0.300 0.000 0.016 0.016
#> SRR1472885 1 0.2912 0.55094 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1098785 2 0.4082 0.18011 0.000 0.560 0.004 0.432 0.004 0.000
#> SRR1084766 4 0.5704 0.54311 0.004 0.268 0.020 0.612 0.080 0.016
#> SRR1102804 2 0.0922 0.71823 0.000 0.968 0.004 0.024 0.000 0.004
#> SRR1336636 1 0.4507 0.59363 0.772 0.068 0.096 0.000 0.008 0.056
#> SRR1347795 3 0.5812 0.13974 0.112 0.040 0.632 0.000 0.204 0.012
#> SRR601900 2 0.2786 0.67618 0.000 0.884 0.036 0.040 0.004 0.036
#> SRR1330989 4 0.5489 0.22641 0.024 0.428 0.012 0.504 0.016 0.016
#> SRR658445 3 0.7237 0.51911 0.008 0.292 0.488 0.072 0.040 0.100
#> SRR1368754 1 0.7357 0.31612 0.516 0.132 0.196 0.020 0.012 0.124
#> SRR1460001 2 0.0000 0.71754 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.3869 0.09687 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1326249 3 0.5616 0.22524 0.352 0.076 0.544 0.000 0.004 0.024
#> SRR614948 5 0.6534 0.44940 0.144 0.000 0.288 0.012 0.512 0.044
#> SRR1472952 1 0.5190 0.54449 0.680 0.068 0.208 0.000 0.008 0.036
#> SRR1321528 1 0.5986 0.47366 0.656 0.032 0.016 0.028 0.184 0.084
#> SRR627447 1 0.4756 0.58443 0.736 0.064 0.148 0.000 0.004 0.048
#> SRR612239 4 0.8138 0.33082 0.172 0.160 0.036 0.476 0.052 0.104
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.961 0.949 0.976 0.4970 0.501 0.501
#> 3 3 0.610 0.710 0.819 0.2784 0.828 0.668
#> 4 4 0.710 0.746 0.847 0.1437 0.839 0.588
#> 5 5 0.722 0.705 0.830 0.0625 0.934 0.763
#> 6 6 0.713 0.573 0.760 0.0420 0.951 0.800
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR603858 1 0.9686 0.358 0.604 0.396
#> SRR817070 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1486995 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR656874 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.9815 0.314 0.580 0.420
#> SRR662031 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1081283 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1481036 1 0.6247 0.814 0.844 0.156
#> SRR1434009 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1376676 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1396967 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR665429 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1388025 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR600784 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR657611 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1333659 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1323896 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1453971 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1421010 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1309468 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1468637 2 0.8813 0.571 0.300 0.700
#> SRR1365489 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR627445 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR607863 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1475524 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1405504 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR615695 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR600900 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR601477 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1487215 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1310797 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1431385 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1379089 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1102079 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1357210 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR657659 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR663573 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR603188 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1471200 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1310975 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR627457 1 0.9954 0.158 0.540 0.460
#> SRR1367654 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1488410 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1457750 2 0.9522 0.405 0.372 0.628
#> SRR1099546 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR604480 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1390477 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1458447 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1473161 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1409813 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR612791 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1470580 2 0.1184 0.975 0.016 0.984
#> SRR1444063 1 0.9963 0.147 0.536 0.464
#> SRR1355578 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1429203 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR599154 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR814244 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1404123 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR656934 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1339029 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR821525 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1443677 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1406330 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1338124 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1391376 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR661842 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1395699 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1312209 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1359469 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR658885 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1414578 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR603620 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR604677 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR603800 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR602058 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR817488 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR655601 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1434821 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1349166 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR615129 2 0.9393 0.445 0.356 0.644
#> SRR607586 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR602680 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR663038 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1489416 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1479155 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR662162 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1374567 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1434048 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR2184865 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR2170135 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR615551 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1335513 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1370216 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR662954 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1375738 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1356577 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1073119 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR663549 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1478015 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR600632 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR811866 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1401101 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1477797 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1402986 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR658897 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1419869 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1490700 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR601723 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1384115 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1476927 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1387769 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1322595 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1370423 1 0.7219 0.757 0.800 0.200
#> SRR1314976 1 0.7056 0.768 0.808 0.192
#> SRR1319560 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1352683 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1473800 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1326384 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1360807 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1332544 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR598695 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR807824 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR809296 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR657927 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1440682 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1404293 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1473340 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1345563 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1323382 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1480697 1 0.7219 0.757 0.800 0.200
#> SRR1321808 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1382756 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1312558 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1417088 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1433027 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR662257 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR600417 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR812493 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR612743 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1361345 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR600584 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1310520 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1395595 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1334074 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR654838 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1376694 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1433841 2 0.8386 0.632 0.268 0.732
#> SRR1366837 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1467479 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1459055 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1471050 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR603004 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR661937 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR614359 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1071568 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1389084 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1337624 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1344400 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1414290 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1413644 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1098998 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1481279 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1315103 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1099286 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR2166570 1 0.8909 0.583 0.692 0.308
#> SRR601445 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1439719 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1377026 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR654826 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1460433 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1469345 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR662966 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1339175 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1447736 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1434671 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR660800 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1465543 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1342023 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1335670 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1400955 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1072150 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1442822 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1364658 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1098074 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1442778 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1086728 1 0.7883 0.704 0.764 0.236
#> SRR627464 2 0.8144 0.661 0.252 0.748
#> SRR1409193 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR2168286 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR615539 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR663623 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1471989 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1468828 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1381934 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1471098 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1314749 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR2166874 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR821302 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1435066 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1419784 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1357233 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1441889 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1413940 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1324250 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1442862 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR662474 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1416226 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1417404 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> SRR665466 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR658849 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1460025 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1408136 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1489995 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1374092 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1488429 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1087559 1 0.7815 0.704 0.768 0.232
#> SRR817004 1 0.8016 0.685 0.756 0.244
#> SRR1429660 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR604390 1 0.8499 0.639 0.724 0.276
#> SRR614936 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1365938 2 0.9358 0.455 0.352 0.648
#> SRR1437324 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR613414 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR660414 1 0.8661 0.620 0.712 0.288
#> SRR1452185 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1347020 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1398036 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1436674 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR603750 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR608630 2 0.1184 0.974 0.016 0.984
#> SRR655625 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR599059 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR615189 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1466889 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1084602 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1335422 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1356805 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1385300 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR654814 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR658385 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1318118 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1406539 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1341833 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1441826 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1448051 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1326752 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR665217 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR819186 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR661517 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR607166 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR809065 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1415872 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1415463 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1381161 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1442231 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1374696 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1451988 1 0.8443 0.649 0.728 0.272
#> SRR660555 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR657801 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR663344 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1406176 1 0.7139 0.759 0.804 0.196
#> SRR656886 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1498337 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR613066 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1309490 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR602492 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1447347 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1475546 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR627459 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1434332 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1070358 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1345936 2 0.6048 0.820 0.148 0.852
#> SRR665658 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1321351 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR657880 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR657396 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR660981 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR818499 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR819658 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1376316 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1323723 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1476719 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1403478 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1352391 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1498813 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR627437 2 0.1184 0.975 0.016 0.984
#> SRR2185097 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR817166 1 0.7602 0.728 0.780 0.220
#> SRR1091670 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR603776 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR660152 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1074769 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR656153 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1392502 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1359609 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR601925 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR2165182 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR655064 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1432430 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR808472 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1414958 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR598484 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR612755 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1365808 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1391724 1 0.9427 0.469 0.640 0.360
#> SRR1322373 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1489265 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1359099 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR810461 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR627427 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR612887 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR663112 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1346933 2 0.7299 0.739 0.204 0.796
#> SRR1487910 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR603092 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1417680 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1383785 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1070015 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1466222 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1416119 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR819318 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR608288 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR811121 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR810483 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR607839 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1337031 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1406685 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1467500 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1308504 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1312865 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1312522 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1490486 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1325888 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1472885 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1098785 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1084766 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1102804 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1336636 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1347795 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR601900 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1330989 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR658445 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1368754 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1460001 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1414934 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1326249 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR614948 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> SRR1472952 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1321528 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR627447 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR612239 2 0.4298 0.897 0.088 0.912
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.0237 0.814268 0.996 0.000 0.004
#> SRR603858 3 0.7462 0.414661 0.180 0.124 0.696
#> SRR817070 2 0.4974 0.463910 0.000 0.764 0.236
#> SRR1486995 1 0.1031 0.809112 0.976 0.000 0.024
#> SRR813043 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 3 0.6435 0.551132 0.168 0.076 0.756
#> SRR662031 1 0.5058 0.812175 0.756 0.000 0.244
#> SRR1081283 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR1481036 1 0.3116 0.740853 0.892 0.000 0.108
#> SRR1434009 2 0.3192 0.751322 0.000 0.888 0.112
#> SRR1376676 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1396967 2 0.5591 0.394623 0.000 0.696 0.304
#> SRR665429 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR600784 1 0.0424 0.813282 0.992 0.000 0.008
#> SRR657611 1 0.5178 0.810096 0.744 0.000 0.256
#> SRR1333659 2 0.4121 0.671826 0.000 0.832 0.168
#> SRR1323896 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.3686 0.805819 0.860 0.000 0.140
#> SRR1421010 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1334490 1 0.4178 0.728799 0.828 0.000 0.172
#> SRR1309468 1 0.5016 0.813053 0.760 0.000 0.240
#> SRR1468637 3 0.2176 0.465822 0.032 0.020 0.948
#> SRR1365489 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 1 0.0424 0.813282 0.992 0.000 0.008
#> SRR607863 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.6192 0.724115 0.580 0.000 0.420
#> SRR1405504 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR600900 2 0.6215 -0.283054 0.000 0.572 0.428
#> SRR601477 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 3 0.5733 -0.023000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1431385 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1379089 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 1 0.4291 0.724528 0.820 0.000 0.180
#> SRR1357210 1 0.5138 0.810029 0.748 0.000 0.252
#> SRR657659 2 0.5560 0.254630 0.000 0.700 0.300
#> SRR663573 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR603188 2 0.0237 0.880579 0.000 0.996 0.004
#> SRR1471200 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 1 0.9185 0.147457 0.444 0.148 0.408
#> SRR1367654 2 0.0892 0.865016 0.000 0.980 0.020
#> SRR1488410 1 0.6204 0.720754 0.576 0.000 0.424
#> SRR1457750 3 0.8008 0.478256 0.152 0.192 0.656
#> SRR1099546 1 0.0000 0.814850 1.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.4002 0.683314 0.000 0.840 0.160
#> SRR612791 1 0.4654 0.819054 0.792 0.000 0.208
#> SRR1470580 2 0.4861 0.590547 0.192 0.800 0.008
#> SRR1444063 2 0.9315 0.021980 0.276 0.516 0.208
#> SRR1355578 1 0.5706 0.762016 0.680 0.000 0.320
#> SRR1429203 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR599154 2 0.4291 0.655616 0.000 0.820 0.180
#> SRR814244 3 0.3752 0.244842 0.144 0.000 0.856
#> SRR1404123 2 0.5327 0.353978 0.000 0.728 0.272
#> SRR656934 1 0.4702 0.594298 0.788 0.000 0.212
#> SRR1339029 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR1443677 1 0.5098 0.811241 0.752 0.000 0.248
#> SRR1406330 1 0.6192 0.724115 0.580 0.000 0.420
#> SRR1338124 2 0.8824 0.167728 0.260 0.572 0.168
#> SRR1391376 1 0.0424 0.812966 0.992 0.000 0.008
#> SRR661842 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR1395699 1 0.0747 0.811258 0.984 0.000 0.016
#> SRR1312209 1 0.5216 0.808550 0.740 0.000 0.260
#> SRR1359469 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR658885 1 0.4235 0.725629 0.824 0.000 0.176
#> SRR1414578 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR603620 3 0.6309 0.524763 0.000 0.496 0.504
#> SRR604677 1 0.4121 0.822328 0.832 0.000 0.168
#> SRR603800 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR602058 3 0.6244 0.634639 0.000 0.440 0.560
#> SRR817488 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 3 0.6291 0.589204 0.000 0.468 0.532
#> SRR1434821 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0747 0.869015 0.000 0.984 0.016
#> SRR615129 2 0.9417 -0.159257 0.180 0.456 0.364
#> SRR607586 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 3 0.6260 0.626915 0.000 0.448 0.552
#> SRR663038 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR662162 1 0.3551 0.825257 0.868 0.000 0.132
#> SRR1374567 1 0.0000 0.814850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR2170135 1 0.4974 0.813922 0.764 0.000 0.236
#> SRR615551 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 1 0.1031 0.809112 0.976 0.000 0.024
#> SRR662954 3 0.4235 0.618163 0.000 0.176 0.824
#> SRR1375738 1 0.0237 0.814268 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356577 3 0.4702 0.331623 0.212 0.000 0.788
#> SRR1073119 1 0.4062 0.822908 0.836 0.000 0.164
#> SRR663549 1 0.0237 0.814268 0.996 0.000 0.004
#> SRR1478015 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0237 0.880019 0.000 0.996 0.004
#> SRR811866 1 0.4291 0.821319 0.820 0.000 0.180
#> SRR1401101 2 0.0237 0.880579 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477797 3 0.5706 0.634567 0.000 0.320 0.680
#> SRR1402986 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1419869 1 0.0237 0.814033 0.996 0.000 0.004
#> SRR1490700 3 0.4346 0.335446 0.184 0.000 0.816
#> SRR601723 3 0.7248 0.616427 0.028 0.436 0.536
#> SRR1384115 2 0.7164 -0.071990 0.024 0.524 0.452
#> SRR1476927 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.0237 0.814268 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322595 1 0.6154 0.720169 0.592 0.000 0.408
#> SRR1370423 1 0.4277 0.686119 0.852 0.132 0.016
#> SRR1314976 3 0.6765 0.461163 0.208 0.068 0.724
#> SRR1319560 3 0.6309 0.524763 0.000 0.496 0.504
#> SRR1352683 1 0.5621 0.410562 0.692 0.000 0.308
#> SRR1473800 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1326384 3 0.6305 -0.095376 0.484 0.000 0.516
#> SRR1360807 3 0.6632 0.648534 0.012 0.392 0.596
#> SRR1332544 1 0.4291 0.731444 0.820 0.000 0.180
#> SRR598695 1 0.5098 0.811241 0.752 0.000 0.248
#> SRR807824 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR809296 1 0.0747 0.811258 0.984 0.000 0.016
#> SRR657927 1 0.0237 0.814268 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440682 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR1404293 1 0.5291 0.804541 0.732 0.000 0.268
#> SRR1473340 1 0.0892 0.818217 0.980 0.000 0.020
#> SRR1345563 1 0.6204 0.720754 0.576 0.000 0.424
#> SRR1323382 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 1 0.5785 0.388192 0.668 0.000 0.332
#> SRR1321808 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.5327 0.355321 0.000 0.728 0.272
#> SRR1433027 2 0.0747 0.867339 0.000 0.984 0.016
#> SRR662257 3 0.6008 0.639519 0.000 0.372 0.628
#> SRR600417 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR812493 3 0.5291 0.623199 0.000 0.268 0.732
#> SRR612743 1 0.0747 0.816702 0.984 0.000 0.016
#> SRR1361345 3 0.5733 -0.023000 0.324 0.000 0.676
#> SRR600584 2 0.4974 0.463910 0.000 0.764 0.236
#> SRR1310520 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR1395595 1 0.4235 0.725629 0.824 0.000 0.176
#> SRR1334074 2 0.7104 0.245360 0.032 0.608 0.360
#> SRR654838 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.6215 0.720357 0.572 0.000 0.428
#> SRR1433841 2 0.7126 0.417983 0.116 0.720 0.164
#> SRR1366837 1 0.0747 0.816702 0.984 0.000 0.016
#> SRR1467479 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.6204 0.720754 0.576 0.000 0.424
#> SRR1471050 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0237 0.879968 0.000 0.996 0.004
#> SRR814703 2 0.0237 0.880579 0.000 0.996 0.004
#> SRR661937 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR614359 1 0.2537 0.824166 0.920 0.000 0.080
#> SRR1071568 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 1 0.0424 0.812966 0.992 0.000 0.008
#> SRR1337624 2 0.2448 0.794504 0.000 0.924 0.076
#> SRR1344400 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0237 0.880579 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098998 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1481279 1 0.2356 0.823639 0.928 0.000 0.072
#> SRR1315103 3 0.5098 -0.059458 0.248 0.000 0.752
#> SRR1099286 1 0.3619 0.824435 0.864 0.000 0.136
#> SRR2166570 3 0.8345 0.478889 0.344 0.096 0.560
#> SRR601445 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1439719 2 0.0237 0.880035 0.000 0.996 0.004
#> SRR1377026 2 0.4452 0.586672 0.000 0.808 0.192
#> SRR1327386 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR654826 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 3 0.6244 0.634639 0.000 0.440 0.560
#> SRR1469345 1 0.1163 0.810891 0.972 0.000 0.028
#> SRR1421462 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 1 0.4235 0.725629 0.824 0.000 0.176
#> SRR1339175 1 0.4654 0.819054 0.792 0.000 0.208
#> SRR1447736 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0237 0.880579 0.000 0.996 0.004
#> SRR660800 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.4291 0.655616 0.000 0.820 0.180
#> SRR1342023 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1335670 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1400955 2 0.0237 0.880579 0.000 0.996 0.004
#> SRR1072150 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1364658 1 0.0592 0.817177 0.988 0.000 0.012
#> SRR1098074 2 0.5905 0.589064 0.044 0.772 0.184
#> SRR1442778 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1086728 1 0.9007 0.290779 0.552 0.268 0.180
#> SRR627464 3 0.8814 0.522586 0.140 0.312 0.548
#> SRR1409193 3 0.5678 0.000057 0.316 0.000 0.684
#> SRR2168286 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR615539 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 1 0.0592 0.812011 0.988 0.000 0.012
#> SRR1471989 1 0.4291 0.722284 0.820 0.000 0.180
#> SRR1468828 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381934 1 0.0237 0.814268 0.996 0.000 0.004
#> SRR1471098 1 0.0424 0.812966 0.992 0.000 0.008
#> SRR1314749 1 0.0237 0.814268 0.996 0.000 0.004
#> SRR2166874 3 0.5465 0.627208 0.000 0.288 0.712
#> SRR821302 1 0.1031 0.818723 0.976 0.000 0.024
#> SRR1435066 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.3120 0.779682 0.012 0.908 0.080
#> SRR1419784 1 0.4399 0.718119 0.812 0.000 0.188
#> SRR1357233 3 0.5254 0.621241 0.000 0.264 0.736
#> SRR1441889 1 0.4796 0.816905 0.780 0.000 0.220
#> SRR1413940 1 0.6244 0.706374 0.560 0.000 0.440
#> SRR1324250 2 0.6062 -0.128274 0.000 0.616 0.384
#> SRR1442862 2 0.2878 0.772924 0.000 0.904 0.096
#> SRR662474 2 0.6307 -0.490465 0.000 0.512 0.488
#> SRR1416226 1 0.0424 0.813282 0.992 0.000 0.008
#> SRR1417404 3 0.6057 0.433430 0.196 0.044 0.760
#> SRR665466 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 1 0.0424 0.812966 0.992 0.000 0.008
#> SRR1460025 2 0.6252 -0.360776 0.000 0.556 0.444
#> SRR1408136 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1489995 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.0237 0.814268 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488429 1 0.4235 0.725629 0.824 0.000 0.176
#> SRR1087559 3 0.8441 0.266905 0.248 0.144 0.608
#> SRR817004 1 0.9479 0.453288 0.460 0.192 0.348
#> SRR1429660 2 0.2537 0.793689 0.000 0.920 0.080
#> SRR604390 3 0.5254 0.419230 0.264 0.000 0.736
#> SRR614936 2 0.3192 0.734276 0.000 0.888 0.112
#> SRR1365938 2 0.9045 0.086187 0.208 0.556 0.236
#> SRR1437324 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR613414 3 0.6244 0.634639 0.000 0.440 0.560
#> SRR660414 3 0.7905 0.421025 0.376 0.064 0.560
#> SRR1452185 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1347020 1 0.0237 0.814268 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398036 3 0.6244 0.634639 0.000 0.440 0.560
#> SRR1436674 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR603750 1 0.0424 0.813282 0.992 0.000 0.008
#> SRR608630 3 0.4796 0.634482 0.000 0.220 0.780
#> SRR655625 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR599059 2 0.3213 0.754004 0.092 0.900 0.008
#> SRR615189 2 0.6252 -0.369903 0.000 0.556 0.444
#> SRR1466889 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084602 3 0.6632 0.648534 0.012 0.392 0.596
#> SRR1335422 1 0.4974 0.813922 0.764 0.000 0.236
#> SRR1356805 2 0.0237 0.880579 0.000 0.996 0.004
#> SRR1385300 1 0.3551 0.757043 0.868 0.000 0.132
#> SRR654814 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR658385 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR820596 1 0.1411 0.819352 0.964 0.000 0.036
#> SRR1318118 1 0.4974 0.814205 0.764 0.000 0.236
#> SRR1480766 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.5016 0.813477 0.760 0.000 0.240
#> SRR1341833 2 0.0237 0.880579 0.000 0.996 0.004
#> SRR1441826 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR1448051 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1326752 1 0.1031 0.809112 0.976 0.000 0.024
#> SRR665217 1 0.1163 0.808205 0.972 0.000 0.028
#> SRR819186 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 1 0.1031 0.809112 0.976 0.000 0.024
#> SRR607166 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR809065 3 0.6286 0.597334 0.000 0.464 0.536
#> SRR1415872 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415463 1 0.0592 0.812011 0.988 0.000 0.012
#> SRR1381161 3 0.5650 0.633456 0.000 0.312 0.688
#> SRR1442231 3 0.4931 0.606227 0.000 0.232 0.768
#> SRR1374696 1 0.6235 0.617832 0.564 0.000 0.436
#> SRR1451988 1 0.6600 0.227215 0.604 0.384 0.012
#> SRR660555 1 0.5098 0.811241 0.752 0.000 0.248
#> SRR657801 1 0.4974 0.813922 0.764 0.000 0.236
#> SRR663344 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.5536 0.532513 0.752 0.236 0.012
#> SRR656886 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498337 3 0.5650 0.633456 0.000 0.312 0.688
#> SRR613066 1 0.4235 0.725629 0.824 0.000 0.176
#> SRR1309490 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR602492 3 0.6244 0.634639 0.000 0.440 0.560
#> SRR1447347 1 0.0747 0.817266 0.984 0.000 0.016
#> SRR1475546 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 3 0.8361 0.623251 0.092 0.364 0.544
#> SRR1434332 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 2 0.6274 -0.379964 0.000 0.544 0.456
#> SRR1345936 3 0.5731 0.618114 0.020 0.228 0.752
#> SRR665658 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.4974 0.463910 0.000 0.764 0.236
#> SRR657880 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 3 0.6309 0.524763 0.000 0.496 0.504
#> SRR660981 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.5098 0.811241 0.752 0.000 0.248
#> SRR819658 2 0.0237 0.880579 0.000 0.996 0.004
#> SRR1376316 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1323723 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.5216 0.808550 0.740 0.000 0.260
#> SRR1403478 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 1 0.0592 0.812011 0.988 0.000 0.012
#> SRR1352391 3 0.2066 0.461694 0.060 0.000 0.940
#> SRR1498813 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR627437 3 0.8410 0.622892 0.096 0.360 0.544
#> SRR2185097 1 0.5058 0.812175 0.756 0.000 0.244
#> SRR817166 3 0.6252 0.034682 0.444 0.000 0.556
#> SRR1091670 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 1 0.3941 0.823515 0.844 0.000 0.156
#> SRR1479640 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.814850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 1 0.4399 0.726702 0.812 0.000 0.188
#> SRR1359609 1 0.6192 0.724115 0.580 0.000 0.420
#> SRR601925 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR608542 3 0.6244 0.634639 0.000 0.440 0.560
#> SRR655064 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR1432430 1 0.0424 0.813282 0.992 0.000 0.008
#> SRR808472 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR1414958 1 0.4235 0.725629 0.824 0.000 0.176
#> SRR598484 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 1 0.0237 0.814268 0.996 0.000 0.004
#> SRR1365808 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1391724 1 0.6489 -0.026615 0.540 0.004 0.456
#> SRR1322373 1 0.0424 0.812966 0.992 0.000 0.008
#> SRR1489265 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.4062 0.823099 0.836 0.000 0.164
#> SRR612887 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR809807 2 0.8907 0.248779 0.248 0.568 0.184
#> SRR663112 2 0.8098 0.331578 0.216 0.644 0.140
#> SRR1346933 3 0.2663 0.503928 0.024 0.044 0.932
#> SRR1487910 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR603092 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR1417680 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.5098 0.811446 0.752 0.000 0.248
#> SRR1070015 2 0.4291 0.655616 0.000 0.820 0.180
#> SRR1466222 2 0.5493 0.514659 0.232 0.756 0.012
#> SRR1416119 1 0.4178 0.728799 0.828 0.000 0.172
#> SRR819318 1 0.5058 0.812413 0.756 0.000 0.244
#> SRR608288 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0424 0.876050 0.000 0.992 0.008
#> SRR613138 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 1 0.0237 0.814268 0.996 0.000 0.004
#> SRR607839 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1337031 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR601311 3 0.6244 0.634639 0.000 0.440 0.560
#> SRR1406685 3 0.6260 0.626915 0.000 0.448 0.552
#> SRR1467500 3 0.6260 0.626915 0.000 0.448 0.552
#> SRR1308504 1 0.5098 0.811241 0.752 0.000 0.248
#> SRR1312865 1 0.4291 0.724528 0.820 0.000 0.180
#> SRR1312522 1 0.4062 0.734867 0.836 0.000 0.164
#> SRR1490486 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.0424 0.812966 0.992 0.000 0.008
#> SRR1472885 1 0.5098 0.811241 0.752 0.000 0.248
#> SRR1098785 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 3 0.6252 0.633120 0.000 0.444 0.556
#> SRR1102804 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.0592 0.816032 0.988 0.000 0.012
#> SRR1347795 1 0.4346 0.728173 0.816 0.000 0.184
#> SRR601900 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330989 3 0.6260 0.626915 0.000 0.448 0.552
#> SRR658445 2 0.4521 0.650111 0.004 0.816 0.180
#> SRR1368754 1 0.4062 0.736933 0.836 0.000 0.164
#> SRR1460001 2 0.0000 0.883717 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.5178 0.808847 0.744 0.000 0.256
#> SRR1326249 1 0.1031 0.809112 0.976 0.000 0.024
#> SRR614948 1 0.6192 0.724115 0.580 0.000 0.420
#> SRR1472952 1 0.0424 0.812966 0.992 0.000 0.008
#> SRR1321528 1 0.5216 0.808550 0.740 0.000 0.260
#> SRR627447 1 0.0424 0.813282 0.992 0.000 0.008
#> SRR612239 3 0.7890 0.647377 0.064 0.372 0.564
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR603858 4 0.5680 0.5160 0.280 0.016 0.028 0.676
#> SRR817070 2 0.5097 0.0413 0.000 0.568 0.004 0.428
#> SRR1486995 3 0.4356 0.7519 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR659037 4 0.4382 0.5685 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR662031 1 0.0707 0.8333 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1081283 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1481036 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1434009 2 0.3978 0.7849 0.000 0.836 0.056 0.108
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.6221 0.5154 0.000 0.644 0.100 0.256
#> SRR665429 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1388025 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR600784 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR657611 1 0.0657 0.8344 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1333659 2 0.5551 0.6554 0.000 0.728 0.160 0.112
#> SRR1323896 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1453971 3 0.4353 0.5693 0.232 0.000 0.756 0.012
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.1356 0.6618 0.032 0.000 0.960 0.008
#> SRR1309468 1 0.0469 0.8355 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1468637 4 0.7741 0.1862 0.264 0.000 0.296 0.440
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR607863 2 0.0672 0.9265 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1475524 1 0.5036 0.5687 0.696 0.000 0.280 0.024
#> SRR1405504 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.5203 0.5367 0.000 0.348 0.016 0.636
#> SRR601477 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0188 0.9301 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362713 1 0.4535 0.4985 0.704 0.000 0.004 0.292
#> SRR1431385 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.2142 0.6431 0.016 0.000 0.928 0.056
#> SRR1357210 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.5105 0.4244 0.000 0.432 0.004 0.564
#> SRR663573 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR603188 2 0.1109 0.9120 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.8245 0.2207 0.468 0.036 0.172 0.324
#> SRR1367654 2 0.2480 0.8549 0.000 0.904 0.008 0.088
#> SRR1488410 1 0.5182 0.5642 0.684 0.000 0.288 0.028
#> SRR1457750 1 0.6712 0.2558 0.576 0.084 0.008 0.332
#> SRR1099546 3 0.4543 0.7428 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1409813 2 0.4786 0.7301 0.000 0.788 0.104 0.108
#> SRR612791 1 0.1716 0.7929 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1470580 2 0.5161 0.2843 0.000 0.592 0.400 0.008
#> SRR1444063 2 0.5126 0.1882 0.444 0.552 0.004 0.000
#> SRR1355578 1 0.1635 0.8099 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.5894 0.6048 0.000 0.692 0.200 0.108
#> SRR814244 4 0.7906 -0.0616 0.348 0.000 0.300 0.352
#> SRR1404123 4 0.5126 0.3856 0.000 0.444 0.004 0.552
#> SRR656934 3 0.5088 0.7472 0.288 0.000 0.688 0.024
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1443677 1 0.0188 0.8392 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406330 1 0.5036 0.5687 0.696 0.000 0.280 0.024
#> SRR1338124 3 0.5622 0.5525 0.020 0.256 0.696 0.028
#> SRR1391376 3 0.4632 0.7503 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR661842 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1395699 3 0.4431 0.7512 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1312209 1 0.0336 0.8379 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.2699 0.6358 0.028 0.000 0.904 0.068
#> SRR1414578 1 0.0188 0.8394 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603620 4 0.4360 0.7162 0.000 0.248 0.008 0.744
#> SRR604677 1 0.3945 0.5338 0.780 0.000 0.216 0.004
#> SRR603800 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.2149 0.8365 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR817488 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.2944 0.8390 0.000 0.128 0.004 0.868
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.1489 0.8991 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR615129 1 0.7047 0.2553 0.544 0.340 0.008 0.108
#> SRR607586 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0188 0.9301 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1411070 4 0.2888 0.8402 0.000 0.124 0.004 0.872
#> SRR663038 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1489416 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.3123 0.6504 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1374567 3 0.4632 0.7503 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR1434048 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2184865 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR2170135 1 0.0707 0.8307 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1370216 3 0.4382 0.7506 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR662954 4 0.1388 0.8074 0.012 0.028 0.000 0.960
#> SRR1375738 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1356577 4 0.3836 0.7081 0.168 0.000 0.016 0.816
#> SRR1073119 1 0.4594 0.3606 0.712 0.000 0.280 0.008
#> SRR663549 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1478015 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR600632 2 0.0376 0.9288 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR811866 1 0.4262 0.4697 0.756 0.000 0.236 0.008
#> SRR1401101 2 0.1109 0.9120 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1477797 4 0.1118 0.8114 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0188 0.8394 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419869 3 0.4522 0.7452 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1490700 4 0.5294 0.0966 0.484 0.000 0.008 0.508
#> SRR601723 4 0.4485 0.8042 0.000 0.152 0.052 0.796
#> SRR1384115 3 0.6844 0.2457 0.000 0.260 0.588 0.152
#> SRR1476927 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1387769 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1322595 3 0.6634 0.1312 0.312 0.000 0.580 0.108
#> SRR1370423 3 0.4687 0.7534 0.288 0.004 0.704 0.004
#> SRR1314976 4 0.3487 0.7766 0.092 0.020 0.016 0.872
#> SRR1319560 4 0.4360 0.7162 0.000 0.248 0.008 0.744
#> SRR1352683 3 0.5222 0.7447 0.280 0.000 0.688 0.032
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.2714 0.6133 0.004 0.000 0.884 0.112
#> SRR1360807 4 0.3051 0.8331 0.028 0.088 0.000 0.884
#> SRR1332544 3 0.2036 0.6524 0.032 0.000 0.936 0.032
#> SRR598695 1 0.0469 0.8355 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR807824 2 0.0188 0.9296 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR809296 3 0.4431 0.7503 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR657927 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1440682 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1454415 2 0.0376 0.9301 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1419131 4 0.2589 0.8420 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1404293 1 0.0336 0.8379 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473340 3 0.4961 0.5547 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1345563 1 0.5131 0.5655 0.692 0.000 0.280 0.028
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.5085 0.7461 0.260 0.000 0.708 0.032
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.5070 0.4559 0.000 0.416 0.004 0.580
#> SRR1433027 2 0.2773 0.8067 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR662257 4 0.2021 0.8088 0.000 0.040 0.024 0.936
#> SRR600417 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR812493 4 0.1151 0.7839 0.000 0.008 0.024 0.968
#> SRR612743 3 0.4857 0.7331 0.324 0.000 0.668 0.008
#> SRR1361345 1 0.4483 0.5110 0.712 0.000 0.004 0.284
#> SRR600584 2 0.5105 0.0239 0.000 0.564 0.004 0.432
#> SRR1310520 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1395595 3 0.2699 0.6358 0.028 0.000 0.904 0.068
#> SRR1334074 3 0.6953 -0.0771 0.000 0.412 0.476 0.112
#> SRR654838 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.5947 0.4992 0.628 0.000 0.312 0.060
#> SRR1433841 2 0.4872 0.4237 0.356 0.640 0.004 0.000
#> SRR1366837 3 0.4877 0.7309 0.328 0.000 0.664 0.008
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.5131 0.5655 0.692 0.000 0.280 0.028
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.1151 0.9135 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR814703 2 0.0779 0.9209 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR661937 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR614359 1 0.4250 0.3879 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.4543 0.7428 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1337624 2 0.4188 0.6098 0.000 0.752 0.004 0.244
#> SRR1344400 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.1398 0.9026 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.4304 0.3788 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1315103 1 0.5839 0.5249 0.648 0.000 0.292 0.060
#> SRR1099286 1 0.5105 -0.1805 0.564 0.000 0.432 0.004
#> SRR2166570 4 0.4750 0.7128 0.052 0.016 0.128 0.804
#> SRR601445 1 0.0336 0.8379 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1439719 2 0.2466 0.8318 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1377026 4 0.5229 0.3986 0.000 0.428 0.008 0.564
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1460433 4 0.2408 0.8402 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1469345 3 0.3801 0.7312 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.2489 0.6368 0.020 0.000 0.912 0.068
#> SRR1339175 1 0.1716 0.7929 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.1209 0.9087 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR660800 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.6607 0.4531 0.000 0.592 0.296 0.112
#> SRR1342023 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0188 0.8393 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400955 2 0.1109 0.9120 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.4916 0.6020 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1098074 3 0.6957 -0.0919 0.000 0.416 0.472 0.112
#> SRR1442778 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.2790 0.6270 0.012 0.012 0.904 0.072
#> SRR627464 4 0.8194 0.4926 0.268 0.136 0.064 0.532
#> SRR1409193 1 0.2401 0.7677 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR2168286 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR615539 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR663623 3 0.4697 0.7523 0.296 0.000 0.696 0.008
#> SRR1471989 3 0.2984 0.6261 0.028 0.000 0.888 0.084
#> SRR1468828 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1381934 3 0.4792 0.7471 0.312 0.000 0.680 0.008
#> SRR1471098 3 0.4543 0.7428 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1314749 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR2166874 4 0.1388 0.7853 0.000 0.012 0.028 0.960
#> SRR821302 3 0.4981 0.5205 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1435066 2 0.0376 0.9284 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR661601 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.3803 0.7666 0.000 0.836 0.132 0.032
#> SRR1419784 3 0.2928 0.6096 0.012 0.000 0.880 0.108
#> SRR1357233 4 0.4673 0.5752 0.000 0.008 0.292 0.700
#> SRR1441889 1 0.1118 0.8192 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1413940 1 0.5131 0.5655 0.692 0.000 0.280 0.028
#> SRR1324250 4 0.4877 0.4840 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1442862 2 0.4477 0.7540 0.000 0.808 0.084 0.108
#> SRR662474 4 0.2944 0.8390 0.000 0.128 0.004 0.868
#> SRR1416226 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1417404 4 0.3093 0.7652 0.092 0.004 0.020 0.884
#> SRR665466 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR658849 3 0.4543 0.7428 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1460025 4 0.4713 0.5809 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1408136 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1374092 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1488429 3 0.2466 0.6415 0.028 0.000 0.916 0.056
#> SRR1087559 1 0.7120 0.2492 0.560 0.112 0.012 0.316
#> SRR817004 3 0.7582 -0.0546 0.364 0.036 0.508 0.092
#> SRR1429660 2 0.3266 0.8184 0.000 0.868 0.024 0.108
#> SRR604390 3 0.2530 0.6339 0.004 0.000 0.896 0.100
#> SRR614936 2 0.3583 0.7108 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1365938 1 0.6562 0.2177 0.532 0.400 0.008 0.060
#> SRR1437324 1 0.0188 0.8394 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR613414 4 0.2149 0.8365 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR660414 4 0.4764 0.6933 0.060 0.008 0.136 0.796
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1398036 4 0.2216 0.8376 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1436674 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR608630 4 0.2670 0.8085 0.052 0.040 0.000 0.908
#> SRR655625 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR599059 2 0.5163 0.0247 0.000 0.516 0.480 0.004
#> SRR615189 4 0.4746 0.6693 0.000 0.304 0.008 0.688
#> SRR1466889 2 0.0376 0.9284 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1084602 4 0.2984 0.8316 0.028 0.084 0.000 0.888
#> SRR1335422 1 0.0817 0.8284 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1356805 2 0.1209 0.9087 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1385300 3 0.1302 0.6735 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0376 0.9284 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR820596 3 0.5172 0.6249 0.404 0.000 0.588 0.008
#> SRR1318118 1 0.2412 0.7714 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR1480766 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1406539 1 0.1902 0.7986 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1341833 2 0.1109 0.9120 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1441826 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1448051 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.4356 0.7519 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR665217 3 0.4428 0.7534 0.276 0.000 0.720 0.004
#> SRR819186 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.4356 0.7519 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809065 4 0.3626 0.8057 0.000 0.184 0.004 0.812
#> SRR1415872 2 0.0524 0.9261 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1415463 3 0.4608 0.7508 0.304 0.000 0.692 0.004
#> SRR1381161 4 0.1388 0.7853 0.000 0.012 0.028 0.960
#> SRR1442231 4 0.5993 0.6127 0.248 0.076 0.004 0.672
#> SRR1374696 1 0.1042 0.8295 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1451988 3 0.6033 0.6692 0.160 0.136 0.700 0.004
#> SRR660555 1 0.0469 0.8355 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR657801 1 0.1022 0.8262 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR663344 2 0.0188 0.9301 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472462 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1406176 3 0.6549 0.5836 0.128 0.228 0.640 0.004
#> SRR656886 2 0.0336 0.9270 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1498337 4 0.1118 0.8114 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR613066 3 0.2623 0.6371 0.028 0.000 0.908 0.064
#> SRR1309490 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.2216 0.8376 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1447347 3 0.5085 0.6564 0.376 0.000 0.616 0.008
#> SRR1475546 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR627459 4 0.5006 0.7550 0.000 0.104 0.124 0.772
#> SRR1434332 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1070358 4 0.4567 0.6988 0.000 0.244 0.016 0.740
#> SRR1345936 4 0.4647 0.5812 0.000 0.008 0.288 0.704
#> SRR665658 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1321351 2 0.5097 0.0413 0.000 0.568 0.004 0.428
#> SRR657880 2 0.0188 0.9301 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1373903 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR657396 4 0.4360 0.7162 0.000 0.248 0.008 0.744
#> SRR660981 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR818499 1 0.0469 0.8355 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR819658 2 0.1109 0.9120 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1376316 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0336 0.8379 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1403478 2 0.0376 0.9284 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1095695 3 0.4608 0.7508 0.304 0.000 0.692 0.004
#> SRR1352391 4 0.2408 0.7778 0.044 0.000 0.036 0.920
#> SRR1498813 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR627437 4 0.4982 0.7450 0.000 0.092 0.136 0.772
#> SRR2185097 1 0.0817 0.8308 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR817166 3 0.2401 0.6240 0.004 0.000 0.904 0.092
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.4836 0.2597 0.672 0.000 0.320 0.008
#> SRR1479640 2 0.0376 0.9288 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR660152 3 0.4543 0.7428 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1392502 3 0.3266 0.6192 0.040 0.000 0.876 0.084
#> SRR1359609 1 0.5131 0.5655 0.692 0.000 0.280 0.028
#> SRR601925 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR608542 4 0.2266 0.8352 0.000 0.084 0.004 0.912
#> SRR655064 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1432430 3 0.4608 0.7508 0.304 0.000 0.692 0.004
#> SRR808472 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1414958 3 0.2915 0.6285 0.028 0.000 0.892 0.080
#> SRR598484 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612755 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.7026 0.2652 0.180 0.000 0.248 0.572
#> SRR1322373 3 0.4543 0.7428 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0376 0.9284 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR607279 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.4957 0.2919 0.668 0.000 0.320 0.012
#> SRR612887 2 0.1256 0.9129 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR809807 3 0.3266 0.5967 0.000 0.024 0.868 0.108
#> SRR663112 3 0.5892 0.4561 0.004 0.324 0.628 0.044
#> SRR1346933 4 0.7606 0.2527 0.248 0.000 0.276 0.476
#> SRR1487910 1 0.0336 0.8379 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR603092 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1417680 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1383785 1 0.0817 0.8289 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1070015 2 0.6607 0.4531 0.000 0.592 0.296 0.112
#> SRR1466222 3 0.4872 0.4261 0.000 0.356 0.640 0.004
#> SRR1416119 3 0.1209 0.6632 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR819318 1 0.1398 0.8175 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR608288 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0524 0.9269 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR613138 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR810483 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR607839 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.1940 0.8327 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1406685 4 0.2704 0.8409 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1467500 4 0.2888 0.8402 0.000 0.124 0.004 0.872
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.2142 0.6431 0.016 0.000 0.928 0.056
#> SRR1312522 3 0.0817 0.6651 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.4632 0.7503 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0895 0.9158 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1084766 4 0.2647 0.8423 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1102804 2 0.0188 0.9309 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1336636 3 0.4814 0.7411 0.316 0.000 0.676 0.008
#> SRR1347795 3 0.2699 0.6351 0.028 0.000 0.904 0.068
#> SRR601900 2 0.0376 0.9284 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1330989 4 0.2704 0.8409 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR658445 2 0.6607 0.4531 0.000 0.592 0.296 0.112
#> SRR1368754 3 0.1256 0.6689 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8405 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.4356 0.7519 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR614948 1 0.5131 0.5655 0.692 0.000 0.280 0.028
#> SRR1472952 3 0.4608 0.7519 0.304 0.000 0.692 0.004
#> SRR1321528 1 0.0779 0.8322 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR627447 3 0.4746 0.7502 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR612239 4 0.3057 0.8252 0.012 0.068 0.024 0.896
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.3039 0.7694 0.152 0.000 0.836 0.000 0.012
#> SRR603858 4 0.7590 0.4337 0.148 0.004 0.176 0.532 0.140
#> SRR817070 2 0.5861 0.4099 0.000 0.600 0.036 0.312 0.052
#> SRR1486995 3 0.4747 0.7185 0.128 0.000 0.744 0.004 0.124
#> SRR813043 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.1059 0.9051 0.000 0.968 0.008 0.004 0.020
#> SRR659037 5 0.4400 0.3941 0.000 0.000 0.020 0.308 0.672
#> SRR662031 1 0.0963 0.8204 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0880 0.8304 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1481036 3 0.2921 0.7624 0.124 0.000 0.856 0.000 0.020
#> SRR1434009 2 0.4609 0.5730 0.000 0.704 0.020 0.016 0.260
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.6194 0.0340 0.000 0.488 0.052 0.040 0.420
#> SRR665429 2 0.1893 0.8965 0.000 0.928 0.024 0.000 0.048
#> SRR1388025 4 0.0880 0.8304 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR600784 3 0.2763 0.7678 0.148 0.000 0.848 0.004 0.000
#> SRR657611 1 0.1502 0.8082 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR1333659 5 0.5340 0.0696 0.000 0.460 0.024 0.016 0.500
#> SRR1323896 2 0.1661 0.9002 0.000 0.940 0.024 0.000 0.036
#> SRR1453971 3 0.5915 -0.1271 0.088 0.000 0.476 0.004 0.432
#> SRR1421010 1 0.0162 0.8323 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334490 3 0.4645 0.0943 0.008 0.000 0.564 0.004 0.424
#> SRR1309468 1 0.0566 0.8293 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1468637 5 0.3796 0.5550 0.076 0.000 0.004 0.100 0.820
#> SRR1365489 2 0.1403 0.9034 0.000 0.952 0.024 0.000 0.024
#> SRR627445 3 0.2805 0.7523 0.108 0.000 0.872 0.008 0.012
#> SRR607863 2 0.2291 0.8888 0.000 0.916 0.024 0.012 0.048
#> SRR1475524 1 0.4570 0.4518 0.648 0.000 0.016 0.004 0.332
#> SRR1405504 2 0.1661 0.9002 0.000 0.940 0.024 0.000 0.036
#> SRR615695 1 0.0671 0.8286 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR600900 4 0.7689 0.3146 0.000 0.244 0.080 0.456 0.220
#> SRR601477 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.1278 0.8967 0.000 0.960 0.016 0.004 0.020
#> SRR1362713 1 0.5837 0.5482 0.644 0.000 0.016 0.216 0.124
#> SRR1431385 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1102079 5 0.4450 0.3119 0.000 0.000 0.488 0.004 0.508
#> SRR1357210 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.6216 0.3251 0.000 0.564 0.032 0.324 0.080
#> SRR663573 4 0.1386 0.8286 0.000 0.032 0.016 0.952 0.000
#> SRR603188 2 0.3174 0.8625 0.000 0.868 0.036 0.016 0.080
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 3 0.7837 0.2338 0.208 0.032 0.524 0.072 0.164
#> SRR1367654 2 0.3554 0.7739 0.000 0.828 0.020 0.016 0.136
#> SRR1488410 1 0.4969 0.2619 0.508 0.000 0.020 0.004 0.468
#> SRR1457750 1 0.7803 0.4565 0.560 0.060 0.068 0.160 0.152
#> SRR1099546 3 0.5332 0.6786 0.268 0.000 0.648 0.004 0.080
#> SRR604480 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.1750 0.9004 0.000 0.936 0.028 0.000 0.036
#> SRR1409813 2 0.5144 0.2747 0.000 0.580 0.020 0.016 0.384
#> SRR612791 1 0.2964 0.6976 0.840 0.000 0.152 0.004 0.004
#> SRR1470580 3 0.5411 0.1229 0.000 0.368 0.572 0.004 0.056
#> SRR1444063 2 0.7127 0.1033 0.332 0.480 0.056 0.000 0.132
#> SRR1355578 1 0.3491 0.7599 0.844 0.000 0.020 0.028 0.108
#> SRR1429203 1 0.0162 0.8323 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR599154 5 0.5413 0.1257 0.000 0.460 0.028 0.016 0.496
#> SRR814244 5 0.3780 0.5801 0.100 0.000 0.012 0.060 0.828
#> SRR1404123 4 0.5933 0.1734 0.000 0.432 0.024 0.492 0.052
#> SRR656934 3 0.3080 0.7555 0.124 0.000 0.852 0.004 0.020
#> SRR1339029 2 0.1661 0.9015 0.000 0.940 0.024 0.000 0.036
#> SRR821525 4 0.0880 0.8304 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1443677 1 0.0451 0.8303 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1406330 1 0.4348 0.4858 0.668 0.000 0.016 0.000 0.316
#> SRR1338124 3 0.4115 0.6447 0.012 0.052 0.832 0.036 0.068
#> SRR1391376 3 0.4106 0.7595 0.136 0.000 0.792 0.004 0.068
#> SRR661842 4 0.0992 0.8288 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> SRR1395699 3 0.5018 0.7137 0.164 0.000 0.716 0.004 0.116
#> SRR1312209 1 0.0992 0.8258 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 5 0.4238 0.4851 0.000 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR1414578 1 0.0290 0.8314 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR603620 4 0.5685 0.6363 0.000 0.076 0.032 0.664 0.228
#> SRR604677 1 0.4341 0.2755 0.628 0.000 0.364 0.000 0.008
#> SRR603800 2 0.1310 0.9034 0.000 0.956 0.020 0.000 0.024
#> SRR602058 4 0.1117 0.8212 0.000 0.016 0.000 0.964 0.020
#> SRR817488 2 0.1310 0.9040 0.000 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR655601 4 0.2993 0.7953 0.000 0.048 0.024 0.884 0.044
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.2861 0.8384 0.000 0.884 0.024 0.016 0.076
#> SRR615129 1 0.7847 0.2072 0.444 0.324 0.056 0.024 0.152
#> SRR607586 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0727 0.9022 0.000 0.980 0.012 0.004 0.004
#> SRR1411070 4 0.1168 0.8296 0.000 0.032 0.000 0.960 0.008
#> SRR663038 2 0.1893 0.8965 0.000 0.928 0.024 0.000 0.048
#> SRR1489416 2 0.2053 0.8951 0.000 0.924 0.024 0.004 0.048
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.2170 0.7680 0.904 0.000 0.088 0.004 0.004
#> SRR1374567 3 0.3535 0.7689 0.164 0.000 0.808 0.000 0.028
#> SRR1434048 2 0.0566 0.9077 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2184865 4 0.1329 0.8298 0.000 0.032 0.004 0.956 0.008
#> SRR2170135 1 0.0671 0.8280 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR615551 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.2054 0.8958 0.000 0.920 0.028 0.000 0.052
#> SRR1370216 3 0.4994 0.7088 0.152 0.000 0.720 0.004 0.124
#> SRR662954 4 0.3081 0.7382 0.000 0.000 0.012 0.832 0.156
#> SRR1375738 3 0.2929 0.7670 0.152 0.000 0.840 0.000 0.008
#> SRR1356577 4 0.3111 0.7263 0.144 0.000 0.012 0.840 0.004
#> SRR1073119 1 0.4383 0.0725 0.572 0.000 0.424 0.000 0.004
#> SRR663549 3 0.2806 0.7670 0.152 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR1478015 2 0.1661 0.9002 0.000 0.940 0.024 0.000 0.036
#> SRR600632 2 0.2291 0.8917 0.000 0.916 0.024 0.012 0.048
#> SRR811866 1 0.4542 -0.0861 0.536 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR1401101 2 0.2445 0.8560 0.000 0.908 0.020 0.016 0.056
#> SRR1477797 4 0.0963 0.8107 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1402986 2 0.0162 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658897 1 0.2984 0.7668 0.856 0.000 0.016 0.004 0.124
#> SRR1419869 3 0.4785 0.7402 0.176 0.000 0.732 0.004 0.088
#> SRR1490700 1 0.7365 0.1649 0.456 0.000 0.072 0.336 0.136
#> SRR601723 4 0.6107 0.4814 0.000 0.036 0.332 0.568 0.064
#> SRR1384115 5 0.5257 0.6109 0.000 0.160 0.104 0.020 0.716
#> SRR1476927 2 0.2053 0.8951 0.000 0.924 0.024 0.004 0.048
#> SRR1387769 3 0.2929 0.7670 0.152 0.000 0.840 0.000 0.008
#> SRR1322595 5 0.3143 0.6079 0.068 0.000 0.044 0.016 0.872
#> SRR1370423 3 0.3485 0.7443 0.084 0.004 0.848 0.004 0.060
#> SRR1314976 4 0.2521 0.7869 0.068 0.000 0.024 0.900 0.008
#> SRR1319560 4 0.5685 0.6363 0.000 0.076 0.032 0.664 0.228
#> SRR1352683 3 0.3531 0.7327 0.100 0.000 0.844 0.016 0.040
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 5 0.4218 0.5622 0.000 0.000 0.332 0.008 0.660
#> SRR1360807 4 0.1209 0.8224 0.012 0.012 0.012 0.964 0.000
#> SRR1332544 5 0.4457 0.5341 0.012 0.000 0.328 0.004 0.656
#> SRR598695 1 0.1026 0.8236 0.968 0.000 0.024 0.004 0.004
#> SRR807824 2 0.0486 0.9052 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR809296 3 0.5018 0.7137 0.164 0.000 0.716 0.004 0.116
#> SRR657927 3 0.3039 0.7694 0.152 0.000 0.836 0.000 0.012
#> SRR1440682 2 0.1988 0.8975 0.000 0.928 0.016 0.008 0.048
#> SRR1454415 2 0.1547 0.9027 0.000 0.948 0.016 0.004 0.032
#> SRR1419131 4 0.0992 0.8288 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> SRR1404293 1 0.3031 0.7681 0.856 0.000 0.020 0.004 0.120
#> SRR1473340 3 0.5533 0.5549 0.372 0.000 0.560 0.004 0.064
#> SRR1345563 1 0.4940 0.3363 0.540 0.000 0.020 0.004 0.436
#> SRR1323382 2 0.0162 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480697 3 0.3213 0.7232 0.064 0.000 0.860 0.004 0.072
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.2795 0.8692 0.000 0.880 0.064 0.000 0.056
#> SRR1312558 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.5574 0.4961 0.000 0.312 0.024 0.616 0.048
#> SRR1433027 2 0.3404 0.8498 0.000 0.860 0.024 0.068 0.048
#> SRR662257 4 0.3441 0.7370 0.000 0.004 0.024 0.824 0.148
#> SRR600417 4 0.0880 0.8304 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR812493 4 0.1792 0.7902 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR612743 3 0.3211 0.7630 0.164 0.000 0.824 0.004 0.008
#> SRR1361345 1 0.5464 0.6048 0.692 0.000 0.016 0.168 0.124
#> SRR600584 2 0.5877 0.3997 0.000 0.596 0.036 0.316 0.052
#> SRR1310520 4 0.1041 0.8303 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> SRR1395595 5 0.4238 0.4874 0.000 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR1334074 5 0.5038 0.5799 0.000 0.244 0.048 0.016 0.692
#> SRR654838 2 0.0912 0.9067 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1376694 5 0.4571 0.3832 0.312 0.000 0.020 0.004 0.664
#> SRR1433841 2 0.6621 0.4707 0.192 0.604 0.056 0.000 0.148
#> SRR1366837 3 0.3053 0.7638 0.164 0.000 0.828 0.000 0.008
#> SRR1467479 2 0.0671 0.9078 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1459055 1 0.4922 0.3618 0.552 0.000 0.020 0.004 0.424
#> SRR1471050 2 0.0162 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603004 2 0.3333 0.8254 0.000 0.856 0.060 0.008 0.076
#> SRR814703 2 0.1885 0.8773 0.000 0.936 0.020 0.012 0.032
#> SRR661937 2 0.2679 0.8808 0.000 0.892 0.056 0.004 0.048
#> SRR614359 1 0.5231 0.2636 0.624 0.000 0.316 0.004 0.056
#> SRR1071568 2 0.1668 0.9011 0.000 0.940 0.032 0.000 0.028
#> SRR1389084 3 0.5147 0.7214 0.184 0.000 0.700 0.004 0.112
#> SRR1337624 2 0.5049 0.2506 0.000 0.560 0.004 0.408 0.028
#> SRR1344400 2 0.0510 0.9072 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1414290 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.2736 0.8460 0.000 0.892 0.024 0.016 0.068
#> SRR1098998 1 0.0162 0.8319 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.5338 0.2203 0.608 0.000 0.328 0.004 0.060
#> SRR1315103 5 0.4387 0.3604 0.272 0.000 0.016 0.008 0.704
#> SRR1099286 3 0.4249 0.6332 0.296 0.000 0.688 0.000 0.016
#> SRR2166570 3 0.5781 -0.0796 0.012 0.004 0.492 0.444 0.048
#> SRR601445 1 0.0290 0.8314 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.3404 0.8500 0.000 0.860 0.024 0.068 0.048
#> SRR1377026 4 0.5404 0.4694 0.000 0.328 0.016 0.612 0.044
#> SRR1327386 1 0.0451 0.8313 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR654826 2 0.1493 0.9030 0.000 0.948 0.024 0.000 0.028
#> SRR1460433 4 0.0771 0.8275 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR1469345 3 0.5384 0.5808 0.104 0.000 0.664 0.004 0.228
#> SRR1421462 2 0.1310 0.9040 0.000 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR662966 5 0.3796 0.5770 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1339175 1 0.2964 0.6976 0.840 0.000 0.152 0.004 0.004
#> SRR1447736 2 0.0162 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434671 2 0.2580 0.8495 0.000 0.900 0.020 0.016 0.064
#> SRR660800 2 0.0162 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465543 5 0.5033 0.5279 0.000 0.292 0.032 0.016 0.660
#> SRR1342023 1 0.0162 0.8322 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0451 0.8309 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1400955 2 0.2445 0.8560 0.000 0.908 0.020 0.016 0.056
#> SRR1072150 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0162 0.8319 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.5554 0.6186 0.328 0.000 0.592 0.004 0.076
#> SRR1098074 5 0.5490 0.6017 0.000 0.176 0.120 0.016 0.688
#> SRR1442778 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 5 0.4060 0.5053 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR627464 3 0.9035 -0.1105 0.120 0.060 0.376 0.256 0.188
#> SRR1409193 1 0.3628 0.7531 0.836 0.000 0.012 0.048 0.104
#> SRR2168286 4 0.1787 0.8273 0.000 0.032 0.012 0.940 0.016
#> SRR615539 2 0.2053 0.8951 0.000 0.924 0.024 0.004 0.048
#> SRR663623 3 0.2969 0.7680 0.128 0.000 0.852 0.000 0.020
#> SRR1471989 5 0.3857 0.5676 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1468828 2 0.2198 0.8939 0.000 0.920 0.020 0.012 0.048
#> SRR1381934 3 0.3563 0.7508 0.208 0.000 0.780 0.000 0.012
#> SRR1471098 3 0.4906 0.7337 0.184 0.000 0.720 0.004 0.092
#> SRR1314749 3 0.2929 0.7670 0.152 0.000 0.840 0.000 0.008
#> SRR2166874 4 0.4846 0.4841 0.000 0.000 0.028 0.588 0.384
#> SRR821302 3 0.4370 0.6386 0.332 0.000 0.656 0.004 0.008
#> SRR1435066 2 0.0833 0.9010 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR661601 2 0.0613 0.9024 0.000 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR1446546 2 0.5358 0.5278 0.000 0.660 0.252 0.008 0.080
#> SRR1419784 5 0.3750 0.6130 0.000 0.000 0.232 0.012 0.756
#> SRR1357233 5 0.4524 0.3317 0.000 0.000 0.020 0.336 0.644
#> SRR1441889 1 0.1768 0.7926 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR1413940 1 0.4922 0.3618 0.552 0.000 0.020 0.004 0.424
#> SRR1324250 4 0.6475 0.3752 0.000 0.352 0.064 0.528 0.056
#> SRR1442862 2 0.4769 0.5159 0.000 0.676 0.020 0.016 0.288
#> SRR662474 4 0.2625 0.8058 0.000 0.040 0.012 0.900 0.048
#> SRR1416226 3 0.2727 0.7580 0.116 0.000 0.868 0.000 0.016
#> SRR1417404 4 0.1949 0.8026 0.040 0.000 0.016 0.932 0.012
#> SRR665466 2 0.2291 0.8918 0.000 0.916 0.024 0.012 0.048
#> SRR658849 3 0.5147 0.7214 0.184 0.000 0.700 0.004 0.112
#> SRR1460025 4 0.6344 0.4719 0.000 0.296 0.064 0.580 0.060
#> SRR1408136 1 0.0162 0.8322 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0162 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374092 3 0.3141 0.7659 0.152 0.000 0.832 0.000 0.016
#> SRR1488429 5 0.4299 0.4409 0.000 0.000 0.388 0.004 0.608
#> SRR1087559 1 0.8339 0.3770 0.476 0.044 0.212 0.088 0.180
#> SRR817004 5 0.4411 0.5689 0.132 0.016 0.040 0.016 0.796
#> SRR1429660 2 0.3775 0.7559 0.000 0.812 0.024 0.016 0.148
#> SRR604390 3 0.4152 0.3242 0.000 0.000 0.692 0.012 0.296
#> SRR614936 2 0.4074 0.8128 0.000 0.820 0.036 0.092 0.052
#> SRR1365938 1 0.7491 0.1892 0.440 0.352 0.044 0.012 0.152
#> SRR1437324 1 0.0162 0.8322 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.1461 0.8229 0.000 0.016 0.004 0.952 0.028
#> SRR660414 3 0.5722 -0.0698 0.012 0.004 0.496 0.444 0.044
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.3001 0.7657 0.144 0.000 0.844 0.004 0.008
#> SRR1398036 4 0.1117 0.8212 0.000 0.016 0.000 0.964 0.020
#> SRR1436674 1 0.0162 0.8322 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.2805 0.7523 0.108 0.000 0.872 0.008 0.012
#> SRR608630 4 0.2630 0.7818 0.016 0.000 0.012 0.892 0.080
#> SRR655625 4 0.0880 0.8304 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR599059 2 0.5529 0.1664 0.000 0.512 0.420 0.000 0.068
#> SRR615189 4 0.7498 0.4949 0.000 0.200 0.112 0.520 0.168
#> SRR1466889 2 0.1299 0.8919 0.000 0.960 0.020 0.008 0.012
#> SRR1084602 4 0.1209 0.8224 0.012 0.012 0.012 0.964 0.000
#> SRR1335422 1 0.1430 0.8068 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1356805 2 0.2580 0.8498 0.000 0.900 0.020 0.016 0.064
#> SRR1385300 3 0.3521 0.5661 0.000 0.000 0.764 0.004 0.232
#> SRR654814 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0833 0.9010 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR820596 3 0.3548 0.7496 0.188 0.000 0.796 0.004 0.012
#> SRR1318118 1 0.4702 0.1194 0.552 0.000 0.432 0.000 0.016
#> SRR1480766 2 0.2053 0.8951 0.000 0.924 0.024 0.004 0.048
#> SRR1406539 1 0.3670 0.6907 0.796 0.000 0.180 0.004 0.020
#> SRR1341833 2 0.2580 0.8495 0.000 0.900 0.020 0.016 0.064
#> SRR1441826 4 0.0992 0.8288 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.4703 0.7194 0.124 0.000 0.748 0.004 0.124
#> SRR665217 3 0.3971 0.7064 0.068 0.000 0.804 0.004 0.124
#> SRR819186 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.4747 0.7185 0.128 0.000 0.744 0.004 0.124
#> SRR607166 2 0.1579 0.9023 0.000 0.944 0.032 0.000 0.024
#> SRR809065 4 0.4752 0.7238 0.000 0.112 0.056 0.776 0.056
#> SRR1415872 2 0.2178 0.8875 0.000 0.920 0.024 0.008 0.048
#> SRR1415463 3 0.3012 0.7672 0.124 0.000 0.852 0.000 0.024
#> SRR1381161 4 0.3106 0.7329 0.000 0.000 0.020 0.840 0.140
#> SRR1442231 4 0.6098 0.6119 0.136 0.028 0.016 0.676 0.144
#> SRR1374696 1 0.2932 0.7626 0.864 0.000 0.104 0.000 0.032
#> SRR1451988 3 0.2861 0.6965 0.032 0.036 0.892 0.000 0.040
#> SRR660555 1 0.1026 0.8236 0.968 0.000 0.024 0.004 0.004
#> SRR657801 1 0.2020 0.7798 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0932 0.8997 0.000 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR1472462 2 0.1893 0.8965 0.000 0.928 0.024 0.000 0.048
#> SRR1406176 3 0.4959 0.5849 0.040 0.144 0.752 0.000 0.064
#> SRR656886 2 0.2889 0.8541 0.000 0.872 0.084 0.000 0.044
#> SRR1498337 4 0.1043 0.8098 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR613066 5 0.4009 0.5626 0.004 0.000 0.312 0.000 0.684
#> SRR1309490 1 0.0162 0.8322 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0609 0.8274 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1447347 3 0.3734 0.7095 0.240 0.000 0.752 0.004 0.004
#> SRR1475546 2 0.0162 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR627459 4 0.6213 0.4396 0.000 0.032 0.356 0.540 0.072
#> SRR1434332 2 0.1124 0.9050 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1070358 4 0.5774 0.5846 0.000 0.156 0.024 0.672 0.148
#> SRR1345936 5 0.4354 0.2889 0.000 0.000 0.008 0.368 0.624
#> SRR665658 2 0.1582 0.9024 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028
#> SRR1321351 2 0.5861 0.4099 0.000 0.600 0.036 0.312 0.052
#> SRR657880 2 0.0833 0.9010 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR1373903 2 0.2142 0.8954 0.000 0.920 0.028 0.004 0.048
#> SRR657396 4 0.5738 0.6317 0.000 0.080 0.032 0.660 0.228
#> SRR660981 2 0.2053 0.8951 0.000 0.924 0.024 0.004 0.048
#> SRR818499 1 0.0566 0.8293 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR819658 2 0.2445 0.8560 0.000 0.908 0.020 0.016 0.056
#> SRR1376316 1 0.0162 0.8322 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.1124 0.8192 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1403478 2 0.0833 0.9010 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR1095695 3 0.4269 0.7565 0.140 0.000 0.780 0.004 0.076
#> SRR1352391 4 0.5980 0.5430 0.004 0.000 0.220 0.604 0.172
#> SRR1498813 4 0.0880 0.8304 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR627437 4 0.6171 0.4184 0.000 0.028 0.368 0.532 0.072
#> SRR2185097 1 0.0963 0.8204 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR817166 5 0.4227 0.4411 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1091670 2 0.1310 0.9041 0.000 0.956 0.020 0.000 0.024
#> SRR603776 3 0.5947 0.2642 0.388 0.000 0.512 0.004 0.096
#> SRR1479640 2 0.2291 0.8918 0.000 0.916 0.024 0.012 0.048
#> SRR660152 3 0.5243 0.7029 0.244 0.000 0.668 0.004 0.084
#> SRR1074769 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.1893 0.8965 0.000 0.928 0.024 0.000 0.048
#> SRR1392502 5 0.4170 0.5836 0.012 0.000 0.272 0.004 0.712
#> SRR1359609 1 0.4553 0.4635 0.652 0.000 0.016 0.004 0.328
#> SRR601925 2 0.1216 0.9041 0.000 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR2165182 2 0.1329 0.9043 0.000 0.956 0.008 0.004 0.032
#> SRR608542 4 0.2736 0.7877 0.000 0.016 0.024 0.892 0.068
#> SRR655064 4 0.1041 0.8303 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> SRR1432430 3 0.3193 0.7688 0.132 0.000 0.840 0.000 0.028
#> SRR808472 4 0.0880 0.8304 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1414958 5 0.3913 0.5547 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR598484 2 0.2278 0.8827 0.000 0.908 0.060 0.000 0.032
#> SRR612755 3 0.3039 0.7694 0.152 0.000 0.836 0.000 0.012
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.6312 0.1500 0.068 0.000 0.500 0.396 0.036
#> SRR1322373 3 0.5147 0.7214 0.184 0.000 0.700 0.004 0.112
#> SRR1489265 2 0.1310 0.9040 0.000 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR1359099 2 0.0833 0.9010 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR607279 2 0.1661 0.9002 0.000 0.940 0.024 0.000 0.036
#> SRR810461 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR627427 3 0.6235 0.3378 0.292 0.000 0.556 0.008 0.144
#> SRR612887 2 0.3661 0.8624 0.000 0.848 0.036 0.052 0.064
#> SRR809807 5 0.4391 0.6171 0.000 0.024 0.216 0.016 0.744
#> SRR663112 3 0.4629 0.5526 0.000 0.112 0.780 0.032 0.076
#> SRR1346933 5 0.4815 0.4998 0.088 0.000 0.020 0.136 0.756
#> SRR1487910 1 0.0579 0.8308 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR603092 4 0.0880 0.8304 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1417680 2 0.2053 0.8951 0.000 0.924 0.024 0.004 0.048
#> SRR1383785 1 0.1410 0.8056 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1070015 5 0.4996 0.5130 0.000 0.300 0.028 0.016 0.656
#> SRR1466222 3 0.3804 0.5467 0.000 0.132 0.812 0.004 0.052
#> SRR1416119 3 0.4664 0.0481 0.008 0.000 0.552 0.004 0.436
#> SRR819318 1 0.3353 0.6569 0.796 0.000 0.196 0.000 0.008
#> SRR608288 2 0.1310 0.9040 0.000 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR811121 2 0.1059 0.8983 0.000 0.968 0.020 0.004 0.008
#> SRR613138 2 0.0162 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR810483 3 0.2806 0.7670 0.152 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR607839 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0613 0.8295 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR601311 4 0.0609 0.8274 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1406685 4 0.1041 0.8301 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> SRR1467500 4 0.1281 0.8288 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 5 0.4434 0.3521 0.000 0.000 0.460 0.004 0.536
#> SRR1312522 3 0.3662 0.5401 0.000 0.000 0.744 0.004 0.252
#> SRR1490486 2 0.0162 0.9066 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.4572 0.7506 0.148 0.000 0.756 0.004 0.092
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8326 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.2917 0.8729 0.000 0.888 0.024 0.040 0.048
#> SRR1084766 4 0.1041 0.8303 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> SRR1102804 2 0.1668 0.9015 0.000 0.940 0.028 0.000 0.032
#> SRR1336636 3 0.3047 0.7647 0.160 0.000 0.832 0.004 0.004
#> SRR1347795 5 0.3774 0.5791 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR601900 2 0.0932 0.8996 0.000 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR1330989 4 0.1891 0.8250 0.000 0.032 0.016 0.936 0.016
#> SRR658445 5 0.5033 0.5279 0.000 0.292 0.032 0.016 0.660
#> SRR1368754 3 0.2536 0.6251 0.000 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1460001 2 0.0451 0.9076 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1414934 1 0.0162 0.8322 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.4747 0.7185 0.128 0.000 0.744 0.004 0.124
#> SRR614948 1 0.4586 0.4468 0.644 0.000 0.016 0.004 0.336
#> SRR1472952 3 0.4305 0.7497 0.128 0.000 0.780 0.004 0.088
#> SRR1321528 1 0.4779 0.6901 0.748 0.000 0.120 0.008 0.124
#> SRR627447 3 0.2763 0.7678 0.148 0.000 0.848 0.004 0.000
#> SRR612239 4 0.3056 0.7658 0.000 0.008 0.112 0.860 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.2600 0.62619 0.084 0.000 0.876 0.000 0.036 0.004
#> SRR603858 3 0.7150 0.01214 0.040 0.000 0.376 0.236 0.020 0.328
#> SRR817070 2 0.5577 0.58262 0.000 0.664 0.024 0.128 0.020 0.164
#> SRR1486995 3 0.4873 0.36303 0.060 0.000 0.520 0.000 0.420 0.000
#> SRR813043 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR656874 2 0.1204 0.82514 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR659037 5 0.5867 0.04778 0.000 0.000 0.004 0.196 0.496 0.304
#> SRR662031 1 0.1285 0.80438 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004 0.000
#> SRR1081283 4 0.0665 0.80674 0.000 0.008 0.004 0.980 0.000 0.008
#> SRR1481036 3 0.2089 0.61448 0.044 0.000 0.916 0.000 0.020 0.020
#> SRR1434009 2 0.5921 -0.23515 0.000 0.432 0.000 0.004 0.180 0.384
#> SRR1376676 1 0.0405 0.81664 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1396967 6 0.6326 0.32419 0.000 0.220 0.008 0.012 0.280 0.480
#> SRR665429 2 0.2062 0.81171 0.000 0.900 0.004 0.000 0.008 0.088
#> SRR1388025 4 0.0260 0.80741 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR600784 3 0.2308 0.62770 0.076 0.000 0.896 0.000 0.016 0.012
#> SRR657611 1 0.3037 0.71213 0.820 0.000 0.160 0.000 0.004 0.016
#> SRR1333659 6 0.6078 0.33612 0.000 0.264 0.000 0.004 0.280 0.452
#> SRR1323896 2 0.2157 0.81355 0.000 0.904 0.008 0.004 0.008 0.076
#> SRR1453971 5 0.5900 0.28255 0.072 0.000 0.264 0.000 0.584 0.080
#> SRR1421010 1 0.0725 0.81340 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1334490 5 0.3756 0.16702 0.004 0.000 0.352 0.000 0.644 0.000
#> SRR1309468 1 0.1321 0.80881 0.952 0.000 0.020 0.000 0.024 0.004
#> SRR1468637 6 0.4960 0.05106 0.032 0.000 0.000 0.024 0.376 0.568
#> SRR1365489 2 0.0508 0.83098 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR627445 3 0.1564 0.61340 0.040 0.000 0.936 0.000 0.000 0.024
#> SRR607863 2 0.3606 0.68260 0.000 0.724 0.000 0.004 0.008 0.264
#> SRR1475524 1 0.4892 0.46685 0.628 0.000 0.000 0.000 0.272 0.100
#> SRR1405504 2 0.2157 0.81355 0.000 0.904 0.008 0.004 0.008 0.076
#> SRR615695 1 0.0964 0.81117 0.968 0.000 0.004 0.000 0.016 0.012
#> SRR600900 6 0.7853 0.29039 0.000 0.108 0.068 0.216 0.160 0.448
#> SRR601477 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487215 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1310797 2 0.3236 0.70976 0.000 0.820 0.000 0.004 0.036 0.140
#> SRR1362713 1 0.6225 0.40740 0.540 0.000 0.008 0.180 0.024 0.248
#> SRR1431385 1 0.0508 0.81635 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1379089 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1102079 3 0.4648 -0.13990 0.000 0.000 0.496 0.000 0.464 0.040
#> SRR1357210 1 0.0665 0.81561 0.980 0.000 0.008 0.000 0.008 0.004
#> SRR657659 2 0.5020 0.62723 0.000 0.680 0.016 0.068 0.012 0.224
#> SRR663573 4 0.2314 0.76870 0.000 0.008 0.024 0.908 0.012 0.048
#> SRR603188 2 0.4743 0.45405 0.000 0.584 0.000 0.004 0.048 0.364
#> SRR1471200 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1310975 2 0.0551 0.82944 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR627457 3 0.6489 0.21142 0.072 0.012 0.512 0.028 0.032 0.344
#> SRR1367654 2 0.5645 -0.05070 0.000 0.488 0.000 0.004 0.136 0.372
#> SRR1488410 1 0.6067 0.16793 0.404 0.000 0.000 0.000 0.312 0.284
#> SRR1457750 1 0.7678 0.14302 0.412 0.116 0.052 0.056 0.020 0.344
#> SRR1099546 3 0.5904 0.37212 0.224 0.000 0.456 0.000 0.320 0.000
#> SRR604480 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1390477 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1458447 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473161 2 0.2101 0.81483 0.000 0.908 0.008 0.004 0.008 0.072
#> SRR1409813 6 0.6180 0.30820 0.000 0.352 0.000 0.004 0.260 0.384
#> SRR612791 1 0.3835 0.63873 0.772 0.000 0.164 0.000 0.060 0.004
#> SRR1470580 3 0.5459 0.32441 0.000 0.200 0.652 0.004 0.032 0.112
#> SRR1444063 2 0.7159 -0.12230 0.204 0.428 0.048 0.004 0.016 0.300
#> SRR1355578 1 0.4555 0.62595 0.704 0.000 0.008 0.028 0.024 0.236
#> SRR1429203 1 0.0820 0.81259 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR599154 6 0.6213 0.30629 0.000 0.288 0.000 0.004 0.324 0.384
#> SRR814244 6 0.4967 -0.02035 0.032 0.000 0.000 0.020 0.420 0.528
#> SRR1404123 2 0.5711 0.37614 0.000 0.568 0.012 0.296 0.008 0.116
#> SRR656934 3 0.2495 0.58953 0.032 0.000 0.892 0.000 0.016 0.060
#> SRR1339029 2 0.1590 0.82325 0.000 0.936 0.008 0.000 0.008 0.048
#> SRR821525 4 0.0260 0.80741 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0692 0.81475 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1406330 1 0.4934 0.48409 0.632 0.000 0.000 0.000 0.256 0.112
#> SRR1338124 3 0.5004 0.50321 0.000 0.020 0.712 0.016 0.164 0.088
#> SRR1391376 3 0.4547 0.51765 0.068 0.000 0.656 0.000 0.276 0.000
#> SRR661842 4 0.0551 0.80732 0.000 0.008 0.004 0.984 0.000 0.004
#> SRR1395699 3 0.5196 0.37046 0.092 0.000 0.504 0.000 0.404 0.000
#> SRR1312209 1 0.1952 0.79655 0.920 0.000 0.012 0.000 0.016 0.052
#> SRR1359469 1 0.0146 0.81687 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 5 0.3523 0.56186 0.000 0.000 0.180 0.000 0.780 0.040
#> SRR1414578 1 0.0436 0.81742 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR603620 6 0.4559 0.22322 0.000 0.044 0.004 0.324 0.000 0.628
#> SRR604677 1 0.4403 0.06196 0.520 0.000 0.460 0.000 0.008 0.012
#> SRR603800 2 0.0551 0.83089 0.000 0.984 0.008 0.000 0.004 0.004
#> SRR602058 4 0.1556 0.77721 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR817488 2 0.0665 0.83042 0.000 0.980 0.008 0.000 0.008 0.004
#> SRR655601 4 0.3211 0.71074 0.000 0.028 0.012 0.844 0.008 0.108
#> SRR1434821 2 0.0363 0.82920 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1349166 2 0.4409 0.45592 0.000 0.664 0.000 0.004 0.044 0.288
#> SRR615129 6 0.7389 0.07323 0.316 0.296 0.024 0.020 0.016 0.328
#> SRR607586 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR602680 2 0.0405 0.82931 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1411070 4 0.1036 0.80188 0.000 0.008 0.004 0.964 0.000 0.024
#> SRR663038 2 0.2317 0.80879 0.000 0.892 0.008 0.004 0.008 0.088
#> SRR1489416 2 0.2774 0.79581 0.000 0.864 0.012 0.008 0.008 0.108
#> SRR1479155 1 0.0260 0.81699 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR662162 1 0.2527 0.76449 0.884 0.000 0.048 0.000 0.064 0.004
#> SRR1374567 3 0.3413 0.61019 0.080 0.000 0.812 0.000 0.108 0.000
#> SRR1434048 2 0.0146 0.83069 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2184865 4 0.0810 0.80691 0.000 0.008 0.004 0.976 0.004 0.008
#> SRR2170135 1 0.1321 0.80884 0.952 0.000 0.024 0.000 0.020 0.004
#> SRR615551 2 0.0767 0.82771 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR1335513 2 0.3236 0.77442 0.000 0.824 0.016 0.004 0.012 0.144
#> SRR1370216 3 0.5019 0.34139 0.072 0.000 0.500 0.000 0.428 0.000
#> SRR662954 4 0.3744 0.53959 0.000 0.000 0.004 0.724 0.016 0.256
#> SRR1375738 3 0.1866 0.62679 0.084 0.000 0.908 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356577 4 0.2615 0.71868 0.104 0.000 0.012 0.872 0.004 0.008
#> SRR1073119 3 0.4303 0.32734 0.392 0.000 0.588 0.000 0.008 0.012
#> SRR663549 3 0.1753 0.62650 0.084 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478015 2 0.2429 0.80804 0.000 0.888 0.008 0.008 0.008 0.088
#> SRR600632 2 0.3345 0.78377 0.000 0.832 0.012 0.028 0.008 0.120
#> SRR811866 3 0.4478 0.19512 0.444 0.000 0.532 0.000 0.012 0.012
#> SRR1401101 2 0.4247 0.50187 0.000 0.688 0.000 0.004 0.040 0.268
#> SRR1477797 4 0.0713 0.79831 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1402986 2 0.0000 0.83046 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.4150 0.62963 0.708 0.000 0.008 0.004 0.024 0.256
#> SRR1419869 3 0.5398 0.44586 0.136 0.000 0.544 0.000 0.320 0.000
#> SRR1490700 1 0.7083 0.21415 0.428 0.000 0.052 0.164 0.024 0.332
#> SRR601723 3 0.6335 0.13672 0.000 0.008 0.500 0.312 0.028 0.152
#> SRR1384115 5 0.5590 -0.02100 0.000 0.052 0.032 0.004 0.472 0.440
#> SRR1476927 2 0.2774 0.79581 0.000 0.864 0.012 0.008 0.008 0.108
#> SRR1387769 3 0.1866 0.62679 0.084 0.000 0.908 0.000 0.000 0.008
#> SRR1322595 5 0.4199 0.16138 0.016 0.000 0.000 0.000 0.568 0.416
#> SRR1370423 3 0.4704 0.52404 0.024 0.000 0.692 0.000 0.228 0.056
#> SRR1314976 4 0.3489 0.71337 0.048 0.000 0.060 0.844 0.008 0.040
#> SRR1319560 6 0.4559 0.22322 0.000 0.044 0.004 0.324 0.000 0.628
#> SRR1352683 3 0.3613 0.54543 0.024 0.000 0.824 0.012 0.028 0.112
#> SRR1473800 1 0.0508 0.81635 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1326384 5 0.5488 0.43352 0.000 0.000 0.272 0.000 0.556 0.172
#> SRR1360807 4 0.0727 0.80443 0.004 0.004 0.004 0.980 0.004 0.004
#> SRR1332544 5 0.4352 0.54973 0.060 0.000 0.120 0.000 0.768 0.052
#> SRR598695 1 0.1333 0.80508 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048 0.000
#> SRR807824 2 0.0767 0.82771 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR809296 3 0.5201 0.36216 0.092 0.000 0.500 0.000 0.408 0.000
#> SRR657927 3 0.2457 0.62617 0.084 0.000 0.880 0.000 0.036 0.000
#> SRR1440682 2 0.2451 0.80078 0.000 0.876 0.004 0.004 0.008 0.108
#> SRR1454415 2 0.1901 0.81573 0.000 0.912 0.004 0.000 0.008 0.076
#> SRR1419131 4 0.0582 0.80479 0.000 0.004 0.004 0.984 0.004 0.004
#> SRR1404293 1 0.3989 0.63639 0.716 0.000 0.008 0.000 0.024 0.252
#> SRR1473340 3 0.6038 0.33081 0.316 0.000 0.416 0.000 0.268 0.000
#> SRR1345563 1 0.6014 0.23499 0.432 0.000 0.000 0.000 0.284 0.284
#> SRR1323382 2 0.0000 0.83046 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.4663 0.49993 0.016 0.000 0.708 0.000 0.192 0.084
#> SRR1321808 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1382756 2 0.4691 0.69021 0.000 0.744 0.056 0.012 0.036 0.152
#> SRR1312558 2 0.0767 0.82771 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR1417088 4 0.5652 0.27998 0.000 0.300 0.012 0.572 0.008 0.108
#> SRR1433027 2 0.3402 0.77741 0.000 0.832 0.012 0.036 0.008 0.112
#> SRR662257 4 0.4847 0.12921 0.000 0.000 0.000 0.500 0.056 0.444
#> SRR600417 4 0.0520 0.80697 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR812493 4 0.2653 0.70258 0.000 0.000 0.000 0.844 0.012 0.144
#> SRR612743 3 0.2060 0.62479 0.084 0.000 0.900 0.000 0.000 0.016
#> SRR1361345 1 0.5930 0.47887 0.588 0.000 0.008 0.132 0.028 0.244
#> SRR600584 2 0.5577 0.58262 0.000 0.664 0.024 0.128 0.020 0.164
#> SRR1310520 4 0.0696 0.80700 0.000 0.008 0.004 0.980 0.004 0.004
#> SRR1395595 5 0.3345 0.54834 0.000 0.000 0.184 0.000 0.788 0.028
#> SRR1334074 5 0.6125 -0.16797 0.000 0.124 0.024 0.004 0.440 0.408
#> SRR654838 2 0.0779 0.83084 0.000 0.976 0.008 0.000 0.008 0.008
#> SRR1376694 5 0.4857 0.34444 0.212 0.000 0.004 0.000 0.668 0.116
#> SRR1433841 2 0.6182 0.22361 0.080 0.548 0.044 0.004 0.012 0.312
#> SRR1366837 3 0.1918 0.62681 0.088 0.000 0.904 0.000 0.000 0.008
#> SRR1467479 2 0.0458 0.83069 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1459055 1 0.5995 0.25203 0.440 0.000 0.000 0.000 0.280 0.280
#> SRR1471050 2 0.0000 0.83046 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.6083 0.28790 0.000 0.564 0.044 0.004 0.120 0.268
#> SRR814703 2 0.3152 0.67488 0.000 0.792 0.000 0.004 0.008 0.196
#> SRR661937 2 0.4476 0.70512 0.000 0.748 0.052 0.012 0.020 0.168
#> SRR614359 1 0.5510 0.25767 0.560 0.000 0.192 0.000 0.248 0.000
#> SRR1071568 2 0.2529 0.80855 0.000 0.892 0.012 0.004 0.028 0.064
#> SRR1389084 3 0.5418 0.40245 0.124 0.000 0.508 0.000 0.368 0.000
#> SRR1337624 4 0.5580 0.05742 0.000 0.420 0.004 0.480 0.012 0.084
#> SRR1344400 2 0.1152 0.82915 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1414290 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1413644 2 0.4384 0.45841 0.000 0.660 0.000 0.004 0.040 0.296
#> SRR1098998 1 0.0291 0.81687 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481279 1 0.5731 0.13707 0.512 0.000 0.212 0.000 0.276 0.000
#> SRR1315103 5 0.5981 0.00629 0.228 0.000 0.000 0.000 0.396 0.376
#> SRR1099286 3 0.3912 0.57555 0.148 0.000 0.776 0.000 0.008 0.068
#> SRR2166570 3 0.5939 0.31756 0.008 0.000 0.560 0.296 0.028 0.108
#> SRR601445 1 0.0964 0.81342 0.968 0.000 0.004 0.000 0.016 0.012
#> SRR1439719 2 0.3258 0.77995 0.000 0.840 0.008 0.036 0.008 0.108
#> SRR1377026 4 0.5831 0.00231 0.000 0.428 0.004 0.436 0.008 0.124
#> SRR1327386 1 0.0964 0.81117 0.968 0.000 0.004 0.000 0.016 0.012
#> SRR654826 2 0.1124 0.82778 0.000 0.956 0.008 0.000 0.000 0.036
#> SRR1460433 4 0.0748 0.80206 0.000 0.000 0.004 0.976 0.004 0.016
#> SRR1469345 5 0.5061 -0.19803 0.076 0.000 0.428 0.000 0.496 0.000
#> SRR1421462 2 0.0779 0.83070 0.000 0.976 0.008 0.000 0.008 0.008
#> SRR662966 5 0.4732 0.54241 0.000 0.000 0.148 0.000 0.680 0.172
#> SRR1339175 1 0.3835 0.63873 0.772 0.000 0.164 0.000 0.060 0.004
#> SRR1447736 2 0.0000 0.83046 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.4308 0.47810 0.000 0.676 0.000 0.004 0.040 0.280
#> SRR660800 2 0.0000 0.83046 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 6 0.5806 0.21663 0.000 0.156 0.000 0.004 0.408 0.432
#> SRR1342023 1 0.0508 0.81635 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1335670 1 0.0858 0.81385 0.968 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400955 2 0.4247 0.50187 0.000 0.688 0.000 0.004 0.040 0.268
#> SRR1072150 2 0.0767 0.82771 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR1442822 1 0.0146 0.81714 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1364658 3 0.6023 0.34760 0.284 0.000 0.428 0.000 0.288 0.000
#> SRR1098074 5 0.5794 -0.08512 0.000 0.076 0.028 0.004 0.452 0.440
#> SRR1442778 1 0.0000 0.81700 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 5 0.3663 0.55978 0.000 0.000 0.148 0.000 0.784 0.068
#> SRR627464 3 0.6729 0.11186 0.036 0.024 0.456 0.056 0.032 0.396
#> SRR1409193 1 0.5145 0.59733 0.676 0.000 0.012 0.060 0.028 0.224
#> SRR2168286 4 0.1299 0.79675 0.000 0.004 0.004 0.952 0.004 0.036
#> SRR615539 2 0.2774 0.79581 0.000 0.864 0.012 0.008 0.008 0.108
#> SRR663623 3 0.2095 0.62716 0.076 0.000 0.904 0.000 0.016 0.004
#> SRR1471989 5 0.3558 0.57565 0.000 0.000 0.112 0.000 0.800 0.088
#> SRR1468828 2 0.2876 0.79759 0.000 0.860 0.004 0.024 0.008 0.104
#> SRR1381934 3 0.3338 0.59865 0.172 0.000 0.800 0.000 0.020 0.008
#> SRR1471098 3 0.5470 0.41877 0.136 0.000 0.516 0.000 0.348 0.000
#> SRR1314749 3 0.1610 0.62669 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166874 6 0.4281 0.32934 0.000 0.000 0.000 0.228 0.068 0.704
#> SRR821302 3 0.4364 0.42566 0.364 0.000 0.608 0.000 0.024 0.004
#> SRR1435066 2 0.1606 0.80960 0.000 0.932 0.000 0.004 0.008 0.056
#> SRR661601 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446546 2 0.6981 0.20878 0.000 0.524 0.208 0.016 0.144 0.108
#> SRR1419784 5 0.4645 0.38806 0.000 0.000 0.076 0.000 0.648 0.276
#> SRR1357233 6 0.5899 0.13311 0.000 0.008 0.000 0.160 0.372 0.460
#> SRR1441889 1 0.2890 0.73642 0.844 0.000 0.128 0.000 0.024 0.004
#> SRR1413940 1 0.5995 0.25203 0.440 0.000 0.000 0.000 0.280 0.280
#> SRR1324250 2 0.7322 0.01984 0.000 0.404 0.052 0.340 0.040 0.164
#> SRR1442862 2 0.5979 -0.28331 0.000 0.412 0.000 0.004 0.192 0.392
#> SRR662474 4 0.2965 0.72199 0.000 0.016 0.012 0.856 0.008 0.108
#> SRR1416226 3 0.1991 0.61378 0.044 0.000 0.920 0.000 0.012 0.024
#> SRR1417404 4 0.2314 0.76772 0.048 0.000 0.012 0.908 0.008 0.024
#> SRR665466 2 0.2965 0.79152 0.000 0.856 0.012 0.016 0.008 0.108
#> SRR658849 3 0.5442 0.40405 0.128 0.000 0.508 0.000 0.364 0.000
#> SRR1460025 4 0.7437 0.03286 0.000 0.348 0.064 0.388 0.040 0.160
#> SRR1408136 1 0.0508 0.81635 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1489995 2 0.0508 0.83070 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1374092 3 0.2056 0.62669 0.080 0.000 0.904 0.000 0.004 0.012
#> SRR1488429 5 0.3630 0.51363 0.000 0.000 0.212 0.000 0.756 0.032
#> SRR1087559 6 0.8369 0.06500 0.252 0.072 0.212 0.040 0.044 0.380
#> SRR817004 6 0.5513 -0.07127 0.072 0.004 0.004 0.008 0.440 0.472
#> SRR1429660 2 0.5524 0.00417 0.000 0.504 0.000 0.004 0.120 0.372
#> SRR604390 3 0.5404 0.26930 0.000 0.000 0.600 0.016 0.276 0.108
#> SRR614936 2 0.3965 0.74899 0.000 0.788 0.012 0.044 0.012 0.144
#> SRR1365938 2 0.7321 -0.25023 0.300 0.324 0.024 0.020 0.012 0.320
#> SRR1437324 1 0.0551 0.81757 0.984 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004
#> SRR613414 4 0.1753 0.78258 0.000 0.000 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR660414 3 0.5925 0.32210 0.008 0.000 0.564 0.292 0.028 0.108
#> SRR1452185 1 0.0146 0.81714 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347020 3 0.2731 0.61754 0.068 0.000 0.876 0.000 0.012 0.044
#> SRR1398036 4 0.1556 0.77398 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1436674 1 0.0291 0.81686 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR603750 3 0.1564 0.61340 0.040 0.000 0.936 0.000 0.000 0.024
#> SRR608630 4 0.3228 0.65958 0.004 0.000 0.004 0.804 0.012 0.176
#> SRR655625 4 0.0260 0.80741 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR599059 2 0.6826 0.07393 0.000 0.464 0.316 0.004 0.112 0.104
#> SRR615189 6 0.7505 0.01219 0.000 0.156 0.148 0.328 0.008 0.360
#> SRR1466889 2 0.2680 0.73811 0.000 0.856 0.000 0.004 0.016 0.124
#> SRR1084602 4 0.0696 0.80239 0.004 0.000 0.008 0.980 0.004 0.004
#> SRR1335422 1 0.2056 0.77932 0.904 0.000 0.080 0.000 0.012 0.004
#> SRR1356805 2 0.4328 0.47029 0.000 0.672 0.000 0.004 0.040 0.284
#> SRR1385300 3 0.3843 0.30819 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR654814 1 0.0291 0.81686 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR658385 2 0.1606 0.80960 0.000 0.932 0.000 0.004 0.008 0.056
#> SRR820596 3 0.2432 0.61855 0.100 0.000 0.876 0.000 0.000 0.024
#> SRR1318118 3 0.4010 0.47529 0.284 0.000 0.692 0.000 0.012 0.012
#> SRR1480766 2 0.2662 0.79733 0.000 0.868 0.012 0.004 0.008 0.108
#> SRR1406539 1 0.5117 0.40704 0.580 0.000 0.336 0.000 0.008 0.076
#> SRR1341833 2 0.4268 0.49399 0.000 0.684 0.000 0.004 0.040 0.272
#> SRR1441826 4 0.0405 0.80682 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.0405 0.81733 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1326752 3 0.4824 0.36692 0.056 0.000 0.524 0.000 0.420 0.000
#> SRR665217 3 0.4478 0.37941 0.016 0.000 0.580 0.000 0.392 0.012
#> SRR819186 2 0.0405 0.82908 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR661517 3 0.4829 0.36189 0.056 0.000 0.520 0.000 0.424 0.000
#> SRR607166 2 0.1628 0.82270 0.000 0.940 0.008 0.004 0.012 0.036
#> SRR809065 4 0.6830 0.17901 0.000 0.284 0.044 0.464 0.012 0.196
#> SRR1415872 2 0.4328 0.58863 0.000 0.672 0.000 0.004 0.040 0.284
#> SRR1415463 3 0.2714 0.62050 0.060 0.000 0.872 0.000 0.064 0.004
#> SRR1381161 4 0.4543 0.23977 0.000 0.000 0.000 0.576 0.040 0.384
#> SRR1442231 4 0.6050 0.27773 0.100 0.008 0.012 0.544 0.016 0.320
#> SRR1374696 1 0.4714 0.60556 0.708 0.000 0.208 0.008 0.016 0.060
#> SRR1451988 3 0.4022 0.55420 0.008 0.008 0.784 0.000 0.128 0.072
#> SRR660555 1 0.1265 0.80694 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044 0.000
#> SRR657801 1 0.2773 0.71992 0.828 0.000 0.164 0.000 0.004 0.004
#> SRR663344 2 0.1983 0.78713 0.000 0.908 0.000 0.000 0.020 0.072
#> SRR1472462 2 0.2013 0.81489 0.000 0.908 0.008 0.000 0.008 0.076
#> SRR1406176 3 0.6183 0.40146 0.008 0.116 0.592 0.000 0.220 0.064
#> SRR656886 2 0.4595 0.67419 0.000 0.760 0.088 0.004 0.052 0.096
#> SRR1498337 4 0.1910 0.74507 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR613066 5 0.4097 0.57581 0.004 0.000 0.128 0.000 0.760 0.108
#> SRR1309490 1 0.0291 0.81730 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR602492 4 0.0508 0.80573 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1447347 3 0.3159 0.59831 0.152 0.000 0.820 0.000 0.008 0.020
#> SRR1475546 2 0.0713 0.82955 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR627459 3 0.6311 0.17339 0.000 0.004 0.512 0.304 0.040 0.140
#> SRR1434332 2 0.2205 0.80982 0.000 0.896 0.004 0.004 0.008 0.088
#> SRR1070358 4 0.6065 -0.06281 0.000 0.052 0.000 0.444 0.084 0.420
#> SRR1345936 5 0.5896 -0.08240 0.000 0.000 0.000 0.204 0.420 0.376
#> SRR665658 2 0.1585 0.82845 0.000 0.940 0.012 0.012 0.000 0.036
#> SRR1321351 2 0.5577 0.58262 0.000 0.664 0.024 0.128 0.020 0.164
#> SRR657880 2 0.1410 0.81328 0.000 0.944 0.000 0.004 0.008 0.044
#> SRR1373903 2 0.2798 0.79600 0.000 0.856 0.012 0.004 0.008 0.120
#> SRR657396 6 0.4559 0.22322 0.000 0.044 0.004 0.324 0.000 0.628
#> SRR660981 2 0.2774 0.79581 0.000 0.864 0.012 0.008 0.008 0.108
#> SRR818499 1 0.0777 0.81433 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR819658 2 0.4247 0.50187 0.000 0.688 0.000 0.004 0.040 0.268
#> SRR1376316 1 0.0653 0.81538 0.980 0.000 0.004 0.000 0.012 0.004
#> SRR1323723 2 0.0551 0.82874 0.000 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR1476719 1 0.2239 0.78933 0.900 0.000 0.072 0.000 0.008 0.020
#> SRR1403478 2 0.1606 0.80960 0.000 0.932 0.000 0.004 0.008 0.056
#> SRR1095695 3 0.4822 0.50272 0.072 0.000 0.628 0.000 0.296 0.004
#> SRR1352391 3 0.6660 0.02619 0.000 0.000 0.396 0.236 0.036 0.332
#> SRR1498813 4 0.0520 0.80697 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR627437 3 0.6287 0.19159 0.000 0.004 0.520 0.296 0.040 0.140
#> SRR2185097 1 0.1285 0.80438 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004 0.000
#> SRR817166 5 0.5492 0.43956 0.000 0.000 0.312 0.000 0.536 0.152
#> SRR1091670 2 0.0458 0.83084 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR603776 3 0.5862 0.41317 0.164 0.000 0.632 0.000 0.116 0.088
#> SRR1479640 2 0.2965 0.79152 0.000 0.856 0.012 0.016 0.008 0.108
#> SRR660152 3 0.5606 0.42701 0.164 0.000 0.512 0.000 0.324 0.000
#> SRR1074769 2 0.0767 0.82771 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR656153 2 0.2308 0.80228 0.000 0.880 0.004 0.000 0.008 0.108
#> SRR1392502 5 0.4242 0.56726 0.000 0.000 0.128 0.000 0.736 0.136
#> SRR1359609 1 0.5240 0.43438 0.588 0.000 0.000 0.000 0.276 0.136
#> SRR601925 2 0.0551 0.83046 0.000 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004
#> SRR2165182 2 0.1701 0.81798 0.000 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR608542 4 0.3531 0.45425 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR655064 4 0.0696 0.80700 0.000 0.008 0.004 0.980 0.004 0.004
#> SRR1432430 3 0.3667 0.60242 0.080 0.000 0.788 0.000 0.132 0.000
#> SRR808472 4 0.0767 0.80716 0.000 0.008 0.000 0.976 0.004 0.012
#> SRR1414958 5 0.3746 0.58424 0.000 0.000 0.140 0.000 0.780 0.080
#> SRR598484 2 0.3964 0.72735 0.000 0.804 0.052 0.004 0.040 0.100
#> SRR612755 3 0.2147 0.62716 0.084 0.000 0.896 0.000 0.020 0.000
#> SRR1365808 1 0.0508 0.81635 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1391724 3 0.5855 0.34402 0.016 0.000 0.616 0.232 0.032 0.104
#> SRR1322373 3 0.5418 0.40245 0.124 0.000 0.508 0.000 0.368 0.000
#> SRR1489265 2 0.0976 0.83105 0.000 0.968 0.008 0.000 0.008 0.016
#> SRR1359099 2 0.1606 0.80960 0.000 0.932 0.000 0.004 0.008 0.056
#> SRR607279 2 0.2157 0.81355 0.000 0.904 0.008 0.004 0.008 0.076
#> SRR810461 2 0.0260 0.82938 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR627427 3 0.5980 0.29220 0.108 0.000 0.536 0.004 0.032 0.320
#> SRR612887 2 0.4013 0.68415 0.000 0.712 0.004 0.016 0.008 0.260
#> SRR809807 5 0.5352 0.15884 0.000 0.032 0.048 0.000 0.532 0.388
#> SRR663112 3 0.6489 0.35885 0.000 0.108 0.592 0.020 0.188 0.092
#> SRR1346933 6 0.5063 0.19030 0.048 0.000 0.000 0.044 0.252 0.656
#> SRR1487910 1 0.1464 0.80522 0.944 0.000 0.004 0.000 0.016 0.036
#> SRR603092 4 0.0665 0.80674 0.000 0.008 0.004 0.980 0.000 0.008
#> SRR1417680 2 0.2774 0.79581 0.000 0.864 0.012 0.008 0.008 0.108
#> SRR1383785 1 0.2062 0.77450 0.900 0.000 0.088 0.000 0.008 0.004
#> SRR1070015 6 0.5828 0.22080 0.000 0.160 0.000 0.004 0.408 0.428
#> SRR1466222 3 0.4107 0.51431 0.000 0.048 0.796 0.004 0.056 0.096
#> SRR1416119 5 0.3742 0.17880 0.004 0.000 0.348 0.000 0.648 0.000
#> SRR819318 1 0.4206 0.36772 0.624 0.000 0.356 0.000 0.008 0.012
#> SRR608288 2 0.1096 0.82971 0.000 0.964 0.008 0.004 0.004 0.020
#> SRR811121 2 0.1542 0.80885 0.000 0.936 0.000 0.004 0.008 0.052
#> SRR613138 2 0.0405 0.83012 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR810483 3 0.1753 0.62674 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004 0.000
#> SRR607839 1 0.0146 0.81687 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.1010 0.81072 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR601311 4 0.0508 0.80273 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1406685 4 0.0779 0.80547 0.000 0.008 0.008 0.976 0.000 0.008
#> SRR1467500 4 0.1410 0.79240 0.000 0.008 0.004 0.944 0.000 0.044
#> SRR1308504 1 0.0665 0.81561 0.980 0.000 0.008 0.000 0.008 0.004
#> SRR1312865 3 0.4650 -0.20231 0.000 0.000 0.488 0.000 0.472 0.040
#> SRR1312522 3 0.3864 0.25893 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1490486 2 0.0551 0.82874 0.000 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR1325888 3 0.5034 0.47238 0.080 0.000 0.588 0.000 0.328 0.004
#> SRR1472885 1 0.0291 0.81687 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098785 2 0.3075 0.78433 0.000 0.848 0.004 0.032 0.008 0.108
#> SRR1084766 4 0.0696 0.80700 0.000 0.008 0.004 0.980 0.004 0.004
#> SRR1102804 2 0.1484 0.82574 0.000 0.944 0.008 0.004 0.004 0.040
#> SRR1336636 3 0.2203 0.62581 0.084 0.000 0.896 0.000 0.004 0.016
#> SRR1347795 5 0.4181 0.56996 0.012 0.000 0.112 0.000 0.764 0.112
#> SRR601900 2 0.1333 0.81206 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1330989 4 0.2239 0.78297 0.000 0.008 0.012 0.908 0.012 0.060
#> SRR658445 6 0.5761 0.20005 0.000 0.148 0.000 0.004 0.416 0.432
#> SRR1368754 3 0.3002 0.55555 0.008 0.000 0.836 0.000 0.136 0.020
#> SRR1460001 2 0.0363 0.83035 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414934 1 0.0508 0.81635 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1326249 3 0.4829 0.35696 0.056 0.000 0.520 0.000 0.424 0.000
#> SRR614948 1 0.5011 0.45894 0.616 0.000 0.000 0.000 0.272 0.112
#> SRR1472952 3 0.4751 0.48851 0.072 0.000 0.616 0.000 0.312 0.000
#> SRR1321528 1 0.6415 0.30387 0.452 0.000 0.248 0.004 0.016 0.280
#> SRR627447 3 0.2308 0.62770 0.076 0.000 0.896 0.000 0.016 0.012
#> SRR612239 4 0.4787 0.54796 0.000 0.000 0.168 0.708 0.020 0.104
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.983 0.960 0.984 0.5006 0.500 0.500
#> 3 3 0.867 0.860 0.934 0.2940 0.818 0.649
#> 4 4 0.787 0.752 0.873 0.1362 0.828 0.561
#> 5 5 0.793 0.812 0.888 0.0629 0.915 0.695
#> 6 6 0.773 0.658 0.829 0.0404 0.909 0.632
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR603858 1 0.0938 0.977 0.988 0.012
#> SRR817070 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> SRR662031 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1481036 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.7815 0.696 0.768 0.232
#> SRR1365489 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR627457 1 0.3733 0.915 0.928 0.072
#> SRR1367654 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.9686 0.340 0.604 0.396
#> SRR1099546 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.9393 0.454 0.356 0.644
#> SRR1444063 1 0.9710 0.329 0.600 0.400
#> SRR1355578 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR656934 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1338124 1 0.7056 0.763 0.808 0.192
#> SRR1391376 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1395699 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR615129 2 0.9795 0.297 0.416 0.584
#> SRR607586 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR662954 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1375738 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR601723 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1384115 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1370423 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1314976 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1319560 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1352683 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1360807 2 0.5519 0.846 0.128 0.872
#> SRR1332544 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR809296 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR612743 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1395595 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.2948 0.930 0.052 0.948
#> SRR654838 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.9635 0.375 0.388 0.612
#> SRR1366837 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR2166570 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1086728 1 0.5408 0.852 0.876 0.124
#> SRR627464 2 0.9710 0.342 0.400 0.600
#> SRR1409193 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR663623 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1471989 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1381934 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1419784 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1417404 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1488429 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.0376 0.984 0.996 0.004
#> SRR817004 1 0.7219 0.748 0.800 0.200
#> SRR1429660 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR604390 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR614936 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1365938 2 0.9710 0.342 0.400 0.600
#> SRR1437324 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR660414 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR603750 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR608630 2 0.6148 0.817 0.152 0.848
#> SRR655625 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.8763 0.586 0.296 0.704
#> SRR615189 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.6247 0.811 0.156 0.844
#> SRR1335422 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1385300 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR665217 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1451988 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1406176 1 0.6048 0.822 0.852 0.148
#> SRR656886 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.7453 0.733 0.212 0.788
#> SRR1434332 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.7883 0.696 0.236 0.764
#> SRR665658 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1498813 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.8909 0.566 0.308 0.692
#> SRR2185097 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR817166 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1432430 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1414958 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.3879 0.910 0.924 0.076
#> SRR1322373 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0938 0.968 0.012 0.988
#> SRR1346933 2 0.7950 0.685 0.240 0.760
#> SRR1487910 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.2778 0.933 0.048 0.952
#> SRR1416119 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR810483 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1312522 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR612239 2 0.8813 0.582 0.300 0.700
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR603858 3 0.4654 0.6911 0.208 0.000 0.792
#> SRR817070 2 0.6244 0.1843 0.000 0.560 0.440
#> SRR1486995 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR813043 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR1481036 1 0.4346 0.7472 0.816 0.000 0.184
#> SRR1434009 2 0.2711 0.8588 0.000 0.912 0.088
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 3 0.6095 0.2910 0.000 0.392 0.608
#> SRR665429 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR600784 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR657611 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.2711 0.8588 0.000 0.912 0.088
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.2625 0.9022 0.916 0.000 0.084
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.2625 0.9047 0.916 0.000 0.084
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 3 0.0237 0.8706 0.004 0.000 0.996
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR607863 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.2711 0.8993 0.912 0.000 0.088
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 3 0.4121 0.7571 0.000 0.168 0.832
#> SRR601477 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 3 0.5835 0.5439 0.340 0.000 0.660
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.6295 0.0701 0.000 0.528 0.472
#> SRR663573 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR603188 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 1 0.5465 0.5502 0.712 0.000 0.288
#> SRR1367654 2 0.2711 0.8588 0.000 0.912 0.088
#> SRR1488410 1 0.2711 0.8993 0.912 0.000 0.088
#> SRR1457750 3 0.7078 0.7360 0.200 0.088 0.712
#> SRR1099546 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR604480 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.2711 0.8588 0.000 0.912 0.088
#> SRR612791 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.0237 0.9254 0.000 0.996 0.004
#> SRR1444063 1 0.6267 0.1712 0.548 0.452 0.000
#> SRR1355578 1 0.0892 0.9386 0.980 0.000 0.020
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.2711 0.8588 0.000 0.912 0.088
#> SRR814244 3 0.5560 0.5318 0.300 0.000 0.700
#> SRR1404123 2 0.6267 0.1437 0.000 0.548 0.452
#> SRR656934 1 0.5254 0.6106 0.736 0.000 0.264
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.2711 0.8993 0.912 0.000 0.088
#> SRR1338124 2 0.9787 0.0398 0.328 0.424 0.248
#> SRR1391376 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR661842 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR1395699 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 3 0.3551 0.8545 0.000 0.132 0.868
#> SRR604677 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR602058 3 0.0592 0.8742 0.000 0.012 0.988
#> SRR817488 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 3 0.2959 0.8787 0.000 0.100 0.900
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.2711 0.8588 0.000 0.912 0.088
#> SRR615129 2 0.9243 0.2452 0.264 0.528 0.208
#> SRR607586 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR663038 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR662954 3 0.0237 0.8706 0.004 0.000 0.996
#> SRR1375738 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356577 3 0.3192 0.8466 0.112 0.000 0.888
#> SRR1073119 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.2261 0.8717 0.000 0.932 0.068
#> SRR811866 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477797 3 0.0237 0.8715 0.000 0.004 0.996
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1490700 3 0.3686 0.8279 0.140 0.000 0.860
#> SRR601723 3 0.2959 0.8787 0.000 0.100 0.900
#> SRR1384115 3 0.5178 0.5984 0.000 0.256 0.744
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322595 1 0.2711 0.8993 0.912 0.000 0.088
#> SRR1370423 1 0.3349 0.8422 0.888 0.108 0.004
#> SRR1314976 3 0.2796 0.8561 0.092 0.000 0.908
#> SRR1319560 3 0.3551 0.8545 0.000 0.132 0.868
#> SRR1352683 1 0.5948 0.3963 0.640 0.000 0.360
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.6244 0.1317 0.440 0.000 0.560
#> SRR1360807 3 0.3120 0.8627 0.080 0.012 0.908
#> SRR1332544 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR598695 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR809296 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR657927 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 3 0.2711 0.8838 0.000 0.088 0.912
#> SRR1404293 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345563 1 0.2711 0.8993 0.912 0.000 0.088
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 1 0.5706 0.4956 0.680 0.000 0.320
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.1753 0.8905 0.000 0.952 0.048
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.6280 0.1154 0.000 0.540 0.460
#> SRR1433027 2 0.5465 0.5612 0.000 0.712 0.288
#> SRR662257 3 0.0237 0.8715 0.000 0.004 0.996
#> SRR600417 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR812493 3 0.0237 0.8715 0.000 0.004 0.996
#> SRR612743 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1361345 3 0.5859 0.5363 0.344 0.000 0.656
#> SRR600584 2 0.6244 0.1843 0.000 0.560 0.440
#> SRR1310520 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR1395595 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR1334074 2 0.6180 0.5348 0.008 0.660 0.332
#> SRR654838 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.2711 0.8993 0.912 0.000 0.088
#> SRR1433841 2 0.4555 0.6873 0.200 0.800 0.000
#> SRR1366837 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.2711 0.8993 0.912 0.000 0.088
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0892 0.9141 0.000 0.980 0.020
#> SRR814703 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR661937 2 0.2356 0.8698 0.000 0.928 0.072
#> SRR614359 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337624 2 0.5785 0.4745 0.000 0.668 0.332
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.2066 0.8828 0.000 0.940 0.060
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.6309 0.0654 0.500 0.000 0.500
#> SRR1099286 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166570 3 0.2796 0.8548 0.092 0.000 0.908
#> SRR601445 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.5254 0.6061 0.000 0.736 0.264
#> SRR1377026 2 0.6274 0.1277 0.000 0.544 0.456
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 3 0.2711 0.8838 0.000 0.088 0.912
#> SRR1469345 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 1 0.2711 0.8993 0.912 0.000 0.088
#> SRR1339175 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.2711 0.8588 0.000 0.912 0.088
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1098074 2 0.2796 0.8560 0.000 0.908 0.092
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 1 0.8496 0.1703 0.492 0.416 0.092
#> SRR627464 3 0.7368 0.7298 0.200 0.104 0.696
#> SRR1409193 3 0.6252 0.2917 0.444 0.000 0.556
#> SRR2168286 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR615539 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1471989 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR1468828 2 0.1289 0.9042 0.000 0.968 0.032
#> SRR1381934 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1471098 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314749 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR2166874 3 0.0237 0.8715 0.000 0.004 0.996
#> SRR821302 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.4702 0.6916 0.000 0.788 0.212
#> SRR1419784 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR1357233 3 0.0237 0.8715 0.000 0.004 0.996
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.2959 0.8913 0.900 0.000 0.100
#> SRR1324250 3 0.5254 0.6891 0.000 0.264 0.736
#> SRR1442862 2 0.2711 0.8588 0.000 0.912 0.088
#> SRR662474 3 0.3551 0.8533 0.000 0.132 0.868
#> SRR1416226 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417404 3 0.2711 0.8581 0.088 0.000 0.912
#> SRR665466 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1460025 3 0.4399 0.7932 0.000 0.188 0.812
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488429 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR1087559 1 0.6521 -0.1047 0.504 0.004 0.492
#> SRR817004 1 0.6271 0.7367 0.772 0.140 0.088
#> SRR1429660 2 0.2711 0.8588 0.000 0.912 0.088
#> SRR604390 3 0.1964 0.8488 0.056 0.000 0.944
#> SRR614936 2 0.5835 0.4511 0.000 0.660 0.340
#> SRR1365938 2 0.8628 0.2922 0.340 0.544 0.116
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 3 0.2625 0.8840 0.000 0.084 0.916
#> SRR660414 3 0.2878 0.8530 0.096 0.000 0.904
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398036 3 0.2625 0.8840 0.000 0.084 0.916
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR608630 3 0.0237 0.8706 0.004 0.000 0.996
#> SRR655625 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR599059 2 0.3528 0.8429 0.016 0.892 0.092
#> SRR615189 3 0.3851 0.8515 0.004 0.136 0.860
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084602 3 0.3120 0.8627 0.080 0.012 0.908
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385300 1 0.2625 0.9047 0.916 0.000 0.084
#> SRR654814 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441826 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR665217 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR819186 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR607166 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR809065 3 0.2959 0.8787 0.000 0.100 0.900
#> SRR1415872 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415463 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381161 3 0.0237 0.8715 0.000 0.004 0.996
#> SRR1442231 3 0.2945 0.8833 0.004 0.088 0.908
#> SRR1374696 1 0.1860 0.9116 0.948 0.000 0.052
#> SRR1451988 1 0.4931 0.6999 0.784 0.212 0.004
#> SRR660555 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.3851 0.8067 0.860 0.136 0.004
#> SRR656886 2 0.0237 0.9254 0.000 0.996 0.004
#> SRR1498337 3 0.0237 0.8715 0.000 0.004 0.996
#> SRR613066 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 3 0.2711 0.8838 0.000 0.088 0.912
#> SRR1447347 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 3 0.0829 0.8716 0.004 0.012 0.984
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 3 0.2878 0.8332 0.000 0.096 0.904
#> SRR1345936 3 0.0237 0.8715 0.000 0.004 0.996
#> SRR665658 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.6244 0.1843 0.000 0.560 0.440
#> SRR657880 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0592 0.9199 0.000 0.988 0.012
#> SRR657396 3 0.3551 0.8545 0.000 0.132 0.868
#> SRR660981 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1352391 3 0.0237 0.8706 0.004 0.000 0.996
#> SRR1498813 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR627437 3 0.0829 0.8701 0.012 0.004 0.984
#> SRR2185097 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.6111 0.2779 0.396 0.000 0.604
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR1359609 1 0.2711 0.8993 0.912 0.000 0.088
#> SRR601925 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR608542 3 0.0747 0.8753 0.000 0.016 0.984
#> SRR655064 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR1432430 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR808472 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR1414958 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR598484 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.4931 0.7207 0.232 0.000 0.768
#> SRR1322373 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR612887 2 0.3038 0.8337 0.000 0.896 0.104
#> SRR809807 2 0.2796 0.8560 0.000 0.908 0.092
#> SRR663112 2 0.6952 0.3012 0.024 0.600 0.376
#> SRR1346933 3 0.0237 0.8706 0.004 0.000 0.996
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR603092 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.2711 0.8588 0.000 0.912 0.088
#> SRR1466222 2 0.0237 0.9254 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416119 1 0.2625 0.9047 0.916 0.000 0.084
#> SRR819318 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0237 0.9254 0.000 0.996 0.004
#> SRR613138 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR607839 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR601311 3 0.2448 0.8840 0.000 0.076 0.924
#> SRR1406685 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR1467500 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR1312522 1 0.2625 0.9047 0.916 0.000 0.084
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1347795 1 0.2796 0.8990 0.908 0.000 0.092
#> SRR601900 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330989 3 0.2796 0.8831 0.000 0.092 0.908
#> SRR658445 2 0.2711 0.8588 0.000 0.912 0.088
#> SRR1368754 1 0.2711 0.9019 0.912 0.000 0.088
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR614948 1 0.2711 0.8993 0.912 0.000 0.088
#> SRR1472952 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321528 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0237 0.9511 0.996 0.000 0.004
#> SRR612239 3 0.2945 0.8579 0.088 0.004 0.908
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR603858 4 0.4925 0.177093 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR817070 4 0.4855 0.399621 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1486995 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659037 4 0.4855 0.518399 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR662031 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481036 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1434009 2 0.2921 0.820038 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.7475 0.166183 0.000 0.420 0.404 0.176
#> SRR665429 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600784 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.4843 0.483570 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453971 3 0.4933 -0.175531 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.5989 0.410209 0.556 0.000 0.400 0.044
#> SRR1365489 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.4855 0.450068 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.5056 0.693998 0.000 0.044 0.224 0.732
#> SRR601477 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.4866 0.309244 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1431385 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.4304 0.615641 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR663573 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.3837 0.621943 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1367654 2 0.1637 0.899119 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1488410 1 0.4855 0.450068 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1457750 1 0.4866 0.309244 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1099546 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.4222 0.666097 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR612791 1 0.1118 0.780364 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1470580 2 0.4134 0.626732 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1444063 1 0.4866 0.295548 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0336 0.813962 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1429203 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.4866 0.470731 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR814244 1 0.5028 0.447165 0.596 0.000 0.400 0.004
#> SRR1404123 4 0.4522 0.559291 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR656934 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.4855 0.450068 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1338124 3 0.2376 0.639773 0.068 0.016 0.916 0.000
#> SRR1391376 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR661842 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395699 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0707 0.934384 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR615129 1 0.6639 0.397756 0.596 0.284 0.000 0.120
#> SRR607586 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0921 0.789449 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1374567 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR662954 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375738 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1356577 4 0.2760 0.759841 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1073119 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663549 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.1867 0.884097 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR811866 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477797 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1490700 1 0.3873 0.617528 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR601723 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384115 3 0.6265 0.179850 0.000 0.124 0.656 0.220
#> SRR1476927 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1322595 1 0.4866 0.445661 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1370423 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1314976 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319560 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352683 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360807 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332544 3 0.0707 0.611816 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR657927 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1440682 2 0.0707 0.933547 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1454415 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419131 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1345563 1 0.4855 0.450068 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.0921 0.630902 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.4331 0.608586 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1433027 4 0.4933 0.311305 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR662257 4 0.2011 0.827191 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR600417 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812493 4 0.2011 0.827191 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR612743 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1361345 1 0.4855 0.318564 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR600584 4 0.4855 0.399621 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1310520 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.6764 0.339231 0.000 0.500 0.404 0.096
#> SRR654838 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.4866 0.445661 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1433841 1 0.4925 0.233393 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.4855 0.450068 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661937 2 0.3486 0.731088 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR614359 1 0.3074 0.593228 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1337624 4 0.4713 0.475389 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1344400 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.3873 0.407727 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1315103 1 0.5028 0.447165 0.596 0.000 0.400 0.004
#> SRR1099286 1 0.0707 0.799487 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2166570 4 0.3024 0.736060 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR601445 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.4972 0.243324 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1377026 4 0.2469 0.799759 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1327386 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469345 3 0.1211 0.633443 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.2281 0.542884 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1339175 1 0.1118 0.780364 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.4866 0.470731 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1098074 3 0.4977 -0.197438 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627464 4 0.5487 0.243474 0.400 0.020 0.000 0.580
#> SRR1409193 1 0.1022 0.795502 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2168286 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1471989 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.2011 0.874543 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1381934 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1471098 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1314749 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR2166874 4 0.2011 0.827191 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR821302 1 0.4103 0.317324 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.3726 0.708168 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1419784 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357233 4 0.4855 0.518399 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1441889 1 0.0188 0.815634 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413940 1 0.4855 0.450068 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1324250 4 0.4134 0.652451 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1442862 2 0.4304 0.649354 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR662474 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416226 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1417404 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665466 2 0.1716 0.891902 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR658849 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1460025 4 0.2345 0.808828 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1408136 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1488429 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.3448 0.672211 0.828 0.004 0.000 0.168
#> SRR817004 1 0.4866 0.445661 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1429660 2 0.2149 0.872675 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR604390 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614936 4 0.4898 0.352918 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1365938 1 0.6316 0.394441 0.596 0.324 0.000 0.080
#> SRR1437324 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660414 4 0.3219 0.716536 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1452185 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.4999 -0.505677 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1398036 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR608630 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655625 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599059 3 0.4977 0.000973 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR615189 4 0.3610 0.663663 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1466889 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820596 1 0.3074 0.589587 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR665217 3 0.2081 0.640769 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809065 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415463 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1381161 4 0.2011 0.827191 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1442231 4 0.4605 0.426946 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1374696 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 3 0.5138 0.695851 0.392 0.008 0.600 0.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.6850 0.577817 0.212 0.188 0.600 0.000
#> SRR656886 2 0.0592 0.937245 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1498337 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613066 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.1474 0.759458 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.1022 0.853377 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1434332 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070358 4 0.4104 0.784561 0.000 0.088 0.080 0.832
#> SRR1345936 4 0.4855 0.518399 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR665658 2 0.0188 0.947122 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321351 4 0.4855 0.399621 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR657880 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0817 0.929987 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR657396 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1352391 4 0.5769 0.286279 0.376 0.000 0.036 0.588
#> SRR1498813 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR627437 4 0.1022 0.853377 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2185097 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.0336 0.814038 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1479640 2 0.1940 0.879279 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR660152 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.4855 0.450068 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608542 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655064 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432430 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR808472 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612755 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.6362 0.371889 0.288 0.000 0.096 0.616
#> SRR1322373 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0188 0.815634 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR612887 2 0.4382 0.530085 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR809807 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663112 3 0.6348 0.395358 0.008 0.332 0.600 0.060
#> SRR1346933 1 0.7648 0.217879 0.400 0.000 0.392 0.208
#> SRR1487910 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.4866 0.470731 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1466222 3 0.4855 0.285901 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1416119 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406685 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467500 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312522 3 0.0000 0.623861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.3610 0.712384 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1084766 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1347795 3 0.0817 0.609121 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.4866 0.470731 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1368754 3 0.0188 0.623696 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.950199 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.4250 0.673359 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR614948 1 0.4855 0.450068 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1472952 3 0.4855 0.699234 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.819331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627447 3 0.4866 0.697831 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR612239 4 0.0000 0.867139 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.2471 0.9005 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR603858 4 0.4735 0.1991 0.412 0.000 0.008 0.572 0.008
#> SRR817070 4 0.4273 0.2593 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1486995 3 0.0798 0.8091 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR813043 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0703 0.9203 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR659037 5 0.3413 0.8196 0.000 0.000 0.124 0.044 0.832
#> SRR662031 1 0.0162 0.9145 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481036 3 0.2707 0.8999 0.132 0.000 0.860 0.000 0.008
#> SRR1434009 5 0.1341 0.7880 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 5 0.0693 0.8088 0.000 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR665429 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600784 3 0.2471 0.9005 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0451 0.9113 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1333659 5 0.0609 0.8095 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453971 5 0.6272 0.3866 0.348 0.000 0.160 0.000 0.492
#> SRR1421010 1 0.0162 0.9145 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.1544 0.7633 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 5 0.2196 0.8250 0.024 0.000 0.056 0.004 0.916
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.2629 0.8999 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004
#> SRR607863 2 0.2674 0.8357 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> SRR1475524 1 0.3386 0.7761 0.832 0.000 0.128 0.000 0.040
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 5 0.2011 0.7590 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908
#> SRR601477 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.2648 0.8322 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1362713 1 0.2674 0.7950 0.856 0.000 0.000 0.140 0.004
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 5 0.3452 0.7998 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.4088 0.4678 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR663573 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603188 2 0.3210 0.7708 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.5930 0.4984 0.624 0.004 0.220 0.148 0.004
#> SRR1367654 5 0.2773 0.6806 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1488410 1 0.3413 0.7777 0.832 0.000 0.124 0.000 0.044
#> SRR1457750 1 0.3127 0.7939 0.848 0.020 0.000 0.128 0.004
#> SRR1099546 3 0.2843 0.8981 0.144 0.000 0.848 0.000 0.008
#> SRR604480 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 5 0.0794 0.8061 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR612791 3 0.3983 0.6715 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.3906 0.5816 0.000 0.704 0.292 0.000 0.004
#> SRR1444063 1 0.4118 0.4827 0.660 0.336 0.000 0.000 0.004
#> SRR1355578 1 0.0671 0.9061 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 5 0.0609 0.8105 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR814244 5 0.2964 0.8289 0.024 0.000 0.120 0.000 0.856
#> SRR1404123 4 0.4060 0.4849 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR656934 3 0.2753 0.8994 0.136 0.000 0.856 0.000 0.008
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.3309 0.7797 0.836 0.000 0.128 0.000 0.036
#> SRR1338124 3 0.3256 0.7700 0.004 0.000 0.832 0.016 0.148
#> SRR1391376 3 0.2660 0.8996 0.128 0.000 0.864 0.000 0.008
#> SRR661842 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395699 3 0.2110 0.8658 0.072 0.000 0.912 0.000 0.016
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 5 0.3480 0.7951 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 4 0.3305 0.7110 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR604677 1 0.0324 0.9136 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR603800 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.1270 0.8270 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR817488 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.1121 0.8267 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1434821 2 0.0290 0.9281 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1349166 2 0.3480 0.7228 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR615129 1 0.3456 0.6811 0.788 0.204 0.000 0.004 0.004
#> SRR607586 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.1043 0.9113 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1411070 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0162 0.9293 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.3949 0.3384 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.2471 0.9005 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0162 0.9143 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.0798 0.8091 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR662954 4 0.0162 0.8429 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1375738 3 0.2629 0.8999 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004
#> SRR1356577 4 0.1768 0.8086 0.072 0.000 0.000 0.924 0.004
#> SRR1073119 1 0.3814 0.5016 0.720 0.000 0.276 0.000 0.004
#> SRR663549 3 0.2629 0.8999 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0880 0.9114 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR811866 1 0.2439 0.7924 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR1401101 2 0.3039 0.7912 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1477797 4 0.0290 0.8421 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0162 0.9147 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419869 3 0.2798 0.8987 0.140 0.000 0.852 0.000 0.008
#> SRR1490700 1 0.1798 0.8683 0.928 0.000 0.004 0.064 0.004
#> SRR601723 4 0.2609 0.8042 0.000 0.068 0.028 0.896 0.008
#> SRR1384115 5 0.0324 0.8128 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1476927 2 0.0162 0.9293 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1387769 3 0.2629 0.8999 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004
#> SRR1322595 5 0.3060 0.8285 0.024 0.000 0.128 0.000 0.848
#> SRR1370423 3 0.2969 0.8975 0.128 0.000 0.852 0.000 0.020
#> SRR1314976 4 0.1704 0.8108 0.068 0.000 0.000 0.928 0.004
#> SRR1319560 4 0.3305 0.7110 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1352683 3 0.3013 0.8869 0.160 0.000 0.832 0.000 0.008
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 5 0.3242 0.8153 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1360807 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332544 5 0.5151 0.5513 0.044 0.000 0.396 0.000 0.560
#> SRR598695 1 0.0404 0.9108 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.2046 0.8628 0.068 0.000 0.916 0.000 0.016
#> SRR657927 3 0.2471 0.9005 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0290 0.9273 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1454415 2 0.1478 0.8965 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1419131 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.0162 0.9147 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473340 3 0.2971 0.8951 0.156 0.000 0.836 0.000 0.008
#> SRR1345563 1 0.3460 0.7738 0.828 0.000 0.128 0.000 0.044
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.3266 0.5598 0.004 0.000 0.796 0.000 0.200
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0566 0.9253 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.3508 0.6446 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1433027 2 0.4291 0.0557 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR662257 4 0.3857 0.6081 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR600417 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812493 4 0.2424 0.7820 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR612743 3 0.2848 0.8918 0.156 0.000 0.840 0.000 0.004
#> SRR1361345 1 0.2583 0.8024 0.864 0.000 0.000 0.132 0.004
#> SRR600584 4 0.4268 0.2716 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1310520 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395595 5 0.3480 0.7951 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1334074 5 0.2270 0.8287 0.000 0.020 0.076 0.000 0.904
#> SRR654838 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 5 0.5938 0.4714 0.320 0.000 0.128 0.000 0.552
#> SRR1433841 2 0.4425 0.1311 0.452 0.544 0.000 0.000 0.004
#> SRR1366837 3 0.2890 0.8910 0.160 0.000 0.836 0.000 0.004
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.3339 0.7813 0.836 0.000 0.124 0.000 0.040
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.4497 0.3943 0.000 0.568 0.008 0.000 0.424
#> SRR814703 2 0.2561 0.8330 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR661937 2 0.0865 0.9157 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR614359 3 0.3752 0.7491 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0290 0.9281 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1389084 3 0.2818 0.8982 0.132 0.000 0.856 0.000 0.012
#> SRR1337624 4 0.3816 0.5539 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.3242 0.7658 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.3550 0.8231 0.236 0.000 0.760 0.000 0.004
#> SRR1315103 1 0.5910 0.2696 0.560 0.000 0.128 0.000 0.312
#> SRR1099286 1 0.4030 0.3349 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR2166570 4 0.1768 0.8065 0.004 0.000 0.072 0.924 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.4307 -0.0682 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1377026 4 0.3410 0.7699 0.000 0.068 0.000 0.840 0.092
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469345 3 0.1997 0.7833 0.036 0.000 0.924 0.000 0.040
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662966 5 0.3779 0.8145 0.024 0.000 0.200 0.000 0.776
#> SRR1339175 3 0.3983 0.6715 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.3210 0.7708 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR660800 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.0609 0.8105 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0324 0.9127 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1400955 2 0.3039 0.7912 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.2929 0.8966 0.152 0.000 0.840 0.000 0.008
#> SRR1098074 5 0.0451 0.8137 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 5 0.3305 0.8115 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR627464 4 0.6522 0.1697 0.396 0.100 0.020 0.480 0.004
#> SRR1409193 1 0.2127 0.8291 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR2168286 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0162 0.9293 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663623 3 0.0963 0.8422 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1471989 5 0.3305 0.8093 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1468828 2 0.2377 0.8192 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1381934 3 0.2806 0.8964 0.152 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR1471098 3 0.2864 0.8986 0.136 0.000 0.852 0.000 0.012
#> SRR1314749 3 0.2629 0.8999 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004
#> SRR2166874 4 0.4088 0.5223 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR821302 3 0.3796 0.7414 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.1671 0.8886 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR661601 2 0.0880 0.9159 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1446546 2 0.5076 0.5753 0.000 0.680 0.060 0.008 0.252
#> SRR1419784 5 0.2471 0.8319 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1357233 5 0.0609 0.8050 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1441889 1 0.3366 0.6249 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.3339 0.7813 0.836 0.000 0.124 0.000 0.040
#> SRR1324250 4 0.4170 0.6161 0.000 0.272 0.004 0.712 0.012
#> SRR1442862 5 0.1197 0.7945 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR662474 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416226 3 0.2707 0.8999 0.132 0.000 0.860 0.000 0.008
#> SRR1417404 4 0.1638 0.8135 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR665466 2 0.0290 0.9273 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR658849 3 0.2818 0.8982 0.132 0.000 0.856 0.000 0.012
#> SRR1460025 4 0.2349 0.7984 0.000 0.084 0.004 0.900 0.012
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.2629 0.8999 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004
#> SRR1488429 5 0.3508 0.7916 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1087559 1 0.1885 0.8748 0.936 0.032 0.012 0.020 0.000
#> SRR817004 5 0.4491 0.4562 0.328 0.000 0.020 0.000 0.652
#> SRR1429660 5 0.4161 0.2169 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR604390 5 0.3452 0.8008 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR614936 2 0.4283 0.0854 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1365938 1 0.3643 0.6669 0.776 0.212 0.000 0.008 0.004
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.0963 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR660414 4 0.2179 0.7838 0.004 0.000 0.100 0.896 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.3048 0.8757 0.176 0.000 0.820 0.000 0.004
#> SRR1398036 4 0.1270 0.8270 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.2629 0.8999 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004
#> SRR608630 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655625 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 5 0.6248 0.5279 0.004 0.252 0.184 0.000 0.560
#> SRR615189 4 0.3196 0.6670 0.192 0.000 0.000 0.804 0.004
#> SRR1466889 2 0.2329 0.8506 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1084602 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.0963 0.8904 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.3210 0.7708 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1385300 3 0.1341 0.7758 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR654814 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.1671 0.8886 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR820596 3 0.4397 0.4604 0.432 0.000 0.564 0.000 0.004
#> SRR1318118 1 0.0865 0.9051 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR1480766 2 0.0162 0.9293 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.3177 0.7749 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1441826 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0798 0.8091 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR665217 3 0.0510 0.8046 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR819186 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0798 0.8091 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR607166 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809065 4 0.1544 0.8127 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1415872 2 0.3039 0.7912 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1415463 3 0.2424 0.9004 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1381161 4 0.3876 0.6025 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1442231 4 0.4321 0.2747 0.396 0.000 0.000 0.600 0.004
#> SRR1374696 1 0.0324 0.9127 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1451988 3 0.3326 0.8665 0.080 0.044 0.860 0.000 0.016
#> SRR660555 1 0.0404 0.9108 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.1341 0.8756 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.1792 0.8849 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.3239 0.7321 0.004 0.156 0.828 0.000 0.012
#> SRR656886 2 0.1211 0.9099 0.000 0.960 0.024 0.000 0.016
#> SRR1498337 4 0.1341 0.8252 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR613066 5 0.3424 0.8002 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447347 3 0.3662 0.7950 0.252 0.000 0.744 0.000 0.004
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.3412 0.7466 0.000 0.000 0.152 0.820 0.028
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070358 4 0.4522 0.3628 0.000 0.008 0.000 0.552 0.440
#> SRR1345936 5 0.2450 0.8225 0.000 0.000 0.076 0.028 0.896
#> SRR665658 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321351 4 0.4273 0.2593 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR657880 2 0.1671 0.8886 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1373903 2 0.0290 0.9273 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR657396 4 0.3305 0.7110 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR660981 2 0.0162 0.9293 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR818499 1 0.0162 0.9144 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.3039 0.7912 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0324 0.9127 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1403478 2 0.1671 0.8886 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1095695 3 0.2818 0.8990 0.132 0.000 0.856 0.000 0.012
#> SRR1352391 4 0.6144 0.3190 0.344 0.000 0.088 0.548 0.020
#> SRR1498813 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 4 0.3264 0.7455 0.000 0.000 0.164 0.820 0.016
#> SRR2185097 1 0.0290 0.9126 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR817166 5 0.3274 0.8114 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.2753 0.8121 0.856 0.000 0.136 0.000 0.008
#> SRR1479640 2 0.0290 0.9273 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR660152 3 0.2886 0.8977 0.148 0.000 0.844 0.000 0.008
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 5 0.3563 0.8136 0.012 0.000 0.208 0.000 0.780
#> SRR1359609 1 0.3386 0.7776 0.832 0.000 0.128 0.000 0.040
#> SRR601925 2 0.0290 0.9281 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2165182 2 0.0703 0.9203 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR608542 4 0.2648 0.7674 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR655064 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.2707 0.9001 0.132 0.000 0.860 0.000 0.008
#> SRR808472 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414958 5 0.3424 0.8000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR598484 2 0.0566 0.9253 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR612755 3 0.2471 0.9005 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.6119 0.2881 0.124 0.000 0.308 0.560 0.008
#> SRR1322373 3 0.2818 0.8982 0.132 0.000 0.856 0.000 0.012
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.1671 0.8886 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR607279 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.4101 0.4110 0.664 0.000 0.332 0.000 0.004
#> SRR612887 2 0.5375 0.6069 0.000 0.664 0.000 0.200 0.136
#> SRR809807 5 0.2377 0.8320 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR663112 3 0.5725 0.5329 0.000 0.116 0.656 0.016 0.212
#> SRR1346933 5 0.3519 0.6417 0.216 0.000 0.000 0.008 0.776
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.0290 0.9273 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 5 0.0609 0.8105 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1466222 3 0.3196 0.6790 0.000 0.192 0.804 0.000 0.004
#> SRR1416119 3 0.1544 0.7633 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR819318 1 0.0162 0.9145 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.1965 0.8738 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR613138 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.2629 0.8999 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004
#> SRR607839 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0290 0.9129 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406685 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467500 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 5 0.3508 0.7974 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1312522 3 0.1270 0.7793 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.2818 0.8990 0.132 0.000 0.856 0.000 0.012
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.1851 0.8619 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1084766 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.2763 0.8959 0.148 0.000 0.848 0.000 0.004
#> SRR1347795 5 0.3628 0.8104 0.012 0.000 0.216 0.000 0.772
#> SRR601900 2 0.1671 0.8886 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1330989 4 0.0000 0.8441 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658445 5 0.0609 0.8105 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1368754 3 0.1364 0.7876 0.012 0.000 0.952 0.000 0.036
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0798 0.8091 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR614948 1 0.3386 0.7761 0.832 0.000 0.128 0.000 0.040
#> SRR1472952 3 0.2771 0.8991 0.128 0.000 0.860 0.000 0.012
#> SRR1321528 1 0.0451 0.9119 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR627447 3 0.2471 0.9005 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR612239 4 0.0451 0.8409 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.4423 -0.29010 0.028 0.000 0.552 0.000 0.000 0.420
#> SRR603858 6 0.5165 0.47797 0.156 0.000 0.000 0.228 0.000 0.616
#> SRR817070 2 0.5037 0.23185 0.000 0.524 0.000 0.408 0.004 0.064
#> SRR1486995 3 0.0260 0.66462 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.1480 0.85009 0.000 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR659037 5 0.4209 0.56527 0.000 0.000 0.056 0.052 0.780 0.112
#> SRR662031 1 0.0146 0.88593 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481036 6 0.4343 0.59689 0.028 0.000 0.380 0.000 0.000 0.592
#> SRR1434009 5 0.1753 0.64447 0.000 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1376676 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 5 0.2196 0.62194 0.000 0.000 0.004 0.004 0.884 0.108
#> SRR665429 2 0.1082 0.85591 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1388025 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600784 6 0.4395 0.56612 0.028 0.000 0.404 0.000 0.000 0.568
#> SRR657611 1 0.3101 0.64730 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1333659 5 0.1261 0.65259 0.000 0.024 0.000 0.000 0.952 0.024
#> SRR1323896 2 0.1349 0.85326 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1453971 3 0.6756 0.34333 0.240 0.000 0.500 0.000 0.164 0.096
#> SRR1421010 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.2462 0.62525 0.000 0.000 0.876 0.000 0.028 0.096
#> SRR1309468 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 5 0.3806 0.58110 0.036 0.000 0.020 0.000 0.784 0.160
#> SRR1365489 2 0.0260 0.86401 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR627445 6 0.4166 0.64784 0.028 0.000 0.324 0.000 0.000 0.648
#> SRR607863 2 0.4914 0.58413 0.000 0.680 0.000 0.056 0.228 0.036
#> SRR1475524 1 0.3559 0.76596 0.820 0.000 0.056 0.000 0.020 0.104
#> SRR1405504 2 0.1349 0.85326 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR615695 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 5 0.3460 0.59048 0.000 0.000 0.004 0.036 0.796 0.164
#> SRR601477 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487215 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1310797 2 0.3867 0.45908 0.000 0.660 0.000 0.000 0.328 0.012
#> SRR1362713 1 0.2680 0.81195 0.868 0.000 0.000 0.076 0.000 0.056
#> SRR1431385 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 6 0.5400 0.22376 0.000 0.000 0.132 0.000 0.332 0.536
#> SRR1357210 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.5066 0.13295 0.000 0.496 0.000 0.436 0.004 0.064
#> SRR663573 4 0.2051 0.81630 0.000 0.000 0.004 0.896 0.004 0.096
#> SRR603188 5 0.4593 0.27204 0.000 0.380 0.000 0.000 0.576 0.044
#> SRR1471200 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 6 0.5664 0.32611 0.364 0.000 0.116 0.012 0.000 0.508
#> SRR1367654 5 0.2234 0.62874 0.000 0.124 0.000 0.000 0.872 0.004
#> SRR1488410 1 0.4130 0.73264 0.768 0.000 0.056 0.000 0.024 0.152
#> SRR1457750 1 0.3154 0.80228 0.848 0.012 0.000 0.068 0.000 0.072
#> SRR1099546 3 0.1444 0.64802 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473161 2 0.1082 0.85591 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1409813 5 0.0858 0.65198 0.000 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> SRR612791 1 0.3742 0.42455 0.648 0.000 0.348 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470580 6 0.4955 0.41825 0.000 0.284 0.088 0.000 0.004 0.624
#> SRR1444063 1 0.4674 0.42700 0.608 0.332 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1355578 1 0.1204 0.86135 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1429203 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 5 0.0547 0.65150 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR814244 5 0.4414 0.55062 0.040 0.000 0.056 0.000 0.752 0.152
#> SRR1404123 2 0.4928 0.13620 0.000 0.500 0.000 0.444 0.004 0.052
#> SRR656934 6 0.3487 0.63550 0.020 0.000 0.224 0.000 0.000 0.756
#> SRR1339029 2 0.0777 0.86067 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR821525 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.3474 0.76931 0.824 0.000 0.056 0.000 0.016 0.104
#> SRR1338124 3 0.4372 0.57093 0.008 0.000 0.764 0.020 0.072 0.136
#> SRR1391376 3 0.3189 0.44042 0.020 0.000 0.796 0.000 0.000 0.184
#> SRR661842 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395699 3 0.0260 0.66462 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.5027 0.41968 0.000 0.000 0.596 0.000 0.304 0.100
#> SRR1414578 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 5 0.5015 0.11943 0.000 0.000 0.000 0.424 0.504 0.072
#> SRR604677 1 0.1858 0.83486 0.912 0.000 0.012 0.000 0.000 0.076
#> SRR603800 2 0.0363 0.86344 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR602058 4 0.0790 0.86428 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR817488 2 0.0508 0.86369 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR655601 4 0.1477 0.85253 0.000 0.008 0.000 0.940 0.004 0.048
#> SRR1434821 2 0.1124 0.85031 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1349166 5 0.3868 0.07332 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR615129 1 0.4314 0.60580 0.716 0.212 0.000 0.004 0.000 0.068
#> SRR607586 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR602680 2 0.1141 0.83878 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1411070 4 0.0146 0.87852 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663038 2 0.1082 0.85591 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1489416 2 0.2000 0.83936 0.000 0.916 0.000 0.032 0.004 0.048
#> SRR1479155 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.2730 0.69672 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.3202 0.49766 0.040 0.000 0.816 0.000 0.000 0.144
#> SRR1434048 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0146 0.88603 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.1349 0.85314 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1370216 3 0.0260 0.66462 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR662954 4 0.1204 0.84733 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1375738 6 0.4333 0.61763 0.028 0.000 0.376 0.000 0.000 0.596
#> SRR1356577 4 0.3784 0.69862 0.144 0.000 0.000 0.776 0.000 0.080
#> SRR1073119 6 0.5205 0.35434 0.412 0.000 0.092 0.000 0.000 0.496
#> SRR663549 6 0.4322 0.62093 0.028 0.000 0.372 0.000 0.000 0.600
#> SRR1478015 2 0.1219 0.85386 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR600632 2 0.4405 0.49348 0.000 0.644 0.000 0.316 0.004 0.036
#> SRR811866 1 0.3494 0.58561 0.736 0.000 0.012 0.000 0.000 0.252
#> SRR1401101 2 0.4095 -0.01272 0.000 0.512 0.000 0.000 0.480 0.008
#> SRR1477797 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.1204 0.86135 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1419869 3 0.1267 0.65163 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.1531 0.85507 0.928 0.000 0.000 0.004 0.000 0.068
#> SRR601723 6 0.3384 0.53617 0.000 0.024 0.008 0.168 0.000 0.800
#> SRR1384115 5 0.1003 0.64221 0.000 0.000 0.004 0.004 0.964 0.028
#> SRR1476927 2 0.2000 0.83936 0.000 0.916 0.000 0.032 0.004 0.048
#> SRR1387769 6 0.4333 0.61763 0.028 0.000 0.376 0.000 0.000 0.596
#> SRR1322595 5 0.4265 0.55255 0.040 0.000 0.056 0.000 0.768 0.136
#> SRR1370423 3 0.2892 0.61429 0.020 0.000 0.840 0.000 0.004 0.136
#> SRR1314976 4 0.3637 0.71927 0.124 0.000 0.000 0.792 0.000 0.084
#> SRR1319560 5 0.5015 0.11943 0.000 0.000 0.000 0.424 0.504 0.072
#> SRR1352683 6 0.3562 0.62492 0.040 0.000 0.168 0.004 0.000 0.788
#> SRR1473800 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 5 0.5521 0.10732 0.000 0.000 0.136 0.000 0.488 0.376
#> SRR1360807 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332544 3 0.5564 0.50386 0.056 0.000 0.644 0.000 0.200 0.100
#> SRR598695 1 0.1007 0.86706 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809296 3 0.0260 0.66462 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR657927 3 0.4417 -0.27893 0.028 0.000 0.556 0.000 0.000 0.416
#> SRR1440682 2 0.2272 0.82580 0.000 0.900 0.000 0.056 0.004 0.040
#> SRR1454415 2 0.2122 0.82327 0.000 0.900 0.000 0.000 0.076 0.024
#> SRR1419131 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.1204 0.86135 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1473340 3 0.1863 0.62269 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.4051 0.73686 0.772 0.000 0.056 0.000 0.020 0.152
#> SRR1323382 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.4284 0.49281 0.000 0.000 0.688 0.000 0.056 0.256
#> SRR1321808 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382756 2 0.3823 0.71415 0.000 0.764 0.004 0.000 0.048 0.184
#> SRR1312558 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1417088 4 0.3819 0.63488 0.000 0.200 0.000 0.756 0.004 0.040
#> SRR1433027 2 0.4819 0.16134 0.000 0.512 0.000 0.440 0.004 0.044
#> SRR662257 5 0.3634 0.35245 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR600417 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812493 4 0.3592 0.60880 0.000 0.000 0.000 0.740 0.240 0.020
#> SRR612743 6 0.4219 0.64974 0.032 0.000 0.320 0.000 0.000 0.648
#> SRR1361345 1 0.2511 0.82151 0.880 0.000 0.000 0.064 0.000 0.056
#> SRR600584 2 0.5037 0.23185 0.000 0.524 0.000 0.408 0.004 0.064
#> SRR1310520 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.4971 0.42858 0.000 0.000 0.604 0.000 0.300 0.096
#> SRR1334074 5 0.2741 0.60010 0.000 0.008 0.032 0.000 0.868 0.092
#> SRR654838 2 0.0405 0.86401 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1376694 3 0.7349 0.09811 0.304 0.000 0.316 0.000 0.276 0.104
#> SRR1433841 2 0.5020 0.25492 0.372 0.548 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1366837 6 0.4968 0.59576 0.076 0.000 0.368 0.000 0.000 0.556
#> SRR1467479 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.3967 0.74070 0.776 0.000 0.056 0.000 0.016 0.152
#> SRR1471050 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 5 0.5290 0.46769 0.000 0.272 0.004 0.000 0.596 0.128
#> SRR814703 2 0.3835 0.45146 0.000 0.668 0.000 0.000 0.320 0.012
#> SRR661937 2 0.4682 0.65905 0.000 0.708 0.004 0.092 0.008 0.188
#> SRR614359 3 0.3351 0.40020 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.3485 0.74098 0.000 0.800 0.004 0.000 0.044 0.152
#> SRR1389084 3 0.1267 0.65163 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 4 0.1844 0.83451 0.000 0.048 0.000 0.924 0.004 0.024
#> SRR1344400 2 0.0508 0.86280 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1414290 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413644 5 0.3868 0.08063 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.2416 0.58347 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.6163 0.44693 0.568 0.000 0.056 0.000 0.224 0.152
#> SRR1099286 1 0.4809 0.49984 0.668 0.000 0.192 0.000 0.000 0.140
#> SRR2166570 4 0.2838 0.78725 0.000 0.000 0.028 0.852 0.004 0.116
#> SRR601445 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.4830 0.02178 0.000 0.456 0.000 0.496 0.004 0.044
#> SRR1377026 4 0.2415 0.82681 0.000 0.036 0.000 0.900 0.040 0.024
#> SRR1327386 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0363 0.86344 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1460433 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469345 3 0.3348 0.61861 0.064 0.000 0.836 0.000 0.016 0.084
#> SRR1421462 2 0.0508 0.86369 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR662966 5 0.6187 -0.04775 0.032 0.000 0.360 0.000 0.468 0.140
#> SRR1339175 1 0.3742 0.42455 0.648 0.000 0.348 0.000 0.000 0.004
#> SRR1447736 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 5 0.3869 0.04832 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.0260 0.65042 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.2135 0.78718 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1400955 2 0.4095 -0.01272 0.000 0.512 0.000 0.000 0.480 0.008
#> SRR1072150 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.1714 0.63197 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 5 0.0146 0.64904 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.5082 0.38382 0.000 0.000 0.572 0.000 0.332 0.096
#> SRR627464 6 0.5893 0.32542 0.316 0.048 0.008 0.068 0.000 0.560
#> SRR1409193 1 0.0260 0.88366 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2168286 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615539 2 0.2000 0.83936 0.000 0.916 0.000 0.032 0.004 0.048
#> SRR663623 3 0.3360 0.25048 0.004 0.000 0.732 0.000 0.000 0.264
#> SRR1471989 3 0.5242 0.29045 0.000 0.000 0.516 0.000 0.384 0.100
#> SRR1468828 2 0.4444 0.31195 0.000 0.576 0.000 0.396 0.004 0.024
#> SRR1381934 3 0.5393 0.03432 0.168 0.000 0.576 0.000 0.000 0.256
#> SRR1471098 3 0.1267 0.65163 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 6 0.4353 0.60925 0.028 0.000 0.384 0.000 0.000 0.588
#> SRR2166874 5 0.4445 0.43355 0.000 0.000 0.000 0.288 0.656 0.056
#> SRR821302 1 0.4152 0.46206 0.664 0.000 0.304 0.000 0.000 0.032
#> SRR1435066 2 0.1814 0.79993 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR661601 2 0.0937 0.84678 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1446546 2 0.8111 -0.20744 0.000 0.316 0.272 0.032 0.224 0.156
#> SRR1419784 5 0.3315 0.55965 0.000 0.000 0.076 0.000 0.820 0.104
#> SRR1357233 5 0.0405 0.64826 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1441889 1 0.3602 0.71542 0.796 0.000 0.116 0.000 0.000 0.088
#> SRR1413940 1 0.3930 0.74473 0.780 0.000 0.056 0.000 0.016 0.148
#> SRR1324250 4 0.6741 0.26557 0.000 0.312 0.004 0.456 0.056 0.172
#> SRR1442862 5 0.1643 0.64774 0.000 0.068 0.000 0.000 0.924 0.008
#> SRR662474 4 0.0858 0.86597 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1416226 6 0.4300 0.61489 0.028 0.000 0.364 0.000 0.000 0.608
#> SRR1417404 4 0.3469 0.73994 0.104 0.000 0.000 0.808 0.000 0.088
#> SRR665466 2 0.2468 0.81922 0.000 0.888 0.000 0.060 0.004 0.048
#> SRR658849 3 0.1267 0.65163 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.4268 0.70751 0.000 0.028 0.004 0.760 0.044 0.164
#> SRR1408136 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 6 0.4371 0.59957 0.028 0.000 0.392 0.000 0.000 0.580
#> SRR1488429 3 0.4971 0.42858 0.000 0.000 0.604 0.000 0.300 0.096
#> SRR1087559 1 0.2613 0.79433 0.848 0.000 0.012 0.000 0.000 0.140
#> SRR817004 5 0.6832 0.23069 0.284 0.000 0.152 0.000 0.468 0.096
#> SRR1429660 5 0.2933 0.58972 0.000 0.200 0.000 0.000 0.796 0.004
#> SRR604390 3 0.6192 0.17415 0.000 0.000 0.392 0.004 0.332 0.272
#> SRR614936 4 0.4778 0.00774 0.000 0.464 0.000 0.492 0.004 0.040
#> SRR1365938 1 0.4623 0.52125 0.664 0.264 0.000 0.004 0.000 0.068
#> SRR1437324 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.0692 0.87044 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR660414 4 0.3164 0.77007 0.000 0.000 0.044 0.832 0.004 0.120
#> SRR1452185 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 6 0.4426 0.65304 0.052 0.000 0.296 0.000 0.000 0.652
#> SRR1398036 4 0.0865 0.86171 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 6 0.4166 0.64784 0.028 0.000 0.324 0.000 0.000 0.648
#> SRR608630 4 0.0363 0.87527 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR655625 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599059 3 0.6681 0.38730 0.008 0.120 0.560 0.000 0.164 0.148
#> SRR615189 4 0.3681 0.66782 0.156 0.000 0.000 0.780 0.000 0.064
#> SRR1466889 2 0.2597 0.71433 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1084602 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.1204 0.85528 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 5 0.4076 0.17288 0.000 0.452 0.000 0.000 0.540 0.008
#> SRR1385300 3 0.1151 0.65807 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR654814 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.1814 0.79993 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR820596 6 0.4982 0.60761 0.180 0.000 0.172 0.000 0.000 0.648
#> SRR1318118 1 0.4467 -0.01914 0.508 0.000 0.028 0.000 0.000 0.464
#> SRR1480766 2 0.1844 0.84360 0.000 0.924 0.000 0.024 0.004 0.048
#> SRR1406539 1 0.0363 0.88325 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1341833 5 0.4097 0.06854 0.000 0.488 0.000 0.000 0.504 0.008
#> SRR1441826 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0146 0.66336 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0260 0.66049 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR819186 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR661517 3 0.0260 0.66462 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0777 0.86228 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR809065 4 0.3244 0.75440 0.000 0.100 0.000 0.832 0.004 0.064
#> SRR1415872 5 0.4780 0.00562 0.000 0.476 0.000 0.004 0.480 0.040
#> SRR1415463 3 0.4276 -0.26501 0.020 0.000 0.564 0.000 0.000 0.416
#> SRR1381161 5 0.3563 0.38860 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1442231 4 0.3566 0.67828 0.156 0.000 0.000 0.788 0.000 0.056
#> SRR1374696 1 0.1814 0.81684 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1451988 3 0.2772 0.58887 0.000 0.000 0.816 0.000 0.004 0.180
#> SRR660555 1 0.1007 0.86706 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.2966 0.77893 0.848 0.000 0.076 0.000 0.000 0.076
#> SRR663344 2 0.2848 0.72182 0.000 0.816 0.000 0.000 0.176 0.008
#> SRR1472462 2 0.1152 0.85520 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1406176 3 0.2750 0.54623 0.000 0.136 0.844 0.000 0.000 0.020
#> SRR656886 2 0.4311 0.68616 0.000 0.752 0.028 0.000 0.056 0.164
#> SRR1498337 4 0.1700 0.82532 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR613066 3 0.5109 0.39765 0.000 0.000 0.580 0.000 0.316 0.104
#> SRR1309490 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447347 6 0.4749 0.64311 0.092 0.000 0.260 0.000 0.000 0.648
#> SRR1475546 2 0.0291 0.86464 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR627459 6 0.2790 0.55182 0.000 0.000 0.020 0.140 0.000 0.840
#> SRR1434332 2 0.0777 0.86000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1070358 5 0.3764 0.49642 0.000 0.008 0.000 0.256 0.724 0.012
#> SRR1345936 5 0.3562 0.58762 0.000 0.000 0.040 0.036 0.824 0.100
#> SRR665658 2 0.0260 0.86401 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1321351 2 0.5037 0.23185 0.000 0.524 0.000 0.408 0.004 0.064
#> SRR657880 2 0.1863 0.79557 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1373903 2 0.2213 0.82980 0.000 0.904 0.000 0.048 0.004 0.044
#> SRR657396 5 0.5015 0.11943 0.000 0.000 0.000 0.424 0.504 0.072
#> SRR660981 2 0.1844 0.84390 0.000 0.924 0.000 0.024 0.004 0.048
#> SRR818499 1 0.0363 0.88307 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.4095 -0.01272 0.000 0.512 0.000 0.000 0.480 0.008
#> SRR1376316 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476719 1 0.0937 0.86687 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1403478 2 0.1814 0.79993 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1095695 3 0.1480 0.64818 0.040 0.000 0.940 0.000 0.000 0.020
#> SRR1352391 6 0.4467 0.52873 0.068 0.000 0.032 0.128 0.008 0.764
#> SRR1498813 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627437 6 0.2909 0.55668 0.000 0.000 0.028 0.136 0.000 0.836
#> SRR2185097 1 0.0260 0.88443 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR817166 5 0.5946 -0.01840 0.000 0.000 0.336 0.000 0.436 0.228
#> SRR1091670 2 0.0260 0.86401 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603776 6 0.4320 0.48431 0.240 0.000 0.048 0.000 0.008 0.704
#> SRR1479640 2 0.2750 0.80252 0.000 0.868 0.000 0.080 0.004 0.048
#> SRR660152 3 0.1644 0.64084 0.076 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074769 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR656153 2 0.1219 0.85386 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1392502 5 0.5329 -0.18668 0.000 0.000 0.448 0.000 0.448 0.104
#> SRR1359609 1 0.3650 0.76201 0.812 0.000 0.056 0.000 0.020 0.112
#> SRR601925 2 0.1176 0.85552 0.000 0.956 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR2165182 2 0.1480 0.85009 0.000 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR608542 4 0.3907 0.26171 0.000 0.000 0.000 0.588 0.408 0.004
#> SRR655064 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.2949 0.51702 0.028 0.000 0.832 0.000 0.000 0.140
#> SRR808472 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.5204 0.32738 0.000 0.000 0.536 0.000 0.364 0.100
#> SRR598484 2 0.3656 0.72089 0.000 0.784 0.004 0.000 0.048 0.164
#> SRR612755 3 0.4423 -0.29010 0.028 0.000 0.552 0.000 0.000 0.420
#> SRR1365808 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 6 0.3860 0.59732 0.008 0.000 0.108 0.096 0.000 0.788
#> SRR1322373 3 0.1267 0.65163 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0603 0.86357 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1359099 2 0.1814 0.79993 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR607279 2 0.1349 0.85326 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR810461 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR627427 6 0.5456 0.32441 0.372 0.000 0.128 0.000 0.000 0.500
#> SRR612887 2 0.6383 0.32225 0.000 0.508 0.000 0.244 0.208 0.040
#> SRR809807 5 0.3092 0.57058 0.000 0.000 0.060 0.000 0.836 0.104
#> SRR663112 3 0.5073 0.53232 0.000 0.044 0.716 0.012 0.072 0.156
#> SRR1346933 5 0.3703 0.57547 0.104 0.000 0.000 0.000 0.788 0.108
#> SRR1487910 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.2213 0.83133 0.000 0.904 0.000 0.044 0.004 0.048
#> SRR1383785 1 0.0405 0.88310 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070015 5 0.0260 0.65042 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1466222 6 0.4973 0.46416 0.000 0.084 0.240 0.000 0.016 0.660
#> SRR1416119 3 0.2462 0.62525 0.000 0.000 0.876 0.000 0.028 0.096
#> SRR819318 1 0.0508 0.88134 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR608288 2 0.0260 0.86401 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR811121 2 0.2048 0.78019 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810483 6 0.4353 0.60925 0.028 0.000 0.384 0.000 0.000 0.588
#> SRR607839 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406685 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467500 4 0.0508 0.87368 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1308504 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 6 0.5536 0.19652 0.000 0.000 0.144 0.000 0.352 0.504
#> SRR1312522 3 0.1151 0.65769 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR1490486 2 0.0146 0.86391 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1325888 3 0.1480 0.64818 0.040 0.000 0.940 0.000 0.000 0.020
#> SRR1472885 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.4370 0.57880 0.000 0.680 0.000 0.268 0.004 0.048
#> SRR1084766 4 0.0000 0.87990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.0713 0.86070 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1336636 6 0.4219 0.64974 0.032 0.000 0.320 0.000 0.000 0.648
#> SRR1347795 3 0.5762 0.31994 0.024 0.000 0.520 0.000 0.352 0.104
#> SRR601900 2 0.1957 0.78790 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1330989 4 0.0291 0.87749 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR658445 5 0.0260 0.65042 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1368754 6 0.4058 0.50088 0.004 0.000 0.320 0.000 0.016 0.660
#> SRR1460001 2 0.0000 0.86445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.88717 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0260 0.66462 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.3559 0.76596 0.820 0.000 0.056 0.000 0.020 0.104
#> SRR1472952 3 0.1549 0.63563 0.020 0.000 0.936 0.000 0.000 0.044
#> SRR1321528 1 0.3390 0.59289 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR627447 6 0.4395 0.56612 0.028 0.000 0.404 0.000 0.000 0.568
#> SRR612239 4 0.3619 0.58882 0.000 0.000 0.004 0.680 0.000 0.316
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.854 0.918 0.965 0.4844 0.512 0.512
#> 3 3 0.655 0.796 0.859 0.2832 0.814 0.653
#> 4 4 0.795 0.846 0.919 0.1473 0.876 0.685
#> 5 5 0.747 0.775 0.863 0.0839 0.917 0.720
#> 6 6 0.737 0.486 0.702 0.0578 0.939 0.740
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.7139 0.7600 0.804 0.196
#> SRR603858 2 0.3114 0.9240 0.056 0.944
#> SRR817070 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.9087 0.5585 0.676 0.324
#> SRR662031 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1481036 2 0.9393 0.4235 0.356 0.644
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.9954 0.2070 0.540 0.460
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR627445 2 0.6623 0.7816 0.172 0.828
#> SRR607863 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0672 0.9404 0.992 0.008
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR627457 2 0.1184 0.9621 0.016 0.984
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1457750 2 0.1184 0.9622 0.016 0.984
#> SRR1099546 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1444063 2 0.7528 0.7086 0.216 0.784
#> SRR1355578 1 0.0376 0.9429 0.996 0.004
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.1184 0.9347 0.984 0.016
#> SRR1404123 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR656934 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.0376 0.9719 0.004 0.996
#> SRR1391376 1 0.5842 0.8270 0.860 0.140
#> SRR661842 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1395699 1 0.0672 0.9404 0.992 0.008
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR615129 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR662954 2 0.1843 0.9508 0.028 0.972
#> SRR1375738 1 0.5842 0.8275 0.860 0.140
#> SRR1356577 1 0.1414 0.9318 0.980 0.020
#> SRR1073119 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR663549 1 0.3879 0.8880 0.924 0.076
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR658897 2 0.8267 0.6315 0.260 0.740
#> SRR1419869 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR601723 2 0.2043 0.9477 0.032 0.968
#> SRR1384115 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.7056 0.7715 0.808 0.192
#> SRR1322595 1 0.0672 0.9402 0.992 0.008
#> SRR1370423 2 0.6973 0.7603 0.188 0.812
#> SRR1314976 1 0.8016 0.6950 0.756 0.244
#> SRR1319560 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1352683 1 0.7139 0.7600 0.804 0.196
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1360807 2 0.8207 0.6412 0.256 0.744
#> SRR1332544 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR809296 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.9209 0.5351 0.664 0.336
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.4161 0.8927 0.084 0.916
#> SRR612743 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1395595 1 0.6343 0.8053 0.840 0.160
#> SRR1334074 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.2603 0.9358 0.044 0.956
#> SRR1366837 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.0376 0.9429 0.996 0.004
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.7815 0.7139 0.768 0.232
#> SRR2166570 2 0.0938 0.9655 0.012 0.988
#> SRR601445 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1086728 2 0.3114 0.9239 0.056 0.944
#> SRR627464 2 0.2236 0.9435 0.036 0.964
#> SRR1409193 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR663623 2 0.9954 0.0769 0.460 0.540
#> SRR1471989 1 0.6973 0.7721 0.812 0.188
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1381934 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1419784 2 0.8909 0.5293 0.308 0.692
#> SRR1357233 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.0376 0.9429 0.996 0.004
#> SRR1417404 1 0.8327 0.6638 0.736 0.264
#> SRR665466 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1488429 1 0.8386 0.6621 0.732 0.268
#> SRR1087559 1 0.0376 0.9428 0.996 0.004
#> SRR817004 1 0.9866 0.2889 0.568 0.432
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR604390 2 0.9896 0.1632 0.440 0.560
#> SRR614936 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1365938 2 0.1184 0.9617 0.016 0.984
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR660414 2 0.2948 0.9290 0.052 0.948
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR603750 2 0.5178 0.8571 0.116 0.884
#> SRR608630 2 0.4022 0.8969 0.080 0.920
#> SRR655625 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.0376 0.9718 0.004 0.996
#> SRR615189 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.8386 0.6186 0.268 0.732
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1385300 2 0.4690 0.8769 0.100 0.900
#> SRR654814 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.9522 0.4507 0.628 0.372
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.5519 0.8399 0.128 0.872
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.0376 0.9429 0.996 0.004
#> SRR665217 1 0.5408 0.8433 0.876 0.124
#> SRR819186 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1451988 2 0.4562 0.8816 0.096 0.904
#> SRR660555 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1406176 2 0.4022 0.8985 0.080 0.920
#> SRR656886 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.2948 0.9285 0.052 0.948
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.0672 0.9686 0.008 0.992
#> SRR665658 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.8443 0.6499 0.728 0.272
#> SRR1352391 1 0.7056 0.7695 0.808 0.192
#> SRR1498813 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.6801 0.7679 0.180 0.820
#> SRR2185097 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR817166 1 0.8016 0.6971 0.756 0.244
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1432430 2 0.8909 0.5397 0.308 0.692
#> SRR808472 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1414958 1 0.6148 0.8141 0.848 0.152
#> SRR598484 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.3274 0.9010 0.940 0.060
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.9552 0.4476 0.624 0.376
#> SRR1322373 1 0.0672 0.9404 0.992 0.008
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.8955 0.5809 0.688 0.312
#> SRR612887 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1346933 1 0.9983 0.1532 0.524 0.476
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.0376 0.9719 0.004 0.996
#> SRR1416119 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR810483 1 0.0376 0.9429 0.996 0.004
#> SRR607839 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.9933 0.2367 0.548 0.452
#> SRR1312522 2 0.9954 0.0848 0.460 0.540
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.5842 0.8269 0.860 0.140
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9750 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.6148 0.8141 0.848 0.152
#> SRR614948 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.7745 0.7176 0.772 0.228
#> SRR1321528 1 0.6973 0.7702 0.812 0.188
#> SRR627447 1 0.0000 0.9452 1.000 0.000
#> SRR612239 1 1.0000 0.0835 0.504 0.496
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.9827 0.1840 0.380 0.376 0.244
#> SRR603858 3 0.6468 0.6754 0.004 0.444 0.552
#> SRR817070 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486995 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR813043 2 0.0747 0.8934 0.000 0.984 0.016
#> SRR656874 2 0.0592 0.8945 0.000 0.988 0.012
#> SRR659037 3 0.3851 0.5477 0.136 0.004 0.860
#> SRR662031 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR1481036 2 0.8775 0.3423 0.152 0.568 0.280
#> SRR1434009 2 0.2796 0.8438 0.000 0.908 0.092
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.2796 0.8438 0.000 0.908 0.092
#> SRR665429 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 3 0.5968 0.8019 0.000 0.364 0.636
#> SRR600784 1 0.4002 0.8389 0.840 0.000 0.160
#> SRR657611 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.2711 0.8467 0.000 0.912 0.088
#> SRR1323896 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.0747 0.8663 0.984 0.000 0.016
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.5760 0.7624 0.672 0.000 0.328
#> SRR1309468 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 3 0.7256 0.7445 0.124 0.164 0.712
#> SRR1365489 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 2 0.7273 0.5540 0.132 0.712 0.156
#> SRR607863 2 0.0892 0.8925 0.000 0.980 0.020
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.4235 0.7382 0.000 0.824 0.176
#> SRR601477 2 0.0747 0.8934 0.000 0.984 0.016
#> SRR1487215 2 0.0424 0.8956 0.000 0.992 0.008
#> SRR1310797 2 0.2711 0.8467 0.000 0.912 0.088
#> SRR1362713 1 0.5760 0.3972 0.672 0.000 0.328
#> SRR1431385 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0592 0.8945 0.000 0.988 0.012
#> SRR1102079 1 0.3941 0.8397 0.844 0.000 0.156
#> SRR1357210 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR663573 3 0.5835 0.8059 0.000 0.340 0.660
#> SRR603188 2 0.0237 0.8965 0.000 0.996 0.004
#> SRR1471200 2 0.1031 0.8901 0.000 0.976 0.024
#> SRR1310975 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 2 0.0237 0.8954 0.004 0.996 0.000
#> SRR1367654 2 0.2448 0.8568 0.000 0.924 0.076
#> SRR1488410 1 0.5058 0.6014 0.756 0.000 0.244
#> SRR1457750 2 0.0747 0.8879 0.016 0.984 0.000
#> SRR1099546 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR604480 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0592 0.8945 0.000 0.988 0.012
#> SRR1458447 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.2711 0.8467 0.000 0.912 0.088
#> SRR612791 1 0.3551 0.8381 0.868 0.000 0.132
#> SRR1470580 2 0.0237 0.8960 0.000 0.996 0.004
#> SRR1444063 2 0.4280 0.7613 0.124 0.856 0.020
#> SRR1355578 1 0.0592 0.8638 0.988 0.000 0.012
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.4399 0.7463 0.000 0.812 0.188
#> SRR814244 3 0.5327 0.5209 0.272 0.000 0.728
#> SRR1404123 2 0.5621 0.1876 0.000 0.692 0.308
#> SRR656934 1 0.1860 0.8647 0.948 0.000 0.052
#> SRR1339029 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR1443677 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.4654 0.7171 0.000 0.792 0.208
#> SRR1391376 1 0.6019 0.7826 0.700 0.012 0.288
#> SRR661842 3 0.5968 0.8019 0.000 0.364 0.636
#> SRR1395699 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR1312209 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 1 0.5948 0.7356 0.640 0.000 0.360
#> SRR1414578 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 3 0.5810 0.8036 0.000 0.336 0.664
#> SRR604677 1 0.4002 0.8390 0.840 0.000 0.160
#> SRR603800 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR602058 3 0.5591 0.8042 0.000 0.304 0.696
#> SRR817488 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR1434821 2 0.0892 0.8918 0.000 0.980 0.020
#> SRR1349166 2 0.1753 0.8774 0.000 0.952 0.048
#> SRR615129 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0892 0.8918 0.000 0.980 0.020
#> SRR1411070 3 0.6045 0.7923 0.000 0.380 0.620
#> SRR663038 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.4062 0.8388 0.836 0.000 0.164
#> SRR1434048 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR2170135 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR662954 3 0.5465 0.8015 0.000 0.288 0.712
#> SRR1375738 1 0.3918 0.8472 0.868 0.012 0.120
#> SRR1356577 3 0.6180 0.3389 0.416 0.000 0.584
#> SRR1073119 1 0.3482 0.8476 0.872 0.000 0.128
#> SRR663549 1 0.5179 0.8050 0.832 0.080 0.088
#> SRR1478015 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR811866 1 0.0892 0.8691 0.980 0.000 0.020
#> SRR1401101 2 0.2711 0.8467 0.000 0.912 0.088
#> SRR1477797 3 0.5465 0.8015 0.000 0.288 0.712
#> SRR1402986 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 2 0.3551 0.7598 0.132 0.868 0.000
#> SRR1419869 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR1490700 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR601723 3 0.6865 0.7785 0.020 0.384 0.596
#> SRR1384115 2 0.3816 0.7971 0.000 0.852 0.148
#> SRR1476927 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.5377 0.8122 0.820 0.068 0.112
#> SRR1322595 1 0.3272 0.8182 0.892 0.004 0.104
#> SRR1370423 2 0.6126 0.4942 0.004 0.644 0.352
#> SRR1314976 3 0.6204 0.3184 0.424 0.000 0.576
#> SRR1319560 3 0.5810 0.8036 0.000 0.336 0.664
#> SRR1352683 1 0.6924 0.2074 0.580 0.400 0.020
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.5968 0.6502 0.636 0.000 0.364
#> SRR1360807 3 0.8260 0.7259 0.172 0.192 0.636
#> SRR1332544 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR598695 1 0.3551 0.8381 0.868 0.000 0.132
#> SRR807824 2 0.2878 0.8280 0.000 0.904 0.096
#> SRR809296 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR657927 1 0.0747 0.8691 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440682 2 0.0424 0.8956 0.000 0.992 0.008
#> SRR1454415 2 0.1163 0.8880 0.000 0.972 0.028
#> SRR1419131 3 0.5968 0.8019 0.000 0.364 0.636
#> SRR1404293 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.4974 0.8139 0.764 0.000 0.236
#> SRR1345563 1 0.0592 0.8695 0.988 0.000 0.012
#> SRR1323382 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 2 0.9840 -0.0888 0.364 0.388 0.248
#> SRR1321808 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.1964 0.8666 0.000 0.944 0.056
#> SRR1312558 2 0.0424 0.8957 0.000 0.992 0.008
#> SRR1417088 2 0.5678 0.1521 0.000 0.684 0.316
#> SRR1433027 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR662257 3 0.5465 0.8015 0.000 0.288 0.712
#> SRR600417 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR812493 3 0.5465 0.8015 0.000 0.288 0.712
#> SRR612743 1 0.2711 0.8572 0.912 0.000 0.088
#> SRR1361345 3 0.6299 0.1929 0.476 0.000 0.524
#> SRR600584 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310520 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR1395595 1 0.6952 0.6931 0.600 0.024 0.376
#> SRR1334074 3 0.6126 0.3894 0.000 0.400 0.600
#> SRR654838 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR1433841 2 0.3043 0.8140 0.084 0.908 0.008
#> SRR1366837 1 0.3412 0.8491 0.876 0.000 0.124
#> SRR1467479 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.2711 0.8467 0.000 0.912 0.088
#> SRR814703 2 0.0892 0.8918 0.000 0.980 0.020
#> SRR661937 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR614359 1 0.3412 0.8555 0.876 0.000 0.124
#> SRR1071568 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR1337624 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.1964 0.8722 0.000 0.944 0.056
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR1315103 3 0.6244 0.2783 0.440 0.000 0.560
#> SRR1099286 2 0.7080 0.2701 0.412 0.564 0.024
#> SRR2166570 2 0.0424 0.8927 0.008 0.992 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377026 3 0.6026 0.7934 0.000 0.376 0.624
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR1469345 1 0.4555 0.8221 0.800 0.000 0.200
#> SRR1421462 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR1339175 1 0.3551 0.8381 0.868 0.000 0.132
#> SRR1447736 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.1163 0.8880 0.000 0.972 0.028
#> SRR660800 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.4702 0.7157 0.000 0.788 0.212
#> SRR1342023 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.2711 0.8467 0.000 0.912 0.088
#> SRR1072150 2 0.0237 0.8965 0.000 0.996 0.004
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.5178 0.8053 0.744 0.000 0.256
#> SRR1098074 2 0.4750 0.7141 0.000 0.784 0.216
#> SRR1442778 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 2 0.6026 0.4845 0.000 0.624 0.376
#> SRR627464 2 0.0237 0.8952 0.000 0.996 0.004
#> SRR1409193 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR615539 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 2 0.8262 0.4075 0.104 0.592 0.304
#> SRR1471989 1 0.7050 0.6928 0.600 0.028 0.372
#> SRR1468828 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381934 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR1314749 1 0.3752 0.8443 0.856 0.000 0.144
#> SRR2166874 3 0.5465 0.8015 0.000 0.288 0.712
#> SRR821302 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.1031 0.8901 0.000 0.976 0.024
#> SRR661601 2 0.1163 0.8880 0.000 0.972 0.028
#> SRR1446546 2 0.2625 0.8497 0.000 0.916 0.084
#> SRR1419784 2 0.7030 0.4189 0.024 0.580 0.396
#> SRR1357233 3 0.5465 0.8015 0.000 0.288 0.712
#> SRR1441889 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.2165 0.8254 0.936 0.000 0.064
#> SRR1324250 2 0.2261 0.8594 0.000 0.932 0.068
#> SRR1442862 2 0.2796 0.8438 0.000 0.908 0.092
#> SRR662474 3 0.6045 0.7923 0.000 0.380 0.620
#> SRR1416226 1 0.2625 0.8580 0.916 0.000 0.084
#> SRR1417404 3 0.5926 0.4422 0.356 0.000 0.644
#> SRR665466 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR1460025 2 0.1860 0.8720 0.000 0.948 0.052
#> SRR1408136 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.0237 0.8701 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488429 1 0.9273 0.4917 0.472 0.164 0.364
#> SRR1087559 1 0.0592 0.8652 0.988 0.000 0.012
#> SRR817004 2 0.8913 0.1520 0.360 0.508 0.132
#> SRR1429660 2 0.2711 0.8467 0.000 0.912 0.088
#> SRR604390 3 0.4605 0.4843 0.000 0.204 0.796
#> SRR614936 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365938 2 0.1964 0.8493 0.056 0.944 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 3 0.5968 0.7998 0.000 0.364 0.636
#> SRR660414 2 0.1643 0.8615 0.044 0.956 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.3116 0.8526 0.892 0.000 0.108
#> SRR1398036 3 0.5529 0.8033 0.000 0.296 0.704
#> SRR1436674 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 2 0.6737 0.6043 0.100 0.744 0.156
#> SRR608630 3 0.6255 0.8089 0.012 0.320 0.668
#> SRR655625 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR599059 2 0.2448 0.8586 0.000 0.924 0.076
#> SRR615189 2 0.1289 0.8713 0.000 0.968 0.032
#> SRR1466889 2 0.1964 0.8723 0.000 0.944 0.056
#> SRR1084602 3 0.7717 0.7103 0.172 0.148 0.680
#> SRR1335422 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.2711 0.8467 0.000 0.912 0.088
#> SRR1385300 2 0.7665 0.4335 0.060 0.600 0.340
#> SRR654814 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.1031 0.8901 0.000 0.976 0.024
#> SRR820596 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0424 0.8662 0.992 0.000 0.008
#> SRR1480766 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 2 0.5591 0.4846 0.304 0.696 0.000
#> SRR1341833 2 0.2448 0.8568 0.000 0.924 0.076
#> SRR1441826 3 0.7620 0.7519 0.128 0.188 0.684
#> SRR1448051 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR665217 1 0.6148 0.7357 0.640 0.004 0.356
#> SRR819186 2 0.0237 0.8965 0.000 0.996 0.004
#> SRR661517 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR607166 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415872 2 0.2261 0.8646 0.000 0.932 0.068
#> SRR1415463 1 0.5397 0.7949 0.720 0.000 0.280
#> SRR1381161 3 0.5465 0.8015 0.000 0.288 0.712
#> SRR1442231 2 0.0237 0.8950 0.000 0.996 0.004
#> SRR1374696 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 2 0.6341 0.5306 0.016 0.672 0.312
#> SRR660555 1 0.3551 0.8381 0.868 0.000 0.132
#> SRR657801 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.1289 0.8864 0.000 0.968 0.032
#> SRR1472462 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 2 0.4485 0.7504 0.020 0.844 0.136
#> SRR656886 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498337 3 0.5465 0.8015 0.000 0.288 0.712
#> SRR613066 1 0.5760 0.7624 0.672 0.000 0.328
#> SRR1309490 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 3 0.5882 0.8042 0.000 0.348 0.652
#> SRR1447347 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 3 0.6322 0.7972 0.024 0.276 0.700
#> SRR1434332 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 3 0.5465 0.8015 0.000 0.288 0.712
#> SRR1345936 3 0.3551 0.7068 0.000 0.132 0.868
#> SRR665658 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR657880 2 0.1163 0.8880 0.000 0.972 0.028
#> SRR1373903 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 3 0.6267 0.6166 0.000 0.452 0.548
#> SRR660981 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.3267 0.8443 0.884 0.000 0.116
#> SRR819658 2 0.2711 0.8467 0.000 0.912 0.088
#> SRR1376316 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0747 0.8933 0.000 0.984 0.016
#> SRR1476719 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.1031 0.8901 0.000 0.976 0.024
#> SRR1095695 1 0.7742 0.7156 0.632 0.080 0.288
#> SRR1352391 3 0.6045 0.4024 0.380 0.000 0.620
#> SRR1498813 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR627437 3 0.7138 0.7350 0.120 0.160 0.720
#> SRR2185097 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.4121 0.5105 0.168 0.000 0.832
#> SRR1091670 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 1 0.3941 0.8397 0.844 0.000 0.156
#> SRR1479640 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR1074769 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 1 0.5882 0.7466 0.652 0.000 0.348
#> SRR1359609 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0237 0.8965 0.000 0.996 0.004
#> SRR2165182 2 0.0424 0.8956 0.000 0.992 0.008
#> SRR608542 3 0.5465 0.8015 0.000 0.288 0.712
#> SRR655064 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR1432430 2 0.7666 0.4544 0.076 0.636 0.288
#> SRR808472 3 0.6026 0.7936 0.000 0.376 0.624
#> SRR1414958 1 0.6935 0.6976 0.604 0.024 0.372
#> SRR598484 2 0.1860 0.8707 0.000 0.948 0.052
#> SRR612755 1 0.3116 0.7715 0.892 0.108 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.7309 0.2383 0.416 0.032 0.552
#> SRR1322373 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR1489265 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.1031 0.8901 0.000 0.976 0.024
#> SRR607279 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 2 0.6924 0.2877 0.400 0.580 0.020
#> SRR612887 2 0.1163 0.8884 0.000 0.972 0.028
#> SRR809807 2 0.4974 0.6855 0.000 0.764 0.236
#> SRR663112 2 0.4842 0.6920 0.000 0.776 0.224
#> SRR1346933 3 0.7256 0.7445 0.124 0.164 0.712
#> SRR1487910 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR603092 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR1417680 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0424 0.8701 0.992 0.000 0.008
#> SRR1070015 2 0.4605 0.7261 0.000 0.796 0.204
#> SRR1466222 2 0.0592 0.8946 0.000 0.988 0.012
#> SRR1416119 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR819318 1 0.1860 0.8671 0.948 0.000 0.052
#> SRR608288 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0892 0.8918 0.000 0.980 0.020
#> SRR613138 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 1 0.5098 0.8097 0.752 0.000 0.248
#> SRR607839 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.1289 0.8681 0.968 0.000 0.032
#> SRR601311 3 0.5529 0.8033 0.000 0.296 0.704
#> SRR1406685 3 0.5948 0.8030 0.000 0.360 0.640
#> SRR1467500 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 2 0.8454 0.3907 0.112 0.572 0.316
#> SRR1312522 2 0.8181 0.4082 0.096 0.592 0.312
#> SRR1490486 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.5864 0.7855 0.704 0.008 0.288
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 3 0.6026 0.7964 0.000 0.376 0.624
#> SRR1102804 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.3941 0.8397 0.844 0.000 0.156
#> SRR1347795 1 0.5465 0.7908 0.712 0.000 0.288
#> SRR601900 2 0.0892 0.8918 0.000 0.980 0.020
#> SRR1330989 2 0.0424 0.8920 0.000 0.992 0.008
#> SRR658445 2 0.4702 0.7157 0.000 0.788 0.212
#> SRR1368754 1 0.3941 0.8397 0.844 0.000 0.156
#> SRR1460001 2 0.0000 0.8971 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.6387 0.7682 0.680 0.020 0.300
#> SRR614948 1 0.0000 0.8701 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.7338 0.7383 0.652 0.060 0.288
#> SRR1321528 1 0.6305 -0.0620 0.516 0.484 0.000
#> SRR627447 1 0.4002 0.8389 0.840 0.000 0.160
#> SRR612239 3 0.7444 0.6468 0.220 0.096 0.684
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.1716 0.8430 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR603858 4 0.3123 0.8319 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR817070 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486995 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR813043 2 0.2281 0.9118 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR656874 2 0.1978 0.9232 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR659037 4 0.1151 0.8655 0.024 0.000 0.008 0.968
#> SRR662031 1 0.0188 0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1081283 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1481036 3 0.2924 0.7805 0.016 0.100 0.884 0.000
#> SRR1434009 2 0.2918 0.8980 0.000 0.876 0.008 0.116
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.3088 0.8912 0.000 0.864 0.008 0.128
#> SRR665429 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR600784 3 0.3764 0.7235 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.1042 0.9020 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 4 0.3810 0.7171 0.188 0.000 0.008 0.804
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.6100 0.5634 0.084 0.272 0.644 0.000
#> SRR607863 2 0.2053 0.9228 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1475524 1 0.1022 0.9000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.4049 0.8094 0.000 0.780 0.008 0.212
#> SRR601477 2 0.2216 0.9140 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1487215 2 0.1867 0.9228 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1310797 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1362713 1 0.0376 0.9181 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.1867 0.9227 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1102079 3 0.4661 0.5491 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663573 4 0.2408 0.8934 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR603188 2 0.1305 0.9192 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1471200 2 0.2281 0.9118 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627457 2 0.1721 0.9139 0.028 0.952 0.012 0.008
#> SRR1367654 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1488410 1 0.0524 0.9157 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1457750 2 0.1792 0.8933 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1099546 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.1940 0.9216 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR612791 1 0.4790 0.3946 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1470580 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444063 2 0.5750 0.6733 0.216 0.696 0.000 0.088
#> SRR1355578 1 0.0376 0.9181 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR814244 4 0.5165 0.0752 0.484 0.000 0.004 0.512
#> SRR1404123 2 0.4730 0.3367 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR656934 1 0.4543 0.4344 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.2530 0.9085 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1391376 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR661842 4 0.2281 0.8950 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1395699 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1312209 1 0.0188 0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0336 0.8586 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 4 0.0376 0.8684 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR604677 3 0.4889 0.5274 0.360 0.000 0.636 0.004
#> SRR603800 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.1302 0.8860 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR817488 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.2589 0.8873 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1434821 2 0.2281 0.9118 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1349166 2 0.2466 0.9103 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR615129 2 0.1022 0.9219 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.1792 0.9242 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1411070 4 0.2589 0.8860 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR663038 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.3528 0.7471 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR662954 4 0.0707 0.8774 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1375738 3 0.4804 0.4863 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1356577 4 0.5060 0.2842 0.412 0.000 0.004 0.584
#> SRR1073119 3 0.4697 0.5402 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR663549 1 0.4898 0.1635 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811866 1 0.3569 0.6976 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1401101 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1477797 4 0.0000 0.8674 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 2 0.1792 0.9041 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1419869 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601723 4 0.3257 0.8571 0.000 0.152 0.004 0.844
#> SRR1384115 2 0.4410 0.8450 0.000 0.808 0.064 0.128
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.4830 0.4692 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1322595 1 0.2480 0.8322 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR1370423 2 0.4730 0.5128 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1314976 1 0.3837 0.6869 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1319560 4 0.0524 0.8673 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1352683 1 0.1543 0.8882 0.956 0.032 0.008 0.004
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.5321 0.6087 0.296 0.000 0.672 0.032
#> SRR1360807 4 0.2546 0.8943 0.008 0.092 0.000 0.900
#> SRR1332544 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR598695 1 0.4356 0.5491 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR807824 2 0.1867 0.9230 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR809296 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR657927 1 0.1867 0.8746 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1440682 2 0.1576 0.9295 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1454415 2 0.2466 0.9103 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1419131 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1404293 1 0.0188 0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473340 3 0.2216 0.8177 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.4697 0.6232 0.296 0.000 0.696 0.008
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0524 0.9371 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1312558 2 0.0707 0.9360 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1417088 2 0.4761 0.3119 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662257 4 0.0336 0.8651 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR600417 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR812493 4 0.0188 0.8664 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR612743 1 0.4925 0.1186 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1361345 1 0.0336 0.9172 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR600584 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310520 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1395595 3 0.0188 0.8560 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1334074 4 0.4769 0.4763 0.000 0.308 0.008 0.684
#> SRR654838 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 3 0.3024 0.7878 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1433841 2 0.1792 0.9248 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1366837 3 0.4830 0.4691 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0188 0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR814703 2 0.1398 0.9315 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR661937 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614359 1 0.4955 0.1146 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1337624 2 0.0188 0.9371 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0469 0.9374 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1413644 2 0.2466 0.9103 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.1302 0.8441 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1315103 1 0.0469 0.9141 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1099286 1 0.0524 0.9146 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR2166570 2 0.1762 0.9051 0.048 0.944 0.004 0.004
#> SRR601445 1 0.0188 0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377026 4 0.3764 0.7879 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1469345 3 0.4992 0.0605 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.0469 0.8596 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1339175 1 0.4790 0.3946 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.2466 0.9103 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR660800 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.2799 0.9027 0.000 0.884 0.008 0.108
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.1022 0.9000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1400955 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1072150 2 0.1118 0.9338 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.0592 0.8596 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1098074 2 0.3545 0.8625 0.000 0.828 0.008 0.164
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.0188 0.8539 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR627464 2 0.1637 0.9014 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1409193 1 0.0376 0.9181 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2168286 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR615539 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.1139 0.8542 0.012 0.008 0.972 0.008
#> SRR1471989 3 0.0336 0.8586 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381934 1 0.1022 0.9000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1471098 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1314749 3 0.4967 0.3113 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2166874 4 0.0336 0.8651 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR821302 1 0.1022 0.9000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1435066 2 0.2053 0.9215 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR661601 2 0.2466 0.9103 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1446546 2 0.2530 0.9085 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1419784 3 0.2149 0.8040 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1357233 4 0.0336 0.8651 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0524 0.9157 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1324250 2 0.2334 0.9092 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1442862 2 0.2918 0.8980 0.000 0.876 0.008 0.116
#> SRR662474 4 0.2589 0.8860 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1416226 1 0.4866 0.2055 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1417404 4 0.2589 0.8135 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR665466 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658849 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1460025 2 0.0804 0.9367 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.2530 0.8219 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1488429 3 0.0336 0.8586 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1087559 1 0.0188 0.9187 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR817004 2 0.8393 0.4670 0.188 0.548 0.176 0.088
#> SRR1429660 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR604390 3 0.1716 0.8260 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR614936 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365938 2 0.1022 0.9219 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.2011 0.8948 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR660414 2 0.2088 0.8875 0.064 0.928 0.004 0.004
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.4925 0.3806 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1398036 4 0.0895 0.8764 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.6155 0.5628 0.076 0.272 0.648 0.004
#> SRR608630 4 0.2586 0.8791 0.040 0.048 0.000 0.912
#> SRR655625 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR599059 2 0.2644 0.9086 0.000 0.908 0.060 0.032
#> SRR615189 2 0.3219 0.7796 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1466889 2 0.2611 0.9088 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR1084602 4 0.2593 0.8917 0.016 0.080 0.000 0.904
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1385300 3 0.0376 0.8578 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.1661 0.9284 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR820596 1 0.1118 0.8990 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1318118 1 0.1305 0.8989 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.1824 0.8557 0.936 0.060 0.004 0.000
#> SRR1341833 2 0.2530 0.9084 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1441826 4 0.2281 0.8950 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0336 0.8594 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR665217 3 0.0188 0.8580 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR819186 2 0.1022 0.9346 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR661517 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415872 2 0.2714 0.9034 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1415463 3 0.0707 0.8583 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1381161 4 0.0188 0.8664 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1442231 2 0.1356 0.9188 0.032 0.960 0.000 0.008
#> SRR1374696 1 0.0188 0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1451988 2 0.4866 0.4042 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR660555 1 0.4193 0.5922 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR657801 1 0.0188 0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663344 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 2 0.2345 0.8878 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498337 4 0.0000 0.8674 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613066 3 0.0188 0.8580 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1309490 1 0.0188 0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR602492 4 0.1792 0.8925 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1447347 1 0.1118 0.8990 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.2611 0.8946 0.000 0.096 0.008 0.896
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070358 4 0.0336 0.8651 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1345936 4 0.0188 0.8664 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR665658 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657880 2 0.2466 0.9103 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657396 4 0.3249 0.7894 0.000 0.140 0.008 0.852
#> SRR660981 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.4222 0.5852 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR819658 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.1302 0.9315 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1476719 1 0.0188 0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403478 2 0.2053 0.9215 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1095695 3 0.0336 0.8594 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1352391 4 0.5060 0.3156 0.412 0.000 0.004 0.584
#> SRR1498813 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR627437 4 0.3004 0.8780 0.008 0.100 0.008 0.884
#> SRR2185097 1 0.0188 0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR817166 3 0.6916 0.5728 0.236 0.000 0.588 0.176
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603776 3 0.4679 0.5469 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660152 3 0.0336 0.8594 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0524 0.8578 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0817 0.9354 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2165182 2 0.1576 0.9295 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR608542 4 0.0188 0.8664 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR655064 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1432430 3 0.0524 0.8564 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR808472 4 0.3266 0.8429 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1414958 3 0.0336 0.8586 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR598484 2 0.0817 0.9357 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR612755 1 0.1388 0.8935 0.960 0.028 0.012 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.5273 0.1303 0.536 0.000 0.008 0.456
#> SRR1322373 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.1978 0.9231 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR607279 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.4095 0.6877 0.804 0.172 0.024 0.000
#> SRR612887 2 0.3208 0.8733 0.000 0.848 0.004 0.148
#> SRR809807 3 0.5066 0.6697 0.000 0.120 0.768 0.112
#> SRR663112 2 0.5208 0.7664 0.000 0.748 0.172 0.080
#> SRR1346933 4 0.3791 0.7024 0.200 0.000 0.004 0.796
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0336 0.9185 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1070015 2 0.2675 0.9066 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1466222 2 0.0188 0.9378 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1416119 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR819318 1 0.3982 0.6774 0.776 0.000 0.220 0.004
#> SRR608288 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.2011 0.9192 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR613138 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.2011 0.8328 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.3942 0.6343 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR601311 4 0.0657 0.8731 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR1406685 4 0.2530 0.8950 0.000 0.100 0.004 0.896
#> SRR1467500 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.4788 0.7779 0.072 0.068 0.820 0.040
#> SRR1312522 3 0.0376 0.8578 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084766 4 0.2345 0.8951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.4679 0.5469 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1347795 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR601900 2 0.2466 0.9103 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1330989 2 0.0469 0.9339 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR658445 2 0.6083 0.6537 0.000 0.672 0.216 0.112
#> SRR1368754 3 0.4679 0.5469 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0469 0.8602 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0336 0.8594 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1321528 1 0.0376 0.9176 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR627447 3 0.3837 0.7153 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR612239 4 0.4114 0.7221 0.200 0.008 0.004 0.788
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.1988 0.8085 0.048 0.000 0.928 0.016 0.008
#> SRR603858 4 0.1792 0.8364 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR817070 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1486995 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.1410 0.8626 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR656874 2 0.2280 0.7885 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR659037 4 0.1662 0.8845 0.004 0.000 0.004 0.936 0.056
#> SRR662031 1 0.0740 0.8301 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1081283 4 0.0703 0.9064 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1481036 3 0.4127 0.6283 0.004 0.212 0.760 0.016 0.008
#> SRR1434009 5 0.3366 0.8527 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1376676 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1396967 5 0.3628 0.8484 0.000 0.216 0.000 0.012 0.772
#> SRR665429 2 0.0404 0.9037 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1388025 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR600784 3 0.3805 0.6906 0.192 0.000 0.784 0.016 0.008
#> SRR657611 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1333659 5 0.3366 0.8527 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1323896 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1453971 1 0.3391 0.8248 0.800 0.000 0.012 0.000 0.188
#> SRR1421010 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1334490 3 0.0162 0.8284 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1468637 5 0.4215 0.5997 0.168 0.000 0.000 0.064 0.768
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.5792 0.4548 0.040 0.328 0.600 0.020 0.012
#> SRR607863 5 0.4323 0.7973 0.000 0.332 0.000 0.012 0.656
#> SRR1475524 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1405504 2 0.3231 0.7298 0.000 0.800 0.000 0.004 0.196
#> SRR615695 1 0.0000 0.8343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 5 0.3575 0.7748 0.000 0.120 0.000 0.056 0.824
#> SRR601477 2 0.1410 0.8626 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1487215 2 0.1270 0.8701 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1310797 5 0.3521 0.8524 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> SRR1362713 1 0.0290 0.8331 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.8343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.1410 0.8626 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1102079 3 0.4931 0.4182 0.372 0.000 0.600 0.016 0.012
#> SRR1357210 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR657659 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR663573 4 0.2708 0.8538 0.000 0.072 0.000 0.884 0.044
#> SRR603188 2 0.2732 0.7454 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1471200 5 0.4227 0.6605 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 2 0.4293 0.6842 0.176 0.776 0.004 0.016 0.028
#> SRR1367654 5 0.3684 0.8372 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1488410 1 0.1087 0.8260 0.968 0.000 0.008 0.016 0.008
#> SRR1457750 2 0.4088 0.6985 0.168 0.776 0.000 0.000 0.056
#> SRR1099546 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.1341 0.8668 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1458447 2 0.0324 0.9037 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1473161 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1409813 5 0.3366 0.8527 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR612791 1 0.6395 0.2389 0.424 0.000 0.408 0.000 0.168
#> SRR1470580 2 0.1341 0.8886 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1444063 2 0.4313 0.6165 0.228 0.732 0.000 0.000 0.040
#> SRR1355578 1 0.1087 0.8260 0.968 0.000 0.008 0.016 0.008
#> SRR1429203 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR599154 5 0.4219 0.6603 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR814244 4 0.5550 0.3682 0.400 0.000 0.000 0.528 0.072
#> SRR1404123 2 0.5274 0.3146 0.000 0.572 0.000 0.372 0.056
#> SRR656934 1 0.3913 0.4816 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR821525 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1443677 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1406330 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1338124 2 0.2464 0.8257 0.000 0.888 0.000 0.016 0.096
#> SRR1391376 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1395699 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0290 0.8331 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR658885 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0162 0.8339 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR603620 4 0.4306 0.0416 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR604677 3 0.4863 0.3955 0.384 0.000 0.592 0.016 0.008
#> SRR603800 2 0.0162 0.9044 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR602058 4 0.0671 0.9015 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR817488 2 0.1282 0.8931 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR655601 4 0.3043 0.8380 0.000 0.080 0.000 0.864 0.056
#> SRR1434821 2 0.2011 0.8370 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1349166 5 0.3661 0.8390 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR615129 2 0.3882 0.7069 0.168 0.788 0.000 0.000 0.044
#> SRR607586 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0963 0.8838 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1411070 4 0.0609 0.9077 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR663038 2 0.0510 0.9029 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1489416 2 0.1041 0.8986 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1479155 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR662162 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1374567 3 0.3544 0.7191 0.164 0.000 0.812 0.016 0.008
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.1043 0.8985 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR2170135 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR615551 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1370216 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR662954 4 0.0609 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1375738 3 0.4884 0.3772 0.392 0.000 0.584 0.016 0.008
#> SRR1356577 4 0.4425 0.2836 0.392 0.000 0.008 0.600 0.000
#> SRR1073119 3 0.4852 0.4050 0.380 0.000 0.596 0.016 0.008
#> SRR663549 1 0.4950 0.1739 0.552 0.000 0.424 0.016 0.008
#> SRR1478015 2 0.0162 0.9036 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811866 1 0.2331 0.7881 0.908 0.000 0.068 0.016 0.008
#> SRR1401101 5 0.3395 0.8523 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1477797 4 0.0609 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 2 0.3742 0.6966 0.184 0.792 0.000 0.012 0.012
#> SRR1419869 3 0.3093 0.7051 0.008 0.000 0.824 0.000 0.168
#> SRR1490700 1 0.0000 0.8343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601723 4 0.4565 0.7040 0.000 0.176 0.008 0.752 0.064
#> SRR1384115 5 0.3366 0.8527 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1476927 2 0.0566 0.9039 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1387769 3 0.4903 0.3572 0.400 0.000 0.576 0.016 0.008
#> SRR1322595 1 0.4210 0.2376 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1370423 2 0.5137 0.2137 0.000 0.536 0.424 0.000 0.040
#> SRR1314976 1 0.3398 0.7150 0.780 0.000 0.004 0.216 0.000
#> SRR1319560 5 0.3884 0.4888 0.000 0.004 0.000 0.288 0.708
#> SRR1352683 1 0.4848 0.6683 0.752 0.168 0.008 0.016 0.056
#> SRR1473800 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1326384 3 0.6346 0.5191 0.272 0.000 0.596 0.064 0.068
#> SRR1360807 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1332544 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.6290 0.4022 0.500 0.000 0.332 0.000 0.168
#> SRR807824 2 0.0609 0.8928 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR809296 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR657927 1 0.4035 0.6906 0.756 0.000 0.220 0.016 0.008
#> SRR1440682 2 0.1410 0.8787 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1454415 5 0.3816 0.8211 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1419131 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1404293 1 0.0981 0.8276 0.972 0.000 0.008 0.012 0.008
#> SRR1473340 3 0.1410 0.8048 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0162 0.8339 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.5959 0.5025 0.292 0.000 0.596 0.016 0.096
#> SRR1321808 2 0.0162 0.9036 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382756 2 0.2233 0.8587 0.000 0.892 0.000 0.004 0.104
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.5226 0.3084 0.000 0.572 0.000 0.376 0.052
#> SRR1433027 2 0.0671 0.9027 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR662257 5 0.3671 0.5458 0.000 0.008 0.000 0.236 0.756
#> SRR600417 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR812493 4 0.1478 0.8820 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR612743 1 0.4956 0.1591 0.548 0.000 0.428 0.016 0.008
#> SRR1361345 1 0.0290 0.8327 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR600584 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1310520 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1395595 3 0.0290 0.8259 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334074 5 0.4766 0.8316 0.000 0.220 0.000 0.072 0.708
#> SRR654838 2 0.0290 0.9022 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1376694 3 0.3074 0.7000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.4610 0.6763 0.168 0.740 0.000 0.000 0.092
#> SRR1366837 3 0.4912 0.3464 0.404 0.000 0.572 0.016 0.008
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0290 0.8331 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 5 0.3366 0.8527 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR814703 5 0.4074 0.7616 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR661937 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR614359 1 0.6163 0.4732 0.540 0.000 0.292 0.000 0.168
#> SRR1071568 2 0.0324 0.9044 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1389084 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0162 0.9036 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1414290 2 0.0671 0.8984 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1413644 5 0.3661 0.8390 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1098998 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1481279 3 0.2971 0.7170 0.008 0.000 0.836 0.000 0.156
#> SRR1315103 1 0.0290 0.8327 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099286 1 0.1087 0.8260 0.968 0.000 0.008 0.016 0.008
#> SRR2166570 2 0.1988 0.8833 0.000 0.928 0.008 0.016 0.048
#> SRR601445 1 0.1087 0.8260 0.968 0.000 0.008 0.016 0.008
#> SRR1439719 2 0.0579 0.9043 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1377026 4 0.2583 0.8188 0.000 0.132 0.000 0.864 0.004
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1460433 4 0.0609 0.9078 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1469345 3 0.6131 0.2086 0.284 0.000 0.548 0.000 0.168
#> SRR1421462 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR662966 3 0.0960 0.8236 0.004 0.000 0.972 0.016 0.008
#> SRR1339175 1 0.6395 0.2389 0.424 0.000 0.408 0.000 0.168
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 5 0.3661 0.8390 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR660800 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.3424 0.8515 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1342023 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1335670 1 0.2930 0.8383 0.832 0.000 0.004 0.000 0.164
#> SRR1400955 5 0.3366 0.8527 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1072150 2 0.0162 0.9022 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442822 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1364658 3 0.0404 0.8284 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1098074 5 0.3366 0.8527 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1442778 1 0.2970 0.8382 0.828 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1086728 3 0.0290 0.8259 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR627464 2 0.2104 0.8765 0.000 0.916 0.000 0.024 0.060
#> SRR1409193 1 0.0290 0.8331 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2168286 4 0.2729 0.8568 0.000 0.060 0.000 0.884 0.056
#> SRR615539 2 0.0162 0.9036 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663623 3 0.1488 0.8210 0.012 0.008 0.956 0.016 0.008
#> SRR1471989 3 0.0162 0.8284 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.0162 0.9036 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381934 1 0.2813 0.7481 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1471098 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1314749 3 0.4989 0.1841 0.456 0.000 0.520 0.016 0.008
#> SRR2166874 5 0.3561 0.5136 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR821302 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1435066 5 0.4074 0.7593 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR661601 5 0.4287 0.5550 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1446546 5 0.3999 0.7683 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1419784 3 0.4418 0.4945 0.000 0.000 0.652 0.016 0.332
#> SRR1357233 5 0.3366 0.5484 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1441889 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1413940 1 0.0290 0.8331 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1324250 5 0.3790 0.7708 0.000 0.272 0.000 0.004 0.724
#> SRR1442862 5 0.3366 0.8527 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR662474 4 0.1410 0.8853 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1416226 1 0.4920 0.2288 0.568 0.000 0.408 0.016 0.008
#> SRR1417404 4 0.1124 0.8843 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR665466 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR658849 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1460025 5 0.3861 0.7628 0.000 0.284 0.000 0.004 0.712
#> SRR1408136 1 0.0000 0.8343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.3840 0.7049 0.780 0.000 0.196 0.016 0.008
#> SRR1488429 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.4088 0.6713 0.776 0.168 0.000 0.000 0.056
#> SRR817004 5 0.7925 0.4159 0.196 0.316 0.096 0.000 0.392
#> SRR1429660 5 0.3366 0.8527 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR604390 3 0.4641 0.1230 0.000 0.000 0.532 0.012 0.456
#> SRR614936 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365938 2 0.3304 0.7220 0.168 0.816 0.000 0.000 0.016
#> SRR1437324 1 0.0162 0.8352 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613414 4 0.0609 0.9078 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR660414 2 0.2220 0.8781 0.004 0.920 0.008 0.016 0.052
#> SRR1452185 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1347020 3 0.5127 0.3030 0.416 0.000 0.552 0.016 0.016
#> SRR1398036 4 0.0609 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1436674 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR603750 3 0.5651 0.4465 0.036 0.336 0.600 0.020 0.008
#> SRR608630 4 0.2953 0.8077 0.144 0.012 0.000 0.844 0.000
#> SRR655625 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR599059 2 0.1485 0.8909 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR615189 2 0.3930 0.7297 0.000 0.792 0.000 0.152 0.056
#> SRR1466889 5 0.3661 0.8390 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1084602 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1356805 5 0.3366 0.8527 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1385300 3 0.0000 0.8276 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654814 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR658385 2 0.3143 0.6243 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR820596 1 0.3660 0.7302 0.800 0.000 0.176 0.016 0.008
#> SRR1318118 1 0.1087 0.8260 0.968 0.000 0.008 0.016 0.008
#> SRR1480766 2 0.0451 0.9042 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1406539 1 0.2521 0.7695 0.896 0.084 0.008 0.008 0.004
#> SRR1341833 5 0.3707 0.8349 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1441826 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1448051 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1326752 3 0.0162 0.8273 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR665217 3 0.0000 0.8276 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0880 0.8991 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR661517 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.1341 0.8886 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR809065 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1415872 5 0.3838 0.8357 0.000 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR1415463 3 0.1200 0.8227 0.012 0.000 0.964 0.016 0.008
#> SRR1381161 4 0.0703 0.9000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1442231 2 0.3656 0.7111 0.168 0.800 0.000 0.000 0.032
#> SRR1374696 1 0.0290 0.8331 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1451988 2 0.5178 0.5492 0.000 0.676 0.256 0.016 0.052
#> SRR660555 1 0.6131 0.5007 0.548 0.000 0.284 0.000 0.168
#> SRR657801 1 0.1059 0.8365 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR663344 5 0.3424 0.8518 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1472462 2 0.0324 0.9035 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1406176 2 0.1205 0.8811 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR656886 2 0.0451 0.9045 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1498337 4 0.0609 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR613066 3 0.0000 0.8276 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.3660 0.8314 0.800 0.000 0.008 0.016 0.176
#> SRR602492 4 0.0579 0.9062 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1447347 1 0.3205 0.7413 0.816 0.000 0.176 0.004 0.004
#> SRR1475546 2 0.2763 0.7261 0.000 0.848 0.000 0.004 0.148
#> SRR627459 4 0.2228 0.8729 0.000 0.012 0.008 0.912 0.068
#> SRR1434332 2 0.0162 0.9036 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070358 5 0.3636 0.5092 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1345936 4 0.1478 0.8820 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR665658 2 0.0510 0.9029 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1321351 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR657880 5 0.4182 0.6886 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1373903 2 0.0671 0.9027 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR657396 5 0.5283 0.6936 0.000 0.136 0.000 0.188 0.676
#> SRR660981 2 0.0451 0.9041 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR818499 1 0.6257 0.4258 0.512 0.000 0.320 0.000 0.168
#> SRR819658 5 0.3366 0.8527 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1376316 1 0.0000 0.8343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0510 0.8957 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1476719 1 0.0162 0.8339 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.4015 0.1602 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1095695 3 0.0798 0.8236 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1352391 4 0.4637 0.5226 0.292 0.000 0.004 0.676 0.028
#> SRR1498813 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR627437 4 0.3873 0.7967 0.000 0.084 0.008 0.820 0.088
#> SRR2185097 1 0.0981 0.8275 0.972 0.000 0.008 0.012 0.008
#> SRR817166 5 0.6244 0.2757 0.160 0.000 0.228 0.016 0.596
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 3 0.4841 0.4132 0.376 0.000 0.600 0.016 0.008
#> SRR1479640 5 0.4481 0.5553 0.000 0.416 0.000 0.008 0.576
#> SRR660152 3 0.0798 0.8236 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0324 0.9044 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1392502 3 0.1408 0.8063 0.008 0.000 0.948 0.000 0.044
#> SRR1359609 1 0.0000 0.8343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.1041 0.8921 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR2165182 2 0.1732 0.8425 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR608542 4 0.0703 0.9000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR655064 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1432430 3 0.0798 0.8236 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR808472 4 0.3291 0.8122 0.000 0.120 0.000 0.840 0.040
#> SRR1414958 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR598484 2 0.1544 0.8620 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR612755 1 0.1602 0.8260 0.952 0.012 0.012 0.016 0.008
#> SRR1365808 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1391724 1 0.6106 0.1010 0.460 0.000 0.008 0.436 0.096
#> SRR1322373 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1359099 2 0.4015 0.1524 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR607279 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR810461 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.3968 0.6759 0.812 0.140 0.024 0.016 0.008
#> SRR612887 5 0.4109 0.8311 0.000 0.288 0.000 0.012 0.700
#> SRR809807 5 0.3093 0.5984 0.000 0.008 0.168 0.000 0.824
#> SRR663112 5 0.5171 0.7643 0.000 0.276 0.076 0.000 0.648
#> SRR1346933 4 0.4934 0.6902 0.188 0.000 0.000 0.708 0.104
#> SRR1487910 1 0.0000 0.8343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.0609 0.9077 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1417680 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1383785 1 0.3242 0.8362 0.816 0.000 0.012 0.000 0.172
#> SRR1070015 5 0.3395 0.8523 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1466222 2 0.2286 0.8544 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1416119 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR819318 1 0.2635 0.7776 0.888 0.000 0.088 0.016 0.008
#> SRR608288 2 0.1197 0.8929 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR811121 2 0.0880 0.8854 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR613138 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.2266 0.7978 0.064 0.000 0.912 0.016 0.008
#> SRR607839 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1337031 1 0.5155 0.7200 0.692 0.000 0.140 0.000 0.168
#> SRR601311 4 0.0609 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1406685 4 0.0510 0.9085 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1467500 4 0.1270 0.8912 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1308504 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1312865 3 0.5605 0.6838 0.044 0.096 0.732 0.016 0.112
#> SRR1312522 3 0.0451 0.8262 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1098785 5 0.4542 0.5992 0.000 0.456 0.000 0.008 0.536
#> SRR1084766 4 0.1943 0.8836 0.000 0.020 0.000 0.924 0.056
#> SRR1102804 2 0.1502 0.8879 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1336636 3 0.4841 0.4132 0.376 0.000 0.600 0.016 0.008
#> SRR1347795 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR601900 2 0.2471 0.7679 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1330989 2 0.0807 0.9030 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR658445 5 0.4162 0.8093 0.000 0.176 0.056 0.000 0.768
#> SRR1368754 3 0.4841 0.4132 0.376 0.000 0.600 0.016 0.008
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9037 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0290 0.8289 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.2813 0.8387 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1472952 3 0.0000 0.8276 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.1087 0.8260 0.968 0.000 0.008 0.016 0.008
#> SRR627447 3 0.3907 0.6773 0.204 0.000 0.772 0.016 0.008
#> SRR612239 4 0.3750 0.7968 0.116 0.000 0.004 0.820 0.060
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.3774 0.6731 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR603858 4 0.6218 0.6250 0.024 0.080 0.000 0.464 0.028 0.404
#> SRR817070 2 0.4076 0.6273 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR1486995 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0458 0.7098 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR656874 2 0.4980 0.5596 0.000 0.648 0.000 0.168 0.184 0.000
#> SRR659037 4 0.5768 0.4629 0.000 0.000 0.000 0.492 0.308 0.200
#> SRR662031 6 0.3869 0.2815 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1081283 4 0.4868 0.6789 0.000 0.008 0.000 0.548 0.044 0.400
#> SRR1481036 3 0.3899 0.6742 0.404 0.004 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434009 5 0.1265 0.7625 0.000 0.044 0.000 0.008 0.948 0.000
#> SRR1376676 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1396967 5 0.1141 0.7642 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR665429 2 0.3838 0.6328 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR600784 3 0.3789 0.6681 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1333659 5 0.1714 0.7635 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1323896 2 0.4032 0.6477 0.000 0.572 0.000 0.420 0.008 0.000
#> SRR1453971 1 0.4366 0.1419 0.596 0.000 0.012 0.000 0.012 0.380
#> SRR1421010 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1334490 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1468637 5 0.1265 0.7362 0.000 0.000 0.000 0.008 0.948 0.044
#> SRR1365489 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.5083 0.6440 0.408 0.036 0.532 0.024 0.000 0.000
#> SRR607863 5 0.5029 0.3617 0.000 0.072 0.000 0.444 0.484 0.000
#> SRR1475524 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1405504 4 0.5296 -0.5581 0.000 0.448 0.000 0.452 0.100 0.000
#> SRR615695 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR600900 5 0.1049 0.7556 0.000 0.032 0.000 0.008 0.960 0.000
#> SRR601477 2 0.0458 0.7098 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1487215 2 0.0458 0.7098 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1310797 5 0.1265 0.7450 0.000 0.008 0.000 0.044 0.948 0.000
#> SRR1362713 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1431385 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1379089 2 0.0458 0.7098 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1102079 3 0.4609 0.6240 0.436 0.000 0.532 0.000 0.008 0.024
#> SRR1357210 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR657659 2 0.4076 0.6273 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR663573 4 0.4802 0.5557 0.000 0.068 0.000 0.660 0.012 0.260
#> SRR603188 4 0.5809 -0.4514 0.000 0.360 0.000 0.452 0.188 0.000
#> SRR1471200 2 0.3854 -0.2247 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 4 0.7148 -0.0289 0.300 0.112 0.000 0.408 0.000 0.180
#> SRR1367654 5 0.2597 0.7443 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1488410 1 0.3126 0.1067 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1457750 2 0.4301 0.5924 0.000 0.732 0.000 0.072 0.008 0.188
#> SRR1099546 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.2823 0.7160 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0363 0.7124 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1458447 2 0.2019 0.7233 0.000 0.900 0.000 0.088 0.012 0.000
#> SRR1473161 2 0.2948 0.7173 0.000 0.804 0.000 0.188 0.008 0.000
#> SRR1409813 5 0.1141 0.7642 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR612791 1 0.3838 0.1524 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.0520 0.7179 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1444063 2 0.3673 0.5636 0.024 0.780 0.000 0.000 0.016 0.180
#> SRR1355578 1 0.3843 -0.1976 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1429203 1 0.3782 0.1373 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR599154 5 0.3592 0.5854 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR814244 4 0.7155 0.2268 0.096 0.000 0.000 0.400 0.284 0.220
#> SRR1404123 4 0.3984 -0.4392 0.000 0.396 0.000 0.596 0.008 0.000
#> SRR656934 1 0.6075 0.1677 0.396 0.000 0.324 0.000 0.000 0.280
#> SRR1339029 2 0.4076 0.6273 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR821525 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1443677 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1406330 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1338124 2 0.4368 0.4399 0.048 0.656 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1391376 3 0.0146 0.7618 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1395699 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1359469 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR658885 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414578 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR603620 5 0.5587 0.1606 0.000 0.000 0.000 0.428 0.432 0.140
#> SRR604677 3 0.4095 0.6061 0.480 0.000 0.512 0.000 0.000 0.008
#> SRR603800 2 0.1327 0.7227 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR817488 2 0.1643 0.7215 0.000 0.924 0.000 0.068 0.008 0.000
#> SRR655601 4 0.1333 0.3986 0.000 0.048 0.000 0.944 0.008 0.000
#> SRR1434821 2 0.2260 0.6134 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1349166 5 0.3464 0.6585 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR615129 2 0.5173 0.6014 0.000 0.636 0.000 0.172 0.004 0.188
#> SRR607586 2 0.0458 0.7217 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0547 0.7086 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1411070 4 0.4432 0.6664 0.000 0.000 0.000 0.600 0.036 0.364
#> SRR663038 2 0.3843 0.6312 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.3966 0.6328 0.000 0.552 0.000 0.444 0.004 0.000
#> SRR1479155 1 0.3756 0.1561 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR662162 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1374567 3 0.3789 0.6681 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0865 0.4555 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2170135 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR615551 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.4072 0.6304 0.000 0.544 0.000 0.448 0.008 0.000
#> SRR1370216 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662954 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1375738 3 0.3862 0.6165 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356577 6 0.4196 -0.1059 0.028 0.000 0.000 0.172 0.044 0.756
#> SRR1073119 3 0.4385 0.6140 0.444 0.000 0.532 0.000 0.000 0.024
#> SRR663549 1 0.3789 -0.4439 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.2527 0.7214 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.3833 0.6341 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR811866 1 0.3776 0.1451 0.760 0.000 0.052 0.000 0.000 0.188
#> SRR1401101 5 0.1141 0.7642 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1477797 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1402986 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 2 0.3715 0.5553 0.048 0.764 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1419869 3 0.2697 0.5783 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490700 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR601723 4 0.4432 0.1680 0.352 0.024 0.000 0.616 0.008 0.000
#> SRR1384115 5 0.1141 0.7642 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1476927 2 0.3833 0.6341 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.3864 0.6121 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322595 5 0.4812 0.3941 0.096 0.000 0.000 0.000 0.640 0.264
#> SRR1370423 3 0.5758 0.0484 0.000 0.284 0.504 0.000 0.212 0.000
#> SRR1314976 6 0.6394 0.1037 0.372 0.000 0.000 0.144 0.044 0.440
#> SRR1319560 5 0.4756 0.5809 0.000 0.000 0.000 0.200 0.672 0.128
#> SRR1352683 1 0.7366 0.0928 0.424 0.136 0.000 0.004 0.236 0.200
#> SRR1473800 1 0.3782 0.1373 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1326384 3 0.6085 0.5845 0.392 0.000 0.460 0.004 0.120 0.024
#> SRR1360807 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1332544 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.4482 0.1588 0.580 0.000 0.384 0.000 0.000 0.036
#> SRR807824 2 0.0260 0.7149 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR809296 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657927 1 0.3043 0.1821 0.792 0.000 0.200 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440682 2 0.4552 0.6373 0.000 0.572 0.000 0.388 0.040 0.000
#> SRR1454415 5 0.4856 0.5401 0.000 0.360 0.000 0.068 0.572 0.000
#> SRR1419131 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1404293 1 0.3868 -0.3038 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1473340 3 0.0547 0.7499 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1323382 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 1 0.6884 -0.4224 0.356 0.000 0.320 0.000 0.276 0.048
#> SRR1321808 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.3990 0.5151 0.000 0.688 0.000 0.028 0.284 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.3993 -0.4424 0.000 0.400 0.000 0.592 0.008 0.000
#> SRR1433027 2 0.3833 0.6341 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR662257 5 0.2135 0.7123 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR600417 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR812493 4 0.5758 0.4604 0.000 0.000 0.000 0.492 0.312 0.196
#> SRR612743 1 0.3804 -0.4612 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361345 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR600584 2 0.4076 0.6273 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR1310520 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1395595 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334074 5 0.5007 0.6383 0.000 0.132 0.000 0.008 0.664 0.196
#> SRR654838 2 0.0458 0.7165 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1376694 3 0.3776 0.5408 0.048 0.000 0.756 0.000 0.000 0.196
#> SRR1433841 2 0.3386 0.5730 0.000 0.788 0.000 0.008 0.016 0.188
#> SRR1366837 3 0.4456 0.6063 0.448 0.000 0.524 0.000 0.000 0.028
#> SRR1467479 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1471050 2 0.2378 0.7208 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR603004 5 0.1141 0.7642 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR814703 5 0.5294 0.3172 0.000 0.100 0.000 0.436 0.464 0.000
#> SRR661937 2 0.4076 0.6273 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR614359 1 0.6024 0.1671 0.424 0.000 0.268 0.000 0.000 0.308
#> SRR1071568 2 0.3747 0.6596 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.2135 0.7240 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.3717 0.6547 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 5 0.3464 0.6585 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR1098998 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1481279 3 0.2597 0.5936 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 6 0.3907 0.5037 0.408 0.000 0.000 0.004 0.000 0.588
#> SRR1099286 1 0.3126 0.1067 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2166570 4 0.5927 -0.2100 0.316 0.232 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR601445 1 0.3244 0.0919 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1439719 2 0.3288 0.7046 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1377026 4 0.1588 0.3830 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004 0.000
#> SRR1327386 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR654826 2 0.4076 0.6273 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR1460433 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1469345 3 0.3838 -0.0177 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0520 0.7179 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR662966 3 0.3765 0.6751 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.3857 0.1463 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 5 0.3482 0.6553 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR660800 2 0.3966 0.6328 0.000 0.552 0.000 0.444 0.004 0.000
#> SRR1465543 5 0.1327 0.7635 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1342023 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1335670 1 0.3899 0.1535 0.592 0.000 0.004 0.000 0.000 0.404
#> SRR1400955 5 0.1141 0.7642 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1364658 3 0.0260 0.7575 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 5 0.1141 0.7642 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1442778 1 0.3782 0.1373 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1086728 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627464 2 0.4315 0.5818 0.004 0.492 0.000 0.492 0.012 0.000
#> SRR1409193 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR2168286 4 0.0717 0.4211 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000
#> SRR615539 2 0.3833 0.6341 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.3765 0.6751 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471989 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.3828 0.6358 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1381934 1 0.5787 0.0456 0.444 0.000 0.180 0.000 0.000 0.376
#> SRR1471098 3 0.0260 0.7575 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 3 0.4757 0.5191 0.468 0.000 0.484 0.000 0.000 0.048
#> SRR2166874 5 0.2724 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.084 0.864 0.052
#> SRR821302 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1435066 5 0.5912 0.3483 0.000 0.324 0.000 0.224 0.452 0.000
#> SRR661601 2 0.3862 -0.3368 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1446546 5 0.2854 0.6890 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR1419784 3 0.5451 0.6286 0.328 0.000 0.532 0.000 0.140 0.000
#> SRR1357233 5 0.0260 0.7313 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1441889 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1413940 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1324250 5 0.2805 0.7099 0.000 0.160 0.000 0.012 0.828 0.000
#> SRR1442862 5 0.1141 0.7642 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR662474 4 0.0717 0.4283 0.000 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> SRR1416226 1 0.3756 -0.4167 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417404 4 0.5615 0.6491 0.052 0.000 0.000 0.488 0.044 0.416
#> SRR665466 2 0.4165 0.6255 0.000 0.536 0.000 0.452 0.012 0.000
#> SRR658849 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 5 0.4198 0.5862 0.000 0.060 0.000 0.232 0.708 0.000
#> SRR1408136 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1489995 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.2871 0.1883 0.804 0.000 0.192 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488429 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.6697 -0.0770 0.408 0.132 0.000 0.008 0.056 0.396
#> SRR817004 5 0.7036 0.4259 0.028 0.348 0.040 0.000 0.416 0.168
#> SRR1429660 5 0.2562 0.7444 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR604390 5 0.5416 0.2320 0.140 0.000 0.316 0.000 0.544 0.000
#> SRR614936 2 0.3833 0.6341 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1365938 2 0.2948 0.5822 0.000 0.804 0.000 0.008 0.000 0.188
#> SRR1437324 6 0.3789 0.4880 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR613414 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR660414 4 0.5862 -0.1649 0.344 0.204 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1452185 1 0.3782 0.1373 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1347020 3 0.3996 0.6001 0.484 0.000 0.512 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398036 4 0.4703 0.6808 0.000 0.000 0.000 0.544 0.048 0.408
#> SRR1436674 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR603750 3 0.4894 0.6398 0.412 0.004 0.532 0.052 0.000 0.000
#> SRR608630 6 0.4051 -0.6022 0.000 0.000 0.000 0.432 0.008 0.560
#> SRR655625 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR599059 2 0.0458 0.7118 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR615189 2 0.3534 0.5280 0.000 0.716 0.000 0.276 0.008 0.000
#> SRR1466889 5 0.3464 0.6585 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR1084602 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1335422 1 0.3774 0.1480 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1356805 5 0.2562 0.7444 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1385300 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654814 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR658385 2 0.5944 0.3670 0.000 0.400 0.000 0.384 0.216 0.000
#> SRR820596 1 0.3892 0.1950 0.752 0.000 0.188 0.000 0.000 0.060
#> SRR1318118 1 0.2697 0.1288 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1480766 2 0.3684 0.6610 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.4199 -0.0594 0.600 0.020 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1341833 5 0.3578 0.6318 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1441826 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1448051 1 0.3782 0.1373 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1326752 3 0.0146 0.7618 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0146 0.7189 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR661517 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0520 0.7179 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR809065 2 0.4076 0.6273 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR1415872 5 0.4745 0.6343 0.000 0.124 0.000 0.204 0.672 0.000
#> SRR1415463 3 0.3706 0.6830 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381161 4 0.4756 0.6785 0.000 0.000 0.000 0.540 0.052 0.408
#> SRR1442231 2 0.6018 0.5067 0.000 0.456 0.000 0.348 0.008 0.188
#> SRR1374696 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1451988 2 0.4776 0.4344 0.052 0.664 0.268 0.008 0.008 0.000
#> SRR660555 1 0.5044 0.1569 0.584 0.000 0.320 0.000 0.000 0.096
#> SRR657801 6 0.3868 0.3321 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR663344 5 0.3200 0.7364 0.000 0.196 0.000 0.016 0.788 0.000
#> SRR1472462 2 0.4385 0.6197 0.000 0.532 0.000 0.444 0.024 0.000
#> SRR1406176 2 0.0865 0.7123 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR656886 2 0.0622 0.7219 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1498337 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR613066 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.1444 0.1867 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR602492 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1447347 1 0.5702 0.0907 0.496 0.000 0.180 0.000 0.000 0.324
#> SRR1475546 2 0.5201 0.5777 0.000 0.500 0.000 0.408 0.092 0.000
#> SRR627459 6 0.6610 -0.4095 0.388 0.000 0.000 0.164 0.052 0.396
#> SRR1434332 2 0.3804 0.6445 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR1070358 5 0.3924 0.5384 0.000 0.000 0.000 0.052 0.740 0.208
#> SRR1345936 4 0.5758 0.4604 0.000 0.000 0.000 0.492 0.312 0.196
#> SRR665658 2 0.2135 0.7240 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.4076 0.6273 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR657880 5 0.3843 0.4516 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1373903 2 0.3833 0.6341 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR657396 5 0.4401 0.4070 0.000 0.024 0.000 0.464 0.512 0.000
#> SRR660981 2 0.3838 0.6328 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.4808 0.1590 0.576 0.000 0.360 0.000 0.000 0.064
#> SRR819658 5 0.1141 0.7642 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1376316 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1323723 2 0.0146 0.7170 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476719 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1403478 2 0.5333 0.1905 0.000 0.564 0.000 0.136 0.300 0.000
#> SRR1095695 3 0.2912 0.7236 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 6 0.6863 -0.2927 0.348 0.000 0.000 0.236 0.052 0.364
#> SRR1498813 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR627437 1 0.7318 -0.3619 0.384 0.000 0.000 0.168 0.148 0.300
#> SRR2185097 1 0.3857 -0.2352 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR817166 5 0.5042 0.3076 0.352 0.000 0.052 0.000 0.580 0.016
#> SRR1091670 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 3 0.3857 0.6244 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479640 4 0.5946 -0.3007 0.000 0.256 0.000 0.456 0.288 0.000
#> SRR660152 3 0.3592 0.6926 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.3706 0.6615 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.3966 0.6326 0.000 0.552 0.000 0.444 0.004 0.000
#> SRR1392502 3 0.3198 0.4914 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1359609 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR601925 2 0.0993 0.7162 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024 0.000
#> SRR2165182 2 0.5137 0.6270 0.000 0.596 0.000 0.284 0.120 0.000
#> SRR608542 4 0.4756 0.6785 0.000 0.000 0.000 0.540 0.052 0.408
#> SRR655064 4 0.4445 0.6762 0.000 0.000 0.000 0.572 0.032 0.396
#> SRR1432430 3 0.4326 0.6661 0.404 0.024 0.572 0.000 0.000 0.000
#> SRR808472 4 0.1444 0.3726 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598484 2 0.3729 0.4978 0.000 0.692 0.000 0.012 0.296 0.000
#> SRR612755 1 0.3053 0.1363 0.812 0.012 0.004 0.000 0.000 0.172
#> SRR1365808 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1391724 1 0.6669 -0.1147 0.480 0.000 0.000 0.104 0.304 0.112
#> SRR1322373 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.1967 0.7279 0.000 0.904 0.000 0.084 0.012 0.000
#> SRR1359099 2 0.5919 0.0666 0.000 0.452 0.000 0.228 0.320 0.000
#> SRR607279 2 0.3012 0.7156 0.000 0.796 0.000 0.196 0.008 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.4480 0.1193 0.716 0.084 0.000 0.008 0.000 0.192
#> SRR612887 5 0.5007 0.6502 0.000 0.196 0.000 0.132 0.664 0.008
#> SRR809807 5 0.1007 0.7346 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR663112 5 0.3766 0.6726 0.000 0.212 0.040 0.000 0.748 0.000
#> SRR1346933 4 0.6266 0.3130 0.008 0.000 0.000 0.392 0.260 0.340
#> SRR1487910 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR603092 4 0.4780 0.6819 0.000 0.004 0.000 0.544 0.044 0.408
#> SRR1417680 2 0.4067 0.6310 0.000 0.548 0.000 0.444 0.008 0.000
#> SRR1383785 1 0.3607 0.1170 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1070015 5 0.1141 0.7642 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1466222 2 0.3445 0.6360 0.000 0.796 0.000 0.048 0.156 0.000
#> SRR1416119 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819318 1 0.4007 0.1403 0.728 0.000 0.052 0.000 0.000 0.220
#> SRR608288 2 0.3360 0.7073 0.000 0.732 0.000 0.264 0.004 0.000
#> SRR811121 2 0.0632 0.7049 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR613138 2 0.2135 0.7240 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.3774 0.6731 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1337031 1 0.5404 0.1311 0.480 0.000 0.116 0.000 0.000 0.404
#> SRR601311 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1406685 4 0.4648 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> SRR1467500 4 0.2895 0.5106 0.000 0.016 0.000 0.852 0.016 0.116
#> SRR1308504 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1312865 3 0.5068 0.6444 0.408 0.004 0.532 0.008 0.048 0.000
#> SRR1312522 3 0.1444 0.7523 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1098785 4 0.5927 -0.2531 0.000 0.232 0.000 0.452 0.316 0.000
#> SRR1084766 4 0.4861 0.6755 0.000 0.004 0.000 0.552 0.052 0.392
#> SRR1102804 2 0.0405 0.7199 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1336636 3 0.3857 0.6244 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347795 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601900 2 0.2048 0.6033 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1330989 2 0.3838 0.6318 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR658445 5 0.1219 0.7630 0.000 0.048 0.004 0.000 0.948 0.000
#> SRR1368754 3 0.4857 0.5876 0.408 0.000 0.532 0.000 0.000 0.060
#> SRR1460001 2 0.0000 0.7189 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 6 0.3774 0.5107 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1326249 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.3765 0.1584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1472952 3 0.0000 0.7620 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.3695 -0.0451 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR627447 3 0.3789 0.6681 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR612239 6 0.5592 -0.5864 0.040 0.000 0.000 0.400 0.056 0.504
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.337 0.687 0.851 0.4203 0.556 0.556
#> 3 3 0.469 0.570 0.781 0.5417 0.671 0.463
#> 4 4 0.502 0.556 0.759 0.1302 0.801 0.499
#> 5 5 0.534 0.489 0.692 0.0468 0.911 0.683
#> 6 6 0.548 0.438 0.655 0.0334 0.902 0.632
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR603858 1 0.6438 0.8206 0.836 0.164
#> SRR817070 2 0.4161 0.7383 0.084 0.916
#> SRR1486995 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR813043 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.9833 0.2010 0.424 0.576
#> SRR659037 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR662031 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1081283 2 0.9754 0.2554 0.408 0.592
#> SRR1481036 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1434009 1 0.9866 -0.0291 0.568 0.432
#> SRR1376676 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1396967 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR665429 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.9754 0.2554 0.408 0.592
#> SRR600784 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR657611 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1333659 1 0.9580 0.1471 0.620 0.380
#> SRR1323896 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR1421010 1 0.4431 0.8592 0.908 0.092
#> SRR1334490 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1468637 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR1365489 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR607863 2 0.9933 0.1628 0.452 0.548
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR600900 1 0.4815 0.8117 0.896 0.104
#> SRR601477 2 0.4298 0.7282 0.088 0.912
#> SRR1487215 2 0.3114 0.7502 0.056 0.944
#> SRR1310797 2 0.9881 0.1669 0.436 0.564
#> SRR1362713 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1431385 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1379089 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.1633 0.8227 0.976 0.024
#> SRR1357210 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR657659 2 0.4161 0.7383 0.084 0.916
#> SRR663573 1 0.9286 0.5519 0.656 0.344
#> SRR603188 1 0.9909 -0.0676 0.556 0.444
#> SRR1471200 2 0.8386 0.5272 0.268 0.732
#> SRR1310975 2 0.5737 0.6863 0.136 0.864
#> SRR627457 1 0.6712 0.8198 0.824 0.176
#> SRR1367654 1 0.9710 0.0807 0.600 0.400
#> SRR1488410 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.6801 0.8157 0.820 0.180
#> SRR1099546 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR604480 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1409813 1 0.9522 0.1729 0.628 0.372
#> SRR612791 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1470580 1 0.8144 0.7304 0.748 0.252
#> SRR1444063 1 0.6531 0.8198 0.832 0.168
#> SRR1355578 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR1429203 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR599154 1 0.9044 0.3272 0.680 0.320
#> SRR814244 1 0.0376 0.8057 0.996 0.004
#> SRR1404123 2 0.1184 0.7722 0.016 0.984
#> SRR656934 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1339029 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.9754 0.2554 0.408 0.592
#> SRR1443677 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1406330 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1338124 1 0.6438 0.8238 0.836 0.164
#> SRR1391376 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR661842 2 0.9970 0.0550 0.468 0.532
#> SRR1395699 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR1312209 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1359469 1 0.4939 0.8628 0.892 0.108
#> SRR658885 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR603620 1 0.8386 0.4502 0.732 0.268
#> SRR604677 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR603800 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR602058 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR817488 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.7602 0.6011 0.220 0.780
#> SRR1434821 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1349166 1 0.9954 -0.1148 0.540 0.460
#> SRR615129 1 0.9087 0.5979 0.676 0.324
#> SRR607586 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.9881 0.1669 0.436 0.564
#> SRR1411070 2 0.9522 0.3406 0.372 0.628
#> SRR663038 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR662162 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1374567 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1434048 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.9833 0.2094 0.424 0.576
#> SRR2170135 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR615551 2 0.0376 0.7765 0.004 0.996
#> SRR1335513 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR662954 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR1375738 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1356577 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1073119 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR663549 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1478015 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.4161 0.7383 0.084 0.916
#> SRR811866 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1401101 1 0.9954 -0.1148 0.540 0.460
#> SRR1477797 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR1402986 2 0.0672 0.7748 0.008 0.992
#> SRR658897 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1419869 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1490700 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR601723 1 0.6973 0.8095 0.812 0.188
#> SRR1384115 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR1476927 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1322595 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1370423 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1314976 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1319560 1 0.9209 0.2659 0.664 0.336
#> SRR1352683 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1473800 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1326384 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1360807 1 0.9988 0.1346 0.520 0.480
#> SRR1332544 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR807824 1 0.9833 0.3398 0.576 0.424
#> SRR809296 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR657927 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1440682 2 0.9286 0.3887 0.344 0.656
#> SRR1454415 2 0.9866 0.1791 0.432 0.568
#> SRR1419131 1 0.6712 0.8175 0.824 0.176
#> SRR1404293 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1473340 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1345563 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.4562 0.8606 0.904 0.096
#> SRR1321808 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.9552 0.3291 0.376 0.624
#> SRR1312558 2 0.3879 0.7399 0.076 0.924
#> SRR1417088 2 0.4161 0.7383 0.084 0.916
#> SRR1433027 2 0.3879 0.7431 0.076 0.924
#> SRR662257 1 0.4431 0.7619 0.908 0.092
#> SRR600417 2 0.9754 0.2554 0.408 0.592
#> SRR812493 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR612743 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1361345 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR600584 2 0.4161 0.7383 0.084 0.916
#> SRR1310520 2 0.9909 0.1445 0.444 0.556
#> SRR1395595 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1334074 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR654838 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.9393 0.5248 0.644 0.356
#> SRR1366837 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1467479 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR603004 1 0.6438 0.8206 0.836 0.164
#> SRR814703 2 1.0000 0.1379 0.500 0.500
#> SRR661937 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.4815 0.8622 0.896 0.104
#> SRR1071568 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.4815 0.8622 0.896 0.104
#> SRR1337624 2 0.9754 0.2554 0.408 0.592
#> SRR1344400 2 0.8661 0.4934 0.288 0.712
#> SRR1414290 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1413644 1 0.9954 -0.1148 0.540 0.460
#> SRR1098998 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1481279 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1315103 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR2166570 1 0.5737 0.8526 0.864 0.136
#> SRR601445 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1439719 2 0.1414 0.7706 0.020 0.980
#> SRR1377026 2 0.9922 0.1318 0.448 0.552
#> SRR1327386 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR654826 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1460433 1 0.6438 0.8206 0.836 0.164
#> SRR1469345 1 0.2236 0.8304 0.964 0.036
#> SRR1421462 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1447736 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1434671 1 0.9954 -0.1148 0.540 0.460
#> SRR660800 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1465543 1 0.8499 0.4413 0.724 0.276
#> SRR1342023 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1335670 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1400955 1 0.9963 -0.1264 0.536 0.464
#> SRR1072150 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1364658 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1098074 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR1442778 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR1086728 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR627464 1 0.9000 0.6143 0.684 0.316
#> SRR1409193 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR2168286 1 0.9996 0.1151 0.512 0.488
#> SRR615539 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR663623 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR1471989 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.4161 0.7383 0.084 0.916
#> SRR1381934 1 0.4815 0.8622 0.896 0.104
#> SRR1471098 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1314749 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR2166874 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR821302 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1435066 2 0.9896 0.1667 0.440 0.560
#> SRR661601 2 0.9866 0.1782 0.432 0.568
#> SRR1446546 1 0.6623 0.8188 0.828 0.172
#> SRR1419784 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1357233 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR1441889 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1413940 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1324250 1 0.9775 0.3666 0.588 0.412
#> SRR1442862 1 0.9522 0.1729 0.628 0.372
#> SRR662474 2 0.4022 0.7408 0.080 0.920
#> SRR1416226 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1417404 1 0.2043 0.8278 0.968 0.032
#> SRR665466 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1460025 1 0.9635 0.4413 0.612 0.388
#> SRR1408136 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1489995 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1488429 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.5737 0.8526 0.864 0.136
#> SRR817004 1 0.3114 0.7919 0.944 0.056
#> SRR1429660 1 0.9933 -0.0917 0.548 0.452
#> SRR604390 1 0.1633 0.8228 0.976 0.024
#> SRR614936 1 1.0000 0.0869 0.504 0.496
#> SRR1365938 1 0.9909 0.2733 0.556 0.444
#> SRR1437324 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR613414 1 0.3584 0.7902 0.932 0.068
#> SRR660414 1 0.5294 0.8618 0.880 0.120
#> SRR1452185 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1347020 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1398036 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR1436674 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR603750 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR608630 1 0.4022 0.8187 0.920 0.080
#> SRR655625 2 0.9754 0.2554 0.408 0.592
#> SRR599059 1 0.6343 0.8244 0.840 0.160
#> SRR615189 1 0.9944 0.2328 0.544 0.456
#> SRR1466889 2 0.9983 0.1524 0.476 0.524
#> SRR1084602 1 0.9933 0.2365 0.548 0.452
#> SRR1335422 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1356805 1 0.9954 -0.1148 0.540 0.460
#> SRR1385300 1 0.4562 0.8605 0.904 0.096
#> SRR654814 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR658385 2 0.9881 0.1669 0.436 0.564
#> SRR820596 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1318118 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR1480766 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.4815 0.8622 0.896 0.104
#> SRR1341833 1 0.9970 -0.1191 0.532 0.468
#> SRR1441826 2 0.9866 0.1846 0.432 0.568
#> SRR1448051 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1326752 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR665217 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR819186 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR607166 2 0.6438 0.6703 0.164 0.836
#> SRR809065 2 0.9661 0.2946 0.392 0.608
#> SRR1415872 2 0.9909 0.1540 0.444 0.556
#> SRR1415463 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1381161 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR1442231 1 0.9795 0.3615 0.584 0.416
#> SRR1374696 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1451988 1 0.6438 0.8310 0.836 0.164
#> SRR660555 1 0.4815 0.8622 0.896 0.104
#> SRR657801 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR663344 2 0.9896 0.1667 0.440 0.560
#> SRR1472462 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1406176 1 0.6623 0.8237 0.828 0.172
#> SRR656886 2 0.9732 0.2647 0.404 0.596
#> SRR1498337 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR613066 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR602492 1 0.4161 0.8010 0.916 0.084
#> SRR1447347 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1475546 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR627459 1 0.6712 0.8198 0.824 0.176
#> SRR1434332 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1070358 1 0.4161 0.7701 0.916 0.084
#> SRR1345936 1 0.1414 0.8043 0.980 0.020
#> SRR665658 2 0.5946 0.6902 0.144 0.856
#> SRR1321351 2 0.4161 0.7383 0.084 0.916
#> SRR657880 2 0.9881 0.1669 0.436 0.564
#> SRR1373903 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR657396 1 0.9044 0.3125 0.680 0.320
#> SRR660981 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR819658 1 0.9954 -0.1148 0.540 0.460
#> SRR1376316 1 0.4815 0.8622 0.896 0.104
#> SRR1323723 2 0.6148 0.6714 0.152 0.848
#> SRR1476719 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1403478 2 0.9896 0.1667 0.440 0.560
#> SRR1095695 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1352391 1 0.2423 0.8328 0.960 0.040
#> SRR1498813 2 0.9754 0.2554 0.408 0.592
#> SRR627437 1 0.6623 0.8214 0.828 0.172
#> SRR2185097 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR817166 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR1479640 2 0.0376 0.7765 0.004 0.996
#> SRR660152 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR1074769 2 0.9833 0.1919 0.424 0.576
#> SRR656153 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.9522 0.3258 0.372 0.628
#> SRR608542 1 0.5946 0.6946 0.856 0.144
#> SRR655064 2 0.9866 0.1846 0.432 0.568
#> SRR1432430 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR808472 1 0.6438 0.8206 0.836 0.164
#> SRR1414958 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.5946 0.6875 0.144 0.856
#> SRR612755 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1365808 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1391724 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1322373 1 0.4815 0.8622 0.896 0.104
#> SRR1489265 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.9896 0.1667 0.440 0.560
#> SRR607279 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR612887 2 0.9896 0.1667 0.440 0.560
#> SRR809807 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR663112 1 0.6712 0.8198 0.824 0.176
#> SRR1346933 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR1487910 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR603092 2 0.9754 0.2554 0.408 0.592
#> SRR1417680 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.4815 0.8622 0.896 0.104
#> SRR1070015 1 0.9248 0.2703 0.660 0.340
#> SRR1466222 1 0.6887 0.8129 0.816 0.184
#> SRR1416119 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.4815 0.8622 0.896 0.104
#> SRR608288 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR811121 1 0.9993 0.1255 0.516 0.484
#> SRR613138 2 0.8207 0.5425 0.256 0.744
#> SRR810483 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR607839 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1337031 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR601311 1 0.3431 0.7873 0.936 0.064
#> SRR1406685 2 0.9732 0.2647 0.404 0.596
#> SRR1467500 2 0.9522 0.3399 0.372 0.628
#> SRR1308504 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1312865 1 0.0376 0.8088 0.996 0.004
#> SRR1312522 1 0.4562 0.8605 0.904 0.096
#> SRR1490486 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1472885 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1098785 2 0.0672 0.7752 0.008 0.992
#> SRR1084766 2 0.9775 0.2444 0.412 0.588
#> SRR1102804 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1347795 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.9896 0.1667 0.440 0.560
#> SRR1330989 2 0.9754 0.2554 0.408 0.592
#> SRR658445 1 0.7219 0.6027 0.800 0.200
#> SRR1368754 1 0.2236 0.8303 0.964 0.036
#> SRR1460001 2 0.0000 0.7776 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR1326249 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> SRR614948 1 0.0000 0.8058 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.4815 0.8622 0.896 0.104
#> SRR1321528 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR627447 1 0.5178 0.8635 0.884 0.116
#> SRR612239 1 0.6531 0.8300 0.832 0.168
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.2448 0.84759 0.924 0.000 0.076
#> SRR603858 3 0.4504 0.60338 0.196 0.000 0.804
#> SRR817070 2 0.6601 0.61248 0.028 0.676 0.296
#> SRR1486995 3 0.5988 0.47584 0.368 0.000 0.632
#> SRR813043 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.6180 0.03329 0.000 0.584 0.416
#> SRR659037 3 0.5291 0.57841 0.268 0.000 0.732
#> SRR662031 1 0.0892 0.84883 0.980 0.000 0.020
#> SRR1081283 2 0.8157 0.43437 0.072 0.516 0.412
#> SRR1481036 1 0.3551 0.81653 0.868 0.000 0.132
#> SRR1434009 3 0.5905 0.42979 0.000 0.352 0.648
#> SRR1376676 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 3 0.6128 0.62083 0.084 0.136 0.780
#> SRR665429 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 3 0.8271 -0.32330 0.076 0.444 0.480
#> SRR600784 1 0.2448 0.84759 0.924 0.000 0.076
#> SRR657611 1 0.2165 0.85058 0.936 0.000 0.064
#> SRR1333659 3 0.5785 0.44958 0.000 0.332 0.668
#> SRR1323896 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 3 0.5650 0.55139 0.312 0.000 0.688
#> SRR1421010 3 0.6126 0.50593 0.400 0.000 0.600
#> SRR1334490 3 0.5733 0.54220 0.324 0.000 0.676
#> SRR1309468 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 3 0.3879 0.60317 0.152 0.000 0.848
#> SRR1365489 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 1 0.3879 0.80732 0.848 0.000 0.152
#> SRR607863 3 0.6180 0.36128 0.000 0.416 0.584
#> SRR1475524 3 0.6126 0.50593 0.400 0.000 0.600
#> SRR1405504 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0237 0.84402 0.996 0.000 0.004
#> SRR600900 3 0.4796 0.59537 0.220 0.000 0.780
#> SRR601477 2 0.3686 0.63512 0.000 0.860 0.140
#> SRR1487215 2 0.3619 0.64082 0.000 0.864 0.136
#> SRR1310797 3 0.6140 0.37409 0.000 0.404 0.596
#> SRR1362713 1 0.5268 0.68141 0.776 0.012 0.212
#> SRR1431385 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.5363 0.57549 0.276 0.000 0.724
#> SRR1357210 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.6828 0.59223 0.032 0.656 0.312
#> SRR663573 3 0.8255 -0.29568 0.076 0.428 0.496
#> SRR603188 3 0.6008 0.40422 0.000 0.372 0.628
#> SRR1471200 2 0.5785 0.25562 0.000 0.668 0.332
#> SRR1310975 2 0.4399 0.55946 0.000 0.812 0.188
#> SRR627457 1 0.5760 0.52206 0.672 0.000 0.328
#> SRR1367654 3 0.5835 0.44061 0.000 0.340 0.660
#> SRR1488410 3 0.5810 0.54187 0.336 0.000 0.664
#> SRR1457750 1 0.9663 0.10458 0.416 0.212 0.372
#> SRR1099546 1 0.2448 0.84759 0.924 0.000 0.076
#> SRR604480 2 0.1753 0.74375 0.000 0.952 0.048
#> SRR1390477 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 3 0.6473 0.47576 0.020 0.312 0.668
#> SRR612791 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 1 0.9399 0.27608 0.480 0.332 0.188
#> SRR1444063 3 0.6095 0.38291 0.392 0.000 0.608
#> SRR1355578 1 0.6215 -0.00892 0.572 0.000 0.428
#> SRR1429203 1 0.4887 0.55896 0.772 0.000 0.228
#> SRR599154 3 0.6129 0.50126 0.016 0.284 0.700
#> SRR814244 3 0.5397 0.57302 0.280 0.000 0.720
#> SRR1404123 2 0.6407 0.62995 0.028 0.700 0.272
#> SRR656934 1 0.3412 0.82398 0.876 0.000 0.124
#> SRR1339029 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 3 0.8268 -0.31655 0.076 0.440 0.484
#> SRR1443677 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 3 0.6126 0.50593 0.400 0.000 0.600
#> SRR1338124 3 0.5098 0.57504 0.248 0.000 0.752
#> SRR1391376 1 0.2448 0.84759 0.924 0.000 0.076
#> SRR661842 3 0.8130 -0.24020 0.072 0.400 0.528
#> SRR1395699 1 0.6302 -0.05150 0.520 0.000 0.480
#> SRR1312209 1 0.2165 0.85058 0.936 0.000 0.064
#> SRR1359469 1 0.1031 0.83498 0.976 0.000 0.024
#> SRR658885 3 0.5621 0.55687 0.308 0.000 0.692
#> SRR1414578 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 3 0.2200 0.55285 0.004 0.056 0.940
#> SRR604677 1 0.6280 0.04688 0.540 0.000 0.460
#> SRR603800 2 0.0237 0.78122 0.004 0.996 0.000
#> SRR602058 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR817488 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 2 0.7023 0.56345 0.032 0.624 0.344
#> SRR1434821 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 3 0.6062 0.39964 0.000 0.384 0.616
#> SRR615129 2 0.9998 0.19314 0.336 0.340 0.324
#> SRR607586 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.6309 -0.20955 0.000 0.500 0.500
#> SRR1411070 2 0.7809 0.50662 0.060 0.568 0.372
#> SRR663038 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0747 0.77838 0.016 0.984 0.000
#> SRR1479155 1 0.0424 0.84262 0.992 0.000 0.008
#> SRR662162 1 0.1289 0.85001 0.968 0.000 0.032
#> SRR1374567 1 0.2448 0.84759 0.924 0.000 0.076
#> SRR1434048 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 3 0.8275 -0.33822 0.076 0.452 0.472
#> SRR2170135 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0237 0.78081 0.000 0.996 0.004
#> SRR1335513 2 0.1585 0.77214 0.028 0.964 0.008
#> SRR1370216 3 0.5733 0.54220 0.324 0.000 0.676
#> SRR662954 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR1375738 1 0.3038 0.83616 0.896 0.000 0.104
#> SRR1356577 3 0.6291 -0.23408 0.468 0.000 0.532
#> SRR1073119 1 0.1753 0.85054 0.952 0.000 0.048
#> SRR663549 1 0.2711 0.84325 0.912 0.000 0.088
#> SRR1478015 2 0.0892 0.77699 0.020 0.980 0.000
#> SRR600632 2 0.6589 0.62160 0.032 0.688 0.280
#> SRR811866 1 0.2711 0.84354 0.912 0.000 0.088
#> SRR1401101 3 0.6168 0.36599 0.000 0.412 0.588
#> SRR1477797 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR1402986 2 0.3038 0.68305 0.000 0.896 0.104
#> SRR658897 1 0.6295 0.30517 0.528 0.000 0.472
#> SRR1419869 1 0.2448 0.84759 0.924 0.000 0.076
#> SRR1490700 1 0.6244 0.41290 0.560 0.000 0.440
#> SRR601723 1 0.8479 0.44658 0.580 0.120 0.300
#> SRR1384115 3 0.4796 0.59568 0.220 0.000 0.780
#> SRR1476927 2 0.0983 0.77818 0.016 0.980 0.004
#> SRR1387769 1 0.3038 0.83616 0.896 0.000 0.104
#> SRR1322595 3 0.5529 0.56487 0.296 0.000 0.704
#> SRR1370423 1 0.5327 0.66450 0.728 0.000 0.272
#> SRR1314976 1 0.6111 0.49431 0.604 0.000 0.396
#> SRR1319560 3 0.2066 0.55033 0.000 0.060 0.940
#> SRR1352683 1 0.3551 0.81743 0.868 0.000 0.132
#> SRR1473800 1 0.0237 0.84402 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326384 3 0.5291 0.57841 0.268 0.000 0.732
#> SRR1360807 3 0.7940 -0.09967 0.076 0.332 0.592
#> SRR1332544 3 0.5733 0.54220 0.324 0.000 0.676
#> SRR598695 1 0.6062 0.15051 0.616 0.000 0.384
#> SRR807824 3 0.7504 0.45555 0.060 0.312 0.628
#> SRR809296 3 0.6252 0.30460 0.444 0.000 0.556
#> SRR657927 1 0.2448 0.84759 0.924 0.000 0.076
#> SRR1440682 3 0.5905 0.18847 0.000 0.352 0.648
#> SRR1454415 2 0.6252 -0.05274 0.000 0.556 0.444
#> SRR1419131 3 0.4194 0.49260 0.064 0.060 0.876
#> SRR1404293 1 0.2066 0.82808 0.940 0.000 0.060
#> SRR1473340 1 0.1964 0.84911 0.944 0.000 0.056
#> SRR1345563 3 0.6111 0.50834 0.396 0.000 0.604
#> SRR1323382 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.5291 0.57841 0.268 0.000 0.732
#> SRR1321808 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.5277 0.66565 0.024 0.796 0.180
#> SRR1312558 2 0.6031 0.65437 0.116 0.788 0.096
#> SRR1417088 2 0.6684 0.61417 0.032 0.676 0.292
#> SRR1433027 2 0.6487 0.62944 0.032 0.700 0.268
#> SRR662257 3 0.1647 0.56298 0.004 0.036 0.960
#> SRR600417 3 0.8071 -0.20106 0.072 0.380 0.548
#> SRR812493 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR612743 1 0.2796 0.84346 0.908 0.000 0.092
#> SRR1361345 1 0.3551 0.76560 0.868 0.000 0.132
#> SRR600584 2 0.6630 0.60850 0.028 0.672 0.300
#> SRR1310520 3 0.8268 -0.31628 0.076 0.440 0.484
#> SRR1395595 3 0.5591 0.55965 0.304 0.000 0.696
#> SRR1334074 3 0.4842 0.59509 0.224 0.000 0.776
#> SRR654838 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 3 0.6062 0.51626 0.384 0.000 0.616
#> SRR1433841 2 0.9998 0.20878 0.328 0.344 0.328
#> SRR1366837 1 0.2711 0.84376 0.912 0.000 0.088
#> SRR1467479 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 3 0.6095 0.51132 0.392 0.000 0.608
#> SRR1471050 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 3 0.5318 0.56484 0.016 0.204 0.780
#> SRR814703 3 0.6154 0.36974 0.000 0.408 0.592
#> SRR661937 2 0.1170 0.77747 0.016 0.976 0.008
#> SRR614359 1 0.3619 0.78021 0.864 0.000 0.136
#> SRR1071568 2 0.0747 0.77821 0.000 0.984 0.016
#> SRR1389084 1 0.4062 0.77473 0.836 0.000 0.164
#> SRR1337624 2 0.7944 0.52288 0.072 0.580 0.348
#> SRR1344400 2 0.5968 0.17828 0.000 0.636 0.364
#> SRR1414290 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 3 0.6111 0.38513 0.000 0.396 0.604
#> SRR1098998 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.1753 0.85087 0.952 0.000 0.048
#> SRR1315103 3 0.5560 0.56768 0.300 0.000 0.700
#> SRR1099286 3 0.5760 0.54208 0.328 0.000 0.672
#> SRR2166570 1 0.4291 0.77369 0.820 0.000 0.180
#> SRR601445 1 0.0237 0.84402 0.996 0.000 0.004
#> SRR1439719 2 0.6416 0.63431 0.032 0.708 0.260
#> SRR1377026 3 0.4002 0.48267 0.000 0.160 0.840
#> SRR1327386 1 0.0424 0.84380 0.992 0.000 0.008
#> SRR654826 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR1469345 3 0.5733 0.54220 0.324 0.000 0.676
#> SRR1421462 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 3 0.5733 0.54220 0.324 0.000 0.676
#> SRR1339175 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 3 0.6180 0.36128 0.000 0.416 0.584
#> SRR660800 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 3 0.6414 0.53894 0.036 0.248 0.716
#> SRR1342023 1 0.1163 0.84445 0.972 0.000 0.028
#> SRR1335670 1 0.2356 0.85052 0.928 0.000 0.072
#> SRR1400955 3 0.6180 0.36128 0.000 0.416 0.584
#> SRR1072150 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.1964 0.84911 0.944 0.000 0.056
#> SRR1098074 3 0.4796 0.59514 0.220 0.000 0.780
#> SRR1442778 3 0.6192 0.47598 0.420 0.000 0.580
#> SRR1086728 3 0.5465 0.57047 0.288 0.000 0.712
#> SRR627464 2 0.9999 0.19896 0.332 0.340 0.328
#> SRR1409193 1 0.4002 0.77628 0.840 0.000 0.160
#> SRR2168286 3 0.8273 -0.33067 0.076 0.448 0.476
#> SRR615539 2 0.0747 0.77838 0.016 0.984 0.000
#> SRR663623 3 0.5397 0.57277 0.280 0.000 0.720
#> SRR1471989 3 0.5621 0.55687 0.308 0.000 0.692
#> SRR1468828 2 0.6522 0.62731 0.032 0.696 0.272
#> SRR1381934 1 0.6008 0.39905 0.628 0.000 0.372
#> SRR1471098 1 0.2448 0.84759 0.924 0.000 0.076
#> SRR1314749 1 0.2625 0.84483 0.916 0.000 0.084
#> SRR2166874 3 0.1031 0.57842 0.024 0.000 0.976
#> SRR821302 1 0.1753 0.85054 0.952 0.000 0.048
#> SRR1435066 3 0.6291 0.27210 0.000 0.468 0.532
#> SRR661601 2 0.6204 0.00922 0.000 0.576 0.424
#> SRR1446546 3 0.5639 0.58755 0.232 0.016 0.752
#> SRR1419784 3 0.5291 0.57650 0.268 0.000 0.732
#> SRR1357233 3 0.4796 0.59537 0.220 0.000 0.780
#> SRR1441889 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 3 0.6111 0.50834 0.396 0.000 0.604
#> SRR1324250 2 0.6427 0.43507 0.012 0.640 0.348
#> SRR1442862 3 0.5956 0.45705 0.004 0.324 0.672
#> SRR662474 2 0.6880 0.60235 0.036 0.660 0.304
#> SRR1416226 1 0.3267 0.82849 0.884 0.000 0.116
#> SRR1417404 3 0.1860 0.59990 0.052 0.000 0.948
#> SRR665466 2 0.2176 0.76818 0.032 0.948 0.020
#> SRR658849 1 0.3116 0.83138 0.892 0.000 0.108
#> SRR1460025 2 0.9665 0.12228 0.260 0.464 0.276
#> SRR1408136 1 0.0592 0.84114 0.988 0.000 0.012
#> SRR1489995 2 0.1129 0.77760 0.004 0.976 0.020
#> SRR1374092 1 0.3267 0.82974 0.884 0.000 0.116
#> SRR1488429 3 0.5465 0.56629 0.288 0.000 0.712
#> SRR1087559 3 0.6305 0.09824 0.484 0.000 0.516
#> SRR817004 3 0.5706 0.56512 0.320 0.000 0.680
#> SRR1429660 3 0.5988 0.41633 0.000 0.368 0.632
#> SRR604390 3 0.5291 0.57841 0.268 0.000 0.732
#> SRR614936 2 0.7867 0.52681 0.068 0.584 0.348
#> SRR1365938 2 0.9997 0.20301 0.332 0.344 0.324
#> SRR1437324 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR660414 1 0.4291 0.77369 0.820 0.000 0.180
#> SRR1452185 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.2537 0.84689 0.920 0.000 0.080
#> SRR1398036 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR1436674 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 1 0.3941 0.80392 0.844 0.000 0.156
#> SRR608630 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR655625 3 0.8277 -0.35309 0.076 0.460 0.464
#> SRR599059 3 0.5327 0.55331 0.272 0.000 0.728
#> SRR615189 3 0.9641 -0.21825 0.212 0.356 0.432
#> SRR1466889 3 0.6204 0.35147 0.000 0.424 0.576
#> SRR1084602 3 0.7940 -0.09967 0.076 0.332 0.592
#> SRR1335422 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 3 0.6111 0.38209 0.000 0.396 0.604
#> SRR1385300 3 0.5431 0.56779 0.284 0.000 0.716
#> SRR654814 1 0.1643 0.85017 0.956 0.000 0.044
#> SRR658385 3 0.6305 0.23632 0.000 0.484 0.516
#> SRR820596 1 0.2796 0.84569 0.908 0.000 0.092
#> SRR1318118 3 0.5859 0.53242 0.344 0.000 0.656
#> SRR1480766 2 0.0237 0.78122 0.004 0.996 0.000
#> SRR1406539 1 0.6111 0.17906 0.604 0.000 0.396
#> SRR1341833 3 0.6062 0.39334 0.000 0.384 0.616
#> SRR1441826 3 0.8097 -0.21639 0.072 0.388 0.540
#> SRR1448051 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.5810 0.52775 0.336 0.000 0.664
#> SRR665217 3 0.5760 0.53605 0.328 0.000 0.672
#> SRR819186 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 3 0.6026 0.46129 0.376 0.000 0.624
#> SRR607166 2 0.4413 0.72357 0.036 0.860 0.104
#> SRR809065 2 0.7847 0.53245 0.068 0.588 0.344
#> SRR1415872 3 0.6008 0.40422 0.000 0.372 0.628
#> SRR1415463 1 0.2878 0.84327 0.904 0.000 0.096
#> SRR1381161 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR1442231 3 0.9664 -0.19594 0.224 0.332 0.444
#> SRR1374696 1 0.3038 0.83708 0.896 0.000 0.104
#> SRR1451988 1 0.4931 0.73813 0.768 0.000 0.232
#> SRR660555 1 0.5254 0.47636 0.736 0.000 0.264
#> SRR657801 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 3 0.6235 0.33064 0.000 0.436 0.564
#> SRR1472462 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.4654 0.76536 0.792 0.000 0.208
#> SRR656886 2 0.8780 0.35617 0.232 0.584 0.184
#> SRR1498337 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR613066 3 0.5733 0.54220 0.324 0.000 0.676
#> SRR1309490 1 0.0237 0.84351 0.996 0.000 0.004
#> SRR602492 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR1447347 1 0.1529 0.85161 0.960 0.000 0.040
#> SRR1475546 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 3 0.5291 0.56056 0.268 0.000 0.732
#> SRR1434332 2 0.0237 0.78122 0.004 0.996 0.000
#> SRR1070358 3 0.5024 0.54133 0.004 0.220 0.776
#> SRR1345936 3 0.4842 0.59451 0.224 0.000 0.776
#> SRR665658 2 0.7660 0.55836 0.064 0.612 0.324
#> SRR1321351 2 0.6441 0.62753 0.028 0.696 0.276
#> SRR657880 2 0.6225 -0.01635 0.000 0.568 0.432
#> SRR1373903 2 0.6264 0.63896 0.028 0.716 0.256
#> SRR657396 3 0.2200 0.55285 0.004 0.056 0.940
#> SRR660981 2 0.0424 0.78045 0.008 0.992 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR819658 3 0.6168 0.36599 0.000 0.412 0.588
#> SRR1376316 1 0.4702 0.59229 0.788 0.000 0.212
#> SRR1323723 2 0.4452 0.56373 0.000 0.808 0.192
#> SRR1476719 1 0.2165 0.85058 0.936 0.000 0.064
#> SRR1403478 3 0.6291 0.27210 0.000 0.468 0.532
#> SRR1095695 1 0.2625 0.84602 0.916 0.000 0.084
#> SRR1352391 3 0.5291 0.57841 0.268 0.000 0.732
#> SRR1498813 3 0.8206 -0.32954 0.072 0.448 0.480
#> SRR627437 3 0.4887 0.59118 0.228 0.000 0.772
#> SRR2185097 1 0.1643 0.84835 0.956 0.000 0.044
#> SRR817166 3 0.5291 0.57841 0.268 0.000 0.732
#> SRR1091670 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 3 0.5760 0.53310 0.328 0.000 0.672
#> SRR1479640 2 0.4217 0.72620 0.032 0.868 0.100
#> SRR660152 1 0.6274 0.03876 0.544 0.000 0.456
#> SRR1074769 2 0.6126 0.08075 0.000 0.600 0.400
#> SRR656153 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.5363 0.57482 0.276 0.000 0.724
#> SRR1359609 3 0.6126 0.50593 0.400 0.000 0.600
#> SRR601925 2 0.1399 0.77490 0.004 0.968 0.028
#> SRR2165182 2 0.6111 0.09146 0.000 0.604 0.396
#> SRR608542 3 0.1765 0.56043 0.004 0.040 0.956
#> SRR655064 3 0.8264 -0.30927 0.076 0.436 0.488
#> SRR1432430 1 0.3340 0.83174 0.880 0.000 0.120
#> SRR808472 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR1414958 3 0.5621 0.55687 0.308 0.000 0.692
#> SRR598484 2 0.4015 0.73253 0.028 0.876 0.096
#> SRR612755 1 0.2448 0.84759 0.924 0.000 0.076
#> SRR1365808 1 0.0237 0.84402 0.996 0.000 0.004
#> SRR1391724 1 0.4452 0.76675 0.808 0.000 0.192
#> SRR1322373 1 0.4452 0.73705 0.808 0.000 0.192
#> SRR1489265 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 3 0.6291 0.27210 0.000 0.468 0.532
#> SRR607279 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.4555 0.70383 0.800 0.000 0.200
#> SRR612887 3 0.6062 0.38693 0.000 0.384 0.616
#> SRR809807 3 0.5016 0.58874 0.240 0.000 0.760
#> SRR663112 3 0.5678 0.48707 0.316 0.000 0.684
#> SRR1346933 3 0.2711 0.59787 0.088 0.000 0.912
#> SRR1487910 1 0.1031 0.84379 0.976 0.000 0.024
#> SRR603092 2 0.8130 0.45080 0.072 0.528 0.400
#> SRR1417680 2 0.2176 0.76818 0.032 0.948 0.020
#> SRR1383785 1 0.1753 0.81985 0.952 0.000 0.048
#> SRR1070015 3 0.6294 0.49885 0.020 0.288 0.692
#> SRR1466222 1 0.9641 0.23269 0.456 0.316 0.228
#> SRR1416119 3 0.5706 0.54549 0.320 0.000 0.680
#> SRR819318 1 0.5678 0.43820 0.684 0.000 0.316
#> SRR608288 2 0.1289 0.77213 0.032 0.968 0.000
#> SRR811121 3 0.5678 0.46151 0.000 0.316 0.684
#> SRR613138 2 0.5650 0.30710 0.000 0.688 0.312
#> SRR810483 1 0.2711 0.84589 0.912 0.000 0.088
#> SRR607839 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 3 0.6168 0.48880 0.412 0.000 0.588
#> SRR601311 3 0.0424 0.58144 0.008 0.000 0.992
#> SRR1406685 3 0.7987 -0.32253 0.060 0.448 0.492
#> SRR1467500 2 0.8100 0.42962 0.068 0.512 0.420
#> SRR1308504 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.5327 0.57481 0.272 0.000 0.728
#> SRR1312522 3 0.5650 0.55235 0.312 0.000 0.688
#> SRR1490486 2 0.0237 0.78081 0.000 0.996 0.004
#> SRR1325888 1 0.2537 0.84689 0.920 0.000 0.080
#> SRR1472885 1 0.0000 0.84433 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.6653 0.62015 0.032 0.680 0.288
#> SRR1084766 3 0.8271 -0.32330 0.076 0.444 0.480
#> SRR1102804 2 0.0237 0.78122 0.004 0.996 0.000
#> SRR1336636 1 0.2261 0.84940 0.932 0.000 0.068
#> SRR1347795 3 0.5733 0.54220 0.324 0.000 0.676
#> SRR601900 3 0.6260 0.31182 0.000 0.448 0.552
#> SRR1330989 2 0.8120 0.45589 0.072 0.532 0.396
#> SRR658445 3 0.6203 0.58891 0.056 0.184 0.760
#> SRR1368754 3 0.5733 0.54220 0.324 0.000 0.676
#> SRR1460001 2 0.0000 0.78160 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0237 0.84402 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326249 3 0.6192 0.36000 0.420 0.000 0.580
#> SRR614948 3 0.6126 0.50593 0.400 0.000 0.600
#> SRR1472952 1 0.6244 0.11254 0.560 0.000 0.440
#> SRR1321528 1 0.2878 0.81823 0.904 0.000 0.096
#> SRR627447 1 0.2448 0.84759 0.924 0.000 0.076
#> SRR612239 3 0.8703 0.09611 0.284 0.144 0.572
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 1 0.4790 0.65729 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR603858 3 0.7013 0.51168 0.128 0.000 0.516 0.356
#> SRR817070 4 0.3123 0.59832 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1486995 3 0.3236 0.53986 0.136 0.004 0.856 0.004
#> SRR813043 2 0.4776 0.51367 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR656874 2 0.4662 0.58966 0.000 0.796 0.092 0.112
#> SRR659037 3 0.3942 0.64492 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR662031 1 0.0592 0.74840 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1081283 4 0.0376 0.71767 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1481036 1 0.5313 0.64886 0.608 0.000 0.376 0.016
#> SRR1434009 2 0.4642 0.52969 0.000 0.740 0.240 0.020
#> SRR1376676 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 3 0.4452 0.63122 0.000 0.008 0.732 0.260
#> SRR665429 2 0.4477 0.57758 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1388025 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR600784 1 0.4804 0.65487 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR657611 1 0.2868 0.74148 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1333659 3 0.6780 0.16792 0.000 0.416 0.488 0.096
#> SRR1323896 2 0.4585 0.57080 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1453971 3 0.3289 0.53509 0.140 0.004 0.852 0.004
#> SRR1421010 1 0.5158 -0.25455 0.524 0.000 0.472 0.004
#> SRR1334490 3 0.0657 0.65529 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 3 0.6366 0.59390 0.120 0.000 0.640 0.240
#> SRR1365489 2 0.4304 0.59212 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR627445 1 0.6714 0.58917 0.540 0.000 0.360 0.100
#> SRR607863 2 0.6353 0.49906 0.000 0.652 0.208 0.140
#> SRR1475524 3 0.4790 0.47518 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1405504 2 0.4585 0.57080 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR615695 1 0.0188 0.74622 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR600900 3 0.4872 0.57021 0.000 0.004 0.640 0.356
#> SRR601477 2 0.0000 0.62921 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.62921 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.6723 0.42211 0.000 0.600 0.260 0.140
#> SRR1362713 1 0.5682 -0.07788 0.520 0.000 0.024 0.456
#> SRR1431385 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.4776 0.51367 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1102079 3 0.0592 0.66746 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1357210 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.0921 0.70943 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR663573 4 0.3710 0.61347 0.000 0.004 0.192 0.804
#> SRR603188 2 0.5982 0.48958 0.000 0.684 0.112 0.204
#> SRR1471200 2 0.0188 0.62895 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1310975 2 0.0336 0.62869 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR627457 1 0.5608 0.48965 0.684 0.000 0.060 0.256
#> SRR1367654 2 0.5998 0.44741 0.000 0.668 0.240 0.092
#> SRR1488410 3 0.4040 0.56670 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1457750 4 0.4323 0.59636 0.204 0.000 0.020 0.776
#> SRR1099546 1 0.4790 0.65729 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.62921 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.4776 0.51367 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1458447 2 0.4776 0.51367 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1473161 2 0.4331 0.58933 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1409813 2 0.6280 0.31553 0.000 0.604 0.316 0.080
#> SRR612791 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 4 0.4443 0.62674 0.024 0.020 0.144 0.812
#> SRR1444063 3 0.7381 0.51227 0.180 0.000 0.492 0.328
#> SRR1355578 1 0.5080 -0.05008 0.576 0.000 0.420 0.004
#> SRR1429203 1 0.3444 0.55663 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR599154 3 0.6770 0.49042 0.000 0.236 0.604 0.160
#> SRR814244 3 0.2197 0.67376 0.048 0.000 0.928 0.024
#> SRR1404123 4 0.3942 0.32336 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR656934 1 0.5217 0.64936 0.608 0.000 0.380 0.012
#> SRR1339029 2 0.4454 0.57875 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR821525 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1443677 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 3 0.4830 0.46463 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1338124 3 0.5284 0.55290 0.016 0.000 0.616 0.368
#> SRR1391376 1 0.4804 0.65487 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR661842 4 0.0592 0.71542 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1395699 3 0.3289 0.53509 0.140 0.004 0.852 0.004
#> SRR1312209 1 0.3052 0.74141 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR1359469 1 0.0188 0.74622 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658885 3 0.0188 0.66081 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 3 0.4830 0.53901 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR604677 3 0.5137 0.15952 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR603800 2 0.4661 0.55998 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR602058 3 0.4830 0.53901 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR817488 2 0.4624 0.55236 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR655601 4 0.0469 0.71484 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1434821 2 0.1022 0.63257 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1349166 2 0.4775 0.53847 0.000 0.740 0.232 0.028
#> SRR615129 4 0.4839 0.54465 0.256 0.004 0.016 0.724
#> SRR607586 2 0.1557 0.63426 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR602680 2 0.4662 0.58966 0.000 0.796 0.092 0.112
#> SRR1411070 4 0.0188 0.71624 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR663038 2 0.4477 0.57609 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1489416 2 0.4998 0.38516 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1479155 1 0.0188 0.74622 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662162 1 0.2704 0.74233 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1374567 1 0.4804 0.65487 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1434048 2 0.4454 0.57875 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR2184865 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2170135 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.5070 0.47073 0.000 0.580 0.004 0.416
#> SRR1335513 2 0.4994 0.39894 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1370216 3 0.3289 0.53509 0.140 0.004 0.852 0.004
#> SRR662954 3 0.4830 0.53901 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1375738 1 0.4964 0.65614 0.616 0.000 0.380 0.004
#> SRR1356577 1 0.7300 0.21408 0.472 0.000 0.156 0.372
#> SRR1073119 1 0.2921 0.74111 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR663549 1 0.4790 0.65851 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1478015 2 0.4994 0.39894 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR600632 4 0.1302 0.69884 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR811866 1 0.3157 0.74043 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR1401101 2 0.5330 0.56753 0.000 0.748 0.120 0.132
#> SRR1477797 3 0.4817 0.54204 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1402986 2 0.0000 0.62921 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.6187 0.45332 0.656 0.000 0.108 0.236
#> SRR1419869 1 0.4804 0.65487 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1490700 4 0.6797 0.35129 0.240 0.000 0.160 0.600
#> SRR601723 4 0.4804 0.61964 0.040 0.016 0.152 0.792
#> SRR1384115 3 0.4134 0.63295 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1476927 2 0.4999 0.37736 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1387769 1 0.4964 0.65614 0.616 0.000 0.380 0.004
#> SRR1322595 3 0.0188 0.66342 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1370423 1 0.5452 0.59346 0.556 0.000 0.428 0.016
#> SRR1314976 4 0.5767 0.52781 0.136 0.000 0.152 0.712
#> SRR1319560 3 0.4843 0.53816 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1352683 1 0.5769 0.63634 0.588 0.000 0.376 0.036
#> SRR1473800 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.0707 0.67015 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1360807 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1332544 3 0.0657 0.65529 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR598695 1 0.4866 0.01031 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR807824 3 0.7555 0.42668 0.012 0.140 0.484 0.364
#> SRR809296 3 0.3236 0.53986 0.136 0.004 0.856 0.004
#> SRR657927 1 0.4790 0.65729 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1440682 3 0.7692 0.29084 0.000 0.276 0.456 0.268
#> SRR1454415 2 0.4879 0.58535 0.000 0.780 0.092 0.128
#> SRR1419131 4 0.4985 -0.37281 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1404293 1 0.0895 0.74764 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1473340 1 0.3311 0.73626 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1345563 3 0.4790 0.47518 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1323382 2 0.4454 0.57875 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1480697 3 0.2944 0.64262 0.004 0.000 0.868 0.128
#> SRR1321808 2 0.4454 0.57875 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1382756 4 0.4456 0.42013 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR1312558 4 0.5681 -0.15292 0.008 0.396 0.016 0.580
#> SRR1417088 4 0.1389 0.68800 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1433027 4 0.2081 0.66120 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR662257 3 0.4830 0.53901 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR600417 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR812493 3 0.4817 0.54204 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR612743 1 0.3837 0.72296 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1361345 1 0.5272 0.38418 0.680 0.000 0.032 0.288
#> SRR600584 4 0.2973 0.61222 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1310520 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1395595 3 0.0376 0.66290 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1334074 3 0.4134 0.63295 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR654838 2 0.4543 0.57086 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1376694 3 0.4730 0.48899 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1433841 4 0.4265 0.63286 0.156 0.016 0.016 0.812
#> SRR1366837 1 0.4790 0.65851 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1467479 2 0.3873 0.61046 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1459055 3 0.4790 0.47518 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1471050 2 0.4761 0.51851 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR603004 3 0.7623 0.31626 0.000 0.204 0.416 0.380
#> SRR814703 2 0.5375 0.56578 0.000 0.744 0.116 0.140
#> SRR661937 2 0.4994 0.39775 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR614359 1 0.2408 0.73873 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1071568 2 0.3486 0.62537 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1389084 1 0.4866 0.63730 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1337624 4 0.0657 0.71649 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR1344400 2 0.2048 0.62432 0.000 0.928 0.064 0.008
#> SRR1414290 2 0.0592 0.63165 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1413644 2 0.4609 0.54534 0.000 0.752 0.224 0.024
#> SRR1098998 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.2011 0.75142 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1315103 3 0.4262 0.58065 0.236 0.000 0.756 0.008
#> SRR1099286 3 0.3157 0.53454 0.144 0.000 0.852 0.004
#> SRR2166570 4 0.6764 0.36108 0.260 0.000 0.144 0.596
#> SRR601445 1 0.0895 0.74764 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1439719 4 0.4406 0.26446 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1377026 3 0.7593 0.33287 0.000 0.228 0.472 0.300
#> SRR1327386 1 0.0188 0.74622 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR654826 2 0.4406 0.58343 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1460433 4 0.4994 -0.39483 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1469345 3 0.1398 0.64027 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1421462 2 0.3024 0.62784 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR662966 3 0.0188 0.65906 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0336 0.63045 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434671 2 0.4877 0.55351 0.000 0.752 0.204 0.044
#> SRR660800 2 0.4776 0.51367 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1465543 3 0.6819 0.50654 0.000 0.208 0.604 0.188
#> SRR1342023 1 0.0376 0.74571 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1335670 1 0.2944 0.74196 0.868 0.000 0.128 0.004
#> SRR1400955 2 0.5321 0.56649 0.000 0.748 0.112 0.140
#> SRR1072150 2 0.0469 0.63097 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1442822 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.3688 0.72726 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1098074 3 0.4576 0.63199 0.000 0.012 0.728 0.260
#> SRR1442778 1 0.5165 -0.26486 0.512 0.000 0.484 0.004
#> SRR1086728 3 0.3626 0.66495 0.000 0.004 0.812 0.184
#> SRR627464 4 0.4020 0.63475 0.156 0.008 0.016 0.820
#> SRR1409193 1 0.3962 0.73354 0.820 0.000 0.152 0.028
#> SRR2168286 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR615539 2 0.4996 0.39151 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR663623 3 0.3280 0.56034 0.124 0.000 0.860 0.016
#> SRR1471989 3 0.0376 0.66290 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1468828 4 0.2216 0.65293 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1381934 1 0.5296 0.49050 0.500 0.000 0.492 0.008
#> SRR1471098 1 0.4804 0.65487 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1314749 1 0.4790 0.65851 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR2166874 3 0.4830 0.53901 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR821302 1 0.2973 0.74091 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1435066 2 0.4662 0.58966 0.000 0.796 0.092 0.112
#> SRR661601 2 0.4662 0.58966 0.000 0.796 0.092 0.112
#> SRR1446546 3 0.5313 0.53630 0.000 0.016 0.608 0.376
#> SRR1419784 3 0.0469 0.66683 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1357233 3 0.4134 0.63295 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1441889 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 3 0.4790 0.47518 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1324250 4 0.6215 0.36993 0.000 0.128 0.208 0.664
#> SRR1442862 2 0.6055 0.43774 0.000 0.664 0.240 0.096
#> SRR662474 4 0.1118 0.70137 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1416226 1 0.5112 0.65020 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR1417404 3 0.5091 0.66336 0.068 0.000 0.752 0.180
#> SRR665466 4 0.4776 -0.06700 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR658849 1 0.4830 0.64874 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1460025 4 0.4934 0.52025 0.000 0.028 0.252 0.720
#> SRR1408136 1 0.0188 0.74622 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489995 2 0.4898 0.48957 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1374092 1 0.5085 0.65562 0.616 0.000 0.376 0.008
#> SRR1488429 3 0.0188 0.66081 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1087559 3 0.7641 0.40380 0.224 0.000 0.452 0.324
#> SRR817004 3 0.6417 0.61812 0.136 0.004 0.660 0.200
#> SRR1429660 2 0.4609 0.54534 0.000 0.752 0.224 0.024
#> SRR604390 3 0.0921 0.67246 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR614936 4 0.1109 0.71072 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR1365938 4 0.4471 0.59126 0.212 0.004 0.016 0.768
#> SRR1437324 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.5000 -0.41380 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR660414 4 0.7242 -0.00516 0.376 0.000 0.148 0.476
#> SRR1452185 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.4804 0.65616 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1398036 3 0.4830 0.53901 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1436674 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 1 0.5835 0.63586 0.588 0.000 0.372 0.040
#> SRR608630 3 0.4925 0.50506 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR655625 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR599059 3 0.5386 0.55367 0.020 0.000 0.612 0.368
#> SRR615189 4 0.3910 0.65209 0.120 0.020 0.016 0.844
#> SRR1466889 2 0.5222 0.57210 0.000 0.756 0.112 0.132
#> SRR1084602 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1335422 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.4998 0.55334 0.000 0.748 0.200 0.052
#> SRR1385300 3 0.5950 0.64235 0.116 0.004 0.704 0.176
#> SRR654814 1 0.2704 0.74233 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR658385 2 0.4662 0.58966 0.000 0.796 0.092 0.112
#> SRR820596 1 0.3401 0.73908 0.840 0.000 0.152 0.008
#> SRR1318118 3 0.4964 0.37348 0.380 0.000 0.616 0.004
#> SRR1480766 2 0.4992 0.40482 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1406539 1 0.6983 0.20399 0.516 0.000 0.360 0.124
#> SRR1341833 2 0.5428 0.56417 0.000 0.740 0.120 0.140
#> SRR1441826 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1448051 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.3289 0.53509 0.140 0.004 0.852 0.004
#> SRR665217 3 0.3236 0.53986 0.136 0.004 0.856 0.004
#> SRR819186 2 0.4776 0.51367 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR661517 3 0.3236 0.53986 0.136 0.004 0.856 0.004
#> SRR607166 4 0.4535 0.39790 0.000 0.292 0.004 0.704
#> SRR809065 4 0.0707 0.71272 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1415872 2 0.5719 0.52845 0.000 0.712 0.112 0.176
#> SRR1415463 1 0.4804 0.65487 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1381161 3 0.4817 0.54204 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1442231 4 0.3345 0.65242 0.124 0.004 0.012 0.860
#> SRR1374696 1 0.3208 0.73911 0.848 0.000 0.148 0.004
#> SRR1451988 1 0.7500 0.47039 0.500 0.000 0.248 0.252
#> SRR660555 1 0.3610 0.54297 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR657801 1 0.0336 0.74819 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR663344 2 0.5209 0.57174 0.000 0.756 0.104 0.140
#> SRR1472462 2 0.4843 0.50128 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1406176 1 0.7164 0.42661 0.524 0.000 0.156 0.320
#> SRR656886 4 0.5628 0.55848 0.000 0.144 0.132 0.724
#> SRR1498337 3 0.4817 0.54204 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR613066 3 0.0469 0.65583 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.5000 -0.41380 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1447347 1 0.3688 0.72733 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1475546 2 0.4730 0.53505 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR627459 3 0.5376 0.51784 0.016 0.000 0.588 0.396
#> SRR1434332 2 0.4961 0.43637 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1070358 3 0.4830 0.53901 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1345936 3 0.4134 0.63295 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR665658 4 0.1452 0.70853 0.000 0.036 0.008 0.956
#> SRR1321351 4 0.3356 0.57119 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR657880 2 0.4662 0.58966 0.000 0.796 0.092 0.112
#> SRR1373903 4 0.4776 -0.02276 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR657396 3 0.4888 0.52619 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR660981 2 0.4996 0.39151 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR818499 1 0.0336 0.74819 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR819658 2 0.5330 0.56753 0.000 0.748 0.120 0.132
#> SRR1376316 1 0.3569 0.53614 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1323723 2 0.7341 0.41121 0.000 0.528 0.220 0.252
#> SRR1476719 1 0.2868 0.74148 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1403478 2 0.4662 0.58966 0.000 0.796 0.092 0.112
#> SRR1095695 1 0.4817 0.65363 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1352391 3 0.4304 0.62626 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1498813 4 0.0524 0.71832 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR627437 3 0.5326 0.54118 0.016 0.000 0.604 0.380
#> SRR2185097 1 0.0707 0.74799 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR817166 3 0.0817 0.67188 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1091670 2 0.3764 0.61732 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR603776 3 0.4343 0.47618 0.264 0.000 0.732 0.004
#> SRR1479640 4 0.6443 -0.22295 0.000 0.376 0.076 0.548
#> SRR660152 3 0.3074 0.52199 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1074769 2 0.4352 0.59754 0.000 0.816 0.080 0.104
#> SRR656153 2 0.4866 0.49177 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1392502 3 0.0336 0.66517 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1359609 3 0.4855 0.45740 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR601925 2 0.4989 0.34986 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR2165182 2 0.4030 0.60558 0.000 0.836 0.092 0.072
#> SRR608542 3 0.4830 0.53901 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR655064 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1432430 1 0.6651 0.60470 0.616 0.000 0.236 0.148
#> SRR808472 4 0.4994 -0.39483 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1414958 3 0.0188 0.66081 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR598484 4 0.4585 0.30252 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR612755 1 0.4790 0.65729 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.7773 -0.04657 0.308 0.000 0.264 0.428
#> SRR1322373 1 0.4898 0.62325 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1489265 2 0.4454 0.58126 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1359099 2 0.4662 0.58966 0.000 0.796 0.092 0.112
#> SRR607279 2 0.4543 0.57513 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR810461 2 0.4643 0.54851 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR627427 1 0.4610 0.57164 0.744 0.000 0.020 0.236
#> SRR612887 3 0.7574 0.33657 0.000 0.248 0.484 0.268
#> SRR809807 3 0.4188 0.64141 0.000 0.004 0.752 0.244
#> SRR663112 3 0.5313 0.53630 0.000 0.016 0.608 0.376
#> SRR1346933 3 0.6442 0.58739 0.124 0.000 0.632 0.244
#> SRR1487910 1 0.0707 0.74799 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR603092 4 0.0376 0.71767 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1417680 4 0.4866 -0.20792 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1383785 1 0.0592 0.74650 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1070015 3 0.6570 0.44078 0.000 0.280 0.604 0.116
#> SRR1466222 4 0.4720 0.57738 0.008 0.020 0.212 0.760
#> SRR1416119 3 0.0657 0.65529 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR819318 1 0.4193 0.46838 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR608288 2 0.4977 0.42212 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR811121 3 0.7572 0.31399 0.000 0.300 0.476 0.224
#> SRR613138 2 0.0336 0.62869 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR810483 1 0.4790 0.65729 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.5163 -0.26265 0.516 0.000 0.480 0.004
#> SRR601311 3 0.4830 0.53901 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1406685 4 0.0524 0.71832 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1467500 4 0.0524 0.71832 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1308504 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.0524 0.66355 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1312522 3 0.2777 0.58020 0.104 0.004 0.888 0.004
#> SRR1490486 2 0.4761 0.52332 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1325888 1 0.4804 0.65487 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 4 0.4372 0.20523 0.000 0.268 0.004 0.728
#> SRR1084766 4 0.0336 0.71846 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1102804 2 0.4967 0.43417 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1336636 1 0.4790 0.65729 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1347795 3 0.0657 0.65529 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR601900 2 0.4834 0.58454 0.000 0.784 0.096 0.120
#> SRR1330989 4 0.0657 0.71625 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR658445 3 0.6680 0.53238 0.000 0.136 0.604 0.260
#> SRR1368754 3 0.1489 0.63723 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1460001 2 0.2704 0.63130 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1414934 1 0.0000 0.74726 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.3289 0.53509 0.140 0.004 0.852 0.004
#> SRR614948 3 0.4804 0.47054 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1472952 3 0.4876 0.04686 0.320 0.004 0.672 0.004
#> SRR1321528 1 0.1624 0.74242 0.952 0.000 0.020 0.028
#> SRR627447 1 0.4804 0.65487 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR612239 4 0.3443 0.63987 0.016 0.000 0.136 0.848
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 1 0.4451 0.6465 0.644 0.016 0.340 0.000 0.000
#> SRR603858 3 0.7526 0.3954 0.240 0.044 0.452 0.260 0.004
#> SRR817070 2 0.4668 0.4835 0.000 0.684 0.000 0.272 0.044
#> SRR1486995 3 0.6672 0.2022 0.272 0.040 0.596 0.052 0.040
#> SRR813043 2 0.4249 0.4147 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR656874 5 0.1200 0.6505 0.000 0.008 0.012 0.016 0.964
#> SRR659037 3 0.4204 0.5396 0.000 0.048 0.756 0.196 0.000
#> SRR662031 1 0.1525 0.7576 0.948 0.012 0.036 0.004 0.000
#> SRR1081283 4 0.2629 0.6439 0.000 0.136 0.000 0.860 0.004
#> SRR1481036 1 0.6415 0.6159 0.596 0.080 0.272 0.048 0.004
#> SRR1434009 5 0.5920 0.5057 0.000 0.160 0.208 0.008 0.624
#> SRR1376676 1 0.0510 0.7520 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1396967 3 0.6234 0.4558 0.000 0.064 0.604 0.272 0.060
#> SRR665429 2 0.4440 0.3458 0.000 0.528 0.000 0.004 0.468
#> SRR1388025 4 0.1965 0.6553 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR600784 1 0.5024 0.6349 0.628 0.040 0.328 0.004 0.000
#> SRR657611 1 0.1012 0.7557 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR1333659 5 0.6449 0.2561 0.000 0.116 0.400 0.016 0.468
#> SRR1323896 2 0.3612 0.4471 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1453971 3 0.5376 0.3326 0.260 0.008 0.672 0.024 0.036
#> SRR1421010 1 0.5000 -0.3141 0.500 0.000 0.476 0.016 0.008
#> SRR1334490 3 0.3296 0.5625 0.024 0.040 0.880 0.032 0.024
#> SRR1309468 1 0.0162 0.7538 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468637 3 0.5911 0.5143 0.100 0.044 0.668 0.188 0.000
#> SRR1365489 2 0.4830 0.2490 0.000 0.492 0.000 0.020 0.488
#> SRR627445 1 0.6599 0.6080 0.584 0.076 0.272 0.064 0.004
#> SRR607863 5 0.5185 0.5749 0.000 0.236 0.040 0.032 0.692
#> SRR1475524 3 0.4171 0.4682 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.3661 0.4293 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR615695 1 0.0807 0.7525 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR600900 3 0.7139 0.3024 0.000 0.032 0.444 0.340 0.184
#> SRR601477 5 0.2329 0.6007 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1487215 5 0.3636 0.4004 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1310797 5 0.6349 0.4969 0.000 0.236 0.088 0.060 0.616
#> SRR1362713 4 0.7284 0.2984 0.336 0.120 0.064 0.476 0.004
#> SRR1431385 1 0.0451 0.7543 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1379089 2 0.4291 0.3659 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1102079 3 0.3491 0.5922 0.036 0.072 0.856 0.036 0.000
#> SRR1357210 1 0.0162 0.7538 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR657659 2 0.4977 0.3621 0.000 0.604 0.000 0.356 0.040
#> SRR663573 4 0.4595 0.6123 0.000 0.124 0.096 0.768 0.012
#> SRR603188 5 0.4509 0.5973 0.000 0.232 0.016 0.024 0.728
#> SRR1471200 5 0.1792 0.6189 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1310975 5 0.3534 0.4218 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR627457 1 0.5927 0.5989 0.688 0.064 0.080 0.164 0.004
#> SRR1367654 5 0.4911 0.6072 0.000 0.196 0.076 0.008 0.720
#> SRR1488410 3 0.4220 0.5175 0.300 0.008 0.688 0.004 0.000
#> SRR1457750 4 0.7293 0.3811 0.296 0.128 0.068 0.504 0.004
#> SRR1099546 1 0.4957 0.6585 0.660 0.032 0.296 0.012 0.000
#> SRR604480 5 0.2929 0.5570 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1390477 2 0.4278 0.3871 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1458447 2 0.4219 0.4317 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1473161 2 0.4060 0.4546 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1409813 5 0.6686 0.3343 0.000 0.144 0.352 0.020 0.484
#> SRR612791 1 0.0324 0.7540 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1470580 2 0.8530 -0.1956 0.176 0.376 0.156 0.280 0.012
#> SRR1444063 3 0.8023 0.2896 0.352 0.044 0.368 0.212 0.024
#> SRR1355578 1 0.5478 0.0664 0.560 0.024 0.392 0.020 0.004
#> SRR1429203 1 0.2773 0.6589 0.868 0.000 0.112 0.020 0.000
#> SRR599154 3 0.6680 0.2839 0.000 0.124 0.560 0.044 0.272
#> SRR814244 3 0.3898 0.5865 0.116 0.000 0.804 0.080 0.000
#> SRR1404123 2 0.5171 0.4950 0.000 0.648 0.000 0.276 0.076
#> SRR656934 1 0.6446 0.6176 0.612 0.076 0.232 0.080 0.000
#> SRR1339029 2 0.4249 0.4024 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR821525 4 0.2127 0.6538 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1443677 1 0.0162 0.7538 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406330 3 0.4182 0.4639 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.7514 0.3835 0.252 0.056 0.496 0.188 0.008
#> SRR1391376 1 0.5409 0.6230 0.612 0.040 0.332 0.012 0.004
#> SRR661842 4 0.2286 0.6543 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004
#> SRR1395699 3 0.6795 0.0586 0.316 0.040 0.556 0.048 0.040
#> SRR1312209 1 0.2736 0.7510 0.888 0.008 0.084 0.016 0.004
#> SRR1359469 1 0.0609 0.7516 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR658885 3 0.1940 0.5777 0.004 0.008 0.936 0.028 0.024
#> SRR1414578 1 0.0290 0.7529 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR603620 3 0.6987 0.3442 0.000 0.136 0.540 0.264 0.060
#> SRR604677 1 0.4941 0.4047 0.612 0.008 0.360 0.016 0.004
#> SRR603800 5 0.4722 0.2956 0.000 0.368 0.000 0.024 0.608
#> SRR602058 3 0.4867 0.3562 0.000 0.000 0.544 0.432 0.024
#> SRR817488 2 0.4201 0.4320 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR655601 2 0.4907 0.0279 0.000 0.492 0.000 0.484 0.024
#> SRR1434821 5 0.4227 0.4655 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1349166 5 0.4294 0.6403 0.000 0.148 0.064 0.008 0.780
#> SRR615129 4 0.7967 0.2986 0.316 0.268 0.064 0.348 0.004
#> SRR607586 5 0.4262 -0.0676 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR602680 5 0.0912 0.6508 0.000 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1411070 4 0.3621 0.5792 0.000 0.192 0.000 0.788 0.020
#> SRR663038 2 0.4227 0.4148 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1489416 2 0.5093 0.5821 0.000 0.696 0.000 0.180 0.124
#> SRR1479155 1 0.0510 0.7524 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR662162 1 0.0613 0.7564 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> SRR1374567 1 0.5008 0.6373 0.632 0.040 0.324 0.004 0.000
#> SRR1434048 2 0.4273 0.3898 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR2184865 4 0.2074 0.6546 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR2170135 1 0.0162 0.7538 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR615551 5 0.5164 -0.1865 0.000 0.448 0.020 0.012 0.520
#> SRR1335513 2 0.4936 0.5831 0.000 0.712 0.000 0.116 0.172
#> SRR1370216 3 0.6499 0.2920 0.240 0.040 0.628 0.052 0.040
#> SRR662954 3 0.5329 0.3882 0.000 0.040 0.564 0.388 0.008
#> SRR1375738 1 0.5351 0.6413 0.624 0.068 0.304 0.004 0.000
#> SRR1356577 4 0.6454 0.4245 0.228 0.048 0.104 0.616 0.004
#> SRR1073119 1 0.2237 0.7570 0.904 0.008 0.084 0.004 0.000
#> SRR663549 1 0.4969 0.6623 0.652 0.056 0.292 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.4916 0.5795 0.000 0.716 0.000 0.124 0.160
#> SRR600632 4 0.5173 -0.0240 0.000 0.460 0.000 0.500 0.040
#> SRR811866 1 0.3984 0.7375 0.816 0.012 0.120 0.048 0.004
#> SRR1401101 5 0.4272 0.6184 0.000 0.212 0.016 0.020 0.752
#> SRR1477797 3 0.4702 0.3609 0.000 0.000 0.552 0.432 0.016
#> SRR1402986 5 0.3816 0.3412 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR658897 1 0.6244 0.5676 0.656 0.048 0.132 0.160 0.004
#> SRR1419869 1 0.5024 0.6349 0.628 0.040 0.328 0.004 0.000
#> SRR1490700 4 0.7116 0.0153 0.404 0.080 0.088 0.428 0.000
#> SRR601723 4 0.7894 0.3468 0.176 0.272 0.088 0.456 0.008
#> SRR1384115 3 0.4878 0.5324 0.000 0.076 0.724 0.192 0.008
#> SRR1476927 2 0.5136 0.5807 0.000 0.692 0.000 0.180 0.128
#> SRR1387769 1 0.5351 0.6413 0.624 0.068 0.304 0.004 0.000
#> SRR1322595 3 0.2388 0.6018 0.072 0.000 0.900 0.028 0.000
#> SRR1370423 1 0.6495 0.5840 0.560 0.068 0.324 0.036 0.012
#> SRR1314976 4 0.5970 0.4854 0.168 0.052 0.108 0.672 0.000
#> SRR1319560 3 0.7046 0.3391 0.000 0.160 0.544 0.236 0.060
#> SRR1352683 1 0.6681 0.6044 0.596 0.068 0.240 0.092 0.004
#> SRR1473800 1 0.0404 0.7523 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1326384 3 0.3535 0.5770 0.000 0.080 0.832 0.088 0.000
#> SRR1360807 4 0.1908 0.6558 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1332544 3 0.3760 0.5652 0.052 0.040 0.856 0.028 0.024
#> SRR598695 1 0.4244 0.5352 0.712 0.000 0.268 0.016 0.004
#> SRR807824 3 0.8908 0.3513 0.196 0.060 0.404 0.108 0.232
#> SRR809296 3 0.6796 0.1095 0.300 0.040 0.568 0.052 0.040
#> SRR657927 1 0.4323 0.6567 0.656 0.012 0.332 0.000 0.000
#> SRR1440682 4 0.8556 0.0313 0.000 0.204 0.252 0.300 0.244
#> SRR1454415 5 0.4261 0.6226 0.000 0.192 0.012 0.032 0.764
#> SRR1419131 4 0.4812 -0.0225 0.000 0.012 0.364 0.612 0.012
#> SRR1404293 1 0.4215 0.7249 0.816 0.068 0.064 0.052 0.000
#> SRR1473340 1 0.2911 0.7332 0.852 0.008 0.136 0.004 0.000
#> SRR1345563 3 0.4171 0.4682 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1323382 5 0.4287 -0.2028 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1480697 3 0.5813 0.5507 0.124 0.080 0.708 0.084 0.004
#> SRR1321808 5 0.4114 0.1232 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1382756 2 0.4830 0.5393 0.000 0.716 0.004 0.208 0.072
#> SRR1312558 2 0.6691 0.5289 0.032 0.624 0.056 0.064 0.224
#> SRR1417088 2 0.5195 0.2882 0.000 0.564 0.000 0.388 0.048
#> SRR1433027 2 0.4990 0.4265 0.000 0.628 0.000 0.324 0.048
#> SRR662257 3 0.6093 0.3773 0.000 0.048 0.548 0.360 0.044
#> SRR600417 4 0.2329 0.6500 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR812493 3 0.4574 0.3796 0.000 0.012 0.576 0.412 0.000
#> SRR612743 1 0.4827 0.7131 0.744 0.064 0.172 0.020 0.000
#> SRR1361345 1 0.6666 0.1895 0.524 0.060 0.064 0.348 0.004
#> SRR600584 2 0.4691 0.4786 0.000 0.680 0.000 0.276 0.044
#> SRR1310520 4 0.1965 0.6553 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1395595 3 0.2026 0.5765 0.004 0.008 0.932 0.032 0.024
#> SRR1334074 3 0.5017 0.5280 0.000 0.076 0.716 0.196 0.012
#> SRR654838 2 0.3932 0.4806 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1376694 3 0.4182 0.5017 0.352 0.000 0.644 0.004 0.000
#> SRR1433841 2 0.7979 -0.2428 0.280 0.344 0.064 0.308 0.004
#> SRR1366837 1 0.5241 0.6801 0.672 0.064 0.252 0.012 0.000
#> SRR1467479 5 0.4084 0.2630 0.000 0.328 0.000 0.004 0.668
#> SRR1459055 3 0.4171 0.4682 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.4210 0.4352 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR603004 5 0.7980 -0.1930 0.000 0.104 0.340 0.188 0.368
#> SRR814703 5 0.4208 0.6242 0.000 0.204 0.020 0.016 0.760
#> SRR661937 2 0.4458 0.5879 0.000 0.760 0.000 0.120 0.120
#> SRR614359 1 0.2492 0.7252 0.900 0.004 0.076 0.016 0.004
#> SRR1071568 2 0.4182 0.0719 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1389084 1 0.6675 0.5204 0.520 0.040 0.368 0.044 0.028
#> SRR1337624 4 0.4890 0.3303 0.000 0.332 0.000 0.628 0.040
#> SRR1344400 5 0.2189 0.6435 0.000 0.084 0.012 0.000 0.904
#> SRR1414290 5 0.4300 -0.1921 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1413644 5 0.3936 0.6458 0.000 0.144 0.052 0.004 0.800
#> SRR1098998 1 0.0290 0.7533 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1481279 1 0.2964 0.7448 0.840 0.004 0.152 0.004 0.000
#> SRR1315103 3 0.4433 0.5269 0.280 0.008 0.696 0.016 0.000
#> SRR1099286 3 0.5012 0.1915 0.364 0.000 0.600 0.032 0.004
#> SRR2166570 1 0.7087 0.2979 0.484 0.044 0.128 0.340 0.004
#> SRR601445 1 0.0981 0.7560 0.972 0.008 0.008 0.012 0.000
#> SRR1439719 2 0.5066 0.5552 0.000 0.676 0.000 0.240 0.084
#> SRR1377026 3 0.7942 0.0700 0.000 0.188 0.380 0.332 0.100
#> SRR1327386 1 0.0404 0.7527 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR654826 2 0.4294 0.3552 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1460433 4 0.4576 -0.0627 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1469345 3 0.4133 0.5679 0.088 0.040 0.828 0.016 0.028
#> SRR1421462 2 0.4273 0.3805 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR662966 3 0.2012 0.5933 0.060 0.020 0.920 0.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0451 0.7537 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1447736 5 0.4256 -0.0473 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1434671 5 0.3842 0.6470 0.000 0.156 0.028 0.012 0.804
#> SRR660800 2 0.4210 0.4352 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1465543 3 0.6868 0.3669 0.000 0.076 0.556 0.100 0.268
#> SRR1342023 1 0.1278 0.7559 0.960 0.000 0.020 0.016 0.004
#> SRR1335670 1 0.1278 0.7559 0.960 0.000 0.020 0.016 0.004
#> SRR1400955 5 0.4211 0.6172 0.000 0.216 0.016 0.016 0.752
#> SRR1072150 5 0.3395 0.4584 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1442822 1 0.0290 0.7534 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1364658 1 0.3548 0.7234 0.796 0.012 0.188 0.004 0.000
#> SRR1098074 3 0.5641 0.5353 0.000 0.076 0.692 0.184 0.048
#> SRR1442778 1 0.4635 0.1932 0.656 0.000 0.320 0.016 0.008
#> SRR1086728 3 0.4125 0.5774 0.004 0.040 0.812 0.120 0.024
#> SRR627464 4 0.7986 0.2631 0.284 0.312 0.064 0.336 0.004
#> SRR1409193 1 0.4059 0.7318 0.820 0.016 0.092 0.068 0.004
#> SRR2168286 4 0.2416 0.6546 0.000 0.100 0.012 0.888 0.000
#> SRR615539 2 0.5038 0.5804 0.000 0.704 0.000 0.132 0.164
#> SRR663623 3 0.5868 0.2977 0.256 0.056 0.644 0.040 0.004
#> SRR1471989 3 0.2108 0.5750 0.004 0.008 0.928 0.036 0.024
#> SRR1468828 2 0.5006 0.4220 0.000 0.624 0.000 0.328 0.048
#> SRR1381934 1 0.6397 0.5309 0.528 0.068 0.364 0.036 0.004
#> SRR1471098 1 0.5675 0.6078 0.596 0.040 0.332 0.032 0.000
#> SRR1314749 1 0.4907 0.6682 0.664 0.056 0.280 0.000 0.000
#> SRR2166874 3 0.5512 0.3946 0.000 0.032 0.572 0.372 0.024
#> SRR821302 1 0.2377 0.7517 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1435066 5 0.0912 0.6508 0.000 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR661601 5 0.1074 0.6509 0.000 0.004 0.012 0.016 0.968
#> SRR1446546 3 0.8252 0.3164 0.136 0.080 0.432 0.312 0.040
#> SRR1419784 3 0.2141 0.5877 0.004 0.064 0.916 0.016 0.000
#> SRR1357233 3 0.4882 0.4313 0.000 0.032 0.636 0.328 0.004
#> SRR1441889 1 0.0451 0.7537 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1413940 3 0.4517 0.4769 0.372 0.008 0.616 0.004 0.000
#> SRR1324250 4 0.6223 0.5129 0.000 0.216 0.060 0.636 0.088
#> SRR1442862 5 0.5011 0.6096 0.000 0.176 0.088 0.012 0.724
#> SRR662474 4 0.4770 0.3540 0.000 0.320 0.000 0.644 0.036
#> SRR1416226 1 0.6008 0.6293 0.608 0.068 0.292 0.028 0.004
#> SRR1417404 3 0.4900 0.4990 0.028 0.012 0.660 0.300 0.000
#> SRR665466 2 0.5090 0.5736 0.000 0.688 0.000 0.208 0.104
#> SRR658849 1 0.6205 0.5835 0.568 0.040 0.340 0.040 0.012
#> SRR1460025 4 0.5861 0.5924 0.004 0.176 0.124 0.672 0.024
#> SRR1408136 1 0.0404 0.7527 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1489995 2 0.5811 0.5304 0.000 0.552 0.000 0.108 0.340
#> SRR1374092 1 0.5957 0.6425 0.624 0.068 0.268 0.040 0.000
#> SRR1488429 3 0.3409 0.5878 0.028 0.056 0.872 0.020 0.024
#> SRR1087559 1 0.6536 0.4058 0.536 0.004 0.240 0.216 0.004
#> SRR817004 3 0.6816 0.5597 0.148 0.048 0.640 0.128 0.036
#> SRR1429660 5 0.4184 0.6444 0.000 0.132 0.068 0.008 0.792
#> SRR604390 3 0.4351 0.5854 0.028 0.080 0.800 0.092 0.000
#> SRR614936 2 0.5836 0.0836 0.020 0.484 0.004 0.452 0.040
#> SRR1365938 4 0.7782 0.3693 0.300 0.212 0.064 0.420 0.004
#> SRR1437324 1 0.0290 0.7548 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 3 0.5366 0.3425 0.000 0.012 0.528 0.428 0.032
#> SRR660414 1 0.6942 0.3894 0.516 0.036 0.136 0.308 0.004
#> SRR1452185 1 0.0510 0.7520 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1347020 1 0.3928 0.6887 0.700 0.000 0.296 0.004 0.000
#> SRR1398036 3 0.4867 0.3562 0.000 0.000 0.544 0.432 0.024
#> SRR1436674 1 0.0693 0.7561 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR603750 1 0.6489 0.6081 0.580 0.080 0.288 0.048 0.004
#> SRR608630 3 0.5316 0.4442 0.012 0.040 0.600 0.348 0.000
#> SRR655625 4 0.1965 0.6553 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR599059 3 0.7805 0.3953 0.252 0.056 0.480 0.192 0.020
#> SRR615189 4 0.6304 0.5724 0.092 0.164 0.064 0.668 0.012
#> SRR1466889 5 0.3070 0.6543 0.000 0.112 0.012 0.016 0.860
#> SRR1084602 4 0.1908 0.6558 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1335422 1 0.0162 0.7538 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356805 5 0.3964 0.6382 0.000 0.176 0.020 0.016 0.788
#> SRR1385300 3 0.5837 0.5533 0.144 0.008 0.696 0.116 0.036
#> SRR654814 1 0.0798 0.7563 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR658385 5 0.0912 0.6508 0.000 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR820596 1 0.3849 0.7398 0.808 0.008 0.152 0.028 0.004
#> SRR1318118 3 0.5419 0.3557 0.392 0.008 0.560 0.036 0.004
#> SRR1480766 2 0.5079 0.5819 0.000 0.700 0.000 0.136 0.164
#> SRR1406539 1 0.6015 0.5370 0.648 0.036 0.228 0.084 0.004
#> SRR1341833 5 0.4567 0.6126 0.000 0.216 0.028 0.020 0.736
#> SRR1441826 4 0.1965 0.6553 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1448051 1 0.0290 0.7529 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1326752 3 0.6396 0.2609 0.256 0.040 0.624 0.040 0.040
#> SRR665217 3 0.5805 0.2165 0.264 0.012 0.648 0.040 0.036
#> SRR819186 2 0.4227 0.4285 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR661517 3 0.6728 0.1642 0.284 0.040 0.584 0.052 0.040
#> SRR607166 2 0.5716 0.5702 0.004 0.692 0.032 0.100 0.172
#> SRR809065 2 0.5157 0.1616 0.000 0.520 0.000 0.440 0.040
#> SRR1415872 5 0.4450 0.5963 0.000 0.236 0.016 0.020 0.728
#> SRR1415463 1 0.4874 0.6435 0.632 0.040 0.328 0.000 0.000
#> SRR1381161 3 0.4390 0.3715 0.000 0.000 0.568 0.428 0.004
#> SRR1442231 4 0.5528 0.6021 0.060 0.152 0.064 0.720 0.004
#> SRR1374696 1 0.4406 0.7295 0.796 0.024 0.120 0.056 0.004
#> SRR1451988 1 0.7509 0.5422 0.528 0.104 0.260 0.092 0.016
#> SRR660555 1 0.3421 0.6441 0.824 0.008 0.152 0.016 0.000
#> SRR657801 1 0.0693 0.7572 0.980 0.008 0.012 0.000 0.000
#> SRR663344 5 0.3806 0.6351 0.000 0.180 0.012 0.016 0.792
#> SRR1472462 2 0.3355 0.5490 0.000 0.804 0.000 0.012 0.184
#> SRR1406176 1 0.7202 0.5380 0.548 0.048 0.236 0.156 0.012
#> SRR656886 2 0.5669 0.2562 0.000 0.632 0.080 0.272 0.016
#> SRR1498337 3 0.4702 0.3609 0.000 0.000 0.552 0.432 0.016
#> SRR613066 3 0.2140 0.5756 0.024 0.040 0.924 0.012 0.000
#> SRR1309490 1 0.0404 0.7526 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR602492 4 0.4907 -0.2980 0.000 0.000 0.484 0.492 0.024
#> SRR1447347 1 0.2719 0.7482 0.852 0.004 0.144 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.5421 0.3834 0.000 0.628 0.000 0.096 0.276
#> SRR627459 4 0.7148 -0.1005 0.076 0.076 0.360 0.480 0.008
#> SRR1434332 2 0.5470 0.5402 0.000 0.588 0.000 0.080 0.332
#> SRR1070358 3 0.6212 0.3842 0.000 0.064 0.552 0.344 0.040
#> SRR1345936 3 0.4305 0.4722 0.000 0.012 0.688 0.296 0.004
#> SRR665658 2 0.6663 0.5076 0.008 0.560 0.024 0.280 0.128
#> SRR1321351 2 0.4689 0.4972 0.000 0.688 0.000 0.264 0.048
#> SRR657880 5 0.1074 0.6509 0.000 0.004 0.012 0.016 0.968
#> SRR1373903 2 0.5329 0.5758 0.000 0.656 0.000 0.236 0.108
#> SRR657396 3 0.7038 0.3320 0.000 0.140 0.532 0.268 0.060
#> SRR660981 2 0.5079 0.5819 0.000 0.700 0.000 0.136 0.164
#> SRR818499 1 0.1153 0.7580 0.964 0.008 0.024 0.004 0.000
#> SRR819658 5 0.4272 0.6184 0.000 0.212 0.016 0.020 0.752
#> SRR1376316 1 0.3174 0.6301 0.844 0.000 0.132 0.020 0.004
#> SRR1323723 2 0.6495 0.2209 0.000 0.468 0.112 0.020 0.400
#> SRR1476719 1 0.1970 0.7581 0.924 0.004 0.060 0.012 0.000
#> SRR1403478 5 0.0912 0.6508 0.000 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1095695 1 0.4581 0.6320 0.624 0.012 0.360 0.000 0.004
#> SRR1352391 3 0.5082 0.5230 0.052 0.012 0.680 0.256 0.000
#> SRR1498813 4 0.2127 0.6538 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR627437 4 0.7239 -0.1902 0.096 0.072 0.388 0.440 0.004
#> SRR2185097 1 0.2515 0.7552 0.908 0.032 0.040 0.020 0.000
#> SRR817166 3 0.3759 0.5801 0.008 0.080 0.828 0.084 0.000
#> SRR1091670 5 0.4894 -0.2262 0.000 0.456 0.000 0.024 0.520
#> SRR603776 3 0.5722 0.1401 0.424 0.004 0.512 0.052 0.008
#> SRR1479640 4 0.6785 0.0676 0.000 0.384 0.040 0.468 0.108
#> SRR660152 3 0.5842 0.0502 0.348 0.040 0.580 0.024 0.008
#> SRR1074769 5 0.1518 0.6479 0.000 0.020 0.012 0.016 0.952
#> SRR656153 2 0.3513 0.5493 0.000 0.800 0.000 0.020 0.180
#> SRR1392502 3 0.2541 0.5892 0.012 0.068 0.900 0.020 0.000
#> SRR1359609 3 0.4182 0.4639 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.4118 0.5656 0.000 0.780 0.012 0.032 0.176
#> SRR2165182 5 0.1299 0.6479 0.000 0.020 0.012 0.008 0.960
#> SRR608542 3 0.6099 0.3709 0.000 0.040 0.544 0.364 0.052
#> SRR655064 4 0.2127 0.6538 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1432430 1 0.5607 0.6485 0.644 0.008 0.260 0.084 0.004
#> SRR808472 4 0.4824 -0.0678 0.000 0.000 0.376 0.596 0.028
#> SRR1414958 3 0.2221 0.5739 0.004 0.012 0.924 0.036 0.024
#> SRR598484 2 0.4734 0.5675 0.000 0.732 0.000 0.108 0.160
#> SRR612755 1 0.4451 0.6465 0.644 0.016 0.340 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0290 0.7529 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1391724 1 0.7203 0.5374 0.556 0.096 0.184 0.164 0.000
#> SRR1322373 1 0.6712 0.4846 0.500 0.040 0.388 0.044 0.028
#> SRR1489265 2 0.3730 0.4871 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1359099 5 0.0912 0.6508 0.000 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR607279 2 0.3424 0.4938 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR810461 2 0.4273 0.3922 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR627427 1 0.5254 0.6539 0.740 0.048 0.064 0.144 0.004
#> SRR612887 3 0.8292 0.1363 0.000 0.224 0.392 0.176 0.208
#> SRR809807 3 0.4635 0.5637 0.000 0.072 0.772 0.132 0.024
#> SRR663112 3 0.8407 0.2904 0.260 0.080 0.392 0.244 0.024
#> SRR1346933 3 0.6049 0.5124 0.104 0.044 0.652 0.200 0.000
#> SRR1487910 1 0.2681 0.7513 0.892 0.052 0.052 0.004 0.000
#> SRR603092 4 0.2439 0.6494 0.000 0.120 0.000 0.876 0.004
#> SRR1417680 2 0.5136 0.5769 0.000 0.688 0.000 0.196 0.116
#> SRR1383785 1 0.1356 0.7553 0.956 0.004 0.028 0.012 0.000
#> SRR1070015 3 0.6399 0.2379 0.000 0.124 0.564 0.024 0.288
#> SRR1466222 2 0.8389 -0.1658 0.160 0.392 0.212 0.232 0.004
#> SRR1416119 3 0.3296 0.5625 0.024 0.040 0.880 0.032 0.024
#> SRR819318 1 0.3926 0.6160 0.784 0.008 0.188 0.016 0.004
#> SRR608288 2 0.4526 0.5272 0.000 0.672 0.000 0.028 0.300
#> SRR811121 3 0.8812 0.1500 0.128 0.120 0.376 0.060 0.316
#> SRR613138 5 0.2891 0.6063 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR810483 1 0.4836 0.6592 0.652 0.044 0.304 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0290 0.7534 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1337031 1 0.4791 0.0614 0.616 0.000 0.360 0.016 0.008
#> SRR601311 3 0.4886 0.3454 0.000 0.000 0.528 0.448 0.024
#> SRR1406685 4 0.2286 0.6530 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004
#> SRR1467500 4 0.3616 0.5952 0.000 0.164 0.000 0.804 0.032
#> SRR1308504 1 0.0404 0.7526 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1312865 3 0.3717 0.5890 0.032 0.064 0.856 0.024 0.024
#> SRR1312522 3 0.4911 0.5139 0.132 0.016 0.772 0.044 0.036
#> SRR1490486 2 0.4851 0.4343 0.000 0.620 0.020 0.008 0.352
#> SRR1325888 1 0.5306 0.6264 0.616 0.040 0.332 0.008 0.004
#> SRR1472885 1 0.0510 0.7520 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1098785 4 0.5847 0.1977 0.000 0.312 0.008 0.584 0.096
#> SRR1084766 4 0.1965 0.6553 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1102804 2 0.5405 0.5719 0.000 0.640 0.000 0.104 0.256
#> SRR1336636 1 0.3990 0.6777 0.688 0.004 0.308 0.000 0.000
#> SRR1347795 3 0.3212 0.5640 0.024 0.040 0.884 0.028 0.024
#> SRR601900 5 0.2100 0.6586 0.000 0.048 0.012 0.016 0.924
#> SRR1330989 4 0.4341 0.2476 0.000 0.404 0.000 0.592 0.004
#> SRR658445 3 0.6292 0.4699 0.000 0.056 0.644 0.136 0.164
#> SRR1368754 3 0.3667 0.5721 0.088 0.036 0.848 0.020 0.008
#> SRR1460001 5 0.4653 -0.2135 0.000 0.472 0.000 0.012 0.516
#> SRR1414934 1 0.0404 0.7523 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1326249 3 0.6362 0.2109 0.276 0.040 0.612 0.036 0.036
#> SRR614948 3 0.4171 0.4682 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.6861 -0.3049 0.420 0.040 0.460 0.052 0.028
#> SRR1321528 1 0.4986 0.6846 0.768 0.056 0.064 0.108 0.004
#> SRR627447 1 0.4890 0.6316 0.628 0.040 0.332 0.000 0.000
#> SRR612239 4 0.4125 0.6322 0.076 0.088 0.016 0.816 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 1 0.4811 0.53423 0.616 0.000 0.328 0.000 0.036 0.020
#> SRR603858 1 0.7489 0.19304 0.420 0.000 0.216 0.120 0.012 0.232
#> SRR817070 6 0.5071 0.74810 0.000 0.340 0.000 0.080 0.004 0.576
#> SRR1486995 3 0.7081 0.15366 0.196 0.000 0.416 0.000 0.096 0.292
#> SRR813043 2 0.0260 0.70483 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR656874 5 0.3899 0.53707 0.000 0.404 0.000 0.000 0.592 0.004
#> SRR659037 3 0.4496 0.41775 0.000 0.000 0.704 0.116 0.180 0.000
#> SRR662031 1 0.0837 0.67832 0.972 0.000 0.020 0.000 0.004 0.004
#> SRR1081283 4 0.2679 0.54216 0.000 0.096 0.000 0.864 0.000 0.040
#> SRR1481036 1 0.5987 0.50244 0.588 0.004 0.188 0.016 0.196 0.008
#> SRR1434009 5 0.7287 0.45857 0.000 0.208 0.320 0.008 0.380 0.084
#> SRR1376676 1 0.0777 0.67188 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1396967 3 0.5659 0.39947 0.000 0.020 0.592 0.100 0.280 0.008
#> SRR665429 2 0.2202 0.70395 0.000 0.908 0.000 0.012 0.052 0.028
#> SRR1388025 4 0.1806 0.56487 0.000 0.088 0.000 0.908 0.000 0.004
#> SRR600784 1 0.5188 0.50001 0.600 0.000 0.304 0.000 0.084 0.012
#> SRR657611 1 0.0779 0.67782 0.976 0.000 0.008 0.000 0.008 0.008
#> SRR1333659 3 0.6658 -0.19311 0.000 0.244 0.480 0.024 0.236 0.016
#> SRR1323896 2 0.5327 0.28339 0.000 0.588 0.000 0.000 0.164 0.248
#> SRR1453971 3 0.6317 0.07791 0.264 0.000 0.464 0.004 0.012 0.256
#> SRR1421010 1 0.5668 0.32880 0.620 0.000 0.176 0.016 0.008 0.180
#> SRR1334490 3 0.3469 0.43646 0.000 0.000 0.808 0.000 0.088 0.104
#> SRR1309468 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1468637 3 0.5410 0.42658 0.148 0.000 0.692 0.096 0.012 0.052
#> SRR1365489 2 0.2420 0.69172 0.000 0.888 0.000 0.004 0.076 0.032
#> SRR627445 1 0.6844 0.47860 0.548 0.016 0.196 0.024 0.184 0.032
#> SRR607863 5 0.5066 0.51908 0.000 0.060 0.016 0.008 0.648 0.268
#> SRR1475524 3 0.3756 0.37261 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.5307 0.27313 0.000 0.588 0.000 0.000 0.156 0.256
#> SRR615695 1 0.1003 0.67426 0.964 0.000 0.000 0.004 0.004 0.028
#> SRR600900 5 0.5676 -0.02073 0.000 0.000 0.248 0.136 0.592 0.024
#> SRR601477 2 0.3797 0.33913 0.000 0.692 0.000 0.000 0.292 0.016
#> SRR1487215 2 0.2562 0.54950 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1310797 5 0.4992 0.52001 0.000 0.056 0.008 0.016 0.656 0.264
#> SRR1362713 1 0.7846 0.26135 0.436 0.080 0.076 0.284 0.008 0.116
#> SRR1431385 1 0.0508 0.67426 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1379089 2 0.0547 0.70849 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1102079 3 0.6278 0.45914 0.020 0.000 0.568 0.024 0.204 0.184
#> SRR1357210 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR657659 6 0.5851 0.73868 0.000 0.304 0.000 0.220 0.000 0.476
#> SRR663573 4 0.3576 0.55796 0.000 0.088 0.024 0.832 0.008 0.048
#> SRR603188 5 0.4467 0.55057 0.000 0.056 0.004 0.004 0.696 0.240
#> SRR1471200 2 0.3940 0.18149 0.000 0.640 0.000 0.000 0.348 0.012
#> SRR1310975 2 0.3076 0.40446 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR627457 1 0.4640 0.64338 0.776 0.016 0.080 0.036 0.008 0.084
#> SRR1367654 5 0.7160 0.52380 0.000 0.164 0.252 0.004 0.456 0.124
#> SRR1488410 3 0.4091 0.42597 0.292 0.000 0.684 0.012 0.008 0.004
#> SRR1457750 1 0.7871 0.26357 0.444 0.084 0.076 0.268 0.008 0.120
#> SRR1099546 1 0.5024 0.53968 0.648 0.000 0.268 0.000 0.040 0.044
#> SRR604480 2 0.3509 0.45173 0.000 0.744 0.000 0.000 0.240 0.016
#> SRR1390477 2 0.0458 0.70832 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1458447 2 0.0806 0.70364 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1473161 2 0.1334 0.70412 0.000 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> SRR1409813 3 0.6980 -0.23047 0.000 0.200 0.464 0.024 0.272 0.040
#> SRR612791 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1470580 1 0.9769 0.02331 0.232 0.204 0.172 0.104 0.180 0.108
#> SRR1444063 1 0.7469 0.27571 0.452 0.008 0.204 0.068 0.024 0.244
#> SRR1355578 1 0.6444 0.41325 0.560 0.000 0.192 0.048 0.012 0.188
#> SRR1429203 1 0.4378 0.55198 0.760 0.000 0.076 0.016 0.008 0.140
#> SRR599154 3 0.6329 0.06626 0.000 0.192 0.568 0.024 0.192 0.024
#> SRR814244 3 0.4446 0.47361 0.148 0.000 0.752 0.048 0.052 0.000
#> SRR1404123 6 0.5694 0.76070 0.000 0.304 0.000 0.188 0.000 0.508
#> SRR656934 1 0.5989 0.52282 0.608 0.000 0.152 0.040 0.192 0.008
#> SRR1339029 2 0.0891 0.70581 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR821525 4 0.1806 0.56487 0.000 0.088 0.000 0.908 0.000 0.004
#> SRR1443677 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1406330 3 0.3756 0.37261 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.8600 0.13141 0.212 0.000 0.308 0.084 0.200 0.196
#> SRR1391376 1 0.6079 0.43707 0.536 0.000 0.312 0.000 0.080 0.072
#> SRR661842 4 0.2019 0.56257 0.000 0.088 0.000 0.900 0.000 0.012
#> SRR1395699 3 0.7181 0.15937 0.196 0.000 0.424 0.004 0.096 0.280
#> SRR1312209 1 0.2904 0.67075 0.872 0.000 0.072 0.012 0.008 0.036
#> SRR1359469 1 0.1753 0.66340 0.912 0.000 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR658885 3 0.1967 0.48290 0.000 0.000 0.904 0.000 0.012 0.084
#> SRR1414578 1 0.0458 0.67325 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR603620 3 0.7047 0.13391 0.000 0.060 0.452 0.220 0.012 0.256
#> SRR604677 1 0.6147 0.39984 0.548 0.000 0.236 0.020 0.008 0.188
#> SRR603800 2 0.3240 0.64078 0.000 0.820 0.000 0.008 0.144 0.028
#> SRR602058 4 0.4844 -0.02199 0.000 0.000 0.456 0.500 0.012 0.032
#> SRR817488 2 0.1088 0.70124 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR655601 4 0.5821 -0.42315 0.000 0.184 0.000 0.412 0.000 0.404
#> SRR1434821 2 0.5805 0.25144 0.000 0.488 0.000 0.000 0.300 0.212
#> SRR1349166 5 0.6958 0.52200 0.000 0.228 0.248 0.004 0.452 0.068
#> SRR615129 1 0.7849 0.26851 0.468 0.108 0.076 0.236 0.008 0.104
#> SRR607586 2 0.1812 0.68452 0.000 0.912 0.000 0.000 0.080 0.008
#> SRR602680 5 0.3756 0.55020 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1411070 4 0.5244 -0.11654 0.000 0.112 0.000 0.552 0.000 0.336
#> SRR663038 2 0.0000 0.70007 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 6 0.4870 0.72534 0.000 0.352 0.000 0.060 0.004 0.584
#> SRR1479155 1 0.1700 0.66353 0.916 0.000 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR662162 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1374567 1 0.5141 0.51233 0.612 0.000 0.292 0.000 0.084 0.012
#> SRR1434048 2 0.0260 0.70510 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2184865 4 0.2062 0.56512 0.000 0.088 0.004 0.900 0.000 0.008
#> SRR2170135 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR615551 2 0.2883 0.66269 0.000 0.868 0.036 0.020 0.076 0.000
#> SRR1335513 2 0.5456 -0.46028 0.000 0.480 0.000 0.076 0.016 0.428
#> SRR1370216 3 0.7081 0.15366 0.196 0.000 0.416 0.000 0.096 0.292
#> SRR662954 3 0.4936 0.09147 0.000 0.000 0.500 0.436 0.000 0.064
#> SRR1375738 1 0.5626 0.52669 0.608 0.000 0.192 0.008 0.184 0.008
#> SRR1356577 4 0.7600 0.20709 0.264 0.056 0.084 0.496 0.032 0.068
#> SRR1073119 1 0.1285 0.67933 0.944 0.000 0.052 0.000 0.000 0.004
#> SRR663549 1 0.5393 0.56354 0.636 0.000 0.204 0.004 0.144 0.012
#> SRR1478015 6 0.5876 0.62700 0.000 0.384 0.000 0.060 0.060 0.496
#> SRR600632 6 0.6000 0.62127 0.000 0.244 0.000 0.336 0.000 0.420
#> SRR811866 1 0.4424 0.65313 0.784 0.000 0.100 0.056 0.032 0.028
#> SRR1401101 5 0.5276 0.55895 0.000 0.064 0.048 0.000 0.648 0.240
#> SRR1477797 4 0.4531 -0.02627 0.000 0.000 0.464 0.504 0.000 0.032
#> SRR1402986 2 0.2859 0.57349 0.000 0.828 0.000 0.000 0.156 0.016
#> SRR658897 1 0.5457 0.59873 0.684 0.004 0.104 0.040 0.008 0.160
#> SRR1419869 1 0.5409 0.49899 0.592 0.000 0.300 0.000 0.084 0.024
#> SRR1490700 1 0.6921 0.45887 0.532 0.020 0.076 0.236 0.004 0.132
#> SRR601723 4 0.9054 0.17931 0.248 0.144 0.088 0.336 0.136 0.048
#> SRR1384115 3 0.3923 0.45805 0.000 0.000 0.748 0.060 0.192 0.000
#> SRR1476927 6 0.4870 0.72534 0.000 0.352 0.000 0.060 0.004 0.584
#> SRR1387769 1 0.5469 0.54121 0.620 0.000 0.188 0.004 0.180 0.008
#> SRR1322595 3 0.3273 0.49793 0.136 0.000 0.824 0.016 0.024 0.000
#> SRR1370423 1 0.6967 0.44973 0.500 0.000 0.224 0.012 0.184 0.080
#> SRR1314976 4 0.7589 0.21873 0.260 0.064 0.084 0.500 0.032 0.060
#> SRR1319560 3 0.6976 0.13812 0.000 0.060 0.456 0.184 0.012 0.288
#> SRR1352683 1 0.7014 0.47698 0.532 0.000 0.172 0.056 0.196 0.044
#> SRR1473800 1 0.0858 0.67059 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1326384 3 0.3512 0.47051 0.000 0.000 0.772 0.032 0.196 0.000
#> SRR1360807 4 0.2176 0.56593 0.000 0.080 0.000 0.896 0.000 0.024
#> SRR1332544 3 0.3175 0.44256 0.000 0.000 0.832 0.000 0.088 0.080
#> SRR598695 1 0.5172 0.45799 0.676 0.000 0.108 0.016 0.008 0.192
#> SRR807824 3 0.9024 0.15536 0.216 0.216 0.280 0.060 0.032 0.196
#> SRR809296 3 0.7081 0.15366 0.196 0.000 0.416 0.000 0.096 0.292
#> SRR657927 1 0.4903 0.53181 0.632 0.000 0.292 0.000 0.064 0.012
#> SRR1440682 6 0.7494 0.05463 0.000 0.060 0.064 0.144 0.288 0.444
#> SRR1454415 5 0.4725 0.46948 0.000 0.064 0.000 0.000 0.604 0.332
#> SRR1419131 4 0.4235 0.50328 0.000 0.036 0.108 0.776 0.000 0.080
#> SRR1404293 1 0.4638 0.65062 0.776 0.016 0.076 0.036 0.008 0.088
#> SRR1473340 1 0.3878 0.59481 0.736 0.000 0.228 0.000 0.004 0.032
#> SRR1345563 3 0.3975 0.37462 0.392 0.000 0.600 0.000 0.008 0.000
#> SRR1323382 2 0.1501 0.67953 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1480697 3 0.8343 0.16348 0.200 0.000 0.332 0.052 0.204 0.212
#> SRR1321808 2 0.2165 0.66942 0.000 0.884 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR1382756 2 0.6772 0.12868 0.000 0.536 0.012 0.088 0.220 0.144
#> SRR1312558 2 0.5310 0.37661 0.064 0.712 0.140 0.060 0.000 0.024
#> SRR1417088 6 0.5795 0.66884 0.000 0.220 0.000 0.284 0.000 0.496
#> SRR1433027 6 0.5870 0.72853 0.000 0.276 0.000 0.244 0.000 0.480
#> SRR662257 3 0.6003 0.10977 0.000 0.016 0.480 0.348 0.000 0.156
#> SRR600417 4 0.2112 0.56079 0.000 0.088 0.000 0.896 0.000 0.016
#> SRR812493 3 0.4338 0.02795 0.000 0.000 0.492 0.488 0.000 0.020
#> SRR612743 1 0.5349 0.57288 0.664 0.000 0.140 0.024 0.168 0.004
#> SRR1361345 1 0.7314 0.44491 0.536 0.056 0.080 0.204 0.008 0.116
#> SRR600584 6 0.5175 0.75441 0.000 0.332 0.000 0.092 0.004 0.572
#> SRR1310520 4 0.1610 0.56580 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.0972 0.49073 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1334074 3 0.3974 0.46103 0.000 0.004 0.752 0.056 0.188 0.000
#> SRR654838 2 0.1672 0.70890 0.000 0.932 0.000 0.004 0.048 0.016
#> SRR1376694 3 0.3446 0.43739 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.8167 0.27816 0.448 0.172 0.084 0.120 0.008 0.168
#> SRR1366837 1 0.5498 0.55809 0.636 0.000 0.172 0.012 0.172 0.008
#> SRR1467479 2 0.2402 0.65837 0.000 0.868 0.000 0.000 0.120 0.012
#> SRR1459055 3 0.3965 0.37832 0.388 0.000 0.604 0.000 0.008 0.000
#> SRR1471050 2 0.0405 0.70253 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR603004 5 0.5295 0.36815 0.000 0.048 0.184 0.036 0.696 0.036
#> SRR814703 5 0.4585 0.62666 0.000 0.192 0.000 0.000 0.692 0.116
#> SRR661937 2 0.5761 -0.39341 0.000 0.480 0.000 0.048 0.060 0.412
#> SRR614359 1 0.3500 0.62173 0.816 0.000 0.052 0.012 0.000 0.120
#> SRR1071568 2 0.5525 0.34754 0.000 0.580 0.000 0.004 0.192 0.224
#> SRR1389084 1 0.7043 0.25883 0.388 0.000 0.336 0.000 0.088 0.188
#> SRR1337624 4 0.6257 -0.43943 0.000 0.224 0.012 0.412 0.000 0.352
#> SRR1344400 2 0.5165 -0.22916 0.000 0.516 0.000 0.004 0.404 0.076
#> SRR1414290 2 0.0865 0.69881 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1413644 5 0.6789 0.51231 0.000 0.300 0.228 0.000 0.420 0.052
#> SRR1098998 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1481279 1 0.1218 0.67954 0.956 0.000 0.028 0.000 0.004 0.012
#> SRR1315103 3 0.4362 0.43123 0.264 0.000 0.692 0.028 0.012 0.004
#> SRR1099286 1 0.6775 0.22729 0.428 0.000 0.328 0.032 0.012 0.200
#> SRR2166570 1 0.8418 0.31675 0.432 0.060 0.096 0.232 0.132 0.048
#> SRR601445 1 0.1514 0.67420 0.944 0.000 0.004 0.012 0.004 0.036
#> SRR1439719 6 0.5507 0.76053 0.000 0.308 0.000 0.156 0.000 0.536
#> SRR1377026 4 0.8098 -0.09071 0.000 0.060 0.136 0.332 0.144 0.328
#> SRR1327386 1 0.2095 0.66241 0.904 0.000 0.000 0.016 0.004 0.076
#> SRR654826 2 0.0547 0.70831 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1460433 4 0.4253 0.41240 0.000 0.000 0.132 0.756 0.012 0.100
#> SRR1469345 3 0.6924 0.27638 0.152 0.000 0.500 0.008 0.096 0.244
#> SRR1421462 2 0.0790 0.70526 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR662966 3 0.2828 0.49354 0.072 0.000 0.864 0.000 0.060 0.004
#> SRR1339175 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1447736 2 0.1327 0.67171 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1434671 5 0.6162 0.60750 0.000 0.236 0.120 0.000 0.572 0.072
#> SRR660800 2 0.0603 0.70189 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1465543 3 0.6324 0.09794 0.000 0.184 0.576 0.028 0.188 0.024
#> SRR1342023 1 0.2294 0.66029 0.896 0.000 0.000 0.020 0.008 0.076
#> SRR1335670 1 0.2349 0.65985 0.892 0.000 0.000 0.020 0.008 0.080
#> SRR1400955 5 0.5260 0.57317 0.000 0.076 0.040 0.000 0.652 0.232
#> SRR1072150 2 0.2416 0.56207 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1442822 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1364658 1 0.4316 0.57593 0.700 0.000 0.252 0.000 0.016 0.032
#> SRR1098074 3 0.4389 0.44704 0.000 0.000 0.660 0.052 0.288 0.000
#> SRR1442778 1 0.5571 0.38308 0.644 0.000 0.140 0.024 0.008 0.184
#> SRR1086728 3 0.3056 0.48962 0.000 0.000 0.820 0.012 0.160 0.008
#> SRR627464 1 0.8180 0.22598 0.440 0.168 0.080 0.188 0.008 0.116
#> SRR1409193 1 0.5440 0.61777 0.708 0.000 0.080 0.096 0.020 0.096
#> SRR2168286 4 0.2670 0.55688 0.000 0.084 0.040 0.872 0.000 0.004
#> SRR615539 6 0.4920 0.72809 0.000 0.352 0.000 0.064 0.004 0.580
#> SRR663623 3 0.8212 0.09350 0.228 0.000 0.340 0.040 0.192 0.200
#> SRR1471989 3 0.1334 0.48615 0.000 0.000 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR1468828 6 0.5885 0.74789 0.000 0.304 0.000 0.228 0.000 0.468
#> SRR1381934 1 0.8058 0.26966 0.372 0.000 0.232 0.036 0.180 0.180
#> SRR1471098 1 0.6236 0.42592 0.524 0.000 0.308 0.000 0.088 0.080
#> SRR1314749 1 0.5262 0.55953 0.632 0.000 0.204 0.000 0.156 0.008
#> SRR2166874 3 0.6023 0.21174 0.000 0.036 0.540 0.292 0.000 0.132
#> SRR821302 1 0.2454 0.67338 0.876 0.000 0.104 0.000 0.004 0.016
#> SRR1435066 5 0.3756 0.55020 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR661601 5 0.3765 0.54527 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1446546 3 0.9137 0.15691 0.200 0.040 0.292 0.132 0.248 0.088
#> SRR1419784 3 0.3014 0.48199 0.000 0.000 0.804 0.012 0.184 0.000
#> SRR1357233 3 0.5502 0.38206 0.000 0.008 0.652 0.184 0.132 0.024
#> SRR1441889 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1413940 3 0.3934 0.38760 0.376 0.000 0.616 0.000 0.008 0.000
#> SRR1324250 4 0.7786 -0.20251 0.000 0.208 0.020 0.380 0.140 0.252
#> SRR1442862 5 0.7178 0.50866 0.000 0.184 0.276 0.008 0.440 0.092
#> SRR662474 6 0.5657 0.44410 0.000 0.132 0.000 0.412 0.004 0.452
#> SRR1416226 1 0.5853 0.50484 0.592 0.000 0.188 0.016 0.196 0.008
#> SRR1417404 3 0.6914 0.23279 0.032 0.000 0.464 0.320 0.040 0.144
#> SRR665466 6 0.4882 0.73909 0.000 0.352 0.000 0.072 0.000 0.576
#> SRR658849 1 0.6548 0.36794 0.476 0.000 0.328 0.000 0.088 0.108
#> SRR1460025 4 0.8830 0.19018 0.024 0.136 0.120 0.384 0.168 0.168
#> SRR1408136 1 0.1757 0.66390 0.916 0.000 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR1489995 2 0.3784 0.60688 0.000 0.808 0.000 0.048 0.036 0.108
#> SRR1374092 1 0.5658 0.54615 0.628 0.000 0.160 0.020 0.184 0.008
#> SRR1488429 3 0.5040 0.49473 0.020 0.000 0.684 0.000 0.140 0.156
#> SRR1087559 1 0.7505 0.44877 0.520 0.012 0.196 0.120 0.044 0.108
#> SRR817004 3 0.6237 0.47812 0.168 0.000 0.612 0.016 0.064 0.140
#> SRR1429660 5 0.6834 0.50819 0.000 0.268 0.256 0.004 0.428 0.044
#> SRR604390 3 0.6424 0.45601 0.020 0.000 0.564 0.036 0.204 0.176
#> SRR614936 4 0.6967 -0.36187 0.020 0.208 0.032 0.400 0.000 0.340
#> SRR1365938 1 0.7805 0.25704 0.464 0.096 0.076 0.252 0.008 0.104
#> SRR1437324 1 0.0508 0.67426 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR613414 3 0.6283 0.13464 0.000 0.024 0.480 0.356 0.012 0.128
#> SRR660414 1 0.8228 0.37337 0.468 0.060 0.104 0.180 0.152 0.036
#> SRR1452185 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1347020 1 0.3342 0.63536 0.760 0.000 0.228 0.000 0.000 0.012
#> SRR1398036 4 0.4844 -0.02199 0.000 0.000 0.456 0.500 0.012 0.032
#> SRR1436674 1 0.0790 0.67274 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR603750 1 0.6436 0.49000 0.568 0.016 0.200 0.016 0.184 0.016
#> SRR608630 3 0.5955 0.19312 0.012 0.000 0.496 0.368 0.012 0.112
#> SRR655625 4 0.1663 0.56564 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR599059 3 0.8611 0.14196 0.208 0.000 0.304 0.084 0.204 0.200
#> SRR615189 4 0.8040 0.23101 0.188 0.132 0.092 0.444 0.000 0.144
#> SRR1466889 5 0.4444 0.61656 0.000 0.256 0.000 0.000 0.676 0.068
#> SRR1084602 4 0.2255 0.56507 0.000 0.080 0.000 0.892 0.000 0.028
#> SRR1335422 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1356805 5 0.5720 0.63128 0.000 0.200 0.068 0.000 0.632 0.100
#> SRR1385300 3 0.6333 0.18488 0.208 0.000 0.496 0.012 0.012 0.272
#> SRR654814 1 0.0603 0.67623 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR658385 5 0.3756 0.55020 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR820596 1 0.5340 0.62564 0.700 0.000 0.156 0.036 0.024 0.084
#> SRR1318118 1 0.6863 0.26554 0.484 0.000 0.272 0.044 0.020 0.180
#> SRR1480766 6 0.4939 0.68479 0.000 0.380 0.000 0.060 0.004 0.556
#> SRR1406539 1 0.6083 0.46253 0.584 0.000 0.172 0.032 0.008 0.204
#> SRR1341833 5 0.4713 0.62861 0.000 0.180 0.004 0.000 0.692 0.124
#> SRR1441826 4 0.1753 0.56579 0.000 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004
#> SRR1448051 1 0.0790 0.67191 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1326752 3 0.7073 0.15629 0.196 0.000 0.420 0.000 0.096 0.288
#> SRR665217 3 0.6748 0.16424 0.196 0.000 0.476 0.004 0.056 0.268
#> SRR819186 2 0.0146 0.69898 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.7081 0.15366 0.196 0.000 0.416 0.000 0.096 0.292
#> SRR607166 2 0.3569 0.52595 0.000 0.816 0.128 0.032 0.004 0.020
#> SRR809065 6 0.6044 0.61188 0.000 0.264 0.000 0.328 0.000 0.408
#> SRR1415872 5 0.4376 0.54203 0.000 0.056 0.000 0.004 0.692 0.248
#> SRR1415463 1 0.5372 0.51807 0.584 0.000 0.308 0.000 0.092 0.016
#> SRR1381161 4 0.4473 -0.04899 0.000 0.000 0.480 0.492 0.000 0.028
#> SRR1442231 4 0.6569 0.40361 0.104 0.092 0.076 0.640 0.008 0.080
#> SRR1374696 1 0.4263 0.65512 0.800 0.004 0.092 0.048 0.036 0.020
#> SRR1451988 1 0.8126 0.36261 0.440 0.064 0.200 0.016 0.192 0.088
#> SRR660555 1 0.4415 0.53045 0.736 0.000 0.080 0.008 0.004 0.172
#> SRR657801 1 0.0405 0.67543 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR663344 5 0.4605 0.62711 0.000 0.184 0.000 0.000 0.692 0.124
#> SRR1472462 2 0.3864 0.07254 0.000 0.648 0.000 0.004 0.004 0.344
#> SRR1406176 1 0.8143 0.37509 0.436 0.056 0.264 0.032 0.120 0.092
#> SRR656886 2 0.7757 -0.01724 0.000 0.480 0.156 0.092 0.180 0.092
#> SRR1498337 4 0.4469 -0.02780 0.000 0.000 0.468 0.504 0.000 0.028
#> SRR613066 3 0.2509 0.45331 0.000 0.000 0.876 0.000 0.088 0.036
#> SRR1309490 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR602492 4 0.4755 0.19211 0.000 0.000 0.324 0.620 0.012 0.044
#> SRR1447347 1 0.1226 0.67905 0.952 0.000 0.040 0.000 0.004 0.004
#> SRR1475546 2 0.4720 -0.15314 0.000 0.556 0.000 0.012 0.028 0.404
#> SRR627459 4 0.9401 -0.18816 0.216 0.036 0.216 0.216 0.200 0.116
#> SRR1434332 2 0.4587 0.04420 0.000 0.632 0.000 0.048 0.004 0.316
#> SRR1070358 3 0.6685 0.13179 0.000 0.028 0.480 0.308 0.024 0.160
#> SRR1345936 3 0.4718 0.36083 0.000 0.000 0.676 0.200 0.124 0.000
#> SRR665658 2 0.7189 -0.47732 0.000 0.384 0.092 0.248 0.000 0.276
#> SRR1321351 6 0.5103 0.75083 0.000 0.336 0.000 0.084 0.004 0.576
#> SRR657880 5 0.3765 0.54527 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1373903 6 0.5757 0.73467 0.000 0.352 0.000 0.180 0.000 0.468
#> SRR657396 3 0.7039 0.13581 0.000 0.060 0.452 0.212 0.012 0.264
#> SRR660981 6 0.5190 0.73744 0.000 0.352 0.000 0.088 0.004 0.556
#> SRR818499 1 0.0405 0.67543 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR819658 5 0.5469 0.57450 0.000 0.076 0.056 0.000 0.640 0.228
#> SRR1376316 1 0.4436 0.55282 0.760 0.000 0.080 0.020 0.008 0.132
#> SRR1323723 2 0.3491 0.62840 0.000 0.840 0.056 0.008 0.072 0.024
#> SRR1476719 1 0.1914 0.67820 0.920 0.000 0.056 0.000 0.008 0.016
#> SRR1403478 5 0.3756 0.55020 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1095695 1 0.4610 0.50537 0.580 0.000 0.384 0.000 0.012 0.024
#> SRR1352391 3 0.7874 0.34219 0.144 0.000 0.448 0.188 0.056 0.164
#> SRR1498813 4 0.2250 0.55608 0.000 0.092 0.000 0.888 0.000 0.020
#> SRR627437 1 0.9306 -0.13392 0.220 0.020 0.216 0.192 0.200 0.152
#> SRR2185097 1 0.1988 0.67752 0.920 0.000 0.048 0.004 0.004 0.024
#> SRR817166 3 0.4750 0.48098 0.008 0.000 0.716 0.028 0.196 0.052
#> SRR1091670 2 0.2604 0.69396 0.000 0.880 0.000 0.008 0.076 0.036
#> SRR603776 1 0.6853 0.26433 0.476 0.000 0.272 0.044 0.016 0.192
#> SRR1479640 6 0.6224 0.63174 0.000 0.196 0.012 0.284 0.008 0.500
#> SRR660152 3 0.7300 0.01206 0.280 0.000 0.412 0.012 0.080 0.216
#> SRR1074769 2 0.4199 -0.23678 0.000 0.544 0.000 0.004 0.444 0.008
#> SRR656153 2 0.3887 0.02750 0.000 0.632 0.000 0.000 0.008 0.360
#> SRR1392502 3 0.2814 0.48749 0.000 0.000 0.820 0.008 0.172 0.000
#> SRR1359609 3 0.3756 0.37261 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.4428 0.50373 0.000 0.756 0.008 0.012 0.108 0.116
#> SRR2165182 5 0.3857 0.42588 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR608542 3 0.5608 0.05304 0.000 0.008 0.468 0.424 0.004 0.096
#> SRR655064 4 0.2019 0.56287 0.000 0.088 0.000 0.900 0.000 0.012
#> SRR1432430 1 0.4713 0.52586 0.592 0.000 0.364 0.016 0.000 0.028
#> SRR808472 4 0.4305 0.42047 0.000 0.004 0.124 0.756 0.008 0.108
#> SRR1414958 3 0.1649 0.47726 0.000 0.000 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR598484 2 0.6583 0.14947 0.000 0.536 0.004 0.072 0.172 0.216
#> SRR612755 1 0.4765 0.53722 0.624 0.000 0.320 0.000 0.040 0.016
#> SRR1365808 1 0.1296 0.67079 0.948 0.000 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1391724 1 0.7728 0.42325 0.492 0.016 0.132 0.128 0.196 0.036
#> SRR1322373 1 0.7171 0.18698 0.348 0.000 0.344 0.000 0.092 0.216
#> SRR1489265 2 0.3112 0.63855 0.000 0.836 0.000 0.000 0.068 0.096
#> SRR1359099 5 0.3756 0.55020 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR607279 2 0.4765 0.41805 0.000 0.672 0.000 0.000 0.132 0.196
#> SRR810461 2 0.0547 0.70846 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR627427 1 0.3924 0.65352 0.812 0.000 0.076 0.032 0.008 0.072
#> SRR612887 6 0.7741 -0.16004 0.000 0.060 0.092 0.128 0.360 0.360
#> SRR809807 3 0.3612 0.47165 0.000 0.000 0.764 0.036 0.200 0.000
#> SRR663112 3 0.9306 0.06400 0.236 0.060 0.296 0.104 0.192 0.112
#> SRR1346933 3 0.6050 0.38581 0.148 0.000 0.612 0.172 0.004 0.064
#> SRR1487910 1 0.2959 0.66704 0.864 0.000 0.072 0.004 0.008 0.052
#> SRR603092 4 0.2937 0.53113 0.000 0.096 0.000 0.848 0.000 0.056
#> SRR1417680 6 0.5015 0.73781 0.000 0.352 0.000 0.072 0.004 0.572
#> SRR1383785 1 0.2375 0.65728 0.888 0.000 0.012 0.012 0.000 0.088
#> SRR1070015 3 0.6197 0.09898 0.000 0.196 0.588 0.024 0.168 0.024
#> SRR1466222 1 0.9759 0.04888 0.240 0.180 0.176 0.096 0.192 0.116
#> SRR1416119 3 0.3423 0.43712 0.000 0.000 0.812 0.000 0.088 0.100
#> SRR819318 1 0.5446 0.49317 0.656 0.000 0.148 0.020 0.008 0.168
#> SRR608288 2 0.1700 0.66386 0.000 0.928 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR811121 5 0.9243 0.17554 0.112 0.196 0.232 0.064 0.308 0.088
#> SRR613138 2 0.3878 0.20204 0.000 0.668 0.000 0.004 0.320 0.008
#> SRR810483 1 0.5087 0.55726 0.628 0.000 0.252 0.000 0.116 0.004
#> SRR607839 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1337031 1 0.5658 0.34997 0.628 0.000 0.160 0.020 0.008 0.184
#> SRR601311 4 0.5003 -0.00693 0.000 0.000 0.436 0.508 0.012 0.044
#> SRR1406685 4 0.2487 0.54968 0.000 0.092 0.000 0.876 0.000 0.032
#> SRR1467500 4 0.2536 0.53015 0.000 0.116 0.000 0.864 0.000 0.020
#> SRR1308504 1 0.0790 0.67069 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1312865 3 0.5561 0.47958 0.020 0.000 0.616 0.000 0.192 0.172
#> SRR1312522 3 0.7124 0.20654 0.180 0.000 0.456 0.008 0.092 0.264
#> SRR1490486 2 0.1860 0.69121 0.000 0.928 0.028 0.004 0.036 0.004
#> SRR1325888 1 0.5261 0.48962 0.588 0.000 0.312 0.000 0.088 0.012
#> SRR1472885 1 0.0713 0.67039 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1098785 6 0.5799 0.60570 0.000 0.192 0.000 0.340 0.000 0.468
#> SRR1084766 4 0.1663 0.56564 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.4023 0.45615 0.000 0.752 0.000 0.052 0.008 0.188
#> SRR1336636 1 0.3721 0.58086 0.684 0.000 0.308 0.000 0.004 0.004
#> SRR1347795 3 0.2846 0.44733 0.000 0.000 0.856 0.000 0.084 0.060
#> SRR601900 5 0.3727 0.55345 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR1330989 4 0.5411 0.06546 0.000 0.168 0.000 0.572 0.000 0.260
#> SRR658445 3 0.5542 0.35530 0.000 0.128 0.672 0.032 0.152 0.016
#> SRR1368754 3 0.6973 0.24300 0.172 0.000 0.500 0.012 0.084 0.232
#> SRR1460001 2 0.0972 0.70705 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> SRR1414934 1 0.0777 0.67188 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1326249 3 0.7257 0.16031 0.196 0.000 0.428 0.008 0.096 0.272
#> SRR614948 3 0.3756 0.37261 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.7176 0.08413 0.224 0.000 0.392 0.000 0.096 0.288
#> SRR1321528 1 0.3870 0.65328 0.816 0.000 0.076 0.032 0.008 0.068
#> SRR627447 1 0.5287 0.49539 0.592 0.000 0.308 0.000 0.084 0.016
#> SRR612239 4 0.4423 0.52866 0.056 0.084 0.032 0.796 0.012 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.933 0.940 0.975 0.4981 0.501 0.501
#> 3 3 0.565 0.703 0.828 0.2666 0.868 0.744
#> 4 4 0.599 0.617 0.804 0.1029 0.799 0.560
#> 5 5 0.865 0.855 0.924 0.0904 0.827 0.523
#> 6 6 0.735 0.656 0.825 0.0418 0.967 0.867
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR603858 1 0.2423 0.9345 0.960 0.040
#> SRR817070 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.9044 0.5422 0.680 0.320
#> SRR662031 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1481036 1 0.7219 0.7516 0.800 0.200
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.7299 0.7461 0.796 0.204
#> SRR607863 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR627457 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1457750 1 1.0000 0.0152 0.500 0.500
#> SRR1099546 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1444063 1 0.9775 0.3122 0.588 0.412
#> SRR1355578 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR656934 1 0.0376 0.9655 0.996 0.004
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.8499 0.6167 0.276 0.724
#> SRR1391376 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1395699 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR615129 2 0.8861 0.5577 0.304 0.696
#> SRR607586 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR662954 2 0.6973 0.7633 0.188 0.812
#> SRR1375738 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.0376 0.9655 0.996 0.004
#> SRR1073119 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR601723 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1384115 2 0.8713 0.5858 0.292 0.708
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1370423 1 0.7674 0.7162 0.776 0.224
#> SRR1314976 1 0.8555 0.6213 0.720 0.280
#> SRR1319560 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1352683 1 0.2778 0.9267 0.952 0.048
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1360807 2 0.2603 0.9380 0.044 0.956
#> SRR1332544 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR809296 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.7056 0.7627 0.808 0.192
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.7139 0.7516 0.196 0.804
#> SRR612743 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1395595 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.9286 0.4728 0.344 0.656
#> SRR654838 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.3584 0.9120 0.068 0.932
#> SRR1366837 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR2166570 2 0.9977 0.0741 0.472 0.528
#> SRR601445 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0376 0.9747 0.004 0.996
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.3431 0.9176 0.064 0.936
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1086728 1 0.7139 0.7572 0.804 0.196
#> SRR627464 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1409193 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR663623 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1471989 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1381934 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1419784 1 0.0376 0.9655 0.996 0.004
#> SRR1357233 2 0.3114 0.9260 0.056 0.944
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1417404 1 0.6148 0.8143 0.848 0.152
#> SRR665466 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1488429 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.7139 0.7545 0.804 0.196
#> SRR817004 1 0.3114 0.9189 0.944 0.056
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR604390 1 0.9286 0.4897 0.656 0.344
#> SRR614936 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1365938 2 0.8499 0.6130 0.276 0.724
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR660414 1 0.9710 0.3579 0.600 0.400
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR603750 1 0.7299 0.7465 0.796 0.204
#> SRR608630 2 0.9795 0.2804 0.416 0.584
#> SRR655625 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.6887 0.7695 0.184 0.816
#> SRR615189 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.3879 0.9050 0.076 0.924
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1385300 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR665217 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1451988 2 0.5629 0.8378 0.132 0.868
#> SRR660555 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1406176 1 0.8267 0.6535 0.740 0.260
#> SRR656886 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.9710 0.3276 0.400 0.600
#> SRR665658 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1498813 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.1633 0.9572 0.024 0.976
#> SRR2185097 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR817166 1 0.7299 0.7460 0.796 0.204
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1432430 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1414958 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.9896 0.2288 0.560 0.440
#> SRR1322373 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.8016 0.6749 0.244 0.756
#> SRR663112 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1346933 1 0.7950 0.6857 0.760 0.240
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.1184 0.9642 0.016 0.984
#> SRR1466222 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1416119 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR810483 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.2948 0.9230 0.948 0.052
#> SRR1312522 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.2778 0.9340 0.048 0.952
#> SRR1368754 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> SRR612239 2 0.2236 0.9459 0.036 0.964
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.5058 0.63997 0.756 0.000 0.244
#> SRR603858 1 0.9070 0.23080 0.552 0.244 0.204
#> SRR817070 2 0.3116 0.80897 0.000 0.892 0.108
#> SRR1486995 1 0.5760 0.52327 0.672 0.000 0.328
#> SRR813043 2 0.3686 0.77046 0.000 0.860 0.140
#> SRR656874 2 0.1964 0.82169 0.000 0.944 0.056
#> SRR659037 3 0.5412 0.56121 0.032 0.172 0.796
#> SRR662031 1 0.0424 0.80712 0.992 0.000 0.008
#> SRR1081283 2 0.3941 0.78777 0.000 0.844 0.156
#> SRR1481036 1 0.4808 0.71259 0.804 0.008 0.188
#> SRR1434009 3 0.5216 0.64666 0.000 0.260 0.740
#> SRR1376676 1 0.0892 0.80429 0.980 0.000 0.020
#> SRR1396967 2 0.5216 0.63806 0.000 0.740 0.260
#> SRR665429 2 0.0747 0.83025 0.000 0.984 0.016
#> SRR1388025 2 0.4291 0.77315 0.000 0.820 0.180
#> SRR600784 1 0.4931 0.65426 0.768 0.000 0.232
#> SRR657611 1 0.1163 0.80197 0.972 0.000 0.028
#> SRR1333659 3 0.4654 0.70321 0.000 0.208 0.792
#> SRR1323896 2 0.1031 0.82973 0.000 0.976 0.024
#> SRR1453971 1 0.5621 0.55500 0.692 0.000 0.308
#> SRR1421010 1 0.0424 0.80629 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334490 3 0.4931 0.66026 0.232 0.000 0.768
#> SRR1309468 1 0.0747 0.80642 0.984 0.000 0.016
#> SRR1468637 3 0.5882 0.49636 0.348 0.000 0.652
#> SRR1365489 2 0.2537 0.81096 0.000 0.920 0.080
#> SRR627445 1 0.6665 0.55637 0.688 0.036 0.276
#> SRR607863 2 0.0000 0.83029 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.6225 -0.00426 0.568 0.000 0.432
#> SRR1405504 2 0.0892 0.83008 0.000 0.980 0.020
#> SRR615695 1 0.1411 0.79887 0.964 0.000 0.036
#> SRR600900 2 0.1031 0.83101 0.000 0.976 0.024
#> SRR601477 2 0.2537 0.81096 0.000 0.920 0.080
#> SRR1487215 2 0.4346 0.72795 0.000 0.816 0.184
#> SRR1310797 2 0.0000 0.83029 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.4452 0.67289 0.808 0.000 0.192
#> SRR1431385 1 0.1031 0.80321 0.976 0.000 0.024
#> SRR1379089 2 0.3267 0.78904 0.000 0.884 0.116
#> SRR1102079 1 0.6111 0.39338 0.604 0.000 0.396
#> SRR1357210 1 0.0424 0.80712 0.992 0.000 0.008
#> SRR657659 2 0.3619 0.79757 0.000 0.864 0.136
#> SRR663573 2 0.4002 0.78566 0.000 0.840 0.160
#> SRR603188 2 0.1643 0.82585 0.000 0.956 0.044
#> SRR1471200 2 0.3619 0.77382 0.000 0.864 0.136
#> SRR1310975 2 0.2261 0.81666 0.000 0.932 0.068
#> SRR627457 2 0.3607 0.78986 0.008 0.880 0.112
#> SRR1367654 2 0.5760 0.51256 0.000 0.672 0.328
#> SRR1488410 1 0.2625 0.76950 0.916 0.000 0.084
#> SRR1457750 1 0.8770 0.29372 0.584 0.236 0.180
#> SRR1099546 1 0.5216 0.62098 0.740 0.000 0.260
#> SRR604480 2 0.2959 0.79952 0.000 0.900 0.100
#> SRR1390477 2 0.3116 0.79471 0.000 0.892 0.108
#> SRR1458447 2 0.3941 0.75620 0.000 0.844 0.156
#> SRR1473161 2 0.2165 0.81853 0.000 0.936 0.064
#> SRR1409813 3 0.4974 0.67606 0.000 0.236 0.764
#> SRR612791 1 0.0747 0.80642 0.984 0.000 0.016
#> SRR1470580 2 0.6287 0.57759 0.024 0.704 0.272
#> SRR1444063 1 0.6799 0.01381 0.532 0.456 0.012
#> SRR1355578 1 0.3038 0.75833 0.896 0.000 0.104
#> SRR1429203 1 0.0747 0.80502 0.984 0.000 0.016
#> SRR599154 3 0.4931 0.68090 0.000 0.232 0.768
#> SRR814244 3 0.6154 0.39506 0.408 0.000 0.592
#> SRR1404123 2 0.3340 0.80442 0.000 0.880 0.120
#> SRR656934 1 0.4228 0.72019 0.844 0.008 0.148
#> SRR1339029 2 0.1643 0.82600 0.000 0.956 0.044
#> SRR821525 2 0.4346 0.77068 0.000 0.816 0.184
#> SRR1443677 1 0.0424 0.80712 0.992 0.000 0.008
#> SRR1406330 1 0.4504 0.62917 0.804 0.000 0.196
#> SRR1338124 2 0.9536 0.03121 0.260 0.488 0.252
#> SRR1391376 1 0.6047 0.53634 0.680 0.008 0.312
#> SRR661842 2 0.4235 0.77588 0.000 0.824 0.176
#> SRR1395699 1 0.6180 0.50262 0.660 0.008 0.332
#> SRR1312209 1 0.2356 0.77868 0.928 0.000 0.072
#> SRR1359469 1 0.0237 0.80673 0.996 0.000 0.004
#> SRR658885 3 0.5115 0.69901 0.188 0.016 0.796
#> SRR1414578 1 0.1031 0.80321 0.976 0.000 0.024
#> SRR603620 2 0.4346 0.77225 0.000 0.816 0.184
#> SRR604677 1 0.0237 0.80673 0.996 0.000 0.004
#> SRR603800 2 0.4555 0.71036 0.000 0.800 0.200
#> SRR602058 2 0.4399 0.76900 0.000 0.812 0.188
#> SRR817488 2 0.4452 0.71910 0.000 0.808 0.192
#> SRR655601 2 0.3752 0.79372 0.000 0.856 0.144
#> SRR1434821 2 0.1289 0.82870 0.000 0.968 0.032
#> SRR1349166 3 0.5733 0.53296 0.000 0.324 0.676
#> SRR615129 2 0.9364 0.17990 0.400 0.432 0.168
#> SRR607586 2 0.4452 0.71902 0.000 0.808 0.192
#> SRR602680 2 0.4974 0.66354 0.000 0.764 0.236
#> SRR1411070 2 0.3816 0.79186 0.000 0.852 0.148
#> SRR663038 2 0.1289 0.82870 0.000 0.968 0.032
#> SRR1489416 2 0.1289 0.82802 0.000 0.968 0.032
#> SRR1479155 1 0.0237 0.80673 0.996 0.000 0.004
#> SRR662162 1 0.0747 0.80642 0.984 0.000 0.016
#> SRR1374567 1 0.4121 0.71791 0.832 0.000 0.168
#> SRR1434048 2 0.1289 0.82870 0.000 0.968 0.032
#> SRR2184865 2 0.4291 0.77315 0.000 0.820 0.180
#> SRR2170135 1 0.0424 0.80712 0.992 0.000 0.008
#> SRR615551 2 0.4931 0.66880 0.000 0.768 0.232
#> SRR1335513 2 0.0747 0.83045 0.000 0.984 0.016
#> SRR1370216 1 0.6291 0.15724 0.532 0.000 0.468
#> SRR662954 2 0.6835 0.62835 0.040 0.676 0.284
#> SRR1375738 1 0.3192 0.76156 0.888 0.000 0.112
#> SRR1356577 1 0.6810 0.58145 0.720 0.068 0.212
#> SRR1073119 1 0.0747 0.80699 0.984 0.000 0.016
#> SRR663549 1 0.1964 0.79401 0.944 0.000 0.056
#> SRR1478015 2 0.0424 0.83024 0.000 0.992 0.008
#> SRR600632 2 0.3619 0.79757 0.000 0.864 0.136
#> SRR811866 1 0.3340 0.74100 0.880 0.000 0.120
#> SRR1401101 2 0.1411 0.82828 0.000 0.964 0.036
#> SRR1477797 2 0.4750 0.74623 0.000 0.784 0.216
#> SRR1402986 2 0.1411 0.82791 0.000 0.964 0.036
#> SRR658897 1 0.1031 0.80321 0.976 0.000 0.024
#> SRR1419869 1 0.5327 0.60600 0.728 0.000 0.272
#> SRR1490700 1 0.5660 0.63616 0.772 0.028 0.200
#> SRR601723 2 0.4233 0.78430 0.004 0.836 0.160
#> SRR1384115 3 0.4531 0.72996 0.008 0.168 0.824
#> SRR1476927 2 0.1289 0.82802 0.000 0.968 0.032
#> SRR1387769 1 0.2878 0.77230 0.904 0.000 0.096
#> SRR1322595 3 0.5560 0.57429 0.300 0.000 0.700
#> SRR1370423 1 0.8659 0.29899 0.560 0.128 0.312
#> SRR1314976 1 0.7205 0.56442 0.708 0.100 0.192
#> SRR1319560 2 0.3941 0.79124 0.000 0.844 0.156
#> SRR1352683 1 0.3918 0.72142 0.856 0.004 0.140
#> SRR1473800 1 0.1031 0.80321 0.976 0.000 0.024
#> SRR1326384 3 0.4796 0.65709 0.220 0.000 0.780
#> SRR1360807 2 0.9422 0.25205 0.284 0.500 0.216
#> SRR1332544 3 0.5138 0.63940 0.252 0.000 0.748
#> SRR598695 1 0.0892 0.80573 0.980 0.000 0.020
#> SRR807824 2 0.6473 0.50682 0.020 0.668 0.312
#> SRR809296 1 0.5785 0.51660 0.668 0.000 0.332
#> SRR657927 1 0.3551 0.74753 0.868 0.000 0.132
#> SRR1440682 2 0.1411 0.82744 0.000 0.964 0.036
#> SRR1454415 2 0.0592 0.83029 0.000 0.988 0.012
#> SRR1419131 2 0.4931 0.74563 0.004 0.784 0.212
#> SRR1404293 1 0.2878 0.76100 0.904 0.000 0.096
#> SRR1473340 1 0.1753 0.79696 0.952 0.000 0.048
#> SRR1345563 3 0.6295 0.26468 0.472 0.000 0.528
#> SRR1323382 2 0.1753 0.82462 0.000 0.952 0.048
#> SRR1480697 1 0.5623 0.59100 0.716 0.004 0.280
#> SRR1321808 2 0.3816 0.76335 0.000 0.852 0.148
#> SRR1382756 2 0.1031 0.82973 0.000 0.976 0.024
#> SRR1312558 2 0.5988 0.54343 0.008 0.688 0.304
#> SRR1417088 2 0.3619 0.79757 0.000 0.864 0.136
#> SRR1433027 2 0.3412 0.80285 0.000 0.876 0.124
#> SRR662257 2 0.3482 0.80481 0.000 0.872 0.128
#> SRR600417 2 0.4062 0.78321 0.000 0.836 0.164
#> SRR812493 3 0.6169 0.19173 0.004 0.360 0.636
#> SRR612743 1 0.1163 0.80198 0.972 0.000 0.028
#> SRR1361345 1 0.4605 0.66336 0.796 0.000 0.204
#> SRR600584 2 0.3267 0.80602 0.000 0.884 0.116
#> SRR1310520 2 0.5269 0.74565 0.016 0.784 0.200
#> SRR1395595 3 0.6012 0.73034 0.124 0.088 0.788
#> SRR1334074 3 0.4531 0.72996 0.008 0.168 0.824
#> SRR654838 2 0.5178 0.63395 0.000 0.744 0.256
#> SRR1376694 3 0.5859 0.51037 0.344 0.000 0.656
#> SRR1433841 2 0.4605 0.66736 0.204 0.796 0.000
#> SRR1366837 1 0.0747 0.80699 0.984 0.000 0.016
#> SRR1467479 2 0.2959 0.79985 0.000 0.900 0.100
#> SRR1459055 1 0.4062 0.69209 0.836 0.000 0.164
#> SRR1471050 2 0.1289 0.82870 0.000 0.968 0.032
#> SRR603004 2 0.5650 0.54086 0.000 0.688 0.312
#> SRR814703 2 0.2165 0.81891 0.000 0.936 0.064
#> SRR661937 2 0.1289 0.82802 0.000 0.968 0.032
#> SRR614359 1 0.2066 0.79262 0.940 0.000 0.060
#> SRR1071568 2 0.1529 0.82694 0.000 0.960 0.040
#> SRR1389084 1 0.5650 0.54887 0.688 0.000 0.312
#> SRR1337624 2 0.3816 0.79221 0.000 0.852 0.148
#> SRR1344400 2 0.0892 0.83008 0.000 0.980 0.020
#> SRR1414290 2 0.3619 0.77374 0.000 0.864 0.136
#> SRR1413644 2 0.5650 0.54472 0.000 0.688 0.312
#> SRR1098998 1 0.0000 0.80698 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.2261 0.78912 0.932 0.000 0.068
#> SRR1315103 3 0.6225 0.28748 0.432 0.000 0.568
#> SRR1099286 1 0.1289 0.80665 0.968 0.000 0.032
#> SRR2166570 1 0.7775 0.51674 0.676 0.156 0.168
#> SRR601445 1 0.1289 0.80048 0.968 0.000 0.032
#> SRR1439719 2 0.3192 0.80754 0.000 0.888 0.112
#> SRR1377026 2 0.3038 0.81062 0.000 0.896 0.104
#> SRR1327386 1 0.1529 0.79723 0.960 0.000 0.040
#> SRR654826 2 0.2261 0.81670 0.000 0.932 0.068
#> SRR1460433 2 0.5268 0.73836 0.012 0.776 0.212
#> SRR1469345 1 0.5138 0.63220 0.748 0.000 0.252
#> SRR1421462 2 0.2711 0.80674 0.000 0.912 0.088
#> SRR662966 3 0.4654 0.67025 0.208 0.000 0.792
#> SRR1339175 1 0.0747 0.80642 0.984 0.000 0.016
#> SRR1447736 2 0.1289 0.82870 0.000 0.968 0.032
#> SRR1434671 2 0.4178 0.74239 0.000 0.828 0.172
#> SRR660800 2 0.1289 0.82870 0.000 0.968 0.032
#> SRR1465543 3 0.4555 0.71118 0.000 0.200 0.800
#> SRR1342023 1 0.1163 0.80196 0.972 0.000 0.028
#> SRR1335670 1 0.1031 0.80321 0.976 0.000 0.024
#> SRR1400955 2 0.1411 0.82828 0.000 0.964 0.036
#> SRR1072150 2 0.2261 0.81666 0.000 0.932 0.068
#> SRR1442822 1 0.0000 0.80698 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.3116 0.76528 0.892 0.000 0.108
#> SRR1098074 3 0.4645 0.72830 0.008 0.176 0.816
#> SRR1442778 1 0.0237 0.80673 0.996 0.000 0.004
#> SRR1086728 3 0.5760 0.73284 0.064 0.140 0.796
#> SRR627464 2 0.0892 0.83129 0.000 0.980 0.020
#> SRR1409193 1 0.4346 0.68166 0.816 0.000 0.184
#> SRR2168286 2 0.5008 0.76197 0.016 0.804 0.180
#> SRR615539 2 0.1289 0.82802 0.000 0.968 0.032
#> SRR663623 1 0.5560 0.56760 0.700 0.000 0.300
#> SRR1471989 3 0.5519 0.73312 0.120 0.068 0.812
#> SRR1468828 2 0.3267 0.80608 0.000 0.884 0.116
#> SRR1381934 1 0.0592 0.80757 0.988 0.000 0.012
#> SRR1471098 1 0.5397 0.59510 0.720 0.000 0.280
#> SRR1314749 1 0.0592 0.80697 0.988 0.000 0.012
#> SRR2166874 3 0.6386 0.08440 0.004 0.412 0.584
#> SRR821302 1 0.0892 0.80579 0.980 0.000 0.020
#> SRR1435066 2 0.2448 0.81347 0.000 0.924 0.076
#> SRR661601 2 0.3619 0.77405 0.000 0.864 0.136
#> SRR1446546 2 0.4346 0.72843 0.000 0.816 0.184
#> SRR1419784 3 0.5179 0.73786 0.088 0.080 0.832
#> SRR1357233 3 0.5926 0.52197 0.000 0.356 0.644
#> SRR1441889 1 0.0892 0.80573 0.980 0.000 0.020
#> SRR1413940 1 0.2711 0.77027 0.912 0.000 0.088
#> SRR1324250 2 0.2356 0.81982 0.000 0.928 0.072
#> SRR1442862 3 0.5178 0.65256 0.000 0.256 0.744
#> SRR662474 2 0.3686 0.79575 0.000 0.860 0.140
#> SRR1416226 1 0.2878 0.77626 0.904 0.000 0.096
#> SRR1417404 1 0.6854 0.57723 0.716 0.068 0.216
#> SRR665466 2 0.1529 0.82675 0.000 0.960 0.040
#> SRR658849 1 0.5497 0.57856 0.708 0.000 0.292
#> SRR1460025 2 0.1753 0.82574 0.000 0.952 0.048
#> SRR1408136 1 0.0237 0.80673 0.996 0.000 0.004
#> SRR1489995 2 0.0892 0.83008 0.000 0.980 0.020
#> SRR1374092 1 0.1289 0.80355 0.968 0.000 0.032
#> SRR1488429 3 0.5852 0.70581 0.180 0.044 0.776
#> SRR1087559 1 0.1774 0.79833 0.960 0.016 0.024
#> SRR817004 3 0.5331 0.70554 0.184 0.024 0.792
#> SRR1429660 3 0.5098 0.66192 0.000 0.248 0.752
#> SRR604390 3 0.6201 0.66102 0.208 0.044 0.748
#> SRR614936 2 0.3686 0.79569 0.000 0.860 0.140
#> SRR1365938 2 0.8768 0.22132 0.408 0.480 0.112
#> SRR1437324 1 0.0892 0.80421 0.980 0.000 0.020
#> SRR613414 2 0.4504 0.76324 0.000 0.804 0.196
#> SRR660414 1 0.7433 0.54990 0.700 0.132 0.168
#> SRR1452185 1 0.0424 0.80635 0.992 0.000 0.008
#> SRR1347020 1 0.2261 0.78822 0.932 0.000 0.068
#> SRR1398036 2 0.4002 0.78642 0.000 0.840 0.160
#> SRR1436674 1 0.0747 0.80531 0.984 0.000 0.016
#> SRR603750 1 0.6632 0.57007 0.692 0.036 0.272
#> SRR608630 1 0.9659 0.11952 0.440 0.340 0.220
#> SRR655625 2 0.4291 0.77315 0.000 0.820 0.180
#> SRR599059 2 0.7987 0.40459 0.092 0.616 0.292
#> SRR615189 2 0.3752 0.79401 0.000 0.856 0.144
#> SRR1466889 2 0.2796 0.80495 0.000 0.908 0.092
#> SRR1084602 2 0.9642 0.11267 0.344 0.440 0.216
#> SRR1335422 1 0.0424 0.80712 0.992 0.000 0.008
#> SRR1356805 2 0.4931 0.67038 0.000 0.768 0.232
#> SRR1385300 3 0.6023 0.73107 0.120 0.092 0.788
#> SRR654814 1 0.0424 0.80671 0.992 0.000 0.008
#> SRR658385 2 0.3192 0.79180 0.000 0.888 0.112
#> SRR820596 1 0.1163 0.80197 0.972 0.000 0.028
#> SRR1318118 1 0.2356 0.77906 0.928 0.000 0.072
#> SRR1480766 2 0.1163 0.82846 0.000 0.972 0.028
#> SRR1406539 1 0.0892 0.80573 0.980 0.000 0.020
#> SRR1341833 2 0.1643 0.82633 0.000 0.956 0.044
#> SRR1441826 2 0.4605 0.75580 0.000 0.796 0.204
#> SRR1448051 1 0.0747 0.80531 0.984 0.000 0.016
#> SRR1326752 1 0.5785 0.51660 0.668 0.000 0.332
#> SRR665217 1 0.7962 0.12886 0.512 0.060 0.428
#> SRR819186 2 0.5178 0.63396 0.000 0.744 0.256
#> SRR661517 1 0.6473 0.48827 0.652 0.016 0.332
#> SRR607166 2 0.5016 0.65869 0.000 0.760 0.240
#> SRR809065 2 0.3816 0.79186 0.000 0.852 0.148
#> SRR1415872 2 0.1163 0.82926 0.000 0.972 0.028
#> SRR1415463 1 0.5138 0.63053 0.748 0.000 0.252
#> SRR1381161 2 0.5678 0.60731 0.000 0.684 0.316
#> SRR1442231 2 0.7510 0.64737 0.124 0.692 0.184
#> SRR1374696 1 0.4062 0.69822 0.836 0.000 0.164
#> SRR1451988 1 0.9268 0.17977 0.512 0.188 0.300
#> SRR660555 1 0.0747 0.80651 0.984 0.000 0.016
#> SRR657801 1 0.0747 0.80642 0.984 0.000 0.016
#> SRR663344 2 0.2959 0.79995 0.000 0.900 0.100
#> SRR1472462 2 0.0000 0.83029 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.9315 0.17192 0.516 0.208 0.276
#> SRR656886 2 0.4883 0.69673 0.004 0.788 0.208
#> SRR1498337 2 0.4702 0.75089 0.000 0.788 0.212
#> SRR613066 3 0.4654 0.67879 0.208 0.000 0.792
#> SRR1309490 1 0.0237 0.80673 0.996 0.000 0.004
#> SRR602492 2 0.4178 0.77955 0.000 0.828 0.172
#> SRR1447347 1 0.1529 0.79998 0.960 0.000 0.040
#> SRR1475546 2 0.0000 0.83029 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 2 0.3752 0.79372 0.000 0.856 0.144
#> SRR1434332 2 0.0000 0.83029 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 2 0.1529 0.82885 0.000 0.960 0.040
#> SRR1345936 3 0.5728 0.41172 0.008 0.272 0.720
#> SRR665658 2 0.0424 0.83024 0.000 0.992 0.008
#> SRR1321351 2 0.3038 0.81026 0.000 0.896 0.104
#> SRR657880 2 0.4702 0.69588 0.000 0.788 0.212
#> SRR1373903 2 0.1964 0.82370 0.000 0.944 0.056
#> SRR657396 2 0.3686 0.79946 0.000 0.860 0.140
#> SRR660981 2 0.1031 0.82889 0.000 0.976 0.024
#> SRR818499 1 0.0592 0.80685 0.988 0.000 0.012
#> SRR819658 2 0.1411 0.82828 0.000 0.964 0.036
#> SRR1376316 1 0.1163 0.80196 0.972 0.000 0.028
#> SRR1323723 2 0.5560 0.56271 0.000 0.700 0.300
#> SRR1476719 1 0.1163 0.80197 0.972 0.000 0.028
#> SRR1403478 2 0.2796 0.80492 0.000 0.908 0.092
#> SRR1095695 1 0.6294 0.55564 0.692 0.020 0.288
#> SRR1352391 1 0.5461 0.63315 0.768 0.016 0.216
#> SRR1498813 2 0.4002 0.78559 0.000 0.840 0.160
#> SRR627437 2 0.4047 0.79095 0.004 0.848 0.148
#> SRR2185097 1 0.0000 0.80698 1.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.4848 0.72494 0.128 0.036 0.836
#> SRR1091670 2 0.1643 0.82599 0.000 0.956 0.044
#> SRR603776 1 0.0424 0.80629 0.992 0.000 0.008
#> SRR1479640 2 0.1529 0.82675 0.000 0.960 0.040
#> SRR660152 1 0.4796 0.66837 0.780 0.000 0.220
#> SRR1074769 2 0.4555 0.70987 0.000 0.800 0.200
#> SRR656153 2 0.0000 0.83029 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.5327 0.60559 0.272 0.000 0.728
#> SRR1359609 1 0.5431 0.46227 0.716 0.000 0.284
#> SRR601925 2 0.4235 0.73577 0.000 0.824 0.176
#> SRR2165182 2 0.1289 0.82870 0.000 0.968 0.032
#> SRR608542 2 0.3941 0.78907 0.000 0.844 0.156
#> SRR655064 2 0.4291 0.77315 0.000 0.820 0.180
#> SRR1432430 1 0.6714 0.52226 0.672 0.032 0.296
#> SRR808472 2 0.4062 0.78321 0.000 0.836 0.164
#> SRR1414958 3 0.5573 0.71737 0.160 0.044 0.796
#> SRR598484 2 0.1411 0.82791 0.000 0.964 0.036
#> SRR612755 1 0.3686 0.74101 0.860 0.000 0.140
#> SRR1365808 1 0.1031 0.80321 0.976 0.000 0.024
#> SRR1391724 1 0.8907 0.33095 0.560 0.272 0.168
#> SRR1322373 1 0.5650 0.54887 0.688 0.000 0.312
#> SRR1489265 2 0.1289 0.82870 0.000 0.968 0.032
#> SRR1359099 2 0.2796 0.80492 0.000 0.908 0.092
#> SRR607279 2 0.1289 0.82870 0.000 0.968 0.032
#> SRR810461 2 0.3619 0.77335 0.000 0.864 0.136
#> SRR627427 1 0.4399 0.69932 0.812 0.000 0.188
#> SRR612887 2 0.1529 0.82675 0.000 0.960 0.040
#> SRR809807 3 0.4741 0.73362 0.020 0.152 0.828
#> SRR663112 2 0.6090 0.59719 0.020 0.716 0.264
#> SRR1346933 3 0.6475 0.41746 0.280 0.028 0.692
#> SRR1487910 1 0.1163 0.80197 0.972 0.000 0.028
#> SRR603092 2 0.3941 0.78777 0.000 0.844 0.156
#> SRR1417680 2 0.1529 0.82675 0.000 0.960 0.040
#> SRR1383785 1 0.0892 0.80573 0.980 0.000 0.020
#> SRR1070015 3 0.4504 0.71407 0.000 0.196 0.804
#> SRR1466222 2 0.6451 0.54045 0.024 0.684 0.292
#> SRR1416119 3 0.4887 0.66409 0.228 0.000 0.772
#> SRR819318 1 0.0237 0.80673 0.996 0.000 0.004
#> SRR608288 2 0.3879 0.75930 0.000 0.848 0.152
#> SRR811121 2 0.5733 0.51815 0.000 0.676 0.324
#> SRR613138 2 0.1289 0.82870 0.000 0.968 0.032
#> SRR810483 1 0.4605 0.68397 0.796 0.000 0.204
#> SRR607839 1 0.0000 0.80698 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.1289 0.80296 0.968 0.000 0.032
#> SRR601311 2 0.4555 0.75962 0.000 0.800 0.200
#> SRR1406685 2 0.3816 0.79181 0.000 0.852 0.148
#> SRR1467500 2 0.3879 0.78975 0.000 0.848 0.152
#> SRR1308504 1 0.0424 0.80712 0.992 0.000 0.008
#> SRR1312865 3 0.6184 0.72977 0.108 0.112 0.780
#> SRR1312522 3 0.5798 0.70315 0.184 0.040 0.776
#> SRR1490486 2 0.5291 0.61581 0.000 0.732 0.268
#> SRR1325888 1 0.5529 0.57366 0.704 0.000 0.296
#> SRR1472885 1 0.0237 0.80711 0.996 0.000 0.004
#> SRR1098785 2 0.2878 0.81288 0.000 0.904 0.096
#> SRR1084766 2 0.4755 0.76483 0.008 0.808 0.184
#> SRR1102804 2 0.0747 0.83025 0.000 0.984 0.016
#> SRR1336636 1 0.1411 0.80136 0.964 0.000 0.036
#> SRR1347795 3 0.4750 0.67172 0.216 0.000 0.784
#> SRR601900 2 0.5397 0.59716 0.000 0.720 0.280
#> SRR1330989 2 0.4002 0.78576 0.000 0.840 0.160
#> SRR658445 3 0.4682 0.71790 0.004 0.192 0.804
#> SRR1368754 1 0.5859 0.49274 0.656 0.000 0.344
#> SRR1460001 2 0.1163 0.82933 0.000 0.972 0.028
#> SRR1414934 1 0.1031 0.80321 0.976 0.000 0.024
#> SRR1326249 3 0.7360 0.15012 0.440 0.032 0.528
#> SRR614948 3 0.6307 0.24554 0.488 0.000 0.512
#> SRR1472952 1 0.6129 0.51650 0.668 0.008 0.324
#> SRR1321528 1 0.3116 0.74909 0.892 0.000 0.108
#> SRR627447 1 0.5098 0.63521 0.752 0.000 0.248
#> SRR612239 2 0.9354 0.15987 0.352 0.472 0.176
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.1004 0.7381 0.024 0.004 0.972 0.000
#> SRR603858 4 0.2197 0.4843 0.048 0.000 0.024 0.928
#> SRR817070 2 0.3942 0.6414 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1486995 3 0.1743 0.7248 0.056 0.004 0.940 0.000
#> SRR813043 2 0.1474 0.8330 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659037 1 0.4477 0.5347 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR662031 3 0.4467 0.7088 0.040 0.000 0.788 0.172
#> SRR1081283 4 0.4713 0.3915 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1481036 3 0.2433 0.7260 0.012 0.008 0.920 0.060
#> SRR1434009 2 0.2589 0.7888 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1376676 3 0.5997 0.5248 0.048 0.000 0.576 0.376
#> SRR1396967 2 0.2179 0.8221 0.064 0.924 0.000 0.012
#> SRR665429 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1388025 4 0.3975 0.5313 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR600784 3 0.1489 0.7308 0.044 0.004 0.952 0.000
#> SRR657611 3 0.5856 0.4868 0.036 0.000 0.556 0.408
#> SRR1333659 2 0.4985 0.1604 0.468 0.532 0.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1453971 3 0.1398 0.7359 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR1421010 3 0.5865 0.5721 0.048 0.000 0.612 0.340
#> SRR1334490 3 0.1978 0.7181 0.068 0.004 0.928 0.000
#> SRR1309468 3 0.2796 0.7422 0.016 0.000 0.892 0.092
#> SRR1468637 1 0.0188 0.8141 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365489 2 0.1302 0.8370 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR627445 3 0.4339 0.6841 0.052 0.064 0.844 0.040
#> SRR607863 2 0.0469 0.8474 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1475524 3 0.7282 0.2147 0.416 0.000 0.436 0.148
#> SRR1405504 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615695 4 0.6207 -0.2927 0.052 0.000 0.452 0.496
#> SRR600900 2 0.3324 0.7576 0.012 0.852 0.000 0.136
#> SRR601477 2 0.0592 0.8482 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1487215 2 0.1792 0.8229 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1310797 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362713 4 0.3229 0.4600 0.048 0.000 0.072 0.880
#> SRR1431385 3 0.5830 0.5813 0.048 0.000 0.620 0.332
#> SRR1379089 2 0.1302 0.8370 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1102079 3 0.2522 0.7307 0.076 0.000 0.908 0.016
#> SRR1357210 3 0.4037 0.7253 0.040 0.000 0.824 0.136
#> SRR657659 2 0.4222 0.5670 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR663573 4 0.4985 0.1035 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR603188 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1471200 2 0.0817 0.8456 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1310975 2 0.0336 0.8499 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR627457 2 0.2843 0.8104 0.000 0.892 0.088 0.020
#> SRR1367654 2 0.1022 0.8428 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1488410 4 0.7074 0.1600 0.240 0.000 0.192 0.568
#> SRR1457750 4 0.4595 0.4836 0.052 0.056 0.060 0.832
#> SRR1099546 3 0.0376 0.7419 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR604480 2 0.0592 0.8482 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1390477 2 0.1211 0.8390 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1458447 2 0.1716 0.8256 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1473161 2 0.0707 0.8470 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1409813 2 0.4761 0.4855 0.332 0.664 0.004 0.000
#> SRR612791 3 0.2988 0.7409 0.012 0.000 0.876 0.112
#> SRR1470580 2 0.4277 0.5964 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR1444063 2 0.8044 0.0890 0.048 0.504 0.324 0.124
#> SRR1355578 4 0.5213 0.3083 0.052 0.000 0.224 0.724
#> SRR1429203 3 0.6042 0.5327 0.052 0.000 0.580 0.368
#> SRR599154 2 0.4916 0.6640 0.056 0.760 0.184 0.000
#> SRR814244 1 0.0336 0.8161 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1404123 2 0.4500 0.5055 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR656934 3 0.4830 0.5049 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1339029 2 0.0336 0.8499 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR821525 4 0.4382 0.5005 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1443677 3 0.4088 0.7236 0.040 0.000 0.820 0.140
#> SRR1406330 3 0.7252 0.4979 0.180 0.000 0.528 0.292
#> SRR1338124 3 0.5989 0.2007 0.044 0.400 0.556 0.000
#> SRR1391376 3 0.1888 0.7254 0.044 0.016 0.940 0.000
#> SRR661842 4 0.4103 0.5261 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1395699 3 0.1890 0.7227 0.056 0.008 0.936 0.000
#> SRR1312209 4 0.5793 -0.0284 0.040 0.000 0.360 0.600
#> SRR1359469 3 0.5498 0.6393 0.048 0.000 0.680 0.272
#> SRR658885 3 0.4098 0.5669 0.204 0.012 0.784 0.000
#> SRR1414578 3 0.5942 0.4744 0.040 0.000 0.548 0.412
#> SRR603620 2 0.5097 0.1936 0.004 0.568 0.000 0.428
#> SRR604677 3 0.5911 0.5348 0.044 0.000 0.584 0.372
#> SRR603800 2 0.2868 0.7650 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR602058 4 0.4624 0.4291 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR817488 2 0.1940 0.8172 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR655601 2 0.4955 0.1911 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1434821 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.1792 0.8229 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR615129 4 0.8672 0.2670 0.052 0.360 0.188 0.400
#> SRR607586 2 0.1792 0.8229 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR602680 2 0.1389 0.8350 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1411070 4 0.4994 0.0635 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR663038 2 0.0376 0.8507 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1489416 2 0.0592 0.8458 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1479155 3 0.5830 0.5816 0.048 0.000 0.620 0.332
#> SRR662162 3 0.2675 0.7425 0.008 0.000 0.892 0.100
#> SRR1374567 3 0.1767 0.7370 0.044 0.000 0.944 0.012
#> SRR1434048 2 0.0188 0.8503 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2184865 4 0.3400 0.5466 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR2170135 3 0.3501 0.7339 0.020 0.000 0.848 0.132
#> SRR615551 2 0.2530 0.7871 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1335513 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370216 3 0.1743 0.7248 0.056 0.004 0.940 0.000
#> SRR662954 4 0.3301 0.5298 0.048 0.076 0.000 0.876
#> SRR1375738 3 0.1936 0.7390 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR1356577 4 0.0188 0.5080 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1073119 3 0.5018 0.6112 0.012 0.000 0.656 0.332
#> SRR663549 3 0.0779 0.7454 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1478015 2 0.0817 0.8441 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR600632 2 0.4008 0.6109 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR811866 4 0.4252 0.2661 0.004 0.000 0.252 0.744
#> SRR1401101 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477797 4 0.3942 0.5328 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1402986 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 3 0.6090 0.5085 0.052 0.000 0.564 0.384
#> SRR1419869 3 0.1004 0.7381 0.024 0.004 0.972 0.000
#> SRR1490700 4 0.1398 0.4956 0.040 0.000 0.004 0.956
#> SRR601723 4 0.4994 0.0641 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1384115 1 0.1545 0.8161 0.952 0.040 0.008 0.000
#> SRR1476927 2 0.0592 0.8458 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1387769 3 0.1624 0.7411 0.028 0.000 0.952 0.020
#> SRR1322595 1 0.0188 0.8178 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1370423 3 0.4959 0.5034 0.052 0.196 0.752 0.000
#> SRR1314976 4 0.0188 0.5115 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1319560 2 0.5070 0.3397 0.008 0.620 0.000 0.372
#> SRR1352683 3 0.4981 0.4255 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1473800 3 0.5957 0.5417 0.048 0.000 0.588 0.364
#> SRR1326384 1 0.3591 0.7258 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR1360807 4 0.2216 0.5410 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1332544 3 0.2647 0.7198 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR598695 3 0.3463 0.7379 0.040 0.000 0.864 0.096
#> SRR807824 2 0.4605 0.4892 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR809296 3 0.1743 0.7248 0.056 0.004 0.940 0.000
#> SRR657927 3 0.1767 0.7370 0.044 0.000 0.944 0.012
#> SRR1440682 2 0.1792 0.8132 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1454415 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419131 4 0.2921 0.5498 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1404293 4 0.5524 0.1999 0.048 0.000 0.276 0.676
#> SRR1473340 3 0.2131 0.7445 0.032 0.000 0.932 0.036
#> SRR1345563 1 0.5256 0.5613 0.732 0.000 0.064 0.204
#> SRR1323382 2 0.0336 0.8499 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1480697 3 0.3567 0.6992 0.052 0.004 0.868 0.076
#> SRR1321808 2 0.1867 0.8201 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1382756 2 0.1302 0.8335 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1312558 2 0.4193 0.6029 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1417088 2 0.4776 0.3733 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1433027 2 0.3569 0.6826 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR662257 2 0.5112 0.3268 0.008 0.608 0.000 0.384
#> SRR600417 4 0.4746 0.3738 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR812493 4 0.5160 0.4804 0.104 0.136 0.000 0.760
#> SRR612743 4 0.4989 -0.3392 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR1361345 4 0.3164 0.4620 0.052 0.000 0.064 0.884
#> SRR600584 2 0.4222 0.5861 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1310520 4 0.2868 0.5495 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1395595 3 0.5758 0.4621 0.160 0.128 0.712 0.000
#> SRR1334074 1 0.1305 0.8174 0.960 0.036 0.004 0.000
#> SRR654838 2 0.2647 0.7795 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1376694 1 0.0336 0.8180 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1433841 2 0.2667 0.7968 0.008 0.912 0.020 0.060
#> SRR1366837 3 0.4535 0.6607 0.004 0.000 0.704 0.292
#> SRR1467479 2 0.1637 0.8283 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1459055 4 0.7043 -0.0232 0.368 0.000 0.128 0.504
#> SRR1471050 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603004 2 0.4746 0.6896 0.056 0.776 0.168 0.000
#> SRR814703 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661937 2 0.1211 0.8361 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR614359 3 0.1452 0.7461 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR1071568 2 0.0592 0.8482 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1389084 3 0.1576 0.7291 0.048 0.004 0.948 0.000
#> SRR1337624 2 0.4790 0.3328 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1344400 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414290 2 0.1474 0.8328 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1413644 2 0.0592 0.8482 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1098998 3 0.5106 0.6674 0.040 0.000 0.720 0.240
#> SRR1481279 3 0.0592 0.7454 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1315103 1 0.6008 0.1943 0.496 0.000 0.040 0.464
#> SRR1099286 3 0.6068 0.3962 0.044 0.000 0.508 0.448
#> SRR2166570 4 0.1362 0.5173 0.004 0.020 0.012 0.964
#> SRR601445 4 0.6145 -0.3096 0.048 0.000 0.460 0.492
#> SRR1439719 2 0.3356 0.7146 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1377026 2 0.4222 0.5684 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1327386 4 0.6130 -0.1594 0.052 0.000 0.400 0.548
#> SRR654826 2 0.0592 0.8482 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1460433 4 0.2868 0.5495 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1469345 3 0.2282 0.7417 0.052 0.000 0.924 0.024
#> SRR1421462 2 0.0592 0.8482 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR662966 1 0.0707 0.8205 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1339175 3 0.3108 0.7402 0.016 0.000 0.872 0.112
#> SRR1447736 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 1 0.3402 0.6970 0.832 0.164 0.004 0.000
#> SRR1342023 3 0.6149 0.3412 0.048 0.000 0.480 0.472
#> SRR1335670 3 0.6003 0.3886 0.040 0.000 0.504 0.456
#> SRR1400955 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1072150 2 0.0469 0.8491 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1442822 3 0.5203 0.6691 0.048 0.000 0.720 0.232
#> SRR1364658 3 0.2002 0.7392 0.044 0.000 0.936 0.020
#> SRR1098074 1 0.1913 0.8161 0.940 0.040 0.020 0.000
#> SRR1442778 3 0.5957 0.5418 0.048 0.000 0.588 0.364
#> SRR1086728 3 0.6558 0.2491 0.108 0.296 0.596 0.000
#> SRR627464 2 0.1557 0.8244 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1409193 4 0.2565 0.4784 0.032 0.000 0.056 0.912
#> SRR2168286 4 0.2868 0.5497 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR615539 2 0.0707 0.8456 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR663623 3 0.2328 0.7319 0.056 0.004 0.924 0.016
#> SRR1471989 1 0.1716 0.8092 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1468828 2 0.3074 0.7340 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1381934 3 0.5522 0.6755 0.044 0.000 0.668 0.288
#> SRR1471098 3 0.1489 0.7308 0.044 0.004 0.952 0.000
#> SRR1314749 3 0.3390 0.7427 0.016 0.000 0.852 0.132
#> SRR2166874 1 0.4281 0.6867 0.792 0.028 0.000 0.180
#> SRR821302 3 0.2593 0.7433 0.004 0.000 0.892 0.104
#> SRR1435066 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0592 0.8482 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1446546 2 0.4356 0.7210 0.048 0.804 0.148 0.000
#> SRR1419784 1 0.1151 0.8216 0.968 0.008 0.024 0.000
#> SRR1357233 1 0.1584 0.8141 0.952 0.036 0.000 0.012
#> SRR1441889 3 0.2796 0.7424 0.016 0.000 0.892 0.092
#> SRR1413940 4 0.6790 0.2210 0.192 0.000 0.200 0.608
#> SRR1324250 2 0.3873 0.6553 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1442862 2 0.2142 0.8275 0.056 0.928 0.016 0.000
#> SRR662474 2 0.4907 0.2622 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1416226 3 0.2699 0.7389 0.028 0.000 0.904 0.068
#> SRR1417404 4 0.0469 0.5149 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR665466 2 0.1389 0.8281 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR658849 3 0.1489 0.7308 0.044 0.004 0.952 0.000
#> SRR1460025 2 0.3074 0.7482 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1408136 3 0.5773 0.5949 0.048 0.000 0.632 0.320
#> SRR1489995 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1374092 3 0.4585 0.6449 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1488429 3 0.3398 0.6679 0.060 0.068 0.872 0.000
#> SRR1087559 3 0.6482 0.6268 0.040 0.052 0.664 0.244
#> SRR817004 3 0.5463 0.4244 0.052 0.256 0.692 0.000
#> SRR1429660 2 0.2921 0.7628 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR604390 3 0.7324 0.0196 0.108 0.012 0.456 0.424
#> SRR614936 2 0.4331 0.5372 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1365938 4 0.8808 0.2512 0.048 0.308 0.248 0.396
#> SRR1437324 3 0.5512 0.6196 0.040 0.000 0.660 0.300
#> SRR613414 4 0.4781 0.4422 0.004 0.336 0.000 0.660
#> SRR660414 4 0.1151 0.5091 0.000 0.008 0.024 0.968
#> SRR1452185 3 0.5773 0.5947 0.048 0.000 0.632 0.320
#> SRR1347020 3 0.0188 0.7440 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1398036 4 0.4989 0.0904 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1436674 3 0.5746 0.5700 0.040 0.000 0.612 0.348
#> SRR603750 3 0.4060 0.6870 0.052 0.064 0.856 0.028
#> SRR608630 4 0.2644 0.5279 0.032 0.060 0.000 0.908
#> SRR655625 4 0.4134 0.5235 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR599059 3 0.5498 0.1949 0.020 0.404 0.576 0.000
#> SRR615189 2 0.5028 0.2785 0.004 0.596 0.000 0.400
#> SRR1466889 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.2281 0.5420 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1335422 3 0.3958 0.7257 0.032 0.000 0.824 0.144
#> SRR1356805 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.5690 0.4637 0.116 0.168 0.716 0.000
#> SRR654814 3 0.5558 0.6000 0.036 0.000 0.640 0.324
#> SRR658385 2 0.0188 0.8503 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR820596 4 0.4985 -0.2846 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1318118 4 0.5957 -0.0507 0.048 0.000 0.364 0.588
#> SRR1480766 2 0.0336 0.8489 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1406539 3 0.3758 0.7351 0.048 0.000 0.848 0.104
#> SRR1341833 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441826 4 0.3649 0.5414 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1448051 3 0.5677 0.5881 0.040 0.000 0.628 0.332
#> SRR1326752 3 0.1743 0.7248 0.056 0.004 0.940 0.000
#> SRR665217 3 0.4205 0.6030 0.056 0.124 0.820 0.000
#> SRR819186 2 0.2589 0.7833 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR661517 3 0.2466 0.7087 0.056 0.028 0.916 0.000
#> SRR607166 2 0.3074 0.7470 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR809065 2 0.4977 0.1381 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1415872 2 0.0336 0.8496 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1415463 3 0.1661 0.7270 0.052 0.004 0.944 0.000
#> SRR1381161 4 0.7770 0.1209 0.364 0.240 0.000 0.396
#> SRR1442231 4 0.4872 0.5043 0.052 0.080 0.052 0.816
#> SRR1374696 4 0.1978 0.4834 0.004 0.000 0.068 0.928
#> SRR1451988 3 0.5546 0.3541 0.044 0.292 0.664 0.000
#> SRR660555 3 0.4046 0.7279 0.048 0.000 0.828 0.124
#> SRR657801 3 0.3948 0.7276 0.036 0.000 0.828 0.136
#> SRR663344 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406176 3 0.4193 0.4439 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR656886 2 0.4501 0.6670 0.024 0.764 0.212 0.000
#> SRR1498337 4 0.6010 0.4634 0.104 0.220 0.000 0.676
#> SRR613066 1 0.4985 -0.0230 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1309490 3 0.5546 0.6244 0.044 0.000 0.664 0.292
#> SRR602492 4 0.4605 0.4359 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1447347 3 0.0921 0.7459 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1475546 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR627459 2 0.4972 0.1525 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1434332 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070358 2 0.4671 0.6329 0.028 0.752 0.000 0.220
#> SRR1345936 1 0.5355 0.4227 0.620 0.020 0.000 0.360
#> SRR665658 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321351 2 0.3569 0.6941 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR657880 2 0.0707 0.8470 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1373903 2 0.1389 0.8278 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR657396 2 0.5040 0.3590 0.008 0.628 0.000 0.364
#> SRR660981 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818499 3 0.3821 0.7316 0.040 0.000 0.840 0.120
#> SRR819658 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376316 3 0.6148 0.3517 0.048 0.000 0.484 0.468
#> SRR1323723 2 0.3649 0.6870 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1476719 4 0.6008 -0.3107 0.040 0.000 0.464 0.496
#> SRR1403478 2 0.0188 0.8503 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1095695 3 0.1833 0.7257 0.024 0.032 0.944 0.000
#> SRR1352391 4 0.0188 0.5080 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1498813 4 0.4866 0.2884 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR627437 2 0.4989 0.0987 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR2185097 3 0.4868 0.6862 0.040 0.000 0.748 0.212
#> SRR817166 1 0.4257 0.7462 0.812 0.000 0.140 0.048
#> SRR1091670 2 0.0469 0.8491 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR603776 3 0.6280 0.6195 0.080 0.000 0.604 0.316
#> SRR1479640 2 0.1867 0.8101 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR660152 3 0.1888 0.7382 0.044 0.000 0.940 0.016
#> SRR1074769 2 0.1557 0.8305 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR656153 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1392502 1 0.1118 0.8192 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1359609 3 0.7325 0.5028 0.208 0.000 0.528 0.264
#> SRR601925 2 0.2216 0.8072 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR2165182 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR608542 2 0.4981 0.1250 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR655064 4 0.3444 0.5459 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1432430 3 0.1807 0.7172 0.008 0.052 0.940 0.000
#> SRR808472 4 0.4679 0.4072 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1414958 1 0.2973 0.7581 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR598484 2 0.0336 0.8499 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR612755 3 0.0524 0.7432 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1365808 3 0.5971 0.5363 0.048 0.000 0.584 0.368
#> SRR1391724 4 0.6478 0.4147 0.000 0.132 0.236 0.632
#> SRR1322373 3 0.1576 0.7291 0.048 0.004 0.948 0.000
#> SRR1489265 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359099 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.1557 0.8305 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR627427 3 0.0000 0.7432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.2973 0.7503 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR809807 1 0.1733 0.8192 0.948 0.024 0.028 0.000
#> SRR663112 2 0.5989 0.3150 0.044 0.556 0.400 0.000
#> SRR1346933 1 0.4070 0.7143 0.824 0.000 0.044 0.132
#> SRR1487910 4 0.6149 -0.3385 0.048 0.000 0.472 0.480
#> SRR603092 4 0.4713 0.3915 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1417680 2 0.1302 0.8304 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1383785 3 0.3392 0.7382 0.020 0.000 0.856 0.124
#> SRR1070015 1 0.1576 0.8113 0.948 0.048 0.004 0.000
#> SRR1466222 2 0.6000 0.3938 0.052 0.592 0.356 0.000
#> SRR1416119 3 0.2053 0.7155 0.072 0.004 0.924 0.000
#> SRR819318 3 0.5997 0.5247 0.048 0.000 0.576 0.376
#> SRR608288 2 0.2081 0.8111 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR811121 2 0.3837 0.6617 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.8505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.1762 0.7309 0.048 0.004 0.944 0.004
#> SRR607839 3 0.5498 0.6396 0.048 0.000 0.680 0.272
#> SRR1337031 3 0.3984 0.7297 0.040 0.000 0.828 0.132
#> SRR601311 4 0.4331 0.5110 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1406685 2 0.4989 0.0991 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1467500 4 0.4994 0.0632 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1308504 3 0.4446 0.7023 0.028 0.000 0.776 0.196
#> SRR1312865 3 0.5328 0.4627 0.064 0.212 0.724 0.000
#> SRR1312522 3 0.3667 0.6487 0.056 0.088 0.856 0.000
#> SRR1490486 2 0.2921 0.7595 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1325888 3 0.1661 0.7270 0.052 0.004 0.944 0.000
#> SRR1472885 3 0.5021 0.6707 0.036 0.000 0.724 0.240
#> SRR1098785 2 0.3356 0.7064 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1084766 4 0.3123 0.5491 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1102804 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336636 3 0.2660 0.7466 0.036 0.000 0.908 0.056
#> SRR1347795 1 0.2408 0.7774 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR601900 2 0.1940 0.8173 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1330989 4 0.4994 0.0630 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR658445 1 0.1635 0.8142 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR1368754 3 0.2124 0.7301 0.068 0.000 0.924 0.008
#> SRR1460001 2 0.0188 0.8501 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414934 3 0.6125 0.4192 0.048 0.000 0.516 0.436
#> SRR1326249 3 0.2926 0.6912 0.056 0.048 0.896 0.000
#> SRR614948 1 0.7483 0.1318 0.496 0.000 0.288 0.216
#> SRR1472952 3 0.1807 0.7252 0.052 0.008 0.940 0.000
#> SRR1321528 4 0.5557 0.1259 0.040 0.000 0.308 0.652
#> SRR627447 3 0.1489 0.7308 0.044 0.004 0.952 0.000
#> SRR612239 4 0.2973 0.5503 0.000 0.144 0.000 0.856
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.0932 0.9162 0.020 0.004 0.972 0.004 0.000
#> SRR603858 1 0.2127 0.8088 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR817070 4 0.2102 0.8520 0.004 0.068 0.012 0.916 0.000
#> SRR1486995 3 0.0404 0.9184 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656874 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR659037 4 0.3508 0.6874 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR662031 1 0.1502 0.8610 0.940 0.004 0.056 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.1579 0.8730 0.024 0.032 0.000 0.944 0.000
#> SRR1481036 3 0.0771 0.9138 0.004 0.000 0.976 0.020 0.000
#> SRR1434009 2 0.0510 0.9606 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1376676 1 0.0880 0.8650 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.3141 0.8274 0.000 0.096 0.004 0.860 0.040
#> SRR665429 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388025 4 0.0955 0.8717 0.028 0.004 0.000 0.968 0.000
#> SRR600784 3 0.0898 0.9055 0.008 0.000 0.972 0.020 0.000
#> SRR657611 1 0.3577 0.7947 0.808 0.000 0.160 0.032 0.000
#> SRR1333659 2 0.0794 0.9526 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1323896 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1453971 3 0.0290 0.9188 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.1043 0.8653 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0671 0.9183 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1309468 3 0.4304 -0.1400 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1468637 5 0.0000 0.9320 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.1960 0.8964 0.020 0.004 0.928 0.048 0.000
#> SRR607863 2 0.0290 0.9646 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1475524 1 0.2563 0.8136 0.872 0.000 0.008 0.000 0.120
#> SRR1405504 2 0.0290 0.9646 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR615695 1 0.0693 0.8613 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR600900 4 0.2158 0.8506 0.008 0.020 0.052 0.920 0.000
#> SRR601477 2 0.0162 0.9655 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0451 0.9621 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1310797 2 0.0404 0.9628 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1362713 1 0.0963 0.8469 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1431385 1 0.1121 0.8648 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102079 3 0.1894 0.8735 0.008 0.000 0.920 0.072 0.000
#> SRR1357210 1 0.3074 0.7844 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.2516 0.8316 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR663573 4 0.1410 0.8640 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR603188 2 0.0703 0.9541 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1471200 2 0.0290 0.9639 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0451 0.9621 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR627457 2 0.4423 0.5686 0.008 0.684 0.012 0.296 0.000
#> SRR1367654 2 0.0290 0.9639 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.1195 0.8488 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR1457750 1 0.1901 0.8364 0.932 0.040 0.004 0.024 0.000
#> SRR1099546 3 0.0703 0.9166 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0162 0.9655 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409813 2 0.0794 0.9527 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR612791 1 0.4302 0.2104 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> SRR1470580 3 0.3780 0.7641 0.012 0.100 0.828 0.060 0.000
#> SRR1444063 2 0.4448 0.0372 0.480 0.516 0.000 0.004 0.000
#> SRR1355578 1 0.0794 0.8507 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1429203 1 0.1043 0.8653 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.1059 0.9484 0.008 0.968 0.020 0.004 0.000
#> SRR814244 5 0.0000 0.9320 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404123 2 0.4287 0.0803 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR656934 4 0.4549 0.1290 0.008 0.000 0.464 0.528 0.000
#> SRR1339029 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR821525 4 0.0865 0.8722 0.024 0.004 0.000 0.972 0.000
#> SRR1443677 1 0.3305 0.7585 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.2344 0.8484 0.904 0.000 0.032 0.000 0.064
#> SRR1338124 3 0.2505 0.8314 0.020 0.092 0.888 0.000 0.000
#> SRR1391376 3 0.0579 0.9114 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR661842 4 0.0807 0.8727 0.012 0.012 0.000 0.976 0.000
#> SRR1395699 3 0.0510 0.9182 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0955 0.8512 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1359469 1 0.1732 0.8567 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0963 0.9042 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1414578 1 0.1106 0.8636 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR603620 2 0.1952 0.8924 0.004 0.912 0.000 0.084 0.000
#> SRR604677 1 0.0992 0.8640 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR603800 2 0.0992 0.9465 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.1725 0.8719 0.020 0.044 0.000 0.936 0.000
#> SRR817488 2 0.0324 0.9653 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR655601 4 0.1270 0.8661 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1434821 2 0.0162 0.9655 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0451 0.9621 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR615129 1 0.3231 0.6607 0.800 0.196 0.000 0.004 0.000
#> SRR607586 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR602680 2 0.0451 0.9621 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1411070 4 0.2439 0.8160 0.004 0.120 0.000 0.876 0.000
#> SRR663038 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1489416 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479155 1 0.1043 0.8652 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR662162 3 0.2074 0.8469 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.0794 0.9178 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2184865 4 0.1410 0.8630 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR2170135 1 0.4283 0.3243 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0451 0.9621 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335513 2 0.1788 0.9162 0.004 0.932 0.008 0.056 0.000
#> SRR1370216 3 0.0609 0.9176 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR662954 4 0.4385 0.5790 0.312 0.004 0.000 0.672 0.012
#> SRR1375738 3 0.0727 0.9169 0.012 0.004 0.980 0.004 0.000
#> SRR1356577 4 0.2966 0.7644 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1073119 1 0.4318 0.6326 0.688 0.000 0.292 0.020 0.000
#> SRR663549 3 0.0451 0.9155 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1478015 2 0.0880 0.9477 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR600632 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR811866 1 0.4138 0.3039 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1401101 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477797 4 0.1270 0.8656 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0898 0.8629 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1419869 3 0.0703 0.9166 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.2674 0.8016 0.868 0.000 0.012 0.120 0.000
#> SRR601723 4 0.1299 0.8634 0.008 0.012 0.020 0.960 0.000
#> SRR1384115 5 0.0000 0.9320 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1387769 3 0.0727 0.9169 0.012 0.004 0.980 0.004 0.000
#> SRR1322595 5 0.0162 0.9304 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1370423 3 0.0609 0.9185 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1314976 4 0.1478 0.8617 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1319560 2 0.0955 0.9492 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1352683 4 0.2929 0.7558 0.008 0.000 0.152 0.840 0.000
#> SRR1473800 1 0.1043 0.8653 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1326384 4 0.2748 0.8090 0.008 0.000 0.096 0.880 0.016
#> SRR1360807 4 0.1410 0.8639 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1332544 3 0.0912 0.9176 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR598695 1 0.3177 0.7740 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.1059 0.9464 0.008 0.968 0.020 0.004 0.000
#> SRR809296 3 0.0510 0.9182 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR657927 3 0.0794 0.9178 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454415 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419131 4 0.1043 0.8682 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1404293 1 0.0794 0.8507 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1473340 3 0.1121 0.9072 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.1410 0.8425 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1323382 2 0.0451 0.9621 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480697 3 0.4213 0.5314 0.012 0.000 0.680 0.308 0.000
#> SRR1321808 2 0.0451 0.9621 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382756 4 0.5791 0.4781 0.000 0.260 0.140 0.600 0.000
#> SRR1312558 2 0.0613 0.9603 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR1417088 2 0.3305 0.6970 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1433027 2 0.0290 0.9648 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR662257 4 0.2079 0.8599 0.000 0.064 0.000 0.916 0.020
#> SRR600417 4 0.1386 0.8739 0.016 0.032 0.000 0.952 0.000
#> SRR812493 4 0.1461 0.8692 0.016 0.004 0.000 0.952 0.028
#> SRR612743 3 0.4276 0.6235 0.028 0.000 0.716 0.256 0.000
#> SRR1361345 1 0.0880 0.8488 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR600584 4 0.1651 0.8637 0.008 0.036 0.012 0.944 0.000
#> SRR1310520 4 0.1671 0.8562 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1395595 3 0.0693 0.9181 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1334074 5 0.0000 0.9320 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0324 0.9653 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1376694 5 0.0162 0.9304 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1433841 2 0.0771 0.9521 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1366837 3 0.1907 0.8954 0.028 0.000 0.928 0.044 0.000
#> SRR1467479 2 0.0451 0.9621 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1459055 1 0.1211 0.8504 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 3 0.4299 0.3344 0.000 0.388 0.608 0.004 0.000
#> SRR814703 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR661937 2 0.3949 0.4858 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR614359 3 0.1410 0.8936 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389084 3 0.0609 0.9176 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0798 0.9543 0.016 0.976 0.000 0.008 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098998 1 0.2329 0.8357 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.1121 0.9063 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.4464 0.5304 0.684 0.000 0.000 0.028 0.288
#> SRR1099286 1 0.4329 0.6593 0.716 0.000 0.252 0.032 0.000
#> SRR2166570 4 0.1471 0.8704 0.024 0.004 0.020 0.952 0.000
#> SRR601445 1 0.0898 0.8571 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR1439719 2 0.0290 0.9646 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1377026 2 0.0290 0.9646 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1327386 1 0.0794 0.8507 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR654826 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1460433 4 0.3123 0.7652 0.184 0.004 0.000 0.812 0.000
#> SRR1469345 3 0.0963 0.9112 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR662966 5 0.0000 0.9320 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339175 1 0.4182 0.4518 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0324 0.9640 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434671 2 0.0324 0.9640 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR660800 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1465543 5 0.0000 0.9320 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0912 0.8602 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR1335670 1 0.1216 0.8602 0.960 0.000 0.020 0.020 0.000
#> SRR1400955 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072150 2 0.0451 0.9621 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1442822 1 0.1732 0.8566 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.0794 0.9157 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1098074 5 0.0000 0.9320 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0963 0.8651 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.1934 0.8941 0.016 0.004 0.928 0.000 0.052
#> SRR627464 4 0.5075 0.1115 0.008 0.460 0.020 0.512 0.000
#> SRR1409193 1 0.1410 0.8372 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2168286 4 0.0880 0.8707 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR615539 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663623 3 0.1569 0.9110 0.044 0.004 0.944 0.008 0.000
#> SRR1471989 5 0.4201 0.3031 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381934 3 0.2221 0.8841 0.036 0.000 0.912 0.052 0.000
#> SRR1471098 3 0.0404 0.9184 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1314749 3 0.0566 0.9187 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR2166874 5 0.0566 0.9209 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> SRR821302 3 0.1043 0.9090 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR661601 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446546 3 0.4333 0.6331 0.000 0.188 0.752 0.060 0.000
#> SRR1419784 5 0.0000 0.9320 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357233 5 0.0000 0.9320 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441889 3 0.2966 0.7317 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0794 0.8507 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1324250 4 0.1792 0.8478 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1442862 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR662474 4 0.2561 0.7888 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1416226 3 0.1549 0.9033 0.016 0.000 0.944 0.040 0.000
#> SRR1417404 4 0.2773 0.7830 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR665466 2 0.1270 0.9277 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR658849 3 0.0609 0.9176 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.1952 0.8489 0.000 0.084 0.004 0.912 0.000
#> SRR1408136 1 0.1043 0.8656 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0451 0.9621 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374092 3 0.3455 0.7025 0.008 0.000 0.784 0.208 0.000
#> SRR1488429 3 0.0324 0.9183 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1087559 1 0.5470 0.6757 0.680 0.028 0.224 0.068 0.000
#> SRR817004 2 0.5510 0.3205 0.344 0.588 0.060 0.000 0.008
#> SRR1429660 2 0.0510 0.9606 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR604390 4 0.1990 0.8396 0.008 0.000 0.068 0.920 0.004
#> SRR614936 2 0.0324 0.9656 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365938 1 0.3132 0.6937 0.820 0.172 0.000 0.008 0.000
#> SRR1437324 1 0.2377 0.8331 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.3201 0.8198 0.052 0.096 0.000 0.852 0.000
#> SRR660414 4 0.1471 0.8696 0.020 0.004 0.024 0.952 0.000
#> SRR1452185 1 0.1270 0.8637 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.1408 0.8905 0.008 0.000 0.948 0.044 0.000
#> SRR1398036 4 0.1251 0.8731 0.008 0.036 0.000 0.956 0.000
#> SRR1436674 1 0.1671 0.8588 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.2228 0.8707 0.012 0.004 0.908 0.076 0.000
#> SRR608630 1 0.3949 0.4425 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR655625 4 0.1197 0.8667 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR599059 3 0.3863 0.5804 0.012 0.248 0.740 0.000 0.000
#> SRR615189 2 0.3242 0.7236 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1466889 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084602 4 0.1270 0.8656 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1335422 1 0.3612 0.7102 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1385300 3 0.2823 0.8543 0.020 0.004 0.880 0.004 0.092
#> SRR654814 1 0.2891 0.7990 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR820596 4 0.5925 0.0890 0.104 0.000 0.424 0.472 0.000
#> SRR1318118 1 0.1043 0.8472 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1480766 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406539 1 0.1970 0.8566 0.924 0.012 0.060 0.004 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.0865 0.8717 0.024 0.004 0.000 0.972 0.000
#> SRR1448051 1 0.2127 0.8447 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0510 0.9182 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0162 0.9180 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR661517 3 0.0404 0.9184 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0693 0.9592 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR809065 4 0.3111 0.7646 0.004 0.144 0.012 0.840 0.000
#> SRR1415872 2 0.0794 0.9512 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1415463 3 0.0162 0.9179 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1381161 4 0.1877 0.8584 0.000 0.012 0.000 0.924 0.064
#> SRR1442231 1 0.2193 0.8171 0.912 0.060 0.000 0.028 0.000
#> SRR1374696 4 0.3885 0.6355 0.268 0.000 0.008 0.724 0.000
#> SRR1451988 3 0.0693 0.9094 0.008 0.000 0.980 0.012 0.000
#> SRR660555 1 0.2966 0.7947 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.2392 0.8401 0.888 0.004 0.104 0.004 0.000
#> SRR663344 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1472462 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406176 3 0.2920 0.7732 0.016 0.132 0.852 0.000 0.000
#> SRR656886 3 0.3171 0.7020 0.000 0.176 0.816 0.008 0.000
#> SRR1498337 4 0.1012 0.8695 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR613066 5 0.4367 0.3938 0.008 0.000 0.372 0.000 0.620
#> SRR1309490 1 0.1478 0.8620 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0912 0.8737 0.016 0.012 0.000 0.972 0.000
#> SRR1447347 3 0.1012 0.9062 0.012 0.000 0.968 0.020 0.000
#> SRR1475546 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR627459 4 0.1369 0.8613 0.008 0.008 0.028 0.956 0.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070358 4 0.5260 0.4591 0.000 0.332 0.000 0.604 0.064
#> SRR1345936 4 0.3039 0.7574 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR665658 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1321351 4 0.2865 0.7903 0.004 0.132 0.008 0.856 0.000
#> SRR657880 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1373903 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR657396 2 0.0794 0.9521 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR660981 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR818499 1 0.3074 0.7851 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1376316 1 0.1117 0.8588 0.964 0.000 0.016 0.020 0.000
#> SRR1323723 2 0.0613 0.9603 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR1476719 1 0.2171 0.8599 0.912 0.000 0.064 0.024 0.000
#> SRR1403478 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1095695 3 0.0510 0.9182 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1352391 4 0.0566 0.8682 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> SRR1498813 4 0.1522 0.8714 0.012 0.044 0.000 0.944 0.000
#> SRR627437 4 0.1369 0.8613 0.008 0.008 0.028 0.956 0.000
#> SRR2185097 1 0.1124 0.8638 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR817166 4 0.2989 0.8232 0.000 0.000 0.060 0.868 0.072
#> SRR1091670 2 0.0451 0.9621 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR603776 1 0.6206 0.4694 0.528 0.000 0.304 0.168 0.000
#> SRR1479640 2 0.1478 0.9162 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR660152 3 0.1851 0.8751 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656153 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392502 5 0.2424 0.8227 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1359609 1 0.1579 0.8600 0.944 0.000 0.024 0.000 0.032
#> SRR601925 2 0.1704 0.8994 0.004 0.928 0.068 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR608542 4 0.1608 0.8569 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR655064 4 0.1341 0.8644 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1432430 3 0.1365 0.9129 0.040 0.004 0.952 0.004 0.000
#> SRR808472 4 0.1648 0.8728 0.020 0.040 0.000 0.940 0.000
#> SRR1414958 3 0.2813 0.7801 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR598484 2 0.0324 0.9653 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR612755 3 0.0955 0.9170 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.1043 0.8653 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.1697 0.8455 0.008 0.000 0.060 0.932 0.000
#> SRR1322373 3 0.0609 0.9176 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1359099 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR607279 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 3 0.1557 0.8851 0.008 0.000 0.940 0.052 0.000
#> SRR612887 2 0.0404 0.9625 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR809807 5 0.0794 0.9155 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR663112 3 0.1041 0.9022 0.004 0.032 0.964 0.000 0.000
#> SRR1346933 5 0.2773 0.8225 0.112 0.000 0.000 0.020 0.868
#> SRR1487910 1 0.0771 0.8552 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR603092 4 0.1485 0.8737 0.020 0.032 0.000 0.948 0.000
#> SRR1417680 2 0.0290 0.9646 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1383785 1 0.3305 0.7461 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR1070015 5 0.0290 0.9258 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1466222 3 0.1630 0.8891 0.004 0.016 0.944 0.036 0.000
#> SRR1416119 3 0.0566 0.9185 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR819318 1 0.0992 0.8640 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR608288 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR811121 2 0.0854 0.9552 0.008 0.976 0.012 0.004 0.000
#> SRR613138 2 0.0162 0.9655 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR810483 3 0.1116 0.9159 0.028 0.004 0.964 0.004 0.000
#> SRR607839 1 0.1270 0.8637 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.3561 0.7199 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0898 0.8729 0.020 0.008 0.000 0.972 0.000
#> SRR1406685 4 0.1544 0.8592 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1467500 4 0.2179 0.8356 0.004 0.100 0.000 0.896 0.000
#> SRR1308504 1 0.4517 0.3890 0.556 0.000 0.436 0.008 0.000
#> SRR1312865 3 0.1408 0.8905 0.008 0.000 0.948 0.044 0.000
#> SRR1312522 3 0.1093 0.9158 0.020 0.004 0.968 0.004 0.004
#> SRR1490486 2 0.0324 0.9640 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1325888 3 0.0510 0.9182 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.3003 0.7912 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0510 0.9602 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1084766 4 0.1121 0.8675 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1102804 2 0.0162 0.9661 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336636 3 0.0992 0.9029 0.008 0.000 0.968 0.024 0.000
#> SRR1347795 5 0.0290 0.9284 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR601900 2 0.0324 0.9640 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330989 4 0.2605 0.7853 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR658445 5 0.0000 0.9320 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368754 3 0.1059 0.9044 0.008 0.000 0.968 0.020 0.004
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0865 0.8637 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1326249 3 0.0404 0.9184 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.1282 0.8512 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1472952 3 0.0865 0.9174 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.2179 0.8237 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR627447 3 0.0898 0.9055 0.008 0.000 0.972 0.020 0.000
#> SRR612239 4 0.0867 0.8674 0.008 0.008 0.008 0.976 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.3861 0.29692 0.008 0.000 0.640 0.000 0.000 0.352
#> SRR603858 1 0.6288 -0.07002 0.376 0.008 0.000 0.348 0.000 0.268
#> SRR817070 4 0.5088 0.48267 0.000 0.152 0.000 0.628 0.000 0.220
#> SRR1486995 3 0.0777 0.63251 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR813043 2 0.0146 0.91798 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656874 2 0.0458 0.91798 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR659037 4 0.3420 0.62993 0.000 0.000 0.000 0.748 0.240 0.012
#> SRR662031 1 0.2999 0.78140 0.836 0.000 0.124 0.000 0.000 0.040
#> SRR1081283 4 0.2887 0.70686 0.032 0.008 0.000 0.856 0.000 0.104
#> SRR1481036 3 0.2798 0.55773 0.000 0.000 0.852 0.112 0.000 0.036
#> SRR1434009 2 0.1970 0.88096 0.000 0.900 0.000 0.000 0.092 0.008
#> SRR1376676 1 0.0937 0.82011 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.7108 0.30434 0.000 0.196 0.092 0.468 0.008 0.236
#> SRR665429 2 0.0458 0.91786 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1388025 4 0.0806 0.74160 0.020 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR600784 3 0.4183 -0.36464 0.000 0.000 0.508 0.012 0.000 0.480
#> SRR657611 1 0.5157 0.60108 0.664 0.000 0.152 0.016 0.000 0.168
#> SRR1333659 2 0.0260 0.91730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1323896 2 0.1245 0.90686 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1453971 3 0.5270 0.10782 0.088 0.008 0.560 0.000 0.000 0.344
#> SRR1421010 1 0.1007 0.82017 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0717 0.63905 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1309468 3 0.4449 0.01624 0.440 0.000 0.532 0.000 0.000 0.028
#> SRR1468637 5 0.0363 0.80616 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1365489 2 0.1501 0.89613 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR627445 3 0.5573 -0.07603 0.016 0.000 0.468 0.088 0.000 0.428
#> SRR607863 2 0.2801 0.86144 0.000 0.860 0.000 0.072 0.000 0.068
#> SRR1475524 1 0.2009 0.80660 0.908 0.000 0.024 0.000 0.068 0.000
#> SRR1405504 2 0.1794 0.89138 0.000 0.924 0.000 0.036 0.000 0.040
#> SRR615695 1 0.0547 0.81896 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.5889 0.24440 0.000 0.016 0.140 0.500 0.000 0.344
#> SRR601477 2 0.0692 0.91634 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR1487215 2 0.1643 0.89695 0.000 0.924 0.008 0.000 0.000 0.068
#> SRR1310797 2 0.2633 0.84291 0.000 0.864 0.000 0.032 0.000 0.104
#> SRR1362713 1 0.0820 0.80939 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1431385 1 0.1387 0.81779 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0146 0.91798 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102079 6 0.5359 0.40463 0.000 0.000 0.432 0.108 0.000 0.460
#> SRR1357210 1 0.3367 0.76779 0.816 0.000 0.104 0.000 0.000 0.080
#> SRR657659 2 0.2980 0.77247 0.000 0.808 0.000 0.180 0.000 0.012
#> SRR663573 4 0.1334 0.74386 0.000 0.032 0.000 0.948 0.000 0.020
#> SRR603188 2 0.1528 0.90561 0.000 0.936 0.000 0.016 0.000 0.048
#> SRR1471200 2 0.0603 0.91751 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1310975 2 0.1700 0.89671 0.004 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR627457 6 0.6944 0.29898 0.008 0.120 0.220 0.140 0.000 0.512
#> SRR1367654 2 0.0937 0.91117 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1488410 1 0.3167 0.75038 0.852 0.000 0.000 0.040 0.028 0.080
#> SRR1457750 1 0.1639 0.80563 0.940 0.036 0.008 0.008 0.000 0.008
#> SRR1099546 3 0.0547 0.63719 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.1075 0.90799 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1390477 2 0.0146 0.91798 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458447 2 0.0146 0.91768 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473161 2 0.1957 0.87691 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1409813 2 0.3089 0.78240 0.000 0.800 0.004 0.000 0.188 0.008
#> SRR612791 3 0.4578 0.28929 0.320 0.000 0.624 0.000 0.000 0.056
#> SRR1470580 6 0.4535 0.52360 0.000 0.048 0.232 0.020 0.000 0.700
#> SRR1444063 1 0.4491 0.30389 0.576 0.388 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1355578 1 0.0820 0.80828 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1429203 1 0.1327 0.81807 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.4767 0.60554 0.000 0.676 0.168 0.000 0.000 0.156
#> SRR814244 5 0.0000 0.80666 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.4262 0.04387 0.000 0.508 0.000 0.476 0.000 0.016
#> SRR656934 4 0.6006 -0.22124 0.000 0.000 0.316 0.428 0.000 0.256
#> SRR1339029 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.0870 0.74286 0.012 0.004 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR1443677 1 0.3468 0.64201 0.712 0.000 0.284 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406330 1 0.1867 0.81615 0.916 0.000 0.064 0.000 0.020 0.000
#> SRR1338124 3 0.3197 0.58132 0.004 0.016 0.828 0.012 0.000 0.140
#> SRR1391376 3 0.3695 -0.00764 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR661842 4 0.0865 0.73811 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1395699 3 0.0520 0.63854 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312209 1 0.0622 0.81558 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.1863 0.80426 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.3418 0.47777 0.000 0.000 0.784 0.000 0.032 0.184
#> SRR1414578 1 0.1605 0.81273 0.940 0.000 0.016 0.012 0.000 0.032
#> SRR603620 2 0.2593 0.81369 0.000 0.844 0.000 0.148 0.000 0.008
#> SRR604677 1 0.5808 0.24099 0.536 0.000 0.332 0.032 0.000 0.100
#> SRR603800 2 0.2834 0.84336 0.008 0.848 0.016 0.000 0.000 0.128
#> SRR602058 4 0.1643 0.73127 0.000 0.068 0.000 0.924 0.000 0.008
#> SRR817488 2 0.0260 0.91730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR655601 4 0.1320 0.74097 0.000 0.036 0.000 0.948 0.000 0.016
#> SRR1434821 2 0.1900 0.88583 0.000 0.916 0.008 0.008 0.000 0.068
#> SRR1349166 2 0.1501 0.89599 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR615129 1 0.2706 0.68339 0.832 0.160 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR607586 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.1910 0.88001 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1411070 4 0.3736 0.68654 0.000 0.068 0.000 0.776 0.000 0.156
#> SRR663038 2 0.0260 0.91770 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1489416 2 0.0146 0.91782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479155 1 0.1387 0.81944 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 3 0.4272 0.30949 0.288 0.000 0.668 0.000 0.000 0.044
#> SRR1374567 3 0.1471 0.62848 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000 0.064
#> SRR1434048 2 0.0146 0.91798 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2184865 4 0.2436 0.72013 0.032 0.000 0.000 0.880 0.000 0.088
#> SRR2170135 3 0.4262 -0.09701 0.476 0.000 0.508 0.000 0.000 0.016
#> SRR615551 2 0.2178 0.86088 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1335513 2 0.5111 0.16444 0.000 0.492 0.004 0.068 0.000 0.436
#> SRR1370216 3 0.0777 0.63734 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR662954 4 0.4437 0.22452 0.436 0.000 0.000 0.540 0.004 0.020
#> SRR1375738 3 0.4727 0.18403 0.008 0.000 0.568 0.036 0.000 0.388
#> SRR1356577 4 0.3977 0.64652 0.144 0.000 0.000 0.760 0.000 0.096
#> SRR1073119 1 0.6021 0.16177 0.508 0.000 0.212 0.012 0.000 0.268
#> SRR663549 3 0.4315 0.07782 0.008 0.000 0.524 0.008 0.000 0.460
#> SRR1478015 2 0.1918 0.87639 0.000 0.904 0.000 0.088 0.000 0.008
#> SRR600632 2 0.0405 0.91760 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR811866 4 0.5557 0.29666 0.372 0.000 0.008 0.508 0.000 0.112
#> SRR1401101 2 0.0260 0.91730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1477797 4 0.1092 0.74098 0.020 0.000 0.000 0.960 0.000 0.020
#> SRR1402986 2 0.0146 0.91798 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR658897 1 0.0405 0.81560 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419869 3 0.1176 0.63526 0.020 0.000 0.956 0.000 0.000 0.024
#> SRR1490700 1 0.3843 0.75644 0.808 0.000 0.036 0.068 0.000 0.088
#> SRR601723 4 0.3774 0.36500 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1384115 5 0.4158 0.49520 0.000 0.000 0.280 0.020 0.688 0.012
#> SRR1476927 2 0.0146 0.91782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387769 3 0.4721 0.12950 0.008 0.000 0.540 0.032 0.000 0.420
#> SRR1322595 5 0.1606 0.78127 0.056 0.000 0.008 0.000 0.932 0.004
#> SRR1370423 3 0.2320 0.58208 0.000 0.000 0.864 0.004 0.000 0.132
#> SRR1314976 4 0.2433 0.73032 0.072 0.000 0.000 0.884 0.000 0.044
#> SRR1319560 2 0.1531 0.88707 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1352683 6 0.5304 0.31582 0.000 0.000 0.136 0.292 0.000 0.572
#> SRR1473800 1 0.1075 0.82042 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 4 0.5274 0.37971 0.000 0.000 0.092 0.592 0.012 0.304
#> SRR1360807 4 0.1341 0.74271 0.028 0.000 0.000 0.948 0.000 0.024
#> SRR1332544 3 0.3423 0.52703 0.008 0.000 0.808 0.000 0.148 0.036
#> SRR598695 1 0.3807 0.49196 0.628 0.000 0.368 0.000 0.000 0.004
#> SRR807824 2 0.3831 0.68043 0.008 0.712 0.012 0.000 0.000 0.268
#> SRR809296 3 0.0405 0.63566 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR657927 3 0.2783 0.57943 0.016 0.000 0.836 0.000 0.000 0.148
#> SRR1440682 2 0.0260 0.91770 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1454415 2 0.0458 0.91786 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1419131 4 0.1003 0.74103 0.020 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016
#> SRR1404293 1 0.0405 0.81239 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1473340 3 0.1408 0.62802 0.036 0.000 0.944 0.000 0.000 0.020
#> SRR1345563 1 0.0865 0.81040 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1323382 2 0.0790 0.91499 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1480697 3 0.5372 0.20961 0.008 0.000 0.612 0.152 0.000 0.228
#> SRR1321808 2 0.2920 0.84156 0.008 0.844 0.020 0.000 0.000 0.128
#> SRR1382756 4 0.7547 -0.01588 0.000 0.276 0.144 0.296 0.000 0.284
#> SRR1312558 2 0.3093 0.80888 0.008 0.816 0.012 0.000 0.000 0.164
#> SRR1417088 2 0.3965 0.35548 0.000 0.604 0.000 0.388 0.000 0.008
#> SRR1433027 2 0.1745 0.89485 0.000 0.924 0.000 0.056 0.000 0.020
#> SRR662257 4 0.3329 0.62307 0.000 0.180 0.000 0.796 0.012 0.012
#> SRR600417 4 0.0806 0.74430 0.000 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR812493 4 0.2625 0.72492 0.000 0.000 0.000 0.872 0.056 0.072
#> SRR612743 6 0.6053 0.40803 0.004 0.000 0.236 0.308 0.000 0.452
#> SRR1361345 1 0.1575 0.79383 0.936 0.000 0.000 0.032 0.000 0.032
#> SRR600584 4 0.4381 0.56442 0.000 0.072 0.000 0.692 0.000 0.236
#> SRR1310520 4 0.2199 0.72252 0.088 0.000 0.000 0.892 0.000 0.020
#> SRR1395595 3 0.1219 0.63195 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1334074 5 0.1897 0.77830 0.000 0.000 0.004 0.004 0.908 0.084
#> SRR654838 2 0.0260 0.91730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1376694 5 0.1745 0.77258 0.056 0.000 0.020 0.000 0.924 0.000
#> SRR1433841 2 0.3202 0.73999 0.176 0.800 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1366837 3 0.3458 0.52292 0.012 0.000 0.816 0.128 0.000 0.044
#> SRR1467479 2 0.2520 0.84622 0.000 0.844 0.004 0.000 0.000 0.152
#> SRR1459055 1 0.0551 0.81147 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1471050 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 3 0.6021 0.08392 0.000 0.288 0.512 0.016 0.000 0.184
#> SRR814703 2 0.0260 0.91770 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR661937 2 0.4637 0.35687 0.000 0.600 0.020 0.360 0.000 0.020
#> SRR614359 3 0.2822 0.55966 0.108 0.000 0.852 0.000 0.000 0.040
#> SRR1071568 2 0.2833 0.85250 0.000 0.876 0.048 0.048 0.000 0.028
#> SRR1389084 3 0.0993 0.64040 0.012 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024
#> SRR1337624 2 0.3370 0.83233 0.076 0.840 0.000 0.056 0.000 0.028
#> SRR1344400 2 0.0458 0.91786 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1414290 2 0.0146 0.91798 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1413644 2 0.0260 0.91798 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1098998 1 0.3398 0.68059 0.740 0.000 0.252 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481279 3 0.1398 0.62551 0.052 0.000 0.940 0.000 0.000 0.008
#> SRR1315103 1 0.3394 0.62604 0.752 0.000 0.000 0.012 0.236 0.000
#> SRR1099286 3 0.6948 0.00413 0.296 0.000 0.372 0.056 0.000 0.276
#> SRR2166570 4 0.3581 0.58337 0.004 0.004 0.188 0.780 0.000 0.024
#> SRR601445 1 0.2504 0.77020 0.880 0.000 0.004 0.028 0.000 0.088
#> SRR1439719 2 0.4131 0.59562 0.000 0.688 0.000 0.272 0.000 0.040
#> SRR1377026 2 0.2389 0.83913 0.000 0.864 0.000 0.128 0.000 0.008
#> SRR1327386 1 0.0405 0.81239 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR654826 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.4023 0.63151 0.144 0.000 0.000 0.756 0.000 0.100
#> SRR1469345 3 0.3384 0.52537 0.120 0.000 0.812 0.000 0.000 0.068
#> SRR1421462 2 0.0260 0.91730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662966 5 0.1657 0.78475 0.000 0.000 0.016 0.000 0.928 0.056
#> SRR1339175 3 0.4384 0.27522 0.348 0.000 0.616 0.000 0.000 0.036
#> SRR1447736 2 0.0260 0.91798 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434671 2 0.1444 0.89994 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR660800 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.0000 0.80666 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0632 0.81953 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.1149 0.81588 0.960 0.000 0.008 0.008 0.000 0.024
#> SRR1400955 2 0.0260 0.91730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1072150 2 0.0146 0.91813 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442822 1 0.1863 0.80432 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.0972 0.63406 0.028 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008
#> SRR1098074 5 0.2053 0.76461 0.000 0.004 0.000 0.000 0.888 0.108
#> SRR1442778 1 0.1007 0.82055 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.2563 0.60637 0.000 0.004 0.880 0.000 0.040 0.076
#> SRR627464 6 0.6590 0.12850 0.000 0.188 0.044 0.336 0.000 0.432
#> SRR1409193 1 0.0935 0.81324 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR2168286 4 0.1176 0.74107 0.024 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020
#> SRR615539 2 0.0363 0.91813 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR663623 3 0.4907 0.34838 0.020 0.000 0.636 0.052 0.000 0.292
#> SRR1471989 5 0.3851 0.09900 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1468828 2 0.0405 0.91835 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1381934 3 0.3566 0.56219 0.008 0.000 0.812 0.076 0.000 0.104
#> SRR1471098 3 0.1196 0.62949 0.008 0.000 0.952 0.000 0.000 0.040
#> SRR1314749 3 0.2149 0.60081 0.004 0.000 0.888 0.004 0.000 0.104
#> SRR2166874 5 0.1812 0.75773 0.000 0.000 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR821302 3 0.4499 0.31226 0.060 0.000 0.652 0.000 0.000 0.288
#> SRR1435066 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0146 0.91798 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446546 3 0.6582 0.09639 0.004 0.128 0.528 0.084 0.000 0.256
#> SRR1419784 5 0.0000 0.80666 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357233 5 0.1082 0.79086 0.000 0.004 0.000 0.040 0.956 0.000
#> SRR1441889 3 0.5925 -0.11826 0.256 0.000 0.464 0.000 0.000 0.280
#> SRR1413940 1 0.0622 0.80999 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1324250 4 0.5648 0.40651 0.000 0.224 0.000 0.536 0.000 0.240
#> SRR1442862 2 0.1599 0.90138 0.000 0.940 0.024 0.008 0.000 0.028
#> SRR662474 4 0.1967 0.72192 0.000 0.084 0.000 0.904 0.000 0.012
#> SRR1416226 3 0.1951 0.60372 0.000 0.000 0.908 0.076 0.000 0.016
#> SRR1417404 4 0.3901 0.64291 0.136 0.000 0.000 0.768 0.000 0.096
#> SRR665466 2 0.1812 0.87621 0.000 0.912 0.000 0.080 0.000 0.008
#> SRR658849 3 0.0993 0.64048 0.012 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024
#> SRR1460025 4 0.5867 0.52405 0.000 0.092 0.112 0.632 0.000 0.164
#> SRR1408136 1 0.0777 0.81915 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489995 2 0.0260 0.91798 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1374092 3 0.3653 0.39894 0.004 0.000 0.748 0.228 0.000 0.020
#> SRR1488429 3 0.1010 0.63110 0.004 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1087559 6 0.7159 0.34649 0.164 0.020 0.264 0.080 0.000 0.472
#> SRR817004 2 0.6148 0.03247 0.340 0.460 0.184 0.000 0.000 0.016
#> SRR1429660 2 0.0260 0.91730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR604390 4 0.5771 0.24215 0.000 0.000 0.200 0.528 0.004 0.268
#> SRR614936 2 0.2318 0.88680 0.028 0.904 0.000 0.048 0.000 0.020
#> SRR1365938 1 0.2212 0.73833 0.880 0.112 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1437324 1 0.2376 0.80645 0.888 0.000 0.068 0.000 0.000 0.044
#> SRR613414 4 0.3920 0.68218 0.076 0.024 0.000 0.796 0.000 0.104
#> SRR660414 4 0.3871 0.51989 0.004 0.004 0.228 0.740 0.000 0.024
#> SRR1452185 1 0.1387 0.81724 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 6 0.4519 0.50298 0.008 0.000 0.384 0.024 0.000 0.584
#> SRR1398036 4 0.0935 0.74295 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1436674 1 0.2019 0.80772 0.900 0.000 0.088 0.000 0.000 0.012
#> SRR603750 3 0.5680 -0.07460 0.016 0.000 0.456 0.100 0.000 0.428
#> SRR608630 1 0.3969 0.43497 0.668 0.000 0.000 0.312 0.000 0.020
#> SRR655625 4 0.1616 0.73697 0.020 0.000 0.000 0.932 0.000 0.048
#> SRR599059 3 0.4347 0.20784 0.028 0.288 0.672 0.000 0.000 0.012
#> SRR615189 2 0.4665 0.54547 0.060 0.660 0.000 0.272 0.000 0.008
#> SRR1466889 2 0.0260 0.91730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1084602 4 0.1908 0.73604 0.028 0.000 0.000 0.916 0.000 0.056
#> SRR1335422 1 0.4595 0.61792 0.668 0.000 0.248 0.000 0.000 0.084
#> SRR1356805 2 0.0405 0.91717 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1385300 3 0.4675 0.42782 0.008 0.000 0.696 0.000 0.096 0.200
#> SRR654814 1 0.4660 0.47554 0.600 0.000 0.344 0.000 0.000 0.056
#> SRR658385 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820596 6 0.6359 0.27520 0.072 0.000 0.112 0.304 0.000 0.512
#> SRR1318118 1 0.5774 0.36062 0.560 0.000 0.020 0.280 0.000 0.140
#> SRR1480766 2 0.0260 0.91770 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406539 1 0.3053 0.74489 0.812 0.004 0.012 0.000 0.000 0.172
#> SRR1341833 2 0.0692 0.91651 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR1441826 4 0.1745 0.73640 0.012 0.000 0.000 0.920 0.000 0.068
#> SRR1448051 1 0.3999 0.63035 0.696 0.000 0.272 0.000 0.000 0.032
#> SRR1326752 3 0.1267 0.62895 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR665217 3 0.1610 0.61439 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR819186 2 0.1387 0.90017 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR661517 3 0.0858 0.63853 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR607166 2 0.2562 0.80729 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR809065 4 0.4843 0.49778 0.000 0.116 0.000 0.652 0.000 0.232
#> SRR1415872 2 0.1411 0.89676 0.000 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR1415463 3 0.2219 0.56627 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1381161 4 0.2436 0.72586 0.000 0.000 0.000 0.880 0.088 0.032
#> SRR1442231 1 0.1349 0.79188 0.940 0.056 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1374696 1 0.4449 0.07718 0.532 0.000 0.000 0.440 0.000 0.028
#> SRR1451988 3 0.1588 0.62276 0.000 0.000 0.924 0.004 0.000 0.072
#> SRR660555 1 0.3371 0.63545 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.4421 0.66055 0.716 0.000 0.128 0.000 0.000 0.156
#> SRR663344 2 0.0458 0.91658 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1472462 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.3095 0.52668 0.008 0.116 0.840 0.000 0.000 0.036
#> SRR656886 3 0.4970 0.39354 0.000 0.128 0.708 0.036 0.000 0.128
#> SRR1498337 4 0.1148 0.74186 0.004 0.000 0.000 0.960 0.016 0.020
#> SRR613066 5 0.3725 0.39120 0.000 0.000 0.316 0.000 0.676 0.008
#> SRR1309490 1 0.1297 0.82240 0.948 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR602492 4 0.0622 0.74384 0.008 0.012 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1447347 6 0.4541 0.45232 0.012 0.000 0.428 0.016 0.000 0.544
#> SRR1475546 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.3923 0.36560 0.000 0.000 0.004 0.580 0.000 0.416
#> SRR1434332 2 0.0363 0.91782 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1070358 4 0.5562 0.32674 0.000 0.368 0.000 0.528 0.080 0.024
#> SRR1345936 4 0.2595 0.69898 0.000 0.000 0.000 0.836 0.160 0.004
#> SRR665658 2 0.1663 0.89172 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1321351 4 0.5398 0.38260 0.000 0.240 0.000 0.580 0.000 0.180
#> SRR657880 2 0.0146 0.91813 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1373903 2 0.0622 0.91724 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR657396 2 0.1866 0.87410 0.000 0.908 0.000 0.084 0.000 0.008
#> SRR660981 2 0.0405 0.91760 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR818499 1 0.3383 0.66184 0.728 0.000 0.268 0.000 0.000 0.004
#> SRR819658 2 0.0260 0.91730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1376316 1 0.0779 0.81578 0.976 0.000 0.008 0.008 0.000 0.008
#> SRR1323723 2 0.3450 0.76438 0.008 0.772 0.012 0.000 0.000 0.208
#> SRR1476719 1 0.4123 0.72629 0.772 0.000 0.072 0.020 0.000 0.136
#> SRR1403478 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0777 0.63835 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1352391 4 0.3838 0.34799 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1498813 4 0.1176 0.74522 0.000 0.020 0.000 0.956 0.000 0.024
#> SRR627437 4 0.3823 0.33889 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR2185097 1 0.2912 0.78666 0.844 0.000 0.116 0.000 0.000 0.040
#> SRR817166 4 0.6622 0.15691 0.000 0.000 0.224 0.468 0.048 0.260
#> SRR1091670 2 0.1075 0.90828 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR603776 6 0.7127 0.44691 0.196 0.000 0.232 0.124 0.000 0.448
#> SRR1479640 2 0.2482 0.80960 0.000 0.848 0.000 0.148 0.000 0.004
#> SRR660152 3 0.3481 0.52545 0.032 0.000 0.776 0.000 0.000 0.192
#> SRR1074769 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0260 0.91770 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1392502 5 0.5041 0.40383 0.008 0.000 0.280 0.000 0.624 0.088
#> SRR1359609 1 0.1268 0.82060 0.952 0.000 0.036 0.000 0.008 0.004
#> SRR601925 2 0.2765 0.85152 0.000 0.848 0.016 0.004 0.000 0.132
#> SRR2165182 2 0.0458 0.91798 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR608542 4 0.1644 0.72639 0.000 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR655064 4 0.2404 0.72107 0.036 0.000 0.000 0.884 0.000 0.080
#> SRR1432430 3 0.3695 0.44134 0.016 0.000 0.712 0.000 0.000 0.272
#> SRR808472 4 0.2019 0.71927 0.000 0.088 0.000 0.900 0.000 0.012
#> SRR1414958 3 0.3944 0.15939 0.000 0.000 0.568 0.000 0.428 0.004
#> SRR598484 2 0.4368 0.71085 0.000 0.756 0.076 0.028 0.000 0.140
#> SRR612755 3 0.3852 0.38063 0.012 0.000 0.664 0.000 0.000 0.324
#> SRR1365808 1 0.1204 0.81930 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.4322 0.44557 0.000 0.000 0.028 0.600 0.000 0.372
#> SRR1322373 3 0.0993 0.64040 0.012 0.000 0.964 0.000 0.000 0.024
#> SRR1489265 2 0.0363 0.91706 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1359099 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0820 0.91429 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR810461 2 0.0260 0.91730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR627427 6 0.4467 0.37615 0.000 0.000 0.464 0.028 0.000 0.508
#> SRR612887 2 0.1918 0.87575 0.000 0.904 0.000 0.088 0.000 0.008
#> SRR809807 5 0.3794 0.60647 0.000 0.000 0.028 0.000 0.724 0.248
#> SRR663112 3 0.4420 0.37232 0.008 0.004 0.700 0.044 0.000 0.244
#> SRR1346933 5 0.4172 0.15463 0.424 0.000 0.000 0.004 0.564 0.008
#> SRR1487910 1 0.0551 0.81589 0.984 0.000 0.008 0.004 0.000 0.004
#> SRR603092 4 0.2701 0.71217 0.028 0.004 0.000 0.864 0.000 0.104
#> SRR1417680 2 0.0260 0.91770 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383785 1 0.4269 0.66075 0.724 0.000 0.184 0.000 0.000 0.092
#> SRR1070015 5 0.0146 0.80585 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1466222 6 0.4532 0.19511 0.000 0.000 0.468 0.032 0.000 0.500
#> SRR1416119 3 0.1477 0.62833 0.004 0.000 0.940 0.000 0.008 0.048
#> SRR819318 1 0.5184 0.40154 0.608 0.000 0.292 0.012 0.000 0.088
#> SRR608288 2 0.0146 0.91805 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR811121 2 0.5062 0.52930 0.000 0.636 0.196 0.000 0.000 0.168
#> SRR613138 2 0.0713 0.91672 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR810483 3 0.4051 0.18999 0.008 0.000 0.560 0.000 0.000 0.432
#> SRR607839 1 0.1501 0.81712 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.3819 0.54656 0.652 0.000 0.340 0.000 0.000 0.008
#> SRR601311 4 0.2355 0.72022 0.008 0.004 0.000 0.876 0.000 0.112
#> SRR1406685 4 0.2897 0.71928 0.000 0.060 0.000 0.852 0.000 0.088
#> SRR1467500 4 0.1866 0.72268 0.000 0.084 0.000 0.908 0.000 0.008
#> SRR1308504 1 0.5912 0.13642 0.452 0.000 0.324 0.000 0.000 0.224
#> SRR1312865 6 0.4276 0.46786 0.000 0.000 0.416 0.020 0.000 0.564
#> SRR1312522 3 0.3490 0.44071 0.008 0.000 0.724 0.000 0.000 0.268
#> SRR1490486 2 0.2048 0.86562 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1325888 3 0.0603 0.63919 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1472885 1 0.2902 0.73841 0.800 0.000 0.196 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098785 2 0.0692 0.91509 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1084766 4 0.0692 0.74150 0.020 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1102804 2 0.0603 0.91768 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1336636 6 0.4250 0.42359 0.000 0.000 0.456 0.016 0.000 0.528
#> SRR1347795 5 0.0717 0.80407 0.000 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR601900 2 0.2442 0.85042 0.000 0.852 0.004 0.000 0.000 0.144
#> SRR1330989 4 0.2750 0.67734 0.000 0.136 0.000 0.844 0.000 0.020
#> SRR658445 5 0.0000 0.80666 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368754 6 0.4642 0.46368 0.004 0.000 0.416 0.008 0.020 0.552
#> SRR1460001 2 0.0000 0.91768 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0603 0.81790 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326249 3 0.0405 0.63816 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR614948 1 0.0820 0.81893 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000
#> SRR1472952 3 0.2165 0.59683 0.008 0.000 0.884 0.000 0.000 0.108
#> SRR1321528 1 0.4198 0.62790 0.708 0.000 0.000 0.060 0.000 0.232
#> SRR627447 3 0.4098 -0.39232 0.000 0.000 0.496 0.008 0.000 0.496
#> SRR612239 4 0.2527 0.68330 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.773 0.864 0.944 0.3031 0.709 0.709
#> 3 3 0.381 0.504 0.796 0.5684 0.873 0.823
#> 4 4 0.355 0.619 0.743 0.2847 0.680 0.499
#> 5 5 0.354 0.500 0.723 0.1090 0.922 0.795
#> 6 6 0.470 0.435 0.706 0.0759 0.953 0.862
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR603858 2 0.4939 0.8583 0.108 0.892
#> SRR817070 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1486995 2 0.8763 0.5394 0.296 0.704
#> SRR813043 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.2948 0.9146 0.052 0.948
#> SRR659037 1 0.0672 0.8647 0.992 0.008
#> SRR662031 2 0.0672 0.9481 0.008 0.992
#> SRR1081283 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1481036 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1434009 1 0.1184 0.8635 0.984 0.016
#> SRR1376676 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1396967 2 0.9933 0.0382 0.452 0.548
#> SRR665429 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR600784 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR657611 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1333659 1 0.4562 0.8292 0.904 0.096
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1453971 2 0.4562 0.8712 0.096 0.904
#> SRR1421010 2 0.5294 0.8438 0.120 0.880
#> SRR1334490 1 0.6887 0.7648 0.816 0.184
#> SRR1309468 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1468637 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR627445 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR607863 2 0.9944 0.0226 0.456 0.544
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR615695 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR600900 2 0.0938 0.9456 0.012 0.988
#> SRR601477 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.2603 0.9223 0.044 0.956
#> SRR1362713 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1431385 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.9963 0.2722 0.536 0.464
#> SRR1357210 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR603188 1 0.9850 0.3779 0.572 0.428
#> SRR1471200 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR627457 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1367654 1 0.8861 0.6263 0.696 0.304
#> SRR1488410 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1457750 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1099546 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR604480 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1409813 1 0.0938 0.8642 0.988 0.012
#> SRR612791 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1470580 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR1444063 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1355578 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1429203 2 0.0672 0.9482 0.008 0.992
#> SRR599154 1 0.2603 0.8544 0.956 0.044
#> SRR814244 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR656934 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1443677 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1406330 2 0.9850 0.1493 0.428 0.572
#> SRR1338124 2 0.0938 0.9461 0.012 0.988
#> SRR1391376 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR661842 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1395699 2 0.7602 0.6927 0.220 0.780
#> SRR1312209 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1359469 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR658885 1 0.1633 0.8614 0.976 0.024
#> SRR1414578 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR603620 2 0.9998 -0.1229 0.492 0.508
#> SRR604677 2 0.5519 0.8329 0.128 0.872
#> SRR603800 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.9393 0.3832 0.356 0.644
#> SRR817488 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR1349166 1 0.4815 0.8233 0.896 0.104
#> SRR615129 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.3584 0.9004 0.068 0.932
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1479155 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR662162 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1374567 2 0.1184 0.9430 0.016 0.984
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR2170135 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1370216 2 0.9909 0.0756 0.444 0.556
#> SRR662954 2 0.9963 -0.0101 0.464 0.536
#> SRR1375738 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1356577 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1073119 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR663549 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR811866 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1401101 2 0.7883 0.6611 0.236 0.764
#> SRR1477797 1 0.8909 0.6214 0.692 0.308
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR658897 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR1419869 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1490700 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR601723 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1384115 1 0.0938 0.8642 0.988 0.012
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1387769 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1370423 2 0.0938 0.9461 0.012 0.988
#> SRR1314976 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1319560 2 0.9988 -0.0738 0.480 0.520
#> SRR1352683 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1473800 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1326384 1 0.8813 0.6351 0.700 0.300
#> SRR1360807 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1332544 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR598695 2 0.3114 0.9103 0.056 0.944
#> SRR807824 2 0.1184 0.9431 0.016 0.984
#> SRR809296 2 0.7602 0.6927 0.220 0.780
#> SRR657927 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1440682 2 0.3733 0.8945 0.072 0.928
#> SRR1454415 2 0.4431 0.8729 0.092 0.908
#> SRR1419131 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1404293 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1473340 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1480697 2 0.1843 0.9341 0.028 0.972
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR662257 1 0.1414 0.8627 0.980 0.020
#> SRR600417 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR812493 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR612743 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1361345 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1395595 1 0.5842 0.7992 0.860 0.140
#> SRR1334074 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1366837 2 0.0376 0.9503 0.004 0.996
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.2603 0.9221 0.044 0.956
#> SRR814703 2 0.5946 0.8080 0.144 0.856
#> SRR661937 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR614359 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1389084 2 0.1633 0.9372 0.024 0.976
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0938 0.9456 0.012 0.988
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1413644 1 0.6973 0.7609 0.812 0.188
#> SRR1098998 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1481279 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1099286 2 0.1633 0.9376 0.024 0.976
#> SRR2166570 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR601445 2 0.0672 0.9481 0.008 0.992
#> SRR1439719 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.3733 0.8945 0.072 0.928
#> SRR1327386 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.2603 0.9211 0.044 0.956
#> SRR1469345 2 0.4431 0.8761 0.092 0.908
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1339175 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1434671 1 0.9963 0.2760 0.536 0.464
#> SRR660800 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1465543 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1342023 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1335670 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1400955 2 0.7883 0.6611 0.236 0.764
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1442822 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1364658 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1098074 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1442778 2 0.2948 0.9156 0.052 0.948
#> SRR1086728 1 0.2603 0.8550 0.956 0.044
#> SRR627464 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1409193 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR663623 2 0.5519 0.8329 0.128 0.872
#> SRR1471989 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1381934 2 0.1414 0.9403 0.020 0.980
#> SRR1471098 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1314749 2 0.0376 0.9503 0.004 0.996
#> SRR2166874 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR821302 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1435066 2 0.2423 0.9246 0.040 0.960
#> SRR661601 2 0.4815 0.8614 0.104 0.896
#> SRR1446546 2 0.0672 0.9481 0.008 0.992
#> SRR1419784 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1357233 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1441889 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0672 0.9481 0.008 0.992
#> SRR1442862 1 0.1633 0.8614 0.976 0.024
#> SRR662474 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1416226 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1417404 2 0.2236 0.9281 0.036 0.964
#> SRR665466 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR658849 2 0.1633 0.9372 0.024 0.976
#> SRR1460025 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1408136 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1374092 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1488429 1 0.8861 0.6282 0.696 0.304
#> SRR1087559 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR817004 2 0.8499 0.5878 0.276 0.724
#> SRR1429660 1 0.2603 0.8543 0.956 0.044
#> SRR604390 2 0.9983 -0.0704 0.476 0.524
#> SRR614936 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1365938 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1437324 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR613414 2 0.9552 0.3253 0.376 0.624
#> SRR660414 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1452185 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1347020 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1398036 1 0.9954 0.2871 0.540 0.460
#> SRR1436674 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR603750 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR608630 2 0.9963 -0.0101 0.464 0.536
#> SRR655625 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.2423 0.9253 0.040 0.960
#> SRR615189 2 0.0672 0.9481 0.008 0.992
#> SRR1466889 1 0.9963 0.2757 0.536 0.464
#> SRR1084602 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1335422 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1356805 1 1.0000 0.1472 0.500 0.500
#> SRR1385300 2 0.6343 0.7925 0.160 0.840
#> SRR654814 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR658385 2 0.2423 0.9246 0.040 0.960
#> SRR820596 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1318118 2 0.1414 0.9405 0.020 0.980
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1406539 2 0.2948 0.9152 0.052 0.948
#> SRR1341833 2 0.9922 0.0575 0.448 0.552
#> SRR1441826 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1448051 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1326752 2 0.5408 0.8388 0.124 0.876
#> SRR665217 2 0.7139 0.7336 0.196 0.804
#> SRR819186 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR661517 2 0.8763 0.5394 0.296 0.704
#> SRR607166 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1415872 1 0.9977 0.2469 0.528 0.472
#> SRR1415463 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1381161 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1442231 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1374696 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1451988 2 0.1184 0.9427 0.016 0.984
#> SRR660555 2 0.3114 0.9103 0.056 0.944
#> SRR657801 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR663344 2 0.7528 0.6983 0.216 0.784
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1406176 2 0.0938 0.9456 0.012 0.988
#> SRR656886 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1498337 1 0.8909 0.6214 0.692 0.308
#> SRR613066 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1309490 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR602492 1 0.9954 0.2871 0.540 0.460
#> SRR1447347 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1070358 1 0.9209 0.5750 0.664 0.336
#> SRR1345936 1 0.0672 0.8647 0.992 0.008
#> SRR665658 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.2236 0.9283 0.036 0.964
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.9988 -0.0738 0.480 0.520
#> SRR660981 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR818499 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR819658 2 0.7883 0.6611 0.236 0.764
#> SRR1376316 2 0.0672 0.9482 0.008 0.992
#> SRR1323723 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR1476719 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1403478 2 0.2423 0.9246 0.040 0.960
#> SRR1095695 2 0.1184 0.9427 0.016 0.984
#> SRR1352391 2 0.5294 0.8409 0.120 0.880
#> SRR1498813 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR2185097 2 0.0672 0.9481 0.008 0.992
#> SRR817166 1 0.8763 0.6456 0.704 0.296
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR603776 2 0.9983 -0.0626 0.476 0.524
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR660152 2 0.3431 0.9042 0.064 0.936
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.1184 0.8632 0.984 0.016
#> SRR1359609 1 0.3114 0.8491 0.944 0.056
#> SRR601925 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.2948 0.9146 0.052 0.948
#> SRR608542 1 0.9909 0.3326 0.556 0.444
#> SRR655064 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1432430 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR808472 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR1414958 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0672 0.9481 0.008 0.992
#> SRR612755 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1365808 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1391724 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1322373 2 0.1633 0.9372 0.024 0.976
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.2423 0.9246 0.040 0.960
#> SRR607279 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR627427 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR612887 2 0.7745 0.6766 0.228 0.772
#> SRR809807 1 0.0376 0.8648 0.996 0.004
#> SRR663112 2 0.0938 0.9455 0.012 0.988
#> SRR1346933 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1487910 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1383785 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1070015 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1466222 2 0.0376 0.9504 0.004 0.996
#> SRR1416119 1 0.6887 0.7648 0.816 0.184
#> SRR819318 2 0.5519 0.8329 0.128 0.872
#> SRR608288 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR811121 1 0.8267 0.6857 0.740 0.260
#> SRR613138 2 0.0376 0.9503 0.004 0.996
#> SRR810483 2 0.1184 0.9433 0.016 0.984
#> SRR607839 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1337031 2 0.4431 0.8761 0.092 0.908
#> SRR601311 2 0.4298 0.8760 0.088 0.912
#> SRR1406685 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1308504 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1312865 1 0.9710 0.4470 0.600 0.400
#> SRR1312522 2 0.4815 0.8629 0.104 0.896
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1325888 2 0.1414 0.9399 0.020 0.980
#> SRR1472885 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1336636 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.3879 0.8923 0.076 0.924
#> SRR1330989 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR658445 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1368754 2 0.6438 0.7844 0.164 0.836
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1414934 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR1326249 2 0.7602 0.6927 0.220 0.780
#> SRR614948 1 0.0000 0.8649 1.000 0.000
#> SRR1472952 2 0.3114 0.9119 0.056 0.944
#> SRR1321528 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR627447 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
#> SRR612239 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.6267 0.48818 0.548 0.452 0.000
#> SRR603858 2 0.7002 0.33651 0.280 0.672 0.048
#> SRR817070 2 0.0592 0.69940 0.012 0.988 0.000
#> SRR1486995 1 0.9465 0.52880 0.472 0.332 0.196
#> SRR813043 2 0.0237 0.69866 0.004 0.996 0.000
#> SRR656874 2 0.4121 0.50427 0.168 0.832 0.000
#> SRR659037 3 0.4291 0.81959 0.180 0.000 0.820
#> SRR662031 2 0.5591 0.38527 0.304 0.696 0.000
#> SRR1081283 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1481036 2 0.6126 0.02939 0.400 0.600 0.000
#> SRR1434009 3 0.4575 0.82132 0.184 0.004 0.812
#> SRR1376676 2 0.4887 0.52250 0.228 0.772 0.000
#> SRR1396967 2 0.9757 -0.28673 0.324 0.432 0.244
#> SRR665429 2 0.0237 0.69866 0.004 0.996 0.000
#> SRR1388025 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR600784 2 0.6307 -0.36923 0.488 0.512 0.000
#> SRR657611 1 0.6286 0.47610 0.536 0.464 0.000
#> SRR1333659 3 0.6927 0.75839 0.240 0.060 0.700
#> SRR1323896 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR1453971 2 0.7207 0.06261 0.384 0.584 0.032
#> SRR1421010 2 0.7658 0.06940 0.356 0.588 0.056
#> SRR1334490 3 0.5443 0.73147 0.260 0.004 0.736
#> SRR1309468 2 0.5591 0.38086 0.304 0.696 0.000
#> SRR1468637 3 0.0892 0.85394 0.020 0.000 0.980
#> SRR1365489 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 2 0.6168 -0.05782 0.412 0.588 0.000
#> SRR607863 2 0.9830 -0.29704 0.316 0.420 0.264
#> SRR1475524 3 0.0237 0.85323 0.004 0.000 0.996
#> SRR1405504 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR615695 2 0.4702 0.54418 0.212 0.788 0.000
#> SRR600900 2 0.1753 0.67342 0.048 0.952 0.000
#> SRR601477 2 0.0424 0.69704 0.008 0.992 0.000
#> SRR1487215 2 0.0592 0.69421 0.012 0.988 0.000
#> SRR1310797 2 0.3755 0.57003 0.120 0.872 0.008
#> SRR1362713 2 0.3941 0.60874 0.156 0.844 0.000
#> SRR1431385 2 0.5327 0.45075 0.272 0.728 0.000
#> SRR1379089 2 0.0237 0.69866 0.004 0.996 0.000
#> SRR1102079 1 0.9666 -0.00483 0.412 0.212 0.376
#> SRR1357210 2 0.5497 0.40696 0.292 0.708 0.000
#> SRR657659 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR663573 2 0.1289 0.69711 0.032 0.968 0.000
#> SRR603188 3 0.9980 0.09849 0.340 0.304 0.356
#> SRR1471200 2 0.0237 0.69887 0.004 0.996 0.000
#> SRR1310975 2 0.1529 0.67231 0.040 0.960 0.000
#> SRR627457 2 0.2537 0.67111 0.080 0.920 0.000
#> SRR1367654 3 0.9444 0.45172 0.380 0.180 0.440
#> SRR1488410 3 0.0237 0.85323 0.004 0.000 0.996
#> SRR1457750 2 0.3879 0.61295 0.152 0.848 0.000
#> SRR1099546 2 0.6244 -0.15136 0.440 0.560 0.000
#> SRR604480 2 0.0424 0.69688 0.008 0.992 0.000
#> SRR1390477 2 0.0237 0.69866 0.004 0.996 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0592 0.69940 0.012 0.988 0.000
#> SRR1409813 3 0.3918 0.83531 0.140 0.004 0.856
#> SRR612791 1 0.6235 0.50398 0.564 0.436 0.000
#> SRR1470580 2 0.5016 0.48729 0.240 0.760 0.000
#> SRR1444063 2 0.4555 0.56767 0.200 0.800 0.000
#> SRR1355578 2 0.4346 0.58283 0.184 0.816 0.000
#> SRR1429203 2 0.5098 0.51416 0.248 0.752 0.000
#> SRR599154 3 0.4978 0.81195 0.216 0.004 0.780
#> SRR814244 3 0.0892 0.85394 0.020 0.000 0.980
#> SRR1404123 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR656934 2 0.6267 -0.23492 0.452 0.548 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR1443677 2 0.5431 0.42623 0.284 0.716 0.000
#> SRR1406330 3 0.9969 -0.36416 0.308 0.320 0.372
#> SRR1338124 2 0.2496 0.67988 0.068 0.928 0.004
#> SRR1391376 1 0.6302 0.44015 0.520 0.480 0.000
#> SRR661842 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR1395699 1 0.8886 0.54400 0.516 0.352 0.132
#> SRR1312209 2 0.5058 0.49936 0.244 0.756 0.000
#> SRR1359469 2 0.5254 0.46429 0.264 0.736 0.000
#> SRR658885 3 0.2066 0.84933 0.060 0.000 0.940
#> SRR1414578 2 0.4654 0.54961 0.208 0.792 0.000
#> SRR603620 1 0.9870 0.05030 0.380 0.364 0.256
#> SRR604677 2 0.7958 -0.19809 0.392 0.544 0.064
#> SRR603800 2 0.0747 0.69903 0.016 0.984 0.000
#> SRR602058 2 0.9183 -0.17238 0.324 0.508 0.168
#> SRR817488 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 2 0.0592 0.69940 0.012 0.988 0.000
#> SRR1434821 2 0.0237 0.69887 0.004 0.996 0.000
#> SRR1349166 3 0.7124 0.73207 0.296 0.048 0.656
#> SRR615129 2 0.3551 0.63031 0.132 0.868 0.000
#> SRR607586 2 0.0237 0.69865 0.004 0.996 0.000
#> SRR602680 2 0.3983 0.53958 0.144 0.852 0.004
#> SRR1411070 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR663038 2 0.0424 0.69703 0.008 0.992 0.000
#> SRR1489416 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1479155 2 0.4842 0.53010 0.224 0.776 0.000
#> SRR662162 2 0.5560 0.39033 0.300 0.700 0.000
#> SRR1374567 2 0.6026 0.17942 0.376 0.624 0.000
#> SRR1434048 2 0.0424 0.69703 0.008 0.992 0.000
#> SRR2184865 2 0.0592 0.69968 0.012 0.988 0.000
#> SRR2170135 2 0.5560 0.39033 0.300 0.700 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0592 0.69940 0.012 0.988 0.000
#> SRR1370216 1 0.9956 0.35025 0.372 0.292 0.336
#> SRR662954 2 0.9757 -0.30639 0.380 0.392 0.228
#> SRR1375738 2 0.6126 0.03904 0.400 0.600 0.000
#> SRR1356577 2 0.1289 0.69602 0.032 0.968 0.000
#> SRR1073119 2 0.5560 0.39262 0.300 0.700 0.000
#> SRR663549 2 0.6126 0.03904 0.400 0.600 0.000
#> SRR1478015 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR811866 2 0.3619 0.62711 0.136 0.864 0.000
#> SRR1401101 2 0.7353 0.08648 0.316 0.632 0.052
#> SRR1477797 3 0.9058 0.37160 0.180 0.276 0.544
#> SRR1402986 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 2 0.3551 0.63297 0.132 0.868 0.000
#> SRR1419869 2 0.5926 0.22419 0.356 0.644 0.000
#> SRR1490700 2 0.3941 0.60874 0.156 0.844 0.000
#> SRR601723 2 0.4178 0.59508 0.172 0.828 0.000
#> SRR1384115 3 0.3851 0.83518 0.136 0.004 0.860
#> SRR1476927 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1387769 2 0.6126 0.03904 0.400 0.600 0.000
#> SRR1322595 3 0.0892 0.85394 0.020 0.000 0.980
#> SRR1370423 2 0.4233 0.61151 0.160 0.836 0.004
#> SRR1314976 2 0.2261 0.68273 0.068 0.932 0.000
#> SRR1319560 2 0.9858 -0.31979 0.372 0.376 0.252
#> SRR1352683 2 0.2261 0.68273 0.068 0.932 0.000
#> SRR1473800 2 0.4887 0.52250 0.228 0.772 0.000
#> SRR1326384 3 0.8212 0.53711 0.360 0.084 0.556
#> SRR1360807 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR1332544 3 0.0592 0.85430 0.012 0.000 0.988
#> SRR598695 2 0.6629 0.19634 0.360 0.624 0.016
#> SRR807824 2 0.2165 0.64975 0.064 0.936 0.000
#> SRR809296 1 0.8886 0.54400 0.516 0.352 0.132
#> SRR657927 1 0.6267 0.48818 0.548 0.452 0.000
#> SRR1440682 2 0.4164 0.53013 0.144 0.848 0.008
#> SRR1454415 2 0.4861 0.44284 0.192 0.800 0.008
#> SRR1419131 2 0.0892 0.69510 0.020 0.980 0.000
#> SRR1404293 2 0.3941 0.60874 0.156 0.844 0.000
#> SRR1473340 1 0.6286 0.46905 0.536 0.464 0.000
#> SRR1345563 3 0.0237 0.85323 0.004 0.000 0.996
#> SRR1323382 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 2 0.2400 0.65448 0.064 0.932 0.004
#> SRR1321808 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0747 0.69718 0.016 0.984 0.000
#> SRR1312558 2 0.3038 0.65660 0.104 0.896 0.000
#> SRR1417088 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1433027 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR662257 3 0.4293 0.82903 0.164 0.004 0.832
#> SRR600417 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR812493 3 0.1411 0.85303 0.036 0.000 0.964
#> SRR612743 2 0.6260 -0.23139 0.448 0.552 0.000
#> SRR1361345 2 0.4002 0.60491 0.160 0.840 0.000
#> SRR600584 2 0.0592 0.69940 0.012 0.988 0.000
#> SRR1310520 2 0.1031 0.69824 0.024 0.976 0.000
#> SRR1395595 3 0.4931 0.77220 0.212 0.004 0.784
#> SRR1334074 3 0.0237 0.85361 0.004 0.000 0.996
#> SRR654838 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 3 0.0237 0.85323 0.004 0.000 0.996
#> SRR1433841 2 0.4452 0.57004 0.192 0.808 0.000
#> SRR1366837 2 0.6140 0.01164 0.404 0.596 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 3 0.0237 0.85323 0.004 0.000 0.996
#> SRR1471050 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.3500 0.57888 0.116 0.880 0.004
#> SRR814703 2 0.5681 0.33376 0.236 0.748 0.016
#> SRR661937 2 0.0892 0.69927 0.020 0.980 0.000
#> SRR614359 1 0.6235 0.50398 0.564 0.436 0.000
#> SRR1071568 2 0.1163 0.69755 0.028 0.972 0.000
#> SRR1389084 1 0.6299 0.44811 0.524 0.476 0.000
#> SRR1337624 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1344400 2 0.1529 0.67269 0.040 0.960 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 3 0.8091 0.65472 0.348 0.080 0.572
#> SRR1098998 2 0.5363 0.44306 0.276 0.724 0.000
#> SRR1481279 2 0.5926 0.22419 0.356 0.644 0.000
#> SRR1315103 3 0.0237 0.85323 0.004 0.000 0.996
#> SRR1099286 2 0.4399 0.60408 0.188 0.812 0.000
#> SRR2166570 2 0.1753 0.69118 0.048 0.952 0.000
#> SRR601445 2 0.3941 0.61615 0.156 0.844 0.000
#> SRR1439719 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1377026 2 0.4164 0.53013 0.144 0.848 0.008
#> SRR1327386 2 0.4654 0.54981 0.208 0.792 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.3965 0.63375 0.132 0.860 0.008
#> SRR1469345 2 0.7250 0.01921 0.396 0.572 0.032
#> SRR1421462 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 3 0.0237 0.85361 0.004 0.000 0.996
#> SRR1339175 1 0.6286 0.46905 0.536 0.464 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.9977 -0.34090 0.348 0.352 0.300
#> SRR660800 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 3 0.1031 0.85307 0.024 0.000 0.976
#> SRR1342023 2 0.4702 0.54418 0.212 0.788 0.000
#> SRR1335670 2 0.5016 0.50677 0.240 0.760 0.000
#> SRR1400955 2 0.7353 0.08648 0.316 0.632 0.052
#> SRR1072150 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 2 0.5327 0.45075 0.272 0.728 0.000
#> SRR1364658 1 0.6286 0.46905 0.536 0.464 0.000
#> SRR1098074 3 0.1031 0.85307 0.024 0.000 0.976
#> SRR1442778 2 0.6625 0.32773 0.316 0.660 0.024
#> SRR1086728 3 0.4351 0.83076 0.168 0.004 0.828
#> SRR627464 2 0.2537 0.67111 0.080 0.920 0.000
#> SRR1409193 2 0.4842 0.52962 0.224 0.776 0.000
#> SRR2168286 2 0.1163 0.69697 0.028 0.972 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 2 0.8000 -0.23449 0.408 0.528 0.064
#> SRR1471989 3 0.0892 0.85250 0.020 0.000 0.980
#> SRR1468828 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1381934 2 0.5431 0.45721 0.284 0.716 0.000
#> SRR1471098 2 0.6180 -0.03096 0.416 0.584 0.000
#> SRR1314749 2 0.6192 -0.07889 0.420 0.580 0.000
#> SRR2166874 3 0.1289 0.85279 0.032 0.000 0.968
#> SRR821302 2 0.5733 0.33108 0.324 0.676 0.000
#> SRR1435066 2 0.3482 0.56403 0.128 0.872 0.000
#> SRR661601 2 0.5413 0.45048 0.164 0.800 0.036
#> SRR1446546 2 0.1163 0.69341 0.028 0.972 0.000
#> SRR1419784 3 0.0237 0.85361 0.004 0.000 0.996
#> SRR1357233 3 0.2066 0.85217 0.060 0.000 0.940
#> SRR1441889 2 0.5591 0.38086 0.304 0.696 0.000
#> SRR1413940 3 0.0237 0.85323 0.004 0.000 0.996
#> SRR1324250 2 0.1031 0.69219 0.024 0.976 0.000
#> SRR1442862 3 0.4931 0.81042 0.212 0.004 0.784
#> SRR662474 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1416226 2 0.6111 0.04830 0.396 0.604 0.000
#> SRR1417404 2 0.3412 0.64278 0.124 0.876 0.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 1 0.6299 0.44811 0.524 0.476 0.000
#> SRR1460025 2 0.1031 0.69819 0.024 0.976 0.000
#> SRR1408136 2 0.5178 0.48199 0.256 0.744 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 2 0.6126 0.02939 0.400 0.600 0.000
#> SRR1488429 3 0.8275 0.50996 0.296 0.108 0.596
#> SRR1087559 2 0.1860 0.68830 0.052 0.948 0.000
#> SRR817004 2 0.9458 -0.36194 0.368 0.448 0.184
#> SRR1429660 3 0.5536 0.79627 0.236 0.012 0.752
#> SRR604390 2 0.9865 -0.31983 0.324 0.408 0.268
#> SRR614936 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365938 2 0.3941 0.60874 0.156 0.844 0.000
#> SRR1437324 2 0.5327 0.45075 0.272 0.728 0.000
#> SRR613414 2 0.9412 -0.22153 0.336 0.476 0.188
#> SRR660414 2 0.1753 0.69118 0.048 0.952 0.000
#> SRR1452185 2 0.4974 0.51277 0.236 0.764 0.000
#> SRR1347020 2 0.6026 0.12385 0.376 0.624 0.000
#> SRR1398036 1 0.9947 -0.05461 0.380 0.328 0.292
#> SRR1436674 2 0.5058 0.49936 0.244 0.756 0.000
#> SRR603750 2 0.6168 -0.05782 0.412 0.588 0.000
#> SRR608630 2 0.9757 -0.30639 0.380 0.392 0.228
#> SRR655625 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR599059 2 0.2772 0.63617 0.080 0.916 0.004
#> SRR615189 2 0.2772 0.66976 0.080 0.916 0.004
#> SRR1466889 1 0.9974 -0.02133 0.360 0.340 0.300
#> SRR1084602 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR1335422 2 0.5733 0.33108 0.324 0.676 0.000
#> SRR1356805 2 0.9929 -0.32728 0.312 0.392 0.296
#> SRR1385300 2 0.8304 -0.28844 0.416 0.504 0.080
#> SRR654814 1 0.6286 0.47610 0.536 0.464 0.000
#> SRR658385 2 0.3482 0.56403 0.128 0.872 0.000
#> SRR820596 2 0.2261 0.68273 0.068 0.932 0.000
#> SRR1318118 2 0.4062 0.62466 0.164 0.836 0.000
#> SRR1480766 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1406539 2 0.6318 0.27760 0.356 0.636 0.008
#> SRR1341833 2 0.9820 -0.29362 0.312 0.424 0.264
#> SRR1441826 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR1448051 2 0.5058 0.49936 0.244 0.756 0.000
#> SRR1326752 1 0.7634 0.46570 0.524 0.432 0.044
#> SRR665217 1 0.8792 0.47508 0.456 0.432 0.112
#> SRR819186 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 1 0.9465 0.52880 0.472 0.332 0.196
#> SRR607166 2 0.0237 0.69989 0.004 0.996 0.000
#> SRR809065 2 0.0892 0.69889 0.020 0.980 0.000
#> SRR1415872 1 0.9906 -0.02900 0.388 0.340 0.272
#> SRR1415463 2 0.6244 -0.17563 0.440 0.560 0.000
#> SRR1381161 3 0.1411 0.85303 0.036 0.000 0.964
#> SRR1442231 2 0.3941 0.60874 0.156 0.844 0.000
#> SRR1374696 2 0.4974 0.51483 0.236 0.764 0.000
#> SRR1451988 2 0.6126 -0.01441 0.400 0.600 0.000
#> SRR660555 2 0.6629 0.19634 0.360 0.624 0.016
#> SRR657801 1 0.6286 0.47610 0.536 0.464 0.000
#> SRR663344 2 0.7344 0.20609 0.232 0.684 0.084
#> SRR1472462 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 2 0.5070 0.51073 0.224 0.772 0.004
#> SRR656886 2 0.1289 0.69648 0.032 0.968 0.000
#> SRR1498337 3 0.9058 0.37160 0.180 0.276 0.544
#> SRR613066 3 0.0237 0.85323 0.004 0.000 0.996
#> SRR1309490 2 0.5178 0.48199 0.256 0.744 0.000
#> SRR602492 1 0.9947 -0.05461 0.380 0.328 0.292
#> SRR1447347 2 0.5363 0.44998 0.276 0.724 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 2 0.4178 0.59508 0.172 0.828 0.000
#> SRR1434332 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1070358 3 0.9625 0.38230 0.388 0.204 0.408
#> SRR1345936 3 0.4291 0.81959 0.180 0.000 0.820
#> SRR665658 2 0.0424 0.69980 0.008 0.992 0.000
#> SRR1321351 2 0.0592 0.69940 0.012 0.988 0.000
#> SRR657880 2 0.2796 0.62875 0.092 0.908 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 2 0.9858 -0.31979 0.372 0.376 0.252
#> SRR660981 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR818499 2 0.5431 0.42623 0.284 0.716 0.000
#> SRR819658 2 0.7353 0.08648 0.316 0.632 0.052
#> SRR1376316 2 0.5178 0.50191 0.256 0.744 0.000
#> SRR1323723 2 0.0892 0.68893 0.020 0.980 0.000
#> SRR1476719 2 0.5058 0.49936 0.244 0.756 0.000
#> SRR1403478 2 0.3482 0.56403 0.128 0.872 0.000
#> SRR1095695 2 0.6308 -0.36933 0.492 0.508 0.000
#> SRR1352391 2 0.7446 0.28177 0.260 0.664 0.076
#> SRR1498813 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR627437 2 0.4555 0.55447 0.200 0.800 0.000
#> SRR2185097 2 0.5591 0.38527 0.304 0.696 0.000
#> SRR817166 3 0.9277 0.49154 0.328 0.176 0.496
#> SRR1091670 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR603776 1 0.9735 0.19199 0.440 0.244 0.316
#> SRR1479640 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR660152 2 0.6421 -0.00950 0.424 0.572 0.004
#> SRR1074769 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.2625 0.84742 0.084 0.000 0.916
#> SRR1359609 3 0.3295 0.83307 0.096 0.008 0.896
#> SRR601925 2 0.0237 0.69989 0.004 0.996 0.000
#> SRR2165182 2 0.4121 0.50427 0.168 0.832 0.000
#> SRR608542 1 0.9939 -0.10182 0.388 0.312 0.300
#> SRR655064 2 0.0592 0.69968 0.012 0.988 0.000
#> SRR1432430 2 0.5497 0.40285 0.292 0.708 0.000
#> SRR808472 2 0.1129 0.69896 0.020 0.976 0.004
#> SRR1414958 3 0.0892 0.85250 0.020 0.000 0.980
#> SRR598484 2 0.1163 0.69341 0.028 0.972 0.000
#> SRR612755 1 0.6244 0.50219 0.560 0.440 0.000
#> SRR1365808 2 0.4887 0.52250 0.228 0.772 0.000
#> SRR1391724 2 0.4178 0.59508 0.172 0.828 0.000
#> SRR1322373 1 0.6299 0.44811 0.524 0.476 0.000
#> SRR1489265 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1359099 2 0.3482 0.56403 0.128 0.872 0.000
#> SRR607279 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 2 0.2537 0.67111 0.080 0.920 0.000
#> SRR612887 2 0.7327 0.09683 0.312 0.636 0.052
#> SRR809807 3 0.1163 0.85258 0.028 0.000 0.972
#> SRR663112 2 0.1525 0.68930 0.032 0.964 0.004
#> SRR1346933 3 0.1289 0.85279 0.032 0.000 0.968
#> SRR1487910 2 0.5016 0.50520 0.240 0.760 0.000
#> SRR603092 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1417680 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1383785 2 0.5621 0.36685 0.308 0.692 0.000
#> SRR1070015 3 0.1031 0.85307 0.024 0.000 0.976
#> SRR1466222 2 0.5138 0.46682 0.252 0.748 0.000
#> SRR1416119 3 0.5443 0.73147 0.260 0.004 0.736
#> SRR819318 2 0.7958 -0.19809 0.392 0.544 0.064
#> SRR608288 2 0.0424 0.69991 0.008 0.992 0.000
#> SRR811121 3 0.8799 0.53867 0.300 0.144 0.556
#> SRR613138 2 0.0892 0.69023 0.020 0.980 0.000
#> SRR810483 2 0.6192 -0.02245 0.420 0.580 0.000
#> SRR607839 2 0.4887 0.52250 0.228 0.772 0.000
#> SRR1337031 2 0.7295 0.05500 0.380 0.584 0.036
#> SRR601311 2 0.4346 0.48057 0.184 0.816 0.000
#> SRR1406685 2 0.0424 0.69917 0.008 0.992 0.000
#> SRR1467500 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1308504 2 0.5621 0.37149 0.308 0.692 0.000
#> SRR1312865 3 0.9464 0.17183 0.404 0.180 0.416
#> SRR1312522 2 0.7169 -0.00444 0.404 0.568 0.028
#> SRR1490486 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.6307 0.41381 0.512 0.488 0.000
#> SRR1472885 2 0.5560 0.39033 0.300 0.700 0.000
#> SRR1098785 2 0.0237 0.69843 0.004 0.996 0.000
#> SRR1084766 2 0.1163 0.69697 0.028 0.972 0.000
#> SRR1102804 2 0.0424 0.69703 0.008 0.992 0.000
#> SRR1336636 2 0.6235 -0.16140 0.436 0.564 0.000
#> SRR1347795 3 0.0592 0.85430 0.012 0.000 0.988
#> SRR601900 2 0.4164 0.54251 0.144 0.848 0.008
#> SRR1330989 2 0.1031 0.69789 0.024 0.976 0.000
#> SRR658445 3 0.1031 0.85307 0.024 0.000 0.976
#> SRR1368754 2 0.8312 -0.01609 0.324 0.576 0.100
#> SRR1460001 2 0.0000 0.69938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 2 0.4796 0.53309 0.220 0.780 0.000
#> SRR1326249 1 0.8886 0.54400 0.516 0.352 0.132
#> SRR614948 3 0.0237 0.85323 0.004 0.000 0.996
#> SRR1472952 2 0.7059 -0.30082 0.460 0.520 0.020
#> SRR1321528 2 0.5178 0.48644 0.256 0.744 0.000
#> SRR627447 2 0.6307 -0.36923 0.488 0.512 0.000
#> SRR612239 2 0.3941 0.60830 0.156 0.844 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 1 0.5140 0.5462 0.760 0.096 0.000 0.144
#> SRR603858 2 0.8212 -0.2192 0.344 0.464 0.040 0.152
#> SRR817070 2 0.1174 0.8230 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1486995 1 0.8559 0.1920 0.480 0.104 0.104 0.312
#> SRR813043 2 0.0376 0.8221 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR656874 2 0.3862 0.6638 0.024 0.824 0.000 0.152
#> SRR659037 3 0.4560 0.6318 0.004 0.000 0.700 0.296
#> SRR662031 1 0.5990 0.7188 0.608 0.336 0.000 0.056
#> SRR1081283 2 0.1624 0.8187 0.028 0.952 0.000 0.020
#> SRR1481036 1 0.6182 0.7194 0.636 0.276 0.000 0.088
#> SRR1434009 3 0.5070 0.5948 0.000 0.004 0.580 0.416
#> SRR1376676 1 0.5352 0.6493 0.596 0.388 0.000 0.016
#> SRR1396967 4 0.8203 0.5797 0.064 0.376 0.104 0.456
#> SRR665429 2 0.0657 0.8212 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1388025 2 0.2521 0.8047 0.064 0.912 0.000 0.024
#> SRR600784 1 0.6231 0.5922 0.668 0.184 0.000 0.148
#> SRR657611 1 0.5452 0.5344 0.736 0.108 0.000 0.156
#> SRR1333659 3 0.6484 0.3926 0.004 0.060 0.504 0.432
#> SRR1323896 2 0.1356 0.8187 0.032 0.960 0.000 0.008
#> SRR1453971 1 0.7454 0.6240 0.568 0.276 0.024 0.132
#> SRR1421010 1 0.7687 0.6431 0.564 0.264 0.036 0.136
#> SRR1334490 3 0.6654 0.5727 0.116 0.000 0.588 0.296
#> SRR1309468 1 0.5069 0.7187 0.664 0.320 0.000 0.016
#> SRR1468637 3 0.1716 0.7608 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1365489 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR627445 1 0.6621 0.6274 0.616 0.244 0.000 0.140
#> SRR607863 4 0.7697 0.6292 0.028 0.388 0.112 0.472
#> SRR1475524 3 0.0592 0.7741 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1405504 2 0.1356 0.8187 0.032 0.960 0.000 0.008
#> SRR615695 1 0.5290 0.6253 0.584 0.404 0.000 0.012
#> SRR600900 2 0.3667 0.7756 0.088 0.856 0.000 0.056
#> SRR601477 2 0.0672 0.8216 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1487215 2 0.0804 0.8206 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1310797 2 0.3575 0.7051 0.020 0.852 0.004 0.124
#> SRR1362713 2 0.5231 0.0228 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR1431385 1 0.5306 0.6971 0.632 0.348 0.000 0.020
#> SRR1379089 2 0.0376 0.8221 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1102079 4 0.9093 0.1544 0.268 0.080 0.236 0.416
#> SRR1357210 1 0.5110 0.7174 0.656 0.328 0.000 0.016
#> SRR657659 2 0.1356 0.8187 0.032 0.960 0.000 0.008
#> SRR663573 2 0.2635 0.7930 0.076 0.904 0.000 0.020
#> SRR603188 4 0.7976 0.6011 0.032 0.272 0.172 0.524
#> SRR1471200 2 0.0524 0.8222 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1310975 2 0.1677 0.8043 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR627457 2 0.4927 0.4518 0.264 0.712 0.000 0.024
#> SRR1367654 4 0.7221 0.4063 0.016 0.160 0.224 0.600
#> SRR1488410 3 0.0592 0.7738 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1457750 2 0.5159 0.1168 0.364 0.624 0.000 0.012
#> SRR1099546 1 0.5889 0.7017 0.688 0.212 0.000 0.100
#> SRR604480 2 0.0672 0.8215 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1390477 2 0.0376 0.8221 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1458447 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.1059 0.8233 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1409813 3 0.4920 0.6458 0.000 0.004 0.628 0.368
#> SRR612791 1 0.4614 0.5179 0.792 0.064 0.000 0.144
#> SRR1470580 2 0.6356 0.1503 0.320 0.596 0.000 0.084
#> SRR1444063 2 0.5352 -0.0392 0.388 0.596 0.000 0.016
#> SRR1355578 1 0.5600 0.4650 0.512 0.468 0.000 0.020
#> SRR1429203 1 0.5587 0.6494 0.600 0.372 0.000 0.028
#> SRR599154 3 0.5119 0.5708 0.000 0.004 0.556 0.440
#> SRR814244 3 0.1716 0.7608 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1404123 2 0.0927 0.8152 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR656934 1 0.5594 0.6506 0.720 0.180 0.000 0.100
#> SRR1339029 2 0.0469 0.8222 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR821525 2 0.2596 0.8039 0.068 0.908 0.000 0.024
#> SRR1443677 1 0.5110 0.7120 0.656 0.328 0.000 0.016
#> SRR1406330 1 0.9362 0.0662 0.356 0.168 0.348 0.128
#> SRR1338124 2 0.4181 0.7475 0.128 0.820 0.000 0.052
#> SRR1391376 1 0.5581 0.5978 0.728 0.132 0.000 0.140
#> SRR661842 2 0.2596 0.8039 0.068 0.908 0.000 0.024
#> SRR1395699 1 0.8007 0.3298 0.536 0.108 0.064 0.292
#> SRR1312209 1 0.5193 0.6141 0.580 0.412 0.000 0.008
#> SRR1359469 1 0.5093 0.6941 0.640 0.348 0.000 0.012
#> SRR658885 3 0.4353 0.7358 0.012 0.000 0.756 0.232
#> SRR1414578 1 0.5353 0.5708 0.556 0.432 0.000 0.012
#> SRR603620 4 0.7751 0.6316 0.024 0.328 0.140 0.508
#> SRR604677 1 0.7951 0.6167 0.548 0.244 0.040 0.168
#> SRR603800 2 0.1545 0.8180 0.040 0.952 0.000 0.008
#> SRR602058 2 0.7342 -0.4483 0.032 0.472 0.072 0.424
#> SRR817488 2 0.0469 0.8236 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR655601 2 0.1059 0.8233 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1434821 2 0.0524 0.8222 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1349166 4 0.6413 -0.3402 0.016 0.036 0.428 0.520
#> SRR615129 2 0.5038 0.2373 0.336 0.652 0.000 0.012
#> SRR607586 2 0.0524 0.8218 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR602680 2 0.3760 0.6914 0.028 0.836 0.000 0.136
#> SRR1411070 2 0.1297 0.8211 0.016 0.964 0.000 0.020
#> SRR663038 2 0.0469 0.8196 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1489416 2 0.0469 0.8205 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1479155 1 0.5498 0.6325 0.576 0.404 0.000 0.020
#> SRR662162 1 0.4957 0.7175 0.668 0.320 0.000 0.012
#> SRR1374567 1 0.6316 0.7239 0.612 0.300 0.000 0.088
#> SRR1434048 2 0.0657 0.8182 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR2184865 2 0.2623 0.8099 0.064 0.908 0.000 0.028
#> SRR2170135 1 0.4957 0.7175 0.668 0.320 0.000 0.012
#> SRR615551 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.1059 0.8233 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1370216 1 0.9229 -0.1243 0.368 0.100 0.188 0.344
#> SRR662954 4 0.7941 0.6296 0.040 0.352 0.120 0.488
#> SRR1375738 1 0.6206 0.7247 0.632 0.280 0.000 0.088
#> SRR1356577 2 0.3219 0.7708 0.112 0.868 0.000 0.020
#> SRR1073119 1 0.5673 0.6894 0.596 0.372 0.000 0.032
#> SRR663549 1 0.6206 0.7247 0.632 0.280 0.000 0.088
#> SRR1478015 2 0.0524 0.8205 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR600632 2 0.0592 0.8225 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR811866 2 0.5378 -0.2536 0.448 0.540 0.000 0.012
#> SRR1401101 2 0.5797 0.0508 0.020 0.604 0.012 0.364
#> SRR1477797 3 0.8196 -0.3552 0.012 0.260 0.396 0.332
#> SRR1402986 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR658897 2 0.5237 0.1710 0.356 0.628 0.000 0.016
#> SRR1419869 1 0.5906 0.7368 0.644 0.292 0.000 0.064
#> SRR1490700 2 0.5300 -0.0824 0.408 0.580 0.000 0.012
#> SRR601723 2 0.5955 0.2464 0.328 0.616 0.000 0.056
#> SRR1384115 3 0.4855 0.6545 0.000 0.004 0.644 0.352
#> SRR1476927 2 0.0469 0.8205 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1387769 1 0.6206 0.7247 0.632 0.280 0.000 0.088
#> SRR1322595 3 0.1716 0.7608 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1370423 2 0.5520 0.5182 0.244 0.696 0.000 0.060
#> SRR1314976 2 0.4139 0.7056 0.176 0.800 0.000 0.024
#> SRR1319560 4 0.7941 0.6335 0.032 0.336 0.140 0.492
#> SRR1352683 2 0.4095 0.7108 0.172 0.804 0.000 0.024
#> SRR1473800 1 0.5352 0.6493 0.596 0.388 0.000 0.016
#> SRR1326384 3 0.8116 0.2574 0.188 0.020 0.416 0.376
#> SRR1360807 2 0.2845 0.8009 0.076 0.896 0.000 0.028
#> SRR1332544 3 0.0817 0.7751 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR598695 1 0.6432 0.7001 0.652 0.248 0.012 0.088
#> SRR807824 2 0.2578 0.7848 0.036 0.912 0.000 0.052
#> SRR809296 1 0.8007 0.3298 0.536 0.108 0.064 0.292
#> SRR657927 1 0.5140 0.5462 0.760 0.096 0.000 0.144
#> SRR1440682 2 0.3806 0.6623 0.020 0.824 0.000 0.156
#> SRR1454415 2 0.4284 0.5856 0.020 0.780 0.000 0.200
#> SRR1419131 2 0.3013 0.7943 0.080 0.888 0.000 0.032
#> SRR1404293 2 0.5329 -0.1426 0.420 0.568 0.000 0.012
#> SRR1473340 1 0.5624 0.6030 0.724 0.128 0.000 0.148
#> SRR1345563 3 0.0592 0.7738 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1323382 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1480697 2 0.4276 0.7541 0.096 0.828 0.004 0.072
#> SRR1321808 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.2521 0.8036 0.064 0.912 0.000 0.024
#> SRR1312558 2 0.4630 0.4785 0.252 0.732 0.000 0.016
#> SRR1417088 2 0.0804 0.8206 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1433027 2 0.0469 0.8205 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662257 3 0.4854 0.6738 0.004 0.004 0.676 0.316
#> SRR600417 2 0.1929 0.8132 0.036 0.940 0.000 0.024
#> SRR812493 3 0.3052 0.7415 0.004 0.000 0.860 0.136
#> SRR612743 1 0.6523 0.6223 0.628 0.236 0.000 0.136
#> SRR1361345 2 0.5497 -0.3096 0.460 0.524 0.000 0.016
#> SRR600584 2 0.1174 0.8230 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1310520 2 0.2813 0.7969 0.080 0.896 0.000 0.024
#> SRR1395595 3 0.6261 0.6193 0.080 0.000 0.608 0.312
#> SRR1334074 3 0.2081 0.7739 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR654838 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1376694 3 0.0000 0.7739 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.5150 -0.0551 0.396 0.596 0.000 0.008
#> SRR1366837 1 0.6138 0.7202 0.648 0.260 0.000 0.092
#> SRR1467479 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1459055 3 0.0592 0.7738 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1471050 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.3509 0.7232 0.024 0.860 0.004 0.112
#> SRR814703 2 0.4807 0.4588 0.024 0.728 0.000 0.248
#> SRR661937 2 0.1888 0.8107 0.044 0.940 0.000 0.016
#> SRR614359 1 0.4686 0.5240 0.788 0.068 0.000 0.144
#> SRR1071568 2 0.2282 0.8056 0.052 0.924 0.000 0.024
#> SRR1389084 1 0.6119 0.6267 0.680 0.152 0.000 0.168
#> SRR1337624 2 0.1059 0.8233 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1344400 2 0.1706 0.8056 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1414290 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1413644 4 0.6790 -0.0802 0.016 0.068 0.356 0.560
#> SRR1098998 1 0.5075 0.7022 0.644 0.344 0.000 0.012
#> SRR1481279 1 0.5906 0.7368 0.644 0.292 0.000 0.064
#> SRR1315103 3 0.0592 0.7738 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1099286 2 0.6068 -0.2663 0.448 0.508 0.000 0.044
#> SRR2166570 2 0.3160 0.7622 0.108 0.872 0.000 0.020
#> SRR601445 2 0.5506 -0.3519 0.472 0.512 0.000 0.016
#> SRR1439719 2 0.0469 0.8205 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1377026 2 0.3806 0.6623 0.020 0.824 0.000 0.156
#> SRR1327386 1 0.5345 0.5780 0.560 0.428 0.000 0.012
#> SRR654826 2 0.0469 0.8222 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.6224 0.4855 0.244 0.664 0.008 0.084
#> SRR1469345 1 0.7159 0.6566 0.600 0.256 0.020 0.124
#> SRR1421462 2 0.0469 0.8236 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.2081 0.7739 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1339175 1 0.5578 0.6047 0.728 0.128 0.000 0.144
#> SRR1447736 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1434671 4 0.7636 0.6400 0.016 0.328 0.148 0.508
#> SRR660800 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1465543 3 0.3024 0.7606 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1342023 1 0.5320 0.6052 0.572 0.416 0.000 0.012
#> SRR1335670 1 0.5172 0.6326 0.588 0.404 0.000 0.008
#> SRR1400955 2 0.5797 0.0508 0.020 0.604 0.012 0.364
#> SRR1072150 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.5289 0.7002 0.636 0.344 0.000 0.020
#> SRR1364658 1 0.5578 0.6047 0.728 0.128 0.000 0.144
#> SRR1098074 3 0.3024 0.7606 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1442778 1 0.6575 0.7014 0.612 0.304 0.016 0.068
#> SRR1086728 3 0.5498 0.6488 0.020 0.004 0.624 0.352
#> SRR627464 2 0.4927 0.4518 0.264 0.712 0.000 0.024
#> SRR1409193 1 0.5263 0.5424 0.544 0.448 0.000 0.008
#> SRR2168286 2 0.2522 0.7834 0.076 0.908 0.000 0.016
#> SRR615539 2 0.0779 0.8234 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR663623 1 0.7978 0.5934 0.548 0.232 0.040 0.180
#> SRR1471989 3 0.2921 0.7598 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1468828 2 0.1059 0.8233 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1381934 1 0.5496 0.6581 0.604 0.372 0.000 0.024
#> SRR1471098 1 0.5880 0.7213 0.680 0.232 0.000 0.088
#> SRR1314749 1 0.6167 0.7139 0.652 0.248 0.000 0.100
#> SRR2166874 3 0.2149 0.7526 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR821302 1 0.5453 0.7325 0.660 0.304 0.000 0.036
#> SRR1435066 2 0.3427 0.7187 0.028 0.860 0.000 0.112
#> SRR661601 2 0.4587 0.5923 0.028 0.776 0.004 0.192
#> SRR1446546 2 0.3243 0.7826 0.088 0.876 0.000 0.036
#> SRR1419784 3 0.2081 0.7739 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1357233 3 0.3870 0.7515 0.004 0.000 0.788 0.208
#> SRR1441889 1 0.5047 0.7206 0.668 0.316 0.000 0.016
#> SRR1413940 3 0.0592 0.7738 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1324250 2 0.3176 0.7854 0.084 0.880 0.000 0.036
#> SRR1442862 3 0.5126 0.5588 0.000 0.004 0.552 0.444
#> SRR662474 2 0.0937 0.8190 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1416226 1 0.6252 0.7210 0.624 0.288 0.000 0.088
#> SRR1417404 2 0.5851 0.5204 0.236 0.680 0.000 0.084
#> SRR665466 2 0.0376 0.8207 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR658849 1 0.6119 0.6267 0.680 0.152 0.000 0.168
#> SRR1460025 2 0.1929 0.8141 0.036 0.940 0.000 0.024
#> SRR1408136 1 0.5189 0.6776 0.616 0.372 0.000 0.012
#> SRR1489995 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.6182 0.7194 0.636 0.276 0.000 0.088
#> SRR1488429 3 0.8442 0.2694 0.172 0.044 0.432 0.352
#> SRR1087559 2 0.3806 0.7286 0.156 0.824 0.000 0.020
#> SRR817004 1 0.9279 0.2810 0.440 0.212 0.128 0.220
#> SRR1429660 3 0.5399 0.5085 0.000 0.012 0.520 0.468
#> SRR604390 4 0.8308 0.5787 0.064 0.364 0.116 0.456
#> SRR614936 2 0.1042 0.8237 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1365938 2 0.5217 0.0432 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR1437324 1 0.5306 0.6971 0.632 0.348 0.000 0.020
#> SRR613414 2 0.7976 -0.5435 0.052 0.428 0.096 0.424
#> SRR660414 2 0.3160 0.7622 0.108 0.872 0.000 0.020
#> SRR1452185 1 0.5204 0.6659 0.612 0.376 0.000 0.012
#> SRR1347020 1 0.6071 0.7155 0.612 0.324 0.000 0.064
#> SRR1398036 4 0.7701 0.6139 0.028 0.292 0.140 0.540
#> SRR1436674 1 0.5138 0.6450 0.600 0.392 0.000 0.008
#> SRR603750 1 0.6621 0.6274 0.616 0.244 0.000 0.140
#> SRR608630 4 0.7941 0.6296 0.040 0.352 0.120 0.488
#> SRR655625 2 0.1929 0.8132 0.036 0.940 0.000 0.024
#> SRR599059 2 0.3764 0.7478 0.076 0.852 0.000 0.072
#> SRR615189 2 0.3490 0.6774 0.156 0.836 0.004 0.004
#> SRR1466889 4 0.7666 0.6338 0.016 0.316 0.156 0.512
#> SRR1084602 2 0.2845 0.8009 0.076 0.896 0.000 0.028
#> SRR1335422 1 0.5453 0.7325 0.660 0.304 0.000 0.036
#> SRR1356805 4 0.7828 0.6261 0.020 0.368 0.148 0.464
#> SRR1385300 1 0.8605 0.4800 0.472 0.268 0.056 0.204
#> SRR654814 1 0.5452 0.5344 0.736 0.108 0.000 0.156
#> SRR658385 2 0.3427 0.7187 0.028 0.860 0.000 0.112
#> SRR820596 2 0.4139 0.7056 0.176 0.800 0.000 0.024
#> SRR1318118 2 0.5888 -0.1331 0.424 0.540 0.000 0.036
#> SRR1480766 2 0.0657 0.8217 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1406539 1 0.7319 0.4628 0.432 0.432 0.004 0.132
#> SRR1341833 4 0.7535 0.6238 0.020 0.396 0.112 0.472
#> SRR1441826 2 0.2596 0.8039 0.068 0.908 0.000 0.024
#> SRR1448051 1 0.5125 0.6509 0.604 0.388 0.000 0.008
#> SRR1326752 1 0.7430 0.5258 0.564 0.184 0.012 0.240
#> SRR665217 1 0.8289 0.3576 0.504 0.172 0.048 0.276
#> SRR819186 2 0.0592 0.8228 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR661517 1 0.8559 0.1920 0.480 0.104 0.104 0.312
#> SRR607166 2 0.0921 0.8237 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR809065 2 0.2376 0.8029 0.068 0.916 0.000 0.016
#> SRR1415872 4 0.7300 0.6452 0.016 0.312 0.120 0.552
#> SRR1415463 1 0.6095 0.6952 0.668 0.224 0.000 0.108
#> SRR1381161 3 0.3052 0.7415 0.004 0.000 0.860 0.136
#> SRR1442231 2 0.5217 0.0432 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR1374696 1 0.5257 0.5413 0.548 0.444 0.000 0.008
#> SRR1451988 1 0.6882 0.6525 0.548 0.328 0.000 0.124
#> SRR660555 1 0.6432 0.7001 0.652 0.248 0.012 0.088
#> SRR657801 1 0.5220 0.5336 0.752 0.092 0.000 0.156
#> SRR663344 2 0.6067 0.2533 0.020 0.656 0.040 0.284
#> SRR1472462 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1406176 2 0.5972 0.2662 0.304 0.632 0.000 0.064
#> SRR656886 2 0.2363 0.8043 0.056 0.920 0.000 0.024
#> SRR1498337 3 0.8196 -0.3552 0.012 0.260 0.396 0.332
#> SRR613066 3 0.0592 0.7741 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1309490 1 0.5189 0.6776 0.616 0.372 0.000 0.012
#> SRR602492 4 0.7701 0.6139 0.028 0.292 0.140 0.540
#> SRR1447347 1 0.5376 0.6516 0.588 0.396 0.000 0.016
#> SRR1475546 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR627459 2 0.6007 0.2006 0.340 0.604 0.000 0.056
#> SRR1434332 2 0.0657 0.8217 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1070358 4 0.7123 0.4737 0.016 0.180 0.188 0.616
#> SRR1345936 3 0.4560 0.6318 0.004 0.000 0.700 0.296
#> SRR665658 2 0.0921 0.8199 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.1174 0.8230 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR657880 2 0.4163 0.7249 0.096 0.828 0.000 0.076
#> SRR1373903 2 0.0672 0.8229 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR657396 4 0.7941 0.6335 0.032 0.336 0.140 0.492
#> SRR660981 2 0.0469 0.8205 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR818499 1 0.5130 0.7087 0.652 0.332 0.000 0.016
#> SRR819658 2 0.5797 0.0508 0.020 0.604 0.012 0.364
#> SRR1376316 1 0.5600 0.6424 0.596 0.376 0.000 0.028
#> SRR1323723 2 0.1182 0.8151 0.016 0.968 0.000 0.016
#> SRR1476719 1 0.5193 0.6141 0.580 0.412 0.000 0.008
#> SRR1403478 2 0.3427 0.7187 0.028 0.860 0.000 0.112
#> SRR1095695 1 0.6110 0.6542 0.680 0.176 0.000 0.144
#> SRR1352391 2 0.8243 -0.2731 0.388 0.424 0.040 0.148
#> SRR1498813 2 0.2443 0.8074 0.060 0.916 0.000 0.024
#> SRR627437 2 0.6595 -0.2404 0.428 0.492 0.000 0.080
#> SRR2185097 1 0.5990 0.7188 0.608 0.336 0.000 0.056
#> SRR817166 4 0.8222 0.2670 0.040 0.164 0.312 0.484
#> SRR1091670 2 0.0524 0.8205 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR603776 4 0.9139 0.2173 0.316 0.092 0.192 0.400
#> SRR1479640 2 0.0524 0.8208 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR660152 1 0.6873 0.6628 0.580 0.272 0.000 0.148
#> SRR1074769 2 0.0469 0.8225 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0376 0.8207 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1392502 3 0.4539 0.7245 0.008 0.000 0.720 0.272
#> SRR1359609 3 0.3366 0.7395 0.020 0.008 0.872 0.100
#> SRR601925 2 0.0707 0.8230 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.3862 0.6638 0.024 0.824 0.000 0.152
#> SRR608542 4 0.7634 0.6045 0.024 0.280 0.148 0.548
#> SRR655064 2 0.2623 0.8099 0.064 0.908 0.000 0.028
#> SRR1432430 1 0.6158 0.6629 0.560 0.384 0.000 0.056
#> SRR808472 2 0.1892 0.8147 0.036 0.944 0.004 0.016
#> SRR1414958 3 0.2921 0.7598 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR598484 2 0.3243 0.7826 0.088 0.876 0.000 0.036
#> SRR612755 1 0.4735 0.5150 0.784 0.068 0.000 0.148
#> SRR1365808 1 0.5352 0.6493 0.596 0.388 0.000 0.016
#> SRR1391724 2 0.5990 0.2156 0.336 0.608 0.000 0.056
#> SRR1322373 1 0.6119 0.6267 0.680 0.152 0.000 0.168
#> SRR1489265 2 0.0672 0.8197 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1359099 2 0.3427 0.7187 0.028 0.860 0.000 0.112
#> SRR607279 2 0.1356 0.8187 0.032 0.960 0.000 0.008
#> SRR810461 2 0.0592 0.8239 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR627427 2 0.4927 0.4518 0.264 0.712 0.000 0.024
#> SRR612887 2 0.5863 0.0657 0.024 0.608 0.012 0.356
#> SRR809807 3 0.3668 0.7486 0.004 0.000 0.808 0.188
#> SRR663112 2 0.3634 0.7706 0.096 0.856 0.000 0.048
#> SRR1346933 3 0.2149 0.7526 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1487910 1 0.5112 0.6554 0.608 0.384 0.000 0.008
#> SRR603092 2 0.1624 0.8187 0.028 0.952 0.000 0.020
#> SRR1417680 2 0.0657 0.8217 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1383785 1 0.5762 0.7097 0.608 0.352 0.000 0.040
#> SRR1070015 3 0.3024 0.7606 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1466222 2 0.6374 0.0951 0.324 0.592 0.000 0.084
#> SRR1416119 3 0.6654 0.5727 0.116 0.000 0.588 0.296
#> SRR819318 1 0.7951 0.6167 0.548 0.244 0.040 0.168
#> SRR608288 2 0.1004 0.8206 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR811121 4 0.7543 0.1816 0.020 0.128 0.328 0.524
#> SRR613138 2 0.1042 0.8190 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR810483 1 0.6140 0.7122 0.652 0.252 0.000 0.096
#> SRR607839 1 0.5352 0.6493 0.596 0.388 0.000 0.016
#> SRR1337031 1 0.7088 0.6769 0.612 0.252 0.024 0.112
#> SRR601311 2 0.5436 0.5846 0.092 0.732 0.000 0.176
#> SRR1406685 2 0.2443 0.8074 0.060 0.916 0.000 0.024
#> SRR1467500 2 0.0937 0.8218 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1308504 1 0.5026 0.7227 0.672 0.312 0.000 0.016
#> SRR1312865 4 0.8717 0.0911 0.212 0.072 0.232 0.484
#> SRR1312522 1 0.7627 0.5767 0.500 0.312 0.008 0.180
#> SRR1490486 2 0.0336 0.8219 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.6121 0.6399 0.680 0.164 0.000 0.156
#> SRR1472885 1 0.4978 0.7155 0.664 0.324 0.000 0.012
#> SRR1098785 2 0.0672 0.8197 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1084766 2 0.2522 0.7834 0.076 0.908 0.000 0.016
#> SRR1102804 2 0.0657 0.8182 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1336636 1 0.6248 0.7003 0.644 0.252 0.000 0.104
#> SRR1347795 3 0.0817 0.7751 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR601900 2 0.4440 0.6712 0.060 0.804 0.000 0.136
#> SRR1330989 2 0.2300 0.8000 0.064 0.920 0.000 0.016
#> SRR658445 3 0.3024 0.7606 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1368754 1 0.8730 0.4062 0.432 0.320 0.060 0.188
#> SRR1460001 2 0.0336 0.8231 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.5268 0.6370 0.592 0.396 0.000 0.012
#> SRR1326249 1 0.8007 0.3298 0.536 0.108 0.064 0.292
#> SRR614948 3 0.0592 0.7741 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1472952 1 0.6768 0.6632 0.620 0.228 0.004 0.148
#> SRR1321528 1 0.5417 0.6254 0.572 0.412 0.000 0.016
#> SRR627447 1 0.6231 0.5922 0.668 0.184 0.000 0.148
#> SRR612239 2 0.5966 0.4386 0.280 0.648 0.000 0.072
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 1 0.5349 -0.6729 0.516 0.036 0.440 0.008 0.000
#> SRR603858 1 0.8410 0.2020 0.392 0.340 0.092 0.136 0.040
#> SRR817070 2 0.1405 0.8333 0.016 0.956 0.020 0.008 0.000
#> SRR1486995 1 0.8103 -0.2954 0.376 0.040 0.216 0.336 0.032
#> SRR813043 2 0.0613 0.8326 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR656874 2 0.3678 0.6982 0.008 0.804 0.020 0.168 0.000
#> SRR659037 5 0.5116 0.5477 0.004 0.000 0.052 0.304 0.640
#> SRR662031 1 0.5491 0.5075 0.688 0.204 0.080 0.028 0.000
#> SRR1081283 2 0.2409 0.8204 0.016 0.912 0.044 0.028 0.000
#> SRR1481036 1 0.6474 0.2315 0.576 0.196 0.208 0.020 0.000
#> SRR1434009 4 0.5040 -0.3713 0.000 0.004 0.024 0.516 0.456
#> SRR1376676 1 0.3966 0.5284 0.756 0.224 0.012 0.008 0.000
#> SRR1396967 4 0.7465 0.4851 0.028 0.324 0.092 0.496 0.060
#> SRR665429 2 0.0854 0.8321 0.004 0.976 0.008 0.012 0.000
#> SRR1388025 2 0.3699 0.7753 0.032 0.836 0.104 0.028 0.000
#> SRR600784 3 0.6040 0.7425 0.404 0.092 0.496 0.008 0.000
#> SRR657611 3 0.5246 0.7294 0.440 0.020 0.524 0.016 0.000
#> SRR1333659 4 0.6301 -0.1531 0.004 0.056 0.036 0.508 0.396
#> SRR1323896 2 0.2727 0.8071 0.020 0.888 0.080 0.012 0.000
#> SRR1453971 1 0.6659 0.2445 0.648 0.112 0.096 0.132 0.012
#> SRR1421010 1 0.6401 0.2729 0.668 0.100 0.080 0.140 0.012
#> SRR1334490 5 0.6829 0.4333 0.060 0.000 0.092 0.340 0.508
#> SRR1309468 1 0.4305 0.4969 0.768 0.176 0.048 0.008 0.000
#> SRR1468637 5 0.2423 0.7387 0.000 0.000 0.024 0.080 0.896
#> SRR1365489 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.6683 0.6520 0.392 0.136 0.452 0.020 0.000
#> SRR607863 4 0.6326 0.5257 0.008 0.360 0.032 0.540 0.060
#> SRR1475524 5 0.1012 0.7580 0.000 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR1405504 2 0.2727 0.8071 0.020 0.888 0.080 0.012 0.000
#> SRR615695 1 0.3905 0.5265 0.752 0.232 0.012 0.004 0.000
#> SRR600900 2 0.5012 0.7053 0.036 0.752 0.124 0.088 0.000
#> SRR601477 2 0.0932 0.8306 0.020 0.972 0.004 0.004 0.000
#> SRR1487215 2 0.0912 0.8305 0.016 0.972 0.000 0.012 0.000
#> SRR1310797 2 0.3497 0.7336 0.012 0.828 0.020 0.140 0.000
#> SRR1362713 1 0.5075 0.3456 0.512 0.460 0.020 0.008 0.000
#> SRR1431385 1 0.4072 0.5202 0.772 0.192 0.028 0.008 0.000
#> SRR1379089 2 0.0613 0.8326 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR1102079 4 0.8618 0.1833 0.152 0.028 0.228 0.424 0.168
#> SRR1357210 1 0.4341 0.5008 0.764 0.180 0.048 0.008 0.000
#> SRR657659 2 0.2666 0.8098 0.020 0.892 0.076 0.012 0.000
#> SRR663573 2 0.3120 0.8109 0.064 0.876 0.032 0.028 0.000
#> SRR603188 4 0.6840 0.5159 0.012 0.244 0.040 0.580 0.124
#> SRR1471200 2 0.0798 0.8322 0.016 0.976 0.000 0.008 0.000
#> SRR1310975 2 0.1808 0.8177 0.020 0.936 0.004 0.040 0.000
#> SRR627457 2 0.5705 0.2919 0.300 0.604 0.088 0.008 0.000
#> SRR1367654 4 0.6164 0.4236 0.008 0.148 0.032 0.660 0.152
#> SRR1488410 5 0.0798 0.7577 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1457750 2 0.4913 -0.2517 0.484 0.496 0.012 0.008 0.000
#> SRR1099546 1 0.6169 0.1772 0.648 0.120 0.184 0.048 0.000
#> SRR604480 2 0.0932 0.8305 0.020 0.972 0.004 0.004 0.000
#> SRR1390477 2 0.0613 0.8326 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR1458447 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.1306 0.8331 0.016 0.960 0.016 0.008 0.000
#> SRR1409813 5 0.4883 0.4450 0.000 0.004 0.016 0.464 0.516
#> SRR612791 1 0.4981 -0.6618 0.536 0.012 0.440 0.012 0.000
#> SRR1470580 2 0.6986 0.1749 0.188 0.528 0.244 0.040 0.000
#> SRR1444063 1 0.4902 0.3537 0.520 0.460 0.012 0.008 0.000
#> SRR1355578 1 0.4820 0.4777 0.664 0.300 0.024 0.012 0.000
#> SRR1429203 1 0.4667 0.5079 0.748 0.188 0.036 0.028 0.000
#> SRR599154 4 0.5229 -0.3295 0.000 0.004 0.036 0.528 0.432
#> SRR814244 5 0.2423 0.7387 0.000 0.000 0.024 0.080 0.896
#> SRR1404123 2 0.1412 0.8241 0.004 0.952 0.036 0.008 0.000
#> SRR656934 1 0.6682 -0.3048 0.528 0.120 0.316 0.036 0.000
#> SRR1339029 2 0.0609 0.8310 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR821525 2 0.3779 0.7741 0.036 0.832 0.104 0.028 0.000
#> SRR1443677 1 0.3891 0.5043 0.792 0.172 0.028 0.008 0.000
#> SRR1406330 1 0.8010 -0.1079 0.452 0.056 0.052 0.116 0.324
#> SRR1338124 2 0.5516 0.6925 0.080 0.724 0.116 0.080 0.000
#> SRR1391376 1 0.6284 -0.4774 0.528 0.060 0.368 0.044 0.000
#> SRR661842 2 0.3779 0.7741 0.036 0.832 0.104 0.028 0.000
#> SRR1395699 1 0.7964 -0.3197 0.420 0.040 0.260 0.256 0.024
#> SRR1312209 1 0.4110 0.5266 0.736 0.244 0.012 0.008 0.000
#> SRR1359469 1 0.3670 0.5226 0.792 0.188 0.008 0.012 0.000
#> SRR658885 5 0.4305 0.6538 0.004 0.000 0.012 0.296 0.688
#> SRR1414578 1 0.4194 0.5142 0.720 0.260 0.016 0.004 0.000
#> SRR603620 4 0.7772 0.5174 0.012 0.304 0.076 0.460 0.148
#> SRR604677 1 0.8227 -0.0127 0.500 0.152 0.176 0.140 0.032
#> SRR603800 2 0.1772 0.8304 0.032 0.940 0.020 0.008 0.000
#> SRR602058 2 0.7281 -0.3317 0.008 0.432 0.080 0.400 0.080
#> SRR817488 2 0.1117 0.8345 0.020 0.964 0.016 0.000 0.000
#> SRR655601 2 0.1419 0.8327 0.016 0.956 0.016 0.012 0.000
#> SRR1434821 2 0.0960 0.8330 0.016 0.972 0.004 0.008 0.000
#> SRR1349166 4 0.5625 -0.0234 0.004 0.032 0.036 0.628 0.300
#> SRR615129 2 0.4981 -0.1187 0.448 0.528 0.016 0.008 0.000
#> SRR607586 2 0.0771 0.8308 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.3642 0.7277 0.020 0.820 0.016 0.144 0.000
#> SRR1411070 2 0.1954 0.8266 0.008 0.932 0.032 0.028 0.000
#> SRR663038 2 0.0693 0.8306 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1489416 2 0.0693 0.8312 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1479155 1 0.4304 0.5297 0.736 0.232 0.024 0.008 0.000
#> SRR662162 1 0.4163 0.5023 0.776 0.176 0.040 0.008 0.000
#> SRR1374567 1 0.6346 0.3717 0.632 0.172 0.148 0.048 0.000
#> SRR1434048 2 0.0807 0.8300 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR2184865 2 0.3883 0.7909 0.052 0.832 0.084 0.032 0.000
#> SRR2170135 1 0.4163 0.5023 0.776 0.176 0.040 0.008 0.000
#> SRR615551 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.1306 0.8331 0.016 0.960 0.016 0.008 0.000
#> SRR1370216 4 0.8615 -0.1296 0.304 0.040 0.144 0.396 0.116
#> SRR662954 4 0.7969 0.5119 0.016 0.328 0.096 0.432 0.128
#> SRR1375738 1 0.6293 0.2630 0.584 0.192 0.212 0.012 0.000
#> SRR1356577 2 0.4406 0.7463 0.128 0.788 0.060 0.024 0.000
#> SRR1073119 1 0.5240 0.4909 0.676 0.228 0.092 0.004 0.000
#> SRR663549 1 0.6293 0.2630 0.584 0.192 0.212 0.012 0.000
#> SRR1478015 2 0.0740 0.8317 0.004 0.980 0.008 0.008 0.000
#> SRR600632 2 0.1124 0.8316 0.036 0.960 0.000 0.004 0.000
#> SRR811866 1 0.5133 0.4047 0.580 0.384 0.024 0.012 0.000
#> SRR1401101 2 0.5361 0.1785 0.008 0.576 0.028 0.380 0.008
#> SRR1477797 5 0.7971 -0.2875 0.000 0.248 0.084 0.300 0.368
#> SRR1402986 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 2 0.5292 -0.1730 0.452 0.508 0.032 0.008 0.000
#> SRR1419869 1 0.5473 0.4251 0.704 0.160 0.108 0.028 0.000
#> SRR1490700 1 0.5120 0.3714 0.540 0.428 0.024 0.008 0.000
#> SRR601723 2 0.7048 0.1979 0.232 0.520 0.208 0.040 0.000
#> SRR1384115 5 0.4695 0.4500 0.000 0.004 0.008 0.464 0.524
#> SRR1476927 2 0.0693 0.8312 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1387769 1 0.6293 0.2630 0.584 0.192 0.212 0.012 0.000
#> SRR1322595 5 0.2423 0.7387 0.000 0.000 0.024 0.080 0.896
#> SRR1370423 2 0.6767 0.4876 0.184 0.600 0.140 0.076 0.000
#> SRR1314976 2 0.5781 0.6264 0.140 0.680 0.148 0.032 0.000
#> SRR1319560 4 0.7835 0.5176 0.012 0.312 0.080 0.448 0.148
#> SRR1352683 2 0.5741 0.6314 0.136 0.684 0.148 0.032 0.000
#> SRR1473800 1 0.3996 0.5286 0.752 0.228 0.012 0.008 0.000
#> SRR1326384 4 0.8120 -0.1459 0.092 0.012 0.168 0.384 0.344
#> SRR1360807 2 0.3942 0.7844 0.064 0.828 0.080 0.028 0.000
#> SRR1332544 5 0.1399 0.7585 0.000 0.000 0.028 0.020 0.952
#> SRR598695 1 0.5265 0.3109 0.752 0.092 0.072 0.080 0.004
#> SRR807824 2 0.3110 0.7841 0.044 0.876 0.020 0.060 0.000
#> SRR809296 1 0.7975 -0.3169 0.416 0.040 0.256 0.264 0.024
#> SRR657927 1 0.5349 -0.6729 0.516 0.036 0.440 0.008 0.000
#> SRR1440682 2 0.3728 0.7049 0.008 0.804 0.024 0.164 0.000
#> SRR1454415 2 0.4205 0.6308 0.008 0.756 0.028 0.208 0.000
#> SRR1419131 2 0.3912 0.7782 0.040 0.828 0.096 0.036 0.000
#> SRR1404293 1 0.5101 0.3882 0.552 0.416 0.024 0.008 0.000
#> SRR1473340 1 0.5979 -0.3371 0.576 0.072 0.328 0.024 0.000
#> SRR1345563 5 0.0798 0.7577 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1323382 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 2 0.5471 0.6815 0.044 0.728 0.120 0.104 0.004
#> SRR1321808 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.3809 0.7729 0.032 0.832 0.100 0.036 0.000
#> SRR1312558 2 0.4473 0.3562 0.324 0.656 0.020 0.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.1074 0.8318 0.004 0.968 0.016 0.012 0.000
#> SRR1433027 2 0.0693 0.8312 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR662257 5 0.5202 0.5762 0.000 0.004 0.048 0.340 0.608
#> SRR600417 2 0.3009 0.8002 0.016 0.876 0.080 0.028 0.000
#> SRR812493 5 0.3731 0.7014 0.000 0.000 0.040 0.160 0.800
#> SRR612743 1 0.6243 -0.6571 0.436 0.124 0.436 0.004 0.000
#> SRR1361345 1 0.4961 0.4285 0.608 0.360 0.024 0.008 0.000
#> SRR600584 2 0.1405 0.8333 0.016 0.956 0.020 0.008 0.000
#> SRR1310520 2 0.3870 0.7870 0.088 0.832 0.048 0.032 0.000
#> SRR1395595 5 0.6335 0.4786 0.048 0.000 0.060 0.364 0.528
#> SRR1334074 5 0.2304 0.7517 0.000 0.000 0.008 0.100 0.892
#> SRR654838 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 5 0.0451 0.7591 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1433841 1 0.4692 0.3577 0.528 0.460 0.008 0.004 0.000
#> SRR1366837 1 0.6387 0.2371 0.596 0.176 0.204 0.024 0.000
#> SRR1467479 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 5 0.0798 0.7577 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1471050 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.3413 0.7444 0.016 0.836 0.016 0.132 0.000
#> SRR814703 2 0.4597 0.5121 0.012 0.704 0.024 0.260 0.000
#> SRR661937 2 0.2362 0.8256 0.032 0.916 0.024 0.028 0.000
#> SRR614359 1 0.4958 -0.6420 0.552 0.012 0.424 0.012 0.000
#> SRR1071568 2 0.2675 0.8192 0.040 0.900 0.040 0.020 0.000
#> SRR1389084 1 0.6728 -0.1832 0.552 0.092 0.292 0.064 0.000
#> SRR1337624 2 0.1815 0.8324 0.024 0.940 0.016 0.020 0.000
#> SRR1344400 2 0.1949 0.8158 0.016 0.932 0.012 0.040 0.000
#> SRR1414290 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 4 0.5972 0.1811 0.004 0.068 0.040 0.644 0.244
#> SRR1098998 1 0.3844 0.5146 0.788 0.180 0.028 0.004 0.000
#> SRR1481279 1 0.5435 0.4221 0.708 0.156 0.108 0.028 0.000
#> SRR1315103 5 0.0798 0.7577 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1099286 1 0.6131 0.3821 0.552 0.352 0.052 0.044 0.000
#> SRR2166570 2 0.4185 0.7500 0.124 0.804 0.036 0.036 0.000
#> SRR601445 1 0.5020 0.4430 0.620 0.344 0.016 0.020 0.000
#> SRR1439719 2 0.0693 0.8312 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1377026 2 0.3813 0.6990 0.008 0.800 0.028 0.164 0.000
#> SRR1327386 1 0.4234 0.5172 0.724 0.252 0.020 0.004 0.000
#> SRR654826 2 0.0609 0.8310 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.6965 0.2876 0.296 0.544 0.068 0.084 0.008
#> SRR1469345 1 0.6288 0.2638 0.676 0.092 0.100 0.124 0.008
#> SRR1421462 2 0.1117 0.8345 0.020 0.964 0.016 0.000 0.000
#> SRR662966 5 0.2304 0.7517 0.000 0.000 0.008 0.100 0.892
#> SRR1339175 1 0.5965 -0.3314 0.580 0.072 0.324 0.024 0.000
#> SRR1447736 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 4 0.6711 0.5399 0.008 0.316 0.048 0.548 0.080
#> SRR660800 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.3391 0.7267 0.000 0.000 0.012 0.188 0.800
#> SRR1342023 1 0.4375 0.5239 0.728 0.236 0.032 0.004 0.000
#> SRR1335670 1 0.4468 0.5281 0.740 0.212 0.040 0.008 0.000
#> SRR1400955 2 0.5361 0.1785 0.008 0.576 0.028 0.380 0.008
#> SRR1072150 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.4037 0.5175 0.776 0.188 0.028 0.008 0.000
#> SRR1364658 1 0.5965 -0.3314 0.580 0.072 0.324 0.024 0.000
#> SRR1098074 5 0.3391 0.7267 0.000 0.000 0.012 0.188 0.800
#> SRR1442778 1 0.5661 0.4248 0.720 0.136 0.060 0.076 0.008
#> SRR1086728 5 0.5254 0.4331 0.000 0.004 0.036 0.460 0.500
#> SRR627464 2 0.5705 0.2919 0.300 0.604 0.088 0.008 0.000
#> SRR1409193 1 0.4363 0.5121 0.708 0.268 0.016 0.008 0.000
#> SRR2168286 2 0.3511 0.7858 0.096 0.848 0.028 0.028 0.000
#> SRR615539 2 0.0898 0.8329 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR663623 1 0.8258 -0.0341 0.496 0.144 0.176 0.152 0.032
#> SRR1471989 5 0.3203 0.7264 0.000 0.000 0.012 0.168 0.820
#> SRR1468828 2 0.1815 0.8324 0.024 0.940 0.016 0.020 0.000
#> SRR1381934 1 0.5144 0.5133 0.720 0.192 0.048 0.040 0.000
#> SRR1471098 1 0.5734 0.2733 0.688 0.128 0.148 0.036 0.000
#> SRR1314749 1 0.6840 0.1893 0.572 0.176 0.200 0.052 0.000
#> SRR2166874 5 0.2879 0.7287 0.000 0.000 0.032 0.100 0.868
#> SRR821302 1 0.4456 0.4650 0.772 0.156 0.056 0.016 0.000
#> SRR1435066 2 0.3416 0.7407 0.020 0.840 0.016 0.124 0.000
#> SRR661601 2 0.4363 0.6345 0.020 0.756 0.016 0.204 0.004
#> SRR1446546 2 0.4733 0.7255 0.044 0.772 0.128 0.056 0.000
#> SRR1419784 5 0.2304 0.7517 0.000 0.000 0.008 0.100 0.892
#> SRR1357233 5 0.4221 0.7036 0.000 0.000 0.032 0.236 0.732
#> SRR1441889 1 0.4268 0.4923 0.772 0.172 0.048 0.008 0.000
#> SRR1413940 5 0.0798 0.7577 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1324250 2 0.4586 0.7259 0.036 0.780 0.128 0.056 0.000
#> SRR1442862 4 0.5078 -0.3136 0.000 0.004 0.028 0.544 0.424
#> SRR662474 2 0.1012 0.8305 0.000 0.968 0.020 0.012 0.000
#> SRR1416226 1 0.6475 0.2535 0.576 0.200 0.204 0.020 0.000
#> SRR1417404 2 0.6617 0.4024 0.264 0.580 0.072 0.084 0.000
#> SRR665466 2 0.0486 0.8313 0.004 0.988 0.004 0.004 0.000
#> SRR658849 1 0.6728 -0.1832 0.552 0.092 0.292 0.064 0.000
#> SRR1460025 2 0.2087 0.8271 0.020 0.928 0.032 0.020 0.000
#> SRR1408136 1 0.3851 0.5286 0.768 0.212 0.016 0.004 0.000
#> SRR1489995 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.6421 0.2294 0.584 0.192 0.204 0.020 0.000
#> SRR1488429 4 0.7952 -0.1644 0.104 0.008 0.136 0.396 0.356
#> SRR1087559 2 0.5616 0.6582 0.128 0.700 0.136 0.036 0.000
#> SRR817004 1 0.8668 -0.0557 0.476 0.108 0.096 0.200 0.120
#> SRR1429660 4 0.5128 -0.2504 0.000 0.008 0.028 0.572 0.392
#> SRR604390 4 0.7551 0.4775 0.028 0.316 0.088 0.496 0.072
#> SRR614936 2 0.1891 0.8329 0.032 0.936 0.016 0.016 0.000
#> SRR1365938 1 0.5080 0.3214 0.504 0.468 0.020 0.008 0.000
#> SRR1437324 1 0.4072 0.5202 0.772 0.192 0.028 0.008 0.000
#> SRR613414 4 0.8133 0.4542 0.044 0.368 0.080 0.404 0.104
#> SRR660414 2 0.4185 0.7500 0.124 0.804 0.036 0.036 0.000
#> SRR1452185 1 0.3851 0.5286 0.768 0.212 0.016 0.004 0.000
#> SRR1347020 1 0.6773 0.2760 0.552 0.224 0.192 0.032 0.000
#> SRR1398036 4 0.7410 0.5048 0.004 0.276 0.084 0.508 0.128
#> SRR1436674 1 0.3935 0.5305 0.760 0.220 0.012 0.008 0.000
#> SRR603750 3 0.6683 0.6520 0.392 0.136 0.452 0.020 0.000
#> SRR608630 4 0.7969 0.5119 0.016 0.328 0.096 0.432 0.128
#> SRR655625 2 0.3009 0.8002 0.016 0.876 0.080 0.028 0.000
#> SRR599059 2 0.4089 0.7501 0.076 0.820 0.032 0.072 0.000
#> SRR615189 2 0.3645 0.6372 0.208 0.780 0.004 0.004 0.004
#> SRR1466889 4 0.6499 0.5359 0.008 0.304 0.032 0.568 0.088
#> SRR1084602 2 0.3942 0.7844 0.064 0.828 0.080 0.028 0.000
#> SRR1335422 1 0.4495 0.4705 0.768 0.160 0.056 0.016 0.000
#> SRR1356805 4 0.6569 0.5260 0.008 0.348 0.028 0.528 0.088
#> SRR1385300 1 0.8872 -0.0162 0.420 0.160 0.172 0.200 0.048
#> SRR654814 3 0.5246 0.7294 0.440 0.020 0.524 0.016 0.000
#> SRR658385 2 0.3416 0.7407 0.020 0.840 0.016 0.124 0.000
#> SRR820596 2 0.5781 0.6264 0.140 0.680 0.148 0.032 0.000
#> SRR1318118 1 0.6369 0.3478 0.512 0.380 0.060 0.048 0.000
#> SRR1480766 2 0.0854 0.8321 0.004 0.976 0.008 0.012 0.000
#> SRR1406539 1 0.7435 0.3396 0.500 0.288 0.092 0.116 0.004
#> SRR1341833 4 0.6198 0.5102 0.008 0.368 0.024 0.540 0.060
#> SRR1441826 2 0.3779 0.7741 0.036 0.832 0.104 0.028 0.000
#> SRR1448051 1 0.3904 0.5308 0.764 0.216 0.012 0.008 0.000
#> SRR1326752 1 0.7578 -0.1899 0.496 0.076 0.240 0.184 0.004
#> SRR665217 1 0.8492 -0.3104 0.392 0.096 0.272 0.216 0.024
#> SRR819186 2 0.0703 0.8316 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 1 0.8103 -0.2954 0.376 0.040 0.216 0.336 0.032
#> SRR607166 2 0.1579 0.8340 0.032 0.944 0.024 0.000 0.000
#> SRR809065 2 0.3354 0.8038 0.064 0.864 0.044 0.028 0.000
#> SRR1415872 4 0.6151 0.5428 0.008 0.304 0.024 0.592 0.072
#> SRR1415463 1 0.6725 0.0775 0.572 0.152 0.232 0.044 0.000
#> SRR1381161 5 0.3731 0.7014 0.000 0.000 0.040 0.160 0.800
#> SRR1442231 1 0.5080 0.3214 0.504 0.468 0.020 0.008 0.000
#> SRR1374696 1 0.4925 0.5013 0.692 0.252 0.044 0.012 0.000
#> SRR1451988 1 0.7264 0.0214 0.432 0.284 0.256 0.028 0.000
#> SRR660555 1 0.5317 0.3189 0.748 0.096 0.072 0.080 0.004
#> SRR657801 3 0.5092 0.7097 0.464 0.012 0.508 0.016 0.000
#> SRR663344 2 0.5302 0.3617 0.008 0.640 0.016 0.308 0.028
#> SRR1472462 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 2 0.6816 0.2930 0.224 0.576 0.140 0.060 0.000
#> SRR656886 2 0.2818 0.8148 0.036 0.892 0.052 0.020 0.000
#> SRR1498337 5 0.7971 -0.2875 0.000 0.248 0.084 0.300 0.368
#> SRR613066 5 0.1012 0.7580 0.000 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR1309490 1 0.3851 0.5286 0.768 0.212 0.016 0.004 0.000
#> SRR602492 4 0.7410 0.5048 0.004 0.276 0.084 0.508 0.128
#> SRR1447347 1 0.4993 0.5005 0.684 0.248 0.064 0.004 0.000
#> SRR1475546 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 2 0.7106 0.1552 0.244 0.508 0.208 0.040 0.000
#> SRR1434332 2 0.0981 0.8324 0.008 0.972 0.008 0.012 0.000
#> SRR1070358 4 0.6027 0.4595 0.008 0.172 0.024 0.664 0.132
#> SRR1345936 5 0.5116 0.5477 0.004 0.000 0.052 0.304 0.640
#> SRR665658 2 0.1197 0.8273 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.1405 0.8333 0.016 0.956 0.020 0.008 0.000
#> SRR657880 2 0.4322 0.7298 0.080 0.804 0.032 0.084 0.000
#> SRR1373903 2 0.0854 0.8327 0.012 0.976 0.004 0.008 0.000
#> SRR657396 4 0.7835 0.5176 0.012 0.312 0.080 0.448 0.148
#> SRR660981 2 0.0693 0.8312 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR818499 1 0.4002 0.5119 0.780 0.184 0.028 0.008 0.000
#> SRR819658 2 0.5361 0.1785 0.008 0.576 0.028 0.380 0.008
#> SRR1376316 1 0.4882 0.5043 0.736 0.188 0.048 0.028 0.000
#> SRR1323723 2 0.1372 0.8261 0.016 0.956 0.004 0.024 0.000
#> SRR1476719 1 0.4110 0.5266 0.736 0.244 0.012 0.008 0.000
#> SRR1403478 2 0.3416 0.7407 0.020 0.840 0.016 0.124 0.000
#> SRR1095695 1 0.6588 -0.0951 0.580 0.108 0.260 0.052 0.000
#> SRR1352391 1 0.8878 0.0661 0.332 0.324 0.176 0.128 0.040
#> SRR1498813 2 0.3647 0.7795 0.032 0.840 0.100 0.028 0.000
#> SRR627437 2 0.7487 -0.3185 0.260 0.356 0.348 0.036 0.000
#> SRR2185097 1 0.5491 0.5075 0.688 0.204 0.080 0.028 0.000
#> SRR817166 4 0.7479 0.2883 0.016 0.148 0.060 0.524 0.252
#> SRR1091670 2 0.0740 0.8317 0.004 0.980 0.008 0.008 0.000
#> SRR603776 4 0.8737 0.1657 0.180 0.040 0.236 0.416 0.128
#> SRR1479640 2 0.0451 0.8312 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR660152 1 0.7003 0.2317 0.600 0.124 0.156 0.116 0.004
#> SRR1074769 2 0.0703 0.8310 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0486 0.8313 0.004 0.988 0.004 0.004 0.000
#> SRR1392502 5 0.4775 0.6286 0.008 0.000 0.020 0.332 0.640
#> SRR1359609 5 0.3554 0.7046 0.024 0.000 0.040 0.088 0.848
#> SRR601925 2 0.0955 0.8331 0.028 0.968 0.004 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.3678 0.6982 0.008 0.804 0.020 0.168 0.000
#> SRR608542 4 0.7351 0.5001 0.004 0.264 0.080 0.520 0.132
#> SRR655064 2 0.3883 0.7909 0.052 0.832 0.084 0.032 0.000
#> SRR1432430 1 0.6126 0.4502 0.604 0.264 0.108 0.024 0.000
#> SRR808472 2 0.2167 0.8295 0.024 0.928 0.020 0.024 0.004
#> SRR1414958 5 0.3203 0.7264 0.000 0.000 0.012 0.168 0.820
#> SRR598484 2 0.4661 0.7233 0.040 0.776 0.128 0.056 0.000
#> SRR612755 1 0.4911 -0.6907 0.504 0.012 0.476 0.008 0.000
#> SRR1365808 1 0.3935 0.5280 0.760 0.220 0.012 0.008 0.000
#> SRR1391724 2 0.7087 0.1678 0.240 0.512 0.208 0.040 0.000
#> SRR1322373 1 0.6728 -0.1832 0.552 0.092 0.292 0.064 0.000
#> SRR1489265 2 0.1059 0.8330 0.004 0.968 0.020 0.008 0.000
#> SRR1359099 2 0.3416 0.7407 0.020 0.840 0.016 0.124 0.000
#> SRR607279 2 0.2727 0.8071 0.020 0.888 0.080 0.012 0.000
#> SRR810461 2 0.0898 0.8340 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR627427 2 0.5705 0.2919 0.300 0.604 0.088 0.008 0.000
#> SRR612887 2 0.5350 0.1987 0.008 0.580 0.028 0.376 0.008
#> SRR809807 5 0.3942 0.6792 0.000 0.000 0.012 0.260 0.728
#> SRR663112 2 0.4885 0.7193 0.048 0.764 0.124 0.064 0.000
#> SRR1346933 5 0.2879 0.7287 0.000 0.000 0.032 0.100 0.868
#> SRR1487910 1 0.3707 0.5307 0.768 0.220 0.004 0.008 0.000
#> SRR603092 2 0.2409 0.8204 0.016 0.912 0.044 0.028 0.000
#> SRR1417680 2 0.0854 0.8321 0.004 0.976 0.008 0.012 0.000
#> SRR1383785 1 0.5343 0.5002 0.680 0.212 0.100 0.008 0.000
#> SRR1070015 5 0.3391 0.7267 0.000 0.000 0.012 0.188 0.800
#> SRR1466222 2 0.6972 0.1495 0.192 0.532 0.236 0.040 0.000
#> SRR1416119 5 0.6829 0.4333 0.060 0.000 0.092 0.340 0.508
#> SRR819318 1 0.8227 -0.0127 0.500 0.152 0.176 0.140 0.032
#> SRR608288 2 0.1195 0.8301 0.028 0.960 0.012 0.000 0.000
#> SRR811121 4 0.6195 0.2891 0.008 0.104 0.028 0.636 0.224
#> SRR613138 2 0.1278 0.8286 0.020 0.960 0.004 0.016 0.000
#> SRR810483 1 0.6744 0.2283 0.584 0.160 0.204 0.052 0.000
#> SRR607839 1 0.3966 0.5284 0.756 0.224 0.012 0.008 0.000
#> SRR1337031 1 0.5952 0.3072 0.704 0.096 0.080 0.112 0.008
#> SRR601311 2 0.5813 0.5744 0.028 0.668 0.120 0.184 0.000
#> SRR1406685 2 0.3647 0.7795 0.032 0.840 0.100 0.028 0.000
#> SRR1467500 2 0.1179 0.8319 0.004 0.964 0.016 0.016 0.000
#> SRR1308504 1 0.4192 0.4858 0.780 0.164 0.048 0.008 0.000
#> SRR1312865 4 0.7988 0.1608 0.136 0.020 0.188 0.512 0.144
#> SRR1312522 1 0.7691 0.2200 0.520 0.168 0.148 0.160 0.004
#> SRR1490486 2 0.0510 0.8306 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.6655 -0.1483 0.564 0.100 0.280 0.056 0.000
#> SRR1472885 1 0.4010 0.5065 0.784 0.176 0.032 0.008 0.000
#> SRR1098785 2 0.0740 0.8324 0.004 0.980 0.008 0.008 0.000
#> SRR1084766 2 0.3511 0.7858 0.096 0.848 0.028 0.028 0.000
#> SRR1102804 2 0.0807 0.8300 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR1336636 1 0.7052 0.0128 0.520 0.180 0.256 0.044 0.000
#> SRR1347795 5 0.1399 0.7585 0.000 0.000 0.028 0.020 0.952
#> SRR601900 2 0.4434 0.6964 0.044 0.784 0.032 0.140 0.000
#> SRR1330989 2 0.3184 0.8081 0.068 0.872 0.028 0.032 0.000
#> SRR658445 5 0.3391 0.7267 0.000 0.000 0.012 0.188 0.800
#> SRR1368754 1 0.9074 0.0483 0.388 0.216 0.188 0.152 0.056
#> SRR1460001 2 0.0609 0.8324 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.3845 0.5272 0.760 0.224 0.012 0.004 0.000
#> SRR1326249 1 0.7964 -0.3197 0.420 0.040 0.260 0.256 0.024
#> SRR614948 5 0.1012 0.7580 0.000 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR1472952 1 0.7197 0.0529 0.556 0.132 0.204 0.108 0.000
#> SRR1321528 1 0.4701 0.5082 0.700 0.252 0.044 0.004 0.000
#> SRR627447 3 0.6040 0.7425 0.404 0.092 0.496 0.008 0.000
#> SRR612239 2 0.6675 0.2360 0.108 0.500 0.356 0.036 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.6000 0.58265 0.316 0.020 0.544 0.016 0.000 0.104
#> SRR603858 1 0.8609 0.09009 0.396 0.252 0.124 0.100 0.036 0.092
#> SRR817070 2 0.1718 0.73154 0.016 0.932 0.008 0.000 0.000 0.044
#> SRR1486995 3 0.7220 0.42024 0.292 0.004 0.364 0.288 0.016 0.036
#> SRR813043 2 0.1007 0.74069 0.008 0.968 0.004 0.004 0.000 0.016
#> SRR656874 2 0.3733 0.61304 0.012 0.800 0.008 0.144 0.000 0.036
#> SRR659037 5 0.5447 0.48761 0.000 0.000 0.016 0.296 0.584 0.104
#> SRR662031 1 0.4706 0.53799 0.720 0.112 0.152 0.012 0.000 0.004
#> SRR1081283 2 0.2872 0.66775 0.012 0.832 0.000 0.004 0.000 0.152
#> SRR1481036 1 0.6027 0.16873 0.516 0.148 0.316 0.008 0.000 0.012
#> SRR1434009 4 0.4576 -0.15628 0.000 0.004 0.000 0.592 0.368 0.036
#> SRR1376676 1 0.2915 0.58046 0.848 0.120 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR1396967 4 0.7266 0.03383 0.004 0.236 0.036 0.452 0.036 0.236
#> SRR665429 2 0.0922 0.73906 0.004 0.968 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1388025 2 0.3941 0.40222 0.004 0.660 0.004 0.004 0.000 0.328
#> SRR600784 3 0.6707 0.54742 0.224 0.072 0.536 0.012 0.000 0.156
#> SRR657611 3 0.5761 0.54012 0.212 0.004 0.600 0.020 0.000 0.164
#> SRR1333659 4 0.5897 0.01144 0.004 0.056 0.000 0.544 0.332 0.064
#> SRR1323896 2 0.3074 0.60933 0.004 0.792 0.004 0.000 0.000 0.200
#> SRR1453971 1 0.6244 0.25468 0.644 0.040 0.176 0.080 0.012 0.048
#> SRR1421010 1 0.5665 0.28785 0.692 0.016 0.152 0.076 0.016 0.048
#> SRR1334490 5 0.6563 0.32788 0.012 0.000 0.132 0.364 0.452 0.040
#> SRR1309468 1 0.3773 0.54998 0.800 0.092 0.096 0.000 0.000 0.012
#> SRR1468637 5 0.3249 0.70869 0.000 0.000 0.008 0.096 0.836 0.060
#> SRR1365489 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.6997 0.38503 0.212 0.112 0.492 0.004 0.000 0.180
#> SRR607863 4 0.6070 0.24434 0.012 0.352 0.024 0.536 0.024 0.052
#> SRR1475524 5 0.0870 0.73634 0.000 0.000 0.004 0.012 0.972 0.012
#> SRR1405504 2 0.3074 0.60933 0.004 0.792 0.004 0.000 0.000 0.200
#> SRR615695 1 0.3036 0.57879 0.840 0.124 0.008 0.000 0.000 0.028
#> SRR600900 2 0.5105 0.13424 0.004 0.576 0.020 0.040 0.000 0.360
#> SRR601477 2 0.0893 0.73790 0.016 0.972 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1487215 2 0.0870 0.73774 0.012 0.972 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.3619 0.64057 0.012 0.816 0.016 0.128 0.000 0.028
#> SRR1362713 1 0.4851 0.33633 0.576 0.364 0.004 0.000 0.000 0.056
#> SRR1431385 1 0.3437 0.56879 0.832 0.092 0.052 0.000 0.000 0.024
#> SRR1379089 2 0.1007 0.74069 0.008 0.968 0.004 0.004 0.000 0.016
#> SRR1102079 4 0.8607 0.16434 0.104 0.012 0.200 0.388 0.136 0.160
#> SRR1357210 1 0.3578 0.54568 0.812 0.088 0.092 0.000 0.000 0.008
#> SRR657659 2 0.3043 0.61529 0.004 0.796 0.004 0.000 0.000 0.196
#> SRR663573 2 0.3628 0.66472 0.060 0.820 0.016 0.004 0.000 0.100
#> SRR603188 4 0.6572 0.39433 0.020 0.244 0.032 0.584 0.080 0.040
#> SRR1471200 2 0.0767 0.73952 0.012 0.976 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.1679 0.72596 0.016 0.936 0.012 0.036 0.000 0.000
#> SRR627457 2 0.6141 -0.03129 0.292 0.544 0.088 0.000 0.000 0.076
#> SRR1367654 4 0.5287 0.43669 0.008 0.136 0.008 0.712 0.092 0.044
#> SRR1488410 5 0.0622 0.73644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1457750 1 0.4736 0.28205 0.552 0.396 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1099546 1 0.5271 0.15465 0.580 0.056 0.340 0.020 0.000 0.004
#> SRR604480 2 0.0893 0.73792 0.016 0.972 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1390477 2 0.1007 0.74069 0.008 0.968 0.004 0.004 0.000 0.016
#> SRR1458447 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.1605 0.73204 0.016 0.936 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR1409813 4 0.4576 -0.28739 0.000 0.004 0.000 0.532 0.436 0.028
#> SRR612791 3 0.5530 0.58021 0.320 0.000 0.560 0.016 0.000 0.104
#> SRR1470580 2 0.7114 -0.40719 0.116 0.472 0.196 0.004 0.000 0.212
#> SRR1444063 1 0.4715 0.35143 0.588 0.372 0.012 0.004 0.000 0.024
#> SRR1355578 1 0.4660 0.53794 0.728 0.176 0.028 0.004 0.000 0.064
#> SRR1429203 1 0.3529 0.55390 0.836 0.088 0.044 0.012 0.000 0.020
#> SRR599154 4 0.4903 -0.12367 0.004 0.004 0.008 0.596 0.352 0.036
#> SRR814244 5 0.3249 0.70869 0.000 0.000 0.008 0.096 0.836 0.060
#> SRR1404123 2 0.1644 0.72220 0.004 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR656934 3 0.6240 0.37500 0.364 0.080 0.488 0.004 0.000 0.064
#> SRR1339029 2 0.0603 0.73773 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR821525 2 0.3956 0.38581 0.004 0.656 0.004 0.004 0.000 0.332
#> SRR1443677 1 0.2998 0.55107 0.856 0.072 0.064 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406330 1 0.7189 -0.05240 0.468 0.004 0.076 0.076 0.324 0.052
#> SRR1338124 2 0.5974 0.08102 0.048 0.560 0.048 0.024 0.000 0.320
#> SRR1391376 3 0.5889 0.47717 0.336 0.032 0.548 0.016 0.000 0.068
#> SRR661842 2 0.3971 0.37515 0.004 0.652 0.004 0.004 0.000 0.336
#> SRR1395699 3 0.6896 0.44422 0.332 0.004 0.412 0.212 0.012 0.028
#> SRR1312209 1 0.3095 0.58241 0.828 0.144 0.012 0.000 0.000 0.016
#> SRR1359469 1 0.2739 0.56847 0.872 0.084 0.032 0.000 0.000 0.012
#> SRR658885 5 0.4358 0.57630 0.000 0.000 0.016 0.324 0.644 0.016
#> SRR1414578 1 0.3680 0.57127 0.796 0.148 0.016 0.000 0.000 0.040
#> SRR603620 4 0.7941 0.28207 0.016 0.284 0.020 0.396 0.136 0.148
#> SRR604677 1 0.7904 -0.15215 0.432 0.088 0.304 0.092 0.024 0.060
#> SRR603800 2 0.1630 0.73397 0.016 0.940 0.024 0.000 0.000 0.020
#> SRR602058 2 0.7903 -0.31890 0.020 0.388 0.036 0.324 0.076 0.156
#> SRR817488 2 0.1173 0.73981 0.016 0.960 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR655601 2 0.1672 0.73134 0.016 0.932 0.004 0.000 0.000 0.048
#> SRR1434821 2 0.1129 0.74082 0.012 0.964 0.004 0.008 0.000 0.012
#> SRR1349166 4 0.4655 0.16642 0.004 0.032 0.000 0.704 0.224 0.036
#> SRR615129 1 0.4957 0.20438 0.520 0.424 0.008 0.000 0.000 0.048
#> SRR607586 2 0.0748 0.73820 0.016 0.976 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR602680 2 0.3552 0.63901 0.020 0.820 0.016 0.128 0.000 0.016
#> SRR1411070 2 0.2573 0.68485 0.008 0.856 0.000 0.004 0.000 0.132
#> SRR663038 2 0.0692 0.73825 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1489416 2 0.0777 0.73749 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1479155 1 0.3393 0.58139 0.824 0.124 0.024 0.000 0.000 0.028
#> SRR662162 1 0.3577 0.55486 0.816 0.088 0.084 0.000 0.000 0.012
#> SRR1374567 1 0.5746 0.32548 0.608 0.076 0.268 0.020 0.000 0.028
#> SRR1434048 2 0.0858 0.73709 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR2184865 2 0.4499 0.54283 0.044 0.712 0.012 0.008 0.000 0.224
#> SRR2170135 1 0.3577 0.55486 0.816 0.088 0.084 0.000 0.000 0.012
#> SRR615551 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.1605 0.73204 0.016 0.936 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR1370216 4 0.7819 -0.23080 0.248 0.004 0.252 0.384 0.072 0.040
#> SRR662954 4 0.8181 0.23034 0.020 0.304 0.032 0.364 0.120 0.160
#> SRR1375738 1 0.5771 0.20744 0.520 0.140 0.328 0.000 0.000 0.012
#> SRR1356577 2 0.5173 0.33475 0.112 0.624 0.008 0.000 0.000 0.256
#> SRR1073119 1 0.5053 0.52387 0.692 0.140 0.140 0.000 0.000 0.028
#> SRR663549 1 0.5771 0.20744 0.520 0.140 0.328 0.000 0.000 0.012
#> SRR1478015 2 0.0692 0.73916 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR600632 2 0.1296 0.73647 0.032 0.952 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR811866 1 0.5114 0.44787 0.628 0.280 0.020 0.000 0.000 0.072
#> SRR1401101 2 0.5330 0.16165 0.008 0.568 0.008 0.344 0.000 0.072
#> SRR1477797 5 0.7871 -0.24802 0.000 0.240 0.016 0.256 0.336 0.152
#> SRR1402986 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.5484 0.21754 0.512 0.400 0.036 0.000 0.000 0.052
#> SRR1419869 1 0.4713 0.46704 0.716 0.080 0.184 0.012 0.000 0.008
#> SRR1490700 1 0.4855 0.41999 0.616 0.316 0.008 0.000 0.000 0.060
#> SRR601723 2 0.7428 -0.44613 0.188 0.420 0.160 0.004 0.000 0.228
#> SRR1384115 4 0.4370 -0.29079 0.000 0.004 0.000 0.536 0.444 0.016
#> SRR1476927 2 0.0777 0.73749 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1387769 1 0.5771 0.20744 0.520 0.140 0.328 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322595 5 0.3249 0.70869 0.000 0.000 0.008 0.096 0.836 0.060
#> SRR1370423 2 0.7298 -0.29288 0.144 0.476 0.120 0.020 0.000 0.240
#> SRR1314976 2 0.5976 -0.20987 0.104 0.496 0.036 0.000 0.000 0.364
#> SRR1319560 4 0.8017 0.27785 0.020 0.288 0.020 0.388 0.136 0.148
#> SRR1352683 2 0.5904 -0.18185 0.096 0.504 0.036 0.000 0.000 0.364
#> SRR1473800 1 0.2848 0.58153 0.848 0.124 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1326384 4 0.8217 -0.06931 0.052 0.012 0.112 0.360 0.308 0.156
#> SRR1360807 2 0.4613 0.43765 0.044 0.664 0.008 0.004 0.000 0.280
#> SRR1332544 5 0.1405 0.73473 0.000 0.000 0.004 0.024 0.948 0.024
#> SRR598695 1 0.4889 0.36688 0.748 0.020 0.132 0.044 0.004 0.052
#> SRR807824 2 0.3271 0.67907 0.040 0.860 0.040 0.048 0.000 0.012
#> SRR809296 3 0.6905 0.44259 0.328 0.004 0.412 0.216 0.012 0.028
#> SRR657927 3 0.6000 0.58265 0.316 0.020 0.544 0.016 0.000 0.104
#> SRR1440682 2 0.3733 0.60849 0.008 0.800 0.012 0.144 0.000 0.036
#> SRR1454415 2 0.4303 0.53905 0.012 0.752 0.016 0.180 0.000 0.040
#> SRR1419131 2 0.4571 0.43596 0.032 0.660 0.004 0.012 0.000 0.292
#> SRR1404293 1 0.4612 0.45136 0.636 0.308 0.004 0.000 0.000 0.052
#> SRR1473340 1 0.6130 -0.32302 0.472 0.032 0.404 0.020 0.000 0.072
#> SRR1345563 5 0.0622 0.73644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1323382 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 2 0.5437 0.06101 0.008 0.552 0.020 0.056 0.000 0.364
#> SRR1321808 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.4139 0.42599 0.004 0.688 0.016 0.008 0.000 0.284
#> SRR1312558 2 0.4977 0.12570 0.324 0.608 0.048 0.000 0.000 0.020
#> SRR1417088 2 0.1010 0.73742 0.004 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1433027 2 0.0858 0.73751 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR662257 5 0.5240 0.49951 0.000 0.004 0.000 0.356 0.548 0.092
#> SRR600417 2 0.3759 0.55140 0.008 0.732 0.004 0.008 0.000 0.248
#> SRR812493 5 0.4355 0.65806 0.000 0.000 0.008 0.164 0.736 0.092
#> SRR612743 3 0.6856 0.51978 0.260 0.088 0.500 0.008 0.000 0.144
#> SRR1361345 1 0.4970 0.47931 0.656 0.248 0.016 0.000 0.000 0.080
#> SRR600584 2 0.1718 0.73154 0.016 0.932 0.008 0.000 0.000 0.044
#> SRR1310520 2 0.4606 0.51044 0.076 0.708 0.004 0.008 0.000 0.204
#> SRR1395595 5 0.6277 0.36336 0.012 0.000 0.092 0.392 0.464 0.040
#> SRR1334074 5 0.2704 0.71833 0.000 0.000 0.000 0.140 0.844 0.016
#> SRR654838 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 5 0.0622 0.73787 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1433841 1 0.4407 0.34476 0.592 0.380 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1366837 1 0.5937 0.17102 0.544 0.116 0.312 0.012 0.000 0.016
#> SRR1467479 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 5 0.0622 0.73644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1471050 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.3577 0.65046 0.012 0.824 0.020 0.116 0.000 0.028
#> SRR814703 2 0.4639 0.43909 0.020 0.696 0.020 0.244 0.000 0.020
#> SRR661937 2 0.2644 0.70948 0.028 0.884 0.012 0.004 0.000 0.072
#> SRR614359 3 0.5550 0.56936 0.340 0.000 0.544 0.016 0.000 0.100
#> SRR1071568 2 0.3132 0.68615 0.036 0.856 0.020 0.004 0.000 0.084
#> SRR1389084 1 0.5657 -0.19332 0.460 0.040 0.448 0.048 0.000 0.004
#> SRR1337624 2 0.2209 0.72046 0.024 0.900 0.000 0.004 0.000 0.072
#> SRR1344400 2 0.1842 0.72418 0.012 0.932 0.012 0.036 0.000 0.008
#> SRR1414290 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 4 0.5216 0.29018 0.012 0.064 0.008 0.708 0.172 0.036
#> SRR1098998 1 0.3348 0.56388 0.836 0.084 0.064 0.000 0.000 0.016
#> SRR1481279 1 0.4682 0.46721 0.720 0.080 0.180 0.012 0.000 0.008
#> SRR1315103 5 0.0622 0.73644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1099286 1 0.6382 0.40423 0.576 0.244 0.088 0.020 0.000 0.072
#> SRR2166570 2 0.4385 0.56338 0.132 0.764 0.020 0.008 0.000 0.076
#> SRR601445 1 0.4833 0.49664 0.676 0.244 0.016 0.004 0.000 0.060
#> SRR1439719 2 0.0858 0.73751 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1377026 2 0.3801 0.60360 0.008 0.796 0.012 0.144 0.000 0.040
#> SRR1327386 1 0.3535 0.57262 0.808 0.140 0.016 0.000 0.000 0.036
#> SRR654826 2 0.0603 0.73773 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.7696 -0.29456 0.312 0.388 0.056 0.040 0.008 0.196
#> SRR1469345 1 0.5461 0.26835 0.684 0.012 0.184 0.076 0.008 0.036
#> SRR1421462 2 0.1173 0.73981 0.016 0.960 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR662966 5 0.2704 0.71833 0.000 0.000 0.000 0.140 0.844 0.016
#> SRR1339175 1 0.6195 -0.32459 0.472 0.032 0.400 0.024 0.000 0.072
#> SRR1447736 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 4 0.6047 0.32136 0.012 0.308 0.008 0.564 0.032 0.076
#> SRR660800 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.3653 0.68183 0.000 0.000 0.004 0.228 0.748 0.020
#> SRR1342023 1 0.3538 0.57597 0.816 0.124 0.024 0.000 0.000 0.036
#> SRR1335670 1 0.3486 0.58081 0.820 0.116 0.048 0.000 0.000 0.016
#> SRR1400955 2 0.5330 0.16165 0.008 0.568 0.008 0.344 0.000 0.072
#> SRR1072150 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.3324 0.56650 0.840 0.088 0.048 0.000 0.000 0.024
#> SRR1364658 1 0.6195 -0.32459 0.472 0.032 0.400 0.024 0.000 0.072
#> SRR1098074 5 0.3653 0.68183 0.000 0.000 0.004 0.228 0.748 0.020
#> SRR1442778 1 0.4672 0.45597 0.760 0.048 0.136 0.036 0.008 0.012
#> SRR1086728 4 0.5110 -0.27143 0.000 0.004 0.024 0.520 0.424 0.028
#> SRR627464 2 0.6141 -0.03129 0.292 0.544 0.088 0.000 0.000 0.076
#> SRR1409193 1 0.3523 0.56923 0.796 0.164 0.012 0.000 0.000 0.028
#> SRR2168286 2 0.3816 0.62821 0.096 0.800 0.008 0.004 0.000 0.092
#> SRR615539 2 0.0717 0.74046 0.016 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR663623 1 0.7999 -0.15611 0.428 0.088 0.296 0.100 0.024 0.064
#> SRR1471989 5 0.3430 0.68389 0.000 0.000 0.004 0.208 0.772 0.016
#> SRR1468828 2 0.2152 0.72193 0.024 0.904 0.000 0.004 0.000 0.068
#> SRR1381934 1 0.4230 0.55230 0.788 0.092 0.084 0.012 0.000 0.024
#> SRR1471098 1 0.5104 0.28232 0.640 0.060 0.276 0.016 0.000 0.008
#> SRR1314749 1 0.6231 0.12184 0.524 0.108 0.320 0.012 0.000 0.036
#> SRR2166874 5 0.3603 0.69689 0.000 0.000 0.008 0.112 0.808 0.072
#> SRR821302 1 0.3612 0.51969 0.808 0.076 0.108 0.008 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.3328 0.65284 0.020 0.840 0.020 0.108 0.000 0.012
#> SRR661601 2 0.4306 0.54765 0.024 0.752 0.020 0.188 0.004 0.012
#> SRR1446546 2 0.4797 0.18843 0.012 0.600 0.016 0.016 0.000 0.356
#> SRR1419784 5 0.2704 0.71833 0.000 0.000 0.000 0.140 0.844 0.016
#> SRR1357233 5 0.4685 0.65327 0.000 0.000 0.004 0.248 0.668 0.080
#> SRR1441889 1 0.3724 0.54615 0.804 0.088 0.096 0.000 0.000 0.012
#> SRR1413940 5 0.0622 0.73644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1324250 2 0.4614 0.20434 0.004 0.604 0.016 0.016 0.000 0.360
#> SRR1442862 4 0.4541 -0.09212 0.000 0.004 0.000 0.620 0.336 0.040
#> SRR662474 2 0.1082 0.73717 0.004 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1416226 1 0.5992 0.19138 0.528 0.148 0.304 0.008 0.000 0.012
#> SRR1417404 2 0.7372 -0.22437 0.276 0.432 0.056 0.036 0.000 0.200
#> SRR665466 2 0.0748 0.73842 0.004 0.976 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR658849 1 0.5657 -0.19332 0.460 0.040 0.448 0.048 0.000 0.004
#> SRR1460025 2 0.2575 0.70468 0.016 0.888 0.020 0.004 0.000 0.072
#> SRR1408136 1 0.3275 0.58091 0.828 0.120 0.044 0.000 0.000 0.008
#> SRR1489995 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.5987 0.16855 0.524 0.144 0.312 0.008 0.000 0.012
#> SRR1488429 4 0.7358 -0.08637 0.052 0.000 0.192 0.412 0.308 0.036
#> SRR1087559 2 0.5737 -0.05235 0.096 0.532 0.028 0.000 0.000 0.344
#> SRR817004 1 0.8454 -0.06382 0.468 0.064 0.136 0.152 0.116 0.064
#> SRR1429660 4 0.4540 -0.02729 0.000 0.008 0.000 0.644 0.308 0.040
#> SRR604390 4 0.7244 0.05516 0.004 0.220 0.040 0.468 0.036 0.232
#> SRR614936 2 0.2257 0.72600 0.028 0.904 0.004 0.004 0.000 0.060
#> SRR1365938 1 0.4861 0.32881 0.572 0.368 0.004 0.000 0.000 0.056
#> SRR1437324 1 0.3437 0.56879 0.832 0.092 0.052 0.000 0.000 0.024
#> SRR613414 2 0.8463 -0.41806 0.052 0.348 0.044 0.328 0.096 0.132
#> SRR660414 2 0.4385 0.56338 0.132 0.764 0.020 0.008 0.000 0.076
#> SRR1452185 1 0.3140 0.58370 0.840 0.116 0.028 0.000 0.000 0.016
#> SRR1347020 1 0.6414 0.26736 0.528 0.144 0.260 0.000 0.000 0.068
#> SRR1398036 4 0.7556 0.29938 0.004 0.264 0.020 0.440 0.120 0.152
#> SRR1436674 1 0.2847 0.58300 0.852 0.120 0.012 0.000 0.000 0.016
#> SRR603750 3 0.6997 0.38503 0.212 0.112 0.492 0.004 0.000 0.180
#> SRR608630 4 0.8181 0.23034 0.020 0.304 0.032 0.364 0.120 0.160
#> SRR655625 2 0.3759 0.55140 0.008 0.732 0.004 0.008 0.000 0.248
#> SRR599059 2 0.4157 0.63230 0.064 0.808 0.048 0.056 0.000 0.024
#> SRR615189 2 0.4386 0.35879 0.248 0.704 0.008 0.004 0.004 0.032
#> SRR1466889 4 0.5783 0.32488 0.012 0.300 0.020 0.596 0.048 0.024
#> SRR1084602 2 0.4613 0.43765 0.044 0.664 0.008 0.004 0.000 0.280
#> SRR1335422 1 0.3708 0.52357 0.800 0.080 0.112 0.008 0.000 0.000
#> SRR1356805 4 0.5807 0.26247 0.016 0.340 0.016 0.564 0.040 0.024
#> SRR1385300 1 0.8550 -0.16836 0.372 0.100 0.288 0.128 0.032 0.080
#> SRR654814 3 0.5761 0.54012 0.212 0.004 0.600 0.020 0.000 0.164
#> SRR658385 2 0.3328 0.65284 0.020 0.840 0.020 0.108 0.000 0.012
#> SRR820596 2 0.5976 -0.20987 0.104 0.496 0.036 0.000 0.000 0.364
#> SRR1318118 1 0.6638 0.33630 0.532 0.272 0.092 0.016 0.000 0.088
#> SRR1480766 2 0.0891 0.73825 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1406539 1 0.7244 0.32089 0.512 0.204 0.172 0.076 0.004 0.032
#> SRR1341833 4 0.5941 0.23161 0.012 0.360 0.016 0.536 0.024 0.052
#> SRR1441826 2 0.3971 0.37515 0.004 0.652 0.004 0.004 0.000 0.336
#> SRR1448051 1 0.2711 0.58260 0.860 0.116 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1326752 1 0.6818 -0.30845 0.416 0.028 0.392 0.132 0.004 0.028
#> SRR665217 3 0.7915 0.42297 0.304 0.056 0.392 0.176 0.012 0.060
#> SRR819186 2 0.0692 0.73800 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.7220 0.42024 0.292 0.004 0.364 0.288 0.016 0.036
#> SRR607166 2 0.1630 0.73823 0.020 0.940 0.016 0.000 0.000 0.024
#> SRR809065 2 0.3750 0.66159 0.060 0.820 0.032 0.004 0.000 0.084
#> SRR1415872 4 0.5682 0.32924 0.008 0.296 0.016 0.604 0.036 0.040
#> SRR1415463 1 0.6201 0.00121 0.496 0.092 0.360 0.008 0.000 0.044
#> SRR1381161 5 0.4355 0.65806 0.000 0.000 0.008 0.164 0.736 0.092
#> SRR1442231 1 0.4861 0.32881 0.572 0.368 0.004 0.000 0.000 0.056
#> SRR1374696 1 0.3988 0.56185 0.776 0.148 0.016 0.000 0.000 0.060
#> SRR1451988 3 0.6975 0.06637 0.340 0.252 0.364 0.020 0.000 0.024
#> SRR660555 1 0.4968 0.37308 0.744 0.024 0.132 0.044 0.004 0.052
#> SRR657801 3 0.5719 0.56916 0.240 0.000 0.584 0.020 0.000 0.156
#> SRR663344 2 0.5275 0.29278 0.016 0.624 0.016 0.304 0.020 0.020
#> SRR1472462 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 2 0.7151 -0.23378 0.188 0.504 0.176 0.016 0.000 0.116
#> SRR656886 2 0.3537 0.64561 0.028 0.816 0.020 0.004 0.000 0.132
#> SRR1498337 5 0.7871 -0.24802 0.000 0.240 0.016 0.256 0.336 0.152
#> SRR613066 5 0.0870 0.73634 0.000 0.000 0.004 0.012 0.972 0.012
#> SRR1309490 1 0.3275 0.58091 0.828 0.120 0.044 0.000 0.000 0.008
#> SRR602492 4 0.7556 0.29938 0.004 0.264 0.020 0.440 0.120 0.152
#> SRR1447347 1 0.4786 0.54569 0.720 0.160 0.084 0.000 0.000 0.036
#> SRR1475546 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 2 0.7479 -0.46004 0.200 0.408 0.160 0.004 0.000 0.228
#> SRR1434332 2 0.0806 0.73880 0.008 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1070358 4 0.5361 0.45920 0.008 0.160 0.016 0.704 0.076 0.036
#> SRR1345936 5 0.5447 0.48761 0.000 0.000 0.016 0.296 0.584 0.104
#> SRR665658 2 0.1585 0.73217 0.036 0.940 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1321351 2 0.1718 0.73154 0.016 0.932 0.008 0.000 0.000 0.044
#> SRR657880 2 0.4388 0.61395 0.052 0.792 0.060 0.072 0.000 0.024
#> SRR1373903 2 0.0964 0.73939 0.012 0.968 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR657396 4 0.8017 0.27785 0.020 0.288 0.020 0.388 0.136 0.148
#> SRR660981 2 0.0777 0.73749 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR818499 1 0.3364 0.55940 0.832 0.088 0.068 0.000 0.000 0.012
#> SRR819658 2 0.5330 0.16165 0.008 0.568 0.008 0.344 0.000 0.072
#> SRR1376316 1 0.3692 0.54902 0.824 0.088 0.060 0.012 0.000 0.016
#> SRR1323723 2 0.1269 0.73455 0.012 0.956 0.012 0.020 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.3095 0.58241 0.828 0.144 0.012 0.000 0.000 0.016
#> SRR1403478 2 0.3328 0.65284 0.020 0.840 0.020 0.108 0.000 0.012
#> SRR1095695 1 0.5438 -0.10181 0.492 0.056 0.424 0.028 0.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.9053 -0.20835 0.308 0.240 0.156 0.076 0.036 0.184
#> SRR1498813 2 0.3892 0.42654 0.004 0.672 0.004 0.004 0.000 0.316
#> SRR627437 6 0.7741 0.47107 0.148 0.256 0.264 0.008 0.000 0.324
#> SRR2185097 1 0.4706 0.53799 0.720 0.112 0.152 0.012 0.000 0.004
#> SRR817166 4 0.7281 0.29794 0.008 0.124 0.032 0.528 0.204 0.104
#> SRR1091670 2 0.0692 0.73916 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR603776 4 0.8875 0.08792 0.124 0.024 0.216 0.356 0.108 0.172
#> SRR1479640 2 0.0458 0.73867 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR660152 1 0.6203 0.18042 0.580 0.048 0.276 0.068 0.004 0.024
#> SRR1074769 2 0.0692 0.73759 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0748 0.73842 0.004 0.976 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1392502 5 0.4769 0.54548 0.000 0.000 0.020 0.356 0.596 0.028
#> SRR1359609 5 0.3302 0.68122 0.004 0.000 0.044 0.064 0.852 0.036
#> SRR601925 2 0.0951 0.73929 0.020 0.968 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165182 2 0.3733 0.61304 0.012 0.800 0.008 0.144 0.000 0.036
#> SRR608542 4 0.7465 0.31243 0.004 0.256 0.016 0.452 0.124 0.148
#> SRR655064 2 0.4499 0.54283 0.044 0.712 0.012 0.008 0.000 0.224
#> SRR1432430 1 0.6024 0.45127 0.580 0.180 0.208 0.008 0.000 0.024
#> SRR808472 2 0.2988 0.69534 0.020 0.860 0.012 0.004 0.004 0.100
#> SRR1414958 5 0.3430 0.68389 0.000 0.000 0.004 0.208 0.772 0.016
#> SRR598484 2 0.4717 0.19116 0.008 0.600 0.016 0.016 0.000 0.360
#> SRR612755 3 0.5573 0.58945 0.300 0.000 0.568 0.016 0.000 0.116
#> SRR1365808 1 0.2871 0.57919 0.852 0.116 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR1391724 2 0.7463 -0.45575 0.196 0.412 0.160 0.004 0.000 0.228
#> SRR1322373 1 0.5657 -0.19332 0.460 0.040 0.448 0.048 0.000 0.004
#> SRR1489265 2 0.1003 0.73887 0.004 0.964 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1359099 2 0.3328 0.65284 0.020 0.840 0.020 0.108 0.000 0.012
#> SRR607279 2 0.3074 0.60933 0.004 0.792 0.004 0.000 0.000 0.200
#> SRR810461 2 0.0964 0.74057 0.016 0.968 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR627427 2 0.6141 -0.03129 0.292 0.544 0.088 0.000 0.000 0.076
#> SRR612887 2 0.5362 0.17548 0.008 0.572 0.012 0.340 0.000 0.068
#> SRR809807 5 0.4141 0.60978 0.000 0.000 0.008 0.296 0.676 0.020
#> SRR663112 2 0.5199 0.17661 0.020 0.596 0.028 0.020 0.000 0.336
#> SRR1346933 5 0.3603 0.69689 0.000 0.000 0.008 0.112 0.808 0.072
#> SRR1487910 1 0.2446 0.58342 0.864 0.124 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 2 0.2872 0.66775 0.012 0.832 0.000 0.004 0.000 0.152
#> SRR1417680 2 0.0891 0.73825 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1383785 1 0.4580 0.53119 0.708 0.120 0.168 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070015 5 0.3653 0.68183 0.000 0.000 0.004 0.228 0.748 0.020
#> SRR1466222 2 0.7021 -0.37571 0.116 0.488 0.220 0.004 0.000 0.172
#> SRR1416119 5 0.6563 0.32788 0.012 0.000 0.132 0.364 0.452 0.040
#> SRR819318 1 0.7904 -0.15215 0.432 0.088 0.304 0.092 0.024 0.060
#> SRR608288 2 0.1262 0.73580 0.020 0.956 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR811121 4 0.5625 0.35187 0.016 0.104 0.016 0.688 0.148 0.028
#> SRR613138 2 0.1204 0.73586 0.016 0.960 0.004 0.016 0.000 0.004
#> SRR810483 1 0.6109 0.14339 0.516 0.092 0.348 0.016 0.000 0.028
#> SRR607839 1 0.2834 0.58082 0.852 0.120 0.008 0.000 0.000 0.020
#> SRR1337031 1 0.5028 0.32176 0.724 0.012 0.164 0.060 0.008 0.032
#> SRR601311 2 0.5818 0.07655 0.004 0.536 0.008 0.152 0.000 0.300
#> SRR1406685 2 0.3892 0.42654 0.004 0.672 0.004 0.004 0.000 0.316
#> SRR1467500 2 0.1411 0.73300 0.004 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1308504 1 0.3623 0.54136 0.812 0.080 0.096 0.000 0.000 0.012
#> SRR1312865 4 0.7735 0.19053 0.096 0.004 0.204 0.492 0.104 0.100
#> SRR1312522 1 0.7409 0.16492 0.500 0.100 0.240 0.108 0.004 0.048
#> SRR1490486 2 0.0508 0.73758 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.5519 -0.15826 0.484 0.048 0.428 0.040 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.3473 0.55743 0.824 0.088 0.076 0.000 0.000 0.012
#> SRR1098785 2 0.0713 0.73985 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1084766 2 0.3816 0.62821 0.096 0.800 0.008 0.004 0.000 0.092
#> SRR1102804 2 0.0858 0.73709 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1336636 1 0.6715 -0.01808 0.436 0.124 0.368 0.008 0.000 0.064
#> SRR1347795 5 0.1405 0.73473 0.000 0.000 0.004 0.024 0.948 0.024
#> SRR601900 2 0.4352 0.59598 0.028 0.780 0.044 0.124 0.000 0.024
#> SRR1330989 2 0.3516 0.66070 0.076 0.824 0.008 0.004 0.000 0.088
#> SRR658445 5 0.3653 0.68183 0.000 0.000 0.004 0.228 0.748 0.020
#> SRR1368754 1 0.9078 -0.03156 0.372 0.144 0.188 0.108 0.052 0.136
#> SRR1460001 2 0.0748 0.74009 0.016 0.976 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414934 1 0.2915 0.57882 0.848 0.120 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR1326249 3 0.6896 0.44422 0.332 0.004 0.412 0.212 0.012 0.028
#> SRR614948 5 0.0870 0.73634 0.000 0.000 0.004 0.012 0.972 0.012
#> SRR1472952 1 0.6763 -0.03445 0.468 0.076 0.356 0.068 0.000 0.032
#> SRR1321528 1 0.4564 0.55464 0.736 0.164 0.064 0.000 0.000 0.036
#> SRR627447 3 0.6707 0.54742 0.224 0.072 0.536 0.012 0.000 0.156
#> SRR612239 6 0.6197 0.58241 0.016 0.320 0.160 0.008 0.000 0.496
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.463 0.635 0.648 0.4223 0.499 0.499
#> 3 3 0.953 0.927 0.960 0.4760 0.822 0.661
#> 4 4 0.703 0.497 0.729 0.1406 0.891 0.728
#> 5 5 0.681 0.660 0.782 0.0817 0.802 0.456
#> 6 6 0.698 0.602 0.754 0.0472 0.943 0.756
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR603858 1 0.7815 0.1661 0.768 0.232
#> SRR817070 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1486995 1 0.6247 0.6179 0.844 0.156
#> SRR813043 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR656874 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR659037 2 0.9998 -0.3809 0.492 0.508
#> SRR662031 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1481036 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1434009 2 0.3584 0.3139 0.068 0.932
#> SRR1376676 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.3733 0.3099 0.072 0.928
#> SRR665429 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1388025 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR600784 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.4161 0.2968 0.084 0.916
#> SRR1323896 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1453971 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1309468 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 1.0000 0.3858 0.504 0.496
#> SRR1365489 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR627445 1 0.2423 0.7018 0.960 0.040
#> SRR607863 2 0.9754 0.7006 0.408 0.592
#> SRR1475524 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1405504 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR615695 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR601477 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1487215 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1310797 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1362713 1 0.5178 0.5532 0.884 0.116
#> SRR1431385 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1102079 1 0.9988 0.3960 0.520 0.480
#> SRR1357210 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR663573 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR603188 2 0.4161 0.4207 0.084 0.916
#> SRR1471200 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1310975 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR627457 1 0.9775 -0.5457 0.588 0.412
#> SRR1367654 2 0.3274 0.3215 0.060 0.940
#> SRR1488410 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1457750 1 0.9775 -0.5451 0.588 0.412
#> SRR1099546 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1390477 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1458447 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1473161 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1409813 2 0.3879 0.3058 0.076 0.924
#> SRR612791 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1470580 1 0.9933 -0.6425 0.548 0.452
#> SRR1444063 1 0.4939 0.5718 0.892 0.108
#> SRR1355578 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.4562 0.2823 0.096 0.904
#> SRR814244 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1404123 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR656934 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1339029 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR821525 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1443677 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.9988 0.3960 0.520 0.480
#> SRR1338124 1 0.9129 -0.3046 0.672 0.328
#> SRR1391376 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR661842 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1395699 1 0.1414 0.7446 0.980 0.020
#> SRR1312209 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1414578 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR603620 2 0.2236 0.3610 0.036 0.964
#> SRR604677 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR602058 2 0.2043 0.3903 0.032 0.968
#> SRR817488 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR655601 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1434821 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1349166 2 0.0376 0.3671 0.004 0.996
#> SRR615129 2 0.9998 0.7593 0.492 0.508
#> SRR607586 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR602680 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1411070 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR663038 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1489416 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1479155 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR2184865 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR2170135 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1335513 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1370216 1 0.8144 0.5370 0.748 0.252
#> SRR662954 2 0.4815 0.2954 0.104 0.896
#> SRR1375738 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1356577 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1073119 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR663549 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1478015 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR600632 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR811866 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0938 0.3785 0.012 0.988
#> SRR1477797 2 0.4161 0.2968 0.084 0.916
#> SRR1402986 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR658897 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1419869 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1490700 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR601723 2 1.0000 0.7524 0.496 0.504
#> SRR1384115 2 0.4939 0.2660 0.108 0.892
#> SRR1476927 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1387769 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1322595 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1370423 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1314976 1 0.3733 0.6452 0.928 0.072
#> SRR1319560 2 0.0938 0.3785 0.012 0.988
#> SRR1352683 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1473800 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1360807 2 0.9996 0.7656 0.488 0.512
#> SRR1332544 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR598695 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR809296 1 0.1414 0.7446 0.980 0.020
#> SRR657927 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1454415 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1419131 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1404293 1 0.2236 0.7084 0.964 0.036
#> SRR1473340 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1323382 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1480697 1 0.0672 0.7512 0.992 0.008
#> SRR1321808 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1382756 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1312558 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1417088 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1433027 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR662257 2 0.3879 0.3058 0.076 0.924
#> SRR600417 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR812493 2 0.4815 0.2717 0.104 0.896
#> SRR612743 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1361345 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR600584 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1310520 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1395595 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1334074 2 0.5178 0.2542 0.116 0.884
#> SRR654838 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1376694 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1433841 1 0.9970 -0.6828 0.532 0.468
#> SRR1366837 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1467479 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1459055 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1471050 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR603004 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR814703 2 0.5294 0.4427 0.120 0.880
#> SRR661937 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR614359 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1389084 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1344400 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1414290 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1413644 2 0.0000 0.3699 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1099286 1 0.0672 0.7512 0.992 0.008
#> SRR2166570 1 0.4298 0.6140 0.912 0.088
#> SRR601445 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1377026 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1327386 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1460433 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1469345 1 0.8144 0.5370 0.748 0.252
#> SRR1421462 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR662966 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1339175 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1434671 2 0.0000 0.3699 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1465543 2 0.4690 0.2772 0.100 0.900
#> SRR1342023 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0938 0.3785 0.012 0.988
#> SRR1072150 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1442822 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.4690 0.2772 0.100 0.900
#> SRR1442778 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1086728 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR627464 1 0.9998 -0.7315 0.508 0.492
#> SRR1409193 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR2168286 2 0.9996 0.7656 0.488 0.512
#> SRR615539 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR663623 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1471989 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1468828 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1381934 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.4431 0.2873 0.092 0.908
#> SRR821302 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR661601 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1446546 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1419784 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1357233 2 0.4562 0.2823 0.096 0.904
#> SRR1441889 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1324250 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1442862 2 0.3584 0.3139 0.068 0.932
#> SRR662474 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1416226 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1417404 1 0.0672 0.7545 0.992 0.008
#> SRR665466 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR658849 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1408136 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1374092 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1488429 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1087559 1 0.5059 0.5626 0.888 0.112
#> SRR817004 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1429660 2 0.3274 0.3215 0.060 0.940
#> SRR604390 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR614936 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1365938 2 0.9996 0.7656 0.488 0.512
#> SRR1437324 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.9909 0.7399 0.444 0.556
#> SRR660414 1 0.4161 0.6220 0.916 0.084
#> SRR1452185 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1398036 2 0.0938 0.3785 0.012 0.988
#> SRR1436674 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR603750 1 0.4562 0.5974 0.904 0.096
#> SRR608630 1 0.9815 -0.5865 0.580 0.420
#> SRR655625 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR599059 1 0.8661 -0.0999 0.712 0.288
#> SRR615189 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1466889 2 0.1414 0.3833 0.020 0.980
#> SRR1084602 2 0.9993 0.7722 0.484 0.516
#> SRR1335422 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0672 0.3757 0.008 0.992
#> SRR1385300 1 0.7745 0.5578 0.772 0.228
#> SRR654814 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR820596 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.3274 0.7061 0.940 0.060
#> SRR1480766 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1406539 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1341833 2 0.9732 0.6962 0.404 0.596
#> SRR1441826 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1448051 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.1843 0.7378 0.972 0.028
#> SRR665217 1 0.1414 0.7446 0.980 0.020
#> SRR819186 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR661517 1 0.1414 0.7446 0.980 0.020
#> SRR607166 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR809065 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1415872 2 0.9286 0.6319 0.344 0.656
#> SRR1415463 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1381161 2 0.3879 0.3058 0.076 0.924
#> SRR1442231 2 0.9996 0.7656 0.488 0.512
#> SRR1374696 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1451988 1 0.4298 0.6138 0.912 0.088
#> SRR660555 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1472462 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1406176 1 0.4690 0.5889 0.900 0.100
#> SRR656886 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1498337 2 0.3879 0.3058 0.076 0.924
#> SRR613066 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1309490 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1447347 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1475546 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR627459 1 0.9996 -0.7248 0.512 0.488
#> SRR1434332 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1070358 2 0.0376 0.3671 0.004 0.996
#> SRR1345936 2 0.5059 0.2601 0.112 0.888
#> SRR665658 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1321351 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR657880 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1373903 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR657396 2 0.0938 0.3785 0.012 0.988
#> SRR660981 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR818499 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0938 0.3785 0.012 0.988
#> SRR1376316 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1476719 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1403478 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1095695 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1352391 1 0.0938 0.7481 0.988 0.012
#> SRR1498813 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR627437 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR2185097 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR817166 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1091670 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR603776 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR660152 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR656153 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1392502 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1359609 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR601925 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR2165182 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR608542 2 0.0000 0.3699 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1432430 1 0.1184 0.7397 0.984 0.016
#> SRR808472 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1414958 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR598484 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR612755 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1322373 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1359099 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR607279 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR810461 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR627427 1 0.1184 0.7397 0.984 0.016
#> SRR612887 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR809807 2 0.9909 -0.3289 0.444 0.556
#> SRR663112 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1346933 2 0.4939 0.2660 0.108 0.892
#> SRR1487910 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR603092 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1417680 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1383785 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.4690 0.2772 0.100 0.900
#> SRR1466222 1 0.9522 -0.4179 0.628 0.372
#> SRR1416119 1 0.9993 0.3946 0.516 0.484
#> SRR819318 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR811121 2 0.9983 0.7745 0.476 0.524
#> SRR613138 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR810483 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0938 0.7506 0.988 0.012
#> SRR601311 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1406685 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1467500 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1308504 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1312522 1 0.9963 0.4040 0.536 0.464
#> SRR1490486 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1325888 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1084766 2 0.9996 0.7656 0.488 0.512
#> SRR1102804 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1336636 1 0.0376 0.7563 0.996 0.004
#> SRR1347795 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR601900 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1330989 2 0.9996 0.7656 0.488 0.512
#> SRR658445 2 0.4690 0.2772 0.100 0.900
#> SRR1368754 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1460001 2 0.9988 0.7787 0.480 0.520
#> SRR1414934 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.1414 0.7446 0.980 0.020
#> SRR614948 1 0.9996 0.3931 0.512 0.488
#> SRR1472952 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.3733 0.6448 0.928 0.072
#> SRR627447 1 0.0000 0.7593 1.000 0.000
#> SRR612239 2 1.0000 0.7524 0.496 0.504
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR603858 1 0.6294 0.5944 0.692 0.288 0.020
#> SRR817070 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1486995 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR813043 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR656874 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR659037 3 0.0592 0.9541 0.012 0.000 0.988
#> SRR662031 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1081283 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1481036 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR1434009 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR1376676 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1396967 3 0.1647 0.9462 0.004 0.036 0.960
#> SRR665429 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1388025 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR600784 1 0.0237 0.9616 0.996 0.004 0.000
#> SRR657611 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1333659 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR1323896 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1453971 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1421010 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1334490 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1309468 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1468637 3 0.1015 0.9555 0.012 0.008 0.980
#> SRR1365489 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR627445 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR607863 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1475524 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1405504 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR615695 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR600900 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR601477 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1487215 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1310797 2 0.0237 0.9561 0.004 0.996 0.000
#> SRR1362713 1 0.3141 0.8918 0.912 0.068 0.020
#> SRR1431385 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1379089 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1102079 3 0.6950 0.0839 0.476 0.016 0.508
#> SRR1357210 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR657659 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR663573 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR603188 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1471200 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1310975 2 0.0424 0.9624 0.008 0.992 0.000
#> SRR627457 1 0.3987 0.8415 0.872 0.108 0.020
#> SRR1367654 3 0.1832 0.9443 0.008 0.036 0.956
#> SRR1488410 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1457750 1 0.6849 0.3687 0.600 0.380 0.020
#> SRR1099546 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR604480 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1390477 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1458447 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1473161 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1409813 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR612791 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.4912 0.7508 0.196 0.796 0.008
#> SRR1444063 1 0.4842 0.6996 0.776 0.224 0.000
#> SRR1355578 1 0.0892 0.9523 0.980 0.000 0.020
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR814244 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1404123 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR656934 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR1339029 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR821525 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1443677 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1406330 3 0.1753 0.9337 0.048 0.000 0.952
#> SRR1338124 1 0.4002 0.7802 0.840 0.160 0.000
#> SRR1391376 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR661842 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1395699 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1312209 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1414578 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR603620 2 0.4808 0.7544 0.008 0.804 0.188
#> SRR604677 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR603800 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR602058 2 0.4808 0.7595 0.008 0.804 0.188
#> SRR817488 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR655601 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1434821 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1349166 3 0.6204 0.3058 0.000 0.424 0.576
#> SRR615129 2 0.3141 0.9129 0.068 0.912 0.020
#> SRR607586 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR602680 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1411070 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR663038 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1489416 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR2184865 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR2170135 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR615551 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1335513 2 0.1337 0.9629 0.016 0.972 0.012
#> SRR1370216 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR662954 3 0.0747 0.9463 0.000 0.016 0.984
#> SRR1375738 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR1356577 1 0.1315 0.9515 0.972 0.008 0.020
#> SRR1073119 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR663549 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR1478015 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR600632 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR811866 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR1401101 2 0.1015 0.9474 0.008 0.980 0.012
#> SRR1477797 3 0.0424 0.9522 0.000 0.008 0.992
#> SRR1402986 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR658897 1 0.0237 0.9616 0.996 0.004 0.000
#> SRR1419869 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1490700 1 0.1315 0.9515 0.972 0.008 0.020
#> SRR601723 2 0.6738 0.4372 0.356 0.624 0.020
#> SRR1384115 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR1476927 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1387769 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR1322595 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1370423 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1314976 1 0.1315 0.9515 0.972 0.008 0.020
#> SRR1319560 2 0.4755 0.7602 0.008 0.808 0.184
#> SRR1352683 1 0.0848 0.9591 0.984 0.008 0.008
#> SRR1473800 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1326384 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1360807 2 0.3415 0.9015 0.080 0.900 0.020
#> SRR1332544 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR598695 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0892 0.9549 0.020 0.980 0.000
#> SRR809296 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0661 0.9630 0.008 0.988 0.004
#> SRR1454415 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1419131 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1404293 1 0.1315 0.9515 0.972 0.008 0.020
#> SRR1473340 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1345563 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1323382 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1480697 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1321808 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1382756 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1312558 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1417088 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1433027 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR662257 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR600417 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR812493 3 0.0424 0.9522 0.000 0.008 0.992
#> SRR612743 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR1361345 1 0.1315 0.9515 0.972 0.008 0.020
#> SRR600584 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1310520 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1395595 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1334074 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR654838 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1376694 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1433841 2 0.6161 0.6277 0.272 0.708 0.020
#> SRR1366837 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1467479 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1459055 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1471050 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR603004 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR814703 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR661937 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1344400 2 0.0424 0.9624 0.008 0.992 0.000
#> SRR1414290 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1413644 2 0.4645 0.7622 0.008 0.816 0.176
#> SRR1098998 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1481279 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1315103 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1099286 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR2166570 1 0.1315 0.9515 0.972 0.008 0.020
#> SRR601445 1 0.0475 0.9615 0.992 0.004 0.004
#> SRR1439719 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1377026 2 0.1015 0.9530 0.008 0.980 0.012
#> SRR1327386 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR654826 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1460433 2 0.1315 0.9513 0.008 0.972 0.020
#> SRR1469345 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1421462 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR662966 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1339175 1 0.0237 0.9616 0.996 0.004 0.000
#> SRR1447736 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1434671 2 0.4645 0.7622 0.008 0.816 0.176
#> SRR660800 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1465543 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.1015 0.9474 0.008 0.980 0.012
#> SRR1072150 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1442822 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR1442778 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1086728 3 0.1015 0.9555 0.012 0.008 0.980
#> SRR627464 1 0.7063 0.0736 0.516 0.464 0.020
#> SRR1409193 1 0.1315 0.9515 0.972 0.008 0.020
#> SRR2168286 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR615539 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR663623 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1471989 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1468828 2 0.1337 0.9629 0.016 0.972 0.012
#> SRR1381934 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1314749 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR2166874 3 0.0592 0.9530 0.000 0.012 0.988
#> SRR821302 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1435066 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR661601 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1446546 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1419784 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1357233 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR1441889 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1413940 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1324250 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1442862 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR662474 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1416226 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR1417404 1 0.1636 0.9432 0.964 0.016 0.020
#> SRR665466 2 0.1170 0.9640 0.016 0.976 0.008
#> SRR658849 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1408136 1 0.0237 0.9616 0.996 0.004 0.000
#> SRR1489995 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1374092 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR1488429 3 0.1905 0.9459 0.028 0.016 0.956
#> SRR1087559 1 0.4345 0.8107 0.848 0.136 0.016
#> SRR817004 3 0.2269 0.9376 0.040 0.016 0.944
#> SRR1429660 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR604390 3 0.4602 0.8109 0.152 0.016 0.832
#> SRR614936 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1365938 2 0.1781 0.9589 0.020 0.960 0.020
#> SRR1437324 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR613414 2 0.1315 0.9513 0.008 0.972 0.020
#> SRR660414 1 0.1315 0.9515 0.972 0.008 0.020
#> SRR1452185 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1347020 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1398036 2 0.4808 0.7595 0.008 0.804 0.188
#> SRR1436674 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR603750 1 0.0848 0.9591 0.984 0.008 0.008
#> SRR608630 2 0.5817 0.6758 0.236 0.744 0.020
#> SRR655625 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR599059 1 0.5882 0.4555 0.652 0.348 0.000
#> SRR615189 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1466889 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1084602 2 0.2050 0.9534 0.028 0.952 0.020
#> SRR1335422 1 0.0237 0.9616 0.996 0.004 0.000
#> SRR1356805 2 0.1015 0.9474 0.008 0.980 0.012
#> SRR1385300 1 0.0983 0.9476 0.980 0.016 0.004
#> SRR654814 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1480766 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1441826 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1448051 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1326752 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR665217 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR819186 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR661517 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR607166 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR809065 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1415872 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1415463 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1381161 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR1442231 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1374696 1 0.0848 0.9591 0.984 0.008 0.008
#> SRR1451988 1 0.0592 0.9603 0.988 0.012 0.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR663344 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1472462 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1406176 1 0.2448 0.8959 0.924 0.076 0.000
#> SRR656886 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1498337 3 0.0424 0.9522 0.000 0.008 0.992
#> SRR613066 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1309490 1 0.0237 0.9616 0.996 0.004 0.000
#> SRR602492 2 0.1315 0.9513 0.008 0.972 0.020
#> SRR1447347 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1475546 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR627459 2 0.7069 0.0761 0.472 0.508 0.020
#> SRR1434332 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1070358 3 0.6565 0.3197 0.008 0.416 0.576
#> SRR1345936 3 0.0592 0.9530 0.000 0.012 0.988
#> SRR665658 2 0.1337 0.9629 0.016 0.972 0.012
#> SRR1321351 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR657880 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1373903 2 0.1491 0.9620 0.016 0.968 0.016
#> SRR657396 2 0.4755 0.7602 0.008 0.808 0.184
#> SRR660981 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR818499 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR819658 2 0.1015 0.9474 0.008 0.980 0.012
#> SRR1376316 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1323723 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1476719 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR1403478 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1095695 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1352391 1 0.4063 0.8475 0.868 0.112 0.020
#> SRR1498813 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR627437 1 0.0592 0.9575 0.988 0.000 0.012
#> SRR2185097 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR817166 3 0.1636 0.9502 0.020 0.016 0.964
#> SRR1091670 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR603776 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1479640 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR660152 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1074769 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR656153 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1392502 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1359609 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR601925 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR2165182 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR608542 3 0.6180 0.3103 0.000 0.416 0.584
#> SRR655064 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1432430 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR808472 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1414958 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR598484 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR612755 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1365808 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1391724 1 0.1015 0.9568 0.980 0.008 0.012
#> SRR1322373 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1359099 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR607279 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR810461 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR627427 1 0.0848 0.9591 0.984 0.008 0.008
#> SRR612887 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR809807 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR663112 2 0.3686 0.8356 0.140 0.860 0.000
#> SRR1346933 3 0.0592 0.9530 0.000 0.012 0.988
#> SRR1487910 1 0.0661 0.9610 0.988 0.008 0.004
#> SRR603092 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1417680 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR1466222 2 0.4702 0.7311 0.212 0.788 0.000
#> SRR1416119 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR819318 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR608288 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR811121 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1337031 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR601311 2 0.1315 0.9513 0.008 0.972 0.020
#> SRR1406685 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1467500 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1308504 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1312865 3 0.1905 0.9459 0.028 0.016 0.956
#> SRR1312522 1 0.5008 0.7451 0.804 0.016 0.180
#> SRR1490486 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1325888 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1472885 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1098785 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1084766 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR1102804 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1336636 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1347795 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR601900 2 0.0424 0.9540 0.008 0.992 0.000
#> SRR1330989 2 0.1636 0.9609 0.016 0.964 0.020
#> SRR658445 3 0.0892 0.9531 0.000 0.020 0.980
#> SRR1368754 1 0.6931 0.0970 0.528 0.016 0.456
#> SRR1460001 2 0.0747 0.9655 0.016 0.984 0.000
#> SRR1414934 1 0.0424 0.9621 0.992 0.008 0.000
#> SRR1326249 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR614948 3 0.0892 0.9555 0.020 0.000 0.980
#> SRR1472952 1 0.0747 0.9496 0.984 0.016 0.000
#> SRR1321528 1 0.1315 0.9515 0.972 0.008 0.020
#> SRR627447 1 0.0000 0.9604 1.000 0.000 0.000
#> SRR612239 1 0.6849 0.3568 0.600 0.380 0.020
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 1 0.0592 0.80871 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR603858 2 0.6659 0.03148 0.088 0.512 0.000 0.400
#> SRR817070 2 0.2402 0.23967 0.012 0.912 0.000 0.076
#> SRR1486995 1 0.1635 0.79681 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR813043 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR656874 4 0.4877 0.60364 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR659037 3 0.0657 0.94504 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR662031 1 0.4382 0.81464 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1081283 2 0.0469 0.26171 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1481036 1 0.0895 0.80517 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1434009 3 0.1716 0.92875 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1376676 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1396967 3 0.4214 0.82098 0.000 0.016 0.780 0.204
#> SRR665429 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1388025 2 0.0657 0.26154 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR600784 1 0.0188 0.81117 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657611 1 0.3074 0.82301 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1333659 3 0.1867 0.92741 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1323896 2 0.5360 0.03971 0.012 0.552 0.000 0.436
#> SRR1453971 1 0.4522 0.80733 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1421010 1 0.4477 0.80985 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1334490 3 0.0804 0.94318 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1309468 1 0.4331 0.81635 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1468637 3 0.0779 0.94504 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1365489 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR627445 1 0.2489 0.77326 0.912 0.068 0.000 0.020
#> SRR607863 4 0.4697 0.64668 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1475524 3 0.0804 0.94495 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1405504 2 0.5360 0.03971 0.012 0.552 0.000 0.436
#> SRR615695 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR600900 2 0.4741 -0.01529 0.000 0.668 0.004 0.328
#> SRR601477 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1487215 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1310797 4 0.4967 0.44440 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1362713 2 0.7870 -0.37639 0.300 0.392 0.000 0.308
#> SRR1431385 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1379089 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1102079 1 0.7355 -0.03511 0.488 0.000 0.340 0.172
#> SRR1357210 1 0.4382 0.81464 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR657659 2 0.1284 0.25719 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR663573 2 0.0657 0.26154 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR603188 4 0.4679 0.64507 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1471200 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1310975 2 0.5137 0.00765 0.004 0.544 0.000 0.452
#> SRR627457 1 0.6240 0.52256 0.604 0.320 0.000 0.076
#> SRR1367654 3 0.4283 0.77602 0.000 0.004 0.740 0.256
#> SRR1488410 3 0.0804 0.94495 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1457750 2 0.7784 -0.22397 0.252 0.412 0.000 0.336
#> SRR1099546 1 0.0921 0.81742 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR604480 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1390477 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1458447 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1473161 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1409813 3 0.0921 0.94144 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR612791 1 0.0707 0.80983 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1470580 2 0.7665 0.01558 0.304 0.456 0.000 0.240
#> SRR1444063 1 0.6745 0.57714 0.480 0.092 0.000 0.428
#> SRR1355578 1 0.4632 0.81016 0.688 0.004 0.000 0.308
#> SRR1429203 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR599154 3 0.1792 0.92700 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR814244 3 0.0779 0.94504 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1404123 2 0.1284 0.25719 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR656934 1 0.1256 0.80289 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1339029 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR821525 2 0.0657 0.26154 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1443677 1 0.4382 0.81464 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1406330 3 0.4647 0.79396 0.036 0.012 0.796 0.156
#> SRR1338124 1 0.5057 0.48098 0.648 0.340 0.000 0.012
#> SRR1391376 1 0.0188 0.81126 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661842 2 0.0657 0.26154 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1395699 1 0.1256 0.80339 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1312209 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1359469 1 0.4382 0.81464 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR658885 3 0.0804 0.94318 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1414578 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR603620 2 0.6148 -0.01560 0.000 0.636 0.084 0.280
#> SRR604677 1 0.0921 0.80524 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR603800 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR602058 2 0.5072 0.05916 0.000 0.740 0.052 0.208
#> SRR817488 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR655601 2 0.0804 0.26072 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1434821 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1349166 4 0.7468 0.22273 0.000 0.196 0.320 0.484
#> SRR615129 4 0.6770 0.01381 0.096 0.408 0.000 0.496
#> SRR607586 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR602680 4 0.4866 0.61348 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1411070 2 0.4576 0.07059 0.012 0.728 0.000 0.260
#> SRR663038 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1489416 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1479155 1 0.4406 0.81371 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR662162 1 0.4304 0.81660 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1374567 1 0.0336 0.81408 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434048 2 0.5366 0.05055 0.012 0.548 0.000 0.440
#> SRR2184865 2 0.0937 0.25905 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR2170135 1 0.4331 0.81635 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR615551 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1335513 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1370216 1 0.1635 0.79681 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR662954 3 0.7277 0.60383 0.000 0.232 0.540 0.228
#> SRR1375738 1 0.0336 0.81408 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356577 2 0.7790 -0.36837 0.272 0.424 0.000 0.304
#> SRR1073119 1 0.4431 0.81225 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR663549 1 0.0000 0.81164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.5353 0.04471 0.012 0.556 0.000 0.432
#> SRR600632 2 0.5300 0.02550 0.012 0.580 0.000 0.408
#> SRR811866 1 0.4431 0.81225 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1401101 4 0.4713 0.63164 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1477797 3 0.5122 0.80079 0.000 0.164 0.756 0.080
#> SRR1402986 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR658897 1 0.4522 0.81026 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1419869 1 0.1474 0.82041 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1490700 1 0.5926 0.77739 0.632 0.060 0.000 0.308
#> SRR601723 2 0.5193 0.10823 0.324 0.656 0.000 0.020
#> SRR1384115 3 0.0336 0.94517 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476927 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1387769 1 0.0336 0.81408 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1322595 3 0.0524 0.94533 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1370423 1 0.0927 0.80585 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1314976 2 0.7711 -0.33141 0.248 0.444 0.000 0.308
#> SRR1319560 2 0.6447 -0.30340 0.000 0.484 0.068 0.448
#> SRR1352683 1 0.5069 0.51093 0.664 0.320 0.000 0.016
#> SRR1473800 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1326384 3 0.0336 0.94517 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1360807 2 0.1706 0.24433 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1332544 3 0.0927 0.94290 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR598695 1 0.3024 0.82287 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR807824 4 0.5212 0.54645 0.008 0.420 0.000 0.572
#> SRR809296 1 0.1256 0.80339 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR657927 1 0.0592 0.80871 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1440682 2 0.5112 0.00703 0.004 0.560 0.000 0.436
#> SRR1454415 4 0.4898 0.57988 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1419131 2 0.1174 0.25595 0.012 0.968 0.000 0.020
#> SRR1404293 1 0.4891 0.80685 0.680 0.012 0.000 0.308
#> SRR1473340 1 0.0188 0.81247 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345563 3 0.0804 0.94495 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1323382 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1480697 1 0.7554 0.26992 0.492 0.320 0.004 0.184
#> SRR1321808 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1382756 2 0.3324 0.19259 0.012 0.852 0.000 0.136
#> SRR1312558 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1417088 2 0.4999 0.02145 0.012 0.660 0.000 0.328
#> SRR1433027 2 0.5038 0.01913 0.012 0.652 0.000 0.336
#> SRR662257 3 0.1940 0.92322 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR600417 2 0.0469 0.26171 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR812493 3 0.1109 0.94264 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR612743 1 0.0707 0.81001 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1361345 1 0.6887 0.71321 0.560 0.132 0.000 0.308
#> SRR600584 2 0.2021 0.24870 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1310520 2 0.0937 0.25905 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1395595 3 0.0804 0.94318 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1334074 3 0.0672 0.94559 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR654838 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1376694 3 0.0804 0.94495 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1433841 4 0.6791 0.07567 0.120 0.316 0.000 0.564
#> SRR1366837 1 0.0188 0.81271 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467479 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1459055 3 0.2179 0.91346 0.000 0.012 0.924 0.064
#> SRR1471050 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR603004 4 0.4761 0.64353 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR814703 4 0.4697 0.64668 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR661937 2 0.5366 0.05080 0.012 0.548 0.000 0.440
#> SRR614359 1 0.0817 0.80894 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1071568 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1389084 1 0.0592 0.81025 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1337624 2 0.4978 0.02119 0.012 0.664 0.000 0.324
#> SRR1344400 2 0.5137 0.00765 0.004 0.544 0.000 0.452
#> SRR1414290 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1413644 4 0.6140 0.54612 0.000 0.340 0.064 0.596
#> SRR1098998 1 0.4406 0.81371 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1481279 1 0.4304 0.81660 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1315103 3 0.0804 0.94495 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1099286 1 0.4817 0.76205 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR2166570 1 0.2412 0.77359 0.908 0.084 0.000 0.008
#> SRR601445 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1439719 2 0.5018 0.01950 0.012 0.656 0.000 0.332
#> SRR1377026 2 0.4996 -0.41036 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1327386 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR654826 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1460433 2 0.3356 0.11481 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1469345 1 0.2611 0.81179 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR1421462 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR662966 3 0.0672 0.94513 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1339175 1 0.1022 0.81820 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1447736 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1434671 4 0.6265 0.53227 0.000 0.340 0.072 0.588
#> SRR660800 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1465543 3 0.0336 0.94517 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1342023 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1335670 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1400955 4 0.4713 0.63164 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1072150 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1442822 1 0.4406 0.81371 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1364658 1 0.0336 0.81196 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1098074 3 0.0336 0.94517 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1442778 1 0.4454 0.81091 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1086728 3 0.0804 0.94318 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR627464 2 0.5671 -0.00817 0.400 0.572 0.000 0.028
#> SRR1409193 1 0.5389 0.79613 0.660 0.032 0.000 0.308
#> SRR2168286 2 0.1059 0.25738 0.012 0.972 0.000 0.016
#> SRR615539 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR663623 1 0.3172 0.71305 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1471989 3 0.0336 0.94517 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1468828 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1381934 1 0.2814 0.82383 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1471098 1 0.0188 0.81247 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1314749 1 0.0469 0.81474 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2166874 3 0.1209 0.94278 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR821302 1 0.1474 0.82070 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1435066 4 0.4866 0.61348 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR661601 4 0.4866 0.61348 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1446546 2 0.5883 0.13488 0.172 0.700 0.000 0.128
#> SRR1419784 3 0.0672 0.94513 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1357233 3 0.1109 0.94264 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR1441889 1 0.4331 0.81635 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1413940 3 0.0804 0.94495 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1324250 2 0.3161 0.19828 0.012 0.864 0.000 0.124
#> SRR1442862 3 0.1940 0.92322 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR662474 2 0.4635 0.06275 0.012 0.720 0.000 0.268
#> SRR1416226 1 0.0188 0.81270 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417404 4 0.6967 -0.18782 0.112 0.432 0.000 0.456
#> SRR665466 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR658849 1 0.0592 0.81025 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1460025 2 0.3217 0.19682 0.012 0.860 0.000 0.128
#> SRR1408136 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1489995 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1374092 1 0.0188 0.81271 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488429 3 0.3219 0.85441 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1087559 2 0.7683 -0.26521 0.244 0.452 0.000 0.304
#> SRR817004 3 0.5022 0.77028 0.028 0.000 0.708 0.264
#> SRR1429660 3 0.1867 0.92514 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR604390 2 0.9694 -0.17919 0.316 0.320 0.152 0.212
#> SRR614936 2 0.5018 0.02123 0.012 0.656 0.000 0.332
#> SRR1365938 4 0.5964 0.03107 0.040 0.424 0.000 0.536
#> SRR1437324 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR613414 2 0.3975 0.07316 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR660414 1 0.2412 0.77359 0.908 0.084 0.000 0.008
#> SRR1452185 1 0.4406 0.81371 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1347020 1 0.0592 0.81529 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1398036 2 0.5429 0.04838 0.000 0.720 0.072 0.208
#> SRR1436674 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR603750 1 0.2489 0.77326 0.912 0.068 0.000 0.020
#> SRR608630 2 0.4511 0.07414 0.008 0.724 0.000 0.268
#> SRR655625 2 0.0469 0.26171 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR599059 1 0.4773 0.65832 0.788 0.092 0.000 0.120
#> SRR615189 2 0.0657 0.26123 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1466889 4 0.4679 0.64507 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1084602 2 0.1297 0.25441 0.016 0.964 0.000 0.020
#> SRR1335422 1 0.4382 0.81464 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1356805 4 0.4819 0.63793 0.000 0.344 0.004 0.652
#> SRR1385300 1 0.3978 0.66191 0.796 0.000 0.012 0.192
#> SRR654814 1 0.3024 0.82287 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR658385 4 0.4866 0.61348 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR820596 1 0.2987 0.75540 0.880 0.104 0.000 0.016
#> SRR1318118 1 0.4605 0.79855 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1480766 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1406539 1 0.4406 0.81349 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1341833 4 0.4697 0.64668 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1441826 2 0.1059 0.25821 0.012 0.972 0.000 0.016
#> SRR1448051 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1326752 1 0.1545 0.79553 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR665217 1 0.1489 0.79626 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR819186 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR661517 1 0.1545 0.79867 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR607166 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR809065 2 0.1677 0.25181 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1415872 4 0.4713 0.64476 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1415463 1 0.0000 0.81164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381161 3 0.1109 0.94264 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR1442231 2 0.5110 0.08954 0.012 0.636 0.000 0.352
#> SRR1374696 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1451988 1 0.1398 0.79500 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR660555 1 0.4356 0.81513 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR657801 1 0.3726 0.82141 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR663344 4 0.4866 0.61348 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1472462 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1406176 1 0.2949 0.73855 0.888 0.088 0.000 0.024
#> SRR656886 2 0.5127 0.01503 0.012 0.632 0.000 0.356
#> SRR1498337 3 0.2892 0.91397 0.000 0.036 0.896 0.068
#> SRR613066 3 0.0524 0.94514 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1309490 1 0.4382 0.81464 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR602492 2 0.3610 0.09091 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1447347 1 0.4382 0.81464 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1475546 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR627459 2 0.5417 -0.02310 0.412 0.572 0.000 0.016
#> SRR1434332 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1070358 3 0.7558 0.04174 0.000 0.196 0.444 0.360
#> SRR1345936 3 0.0895 0.94430 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR665658 2 0.5388 0.00329 0.012 0.532 0.000 0.456
#> SRR1321351 2 0.2473 0.23757 0.012 0.908 0.000 0.080
#> SRR657880 4 0.4804 0.62341 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1373903 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR657396 2 0.6447 -0.30340 0.000 0.484 0.068 0.448
#> SRR660981 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR818499 1 0.4382 0.81464 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR819658 4 0.4713 0.63164 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1376316 1 0.4522 0.80747 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1323723 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1476719 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1403478 4 0.4866 0.61348 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1095695 1 0.0000 0.81164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 2 0.7007 -0.07895 0.116 0.452 0.000 0.432
#> SRR1498813 2 0.0469 0.26171 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR627437 1 0.5613 0.41199 0.592 0.380 0.000 0.028
#> SRR2185097 1 0.4382 0.81464 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR817166 3 0.2589 0.89839 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1091670 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR603776 1 0.1389 0.80096 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1479640 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR660152 1 0.1118 0.80380 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1074769 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR656153 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1392502 3 0.0657 0.94529 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1359609 3 0.2179 0.91346 0.000 0.012 0.924 0.064
#> SRR601925 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR2165182 4 0.4877 0.60364 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR608542 2 0.7481 -0.07597 0.000 0.488 0.308 0.204
#> SRR655064 2 0.0937 0.25905 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1432430 1 0.0336 0.81408 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR808472 2 0.0469 0.26171 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.0336 0.94517 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR598484 2 0.3479 0.18288 0.012 0.840 0.000 0.148
#> SRR612755 1 0.0592 0.80871 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1365808 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1391724 1 0.4690 0.58664 0.724 0.260 0.000 0.016
#> SRR1322373 1 0.0592 0.81025 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1489265 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1359099 4 0.4866 0.61348 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR607279 2 0.5360 0.03971 0.012 0.552 0.000 0.436
#> SRR810461 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR627427 1 0.4008 0.82104 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR612887 2 0.4855 -0.14660 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR809807 3 0.0000 0.94551 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663112 2 0.7009 0.05876 0.392 0.488 0.000 0.120
#> SRR1346933 3 0.0779 0.94504 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1487910 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR603092 2 0.0469 0.26171 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1383785 1 0.4382 0.81464 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1070015 3 0.0336 0.94517 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466222 4 0.7900 0.07336 0.332 0.300 0.000 0.368
#> SRR1416119 3 0.0804 0.94318 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR819318 1 0.0921 0.80524 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR608288 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR811121 4 0.4761 0.64353 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR613138 2 0.4972 -0.01701 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR810483 1 0.0000 0.81164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.4382 0.81464 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1337031 1 0.4382 0.81409 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR601311 2 0.3649 0.09170 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1406685 2 0.0657 0.26154 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1467500 2 0.1059 0.25787 0.012 0.972 0.000 0.016
#> SRR1308504 1 0.4331 0.81635 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1312865 3 0.4893 0.80955 0.064 0.000 0.768 0.168
#> SRR1312522 1 0.5355 0.58361 0.736 0.000 0.084 0.180
#> SRR1490486 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1325888 1 0.0188 0.81107 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472885 1 0.4406 0.81371 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1098785 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1084766 2 0.1059 0.25738 0.012 0.972 0.000 0.016
#> SRR1102804 2 0.5353 0.04471 0.012 0.556 0.000 0.432
#> SRR1336636 1 0.0188 0.81271 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347795 3 0.0524 0.94514 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR601900 4 0.4761 0.64353 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1330989 2 0.1854 0.24736 0.012 0.940 0.000 0.048
#> SRR658445 3 0.0336 0.94517 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1368754 1 0.7235 0.12646 0.532 0.000 0.288 0.180
#> SRR1460001 2 0.5372 0.05330 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1414934 1 0.4454 0.81171 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1326249 1 0.1545 0.79867 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR614948 3 0.0804 0.94495 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1472952 1 0.0817 0.80533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1321528 1 0.5184 0.80165 0.672 0.024 0.000 0.304
#> SRR627447 1 0.0707 0.80771 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR612239 2 0.5784 -0.05778 0.412 0.556 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.5080 0.714554 0.368 0.000 0.588 0.044 0.000
#> SRR603858 4 0.5010 0.568568 0.088 0.000 0.224 0.688 0.000
#> SRR817070 4 0.5232 0.455989 0.000 0.456 0.044 0.500 0.000
#> SRR1486995 3 0.4620 0.690117 0.392 0.000 0.592 0.016 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.3339 0.738749 0.000 0.840 0.112 0.048 0.000
#> SRR659037 5 0.1216 0.888096 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960
#> SRR662031 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.3774 0.708424 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1481036 3 0.4949 0.718393 0.396 0.000 0.572 0.032 0.000
#> SRR1434009 5 0.3741 0.818499 0.000 0.000 0.108 0.076 0.816
#> SRR1376676 1 0.0451 0.791645 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1396967 5 0.5816 0.601540 0.000 0.000 0.280 0.132 0.588
#> SRR665429 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.4054 0.739284 0.000 0.224 0.028 0.748 0.000
#> SRR600784 3 0.5322 0.706237 0.320 0.000 0.608 0.072 0.000
#> SRR657611 1 0.5068 -0.099899 0.592 0.000 0.364 0.044 0.000
#> SRR1333659 5 0.4454 0.815027 0.000 0.000 0.128 0.112 0.760
#> SRR1323896 2 0.2616 0.753743 0.000 0.888 0.036 0.076 0.000
#> SRR1453971 1 0.2351 0.704448 0.896 0.000 0.088 0.016 0.000
#> SRR1421010 1 0.0609 0.783078 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1334490 5 0.0955 0.882412 0.000 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR1309468 1 0.0000 0.790804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 5 0.1992 0.883441 0.000 0.000 0.032 0.044 0.924
#> SRR1365489 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.5414 0.689587 0.284 0.000 0.624 0.092 0.000
#> SRR607863 2 0.5309 0.547202 0.000 0.656 0.240 0.104 0.000
#> SRR1475524 5 0.1836 0.882666 0.000 0.000 0.032 0.036 0.932
#> SRR1405504 2 0.2616 0.753743 0.000 0.888 0.036 0.076 0.000
#> SRR615695 1 0.0451 0.791645 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR600900 4 0.6743 0.477119 0.000 0.256 0.212 0.516 0.016
#> SRR601477 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.2208 0.788178 0.000 0.908 0.072 0.020 0.000
#> SRR1362713 1 0.5412 0.380847 0.632 0.052 0.016 0.300 0.000
#> SRR1431385 1 0.0290 0.791541 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.4871 0.488697 0.052 0.000 0.764 0.056 0.128
#> SRR1357210 1 0.0000 0.790804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.5000 0.573981 0.000 0.388 0.036 0.576 0.000
#> SRR663573 4 0.4490 0.734459 0.000 0.224 0.052 0.724 0.000
#> SRR603188 2 0.5382 0.532269 0.000 0.644 0.252 0.104 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 4 0.7741 -0.145546 0.280 0.064 0.252 0.404 0.000
#> SRR1367654 5 0.7088 0.520678 0.000 0.096 0.248 0.108 0.548
#> SRR1488410 5 0.1836 0.882666 0.000 0.000 0.032 0.036 0.932
#> SRR1457750 1 0.6195 0.313235 0.604 0.160 0.016 0.220 0.000
#> SRR1099546 1 0.4452 -0.644264 0.500 0.000 0.496 0.004 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 5 0.2426 0.865618 0.000 0.000 0.064 0.036 0.900
#> SRR612791 3 0.4966 0.712996 0.404 0.000 0.564 0.032 0.000
#> SRR1470580 3 0.6608 -0.075955 0.000 0.256 0.460 0.284 0.000
#> SRR1444063 1 0.4196 0.534501 0.768 0.192 0.024 0.016 0.000
#> SRR1355578 1 0.1648 0.768357 0.940 0.000 0.020 0.040 0.000
#> SRR1429203 1 0.0451 0.791645 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR599154 5 0.3888 0.810792 0.000 0.000 0.120 0.076 0.804
#> SRR814244 5 0.2139 0.883206 0.000 0.000 0.032 0.052 0.916
#> SRR1404123 4 0.4909 0.543162 0.000 0.412 0.028 0.560 0.000
#> SRR656934 3 0.5273 0.716257 0.352 0.000 0.588 0.060 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.4054 0.739284 0.000 0.224 0.028 0.748 0.000
#> SRR1443677 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406330 5 0.5160 0.661554 0.232 0.000 0.036 0.036 0.696
#> SRR1338124 3 0.6157 0.326790 0.120 0.004 0.500 0.376 0.000
#> SRR1391376 3 0.4640 0.722393 0.400 0.000 0.584 0.016 0.000
#> SRR661842 4 0.4104 0.739972 0.000 0.220 0.032 0.748 0.000
#> SRR1395699 3 0.4430 0.683068 0.456 0.000 0.540 0.004 0.000
#> SRR1312209 1 0.0898 0.785488 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1359469 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR658885 5 0.0609 0.885414 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1414578 1 0.0798 0.787444 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR603620 4 0.6936 0.523103 0.000 0.148 0.284 0.524 0.044
#> SRR604677 3 0.5215 0.715759 0.372 0.000 0.576 0.052 0.000
#> SRR603800 2 0.0404 0.833219 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.5979 0.588820 0.000 0.108 0.252 0.620 0.020
#> SRR817488 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.3857 0.693377 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.7954 0.164757 0.000 0.424 0.248 0.104 0.224
#> SRR615129 1 0.6403 0.073556 0.500 0.368 0.016 0.116 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.3375 0.736638 0.000 0.840 0.104 0.056 0.000
#> SRR1411070 2 0.4262 -0.154816 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.1197 0.750544 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.4650 0.676481 0.468 0.000 0.520 0.012 0.000
#> SRR1434048 2 0.0510 0.831456 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2184865 4 0.3689 0.733722 0.000 0.256 0.004 0.740 0.000
#> SRR2170135 1 0.0609 0.779780 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.4620 0.690117 0.392 0.000 0.592 0.016 0.000
#> SRR662954 4 0.6350 0.162851 0.004 0.000 0.224 0.548 0.224
#> SRR1375738 3 0.5206 0.697550 0.428 0.000 0.528 0.044 0.000
#> SRR1356577 4 0.4227 0.422892 0.292 0.000 0.016 0.692 0.000
#> SRR1073119 1 0.1493 0.771841 0.948 0.000 0.028 0.024 0.000
#> SRR663549 3 0.5151 0.710016 0.396 0.000 0.560 0.044 0.000
#> SRR1478015 2 0.1043 0.813699 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR600632 2 0.0510 0.829536 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR811866 1 0.1668 0.765718 0.940 0.000 0.028 0.032 0.000
#> SRR1401101 2 0.5775 0.476092 0.000 0.600 0.264 0.136 0.000
#> SRR1477797 5 0.6100 0.354212 0.000 0.000 0.128 0.388 0.484
#> SRR1402986 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.2189 0.739278 0.904 0.000 0.084 0.012 0.000
#> SRR1419869 1 0.4262 -0.533410 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.2293 0.725158 0.900 0.000 0.016 0.084 0.000
#> SRR601723 4 0.5078 0.469940 0.004 0.052 0.296 0.648 0.000
#> SRR1384115 5 0.0798 0.888026 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1476927 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.5206 0.697550 0.428 0.000 0.528 0.044 0.000
#> SRR1322595 5 0.1992 0.883441 0.000 0.000 0.032 0.044 0.924
#> SRR1370423 3 0.4789 0.720863 0.392 0.000 0.584 0.024 0.000
#> SRR1314976 4 0.4199 0.562918 0.160 0.000 0.068 0.772 0.000
#> SRR1319560 4 0.7216 0.357901 0.000 0.272 0.252 0.448 0.028
#> SRR1352683 3 0.5884 0.259937 0.100 0.000 0.480 0.420 0.000
#> SRR1473800 1 0.0451 0.791645 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1326384 5 0.0000 0.887764 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360807 4 0.3652 0.742608 0.012 0.200 0.004 0.784 0.000
#> SRR1332544 5 0.1668 0.884116 0.000 0.000 0.028 0.032 0.940
#> SRR598695 1 0.4608 0.000333 0.640 0.000 0.336 0.024 0.000
#> SRR807824 2 0.2669 0.764251 0.000 0.876 0.104 0.020 0.000
#> SRR809296 3 0.4430 0.683068 0.456 0.000 0.540 0.004 0.000
#> SRR657927 3 0.4950 0.716491 0.348 0.000 0.612 0.040 0.000
#> SRR1440682 2 0.0162 0.837530 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454415 2 0.2905 0.757117 0.000 0.868 0.096 0.036 0.000
#> SRR1419131 4 0.3366 0.743091 0.000 0.212 0.004 0.784 0.000
#> SRR1404293 1 0.1872 0.758625 0.928 0.000 0.020 0.052 0.000
#> SRR1473340 3 0.4446 0.670520 0.476 0.000 0.520 0.004 0.000
#> SRR1345563 5 0.1836 0.882666 0.000 0.000 0.032 0.036 0.932
#> SRR1323382 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.5333 0.152775 0.032 0.000 0.584 0.368 0.016
#> SRR1321808 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.5343 0.097554 0.000 0.592 0.068 0.340 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.3999 0.205985 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1433027 2 0.2966 0.609829 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR662257 5 0.4111 0.802379 0.000 0.000 0.120 0.092 0.788
#> SRR600417 4 0.3534 0.732747 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR812493 5 0.1915 0.881499 0.000 0.000 0.032 0.040 0.928
#> SRR612743 3 0.5260 0.709518 0.348 0.000 0.592 0.060 0.000
#> SRR1361345 1 0.3343 0.619516 0.812 0.000 0.016 0.172 0.000
#> SRR600584 4 0.5393 0.488905 0.000 0.440 0.056 0.504 0.000
#> SRR1310520 4 0.3661 0.722206 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1395595 5 0.0955 0.882412 0.000 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR1334074 5 0.0404 0.888591 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR654838 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 5 0.1836 0.882666 0.000 0.000 0.032 0.036 0.932
#> SRR1433841 1 0.5541 0.065860 0.496 0.444 0.004 0.056 0.000
#> SRR1366837 3 0.5036 0.692137 0.452 0.000 0.516 0.032 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 5 0.3646 0.825308 0.088 0.000 0.032 0.036 0.844
#> SRR1471050 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.4987 0.586153 0.000 0.684 0.236 0.080 0.000
#> SRR814703 2 0.5382 0.532269 0.000 0.644 0.252 0.104 0.000
#> SRR661937 2 0.0451 0.833604 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR614359 3 0.4817 0.710947 0.404 0.000 0.572 0.024 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.4440 0.676129 0.468 0.000 0.528 0.004 0.000
#> SRR1337624 2 0.3636 0.433124 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.6097 0.494243 0.000 0.616 0.252 0.104 0.028
#> SRR1098998 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.1270 0.745822 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1315103 5 0.1836 0.882666 0.000 0.000 0.032 0.036 0.932
#> SRR1099286 1 0.3366 0.652496 0.828 0.000 0.140 0.032 0.000
#> SRR2166570 3 0.6418 0.602577 0.412 0.000 0.416 0.172 0.000
#> SRR601445 1 0.0898 0.785488 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1439719 2 0.3752 0.366819 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1377026 2 0.6408 -0.114425 0.000 0.440 0.172 0.388 0.000
#> SRR1327386 1 0.0798 0.787444 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.3821 0.729723 0.000 0.148 0.052 0.800 0.000
#> SRR1469345 3 0.4738 0.583340 0.464 0.000 0.520 0.016 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662966 5 0.1753 0.883080 0.000 0.000 0.032 0.032 0.936
#> SRR1339175 1 0.4450 -0.632190 0.508 0.000 0.488 0.004 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.6172 0.488585 0.000 0.612 0.252 0.104 0.032
#> SRR660800 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.0693 0.888266 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1342023 1 0.0579 0.791544 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1335670 1 0.1012 0.783619 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR1400955 2 0.5775 0.476092 0.000 0.600 0.264 0.136 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.4446 0.670520 0.476 0.000 0.520 0.004 0.000
#> SRR1098074 5 0.0693 0.888266 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1442778 1 0.0865 0.785224 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1086728 5 0.1197 0.883938 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR627464 4 0.5770 0.389769 0.040 0.040 0.320 0.600 0.000
#> SRR1409193 1 0.2361 0.716149 0.892 0.000 0.012 0.096 0.000
#> SRR2168286 4 0.3534 0.733241 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.4237 0.627549 0.200 0.000 0.752 0.048 0.000
#> SRR1471989 5 0.0000 0.887764 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0162 0.837817 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381934 1 0.4473 -0.155585 0.656 0.000 0.324 0.020 0.000
#> SRR1471098 3 0.4446 0.670520 0.476 0.000 0.520 0.004 0.000
#> SRR1314749 3 0.5046 0.680125 0.468 0.000 0.500 0.032 0.000
#> SRR2166874 5 0.3242 0.874004 0.000 0.000 0.072 0.076 0.852
#> SRR821302 1 0.4150 -0.405078 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.3575 0.725111 0.000 0.824 0.120 0.056 0.000
#> SRR661601 2 0.3375 0.736638 0.000 0.840 0.104 0.056 0.000
#> SRR1446546 4 0.6736 0.360303 0.000 0.256 0.360 0.384 0.000
#> SRR1419784 5 0.0162 0.888032 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1357233 5 0.1997 0.880188 0.000 0.000 0.036 0.040 0.924
#> SRR1441889 1 0.0162 0.790936 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1413940 5 0.1836 0.882666 0.000 0.000 0.032 0.036 0.932
#> SRR1324250 2 0.5405 -0.304639 0.000 0.484 0.056 0.460 0.000
#> SRR1442862 5 0.4002 0.805121 0.000 0.000 0.120 0.084 0.796
#> SRR662474 2 0.4235 -0.100610 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1416226 3 0.4942 0.704667 0.432 0.000 0.540 0.028 0.000
#> SRR1417404 4 0.4548 0.580727 0.128 0.000 0.120 0.752 0.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658849 3 0.4437 0.678930 0.464 0.000 0.532 0.004 0.000
#> SRR1460025 2 0.5314 -0.183001 0.000 0.528 0.052 0.420 0.000
#> SRR1408136 1 0.0451 0.791007 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.4965 0.685166 0.452 0.000 0.520 0.028 0.000
#> SRR1488429 5 0.4010 0.753420 0.000 0.000 0.208 0.032 0.760
#> SRR1087559 1 0.6749 0.109855 0.492 0.036 0.116 0.356 0.000
#> SRR817004 5 0.7311 0.572355 0.132 0.000 0.248 0.096 0.524
#> SRR1429660 5 0.3946 0.808081 0.000 0.000 0.120 0.080 0.800
#> SRR604390 3 0.4950 0.088072 0.000 0.000 0.612 0.348 0.040
#> SRR614936 2 0.3305 0.536864 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1365938 1 0.6375 0.005331 0.476 0.372 0.004 0.148 0.000
#> SRR1437324 1 0.0451 0.791007 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR613414 4 0.5417 0.616991 0.000 0.116 0.236 0.648 0.000
#> SRR660414 3 0.6418 0.602577 0.412 0.000 0.416 0.172 0.000
#> SRR1452185 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.5401 0.644713 0.452 0.000 0.492 0.056 0.000
#> SRR1398036 4 0.6050 0.581194 0.000 0.096 0.260 0.616 0.028
#> SRR1436674 1 0.0324 0.791393 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR603750 3 0.5534 0.689360 0.300 0.000 0.604 0.096 0.000
#> SRR608630 4 0.5146 0.656842 0.024 0.080 0.172 0.724 0.000
#> SRR655625 4 0.3336 0.740599 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR599059 3 0.6794 0.513564 0.276 0.180 0.520 0.024 0.000
#> SRR615189 4 0.4213 0.695468 0.000 0.308 0.012 0.680 0.000
#> SRR1466889 2 0.5309 0.547202 0.000 0.656 0.240 0.104 0.000
#> SRR1084602 4 0.3387 0.741954 0.004 0.196 0.004 0.796 0.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.790804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.5533 0.527205 0.000 0.640 0.252 0.104 0.004
#> SRR1385300 3 0.4021 0.564683 0.168 0.000 0.780 0.052 0.000
#> SRR654814 1 0.4921 -0.077019 0.604 0.000 0.360 0.036 0.000
#> SRR658385 2 0.3759 0.710891 0.000 0.808 0.136 0.056 0.000
#> SRR820596 3 0.6387 0.578581 0.248 0.000 0.516 0.236 0.000
#> SRR1318118 1 0.3339 0.671957 0.836 0.000 0.124 0.040 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.1408 0.778508 0.948 0.000 0.044 0.008 0.000
#> SRR1341833 2 0.5309 0.547202 0.000 0.656 0.240 0.104 0.000
#> SRR1441826 4 0.4073 0.740345 0.000 0.216 0.032 0.752 0.000
#> SRR1448051 1 0.0290 0.791541 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1326752 3 0.4599 0.695027 0.384 0.000 0.600 0.016 0.000
#> SRR665217 3 0.4469 0.689644 0.268 0.000 0.704 0.016 0.012
#> SRR819186 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.4630 0.691285 0.396 0.000 0.588 0.016 0.000
#> SRR607166 2 0.0162 0.837985 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR809065 4 0.4415 0.500327 0.000 0.444 0.004 0.552 0.000
#> SRR1415872 2 0.5531 0.515507 0.000 0.632 0.248 0.120 0.000
#> SRR1415463 3 0.4425 0.699862 0.452 0.000 0.544 0.004 0.000
#> SRR1381161 5 0.2230 0.875792 0.000 0.000 0.044 0.044 0.912
#> SRR1442231 1 0.6596 -0.104013 0.456 0.236 0.000 0.308 0.000
#> SRR1374696 1 0.1915 0.759477 0.928 0.000 0.032 0.040 0.000
#> SRR1451988 3 0.4880 0.724570 0.356 0.016 0.616 0.012 0.000
#> SRR660555 1 0.0703 0.780666 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.4616 0.255271 0.676 0.000 0.288 0.036 0.000
#> SRR663344 2 0.3780 0.710295 0.000 0.808 0.132 0.060 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.6204 0.614991 0.336 0.136 0.524 0.004 0.000
#> SRR656886 2 0.4252 0.573988 0.000 0.764 0.064 0.172 0.000
#> SRR1498337 5 0.5211 0.687043 0.000 0.000 0.100 0.232 0.668
#> SRR613066 5 0.0898 0.887963 0.000 0.000 0.020 0.008 0.972
#> SRR1309490 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.4469 0.668117 0.000 0.096 0.148 0.756 0.000
#> SRR1447347 1 0.1981 0.746022 0.924 0.000 0.048 0.028 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.5120 0.414817 0.016 0.028 0.328 0.628 0.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070358 5 0.8111 0.185257 0.000 0.264 0.248 0.108 0.380
#> SRR1345936 5 0.1582 0.885630 0.000 0.000 0.028 0.028 0.944
#> SRR665658 2 0.0992 0.821397 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1321351 4 0.5236 0.438341 0.000 0.464 0.044 0.492 0.000
#> SRR657880 2 0.3932 0.702377 0.000 0.796 0.140 0.064 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657396 4 0.7216 0.357901 0.000 0.272 0.252 0.448 0.028
#> SRR660981 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.5775 0.476092 0.000 0.600 0.264 0.136 0.000
#> SRR1376316 1 0.0898 0.788213 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.1211 0.779688 0.960 0.000 0.024 0.016 0.000
#> SRR1403478 2 0.3575 0.725111 0.000 0.824 0.120 0.056 0.000
#> SRR1095695 3 0.4443 0.680078 0.472 0.000 0.524 0.004 0.000
#> SRR1352391 4 0.5004 0.565376 0.092 0.000 0.216 0.692 0.000
#> SRR1498813 4 0.3779 0.738316 0.000 0.236 0.012 0.752 0.000
#> SRR627437 3 0.5228 0.334913 0.056 0.000 0.588 0.356 0.000
#> SRR2185097 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR817166 5 0.3577 0.807330 0.000 0.000 0.160 0.032 0.808
#> SRR1091670 2 0.0162 0.838090 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603776 3 0.4984 0.703584 0.308 0.000 0.640 0.052 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660152 3 0.4640 0.692363 0.400 0.000 0.584 0.016 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 5 0.0324 0.888193 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1359609 5 0.3646 0.825308 0.088 0.000 0.032 0.036 0.844
#> SRR601925 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.3339 0.738749 0.000 0.840 0.112 0.048 0.000
#> SRR608542 4 0.7254 0.357960 0.000 0.060 0.256 0.508 0.176
#> SRR655064 4 0.3689 0.733722 0.000 0.256 0.004 0.740 0.000
#> SRR1432430 3 0.4818 0.684351 0.460 0.000 0.520 0.020 0.000
#> SRR808472 4 0.3636 0.724329 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1414958 5 0.0000 0.887764 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.5080 0.215431 0.000 0.628 0.056 0.316 0.000
#> SRR612755 3 0.4963 0.716270 0.352 0.000 0.608 0.040 0.000
#> SRR1365808 1 0.0451 0.791645 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1391724 3 0.6465 0.500889 0.208 0.000 0.484 0.308 0.000
#> SRR1322373 3 0.4440 0.676129 0.468 0.000 0.528 0.004 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.3575 0.725111 0.000 0.824 0.120 0.056 0.000
#> SRR607279 2 0.2694 0.749937 0.000 0.884 0.040 0.076 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.4674 0.334369 0.708 0.000 0.232 0.060 0.000
#> SRR612887 2 0.6759 -0.061437 0.000 0.396 0.276 0.328 0.000
#> SRR809807 5 0.0290 0.888021 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR663112 3 0.6272 0.034613 0.020 0.092 0.508 0.380 0.000
#> SRR1346933 5 0.2300 0.883972 0.000 0.000 0.040 0.052 0.908
#> SRR1487910 1 0.0579 0.789839 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR603092 4 0.3774 0.708424 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0703 0.785151 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1070015 5 0.0693 0.888266 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1466222 3 0.5611 0.042219 0.000 0.408 0.516 0.076 0.000
#> SRR1416119 5 0.0955 0.882412 0.000 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR819318 3 0.5226 0.715861 0.376 0.000 0.572 0.052 0.000
#> SRR608288 2 0.0162 0.837985 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.4876 0.601072 0.000 0.700 0.220 0.080 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.5019 0.700702 0.436 0.000 0.532 0.032 0.000
#> SRR607839 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.2233 0.688330 0.892 0.000 0.104 0.004 0.000
#> SRR601311 4 0.3526 0.705448 0.000 0.096 0.072 0.832 0.000
#> SRR1406685 4 0.4141 0.736096 0.000 0.236 0.028 0.736 0.000
#> SRR1467500 4 0.3949 0.673416 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.790804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 5 0.4380 0.702079 0.000 0.000 0.260 0.032 0.708
#> SRR1312522 3 0.4808 0.573132 0.196 0.000 0.736 0.040 0.028
#> SRR1490486 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.4434 0.688107 0.460 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR1472885 1 0.0162 0.790225 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084766 4 0.3534 0.733241 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1102804 2 0.1845 0.790857 0.000 0.928 0.016 0.056 0.000
#> SRR1336636 3 0.5330 0.705006 0.396 0.000 0.548 0.056 0.000
#> SRR1347795 5 0.1579 0.884291 0.000 0.000 0.024 0.032 0.944
#> SRR601900 2 0.4901 0.599155 0.000 0.700 0.216 0.084 0.000
#> SRR1330989 4 0.3949 0.675105 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR658445 5 0.0693 0.888266 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1368754 3 0.6100 0.452345 0.080 0.000 0.664 0.080 0.176
#> SRR1460001 2 0.0000 0.840196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0693 0.788976 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1326249 3 0.4649 0.693236 0.404 0.000 0.580 0.016 0.000
#> SRR614948 5 0.1836 0.882666 0.000 0.000 0.032 0.036 0.932
#> SRR1472952 3 0.4410 0.695783 0.440 0.000 0.556 0.004 0.000
#> SRR1321528 1 0.3239 0.688245 0.852 0.000 0.068 0.080 0.000
#> SRR627447 3 0.5290 0.698881 0.300 0.000 0.624 0.076 0.000
#> SRR612239 4 0.4724 0.427913 0.008 0.020 0.320 0.652 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.5278 0.712708 0.188 0.000 0.632 0.008 0.000 0.172
#> SRR603858 4 0.5771 0.224946 0.024 0.000 0.104 0.516 0.000 0.356
#> SRR817070 2 0.5864 -0.214271 0.000 0.436 0.016 0.124 0.000 0.424
#> SRR1486995 3 0.3487 0.735363 0.224 0.000 0.756 0.020 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.2872 0.739444 0.000 0.832 0.004 0.152 0.000 0.012
#> SRR659037 5 0.2095 0.861925 0.000 0.000 0.028 0.040 0.916 0.016
#> SRR662031 1 0.0603 0.816992 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081283 4 0.6295 0.442103 0.000 0.144 0.040 0.476 0.000 0.340
#> SRR1481036 3 0.5337 0.747691 0.292 0.000 0.580 0.004 0.000 0.124
#> SRR1434009 5 0.3934 0.732971 0.000 0.000 0.020 0.240 0.728 0.012
#> SRR1376676 1 0.0291 0.818627 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396967 4 0.6463 -0.191147 0.000 0.000 0.024 0.420 0.324 0.232
#> SRR665429 2 0.0363 0.832063 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1388025 6 0.5159 -0.355404 0.000 0.072 0.004 0.444 0.000 0.480
#> SRR600784 3 0.5290 0.610074 0.128 0.000 0.596 0.004 0.000 0.272
#> SRR657611 1 0.6157 -0.372140 0.400 0.000 0.396 0.012 0.000 0.192
#> SRR1333659 5 0.4636 0.704117 0.000 0.000 0.020 0.300 0.648 0.032
#> SRR1323896 2 0.3878 0.493019 0.000 0.688 0.008 0.008 0.000 0.296
#> SRR1453971 1 0.3073 0.700135 0.816 0.000 0.164 0.016 0.000 0.004
#> SRR1421010 1 0.1753 0.775586 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334490 5 0.2219 0.810533 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1309468 1 0.0777 0.815415 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468637 5 0.2699 0.861082 0.000 0.000 0.028 0.048 0.884 0.040
#> SRR1365489 2 0.0146 0.833141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR627445 3 0.5578 0.547769 0.112 0.000 0.560 0.016 0.000 0.312
#> SRR607863 2 0.4116 0.428082 0.000 0.572 0.012 0.416 0.000 0.000
#> SRR1475524 5 0.2401 0.857314 0.000 0.000 0.024 0.048 0.900 0.028
#> SRR1405504 2 0.3973 0.485938 0.000 0.684 0.012 0.008 0.000 0.296
#> SRR615695 1 0.0146 0.818310 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR600900 6 0.6501 0.237278 0.000 0.120 0.060 0.252 0.016 0.552
#> SRR601477 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.2243 0.771270 0.000 0.880 0.004 0.112 0.000 0.004
#> SRR1362713 1 0.5090 0.573357 0.712 0.008 0.048 0.076 0.000 0.156
#> SRR1431385 1 0.0508 0.818630 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379089 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.6550 0.374451 0.028 0.000 0.572 0.136 0.052 0.212
#> SRR1357210 1 0.0806 0.817319 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR657659 6 0.5795 0.129988 0.000 0.340 0.008 0.152 0.000 0.500
#> SRR663573 6 0.4852 -0.120251 0.000 0.068 0.004 0.316 0.000 0.612
#> SRR603188 2 0.4289 0.383330 0.000 0.540 0.012 0.444 0.000 0.004
#> SRR1471200 2 0.0146 0.833250 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310975 2 0.0146 0.833384 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 6 0.7947 -0.037797 0.260 0.028 0.232 0.132 0.000 0.348
#> SRR1367654 4 0.5897 -0.271965 0.000 0.120 0.008 0.444 0.420 0.008
#> SRR1488410 5 0.2137 0.859088 0.000 0.000 0.012 0.048 0.912 0.028
#> SRR1457750 1 0.5665 0.567856 0.700 0.112 0.064 0.056 0.000 0.068
#> SRR1099546 3 0.3852 0.669650 0.384 0.000 0.612 0.000 0.000 0.004
#> SRR604480 2 0.0146 0.833250 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390477 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0146 0.833141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473161 2 0.0363 0.831787 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1409813 5 0.3141 0.812648 0.000 0.000 0.020 0.140 0.828 0.012
#> SRR612791 3 0.5214 0.730097 0.232 0.000 0.636 0.012 0.000 0.120
#> SRR1470580 6 0.5442 0.391748 0.000 0.204 0.220 0.000 0.000 0.576
#> SRR1444063 1 0.4488 0.591648 0.740 0.184 0.044 0.016 0.000 0.016
#> SRR1355578 1 0.2016 0.786443 0.920 0.000 0.040 0.024 0.000 0.016
#> SRR1429203 1 0.0405 0.818609 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR599154 5 0.4048 0.683101 0.000 0.000 0.012 0.292 0.684 0.012
#> SRR814244 5 0.2775 0.860872 0.000 0.000 0.032 0.048 0.880 0.040
#> SRR1404123 2 0.6146 -0.283091 0.000 0.392 0.004 0.244 0.000 0.360
#> SRR656934 3 0.5778 0.621227 0.204 0.000 0.492 0.000 0.000 0.304
#> SRR1339029 2 0.0260 0.832541 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR821525 6 0.5015 -0.313635 0.000 0.072 0.000 0.424 0.000 0.504
#> SRR1443677 1 0.0777 0.815415 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406330 5 0.5356 0.645496 0.212 0.000 0.032 0.048 0.676 0.032
#> SRR1338124 6 0.5192 0.297444 0.036 0.000 0.364 0.036 0.000 0.564
#> SRR1391376 3 0.4633 0.763236 0.224 0.000 0.676 0.000 0.000 0.100
#> SRR661842 6 0.5015 -0.313635 0.000 0.072 0.000 0.424 0.000 0.504
#> SRR1395699 3 0.3151 0.738550 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0717 0.814626 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1359469 1 0.0603 0.816305 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR658885 5 0.1444 0.847003 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1414578 1 0.0622 0.815872 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR603620 4 0.4472 0.285883 0.000 0.104 0.040 0.780 0.024 0.052
#> SRR604677 3 0.5397 0.700976 0.172 0.000 0.624 0.012 0.000 0.192
#> SRR603800 2 0.1674 0.792141 0.000 0.924 0.004 0.004 0.000 0.068
#> SRR602058 4 0.2593 0.384203 0.000 0.036 0.012 0.884 0.000 0.068
#> SRR817488 2 0.0508 0.831552 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR655601 4 0.6110 0.378383 0.000 0.172 0.016 0.456 0.000 0.356
#> SRR1434821 2 0.0146 0.833250 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349166 4 0.5914 -0.179631 0.000 0.420 0.012 0.440 0.124 0.004
#> SRR615129 1 0.5689 0.330951 0.588 0.308 0.020 0.044 0.000 0.040
#> SRR607586 2 0.0146 0.833250 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602680 2 0.2700 0.737758 0.000 0.836 0.004 0.156 0.000 0.004
#> SRR1411070 4 0.6305 0.308665 0.000 0.340 0.032 0.464 0.000 0.164
#> SRR663038 2 0.0363 0.831787 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1489416 2 0.0363 0.832063 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1479155 1 0.0508 0.817394 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR662162 1 0.1588 0.779443 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374567 3 0.4712 0.727465 0.344 0.000 0.596 0.000 0.000 0.060
#> SRR1434048 2 0.1080 0.820245 0.000 0.960 0.004 0.004 0.000 0.032
#> SRR2184865 4 0.6248 0.435548 0.012 0.084 0.044 0.476 0.000 0.384
#> SRR2170135 1 0.1471 0.787037 0.932 0.000 0.064 0.000 0.000 0.004
#> SRR615551 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0547 0.829636 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1370216 3 0.3487 0.735363 0.224 0.000 0.756 0.020 0.000 0.000
#> SRR662954 4 0.4104 0.319450 0.000 0.000 0.040 0.784 0.120 0.056
#> SRR1375738 3 0.5366 0.738470 0.292 0.000 0.564 0.000 0.000 0.144
#> SRR1356577 4 0.6420 0.295373 0.148 0.000 0.048 0.468 0.000 0.336
#> SRR1073119 1 0.2070 0.772371 0.908 0.000 0.044 0.000 0.000 0.048
#> SRR663549 3 0.5318 0.743091 0.272 0.000 0.580 0.000 0.000 0.148
#> SRR1478015 2 0.1225 0.814268 0.000 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR600632 2 0.0717 0.826399 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR811866 1 0.2445 0.759511 0.892 0.000 0.040 0.008 0.000 0.060
#> SRR1401101 2 0.4958 0.319345 0.000 0.496 0.004 0.452 0.004 0.044
#> SRR1477797 4 0.4908 0.160324 0.000 0.000 0.020 0.644 0.280 0.056
#> SRR1402986 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.3714 0.691255 0.800 0.000 0.136 0.020 0.000 0.044
#> SRR1419869 1 0.3998 -0.471414 0.504 0.000 0.492 0.000 0.000 0.004
#> SRR1490700 1 0.2071 0.788721 0.916 0.000 0.028 0.012 0.000 0.044
#> SRR601723 6 0.4116 0.425342 0.000 0.012 0.180 0.056 0.000 0.752
#> SRR1384115 5 0.1974 0.858337 0.000 0.000 0.020 0.048 0.920 0.012
#> SRR1476927 2 0.0363 0.832063 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1387769 3 0.5366 0.738470 0.292 0.000 0.564 0.000 0.000 0.144
#> SRR1322595 5 0.2629 0.861262 0.000 0.000 0.028 0.048 0.888 0.036
#> SRR1370423 3 0.4640 0.752858 0.240 0.000 0.676 0.004 0.000 0.080
#> SRR1314976 6 0.4361 0.071705 0.040 0.000 0.012 0.252 0.000 0.696
#> SRR1319560 4 0.3447 0.295948 0.000 0.176 0.008 0.796 0.008 0.012
#> SRR1352683 6 0.3855 0.346588 0.016 0.000 0.276 0.004 0.000 0.704
#> SRR1473800 1 0.0405 0.818609 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326384 5 0.0547 0.862589 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1360807 4 0.6112 0.415852 0.020 0.056 0.044 0.484 0.000 0.396
#> SRR1332544 5 0.2045 0.859928 0.000 0.000 0.028 0.028 0.920 0.024
#> SRR598695 1 0.5700 -0.249813 0.444 0.000 0.432 0.012 0.000 0.112
#> SRR807824 2 0.2941 0.756177 0.000 0.856 0.076 0.064 0.000 0.004
#> SRR809296 3 0.3151 0.738550 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000
#> SRR657927 3 0.5034 0.696415 0.144 0.000 0.672 0.012 0.000 0.172
#> SRR1440682 2 0.0260 0.832674 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1454415 2 0.2573 0.756163 0.000 0.856 0.004 0.132 0.000 0.008
#> SRR1419131 4 0.5960 0.422002 0.008 0.068 0.040 0.484 0.000 0.400
#> SRR1404293 1 0.2624 0.765659 0.884 0.000 0.068 0.020 0.000 0.028
#> SRR1473340 3 0.3647 0.703301 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 5 0.2137 0.859088 0.000 0.000 0.012 0.048 0.912 0.028
#> SRR1323382 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 6 0.5176 0.348507 0.000 0.000 0.352 0.100 0.000 0.548
#> SRR1321808 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 6 0.4788 0.241247 0.000 0.392 0.024 0.020 0.000 0.564
#> SRR1312558 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.5524 -0.208904 0.000 0.480 0.012 0.416 0.000 0.092
#> SRR1433027 2 0.4216 0.487244 0.000 0.720 0.012 0.228 0.000 0.040
#> SRR662257 5 0.4379 0.677009 0.000 0.000 0.024 0.292 0.668 0.016
#> SRR600417 4 0.5923 0.431019 0.000 0.088 0.040 0.484 0.000 0.388
#> SRR812493 5 0.2703 0.851911 0.000 0.000 0.028 0.080 0.876 0.016
#> SRR612743 3 0.5743 0.609556 0.148 0.000 0.560 0.016 0.000 0.276
#> SRR1361345 1 0.3891 0.678172 0.804 0.000 0.048 0.048 0.000 0.100
#> SRR600584 6 0.5862 0.148113 0.000 0.416 0.016 0.124 0.000 0.444
#> SRR1310520 4 0.6388 0.445707 0.008 0.124 0.040 0.484 0.000 0.344
#> SRR1395595 5 0.2092 0.819104 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1334074 5 0.1230 0.864574 0.000 0.000 0.008 0.028 0.956 0.008
#> SRR654838 2 0.0363 0.832404 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1376694 5 0.2137 0.859088 0.000 0.000 0.012 0.048 0.912 0.028
#> SRR1433841 1 0.4667 0.300777 0.584 0.380 0.004 0.016 0.000 0.016
#> SRR1366837 3 0.5245 0.735087 0.324 0.000 0.560 0.000 0.000 0.116
#> SRR1467479 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 5 0.3059 0.841525 0.036 0.000 0.012 0.048 0.872 0.032
#> SRR1471050 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.5087 0.490947 0.000 0.600 0.036 0.328 0.000 0.036
#> SRR814703 2 0.4289 0.383330 0.000 0.540 0.012 0.444 0.000 0.004
#> SRR661937 2 0.1364 0.807462 0.000 0.944 0.004 0.004 0.000 0.048
#> SRR614359 3 0.4669 0.714491 0.192 0.000 0.704 0.012 0.000 0.092
#> SRR1071568 2 0.0405 0.832537 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1389084 3 0.3446 0.728621 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.5929 -0.234412 0.000 0.468 0.032 0.400 0.000 0.100
#> SRR1344400 2 0.0146 0.833384 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.4517 0.378188 0.000 0.536 0.012 0.440 0.008 0.004
#> SRR1098998 1 0.0603 0.816305 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481279 1 0.1908 0.755318 0.900 0.000 0.096 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315103 5 0.2137 0.859088 0.000 0.000 0.012 0.048 0.912 0.028
#> SRR1099286 1 0.4273 0.669069 0.768 0.000 0.132 0.064 0.000 0.036
#> SRR2166570 3 0.6638 0.610567 0.284 0.000 0.464 0.052 0.000 0.200
#> SRR601445 1 0.1065 0.810870 0.964 0.000 0.020 0.008 0.000 0.008
#> SRR1439719 2 0.5127 0.119935 0.000 0.580 0.012 0.340 0.000 0.068
#> SRR1377026 4 0.4982 0.358351 0.000 0.200 0.020 0.680 0.000 0.100
#> SRR1327386 1 0.0520 0.816307 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR654826 2 0.0146 0.833141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460433 4 0.5820 0.426232 0.012 0.044 0.048 0.524 0.000 0.372
#> SRR1469345 3 0.3977 0.686197 0.284 0.000 0.692 0.020 0.000 0.004
#> SRR1421462 2 0.0363 0.832404 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR662966 5 0.2036 0.859727 0.000 0.000 0.008 0.048 0.916 0.028
#> SRR1339175 3 0.4141 0.605967 0.432 0.000 0.556 0.000 0.000 0.012
#> SRR1447736 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.4606 0.371635 0.000 0.532 0.012 0.440 0.012 0.004
#> SRR660800 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.1700 0.862221 0.000 0.000 0.024 0.028 0.936 0.012
#> SRR1342023 1 0.0291 0.818627 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335670 1 0.0717 0.817511 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1400955 2 0.4958 0.319345 0.000 0.496 0.004 0.452 0.004 0.044
#> SRR1072150 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0717 0.817218 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1364658 3 0.3782 0.700699 0.360 0.000 0.636 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098074 5 0.1616 0.862411 0.000 0.000 0.020 0.028 0.940 0.012
#> SRR1442778 1 0.1858 0.770934 0.904 0.000 0.092 0.000 0.000 0.004
#> SRR1086728 5 0.2499 0.843589 0.000 0.000 0.072 0.048 0.880 0.000
#> SRR627464 6 0.4561 0.434498 0.008 0.016 0.220 0.044 0.000 0.712
#> SRR1409193 1 0.2672 0.756098 0.884 0.000 0.048 0.020 0.000 0.048
#> SRR2168286 4 0.6244 0.440983 0.008 0.100 0.040 0.476 0.000 0.376
#> SRR615539 2 0.0363 0.832063 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR663623 3 0.5541 0.629222 0.088 0.000 0.664 0.088 0.000 0.160
#> SRR1471989 5 0.0547 0.862589 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1468828 2 0.0603 0.827025 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1381934 1 0.4903 -0.107038 0.568 0.000 0.360 0.000 0.000 0.072
#> SRR1471098 3 0.3782 0.699575 0.360 0.000 0.636 0.000 0.000 0.004
#> SRR1314749 3 0.5244 0.727785 0.336 0.000 0.552 0.000 0.000 0.112
#> SRR2166874 5 0.3993 0.835135 0.000 0.000 0.032 0.148 0.780 0.040
#> SRR821302 1 0.3967 0.018265 0.632 0.000 0.356 0.000 0.000 0.012
#> SRR1435066 2 0.2845 0.725966 0.000 0.820 0.004 0.172 0.000 0.004
#> SRR661601 2 0.2700 0.737758 0.000 0.836 0.004 0.156 0.000 0.004
#> SRR1446546 6 0.5574 0.416242 0.000 0.140 0.236 0.020 0.000 0.604
#> SRR1419784 5 0.0508 0.865970 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR1357233 5 0.2556 0.852635 0.000 0.000 0.028 0.076 0.884 0.012
#> SRR1441889 1 0.1049 0.814734 0.960 0.000 0.032 0.000 0.000 0.008
#> SRR1413940 5 0.2137 0.859088 0.000 0.000 0.012 0.048 0.912 0.028
#> SRR1324250 6 0.5007 0.255585 0.000 0.312 0.024 0.048 0.000 0.616
#> SRR1442862 5 0.4190 0.666881 0.000 0.000 0.012 0.304 0.668 0.016
#> SRR662474 4 0.6148 0.285920 0.000 0.364 0.020 0.452 0.000 0.164
#> SRR1416226 3 0.5372 0.729130 0.348 0.000 0.540 0.004 0.000 0.108
#> SRR1417404 4 0.6136 0.350792 0.048 0.000 0.112 0.512 0.000 0.328
#> SRR665466 2 0.0363 0.832063 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR658849 3 0.3371 0.733584 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 6 0.5126 0.209223 0.000 0.388 0.016 0.052 0.000 0.544
#> SRR1408136 1 0.0291 0.818627 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489995 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.5219 0.734152 0.316 0.000 0.568 0.000 0.000 0.116
#> SRR1488429 5 0.5167 0.595770 0.000 0.000 0.240 0.148 0.612 0.000
#> SRR1087559 6 0.5370 0.238448 0.348 0.016 0.060 0.008 0.000 0.568
#> SRR817004 5 0.7429 0.404665 0.152 0.000 0.084 0.308 0.424 0.032
#> SRR1429660 5 0.4253 0.671377 0.000 0.000 0.020 0.300 0.668 0.012
#> SRR604390 6 0.5877 0.336884 0.000 0.000 0.332 0.132 0.020 0.516
#> SRR614936 2 0.4674 0.399886 0.000 0.676 0.020 0.256 0.000 0.048
#> SRR1365938 1 0.6509 0.326808 0.572 0.248 0.040 0.072 0.000 0.068
#> SRR1437324 1 0.0508 0.818412 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR613414 4 0.3386 0.400314 0.000 0.032 0.020 0.824 0.000 0.124
#> SRR660414 3 0.6638 0.610567 0.284 0.000 0.464 0.052 0.000 0.200
#> SRR1452185 1 0.0717 0.817218 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1347020 3 0.5862 0.669158 0.316 0.000 0.468 0.000 0.000 0.216
#> SRR1398036 4 0.2722 0.364203 0.000 0.016 0.012 0.876 0.008 0.088
#> SRR1436674 1 0.0405 0.818008 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR603750 3 0.5499 0.556233 0.124 0.000 0.580 0.012 0.000 0.284
#> SRR608630 4 0.5155 0.420410 0.008 0.020 0.076 0.664 0.000 0.232
#> SRR655625 4 0.5780 0.418246 0.000 0.072 0.040 0.484 0.000 0.404
#> SRR599059 3 0.6850 0.437320 0.100 0.152 0.560 0.024 0.000 0.164
#> SRR615189 4 0.6599 0.412148 0.004 0.176 0.040 0.448 0.000 0.332
#> SRR1466889 2 0.4268 0.408897 0.000 0.556 0.012 0.428 0.000 0.004
#> SRR1084602 4 0.5855 0.390115 0.016 0.040 0.044 0.480 0.000 0.420
#> SRR1335422 1 0.0692 0.815254 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356805 2 0.4284 0.390058 0.000 0.544 0.012 0.440 0.000 0.004
#> SRR1385300 3 0.4734 0.556155 0.040 0.000 0.716 0.184 0.000 0.060
#> SRR654814 1 0.5911 -0.233729 0.468 0.000 0.372 0.012 0.000 0.148
#> SRR658385 2 0.3023 0.715495 0.000 0.808 0.008 0.180 0.000 0.004
#> SRR820596 6 0.5209 0.013901 0.092 0.000 0.344 0.004 0.000 0.560
#> SRR1318118 1 0.4506 0.649826 0.752 0.000 0.136 0.048 0.000 0.064
#> SRR1480766 2 0.0363 0.832063 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1406539 1 0.2313 0.774654 0.884 0.000 0.100 0.004 0.000 0.012
#> SRR1341833 2 0.4268 0.407994 0.000 0.556 0.012 0.428 0.000 0.004
#> SRR1441826 6 0.5047 -0.285226 0.000 0.064 0.004 0.416 0.000 0.516
#> SRR1448051 1 0.0405 0.818666 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326752 3 0.3374 0.739811 0.208 0.000 0.772 0.020 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.3025 0.706722 0.120 0.000 0.844 0.020 0.000 0.016
#> SRR819186 2 0.0260 0.833178 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR661517 3 0.3487 0.735363 0.224 0.000 0.756 0.020 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.1265 0.810477 0.000 0.948 0.008 0.000 0.000 0.044
#> SRR809065 2 0.6626 -0.181710 0.000 0.432 0.040 0.220 0.000 0.308
#> SRR1415872 2 0.4393 0.374351 0.000 0.532 0.008 0.448 0.000 0.012
#> SRR1415463 3 0.4798 0.746401 0.312 0.000 0.612 0.000 0.000 0.076
#> SRR1381161 5 0.3095 0.833188 0.000 0.000 0.028 0.112 0.844 0.016
#> SRR1442231 1 0.7475 0.182067 0.496 0.176 0.040 0.156 0.000 0.132
#> SRR1374696 1 0.1562 0.802541 0.940 0.000 0.024 0.004 0.000 0.032
#> SRR1451988 3 0.5094 0.737643 0.196 0.016 0.676 0.004 0.000 0.108
#> SRR660555 1 0.2006 0.768066 0.892 0.000 0.104 0.000 0.000 0.004
#> SRR657801 1 0.5741 0.052150 0.524 0.000 0.328 0.012 0.000 0.136
#> SRR663344 2 0.2946 0.715170 0.000 0.808 0.004 0.184 0.000 0.004
#> SRR1472462 2 0.0260 0.832597 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406176 3 0.5366 0.673001 0.208 0.128 0.644 0.004 0.000 0.016
#> SRR656886 2 0.4780 0.247848 0.000 0.580 0.036 0.012 0.000 0.372
#> SRR1498337 5 0.5004 0.532273 0.000 0.000 0.028 0.396 0.548 0.028
#> SRR613066 5 0.1350 0.863183 0.000 0.000 0.020 0.020 0.952 0.008
#> SRR1309490 1 0.0508 0.817347 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR602492 4 0.4376 0.426115 0.000 0.024 0.024 0.692 0.000 0.260
#> SRR1447347 1 0.2965 0.726776 0.848 0.000 0.072 0.000 0.000 0.080
#> SRR1475546 2 0.0000 0.833603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 6 0.4296 0.436519 0.000 0.004 0.244 0.052 0.000 0.700
#> SRR1434332 2 0.0260 0.832674 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1070358 4 0.6335 -0.000778 0.000 0.244 0.008 0.460 0.280 0.008
#> SRR1345936 5 0.2537 0.853949 0.000 0.000 0.028 0.068 0.888 0.016
#> SRR665658 2 0.2164 0.783360 0.000 0.912 0.044 0.016 0.000 0.028
#> SRR1321351 2 0.5862 -0.195429 0.000 0.444 0.016 0.124 0.000 0.416
#> SRR657880 2 0.3394 0.702230 0.000 0.788 0.012 0.188 0.000 0.012
#> SRR1373903 2 0.0363 0.832063 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR657396 4 0.3447 0.295948 0.000 0.176 0.008 0.796 0.008 0.012
#> SRR660981 2 0.0363 0.832063 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR818499 1 0.0692 0.816586 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR819658 2 0.4958 0.319345 0.000 0.496 0.004 0.452 0.004 0.044
#> SRR1376316 1 0.1584 0.787236 0.928 0.000 0.064 0.000 0.000 0.008
#> SRR1323723 2 0.0146 0.833250 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476719 1 0.0993 0.811299 0.964 0.000 0.024 0.000 0.000 0.012
#> SRR1403478 2 0.2845 0.725966 0.000 0.820 0.004 0.172 0.000 0.004
#> SRR1095695 3 0.3619 0.735381 0.316 0.000 0.680 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352391 6 0.5386 0.236966 0.024 0.000 0.104 0.248 0.000 0.624
#> SRR1498813 4 0.5420 0.381730 0.000 0.072 0.016 0.472 0.000 0.440
#> SRR627437 6 0.4419 0.108268 0.008 0.000 0.408 0.016 0.000 0.568
#> SRR2185097 1 0.0363 0.818203 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR817166 5 0.5177 0.693972 0.000 0.000 0.136 0.168 0.672 0.024
#> SRR1091670 2 0.0458 0.831182 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR603776 3 0.5380 0.625876 0.124 0.000 0.620 0.016 0.000 0.240
#> SRR1479640 2 0.0508 0.831381 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR660152 3 0.4071 0.740154 0.248 0.000 0.716 0.020 0.000 0.016
#> SRR1074769 2 0.0146 0.833250 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656153 2 0.0363 0.832063 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1392502 5 0.0692 0.863201 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR1359609 5 0.3059 0.841525 0.036 0.000 0.012 0.048 0.872 0.032
#> SRR601925 2 0.0260 0.833178 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2165182 2 0.2872 0.739444 0.000 0.832 0.004 0.152 0.000 0.012
#> SRR608542 4 0.4182 0.297133 0.000 0.004 0.020 0.780 0.100 0.096
#> SRR655064 4 0.6248 0.435548 0.012 0.084 0.044 0.476 0.000 0.384
#> SRR1432430 3 0.5044 0.740712 0.320 0.000 0.584 0.000 0.000 0.096
#> SRR808472 4 0.6085 0.440318 0.000 0.108 0.040 0.476 0.000 0.376
#> SRR1414958 5 0.0547 0.862589 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR598484 6 0.4719 0.130875 0.000 0.448 0.020 0.016 0.000 0.516
#> SRR612755 3 0.5372 0.708155 0.184 0.000 0.628 0.012 0.000 0.176
#> SRR1365808 1 0.0405 0.818609 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1391724 6 0.5518 -0.044589 0.136 0.000 0.316 0.004 0.000 0.544
#> SRR1322373 3 0.3446 0.728621 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0603 0.830887 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1359099 2 0.2845 0.725966 0.000 0.820 0.004 0.172 0.000 0.004
#> SRR607279 2 0.3991 0.478107 0.000 0.680 0.012 0.008 0.000 0.300
#> SRR810461 2 0.0260 0.833178 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR627427 1 0.5342 0.330291 0.620 0.000 0.160 0.008 0.000 0.212
#> SRR612887 4 0.5380 -0.024302 0.000 0.368 0.004 0.524 0.000 0.104
#> SRR809807 5 0.1167 0.864426 0.000 0.000 0.020 0.008 0.960 0.012
#> SRR663112 6 0.4370 0.381712 0.000 0.008 0.356 0.020 0.000 0.616
#> SRR1346933 5 0.2901 0.860808 0.000 0.000 0.032 0.056 0.872 0.040
#> SRR1487910 1 0.0405 0.817432 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR603092 4 0.6276 0.443322 0.000 0.140 0.040 0.476 0.000 0.344
#> SRR1417680 2 0.0363 0.832063 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1383785 1 0.1225 0.808295 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1070015 5 0.1616 0.862411 0.000 0.000 0.020 0.028 0.940 0.012
#> SRR1466222 6 0.6222 0.171052 0.000 0.284 0.352 0.004 0.000 0.360
#> SRR1416119 5 0.2219 0.810533 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR819318 3 0.5316 0.706939 0.176 0.000 0.636 0.012 0.000 0.176
#> SRR608288 2 0.0713 0.825153 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR811121 2 0.4134 0.529054 0.000 0.640 0.016 0.340 0.000 0.004
#> SRR613138 2 0.0291 0.832294 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.5148 0.752054 0.296 0.000 0.588 0.000 0.000 0.116
#> SRR607839 1 0.0603 0.816305 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337031 1 0.3769 0.300043 0.640 0.000 0.356 0.000 0.000 0.004
#> SRR601311 6 0.4467 -0.305796 0.000 0.020 0.004 0.480 0.000 0.496
#> SRR1406685 6 0.5011 -0.312938 0.000 0.072 0.000 0.420 0.000 0.508
#> SRR1467500 4 0.6325 0.435598 0.000 0.160 0.036 0.472 0.000 0.332
#> SRR1308504 1 0.0806 0.817319 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312865 5 0.5898 0.570265 0.000 0.000 0.192 0.172 0.596 0.040
#> SRR1312522 3 0.4742 0.559473 0.064 0.000 0.724 0.180 0.020 0.012
#> SRR1490486 2 0.0146 0.833250 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1325888 3 0.3619 0.735957 0.316 0.000 0.680 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472885 1 0.0692 0.816586 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098785 2 0.0909 0.822847 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1084766 4 0.6239 0.440939 0.008 0.100 0.040 0.480 0.000 0.372
#> SRR1102804 2 0.2163 0.768873 0.000 0.892 0.004 0.008 0.000 0.096
#> SRR1336636 3 0.5672 0.713120 0.260 0.000 0.528 0.000 0.000 0.212
#> SRR1347795 5 0.1882 0.861033 0.000 0.000 0.020 0.028 0.928 0.024
#> SRR601900 2 0.4048 0.532021 0.000 0.644 0.012 0.340 0.000 0.004
#> SRR1330989 4 0.6583 0.404144 0.004 0.192 0.040 0.476 0.000 0.288
#> SRR658445 5 0.1616 0.862411 0.000 0.000 0.020 0.028 0.940 0.012
#> SRR1368754 3 0.7070 0.366792 0.020 0.000 0.524 0.160 0.112 0.184
#> SRR1460001 2 0.0146 0.833141 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414934 1 0.0291 0.817984 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326249 3 0.3431 0.736129 0.228 0.000 0.756 0.016 0.000 0.000
#> SRR614948 5 0.2137 0.859088 0.000 0.000 0.012 0.048 0.912 0.028
#> SRR1472952 3 0.3023 0.756939 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.3529 0.715466 0.816 0.000 0.120 0.016 0.000 0.048
#> SRR627447 3 0.5462 0.553826 0.104 0.000 0.580 0.016 0.000 0.300
#> SRR612239 6 0.3521 0.419569 0.000 0.004 0.156 0.044 0.000 0.796
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.499 0.861 0.891 0.4927 0.499 0.499
#> 3 3 0.862 0.894 0.955 0.3292 0.774 0.577
#> 4 4 0.744 0.689 0.823 0.1178 0.881 0.677
#> 5 5 0.764 0.760 0.860 0.0764 0.877 0.594
#> 6 6 0.759 0.716 0.828 0.0369 0.947 0.762
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR603858 1 0.8327 0.7838 0.736 0.264
#> SRR817070 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1486995 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR813043 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR656874 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR662031 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1481036 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1388025 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR600784 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1453971 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1421010 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1334490 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1309468 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1365489 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR627445 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1405504 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR615695 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1487215 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1310797 2 0.0938 0.8323 0.012 0.988
#> SRR1362713 1 0.2778 0.8540 0.952 0.048
#> SRR1431385 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1102079 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1357210 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR663573 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR603188 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1310975 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR627457 1 0.4939 0.7834 0.892 0.108
#> SRR1367654 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1457750 1 0.7219 0.6295 0.800 0.200
#> SRR1099546 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1390477 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1458447 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1473161 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1409813 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1470580 1 0.9815 -0.0707 0.580 0.420
#> SRR1444063 1 0.5059 0.7767 0.888 0.112
#> SRR1355578 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.2236 0.8039 0.036 0.964
#> SRR814244 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1404123 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR656934 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR821525 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1443677 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1338124 1 0.1633 0.8775 0.976 0.024
#> SRR1391376 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR661842 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1395699 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1312209 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1414578 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR603800 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR602058 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR655601 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1434821 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1349166 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR615129 2 0.7376 0.8975 0.208 0.792
#> SRR607586 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR602680 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR663038 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1489416 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR2184865 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR2170135 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1335513 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1370216 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR662954 2 0.2236 0.8039 0.036 0.964
#> SRR1375738 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR600632 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR811866 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR658897 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR601723 1 0.9460 0.1718 0.636 0.364
#> SRR1384115 2 0.4161 0.7595 0.084 0.916
#> SRR1476927 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1387769 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1370423 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1314976 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1319560 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1352683 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1360807 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1332544 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR598695 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR809296 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR657927 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1454415 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1404293 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1323382 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1480697 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1321808 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1382756 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1312558 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1417088 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1433027 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR662257 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR812493 2 0.4022 0.7638 0.080 0.920
#> SRR612743 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1310520 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1395595 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1334074 2 0.7453 0.5641 0.212 0.788
#> SRR654838 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1376694 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1433841 2 0.9954 0.4736 0.460 0.540
#> SRR1366837 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1459055 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1471050 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR603004 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR614359 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1389084 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1344400 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1414290 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1413644 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1099286 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR2166570 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1377026 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1460433 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1421462 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR662966 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1339175 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1434671 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1465543 2 0.2236 0.8039 0.036 0.964
#> SRR1342023 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.2236 0.8039 0.036 0.964
#> SRR1442778 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1086728 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR627464 1 0.6712 0.6757 0.824 0.176
#> SRR1409193 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR615539 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR663623 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1471989 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1468828 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1381934 1 0.1184 0.8921 0.984 0.016
#> SRR1471098 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.2043 0.8068 0.032 0.968
#> SRR821302 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1419784 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1357233 2 0.2236 0.8039 0.036 0.964
#> SRR1441889 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1324250 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1442862 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1416226 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1417404 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR665466 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR658849 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1408136 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1374092 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1488429 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1087559 1 0.2423 0.8616 0.960 0.040
#> SRR817004 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1429660 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR604390 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR614936 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1365938 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1437324 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR660414 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR603750 1 0.2236 0.8653 0.964 0.036
#> SRR608630 2 0.6438 0.6516 0.164 0.836
#> SRR655625 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR599059 1 0.2603 0.8593 0.956 0.044
#> SRR615189 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1466889 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1335422 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1385300 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR654814 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1480766 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1406539 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1448051 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR665217 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR819186 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR661517 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR607166 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR809065 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1415872 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1374696 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1451988 1 0.0376 0.8938 0.996 0.004
#> SRR660555 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1406176 1 0.1843 0.8729 0.972 0.028
#> SRR656886 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1498337 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1309490 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR627459 1 0.3274 0.8420 0.940 0.060
#> SRR1434332 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1070358 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.6887 0.6173 0.184 0.816
#> SRR665658 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1321351 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR657880 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR657396 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR818499 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1323723 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1476719 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1498813 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR627437 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR2185097 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR817166 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1091670 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR603776 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1479640 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR660152 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1074769 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR656153 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1392502 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1359609 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR601925 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR2165182 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1432430 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR808472 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1414958 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR598484 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR612755 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1322373 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1359099 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR810461 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR627427 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR809807 1 0.7376 0.8230 0.792 0.208
#> SRR663112 2 0.7453 0.8942 0.212 0.788
#> SRR1346933 2 0.5629 0.6999 0.132 0.868
#> SRR1487910 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1417680 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1383785 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.2236 0.8039 0.036 0.964
#> SRR1466222 1 0.9710 0.0193 0.600 0.400
#> SRR1416119 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR819318 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR608288 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR811121 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR810483 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR601311 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1467500 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1312522 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1490486 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1325888 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1084766 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1102804 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1336636 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR601900 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR658445 2 0.2236 0.8039 0.036 0.964
#> SRR1368754 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1460001 2 0.7219 0.9047 0.200 0.800
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR614948 1 0.7219 0.8277 0.800 0.200
#> SRR1472952 1 0.7056 0.8305 0.808 0.192
#> SRR1321528 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.8970 1.000 0.000
#> SRR612239 1 0.4431 0.8049 0.908 0.092
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR603858 1 0.6286 0.139 0.536 0.000 0.464
#> SRR817070 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486995 1 0.6095 0.422 0.608 0.000 0.392
#> SRR813043 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481036 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434009 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR600784 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.2261 0.895 0.932 0.000 0.068
#> SRR1421010 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR607863 2 0.5529 0.521 0.000 0.704 0.296
#> SRR1475524 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.1643 0.916 0.956 0.044 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR603188 3 0.4555 0.762 0.000 0.200 0.800
#> SRR1471200 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 1 0.3038 0.853 0.896 0.104 0.000
#> SRR1367654 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488410 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457750 1 0.5529 0.590 0.704 0.296 0.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.5560 0.556 0.300 0.700 0.000
#> SRR1444063 1 0.5497 0.597 0.708 0.292 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR814244 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR656934 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 3 0.0424 0.913 0.008 0.000 0.992
#> SRR1338124 1 0.5678 0.572 0.684 0.000 0.316
#> SRR1391376 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395699 1 0.4452 0.761 0.808 0.000 0.192
#> SRR1312209 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 3 0.4399 0.774 0.000 0.188 0.812
#> SRR604677 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR602058 3 0.4555 0.762 0.000 0.200 0.800
#> SRR817488 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 3 0.0747 0.910 0.000 0.016 0.984
#> SRR615129 2 0.5650 0.531 0.312 0.688 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 1 0.6095 0.422 0.608 0.000 0.392
#> SRR662954 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375738 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401101 3 0.6140 0.418 0.000 0.404 0.596
#> SRR1477797 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR601723 2 0.6286 0.104 0.464 0.536 0.000
#> SRR1384115 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322595 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370423 1 0.4399 0.766 0.812 0.000 0.188
#> SRR1314976 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319560 3 0.4555 0.762 0.000 0.200 0.800
#> SRR1352683 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360807 2 0.3482 0.824 0.128 0.872 0.000
#> SRR1332544 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR809296 1 0.4399 0.766 0.812 0.000 0.188
#> SRR657927 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR662257 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR812493 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR612743 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334074 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433841 2 0.5706 0.513 0.320 0.680 0.000
#> SRR1366837 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.6225 0.127 0.000 0.568 0.432
#> SRR814703 3 0.6062 0.463 0.000 0.384 0.616
#> SRR661937 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 3 0.3752 0.815 0.000 0.144 0.856
#> SRR1098998 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099286 3 0.5760 0.498 0.328 0.000 0.672
#> SRR2166570 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.4605 0.699 0.000 0.796 0.204
#> SRR1469345 1 0.4750 0.721 0.784 0.000 0.216
#> SRR1421462 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 3 0.4555 0.762 0.000 0.200 0.800
#> SRR660800 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 3 0.6140 0.418 0.000 0.404 0.596
#> SRR1072150 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR627464 1 0.4702 0.727 0.788 0.212 0.000
#> SRR1409193 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 3 0.5254 0.588 0.264 0.000 0.736
#> SRR1471989 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381934 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166874 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419784 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357233 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442862 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416226 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417404 3 0.4887 0.675 0.228 0.000 0.772
#> SRR665466 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488429 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087559 1 0.2261 0.893 0.932 0.068 0.000
#> SRR817004 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429660 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR604390 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR614936 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365938 2 0.4504 0.728 0.196 0.804 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 3 0.4555 0.762 0.000 0.200 0.800
#> SRR660414 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398036 3 0.4555 0.762 0.000 0.200 0.800
#> SRR1436674 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR608630 3 0.4555 0.762 0.000 0.200 0.800
#> SRR655625 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 1 0.2356 0.890 0.928 0.072 0.000
#> SRR615189 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466889 3 0.6280 0.261 0.000 0.460 0.540
#> SRR1084602 2 0.1753 0.916 0.048 0.952 0.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 3 0.4555 0.762 0.000 0.200 0.800
#> SRR1385300 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.5926 0.453 0.644 0.000 0.356
#> SRR1480766 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 3 0.6126 0.427 0.000 0.400 0.600
#> SRR1441826 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.6095 0.422 0.608 0.000 0.392
#> SRR665217 1 0.6008 0.468 0.628 0.000 0.372
#> SRR819186 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 1 0.5859 0.526 0.656 0.000 0.344
#> SRR607166 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415872 3 0.6126 0.427 0.000 0.400 0.600
#> SRR1415463 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381161 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.2878 0.865 0.904 0.096 0.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498337 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR613066 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 2 0.6126 0.238 0.000 0.600 0.400
#> SRR1447347 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 1 0.4346 0.764 0.816 0.184 0.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 3 0.0237 0.917 0.000 0.004 0.996
#> SRR1345936 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 3 0.4555 0.762 0.000 0.200 0.800
#> SRR660981 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR819658 3 0.6140 0.418 0.000 0.404 0.596
#> SRR1376316 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 3 0.5678 0.523 0.316 0.000 0.684
#> SRR1498813 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 1 0.0237 0.951 0.996 0.000 0.004
#> SRR2185097 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 1 0.4555 0.740 0.800 0.000 0.200
#> SRR1479640 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 1 0.4062 0.788 0.836 0.000 0.164
#> SRR1074769 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359609 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR608542 3 0.4555 0.762 0.000 0.200 0.800
#> SRR655064 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432430 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322373 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR612887 2 0.4931 0.651 0.000 0.768 0.232
#> SRR809807 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.8609 0.457 0.196 0.604 0.200
#> SRR1346933 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.7157 0.615 0.100 0.712 0.188
#> SRR1416119 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR811121 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR601311 3 0.6140 0.418 0.000 0.404 0.596
#> SRR1406685 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312522 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347795 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR601900 2 0.4796 0.672 0.000 0.780 0.220
#> SRR1330989 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR658445 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368754 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.5810 0.543 0.664 0.000 0.336
#> SRR614948 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472952 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> SRR612239 1 0.1163 0.930 0.972 0.028 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603858 3 0.4941 -0.24876 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR817070 4 0.4916 0.63501 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1486995 1 0.3610 0.53643 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0592 0.84396 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR659037 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR662031 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1081283 4 0.4817 0.69508 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1481036 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434009 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1376676 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1396967 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR665429 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR600784 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.4564 0.78057 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1333659 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1323896 2 0.3400 0.60847 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1453971 1 0.4933 0.73710 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1421010 1 0.4761 0.78061 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1334490 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1309468 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1468637 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1365489 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627445 1 0.1022 0.70683 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR607863 2 0.4053 0.51924 0.000 0.768 0.228 0.004
#> SRR1475524 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1405504 2 0.3486 0.59229 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR615695 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR600900 4 0.5744 0.05363 0.080 0.020 0.160 0.740
#> SRR601477 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362713 4 0.7787 0.01642 0.168 0.012 0.368 0.452
#> SRR1431385 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.6058 0.81858 0.072 0.000 0.632 0.296
#> SRR1357210 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR657659 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR663573 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR603188 3 0.6141 0.80108 0.000 0.076 0.624 0.300
#> SRR1471200 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR627457 1 0.8156 0.51708 0.420 0.016 0.344 0.220
#> SRR1367654 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1488410 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1457750 3 0.9602 -0.38066 0.184 0.160 0.368 0.288
#> SRR1099546 1 0.0336 0.73053 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR612791 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.7823 -0.22020 0.368 0.376 0.000 0.256
#> SRR1444063 2 0.7786 -0.25896 0.244 0.388 0.368 0.000
#> SRR1355578 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1429203 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR599154 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR814244 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1404123 4 0.4776 0.70446 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR656934 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1443677 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1406330 3 0.1302 0.54860 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1338124 1 0.5503 -0.20837 0.516 0.000 0.016 0.468
#> SRR1391376 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1395699 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1359469 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR658885 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1414578 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR603620 3 0.4761 0.87019 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR604677 1 0.2408 0.75176 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR603800 2 0.0336 0.84724 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR602058 3 0.6607 0.72875 0.000 0.112 0.592 0.296
#> SRR817488 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.4776 0.70593 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1434821 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 3 0.4761 0.87019 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR615129 2 0.7798 -0.01482 0.016 0.460 0.368 0.156
#> SRR607586 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1411070 2 0.3311 0.61746 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR663038 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR662162 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1374567 1 0.0336 0.73053 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1434048 2 0.0921 0.83069 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2184865 4 0.4804 0.70001 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR2170135 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370216 1 0.3610 0.53643 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR662954 3 0.4830 0.85717 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1375738 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356577 4 0.7469 -0.00703 0.180 0.000 0.368 0.452
#> SRR1073119 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.2814 0.69501 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR600632 2 0.0707 0.83680 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR811866 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1401101 2 0.5060 0.21194 0.000 0.584 0.412 0.004
#> SRR1477797 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1402986 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1419869 1 0.3801 0.76905 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1490700 1 0.5821 0.75375 0.592 0.000 0.368 0.040
#> SRR601723 4 0.4920 0.45936 0.368 0.004 0.000 0.628
#> SRR1384115 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1476927 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322595 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1370423 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314976 4 0.4920 0.36790 0.004 0.000 0.368 0.628
#> SRR1319560 3 0.6261 0.78270 0.000 0.080 0.608 0.312
#> SRR1352683 4 0.4989 0.29074 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1473800 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1326384 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1360807 4 0.4920 0.70752 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR1332544 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR598695 1 0.4624 0.78132 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR807824 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR809296 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0188 0.85184 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454415 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419131 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1404293 1 0.5055 0.77775 0.624 0.000 0.368 0.008
#> SRR1473340 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1323382 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 1 0.7861 -0.29413 0.368 0.000 0.272 0.360
#> SRR1321808 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.5296 -0.46982 0.008 0.496 0.000 0.496
#> SRR1312558 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.2589 0.71600 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1433027 2 0.2281 0.74431 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR662257 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR600417 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR812493 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR612743 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.7293 0.62803 0.476 0.000 0.368 0.156
#> SRR600584 4 0.4916 0.63501 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1310520 4 0.4804 0.70001 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1395595 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1334074 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR654838 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1433841 2 0.6779 0.13345 0.008 0.544 0.368 0.080
#> SRR1366837 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 3 0.4382 0.81869 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1471050 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.5074 0.33325 0.008 0.656 0.332 0.004
#> SRR814703 3 0.5827 0.14363 0.000 0.436 0.532 0.032
#> SRR661937 2 0.0336 0.84903 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR614359 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.2281 0.74431 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1344400 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414290 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 3 0.5496 0.85339 0.000 0.024 0.604 0.372
#> SRR1098998 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1481279 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1315103 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1099286 3 0.0592 0.45817 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2166570 1 0.1557 0.68820 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR601445 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1439719 2 0.2281 0.74431 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1377026 2 0.2408 0.73937 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1327386 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.4920 0.70703 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR1469345 3 0.4985 -0.59752 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1339175 1 0.1792 0.74486 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 3 0.6639 0.75501 0.000 0.120 0.596 0.284
#> SRR660800 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1342023 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1335670 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1400955 2 0.5060 0.21194 0.000 0.584 0.412 0.004
#> SRR1072150 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1442778 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1086728 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR627464 4 0.5560 0.46517 0.344 0.004 0.024 0.628
#> SRR1409193 1 0.5971 0.74747 0.584 0.000 0.368 0.048
#> SRR2168286 4 0.4804 0.70001 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR615539 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663623 1 0.4994 -0.19876 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1471989 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1468828 2 0.0592 0.84098 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1381934 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.3400 0.76385 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR2166874 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR821302 1 0.0817 0.73503 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1435066 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661601 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446546 4 0.7043 0.46745 0.368 0.128 0.000 0.504
#> SRR1419784 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1357233 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1441889 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1413940 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1324250 4 0.4999 0.47269 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1442862 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR662474 2 0.3024 0.66230 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1416226 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417404 3 0.4933 -0.24542 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR665466 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.5294 0.48438 0.008 0.484 0.000 0.508
#> SRR1408136 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488429 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1087559 4 0.6703 0.23147 0.084 0.004 0.368 0.544
#> SRR817004 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1429660 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR604390 3 0.5897 0.43070 0.368 0.000 0.588 0.044
#> SRR614936 2 0.2345 0.73850 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1365938 2 0.7469 -0.03320 0.000 0.452 0.368 0.180
#> SRR1437324 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR613414 3 0.6562 0.69411 0.000 0.080 0.516 0.404
#> SRR660414 1 0.1474 0.69182 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1452185 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1347020 1 0.1474 0.74189 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1398036 3 0.7085 0.55739 0.000 0.200 0.568 0.232
#> SRR1436674 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR603750 1 0.1211 0.70053 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR608630 3 0.4730 -0.07101 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR655625 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR599059 1 0.3402 0.54683 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR615189 4 0.7054 0.57069 0.000 0.232 0.196 0.572
#> SRR1466889 2 0.4964 0.26254 0.000 0.616 0.380 0.004
#> SRR1084602 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1335422 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1356805 3 0.6528 0.77486 0.000 0.104 0.596 0.300
#> SRR1385300 3 0.4905 0.87009 0.004 0.000 0.632 0.364
#> SRR654814 1 0.4543 0.78031 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR658385 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR820596 1 0.6386 0.54389 0.648 0.000 0.140 0.212
#> SRR1318118 3 0.4500 -0.36218 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1341833 2 0.5119 0.16991 0.000 0.556 0.440 0.004
#> SRR1441826 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1448051 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1326752 1 0.3610 0.53643 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR665217 1 0.3311 0.57163 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661517 1 0.2760 0.62207 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809065 2 0.4941 -0.26722 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1415872 3 0.5147 0.05721 0.000 0.460 0.536 0.004
#> SRR1415463 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381161 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1442231 4 0.7772 0.35264 0.000 0.240 0.368 0.392
#> SRR1374696 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1451988 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660555 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR657801 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR663344 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472462 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.2530 0.62211 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR656886 2 0.7164 0.05876 0.204 0.556 0.000 0.240
#> SRR1498337 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR613066 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1309490 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR602492 4 0.5821 0.66846 0.000 0.368 0.040 0.592
#> SRR1447347 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.4920 0.45936 0.368 0.004 0.000 0.628
#> SRR1434332 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070358 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1345936 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR665658 2 0.0188 0.85192 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321351 4 0.4925 0.62700 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR657880 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1373903 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657396 3 0.6261 0.78270 0.000 0.080 0.608 0.312
#> SRR660981 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR819658 2 0.5060 0.21194 0.000 0.584 0.412 0.004
#> SRR1376316 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1403478 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1095695 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 3 0.4948 -0.25820 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1498813 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR627437 4 0.4941 0.36128 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR2185097 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR817166 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1091670 2 0.0469 0.84532 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR603776 3 0.4989 -0.59748 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1479640 2 0.0188 0.85204 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660152 1 0.3873 0.66613 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1359609 3 0.4605 0.85087 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR601925 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0592 0.84396 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR608542 3 0.5220 0.86027 0.000 0.016 0.632 0.352
#> SRR655064 4 0.4804 0.70001 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1432430 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808472 4 0.4804 0.70001 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1414958 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR598484 2 0.4877 -0.16199 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR612755 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1391724 1 0.4679 0.14438 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1322373 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR607279 2 0.3444 0.60062 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR810461 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR612887 2 0.6497 0.01741 0.000 0.596 0.100 0.304
#> SRR809807 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR663112 4 0.7043 0.46745 0.368 0.128 0.000 0.504
#> SRR1346933 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1487910 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR603092 4 0.4817 0.69508 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1417680 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1070015 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1466222 2 0.5659 0.20901 0.368 0.600 0.000 0.032
#> SRR1416119 3 0.5460 0.85392 0.028 0.000 0.632 0.340
#> SRR819318 1 0.2469 0.75246 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811121 3 0.7960 0.58600 0.004 0.248 0.380 0.368
#> SRR613138 2 0.0188 0.85249 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR810483 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1337031 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR601311 4 0.4920 0.70703 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR1406685 4 0.4761 0.70821 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1467500 4 0.4817 0.69508 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1308504 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1312865 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1312522 3 0.4905 0.87009 0.004 0.000 0.632 0.364
#> SRR1490486 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1098785 2 0.0188 0.85210 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1084766 4 0.4804 0.70001 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1102804 2 0.2868 0.68875 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1336636 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347795 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR601900 2 0.2197 0.75727 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1330989 2 0.5000 -0.47173 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR658445 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1368754 3 0.5024 0.86761 0.008 0.000 0.632 0.360
#> SRR1460001 2 0.0000 0.85459 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.4746 0.78282 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1326249 1 0.2704 0.62635 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR614948 3 0.4746 0.87234 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1472952 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.6532 0.71347 0.548 0.000 0.368 0.084
#> SRR627447 1 0.0000 0.72814 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612239 4 0.4761 0.45327 0.372 0.000 0.000 0.628
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.3424 0.83730 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR603858 4 0.6169 0.64219 0.112 0.000 0.104 0.672 0.112
#> SRR817070 4 0.3339 0.78365 0.000 0.124 0.040 0.836 0.000
#> SRR1486995 3 0.3460 0.72032 0.044 0.000 0.828 0.000 0.128
#> SRR813043 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.2439 0.82862 0.000 0.876 0.120 0.004 0.000
#> SRR659037 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.0290 0.86756 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.1478 0.81478 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1481036 3 0.3612 0.83056 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1434009 5 0.0703 0.87569 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1376676 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 5 0.0162 0.88594 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR665429 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388025 4 0.0880 0.81799 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR600784 3 0.3355 0.82381 0.184 0.000 0.804 0.012 0.000
#> SRR657611 1 0.3636 0.53071 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR1333659 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.3958 0.69667 0.000 0.776 0.040 0.184 0.000
#> SRR1453971 1 0.4503 0.65503 0.756 0.000 0.120 0.000 0.124
#> SRR1421010 1 0.3644 0.71468 0.824 0.000 0.080 0.000 0.096
#> SRR1334490 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1309468 1 0.0609 0.86086 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1468637 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365489 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR627445 3 0.3074 0.82943 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR607863 2 0.4364 0.73186 0.000 0.768 0.120 0.000 0.112
#> SRR1475524 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1405504 2 0.3994 0.69097 0.000 0.772 0.040 0.188 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.5418 0.34076 0.000 0.000 0.068 0.568 0.364
#> SRR601477 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.2280 0.83067 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.2953 0.74218 0.844 0.012 0.000 0.144 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1357210 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.1741 0.81891 0.000 0.024 0.040 0.936 0.000
#> SRR663573 4 0.1121 0.81473 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR603188 5 0.5459 0.53794 0.000 0.236 0.120 0.000 0.644
#> SRR1471200 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.5317 0.10749 0.512 0.012 0.028 0.448 0.000
#> SRR1367654 5 0.2074 0.81732 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1488410 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1457750 1 0.3641 0.70848 0.820 0.120 0.000 0.060 0.000
#> SRR1099546 3 0.3636 0.82845 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409813 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612791 3 0.3305 0.83714 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1470580 3 0.6667 0.04826 0.000 0.348 0.416 0.236 0.000
#> SRR1444063 1 0.3424 0.61669 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0794 0.85216 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 5 0.0609 0.87785 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR814244 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404123 4 0.1493 0.82218 0.000 0.024 0.028 0.948 0.000
#> SRR656934 3 0.3480 0.83569 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR821525 4 0.0880 0.81799 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1443677 1 0.0290 0.86756 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1406330 5 0.4555 0.66093 0.224 0.000 0.056 0.000 0.720
#> SRR1338124 3 0.4505 0.36407 0.008 0.000 0.620 0.368 0.004
#> SRR1391376 3 0.3480 0.83651 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.0880 0.81799 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1395699 3 0.2966 0.82385 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR658885 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1414578 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 5 0.4458 0.69991 0.000 0.000 0.120 0.120 0.760
#> SRR604677 3 0.3242 0.82307 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR602058 5 0.6059 0.07629 0.000 0.000 0.120 0.412 0.468
#> SRR817488 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.1121 0.82141 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1434821 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1349166 5 0.5299 0.57099 0.000 0.212 0.120 0.000 0.668
#> SRR615129 1 0.4451 0.57719 0.712 0.248 0.000 0.040 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.2280 0.83067 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1411070 4 0.4126 0.43935 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR663038 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1489416 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479155 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.2471 0.74096 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.3774 0.81195 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0703 0.88775 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2184865 4 0.0955 0.82280 0.004 0.028 0.000 0.968 0.000
#> SRR2170135 1 0.2020 0.78334 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1370216 3 0.3460 0.72032 0.044 0.000 0.828 0.000 0.128
#> SRR662954 5 0.3143 0.69002 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1375738 3 0.3796 0.80833 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1356577 4 0.3424 0.58949 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663549 3 0.3707 0.82097 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.1671 0.84969 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR600632 2 0.0794 0.88300 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.5868 0.48123 0.000 0.592 0.120 0.004 0.284
#> SRR1477797 5 0.3143 0.69002 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1402986 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.1121 0.84775 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.4219 -0.07589 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0162 0.86801 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR601723 4 0.1197 0.81445 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1384115 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1387769 3 0.3796 0.80833 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1322595 5 0.1197 0.88977 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1370423 3 0.3750 0.83521 0.232 0.000 0.756 0.012 0.000
#> SRR1314976 4 0.1121 0.81473 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1319560 5 0.5301 0.59747 0.000 0.004 0.120 0.192 0.684
#> SRR1352683 4 0.4450 -0.00583 0.004 0.000 0.488 0.508 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1360807 4 0.0324 0.81974 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1332544 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR598695 1 0.3913 0.41331 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0162 0.89591 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.2813 0.81437 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR657927 3 0.3274 0.83663 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0162 0.89580 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454415 2 0.2280 0.83067 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1419131 4 0.0324 0.81974 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1404293 1 0.0880 0.85002 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1473340 3 0.3586 0.83214 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1345563 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1323382 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.5599 0.41817 0.000 0.000 0.620 0.260 0.120
#> SRR1321808 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 4 0.5159 0.23582 0.000 0.400 0.044 0.556 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.4302 0.16893 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1433027 2 0.4150 0.26471 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR662257 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600417 4 0.0404 0.82269 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR812493 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612743 3 0.3480 0.83689 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.1270 0.83517 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR600584 4 0.3317 0.78713 0.000 0.116 0.044 0.840 0.000
#> SRR1310520 4 0.1041 0.82261 0.004 0.032 0.000 0.964 0.000
#> SRR1395595 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1334074 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1433841 1 0.4196 0.45887 0.640 0.356 0.000 0.004 0.000
#> SRR1366837 3 0.3684 0.82396 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 5 0.1628 0.88618 0.008 0.000 0.056 0.000 0.936
#> SRR1471050 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.5008 0.67478 0.000 0.708 0.152 0.000 0.140
#> SRR814703 2 0.6051 0.16177 0.000 0.476 0.120 0.000 0.404
#> SRR661937 2 0.0510 0.89097 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR614359 3 0.3274 0.83663 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389084 3 0.3305 0.83696 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.4171 0.24289 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 5 0.5772 0.40841 0.000 0.296 0.120 0.000 0.584
#> SRR1098998 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.2377 0.74860 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1315103 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1099286 1 0.4639 0.56853 0.708 0.000 0.056 0.000 0.236
#> SRR2166570 3 0.4830 0.81012 0.256 0.000 0.684 0.060 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.4273 0.06405 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1377026 4 0.6717 0.11293 0.000 0.412 0.120 0.440 0.028
#> SRR1327386 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.0932 0.81769 0.004 0.000 0.004 0.972 0.020
#> SRR1469345 3 0.6074 0.17914 0.372 0.000 0.500 0.000 0.128
#> SRR1421462 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR662966 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1339175 3 0.3636 0.82845 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 5 0.6047 0.10340 0.000 0.400 0.120 0.000 0.480
#> SRR660800 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.5868 0.48123 0.000 0.592 0.120 0.004 0.284
#> SRR1072150 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.3586 0.83214 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1098074 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.2450 0.80137 0.896 0.000 0.076 0.000 0.028
#> SRR1086728 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR627464 4 0.1341 0.81189 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1409193 1 0.0510 0.86182 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2168286 4 0.1041 0.82261 0.004 0.032 0.000 0.964 0.000
#> SRR615539 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663623 3 0.3013 0.67893 0.008 0.000 0.832 0.000 0.160
#> SRR1471989 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1468828 2 0.0703 0.88577 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1381934 1 0.0703 0.85613 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1471098 3 0.3586 0.83214 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1314749 3 0.4278 0.52906 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR2166874 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.4278 -0.26229 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.2280 0.83067 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.2280 0.83067 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1446546 4 0.4738 0.06045 0.000 0.016 0.464 0.520 0.000
#> SRR1419784 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1357233 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0609 0.86086 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1413940 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1324250 4 0.4797 0.48987 0.000 0.296 0.044 0.660 0.000
#> SRR1442862 5 0.0703 0.87569 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR662474 4 0.4114 0.44804 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1416226 3 0.3661 0.82633 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1417404 4 0.4682 0.65828 0.036 0.000 0.036 0.756 0.172
#> SRR665466 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR658849 3 0.3305 0.83696 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.4756 0.51490 0.000 0.288 0.044 0.668 0.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.3707 0.82178 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1488429 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1087559 1 0.5123 0.31794 0.572 0.000 0.044 0.384 0.000
#> SRR817004 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1429660 5 0.2280 0.80355 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR604390 5 0.5508 0.05577 0.000 0.000 0.460 0.064 0.476
#> SRR614936 2 0.4150 0.26517 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1365938 1 0.4865 0.55115 0.684 0.252 0.000 0.064 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.6055 0.10241 0.000 0.000 0.120 0.472 0.408
#> SRR660414 3 0.4806 0.81273 0.252 0.000 0.688 0.060 0.000
#> SRR1452185 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.1732 0.80322 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1398036 4 0.5949 0.28437 0.000 0.000 0.120 0.532 0.348
#> SRR1436674 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.4425 0.81716 0.244 0.000 0.716 0.040 0.000
#> SRR608630 4 0.4199 0.53476 0.008 0.000 0.004 0.692 0.296
#> SRR655625 4 0.0000 0.82050 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 3 0.4637 0.71444 0.100 0.160 0.740 0.000 0.000
#> SRR615189 4 0.1798 0.81437 0.004 0.064 0.004 0.928 0.000
#> SRR1466889 2 0.5382 0.59440 0.000 0.656 0.120 0.000 0.224
#> SRR1084602 4 0.0324 0.81974 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1335422 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356805 5 0.6047 0.10340 0.000 0.400 0.120 0.000 0.480
#> SRR1385300 5 0.1478 0.88513 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR654814 1 0.3816 0.45768 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.2280 0.83067 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR820596 1 0.6253 -0.02745 0.492 0.000 0.352 0.156 0.000
#> SRR1318118 1 0.4584 0.57977 0.716 0.000 0.056 0.000 0.228
#> SRR1480766 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.5737 0.47708 0.000 0.592 0.120 0.000 0.288
#> SRR1441826 4 0.0880 0.81799 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1448051 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.3460 0.72032 0.044 0.000 0.828 0.000 0.128
#> SRR665217 3 0.3099 0.71348 0.028 0.000 0.848 0.000 0.124
#> SRR819186 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.3413 0.72326 0.044 0.000 0.832 0.000 0.124
#> SRR607166 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR809065 4 0.3177 0.71374 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1415872 2 0.6042 0.18825 0.000 0.484 0.120 0.000 0.396
#> SRR1415463 3 0.3586 0.83214 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1381161 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442231 1 0.5273 0.56054 0.680 0.164 0.000 0.156 0.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 3 0.4272 0.81446 0.196 0.052 0.752 0.000 0.000
#> SRR660555 1 0.0963 0.85410 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.3210 0.65272 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.2280 0.83067 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.4723 0.74129 0.128 0.136 0.736 0.000 0.000
#> SRR656886 2 0.5941 0.41446 0.000 0.592 0.180 0.228 0.000
#> SRR1498337 5 0.1608 0.84067 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR613066 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1309490 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.3641 0.74833 0.000 0.000 0.120 0.820 0.060
#> SRR1447347 1 0.0290 0.86756 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.1270 0.81312 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1434332 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070358 5 0.2280 0.80355 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1345936 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.0451 0.89397 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1321351 4 0.3339 0.78365 0.000 0.124 0.040 0.836 0.000
#> SRR657880 2 0.2280 0.83067 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657396 5 0.5301 0.59747 0.000 0.004 0.120 0.192 0.684
#> SRR660981 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR818499 1 0.0290 0.86778 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.5868 0.48123 0.000 0.592 0.120 0.004 0.284
#> SRR1376316 1 0.0162 0.86862 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.2280 0.83067 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.3586 0.83214 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1352391 4 0.4863 0.68791 0.036 0.000 0.040 0.740 0.184
#> SRR1498813 4 0.0000 0.82050 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 3 0.4675 0.31540 0.020 0.000 0.600 0.380 0.000
#> SRR2185097 1 0.0290 0.86756 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR817166 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1091670 2 0.0290 0.89554 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR603776 1 0.5618 0.52606 0.628 0.000 0.236 0.000 0.136
#> SRR1479640 2 0.0404 0.89285 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR660152 3 0.3485 0.72284 0.048 0.000 0.828 0.000 0.124
#> SRR1074769 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1359609 5 0.1628 0.88618 0.008 0.000 0.056 0.000 0.936
#> SRR601925 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2165182 2 0.2439 0.82862 0.000 0.876 0.120 0.004 0.000
#> SRR608542 5 0.5754 0.41191 0.000 0.000 0.120 0.292 0.588
#> SRR655064 4 0.0955 0.82280 0.004 0.028 0.000 0.968 0.000
#> SRR1432430 3 0.3752 0.81554 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR808472 4 0.0963 0.82254 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1414958 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR598484 2 0.5016 0.40078 0.000 0.608 0.044 0.348 0.000
#> SRR612755 3 0.3336 0.83733 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.6288 0.48649 0.180 0.000 0.516 0.304 0.000
#> SRR1322373 3 0.3305 0.83696 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1359099 2 0.2280 0.83067 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.3994 0.69097 0.000 0.772 0.040 0.188 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.1341 0.83302 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR612887 2 0.7601 0.14886 0.000 0.448 0.152 0.312 0.088
#> SRR809807 5 0.0162 0.88729 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR663112 3 0.4161 0.31648 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1346933 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.1478 0.81478 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1417680 2 0.0162 0.89663 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1383785 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1070015 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466222 3 0.5192 0.43699 0.000 0.280 0.644 0.076 0.000
#> SRR1416119 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR819318 3 0.3274 0.82105 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.5459 0.57469 0.000 0.644 0.120 0.000 0.236
#> SRR613138 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.3661 0.82698 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.2439 0.79578 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR601311 4 0.1041 0.81814 0.000 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1406685 4 0.0794 0.81882 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1467500 4 0.1478 0.81489 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1308504 1 0.0290 0.86778 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1312865 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1312522 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1490486 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.3452 0.83680 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0162 0.86909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0510 0.89104 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1084766 4 0.1041 0.82261 0.004 0.032 0.000 0.964 0.000
#> SRR1102804 2 0.2753 0.79009 0.000 0.856 0.008 0.136 0.000
#> SRR1336636 3 0.3730 0.81805 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR1347795 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR601900 2 0.3437 0.79318 0.000 0.832 0.120 0.000 0.048
#> SRR1330989 4 0.2732 0.75671 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR658445 5 0.0000 0.88683 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368754 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1460001 2 0.0000 0.89734 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.86962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.3413 0.72326 0.044 0.000 0.832 0.000 0.124
#> SRR614948 5 0.1341 0.88975 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1472952 3 0.3305 0.83696 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.1124 0.84564 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR627447 3 0.3242 0.82108 0.172 0.000 0.816 0.012 0.000
#> SRR612239 4 0.1410 0.80953 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.2623 0.85965 0.132 0.000 0.852 0.000 0.000 0.016
#> SRR603858 4 0.4716 0.57480 0.016 0.000 0.028 0.744 0.064 0.148
#> SRR817070 6 0.5388 0.55614 0.000 0.168 0.004 0.228 0.000 0.600
#> SRR1486995 3 0.3104 0.71606 0.016 0.000 0.800 0.000 0.184 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.3440 0.72582 0.000 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196
#> SRR659037 5 0.1682 0.83837 0.000 0.000 0.052 0.000 0.928 0.020
#> SRR662031 1 0.0547 0.87515 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.1141 0.68301 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1481036 3 0.2912 0.86798 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434009 5 0.4008 0.74509 0.000 0.000 0.064 0.000 0.740 0.196
#> SRR1376676 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 6 0.4794 -0.22000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.440 0.508
#> SRR665429 2 0.0146 0.86110 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388025 4 0.2003 0.59995 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR600784 3 0.3492 0.79289 0.076 0.000 0.804 0.000 0.000 0.120
#> SRR657611 1 0.3938 0.52165 0.660 0.000 0.324 0.000 0.000 0.016
#> SRR1333659 5 0.3542 0.78630 0.000 0.000 0.052 0.000 0.788 0.160
#> SRR1323896 6 0.4687 0.51554 0.000 0.296 0.000 0.072 0.000 0.632
#> SRR1453971 1 0.3893 0.70247 0.764 0.000 0.080 0.000 0.156 0.000
#> SRR1421010 1 0.2384 0.81220 0.888 0.000 0.048 0.000 0.064 0.000
#> SRR1334490 5 0.0547 0.84612 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1309468 1 0.0547 0.87489 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 5 0.1461 0.84170 0.000 0.000 0.044 0.000 0.940 0.016
#> SRR1365489 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.3233 0.83296 0.104 0.000 0.832 0.004 0.000 0.060
#> SRR607863 2 0.5449 0.49762 0.000 0.572 0.080 0.000 0.024 0.324
#> SRR1475524 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1405504 6 0.4687 0.51554 0.000 0.296 0.000 0.072 0.000 0.632
#> SRR615695 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 6 0.3866 0.57846 0.000 0.000 0.012 0.188 0.036 0.764
#> SRR601477 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0146 0.86150 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310797 2 0.3470 0.72075 0.000 0.772 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1362713 1 0.2871 0.73446 0.804 0.000 0.004 0.192 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 5 0.0603 0.84654 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1357210 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 6 0.4946 0.39469 0.000 0.068 0.000 0.404 0.000 0.528
#> SRR663573 4 0.3955 -0.11517 0.000 0.000 0.004 0.560 0.000 0.436
#> SRR603188 5 0.7166 0.20097 0.000 0.260 0.080 0.000 0.336 0.324
#> SRR1471200 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0458 0.85743 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR627457 4 0.6579 0.03917 0.400 0.028 0.124 0.424 0.000 0.024
#> SRR1367654 5 0.4382 0.69994 0.000 0.000 0.076 0.000 0.696 0.228
#> SRR1488410 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1457750 1 0.3458 0.75345 0.820 0.068 0.008 0.104 0.000 0.000
#> SRR1099546 3 0.3101 0.85865 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0865 0.84235 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1409813 5 0.3706 0.77169 0.000 0.000 0.056 0.000 0.772 0.172
#> SRR612791 3 0.2446 0.85545 0.124 0.000 0.864 0.000 0.000 0.012
#> SRR1470580 6 0.5076 0.56836 0.000 0.224 0.048 0.056 0.000 0.672
#> SRR1444063 1 0.2762 0.68489 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0865 0.86698 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 5 0.3354 0.79839 0.000 0.000 0.060 0.000 0.812 0.128
#> SRR814244 5 0.1461 0.84170 0.000 0.000 0.044 0.000 0.940 0.016
#> SRR1404123 4 0.5206 0.11901 0.000 0.116 0.000 0.572 0.000 0.312
#> SRR656934 3 0.3907 0.83822 0.152 0.000 0.764 0.000 0.000 0.084
#> SRR1339029 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.3221 0.38952 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1443677 1 0.0458 0.87671 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 5 0.3219 0.63608 0.192 0.000 0.012 0.000 0.792 0.004
#> SRR1338124 6 0.5368 0.56784 0.012 0.000 0.192 0.168 0.000 0.628
#> SRR1391376 3 0.2877 0.86925 0.168 0.000 0.820 0.000 0.000 0.012
#> SRR661842 4 0.3126 0.41539 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1395699 3 0.2983 0.85390 0.136 0.000 0.832 0.000 0.032 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 5 0.0458 0.84774 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 5 0.6966 0.36002 0.000 0.000 0.084 0.188 0.424 0.304
#> SRR604677 3 0.2566 0.84953 0.112 0.000 0.868 0.000 0.008 0.012
#> SRR603800 2 0.2883 0.63128 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR602058 4 0.6624 0.30219 0.000 0.000 0.080 0.488 0.140 0.292
#> SRR817488 2 0.0547 0.85287 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR655601 4 0.2320 0.65655 0.000 0.080 0.004 0.892 0.000 0.024
#> SRR1434821 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 5 0.7126 0.24466 0.000 0.244 0.080 0.000 0.368 0.308
#> SRR615129 1 0.4243 0.56655 0.704 0.248 0.008 0.040 0.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.3470 0.72004 0.000 0.772 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1411070 4 0.2664 0.59652 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR663038 2 0.0146 0.86110 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489416 2 0.0260 0.85964 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.2092 0.78257 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.3126 0.85688 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0777 0.85116 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR2184865 4 0.0291 0.68458 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.1610 0.82710 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.1152 0.83495 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1370216 3 0.3200 0.70381 0.016 0.000 0.788 0.000 0.196 0.000
#> SRR662954 5 0.6306 0.36105 0.000 0.000 0.052 0.324 0.496 0.128
#> SRR1375738 3 0.3483 0.85601 0.236 0.000 0.748 0.000 0.000 0.016
#> SRR1356577 4 0.2416 0.57510 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.0363 0.88002 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR663549 3 0.3231 0.86371 0.200 0.000 0.784 0.000 0.000 0.016
#> SRR1478015 2 0.1219 0.83744 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR600632 2 0.2340 0.73208 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR811866 1 0.0146 0.88310 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.6418 0.38019 0.000 0.484 0.080 0.000 0.100 0.336
#> SRR1477797 5 0.6296 0.36955 0.000 0.000 0.052 0.320 0.500 0.128
#> SRR1402986 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.2092 0.81734 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 3 0.3727 0.65574 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0405 0.88089 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR601723 6 0.4539 0.58254 0.000 0.004 0.060 0.268 0.000 0.668
#> SRR1384115 5 0.2923 0.81558 0.000 0.000 0.052 0.000 0.848 0.100
#> SRR1476927 2 0.0260 0.85964 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.3483 0.85601 0.236 0.000 0.748 0.000 0.000 0.016
#> SRR1322595 5 0.0146 0.84884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1370423 3 0.3901 0.85970 0.176 0.000 0.768 0.012 0.000 0.044
#> SRR1314976 4 0.3975 -0.14341 0.000 0.000 0.004 0.544 0.000 0.452
#> SRR1319560 6 0.7195 -0.19152 0.000 0.000 0.080 0.308 0.296 0.316
#> SRR1352683 6 0.4965 0.59851 0.012 0.000 0.112 0.204 0.000 0.672
#> SRR1473800 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 5 0.0363 0.84878 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1360807 4 0.0000 0.68232 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332544 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR598695 1 0.3756 0.34817 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0790 0.85013 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR809296 3 0.3150 0.83213 0.104 0.000 0.832 0.000 0.064 0.000
#> SRR657927 3 0.2218 0.84958 0.104 0.000 0.884 0.000 0.000 0.012
#> SRR1440682 2 0.1010 0.84284 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1454415 2 0.3279 0.73792 0.000 0.796 0.028 0.000 0.000 0.176
#> SRR1419131 4 0.0000 0.68232 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.1333 0.85632 0.944 0.000 0.008 0.048 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.3076 0.86045 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1323382 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 6 0.5735 0.56597 0.000 0.000 0.112 0.108 0.128 0.652
#> SRR1321808 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 6 0.4982 0.60468 0.000 0.108 0.008 0.228 0.000 0.656
#> SRR1312558 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.3446 0.47207 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1433027 4 0.3823 0.32335 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR662257 5 0.3432 0.79080 0.000 0.000 0.052 0.000 0.800 0.148
#> SRR600417 4 0.0146 0.68432 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR812493 5 0.3017 0.81213 0.000 0.000 0.052 0.000 0.840 0.108
#> SRR612743 3 0.2988 0.85496 0.144 0.000 0.828 0.000 0.000 0.028
#> SRR1361345 1 0.1910 0.81676 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR600584 6 0.5388 0.55614 0.000 0.168 0.004 0.228 0.000 0.600
#> SRR1310520 4 0.0603 0.68587 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000 0.000
#> SRR1395595 5 0.0458 0.84774 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1334074 5 0.1930 0.83680 0.000 0.000 0.048 0.000 0.916 0.036
#> SRR654838 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1433841 1 0.3672 0.42214 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.3470 0.85561 0.248 0.000 0.740 0.000 0.000 0.012
#> SRR1467479 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1471050 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.5598 0.34502 0.000 0.468 0.100 0.000 0.012 0.420
#> SRR814703 2 0.6726 0.32581 0.000 0.452 0.080 0.000 0.144 0.324
#> SRR661937 2 0.2631 0.71348 0.000 0.840 0.000 0.008 0.000 0.152
#> SRR614359 3 0.2346 0.85579 0.124 0.000 0.868 0.000 0.000 0.008
#> SRR1071568 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.2664 0.86843 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 4 0.3446 0.46850 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0547 0.85576 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1414290 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.7153 0.04753 0.000 0.344 0.080 0.000 0.252 0.324
#> SRR1098998 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.2454 0.73391 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1099286 1 0.4102 0.46032 0.628 0.000 0.012 0.000 0.356 0.004
#> SRR2166570 3 0.4351 0.82655 0.172 0.000 0.720 0.108 0.000 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.3647 0.41373 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR1377026 4 0.5201 0.49867 0.000 0.084 0.032 0.656 0.000 0.228
#> SRR1327386 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.0632 0.68058 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1469345 3 0.5694 0.40486 0.184 0.000 0.504 0.000 0.312 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662966 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1339175 3 0.3126 0.85637 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.7089 0.13862 0.000 0.372 0.080 0.000 0.224 0.324
#> SRR660800 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.2923 0.81558 0.000 0.000 0.052 0.000 0.848 0.100
#> SRR1342023 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.6418 0.38019 0.000 0.484 0.080 0.000 0.100 0.336
#> SRR1072150 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.3050 0.86231 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 5 0.2875 0.81717 0.000 0.000 0.052 0.000 0.852 0.096
#> SRR1442778 1 0.2365 0.81673 0.888 0.000 0.072 0.000 0.040 0.000
#> SRR1086728 5 0.0458 0.84774 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR627464 6 0.4681 0.58388 0.004 0.000 0.076 0.256 0.000 0.664
#> SRR1409193 1 0.1141 0.85771 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2168286 4 0.0291 0.68458 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.2841 0.71408 0.000 0.000 0.824 0.000 0.164 0.012
#> SRR1471989 5 0.0363 0.84878 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1468828 2 0.2969 0.61835 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR1381934 1 0.0713 0.86840 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471098 3 0.3101 0.85865 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 3 0.3670 0.81801 0.284 0.000 0.704 0.000 0.000 0.012
#> SRR2166874 5 0.3276 0.80213 0.000 0.000 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR821302 1 0.2454 0.71956 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.3470 0.72004 0.000 0.772 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR661601 2 0.3470 0.72004 0.000 0.772 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1446546 6 0.4987 0.59456 0.000 0.020 0.056 0.268 0.004 0.652
#> SRR1419784 5 0.0363 0.84878 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1357233 5 0.3235 0.80173 0.000 0.000 0.052 0.000 0.820 0.128
#> SRR1441889 1 0.0790 0.87078 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1324250 6 0.4419 0.57317 0.000 0.040 0.004 0.304 0.000 0.652
#> SRR1442862 5 0.3953 0.74877 0.000 0.000 0.060 0.000 0.744 0.196
#> SRR662474 4 0.2793 0.58376 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1416226 3 0.3266 0.84171 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417404 4 0.3352 0.53291 0.008 0.000 0.008 0.776 0.208 0.000
#> SRR665466 2 0.0291 0.86007 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR658849 3 0.2631 0.86801 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 6 0.4633 0.56634 0.000 0.044 0.008 0.316 0.000 0.632
#> SRR1408136 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.3265 0.85486 0.248 0.000 0.748 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488429 5 0.0458 0.84774 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1087559 6 0.6092 0.44269 0.240 0.008 0.020 0.176 0.000 0.556
#> SRR817004 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1429660 5 0.4747 0.62622 0.000 0.000 0.080 0.000 0.632 0.288
#> SRR604390 6 0.5001 0.45172 0.000 0.000 0.060 0.016 0.308 0.616
#> SRR614936 4 0.3838 0.30812 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1365938 1 0.5136 0.51721 0.640 0.196 0.004 0.160 0.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.5897 0.39385 0.000 0.000 0.084 0.568 0.060 0.288
#> SRR660414 3 0.4309 0.82992 0.172 0.000 0.724 0.104 0.000 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.2480 0.80588 0.872 0.000 0.104 0.000 0.000 0.024
#> SRR1398036 4 0.6667 0.29673 0.000 0.000 0.080 0.484 0.148 0.288
#> SRR1436674 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.3805 0.84204 0.136 0.000 0.796 0.040 0.000 0.028
#> SRR608630 4 0.3824 0.55518 0.000 0.000 0.016 0.780 0.164 0.040
#> SRR655625 4 0.0000 0.68232 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599059 3 0.3014 0.79229 0.056 0.068 0.860 0.000 0.000 0.016
#> SRR615189 4 0.1643 0.67497 0.000 0.068 0.008 0.924 0.000 0.000
#> SRR1466889 2 0.5819 0.46658 0.000 0.548 0.080 0.000 0.048 0.324
#> SRR1084602 4 0.0000 0.68232 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.6961 0.24312 0.000 0.408 0.080 0.000 0.188 0.324
#> SRR1385300 5 0.2053 0.77438 0.000 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004
#> SRR654814 1 0.3927 0.49099 0.644 0.000 0.344 0.000 0.000 0.012
#> SRR658385 2 0.3470 0.72004 0.000 0.772 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR820596 1 0.6681 -0.00846 0.440 0.000 0.120 0.088 0.000 0.352
#> SRR1318118 1 0.4076 0.48645 0.636 0.000 0.012 0.000 0.348 0.004
#> SRR1480766 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0146 0.88316 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.6427 0.38921 0.000 0.492 0.080 0.000 0.104 0.324
#> SRR1441826 4 0.3288 0.36751 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1448051 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.3103 0.68796 0.008 0.000 0.784 0.000 0.208 0.000
#> SRR665217 3 0.2488 0.75512 0.008 0.000 0.864 0.000 0.124 0.004
#> SRR819186 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.2988 0.74992 0.024 0.000 0.824 0.000 0.152 0.000
#> SRR607166 2 0.2482 0.72229 0.000 0.848 0.004 0.000 0.000 0.148
#> SRR809065 4 0.5354 0.38060 0.000 0.212 0.004 0.608 0.000 0.176
#> SRR1415872 2 0.6830 0.30158 0.000 0.440 0.080 0.000 0.164 0.316
#> SRR1415463 3 0.3052 0.86793 0.216 0.000 0.780 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381161 5 0.3235 0.80173 0.000 0.000 0.052 0.000 0.820 0.128
#> SRR1442231 1 0.5387 0.06026 0.464 0.096 0.004 0.436 0.000 0.000
#> SRR1374696 1 0.0291 0.88151 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1451988 3 0.3791 0.84290 0.128 0.044 0.800 0.000 0.000 0.028
#> SRR660555 1 0.1327 0.85697 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.3690 0.60130 0.700 0.000 0.288 0.000 0.000 0.012
#> SRR663344 2 0.3470 0.72004 0.000 0.772 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1472462 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.4039 0.73727 0.092 0.156 0.752 0.000 0.000 0.000
#> SRR656886 6 0.5216 0.56712 0.000 0.232 0.024 0.096 0.000 0.648
#> SRR1498337 5 0.5013 0.72344 0.000 0.000 0.052 0.104 0.712 0.132
#> SRR613066 5 0.0363 0.84878 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.3563 0.60261 0.000 0.000 0.048 0.808 0.012 0.132
#> SRR1447347 1 0.1594 0.85373 0.932 0.000 0.052 0.000 0.000 0.016
#> SRR1475546 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 6 0.4539 0.58254 0.000 0.004 0.060 0.268 0.000 0.668
#> SRR1434332 2 0.0260 0.85964 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1070358 5 0.4764 0.62121 0.000 0.000 0.080 0.000 0.628 0.292
#> SRR1345936 5 0.2923 0.81558 0.000 0.000 0.052 0.000 0.848 0.100
#> SRR665658 2 0.0806 0.85265 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000 0.000
#> SRR1321351 6 0.5394 0.55557 0.000 0.172 0.004 0.224 0.000 0.600
#> SRR657880 2 0.3714 0.71199 0.000 0.760 0.044 0.000 0.000 0.196
#> SRR1373903 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657396 6 0.7195 -0.19152 0.000 0.000 0.080 0.308 0.296 0.316
#> SRR660981 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0260 0.88135 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.6418 0.38019 0.000 0.484 0.080 0.000 0.100 0.336
#> SRR1376316 1 0.0260 0.88170 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0146 0.88294 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.3470 0.72004 0.000 0.772 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1095695 3 0.2969 0.86628 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 6 0.7512 0.29300 0.148 0.000 0.008 0.252 0.184 0.408
#> SRR1498813 4 0.0865 0.66524 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR627437 6 0.4877 0.56936 0.004 0.000 0.228 0.108 0.000 0.660
#> SRR2185097 1 0.0146 0.88277 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR817166 5 0.0363 0.84860 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1091670 2 0.0146 0.86110 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603776 1 0.5997 0.33728 0.488 0.000 0.132 0.000 0.356 0.024
#> SRR1479640 2 0.0603 0.85480 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR660152 3 0.3248 0.73910 0.032 0.000 0.804 0.000 0.164 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0146 0.86110 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392502 5 0.0363 0.84878 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1359609 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR601925 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.3440 0.72582 0.000 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196
#> SRR608542 5 0.7195 0.05819 0.000 0.000 0.080 0.312 0.312 0.296
#> SRR655064 4 0.0291 0.68458 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.3240 0.85758 0.244 0.000 0.752 0.000 0.000 0.004
#> SRR808472 4 0.0146 0.68432 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1414958 5 0.0363 0.84878 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR598484 6 0.5067 0.58289 0.000 0.200 0.004 0.148 0.000 0.648
#> SRR612755 3 0.2266 0.85222 0.108 0.000 0.880 0.000 0.000 0.012
#> SRR1365808 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 6 0.5996 0.52090 0.124 0.000 0.136 0.116 0.000 0.624
#> SRR1322373 3 0.2664 0.86843 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0790 0.84573 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1359099 2 0.3470 0.72004 0.000 0.772 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR607279 6 0.4670 0.51925 0.000 0.292 0.000 0.072 0.000 0.636
#> SRR810461 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.2945 0.75496 0.824 0.000 0.156 0.000 0.000 0.020
#> SRR612887 6 0.6436 0.04913 0.000 0.140 0.080 0.196 0.008 0.576
#> SRR809807 5 0.1151 0.84354 0.000 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR663112 6 0.5088 0.58631 0.004 0.000 0.168 0.180 0.000 0.648
#> SRR1346933 5 0.2672 0.82409 0.000 0.000 0.052 0.000 0.868 0.080
#> SRR1487910 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.1141 0.68301 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 5 0.2875 0.81717 0.000 0.000 0.052 0.000 0.852 0.096
#> SRR1466222 6 0.6124 0.45052 0.000 0.240 0.224 0.020 0.000 0.516
#> SRR1416119 5 0.0547 0.84612 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR819318 3 0.2656 0.85031 0.120 0.000 0.860 0.000 0.008 0.012
#> SRR608288 2 0.0865 0.84149 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR811121 2 0.5930 0.46798 0.000 0.548 0.084 0.000 0.056 0.312
#> SRR613138 2 0.0632 0.85402 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR810483 3 0.3394 0.86347 0.236 0.000 0.752 0.000 0.000 0.012
#> SRR607839 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.2948 0.79387 0.848 0.000 0.092 0.000 0.060 0.000
#> SRR601311 4 0.3584 0.31950 0.000 0.000 0.000 0.688 0.004 0.308
#> SRR1406685 4 0.3151 0.40782 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1467500 4 0.1141 0.68308 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 5 0.0363 0.84878 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1312522 5 0.1082 0.83314 0.000 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1490486 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.2793 0.87187 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.1267 0.82913 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1084766 4 0.0291 0.68458 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.3247 0.68677 0.000 0.808 0.000 0.036 0.000 0.156
#> SRR1336636 3 0.3539 0.85847 0.220 0.000 0.756 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347795 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR601900 2 0.4395 0.63368 0.000 0.684 0.044 0.000 0.008 0.264
#> SRR1330989 4 0.1863 0.65741 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR658445 5 0.2826 0.81859 0.000 0.000 0.052 0.000 0.856 0.092
#> SRR1368754 5 0.0725 0.84582 0.000 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR1460001 2 0.0000 0.86257 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.88418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.2911 0.75637 0.024 0.000 0.832 0.000 0.144 0.000
#> SRR614948 5 0.0508 0.84870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1472952 3 0.2527 0.86996 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.1906 0.85254 0.924 0.000 0.036 0.032 0.000 0.008
#> SRR627447 3 0.3168 0.78143 0.056 0.000 0.828 0.000 0.000 0.116
#> SRR612239 6 0.4332 0.57805 0.000 0.000 0.052 0.276 0.000 0.672
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.655 0.848 0.928 0.4981 0.501 0.501
#> 3 3 0.823 0.858 0.934 0.2552 0.847 0.705
#> 4 4 0.699 0.720 0.852 0.1411 0.793 0.526
#> 5 5 0.655 0.640 0.820 0.0750 0.891 0.652
#> 6 6 0.707 0.634 0.779 0.0463 0.927 0.719
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.8267 0.6883 0.740 0.260
#> SRR603858 1 0.5629 0.8392 0.868 0.132
#> SRR817070 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.0376 0.9201 0.996 0.004
#> SRR813043 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.4431 0.8558 0.908 0.092
#> SRR662031 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1081283 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1481036 1 0.6887 0.8006 0.816 0.184
#> SRR1434009 2 0.9460 0.5058 0.364 0.636
#> SRR1376676 1 0.3879 0.8856 0.924 0.076
#> SRR1396967 2 0.9522 0.4788 0.372 0.628
#> SRR665429 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR657611 1 0.4562 0.8714 0.904 0.096
#> SRR1333659 2 0.9580 0.4735 0.380 0.620
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1421010 1 0.0376 0.9201 0.996 0.004
#> SRR1334490 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1468637 1 0.3584 0.8764 0.932 0.068
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.8499 0.6727 0.724 0.276
#> SRR607863 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.7528 0.7576 0.784 0.216
#> SRR600900 2 0.5178 0.8401 0.116 0.884
#> SRR601477 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.9580 0.4821 0.620 0.380
#> SRR1431385 1 0.7219 0.7768 0.800 0.200
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.4298 0.8766 0.912 0.088
#> SRR657659 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR627457 2 0.4939 0.8297 0.108 0.892
#> SRR1367654 2 0.9044 0.5840 0.320 0.680
#> SRR1488410 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1457750 2 0.2423 0.8952 0.040 0.960
#> SRR1099546 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR604480 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.9580 0.4735 0.380 0.620
#> SRR612791 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1470580 2 0.7139 0.7072 0.196 0.804
#> SRR1444063 1 0.9996 0.2008 0.512 0.488
#> SRR1355578 1 0.5737 0.8412 0.864 0.136
#> SRR1429203 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR599154 2 0.9580 0.4735 0.380 0.620
#> SRR814244 1 0.0672 0.9168 0.992 0.008
#> SRR1404123 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR656934 1 0.6247 0.8240 0.844 0.156
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1338124 1 0.7745 0.7382 0.772 0.228
#> SRR1391376 1 0.0938 0.9208 0.988 0.012
#> SRR661842 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1395699 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1312209 1 0.1633 0.9164 0.976 0.024
#> SRR1359469 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR658885 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.6048 0.8303 0.852 0.148
#> SRR603620 2 0.4562 0.8545 0.096 0.904
#> SRR604677 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR603800 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.1633 0.9096 0.024 0.976
#> SRR817488 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.9000 0.5906 0.316 0.684
#> SRR615129 2 0.1184 0.9129 0.016 0.984
#> SRR607586 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR662162 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1374567 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR615551 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR662954 2 0.7602 0.7295 0.220 0.780
#> SRR1375738 1 0.8267 0.6949 0.740 0.260
#> SRR1356577 1 0.8081 0.7019 0.752 0.248
#> SRR1073119 1 0.1414 0.9178 0.980 0.020
#> SRR663549 1 0.8813 0.6270 0.700 0.300
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR811866 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1401101 2 0.2043 0.9041 0.032 0.968
#> SRR1477797 2 0.9209 0.5577 0.336 0.664
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR658897 2 0.3733 0.8689 0.072 0.928
#> SRR1419869 1 0.4690 0.8688 0.900 0.100
#> SRR1490700 1 0.9580 0.4821 0.620 0.380
#> SRR601723 2 0.8813 0.5145 0.300 0.700
#> SRR1384115 2 0.9580 0.4735 0.380 0.620
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.8499 0.6742 0.724 0.276
#> SRR1322595 1 0.0672 0.9168 0.992 0.008
#> SRR1370423 1 0.8386 0.6780 0.732 0.268
#> SRR1314976 1 0.9580 0.4821 0.620 0.380
#> SRR1319560 2 0.4298 0.8644 0.088 0.912
#> SRR1352683 1 0.1184 0.9195 0.984 0.016
#> SRR1473800 1 0.1184 0.9194 0.984 0.016
#> SRR1326384 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1360807 2 0.3274 0.8787 0.060 0.940
#> SRR1332544 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR807824 2 0.2043 0.9041 0.032 0.968
#> SRR809296 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR657927 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.1633 0.9074 0.024 0.976
#> SRR1404293 1 0.9580 0.4821 0.620 0.380
#> SRR1473340 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.0672 0.9180 0.008 0.992
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.9209 0.5578 0.336 0.664
#> SRR600417 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.9580 0.4735 0.380 0.620
#> SRR612743 1 0.1414 0.9177 0.980 0.020
#> SRR1361345 1 0.9580 0.4821 0.620 0.380
#> SRR600584 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1395595 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1334074 1 0.6623 0.7637 0.828 0.172
#> SRR654838 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.8267 0.5961 0.260 0.740
#> SRR1366837 1 0.4562 0.8714 0.904 0.096
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.7219 0.7438 0.200 0.800
#> SRR814703 2 0.0376 0.9207 0.004 0.996
#> SRR661937 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.4562 0.8545 0.096 0.904
#> SRR1098998 1 0.0938 0.9208 0.988 0.012
#> SRR1481279 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1315103 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.2236 0.9095 0.964 0.036
#> SRR2166570 2 0.4690 0.8391 0.100 0.900
#> SRR601445 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1439719 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR654826 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0376 0.9201 0.996 0.004
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0672 0.9168 0.992 0.008
#> SRR1339175 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.4815 0.8481 0.104 0.896
#> SRR660800 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.9580 0.4735 0.380 0.620
#> SRR1342023 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1335670 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1400955 2 0.4431 0.8581 0.092 0.908
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1364658 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1098074 2 0.9686 0.4377 0.396 0.604
#> SRR1442778 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1086728 1 0.9323 0.4093 0.652 0.348
#> SRR627464 2 0.3879 0.8750 0.076 0.924
#> SRR1409193 1 0.7815 0.7276 0.768 0.232
#> SRR2168286 2 0.1184 0.9131 0.016 0.984
#> SRR615539 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR663623 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1471989 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1381934 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1471098 1 0.0938 0.9208 0.988 0.012
#> SRR1314749 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR2166874 2 0.9460 0.5058 0.364 0.636
#> SRR821302 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1419784 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1357233 2 0.9580 0.4735 0.380 0.620
#> SRR1441889 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1413940 1 0.0376 0.9178 0.996 0.004
#> SRR1324250 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.9209 0.5565 0.336 0.664
#> SRR662474 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.5519 0.8480 0.872 0.128
#> SRR1417404 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR665466 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1460025 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.2603 0.9057 0.956 0.044
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.7528 0.7575 0.784 0.216
#> SRR1488429 1 0.1843 0.9068 0.972 0.028
#> SRR1087559 2 0.9608 0.2809 0.384 0.616
#> SRR817004 1 0.5059 0.8376 0.888 0.112
#> SRR1429660 2 0.9044 0.5840 0.320 0.680
#> SRR604390 1 0.2423 0.9047 0.960 0.040
#> SRR614936 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1365938 2 0.3274 0.8791 0.060 0.940
#> SRR1437324 1 0.7602 0.7527 0.780 0.220
#> SRR613414 2 0.1633 0.9088 0.024 0.976
#> SRR660414 2 0.6623 0.7500 0.172 0.828
#> SRR1452185 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1347020 1 0.5842 0.8373 0.860 0.140
#> SRR1398036 2 0.6438 0.7896 0.164 0.836
#> SRR1436674 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR603750 1 0.9209 0.5691 0.664 0.336
#> SRR608630 2 0.3431 0.8814 0.064 0.936
#> SRR655625 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR615189 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.9970 -0.0323 0.468 0.532
#> SRR1335422 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1356805 2 0.4431 0.8581 0.092 0.908
#> SRR1385300 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR654814 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR658385 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1318118 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.6247 0.8251 0.844 0.156
#> SRR1341833 2 0.3431 0.8814 0.064 0.936
#> SRR1441826 2 0.3274 0.8787 0.060 0.940
#> SRR1448051 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1326752 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR665217 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR819186 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR607166 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.4815 0.8481 0.104 0.896
#> SRR1415463 1 0.2603 0.9057 0.956 0.044
#> SRR1381161 2 0.9522 0.4899 0.372 0.628
#> SRR1442231 2 0.2603 0.8920 0.044 0.956
#> SRR1374696 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1451988 1 0.8386 0.6946 0.732 0.268
#> SRR660555 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR657801 1 0.6973 0.7897 0.812 0.188
#> SRR663344 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1406176 1 0.9954 0.2866 0.540 0.460
#> SRR656886 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.9286 0.5436 0.344 0.656
#> SRR613066 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR602492 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.6973 0.7888 0.812 0.188
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR627459 1 0.9129 0.5916 0.672 0.328
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.6048 0.8042 0.148 0.852
#> SRR1345936 2 0.9970 0.2468 0.468 0.532
#> SRR665658 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.4161 0.8671 0.084 0.916
#> SRR660981 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.4815 0.8661 0.896 0.104
#> SRR819658 2 0.3114 0.8874 0.056 0.944
#> SRR1376316 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1352391 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1498813 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR627437 1 0.2423 0.9047 0.960 0.040
#> SRR2185097 1 0.5408 0.8504 0.876 0.124
#> SRR817166 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.6973 0.7648 0.188 0.812
#> SRR655064 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1432430 1 0.4815 0.8661 0.896 0.104
#> SRR808472 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1414958 1 0.0672 0.9168 0.992 0.008
#> SRR598484 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.3733 0.8871 0.928 0.072
#> SRR1365808 1 0.4431 0.8748 0.908 0.092
#> SRR1391724 1 0.2043 0.9127 0.968 0.032
#> SRR1322373 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.6712 0.7911 0.824 0.176
#> SRR612887 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR809807 1 0.6623 0.7637 0.828 0.172
#> SRR663112 2 0.4161 0.8632 0.084 0.916
#> SRR1346933 2 0.9775 0.3989 0.412 0.588
#> SRR1487910 1 0.9580 0.4821 0.620 0.380
#> SRR603092 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1070015 2 0.9580 0.4735 0.380 0.620
#> SRR1466222 1 0.9998 0.1844 0.508 0.492
#> SRR1416119 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR608288 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR810483 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR607839 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1337031 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR601311 2 0.4431 0.8604 0.092 0.908
#> SRR1406685 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1312865 1 0.1414 0.9114 0.980 0.020
#> SRR1312522 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1472885 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0672 0.9180 0.008 0.992
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.3274 0.8961 0.940 0.060
#> SRR1347795 1 0.0672 0.9168 0.992 0.008
#> SRR601900 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0376 0.9204 0.004 0.996
#> SRR658445 2 0.9580 0.4735 0.380 0.620
#> SRR1368754 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.5294 0.8537 0.880 0.120
#> SRR1326249 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR614948 1 0.0000 0.9180 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR1321528 1 0.9580 0.4821 0.620 0.380
#> SRR627447 1 0.0672 0.9219 0.992 0.008
#> SRR612239 2 1.0000 -0.1414 0.496 0.504
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.3112 0.9162 0.900 0.004 0.096
#> SRR603858 1 0.3752 0.8028 0.856 0.144 0.000
#> SRR817070 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486995 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR813043 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481036 1 0.4369 0.8889 0.864 0.040 0.096
#> SRR1434009 3 0.4750 0.7037 0.000 0.216 0.784
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 3 0.2448 0.8774 0.000 0.076 0.924
#> SRR665429 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR600784 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR657611 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 3 0.2796 0.8596 0.000 0.092 0.908
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.5785 0.4608 0.668 0.000 0.332
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 1 0.3112 0.9160 0.900 0.004 0.096
#> SRR607863 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.5968 0.4306 0.000 0.636 0.364
#> SRR601477 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.0892 0.9158 0.980 0.020 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 1 0.3816 0.8787 0.852 0.000 0.148
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR603188 2 0.1964 0.8808 0.000 0.944 0.056
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 2 0.4605 0.7044 0.204 0.796 0.000
#> SRR1367654 2 0.6309 0.0478 0.000 0.504 0.496
#> SRR1488410 3 0.0237 0.9219 0.004 0.000 0.996
#> SRR1457750 2 0.3482 0.8030 0.128 0.872 0.000
#> SRR1099546 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR604480 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1470580 2 0.6886 0.5983 0.184 0.728 0.088
#> SRR1444063 1 0.3752 0.7748 0.856 0.144 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 3 0.1529 0.9037 0.000 0.040 0.960
#> SRR814244 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR656934 1 0.4586 0.8811 0.856 0.048 0.096
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 3 0.5733 0.5692 0.324 0.000 0.676
#> SRR1338124 1 0.5740 0.8226 0.804 0.100 0.096
#> SRR1391376 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR661842 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395699 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 2 0.6587 0.2666 0.008 0.568 0.424
#> SRR604677 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR603800 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR602058 2 0.6079 0.3762 0.000 0.612 0.388
#> SRR817488 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.6302 0.1071 0.000 0.520 0.480
#> SRR615129 2 0.3038 0.8285 0.104 0.896 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR662954 3 0.2878 0.8556 0.000 0.096 0.904
#> SRR1375738 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1356577 1 0.0237 0.9263 0.996 0.004 0.000
#> SRR1073119 1 0.0237 0.9282 0.996 0.000 0.004
#> SRR663549 1 0.3213 0.9160 0.900 0.008 0.092
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.6168 0.3159 0.000 0.588 0.412
#> SRR1477797 3 0.6308 -0.0241 0.000 0.492 0.508
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.6286 0.0327 0.536 0.464 0.000
#> SRR1419869 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1490700 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR601723 2 0.4931 0.6552 0.232 0.768 0.000
#> SRR1384115 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1322595 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370423 1 0.6299 0.7813 0.772 0.132 0.096
#> SRR1314976 1 0.0237 0.9263 0.996 0.004 0.000
#> SRR1319560 2 0.6140 0.3368 0.000 0.596 0.404
#> SRR1352683 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.2066 0.8782 0.060 0.000 0.940
#> SRR1360807 2 0.3038 0.8252 0.104 0.896 0.000
#> SRR1332544 3 0.0237 0.9220 0.004 0.000 0.996
#> SRR598695 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.3482 0.8000 0.128 0.872 0.000
#> SRR809296 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR657927 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 2 0.0424 0.9175 0.008 0.992 0.000
#> SRR1404293 1 0.0592 0.9212 0.988 0.012 0.000
#> SRR1473340 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1345563 3 0.2796 0.8681 0.092 0.000 0.908
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 1 0.3038 0.9133 0.896 0.000 0.104
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR662257 3 0.6045 0.3592 0.000 0.380 0.620
#> SRR600417 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR812493 3 0.1031 0.9130 0.000 0.024 0.976
#> SRR612743 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1361345 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334074 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433841 2 0.5706 0.5323 0.320 0.680 0.000
#> SRR1366837 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 3 0.3192 0.8584 0.112 0.000 0.888
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.5706 0.5278 0.320 0.680 0.000
#> SRR814703 2 0.0424 0.9183 0.000 0.992 0.008
#> SRR661937 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR614359 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.4750 0.6986 0.000 0.784 0.216
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166570 2 0.5291 0.6101 0.268 0.732 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.1289 0.8980 0.032 0.968 0.000
#> SRR1469345 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339175 1 0.1031 0.9269 0.976 0.000 0.024
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.6045 0.3950 0.000 0.620 0.380
#> SRR660800 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.6062 0.3849 0.000 0.616 0.384
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1098074 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0237 0.9282 0.996 0.000 0.004
#> SRR1086728 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR627464 2 0.2537 0.8509 0.080 0.920 0.000
#> SRR1409193 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 1 0.3112 0.9160 0.900 0.004 0.096
#> SRR1471989 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381934 1 0.0424 0.9281 0.992 0.000 0.008
#> SRR1471098 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1314749 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR2166874 3 0.2878 0.8556 0.000 0.096 0.904
#> SRR821302 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419784 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357233 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 3 0.2878 0.8649 0.096 0.000 0.904
#> SRR1324250 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442862 3 0.5882 0.4424 0.000 0.348 0.652
#> SRR662474 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416226 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1417404 1 0.0475 0.9255 0.992 0.004 0.004
#> SRR665466 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1460025 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488429 3 0.1411 0.8981 0.036 0.000 0.964
#> SRR1087559 2 0.7858 0.3536 0.364 0.572 0.064
#> SRR817004 3 0.5285 0.8341 0.112 0.064 0.824
#> SRR1429660 3 0.2878 0.8556 0.000 0.096 0.904
#> SRR604390 1 0.7583 0.1327 0.492 0.040 0.468
#> SRR614936 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365938 2 0.4062 0.7613 0.164 0.836 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR660414 2 0.6225 0.2499 0.432 0.568 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.6168 0.3158 0.000 0.588 0.412
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 1 0.3112 0.9160 0.900 0.004 0.096
#> SRR608630 2 0.3412 0.8049 0.124 0.876 0.000
#> SRR655625 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 2 0.3267 0.8139 0.116 0.884 0.000
#> SRR615189 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466889 2 0.1753 0.8870 0.000 0.952 0.048
#> SRR1084602 1 0.5859 0.4945 0.656 0.344 0.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.6045 0.3943 0.000 0.620 0.380
#> SRR1385300 1 0.3112 0.9160 0.900 0.004 0.096
#> SRR654814 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR820596 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1318118 1 0.2711 0.9192 0.912 0.000 0.088
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.1411 0.8971 0.000 0.964 0.036
#> SRR1441826 2 0.2959 0.8288 0.100 0.900 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR665217 1 0.3112 0.9160 0.900 0.004 0.096
#> SRR819186 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR607166 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415872 2 0.5291 0.6157 0.000 0.732 0.268
#> SRR1415463 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1381161 3 0.2878 0.8556 0.000 0.096 0.904
#> SRR1442231 2 0.3816 0.7802 0.148 0.852 0.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 1 0.4887 0.8701 0.844 0.060 0.096
#> SRR660555 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.6981 0.6528 0.704 0.228 0.068
#> SRR656886 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498337 3 0.2878 0.8556 0.000 0.096 0.904
#> SRR613066 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 2 0.1031 0.9062 0.000 0.976 0.024
#> SRR1447347 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 1 0.4351 0.7711 0.828 0.168 0.004
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 2 0.6215 0.2713 0.000 0.572 0.428
#> SRR1345936 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 2 0.6140 0.3368 0.000 0.596 0.404
#> SRR660981 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.6168 0.3159 0.000 0.588 0.412
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1352391 1 0.2050 0.9040 0.952 0.020 0.028
#> SRR1498813 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 1 0.4015 0.8993 0.876 0.028 0.096
#> SRR2185097 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.5988 0.3219 0.368 0.000 0.632
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359609 3 0.2959 0.8651 0.100 0.000 0.900
#> SRR601925 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR608542 2 0.6308 0.0571 0.000 0.508 0.492
#> SRR655064 2 0.0237 0.9206 0.004 0.996 0.000
#> SRR1432430 1 0.3112 0.9160 0.900 0.004 0.096
#> SRR808472 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.3295 0.9138 0.896 0.008 0.096
#> SRR1322373 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR612887 2 0.5465 0.5810 0.000 0.712 0.288
#> SRR809807 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0829 0.9121 0.012 0.984 0.004
#> SRR1346933 3 0.1878 0.9013 0.044 0.004 0.952
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.8581 -0.1341 0.448 0.456 0.096
#> SRR1416119 3 0.0592 0.9171 0.012 0.000 0.988
#> SRR819318 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR608288 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0237 0.9207 0.004 0.996 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR607839 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR601311 2 0.3875 0.8342 0.068 0.888 0.044
#> SRR1406685 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.2356 0.8627 0.072 0.000 0.928
#> SRR1312522 1 0.2959 0.9157 0.900 0.000 0.100
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1347795 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR658445 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.3686 0.8860 0.860 0.000 0.140
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9237 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR614948 3 0.0000 0.9240 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472952 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR1321528 1 0.0747 0.9186 0.984 0.016 0.000
#> SRR627447 1 0.2878 0.9176 0.904 0.000 0.096
#> SRR612239 1 0.5859 0.4995 0.656 0.344 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.5695 0.35362 0.476 0.024 0.500 0.000
#> SRR603858 2 0.7593 0.42861 0.188 0.604 0.164 0.044
#> SRR817070 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486995 3 0.4678 0.76118 0.232 0.000 0.744 0.024
#> SRR813043 2 0.2773 0.80958 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR656874 4 0.4996 0.02903 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR659037 4 0.3726 0.70152 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR662031 1 0.1474 0.84437 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1081283 2 0.1302 0.88519 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1481036 3 0.4482 0.73788 0.264 0.008 0.728 0.000
#> SRR1434009 4 0.1411 0.74713 0.000 0.020 0.020 0.960
#> SRR1376676 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.0469 0.73517 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR665429 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.3356 0.76372 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR600784 3 0.3942 0.75746 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 4 0.3972 0.70678 0.000 0.008 0.204 0.788
#> SRR1323896 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.3528 0.63824 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1334490 3 0.1557 0.60624 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1309468 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 4 0.3873 0.69526 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1365489 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR627445 3 0.6216 0.66134 0.240 0.108 0.652 0.000
#> SRR607863 2 0.3837 0.72687 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1475524 3 0.2149 0.58751 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1405504 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.2742 0.73520 0.000 0.076 0.024 0.900
#> SRR601477 2 0.0524 0.90462 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1487215 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.4991 0.30728 0.000 0.608 0.004 0.388
#> SRR1362713 1 0.1042 0.85625 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1102079 3 0.4361 0.75942 0.208 0.000 0.772 0.020
#> SRR1357210 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663573 2 0.1109 0.89528 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR603188 2 0.3873 0.72213 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1471200 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1310975 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR627457 2 0.3448 0.73285 0.168 0.828 0.004 0.000
#> SRR1367654 4 0.1807 0.74976 0.000 0.052 0.008 0.940
#> SRR1488410 3 0.4898 -0.00908 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1457750 1 0.3975 0.57672 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1099546 3 0.4605 0.67706 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0376 0.90604 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1458447 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 4 0.3982 0.69951 0.000 0.004 0.220 0.776
#> SRR612791 3 0.4994 0.39505 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1470580 1 0.7567 0.14426 0.412 0.396 0.192 0.000
#> SRR1444063 1 0.2198 0.79302 0.920 0.072 0.008 0.000
#> SRR1355578 1 0.0336 0.87058 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 4 0.2530 0.72455 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR814244 4 0.3873 0.69526 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1404123 2 0.0376 0.90650 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR656934 1 0.5080 -0.04513 0.576 0.004 0.420 0.000
#> SRR1339029 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR821525 2 0.1389 0.88267 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1443677 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 3 0.5592 0.08771 0.404 0.000 0.572 0.024
#> SRR1338124 4 0.8009 0.00505 0.100 0.052 0.400 0.448
#> SRR1391376 3 0.4134 0.74316 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR661842 2 0.1389 0.88267 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1395699 3 0.4711 0.76087 0.236 0.000 0.740 0.024
#> SRR1312209 1 0.0336 0.87058 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.3486 0.47163 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1414578 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 4 0.1474 0.74898 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR604677 3 0.3907 0.75887 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.5229 0.18485 0.000 0.428 0.008 0.564
#> SRR817488 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655601 2 0.0469 0.90272 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1434821 2 0.2773 0.80920 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR1349166 4 0.2149 0.74293 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR615129 1 0.4193 0.54412 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.3539 0.76271 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1411070 2 0.0707 0.89879 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR663038 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0921 0.85952 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.3907 0.75887 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1434048 2 0.4564 0.43454 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR2184865 2 0.1389 0.88267 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2170135 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.4678 0.76118 0.232 0.000 0.744 0.024
#> SRR662954 4 0.1284 0.74558 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR1375738 1 0.4916 -0.05697 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1356577 1 0.1661 0.84265 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1073119 1 0.1716 0.83382 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR663549 1 0.6482 0.04519 0.564 0.084 0.352 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811866 1 0.1474 0.84437 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1401101 4 0.1557 0.74930 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1477797 4 0.1677 0.74721 0.000 0.040 0.012 0.948
#> SRR1402986 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR658897 1 0.1635 0.82761 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR1419869 1 0.5137 -0.19403 0.544 0.004 0.452 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601723 2 0.2521 0.84404 0.060 0.916 0.020 0.004
#> SRR1384115 4 0.3907 0.69323 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1476927 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.4907 -0.04059 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1322595 4 0.3907 0.69323 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1370423 3 0.5983 0.72622 0.208 0.060 0.708 0.024
#> SRR1314976 1 0.1635 0.83639 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1319560 4 0.1978 0.74388 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR1352683 1 0.1004 0.86279 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1473800 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.4746 0.12641 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1360807 2 0.2494 0.86062 0.036 0.916 0.000 0.048
#> SRR1332544 3 0.1637 0.60433 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR598695 1 0.0188 0.87118 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR807824 2 0.3774 0.72184 0.168 0.820 0.008 0.004
#> SRR809296 3 0.4744 0.76021 0.240 0.000 0.736 0.024
#> SRR657927 3 0.3907 0.75887 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1440682 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1454415 2 0.3539 0.76271 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1419131 2 0.1389 0.88267 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1404293 1 0.0336 0.87058 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473340 3 0.4989 0.42577 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1345563 4 0.7607 0.23281 0.200 0.000 0.388 0.412
#> SRR1323382 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1480697 3 0.5346 0.74882 0.192 0.000 0.732 0.076
#> SRR1321808 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1382756 2 0.3945 0.66629 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR1312558 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662257 4 0.0817 0.74757 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR600417 2 0.1389 0.88267 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR812493 4 0.3400 0.70961 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR612743 3 0.4866 0.54481 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1361345 1 0.0336 0.87058 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.1389 0.88267 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1395595 3 0.1557 0.60624 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1334074 4 0.4679 0.53369 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR654838 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1376694 3 0.4843 0.08679 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1433841 1 0.4313 0.54985 0.736 0.260 0.004 0.000
#> SRR1366837 3 0.4994 0.36938 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1467479 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459055 3 0.5712 0.12406 0.384 0.000 0.584 0.032
#> SRR1471050 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 4 0.9039 0.30197 0.112 0.340 0.140 0.408
#> SRR814703 2 0.4699 0.54136 0.000 0.676 0.004 0.320
#> SRR661937 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614359 3 0.3975 0.75826 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.4744 0.76021 0.240 0.000 0.736 0.024
#> SRR1337624 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1344400 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1414290 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1413644 4 0.4679 0.41905 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1098998 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 3 0.4948 -0.03383 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1099286 1 0.3681 0.69897 0.816 0.008 0.176 0.000
#> SRR2166570 2 0.2976 0.78994 0.120 0.872 0.008 0.000
#> SRR601445 1 0.0921 0.86071 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1439719 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1377026 2 0.3356 0.76333 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1327386 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.4163 0.72799 0.004 0.772 0.004 0.220
#> SRR1469345 3 0.4744 0.76021 0.240 0.000 0.736 0.024
#> SRR1421462 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR662966 3 0.4888 0.04653 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1339175 1 0.2011 0.80300 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1447736 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1434671 4 0.2999 0.72188 0.000 0.132 0.004 0.864
#> SRR660800 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 4 0.3873 0.69510 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1342023 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0921 0.86128 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1400955 4 0.2593 0.73545 0.000 0.104 0.004 0.892
#> SRR1072150 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.4164 0.74540 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1098074 4 0.3907 0.69323 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1442778 1 0.4898 0.07666 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1086728 3 0.2469 0.57606 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR627464 2 0.2170 0.87117 0.028 0.936 0.008 0.028
#> SRR1409193 1 0.0921 0.86071 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.3907 0.75887 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1471989 3 0.4072 0.38727 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1468828 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1381934 1 0.3074 0.74260 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1471098 3 0.4277 0.73521 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1314749 3 0.4250 0.72730 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR2166874 4 0.4225 0.71994 0.000 0.024 0.184 0.792
#> SRR821302 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.3448 0.77136 0.000 0.828 0.004 0.168
#> SRR661601 2 0.4456 0.62080 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1446546 2 0.5112 0.39054 0.008 0.648 0.004 0.340
#> SRR1419784 3 0.4941 -0.02435 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1357233 4 0.3528 0.70724 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1441889 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 4 0.7720 0.25856 0.360 0.000 0.228 0.412
#> SRR1324250 2 0.4817 0.33548 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1442862 4 0.1389 0.74472 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR662474 2 0.1211 0.88764 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1416226 3 0.4916 0.50476 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1417404 1 0.7371 0.21772 0.524 0.000 0.244 0.232
#> SRR665466 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658849 3 0.4744 0.76021 0.240 0.000 0.736 0.024
#> SRR1460025 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1408136 1 0.0336 0.87058 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1489995 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1374092 1 0.1474 0.84437 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1488429 3 0.1637 0.60649 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1087559 1 0.3982 0.59394 0.776 0.220 0.004 0.000
#> SRR817004 1 0.7216 0.34531 0.548 0.000 0.244 0.208
#> SRR1429660 4 0.2124 0.74693 0.000 0.040 0.028 0.932
#> SRR604390 3 0.4193 0.56258 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR614936 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365938 1 0.4222 0.53992 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.4018 0.72292 0.000 0.772 0.004 0.224
#> SRR660414 2 0.4267 0.67727 0.188 0.788 0.024 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.1022 0.85897 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1398036 4 0.1767 0.74743 0.000 0.044 0.012 0.944
#> SRR1436674 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.7653 0.39300 0.240 0.300 0.460 0.000
#> SRR608630 2 0.4604 0.71138 0.012 0.756 0.008 0.224
#> SRR655625 2 0.1389 0.88267 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR599059 2 0.2814 0.77850 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR615189 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466889 4 0.5151 0.09006 0.000 0.464 0.004 0.532
#> SRR1084602 2 0.5650 0.68090 0.140 0.760 0.052 0.048
#> SRR1335422 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 4 0.3099 0.73198 0.000 0.104 0.020 0.876
#> SRR1385300 3 0.4327 0.75897 0.216 0.000 0.768 0.016
#> SRR654814 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.3448 0.77136 0.000 0.828 0.004 0.168
#> SRR820596 3 0.3942 0.75759 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1318118 3 0.3942 0.75758 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1480766 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1406539 1 0.1706 0.84884 0.948 0.016 0.036 0.000
#> SRR1341833 4 0.5268 0.12959 0.000 0.452 0.008 0.540
#> SRR1441826 2 0.5231 0.32312 0.012 0.604 0.000 0.384
#> SRR1448051 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.3907 0.75887 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR665217 3 0.4678 0.76118 0.232 0.000 0.744 0.024
#> SRR819186 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR661517 3 0.4678 0.76118 0.232 0.000 0.744 0.024
#> SRR607166 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415872 4 0.4910 0.56485 0.000 0.276 0.020 0.704
#> SRR1415463 3 0.4790 0.58801 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1381161 4 0.3400 0.70961 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1442231 1 0.4560 0.50144 0.700 0.296 0.004 0.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 3 0.5631 0.70702 0.224 0.076 0.700 0.000
#> SRR660555 1 0.0707 0.86089 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR657801 1 0.0336 0.87058 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR663344 4 0.5163 0.03016 0.000 0.480 0.004 0.516
#> SRR1472462 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 2 0.7213 -0.09431 0.140 0.452 0.408 0.000
#> SRR656886 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1498337 4 0.1004 0.74807 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR613066 3 0.2216 0.58461 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1309490 1 0.1389 0.84752 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR602492 2 0.4164 0.67566 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1447347 1 0.0921 0.86128 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1475546 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR627459 2 0.6484 0.48769 0.208 0.652 0.136 0.004
#> SRR1434332 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1070358 4 0.1576 0.74870 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR1345936 4 0.3356 0.71015 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR665658 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1321351 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR657880 2 0.3583 0.75867 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1373903 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657396 4 0.2124 0.74290 0.000 0.068 0.008 0.924
#> SRR660981 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 4 0.1557 0.74930 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1376316 1 0.0336 0.87058 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1323723 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.3539 0.76271 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1095695 3 0.4134 0.74316 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1352391 1 0.5520 0.54545 0.696 0.000 0.244 0.060
#> SRR1498813 2 0.1389 0.88267 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR627437 3 0.4088 0.75855 0.232 0.000 0.764 0.004
#> SRR2185097 1 0.0592 0.86603 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR817166 3 0.4956 0.60888 0.036 0.000 0.732 0.232
#> SRR1091670 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603776 3 0.4072 0.74773 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660152 3 0.3907 0.75887 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.2345 0.57789 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1359609 3 0.4995 0.43758 0.248 0.000 0.720 0.032
#> SRR601925 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2165182 4 0.5163 0.03016 0.000 0.480 0.004 0.516
#> SRR608542 4 0.1022 0.74893 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR655064 2 0.1389 0.88267 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1432430 3 0.4283 0.74548 0.256 0.004 0.740 0.000
#> SRR808472 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1414958 3 0.3837 0.43165 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR598484 2 0.1118 0.88632 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR612755 1 0.4477 0.35458 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.4907 -0.04059 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1322373 3 0.4744 0.76021 0.240 0.000 0.736 0.024
#> SRR1489265 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1359099 2 0.3448 0.77136 0.000 0.828 0.004 0.168
#> SRR607279 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR627427 1 0.0336 0.87058 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR612887 4 0.2760 0.71048 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR809807 4 0.3907 0.69323 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR663112 2 0.8039 -0.02456 0.048 0.484 0.116 0.352
#> SRR1346933 4 0.4434 0.69509 0.016 0.000 0.228 0.756
#> SRR1487910 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 2 0.1389 0.88267 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1417680 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1383785 1 0.0188 0.87186 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070015 4 0.3907 0.69323 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1466222 2 0.6028 0.31195 0.052 0.584 0.364 0.000
#> SRR1416119 3 0.1557 0.60624 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR819318 3 0.3907 0.75887 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.3539 0.76271 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR613138 2 0.0336 0.90510 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR810483 3 0.3907 0.75887 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 3 0.3975 0.75826 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR601311 4 0.5290 0.21962 0.000 0.404 0.012 0.584
#> SRR1406685 2 0.1389 0.88267 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1467500 2 0.1211 0.88764 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1308504 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.1743 0.61060 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR1312522 3 0.5031 0.72612 0.140 0.000 0.768 0.092
#> SRR1490486 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1325888 3 0.4353 0.76097 0.232 0.000 0.756 0.012
#> SRR1472885 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.90745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084766 2 0.0524 0.90509 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1102804 2 0.4741 0.43378 0.000 0.668 0.004 0.328
#> SRR1336636 3 0.4164 0.74012 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1347795 3 0.2408 0.57469 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR601900 2 0.3539 0.76271 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1330989 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR658445 4 0.3907 0.69323 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1368754 3 0.3873 0.76008 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1460001 2 0.0188 0.90728 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.87296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.4744 0.76021 0.240 0.000 0.736 0.024
#> SRR614948 3 0.4898 0.03508 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1472952 3 0.3907 0.75887 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1321528 1 0.0927 0.86025 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR627447 3 0.3907 0.75887 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR612239 2 0.8079 0.25842 0.164 0.532 0.044 0.260
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.3013 0.6767 0.160 0.008 0.832 0.000 0.000
#> SRR603858 3 0.6871 0.1155 0.004 0.304 0.452 0.236 0.004
#> SRR817070 2 0.0290 0.8253 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1486995 3 0.1251 0.7442 0.008 0.000 0.956 0.000 0.036
#> SRR813043 2 0.3990 0.6260 0.000 0.688 0.004 0.308 0.000
#> SRR656874 4 0.3932 0.5547 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR659037 5 0.4015 0.4370 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR662031 1 0.4294 0.3051 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.2020 0.7599 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1481036 3 0.0671 0.7526 0.016 0.004 0.980 0.000 0.000
#> SRR1434009 4 0.4276 0.5017 0.000 0.032 0.000 0.724 0.244
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.3109 0.5164 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR665429 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.3715 0.5673 0.000 0.736 0.000 0.260 0.004
#> SRR600784 3 0.0963 0.7519 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0404 0.8402 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1333659 5 0.3684 0.4825 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1323896 2 0.0162 0.8247 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1453971 1 0.2230 0.8226 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.3424 0.6471 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.4300 -0.0658 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1309468 1 0.0880 0.8419 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1468637 5 0.1043 0.7206 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1365489 2 0.2890 0.7953 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR627445 3 0.1952 0.7191 0.004 0.084 0.912 0.000 0.000
#> SRR607863 2 0.3913 0.4577 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1475524 5 0.3143 0.6567 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1405504 2 0.0162 0.8247 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.3236 0.5430 0.000 0.020 0.000 0.828 0.152
#> SRR601477 2 0.2970 0.7914 0.000 0.828 0.004 0.168 0.000
#> SRR1487215 2 0.2732 0.7966 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1310797 4 0.4101 0.4272 0.000 0.332 0.004 0.664 0.000
#> SRR1362713 1 0.2818 0.8133 0.856 0.012 0.132 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.3160 0.7770 0.000 0.808 0.004 0.188 0.000
#> SRR1102079 3 0.2890 0.6415 0.004 0.000 0.836 0.000 0.160
#> SRR1357210 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663573 2 0.1831 0.7816 0.000 0.920 0.004 0.076 0.000
#> SRR603188 2 0.3913 0.4577 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1471200 2 0.2890 0.7953 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1310975 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR627457 2 0.3794 0.6451 0.048 0.800 0.152 0.000 0.000
#> SRR1367654 4 0.4462 0.5510 0.000 0.064 0.000 0.740 0.196
#> SRR1488410 5 0.1270 0.7300 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1457750 1 0.2605 0.7317 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099546 3 0.4273 0.3030 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.3333 0.7598 0.000 0.788 0.004 0.208 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 5 0.4302 0.1012 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR612791 3 0.4114 0.4630 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.8225 0.0111 0.312 0.360 0.172 0.156 0.000
#> SRR1444063 1 0.6460 0.5898 0.628 0.060 0.168 0.144 0.000
#> SRR1355578 1 0.2852 0.7976 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0609 0.8392 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR599154 5 0.5591 0.2307 0.000 0.000 0.076 0.396 0.528
#> SRR814244 5 0.0963 0.7225 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1404123 2 0.0451 0.8233 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR656934 3 0.3561 0.6075 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0162 0.8252 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR821525 2 0.2806 0.7073 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1443677 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 5 0.4519 0.6591 0.100 0.000 0.148 0.000 0.752
#> SRR1338124 4 0.5748 0.3806 0.032 0.068 0.256 0.644 0.000
#> SRR1391376 3 0.1965 0.7384 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR661842 2 0.2806 0.7073 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1395699 3 0.3214 0.6901 0.120 0.000 0.844 0.000 0.036
#> SRR1312209 1 0.2127 0.8271 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.1410 0.8266 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR658885 5 0.3109 0.6707 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1414578 1 0.1671 0.8389 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR603620 4 0.2773 0.5259 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR604677 3 0.0162 0.7500 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0162 0.8247 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR602058 2 0.6275 0.0822 0.000 0.480 0.000 0.364 0.156
#> SRR817488 2 0.2732 0.7967 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR655601 2 0.0963 0.8078 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1434821 2 0.3766 0.6885 0.000 0.728 0.004 0.268 0.000
#> SRR1349166 4 0.5072 0.5591 0.000 0.116 0.000 0.696 0.188
#> SRR615129 1 0.3521 0.6292 0.764 0.232 0.000 0.004 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.4088 0.5416 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1411070 2 0.1544 0.7862 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.3534 0.6191 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.0162 0.7500 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1434048 4 0.4307 -0.0994 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR2184865 2 0.2179 0.7487 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.2690 0.7976 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.1251 0.7438 0.008 0.000 0.956 0.000 0.036
#> SRR662954 4 0.4161 0.2222 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1375738 3 0.2852 0.6661 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1356577 3 0.6141 -0.1197 0.424 0.000 0.460 0.112 0.004
#> SRR1073119 1 0.4294 0.2962 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR663549 3 0.4021 0.6426 0.168 0.052 0.780 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0162 0.8247 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811866 1 0.4297 0.2978 0.528 0.000 0.472 0.000 0.000
#> SRR1401101 4 0.3238 0.5613 0.000 0.028 0.000 0.836 0.136
#> SRR1477797 4 0.2773 0.5259 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1402986 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR658897 1 0.1300 0.8356 0.956 0.016 0.028 0.000 0.000
#> SRR1419869 3 0.3177 0.6559 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.1792 0.8324 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR601723 2 0.3877 0.7024 0.044 0.832 0.088 0.036 0.000
#> SRR1384115 5 0.1851 0.7034 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1476927 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.2852 0.6661 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1322595 5 0.0162 0.7305 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1370423 3 0.5699 0.5944 0.044 0.052 0.728 0.140 0.036
#> SRR1314976 1 0.3420 0.7508 0.836 0.000 0.036 0.124 0.004
#> SRR1319560 4 0.2848 0.5324 0.000 0.004 0.000 0.840 0.156
#> SRR1352683 1 0.2674 0.8106 0.856 0.000 0.140 0.004 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 5 0.4101 0.3869 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1360807 2 0.3783 0.6806 0.020 0.812 0.012 0.152 0.004
#> SRR1332544 5 0.3336 0.6379 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR598695 1 0.1197 0.8317 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.5597 0.5718 0.000 0.640 0.200 0.160 0.000
#> SRR809296 3 0.2074 0.7395 0.044 0.000 0.920 0.000 0.036
#> SRR657927 3 0.0162 0.7500 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1454415 2 0.4211 0.5527 0.000 0.636 0.004 0.360 0.000
#> SRR1419131 2 0.2806 0.7073 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1404293 1 0.2280 0.8213 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.4294 -0.0899 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1345563 5 0.1671 0.7044 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1323382 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1480697 3 0.3766 0.4996 0.004 0.000 0.728 0.268 0.000
#> SRR1321808 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1382756 2 0.4276 0.4736 0.000 0.616 0.004 0.380 0.000
#> SRR1312558 2 0.2890 0.7953 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662257 4 0.3109 0.5164 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR600417 2 0.2806 0.7073 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR812493 5 0.4291 0.2131 0.000 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR612743 3 0.1965 0.7309 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0963 0.8400 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0162 0.8247 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1310520 2 0.2806 0.7073 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1395595 3 0.4300 -0.0658 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1334074 5 0.5195 0.5925 0.000 0.000 0.168 0.144 0.688
#> SRR654838 2 0.2890 0.7953 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1376694 5 0.1270 0.7334 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1433841 1 0.5889 0.3974 0.608 0.244 0.004 0.144 0.000
#> SRR1366837 3 0.3003 0.6721 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1459055 5 0.4469 0.6616 0.096 0.000 0.148 0.000 0.756
#> SRR1471050 2 0.0880 0.8251 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR603004 4 0.4714 0.5275 0.004 0.152 0.100 0.744 0.000
#> SRR814703 4 0.4307 0.2808 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614359 3 0.1792 0.7401 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0162 0.8256 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389084 3 0.1997 0.7426 0.040 0.000 0.924 0.000 0.036
#> SRR1337624 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1344400 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1414290 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1413644 4 0.3192 0.5799 0.000 0.112 0.000 0.848 0.040
#> SRR1098998 1 0.0609 0.8392 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0404 0.8378 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1315103 5 0.0000 0.7305 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099286 3 0.7559 0.0999 0.288 0.072 0.476 0.160 0.004
#> SRR2166570 2 0.2629 0.7131 0.004 0.860 0.136 0.000 0.000
#> SRR601445 1 0.4060 0.5124 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.2439 0.8087 0.000 0.876 0.004 0.120 0.000
#> SRR1377026 2 0.3274 0.6046 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1327386 1 0.0880 0.8374 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.4972 -0.3346 0.000 0.476 0.020 0.500 0.004
#> SRR1469345 3 0.1997 0.7426 0.040 0.000 0.924 0.000 0.036
#> SRR1421462 2 0.2890 0.7953 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR662966 5 0.0609 0.7351 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1339175 1 0.2852 0.7464 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1434671 4 0.3242 0.5807 0.000 0.116 0.000 0.844 0.040
#> SRR660800 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.4291 0.1436 0.000 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR1342023 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.2929 0.7899 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1400955 4 0.3192 0.5799 0.000 0.112 0.000 0.848 0.040
#> SRR1072150 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.2690 0.6914 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1098074 5 0.2966 0.6263 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR1442778 3 0.3932 0.3588 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR1086728 5 0.4560 0.1339 0.000 0.000 0.484 0.008 0.508
#> SRR627464 2 0.2266 0.7780 0.064 0.912 0.016 0.000 0.008
#> SRR1409193 1 0.3932 0.5585 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0162 0.8238 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.0162 0.7500 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1471989 5 0.3895 0.4883 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1468828 2 0.2338 0.8110 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1381934 3 0.4300 -0.1219 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1471098 3 0.3210 0.6614 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1314749 3 0.0703 0.7525 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2166874 5 0.3774 0.4619 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR821302 1 0.2230 0.8231 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.4196 0.5643 0.000 0.640 0.004 0.356 0.000
#> SRR661601 4 0.4297 -0.1087 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1446546 4 0.4211 0.3518 0.000 0.360 0.004 0.636 0.000
#> SRR1419784 5 0.0162 0.7317 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1357233 5 0.4030 0.3780 0.000 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1441889 1 0.1851 0.8318 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1413940 5 0.1851 0.6977 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1324250 4 0.4114 0.4326 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1442862 4 0.5122 0.5533 0.000 0.112 0.000 0.688 0.200
#> SRR662474 2 0.2127 0.7525 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1416226 3 0.2773 0.6844 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1417404 3 0.6332 0.2980 0.256 0.000 0.576 0.152 0.016
#> SRR665466 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658849 3 0.2291 0.7388 0.056 0.000 0.908 0.000 0.036
#> SRR1460025 2 0.0162 0.8252 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1408136 1 0.1043 0.8405 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1374092 1 0.4192 0.4185 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1488429 3 0.4443 -0.0630 0.000 0.000 0.524 0.004 0.472
#> SRR1087559 1 0.1952 0.7896 0.912 0.084 0.004 0.000 0.000
#> SRR817004 5 0.7404 0.4747 0.124 0.000 0.144 0.196 0.536
#> SRR1429660 4 0.4445 0.4330 0.000 0.024 0.000 0.676 0.300
#> SRR604390 3 0.5092 0.1746 0.000 0.000 0.524 0.440 0.036
#> SRR614936 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365938 1 0.5599 0.4187 0.620 0.260 0.000 0.120 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.4225 0.3764 0.000 0.632 0.000 0.364 0.004
#> SRR660414 2 0.4003 0.5401 0.008 0.740 0.244 0.008 0.000
#> SRR1452185 1 0.1043 0.8384 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.3177 0.7632 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1398036 4 0.2971 0.5313 0.000 0.008 0.000 0.836 0.156
#> SRR1436674 1 0.1908 0.8304 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.2806 0.6624 0.004 0.152 0.844 0.000 0.000
#> SRR608630 4 0.4446 -0.3247 0.000 0.476 0.000 0.520 0.004
#> SRR655625 2 0.2806 0.7073 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR599059 2 0.4941 0.7209 0.024 0.744 0.076 0.156 0.000
#> SRR615189 2 0.0609 0.8258 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1466889 4 0.2763 0.5799 0.000 0.148 0.000 0.848 0.004
#> SRR1084602 2 0.6486 0.1272 0.004 0.500 0.340 0.152 0.004
#> SRR1335422 1 0.0404 0.8376 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1356805 4 0.3016 0.5815 0.000 0.132 0.000 0.848 0.020
#> SRR1385300 3 0.1502 0.7333 0.004 0.000 0.940 0.056 0.000
#> SRR654814 1 0.0404 0.8402 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.4045 0.5634 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR820596 3 0.0162 0.7500 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1318118 3 0.1153 0.7488 0.008 0.000 0.964 0.024 0.004
#> SRR1480766 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1406539 3 0.6585 -0.1561 0.408 0.012 0.436 0.144 0.000
#> SRR1341833 4 0.3048 0.5739 0.000 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1441826 4 0.4251 0.4287 0.000 0.372 0.000 0.624 0.004
#> SRR1448051 1 0.2280 0.8232 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0324 0.7500 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR665217 3 0.1124 0.7434 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR819186 2 0.2890 0.7953 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR661517 3 0.1469 0.7452 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR607166 2 0.2890 0.7953 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415872 4 0.3368 0.5877 0.000 0.156 0.000 0.820 0.024
#> SRR1415463 3 0.2852 0.6961 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1381161 4 0.4242 0.0807 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1442231 1 0.6264 0.2483 0.536 0.304 0.004 0.156 0.000
#> SRR1374696 1 0.2127 0.8255 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1451988 3 0.2304 0.7029 0.008 0.100 0.892 0.000 0.000
#> SRR660555 1 0.2230 0.8199 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.1608 0.8359 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR663344 4 0.2648 0.5790 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.7042 0.2350 0.048 0.280 0.516 0.156 0.000
#> SRR656886 2 0.2890 0.7953 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1498337 4 0.4045 0.2804 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR613066 3 0.4306 -0.1092 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1309490 1 0.4268 0.3522 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.4397 0.2589 0.000 0.432 0.000 0.564 0.004
#> SRR1447347 1 0.3039 0.7786 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR627459 3 0.6285 0.1736 0.004 0.388 0.488 0.116 0.004
#> SRR1434332 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1070358 4 0.3109 0.5164 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1345936 4 0.4210 0.1148 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR665658 2 0.2806 0.7984 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR1321351 2 0.2389 0.8109 0.000 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR657880 2 0.4249 0.4054 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657396 4 0.3236 0.5432 0.000 0.020 0.000 0.828 0.152
#> SRR660981 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 4 0.4203 0.5531 0.000 0.052 0.000 0.760 0.188
#> SRR1376316 1 0.2966 0.7890 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1476719 1 0.2127 0.8258 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.4225 0.5500 0.000 0.632 0.004 0.364 0.000
#> SRR1095695 3 0.0703 0.7535 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1352391 3 0.6542 0.2411 0.264 0.000 0.508 0.224 0.004
#> SRR1498813 2 0.2806 0.7073 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR627437 3 0.2116 0.7251 0.008 0.000 0.912 0.076 0.004
#> SRR2185097 1 0.4060 0.5236 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.4958 0.2942 0.000 0.000 0.592 0.372 0.036
#> SRR1091670 2 0.2732 0.7967 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR603776 3 0.1121 0.7537 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0162 0.8247 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR660152 3 0.0162 0.7500 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0794 0.8256 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 5 0.3366 0.6387 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1359609 5 0.4457 0.6621 0.092 0.000 0.152 0.000 0.756
#> SRR601925 2 0.2719 0.8022 0.000 0.852 0.004 0.144 0.000
#> SRR2165182 4 0.3816 0.5662 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR608542 4 0.2773 0.5259 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR655064 2 0.2179 0.7487 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1432430 3 0.1764 0.7315 0.008 0.000 0.928 0.064 0.000
#> SRR808472 2 0.0162 0.8252 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1414958 5 0.4060 0.4200 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR598484 2 0.0963 0.8119 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR612755 3 0.3816 0.4881 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.3689 0.5978 0.256 0.000 0.740 0.004 0.000
#> SRR1322373 3 0.2074 0.7418 0.044 0.000 0.920 0.000 0.036
#> SRR1489265 2 0.2890 0.7953 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1359099 2 0.4196 0.5643 0.000 0.640 0.004 0.356 0.000
#> SRR607279 2 0.0162 0.8247 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR810461 2 0.2890 0.7953 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR627427 1 0.3242 0.7626 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR612887 4 0.3060 0.5429 0.000 0.024 0.000 0.848 0.128
#> SRR809807 5 0.0703 0.7299 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR663112 4 0.6013 0.4792 0.092 0.236 0.036 0.636 0.000
#> SRR1346933 5 0.1043 0.7206 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1487910 1 0.0703 0.8401 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR603092 2 0.2674 0.7198 0.000 0.856 0.000 0.140 0.004
#> SRR1417680 2 0.1571 0.8215 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1383785 1 0.3074 0.7796 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1070015 5 0.0703 0.7299 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1466222 3 0.5989 0.2306 0.000 0.336 0.536 0.128 0.000
#> SRR1416119 3 0.4300 -0.0658 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR819318 3 0.0162 0.7500 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0162 0.8247 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR811121 2 0.4088 0.5416 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR613138 2 0.2813 0.7930 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR810483 3 0.0162 0.7500 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.1341 0.8274 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1337031 3 0.1341 0.7493 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.2929 0.5271 0.000 0.152 0.000 0.840 0.008
#> SRR1406685 2 0.2848 0.7065 0.000 0.840 0.000 0.156 0.004
#> SRR1467500 2 0.2020 0.7599 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.4297 -0.0526 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1312522 3 0.1732 0.7092 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1490486 2 0.2848 0.7965 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1325888 3 0.1195 0.7493 0.028 0.000 0.960 0.000 0.012
#> SRR1472885 1 0.1341 0.8409 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084766 2 0.1205 0.8067 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR1102804 2 0.4415 0.2929 0.000 0.552 0.004 0.444 0.000
#> SRR1336636 3 0.1608 0.7424 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1347795 5 0.3305 0.6415 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR601900 2 0.4088 0.5416 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1330989 2 0.0324 0.8256 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR658445 5 0.0703 0.7299 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1368754 3 0.0566 0.7496 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR1460001 2 0.2890 0.7953 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8367 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.2074 0.7395 0.044 0.000 0.920 0.000 0.036
#> SRR614948 5 0.1197 0.7339 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1472952 3 0.0162 0.7500 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.2966 0.8099 0.848 0.016 0.136 0.000 0.000
#> SRR627447 3 0.0794 0.7501 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR612239 4 0.8498 0.1943 0.176 0.260 0.200 0.360 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.4701 0.8019 0.040 0.004 0.560 0.000 0.000 0.396
#> SRR603858 3 0.5784 0.7263 0.000 0.024 0.568 0.096 0.008 0.304
#> SRR817070 2 0.0291 0.7473 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1486995 6 0.0146 0.5619 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR813043 5 0.5452 -0.5743 0.000 0.436 0.000 0.120 0.444 0.000
#> SRR656874 4 0.2793 0.6947 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR659037 4 0.5319 0.3374 0.000 0.000 0.296 0.568 0.136 0.000
#> SRR662031 3 0.4993 0.7792 0.080 0.000 0.560 0.000 0.000 0.360
#> SRR1081283 2 0.1610 0.6983 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1481036 3 0.4051 0.7999 0.008 0.000 0.560 0.000 0.000 0.432
#> SRR1434009 4 0.2434 0.7317 0.000 0.032 0.016 0.896 0.056 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.0146 0.7286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.3323 0.5302 0.000 0.752 0.008 0.240 0.000 0.000
#> SRR600784 3 0.4923 0.7622 0.072 0.000 0.560 0.000 0.000 0.368
#> SRR657611 1 0.0458 0.7998 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1333659 4 0.5555 0.3462 0.000 0.004 0.276 0.560 0.160 0.000
#> SRR1323896 2 0.1219 0.7511 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1453971 1 0.2178 0.7725 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1421010 1 0.2178 0.7357 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1334490 6 0.5530 -0.0172 0.000 0.000 0.364 0.000 0.140 0.496
#> SRR1309468 1 0.0865 0.8001 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1468637 5 0.4141 0.7576 0.000 0.000 0.432 0.012 0.556 0.000
#> SRR1365489 2 0.3966 0.6681 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR627445 3 0.4348 0.7954 0.000 0.024 0.560 0.000 0.000 0.416
#> SRR607863 2 0.3446 0.5622 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1475524 5 0.4141 0.7576 0.000 0.000 0.432 0.012 0.556 0.000
#> SRR1405504 2 0.0146 0.7466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.0632 0.7333 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR601477 2 0.4051 0.6716 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432 0.000
#> SRR1487215 2 0.3547 0.7103 0.000 0.696 0.000 0.004 0.300 0.000
#> SRR1310797 4 0.5503 0.4350 0.000 0.132 0.000 0.484 0.384 0.000
#> SRR1362713 1 0.3287 0.7170 0.768 0.012 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1431385 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.3966 0.6681 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR1102079 6 0.5934 -0.2160 0.000 0.000 0.228 0.000 0.328 0.444
#> SRR1357210 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663573 2 0.4037 0.7128 0.000 0.736 0.000 0.064 0.200 0.000
#> SRR603188 2 0.3428 0.5660 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.3872 0.6884 0.000 0.604 0.000 0.004 0.392 0.000
#> SRR1310975 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR627457 2 0.3718 0.6187 0.000 0.784 0.084 0.000 0.000 0.132
#> SRR1367654 4 0.1890 0.7381 0.000 0.060 0.000 0.916 0.024 0.000
#> SRR1488410 5 0.3838 0.7508 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1457750 1 0.3854 0.6611 0.772 0.136 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1099546 6 0.4052 0.5017 0.356 0.000 0.016 0.000 0.000 0.628
#> SRR604480 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.4157 0.6618 0.000 0.544 0.000 0.012 0.444 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 4 0.4897 0.4312 0.000 0.000 0.292 0.616 0.092 0.000
#> SRR612791 6 0.4002 0.5556 0.320 0.000 0.020 0.000 0.000 0.660
#> SRR1470580 5 0.7360 -0.3008 0.180 0.248 0.124 0.004 0.440 0.004
#> SRR1444063 1 0.4410 0.3704 0.560 0.028 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR1355578 1 0.3290 0.6955 0.744 0.000 0.004 0.000 0.000 0.252
#> SRR1429203 1 0.0865 0.7991 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR599154 4 0.7218 -0.1061 0.000 0.020 0.224 0.408 0.296 0.052
#> SRR814244 5 0.4141 0.7576 0.000 0.000 0.432 0.012 0.556 0.000
#> SRR1404123 2 0.2980 0.7328 0.000 0.800 0.000 0.008 0.192 0.000
#> SRR656934 3 0.5490 0.6966 0.180 0.000 0.560 0.000 0.000 0.260
#> SRR1339029 2 0.1910 0.7480 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR821525 2 0.2212 0.6847 0.000 0.880 0.008 0.112 0.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 5 0.4682 0.7432 0.020 0.000 0.416 0.000 0.548 0.016
#> SRR1338124 4 0.7470 0.4833 0.056 0.080 0.012 0.508 0.240 0.104
#> SRR1391376 3 0.5440 0.6820 0.132 0.000 0.520 0.000 0.000 0.348
#> SRR661842 2 0.2513 0.6748 0.000 0.852 0.008 0.140 0.000 0.000
#> SRR1395699 6 0.2597 0.6317 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1312209 1 0.2730 0.7424 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1359469 1 0.1204 0.7827 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR658885 5 0.5454 0.7280 0.000 0.000 0.380 0.024 0.528 0.068
#> SRR1414578 1 0.2003 0.7868 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR603620 4 0.0622 0.7301 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR604677 3 0.3828 0.7963 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR603800 2 0.0146 0.7466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR602058 2 0.3993 0.4569 0.000 0.592 0.008 0.400 0.000 0.000
#> SRR817488 2 0.3314 0.7168 0.000 0.740 0.000 0.004 0.256 0.000
#> SRR655601 2 0.0865 0.7300 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1434821 5 0.5480 -0.5685 0.000 0.432 0.000 0.124 0.444 0.000
#> SRR1349166 4 0.2776 0.7256 0.000 0.088 0.000 0.860 0.052 0.000
#> SRR615129 1 0.3897 0.5443 0.696 0.280 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.5589 0.5763 0.000 0.548 0.000 0.216 0.236 0.000
#> SRR1411070 2 0.1267 0.7154 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.5539 0.2380 0.548 0.000 0.272 0.000 0.000 0.180
#> SRR662162 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.3828 0.7963 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1434048 4 0.6099 0.1623 0.000 0.336 0.000 0.376 0.288 0.000
#> SRR2184865 2 0.1610 0.6983 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.3151 0.7180 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370216 6 0.1007 0.6095 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR662954 4 0.2121 0.6919 0.000 0.000 0.012 0.892 0.096 0.000
#> SRR1375738 3 0.4675 0.7993 0.048 0.000 0.560 0.000 0.000 0.392
#> SRR1356577 3 0.5283 0.7895 0.048 0.000 0.564 0.032 0.000 0.356
#> SRR1073119 3 0.5057 0.7774 0.088 0.000 0.560 0.000 0.000 0.352
#> SRR663549 3 0.4675 0.7993 0.048 0.000 0.560 0.000 0.000 0.392
#> SRR1478015 2 0.0146 0.7466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811866 3 0.4958 0.7811 0.076 0.000 0.560 0.000 0.000 0.364
#> SRR1401101 4 0.1341 0.7396 0.000 0.024 0.000 0.948 0.028 0.000
#> SRR1477797 4 0.0692 0.7266 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1402986 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR658897 1 0.2152 0.7660 0.904 0.004 0.000 0.000 0.068 0.024
#> SRR1419869 3 0.5301 0.7334 0.124 0.000 0.556 0.000 0.000 0.320
#> SRR1490700 1 0.1863 0.7836 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR601723 2 0.3429 0.4874 0.000 0.740 0.252 0.004 0.000 0.004
#> SRR1384115 3 0.6474 -0.6154 0.000 0.000 0.408 0.288 0.284 0.020
#> SRR1476927 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.4675 0.7993 0.048 0.000 0.560 0.000 0.000 0.392
#> SRR1322595 5 0.4531 0.7524 0.000 0.000 0.408 0.036 0.556 0.000
#> SRR1370423 6 0.3699 0.4170 0.004 0.000 0.000 0.000 0.336 0.660
#> SRR1314976 1 0.4864 0.6579 0.732 0.000 0.068 0.096 0.000 0.104
#> SRR1319560 4 0.0767 0.7312 0.000 0.004 0.008 0.976 0.012 0.000
#> SRR1352683 1 0.5203 0.5177 0.632 0.000 0.184 0.004 0.000 0.180
#> SRR1473800 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 5 0.5564 0.7098 0.000 0.000 0.396 0.032 0.508 0.064
#> SRR1360807 2 0.3097 0.6792 0.020 0.848 0.008 0.112 0.000 0.012
#> SRR1332544 5 0.4620 0.7487 0.000 0.000 0.428 0.000 0.532 0.040
#> SRR598695 1 0.0937 0.7890 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR807824 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR809296 6 0.1957 0.6479 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR657927 3 0.3851 0.7850 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1440682 2 0.3828 0.6718 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR1454415 2 0.3966 0.6675 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR1419131 2 0.2706 0.6653 0.000 0.832 0.008 0.160 0.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.2964 0.7328 0.792 0.000 0.000 0.000 0.004 0.204
#> SRR1473340 6 0.4144 0.4975 0.360 0.000 0.020 0.000 0.000 0.620
#> SRR1345563 5 0.4141 0.7576 0.000 0.000 0.432 0.012 0.556 0.000
#> SRR1323382 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1480697 4 0.3975 0.3009 0.000 0.000 0.008 0.600 0.000 0.392
#> SRR1321808 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1382756 5 0.5907 -0.4385 0.000 0.340 0.000 0.216 0.444 0.000
#> SRR1312558 2 0.3966 0.6681 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662257 4 0.0405 0.7307 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR600417 2 0.2212 0.6847 0.000 0.880 0.008 0.112 0.000 0.000
#> SRR812493 4 0.4406 0.5249 0.000 0.000 0.224 0.696 0.080 0.000
#> SRR612743 3 0.4282 0.8031 0.020 0.000 0.560 0.000 0.000 0.420
#> SRR1361345 1 0.1957 0.7826 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR600584 2 0.0146 0.7466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.2165 0.6861 0.000 0.884 0.008 0.108 0.000 0.000
#> SRR1395595 6 0.5795 -0.1252 0.000 0.000 0.364 0.000 0.184 0.452
#> SRR1334074 5 0.6400 0.6492 0.000 0.000 0.388 0.152 0.420 0.040
#> SRR654838 2 0.3966 0.6681 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR1376694 5 0.4141 0.7576 0.000 0.000 0.432 0.012 0.556 0.000
#> SRR1433841 1 0.4468 0.3716 0.560 0.032 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1366837 3 0.4958 0.7926 0.076 0.000 0.560 0.000 0.000 0.364
#> SRR1467479 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1459055 5 0.5578 0.6411 0.120 0.000 0.428 0.000 0.448 0.004
#> SRR1471050 2 0.1444 0.7497 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR603004 4 0.6250 0.5145 0.000 0.096 0.000 0.536 0.288 0.080
#> SRR814703 4 0.3659 0.4284 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614359 6 0.2667 0.6427 0.128 0.000 0.020 0.000 0.000 0.852
#> SRR1071568 2 0.0937 0.7521 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1389084 6 0.1556 0.6358 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1337624 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1344400 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1414290 2 0.3774 0.6842 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1413644 4 0.4111 0.6571 0.000 0.084 0.000 0.740 0.176 0.000
#> SRR1098998 1 0.0547 0.7986 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1481279 1 0.0363 0.7955 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1315103 5 0.4141 0.7576 0.000 0.000 0.432 0.012 0.556 0.000
#> SRR1099286 3 0.5195 0.7602 0.008 0.004 0.556 0.000 0.064 0.368
#> SRR2166570 2 0.3960 0.5896 0.000 0.752 0.072 0.000 0.000 0.176
#> SRR601445 1 0.5947 -0.0245 0.448 0.000 0.240 0.000 0.000 0.312
#> SRR1439719 2 0.3634 0.7023 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1377026 2 0.3259 0.6422 0.000 0.772 0.000 0.216 0.012 0.000
#> SRR1327386 1 0.0790 0.7987 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR654826 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.6389 0.4609 0.000 0.456 0.008 0.344 0.172 0.020
#> SRR1469345 6 0.1327 0.6242 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1421462 2 0.3966 0.6681 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR662966 5 0.4141 0.7576 0.000 0.000 0.432 0.012 0.556 0.000
#> SRR1339175 6 0.3954 0.4642 0.352 0.000 0.012 0.000 0.000 0.636
#> SRR1447736 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1434671 4 0.3558 0.7007 0.000 0.088 0.000 0.800 0.112 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 4 0.5012 0.4048 0.000 0.000 0.300 0.600 0.100 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.5059 0.5373 0.628 0.000 0.140 0.000 0.000 0.232
#> SRR1400955 4 0.2905 0.7220 0.000 0.084 0.000 0.852 0.064 0.000
#> SRR1072150 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 6 0.3665 0.6147 0.252 0.000 0.020 0.000 0.000 0.728
#> SRR1098074 3 0.6433 -0.6577 0.000 0.000 0.408 0.240 0.332 0.020
#> SRR1442778 3 0.5087 0.7595 0.092 0.000 0.560 0.000 0.000 0.348
#> SRR1086728 6 0.5455 0.1264 0.000 0.000 0.352 0.020 0.080 0.548
#> SRR627464 2 0.1594 0.7198 0.052 0.932 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1409193 1 0.5625 0.2670 0.532 0.000 0.192 0.000 0.000 0.276
#> SRR2168286 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.3828 0.7963 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1471989 5 0.4976 0.7443 0.000 0.000 0.412 0.012 0.532 0.044
#> SRR1468828 2 0.3634 0.7020 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1381934 3 0.5171 0.7706 0.104 0.000 0.560 0.000 0.000 0.336
#> SRR1471098 6 0.3487 0.6107 0.224 0.000 0.020 0.000 0.000 0.756
#> SRR1314749 3 0.4051 0.8004 0.008 0.000 0.560 0.000 0.000 0.432
#> SRR2166874 4 0.5229 0.4097 0.000 0.000 0.240 0.604 0.156 0.000
#> SRR821302 1 0.3054 0.7544 0.828 0.000 0.036 0.000 0.000 0.136
#> SRR1435066 2 0.3966 0.6681 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR661601 2 0.6023 0.3008 0.000 0.412 0.000 0.336 0.252 0.000
#> SRR1446546 4 0.5576 0.5630 0.000 0.120 0.000 0.588 0.272 0.020
#> SRR1419784 5 0.4622 0.7559 0.000 0.000 0.432 0.012 0.536 0.020
#> SRR1357233 4 0.4968 0.4522 0.000 0.000 0.248 0.632 0.120 0.000
#> SRR1441889 1 0.1910 0.7811 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1413940 5 0.4224 0.7500 0.016 0.000 0.432 0.000 0.552 0.000
#> SRR1324250 4 0.3446 0.5489 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1442862 4 0.2384 0.7305 0.000 0.084 0.000 0.884 0.032 0.000
#> SRR662474 2 0.1610 0.6983 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1416226 3 0.4675 0.8011 0.048 0.000 0.560 0.000 0.000 0.392
#> SRR1417404 3 0.5649 0.6539 0.000 0.000 0.484 0.160 0.000 0.356
#> SRR665466 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658849 6 0.2092 0.6498 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1460025 2 0.2597 0.7372 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1408136 1 0.1910 0.7845 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1489995 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1374092 3 0.5364 0.7258 0.140 0.000 0.560 0.000 0.000 0.300
#> SRR1488429 6 0.6071 -0.2099 0.000 0.000 0.360 0.004 0.220 0.416
#> SRR1087559 1 0.2070 0.7549 0.896 0.012 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR817004 5 0.7929 0.3689 0.164 0.000 0.196 0.196 0.408 0.036
#> SRR1429660 4 0.3050 0.7043 0.000 0.012 0.044 0.852 0.092 0.000
#> SRR604390 4 0.1910 0.6907 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR614936 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365938 1 0.5410 0.4267 0.576 0.176 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.3934 0.4858 0.000 0.616 0.008 0.376 0.000 0.000
#> SRR660414 2 0.5545 0.2987 0.004 0.584 0.152 0.000 0.004 0.256
#> SRR1452185 1 0.0865 0.7960 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1347020 1 0.5921 0.0510 0.460 0.000 0.300 0.000 0.000 0.240
#> SRR1398036 4 0.0717 0.7292 0.000 0.016 0.008 0.976 0.000 0.000
#> SRR1436674 1 0.2191 0.7789 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000 0.120
#> SRR603750 3 0.4627 0.7848 0.000 0.044 0.560 0.000 0.000 0.396
#> SRR608630 2 0.6056 0.4762 0.000 0.456 0.008 0.336 0.200 0.000
#> SRR655625 2 0.2212 0.6847 0.000 0.880 0.008 0.112 0.000 0.000
#> SRR599059 2 0.5247 0.6633 0.032 0.560 0.000 0.000 0.364 0.044
#> SRR615189 2 0.1219 0.7488 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1466889 4 0.3637 0.6944 0.000 0.084 0.000 0.792 0.124 0.000
#> SRR1084602 3 0.8575 0.2699 0.004 0.156 0.380 0.136 0.136 0.188
#> SRR1335422 1 0.0260 0.7963 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356805 4 0.3552 0.6987 0.000 0.084 0.000 0.800 0.116 0.000
#> SRR1385300 3 0.4728 0.7754 0.000 0.000 0.556 0.052 0.000 0.392
#> SRR654814 1 0.0363 0.7991 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR658385 2 0.5453 0.6165 0.000 0.556 0.000 0.160 0.284 0.000
#> SRR820596 3 0.3828 0.7963 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1318118 3 0.3828 0.7963 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1480766 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1406539 6 0.6836 -0.4559 0.244 0.000 0.344 0.000 0.048 0.364
#> SRR1341833 4 0.4594 0.6037 0.000 0.092 0.000 0.676 0.232 0.000
#> SRR1441826 4 0.3398 0.5856 0.000 0.252 0.008 0.740 0.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.2527 0.7599 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1326752 6 0.3409 -0.3152 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR665217 6 0.0547 0.5854 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR819186 2 0.3966 0.6681 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR661517 6 0.1075 0.6123 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR607166 2 0.3668 0.7061 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328 0.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415872 4 0.2747 0.7268 0.000 0.096 0.000 0.860 0.044 0.000
#> SRR1415463 3 0.4993 0.7863 0.080 0.000 0.560 0.000 0.000 0.360
#> SRR1381161 4 0.3885 0.5603 0.000 0.000 0.220 0.736 0.044 0.000
#> SRR1442231 1 0.5149 0.2535 0.476 0.084 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR1374696 1 0.2595 0.7601 0.836 0.000 0.004 0.000 0.000 0.160
#> SRR1451988 6 0.2063 0.5489 0.008 0.060 0.020 0.000 0.000 0.912
#> SRR660555 1 0.1957 0.7751 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR657801 1 0.1765 0.7859 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR663344 4 0.3718 0.6926 0.000 0.084 0.000 0.784 0.132 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 6 0.5741 0.1772 0.004 0.084 0.020 0.000 0.444 0.448
#> SRR656886 2 0.3944 0.6754 0.000 0.568 0.000 0.004 0.428 0.000
#> SRR1498337 4 0.1779 0.7067 0.000 0.000 0.016 0.920 0.064 0.000
#> SRR613066 5 0.5117 0.7345 0.000 0.000 0.400 0.012 0.532 0.056
#> SRR1309490 3 0.5279 0.7510 0.116 0.000 0.548 0.000 0.000 0.336
#> SRR602492 4 0.3874 0.2312 0.000 0.356 0.008 0.636 0.000 0.000
#> SRR1447347 1 0.5568 0.3602 0.552 0.000 0.212 0.000 0.000 0.236
#> SRR1475546 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR627459 3 0.5645 0.7061 0.000 0.096 0.564 0.028 0.000 0.312
#> SRR1434332 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1070358 4 0.0146 0.7286 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1345936 4 0.3287 0.5822 0.000 0.000 0.220 0.768 0.012 0.000
#> SRR665658 2 0.3428 0.7121 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1321351 2 0.3795 0.7010 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364 0.000
#> SRR657880 2 0.5648 0.5531 0.000 0.536 0.000 0.240 0.224 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657396 4 0.0603 0.7302 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000 0.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 4 0.1780 0.7396 0.000 0.048 0.000 0.924 0.028 0.000
#> SRR1376316 1 0.3337 0.6885 0.736 0.000 0.004 0.000 0.000 0.260
#> SRR1323723 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1476719 1 0.2558 0.7628 0.840 0.000 0.004 0.000 0.000 0.156
#> SRR1403478 2 0.4067 0.6658 0.000 0.548 0.000 0.008 0.444 0.000
#> SRR1095695 6 0.1088 0.5418 0.016 0.000 0.024 0.000 0.000 0.960
#> SRR1352391 3 0.5611 0.6926 0.004 0.000 0.524 0.144 0.000 0.328
#> SRR1498813 2 0.3314 0.6980 0.000 0.828 0.008 0.112 0.052 0.000
#> SRR627437 3 0.5074 0.7809 0.040 0.000 0.564 0.024 0.000 0.372
#> SRR2185097 1 0.5553 0.2748 0.520 0.000 0.156 0.000 0.000 0.324
#> SRR817166 4 0.5297 0.1737 0.000 0.000 0.364 0.536 0.004 0.096
#> SRR1091670 2 0.3240 0.7185 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR603776 3 0.4720 0.7886 0.052 0.000 0.560 0.000 0.000 0.388
#> SRR1479640 2 0.0146 0.7466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR660152 3 0.3828 0.7963 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1074769 2 0.1531 0.7517 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 5 0.4688 0.7552 0.000 0.000 0.428 0.012 0.536 0.024
#> SRR1359609 5 0.4605 0.7456 0.016 0.000 0.416 0.000 0.552 0.016
#> SRR601925 2 0.3819 0.6989 0.000 0.624 0.000 0.004 0.372 0.000
#> SRR2165182 4 0.3136 0.6989 0.000 0.188 0.000 0.796 0.016 0.000
#> SRR608542 4 0.0405 0.7275 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR655064 2 0.1610 0.6983 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.4262 0.7994 0.004 0.000 0.560 0.000 0.012 0.424
#> SRR808472 2 0.2730 0.7334 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1414958 5 0.4976 0.7443 0.000 0.000 0.412 0.012 0.532 0.044
#> SRR598484 2 0.0865 0.7308 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR612755 3 0.5289 0.7504 0.124 0.000 0.560 0.000 0.000 0.316
#> SRR1365808 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.5421 0.7469 0.124 0.000 0.556 0.004 0.000 0.316
#> SRR1322373 6 0.1910 0.6478 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1489265 2 0.3961 0.6706 0.000 0.556 0.000 0.004 0.440 0.000
#> SRR1359099 2 0.3966 0.6681 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR607279 2 0.0146 0.7466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.3944 0.6757 0.000 0.568 0.000 0.004 0.428 0.000
#> SRR627427 1 0.3528 0.6507 0.700 0.000 0.004 0.000 0.000 0.296
#> SRR612887 4 0.0458 0.7310 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR809807 5 0.5071 0.7498 0.000 0.000 0.408 0.040 0.532 0.020
#> SRR663112 4 0.6717 0.5717 0.076 0.052 0.000 0.588 0.184 0.100
#> SRR1346933 5 0.4531 0.7524 0.000 0.000 0.408 0.036 0.556 0.000
#> SRR1487910 1 0.1387 0.7941 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR603092 2 0.1858 0.6939 0.000 0.904 0.004 0.092 0.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.3288 0.7218 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1383785 1 0.3288 0.6779 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1070015 5 0.5071 0.7498 0.000 0.000 0.408 0.040 0.532 0.020
#> SRR1466222 3 0.5961 0.2033 0.000 0.084 0.516 0.004 0.356 0.040
#> SRR1416119 5 0.6060 0.4798 0.000 0.000 0.364 0.000 0.376 0.260
#> SRR819318 3 0.3828 0.7963 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR608288 2 0.0291 0.7477 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR811121 2 0.5589 0.5763 0.000 0.548 0.000 0.216 0.236 0.000
#> SRR613138 2 0.3349 0.7166 0.000 0.748 0.000 0.008 0.244 0.000
#> SRR810483 3 0.3828 0.7963 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR607839 1 0.1075 0.7839 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1337031 6 0.2581 0.6414 0.120 0.000 0.020 0.000 0.000 0.860
#> SRR601311 4 0.1124 0.7247 0.000 0.036 0.008 0.956 0.000 0.000
#> SRR1406685 2 0.2257 0.6842 0.000 0.876 0.008 0.116 0.000 0.000
#> SRR1467500 2 0.1610 0.6983 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.7957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 5 0.5292 0.6177 0.000 0.000 0.432 0.000 0.468 0.100
#> SRR1312522 3 0.5025 0.7233 0.000 0.000 0.560 0.084 0.000 0.356
#> SRR1490486 2 0.3833 0.6699 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1325888 6 0.1745 0.6129 0.068 0.000 0.012 0.000 0.000 0.920
#> SRR1472885 1 0.1349 0.7993 0.940 0.000 0.004 0.000 0.000 0.056
#> SRR1098785 2 0.0000 0.7471 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084766 2 0.3488 0.7286 0.000 0.780 0.000 0.036 0.184 0.000
#> SRR1102804 5 0.5987 -0.2838 0.000 0.252 0.000 0.312 0.436 0.000
#> SRR1336636 3 0.4847 0.7845 0.064 0.000 0.560 0.000 0.000 0.376
#> SRR1347795 5 0.4622 0.7559 0.000 0.000 0.432 0.012 0.536 0.020
#> SRR601900 2 0.5589 0.5763 0.000 0.548 0.000 0.216 0.236 0.000
#> SRR1330989 2 0.2823 0.7309 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR658445 5 0.5071 0.7498 0.000 0.000 0.408 0.040 0.532 0.020
#> SRR1368754 3 0.4136 0.7961 0.000 0.000 0.560 0.012 0.000 0.428
#> SRR1460001 2 0.3966 0.6681 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR1414934 1 0.0146 0.7963 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326249 6 0.2178 0.6506 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR614948 5 0.4141 0.7576 0.000 0.000 0.432 0.012 0.556 0.000
#> SRR1472952 6 0.0547 0.5361 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1321528 1 0.3469 0.7141 0.764 0.004 0.004 0.000 0.008 0.220
#> SRR627447 3 0.4847 0.7565 0.064 0.000 0.560 0.000 0.000 0.376
#> SRR612239 3 0.8645 0.0959 0.148 0.172 0.292 0.272 0.000 0.116
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.481 0.901 0.906 0.4041 0.586 0.586
#> 3 3 0.913 0.916 0.963 0.6423 0.732 0.548
#> 4 4 0.646 0.682 0.813 0.0862 0.937 0.817
#> 5 5 0.640 0.532 0.745 0.0746 0.894 0.659
#> 6 6 0.645 0.532 0.738 0.0358 0.912 0.646
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR603858 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR817070 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.4690 0.9061 0.900 0.100
#> SRR813043 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR656874 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR659037 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR662031 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1081283 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1481036 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1434009 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1376676 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1396967 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR665429 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0376 0.9534 0.004 0.996
#> SRR600784 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR657611 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1333659 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1421010 1 0.5519 0.9215 0.872 0.128
#> SRR1334490 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1309468 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1468637 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR607863 1 0.3584 0.8952 0.932 0.068
#> SRR1475524 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR600900 1 0.5842 0.9150 0.860 0.140
#> SRR601477 2 0.2778 0.9145 0.048 0.952
#> SRR1487215 2 0.3431 0.8993 0.064 0.936
#> SRR1310797 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1362713 1 0.6712 0.9114 0.824 0.176
#> SRR1431385 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1357210 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR657659 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.9580 0.2416 0.380 0.620
#> SRR603188 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1471200 2 0.1633 0.9373 0.024 0.976
#> SRR1310975 2 0.5178 0.8460 0.116 0.884
#> SRR627457 1 0.6531 0.9144 0.832 0.168
#> SRR1367654 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1488410 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1457750 1 0.6887 0.9083 0.816 0.184
#> SRR1099546 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR604480 2 0.3879 0.8870 0.076 0.924
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1409813 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR612791 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1470580 1 0.7674 0.8773 0.776 0.224
#> SRR1444063 1 0.6712 0.9114 0.824 0.176
#> SRR1355578 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1429203 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR599154 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR814244 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1404123 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR656934 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0376 0.9534 0.004 0.996
#> SRR1443677 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1406330 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1338124 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1391376 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR661842 2 0.1414 0.9441 0.020 0.980
#> SRR1395699 1 0.5178 0.9199 0.884 0.116
#> SRR1312209 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1359469 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR658885 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1414578 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR603620 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR604677 1 0.5408 0.9214 0.876 0.124
#> SRR603800 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR602058 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR817488 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1349166 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR615129 1 0.7745 0.8733 0.772 0.228
#> SRR607586 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR602680 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR662162 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1374567 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.5946 0.7958 0.144 0.856
#> SRR2170135 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR615551 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.4562 0.9048 0.904 0.096
#> SRR662954 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1375738 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1356577 1 0.5629 0.9200 0.868 0.132
#> SRR1073119 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR663549 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR811866 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1401101 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1477797 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1402986 2 0.0376 0.9538 0.004 0.996
#> SRR658897 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1419869 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1490700 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR601723 1 0.8327 0.8302 0.736 0.264
#> SRR1384115 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1322595 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1370423 1 0.5629 0.9199 0.868 0.132
#> SRR1314976 1 0.7745 0.8733 0.772 0.228
#> SRR1319560 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1352683 1 0.6623 0.9130 0.828 0.172
#> SRR1473800 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1326384 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1360807 1 0.9248 0.7030 0.660 0.340
#> SRR1332544 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR598695 1 0.5294 0.9201 0.880 0.120
#> SRR807824 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR809296 1 0.5178 0.9199 0.884 0.116
#> SRR657927 1 0.5178 0.9199 0.884 0.116
#> SRR1440682 2 0.9850 0.0726 0.428 0.572
#> SRR1454415 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1419131 1 0.7376 0.8883 0.792 0.208
#> SRR1404293 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1473340 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1345563 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.6343 0.9151 0.840 0.160
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.1184 0.9443 0.016 0.984
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR662257 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR600417 2 0.0376 0.9534 0.004 0.996
#> SRR812493 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR612743 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1361345 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR600584 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.9358 0.3165 0.352 0.648
#> SRR1395595 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1334074 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR654838 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1433841 1 0.7815 0.8691 0.768 0.232
#> SRR1366837 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR603004 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR814703 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR661937 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.5294 0.9201 0.880 0.120
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.7453 0.7010 0.212 0.788
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1413644 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1098998 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1481279 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1315103 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1099286 1 0.6343 0.9151 0.840 0.160
#> SRR2166570 1 0.5946 0.9191 0.856 0.144
#> SRR601445 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1439719 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1377026 1 0.6343 0.9151 0.840 0.160
#> SRR1327386 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR654826 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1460433 1 0.6343 0.9151 0.840 0.160
#> SRR1469345 1 0.4431 0.9035 0.908 0.092
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1339175 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1434671 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR660800 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1465543 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1342023 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1335670 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1400955 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1364658 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1098074 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1442778 1 0.5519 0.9215 0.872 0.128
#> SRR1086728 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR627464 1 0.6712 0.9114 0.824 0.176
#> SRR1409193 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR2168286 2 0.8909 0.4560 0.308 0.692
#> SRR615539 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR663623 1 0.5178 0.9106 0.884 0.116
#> SRR1471989 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1381934 1 0.5294 0.9201 0.880 0.120
#> SRR1471098 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1314749 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR2166874 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR821302 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1435066 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR661601 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1446546 1 0.7139 0.9012 0.804 0.196
#> SRR1419784 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1357233 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1441889 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1413940 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1324250 1 0.9983 0.3762 0.524 0.476
#> SRR1442862 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR662474 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1417404 1 0.6343 0.9151 0.840 0.160
#> SRR665466 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1460025 2 0.9491 0.2700 0.368 0.632
#> SRR1408136 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1488429 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1087559 1 0.7745 0.8733 0.772 0.228
#> SRR817004 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1429660 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR604390 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR614936 2 0.2043 0.9299 0.032 0.968
#> SRR1365938 1 0.9087 0.7374 0.676 0.324
#> SRR1437324 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR613414 1 0.2948 0.8889 0.948 0.052
#> SRR660414 1 0.5629 0.9200 0.868 0.132
#> SRR1452185 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1347020 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1398036 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1436674 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR603750 1 0.5842 0.9195 0.860 0.140
#> SRR608630 1 0.6343 0.9151 0.840 0.160
#> SRR655625 2 0.0376 0.9534 0.004 0.996
#> SRR599059 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR615189 1 0.9552 0.6385 0.624 0.376
#> SRR1466889 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1084602 1 0.9427 0.6643 0.640 0.360
#> SRR1335422 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1356805 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1385300 1 0.3733 0.8964 0.928 0.072
#> SRR654814 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR658385 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR820596 1 0.6623 0.9128 0.828 0.172
#> SRR1318118 1 0.4562 0.9049 0.904 0.096
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.6623 0.9128 0.828 0.172
#> SRR1341833 1 0.2948 0.8889 0.948 0.052
#> SRR1441826 2 0.4690 0.8607 0.100 0.900
#> SRR1448051 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1326752 1 0.4815 0.9072 0.896 0.104
#> SRR665217 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR819186 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.6343 0.9162 0.840 0.160
#> SRR607166 2 0.8909 0.4464 0.308 0.692
#> SRR809065 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1415872 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1415463 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1381161 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1442231 1 0.9087 0.7374 0.676 0.324
#> SRR1374696 1 0.5629 0.9200 0.868 0.132
#> SRR1451988 1 0.6712 0.9114 0.824 0.176
#> SRR660555 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR657801 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR663344 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1406176 1 0.6623 0.9130 0.828 0.172
#> SRR656886 2 0.0938 0.9477 0.012 0.988
#> SRR1498337 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR613066 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1309490 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR602492 1 0.5178 0.9106 0.884 0.116
#> SRR1447347 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR627459 1 0.6712 0.9114 0.824 0.176
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1070358 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1345936 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR665658 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR657880 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR657396 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR660981 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR819658 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1376316 1 0.5178 0.9199 0.884 0.116
#> SRR1323723 2 0.5946 0.8005 0.144 0.856
#> SRR1476719 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1403478 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1095695 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1352391 1 0.6343 0.9151 0.840 0.160
#> SRR1498813 2 0.0376 0.9534 0.004 0.996
#> SRR627437 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR2185097 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR817166 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1074769 2 0.4939 0.8500 0.108 0.892
#> SRR656153 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1359609 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR601925 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR2165182 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR608542 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR655064 2 0.7219 0.7017 0.200 0.800
#> SRR1432430 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR808472 1 0.6623 0.9128 0.828 0.172
#> SRR1414958 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR598484 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1365808 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1391724 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1322373 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1359099 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR607279 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR612887 1 0.5178 0.9106 0.884 0.116
#> SRR809807 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR663112 1 0.6712 0.9114 0.824 0.176
#> SRR1346933 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1487910 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR603092 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1070015 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1466222 1 0.7745 0.8733 0.772 0.228
#> SRR1416119 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR819318 1 0.5408 0.9214 0.876 0.124
#> SRR608288 2 0.0376 0.9538 0.004 0.996
#> SRR811121 1 0.5519 0.9136 0.872 0.128
#> SRR613138 2 0.7602 0.6864 0.220 0.780
#> SRR810483 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR607839 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1337031 1 0.5294 0.9209 0.880 0.120
#> SRR601311 1 0.5842 0.9150 0.860 0.140
#> SRR1406685 2 0.0376 0.9534 0.004 0.996
#> SRR1467500 2 0.0376 0.9534 0.004 0.996
#> SRR1308504 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1312865 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1312522 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1472885 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.5408 0.8256 0.124 0.876
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1347795 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR601900 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR1330989 2 0.3431 0.8994 0.064 0.936
#> SRR658445 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1368754 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9566 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR1326249 1 0.6438 0.9148 0.836 0.164
#> SRR614948 1 0.2778 0.8873 0.952 0.048
#> SRR1472952 1 0.5178 0.9199 0.884 0.116
#> SRR1321528 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR627447 1 0.5519 0.9198 0.872 0.128
#> SRR612239 1 0.7745 0.8733 0.772 0.228
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR603858 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR817070 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486995 3 0.0892 0.974 0.020 0.000 0.980
#> SRR813043 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 3 0.0424 0.984 0.000 0.008 0.992
#> SRR659037 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0237 0.943 0.004 0.996 0.000
#> SRR1481036 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434009 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.1031 0.929 0.024 0.976 0.000
#> SRR600784 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 3 0.1411 0.960 0.036 0.000 0.964
#> SRR1421010 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR607863 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475524 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.4555 0.739 0.000 0.800 0.200
#> SRR1310797 3 0.0424 0.984 0.000 0.008 0.992
#> SRR1362713 1 0.6157 0.765 0.780 0.092 0.128
#> SRR1431385 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR663573 2 0.8034 0.320 0.068 0.540 0.392
#> SRR603188 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.5560 0.581 0.000 0.700 0.300
#> SRR627457 1 0.4233 0.792 0.836 0.160 0.004
#> SRR1367654 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488410 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457750 1 0.4291 0.770 0.820 0.180 0.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.1964 0.900 0.000 0.944 0.056
#> SRR1390477 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 1 0.8518 0.545 0.612 0.208 0.180
#> SRR1444063 1 0.4974 0.699 0.764 0.000 0.236
#> SRR1355578 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR814244 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR656934 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 2 0.1031 0.929 0.024 0.976 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338124 3 0.0237 0.987 0.004 0.000 0.996
#> SRR1391376 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR661842 2 0.1765 0.915 0.040 0.956 0.004
#> SRR1395699 3 0.2165 0.931 0.064 0.000 0.936
#> SRR1312209 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR604677 3 0.1860 0.944 0.052 0.000 0.948
#> SRR603800 2 0.0237 0.942 0.000 0.996 0.004
#> SRR602058 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR615129 1 0.6095 0.390 0.608 0.392 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 3 0.0424 0.984 0.000 0.008 0.992
#> SRR1411070 2 0.0237 0.943 0.004 0.996 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 2 0.3550 0.869 0.080 0.896 0.024
#> SRR2170135 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.0237 0.987 0.004 0.000 0.996
#> SRR662954 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375738 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.0237 0.941 0.996 0.000 0.004
#> SRR1073119 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401101 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477797 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR601723 1 0.6062 0.410 0.616 0.384 0.000
#> SRR1384115 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322595 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370423 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314976 1 0.5882 0.496 0.652 0.000 0.348
#> SRR1319560 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352683 1 0.3192 0.848 0.888 0.000 0.112
#> SRR1473800 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360807 2 0.5564 0.785 0.128 0.808 0.064
#> SRR1332544 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR598695 1 0.0424 0.938 0.992 0.000 0.008
#> SRR807824 3 0.1643 0.952 0.044 0.000 0.956
#> SRR809296 3 0.2448 0.918 0.076 0.000 0.924
#> SRR657927 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.6518 0.110 0.004 0.512 0.484
#> SRR1454415 3 0.0424 0.984 0.000 0.008 0.992
#> SRR1419131 3 0.0592 0.980 0.012 0.000 0.988
#> SRR1404293 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.0237 0.943 0.004 0.996 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR662257 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0592 0.938 0.012 0.988 0.000
#> SRR812493 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR612743 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.2448 0.883 0.076 0.924 0.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334074 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433841 1 0.6126 0.370 0.600 0.400 0.000
#> SRR1366837 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR814703 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0237 0.943 0.004 0.996 0.000
#> SRR1344400 2 0.6345 0.359 0.004 0.596 0.400
#> SRR1414290 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099286 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166570 1 0.0424 0.939 0.992 0.008 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377026 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469345 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442778 3 0.1411 0.959 0.036 0.000 0.964
#> SRR1086728 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR627464 1 0.6295 0.153 0.528 0.000 0.472
#> SRR1409193 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471989 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381934 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166874 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR661601 3 0.0424 0.984 0.000 0.008 0.992
#> SRR1446546 3 0.5028 0.801 0.040 0.132 0.828
#> SRR1419784 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357233 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324250 2 0.6359 0.360 0.004 0.592 0.404
#> SRR1442862 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0237 0.943 0.004 0.996 0.000
#> SRR1416226 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417404 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.5958 0.592 0.008 0.692 0.300
#> SRR1408136 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488429 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087559 1 0.4504 0.750 0.804 0.196 0.000
#> SRR817004 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429660 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR604390 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR614936 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365938 1 0.6299 0.139 0.524 0.476 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR660414 1 0.0237 0.941 0.996 0.004 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398036 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 1 0.0424 0.939 0.992 0.008 0.000
#> SRR608630 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR655625 2 0.0892 0.932 0.020 0.980 0.000
#> SRR599059 1 0.6280 0.197 0.540 0.000 0.460
#> SRR615189 2 0.5327 0.602 0.272 0.728 0.000
#> SRR1466889 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.6462 0.748 0.116 0.764 0.120
#> SRR1335422 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385300 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.4605 0.744 0.796 0.000 0.204
#> SRR1318118 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.4555 0.750 0.800 0.000 0.200
#> SRR1341833 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.2982 0.892 0.056 0.920 0.024
#> SRR1448051 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0237 0.987 0.004 0.000 0.996
#> SRR665217 3 0.1289 0.963 0.032 0.000 0.968
#> SRR819186 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 3 0.1529 0.956 0.040 0.000 0.960
#> SRR607166 2 0.2878 0.861 0.096 0.904 0.000
#> SRR809065 2 0.0424 0.940 0.008 0.992 0.000
#> SRR1415872 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381161 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.6274 0.108 0.456 0.544 0.000
#> SRR1374696 1 0.0237 0.941 0.996 0.000 0.004
#> SRR1451988 1 0.3500 0.840 0.880 0.116 0.004
#> SRR660555 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.4645 0.771 0.816 0.176 0.008
#> SRR656886 2 0.1163 0.926 0.028 0.972 0.000
#> SRR1498337 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR613066 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 1 0.5733 0.545 0.676 0.000 0.324
#> SRR1434332 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345936 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.0424 0.940 0.008 0.992 0.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR657880 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR819658 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.3752 0.817 0.856 0.000 0.144
#> SRR1323723 2 0.6126 0.476 0.004 0.644 0.352
#> SRR1476719 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498813 2 0.0592 0.938 0.012 0.988 0.000
#> SRR627437 3 0.3551 0.848 0.132 0.000 0.868
#> SRR2185097 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479640 2 0.0237 0.943 0.004 0.996 0.000
#> SRR660152 3 0.2066 0.936 0.060 0.000 0.940
#> SRR1074769 2 0.5982 0.526 0.004 0.668 0.328
#> SRR656153 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359609 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 3 0.0424 0.984 0.000 0.008 0.992
#> SRR608542 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.4479 0.839 0.096 0.860 0.044
#> SRR1432430 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR808472 3 0.0661 0.981 0.004 0.008 0.988
#> SRR1414958 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322373 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR612887 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR809807 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR663112 3 0.2796 0.900 0.092 0.000 0.908
#> SRR1346933 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0424 0.940 0.008 0.992 0.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466222 1 0.7850 0.472 0.608 0.316 0.076
#> SRR1416119 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR819318 3 0.5016 0.677 0.240 0.000 0.760
#> SRR608288 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR811121 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.6373 0.340 0.004 0.588 0.408
#> SRR810483 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 3 0.1411 0.959 0.036 0.000 0.964
#> SRR601311 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0237 0.943 0.004 0.996 0.000
#> SRR1467500 2 0.0237 0.943 0.004 0.996 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312522 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0237 0.943 0.004 0.996 0.000
#> SRR1084766 2 0.2878 0.863 0.096 0.904 0.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347795 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR601900 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.1643 0.913 0.044 0.956 0.000
#> SRR658445 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368754 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.1529 0.956 0.040 0.000 0.960
#> SRR614948 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472952 1 0.4291 0.776 0.820 0.000 0.180
#> SRR1321528 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000
#> SRR612239 1 0.8007 0.595 0.640 0.116 0.244
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 1 0.1174 0.8714 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR603858 3 0.6202 0.4746 0.156 0.000 0.672 0.172
#> SRR817070 2 0.1807 0.8204 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1486995 3 0.6469 0.4401 0.192 0.000 0.644 0.164
#> SRR813043 2 0.1118 0.8210 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR656874 4 0.5268 0.6703 0.000 0.012 0.396 0.592
#> SRR659037 3 0.0592 0.7191 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR662031 1 0.0707 0.8714 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.4323 0.7534 0.020 0.776 0.000 0.204
#> SRR1481036 1 0.2089 0.8650 0.932 0.020 0.000 0.048
#> SRR1434009 3 0.0921 0.7169 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1376676 1 0.3447 0.8328 0.852 0.020 0.000 0.128
#> SRR1396967 3 0.3355 0.6530 0.000 0.004 0.836 0.160
#> SRR665429 2 0.0336 0.8242 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.4745 0.7394 0.036 0.756 0.000 0.208
#> SRR600784 1 0.2149 0.8497 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR657611 1 0.1302 0.8653 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1333659 3 0.1022 0.7118 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1323896 2 0.2149 0.8090 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1453971 3 0.6289 0.4232 0.236 0.000 0.648 0.116
#> SRR1421010 3 0.5842 0.4649 0.220 0.000 0.688 0.092
#> SRR1334490 3 0.1022 0.7154 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1309468 1 0.0895 0.8711 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1468637 3 0.0336 0.7210 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1365489 2 0.0707 0.8227 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR627445 1 0.2647 0.8455 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR607863 4 0.5273 0.5400 0.000 0.008 0.456 0.536
#> SRR1475524 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.2149 0.8090 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR615695 1 0.3447 0.8312 0.852 0.020 0.000 0.128
#> SRR600900 3 0.5099 0.1828 0.000 0.008 0.612 0.380
#> SRR601477 2 0.4855 0.4578 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1487215 2 0.5560 0.4038 0.000 0.584 0.024 0.392
#> SRR1310797 4 0.5345 0.6048 0.000 0.012 0.428 0.560
#> SRR1362713 1 0.7588 0.2651 0.464 0.320 0.000 0.216
#> SRR1431385 1 0.3392 0.8327 0.856 0.020 0.000 0.124
#> SRR1379089 2 0.0592 0.8237 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1102079 3 0.3390 0.6715 0.016 0.000 0.852 0.132
#> SRR1357210 1 0.0895 0.8711 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR657659 2 0.2342 0.8178 0.008 0.912 0.000 0.080
#> SRR663573 2 0.8534 -0.0989 0.036 0.396 0.356 0.212
#> SRR603188 4 0.5203 0.6422 0.000 0.008 0.416 0.576
#> SRR1471200 2 0.4866 0.4503 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1310975 2 0.5977 0.2910 0.000 0.528 0.040 0.432
#> SRR627457 1 0.6740 0.4123 0.584 0.308 0.004 0.104
#> SRR1367654 3 0.4194 0.5387 0.000 0.008 0.764 0.228
#> SRR1488410 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.7634 0.2008 0.444 0.340 0.000 0.216
#> SRR1099546 1 0.1042 0.8714 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR604480 2 0.5571 0.3984 0.000 0.580 0.024 0.396
#> SRR1390477 2 0.0817 0.8233 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1458447 2 0.0336 0.8242 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.1807 0.8193 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1409813 3 0.0921 0.7147 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR612791 1 0.1940 0.8528 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1470580 1 0.8984 0.2423 0.428 0.212 0.076 0.284
#> SRR1444063 1 0.6347 0.4488 0.624 0.000 0.276 0.100
#> SRR1355578 1 0.2408 0.8469 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1429203 1 0.2149 0.8544 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR599154 3 0.1474 0.7131 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR814244 3 0.0592 0.7191 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1404123 2 0.2198 0.8194 0.008 0.920 0.000 0.072
#> SRR656934 1 0.1411 0.8712 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR1339029 2 0.2589 0.7852 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR821525 2 0.4934 0.7186 0.028 0.720 0.000 0.252
#> SRR1443677 1 0.1059 0.8717 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1406330 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.6238 0.4654 0.112 0.000 0.652 0.236
#> SRR1391376 1 0.1305 0.8687 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR661842 2 0.4888 0.7352 0.036 0.740 0.000 0.224
#> SRR1395699 3 0.7133 0.2331 0.344 0.000 0.512 0.144
#> SRR1312209 1 0.1022 0.8698 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1359469 1 0.2011 0.8562 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR658885 3 0.1022 0.7154 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1414578 1 0.3392 0.8327 0.856 0.020 0.000 0.124
#> SRR603620 3 0.3528 0.6116 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR604677 3 0.6735 0.2212 0.388 0.000 0.516 0.096
#> SRR603800 2 0.1975 0.8239 0.016 0.944 0.012 0.028
#> SRR602058 3 0.4391 0.5055 0.000 0.008 0.740 0.252
#> SRR817488 2 0.1635 0.8237 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR655601 2 0.2216 0.8185 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1434821 2 0.2647 0.7951 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1349166 4 0.5212 0.6259 0.000 0.008 0.420 0.572
#> SRR615129 2 0.7684 -0.0122 0.388 0.396 0.000 0.216
#> SRR607586 2 0.4730 0.5144 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR602680 4 0.4770 0.7682 0.000 0.012 0.288 0.700
#> SRR1411070 2 0.3597 0.7798 0.016 0.836 0.000 0.148
#> SRR663038 2 0.3266 0.7580 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1489416 2 0.0336 0.8242 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.1004 0.8698 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR662162 1 0.0895 0.8711 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1374567 1 0.1637 0.8591 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1434048 2 0.0592 0.8254 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2184865 2 0.4904 0.7323 0.040 0.744 0.000 0.216
#> SRR2170135 1 0.1042 0.8712 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR615551 2 0.1940 0.8059 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1335513 2 0.1151 0.8239 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR1370216 3 0.6282 0.4655 0.176 0.000 0.664 0.160
#> SRR662954 3 0.0817 0.7183 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1375738 1 0.1174 0.8714 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1356577 1 0.6327 0.6633 0.648 0.124 0.000 0.228
#> SRR1073119 1 0.0895 0.8717 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR663549 1 0.1174 0.8714 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1478015 2 0.1022 0.8246 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR600632 2 0.0672 0.8258 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR811866 1 0.2635 0.8537 0.904 0.020 0.000 0.076
#> SRR1401101 3 0.5112 0.1534 0.000 0.008 0.608 0.384
#> SRR1477797 3 0.1302 0.7134 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1402986 2 0.4843 0.4589 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR658897 1 0.2011 0.8559 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1419869 1 0.1411 0.8712 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR1490700 1 0.3335 0.8426 0.860 0.020 0.000 0.120
#> SRR601723 2 0.7497 0.1434 0.396 0.444 0.004 0.156
#> SRR1384115 3 0.0592 0.7200 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1476927 2 0.0336 0.8242 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.1411 0.8716 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR1322595 3 0.0336 0.7210 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1370423 1 0.3105 0.8283 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR1314976 1 0.8532 0.1990 0.416 0.304 0.032 0.248
#> SRR1319560 3 0.4360 0.5133 0.000 0.008 0.744 0.248
#> SRR1352683 1 0.5555 0.7650 0.764 0.024 0.096 0.116
#> SRR1473800 1 0.3335 0.8342 0.860 0.020 0.000 0.120
#> SRR1326384 3 0.0707 0.7191 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1360807 2 0.7492 0.4360 0.168 0.488 0.004 0.340
#> SRR1332544 3 0.0707 0.7189 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR598695 1 0.3107 0.8325 0.884 0.000 0.036 0.080
#> SRR807824 3 0.6606 0.4008 0.152 0.000 0.624 0.224
#> SRR809296 3 0.6936 0.3114 0.292 0.000 0.564 0.144
#> SRR657927 1 0.2714 0.8363 0.884 0.000 0.004 0.112
#> SRR1440682 4 0.8060 0.3825 0.004 0.316 0.312 0.368
#> SRR1454415 4 0.5400 0.7082 0.000 0.020 0.372 0.608
#> SRR1419131 3 0.5113 0.5222 0.036 0.000 0.712 0.252
#> SRR1404293 1 0.4501 0.7821 0.764 0.024 0.000 0.212
#> SRR1473340 1 0.0804 0.8716 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1345563 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.1557 0.8142 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1480697 3 0.5358 0.5142 0.048 0.000 0.700 0.252
#> SRR1321808 2 0.1940 0.8059 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1382756 2 0.3142 0.8134 0.008 0.860 0.000 0.132
#> SRR1312558 2 0.2412 0.8140 0.008 0.908 0.000 0.084
#> SRR1417088 2 0.2799 0.7995 0.008 0.884 0.000 0.108
#> SRR1433027 2 0.0927 0.8264 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR662257 3 0.2546 0.6748 0.000 0.008 0.900 0.092
#> SRR600417 2 0.4910 0.7407 0.024 0.756 0.012 0.208
#> SRR812493 3 0.0817 0.7183 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR612743 1 0.1624 0.8700 0.952 0.020 0.000 0.028
#> SRR1361345 1 0.5458 0.7399 0.720 0.076 0.000 0.204
#> SRR600584 2 0.2271 0.8159 0.008 0.916 0.000 0.076
#> SRR1310520 2 0.7080 0.5390 0.096 0.560 0.016 0.328
#> SRR1395595 3 0.1022 0.7154 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1334074 3 0.0592 0.7200 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR654838 2 0.1807 0.8193 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1376694 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.7746 0.0245 0.376 0.392 0.000 0.232
#> SRR1366837 1 0.1174 0.8714 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1467479 2 0.2216 0.7992 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1459055 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0707 0.8227 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR603004 3 0.5740 0.2765 0.032 0.004 0.620 0.344
#> SRR814703 4 0.5273 0.5395 0.000 0.008 0.456 0.536
#> SRR661937 2 0.0921 0.8234 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR614359 1 0.2546 0.8445 0.900 0.000 0.008 0.092
#> SRR1071568 2 0.1890 0.8180 0.008 0.936 0.000 0.056
#> SRR1389084 1 0.2345 0.8445 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1337624 2 0.3428 0.7832 0.012 0.844 0.000 0.144
#> SRR1344400 4 0.6365 -0.1035 0.004 0.440 0.052 0.504
#> SRR1414290 2 0.2081 0.8087 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1413644 4 0.4814 0.7628 0.000 0.008 0.316 0.676
#> SRR1098998 1 0.1411 0.8700 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR1481279 1 0.1174 0.8711 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1315103 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099286 3 0.4789 0.5926 0.056 0.000 0.772 0.172
#> SRR2166570 1 0.3279 0.8362 0.872 0.032 0.000 0.096
#> SRR601445 1 0.2335 0.8618 0.920 0.020 0.000 0.060
#> SRR1439719 2 0.0895 0.8257 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1377026 3 0.4978 0.3126 0.000 0.012 0.664 0.324
#> SRR1327386 1 0.1118 0.8679 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR654826 2 0.1474 0.8170 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1460433 3 0.4764 0.5673 0.032 0.000 0.748 0.220
#> SRR1469345 3 0.5062 0.5476 0.184 0.000 0.752 0.064
#> SRR1421462 2 0.1940 0.8057 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR662966 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.1042 0.8712 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1447736 2 0.3831 0.7104 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR1434671 4 0.4792 0.7657 0.000 0.008 0.312 0.680
#> SRR660800 2 0.0657 0.8269 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1465543 3 0.0592 0.7200 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1342023 1 0.2081 0.8561 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1335670 1 0.2149 0.8534 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1400955 3 0.5112 0.1534 0.000 0.008 0.608 0.384
#> SRR1072150 2 0.0672 0.8253 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1442822 1 0.2489 0.8573 0.912 0.020 0.000 0.068
#> SRR1364658 1 0.2011 0.8518 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1098074 3 0.0592 0.7200 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1442778 3 0.6214 0.3922 0.272 0.000 0.636 0.092
#> SRR1086728 3 0.1118 0.7160 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR627464 1 0.7692 -0.0191 0.448 0.004 0.356 0.192
#> SRR1409193 1 0.3501 0.8300 0.848 0.020 0.000 0.132
#> SRR2168286 2 0.5218 0.7222 0.064 0.736 0.000 0.200
#> SRR615539 2 0.0707 0.8227 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR663623 3 0.5906 0.5186 0.148 0.000 0.700 0.152
#> SRR1471989 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.0672 0.8258 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1381934 1 0.2412 0.8504 0.908 0.000 0.008 0.084
#> SRR1471098 1 0.0895 0.8699 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1314749 1 0.0895 0.8714 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR2166874 3 0.0707 0.7195 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR821302 1 0.1716 0.8575 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1435066 4 0.4770 0.7682 0.000 0.012 0.288 0.700
#> SRR661601 4 0.4770 0.7682 0.000 0.012 0.288 0.700
#> SRR1446546 3 0.8725 -0.0318 0.104 0.152 0.504 0.240
#> SRR1419784 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357233 3 0.0817 0.7183 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1441889 1 0.0895 0.8711 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1413940 3 0.0188 0.7193 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1324250 2 0.7681 -0.1063 0.000 0.404 0.216 0.380
#> SRR1442862 3 0.3768 0.5655 0.000 0.008 0.808 0.184
#> SRR662474 2 0.3105 0.7900 0.004 0.856 0.000 0.140
#> SRR1416226 1 0.1520 0.8708 0.956 0.020 0.000 0.024
#> SRR1417404 3 0.3606 0.6713 0.024 0.000 0.844 0.132
#> SRR665466 2 0.0336 0.8242 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR658849 1 0.2469 0.8406 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1460025 2 0.7726 0.2713 0.012 0.504 0.184 0.300
#> SRR1408136 1 0.2081 0.8561 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1489995 2 0.0336 0.8242 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.1297 0.8714 0.964 0.020 0.000 0.016
#> SRR1488429 3 0.2647 0.6819 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1087559 1 0.6739 0.5663 0.624 0.224 0.004 0.148
#> SRR817004 3 0.3306 0.6566 0.004 0.000 0.840 0.156
#> SRR1429660 3 0.2760 0.6145 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR604390 3 0.4507 0.5851 0.020 0.000 0.756 0.224
#> SRR614936 2 0.2861 0.8043 0.016 0.888 0.000 0.096
#> SRR1365938 2 0.7817 0.2403 0.288 0.416 0.000 0.296
#> SRR1437324 1 0.3278 0.8364 0.864 0.020 0.000 0.116
#> SRR613414 3 0.4399 0.5771 0.020 0.000 0.768 0.212
#> SRR660414 1 0.2949 0.8456 0.888 0.024 0.000 0.088
#> SRR1452185 1 0.3335 0.8342 0.860 0.020 0.000 0.120
#> SRR1347020 1 0.1520 0.8705 0.956 0.020 0.000 0.024
#> SRR1398036 3 0.3636 0.6275 0.000 0.008 0.820 0.172
#> SRR1436674 1 0.0707 0.8697 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR603750 1 0.4352 0.7934 0.816 0.080 0.000 0.104
#> SRR608630 3 0.4365 0.6018 0.028 0.000 0.784 0.188
#> SRR655625 2 0.4745 0.7394 0.036 0.756 0.000 0.208
#> SRR599059 1 0.7083 0.2194 0.528 0.000 0.328 0.144
#> SRR615189 2 0.6854 0.5513 0.204 0.600 0.000 0.196
#> SRR1466889 4 0.4769 0.7686 0.000 0.008 0.308 0.684
#> SRR1084602 2 0.6709 0.6026 0.148 0.628 0.004 0.220
#> SRR1335422 1 0.1022 0.8671 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1356805 4 0.4792 0.7671 0.000 0.008 0.312 0.680
#> SRR1385300 3 0.4833 0.5481 0.032 0.000 0.740 0.228
#> SRR654814 1 0.2334 0.8500 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR658385 4 0.4820 0.7717 0.000 0.012 0.296 0.692
#> SRR820596 1 0.6042 0.5670 0.672 0.000 0.224 0.104
#> SRR1318118 3 0.5110 0.5844 0.132 0.000 0.764 0.104
#> SRR1480766 2 0.0707 0.8227 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1406539 1 0.5664 0.5942 0.696 0.000 0.228 0.076
#> SRR1341833 4 0.5273 0.5400 0.000 0.008 0.456 0.536
#> SRR1441826 2 0.4775 0.7340 0.028 0.740 0.000 0.232
#> SRR1448051 1 0.1820 0.8685 0.944 0.020 0.000 0.036
#> SRR1326752 3 0.6433 0.4456 0.188 0.000 0.648 0.164
#> SRR665217 3 0.6555 0.4206 0.212 0.000 0.632 0.156
#> SRR819186 2 0.1978 0.8125 0.004 0.928 0.000 0.068
#> SRR661517 3 0.6753 0.3886 0.228 0.000 0.608 0.164
#> SRR607166 2 0.4874 0.7584 0.056 0.764 0.000 0.180
#> SRR809065 2 0.3547 0.7887 0.016 0.840 0.000 0.144
#> SRR1415872 3 0.5250 -0.1470 0.000 0.008 0.552 0.440
#> SRR1415463 1 0.1174 0.8714 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1381161 3 0.0817 0.7183 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1442231 2 0.7985 0.2590 0.272 0.404 0.004 0.320
#> SRR1374696 1 0.4290 0.8063 0.800 0.036 0.000 0.164
#> SRR1451988 1 0.5321 0.7253 0.756 0.144 0.004 0.096
#> SRR660555 1 0.1940 0.8546 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR657801 1 0.1174 0.8705 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR663344 4 0.4795 0.7704 0.000 0.012 0.292 0.696
#> SRR1472462 2 0.0672 0.8257 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1406176 1 0.6118 0.6341 0.692 0.196 0.008 0.104
#> SRR656886 2 0.3403 0.8056 0.020 0.864 0.004 0.112
#> SRR1498337 3 0.1118 0.7166 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR613066 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.1411 0.8708 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR602492 3 0.4482 0.4983 0.000 0.008 0.728 0.264
#> SRR1447347 1 0.1042 0.8714 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1475546 2 0.3725 0.7301 0.008 0.812 0.000 0.180
#> SRR627459 1 0.7656 0.1667 0.500 0.008 0.304 0.188
#> SRR1434332 2 0.0469 0.8248 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1070358 3 0.3545 0.6287 0.000 0.008 0.828 0.164
#> SRR1345936 3 0.0817 0.7183 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR665658 2 0.2805 0.8088 0.012 0.888 0.000 0.100
#> SRR1321351 2 0.1151 0.8247 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR657880 4 0.4770 0.7682 0.000 0.012 0.288 0.700
#> SRR1373903 2 0.0336 0.8242 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR657396 3 0.4422 0.4983 0.000 0.008 0.736 0.256
#> SRR660981 2 0.0707 0.8227 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR818499 1 0.1174 0.8705 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR819658 3 0.5112 0.1534 0.000 0.008 0.608 0.384
#> SRR1376316 1 0.4547 0.7681 0.804 0.000 0.104 0.092
#> SRR1323723 2 0.7697 0.1276 0.008 0.488 0.188 0.316
#> SRR1476719 1 0.3606 0.8276 0.840 0.020 0.000 0.140
#> SRR1403478 4 0.4820 0.7717 0.000 0.012 0.296 0.692
#> SRR1095695 1 0.1174 0.8714 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1352391 3 0.5030 0.5848 0.060 0.000 0.752 0.188
#> SRR1498813 2 0.4464 0.7478 0.024 0.768 0.000 0.208
#> SRR627437 1 0.7253 -0.1473 0.432 0.000 0.424 0.144
#> SRR2185097 1 0.0707 0.8714 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.2281 0.6966 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1091670 2 0.0592 0.8237 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR603776 3 0.5833 0.4729 0.212 0.000 0.692 0.096
#> SRR1479640 2 0.4088 0.7533 0.004 0.764 0.000 0.232
#> SRR660152 3 0.6733 0.2978 0.324 0.000 0.564 0.112
#> SRR1074769 2 0.6214 0.1587 0.000 0.480 0.052 0.468
#> SRR656153 2 0.0336 0.8242 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359609 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.1356 0.8266 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR2165182 4 0.5337 0.6142 0.000 0.012 0.424 0.564
#> SRR608542 3 0.2611 0.6781 0.000 0.008 0.896 0.096
#> SRR655064 2 0.4904 0.7323 0.040 0.744 0.000 0.216
#> SRR1432430 1 0.1820 0.8686 0.944 0.020 0.000 0.036
#> SRR808472 3 0.5684 0.4005 0.016 0.024 0.664 0.296
#> SRR1414958 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.1452 0.8245 0.008 0.956 0.000 0.036
#> SRR612755 1 0.1174 0.8714 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1365808 1 0.3447 0.8328 0.852 0.020 0.000 0.128
#> SRR1391724 1 0.2480 0.8600 0.904 0.008 0.000 0.088
#> SRR1322373 1 0.2408 0.8426 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1489265 2 0.1716 0.8109 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1359099 4 0.4820 0.7717 0.000 0.012 0.296 0.692
#> SRR607279 2 0.2760 0.7881 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR810461 2 0.1302 0.8183 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR627427 1 0.2002 0.8638 0.936 0.020 0.000 0.044
#> SRR612887 3 0.4936 0.3474 0.000 0.008 0.652 0.340
#> SRR809807 3 0.0592 0.7200 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR663112 3 0.7795 0.0875 0.312 0.004 0.456 0.228
#> SRR1346933 3 0.0817 0.7183 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1487910 1 0.3447 0.8312 0.852 0.020 0.000 0.128
#> SRR603092 2 0.4323 0.7534 0.020 0.776 0.000 0.204
#> SRR1417680 2 0.0336 0.8242 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.1940 0.8546 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1070015 3 0.0707 0.7189 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1466222 1 0.7815 0.3311 0.488 0.252 0.008 0.252
#> SRR1416119 3 0.1022 0.7154 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR819318 1 0.6727 0.1544 0.520 0.000 0.384 0.096
#> SRR608288 2 0.2412 0.8143 0.008 0.908 0.000 0.084
#> SRR811121 4 0.5682 0.4877 0.024 0.000 0.456 0.520
#> SRR613138 4 0.6369 -0.1223 0.004 0.444 0.052 0.500
#> SRR810483 1 0.1042 0.8714 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR607839 1 0.2973 0.8458 0.884 0.020 0.000 0.096
#> SRR1337031 3 0.6095 0.4501 0.224 0.000 0.668 0.108
#> SRR601311 3 0.4482 0.4983 0.000 0.008 0.728 0.264
#> SRR1406685 2 0.4122 0.7446 0.004 0.760 0.000 0.236
#> SRR1467500 2 0.3991 0.7666 0.020 0.808 0.000 0.172
#> SRR1308504 1 0.0921 0.8683 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1312865 3 0.2814 0.6738 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1312522 3 0.5030 0.5854 0.060 0.000 0.752 0.188
#> SRR1490486 2 0.3725 0.7474 0.008 0.812 0.000 0.180
#> SRR1325888 1 0.2081 0.8513 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1472885 1 0.0895 0.8711 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1098785 2 0.3725 0.7720 0.008 0.812 0.000 0.180
#> SRR1084766 2 0.5184 0.7215 0.056 0.732 0.000 0.212
#> SRR1102804 2 0.0524 0.8259 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1336636 1 0.1174 0.8714 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1347795 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601900 4 0.4844 0.7711 0.000 0.012 0.300 0.688
#> SRR1330989 2 0.4365 0.7587 0.028 0.784 0.000 0.188
#> SRR658445 3 0.0707 0.7189 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1368754 3 0.3392 0.6751 0.020 0.000 0.856 0.124
#> SRR1460001 2 0.0469 0.8245 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1414934 1 0.3392 0.8327 0.856 0.020 0.000 0.124
#> SRR1326249 3 0.6602 0.4180 0.208 0.000 0.628 0.164
#> SRR614948 3 0.0000 0.7206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.5277 0.7103 0.752 0.000 0.116 0.132
#> SRR1321528 1 0.4399 0.7850 0.768 0.020 0.000 0.212
#> SRR627447 1 0.2530 0.8385 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR612239 1 0.9027 0.2234 0.416 0.244 0.072 0.268
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 1 0.2813 0.67511 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR603858 4 0.6547 0.41589 0.060 0.000 0.308 0.556 0.076
#> SRR817070 2 0.1270 0.83239 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1486995 3 0.6885 0.04729 0.056 0.000 0.492 0.352 0.100
#> SRR813043 2 0.1043 0.83174 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR656874 5 0.4089 0.72282 0.000 0.024 0.044 0.124 0.808
#> SRR659037 4 0.0963 0.74176 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR662031 1 0.1364 0.70192 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1081283 2 0.5878 0.55679 0.028 0.576 0.340 0.000 0.056
#> SRR1481036 1 0.3928 0.58273 0.700 0.000 0.296 0.000 0.004
#> SRR1434009 4 0.1341 0.73203 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1376676 1 0.1544 0.68505 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.5044 0.29129 0.000 0.000 0.036 0.556 0.408
#> SRR665429 2 0.0000 0.83781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.5887 0.49509 0.028 0.536 0.388 0.000 0.048
#> SRR600784 1 0.5068 0.35278 0.572 0.000 0.388 0.000 0.040
#> SRR657611 1 0.1478 0.68046 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1333659 4 0.1478 0.73173 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1323896 2 0.3688 0.77852 0.000 0.816 0.124 0.000 0.060
#> SRR1453971 3 0.7230 0.03607 0.112 0.000 0.440 0.376 0.072
#> SRR1421010 3 0.7567 0.16480 0.248 0.000 0.368 0.340 0.044
#> SRR1334490 4 0.0898 0.74939 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR1309468 1 0.0794 0.69971 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1468637 4 0.0510 0.74903 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.83781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.4505 -0.11831 0.384 0.000 0.604 0.000 0.012
#> SRR607863 5 0.3554 0.65210 0.000 0.004 0.004 0.216 0.776
#> SRR1475524 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1405504 2 0.3814 0.77463 0.000 0.808 0.124 0.000 0.068
#> SRR615695 1 0.1430 0.68517 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR600900 4 0.5880 0.07507 0.004 0.000 0.084 0.460 0.452
#> SRR601477 2 0.4287 0.29893 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1487215 2 0.4294 0.27903 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1310797 5 0.4268 0.71487 0.000 0.024 0.044 0.140 0.792
#> SRR1362713 1 0.5997 0.22261 0.500 0.088 0.404 0.000 0.008
#> SRR1431385 1 0.1357 0.68542 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR1379089 2 0.0404 0.83686 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1102079 4 0.5241 0.58100 0.016 0.000 0.256 0.672 0.056
#> SRR1357210 1 0.0609 0.69988 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.2813 0.81043 0.000 0.876 0.084 0.000 0.040
#> SRR663573 3 0.8045 -0.14680 0.076 0.372 0.404 0.112 0.036
#> SRR603188 5 0.3160 0.68233 0.000 0.000 0.004 0.188 0.808
#> SRR1471200 2 0.4297 0.27470 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1310975 5 0.5264 0.16781 0.004 0.340 0.052 0.000 0.604
#> SRR627457 1 0.6163 0.20594 0.456 0.092 0.440 0.000 0.012
#> SRR1367654 4 0.4648 0.15377 0.000 0.000 0.012 0.524 0.464
#> SRR1488410 4 0.0510 0.75047 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1457750 1 0.6352 0.19351 0.476 0.096 0.408 0.000 0.020
#> SRR1099546 1 0.2824 0.68446 0.864 0.000 0.116 0.000 0.020
#> SRR604480 5 0.4443 -0.14698 0.000 0.472 0.004 0.000 0.524
#> SRR1390477 2 0.0609 0.83592 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1458447 2 0.0000 0.83781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0794 0.83251 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1409813 4 0.0510 0.74768 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR612791 1 0.4558 0.43694 0.652 0.000 0.324 0.000 0.024
#> SRR1470580 3 0.5982 0.19477 0.236 0.080 0.648 0.008 0.028
#> SRR1444063 3 0.7127 0.21258 0.344 0.000 0.424 0.208 0.024
#> SRR1355578 1 0.4691 0.38579 0.636 0.000 0.340 0.004 0.020
#> SRR1429203 1 0.4183 0.37446 0.668 0.000 0.324 0.000 0.008
#> SRR599154 4 0.1121 0.74283 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR814244 4 0.0963 0.74176 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1404123 2 0.2331 0.81851 0.000 0.900 0.080 0.000 0.020
#> SRR656934 1 0.3852 0.64285 0.760 0.000 0.220 0.000 0.020
#> SRR1339029 2 0.0510 0.83720 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR821525 2 0.6404 0.35141 0.024 0.444 0.440 0.000 0.092
#> SRR1443677 1 0.0404 0.69778 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1406330 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1338124 4 0.6700 0.35262 0.048 0.000 0.356 0.504 0.092
#> SRR1391376 1 0.4101 0.63063 0.768 0.000 0.184 0.000 0.048
#> SRR661842 3 0.6136 -0.36135 0.032 0.448 0.464 0.000 0.056
#> SRR1395699 3 0.7394 0.27221 0.260 0.000 0.504 0.152 0.084
#> SRR1312209 1 0.1430 0.69692 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1359469 1 0.3838 0.44989 0.716 0.000 0.280 0.000 0.004
#> SRR658885 4 0.0693 0.75040 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1414578 1 0.1341 0.68486 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR603620 4 0.4550 0.53515 0.000 0.000 0.036 0.688 0.276
#> SRR604677 3 0.7271 0.16249 0.376 0.000 0.412 0.168 0.044
#> SRR603800 2 0.1455 0.83604 0.000 0.952 0.008 0.008 0.032
#> SRR602058 4 0.4863 0.50137 0.000 0.000 0.048 0.656 0.296
#> SRR817488 2 0.0794 0.83251 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR655601 2 0.2144 0.82400 0.000 0.912 0.068 0.000 0.020
#> SRR1434821 2 0.4612 0.73080 0.000 0.736 0.180 0.000 0.084
#> SRR1349166 5 0.4060 0.35849 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR615129 1 0.7041 0.07524 0.420 0.184 0.372 0.000 0.024
#> SRR607586 2 0.4138 0.46468 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR602680 5 0.2434 0.73155 0.000 0.024 0.024 0.040 0.912
#> SRR1411070 2 0.4249 0.76469 0.024 0.800 0.120 0.000 0.056
#> SRR663038 2 0.4959 0.69535 0.000 0.712 0.128 0.000 0.160
#> SRR1489416 2 0.0162 0.83797 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.1544 0.68208 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0880 0.70029 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.3961 0.57881 0.736 0.000 0.248 0.000 0.016
#> SRR1434048 2 0.0162 0.83869 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2184865 3 0.6089 -0.34314 0.036 0.440 0.476 0.000 0.048
#> SRR2170135 1 0.0880 0.70029 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.1270 0.83089 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1335513 2 0.0880 0.83349 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.6808 -0.04456 0.044 0.000 0.468 0.384 0.104
#> SRR662954 4 0.1818 0.73946 0.000 0.000 0.044 0.932 0.024
#> SRR1375738 1 0.3336 0.64349 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.5235 0.32307 0.552 0.032 0.408 0.000 0.008
#> SRR1073119 1 0.2074 0.68381 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR663549 1 0.3596 0.65074 0.776 0.000 0.212 0.000 0.012
#> SRR1478015 2 0.2179 0.80320 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.2708 0.81167 0.000 0.884 0.072 0.000 0.044
#> SRR811866 1 0.2280 0.68344 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1401101 5 0.4731 0.04055 0.000 0.000 0.016 0.456 0.528
#> SRR1477797 4 0.3764 0.64460 0.000 0.000 0.044 0.800 0.156
#> SRR1402986 2 0.4242 0.36595 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR658897 1 0.4166 0.41827 0.648 0.000 0.348 0.000 0.004
#> SRR1419869 1 0.3055 0.68189 0.840 0.000 0.144 0.000 0.016
#> SRR1490700 1 0.3700 0.59534 0.752 0.000 0.240 0.000 0.008
#> SRR601723 3 0.6789 -0.06537 0.384 0.152 0.444 0.000 0.020
#> SRR1384115 4 0.0404 0.74986 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1476927 2 0.0290 0.83789 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.3452 0.63207 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1322595 4 0.0404 0.74986 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1370423 1 0.4886 0.28523 0.512 0.000 0.468 0.004 0.016
#> SRR1314976 3 0.6158 -0.15750 0.432 0.076 0.472 0.000 0.020
#> SRR1319560 4 0.4445 0.50993 0.000 0.000 0.024 0.676 0.300
#> SRR1352683 3 0.4878 -0.02310 0.340 0.004 0.632 0.012 0.012
#> SRR1473800 1 0.1197 0.68534 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1326384 4 0.0693 0.75040 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1360807 3 0.7064 0.20796 0.204 0.188 0.548 0.000 0.060
#> SRR1332544 4 0.0510 0.75024 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR598695 1 0.5341 0.22088 0.532 0.000 0.420 0.004 0.044
#> SRR807824 4 0.7189 0.17823 0.096 0.000 0.356 0.464 0.084
#> SRR809296 3 0.7445 0.28798 0.248 0.000 0.504 0.160 0.088
#> SRR657927 3 0.5348 -0.17228 0.456 0.000 0.492 0.000 0.052
#> SRR1440682 5 0.7609 0.53874 0.012 0.124 0.156 0.160 0.548
#> SRR1454415 5 0.4427 0.72386 0.004 0.032 0.056 0.108 0.800
#> SRR1419131 3 0.6824 -0.15889 0.020 0.000 0.452 0.368 0.160
#> SRR1404293 1 0.4354 0.42001 0.624 0.000 0.368 0.000 0.008
#> SRR1473340 1 0.2921 0.67950 0.856 0.000 0.124 0.000 0.020
#> SRR1345563 4 0.0510 0.75047 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1323382 2 0.0510 0.83637 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1480697 4 0.6537 0.40486 0.036 0.000 0.348 0.520 0.096
#> SRR1321808 2 0.0609 0.83541 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1382756 2 0.5318 0.60544 0.012 0.636 0.300 0.000 0.052
#> SRR1312558 2 0.3307 0.79234 0.012 0.848 0.116 0.000 0.024
#> SRR1417088 2 0.2889 0.80647 0.000 0.872 0.084 0.000 0.044
#> SRR1433027 2 0.2569 0.81517 0.000 0.892 0.068 0.000 0.040
#> SRR662257 4 0.4040 0.52476 0.000 0.000 0.012 0.712 0.276
#> SRR600417 2 0.5968 0.51279 0.028 0.544 0.372 0.000 0.056
#> SRR812493 4 0.0963 0.74176 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR612743 1 0.4173 0.56603 0.688 0.000 0.300 0.000 0.012
#> SRR1361345 1 0.4980 0.35398 0.576 0.020 0.396 0.000 0.008
#> SRR600584 2 0.2127 0.81672 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.7454 0.17404 0.148 0.400 0.384 0.000 0.068
#> SRR1395595 4 0.0693 0.75040 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1334074 4 0.0290 0.75056 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR654838 2 0.0880 0.83101 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1376694 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1433841 1 0.7276 0.02900 0.400 0.264 0.312 0.000 0.024
#> SRR1366837 1 0.2777 0.68365 0.864 0.000 0.120 0.000 0.016
#> SRR1467479 2 0.1121 0.82976 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1459055 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.83781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 4 0.7452 0.33439 0.036 0.008 0.244 0.472 0.240
#> SRR814703 5 0.3300 0.66587 0.000 0.000 0.004 0.204 0.792
#> SRR661937 2 0.0404 0.83686 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614359 1 0.5140 0.21499 0.524 0.000 0.444 0.008 0.024
#> SRR1071568 2 0.0963 0.82949 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1389084 3 0.5350 -0.17822 0.460 0.000 0.488 0.000 0.052
#> SRR1337624 2 0.3595 0.78295 0.004 0.828 0.120 0.000 0.048
#> SRR1344400 5 0.3826 0.61989 0.004 0.128 0.056 0.000 0.812
#> SRR1414290 2 0.2824 0.79189 0.000 0.864 0.020 0.000 0.116
#> SRR1413644 5 0.2179 0.72608 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR1098998 1 0.0290 0.69623 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.1121 0.70019 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1315103 4 0.0510 0.75047 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1099286 4 0.6379 0.40924 0.056 0.000 0.320 0.560 0.064
#> SRR2166570 1 0.4375 0.42238 0.576 0.004 0.420 0.000 0.000
#> SRR601445 1 0.2300 0.69760 0.904 0.000 0.072 0.000 0.024
#> SRR1439719 2 0.1894 0.82369 0.000 0.920 0.072 0.000 0.008
#> SRR1377026 4 0.6150 0.14517 0.000 0.000 0.132 0.464 0.404
#> SRR1327386 1 0.1341 0.69582 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0880 0.83101 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1460433 4 0.6548 0.46786 0.024 0.000 0.308 0.536 0.132
#> SRR1469345 3 0.6941 -0.11734 0.052 0.000 0.432 0.412 0.104
#> SRR1421462 2 0.0963 0.82949 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR662966 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1339175 1 0.1270 0.69926 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.3039 0.73122 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1434671 5 0.2280 0.72225 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR660800 2 0.0000 0.83781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 4 0.0404 0.74986 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1342023 1 0.3934 0.44964 0.716 0.000 0.276 0.000 0.008
#> SRR1335670 1 0.4101 0.37061 0.664 0.000 0.332 0.000 0.004
#> SRR1400955 5 0.4740 -0.00714 0.000 0.000 0.016 0.468 0.516
#> SRR1072150 2 0.1041 0.83930 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1442822 1 0.0510 0.69586 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.4808 0.35445 0.576 0.000 0.400 0.000 0.024
#> SRR1098074 4 0.0404 0.74986 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1442778 3 0.7717 0.30375 0.280 0.000 0.400 0.260 0.060
#> SRR1086728 4 0.1018 0.75008 0.000 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR627464 3 0.7715 0.30880 0.256 0.000 0.400 0.284 0.060
#> SRR1409193 1 0.3980 0.52957 0.708 0.000 0.284 0.000 0.008
#> SRR2168286 3 0.6987 -0.22265 0.104 0.400 0.440 0.000 0.056
#> SRR615539 2 0.0000 0.83781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663623 4 0.6213 0.32625 0.040 0.000 0.392 0.512 0.056
#> SRR1471989 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1468828 2 0.2344 0.82003 0.000 0.904 0.064 0.000 0.032
#> SRR1381934 1 0.4726 0.29560 0.580 0.000 0.400 0.000 0.020
#> SRR1471098 1 0.3368 0.66295 0.820 0.000 0.156 0.000 0.024
#> SRR1314749 1 0.2293 0.69355 0.900 0.000 0.084 0.000 0.016
#> SRR2166874 4 0.1043 0.74096 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR821302 1 0.3177 0.61063 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1435066 5 0.2363 0.74073 0.000 0.024 0.012 0.052 0.912
#> SRR661601 5 0.2444 0.72781 0.000 0.024 0.028 0.036 0.912
#> SRR1446546 3 0.7804 0.34185 0.160 0.068 0.572 0.100 0.100
#> SRR1419784 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1357233 4 0.0963 0.74176 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1441889 1 0.0794 0.70069 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1413940 4 0.0510 0.75047 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1324250 5 0.6935 0.29792 0.000 0.180 0.320 0.024 0.476
#> SRR1442862 4 0.4235 0.24669 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR662474 2 0.4665 0.72263 0.012 0.724 0.224 0.000 0.040
#> SRR1416226 1 0.3661 0.60476 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1417404 4 0.5704 0.53683 0.024 0.000 0.300 0.616 0.060
#> SRR665466 2 0.0794 0.83407 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR658849 3 0.5348 -0.16923 0.456 0.000 0.492 0.000 0.052
#> SRR1460025 3 0.8053 -0.17290 0.072 0.380 0.384 0.028 0.136
#> SRR1408136 1 0.3480 0.49562 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.1485 0.83228 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1374092 1 0.3304 0.67296 0.816 0.000 0.168 0.000 0.016
#> SRR1488429 4 0.2605 0.72785 0.004 0.000 0.044 0.896 0.056
#> SRR1087559 3 0.5470 0.00989 0.364 0.072 0.564 0.000 0.000
#> SRR817004 4 0.4739 0.62980 0.008 0.000 0.212 0.724 0.056
#> SRR1429660 4 0.4074 0.37439 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR604390 4 0.5401 0.60566 0.016 0.000 0.244 0.668 0.072
#> SRR614936 2 0.5058 0.71347 0.048 0.748 0.140 0.000 0.064
#> SRR1365938 1 0.7406 -0.04334 0.360 0.292 0.320 0.000 0.028
#> SRR1437324 1 0.0703 0.69215 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.5866 0.52539 0.000 0.000 0.248 0.596 0.156
#> SRR660414 1 0.4219 0.43664 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1452185 1 0.0880 0.69020 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.3906 0.62602 0.744 0.000 0.240 0.000 0.016
#> SRR1398036 4 0.5145 0.43328 0.000 0.000 0.056 0.612 0.332
#> SRR1436674 1 0.1478 0.68377 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR603750 1 0.4851 0.40572 0.560 0.008 0.420 0.000 0.012
#> SRR608630 4 0.6145 0.48283 0.036 0.000 0.300 0.588 0.076
#> SRR655625 2 0.5870 0.50723 0.028 0.544 0.380 0.000 0.048
#> SRR599059 3 0.7559 0.23408 0.228 0.000 0.388 0.336 0.048
#> SRR615189 3 0.6775 0.21497 0.200 0.184 0.572 0.000 0.044
#> SRR1466889 5 0.1965 0.73407 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1084602 3 0.6244 0.10733 0.056 0.264 0.608 0.000 0.072
#> SRR1335422 1 0.1544 0.67858 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1356805 5 0.2020 0.73363 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1385300 4 0.6213 0.42989 0.036 0.000 0.332 0.560 0.072
#> SRR654814 1 0.4264 0.34343 0.620 0.000 0.376 0.000 0.004
#> SRR658385 5 0.2104 0.74202 0.000 0.024 0.000 0.060 0.916
#> SRR820596 1 0.7311 -0.21477 0.372 0.000 0.364 0.236 0.028
#> SRR1318118 4 0.6223 0.41874 0.056 0.000 0.324 0.568 0.052
#> SRR1480766 2 0.0000 0.83781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.6796 -0.17740 0.396 0.000 0.372 0.228 0.004
#> SRR1341833 5 0.3398 0.65315 0.000 0.000 0.004 0.216 0.780
#> SRR1441826 3 0.6045 -0.35271 0.024 0.440 0.476 0.000 0.060
#> SRR1448051 1 0.0510 0.69477 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.6823 -0.02766 0.048 0.000 0.472 0.380 0.100
#> SRR665217 3 0.6449 -0.12791 0.040 0.000 0.468 0.420 0.072
#> SRR819186 2 0.0963 0.82949 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR661517 3 0.7372 0.19984 0.116 0.000 0.496 0.288 0.100
#> SRR607166 2 0.6932 0.35378 0.080 0.488 0.356 0.000 0.076
#> SRR809065 2 0.3500 0.77001 0.004 0.808 0.172 0.000 0.016
#> SRR1415872 5 0.4327 0.36119 0.000 0.000 0.008 0.360 0.632
#> SRR1415463 1 0.2727 0.68118 0.868 0.000 0.116 0.000 0.016
#> SRR1381161 4 0.0963 0.74176 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1442231 3 0.7008 0.08244 0.308 0.164 0.492 0.000 0.036
#> SRR1374696 1 0.4067 0.50690 0.692 0.000 0.300 0.000 0.008
#> SRR1451988 1 0.4825 0.41083 0.568 0.024 0.408 0.000 0.000
#> SRR660555 1 0.4663 0.33407 0.604 0.000 0.376 0.000 0.020
#> SRR657801 1 0.0290 0.69773 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR663344 5 0.2321 0.74274 0.000 0.024 0.008 0.056 0.912
#> SRR1472462 2 0.0162 0.83771 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406176 1 0.5320 0.33913 0.524 0.052 0.424 0.000 0.000
#> SRR656886 2 0.5258 0.64761 0.028 0.672 0.260 0.000 0.040
#> SRR1498337 4 0.2074 0.72887 0.000 0.000 0.044 0.920 0.036
#> SRR613066 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1309490 1 0.1043 0.69194 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.5925 0.40975 0.000 0.000 0.128 0.556 0.316
#> SRR1447347 1 0.2074 0.69498 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.3123 0.75390 0.000 0.812 0.004 0.000 0.184
#> SRR627459 3 0.7989 0.31542 0.260 0.016 0.424 0.244 0.056
#> SRR1434332 2 0.0898 0.83600 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1070358 4 0.4547 0.33631 0.000 0.000 0.012 0.588 0.400
#> SRR1345936 4 0.0963 0.74176 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR665658 2 0.4230 0.73074 0.016 0.764 0.196 0.000 0.024
#> SRR1321351 2 0.0963 0.83310 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR657880 5 0.2363 0.74073 0.000 0.024 0.012 0.052 0.912
#> SRR1373903 2 0.2067 0.82571 0.000 0.920 0.048 0.000 0.032
#> SRR657396 4 0.4484 0.49766 0.000 0.000 0.024 0.668 0.308
#> SRR660981 2 0.0162 0.83836 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR818499 1 0.0609 0.69987 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR819658 5 0.4743 -0.02403 0.000 0.000 0.016 0.472 0.512
#> SRR1376316 1 0.5087 0.25404 0.588 0.000 0.376 0.028 0.008
#> SRR1323723 2 0.8050 0.23972 0.016 0.460 0.148 0.104 0.272
#> SRR1476719 1 0.3635 0.55122 0.748 0.000 0.248 0.000 0.004
#> SRR1403478 5 0.2321 0.74274 0.000 0.024 0.008 0.056 0.912
#> SRR1095695 1 0.3106 0.67863 0.844 0.000 0.132 0.000 0.024
#> SRR1352391 4 0.6510 0.42263 0.056 0.000 0.328 0.544 0.072
#> SRR1498813 2 0.5968 0.51279 0.028 0.544 0.372 0.000 0.056
#> SRR627437 4 0.7438 -0.06101 0.180 0.000 0.372 0.396 0.052
#> SRR2185097 1 0.1557 0.70246 0.940 0.000 0.052 0.000 0.008
#> SRR817166 4 0.2103 0.73535 0.004 0.000 0.020 0.920 0.056
#> SRR1091670 2 0.0000 0.83781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 4 0.7185 0.05310 0.116 0.000 0.396 0.424 0.064
#> SRR1479640 2 0.6118 0.61794 0.016 0.600 0.256 0.000 0.128
#> SRR660152 3 0.7607 0.29790 0.200 0.000 0.464 0.260 0.076
#> SRR1074769 5 0.4820 0.47305 0.016 0.232 0.040 0.000 0.712
#> SRR656153 2 0.0000 0.83781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 4 0.0609 0.75088 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1359609 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR601925 2 0.3229 0.78678 0.000 0.840 0.128 0.000 0.032
#> SRR2165182 5 0.4224 0.71612 0.000 0.024 0.044 0.136 0.796
#> SRR608542 4 0.4589 0.54395 0.000 0.000 0.048 0.704 0.248
#> SRR655064 3 0.6134 -0.29229 0.040 0.416 0.496 0.000 0.048
#> SRR1432430 1 0.3480 0.62900 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR808472 4 0.7259 0.16014 0.008 0.016 0.224 0.428 0.324
#> SRR1414958 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR598484 2 0.1281 0.83378 0.000 0.956 0.012 0.000 0.032
#> SRR612755 1 0.2677 0.68092 0.872 0.000 0.112 0.000 0.016
#> SRR1365808 1 0.1197 0.68407 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.4557 -0.15770 0.404 0.000 0.584 0.000 0.012
#> SRR1322373 3 0.5348 -0.16923 0.456 0.000 0.492 0.000 0.052
#> SRR1489265 2 0.0880 0.83101 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1359099 5 0.2321 0.74274 0.000 0.024 0.008 0.056 0.912
#> SRR607279 2 0.4637 0.72816 0.000 0.744 0.128 0.000 0.128
#> SRR810461 2 0.0703 0.83383 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR627427 1 0.3796 0.56245 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR612887 5 0.5114 -0.08746 0.000 0.000 0.036 0.476 0.488
#> SRR809807 4 0.0404 0.74986 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR663112 3 0.7959 0.27402 0.216 0.008 0.420 0.284 0.072
#> SRR1346933 4 0.0963 0.74176 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1487910 1 0.2563 0.67055 0.872 0.000 0.120 0.000 0.008
#> SRR603092 2 0.5878 0.55763 0.028 0.576 0.340 0.000 0.056
#> SRR1417680 2 0.0404 0.83740 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.4457 0.34771 0.620 0.000 0.368 0.000 0.012
#> SRR1070015 4 0.0510 0.74768 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1466222 3 0.5740 0.15579 0.248 0.092 0.644 0.004 0.012
#> SRR1416119 4 0.0798 0.74958 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR819318 1 0.6784 -0.05996 0.436 0.000 0.412 0.120 0.032
#> SRR608288 2 0.3509 0.78122 0.016 0.832 0.132 0.000 0.020
#> SRR811121 5 0.7223 0.13956 0.032 0.000 0.220 0.296 0.452
#> SRR613138 5 0.3960 0.60880 0.004 0.140 0.056 0.000 0.800
#> SRR810483 1 0.2798 0.68029 0.852 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR607839 1 0.0880 0.69198 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1337031 3 0.7631 0.32062 0.260 0.000 0.440 0.236 0.064
#> SRR601311 4 0.5850 0.41771 0.000 0.000 0.120 0.564 0.316
#> SRR1406685 2 0.5777 0.57929 0.028 0.592 0.328 0.000 0.052
#> SRR1467500 2 0.4557 0.74443 0.024 0.772 0.148 0.000 0.056
#> SRR1308504 1 0.1121 0.68952 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1312865 4 0.4205 0.66658 0.004 0.000 0.164 0.776 0.056
#> SRR1312522 4 0.5791 0.47466 0.020 0.000 0.328 0.588 0.064
#> SRR1490486 2 0.3474 0.73750 0.004 0.796 0.008 0.000 0.192
#> SRR1325888 1 0.5037 0.45189 0.616 0.000 0.336 0.000 0.048
#> SRR1472885 1 0.0510 0.69642 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.4476 0.75249 0.016 0.764 0.172 0.000 0.048
#> SRR1084766 3 0.6890 -0.22996 0.084 0.396 0.456 0.000 0.064
#> SRR1102804 2 0.0000 0.83781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.2707 0.68215 0.860 0.000 0.132 0.000 0.008
#> SRR1347795 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR601900 5 0.2236 0.74082 0.000 0.024 0.000 0.068 0.908
#> SRR1330989 2 0.5004 0.63611 0.028 0.668 0.284 0.000 0.020
#> SRR658445 4 0.0404 0.74871 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1368754 4 0.5141 0.59831 0.016 0.000 0.240 0.688 0.056
#> SRR1460001 2 0.0290 0.83854 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1414934 1 0.1544 0.68297 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.6830 0.04853 0.052 0.000 0.496 0.352 0.100
#> SRR614948 4 0.0404 0.75109 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1472952 3 0.6419 0.03231 0.376 0.000 0.512 0.052 0.060
#> SRR1321528 1 0.4380 0.41610 0.616 0.000 0.376 0.000 0.008
#> SRR627447 1 0.5351 0.20267 0.484 0.000 0.464 0.000 0.052
#> SRR612239 3 0.5966 0.21798 0.232 0.068 0.652 0.004 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 1 0.4274 0.58860 0.704 0.004 0.248 0.040 0.000 0.004
#> SRR603858 3 0.7020 0.38345 0.100 0.000 0.456 0.088 0.332 0.024
#> SRR817070 2 0.1584 0.77027 0.000 0.928 0.008 0.064 0.000 0.000
#> SRR1486995 3 0.3331 0.57503 0.028 0.000 0.852 0.048 0.064 0.008
#> SRR813043 2 0.0862 0.78503 0.000 0.972 0.008 0.004 0.000 0.016
#> SRR656874 6 0.2780 0.72119 0.000 0.000 0.024 0.016 0.092 0.868
#> SRR659037 5 0.1176 0.77875 0.000 0.000 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR662031 1 0.2765 0.65397 0.840 0.004 0.148 0.004 0.000 0.004
#> SRR1081283 4 0.3881 0.22185 0.000 0.396 0.000 0.600 0.000 0.004
#> SRR1481036 1 0.5423 0.55058 0.628 0.020 0.256 0.088 0.000 0.008
#> SRR1434009 5 0.1075 0.77939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1376676 1 0.0692 0.66901 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1396967 5 0.5643 0.11288 0.000 0.000 0.064 0.036 0.488 0.412
#> SRR665429 2 0.0717 0.78454 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.3601 0.40699 0.000 0.312 0.000 0.684 0.000 0.004
#> SRR600784 3 0.4986 -0.06656 0.444 0.000 0.488 0.068 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.1976 0.66516 0.916 0.000 0.060 0.016 0.000 0.008
#> SRR1333659 5 0.1858 0.75983 0.000 0.000 0.004 0.000 0.904 0.092
#> SRR1323896 2 0.3453 0.68709 0.000 0.808 0.008 0.144 0.000 0.040
#> SRR1453971 3 0.3878 0.60080 0.092 0.000 0.800 0.008 0.092 0.008
#> SRR1421010 3 0.5196 0.58775 0.128 0.000 0.676 0.020 0.172 0.004
#> SRR1334490 5 0.2094 0.77531 0.000 0.000 0.080 0.020 0.900 0.000
#> SRR1309468 1 0.1210 0.67936 0.960 0.004 0.020 0.008 0.000 0.008
#> SRR1468637 5 0.0000 0.78914 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0520 0.78481 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.6180 -0.02372 0.384 0.004 0.416 0.188 0.000 0.008
#> SRR607863 6 0.3219 0.71140 0.000 0.000 0.040 0.016 0.104 0.840
#> SRR1475524 5 0.1092 0.79017 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1405504 2 0.3912 0.66387 0.000 0.776 0.008 0.148 0.000 0.068
#> SRR615695 1 0.1769 0.66255 0.924 0.012 0.004 0.060 0.000 0.000
#> SRR600900 6 0.6087 0.29357 0.000 0.000 0.136 0.032 0.324 0.508
#> SRR601477 2 0.4457 0.29927 0.000 0.544 0.008 0.016 0.000 0.432
#> SRR1487215 2 0.4564 0.18120 0.000 0.500 0.008 0.020 0.000 0.472
#> SRR1310797 6 0.2829 0.71935 0.000 0.000 0.024 0.016 0.096 0.864
#> SRR1362713 4 0.6234 0.14288 0.412 0.064 0.088 0.436 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.1542 0.66546 0.936 0.008 0.004 0.052 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0405 0.78521 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102079 5 0.4534 0.18373 0.004 0.000 0.460 0.012 0.516 0.008
#> SRR1357210 1 0.1121 0.67931 0.964 0.004 0.016 0.008 0.000 0.008
#> SRR657659 2 0.3653 0.54815 0.000 0.692 0.008 0.300 0.000 0.000
#> SRR663573 4 0.7387 0.29851 0.092 0.368 0.072 0.416 0.040 0.012
#> SRR603188 6 0.2955 0.72026 0.000 0.000 0.036 0.016 0.088 0.860
#> SRR1471200 6 0.4566 -0.14725 0.000 0.480 0.008 0.020 0.000 0.492
#> SRR1310975 6 0.5241 0.28143 0.000 0.296 0.016 0.084 0.000 0.604
#> SRR627457 4 0.6935 -0.06127 0.332 0.056 0.252 0.360 0.000 0.000
#> SRR1367654 6 0.4890 0.13976 0.000 0.000 0.036 0.012 0.436 0.516
#> SRR1488410 5 0.1092 0.79017 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1457750 4 0.6337 0.19115 0.392 0.068 0.096 0.444 0.000 0.000
#> SRR1099546 1 0.4271 0.56104 0.664 0.004 0.300 0.032 0.000 0.000
#> SRR604480 6 0.4561 -0.09583 0.000 0.464 0.008 0.020 0.000 0.508
#> SRR1390477 2 0.0767 0.78644 0.000 0.976 0.008 0.004 0.000 0.012
#> SRR1458447 2 0.1036 0.78273 0.000 0.964 0.008 0.024 0.000 0.004
#> SRR1473161 2 0.1167 0.78012 0.000 0.960 0.008 0.020 0.000 0.012
#> SRR1409813 5 0.0937 0.78450 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR612791 1 0.4093 0.26231 0.584 0.000 0.404 0.012 0.000 0.000
#> SRR1470580 3 0.6847 0.18480 0.172 0.052 0.420 0.348 0.000 0.008
#> SRR1444063 3 0.7104 0.43984 0.300 0.000 0.448 0.120 0.124 0.008
#> SRR1355578 1 0.4959 0.08448 0.556 0.000 0.388 0.040 0.016 0.000
#> SRR1429203 1 0.4101 0.28617 0.664 0.000 0.308 0.028 0.000 0.000
#> SRR599154 5 0.1714 0.76273 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR814244 5 0.1261 0.77791 0.000 0.000 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR1404123 2 0.3398 0.61415 0.000 0.740 0.008 0.252 0.000 0.000
#> SRR656934 1 0.4796 0.57753 0.664 0.004 0.252 0.076 0.000 0.004
#> SRR1339029 2 0.0976 0.78244 0.000 0.968 0.008 0.016 0.000 0.008
#> SRR821525 4 0.3629 0.46143 0.000 0.260 0.000 0.724 0.000 0.016
#> SRR1443677 1 0.1210 0.67847 0.960 0.004 0.020 0.008 0.000 0.008
#> SRR1406330 5 0.1257 0.79042 0.000 0.000 0.028 0.020 0.952 0.000
#> SRR1338124 3 0.6387 0.44036 0.056 0.000 0.548 0.068 0.296 0.032
#> SRR1391376 1 0.5046 0.42737 0.560 0.004 0.364 0.072 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.3426 0.45004 0.000 0.276 0.000 0.720 0.000 0.004
#> SRR1395699 3 0.3142 0.54384 0.096 0.000 0.848 0.044 0.004 0.008
#> SRR1312209 1 0.2145 0.65176 0.900 0.000 0.072 0.028 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.3738 0.38363 0.704 0.000 0.280 0.016 0.000 0.000
#> SRR658885 5 0.1807 0.78438 0.000 0.000 0.060 0.020 0.920 0.000
#> SRR1414578 1 0.1036 0.66775 0.964 0.008 0.004 0.024 0.000 0.000
#> SRR603620 5 0.5962 0.47245 0.000 0.000 0.072 0.120 0.608 0.200
#> SRR604677 3 0.4816 0.55042 0.224 0.000 0.692 0.024 0.056 0.004
#> SRR603800 2 0.1718 0.77321 0.000 0.932 0.008 0.044 0.000 0.016
#> SRR602058 5 0.6522 0.33173 0.000 0.000 0.088 0.132 0.524 0.256
#> SRR817488 2 0.0909 0.78058 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR655601 2 0.3161 0.65537 0.000 0.776 0.008 0.216 0.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.4518 0.56404 0.000 0.696 0.000 0.220 0.004 0.080
#> SRR1349166 6 0.3027 0.67687 0.000 0.000 0.028 0.000 0.148 0.824
#> SRR615129 4 0.7040 0.26065 0.368 0.144 0.096 0.388 0.000 0.004
#> SRR607586 2 0.4358 0.45111 0.000 0.620 0.008 0.020 0.000 0.352
#> SRR602680 6 0.0547 0.72331 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1411070 2 0.4100 0.36700 0.000 0.600 0.008 0.388 0.000 0.004
#> SRR663038 2 0.4328 0.60907 0.000 0.724 0.000 0.164 0.000 0.112
#> SRR1489416 2 0.0806 0.78433 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.2673 0.61170 0.852 0.000 0.132 0.012 0.000 0.004
#> SRR662162 1 0.1396 0.68042 0.952 0.004 0.024 0.012 0.000 0.008
#> SRR1374567 1 0.4318 0.25818 0.532 0.000 0.448 0.020 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0972 0.78382 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.3710 0.49326 0.008 0.240 0.008 0.740 0.000 0.004
#> SRR2170135 1 0.1579 0.67915 0.944 0.004 0.024 0.020 0.000 0.008
#> SRR615551 2 0.2174 0.74979 0.000 0.896 0.008 0.008 0.000 0.088
#> SRR1335513 2 0.1155 0.78573 0.000 0.956 0.004 0.036 0.000 0.004
#> SRR1370216 3 0.3311 0.57665 0.020 0.000 0.840 0.024 0.108 0.008
#> SRR662954 5 0.3275 0.73491 0.000 0.000 0.052 0.100 0.836 0.012
#> SRR1375738 1 0.4466 0.59132 0.692 0.008 0.252 0.044 0.000 0.004
#> SRR1356577 4 0.5680 0.00658 0.444 0.024 0.084 0.448 0.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.2312 0.68200 0.896 0.004 0.080 0.012 0.000 0.008
#> SRR663549 1 0.4426 0.58858 0.692 0.008 0.256 0.040 0.000 0.004
#> SRR1478015 2 0.2431 0.71207 0.000 0.860 0.008 0.132 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.3463 0.61928 0.000 0.748 0.008 0.240 0.000 0.004
#> SRR811866 1 0.2806 0.65485 0.844 0.004 0.136 0.016 0.000 0.000
#> SRR1401101 6 0.4960 0.38174 0.000 0.000 0.044 0.020 0.336 0.600
#> SRR1477797 5 0.4514 0.66260 0.000 0.000 0.036 0.116 0.752 0.096
#> SRR1402986 2 0.4382 0.44275 0.000 0.612 0.008 0.020 0.000 0.360
#> SRR658897 1 0.4423 0.15159 0.552 0.000 0.420 0.028 0.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.4479 0.58645 0.688 0.004 0.252 0.052 0.000 0.004
#> SRR1490700 1 0.4358 0.61967 0.744 0.012 0.096 0.148 0.000 0.000
#> SRR601723 4 0.7408 0.12393 0.272 0.092 0.252 0.376 0.000 0.008
#> SRR1384115 5 0.0146 0.78888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476927 2 0.0806 0.78433 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.4736 0.58639 0.676 0.012 0.252 0.056 0.000 0.004
#> SRR1322595 5 0.0146 0.78979 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1370423 3 0.5356 0.07758 0.412 0.004 0.512 0.060 0.004 0.008
#> SRR1314976 4 0.6442 0.15496 0.340 0.036 0.136 0.480 0.004 0.004
#> SRR1319560 5 0.6268 0.39407 0.000 0.000 0.072 0.128 0.556 0.244
#> SRR1352683 3 0.6580 0.09247 0.320 0.008 0.404 0.256 0.004 0.008
#> SRR1473800 1 0.0951 0.66773 0.968 0.008 0.004 0.020 0.000 0.000
#> SRR1326384 5 0.1528 0.78875 0.000 0.000 0.048 0.016 0.936 0.000
#> SRR1360807 4 0.5736 0.48536 0.152 0.060 0.100 0.672 0.012 0.004
#> SRR1332544 5 0.2039 0.77731 0.000 0.000 0.076 0.020 0.904 0.000
#> SRR598695 3 0.4141 0.30655 0.388 0.000 0.596 0.016 0.000 0.000
#> SRR807824 3 0.6914 0.51358 0.088 0.000 0.520 0.080 0.272 0.040
#> SRR809296 3 0.3274 0.55633 0.076 0.000 0.852 0.044 0.020 0.008
#> SRR657927 3 0.4476 0.36294 0.308 0.000 0.640 0.052 0.000 0.000
#> SRR1440682 6 0.7601 0.29417 0.004 0.064 0.072 0.352 0.108 0.400
#> SRR1454415 6 0.4545 0.70390 0.004 0.020 0.032 0.084 0.080 0.780
#> SRR1419131 4 0.7831 -0.26049 0.064 0.000 0.320 0.320 0.244 0.052
#> SRR1404293 1 0.4744 0.42136 0.668 0.028 0.040 0.264 0.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.4101 0.55157 0.664 0.000 0.308 0.028 0.000 0.000
#> SRR1345563 5 0.1092 0.79017 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1323382 2 0.0551 0.78485 0.000 0.984 0.008 0.004 0.000 0.004
#> SRR1480697 3 0.5465 0.26941 0.012 0.000 0.568 0.044 0.348 0.028
#> SRR1321808 2 0.0976 0.78213 0.000 0.968 0.008 0.008 0.000 0.016
#> SRR1382756 2 0.4385 0.50574 0.004 0.684 0.004 0.268 0.000 0.040
#> SRR1312558 2 0.5486 0.46458 0.024 0.680 0.124 0.148 0.000 0.024
#> SRR1417088 2 0.3844 0.52065 0.000 0.676 0.008 0.312 0.000 0.004
#> SRR1433027 2 0.3628 0.58321 0.000 0.720 0.008 0.268 0.000 0.004
#> SRR662257 5 0.3509 0.57814 0.000 0.000 0.000 0.016 0.744 0.240
#> SRR600417 4 0.3728 0.34777 0.000 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> SRR812493 5 0.1492 0.77629 0.000 0.000 0.024 0.036 0.940 0.000
#> SRR612743 1 0.5169 0.54895 0.624 0.004 0.240 0.132 0.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.5223 0.25497 0.576 0.024 0.056 0.344 0.000 0.000
#> SRR600584 2 0.2631 0.71249 0.000 0.840 0.008 0.152 0.000 0.000
#> SRR1310520 4 0.6335 0.56600 0.120 0.188 0.088 0.596 0.004 0.004
#> SRR1395595 5 0.1983 0.77942 0.000 0.000 0.072 0.020 0.908 0.000
#> SRR1334074 5 0.0146 0.79000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR654838 2 0.0909 0.78058 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1376694 5 0.1092 0.79017 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1433841 1 0.7531 -0.28691 0.344 0.216 0.132 0.304 0.000 0.004
#> SRR1366837 1 0.4251 0.59527 0.708 0.004 0.244 0.040 0.000 0.004
#> SRR1467479 2 0.1976 0.76016 0.000 0.916 0.008 0.016 0.000 0.060
#> SRR1459055 5 0.1092 0.79017 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1471050 2 0.0653 0.78546 0.000 0.980 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR603004 6 0.6642 0.13456 0.008 0.000 0.212 0.024 0.348 0.408
#> SRR814703 6 0.3219 0.71140 0.000 0.000 0.040 0.016 0.104 0.840
#> SRR661937 2 0.1138 0.78153 0.000 0.960 0.004 0.024 0.000 0.012
#> SRR614359 3 0.3707 0.40360 0.312 0.000 0.680 0.008 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.1167 0.78028 0.000 0.960 0.008 0.020 0.000 0.012
#> SRR1389084 3 0.4445 0.33650 0.288 0.000 0.656 0.056 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.4009 0.43489 0.000 0.632 0.008 0.356 0.000 0.004
#> SRR1344400 6 0.4616 0.54053 0.000 0.120 0.016 0.124 0.004 0.736
#> SRR1414290 2 0.2575 0.73732 0.000 0.872 0.004 0.024 0.000 0.100
#> SRR1413644 6 0.1168 0.73181 0.000 0.000 0.028 0.000 0.016 0.956
#> SRR1098998 1 0.1007 0.67883 0.968 0.004 0.016 0.004 0.000 0.008
#> SRR1481279 1 0.2597 0.68146 0.880 0.004 0.088 0.020 0.000 0.008
#> SRR1315103 5 0.1092 0.79017 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1099286 3 0.6065 0.42377 0.084 0.000 0.556 0.028 0.308 0.024
#> SRR2166570 1 0.6497 0.34705 0.464 0.024 0.252 0.256 0.000 0.004
#> SRR601445 1 0.3309 0.63371 0.824 0.004 0.116 0.056 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.3298 0.62978 0.000 0.756 0.008 0.236 0.000 0.000
#> SRR1377026 6 0.7302 0.19236 0.004 0.000 0.144 0.144 0.304 0.404
#> SRR1327386 1 0.2609 0.63141 0.868 0.000 0.096 0.036 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.1053 0.78053 0.000 0.964 0.004 0.020 0.000 0.012
#> SRR1460433 5 0.7667 -0.08289 0.064 0.000 0.336 0.208 0.348 0.044
#> SRR1469345 3 0.3922 0.58691 0.064 0.000 0.784 0.004 0.140 0.008
#> SRR1421462 2 0.0909 0.78058 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR662966 5 0.1092 0.79017 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1339175 1 0.2800 0.65098 0.860 0.004 0.112 0.016 0.000 0.008
#> SRR1447736 2 0.3486 0.67000 0.000 0.788 0.008 0.024 0.000 0.180
#> SRR1434671 6 0.1257 0.73252 0.000 0.000 0.028 0.000 0.020 0.952
#> SRR660800 2 0.0291 0.78480 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465543 5 0.0260 0.78864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1342023 1 0.3934 0.38594 0.708 0.000 0.260 0.032 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.4264 0.20204 0.620 0.000 0.352 0.028 0.000 0.000
#> SRR1400955 6 0.4960 0.38174 0.000 0.000 0.044 0.020 0.336 0.600
#> SRR1072150 2 0.2275 0.75292 0.000 0.888 0.008 0.096 0.000 0.008
#> SRR1442822 1 0.1026 0.67814 0.968 0.004 0.012 0.008 0.000 0.008
#> SRR1364658 3 0.4067 0.06339 0.444 0.000 0.548 0.008 0.000 0.000
#> SRR1098074 5 0.0260 0.78864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1442778 3 0.5068 0.58984 0.156 0.000 0.696 0.024 0.120 0.004
#> SRR1086728 5 0.1942 0.78575 0.000 0.000 0.064 0.012 0.916 0.008
#> SRR627464 3 0.7202 0.49909 0.216 0.000 0.492 0.120 0.156 0.016
#> SRR1409193 1 0.3606 0.60535 0.788 0.016 0.024 0.172 0.000 0.000
#> SRR2168286 4 0.5197 0.52907 0.076 0.232 0.028 0.660 0.000 0.004
#> SRR615539 2 0.0291 0.78499 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.4582 0.44764 0.016 0.000 0.672 0.020 0.280 0.012
#> SRR1471989 5 0.1480 0.78807 0.000 0.000 0.040 0.020 0.940 0.000
#> SRR1468828 2 0.3271 0.63532 0.000 0.760 0.008 0.232 0.000 0.000
#> SRR1381934 3 0.4348 0.25194 0.416 0.000 0.560 0.024 0.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.4146 0.56424 0.676 0.000 0.288 0.036 0.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.4010 0.57046 0.708 0.004 0.264 0.020 0.000 0.004
#> SRR2166874 5 0.1391 0.78044 0.000 0.000 0.016 0.040 0.944 0.000
#> SRR821302 1 0.4181 0.37541 0.600 0.000 0.384 0.012 0.000 0.004
#> SRR1435066 6 0.0547 0.72331 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR661601 6 0.0363 0.72386 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1446546 3 0.7886 0.23972 0.120 0.044 0.416 0.324 0.052 0.044
#> SRR1419784 5 0.1092 0.79017 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1357233 5 0.1088 0.77991 0.000 0.000 0.024 0.016 0.960 0.000
#> SRR1441889 1 0.1210 0.67936 0.960 0.004 0.020 0.008 0.000 0.008
#> SRR1413940 5 0.1092 0.79017 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1324250 6 0.6524 0.08884 0.000 0.180 0.008 0.368 0.024 0.420
#> SRR1442862 5 0.4253 0.13716 0.000 0.000 0.016 0.000 0.524 0.460
#> SRR662474 2 0.3862 0.18849 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1416226 1 0.4675 0.58768 0.680 0.008 0.248 0.060 0.000 0.004
#> SRR1417404 5 0.6950 -0.03577 0.052 0.000 0.388 0.144 0.396 0.020
#> SRR665466 2 0.1049 0.78262 0.000 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000
#> SRR658849 3 0.4038 0.41879 0.244 0.000 0.712 0.044 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.8073 0.35196 0.072 0.268 0.096 0.380 0.000 0.184
#> SRR1408136 1 0.3487 0.46801 0.756 0.000 0.224 0.020 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.2346 0.73408 0.000 0.868 0.008 0.124 0.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.4563 0.59276 0.688 0.008 0.248 0.052 0.000 0.004
#> SRR1488429 5 0.3214 0.73315 0.004 0.000 0.152 0.016 0.820 0.008
#> SRR1087559 1 0.6968 0.02753 0.356 0.044 0.288 0.308 0.000 0.004
#> SRR817004 5 0.4694 0.32265 0.004 0.000 0.392 0.016 0.572 0.016
#> SRR1429660 5 0.3756 0.32695 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR604390 5 0.5373 0.17850 0.004 0.000 0.436 0.036 0.492 0.032
#> SRR614936 2 0.4694 0.26669 0.024 0.560 0.008 0.404 0.000 0.004
#> SRR1365938 4 0.7388 0.40552 0.284 0.264 0.096 0.352 0.000 0.004
#> SRR1437324 1 0.0665 0.67209 0.980 0.008 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR613414 5 0.6939 0.31029 0.000 0.000 0.252 0.140 0.476 0.132
#> SRR660414 1 0.6332 0.40418 0.504 0.024 0.256 0.212 0.000 0.004
#> SRR1452185 1 0.0405 0.67380 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.4843 0.57298 0.660 0.004 0.252 0.080 0.000 0.004
#> SRR1398036 5 0.6517 0.22082 0.000 0.000 0.076 0.120 0.480 0.324
#> SRR1436674 1 0.2604 0.63292 0.872 0.000 0.100 0.020 0.000 0.008
#> SRR603750 1 0.6709 0.27895 0.416 0.024 0.256 0.296 0.000 0.008
#> SRR608630 3 0.6990 0.11654 0.052 0.000 0.404 0.140 0.380 0.024
#> SRR655625 4 0.3789 0.38708 0.000 0.324 0.004 0.668 0.000 0.004
#> SRR599059 3 0.6630 0.54150 0.196 0.000 0.560 0.084 0.148 0.012
#> SRR615189 4 0.6731 0.45904 0.212 0.108 0.144 0.532 0.000 0.004
#> SRR1466889 6 0.1257 0.73274 0.000 0.000 0.028 0.000 0.020 0.952
#> SRR1084602 4 0.5447 0.49068 0.064 0.084 0.144 0.696 0.008 0.004
#> SRR1335422 1 0.3056 0.59576 0.820 0.000 0.160 0.012 0.000 0.008
#> SRR1356805 6 0.1341 0.73285 0.000 0.000 0.028 0.000 0.024 0.948
#> SRR1385300 3 0.4725 0.26221 0.012 0.000 0.600 0.012 0.360 0.016
#> SRR654814 3 0.4460 0.14461 0.452 0.000 0.520 0.028 0.000 0.000
#> SRR658385 6 0.0547 0.72331 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR820596 3 0.6384 0.46173 0.312 0.000 0.496 0.056 0.136 0.000
#> SRR1318118 3 0.5730 0.46317 0.104 0.000 0.580 0.020 0.288 0.008
#> SRR1480766 2 0.0717 0.78472 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR1406539 3 0.5986 0.34683 0.376 0.000 0.492 0.052 0.080 0.000
#> SRR1341833 6 0.3398 0.70148 0.000 0.000 0.040 0.016 0.120 0.824
#> SRR1441826 4 0.3488 0.47868 0.000 0.244 0.000 0.744 0.008 0.004
#> SRR1448051 1 0.1542 0.66749 0.936 0.004 0.052 0.008 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.3372 0.57525 0.028 0.000 0.852 0.048 0.060 0.012
#> SRR665217 3 0.3100 0.59840 0.024 0.000 0.840 0.004 0.124 0.008
#> SRR819186 2 0.1237 0.77963 0.000 0.956 0.004 0.020 0.000 0.020
#> SRR661517 3 0.3169 0.57211 0.036 0.000 0.864 0.044 0.048 0.008
#> SRR607166 2 0.7073 -0.19473 0.044 0.424 0.184 0.324 0.000 0.024
#> SRR809065 2 0.3774 0.50786 0.000 0.664 0.008 0.328 0.000 0.000
#> SRR1415872 6 0.4147 0.61859 0.000 0.000 0.044 0.016 0.196 0.744
#> SRR1415463 1 0.4136 0.59080 0.708 0.004 0.248 0.040 0.000 0.000
#> SRR1381161 5 0.1636 0.77613 0.000 0.000 0.024 0.036 0.936 0.004
#> SRR1442231 4 0.6566 0.44747 0.264 0.100 0.104 0.528 0.000 0.004
#> SRR1374696 1 0.3964 0.50136 0.724 0.016 0.016 0.244 0.000 0.000
#> SRR1451988 1 0.6824 0.28004 0.416 0.040 0.264 0.276 0.000 0.004
#> SRR660555 3 0.4405 0.06342 0.472 0.000 0.504 0.024 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.1338 0.67845 0.952 0.004 0.032 0.004 0.000 0.008
#> SRR663344 6 0.0458 0.72349 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1472462 2 0.0665 0.78506 0.000 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> SRR1406176 1 0.7260 0.22452 0.384 0.072 0.256 0.280 0.000 0.008
#> SRR656886 2 0.4337 0.55538 0.004 0.708 0.028 0.244 0.000 0.016
#> SRR1498337 5 0.3179 0.73852 0.000 0.000 0.028 0.092 0.848 0.032
#> SRR613066 5 0.1480 0.78888 0.000 0.000 0.040 0.020 0.940 0.000
#> SRR1309490 1 0.2884 0.62560 0.848 0.004 0.128 0.012 0.000 0.008
#> SRR602492 5 0.7333 0.08660 0.000 0.000 0.168 0.152 0.384 0.296
#> SRR1447347 1 0.3768 0.63662 0.772 0.004 0.184 0.036 0.000 0.004
#> SRR1475546 2 0.4498 0.63594 0.000 0.720 0.008 0.096 0.000 0.176
#> SRR627459 3 0.7378 0.48595 0.212 0.004 0.484 0.132 0.152 0.016
#> SRR1434332 2 0.2070 0.75029 0.000 0.892 0.008 0.100 0.000 0.000
#> SRR1070358 5 0.5031 0.09019 0.000 0.000 0.040 0.016 0.504 0.440
#> SRR1345936 5 0.1261 0.77791 0.000 0.000 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR665658 2 0.4178 0.54155 0.000 0.684 0.020 0.284 0.000 0.012
#> SRR1321351 2 0.1152 0.77856 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000 0.000
#> SRR657880 6 0.0547 0.72331 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1373903 2 0.2882 0.68931 0.000 0.812 0.008 0.180 0.000 0.000
#> SRR657396 5 0.6235 0.39974 0.000 0.000 0.072 0.124 0.560 0.244
#> SRR660981 2 0.0622 0.78471 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.1210 0.67936 0.960 0.004 0.020 0.008 0.000 0.008
#> SRR819658 6 0.4960 0.38174 0.000 0.000 0.044 0.020 0.336 0.600
#> SRR1376316 3 0.4393 0.23112 0.452 0.000 0.524 0.024 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.7241 0.24909 0.004 0.488 0.028 0.164 0.068 0.248
#> SRR1476719 1 0.2556 0.62357 0.864 0.008 0.008 0.120 0.000 0.000
#> SRR1403478 6 0.0547 0.72331 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1095695 1 0.4373 0.58679 0.688 0.008 0.260 0.044 0.000 0.000
#> SRR1352391 3 0.6753 0.29846 0.084 0.000 0.468 0.072 0.352 0.024
#> SRR1498813 4 0.3728 0.34772 0.000 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> SRR627437 3 0.6334 0.56533 0.164 0.000 0.576 0.048 0.200 0.012
#> SRR2185097 1 0.3062 0.65460 0.824 0.008 0.156 0.008 0.000 0.004
#> SRR817166 5 0.2510 0.75895 0.004 0.000 0.088 0.016 0.884 0.008
#> SRR1091670 2 0.0260 0.78525 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR603776 3 0.4851 0.59910 0.104 0.000 0.716 0.016 0.156 0.008
#> SRR1479640 2 0.4872 0.20347 0.000 0.548 0.000 0.388 0.000 0.064
#> SRR660152 3 0.3943 0.58420 0.144 0.000 0.784 0.012 0.056 0.004
#> SRR1074769 6 0.4488 0.48768 0.000 0.228 0.016 0.052 0.000 0.704
#> SRR656153 2 0.0717 0.78530 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR1392502 5 0.1092 0.79108 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1359609 5 0.1257 0.79042 0.000 0.000 0.028 0.020 0.952 0.000
#> SRR601925 2 0.2946 0.68962 0.000 0.824 0.004 0.160 0.000 0.012
#> SRR2165182 6 0.2780 0.72119 0.000 0.000 0.024 0.016 0.092 0.868
#> SRR608542 5 0.5582 0.55957 0.000 0.000 0.064 0.120 0.656 0.160
#> SRR655064 4 0.3874 0.50647 0.008 0.224 0.020 0.744 0.000 0.004
#> SRR1432430 1 0.5161 0.56566 0.648 0.020 0.252 0.076 0.000 0.004
#> SRR808472 5 0.7985 -0.01856 0.004 0.012 0.192 0.288 0.312 0.192
#> SRR1414958 5 0.1480 0.78807 0.000 0.000 0.040 0.020 0.940 0.000
#> SRR598484 2 0.1382 0.78112 0.000 0.948 0.008 0.036 0.000 0.008
#> SRR612755 1 0.4199 0.58920 0.704 0.004 0.248 0.044 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0806 0.66828 0.972 0.008 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.5979 0.13384 0.440 0.004 0.400 0.148 0.000 0.008
#> SRR1322373 3 0.4312 0.37195 0.272 0.000 0.676 0.052 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.1036 0.78258 0.000 0.964 0.008 0.024 0.000 0.004
#> SRR1359099 6 0.0547 0.72331 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR607279 2 0.4446 0.60692 0.000 0.724 0.004 0.152 0.000 0.120
#> SRR810461 2 0.0909 0.78058 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR627427 1 0.5076 0.58956 0.680 0.020 0.200 0.096 0.000 0.004
#> SRR612887 6 0.5705 0.36009 0.000 0.000 0.072 0.048 0.316 0.564
#> SRR809807 5 0.0146 0.78888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663112 3 0.7345 0.51956 0.160 0.004 0.512 0.140 0.160 0.024
#> SRR1346933 5 0.1492 0.77629 0.000 0.000 0.024 0.036 0.940 0.000
#> SRR1487910 1 0.2308 0.65803 0.896 0.012 0.016 0.076 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.3862 0.24436 0.000 0.388 0.000 0.608 0.000 0.004
#> SRR1417680 2 0.0806 0.78433 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR1383785 3 0.4333 0.09134 0.468 0.000 0.512 0.020 0.000 0.000
#> SRR1070015 5 0.0937 0.78418 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1466222 3 0.7247 0.10395 0.160 0.084 0.412 0.328 0.000 0.016
#> SRR1416119 5 0.2094 0.77531 0.000 0.000 0.080 0.020 0.900 0.000
#> SRR819318 3 0.4744 0.52514 0.252 0.000 0.680 0.024 0.040 0.004
#> SRR608288 2 0.3073 0.70326 0.000 0.824 0.008 0.152 0.000 0.016
#> SRR811121 6 0.5310 0.50900 0.004 0.000 0.184 0.004 0.176 0.632
#> SRR613138 6 0.4926 0.48146 0.000 0.160 0.020 0.124 0.000 0.696
#> SRR810483 1 0.4774 0.49340 0.600 0.004 0.348 0.044 0.000 0.004
#> SRR607839 1 0.0951 0.67468 0.968 0.004 0.020 0.008 0.000 0.000
#> SRR1337031 3 0.4614 0.59487 0.128 0.000 0.740 0.020 0.108 0.004
#> SRR601311 5 0.7373 0.07055 0.000 0.000 0.168 0.160 0.376 0.296
#> SRR1406685 4 0.3930 0.19355 0.000 0.420 0.000 0.576 0.000 0.004
#> SRR1467500 2 0.4144 0.32311 0.000 0.580 0.008 0.408 0.000 0.004
#> SRR1308504 1 0.2367 0.65640 0.888 0.000 0.088 0.016 0.000 0.008
#> SRR1312865 5 0.4638 0.50652 0.004 0.000 0.320 0.020 0.636 0.020
#> SRR1312522 3 0.4507 0.04446 0.004 0.000 0.544 0.012 0.432 0.008
#> SRR1490486 2 0.4655 0.64228 0.000 0.708 0.008 0.120 0.000 0.164
#> SRR1325888 1 0.4755 0.24538 0.492 0.000 0.460 0.048 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0924 0.67721 0.972 0.004 0.008 0.008 0.000 0.008
#> SRR1098785 2 0.4135 0.33980 0.000 0.584 0.008 0.404 0.000 0.004
#> SRR1084766 4 0.4214 0.52880 0.036 0.204 0.016 0.740 0.000 0.004
#> SRR1102804 2 0.0806 0.78527 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.4159 0.59080 0.704 0.004 0.252 0.040 0.000 0.000
#> SRR1347795 5 0.1480 0.78807 0.000 0.000 0.040 0.020 0.940 0.000
#> SRR601900 6 0.0632 0.72422 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1330989 2 0.4537 0.30647 0.016 0.572 0.008 0.400 0.000 0.004
#> SRR658445 5 0.0713 0.78727 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1368754 5 0.4536 0.16164 0.004 0.000 0.464 0.012 0.512 0.008
#> SRR1460001 2 0.1265 0.77943 0.000 0.948 0.008 0.044 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.1563 0.66381 0.932 0.012 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.2998 0.58073 0.028 0.000 0.872 0.032 0.060 0.008
#> SRR614948 5 0.1092 0.79017 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1472952 3 0.3485 0.52802 0.152 0.000 0.800 0.044 0.000 0.004
#> SRR1321528 1 0.5595 0.19497 0.540 0.028 0.080 0.352 0.000 0.000
#> SRR627447 3 0.4646 0.30175 0.332 0.000 0.616 0.048 0.000 0.004
#> SRR612239 3 0.6502 0.16658 0.140 0.036 0.412 0.404 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.488 0.789 0.878 0.4820 0.499 0.499
#> 3 3 0.943 0.930 0.972 0.3056 0.810 0.643
#> 4 4 0.689 0.697 0.846 0.1409 0.849 0.626
#> 5 5 0.795 0.771 0.895 0.0893 0.848 0.529
#> 6 6 0.743 0.659 0.826 0.0357 0.940 0.739
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.8207 0.79669 0.744 0.256
#> SRR603858 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR817070 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR662031 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1081283 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1481036 1 0.9795 0.55449 0.584 0.416
#> SRR1434009 1 0.9922 0.00811 0.552 0.448
#> SRR1376676 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1396967 2 0.9286 0.53941 0.344 0.656
#> SRR665429 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR657611 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1333659 1 0.2948 0.76840 0.948 0.052
#> SRR1323896 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.1633 0.78399 0.976 0.024
#> SRR1421010 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.1633 0.77586 0.976 0.024
#> SRR1309468 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1468637 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1365489 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.9427 0.65965 0.640 0.360
#> SRR607863 2 0.7815 0.67945 0.232 0.768
#> SRR1475524 1 0.1843 0.77538 0.972 0.028
#> SRR1405504 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR600900 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1362713 2 0.9983 -0.26249 0.476 0.524
#> SRR1431385 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1379089 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR657659 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.8081 0.65944 0.248 0.752
#> SRR1471200 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR627457 2 0.2603 0.88114 0.044 0.956
#> SRR1367654 2 0.9491 0.49898 0.368 0.632
#> SRR1488410 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1457750 2 0.8443 0.48548 0.272 0.728
#> SRR1099546 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR604480 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1409813 1 0.9795 0.12207 0.584 0.416
#> SRR612791 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1470580 2 0.2423 0.88498 0.040 0.960
#> SRR1444063 1 0.9460 0.68299 0.636 0.364
#> SRR1355578 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1429203 1 0.7453 0.80037 0.788 0.212
#> SRR599154 1 0.6531 0.66296 0.832 0.168
#> SRR814244 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1404123 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR656934 1 0.8713 0.75827 0.708 0.292
#> SRR1339029 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1406330 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.3584 0.85886 0.068 0.932
#> SRR1391376 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR661842 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1395699 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1359469 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.2423 0.77345 0.960 0.040
#> SRR1414578 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR603620 2 0.9922 0.31901 0.448 0.552
#> SRR604677 1 0.0938 0.78114 0.988 0.012
#> SRR603800 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.9393 0.51973 0.356 0.644
#> SRR817488 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.9460 0.50598 0.364 0.636
#> SRR615129 2 0.2948 0.87436 0.052 0.948
#> SRR607586 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.4939 0.81828 0.108 0.892
#> SRR1411070 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.7745 0.80081 0.772 0.228
#> SRR662162 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1374567 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1434048 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR615551 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR662954 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1375738 1 0.8661 0.76309 0.712 0.288
#> SRR1356577 1 0.8813 0.74835 0.700 0.300
#> SRR1073119 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR663549 1 0.8499 0.77667 0.724 0.276
#> SRR1478015 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR811866 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1401101 2 0.8016 0.66451 0.244 0.756
#> SRR1477797 1 0.9815 0.10860 0.580 0.420
#> SRR1402986 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1419869 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1490700 1 0.8267 0.79289 0.740 0.260
#> SRR601723 2 0.2603 0.88114 0.044 0.956
#> SRR1384115 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1476927 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.8909 0.73782 0.692 0.308
#> SRR1322595 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1370423 1 0.9988 0.39565 0.520 0.480
#> SRR1314976 2 0.4815 0.81459 0.104 0.896
#> SRR1319560 2 0.9358 0.52643 0.352 0.648
#> SRR1352683 1 0.9896 0.49891 0.560 0.440
#> SRR1473800 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1326384 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1360807 2 0.2603 0.88114 0.044 0.956
#> SRR1332544 1 0.1184 0.77663 0.984 0.016
#> SRR598695 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR807824 2 0.4298 0.82590 0.088 0.912
#> SRR809296 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR657927 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1440682 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0376 0.91543 0.004 0.996
#> SRR1419131 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.9393 0.66613 0.644 0.356
#> SRR1473340 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1345563 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1323382 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.8144 0.79671 0.748 0.252
#> SRR1321808 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0376 0.91541 0.004 0.996
#> SRR1312558 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR662257 1 0.9922 0.00811 0.552 0.448
#> SRR600417 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR812493 1 0.5059 0.72392 0.888 0.112
#> SRR612743 1 0.8443 0.78083 0.728 0.272
#> SRR1361345 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR600584 2 0.1184 0.90591 0.016 0.984
#> SRR1310520 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1395595 1 0.2423 0.77345 0.960 0.040
#> SRR1334074 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR654838 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1433841 2 0.2603 0.88114 0.044 0.956
#> SRR1366837 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1467479 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.2043 0.77483 0.968 0.032
#> SRR1471050 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.7674 0.69821 0.224 0.776
#> SRR814703 2 0.7815 0.67938 0.232 0.768
#> SRR661937 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1071568 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1337624 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.9286 0.53936 0.344 0.656
#> SRR1098998 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1481279 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1315103 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1099286 1 0.2423 0.77345 0.960 0.040
#> SRR2166570 2 0.6048 0.74905 0.148 0.852
#> SRR601445 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1439719 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.2043 0.89234 0.032 0.968
#> SRR1327386 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR654826 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1339175 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1447736 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.9323 0.53297 0.348 0.652
#> SRR660800 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1465543 1 0.4022 0.75026 0.920 0.080
#> SRR1342023 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1335670 1 0.8081 0.80024 0.752 0.248
#> SRR1400955 2 0.7745 0.68417 0.228 0.772
#> SRR1072150 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1364658 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1098074 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1442778 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR1086728 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR627464 2 0.9286 0.25191 0.344 0.656
#> SRR1409193 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR2168286 2 0.2603 0.88114 0.044 0.956
#> SRR615539 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR663623 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR1471989 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1468828 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1381934 1 0.5294 0.79553 0.880 0.120
#> SRR1471098 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1314749 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR2166874 1 0.3114 0.76605 0.944 0.056
#> SRR821302 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1435066 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0376 0.91541 0.004 0.996
#> SRR1419784 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1357233 1 0.4298 0.74421 0.912 0.088
#> SRR1441889 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1413940 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1324250 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1442862 1 0.9944 -0.02273 0.544 0.456
#> SRR662474 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.8813 0.74836 0.700 0.300
#> SRR1417404 1 0.0376 0.77712 0.996 0.004
#> SRR665466 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1460025 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1489995 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.8207 0.79669 0.744 0.256
#> SRR1488429 1 0.2423 0.77345 0.960 0.040
#> SRR1087559 2 0.9209 0.29311 0.336 0.664
#> SRR817004 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1429660 1 0.9909 0.02326 0.556 0.444
#> SRR604390 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR614936 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1365938 2 0.2043 0.89211 0.032 0.968
#> SRR1437324 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR613414 1 0.9977 -0.08258 0.528 0.472
#> SRR660414 2 0.9635 0.09659 0.388 0.612
#> SRR1452185 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1347020 1 0.8555 0.77229 0.720 0.280
#> SRR1398036 2 0.8144 0.65422 0.252 0.748
#> SRR1436674 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR603750 2 0.9754 0.00836 0.408 0.592
#> SRR608630 1 0.9087 0.70985 0.676 0.324
#> SRR655625 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR599059 1 0.9209 0.70037 0.664 0.336
#> SRR615189 2 0.0938 0.90919 0.012 0.988
#> SRR1466889 2 0.7950 0.66953 0.240 0.760
#> SRR1084602 2 0.2603 0.88114 0.044 0.956
#> SRR1335422 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1356805 2 0.8267 0.64621 0.260 0.740
#> SRR1385300 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR654814 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR658385 2 0.6247 0.76671 0.156 0.844
#> SRR820596 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1318118 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.5842 0.79677 0.860 0.140
#> SRR1341833 2 0.8081 0.65944 0.248 0.752
#> SRR1441826 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1326752 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR665217 1 0.2236 0.78605 0.964 0.036
#> SRR819186 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0672 0.91232 0.008 0.992
#> SRR1415872 2 0.7883 0.67453 0.236 0.764
#> SRR1415463 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1381161 1 0.9909 0.02326 0.556 0.444
#> SRR1442231 2 0.2603 0.88114 0.044 0.956
#> SRR1374696 1 0.8207 0.79669 0.744 0.256
#> SRR1451988 2 0.5519 0.78026 0.128 0.872
#> SRR660555 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR657801 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR663344 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1406176 2 0.6247 0.73510 0.156 0.844
#> SRR656886 2 0.1843 0.89559 0.028 0.972
#> SRR1498337 1 0.9775 0.13533 0.588 0.412
#> SRR613066 1 0.2423 0.77345 0.960 0.040
#> SRR1309490 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR602492 2 0.7219 0.71681 0.200 0.800
#> SRR1447347 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1475546 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.2778 0.87955 0.048 0.952
#> SRR1434332 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.9393 0.51973 0.356 0.644
#> SRR1345936 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR665658 2 0.2423 0.88498 0.040 0.960
#> SRR1321351 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.9393 0.51973 0.356 0.644
#> SRR660981 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR819658 2 0.8081 0.65944 0.248 0.752
#> SRR1376316 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1403478 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.8207 0.79669 0.744 0.256
#> SRR1352391 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1498813 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR627437 1 0.8443 0.78101 0.728 0.272
#> SRR2185097 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR817166 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1091670 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.2423 0.77345 0.960 0.040
#> SRR1359609 1 0.2043 0.77483 0.968 0.032
#> SRR601925 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.8144 0.65422 0.252 0.748
#> SRR655064 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1432430 1 0.8499 0.77667 0.724 0.276
#> SRR808472 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1414958 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR598484 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.8207 0.79669 0.744 0.256
#> SRR1365808 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1391724 1 0.9393 0.66637 0.644 0.356
#> SRR1322373 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1489265 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR612887 2 0.0672 0.91241 0.008 0.992
#> SRR809807 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR663112 2 0.2603 0.88114 0.044 0.956
#> SRR1346933 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1487910 1 0.8207 0.79669 0.744 0.256
#> SRR603092 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1070015 1 0.3431 0.76117 0.936 0.064
#> SRR1466222 2 0.2603 0.88114 0.044 0.956
#> SRR1416119 1 0.0938 0.77685 0.988 0.012
#> SRR819318 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.1184 0.90593 0.016 0.984
#> SRR811121 2 0.7056 0.72609 0.192 0.808
#> SRR613138 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR810483 1 0.7528 0.80085 0.784 0.216
#> SRR607839 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1337031 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.2948 0.87404 0.052 0.948
#> SRR1406685 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1312865 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1312522 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1490486 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1472885 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1098785 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.2423 0.88484 0.040 0.960
#> SRR1102804 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.8207 0.79669 0.744 0.256
#> SRR1347795 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR601900 2 0.5629 0.79294 0.132 0.868
#> SRR1330989 2 0.2603 0.88114 0.044 0.956
#> SRR658445 1 0.2603 0.77240 0.956 0.044
#> SRR1368754 1 0.2423 0.77345 0.960 0.040
#> SRR1460001 2 0.0000 0.91835 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR1326249 1 0.0000 0.77712 1.000 0.000
#> SRR614948 1 0.1633 0.77586 0.976 0.024
#> SRR1472952 1 0.0376 0.77860 0.996 0.004
#> SRR1321528 1 0.9608 0.61752 0.616 0.384
#> SRR627447 1 0.8144 0.80013 0.748 0.252
#> SRR612239 2 0.2603 0.88114 0.044 0.956
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR603858 3 0.8939 0.4913 0.264 0.176 0.560
#> SRR817070 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486995 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481036 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434009 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.4702 0.7238 0.000 0.788 0.212
#> SRR665429 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR600784 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 1 0.4555 0.7394 0.800 0.000 0.200
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR603188 2 0.1031 0.9455 0.000 0.976 0.024
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 1 0.2165 0.8995 0.936 0.064 0.000
#> SRR1367654 2 0.6045 0.3941 0.000 0.620 0.380
#> SRR1488410 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457750 1 0.0892 0.9515 0.980 0.020 0.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.4974 0.6701 0.236 0.764 0.000
#> SRR1444063 1 0.5254 0.6300 0.736 0.264 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR814244 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR656934 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338124 1 0.5706 0.5172 0.680 0.320 0.000
#> SRR1391376 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395699 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0592 0.9606 0.012 0.000 0.988
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 2 0.4504 0.7513 0.000 0.804 0.196
#> SRR604677 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR602058 2 0.5988 0.4237 0.000 0.632 0.368
#> SRR817488 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 3 0.5363 0.6075 0.000 0.276 0.724
#> SRR615129 1 0.5948 0.4494 0.640 0.360 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 1 0.4504 0.7455 0.804 0.000 0.196
#> SRR662954 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375738 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477797 3 0.0237 0.9664 0.000 0.004 0.996
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR601723 2 0.5431 0.6008 0.284 0.716 0.000
#> SRR1384115 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322595 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370423 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314976 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319560 3 0.0747 0.9569 0.000 0.016 0.984
#> SRR1352683 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360807 2 0.4291 0.7608 0.180 0.820 0.000
#> SRR1332544 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.1860 0.9146 0.052 0.948 0.000
#> SRR809296 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR662257 3 0.1289 0.9433 0.000 0.032 0.968
#> SRR600417 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR812493 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR612743 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334074 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433841 1 0.6308 0.0482 0.508 0.492 0.000
#> SRR1366837 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.1163 0.9420 0.000 0.972 0.028
#> SRR814703 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.6267 0.1854 0.000 0.548 0.452
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099286 1 0.2165 0.9108 0.936 0.000 0.064
#> SRR2166570 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.6095 0.3628 0.000 0.608 0.392
#> SRR660800 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR627464 2 0.5774 0.6617 0.232 0.748 0.020
#> SRR1409193 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 1 0.0592 0.9613 0.988 0.000 0.012
#> SRR1471989 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381934 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166874 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419784 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357233 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442862 3 0.2066 0.9160 0.000 0.060 0.940
#> SRR662474 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416226 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417404 1 0.4452 0.7565 0.808 0.000 0.192
#> SRR665466 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488429 3 0.2796 0.8849 0.092 0.000 0.908
#> SRR1087559 1 0.0892 0.9516 0.980 0.020 0.000
#> SRR817004 3 0.0892 0.9543 0.020 0.000 0.980
#> SRR1429660 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR604390 1 0.4555 0.7394 0.800 0.000 0.200
#> SRR614936 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365938 2 0.2625 0.8754 0.084 0.916 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.5363 0.6178 0.000 0.724 0.276
#> SRR660414 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.4555 0.7414 0.000 0.800 0.200
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR608630 1 0.6654 0.1215 0.536 0.456 0.008
#> SRR655625 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 1 0.0592 0.9597 0.988 0.012 0.000
#> SRR615189 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084602 2 0.3038 0.8564 0.104 0.896 0.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.3752 0.8172 0.000 0.856 0.144
#> SRR1385300 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.3482 0.8384 0.872 0.000 0.128
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0747 0.9577 0.984 0.000 0.016
#> SRR1341833 2 0.2959 0.8692 0.000 0.900 0.100
#> SRR1441826 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.3412 0.8433 0.876 0.000 0.124
#> SRR665217 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381161 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498337 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR613066 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 2 0.6291 0.1097 0.468 0.532 0.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 3 0.6168 0.2816 0.000 0.412 0.588
#> SRR1345936 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.6026 0.3895 0.624 0.000 0.376
#> SRR1498813 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185097 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359609 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR608542 2 0.1289 0.9383 0.000 0.968 0.032
#> SRR655064 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432430 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322373 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR809807 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.4121 0.7770 0.168 0.832 0.000
#> SRR1346933 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.6008 0.3951 0.372 0.628 0.000
#> SRR1416119 3 0.2796 0.8849 0.092 0.000 0.908
#> SRR819318 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.3816 0.8178 0.148 0.000 0.852
#> SRR1312522 3 0.0892 0.9543 0.020 0.000 0.980
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347795 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR658445 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368754 3 0.5291 0.6314 0.268 0.000 0.732
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9661 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.0892 0.9542 0.980 0.000 0.020
#> SRR614948 3 0.0000 0.9694 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472952 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.9714 1.000 0.000 0.000
#> SRR612239 1 0.1643 0.9234 0.956 0.044 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 1 0.0188 0.8064 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR603858 4 0.3610 0.4311 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR817070 2 0.3266 0.7020 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1486995 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659037 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662031 1 0.3528 0.7947 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1081283 4 0.4679 0.5663 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1481036 1 0.0188 0.8064 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1434009 3 0.0469 0.8497 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1376676 1 0.4543 0.7330 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1396967 2 0.7653 -0.1570 0.000 0.460 0.240 0.300
#> SRR665429 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1388025 4 0.4382 0.6270 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR600784 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.4356 0.7527 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1333659 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.0336 0.8097 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1421010 1 0.4477 0.7428 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1334490 1 0.4996 -0.1789 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1309468 1 0.3528 0.7948 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1468637 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627445 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607863 2 0.0657 0.8799 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1475524 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0188 0.8857 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615695 1 0.4585 0.7259 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR600900 4 0.5407 0.2615 0.012 0.484 0.000 0.504
#> SRR601477 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362713 4 0.0336 0.5886 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1431385 1 0.4522 0.7356 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1379089 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 1 0.3870 0.5852 0.788 0.000 0.208 0.004
#> SRR1357210 1 0.3649 0.7911 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR657659 4 0.4916 0.4328 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR663573 4 0.4585 0.5903 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR603188 2 0.0592 0.8779 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.2081 0.7331 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.4907 0.2069 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR1488410 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457750 4 0.5925 -0.3697 0.452 0.036 0.000 0.512
#> SRR1099546 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0336 0.8826 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 3 0.0188 0.8549 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR612791 1 0.0921 0.8113 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1470580 2 0.4819 0.4402 0.344 0.652 0.000 0.004
#> SRR1444063 1 0.7827 0.2992 0.412 0.288 0.000 0.300
#> SRR1355578 4 0.4304 0.1509 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1429203 1 0.4543 0.7324 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR599154 3 0.6139 0.5446 0.100 0.244 0.656 0.000
#> SRR814244 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.4776 0.2215 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR656934 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.4500 0.6080 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1443677 1 0.3610 0.7923 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1406330 3 0.4994 0.6093 0.048 0.000 0.744 0.208
#> SRR1338124 4 0.7536 0.5514 0.228 0.284 0.000 0.488
#> SRR1391376 1 0.0188 0.8064 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.4454 0.6163 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1395699 1 0.0188 0.8064 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.4843 0.6555 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1359469 1 0.4277 0.7604 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR658885 1 0.5000 -0.2292 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1414578 1 0.4605 0.7236 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR603620 3 0.7413 0.0530 0.000 0.352 0.472 0.176
#> SRR604677 1 0.4356 0.7529 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR603800 2 0.3873 0.6220 0.228 0.772 0.000 0.000
#> SRR602058 3 0.7877 -0.1869 0.000 0.308 0.388 0.304
#> SRR817488 2 0.0707 0.8735 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.4981 0.3437 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1434821 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 3 0.4961 0.2024 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR615129 2 0.7799 -0.1735 0.248 0.384 0.000 0.368
#> SRR607586 2 0.0336 0.8826 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0707 0.8737 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.4948 -0.0703 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR663038 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479155 1 0.4277 0.7620 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR662162 1 0.2921 0.8050 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1374567 1 0.0188 0.8084 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434048 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.4277 0.6387 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR2170135 1 0.2469 0.8087 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR615551 2 0.0592 0.8771 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370216 1 0.0469 0.8031 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR662954 4 0.4843 0.2220 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1375738 1 0.0336 0.8082 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356577 4 0.0000 0.5907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073119 1 0.4543 0.7358 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR663549 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0336 0.8845 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR600632 2 0.0707 0.8755 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR811866 4 0.4843 -0.2250 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1401101 2 0.2334 0.8053 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR1477797 4 0.7143 0.2617 0.000 0.136 0.380 0.484
#> SRR1402986 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.4331 0.7555 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1419869 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490700 4 0.4713 -0.0750 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR601723 4 0.5558 0.6564 0.080 0.208 0.000 0.712
#> SRR1384115 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476927 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1387769 1 0.0592 0.8071 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1322595 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370423 1 0.0804 0.8047 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1314976 4 0.0000 0.5907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319560 3 0.4214 0.5981 0.000 0.204 0.780 0.016
#> SRR1352683 4 0.2081 0.5868 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1473800 1 0.4522 0.7355 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1326384 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360807 4 0.2081 0.6361 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1332544 3 0.2973 0.7292 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR598695 1 0.3444 0.7967 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR807824 2 0.4679 0.4352 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR809296 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0469 0.8811 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1454415 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419131 4 0.3649 0.6703 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1404293 1 0.5000 0.4839 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1473340 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 4 0.4331 0.5000 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1321808 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.1557 0.8439 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1312558 2 0.4252 0.5863 0.252 0.744 0.000 0.004
#> SRR1417088 2 0.1940 0.8206 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1433027 2 0.0592 0.8783 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR662257 3 0.2081 0.7808 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR600417 4 0.4564 0.5951 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR812493 4 0.4981 0.0812 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR612743 1 0.4250 0.7552 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1361345 4 0.0592 0.5868 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR600584 2 0.3400 0.6747 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1310520 4 0.3975 0.6630 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1395595 3 0.5050 0.4402 0.408 0.004 0.588 0.000
#> SRR1334074 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654838 2 0.2530 0.7747 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1376694 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.7468 0.0593 0.228 0.504 0.000 0.268
#> SRR1366837 1 0.0921 0.8104 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1467479 2 0.0188 0.8851 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1459055 3 0.0921 0.8399 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1471050 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.4164 0.5723 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614359 1 0.0188 0.8090 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1071568 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.1389 0.8523 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1344400 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.3726 0.6440 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1098998 1 0.4103 0.7720 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1481279 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099286 4 0.7518 -0.1778 0.320 0.000 0.204 0.476
#> SRR2166570 1 0.3024 0.8058 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR601445 1 0.4746 0.6898 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1439719 2 0.0592 0.8800 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1377026 2 0.0707 0.8755 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1327386 1 0.4761 0.6855 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR654826 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.3444 0.6673 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1469345 1 0.1151 0.8110 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1421462 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0707 0.8108 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1447736 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.3356 0.6893 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.4624 0.7185 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1335670 1 0.4746 0.6915 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1400955 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1072150 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.3942 0.7796 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1364658 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.4454 0.7444 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1086728 3 0.4576 0.6552 0.232 0.020 0.748 0.000
#> SRR627464 4 0.7168 0.5351 0.208 0.236 0.000 0.556
#> SRR1409193 4 0.2530 0.5086 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR2168286 4 0.3942 0.6656 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR615539 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663623 1 0.0336 0.8051 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1471989 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.0336 0.8847 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1381934 1 0.4543 0.7341 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1471098 1 0.0336 0.8083 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1314749 1 0.2011 0.8111 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2166874 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821302 1 0.2345 0.8098 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1435066 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.6293 0.3703 0.096 0.628 0.000 0.276
#> SRR1419784 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357233 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441889 1 0.3024 0.8038 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1413940 3 0.1022 0.8372 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1324250 4 0.4977 0.3424 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1442862 3 0.4250 0.5568 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR662474 2 0.2589 0.7738 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1416226 1 0.0592 0.8085 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1417404 4 0.0000 0.5907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665466 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658849 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408136 1 0.4477 0.7428 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1489995 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1374092 1 0.4164 0.7704 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1488429 1 0.5155 -0.1380 0.528 0.004 0.468 0.000
#> SRR1087559 4 0.2053 0.5582 0.072 0.004 0.000 0.924
#> SRR817004 3 0.4697 0.4049 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1429660 3 0.1637 0.8130 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR604390 4 0.4661 0.5101 0.256 0.000 0.016 0.728
#> SRR614936 2 0.0707 0.8755 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1365938 4 0.5158 0.0795 0.004 0.472 0.000 0.524
#> SRR1437324 1 0.4406 0.7482 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR613414 4 0.7636 0.4482 0.000 0.284 0.248 0.468
#> SRR660414 1 0.2011 0.8112 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1452185 1 0.4382 0.7509 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1347020 1 0.0592 0.8100 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1398036 4 0.7373 0.5164 0.000 0.316 0.184 0.500
#> SRR1436674 1 0.4564 0.7295 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR603750 1 0.0188 0.8064 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR608630 4 0.3256 0.5492 0.068 0.004 0.044 0.884
#> SRR655625 4 0.4382 0.6263 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR599059 1 0.2081 0.7344 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR615189 4 0.4761 0.5361 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1466889 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.2760 0.6537 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1335422 1 0.4040 0.7756 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1356805 2 0.0469 0.8800 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1385300 3 0.5149 0.5484 0.336 0.016 0.648 0.000
#> SRR654814 1 0.4356 0.7527 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR658385 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820596 4 0.1557 0.5705 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1318118 4 0.7576 -0.0093 0.204 0.000 0.344 0.452
#> SRR1480766 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406539 1 0.4833 0.7758 0.740 0.000 0.032 0.228
#> SRR1341833 2 0.2345 0.7918 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1441826 4 0.4040 0.6589 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1448051 1 0.4522 0.7354 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1326752 1 0.0469 0.8032 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR665217 1 0.0188 0.8064 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0336 0.8826 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR661517 1 0.0188 0.8064 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.3975 0.6060 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR809065 2 0.4843 0.1316 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1415872 2 0.0817 0.8711 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381161 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442231 4 0.3975 0.5551 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1374696 4 0.3356 0.4072 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1451988 1 0.0707 0.7951 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR660555 1 0.3219 0.8009 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR657801 1 0.3688 0.7903 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR663344 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.1867 0.7473 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR656886 2 0.3975 0.6057 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1498337 3 0.2345 0.7804 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR613066 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.4222 0.7672 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR602492 4 0.4564 0.5951 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1447347 1 0.0188 0.8090 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475546 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR627459 4 0.5519 0.5221 0.264 0.052 0.000 0.684
#> SRR1434332 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070358 3 0.5039 0.2958 0.000 0.404 0.592 0.004
#> SRR1345936 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665658 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321351 2 0.1302 0.8547 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR657880 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR657396 3 0.3257 0.6896 0.000 0.152 0.844 0.004
#> SRR660981 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818499 1 0.3649 0.7919 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR819658 2 0.2831 0.7661 0.000 0.876 0.120 0.004
#> SRR1376316 1 0.4585 0.7259 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1323723 2 0.4008 0.6006 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.4877 0.6396 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1403478 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 1 0.0188 0.8064 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1352391 4 0.0779 0.5863 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1498813 4 0.4564 0.5941 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR627437 1 0.4522 0.3916 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2185097 1 0.3801 0.7875 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR817166 3 0.2530 0.7777 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.3444 0.7974 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1479640 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660152 1 0.0188 0.8070 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074769 2 0.0188 0.8851 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359609 3 0.2589 0.7643 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR601925 2 0.1302 0.8510 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608542 4 0.5993 0.5946 0.000 0.308 0.064 0.628
#> SRR655064 4 0.4134 0.6523 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1432430 1 0.0336 0.8039 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR808472 2 0.4994 -0.2114 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1414958 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.1867 0.8265 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR612755 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.4543 0.7337 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1391724 1 0.4989 0.2185 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1322373 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612887 2 0.4477 0.4133 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR809807 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663112 2 0.7852 -0.1500 0.360 0.372 0.000 0.268
#> SRR1346933 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.4585 0.7252 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR603092 4 0.4624 0.5795 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1417680 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1383785 1 0.3837 0.7882 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1070015 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466222 2 0.4643 0.4448 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1416119 1 0.4855 0.1113 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR819318 1 0.4040 0.7769 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR608288 2 0.4250 0.5542 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.4193 0.5655 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.8870 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810483 1 0.0188 0.8084 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR607839 1 0.4164 0.7686 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1337031 1 0.2973 0.8059 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR601311 4 0.4382 0.6270 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1406685 4 0.4746 0.5384 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1467500 4 0.4746 0.5384 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1308504 1 0.4193 0.7667 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1312865 1 0.5088 0.0168 0.572 0.004 0.424 0.000
#> SRR1312522 3 0.5163 0.2639 0.480 0.004 0.516 0.000
#> SRR1490486 2 0.1211 0.8555 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.0188 0.8064 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.4250 0.7626 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1098785 2 0.0592 0.8783 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1084766 4 0.3764 0.6716 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1102804 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336636 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347795 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.1474 0.8448 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1330989 2 0.4898 0.0226 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR658445 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368754 3 0.4790 0.4391 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1460001 2 0.0188 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414934 1 0.4643 0.7159 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1326249 1 0.0188 0.8064 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR614948 3 0.0000 0.8570 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 4 0.4643 -0.0553 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR627447 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612239 4 0.3280 0.6541 0.016 0.124 0.000 0.860
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603858 4 0.5575 0.5539 0.148 0.000 0.000 0.640 0.212
#> SRR817070 4 0.0404 0.8509 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1486995 3 0.0162 0.8479 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813043 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659037 5 0.2605 0.7641 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR662031 1 0.3913 0.6306 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.5440 0.5421 0.088 0.300 0.000 0.612 0.000
#> SRR1481036 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434009 5 0.1043 0.8471 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1376676 1 0.0703 0.8310 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.1043 0.8354 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR665429 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.0162 0.8516 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR600784 3 0.0162 0.8474 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR657611 1 0.4262 0.4243 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1333659 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.2966 0.7534 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1453971 3 0.3730 0.4457 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0880 0.8337 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.4182 0.2933 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1309468 3 0.4305 -0.2289 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1468637 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.0324 0.8477 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR607863 2 0.0162 0.9502 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475524 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405504 4 0.4101 0.3790 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR615695 1 0.1043 0.8342 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.0566 0.8500 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.0404 0.8177 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1431385 1 0.0963 0.8342 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.3266 0.6771 0.000 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1357210 1 0.4287 0.3736 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.1043 0.8384 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR663573 4 0.0162 0.8516 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR603188 2 0.1965 0.8608 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 3 0.0290 0.8464 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1367654 5 0.3636 0.6160 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1488410 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457750 1 0.2171 0.8066 0.912 0.064 0.024 0.000 0.000
#> SRR1099546 3 0.1341 0.8273 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612791 3 0.1270 0.8199 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1470580 3 0.5787 0.4596 0.000 0.152 0.608 0.240 0.000
#> SRR1444063 1 0.2561 0.7372 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0794 0.8325 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR599154 5 0.1915 0.8402 0.000 0.040 0.032 0.000 0.928
#> SRR814244 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404123 4 0.0703 0.8473 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR656934 3 0.1121 0.8317 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.0162 0.8516 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1443677 1 0.4294 0.3554 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.4227 0.2527 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1338124 4 0.4270 0.7231 0.204 0.000 0.048 0.748 0.000
#> SRR1391376 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395699 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0162 0.8223 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.2605 0.7989 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.3684 0.5550 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1414578 1 0.0162 0.8223 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR603620 2 0.4653 0.0353 0.012 0.516 0.000 0.000 0.472
#> SRR604677 1 0.2648 0.7999 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR603800 3 0.4302 0.1008 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR602058 5 0.4740 0.1277 0.000 0.016 0.000 0.468 0.516
#> SRR817488 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.0404 0.8514 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.4030 0.4224 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR615129 1 0.4403 0.4131 0.608 0.384 0.008 0.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.1725 0.9071 0.044 0.936 0.000 0.020 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.1341 0.8331 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR662162 3 0.3730 0.4462 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.1544 0.8204 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.3913 0.6359 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR2170135 3 0.3636 0.4979 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.0162 0.8479 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662954 5 0.3012 0.7723 0.124 0.000 0.000 0.024 0.852
#> SRR1375738 3 0.0880 0.8401 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1356577 4 0.4273 0.4169 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1073119 1 0.0510 0.8280 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR663549 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0290 0.9478 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811866 1 0.0162 0.8192 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1401101 2 0.2852 0.7641 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1477797 4 0.4610 0.1537 0.012 0.000 0.000 0.556 0.432
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.3424 0.7319 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1419869 3 0.0510 0.8439 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.3596 0.7527 0.776 0.000 0.212 0.012 0.000
#> SRR601723 4 0.0290 0.8511 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1384115 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.2648 0.7549 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1322595 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370423 3 0.2074 0.7969 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1314976 4 0.0290 0.8516 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1319560 5 0.2891 0.7264 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1352683 4 0.0162 0.8511 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1473800 1 0.0880 0.8334 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1326384 5 0.3246 0.7167 0.000 0.000 0.184 0.008 0.808
#> SRR1360807 4 0.3452 0.7244 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1332544 5 0.0963 0.8520 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR598695 3 0.4278 -0.1145 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0794 0.9309 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657927 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419131 4 0.0880 0.8479 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 4 0.0510 0.8486 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 4 0.1965 0.8288 0.000 0.052 0.024 0.924 0.000
#> SRR1312558 2 0.0794 0.9349 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662257 5 0.1043 0.8487 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR600417 4 0.0404 0.8513 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR812493 4 0.2377 0.7606 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR612743 3 0.1043 0.8342 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1361345 1 0.0404 0.8177 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR600584 4 0.0992 0.8470 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> SRR1310520 4 0.4025 0.6689 0.292 0.008 0.000 0.700 0.000
#> SRR1395595 3 0.3305 0.6494 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1334074 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433841 1 0.4219 0.3403 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.1851 0.8062 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 5 0.4305 0.0168 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 3 0.3940 0.6258 0.000 0.220 0.756 0.000 0.024
#> SRR814703 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614359 3 0.0162 0.8474 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.0162 0.8476 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0703 0.9377 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.2813 0.7706 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1098998 1 0.2852 0.7792 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.1043 0.8281 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1315103 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166570 3 0.5148 0.5944 0.120 0.000 0.688 0.192 0.000
#> SRR601445 1 0.0955 0.8320 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1439719 2 0.0510 0.9432 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327386 1 0.0771 0.8292 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.4219 0.4771 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1469345 3 0.5188 0.2621 0.344 0.000 0.600 0.000 0.056
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662966 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339175 3 0.3534 0.5668 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.2852 0.7644 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR660800 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0963 0.8337 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.1041 0.8330 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1400955 2 0.0609 0.9376 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.3424 0.7234 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.0404 0.8459 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1098074 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.1410 0.8323 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1086728 5 0.4126 0.3717 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR627464 4 0.3990 0.4945 0.000 0.004 0.308 0.688 0.000
#> SRR1409193 1 0.1195 0.8307 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR2168286 4 0.1965 0.8257 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471989 5 0.2280 0.7912 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1468828 2 0.0162 0.9506 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381934 1 0.3861 0.6005 0.712 0.000 0.284 0.004 0.000
#> SRR1471098 3 0.1478 0.8243 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1314749 3 0.0963 0.8363 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR2166874 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821302 3 0.0609 0.8422 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 4 0.3861 0.5356 0.000 0.004 0.284 0.712 0.000
#> SRR1419784 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357233 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441889 3 0.4210 0.0495 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.4256 0.1969 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1324250 4 0.0162 0.8513 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1442862 2 0.4291 0.0884 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR662474 2 0.3796 0.5243 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1416226 3 0.2813 0.7369 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1417404 4 0.3932 0.6216 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR665466 2 0.0162 0.9504 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR658849 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.2723 0.7792 0.000 0.124 0.012 0.864 0.000
#> SRR1408136 1 0.0404 0.8267 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.3720 0.6344 0.228 0.000 0.760 0.012 0.000
#> SRR1488429 3 0.3508 0.6078 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1087559 4 0.3430 0.6417 0.220 0.000 0.004 0.776 0.000
#> SRR817004 5 0.4836 0.3494 0.356 0.000 0.032 0.000 0.612
#> SRR1429660 5 0.4030 0.4611 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR604390 4 0.0404 0.8497 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR614936 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365938 1 0.3109 0.6725 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.2280 0.8126 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR613414 5 0.5211 0.3055 0.032 0.008 0.000 0.396 0.564
#> SRR660414 3 0.0703 0.8403 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1452185 1 0.2424 0.8075 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.0794 0.8429 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1398036 4 0.1478 0.8212 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1436674 1 0.2377 0.8095 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608630 1 0.3011 0.6762 0.844 0.000 0.000 0.140 0.016
#> SRR655625 4 0.1410 0.8390 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR599059 3 0.0290 0.8459 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR615189 2 0.6399 0.1820 0.196 0.496 0.000 0.308 0.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.2605 0.7990 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1335422 1 0.3274 0.7383 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0162 0.9501 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1385300 3 0.4219 0.2451 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR654814 1 0.4294 0.3565 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820596 4 0.0290 0.8522 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1318118 1 0.0963 0.8130 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.2359 0.8110 0.904 0.000 0.036 0.000 0.060
#> SRR1341833 2 0.2377 0.8236 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1441826 4 0.0162 0.8516 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1448051 1 0.3074 0.7683 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0162 0.8479 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR665217 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.2179 0.8570 0.000 0.896 0.100 0.004 0.000
#> SRR809065 4 0.1341 0.8335 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1415872 2 0.2648 0.7930 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1415463 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381161 5 0.0290 0.8658 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1442231 1 0.1768 0.7871 0.924 0.072 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374696 1 0.1836 0.8291 0.932 0.000 0.036 0.032 0.000
#> SRR1451988 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660555 1 0.4306 0.2864 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.4278 0.3964 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.2732 0.7207 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR656886 3 0.2962 0.7685 0.000 0.084 0.868 0.048 0.000
#> SRR1498337 5 0.3305 0.6716 0.000 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR613066 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309490 1 0.1197 0.8338 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0290 0.8516 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1447347 3 0.0162 0.8474 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.0609 0.8474 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1434332 2 0.0162 0.9507 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070358 5 0.1965 0.8036 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1345936 5 0.2891 0.7334 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR665658 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321351 4 0.2813 0.7383 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657396 5 0.2891 0.7262 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR660981 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.4030 0.5709 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.2813 0.7702 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1376316 1 0.1121 0.8345 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0162 0.9506 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0955 0.8322 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 4 0.0000 0.8511 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498813 4 0.0290 0.8516 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR627437 3 0.4300 0.0698 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR2185097 1 0.2020 0.8200 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR817166 5 0.5568 0.2299 0.000 0.000 0.072 0.412 0.516
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 3 0.0324 0.8477 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660152 3 0.3471 0.7693 0.072 0.000 0.836 0.000 0.092
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359609 1 0.4235 0.2420 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR601925 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608542 4 0.0404 0.8493 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR655064 4 0.3143 0.7599 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1432430 3 0.3480 0.6499 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR808472 4 0.4560 0.1346 0.008 0.484 0.000 0.508 0.000
#> SRR1414958 5 0.0880 0.8545 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR598484 4 0.3051 0.7633 0.000 0.028 0.120 0.852 0.000
#> SRR612755 3 0.0162 0.8478 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0794 0.8325 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.3305 0.6891 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR1322373 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.4138 0.3729 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 3 0.0162 0.8474 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR612887 4 0.0963 0.8419 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR809807 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663112 3 0.3612 0.5952 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1346933 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487910 1 0.1270 0.8338 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.3106 0.7593 0.020 0.140 0.000 0.840 0.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.1732 0.8244 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1070015 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466222 3 0.2930 0.7115 0.000 0.164 0.832 0.004 0.000
#> SRR1416119 3 0.3508 0.6074 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR819318 1 0.4497 0.3951 0.568 0.000 0.424 0.000 0.008
#> SRR608288 2 0.1478 0.8950 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.1410 0.8979 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.2127 0.7932 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.2648 0.7978 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.3796 0.6239 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0162 0.8516 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1406685 4 0.0324 0.8519 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1467500 4 0.3690 0.6688 0.012 0.224 0.000 0.764 0.000
#> SRR1308504 1 0.4150 0.5129 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.3274 0.6528 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1312522 3 0.4304 0.0302 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.3707 0.6742 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084766 4 0.3039 0.7726 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1102804 2 0.1478 0.9015 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1336636 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347795 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 2 0.6069 -0.1556 0.120 0.448 0.000 0.432 0.000
#> SRR658445 5 0.0000 0.8692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368754 5 0.4242 0.2498 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0162 0.8223 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0000 0.8482 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614948 5 0.3210 0.6676 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1472952 3 0.0290 0.8471 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0451 0.8208 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR627447 3 0.0162 0.8474 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR612239 4 0.0162 0.8514 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.3861 0.28387 0.008 0.000 0.640 0.000 0.000 0.352
#> SRR603858 4 0.6141 0.41743 0.144 0.000 0.000 0.584 0.204 0.068
#> SRR817070 4 0.3843 0.32949 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1486995 3 0.0748 0.74850 0.016 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004
#> SRR813043 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659037 5 0.1391 0.83038 0.000 0.000 0.000 0.040 0.944 0.016
#> SRR662031 1 0.4569 0.44128 0.564 0.000 0.396 0.000 0.000 0.040
#> SRR1081283 4 0.5195 0.49948 0.092 0.176 0.000 0.684 0.000 0.048
#> SRR1481036 3 0.0520 0.74562 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1434009 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0260 0.77570 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.3445 0.57134 0.000 0.000 0.000 0.732 0.008 0.260
#> SRR665429 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.1327 0.64365 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR600784 6 0.3852 0.39608 0.000 0.000 0.384 0.004 0.000 0.612
#> SRR657611 6 0.5440 0.34745 0.296 0.000 0.152 0.000 0.000 0.552
#> SRR1333659 5 0.0146 0.85780 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1323896 2 0.5798 0.06942 0.000 0.500 0.000 0.264 0.000 0.236
#> SRR1453971 1 0.5176 0.37372 0.508 0.000 0.412 0.000 0.004 0.076
#> SRR1421010 1 0.0937 0.78022 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.2996 0.57763 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1309468 1 0.4159 0.48402 0.588 0.000 0.396 0.000 0.000 0.016
#> SRR1468637 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 6 0.4076 0.34109 0.012 0.000 0.396 0.000 0.000 0.592
#> SRR607863 2 0.1010 0.91415 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR1475524 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405504 4 0.5946 0.24698 0.000 0.256 0.000 0.456 0.000 0.288
#> SRR615695 1 0.0291 0.77389 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.3555 0.55215 0.000 0.000 0.008 0.712 0.000 0.280
#> SRR601477 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.0993 0.75885 0.964 0.000 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR1431385 1 0.1204 0.77951 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 6 0.5622 0.40539 0.008 0.000 0.128 0.020 0.220 0.624
#> SRR1357210 1 0.5079 0.57109 0.628 0.000 0.224 0.000 0.000 0.148
#> SRR657659 4 0.5029 0.48166 0.000 0.120 0.000 0.620 0.000 0.260
#> SRR663573 4 0.1141 0.64361 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR603188 2 0.1141 0.89927 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 3 0.5148 0.18391 0.032 0.036 0.560 0.000 0.000 0.372
#> SRR1367654 5 0.2340 0.72423 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1488410 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.2215 0.75737 0.900 0.012 0.012 0.000 0.000 0.076
#> SRR1099546 3 0.2191 0.69484 0.120 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004
#> SRR604480 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612791 3 0.4494 0.04977 0.032 0.000 0.544 0.000 0.000 0.424
#> SRR1470580 6 0.4030 0.42588 0.004 0.028 0.036 0.152 0.000 0.780
#> SRR1444063 1 0.2092 0.69870 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.1418 0.74895 0.944 0.000 0.000 0.032 0.000 0.024
#> SRR1429203 1 0.0865 0.77994 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 5 0.3333 0.71425 0.000 0.012 0.136 0.000 0.820 0.032
#> SRR814244 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404123 4 0.4203 0.56543 0.000 0.124 0.000 0.740 0.000 0.136
#> SRR656934 6 0.4534 0.36687 0.000 0.000 0.380 0.040 0.000 0.580
#> SRR1339029 2 0.0260 0.93434 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR821525 4 0.1957 0.63797 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1443677 1 0.3774 0.61193 0.664 0.000 0.328 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406330 1 0.3607 0.42200 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1338124 3 0.5241 0.54680 0.112 0.000 0.688 0.148 0.000 0.052
#> SRR1391376 6 0.4097 0.20184 0.008 0.000 0.488 0.000 0.000 0.504
#> SRR661842 4 0.1663 0.64221 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1395699 3 0.0146 0.74690 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0508 0.77677 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1359469 1 0.3023 0.70577 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.4535 0.04745 0.000 0.000 0.488 0.000 0.480 0.032
#> SRR1414578 1 0.0436 0.77401 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR603620 6 0.7908 0.07354 0.032 0.216 0.004 0.096 0.300 0.352
#> SRR604677 1 0.6299 0.31565 0.520 0.000 0.280 0.048 0.000 0.152
#> SRR603800 2 0.4552 0.56213 0.000 0.700 0.172 0.000 0.000 0.128
#> SRR602058 4 0.4459 -0.02801 0.000 0.004 0.000 0.516 0.460 0.020
#> SRR817488 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.3213 0.63060 0.000 0.032 0.000 0.808 0.000 0.160
#> SRR1434821 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.3515 0.49537 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR615129 1 0.5711 0.19425 0.492 0.180 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR607586 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.4399 0.39951 0.004 0.616 0.000 0.352 0.000 0.028
#> SRR663038 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.2664 0.73113 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 3 0.4091 -0.20148 0.472 0.000 0.520 0.000 0.000 0.008
#> SRR1374567 3 0.2058 0.73579 0.056 0.000 0.908 0.000 0.000 0.036
#> SRR1434048 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.4253 0.50347 0.284 0.000 0.000 0.672 0.000 0.044
#> SRR2170135 3 0.3923 0.06405 0.416 0.000 0.580 0.000 0.000 0.004
#> SRR615551 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.3769 0.41873 0.000 0.640 0.004 0.000 0.000 0.356
#> SRR1370216 3 0.0935 0.74568 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000
#> SRR662954 5 0.6248 0.24264 0.228 0.000 0.000 0.268 0.484 0.020
#> SRR1375738 3 0.3125 0.69696 0.084 0.000 0.836 0.000 0.000 0.080
#> SRR1356577 4 0.4593 0.38545 0.380 0.000 0.000 0.576 0.000 0.044
#> SRR1073119 1 0.1542 0.77159 0.936 0.000 0.008 0.004 0.000 0.052
#> SRR663549 3 0.2871 0.60554 0.004 0.000 0.804 0.000 0.000 0.192
#> SRR1478015 2 0.2883 0.70490 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.1049 0.91448 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR811866 1 0.4586 0.43759 0.676 0.000 0.012 0.260 0.000 0.052
#> SRR1401101 2 0.2300 0.80163 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1477797 4 0.4602 0.33203 0.012 0.000 0.000 0.636 0.316 0.036
#> SRR1402986 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.4466 0.62288 0.708 0.000 0.116 0.000 0.000 0.176
#> SRR1419869 3 0.1471 0.73269 0.064 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004
#> SRR1490700 1 0.3441 0.72437 0.812 0.000 0.136 0.008 0.000 0.044
#> SRR601723 6 0.3190 0.35869 0.000 0.000 0.008 0.220 0.000 0.772
#> SRR1384115 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.3626 0.65301 0.144 0.000 0.788 0.000 0.000 0.068
#> SRR1322595 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370423 3 0.0777 0.75093 0.024 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004
#> SRR1314976 4 0.3071 0.62108 0.016 0.000 0.000 0.804 0.000 0.180
#> SRR1319560 5 0.2491 0.70345 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1352683 4 0.3915 0.39038 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR1473800 1 0.0790 0.77952 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 5 0.3200 0.68757 0.000 0.000 0.016 0.000 0.788 0.196
#> SRR1360807 4 0.3933 0.53487 0.248 0.000 0.000 0.716 0.000 0.036
#> SRR1332544 5 0.0146 0.85784 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR598695 1 0.5939 -0.03245 0.412 0.000 0.216 0.000 0.000 0.372
#> SRR807824 2 0.1765 0.88202 0.000 0.924 0.024 0.000 0.000 0.052
#> SRR809296 3 0.0508 0.74756 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR657927 3 0.3215 0.54604 0.004 0.000 0.756 0.000 0.000 0.240
#> SRR1440682 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419131 4 0.2066 0.62432 0.072 0.000 0.000 0.904 0.000 0.024
#> SRR1404293 1 0.0717 0.76410 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1473340 3 0.1010 0.74671 0.036 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345563 5 0.0146 0.85784 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 4 0.4705 0.49881 0.000 0.000 0.088 0.652 0.000 0.260
#> SRR1321808 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 4 0.4008 0.52419 0.000 0.004 0.016 0.672 0.000 0.308
#> SRR1312558 2 0.1957 0.86080 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1417088 2 0.2300 0.80873 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0937 0.91232 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR662257 5 0.1007 0.83703 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR600417 4 0.2819 0.62056 0.060 0.032 0.000 0.876 0.000 0.032
#> SRR812493 4 0.4982 0.53690 0.000 0.000 0.000 0.648 0.180 0.172
#> SRR612743 6 0.3955 0.43199 0.008 0.000 0.340 0.004 0.000 0.648
#> SRR1361345 1 0.2462 0.69636 0.876 0.000 0.000 0.096 0.000 0.028
#> SRR600584 6 0.3133 0.36679 0.000 0.000 0.008 0.212 0.000 0.780
#> SRR1310520 4 0.4434 0.50322 0.284 0.008 0.000 0.668 0.000 0.040
#> SRR1395595 3 0.2883 0.59310 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1334074 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.3659 0.36989 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.1333 0.74875 0.048 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008
#> SRR1467479 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 5 0.3864 0.05634 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 3 0.4793 0.27600 0.000 0.304 0.632 0.000 0.052 0.012
#> SRR814703 2 0.1267 0.89075 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR661937 2 0.0767 0.92604 0.000 0.976 0.012 0.008 0.000 0.004
#> SRR614359 3 0.3879 0.39457 0.020 0.000 0.688 0.000 0.000 0.292
#> SRR1071568 2 0.0260 0.93353 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.0632 0.74819 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.3384 0.68245 0.004 0.760 0.000 0.228 0.000 0.008
#> SRR1344400 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.2597 0.75903 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1098998 1 0.3309 0.66577 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.1753 0.72030 0.084 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315103 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.2037 0.75826 0.924 0.000 0.012 0.036 0.012 0.016
#> SRR2166570 3 0.3729 0.62024 0.044 0.000 0.788 0.156 0.000 0.012
#> SRR601445 1 0.2649 0.70971 0.876 0.000 0.004 0.068 0.000 0.052
#> SRR1439719 2 0.3558 0.64002 0.000 0.736 0.000 0.248 0.000 0.016
#> SRR1377026 2 0.2416 0.79542 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1327386 1 0.0520 0.76818 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR654826 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.4332 0.47540 0.316 0.000 0.000 0.644 0.000 0.040
#> SRR1469345 3 0.3608 0.52815 0.248 0.000 0.736 0.000 0.012 0.004
#> SRR1421462 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662966 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339175 3 0.1802 0.73963 0.072 0.000 0.916 0.000 0.000 0.012
#> SRR1447736 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.2527 0.76998 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0508 0.77641 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0146 0.77172 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400955 2 0.2053 0.83757 0.000 0.888 0.000 0.000 0.108 0.004
#> SRR1072150 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.3198 0.68501 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.1152 0.74624 0.044 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098074 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.1267 0.77875 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.3765 0.30951 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR627464 6 0.4047 0.25289 0.000 0.000 0.028 0.296 0.000 0.676
#> SRR1409193 1 0.0748 0.76926 0.976 0.000 0.004 0.016 0.000 0.004
#> SRR2168286 4 0.3010 0.60437 0.148 0.020 0.000 0.828 0.000 0.004
#> SRR615539 2 0.0858 0.92051 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR663623 3 0.3043 0.60835 0.004 0.000 0.796 0.000 0.004 0.196
#> SRR1471989 5 0.2219 0.74574 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1468828 2 0.0632 0.92359 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1381934 3 0.3996 0.39496 0.352 0.000 0.636 0.004 0.000 0.008
#> SRR1471098 3 0.3520 0.67329 0.096 0.000 0.804 0.000 0.000 0.100
#> SRR1314749 3 0.0790 0.74856 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166874 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821302 3 0.3748 0.41366 0.300 0.000 0.688 0.000 0.000 0.012
#> SRR1435066 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 4 0.5926 0.18846 0.000 0.000 0.276 0.464 0.000 0.260
#> SRR1419784 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357233 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441889 6 0.5771 0.09173 0.380 0.000 0.176 0.000 0.000 0.444
#> SRR1413940 5 0.3868 0.02521 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR1324250 4 0.3198 0.57146 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1442862 5 0.3337 0.56503 0.000 0.260 0.004 0.000 0.736 0.000
#> SRR662474 4 0.4263 0.04854 0.000 0.480 0.000 0.504 0.000 0.016
#> SRR1416226 3 0.1643 0.74181 0.068 0.000 0.924 0.000 0.000 0.008
#> SRR1417404 4 0.4316 0.48279 0.312 0.000 0.000 0.648 0.000 0.040
#> SRR665466 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658849 3 0.0260 0.74781 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.4098 0.60202 0.000 0.104 0.028 0.784 0.000 0.084
#> SRR1408136 1 0.0603 0.77772 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489995 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.2432 0.73360 0.072 0.000 0.892 0.020 0.000 0.016
#> SRR1488429 3 0.3314 0.54935 0.000 0.000 0.740 0.000 0.256 0.004
#> SRR1087559 6 0.5138 0.14204 0.056 0.000 0.020 0.340 0.000 0.584
#> SRR817004 5 0.3911 0.36690 0.368 0.000 0.000 0.000 0.624 0.008
#> SRR1429660 5 0.3695 0.40015 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR604390 4 0.3541 0.56565 0.000 0.000 0.012 0.728 0.000 0.260
#> SRR614936 2 0.1007 0.90975 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1365938 1 0.2794 0.66240 0.840 0.144 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1437324 1 0.2048 0.76304 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 5 0.6092 0.14419 0.024 0.016 0.000 0.408 0.464 0.088
#> SRR660414 3 0.2377 0.70980 0.024 0.000 0.892 0.076 0.000 0.008
#> SRR1452185 1 0.2730 0.73084 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 6 0.4526 0.51570 0.184 0.000 0.116 0.000 0.000 0.700
#> SRR1398036 4 0.3351 0.58868 0.000 0.004 0.000 0.808 0.152 0.036
#> SRR1436674 1 0.2805 0.73257 0.812 0.000 0.184 0.000 0.000 0.004
#> SRR603750 3 0.4080 -0.00762 0.008 0.000 0.536 0.000 0.000 0.456
#> SRR608630 1 0.4325 0.37077 0.660 0.000 0.000 0.304 0.008 0.028
#> SRR655625 4 0.3408 0.58739 0.152 0.000 0.000 0.800 0.000 0.048
#> SRR599059 6 0.5197 0.35182 0.008 0.072 0.388 0.000 0.000 0.532
#> SRR615189 6 0.6661 0.35108 0.144 0.232 0.000 0.104 0.000 0.520
#> SRR1466889 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.3388 0.58318 0.172 0.000 0.000 0.792 0.000 0.036
#> SRR1335422 1 0.3309 0.66726 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0547 0.92502 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1385300 3 0.3992 0.38752 0.000 0.000 0.624 0.000 0.364 0.012
#> SRR654814 6 0.5573 0.31201 0.312 0.000 0.164 0.000 0.000 0.524
#> SRR658385 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820596 4 0.3489 0.55196 0.004 0.000 0.000 0.708 0.000 0.288
#> SRR1318118 1 0.5100 0.46044 0.676 0.000 0.008 0.228 0.036 0.052
#> SRR1480766 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.1010 0.76711 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR1341833 2 0.2442 0.79747 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144 0.000
#> SRR1441826 4 0.1765 0.64137 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1448051 1 0.3076 0.70106 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0692 0.74805 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000
#> SRR665217 3 0.0713 0.73920 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR819186 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0146 0.74690 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR607166 6 0.4318 0.14598 0.000 0.448 0.020 0.000 0.000 0.532
#> SRR809065 6 0.4260 0.26684 0.000 0.048 0.004 0.248 0.000 0.700
#> SRR1415872 2 0.2632 0.77213 0.000 0.832 0.000 0.004 0.164 0.000
#> SRR1415463 3 0.0909 0.74779 0.020 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012
#> SRR1381161 5 0.0146 0.85804 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1442231 1 0.1900 0.73408 0.916 0.068 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1374696 1 0.2065 0.77458 0.912 0.000 0.052 0.032 0.000 0.004
#> SRR1451988 3 0.0937 0.73748 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR660555 1 0.3991 0.32763 0.524 0.000 0.472 0.000 0.000 0.004
#> SRR657801 6 0.5649 0.42087 0.236 0.000 0.228 0.000 0.000 0.536
#> SRR663344 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.1297 0.73510 0.012 0.040 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR656886 3 0.3056 0.63378 0.000 0.012 0.832 0.140 0.000 0.016
#> SRR1498337 5 0.1387 0.82118 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR613066 5 0.0603 0.85003 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1309490 1 0.2563 0.77083 0.876 0.000 0.072 0.000 0.000 0.052
#> SRR602492 4 0.0436 0.64073 0.004 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004
#> SRR1447347 6 0.5682 0.41485 0.248 0.000 0.224 0.000 0.000 0.528
#> SRR1475546 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 6 0.3992 0.09484 0.000 0.000 0.012 0.364 0.000 0.624
#> SRR1434332 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070358 5 0.1387 0.80776 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1345936 5 0.2883 0.65561 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR665658 2 0.4290 0.36799 0.000 0.612 0.020 0.004 0.000 0.364
#> SRR1321351 4 0.4933 0.39889 0.000 0.068 0.000 0.536 0.000 0.396
#> SRR657880 2 0.0790 0.91889 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1373903 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657396 5 0.2527 0.69859 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.3565 0.63646 0.692 0.000 0.304 0.000 0.000 0.004
#> SRR819658 2 0.3088 0.74621 0.000 0.808 0.000 0.020 0.172 0.000
#> SRR1376316 1 0.0547 0.77792 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0717 0.92655 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR1476719 1 0.0692 0.77874 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403478 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0291 0.74704 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352391 4 0.4088 0.34976 0.004 0.000 0.000 0.556 0.004 0.436
#> SRR1498813 4 0.0458 0.64209 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR627437 6 0.3493 0.51518 0.004 0.000 0.112 0.072 0.000 0.812
#> SRR2185097 1 0.3747 0.46642 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000
#> SRR817166 5 0.6250 0.05165 0.000 0.000 0.396 0.120 0.440 0.044
#> SRR1091670 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 6 0.4884 0.53302 0.116 0.000 0.200 0.000 0.008 0.676
#> SRR1479640 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660152 3 0.2002 0.73537 0.020 0.000 0.916 0.000 0.056 0.008
#> SRR1074769 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 5 0.0260 0.85614 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1359609 1 0.3634 0.40170 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR601925 2 0.1003 0.91659 0.000 0.964 0.016 0.000 0.000 0.020
#> SRR2165182 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608542 4 0.3261 0.61950 0.000 0.000 0.000 0.824 0.104 0.072
#> SRR655064 4 0.4227 0.51920 0.256 0.000 0.000 0.692 0.000 0.052
#> SRR1432430 3 0.2511 0.72739 0.056 0.000 0.880 0.000 0.000 0.064
#> SRR808472 4 0.4060 0.37951 0.008 0.340 0.000 0.644 0.000 0.008
#> SRR1414958 5 0.0790 0.84111 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR598484 4 0.4754 0.53874 0.000 0.044 0.024 0.664 0.000 0.268
#> SRR612755 6 0.4224 0.26670 0.016 0.000 0.432 0.000 0.000 0.552
#> SRR1365808 1 0.1285 0.78025 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000 0.000
#> SRR1391724 6 0.5285 0.03489 0.000 0.000 0.112 0.352 0.000 0.536
#> SRR1322373 3 0.0547 0.74853 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607279 6 0.6112 -0.08569 0.000 0.320 0.000 0.308 0.000 0.372
#> SRR810461 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 3 0.3769 0.28914 0.000 0.000 0.640 0.004 0.000 0.356
#> SRR612887 4 0.4253 0.52599 0.000 0.196 0.000 0.728 0.004 0.072
#> SRR809807 5 0.0458 0.85301 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR663112 3 0.4964 0.35736 0.000 0.000 0.648 0.200 0.000 0.152
#> SRR1346933 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.0260 0.77548 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.5100 0.52367 0.080 0.136 0.000 0.708 0.000 0.076
#> SRR1417680 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.2433 0.77315 0.884 0.000 0.072 0.000 0.000 0.044
#> SRR1070015 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466222 6 0.5305 0.25928 0.000 0.104 0.404 0.000 0.000 0.492
#> SRR1416119 3 0.3766 0.47714 0.000 0.000 0.684 0.000 0.304 0.012
#> SRR819318 3 0.5836 0.26065 0.356 0.000 0.504 0.020 0.000 0.120
#> SRR608288 2 0.2309 0.84702 0.000 0.888 0.028 0.000 0.000 0.084
#> SRR811121 2 0.3428 0.52210 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.2258 0.72890 0.044 0.000 0.896 0.000 0.000 0.060
#> SRR607839 1 0.3247 0.73464 0.808 0.000 0.156 0.000 0.000 0.036
#> SRR1337031 1 0.3961 0.36476 0.556 0.000 0.440 0.000 0.000 0.004
#> SRR601311 4 0.2883 0.60022 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1406685 4 0.1908 0.64167 0.000 0.004 0.000 0.900 0.000 0.096
#> SRR1467500 4 0.3934 0.48325 0.020 0.240 0.000 0.728 0.000 0.012
#> SRR1308504 1 0.5265 0.53132 0.592 0.000 0.260 0.000 0.000 0.148
#> SRR1312865 6 0.4796 0.40409 0.004 0.000 0.076 0.004 0.252 0.664
#> SRR1312522 3 0.3852 0.34918 0.000 0.000 0.612 0.000 0.384 0.004
#> SRR1490486 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0146 0.74482 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472885 1 0.3528 0.64804 0.700 0.000 0.296 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098785 2 0.0260 0.93355 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1084766 4 0.3221 0.58351 0.188 0.000 0.000 0.792 0.000 0.020
#> SRR1102804 2 0.2416 0.79502 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1336636 6 0.4524 0.39263 0.040 0.000 0.376 0.000 0.000 0.584
#> SRR1347795 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0622 0.92675 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1330989 4 0.5107 0.36934 0.028 0.320 0.000 0.604 0.000 0.048
#> SRR658445 5 0.0000 0.85947 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368754 5 0.4924 0.37235 0.008 0.000 0.060 0.000 0.596 0.336
#> SRR1460001 2 0.0000 0.93775 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0291 0.77357 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0291 0.74704 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR614948 5 0.1663 0.79169 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1472952 3 0.1320 0.74082 0.016 0.000 0.948 0.000 0.000 0.036
#> SRR1321528 1 0.1918 0.74113 0.904 0.000 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR627447 6 0.3807 0.41713 0.004 0.000 0.368 0.000 0.000 0.628
#> SRR612239 4 0.3684 0.50084 0.000 0.000 0.004 0.664 0.000 0.332
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.285 0.760 0.836 0.4491 0.508 0.508
#> 3 3 0.327 0.539 0.735 0.3297 0.861 0.738
#> 4 4 0.360 0.468 0.704 0.1064 0.910 0.792
#> 5 5 0.416 0.462 0.685 0.0598 0.904 0.747
#> 6 6 0.490 0.492 0.689 0.0554 0.896 0.681
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.1633 0.8946 0.976 0.024
#> SRR603858 1 0.7745 0.6570 0.772 0.228
#> SRR817070 2 0.6148 0.7938 0.152 0.848
#> SRR1486995 1 0.3584 0.8856 0.932 0.068
#> SRR813043 2 0.8861 0.7710 0.304 0.696
#> SRR656874 2 0.8327 0.7885 0.264 0.736
#> SRR659037 2 0.5059 0.7431 0.112 0.888
#> SRR662031 1 0.0672 0.8925 0.992 0.008
#> SRR1081283 2 0.2423 0.7556 0.040 0.960
#> SRR1481036 1 0.5294 0.8615 0.880 0.120
#> SRR1434009 2 0.9358 0.7207 0.352 0.648
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.7745 0.7901 0.228 0.772
#> SRR665429 2 0.8327 0.7885 0.264 0.736
#> SRR1388025 2 0.0000 0.7308 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.3584 0.8872 0.932 0.068
#> SRR657611 1 0.2778 0.8864 0.952 0.048
#> SRR1333659 2 0.9833 0.6225 0.424 0.576
#> SRR1323896 2 0.6973 0.7975 0.188 0.812
#> SRR1453971 2 0.9993 0.4827 0.484 0.516
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0672 0.8930 0.992 0.008
#> SRR1309468 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1468637 2 0.7950 0.7064 0.240 0.760
#> SRR1365489 2 0.8955 0.7647 0.312 0.688
#> SRR627445 1 0.5946 0.8248 0.856 0.144
#> SRR607863 2 0.3733 0.7715 0.072 0.928
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.6973 0.7975 0.188 0.812
#> SRR615695 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.7056 0.7966 0.192 0.808
#> SRR601477 2 0.8861 0.7711 0.304 0.696
#> SRR1487215 2 0.8861 0.7711 0.304 0.696
#> SRR1310797 2 0.8327 0.7901 0.264 0.736
#> SRR1362713 1 0.9129 0.5184 0.672 0.328
#> SRR1431385 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.8861 0.7710 0.304 0.696
#> SRR1102079 1 0.6531 0.8012 0.832 0.168
#> SRR1357210 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.2948 0.7633 0.052 0.948
#> SRR663573 2 0.5408 0.7833 0.124 0.876
#> SRR603188 2 0.6801 0.7976 0.180 0.820
#> SRR1471200 2 0.8763 0.7763 0.296 0.704
#> SRR1310975 2 0.8861 0.7713 0.304 0.696
#> SRR627457 1 0.3584 0.8733 0.932 0.068
#> SRR1367654 2 0.9286 0.7304 0.344 0.656
#> SRR1488410 1 0.4939 0.8513 0.892 0.108
#> SRR1457750 2 0.9896 0.3755 0.440 0.560
#> SRR1099546 1 0.0376 0.8917 0.996 0.004
#> SRR604480 2 0.8813 0.7735 0.300 0.700
#> SRR1390477 2 0.8861 0.7710 0.304 0.696
#> SRR1458447 2 0.8813 0.7735 0.300 0.700
#> SRR1473161 2 0.7602 0.7968 0.220 0.780
#> SRR1409813 2 0.9358 0.7207 0.352 0.648
#> SRR612791 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1470580 1 0.9896 -0.1676 0.560 0.440
#> SRR1444063 2 0.9909 0.5435 0.444 0.556
#> SRR1355578 1 0.8443 0.6385 0.728 0.272
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.9661 0.6646 0.392 0.608
#> SRR814244 1 0.8144 0.6093 0.748 0.252
#> SRR1404123 2 0.2603 0.7584 0.044 0.956
#> SRR656934 1 0.7139 0.7832 0.804 0.196
#> SRR1339029 2 0.8813 0.7735 0.300 0.700
#> SRR821525 2 0.0376 0.7314 0.004 0.996
#> SRR1443677 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.9248 0.6562 0.340 0.660
#> SRR1391376 1 0.3431 0.8876 0.936 0.064
#> SRR661842 2 0.0672 0.7321 0.008 0.992
#> SRR1395699 1 0.3431 0.8875 0.936 0.064
#> SRR1312209 1 0.4022 0.8731 0.920 0.080
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.4690 0.8602 0.900 0.100
#> SRR1414578 1 0.0938 0.8930 0.988 0.012
#> SRR603620 2 0.8267 0.7152 0.260 0.740
#> SRR604677 1 0.3431 0.8908 0.936 0.064
#> SRR603800 2 0.8763 0.7771 0.296 0.704
#> SRR602058 2 0.0672 0.7368 0.008 0.992
#> SRR817488 2 0.8813 0.7735 0.300 0.700
#> SRR655601 2 0.2603 0.7587 0.044 0.956
#> SRR1434821 2 0.8608 0.7824 0.284 0.716
#> SRR1349166 2 0.9286 0.7304 0.344 0.656
#> SRR615129 2 0.9850 0.4138 0.428 0.572
#> SRR607586 2 0.8813 0.7735 0.300 0.700
#> SRR602680 2 0.9129 0.7487 0.328 0.672
#> SRR1411070 2 0.2423 0.7556 0.040 0.960
#> SRR663038 2 0.8327 0.7885 0.264 0.736
#> SRR1489416 2 0.6887 0.7978 0.184 0.816
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.3431 0.8879 0.936 0.064
#> SRR1434048 2 0.8861 0.7713 0.304 0.696
#> SRR2184865 2 0.1414 0.7320 0.020 0.980
#> SRR2170135 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.9000 0.7605 0.316 0.684
#> SRR1335513 2 0.6148 0.7938 0.152 0.848
#> SRR1370216 1 0.0672 0.8930 0.992 0.008
#> SRR662954 2 0.8267 0.5517 0.260 0.740
#> SRR1375738 1 0.3431 0.8884 0.936 0.064
#> SRR1356577 2 0.9909 0.0195 0.444 0.556
#> SRR1073119 1 0.2043 0.8957 0.968 0.032
#> SRR663549 1 0.3431 0.8884 0.936 0.064
#> SRR1478015 2 0.7745 0.7957 0.228 0.772
#> SRR600632 2 0.3584 0.7706 0.068 0.932
#> SRR811866 1 0.9795 0.3617 0.584 0.416
#> SRR1401101 2 0.7950 0.7947 0.240 0.760
#> SRR1477797 2 0.0376 0.7339 0.004 0.996
#> SRR1402986 2 0.8861 0.7711 0.304 0.696
#> SRR658897 2 0.9850 0.4138 0.428 0.572
#> SRR1419869 1 0.3431 0.8877 0.936 0.064
#> SRR1490700 2 0.9881 0.4315 0.436 0.564
#> SRR601723 2 0.9323 0.4814 0.348 0.652
#> SRR1384115 2 0.9775 0.6256 0.412 0.588
#> SRR1476927 2 0.6887 0.7978 0.184 0.816
#> SRR1387769 1 0.3431 0.8884 0.936 0.064
#> SRR1322595 2 0.9983 0.5043 0.476 0.524
#> SRR1370423 1 0.8955 0.4435 0.688 0.312
#> SRR1314976 1 0.9881 0.3236 0.564 0.436
#> SRR1319560 2 0.8267 0.7152 0.260 0.740
#> SRR1352683 2 0.9866 0.2873 0.432 0.568
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.6531 0.8012 0.832 0.168
#> SRR1360807 2 0.2778 0.7245 0.048 0.952
#> SRR1332544 1 0.0938 0.8936 0.988 0.012
#> SRR598695 1 0.3274 0.8750 0.940 0.060
#> SRR807824 2 0.9000 0.7605 0.316 0.684
#> SRR809296 1 0.3274 0.8888 0.940 0.060
#> SRR657927 1 0.1633 0.8946 0.976 0.024
#> SRR1440682 2 0.3584 0.7705 0.068 0.932
#> SRR1454415 2 0.4431 0.7786 0.092 0.908
#> SRR1419131 2 0.1633 0.7316 0.024 0.976
#> SRR1404293 1 0.8763 0.5913 0.704 0.296
#> SRR1473340 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.1184 0.8920 0.984 0.016
#> SRR1323382 2 0.8861 0.7711 0.304 0.696
#> SRR1480697 1 0.8608 0.5542 0.716 0.284
#> SRR1321808 2 0.8861 0.7711 0.304 0.696
#> SRR1382756 2 0.7139 0.7963 0.196 0.804
#> SRR1312558 2 0.9686 0.6597 0.396 0.604
#> SRR1417088 2 0.1633 0.7478 0.024 0.976
#> SRR1433027 2 0.3274 0.7667 0.060 0.940
#> SRR662257 2 0.3431 0.7696 0.064 0.936
#> SRR600417 2 0.0000 0.7308 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.0938 0.7356 0.012 0.988
#> SRR612743 1 0.3431 0.8910 0.936 0.064
#> SRR1361345 1 0.9775 0.3986 0.588 0.412
#> SRR600584 2 0.6148 0.7938 0.152 0.848
#> SRR1310520 2 0.1414 0.7320 0.020 0.980
#> SRR1395595 1 0.4690 0.8602 0.900 0.100
#> SRR1334074 1 0.5629 0.8345 0.868 0.132
#> SRR654838 2 0.8955 0.7646 0.312 0.688
#> SRR1376694 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.9909 0.5435 0.444 0.556
#> SRR1366837 1 0.5294 0.8576 0.880 0.120
#> SRR1467479 2 0.8763 0.7761 0.296 0.704
#> SRR1459055 1 0.4161 0.8603 0.916 0.084
#> SRR1471050 2 0.8661 0.7807 0.288 0.712
#> SRR603004 2 0.7950 0.7897 0.240 0.760
#> SRR814703 2 0.8661 0.7800 0.288 0.712
#> SRR661937 2 0.5178 0.7837 0.116 0.884
#> SRR614359 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.7139 0.7963 0.196 0.804
#> SRR1389084 1 0.3431 0.8875 0.936 0.064
#> SRR1337624 2 0.3584 0.7706 0.068 0.932
#> SRR1344400 2 0.8661 0.7800 0.288 0.712
#> SRR1414290 2 0.8909 0.7679 0.308 0.692
#> SRR1413644 2 0.9286 0.7304 0.344 0.656
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0376 0.8917 0.996 0.004
#> SRR1315103 1 0.4939 0.8513 0.892 0.108
#> SRR1099286 1 0.1633 0.8946 0.976 0.024
#> SRR2166570 2 0.7602 0.7368 0.220 0.780
#> SRR601445 1 0.2778 0.8931 0.952 0.048
#> SRR1439719 2 0.3274 0.7667 0.060 0.940
#> SRR1377026 2 0.3114 0.7646 0.056 0.944
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.8763 0.7761 0.296 0.704
#> SRR1460433 2 0.1414 0.7315 0.020 0.980
#> SRR1469345 1 0.1843 0.8936 0.972 0.028
#> SRR1421462 2 0.8813 0.7735 0.300 0.700
#> SRR662966 1 0.4022 0.8806 0.920 0.080
#> SRR1339175 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.8861 0.7711 0.304 0.696
#> SRR1434671 2 0.9087 0.7528 0.324 0.676
#> SRR660800 2 0.8661 0.7807 0.288 0.712
#> SRR1465543 2 0.9909 0.5635 0.444 0.556
#> SRR1342023 1 0.0376 0.8894 0.996 0.004
#> SRR1335670 1 0.2423 0.8837 0.960 0.040
#> SRR1400955 2 0.7950 0.7947 0.240 0.760
#> SRR1072150 2 0.9000 0.7605 0.316 0.684
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1098074 1 0.9988 -0.3471 0.520 0.480
#> SRR1442778 1 0.0376 0.8890 0.996 0.004
#> SRR1086728 1 0.9933 -0.2402 0.548 0.452
#> SRR627464 1 0.3584 0.8733 0.932 0.068
#> SRR1409193 1 0.9209 0.5441 0.664 0.336
#> SRR2168286 2 0.1633 0.7313 0.024 0.976
#> SRR615539 2 0.3733 0.7715 0.072 0.928
#> SRR663623 1 0.3733 0.8864 0.928 0.072
#> SRR1471989 1 0.4022 0.8781 0.920 0.080
#> SRR1468828 2 0.3584 0.7706 0.068 0.932
#> SRR1381934 1 0.4562 0.8782 0.904 0.096
#> SRR1471098 1 0.3584 0.8856 0.932 0.068
#> SRR1314749 1 0.5059 0.8614 0.888 0.112
#> SRR2166874 2 0.7883 0.7106 0.236 0.764
#> SRR821302 1 0.3879 0.8868 0.924 0.076
#> SRR1435066 2 0.8763 0.7767 0.296 0.704
#> SRR661601 2 0.9087 0.7528 0.324 0.676
#> SRR1446546 2 0.7376 0.7942 0.208 0.792
#> SRR1419784 1 0.4562 0.8665 0.904 0.096
#> SRR1357233 2 0.2603 0.7488 0.044 0.956
#> SRR1441889 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.4939 0.8513 0.892 0.108
#> SRR1324250 2 0.7056 0.7966 0.192 0.808
#> SRR1442862 2 0.8661 0.7816 0.288 0.712
#> SRR662474 2 0.3431 0.7680 0.064 0.936
#> SRR1416226 1 0.5178 0.8612 0.884 0.116
#> SRR1417404 2 0.9909 0.0248 0.444 0.556
#> SRR665466 2 0.3879 0.7730 0.076 0.924
#> SRR658849 1 0.3431 0.8875 0.936 0.064
#> SRR1460025 2 0.7139 0.7963 0.196 0.804
#> SRR1408136 1 0.0376 0.8915 0.996 0.004
#> SRR1489995 2 0.8861 0.7713 0.304 0.696
#> SRR1374092 1 0.5294 0.8615 0.880 0.120
#> SRR1488429 1 0.6531 0.7724 0.832 0.168
#> SRR1087559 2 0.9686 0.6144 0.396 0.604
#> SRR817004 2 0.9970 0.5209 0.468 0.532
#> SRR1429660 2 0.8955 0.7646 0.312 0.688
#> SRR604390 1 0.8499 0.5748 0.724 0.276
#> SRR614936 2 0.3584 0.7706 0.068 0.932
#> SRR1365938 2 0.9896 0.3887 0.440 0.560
#> SRR1437324 1 0.0376 0.8894 0.996 0.004
#> SRR613414 2 0.1414 0.7456 0.020 0.980
#> SRR660414 2 0.7602 0.7368 0.220 0.780
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.3733 0.8877 0.928 0.072
#> SRR1398036 2 0.0376 0.7339 0.004 0.996
#> SRR1436674 1 0.2236 0.8816 0.964 0.036
#> SRR603750 1 0.5946 0.8248 0.856 0.144
#> SRR608630 2 0.8267 0.5517 0.260 0.740
#> SRR655625 2 0.0000 0.7308 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.9686 0.6544 0.396 0.604
#> SRR615189 2 0.9552 0.6714 0.376 0.624
#> SRR1466889 2 0.8713 0.7787 0.292 0.708
#> SRR1084602 2 0.2778 0.7245 0.048 0.952
#> SRR1335422 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.8608 0.7837 0.284 0.716
#> SRR1385300 1 0.4022 0.8797 0.920 0.080
#> SRR654814 1 0.1414 0.8900 0.980 0.020
#> SRR658385 2 0.8763 0.7767 0.296 0.704
#> SRR820596 1 0.3431 0.8910 0.936 0.064
#> SRR1318118 1 0.3584 0.8886 0.932 0.068
#> SRR1480766 2 0.3274 0.7663 0.060 0.940
#> SRR1406539 1 0.4022 0.8700 0.920 0.080
#> SRR1341833 2 0.8386 0.7892 0.268 0.732
#> SRR1441826 2 0.0672 0.7321 0.008 0.992
#> SRR1448051 1 0.1414 0.8900 0.980 0.020
#> SRR1326752 1 0.3274 0.8885 0.940 0.060
#> SRR665217 1 0.8608 0.5336 0.716 0.284
#> SRR819186 2 0.8813 0.7735 0.300 0.700
#> SRR661517 1 0.3584 0.8856 0.932 0.068
#> SRR607166 2 0.9286 0.7340 0.344 0.656
#> SRR809065 2 0.2236 0.7436 0.036 0.964
#> SRR1415872 2 0.7528 0.7970 0.216 0.784
#> SRR1415463 1 0.5059 0.8614 0.888 0.112
#> SRR1381161 2 0.0376 0.7339 0.004 0.996
#> SRR1442231 2 0.9896 0.3755 0.440 0.560
#> SRR1374696 1 0.9170 0.5381 0.668 0.332
#> SRR1451988 1 0.8608 0.5112 0.716 0.284
#> SRR660555 1 0.3274 0.8750 0.940 0.060
#> SRR657801 1 0.0672 0.8925 0.992 0.008
#> SRR663344 2 0.8861 0.7712 0.304 0.696
#> SRR1472462 2 0.8207 0.7914 0.256 0.744
#> SRR1406176 2 0.9866 0.4856 0.432 0.568
#> SRR656886 2 0.7139 0.7963 0.196 0.804
#> SRR1498337 2 0.0376 0.7339 0.004 0.996
#> SRR613066 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0376 0.8915 0.996 0.004
#> SRR602492 2 0.0376 0.7339 0.004 0.996
#> SRR1447347 1 0.1843 0.8953 0.972 0.028
#> SRR1475546 2 0.8327 0.7889 0.264 0.736
#> SRR627459 2 0.9323 0.4814 0.348 0.652
#> SRR1434332 2 0.3114 0.7643 0.056 0.944
#> SRR1070358 2 0.2948 0.7611 0.052 0.948
#> SRR1345936 2 0.2948 0.7440 0.052 0.948
#> SRR665658 2 0.8713 0.7795 0.292 0.708
#> SRR1321351 2 0.6148 0.7938 0.152 0.848
#> SRR657880 2 0.8909 0.7685 0.308 0.692
#> SRR1373903 2 0.3274 0.7665 0.060 0.940
#> SRR657396 2 0.8267 0.7152 0.260 0.740
#> SRR660981 2 0.6887 0.7978 0.184 0.816
#> SRR818499 1 0.3274 0.8750 0.940 0.060
#> SRR819658 2 0.7950 0.7947 0.240 0.760
#> SRR1376316 1 0.0376 0.8894 0.996 0.004
#> SRR1323723 2 0.8955 0.7647 0.312 0.688
#> SRR1476719 1 0.2423 0.8795 0.960 0.040
#> SRR1403478 2 0.8763 0.7767 0.296 0.704
#> SRR1095695 1 0.3879 0.8826 0.924 0.076
#> SRR1352391 2 0.9866 0.3092 0.432 0.568
#> SRR1498813 2 0.0000 0.7308 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.9323 0.4814 0.348 0.652
#> SRR2185097 1 0.0672 0.8925 0.992 0.008
#> SRR817166 1 0.8499 0.5748 0.724 0.276
#> SRR1091670 2 0.8861 0.7711 0.304 0.696
#> SRR603776 1 0.4298 0.8809 0.912 0.088
#> SRR1479640 2 0.6887 0.7978 0.184 0.816
#> SRR660152 1 0.1414 0.8944 0.980 0.020
#> SRR1074769 2 0.8763 0.7767 0.296 0.704
#> SRR656153 2 0.4161 0.7756 0.084 0.916
#> SRR1392502 1 0.6048 0.8161 0.852 0.148
#> SRR1359609 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.9248 0.7369 0.340 0.660
#> SRR2165182 2 0.8327 0.7885 0.264 0.736
#> SRR608542 2 0.0672 0.7368 0.008 0.992
#> SRR655064 2 0.1414 0.7320 0.020 0.980
#> SRR1432430 1 0.3584 0.8860 0.932 0.068
#> SRR808472 2 0.5408 0.7833 0.124 0.876
#> SRR1414958 1 0.4022 0.8781 0.920 0.080
#> SRR598484 2 0.7376 0.7942 0.208 0.792
#> SRR612755 1 0.1633 0.8946 0.976 0.024
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.9323 0.4814 0.348 0.652
#> SRR1322373 1 0.3431 0.8875 0.936 0.064
#> SRR1489265 2 0.8861 0.7712 0.304 0.696
#> SRR1359099 2 0.8763 0.7767 0.296 0.704
#> SRR607279 2 0.6973 0.7975 0.188 0.812
#> SRR810461 2 0.8813 0.7735 0.300 0.700
#> SRR627427 1 0.3584 0.8733 0.932 0.068
#> SRR612887 2 0.5408 0.7876 0.124 0.876
#> SRR809807 1 0.9896 -0.1885 0.560 0.440
#> SRR663112 2 0.9248 0.6562 0.340 0.660
#> SRR1346933 2 0.7950 0.7064 0.240 0.760
#> SRR1487910 1 0.6973 0.7648 0.812 0.188
#> SRR603092 2 0.2423 0.7556 0.040 0.960
#> SRR1417680 2 0.3879 0.7730 0.076 0.924
#> SRR1383785 1 0.0672 0.8927 0.992 0.008
#> SRR1070015 2 0.9909 0.5636 0.444 0.556
#> SRR1466222 2 0.9993 0.4353 0.484 0.516
#> SRR1416119 1 0.0672 0.8930 0.992 0.008
#> SRR819318 1 0.3431 0.8908 0.936 0.064
#> SRR608288 2 0.8763 0.7767 0.296 0.704
#> SRR811121 2 0.9661 0.6646 0.392 0.608
#> SRR613138 2 0.8861 0.7713 0.304 0.696
#> SRR810483 1 0.3431 0.8884 0.936 0.064
#> SRR607839 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0376 0.8916 0.996 0.004
#> SRR601311 2 0.0672 0.7321 0.008 0.992
#> SRR1406685 2 0.0672 0.7373 0.008 0.992
#> SRR1467500 2 0.1184 0.7425 0.016 0.984
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.5842 0.8187 0.860 0.140
#> SRR1312522 1 0.3274 0.8897 0.940 0.060
#> SRR1490486 2 0.9044 0.7595 0.320 0.680
#> SRR1325888 1 0.3431 0.8875 0.936 0.064
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.1633 0.7478 0.024 0.976
#> SRR1084766 2 0.1633 0.7313 0.024 0.976
#> SRR1102804 2 0.8555 0.7841 0.280 0.720
#> SRR1336636 1 0.3733 0.8873 0.928 0.072
#> SRR1347795 1 0.0938 0.8936 0.988 0.012
#> SRR601900 2 0.9129 0.7487 0.328 0.672
#> SRR1330989 2 0.3879 0.7667 0.076 0.924
#> SRR658445 2 0.9922 0.5540 0.448 0.552
#> SRR1368754 1 0.4298 0.8741 0.912 0.088
#> SRR1460001 2 0.8813 0.7744 0.300 0.700
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.3431 0.8875 0.936 0.064
#> SRR614948 1 0.0000 0.8902 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.3431 0.8879 0.936 0.064
#> SRR1321528 1 0.3274 0.8870 0.940 0.060
#> SRR627447 1 0.3584 0.8872 0.932 0.068
#> SRR612239 2 0.9323 0.4814 0.348 0.652
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.5094 0.75900 0.832 0.112 0.056
#> SRR603858 1 0.7944 0.49698 0.580 0.348 0.072
#> SRR817070 2 0.4555 0.58132 0.000 0.800 0.200
#> SRR1486995 1 0.7279 0.65016 0.652 0.292 0.056
#> SRR813043 2 0.0424 0.68543 0.008 0.992 0.000
#> SRR656874 2 0.2301 0.67834 0.004 0.936 0.060
#> SRR659037 2 0.8066 -0.04425 0.068 0.528 0.404
#> SRR662031 1 0.3589 0.75552 0.900 0.048 0.052
#> SRR1081283 2 0.6079 0.22687 0.000 0.612 0.388
#> SRR1481036 1 0.7297 0.70890 0.704 0.188 0.108
#> SRR1434009 2 0.2269 0.65530 0.040 0.944 0.016
#> SRR1376676 1 0.4346 0.69004 0.816 0.000 0.184
#> SRR1396967 2 0.4811 0.63064 0.024 0.828 0.148
#> SRR665429 2 0.2301 0.67834 0.004 0.936 0.060
#> SRR1388025 3 0.6168 0.36711 0.000 0.412 0.588
#> SRR600784 1 0.6124 0.72937 0.744 0.220 0.036
#> SRR657611 1 0.5558 0.74287 0.800 0.048 0.152
#> SRR1333659 2 0.5618 0.52764 0.156 0.796 0.048
#> SRR1323896 2 0.4062 0.61294 0.000 0.836 0.164
#> SRR1453971 2 0.6977 0.39076 0.212 0.712 0.076
#> SRR1421010 1 0.4121 0.69934 0.832 0.000 0.168
#> SRR1334490 1 0.5688 0.74114 0.788 0.168 0.044
#> SRR1309468 1 0.2945 0.73440 0.908 0.004 0.088
#> SRR1468637 2 0.9047 -0.10673 0.148 0.508 0.344
#> SRR1365489 2 0.1170 0.68258 0.016 0.976 0.008
#> SRR627445 1 0.7924 0.61621 0.612 0.304 0.084
#> SRR607863 2 0.5465 0.45635 0.000 0.712 0.288
#> SRR1475524 1 0.4121 0.69961 0.832 0.000 0.168
#> SRR1405504 2 0.4062 0.61294 0.000 0.836 0.164
#> SRR615695 1 0.4702 0.67251 0.788 0.000 0.212
#> SRR600900 2 0.3918 0.63700 0.004 0.856 0.140
#> SRR601477 2 0.0848 0.68569 0.008 0.984 0.008
#> SRR1487215 2 0.0848 0.68569 0.008 0.984 0.008
#> SRR1310797 2 0.2301 0.68274 0.004 0.936 0.060
#> SRR1362713 3 0.8755 0.02082 0.400 0.112 0.488
#> SRR1431385 1 0.4465 0.69817 0.820 0.004 0.176
#> SRR1379089 2 0.0424 0.68543 0.008 0.992 0.000
#> SRR1102079 1 0.8436 0.55142 0.568 0.324 0.108
#> SRR1357210 1 0.3293 0.73778 0.900 0.012 0.088
#> SRR657659 2 0.5760 0.38985 0.000 0.672 0.328
#> SRR663573 2 0.6018 0.43798 0.008 0.684 0.308
#> SRR603188 2 0.4291 0.60326 0.000 0.820 0.180
#> SRR1471200 2 0.0829 0.68662 0.004 0.984 0.012
#> SRR1310975 2 0.1182 0.68596 0.012 0.976 0.012
#> SRR627457 1 0.6723 0.66818 0.724 0.064 0.212
#> SRR1367654 2 0.2031 0.66265 0.032 0.952 0.016
#> SRR1488410 1 0.6584 0.49177 0.608 0.012 0.380
#> SRR1457750 3 0.9949 0.34350 0.284 0.356 0.360
#> SRR1099546 1 0.4665 0.75833 0.852 0.100 0.048
#> SRR604480 2 0.0237 0.68589 0.004 0.996 0.000
#> SRR1390477 2 0.0424 0.68543 0.008 0.992 0.000
#> SRR1458447 2 0.0237 0.68589 0.004 0.996 0.000
#> SRR1473161 2 0.3784 0.64141 0.004 0.864 0.132
#> SRR1409813 2 0.2414 0.65303 0.040 0.940 0.020
#> SRR612791 1 0.3406 0.75086 0.904 0.028 0.068
#> SRR1470580 2 0.7553 0.17953 0.320 0.620 0.060
#> SRR1444063 2 0.8657 0.15294 0.244 0.592 0.164
#> SRR1355578 3 0.8065 -0.17372 0.452 0.064 0.484
#> SRR1429203 1 0.4346 0.69004 0.816 0.000 0.184
#> SRR599154 2 0.3359 0.61069 0.084 0.900 0.016
#> SRR814244 1 0.9013 0.23000 0.524 0.152 0.324
#> SRR1404123 2 0.5810 0.37104 0.000 0.664 0.336
#> SRR656934 1 0.8190 0.63061 0.640 0.204 0.156
#> SRR1339029 2 0.0237 0.68589 0.004 0.996 0.000
#> SRR821525 3 0.6154 0.37348 0.000 0.408 0.592
#> SRR1443677 1 0.3610 0.73950 0.888 0.016 0.096
#> SRR1406330 1 0.4178 0.69757 0.828 0.000 0.172
#> SRR1338124 2 0.7710 0.42120 0.144 0.680 0.176
#> SRR1391376 1 0.6465 0.71202 0.724 0.232 0.044
#> SRR661842 3 0.6140 0.37873 0.000 0.404 0.596
#> SRR1395699 1 0.6904 0.67986 0.684 0.268 0.048
#> SRR1312209 1 0.6034 0.70808 0.752 0.036 0.212
#> SRR1359469 1 0.4291 0.69244 0.820 0.000 0.180
#> SRR658885 1 0.7685 0.58648 0.596 0.344 0.060
#> SRR1414578 1 0.4015 0.74781 0.876 0.028 0.096
#> SRR603620 2 0.8894 0.01273 0.152 0.548 0.300
#> SRR604677 1 0.6283 0.74779 0.760 0.176 0.064
#> SRR603800 2 0.1182 0.68798 0.012 0.976 0.012
#> SRR602058 2 0.6192 0.13832 0.000 0.580 0.420
#> SRR817488 2 0.0237 0.68589 0.004 0.996 0.000
#> SRR655601 2 0.5835 0.36112 0.000 0.660 0.340
#> SRR1434821 2 0.1267 0.68730 0.004 0.972 0.024
#> SRR1349166 2 0.2031 0.66265 0.032 0.952 0.016
#> SRR615129 2 0.9938 -0.34912 0.280 0.368 0.352
#> SRR607586 2 0.0237 0.68589 0.004 0.996 0.000
#> SRR602680 2 0.1482 0.67426 0.020 0.968 0.012
#> SRR1411070 2 0.6062 0.23699 0.000 0.616 0.384
#> SRR663038 2 0.2301 0.67834 0.004 0.936 0.060
#> SRR1489416 2 0.3879 0.62298 0.000 0.848 0.152
#> SRR1479155 1 0.4235 0.69457 0.824 0.000 0.176
#> SRR662162 1 0.2945 0.73440 0.908 0.004 0.088
#> SRR1374567 1 0.6141 0.71460 0.736 0.232 0.032
#> SRR1434048 2 0.1182 0.68596 0.012 0.976 0.012
#> SRR2184865 3 0.6495 0.25612 0.004 0.460 0.536
#> SRR2170135 1 0.2945 0.73440 0.908 0.004 0.088
#> SRR615551 2 0.1015 0.68065 0.012 0.980 0.008
#> SRR1335513 2 0.4605 0.57734 0.000 0.796 0.204
#> SRR1370216 1 0.5688 0.74114 0.788 0.168 0.044
#> SRR662954 3 0.7979 0.47383 0.100 0.272 0.628
#> SRR1375738 1 0.6188 0.72537 0.744 0.216 0.040
#> SRR1356577 3 0.5295 0.38550 0.156 0.036 0.808
#> SRR1073119 1 0.5650 0.75584 0.808 0.108 0.084
#> SRR663549 1 0.6188 0.72537 0.744 0.216 0.040
#> SRR1478015 2 0.2878 0.66111 0.000 0.904 0.096
#> SRR600632 2 0.6252 0.33130 0.008 0.648 0.344
#> SRR811866 3 0.8375 -0.00068 0.368 0.092 0.540
#> SRR1401101 2 0.2878 0.66444 0.000 0.904 0.096
#> SRR1477797 2 0.6244 0.06671 0.000 0.560 0.440
#> SRR1402986 2 0.1015 0.68720 0.008 0.980 0.012
#> SRR658897 2 0.9938 -0.34912 0.280 0.368 0.352
#> SRR1419869 1 0.6361 0.71079 0.728 0.232 0.040
#> SRR1490700 2 0.9852 -0.27708 0.272 0.416 0.312
#> SRR601723 3 0.9606 0.41151 0.212 0.340 0.448
#> SRR1384115 2 0.4489 0.57919 0.108 0.856 0.036
#> SRR1476927 2 0.3879 0.62298 0.000 0.848 0.152
#> SRR1387769 1 0.6188 0.72537 0.744 0.216 0.040
#> SRR1322595 2 0.6850 0.40549 0.208 0.720 0.072
#> SRR1370423 2 0.8304 -0.15029 0.416 0.504 0.080
#> SRR1314976 3 0.8430 0.21101 0.292 0.120 0.588
#> SRR1319560 2 0.8894 0.01273 0.152 0.548 0.300
#> SRR1352683 3 0.9836 0.40058 0.268 0.312 0.420
#> SRR1473800 1 0.4346 0.69004 0.816 0.000 0.184
#> SRR1326384 1 0.8436 0.55142 0.568 0.324 0.108
#> SRR1360807 3 0.6189 0.41675 0.004 0.364 0.632
#> SRR1332544 1 0.5507 0.74802 0.808 0.136 0.056
#> SRR598695 1 0.5010 0.73240 0.840 0.076 0.084
#> SRR807824 2 0.1170 0.68052 0.016 0.976 0.008
#> SRR809296 1 0.6735 0.68788 0.696 0.260 0.044
#> SRR657927 1 0.5094 0.75900 0.832 0.112 0.056
#> SRR1440682 2 0.5591 0.43162 0.000 0.696 0.304
#> SRR1454415 2 0.5291 0.48568 0.000 0.732 0.268
#> SRR1419131 3 0.6298 0.39622 0.004 0.388 0.608
#> SRR1404293 3 0.8511 -0.09216 0.428 0.092 0.480
#> SRR1473340 1 0.3406 0.75086 0.904 0.028 0.068
#> SRR1345563 1 0.5070 0.66106 0.772 0.004 0.224
#> SRR1323382 2 0.1015 0.68720 0.008 0.980 0.012
#> SRR1480697 2 0.8691 -0.28332 0.444 0.452 0.104
#> SRR1321808 2 0.0848 0.68569 0.008 0.984 0.008
#> SRR1382756 2 0.3965 0.64025 0.008 0.860 0.132
#> SRR1312558 2 0.3918 0.57905 0.120 0.868 0.012
#> SRR1417088 2 0.5882 0.34093 0.000 0.652 0.348
#> SRR1433027 2 0.5706 0.40238 0.000 0.680 0.320
#> SRR662257 2 0.5785 0.37934 0.000 0.668 0.332
#> SRR600417 3 0.6168 0.36711 0.000 0.412 0.588
#> SRR812493 2 0.6489 -0.00615 0.004 0.540 0.456
#> SRR612743 1 0.6122 0.74580 0.776 0.152 0.072
#> SRR1361345 3 0.7112 0.17917 0.308 0.044 0.648
#> SRR600584 2 0.4555 0.58132 0.000 0.800 0.200
#> SRR1310520 3 0.6476 0.28819 0.004 0.448 0.548
#> SRR1395595 1 0.7685 0.58648 0.596 0.344 0.060
#> SRR1334074 1 0.7918 0.60037 0.596 0.328 0.076
#> SRR654838 2 0.0848 0.68240 0.008 0.984 0.008
#> SRR1376694 1 0.4489 0.74843 0.856 0.036 0.108
#> SRR1433841 2 0.8657 0.15294 0.244 0.592 0.164
#> SRR1366837 1 0.7169 0.70814 0.704 0.208 0.088
#> SRR1467479 2 0.0475 0.68670 0.004 0.992 0.004
#> SRR1459055 1 0.6297 0.52312 0.640 0.008 0.352
#> SRR1471050 2 0.1267 0.68764 0.004 0.972 0.024
#> SRR603004 2 0.4277 0.64322 0.016 0.852 0.132
#> SRR814703 2 0.1453 0.68746 0.008 0.968 0.024
#> SRR661937 2 0.5553 0.49565 0.004 0.724 0.272
#> SRR614359 1 0.2681 0.75522 0.932 0.040 0.028
#> SRR1071568 2 0.3965 0.64025 0.008 0.860 0.132
#> SRR1389084 1 0.6970 0.67143 0.676 0.276 0.048
#> SRR1337624 2 0.6252 0.33130 0.008 0.648 0.344
#> SRR1344400 2 0.1453 0.68746 0.008 0.968 0.024
#> SRR1414290 2 0.1015 0.68435 0.012 0.980 0.008
#> SRR1413644 2 0.2031 0.66265 0.032 0.952 0.016
#> SRR1098998 1 0.3030 0.73200 0.904 0.004 0.092
#> SRR1481279 1 0.4665 0.75833 0.852 0.100 0.048
#> SRR1315103 1 0.6584 0.49177 0.608 0.012 0.380
#> SRR1099286 1 0.5117 0.75851 0.832 0.108 0.060
#> SRR2166570 2 0.8159 0.23863 0.092 0.588 0.320
#> SRR601445 1 0.5667 0.75818 0.800 0.140 0.060
#> SRR1439719 2 0.5706 0.40238 0.000 0.680 0.320
#> SRR1377026 2 0.5733 0.39486 0.000 0.676 0.324
#> SRR1327386 1 0.4750 0.66991 0.784 0.000 0.216
#> SRR654826 2 0.0475 0.68670 0.004 0.992 0.004
#> SRR1460433 3 0.6299 0.21018 0.000 0.476 0.524
#> SRR1469345 1 0.4994 0.75484 0.836 0.112 0.052
#> SRR1421462 2 0.0237 0.68589 0.004 0.996 0.000
#> SRR662966 1 0.7384 0.67353 0.660 0.272 0.068
#> SRR1339175 1 0.3406 0.75086 0.904 0.028 0.068
#> SRR1447736 2 0.0848 0.68569 0.008 0.984 0.008
#> SRR1434671 2 0.1315 0.67633 0.020 0.972 0.008
#> SRR660800 2 0.1267 0.68750 0.004 0.972 0.024
#> SRR1465543 2 0.4920 0.53452 0.108 0.840 0.052
#> SRR1342023 1 0.4741 0.72515 0.828 0.020 0.152
#> SRR1335670 1 0.6098 0.73213 0.768 0.056 0.176
#> SRR1400955 2 0.2878 0.66444 0.000 0.904 0.096
#> SRR1072150 2 0.1015 0.68065 0.012 0.980 0.008
#> SRR1442822 1 0.4465 0.69817 0.820 0.004 0.176
#> SRR1364658 1 0.3406 0.75086 0.904 0.028 0.068
#> SRR1098074 2 0.6107 0.41228 0.184 0.764 0.052
#> SRR1442778 1 0.4371 0.74800 0.860 0.032 0.108
#> SRR1086728 2 0.6292 0.36067 0.216 0.740 0.044
#> SRR627464 1 0.6723 0.66818 0.724 0.064 0.212
#> SRR1409193 3 0.8734 -0.12941 0.424 0.108 0.468
#> SRR2168286 3 0.6676 0.21197 0.008 0.476 0.516
#> SRR615539 2 0.5465 0.45635 0.000 0.712 0.288
#> SRR663623 1 0.6437 0.72325 0.732 0.220 0.048
#> SRR1471989 1 0.7748 0.58993 0.596 0.340 0.064
#> SRR1468828 2 0.6252 0.33130 0.008 0.648 0.344
#> SRR1381934 1 0.6788 0.74139 0.744 0.136 0.120
#> SRR1471098 1 0.6872 0.67392 0.680 0.276 0.044
#> SRR1314749 1 0.7145 0.69500 0.692 0.236 0.072
#> SRR2166874 2 0.9017 -0.08489 0.148 0.516 0.336
#> SRR821302 1 0.6911 0.73656 0.728 0.180 0.092
#> SRR1435066 2 0.1170 0.68776 0.008 0.976 0.016
#> SRR661601 2 0.1315 0.67633 0.020 0.972 0.008
#> SRR1446546 2 0.4411 0.63346 0.016 0.844 0.140
#> SRR1419784 1 0.7618 0.64143 0.628 0.304 0.068
#> SRR1357233 2 0.6737 0.23265 0.016 0.600 0.384
#> SRR1441889 1 0.2682 0.73684 0.920 0.004 0.076
#> SRR1413940 1 0.6584 0.49177 0.608 0.012 0.380
#> SRR1324250 2 0.3983 0.63529 0.004 0.852 0.144
#> SRR1442862 2 0.2804 0.68072 0.016 0.924 0.060
#> SRR662474 2 0.5529 0.44350 0.000 0.704 0.296
#> SRR1416226 1 0.7244 0.71136 0.700 0.208 0.092
#> SRR1417404 3 0.5573 0.38691 0.160 0.044 0.796
#> SRR665466 2 0.5431 0.46309 0.000 0.716 0.284
#> SRR658849 1 0.6970 0.67143 0.676 0.276 0.048
#> SRR1460025 2 0.3965 0.64025 0.008 0.860 0.132
#> SRR1408136 1 0.3500 0.72885 0.880 0.004 0.116
#> SRR1489995 2 0.1182 0.68596 0.012 0.976 0.012
#> SRR1374092 1 0.7297 0.70890 0.704 0.188 0.108
#> SRR1488429 1 0.7945 0.48496 0.548 0.388 0.064
#> SRR1087559 2 0.8118 0.31676 0.164 0.648 0.188
#> SRR817004 2 0.6977 0.39744 0.212 0.712 0.076
#> SRR1429660 2 0.0848 0.68240 0.008 0.984 0.008
#> SRR604390 1 0.8637 0.25868 0.456 0.444 0.100
#> SRR614936 2 0.6252 0.33130 0.008 0.648 0.344
#> SRR1365938 2 0.9967 -0.33967 0.304 0.372 0.324
#> SRR1437324 1 0.4293 0.70942 0.832 0.004 0.164
#> SRR613414 2 0.6095 0.22443 0.000 0.608 0.392
#> SRR660414 2 0.8159 0.23863 0.092 0.588 0.320
#> SRR1452185 1 0.4346 0.69004 0.816 0.000 0.184
#> SRR1347020 1 0.6154 0.73537 0.752 0.204 0.044
#> SRR1398036 2 0.6244 0.06671 0.000 0.560 0.440
#> SRR1436674 1 0.5355 0.72819 0.800 0.032 0.168
#> SRR603750 1 0.7924 0.61621 0.612 0.304 0.084
#> SRR608630 3 0.7979 0.47383 0.100 0.272 0.628
#> SRR655625 3 0.6180 0.36284 0.000 0.416 0.584
#> SRR599059 2 0.5285 0.56691 0.112 0.824 0.064
#> SRR615189 2 0.7653 0.37541 0.176 0.684 0.140
#> SRR1466889 2 0.1129 0.68759 0.004 0.976 0.020
#> SRR1084602 3 0.6189 0.41675 0.004 0.364 0.632
#> SRR1335422 1 0.3528 0.74012 0.892 0.016 0.092
#> SRR1356805 2 0.1878 0.68679 0.004 0.952 0.044
#> SRR1385300 1 0.7564 0.64350 0.636 0.296 0.068
#> SRR654814 1 0.4602 0.71914 0.832 0.016 0.152
#> SRR658385 2 0.1170 0.68776 0.008 0.976 0.016
#> SRR820596 1 0.6122 0.74580 0.776 0.152 0.072
#> SRR1318118 1 0.6264 0.75083 0.764 0.168 0.068
#> SRR1480766 2 0.5678 0.40662 0.000 0.684 0.316
#> SRR1406539 1 0.5413 0.74298 0.800 0.164 0.036
#> SRR1341833 2 0.1878 0.68591 0.004 0.952 0.044
#> SRR1441826 3 0.6140 0.37873 0.000 0.404 0.596
#> SRR1448051 1 0.4602 0.71914 0.832 0.016 0.152
#> SRR1326752 1 0.6465 0.70804 0.724 0.232 0.044
#> SRR665217 2 0.8398 -0.24861 0.440 0.476 0.084
#> SRR819186 2 0.0237 0.68589 0.004 0.996 0.000
#> SRR661517 1 0.7279 0.65016 0.652 0.292 0.056
#> SRR607166 2 0.2773 0.65932 0.048 0.928 0.024
#> SRR809065 2 0.6647 0.20098 0.012 0.592 0.396
#> SRR1415872 2 0.3267 0.64734 0.000 0.884 0.116
#> SRR1415463 1 0.7145 0.69500 0.692 0.236 0.072
#> SRR1381161 2 0.6244 0.06671 0.000 0.560 0.440
#> SRR1442231 3 0.9949 0.34350 0.284 0.356 0.360
#> SRR1374696 3 0.8737 -0.17565 0.428 0.108 0.464
#> SRR1451988 2 0.7919 -0.28042 0.464 0.480 0.056
#> SRR660555 1 0.5010 0.73240 0.840 0.076 0.084
#> SRR657801 1 0.3369 0.75405 0.908 0.040 0.052
#> SRR663344 2 0.0475 0.68524 0.004 0.992 0.004
#> SRR1472462 2 0.1989 0.68366 0.004 0.948 0.048
#> SRR1406176 2 0.8231 0.27005 0.236 0.628 0.136
#> SRR656886 2 0.3965 0.64025 0.008 0.860 0.132
#> SRR1498337 2 0.6244 0.06671 0.000 0.560 0.440
#> SRR613066 1 0.4289 0.75915 0.868 0.092 0.040
#> SRR1309490 1 0.3500 0.72885 0.880 0.004 0.116
#> SRR602492 2 0.6244 0.06671 0.000 0.560 0.440
#> SRR1447347 1 0.3998 0.75904 0.884 0.056 0.060
#> SRR1475546 2 0.1765 0.68471 0.004 0.956 0.040
#> SRR627459 3 0.9606 0.41151 0.212 0.340 0.448
#> SRR1434332 2 0.5706 0.39874 0.000 0.680 0.320
#> SRR1070358 2 0.5835 0.36316 0.000 0.660 0.340
#> SRR1345936 2 0.7056 0.11767 0.024 0.572 0.404
#> SRR665658 2 0.3369 0.67572 0.040 0.908 0.052
#> SRR1321351 2 0.4555 0.58132 0.000 0.800 0.200
#> SRR657880 2 0.1015 0.68455 0.008 0.980 0.012
#> SRR1373903 2 0.5706 0.40191 0.000 0.680 0.320
#> SRR657396 2 0.8894 0.01273 0.152 0.548 0.300
#> SRR660981 2 0.3879 0.62298 0.000 0.848 0.152
#> SRR818499 1 0.5010 0.73240 0.840 0.076 0.084
#> SRR819658 2 0.2878 0.66444 0.000 0.904 0.096
#> SRR1376316 1 0.4409 0.70593 0.824 0.004 0.172
#> SRR1323723 2 0.1170 0.68258 0.016 0.976 0.008
#> SRR1476719 1 0.5574 0.72224 0.784 0.032 0.184
#> SRR1403478 2 0.1170 0.68776 0.008 0.976 0.016
#> SRR1095695 1 0.6522 0.68436 0.696 0.272 0.032
#> SRR1352391 3 0.9865 0.39291 0.268 0.324 0.408
#> SRR1498813 3 0.6168 0.36711 0.000 0.412 0.588
#> SRR627437 3 0.9606 0.41151 0.212 0.340 0.448
#> SRR2185097 1 0.3589 0.75552 0.900 0.048 0.052
#> SRR817166 1 0.8637 0.25868 0.456 0.444 0.100
#> SRR1091670 2 0.0848 0.68569 0.008 0.984 0.008
#> SRR603776 1 0.6567 0.73532 0.752 0.160 0.088
#> SRR1479640 2 0.3879 0.62298 0.000 0.848 0.152
#> SRR660152 1 0.4931 0.75355 0.828 0.140 0.032
#> SRR1074769 2 0.1170 0.68776 0.008 0.976 0.016
#> SRR656153 2 0.5363 0.47430 0.000 0.724 0.276
#> SRR1392502 1 0.8286 0.57718 0.588 0.308 0.104
#> SRR1359609 1 0.4346 0.69119 0.816 0.000 0.184
#> SRR601925 2 0.3237 0.65219 0.056 0.912 0.032
#> SRR2165182 2 0.2301 0.67834 0.004 0.936 0.060
#> SRR608542 2 0.6215 0.11149 0.000 0.572 0.428
#> SRR655064 3 0.6495 0.25612 0.004 0.460 0.536
#> SRR1432430 1 0.6857 0.69429 0.696 0.252 0.052
#> SRR808472 2 0.6018 0.43807 0.008 0.684 0.308
#> SRR1414958 1 0.7748 0.58993 0.596 0.340 0.064
#> SRR598484 2 0.4411 0.63346 0.016 0.844 0.140
#> SRR612755 1 0.5094 0.75900 0.832 0.112 0.056
#> SRR1365808 1 0.4346 0.69004 0.816 0.000 0.184
#> SRR1391724 3 0.9606 0.41151 0.212 0.340 0.448
#> SRR1322373 1 0.6970 0.67143 0.676 0.276 0.048
#> SRR1489265 2 0.0475 0.68524 0.004 0.992 0.004
#> SRR1359099 2 0.1170 0.68776 0.008 0.976 0.016
#> SRR607279 2 0.4062 0.61294 0.000 0.836 0.164
#> SRR810461 2 0.0237 0.68589 0.004 0.996 0.000
#> SRR627427 1 0.6723 0.66818 0.724 0.064 0.212
#> SRR612887 2 0.4750 0.56049 0.000 0.784 0.216
#> SRR809807 2 0.6578 0.33902 0.224 0.724 0.052
#> SRR663112 2 0.7710 0.42120 0.144 0.680 0.176
#> SRR1346933 2 0.9047 -0.10673 0.148 0.508 0.344
#> SRR1487910 1 0.7351 0.56091 0.664 0.068 0.268
#> SRR603092 2 0.6079 0.22687 0.000 0.612 0.388
#> SRR1417680 2 0.5431 0.46309 0.000 0.716 0.284
#> SRR1383785 1 0.3530 0.75117 0.900 0.032 0.068
#> SRR1070015 2 0.4892 0.53389 0.112 0.840 0.048
#> SRR1466222 2 0.6496 0.38924 0.208 0.736 0.056
#> SRR1416119 1 0.5688 0.74114 0.788 0.168 0.044
#> SRR819318 1 0.6283 0.74779 0.760 0.176 0.064
#> SRR608288 2 0.1170 0.68776 0.008 0.976 0.016
#> SRR811121 2 0.3359 0.61069 0.084 0.900 0.016
#> SRR613138 2 0.1182 0.68596 0.012 0.976 0.012
#> SRR810483 1 0.6292 0.72429 0.740 0.216 0.044
#> SRR607839 1 0.4346 0.69004 0.816 0.000 0.184
#> SRR1337031 1 0.3846 0.73354 0.876 0.016 0.108
#> SRR601311 3 0.6154 0.37339 0.000 0.408 0.592
#> SRR1406685 3 0.6309 0.13847 0.000 0.500 0.500
#> SRR1467500 2 0.6062 0.25149 0.000 0.616 0.384
#> SRR1308504 1 0.2945 0.73440 0.908 0.004 0.088
#> SRR1312865 1 0.7806 0.55701 0.584 0.352 0.064
#> SRR1312522 1 0.6201 0.72694 0.748 0.208 0.044
#> SRR1490486 2 0.1315 0.68181 0.020 0.972 0.008
#> SRR1325888 1 0.6805 0.68036 0.688 0.268 0.044
#> SRR1472885 1 0.3030 0.73200 0.904 0.004 0.092
#> SRR1098785 2 0.5882 0.34093 0.000 0.652 0.348
#> SRR1084766 3 0.6676 0.21197 0.008 0.476 0.516
#> SRR1102804 2 0.1399 0.68727 0.004 0.968 0.028
#> SRR1336636 1 0.6295 0.74491 0.764 0.164 0.072
#> SRR1347795 1 0.5507 0.74802 0.808 0.136 0.056
#> SRR601900 2 0.1482 0.67426 0.020 0.968 0.012
#> SRR1330989 2 0.6498 0.22378 0.008 0.596 0.396
#> SRR658445 2 0.4994 0.52883 0.112 0.836 0.052
#> SRR1368754 1 0.6894 0.69966 0.692 0.256 0.052
#> SRR1460001 2 0.1337 0.68708 0.012 0.972 0.016
#> SRR1414934 1 0.4399 0.68757 0.812 0.000 0.188
#> SRR1326249 1 0.7277 0.66098 0.660 0.280 0.060
#> SRR614948 1 0.4346 0.69119 0.816 0.000 0.184
#> SRR1472952 1 0.6585 0.70132 0.712 0.244 0.044
#> SRR1321528 1 0.6109 0.70107 0.760 0.048 0.192
#> SRR627447 1 0.6124 0.72937 0.744 0.220 0.036
#> SRR612239 3 0.9606 0.41151 0.212 0.340 0.448
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.5574 0.57534 0.124 0.084 0.764 0.028
#> SRR603858 3 0.7843 0.37482 0.084 0.272 0.564 0.080
#> SRR817070 2 0.4328 0.53260 0.008 0.748 0.000 0.244
#> SRR1486995 3 0.6396 0.53449 0.088 0.228 0.668 0.016
#> SRR813043 2 0.0376 0.71535 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR656874 2 0.2053 0.69666 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR659037 4 0.6723 0.51015 0.020 0.388 0.052 0.540
#> SRR662031 3 0.4857 0.56222 0.176 0.048 0.772 0.004
#> SRR1081283 2 0.5000 -0.25782 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1481036 3 0.7278 0.53806 0.148 0.136 0.652 0.064
#> SRR1434009 2 0.2197 0.68340 0.024 0.936 0.028 0.012
#> SRR1376676 3 0.4866 0.30487 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1396967 2 0.5057 0.59331 0.024 0.756 0.020 0.200
#> SRR665429 2 0.2053 0.69666 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR1388025 4 0.3982 0.65259 0.004 0.220 0.000 0.776
#> SRR600784 3 0.6115 0.59209 0.104 0.152 0.720 0.024
#> SRR657611 3 0.6075 0.49869 0.268 0.028 0.668 0.036
#> SRR1333659 2 0.5487 0.57355 0.100 0.776 0.088 0.036
#> SRR1323896 2 0.3668 0.60742 0.004 0.808 0.000 0.188
#> SRR1453971 2 0.7379 0.39709 0.136 0.652 0.124 0.088
#> SRR1421010 3 0.5004 0.31655 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR1334490 3 0.4852 0.59471 0.076 0.112 0.800 0.012
#> SRR1309468 3 0.3801 0.50249 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1468637 4 0.8323 0.45808 0.184 0.364 0.032 0.420
#> SRR1365489 2 0.0712 0.71345 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR627445 3 0.6786 0.50311 0.060 0.256 0.640 0.044
#> SRR607863 2 0.4855 0.29415 0.004 0.644 0.000 0.352
#> SRR1475524 3 0.5016 0.30436 0.396 0.000 0.600 0.004
#> SRR1405504 2 0.3668 0.60742 0.004 0.808 0.000 0.188
#> SRR615695 3 0.5378 0.19412 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR600900 2 0.4049 0.62427 0.008 0.804 0.008 0.180
#> SRR601477 2 0.0376 0.71535 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1487215 2 0.0376 0.71535 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1310797 2 0.1824 0.70758 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1362713 1 0.8287 0.53169 0.512 0.076 0.116 0.296
#> SRR1431385 3 0.4761 0.35617 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1379089 2 0.0376 0.71535 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1102079 3 0.8111 0.43278 0.124 0.264 0.544 0.068
#> SRR1357210 3 0.4228 0.50381 0.232 0.008 0.760 0.000
#> SRR657659 2 0.5099 0.22301 0.008 0.612 0.000 0.380
#> SRR663573 2 0.5452 0.15031 0.012 0.584 0.004 0.400
#> SRR603188 2 0.4018 0.57364 0.004 0.772 0.000 0.224
#> SRR1471200 2 0.0524 0.71580 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1310975 2 0.0712 0.71581 0.004 0.984 0.004 0.008
#> SRR627457 1 0.7954 0.27182 0.496 0.032 0.328 0.144
#> SRR1367654 2 0.1975 0.68869 0.016 0.944 0.028 0.012
#> SRR1488410 1 0.6973 0.35171 0.564 0.008 0.320 0.108
#> SRR1457750 1 0.9225 0.06737 0.340 0.264 0.076 0.320
#> SRR1099546 3 0.4963 0.59815 0.120 0.076 0.792 0.012
#> SRR604480 2 0.0188 0.71530 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1390477 2 0.0376 0.71535 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1458447 2 0.0188 0.71530 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473161 2 0.3498 0.63713 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR1409813 2 0.2319 0.68085 0.024 0.932 0.028 0.016
#> SRR612791 3 0.3257 0.54744 0.152 0.004 0.844 0.000
#> SRR1470580 2 0.7322 0.20538 0.064 0.568 0.316 0.052
#> SRR1444063 2 0.8182 0.21543 0.192 0.576 0.112 0.120
#> SRR1355578 1 0.7977 0.56645 0.552 0.052 0.140 0.256
#> SRR1429203 3 0.4877 0.29782 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR599154 2 0.3455 0.64092 0.044 0.880 0.064 0.012
#> SRR814244 1 0.8818 0.47883 0.472 0.092 0.276 0.160
#> SRR1404123 2 0.5125 0.19274 0.008 0.604 0.000 0.388
#> SRR656934 3 0.8140 0.44377 0.144 0.148 0.588 0.120
#> SRR1339029 2 0.0188 0.71530 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR821525 4 0.3945 0.64967 0.004 0.216 0.000 0.780
#> SRR1443677 3 0.4632 0.49705 0.244 0.012 0.740 0.004
#> SRR1406330 3 0.5016 0.30927 0.396 0.000 0.600 0.004
#> SRR1338124 2 0.7337 0.37840 0.044 0.624 0.124 0.208
#> SRR1391376 3 0.5673 0.58543 0.084 0.168 0.736 0.012
#> SRR661842 4 0.3908 0.64622 0.004 0.212 0.000 0.784
#> SRR1395699 3 0.5862 0.56030 0.076 0.200 0.712 0.012
#> SRR1312209 3 0.6549 0.39521 0.292 0.020 0.624 0.064
#> SRR1359469 3 0.4855 0.31125 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR658885 3 0.7058 0.46825 0.104 0.280 0.596 0.020
#> SRR1414578 3 0.4845 0.51889 0.212 0.020 0.756 0.012
#> SRR603620 2 0.8354 -0.31010 0.184 0.444 0.036 0.336
#> SRR604677 3 0.5770 0.59819 0.100 0.136 0.744 0.020
#> SRR603800 2 0.0927 0.71728 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR602058 4 0.4961 0.38313 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR817488 2 0.0564 0.71440 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR655601 2 0.5138 0.18212 0.008 0.600 0.000 0.392
#> SRR1434821 2 0.1082 0.71588 0.004 0.972 0.004 0.020
#> SRR1349166 2 0.1975 0.68869 0.016 0.944 0.028 0.012
#> SRR615129 1 0.9252 0.01117 0.332 0.292 0.076 0.300
#> SRR607586 2 0.0188 0.71530 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR602680 2 0.1509 0.69946 0.012 0.960 0.020 0.008
#> SRR1411070 2 0.5000 -0.24538 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR663038 2 0.2053 0.69666 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR1489416 2 0.3583 0.61439 0.004 0.816 0.000 0.180
#> SRR1479155 3 0.4830 0.31541 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR662162 3 0.3764 0.50514 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1374567 3 0.5382 0.58785 0.064 0.172 0.752 0.012
#> SRR1434048 2 0.0712 0.71581 0.004 0.984 0.004 0.008
#> SRR2184865 4 0.4456 0.64446 0.004 0.280 0.000 0.716
#> SRR2170135 3 0.3764 0.50514 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR615551 2 0.0564 0.71181 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1335513 2 0.4360 0.52608 0.008 0.744 0.000 0.248
#> SRR1370216 3 0.4852 0.59471 0.076 0.112 0.800 0.012
#> SRR662954 4 0.6835 0.26990 0.264 0.132 0.004 0.600
#> SRR1375738 3 0.4981 0.59646 0.052 0.156 0.780 0.012
#> SRR1356577 4 0.6090 -0.25333 0.384 0.000 0.052 0.564
#> SRR1073119 3 0.5863 0.56219 0.188 0.076 0.720 0.016
#> SRR663549 3 0.4981 0.59646 0.052 0.156 0.780 0.012
#> SRR1478015 2 0.2773 0.67144 0.004 0.880 0.000 0.116
#> SRR600632 2 0.5345 -0.01379 0.012 0.560 0.000 0.428
#> SRR811866 4 0.8848 -0.41440 0.252 0.048 0.328 0.372
#> SRR1401101 2 0.2737 0.67901 0.008 0.888 0.000 0.104
#> SRR1477797 4 0.4843 0.51441 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1402986 2 0.0524 0.71635 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR658897 1 0.9252 0.01117 0.332 0.292 0.076 0.300
#> SRR1419869 3 0.5567 0.58420 0.068 0.172 0.744 0.016
#> SRR1490700 2 0.9711 -0.36369 0.232 0.332 0.148 0.288
#> SRR601723 4 0.8990 0.35262 0.124 0.244 0.156 0.476
#> SRR1384115 2 0.4759 0.60629 0.044 0.820 0.088 0.048
#> SRR1476927 2 0.3583 0.61439 0.004 0.816 0.000 0.180
#> SRR1387769 3 0.4981 0.59646 0.052 0.156 0.780 0.012
#> SRR1322595 2 0.7284 0.41099 0.132 0.660 0.120 0.088
#> SRR1370423 2 0.8023 -0.24024 0.076 0.432 0.420 0.072
#> SRR1314976 4 0.8934 -0.38311 0.352 0.072 0.188 0.388
#> SRR1319560 2 0.8354 -0.31010 0.184 0.444 0.036 0.336
#> SRR1352683 4 0.9314 0.16187 0.132 0.220 0.212 0.436
#> SRR1473800 3 0.4866 0.30487 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1326384 3 0.8111 0.43278 0.124 0.264 0.544 0.068
#> SRR1360807 4 0.4335 0.57564 0.036 0.168 0.000 0.796
#> SRR1332544 3 0.5978 0.56512 0.144 0.108 0.728 0.020
#> SRR598695 3 0.6062 0.49401 0.204 0.056 0.708 0.032
#> SRR807824 2 0.0712 0.71206 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR809296 3 0.5722 0.56696 0.072 0.192 0.724 0.012
#> SRR657927 3 0.5574 0.57534 0.124 0.084 0.764 0.028
#> SRR1440682 2 0.4920 0.25926 0.004 0.628 0.000 0.368
#> SRR1454415 2 0.4699 0.37646 0.004 0.676 0.000 0.320
#> SRR1419131 4 0.4307 0.61140 0.024 0.192 0.000 0.784
#> SRR1404293 1 0.8234 0.56046 0.528 0.068 0.132 0.272
#> SRR1473340 3 0.3257 0.54744 0.152 0.004 0.844 0.000
#> SRR1345563 3 0.5864 0.07595 0.484 0.004 0.488 0.024
#> SRR1323382 2 0.0524 0.71635 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1480697 3 0.8382 0.22945 0.096 0.380 0.440 0.084
#> SRR1321808 2 0.0376 0.71535 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1382756 2 0.4088 0.62866 0.012 0.808 0.008 0.172
#> SRR1312558 2 0.3869 0.60111 0.028 0.844 0.120 0.008
#> SRR1417088 2 0.5088 0.06228 0.004 0.572 0.000 0.424
#> SRR1433027 2 0.5050 0.13244 0.004 0.588 0.000 0.408
#> SRR662257 2 0.4955 -0.02769 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR600417 4 0.3982 0.65259 0.004 0.220 0.000 0.776
#> SRR812493 4 0.4936 0.55281 0.000 0.372 0.004 0.624
#> SRR612743 3 0.6166 0.57506 0.148 0.104 0.720 0.028
#> SRR1361345 1 0.7448 0.43828 0.484 0.024 0.096 0.396
#> SRR600584 2 0.4328 0.53260 0.008 0.748 0.000 0.244
#> SRR1310520 4 0.4452 0.65466 0.008 0.260 0.000 0.732
#> SRR1395595 3 0.7058 0.46825 0.104 0.280 0.596 0.020
#> SRR1334074 3 0.7466 0.45693 0.112 0.272 0.580 0.036
#> SRR654838 2 0.0859 0.70890 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR1376694 3 0.4952 0.50093 0.268 0.012 0.712 0.008
#> SRR1433841 2 0.8182 0.21543 0.192 0.576 0.112 0.120
#> SRR1366837 3 0.7106 0.55161 0.132 0.156 0.660 0.052
#> SRR1467479 2 0.0336 0.71590 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1459055 1 0.6835 0.27370 0.540 0.004 0.360 0.096
#> SRR1471050 2 0.0707 0.71516 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR603004 2 0.4443 0.64603 0.024 0.812 0.020 0.144
#> SRR814703 2 0.1109 0.71432 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR661937 2 0.4897 0.37524 0.008 0.660 0.000 0.332
#> SRR614359 3 0.2796 0.58004 0.092 0.016 0.892 0.000
#> SRR1071568 2 0.4088 0.62866 0.012 0.808 0.008 0.172
#> SRR1389084 3 0.6032 0.55095 0.080 0.212 0.696 0.012
#> SRR1337624 2 0.5345 -0.01379 0.012 0.560 0.000 0.428
#> SRR1344400 2 0.1109 0.71432 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1414290 2 0.0564 0.71456 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1413644 2 0.1975 0.68869 0.016 0.944 0.028 0.012
#> SRR1098998 3 0.3942 0.49530 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1481279 3 0.5017 0.59900 0.124 0.076 0.788 0.012
#> SRR1315103 1 0.6973 0.35171 0.564 0.008 0.320 0.108
#> SRR1099286 3 0.5677 0.57340 0.132 0.084 0.756 0.028
#> SRR2166570 2 0.7335 -0.10308 0.028 0.496 0.080 0.396
#> SRR601445 3 0.5519 0.59939 0.112 0.112 0.760 0.016
#> SRR1439719 2 0.5050 0.13244 0.004 0.588 0.000 0.408
#> SRR1377026 2 0.5050 0.13370 0.004 0.588 0.000 0.408
#> SRR1327386 3 0.5383 0.18441 0.452 0.000 0.536 0.012
#> SRR654826 2 0.0469 0.71656 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1460433 4 0.5003 0.62495 0.016 0.308 0.000 0.676
#> SRR1469345 3 0.5624 0.58298 0.148 0.104 0.740 0.008
#> SRR1421462 2 0.0564 0.71440 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR662966 3 0.7011 0.52714 0.112 0.216 0.640 0.032
#> SRR1339175 3 0.3257 0.54744 0.152 0.004 0.844 0.000
#> SRR1447736 2 0.0376 0.71535 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1434671 2 0.1362 0.70162 0.012 0.964 0.020 0.004
#> SRR660800 2 0.0895 0.71598 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1465543 2 0.4574 0.58498 0.088 0.828 0.052 0.032
#> SRR1342023 3 0.4857 0.43611 0.324 0.008 0.668 0.000
#> SRR1335670 3 0.6045 0.46402 0.308 0.028 0.640 0.024
#> SRR1400955 2 0.2737 0.67901 0.008 0.888 0.000 0.104
#> SRR1072150 2 0.0564 0.71181 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1442822 3 0.4761 0.35617 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1364658 3 0.3257 0.54744 0.152 0.004 0.844 0.000
#> SRR1098074 2 0.6205 0.44842 0.104 0.724 0.136 0.036
#> SRR1442778 3 0.4737 0.52161 0.252 0.020 0.728 0.000
#> SRR1086728 2 0.6004 0.42633 0.072 0.716 0.188 0.024
#> SRR627464 1 0.7954 0.27182 0.496 0.032 0.328 0.144
#> SRR1409193 1 0.9100 0.35219 0.356 0.064 0.288 0.292
#> SRR2168286 4 0.4969 0.62218 0.008 0.312 0.004 0.676
#> SRR615539 2 0.4855 0.29763 0.004 0.644 0.000 0.352
#> SRR663623 3 0.5294 0.59581 0.060 0.160 0.764 0.016
#> SRR1471989 3 0.7323 0.45633 0.120 0.276 0.580 0.024
#> SRR1468828 2 0.5345 -0.01379 0.012 0.560 0.000 0.428
#> SRR1381934 3 0.6681 0.56753 0.192 0.096 0.676 0.036
#> SRR1471098 3 0.6094 0.55810 0.084 0.212 0.692 0.012
#> SRR1314749 3 0.6816 0.55693 0.108 0.180 0.672 0.040
#> SRR2166874 4 0.8337 0.42249 0.184 0.388 0.032 0.396
#> SRR821302 3 0.6227 0.58185 0.148 0.132 0.704 0.016
#> SRR1435066 2 0.0895 0.71655 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR661601 2 0.1362 0.70162 0.012 0.964 0.020 0.004
#> SRR1446546 2 0.4485 0.61768 0.012 0.792 0.020 0.176
#> SRR1419784 3 0.7164 0.50053 0.108 0.244 0.616 0.032
#> SRR1357233 2 0.5703 -0.20543 0.008 0.500 0.012 0.480
#> SRR1441889 3 0.3649 0.51253 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1413940 1 0.6973 0.35171 0.564 0.008 0.320 0.108
#> SRR1324250 2 0.4134 0.61802 0.008 0.796 0.008 0.188
#> SRR1442862 2 0.2781 0.69886 0.016 0.904 0.008 0.072
#> SRR662474 2 0.4905 0.26781 0.004 0.632 0.000 0.364
#> SRR1416226 3 0.7001 0.55927 0.136 0.156 0.664 0.044
#> SRR1417404 4 0.6492 -0.25056 0.372 0.008 0.060 0.560
#> SRR665466 2 0.4800 0.32795 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR658849 3 0.6032 0.55095 0.080 0.212 0.696 0.012
#> SRR1460025 2 0.4088 0.62866 0.012 0.808 0.008 0.172
#> SRR1408136 3 0.4164 0.47440 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1489995 2 0.0712 0.71581 0.004 0.984 0.004 0.008
#> SRR1374092 3 0.7278 0.53806 0.148 0.136 0.652 0.064
#> SRR1488429 3 0.7452 0.40711 0.088 0.316 0.556 0.040
#> SRR1087559 2 0.8241 0.18323 0.108 0.568 0.124 0.200
#> SRR817004 2 0.7391 0.39926 0.128 0.652 0.128 0.092
#> SRR1429660 2 0.0859 0.70890 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR604390 3 0.8327 0.24790 0.092 0.372 0.452 0.084
#> SRR614936 2 0.5345 -0.01379 0.012 0.560 0.000 0.428
#> SRR1365938 1 0.9380 0.05415 0.340 0.300 0.092 0.268
#> SRR1437324 3 0.4661 0.38890 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR613414 2 0.5167 -0.20430 0.004 0.508 0.000 0.488
#> SRR660414 2 0.7335 -0.10308 0.028 0.496 0.080 0.396
#> SRR1452185 3 0.4866 0.30487 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1347020 3 0.6044 0.59388 0.120 0.136 0.724 0.020
#> SRR1398036 4 0.4843 0.51441 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1436674 3 0.5876 0.46166 0.312 0.020 0.644 0.024
#> SRR603750 3 0.6786 0.50311 0.060 0.256 0.640 0.044
#> SRR608630 4 0.6835 0.26990 0.264 0.132 0.004 0.600
#> SRR655625 4 0.4018 0.65346 0.004 0.224 0.000 0.772
#> SRR599059 2 0.5698 0.56181 0.052 0.768 0.088 0.092
#> SRR615189 2 0.7334 0.36729 0.160 0.644 0.060 0.136
#> SRR1466889 2 0.0779 0.71639 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1084602 4 0.4335 0.57564 0.036 0.168 0.000 0.796
#> SRR1335422 3 0.4158 0.50778 0.224 0.008 0.768 0.000
#> SRR1356805 2 0.1639 0.71455 0.008 0.952 0.004 0.036
#> SRR1385300 3 0.7124 0.50178 0.124 0.236 0.616 0.024
#> SRR654814 3 0.5270 0.42023 0.320 0.012 0.660 0.008
#> SRR658385 2 0.0895 0.71655 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR820596 3 0.6166 0.57506 0.148 0.104 0.720 0.028
#> SRR1318118 3 0.5661 0.60292 0.096 0.132 0.752 0.020
#> SRR1480766 2 0.4950 0.22998 0.004 0.620 0.000 0.376
#> SRR1406539 3 0.5471 0.57394 0.100 0.140 0.752 0.008
#> SRR1341833 2 0.1762 0.71112 0.004 0.944 0.004 0.048
#> SRR1441826 4 0.3908 0.64622 0.004 0.212 0.000 0.784
#> SRR1448051 3 0.5270 0.42023 0.320 0.012 0.660 0.008
#> SRR1326752 3 0.5635 0.57914 0.072 0.172 0.740 0.016
#> SRR665217 3 0.8015 0.22613 0.076 0.404 0.448 0.072
#> SRR819186 2 0.0376 0.71500 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR661517 3 0.6396 0.53449 0.088 0.228 0.668 0.016
#> SRR607166 2 0.2870 0.68463 0.020 0.908 0.052 0.020
#> SRR809065 4 0.5801 0.31178 0.016 0.468 0.008 0.508
#> SRR1415872 2 0.3105 0.65229 0.004 0.856 0.000 0.140
#> SRR1415463 3 0.6816 0.55693 0.108 0.180 0.672 0.040
#> SRR1381161 4 0.4855 0.50739 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1442231 1 0.9225 0.06737 0.340 0.264 0.076 0.320
#> SRR1374696 3 0.9169 -0.30497 0.320 0.068 0.324 0.288
#> SRR1451988 3 0.7685 0.25407 0.068 0.408 0.468 0.056
#> SRR660555 3 0.6062 0.49401 0.204 0.056 0.708 0.032
#> SRR657801 3 0.4513 0.56348 0.160 0.040 0.796 0.004
#> SRR663344 2 0.0859 0.71247 0.004 0.980 0.008 0.008
#> SRR1472462 2 0.1557 0.70675 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1406176 2 0.7818 0.28182 0.048 0.580 0.212 0.160
#> SRR656886 2 0.4088 0.62866 0.012 0.808 0.008 0.172
#> SRR1498337 4 0.4843 0.51441 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR613066 3 0.4057 0.59787 0.084 0.056 0.848 0.012
#> SRR1309490 3 0.4164 0.47440 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR602492 4 0.4843 0.51441 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1447347 3 0.4827 0.56840 0.164 0.040 0.784 0.012
#> SRR1475546 2 0.1302 0.70927 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR627459 4 0.8990 0.35262 0.124 0.244 0.156 0.476
#> SRR1434332 2 0.4964 0.22294 0.004 0.616 0.000 0.380
#> SRR1070358 2 0.5284 -0.00444 0.004 0.556 0.004 0.436
#> SRR1345936 4 0.5845 0.45335 0.008 0.424 0.020 0.548
#> SRR665658 2 0.3882 0.67049 0.016 0.852 0.028 0.104
#> SRR1321351 2 0.4328 0.53260 0.008 0.748 0.000 0.244
#> SRR657880 2 0.1007 0.71119 0.008 0.976 0.008 0.008
#> SRR1373903 2 0.5055 0.25211 0.008 0.624 0.000 0.368
#> SRR657396 2 0.8354 -0.31010 0.184 0.444 0.036 0.336
#> SRR660981 2 0.3583 0.61439 0.004 0.816 0.000 0.180
#> SRR818499 3 0.6062 0.49401 0.204 0.056 0.708 0.032
#> SRR819658 2 0.2737 0.67901 0.008 0.888 0.000 0.104
#> SRR1376316 3 0.4697 0.37589 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1323723 2 0.0712 0.71345 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR1476719 3 0.6120 0.44803 0.308 0.020 0.636 0.036
#> SRR1403478 2 0.0895 0.71655 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1095695 3 0.5766 0.56621 0.068 0.204 0.716 0.012
#> SRR1352391 4 0.9319 0.16187 0.128 0.224 0.216 0.432
#> SRR1498813 4 0.4018 0.65470 0.004 0.224 0.000 0.772
#> SRR627437 4 0.8990 0.35262 0.124 0.244 0.156 0.476
#> SRR2185097 3 0.4857 0.56222 0.176 0.048 0.772 0.004
#> SRR817166 3 0.8327 0.24790 0.092 0.372 0.452 0.084
#> SRR1091670 2 0.0376 0.71535 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR603776 3 0.6762 0.56300 0.164 0.116 0.680 0.040
#> SRR1479640 2 0.3583 0.61439 0.004 0.816 0.000 0.180
#> SRR660152 3 0.4122 0.60878 0.056 0.096 0.840 0.008
#> SRR1074769 2 0.0895 0.71655 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR656153 2 0.4741 0.35517 0.004 0.668 0.000 0.328
#> SRR1392502 3 0.7868 0.45368 0.148 0.248 0.560 0.044
#> SRR1359609 3 0.5088 0.26234 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR601925 2 0.3146 0.67894 0.016 0.896 0.056 0.032
#> SRR2165182 2 0.2053 0.69666 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR608542 4 0.4916 0.44977 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR655064 4 0.4456 0.64446 0.004 0.280 0.000 0.716
#> SRR1432430 3 0.5654 0.57434 0.068 0.192 0.728 0.012
#> SRR808472 2 0.5473 0.11777 0.012 0.576 0.004 0.408
#> SRR1414958 3 0.7323 0.45633 0.120 0.276 0.580 0.024
#> SRR598484 2 0.4485 0.61768 0.012 0.792 0.020 0.176
#> SRR612755 3 0.5574 0.57534 0.124 0.084 0.764 0.028
#> SRR1365808 3 0.4877 0.29782 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1391724 4 0.8990 0.35262 0.124 0.244 0.156 0.476
#> SRR1322373 3 0.6032 0.55095 0.080 0.212 0.696 0.012
#> SRR1489265 2 0.0992 0.71399 0.004 0.976 0.008 0.012
#> SRR1359099 2 0.0895 0.71655 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR607279 2 0.3668 0.60742 0.004 0.808 0.000 0.188
#> SRR810461 2 0.0564 0.71440 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR627427 1 0.7954 0.27182 0.496 0.032 0.328 0.144
#> SRR612887 2 0.4343 0.49208 0.004 0.732 0.000 0.264
#> SRR809807 2 0.6724 0.38759 0.104 0.680 0.176 0.040
#> SRR663112 2 0.7337 0.37840 0.044 0.624 0.124 0.208
#> SRR1346933 4 0.8323 0.45808 0.184 0.364 0.032 0.420
#> SRR1487910 3 0.8504 -0.18259 0.376 0.064 0.424 0.136
#> SRR603092 4 0.5000 0.23712 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1417680 2 0.4800 0.32795 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR1383785 3 0.4095 0.54208 0.172 0.024 0.804 0.000
#> SRR1070015 2 0.4587 0.58407 0.084 0.828 0.056 0.032
#> SRR1466222 2 0.6420 0.40772 0.064 0.692 0.200 0.044
#> SRR1416119 3 0.4852 0.59471 0.076 0.112 0.800 0.012
#> SRR819318 3 0.5770 0.59819 0.100 0.136 0.744 0.020
#> SRR608288 2 0.0895 0.71655 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR811121 2 0.3455 0.64092 0.044 0.880 0.064 0.012
#> SRR613138 2 0.0712 0.71581 0.004 0.984 0.004 0.008
#> SRR810483 3 0.5057 0.59565 0.056 0.156 0.776 0.012
#> SRR607839 3 0.4866 0.30487 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1337031 3 0.4869 0.48135 0.276 0.012 0.708 0.004
#> SRR601311 4 0.3945 0.64989 0.004 0.216 0.000 0.780
#> SRR1406685 4 0.5085 0.53713 0.008 0.376 0.000 0.616
#> SRR1467500 2 0.5168 -0.21284 0.004 0.504 0.000 0.492
#> SRR1308504 3 0.3764 0.50514 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1312865 3 0.7719 0.45035 0.112 0.292 0.552 0.044
#> SRR1312522 3 0.5154 0.59792 0.060 0.148 0.776 0.016
#> SRR1490486 2 0.1174 0.70945 0.012 0.968 0.020 0.000
#> SRR1325888 3 0.5898 0.55959 0.076 0.204 0.708 0.012
#> SRR1472885 3 0.3907 0.49838 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1098785 2 0.5097 0.04638 0.004 0.568 0.000 0.428
#> SRR1084766 4 0.4969 0.62218 0.008 0.312 0.004 0.676
#> SRR1102804 2 0.1398 0.71279 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR1336636 3 0.6212 0.58133 0.160 0.112 0.708 0.020
#> SRR1347795 3 0.5978 0.56512 0.144 0.108 0.728 0.020
#> SRR601900 2 0.1509 0.69946 0.012 0.960 0.020 0.008
#> SRR1330989 4 0.5573 0.28019 0.012 0.476 0.004 0.508
#> SRR658445 2 0.4652 0.57945 0.088 0.824 0.056 0.032
#> SRR1368754 3 0.6721 0.56932 0.112 0.192 0.668 0.028
#> SRR1460001 2 0.1082 0.71642 0.004 0.972 0.004 0.020
#> SRR1414934 3 0.4866 0.29765 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1326249 3 0.6358 0.53831 0.092 0.216 0.676 0.016
#> SRR614948 3 0.5236 0.23810 0.432 0.000 0.560 0.008
#> SRR1472952 3 0.5434 0.57811 0.060 0.184 0.744 0.012
#> SRR1321528 3 0.6982 0.33074 0.304 0.040 0.596 0.060
#> SRR627447 3 0.6115 0.59209 0.104 0.152 0.720 0.024
#> SRR612239 4 0.8990 0.35262 0.124 0.244 0.156 0.476
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.5877 0.52892 0.140 0.068 0.704 0.008 0.080
#> SRR603858 3 0.7799 0.43686 0.112 0.216 0.544 0.080 0.048
#> SRR817070 2 0.4240 0.47405 0.004 0.700 0.000 0.284 0.012
#> SRR1486995 3 0.4832 0.56711 0.036 0.180 0.748 0.004 0.032
#> SRR813043 2 0.0324 0.75237 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR656874 2 0.2177 0.72140 0.004 0.908 0.000 0.080 0.008
#> SRR659037 4 0.5977 0.59978 0.048 0.292 0.036 0.616 0.008
#> SRR662031 3 0.4661 0.43906 0.208 0.020 0.736 0.000 0.036
#> SRR1081283 4 0.4350 0.46060 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR1481036 3 0.7247 0.52733 0.140 0.112 0.620 0.052 0.076
#> SRR1434009 2 0.2018 0.72237 0.012 0.932 0.040 0.008 0.008
#> SRR1376676 1 0.4291 0.29997 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.5008 0.55579 0.012 0.708 0.024 0.236 0.020
#> SRR665429 2 0.2177 0.72140 0.004 0.908 0.000 0.080 0.008
#> SRR1388025 4 0.1831 0.56636 0.004 0.076 0.000 0.920 0.000
#> SRR600784 3 0.6062 0.58298 0.092 0.108 0.696 0.008 0.096
#> SRR657611 3 0.6452 0.30112 0.312 0.020 0.576 0.032 0.060
#> SRR1333659 2 0.5457 0.60329 0.056 0.760 0.080 0.044 0.060
#> SRR1323896 2 0.3578 0.60569 0.004 0.784 0.000 0.204 0.008
#> SRR1453971 2 0.7416 0.39337 0.072 0.616 0.108 0.108 0.096
#> SRR1421010 1 0.4999 0.29093 0.504 0.000 0.472 0.008 0.016
#> SRR1334490 3 0.3771 0.58326 0.048 0.076 0.844 0.004 0.028
#> SRR1309468 3 0.4387 0.22526 0.336 0.000 0.652 0.004 0.008
#> SRR1468637 4 0.7926 0.49940 0.148 0.272 0.012 0.468 0.100
#> SRR1365489 2 0.0693 0.75193 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR627445 3 0.6480 0.54989 0.040 0.200 0.652 0.044 0.064
#> SRR607863 2 0.4613 0.09713 0.004 0.580 0.000 0.408 0.008
#> SRR1475524 1 0.4886 0.29963 0.512 0.000 0.468 0.004 0.016
#> SRR1405504 2 0.3578 0.60569 0.004 0.784 0.000 0.204 0.008
#> SRR615695 1 0.4819 0.37081 0.576 0.000 0.404 0.008 0.012
#> SRR600900 2 0.4198 0.59319 0.004 0.752 0.012 0.220 0.012
#> SRR601477 2 0.0566 0.75329 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1487215 2 0.0566 0.75329 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1310797 2 0.1571 0.74154 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1362713 1 0.7331 0.02722 0.568 0.040 0.048 0.232 0.112
#> SRR1431385 3 0.4452 -0.21831 0.496 0.000 0.500 0.004 0.000
#> SRR1379089 2 0.0324 0.75237 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1102079 3 0.8062 0.46169 0.108 0.232 0.516 0.060 0.084
#> SRR1357210 3 0.4522 0.22023 0.332 0.004 0.652 0.004 0.008
#> SRR657659 2 0.4783 -0.04753 0.004 0.532 0.000 0.452 0.012
#> SRR663573 2 0.5067 -0.12775 0.008 0.504 0.008 0.472 0.008
#> SRR603188 2 0.3910 0.55333 0.004 0.740 0.000 0.248 0.008
#> SRR1471200 2 0.0451 0.75262 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1310975 2 0.0798 0.75348 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR627457 5 0.2696 1.00000 0.024 0.012 0.072 0.000 0.892
#> SRR1367654 2 0.1779 0.72769 0.004 0.940 0.040 0.008 0.008
#> SRR1488410 1 0.5243 0.38015 0.724 0.000 0.172 0.056 0.048
#> SRR1457750 4 0.8717 0.12738 0.324 0.204 0.024 0.324 0.124
#> SRR1099546 3 0.4647 0.55388 0.128 0.060 0.780 0.004 0.028
#> SRR604480 2 0.0162 0.75212 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1390477 2 0.0324 0.75237 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1458447 2 0.0162 0.75212 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473161 2 0.3475 0.63947 0.004 0.804 0.000 0.180 0.012
#> SRR1409813 2 0.2130 0.72040 0.012 0.928 0.040 0.008 0.012
#> SRR612791 3 0.3715 0.36253 0.260 0.004 0.736 0.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.7029 0.19628 0.028 0.532 0.320 0.040 0.080
#> SRR1444063 2 0.7976 0.24852 0.136 0.564 0.088 0.112 0.100
#> SRR1355578 1 0.6846 0.08283 0.624 0.024 0.056 0.184 0.112
#> SRR1429203 1 0.4287 0.30704 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.3264 0.67481 0.024 0.868 0.084 0.008 0.016
#> SRR814244 1 0.7171 0.29592 0.608 0.052 0.148 0.152 0.040
#> SRR1404123 2 0.4798 -0.12722 0.004 0.512 0.000 0.472 0.012
#> SRR656934 3 0.8269 0.43840 0.152 0.124 0.532 0.096 0.096
#> SRR1339029 2 0.0290 0.75349 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR821525 4 0.1768 0.56118 0.004 0.072 0.000 0.924 0.000
#> SRR1443677 3 0.4833 0.19502 0.356 0.012 0.620 0.004 0.008
#> SRR1406330 1 0.4997 0.29887 0.508 0.000 0.468 0.008 0.016
#> SRR1338124 2 0.6939 0.32768 0.012 0.580 0.128 0.232 0.048
#> SRR1391376 3 0.5152 0.60201 0.052 0.128 0.752 0.004 0.064
#> SRR661842 4 0.1697 0.54554 0.008 0.060 0.000 0.932 0.000
#> SRR1395699 3 0.4368 0.58337 0.028 0.156 0.784 0.004 0.028
#> SRR1312209 3 0.6649 0.10018 0.384 0.020 0.504 0.060 0.032
#> SRR1359469 1 0.4443 0.27565 0.524 0.000 0.472 0.004 0.000
#> SRR658885 3 0.5858 0.51873 0.044 0.228 0.668 0.012 0.048
#> SRR1414578 3 0.5334 0.30403 0.296 0.020 0.648 0.008 0.028
#> SRR603620 4 0.8129 0.43762 0.160 0.352 0.016 0.384 0.088
#> SRR604677 3 0.5548 0.57543 0.124 0.100 0.728 0.012 0.036
#> SRR603800 2 0.0771 0.75470 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR602058 4 0.3949 0.56834 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR817488 2 0.0451 0.75178 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR655601 2 0.4796 -0.11123 0.004 0.516 0.000 0.468 0.012
#> SRR1434821 2 0.0898 0.75246 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR1349166 2 0.1779 0.72769 0.004 0.940 0.040 0.008 0.008
#> SRR615129 1 0.8725 -0.25097 0.320 0.216 0.024 0.320 0.120
#> SRR607586 2 0.0162 0.75212 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR602680 2 0.1243 0.73909 0.000 0.960 0.028 0.008 0.004
#> SRR1411070 4 0.4359 0.45384 0.000 0.412 0.000 0.584 0.004
#> SRR663038 2 0.2177 0.72140 0.004 0.908 0.000 0.080 0.008
#> SRR1489416 2 0.3509 0.61180 0.004 0.792 0.000 0.196 0.008
#> SRR1479155 1 0.4300 0.28584 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR662162 3 0.4387 0.22710 0.336 0.000 0.652 0.004 0.008
#> SRR1374567 3 0.4082 0.59947 0.020 0.124 0.812 0.004 0.040
#> SRR1434048 2 0.0579 0.75292 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR2184865 4 0.3497 0.62615 0.020 0.140 0.000 0.828 0.012
#> SRR2170135 3 0.4387 0.22710 0.336 0.000 0.652 0.004 0.008
#> SRR615551 2 0.0451 0.74929 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1335513 2 0.4262 0.46518 0.004 0.696 0.000 0.288 0.012
#> SRR1370216 3 0.3771 0.58326 0.048 0.076 0.844 0.004 0.028
#> SRR662954 4 0.6293 0.17103 0.372 0.060 0.000 0.524 0.044
#> SRR1375738 3 0.4973 0.59822 0.072 0.116 0.768 0.008 0.036
#> SRR1356577 1 0.5565 -0.13783 0.488 0.000 0.020 0.460 0.032
#> SRR1073119 3 0.6115 0.46097 0.228 0.052 0.652 0.012 0.056
#> SRR663549 3 0.4973 0.59822 0.072 0.116 0.768 0.008 0.036
#> SRR1478015 2 0.2722 0.69263 0.004 0.868 0.000 0.120 0.008
#> SRR600632 4 0.5157 0.31511 0.024 0.468 0.000 0.500 0.008
#> SRR811866 4 0.8239 -0.34014 0.308 0.044 0.300 0.320 0.028
#> SRR1401101 2 0.2622 0.70519 0.004 0.884 0.004 0.100 0.008
#> SRR1477797 4 0.3586 0.63093 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1402986 2 0.0671 0.75350 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR658897 1 0.8725 -0.25097 0.320 0.216 0.024 0.320 0.120
#> SRR1419869 3 0.4134 0.59662 0.028 0.120 0.812 0.004 0.036
#> SRR1490700 4 0.9408 0.24637 0.216 0.284 0.108 0.296 0.096
#> SRR601723 4 0.8316 0.32001 0.096 0.152 0.120 0.528 0.104
#> SRR1384115 2 0.4859 0.62303 0.032 0.788 0.100 0.052 0.028
#> SRR1476927 2 0.3509 0.61180 0.004 0.792 0.000 0.196 0.008
#> SRR1387769 3 0.4973 0.59822 0.072 0.116 0.768 0.008 0.036
#> SRR1322595 2 0.7411 0.39314 0.072 0.616 0.104 0.116 0.092
#> SRR1370423 3 0.7411 0.27055 0.044 0.384 0.456 0.064 0.052
#> SRR1314976 1 0.7988 -0.00362 0.420 0.056 0.160 0.336 0.028
#> SRR1319560 4 0.8129 0.43762 0.160 0.352 0.016 0.384 0.088
#> SRR1352683 4 0.8809 0.15621 0.104 0.144 0.172 0.468 0.112
#> SRR1473800 1 0.4291 0.29997 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.8023 0.46405 0.104 0.232 0.520 0.060 0.084
#> SRR1360807 4 0.3171 0.45660 0.084 0.044 0.000 0.864 0.008
#> SRR1332544 3 0.5666 0.54328 0.132 0.084 0.720 0.008 0.056
#> SRR598695 3 0.6412 0.23486 0.304 0.044 0.588 0.032 0.032
#> SRR807824 2 0.0566 0.74975 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR809296 3 0.4201 0.58733 0.024 0.148 0.796 0.004 0.028
#> SRR657927 3 0.5877 0.52892 0.140 0.068 0.704 0.008 0.080
#> SRR1440682 2 0.4670 -0.00674 0.004 0.548 0.000 0.440 0.008
#> SRR1454415 2 0.4530 0.22123 0.004 0.612 0.000 0.376 0.008
#> SRR1419131 4 0.2747 0.48333 0.060 0.048 0.000 0.888 0.004
#> SRR1404293 1 0.7254 0.05135 0.588 0.036 0.056 0.204 0.116
#> SRR1473340 3 0.3715 0.36253 0.260 0.004 0.736 0.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.5222 0.39427 0.600 0.000 0.356 0.016 0.028
#> SRR1323382 2 0.0671 0.75350 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1480697 3 0.7827 0.31391 0.060 0.328 0.472 0.080 0.060
#> SRR1321808 2 0.0566 0.75329 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1382756 2 0.4203 0.60463 0.004 0.760 0.012 0.208 0.016
#> SRR1312558 2 0.3244 0.63028 0.008 0.832 0.152 0.004 0.004
#> SRR1417088 4 0.4706 0.21910 0.004 0.488 0.000 0.500 0.008
#> SRR1433027 2 0.4706 -0.20064 0.004 0.496 0.000 0.492 0.008
#> SRR662257 4 0.4430 0.33169 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004
#> SRR600417 4 0.1831 0.56636 0.004 0.076 0.000 0.920 0.000
#> SRR812493 4 0.3844 0.63916 0.004 0.256 0.000 0.736 0.004
#> SRR612743 3 0.6501 0.51630 0.168 0.076 0.656 0.016 0.084
#> SRR1361345 1 0.5529 -0.01769 0.656 0.004 0.020 0.264 0.056
#> SRR600584 2 0.4240 0.47405 0.004 0.700 0.000 0.284 0.012
#> SRR1310520 4 0.3415 0.60656 0.032 0.120 0.000 0.840 0.008
#> SRR1395595 3 0.5789 0.52088 0.040 0.228 0.672 0.012 0.048
#> SRR1334074 3 0.6940 0.51274 0.060 0.220 0.600 0.020 0.100
#> SRR654838 2 0.0671 0.74693 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1376694 3 0.4936 0.20095 0.356 0.012 0.616 0.004 0.012
#> SRR1433841 2 0.7976 0.24852 0.136 0.564 0.088 0.112 0.100
#> SRR1366837 3 0.7224 0.54431 0.140 0.132 0.616 0.048 0.064
#> SRR1467479 2 0.0290 0.75306 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1459055 1 0.5302 0.42353 0.700 0.000 0.212 0.044 0.044
#> SRR1471050 2 0.0671 0.75125 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR603004 2 0.4271 0.65207 0.008 0.788 0.020 0.160 0.024
#> SRR814703 2 0.1329 0.74862 0.000 0.956 0.004 0.032 0.008
#> SRR661937 2 0.4793 0.24537 0.004 0.600 0.004 0.380 0.012
#> SRR614359 3 0.3421 0.48308 0.152 0.008 0.824 0.000 0.016
#> SRR1071568 2 0.4171 0.60857 0.004 0.764 0.012 0.204 0.016
#> SRR1389084 3 0.4565 0.57713 0.032 0.168 0.768 0.004 0.028
#> SRR1337624 4 0.5157 0.31511 0.024 0.468 0.000 0.500 0.008
#> SRR1344400 2 0.1329 0.74862 0.000 0.956 0.004 0.032 0.008
#> SRR1414290 2 0.0451 0.75175 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1413644 2 0.1779 0.72769 0.004 0.940 0.040 0.008 0.008
#> SRR1098998 3 0.4045 0.19648 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.4692 0.55362 0.132 0.060 0.776 0.004 0.028
#> SRR1315103 1 0.5243 0.38015 0.724 0.000 0.172 0.056 0.048
#> SRR1099286 3 0.6022 0.52634 0.144 0.068 0.692 0.008 0.088
#> SRR2166570 2 0.6761 -0.21630 0.016 0.448 0.072 0.432 0.032
#> SRR601445 3 0.5295 0.55571 0.140 0.076 0.740 0.008 0.036
#> SRR1439719 2 0.4706 -0.20064 0.004 0.496 0.000 0.492 0.008
#> SRR1377026 4 0.4706 0.19574 0.004 0.492 0.000 0.496 0.008
#> SRR1327386 1 0.4970 0.37816 0.580 0.000 0.392 0.008 0.020
#> SRR654826 2 0.0510 0.75363 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1460433 4 0.4296 0.64752 0.036 0.176 0.000 0.772 0.016
#> SRR1469345 3 0.5481 0.54643 0.144 0.076 0.728 0.008 0.044
#> SRR1421462 2 0.0451 0.75178 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR662966 3 0.6303 0.56247 0.068 0.172 0.656 0.004 0.100
#> SRR1339175 3 0.3715 0.36253 0.260 0.004 0.736 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0566 0.75329 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1434671 2 0.1082 0.74057 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR660800 2 0.0865 0.75259 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1465543 2 0.4439 0.62286 0.040 0.812 0.056 0.012 0.080
#> SRR1342023 3 0.4645 0.05212 0.424 0.008 0.564 0.000 0.004
#> SRR1335670 3 0.5621 0.23619 0.364 0.020 0.580 0.024 0.012
#> SRR1400955 2 0.2622 0.70519 0.004 0.884 0.004 0.100 0.008
#> SRR1072150 2 0.0451 0.74929 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1442822 1 0.4307 0.19510 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.3715 0.36253 0.260 0.004 0.736 0.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.5902 0.47336 0.044 0.696 0.160 0.012 0.088
#> SRR1442778 3 0.4890 0.30769 0.320 0.016 0.648 0.012 0.004
#> SRR1086728 2 0.5684 0.46371 0.040 0.696 0.200 0.016 0.048
#> SRR627464 5 0.2696 1.00000 0.024 0.012 0.072 0.000 0.892
#> SRR1409193 1 0.8063 0.16131 0.432 0.048 0.232 0.260 0.028
#> SRR2168286 4 0.4089 0.64718 0.024 0.180 0.000 0.780 0.016
#> SRR615539 2 0.4604 0.11549 0.004 0.584 0.000 0.404 0.008
#> SRR663623 3 0.5027 0.59894 0.076 0.120 0.764 0.012 0.028
#> SRR1471989 3 0.6175 0.50583 0.052 0.228 0.648 0.012 0.060
#> SRR1468828 4 0.5157 0.31511 0.024 0.468 0.000 0.500 0.008
#> SRR1381934 3 0.6109 0.50576 0.236 0.076 0.644 0.032 0.012
#> SRR1471098 3 0.4723 0.58270 0.036 0.168 0.760 0.004 0.032
#> SRR1314749 3 0.6632 0.56422 0.088 0.144 0.664 0.036 0.068
#> SRR2166874 4 0.7937 0.51028 0.148 0.288 0.012 0.456 0.096
#> SRR821302 3 0.6309 0.53088 0.204 0.116 0.640 0.024 0.016
#> SRR1435066 2 0.0833 0.75339 0.000 0.976 0.004 0.016 0.004
#> SRR661601 2 0.1082 0.74057 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1446546 2 0.4516 0.59280 0.008 0.748 0.020 0.208 0.016
#> SRR1419784 3 0.6405 0.54225 0.060 0.200 0.636 0.004 0.100
#> SRR1357233 4 0.5068 0.43637 0.004 0.404 0.012 0.568 0.012
#> SRR1441889 3 0.4403 0.25677 0.316 0.000 0.668 0.004 0.012
#> SRR1413940 1 0.5243 0.38015 0.724 0.000 0.172 0.056 0.048
#> SRR1324250 2 0.4151 0.58803 0.004 0.748 0.012 0.228 0.008
#> SRR1442862 2 0.2914 0.72154 0.016 0.884 0.008 0.080 0.012
#> SRR662474 2 0.4645 0.04657 0.004 0.564 0.000 0.424 0.008
#> SRR1416226 3 0.6677 0.56104 0.136 0.132 0.652 0.044 0.036
#> SRR1417404 1 0.5967 -0.13642 0.476 0.008 0.028 0.456 0.032
#> SRR665466 2 0.4585 0.14494 0.004 0.592 0.000 0.396 0.008
#> SRR658849 3 0.4565 0.57713 0.032 0.168 0.768 0.004 0.028
#> SRR1460025 2 0.4171 0.60857 0.004 0.764 0.012 0.204 0.016
#> SRR1408136 3 0.4576 0.13945 0.376 0.000 0.608 0.000 0.016
#> SRR1489995 2 0.0798 0.75348 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1374092 3 0.7247 0.52733 0.140 0.112 0.620 0.052 0.076
#> SRR1488429 3 0.6570 0.47949 0.048 0.264 0.608 0.040 0.040
#> SRR1087559 2 0.7940 0.13564 0.076 0.524 0.096 0.240 0.064
#> SRR817004 2 0.7448 0.38748 0.068 0.612 0.112 0.112 0.096
#> SRR1429660 2 0.0833 0.74659 0.004 0.976 0.016 0.004 0.000
#> SRR604390 3 0.7858 0.32896 0.064 0.320 0.476 0.080 0.060
#> SRR614936 4 0.5157 0.31511 0.024 0.468 0.000 0.500 0.008
#> SRR1365938 1 0.8812 -0.19763 0.356 0.224 0.040 0.280 0.100
#> SRR1437324 3 0.4695 -0.11318 0.464 0.000 0.524 0.004 0.008
#> SRR613414 4 0.4718 0.44574 0.008 0.404 0.000 0.580 0.008
#> SRR660414 2 0.6761 -0.21630 0.016 0.448 0.072 0.432 0.032
#> SRR1452185 1 0.4291 0.29997 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.6389 0.57193 0.120 0.104 0.668 0.008 0.100
#> SRR1398036 4 0.3586 0.63093 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1436674 3 0.5533 0.19824 0.372 0.016 0.576 0.028 0.008
#> SRR603750 3 0.6480 0.54989 0.040 0.200 0.652 0.044 0.064
#> SRR608630 4 0.6293 0.17103 0.372 0.060 0.000 0.524 0.044
#> SRR655625 4 0.1892 0.56791 0.004 0.080 0.000 0.916 0.000
#> SRR599059 2 0.5791 0.55716 0.036 0.728 0.072 0.120 0.044
#> SRR615189 2 0.7462 0.30923 0.120 0.600 0.056 0.148 0.076
#> SRR1466889 2 0.0671 0.75290 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1084602 4 0.3171 0.45660 0.084 0.044 0.000 0.864 0.008
#> SRR1335422 3 0.4609 0.23140 0.328 0.004 0.652 0.004 0.012
#> SRR1356805 2 0.1412 0.75067 0.004 0.952 0.008 0.036 0.000
#> SRR1385300 3 0.6164 0.54017 0.044 0.192 0.660 0.008 0.096
#> SRR654814 3 0.5389 0.01732 0.412 0.012 0.548 0.016 0.012
#> SRR658385 2 0.0833 0.75339 0.000 0.976 0.004 0.016 0.004
#> SRR820596 3 0.6501 0.51630 0.168 0.076 0.656 0.016 0.084
#> SRR1318118 3 0.5377 0.57769 0.120 0.096 0.740 0.012 0.032
#> SRR1480766 2 0.4658 0.01640 0.004 0.556 0.000 0.432 0.008
#> SRR1406539 3 0.5698 0.52796 0.144 0.108 0.708 0.012 0.028
#> SRR1341833 2 0.1697 0.74253 0.000 0.932 0.008 0.060 0.000
#> SRR1441826 4 0.1697 0.54554 0.008 0.060 0.000 0.932 0.000
#> SRR1448051 3 0.5389 0.01732 0.412 0.012 0.548 0.016 0.012
#> SRR1326752 3 0.4149 0.59363 0.028 0.128 0.808 0.004 0.032
#> SRR665217 3 0.7473 0.30336 0.044 0.356 0.476 0.068 0.056
#> SRR819186 2 0.0324 0.75209 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR661517 3 0.4832 0.56711 0.036 0.180 0.748 0.004 0.032
#> SRR607166 2 0.2700 0.71766 0.004 0.896 0.068 0.020 0.012
#> SRR809065 4 0.5261 0.53507 0.012 0.352 0.000 0.600 0.036
#> SRR1415872 2 0.3001 0.67068 0.004 0.844 0.000 0.144 0.008
#> SRR1415463 3 0.6632 0.56422 0.088 0.144 0.664 0.036 0.068
#> SRR1381161 4 0.3661 0.62314 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1442231 1 0.8717 -0.22462 0.324 0.204 0.024 0.324 0.124
#> SRR1374696 1 0.8155 0.20757 0.368 0.052 0.288 0.272 0.020
#> SRR1451988 3 0.6959 0.34118 0.032 0.356 0.512 0.048 0.052
#> SRR660555 3 0.6412 0.23486 0.304 0.044 0.588 0.032 0.032
#> SRR657801 3 0.4583 0.43060 0.204 0.012 0.740 0.000 0.044
#> SRR663344 2 0.0693 0.75018 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR1472462 2 0.1571 0.73852 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR1406176 2 0.7334 0.23898 0.012 0.532 0.228 0.180 0.048
#> SRR656886 2 0.4171 0.60857 0.004 0.764 0.012 0.204 0.016
#> SRR1498337 4 0.3561 0.63306 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR613066 3 0.3697 0.54281 0.092 0.028 0.844 0.004 0.032
#> SRR1309490 3 0.4588 0.13033 0.380 0.000 0.604 0.000 0.016
#> SRR602492 4 0.3586 0.63093 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1447347 3 0.5630 0.44794 0.228 0.032 0.668 0.000 0.072
#> SRR1475546 2 0.1282 0.74362 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR627459 4 0.8316 0.32001 0.096 0.152 0.120 0.528 0.104
#> SRR1434332 2 0.4664 0.00684 0.004 0.552 0.000 0.436 0.008
#> SRR1070358 4 0.4702 0.28430 0.000 0.476 0.008 0.512 0.004
#> SRR1345936 4 0.4972 0.59668 0.012 0.312 0.016 0.652 0.008
#> SRR665658 2 0.4177 0.64252 0.016 0.792 0.024 0.160 0.008
#> SRR1321351 2 0.4240 0.47405 0.004 0.700 0.000 0.284 0.012
#> SRR657880 2 0.0798 0.74922 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1373903 2 0.4779 -0.04266 0.004 0.536 0.000 0.448 0.012
#> SRR657396 4 0.8129 0.43762 0.160 0.352 0.016 0.384 0.088
#> SRR660981 2 0.3509 0.61180 0.004 0.792 0.000 0.196 0.008
#> SRR818499 3 0.6412 0.23486 0.304 0.044 0.588 0.032 0.032
#> SRR819658 2 0.2622 0.70519 0.004 0.884 0.004 0.100 0.008
#> SRR1376316 3 0.4443 -0.13332 0.472 0.000 0.524 0.000 0.004
#> SRR1323723 2 0.0693 0.75193 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1476719 3 0.6229 0.18735 0.364 0.016 0.548 0.040 0.032
#> SRR1403478 2 0.0833 0.75339 0.000 0.976 0.004 0.016 0.004
#> SRR1095695 3 0.4685 0.59039 0.036 0.156 0.768 0.004 0.036
#> SRR1352391 4 0.8722 0.16284 0.104 0.144 0.176 0.476 0.100
#> SRR1498813 4 0.1952 0.57413 0.004 0.084 0.000 0.912 0.000
#> SRR627437 4 0.8316 0.32001 0.096 0.152 0.120 0.528 0.104
#> SRR2185097 3 0.4661 0.43906 0.208 0.020 0.736 0.000 0.036
#> SRR817166 3 0.7858 0.32896 0.064 0.320 0.476 0.080 0.060
#> SRR1091670 2 0.0566 0.75329 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR603776 3 0.7109 0.50151 0.184 0.088 0.612 0.032 0.084
#> SRR1479640 2 0.3509 0.61180 0.004 0.792 0.000 0.196 0.008
#> SRR660152 3 0.3582 0.57984 0.064 0.064 0.852 0.004 0.016
#> SRR1074769 2 0.0833 0.75339 0.000 0.976 0.004 0.016 0.004
#> SRR656153 2 0.4530 0.20782 0.004 0.612 0.000 0.376 0.008
#> SRR1392502 3 0.7564 0.47818 0.164 0.216 0.540 0.044 0.036
#> SRR1359609 1 0.4860 0.33740 0.540 0.000 0.440 0.004 0.016
#> SRR601925 2 0.2899 0.70844 0.000 0.880 0.076 0.036 0.008
#> SRR2165182 2 0.2177 0.72140 0.004 0.908 0.000 0.080 0.008
#> SRR608542 4 0.3837 0.59475 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR655064 4 0.3497 0.62615 0.020 0.140 0.000 0.828 0.012
#> SRR1432430 3 0.4560 0.59491 0.032 0.144 0.780 0.004 0.040
#> SRR808472 2 0.5071 -0.17326 0.008 0.492 0.008 0.484 0.008
#> SRR1414958 3 0.6175 0.50583 0.052 0.228 0.648 0.012 0.060
#> SRR598484 2 0.4516 0.59280 0.008 0.748 0.020 0.208 0.016
#> SRR612755 3 0.5877 0.52892 0.140 0.068 0.704 0.008 0.080
#> SRR1365808 1 0.4287 0.30704 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.8316 0.32001 0.096 0.152 0.120 0.528 0.104
#> SRR1322373 3 0.4565 0.57713 0.032 0.168 0.768 0.004 0.028
#> SRR1489265 2 0.0912 0.75274 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR1359099 2 0.0833 0.75339 0.000 0.976 0.004 0.016 0.004
#> SRR607279 2 0.3578 0.60569 0.004 0.784 0.000 0.204 0.008
#> SRR810461 2 0.0451 0.75178 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR627427 5 0.2696 1.00000 0.024 0.012 0.072 0.000 0.892
#> SRR612887 2 0.4299 0.38819 0.004 0.672 0.000 0.316 0.008
#> SRR809807 2 0.6415 0.41518 0.048 0.652 0.184 0.016 0.100
#> SRR663112 2 0.6939 0.32768 0.012 0.580 0.128 0.232 0.048
#> SRR1346933 4 0.7926 0.49940 0.148 0.272 0.012 0.468 0.100
#> SRR1487910 3 0.8438 -0.18694 0.352 0.032 0.372 0.132 0.112
#> SRR603092 4 0.4350 0.46060 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR1417680 2 0.4575 0.15836 0.004 0.596 0.000 0.392 0.008
#> SRR1383785 3 0.4752 0.35701 0.256 0.016 0.700 0.000 0.028
#> SRR1070015 2 0.4387 0.62566 0.040 0.816 0.060 0.012 0.072
#> SRR1466222 2 0.6030 0.42314 0.012 0.664 0.216 0.048 0.060
#> SRR1416119 3 0.3771 0.58326 0.048 0.076 0.844 0.004 0.028
#> SRR819318 3 0.5548 0.57543 0.124 0.100 0.728 0.012 0.036
#> SRR608288 2 0.0833 0.75339 0.000 0.976 0.004 0.016 0.004
#> SRR811121 2 0.3264 0.67481 0.024 0.868 0.084 0.008 0.016
#> SRR613138 2 0.0798 0.75348 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR810483 3 0.5047 0.59840 0.072 0.116 0.764 0.008 0.040
#> SRR607839 1 0.4291 0.29997 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1337031 3 0.5113 0.13994 0.376 0.012 0.592 0.008 0.012
#> SRR601311 4 0.1764 0.55147 0.008 0.064 0.000 0.928 0.000
#> SRR1406685 4 0.3992 0.61580 0.004 0.280 0.000 0.712 0.004
#> SRR1467500 4 0.4499 0.43581 0.004 0.408 0.000 0.584 0.004
#> SRR1308504 3 0.4387 0.22710 0.336 0.000 0.652 0.004 0.008
#> SRR1312865 3 0.7407 0.48114 0.076 0.248 0.556 0.032 0.088
#> SRR1312522 3 0.4138 0.60065 0.028 0.108 0.816 0.004 0.044
#> SRR1490486 2 0.1026 0.74788 0.004 0.968 0.024 0.000 0.004
#> SRR1325888 3 0.4488 0.58350 0.028 0.160 0.776 0.004 0.032
#> SRR1472885 3 0.4166 0.20968 0.348 0.000 0.648 0.004 0.000
#> SRR1098785 4 0.4705 0.23225 0.004 0.484 0.000 0.504 0.008
#> SRR1084766 4 0.4089 0.64718 0.024 0.180 0.000 0.780 0.016
#> SRR1102804 2 0.1205 0.74786 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR1336636 3 0.6504 0.52539 0.180 0.084 0.648 0.012 0.076
#> SRR1347795 3 0.5666 0.54328 0.132 0.084 0.720 0.008 0.056
#> SRR601900 2 0.1243 0.73909 0.000 0.960 0.028 0.008 0.004
#> SRR1330989 4 0.5116 0.48640 0.016 0.380 0.008 0.588 0.008
#> SRR658445 2 0.4504 0.61733 0.040 0.808 0.060 0.012 0.080
#> SRR1368754 3 0.6557 0.57706 0.088 0.152 0.648 0.008 0.104
#> SRR1460001 2 0.0960 0.75339 0.000 0.972 0.008 0.016 0.004
#> SRR1414934 1 0.4291 0.30609 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.4911 0.56846 0.040 0.172 0.748 0.004 0.036
#> SRR614948 1 0.4843 0.34822 0.552 0.000 0.428 0.004 0.016
#> SRR1472952 3 0.4197 0.59484 0.016 0.136 0.800 0.004 0.044
#> SRR1321528 3 0.7613 0.06280 0.320 0.028 0.480 0.052 0.120
#> SRR627447 3 0.6062 0.58298 0.092 0.108 0.696 0.008 0.096
#> SRR612239 4 0.8316 0.32001 0.096 0.152 0.120 0.528 0.104
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.6343 0.27576 0.384 0.028 0.484 0.004 0.036 0.064
#> SRR603858 3 0.8274 0.41821 0.256 0.168 0.408 0.068 0.076 0.024
#> SRR817070 2 0.3789 0.40418 0.000 0.668 0.000 0.324 0.004 0.004
#> SRR1486995 3 0.5164 0.64340 0.196 0.124 0.664 0.000 0.012 0.004
#> SRR813043 2 0.0291 0.76030 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.1908 0.72108 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004 0.000
#> SRR659037 4 0.6108 0.55267 0.032 0.212 0.060 0.636 0.048 0.012
#> SRR662031 1 0.5452 0.23925 0.560 0.008 0.356 0.000 0.048 0.028
#> SRR1081283 4 0.4413 0.54338 0.000 0.352 0.008 0.620 0.016 0.004
#> SRR1481036 3 0.7440 0.39099 0.296 0.064 0.484 0.028 0.084 0.044
#> SRR1434009 2 0.2011 0.72608 0.000 0.912 0.064 0.000 0.020 0.004
#> SRR1376676 1 0.2100 0.62293 0.884 0.000 0.004 0.000 0.112 0.000
#> SRR1396967 2 0.5474 0.44921 0.000 0.644 0.052 0.248 0.036 0.020
#> SRR665429 2 0.1908 0.72108 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004 0.000
#> SRR1388025 4 0.1579 0.44419 0.000 0.024 0.004 0.944 0.020 0.008
#> SRR600784 3 0.6428 0.45132 0.320 0.056 0.528 0.000 0.036 0.060
#> SRR657611 1 0.6202 0.42555 0.596 0.012 0.228 0.008 0.120 0.036
#> SRR1333659 2 0.5068 0.59942 0.024 0.736 0.104 0.028 0.104 0.004
#> SRR1323896 2 0.3109 0.59330 0.000 0.772 0.000 0.224 0.004 0.000
#> SRR1453971 2 0.7221 0.32693 0.036 0.556 0.160 0.080 0.152 0.016
#> SRR1421010 1 0.2872 0.61862 0.836 0.000 0.024 0.000 0.140 0.000
#> SRR1334490 3 0.4567 0.52143 0.324 0.032 0.632 0.000 0.012 0.000
#> SRR1309468 1 0.2553 0.61891 0.848 0.000 0.144 0.000 0.008 0.000
#> SRR1468637 4 0.6816 0.19998 0.020 0.208 0.012 0.440 0.312 0.008
#> SRR1365489 2 0.0622 0.76092 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.7058 0.60825 0.192 0.140 0.564 0.036 0.032 0.036
#> SRR607863 2 0.3975 -0.05109 0.000 0.544 0.000 0.452 0.004 0.000
#> SRR1475524 1 0.3213 0.59941 0.808 0.000 0.032 0.000 0.160 0.000
#> SRR1405504 2 0.3109 0.59330 0.000 0.772 0.000 0.224 0.004 0.000
#> SRR615695 1 0.2823 0.53020 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR600900 2 0.4711 0.50507 0.000 0.692 0.024 0.244 0.024 0.016
#> SRR601477 2 0.0603 0.76140 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0603 0.76140 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.1615 0.74481 0.000 0.928 0.004 0.064 0.004 0.000
#> SRR1362713 5 0.5504 0.38120 0.180 0.024 0.016 0.116 0.664 0.000
#> SRR1431385 1 0.1812 0.64749 0.912 0.000 0.008 0.000 0.080 0.000
#> SRR1379089 2 0.0291 0.76030 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.7216 0.50221 0.160 0.152 0.556 0.024 0.084 0.024
#> SRR1357210 1 0.2886 0.62132 0.836 0.004 0.144 0.000 0.016 0.000
#> SRR657659 4 0.4128 0.19858 0.000 0.488 0.000 0.504 0.004 0.004
#> SRR663573 4 0.5185 0.31438 0.004 0.436 0.032 0.504 0.024 0.000
#> SRR603188 2 0.3757 0.52019 0.000 0.712 0.008 0.272 0.008 0.000
#> SRR1471200 2 0.0508 0.76161 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0806 0.76157 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR627457 6 0.1856 1.00000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.032 0.920
#> SRR1367654 2 0.1863 0.73206 0.000 0.920 0.060 0.000 0.016 0.004
#> SRR1488410 5 0.4225 0.15926 0.480 0.000 0.008 0.000 0.508 0.004
#> SRR1457750 5 0.7274 0.37625 0.064 0.160 0.036 0.220 0.512 0.008
#> SRR1099546 3 0.4755 0.30346 0.452 0.024 0.512 0.000 0.008 0.004
#> SRR604480 2 0.0260 0.76047 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0291 0.76030 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0260 0.76047 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.3134 0.61849 0.000 0.784 0.000 0.208 0.004 0.004
#> SRR1409813 2 0.2069 0.72373 0.000 0.908 0.068 0.000 0.020 0.004
#> SRR612791 1 0.3490 0.46951 0.724 0.000 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1470580 2 0.7398 0.03230 0.072 0.468 0.320 0.032 0.032 0.076
#> SRR1444063 2 0.7464 0.22087 0.072 0.532 0.060 0.084 0.224 0.028
#> SRR1355578 5 0.5070 0.36851 0.224 0.012 0.016 0.072 0.676 0.000
#> SRR1429203 1 0.2146 0.61856 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116 0.000
#> SRR599154 2 0.3084 0.66938 0.004 0.832 0.132 0.000 0.032 0.000
#> SRR814244 5 0.6674 0.32517 0.408 0.040 0.012 0.112 0.420 0.008
#> SRR1404123 4 0.4120 0.26530 0.000 0.468 0.000 0.524 0.004 0.004
#> SRR656934 3 0.8401 0.29740 0.276 0.064 0.412 0.080 0.112 0.056
#> SRR1339029 2 0.0363 0.76211 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.1692 0.44344 0.000 0.024 0.008 0.940 0.020 0.008
#> SRR1443677 1 0.3135 0.62871 0.836 0.012 0.124 0.000 0.028 0.000
#> SRR1406330 1 0.2911 0.61335 0.832 0.000 0.024 0.000 0.144 0.000
#> SRR1338124 2 0.7405 0.19859 0.028 0.520 0.144 0.220 0.048 0.040
#> SRR1391376 3 0.5892 0.58719 0.304 0.076 0.572 0.000 0.028 0.020
#> SRR661842 4 0.1527 0.42306 0.000 0.012 0.008 0.948 0.020 0.012
#> SRR1395699 3 0.5171 0.63547 0.228 0.104 0.652 0.000 0.012 0.004
#> SRR1312209 1 0.5864 0.51412 0.668 0.020 0.156 0.036 0.108 0.012
#> SRR1359469 1 0.2118 0.63016 0.888 0.000 0.008 0.000 0.104 0.000
#> SRR658885 3 0.5458 0.62158 0.136 0.152 0.672 0.000 0.028 0.012
#> SRR1414578 1 0.4794 0.52481 0.688 0.004 0.236 0.000 0.040 0.032
#> SRR603620 4 0.6937 0.27037 0.020 0.284 0.020 0.376 0.300 0.000
#> SRR604677 3 0.6656 0.37861 0.392 0.072 0.448 0.004 0.064 0.020
#> SRR603800 2 0.0717 0.76284 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.3767 0.62202 0.000 0.276 0.004 0.708 0.012 0.000
#> SRR817488 2 0.0436 0.75985 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> SRR655601 4 0.4122 0.25196 0.000 0.472 0.000 0.520 0.004 0.004
#> SRR1434821 2 0.0891 0.76100 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.1863 0.73206 0.000 0.920 0.060 0.000 0.016 0.004
#> SRR615129 5 0.7367 0.36730 0.064 0.172 0.036 0.224 0.496 0.008
#> SRR607586 2 0.0260 0.76047 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.1225 0.74725 0.000 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR1411070 4 0.4426 0.53856 0.000 0.356 0.008 0.616 0.016 0.004
#> SRR663038 2 0.1908 0.72108 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004 0.000
#> SRR1489416 2 0.3136 0.58220 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004 0.000
#> SRR1479155 1 0.2494 0.62868 0.864 0.000 0.016 0.000 0.120 0.000
#> SRR662162 1 0.2631 0.61382 0.840 0.000 0.152 0.000 0.008 0.000
#> SRR1374567 3 0.5252 0.62616 0.228 0.072 0.664 0.000 0.012 0.024
#> SRR1434048 2 0.0520 0.76100 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.3400 0.51119 0.000 0.092 0.004 0.832 0.064 0.008
#> SRR2170135 1 0.2631 0.61382 0.840 0.000 0.152 0.000 0.008 0.000
#> SRR615551 2 0.0363 0.75769 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.3805 0.39329 0.000 0.664 0.000 0.328 0.004 0.004
#> SRR1370216 3 0.4567 0.52143 0.324 0.032 0.632 0.000 0.012 0.000
#> SRR662954 5 0.6484 0.26897 0.024 0.032 0.040 0.420 0.452 0.032
#> SRR1375738 3 0.6252 0.55854 0.296 0.064 0.564 0.004 0.040 0.032
#> SRR1356577 5 0.7492 0.17757 0.136 0.000 0.088 0.316 0.420 0.040
#> SRR1073119 1 0.6210 0.19063 0.524 0.020 0.332 0.000 0.092 0.032
#> SRR663549 3 0.6252 0.55854 0.296 0.064 0.564 0.004 0.040 0.032
#> SRR1478015 2 0.2362 0.69020 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR600632 4 0.4702 0.44963 0.000 0.408 0.008 0.552 0.032 0.000
#> SRR811866 5 0.8711 0.11914 0.192 0.036 0.244 0.220 0.284 0.024
#> SRR1401101 2 0.2355 0.70621 0.000 0.876 0.008 0.112 0.004 0.000
#> SRR1477797 4 0.3394 0.60489 0.000 0.188 0.012 0.788 0.012 0.000
#> SRR1402986 2 0.0692 0.76125 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000
#> SRR658897 5 0.7367 0.36730 0.064 0.172 0.036 0.224 0.496 0.008
#> SRR1419869 3 0.5007 0.62635 0.244 0.072 0.664 0.000 0.008 0.012
#> SRR1490700 5 0.8830 0.14512 0.124 0.220 0.088 0.264 0.288 0.016
#> SRR601723 4 0.8071 0.09410 0.036 0.080 0.180 0.488 0.148 0.068
#> SRR1384115 2 0.4833 0.59298 0.008 0.740 0.164 0.032 0.036 0.020
#> SRR1476927 2 0.3136 0.58220 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004 0.000
#> SRR1387769 3 0.6252 0.55854 0.296 0.064 0.564 0.004 0.040 0.032
#> SRR1322595 2 0.7215 0.32579 0.032 0.556 0.156 0.088 0.152 0.016
#> SRR1370423 3 0.7328 0.39844 0.080 0.300 0.492 0.036 0.056 0.036
#> SRR1314976 5 0.8688 0.21314 0.188 0.036 0.172 0.244 0.328 0.032
#> SRR1319560 4 0.6937 0.27037 0.020 0.284 0.020 0.376 0.300 0.000
#> SRR1352683 4 0.8723 -0.07373 0.072 0.076 0.208 0.412 0.156 0.076
#> SRR1473800 1 0.2100 0.62293 0.884 0.000 0.004 0.000 0.112 0.000
#> SRR1326384 3 0.7172 0.50268 0.164 0.152 0.556 0.024 0.084 0.020
#> SRR1360807 4 0.3610 0.28133 0.000 0.008 0.044 0.828 0.096 0.024
#> SRR1332544 3 0.5496 0.41565 0.328 0.040 0.584 0.000 0.032 0.016
#> SRR598695 1 0.5237 0.55670 0.712 0.040 0.160 0.008 0.068 0.012
#> SRR807824 2 0.0508 0.75818 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.5125 0.63269 0.244 0.104 0.640 0.000 0.012 0.000
#> SRR657927 3 0.6343 0.27576 0.384 0.028 0.484 0.004 0.036 0.064
#> SRR1440682 2 0.3997 -0.17020 0.000 0.508 0.000 0.488 0.004 0.000
#> SRR1454415 2 0.3944 0.05961 0.000 0.568 0.000 0.428 0.004 0.000
#> SRR1419131 4 0.3062 0.32538 0.000 0.008 0.040 0.868 0.060 0.024
#> SRR1404293 5 0.5431 0.37438 0.200 0.024 0.020 0.088 0.668 0.000
#> SRR1473340 1 0.3490 0.46951 0.724 0.000 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345563 1 0.3266 0.43130 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1323382 2 0.0692 0.76125 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.7415 0.44197 0.076 0.240 0.528 0.044 0.076 0.036
#> SRR1321808 2 0.0603 0.76140 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.4758 0.52289 0.000 0.700 0.032 0.228 0.024 0.016
#> SRR1312558 2 0.3121 0.64038 0.020 0.824 0.148 0.000 0.008 0.000
#> SRR1417088 4 0.4067 0.34826 0.000 0.444 0.000 0.548 0.008 0.000
#> SRR1433027 4 0.3979 0.31699 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004 0.000
#> SRR662257 4 0.4127 0.45818 0.000 0.400 0.004 0.588 0.008 0.000
#> SRR600417 4 0.1579 0.44419 0.000 0.024 0.004 0.944 0.020 0.008
#> SRR812493 4 0.3882 0.59858 0.000 0.184 0.012 0.772 0.020 0.012
#> SRR612743 1 0.6929 -0.10359 0.428 0.044 0.384 0.000 0.092 0.052
#> SRR1361345 5 0.6341 0.30565 0.192 0.000 0.048 0.124 0.604 0.032
#> SRR600584 2 0.3789 0.40418 0.000 0.668 0.000 0.324 0.004 0.004
#> SRR1310520 4 0.3669 0.47898 0.000 0.076 0.012 0.824 0.076 0.012
#> SRR1395595 3 0.5400 0.62293 0.140 0.152 0.672 0.000 0.028 0.008
#> SRR1334074 3 0.6663 0.59465 0.144 0.152 0.608 0.020 0.032 0.044
#> SRR654838 2 0.0603 0.75565 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1376694 1 0.4422 0.57551 0.700 0.000 0.212 0.000 0.088 0.000
#> SRR1433841 2 0.7464 0.22087 0.072 0.532 0.060 0.084 0.224 0.028
#> SRR1366837 3 0.7093 0.43365 0.300 0.072 0.508 0.028 0.064 0.028
#> SRR1467479 2 0.0260 0.76095 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.4093 -0.04151 0.552 0.000 0.004 0.000 0.440 0.004
#> SRR1471050 2 0.0713 0.75835 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.4654 0.59878 0.004 0.740 0.044 0.172 0.008 0.032
#> SRR814703 2 0.1152 0.75492 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000 0.000
#> SRR661937 2 0.5133 0.04365 0.000 0.540 0.024 0.404 0.020 0.012
#> SRR614359 1 0.4123 0.09377 0.568 0.000 0.420 0.000 0.012 0.000
#> SRR1071568 2 0.4801 0.52341 0.000 0.700 0.036 0.224 0.024 0.016
#> SRR1389084 3 0.5149 0.63874 0.220 0.116 0.652 0.000 0.008 0.004
#> SRR1337624 4 0.4702 0.44963 0.000 0.408 0.008 0.552 0.032 0.000
#> SRR1344400 2 0.1152 0.75492 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0405 0.75980 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.1863 0.73206 0.000 0.920 0.060 0.000 0.016 0.004
#> SRR1098998 1 0.2389 0.62651 0.864 0.000 0.128 0.000 0.008 0.000
#> SRR1481279 3 0.4757 0.29594 0.456 0.024 0.508 0.000 0.008 0.004
#> SRR1315103 5 0.4225 0.15926 0.480 0.000 0.008 0.000 0.508 0.004
#> SRR1099286 3 0.6364 0.25461 0.392 0.028 0.476 0.004 0.040 0.060
#> SRR2166570 4 0.7074 0.36496 0.024 0.380 0.092 0.436 0.040 0.028
#> SRR601445 3 0.6454 0.27824 0.428 0.056 0.432 0.004 0.060 0.020
#> SRR1439719 4 0.3975 0.32772 0.000 0.452 0.000 0.544 0.004 0.000
#> SRR1377026 4 0.3966 0.34843 0.000 0.444 0.000 0.552 0.004 0.000
#> SRR1327386 1 0.2996 0.49513 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR654826 2 0.0547 0.76115 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.3720 0.53905 0.000 0.120 0.004 0.800 0.072 0.004
#> SRR1469345 3 0.5188 0.34772 0.412 0.032 0.528 0.000 0.020 0.008
#> SRR1421462 2 0.0436 0.75985 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> SRR662966 3 0.6012 0.61491 0.184 0.108 0.636 0.000 0.028 0.044
#> SRR1339175 1 0.3490 0.46951 0.724 0.000 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1447736 2 0.0603 0.76140 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.1225 0.74760 0.000 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR660800 2 0.0935 0.75929 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.3961 0.61208 0.000 0.776 0.160 0.000 0.036 0.028
#> SRR1342023 1 0.3196 0.64795 0.836 0.004 0.096 0.000 0.064 0.000
#> SRR1335670 1 0.5365 0.50145 0.652 0.008 0.204 0.008 0.124 0.004
#> SRR1400955 2 0.2355 0.70621 0.000 0.876 0.008 0.112 0.004 0.000
#> SRR1072150 2 0.0363 0.75769 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.1866 0.64603 0.908 0.000 0.008 0.000 0.084 0.000
#> SRR1364658 1 0.3490 0.46951 0.724 0.000 0.268 0.000 0.008 0.000
#> SRR1098074 2 0.5020 0.40875 0.000 0.616 0.312 0.000 0.044 0.028
#> SRR1442778 1 0.4516 0.55008 0.716 0.008 0.220 0.004 0.044 0.008
#> SRR1086728 2 0.5525 0.45080 0.044 0.656 0.228 0.000 0.040 0.032
#> SRR627464 6 0.1856 1.00000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.032 0.920
#> SRR1409193 1 0.8424 -0.31354 0.316 0.028 0.172 0.176 0.288 0.020
#> SRR2168286 4 0.3803 0.54307 0.000 0.128 0.008 0.796 0.064 0.004
#> SRR615539 2 0.3975 -0.04338 0.000 0.544 0.000 0.452 0.004 0.000
#> SRR663623 3 0.6239 0.56644 0.292 0.068 0.568 0.008 0.044 0.020
#> SRR1471989 3 0.5379 0.60420 0.108 0.156 0.688 0.000 0.032 0.016
#> SRR1468828 4 0.4702 0.44963 0.000 0.408 0.008 0.552 0.032 0.000
#> SRR1381934 1 0.6791 -0.04882 0.480 0.064 0.348 0.016 0.080 0.012
#> SRR1471098 3 0.5475 0.63662 0.256 0.120 0.608 0.000 0.012 0.004
#> SRR1314749 3 0.6674 0.52599 0.260 0.084 0.564 0.016 0.040 0.036
#> SRR2166874 4 0.6640 0.24315 0.020 0.224 0.012 0.440 0.304 0.000
#> SRR821302 1 0.5857 -0.18507 0.476 0.084 0.408 0.004 0.028 0.000
#> SRR1435066 2 0.0717 0.76153 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.1151 0.74881 0.000 0.956 0.032 0.000 0.012 0.000
#> SRR1446546 2 0.5097 0.50232 0.000 0.684 0.040 0.224 0.024 0.028
#> SRR1419784 3 0.6193 0.61114 0.164 0.136 0.624 0.000 0.032 0.044
#> SRR1357233 4 0.5128 0.53437 0.000 0.344 0.020 0.592 0.032 0.012
#> SRR1441889 1 0.2814 0.59953 0.820 0.000 0.172 0.000 0.008 0.000
#> SRR1413940 5 0.4225 0.15926 0.480 0.000 0.008 0.000 0.508 0.004
#> SRR1324250 2 0.4697 0.50412 0.000 0.692 0.024 0.244 0.028 0.012
#> SRR1442862 2 0.3288 0.70905 0.000 0.856 0.040 0.068 0.016 0.020
#> SRR662474 2 0.3991 -0.11787 0.000 0.524 0.000 0.472 0.004 0.000
#> SRR1416226 3 0.6960 0.45958 0.324 0.072 0.500 0.028 0.048 0.028
#> SRR1417404 5 0.7679 0.18168 0.136 0.004 0.096 0.312 0.412 0.040
#> SRR665466 2 0.3966 -0.00874 0.000 0.552 0.000 0.444 0.004 0.000
#> SRR658849 3 0.5149 0.63874 0.220 0.116 0.652 0.000 0.008 0.004
#> SRR1460025 2 0.4801 0.52341 0.000 0.700 0.036 0.224 0.024 0.016
#> SRR1408136 1 0.3000 0.64338 0.840 0.000 0.124 0.000 0.032 0.004
#> SRR1489995 2 0.0806 0.76157 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.7440 0.39099 0.296 0.064 0.484 0.028 0.084 0.044
#> SRR1488429 3 0.6668 0.56855 0.148 0.200 0.572 0.008 0.052 0.020
#> SRR1087559 2 0.8130 -0.01071 0.052 0.448 0.116 0.212 0.152 0.020
#> SRR817004 2 0.7248 0.34468 0.044 0.568 0.132 0.084 0.152 0.020
#> SRR1429660 2 0.0951 0.75359 0.000 0.968 0.020 0.000 0.008 0.004
#> SRR604390 3 0.7522 0.45419 0.084 0.232 0.524 0.044 0.076 0.040
#> SRR614936 4 0.4702 0.44963 0.000 0.408 0.008 0.552 0.032 0.000
#> SRR1365938 5 0.7519 0.37558 0.104 0.188 0.032 0.188 0.484 0.004
#> SRR1437324 1 0.2442 0.65397 0.884 0.000 0.048 0.000 0.068 0.000
#> SRR613414 4 0.4039 0.53226 0.000 0.352 0.000 0.632 0.016 0.000
#> SRR660414 4 0.7074 0.36496 0.024 0.380 0.092 0.436 0.040 0.028
#> SRR1452185 1 0.2100 0.62293 0.884 0.000 0.004 0.000 0.112 0.000
#> SRR1347020 3 0.6696 0.38995 0.340 0.056 0.492 0.000 0.052 0.060
#> SRR1398036 4 0.3394 0.60489 0.000 0.188 0.012 0.788 0.012 0.000
#> SRR1436674 1 0.4892 0.55368 0.716 0.012 0.160 0.008 0.100 0.004
#> SRR603750 3 0.7058 0.60825 0.192 0.140 0.564 0.036 0.032 0.036
#> SRR608630 5 0.6484 0.26897 0.024 0.032 0.040 0.420 0.452 0.032
#> SRR655625 4 0.1659 0.44660 0.000 0.028 0.004 0.940 0.020 0.008
#> SRR599059 2 0.5721 0.53876 0.020 0.696 0.116 0.100 0.056 0.012
#> SRR615189 2 0.6886 0.29102 0.032 0.572 0.056 0.116 0.208 0.016
#> SRR1466889 2 0.0692 0.76099 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.3610 0.28133 0.000 0.008 0.044 0.828 0.096 0.024
#> SRR1335422 1 0.3000 0.61387 0.824 0.004 0.156 0.000 0.016 0.000
#> SRR1356805 2 0.1492 0.75486 0.000 0.940 0.024 0.036 0.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.6120 0.61583 0.136 0.144 0.636 0.000 0.024 0.060
#> SRR654814 1 0.3383 0.63897 0.828 0.012 0.104 0.000 0.056 0.000
#> SRR658385 2 0.0717 0.76153 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR820596 1 0.6929 -0.10359 0.428 0.044 0.384 0.000 0.092 0.052
#> SRR1318118 3 0.6682 0.38168 0.396 0.072 0.444 0.004 0.060 0.024
#> SRR1480766 2 0.3995 -0.14638 0.000 0.516 0.000 0.480 0.004 0.000
#> SRR1406539 1 0.6517 -0.12140 0.460 0.076 0.396 0.008 0.036 0.024
#> SRR1341833 2 0.1745 0.74702 0.000 0.920 0.012 0.068 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.1527 0.42306 0.000 0.012 0.008 0.948 0.020 0.012
#> SRR1448051 1 0.3383 0.63897 0.828 0.012 0.104 0.000 0.056 0.000
#> SRR1326752 3 0.4859 0.62917 0.236 0.080 0.672 0.000 0.008 0.004
#> SRR665217 3 0.7329 0.43738 0.084 0.272 0.512 0.036 0.060 0.036
#> SRR819186 2 0.0291 0.76003 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.5164 0.64340 0.196 0.124 0.664 0.000 0.012 0.004
#> SRR607166 2 0.2806 0.72667 0.008 0.884 0.068 0.012 0.016 0.012
#> SRR809065 4 0.5007 0.60335 0.000 0.292 0.016 0.640 0.036 0.016
#> SRR1415872 2 0.2595 0.66580 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004 0.000
#> SRR1415463 3 0.6674 0.52599 0.260 0.084 0.564 0.016 0.040 0.036
#> SRR1381161 4 0.3487 0.60892 0.000 0.200 0.012 0.776 0.012 0.000
#> SRR1442231 5 0.7274 0.37625 0.064 0.160 0.036 0.220 0.512 0.008
#> SRR1374696 1 0.8587 -0.18635 0.332 0.036 0.168 0.196 0.244 0.024
#> SRR1451988 3 0.7108 0.46839 0.100 0.280 0.516 0.024 0.048 0.032
#> SRR660555 1 0.5237 0.55670 0.712 0.040 0.160 0.008 0.068 0.012
#> SRR657801 1 0.5225 0.25366 0.576 0.004 0.352 0.000 0.040 0.028
#> SRR663344 2 0.0653 0.75871 0.000 0.980 0.012 0.004 0.004 0.000
#> SRR1472462 2 0.1556 0.73935 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1406176 2 0.7824 0.13415 0.068 0.472 0.224 0.168 0.036 0.032
#> SRR656886 2 0.4801 0.52341 0.000 0.700 0.036 0.224 0.024 0.016
#> SRR1498337 4 0.3362 0.60298 0.000 0.184 0.012 0.792 0.012 0.000
#> SRR613066 3 0.4542 0.28232 0.440 0.008 0.532 0.000 0.020 0.000
#> SRR1309490 1 0.2957 0.64492 0.844 0.000 0.120 0.000 0.032 0.004
#> SRR602492 4 0.3394 0.60489 0.000 0.188 0.012 0.788 0.012 0.000
#> SRR1447347 1 0.5989 0.35277 0.600 0.024 0.260 0.000 0.072 0.044
#> SRR1475546 2 0.1204 0.74819 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.8071 0.09410 0.036 0.080 0.180 0.488 0.148 0.068
#> SRR1434332 2 0.3996 -0.15497 0.000 0.512 0.000 0.484 0.004 0.000
#> SRR1070358 4 0.4612 0.41155 0.000 0.424 0.020 0.544 0.012 0.000
#> SRR1345936 4 0.4939 0.60534 0.012 0.240 0.024 0.688 0.024 0.012
#> SRR665658 2 0.4300 0.63100 0.012 0.772 0.036 0.152 0.024 0.004
#> SRR1321351 2 0.3789 0.40418 0.000 0.668 0.000 0.324 0.004 0.004
#> SRR657880 2 0.0748 0.75741 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004 0.000
#> SRR1373903 2 0.4129 -0.20218 0.000 0.496 0.000 0.496 0.004 0.004
#> SRR657396 4 0.6937 0.27037 0.020 0.284 0.020 0.376 0.300 0.000
#> SRR660981 2 0.3136 0.58220 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004 0.000
#> SRR818499 1 0.5237 0.55670 0.712 0.040 0.160 0.008 0.068 0.012
#> SRR819658 2 0.2355 0.70621 0.000 0.876 0.008 0.112 0.004 0.000
#> SRR1376316 1 0.2474 0.65393 0.880 0.000 0.040 0.000 0.080 0.000
#> SRR1323723 2 0.0622 0.76092 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.5701 0.50221 0.652 0.012 0.184 0.016 0.124 0.012
#> SRR1403478 2 0.0717 0.76153 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.5203 0.64392 0.236 0.112 0.640 0.000 0.008 0.004
#> SRR1352391 4 0.8683 -0.07713 0.076 0.076 0.208 0.416 0.156 0.068
#> SRR1498813 4 0.1736 0.45422 0.000 0.032 0.004 0.936 0.020 0.008
#> SRR627437 4 0.8071 0.09410 0.036 0.080 0.180 0.488 0.148 0.068
#> SRR2185097 1 0.5452 0.23925 0.560 0.008 0.356 0.000 0.048 0.028
#> SRR817166 3 0.7522 0.45419 0.084 0.232 0.524 0.044 0.076 0.040
#> SRR1091670 2 0.0603 0.76140 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.7349 -0.09723 0.420 0.052 0.364 0.012 0.108 0.044
#> SRR1479640 2 0.3081 0.59156 0.000 0.776 0.000 0.220 0.004 0.000
#> SRR660152 3 0.4838 0.42759 0.396 0.028 0.560 0.000 0.012 0.004
#> SRR1074769 2 0.0717 0.76153 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.3937 0.06654 0.000 0.572 0.000 0.424 0.004 0.000
#> SRR1392502 3 0.7123 0.49241 0.248 0.132 0.516 0.016 0.072 0.016
#> SRR1359609 1 0.3037 0.58184 0.808 0.000 0.016 0.000 0.176 0.000
#> SRR601925 2 0.3145 0.71176 0.004 0.864 0.076 0.028 0.016 0.012
#> SRR2165182 2 0.1908 0.72108 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004 0.000
#> SRR608542 4 0.3667 0.62071 0.000 0.240 0.008 0.740 0.012 0.000
#> SRR655064 4 0.3400 0.51119 0.000 0.092 0.004 0.832 0.064 0.008
#> SRR1432430 3 0.5501 0.63772 0.212 0.088 0.656 0.000 0.016 0.028
#> SRR808472 4 0.5169 0.35771 0.004 0.420 0.032 0.520 0.024 0.000
#> SRR1414958 3 0.5379 0.60420 0.108 0.156 0.688 0.000 0.032 0.016
#> SRR598484 2 0.5097 0.50232 0.000 0.684 0.040 0.224 0.024 0.028
#> SRR612755 3 0.6343 0.27576 0.384 0.028 0.484 0.004 0.036 0.064
#> SRR1365808 1 0.2146 0.61856 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116 0.000
#> SRR1391724 4 0.8071 0.09410 0.036 0.080 0.180 0.488 0.148 0.068
#> SRR1322373 3 0.5149 0.63874 0.220 0.116 0.652 0.000 0.008 0.004
#> SRR1489265 2 0.0870 0.76149 0.000 0.972 0.012 0.012 0.004 0.000
#> SRR1359099 2 0.0717 0.76153 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.3109 0.59330 0.000 0.772 0.000 0.224 0.004 0.000
#> SRR810461 2 0.0436 0.75985 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> SRR627427 6 0.1856 1.00000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.032 0.920
#> SRR612887 2 0.3782 0.29199 0.000 0.636 0.000 0.360 0.004 0.000
#> SRR809807 2 0.5526 0.34636 0.004 0.572 0.332 0.000 0.052 0.040
#> SRR663112 2 0.7405 0.19859 0.028 0.520 0.144 0.220 0.048 0.040
#> SRR1346933 4 0.6816 0.19998 0.020 0.208 0.012 0.440 0.312 0.008
#> SRR1487910 5 0.7273 0.03655 0.316 0.012 0.200 0.048 0.412 0.012
#> SRR603092 4 0.4413 0.54338 0.000 0.352 0.008 0.620 0.016 0.004
#> SRR1417680 2 0.3961 0.00801 0.000 0.556 0.000 0.440 0.004 0.000
#> SRR1383785 1 0.4190 0.49565 0.704 0.004 0.260 0.000 0.020 0.012
#> SRR1070015 2 0.3886 0.61704 0.000 0.780 0.160 0.000 0.036 0.024
#> SRR1466222 2 0.6210 0.38303 0.020 0.608 0.252 0.040 0.032 0.048
#> SRR1416119 3 0.4652 0.52007 0.324 0.032 0.628 0.000 0.016 0.000
#> SRR819318 3 0.6656 0.37861 0.392 0.072 0.448 0.004 0.064 0.020
#> SRR608288 2 0.0717 0.76153 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.3084 0.66938 0.004 0.832 0.132 0.000 0.032 0.000
#> SRR613138 2 0.0806 0.76157 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.6238 0.56283 0.292 0.064 0.568 0.004 0.040 0.032
#> SRR607839 1 0.2100 0.62293 0.884 0.000 0.004 0.000 0.112 0.000
#> SRR1337031 1 0.3517 0.63858 0.804 0.004 0.136 0.000 0.056 0.000
#> SRR601311 4 0.1621 0.42964 0.000 0.016 0.008 0.944 0.020 0.012
#> SRR1406685 4 0.3926 0.59032 0.000 0.232 0.004 0.736 0.020 0.008
#> SRR1467500 4 0.3979 0.51872 0.000 0.360 0.000 0.628 0.012 0.000
#> SRR1308504 1 0.2558 0.61262 0.840 0.000 0.156 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312865 3 0.6904 0.52880 0.168 0.184 0.548 0.004 0.076 0.020
#> SRR1312522 3 0.5310 0.59059 0.272 0.064 0.632 0.000 0.012 0.020
#> SRR1490486 2 0.0976 0.75850 0.008 0.968 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR1325888 3 0.5173 0.64119 0.224 0.116 0.648 0.000 0.008 0.004
#> SRR1472885 1 0.2362 0.62153 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098785 4 0.4067 0.35326 0.000 0.444 0.000 0.548 0.008 0.000
#> SRR1084766 4 0.3803 0.54307 0.000 0.128 0.008 0.796 0.064 0.004
#> SRR1102804 2 0.1152 0.75323 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1336636 1 0.6954 -0.13231 0.436 0.052 0.372 0.000 0.096 0.044
#> SRR1347795 3 0.5496 0.41565 0.328 0.040 0.584 0.000 0.032 0.016
#> SRR601900 2 0.1225 0.74725 0.000 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR1330989 4 0.5139 0.58471 0.004 0.304 0.032 0.624 0.032 0.004
#> SRR658445 2 0.3996 0.60817 0.000 0.772 0.164 0.000 0.036 0.028
#> SRR1368754 3 0.6845 0.53773 0.260 0.096 0.532 0.000 0.036 0.076
#> SRR1460001 2 0.0820 0.76151 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.2191 0.61606 0.876 0.000 0.004 0.000 0.120 0.000
#> SRR1326249 3 0.5153 0.63796 0.200 0.120 0.664 0.000 0.012 0.004
#> SRR614948 1 0.3136 0.56496 0.796 0.000 0.016 0.000 0.188 0.000
#> SRR1472952 3 0.5071 0.63316 0.216 0.084 0.676 0.000 0.008 0.016
#> SRR1321528 1 0.6865 0.38515 0.544 0.024 0.152 0.016 0.228 0.036
#> SRR627447 3 0.6428 0.45132 0.320 0.056 0.528 0.000 0.036 0.060
#> SRR612239 4 0.8071 0.09410 0.036 0.080 0.180 0.488 0.148 0.068
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.969 0.986 0.4986 0.501 0.501
#> 3 3 0.670 0.704 0.804 0.2774 0.822 0.657
#> 4 4 0.856 0.873 0.921 0.1559 0.835 0.576
#> 5 5 0.739 0.694 0.826 0.0565 0.965 0.866
#> 6 6 0.714 0.558 0.738 0.0437 0.930 0.725
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR603858 1 0.8443 0.631 0.728 0.272
#> SRR817070 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.9710 0.349 0.600 0.400
#> SRR662031 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1481036 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1468637 2 0.2948 0.938 0.052 0.948
#> SRR1365489 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627457 1 0.7056 0.762 0.808 0.192
#> SRR1367654 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1457750 2 0.8499 0.623 0.276 0.724
#> SRR1099546 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.8081 0.673 0.248 0.752
#> SRR1444063 1 0.9754 0.316 0.592 0.408
#> SRR1355578 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR656934 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1391376 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1395699 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR615129 2 0.8499 0.623 0.276 0.724
#> SRR607586 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR662954 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1375738 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR601723 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1384115 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1370423 1 0.1414 0.965 0.980 0.020
#> SRR1314976 1 0.1414 0.965 0.980 0.020
#> SRR1319560 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1352683 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1360807 2 0.0376 0.985 0.004 0.996
#> SRR1332544 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR809296 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.0672 0.976 0.992 0.008
#> SRR1321808 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR612743 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1395595 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.8327 0.645 0.264 0.736
#> SRR1366837 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR2166570 1 0.8763 0.590 0.704 0.296
#> SRR601445 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1086728 1 0.6887 0.776 0.816 0.184
#> SRR627464 2 0.7299 0.745 0.204 0.796
#> SRR1409193 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR663623 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1471989 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1381934 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1419784 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1417404 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1488429 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.2778 0.938 0.952 0.048
#> SRR817004 1 0.8144 0.667 0.748 0.252
#> SRR1429660 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR604390 1 0.3431 0.922 0.936 0.064
#> SRR614936 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1365938 2 0.8499 0.623 0.276 0.724
#> SRR1437324 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660414 1 0.8661 0.606 0.712 0.288
#> SRR1452185 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR603750 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR608630 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR655625 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR615189 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1335422 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1385300 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR665217 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1451988 1 0.3274 0.926 0.940 0.060
#> SRR660555 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1406176 1 0.7219 0.751 0.800 0.200
#> SRR656886 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.4161 0.902 0.084 0.916
#> SRR1434332 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.1633 0.966 0.024 0.976
#> SRR665658 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1498813 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.6148 0.817 0.152 0.848
#> SRR2185097 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR817166 1 0.2236 0.950 0.964 0.036
#> SRR1091670 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1432430 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1414958 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.7139 0.759 0.804 0.196
#> SRR1322373 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1346933 2 0.0672 0.982 0.008 0.992
#> SRR1487910 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.3431 0.925 0.064 0.936
#> SRR1416119 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR810483 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1312522 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR612239 2 0.7219 0.748 0.200 0.800
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.6154 0.7508 0.592 0.000 0.408
#> SRR603858 1 0.7292 -0.1584 0.500 0.028 0.472
#> SRR817070 2 0.5397 0.3496 0.000 0.720 0.280
#> SRR1486995 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR813043 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 3 0.6318 0.5904 0.068 0.172 0.760
#> SRR662031 1 0.0747 0.7518 0.984 0.000 0.016
#> SRR1081283 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1481036 1 0.6274 0.7123 0.544 0.000 0.456
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.3752 0.6965 0.000 0.856 0.144
#> SRR665429 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR600784 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR657611 1 0.0592 0.7474 0.988 0.000 0.012
#> SRR1333659 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.6095 0.7537 0.608 0.000 0.392
#> SRR1421010 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1309468 1 0.2165 0.7583 0.936 0.000 0.064
#> SRR1468637 3 0.7806 0.4470 0.352 0.064 0.584
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR607863 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR600900 2 0.6309 -0.4959 0.000 0.504 0.496
#> SRR601477 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.6274 -0.0595 0.544 0.000 0.456
#> SRR1431385 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 1 0.6154 0.7504 0.592 0.000 0.408
#> SRR1357210 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 3 0.6291 0.5775 0.000 0.468 0.532
#> SRR663573 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR603188 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 1 0.6598 0.5064 0.564 0.008 0.428
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0592 0.7474 0.988 0.000 0.012
#> SRR1457750 3 0.7471 0.2802 0.448 0.036 0.516
#> SRR1099546 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR604480 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR612791 1 0.3116 0.7606 0.892 0.000 0.108
#> SRR1470580 2 0.5882 0.3323 0.000 0.652 0.348
#> SRR1444063 1 0.6398 0.1218 0.580 0.416 0.004
#> SRR1355578 1 0.0424 0.7479 0.992 0.000 0.008
#> SRR1429203 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR814244 1 0.6204 0.0351 0.576 0.000 0.424
#> SRR1404123 2 0.5905 0.0569 0.000 0.648 0.352
#> SRR656934 3 0.6235 -0.5881 0.436 0.000 0.564
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1443677 1 0.0237 0.7500 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406330 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.6280 0.0121 0.000 0.460 0.540
#> SRR1391376 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR661842 3 0.6180 0.6678 0.000 0.416 0.584
#> SRR1395699 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1312209 1 0.0592 0.7474 0.988 0.000 0.012
#> SRR1359469 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 1 0.6140 0.7500 0.596 0.000 0.404
#> SRR1414578 1 0.0424 0.7479 0.992 0.000 0.008
#> SRR603620 3 0.6274 0.6057 0.000 0.456 0.544
#> SRR604677 1 0.1411 0.7545 0.964 0.000 0.036
#> SRR603800 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR602058 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR817488 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR615129 1 0.9043 -0.2528 0.468 0.136 0.396
#> SRR607586 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR663038 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.5254 0.7586 0.736 0.000 0.264
#> SRR1374567 1 0.6111 0.7522 0.604 0.000 0.396
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR2170135 1 0.1643 0.7569 0.956 0.000 0.044
#> SRR615551 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR662954 3 0.8332 0.6391 0.104 0.316 0.580
#> SRR1375738 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR1356577 3 0.6286 0.2250 0.464 0.000 0.536
#> SRR1073119 1 0.3340 0.7608 0.880 0.000 0.120
#> SRR663549 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0237 0.9182 0.000 0.996 0.004
#> SRR811866 1 0.1031 0.7520 0.976 0.000 0.024
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477797 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419869 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1490700 3 0.6168 0.3319 0.412 0.000 0.588
#> SRR601723 3 0.5815 0.6306 0.004 0.304 0.692
#> SRR1384115 2 0.4654 0.5574 0.000 0.792 0.208
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR1322595 1 0.1964 0.7547 0.944 0.000 0.056
#> SRR1370423 1 0.8419 0.6621 0.504 0.088 0.408
#> SRR1314976 3 0.7600 0.4408 0.344 0.056 0.600
#> SRR1319560 3 0.6274 0.6057 0.000 0.456 0.544
#> SRR1352683 1 0.6309 0.6692 0.500 0.000 0.500
#> SRR1473800 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.6045 -0.5057 0.380 0.000 0.620
#> SRR1360807 3 0.7885 0.6506 0.072 0.336 0.592
#> SRR1332544 1 0.6111 0.7523 0.604 0.000 0.396
#> SRR598695 1 0.0892 0.7519 0.980 0.000 0.020
#> SRR807824 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR809296 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR657927 1 0.6154 0.7508 0.592 0.000 0.408
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 3 0.6168 0.6673 0.000 0.412 0.588
#> SRR1404293 1 0.0424 0.7479 0.992 0.000 0.008
#> SRR1473340 1 0.6026 0.7553 0.624 0.000 0.376
#> SRR1345563 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.6260 -0.6120 0.448 0.000 0.552
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.5988 -0.0228 0.000 0.632 0.368
#> SRR1433027 2 0.4555 0.5792 0.000 0.800 0.200
#> SRR662257 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR600417 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR812493 3 0.6180 0.6678 0.000 0.416 0.584
#> SRR612743 1 0.6095 0.7540 0.608 0.000 0.392
#> SRR1361345 1 0.6204 0.0241 0.576 0.000 0.424
#> SRR600584 2 0.5397 0.3496 0.000 0.720 0.280
#> SRR1310520 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1395595 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1334074 2 0.2066 0.8546 0.000 0.940 0.060
#> SRR654838 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.0424 0.7490 0.992 0.000 0.008
#> SRR1433841 2 0.5465 0.4088 0.288 0.712 0.000
#> SRR1366837 1 0.6095 0.7540 0.608 0.000 0.392
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0424 0.7479 0.992 0.000 0.008
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR614359 1 0.5968 0.7567 0.636 0.000 0.364
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1337624 2 0.4702 0.5509 0.000 0.788 0.212
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.6095 0.7531 0.608 0.000 0.392
#> SRR1315103 1 0.3941 0.5922 0.844 0.000 0.156
#> SRR1099286 1 0.4931 0.7584 0.768 0.000 0.232
#> SRR2166570 3 0.5235 0.5711 0.036 0.152 0.812
#> SRR601445 1 0.0424 0.7479 0.992 0.000 0.008
#> SRR1439719 2 0.4504 0.5886 0.000 0.804 0.196
#> SRR1377026 2 0.5397 0.3512 0.000 0.720 0.280
#> SRR1327386 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR654826 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1469345 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 1 0.6154 0.7508 0.592 0.000 0.408
#> SRR1339175 1 0.3116 0.7606 0.892 0.000 0.108
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335670 1 0.0424 0.7479 0.992 0.000 0.008
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.6045 0.7550 0.620 0.000 0.380
#> SRR1098074 2 0.1031 0.8881 0.000 0.976 0.024
#> SRR1442778 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR1086728 3 0.9904 -0.3159 0.284 0.316 0.400
#> SRR627464 3 0.9073 0.5115 0.272 0.184 0.544
#> SRR1409193 1 0.6267 -0.0440 0.548 0.000 0.452
#> SRR2168286 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR615539 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 1 0.6168 0.7493 0.588 0.000 0.412
#> SRR1471989 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381934 1 0.6126 0.7526 0.600 0.000 0.400
#> SRR1471098 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1314749 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR2166874 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR821302 1 0.6026 0.7563 0.624 0.000 0.376
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.4605 0.6332 0.000 0.796 0.204
#> SRR1419784 1 0.6168 0.7493 0.588 0.000 0.412
#> SRR1357233 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1441889 1 0.3192 0.7608 0.888 0.000 0.112
#> SRR1413940 1 0.0424 0.7479 0.992 0.000 0.008
#> SRR1324250 2 0.6192 -0.2552 0.000 0.580 0.420
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR662474 3 0.6305 0.5399 0.000 0.484 0.516
#> SRR1416226 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR1417404 3 0.6192 0.3090 0.420 0.000 0.580
#> SRR665466 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1460025 3 0.6299 0.5612 0.000 0.476 0.524
#> SRR1408136 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR1488429 1 0.6140 0.7500 0.596 0.000 0.404
#> SRR1087559 1 0.6168 0.1543 0.588 0.000 0.412
#> SRR817004 1 0.9040 0.3259 0.524 0.320 0.156
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR604390 3 0.2496 0.2008 0.068 0.004 0.928
#> SRR614936 2 0.5529 0.2973 0.000 0.704 0.296
#> SRR1365938 1 0.9405 -0.1370 0.496 0.300 0.204
#> SRR1437324 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR613414 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR660414 3 0.4982 0.5603 0.036 0.136 0.828
#> SRR1452185 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR1398036 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1436674 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR603750 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR608630 3 0.8770 0.5824 0.236 0.180 0.584
#> SRR655625 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR599059 2 0.5291 0.5064 0.000 0.732 0.268
#> SRR615189 3 0.6302 0.5545 0.000 0.480 0.520
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084602 3 0.7885 0.6506 0.072 0.336 0.592
#> SRR1335422 1 0.1964 0.7576 0.944 0.000 0.056
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385300 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR654814 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR658385 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR820596 1 0.5882 0.7567 0.652 0.000 0.348
#> SRR1318118 1 0.1031 0.7508 0.976 0.000 0.024
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.2261 0.7576 0.932 0.000 0.068
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441826 3 0.6180 0.6678 0.000 0.416 0.584
#> SRR1448051 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326752 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR665217 1 0.6140 0.7500 0.596 0.000 0.404
#> SRR819186 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR607166 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR809065 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1415872 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415463 1 0.6154 0.7493 0.592 0.000 0.408
#> SRR1381161 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1442231 3 0.8765 0.5701 0.252 0.168 0.580
#> SRR1374696 1 0.2356 0.7000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1451988 3 0.9550 -0.5262 0.400 0.192 0.408
#> SRR660555 1 0.0892 0.7519 0.980 0.000 0.020
#> SRR657801 1 0.2066 0.7576 0.940 0.000 0.060
#> SRR663344 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.9651 0.5020 0.400 0.208 0.392
#> SRR656886 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498337 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR613066 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1309490 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR602492 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1447347 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 3 0.4575 0.5767 0.004 0.184 0.812
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 2 0.6045 -0.0824 0.000 0.620 0.380
#> SRR1345936 3 0.6865 0.6636 0.020 0.384 0.596
#> SRR665658 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.5397 0.3496 0.000 0.720 0.280
#> SRR657880 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 3 0.6280 0.5977 0.000 0.460 0.540
#> SRR660981 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0892 0.7519 0.980 0.000 0.020
#> SRR819658 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0592 0.7474 0.988 0.000 0.012
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1352391 3 0.6045 0.3419 0.380 0.000 0.620
#> SRR1498813 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR627437 3 0.4575 0.5767 0.004 0.184 0.812
#> SRR2185097 1 0.0747 0.7518 0.984 0.000 0.016
#> SRR817166 3 0.6026 -0.5050 0.376 0.000 0.624
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 1 0.1860 0.7557 0.948 0.000 0.052
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 1 0.6095 0.7533 0.608 0.000 0.392
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 1 0.6026 0.7547 0.624 0.000 0.376
#> SRR1359609 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR608542 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR655064 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1432430 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR808472 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1414958 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR598484 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR1365808 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.4575 -0.0840 0.184 0.004 0.812
#> SRR1322373 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.4750 0.7574 0.784 0.000 0.216
#> SRR612887 2 0.0237 0.9183 0.000 0.996 0.004
#> SRR809807 2 0.6062 0.2744 0.000 0.616 0.384
#> SRR663112 2 0.6291 0.0967 0.000 0.532 0.468
#> SRR1346933 3 0.8247 0.4917 0.324 0.096 0.580
#> SRR1487910 1 0.0424 0.7479 0.992 0.000 0.008
#> SRR603092 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.2356 0.7589 0.928 0.000 0.072
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466222 2 0.6062 0.2742 0.000 0.616 0.384
#> SRR1416119 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR819318 1 0.0747 0.7506 0.984 0.000 0.016
#> SRR608288 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 1 0.6154 0.7508 0.592 0.000 0.408
#> SRR607839 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0237 0.7490 0.996 0.000 0.004
#> SRR601311 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1406685 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1467500 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1308504 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.6168 0.7493 0.588 0.000 0.412
#> SRR1312522 1 0.6140 0.7500 0.596 0.000 0.404
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR1472885 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.6126 0.7526 0.600 0.000 0.400
#> SRR1347795 1 0.6111 0.7523 0.604 0.000 0.396
#> SRR601900 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330989 3 0.6192 0.6679 0.000 0.420 0.580
#> SRR658445 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368754 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9230 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0237 0.7485 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326249 1 0.6126 0.7512 0.600 0.000 0.400
#> SRR614948 1 0.0000 0.7488 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.6140 0.7500 0.596 0.000 0.404
#> SRR1321528 1 0.0592 0.7474 0.988 0.000 0.012
#> SRR627447 1 0.6140 0.7516 0.596 0.000 0.404
#> SRR612239 3 0.6818 0.6553 0.024 0.348 0.628
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.2924 0.910 0.100 0.000 0.884 0.016
#> SRR603858 4 0.5217 0.329 0.380 0.000 0.012 0.608
#> SRR817070 4 0.4799 0.667 0.004 0.284 0.008 0.704
#> SRR1486995 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR659037 4 0.1909 0.863 0.008 0.004 0.048 0.940
#> SRR662031 1 0.0817 0.911 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1081283 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1481036 3 0.2924 0.911 0.100 0.000 0.884 0.016
#> SRR1434009 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1376676 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1396967 2 0.3674 0.834 0.000 0.852 0.044 0.104
#> SRR665429 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1388025 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR600784 3 0.2861 0.912 0.096 0.000 0.888 0.016
#> SRR657611 1 0.1042 0.906 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1333659 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1323896 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1453971 3 0.1792 0.911 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1421010 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1334490 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1309468 1 0.0817 0.911 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1468637 4 0.6055 0.379 0.360 0.012 0.032 0.596
#> SRR1365489 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.2662 0.912 0.084 0.000 0.900 0.016
#> SRR607863 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1475524 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1405504 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR615695 1 0.0592 0.913 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR600900 4 0.3919 0.833 0.000 0.104 0.056 0.840
#> SRR601477 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1362713 1 0.3402 0.767 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1431385 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.2060 0.911 0.052 0.000 0.932 0.016
#> SRR1357210 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR657659 4 0.3272 0.836 0.004 0.128 0.008 0.860
#> SRR663573 4 0.1004 0.889 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR603188 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1471200 2 0.0336 0.977 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.7728 0.251 0.440 0.000 0.308 0.252
#> SRR1367654 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1488410 1 0.0707 0.908 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1457750 1 0.5204 0.376 0.612 0.012 0.000 0.376
#> SRR1099546 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1409813 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR612791 1 0.1474 0.897 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1470580 3 0.5361 0.471 0.004 0.344 0.636 0.016
#> SRR1444063 1 0.5686 0.362 0.592 0.376 0.032 0.000
#> SRR1355578 1 0.0895 0.908 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1429203 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR599154 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR814244 1 0.5021 0.637 0.724 0.000 0.036 0.240
#> SRR1404123 4 0.4192 0.771 0.004 0.208 0.008 0.780
#> SRR656934 3 0.3015 0.911 0.092 0.000 0.884 0.024
#> SRR1339029 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR821525 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1443677 1 0.0817 0.911 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1406330 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1338124 3 0.2928 0.837 0.000 0.052 0.896 0.052
#> SRR1391376 3 0.2125 0.917 0.076 0.000 0.920 0.004
#> SRR661842 4 0.0592 0.886 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1395699 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1312209 1 0.0707 0.908 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1359469 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR658885 3 0.1474 0.912 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1414578 1 0.0707 0.911 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR603620 4 0.4034 0.778 0.004 0.192 0.008 0.796
#> SRR604677 1 0.3074 0.778 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR817488 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.1639 0.885 0.004 0.036 0.008 0.952
#> SRR1434821 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR615129 1 0.6059 0.418 0.616 0.052 0.004 0.328
#> SRR607586 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0336 0.977 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1411070 4 0.1396 0.887 0.004 0.032 0.004 0.960
#> SRR663038 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1489416 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1479155 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR662162 1 0.4713 0.335 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1374567 3 0.2611 0.912 0.096 0.000 0.896 0.008
#> SRR1434048 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR2170135 1 0.0817 0.911 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR615551 2 0.0336 0.977 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1335513 2 0.0524 0.974 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1370216 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR662954 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1375738 3 0.2987 0.910 0.104 0.000 0.880 0.016
#> SRR1356577 4 0.4054 0.716 0.188 0.000 0.016 0.796
#> SRR1073119 1 0.4560 0.494 0.700 0.000 0.296 0.004
#> SRR663549 3 0.2987 0.910 0.104 0.000 0.880 0.016
#> SRR1478015 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR600632 2 0.1191 0.957 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR811866 1 0.3300 0.780 0.848 0.000 0.144 0.008
#> SRR1401101 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1477797 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1402986 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0592 0.910 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1419869 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1490700 1 0.5917 0.104 0.520 0.000 0.036 0.444
#> SRR601723 4 0.2040 0.863 0.012 0.004 0.048 0.936
#> SRR1384115 2 0.5566 0.599 0.000 0.704 0.072 0.224
#> SRR1476927 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1387769 3 0.2987 0.910 0.104 0.000 0.880 0.016
#> SRR1322595 1 0.4406 0.598 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1370423 3 0.1305 0.912 0.036 0.004 0.960 0.000
#> SRR1314976 4 0.2376 0.840 0.068 0.000 0.016 0.916
#> SRR1319560 4 0.4034 0.778 0.004 0.192 0.008 0.796
#> SRR1352683 3 0.2282 0.908 0.052 0.000 0.924 0.024
#> SRR1473800 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1326384 3 0.2124 0.905 0.040 0.000 0.932 0.028
#> SRR1360807 4 0.0657 0.877 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1332544 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR598695 1 0.1637 0.891 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR807824 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR809296 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR657927 3 0.2924 0.910 0.100 0.000 0.884 0.016
#> SRR1440682 2 0.0712 0.972 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR1454415 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1419131 4 0.0592 0.886 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1404293 1 0.1042 0.906 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1473340 3 0.4103 0.754 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1345563 1 0.0469 0.913 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.1724 0.907 0.032 0.000 0.948 0.020
#> SRR1321808 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0779 0.971 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1312558 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1417088 4 0.3727 0.807 0.004 0.164 0.008 0.824
#> SRR1433027 4 0.5433 0.318 0.004 0.448 0.008 0.540
#> SRR662257 4 0.1471 0.888 0.004 0.024 0.012 0.960
#> SRR600417 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR812493 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR612743 3 0.4095 0.837 0.192 0.000 0.792 0.016
#> SRR1361345 1 0.1706 0.887 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR600584 4 0.4718 0.686 0.004 0.272 0.008 0.716
#> SRR1310520 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1395595 3 0.1474 0.912 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1334074 2 0.5158 0.729 0.016 0.764 0.176 0.044
#> SRR654838 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1376694 1 0.1474 0.895 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1433841 2 0.5279 0.290 0.400 0.588 0.012 0.000
#> SRR1366837 3 0.4098 0.825 0.204 0.000 0.784 0.012
#> SRR1467479 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0592 0.910 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.1389 0.952 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR814703 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR661937 2 0.0524 0.974 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR614359 3 0.4866 0.459 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1071568 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1389084 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1337624 4 0.5276 0.357 0.004 0.432 0.004 0.560
#> SRR1344400 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1098998 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1481279 3 0.2704 0.891 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1315103 1 0.1297 0.900 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1099286 3 0.5500 0.221 0.464 0.000 0.520 0.016
#> SRR2166570 4 0.2076 0.859 0.008 0.004 0.056 0.932
#> SRR601445 1 0.0707 0.908 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1439719 4 0.5392 0.384 0.004 0.424 0.008 0.564
#> SRR1377026 4 0.3973 0.783 0.004 0.200 0.004 0.792
#> SRR1327386 1 0.0592 0.910 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR654826 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1460433 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1469345 3 0.1792 0.916 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.2987 0.910 0.104 0.000 0.880 0.016
#> SRR1339175 1 0.1474 0.897 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1342023 1 0.0592 0.913 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1335670 1 0.0592 0.910 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1400955 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1072150 2 0.0336 0.977 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1442822 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1364658 3 0.3649 0.823 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1098074 2 0.1302 0.953 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1442778 1 0.0336 0.913 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1086728 3 0.1488 0.882 0.012 0.032 0.956 0.000
#> SRR627464 4 0.6589 0.314 0.352 0.000 0.092 0.556
#> SRR1409193 1 0.1798 0.885 0.944 0.000 0.016 0.040
#> SRR2168286 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR615539 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR663623 3 0.2924 0.911 0.100 0.000 0.884 0.016
#> SRR1471989 3 0.1474 0.912 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1468828 2 0.0844 0.967 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1381934 3 0.2928 0.909 0.108 0.000 0.880 0.012
#> SRR1471098 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1314749 3 0.2987 0.910 0.104 0.000 0.880 0.016
#> SRR2166874 4 0.1191 0.889 0.004 0.024 0.004 0.968
#> SRR821302 3 0.4500 0.666 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1435066 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.6564 0.272 0.000 0.536 0.380 0.084
#> SRR1419784 3 0.2060 0.911 0.052 0.000 0.932 0.016
#> SRR1357233 4 0.1629 0.886 0.000 0.024 0.024 0.952
#> SRR1441889 1 0.1890 0.889 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1413940 1 0.0592 0.910 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1324250 4 0.3529 0.819 0.000 0.152 0.012 0.836
#> SRR1442862 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR662474 4 0.1909 0.881 0.004 0.048 0.008 0.940
#> SRR1416226 3 0.2924 0.911 0.100 0.000 0.884 0.016
#> SRR1417404 4 0.4012 0.722 0.184 0.000 0.016 0.800
#> SRR665466 2 0.0859 0.969 0.004 0.980 0.008 0.008
#> SRR658849 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1460025 4 0.2300 0.878 0.000 0.048 0.028 0.924
#> SRR1408136 1 0.0469 0.913 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.2924 0.911 0.100 0.000 0.884 0.016
#> SRR1488429 3 0.1389 0.912 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1087559 1 0.6201 0.477 0.620 0.000 0.080 0.300
#> SRR817004 1 0.7745 0.160 0.412 0.236 0.352 0.000
#> SRR1429660 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR604390 3 0.1890 0.881 0.008 0.000 0.936 0.056
#> SRR614936 4 0.5125 0.503 0.004 0.376 0.004 0.616
#> SRR1365938 1 0.6979 0.448 0.600 0.176 0.004 0.220
#> SRR1437324 1 0.0707 0.911 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR613414 4 0.1191 0.889 0.004 0.024 0.004 0.968
#> SRR660414 4 0.2076 0.859 0.008 0.004 0.056 0.932
#> SRR1452185 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1347020 3 0.2662 0.912 0.084 0.000 0.900 0.016
#> SRR1398036 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1436674 1 0.0336 0.913 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR603750 3 0.2662 0.912 0.084 0.000 0.900 0.016
#> SRR608630 4 0.0927 0.880 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR655625 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR599059 3 0.4679 0.685 0.000 0.184 0.772 0.044
#> SRR615189 4 0.4741 0.697 0.008 0.256 0.008 0.728
#> SRR1466889 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1084602 4 0.0657 0.877 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1335422 1 0.0921 0.911 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1356805 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1385300 3 0.1389 0.917 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR654814 1 0.0336 0.913 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR658385 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR820596 3 0.5003 0.669 0.308 0.000 0.676 0.016
#> SRR1318118 1 0.1406 0.901 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR1480766 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1406539 1 0.2546 0.853 0.900 0.000 0.092 0.008
#> SRR1341833 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1441826 4 0.0592 0.886 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1448051 1 0.0592 0.913 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1326752 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR665217 3 0.1389 0.912 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR607166 2 0.0469 0.977 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR809065 4 0.1339 0.888 0.004 0.024 0.008 0.964
#> SRR1415872 2 0.0469 0.977 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1415463 3 0.2048 0.918 0.064 0.000 0.928 0.008
#> SRR1381161 4 0.1004 0.889 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR1442231 4 0.4079 0.736 0.180 0.020 0.000 0.800
#> SRR1374696 1 0.1297 0.903 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1451988 3 0.1362 0.894 0.012 0.020 0.964 0.004
#> SRR660555 1 0.1637 0.891 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR657801 1 0.1545 0.901 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR663344 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1472462 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1406176 3 0.2300 0.866 0.016 0.064 0.920 0.000
#> SRR656886 2 0.0817 0.968 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1498337 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR613066 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1309490 1 0.0336 0.913 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR602492 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1447347 3 0.3443 0.888 0.136 0.000 0.848 0.016
#> SRR1475546 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.3508 0.796 0.012 0.004 0.136 0.848
#> SRR1434332 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1070358 4 0.4406 0.783 0.004 0.184 0.024 0.788
#> SRR1345936 4 0.1082 0.875 0.004 0.004 0.020 0.972
#> SRR665658 2 0.0712 0.975 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR1321351 4 0.4799 0.667 0.004 0.284 0.008 0.704
#> SRR657880 2 0.0336 0.977 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1373903 2 0.0564 0.973 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR657396 4 0.4153 0.766 0.004 0.204 0.008 0.784
#> SRR660981 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR818499 1 0.1557 0.893 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR819658 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1376316 1 0.0707 0.911 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1323723 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1476719 1 0.0707 0.908 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1403478 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1095695 3 0.1867 0.918 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1352391 4 0.3486 0.805 0.092 0.000 0.044 0.864
#> SRR1498813 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR627437 4 0.3662 0.783 0.012 0.004 0.148 0.836
#> SRR2185097 1 0.0817 0.911 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR817166 3 0.2021 0.905 0.040 0.000 0.936 0.024
#> SRR1091670 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.3790 0.747 0.820 0.000 0.164 0.016
#> SRR1479640 2 0.0859 0.969 0.004 0.980 0.008 0.008
#> SRR660152 3 0.2760 0.897 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1074769 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR656153 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1392502 3 0.3172 0.851 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1359609 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR601925 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2165182 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR608542 4 0.1339 0.888 0.004 0.024 0.008 0.964
#> SRR655064 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1432430 3 0.2124 0.918 0.068 0.000 0.924 0.008
#> SRR808472 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1414958 3 0.1474 0.912 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR598484 2 0.0707 0.974 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR612755 3 0.2924 0.910 0.100 0.000 0.884 0.016
#> SRR1365808 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1391724 3 0.5678 0.522 0.044 0.000 0.640 0.316
#> SRR1322373 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1489265 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1359099 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR607279 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627427 3 0.5682 0.143 0.456 0.000 0.520 0.024
#> SRR612887 2 0.1732 0.937 0.004 0.948 0.008 0.040
#> SRR809807 3 0.2412 0.839 0.000 0.084 0.908 0.008
#> SRR663112 3 0.3004 0.833 0.000 0.060 0.892 0.048
#> SRR1346933 4 0.5186 0.450 0.344 0.016 0.000 0.640
#> SRR1487910 1 0.0592 0.910 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR603092 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1417680 2 0.0712 0.972 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR1383785 1 0.1022 0.911 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1070015 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1466222 3 0.2861 0.833 0.000 0.096 0.888 0.016
#> SRR1416119 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR819318 1 0.0921 0.907 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR608288 2 0.0469 0.976 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR811121 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.2987 0.910 0.104 0.000 0.880 0.016
#> SRR607839 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1337031 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR601311 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1406685 4 0.1209 0.888 0.000 0.032 0.004 0.964
#> SRR1467500 4 0.1396 0.887 0.004 0.032 0.004 0.960
#> SRR1308504 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1312865 3 0.2060 0.911 0.052 0.000 0.932 0.016
#> SRR1312522 3 0.1661 0.917 0.052 0.000 0.944 0.004
#> SRR1490486 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.1940 0.917 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1472885 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1098785 2 0.1229 0.958 0.004 0.968 0.008 0.020
#> SRR1084766 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1102804 2 0.0336 0.976 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1336636 3 0.3790 0.865 0.164 0.000 0.820 0.016
#> SRR1347795 3 0.1637 0.915 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR601900 2 0.0592 0.975 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1330989 4 0.0817 0.890 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR658445 2 0.0707 0.972 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1368754 3 0.2450 0.914 0.072 0.000 0.912 0.016
#> SRR1460001 2 0.0336 0.977 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1414934 1 0.0336 0.913 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1326249 3 0.1557 0.913 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR614948 1 0.0707 0.912 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1472952 3 0.2124 0.918 0.068 0.000 0.924 0.008
#> SRR1321528 1 0.1297 0.903 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR627447 3 0.2861 0.912 0.096 0.000 0.888 0.016
#> SRR612239 4 0.1492 0.867 0.004 0.004 0.036 0.956
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.4233 0.7153 0.044 0.000 0.748 0.000 0.208
#> SRR603858 5 0.6017 0.4145 0.108 0.000 0.024 0.244 0.624
#> SRR817070 4 0.6372 0.3054 0.000 0.324 0.000 0.492 0.184
#> SRR1486995 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0162 0.9075 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656874 2 0.1792 0.8835 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR659037 4 0.4400 0.4656 0.000 0.000 0.020 0.672 0.308
#> SRR662031 1 0.1408 0.8130 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR1081283 4 0.0955 0.7573 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1481036 3 0.4338 0.6968 0.024 0.000 0.696 0.000 0.280
#> SRR1434009 2 0.0794 0.9022 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.4933 0.6330 0.000 0.688 0.004 0.060 0.248
#> SRR665429 2 0.2329 0.8645 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1388025 4 0.0671 0.7552 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR600784 3 0.4086 0.7116 0.024 0.000 0.736 0.000 0.240
#> SRR657611 1 0.3608 0.6888 0.812 0.000 0.040 0.000 0.148
#> SRR1333659 2 0.1851 0.8658 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1323896 2 0.2338 0.8725 0.000 0.884 0.000 0.004 0.112
#> SRR1453971 3 0.3760 0.6588 0.028 0.000 0.784 0.000 0.188
#> SRR1421010 1 0.0162 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334490 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.1282 0.8081 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> SRR1468637 5 0.6749 0.3031 0.212 0.000 0.008 0.312 0.468
#> SRR1365489 2 0.0404 0.9074 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR627445 3 0.4380 0.6804 0.020 0.000 0.676 0.000 0.304
#> SRR607863 2 0.3229 0.8383 0.000 0.840 0.000 0.032 0.128
#> SRR1475524 1 0.0404 0.8238 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1405504 2 0.2338 0.8725 0.000 0.884 0.000 0.004 0.112
#> SRR615695 1 0.0290 0.8238 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR600900 4 0.6718 0.3521 0.000 0.124 0.036 0.524 0.316
#> SRR601477 2 0.0404 0.9074 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1487215 2 0.0290 0.9076 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1310797 2 0.1408 0.9041 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1362713 1 0.6020 0.2237 0.560 0.000 0.008 0.108 0.324
#> SRR1431385 1 0.0162 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379089 2 0.0162 0.9075 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102079 3 0.4390 0.5967 0.004 0.000 0.568 0.000 0.428
#> SRR1357210 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.6445 0.3350 0.000 0.216 0.000 0.496 0.288
#> SRR663573 4 0.0865 0.7587 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR603188 2 0.3152 0.8492 0.000 0.840 0.000 0.024 0.136
#> SRR1471200 2 0.0510 0.9068 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1310975 2 0.0290 0.9076 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR627457 5 0.6446 0.3907 0.164 0.000 0.204 0.032 0.600
#> SRR1367654 2 0.0880 0.9007 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1488410 1 0.3779 0.6668 0.776 0.000 0.024 0.000 0.200
#> SRR1457750 5 0.6827 0.2640 0.376 0.000 0.008 0.208 0.408
#> SRR1099546 3 0.1831 0.7310 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR604480 2 0.0162 0.9075 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390477 2 0.0162 0.9075 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458447 2 0.0290 0.9076 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473161 2 0.2020 0.8774 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1409813 2 0.0880 0.9007 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR612791 1 0.3724 0.6177 0.776 0.000 0.204 0.000 0.020
#> SRR1470580 5 0.6327 -0.2471 0.000 0.168 0.348 0.000 0.484
#> SRR1444063 5 0.6922 0.3137 0.236 0.360 0.008 0.000 0.396
#> SRR1355578 1 0.4454 0.5620 0.708 0.000 0.028 0.004 0.260
#> SRR1429203 1 0.0162 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR599154 2 0.0880 0.9007 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR814244 5 0.6396 0.2082 0.400 0.000 0.012 0.120 0.468
#> SRR1404123 4 0.5747 0.4708 0.000 0.212 0.000 0.620 0.168
#> SRR656934 3 0.4819 0.6458 0.024 0.000 0.620 0.004 0.352
#> SRR1339029 2 0.1341 0.8966 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR821525 4 0.0566 0.7562 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1443677 1 0.0609 0.8187 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0510 0.8226 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1338124 3 0.5214 0.5761 0.000 0.036 0.688 0.036 0.240
#> SRR1391376 3 0.1493 0.7531 0.028 0.000 0.948 0.000 0.024
#> SRR661842 4 0.0671 0.7552 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1395699 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.3141 0.7467 0.852 0.000 0.040 0.000 0.108
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.2723 0.7048 0.012 0.000 0.864 0.000 0.124
#> SRR1414578 1 0.0955 0.8160 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR603620 4 0.5228 0.4336 0.000 0.056 0.000 0.588 0.356
#> SRR604677 1 0.5941 0.3259 0.584 0.000 0.256 0.000 0.160
#> SRR603800 2 0.0794 0.9060 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR602058 4 0.0566 0.7582 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR817488 2 0.0794 0.9060 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR655601 4 0.2848 0.7035 0.000 0.004 0.000 0.840 0.156
#> SRR1434821 2 0.0794 0.9074 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1349166 2 0.0609 0.9046 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR615129 5 0.7988 0.3011 0.348 0.104 0.004 0.160 0.384
#> SRR607586 2 0.0290 0.9076 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR602680 2 0.0290 0.9067 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1411070 4 0.1205 0.7548 0.000 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR663038 2 0.2629 0.8555 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR1489416 2 0.3691 0.8133 0.000 0.804 0.000 0.040 0.156
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.3491 0.5824 0.768 0.000 0.228 0.000 0.004
#> SRR1374567 3 0.3323 0.7396 0.056 0.000 0.844 0.000 0.100
#> SRR1434048 2 0.0162 0.9075 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2184865 4 0.1124 0.7544 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR2170135 1 0.0955 0.8151 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR615551 2 0.0290 0.9067 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335513 2 0.3409 0.8237 0.000 0.816 0.000 0.024 0.160
#> SRR1370216 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR662954 4 0.3906 0.4938 0.000 0.004 0.000 0.704 0.292
#> SRR1375738 3 0.4645 0.6856 0.044 0.000 0.688 0.000 0.268
#> SRR1356577 4 0.5362 0.4643 0.152 0.000 0.024 0.712 0.112
#> SRR1073119 1 0.6544 0.0705 0.468 0.000 0.308 0.000 0.224
#> SRR663549 3 0.4668 0.6838 0.044 0.000 0.684 0.000 0.272
#> SRR1478015 2 0.3012 0.8508 0.000 0.852 0.000 0.024 0.124
#> SRR600632 2 0.5048 0.6860 0.000 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR811866 1 0.6147 0.2955 0.580 0.000 0.228 0.004 0.188
#> SRR1401101 2 0.1043 0.9064 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1477797 4 0.0771 0.7540 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1402986 2 0.0290 0.9075 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR658897 1 0.4616 0.5116 0.680 0.000 0.028 0.004 0.288
#> SRR1419869 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1490700 5 0.6587 0.1996 0.412 0.000 0.012 0.144 0.432
#> SRR601723 5 0.5157 -0.0465 0.000 0.000 0.040 0.440 0.520
#> SRR1384115 2 0.7219 0.3039 0.000 0.528 0.140 0.080 0.252
#> SRR1476927 2 0.3691 0.8133 0.000 0.804 0.000 0.040 0.156
#> SRR1387769 3 0.4645 0.6856 0.044 0.000 0.688 0.000 0.268
#> SRR1322595 5 0.6416 0.2817 0.332 0.000 0.188 0.000 0.480
#> SRR1370423 3 0.2890 0.6892 0.000 0.004 0.836 0.000 0.160
#> SRR1314976 4 0.4735 0.5469 0.100 0.000 0.012 0.756 0.132
#> SRR1319560 4 0.5228 0.4336 0.000 0.056 0.000 0.588 0.356
#> SRR1352683 3 0.4695 0.5506 0.008 0.000 0.524 0.004 0.464
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.4403 0.5867 0.000 0.000 0.560 0.004 0.436
#> SRR1360807 4 0.0794 0.7494 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1332544 3 0.2069 0.7268 0.076 0.000 0.912 0.000 0.012
#> SRR598695 1 0.2179 0.7578 0.896 0.000 0.100 0.000 0.004
#> SRR807824 2 0.0609 0.9055 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR809296 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR657927 3 0.4233 0.7153 0.044 0.000 0.748 0.000 0.208
#> SRR1440682 2 0.3914 0.7985 0.000 0.788 0.000 0.048 0.164
#> SRR1454415 2 0.2074 0.8733 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1419131 4 0.0865 0.7524 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1404293 1 0.4637 0.5069 0.676 0.000 0.028 0.004 0.292
#> SRR1473340 3 0.3934 0.5205 0.276 0.000 0.716 0.000 0.008
#> SRR1345563 1 0.2929 0.7022 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1323382 2 0.0162 0.9077 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480697 3 0.3796 0.6557 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1321808 2 0.0162 0.9077 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1382756 2 0.3990 0.6826 0.000 0.688 0.004 0.000 0.308
#> SRR1312558 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1417088 4 0.4624 0.6191 0.000 0.096 0.000 0.740 0.164
#> SRR1433027 2 0.6356 0.1214 0.000 0.468 0.000 0.364 0.168
#> SRR662257 4 0.2389 0.7304 0.000 0.004 0.000 0.880 0.116
#> SRR600417 4 0.0865 0.7576 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR812493 4 0.1205 0.7493 0.000 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR612743 3 0.5365 0.6398 0.088 0.000 0.628 0.000 0.284
#> SRR1361345 1 0.5207 0.4346 0.640 0.000 0.024 0.028 0.308
#> SRR600584 4 0.6351 0.3168 0.000 0.316 0.000 0.500 0.184
#> SRR1310520 4 0.0865 0.7524 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1395595 3 0.2270 0.7284 0.020 0.000 0.904 0.000 0.076
#> SRR1334074 2 0.5652 0.3298 0.000 0.552 0.088 0.000 0.360
#> SRR654838 2 0.0703 0.9037 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1376694 1 0.2130 0.7755 0.908 0.000 0.080 0.000 0.012
#> SRR1433841 5 0.6694 0.2637 0.200 0.396 0.004 0.000 0.400
#> SRR1366837 3 0.5470 0.6349 0.104 0.000 0.628 0.000 0.268
#> SRR1467479 2 0.0162 0.9075 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459055 1 0.3456 0.6884 0.800 0.000 0.016 0.000 0.184
#> SRR1471050 2 0.0290 0.9075 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR603004 2 0.3759 0.7075 0.000 0.764 0.016 0.000 0.220
#> SRR814703 2 0.0703 0.9085 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR661937 2 0.4177 0.7826 0.000 0.760 0.004 0.036 0.200
#> SRR614359 1 0.4744 0.0798 0.508 0.000 0.476 0.000 0.016
#> SRR1071568 2 0.1831 0.8952 0.000 0.920 0.004 0.000 0.076
#> SRR1389084 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1337624 4 0.5889 0.3069 0.000 0.340 0.000 0.544 0.116
#> SRR1344400 2 0.1341 0.8974 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1414290 2 0.0290 0.9076 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1413644 2 0.0609 0.9046 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.4151 0.3398 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> SRR1315103 1 0.4799 0.4642 0.656 0.000 0.016 0.016 0.312
#> SRR1099286 3 0.6202 0.4342 0.220 0.000 0.552 0.000 0.228
#> SRR2166570 4 0.4941 0.4441 0.000 0.000 0.044 0.628 0.328
#> SRR601445 1 0.1668 0.8046 0.940 0.000 0.032 0.000 0.028
#> SRR1439719 4 0.6269 0.3101 0.000 0.324 0.000 0.508 0.168
#> SRR1377026 4 0.4849 0.5938 0.000 0.136 0.000 0.724 0.140
#> SRR1327386 1 0.1018 0.8199 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR654826 2 0.1341 0.8966 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1460433 4 0.1041 0.7538 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR1469345 3 0.1484 0.7455 0.048 0.000 0.944 0.000 0.008
#> SRR1421462 2 0.0880 0.9051 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR662966 3 0.4276 0.7109 0.032 0.000 0.724 0.000 0.244
#> SRR1339175 1 0.3724 0.6177 0.776 0.000 0.204 0.000 0.020
#> SRR1447736 2 0.0162 0.9077 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434671 2 0.0510 0.9072 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR660800 2 0.0404 0.9076 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1465543 2 0.0880 0.9007 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1342023 1 0.0162 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335670 1 0.2104 0.7907 0.916 0.000 0.024 0.000 0.060
#> SRR1400955 2 0.1043 0.9064 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1072150 2 0.0290 0.9067 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.3551 0.6019 0.220 0.000 0.772 0.000 0.008
#> SRR1098074 2 0.3224 0.7744 0.000 0.824 0.016 0.000 0.160
#> SRR1442778 1 0.0404 0.8235 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.2172 0.7257 0.000 0.016 0.908 0.000 0.076
#> SRR627464 5 0.4900 0.4806 0.080 0.004 0.052 0.088 0.776
#> SRR1409193 1 0.4847 0.5866 0.708 0.000 0.016 0.040 0.236
#> SRR2168286 4 0.1430 0.7537 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
#> SRR615539 2 0.3536 0.8204 0.000 0.812 0.000 0.032 0.156
#> SRR663623 3 0.4380 0.6978 0.032 0.000 0.708 0.000 0.260
#> SRR1471989 3 0.1965 0.7366 0.024 0.000 0.924 0.000 0.052
#> SRR1468828 2 0.4609 0.7416 0.000 0.744 0.000 0.104 0.152
#> SRR1381934 3 0.4933 0.6915 0.076 0.000 0.688 0.000 0.236
#> SRR1471098 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1314749 3 0.4691 0.6808 0.044 0.000 0.680 0.000 0.276
#> SRR2166874 4 0.4251 0.4378 0.000 0.004 0.000 0.624 0.372
#> SRR821302 3 0.5892 0.3729 0.372 0.000 0.520 0.000 0.108
#> SRR1435066 2 0.0510 0.9062 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR661601 2 0.0290 0.9076 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446546 2 0.7154 -0.0390 0.000 0.424 0.304 0.020 0.252
#> SRR1419784 3 0.3949 0.6870 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1357233 4 0.4351 0.6041 0.000 0.028 0.004 0.724 0.244
#> SRR1441889 1 0.3970 0.6403 0.788 0.000 0.156 0.000 0.056
#> SRR1413940 1 0.3648 0.6794 0.792 0.000 0.016 0.004 0.188
#> SRR1324250 4 0.6434 0.3479 0.000 0.180 0.004 0.512 0.304
#> SRR1442862 2 0.1571 0.8945 0.000 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR662474 4 0.3264 0.6906 0.000 0.016 0.000 0.820 0.164
#> SRR1416226 3 0.4382 0.6918 0.024 0.000 0.688 0.000 0.288
#> SRR1417404 4 0.5293 0.4821 0.136 0.000 0.024 0.720 0.120
#> SRR665466 2 0.4177 0.7824 0.000 0.772 0.000 0.064 0.164
#> SRR658849 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.5024 0.5195 0.000 0.044 0.004 0.640 0.312
#> SRR1408136 1 0.0162 0.8256 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489995 2 0.0162 0.9077 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374092 3 0.4637 0.6803 0.036 0.000 0.672 0.000 0.292
#> SRR1488429 3 0.2864 0.6986 0.012 0.000 0.852 0.000 0.136
#> SRR1087559 5 0.6404 0.4402 0.244 0.000 0.064 0.084 0.608
#> SRR817004 5 0.7969 0.3930 0.224 0.148 0.176 0.000 0.452
#> SRR1429660 2 0.0880 0.9007 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR604390 3 0.4074 0.6135 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR614936 2 0.6334 0.0476 0.000 0.452 0.000 0.388 0.160
#> SRR1365938 5 0.8208 0.3149 0.324 0.172 0.004 0.128 0.372
#> SRR1437324 1 0.0609 0.8207 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.1952 0.7402 0.000 0.004 0.000 0.912 0.084
#> SRR660414 4 0.4941 0.4441 0.000 0.000 0.044 0.628 0.328
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.4339 0.6829 0.020 0.000 0.684 0.000 0.296
#> SRR1398036 4 0.0955 0.7571 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1436674 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.4380 0.6804 0.020 0.000 0.676 0.000 0.304
#> SRR608630 4 0.3461 0.5880 0.004 0.000 0.000 0.772 0.224
#> SRR655625 4 0.0162 0.7576 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR599059 3 0.6622 0.2312 0.000 0.204 0.504 0.008 0.284
#> SRR615189 5 0.5690 -0.1496 0.000 0.068 0.004 0.436 0.492
#> SRR1466889 2 0.0510 0.9068 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1084602 4 0.0794 0.7494 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1335422 1 0.1774 0.7963 0.932 0.000 0.052 0.000 0.016
#> SRR1356805 2 0.1043 0.9021 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1385300 3 0.1205 0.7542 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> SRR654814 1 0.0162 0.8253 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0510 0.9062 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR820596 3 0.5940 0.5680 0.144 0.000 0.572 0.000 0.284
#> SRR1318118 1 0.6536 0.0726 0.464 0.000 0.216 0.000 0.320
#> SRR1480766 2 0.3454 0.8237 0.000 0.816 0.000 0.028 0.156
#> SRR1406539 1 0.5500 0.4638 0.648 0.000 0.140 0.000 0.212
#> SRR1341833 2 0.0963 0.9053 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1441826 4 0.0771 0.7540 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1448051 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.1831 0.7355 0.004 0.000 0.920 0.000 0.076
#> SRR819186 2 0.0290 0.9076 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR661517 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.1270 0.9033 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR809065 4 0.3123 0.6982 0.000 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1415872 2 0.2233 0.8800 0.000 0.892 0.000 0.004 0.104
#> SRR1415463 3 0.2561 0.7481 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1381161 4 0.1124 0.7569 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1442231 4 0.5467 0.2617 0.068 0.000 0.000 0.548 0.384
#> SRR1374696 1 0.4438 0.6272 0.732 0.000 0.040 0.004 0.224
#> SRR1451988 3 0.3266 0.6852 0.000 0.004 0.796 0.000 0.200
#> SRR660555 1 0.2179 0.7578 0.896 0.000 0.100 0.000 0.004
#> SRR657801 1 0.3464 0.7249 0.836 0.000 0.096 0.000 0.068
#> SRR663344 2 0.0703 0.9059 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1472462 2 0.2471 0.8594 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1406176 3 0.3477 0.6798 0.000 0.040 0.824 0.000 0.136
#> SRR656886 2 0.3993 0.7250 0.000 0.756 0.028 0.000 0.216
#> SRR1498337 4 0.0771 0.7540 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR613066 3 0.1648 0.7477 0.040 0.000 0.940 0.000 0.020
#> SRR1309490 1 0.0162 0.8254 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602492 4 0.0451 0.7581 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1447347 3 0.5556 0.6256 0.108 0.000 0.616 0.000 0.276
#> SRR1475546 2 0.0880 0.9053 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR627459 5 0.5928 0.1064 0.000 0.000 0.108 0.392 0.500
#> SRR1434332 2 0.2574 0.8616 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR1070358 4 0.4916 0.5746 0.000 0.160 0.000 0.716 0.124
#> SRR1345936 4 0.2629 0.6853 0.000 0.000 0.004 0.860 0.136
#> SRR665658 2 0.1597 0.8995 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR1321351 4 0.6372 0.3054 0.000 0.324 0.000 0.492 0.184
#> SRR657880 2 0.0404 0.9061 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1373903 2 0.3804 0.8047 0.000 0.796 0.000 0.044 0.160
#> SRR657396 4 0.5320 0.4088 0.000 0.060 0.000 0.572 0.368
#> SRR660981 2 0.3536 0.8204 0.000 0.812 0.000 0.032 0.156
#> SRR818499 1 0.2020 0.7607 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.1043 0.9064 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1376316 1 0.0671 0.8216 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1323723 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1476719 1 0.2632 0.7722 0.888 0.000 0.040 0.000 0.072
#> SRR1403478 2 0.0510 0.9062 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1095695 3 0.0794 0.7499 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1352391 5 0.4461 0.4339 0.036 0.000 0.020 0.184 0.760
#> SRR1498813 4 0.0865 0.7576 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR627437 5 0.5959 0.1131 0.000 0.000 0.112 0.388 0.500
#> SRR2185097 1 0.1408 0.8130 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR817166 3 0.3999 0.6358 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1091670 2 0.0510 0.9074 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR603776 5 0.6804 0.0340 0.332 0.000 0.300 0.000 0.368
#> SRR1479640 2 0.4199 0.7821 0.000 0.772 0.000 0.068 0.160
#> SRR660152 3 0.3454 0.6975 0.156 0.000 0.816 0.000 0.028
#> SRR1074769 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR656153 2 0.3039 0.8395 0.000 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR1392502 3 0.3967 0.6780 0.092 0.000 0.800 0.000 0.108
#> SRR1359609 1 0.0880 0.8190 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR601925 2 0.0794 0.9074 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2165182 2 0.1908 0.8792 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR608542 4 0.1952 0.7427 0.000 0.004 0.000 0.912 0.084
#> SRR655064 4 0.0865 0.7524 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1432430 3 0.2249 0.7494 0.008 0.000 0.896 0.000 0.096
#> SRR808472 4 0.0771 0.7594 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1414958 3 0.1399 0.7452 0.028 0.000 0.952 0.000 0.020
#> SRR598484 2 0.3550 0.7404 0.000 0.760 0.004 0.000 0.236
#> SRR612755 3 0.4264 0.7139 0.044 0.000 0.744 0.000 0.212
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 5 0.6848 -0.1066 0.008 0.000 0.324 0.228 0.440
#> SRR1322373 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0963 0.9040 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1359099 2 0.0510 0.9062 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR607279 2 0.2338 0.8725 0.000 0.884 0.000 0.004 0.112
#> SRR810461 2 0.0290 0.9076 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR627427 5 0.6325 0.2883 0.176 0.000 0.256 0.008 0.560
#> SRR612887 2 0.4467 0.7593 0.000 0.752 0.000 0.084 0.164
#> SRR809807 3 0.6262 0.3598 0.000 0.164 0.504 0.000 0.332
#> SRR663112 3 0.5797 0.4827 0.000 0.096 0.640 0.020 0.244
#> SRR1346933 4 0.6699 -0.1376 0.208 0.000 0.004 0.436 0.352
#> SRR1487910 1 0.2769 0.7648 0.876 0.000 0.032 0.000 0.092
#> SRR603092 4 0.0955 0.7573 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1417680 2 0.3914 0.7985 0.000 0.788 0.000 0.048 0.164
#> SRR1383785 1 0.3146 0.7310 0.844 0.000 0.128 0.000 0.028
#> SRR1070015 2 0.0880 0.9007 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1466222 3 0.4930 0.5716 0.000 0.028 0.548 0.000 0.424
#> SRR1416119 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR819318 1 0.4022 0.7007 0.796 0.000 0.104 0.000 0.100
#> SRR608288 2 0.0880 0.9071 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR811121 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR613138 2 0.0290 0.9076 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR810483 3 0.4645 0.6860 0.044 0.000 0.688 0.000 0.268
#> SRR607839 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.1671 0.7834 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0671 0.7552 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1406685 4 0.1124 0.7561 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1467500 4 0.1704 0.7469 0.000 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.4171 0.6321 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1312522 3 0.1408 0.7541 0.008 0.000 0.948 0.000 0.044
#> SRR1490486 2 0.0162 0.9074 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1325888 3 0.1197 0.7466 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.5413 0.6350 0.000 0.664 0.000 0.172 0.164
#> SRR1084766 4 0.0865 0.7524 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1102804 2 0.1341 0.8970 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1336636 3 0.4928 0.6675 0.056 0.000 0.660 0.000 0.284
#> SRR1347795 3 0.1800 0.7434 0.048 0.000 0.932 0.000 0.020
#> SRR601900 2 0.0404 0.9061 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1330989 4 0.0955 0.7586 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR658445 2 0.1043 0.8976 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1368754 3 0.4206 0.6980 0.020 0.000 0.708 0.000 0.272
#> SRR1460001 2 0.0404 0.9062 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8257 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.1121 0.7466 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0510 0.8226 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1472952 3 0.1408 0.7547 0.008 0.000 0.948 0.000 0.044
#> SRR1321528 1 0.5165 0.1587 0.512 0.000 0.040 0.000 0.448
#> SRR627447 3 0.4086 0.7116 0.024 0.000 0.736 0.000 0.240
#> SRR612239 4 0.3809 0.5381 0.000 0.000 0.008 0.736 0.256
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.4456 -0.2040 0.020 0.000 0.520 0.000 0.004 0.456
#> SRR603858 6 0.5431 0.1792 0.020 0.000 0.004 0.116 0.224 0.636
#> SRR817070 2 0.6291 0.0891 0.000 0.392 0.000 0.316 0.284 0.008
#> SRR1486995 3 0.0520 0.6905 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR813043 2 0.0363 0.8007 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR656874 2 0.2562 0.7417 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR659037 4 0.6099 0.0599 0.000 0.000 0.012 0.444 0.184 0.360
#> SRR662031 1 0.2318 0.7645 0.892 0.000 0.044 0.000 0.000 0.064
#> SRR1081283 4 0.0547 0.7679 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1481036 6 0.4664 0.4275 0.008 0.000 0.388 0.000 0.032 0.572
#> SRR1434009 2 0.2389 0.7554 0.000 0.864 0.000 0.000 0.128 0.008
#> SRR1376676 1 0.0146 0.8071 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396967 5 0.6780 0.2268 0.000 0.356 0.016 0.020 0.384 0.224
#> SRR665429 2 0.3101 0.6938 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1388025 4 0.0146 0.7682 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR600784 3 0.4394 -0.2649 0.016 0.000 0.492 0.000 0.004 0.488
#> SRR657611 1 0.3586 0.5876 0.720 0.000 0.000 0.000 0.012 0.268
#> SRR1333659 2 0.2912 0.7161 0.000 0.816 0.000 0.000 0.172 0.012
#> SRR1323896 2 0.3215 0.7051 0.000 0.756 0.000 0.000 0.240 0.004
#> SRR1453971 3 0.5408 0.2960 0.004 0.000 0.600 0.000 0.184 0.212
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0603 0.6903 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1309468 1 0.1908 0.7674 0.900 0.000 0.096 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468637 5 0.6794 0.3611 0.128 0.000 0.004 0.112 0.512 0.244
#> SRR1365489 2 0.0363 0.8012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR627445 6 0.3934 0.4432 0.008 0.000 0.376 0.000 0.000 0.616
#> SRR607863 2 0.3934 0.6555 0.000 0.708 0.000 0.032 0.260 0.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.3215 0.7051 0.000 0.756 0.000 0.000 0.240 0.004
#> SRR615695 1 0.0717 0.8035 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR600900 5 0.7104 0.2643 0.000 0.048 0.020 0.248 0.444 0.240
#> SRR601477 2 0.0790 0.7995 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1487215 2 0.0713 0.7998 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1310797 2 0.2624 0.7698 0.000 0.844 0.000 0.004 0.148 0.004
#> SRR1362713 1 0.6347 0.2507 0.472 0.000 0.000 0.032 0.316 0.180
#> SRR1431385 1 0.0405 0.8067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1379089 2 0.0363 0.8007 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1102079 6 0.4716 0.4324 0.000 0.000 0.224 0.000 0.108 0.668
#> SRR1357210 1 0.0146 0.8066 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 5 0.6325 -0.0531 0.000 0.300 0.000 0.328 0.364 0.008
#> SRR663573 4 0.2163 0.7175 0.000 0.000 0.004 0.892 0.096 0.008
#> SRR603188 2 0.3827 0.6666 0.000 0.680 0.000 0.008 0.308 0.004
#> SRR1471200 2 0.1501 0.7885 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1310975 2 0.0935 0.7997 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR627457 6 0.5758 0.3304 0.052 0.000 0.108 0.000 0.228 0.612
#> SRR1367654 2 0.2346 0.7547 0.000 0.868 0.000 0.000 0.124 0.008
#> SRR1488410 1 0.5096 0.5140 0.628 0.000 0.000 0.000 0.216 0.156
#> SRR1457750 5 0.6949 0.2100 0.264 0.000 0.000 0.072 0.428 0.236
#> SRR1099546 3 0.1333 0.6726 0.048 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008
#> SRR604480 2 0.0363 0.8008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1390477 2 0.0363 0.8007 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1458447 2 0.0260 0.8008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473161 2 0.2793 0.7244 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1409813 2 0.2346 0.7547 0.000 0.868 0.000 0.000 0.124 0.008
#> SRR612791 1 0.4386 0.5412 0.684 0.000 0.260 0.000 0.004 0.052
#> SRR1470580 6 0.5555 0.4343 0.000 0.084 0.124 0.000 0.124 0.668
#> SRR1444063 5 0.7560 0.3601 0.136 0.300 0.004 0.000 0.340 0.220
#> SRR1355578 1 0.5598 0.3925 0.552 0.000 0.000 0.004 0.280 0.164
#> SRR1429203 1 0.0405 0.8067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR599154 2 0.2389 0.7518 0.000 0.864 0.000 0.000 0.128 0.008
#> SRR814244 5 0.6903 0.2271 0.256 0.000 0.004 0.048 0.416 0.276
#> SRR1404123 4 0.5919 0.1886 0.000 0.248 0.000 0.464 0.288 0.000
#> SRR656934 6 0.4536 0.4707 0.008 0.000 0.280 0.000 0.048 0.664
#> SRR1339029 2 0.1765 0.7815 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR821525 4 0.0000 0.7687 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.1204 0.7869 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0976 0.8016 0.968 0.000 0.008 0.000 0.016 0.008
#> SRR1338124 3 0.6741 0.0474 0.000 0.024 0.404 0.008 0.292 0.272
#> SRR1391376 3 0.0972 0.6798 0.008 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028
#> SRR661842 4 0.0260 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1395699 3 0.0622 0.6917 0.012 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312209 1 0.4429 0.6315 0.716 0.000 0.000 0.000 0.140 0.144
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.3248 0.5364 0.000 0.000 0.804 0.000 0.032 0.164
#> SRR1414578 1 0.0806 0.8056 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR603620 4 0.5560 0.4206 0.000 0.016 0.000 0.540 0.344 0.100
#> SRR604677 6 0.6303 0.2464 0.372 0.000 0.236 0.000 0.012 0.380
#> SRR603800 2 0.0632 0.8008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR602058 4 0.0363 0.7692 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR817488 2 0.0865 0.8015 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR655601 4 0.3175 0.6217 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1434821 2 0.1806 0.7794 0.000 0.908 0.000 0.000 0.088 0.004
#> SRR1349166 2 0.1714 0.7771 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR615129 5 0.8069 0.2669 0.232 0.100 0.000 0.080 0.408 0.180
#> SRR607586 2 0.0260 0.8008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR602680 2 0.1007 0.7967 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1411070 4 0.1007 0.7616 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR663038 2 0.3126 0.6890 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1489416 2 0.4272 0.6115 0.000 0.668 0.000 0.044 0.288 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.3215 0.6333 0.756 0.000 0.240 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374567 3 0.3956 0.2750 0.024 0.000 0.684 0.000 0.000 0.292
#> SRR1434048 2 0.0632 0.8001 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2184865 4 0.0622 0.7666 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2170135 1 0.1858 0.7691 0.904 0.000 0.092 0.000 0.000 0.004
#> SRR615551 2 0.1010 0.7973 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1335513 2 0.3767 0.6501 0.000 0.708 0.000 0.012 0.276 0.004
#> SRR1370216 3 0.0603 0.6903 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR662954 4 0.5364 0.3704 0.000 0.000 0.000 0.572 0.276 0.152
#> SRR1375738 6 0.4276 0.3935 0.020 0.000 0.416 0.000 0.000 0.564
#> SRR1356577 4 0.5911 0.4146 0.176 0.000 0.000 0.624 0.088 0.112
#> SRR1073119 6 0.5946 0.3412 0.288 0.000 0.256 0.000 0.000 0.456
#> SRR663549 6 0.4289 0.3900 0.020 0.000 0.424 0.000 0.000 0.556
#> SRR1478015 2 0.3541 0.6836 0.000 0.728 0.000 0.012 0.260 0.000
#> SRR600632 2 0.5601 0.4626 0.000 0.560 0.000 0.148 0.284 0.008
#> SRR811866 1 0.6266 -0.1197 0.432 0.000 0.172 0.000 0.024 0.372
#> SRR1401101 2 0.2100 0.7771 0.000 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004
#> SRR1477797 4 0.0146 0.7682 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402986 2 0.0713 0.8009 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR658897 1 0.5645 0.3162 0.508 0.000 0.000 0.000 0.320 0.172
#> SRR1419869 3 0.0603 0.6903 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1490700 5 0.6718 0.2069 0.272 0.000 0.000 0.048 0.440 0.240
#> SRR601723 6 0.5369 0.2927 0.000 0.000 0.016 0.164 0.184 0.636
#> SRR1384115 5 0.8080 0.3201 0.000 0.228 0.148 0.036 0.352 0.236
#> SRR1476927 2 0.4272 0.6115 0.000 0.668 0.000 0.044 0.288 0.000
#> SRR1387769 6 0.4276 0.3935 0.020 0.000 0.416 0.000 0.000 0.564
#> SRR1322595 5 0.6520 0.3278 0.124 0.000 0.076 0.000 0.488 0.312
#> SRR1370423 3 0.5508 0.2436 0.000 0.000 0.564 0.000 0.212 0.224
#> SRR1314976 4 0.5926 0.4305 0.132 0.000 0.000 0.628 0.092 0.148
#> SRR1319560 4 0.5560 0.4206 0.000 0.016 0.000 0.540 0.344 0.100
#> SRR1352683 6 0.4503 0.4515 0.000 0.000 0.192 0.000 0.108 0.700
#> SRR1473800 1 0.0405 0.8067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1326384 6 0.4792 0.4389 0.000 0.000 0.208 0.004 0.112 0.676
#> SRR1360807 4 0.0622 0.7645 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1332544 3 0.1643 0.6540 0.068 0.000 0.924 0.000 0.000 0.008
#> SRR598695 1 0.2778 0.7093 0.824 0.000 0.168 0.000 0.000 0.008
#> SRR807824 2 0.1563 0.7888 0.000 0.932 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR809296 3 0.0717 0.6921 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR657927 3 0.4456 -0.2040 0.020 0.000 0.520 0.000 0.004 0.456
#> SRR1440682 2 0.4371 0.6059 0.000 0.664 0.000 0.052 0.284 0.000
#> SRR1454415 2 0.2793 0.7239 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1419131 4 0.0622 0.7645 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1404293 1 0.5731 0.3395 0.520 0.000 0.000 0.004 0.304 0.172
#> SRR1473340 3 0.3259 0.4954 0.216 0.000 0.772 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345563 1 0.4955 0.5496 0.660 0.000 0.004 0.000 0.204 0.132
#> SRR1323382 2 0.0547 0.8010 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1480697 6 0.5958 0.0909 0.000 0.000 0.384 0.000 0.220 0.396
#> SRR1321808 2 0.0458 0.8010 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1382756 5 0.6310 0.2394 0.000 0.332 0.016 0.000 0.428 0.224
#> SRR1312558 2 0.1333 0.7917 0.000 0.944 0.000 0.000 0.048 0.008
#> SRR1417088 4 0.4664 0.5033 0.000 0.076 0.000 0.644 0.280 0.000
#> SRR1433027 2 0.6093 0.0596 0.000 0.380 0.000 0.336 0.284 0.000
#> SRR662257 4 0.3050 0.6587 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR600417 4 0.0547 0.7679 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR812493 4 0.1398 0.7451 0.000 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> SRR612743 6 0.4890 0.4456 0.052 0.000 0.360 0.000 0.008 0.580
#> SRR1361345 1 0.6035 0.3130 0.504 0.000 0.000 0.016 0.300 0.180
#> SRR600584 2 0.6296 0.0794 0.000 0.388 0.000 0.320 0.284 0.008
#> SRR1310520 4 0.0520 0.7655 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1395595 3 0.2537 0.6089 0.000 0.000 0.872 0.000 0.032 0.096
#> SRR1334074 2 0.6400 -0.0469 0.000 0.384 0.020 0.000 0.220 0.376
#> SRR654838 2 0.2118 0.7735 0.000 0.888 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR1376694 1 0.2738 0.7059 0.820 0.000 0.176 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433841 5 0.7120 0.3232 0.084 0.344 0.000 0.000 0.352 0.220
#> SRR1366837 6 0.5440 0.4217 0.092 0.000 0.360 0.000 0.012 0.536
#> SRR1467479 2 0.0632 0.8001 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1459055 1 0.4855 0.5510 0.660 0.000 0.000 0.000 0.204 0.136
#> SRR1471050 2 0.0713 0.8009 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR603004 2 0.6548 -0.1878 0.000 0.420 0.032 0.000 0.328 0.220
#> SRR814703 2 0.2302 0.7939 0.000 0.872 0.000 0.000 0.120 0.008
#> SRR661937 5 0.5881 -0.1858 0.000 0.424 0.004 0.040 0.464 0.068
#> SRR614359 3 0.4260 -0.0183 0.472 0.000 0.512 0.000 0.000 0.016
#> SRR1071568 2 0.4401 0.5431 0.000 0.656 0.004 0.000 0.300 0.040
#> SRR1389084 3 0.0717 0.6921 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337624 4 0.5364 0.4441 0.000 0.164 0.000 0.628 0.196 0.012
#> SRR1344400 2 0.2402 0.7720 0.000 0.856 0.000 0.000 0.140 0.004
#> SRR1414290 2 0.0146 0.8007 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413644 2 0.1866 0.7795 0.000 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.3508 0.3939 0.292 0.000 0.704 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315103 1 0.6130 0.3177 0.508 0.000 0.004 0.016 0.296 0.176
#> SRR1099286 6 0.6279 0.3790 0.092 0.000 0.344 0.000 0.072 0.492
#> SRR2166570 6 0.6610 -0.0770 0.000 0.000 0.028 0.324 0.264 0.384
#> SRR601445 1 0.1257 0.7997 0.952 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028
#> SRR1439719 4 0.6032 0.1138 0.000 0.292 0.000 0.424 0.284 0.000
#> SRR1377026 4 0.4663 0.5225 0.000 0.092 0.000 0.664 0.244 0.000
#> SRR1327386 1 0.0914 0.8024 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR654826 2 0.1714 0.7834 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1460433 4 0.0717 0.7669 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1469345 3 0.0972 0.6893 0.028 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008
#> SRR1421462 2 0.1075 0.7960 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR662966 3 0.4565 -0.2664 0.020 0.000 0.496 0.000 0.008 0.476
#> SRR1339175 1 0.4386 0.5412 0.684 0.000 0.260 0.000 0.004 0.052
#> SRR1447736 2 0.0632 0.8015 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1434671 2 0.1556 0.7856 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR660800 2 0.0632 0.8006 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1465543 2 0.2431 0.7492 0.000 0.860 0.000 0.000 0.132 0.008
#> SRR1342023 1 0.0405 0.8067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1335670 1 0.1714 0.7712 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1400955 2 0.2100 0.7771 0.000 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004
#> SRR1072150 2 0.1219 0.7927 0.000 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.2946 0.5430 0.176 0.000 0.812 0.000 0.000 0.012
#> SRR1098074 2 0.6095 0.1530 0.000 0.532 0.032 0.000 0.280 0.156
#> SRR1442778 1 0.0146 0.8070 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1086728 3 0.2856 0.6048 0.000 0.000 0.856 0.000 0.076 0.068
#> SRR627464 6 0.4472 0.1497 0.024 0.000 0.012 0.000 0.336 0.628
#> SRR1409193 1 0.5873 0.4357 0.556 0.000 0.000 0.016 0.220 0.208
#> SRR2168286 4 0.1367 0.7628 0.000 0.000 0.000 0.944 0.044 0.012
#> SRR615539 2 0.4079 0.6241 0.000 0.680 0.000 0.032 0.288 0.000
#> SRR663623 6 0.4136 0.3880 0.012 0.000 0.428 0.000 0.000 0.560
#> SRR1471989 3 0.1707 0.6564 0.004 0.000 0.928 0.000 0.012 0.056
#> SRR1468828 2 0.4918 0.5726 0.000 0.632 0.000 0.088 0.276 0.004
#> SRR1381934 6 0.5449 0.3607 0.068 0.000 0.436 0.000 0.020 0.476
#> SRR1471098 3 0.0717 0.6921 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1314749 6 0.4510 0.4044 0.020 0.000 0.416 0.000 0.008 0.556
#> SRR2166874 4 0.5446 0.3650 0.000 0.000 0.000 0.540 0.316 0.144
#> SRR821302 1 0.5907 -0.0333 0.452 0.000 0.380 0.000 0.008 0.160
#> SRR1435066 2 0.1563 0.7910 0.000 0.932 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR661601 2 0.0713 0.7998 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1446546 5 0.7633 0.2881 0.000 0.264 0.144 0.004 0.332 0.256
#> SRR1419784 6 0.4333 0.4175 0.000 0.000 0.376 0.000 0.028 0.596
#> SRR1357233 5 0.6516 0.0701 0.000 0.024 0.004 0.368 0.404 0.200
#> SRR1441889 1 0.4722 0.5493 0.688 0.000 0.192 0.000 0.004 0.116
#> SRR1413940 1 0.5076 0.5314 0.644 0.000 0.000 0.004 0.212 0.140
#> SRR1324250 5 0.6908 0.2167 0.000 0.076 0.004 0.268 0.468 0.184
#> SRR1442862 2 0.3536 0.6178 0.000 0.736 0.004 0.000 0.252 0.008
#> SRR662474 4 0.3198 0.6181 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1416226 6 0.4636 0.4389 0.008 0.000 0.376 0.000 0.032 0.584
#> SRR1417404 4 0.5970 0.4239 0.144 0.000 0.000 0.624 0.096 0.136
#> SRR665466 2 0.5003 0.5268 0.000 0.608 0.000 0.104 0.288 0.000
#> SRR658849 3 0.0458 0.6912 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 5 0.6844 0.1944 0.000 0.028 0.016 0.296 0.432 0.228
#> SRR1408136 1 0.0363 0.8068 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1489995 2 0.0935 0.8014 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1374092 6 0.4598 0.4332 0.008 0.000 0.388 0.000 0.028 0.576
#> SRR1488429 3 0.3948 0.4771 0.000 0.000 0.748 0.000 0.064 0.188
#> SRR1087559 5 0.5632 0.2929 0.072 0.000 0.016 0.008 0.488 0.416
#> SRR817004 5 0.7843 0.3360 0.132 0.048 0.144 0.000 0.420 0.256
#> SRR1429660 2 0.2346 0.7551 0.000 0.868 0.000 0.000 0.124 0.008
#> SRR604390 6 0.6058 0.2118 0.000 0.000 0.292 0.004 0.248 0.456
#> SRR614936 2 0.6310 0.0610 0.000 0.376 0.000 0.328 0.288 0.008
#> SRR1365938 5 0.8132 0.2966 0.212 0.132 0.000 0.072 0.408 0.176
#> SRR1437324 1 0.0520 0.8063 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR613414 4 0.2003 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR660414 6 0.6659 -0.0702 0.000 0.000 0.032 0.324 0.260 0.384
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 6 0.4265 0.4349 0.016 0.000 0.384 0.000 0.004 0.596
#> SRR1398036 4 0.0458 0.7683 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 6 0.3934 0.4432 0.008 0.000 0.376 0.000 0.000 0.616
#> SRR608630 4 0.4374 0.5631 0.000 0.000 0.000 0.712 0.192 0.096
#> SRR655625 4 0.0146 0.7689 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR599059 5 0.7551 0.1544 0.000 0.128 0.256 0.004 0.348 0.264
#> SRR615189 4 0.6650 0.1326 0.000 0.032 0.000 0.388 0.324 0.256
#> SRR1466889 2 0.0937 0.7984 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1084602 4 0.0622 0.7645 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1335422 1 0.2876 0.7424 0.860 0.000 0.056 0.000 0.004 0.080
#> SRR1356805 2 0.2473 0.7541 0.000 0.856 0.000 0.000 0.136 0.008
#> SRR1385300 3 0.2300 0.5769 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR654814 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.1563 0.7910 0.000 0.932 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR820596 6 0.5393 0.4614 0.084 0.000 0.316 0.000 0.020 0.580
#> SRR1318118 6 0.5715 0.4291 0.196 0.000 0.204 0.000 0.016 0.584
#> SRR1480766 2 0.4079 0.6241 0.000 0.680 0.000 0.032 0.288 0.000
#> SRR1406539 6 0.6573 0.0882 0.376 0.000 0.112 0.000 0.080 0.432
#> SRR1341833 2 0.2278 0.7616 0.000 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR1441826 4 0.0260 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1448051 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0622 0.6893 0.012 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008
#> SRR665217 3 0.2560 0.6139 0.000 0.000 0.872 0.000 0.036 0.092
#> SRR819186 2 0.0508 0.8014 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR661517 3 0.0520 0.6905 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR607166 2 0.1858 0.7976 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR809065 4 0.4180 0.5644 0.000 0.024 0.000 0.680 0.288 0.008
#> SRR1415872 2 0.3521 0.7058 0.000 0.724 0.000 0.004 0.268 0.004
#> SRR1415463 3 0.3668 0.1910 0.004 0.000 0.668 0.000 0.000 0.328
#> SRR1381161 4 0.0632 0.7681 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1442231 4 0.6573 0.1398 0.048 0.000 0.000 0.420 0.364 0.168
#> SRR1374696 1 0.5365 0.4355 0.552 0.000 0.000 0.004 0.112 0.332
#> SRR1451988 3 0.5783 0.1295 0.000 0.000 0.496 0.000 0.212 0.292
#> SRR660555 1 0.2706 0.7161 0.832 0.000 0.160 0.000 0.000 0.008
#> SRR657801 1 0.4141 0.6169 0.740 0.000 0.068 0.000 0.004 0.188
#> SRR663344 2 0.2100 0.7674 0.000 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004
#> SRR1472462 2 0.3151 0.6903 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1406176 3 0.5360 0.3499 0.000 0.012 0.628 0.000 0.200 0.160
#> SRR656886 2 0.6730 -0.2486 0.000 0.380 0.044 0.000 0.356 0.220
#> SRR1498337 4 0.0146 0.7682 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613066 3 0.0909 0.6827 0.012 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020
#> SRR1309490 1 0.0363 0.8060 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR602492 4 0.0363 0.7686 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1447347 6 0.4807 0.4061 0.048 0.000 0.392 0.000 0.004 0.556
#> SRR1475546 2 0.1444 0.7965 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR627459 6 0.5186 0.3210 0.000 0.000 0.024 0.156 0.148 0.672
#> SRR1434332 2 0.2941 0.7082 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1070358 4 0.5196 0.4241 0.000 0.128 0.000 0.616 0.252 0.004
#> SRR1345936 4 0.4481 0.5102 0.000 0.000 0.004 0.720 0.156 0.120
#> SRR665658 2 0.2275 0.7914 0.000 0.888 0.000 0.008 0.096 0.008
#> SRR1321351 2 0.6291 0.0891 0.000 0.392 0.000 0.316 0.284 0.008
#> SRR657880 2 0.1285 0.7923 0.000 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1373903 2 0.4384 0.6133 0.000 0.660 0.000 0.040 0.296 0.004
#> SRR657396 4 0.5613 0.3853 0.000 0.016 0.000 0.516 0.368 0.100
#> SRR660981 2 0.4079 0.6241 0.000 0.680 0.000 0.032 0.288 0.000
#> SRR818499 1 0.2558 0.7193 0.840 0.000 0.156 0.000 0.000 0.004
#> SRR819658 2 0.2100 0.7771 0.000 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004
#> SRR1376316 1 0.0622 0.8056 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1323723 2 0.1285 0.7922 0.000 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1476719 1 0.3247 0.7134 0.808 0.000 0.000 0.000 0.036 0.156
#> SRR1403478 2 0.1563 0.7910 0.000 0.932 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR1095695 3 0.0520 0.6905 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1352391 6 0.4184 0.1534 0.000 0.000 0.004 0.028 0.296 0.672
#> SRR1498813 4 0.0547 0.7679 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR627437 6 0.5186 0.3210 0.000 0.000 0.024 0.156 0.148 0.672
#> SRR2185097 1 0.2318 0.7645 0.892 0.000 0.044 0.000 0.000 0.064
#> SRR817166 6 0.5947 0.2015 0.000 0.000 0.312 0.000 0.240 0.448
#> SRR1091670 2 0.0790 0.8005 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR603776 6 0.5584 0.4705 0.124 0.000 0.224 0.000 0.032 0.620
#> SRR1479640 2 0.5169 0.4998 0.000 0.588 0.000 0.120 0.292 0.000
#> SRR660152 3 0.4043 0.4917 0.128 0.000 0.756 0.000 0.000 0.116
#> SRR1074769 2 0.1500 0.7900 0.000 0.936 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR656153 2 0.3555 0.6562 0.000 0.712 0.000 0.008 0.280 0.000
#> SRR1392502 3 0.5155 0.4324 0.052 0.000 0.684 0.000 0.076 0.188
#> SRR1359609 1 0.2209 0.7699 0.900 0.000 0.004 0.000 0.072 0.024
#> SRR601925 2 0.1858 0.7831 0.000 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR2165182 2 0.2597 0.7392 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR608542 4 0.2340 0.7074 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR655064 4 0.0520 0.7655 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1432430 3 0.3271 0.4340 0.008 0.000 0.760 0.000 0.000 0.232
#> SRR808472 4 0.0777 0.7682 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1414958 3 0.0692 0.6855 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR598484 2 0.6022 -0.1408 0.000 0.416 0.004 0.000 0.376 0.204
#> SRR612755 3 0.4456 -0.2040 0.020 0.000 0.520 0.000 0.004 0.456
#> SRR1365808 1 0.0405 0.8067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1391724 6 0.5375 0.4261 0.000 0.000 0.096 0.108 0.108 0.688
#> SRR1322373 3 0.0717 0.6921 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1489265 2 0.1501 0.7938 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1359099 2 0.1563 0.7910 0.000 0.932 0.000 0.000 0.056 0.012
#> SRR607279 2 0.3163 0.7112 0.000 0.764 0.000 0.000 0.232 0.004
#> SRR810461 2 0.0260 0.8008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR627427 6 0.5869 0.3458 0.056 0.000 0.124 0.000 0.212 0.608
#> SRR612887 2 0.5238 0.4911 0.000 0.580 0.000 0.128 0.292 0.000
#> SRR809807 6 0.7515 -0.1447 0.000 0.148 0.228 0.000 0.304 0.320
#> SRR663112 3 0.7171 -0.0404 0.000 0.068 0.360 0.004 0.312 0.256
#> SRR1346933 4 0.7236 -0.0206 0.124 0.000 0.000 0.360 0.344 0.172
#> SRR1487910 1 0.3815 0.6728 0.776 0.000 0.000 0.000 0.132 0.092
#> SRR603092 4 0.0547 0.7679 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1417680 2 0.4272 0.6115 0.000 0.668 0.000 0.044 0.288 0.000
#> SRR1383785 1 0.4528 0.5979 0.716 0.000 0.148 0.000 0.004 0.132
#> SRR1070015 2 0.2489 0.7505 0.000 0.860 0.000 0.000 0.128 0.012
#> SRR1466222 6 0.5815 0.2965 0.000 0.004 0.228 0.000 0.244 0.524
#> SRR1416119 3 0.0603 0.6903 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR819318 1 0.6030 0.0883 0.484 0.000 0.184 0.000 0.012 0.320
#> SRR608288 2 0.1719 0.7966 0.000 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016
#> SRR811121 2 0.1531 0.7866 0.000 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR613138 2 0.1082 0.8011 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR810483 6 0.4310 0.3633 0.020 0.000 0.440 0.000 0.000 0.540
#> SRR607839 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.2234 0.7483 0.872 0.000 0.124 0.000 0.000 0.004
#> SRR601311 4 0.0260 0.7678 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1406685 4 0.0547 0.7679 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1467500 4 0.1610 0.7450 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1308504 1 0.0291 0.8061 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312865 6 0.4566 0.4289 0.000 0.000 0.280 0.000 0.068 0.652
#> SRR1312522 3 0.2442 0.5743 0.004 0.000 0.852 0.000 0.000 0.144
#> SRR1490486 2 0.0777 0.7991 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1325888 3 0.0520 0.6905 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8072 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.5830 0.3030 0.000 0.488 0.000 0.228 0.284 0.000
#> SRR1084766 4 0.0622 0.7645 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1102804 2 0.1910 0.7760 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1336636 6 0.4409 0.4345 0.032 0.000 0.380 0.000 0.000 0.588
#> SRR1347795 3 0.1074 0.6851 0.028 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012
#> SRR601900 2 0.1204 0.7914 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1330989 4 0.1007 0.7657 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR658445 2 0.2765 0.7400 0.000 0.848 0.004 0.000 0.132 0.016
#> SRR1368754 6 0.4361 0.3609 0.016 0.000 0.436 0.000 0.004 0.544
#> SRR1460001 2 0.1398 0.7968 0.000 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR1414934 1 0.0520 0.8063 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1326249 3 0.0405 0.6914 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR614948 1 0.0622 0.8051 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1472952 3 0.2100 0.6079 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000 0.112
#> SRR1321528 6 0.5926 -0.0478 0.276 0.000 0.000 0.000 0.260 0.464
#> SRR627447 3 0.4394 -0.2649 0.016 0.000 0.492 0.000 0.004 0.488
#> SRR612239 4 0.5395 0.2559 0.000 0.000 0.000 0.556 0.144 0.300
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.989 0.955 0.982 0.5007 0.501 0.501
#> 3 3 0.930 0.932 0.969 0.2922 0.817 0.647
#> 4 4 0.874 0.897 0.950 0.1460 0.865 0.638
#> 5 5 0.812 0.798 0.892 0.0516 0.943 0.786
#> 6 6 0.748 0.681 0.823 0.0418 0.963 0.837
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR603858 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> SRR817070 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.7528 0.712 0.784 0.216
#> SRR662031 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1481036 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1468637 2 0.8555 0.614 0.280 0.720
#> SRR1365489 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR627457 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.9635 0.352 0.612 0.388
#> SRR1099546 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.9815 0.292 0.420 0.580
#> SRR1444063 1 0.9286 0.464 0.656 0.344
#> SRR1355578 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR656934 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1338124 1 0.9552 0.385 0.624 0.376
#> SRR1391376 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1395699 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR615129 2 0.9635 0.379 0.388 0.612
#> SRR607586 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR662954 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1375738 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR601723 2 0.5178 0.857 0.116 0.884
#> SRR1384115 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1370423 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1314976 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1319560 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1352683 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1360807 2 0.5519 0.842 0.128 0.872
#> SRR1332544 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR809296 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR612743 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1395595 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.0672 0.967 0.008 0.992
#> SRR654838 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.9661 0.369 0.392 0.608
#> SRR1366837 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR2166570 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1086728 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR627464 2 0.9775 0.317 0.412 0.588
#> SRR1409193 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR663623 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1471989 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1381934 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1419784 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1417404 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1488429 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR817004 1 0.7219 0.741 0.800 0.200
#> SRR1429660 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR604390 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR614936 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1365938 2 0.9635 0.379 0.388 0.612
#> SRR1437324 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR660414 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR603750 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR608630 2 0.5519 0.842 0.128 0.872
#> SRR655625 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.9795 0.303 0.416 0.584
#> SRR615189 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.7056 0.759 0.192 0.808
#> SRR1335422 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1385300 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR665217 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1451988 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1406176 1 0.3584 0.918 0.932 0.068
#> SRR656886 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.9580 0.407 0.380 0.620
#> SRR1434332 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.7219 0.748 0.200 0.800
#> SRR665658 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1498813 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.9661 0.377 0.392 0.608
#> SRR2185097 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR817166 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1432430 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1414958 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1322373 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1346933 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.9909 0.219 0.444 0.556
#> SRR1416119 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR810483 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1312522 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR612239 2 0.9522 0.427 0.372 0.628
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR603858 3 0.4346 0.7571 0.184 0.000 0.816
#> SRR817070 3 0.5560 0.6230 0.000 0.300 0.700
#> SRR1486995 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081283 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1481036 1 0.0592 0.9627 0.988 0.000 0.012
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1396967 2 0.1860 0.9374 0.000 0.948 0.052
#> SRR665429 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR600784 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333659 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1334490 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR600900 3 0.6008 0.4615 0.000 0.372 0.628
#> SRR601477 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 3 0.4654 0.7238 0.208 0.000 0.792
#> SRR1431385 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR657659 3 0.1529 0.9120 0.000 0.040 0.960
#> SRR663573 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR603188 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 1 0.5882 0.4402 0.652 0.000 0.348
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457750 3 0.0424 0.9270 0.008 0.000 0.992
#> SRR1099546 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.0237 0.9806 0.004 0.996 0.000
#> SRR1444063 1 0.6373 0.3045 0.588 0.408 0.004
#> SRR1355578 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1429203 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR599154 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR814244 1 0.6309 0.0226 0.504 0.000 0.496
#> SRR1404123 3 0.4702 0.7562 0.000 0.212 0.788
#> SRR656934 1 0.4504 0.7437 0.804 0.000 0.196
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1443677 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406330 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1338124 2 0.4586 0.8329 0.096 0.856 0.048
#> SRR1391376 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR661842 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1395699 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359469 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR658885 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR603620 3 0.0592 0.9286 0.000 0.012 0.988
#> SRR604677 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR603800 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR602058 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR817488 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR615129 3 0.6984 0.7147 0.192 0.088 0.720
#> SRR607586 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR663038 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR662162 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR2170135 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR615551 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR662954 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375738 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356577 3 0.3412 0.8352 0.124 0.000 0.876
#> SRR1073119 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR663549 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.3038 0.8774 0.000 0.896 0.104
#> SRR811866 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477797 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419869 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490700 3 0.2959 0.8592 0.100 0.000 0.900
#> SRR601723 3 0.0237 0.9302 0.004 0.000 0.996
#> SRR1384115 2 0.2878 0.8892 0.000 0.904 0.096
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370423 1 0.1289 0.9410 0.968 0.032 0.000
#> SRR1314976 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319560 3 0.0592 0.9286 0.000 0.012 0.988
#> SRR1352683 1 0.1643 0.9316 0.956 0.000 0.044
#> SRR1473800 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326384 1 0.4842 0.7005 0.776 0.000 0.224
#> SRR1360807 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332544 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR807824 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR809296 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.1529 0.9494 0.000 0.960 0.040
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1404293 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473340 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 1 0.3879 0.8054 0.848 0.000 0.152
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0424 0.9780 0.000 0.992 0.008
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417088 3 0.4654 0.7611 0.000 0.208 0.792
#> SRR1433027 3 0.4842 0.7421 0.000 0.224 0.776
#> SRR662257 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR600417 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR812493 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR612743 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361345 3 0.4931 0.6918 0.232 0.000 0.768
#> SRR600584 3 0.5529 0.6300 0.000 0.296 0.704
#> SRR1310520 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1395595 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.1950 0.9434 0.008 0.952 0.040
#> SRR654838 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433841 2 0.4654 0.7075 0.208 0.792 0.000
#> SRR1366837 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR661937 2 0.1964 0.9347 0.000 0.944 0.056
#> SRR614359 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 3 0.4291 0.7949 0.000 0.180 0.820
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0592 0.9659 0.988 0.000 0.012
#> SRR1099286 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166570 3 0.1289 0.9127 0.032 0.000 0.968
#> SRR601445 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1439719 3 0.4887 0.7367 0.000 0.228 0.772
#> SRR1377026 3 0.3267 0.8555 0.000 0.116 0.884
#> SRR1327386 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR654826 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1469345 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335670 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1364658 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1086728 2 0.6305 0.0441 0.484 0.516 0.000
#> SRR627464 3 0.3349 0.8497 0.108 0.004 0.888
#> SRR1409193 1 0.6215 0.2564 0.572 0.000 0.428
#> SRR2168286 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR615539 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471989 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.1753 0.9416 0.000 0.952 0.048
#> SRR1381934 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166874 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR821302 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.1529 0.9496 0.000 0.960 0.040
#> SRR1419784 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357233 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1324250 3 0.6111 0.4040 0.000 0.396 0.604
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR662474 3 0.1031 0.9219 0.000 0.024 0.976
#> SRR1416226 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417404 3 0.1031 0.9180 0.024 0.000 0.976
#> SRR665466 2 0.1529 0.9494 0.000 0.960 0.040
#> SRR658849 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 3 0.4062 0.8079 0.000 0.164 0.836
#> SRR1408136 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488429 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.5363 0.6211 0.724 0.000 0.276
#> SRR817004 1 0.6209 0.4110 0.628 0.368 0.004
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR604390 1 0.5678 0.5380 0.684 0.000 0.316
#> SRR614936 3 0.4178 0.8034 0.000 0.172 0.828
#> SRR1365938 3 0.7821 0.6467 0.224 0.116 0.660
#> SRR1437324 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR613414 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR660414 3 0.1860 0.8991 0.052 0.000 0.948
#> SRR1452185 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1347020 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398036 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1436674 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR603750 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR608630 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000
#> SRR655625 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR599059 2 0.2711 0.8823 0.088 0.912 0.000
#> SRR615189 3 0.0592 0.9286 0.000 0.012 0.988
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084602 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335422 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385300 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR658385 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR820596 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318118 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441826 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1448051 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326752 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR665217 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR809065 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1415872 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381161 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1442231 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374696 1 0.0424 0.9693 0.992 0.000 0.008
#> SRR1451988 1 0.4062 0.7838 0.836 0.164 0.000
#> SRR660555 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR657801 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR663344 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.4605 0.7210 0.796 0.204 0.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498337 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR613066 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR602492 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1447347 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 3 0.0237 0.9302 0.004 0.000 0.996
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 3 0.4504 0.7750 0.000 0.196 0.804
#> SRR1345936 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR665658 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321351 3 0.5560 0.6230 0.000 0.300 0.700
#> SRR657880 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.2066 0.9292 0.000 0.940 0.060
#> SRR657396 3 0.0592 0.9286 0.000 0.012 0.988
#> SRR660981 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR819658 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498813 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR627437 3 0.0237 0.9302 0.004 0.000 0.996
#> SRR2185097 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR817166 1 0.4452 0.7497 0.808 0.000 0.192
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479640 2 0.1411 0.9531 0.000 0.964 0.036
#> SRR660152 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR601925 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR608542 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR655064 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1432430 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR808472 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1414958 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1391724 3 0.6045 0.4008 0.380 0.000 0.620
#> SRR1322373 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR612887 2 0.2066 0.9292 0.000 0.940 0.060
#> SRR809807 2 0.0237 0.9806 0.004 0.996 0.000
#> SRR663112 2 0.2096 0.9356 0.004 0.944 0.052
#> SRR1346933 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487910 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR603092 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1417680 2 0.0237 0.9813 0.000 0.996 0.004
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466222 2 0.0424 0.9772 0.008 0.992 0.000
#> SRR1416119 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR608288 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337031 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR601311 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1406685 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1467500 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1308504 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312865 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312522 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1098785 2 0.1529 0.9494 0.000 0.960 0.040
#> SRR1084766 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330989 3 0.0237 0.9321 0.000 0.004 0.996
#> SRR658445 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326249 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472952 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0237 0.9718 0.996 0.000 0.004
#> SRR627447 1 0.0000 0.9720 1.000 0.000 0.000
#> SRR612239 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR603858 1 0.4888 0.349 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR817070 4 0.3726 0.743 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1486995 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659037 4 0.0937 0.932 0.012 0.000 0.012 0.976
#> SRR662031 1 0.0188 0.930 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1081283 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481036 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.1940 0.899 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR665429 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600784 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453971 3 0.4866 0.257 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.4164 0.654 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1365489 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR607863 2 0.0188 0.968 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475524 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.4030 0.837 0.000 0.092 0.072 0.836
#> SRR601477 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.1474 0.896 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1431385 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0188 0.925 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.0336 0.939 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR663573 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.5910 0.623 0.688 0.000 0.208 0.104
#> SRR1367654 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.3219 0.788 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1099546 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612791 1 0.3311 0.760 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1470580 2 0.4916 0.271 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1444063 1 0.3688 0.716 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814244 1 0.2149 0.863 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1404123 4 0.3219 0.808 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR656934 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0188 0.930 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338124 3 0.0804 0.918 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1391376 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661842 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395699 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615129 1 0.4491 0.756 0.800 0.140 0.000 0.060
#> SRR607586 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0188 0.968 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479155 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.4817 0.273 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1374567 3 0.2216 0.906 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR662954 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375738 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1356577 4 0.3726 0.740 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1073119 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663549 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.3688 0.744 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR811866 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477797 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601723 4 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1384115 2 0.5609 0.654 0.000 0.712 0.088 0.200
#> SRR1476927 2 0.0188 0.968 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1387769 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1322595 1 0.2149 0.867 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1370423 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1314976 4 0.3610 0.756 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1319560 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352683 3 0.2921 0.870 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.0707 0.922 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1360807 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332544 3 0.2921 0.819 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR598695 1 0.2149 0.867 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR657927 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1440682 2 0.3528 0.766 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1454415 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419131 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.2921 0.871 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.2469 0.865 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1433027 4 0.2704 0.851 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR662257 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600417 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812493 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612743 3 0.3610 0.805 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1361345 1 0.0188 0.930 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR600584 4 0.3726 0.743 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1310520 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395595 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1334074 2 0.3601 0.842 0.000 0.860 0.084 0.056
#> SRR654838 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.2149 0.867 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1433841 1 0.4855 0.353 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.3610 0.807 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661937 2 0.3907 0.706 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR614359 3 0.4761 0.479 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1337624 4 0.2589 0.858 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1344400 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.3688 0.721 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.4331 0.585 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR2166570 4 0.1510 0.920 0.028 0.000 0.016 0.956
#> SRR601445 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.2647 0.855 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1377026 4 0.0188 0.942 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1327386 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469345 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 1 0.4855 0.312 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1339175 1 0.3311 0.760 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.2216 0.906 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR627464 4 0.5582 0.243 0.400 0.000 0.024 0.576
#> SRR1409193 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0188 0.968 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663623 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1471989 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1468828 2 0.3688 0.743 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1381934 3 0.2530 0.894 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1471098 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1314749 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR2166874 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821302 3 0.4356 0.666 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.4761 0.417 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1419784 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357233 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.3907 0.679 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 4 0.2921 0.835 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1442862 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662474 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416226 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1417404 4 0.3649 0.751 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR665466 2 0.3569 0.760 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR658849 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1460025 4 0.0336 0.939 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1408136 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1488429 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1087559 1 0.2149 0.867 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR817004 1 0.5018 0.737 0.768 0.144 0.088 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604390 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614936 4 0.2647 0.855 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1365938 1 0.4436 0.752 0.800 0.148 0.000 0.052
#> SRR1437324 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660414 4 0.1624 0.918 0.028 0.000 0.020 0.952
#> SRR1452185 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1398036 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR608630 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655625 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599059 3 0.5289 0.462 0.020 0.344 0.636 0.000
#> SRR615189 4 0.3610 0.713 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1466889 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335422 1 0.0188 0.930 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820596 1 0.1474 0.894 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1318118 1 0.0188 0.930 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480766 2 0.0188 0.968 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406539 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809065 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415463 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381161 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442231 4 0.0336 0.939 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1374696 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660555 1 0.2149 0.867 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR657801 1 0.0592 0.922 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.0817 0.913 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR656886 2 0.1022 0.944 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1498337 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613066 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.4916 0.234 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.2081 0.880 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1434332 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070358 4 0.2589 0.859 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1345936 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321351 4 0.3726 0.743 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR657880 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.3486 0.771 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR657396 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0188 0.968 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818499 1 0.2149 0.867 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1352391 1 0.3626 0.755 0.812 0.000 0.004 0.184
#> SRR1498813 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR627437 4 0.2216 0.872 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2185097 1 0.0188 0.930 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR817166 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.0188 0.930 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479640 2 0.3610 0.755 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR660152 3 0.2216 0.906 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.2814 0.840 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608542 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655064 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432430 3 0.2081 0.909 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR808472 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414958 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612755 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.4710 0.814 0.088 0.000 0.792 0.120
#> SRR1322373 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.4477 0.536 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR612887 2 0.3837 0.719 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR809807 3 0.2704 0.818 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR663112 3 0.0707 0.916 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1346933 4 0.4855 0.273 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1487910 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.2760 0.845 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1383785 1 0.0188 0.930 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466222 3 0.3219 0.786 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1416119 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406685 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467500 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312522 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.3764 0.731 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1084766 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.2814 0.877 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1347795 3 0.3172 0.793 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368754 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0188 0.926 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.932 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0188 0.930 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR627447 3 0.2149 0.907 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR612239 4 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 5 0.4747 0.4299 0.016 0.000 0.488 0.000 0.496
#> SRR603858 5 0.5590 0.5528 0.204 0.000 0.000 0.156 0.640
#> SRR817070 4 0.4292 0.5968 0.000 0.272 0.000 0.704 0.024
#> SRR1486995 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0162 0.9434 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR659037 4 0.4654 0.6848 0.012 0.000 0.052 0.740 0.196
#> SRR662031 1 0.0404 0.8885 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481036 5 0.3563 0.7354 0.012 0.000 0.208 0.000 0.780
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.4369 0.7136 0.000 0.740 0.000 0.052 0.208
#> SRR665429 2 0.0510 0.9384 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1388025 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600784 5 0.4597 0.5502 0.012 0.000 0.424 0.000 0.564
#> SRR657611 1 0.3895 0.4827 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1333659 2 0.0609 0.9327 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1323896 2 0.0404 0.9402 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1453971 3 0.4337 0.5992 0.204 0.000 0.744 0.000 0.052
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0162 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.5002 0.4084 0.596 0.000 0.000 0.364 0.040
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 5 0.3809 0.7372 0.008 0.000 0.256 0.000 0.736
#> SRR607863 2 0.2753 0.8235 0.000 0.856 0.000 0.136 0.008
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0404 0.9402 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR615695 1 0.0162 0.8921 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR600900 4 0.6668 0.5609 0.000 0.064 0.116 0.592 0.228
#> SRR601477 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.1168 0.8770 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1431385 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 5 0.2813 0.7242 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1357210 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.1485 0.8765 0.000 0.020 0.000 0.948 0.032
#> SRR663573 4 0.1671 0.8579 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR603188 2 0.0510 0.9384 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 5 0.5505 0.2724 0.412 0.000 0.056 0.004 0.528
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0404 0.8896 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457750 1 0.3810 0.7197 0.792 0.000 0.000 0.168 0.040
#> SRR1099546 3 0.0609 0.8355 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0404 0.9402 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612791 1 0.3242 0.6514 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1470580 5 0.5581 0.5860 0.000 0.140 0.224 0.000 0.636
#> SRR1444063 1 0.4042 0.6221 0.756 0.212 0.000 0.000 0.032
#> SRR1355578 1 0.0794 0.8828 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814244 1 0.1549 0.8691 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR1404123 4 0.3419 0.7198 0.000 0.180 0.000 0.804 0.016
#> SRR656934 5 0.3039 0.7266 0.012 0.000 0.152 0.000 0.836
#> SRR1339029 2 0.0404 0.9402 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR821525 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0162 0.8920 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0162 0.8920 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.3300 0.7256 0.000 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR1391376 3 0.2280 0.7217 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR661842 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395699 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.1608 0.8226 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1414578 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 4 0.0963 0.8805 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR604677 1 0.3612 0.7003 0.800 0.000 0.028 0.000 0.172
#> SRR603800 2 0.0162 0.9434 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR602058 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817488 2 0.0162 0.9434 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655601 4 0.0510 0.8892 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615129 1 0.4815 0.7053 0.768 0.064 0.000 0.124 0.044
#> SRR607586 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 4 0.0162 0.8925 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663038 2 0.0510 0.9384 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1489416 2 0.2966 0.8192 0.000 0.848 0.000 0.136 0.016
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.3966 0.4442 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.4054 0.4201 0.020 0.000 0.732 0.000 0.248
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0609 0.9369 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1370216 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662954 4 0.0880 0.8808 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1375738 5 0.3988 0.7401 0.016 0.000 0.252 0.000 0.732
#> SRR1356577 4 0.6195 0.3528 0.240 0.000 0.000 0.552 0.208
#> SRR1073119 5 0.5977 0.5134 0.332 0.000 0.128 0.000 0.540
#> SRR663549 5 0.3988 0.7401 0.016 0.000 0.252 0.000 0.732
#> SRR1478015 2 0.0510 0.9384 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR600632 4 0.4648 0.0772 0.000 0.464 0.000 0.524 0.012
#> SRR811866 1 0.4150 0.2990 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477797 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0880 0.8809 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1419869 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.1041 0.8797 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR601723 5 0.2852 0.6207 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1384115 3 0.6684 0.4493 0.000 0.028 0.560 0.208 0.204
#> SRR1476927 2 0.2966 0.8192 0.000 0.848 0.000 0.136 0.016
#> SRR1387769 5 0.3988 0.7401 0.016 0.000 0.252 0.000 0.732
#> SRR1322595 1 0.3921 0.7284 0.784 0.000 0.172 0.000 0.044
#> SRR1370423 3 0.3074 0.7339 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1314976 4 0.5931 0.4350 0.204 0.000 0.000 0.596 0.200
#> SRR1319560 4 0.0963 0.8805 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1352683 5 0.2540 0.7019 0.024 0.000 0.088 0.000 0.888
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 5 0.2286 0.6984 0.004 0.000 0.108 0.000 0.888
#> SRR1360807 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332544 3 0.0865 0.8343 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR598695 1 0.2648 0.7755 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657927 5 0.4747 0.4299 0.016 0.000 0.488 0.000 0.496
#> SRR1440682 2 0.3906 0.6784 0.000 0.744 0.000 0.240 0.016
#> SRR1454415 2 0.0290 0.9420 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1419131 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.0794 0.8828 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1473340 3 0.2690 0.6773 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0609 0.8865 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.4060 0.5583 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.3274 0.7630 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.1701 0.8592 0.000 0.048 0.000 0.936 0.016
#> SRR1433027 4 0.2233 0.8318 0.000 0.080 0.000 0.904 0.016
#> SRR662257 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600417 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812493 4 0.0404 0.8895 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR612743 5 0.4431 0.7425 0.052 0.000 0.216 0.000 0.732
#> SRR1361345 1 0.0880 0.8809 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR600584 4 0.4292 0.5968 0.000 0.272 0.000 0.704 0.024
#> SRR1310520 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.1732 0.8184 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1334074 2 0.5426 0.4134 0.000 0.624 0.020 0.044 0.312
#> SRR654838 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.2233 0.8193 0.892 0.000 0.104 0.000 0.004
#> SRR1433841 1 0.5086 0.3088 0.564 0.396 0.000 0.000 0.040
#> SRR1366837 5 0.5954 0.6414 0.192 0.000 0.216 0.000 0.592
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0609 0.8865 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.3318 0.7769 0.000 0.800 0.008 0.000 0.192
#> SRR814703 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661937 2 0.6058 0.2989 0.000 0.528 0.000 0.336 0.136
#> SRR614359 3 0.4278 0.1622 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.2929 0.8007 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1389084 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 4 0.0771 0.8842 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR1344400 2 0.0162 0.9434 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.0963 0.8262 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0794 0.8831 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1099286 1 0.5260 0.2797 0.604 0.000 0.064 0.000 0.332
#> SRR2166570 4 0.4017 0.7842 0.016 0.000 0.072 0.816 0.096
#> SRR601445 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.2110 0.8395 0.000 0.072 0.000 0.912 0.016
#> SRR1377026 4 0.0579 0.8895 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0290 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1460433 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469345 3 0.0865 0.8343 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR1421462 2 0.0290 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662966 5 0.6498 0.5459 0.292 0.000 0.224 0.000 0.484
#> SRR1339175 1 0.3242 0.6514 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.3366 0.6426 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.2471 0.7029 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.2660 0.8410 0.000 0.864 0.008 0.000 0.128
#> SRR1442778 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.1732 0.8182 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR627464 5 0.5449 0.2895 0.376 0.000 0.000 0.068 0.556
#> SRR1409193 1 0.0609 0.8858 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2168286 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615539 2 0.2966 0.8192 0.000 0.848 0.000 0.136 0.016
#> SRR663623 5 0.4173 0.7111 0.012 0.000 0.300 0.000 0.688
#> SRR1471989 3 0.1121 0.8334 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1468828 2 0.4397 0.2575 0.000 0.564 0.000 0.432 0.004
#> SRR1381934 5 0.6740 0.4212 0.268 0.000 0.328 0.000 0.404
#> SRR1471098 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 5 0.3988 0.7401 0.016 0.000 0.252 0.000 0.732
#> SRR2166874 4 0.0963 0.8805 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR821302 1 0.4774 0.3361 0.612 0.000 0.360 0.000 0.028
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 3 0.4910 0.6511 0.000 0.080 0.712 0.004 0.204
#> SRR1419784 5 0.4171 0.5935 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1357233 4 0.2852 0.7823 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1441889 1 0.5305 0.4941 0.676 0.000 0.172 0.000 0.152
#> SRR1413940 1 0.0609 0.8865 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1324250 4 0.5810 0.5757 0.000 0.176 0.000 0.612 0.212
#> SRR1442862 2 0.1478 0.9009 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR662474 4 0.0510 0.8892 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1416226 5 0.3596 0.7405 0.012 0.000 0.212 0.000 0.776
#> SRR1417404 4 0.6244 0.3136 0.200 0.000 0.000 0.540 0.260
#> SRR665466 2 0.4161 0.6087 0.000 0.704 0.000 0.280 0.016
#> SRR658849 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.3366 0.7544 0.000 0.004 0.000 0.784 0.212
#> SRR1408136 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 5 0.3988 0.7401 0.016 0.000 0.252 0.000 0.732
#> SRR1488429 3 0.1478 0.8260 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1087559 1 0.4545 0.7074 0.752 0.000 0.132 0.000 0.116
#> SRR817004 1 0.5929 0.2986 0.540 0.028 0.380 0.000 0.052
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604390 3 0.3741 0.6884 0.000 0.000 0.732 0.004 0.264
#> SRR614936 4 0.1981 0.8465 0.000 0.064 0.000 0.920 0.016
#> SRR1365938 1 0.4757 0.7044 0.768 0.064 0.000 0.132 0.036
#> SRR1437324 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.0162 0.8925 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660414 4 0.4171 0.7780 0.020 0.000 0.076 0.808 0.096
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 5 0.4083 0.7423 0.028 0.000 0.228 0.000 0.744
#> SRR1398036 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 5 0.3809 0.7372 0.008 0.000 0.256 0.000 0.736
#> SRR608630 4 0.0404 0.8899 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR655625 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 3 0.4841 0.6423 0.000 0.084 0.708 0.000 0.208
#> SRR615189 4 0.3995 0.6837 0.180 0.000 0.000 0.776 0.044
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.0609 0.8837 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.1270 0.8027 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR654814 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820596 5 0.4766 0.7164 0.132 0.000 0.136 0.000 0.732
#> SRR1318118 5 0.3684 0.5893 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1480766 2 0.2920 0.8237 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR1406539 1 0.0162 0.8919 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0703 0.8391 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR819186 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0404 0.9406 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR809065 4 0.0703 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1415872 2 0.0324 0.9420 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1415463 3 0.3305 0.5408 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1381161 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442231 4 0.3085 0.7709 0.116 0.000 0.000 0.852 0.032
#> SRR1374696 1 0.3109 0.6923 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1451988 3 0.3109 0.7314 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR660555 1 0.2648 0.7755 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.2879 0.7896 0.868 0.000 0.032 0.000 0.100
#> SRR663344 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0404 0.9402 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1406176 3 0.1597 0.8266 0.000 0.012 0.940 0.000 0.048
#> SRR656886 2 0.4693 0.6850 0.000 0.724 0.080 0.000 0.196
#> SRR1498337 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613066 3 0.0794 0.8324 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447347 5 0.4461 0.7406 0.052 0.000 0.220 0.000 0.728
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 5 0.2304 0.6484 0.000 0.000 0.008 0.100 0.892
#> SRR1434332 2 0.0162 0.9434 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070358 4 0.2233 0.8124 0.000 0.104 0.000 0.892 0.004
#> SRR1345936 4 0.1478 0.8619 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR665658 2 0.0324 0.9421 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1321351 4 0.4292 0.5968 0.000 0.272 0.000 0.704 0.024
#> SRR657880 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.3906 0.6784 0.000 0.744 0.000 0.240 0.016
#> SRR657396 4 0.0963 0.8805 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR660981 2 0.2920 0.8237 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR818499 1 0.2605 0.7797 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.2127 0.8083 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 5 0.3732 0.6484 0.176 0.000 0.000 0.032 0.792
#> SRR1498813 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 5 0.2304 0.6484 0.000 0.000 0.008 0.100 0.892
#> SRR2185097 1 0.0404 0.8885 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.3636 0.6852 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 5 0.3586 0.6073 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1479640 2 0.4249 0.5789 0.000 0.688 0.000 0.296 0.016
#> SRR660152 3 0.3395 0.5526 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0671 0.9363 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1392502 3 0.2992 0.7865 0.068 0.000 0.868 0.000 0.064
#> SRR1359609 1 0.0324 0.8912 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR601925 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0162 0.9434 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR608542 4 0.0162 0.8925 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR655064 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.2753 0.6858 0.008 0.000 0.856 0.000 0.136
#> SRR808472 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.0162 0.8416 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR598484 2 0.3109 0.7795 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR612755 5 0.4746 0.4471 0.016 0.000 0.480 0.000 0.504
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 5 0.2214 0.6753 0.004 0.000 0.052 0.028 0.916
#> SRR1322373 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0290 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0404 0.9402 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR810461 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 5 0.5371 0.2566 0.420 0.000 0.056 0.000 0.524
#> SRR612887 2 0.4576 0.3996 0.000 0.608 0.000 0.376 0.016
#> SRR809807 3 0.4402 0.6886 0.000 0.056 0.740 0.000 0.204
#> SRR663112 3 0.3522 0.7161 0.000 0.004 0.780 0.004 0.212
#> SRR1346933 4 0.4898 0.2990 0.376 0.000 0.000 0.592 0.032
#> SRR1487910 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.3696 0.7200 0.000 0.772 0.000 0.212 0.016
#> SRR1383785 1 0.0880 0.8748 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466222 5 0.4109 0.3822 0.000 0.012 0.288 0.000 0.700
#> SRR1416119 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0451 0.8886 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR608288 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810483 5 0.3988 0.7401 0.016 0.000 0.252 0.000 0.732
#> SRR607839 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0162 0.8920 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406685 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467500 4 0.0162 0.8925 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 5 0.4161 0.5661 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1312522 3 0.1544 0.7860 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.4740 0.1118 0.000 0.516 0.000 0.468 0.016
#> SRR1084766 4 0.0000 0.8934 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.0404 0.9402 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1336636 5 0.3999 0.7431 0.020 0.000 0.240 0.000 0.740
#> SRR1347795 3 0.0865 0.8343 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR601900 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 4 0.0290 0.8916 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR658445 2 0.0162 0.9428 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368754 5 0.4763 0.6618 0.032 0.000 0.336 0.000 0.632
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9448 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0000 0.8421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.8931 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.2377 0.7071 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1321528 1 0.3752 0.5704 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR627447 5 0.4597 0.5502 0.012 0.000 0.424 0.000 0.564
#> SRR612239 4 0.4126 0.4917 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.4227 -0.2069 0.008 0.000 0.496 0.000 0.004 0.492
#> SRR603858 6 0.5326 0.5415 0.088 0.000 0.000 0.108 0.112 0.692
#> SRR817070 4 0.6603 0.3246 0.000 0.204 0.000 0.488 0.252 0.056
#> SRR1486995 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR813043 2 0.0146 0.8453 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR656874 2 0.2934 0.7757 0.000 0.844 0.000 0.000 0.112 0.044
#> SRR659037 4 0.5161 0.4373 0.000 0.000 0.012 0.640 0.112 0.236
#> SRR662031 1 0.1578 0.8265 0.936 0.000 0.012 0.000 0.004 0.048
#> SRR1081283 4 0.0363 0.7694 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1481036 6 0.3213 0.7446 0.004 0.000 0.204 0.000 0.008 0.784
#> SRR1434009 2 0.1204 0.8285 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 5 0.4971 0.5674 0.000 0.196 0.008 0.128 0.668 0.000
#> SRR665429 2 0.3925 0.7022 0.000 0.744 0.000 0.000 0.200 0.056
#> SRR1388025 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600784 6 0.3482 0.6078 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR657611 1 0.3774 0.2820 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1333659 2 0.2221 0.7957 0.000 0.896 0.000 0.000 0.072 0.032
#> SRR1323896 2 0.4191 0.6751 0.000 0.704 0.000 0.000 0.240 0.056
#> SRR1453971 3 0.3934 0.5061 0.256 0.000 0.716 0.000 0.020 0.008
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1309468 1 0.1297 0.8336 0.948 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR1468637 1 0.6893 0.1897 0.420 0.000 0.000 0.332 0.164 0.084
#> SRR1365489 2 0.0547 0.8439 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR627445 6 0.2402 0.7693 0.000 0.000 0.140 0.000 0.004 0.856
#> SRR607863 2 0.5895 0.5364 0.000 0.604 0.000 0.136 0.208 0.052
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.4191 0.6751 0.000 0.704 0.000 0.000 0.240 0.056
#> SRR615695 1 0.0405 0.8443 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR600900 5 0.3967 0.4866 0.000 0.012 0.024 0.212 0.748 0.004
#> SRR601477 2 0.0260 0.8450 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487215 2 0.0260 0.8443 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1310797 2 0.2805 0.7451 0.000 0.812 0.000 0.000 0.184 0.004
#> SRR1362713 1 0.3675 0.7504 0.796 0.000 0.000 0.004 0.124 0.076
#> SRR1431385 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0146 0.8453 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102079 6 0.3435 0.7484 0.000 0.000 0.136 0.000 0.060 0.804
#> SRR1357210 1 0.0260 0.8449 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR657659 4 0.5419 0.5613 0.000 0.048 0.000 0.632 0.248 0.072
#> SRR663573 4 0.3409 0.4447 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR603188 2 0.4945 0.6252 0.000 0.636 0.000 0.020 0.288 0.056
#> SRR1471200 2 0.0865 0.8364 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1310975 2 0.0458 0.8456 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR627457 6 0.5425 0.4554 0.244 0.000 0.020 0.004 0.104 0.628
#> SRR1367654 2 0.1204 0.8285 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1488410 1 0.2294 0.8094 0.892 0.000 0.000 0.000 0.072 0.036
#> SRR1457750 1 0.5574 0.6344 0.660 0.000 0.000 0.104 0.160 0.076
#> SRR1099546 3 0.0972 0.8288 0.028 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008
#> SRR604480 2 0.0000 0.8452 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0146 0.8453 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.8452 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.3920 0.6980 0.000 0.736 0.000 0.000 0.216 0.048
#> SRR1409813 2 0.1204 0.8285 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR612791 1 0.4868 0.3768 0.592 0.000 0.332 0.000 0.000 0.076
#> SRR1470580 6 0.5643 0.4865 0.000 0.208 0.088 0.000 0.068 0.636
#> SRR1444063 1 0.6396 0.3691 0.528 0.272 0.000 0.000 0.124 0.076
#> SRR1355578 1 0.2937 0.7851 0.848 0.000 0.000 0.000 0.096 0.056
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.1141 0.8294 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR814244 1 0.4276 0.7285 0.760 0.000 0.000 0.020 0.136 0.084
#> SRR1404123 4 0.6123 0.4525 0.000 0.144 0.000 0.572 0.228 0.056
#> SRR656934 6 0.3760 0.7508 0.004 0.000 0.104 0.020 0.060 0.812
#> SRR1339029 2 0.2593 0.7801 0.000 0.844 0.000 0.000 0.148 0.008
#> SRR821525 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0632 0.8413 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 5 0.3991 0.2943 0.000 0.004 0.472 0.000 0.524 0.000
#> SRR1391376 3 0.1327 0.8142 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR661842 4 0.0146 0.7684 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1395699 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312209 1 0.0508 0.8436 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1359469 1 0.0260 0.8449 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658885 3 0.0891 0.8204 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1414578 1 0.0260 0.8449 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603620 4 0.4536 0.6419 0.000 0.000 0.000 0.700 0.180 0.120
#> SRR604677 1 0.3803 0.6256 0.724 0.000 0.020 0.000 0.004 0.252
#> SRR603800 2 0.1082 0.8362 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR602058 4 0.0260 0.7697 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR817488 2 0.1082 0.8358 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR655601 4 0.4038 0.6366 0.000 0.000 0.000 0.728 0.216 0.056
#> SRR1434821 2 0.2092 0.7793 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1349166 2 0.1075 0.8307 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR615129 1 0.6443 0.5815 0.608 0.032 0.000 0.096 0.180 0.084
#> SRR607586 2 0.0000 0.8452 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1411070 4 0.0806 0.7666 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR663038 2 0.4038 0.6901 0.000 0.728 0.000 0.000 0.216 0.056
#> SRR1489416 2 0.6120 0.4951 0.000 0.568 0.000 0.136 0.240 0.056
#> SRR1479155 1 0.0260 0.8449 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662162 1 0.3883 0.4689 0.656 0.000 0.332 0.000 0.000 0.012
#> SRR1374567 3 0.3867 0.5927 0.036 0.000 0.744 0.000 0.004 0.216
#> SRR1434048 2 0.0260 0.8453 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2184865 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.1297 0.8333 0.948 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR615551 2 0.0363 0.8451 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1335513 2 0.4387 0.6675 0.000 0.704 0.000 0.008 0.232 0.056
#> SRR1370216 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662954 4 0.3663 0.6479 0.004 0.000 0.000 0.796 0.128 0.072
#> SRR1375738 6 0.2737 0.7661 0.004 0.000 0.160 0.000 0.004 0.832
#> SRR1356577 4 0.5905 0.2947 0.244 0.000 0.000 0.536 0.012 0.208
#> SRR1073119 6 0.4658 0.3953 0.384 0.000 0.048 0.000 0.000 0.568
#> SRR663549 6 0.2700 0.7672 0.004 0.000 0.156 0.000 0.004 0.836
#> SRR1478015 2 0.5452 0.5860 0.000 0.628 0.000 0.064 0.252 0.056
#> SRR600632 4 0.6513 0.3247 0.000 0.252 0.000 0.500 0.196 0.052
#> SRR811866 1 0.4456 0.0824 0.520 0.000 0.004 0.020 0.000 0.456
#> SRR1401101 2 0.1501 0.8247 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1477797 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402986 2 0.0260 0.8453 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR658897 1 0.3227 0.7703 0.824 0.000 0.000 0.000 0.116 0.060
#> SRR1419869 3 0.0291 0.8400 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1490700 1 0.4097 0.7380 0.776 0.000 0.000 0.020 0.128 0.076
#> SRR601723 6 0.3918 0.6339 0.000 0.000 0.000 0.124 0.108 0.768
#> SRR1384115 5 0.5412 0.5300 0.000 0.004 0.248 0.140 0.604 0.004
#> SRR1476927 2 0.6120 0.4951 0.000 0.568 0.000 0.136 0.240 0.056
#> SRR1387769 6 0.2737 0.7661 0.004 0.000 0.160 0.000 0.004 0.832
#> SRR1322595 1 0.6013 0.5999 0.612 0.000 0.176 0.000 0.128 0.084
#> SRR1370423 3 0.3869 -0.2805 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1314976 4 0.5850 0.3409 0.220 0.000 0.000 0.560 0.016 0.204
#> SRR1319560 4 0.4536 0.6419 0.000 0.000 0.000 0.700 0.180 0.120
#> SRR1352683 6 0.4087 0.7119 0.020 0.000 0.060 0.008 0.124 0.788
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 6 0.4102 0.7157 0.012 0.000 0.076 0.012 0.112 0.788
#> SRR1360807 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332544 3 0.2263 0.7624 0.100 0.000 0.884 0.000 0.000 0.016
#> SRR598695 1 0.2823 0.7186 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR809296 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657927 3 0.4227 -0.2069 0.008 0.000 0.496 0.000 0.004 0.492
#> SRR1440682 2 0.6376 0.4333 0.000 0.532 0.000 0.172 0.240 0.056
#> SRR1454415 2 0.3293 0.7531 0.000 0.812 0.000 0.000 0.140 0.048
#> SRR1419131 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.2985 0.7828 0.844 0.000 0.000 0.000 0.100 0.056
#> SRR1473340 3 0.1951 0.7926 0.076 0.000 0.908 0.000 0.000 0.016
#> SRR1345563 1 0.2527 0.8012 0.876 0.000 0.000 0.000 0.084 0.040
#> SRR1323382 2 0.0260 0.8453 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1480697 5 0.5159 0.3921 0.000 0.000 0.380 0.000 0.528 0.092
#> SRR1321808 2 0.0000 0.8452 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 5 0.3388 0.5406 0.000 0.172 0.000 0.036 0.792 0.000
#> SRR1312558 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1417088 4 0.4701 0.6107 0.000 0.028 0.000 0.700 0.216 0.056
#> SRR1433027 4 0.5248 0.5738 0.000 0.064 0.000 0.664 0.216 0.056
#> SRR662257 4 0.2308 0.7458 0.000 0.000 0.000 0.892 0.068 0.040
#> SRR600417 4 0.0260 0.7696 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR812493 4 0.1141 0.7472 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR612743 6 0.2473 0.7714 0.008 0.000 0.136 0.000 0.000 0.856
#> SRR1361345 1 0.3227 0.7703 0.824 0.000 0.000 0.000 0.116 0.060
#> SRR600584 4 0.6603 0.3246 0.000 0.204 0.000 0.488 0.252 0.056
#> SRR1310520 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.1265 0.8005 0.000 0.000 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR1334074 2 0.6144 0.5123 0.000 0.592 0.016 0.032 0.156 0.204
#> SRR654838 2 0.0547 0.8438 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1376694 1 0.3073 0.7102 0.788 0.000 0.204 0.000 0.000 0.008
#> SRR1433841 2 0.6562 0.0314 0.348 0.456 0.000 0.000 0.120 0.076
#> SRR1366837 6 0.4762 0.6840 0.176 0.000 0.148 0.000 0.000 0.676
#> SRR1467479 2 0.0363 0.8452 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1459055 1 0.2527 0.8012 0.876 0.000 0.000 0.000 0.084 0.040
#> SRR1471050 2 0.0260 0.8453 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR603004 5 0.4121 0.4126 0.000 0.380 0.016 0.000 0.604 0.000
#> SRR814703 2 0.3149 0.7824 0.000 0.824 0.000 0.000 0.132 0.044
#> SRR661937 5 0.5239 0.3614 0.000 0.120 0.000 0.160 0.680 0.040
#> SRR614359 3 0.3758 0.5167 0.284 0.000 0.700 0.000 0.000 0.016
#> SRR1071568 5 0.3499 0.4608 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1389084 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337624 4 0.3128 0.7149 0.000 0.008 0.000 0.844 0.096 0.052
#> SRR1344400 2 0.2908 0.7818 0.000 0.848 0.000 0.000 0.104 0.048
#> SRR1414290 2 0.0000 0.8452 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0937 0.8344 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1098998 1 0.0260 0.8449 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481279 3 0.2431 0.7294 0.132 0.000 0.860 0.000 0.000 0.008
#> SRR1315103 1 0.3032 0.7806 0.840 0.000 0.000 0.000 0.104 0.056
#> SRR1099286 1 0.4751 0.4652 0.644 0.000 0.072 0.000 0.004 0.280
#> SRR2166570 4 0.5397 0.2476 0.008 0.000 0.056 0.588 0.324 0.024
#> SRR601445 1 0.0508 0.8442 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1439719 4 0.4965 0.5949 0.000 0.044 0.000 0.684 0.216 0.056
#> SRR1377026 4 0.3646 0.6693 0.000 0.000 0.000 0.776 0.172 0.052
#> SRR1327386 1 0.0260 0.8448 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR654826 2 0.2302 0.7975 0.000 0.872 0.000 0.000 0.120 0.008
#> SRR1460433 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469345 3 0.1327 0.8000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.1411 0.8282 0.000 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR662966 6 0.5959 0.2469 0.188 0.000 0.384 0.000 0.004 0.424
#> SRR1339175 1 0.4822 0.3825 0.596 0.000 0.332 0.000 0.000 0.072
#> SRR1447736 2 0.0260 0.8453 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1434671 2 0.0937 0.8344 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR660800 2 0.0363 0.8452 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1465543 2 0.1204 0.8285 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.3266 0.5823 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1400955 2 0.1501 0.8247 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1072150 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.1594 0.8136 0.052 0.000 0.932 0.000 0.000 0.016
#> SRR1098074 2 0.3955 0.3007 0.000 0.608 0.008 0.000 0.384 0.000
#> SRR1442778 1 0.0146 0.8454 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1086728 3 0.1204 0.7943 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR627464 6 0.5651 0.4266 0.236 0.000 0.000 0.012 0.172 0.580
#> SRR1409193 1 0.2794 0.7999 0.860 0.000 0.000 0.000 0.060 0.080
#> SRR2168286 4 0.0146 0.7686 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR615539 2 0.6120 0.4951 0.000 0.568 0.000 0.136 0.240 0.056
#> SRR663623 6 0.3738 0.6176 0.004 0.000 0.312 0.000 0.004 0.680
#> SRR1471989 3 0.0891 0.8204 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1468828 4 0.6679 0.1759 0.000 0.344 0.000 0.420 0.184 0.052
#> SRR1381934 6 0.5841 0.4676 0.200 0.000 0.288 0.000 0.004 0.508
#> SRR1471098 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1314749 6 0.2879 0.7590 0.004 0.000 0.176 0.000 0.004 0.816
#> SRR2166874 4 0.4111 0.6525 0.000 0.000 0.000 0.748 0.144 0.108
#> SRR821302 1 0.4360 0.5334 0.680 0.000 0.260 0.000 0.000 0.060
#> SRR1435066 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR661601 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1446546 5 0.5098 0.5348 0.000 0.100 0.288 0.004 0.608 0.000
#> SRR1419784 3 0.3971 0.0276 0.000 0.000 0.548 0.000 0.004 0.448
#> SRR1357233 5 0.3860 0.0582 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1441889 1 0.4474 0.6020 0.704 0.000 0.108 0.000 0.000 0.188
#> SRR1413940 1 0.2527 0.8012 0.876 0.000 0.000 0.000 0.084 0.040
#> SRR1324250 5 0.4200 0.4829 0.000 0.072 0.000 0.208 0.720 0.000
#> SRR1442862 5 0.3857 0.1845 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR662474 4 0.3954 0.6444 0.000 0.000 0.000 0.740 0.204 0.056
#> SRR1416226 6 0.2946 0.7563 0.004 0.000 0.184 0.000 0.004 0.808
#> SRR1417404 4 0.5935 0.3059 0.216 0.000 0.000 0.544 0.016 0.224
#> SRR665466 2 0.6754 0.2828 0.000 0.452 0.000 0.240 0.252 0.056
#> SRR658849 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460025 5 0.3629 0.4067 0.000 0.012 0.000 0.276 0.712 0.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0363 0.8455 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1374092 6 0.2946 0.7563 0.004 0.000 0.184 0.000 0.004 0.808
#> SRR1488429 3 0.0972 0.8166 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1087559 1 0.5349 0.5697 0.592 0.000 0.024 0.000 0.308 0.076
#> SRR817004 1 0.6863 0.1207 0.432 0.040 0.384 0.000 0.096 0.048
#> SRR1429660 2 0.1204 0.8285 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR604390 5 0.5209 0.4254 0.000 0.000 0.344 0.004 0.560 0.092
#> SRR614936 4 0.5058 0.5917 0.000 0.052 0.000 0.680 0.212 0.056
#> SRR1365938 1 0.6650 0.5762 0.604 0.052 0.000 0.104 0.156 0.084
#> SRR1437324 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.0547 0.7684 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR660414 4 0.5479 0.2292 0.008 0.000 0.056 0.580 0.328 0.028
#> SRR1452185 1 0.0260 0.8449 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1347020 6 0.3880 0.7655 0.052 0.000 0.132 0.000 0.024 0.792
#> SRR1398036 4 0.0146 0.7697 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1436674 1 0.0260 0.8449 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603750 6 0.2402 0.7693 0.000 0.000 0.140 0.000 0.004 0.856
#> SRR608630 4 0.2555 0.7043 0.008 0.000 0.000 0.876 0.096 0.020
#> SRR655625 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599059 5 0.4338 0.2596 0.000 0.020 0.488 0.000 0.492 0.000
#> SRR615189 4 0.5761 0.5340 0.120 0.000 0.000 0.644 0.152 0.084
#> SRR1466889 2 0.0937 0.8341 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1084602 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.2277 0.8007 0.892 0.000 0.032 0.000 0.000 0.076
#> SRR1356805 2 0.1556 0.8222 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1385300 3 0.1644 0.8039 0.000 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR654814 1 0.0260 0.8449 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658385 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR820596 6 0.2908 0.7393 0.104 0.000 0.048 0.000 0.000 0.848
#> SRR1318118 6 0.3081 0.6509 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004 0.776
#> SRR1480766 2 0.6088 0.5012 0.000 0.572 0.000 0.132 0.240 0.056
#> SRR1406539 1 0.1327 0.8255 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1341833 2 0.1501 0.8241 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1441826 4 0.0146 0.7684 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1448051 1 0.0260 0.8449 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1326752 3 0.0260 0.8395 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR665217 3 0.0458 0.8298 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.8452 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR607166 2 0.1349 0.8292 0.000 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR809065 4 0.4117 0.6268 0.000 0.000 0.000 0.716 0.228 0.056
#> SRR1415872 2 0.5179 0.6283 0.000 0.648 0.000 0.048 0.252 0.052
#> SRR1415463 3 0.3659 0.2684 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1381161 4 0.0547 0.7671 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1442231 4 0.5709 0.4941 0.148 0.000 0.000 0.648 0.128 0.076
#> SRR1374696 1 0.2964 0.6887 0.792 0.000 0.000 0.000 0.004 0.204
#> SRR1451988 5 0.3869 0.2303 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR660555 1 0.2762 0.7265 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.3042 0.7575 0.836 0.000 0.032 0.000 0.004 0.128
#> SRR663344 2 0.1501 0.8247 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1472462 2 0.4091 0.6866 0.000 0.720 0.000 0.000 0.224 0.056
#> SRR1406176 3 0.2964 0.5792 0.000 0.004 0.792 0.000 0.204 0.000
#> SRR656886 5 0.4862 0.5924 0.000 0.172 0.164 0.000 0.664 0.000
#> SRR1498337 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613066 3 0.1088 0.8304 0.024 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016
#> SRR1309490 1 0.0458 0.8431 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR602492 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447347 6 0.3707 0.7460 0.100 0.000 0.100 0.000 0.004 0.796
#> SRR1475546 2 0.1461 0.8353 0.000 0.940 0.000 0.000 0.044 0.016
#> SRR627459 6 0.3878 0.6374 0.000 0.000 0.000 0.112 0.116 0.772
#> SRR1434332 2 0.3578 0.7314 0.000 0.784 0.000 0.000 0.164 0.052
#> SRR1070358 4 0.3923 0.6550 0.000 0.076 0.000 0.784 0.128 0.012
#> SRR1345936 4 0.1524 0.7387 0.000 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR665658 2 0.1701 0.8271 0.000 0.920 0.000 0.000 0.072 0.008
#> SRR1321351 4 0.6603 0.3246 0.000 0.204 0.000 0.488 0.252 0.056
#> SRR657880 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1373903 2 0.6090 0.4995 0.000 0.580 0.000 0.148 0.216 0.056
#> SRR657396 4 0.4566 0.6399 0.000 0.000 0.000 0.696 0.184 0.120
#> SRR660981 2 0.6120 0.4951 0.000 0.568 0.000 0.136 0.240 0.056
#> SRR818499 1 0.2697 0.7335 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.1501 0.8247 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1476719 1 0.1957 0.7887 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1403478 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1095695 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352391 6 0.3975 0.6446 0.056 0.000 0.000 0.040 0.108 0.796
#> SRR1498813 4 0.0363 0.7694 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR627437 6 0.3835 0.6407 0.000 0.000 0.000 0.112 0.112 0.776
#> SRR2185097 1 0.1644 0.8251 0.932 0.000 0.012 0.000 0.004 0.052
#> SRR817166 5 0.5412 0.3504 0.000 0.000 0.384 0.000 0.496 0.120
#> SRR1091670 2 0.0713 0.8420 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR603776 6 0.2982 0.6927 0.164 0.000 0.004 0.000 0.012 0.820
#> SRR1479640 2 0.6839 0.2242 0.000 0.424 0.000 0.268 0.252 0.056
#> SRR660152 3 0.4624 0.5522 0.208 0.000 0.692 0.000 0.004 0.096
#> SRR1074769 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR656153 2 0.4985 0.6318 0.000 0.668 0.000 0.036 0.240 0.056
#> SRR1392502 3 0.2122 0.7825 0.040 0.000 0.912 0.000 0.040 0.008
#> SRR1359609 1 0.0547 0.8426 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR601925 2 0.1910 0.7998 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR2165182 2 0.3023 0.7702 0.000 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR608542 4 0.1934 0.7521 0.000 0.000 0.000 0.916 0.044 0.040
#> SRR655064 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.2362 0.7490 0.000 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR808472 4 0.0146 0.7688 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1414958 3 0.0260 0.8356 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR598484 5 0.3531 0.4747 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR612755 6 0.4227 0.1830 0.008 0.000 0.492 0.000 0.004 0.496
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 6 0.3801 0.6715 0.000 0.000 0.012 0.064 0.132 0.792
#> SRR1322373 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489265 2 0.1908 0.8142 0.000 0.900 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1359099 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR607279 2 0.4167 0.6790 0.000 0.708 0.000 0.000 0.236 0.056
#> SRR810461 2 0.0000 0.8452 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 6 0.5436 0.4578 0.244 0.000 0.028 0.000 0.104 0.624
#> SRR612887 2 0.6894 0.1408 0.000 0.396 0.000 0.300 0.248 0.056
#> SRR809807 5 0.6480 0.3679 0.000 0.128 0.372 0.000 0.440 0.060
#> SRR663112 5 0.4070 0.3844 0.000 0.004 0.424 0.004 0.568 0.000
#> SRR1346933 4 0.6458 0.3226 0.256 0.000 0.000 0.528 0.140 0.076
#> SRR1487910 1 0.0291 0.8450 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR603092 4 0.0363 0.7694 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1417680 2 0.6288 0.4567 0.000 0.544 0.000 0.156 0.244 0.056
#> SRR1383785 1 0.2039 0.8079 0.904 0.000 0.020 0.000 0.000 0.076
#> SRR1070015 2 0.1204 0.8285 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1466222 5 0.5894 0.0206 0.000 0.012 0.144 0.000 0.464 0.380
#> SRR1416119 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR819318 1 0.1956 0.8112 0.908 0.000 0.008 0.000 0.004 0.080
#> SRR608288 2 0.0790 0.8445 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR811121 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR613138 2 0.0363 0.8455 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR810483 6 0.2913 0.7567 0.004 0.000 0.180 0.000 0.004 0.812
#> SRR607839 1 0.0260 0.8449 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337031 1 0.2320 0.7715 0.864 0.000 0.132 0.000 0.000 0.004
#> SRR601311 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406685 4 0.0458 0.7691 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1467500 4 0.2325 0.7383 0.000 0.000 0.000 0.892 0.060 0.048
#> SRR1308504 1 0.0363 0.8441 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1312865 6 0.4272 0.6380 0.000 0.000 0.288 0.000 0.044 0.668
#> SRR1312522 3 0.1700 0.8006 0.000 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR1490486 2 0.0146 0.8449 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1325888 3 0.0146 0.8405 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472885 1 0.0363 0.8441 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1098785 4 0.6902 0.1325 0.000 0.324 0.000 0.380 0.240 0.056
#> SRR1084766 4 0.0000 0.7697 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.2692 0.7769 0.000 0.840 0.000 0.000 0.148 0.012
#> SRR1336636 6 0.2504 0.7703 0.004 0.000 0.136 0.000 0.004 0.856
#> SRR1347795 3 0.2263 0.7624 0.100 0.000 0.884 0.000 0.000 0.016
#> SRR601900 2 0.0458 0.8430 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1330989 4 0.1007 0.7519 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR658445 2 0.1204 0.8285 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1368754 6 0.4301 0.7102 0.072 0.000 0.188 0.000 0.008 0.732
#> SRR1460001 2 0.0458 0.8456 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0000 0.8386 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.1958 0.7817 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1321528 1 0.4922 0.5203 0.616 0.000 0.000 0.000 0.096 0.288
#> SRR627447 6 0.3482 0.6078 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR612239 4 0.5267 0.2959 0.000 0.000 0.000 0.560 0.120 0.320
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.886 0.936 0.973 0.4800 0.519 0.519
#> 3 3 0.884 0.898 0.947 0.2945 0.816 0.658
#> 4 4 0.895 0.864 0.939 0.1404 0.884 0.702
#> 5 5 0.746 0.707 0.859 0.0872 0.932 0.771
#> 6 6 0.747 0.417 0.734 0.0576 0.881 0.561
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.4431 0.8906 0.908 0.092
#> SRR603858 2 0.0376 0.9722 0.004 0.996
#> SRR817070 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.8608 0.6316 0.716 0.284
#> SRR662031 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1481036 2 0.7139 0.7507 0.196 0.804
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.5629 0.8489 0.868 0.132
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR627445 2 0.2603 0.9371 0.044 0.956
#> SRR607863 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR627457 2 0.2603 0.9368 0.044 0.956
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1457750 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1444063 2 0.5178 0.8545 0.116 0.884
#> SRR1355578 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR656934 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1391376 1 0.8661 0.6101 0.712 0.288
#> SRR661842 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1395699 1 0.4939 0.8735 0.892 0.108
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR615129 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR662954 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1375738 1 0.5059 0.8693 0.888 0.112
#> SRR1356577 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR658897 2 0.0376 0.9722 0.004 0.996
#> SRR1419869 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR601723 2 0.2043 0.9481 0.032 0.968
#> SRR1384115 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.5059 0.8693 0.888 0.112
#> SRR1322595 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1370423 2 0.0376 0.9722 0.004 0.996
#> SRR1314976 1 0.5408 0.8574 0.876 0.124
#> SRR1319560 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1352683 1 0.4690 0.8822 0.900 0.100
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1360807 2 0.9460 0.4193 0.364 0.636
#> SRR1332544 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR809296 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.9000 0.5640 0.684 0.316
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.3114 0.9247 0.056 0.944
#> SRR612743 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1395595 2 0.9286 0.4859 0.344 0.656
#> SRR1334074 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1366837 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.5059 0.8693 0.888 0.112
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.5408 0.8574 0.876 0.124
#> SRR2166570 2 0.2043 0.9482 0.032 0.968
#> SRR601445 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1086728 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR627464 2 0.1633 0.9553 0.024 0.976
#> SRR1409193 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR663623 2 0.9460 0.4202 0.364 0.636
#> SRR1471989 2 0.9129 0.5221 0.328 0.672
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1381934 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1419784 2 0.3584 0.9129 0.068 0.932
#> SRR1357233 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1417404 1 0.5294 0.8615 0.880 0.120
#> SRR665466 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1488429 2 0.9896 0.2050 0.440 0.560
#> SRR1087559 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR817004 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR604390 2 0.8713 0.5846 0.292 0.708
#> SRR614936 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1365938 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR660414 2 0.5737 0.8330 0.136 0.864
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR603750 2 0.2603 0.9371 0.044 0.956
#> SRR608630 2 0.7815 0.6931 0.232 0.768
#> SRR655625 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR615189 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.9977 0.0768 0.472 0.528
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1385300 2 0.0938 0.9657 0.012 0.988
#> SRR654814 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.5519 0.8532 0.872 0.128
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.1633 0.9553 0.024 0.976
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.4562 0.8856 0.904 0.096
#> SRR665217 1 0.7299 0.7530 0.796 0.204
#> SRR819186 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1451988 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1406176 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.0376 0.9620 0.996 0.004
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.5059 0.8629 0.112 0.888
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.1843 0.9518 0.028 0.972
#> SRR665658 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1095695 2 0.8327 0.6463 0.264 0.736
#> SRR1352391 1 0.3733 0.9085 0.928 0.072
#> SRR1498813 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.3114 0.9251 0.056 0.944
#> SRR2185097 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR817166 1 0.7883 0.7138 0.764 0.236
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1432430 2 0.1633 0.9556 0.024 0.976
#> SRR808472 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1414958 2 0.9754 0.3182 0.408 0.592
#> SRR598484 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.2778 0.9288 0.952 0.048
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.7745 0.7259 0.772 0.228
#> SRR1322373 1 0.5059 0.8693 0.888 0.112
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.6343 0.8155 0.840 0.160
#> SRR612887 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1346933 2 0.8813 0.5621 0.300 0.700
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1416119 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR810483 1 0.2948 0.9254 0.948 0.052
#> SRR607839 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1312865 2 0.6801 0.7742 0.180 0.820
#> SRR1312522 2 0.7056 0.7570 0.192 0.808
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.8016 0.6898 0.756 0.244
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9754 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.9993 0.0618 0.516 0.484
#> SRR614948 1 0.0000 0.9648 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.9909 0.2085 0.556 0.444
#> SRR1321528 1 0.5178 0.8658 0.884 0.116
#> SRR627447 1 0.1843 0.9445 0.972 0.028
#> SRR612239 1 0.8909 0.5850 0.692 0.308
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.6565 0.641 0.720 0.232 0.048
#> SRR603858 3 0.4413 0.819 0.008 0.160 0.832
#> SRR817070 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1486995 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR813043 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 3 0.1999 0.889 0.036 0.012 0.952
#> SRR662031 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1481036 2 0.6565 0.623 0.232 0.720 0.048
#> SRR1434009 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR665429 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1388025 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR600784 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR657611 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1453971 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR1309468 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 3 0.5253 0.835 0.096 0.076 0.828
#> SRR1365489 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR627445 2 0.5167 0.744 0.172 0.804 0.024
#> SRR607863 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1475524 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR615695 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.5785 0.460 0.000 0.668 0.332
#> SRR601477 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1362713 1 0.5529 0.532 0.704 0.000 0.296
#> SRR1431385 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR1357210 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0592 0.962 0.000 0.988 0.012
#> SRR663573 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR603188 2 0.0747 0.959 0.000 0.984 0.016
#> SRR1471200 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR627457 2 0.2845 0.893 0.068 0.920 0.012
#> SRR1367654 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 2 0.1015 0.956 0.012 0.980 0.008
#> SRR1099546 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR604480 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1390477 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1473161 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1409813 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR612791 1 0.1031 0.936 0.976 0.000 0.024
#> SRR1470580 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1444063 2 0.1163 0.941 0.028 0.972 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR814244 3 0.5905 0.493 0.352 0.000 0.648
#> SRR1404123 3 0.6045 0.463 0.000 0.380 0.620
#> SRR656934 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR1339029 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR821525 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1443677 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.0592 0.956 0.000 0.988 0.012
#> SRR1391376 1 0.3589 0.883 0.900 0.052 0.048
#> SRR661842 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1395699 1 0.2173 0.925 0.944 0.008 0.048
#> SRR1312209 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR1414578 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 3 0.1964 0.922 0.000 0.056 0.944
#> SRR604677 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR603800 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR602058 3 0.1860 0.923 0.000 0.052 0.948
#> SRR817488 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR655601 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1434821 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1349166 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR615129 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR607586 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR602680 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR663038 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1489416 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1479155 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR1434048 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR2184865 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR2170135 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1335513 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1370216 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR662954 3 0.1860 0.923 0.000 0.052 0.948
#> SRR1375738 1 0.1453 0.935 0.968 0.008 0.024
#> SRR1356577 3 0.5465 0.605 0.288 0.000 0.712
#> SRR1073119 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR663549 1 0.1267 0.937 0.972 0.004 0.024
#> SRR1478015 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR600632 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR811866 1 0.0424 0.941 0.992 0.000 0.008
#> SRR1401101 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477797 3 0.1860 0.923 0.000 0.052 0.948
#> SRR1402986 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR658897 2 0.1031 0.946 0.024 0.976 0.000
#> SRR1419869 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR1490700 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR601723 3 0.1878 0.923 0.004 0.044 0.952
#> SRR1384115 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476927 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1387769 1 0.1453 0.935 0.968 0.008 0.024
#> SRR1322595 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370423 2 0.1647 0.937 0.004 0.960 0.036
#> SRR1314976 3 0.6095 0.397 0.392 0.000 0.608
#> SRR1319560 3 0.1964 0.922 0.000 0.056 0.944
#> SRR1352683 1 0.4887 0.660 0.772 0.228 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.2066 0.916 0.940 0.000 0.060
#> SRR1360807 3 0.2031 0.914 0.016 0.032 0.952
#> SRR1332544 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR598695 1 0.1031 0.936 0.976 0.000 0.024
#> SRR807824 2 0.0424 0.959 0.000 0.992 0.008
#> SRR809296 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR657927 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1454415 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1404293 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR1345563 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1480697 1 0.5633 0.693 0.768 0.208 0.024
#> SRR1321808 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1382756 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1312558 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417088 3 0.6215 0.340 0.000 0.428 0.572
#> SRR1433027 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR662257 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR600417 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR812493 3 0.1860 0.923 0.000 0.052 0.948
#> SRR612743 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR1361345 1 0.6260 0.114 0.552 0.000 0.448
#> SRR600584 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1310520 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1395595 1 0.6685 0.621 0.708 0.244 0.048
#> SRR1334074 2 0.2959 0.869 0.000 0.900 0.100
#> SRR654838 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1376694 1 0.0747 0.940 0.984 0.000 0.016
#> SRR1433841 2 0.0424 0.958 0.008 0.992 0.000
#> SRR1366837 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR1467479 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459055 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR603004 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR814703 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR661937 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR614359 1 0.0892 0.939 0.980 0.000 0.020
#> SRR1071568 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1389084 1 0.2173 0.925 0.944 0.008 0.048
#> SRR1337624 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1344400 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1414290 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413644 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR1315103 1 0.2878 0.854 0.904 0.000 0.096
#> SRR1099286 2 0.6267 0.177 0.452 0.548 0.000
#> SRR2166570 2 0.1832 0.932 0.036 0.956 0.008
#> SRR601445 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1377026 3 0.3816 0.845 0.000 0.148 0.852
#> SRR1327386 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1460433 3 0.1860 0.923 0.000 0.052 0.948
#> SRR1469345 1 0.1031 0.936 0.976 0.000 0.024
#> SRR1421462 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR662966 1 0.1163 0.937 0.972 0.000 0.028
#> SRR1339175 1 0.1031 0.936 0.976 0.000 0.024
#> SRR1447736 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1434671 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1465543 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR1098074 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 2 0.1753 0.923 0.000 0.952 0.048
#> SRR627464 2 0.2796 0.887 0.000 0.908 0.092
#> SRR1409193 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR615539 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR663623 2 0.6685 0.600 0.244 0.708 0.048
#> SRR1471989 1 0.6834 0.595 0.692 0.260 0.048
#> SRR1468828 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1381934 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR1314749 1 0.0747 0.939 0.984 0.000 0.016
#> SRR2166874 3 0.1964 0.922 0.000 0.056 0.944
#> SRR821302 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1419784 2 0.5558 0.742 0.152 0.800 0.048
#> SRR1357233 3 0.2066 0.921 0.000 0.060 0.940
#> SRR1441889 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.2261 0.909 0.000 0.932 0.068
#> SRR1442862 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR662474 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1416226 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR1417404 3 0.4178 0.770 0.172 0.000 0.828
#> SRR665466 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR658849 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR1460025 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1408136 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1374092 1 0.0237 0.941 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488429 1 0.7648 0.318 0.552 0.400 0.048
#> SRR1087559 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR817004 2 0.1182 0.947 0.012 0.976 0.012
#> SRR1429660 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR604390 2 0.9074 0.164 0.148 0.500 0.352
#> SRR614936 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1365938 2 0.0475 0.962 0.004 0.992 0.004
#> SRR1437324 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 3 0.1860 0.923 0.000 0.052 0.948
#> SRR660414 2 0.4195 0.806 0.136 0.852 0.012
#> SRR1452185 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR1398036 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1436674 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 2 0.5348 0.735 0.176 0.796 0.028
#> SRR608630 3 0.2152 0.913 0.016 0.036 0.948
#> SRR655625 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR599059 2 0.0592 0.956 0.000 0.988 0.012
#> SRR615189 2 0.5178 0.649 0.000 0.744 0.256
#> SRR1466889 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084602 3 0.2187 0.904 0.028 0.024 0.948
#> SRR1335422 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385300 2 0.5435 0.753 0.144 0.808 0.048
#> SRR654814 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR820596 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406539 1 0.6267 0.170 0.548 0.452 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441826 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1448051 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.1989 0.928 0.948 0.004 0.048
#> SRR665217 1 0.2903 0.908 0.924 0.028 0.048
#> SRR819186 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR661517 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR607166 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR809065 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1415872 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415463 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR1381161 3 0.1860 0.923 0.000 0.052 0.948
#> SRR1442231 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1374696 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 2 0.2339 0.917 0.012 0.940 0.048
#> SRR660555 1 0.1031 0.936 0.976 0.000 0.024
#> SRR657801 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406176 2 0.0892 0.949 0.000 0.980 0.020
#> SRR656886 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1498337 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR613066 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR1309490 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1447347 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR627459 3 0.1647 0.917 0.004 0.036 0.960
#> SRR1434332 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1070358 3 0.1964 0.922 0.000 0.056 0.944
#> SRR1345936 3 0.2096 0.921 0.004 0.052 0.944
#> SRR665658 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1321351 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR657880 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR657396 3 0.6192 0.323 0.000 0.420 0.580
#> SRR660981 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR818499 1 0.1031 0.936 0.976 0.000 0.024
#> SRR819658 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 1 0.7534 0.399 0.584 0.368 0.048
#> SRR1352391 3 0.6079 0.411 0.388 0.000 0.612
#> SRR1498813 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR627437 3 0.2492 0.916 0.016 0.048 0.936
#> SRR2185097 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.6045 0.373 0.380 0.000 0.620
#> SRR1091670 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR603776 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR1479640 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR660152 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR1074769 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR656153 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1392502 1 0.1411 0.934 0.964 0.000 0.036
#> SRR1359609 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR2165182 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR608542 3 0.1860 0.923 0.000 0.052 0.948
#> SRR655064 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1432430 2 0.5307 0.767 0.136 0.816 0.048
#> SRR808472 3 0.4605 0.767 0.000 0.204 0.796
#> SRR1414958 1 0.6302 0.676 0.744 0.208 0.048
#> SRR598484 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR612755 1 0.3551 0.798 0.868 0.132 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.6267 0.160 0.452 0.000 0.548
#> SRR1322373 1 0.2173 0.925 0.944 0.008 0.048
#> SRR1489265 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1359099 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR810461 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR627427 1 0.6244 0.209 0.560 0.440 0.000
#> SRR612887 2 0.1643 0.932 0.000 0.956 0.044
#> SRR809807 2 0.0892 0.949 0.000 0.980 0.020
#> SRR663112 2 0.1031 0.950 0.000 0.976 0.024
#> SRR1346933 3 0.4369 0.871 0.040 0.096 0.864
#> SRR1487910 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR603092 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1417680 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1383785 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466222 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1416119 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR819318 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR811121 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR810483 1 0.1525 0.935 0.964 0.004 0.032
#> SRR607839 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0747 0.940 0.984 0.000 0.016
#> SRR601311 3 0.1860 0.923 0.000 0.052 0.948
#> SRR1406685 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1467500 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1308504 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 2 0.5521 0.723 0.180 0.788 0.032
#> SRR1312522 2 0.6723 0.597 0.248 0.704 0.048
#> SRR1490486 2 0.0237 0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1325888 1 0.3263 0.896 0.912 0.040 0.048
#> SRR1472885 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.1163 0.949 0.000 0.972 0.028
#> SRR1084766 3 0.1753 0.925 0.000 0.048 0.952
#> SRR1102804 2 0.0424 0.964 0.000 0.992 0.008
#> SRR1336636 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR1347795 1 0.1753 0.930 0.952 0.000 0.048
#> SRR601900 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330989 2 0.5650 0.501 0.000 0.688 0.312
#> SRR658445 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368754 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR1460001 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.6059 0.705 0.764 0.188 0.048
#> SRR614948 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.5371 0.773 0.812 0.140 0.048
#> SRR1321528 1 0.6095 0.352 0.608 0.392 0.000
#> SRR627447 1 0.1031 0.938 0.976 0.000 0.024
#> SRR612239 3 0.2982 0.885 0.056 0.024 0.920
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.0817 0.8452 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR603858 4 0.2814 0.7857 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR817070 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1486995 3 0.0000 0.8509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0188 0.9687 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR659037 4 0.1211 0.8874 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR662031 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481036 3 0.1557 0.8080 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665429 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1388025 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600784 3 0.3649 0.7180 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1453971 1 0.0188 0.9199 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 4 0.5746 0.3229 0.396 0.032 0.000 0.572
#> SRR1365489 2 0.0707 0.9707 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR627445 3 0.6660 0.5424 0.104 0.268 0.620 0.008
#> SRR607863 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1475524 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR615695 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.4761 0.3934 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR601477 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0336 0.9687 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1362713 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.4830 0.4681 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.1118 0.9686 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR663573 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.1211 0.9665 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0469 0.9701 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR627457 2 0.3489 0.8908 0.068 0.880 0.020 0.032
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457750 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1099546 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR604480 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0921 0.9707 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1473161 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612791 1 0.4697 0.4252 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1470580 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1444063 2 0.3649 0.7222 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814244 1 0.3631 0.7388 0.824 0.004 0.004 0.168
#> SRR1404123 4 0.4585 0.4891 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR656934 1 0.4746 0.3065 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1339029 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR821525 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391376 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR661842 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395699 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1312209 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 4 0.0921 0.9049 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR604677 3 0.4830 0.4681 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR603800 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR602058 4 0.0469 0.9134 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR817488 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR655601 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0188 0.9685 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615129 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR607586 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR602680 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1489416 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.3528 0.7333 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1434048 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2184865 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1335513 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1370216 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR662954 4 0.0469 0.9134 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1375738 3 0.4804 0.4785 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1356577 4 0.5016 0.3069 0.396 0.000 0.004 0.600
#> SRR1073119 3 0.4804 0.4785 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR663549 3 0.4999 0.1812 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1478015 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR600632 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR811866 1 0.2281 0.8292 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477797 4 0.0592 0.9118 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1402986 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR658897 2 0.0817 0.9591 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1419869 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601723 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384115 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476927 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1387769 3 0.4804 0.4785 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1322595 1 0.0188 0.9199 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1370423 2 0.4804 0.4262 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR1314976 1 0.4830 0.3356 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1319560 4 0.1022 0.9018 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1352683 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.4804 0.4785 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1360807 4 0.0188 0.9155 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1332544 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR598695 1 0.4585 0.4743 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR657927 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440682 2 0.0469 0.9701 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419131 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473340 3 0.0921 0.8412 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1480697 3 0.4761 0.4986 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1321808 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1382756 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.4790 0.3700 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1433027 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR662257 4 0.0188 0.9160 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR600417 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812493 4 0.0817 0.9062 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR612743 1 0.5000 -0.1601 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600584 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1310520 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.8509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.2408 0.8728 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR654838 2 0.0921 0.9707 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1376694 1 0.4134 0.5958 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1433841 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.4804 0.4785 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1467479 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1459055 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0592 0.9704 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR603004 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814703 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR661937 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR614359 1 0.3942 0.6270 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1071568 2 0.0921 0.9707 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1389084 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1337624 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1344400 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1414290 2 0.0336 0.9693 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2166570 2 0.2399 0.9291 0.048 0.920 0.000 0.032
#> SRR601445 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0921 0.9706 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1377026 4 0.2647 0.8055 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1460433 4 0.0188 0.9159 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1469345 1 0.4941 0.2424 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1421462 2 0.0707 0.9707 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR662966 3 0.4331 0.6208 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1339175 1 0.4776 0.3825 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1447736 2 0.0707 0.9707 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.0188 0.8493 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR627464 2 0.2760 0.8809 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1409193 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2168286 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR663623 3 0.0707 0.8467 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1471989 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1468828 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1381934 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1471098 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1314749 1 0.4543 0.4308 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR2166874 4 0.1022 0.9018 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR821302 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.0188 0.9685 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419784 3 0.0469 0.8459 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1357233 4 0.1211 0.9002 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1324250 2 0.2216 0.8960 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662474 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.4898 0.1500 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1417404 4 0.3528 0.7160 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR665466 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR658849 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1460025 2 0.0707 0.9708 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1374092 1 0.1302 0.8860 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1488429 3 0.0000 0.8509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817004 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604390 3 0.0000 0.8509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614936 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1365938 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.0336 0.9143 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR660414 2 0.4331 0.8057 0.136 0.820 0.016 0.028
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.4804 0.4785 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1398036 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.6784 0.5364 0.096 0.268 0.620 0.016
#> SRR608630 4 0.0804 0.9090 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR655625 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615189 2 0.4277 0.6524 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.0921 0.8972 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR820596 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1318118 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480766 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1406539 1 0.0188 0.9192 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.8509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0336 0.9687 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR661517 3 0.0000 0.8509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0921 0.9707 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR809065 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1415872 2 0.0469 0.9695 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1415463 3 0.0592 0.8477 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1381161 4 0.0707 0.9085 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1442231 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1374696 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1451988 3 0.4697 0.3976 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR660555 1 0.4072 0.6157 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1406176 2 0.1022 0.9588 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR656886 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1498337 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613066 3 0.0000 0.8509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR602492 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475546 2 0.0921 0.9708 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR627459 4 0.0188 0.9156 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1434332 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1070358 4 0.1022 0.9018 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1345936 4 0.1022 0.9018 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR665658 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1321351 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR657880 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR657396 4 0.4866 0.3139 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR660981 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR818499 1 0.4804 0.3657 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0000 0.8509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.2714 0.8157 0.884 0.000 0.004 0.112
#> SRR1498813 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR627437 4 0.1362 0.9031 0.020 0.012 0.004 0.964
#> SRR2185097 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817166 1 0.5905 0.1381 0.564 0.000 0.396 0.040
#> SRR1091670 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR603776 3 0.4817 0.4764 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1479640 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR660152 3 0.0000 0.8509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR656153 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1392502 3 0.1940 0.8226 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0469 0.9695 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2165182 2 0.0707 0.9708 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR608542 4 0.0817 0.9062 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR655064 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432430 3 0.0000 0.8509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808472 4 0.3123 0.7466 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1414958 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR598484 2 0.0336 0.9687 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR612755 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.5158 0.0761 0.472 0.000 0.004 0.524
#> SRR1322373 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1489265 2 0.0921 0.9708 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR810461 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR627427 1 0.1211 0.8765 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR612887 2 0.1716 0.9266 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR809807 2 0.0817 0.9533 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR663112 2 0.3172 0.8090 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1346933 4 0.4799 0.6724 0.224 0.032 0.000 0.744
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466222 2 0.0921 0.9707 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1416119 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR811121 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR810483 3 0.3172 0.7576 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.4916 0.1115 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR601311 4 0.0592 0.9109 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1406685 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467500 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.6075 0.6266 0.128 0.192 0.680 0.000
#> SRR1312522 3 0.0000 0.8509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0817 0.9706 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1325888 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.1474 0.9575 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1084766 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.1022 0.9702 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1336636 3 0.4804 0.4785 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1347795 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 2 0.4679 0.4871 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR658445 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368754 3 0.4804 0.4785 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1460001 2 0.0188 0.9687 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.9230 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0188 0.8519 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1321528 1 0.0188 0.9212 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR627447 3 0.3726 0.7101 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR612239 4 0.1637 0.8697 0.060 0.000 0.000 0.940
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.1211 0.8011 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> SRR603858 4 0.2921 0.7099 0.000 0.124 0.000 0.856 0.020
#> SRR817070 2 0.2424 0.8096 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1486995 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.1197 0.8309 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR656874 2 0.1341 0.8292 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR659037 4 0.4451 0.1096 0.004 0.000 0.000 0.504 0.492
#> SRR662031 1 0.1410 0.8890 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1081283 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481036 3 0.2519 0.7208 0.000 0.100 0.884 0.000 0.016
#> SRR1434009 2 0.3857 0.5395 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR665429 2 0.2329 0.8126 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1388025 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600784 3 0.3492 0.6934 0.188 0.000 0.796 0.000 0.016
#> SRR657611 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1323896 2 0.2648 0.8074 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1453971 1 0.0162 0.8912 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 5 0.3437 0.5563 0.120 0.000 0.000 0.048 0.832
#> SRR1365489 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.5602 0.3194 0.024 0.380 0.560 0.000 0.036
#> SRR607863 2 0.3837 0.6921 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.2648 0.8074 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR615695 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR600900 5 0.3495 0.5571 0.000 0.032 0.000 0.152 0.816
#> SRR601477 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.1544 0.8194 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1310797 5 0.1908 0.6355 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1362713 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1431385 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1379089 2 0.2020 0.7973 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1102079 3 0.5052 0.3195 0.412 0.000 0.552 0.000 0.036
#> SRR1357210 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.2424 0.8096 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR663573 4 0.4150 0.4235 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR603188 2 0.2605 0.8085 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1471200 2 0.3857 0.5395 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1310975 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 2 0.4296 0.7235 0.024 0.756 0.016 0.000 0.204
#> SRR1367654 2 0.0880 0.8397 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1488410 1 0.1478 0.8877 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1457750 2 0.1671 0.8118 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1099546 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0162 0.8464 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390477 2 0.2891 0.7307 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1458447 2 0.1121 0.8362 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1473161 2 0.0404 0.8451 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1409813 5 0.3913 0.5669 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR612791 1 0.4219 0.2588 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.0880 0.8391 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1444063 2 0.3953 0.6483 0.168 0.784 0.000 0.000 0.048
#> SRR1355578 1 0.1478 0.8877 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.2424 0.7706 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR814244 5 0.6188 0.3000 0.284 0.000 0.000 0.176 0.540
#> SRR1404123 4 0.6066 0.2607 0.000 0.352 0.000 0.516 0.132
#> SRR656934 1 0.4225 0.3468 0.632 0.000 0.364 0.000 0.004
#> SRR1339029 2 0.2424 0.8096 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR821525 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.4305 -0.2937 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1391376 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395699 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR603620 4 0.3837 0.5922 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR604677 3 0.4787 0.2815 0.432 0.000 0.548 0.000 0.020
#> SRR603800 2 0.0290 0.8460 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR602058 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817488 2 0.0162 0.8464 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655601 4 0.2424 0.7578 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1434821 2 0.0794 0.8415 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1349166 2 0.3857 0.5395 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR615129 2 0.1341 0.8232 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR607586 2 0.0290 0.8466 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR602680 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663038 2 0.2377 0.8112 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1489416 2 0.2329 0.8126 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.3419 0.7010 0.180 0.000 0.804 0.000 0.016
#> SRR1434048 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.2280 0.7626 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR2170135 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.1608 0.8353 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1370216 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662954 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375738 3 0.4696 0.2995 0.428 0.000 0.556 0.000 0.016
#> SRR1356577 4 0.4182 0.2387 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1073119 3 0.4696 0.2995 0.428 0.000 0.556 0.000 0.016
#> SRR663549 1 0.4746 -0.0725 0.504 0.000 0.480 0.000 0.016
#> SRR1478015 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.2280 0.8137 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR811866 1 0.3055 0.8306 0.864 0.000 0.072 0.000 0.064
#> SRR1401101 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1477797 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 2 0.1197 0.8249 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1419869 3 0.1197 0.7813 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR601723 4 0.1965 0.7954 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1384115 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1476927 2 0.2329 0.8126 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1387769 3 0.4696 0.2995 0.428 0.000 0.556 0.000 0.016
#> SRR1322595 5 0.4283 0.0395 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1370423 3 0.6551 -0.2896 0.000 0.200 0.416 0.000 0.384
#> SRR1314976 1 0.4171 0.3714 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1319560 4 0.4210 0.4312 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1352683 5 0.5481 0.0685 0.456 0.032 0.016 0.000 0.496
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.6472 0.4045 0.284 0.000 0.492 0.000 0.224
#> SRR1360807 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332544 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.4088 0.3734 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657927 1 0.1725 0.8717 0.936 0.000 0.044 0.000 0.020
#> SRR1440682 2 0.2690 0.8089 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1454415 2 0.4015 0.5608 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1419131 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.1270 0.8909 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1473340 3 0.0609 0.8032 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1323382 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 5 0.6433 0.1940 0.312 0.000 0.200 0.000 0.488
#> SRR1321808 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.4304 -0.2733 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1312558 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.6089 0.1428 0.000 0.408 0.000 0.468 0.124
#> SRR1433027 2 0.2280 0.8137 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR662257 5 0.2230 0.5266 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR600417 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812493 4 0.4297 0.1435 0.000 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR612743 1 0.4740 -0.0258 0.516 0.000 0.468 0.000 0.016
#> SRR1361345 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR600584 2 0.2516 0.8063 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1310520 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.2616 0.7860 0.000 0.880 0.000 0.100 0.020
#> SRR654838 2 0.0162 0.8462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1376694 1 0.3534 0.6280 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.1341 0.8232 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1366837 3 0.4696 0.2995 0.428 0.000 0.556 0.000 0.016
#> SRR1467479 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1471050 2 0.0162 0.8466 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603004 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR814703 2 0.3932 0.6619 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR661937 2 0.2561 0.8096 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR614359 1 0.3274 0.6474 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR1071568 5 0.4307 0.2735 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1389084 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.2280 0.8137 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1414290 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.3837 0.5461 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1099286 1 0.1478 0.8877 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2166570 2 0.4237 0.7206 0.048 0.752 0.000 0.000 0.200
#> SRR601445 1 0.1478 0.8877 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1439719 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377026 4 0.4164 0.6680 0.000 0.096 0.000 0.784 0.120
#> SRR1327386 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR654826 2 0.2424 0.8096 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1460433 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469345 1 0.4306 0.0460 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.1197 0.8382 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR662966 3 0.4435 0.4853 0.336 0.000 0.648 0.000 0.016
#> SRR1339175 1 0.4256 0.2084 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.3837 0.5461 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR660800 2 0.3684 0.7111 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1465543 2 0.3837 0.5461 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1342023 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0290 0.8920 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1400955 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1072150 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1442778 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627464 2 0.4179 0.7514 0.000 0.776 0.000 0.072 0.152
#> SRR1409193 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2168286 4 0.2329 0.7613 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR615539 2 0.2329 0.8126 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR663623 3 0.2006 0.7896 0.024 0.020 0.932 0.000 0.024
#> SRR1471989 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.2280 0.8137 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1381934 1 0.1197 0.8761 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1471098 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.4309 0.4742 0.676 0.000 0.308 0.000 0.016
#> SRR2166874 4 0.4227 0.4423 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR821302 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.3837 0.6300 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR661601 2 0.3774 0.5628 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1446546 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1419784 3 0.2852 0.6994 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1357233 5 0.3242 0.4811 0.000 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1441889 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1324250 5 0.3612 0.6948 0.000 0.172 0.000 0.028 0.800
#> SRR1442862 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR662474 4 0.2280 0.7626 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1416226 1 0.4666 0.1826 0.572 0.000 0.412 0.000 0.016
#> SRR1417404 4 0.3160 0.6254 0.188 0.000 0.000 0.808 0.004
#> SRR665466 2 0.2605 0.8085 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR658849 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 5 0.1792 0.6326 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1408136 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1489995 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 1 0.2172 0.8440 0.908 0.000 0.076 0.000 0.016
#> SRR1488429 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.5213 0.1718 0.556 0.048 0.000 0.000 0.396
#> SRR817004 2 0.3452 0.6599 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1429660 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR604390 5 0.4306 -0.0359 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR614936 2 0.2280 0.8137 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1365938 2 0.1270 0.8242 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1437324 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR613414 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660414 2 0.5524 0.6187 0.120 0.676 0.012 0.000 0.192
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.5044 0.3295 0.408 0.000 0.556 0.000 0.036
#> SRR1398036 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.5668 0.3235 0.028 0.376 0.560 0.000 0.036
#> SRR608630 4 0.1121 0.8063 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR655625 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 2 0.0510 0.8420 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR615189 2 0.3684 0.5567 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1466889 2 0.3857 0.5395 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1084602 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.0162 0.8931 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356805 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1385300 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.3534 0.7477 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR820596 1 0.1701 0.8690 0.936 0.000 0.048 0.000 0.016
#> SRR1318118 1 0.1478 0.8877 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1480766 2 0.2280 0.8137 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1406539 1 0.1410 0.8890 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1341833 2 0.3039 0.7139 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1441826 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0162 0.8464 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661517 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0404 0.8451 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR809065 2 0.2648 0.7996 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1415872 2 0.3730 0.5971 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1415463 3 0.1018 0.8040 0.016 0.000 0.968 0.000 0.016
#> SRR1381161 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442231 2 0.2966 0.7817 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1374696 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1451988 3 0.6217 -0.1143 0.000 0.140 0.444 0.000 0.416
#> SRR660555 1 0.3612 0.5714 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.1043 0.8925 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR663344 5 0.3305 0.7091 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1472462 2 0.3366 0.7567 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1406176 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498337 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613066 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0510 0.8889 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR602492 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447347 1 0.1197 0.8761 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.4030 0.6219 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR627459 4 0.3210 0.6751 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1434332 2 0.2280 0.8137 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1070358 4 0.3932 0.4809 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1345936 4 0.4297 0.1435 0.000 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR665658 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.2424 0.8096 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR657880 2 0.3816 0.5531 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1373903 2 0.2280 0.8137 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR657396 4 0.6764 -0.0353 0.000 0.268 0.000 0.368 0.364
#> SRR660981 2 0.2329 0.8126 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR818499 1 0.4256 0.2091 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR819658 5 0.3242 0.7167 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1376316 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1323723 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1403478 2 0.2966 0.7200 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1095695 3 0.0404 0.8098 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1352391 1 0.4269 0.7177 0.776 0.000 0.000 0.108 0.116
#> SRR1498813 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 4 0.4299 0.3872 0.000 0.004 0.000 0.608 0.388
#> SRR2185097 1 0.1478 0.8877 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR817166 5 0.6427 0.2077 0.340 0.000 0.164 0.004 0.492
#> SRR1091670 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 3 0.5044 0.3295 0.408 0.000 0.556 0.000 0.036
#> SRR1479640 5 0.4219 -0.0812 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR660152 3 0.0510 0.8084 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1074769 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.4138 0.5818 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1392502 3 0.3906 0.6766 0.068 0.000 0.800 0.000 0.132
#> SRR1359609 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR601925 2 0.0510 0.8452 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2165182 2 0.2813 0.8056 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR608542 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655064 4 0.0880 0.8191 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1432430 3 0.0510 0.8084 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR808472 5 0.4620 0.0208 0.000 0.016 0.000 0.392 0.592
#> SRR1414958 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598484 2 0.4304 -0.2883 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR612755 1 0.1670 0.8862 0.936 0.000 0.012 0.000 0.052
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 5 0.6306 0.2852 0.328 0.000 0.000 0.172 0.500
#> SRR1322373 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.2773 0.7409 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR607279 2 0.0794 0.8437 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR810461 2 0.0162 0.8464 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR627427 1 0.2813 0.8419 0.876 0.040 0.000 0.000 0.084
#> SRR612887 2 0.4798 0.5151 0.000 0.580 0.000 0.024 0.396
#> SRR809807 5 0.2966 0.7055 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR663112 5 0.4349 0.6858 0.000 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR1346933 5 0.6154 0.1160 0.144 0.000 0.000 0.348 0.508
#> SRR1487910 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR603092 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.2280 0.8137 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1383785 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.3684 0.5935 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1466222 5 0.4307 0.2850 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1416119 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819318 1 0.1478 0.8877 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR608288 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.3055 0.7265 0.144 0.000 0.840 0.000 0.016
#> SRR607839 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.4060 0.3207 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406685 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467500 4 0.0290 0.8304 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.6766 0.4915 0.096 0.188 0.604 0.000 0.112
#> SRR1312522 3 0.0404 0.8098 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1490486 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.4744 0.5074 0.000 0.572 0.000 0.020 0.408
#> SRR1084766 4 0.0000 0.8335 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.8467 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.4774 0.3058 0.424 0.000 0.556 0.000 0.020
#> SRR1347795 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0162 0.8464 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330989 5 0.5263 0.3246 0.000 0.368 0.000 0.056 0.576
#> SRR658445 5 0.3143 0.7136 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1368754 3 0.5044 0.3295 0.408 0.000 0.556 0.000 0.036
#> SRR1460001 2 0.0162 0.8466 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414934 1 0.1197 0.8915 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1326249 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.8928 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0000 0.8131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.1478 0.8877 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR627447 3 0.3562 0.6851 0.196 0.000 0.788 0.000 0.016
#> SRR612239 4 0.2408 0.7767 0.016 0.000 0.000 0.892 0.092
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.3979 5.89e-01 0.004 0.000 0.540 0.000 0.456 0.000
#> SRR603858 4 0.2624 7.05e-01 0.000 0.124 0.000 0.856 0.020 0.000
#> SRR817070 6 0.0000 5.35e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486995 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.3823 1.47e-01 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR656874 2 0.3817 1.45e-01 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR659037 5 0.5373 -5.17e-02 0.008 0.084 0.000 0.432 0.476 0.000
#> SRR662031 1 0.3602 7.24e-01 0.760 0.032 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1081283 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481036 3 0.3847 5.91e-01 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1434009 2 0.2003 3.15e-01 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1376676 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR665429 6 0.0146 5.35e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1388025 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600784 3 0.4325 5.79e-01 0.020 0.000 0.524 0.000 0.456 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1323896 6 0.0458 5.31e-01 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1453971 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 5 0.4089 2.18e-01 0.000 0.468 0.000 0.008 0.524 0.000
#> SRR1365489 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR627445 3 0.3862 5.78e-01 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR607863 6 0.3050 3.71e-01 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1475524 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 6 0.0713 5.27e-01 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR615695 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR600900 5 0.5128 2.19e-01 0.000 0.456 0.000 0.060 0.476 0.008
#> SRR601477 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1487215 2 0.3789 1.64e-01 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1310797 2 0.5034 -2.26e-01 0.000 0.472 0.000 0.000 0.456 0.072
#> SRR1362713 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1431385 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1379089 2 0.3695 1.95e-01 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1102079 3 0.3862 5.78e-01 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 6 0.0000 5.35e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663573 4 0.5902 4.13e-01 0.000 0.084 0.000 0.608 0.220 0.088
#> SRR603188 6 0.0632 5.28e-01 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1471200 2 0.2003 3.15e-01 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1310975 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR627457 6 0.4550 5.97e-02 0.000 0.036 0.000 0.000 0.420 0.544
#> SRR1367654 2 0.3851 1.17e-01 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1488410 1 0.4186 5.97e-01 0.656 0.032 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR1457750 6 0.5075 -2.42e-02 0.000 0.456 0.000 0.000 0.076 0.468
#> SRR1099546 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604480 6 0.3868 -9.53e-02 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1390477 2 0.3309 2.55e-01 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1458447 2 0.3833 1.36e-01 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1473161 6 0.3868 -9.37e-02 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1409813 2 0.4333 -8.51e-02 0.000 0.596 0.000 0.000 0.376 0.028
#> SRR612791 1 0.3961 3.36e-01 0.556 0.000 0.440 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470580 2 0.4098 7.97e-02 0.000 0.496 0.000 0.000 0.008 0.496
#> SRR1444063 6 0.6558 5.35e-02 0.136 0.328 0.000 0.000 0.068 0.468
#> SRR1355578 1 0.3713 7.07e-01 0.744 0.032 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1429203 1 0.0790 8.32e-01 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR599154 2 0.3563 2.24e-01 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR814244 5 0.6648 2.95e-01 0.220 0.084 0.000 0.180 0.516 0.000
#> SRR1404123 6 0.2562 4.34e-01 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR656934 3 0.6100 2.11e-01 0.352 0.000 0.364 0.000 0.284 0.000
#> SRR1339029 6 0.0000 5.35e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821525 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 5 0.5618 7.74e-02 0.000 0.152 0.000 0.000 0.480 0.368
#> SRR1391376 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395699 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.2046 8.24e-01 0.908 0.032 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR603620 6 0.5818 -6.89e-02 0.000 0.228 0.000 0.280 0.000 0.492
#> SRR604677 3 0.4456 5.76e-01 0.020 0.004 0.520 0.000 0.456 0.000
#> SRR603800 6 0.3868 -9.53e-02 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR602058 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817488 6 0.3868 -9.53e-02 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR655601 6 0.3869 -3.24e-01 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1434821 2 0.3854 1.11e-01 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1349166 2 0.2003 3.15e-01 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR615129 6 0.4992 -2.60e-02 0.000 0.460 0.000 0.000 0.068 0.472
#> SRR607586 2 0.3869 7.65e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR602680 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1411070 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663038 6 0.0146 5.35e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1489416 6 0.0146 5.35e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1479155 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.4325 5.79e-01 0.020 0.000 0.524 0.000 0.456 0.000
#> SRR1434048 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR2184865 4 0.3838 3.80e-01 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR2170135 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1335513 6 0.2003 4.55e-01 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1370216 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662954 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375738 3 0.4325 5.79e-01 0.020 0.000 0.524 0.000 0.456 0.000
#> SRR1356577 4 0.4199 2.90e-01 0.380 0.000 0.000 0.600 0.020 0.000
#> SRR1073119 3 0.5644 4.80e-01 0.188 0.000 0.524 0.000 0.288 0.000
#> SRR663549 3 0.5034 5.16e-01 0.072 0.000 0.472 0.000 0.456 0.000
#> SRR1478015 6 0.3868 -9.53e-02 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR600632 6 0.0146 5.35e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR811866 5 0.5468 -1.74e-01 0.396 0.032 0.056 0.000 0.516 0.000
#> SRR1401101 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1477797 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402986 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR658897 6 0.4992 -2.83e-02 0.000 0.464 0.000 0.000 0.068 0.468
#> SRR1419869 3 0.1387 6.71e-01 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR601723 4 0.5893 2.00e-01 0.000 0.000 0.000 0.424 0.372 0.204
#> SRR1384115 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1476927 6 0.0146 5.35e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1387769 3 0.4325 5.79e-01 0.020 0.000 0.524 0.000 0.456 0.000
#> SRR1322595 5 0.5516 2.10e-01 0.356 0.140 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR1370423 3 0.5191 -1.92e-01 0.000 0.088 0.456 0.000 0.456 0.000
#> SRR1314976 1 0.3747 3.52e-01 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR1319560 6 0.5598 6.97e-02 0.000 0.356 0.000 0.152 0.000 0.492
#> SRR1352683 5 0.4778 4.49e-01 0.200 0.116 0.004 0.000 0.680 0.000
#> SRR1473800 1 0.0790 8.32e-01 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1326384 5 0.5239 -4.40e-01 0.004 0.080 0.440 0.000 0.476 0.000
#> SRR1360807 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332544 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.3727 4.20e-01 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR809296 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657927 1 0.5076 1.89e-01 0.476 0.004 0.064 0.000 0.456 0.000
#> SRR1440682 6 0.2135 4.89e-01 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1454415 2 0.2996 2.37e-01 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1419131 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.2487 8.13e-01 0.876 0.032 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1473340 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1323382 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1480697 5 0.5169 4.00e-01 0.144 0.084 0.072 0.000 0.700 0.000
#> SRR1321808 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1382756 5 0.5645 4.55e-02 0.000 0.152 0.000 0.000 0.456 0.392
#> SRR1312558 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1417088 6 0.2006 4.80e-01 0.000 0.004 0.000 0.104 0.000 0.892
#> SRR1433027 6 0.0713 5.25e-01 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR662257 2 0.6413 -1.80e-01 0.000 0.432 0.000 0.040 0.156 0.372
#> SRR600417 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812493 4 0.5153 3.48e-02 0.000 0.084 0.000 0.460 0.456 0.000
#> SRR612743 3 0.5190 5.01e-01 0.088 0.000 0.464 0.000 0.448 0.000
#> SRR1361345 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR600584 6 0.0146 5.34e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1310520 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.5228 1.33e-01 0.000 0.524 0.000 0.100 0.000 0.376
#> SRR654838 2 0.3868 8.68e-02 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1376694 1 0.3151 6.15e-01 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 6 0.4992 -2.60e-02 0.000 0.460 0.000 0.000 0.068 0.472
#> SRR1366837 3 0.5624 4.84e-01 0.180 0.000 0.524 0.000 0.296 0.000
#> SRR1467479 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1459055 1 0.1649 8.29e-01 0.932 0.032 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1471050 6 0.3869 -9.97e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR603004 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR814703 6 0.3126 3.56e-01 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR661937 6 0.0458 5.31e-01 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR614359 1 0.2793 6.42e-01 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 5 0.5795 7.05e-02 0.000 0.184 0.000 0.000 0.452 0.364
#> SRR1389084 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1344400 6 0.0363 5.34e-01 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1414290 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1413644 2 0.2003 3.15e-01 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1098998 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1099286 1 0.4079 6.02e-01 0.680 0.032 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR2166570 6 0.3627 3.52e-01 0.004 0.020 0.000 0.000 0.224 0.752
#> SRR601445 1 0.4020 6.47e-01 0.692 0.032 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1439719 6 0.3868 -9.53e-02 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1377026 6 0.3986 -2.44e-01 0.000 0.004 0.000 0.464 0.000 0.532
#> SRR1327386 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR654826 6 0.0000 5.35e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460433 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469345 1 0.3868 2.25e-01 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.3847 1.29e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR662966 3 0.4250 5.82e-01 0.016 0.000 0.528 0.000 0.456 0.000
#> SRR1339175 1 0.3857 2.84e-01 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1434671 2 0.2003 3.15e-01 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR660800 6 0.2697 4.14e-01 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1465543 2 0.2003 3.15e-01 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1342023 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0260 8.34e-01 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1072150 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1442822 1 0.0790 8.32e-01 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1364658 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1442778 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627464 6 0.1745 5.06e-01 0.000 0.000 0.000 0.056 0.020 0.924
#> SRR1409193 1 0.1789 8.28e-01 0.924 0.032 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2168286 4 0.3868 3.04e-01 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR615539 6 0.0146 5.35e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR663623 3 0.3847 5.91e-01 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1471989 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468828 6 0.0146 5.35e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1381934 1 0.2962 7.55e-01 0.848 0.000 0.068 0.000 0.084 0.000
#> SRR1471098 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.6047 -1.78e-02 0.416 0.000 0.300 0.000 0.284 0.000
#> SRR2166874 6 0.6489 -1.64e-01 0.000 0.208 0.000 0.320 0.032 0.440
#> SRR821302 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.3868 -1.37e-01 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR661601 2 0.2135 3.13e-01 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1446546 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1419784 3 0.4253 5.75e-01 0.000 0.016 0.524 0.000 0.460 0.000
#> SRR1357233 2 0.5075 -2.55e-01 0.000 0.468 0.000 0.076 0.456 0.000
#> SRR1441889 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1324250 2 0.4080 -1.67e-01 0.000 0.536 0.000 0.000 0.456 0.008
#> SRR1442862 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR662474 4 0.3868 3.04e-01 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1416226 5 0.5554 -4.46e-01 0.136 0.000 0.408 0.000 0.456 0.000
#> SRR1417404 4 0.3319 6.31e-01 0.164 0.000 0.000 0.800 0.036 0.000
#> SRR665466 6 0.0547 5.30e-01 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR658849 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.5075 -2.30e-01 0.000 0.468 0.000 0.000 0.456 0.076
#> SRR1408136 1 0.1649 8.29e-01 0.932 0.032 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1489995 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1374092 5 0.5262 -1.77e-01 0.448 0.000 0.096 0.000 0.456 0.000
#> SRR1488429 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.5365 1.47e-01 0.560 0.116 0.000 0.000 0.320 0.004
#> SRR817004 2 0.3934 2.52e-01 0.000 0.708 0.000 0.000 0.032 0.260
#> SRR1429660 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR604390 5 0.4719 2.73e-01 0.000 0.084 0.272 0.000 0.644 0.000
#> SRR614936 6 0.0146 5.35e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1365938 6 0.4992 -2.83e-02 0.000 0.464 0.000 0.000 0.068 0.468
#> SRR1437324 1 0.1649 8.29e-01 0.932 0.032 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR613414 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660414 6 0.4263 2.96e-01 0.016 0.024 0.004 0.000 0.244 0.712
#> SRR1452185 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.3991 5.79e-01 0.004 0.000 0.524 0.000 0.472 0.000
#> SRR1398036 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436674 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.3862 5.78e-01 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR608630 4 0.2046 7.74e-01 0.000 0.032 0.000 0.908 0.060 0.000
#> SRR655625 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599059 2 0.3868 8.05e-02 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR615189 2 0.5822 1.16e-01 0.000 0.492 0.000 0.276 0.000 0.232
#> SRR1466889 2 0.2092 3.11e-01 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1084602 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.0458 8.35e-01 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1385300 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 6 0.2597 4.23e-01 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR820596 1 0.4377 5.63e-01 0.688 0.000 0.068 0.000 0.244 0.000
#> SRR1318118 5 0.4534 -2.84e-01 0.476 0.032 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1480766 6 0.0547 5.29e-01 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1406539 1 0.3352 7.55e-01 0.792 0.032 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1341833 2 0.3266 2.58e-01 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1441826 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR661517 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607166 6 0.3868 -9.88e-02 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR809065 6 0.0547 5.30e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1415872 2 0.2793 2.75e-01 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1415463 3 0.3126 6.62e-01 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1381161 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442231 6 0.2688 4.81e-01 0.000 0.064 0.000 0.000 0.068 0.868
#> SRR1374696 1 0.1649 8.29e-01 0.932 0.032 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1451988 5 0.6489 2.05e-01 0.000 0.080 0.392 0.000 0.428 0.100
#> SRR660555 1 0.3330 5.70e-01 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.1720 8.30e-01 0.928 0.032 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR663344 2 0.3971 -1.51e-01 0.000 0.548 0.000 0.000 0.448 0.004
#> SRR1472462 6 0.2135 4.62e-01 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1406176 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR656886 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1498337 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613066 3 0.0260 7.33e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1309490 1 0.2631 7.05e-01 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR602492 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447347 1 0.1387 8.10e-01 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 6 0.3266 3.34e-01 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR627459 5 0.3971 -1.29e-01 0.000 0.000 0.000 0.448 0.548 0.004
#> SRR1434332 6 0.1387 5.00e-01 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1070358 4 0.4057 3.49e-01 0.000 0.388 0.000 0.600 0.012 0.000
#> SRR1345936 4 0.5153 3.48e-02 0.000 0.084 0.000 0.460 0.456 0.000
#> SRR665658 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1321351 6 0.0000 5.35e-01 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.2048 3.15e-01 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1373903 6 0.0146 5.35e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR657396 6 0.5575 1.10e-01 0.000 0.304 0.000 0.168 0.000 0.528
#> SRR660981 6 0.0146 5.35e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR818499 1 0.3857 2.84e-01 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1376316 1 0.1649 8.29e-01 0.932 0.032 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1323723 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1476719 1 0.1649 8.29e-01 0.932 0.032 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1403478 2 0.3330 2.56e-01 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1095695 3 0.1714 7.13e-01 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1352391 1 0.5326 4.95e-01 0.632 0.020 0.000 0.112 0.236 0.000
#> SRR1498813 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627437 5 0.4723 1.66e-01 0.000 0.064 0.000 0.296 0.636 0.004
#> SRR2185097 1 0.3740 7.03e-01 0.740 0.032 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR817166 5 0.5267 4.03e-01 0.140 0.088 0.068 0.004 0.700 0.000
#> SRR1091670 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR603776 3 0.4253 5.79e-01 0.016 0.000 0.524 0.000 0.460 0.000
#> SRR1479640 6 0.3955 2.16e-01 0.000 0.384 0.000 0.000 0.008 0.608
#> SRR660152 3 0.3101 6.63e-01 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1074769 6 0.3867 -8.39e-02 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR656153 6 0.3499 2.89e-01 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1392502 3 0.3948 4.70e-01 0.064 0.000 0.748 0.000 0.188 0.000
#> SRR1359609 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR601925 2 0.3864 9.55e-02 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR2165182 6 0.2454 4.64e-01 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR608542 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655064 4 0.1204 8.09e-01 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1432430 3 0.3847 5.91e-01 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR808472 6 0.5759 -1.75e-01 0.000 0.088 0.000 0.360 0.032 0.520
#> SRR1414958 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598484 5 0.5741 4.84e-02 0.000 0.172 0.000 0.000 0.456 0.372
#> SRR612755 5 0.4849 -2.73e-01 0.476 0.032 0.012 0.000 0.480 0.000
#> SRR1365808 1 0.0790 8.32e-01 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1391724 5 0.1387 3.45e-01 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1322373 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1359099 2 0.3592 2.11e-01 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR607279 6 0.3828 9.51e-06 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR810461 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR627427 1 0.5060 3.69e-01 0.504 0.064 0.000 0.000 0.428 0.004
#> SRR612887 6 0.3852 2.36e-01 0.000 0.384 0.000 0.004 0.000 0.612
#> SRR809807 2 0.3993 -1.81e-01 0.000 0.520 0.000 0.000 0.476 0.004
#> SRR663112 2 0.4830 -2.00e-01 0.000 0.496 0.044 0.000 0.456 0.004
#> SRR1346933 5 0.6553 1.33e-02 0.064 0.132 0.000 0.376 0.428 0.000
#> SRR1487910 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR603092 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417680 6 0.0146 5.35e-01 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1383785 1 0.0935 8.26e-01 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR1070015 2 0.2454 3.05e-01 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1466222 5 0.5623 7.32e-02 0.000 0.152 0.000 0.000 0.476 0.372
#> SRR1416119 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819318 1 0.4534 3.34e-01 0.496 0.032 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR608288 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR811121 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR613138 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR810483 3 0.4250 5.82e-01 0.016 0.000 0.528 0.000 0.456 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.3563 4.03e-01 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406685 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467500 4 0.0713 8.33e-01 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1308504 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.3993 5.76e-01 0.000 0.004 0.520 0.000 0.476 0.000
#> SRR1312522 3 0.1910 7.09e-01 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1490486 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1325888 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 6 0.3620 2.54e-01 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1084766 4 0.0000 8.53e-01 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.3869 7.79e-02 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1336636 3 0.4325 5.79e-01 0.020 0.000 0.524 0.000 0.456 0.000
#> SRR1347795 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601900 2 0.3868 8.28e-02 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1330989 6 0.2436 4.58e-01 0.000 0.088 0.000 0.000 0.032 0.880
#> SRR658445 2 0.3847 -1.59e-01 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1368754 3 0.5688 4.53e-01 0.212 0.000 0.524 0.000 0.264 0.000
#> SRR1460001 6 0.3869 -1.01e-01 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1414934 1 0.2164 8.21e-01 0.900 0.032 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1326249 3 0.0000 7.34e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 8.35e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0146 7.33e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1321528 1 0.3978 6.56e-01 0.700 0.032 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR627447 3 0.4325 5.79e-01 0.020 0.000 0.524 0.000 0.456 0.000
#> SRR612239 4 0.2255 7.94e-01 0.028 0.020 0.000 0.912 0.036 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.665 0.913 0.952 0.4252 0.590 0.590
#> 3 3 0.775 0.856 0.923 0.4916 0.752 0.590
#> 4 4 0.797 0.902 0.909 0.1539 0.787 0.490
#> 5 5 0.601 0.524 0.719 0.0442 0.901 0.657
#> 6 6 0.665 0.716 0.799 0.0471 0.873 0.522
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR603858 1 0.5059 0.8876 0.888 0.112
#> SRR817070 1 0.8861 0.6683 0.696 0.304
#> SRR1486995 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1081283 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1481036 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1396967 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR665429 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1388025 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR600784 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR600900 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR601477 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.4815 0.8916 0.896 0.104
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR657659 1 0.8267 0.7372 0.740 0.260
#> SRR663573 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR603188 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR627457 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1099546 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1470580 1 0.0938 0.9326 0.988 0.012
#> SRR1444063 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1355578 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.4022 0.9032 0.920 0.080
#> SRR1404123 1 0.9896 0.3601 0.560 0.440
#> SRR656934 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR821525 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1338124 1 0.4939 0.8896 0.892 0.108
#> SRR1391376 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR661842 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1395699 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR603620 1 0.7528 0.7951 0.784 0.216
#> SRR604677 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR602058 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR817488 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR655601 1 0.6438 0.8512 0.836 0.164
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR615129 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR607586 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1411070 1 0.6247 0.8587 0.844 0.156
#> SRR663038 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR2184865 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.8608 0.5460 0.284 0.716
#> SRR1370216 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR662954 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1375738 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.2423 0.9370 0.040 0.960
#> SRR600632 1 0.8327 0.7312 0.736 0.264
#> SRR811866 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1477797 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR601723 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1384115 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1370423 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1314976 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1319560 1 0.7745 0.7802 0.772 0.228
#> SRR1352683 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1360807 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1332544 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.9944 0.0273 0.456 0.544
#> SRR809296 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1419131 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1404293 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1382756 1 0.6887 0.8329 0.816 0.184
#> SRR1312558 2 0.3274 0.9141 0.060 0.940
#> SRR1417088 1 0.8443 0.7191 0.728 0.272
#> SRR1433027 1 0.8443 0.7193 0.728 0.272
#> SRR662257 1 0.8081 0.7536 0.752 0.248
#> SRR600417 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR812493 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR612743 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR600584 1 0.8443 0.7207 0.728 0.272
#> SRR1310520 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1395595 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1334074 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR654838 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1366837 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR603004 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR814703 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.8207 0.6087 0.256 0.744
#> SRR614359 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1337624 1 0.6048 0.8657 0.852 0.148
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR2166570 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1439719 1 0.8763 0.6809 0.704 0.296
#> SRR1377026 1 0.8763 0.6808 0.704 0.296
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1460433 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1469345 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1098074 1 0.7139 0.8201 0.804 0.196
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1086728 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR627464 1 0.0376 0.9357 0.996 0.004
#> SRR1409193 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR2168286 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR615539 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR663623 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1471989 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1468828 1 0.8555 0.7071 0.720 0.280
#> SRR1381934 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR2166874 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR821302 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1446546 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1419784 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1357233 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1324250 1 0.7453 0.8019 0.788 0.212
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR662474 1 0.8443 0.7192 0.728 0.272
#> SRR1416226 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1417404 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1460025 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1488429 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR817004 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR604390 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR614936 1 0.6148 0.8622 0.848 0.152
#> SRR1365938 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR613414 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR660414 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1398036 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR603750 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR608630 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR655625 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR599059 1 0.3584 0.9088 0.932 0.068
#> SRR615189 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1084602 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1385300 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1441826 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR665217 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR607166 1 0.8555 0.7087 0.720 0.280
#> SRR809065 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1415872 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1381161 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1442231 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1374696 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1451988 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1406176 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR656886 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1498337 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR613066 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR602492 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1447347 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR627459 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1070358 1 0.8861 0.6683 0.696 0.304
#> SRR1345936 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR665658 1 0.7376 0.8045 0.792 0.208
#> SRR1321351 1 0.9044 0.6394 0.680 0.320
#> SRR657880 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.9983 -0.0816 0.476 0.524
#> SRR657396 1 0.7453 0.7999 0.788 0.212
#> SRR660981 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1498813 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR627437 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR2185097 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR817166 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR601925 1 0.9608 0.5053 0.616 0.384
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR608542 1 0.7674 0.7852 0.776 0.224
#> SRR655064 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1432430 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR808472 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1414958 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR598484 1 0.9286 0.5920 0.656 0.344
#> SRR612755 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1322373 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR809807 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR663112 1 0.2948 0.9159 0.948 0.052
#> SRR1346933 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR603092 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1466222 1 0.0376 0.9357 0.996 0.004
#> SRR1416119 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR810483 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR601311 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1406685 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1467500 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1312522 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.9460 0.3445 0.364 0.636
#> SRR1084766 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1330989 1 0.5842 0.8724 0.860 0.140
#> SRR658445 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
#> SRR612239 1 0.0000 0.9373 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR603858 3 0.5926 0.4033 0.356 0.000 0.644
#> SRR817070 3 0.4346 0.7502 0.000 0.184 0.816
#> SRR1486995 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR813043 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 1 0.4555 0.7954 0.800 0.000 0.200
#> SRR662031 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1081283 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1481036 1 0.3482 0.8673 0.872 0.000 0.128
#> SRR1434009 2 0.2165 0.9125 0.000 0.936 0.064
#> SRR1376676 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1396967 2 0.6026 0.4803 0.000 0.624 0.376
#> SRR665429 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR600784 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR657611 1 0.1529 0.9140 0.960 0.000 0.040
#> SRR1333659 2 0.2261 0.9103 0.000 0.932 0.068
#> SRR1323896 2 0.1753 0.9185 0.000 0.952 0.048
#> SRR1453971 1 0.2066 0.9036 0.940 0.000 0.060
#> SRR1421010 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1334490 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR1309468 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1468637 3 0.3267 0.8258 0.116 0.000 0.884
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 1 0.3412 0.8704 0.876 0.000 0.124
#> SRR607863 2 0.1529 0.9211 0.000 0.960 0.040
#> SRR1475524 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1405504 2 0.1964 0.9140 0.000 0.944 0.056
#> SRR615695 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR600900 1 0.8754 0.2559 0.508 0.116 0.376
#> SRR601477 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.2261 0.9059 0.000 0.932 0.068
#> SRR1362713 1 0.4796 0.7567 0.780 0.000 0.220
#> SRR1431385 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 1 0.3340 0.8735 0.880 0.000 0.120
#> SRR1357210 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR657659 3 0.1491 0.8975 0.016 0.016 0.968
#> SRR663573 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR603188 2 0.2448 0.9039 0.000 0.924 0.076
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 3 0.6008 0.3989 0.372 0.000 0.628
#> SRR1367654 2 0.2165 0.9125 0.000 0.936 0.064
#> SRR1488410 1 0.1643 0.9142 0.956 0.000 0.044
#> SRR1457750 3 0.2261 0.8594 0.068 0.000 0.932
#> SRR1099546 1 0.0000 0.9161 1.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.2165 0.9125 0.000 0.936 0.064
#> SRR612791 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1470580 1 0.5650 0.6284 0.688 0.000 0.312
#> SRR1444063 1 0.8135 0.0947 0.484 0.068 0.448
#> SRR1355578 1 0.1753 0.9132 0.952 0.000 0.048
#> SRR1429203 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR599154 2 0.2959 0.8891 0.000 0.900 0.100
#> SRR814244 1 0.4178 0.8123 0.828 0.000 0.172
#> SRR1404123 3 0.4452 0.7521 0.000 0.192 0.808
#> SRR656934 1 0.3482 0.8673 0.872 0.000 0.128
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1443677 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1406330 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1338124 1 0.5621 0.6356 0.692 0.000 0.308
#> SRR1391376 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR661842 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1395699 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR1312209 1 0.1411 0.9139 0.964 0.000 0.036
#> SRR1359469 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR658885 1 0.1163 0.9153 0.972 0.000 0.028
#> SRR1414578 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR603620 3 0.1337 0.8982 0.016 0.012 0.972
#> SRR604677 1 0.0892 0.9175 0.980 0.000 0.020
#> SRR603800 2 0.2711 0.8952 0.000 0.912 0.088
#> SRR602058 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR817488 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1434821 2 0.1031 0.9284 0.000 0.976 0.024
#> SRR1349166 2 0.1860 0.9183 0.000 0.948 0.052
#> SRR615129 3 0.2448 0.8526 0.076 0.000 0.924
#> SRR607586 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR663038 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.2448 0.9012 0.000 0.924 0.076
#> SRR1479155 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR662162 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1374567 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR2170135 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR615551 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.5431 0.6650 0.000 0.716 0.284
#> SRR1370216 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR662954 3 0.1170 0.8965 0.016 0.008 0.976
#> SRR1375738 1 0.3192 0.8788 0.888 0.000 0.112
#> SRR1356577 3 0.6192 0.2407 0.420 0.000 0.580
#> SRR1073119 1 0.0424 0.9180 0.992 0.000 0.008
#> SRR663549 1 0.1643 0.9129 0.956 0.000 0.044
#> SRR1478015 2 0.4796 0.7559 0.000 0.780 0.220
#> SRR600632 3 0.2492 0.8795 0.016 0.048 0.936
#> SRR811866 1 0.2356 0.9025 0.928 0.000 0.072
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477797 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 3 0.6062 0.3692 0.384 0.000 0.616
#> SRR1419869 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR1490700 1 0.6308 0.0401 0.508 0.000 0.492
#> SRR601723 1 0.6111 0.4567 0.604 0.000 0.396
#> SRR1384115 1 0.6737 0.4564 0.600 0.016 0.384
#> SRR1476927 2 0.2448 0.9012 0.000 0.924 0.076
#> SRR1387769 1 0.2796 0.8917 0.908 0.000 0.092
#> SRR1322595 1 0.3116 0.8834 0.892 0.000 0.108
#> SRR1370423 1 0.3267 0.8759 0.884 0.000 0.116
#> SRR1314976 3 0.6299 0.0176 0.476 0.000 0.524
#> SRR1319560 3 0.1491 0.8975 0.016 0.016 0.968
#> SRR1352683 1 0.3482 0.8673 0.872 0.000 0.128
#> SRR1473800 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1326384 1 0.3482 0.8673 0.872 0.000 0.128
#> SRR1360807 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1332544 1 0.0424 0.9160 0.992 0.000 0.008
#> SRR598695 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR807824 2 0.7180 0.6016 0.060 0.672 0.268
#> SRR809296 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR657927 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR1440682 3 0.6008 0.4236 0.000 0.372 0.628
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1404293 1 0.1753 0.9132 0.952 0.000 0.048
#> SRR1473340 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR1345563 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 1 0.3482 0.8673 0.872 0.000 0.128
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.5988 0.4954 0.000 0.632 0.368
#> SRR1312558 2 0.5241 0.8247 0.048 0.820 0.132
#> SRR1417088 3 0.0747 0.9028 0.000 0.016 0.984
#> SRR1433027 3 0.1647 0.8917 0.004 0.036 0.960
#> SRR662257 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR600417 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR812493 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR612743 1 0.2796 0.8921 0.908 0.000 0.092
#> SRR1361345 1 0.1753 0.9132 0.952 0.000 0.048
#> SRR600584 3 0.3192 0.8287 0.000 0.112 0.888
#> SRR1310520 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1395595 1 0.2261 0.9021 0.932 0.000 0.068
#> SRR1334074 1 0.6713 0.3823 0.572 0.012 0.416
#> SRR654838 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1433841 3 0.5319 0.7983 0.072 0.104 0.824
#> SRR1366837 1 0.2165 0.9055 0.936 0.000 0.064
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.6008 0.4869 0.000 0.628 0.372
#> SRR814703 2 0.2261 0.9105 0.000 0.932 0.068
#> SRR661937 2 0.4555 0.7772 0.000 0.800 0.200
#> SRR614359 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1071568 2 0.3340 0.8663 0.000 0.880 0.120
#> SRR1389084 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337624 3 0.1337 0.8982 0.016 0.012 0.972
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.2165 0.9125 0.000 0.936 0.064
#> SRR1098998 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1481279 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1315103 1 0.1411 0.9139 0.964 0.000 0.036
#> SRR1099286 1 0.1753 0.9131 0.952 0.000 0.048
#> SRR2166570 1 0.5098 0.7343 0.752 0.000 0.248
#> SRR601445 1 0.1031 0.9169 0.976 0.000 0.024
#> SRR1439719 3 0.1031 0.8990 0.000 0.024 0.976
#> SRR1377026 3 0.1964 0.8763 0.000 0.056 0.944
#> SRR1327386 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR654826 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1469345 1 0.0424 0.9167 0.992 0.000 0.008
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1339175 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.2066 0.9146 0.000 0.940 0.060
#> SRR660800 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.2711 0.8977 0.000 0.912 0.088
#> SRR1342023 1 0.1163 0.9169 0.972 0.000 0.028
#> SRR1335670 1 0.1411 0.9151 0.964 0.000 0.036
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1364658 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR1098074 3 0.9976 0.1580 0.316 0.316 0.368
#> SRR1442778 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1086728 1 0.3482 0.8679 0.872 0.000 0.128
#> SRR627464 3 0.4842 0.6904 0.224 0.000 0.776
#> SRR1409193 1 0.2537 0.8990 0.920 0.000 0.080
#> SRR2168286 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR615539 2 0.2066 0.9108 0.000 0.940 0.060
#> SRR663623 1 0.3340 0.8735 0.880 0.000 0.120
#> SRR1471989 1 0.1860 0.9092 0.948 0.000 0.052
#> SRR1468828 3 0.3879 0.7913 0.000 0.152 0.848
#> SRR1381934 1 0.2165 0.9055 0.936 0.000 0.064
#> SRR1471098 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR1314749 1 0.1964 0.9089 0.944 0.000 0.056
#> SRR2166874 3 0.1337 0.8982 0.016 0.012 0.972
#> SRR821302 1 0.1289 0.9159 0.968 0.000 0.032
#> SRR1435066 2 0.2165 0.9125 0.000 0.936 0.064
#> SRR661601 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 1 0.8573 0.2944 0.524 0.104 0.372
#> SRR1419784 1 0.3551 0.8645 0.868 0.000 0.132
#> SRR1357233 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1441889 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1413940 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR1324250 2 0.5497 0.6207 0.000 0.708 0.292
#> SRR1442862 2 0.2356 0.9078 0.000 0.928 0.072
#> SRR662474 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1416226 1 0.3340 0.8735 0.880 0.000 0.120
#> SRR1417404 3 0.6111 0.3129 0.396 0.000 0.604
#> SRR665466 2 0.3340 0.8684 0.000 0.880 0.120
#> SRR658849 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR1460025 1 0.8754 0.2559 0.508 0.116 0.376
#> SRR1408136 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1489995 2 0.0237 0.9336 0.000 0.996 0.004
#> SRR1374092 1 0.3412 0.8705 0.876 0.000 0.124
#> SRR1488429 1 0.3116 0.8811 0.892 0.000 0.108
#> SRR1087559 1 0.4887 0.7541 0.772 0.000 0.228
#> SRR817004 1 0.5465 0.6612 0.712 0.000 0.288
#> SRR1429660 2 0.2165 0.9125 0.000 0.936 0.064
#> SRR604390 1 0.3551 0.8642 0.868 0.000 0.132
#> SRR614936 3 0.1337 0.8982 0.016 0.012 0.972
#> SRR1365938 3 0.2261 0.8590 0.068 0.000 0.932
#> SRR1437324 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR613414 3 0.1015 0.9018 0.008 0.012 0.980
#> SRR660414 1 0.4291 0.8193 0.820 0.000 0.180
#> SRR1452185 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1347020 1 0.0892 0.9174 0.980 0.000 0.020
#> SRR1398036 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1436674 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR603750 1 0.3340 0.8735 0.880 0.000 0.120
#> SRR608630 3 0.1337 0.8982 0.016 0.012 0.972
#> SRR655625 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR599059 1 0.5650 0.6284 0.688 0.000 0.312
#> SRR615189 3 0.1337 0.8982 0.016 0.012 0.972
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084602 3 0.0592 0.8966 0.012 0.000 0.988
#> SRR1335422 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1356805 2 0.1860 0.9183 0.000 0.948 0.052
#> SRR1385300 1 0.3038 0.8861 0.896 0.000 0.104
#> SRR654814 1 0.0747 0.9178 0.984 0.000 0.016
#> SRR658385 2 0.1964 0.9166 0.000 0.944 0.056
#> SRR820596 1 0.2356 0.9026 0.928 0.000 0.072
#> SRR1318118 1 0.1753 0.9119 0.952 0.000 0.048
#> SRR1480766 2 0.0747 0.9304 0.000 0.984 0.016
#> SRR1406539 1 0.1529 0.9152 0.960 0.000 0.040
#> SRR1341833 2 0.1529 0.9231 0.000 0.960 0.040
#> SRR1441826 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1448051 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1326752 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR665217 1 0.1964 0.9077 0.944 0.000 0.056
#> SRR819186 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR607166 2 0.5497 0.6366 0.000 0.708 0.292
#> SRR809065 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1415872 2 0.3816 0.8395 0.000 0.852 0.148
#> SRR1415463 1 0.2625 0.8963 0.916 0.000 0.084
#> SRR1381161 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1442231 3 0.1289 0.8822 0.032 0.000 0.968
#> SRR1374696 1 0.3267 0.8768 0.884 0.000 0.116
#> SRR1451988 1 0.4346 0.8138 0.816 0.000 0.184
#> SRR660555 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR657801 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR663344 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 1 0.5291 0.7002 0.732 0.000 0.268
#> SRR656886 1 0.8586 0.2825 0.520 0.104 0.376
#> SRR1498337 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR613066 1 0.0000 0.9161 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR602492 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1447347 1 0.0424 0.9160 0.992 0.000 0.008
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 1 0.5497 0.6657 0.708 0.000 0.292
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 3 0.3816 0.7856 0.000 0.148 0.852
#> SRR1345936 3 0.6026 0.3069 0.376 0.000 0.624
#> SRR665658 3 0.2703 0.8753 0.016 0.056 0.928
#> SRR1321351 3 0.4452 0.7407 0.000 0.192 0.808
#> SRR657880 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 3 0.5595 0.6962 0.016 0.228 0.756
#> SRR657396 3 0.1491 0.8975 0.016 0.016 0.968
#> SRR660981 2 0.2066 0.9110 0.000 0.940 0.060
#> SRR818499 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR819658 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1323723 2 0.2711 0.8977 0.000 0.912 0.088
#> SRR1476719 1 0.1753 0.9119 0.952 0.000 0.048
#> SRR1403478 2 0.2165 0.9125 0.000 0.936 0.064
#> SRR1095695 1 0.1031 0.9164 0.976 0.000 0.024
#> SRR1352391 1 0.3752 0.8542 0.856 0.000 0.144
#> SRR1498813 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR627437 1 0.5529 0.6590 0.704 0.000 0.296
#> SRR2185097 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR817166 1 0.3482 0.8673 0.872 0.000 0.128
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 1 0.1529 0.9141 0.960 0.000 0.040
#> SRR1479640 2 0.3752 0.8455 0.000 0.856 0.144
#> SRR660152 1 0.0000 0.9161 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 1 0.2066 0.9070 0.940 0.000 0.060
#> SRR1359609 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR601925 2 0.4931 0.7345 0.000 0.768 0.232
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR608542 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR655064 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1432430 1 0.2537 0.8967 0.920 0.000 0.080
#> SRR808472 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1414958 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR598484 2 0.5733 0.5933 0.000 0.676 0.324
#> SRR612755 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR1365808 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1391724 1 0.3879 0.8470 0.848 0.000 0.152
#> SRR1322373 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.2165 0.9125 0.000 0.936 0.064
#> SRR607279 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.3116 0.8841 0.892 0.000 0.108
#> SRR612887 2 0.3686 0.8482 0.000 0.860 0.140
#> SRR809807 1 0.7876 0.5063 0.612 0.080 0.308
#> SRR663112 1 0.5926 0.5442 0.644 0.000 0.356
#> SRR1346933 3 0.1289 0.8822 0.032 0.000 0.968
#> SRR1487910 1 0.1643 0.9142 0.956 0.000 0.044
#> SRR603092 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1417680 2 0.3192 0.8746 0.000 0.888 0.112
#> SRR1383785 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1070015 2 0.2796 0.8945 0.000 0.908 0.092
#> SRR1466222 1 0.5254 0.7088 0.736 0.000 0.264
#> SRR1416119 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR819318 1 0.1031 0.9171 0.976 0.000 0.024
#> SRR608288 2 0.2796 0.8952 0.000 0.908 0.092
#> SRR811121 2 0.4002 0.8337 0.000 0.840 0.160
#> SRR613138 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 1 0.1411 0.9149 0.964 0.000 0.036
#> SRR607839 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337031 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR601311 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1406685 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1467500 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1308504 1 0.0747 0.9165 0.984 0.000 0.016
#> SRR1312865 1 0.3267 0.8759 0.884 0.000 0.116
#> SRR1312522 1 0.2165 0.9030 0.936 0.000 0.064
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325888 1 0.1289 0.9150 0.968 0.000 0.032
#> SRR1472885 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1098785 3 0.3116 0.8352 0.000 0.108 0.892
#> SRR1084766 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.1411 0.9151 0.964 0.000 0.036
#> SRR1347795 1 0.0000 0.9161 1.000 0.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0424 0.9330 0.000 0.992 0.008
#> SRR1330989 3 0.0592 0.9045 0.000 0.012 0.988
#> SRR658445 2 0.3038 0.8862 0.000 0.896 0.104
#> SRR1368754 1 0.0424 0.9167 0.992 0.000 0.008
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9346 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1326249 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR614948 1 0.0592 0.9157 0.988 0.000 0.012
#> SRR1472952 1 0.0747 0.9162 0.984 0.000 0.016
#> SRR1321528 1 0.1860 0.9121 0.948 0.000 0.052
#> SRR627447 1 0.0592 0.9166 0.988 0.000 0.012
#> SRR612239 3 0.5560 0.5419 0.300 0.000 0.700
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.3400 0.9584 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR603858 4 0.1975 0.9065 0.048 0.000 0.016 0.936
#> SRR817070 4 0.2466 0.8860 0.000 0.096 0.004 0.900
#> SRR1486995 3 0.3123 0.9398 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0592 0.9654 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR659037 4 0.4789 0.7224 0.172 0.000 0.056 0.772
#> SRR662031 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1081283 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481036 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1434009 2 0.2814 0.9251 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.2466 0.8852 0.000 0.096 0.004 0.900
#> SRR665429 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1388025 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600784 3 0.3400 0.9584 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR657611 1 0.1389 0.9153 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1333659 2 0.2814 0.9251 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1323896 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1453971 3 0.3266 0.9537 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1421010 1 0.0188 0.9316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334490 3 0.3400 0.9586 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1309468 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1468637 4 0.2522 0.8906 0.076 0.000 0.016 0.908
#> SRR1365489 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR627445 3 0.3311 0.9558 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.0188 0.9316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405504 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR615695 1 0.0336 0.9307 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR600900 4 0.3181 0.8929 0.004 0.064 0.044 0.888
#> SRR601477 2 0.0592 0.9654 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1487215 2 0.0336 0.9663 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.3695 0.7381 0.828 0.000 0.016 0.156
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.3266 0.9537 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1357210 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR657659 4 0.0779 0.9167 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR663573 4 0.0921 0.9140 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR603188 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.1118 0.9619 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1310975 2 0.1211 0.9610 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR627457 4 0.4281 0.7597 0.180 0.000 0.028 0.792
#> SRR1367654 2 0.2589 0.9323 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1488410 1 0.1211 0.9223 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1457750 4 0.1610 0.9121 0.032 0.000 0.016 0.952
#> SRR1099546 3 0.3123 0.9398 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473161 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1409813 2 0.2589 0.9323 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR612791 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1470580 4 0.2919 0.8792 0.044 0.000 0.060 0.896
#> SRR1444063 4 0.3127 0.8974 0.060 0.028 0.016 0.896
#> SRR1355578 1 0.0592 0.9271 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1429203 1 0.0188 0.9316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR599154 2 0.3308 0.9245 0.000 0.872 0.092 0.036
#> SRR814244 1 0.5599 0.5453 0.664 0.000 0.048 0.288
#> SRR1404123 4 0.4456 0.6676 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR656934 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1339029 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR821525 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1406330 1 0.0592 0.9271 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1338124 4 0.2919 0.8792 0.044 0.000 0.060 0.896
#> SRR1391376 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR661842 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395699 3 0.3123 0.9398 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1312209 1 0.1118 0.9200 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1359469 1 0.0469 0.9352 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR658885 3 0.3400 0.9586 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1414578 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR603620 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR604677 1 0.1474 0.9156 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR603800 2 0.1489 0.9480 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR602058 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR817488 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR655601 4 0.0188 0.9200 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.2589 0.9323 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR615129 4 0.1488 0.9129 0.032 0.000 0.012 0.956
#> SRR607586 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.2011 0.9478 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1411070 4 0.0524 0.9184 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR663038 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1489416 2 0.0376 0.9658 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.1389 0.9153 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1374567 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR615551 2 0.1118 0.9621 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1335513 4 0.4522 0.5906 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1370216 3 0.3400 0.9582 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR662954 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1375738 3 0.3400 0.9584 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1356577 1 0.1389 0.9171 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1073119 1 0.1389 0.9153 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR663549 3 0.3400 0.9584 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1478015 4 0.5028 0.4277 0.000 0.400 0.004 0.596
#> SRR600632 4 0.0188 0.9200 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR811866 1 0.1022 0.9209 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1401101 2 0.1022 0.9630 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1477797 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 4 0.4446 0.7355 0.196 0.000 0.028 0.776
#> SRR1419869 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1490700 1 0.6028 0.3380 0.584 0.000 0.052 0.364
#> SRR601723 4 0.3088 0.8730 0.052 0.000 0.060 0.888
#> SRR1384115 4 0.2675 0.8869 0.044 0.000 0.048 0.908
#> SRR1476927 2 0.0376 0.9658 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1387769 3 0.3400 0.9584 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1322595 4 0.5911 0.6223 0.196 0.000 0.112 0.692
#> SRR1370423 3 0.3311 0.9558 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1314976 1 0.5267 0.5999 0.712 0.000 0.048 0.240
#> SRR1319560 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1352683 3 0.3311 0.9558 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.3266 0.9537 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1360807 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1332544 3 0.3400 0.9586 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR598695 1 0.4008 0.6258 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR807824 4 0.3166 0.8895 0.012 0.080 0.020 0.888
#> SRR809296 3 0.3123 0.9398 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR657927 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1440682 2 0.1118 0.9511 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1454415 2 0.0336 0.9663 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1419131 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1404293 1 0.0592 0.9271 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1473340 1 0.3873 0.6419 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1345563 1 0.0592 0.9271 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1323382 2 0.0188 0.9666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1480697 3 0.3266 0.9537 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1321808 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1382756 4 0.2773 0.8697 0.000 0.116 0.004 0.880
#> SRR1312558 2 0.3836 0.8130 0.000 0.816 0.016 0.168
#> SRR1417088 4 0.0779 0.9167 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1433027 4 0.1109 0.9153 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR662257 4 0.0524 0.9205 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR600417 4 0.0188 0.9198 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR812493 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR612743 1 0.2704 0.8287 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1361345 1 0.0592 0.9271 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR600584 4 0.2334 0.8896 0.000 0.088 0.004 0.908
#> SRR1310520 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395595 3 0.3266 0.9537 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1334074 4 0.3089 0.8841 0.044 0.008 0.052 0.896
#> SRR654838 2 0.0469 0.9659 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1376694 1 0.0707 0.9323 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1433841 4 0.2945 0.9006 0.032 0.052 0.012 0.904
#> SRR1366837 3 0.3486 0.9565 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1467479 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459055 1 0.0592 0.9271 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 4 0.2805 0.8810 0.000 0.100 0.012 0.888
#> SRR814703 2 0.3245 0.9184 0.000 0.880 0.056 0.064
#> SRR661937 4 0.4964 0.4936 0.000 0.380 0.004 0.616
#> SRR614359 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1071568 2 0.1256 0.9538 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR1389084 3 0.3123 0.9398 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1337624 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.1022 0.9631 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.2814 0.9251 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1098998 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481279 3 0.3528 0.9233 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1315103 1 0.1389 0.9171 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1099286 3 0.3311 0.9558 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR2166570 4 0.3959 0.8220 0.092 0.000 0.068 0.840
#> SRR601445 1 0.0188 0.9338 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1439719 4 0.1661 0.9076 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR1377026 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1327386 1 0.0592 0.9271 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR654826 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1460433 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1469345 3 0.3400 0.9586 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1421462 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR662966 3 0.3726 0.9252 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1339175 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1447736 2 0.0336 0.9663 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1434671 2 0.2814 0.9251 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR660800 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1465543 2 0.3099 0.9302 0.000 0.876 0.104 0.020
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.1022 0.9209 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1400955 2 0.0817 0.9645 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1072150 2 0.2345 0.9409 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1442822 1 0.0336 0.9348 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1364658 1 0.4907 0.0154 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1098074 4 0.3239 0.8896 0.000 0.068 0.052 0.880
#> SRR1442778 1 0.0336 0.9348 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1086728 3 0.7253 0.3555 0.152 0.000 0.484 0.364
#> SRR627464 4 0.2915 0.8807 0.080 0.000 0.028 0.892
#> SRR1409193 1 0.1389 0.9171 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2168286 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0376 0.9658 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR663623 3 0.3311 0.9558 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1471989 3 0.3266 0.9537 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1468828 4 0.1389 0.9098 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1381934 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1471098 3 0.3172 0.9434 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1314749 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR2166874 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR821302 1 0.2345 0.8615 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1435066 2 0.2814 0.9251 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR661601 2 0.0707 0.9650 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1446546 4 0.3029 0.8973 0.004 0.052 0.048 0.896
#> SRR1419784 3 0.6437 0.7057 0.168 0.000 0.648 0.184
#> SRR1357233 4 0.0336 0.9202 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1441889 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1413940 1 0.0592 0.9271 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1324250 4 0.3831 0.7938 0.000 0.204 0.004 0.792
#> SRR1442862 2 0.2814 0.9251 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR662474 4 0.0779 0.9167 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1416226 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1417404 1 0.1389 0.9171 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR665466 2 0.1398 0.9487 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR658849 3 0.3123 0.9398 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1460025 4 0.2816 0.8965 0.000 0.064 0.036 0.900
#> SRR1408136 1 0.0336 0.9348 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1489995 2 0.0188 0.9666 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1374092 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1488429 3 0.3266 0.9537 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1087559 4 0.3168 0.8696 0.056 0.000 0.060 0.884
#> SRR817004 4 0.3215 0.8889 0.076 0.016 0.020 0.888
#> SRR1429660 2 0.2814 0.9251 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR604390 3 0.3266 0.9537 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR614936 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365938 4 0.1209 0.9138 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR1437324 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR613414 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR660414 4 0.5528 0.6773 0.144 0.000 0.124 0.732
#> SRR1452185 1 0.0188 0.9337 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347020 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1398036 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1436674 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR603750 3 0.3311 0.9558 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR608630 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR655625 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599059 4 0.3081 0.8733 0.048 0.000 0.064 0.888
#> SRR615189 4 0.1022 0.9142 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1466889 2 0.0592 0.9654 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1084602 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1335422 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1356805 2 0.2589 0.9323 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1385300 4 0.6754 0.4651 0.204 0.000 0.184 0.612
#> SRR654814 1 0.1389 0.9153 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR658385 2 0.2814 0.9251 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR820596 1 0.1557 0.9092 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1318118 1 0.1389 0.9177 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1480766 2 0.0376 0.9658 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1406539 1 0.5398 0.0834 0.580 0.000 0.404 0.016
#> SRR1341833 2 0.2500 0.9403 0.000 0.916 0.040 0.044
#> SRR1441826 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0707 0.9340 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1326752 3 0.3266 0.9502 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR665217 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR819186 2 0.0376 0.9658 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR661517 3 0.3123 0.9398 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR607166 4 0.2593 0.8778 0.000 0.104 0.004 0.892
#> SRR809065 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0376 0.9667 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1415463 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1381161 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1442231 4 0.1209 0.9138 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR1374696 1 0.1637 0.9143 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1451988 3 0.3708 0.9324 0.148 0.000 0.832 0.020
#> SRR660555 1 0.0707 0.9350 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR657801 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR663344 2 0.0592 0.9654 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 4 0.5929 0.4146 0.048 0.000 0.356 0.596
#> SRR656886 4 0.3004 0.8944 0.000 0.060 0.048 0.892
#> SRR1498337 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR613066 3 0.3444 0.9572 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1309490 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR602492 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1447347 3 0.4998 0.3246 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.3245 0.8658 0.056 0.000 0.064 0.880
#> SRR1434332 2 0.0376 0.9658 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1070358 4 0.2053 0.8984 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR1345936 4 0.2300 0.8970 0.028 0.000 0.048 0.924
#> SRR665658 4 0.1022 0.9145 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1321351 4 0.2530 0.8835 0.000 0.100 0.004 0.896
#> SRR657880 2 0.0921 0.9637 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1373903 4 0.4406 0.6203 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR657396 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR660981 2 0.0376 0.9658 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR818499 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR819658 2 0.1022 0.9630 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.2530 0.9039 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1476719 1 0.1389 0.9153 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1403478 2 0.2814 0.9251 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1095695 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1352391 1 0.6915 0.3779 0.564 0.000 0.140 0.296
#> SRR1498813 4 0.0376 0.9192 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR627437 4 0.3245 0.8658 0.056 0.000 0.064 0.880
#> SRR2185097 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR817166 3 0.3266 0.9537 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1091670 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR603776 1 0.1389 0.9153 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1479640 2 0.1004 0.9571 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR660152 3 0.4477 0.7807 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1074769 2 0.2081 0.9463 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR656153 2 0.0376 0.9658 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1392502 3 0.3266 0.9537 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1359609 1 0.0592 0.9271 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR601925 4 0.4647 0.6610 0.000 0.288 0.008 0.704
#> SRR2165182 2 0.0469 0.9660 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR608542 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR655064 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432430 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR808472 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1414958 3 0.3400 0.9586 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR598484 4 0.2799 0.8759 0.000 0.108 0.008 0.884
#> SRR612755 3 0.3400 0.9584 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.3311 0.9558 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1322373 3 0.3123 0.9398 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.2814 0.9251 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR607279 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR810461 2 0.0188 0.9665 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR627427 4 0.7121 0.3347 0.216 0.000 0.220 0.564
#> SRR612887 2 0.1118 0.9511 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR809807 4 0.3363 0.8934 0.020 0.040 0.052 0.888
#> SRR663112 4 0.2996 0.8764 0.044 0.000 0.064 0.892
#> SRR1346933 4 0.1209 0.9138 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR1487910 1 0.0336 0.9307 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR603092 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0779 0.9613 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1383785 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1070015 2 0.2918 0.9304 0.000 0.876 0.116 0.008
#> SRR1466222 3 0.6077 0.0408 0.044 0.000 0.496 0.460
#> SRR1416119 3 0.3400 0.9586 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR819318 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR608288 2 0.2831 0.8834 0.000 0.876 0.004 0.120
#> SRR811121 2 0.3032 0.8736 0.000 0.868 0.008 0.124
#> SRR613138 2 0.0592 0.9660 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR810483 3 0.3400 0.9584 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR607839 1 0.0336 0.9348 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1337031 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR601311 4 0.0188 0.9205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1406685 4 0.0779 0.9167 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1467500 4 0.0779 0.9167 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1308504 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1312865 3 0.3266 0.9537 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1312522 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1490486 2 0.0469 0.9659 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1325888 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1472885 1 0.0592 0.9354 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1098785 2 0.3583 0.8240 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1084766 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0376 0.9658 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1336636 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1347795 3 0.3311 0.9561 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR601900 2 0.2589 0.9323 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1330989 4 0.0000 0.9202 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.3320 0.9133 0.000 0.876 0.056 0.068
#> SRR1368754 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1460001 2 0.1637 0.9548 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR614948 1 0.0592 0.9271 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1472952 3 0.3444 0.9589 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1321528 1 0.0921 0.9322 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR627447 3 0.3400 0.9584 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR612239 4 0.3168 0.8691 0.056 0.000 0.060 0.884
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.1965 0.76949 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR603858 4 0.5030 0.62113 0.236 0.000 0.004 0.688 0.072
#> SRR817070 2 0.4680 -0.18751 0.000 0.540 0.008 0.448 0.004
#> SRR1486995 3 0.2411 0.76334 0.108 0.000 0.884 0.000 0.008
#> SRR813043 2 0.4219 -0.19518 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR656874 2 0.4227 -0.20975 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR659037 4 0.5613 0.66541 0.120 0.000 0.088 0.716 0.076
#> SRR662031 1 0.1671 0.83308 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0000 0.82715 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481036 3 0.5907 0.70850 0.100 0.000 0.576 0.008 0.316
#> SRR1434009 5 0.4219 0.74262 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1376676 1 0.0609 0.83644 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.4803 0.66967 0.004 0.220 0.000 0.712 0.064
#> SRR665429 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1388025 4 0.0609 0.82622 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR600784 3 0.1908 0.76742 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.3803 0.74662 0.804 0.000 0.140 0.000 0.056
#> SRR1333659 5 0.4219 0.74262 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1323896 2 0.0451 0.29402 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1453971 3 0.4522 0.74702 0.196 0.000 0.736 0.000 0.068
#> SRR1421010 1 0.1043 0.82242 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.2583 0.77301 0.132 0.000 0.864 0.000 0.004
#> SRR1309468 1 0.2970 0.74293 0.828 0.000 0.168 0.000 0.004
#> SRR1468637 4 0.4419 0.70558 0.188 0.000 0.020 0.760 0.032
#> SRR1365489 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR627445 3 0.5956 0.72726 0.140 0.000 0.564 0.000 0.296
#> SRR607863 2 0.1571 0.29569 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1475524 1 0.1124 0.81880 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1405504 2 0.0566 0.29547 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR615695 1 0.0912 0.83153 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR600900 4 0.4444 0.74945 0.008 0.116 0.004 0.784 0.088
#> SRR601477 2 0.4235 -0.22514 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1487215 2 0.4227 -0.20975 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1310797 2 0.3210 0.26729 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1362713 4 0.5446 0.28444 0.412 0.000 0.020 0.540 0.028
#> SRR1431385 1 0.0963 0.84171 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.4219 -0.19518 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1102079 3 0.6022 0.71518 0.136 0.000 0.540 0.000 0.324
#> SRR1357210 1 0.1341 0.83805 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.1168 0.82021 0.000 0.032 0.008 0.960 0.000
#> SRR663573 4 0.1444 0.81793 0.000 0.000 0.012 0.948 0.040
#> SRR603188 2 0.0671 0.29494 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1471200 2 0.4262 -0.29399 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1310975 2 0.4268 -0.31204 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR627457 4 0.6605 0.34635 0.344 0.000 0.056 0.524 0.076
#> SRR1367654 5 0.4291 0.69781 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1488410 1 0.2795 0.79797 0.880 0.000 0.056 0.000 0.064
#> SRR1457750 4 0.4583 0.61020 0.256 0.000 0.004 0.704 0.036
#> SRR1099546 3 0.2462 0.76045 0.112 0.000 0.880 0.000 0.008
#> SRR604480 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1390477 2 0.4219 -0.19518 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1458447 2 0.4219 -0.19518 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1473161 2 0.3752 -0.02893 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1409813 5 0.4268 0.72142 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR612791 1 0.2068 0.81769 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004
#> SRR1470580 3 0.7910 0.47217 0.068 0.004 0.400 0.244 0.284
#> SRR1444063 4 0.6301 0.43693 0.328 0.020 0.016 0.568 0.068
#> SRR1355578 1 0.2321 0.80954 0.916 0.000 0.044 0.016 0.024
#> SRR1429203 1 0.0880 0.82845 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR599154 5 0.4713 0.70082 0.000 0.440 0.000 0.016 0.544
#> SRR814244 4 0.6813 0.14602 0.404 0.000 0.068 0.456 0.072
#> SRR1404123 4 0.4088 0.57956 0.000 0.304 0.008 0.688 0.000
#> SRR656934 3 0.8096 0.50180 0.116 0.000 0.372 0.200 0.312
#> SRR1339029 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR821525 4 0.0609 0.82622 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1443677 1 0.2020 0.81380 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.1281 0.81196 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR1338124 4 0.7984 -0.17595 0.064 0.004 0.296 0.344 0.292
#> SRR1391376 3 0.2732 0.77492 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.0609 0.82622 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1395699 3 0.2411 0.75970 0.108 0.000 0.884 0.000 0.008
#> SRR1312209 1 0.2661 0.81226 0.888 0.000 0.056 0.000 0.056
#> SRR1359469 1 0.0963 0.84050 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.2660 0.77788 0.128 0.000 0.864 0.000 0.008
#> SRR1414578 1 0.2067 0.83485 0.920 0.000 0.048 0.000 0.032
#> SRR603620 4 0.0510 0.82539 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR604677 1 0.2782 0.81311 0.880 0.000 0.072 0.000 0.048
#> SRR603800 2 0.4930 -0.24949 0.000 0.580 0.000 0.032 0.388
#> SRR602058 4 0.0000 0.82715 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817488 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR655601 4 0.0451 0.82725 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1434821 2 0.0579 0.29390 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1349166 5 0.4268 0.72142 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR615129 4 0.4302 0.61879 0.248 0.000 0.000 0.720 0.032
#> SRR607586 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR602680 2 0.4306 -0.53218 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1411070 4 0.0162 0.82748 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR663038 2 0.4088 -0.14970 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1489416 2 0.3551 0.26410 0.000 0.772 0.008 0.220 0.000
#> SRR1479155 1 0.0703 0.83793 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.4171 0.19171 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.2732 0.77329 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR2184865 4 0.0290 0.82739 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2170135 1 0.2930 0.75339 0.832 0.000 0.164 0.000 0.004
#> SRR615551 2 0.4278 -0.34988 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1335513 2 0.3596 0.23284 0.000 0.784 0.000 0.200 0.016
#> SRR1370216 3 0.2798 0.77162 0.140 0.000 0.852 0.000 0.008
#> SRR662954 4 0.1369 0.82698 0.008 0.000 0.008 0.956 0.028
#> SRR1375738 3 0.5522 0.71205 0.092 0.000 0.600 0.000 0.308
#> SRR1356577 4 0.5829 0.56223 0.252 0.000 0.052 0.644 0.052
#> SRR1073119 1 0.3970 0.72529 0.788 0.000 0.156 0.000 0.056
#> SRR663549 3 0.5373 0.72576 0.092 0.000 0.632 0.000 0.276
#> SRR1478015 2 0.4159 0.24494 0.000 0.716 0.008 0.268 0.008
#> SRR600632 4 0.0865 0.82349 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000
#> SRR811866 1 0.6226 0.48202 0.628 0.000 0.080 0.232 0.060
#> SRR1401101 2 0.1341 0.26781 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1477797 4 0.0609 0.82622 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1402986 2 0.4219 -0.19518 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR658897 1 0.5920 0.34521 0.572 0.000 0.040 0.344 0.044
#> SRR1419869 3 0.2930 0.77266 0.164 0.000 0.832 0.000 0.004
#> SRR1490700 4 0.6205 0.51034 0.268 0.000 0.052 0.608 0.072
#> SRR601723 4 0.4252 0.75005 0.056 0.000 0.048 0.812 0.084
#> SRR1384115 4 0.5847 0.63727 0.052 0.032 0.008 0.640 0.268
#> SRR1476927 2 0.3551 0.26410 0.000 0.772 0.008 0.220 0.000
#> SRR1387769 3 0.5522 0.71205 0.092 0.000 0.600 0.000 0.308
#> SRR1322595 1 0.7506 -0.03134 0.428 0.000 0.352 0.140 0.080
#> SRR1370423 3 0.5905 0.72933 0.136 0.000 0.572 0.000 0.292
#> SRR1314976 4 0.5663 0.63521 0.192 0.000 0.056 0.688 0.064
#> SRR1319560 4 0.0609 0.82491 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1352683 3 0.8107 0.53984 0.140 0.000 0.372 0.164 0.324
#> SRR1473800 1 0.0794 0.83909 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.8150 0.50310 0.132 0.000 0.360 0.184 0.324
#> SRR1360807 4 0.1041 0.82690 0.004 0.000 0.000 0.964 0.032
#> SRR1332544 3 0.2674 0.77037 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> SRR598695 1 0.3969 0.52849 0.692 0.000 0.304 0.000 0.004
#> SRR807824 4 0.8057 0.11627 0.056 0.276 0.028 0.444 0.196
#> SRR809296 3 0.2358 0.76073 0.104 0.000 0.888 0.000 0.008
#> SRR657927 3 0.3551 0.78454 0.136 0.000 0.820 0.000 0.044
#> SRR1440682 2 0.4288 0.09769 0.000 0.612 0.004 0.384 0.000
#> SRR1454415 2 0.3480 0.01209 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1419131 4 0.0609 0.82622 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1404293 1 0.1914 0.82882 0.932 0.000 0.032 0.004 0.032
#> SRR1473340 3 0.3932 0.64139 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.1485 0.80976 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1323382 2 0.4227 -0.20975 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1480697 3 0.6871 0.69675 0.148 0.000 0.496 0.032 0.324
#> SRR1321808 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1382756 4 0.4679 0.67059 0.000 0.216 0.000 0.716 0.068
#> SRR1312558 2 0.6095 -0.35007 0.000 0.460 0.000 0.124 0.416
#> SRR1417088 4 0.1082 0.82203 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000
#> SRR1433027 4 0.1408 0.81511 0.000 0.044 0.008 0.948 0.000
#> SRR662257 4 0.0794 0.82412 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR600417 4 0.0162 0.82733 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR812493 4 0.1116 0.82657 0.004 0.000 0.004 0.964 0.028
#> SRR612743 3 0.6789 0.62399 0.264 0.000 0.492 0.012 0.232
#> SRR1361345 1 0.5880 0.29202 0.568 0.000 0.040 0.352 0.040
#> SRR600584 4 0.4564 0.47566 0.000 0.388 0.008 0.600 0.004
#> SRR1310520 4 0.0609 0.82622 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1395595 3 0.2563 0.77337 0.120 0.000 0.872 0.000 0.008
#> SRR1334074 4 0.4726 0.75453 0.064 0.028 0.032 0.800 0.076
#> SRR654838 2 0.4219 -0.19518 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1376694 1 0.1484 0.82429 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR1433841 4 0.6245 0.54909 0.268 0.052 0.004 0.612 0.064
#> SRR1366837 3 0.6221 0.71695 0.172 0.000 0.528 0.000 0.300
#> SRR1467479 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1459055 1 0.1549 0.81332 0.944 0.000 0.040 0.000 0.016
#> SRR1471050 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR603004 4 0.6876 0.55239 0.004 0.212 0.040 0.568 0.176
#> SRR814703 2 0.5114 -0.56484 0.000 0.492 0.000 0.036 0.472
#> SRR661937 2 0.4206 0.22285 0.000 0.696 0.000 0.288 0.016
#> SRR614359 1 0.4101 0.26297 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.1597 0.29188 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR1389084 3 0.2358 0.76073 0.104 0.000 0.888 0.000 0.008
#> SRR1337624 4 0.0566 0.82642 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1344400 2 0.4273 -0.32992 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1414290 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1413644 5 0.4219 0.74262 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1098998 1 0.0963 0.84050 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.4298 0.50491 0.352 0.000 0.640 0.000 0.008
#> SRR1315103 1 0.4831 0.69525 0.772 0.000 0.056 0.108 0.064
#> SRR1099286 3 0.6028 0.37680 0.416 0.000 0.468 0.000 0.116
#> SRR2166570 4 0.4887 0.71664 0.068 0.000 0.084 0.772 0.076
#> SRR601445 1 0.1251 0.84250 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> SRR1439719 4 0.3421 0.71555 0.000 0.204 0.008 0.788 0.000
#> SRR1377026 4 0.0703 0.82436 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1327386 1 0.1117 0.81896 0.964 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR654826 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1460433 4 0.0162 0.82734 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1469345 3 0.2674 0.77563 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> SRR1421462 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR662966 3 0.4942 0.38852 0.432 0.000 0.540 0.000 0.028
#> SRR1339175 1 0.1704 0.83235 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1447736 2 0.4235 -0.22552 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1434671 5 0.4219 0.74262 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR660800 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1465543 5 0.4878 0.68316 0.000 0.440 0.000 0.024 0.536
#> SRR1342023 1 0.1800 0.83107 0.932 0.000 0.020 0.000 0.048
#> SRR1335670 1 0.2592 0.81416 0.892 0.000 0.052 0.000 0.056
#> SRR1400955 2 0.1410 0.26539 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1072150 5 0.4305 0.58092 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1442822 1 0.0963 0.84050 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.3480 0.73096 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1098074 4 0.7287 0.49970 0.000 0.152 0.064 0.488 0.296
#> SRR1442778 1 0.1121 0.84198 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.5631 0.75777 0.124 0.000 0.672 0.016 0.188
#> SRR627464 4 0.5852 0.50050 0.296 0.000 0.024 0.608 0.072
#> SRR1409193 1 0.6706 0.25506 0.516 0.000 0.060 0.344 0.080
#> SRR2168286 4 0.0510 0.82667 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR615539 2 0.1894 0.29427 0.000 0.920 0.008 0.072 0.000
#> SRR663623 3 0.5974 0.72730 0.144 0.000 0.564 0.000 0.292
#> SRR1471989 3 0.2771 0.77124 0.128 0.000 0.860 0.000 0.012
#> SRR1468828 4 0.1697 0.80676 0.000 0.060 0.008 0.932 0.000
#> SRR1381934 3 0.6308 0.72032 0.160 0.000 0.528 0.004 0.308
#> SRR1471098 3 0.2411 0.76306 0.108 0.000 0.884 0.000 0.008
#> SRR1314749 3 0.6144 0.71414 0.172 0.000 0.548 0.000 0.280
#> SRR2166874 4 0.0566 0.82723 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR821302 3 0.5329 0.39073 0.432 0.000 0.516 0.000 0.052
#> SRR1435066 5 0.4219 0.74262 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR661601 2 0.4242 -0.24154 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1446546 4 0.7344 0.45694 0.032 0.044 0.100 0.516 0.308
#> SRR1419784 3 0.6670 0.70556 0.128 0.000 0.544 0.036 0.292
#> SRR1357233 4 0.1725 0.82483 0.004 0.024 0.004 0.944 0.024
#> SRR1441889 1 0.3123 0.72435 0.812 0.000 0.184 0.000 0.004
#> SRR1413940 1 0.1648 0.81208 0.940 0.000 0.040 0.000 0.020
#> SRR1324250 4 0.4127 0.55184 0.000 0.312 0.000 0.680 0.008
#> SRR1442862 5 0.4242 0.72229 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR662474 4 0.1168 0.82129 0.000 0.032 0.008 0.960 0.000
#> SRR1416226 3 0.5835 0.71867 0.120 0.000 0.568 0.000 0.312
#> SRR1417404 4 0.5887 0.58049 0.232 0.000 0.064 0.652 0.052
#> SRR665466 2 0.3783 0.25497 0.000 0.740 0.008 0.252 0.000
#> SRR658849 3 0.2411 0.75970 0.108 0.000 0.884 0.000 0.008
#> SRR1460025 4 0.3704 0.77295 0.000 0.092 0.000 0.820 0.088
#> SRR1408136 1 0.0963 0.84050 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.4242 -0.24204 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1374092 3 0.5935 0.71092 0.104 0.000 0.576 0.008 0.312
#> SRR1488429 3 0.5759 0.73676 0.128 0.000 0.596 0.000 0.276
#> SRR1087559 4 0.6913 0.45653 0.256 0.000 0.092 0.560 0.092
#> SRR817004 1 0.8199 0.06335 0.384 0.012 0.268 0.260 0.076
#> SRR1429660 5 0.4219 0.74262 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR604390 5 0.8215 -0.60900 0.120 0.000 0.320 0.228 0.332
#> SRR614936 4 0.0771 0.82482 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR1365938 4 0.4167 0.61551 0.252 0.000 0.000 0.724 0.024
#> SRR1437324 1 0.1484 0.84114 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR613414 4 0.0162 0.82736 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660414 4 0.5654 0.66898 0.068 0.000 0.104 0.712 0.116
#> SRR1452185 1 0.0794 0.83909 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.4270 0.77098 0.112 0.000 0.776 0.000 0.112
#> SRR1398036 4 0.0000 0.82715 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436674 1 0.2300 0.83000 0.908 0.000 0.052 0.000 0.040
#> SRR603750 3 0.5972 0.72585 0.140 0.000 0.560 0.000 0.300
#> SRR608630 4 0.1569 0.82600 0.012 0.000 0.008 0.948 0.032
#> SRR655625 4 0.0609 0.82622 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR599059 4 0.7843 -0.09289 0.068 0.000 0.280 0.376 0.276
#> SRR615189 4 0.2060 0.82039 0.016 0.008 0.000 0.924 0.052
#> SRR1466889 2 0.4235 -0.22663 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1084602 4 0.1124 0.82644 0.004 0.000 0.000 0.960 0.036
#> SRR1335422 1 0.1502 0.83812 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR1356805 5 0.4262 0.72666 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1385300 3 0.6506 0.46540 0.368 0.000 0.512 0.052 0.068
#> SRR654814 1 0.3953 0.71632 0.784 0.000 0.168 0.000 0.048
#> SRR658385 5 0.4219 0.74262 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR820596 3 0.6024 0.34101 0.432 0.000 0.472 0.008 0.088
#> SRR1318118 1 0.3080 0.80243 0.872 0.000 0.060 0.008 0.060
#> SRR1480766 2 0.0898 0.29632 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR1406539 1 0.4657 0.44683 0.668 0.000 0.296 0.000 0.036
#> SRR1341833 2 0.4681 -0.00562 0.000 0.696 0.000 0.052 0.252
#> SRR1441826 4 0.0609 0.82622 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1448051 1 0.2871 0.81151 0.872 0.000 0.088 0.000 0.040
#> SRR1326752 3 0.2488 0.76888 0.124 0.000 0.872 0.000 0.004
#> SRR665217 3 0.2763 0.77847 0.148 0.000 0.848 0.000 0.004
#> SRR819186 2 0.4219 -0.19518 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR661517 3 0.2358 0.76073 0.104 0.000 0.888 0.000 0.008
#> SRR607166 5 0.6324 0.22686 0.000 0.412 0.000 0.156 0.432
#> SRR809065 4 0.0510 0.82539 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1415872 2 0.2462 0.28759 0.000 0.880 0.000 0.112 0.008
#> SRR1415463 3 0.5088 0.73897 0.092 0.000 0.680 0.000 0.228
#> SRR1381161 4 0.0000 0.82715 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442231 4 0.1399 0.82566 0.020 0.000 0.000 0.952 0.028
#> SRR1374696 1 0.6710 0.12270 0.472 0.000 0.064 0.396 0.068
#> SRR1451988 3 0.6559 0.69071 0.068 0.000 0.564 0.072 0.296
#> SRR660555 1 0.2280 0.80480 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.1197 0.83997 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.2773 0.17102 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1472462 2 0.0290 0.28883 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406176 3 0.7089 0.64918 0.068 0.000 0.524 0.128 0.280
#> SRR656886 4 0.7228 0.50990 0.004 0.128 0.064 0.512 0.292
#> SRR1498337 4 0.0290 0.82721 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR613066 3 0.3565 0.76353 0.176 0.000 0.800 0.000 0.024
#> SRR1309490 1 0.0963 0.84050 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0162 0.82733 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447347 3 0.4262 0.30840 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0404 0.28739 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR627459 4 0.6204 0.59858 0.068 0.000 0.084 0.644 0.204
#> SRR1434332 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1070358 4 0.4088 0.51234 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1345936 4 0.3163 0.79015 0.028 0.000 0.028 0.872 0.072
#> SRR665658 4 0.4392 0.61374 0.004 0.200 0.000 0.748 0.048
#> SRR1321351 2 0.4645 -0.13020 0.000 0.564 0.008 0.424 0.004
#> SRR657880 2 0.4249 -0.25852 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1373903 4 0.3010 0.72228 0.000 0.172 0.004 0.824 0.000
#> SRR657396 4 0.0510 0.82539 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR660981 2 0.0992 0.29715 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000
#> SRR818499 1 0.2605 0.77286 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.1608 0.25827 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1376316 1 0.0880 0.84048 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.5529 -0.37673 0.000 0.512 0.000 0.068 0.420
#> SRR1476719 1 0.3323 0.78776 0.844 0.000 0.100 0.000 0.056
#> SRR1403478 5 0.4219 0.74262 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1095695 3 0.2732 0.77329 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1352391 4 0.6226 0.59061 0.192 0.000 0.080 0.648 0.080
#> SRR1498813 4 0.0162 0.82733 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR627437 4 0.6337 0.57821 0.068 0.000 0.088 0.628 0.216
#> SRR2185097 1 0.1282 0.84156 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> SRR817166 3 0.8280 0.47029 0.140 0.000 0.328 0.208 0.324
#> SRR1091670 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR603776 1 0.4191 0.72440 0.780 0.000 0.156 0.004 0.060
#> SRR1479640 2 0.3835 0.25214 0.000 0.732 0.008 0.260 0.000
#> SRR660152 3 0.3662 0.73452 0.252 0.000 0.744 0.000 0.004
#> SRR1074769 5 0.4307 0.53725 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR656153 2 0.0579 0.29276 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1392502 3 0.6148 0.70616 0.160 0.000 0.536 0.000 0.304
#> SRR1359609 1 0.1281 0.81196 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR601925 2 0.4898 0.14892 0.000 0.592 0.000 0.376 0.032
#> SRR2165182 2 0.4219 -0.19518 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR608542 4 0.0609 0.82499 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR655064 4 0.0609 0.82622 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1432430 3 0.3922 0.77254 0.180 0.000 0.780 0.000 0.040
#> SRR808472 4 0.0000 0.82715 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.2660 0.77188 0.128 0.000 0.864 0.000 0.008
#> SRR598484 2 0.4969 0.14879 0.000 0.588 0.000 0.376 0.036
#> SRR612755 3 0.1908 0.76742 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0510 0.83564 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.8115 -0.00261 0.132 0.000 0.176 0.368 0.324
#> SRR1322373 3 0.2358 0.76073 0.104 0.000 0.888 0.000 0.008
#> SRR1489265 2 0.3003 0.14419 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1359099 5 0.4219 0.74262 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR607279 2 0.0865 0.28507 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR810461 2 0.4210 -0.18552 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR627427 1 0.7153 0.30094 0.504 0.000 0.304 0.120 0.072
#> SRR612887 2 0.3790 0.24829 0.000 0.724 0.004 0.272 0.000
#> SRR809807 3 0.7953 0.55543 0.060 0.020 0.428 0.176 0.316
#> SRR663112 4 0.7646 0.15098 0.068 0.000 0.196 0.420 0.316
#> SRR1346933 4 0.3243 0.76975 0.116 0.000 0.004 0.848 0.032
#> SRR1487910 1 0.1364 0.84164 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR603092 4 0.0000 0.82715 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.3835 0.25101 0.000 0.732 0.008 0.260 0.000
#> SRR1383785 1 0.2773 0.75091 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1070015 5 0.4268 0.72142 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1466222 3 0.7214 0.63370 0.068 0.000 0.500 0.136 0.296
#> SRR1416119 3 0.2583 0.77288 0.132 0.000 0.864 0.000 0.004
#> SRR819318 1 0.1282 0.84275 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> SRR608288 2 0.5718 -0.39045 0.000 0.496 0.000 0.084 0.420
#> SRR811121 2 0.5927 -0.40324 0.000 0.468 0.000 0.104 0.428
#> SRR613138 2 0.4249 -0.25845 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR810483 3 0.4262 0.78147 0.124 0.000 0.776 0.000 0.100
#> SRR607839 1 0.0963 0.84050 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.1571 0.84104 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR601311 4 0.0609 0.82622 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1406685 4 0.0324 0.82759 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1467500 4 0.0404 0.82572 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1308504 1 0.3615 0.74522 0.808 0.000 0.156 0.000 0.036
#> SRR1312865 3 0.5851 0.73095 0.132 0.000 0.580 0.000 0.288
#> SRR1312522 3 0.2561 0.77713 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.4219 -0.19518 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1325888 3 0.2732 0.77329 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0963 0.84050 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1098785 4 0.2843 0.75120 0.000 0.144 0.008 0.848 0.000
#> SRR1084766 4 0.0609 0.82622 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1102804 2 0.2966 0.14869 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1336636 3 0.4364 0.74319 0.216 0.000 0.736 0.000 0.048
#> SRR1347795 3 0.2763 0.77020 0.148 0.000 0.848 0.000 0.004
#> SRR601900 5 0.4268 0.72142 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1330989 4 0.0000 0.82715 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658445 5 0.5283 0.60527 0.000 0.444 0.000 0.048 0.508
#> SRR1368754 3 0.3958 0.76925 0.176 0.000 0.780 0.000 0.044
#> SRR1460001 2 0.4294 -0.42265 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1414934 1 0.0404 0.83472 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.2806 0.77485 0.152 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR614948 1 0.1281 0.81196 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR1472952 3 0.2648 0.77623 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.5722 0.59591 0.684 0.000 0.056 0.192 0.068
#> SRR627447 3 0.1908 0.76742 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR612239 4 0.4381 0.74984 0.064 0.000 0.048 0.804 0.084
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.3366 0.8379 0.080 0.004 0.824 0.000 0.092 0.000
#> SRR603858 4 0.7437 0.1044 0.328 0.136 0.004 0.356 0.176 0.000
#> SRR817070 6 0.1588 0.7707 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR1486995 3 0.1657 0.8583 0.056 0.000 0.928 0.000 0.016 0.000
#> SRR813043 2 0.3409 0.9021 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR656874 2 0.3409 0.9021 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR659037 4 0.5051 0.4086 0.044 0.004 0.012 0.560 0.380 0.000
#> SRR662031 1 0.1649 0.8207 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036 0.000
#> SRR1081283 4 0.0146 0.7577 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1481036 5 0.3372 0.7788 0.084 0.000 0.100 0.000 0.816 0.000
#> SRR1434009 2 0.2944 0.8101 0.000 0.832 0.012 0.000 0.008 0.148
#> SRR1376676 1 0.0508 0.8265 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1396967 6 0.6263 0.4003 0.000 0.028 0.008 0.184 0.236 0.544
#> SRR665429 2 0.3499 0.8895 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1388025 4 0.0000 0.7569 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600784 3 0.3366 0.8379 0.080 0.004 0.824 0.000 0.092 0.000
#> SRR657611 1 0.2147 0.8154 0.896 0.000 0.020 0.000 0.084 0.000
#> SRR1333659 2 0.3004 0.8064 0.000 0.832 0.012 0.000 0.012 0.144
#> SRR1323896 6 0.0692 0.8096 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR1453971 3 0.5421 0.5203 0.216 0.000 0.580 0.000 0.204 0.000
#> SRR1421010 1 0.1471 0.8196 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064 0.000
#> SRR1334490 3 0.2608 0.8670 0.080 0.000 0.872 0.000 0.048 0.000
#> SRR1309468 1 0.1926 0.8063 0.912 0.000 0.068 0.000 0.020 0.000
#> SRR1468637 4 0.7374 0.3156 0.256 0.136 0.004 0.416 0.188 0.000
#> SRR1365489 2 0.3482 0.8924 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR627445 5 0.2912 0.8002 0.072 0.000 0.076 0.000 0.852 0.000
#> SRR607863 6 0.0363 0.8110 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1475524 1 0.1531 0.8180 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068 0.000
#> SRR1405504 6 0.0692 0.8096 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR615695 1 0.1714 0.8198 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR600900 5 0.4855 0.4315 0.000 0.000 0.004 0.272 0.640 0.084
#> SRR601477 2 0.3390 0.9028 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1487215 2 0.3390 0.9028 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1310797 6 0.0547 0.8095 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1362713 1 0.7301 -0.0348 0.356 0.136 0.000 0.336 0.172 0.000
#> SRR1431385 1 0.0458 0.8295 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1379089 2 0.3409 0.9021 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1102079 5 0.3172 0.7931 0.092 0.000 0.076 0.000 0.832 0.000
#> SRR1357210 1 0.1092 0.8244 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020 0.000
#> SRR657659 4 0.4029 0.5914 0.000 0.000 0.000 0.680 0.028 0.292
#> SRR663573 4 0.1267 0.7532 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR603188 6 0.0692 0.8096 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR1471200 2 0.3351 0.9036 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1310975 2 0.3468 0.9030 0.000 0.712 0.000 0.000 0.004 0.284
#> SRR627457 1 0.7519 0.1188 0.352 0.108 0.008 0.184 0.344 0.004
#> SRR1367654 2 0.3450 0.8504 0.000 0.772 0.012 0.000 0.008 0.208
#> SRR1488410 1 0.2243 0.8095 0.880 0.004 0.004 0.000 0.112 0.000
#> SRR1457750 4 0.7263 0.1332 0.328 0.136 0.000 0.372 0.164 0.000
#> SRR1099546 3 0.1152 0.8428 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR604480 2 0.3409 0.9021 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1390477 2 0.3409 0.9021 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1458447 2 0.3409 0.9021 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1473161 2 0.3864 0.5920 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1409813 2 0.3359 0.8536 0.000 0.784 0.012 0.000 0.008 0.196
#> SRR612791 1 0.0713 0.8255 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 5 0.4269 0.7775 0.020 0.000 0.072 0.076 0.796 0.036
#> SRR1444063 1 0.8115 0.0182 0.352 0.116 0.012 0.304 0.184 0.032
#> SRR1355578 1 0.4750 0.6903 0.688 0.128 0.004 0.000 0.180 0.000
#> SRR1429203 1 0.1501 0.8214 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR599154 2 0.3655 0.8506 0.000 0.776 0.012 0.004 0.016 0.192
#> SRR814244 1 0.7449 0.2789 0.436 0.136 0.012 0.240 0.176 0.000
#> SRR1404123 6 0.3756 0.2087 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR656934 5 0.3618 0.7819 0.104 0.000 0.080 0.008 0.808 0.000
#> SRR1339029 2 0.3482 0.8924 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR821525 4 0.0000 0.7569 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.1257 0.8229 0.952 0.000 0.028 0.000 0.020 0.000
#> SRR1406330 1 0.1700 0.8138 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080 0.000
#> SRR1338124 5 0.3487 0.7769 0.016 0.000 0.060 0.100 0.824 0.000
#> SRR1391376 3 0.3123 0.8622 0.112 0.000 0.832 0.000 0.056 0.000
#> SRR661842 4 0.0146 0.7573 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1395699 3 0.1124 0.8397 0.036 0.000 0.956 0.000 0.008 0.000
#> SRR1312209 1 0.1858 0.8189 0.904 0.000 0.004 0.000 0.092 0.000
#> SRR1359469 1 0.0260 0.8262 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.2910 0.8630 0.080 0.000 0.852 0.000 0.068 0.000
#> SRR1414578 1 0.0405 0.8280 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR603620 4 0.4220 0.6342 0.000 0.008 0.000 0.708 0.040 0.244
#> SRR604677 1 0.1794 0.8242 0.924 0.000 0.040 0.000 0.036 0.000
#> SRR603800 2 0.3847 0.8507 0.000 0.644 0.000 0.008 0.000 0.348
#> SRR602058 4 0.0458 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR817488 2 0.3515 0.8858 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR655601 4 0.2003 0.7327 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1434821 6 0.0935 0.8059 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR1349166 2 0.3359 0.8536 0.000 0.784 0.012 0.000 0.008 0.196
#> SRR615129 4 0.7137 0.2021 0.328 0.136 0.000 0.412 0.120 0.004
#> SRR607586 2 0.3409 0.9021 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR602680 2 0.3240 0.8918 0.000 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244
#> SRR1411070 4 0.2302 0.7331 0.000 0.000 0.000 0.872 0.008 0.120
#> SRR663038 2 0.3684 0.8240 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1489416 6 0.0000 0.8106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0291 0.8253 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR662162 1 0.2980 0.6967 0.800 0.000 0.192 0.000 0.008 0.000
#> SRR1374567 3 0.3276 0.8511 0.132 0.000 0.816 0.000 0.052 0.000
#> SRR1434048 2 0.3528 0.9026 0.000 0.700 0.000 0.000 0.004 0.296
#> SRR2184865 4 0.0937 0.7581 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2170135 1 0.1682 0.8146 0.928 0.000 0.052 0.000 0.020 0.000
#> SRR615551 2 0.3405 0.9009 0.000 0.724 0.000 0.000 0.004 0.272
#> SRR1335513 6 0.2471 0.7795 0.000 0.056 0.000 0.052 0.004 0.888
#> SRR1370216 3 0.1657 0.8579 0.056 0.000 0.928 0.000 0.016 0.000
#> SRR662954 4 0.4319 0.6883 0.000 0.136 0.000 0.728 0.136 0.000
#> SRR1375738 5 0.3685 0.7549 0.080 0.004 0.120 0.000 0.796 0.000
#> SRR1356577 4 0.5322 0.5345 0.132 0.012 0.000 0.624 0.232 0.000
#> SRR1073119 1 0.1926 0.8054 0.912 0.000 0.068 0.000 0.020 0.000
#> SRR663549 5 0.4420 0.6744 0.088 0.004 0.192 0.000 0.716 0.000
#> SRR1478015 6 0.0692 0.8055 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR600632 4 0.4067 0.6206 0.000 0.000 0.000 0.700 0.040 0.260
#> SRR811866 1 0.3449 0.7152 0.780 0.000 0.016 0.008 0.196 0.000
#> SRR1401101 6 0.2261 0.7545 0.000 0.104 0.008 0.000 0.004 0.884
#> SRR1477797 4 0.0000 0.7569 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402986 2 0.3409 0.9021 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR658897 1 0.6238 0.5617 0.576 0.136 0.000 0.080 0.208 0.000
#> SRR1419869 3 0.2538 0.8647 0.124 0.000 0.860 0.000 0.016 0.000
#> SRR1490700 4 0.7245 0.3773 0.240 0.124 0.004 0.444 0.188 0.000
#> SRR601723 4 0.4491 0.2406 0.012 0.000 0.012 0.516 0.460 0.000
#> SRR1384115 5 0.4724 0.5910 0.004 0.000 0.016 0.188 0.712 0.080
#> SRR1476927 6 0.0000 0.8106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387769 5 0.3726 0.7506 0.080 0.004 0.124 0.000 0.792 0.000
#> SRR1322595 1 0.6406 0.3640 0.508 0.052 0.068 0.028 0.344 0.000
#> SRR1370423 5 0.3167 0.7914 0.072 0.000 0.096 0.000 0.832 0.000
#> SRR1314976 4 0.4791 0.5622 0.064 0.012 0.000 0.656 0.268 0.000
#> SRR1319560 4 0.4220 0.6342 0.000 0.008 0.000 0.708 0.040 0.244
#> SRR1352683 5 0.3301 0.7942 0.100 0.000 0.068 0.004 0.828 0.000
#> SRR1473800 1 0.0603 0.8279 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR1326384 5 0.2994 0.7979 0.080 0.000 0.064 0.004 0.852 0.000
#> SRR1360807 4 0.1610 0.7424 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1332544 3 0.2542 0.8671 0.080 0.000 0.876 0.000 0.044 0.000
#> SRR598695 1 0.3419 0.7679 0.812 0.000 0.104 0.000 0.084 0.000
#> SRR807824 2 0.7102 0.4580 0.008 0.536 0.012 0.132 0.148 0.164
#> SRR809296 3 0.1265 0.8467 0.044 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000
#> SRR657927 3 0.4125 0.7946 0.100 0.004 0.756 0.000 0.140 0.000
#> SRR1440682 6 0.1007 0.7982 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1454415 6 0.3592 0.1159 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1419131 4 0.0458 0.7576 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1404293 1 0.4520 0.6998 0.704 0.128 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1473340 3 0.3446 0.6973 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.2243 0.8076 0.880 0.004 0.004 0.000 0.112 0.000
#> SRR1323382 2 0.3409 0.9021 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1480697 5 0.3072 0.7954 0.084 0.000 0.076 0.000 0.840 0.000
#> SRR1321808 2 0.3409 0.9021 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1382756 6 0.5937 0.4311 0.000 0.020 0.000 0.180 0.252 0.548
#> SRR1312558 2 0.5646 0.7218 0.000 0.628 0.000 0.056 0.096 0.220
#> SRR1417088 4 0.3101 0.6616 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1433027 4 0.3993 0.5816 0.000 0.000 0.000 0.676 0.024 0.300
#> SRR662257 4 0.3647 0.5013 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR600417 4 0.0000 0.7569 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812493 4 0.0865 0.7515 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR612743 5 0.4774 0.4958 0.332 0.000 0.068 0.000 0.600 0.000
#> SRR1361345 1 0.6659 0.5204 0.552 0.128 0.004 0.136 0.180 0.000
#> SRR600584 6 0.2300 0.7058 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1310520 4 0.0937 0.7579 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1395595 3 0.2688 0.8597 0.064 0.000 0.868 0.000 0.068 0.000
#> SRR1334074 4 0.6571 0.3139 0.016 0.000 0.012 0.420 0.344 0.208
#> SRR654838 2 0.3371 0.9031 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1376694 1 0.1588 0.8164 0.924 0.000 0.004 0.000 0.072 0.000
#> SRR1433841 4 0.8178 0.1049 0.324 0.108 0.004 0.332 0.172 0.060
#> SRR1366837 5 0.4094 0.7421 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744 0.000
#> SRR1467479 2 0.3428 0.9004 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1459055 1 0.2196 0.8101 0.884 0.004 0.004 0.000 0.108 0.000
#> SRR1471050 2 0.3428 0.9003 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR603004 5 0.6061 0.3909 0.000 0.036 0.020 0.104 0.596 0.244
#> SRR814703 2 0.4380 0.8601 0.000 0.712 0.012 0.040 0.004 0.232
#> SRR661937 6 0.0837 0.8105 0.000 0.020 0.000 0.004 0.004 0.972
#> SRR614359 1 0.3695 0.5651 0.712 0.000 0.272 0.000 0.016 0.000
#> SRR1071568 6 0.1082 0.8043 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR1389084 3 0.1196 0.8432 0.040 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR1337624 4 0.4758 0.6676 0.000 0.036 0.000 0.704 0.056 0.204
#> SRR1344400 2 0.3468 0.9024 0.000 0.712 0.000 0.000 0.004 0.284
#> SRR1414290 2 0.3409 0.9021 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1413644 2 0.3004 0.8064 0.000 0.832 0.012 0.000 0.012 0.144
#> SRR1098998 1 0.0363 0.8263 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.3515 0.5180 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.3352 0.7658 0.796 0.016 0.004 0.004 0.180 0.000
#> SRR1099286 1 0.5328 0.0648 0.456 0.000 0.104 0.000 0.440 0.000
#> SRR2166570 4 0.4940 0.1230 0.028 0.000 0.020 0.476 0.476 0.000
#> SRR601445 1 0.0713 0.8300 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1439719 6 0.3695 0.2045 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1377026 4 0.3555 0.6022 0.000 0.000 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1327386 1 0.1863 0.8146 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR654826 2 0.3499 0.8895 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1460433 4 0.1444 0.7505 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1469345 3 0.2733 0.8656 0.080 0.000 0.864 0.000 0.056 0.000
#> SRR1421462 2 0.3499 0.8895 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR662966 1 0.4747 0.5022 0.632 0.000 0.288 0.000 0.080 0.000
#> SRR1339175 1 0.0632 0.8260 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.3390 0.9028 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1434671 2 0.2944 0.8101 0.000 0.832 0.012 0.000 0.008 0.148
#> SRR660800 2 0.3428 0.9003 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1465543 2 0.3627 0.8561 0.000 0.772 0.012 0.004 0.012 0.200
#> SRR1342023 1 0.1327 0.8261 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1335670 1 0.0603 0.8279 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR1400955 6 0.2149 0.7514 0.000 0.104 0.004 0.000 0.004 0.888
#> SRR1072150 2 0.3136 0.8849 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004 0.228
#> SRR1442822 1 0.0146 0.8269 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.2948 0.8303 0.188 0.000 0.804 0.000 0.008 0.000
#> SRR1098074 5 0.6896 0.2392 0.000 0.072 0.040 0.088 0.508 0.292
#> SRR1442778 1 0.0363 0.8298 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1086728 5 0.4939 0.4788 0.048 0.000 0.336 0.016 0.600 0.000
#> SRR627464 1 0.7641 0.0411 0.344 0.104 0.004 0.288 0.252 0.008
#> SRR1409193 1 0.4862 0.6280 0.664 0.012 0.000 0.080 0.244 0.000
#> SRR2168286 4 0.0790 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR615539 6 0.0000 0.8106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663623 5 0.3221 0.7920 0.096 0.000 0.076 0.000 0.828 0.000
#> SRR1471989 3 0.2625 0.8545 0.056 0.000 0.872 0.000 0.072 0.000
#> SRR1468828 4 0.3853 0.5756 0.000 0.000 0.000 0.680 0.016 0.304
#> SRR1381934 5 0.3956 0.7570 0.152 0.000 0.088 0.000 0.760 0.000
#> SRR1471098 3 0.1219 0.8464 0.048 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314749 5 0.4392 0.7116 0.136 0.000 0.144 0.000 0.720 0.000
#> SRR2166874 4 0.5102 0.7057 0.008 0.064 0.000 0.720 0.076 0.132
#> SRR821302 1 0.4173 0.5359 0.688 0.000 0.268 0.000 0.044 0.000
#> SRR1435066 2 0.3004 0.8064 0.000 0.832 0.012 0.000 0.012 0.144
#> SRR661601 2 0.3371 0.9031 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1446546 5 0.4136 0.7344 0.000 0.008 0.048 0.124 0.788 0.032
#> SRR1419784 5 0.3426 0.7965 0.060 0.000 0.088 0.020 0.832 0.000
#> SRR1357233 4 0.4680 0.6072 0.000 0.000 0.000 0.652 0.084 0.264
#> SRR1441889 1 0.3062 0.7297 0.824 0.000 0.144 0.000 0.032 0.000
#> SRR1413940 1 0.2462 0.8020 0.860 0.004 0.004 0.000 0.132 0.000
#> SRR1324250 6 0.3971 0.0761 0.000 0.004 0.000 0.448 0.000 0.548
#> SRR1442862 2 0.3296 0.7824 0.000 0.792 0.012 0.000 0.008 0.188
#> SRR662474 4 0.3076 0.6656 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1416226 5 0.3563 0.7750 0.108 0.000 0.092 0.000 0.800 0.000
#> SRR1417404 4 0.5309 0.5370 0.128 0.012 0.000 0.624 0.236 0.000
#> SRR665466 6 0.0363 0.8075 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR658849 3 0.1152 0.8428 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR1460025 4 0.5578 0.3371 0.000 0.000 0.000 0.492 0.360 0.148
#> SRR1408136 1 0.0146 0.8269 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.3508 0.9032 0.000 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR1374092 5 0.3375 0.7782 0.088 0.000 0.096 0.000 0.816 0.000
#> SRR1488429 5 0.4682 0.5485 0.076 0.000 0.284 0.000 0.640 0.000
#> SRR1087559 5 0.6357 0.1588 0.344 0.000 0.044 0.144 0.468 0.000
#> SRR817004 1 0.8516 0.2914 0.416 0.092 0.072 0.176 0.208 0.036
#> SRR1429660 2 0.2944 0.8101 0.000 0.832 0.012 0.000 0.008 0.148
#> SRR604390 5 0.3236 0.7986 0.048 0.000 0.060 0.040 0.852 0.000
#> SRR614936 4 0.4786 0.6694 0.000 0.036 0.000 0.704 0.060 0.200
#> SRR1365938 4 0.6983 0.2088 0.328 0.136 0.000 0.420 0.116 0.000
#> SRR1437324 1 0.1411 0.8223 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060 0.000
#> SRR613414 4 0.4199 0.7105 0.000 0.020 0.000 0.764 0.072 0.144
#> SRR660414 5 0.3851 0.7106 0.032 0.000 0.024 0.164 0.780 0.000
#> SRR1452185 1 0.0260 0.8262 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.5787 0.2999 0.196 0.000 0.480 0.000 0.324 0.000
#> SRR1398036 4 0.0260 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1436674 1 0.0260 0.8262 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 5 0.2912 0.8004 0.076 0.000 0.072 0.000 0.852 0.000
#> SRR608630 4 0.4462 0.6806 0.000 0.136 0.000 0.712 0.152 0.000
#> SRR655625 4 0.0000 0.7569 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599059 5 0.3823 0.7757 0.020 0.000 0.060 0.100 0.812 0.008
#> SRR615189 4 0.5528 0.6732 0.060 0.016 0.004 0.696 0.080 0.144
#> SRR1466889 2 0.3489 0.9031 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004 0.288
#> SRR1084602 4 0.1814 0.7386 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1335422 1 0.1176 0.8243 0.956 0.000 0.024 0.000 0.020 0.000
#> SRR1356805 2 0.3296 0.8475 0.000 0.792 0.012 0.000 0.008 0.188
#> SRR1385300 1 0.5805 0.2141 0.484 0.000 0.344 0.004 0.168 0.000
#> SRR654814 1 0.0891 0.8271 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000
#> SRR658385 2 0.3043 0.8052 0.000 0.828 0.012 0.000 0.012 0.148
#> SRR820596 1 0.4823 0.3825 0.584 0.000 0.068 0.000 0.348 0.000
#> SRR1318118 1 0.2489 0.7977 0.860 0.000 0.012 0.000 0.128 0.000
#> SRR1480766 6 0.0146 0.8105 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1406539 1 0.3946 0.7357 0.756 0.000 0.076 0.000 0.168 0.000
#> SRR1341833 6 0.4767 -0.3176 0.000 0.444 0.004 0.040 0.000 0.512
#> SRR1441826 4 0.0363 0.7571 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1448051 1 0.0363 0.8271 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.1349 0.8523 0.056 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000
#> SRR665217 3 0.3901 0.8084 0.096 0.000 0.768 0.000 0.136 0.000
#> SRR819186 2 0.3547 0.9023 0.000 0.696 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR661517 3 0.1196 0.8432 0.040 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR607166 2 0.5037 0.8052 0.000 0.640 0.000 0.056 0.028 0.276
#> SRR809065 4 0.3865 0.6376 0.000 0.000 0.000 0.720 0.032 0.248
#> SRR1415872 6 0.0692 0.8096 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR1415463 5 0.4972 0.4901 0.088 0.004 0.288 0.000 0.620 0.000
#> SRR1381161 4 0.0790 0.7577 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1442231 4 0.5619 0.6610 0.072 0.136 0.000 0.668 0.120 0.004
#> SRR1374696 1 0.4937 0.5447 0.628 0.000 0.004 0.088 0.280 0.000
#> SRR1451988 5 0.3411 0.7989 0.032 0.000 0.088 0.044 0.836 0.000
#> SRR660555 1 0.2106 0.8203 0.904 0.000 0.032 0.000 0.064 0.000
#> SRR657801 1 0.1738 0.8171 0.928 0.004 0.016 0.000 0.052 0.000
#> SRR663344 6 0.3706 -0.0633 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1472462 6 0.0790 0.8025 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1406176 5 0.4394 0.7522 0.020 0.000 0.160 0.076 0.744 0.000
#> SRR656886 5 0.5214 0.6437 0.000 0.012 0.036 0.104 0.704 0.144
#> SRR1498337 4 0.0000 0.7569 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613066 3 0.3570 0.8249 0.144 0.000 0.792 0.000 0.064 0.000
#> SRR1309490 1 0.0260 0.8262 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0000 0.7569 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447347 1 0.5243 0.1306 0.512 0.004 0.400 0.000 0.084 0.000
#> SRR1475546 6 0.1075 0.7939 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR627459 5 0.3110 0.7514 0.020 0.000 0.016 0.128 0.836 0.000
#> SRR1434332 2 0.3747 0.7791 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1070358 6 0.3101 0.5631 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1345936 4 0.2969 0.6718 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR665658 4 0.6894 0.1515 0.000 0.264 0.000 0.436 0.068 0.232
#> SRR1321351 6 0.1588 0.7707 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR657880 2 0.3489 0.9031 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004 0.288
#> SRR1373903 4 0.4445 0.3780 0.000 0.000 0.000 0.572 0.032 0.396
#> SRR657396 4 0.4295 0.6393 0.000 0.008 0.000 0.708 0.048 0.236
#> SRR660981 6 0.0146 0.8105 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR818499 1 0.2448 0.8070 0.884 0.000 0.064 0.000 0.052 0.000
#> SRR819658 6 0.2400 0.7445 0.000 0.116 0.008 0.000 0.004 0.872
#> SRR1376316 1 0.0547 0.8284 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1323723 2 0.4266 0.8745 0.000 0.700 0.000 0.040 0.008 0.252
#> SRR1476719 1 0.2176 0.8162 0.896 0.000 0.024 0.000 0.080 0.000
#> SRR1403478 2 0.3004 0.8064 0.000 0.832 0.012 0.000 0.012 0.144
#> SRR1095695 3 0.3023 0.8617 0.120 0.000 0.836 0.000 0.044 0.000
#> SRR1352391 4 0.5866 0.4202 0.132 0.004 0.016 0.540 0.308 0.000
#> SRR1498813 4 0.0000 0.7569 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627437 5 0.3068 0.7558 0.020 0.000 0.016 0.124 0.840 0.000
#> SRR2185097 1 0.1745 0.8256 0.924 0.000 0.020 0.000 0.056 0.000
#> SRR817166 5 0.3104 0.7975 0.084 0.000 0.068 0.004 0.844 0.000
#> SRR1091670 2 0.3482 0.8924 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR603776 1 0.2972 0.7766 0.836 0.000 0.036 0.000 0.128 0.000
#> SRR1479640 6 0.0260 0.8091 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR660152 3 0.3404 0.7897 0.224 0.000 0.760 0.000 0.016 0.000
#> SRR1074769 2 0.3298 0.8869 0.000 0.756 0.000 0.000 0.008 0.236
#> SRR656153 6 0.0713 0.8053 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1392502 5 0.4704 0.6779 0.160 0.000 0.156 0.000 0.684 0.000
#> SRR1359609 1 0.2101 0.8096 0.892 0.004 0.004 0.000 0.100 0.000
#> SRR601925 6 0.5011 0.5498 0.000 0.036 0.004 0.036 0.276 0.648
#> SRR2165182 2 0.3390 0.9027 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR608542 4 0.2092 0.7301 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR655064 4 0.0547 0.7588 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1432430 3 0.3206 0.8598 0.104 0.000 0.828 0.000 0.068 0.000
#> SRR808472 4 0.1418 0.7622 0.000 0.000 0.000 0.944 0.032 0.024
#> SRR1414958 3 0.2511 0.8608 0.064 0.000 0.880 0.000 0.056 0.000
#> SRR598484 6 0.4129 0.7211 0.000 0.068 0.000 0.068 0.072 0.792
#> SRR612755 3 0.3366 0.8379 0.080 0.004 0.824 0.000 0.092 0.000
#> SRR1365808 1 0.0777 0.8281 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR1391724 5 0.3344 0.8019 0.088 0.000 0.040 0.032 0.840 0.000
#> SRR1322373 3 0.1196 0.8432 0.040 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR1489265 6 0.3717 -0.1204 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1359099 2 0.3004 0.8064 0.000 0.832 0.012 0.000 0.012 0.144
#> SRR607279 6 0.1010 0.7995 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR810461 2 0.3464 0.8953 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR627427 1 0.6253 0.3856 0.504 0.092 0.072 0.000 0.332 0.000
#> SRR612887 6 0.0146 0.8111 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR809807 5 0.4122 0.7624 0.000 0.008 0.064 0.084 0.800 0.044
#> SRR663112 5 0.3497 0.7803 0.020 0.000 0.052 0.092 0.832 0.004
#> SRR1346933 4 0.6790 0.4986 0.180 0.136 0.000 0.520 0.164 0.000
#> SRR1487910 1 0.1500 0.8307 0.936 0.012 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR603092 4 0.0000 0.7569 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417680 6 0.0000 0.8106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.1367 0.8195 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012 0.000
#> SRR1070015 2 0.3515 0.8500 0.000 0.780 0.012 0.000 0.016 0.192
#> SRR1466222 5 0.3441 0.7870 0.020 0.000 0.072 0.076 0.832 0.000
#> SRR1416119 3 0.2237 0.8651 0.068 0.000 0.896 0.000 0.036 0.000
#> SRR819318 1 0.0692 0.8297 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR608288 2 0.4306 0.8702 0.000 0.700 0.000 0.044 0.008 0.248
#> SRR811121 2 0.4671 0.8379 0.000 0.692 0.000 0.052 0.024 0.232
#> SRR613138 2 0.3489 0.9031 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004 0.288
#> SRR810483 3 0.4928 0.6143 0.096 0.004 0.640 0.000 0.260 0.000
#> SRR607839 1 0.0260 0.8262 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0622 0.8302 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR601311 4 0.0000 0.7569 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406685 4 0.0458 0.7584 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1467500 4 0.0713 0.7585 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1308504 1 0.1320 0.8231 0.948 0.000 0.036 0.000 0.016 0.000
#> SRR1312865 5 0.3602 0.7646 0.088 0.000 0.116 0.000 0.796 0.000
#> SRR1312522 3 0.2962 0.8621 0.084 0.000 0.848 0.000 0.068 0.000
#> SRR1490486 2 0.3508 0.9033 0.000 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR1325888 3 0.2901 0.8592 0.128 0.000 0.840 0.000 0.032 0.000
#> SRR1472885 1 0.0363 0.8263 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 4 0.3659 0.4966 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1084766 4 0.0000 0.7569 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102804 6 0.3684 -0.1260 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1336636 3 0.5381 0.5647 0.296 0.000 0.560 0.000 0.144 0.000
#> SRR1347795 3 0.2630 0.8609 0.064 0.000 0.872 0.000 0.064 0.000
#> SRR601900 2 0.3390 0.8584 0.000 0.780 0.008 0.000 0.012 0.200
#> SRR1330989 4 0.1649 0.7619 0.000 0.000 0.000 0.932 0.032 0.036
#> SRR658445 2 0.3976 0.8517 0.000 0.760 0.012 0.020 0.012 0.196
#> SRR1368754 3 0.4402 0.7812 0.168 0.000 0.716 0.000 0.116 0.000
#> SRR1460001 2 0.3360 0.8987 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004 0.264
#> SRR1414934 1 0.1152 0.8278 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044 0.000
#> SRR1326249 3 0.2488 0.8677 0.076 0.000 0.880 0.000 0.044 0.000
#> SRR614948 1 0.1897 0.8112 0.908 0.004 0.004 0.000 0.084 0.000
#> SRR1472952 3 0.3066 0.8591 0.124 0.000 0.832 0.000 0.044 0.000
#> SRR1321528 1 0.5266 0.6528 0.644 0.116 0.004 0.012 0.224 0.000
#> SRR627447 3 0.3366 0.8379 0.080 0.004 0.824 0.000 0.092 0.000
#> SRR612239 4 0.3566 0.6303 0.020 0.000 0.000 0.744 0.236 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.966 0.957 0.982 0.4978 0.502 0.502
#> 3 3 0.568 0.689 0.839 0.3011 0.814 0.644
#> 4 4 0.714 0.790 0.871 0.1099 0.807 0.526
#> 5 5 0.824 0.831 0.910 0.0511 0.943 0.800
#> 6 6 0.714 0.637 0.817 0.0378 0.961 0.846
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR603858 1 0.7528 0.7307 0.784 0.216
#> SRR817070 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.9686 0.3665 0.604 0.396
#> SRR662031 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1481036 1 0.2778 0.9337 0.952 0.048
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1468637 2 0.9993 0.0522 0.484 0.516
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.3431 0.9186 0.936 0.064
#> SRR607863 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR627457 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1457750 2 0.9552 0.3909 0.376 0.624
#> SRR1099546 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1444063 1 0.9635 0.3784 0.612 0.388
#> SRR1355578 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR656934 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.5294 0.8573 0.120 0.880
#> SRR1391376 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1395699 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR615129 2 0.7299 0.7413 0.204 0.796
#> SRR607586 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR662954 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1375738 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR601723 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1384115 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1370423 1 0.4298 0.8941 0.912 0.088
#> SRR1314976 1 0.6712 0.7897 0.824 0.176
#> SRR1319560 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1352683 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1360807 2 0.6531 0.7934 0.168 0.832
#> SRR1332544 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR809296 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.1843 0.9518 0.972 0.028
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR612743 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1395595 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.0376 0.9822 0.004 0.996
#> SRR654838 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.2948 0.9347 0.052 0.948
#> SRR1366837 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR2166570 1 0.9248 0.5044 0.660 0.340
#> SRR601445 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1086728 1 0.6438 0.8056 0.836 0.164
#> SRR627464 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1409193 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR663623 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1471989 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1381934 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1419784 1 0.3879 0.9066 0.924 0.076
#> SRR1357233 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1417404 1 0.6343 0.8107 0.840 0.160
#> SRR665466 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1488429 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.3584 0.9135 0.932 0.068
#> SRR817004 1 0.7602 0.7220 0.780 0.220
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR604390 1 0.8555 0.6256 0.720 0.280
#> SRR614936 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1365938 2 0.7950 0.6830 0.240 0.760
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR660414 1 0.8144 0.6750 0.748 0.252
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR603750 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR608630 2 0.8386 0.6305 0.268 0.732
#> SRR655625 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.7219 0.7453 0.200 0.800
#> SRR615189 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.7139 0.7525 0.196 0.804
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1385300 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR665217 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1451988 1 0.9522 0.4355 0.628 0.372
#> SRR660555 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1406176 1 0.6801 0.7804 0.820 0.180
#> SRR656886 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.7219 0.7464 0.200 0.800
#> SRR665658 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1498813 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.0376 0.9822 0.004 0.996
#> SRR2185097 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR817166 1 0.6801 0.7844 0.820 0.180
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1432430 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1414958 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.9635 0.3879 0.612 0.388
#> SRR1322373 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1346933 2 0.2423 0.9471 0.040 0.960
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1416119 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR810483 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.1414 0.9588 0.980 0.020
#> SRR1312522 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9859 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.9754 1.000 0.000
#> SRR612239 2 0.6973 0.7645 0.188 0.812
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 1 0.2496 0.78704 0.928 0.068 0.004
#> SRR603858 3 0.2356 0.62361 0.072 0.000 0.928
#> SRR817070 2 0.5529 0.55702 0.000 0.704 0.296
#> SRR1486995 1 0.2261 0.78495 0.932 0.068 0.000
#> SRR813043 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR656874 2 0.1411 0.85900 0.000 0.964 0.036
#> SRR659037 3 0.1919 0.68300 0.020 0.024 0.956
#> SRR662031 1 0.3267 0.80308 0.884 0.000 0.116
#> SRR1081283 3 0.5560 0.55915 0.000 0.300 0.700
#> SRR1481036 1 0.3669 0.80954 0.896 0.040 0.064
#> SRR1434009 2 0.1031 0.85041 0.024 0.976 0.000
#> SRR1376676 1 0.5529 0.70486 0.704 0.000 0.296
#> SRR1396967 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR665429 2 0.1964 0.85211 0.000 0.944 0.056
#> SRR1388025 3 0.4121 0.67894 0.000 0.168 0.832
#> SRR600784 1 0.2280 0.79515 0.940 0.052 0.008
#> SRR657611 1 0.6154 0.56331 0.592 0.000 0.408
#> SRR1333659 2 0.1289 0.84663 0.032 0.968 0.000
#> SRR1323896 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR1453971 1 0.2066 0.78970 0.940 0.060 0.000
#> SRR1421010 1 0.4974 0.75045 0.764 0.000 0.236
#> SRR1334490 1 0.2356 0.78268 0.928 0.072 0.000
#> SRR1309468 1 0.1964 0.81108 0.944 0.000 0.056
#> SRR1468637 3 0.5285 0.68259 0.064 0.112 0.824
#> SRR1365489 2 0.1031 0.85038 0.024 0.976 0.000
#> SRR627445 1 0.7180 0.69089 0.716 0.168 0.116
#> SRR607863 2 0.2796 0.82987 0.000 0.908 0.092
#> SRR1475524 1 0.4702 0.76469 0.788 0.000 0.212
#> SRR1405504 2 0.1860 0.85412 0.000 0.948 0.052
#> SRR615695 1 0.6180 0.54984 0.584 0.000 0.416
#> SRR600900 2 0.3551 0.79576 0.000 0.868 0.132
#> SRR601477 2 0.0661 0.85606 0.008 0.988 0.004
#> SRR1487215 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR1310797 2 0.2711 0.83277 0.000 0.912 0.088
#> SRR1362713 3 0.2625 0.61133 0.084 0.000 0.916
#> SRR1431385 1 0.5465 0.71201 0.712 0.000 0.288
#> SRR1379089 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR1102079 1 0.1031 0.80989 0.976 0.000 0.024
#> SRR1357210 1 0.2625 0.80982 0.916 0.000 0.084
#> SRR657659 2 0.6026 0.36939 0.000 0.624 0.376
#> SRR663573 3 0.5926 0.47314 0.000 0.356 0.644
#> SRR603188 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR1471200 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR1310975 2 0.0747 0.85913 0.000 0.984 0.016
#> SRR627457 2 0.2663 0.83870 0.044 0.932 0.024
#> SRR1367654 2 0.0424 0.85501 0.008 0.992 0.000
#> SRR1488410 3 0.6286 -0.29704 0.464 0.000 0.536
#> SRR1457750 3 0.2982 0.65805 0.056 0.024 0.920
#> SRR1099546 1 0.1753 0.79362 0.952 0.048 0.000
#> SRR604480 2 0.0592 0.85395 0.012 0.988 0.000
#> SRR1390477 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR1458447 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR1473161 2 0.0424 0.85813 0.000 0.992 0.008
#> SRR1409813 2 0.1411 0.84423 0.036 0.964 0.000
#> SRR612791 1 0.2796 0.80866 0.908 0.000 0.092
#> SRR1470580 2 0.4062 0.71147 0.164 0.836 0.000
#> SRR1444063 1 0.7476 0.13977 0.512 0.452 0.036
#> SRR1355578 3 0.5706 0.16486 0.320 0.000 0.680
#> SRR1429203 1 0.5465 0.71161 0.712 0.000 0.288
#> SRR599154 2 0.3116 0.77949 0.108 0.892 0.000
#> SRR814244 3 0.5327 0.29310 0.272 0.000 0.728
#> SRR1404123 2 0.5835 0.46255 0.000 0.660 0.340
#> SRR656934 3 0.5431 0.28199 0.284 0.000 0.716
#> SRR1339029 2 0.1163 0.85961 0.000 0.972 0.028
#> SRR821525 3 0.4796 0.64152 0.000 0.220 0.780
#> SRR1443677 1 0.2165 0.81118 0.936 0.000 0.064
#> SRR1406330 1 0.4702 0.76420 0.788 0.000 0.212
#> SRR1338124 2 0.5138 0.58393 0.252 0.748 0.000
#> SRR1391376 1 0.2625 0.77492 0.916 0.084 0.000
#> SRR661842 3 0.4178 0.67692 0.000 0.172 0.828
#> SRR1395699 1 0.2448 0.78030 0.924 0.076 0.000
#> SRR1312209 3 0.6045 -0.03753 0.380 0.000 0.620
#> SRR1359469 1 0.4504 0.77313 0.804 0.000 0.196
#> SRR658885 1 0.2448 0.78030 0.924 0.076 0.000
#> SRR1414578 1 0.5810 0.66319 0.664 0.000 0.336
#> SRR603620 3 0.6291 0.18865 0.000 0.468 0.532
#> SRR604677 1 0.5363 0.72243 0.724 0.000 0.276
#> SRR603800 2 0.1411 0.84423 0.036 0.964 0.000
#> SRR602058 3 0.5706 0.53302 0.000 0.320 0.680
#> SRR817488 2 0.1289 0.84663 0.032 0.968 0.000
#> SRR655601 3 0.6295 0.17502 0.000 0.472 0.528
#> SRR1434821 2 0.1411 0.85900 0.000 0.964 0.036
#> SRR1349166 2 0.1289 0.84672 0.032 0.968 0.000
#> SRR615129 3 0.7507 0.56004 0.068 0.288 0.644
#> SRR607586 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR602680 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR1411070 3 0.6180 0.34245 0.000 0.416 0.584
#> SRR663038 2 0.1529 0.85816 0.000 0.960 0.040
#> SRR1489416 2 0.3267 0.81021 0.000 0.884 0.116
#> SRR1479155 1 0.4974 0.75063 0.764 0.000 0.236
#> SRR662162 1 0.2356 0.81081 0.928 0.000 0.072
#> SRR1374567 1 0.0661 0.80761 0.988 0.004 0.008
#> SRR1434048 2 0.1289 0.85938 0.000 0.968 0.032
#> SRR2184865 3 0.3116 0.70843 0.000 0.108 0.892
#> SRR2170135 1 0.2878 0.80776 0.904 0.000 0.096
#> SRR615551 2 0.1411 0.84423 0.036 0.964 0.000
#> SRR1335513 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR1370216 1 0.2165 0.78691 0.936 0.064 0.000
#> SRR662954 3 0.1411 0.70055 0.000 0.036 0.964
#> SRR1375738 1 0.2860 0.81236 0.912 0.004 0.084
#> SRR1356577 3 0.1643 0.64829 0.044 0.000 0.956
#> SRR1073119 1 0.5216 0.73715 0.740 0.000 0.260
#> SRR663549 1 0.2625 0.81167 0.916 0.000 0.084
#> SRR1478015 2 0.2537 0.83835 0.000 0.920 0.080
#> SRR600632 2 0.5882 0.44375 0.000 0.652 0.348
#> SRR811866 3 0.5098 0.34769 0.248 0.000 0.752
#> SRR1401101 2 0.1860 0.85412 0.000 0.948 0.052
#> SRR1477797 3 0.4002 0.68354 0.000 0.160 0.840
#> SRR1402986 2 0.1411 0.85900 0.000 0.964 0.036
#> SRR658897 1 0.5733 0.67572 0.676 0.000 0.324
#> SRR1419869 1 0.1753 0.79362 0.952 0.048 0.000
#> SRR1490700 3 0.1964 0.63810 0.056 0.000 0.944
#> SRR601723 3 0.5397 0.58434 0.000 0.280 0.720
#> SRR1384115 2 0.2947 0.83659 0.060 0.920 0.020
#> SRR1476927 2 0.3267 0.81021 0.000 0.884 0.116
#> SRR1387769 1 0.2772 0.81267 0.916 0.004 0.080
#> SRR1322595 1 0.2261 0.81123 0.932 0.000 0.068
#> SRR1370423 1 0.5733 0.50064 0.676 0.324 0.000
#> SRR1314976 3 0.1529 0.65187 0.040 0.000 0.960
#> SRR1319560 2 0.6302 0.00195 0.000 0.520 0.480
#> SRR1352683 1 0.6295 0.41605 0.528 0.000 0.472
#> SRR1473800 1 0.5560 0.70045 0.700 0.000 0.300
#> SRR1326384 1 0.6307 0.31720 0.512 0.000 0.488
#> SRR1360807 3 0.1529 0.70253 0.000 0.040 0.960
#> SRR1332544 1 0.1163 0.79998 0.972 0.028 0.000
#> SRR598695 1 0.1529 0.81037 0.960 0.000 0.040
#> SRR807824 2 0.5098 0.59860 0.248 0.752 0.000
#> SRR809296 1 0.2261 0.78495 0.932 0.068 0.000
#> SRR657927 1 0.1647 0.81261 0.960 0.004 0.036
#> SRR1440682 2 0.4235 0.74609 0.000 0.824 0.176
#> SRR1454415 2 0.2356 0.84326 0.000 0.928 0.072
#> SRR1419131 3 0.2261 0.71512 0.000 0.068 0.932
#> SRR1404293 3 0.5650 0.18804 0.312 0.000 0.688
#> SRR1473340 1 0.1753 0.81137 0.952 0.000 0.048
#> SRR1345563 1 0.6192 0.54239 0.580 0.000 0.420
#> SRR1323382 2 0.0747 0.85913 0.000 0.984 0.016
#> SRR1480697 1 0.1337 0.80842 0.972 0.012 0.016
#> SRR1321808 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR1382756 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR1312558 2 0.4235 0.69678 0.176 0.824 0.000
#> SRR1417088 2 0.6215 0.20673 0.000 0.572 0.428
#> SRR1433027 2 0.5835 0.46245 0.000 0.660 0.340
#> SRR662257 2 0.6225 0.19304 0.000 0.568 0.432
#> SRR600417 3 0.5621 0.54858 0.000 0.308 0.692
#> SRR812493 3 0.2448 0.71554 0.000 0.076 0.924
#> SRR612743 1 0.6280 0.46912 0.540 0.000 0.460
#> SRR1361345 3 0.2796 0.60235 0.092 0.000 0.908
#> SRR600584 2 0.5650 0.52490 0.000 0.688 0.312
#> SRR1310520 3 0.2448 0.71541 0.000 0.076 0.924
#> SRR1395595 1 0.5327 0.57521 0.728 0.272 0.000
#> SRR1334074 2 0.1753 0.83745 0.048 0.952 0.000
#> SRR654838 2 0.1643 0.83850 0.044 0.956 0.000
#> SRR1376694 1 0.1860 0.81099 0.948 0.000 0.052
#> SRR1433841 2 0.2681 0.84902 0.028 0.932 0.040
#> SRR1366837 1 0.5431 0.71703 0.716 0.000 0.284
#> SRR1467479 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR1459055 3 0.6302 -0.33870 0.480 0.000 0.520
#> SRR1471050 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR603004 2 0.2959 0.78917 0.100 0.900 0.000
#> SRR814703 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR661937 2 0.3116 0.81730 0.000 0.892 0.108
#> SRR614359 1 0.1289 0.80998 0.968 0.000 0.032
#> SRR1071568 2 0.1289 0.85947 0.000 0.968 0.032
#> SRR1389084 1 0.2356 0.78268 0.928 0.072 0.000
#> SRR1337624 3 0.6260 0.25302 0.000 0.448 0.552
#> SRR1344400 2 0.2066 0.85007 0.000 0.940 0.060
#> SRR1414290 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR1413644 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR1098998 1 0.3879 0.79242 0.848 0.000 0.152
#> SRR1481279 1 0.0424 0.80543 0.992 0.008 0.000
#> SRR1315103 3 0.4346 0.47106 0.184 0.000 0.816
#> SRR1099286 1 0.4605 0.77271 0.796 0.000 0.204
#> SRR2166570 3 0.2152 0.66736 0.036 0.016 0.948
#> SRR601445 1 0.6215 0.52976 0.572 0.000 0.428
#> SRR1439719 2 0.5678 0.51660 0.000 0.684 0.316
#> SRR1377026 2 0.5859 0.45296 0.000 0.656 0.344
#> SRR1327386 1 0.6291 0.45216 0.532 0.000 0.468
#> SRR654826 2 0.0747 0.85913 0.000 0.984 0.016
#> SRR1460433 3 0.3038 0.70904 0.000 0.104 0.896
#> SRR1469345 1 0.0424 0.80543 0.992 0.008 0.000
#> SRR1421462 2 0.1015 0.85605 0.012 0.980 0.008
#> SRR662966 1 0.0892 0.80919 0.980 0.000 0.020
#> SRR1339175 1 0.2796 0.80866 0.908 0.000 0.092
#> SRR1447736 2 0.1411 0.85900 0.000 0.964 0.036
#> SRR1434671 2 0.1411 0.85900 0.000 0.964 0.036
#> SRR660800 2 0.1411 0.85900 0.000 0.964 0.036
#> SRR1465543 2 0.2625 0.80420 0.084 0.916 0.000
#> SRR1342023 1 0.6126 0.57500 0.600 0.000 0.400
#> SRR1335670 1 0.6045 0.60636 0.620 0.000 0.380
#> SRR1400955 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR1072150 2 0.0424 0.85813 0.000 0.992 0.008
#> SRR1442822 1 0.4178 0.78487 0.828 0.000 0.172
#> SRR1364658 1 0.0892 0.80973 0.980 0.000 0.020
#> SRR1098074 2 0.2711 0.80063 0.088 0.912 0.000
#> SRR1442778 1 0.5138 0.74021 0.748 0.000 0.252
#> SRR1086728 1 0.6267 0.18282 0.548 0.452 0.000
#> SRR627464 2 0.2356 0.84509 0.000 0.928 0.072
#> SRR1409193 3 0.3038 0.58827 0.104 0.000 0.896
#> SRR2168286 3 0.2711 0.71335 0.000 0.088 0.912
#> SRR615539 2 0.3116 0.81716 0.000 0.892 0.108
#> SRR663623 1 0.1905 0.80513 0.956 0.028 0.016
#> SRR1471989 1 0.5098 0.60704 0.752 0.248 0.000
#> SRR1468828 2 0.5621 0.53329 0.000 0.692 0.308
#> SRR1381934 1 0.4452 0.77578 0.808 0.000 0.192
#> SRR1471098 1 0.1753 0.79360 0.952 0.048 0.000
#> SRR1314749 1 0.3941 0.79127 0.844 0.000 0.156
#> SRR2166874 3 0.6008 0.44249 0.000 0.372 0.628
#> SRR821302 1 0.2878 0.80788 0.904 0.000 0.096
#> SRR1435066 2 0.1411 0.85900 0.000 0.964 0.036
#> SRR661601 2 0.0237 0.85600 0.004 0.996 0.000
#> SRR1446546 2 0.1529 0.84160 0.040 0.960 0.000
#> SRR1419784 1 0.4750 0.64790 0.784 0.216 0.000
#> SRR1357233 2 0.5859 0.45343 0.000 0.656 0.344
#> SRR1441889 1 0.1860 0.81113 0.948 0.000 0.052
#> SRR1413940 3 0.6235 -0.21802 0.436 0.000 0.564
#> SRR1324250 2 0.5178 0.62959 0.000 0.744 0.256
#> SRR1442862 2 0.0892 0.85239 0.020 0.980 0.000
#> SRR662474 2 0.6280 0.08658 0.000 0.540 0.460
#> SRR1416226 1 0.3551 0.80115 0.868 0.000 0.132
#> SRR1417404 3 0.1411 0.65464 0.036 0.000 0.964
#> SRR665466 2 0.3941 0.76987 0.000 0.844 0.156
#> SRR658849 1 0.2165 0.78691 0.936 0.064 0.000
#> SRR1460025 2 0.4346 0.73776 0.000 0.816 0.184
#> SRR1408136 1 0.5178 0.73683 0.744 0.000 0.256
#> SRR1489995 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR1374092 1 0.5678 0.68499 0.684 0.000 0.316
#> SRR1488429 1 0.3619 0.73314 0.864 0.136 0.000
#> SRR1087559 1 0.8008 0.61670 0.656 0.152 0.192
#> SRR817004 1 0.5497 0.54535 0.708 0.292 0.000
#> SRR1429660 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR604390 1 0.5004 0.76964 0.840 0.088 0.072
#> SRR614936 2 0.6267 0.11786 0.000 0.548 0.452
#> SRR1365938 2 0.9857 -0.14560 0.308 0.416 0.276
#> SRR1437324 1 0.5363 0.72215 0.724 0.000 0.276
#> SRR613414 3 0.5397 0.58345 0.000 0.280 0.720
#> SRR660414 3 0.2229 0.65879 0.044 0.012 0.944
#> SRR1452185 1 0.5016 0.74865 0.760 0.000 0.240
#> SRR1347020 1 0.2229 0.81291 0.944 0.012 0.044
#> SRR1398036 3 0.6154 0.36220 0.000 0.408 0.592
#> SRR1436674 1 0.5529 0.70437 0.704 0.000 0.296
#> SRR603750 1 0.6462 0.74465 0.764 0.116 0.120
#> SRR608630 3 0.1163 0.69614 0.000 0.028 0.972
#> SRR655625 3 0.4702 0.64802 0.000 0.212 0.788
#> SRR599059 2 0.6225 0.21454 0.432 0.568 0.000
#> SRR615189 3 0.6302 0.14559 0.000 0.480 0.520
#> SRR1466889 2 0.1411 0.85900 0.000 0.964 0.036
#> SRR1084602 3 0.1411 0.70055 0.000 0.036 0.964
#> SRR1335422 1 0.3192 0.80414 0.888 0.000 0.112
#> SRR1356805 2 0.1031 0.85959 0.000 0.976 0.024
#> SRR1385300 1 0.5621 0.52441 0.692 0.308 0.000
#> SRR654814 1 0.5291 0.72872 0.732 0.000 0.268
#> SRR658385 2 0.0747 0.85913 0.000 0.984 0.016
#> SRR820596 1 0.6244 0.50804 0.560 0.000 0.440
#> SRR1318118 3 0.6260 -0.25276 0.448 0.000 0.552
#> SRR1480766 2 0.2878 0.82681 0.000 0.904 0.096
#> SRR1406539 1 0.1643 0.81121 0.956 0.000 0.044
#> SRR1341833 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR1441826 3 0.3267 0.70549 0.000 0.116 0.884
#> SRR1448051 1 0.5363 0.72239 0.724 0.000 0.276
#> SRR1326752 1 0.2261 0.78495 0.932 0.068 0.000
#> SRR665217 1 0.4605 0.66170 0.796 0.204 0.000
#> SRR819186 2 0.1411 0.84423 0.036 0.964 0.000
#> SRR661517 1 0.2448 0.78030 0.924 0.076 0.000
#> SRR607166 2 0.2066 0.82576 0.060 0.940 0.000
#> SRR809065 3 0.6180 0.34116 0.000 0.416 0.584
#> SRR1415872 2 0.2356 0.84326 0.000 0.928 0.072
#> SRR1415463 1 0.2096 0.79371 0.944 0.052 0.004
#> SRR1381161 3 0.6295 0.17502 0.000 0.472 0.528
#> SRR1442231 3 0.3267 0.70476 0.000 0.116 0.884
#> SRR1374696 3 0.3192 0.57828 0.112 0.000 0.888
#> SRR1451988 1 0.6235 0.23268 0.564 0.436 0.000
#> SRR660555 1 0.1643 0.81063 0.956 0.000 0.044
#> SRR657801 1 0.2537 0.81031 0.920 0.000 0.080
#> SRR663344 2 0.1411 0.85900 0.000 0.964 0.036
#> SRR1472462 2 0.2356 0.84326 0.000 0.928 0.072
#> SRR1406176 1 0.5988 0.41407 0.632 0.368 0.000
#> SRR656886 2 0.2165 0.82247 0.064 0.936 0.000
#> SRR1498337 3 0.4974 0.62732 0.000 0.236 0.764
#> SRR613066 1 0.2066 0.78872 0.940 0.060 0.000
#> SRR1309490 1 0.4605 0.76897 0.796 0.000 0.204
#> SRR602492 3 0.5497 0.56913 0.000 0.292 0.708
#> SRR1447347 1 0.1964 0.81206 0.944 0.000 0.056
#> SRR1475546 2 0.2356 0.84326 0.000 0.928 0.072
#> SRR627459 3 0.6008 0.44360 0.000 0.372 0.628
#> SRR1434332 2 0.2356 0.84326 0.000 0.928 0.072
#> SRR1070358 2 0.5465 0.57254 0.000 0.712 0.288
#> SRR1345936 3 0.2537 0.71558 0.000 0.080 0.920
#> SRR665658 2 0.2165 0.84784 0.000 0.936 0.064
#> SRR1321351 2 0.5397 0.58760 0.000 0.720 0.280
#> SRR657880 2 0.1031 0.85038 0.024 0.976 0.000
#> SRR1373903 2 0.4062 0.76055 0.000 0.836 0.164
#> SRR657396 2 0.6215 0.20793 0.000 0.572 0.428
#> SRR660981 2 0.3038 0.82054 0.000 0.896 0.104
#> SRR818499 1 0.1643 0.81086 0.956 0.000 0.044
#> SRR819658 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR1376316 1 0.6008 0.61702 0.628 0.000 0.372
#> SRR1323723 2 0.2959 0.78735 0.100 0.900 0.000
#> SRR1476719 1 0.6280 0.46850 0.540 0.000 0.460
#> SRR1403478 2 0.1163 0.85962 0.000 0.972 0.028
#> SRR1095695 1 0.2959 0.76332 0.900 0.100 0.000
#> SRR1352391 3 0.2066 0.63466 0.060 0.000 0.940
#> SRR1498813 3 0.5706 0.53210 0.000 0.320 0.680
#> SRR627437 3 0.5988 0.45180 0.000 0.368 0.632
#> SRR2185097 1 0.3686 0.79659 0.860 0.000 0.140
#> SRR817166 1 0.4845 0.74731 0.844 0.052 0.104
#> SRR1091670 2 0.0747 0.85913 0.000 0.984 0.016
#> SRR603776 1 0.5363 0.72288 0.724 0.000 0.276
#> SRR1479640 2 0.4235 0.74654 0.000 0.824 0.176
#> SRR660152 1 0.0475 0.80668 0.992 0.004 0.004
#> SRR1074769 2 0.1163 0.84884 0.028 0.972 0.000
#> SRR656153 2 0.2356 0.84326 0.000 0.928 0.072
#> SRR1392502 1 0.2625 0.81012 0.916 0.000 0.084
#> SRR1359609 1 0.4654 0.76685 0.792 0.000 0.208
#> SRR601925 2 0.1411 0.84423 0.036 0.964 0.000
#> SRR2165182 2 0.1529 0.85812 0.000 0.960 0.040
#> SRR608542 3 0.6305 0.13080 0.000 0.484 0.516
#> SRR655064 3 0.3192 0.70702 0.000 0.112 0.888
#> SRR1432430 1 0.4121 0.70151 0.832 0.168 0.000
#> SRR808472 3 0.5760 0.52072 0.000 0.328 0.672
#> SRR1414958 1 0.4399 0.67991 0.812 0.188 0.000
#> SRR598484 2 0.1647 0.85997 0.004 0.960 0.036
#> SRR612755 1 0.1905 0.80504 0.956 0.028 0.016
#> SRR1365808 1 0.5529 0.70433 0.704 0.000 0.296
#> SRR1391724 3 0.4556 0.67333 0.080 0.060 0.860
#> SRR1322373 1 0.2356 0.78268 0.928 0.072 0.000
#> SRR1489265 2 0.1529 0.85816 0.000 0.960 0.040
#> SRR1359099 2 0.1163 0.85962 0.000 0.972 0.028
#> SRR607279 2 0.1411 0.85900 0.000 0.964 0.036
#> SRR810461 2 0.1031 0.85038 0.024 0.976 0.000
#> SRR627427 1 0.3370 0.79121 0.904 0.072 0.024
#> SRR612887 2 0.4504 0.72047 0.000 0.804 0.196
#> SRR809807 2 0.5678 0.49494 0.316 0.684 0.000
#> SRR663112 2 0.4702 0.64861 0.212 0.788 0.000
#> SRR1346933 3 0.3678 0.70540 0.028 0.080 0.892
#> SRR1487910 1 0.6260 0.49308 0.552 0.000 0.448
#> SRR603092 3 0.5560 0.55915 0.000 0.300 0.700
#> SRR1417680 2 0.4062 0.76069 0.000 0.836 0.164
#> SRR1383785 1 0.2537 0.81026 0.920 0.000 0.080
#> SRR1070015 2 0.2356 0.81635 0.072 0.928 0.000
#> SRR1466222 2 0.4504 0.66923 0.196 0.804 0.000
#> SRR1416119 1 0.2261 0.78495 0.932 0.068 0.000
#> SRR819318 1 0.5363 0.72302 0.724 0.000 0.276
#> SRR608288 2 0.1411 0.84423 0.036 0.964 0.000
#> SRR811121 2 0.3619 0.74689 0.136 0.864 0.000
#> SRR613138 2 0.1411 0.85900 0.000 0.964 0.036
#> SRR810483 1 0.1751 0.80388 0.960 0.028 0.012
#> SRR607839 1 0.4121 0.78639 0.832 0.000 0.168
#> SRR1337031 1 0.1860 0.81119 0.948 0.000 0.052
#> SRR601311 3 0.4605 0.65472 0.000 0.204 0.796
#> SRR1406685 3 0.6274 0.22753 0.000 0.456 0.544
#> SRR1467500 3 0.6192 0.33189 0.000 0.420 0.580
#> SRR1308504 1 0.3686 0.79650 0.860 0.000 0.140
#> SRR1312865 1 0.5327 0.57566 0.728 0.272 0.000
#> SRR1312522 1 0.3816 0.72161 0.852 0.148 0.000
#> SRR1490486 2 0.1964 0.82899 0.056 0.944 0.000
#> SRR1325888 1 0.2261 0.78495 0.932 0.068 0.000
#> SRR1472885 1 0.4178 0.78466 0.828 0.000 0.172
#> SRR1098785 2 0.5397 0.58804 0.000 0.720 0.280
#> SRR1084766 3 0.2537 0.71502 0.000 0.080 0.920
#> SRR1102804 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR1336636 1 0.3482 0.80209 0.872 0.000 0.128
#> SRR1347795 1 0.1753 0.79362 0.952 0.048 0.000
#> SRR601900 2 0.1411 0.84423 0.036 0.964 0.000
#> SRR1330989 3 0.6008 0.44321 0.000 0.372 0.628
#> SRR658445 2 0.3686 0.74391 0.140 0.860 0.000
#> SRR1368754 1 0.0829 0.80530 0.984 0.012 0.004
#> SRR1460001 2 0.1753 0.85590 0.000 0.952 0.048
#> SRR1414934 1 0.5948 0.63327 0.640 0.000 0.360
#> SRR1326249 1 0.3482 0.74020 0.872 0.128 0.000
#> SRR614948 1 0.5327 0.72516 0.728 0.000 0.272
#> SRR1472952 1 0.2448 0.78030 0.924 0.076 0.000
#> SRR1321528 3 0.5678 0.17649 0.316 0.000 0.684
#> SRR627447 1 0.2486 0.79214 0.932 0.060 0.008
#> SRR612239 3 0.1753 0.70634 0.000 0.048 0.952
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.0524 0.8668 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR603858 1 0.3528 0.7696 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR817070 4 0.4331 0.7015 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1486995 3 0.0000 0.8671 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0376 0.9451 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659037 4 0.2255 0.7736 0.068 0.000 0.012 0.920
#> SRR662031 1 0.4122 0.7830 0.760 0.000 0.236 0.004
#> SRR1081283 4 0.2944 0.8104 0.004 0.128 0.000 0.868
#> SRR1481036 3 0.1677 0.8495 0.012 0.000 0.948 0.040
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.4017 0.8395 0.828 0.000 0.128 0.044
#> SRR1396967 2 0.5628 0.0514 0.000 0.556 0.024 0.420
#> SRR665429 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.2399 0.8015 0.032 0.048 0.000 0.920
#> SRR600784 3 0.0524 0.8668 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR657611 1 0.5536 0.8060 0.724 0.000 0.180 0.096
#> SRR1333659 2 0.1584 0.9140 0.012 0.952 0.000 0.036
#> SRR1323896 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1453971 3 0.0336 0.8670 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1421010 1 0.3806 0.8351 0.824 0.000 0.156 0.020
#> SRR1334490 3 0.0524 0.8656 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1309468 3 0.4624 0.3255 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1468637 1 0.2926 0.7330 0.888 0.004 0.012 0.096
#> SRR1365489 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.1598 0.8583 0.020 0.004 0.956 0.020
#> SRR607863 2 0.0469 0.9430 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1475524 1 0.3367 0.8208 0.864 0.000 0.108 0.028
#> SRR1405504 2 0.0336 0.9452 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR615695 1 0.4130 0.8264 0.828 0.000 0.064 0.108
#> SRR600900 4 0.4993 0.7269 0.000 0.260 0.028 0.712
#> SRR601477 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0376 0.9451 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1310797 2 0.0817 0.9358 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1362713 1 0.3400 0.7762 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1431385 1 0.3672 0.8315 0.824 0.000 0.164 0.012
#> SRR1379089 2 0.0376 0.9451 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1102079 3 0.0336 0.8667 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1357210 1 0.4406 0.7235 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR657659 2 0.1022 0.9302 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR663573 4 0.3528 0.7918 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR603188 2 0.0707 0.9385 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1471200 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR627457 2 0.3326 0.8064 0.004 0.856 0.008 0.132
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.3862 0.7987 0.824 0.000 0.024 0.152
#> SRR1457750 1 0.4452 0.7609 0.796 0.048 0.000 0.156
#> SRR1099546 3 0.0469 0.8667 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR604480 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0376 0.9451 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1458447 2 0.0188 0.9463 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.0779 0.9387 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR612791 3 0.4543 0.3909 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1470580 3 0.4492 0.5784 0.004 0.260 0.732 0.004
#> SRR1444063 1 0.5590 0.0920 0.504 0.480 0.008 0.008
#> SRR1355578 1 0.3356 0.7797 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1429203 1 0.3958 0.8383 0.824 0.000 0.144 0.032
#> SRR599154 2 0.0707 0.9373 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR814244 1 0.2867 0.7361 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR1404123 2 0.4804 0.2459 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR656934 4 0.5781 0.5636 0.072 0.000 0.252 0.676
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.2198 0.8078 0.008 0.072 0.000 0.920
#> SRR1443677 1 0.4431 0.7216 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1406330 1 0.4017 0.8199 0.828 0.000 0.128 0.044
#> SRR1338124 3 0.3726 0.6547 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1391376 3 0.0376 0.8672 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR661842 4 0.2363 0.8042 0.024 0.056 0.000 0.920
#> SRR1395699 3 0.0336 0.8671 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1312209 1 0.4088 0.8095 0.820 0.000 0.040 0.140
#> SRR1359469 1 0.3569 0.8170 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR658885 3 0.0469 0.8652 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1414578 1 0.4387 0.8371 0.804 0.000 0.144 0.052
#> SRR603620 2 0.2334 0.8730 0.004 0.908 0.000 0.088
#> SRR604677 1 0.4188 0.8368 0.812 0.000 0.148 0.040
#> SRR603800 2 0.1296 0.9266 0.004 0.964 0.028 0.004
#> SRR602058 4 0.3024 0.8068 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR817488 2 0.0336 0.9451 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR655601 4 0.3801 0.7763 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1434821 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1349166 2 0.0188 0.9463 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR615129 1 0.4507 0.6066 0.756 0.224 0.000 0.020
#> SRR607586 2 0.0188 0.9463 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR602680 2 0.0188 0.9463 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1411070 4 0.3726 0.7834 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR663038 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0336 0.9450 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1479155 1 0.3718 0.8309 0.820 0.000 0.168 0.012
#> SRR662162 3 0.2408 0.7911 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1374567 3 0.0376 0.8672 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1434048 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.2489 0.7863 0.068 0.020 0.000 0.912
#> SRR2170135 3 0.4992 -0.2054 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR615551 2 0.0712 0.9406 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR1335513 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370216 3 0.0336 0.8671 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR662954 1 0.5126 0.3126 0.552 0.004 0.000 0.444
#> SRR1375738 3 0.0927 0.8658 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1356577 4 0.2408 0.7554 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1073119 3 0.5681 0.1080 0.404 0.000 0.568 0.028
#> SRR663549 3 0.0895 0.8652 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR1478015 2 0.2647 0.8296 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR600632 2 0.0469 0.9427 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR811866 4 0.5549 0.4456 0.280 0.000 0.048 0.672
#> SRR1401101 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477797 4 0.2363 0.8042 0.024 0.056 0.000 0.920
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.3984 0.8390 0.828 0.000 0.132 0.040
#> SRR1419869 3 0.0336 0.8671 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1490700 1 0.3908 0.7529 0.784 0.000 0.004 0.212
#> SRR601723 4 0.3340 0.8080 0.004 0.144 0.004 0.848
#> SRR1384115 3 0.8518 0.3207 0.124 0.308 0.484 0.084
#> SRR1476927 2 0.0336 0.9450 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1387769 3 0.0779 0.8662 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1322595 1 0.3286 0.7362 0.876 0.000 0.044 0.080
#> SRR1370423 3 0.0188 0.8672 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1314976 4 0.2281 0.7605 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1319560 2 0.2124 0.8915 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1352683 4 0.5657 0.5862 0.068 0.000 0.244 0.688
#> SRR1473800 1 0.3907 0.8383 0.828 0.000 0.140 0.032
#> SRR1326384 4 0.5328 0.6212 0.064 0.000 0.212 0.724
#> SRR1360807 4 0.2053 0.7764 0.072 0.004 0.000 0.924
#> SRR1332544 3 0.1109 0.8593 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR598695 1 0.4500 0.7053 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR807824 2 0.1930 0.8931 0.004 0.936 0.056 0.004
#> SRR809296 3 0.0336 0.8671 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR657927 3 0.0524 0.8669 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1440682 2 0.0336 0.9450 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419131 4 0.2179 0.7834 0.064 0.012 0.000 0.924
#> SRR1404293 1 0.3672 0.7906 0.824 0.000 0.012 0.164
#> SRR1473340 3 0.0592 0.8654 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1345563 1 0.2179 0.7569 0.924 0.000 0.012 0.064
#> SRR1323382 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.2480 0.8106 0.008 0.000 0.904 0.088
#> SRR1321808 2 0.0564 0.9432 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1382756 4 0.6434 0.3457 0.000 0.432 0.068 0.500
#> SRR1312558 2 0.1585 0.9115 0.004 0.952 0.040 0.004
#> SRR1417088 2 0.5000 -0.1877 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1433027 2 0.0592 0.9403 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR662257 4 0.4994 0.2409 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR600417 4 0.2868 0.8089 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR812493 4 0.2335 0.7883 0.060 0.020 0.000 0.920
#> SRR612743 4 0.6817 0.1294 0.100 0.000 0.408 0.492
#> SRR1361345 1 0.3400 0.7762 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR600584 4 0.4164 0.7325 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1310520 4 0.2450 0.7831 0.072 0.016 0.000 0.912
#> SRR1395595 3 0.0779 0.8627 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1334074 2 0.6107 0.6406 0.176 0.708 0.016 0.100
#> SRR654838 2 0.0592 0.9396 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1376694 1 0.3144 0.7422 0.884 0.000 0.044 0.072
#> SRR1433841 2 0.0779 0.9391 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1366837 3 0.4364 0.7376 0.092 0.000 0.816 0.092
#> SRR1467479 2 0.0564 0.9432 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1459055 1 0.2999 0.7934 0.864 0.000 0.004 0.132
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 3 0.5161 0.0921 0.000 0.476 0.520 0.004
#> SRR814703 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661937 2 0.4977 -0.0519 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR614359 3 0.1211 0.8524 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1071568 2 0.0524 0.9444 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1389084 3 0.0336 0.8671 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1337624 2 0.1661 0.9077 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0376 0.9451 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.4134 0.7688 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1481279 3 0.0707 0.8641 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1315103 1 0.3123 0.7826 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1099286 3 0.6078 0.3648 0.312 0.000 0.620 0.068
#> SRR2166570 4 0.2528 0.7716 0.080 0.004 0.008 0.908
#> SRR601445 1 0.4181 0.8169 0.820 0.000 0.052 0.128
#> SRR1439719 2 0.1792 0.8955 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1377026 2 0.1118 0.9260 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1327386 1 0.3999 0.8080 0.824 0.000 0.036 0.140
#> SRR654826 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.2796 0.7740 0.092 0.016 0.000 0.892
#> SRR1469345 3 0.1211 0.8521 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.5631 0.6537 0.232 0.000 0.696 0.072
#> SRR1339175 3 0.4888 0.0938 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1447736 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.1706 0.9155 0.000 0.948 0.016 0.036
#> SRR1342023 1 0.4285 0.8287 0.820 0.000 0.076 0.104
#> SRR1335670 1 0.4786 0.8322 0.788 0.000 0.108 0.104
#> SRR1400955 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1072150 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.3801 0.8004 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1364658 3 0.0469 0.8663 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1098074 3 0.6232 0.2787 0.004 0.400 0.548 0.048
#> SRR1442778 1 0.3862 0.8362 0.824 0.000 0.152 0.024
#> SRR1086728 3 0.1811 0.8448 0.028 0.020 0.948 0.004
#> SRR627464 2 0.3208 0.7945 0.000 0.848 0.004 0.148
#> SRR1409193 1 0.3688 0.7567 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2168286 4 0.2300 0.7855 0.064 0.016 0.000 0.920
#> SRR615539 2 0.0336 0.9450 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR663623 3 0.1004 0.8664 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1471989 3 0.5007 0.7057 0.172 0.000 0.760 0.068
#> SRR1468828 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381934 3 0.3168 0.8017 0.060 0.000 0.884 0.056
#> SRR1471098 3 0.0336 0.8671 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1314749 3 0.1151 0.8592 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR2166874 2 0.4525 0.7655 0.080 0.804 0.000 0.116
#> SRR821302 3 0.0817 0.8610 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 3 0.4482 0.5599 0.000 0.264 0.728 0.008
#> SRR1419784 3 0.5497 0.6855 0.196 0.004 0.728 0.072
#> SRR1357233 2 0.7396 0.1524 0.156 0.500 0.004 0.340
#> SRR1441889 3 0.2773 0.7696 0.116 0.000 0.880 0.004
#> SRR1413940 1 0.3591 0.7855 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR1324250 4 0.4222 0.7207 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1442862 2 0.0592 0.9426 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR662474 4 0.4072 0.7444 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1416226 3 0.2635 0.8181 0.020 0.000 0.904 0.076
#> SRR1417404 4 0.2469 0.7526 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR665466 2 0.0336 0.9450 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR658849 3 0.0336 0.8671 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1460025 4 0.4103 0.7400 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1408136 1 0.3743 0.8331 0.824 0.000 0.160 0.016
#> SRR1489995 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.6451 -0.0321 0.068 0.000 0.476 0.456
#> SRR1488429 3 0.0188 0.8670 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1087559 1 0.5725 0.7506 0.740 0.124 0.124 0.012
#> SRR817004 2 0.6890 0.3040 0.312 0.576 0.104 0.008
#> SRR1429660 2 0.0779 0.9376 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR604390 3 0.5498 0.2501 0.020 0.000 0.576 0.404
#> SRR614936 2 0.0817 0.9343 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1365938 1 0.4737 0.5675 0.728 0.252 0.000 0.020
#> SRR1437324 1 0.3751 0.8193 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR613414 4 0.6089 0.6417 0.080 0.280 0.000 0.640
#> SRR660414 4 0.2984 0.7588 0.084 0.000 0.028 0.888
#> SRR1452185 1 0.3539 0.8261 0.820 0.000 0.176 0.004
#> SRR1347020 3 0.0524 0.8668 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1398036 4 0.3528 0.7917 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1436674 1 0.4332 0.8277 0.792 0.000 0.176 0.032
#> SRR603750 3 0.1811 0.8544 0.020 0.004 0.948 0.028
#> SRR608630 1 0.4933 0.3422 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR655625 4 0.2222 0.8057 0.016 0.060 0.000 0.924
#> SRR599059 3 0.4018 0.6492 0.004 0.224 0.772 0.000
#> SRR615189 2 0.3311 0.7617 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.2125 0.7748 0.076 0.004 0.000 0.920
#> SRR1335422 1 0.4855 0.5518 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.1492 0.8571 0.036 0.004 0.956 0.004
#> SRR654814 1 0.4814 0.6881 0.676 0.000 0.316 0.008
#> SRR658385 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820596 4 0.6919 0.1563 0.112 0.000 0.388 0.500
#> SRR1318118 1 0.4188 0.8077 0.812 0.000 0.040 0.148
#> SRR1480766 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406539 1 0.4252 0.7697 0.744 0.000 0.252 0.004
#> SRR1341833 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441826 4 0.2256 0.7889 0.056 0.020 0.000 0.924
#> SRR1448051 1 0.4290 0.8074 0.772 0.000 0.212 0.016
#> SRR1326752 3 0.0188 0.8670 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.8671 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0712 0.9406 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR661517 3 0.0336 0.8671 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR607166 2 0.0592 0.9396 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR809065 4 0.4188 0.7570 0.004 0.244 0.000 0.752
#> SRR1415872 2 0.1022 0.9293 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1415463 3 0.0376 0.8672 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1381161 4 0.3726 0.7815 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1442231 1 0.5042 0.7240 0.768 0.096 0.000 0.136
#> SRR1374696 4 0.3910 0.6851 0.156 0.000 0.024 0.820
#> SRR1451988 3 0.0712 0.8660 0.008 0.004 0.984 0.004
#> SRR660555 1 0.4250 0.7536 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR657801 1 0.4560 0.7215 0.700 0.000 0.296 0.004
#> SRR663344 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.2234 0.8261 0.008 0.064 0.924 0.004
#> SRR656886 3 0.4277 0.5451 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1498337 4 0.2480 0.8093 0.008 0.088 0.000 0.904
#> SRR613066 3 0.1452 0.8533 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1309490 1 0.3649 0.8116 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR602492 4 0.2647 0.8100 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1447347 3 0.0657 0.8662 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.3725 0.7970 0.000 0.180 0.008 0.812
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070358 2 0.4981 -0.0654 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1345936 4 0.1339 0.7735 0.024 0.004 0.008 0.964
#> SRR665658 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1321351 4 0.4522 0.6516 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR657880 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657396 2 0.1637 0.9053 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR660981 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.4356 0.7365 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR819658 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376316 1 0.4274 0.8275 0.820 0.000 0.072 0.108
#> SRR1323723 2 0.1082 0.9318 0.004 0.972 0.020 0.004
#> SRR1476719 1 0.4753 0.8230 0.788 0.000 0.084 0.128
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0524 0.8668 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1352391 4 0.2125 0.7728 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR1498813 4 0.3024 0.8069 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR627437 4 0.3764 0.8000 0.000 0.172 0.012 0.816
#> SRR2185097 1 0.3801 0.7971 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR817166 4 0.5506 0.1048 0.016 0.000 0.472 0.512
#> SRR1091670 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.6022 0.7320 0.656 0.000 0.260 0.084
#> SRR1479640 2 0.0921 0.9324 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR660152 3 0.1118 0.8556 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1392502 3 0.4804 0.7360 0.160 0.000 0.776 0.064
#> SRR1359609 1 0.3877 0.8197 0.840 0.000 0.112 0.048
#> SRR601925 2 0.2777 0.8441 0.004 0.888 0.104 0.004
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608542 4 0.4477 0.6551 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR655064 4 0.2489 0.7863 0.068 0.020 0.000 0.912
#> SRR1432430 3 0.0844 0.8669 0.012 0.004 0.980 0.004
#> SRR808472 4 0.3266 0.8016 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1414958 3 0.3501 0.7760 0.132 0.000 0.848 0.020
#> SRR598484 2 0.0376 0.9460 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR612755 3 0.0657 0.8666 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1365808 1 0.3958 0.8383 0.824 0.000 0.144 0.032
#> SRR1391724 4 0.4656 0.6836 0.056 0.000 0.160 0.784
#> SRR1322373 3 0.0336 0.8671 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0188 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR810461 2 0.0188 0.9465 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR627427 3 0.0804 0.8666 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR612887 2 0.0707 0.9384 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR809807 3 0.5855 0.6867 0.164 0.028 0.736 0.072
#> SRR663112 3 0.3306 0.7218 0.000 0.156 0.840 0.004
#> SRR1346933 1 0.4214 0.7444 0.780 0.016 0.000 0.204
#> SRR1487910 1 0.4274 0.8274 0.820 0.000 0.072 0.108
#> SRR603092 4 0.2999 0.8100 0.004 0.132 0.000 0.864
#> SRR1417680 2 0.0336 0.9450 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1383785 3 0.5151 -0.1470 0.464 0.000 0.532 0.004
#> SRR1070015 2 0.3948 0.8096 0.068 0.852 0.008 0.072
#> SRR1466222 3 0.3751 0.6670 0.000 0.196 0.800 0.004
#> SRR1416119 3 0.0188 0.8670 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR819318 1 0.4100 0.8395 0.824 0.000 0.128 0.048
#> SRR608288 2 0.0564 0.9432 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR811121 2 0.1398 0.9157 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.0524 0.8668 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR607839 1 0.3649 0.8110 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1337031 1 0.4866 0.5404 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR601311 4 0.2255 0.8070 0.012 0.068 0.000 0.920
#> SRR1406685 4 0.3764 0.7787 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1467500 4 0.3726 0.7829 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1308504 1 0.4992 0.3461 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1312865 3 0.0188 0.8672 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1312522 3 0.0524 0.8672 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1490486 2 0.0844 0.9375 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR1325888 3 0.0188 0.8672 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1472885 1 0.4250 0.7506 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1098785 2 0.0469 0.9430 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1084766 4 0.2255 0.7823 0.068 0.012 0.000 0.920
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.1305 0.8549 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR1347795 3 0.4605 0.7502 0.132 0.000 0.796 0.072
#> SRR601900 2 0.0188 0.9463 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1330989 4 0.3764 0.7814 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR658445 2 0.6729 0.6172 0.148 0.696 0.080 0.076
#> SRR1368754 3 0.0592 0.8647 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9472 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.4231 0.8360 0.824 0.000 0.096 0.080
#> SRR1326249 3 0.0188 0.8670 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR614948 1 0.2399 0.7881 0.920 0.000 0.032 0.048
#> SRR1472952 3 0.0524 0.8668 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1321528 1 0.3893 0.7732 0.796 0.000 0.008 0.196
#> SRR627447 3 0.0524 0.8668 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR612239 4 0.2300 0.7858 0.064 0.016 0.000 0.920
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.2199 0.8742 0.008 0.016 0.924 0.008 0.044
#> SRR603858 1 0.2280 0.7614 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR817070 4 0.3170 0.7456 0.004 0.160 0.000 0.828 0.008
#> SRR1486995 3 0.0324 0.8912 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR813043 2 0.0671 0.9453 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR656874 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR659037 4 0.1502 0.8730 0.004 0.000 0.000 0.940 0.056
#> SRR662031 1 0.1862 0.8394 0.932 0.016 0.048 0.004 0.000
#> SRR1081283 4 0.1948 0.8852 0.036 0.024 0.000 0.932 0.008
#> SRR1481036 3 0.1608 0.8660 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1434009 2 0.0324 0.9470 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1376676 1 0.0794 0.8439 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.4089 0.7765 0.000 0.124 0.024 0.808 0.044
#> SRR665429 2 0.0912 0.9489 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1388025 4 0.0798 0.8871 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR600784 3 0.1934 0.8761 0.004 0.000 0.928 0.016 0.052
#> SRR657611 1 0.3759 0.7642 0.792 0.000 0.180 0.024 0.004
#> SRR1333659 2 0.1774 0.9210 0.000 0.932 0.000 0.016 0.052
#> SRR1323896 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1453971 3 0.0865 0.8899 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1421010 1 0.1043 0.8444 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0798 0.8909 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1309468 3 0.4294 -0.0802 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1468637 5 0.1740 0.8183 0.056 0.012 0.000 0.000 0.932
#> SRR1365489 2 0.1444 0.9392 0.000 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR627445 3 0.3068 0.8548 0.012 0.016 0.880 0.076 0.016
#> SRR607863 2 0.0992 0.9472 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1475524 1 0.1648 0.8418 0.940 0.000 0.040 0.000 0.020
#> SRR1405504 2 0.0703 0.9466 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR615695 1 0.0162 0.8384 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.2774 0.8372 0.004 0.008 0.080 0.888 0.020
#> SRR601477 2 0.0324 0.9474 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1487215 2 0.0798 0.9431 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1310797 2 0.0865 0.9459 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1362713 1 0.0510 0.8325 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1431385 1 0.1121 0.8435 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0671 0.9453 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1102079 3 0.2429 0.8531 0.004 0.000 0.900 0.076 0.020
#> SRR1357210 1 0.3074 0.7621 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.2377 0.8434 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR663573 4 0.0794 0.8855 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR603188 2 0.1197 0.9319 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1471200 2 0.0451 0.9459 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1310975 2 0.0992 0.9405 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR627457 2 0.4377 0.7260 0.000 0.756 0.008 0.192 0.044
#> SRR1367654 2 0.0451 0.9455 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1488410 1 0.0510 0.8325 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1457750 1 0.1386 0.8238 0.952 0.016 0.000 0.032 0.000
#> SRR1099546 3 0.0898 0.8896 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR604480 2 0.0671 0.9453 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1390477 2 0.0510 0.9467 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1458447 2 0.0451 0.9491 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1473161 2 0.1626 0.9369 0.000 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR1409813 2 0.0955 0.9381 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR612791 1 0.4549 0.2547 0.528 0.000 0.464 0.000 0.008
#> SRR1470580 3 0.4682 0.6844 0.004 0.128 0.780 0.040 0.048
#> SRR1444063 1 0.4560 0.0770 0.508 0.484 0.000 0.008 0.000
#> SRR1355578 1 0.0404 0.8345 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1429203 1 0.1043 0.8439 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.1299 0.9338 0.000 0.960 0.020 0.008 0.012
#> SRR814244 5 0.1628 0.8186 0.056 0.000 0.008 0.000 0.936
#> SRR1404123 2 0.4138 0.4001 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR656934 4 0.4370 0.4376 0.004 0.000 0.332 0.656 0.008
#> SRR1339029 2 0.0912 0.9486 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR821525 4 0.0771 0.8867 0.020 0.004 0.000 0.976 0.000
#> SRR1443677 1 0.3210 0.7479 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.1597 0.8426 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012
#> SRR1338124 3 0.3709 0.6792 0.004 0.164 0.808 0.012 0.012
#> SRR1391376 3 0.1041 0.8900 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR661842 4 0.0579 0.8869 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000
#> SRR1395699 3 0.0579 0.8914 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1312209 1 0.0566 0.8351 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1359469 1 0.1671 0.8357 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0992 0.8870 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1414578 1 0.0566 0.8408 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR603620 2 0.2077 0.8920 0.000 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR604677 1 0.1043 0.8422 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR603800 2 0.2201 0.9147 0.000 0.920 0.032 0.008 0.040
#> SRR602058 4 0.1956 0.8624 0.008 0.076 0.000 0.916 0.000
#> SRR817488 2 0.0798 0.9490 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR655601 4 0.1124 0.8830 0.004 0.036 0.000 0.960 0.000
#> SRR1434821 2 0.0324 0.9494 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1349166 2 0.0451 0.9455 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR615129 1 0.3419 0.6413 0.804 0.180 0.000 0.016 0.000
#> SRR607586 2 0.0693 0.9496 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR602680 2 0.0693 0.9443 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1411070 4 0.2660 0.8050 0.000 0.128 0.000 0.864 0.008
#> SRR663038 2 0.0912 0.9489 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1489416 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1479155 1 0.0880 0.8443 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR662162 3 0.2891 0.7274 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.0671 0.8913 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1434048 2 0.0404 0.9476 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2184865 4 0.1478 0.8732 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR2170135 1 0.4210 0.4457 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.1408 0.9295 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1335513 2 0.2940 0.8843 0.000 0.876 0.004 0.072 0.048
#> SRR1370216 3 0.0579 0.8914 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR662954 4 0.4624 0.5922 0.296 0.012 0.000 0.676 0.016
#> SRR1375738 3 0.1978 0.8780 0.000 0.004 0.928 0.044 0.024
#> SRR1356577 4 0.3171 0.7699 0.176 0.000 0.000 0.816 0.008
#> SRR1073119 1 0.4348 0.5528 0.668 0.000 0.316 0.000 0.016
#> SRR663549 3 0.1757 0.8807 0.000 0.004 0.936 0.012 0.048
#> SRR1478015 2 0.1544 0.9214 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR600632 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR811866 1 0.4390 0.1412 0.568 0.000 0.004 0.428 0.000
#> SRR1401101 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1477797 4 0.1121 0.8790 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1402986 2 0.0290 0.9482 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR658897 1 0.0404 0.8406 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1419869 3 0.0451 0.8909 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1490700 1 0.2561 0.7961 0.884 0.000 0.020 0.096 0.000
#> SRR601723 4 0.1143 0.8815 0.004 0.008 0.012 0.968 0.008
#> SRR1384115 5 0.2737 0.8353 0.000 0.032 0.052 0.020 0.896
#> SRR1476927 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1387769 3 0.1911 0.8801 0.000 0.004 0.932 0.028 0.036
#> SRR1322595 5 0.1992 0.8352 0.032 0.000 0.044 0.000 0.924
#> SRR1370423 3 0.0566 0.8919 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1314976 4 0.1544 0.8713 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1319560 2 0.1331 0.9351 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1352683 4 0.2672 0.8000 0.004 0.000 0.116 0.872 0.008
#> SRR1473800 1 0.1043 0.8439 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1326384 4 0.2463 0.8206 0.004 0.000 0.100 0.888 0.008
#> SRR1360807 4 0.1557 0.8772 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR1332544 3 0.1012 0.8900 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> SRR598695 1 0.3607 0.7148 0.752 0.000 0.244 0.000 0.004
#> SRR807824 2 0.1644 0.9240 0.000 0.940 0.004 0.008 0.048
#> SRR809296 3 0.0451 0.8909 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR657927 3 0.0579 0.8919 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1440682 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1454415 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1419131 4 0.1043 0.8795 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1404293 1 0.0290 0.8351 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473340 3 0.1341 0.8697 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.1082 0.8339 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1323382 2 0.0798 0.9435 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1480697 3 0.3548 0.7033 0.004 0.000 0.796 0.188 0.012
#> SRR1321808 2 0.1408 0.9295 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1382756 2 0.6164 0.0304 0.000 0.472 0.116 0.408 0.004
#> SRR1312558 2 0.1569 0.9268 0.000 0.944 0.004 0.008 0.044
#> SRR1417088 2 0.3913 0.5379 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1433027 2 0.0865 0.9479 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR662257 4 0.2439 0.8211 0.000 0.120 0.000 0.876 0.004
#> SRR600417 4 0.0703 0.8866 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR812493 4 0.1059 0.8879 0.020 0.008 0.000 0.968 0.004
#> SRR612743 3 0.4922 0.4840 0.028 0.000 0.636 0.328 0.008
#> SRR1361345 1 0.0510 0.8325 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR600584 4 0.1730 0.8754 0.004 0.044 0.004 0.940 0.008
#> SRR1310520 4 0.1732 0.8647 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1395595 3 0.0671 0.8911 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR1334074 5 0.1278 0.8266 0.000 0.020 0.004 0.016 0.960
#> SRR654838 2 0.0290 0.9489 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1376694 5 0.2074 0.8352 0.036 0.000 0.044 0.000 0.920
#> SRR1433841 2 0.1267 0.9398 0.024 0.960 0.000 0.012 0.004
#> SRR1366837 3 0.2660 0.8136 0.008 0.000 0.864 0.128 0.000
#> SRR1467479 2 0.1408 0.9295 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1459055 1 0.0290 0.8351 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1471050 2 0.0290 0.9489 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR603004 3 0.5041 0.3254 0.000 0.328 0.632 0.016 0.024
#> SRR814703 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661937 2 0.3816 0.5771 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR614359 3 0.1608 0.8578 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0671 0.9481 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1389084 3 0.0693 0.8920 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1337624 2 0.1251 0.9329 0.036 0.956 0.000 0.008 0.000
#> SRR1344400 2 0.0290 0.9489 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1414290 2 0.0798 0.9432 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1413644 2 0.0451 0.9455 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1098998 1 0.2648 0.7968 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.1430 0.8723 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR1315103 1 0.3081 0.7108 0.832 0.000 0.000 0.012 0.156
#> SRR1099286 1 0.4746 0.0517 0.504 0.000 0.480 0.000 0.016
#> SRR2166570 4 0.1310 0.8779 0.020 0.000 0.024 0.956 0.000
#> SRR601445 1 0.0451 0.8366 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1439719 2 0.1478 0.9248 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1377026 2 0.0703 0.9470 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1327386 1 0.0290 0.8351 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR654826 2 0.1018 0.9482 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1460433 4 0.3318 0.7711 0.180 0.012 0.000 0.808 0.000
#> SRR1469345 3 0.1281 0.8834 0.032 0.000 0.956 0.000 0.012
#> SRR1421462 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR662966 5 0.2020 0.8291 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1339175 1 0.4331 0.4530 0.596 0.000 0.400 0.000 0.004
#> SRR1447736 2 0.0798 0.9432 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1434671 2 0.0451 0.9455 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR660800 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1465543 2 0.3452 0.6757 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1342023 1 0.0671 0.8415 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1335670 1 0.0566 0.8399 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1400955 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1072150 2 0.0290 0.9461 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1442822 1 0.1608 0.8370 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.1282 0.8777 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR1098074 5 0.2770 0.8365 0.000 0.044 0.076 0.000 0.880
#> SRR1442778 1 0.0880 0.8447 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.1973 0.8811 0.008 0.020 0.936 0.008 0.028
#> SRR627464 2 0.5503 0.4508 0.004 0.608 0.016 0.332 0.040
#> SRR1409193 1 0.0880 0.8260 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2168286 4 0.1041 0.8863 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000
#> SRR615539 2 0.0671 0.9488 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR663623 3 0.2451 0.8786 0.016 0.016 0.916 0.040 0.012
#> SRR1471989 5 0.4219 0.3207 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1468828 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1381934 3 0.2822 0.8519 0.036 0.000 0.888 0.064 0.012
#> SRR1471098 3 0.0324 0.8912 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1314749 3 0.1331 0.8857 0.008 0.000 0.952 0.040 0.000
#> SRR2166874 5 0.5927 0.5878 0.024 0.188 0.000 0.136 0.652
#> SRR821302 3 0.1670 0.8712 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012
#> SRR1435066 2 0.0290 0.9461 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR661601 2 0.0290 0.9461 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446546 3 0.4219 0.6203 0.000 0.184 0.772 0.024 0.020
#> SRR1419784 5 0.1502 0.8372 0.004 0.000 0.056 0.000 0.940
#> SRR1357233 5 0.2264 0.8130 0.000 0.060 0.004 0.024 0.912
#> SRR1441889 3 0.2997 0.7591 0.148 0.000 0.840 0.000 0.012
#> SRR1413940 1 0.0404 0.8332 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1324250 4 0.2835 0.8229 0.000 0.112 0.004 0.868 0.016
#> SRR1442862 2 0.1117 0.9431 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR662474 4 0.2179 0.8251 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1416226 3 0.2237 0.8544 0.004 0.000 0.904 0.084 0.008
#> SRR1417404 4 0.2813 0.7823 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR665466 2 0.1478 0.9161 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR658849 3 0.0898 0.8924 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR1460025 4 0.2321 0.8666 0.000 0.056 0.024 0.912 0.008
#> SRR1408136 1 0.0880 0.8448 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0579 0.9452 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1374092 3 0.4283 0.4587 0.000 0.000 0.644 0.348 0.008
#> SRR1488429 3 0.0671 0.8910 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR1087559 1 0.5346 0.7109 0.728 0.036 0.172 0.052 0.012
#> SRR817004 2 0.5670 0.3726 0.316 0.608 0.060 0.008 0.008
#> SRR1429660 2 0.0579 0.9454 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR604390 4 0.4019 0.6655 0.004 0.000 0.200 0.768 0.028
#> SRR614936 2 0.1087 0.9483 0.008 0.968 0.000 0.016 0.008
#> SRR1365938 1 0.3355 0.6387 0.804 0.184 0.000 0.012 0.000
#> SRR1437324 1 0.2629 0.8041 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR613414 4 0.3814 0.7911 0.068 0.124 0.000 0.808 0.000
#> SRR660414 4 0.1195 0.8767 0.012 0.000 0.028 0.960 0.000
#> SRR1452185 1 0.1197 0.8429 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.1862 0.8774 0.004 0.000 0.932 0.016 0.048
#> SRR1398036 4 0.0880 0.8843 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1436674 1 0.2179 0.8194 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.3218 0.8231 0.000 0.016 0.856 0.108 0.020
#> SRR608630 1 0.3876 0.4497 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR655625 4 0.1043 0.8795 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR599059 3 0.3671 0.5630 0.000 0.236 0.756 0.000 0.008
#> SRR615189 2 0.3003 0.7724 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1466889 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1084602 4 0.1341 0.8761 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1335422 1 0.3741 0.6886 0.732 0.000 0.264 0.000 0.004
#> SRR1356805 2 0.0798 0.9475 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1385300 3 0.2199 0.8794 0.008 0.016 0.924 0.008 0.044
#> SRR654814 1 0.3480 0.7118 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0290 0.9461 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR820596 3 0.5881 0.2441 0.088 0.000 0.508 0.400 0.004
#> SRR1318118 1 0.1251 0.8282 0.956 0.000 0.008 0.036 0.000
#> SRR1480766 2 0.0671 0.9488 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1406539 1 0.2199 0.8367 0.924 0.016 0.044 0.008 0.008
#> SRR1341833 2 0.0290 0.9489 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1441826 4 0.1087 0.8878 0.016 0.008 0.000 0.968 0.008
#> SRR1448051 1 0.2648 0.7970 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0579 0.8914 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR665217 3 0.0451 0.8912 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR819186 2 0.0898 0.9420 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR661517 3 0.0451 0.8912 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR607166 2 0.1211 0.9463 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR809065 4 0.2741 0.7878 0.004 0.132 0.000 0.860 0.004
#> SRR1415872 2 0.0963 0.9414 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1415463 3 0.0162 0.8917 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1381161 4 0.1469 0.8829 0.000 0.036 0.000 0.948 0.016
#> SRR1442231 1 0.1725 0.8070 0.936 0.044 0.000 0.020 0.000
#> SRR1374696 4 0.4420 0.5811 0.280 0.000 0.028 0.692 0.000
#> SRR1451988 3 0.0960 0.8886 0.004 0.000 0.972 0.016 0.008
#> SRR660555 1 0.3039 0.7653 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.3094 0.8126 0.868 0.012 0.100 0.008 0.012
#> SRR663344 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1472462 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1406176 3 0.3463 0.7035 0.008 0.156 0.820 0.000 0.016
#> SRR656886 3 0.3727 0.6845 0.000 0.152 0.812 0.020 0.016
#> SRR1498337 4 0.1041 0.8848 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000
#> SRR613066 3 0.2708 0.8526 0.044 0.000 0.884 0.000 0.072
#> SRR1309490 1 0.1478 0.8395 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0798 0.8874 0.008 0.016 0.000 0.976 0.000
#> SRR1447347 3 0.1988 0.8791 0.008 0.000 0.928 0.016 0.048
#> SRR1475546 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR627459 4 0.1029 0.8821 0.004 0.008 0.008 0.972 0.008
#> SRR1434332 2 0.0290 0.9489 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1070358 4 0.4575 0.4628 0.000 0.328 0.000 0.648 0.024
#> SRR1345936 4 0.1788 0.8724 0.008 0.000 0.004 0.932 0.056
#> SRR665658 2 0.1082 0.9382 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1321351 4 0.3992 0.5364 0.004 0.280 0.000 0.712 0.004
#> SRR657880 2 0.0290 0.9461 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1373903 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR657396 2 0.0963 0.9408 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR660981 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR818499 1 0.3109 0.7592 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1376316 1 0.0451 0.8389 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1323723 2 0.1644 0.9240 0.000 0.940 0.004 0.008 0.048
#> SRR1476719 1 0.3043 0.8164 0.864 0.000 0.104 0.024 0.008
#> SRR1403478 2 0.0290 0.9461 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1095695 3 0.0992 0.8916 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> SRR1352391 4 0.1299 0.8780 0.020 0.000 0.012 0.960 0.008
#> SRR1498813 4 0.0794 0.8863 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR627437 4 0.1029 0.8821 0.004 0.008 0.008 0.972 0.008
#> SRR2185097 1 0.1630 0.8407 0.944 0.016 0.036 0.004 0.000
#> SRR817166 4 0.3527 0.7502 0.004 0.000 0.148 0.820 0.028
#> SRR1091670 2 0.1331 0.9316 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR603776 1 0.6159 0.5446 0.600 0.000 0.224 0.164 0.012
#> SRR1479640 2 0.1671 0.9050 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR660152 3 0.2069 0.8539 0.076 0.000 0.912 0.000 0.012
#> SRR1074769 2 0.0162 0.9487 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656153 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1392502 5 0.4403 0.2669 0.004 0.000 0.436 0.000 0.560
#> SRR1359609 1 0.1106 0.8433 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR601925 2 0.2952 0.8374 0.000 0.868 0.104 0.008 0.020
#> SRR2165182 2 0.0671 0.9488 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR608542 4 0.2179 0.8317 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR655064 4 0.1341 0.8761 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1432430 3 0.2680 0.8690 0.024 0.016 0.904 0.008 0.048
#> SRR808472 4 0.1544 0.8658 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1414958 3 0.2377 0.8229 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR598484 2 0.0671 0.9481 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR612755 3 0.2207 0.8763 0.012 0.012 0.924 0.008 0.044
#> SRR1365808 1 0.0963 0.8441 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.1710 0.8646 0.004 0.000 0.040 0.940 0.016
#> SRR1322373 3 0.0693 0.8920 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1489265 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1359099 2 0.0290 0.9461 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR607279 2 0.0671 0.9488 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR810461 2 0.0798 0.9483 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR627427 3 0.2214 0.8716 0.004 0.000 0.916 0.028 0.052
#> SRR612887 2 0.0794 0.9453 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR809807 5 0.2690 0.7947 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR663112 3 0.1399 0.8792 0.000 0.028 0.952 0.000 0.020
#> SRR1346933 1 0.5249 0.1209 0.508 0.012 0.000 0.024 0.456
#> SRR1487910 1 0.0324 0.8383 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR603092 4 0.1854 0.8854 0.036 0.020 0.000 0.936 0.008
#> SRR1417680 2 0.0510 0.9482 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1383785 1 0.4066 0.6034 0.672 0.000 0.324 0.000 0.004
#> SRR1070015 5 0.3932 0.5172 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1466222 3 0.2198 0.8620 0.000 0.012 0.920 0.048 0.020
#> SRR1416119 3 0.0566 0.8917 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR819318 1 0.0609 0.8423 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0865 0.9428 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR811121 2 0.1934 0.9175 0.000 0.932 0.020 0.008 0.040
#> SRR613138 2 0.0798 0.9436 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR810483 3 0.1770 0.8822 0.008 0.000 0.936 0.008 0.048
#> SRR607839 1 0.1270 0.8429 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.4066 0.6141 0.672 0.000 0.324 0.000 0.004
#> SRR601311 4 0.0798 0.8871 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR1406685 4 0.1251 0.8830 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1467500 4 0.2280 0.8164 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1308504 1 0.4709 0.4648 0.584 0.000 0.400 0.008 0.008
#> SRR1312865 3 0.1173 0.8856 0.004 0.000 0.964 0.020 0.012
#> SRR1312522 3 0.1692 0.8842 0.008 0.016 0.948 0.008 0.020
#> SRR1490486 2 0.1082 0.9382 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1325888 3 0.0579 0.8918 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1472885 1 0.3003 0.7692 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0794 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1084766 4 0.0880 0.8848 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1102804 2 0.1300 0.9444 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1336636 3 0.2027 0.8793 0.008 0.000 0.928 0.024 0.040
#> SRR1347795 5 0.2583 0.8100 0.004 0.000 0.132 0.000 0.864
#> SRR601900 2 0.0798 0.9431 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1330989 4 0.1851 0.8482 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR658445 5 0.1942 0.8227 0.000 0.068 0.012 0.000 0.920
#> SRR1368754 3 0.1179 0.8879 0.004 0.000 0.964 0.016 0.016
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9480 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0162 0.8384 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0566 0.8923 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR614948 1 0.0912 0.8407 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1472952 3 0.1248 0.8905 0.008 0.008 0.964 0.004 0.016
#> SRR1321528 1 0.1638 0.8082 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR627447 3 0.1710 0.8808 0.004 0.000 0.940 0.016 0.040
#> SRR612239 4 0.0775 0.8836 0.004 0.008 0.004 0.980 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.3996 -0.14542 0.000 0.000 0.512 0.000 0.004 0.484
#> SRR603858 1 0.6251 -0.13672 0.340 0.004 0.000 0.324 0.000 0.332
#> SRR817070 4 0.4702 0.57396 0.000 0.148 0.016 0.716 0.000 0.120
#> SRR1486995 3 0.1257 0.66160 0.020 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028
#> SRR813043 2 0.0458 0.91173 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR656874 2 0.0363 0.91156 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR659037 4 0.1867 0.74342 0.000 0.000 0.000 0.916 0.064 0.020
#> SRR662031 1 0.2706 0.77567 0.860 0.000 0.104 0.000 0.000 0.036
#> SRR1081283 4 0.2249 0.73172 0.032 0.000 0.000 0.900 0.004 0.064
#> SRR1481036 3 0.2912 0.56536 0.000 0.000 0.844 0.116 0.000 0.040
#> SRR1434009 2 0.0865 0.90578 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1376676 1 0.0632 0.80200 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 4 0.7466 0.10649 0.000 0.296 0.120 0.360 0.004 0.220
#> SRR665429 2 0.0632 0.90974 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1388025 4 0.0767 0.75342 0.004 0.012 0.000 0.976 0.000 0.008
#> SRR600784 3 0.4218 -0.13034 0.000 0.000 0.556 0.016 0.000 0.428
#> SRR657611 1 0.5105 0.62830 0.676 0.000 0.164 0.020 0.000 0.140
#> SRR1333659 2 0.0725 0.90933 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1323896 2 0.0363 0.91153 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1453971 3 0.4468 0.51990 0.092 0.000 0.696 0.000 0.000 0.212
#> SRR1421010 1 0.0865 0.80236 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.1562 0.66194 0.024 0.000 0.940 0.000 0.004 0.032
#> SRR1309468 3 0.4276 0.15903 0.416 0.000 0.564 0.000 0.000 0.020
#> SRR1468637 5 0.2454 0.55760 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1365489 2 0.1531 0.88906 0.000 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR627445 6 0.5956 0.40575 0.000 0.000 0.380 0.188 0.004 0.428
#> SRR607863 2 0.2201 0.87536 0.000 0.900 0.000 0.052 0.000 0.048
#> SRR1475524 1 0.0858 0.80234 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405504 2 0.0717 0.90972 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR615695 1 0.0820 0.79970 0.972 0.000 0.012 0.000 0.000 0.016
#> SRR600900 4 0.6406 0.18278 0.000 0.024 0.268 0.456 0.000 0.252
#> SRR601477 2 0.0972 0.90658 0.000 0.964 0.008 0.000 0.000 0.028
#> SRR1487215 2 0.1745 0.88321 0.000 0.920 0.012 0.000 0.000 0.068
#> SRR1310797 2 0.3488 0.72354 0.000 0.780 0.000 0.036 0.000 0.184
#> SRR1362713 1 0.0891 0.78801 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR1431385 1 0.1141 0.80070 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0260 0.91206 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102079 3 0.5466 0.01721 0.000 0.000 0.556 0.164 0.000 0.280
#> SRR1357210 1 0.3123 0.75772 0.832 0.000 0.112 0.000 0.000 0.056
#> SRR657659 2 0.2709 0.79854 0.000 0.848 0.000 0.132 0.000 0.020
#> SRR663573 4 0.1794 0.75077 0.000 0.040 0.000 0.924 0.000 0.036
#> SRR603188 2 0.1168 0.90500 0.000 0.956 0.000 0.028 0.000 0.016
#> SRR1471200 2 0.0632 0.91083 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1310975 2 0.2420 0.84143 0.000 0.864 0.004 0.000 0.004 0.128
#> SRR627457 6 0.6876 0.30488 0.004 0.160 0.148 0.144 0.004 0.540
#> SRR1367654 2 0.0713 0.90999 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1488410 1 0.2250 0.76198 0.896 0.000 0.000 0.040 0.000 0.064
#> SRR1457750 1 0.1718 0.77647 0.932 0.044 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1099546 3 0.1461 0.66317 0.044 0.000 0.940 0.000 0.000 0.016
#> SRR604480 2 0.1141 0.89887 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1390477 2 0.0260 0.91206 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1458447 2 0.0260 0.91173 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473161 2 0.1910 0.86473 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1409813 2 0.1644 0.89361 0.000 0.932 0.004 0.000 0.012 0.052
#> SRR612791 3 0.4808 -0.04687 0.468 0.000 0.480 0.000 0.000 0.052
#> SRR1470580 6 0.4979 0.45517 0.000 0.056 0.316 0.016 0.000 0.612
#> SRR1444063 1 0.4709 0.26781 0.596 0.352 0.004 0.000 0.000 0.048
#> SRR1355578 1 0.1088 0.78550 0.960 0.000 0.000 0.024 0.000 0.016
#> SRR1429203 1 0.0865 0.80204 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.4141 0.69012 0.000 0.740 0.092 0.000 0.000 0.168
#> SRR814244 5 0.0458 0.60849 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1404123 2 0.4161 0.14975 0.000 0.540 0.000 0.448 0.000 0.012
#> SRR656934 4 0.5446 0.12275 0.000 0.000 0.316 0.540 0.000 0.144
#> SRR1339029 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.0622 0.75013 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1443677 1 0.3489 0.61607 0.708 0.000 0.288 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406330 1 0.1204 0.79992 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.4376 0.56133 0.028 0.044 0.756 0.008 0.000 0.164
#> SRR1391376 3 0.3819 0.09738 0.000 0.000 0.624 0.004 0.000 0.372
#> SRR661842 4 0.0713 0.74884 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1395699 3 0.1257 0.66233 0.020 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028
#> SRR1312209 1 0.0790 0.78915 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.1765 0.78623 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.1556 0.64627 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1414578 1 0.1237 0.80139 0.956 0.000 0.020 0.000 0.004 0.020
#> SRR603620 2 0.1956 0.86058 0.000 0.908 0.000 0.080 0.004 0.008
#> SRR604677 1 0.5083 0.51117 0.668 0.000 0.220 0.028 0.000 0.084
#> SRR603800 2 0.2715 0.83806 0.000 0.860 0.024 0.000 0.004 0.112
#> SRR602058 4 0.2020 0.72111 0.000 0.096 0.000 0.896 0.000 0.008
#> SRR817488 2 0.0458 0.91117 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR655601 4 0.1492 0.75075 0.000 0.036 0.000 0.940 0.000 0.024
#> SRR1434821 2 0.3230 0.74901 0.000 0.792 0.008 0.008 0.000 0.192
#> SRR1349166 2 0.1387 0.89095 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR615129 1 0.3053 0.63394 0.812 0.168 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR607586 2 0.0260 0.91186 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR602680 2 0.2003 0.85778 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1411070 4 0.4298 0.65321 0.000 0.088 0.000 0.732 0.004 0.176
#> SRR663038 2 0.0790 0.90749 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1489416 2 0.0260 0.91166 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.1075 0.80136 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 3 0.3404 0.51088 0.224 0.000 0.760 0.000 0.000 0.016
#> SRR1374567 3 0.1779 0.65349 0.016 0.000 0.920 0.000 0.000 0.064
#> SRR1434048 2 0.0146 0.91153 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2184865 4 0.1867 0.74309 0.036 0.000 0.000 0.924 0.004 0.036
#> SRR2170135 3 0.4091 -0.04288 0.472 0.000 0.520 0.000 0.000 0.008
#> SRR615551 2 0.2482 0.82348 0.000 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> SRR1335513 6 0.5335 0.02521 0.000 0.428 0.012 0.072 0.000 0.488
#> SRR1370216 3 0.1713 0.65903 0.028 0.000 0.928 0.000 0.000 0.044
#> SRR662954 4 0.4406 0.07464 0.476 0.000 0.000 0.500 0.000 0.024
#> SRR1375738 3 0.5929 -0.40347 0.000 0.000 0.412 0.180 0.004 0.404
#> SRR1356577 4 0.3485 0.67605 0.152 0.000 0.000 0.800 0.004 0.044
#> SRR1073119 1 0.6266 -0.01539 0.460 0.000 0.236 0.016 0.000 0.288
#> SRR663549 6 0.4290 0.41320 0.000 0.000 0.364 0.020 0.004 0.612
#> SRR1478015 2 0.2019 0.86030 0.000 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR600632 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811866 4 0.5159 0.28570 0.400 0.000 0.008 0.532 0.004 0.056
#> SRR1401101 2 0.0260 0.91151 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1477797 4 0.1053 0.74994 0.020 0.000 0.000 0.964 0.004 0.012
#> SRR1402986 2 0.0260 0.91149 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR658897 1 0.0458 0.79568 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1419869 3 0.1616 0.66318 0.048 0.000 0.932 0.000 0.000 0.020
#> SRR1490700 1 0.3910 0.69000 0.792 0.000 0.016 0.092 0.000 0.100
#> SRR601723 4 0.3970 0.51767 0.000 0.000 0.028 0.692 0.000 0.280
#> SRR1384115 3 0.7028 0.22705 0.000 0.036 0.492 0.076 0.292 0.104
#> SRR1476927 2 0.0146 0.91163 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1387769 6 0.5396 0.39899 0.000 0.000 0.396 0.116 0.000 0.488
#> SRR1322595 5 0.4907 0.43341 0.244 0.000 0.064 0.000 0.668 0.024
#> SRR1370423 3 0.2980 0.59568 0.012 0.000 0.808 0.000 0.000 0.180
#> SRR1314976 4 0.1951 0.73916 0.076 0.000 0.000 0.908 0.000 0.016
#> SRR1319560 2 0.1194 0.89851 0.000 0.956 0.000 0.032 0.004 0.008
#> SRR1352683 6 0.6053 0.14822 0.000 0.000 0.256 0.368 0.000 0.376
#> SRR1473800 1 0.1082 0.80223 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326384 4 0.4238 0.57366 0.000 0.000 0.092 0.728 0.000 0.180
#> SRR1360807 4 0.1716 0.75072 0.028 0.000 0.000 0.932 0.004 0.036
#> SRR1332544 3 0.2752 0.65243 0.044 0.000 0.880 0.000 0.024 0.052
#> SRR598695 1 0.3890 0.39006 0.596 0.000 0.400 0.000 0.000 0.004
#> SRR807824 2 0.4245 0.44744 0.000 0.604 0.016 0.000 0.004 0.376
#> SRR809296 3 0.0891 0.66372 0.024 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008
#> SRR657927 3 0.2703 0.57055 0.000 0.000 0.824 0.000 0.004 0.172
#> SRR1440682 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0146 0.91153 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419131 4 0.0820 0.75048 0.016 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR1404293 1 0.0717 0.79252 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1473340 3 0.1461 0.66190 0.044 0.000 0.940 0.000 0.000 0.016
#> SRR1345563 1 0.0820 0.79357 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1323382 2 0.0458 0.91153 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1480697 3 0.4631 0.51208 0.020 0.000 0.708 0.068 0.000 0.204
#> SRR1321808 2 0.3376 0.76536 0.000 0.792 0.024 0.000 0.004 0.180
#> SRR1382756 2 0.7146 -0.00348 0.000 0.448 0.128 0.216 0.000 0.208
#> SRR1312558 2 0.3721 0.67761 0.000 0.728 0.016 0.000 0.004 0.252
#> SRR1417088 2 0.3619 0.52510 0.000 0.680 0.000 0.316 0.000 0.004
#> SRR1433027 2 0.1657 0.88179 0.000 0.928 0.000 0.056 0.000 0.016
#> SRR662257 4 0.3835 0.46511 0.000 0.300 0.000 0.684 0.000 0.016
#> SRR600417 4 0.0909 0.75463 0.000 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> SRR812493 4 0.1845 0.74480 0.008 0.004 0.000 0.916 0.000 0.072
#> SRR612743 4 0.5784 -0.27907 0.000 0.000 0.176 0.412 0.000 0.412
#> SRR1361345 1 0.1498 0.77944 0.940 0.000 0.000 0.032 0.000 0.028
#> SRR600584 4 0.4255 0.63401 0.000 0.080 0.016 0.756 0.000 0.148
#> SRR1310520 4 0.1807 0.74032 0.060 0.000 0.000 0.920 0.000 0.020
#> SRR1395595 3 0.1409 0.66516 0.012 0.000 0.948 0.000 0.008 0.032
#> SRR1334074 6 0.6232 -0.21157 0.000 0.004 0.044 0.100 0.416 0.436
#> SRR654838 2 0.0363 0.91175 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1376694 5 0.2537 0.58872 0.096 0.000 0.032 0.000 0.872 0.000
#> SRR1433841 2 0.3470 0.67213 0.200 0.772 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1366837 3 0.3875 0.47827 0.016 0.000 0.760 0.196 0.000 0.028
#> SRR1467479 2 0.2695 0.82297 0.000 0.844 0.008 0.000 0.004 0.144
#> SRR1459055 1 0.1003 0.78720 0.964 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR1471050 2 0.0260 0.91173 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603004 3 0.6166 0.13716 0.000 0.260 0.504 0.020 0.000 0.216
#> SRR814703 2 0.0363 0.91196 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR661937 2 0.4266 0.56211 0.000 0.700 0.008 0.252 0.000 0.040
#> SRR614359 3 0.2527 0.63847 0.084 0.000 0.876 0.000 0.000 0.040
#> SRR1071568 2 0.3064 0.82049 0.000 0.860 0.036 0.032 0.000 0.072
#> SRR1389084 3 0.1498 0.66322 0.028 0.000 0.940 0.000 0.000 0.032
#> SRR1337624 2 0.2886 0.83200 0.076 0.872 0.000 0.032 0.008 0.012
#> SRR1344400 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0363 0.91174 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1413644 2 0.0260 0.91149 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1098998 1 0.3468 0.62235 0.712 0.000 0.284 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481279 3 0.1584 0.65828 0.064 0.000 0.928 0.000 0.000 0.008
#> SRR1315103 1 0.2527 0.74090 0.868 0.000 0.000 0.024 0.108 0.000
#> SRR1099286 3 0.6633 0.10076 0.200 0.000 0.400 0.032 0.004 0.364
#> SRR2166570 4 0.4780 0.53785 0.028 0.004 0.188 0.720 0.004 0.056
#> SRR601445 1 0.1908 0.77403 0.916 0.000 0.000 0.028 0.000 0.056
#> SRR1439719 2 0.3741 0.52337 0.000 0.672 0.000 0.320 0.000 0.008
#> SRR1377026 2 0.2346 0.82116 0.000 0.868 0.000 0.124 0.000 0.008
#> SRR1327386 1 0.0622 0.79352 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR654826 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.3536 0.66746 0.132 0.000 0.000 0.804 0.004 0.060
#> SRR1469345 3 0.3319 0.56879 0.164 0.000 0.800 0.000 0.000 0.036
#> SRR1421462 2 0.0363 0.91084 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR662966 5 0.5755 0.04864 0.004 0.000 0.164 0.000 0.500 0.332
#> SRR1339175 1 0.4731 0.22698 0.524 0.000 0.428 0.000 0.000 0.048
#> SRR1447736 2 0.0508 0.91154 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1434671 2 0.1141 0.89928 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR660800 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465543 5 0.3954 0.33012 0.000 0.352 0.000 0.000 0.636 0.012
#> SRR1342023 1 0.0363 0.80074 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.1624 0.79576 0.936 0.000 0.012 0.008 0.000 0.044
#> SRR1400955 2 0.0146 0.91132 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072150 2 0.0458 0.91176 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1442822 1 0.1814 0.78317 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.1564 0.66309 0.040 0.000 0.936 0.000 0.000 0.024
#> SRR1098074 5 0.4236 0.52934 0.000 0.012 0.060 0.000 0.740 0.188
#> SRR1442778 1 0.0865 0.80204 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.2051 0.63383 0.004 0.000 0.896 0.000 0.004 0.096
#> SRR627464 6 0.7027 0.18971 0.000 0.220 0.084 0.272 0.000 0.424
#> SRR1409193 1 0.1349 0.78470 0.940 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR2168286 4 0.1138 0.75139 0.012 0.004 0.000 0.960 0.000 0.024
#> SRR615539 2 0.0260 0.91119 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.5404 0.15602 0.004 0.000 0.600 0.132 0.004 0.260
#> SRR1471989 3 0.3695 0.35645 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1468828 2 0.0146 0.91160 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381934 3 0.4210 0.59560 0.024 0.000 0.776 0.068 0.004 0.128
#> SRR1471098 3 0.1418 0.66271 0.032 0.000 0.944 0.000 0.000 0.024
#> SRR1314749 3 0.2930 0.62600 0.020 0.000 0.856 0.020 0.000 0.104
#> SRR2166874 5 0.6643 0.22433 0.024 0.388 0.000 0.156 0.412 0.020
#> SRR821302 3 0.4111 0.56729 0.084 0.000 0.740 0.000 0.000 0.176
#> SRR1435066 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0260 0.91149 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446546 3 0.5922 0.35404 0.004 0.096 0.604 0.060 0.000 0.236
#> SRR1419784 5 0.0405 0.60647 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1357233 5 0.3834 0.52005 0.000 0.144 0.000 0.084 0.772 0.000
#> SRR1441889 3 0.5548 0.18758 0.172 0.000 0.540 0.000 0.000 0.288
#> SRR1413940 1 0.1176 0.78487 0.956 0.000 0.000 0.024 0.000 0.020
#> SRR1324250 4 0.6120 0.22168 0.000 0.324 0.008 0.448 0.000 0.220
#> SRR1442862 2 0.2367 0.85950 0.000 0.900 0.020 0.012 0.004 0.064
#> SRR662474 4 0.1858 0.73561 0.000 0.076 0.000 0.912 0.000 0.012
#> SRR1416226 3 0.2532 0.63494 0.012 0.000 0.884 0.080 0.000 0.024
#> SRR1417404 4 0.3107 0.68680 0.116 0.000 0.000 0.832 0.000 0.052
#> SRR665466 2 0.1141 0.88905 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR658849 3 0.1856 0.66000 0.032 0.000 0.920 0.000 0.000 0.048
#> SRR1460025 4 0.6897 0.32155 0.000 0.120 0.188 0.496 0.000 0.196
#> SRR1408136 1 0.0508 0.80055 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489995 2 0.0405 0.91192 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1374092 3 0.3558 0.41716 0.000 0.000 0.736 0.248 0.000 0.016
#> SRR1488429 3 0.1124 0.65850 0.008 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036
#> SRR1087559 1 0.7125 0.05202 0.372 0.012 0.340 0.052 0.000 0.224
#> SRR817004 2 0.5747 0.02313 0.368 0.476 0.152 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429660 2 0.0547 0.91054 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR604390 3 0.5954 -0.01352 0.000 0.000 0.408 0.372 0.000 0.220
#> SRR614936 2 0.2265 0.87349 0.008 0.908 0.000 0.040 0.004 0.040
#> SRR1365938 1 0.2389 0.69242 0.864 0.128 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1437324 1 0.2006 0.78860 0.904 0.000 0.080 0.000 0.000 0.016
#> SRR613414 4 0.3669 0.70987 0.056 0.052 0.000 0.824 0.000 0.068
#> SRR660414 4 0.4891 0.37938 0.020 0.000 0.284 0.648 0.004 0.044
#> SRR1452185 1 0.1141 0.80030 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 6 0.4715 0.33710 0.004 0.000 0.452 0.036 0.000 0.508
#> SRR1398036 4 0.1225 0.75143 0.000 0.036 0.000 0.952 0.000 0.012
#> SRR1436674 1 0.2191 0.77125 0.876 0.000 0.120 0.000 0.000 0.004
#> SRR603750 6 0.6010 0.39431 0.000 0.000 0.384 0.200 0.004 0.412
#> SRR608630 1 0.4028 0.44291 0.668 0.000 0.000 0.308 0.000 0.024
#> SRR655625 4 0.1053 0.75038 0.020 0.000 0.000 0.964 0.004 0.012
#> SRR599059 3 0.3913 0.40362 0.024 0.200 0.756 0.000 0.000 0.020
#> SRR615189 2 0.4714 0.52565 0.052 0.664 0.000 0.268 0.000 0.016
#> SRR1466889 2 0.0146 0.91132 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084602 4 0.1218 0.74986 0.028 0.000 0.000 0.956 0.004 0.012
#> SRR1335422 1 0.3923 0.69480 0.748 0.000 0.192 0.000 0.000 0.060
#> SRR1356805 2 0.1075 0.89642 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1385300 3 0.3690 0.33876 0.000 0.000 0.684 0.000 0.008 0.308
#> SRR654814 1 0.4453 0.22875 0.528 0.000 0.444 0.000 0.000 0.028
#> SRR658385 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820596 6 0.6683 0.24564 0.052 0.000 0.180 0.380 0.000 0.388
#> SRR1318118 1 0.5420 0.28024 0.548 0.000 0.004 0.344 0.004 0.100
#> SRR1480766 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.3789 0.64336 0.716 0.000 0.024 0.000 0.000 0.260
#> SRR1341833 2 0.0777 0.91087 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1441826 4 0.2333 0.72345 0.004 0.004 0.000 0.872 0.000 0.120
#> SRR1448051 1 0.3984 0.51934 0.648 0.000 0.336 0.000 0.000 0.016
#> SRR1326752 3 0.1745 0.65411 0.020 0.000 0.924 0.000 0.000 0.056
#> SRR665217 3 0.1333 0.65660 0.008 0.000 0.944 0.000 0.000 0.048
#> SRR819186 2 0.1327 0.88954 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR661517 3 0.1257 0.66598 0.020 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028
#> SRR607166 2 0.1327 0.89221 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR809065 4 0.4788 0.55489 0.000 0.112 0.008 0.688 0.000 0.192
#> SRR1415872 2 0.1285 0.89211 0.000 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1415463 3 0.1444 0.64809 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1381161 4 0.1864 0.74969 0.000 0.040 0.000 0.924 0.004 0.032
#> SRR1442231 1 0.1890 0.75863 0.916 0.060 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1374696 4 0.4572 0.09790 0.460 0.000 0.016 0.512 0.000 0.012
#> SRR1451988 3 0.0865 0.65610 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR660555 1 0.3409 0.60112 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.3924 0.68195 0.740 0.000 0.052 0.000 0.000 0.208
#> SRR663344 2 0.1007 0.89892 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1472462 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.3526 0.58317 0.032 0.092 0.828 0.000 0.000 0.048
#> SRR656886 3 0.5183 0.41981 0.000 0.116 0.672 0.028 0.000 0.184
#> SRR1498337 4 0.0806 0.74898 0.008 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR613066 5 0.5815 -0.14215 0.028 0.000 0.432 0.000 0.448 0.092
#> SRR1309490 1 0.1564 0.80325 0.936 0.000 0.040 0.000 0.000 0.024
#> SRR602492 4 0.0508 0.75339 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1447347 6 0.4227 0.25442 0.004 0.000 0.492 0.008 0.000 0.496
#> SRR1475546 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.3999 0.54500 0.000 0.000 0.032 0.696 0.000 0.272
#> SRR1434332 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070358 4 0.4753 0.39955 0.000 0.328 0.000 0.620 0.028 0.024
#> SRR1345936 4 0.1007 0.75127 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR665658 2 0.1285 0.89885 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1321351 4 0.5091 0.48995 0.000 0.204 0.016 0.664 0.000 0.116
#> SRR657880 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0146 0.91153 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657396 2 0.1003 0.90164 0.004 0.964 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR660981 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.3489 0.61512 0.708 0.000 0.288 0.000 0.000 0.004
#> SRR819658 2 0.0146 0.91132 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1376316 1 0.0260 0.79579 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.4184 0.58696 0.000 0.672 0.028 0.000 0.004 0.296
#> SRR1476719 1 0.4138 0.71390 0.772 0.000 0.112 0.016 0.000 0.100
#> SRR1403478 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.1461 0.65722 0.016 0.000 0.940 0.000 0.000 0.044
#> SRR1352391 4 0.3934 0.54856 0.000 0.000 0.020 0.676 0.000 0.304
#> SRR1498813 4 0.1418 0.75387 0.000 0.032 0.000 0.944 0.000 0.024
#> SRR627437 4 0.3970 0.53721 0.000 0.000 0.028 0.692 0.000 0.280
#> SRR2185097 1 0.2457 0.78982 0.880 0.000 0.084 0.000 0.000 0.036
#> SRR817166 4 0.5994 -0.03707 0.000 0.000 0.380 0.388 0.000 0.232
#> SRR1091670 2 0.1788 0.88083 0.000 0.916 0.004 0.000 0.004 0.076
#> SRR603776 6 0.7138 0.29828 0.180 0.000 0.144 0.220 0.000 0.456
#> SRR1479640 2 0.1556 0.86422 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR660152 3 0.3896 0.49906 0.052 0.000 0.744 0.000 0.000 0.204
#> SRR1074769 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.5548 0.48807 0.052 0.000 0.660 0.004 0.180 0.104
#> SRR1359609 1 0.0692 0.80190 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR601925 2 0.4136 0.67906 0.000 0.720 0.036 0.004 0.004 0.236
#> SRR2165182 2 0.0790 0.90749 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR608542 4 0.1866 0.73015 0.000 0.084 0.000 0.908 0.000 0.008
#> SRR655064 4 0.1636 0.74596 0.036 0.000 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1432430 3 0.3830 0.20349 0.000 0.000 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR808472 4 0.2790 0.68769 0.000 0.132 0.000 0.844 0.000 0.024
#> SRR1414958 3 0.3804 0.35259 0.000 0.000 0.656 0.000 0.336 0.008
#> SRR598484 2 0.4244 0.67941 0.000 0.752 0.052 0.024 0.000 0.172
#> SRR612755 3 0.3955 0.17370 0.000 0.000 0.608 0.000 0.008 0.384
#> SRR1365808 1 0.0790 0.80200 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.4414 0.56895 0.000 0.000 0.064 0.676 0.000 0.260
#> SRR1322373 3 0.1498 0.66322 0.028 0.000 0.940 0.000 0.000 0.032
#> SRR1489265 2 0.0547 0.90920 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1359099 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0146 0.91165 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR810461 2 0.0363 0.91174 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR627427 6 0.4565 0.38639 0.000 0.000 0.432 0.036 0.000 0.532
#> SRR612887 2 0.1152 0.89530 0.000 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> SRR809807 5 0.4834 0.42770 0.000 0.000 0.120 0.000 0.656 0.224
#> SRR663112 3 0.4497 0.51730 0.020 0.012 0.716 0.028 0.000 0.224
#> SRR1346933 1 0.4521 0.61685 0.732 0.036 0.000 0.012 0.196 0.024
#> SRR1487910 1 0.0000 0.79806 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.2173 0.73292 0.028 0.000 0.000 0.904 0.004 0.064
#> SRR1417680 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.4369 0.65823 0.720 0.000 0.116 0.000 0.000 0.164
#> SRR1070015 5 0.2527 0.53912 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1466222 3 0.4428 0.29976 0.000 0.000 0.580 0.032 0.000 0.388
#> SRR1416119 3 0.1492 0.65904 0.024 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036
#> SRR819318 1 0.4463 0.61196 0.732 0.000 0.160 0.012 0.000 0.096
#> SRR608288 2 0.0363 0.91222 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR811121 2 0.4932 0.55130 0.000 0.656 0.116 0.000 0.004 0.224
#> SRR613138 2 0.1010 0.90476 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR810483 6 0.3862 0.36422 0.000 0.000 0.388 0.000 0.004 0.608
#> SRR607839 1 0.1204 0.80014 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.4010 0.36308 0.584 0.000 0.408 0.000 0.000 0.008
#> SRR601311 4 0.2431 0.71654 0.000 0.008 0.000 0.860 0.000 0.132
#> SRR1406685 4 0.3967 0.66608 0.000 0.092 0.000 0.760 0.000 0.148
#> SRR1467500 4 0.2473 0.68491 0.000 0.136 0.000 0.856 0.000 0.008
#> SRR1308504 1 0.5498 0.12239 0.464 0.000 0.408 0.000 0.000 0.128
#> SRR1312865 3 0.4333 -0.22060 0.000 0.000 0.512 0.020 0.000 0.468
#> SRR1312522 3 0.3634 0.24903 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1490486 2 0.3052 0.74389 0.000 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216
#> SRR1325888 3 0.1088 0.66384 0.016 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024
#> SRR1472885 1 0.2994 0.70513 0.788 0.000 0.208 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098785 2 0.0603 0.90871 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1084766 4 0.0891 0.75017 0.024 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR1102804 2 0.0547 0.91099 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1336636 3 0.4556 -0.23133 0.008 0.000 0.516 0.020 0.000 0.456
#> SRR1347795 5 0.1957 0.56762 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR601900 2 0.2320 0.84104 0.000 0.864 0.004 0.000 0.000 0.132
#> SRR1330989 4 0.2544 0.69938 0.000 0.120 0.000 0.864 0.004 0.012
#> SRR658445 5 0.1007 0.61387 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1368754 6 0.4804 0.30046 0.012 0.000 0.464 0.008 0.016 0.500
#> SRR1460001 2 0.0000 0.91127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0146 0.79745 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326249 3 0.1092 0.66400 0.020 0.000 0.960 0.000 0.000 0.020
#> SRR614948 1 0.0260 0.80005 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.1957 0.61887 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1321528 1 0.4431 0.61901 0.692 0.000 0.000 0.080 0.000 0.228
#> SRR627447 3 0.4129 -0.10758 0.000 0.000 0.564 0.012 0.000 0.424
#> SRR612239 4 0.2311 0.72439 0.000 0.000 0.016 0.880 0.000 0.104
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.704 0.854 0.937 0.4059 0.605 0.605
#> 3 3 0.528 0.721 0.854 0.4052 0.811 0.694
#> 4 4 0.539 0.621 0.802 0.0946 0.912 0.807
#> 5 5 0.503 0.575 0.754 0.0706 0.925 0.813
#> 6 6 0.516 0.370 0.712 0.0708 0.968 0.908
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 2 0.8661 0.602 0.288 0.712
#> SRR603858 2 0.9732 0.340 0.404 0.596
#> SRR817070 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1486995 2 0.3114 0.897 0.056 0.944
#> SRR813043 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR656874 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR659037 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.9963 0.146 0.536 0.464
#> SRR1081283 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1481036 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR600784 2 0.9044 0.541 0.320 0.680
#> SRR657611 1 0.4161 0.879 0.916 0.084
#> SRR1333659 1 0.7745 0.730 0.772 0.228
#> SRR1323896 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.7376 0.758 0.792 0.208
#> SRR1421010 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1334490 2 0.9044 0.541 0.320 0.680
#> SRR1309468 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1365489 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR627445 2 0.3431 0.891 0.064 0.936
#> SRR607863 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR1487215 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0672 0.915 0.992 0.008
#> SRR1379089 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR1102079 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> SRR1357210 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR663573 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR627457 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> SRR1457750 1 0.5946 0.832 0.856 0.144
#> SRR1099546 1 0.2603 0.901 0.956 0.044
#> SRR604480 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR1458447 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.1633 0.922 0.024 0.976
#> SRR1444063 1 0.0672 0.915 0.992 0.008
#> SRR1355578 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.5946 0.831 0.856 0.144
#> SRR1404123 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR656934 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.5178 0.841 0.116 0.884
#> SRR1391376 2 0.8763 0.587 0.296 0.704
#> SRR661842 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1395699 2 0.5059 0.844 0.112 0.888
#> SRR1312209 1 0.3274 0.894 0.940 0.060
#> SRR1359469 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR658885 2 0.3114 0.897 0.056 0.944
#> SRR1414578 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.9970 0.113 0.468 0.532
#> SRR604677 2 0.9491 0.433 0.368 0.632
#> SRR603800 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR615129 1 0.2778 0.901 0.952 0.048
#> SRR607586 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR663038 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.7139 0.771 0.804 0.196
#> SRR1374567 2 0.9815 0.291 0.420 0.580
#> SRR1434048 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR2184865 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.6887 0.789 0.816 0.184
#> SRR615551 2 0.1414 0.925 0.020 0.980
#> SRR1335513 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1370216 2 0.9044 0.541 0.320 0.680
#> SRR662954 1 0.8016 0.705 0.756 0.244
#> SRR1375738 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> SRR1356577 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR1073119 2 0.9833 0.280 0.424 0.576
#> SRR663549 2 0.1414 0.924 0.020 0.980
#> SRR1478015 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR811866 2 0.2778 0.904 0.048 0.952
#> SRR1401101 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.2778 0.901 0.952 0.048
#> SRR1419869 1 0.9833 0.285 0.576 0.424
#> SRR1490700 1 0.5519 0.846 0.872 0.128
#> SRR601723 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1384115 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1387769 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> SRR1322595 1 0.7376 0.758 0.792 0.208
#> SRR1370423 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1314976 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR1319560 2 0.9970 0.113 0.468 0.532
#> SRR1352683 2 0.9661 0.373 0.392 0.608
#> SRR1473800 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1326384 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1360807 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1332544 1 0.2603 0.901 0.956 0.044
#> SRR598695 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.4815 0.857 0.104 0.896
#> SRR809296 2 0.1843 0.919 0.028 0.972
#> SRR657927 2 0.8661 0.602 0.288 0.712
#> SRR1440682 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1473340 2 0.9044 0.541 0.320 0.680
#> SRR1345563 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1480697 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.4815 0.857 0.104 0.896
#> SRR1417088 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR612743 2 0.6623 0.777 0.172 0.828
#> SRR1361345 1 0.1633 0.910 0.976 0.024
#> SRR600584 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR1395595 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> SRR1334074 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR654838 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR1376694 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.0672 0.915 0.992 0.008
#> SRR1366837 2 0.2603 0.907 0.044 0.956
#> SRR1467479 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1389084 2 0.5178 0.839 0.116 0.884
#> SRR1337624 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR1344400 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR1414290 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR1413644 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR1098998 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.7139 0.771 0.804 0.196
#> SRR1315103 1 0.2236 0.906 0.964 0.036
#> SRR1099286 1 0.4431 0.872 0.908 0.092
#> SRR2166570 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR601445 1 0.0376 0.916 0.996 0.004
#> SRR1439719 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.7139 0.771 0.804 0.196
#> SRR1421462 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR662966 1 0.9977 0.117 0.528 0.472
#> SRR1339175 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR1434671 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.1184 0.913 0.984 0.016
#> SRR1335670 1 0.4161 0.879 0.916 0.084
#> SRR1400955 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.4690 0.861 0.100 0.900
#> SRR1442822 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1364658 2 0.9044 0.541 0.320 0.680
#> SRR1098074 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.1184 0.913 0.984 0.016
#> SRR1086728 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR627464 1 0.5629 0.843 0.868 0.132
#> SRR1409193 1 0.5408 0.848 0.876 0.124
#> SRR2168286 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR663623 2 0.0938 0.929 0.012 0.988
#> SRR1471989 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR1468828 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR1381934 2 0.0938 0.929 0.012 0.988
#> SRR1471098 2 0.9044 0.541 0.320 0.680
#> SRR1314749 2 0.9775 0.315 0.412 0.588
#> SRR2166874 2 0.9661 0.373 0.392 0.608
#> SRR821302 1 0.9815 0.298 0.580 0.420
#> SRR1435066 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR661601 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1419784 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> SRR1357233 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR1441889 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1416226 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1417404 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR665466 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR658849 2 0.8443 0.629 0.272 0.728
#> SRR1460025 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR1374092 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR1488429 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> SRR1087559 1 0.6531 0.807 0.832 0.168
#> SRR817004 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR604390 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR614936 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR1365938 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR660414 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1347020 2 0.9815 0.291 0.420 0.580
#> SRR1398036 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR603750 2 0.3431 0.891 0.064 0.936
#> SRR608630 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR655625 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.1184 0.928 0.016 0.984
#> SRR615189 1 0.7815 0.724 0.768 0.232
#> SRR1466889 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR1385300 2 0.9286 0.490 0.344 0.656
#> SRR654814 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR820596 2 0.9775 0.315 0.412 0.588
#> SRR1318118 2 0.9686 0.362 0.396 0.604
#> SRR1480766 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0672 0.915 0.992 0.008
#> SRR1341833 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR1441826 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1326752 2 0.6801 0.766 0.180 0.820
#> SRR665217 2 0.3114 0.897 0.056 0.944
#> SRR819186 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR661517 2 0.1843 0.919 0.028 0.972
#> SRR607166 2 0.4815 0.857 0.104 0.896
#> SRR809065 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1415463 2 0.7815 0.695 0.232 0.768
#> SRR1381161 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1442231 1 0.8016 0.705 0.756 0.244
#> SRR1374696 1 0.6148 0.824 0.848 0.152
#> SRR1451988 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1406176 2 0.5178 0.841 0.116 0.884
#> SRR656886 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.9983 0.102 0.524 0.476
#> SRR1309490 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1447347 2 0.9815 0.291 0.420 0.580
#> SRR1475546 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.1184 0.928 0.016 0.984
#> SRR1321351 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR1373903 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.9970 0.113 0.468 0.532
#> SRR660981 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR1476719 1 0.3274 0.894 0.940 0.060
#> SRR1403478 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR1095695 2 0.7139 0.745 0.196 0.804
#> SRR1352391 2 0.9775 0.317 0.412 0.588
#> SRR1498813 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR2185097 1 0.6887 0.789 0.816 0.184
#> SRR817166 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1091670 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR603776 2 0.4022 0.877 0.080 0.920
#> SRR1479640 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.9983 0.102 0.524 0.476
#> SRR1074769 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR656153 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1392502 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> SRR1359609 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR2165182 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1432430 2 0.7299 0.734 0.204 0.796
#> SRR808472 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1414958 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR598484 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR612755 2 0.8661 0.602 0.288 0.712
#> SRR1365808 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1322373 2 0.5178 0.839 0.116 0.884
#> SRR1489265 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR1359099 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR607279 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR627427 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> SRR1346933 1 0.7219 0.768 0.800 0.200
#> SRR1487910 1 0.2948 0.898 0.948 0.052
#> SRR603092 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1416119 2 0.8813 0.579 0.300 0.700
#> SRR819318 2 0.9491 0.433 0.368 0.632
#> SRR608288 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR811121 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> SRR810483 2 0.2603 0.907 0.044 0.956
#> SRR607839 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.7139 0.771 0.804 0.196
#> SRR601311 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> SRR1406685 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1312865 2 0.1184 0.927 0.016 0.984
#> SRR1312522 2 0.9815 0.291 0.420 0.580
#> SRR1490486 2 0.4815 0.857 0.104 0.896
#> SRR1325888 2 0.1843 0.919 0.028 0.972
#> SRR1472885 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0938 0.930 0.012 0.988
#> SRR1336636 2 0.9866 0.253 0.432 0.568
#> SRR1347795 1 0.2603 0.901 0.956 0.044
#> SRR601900 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1368754 2 0.9970 0.128 0.468 0.532
#> SRR1460001 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1326249 2 0.8443 0.629 0.272 0.728
#> SRR614948 1 0.0000 0.917 1.000 0.000
#> SRR1472952 2 0.7299 0.734 0.204 0.796
#> SRR1321528 1 0.2948 0.898 0.948 0.052
#> SRR627447 2 0.9044 0.541 0.320 0.680
#> SRR612239 2 0.0000 0.934 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 3 0.3752 0.6827 0.000 0.144 0.856
#> SRR603858 3 0.4737 0.6734 0.064 0.084 0.852
#> SRR817070 2 0.0000 0.8711 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486995 3 0.6305 -0.1177 0.000 0.484 0.516
#> SRR813043 2 0.3482 0.8413 0.000 0.872 0.128
#> SRR656874 2 0.3340 0.8371 0.000 0.880 0.120
#> SRR659037 2 0.3412 0.8383 0.000 0.876 0.124
#> SRR662031 3 0.5850 0.5415 0.188 0.040 0.772
#> SRR1081283 2 0.0424 0.8705 0.000 0.992 0.008
#> SRR1481036 2 0.5706 0.6189 0.000 0.680 0.320
#> SRR1434009 2 0.1289 0.8731 0.000 0.968 0.032
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0237 0.8725 0.000 0.996 0.004
#> SRR665429 2 0.3340 0.8371 0.000 0.880 0.120
#> SRR1388025 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR600784 3 0.3038 0.6854 0.000 0.104 0.896
#> SRR657611 1 0.6095 0.5454 0.608 0.000 0.392
#> SRR1333659 3 0.7777 0.0181 0.416 0.052 0.532
#> SRR1323896 2 0.0592 0.8724 0.000 0.988 0.012
#> SRR1453971 3 0.6994 -0.0577 0.424 0.020 0.556
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.3038 0.6854 0.000 0.104 0.896
#> SRR1309468 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 3 0.6836 -0.0786 0.412 0.016 0.572
#> SRR1365489 2 0.2448 0.8668 0.000 0.924 0.076
#> SRR627445 2 0.6286 0.2943 0.000 0.536 0.464
#> SRR607863 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0592 0.8724 0.000 0.988 0.012
#> SRR615695 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR601477 2 0.2878 0.8603 0.000 0.904 0.096
#> SRR1487215 2 0.1529 0.8735 0.000 0.960 0.040
#> SRR1310797 2 0.0592 0.8728 0.000 0.988 0.012
#> SRR1362713 1 0.4555 0.7814 0.800 0.000 0.200
#> SRR1431385 1 0.2711 0.8410 0.912 0.000 0.088
#> SRR1379089 2 0.3482 0.8413 0.000 0.872 0.128
#> SRR1102079 2 0.6095 0.4869 0.000 0.608 0.392
#> SRR1357210 1 0.1411 0.8592 0.964 0.000 0.036
#> SRR657659 2 0.4062 0.8076 0.000 0.836 0.164
#> SRR663573 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR603188 2 0.0000 0.8711 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.0892 0.8734 0.000 0.980 0.020
#> SRR1310975 2 0.3482 0.8426 0.000 0.872 0.128
#> SRR627457 1 0.0424 0.8632 0.992 0.000 0.008
#> SRR1367654 2 0.0747 0.8735 0.000 0.984 0.016
#> SRR1488410 1 0.1964 0.8537 0.944 0.000 0.056
#> SRR1457750 1 0.6948 0.3493 0.512 0.016 0.472
#> SRR1099546 1 0.5016 0.7451 0.760 0.000 0.240
#> SRR604480 2 0.1643 0.8720 0.000 0.956 0.044
#> SRR1390477 2 0.3482 0.8413 0.000 0.872 0.128
#> SRR1458447 2 0.1529 0.8728 0.000 0.960 0.040
#> SRR1473161 2 0.1163 0.8740 0.000 0.972 0.028
#> SRR1409813 2 0.1411 0.8727 0.000 0.964 0.036
#> SRR612791 1 0.0237 0.8629 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470580 2 0.6215 0.3973 0.000 0.572 0.428
#> SRR1444063 1 0.4702 0.7662 0.788 0.000 0.212
#> SRR1355578 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.3340 0.8445 0.000 0.880 0.120
#> SRR814244 3 0.6678 -0.2592 0.480 0.008 0.512
#> SRR1404123 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR656934 2 0.3412 0.8383 0.000 0.876 0.124
#> SRR1339029 2 0.1289 0.8735 0.000 0.968 0.032
#> SRR821525 2 0.0747 0.8730 0.000 0.984 0.016
#> SRR1443677 1 0.1529 0.8573 0.960 0.000 0.040
#> SRR1406330 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.6309 0.1227 0.000 0.500 0.500
#> SRR1391376 3 0.3551 0.6851 0.000 0.132 0.868
#> SRR661842 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1395699 3 0.6045 0.2819 0.000 0.380 0.620
#> SRR1312209 1 0.6079 0.5572 0.612 0.000 0.388
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.6295 -0.0690 0.000 0.472 0.528
#> SRR1414578 1 0.1031 0.8616 0.976 0.000 0.024
#> SRR603620 3 0.9050 0.4903 0.168 0.296 0.536
#> SRR604677 3 0.3461 0.6760 0.024 0.076 0.900
#> SRR603800 2 0.3267 0.8479 0.000 0.884 0.116
#> SRR602058 2 0.0424 0.8705 0.000 0.992 0.008
#> SRR817488 2 0.1753 0.8728 0.000 0.952 0.048
#> SRR655601 2 0.0747 0.8733 0.000 0.984 0.016
#> SRR1434821 2 0.1031 0.8744 0.000 0.976 0.024
#> SRR1349166 2 0.0747 0.8730 0.000 0.984 0.016
#> SRR615129 1 0.6228 0.5890 0.624 0.004 0.372
#> SRR607586 2 0.1643 0.8720 0.000 0.956 0.044
#> SRR602680 2 0.1860 0.8726 0.000 0.948 0.052
#> SRR1411070 2 0.1964 0.8715 0.000 0.944 0.056
#> SRR663038 2 0.3340 0.8371 0.000 0.880 0.120
#> SRR1489416 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.6274 0.3721 0.544 0.000 0.456
#> SRR1374567 3 0.4475 0.6597 0.072 0.064 0.864
#> SRR1434048 2 0.2537 0.8651 0.000 0.920 0.080
#> SRR2184865 2 0.2165 0.8686 0.000 0.936 0.064
#> SRR2170135 1 0.6225 0.4304 0.568 0.000 0.432
#> SRR615551 2 0.4033 0.8289 0.008 0.856 0.136
#> SRR1335513 2 0.1163 0.8740 0.000 0.972 0.028
#> SRR1370216 3 0.3038 0.6854 0.000 0.104 0.896
#> SRR662954 3 0.7534 0.0871 0.368 0.048 0.584
#> SRR1375738 2 0.5859 0.5785 0.000 0.656 0.344
#> SRR1356577 2 0.1964 0.8632 0.000 0.944 0.056
#> SRR1073119 3 0.4921 0.6601 0.084 0.072 0.844
#> SRR663549 2 0.5560 0.6409 0.000 0.700 0.300
#> SRR1478015 2 0.0237 0.8723 0.000 0.996 0.004
#> SRR600632 2 0.2448 0.8555 0.000 0.924 0.076
#> SRR811866 2 0.5016 0.7128 0.000 0.760 0.240
#> SRR1401101 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477797 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1402986 2 0.1529 0.8735 0.000 0.960 0.040
#> SRR658897 1 0.6228 0.5890 0.624 0.004 0.372
#> SRR1419869 3 0.6124 0.4836 0.220 0.036 0.744
#> SRR1490700 3 0.6521 -0.2933 0.492 0.004 0.504
#> SRR601723 2 0.1163 0.8742 0.000 0.972 0.028
#> SRR1384115 2 0.3192 0.8491 0.000 0.888 0.112
#> SRR1476927 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1387769 2 0.5859 0.5785 0.000 0.656 0.344
#> SRR1322595 3 0.6994 -0.0577 0.424 0.020 0.556
#> SRR1370423 2 0.5926 0.5612 0.000 0.644 0.356
#> SRR1314976 2 0.1964 0.8632 0.000 0.944 0.056
#> SRR1319560 3 0.9050 0.4903 0.168 0.296 0.536
#> SRR1352683 3 0.4887 0.6784 0.060 0.096 0.844
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 2 0.5650 0.6277 0.000 0.688 0.312
#> SRR1360807 2 0.0424 0.8705 0.000 0.992 0.008
#> SRR1332544 1 0.5016 0.7451 0.760 0.000 0.240
#> SRR598695 1 0.1163 0.8610 0.972 0.000 0.028
#> SRR807824 2 0.6026 0.6757 0.024 0.732 0.244
#> SRR809296 2 0.6267 0.3296 0.000 0.548 0.452
#> SRR657927 3 0.3752 0.6827 0.000 0.144 0.856
#> SRR1440682 2 0.0592 0.8722 0.000 0.988 0.012
#> SRR1454415 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1419131 2 0.0424 0.8705 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404293 1 0.4452 0.7876 0.808 0.000 0.192
#> SRR1473340 3 0.3038 0.6854 0.000 0.104 0.896
#> SRR1345563 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.2066 0.8702 0.000 0.940 0.060
#> SRR1480697 2 0.5363 0.6766 0.000 0.724 0.276
#> SRR1321808 2 0.0747 0.8735 0.000 0.984 0.016
#> SRR1382756 2 0.2448 0.8658 0.000 0.924 0.076
#> SRR1312558 2 0.6026 0.6757 0.024 0.732 0.244
#> SRR1417088 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433027 2 0.0592 0.8722 0.000 0.988 0.012
#> SRR662257 2 0.1411 0.8735 0.000 0.964 0.036
#> SRR600417 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR812493 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR612743 3 0.7050 0.3383 0.028 0.372 0.600
#> SRR1361345 1 0.5431 0.7020 0.716 0.000 0.284
#> SRR600584 2 0.0000 0.8711 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.1860 0.8647 0.000 0.948 0.052
#> SRR1395595 2 0.6079 0.4939 0.000 0.612 0.388
#> SRR1334074 2 0.5621 0.6358 0.000 0.692 0.308
#> SRR654838 2 0.3340 0.8481 0.000 0.880 0.120
#> SRR1376694 1 0.0237 0.8629 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433841 1 0.4702 0.7662 0.788 0.000 0.212
#> SRR1366837 2 0.6154 0.4468 0.000 0.592 0.408
#> SRR1467479 2 0.1289 0.8735 0.000 0.968 0.032
#> SRR1459055 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0747 0.8726 0.000 0.984 0.016
#> SRR603004 2 0.5926 0.5612 0.000 0.644 0.356
#> SRR814703 2 0.1031 0.8735 0.000 0.976 0.024
#> SRR661937 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR614359 1 0.0237 0.8629 0.996 0.000 0.004
#> SRR1071568 2 0.1289 0.8731 0.000 0.968 0.032
#> SRR1389084 3 0.6026 0.2956 0.000 0.376 0.624
#> SRR1337624 2 0.2448 0.8555 0.000 0.924 0.076
#> SRR1344400 2 0.3340 0.8480 0.000 0.880 0.120
#> SRR1414290 2 0.3116 0.8535 0.000 0.892 0.108
#> SRR1413644 2 0.3412 0.8451 0.000 0.876 0.124
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.6274 0.3721 0.544 0.000 0.456
#> SRR1315103 1 0.5733 0.6520 0.676 0.000 0.324
#> SRR1099286 1 0.5621 0.6683 0.692 0.000 0.308
#> SRR2166570 2 0.3879 0.8127 0.000 0.848 0.152
#> SRR601445 1 0.1860 0.8541 0.948 0.000 0.052
#> SRR1439719 2 0.0424 0.8731 0.000 0.992 0.008
#> SRR1377026 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.2448 0.8684 0.000 0.924 0.076
#> SRR1460433 2 0.1163 0.8716 0.000 0.972 0.028
#> SRR1469345 1 0.6274 0.3721 0.544 0.000 0.456
#> SRR1421462 2 0.3412 0.8453 0.000 0.876 0.124
#> SRR662966 3 0.5798 0.5536 0.176 0.044 0.780
#> SRR1339175 1 0.0237 0.8629 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447736 2 0.2537 0.8651 0.000 0.920 0.080
#> SRR1434671 2 0.0747 0.8735 0.000 0.984 0.016
#> SRR660800 2 0.2165 0.8693 0.000 0.936 0.064
#> SRR1465543 2 0.3340 0.8459 0.000 0.880 0.120
#> SRR1342023 1 0.4291 0.7939 0.820 0.000 0.180
#> SRR1335670 1 0.6095 0.5454 0.608 0.000 0.392
#> SRR1400955 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1072150 2 0.5903 0.6950 0.024 0.744 0.232
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.3038 0.6854 0.000 0.104 0.896
#> SRR1098074 2 0.5926 0.5612 0.000 0.644 0.356
#> SRR1442778 1 0.4291 0.7939 0.820 0.000 0.180
#> SRR1086728 2 0.5835 0.5833 0.000 0.660 0.340
#> SRR627464 3 0.6309 -0.3183 0.496 0.000 0.504
#> SRR1409193 3 0.6309 -0.3105 0.496 0.000 0.504
#> SRR2168286 2 0.3879 0.8127 0.000 0.848 0.152
#> SRR615539 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR663623 2 0.5926 0.5619 0.000 0.644 0.356
#> SRR1471989 2 0.6062 0.5031 0.000 0.616 0.384
#> SRR1468828 2 0.1031 0.8738 0.000 0.976 0.024
#> SRR1381934 2 0.5926 0.5590 0.000 0.644 0.356
#> SRR1471098 3 0.4810 0.6867 0.028 0.140 0.832
#> SRR1314749 3 0.4475 0.6670 0.064 0.072 0.864
#> SRR2166874 3 0.5860 0.5978 0.024 0.228 0.748
#> SRR821302 3 0.6168 0.4773 0.224 0.036 0.740
#> SRR1435066 2 0.3412 0.8455 0.000 0.876 0.124
#> SRR661601 2 0.2448 0.8684 0.000 0.924 0.076
#> SRR1446546 2 0.5926 0.5612 0.000 0.644 0.356
#> SRR1419784 2 0.5968 0.5451 0.000 0.636 0.364
#> SRR1357233 2 0.3340 0.8486 0.000 0.880 0.120
#> SRR1441889 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1442862 2 0.2448 0.8658 0.000 0.924 0.076
#> SRR662474 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416226 2 0.5706 0.6189 0.000 0.680 0.320
#> SRR1417404 2 0.1964 0.8632 0.000 0.944 0.056
#> SRR665466 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR658849 3 0.4002 0.6769 0.000 0.160 0.840
#> SRR1460025 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1408136 1 0.0424 0.8617 0.992 0.000 0.008
#> SRR1489995 2 0.3482 0.8426 0.000 0.872 0.128
#> SRR1374092 2 0.5785 0.5988 0.000 0.668 0.332
#> SRR1488429 2 0.6045 0.5171 0.000 0.620 0.380
#> SRR1087559 3 0.6936 -0.1883 0.460 0.016 0.524
#> SRR817004 1 0.3340 0.8230 0.880 0.000 0.120
#> SRR1429660 2 0.2959 0.8561 0.000 0.900 0.100
#> SRR604390 2 0.5926 0.5612 0.000 0.644 0.356
#> SRR614936 2 0.2448 0.8555 0.000 0.924 0.076
#> SRR1365938 1 0.4555 0.7814 0.800 0.000 0.200
#> SRR1437324 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.1163 0.8716 0.000 0.972 0.028
#> SRR660414 2 0.3879 0.8127 0.000 0.848 0.152
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.4475 0.6597 0.072 0.064 0.864
#> SRR1398036 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436674 1 0.1289 0.8598 0.968 0.000 0.032
#> SRR603750 2 0.6286 0.2943 0.000 0.536 0.464
#> SRR608630 2 0.1860 0.8647 0.000 0.948 0.052
#> SRR655625 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR599059 2 0.3715 0.8420 0.004 0.868 0.128
#> SRR615189 3 0.7851 0.0319 0.412 0.056 0.532
#> SRR1466889 2 0.1643 0.8720 0.000 0.956 0.044
#> SRR1084602 2 0.0424 0.8705 0.000 0.992 0.008
#> SRR1335422 1 0.1031 0.8616 0.976 0.000 0.024
#> SRR1356805 2 0.2625 0.8630 0.000 0.916 0.084
#> SRR1385300 3 0.4249 0.6871 0.028 0.108 0.864
#> SRR654814 1 0.1289 0.8598 0.968 0.000 0.032
#> SRR658385 2 0.3412 0.8455 0.000 0.876 0.124
#> SRR820596 3 0.4475 0.6670 0.064 0.072 0.864
#> SRR1318118 3 0.7318 0.5892 0.068 0.264 0.668
#> SRR1480766 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406539 1 0.4605 0.7733 0.796 0.000 0.204
#> SRR1341833 2 0.3038 0.8556 0.000 0.896 0.104
#> SRR1441826 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1448051 1 0.1289 0.8598 0.968 0.000 0.032
#> SRR1326752 3 0.5497 0.5017 0.000 0.292 0.708
#> SRR665217 3 0.6295 -0.0690 0.000 0.472 0.528
#> SRR819186 2 0.3412 0.8453 0.000 0.876 0.124
#> SRR661517 2 0.6267 0.3296 0.000 0.548 0.452
#> SRR607166 2 0.6026 0.6757 0.024 0.732 0.244
#> SRR809065 2 0.1163 0.8743 0.000 0.972 0.028
#> SRR1415872 2 0.0000 0.8711 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415463 3 0.5681 0.6124 0.016 0.236 0.748
#> SRR1381161 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1442231 3 0.7534 0.0871 0.368 0.048 0.584
#> SRR1374696 3 0.6489 -0.2051 0.456 0.004 0.540
#> SRR1451988 2 0.5926 0.5612 0.000 0.644 0.356
#> SRR660555 1 0.1163 0.8610 0.972 0.000 0.028
#> SRR657801 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.1411 0.8728 0.000 0.964 0.036
#> SRR1472462 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406176 3 0.6309 -0.1396 0.000 0.500 0.500
#> SRR656886 2 0.3619 0.8331 0.000 0.864 0.136
#> SRR1498337 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR613066 3 0.5581 0.5575 0.168 0.040 0.792
#> SRR1309490 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447347 3 0.4475 0.6597 0.072 0.064 0.864
#> SRR1475546 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR627459 2 0.1163 0.8742 0.000 0.972 0.028
#> SRR1434332 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1070358 2 0.0424 0.8705 0.000 0.992 0.008
#> SRR1345936 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR665658 2 0.3715 0.8420 0.004 0.868 0.128
#> SRR1321351 2 0.0000 0.8711 0.000 1.000 0.000
#> SRR657880 2 0.3482 0.8444 0.000 0.872 0.128
#> SRR1373903 2 0.0592 0.8722 0.000 0.988 0.012
#> SRR657396 3 0.9050 0.4903 0.168 0.296 0.536
#> SRR660981 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR818499 1 0.0592 0.8630 0.988 0.000 0.012
#> SRR819658 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1376316 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.3340 0.8475 0.000 0.880 0.120
#> SRR1476719 1 0.6079 0.5572 0.612 0.000 0.388
#> SRR1403478 2 0.3412 0.8455 0.000 0.876 0.124
#> SRR1095695 3 0.5291 0.5464 0.000 0.268 0.732
#> SRR1352391 3 0.4745 0.6703 0.068 0.080 0.852
#> SRR1498813 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR627437 2 0.2261 0.8692 0.000 0.932 0.068
#> SRR2185097 1 0.6225 0.4304 0.568 0.000 0.432
#> SRR817166 2 0.5926 0.5612 0.000 0.644 0.356
#> SRR1091670 2 0.2537 0.8651 0.000 0.920 0.080
#> SRR603776 2 0.5497 0.6192 0.000 0.708 0.292
#> SRR1479640 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR660152 3 0.5637 0.5555 0.172 0.040 0.788
#> SRR1074769 2 0.3412 0.8452 0.000 0.876 0.124
#> SRR656153 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1392502 2 0.6095 0.4869 0.000 0.608 0.392
#> SRR1359609 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.2537 0.8664 0.000 0.920 0.080
#> SRR2165182 2 0.3340 0.8371 0.000 0.880 0.120
#> SRR608542 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR655064 2 0.2165 0.8686 0.000 0.936 0.064
#> SRR1432430 3 0.5178 0.5676 0.000 0.256 0.744
#> SRR808472 2 0.0237 0.8724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1414958 2 0.6062 0.5031 0.000 0.616 0.384
#> SRR598484 2 0.3192 0.8529 0.000 0.888 0.112
#> SRR612755 3 0.3752 0.6827 0.000 0.144 0.856
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.5363 0.6766 0.000 0.724 0.276
#> SRR1322373 3 0.6026 0.2956 0.000 0.376 0.624
#> SRR1489265 2 0.2959 0.8561 0.000 0.900 0.100
#> SRR1359099 2 0.3412 0.8455 0.000 0.876 0.124
#> SRR607279 2 0.1643 0.8720 0.000 0.956 0.044
#> SRR810461 2 0.3619 0.8403 0.000 0.864 0.136
#> SRR627427 1 0.0424 0.8632 0.992 0.000 0.008
#> SRR612887 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR809807 2 0.5926 0.5612 0.000 0.644 0.356
#> SRR663112 2 0.5810 0.5905 0.000 0.664 0.336
#> SRR1346933 3 0.6859 -0.1025 0.420 0.016 0.564
#> SRR1487910 1 0.5968 0.5973 0.636 0.000 0.364
#> SRR603092 2 0.0424 0.8705 0.000 0.992 0.008
#> SRR1417680 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1383785 1 0.3879 0.8060 0.848 0.000 0.152
#> SRR1070015 2 0.3340 0.8459 0.000 0.880 0.120
#> SRR1466222 2 0.5926 0.5612 0.000 0.644 0.356
#> SRR1416119 3 0.3482 0.6853 0.000 0.128 0.872
#> SRR819318 3 0.3461 0.6760 0.024 0.076 0.900
#> SRR608288 2 0.3551 0.8407 0.000 0.868 0.132
#> SRR811121 2 0.3340 0.8445 0.000 0.880 0.120
#> SRR613138 2 0.3482 0.8426 0.000 0.872 0.128
#> SRR810483 2 0.6154 0.4468 0.000 0.592 0.408
#> SRR607839 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.6274 0.3721 0.544 0.000 0.456
#> SRR601311 2 0.1411 0.8712 0.000 0.964 0.036
#> SRR1406685 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467500 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 2 0.6045 0.5171 0.000 0.620 0.380
#> SRR1312522 3 0.4475 0.6597 0.072 0.064 0.864
#> SRR1490486 2 0.6026 0.6757 0.024 0.732 0.244
#> SRR1325888 2 0.6267 0.3296 0.000 0.548 0.452
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1084766 2 0.0237 0.8704 0.000 0.996 0.004
#> SRR1102804 2 0.3482 0.8413 0.000 0.872 0.128
#> SRR1336636 3 0.5153 0.6490 0.100 0.068 0.832
#> SRR1347795 1 0.5016 0.7451 0.760 0.000 0.240
#> SRR601900 2 0.1860 0.8726 0.000 0.948 0.052
#> SRR1330989 2 0.0592 0.8717 0.000 0.988 0.012
#> SRR658445 2 0.3340 0.8459 0.000 0.880 0.120
#> SRR1368754 3 0.5603 0.6181 0.136 0.060 0.804
#> SRR1460001 2 0.0592 0.8724 0.000 0.988 0.012
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.4002 0.6769 0.000 0.160 0.840
#> SRR614948 1 0.0000 0.8631 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.5178 0.5676 0.000 0.256 0.744
#> SRR1321528 1 0.5968 0.5973 0.636 0.000 0.364
#> SRR627447 3 0.3038 0.6854 0.000 0.104 0.896
#> SRR612239 2 0.1031 0.8726 0.000 0.976 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.1833 0.5177 0.000 0.024 0.944 0.032
#> SRR603858 3 0.4496 0.3638 0.012 0.008 0.768 0.212
#> SRR817070 2 0.0524 0.8348 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1486995 3 0.4624 0.4087 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR813043 2 0.4122 0.7265 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR656874 2 0.3653 0.7817 0.000 0.844 0.128 0.028
#> SRR659037 2 0.3447 0.7860 0.000 0.852 0.128 0.020
#> SRR662031 3 0.6552 0.0326 0.144 0.000 0.628 0.228
#> SRR1081283 2 0.0657 0.8334 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1481036 2 0.5132 0.2374 0.000 0.548 0.448 0.004
#> SRR1434009 2 0.1211 0.8371 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0469 0.8370 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR665429 2 0.3653 0.7817 0.000 0.844 0.128 0.028
#> SRR1388025 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR600784 3 0.1302 0.4877 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR657611 4 0.6758 0.4869 0.400 0.000 0.096 0.504
#> SRR1333659 4 0.8337 0.5535 0.312 0.020 0.256 0.412
#> SRR1323896 2 0.1059 0.8358 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1453971 4 0.7966 0.5481 0.316 0.004 0.268 0.412
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.1302 0.4887 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1309468 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 4 0.5528 0.6276 0.144 0.000 0.124 0.732
#> SRR1365489 2 0.3024 0.8016 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR627445 3 0.5268 0.2755 0.000 0.396 0.592 0.012
#> SRR607863 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.1059 0.8358 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR615695 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR601477 2 0.3219 0.7944 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1487215 2 0.1557 0.8363 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1310797 2 0.1174 0.8392 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1362713 1 0.5189 0.2592 0.616 0.000 0.012 0.372
#> SRR1431385 1 0.3710 0.6549 0.804 0.000 0.004 0.192
#> SRR1379089 2 0.4122 0.7265 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR1102079 3 0.4985 0.0498 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1357210 1 0.1576 0.7953 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR657659 2 0.4423 0.7400 0.000 0.792 0.168 0.040
#> SRR663573 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR603188 2 0.0524 0.8348 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1471200 2 0.0817 0.8381 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1310975 2 0.4018 0.7401 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR627457 1 0.4776 0.3429 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1367654 2 0.0921 0.8379 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1488410 1 0.3486 0.6593 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1457750 4 0.5881 0.6101 0.240 0.000 0.084 0.676
#> SRR1099546 1 0.5609 0.5015 0.712 0.000 0.088 0.200
#> SRR604480 2 0.1792 0.8331 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1390477 2 0.4122 0.7265 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR1458447 2 0.1716 0.8344 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1473161 2 0.1118 0.8379 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1409813 2 0.1637 0.8348 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR612791 1 0.0592 0.8141 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1470580 3 0.5257 0.1361 0.000 0.444 0.548 0.008
#> SRR1444063 1 0.5008 0.5268 0.732 0.000 0.040 0.228
#> SRR1355578 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.3311 0.7801 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR814244 4 0.7044 0.6291 0.276 0.000 0.164 0.560
#> SRR1404123 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR656934 2 0.3501 0.7823 0.000 0.848 0.132 0.020
#> SRR1339029 2 0.1302 0.8375 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR821525 2 0.1059 0.8347 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1443677 1 0.1389 0.7981 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1406330 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.5560 0.2847 0.000 0.392 0.584 0.024
#> SRR1391376 3 0.1724 0.5130 0.000 0.020 0.948 0.032
#> SRR661842 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1395699 3 0.4295 0.5527 0.000 0.240 0.752 0.008
#> SRR1312209 4 0.6407 0.5027 0.384 0.000 0.072 0.544
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.4741 0.4302 0.000 0.328 0.668 0.004
#> SRR1414578 1 0.0921 0.8094 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR603620 4 0.8172 0.1280 0.020 0.232 0.288 0.460
#> SRR604677 3 0.3760 0.4069 0.012 0.004 0.828 0.156
#> SRR603800 2 0.3024 0.7980 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR602058 2 0.0779 0.8319 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR817488 2 0.1940 0.8328 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR655601 2 0.1059 0.8352 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1434821 2 0.1109 0.8392 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1349166 2 0.0707 0.8378 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR615129 4 0.5872 0.4768 0.384 0.000 0.040 0.576
#> SRR607586 2 0.1940 0.8322 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR602680 2 0.2149 0.8305 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1411070 2 0.2546 0.8264 0.000 0.900 0.092 0.008
#> SRR663038 2 0.3653 0.7817 0.000 0.844 0.128 0.028
#> SRR1489416 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.7536 -0.1227 0.492 0.000 0.264 0.244
#> SRR1374567 3 0.4824 0.3398 0.024 0.004 0.744 0.228
#> SRR1434048 2 0.3123 0.7962 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR2184865 2 0.2413 0.8254 0.000 0.916 0.064 0.020
#> SRR2170135 1 0.7394 -0.0761 0.520 0.000 0.236 0.244
#> SRR615551 2 0.4453 0.7086 0.000 0.744 0.244 0.012
#> SRR1335513 2 0.1118 0.8379 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1370216 3 0.1302 0.4887 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR662954 4 0.6132 0.6236 0.100 0.020 0.168 0.712
#> SRR1375738 2 0.4996 0.1254 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR1356577 2 0.3307 0.8040 0.000 0.868 0.104 0.028
#> SRR1073119 3 0.4854 0.3272 0.020 0.004 0.732 0.244
#> SRR663549 2 0.5349 0.4914 0.000 0.640 0.336 0.024
#> SRR1478015 2 0.0469 0.8368 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR600632 2 0.3674 0.7913 0.000 0.848 0.116 0.036
#> SRR811866 2 0.5678 0.5075 0.000 0.640 0.316 0.044
#> SRR1401101 2 0.0188 0.8353 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1477797 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1402986 2 0.1474 0.8366 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR658897 4 0.5872 0.4768 0.384 0.000 0.040 0.576
#> SRR1419869 3 0.6889 -0.1118 0.176 0.000 0.592 0.232
#> SRR1490700 4 0.6868 0.6338 0.264 0.000 0.152 0.584
#> SRR601723 2 0.1584 0.8379 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1384115 2 0.3208 0.7960 0.000 0.848 0.148 0.004
#> SRR1476927 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1387769 2 0.4996 0.1254 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR1322595 4 0.7966 0.5481 0.316 0.004 0.268 0.412
#> SRR1370423 2 0.4998 0.1116 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1314976 2 0.3404 0.8042 0.000 0.864 0.104 0.032
#> SRR1319560 4 0.8172 0.1280 0.020 0.232 0.288 0.460
#> SRR1352683 3 0.4621 0.3779 0.012 0.012 0.764 0.212
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 2 0.5119 0.2557 0.000 0.556 0.440 0.004
#> SRR1360807 2 0.0779 0.8319 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1332544 1 0.5609 0.5015 0.712 0.000 0.088 0.200
#> SRR598695 1 0.1211 0.8021 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR807824 2 0.5917 0.5093 0.000 0.624 0.320 0.056
#> SRR809296 3 0.4866 0.2644 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR657927 3 0.1833 0.5177 0.000 0.024 0.944 0.032
#> SRR1440682 2 0.0895 0.8385 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1454415 2 0.0469 0.8334 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1419131 2 0.0779 0.8319 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1404293 1 0.5127 0.3077 0.632 0.000 0.012 0.356
#> SRR1473340 3 0.1302 0.4887 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1345563 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.2081 0.8300 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1480697 2 0.4955 0.4825 0.000 0.648 0.344 0.008
#> SRR1321808 2 0.0921 0.8379 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1382756 2 0.2149 0.8278 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1312558 2 0.5917 0.5093 0.000 0.624 0.320 0.056
#> SRR1417088 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1433027 2 0.0895 0.8385 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR662257 2 0.1888 0.8342 0.000 0.940 0.044 0.016
#> SRR600417 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR812493 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR612743 3 0.5972 0.5301 0.008 0.244 0.680 0.068
#> SRR1361345 1 0.5510 -0.1779 0.504 0.000 0.016 0.480
#> SRR600584 2 0.0524 0.8348 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1310520 2 0.3245 0.8064 0.000 0.872 0.100 0.028
#> SRR1395595 3 0.4989 0.0434 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1334074 2 0.4955 0.2558 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR654838 2 0.4018 0.7409 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR1376694 1 0.0336 0.8155 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1433841 1 0.5008 0.5268 0.732 0.000 0.040 0.228
#> SRR1366837 3 0.4967 0.1088 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1467479 2 0.1211 0.8374 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0707 0.8381 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR603004 2 0.4998 0.1116 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR814703 2 0.1022 0.8376 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR661937 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR614359 1 0.0592 0.8141 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1071568 2 0.1211 0.8371 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1389084 3 0.4262 0.5532 0.000 0.236 0.756 0.008
#> SRR1337624 2 0.3674 0.7913 0.000 0.848 0.116 0.036
#> SRR1344400 2 0.3945 0.7492 0.000 0.780 0.216 0.004
#> SRR1414290 2 0.3908 0.7524 0.000 0.784 0.212 0.004
#> SRR1413644 2 0.4053 0.7350 0.000 0.768 0.228 0.004
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.7536 -0.1227 0.492 0.000 0.264 0.244
#> SRR1315103 4 0.5921 0.3423 0.448 0.000 0.036 0.516
#> SRR1099286 1 0.6420 0.3386 0.640 0.000 0.132 0.228
#> SRR2166570 2 0.4149 0.7461 0.000 0.804 0.168 0.028
#> SRR601445 1 0.2216 0.7660 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1439719 2 0.0779 0.8375 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1377026 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.2704 0.8160 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1460433 2 0.2198 0.8276 0.000 0.920 0.072 0.008
#> SRR1469345 1 0.7536 -0.1227 0.492 0.000 0.264 0.244
#> SRR1421462 2 0.4018 0.7409 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR662966 3 0.6366 0.0600 0.120 0.000 0.640 0.240
#> SRR1339175 1 0.0592 0.8141 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1447736 2 0.3123 0.7962 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1434671 2 0.0921 0.8379 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR660800 2 0.2473 0.8313 0.000 0.908 0.080 0.012
#> SRR1465543 2 0.3444 0.7728 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1342023 1 0.4452 0.5365 0.732 0.000 0.008 0.260
#> SRR1335670 4 0.6758 0.4869 0.400 0.000 0.096 0.504
#> SRR1400955 2 0.0188 0.8353 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1072150 2 0.5857 0.5361 0.000 0.636 0.308 0.056
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.1302 0.4887 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1098074 2 0.4998 0.1116 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1442778 1 0.4452 0.5365 0.732 0.000 0.008 0.260
#> SRR1086728 2 0.4977 0.1827 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR627464 4 0.5383 0.5006 0.100 0.000 0.160 0.740
#> SRR1409193 4 0.6685 0.6292 0.268 0.000 0.132 0.600
#> SRR2168286 2 0.4149 0.7461 0.000 0.804 0.168 0.028
#> SRR615539 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR663623 2 0.5168 0.0804 0.000 0.504 0.492 0.004
#> SRR1471989 3 0.4992 0.0257 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1468828 2 0.2329 0.8307 0.000 0.916 0.072 0.012
#> SRR1381934 2 0.5295 0.0795 0.000 0.504 0.488 0.008
#> SRR1471098 3 0.3647 0.4965 0.000 0.040 0.852 0.108
#> SRR1314749 3 0.4600 0.3419 0.012 0.004 0.744 0.240
#> SRR2166874 4 0.7608 -0.0134 0.000 0.200 0.392 0.408
#> SRR821302 3 0.6924 -0.1240 0.180 0.000 0.588 0.232
#> SRR1435066 2 0.3982 0.7449 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR661601 2 0.2704 0.8160 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1446546 2 0.4998 0.1116 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1419784 3 0.5000 -0.0704 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR1357233 2 0.3982 0.7450 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1441889 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1442862 2 0.2149 0.8278 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR662474 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1416226 2 0.5132 0.2374 0.000 0.548 0.448 0.004
#> SRR1417404 2 0.3404 0.8042 0.000 0.864 0.104 0.032
#> SRR665466 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR658849 3 0.1936 0.5228 0.000 0.032 0.940 0.028
#> SRR1460025 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1408136 1 0.0592 0.8093 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1489995 2 0.4018 0.7401 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR1374092 2 0.4989 0.1695 0.000 0.528 0.472 0.000
#> SRR1488429 3 0.4996 -0.0186 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR1087559 4 0.7652 0.5641 0.336 0.004 0.192 0.468
#> SRR817004 1 0.3606 0.6940 0.844 0.000 0.024 0.132
#> SRR1429660 2 0.3710 0.7690 0.000 0.804 0.192 0.004
#> SRR604390 2 0.4998 0.1116 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR614936 2 0.3674 0.7913 0.000 0.848 0.116 0.036
#> SRR1365938 1 0.5189 0.2592 0.616 0.000 0.012 0.372
#> SRR1437324 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.2198 0.8276 0.000 0.920 0.072 0.008
#> SRR660414 2 0.4149 0.7461 0.000 0.804 0.168 0.028
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.4824 0.3398 0.024 0.004 0.744 0.228
#> SRR1398036 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1436674 1 0.1211 0.8029 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR603750 3 0.5268 0.2755 0.000 0.396 0.592 0.012
#> SRR608630 2 0.3245 0.8064 0.000 0.872 0.100 0.028
#> SRR655625 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR599059 2 0.4158 0.7387 0.000 0.768 0.224 0.008
#> SRR615189 4 0.8414 0.5541 0.308 0.024 0.256 0.412
#> SRR1466889 2 0.1867 0.8322 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1084602 2 0.0779 0.8319 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1335422 1 0.0921 0.8094 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1356805 2 0.3448 0.7875 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1385300 3 0.2795 0.4611 0.012 0.004 0.896 0.088
#> SRR654814 1 0.1211 0.8029 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR658385 2 0.3982 0.7449 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR820596 3 0.4600 0.3419 0.012 0.004 0.744 0.240
#> SRR1318118 3 0.7854 0.1805 0.024 0.204 0.536 0.236
#> SRR1480766 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1406539 1 0.4920 0.5698 0.756 0.000 0.052 0.192
#> SRR1341833 2 0.3751 0.7666 0.000 0.800 0.196 0.004
#> SRR1441826 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1448051 1 0.1211 0.8029 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1326752 3 0.3450 0.5567 0.000 0.156 0.836 0.008
#> SRR665217 3 0.4741 0.4302 0.000 0.328 0.668 0.004
#> SRR819186 2 0.4018 0.7409 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR661517 3 0.4866 0.2644 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR607166 2 0.5917 0.5093 0.000 0.624 0.320 0.056
#> SRR809065 2 0.1510 0.8364 0.000 0.956 0.028 0.016
#> SRR1415872 2 0.0188 0.8355 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1415463 3 0.3958 0.5447 0.000 0.112 0.836 0.052
#> SRR1381161 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1442231 4 0.6132 0.6236 0.100 0.020 0.168 0.712
#> SRR1374696 4 0.7188 0.6350 0.244 0.000 0.204 0.552
#> SRR1451988 2 0.4998 0.1116 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR660555 1 0.1211 0.8021 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR657801 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.1792 0.8334 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1472462 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1406176 3 0.5560 0.2847 0.000 0.392 0.584 0.024
#> SRR656886 2 0.3486 0.7645 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1498337 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR613066 3 0.6357 0.0713 0.124 0.000 0.644 0.232
#> SRR1309490 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1447347 3 0.4824 0.3398 0.024 0.004 0.744 0.228
#> SRR1475546 2 0.0376 0.8349 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR627459 2 0.1584 0.8379 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1434332 2 0.0188 0.8342 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070358 2 0.0657 0.8334 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1345936 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR665658 2 0.4158 0.7387 0.000 0.768 0.224 0.008
#> SRR1321351 2 0.0524 0.8348 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR657880 2 0.4018 0.7418 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR1373903 2 0.0895 0.8385 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR657396 4 0.8172 0.1280 0.020 0.232 0.288 0.460
#> SRR660981 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR818499 1 0.0469 0.8149 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR819658 2 0.0188 0.8353 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.3945 0.7474 0.000 0.780 0.216 0.004
#> SRR1476719 4 0.6407 0.5027 0.384 0.000 0.072 0.544
#> SRR1403478 2 0.3982 0.7449 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1095695 3 0.3324 0.5552 0.000 0.136 0.852 0.012
#> SRR1352391 3 0.4533 0.3457 0.012 0.004 0.752 0.232
#> SRR1498813 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR627437 2 0.2928 0.8199 0.000 0.880 0.108 0.012
#> SRR2185097 1 0.7394 -0.0761 0.520 0.000 0.236 0.244
#> SRR817166 2 0.4998 0.1116 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1091670 2 0.3123 0.7962 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR603776 2 0.5897 0.3678 0.000 0.588 0.368 0.044
#> SRR1479640 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR660152 3 0.6374 0.0689 0.128 0.000 0.644 0.228
#> SRR1074769 2 0.4018 0.7402 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR656153 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1392502 3 0.4985 0.0498 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.2999 0.8125 0.000 0.864 0.132 0.004
#> SRR2165182 2 0.3653 0.7817 0.000 0.844 0.128 0.028
#> SRR608542 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR655064 2 0.2413 0.8254 0.000 0.916 0.064 0.020
#> SRR1432430 3 0.3335 0.5535 0.000 0.128 0.856 0.016
#> SRR808472 2 0.1059 0.8369 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1414958 3 0.4992 0.0257 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR598484 2 0.3870 0.7569 0.000 0.788 0.208 0.004
#> SRR612755 3 0.1833 0.5177 0.000 0.024 0.944 0.032
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.4955 0.4825 0.000 0.648 0.344 0.008
#> SRR1322373 3 0.4262 0.5532 0.000 0.236 0.756 0.008
#> SRR1489265 2 0.3668 0.7722 0.000 0.808 0.188 0.004
#> SRR1359099 2 0.3982 0.7449 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR607279 2 0.1792 0.8331 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR810461 2 0.4122 0.7305 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR627427 1 0.4776 0.3429 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR612887 2 0.0469 0.8334 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR809807 2 0.4998 0.1116 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR663112 2 0.5466 0.2606 0.000 0.548 0.436 0.016
#> SRR1346933 4 0.5568 0.6270 0.152 0.000 0.120 0.728
#> SRR1487910 4 0.6257 0.3959 0.436 0.000 0.056 0.508
#> SRR603092 2 0.0657 0.8334 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1417680 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1383785 1 0.4057 0.6523 0.812 0.000 0.028 0.160
#> SRR1070015 2 0.3444 0.7728 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1466222 2 0.4998 0.1116 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1416119 3 0.1913 0.5097 0.000 0.020 0.940 0.040
#> SRR819318 3 0.3760 0.4069 0.012 0.004 0.828 0.156
#> SRR608288 2 0.4088 0.7325 0.000 0.764 0.232 0.004
#> SRR811121 2 0.3311 0.7801 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR613138 2 0.4018 0.7401 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR810483 3 0.4967 0.1088 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.7536 -0.1227 0.492 0.000 0.264 0.244
#> SRR601311 2 0.2255 0.8285 0.000 0.920 0.068 0.012
#> SRR1406685 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1467500 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.4996 -0.0186 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR1312522 3 0.4824 0.3398 0.024 0.004 0.744 0.228
#> SRR1490486 2 0.5917 0.5093 0.000 0.624 0.320 0.056
#> SRR1325888 3 0.4866 0.2644 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1084766 2 0.0592 0.8320 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1102804 2 0.4122 0.7265 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR1336636 3 0.4990 0.3063 0.060 0.000 0.756 0.184
#> SRR1347795 1 0.5609 0.5015 0.712 0.000 0.088 0.200
#> SRR601900 2 0.2149 0.8305 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1330989 2 0.1059 0.8341 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR658445 2 0.3444 0.7728 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1368754 3 0.5655 0.2273 0.084 0.000 0.704 0.212
#> SRR1460001 2 0.0592 0.8380 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.1936 0.5228 0.000 0.032 0.940 0.028
#> SRR614948 1 0.0000 0.8173 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.3335 0.5535 0.000 0.128 0.856 0.016
#> SRR1321528 4 0.6252 0.4050 0.432 0.000 0.056 0.512
#> SRR627447 3 0.1302 0.4877 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR612239 2 0.1297 0.8330 0.000 0.964 0.016 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.3161 0.3089 0.000 0.004 0.860 0.092 0.044
#> SRR603858 3 0.5347 0.1652 0.012 0.004 0.648 0.048 0.288
#> SRR817070 2 0.1124 0.7881 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1486995 3 0.3642 0.5171 0.000 0.232 0.760 0.008 0.000
#> SRR813043 2 0.4757 0.5843 0.000 0.648 0.324 0.012 0.016
#> SRR656874 2 0.5220 0.6037 0.000 0.712 0.124 0.152 0.012
#> SRR659037 2 0.4679 0.6476 0.000 0.740 0.136 0.124 0.000
#> SRR662031 3 0.6839 -0.0490 0.124 0.000 0.532 0.048 0.296
#> SRR1081283 2 0.2414 0.7778 0.000 0.900 0.012 0.080 0.008
#> SRR1481036 3 0.5149 0.2388 0.000 0.424 0.540 0.032 0.004
#> SRR1434009 2 0.2054 0.7885 0.000 0.916 0.072 0.004 0.008
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.1364 0.7958 0.000 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR665429 2 0.5220 0.6037 0.000 0.712 0.124 0.152 0.012
#> SRR1388025 2 0.1764 0.7814 0.000 0.928 0.008 0.064 0.000
#> SRR600784 3 0.3536 0.2922 0.000 0.000 0.832 0.084 0.084
#> SRR657611 5 0.5186 0.5992 0.340 0.000 0.040 0.008 0.612
#> SRR1333659 5 0.6881 0.5553 0.296 0.004 0.172 0.020 0.508
#> SRR1323896 2 0.1728 0.7930 0.000 0.940 0.020 0.036 0.004
#> SRR1453971 5 0.7010 0.5454 0.284 0.000 0.176 0.036 0.504
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.3535 0.2914 0.000 0.000 0.832 0.088 0.080
#> SRR1309468 1 0.0162 0.8052 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468637 5 0.3912 0.4820 0.096 0.000 0.036 0.040 0.828
#> SRR1365489 2 0.3430 0.7175 0.000 0.776 0.220 0.000 0.004
#> SRR627445 3 0.4726 0.4959 0.000 0.280 0.684 0.020 0.016
#> SRR607863 2 0.1357 0.7846 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.1728 0.7930 0.000 0.940 0.020 0.036 0.004
#> SRR615695 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.1357 0.7851 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR601477 2 0.4161 0.6995 0.000 0.740 0.236 0.012 0.012
#> SRR1487215 2 0.2284 0.7841 0.000 0.896 0.096 0.004 0.004
#> SRR1310797 2 0.1996 0.7985 0.000 0.928 0.036 0.032 0.004
#> SRR1362713 1 0.4383 0.1015 0.572 0.000 0.000 0.004 0.424
#> SRR1431385 1 0.3274 0.6131 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1379089 2 0.4757 0.5843 0.000 0.648 0.324 0.012 0.016
#> SRR1102079 3 0.4633 0.4194 0.000 0.348 0.632 0.016 0.004
#> SRR1357210 1 0.1571 0.7778 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR657659 2 0.6072 0.5141 0.000 0.648 0.152 0.168 0.032
#> SRR663573 2 0.1478 0.7767 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR603188 2 0.1195 0.7921 0.000 0.960 0.012 0.028 0.000
#> SRR1471200 2 0.1644 0.7964 0.000 0.940 0.048 0.008 0.004
#> SRR1310975 2 0.4655 0.6050 0.000 0.660 0.312 0.024 0.004
#> SRR627457 1 0.6220 0.1712 0.524 0.000 0.000 0.308 0.168
#> SRR1367654 2 0.1662 0.7929 0.000 0.936 0.056 0.004 0.004
#> SRR1488410 1 0.3274 0.6091 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1457750 5 0.3734 0.5978 0.184 0.000 0.016 0.008 0.792
#> SRR1099546 1 0.5181 0.4370 0.676 0.000 0.060 0.012 0.252
#> SRR604480 2 0.2563 0.7740 0.000 0.872 0.120 0.000 0.008
#> SRR1390477 2 0.4757 0.5843 0.000 0.648 0.324 0.012 0.016
#> SRR1458447 2 0.2621 0.7781 0.000 0.876 0.112 0.004 0.008
#> SRR1473161 2 0.1662 0.7934 0.000 0.936 0.056 0.004 0.004
#> SRR1409813 2 0.2746 0.7774 0.000 0.872 0.112 0.008 0.008
#> SRR612791 1 0.0609 0.8021 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1470580 3 0.5156 0.4305 0.000 0.332 0.620 0.040 0.008
#> SRR1444063 1 0.4433 0.4574 0.696 0.000 0.016 0.008 0.280
#> SRR1355578 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.4061 0.6797 0.000 0.740 0.240 0.016 0.004
#> SRR814244 5 0.5361 0.6555 0.236 0.000 0.088 0.008 0.668
#> SRR1404123 2 0.1197 0.7790 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR656934 2 0.4676 0.6468 0.000 0.740 0.140 0.120 0.000
#> SRR1339029 2 0.2116 0.7898 0.000 0.912 0.076 0.004 0.008
#> SRR821525 2 0.2189 0.7698 0.000 0.904 0.012 0.084 0.000
#> SRR1443677 1 0.1410 0.7809 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1406330 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.5562 0.4338 0.000 0.304 0.624 0.040 0.032
#> SRR1391376 3 0.3461 0.3193 0.000 0.008 0.848 0.076 0.068
#> SRR661842 2 0.1341 0.7790 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1395699 3 0.4078 0.4743 0.000 0.160 0.792 0.028 0.020
#> SRR1312209 5 0.4440 0.6118 0.324 0.000 0.012 0.004 0.660
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.4295 0.5118 0.000 0.228 0.740 0.020 0.012
#> SRR1414578 1 0.1043 0.7936 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR603620 5 0.7017 -0.0698 0.016 0.180 0.228 0.024 0.552
#> SRR604677 3 0.4773 0.2046 0.004 0.000 0.716 0.064 0.216
#> SRR603800 2 0.4109 0.7176 0.000 0.768 0.192 0.036 0.004
#> SRR602058 2 0.1845 0.7861 0.000 0.928 0.016 0.056 0.000
#> SRR817488 2 0.3099 0.7708 0.000 0.848 0.132 0.012 0.008
#> SRR655601 2 0.2573 0.7615 0.000 0.880 0.016 0.104 0.000
#> SRR1434821 2 0.1901 0.7970 0.000 0.928 0.056 0.012 0.004
#> SRR1349166 2 0.1282 0.7960 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> SRR615129 5 0.4453 0.5959 0.324 0.000 0.008 0.008 0.660
#> SRR607586 2 0.2707 0.7704 0.000 0.860 0.132 0.000 0.008
#> SRR602680 2 0.3167 0.7639 0.000 0.836 0.148 0.008 0.008
#> SRR1411070 2 0.4795 0.7177 0.000 0.744 0.172 0.068 0.016
#> SRR663038 2 0.5220 0.6037 0.000 0.712 0.124 0.152 0.012
#> SRR1489416 2 0.1197 0.7790 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.7168 -0.1452 0.460 0.000 0.204 0.032 0.304
#> SRR1374567 3 0.5386 0.1788 0.012 0.004 0.640 0.048 0.296
#> SRR1434048 2 0.3612 0.7081 0.000 0.764 0.228 0.000 0.008
#> SRR2184865 2 0.3985 0.7132 0.000 0.804 0.072 0.120 0.004
#> SRR2170135 1 0.7009 -0.1018 0.488 0.000 0.176 0.032 0.304
#> SRR615551 2 0.4962 0.5603 0.000 0.632 0.332 0.012 0.024
#> SRR1335513 2 0.1591 0.7939 0.000 0.940 0.052 0.004 0.004
#> SRR1370216 3 0.3535 0.2914 0.000 0.000 0.832 0.088 0.080
#> SRR662954 5 0.3769 0.4386 0.068 0.008 0.064 0.016 0.844
#> SRR1375738 3 0.4995 0.3413 0.000 0.384 0.584 0.028 0.004
#> SRR1356577 2 0.6014 0.6382 0.000 0.668 0.180 0.088 0.064
#> SRR1073119 3 0.5476 0.1566 0.012 0.004 0.620 0.048 0.316
#> SRR663549 2 0.6403 0.2097 0.000 0.520 0.332 0.136 0.012
#> SRR1478015 2 0.1538 0.7952 0.000 0.948 0.036 0.008 0.008
#> SRR600632 2 0.5867 0.6495 0.000 0.676 0.188 0.072 0.064
#> SRR811866 2 0.6844 0.1617 0.000 0.468 0.388 0.072 0.072
#> SRR1401101 2 0.1278 0.7946 0.000 0.960 0.020 0.016 0.004
#> SRR1477797 2 0.1341 0.7790 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1402986 2 0.2228 0.7851 0.000 0.900 0.092 0.004 0.004
#> SRR658897 5 0.4453 0.5959 0.324 0.000 0.008 0.008 0.660
#> SRR1419869 3 0.7107 -0.1690 0.152 0.000 0.492 0.048 0.308
#> SRR1490700 5 0.4832 0.6527 0.216 0.000 0.060 0.008 0.716
#> SRR601723 2 0.3386 0.7841 0.000 0.856 0.068 0.064 0.012
#> SRR1384115 2 0.3901 0.7203 0.000 0.776 0.196 0.024 0.004
#> SRR1476927 2 0.1197 0.7790 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1387769 3 0.4995 0.3413 0.000 0.384 0.584 0.028 0.004
#> SRR1322595 5 0.7010 0.5454 0.284 0.000 0.176 0.036 0.504
#> SRR1370423 3 0.4564 0.3335 0.000 0.388 0.600 0.008 0.004
#> SRR1314976 2 0.6014 0.6444 0.000 0.668 0.180 0.088 0.064
#> SRR1319560 5 0.7017 -0.0698 0.016 0.180 0.228 0.024 0.552
#> SRR1352683 3 0.5486 0.1823 0.012 0.008 0.648 0.052 0.280
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.5161 0.2184 0.000 0.432 0.532 0.032 0.004
#> SRR1360807 2 0.2632 0.7839 0.000 0.892 0.032 0.072 0.004
#> SRR1332544 1 0.5181 0.4370 0.676 0.000 0.060 0.012 0.252
#> SRR598695 1 0.1197 0.7880 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR807824 2 0.6037 0.3217 0.000 0.512 0.396 0.016 0.076
#> SRR809296 3 0.3884 0.5044 0.000 0.288 0.708 0.004 0.000
#> SRR657927 3 0.3161 0.3089 0.000 0.004 0.860 0.092 0.044
#> SRR1440682 2 0.2221 0.7945 0.000 0.912 0.052 0.036 0.000
#> SRR1454415 2 0.1205 0.7845 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR1419131 2 0.2632 0.7839 0.000 0.892 0.032 0.072 0.004
#> SRR1404293 1 0.4350 0.1614 0.588 0.000 0.000 0.004 0.408
#> SRR1473340 3 0.3535 0.2914 0.000 0.000 0.832 0.088 0.080
#> SRR1345563 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.3122 0.7757 0.000 0.852 0.120 0.024 0.004
#> SRR1480697 2 0.4928 0.2001 0.000 0.548 0.428 0.020 0.004
#> SRR1321808 2 0.1731 0.7921 0.000 0.932 0.060 0.004 0.004
#> SRR1382756 2 0.2825 0.7724 0.000 0.860 0.124 0.016 0.000
#> SRR1312558 2 0.6037 0.3217 0.000 0.512 0.396 0.016 0.076
#> SRR1417088 2 0.1121 0.7806 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1433027 2 0.2221 0.7945 0.000 0.912 0.052 0.036 0.000
#> SRR662257 2 0.3359 0.7460 0.000 0.840 0.052 0.108 0.000
#> SRR600417 2 0.1608 0.7736 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR812493 2 0.1341 0.7790 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR612743 3 0.5968 0.4401 0.008 0.168 0.684 0.044 0.096
#> SRR1361345 5 0.4415 0.3466 0.444 0.000 0.000 0.004 0.552
#> SRR600584 2 0.1124 0.7881 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1310520 2 0.5647 0.6720 0.000 0.696 0.176 0.072 0.056
#> SRR1395595 3 0.4298 0.4151 0.000 0.352 0.640 0.008 0.000
#> SRR1334074 3 0.5014 0.2174 0.000 0.432 0.540 0.024 0.004
#> SRR654838 2 0.4792 0.5978 0.000 0.656 0.312 0.020 0.012
#> SRR1376694 1 0.0404 0.8036 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1433841 1 0.4433 0.4574 0.696 0.000 0.016 0.008 0.280
#> SRR1366837 3 0.4965 0.4501 0.000 0.320 0.640 0.032 0.008
#> SRR1467479 2 0.1928 0.7905 0.000 0.920 0.072 0.004 0.004
#> SRR1459055 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.1569 0.7970 0.000 0.944 0.044 0.008 0.004
#> SRR603004 3 0.4564 0.3335 0.000 0.388 0.600 0.008 0.004
#> SRR814703 2 0.1717 0.7938 0.000 0.936 0.052 0.008 0.004
#> SRR661937 2 0.1197 0.7790 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR614359 1 0.0609 0.8021 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1071568 2 0.2054 0.7885 0.000 0.916 0.072 0.004 0.008
#> SRR1389084 3 0.4159 0.4727 0.000 0.160 0.788 0.032 0.020
#> SRR1337624 2 0.5867 0.6495 0.000 0.676 0.188 0.072 0.064
#> SRR1344400 2 0.4698 0.6212 0.000 0.664 0.304 0.028 0.004
#> SRR1414290 2 0.4338 0.6297 0.000 0.684 0.300 0.008 0.008
#> SRR1413644 2 0.4721 0.5938 0.000 0.656 0.316 0.016 0.012
#> SRR1098998 1 0.0162 0.8052 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481279 1 0.7168 -0.1452 0.460 0.000 0.204 0.032 0.304
#> SRR1315103 5 0.4449 0.5001 0.388 0.000 0.004 0.004 0.604
#> SRR1099286 1 0.5816 0.2653 0.604 0.000 0.104 0.008 0.284
#> SRR2166570 2 0.5716 0.5269 0.000 0.660 0.156 0.172 0.012
#> SRR601445 1 0.2230 0.7363 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1439719 2 0.1356 0.7961 0.000 0.956 0.028 0.012 0.004
#> SRR1377026 2 0.1357 0.7864 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.3488 0.7452 0.000 0.804 0.180 0.008 0.008
#> SRR1460433 2 0.4756 0.7302 0.000 0.756 0.152 0.072 0.020
#> SRR1469345 1 0.7168 -0.1452 0.460 0.000 0.204 0.032 0.304
#> SRR1421462 2 0.4703 0.6062 0.000 0.660 0.312 0.016 0.012
#> SRR662966 3 0.6640 -0.0395 0.100 0.000 0.532 0.044 0.324
#> SRR1339175 1 0.0609 0.8021 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1447736 2 0.3612 0.7081 0.000 0.764 0.228 0.000 0.008
#> SRR1434671 2 0.1662 0.7929 0.000 0.936 0.056 0.004 0.004
#> SRR660800 2 0.3248 0.7736 0.000 0.856 0.088 0.052 0.004
#> SRR1465543 2 0.4057 0.6759 0.000 0.732 0.252 0.008 0.008
#> SRR1342023 1 0.3816 0.4529 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1335670 5 0.5186 0.5992 0.340 0.000 0.040 0.008 0.612
#> SRR1400955 2 0.1278 0.7946 0.000 0.960 0.020 0.016 0.004
#> SRR1072150 2 0.5975 0.3543 0.000 0.524 0.388 0.016 0.072
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.3535 0.2914 0.000 0.000 0.832 0.088 0.080
#> SRR1098074 3 0.4564 0.3335 0.000 0.388 0.600 0.008 0.004
#> SRR1442778 1 0.3816 0.4529 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1086728 3 0.4637 0.2613 0.000 0.420 0.568 0.008 0.004
#> SRR627464 4 0.4398 0.4366 0.000 0.000 0.040 0.720 0.240
#> SRR1409193 5 0.4615 0.6575 0.220 0.000 0.052 0.004 0.724
#> SRR2168286 2 0.5716 0.5269 0.000 0.660 0.156 0.172 0.012
#> SRR615539 2 0.1357 0.7846 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR663623 3 0.5343 0.3581 0.000 0.380 0.572 0.036 0.012
#> SRR1471989 3 0.4313 0.4072 0.000 0.356 0.636 0.008 0.000
#> SRR1468828 2 0.4308 0.7537 0.000 0.788 0.128 0.072 0.012
#> SRR1381934 3 0.4939 0.3494 0.000 0.380 0.592 0.020 0.008
#> SRR1471098 3 0.4543 0.3071 0.000 0.024 0.768 0.048 0.160
#> SRR1314749 3 0.5373 0.1624 0.008 0.004 0.624 0.048 0.316
#> SRR2166874 4 0.7454 0.4787 0.000 0.104 0.216 0.520 0.160
#> SRR821302 3 0.7136 -0.1791 0.156 0.000 0.488 0.048 0.308
#> SRR1435066 2 0.4636 0.6120 0.000 0.664 0.308 0.024 0.004
#> SRR661601 2 0.3488 0.7452 0.000 0.804 0.180 0.008 0.008
#> SRR1446546 3 0.4564 0.3335 0.000 0.388 0.600 0.008 0.004
#> SRR1419784 3 0.4937 0.3806 0.000 0.364 0.604 0.028 0.004
#> SRR1357233 2 0.4774 0.6051 0.000 0.660 0.308 0.020 0.012
#> SRR1441889 1 0.0162 0.8052 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1413940 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.1357 0.7851 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1442862 2 0.3053 0.7701 0.000 0.852 0.128 0.012 0.008
#> SRR662474 2 0.1341 0.7780 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1416226 3 0.5149 0.2388 0.000 0.424 0.540 0.032 0.004
#> SRR1417404 2 0.6014 0.6444 0.000 0.668 0.180 0.088 0.064
#> SRR665466 2 0.1197 0.7790 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR658849 3 0.3504 0.3146 0.000 0.012 0.844 0.100 0.044
#> SRR1460025 2 0.1478 0.7767 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1408136 1 0.0510 0.7974 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1489995 2 0.4655 0.6050 0.000 0.660 0.312 0.024 0.004
#> SRR1374092 3 0.5088 0.3176 0.000 0.392 0.572 0.032 0.004
#> SRR1488429 3 0.4709 0.3798 0.000 0.364 0.612 0.024 0.000
#> SRR1087559 5 0.6154 0.6024 0.308 0.000 0.108 0.016 0.568
#> SRR817004 1 0.3280 0.6512 0.812 0.000 0.012 0.000 0.176
#> SRR1429660 2 0.4336 0.6510 0.000 0.700 0.280 0.012 0.008
#> SRR604390 3 0.4564 0.3335 0.000 0.388 0.600 0.008 0.004
#> SRR614936 2 0.5867 0.6495 0.000 0.676 0.188 0.072 0.064
#> SRR1365938 1 0.4383 0.1015 0.572 0.000 0.000 0.004 0.424
#> SRR1437324 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.4756 0.7302 0.000 0.756 0.152 0.072 0.020
#> SRR660414 2 0.5716 0.5269 0.000 0.660 0.156 0.172 0.012
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.5386 0.1788 0.012 0.004 0.640 0.048 0.296
#> SRR1398036 2 0.1341 0.7790 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1436674 1 0.1270 0.7864 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR603750 3 0.4726 0.4959 0.000 0.280 0.684 0.020 0.016
#> SRR608630 2 0.5647 0.6720 0.000 0.696 0.176 0.072 0.056
#> SRR655625 2 0.1638 0.7807 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000
#> SRR599059 2 0.4888 0.5976 0.000 0.652 0.312 0.020 0.016
#> SRR615189 5 0.6868 0.5509 0.292 0.004 0.172 0.020 0.512
#> SRR1466889 2 0.2612 0.7723 0.000 0.868 0.124 0.000 0.008
#> SRR1084602 2 0.2632 0.7839 0.000 0.892 0.032 0.072 0.004
#> SRR1335422 1 0.1043 0.7936 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1356805 2 0.4164 0.6822 0.000 0.728 0.252 0.012 0.008
#> SRR1385300 3 0.4326 0.2617 0.004 0.000 0.776 0.080 0.140
#> SRR654814 1 0.1270 0.7864 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR658385 2 0.4636 0.6120 0.000 0.664 0.308 0.024 0.004
#> SRR820596 3 0.5373 0.1624 0.008 0.004 0.624 0.048 0.316
#> SRR1318118 3 0.7812 -0.0858 0.012 0.140 0.440 0.080 0.328
#> SRR1480766 2 0.1121 0.7806 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1406539 1 0.4494 0.5099 0.720 0.000 0.024 0.012 0.244
#> SRR1341833 2 0.4230 0.6538 0.000 0.704 0.280 0.008 0.008
#> SRR1441826 2 0.1341 0.7790 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1448051 1 0.1270 0.7864 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1326752 3 0.3566 0.4325 0.000 0.088 0.848 0.032 0.032
#> SRR665217 3 0.4295 0.5118 0.000 0.228 0.740 0.020 0.012
#> SRR819186 2 0.4703 0.6062 0.000 0.660 0.312 0.016 0.012
#> SRR661517 3 0.3884 0.5044 0.000 0.288 0.708 0.004 0.000
#> SRR607166 2 0.6037 0.3217 0.000 0.512 0.396 0.016 0.076
#> SRR809065 2 0.3134 0.7461 0.000 0.848 0.032 0.120 0.000
#> SRR1415872 2 0.0798 0.7912 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1415463 3 0.4189 0.3893 0.000 0.060 0.816 0.044 0.080
#> SRR1381161 2 0.1341 0.7790 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1442231 5 0.3769 0.4386 0.068 0.008 0.064 0.016 0.844
#> SRR1374696 5 0.5270 0.6180 0.196 0.000 0.104 0.008 0.692
#> SRR1451988 3 0.4564 0.3335 0.000 0.388 0.600 0.008 0.004
#> SRR660555 1 0.1197 0.7880 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR657801 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.2894 0.7716 0.000 0.860 0.124 0.008 0.008
#> SRR1472462 2 0.1121 0.7805 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1406176 3 0.5562 0.4338 0.000 0.304 0.624 0.040 0.032
#> SRR656886 2 0.4044 0.6635 0.000 0.732 0.252 0.012 0.004
#> SRR1498337 2 0.1704 0.7785 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR613066 3 0.6628 -0.0150 0.104 0.000 0.544 0.044 0.308
#> SRR1309490 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 2 0.1410 0.7802 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1447347 3 0.5386 0.1788 0.012 0.004 0.640 0.048 0.296
#> SRR1475546 2 0.1012 0.7916 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000
#> SRR627459 2 0.3733 0.7685 0.000 0.836 0.068 0.080 0.016
#> SRR1434332 2 0.1386 0.7931 0.000 0.952 0.016 0.032 0.000
#> SRR1070358 2 0.2414 0.7778 0.000 0.900 0.012 0.080 0.008
#> SRR1345936 2 0.1478 0.7767 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR665658 2 0.4888 0.5976 0.000 0.652 0.312 0.020 0.016
#> SRR1321351 2 0.1124 0.7881 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR657880 2 0.4655 0.6065 0.000 0.660 0.312 0.024 0.004
#> SRR1373903 2 0.2221 0.7945 0.000 0.912 0.052 0.036 0.000
#> SRR657396 5 0.7017 -0.0698 0.016 0.180 0.228 0.024 0.552
#> SRR660981 2 0.1197 0.7790 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR818499 1 0.0510 0.8030 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR819658 2 0.1278 0.7946 0.000 0.960 0.020 0.016 0.004
#> SRR1376316 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.4617 0.6153 0.000 0.668 0.304 0.024 0.004
#> SRR1476719 5 0.4440 0.6118 0.324 0.000 0.012 0.004 0.660
#> SRR1403478 2 0.4636 0.6120 0.000 0.664 0.308 0.024 0.004
#> SRR1095695 3 0.3348 0.4158 0.000 0.068 0.864 0.036 0.032
#> SRR1352391 3 0.5358 0.1560 0.012 0.004 0.636 0.044 0.304
#> SRR1498813 2 0.2302 0.7763 0.000 0.904 0.008 0.080 0.008
#> SRR627437 2 0.5298 0.6909 0.000 0.712 0.180 0.080 0.028
#> SRR2185097 1 0.7009 -0.1018 0.488 0.000 0.176 0.032 0.304
#> SRR817166 3 0.4564 0.3335 0.000 0.388 0.600 0.008 0.004
#> SRR1091670 2 0.3612 0.7081 0.000 0.764 0.228 0.000 0.008
#> SRR603776 3 0.6821 0.0010 0.000 0.420 0.440 0.068 0.072
#> SRR1479640 2 0.1121 0.7806 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR660152 3 0.6701 -0.0166 0.108 0.000 0.544 0.048 0.300
#> SRR1074769 2 0.4589 0.6036 0.000 0.660 0.316 0.020 0.004
#> SRR656153 2 0.1197 0.7790 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1392502 3 0.4633 0.4194 0.000 0.348 0.632 0.016 0.004
#> SRR1359609 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.4173 0.7170 0.000 0.756 0.212 0.020 0.012
#> SRR2165182 2 0.5220 0.6037 0.000 0.712 0.124 0.152 0.012
#> SRR608542 2 0.1608 0.7736 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR655064 2 0.3985 0.7132 0.000 0.804 0.072 0.120 0.004
#> SRR1432430 3 0.3581 0.4081 0.000 0.068 0.852 0.044 0.036
#> SRR808472 2 0.2054 0.7818 0.000 0.916 0.008 0.072 0.004
#> SRR1414958 3 0.4313 0.4072 0.000 0.356 0.636 0.008 0.000
#> SRR598484 2 0.4715 0.6222 0.000 0.672 0.296 0.020 0.012
#> SRR612755 3 0.3161 0.3089 0.000 0.004 0.860 0.092 0.044
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.4928 0.2001 0.000 0.548 0.428 0.020 0.004
#> SRR1322373 3 0.4159 0.4727 0.000 0.160 0.788 0.032 0.020
#> SRR1489265 2 0.4313 0.6559 0.000 0.704 0.276 0.012 0.008
#> SRR1359099 2 0.4636 0.6120 0.000 0.664 0.308 0.024 0.004
#> SRR607279 2 0.2563 0.7740 0.000 0.872 0.120 0.000 0.008
#> SRR810461 2 0.4724 0.5951 0.000 0.652 0.320 0.020 0.008
#> SRR627427 1 0.6220 0.1712 0.524 0.000 0.000 0.308 0.168
#> SRR612887 2 0.1205 0.7841 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR809807 3 0.4564 0.3335 0.000 0.388 0.600 0.008 0.004
#> SRR663112 2 0.5900 -0.0416 0.000 0.468 0.448 0.076 0.008
#> SRR1346933 5 0.4144 0.4909 0.108 0.000 0.040 0.040 0.812
#> SRR1487910 5 0.4530 0.5359 0.376 0.000 0.008 0.004 0.612
#> SRR603092 2 0.2414 0.7778 0.000 0.900 0.012 0.080 0.008
#> SRR1417680 2 0.1121 0.7806 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1383785 1 0.3596 0.5972 0.776 0.000 0.012 0.000 0.212
#> SRR1070015 2 0.4057 0.6759 0.000 0.732 0.252 0.008 0.008
#> SRR1466222 3 0.4564 0.3335 0.000 0.388 0.600 0.008 0.004
#> SRR1416119 3 0.3582 0.3121 0.000 0.008 0.840 0.080 0.072
#> SRR819318 3 0.4773 0.2046 0.004 0.000 0.716 0.064 0.216
#> SRR608288 2 0.4692 0.5940 0.000 0.652 0.320 0.024 0.004
#> SRR811121 2 0.4061 0.6797 0.000 0.740 0.240 0.016 0.004
#> SRR613138 2 0.4655 0.6050 0.000 0.660 0.312 0.024 0.004
#> SRR810483 3 0.4906 0.4461 0.000 0.324 0.640 0.028 0.008
#> SRR607839 1 0.0162 0.8052 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337031 1 0.7168 -0.1452 0.460 0.000 0.204 0.032 0.304
#> SRR601311 2 0.4932 0.7178 0.000 0.748 0.144 0.084 0.024
#> SRR1406685 2 0.1608 0.7782 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1467500 2 0.1121 0.7806 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1308504 1 0.0162 0.8052 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312865 3 0.4709 0.3798 0.000 0.364 0.612 0.024 0.000
#> SRR1312522 3 0.5386 0.1788 0.012 0.004 0.640 0.048 0.296
#> SRR1490486 2 0.6037 0.3217 0.000 0.512 0.396 0.016 0.076
#> SRR1325888 3 0.3884 0.5044 0.000 0.288 0.708 0.004 0.000
#> SRR1472885 1 0.0162 0.8052 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098785 2 0.1121 0.7806 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1084766 2 0.1952 0.7735 0.000 0.912 0.004 0.084 0.000
#> SRR1102804 2 0.4757 0.5843 0.000 0.648 0.324 0.012 0.016
#> SRR1336636 3 0.5758 0.1451 0.032 0.000 0.636 0.064 0.268
#> SRR1347795 1 0.5181 0.4370 0.676 0.000 0.060 0.012 0.252
#> SRR601900 2 0.3167 0.7639 0.000 0.836 0.148 0.008 0.008
#> SRR1330989 2 0.2416 0.7675 0.000 0.888 0.012 0.100 0.000
#> SRR658445 2 0.4057 0.6759 0.000 0.732 0.252 0.008 0.008
#> SRR1368754 3 0.6009 0.0942 0.052 0.000 0.600 0.048 0.300
#> SRR1460001 2 0.1492 0.7973 0.000 0.948 0.040 0.008 0.004
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.3395 0.3177 0.000 0.012 0.852 0.092 0.044
#> SRR614948 1 0.0000 0.8055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.3581 0.4081 0.000 0.068 0.852 0.044 0.036
#> SRR1321528 5 0.4517 0.5427 0.372 0.000 0.008 0.004 0.616
#> SRR627447 3 0.3536 0.2922 0.000 0.000 0.832 0.084 0.084
#> SRR612239 2 0.2722 0.7919 0.000 0.892 0.040 0.060 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.0993 0.4385 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR603858 3 0.3927 0.3128 0.000 0.004 0.712 0.024 0.260 0.000
#> SRR817070 2 0.1075 0.5295 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1486995 3 0.5127 0.4728 0.000 0.112 0.616 0.268 0.000 0.004
#> SRR813043 2 0.5762 -0.2578 0.000 0.428 0.148 0.420 0.004 0.000
#> SRR656874 2 0.3808 0.2662 0.000 0.700 0.012 0.284 0.004 0.000
#> SRR659037 2 0.4420 0.2875 0.000 0.716 0.088 0.192 0.000 0.004
#> SRR662031 3 0.5346 0.0617 0.116 0.000 0.616 0.008 0.256 0.004
#> SRR1081283 2 0.2631 0.4096 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1481036 3 0.6074 0.1598 0.000 0.272 0.388 0.340 0.000 0.000
#> SRR1434009 2 0.3312 0.4552 0.000 0.792 0.028 0.180 0.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.2234 0.5058 0.000 0.872 0.004 0.124 0.000 0.000
#> SRR665429 2 0.3808 0.2662 0.000 0.700 0.012 0.284 0.004 0.000
#> SRR1388025 2 0.1267 0.5080 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR600784 3 0.0632 0.4227 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR657611 5 0.4204 0.6388 0.272 0.000 0.036 0.000 0.688 0.004
#> SRR1333659 5 0.6518 0.5514 0.268 0.004 0.152 0.048 0.524 0.004
#> SRR1323896 2 0.1806 0.5257 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000 0.000
#> SRR1453971 5 0.6217 0.5280 0.260 0.000 0.212 0.024 0.504 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0603 0.4239 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1309468 1 0.0146 0.8044 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468637 5 0.2495 0.4817 0.020 0.000 0.024 0.008 0.900 0.048
#> SRR1365489 2 0.5001 0.1242 0.000 0.596 0.096 0.308 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.5499 0.3555 0.000 0.124 0.528 0.344 0.004 0.000
#> SRR607863 2 0.0937 0.5286 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.1806 0.5257 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0790 0.5237 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR601477 2 0.5276 -0.0169 0.000 0.540 0.112 0.348 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.3642 0.4264 0.000 0.760 0.036 0.204 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.2768 0.4757 0.000 0.832 0.012 0.156 0.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.3986 0.0589 0.532 0.000 0.000 0.000 0.464 0.004
#> SRR1431385 1 0.3266 0.5538 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1379089 2 0.5762 -0.2578 0.000 0.428 0.148 0.420 0.004 0.000
#> SRR1102079 3 0.5779 0.3341 0.000 0.188 0.472 0.340 0.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.1668 0.7766 0.928 0.000 0.004 0.008 0.060 0.000
#> SRR657659 2 0.4952 0.1851 0.000 0.636 0.024 0.300 0.032 0.008
#> SRR663573 2 0.0713 0.5178 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR603188 2 0.1556 0.5245 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.2667 0.4985 0.000 0.852 0.020 0.128 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.5583 -0.2141 0.000 0.448 0.140 0.412 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.3866 0.0922 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1367654 2 0.2981 0.4714 0.000 0.820 0.020 0.160 0.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.3126 0.5894 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1457750 5 0.2563 0.5989 0.108 0.000 0.008 0.004 0.872 0.008
#> SRR1099546 1 0.4834 0.4535 0.656 0.000 0.080 0.008 0.256 0.000
#> SRR604480 2 0.3947 0.3832 0.000 0.732 0.048 0.220 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.5762 -0.2578 0.000 0.428 0.148 0.420 0.004 0.000
#> SRR1458447 2 0.3938 0.3770 0.000 0.728 0.044 0.228 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.2667 0.4997 0.000 0.852 0.020 0.128 0.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.4038 0.3470 0.000 0.712 0.044 0.244 0.000 0.000
#> SRR612791 1 0.0547 0.8016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1470580 3 0.6319 0.3213 0.000 0.208 0.488 0.276 0.000 0.028
#> SRR1444063 1 0.4271 0.4625 0.672 0.000 0.028 0.008 0.292 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.5366 0.1247 0.000 0.568 0.148 0.284 0.000 0.000
#> SRR814244 5 0.4601 0.6596 0.192 0.000 0.068 0.016 0.720 0.004
#> SRR1404123 2 0.0260 0.5224 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR656934 2 0.4437 0.2859 0.000 0.716 0.092 0.188 0.000 0.004
#> SRR1339029 2 0.3245 0.4612 0.000 0.800 0.028 0.172 0.000 0.000
#> SRR821525 2 0.1610 0.4894 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.1444 0.7765 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.5995 0.2324 0.000 0.184 0.536 0.260 0.020 0.000
#> SRR1391376 3 0.0993 0.4438 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> SRR661842 2 0.0632 0.5169 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1395699 3 0.4448 0.5241 0.000 0.076 0.724 0.188 0.000 0.012
#> SRR1312209 5 0.3470 0.6592 0.248 0.000 0.012 0.000 0.740 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.5330 0.4720 0.000 0.128 0.620 0.240 0.000 0.012
#> SRR1414578 1 0.1075 0.7900 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR603620 5 0.6778 0.0767 0.000 0.136 0.168 0.140 0.548 0.008
#> SRR604677 3 0.2884 0.3641 0.000 0.000 0.824 0.004 0.164 0.008
#> SRR603800 2 0.4915 0.2647 0.000 0.632 0.108 0.260 0.000 0.000
#> SRR602058 2 0.1814 0.4977 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR817488 2 0.4305 0.3148 0.000 0.684 0.056 0.260 0.000 0.000
#> SRR655601 2 0.2092 0.4506 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.2945 0.4774 0.000 0.824 0.020 0.156 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.2450 0.5055 0.000 0.868 0.016 0.116 0.000 0.000
#> SRR615129 5 0.3488 0.6528 0.244 0.000 0.004 0.000 0.744 0.008
#> SRR607586 2 0.4122 0.3360 0.000 0.704 0.048 0.248 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.4371 0.2540 0.000 0.664 0.052 0.284 0.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.4537 -0.4430 0.000 0.492 0.024 0.480 0.000 0.004
#> SRR663038 2 0.3808 0.2662 0.000 0.700 0.012 0.284 0.004 0.000
#> SRR1489416 2 0.0260 0.5224 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.6169 -0.0718 0.444 0.000 0.244 0.008 0.304 0.000
#> SRR1374567 3 0.3699 0.3204 0.000 0.004 0.728 0.008 0.256 0.004
#> SRR1434048 2 0.5109 0.0764 0.000 0.572 0.100 0.328 0.000 0.000
#> SRR2184865 2 0.2994 0.3622 0.000 0.788 0.004 0.208 0.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.6053 -0.0245 0.472 0.000 0.212 0.000 0.308 0.008
#> SRR615551 4 0.6008 0.2442 0.000 0.412 0.160 0.416 0.012 0.000
#> SRR1335513 2 0.2624 0.5025 0.000 0.856 0.020 0.124 0.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.0603 0.4239 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR662954 5 0.2444 0.4527 0.000 0.000 0.036 0.052 0.896 0.016
#> SRR1375738 3 0.5915 0.2715 0.000 0.212 0.428 0.360 0.000 0.000
#> SRR1356577 4 0.4352 0.7213 0.000 0.324 0.000 0.644 0.020 0.012
#> SRR1073119 3 0.3971 0.3057 0.000 0.004 0.704 0.016 0.272 0.004
#> SRR663549 2 0.6791 -0.1255 0.000 0.428 0.252 0.276 0.004 0.040
#> SRR1478015 2 0.2520 0.4898 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000 0.000
#> SRR600632 4 0.5401 0.7204 0.000 0.400 0.020 0.528 0.036 0.016
#> SRR811866 4 0.6109 0.4444 0.000 0.208 0.224 0.540 0.028 0.000
#> SRR1401101 2 0.1957 0.5127 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1477797 2 0.0790 0.5166 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1402986 2 0.3551 0.4405 0.000 0.772 0.036 0.192 0.000 0.000
#> SRR658897 5 0.3488 0.6528 0.244 0.000 0.004 0.000 0.744 0.008
#> SRR1419869 3 0.5625 -0.0589 0.140 0.000 0.576 0.008 0.272 0.004
#> SRR1490700 5 0.3903 0.6518 0.144 0.000 0.060 0.008 0.784 0.004
#> SRR601723 2 0.3673 0.3205 0.000 0.736 0.016 0.244 0.000 0.004
#> SRR1384115 2 0.4931 0.2638 0.000 0.648 0.136 0.216 0.000 0.000
#> SRR1476927 2 0.0260 0.5224 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.5915 0.2715 0.000 0.212 0.428 0.360 0.000 0.000
#> SRR1322595 5 0.6217 0.5280 0.260 0.000 0.212 0.024 0.504 0.000
#> SRR1370423 3 0.5895 0.2720 0.000 0.208 0.436 0.356 0.000 0.000
#> SRR1314976 4 0.4397 0.7265 0.000 0.336 0.000 0.632 0.020 0.012
#> SRR1319560 5 0.6778 0.0767 0.000 0.136 0.168 0.140 0.548 0.008
#> SRR1352683 3 0.4070 0.3308 0.000 0.004 0.716 0.028 0.248 0.004
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.6088 0.1333 0.000 0.280 0.380 0.340 0.000 0.000
#> SRR1360807 2 0.2994 0.3710 0.000 0.788 0.000 0.208 0.000 0.004
#> SRR1332544 1 0.4834 0.4535 0.656 0.000 0.080 0.008 0.256 0.000
#> SRR598695 1 0.1141 0.7871 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR807824 2 0.7069 -0.3976 0.000 0.352 0.236 0.348 0.060 0.004
#> SRR809296 3 0.5398 0.4189 0.000 0.136 0.544 0.320 0.000 0.000
#> SRR657927 3 0.0993 0.4385 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1440682 2 0.2631 0.4696 0.000 0.840 0.008 0.152 0.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0547 0.5271 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1419131 2 0.2994 0.3710 0.000 0.788 0.000 0.208 0.000 0.004
#> SRR1404293 1 0.3971 0.1188 0.548 0.000 0.000 0.000 0.448 0.004
#> SRR1473340 3 0.0603 0.4239 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1345563 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.3864 0.4361 0.000 0.744 0.048 0.208 0.000 0.000
#> SRR1480697 2 0.6213 -0.2612 0.000 0.384 0.288 0.324 0.000 0.004
#> SRR1321808 2 0.2981 0.4709 0.000 0.820 0.020 0.160 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.3877 0.4433 0.000 0.764 0.076 0.160 0.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.7069 -0.3976 0.000 0.352 0.236 0.348 0.060 0.004
#> SRR1417088 2 0.0146 0.5241 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.2631 0.4696 0.000 0.840 0.008 0.152 0.000 0.000
#> SRR662257 2 0.2491 0.4187 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR600417 2 0.1204 0.5015 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR812493 2 0.0790 0.5166 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR612743 3 0.5563 0.4741 0.000 0.044 0.592 0.292 0.072 0.000
#> SRR1361345 5 0.3830 0.4334 0.376 0.000 0.000 0.000 0.620 0.004
#> SRR600584 2 0.1075 0.5295 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1310520 4 0.4555 0.7260 0.000 0.392 0.000 0.576 0.020 0.012
#> SRR1395595 3 0.5758 0.3394 0.000 0.184 0.476 0.340 0.000 0.000
#> SRR1334074 3 0.6062 0.1487 0.000 0.268 0.396 0.336 0.000 0.000
#> SRR654838 2 0.5587 -0.2555 0.000 0.432 0.140 0.428 0.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.0363 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1433841 1 0.4271 0.4625 0.672 0.000 0.028 0.008 0.292 0.000
#> SRR1366837 3 0.5714 0.3392 0.000 0.176 0.484 0.340 0.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.3134 0.4666 0.000 0.808 0.024 0.168 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.2473 0.5071 0.000 0.856 0.008 0.136 0.000 0.000
#> SRR603004 3 0.5895 0.2720 0.000 0.208 0.436 0.356 0.000 0.000
#> SRR814703 2 0.2950 0.4875 0.000 0.828 0.024 0.148 0.000 0.000
#> SRR661937 2 0.0260 0.5224 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR614359 1 0.0547 0.8016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1071568 2 0.3312 0.4552 0.000 0.792 0.028 0.180 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.4418 0.5261 0.000 0.076 0.728 0.184 0.000 0.012
#> SRR1337624 4 0.5401 0.7204 0.000 0.400 0.020 0.528 0.036 0.016
#> SRR1344400 2 0.5527 -0.2015 0.000 0.460 0.132 0.408 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.5513 -0.1607 0.000 0.476 0.132 0.392 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.5612 -0.2573 0.000 0.428 0.144 0.428 0.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0146 0.8044 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481279 1 0.6169 -0.0718 0.444 0.000 0.244 0.008 0.304 0.000
#> SRR1315103 5 0.3619 0.5651 0.316 0.000 0.000 0.000 0.680 0.004
#> SRR1099286 1 0.5385 0.2901 0.580 0.000 0.116 0.008 0.296 0.000
#> SRR2166570 2 0.4801 0.1803 0.000 0.632 0.028 0.316 0.012 0.012
#> SRR601445 1 0.2219 0.7235 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1439719 2 0.2302 0.5092 0.000 0.872 0.008 0.120 0.000 0.000
#> SRR1377026 2 0.1267 0.5220 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.4827 0.2367 0.000 0.632 0.092 0.276 0.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.4410 -0.4736 0.000 0.508 0.012 0.472 0.000 0.008
#> SRR1469345 1 0.6169 -0.0718 0.444 0.000 0.244 0.008 0.304 0.000
#> SRR1421462 2 0.5560 -0.2106 0.000 0.444 0.136 0.420 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.5210 0.0649 0.088 0.000 0.612 0.008 0.288 0.004
#> SRR1339175 1 0.0547 0.8016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1447736 2 0.5109 0.0764 0.000 0.572 0.100 0.328 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.2981 0.4714 0.000 0.820 0.020 0.160 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.3150 0.4831 0.000 0.828 0.052 0.120 0.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.5440 0.0928 0.000 0.556 0.156 0.288 0.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.3659 0.3527 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1335670 5 0.4204 0.6388 0.272 0.000 0.036 0.000 0.688 0.004
#> SRR1400955 2 0.1957 0.5127 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.7040 -0.3945 0.000 0.360 0.224 0.352 0.060 0.004
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.0603 0.4239 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1098074 3 0.5895 0.2720 0.000 0.208 0.436 0.356 0.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.3659 0.3527 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1086728 3 0.6001 0.2002 0.000 0.248 0.424 0.328 0.000 0.000
#> SRR627464 6 0.0858 0.5968 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR1409193 5 0.3564 0.6564 0.148 0.000 0.036 0.008 0.804 0.004
#> SRR2168286 2 0.4801 0.1803 0.000 0.632 0.028 0.316 0.012 0.012
#> SRR615539 2 0.0937 0.5286 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.6053 0.2698 0.000 0.224 0.440 0.332 0.000 0.004
#> SRR1471989 3 0.5779 0.3322 0.000 0.188 0.472 0.340 0.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.4409 -0.2235 0.000 0.588 0.016 0.388 0.004 0.004
#> SRR1381934 3 0.5928 0.2638 0.000 0.180 0.416 0.400 0.004 0.000
#> SRR1471098 3 0.3110 0.4385 0.000 0.004 0.848 0.052 0.092 0.004
#> SRR1314749 3 0.3992 0.3082 0.000 0.004 0.700 0.016 0.276 0.004
#> SRR2166874 6 0.7445 0.5906 0.000 0.080 0.088 0.244 0.096 0.492
#> SRR821302 3 0.5656 -0.0702 0.144 0.000 0.572 0.008 0.272 0.004
#> SRR1435066 2 0.5558 -0.2127 0.000 0.448 0.136 0.416 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.4827 0.2367 0.000 0.632 0.092 0.276 0.000 0.000
#> SRR1446546 3 0.5895 0.2720 0.000 0.208 0.436 0.356 0.000 0.000
#> SRR1419784 3 0.5868 0.2925 0.000 0.204 0.448 0.348 0.000 0.000
#> SRR1357233 2 0.5585 -0.2434 0.000 0.444 0.140 0.416 0.000 0.000
#> SRR1441889 1 0.0146 0.8044 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0790 0.5237 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1442862 2 0.4136 0.4095 0.000 0.732 0.076 0.192 0.000 0.000
#> SRR662474 2 0.0458 0.5194 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1416226 3 0.6074 0.1598 0.000 0.272 0.388 0.340 0.000 0.000
#> SRR1417404 4 0.4397 0.7265 0.000 0.336 0.000 0.632 0.020 0.012
#> SRR665466 2 0.0260 0.5224 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR658849 3 0.1649 0.4422 0.000 0.000 0.932 0.036 0.000 0.032
#> SRR1460025 2 0.0713 0.5178 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1408136 1 0.0547 0.7951 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1489995 2 0.5583 -0.2141 0.000 0.448 0.140 0.412 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.5939 0.2434 0.000 0.216 0.412 0.372 0.000 0.000
#> SRR1488429 3 0.5970 0.2874 0.000 0.204 0.460 0.332 0.000 0.004
#> SRR1087559 5 0.5601 0.5977 0.276 0.000 0.092 0.028 0.600 0.004
#> SRR817004 1 0.3168 0.6471 0.792 0.000 0.016 0.000 0.192 0.000
#> SRR1429660 2 0.5368 -0.1548 0.000 0.488 0.112 0.400 0.000 0.000
#> SRR604390 3 0.5895 0.2720 0.000 0.208 0.436 0.356 0.000 0.000
#> SRR614936 4 0.5401 0.7204 0.000 0.400 0.020 0.528 0.036 0.016
#> SRR1365938 1 0.3986 0.0589 0.532 0.000 0.000 0.000 0.464 0.004
#> SRR1437324 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.4410 -0.4736 0.000 0.508 0.012 0.472 0.000 0.008
#> SRR660414 2 0.4801 0.1803 0.000 0.632 0.028 0.316 0.012 0.012
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.3699 0.3204 0.000 0.004 0.728 0.008 0.256 0.004
#> SRR1398036 2 0.0632 0.5180 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1436674 1 0.1267 0.7834 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR603750 3 0.5499 0.3555 0.000 0.124 0.528 0.344 0.004 0.000
#> SRR608630 4 0.4555 0.7260 0.000 0.392 0.000 0.576 0.020 0.012
#> SRR655625 2 0.1444 0.5050 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR599059 2 0.5737 -0.2610 0.000 0.436 0.144 0.416 0.004 0.000
#> SRR615189 5 0.6570 0.5485 0.268 0.004 0.152 0.052 0.520 0.004
#> SRR1466889 2 0.4099 0.3499 0.000 0.708 0.048 0.244 0.000 0.000
#> SRR1084602 2 0.2933 0.3837 0.000 0.796 0.000 0.200 0.000 0.004
#> SRR1335422 1 0.1075 0.7900 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1356805 2 0.5152 -0.0767 0.000 0.532 0.092 0.376 0.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.1913 0.4020 0.000 0.000 0.908 0.012 0.080 0.000
#> SRR654814 1 0.1267 0.7834 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR658385 2 0.5558 -0.2127 0.000 0.448 0.136 0.416 0.000 0.000
#> SRR820596 3 0.3992 0.3082 0.000 0.004 0.700 0.016 0.276 0.004
#> SRR1318118 3 0.6839 0.0652 0.004 0.120 0.500 0.096 0.276 0.004
#> SRR1480766 2 0.0146 0.5241 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.4306 0.5186 0.700 0.000 0.044 0.008 0.248 0.000
#> SRR1341833 2 0.5449 -0.0969 0.000 0.504 0.128 0.368 0.000 0.000
#> SRR1441826 2 0.0632 0.5169 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.1267 0.7834 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1326752 3 0.3139 0.5252 0.000 0.032 0.816 0.152 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.5330 0.4720 0.000 0.128 0.620 0.240 0.000 0.012
#> SRR819186 2 0.5560 -0.2106 0.000 0.444 0.136 0.420 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.5398 0.4189 0.000 0.136 0.544 0.320 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.7069 -0.3976 0.000 0.352 0.236 0.348 0.060 0.004
#> SRR809065 2 0.2340 0.4340 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1415872 2 0.1075 0.5297 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1415463 3 0.3393 0.4968 0.000 0.012 0.824 0.128 0.032 0.004
#> SRR1381161 2 0.0632 0.5180 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1442231 5 0.2444 0.4527 0.000 0.000 0.036 0.052 0.896 0.016
#> SRR1374696 5 0.4510 0.6193 0.132 0.000 0.120 0.008 0.736 0.004
#> SRR1451988 3 0.5895 0.2720 0.000 0.208 0.436 0.356 0.000 0.000
#> SRR660555 1 0.1141 0.7871 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.4190 0.3153 0.000 0.692 0.048 0.260 0.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0363 0.5237 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.5995 0.2324 0.000 0.184 0.536 0.260 0.020 0.000
#> SRR656886 2 0.5420 0.1250 0.000 0.572 0.172 0.256 0.000 0.000
#> SRR1498337 2 0.1267 0.5024 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR613066 3 0.5187 0.0908 0.096 0.000 0.628 0.008 0.264 0.004
#> SRR1309490 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 2 0.1204 0.5049 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1447347 3 0.3699 0.3204 0.000 0.004 0.728 0.008 0.256 0.004
#> SRR1475546 2 0.1141 0.5270 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR627459 2 0.3855 0.2504 0.000 0.704 0.016 0.276 0.000 0.004
#> SRR1434332 2 0.1714 0.5168 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1070358 2 0.2631 0.4096 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1345936 2 0.0865 0.5183 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR665658 2 0.5737 -0.2610 0.000 0.436 0.144 0.416 0.004 0.000
#> SRR1321351 2 0.1075 0.5295 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR657880 2 0.5561 -0.2066 0.000 0.440 0.136 0.424 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.2706 0.4624 0.000 0.832 0.008 0.160 0.000 0.000
#> SRR657396 5 0.6778 0.0767 0.000 0.136 0.168 0.140 0.548 0.008
#> SRR660981 2 0.0260 0.5224 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0547 0.8012 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR819658 2 0.1957 0.5127 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.5531 -0.2023 0.000 0.452 0.132 0.416 0.000 0.000
#> SRR1476719 5 0.3470 0.6592 0.248 0.000 0.012 0.000 0.740 0.000
#> SRR1403478 2 0.5558 -0.2127 0.000 0.448 0.136 0.416 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.2868 0.5174 0.000 0.028 0.840 0.132 0.000 0.000
#> SRR1352391 3 0.3971 0.2998 0.000 0.004 0.704 0.016 0.272 0.004
#> SRR1498813 2 0.2178 0.4437 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR627437 4 0.4785 0.5332 0.000 0.452 0.032 0.508 0.004 0.004
#> SRR2185097 1 0.6053 -0.0245 0.472 0.000 0.212 0.000 0.308 0.008
#> SRR817166 3 0.5895 0.2720 0.000 0.208 0.436 0.356 0.000 0.000
#> SRR1091670 2 0.5109 0.0764 0.000 0.572 0.100 0.328 0.000 0.000
#> SRR603776 4 0.6272 0.3495 0.000 0.196 0.280 0.496 0.028 0.000
#> SRR1479640 2 0.0146 0.5241 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR660152 3 0.5209 0.0898 0.100 0.000 0.628 0.008 0.260 0.004
#> SRR1074769 2 0.5611 -0.2213 0.000 0.436 0.144 0.420 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0260 0.5224 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.5786 0.3310 0.000 0.188 0.468 0.344 0.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.4994 -0.0585 0.000 0.544 0.076 0.380 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.3808 0.2662 0.000 0.700 0.012 0.284 0.004 0.000
#> SRR608542 2 0.1204 0.5015 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR655064 2 0.2994 0.3622 0.000 0.788 0.004 0.208 0.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.2926 0.5133 0.000 0.028 0.844 0.124 0.004 0.000
#> SRR808472 2 0.1858 0.4910 0.000 0.904 0.004 0.092 0.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.5779 0.3322 0.000 0.188 0.472 0.340 0.000 0.000
#> SRR598484 2 0.5531 -0.2274 0.000 0.452 0.132 0.416 0.000 0.000
#> SRR612755 3 0.0993 0.4385 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.6213 -0.2612 0.000 0.384 0.288 0.324 0.000 0.004
#> SRR1322373 3 0.4418 0.5261 0.000 0.076 0.728 0.184 0.000 0.012
#> SRR1489265 2 0.5358 -0.1374 0.000 0.496 0.112 0.392 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.5558 -0.2127 0.000 0.448 0.136 0.416 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.3947 0.3832 0.000 0.732 0.048 0.220 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.5611 -0.2115 0.000 0.436 0.144 0.420 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.3866 0.0922 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR612887 2 0.0363 0.5269 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR809807 3 0.5895 0.2720 0.000 0.208 0.436 0.356 0.000 0.000
#> SRR663112 2 0.6447 -0.1680 0.000 0.412 0.360 0.200 0.000 0.028
#> SRR1346933 5 0.2875 0.4908 0.032 0.000 0.028 0.008 0.880 0.052
#> SRR1487910 5 0.3791 0.6012 0.300 0.000 0.008 0.000 0.688 0.004
#> SRR603092 2 0.2631 0.4096 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.0146 0.5241 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.3680 0.5995 0.756 0.000 0.020 0.008 0.216 0.000
#> SRR1070015 2 0.5440 0.0928 0.000 0.556 0.156 0.288 0.000 0.000
#> SRR1466222 3 0.5895 0.2720 0.000 0.208 0.436 0.356 0.000 0.000
#> SRR1416119 3 0.1138 0.4392 0.000 0.000 0.960 0.024 0.012 0.004
#> SRR819318 3 0.2884 0.3641 0.000 0.000 0.824 0.004 0.164 0.008
#> SRR608288 2 0.5634 -0.2368 0.000 0.436 0.148 0.416 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.5366 0.1247 0.000 0.568 0.148 0.284 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.5583 -0.2141 0.000 0.448 0.140 0.412 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.5728 0.3373 0.000 0.180 0.484 0.336 0.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0146 0.8044 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337031 1 0.6169 -0.0718 0.444 0.000 0.244 0.008 0.304 0.000
#> SRR601311 4 0.4129 0.4523 0.000 0.496 0.000 0.496 0.004 0.004
#> SRR1406685 2 0.1075 0.5041 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1467500 2 0.0146 0.5241 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0146 0.8044 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312865 3 0.5970 0.2874 0.000 0.204 0.460 0.332 0.000 0.004
#> SRR1312522 3 0.3699 0.3204 0.000 0.004 0.728 0.008 0.256 0.004
#> SRR1490486 2 0.7069 -0.3976 0.000 0.352 0.236 0.348 0.060 0.004
#> SRR1325888 3 0.5398 0.4189 0.000 0.136 0.544 0.320 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0146 0.8044 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098785 2 0.0146 0.5241 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1084766 2 0.1444 0.4983 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.5762 -0.2578 0.000 0.428 0.148 0.420 0.004 0.000
#> SRR1336636 3 0.3874 0.2952 0.020 0.000 0.744 0.008 0.224 0.004
#> SRR1347795 1 0.4834 0.4535 0.656 0.000 0.080 0.008 0.256 0.000
#> SRR601900 2 0.4371 0.2540 0.000 0.664 0.052 0.284 0.000 0.000
#> SRR1330989 2 0.1918 0.4894 0.000 0.904 0.008 0.088 0.000 0.000
#> SRR658445 2 0.5440 0.0928 0.000 0.556 0.156 0.288 0.000 0.000
#> SRR1368754 3 0.4448 0.2353 0.040 0.000 0.688 0.008 0.260 0.004
#> SRR1460001 2 0.2362 0.5081 0.000 0.860 0.004 0.136 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.1492 0.4444 0.000 0.000 0.940 0.036 0.000 0.024
#> SRR614948 1 0.0000 0.8047 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.2926 0.5133 0.000 0.028 0.844 0.124 0.004 0.000
#> SRR1321528 5 0.3772 0.6065 0.296 0.000 0.008 0.000 0.692 0.004
#> SRR627447 3 0.0632 0.4227 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR612239 2 0.2848 0.4503 0.000 0.828 0.008 0.160 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 0.999 0.4427 0.557 0.557
#> 3 3 0.894 0.893 0.956 0.4197 0.757 0.585
#> 4 4 0.674 0.418 0.608 0.1479 0.738 0.422
#> 5 5 0.786 0.780 0.864 0.0872 0.893 0.637
#> 6 6 0.765 0.629 0.789 0.0409 0.962 0.833
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603858 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1486995 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813043 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659037 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1481036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1434009 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.1184 0.983 0.984 0.016
#> SRR657611 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1333659 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.1633 0.976 0.976 0.024
#> SRR1309468 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR627445 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607863 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1102079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR627457 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1444063 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656934 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339029 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1391376 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661842 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1395699 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR658885 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615129 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.1633 0.976 0.976 0.024
#> SRR662954 1 0.4815 0.885 0.896 0.104
#> SRR1375738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1356577 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663549 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1478015 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811866 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1401101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR601723 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1384115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1387769 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370423 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1314976 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1319560 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1352683 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1326384 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1360807 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332544 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809296 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR657927 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1440682 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1480697 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1321808 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR612743 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1395595 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1334074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1366837 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1467479 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1389084 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1337624 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2166570 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1086728 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR627464 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1409193 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR663623 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1471989 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1381934 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1471098 1 0.3114 0.942 0.944 0.056
#> SRR1314749 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1419784 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357233 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1416226 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1417404 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR665466 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658849 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1460025 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1374092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488429 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1087559 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817004 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR604390 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614936 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1365938 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660414 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603750 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR608630 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR655625 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615189 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1466889 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1385300 1 0.0672 0.991 0.992 0.008
#> SRR654814 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1326752 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR665217 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819186 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1415463 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1381161 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1442231 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1451988 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406176 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656886 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1434332 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1095695 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1352391 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2185097 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1091670 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603776 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1479640 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1392502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1432430 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR808472 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1414958 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR612755 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1322373 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1489265 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1346933 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1416119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR810483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1312865 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1312522 1 0.1633 0.976 0.976 0.024
#> SRR1490486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1325888 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1326249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1472952 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR612239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR603858 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR817070 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486995 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR813043 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR662031 1 0.1964 0.93264 0.944 0.000 0.056
#> SRR1081283 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481036 2 0.6309 -0.07185 0.000 0.504 0.496
#> SRR1434009 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR600784 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR657611 1 0.1964 0.93264 0.944 0.000 0.056
#> SRR1333659 1 0.5810 0.52149 0.664 0.000 0.336
#> SRR1323896 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.3038 0.88674 0.896 0.000 0.104
#> SRR1421010 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1309468 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.2448 0.91516 0.924 0.000 0.076
#> SRR1365489 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR607863 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1357210 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.2165 0.89990 0.000 0.936 0.064
#> SRR627457 1 0.0237 0.97032 0.996 0.000 0.004
#> SRR1367654 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.0747 0.96227 0.984 0.000 0.016
#> SRR1099546 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1444063 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR814244 1 0.1753 0.93892 0.952 0.000 0.048
#> SRR1404123 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR656934 3 0.6307 0.11735 0.000 0.488 0.512
#> SRR1339029 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1391376 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR661842 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395699 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1312209 1 0.2625 0.90757 0.916 0.000 0.084
#> SRR1359469 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1414578 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 2 0.6126 0.34171 0.000 0.600 0.400
#> SRR604677 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR603800 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR615129 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1434048 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.6026 0.40448 0.000 0.624 0.376
#> SRR1335513 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR662954 2 0.7901 0.21661 0.060 0.540 0.400
#> SRR1375738 3 0.2261 0.87662 0.000 0.068 0.932
#> SRR1356577 3 0.6204 0.25655 0.000 0.424 0.576
#> SRR1073119 3 0.3267 0.81171 0.116 0.000 0.884
#> SRR663549 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1478015 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.1964 0.90776 0.000 0.944 0.056
#> SRR811866 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1401101 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1490700 1 0.5621 0.57945 0.692 0.000 0.308
#> SRR601723 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384115 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.2261 0.87662 0.000 0.068 0.932
#> SRR1322595 3 0.6140 0.26901 0.404 0.000 0.596
#> SRR1370423 3 0.5291 0.66207 0.000 0.268 0.732
#> SRR1314976 2 0.5733 0.51277 0.000 0.676 0.324
#> SRR1319560 2 0.5968 0.43367 0.000 0.636 0.364
#> SRR1352683 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1473800 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.5948 0.48406 0.000 0.360 0.640
#> SRR1360807 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332544 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR807824 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR809296 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR657927 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1440682 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1345563 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 2 0.6299 0.00783 0.000 0.524 0.476
#> SRR1321808 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312558 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1417088 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR812493 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR612743 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1361345 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.3267 0.83753 0.000 0.116 0.884
#> SRR1334074 2 0.1289 0.92851 0.000 0.968 0.032
#> SRR654838 2 0.4555 0.73367 0.000 0.800 0.200
#> SRR1376694 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1467479 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1337624 2 0.4062 0.78476 0.000 0.836 0.164
#> SRR1344400 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.1860 0.91154 0.000 0.948 0.052
#> SRR1098998 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0237 0.97032 0.996 0.000 0.004
#> SRR2166570 3 0.5363 0.64919 0.000 0.276 0.724
#> SRR601445 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.0592 0.94664 0.000 0.988 0.012
#> SRR1469345 1 0.2537 0.91146 0.920 0.000 0.080
#> SRR1421462 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1339175 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.1163 0.95384 0.972 0.000 0.028
#> SRR1400955 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.5988 0.42406 0.000 0.632 0.368
#> SRR1442822 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1098074 2 0.4555 0.71882 0.000 0.800 0.200
#> SRR1442778 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 2 0.6140 0.26414 0.000 0.596 0.404
#> SRR627464 1 0.6260 0.23547 0.552 0.000 0.448
#> SRR1409193 1 0.2537 0.91146 0.920 0.000 0.080
#> SRR2168286 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 3 0.1964 0.88442 0.000 0.056 0.944
#> SRR1471989 3 0.2448 0.87093 0.000 0.076 0.924
#> SRR1468828 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381934 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1471098 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1314749 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR2166874 3 0.5926 0.44383 0.000 0.356 0.644
#> SRR821302 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1435066 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 3 0.5706 0.56103 0.000 0.320 0.680
#> SRR1419784 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1357233 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416226 3 0.4654 0.75003 0.000 0.208 0.792
#> SRR1417404 2 0.0747 0.94366 0.000 0.984 0.016
#> SRR665466 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1460025 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.3267 0.84389 0.000 0.884 0.116
#> SRR1374092 3 0.1860 0.88695 0.000 0.052 0.948
#> SRR1488429 3 0.2625 0.86465 0.000 0.084 0.916
#> SRR1087559 1 0.4291 0.79184 0.820 0.000 0.180
#> SRR817004 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.1031 0.93655 0.000 0.976 0.024
#> SRR604390 3 0.2711 0.86147 0.000 0.088 0.912
#> SRR614936 2 0.2066 0.90402 0.000 0.940 0.060
#> SRR1365938 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR660414 3 0.4654 0.74892 0.000 0.208 0.792
#> SRR1452185 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1398036 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR608630 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR655625 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 2 0.6008 0.40900 0.000 0.628 0.372
#> SRR615189 3 0.6154 0.25715 0.408 0.000 0.592
#> SRR1466889 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084602 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR654814 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.5363 0.60703 0.000 0.724 0.276
#> SRR820596 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1318118 3 0.3752 0.77833 0.144 0.000 0.856
#> SRR1480766 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441826 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR665217 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR819186 2 0.2066 0.90389 0.000 0.940 0.060
#> SRR661517 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR607166 3 0.5254 0.63635 0.000 0.264 0.736
#> SRR809065 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415463 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1381161 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442231 1 0.5810 0.52140 0.664 0.000 0.336
#> SRR1374696 3 0.2448 0.85309 0.076 0.000 0.924
#> SRR1451988 3 0.4452 0.76778 0.000 0.192 0.808
#> SRR660555 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR656886 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR613066 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1309490 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447347 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1475546 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345936 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR665658 2 0.4887 0.69209 0.000 0.772 0.228
#> SRR1321351 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR657880 2 0.1643 0.91890 0.000 0.956 0.044
#> SRR1373903 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 2 0.6305 0.06920 0.000 0.516 0.484
#> SRR660981 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.3752 0.81044 0.000 0.856 0.144
#> SRR1476719 1 0.1964 0.93264 0.944 0.000 0.056
#> SRR1403478 2 0.0424 0.94991 0.000 0.992 0.008
#> SRR1095695 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1352391 3 0.3192 0.81617 0.112 0.000 0.888
#> SRR1498813 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185097 1 0.2625 0.90757 0.916 0.000 0.084
#> SRR817166 3 0.5948 0.48537 0.000 0.360 0.640
#> SRR1091670 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1479640 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1074769 2 0.2165 0.89990 0.000 0.936 0.064
#> SRR656153 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1359609 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR808472 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.2448 0.87093 0.000 0.076 0.924
#> SRR598484 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1365808 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.4555 0.71882 0.000 0.800 0.200
#> SRR1322373 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1489265 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.1860 0.91154 0.000 0.948 0.052
#> SRR607279 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0237 0.97032 0.996 0.000 0.004
#> SRR612887 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR809807 3 0.4062 0.79356 0.000 0.164 0.836
#> SRR663112 3 0.5327 0.65557 0.000 0.272 0.728
#> SRR1346933 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466222 3 0.2625 0.86465 0.000 0.084 0.916
#> SRR1416119 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR819318 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR608288 2 0.6008 0.40247 0.000 0.628 0.372
#> SRR811121 2 0.6095 0.30030 0.000 0.608 0.392
#> SRR613138 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 3 0.1289 0.89861 0.000 0.032 0.968
#> SRR607839 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.2165 0.87924 0.000 0.064 0.936
#> SRR1312522 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1490486 3 0.4654 0.72611 0.000 0.208 0.792
#> SRR1325888 3 0.1643 0.89177 0.000 0.044 0.956
#> SRR1472885 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.1964 0.90776 0.000 0.944 0.056
#> SRR1336636 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1347795 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368754 1 0.2066 0.92990 0.940 0.000 0.060
#> SRR1460001 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR614948 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0237 0.91289 0.000 0.004 0.996
#> SRR1321528 1 0.0000 0.97288 1.000 0.000 0.000
#> SRR627447 3 0.0237 0.91089 0.004 0.000 0.996
#> SRR612239 2 0.0000 0.95621 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.8540 0.31240 0.060 0.160 0.460 0.320
#> SRR603858 1 0.5143 0.34223 0.540 0.004 0.456 0.000
#> SRR817070 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1486995 3 0.7610 0.34759 0.000 0.220 0.460 0.320
#> SRR813043 2 0.3172 0.57486 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR656874 2 0.4776 0.34784 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR659037 4 0.4522 0.79002 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR662031 1 0.0592 0.74441 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1081283 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1481036 4 0.5772 -0.05696 0.000 0.068 0.260 0.672
#> SRR1434009 2 0.4585 0.42573 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1376676 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1396967 2 0.4643 0.39949 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR665429 2 0.4761 0.35993 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1388025 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR600784 3 0.8215 0.18377 0.192 0.028 0.460 0.320
#> SRR657611 1 0.0000 0.74893 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 1 0.2867 0.67940 0.884 0.104 0.012 0.000
#> SRR1323896 2 0.4730 0.34539 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1453971 1 0.0336 0.74790 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1421010 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1334490 3 0.8215 0.18377 0.192 0.028 0.460 0.320
#> SRR1309468 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1468637 1 0.0188 0.74843 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.3942 0.53738 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR627445 3 0.7610 0.34759 0.000 0.220 0.460 0.320
#> SRR607863 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1475524 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1405504 4 0.4746 0.73731 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR615695 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR600900 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR601477 2 0.3219 0.57409 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1487215 2 0.4164 0.51431 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1310797 2 0.4624 0.40937 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1362713 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1431385 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1379089 2 0.2647 0.58476 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1102079 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR1357210 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR657659 2 0.4643 -0.00669 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR663573 4 0.4543 0.79566 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR603188 2 0.4730 0.34526 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1471200 2 0.4585 0.42573 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1310975 2 0.0469 0.57406 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR627457 3 0.4985 0.05289 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1367654 2 0.4585 0.42573 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1488410 1 0.2149 0.66623 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1457750 1 0.0524 0.74689 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1099546 1 0.3400 0.54532 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR604480 2 0.4585 0.42573 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1390477 2 0.2647 0.58476 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1458447 2 0.4585 0.42573 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1473161 2 0.4585 0.42573 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1409813 2 0.4164 0.51431 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR612791 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1470580 3 0.7610 0.34759 0.000 0.220 0.460 0.320
#> SRR1444063 3 0.4985 0.05289 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1355578 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1429203 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR599154 2 0.3801 0.54798 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR814244 1 0.0000 0.74893 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404123 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR656934 4 0.1637 0.23293 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1339029 2 0.4522 0.44495 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR821525 4 0.4564 0.79922 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1443677 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1406330 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1338124 3 0.7610 0.34759 0.000 0.220 0.460 0.320
#> SRR1391376 3 0.8540 0.31240 0.060 0.160 0.460 0.320
#> SRR661842 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1395699 3 0.7610 0.34759 0.000 0.220 0.460 0.320
#> SRR1312209 1 0.0000 0.74893 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR658885 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR1414578 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR603620 2 0.4907 0.01099 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR604677 1 0.5277 0.32868 0.532 0.000 0.460 0.008
#> SRR603800 2 0.2760 0.57440 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR602058 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR817488 2 0.4164 0.51431 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR655601 4 0.4564 0.79922 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1434821 2 0.4564 0.43236 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1349166 2 0.4697 0.36879 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR615129 1 0.0707 0.73824 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR607586 2 0.3528 0.56007 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR602680 2 0.4250 0.50025 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1411070 2 0.0469 0.58066 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR663038 2 0.4304 0.50909 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1489416 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1479155 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR662162 1 0.1211 0.72521 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1374567 3 0.7175 -0.14441 0.404 0.000 0.460 0.136
#> SRR1434048 2 0.3219 0.57409 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR2184865 4 0.4522 0.79002 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR2170135 1 0.1302 0.72769 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR615551 2 0.0592 0.57018 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.4776 0.30469 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1370216 3 0.8215 0.18377 0.192 0.028 0.460 0.320
#> SRR662954 1 0.7568 0.37057 0.544 0.132 0.024 0.300
#> SRR1375738 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR1356577 4 0.9103 0.02808 0.144 0.288 0.128 0.440
#> SRR1073119 1 0.5028 0.41024 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR663549 3 0.7647 0.34496 0.000 0.220 0.444 0.336
#> SRR1478015 2 0.4624 0.40937 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR600632 2 0.1182 0.57413 0.016 0.968 0.000 0.016
#> SRR811866 3 0.9229 0.25142 0.132 0.204 0.452 0.212
#> SRR1401101 2 0.4624 0.40937 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1477797 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1402986 2 0.4624 0.40937 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR658897 1 0.0336 0.74656 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1419869 3 0.7175 -0.14441 0.404 0.000 0.460 0.136
#> SRR1490700 1 0.0657 0.74516 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR601723 4 0.4564 0.79182 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1384115 4 0.4907 0.58648 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1476927 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1387769 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR1322595 1 0.4204 0.60672 0.788 0.020 0.192 0.000
#> SRR1370423 3 0.7764 0.33580 0.000 0.252 0.424 0.324
#> SRR1314976 4 0.7159 0.11789 0.016 0.436 0.084 0.464
#> SRR1319560 2 0.4643 0.13449 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1352683 3 0.8971 0.29209 0.088 0.204 0.456 0.252
#> SRR1473800 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1326384 4 0.7647 -0.40397 0.000 0.220 0.336 0.444
#> SRR1360807 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1332544 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR598695 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR807824 2 0.6942 0.10937 0.268 0.624 0.056 0.052
#> SRR809296 3 0.7610 0.34759 0.000 0.220 0.460 0.320
#> SRR657927 3 0.8540 0.31240 0.060 0.160 0.460 0.320
#> SRR1440682 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1454415 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1419131 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1404293 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1473340 3 0.7858 0.15933 0.212 0.008 0.460 0.320
#> SRR1345563 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1323382 2 0.4522 0.44495 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1480697 4 0.7117 -0.25679 0.000 0.180 0.264 0.556
#> SRR1321808 2 0.4585 0.42573 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1382756 2 0.4585 0.42573 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1312558 2 0.6150 -0.00859 0.360 0.580 0.060 0.000
#> SRR1417088 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1433027 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR662257 4 0.4543 0.79402 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR600417 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR812493 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR612743 3 0.8093 0.33809 0.020 0.200 0.460 0.320
#> SRR1361345 1 0.4967 0.07057 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR600584 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1310520 4 0.4917 0.78627 0.008 0.336 0.000 0.656
#> SRR1395595 3 0.7660 0.34603 0.000 0.228 0.448 0.324
#> SRR1334074 4 0.7130 0.01412 0.000 0.396 0.132 0.472
#> SRR654838 2 0.0000 0.57856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1433841 1 0.1118 0.72772 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1366837 3 0.7868 0.34518 0.008 0.212 0.456 0.324
#> SRR1467479 2 0.4679 0.37968 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1459055 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1471050 2 0.4624 0.40937 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR603004 2 0.1792 0.56922 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR814703 2 0.4624 0.40937 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR661937 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR614359 3 0.4992 0.03861 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1071568 2 0.4713 0.35732 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1389084 3 0.7610 0.34759 0.000 0.220 0.460 0.320
#> SRR1337624 2 0.0927 0.57050 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1344400 2 0.0707 0.57792 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1414290 2 0.0592 0.58182 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1413644 2 0.0000 0.57856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098998 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1481279 1 0.0592 0.74441 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.74893 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0707 0.74587 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2166570 4 0.7036 -0.26274 0.000 0.212 0.212 0.576
#> SRR601445 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1439719 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1377026 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1327386 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR654826 2 0.4008 0.54115 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1460433 2 0.5313 -0.13418 0.016 0.608 0.000 0.376
#> SRR1469345 1 0.0707 0.74587 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.57856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 1 0.4977 0.33929 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1339175 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1447736 2 0.3266 0.57249 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1434671 2 0.4624 0.40937 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR660800 2 0.4624 0.40937 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1465543 2 0.0188 0.57924 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1342023 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1335670 1 0.0592 0.74441 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1400955 2 0.4679 0.37968 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1072150 2 0.2530 0.49764 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1442822 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1364658 3 0.7653 0.03552 0.300 0.000 0.460 0.240
#> SRR1098074 2 0.3428 0.50219 0.000 0.844 0.012 0.144
#> SRR1442778 3 0.4999 0.00963 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1086728 4 0.7072 -0.09016 0.000 0.172 0.268 0.560
#> SRR627464 1 0.2658 0.70167 0.904 0.004 0.080 0.012
#> SRR1409193 1 0.0188 0.74843 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2168286 4 0.4522 0.79002 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR615539 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR663623 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR1471989 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR1468828 4 0.4941 0.59514 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1381934 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR1471098 3 0.7869 0.15461 0.216 0.008 0.460 0.316
#> SRR1314749 1 0.5685 0.31002 0.516 0.000 0.460 0.024
#> SRR2166874 2 0.8464 -0.23152 0.388 0.420 0.124 0.068
#> SRR821302 3 0.7206 -0.13745 0.400 0.000 0.460 0.140
#> SRR1435066 2 0.0188 0.57957 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661601 2 0.4164 0.51431 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1446546 2 0.5090 0.15937 0.000 0.660 0.016 0.324
#> SRR1419784 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR1357233 2 0.1716 0.58566 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1441889 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1413940 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1324250 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1442862 2 0.4406 0.47290 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR662474 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1416226 3 0.7650 0.34626 0.000 0.224 0.448 0.328
#> SRR1417404 4 0.5630 0.23965 0.016 0.432 0.004 0.548
#> SRR665466 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR658849 3 0.8362 0.32635 0.040 0.180 0.460 0.320
#> SRR1460025 4 0.4585 0.80377 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1408136 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.57856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR1488429 3 0.7660 0.34603 0.000 0.228 0.448 0.324
#> SRR1087559 1 0.0188 0.74843 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR817004 1 0.0817 0.73876 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.57856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604390 3 0.7660 0.34603 0.000 0.228 0.448 0.324
#> SRR614936 2 0.5130 -0.00410 0.016 0.652 0.000 0.332
#> SRR1365938 3 0.4985 0.05289 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1437324 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR613414 2 0.4679 -0.08378 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR660414 4 0.7540 -0.38007 0.000 0.216 0.304 0.480
#> SRR1452185 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1347020 1 0.4977 0.33929 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1398036 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1436674 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR603750 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR608630 2 0.5478 -0.28011 0.016 0.540 0.000 0.444
#> SRR655625 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR599059 2 0.2222 0.51815 0.016 0.924 0.000 0.060
#> SRR615189 1 0.4477 0.63622 0.808 0.108 0.084 0.000
#> SRR1466889 2 0.4250 0.50025 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1084602 4 0.4585 0.80377 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1335422 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1356805 2 0.3219 0.57409 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1385300 3 0.7598 -0.00532 0.324 0.000 0.460 0.216
#> SRR654814 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR658385 2 0.0469 0.57406 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR820596 1 0.5143 0.34223 0.540 0.004 0.456 0.000
#> SRR1318118 1 0.5016 0.41467 0.600 0.004 0.396 0.000
#> SRR1480766 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1406539 1 0.0592 0.74441 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1341833 2 0.3266 0.57249 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1441826 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1448051 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1326752 3 0.7858 0.34433 0.008 0.212 0.460 0.320
#> SRR665217 3 0.7610 0.34759 0.000 0.220 0.460 0.320
#> SRR819186 2 0.0000 0.57856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR607166 2 0.5572 0.16006 0.296 0.668 0.012 0.024
#> SRR809065 4 0.4543 0.79402 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1415872 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1415463 3 0.7858 0.34433 0.008 0.212 0.460 0.320
#> SRR1381161 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1442231 1 0.2542 0.69561 0.904 0.084 0.012 0.000
#> SRR1374696 1 0.5088 0.38190 0.572 0.004 0.424 0.000
#> SRR1451988 3 0.7764 0.33580 0.000 0.252 0.424 0.324
#> SRR660555 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR657801 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR663344 2 0.4193 0.50998 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1472462 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1406176 3 0.8268 0.33100 0.032 0.188 0.460 0.320
#> SRR656886 2 0.4543 0.44486 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1498337 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR613066 1 0.5497 0.32212 0.524 0.000 0.460 0.016
#> SRR1309490 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR602492 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1447347 1 0.5497 0.32212 0.524 0.000 0.460 0.016
#> SRR1475546 2 0.4790 0.29116 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR627459 4 0.4585 0.80377 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1434332 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1070358 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1345936 4 0.4585 0.80377 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR665658 2 0.0592 0.57018 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1321351 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR657880 2 0.0188 0.57730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1373903 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR657396 2 0.5300 0.00719 0.408 0.580 0.000 0.012
#> SRR660981 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR818499 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR819658 2 0.4713 0.35732 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1376316 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1323723 2 0.0469 0.57069 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1476719 1 0.0000 0.74893 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.57856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.7610 0.34759 0.000 0.220 0.460 0.320
#> SRR1352391 1 0.5016 0.41467 0.600 0.004 0.396 0.000
#> SRR1498813 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR627437 2 0.4985 -0.34542 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR2185097 1 0.0707 0.74587 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR817166 3 0.7792 0.33158 0.000 0.260 0.416 0.324
#> SRR1091670 2 0.3311 0.57130 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR603776 3 0.9267 0.21028 0.176 0.164 0.456 0.204
#> SRR1479640 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR660152 3 0.7206 -0.13745 0.400 0.000 0.460 0.140
#> SRR1074769 2 0.0000 0.57856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656153 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1392502 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR1359609 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR601925 2 0.2760 0.58433 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR2165182 2 0.4994 -0.14085 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR608542 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR655064 4 0.4543 0.79566 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1432430 3 0.8478 0.31829 0.052 0.168 0.460 0.320
#> SRR808472 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1414958 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR598484 2 0.0188 0.57924 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR612755 3 0.8540 0.31240 0.060 0.160 0.460 0.320
#> SRR1365808 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1391724 4 0.3157 0.45801 0.000 0.144 0.004 0.852
#> SRR1322373 3 0.7610 0.34759 0.000 0.220 0.460 0.320
#> SRR1489265 2 0.2921 0.58118 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1359099 2 0.0000 0.57856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.4585 0.42573 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR810461 2 0.2408 0.58614 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR627427 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR612887 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR809807 2 0.7904 -0.33151 0.000 0.368 0.308 0.324
#> SRR663112 3 0.7919 0.29495 0.000 0.316 0.348 0.336
#> SRR1346933 1 0.0336 0.74656 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487910 1 0.1022 0.73174 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR603092 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1417680 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1383785 3 0.4981 0.05897 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1070015 2 0.3764 0.55064 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1466222 3 0.7764 0.33580 0.000 0.252 0.424 0.324
#> SRR1416119 3 0.8478 0.31829 0.052 0.168 0.460 0.320
#> SRR819318 3 0.7206 -0.13745 0.400 0.000 0.460 0.140
#> SRR608288 2 0.2408 0.49165 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR811121 2 0.4483 0.37809 0.000 0.712 0.004 0.284
#> SRR613138 2 0.0469 0.57406 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR810483 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR607839 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1337031 3 0.5000 0.00454 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR601311 2 0.5000 -0.43308 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1406685 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1467500 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1308504 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1312865 3 0.7641 0.34716 0.000 0.224 0.452 0.324
#> SRR1312522 3 0.7630 0.01569 0.312 0.000 0.460 0.228
#> SRR1490486 2 0.5376 0.01753 0.396 0.588 0.016 0.000
#> SRR1325888 3 0.7620 0.34805 0.000 0.220 0.456 0.324
#> SRR1472885 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1098785 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1084766 4 0.4605 0.80773 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1102804 2 0.0000 0.57856 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.7653 0.03566 0.300 0.000 0.460 0.240
#> SRR1347795 1 0.0592 0.74441 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR601900 2 0.3311 0.57053 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1330989 4 0.4543 0.79566 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR658445 2 0.4222 0.51011 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1368754 1 0.1867 0.72395 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1460001 2 0.3942 0.52760 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1414934 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1326249 3 0.7610 0.34759 0.000 0.220 0.460 0.320
#> SRR614948 3 0.4977 0.06503 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1472952 3 0.8540 0.31240 0.060 0.160 0.460 0.320
#> SRR1321528 1 0.0336 0.74656 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR627447 3 0.7858 0.15933 0.212 0.008 0.460 0.320
#> SRR612239 4 0.4585 0.80377 0.000 0.332 0.000 0.668
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.0703 0.8973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR603858 5 0.2864 0.7663 0.000 0.012 0.136 0.000 0.852
#> SRR817070 4 0.1082 0.8799 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1486995 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.2790 0.7992 0.000 0.880 0.000 0.068 0.052
#> SRR656874 2 0.5450 0.3742 0.000 0.496 0.000 0.444 0.060
#> SRR659037 4 0.3579 0.8007 0.000 0.016 0.032 0.836 0.116
#> SRR662031 5 0.3282 0.8448 0.188 0.008 0.000 0.000 0.804
#> SRR1081283 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1481036 3 0.4529 0.6562 0.000 0.008 0.732 0.220 0.040
#> SRR1434009 2 0.4182 0.5637 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.4350 0.5470 0.000 0.588 0.000 0.408 0.004
#> SRR665429 2 0.5386 0.4911 0.000 0.544 0.000 0.396 0.060
#> SRR1388025 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR600784 3 0.1168 0.8844 0.000 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR657611 5 0.3391 0.8478 0.188 0.012 0.000 0.000 0.800
#> SRR1333659 5 0.3226 0.8154 0.088 0.060 0.000 0.000 0.852
#> SRR1323896 2 0.4304 0.3809 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1453971 5 0.3492 0.8464 0.188 0.016 0.000 0.000 0.796
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.1168 0.8844 0.000 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR1309468 1 0.0324 0.9572 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468637 5 0.3565 0.8471 0.176 0.024 0.000 0.000 0.800
#> SRR1365489 2 0.1952 0.8034 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR627445 3 0.0671 0.8975 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR607863 4 0.0963 0.8773 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 4 0.1908 0.8233 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.1121 0.8724 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR601477 2 0.1608 0.8049 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1487215 2 0.2068 0.8018 0.000 0.904 0.000 0.092 0.004
#> SRR1310797 2 0.4182 0.5624 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.2795 0.7974 0.000 0.880 0.000 0.064 0.056
#> SRR1102079 3 0.0960 0.8968 0.000 0.016 0.972 0.004 0.008
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.6724 0.0113 0.000 0.416 0.016 0.416 0.152
#> SRR663573 4 0.0451 0.8867 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR603188 2 0.4273 0.4672 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1471200 2 0.4171 0.5679 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1310975 2 0.2747 0.7910 0.000 0.888 0.004 0.048 0.060
#> SRR627457 1 0.2777 0.8387 0.864 0.016 0.000 0.000 0.120
#> SRR1367654 2 0.4171 0.5679 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1488410 5 0.3266 0.8372 0.200 0.004 0.000 0.000 0.796
#> SRR1457750 5 0.3675 0.8469 0.188 0.024 0.000 0.000 0.788
#> SRR1099546 5 0.4557 0.2922 0.476 0.008 0.000 0.000 0.516
#> SRR604480 2 0.4161 0.5728 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1390477 2 0.2795 0.7974 0.000 0.880 0.000 0.064 0.056
#> SRR1458447 2 0.4161 0.5728 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1473161 2 0.4321 0.5667 0.000 0.600 0.000 0.396 0.004
#> SRR1409813 2 0.2011 0.8027 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR612791 1 0.1205 0.9308 0.956 0.004 0.000 0.000 0.040
#> SRR1470580 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1444063 1 0.1831 0.8938 0.920 0.004 0.000 0.000 0.076
#> SRR1355578 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.1831 0.8044 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR814244 5 0.3586 0.8474 0.188 0.020 0.000 0.000 0.792
#> SRR1404123 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR656934 4 0.6322 0.1363 0.000 0.012 0.396 0.480 0.112
#> SRR1339029 2 0.3913 0.6459 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR821525 4 0.0671 0.8868 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.1012 0.8957 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1391376 3 0.0703 0.8973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1395699 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1312209 5 0.3586 0.8474 0.188 0.020 0.000 0.000 0.792
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0324 0.9572 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR603620 5 0.4262 0.2833 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR604677 5 0.3910 0.5980 0.000 0.008 0.272 0.000 0.720
#> SRR603800 2 0.3013 0.7796 0.000 0.880 0.016 0.044 0.060
#> SRR602058 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR817488 2 0.2011 0.8027 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR655601 4 0.0451 0.8867 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1434821 2 0.4126 0.5872 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1349166 2 0.4182 0.5637 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR615129 5 0.3675 0.8469 0.188 0.024 0.000 0.000 0.788
#> SRR607586 2 0.1952 0.8034 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR602680 2 0.1965 0.8010 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1411070 2 0.2727 0.7908 0.000 0.868 0.000 0.116 0.016
#> SRR663038 2 0.4780 0.6778 0.000 0.692 0.000 0.248 0.060
#> SRR1489416 4 0.0963 0.8773 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 5 0.3582 0.8134 0.224 0.008 0.000 0.000 0.768
#> SRR1374567 3 0.4557 0.0551 0.000 0.008 0.516 0.000 0.476
#> SRR1434048 2 0.1544 0.8048 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2184865 4 0.3122 0.8198 0.000 0.016 0.016 0.860 0.108
#> SRR2170135 5 0.3353 0.8396 0.196 0.008 0.000 0.000 0.796
#> SRR615551 2 0.2955 0.7953 0.000 0.876 0.004 0.060 0.060
#> SRR1335513 2 0.4547 0.5527 0.000 0.588 0.000 0.400 0.012
#> SRR1370216 3 0.1082 0.8863 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR662954 5 0.2426 0.7661 0.000 0.036 0.000 0.064 0.900
#> SRR1375738 3 0.1285 0.8814 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1356577 4 0.6076 0.2412 0.000 0.016 0.368 0.532 0.084
#> SRR1073119 5 0.3732 0.7794 0.032 0.008 0.148 0.000 0.812
#> SRR663549 3 0.2141 0.8650 0.000 0.016 0.916 0.004 0.064
#> SRR1478015 2 0.4192 0.5573 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR600632 2 0.2795 0.7934 0.000 0.880 0.000 0.056 0.064
#> SRR811866 3 0.3500 0.7695 0.000 0.016 0.808 0.004 0.172
#> SRR1401101 2 0.4192 0.5573 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1477797 4 0.0566 0.8859 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1402986 2 0.4182 0.5637 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR658897 5 0.3675 0.8469 0.188 0.024 0.000 0.000 0.788
#> SRR1419869 5 0.4637 0.1631 0.000 0.012 0.452 0.000 0.536
#> SRR1490700 5 0.3881 0.8491 0.180 0.024 0.008 0.000 0.788
#> SRR601723 4 0.2304 0.8474 0.000 0.004 0.020 0.908 0.068
#> SRR1384115 4 0.4109 0.4266 0.000 0.288 0.000 0.700 0.012
#> SRR1476927 4 0.0963 0.8773 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1387769 3 0.1285 0.8814 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1322595 5 0.3586 0.8273 0.080 0.024 0.048 0.000 0.848
#> SRR1370423 3 0.1443 0.8861 0.000 0.044 0.948 0.004 0.004
#> SRR1314976 4 0.5839 0.3475 0.000 0.016 0.336 0.576 0.072
#> SRR1319560 2 0.4302 -0.0592 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1352683 3 0.2264 0.8688 0.000 0.024 0.912 0.004 0.060
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.2798 0.8409 0.000 0.008 0.888 0.044 0.060
#> SRR1360807 4 0.2026 0.8577 0.000 0.012 0.016 0.928 0.044
#> SRR1332544 1 0.2674 0.8137 0.856 0.004 0.000 0.000 0.140
#> SRR598695 1 0.0324 0.9572 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR807824 2 0.2519 0.7394 0.000 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR809296 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR657927 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1440682 4 0.0290 0.8867 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1454415 4 0.0963 0.8773 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1419131 4 0.2026 0.8577 0.000 0.012 0.016 0.928 0.044
#> SRR1404293 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.1168 0.8844 0.000 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.4165 0.6442 0.000 0.672 0.000 0.320 0.008
#> SRR1480697 3 0.3764 0.7787 0.000 0.024 0.828 0.116 0.032
#> SRR1321808 2 0.4161 0.5728 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1382756 2 0.4321 0.5667 0.000 0.600 0.000 0.396 0.004
#> SRR1312558 2 0.2969 0.7126 0.000 0.852 0.020 0.000 0.128
#> SRR1417088 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1433027 4 0.0290 0.8867 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR662257 4 0.2438 0.8484 0.000 0.040 0.000 0.900 0.060
#> SRR600417 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR812493 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR612743 3 0.1153 0.8864 0.000 0.008 0.964 0.004 0.024
#> SRR1361345 1 0.4473 0.0958 0.580 0.008 0.000 0.000 0.412
#> SRR600584 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1310520 4 0.2277 0.8509 0.000 0.016 0.016 0.916 0.052
#> SRR1395595 3 0.1026 0.8955 0.000 0.024 0.968 0.004 0.004
#> SRR1334074 3 0.5381 0.6951 0.000 0.040 0.724 0.128 0.108
#> SRR654838 2 0.2747 0.7984 0.000 0.888 0.004 0.060 0.048
#> SRR1376694 1 0.0162 0.9588 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 5 0.3492 0.8470 0.188 0.016 0.000 0.000 0.796
#> SRR1366837 3 0.1116 0.8849 0.000 0.004 0.964 0.004 0.028
#> SRR1467479 2 0.4182 0.5637 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.4182 0.5637 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR603004 2 0.2103 0.7994 0.000 0.920 0.020 0.056 0.004
#> SRR814703 2 0.4182 0.5637 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR661937 4 0.1251 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR614359 1 0.3171 0.7518 0.816 0.008 0.000 0.000 0.176
#> SRR1071568 2 0.4287 0.4387 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1389084 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.3255 0.7817 0.000 0.848 0.000 0.052 0.100
#> SRR1344400 2 0.3527 0.7702 0.000 0.828 0.000 0.056 0.116
#> SRR1414290 2 0.2795 0.7974 0.000 0.880 0.000 0.064 0.056
#> SRR1413644 2 0.2955 0.7953 0.000 0.876 0.004 0.060 0.060
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 5 0.3282 0.8448 0.188 0.008 0.000 0.000 0.804
#> SRR1315103 5 0.3586 0.8474 0.188 0.020 0.000 0.000 0.792
#> SRR1099286 5 0.3282 0.8448 0.188 0.008 0.000 0.000 0.804
#> SRR2166570 3 0.4892 0.7160 0.000 0.016 0.748 0.112 0.124
#> SRR601445 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1377026 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.1768 0.8034 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR1460433 4 0.5006 0.6037 0.000 0.212 0.016 0.712 0.060
#> SRR1469345 5 0.3488 0.8468 0.180 0.008 0.008 0.000 0.804
#> SRR1421462 2 0.2888 0.7963 0.000 0.880 0.004 0.060 0.056
#> SRR662966 5 0.3160 0.7395 0.000 0.004 0.188 0.000 0.808
#> SRR1339175 1 0.0865 0.9438 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1447736 2 0.1892 0.8048 0.000 0.916 0.000 0.080 0.004
#> SRR1434671 2 0.4182 0.5637 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR660800 2 0.4425 0.5638 0.000 0.600 0.000 0.392 0.008
#> SRR1465543 2 0.1788 0.8037 0.000 0.932 0.004 0.056 0.008
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 5 0.3282 0.8448 0.188 0.008 0.000 0.000 0.804
#> SRR1400955 2 0.4249 0.5047 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1072150 2 0.2490 0.7672 0.000 0.896 0.004 0.020 0.080
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.4339 0.4626 0.000 0.012 0.652 0.000 0.336
#> SRR1098074 2 0.1990 0.7908 0.000 0.928 0.040 0.028 0.004
#> SRR1442778 1 0.3838 0.5313 0.716 0.004 0.000 0.000 0.280
#> SRR1086728 3 0.5234 0.5802 0.000 0.096 0.680 0.220 0.004
#> SRR627464 5 0.3488 0.8145 0.072 0.040 0.032 0.000 0.856
#> SRR1409193 5 0.3675 0.8469 0.188 0.024 0.000 0.000 0.788
#> SRR2168286 4 0.3414 0.8080 0.000 0.020 0.020 0.844 0.116
#> SRR615539 4 0.1341 0.8630 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR663623 3 0.0566 0.8916 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1471989 3 0.0932 0.8967 0.000 0.020 0.972 0.004 0.004
#> SRR1468828 4 0.5501 0.3406 0.000 0.356 0.016 0.584 0.044
#> SRR1381934 3 0.1285 0.8814 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1471098 3 0.1697 0.8656 0.000 0.008 0.932 0.000 0.060
#> SRR1314749 5 0.3910 0.6079 0.000 0.008 0.272 0.000 0.720
#> SRR2166874 5 0.5008 0.5292 0.000 0.140 0.152 0.000 0.708
#> SRR821302 3 0.4653 0.0590 0.000 0.012 0.516 0.000 0.472
#> SRR1435066 2 0.2955 0.7953 0.000 0.876 0.004 0.060 0.060
#> SRR661601 2 0.2011 0.8027 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1446546 2 0.2445 0.7349 0.000 0.884 0.108 0.004 0.004
#> SRR1419784 3 0.1074 0.8959 0.000 0.016 0.968 0.004 0.012
#> SRR1357233 2 0.2046 0.8044 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> SRR1441889 1 0.0324 0.9572 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1413940 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 4 0.1341 0.8630 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1442862 2 0.3814 0.6863 0.000 0.720 0.000 0.276 0.004
#> SRR662474 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1416226 3 0.1525 0.8805 0.000 0.012 0.948 0.004 0.036
#> SRR1417404 4 0.4969 0.6166 0.000 0.012 0.212 0.712 0.064
#> SRR665466 4 0.1251 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR658849 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.1408 0.8706 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.2955 0.7953 0.000 0.876 0.004 0.060 0.060
#> SRR1374092 3 0.1518 0.8754 0.000 0.004 0.944 0.004 0.048
#> SRR1488429 3 0.1026 0.8955 0.000 0.024 0.968 0.004 0.004
#> SRR1087559 5 0.3106 0.8386 0.140 0.020 0.000 0.000 0.840
#> SRR817004 5 0.3586 0.8462 0.188 0.020 0.000 0.000 0.792
#> SRR1429660 2 0.2597 0.7997 0.000 0.896 0.004 0.060 0.040
#> SRR604390 3 0.1026 0.8955 0.000 0.024 0.968 0.004 0.004
#> SRR614936 4 0.6320 0.2330 0.000 0.364 0.016 0.512 0.108
#> SRR1365938 1 0.1830 0.8925 0.924 0.008 0.000 0.000 0.068
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.5877 0.3542 0.000 0.332 0.016 0.576 0.076
#> SRR660414 3 0.4673 0.7421 0.000 0.020 0.768 0.084 0.128
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 5 0.3160 0.7395 0.000 0.004 0.188 0.000 0.808
#> SRR1398036 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1436674 1 0.0451 0.9549 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR603750 3 0.0671 0.8975 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR608630 4 0.4112 0.7324 0.000 0.124 0.016 0.804 0.056
#> SRR655625 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR599059 2 0.3086 0.7857 0.000 0.876 0.016 0.048 0.060
#> SRR615189 5 0.3485 0.8137 0.072 0.060 0.016 0.000 0.852
#> SRR1466889 2 0.2011 0.8027 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1084602 4 0.1728 0.8595 0.000 0.004 0.020 0.940 0.036
#> SRR1335422 1 0.0566 0.9522 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1356805 2 0.1608 0.8047 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1385300 3 0.4201 0.4840 0.000 0.008 0.664 0.000 0.328
#> SRR654814 1 0.1282 0.9249 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR658385 2 0.3395 0.7732 0.000 0.844 0.004 0.048 0.104
#> SRR820596 5 0.3171 0.7427 0.000 0.008 0.176 0.000 0.816
#> SRR1318118 5 0.3563 0.7800 0.028 0.008 0.140 0.000 0.824
#> SRR1480766 4 0.0963 0.8773 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1406539 5 0.3160 0.8452 0.188 0.004 0.000 0.000 0.808
#> SRR1341833 2 0.1732 0.8043 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1441826 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1448051 1 0.0324 0.9572 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326752 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.2955 0.7953 0.000 0.876 0.004 0.060 0.060
#> SRR661517 3 0.0671 0.8975 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR607166 2 0.2358 0.7403 0.000 0.888 0.008 0.000 0.104
#> SRR809065 4 0.0798 0.8830 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1415872 4 0.1484 0.8675 0.000 0.048 0.000 0.944 0.008
#> SRR1415463 3 0.0510 0.8978 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1381161 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1442231 5 0.2654 0.8193 0.084 0.032 0.000 0.000 0.884
#> SRR1374696 5 0.3257 0.7779 0.012 0.024 0.112 0.000 0.852
#> SRR1451988 3 0.1365 0.8880 0.000 0.040 0.952 0.004 0.004
#> SRR660555 1 0.0324 0.9572 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR657801 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.1908 0.8021 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1472462 4 0.0963 0.8773 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1406176 3 0.0703 0.8973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR656886 2 0.4632 0.5760 0.000 0.608 0.012 0.376 0.004
#> SRR1498337 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR613066 5 0.3427 0.7340 0.000 0.012 0.192 0.000 0.796
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1447347 5 0.3427 0.7340 0.000 0.012 0.192 0.000 0.796
#> SRR1475546 4 0.4305 -0.3160 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR627459 4 0.1074 0.8753 0.000 0.004 0.012 0.968 0.016
#> SRR1434332 4 0.1557 0.8642 0.000 0.052 0.000 0.940 0.008
#> SRR1070358 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1345936 4 0.0833 0.8795 0.000 0.004 0.004 0.976 0.016
#> SRR665658 2 0.2888 0.7936 0.000 0.880 0.004 0.056 0.060
#> SRR1321351 4 0.1251 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR657880 2 0.2819 0.7927 0.000 0.884 0.004 0.052 0.060
#> SRR1373903 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR657396 5 0.4161 0.3527 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR660981 4 0.1251 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR818499 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.4297 0.4131 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.2804 0.7974 0.000 0.888 0.008 0.056 0.048
#> SRR1476719 5 0.3586 0.8474 0.188 0.020 0.000 0.000 0.792
#> SRR1403478 2 0.2955 0.7953 0.000 0.876 0.004 0.060 0.060
#> SRR1095695 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1352391 5 0.3601 0.7880 0.020 0.024 0.124 0.000 0.832
#> SRR1498813 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR627437 4 0.5071 0.6244 0.000 0.192 0.036 0.724 0.048
#> SRR2185097 5 0.3282 0.8448 0.188 0.008 0.000 0.000 0.804
#> SRR817166 3 0.1934 0.8788 0.000 0.052 0.928 0.004 0.016
#> SRR1091670 2 0.1952 0.8034 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR603776 3 0.3461 0.7748 0.000 0.016 0.812 0.004 0.168
#> SRR1479640 4 0.1043 0.8751 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR660152 3 0.4552 0.0854 0.000 0.008 0.524 0.000 0.468
#> SRR1074769 2 0.2955 0.7953 0.000 0.876 0.004 0.060 0.060
#> SRR656153 4 0.1251 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1392502 3 0.0960 0.8968 0.000 0.016 0.972 0.004 0.008
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.1704 0.8043 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR2165182 4 0.5414 -0.0998 0.000 0.412 0.000 0.528 0.060
#> SRR608542 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR655064 4 0.1041 0.8785 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR1432430 3 0.0703 0.8973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR808472 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1414958 3 0.0932 0.8967 0.000 0.020 0.972 0.004 0.004
#> SRR598484 2 0.1857 0.8037 0.000 0.928 0.004 0.060 0.008
#> SRR612755 3 0.0703 0.8973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.2929 0.8147 0.000 0.008 0.068 0.880 0.044
#> SRR1322373 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.1478 0.8044 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1359099 2 0.2955 0.7953 0.000 0.876 0.004 0.060 0.060
#> SRR607279 2 0.4182 0.5637 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR810461 2 0.1638 0.8044 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR627427 1 0.0566 0.9511 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR612887 4 0.0963 0.8773 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR809807 3 0.4162 0.5930 0.000 0.312 0.680 0.004 0.004
#> SRR663112 3 0.3209 0.8330 0.000 0.076 0.860 0.004 0.060
#> SRR1346933 5 0.3675 0.8469 0.188 0.024 0.000 0.000 0.788
#> SRR1487910 5 0.3621 0.8455 0.192 0.020 0.000 0.000 0.788
#> SRR603092 4 0.0451 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1417680 4 0.1251 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1383785 1 0.2806 0.7960 0.844 0.004 0.000 0.000 0.152
#> SRR1070015 2 0.1831 0.8044 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1466222 3 0.1285 0.8902 0.000 0.036 0.956 0.004 0.004
#> SRR1416119 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR819318 3 0.4562 0.0319 0.000 0.008 0.500 0.000 0.492
#> SRR608288 2 0.2834 0.7870 0.000 0.888 0.012 0.040 0.060
#> SRR811121 2 0.3944 0.6911 0.000 0.812 0.124 0.012 0.052
#> SRR613138 2 0.3446 0.7715 0.000 0.840 0.004 0.048 0.108
#> SRR810483 3 0.1202 0.8832 0.000 0.004 0.960 0.004 0.032
#> SRR607839 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.3910 0.5569 0.720 0.008 0.000 0.000 0.272
#> SRR601311 4 0.4213 0.4698 0.000 0.308 0.000 0.680 0.012
#> SRR1406685 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1467500 4 0.0162 0.8873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1308504 1 0.0324 0.9572 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312865 3 0.0932 0.8967 0.000 0.020 0.972 0.004 0.004
#> SRR1312522 3 0.4183 0.4925 0.000 0.008 0.668 0.000 0.324
#> SRR1490486 2 0.4283 0.0376 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1325888 3 0.0671 0.8975 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 4 0.0963 0.8773 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1084766 4 0.0898 0.8819 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR1102804 2 0.2955 0.7953 0.000 0.876 0.004 0.060 0.060
#> SRR1336636 3 0.4165 0.5008 0.000 0.008 0.672 0.000 0.320
#> SRR1347795 5 0.3282 0.8448 0.188 0.008 0.000 0.000 0.804
#> SRR601900 2 0.1792 0.8036 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1330989 4 0.1168 0.8804 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR658445 2 0.3128 0.7627 0.000 0.824 0.004 0.168 0.004
#> SRR1368754 5 0.3815 0.8441 0.156 0.008 0.032 0.000 0.804
#> SRR1460001 2 0.1792 0.8036 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0609 0.8979 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.9603 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0703 0.8973 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1321528 5 0.3621 0.8455 0.192 0.020 0.000 0.000 0.788
#> SRR627447 3 0.1168 0.8844 0.000 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR612239 4 0.0833 0.8795 0.000 0.004 0.004 0.976 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.1078 0.763433 0.000 0.008 0.964 0.000 0.012 0.016
#> SRR603858 5 0.3270 0.698500 0.000 0.008 0.072 0.000 0.836 0.084
#> SRR817070 4 0.2841 0.704383 0.000 0.012 0.000 0.824 0.000 0.164
#> SRR1486995 3 0.0458 0.779226 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR813043 2 0.1321 0.647357 0.000 0.952 0.000 0.020 0.024 0.004
#> SRR656874 4 0.6199 -0.214602 0.000 0.324 0.000 0.392 0.004 0.280
#> SRR659037 4 0.4226 0.401690 0.000 0.004 0.016 0.648 0.004 0.328
#> SRR662031 5 0.1367 0.737531 0.044 0.000 0.000 0.000 0.944 0.012
#> SRR1081283 4 0.0865 0.741797 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1481036 3 0.5055 0.503821 0.000 0.012 0.624 0.064 0.004 0.296
#> SRR1434009 2 0.5888 0.452246 0.000 0.460 0.000 0.320 0.000 0.220
#> SRR1376676 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.5937 0.391282 0.000 0.428 0.000 0.352 0.000 0.220
#> SRR665429 4 0.6231 -0.244465 0.000 0.332 0.000 0.368 0.004 0.296
#> SRR1388025 4 0.1075 0.736821 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR600784 3 0.2961 0.645522 0.000 0.008 0.840 0.000 0.132 0.020
#> SRR657611 5 0.2747 0.743969 0.044 0.000 0.000 0.000 0.860 0.096
#> SRR1333659 5 0.3658 0.681310 0.000 0.032 0.000 0.000 0.752 0.216
#> SRR1323896 4 0.5885 -0.186027 0.000 0.348 0.000 0.444 0.000 0.208
#> SRR1453971 5 0.2134 0.744693 0.044 0.000 0.000 0.000 0.904 0.052
#> SRR1421010 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334490 3 0.2063 0.724813 0.000 0.008 0.912 0.000 0.060 0.020
#> SRR1309468 1 0.0363 0.933575 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1468637 5 0.4283 0.698095 0.044 0.008 0.000 0.000 0.704 0.244
#> SRR1365489 2 0.3460 0.678209 0.000 0.760 0.000 0.020 0.000 0.220
#> SRR627445 3 0.1410 0.780047 0.000 0.008 0.944 0.000 0.004 0.044
#> SRR607863 4 0.2768 0.706216 0.000 0.012 0.000 0.832 0.000 0.156
#> SRR1475524 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405504 4 0.3771 0.649850 0.000 0.056 0.000 0.764 0.000 0.180
#> SRR615695 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.2932 0.704066 0.000 0.016 0.000 0.820 0.000 0.164
#> SRR601477 2 0.2039 0.671323 0.000 0.904 0.000 0.020 0.000 0.076
#> SRR1487215 2 0.3885 0.674696 0.000 0.736 0.000 0.044 0.000 0.220
#> SRR1310797 2 0.5928 0.408872 0.000 0.436 0.000 0.344 0.000 0.220
#> SRR1362713 1 0.1124 0.914544 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1431385 1 0.1926 0.878364 0.912 0.000 0.000 0.000 0.068 0.020
#> SRR1379089 2 0.1401 0.642882 0.000 0.948 0.000 0.020 0.028 0.004
#> SRR1102079 3 0.2320 0.767726 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.132
#> SRR1357210 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR657659 2 0.6101 -0.064221 0.000 0.508 0.000 0.248 0.016 0.228
#> SRR663573 4 0.0260 0.747891 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR603188 2 0.5957 0.327272 0.000 0.400 0.000 0.380 0.000 0.220
#> SRR1471200 2 0.5879 0.458352 0.000 0.464 0.000 0.316 0.000 0.220
#> SRR1310975 2 0.1528 0.636438 0.000 0.944 0.000 0.016 0.028 0.012
#> SRR627457 1 0.5008 0.472515 0.604 0.004 0.000 0.000 0.308 0.084
#> SRR1367654 2 0.5841 0.479518 0.000 0.480 0.000 0.300 0.000 0.220
#> SRR1488410 5 0.2328 0.740480 0.052 0.000 0.000 0.000 0.892 0.056
#> SRR1457750 5 0.4376 0.695416 0.056 0.004 0.000 0.000 0.692 0.248
#> SRR1099546 5 0.3136 0.638003 0.188 0.000 0.000 0.000 0.796 0.016
#> SRR604480 2 0.5861 0.468703 0.000 0.472 0.000 0.308 0.000 0.220
#> SRR1390477 2 0.1401 0.642882 0.000 0.948 0.000 0.020 0.028 0.004
#> SRR1458447 2 0.5871 0.464211 0.000 0.468 0.000 0.312 0.000 0.220
#> SRR1473161 2 0.5888 0.452246 0.000 0.460 0.000 0.320 0.000 0.220
#> SRR1409813 2 0.3885 0.674696 0.000 0.736 0.000 0.044 0.000 0.220
#> SRR612791 1 0.4110 0.437170 0.608 0.000 0.000 0.000 0.376 0.016
#> SRR1470580 3 0.0622 0.769924 0.000 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR1444063 1 0.4682 0.502921 0.640 0.000 0.000 0.000 0.284 0.076
#> SRR1355578 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.3460 0.678209 0.000 0.760 0.000 0.020 0.000 0.220
#> SRR814244 5 0.3969 0.715187 0.044 0.004 0.000 0.000 0.740 0.212
#> SRR1404123 4 0.0000 0.748189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656934 6 0.6217 -0.166501 0.000 0.000 0.352 0.280 0.004 0.364
#> SRR1339029 2 0.5680 0.536045 0.000 0.528 0.000 0.252 0.000 0.220
#> SRR821525 4 0.0865 0.742714 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1443677 1 0.0508 0.931964 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1406330 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338124 3 0.1341 0.757490 0.000 0.028 0.948 0.000 0.000 0.024
#> SRR1391376 3 0.1078 0.763433 0.000 0.008 0.964 0.000 0.012 0.016
#> SRR661842 4 0.0865 0.741797 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1395699 3 0.0632 0.779793 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1312209 5 0.4112 0.710875 0.048 0.004 0.000 0.000 0.724 0.224
#> SRR1359469 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR658885 3 0.1765 0.777027 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1414578 1 0.1391 0.909245 0.944 0.000 0.000 0.000 0.040 0.016
#> SRR603620 2 0.5797 -0.242740 0.000 0.488 0.000 0.000 0.208 0.304
#> SRR604677 5 0.4461 0.550748 0.000 0.008 0.196 0.000 0.716 0.080
#> SRR603800 2 0.4633 0.620893 0.000 0.636 0.016 0.024 0.004 0.320
#> SRR602058 4 0.1075 0.738407 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR817488 2 0.3885 0.674696 0.000 0.736 0.000 0.044 0.000 0.220
#> SRR655601 4 0.0260 0.747891 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434821 2 0.5783 0.504477 0.000 0.500 0.000 0.280 0.000 0.220
#> SRR1349166 2 0.5922 0.416046 0.000 0.440 0.000 0.340 0.000 0.220
#> SRR615129 5 0.4408 0.693591 0.060 0.004 0.000 0.000 0.692 0.244
#> SRR607586 2 0.3460 0.678209 0.000 0.760 0.000 0.020 0.000 0.220
#> SRR602680 2 0.3885 0.674696 0.000 0.736 0.000 0.044 0.000 0.220
#> SRR1411070 2 0.3417 0.621916 0.000 0.812 0.000 0.132 0.004 0.052
#> SRR663038 2 0.5623 0.579567 0.000 0.532 0.000 0.152 0.004 0.312
#> SRR1489416 4 0.2768 0.706216 0.000 0.012 0.000 0.832 0.000 0.156
#> SRR1479155 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR662162 5 0.2163 0.716399 0.092 0.000 0.000 0.000 0.892 0.016
#> SRR1374567 5 0.4555 0.398497 0.000 0.008 0.328 0.000 0.628 0.036
#> SRR1434048 2 0.1682 0.667351 0.000 0.928 0.000 0.020 0.000 0.052
#> SRR2184865 4 0.3429 0.574908 0.000 0.004 0.000 0.740 0.004 0.252
#> SRR2170135 5 0.2156 0.731829 0.048 0.000 0.020 0.000 0.912 0.020
#> SRR615551 2 0.1616 0.638939 0.000 0.940 0.000 0.020 0.028 0.012
#> SRR1335513 2 0.5973 0.367494 0.000 0.412 0.000 0.360 0.000 0.228
#> SRR1370216 3 0.1434 0.753920 0.000 0.008 0.948 0.000 0.024 0.020
#> SRR662954 5 0.5285 0.446231 0.004 0.076 0.000 0.008 0.564 0.348
#> SRR1375738 3 0.3240 0.691839 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244
#> SRR1356577 4 0.5743 -0.090737 0.000 0.000 0.132 0.464 0.008 0.396
#> SRR1073119 5 0.2644 0.706145 0.000 0.008 0.060 0.000 0.880 0.052
#> SRR663549 3 0.3192 0.709189 0.000 0.004 0.776 0.000 0.004 0.216
#> SRR1478015 2 0.5942 0.383320 0.000 0.424 0.000 0.356 0.000 0.220
#> SRR600632 2 0.3140 0.549187 0.000 0.840 0.000 0.016 0.028 0.116
#> SRR811866 3 0.5451 0.344454 0.000 0.004 0.528 0.000 0.116 0.352
#> SRR1401101 2 0.5942 0.383320 0.000 0.424 0.000 0.356 0.000 0.220
#> SRR1477797 4 0.0865 0.741797 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1402986 2 0.5888 0.452246 0.000 0.460 0.000 0.320 0.000 0.220
#> SRR658897 5 0.4408 0.693591 0.060 0.004 0.000 0.000 0.692 0.244
#> SRR1419869 5 0.4246 0.496262 0.000 0.008 0.260 0.000 0.696 0.036
#> SRR1490700 5 0.4222 0.697132 0.044 0.004 0.000 0.000 0.700 0.252
#> SRR601723 4 0.3512 0.485430 0.000 0.000 0.008 0.720 0.000 0.272
#> SRR1384115 4 0.5734 0.117283 0.000 0.256 0.000 0.516 0.000 0.228
#> SRR1476927 4 0.2768 0.706216 0.000 0.012 0.000 0.832 0.000 0.156
#> SRR1387769 3 0.3215 0.694566 0.000 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR1322595 5 0.3460 0.689973 0.000 0.020 0.000 0.000 0.760 0.220
#> SRR1370423 3 0.3130 0.740269 0.000 0.048 0.828 0.000 0.000 0.124
#> SRR1314976 4 0.5655 -0.036918 0.000 0.004 0.116 0.480 0.004 0.396
#> SRR1319560 2 0.5549 -0.154577 0.000 0.532 0.000 0.000 0.164 0.304
#> SRR1352683 3 0.2742 0.753224 0.000 0.008 0.872 0.000 0.044 0.076
#> SRR1473800 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.3703 0.611294 0.000 0.000 0.688 0.004 0.004 0.304
#> SRR1360807 4 0.2738 0.635486 0.000 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1332544 5 0.4168 0.252457 0.400 0.000 0.000 0.000 0.584 0.016
#> SRR598695 1 0.0363 0.933575 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR807824 2 0.1864 0.606746 0.000 0.924 0.004 0.000 0.040 0.032
#> SRR809296 3 0.1204 0.780088 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR657927 3 0.1078 0.763433 0.000 0.008 0.964 0.000 0.012 0.016
#> SRR1440682 4 0.1010 0.745935 0.000 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR1454415 4 0.2768 0.706216 0.000 0.012 0.000 0.832 0.000 0.156
#> SRR1419131 4 0.2632 0.645693 0.000 0.000 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR1404293 1 0.0458 0.930024 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1473340 3 0.3159 0.620634 0.000 0.008 0.820 0.000 0.152 0.020
#> SRR1345563 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.5769 0.510156 0.000 0.504 0.000 0.276 0.000 0.220
#> SRR1480697 3 0.4692 0.556505 0.000 0.016 0.648 0.032 0.004 0.300
#> SRR1321808 2 0.5841 0.479393 0.000 0.480 0.000 0.300 0.000 0.220
#> SRR1382756 2 0.5896 0.445218 0.000 0.456 0.000 0.324 0.000 0.220
#> SRR1312558 2 0.3827 0.513146 0.000 0.808 0.096 0.000 0.060 0.036
#> SRR1417088 4 0.0000 0.748189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433027 4 0.1124 0.744968 0.000 0.008 0.000 0.956 0.000 0.036
#> SRR662257 4 0.3380 0.662105 0.000 0.004 0.000 0.748 0.004 0.244
#> SRR600417 4 0.0363 0.747738 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR812493 4 0.1007 0.738621 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR612743 3 0.3602 0.736417 0.000 0.008 0.784 0.000 0.032 0.176
#> SRR1361345 5 0.5980 0.427971 0.304 0.004 0.000 0.000 0.472 0.220
#> SRR600584 4 0.1349 0.739948 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR1310520 4 0.3636 0.446805 0.000 0.000 0.000 0.676 0.004 0.320
#> SRR1395595 3 0.1957 0.774161 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1334074 3 0.5022 0.372905 0.000 0.016 0.552 0.028 0.008 0.396
#> SRR654838 2 0.1350 0.647816 0.000 0.952 0.000 0.020 0.020 0.008
#> SRR1376694 1 0.1168 0.916797 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1433841 5 0.4147 0.710384 0.064 0.004 0.000 0.000 0.736 0.196
#> SRR1366837 3 0.2994 0.721438 0.000 0.000 0.788 0.000 0.004 0.208
#> SRR1467479 2 0.5910 0.431248 0.000 0.448 0.000 0.332 0.000 0.220
#> SRR1459055 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.5896 0.445365 0.000 0.456 0.000 0.324 0.000 0.220
#> SRR603004 2 0.4177 0.625791 0.000 0.668 0.020 0.008 0.000 0.304
#> SRR814703 2 0.5888 0.452246 0.000 0.460 0.000 0.320 0.000 0.220
#> SRR661937 4 0.2841 0.704383 0.000 0.012 0.000 0.824 0.000 0.164
#> SRR614359 5 0.4110 0.327022 0.376 0.000 0.000 0.000 0.608 0.016
#> SRR1071568 2 0.5957 0.327272 0.000 0.400 0.000 0.380 0.000 0.220
#> SRR1389084 3 0.0458 0.779226 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1337624 2 0.3351 0.532435 0.000 0.820 0.000 0.016 0.028 0.136
#> SRR1344400 2 0.2747 0.582057 0.000 0.868 0.000 0.020 0.016 0.096
#> SRR1414290 2 0.1257 0.644429 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028 0.000
#> SRR1413644 2 0.1515 0.640877 0.000 0.944 0.000 0.020 0.028 0.008
#> SRR1098998 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481279 5 0.1528 0.736138 0.048 0.000 0.000 0.000 0.936 0.016
#> SRR1315103 5 0.4112 0.709256 0.048 0.004 0.000 0.000 0.724 0.224
#> SRR1099286 5 0.1605 0.736654 0.044 0.000 0.004 0.000 0.936 0.016
#> SRR2166570 3 0.4858 0.298177 0.000 0.004 0.532 0.032 0.008 0.424
#> SRR601445 1 0.1168 0.913717 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1439719 4 0.0260 0.748214 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1377026 4 0.0000 0.748189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.3376 0.677538 0.000 0.764 0.000 0.016 0.000 0.220
#> SRR1460433 4 0.5489 0.184297 0.000 0.124 0.000 0.532 0.004 0.340
#> SRR1469345 5 0.1572 0.734252 0.036 0.000 0.028 0.000 0.936 0.000
#> SRR1421462 2 0.1401 0.642882 0.000 0.948 0.000 0.020 0.028 0.004
#> SRR662966 5 0.2240 0.707485 0.000 0.008 0.056 0.000 0.904 0.032
#> SRR1339175 1 0.3871 0.580884 0.676 0.000 0.000 0.000 0.308 0.016
#> SRR1447736 2 0.1616 0.666500 0.000 0.932 0.000 0.020 0.000 0.048
#> SRR1434671 2 0.5896 0.445218 0.000 0.456 0.000 0.324 0.000 0.220
#> SRR660800 2 0.5879 0.458352 0.000 0.464 0.000 0.316 0.000 0.220
#> SRR1465543 2 0.1682 0.669223 0.000 0.928 0.000 0.020 0.000 0.052
#> SRR1342023 1 0.0914 0.921255 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR1335670 5 0.1461 0.738056 0.044 0.000 0.000 0.000 0.940 0.016
#> SRR1400955 2 0.5951 0.357209 0.000 0.412 0.000 0.368 0.000 0.220
#> SRR1072150 2 0.1642 0.620635 0.000 0.936 0.000 0.004 0.028 0.032
#> SRR1442822 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.4727 0.219158 0.000 0.008 0.568 0.000 0.388 0.036
#> SRR1098074 2 0.3803 0.657652 0.000 0.724 0.020 0.004 0.000 0.252
#> SRR1442778 5 0.3916 0.548333 0.300 0.000 0.000 0.000 0.680 0.020
#> SRR1086728 3 0.6115 0.285826 0.000 0.064 0.584 0.144 0.000 0.208
#> SRR627464 5 0.4686 0.645157 0.004 0.012 0.092 0.000 0.716 0.176
#> SRR1409193 5 0.4222 0.695344 0.044 0.004 0.000 0.000 0.700 0.252
#> SRR2168286 4 0.4388 0.332098 0.000 0.004 0.012 0.604 0.008 0.372
#> SRR615539 4 0.3261 0.667455 0.000 0.016 0.000 0.780 0.000 0.204
#> SRR663623 3 0.2558 0.756999 0.000 0.000 0.840 0.000 0.004 0.156
#> SRR1471989 3 0.1910 0.774927 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1468828 4 0.5633 0.223270 0.000 0.196 0.000 0.532 0.000 0.272
#> SRR1381934 3 0.3265 0.689160 0.000 0.000 0.748 0.000 0.004 0.248
#> SRR1471098 3 0.4080 0.488132 0.000 0.008 0.724 0.000 0.232 0.036
#> SRR1314749 5 0.4394 0.552229 0.000 0.008 0.208 0.000 0.716 0.068
#> SRR2166874 6 0.7104 -0.163569 0.000 0.240 0.104 0.000 0.220 0.436
#> SRR821302 5 0.4525 0.410911 0.000 0.008 0.320 0.000 0.636 0.036
#> SRR1435066 2 0.1515 0.640877 0.000 0.944 0.000 0.020 0.028 0.008
#> SRR661601 2 0.3885 0.674696 0.000 0.736 0.000 0.044 0.000 0.220
#> SRR1446546 2 0.4691 0.425837 0.000 0.672 0.220 0.000 0.000 0.108
#> SRR1419784 3 0.2738 0.745118 0.000 0.000 0.820 0.000 0.004 0.176
#> SRR1357233 2 0.1053 0.656586 0.000 0.964 0.000 0.020 0.004 0.012
#> SRR1441889 1 0.0363 0.933575 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 4 0.3189 0.681464 0.000 0.020 0.000 0.796 0.000 0.184
#> SRR1442862 2 0.5442 0.585560 0.000 0.576 0.000 0.204 0.000 0.220
#> SRR662474 4 0.0000 0.748189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416226 3 0.3215 0.694566 0.000 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR1417404 4 0.5133 0.116077 0.000 0.000 0.076 0.536 0.004 0.384
#> SRR665466 4 0.2841 0.704383 0.000 0.012 0.000 0.824 0.000 0.164
#> SRR658849 3 0.0717 0.768057 0.000 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1460025 4 0.2859 0.704858 0.000 0.016 0.000 0.828 0.000 0.156
#> SRR1408136 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.1798 0.634244 0.000 0.932 0.000 0.020 0.028 0.020
#> SRR1374092 3 0.3265 0.687994 0.000 0.000 0.748 0.000 0.004 0.248
#> SRR1488429 3 0.2048 0.772512 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1087559 5 0.3507 0.697327 0.008 0.012 0.000 0.000 0.764 0.216
#> SRR817004 5 0.3792 0.718223 0.044 0.004 0.000 0.000 0.764 0.188
#> SRR1429660 2 0.1148 0.650127 0.000 0.960 0.000 0.020 0.016 0.004
#> SRR604390 3 0.2146 0.772831 0.000 0.004 0.880 0.000 0.000 0.116
#> SRR614936 2 0.6610 -0.244109 0.000 0.388 0.000 0.316 0.028 0.268
#> SRR1365938 1 0.5067 0.528914 0.648 0.004 0.000 0.000 0.148 0.200
#> SRR1437324 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.5824 0.193852 0.000 0.200 0.000 0.536 0.008 0.256
#> SRR660414 3 0.4794 0.309501 0.000 0.004 0.536 0.028 0.008 0.424
#> SRR1452185 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347020 5 0.3231 0.669396 0.000 0.008 0.116 0.000 0.832 0.044
#> SRR1398036 4 0.0260 0.748055 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1436674 1 0.2896 0.788827 0.824 0.000 0.000 0.000 0.160 0.016
#> SRR603750 3 0.2053 0.774599 0.000 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR608630 4 0.4686 0.285008 0.000 0.044 0.000 0.588 0.004 0.364
#> SRR655625 4 0.0865 0.741797 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR599059 2 0.1930 0.625964 0.000 0.924 0.000 0.012 0.028 0.036
#> SRR615189 5 0.3460 0.689973 0.000 0.020 0.000 0.000 0.760 0.220
#> SRR1466889 2 0.3885 0.674696 0.000 0.736 0.000 0.044 0.000 0.220
#> SRR1084602 4 0.2378 0.659082 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1335422 1 0.3969 0.535110 0.652 0.000 0.000 0.000 0.332 0.016
#> SRR1356805 2 0.3221 0.680712 0.000 0.792 0.000 0.020 0.000 0.188
#> SRR1385300 3 0.4622 0.290623 0.000 0.008 0.608 0.000 0.348 0.036
#> SRR654814 1 0.3986 0.514785 0.664 0.000 0.000 0.000 0.316 0.020
#> SRR658385 2 0.1950 0.624421 0.000 0.924 0.000 0.016 0.028 0.032
#> SRR820596 5 0.2703 0.703804 0.000 0.008 0.064 0.000 0.876 0.052
#> SRR1318118 5 0.2325 0.719767 0.000 0.000 0.048 0.000 0.892 0.060
#> SRR1480766 4 0.2768 0.706216 0.000 0.012 0.000 0.832 0.000 0.156
#> SRR1406539 5 0.1934 0.739840 0.044 0.000 0.000 0.000 0.916 0.040
#> SRR1341833 2 0.2301 0.675065 0.000 0.884 0.000 0.020 0.000 0.096
#> SRR1441826 4 0.0865 0.741797 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1448051 1 0.0820 0.927054 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1326752 3 0.0405 0.772687 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR665217 3 0.0547 0.779550 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR819186 2 0.1401 0.642882 0.000 0.948 0.000 0.020 0.028 0.004
#> SRR661517 3 0.1910 0.774927 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR607166 2 0.1418 0.618205 0.000 0.944 0.000 0.000 0.032 0.024
#> SRR809065 4 0.1588 0.731242 0.000 0.004 0.000 0.924 0.000 0.072
#> SRR1415872 4 0.3104 0.685492 0.000 0.016 0.000 0.800 0.000 0.184
#> SRR1415463 3 0.1410 0.778541 0.000 0.008 0.944 0.000 0.004 0.044
#> SRR1381161 4 0.0000 0.748189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442231 5 0.4331 0.569471 0.004 0.028 0.000 0.000 0.636 0.332
#> SRR1374696 5 0.4507 0.648675 0.000 0.004 0.052 0.000 0.660 0.284
#> SRR1451988 3 0.2887 0.755094 0.000 0.036 0.844 0.000 0.000 0.120
#> SRR660555 1 0.0363 0.933575 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR657801 1 0.0363 0.933575 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR663344 2 0.3885 0.674696 0.000 0.736 0.000 0.044 0.000 0.220
#> SRR1472462 4 0.3037 0.690020 0.000 0.016 0.000 0.808 0.000 0.176
#> SRR1406176 3 0.1699 0.747552 0.000 0.016 0.936 0.000 0.016 0.032
#> SRR656886 2 0.6971 0.397150 0.000 0.396 0.064 0.284 0.000 0.256
#> SRR1498337 4 0.1075 0.736821 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR613066 5 0.3461 0.638348 0.000 0.008 0.152 0.000 0.804 0.036
#> SRR1309490 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0937 0.740492 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1447347 5 0.3224 0.660177 0.000 0.008 0.128 0.000 0.828 0.036
#> SRR1475546 4 0.5862 -0.087727 0.000 0.316 0.000 0.468 0.000 0.216
#> SRR627459 4 0.2482 0.661411 0.000 0.000 0.000 0.848 0.004 0.148
#> SRR1434332 4 0.3320 0.664384 0.000 0.016 0.000 0.772 0.000 0.212
#> SRR1070358 4 0.0363 0.747738 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1345936 4 0.1444 0.725789 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR665658 2 0.1710 0.636507 0.000 0.936 0.000 0.020 0.028 0.016
#> SRR1321351 4 0.2841 0.704383 0.000 0.012 0.000 0.824 0.000 0.164
#> SRR657880 2 0.1426 0.638567 0.000 0.948 0.000 0.016 0.028 0.008
#> SRR1373903 4 0.1082 0.747495 0.000 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> SRR657396 2 0.5836 -0.271086 0.000 0.472 0.000 0.000 0.208 0.320
#> SRR660981 4 0.3014 0.690536 0.000 0.012 0.000 0.804 0.000 0.184
#> SRR818499 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR819658 4 0.5939 -0.264531 0.000 0.372 0.000 0.412 0.000 0.216
#> SRR1376316 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.1434 0.642953 0.000 0.948 0.000 0.020 0.024 0.008
#> SRR1476719 5 0.3941 0.717989 0.044 0.004 0.000 0.000 0.744 0.208
#> SRR1403478 2 0.1515 0.640877 0.000 0.944 0.000 0.020 0.028 0.008
#> SRR1095695 3 0.0622 0.769690 0.000 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR1352391 5 0.4164 0.688903 0.000 0.012 0.040 0.000 0.728 0.220
#> SRR1498813 4 0.0937 0.740492 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR627437 4 0.5473 0.283910 0.000 0.068 0.028 0.588 0.004 0.312
#> SRR2185097 5 0.2001 0.733395 0.044 0.000 0.020 0.000 0.920 0.016
#> SRR817166 3 0.3780 0.692077 0.000 0.028 0.744 0.000 0.004 0.224
#> SRR1091670 2 0.3460 0.678209 0.000 0.760 0.000 0.020 0.000 0.220
#> SRR603776 3 0.5160 0.441113 0.000 0.004 0.604 0.000 0.108 0.284
#> SRR1479640 4 0.3037 0.690020 0.000 0.016 0.000 0.808 0.000 0.176
#> SRR660152 5 0.4569 0.390971 0.000 0.008 0.332 0.000 0.624 0.036
#> SRR1074769 2 0.1515 0.640877 0.000 0.944 0.000 0.020 0.028 0.008
#> SRR656153 4 0.2841 0.704383 0.000 0.012 0.000 0.824 0.000 0.164
#> SRR1392502 3 0.2320 0.767726 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.132
#> SRR1359609 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.3221 0.680712 0.000 0.792 0.000 0.020 0.000 0.188
#> SRR2165182 4 0.6098 -0.000363 0.000 0.264 0.000 0.444 0.004 0.288
#> SRR608542 4 0.0260 0.748055 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR655064 4 0.1910 0.703732 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1432430 3 0.1167 0.761239 0.000 0.008 0.960 0.000 0.012 0.020
#> SRR808472 4 0.0713 0.742627 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1414958 3 0.1910 0.774927 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR598484 2 0.1983 0.672560 0.000 0.908 0.000 0.020 0.000 0.072
#> SRR612755 3 0.1078 0.763433 0.000 0.008 0.964 0.000 0.012 0.016
#> SRR1365808 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.5693 0.001816 0.000 0.000 0.172 0.532 0.004 0.292
#> SRR1322373 3 0.0458 0.779226 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1489265 2 0.2350 0.675697 0.000 0.880 0.000 0.020 0.000 0.100
#> SRR1359099 2 0.1515 0.640877 0.000 0.944 0.000 0.020 0.028 0.008
#> SRR607279 2 0.5871 0.464211 0.000 0.468 0.000 0.312 0.000 0.220
#> SRR810461 2 0.2350 0.675697 0.000 0.880 0.000 0.020 0.000 0.100
#> SRR627427 1 0.0837 0.919832 0.972 0.004 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR612887 4 0.2768 0.706216 0.000 0.012 0.000 0.832 0.000 0.156
#> SRR809807 3 0.4454 0.477428 0.000 0.224 0.692 0.000 0.000 0.084
#> SRR663112 3 0.3946 0.670623 0.000 0.052 0.752 0.000 0.004 0.192
#> SRR1346933 5 0.4454 0.690017 0.060 0.004 0.000 0.000 0.684 0.252
#> SRR1487910 5 0.4258 0.705759 0.068 0.004 0.000 0.000 0.724 0.204
#> SRR603092 4 0.0937 0.740492 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1417680 4 0.2841 0.704383 0.000 0.012 0.000 0.824 0.000 0.164
#> SRR1383785 5 0.4141 0.293441 0.388 0.000 0.000 0.000 0.596 0.016
#> SRR1070015 2 0.3460 0.678209 0.000 0.760 0.000 0.020 0.000 0.220
#> SRR1466222 3 0.2404 0.768882 0.000 0.016 0.872 0.000 0.000 0.112
#> SRR1416119 3 0.0717 0.768057 0.000 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR819318 5 0.5116 0.160699 0.000 0.008 0.432 0.000 0.500 0.060
#> SRR608288 2 0.1426 0.638567 0.000 0.948 0.000 0.016 0.028 0.008
#> SRR811121 2 0.5843 0.376520 0.000 0.540 0.204 0.004 0.004 0.248
#> SRR613138 2 0.2307 0.612078 0.000 0.904 0.000 0.016 0.032 0.048
#> SRR810483 3 0.3215 0.694566 0.000 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR607839 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337031 5 0.3629 0.565987 0.260 0.000 0.000 0.000 0.724 0.016
#> SRR601311 4 0.4652 0.340213 0.000 0.288 0.000 0.640 0.000 0.072
#> SRR1406685 4 0.0260 0.748055 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1467500 4 0.0000 0.748189 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0363 0.933575 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1312865 3 0.1957 0.774161 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1312522 3 0.4696 0.279905 0.000 0.008 0.600 0.000 0.352 0.040
#> SRR1490486 2 0.4416 0.296570 0.000 0.716 0.000 0.000 0.124 0.160
#> SRR1325888 3 0.1910 0.774927 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1472885 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098785 4 0.2768 0.706216 0.000 0.012 0.000 0.832 0.000 0.156
#> SRR1084766 4 0.1204 0.732434 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1102804 2 0.1515 0.640877 0.000 0.944 0.000 0.020 0.028 0.008
#> SRR1336636 3 0.4596 0.303770 0.000 0.008 0.616 0.000 0.340 0.036
#> SRR1347795 5 0.1461 0.736931 0.044 0.000 0.000 0.000 0.940 0.016
#> SRR601900 2 0.3156 0.680846 0.000 0.800 0.000 0.020 0.000 0.180
#> SRR1330989 4 0.1910 0.703732 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR658445 2 0.4457 0.663282 0.000 0.704 0.012 0.056 0.000 0.228
#> SRR1368754 5 0.1829 0.731997 0.036 0.000 0.028 0.000 0.928 0.008
#> SRR1460001 2 0.2750 0.679966 0.000 0.844 0.000 0.020 0.000 0.136
#> SRR1414934 1 0.0000 0.935238 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0508 0.771497 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR614948 1 0.0146 0.935404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1472952 3 0.0976 0.764979 0.000 0.008 0.968 0.000 0.008 0.016
#> SRR1321528 5 0.4361 0.698100 0.060 0.004 0.000 0.000 0.700 0.236
#> SRR627447 3 0.3463 0.596962 0.000 0.008 0.800 0.000 0.160 0.032
#> SRR612239 4 0.1863 0.701372 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.973 0.990 0.4844 0.516 0.516
#> 3 3 0.964 0.945 0.977 0.2804 0.830 0.680
#> 4 4 0.944 0.921 0.967 0.1915 0.856 0.633
#> 5 5 0.836 0.817 0.861 0.0422 0.910 0.687
#> 6 6 0.893 0.879 0.915 0.0348 0.967 0.859
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR603858 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR817070 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.9323 0.46946 0.652 0.348
#> SRR813043 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR659037 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1481036 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR600784 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1333659 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.6712 0.78442 0.824 0.176
#> SRR607863 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1102079 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR627457 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.5519 0.84774 0.128 0.872
#> SRR1444063 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR656934 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1338124 1 0.3733 0.91503 0.928 0.072
#> SRR1391376 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1395699 2 0.9286 0.47108 0.344 0.656
#> SRR1312209 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR658885 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR603620 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR615129 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR662954 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1375738 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1356577 2 0.0376 0.98657 0.004 0.996
#> SRR1073119 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR663549 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR811866 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR601723 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1384115 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1387769 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1370423 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1314976 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1319560 2 1.0000 -0.00798 0.500 0.500
#> SRR1352683 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1326384 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1360807 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1332544 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR807824 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR809296 1 0.9954 0.15084 0.540 0.460
#> SRR657927 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1480697 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1312558 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR612743 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1395595 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1334074 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1366837 2 0.3733 0.91549 0.072 0.928
#> SRR1467479 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.8661 0.59790 0.712 0.288
#> SRR1337624 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR2166570 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.4815 0.87784 0.104 0.896
#> SRR1442822 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1086728 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR627464 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1409193 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR663623 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1471989 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1381934 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR2166874 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1419784 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1416226 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1417404 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1374092 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1488429 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1087559 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR817004 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR604390 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR614936 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1365938 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR660414 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR603750 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR608630 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR655625 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR615189 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1385300 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR665217 2 0.7674 0.70748 0.224 0.776
#> SRR819186 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR661517 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR607166 2 0.9993 0.05460 0.484 0.516
#> SRR809065 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1442231 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1451988 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1406176 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR657396 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0938 0.97633 0.988 0.012
#> SRR1352391 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1498813 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR2185097 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR817166 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1392502 2 0.7528 0.72067 0.216 0.784
#> SRR1359609 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1432430 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1414958 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1322373 1 0.8661 0.59790 0.712 0.288
#> SRR1489265 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1346933 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1416119 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR810483 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1312865 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1312522 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1490486 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1325888 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.7056 0.76074 0.808 0.192
#> SRR614948 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.98763 1.000 0.000
#> SRR612239 2 0.0000 0.99042 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR603858 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR817070 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486995 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481036 3 0.4291 0.794 0.000 0.180 0.820
#> SRR1434009 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR600784 3 0.0424 0.926 0.008 0.000 0.992
#> SRR657611 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444063 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR656934 3 0.4291 0.794 0.000 0.180 0.820
#> SRR1339029 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391376 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395699 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR615129 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.4555 0.742 0.800 0.000 0.200
#> SRR1434048 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR662954 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375738 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356577 2 0.7262 0.450 0.332 0.624 0.044
#> SRR1073119 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR663549 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR811866 1 0.5882 0.470 0.652 0.000 0.348
#> SRR1401101 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.4555 0.742 0.800 0.000 0.200
#> SRR1490700 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR601723 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384115 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370423 3 0.1031 0.916 0.000 0.024 0.976
#> SRR1314976 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319560 2 0.6244 0.209 0.440 0.560 0.000
#> SRR1352683 3 0.0424 0.926 0.008 0.000 0.992
#> SRR1473800 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.2711 0.869 0.000 0.088 0.912
#> SRR1360807 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332544 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR807824 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR657927 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.4555 0.769 0.000 0.200 0.800
#> SRR1321808 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312558 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR812493 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR612743 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334074 2 0.1163 0.959 0.000 0.972 0.028
#> SRR654838 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166570 3 0.4605 0.764 0.000 0.204 0.796
#> SRR601445 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.2448 0.896 0.076 0.924 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.6280 0.151 0.460 0.000 0.540
#> SRR1098074 2 0.5178 0.624 0.000 0.744 0.256
#> SRR1442778 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.4654 0.759 0.000 0.208 0.792
#> SRR627464 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409193 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471989 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381934 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471098 3 0.6095 0.355 0.392 0.000 0.608
#> SRR1314749 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166874 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR821302 1 0.4555 0.742 0.800 0.000 0.200
#> SRR1435066 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 3 0.6252 0.266 0.000 0.444 0.556
#> SRR1419784 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416226 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417404 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488429 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087559 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR817004 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR604390 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR614936 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365938 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR660414 3 0.4605 0.764 0.000 0.204 0.796
#> SRR1452185 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR608630 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR655625 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR615189 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084602 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385300 1 0.4605 0.736 0.796 0.000 0.204
#> SRR654814 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441826 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR607166 2 0.5859 0.486 0.344 0.656 0.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415463 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442231 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 3 0.1643 0.902 0.000 0.044 0.956
#> SRR660555 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.6126 0.334 0.400 0.000 0.600
#> SRR656886 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR613066 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345936 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352391 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498813 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185097 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.4346 0.789 0.000 0.184 0.816
#> SRR1091670 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 1 0.0892 0.961 0.980 0.000 0.020
#> SRR1479640 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 1 0.4555 0.742 0.800 0.000 0.200
#> SRR1074769 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.5948 0.487 0.000 0.360 0.640
#> SRR1322373 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR809807 3 0.3752 0.826 0.000 0.144 0.856
#> SRR663112 3 0.4178 0.803 0.000 0.172 0.828
#> SRR1346933 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466222 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416119 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR819318 1 0.4555 0.742 0.800 0.000 0.200
#> SRR608288 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR811121 2 0.6168 0.235 0.000 0.588 0.412
#> SRR613138 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312522 1 0.6295 0.086 0.528 0.000 0.472
#> SRR1490486 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.6154 0.296 0.592 0.000 0.408
#> SRR1347795 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR627447 3 0.4291 0.752 0.180 0.000 0.820
#> SRR612239 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603858 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817070 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486995 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.3444 0.7975 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR659037 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481036 3 0.4907 0.3070 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1434009 2 0.0469 0.9450 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.2589 0.8705 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR665429 2 0.4477 0.5992 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1388025 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600784 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.2469 0.8782 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1453971 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0188 0.9484 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR627445 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607863 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.4985 0.1906 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR615695 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.1637 0.9167 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1362713 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663573 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.4605 0.5462 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1471200 2 0.0336 0.9468 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.0336 0.9468 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1488410 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.1792 0.9110 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444063 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404123 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656934 4 0.1118 0.9510 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391376 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661842 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395699 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604677 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0707 0.9410 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR602058 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.1557 0.9193 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR615129 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 4 0.0188 0.9846 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR663038 2 0.3074 0.8334 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1489416 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.4830 0.3417 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370216 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662954 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375738 3 0.1022 0.9175 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1356577 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663549 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.2345 0.8856 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR600632 2 0.4776 0.4147 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR811866 1 0.4277 0.6015 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1401101 2 0.0336 0.9468 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1477797 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.3610 0.7319 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601723 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384115 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476927 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387769 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370423 3 0.1302 0.9056 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1314976 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319560 1 0.5607 -0.0082 0.492 0.488 0.000 0.020
#> SRR1352683 3 0.0188 0.9361 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 4 0.4866 0.2662 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1360807 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332544 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.1389 0.9072 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657927 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440682 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454415 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419131 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0188 0.9484 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480697 3 0.4925 0.2848 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.2814 0.8545 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1312558 2 0.4817 0.3584 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433027 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662257 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600417 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812493 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612743 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600584 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310520 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334074 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.2281 0.8894 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1459055 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.1118 0.9318 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR603004 2 0.2011 0.9019 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR814703 2 0.2345 0.8855 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR661937 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.2408 0.8819 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1389084 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337624 4 0.2408 0.8720 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166570 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377026 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.1716 0.9139 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR660800 2 0.0336 0.9468 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.1637 0.9167 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.4697 0.4490 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.6015 0.5495 0.000 0.268 0.652 0.080
#> SRR627464 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409193 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615539 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663623 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471989 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468828 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381934 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471098 3 0.4103 0.6454 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166874 1 0.3649 0.7298 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR821302 1 0.4730 0.4149 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.3172 0.7808 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1419784 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357233 4 0.4624 0.4432 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 4 0.1211 0.9451 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1442862 2 0.0188 0.9484 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662474 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416226 3 0.1022 0.9175 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1417404 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665466 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658849 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.0921 0.9204 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1488429 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817004 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604390 3 0.0188 0.9362 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614936 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365938 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660414 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398036 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608630 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655625 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.2149 0.8887 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR615189 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385300 1 0.4679 0.4440 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480766 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809065 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415872 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415463 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381161 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442231 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 3 0.1302 0.9056 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406176 3 0.4843 0.3505 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR656886 2 0.2345 0.8856 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1498337 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.1940 0.9058 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR627459 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434332 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070358 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345936 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321351 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657396 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660981 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.1867 0.9082 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498813 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR627437 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185097 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.3610 0.7339 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.0469 0.9572 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1479640 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.4790 0.3739 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656153 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608542 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655064 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432430 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808472 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612755 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322373 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612887 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809807 3 0.4564 0.5334 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR663112 3 0.4039 0.8140 0.000 0.080 0.836 0.084
#> SRR1346933 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417680 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466222 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416119 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.3726 0.7136 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.3266 0.7694 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406685 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467500 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312522 3 0.4855 0.3397 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1490486 1 0.3649 0.7318 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084766 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 1 0.4955 0.1843 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0336 0.9468 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1368754 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0921 0.9364 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0000 0.9389 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627447 3 0.2868 0.8132 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR612239 4 0.0000 0.9888 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR603858 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817070 4 0.2329 0.821 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1486995 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR813043 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR656874 2 0.3496 0.741 0.000 0.788 0.000 0.200 0.012
#> SRR659037 4 0.0671 0.932 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR662031 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0992 0.943 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR1481036 3 0.3421 0.653 0.000 0.000 0.788 0.204 0.008
#> SRR1434009 2 0.1608 0.759 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.3081 0.757 0.000 0.832 0.012 0.156 0.000
#> SRR665429 2 0.3690 0.731 0.000 0.764 0.000 0.224 0.012
#> SRR1388025 4 0.0693 0.943 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR600784 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR657611 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1323896 2 0.2648 0.759 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1309468 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365489 2 0.1197 0.751 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR627445 3 0.1851 0.810 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR607863 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.3534 0.719 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.4114 0.606 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR601477 2 0.4182 -0.461 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1487215 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1310797 2 0.1792 0.761 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1102079 3 0.0566 0.800 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1357210 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.1386 0.935 0.000 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR663573 4 0.0703 0.942 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR603188 2 0.3895 0.672 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1471200 2 0.1197 0.751 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1310975 5 0.4074 0.893 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR627457 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.1121 0.749 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1099546 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0703 0.735 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1390477 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1458447 2 0.0880 0.741 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1473161 2 0.2179 0.763 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1409813 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 3 0.3966 0.796 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1444063 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404123 4 0.0963 0.936 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR656934 4 0.4298 0.446 0.000 0.000 0.352 0.640 0.008
#> SRR1339029 2 0.0703 0.735 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR821525 4 0.0703 0.942 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1391376 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR661842 4 0.0898 0.944 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR1395699 3 0.3966 0.796 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1312209 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 5 0.4196 0.410 0.356 0.004 0.000 0.000 0.640
#> SRR604677 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR603800 2 0.2630 0.760 0.000 0.892 0.016 0.080 0.012
#> SRR602058 4 0.0898 0.944 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR817488 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR655601 4 0.0963 0.936 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1434821 2 0.1043 0.747 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1349166 2 0.1732 0.761 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR615129 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR607586 2 0.0000 0.708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1411070 4 0.1331 0.937 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR663038 2 0.3496 0.741 0.000 0.788 0.000 0.200 0.012
#> SRR1489416 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.6204 0.175 0.536 0.000 0.288 0.000 0.176
#> SRR1434048 2 0.1341 0.636 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2184865 4 0.0510 0.935 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2170135 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 5 0.4101 0.898 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1335513 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1370216 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR662954 1 0.3304 0.758 0.816 0.000 0.000 0.168 0.016
#> SRR1375738 3 0.1408 0.787 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR1356577 4 0.3203 0.751 0.000 0.000 0.168 0.820 0.012
#> SRR1073119 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663549 3 0.2612 0.809 0.000 0.000 0.868 0.008 0.124
#> SRR1478015 2 0.2605 0.759 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR600632 5 0.5144 0.812 0.000 0.292 0.000 0.068 0.640
#> SRR811866 4 0.7091 0.138 0.228 0.000 0.316 0.436 0.020
#> SRR1401101 2 0.1270 0.753 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1477797 4 0.0290 0.943 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1402986 2 0.1121 0.749 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.4852 0.602 0.716 0.000 0.184 0.000 0.100
#> SRR1490700 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601723 4 0.0162 0.939 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1384115 2 0.4444 0.613 0.000 0.624 0.012 0.364 0.000
#> SRR1476927 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1387769 3 0.1331 0.789 0.000 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR1322595 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370423 3 0.0963 0.787 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1314976 4 0.0693 0.932 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1319560 5 0.5885 0.698 0.172 0.176 0.000 0.012 0.640
#> SRR1352683 3 0.4151 0.794 0.004 0.000 0.652 0.000 0.344
#> SRR1473800 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.4497 0.174 0.000 0.000 0.568 0.424 0.008
#> SRR1360807 4 0.0290 0.939 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1332544 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807824 5 0.4639 0.874 0.024 0.344 0.000 0.000 0.632
#> SRR809296 3 0.0794 0.807 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR657927 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1440682 4 0.1251 0.938 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1454415 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1419131 4 0.0290 0.939 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404293 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1345563 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.1478 0.757 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1480697 3 0.3318 0.666 0.000 0.000 0.800 0.192 0.008
#> SRR1321808 2 0.1043 0.747 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1382756 2 0.2852 0.754 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1312558 5 0.5668 0.682 0.196 0.172 0.000 0.000 0.632
#> SRR1417088 4 0.1168 0.940 0.000 0.032 0.000 0.960 0.008
#> SRR1433027 4 0.1251 0.938 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR662257 4 0.1670 0.917 0.000 0.052 0.000 0.936 0.012
#> SRR600417 4 0.0992 0.943 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR812493 4 0.0404 0.943 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR612743 3 0.2873 0.809 0.000 0.000 0.860 0.020 0.120
#> SRR1361345 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600584 4 0.1043 0.932 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1310520 4 0.0290 0.939 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1395595 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334074 4 0.2408 0.852 0.000 0.000 0.092 0.892 0.016
#> SRR654838 5 0.4126 0.896 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR1376694 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1366837 3 0.0912 0.799 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1467479 2 0.2732 0.757 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.1732 0.761 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR603004 2 0.4630 0.673 0.000 0.736 0.176 0.088 0.000
#> SRR814703 2 0.2690 0.758 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR661937 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.2690 0.758 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1389084 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1337624 4 0.4665 0.599 0.000 0.048 0.000 0.692 0.260
#> SRR1344400 2 0.5042 -0.554 0.000 0.508 0.000 0.032 0.460
#> SRR1414290 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1413644 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1098998 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166570 4 0.0671 0.932 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR601445 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.0963 0.936 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1377026 4 0.1251 0.938 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1327386 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.1281 0.740 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR1460433 4 0.0290 0.939 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1469345 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421462 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR662966 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.4015 -0.288 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1434671 2 0.1965 0.762 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR660800 2 0.1478 0.757 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.2020 0.762 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1072150 5 0.4088 0.896 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1442822 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.6166 0.670 0.148 0.000 0.512 0.000 0.340
#> SRR1098074 2 0.2864 0.664 0.000 0.852 0.136 0.012 0.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.3177 0.603 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR627464 1 0.0404 0.958 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1409193 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 4 0.0510 0.935 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR615539 2 0.4114 0.606 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR663623 3 0.0693 0.799 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1471989 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468828 4 0.1168 0.940 0.000 0.032 0.000 0.960 0.008
#> SRR1381934 3 0.1331 0.789 0.000 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR1471098 3 0.5396 0.747 0.072 0.000 0.588 0.000 0.340
#> SRR1314749 1 0.0703 0.947 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2166874 1 0.4167 0.631 0.724 0.000 0.000 0.252 0.024
#> SRR821302 1 0.6102 0.252 0.560 0.000 0.264 0.000 0.176
#> SRR1435066 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR661601 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1446546 2 0.4003 0.476 0.000 0.704 0.288 0.008 0.000
#> SRR1419784 3 0.1168 0.792 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1357233 2 0.4183 0.658 0.000 0.668 0.000 0.324 0.008
#> SRR1441889 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.4101 0.611 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1442862 2 0.1121 0.749 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR662474 4 0.0963 0.936 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1416226 3 0.1331 0.789 0.000 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR1417404 4 0.1195 0.915 0.000 0.000 0.028 0.960 0.012
#> SRR665466 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR658849 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1460025 2 0.4457 0.608 0.000 0.620 0.012 0.368 0.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1374092 3 0.1408 0.787 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR1488429 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR817004 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429660 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR604390 3 0.0671 0.798 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR614936 4 0.0290 0.939 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1365938 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1437324 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.0290 0.939 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR660414 4 0.0671 0.932 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1452185 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0510 0.954 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1398036 4 0.0703 0.942 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.0324 0.801 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR608630 4 0.0290 0.939 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR655625 4 0.0992 0.943 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR599059 5 0.5156 0.834 0.000 0.320 0.000 0.060 0.620
#> SRR615189 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466889 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1084602 4 0.0290 0.939 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1335422 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1385300 1 0.6743 -0.236 0.396 0.000 0.264 0.000 0.340
#> SRR654814 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 5 0.4074 0.893 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR820596 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.4138 0.594 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0703 0.735 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1441826 4 0.0693 0.943 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1448051 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR665217 3 0.3949 0.797 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR819186 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR661517 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607166 5 0.4088 0.896 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR809065 4 0.0609 0.943 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1415872 2 0.4114 0.606 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1415463 3 0.3534 0.803 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1381161 4 0.0963 0.936 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1442231 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1374696 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451988 3 0.0963 0.787 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1472462 2 0.4101 0.611 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1406176 3 0.6368 0.636 0.180 0.000 0.488 0.000 0.332
#> SRR656886 2 0.4916 0.682 0.000 0.716 0.160 0.124 0.000
#> SRR1498337 4 0.0693 0.943 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR613066 1 0.0963 0.936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1309490 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0992 0.943 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR1447347 1 0.1043 0.932 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1475546 2 0.2690 0.758 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR627459 4 0.0404 0.938 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1434332 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1070358 4 0.1251 0.938 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1345936 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665658 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1321351 4 0.2471 0.802 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR657880 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1373903 4 0.1251 0.938 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR657396 5 0.4182 0.418 0.352 0.004 0.000 0.000 0.644
#> SRR660981 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.2329 0.762 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 5 0.4291 0.770 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1476719 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1095695 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1352391 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498813 4 0.0992 0.943 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR627437 4 0.0404 0.938 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2185097 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817166 3 0.1808 0.777 0.000 0.040 0.936 0.020 0.004
#> SRR1091670 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR603776 1 0.4774 0.681 0.744 0.000 0.020 0.180 0.056
#> SRR1479640 2 0.4101 0.611 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR660152 1 0.6172 0.201 0.544 0.000 0.280 0.000 0.176
#> SRR1074769 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR656153 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1392502 3 0.0162 0.802 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359609 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2165182 2 0.4430 0.618 0.000 0.628 0.000 0.360 0.012
#> SRR608542 4 0.1251 0.938 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR655064 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR808472 4 0.0880 0.939 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612755 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1365808 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.4252 0.471 0.000 0.000 0.340 0.652 0.008
#> SRR1322373 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1489265 2 0.0000 0.708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR607279 2 0.1043 0.747 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612887 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR809807 3 0.3586 0.568 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR663112 3 0.5744 0.591 0.000 0.160 0.688 0.112 0.040
#> SRR1346933 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1487910 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.0992 0.943 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR1417680 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0404 0.724 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1466222 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416119 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR819318 1 0.5941 0.364 0.592 0.000 0.180 0.000 0.228
#> SRR608288 5 0.4126 0.883 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR811121 2 0.2452 0.729 0.000 0.908 0.052 0.028 0.012
#> SRR613138 5 0.4464 0.832 0.000 0.408 0.000 0.008 0.584
#> SRR810483 3 0.0992 0.795 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR607839 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.0992 0.943 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR1406685 4 0.0963 0.936 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1467500 4 0.0963 0.936 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312522 3 0.6452 0.618 0.196 0.000 0.476 0.000 0.328
#> SRR1490486 5 0.5019 0.508 0.316 0.052 0.000 0.000 0.632
#> SRR1325888 3 0.0000 0.803 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.4126 0.600 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1084766 4 0.0290 0.939 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1102804 5 0.4114 0.899 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1336636 3 0.6804 0.472 0.296 0.000 0.364 0.000 0.340
#> SRR1347795 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 4 0.0162 0.942 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR658445 2 0.1626 0.751 0.000 0.940 0.016 0.044 0.000
#> SRR1368754 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460001 2 0.3176 0.689 0.000 0.856 0.000 0.064 0.080
#> SRR1414934 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR614948 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.3983 0.796 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1321528 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627447 3 0.4252 0.792 0.008 0.000 0.652 0.000 0.340
#> SRR612239 4 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.0458 0.8982 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR603858 1 0.0146 0.9656 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR817070 4 0.4310 0.3249 0.000 0.396 0.000 0.580 0.024 0.000
#> SRR1486995 3 0.0547 0.8964 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR813043 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR656874 2 0.3743 0.8239 0.000 0.808 0.000 0.040 0.116 0.036
#> SRR659037 4 0.3442 0.8228 0.000 0.016 0.000 0.796 0.172 0.016
#> SRR662031 1 0.0363 0.9648 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.1219 0.9322 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000
#> SRR1481036 5 0.3101 0.8601 0.000 0.000 0.148 0.032 0.820 0.000
#> SRR1434009 2 0.0260 0.9039 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0547 0.9038 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR665429 2 0.4164 0.8055 0.000 0.780 0.000 0.068 0.116 0.036
#> SRR1388025 4 0.1010 0.9329 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004 0.000
#> SRR600784 3 0.0260 0.8961 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR657611 1 0.0291 0.9660 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333659 1 0.1575 0.9396 0.936 0.000 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1323896 2 0.0547 0.9038 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0146 0.9658 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0363 0.8975 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1309468 1 0.0363 0.9648 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.1334 0.9477 0.948 0.000 0.000 0.000 0.032 0.020
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 5 0.3515 0.7636 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR607863 2 0.2664 0.8466 0.000 0.848 0.000 0.136 0.016 0.000
#> SRR1475524 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.1320 0.8974 0.000 0.948 0.000 0.036 0.016 0.000
#> SRR615695 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR600900 2 0.1610 0.8819 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR601477 2 0.3847 0.0325 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1487215 2 0.0260 0.8998 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1310797 2 0.0260 0.9039 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.0935 0.9564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1431385 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1379089 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1102079 5 0.2664 0.8736 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1357210 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 4 0.3785 0.8512 0.000 0.036 0.000 0.804 0.120 0.040
#> SRR663573 4 0.1700 0.9285 0.000 0.048 0.000 0.928 0.024 0.000
#> SRR603188 2 0.1387 0.8884 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 6 0.0937 0.9207 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR627457 1 0.0260 0.9651 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.9658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.1334 0.9477 0.948 0.000 0.000 0.000 0.032 0.020
#> SRR1099546 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390477 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0458 0.9042 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.0363 0.8980 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR612791 1 0.0547 0.9618 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 3 0.0865 0.8838 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1444063 1 0.0146 0.9656 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1355578 1 0.0547 0.9625 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1429203 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR599154 2 0.0363 0.8980 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR814244 1 0.1049 0.9545 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1404123 4 0.1616 0.9294 0.000 0.048 0.000 0.932 0.020 0.000
#> SRR656934 5 0.1812 0.7189 0.000 0.000 0.008 0.080 0.912 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.1549 0.9305 0.000 0.044 0.000 0.936 0.020 0.000
#> SRR1443677 1 0.0146 0.9658 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.0632 0.8952 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1391376 3 0.0458 0.8982 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661842 4 0.1152 0.9331 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR1395699 3 0.0547 0.8964 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1312209 1 0.0713 0.9597 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1359469 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 5 0.3126 0.8633 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1414578 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 6 0.2106 0.8367 0.064 0.000 0.000 0.000 0.032 0.904
#> SRR604677 1 0.1408 0.9392 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036 0.000
#> SRR603800 2 0.2658 0.8389 0.000 0.864 0.000 0.000 0.100 0.036
#> SRR602058 4 0.1049 0.9311 0.000 0.032 0.000 0.960 0.008 0.000
#> SRR817488 2 0.0363 0.8980 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR655601 4 0.1700 0.9285 0.000 0.048 0.000 0.928 0.024 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0458 0.9042 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR615129 1 0.1245 0.9502 0.952 0.000 0.000 0.000 0.032 0.016
#> SRR607586 2 0.0632 0.8906 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR602680 2 0.0260 0.8998 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1411070 4 0.1584 0.9255 0.000 0.064 0.000 0.928 0.008 0.000
#> SRR663038 2 0.3743 0.8239 0.000 0.808 0.000 0.040 0.116 0.036
#> SRR1489416 2 0.2744 0.8403 0.000 0.840 0.000 0.144 0.016 0.000
#> SRR1479155 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.3371 0.5121 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.1765 0.8490 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2184865 4 0.3574 0.8281 0.000 0.016 0.000 0.804 0.144 0.036
#> SRR2170135 1 0.0547 0.9618 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 6 0.1327 0.9341 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1335513 2 0.2573 0.8598 0.000 0.864 0.000 0.112 0.024 0.000
#> SRR1370216 3 0.0363 0.8975 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR662954 1 0.4743 0.6224 0.684 0.000 0.000 0.240 0.044 0.032
#> SRR1375738 5 0.2981 0.8666 0.000 0.000 0.160 0.020 0.820 0.000
#> SRR1356577 4 0.1918 0.8531 0.000 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR1073119 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR663549 5 0.4459 0.3730 0.000 0.000 0.384 0.012 0.588 0.016
#> SRR1478015 2 0.0547 0.9038 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR600632 6 0.1390 0.8979 0.000 0.016 0.000 0.032 0.004 0.948
#> SRR811866 5 0.4479 0.3792 0.024 0.000 0.000 0.368 0.600 0.008
#> SRR1401101 2 0.0260 0.9039 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1477797 4 0.0790 0.9329 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0935 0.9564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1419869 1 0.3823 0.2037 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0935 0.9564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR601723 4 0.1391 0.9219 0.000 0.016 0.000 0.944 0.040 0.000
#> SRR1384115 2 0.1866 0.8800 0.000 0.908 0.000 0.084 0.008 0.000
#> SRR1476927 2 0.2744 0.8403 0.000 0.840 0.000 0.144 0.016 0.000
#> SRR1387769 5 0.2981 0.8666 0.000 0.000 0.160 0.020 0.820 0.000
#> SRR1322595 1 0.1049 0.9545 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1370423 5 0.3240 0.8638 0.000 0.004 0.244 0.000 0.752 0.000
#> SRR1314976 4 0.1462 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.936 0.056 0.008
#> SRR1319560 6 0.2207 0.8933 0.016 0.028 0.000 0.008 0.032 0.916
#> SRR1352683 3 0.1204 0.8519 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1473800 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1326384 5 0.3235 0.8434 0.000 0.000 0.128 0.052 0.820 0.000
#> SRR1360807 4 0.0665 0.9147 0.000 0.004 0.000 0.980 0.008 0.008
#> SRR1332544 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR807824 6 0.1075 0.9273 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR809296 5 0.3175 0.8566 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR657927 3 0.0458 0.8982 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1440682 4 0.1682 0.9277 0.000 0.052 0.000 0.928 0.020 0.000
#> SRR1454415 2 0.2830 0.8378 0.000 0.836 0.000 0.144 0.020 0.000
#> SRR1419131 4 0.0665 0.9147 0.000 0.004 0.000 0.980 0.008 0.008
#> SRR1404293 1 0.0713 0.9597 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1473340 3 0.0260 0.8961 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345563 1 0.0547 0.9625 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1323382 2 0.1321 0.8979 0.000 0.952 0.000 0.004 0.024 0.020
#> SRR1480697 5 0.2692 0.8668 0.000 0.000 0.148 0.012 0.840 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0547 0.9038 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1312558 6 0.1434 0.9211 0.012 0.048 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1417088 4 0.1528 0.9304 0.000 0.048 0.000 0.936 0.016 0.000
#> SRR1433027 4 0.1682 0.9277 0.000 0.052 0.000 0.928 0.020 0.000
#> SRR662257 4 0.4468 0.8126 0.000 0.092 0.000 0.756 0.116 0.036
#> SRR600417 4 0.1219 0.9322 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000
#> SRR812493 4 0.0790 0.9329 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR612743 5 0.4153 0.6627 0.000 0.000 0.340 0.024 0.636 0.000
#> SRR1361345 1 0.0935 0.9564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR600584 4 0.1983 0.9122 0.000 0.072 0.000 0.908 0.020 0.000
#> SRR1310520 4 0.0622 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1395595 5 0.3126 0.8633 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1334074 5 0.4101 0.2738 0.000 0.008 0.000 0.352 0.632 0.008
#> SRR654838 6 0.2003 0.9070 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1376694 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.1151 0.9525 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR1366837 5 0.3017 0.8661 0.000 0.000 0.164 0.020 0.816 0.000
#> SRR1467479 2 0.0458 0.9042 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1471050 2 0.0458 0.9042 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.2442 0.8064 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144 0.000
#> SRR814703 2 0.1003 0.9018 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016 0.000
#> SRR661937 2 0.2748 0.8490 0.000 0.848 0.000 0.128 0.024 0.000
#> SRR614359 1 0.0547 0.9618 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0547 0.9038 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.0547 0.8964 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1337624 4 0.2944 0.7974 0.000 0.008 0.000 0.832 0.012 0.148
#> SRR1344400 2 0.5442 0.2818 0.000 0.532 0.000 0.004 0.116 0.348
#> SRR1414290 6 0.1610 0.9323 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1413644 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1098998 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0935 0.9564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1099286 1 0.0363 0.9648 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166570 4 0.3958 0.7950 0.000 0.016 0.000 0.764 0.180 0.040
#> SRR601445 1 0.0000 0.9658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.1682 0.9277 0.000 0.052 0.000 0.928 0.020 0.000
#> SRR1377026 4 0.1616 0.9294 0.000 0.048 0.000 0.932 0.020 0.000
#> SRR1327386 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR654826 2 0.1225 0.8951 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR1460433 4 0.0622 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1469345 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421462 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR662966 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0547 0.9618 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.3659 0.3883 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1434671 2 0.0458 0.9042 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0692 0.9013 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1465543 2 0.0632 0.8906 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1342023 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1335670 1 0.0363 0.9648 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0458 0.9042 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1072150 6 0.1075 0.9273 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1442822 1 0.0260 0.9651 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1364658 3 0.0458 0.8778 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.3271 0.6876 0.000 0.760 0.000 0.000 0.232 0.008
#> SRR1442778 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 5 0.3883 0.8486 0.000 0.044 0.200 0.004 0.752 0.000
#> SRR627464 1 0.1584 0.9221 0.928 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR1409193 1 0.0935 0.9564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2168286 4 0.3680 0.8236 0.000 0.016 0.000 0.796 0.148 0.040
#> SRR615539 2 0.2358 0.8653 0.000 0.876 0.000 0.108 0.016 0.000
#> SRR663623 5 0.2562 0.8725 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1471989 5 0.3126 0.8633 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1468828 4 0.1116 0.9293 0.000 0.028 0.000 0.960 0.008 0.004
#> SRR1381934 5 0.2981 0.8666 0.000 0.000 0.160 0.020 0.820 0.000
#> SRR1471098 3 0.0000 0.8910 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.2165 0.8738 0.884 0.000 0.108 0.000 0.008 0.000
#> SRR2166874 1 0.5845 0.5561 0.628 0.000 0.000 0.144 0.160 0.068
#> SRR821302 3 0.3515 0.4693 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435066 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR661601 2 0.0363 0.8980 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446546 2 0.4310 0.5556 0.000 0.684 0.044 0.000 0.268 0.004
#> SRR1419784 5 0.2595 0.8695 0.000 0.000 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1357233 2 0.2416 0.8307 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1441889 1 0.0363 0.9648 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0547 0.9625 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1324250 2 0.1501 0.8846 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662474 4 0.1682 0.9277 0.000 0.052 0.000 0.928 0.020 0.000
#> SRR1416226 5 0.2454 0.8696 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1417404 4 0.1462 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.936 0.056 0.008
#> SRR665466 2 0.2831 0.8428 0.000 0.840 0.000 0.136 0.024 0.000
#> SRR658849 3 0.0458 0.8982 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1460025 2 0.1814 0.8757 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1408136 1 0.0146 0.9656 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1489995 6 0.1204 0.9305 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1374092 5 0.2981 0.8666 0.000 0.000 0.160 0.020 0.820 0.000
#> SRR1488429 5 0.3076 0.8666 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1087559 1 0.1334 0.9477 0.948 0.000 0.000 0.000 0.032 0.020
#> SRR817004 1 0.0146 0.9656 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1429660 6 0.1714 0.9274 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR604390 5 0.3126 0.8633 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR614936 4 0.0820 0.9076 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1365938 1 0.1151 0.9525 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR1437324 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR613414 4 0.0779 0.9174 0.000 0.008 0.000 0.976 0.008 0.008
#> SRR660414 4 0.3958 0.7950 0.000 0.016 0.000 0.764 0.180 0.040
#> SRR1452185 1 0.0146 0.9658 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.1663 0.9029 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398036 4 0.1528 0.9304 0.000 0.048 0.000 0.936 0.016 0.000
#> SRR1436674 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 5 0.2912 0.8707 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR608630 4 0.0622 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR655625 4 0.1219 0.9322 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000
#> SRR599059 6 0.3742 0.8013 0.000 0.056 0.000 0.148 0.008 0.788
#> SRR615189 1 0.1575 0.9396 0.936 0.000 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1466889 2 0.0363 0.8980 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1084602 4 0.0520 0.9210 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1335422 1 0.0363 0.9648 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0458 0.8955 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1385300 3 0.1556 0.7981 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 6 0.0937 0.9207 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR820596 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0363 0.9648 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.2950 0.8322 0.000 0.828 0.000 0.148 0.024 0.000
#> SRR1406539 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.0935 0.9322 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004 0.000
#> SRR1448051 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0547 0.8964 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR665217 3 0.0937 0.8803 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR819186 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR661517 5 0.3126 0.8633 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR607166 6 0.1141 0.9291 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR809065 4 0.2679 0.8930 0.000 0.040 0.000 0.864 0.096 0.000
#> SRR1415872 2 0.2112 0.8753 0.000 0.896 0.000 0.088 0.016 0.000
#> SRR1415463 3 0.3244 0.4358 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1381161 4 0.1616 0.9294 0.000 0.048 0.000 0.932 0.020 0.000
#> SRR1442231 1 0.1492 0.9431 0.940 0.000 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR1374696 1 0.0713 0.9597 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1451988 5 0.3215 0.8658 0.000 0.004 0.240 0.000 0.756 0.000
#> SRR660555 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0363 0.8980 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1472462 2 0.2581 0.8558 0.000 0.860 0.000 0.120 0.020 0.000
#> SRR1406176 3 0.0820 0.8875 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000
#> SRR656886 2 0.3012 0.7495 0.000 0.796 0.000 0.008 0.196 0.000
#> SRR1498337 4 0.0891 0.9291 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008 0.000
#> SRR613066 1 0.2048 0.8665 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.1196 0.9326 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008 0.000
#> SRR1447347 1 0.2048 0.8665 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.1141 0.8969 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR627459 4 0.1633 0.9137 0.000 0.024 0.000 0.932 0.044 0.000
#> SRR1434332 2 0.2748 0.8490 0.000 0.848 0.000 0.128 0.024 0.000
#> SRR1070358 4 0.1333 0.9321 0.000 0.048 0.000 0.944 0.008 0.000
#> SRR1345936 4 0.0713 0.9319 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR665658 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1321351 4 0.4366 0.2178 0.000 0.428 0.000 0.548 0.024 0.000
#> SRR657880 6 0.1267 0.9322 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1373903 4 0.1616 0.9294 0.000 0.048 0.000 0.932 0.020 0.000
#> SRR657396 6 0.1575 0.8600 0.032 0.000 0.000 0.000 0.032 0.936
#> SRR660981 2 0.2748 0.8490 0.000 0.848 0.000 0.128 0.024 0.000
#> SRR818499 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0458 0.9042 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1323723 6 0.3684 0.4885 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1476719 1 0.0632 0.9612 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1403478 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1095695 3 0.0547 0.8964 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1352391 1 0.0935 0.9564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1498813 4 0.1265 0.9326 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008 0.000
#> SRR627437 4 0.1616 0.9084 0.000 0.020 0.000 0.932 0.048 0.000
#> SRR2185097 1 0.0547 0.9618 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR817166 5 0.2946 0.8721 0.000 0.012 0.176 0.000 0.812 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 1 0.5982 0.3821 0.560 0.000 0.012 0.212 0.208 0.008
#> SRR1479640 2 0.2311 0.8673 0.000 0.880 0.000 0.104 0.016 0.000
#> SRR660152 3 0.3371 0.5121 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074769 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR656153 2 0.2748 0.8490 0.000 0.848 0.000 0.128 0.024 0.000
#> SRR1392502 5 0.2793 0.8736 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1359609 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR601925 2 0.0363 0.8980 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2165182 2 0.4322 0.7974 0.000 0.768 0.000 0.080 0.116 0.036
#> SRR608542 4 0.1075 0.9322 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR655064 4 0.1176 0.9302 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020 0.000
#> SRR1432430 3 0.0458 0.8982 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR808472 4 0.1549 0.9305 0.000 0.044 0.000 0.936 0.020 0.000
#> SRR1414958 5 0.3126 0.8633 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR598484 2 0.0632 0.8906 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR612755 3 0.0458 0.8982 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1365808 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1391724 5 0.2697 0.6854 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR1322373 3 0.0547 0.8964 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1489265 2 0.0632 0.8906 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1359099 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR607279 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0632 0.8906 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR627427 1 0.0363 0.9644 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR612887 2 0.2790 0.8415 0.000 0.840 0.000 0.140 0.020 0.000
#> SRR809807 5 0.4441 0.7898 0.000 0.092 0.208 0.000 0.700 0.000
#> SRR663112 2 0.6546 0.2023 0.000 0.464 0.184 0.004 0.312 0.036
#> SRR1346933 1 0.1334 0.9477 0.948 0.000 0.000 0.000 0.032 0.020
#> SRR1487910 1 0.0713 0.9597 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR603092 4 0.1333 0.9321 0.000 0.048 0.000 0.944 0.008 0.000
#> SRR1417680 2 0.2790 0.8460 0.000 0.844 0.000 0.132 0.024 0.000
#> SRR1383785 1 0.0363 0.9648 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0363 0.8980 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1466222 5 0.3126 0.8633 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1416119 3 0.0458 0.8982 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR819318 3 0.4028 0.4791 0.308 0.000 0.668 0.000 0.024 0.000
#> SRR608288 6 0.2257 0.8727 0.000 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876
#> SRR811121 2 0.4341 0.6558 0.000 0.692 0.012 0.000 0.260 0.036
#> SRR613138 6 0.5035 0.5088 0.000 0.296 0.000 0.000 0.104 0.600
#> SRR810483 5 0.2981 0.8666 0.000 0.000 0.160 0.020 0.820 0.000
#> SRR607839 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.1333 0.9314 0.000 0.048 0.000 0.944 0.008 0.000
#> SRR1406685 4 0.1141 0.9312 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1467500 4 0.1616 0.9294 0.000 0.048 0.000 0.932 0.020 0.000
#> SRR1308504 1 0.0363 0.9648 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 5 0.3076 0.8666 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1312522 3 0.0713 0.8671 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490486 6 0.1367 0.8814 0.044 0.012 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1325888 5 0.3126 0.8633 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1472885 1 0.0260 0.9656 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.2872 0.8396 0.000 0.836 0.000 0.140 0.024 0.000
#> SRR1084766 4 0.0777 0.9298 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR1102804 6 0.1501 0.9369 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1336636 3 0.1007 0.8453 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0458 0.8955 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1330989 4 0.1176 0.9302 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020 0.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.9029 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368754 1 0.0547 0.9618 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.1644 0.8691 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1414934 1 0.0458 0.9636 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1326249 3 0.0547 0.8964 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.9658 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0458 0.8982 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1321528 1 0.0935 0.9564 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR627447 3 0.0260 0.8961 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR612239 4 0.1176 0.9259 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.977 0.990 0.4247 0.573 0.573
#> 3 3 0.986 0.945 0.979 0.4443 0.772 0.616
#> 4 4 0.893 0.890 0.953 0.2139 0.862 0.648
#> 5 5 0.830 0.802 0.915 0.0420 0.957 0.835
#> 6 6 0.836 0.786 0.884 0.0325 0.951 0.792
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR603858 1 0.9522 0.436 0.628 0.372
#> SRR817070 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1486995 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR659037 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1481036 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR600784 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR657611 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1333659 1 0.6343 0.811 0.840 0.160
#> SRR1323896 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1334490 2 0.0938 0.983 0.012 0.988
#> SRR1309468 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR627445 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1102079 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR627457 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1444063 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR656934 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1391376 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1395699 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR658885 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR604677 1 0.0376 0.974 0.996 0.004
#> SRR603800 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR615129 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.3114 0.928 0.944 0.056
#> SRR1434048 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1370216 2 0.4431 0.894 0.092 0.908
#> SRR662954 2 0.8608 0.594 0.284 0.716
#> SRR1375738 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1356577 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR663549 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR811866 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR601723 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1384115 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1387769 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1370423 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1314976 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1319560 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1352683 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1326384 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1360807 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1332544 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR809296 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR657927 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.8386 0.652 0.732 0.268
#> SRR1345563 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1480697 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR612743 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1395595 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1334074 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1366837 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1389084 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2166570 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1086728 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR627464 1 0.8144 0.680 0.748 0.252
#> SRR1409193 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR663623 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1471989 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1381934 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1471098 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1314749 1 0.7453 0.743 0.788 0.212
#> SRR2166874 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1419784 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1416226 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1417404 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658849 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1374092 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1488429 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1087559 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR817004 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR604390 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614936 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1365938 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660414 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.7602 0.731 0.780 0.220
#> SRR1398036 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR603750 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR608630 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR655625 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR615189 1 0.2236 0.947 0.964 0.036
#> SRR1466889 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1385300 2 0.9491 0.395 0.368 0.632
#> SRR654814 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1326752 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR665217 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR661517 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1415463 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1442231 1 0.9710 0.351 0.600 0.400
#> SRR1374696 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1451988 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1406176 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR613066 1 0.0376 0.974 0.996 0.004
#> SRR1309490 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1095695 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1352391 1 0.7453 0.743 0.788 0.212
#> SRR1498813 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2185097 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR817166 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR603776 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1392502 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1432430 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1414958 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR612755 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1322373 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1346933 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1416119 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR819318 1 0.4022 0.904 0.920 0.080
#> SRR608288 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR810483 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1312865 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1312522 2 0.2778 0.945 0.048 0.952
#> SRR1490486 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1325888 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.8016 0.693 0.756 0.244
#> SRR1347795 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1326249 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1472952 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR627447 2 0.9358 0.437 0.352 0.648
#> SRR612239 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR603858 3 0.0892 0.9313 0.000 0.020 0.980
#> SRR817070 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486995 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR659037 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481036 3 0.4555 0.7376 0.000 0.200 0.800
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR600784 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 1 0.0661 0.9780 0.988 0.008 0.004
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 3 0.1031 0.9278 0.000 0.024 0.976
#> SRR1444063 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR656934 3 0.4555 0.7376 0.000 0.200 0.800
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.0237 0.9460 0.000 0.004 0.996
#> SRR1391376 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395699 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR604677 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR615129 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR662954 1 0.3267 0.8342 0.884 0.116 0.000
#> SRR1375738 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356577 3 0.5948 0.4439 0.000 0.360 0.640
#> SRR1073119 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR663549 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR811866 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490700 1 0.0592 0.9785 0.988 0.000 0.012
#> SRR601723 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384115 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322595 1 0.4702 0.7303 0.788 0.000 0.212
#> SRR1370423 2 0.6154 0.2853 0.000 0.592 0.408
#> SRR1314976 2 0.5098 0.6581 0.000 0.752 0.248
#> SRR1319560 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352683 3 0.5363 0.6195 0.000 0.276 0.724
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.0592 0.9390 0.000 0.012 0.988
#> SRR1360807 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332544 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.4605 0.7298 0.000 0.796 0.204
#> SRR809296 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR657927 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.5397 0.6204 0.000 0.280 0.720
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.5882 0.4539 0.000 0.652 0.348
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR812493 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR612743 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334074 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166570 2 0.0237 0.9775 0.000 0.996 0.004
#> SRR601445 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469345 1 0.0892 0.9712 0.980 0.000 0.020
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.6111 0.3639 0.000 0.396 0.604
#> SRR627464 2 0.9898 -0.0618 0.308 0.404 0.288
#> SRR1409193 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471989 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381934 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471098 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314749 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166874 2 0.0237 0.9775 0.000 0.996 0.004
#> SRR821302 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419784 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416226 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417404 2 0.6140 0.3063 0.000 0.596 0.404
#> SRR665466 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460025 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488429 3 0.4605 0.7327 0.000 0.204 0.796
#> SRR1087559 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR817004 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR604390 3 0.2066 0.8916 0.000 0.060 0.940
#> SRR614936 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365938 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR660414 2 0.0237 0.9775 0.000 0.996 0.004
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR608630 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR655625 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 2 0.0237 0.9775 0.000 0.996 0.004
#> SRR615189 1 0.4339 0.8573 0.868 0.048 0.084
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084602 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0237 0.9775 0.000 0.996 0.004
#> SRR820596 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318118 3 0.6126 0.3068 0.400 0.000 0.600
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441826 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR607166 2 0.0237 0.9775 0.000 0.996 0.004
#> SRR809065 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415463 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442231 1 0.2339 0.9341 0.940 0.012 0.048
#> SRR1374696 1 0.6154 0.3139 0.592 0.000 0.408
#> SRR1451988 2 0.5835 0.4627 0.000 0.660 0.340
#> SRR660555 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR613066 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447347 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345936 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 2 0.0237 0.9775 0.000 0.996 0.004
#> SRR660981 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0237 0.9775 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476719 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352391 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498813 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185097 1 0.0424 0.9821 0.992 0.000 0.008
#> SRR817166 2 0.6291 0.0868 0.000 0.532 0.468
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.6244 0.1840 0.000 0.560 0.440
#> SRR1322373 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR663112 2 0.0237 0.9775 0.000 0.996 0.004
#> SRR1346933 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466222 3 0.2711 0.8628 0.000 0.088 0.912
#> SRR1416119 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR819318 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR608288 2 0.0237 0.9775 0.000 0.996 0.004
#> SRR811121 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.6062 0.3856 0.000 0.384 0.616
#> SRR1312522 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490486 2 0.2625 0.8919 0.000 0.916 0.084
#> SRR1325888 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347795 1 0.0424 0.9820 0.992 0.000 0.008
#> SRR601900 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368754 3 0.6274 0.1603 0.456 0.000 0.544
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.9890 1.000 0.000 0.000
#> SRR627447 3 0.0000 0.9495 0.000 0.000 1.000
#> SRR612239 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603858 3 0.0707 0.9365 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR817070 4 0.3569 0.7725 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1486995 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.2921 0.7979 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR659037 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR662031 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1481036 3 0.4568 0.7644 0.000 0.124 0.800 0.076
#> SRR1434009 2 0.3569 0.7244 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1376676 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396967 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665429 2 0.4713 0.4136 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1388025 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR600784 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 1 0.0524 0.9778 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1323896 2 0.4985 0.0784 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1453971 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334490 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468637 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607863 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1475524 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405504 4 0.3356 0.7920 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR615695 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR600900 4 0.3356 0.7920 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR601477 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0592 0.9186 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1362713 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657659 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663573 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR603188 4 0.3688 0.7594 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0188 0.9278 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.2647 0.8208 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470580 3 0.0817 0.9332 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1444063 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429203 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR599154 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404123 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR656934 4 0.3494 0.7687 0.000 0.004 0.172 0.824
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338124 3 0.0188 0.9506 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1391376 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661842 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1395699 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658885 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604677 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR817488 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615129 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1479155 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662162 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2170135 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.5000 -0.1362 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1370216 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662954 1 0.5731 0.6563 0.712 0.116 0.000 0.172
#> SRR1375738 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356577 3 0.4948 0.2173 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1073119 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663549 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811866 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477797 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1402986 2 0.3569 0.7244 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR658897 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419869 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0469 0.9773 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR601723 4 0.3486 0.7830 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1384115 4 0.4843 0.4022 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1476927 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1387769 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.3726 0.7295 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1370423 2 0.4866 0.3036 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1314976 4 0.5756 0.6160 0.000 0.084 0.224 0.692
#> SRR1319560 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352683 3 0.4250 0.5951 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1473800 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326384 4 0.3688 0.7260 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1360807 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1332544 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR807824 2 0.3649 0.7237 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR809296 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657927 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.3311 0.7609 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1454415 2 0.4972 0.2182 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1419131 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1404293 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.4277 0.6059 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.4661 0.4682 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1417088 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1433027 2 0.3311 0.7609 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR662257 4 0.1118 0.9088 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR600417 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR812493 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR612743 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600584 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1310520 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1395595 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.4543 0.4971 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1459055 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814703 4 0.4222 0.6682 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR661937 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR614359 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.4250 0.5940 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1389084 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481279 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166570 4 0.3688 0.7594 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR601445 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.1118 0.9088 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1377026 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1327386 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR654826 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.3907 0.6975 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1469345 1 0.0707 0.9701 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.0188 0.9511 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0188 0.9278 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364658 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.4843 0.3443 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR627464 2 0.7844 0.0909 0.308 0.404 0.288 0.000
#> SRR1409193 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 4 0.1118 0.9088 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR615539 4 0.2408 0.8638 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR663623 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471989 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.3311 0.7609 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1381934 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471098 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314749 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.0921 0.9086 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR821302 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419784 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441889 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1413940 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1324250 4 0.4855 0.3787 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662474 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1416226 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417404 4 0.0188 0.9210 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR665466 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR658849 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.2973 0.8242 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1408136 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488429 3 0.3688 0.7245 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1087559 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817004 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604390 3 0.1716 0.8949 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR614936 2 0.3688 0.7167 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1365938 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613414 4 0.4522 0.5415 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR660414 4 0.4624 0.5589 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1452185 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347020 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398036 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608630 4 0.1118 0.9088 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR655625 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR599059 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615189 1 0.3370 0.8652 0.872 0.048 0.080 0.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820596 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318118 3 0.4866 0.3073 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1480766 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1406539 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1448051 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326752 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809065 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1415872 4 0.3356 0.7920 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1415463 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381161 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1442231 1 0.1767 0.9375 0.944 0.012 0.044 0.000
#> SRR1374696 1 0.4877 0.3102 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1451988 2 0.4624 0.4640 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR660555 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657801 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663344 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1406176 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498337 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR613066 3 0.0188 0.9511 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1309490 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR602492 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1447347 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.3528 0.7506 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR627459 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1434332 2 0.3726 0.7193 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1070358 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1345936 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR665658 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321351 4 0.3688 0.7594 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR657880 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.3311 0.7609 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR657396 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660981 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR818499 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR819658 2 0.3356 0.7523 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1376316 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352391 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498813 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR627437 4 0.5000 0.1336 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR2185097 1 0.0336 0.9808 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR817166 2 0.4985 0.1023 0.000 0.532 0.468 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603776 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479640 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR660152 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656153 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1392502 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR601925 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.4804 0.3456 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR608542 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR655064 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1432430 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808472 4 0.1118 0.9088 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1414958 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612755 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1391724 4 0.4379 0.7613 0.000 0.036 0.172 0.792
#> SRR1322373 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR612887 4 0.3266 0.8006 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR809807 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663112 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346933 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1417680 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1383785 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466222 3 0.2216 0.8675 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1416119 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819318 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337031 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406685 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1467500 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1308504 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312865 3 0.4804 0.3511 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1312522 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.2011 0.8637 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1325888 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098785 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1084766 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0336 0.9807 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR658445 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368754 3 0.4972 0.1675 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326249 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0188 0.9863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472952 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.9867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627447 3 0.0000 0.9540 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612239 4 0.0188 0.9252 0.000 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603858 3 0.1725 0.89751 0.044 0.020 0.936 0.000 0.000
#> SRR817070 4 0.3508 0.68180 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1486995 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.2561 0.79057 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR659037 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481036 3 0.3934 0.74261 0.000 0.124 0.800 0.076 0.000
#> SRR1434009 2 0.3109 0.71533 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1376676 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665429 2 0.4030 0.42741 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1388025 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600784 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333659 1 0.2732 0.61711 0.840 0.160 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.4291 0.08116 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421010 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309468 5 0.4088 0.42851 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1468637 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607863 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405504 4 0.3366 0.69888 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR615695 5 0.2605 0.74920 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR600900 4 0.3366 0.69888 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0510 0.91678 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1362713 1 0.3561 0.54197 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1431385 1 0.1671 0.76019 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1379089 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357210 5 0.0703 0.79047 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR657659 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663573 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603188 4 0.3586 0.66956 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.4278 0.16535 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1367654 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0162 0.80241 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457750 1 0.2648 0.67962 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1099546 1 0.3876 0.52530 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR604480 2 0.0162 0.92602 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.2280 0.81861 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612791 1 0.3876 0.52530 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1470580 3 0.0703 0.92119 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1444063 1 0.3876 0.52530 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1355578 5 0.3003 0.71858 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1429203 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404123 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656934 4 0.3366 0.66416 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443677 1 0.3003 0.64702 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1406330 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338124 3 0.0162 0.93914 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1391376 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395699 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359469 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0703 0.79209 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR603620 2 0.0162 0.92611 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR604677 3 0.0510 0.93146 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615129 1 0.3210 0.60566 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR607586 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.0162 0.92596 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662162 1 0.0162 0.80241 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374567 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0162 0.80241 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615551 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.4262 0.10490 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1370216 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662954 1 0.5434 0.44545 0.648 0.120 0.000 0.232 0.000
#> SRR1375738 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356577 3 0.4268 0.21371 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR1073119 3 0.0703 0.92627 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR663549 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811866 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477797 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402986 2 0.3109 0.71533 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR658897 1 0.1410 0.76731 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1419869 3 0.0703 0.92627 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601723 4 0.3395 0.70040 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1384115 4 0.4201 0.37371 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1476927 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.3177 0.57841 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1370423 2 0.4192 0.29435 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1314976 4 0.4958 0.58590 0.000 0.084 0.224 0.692 0.000
#> SRR1319560 2 0.0162 0.92611 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352683 3 0.3661 0.57685 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1473800 5 0.2605 0.74920 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1326384 4 0.3586 0.62935 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1360807 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332544 1 0.3876 0.52530 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR598695 5 0.4249 0.25631 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR807824 2 0.3143 0.71694 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657927 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.3366 0.67319 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1454415 4 0.4302 0.00158 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1419131 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.3534 0.54822 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1473340 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 5 0.3003 0.71858 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1323382 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.3684 0.59123 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.4151 0.47212 0.004 0.652 0.344 0.000 0.000
#> SRR1417088 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.3366 0.67319 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR662257 4 0.0880 0.87585 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR600417 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812493 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612743 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0162 0.80241 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR600584 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310520 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 5 0.4297 0.08013 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1433841 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366837 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.3932 0.48208 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1459055 5 0.3003 0.71858 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1471050 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814703 4 0.3876 0.58397 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR661937 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614359 1 0.3876 0.52530 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1071568 2 0.3684 0.58191 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1389084 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098998 5 0.2732 0.72154 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1481279 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.3003 0.67215 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2166570 4 0.3586 0.66956 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR601445 1 0.0290 0.80106 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1439719 4 0.0880 0.87585 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1377026 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327386 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.3366 0.66217 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1469345 1 0.0162 0.80185 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.3707 0.58711 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.3895 0.51797 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1447736 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0162 0.92602 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.3452 0.56699 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1335670 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 5 0.2732 0.74124 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1364658 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.0162 0.80241 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1086728 3 0.4171 0.35880 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR627464 1 0.5594 0.41699 0.632 0.232 0.136 0.000 0.000
#> SRR1409193 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2168286 4 0.0880 0.87585 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR615539 4 0.2179 0.81683 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR663623 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471989 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.3366 0.67319 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1381934 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471098 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166874 2 0.0865 0.90817 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> SRR821302 3 0.2230 0.83408 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419784 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441889 5 0.4060 0.44637 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1413940 5 0.3003 0.71858 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1324250 4 0.4182 0.38483 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662474 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416226 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417404 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665466 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.2648 0.77558 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1408136 5 0.3796 0.58775 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1489995 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488429 3 0.3177 0.69429 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817004 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604390 3 0.1478 0.87951 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR614936 2 0.3586 0.62549 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1365938 1 0.3534 0.54822 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1437324 5 0.3039 0.71566 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR613414 4 0.3895 0.52654 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR660414 4 0.4171 0.42848 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1452185 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347020 3 0.0162 0.94000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1398036 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436674 1 0.3876 0.52530 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR603750 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608630 4 0.0880 0.87585 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR655625 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615189 1 0.1251 0.77645 0.956 0.036 0.008 0.000 0.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.3305 0.64404 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1356805 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654814 1 0.3876 0.52530 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR658385 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820596 3 0.2891 0.75365 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.3684 0.47726 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1480766 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448051 5 0.4300 0.10503 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1326752 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809065 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415872 4 0.3366 0.69888 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1415463 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381161 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442231 1 0.3532 0.63089 0.824 0.128 0.000 0.048 0.000
#> SRR1374696 1 0.3876 0.41978 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1451988 2 0.3983 0.45733 0.000 0.660 0.340 0.000 0.000
#> SRR660555 5 0.3305 0.66403 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR657801 5 0.3305 0.66403 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR663344 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498337 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613066 3 0.3242 0.69665 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1309490 5 0.3143 0.69444 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR602492 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447347 3 0.0703 0.92627 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.3305 0.70584 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR627459 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434332 2 0.3636 0.62080 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1070358 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345936 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321351 4 0.3586 0.66956 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.3366 0.67319 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR657396 2 0.0162 0.92611 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR660981 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 5 0.3857 0.53731 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR819658 2 0.2929 0.74387 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1376316 5 0.1732 0.77831 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1323723 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 3 0.3424 0.67415 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1498813 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 2 0.4268 0.08886 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR2185097 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817166 2 0.4294 0.09064 0.000 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479640 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 3 0.0609 0.92880 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359609 5 0.2929 0.72571 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR601925 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.4138 0.33733 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR608542 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655064 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432430 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808472 4 0.0880 0.87585 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612755 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365808 5 0.2605 0.74920 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1391724 4 0.4192 0.65514 0.000 0.032 0.232 0.736 0.000
#> SRR1322373 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612887 4 0.3274 0.71111 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663112 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346933 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603092 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.3876 0.52530 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1070015 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466222 3 0.1908 0.84856 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1416119 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819318 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607839 5 0.2127 0.75609 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1337031 1 0.3876 0.52530 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR601311 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406685 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467500 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308504 5 0.3305 0.66403 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1312865 3 0.4138 0.35595 0.000 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR1312522 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.1892 0.85539 0.004 0.916 0.080 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 5 0.3109 0.68827 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1098785 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.3336 0.63888 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR601900 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368754 1 0.3932 0.44414 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.92883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326249 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614948 5 0.0000 0.79415 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472952 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.80343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627447 3 0.0000 0.94249 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612239 4 0.0000 0.89591 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603858 5 0.3460 0.6178 0.000 0.020 0.220 0.000 0.760 0.000
#> SRR817070 4 0.1267 0.8557 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1486995 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.2300 0.7916 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR659037 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662031 1 0.3652 0.6988 0.768 0.000 0.000 0.000 0.044 0.188
#> SRR1081283 4 0.2178 0.8655 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1481036 3 0.3534 0.7183 0.000 0.124 0.800 0.076 0.000 0.000
#> SRR1434009 2 0.2793 0.7207 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1376676 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1396967 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665429 2 0.3659 0.4160 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1388025 4 0.2135 0.8583 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR600784 3 0.0937 0.8947 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR657611 1 0.3450 0.6898 0.780 0.000 0.000 0.000 0.032 0.188
#> SRR1333659 5 0.3746 0.7851 0.048 0.000 0.000 0.000 0.760 0.192
#> SRR1323896 2 0.3860 0.0661 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000 0.000
#> SRR1453971 5 0.3746 0.7851 0.048 0.000 0.000 0.000 0.760 0.192
#> SRR1421010 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1334490 3 0.0632 0.9054 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1309468 1 0.3175 0.4679 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1468637 5 0.4235 0.7917 0.084 0.000 0.000 0.000 0.724 0.192
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607863 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475524 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1405504 4 0.1196 0.8673 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008 0.000
#> SRR615695 6 0.1007 0.7714 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR600900 4 0.2822 0.8577 0.000 0.040 0.000 0.852 0.108 0.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.2358 0.8292 0.000 0.876 0.000 0.016 0.108 0.000
#> SRR1362713 6 0.3288 0.4171 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1431385 1 0.3221 0.6500 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357210 6 0.3531 0.6749 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR657659 2 0.0260 0.9277 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR663573 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603188 4 0.1444 0.8472 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627457 1 0.1297 0.7095 0.948 0.000 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.2730 0.7019 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1457750 5 0.4282 0.7912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.720 0.192
#> SRR1099546 1 0.2001 0.6971 0.912 0.000 0.000 0.000 0.040 0.048
#> SRR604480 2 0.0146 0.9304 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.2048 0.8192 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612791 1 0.2001 0.6971 0.912 0.000 0.000 0.000 0.040 0.048
#> SRR1470580 3 0.0632 0.8980 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444063 1 0.1075 0.7046 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1355578 6 0.0000 0.7475 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429203 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR599154 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814244 5 0.4252 0.7917 0.088 0.000 0.000 0.000 0.724 0.188
#> SRR1404123 4 0.0790 0.8779 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR656934 4 0.0937 0.8610 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.2003 0.8662 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1443677 1 0.3101 0.7017 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1406330 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1338124 3 0.0146 0.9159 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391376 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1395699 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.5838 -0.0853 0.440 0.000 0.000 0.000 0.368 0.192
#> SRR1359469 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR658885 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.2823 0.6983 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR603620 5 0.3288 0.5556 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR604677 3 0.0146 0.9171 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603800 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602058 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655601 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615129 5 0.4282 0.7912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.720 0.192
#> SRR607586 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.1910 0.8404 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489416 4 0.2260 0.8642 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1479155 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR662162 1 0.2730 0.7019 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1374567 3 0.1075 0.8897 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.2730 0.7019 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR615551 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 4 0.3672 0.4327 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR1370216 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662954 5 0.3017 0.7238 0.084 0.000 0.000 0.000 0.844 0.072
#> SRR1375738 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356577 3 0.5507 0.1279 0.000 0.000 0.448 0.128 0.424 0.000
#> SRR1073119 3 0.3797 0.3093 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR663549 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811866 3 0.0146 0.9171 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477797 4 0.2260 0.8642 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1402986 2 0.2793 0.7207 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR658897 5 0.4282 0.7912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.720 0.192
#> SRR1419869 3 0.4252 0.3694 0.024 0.000 0.604 0.000 0.372 0.000
#> SRR1490700 5 0.4282 0.7912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.720 0.192
#> SRR601723 4 0.1327 0.8530 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1384115 4 0.3659 0.4747 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1476927 4 0.2260 0.8642 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1387769 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322595 5 0.4032 0.7904 0.068 0.000 0.000 0.000 0.740 0.192
#> SRR1370423 2 0.3765 0.2777 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314976 4 0.6795 0.4883 0.000 0.084 0.224 0.488 0.204 0.000
#> SRR1319560 5 0.3309 0.5523 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1352683 3 0.3405 0.5312 0.000 0.272 0.724 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473800 6 0.1007 0.7714 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1326384 4 0.1444 0.8408 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1360807 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1332544 1 0.1930 0.6983 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.048
#> SRR598695 1 0.3076 0.4940 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR807824 2 0.2823 0.7045 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000 0.000
#> SRR809296 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657927 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.1564 0.8809 0.000 0.936 0.000 0.040 0.024 0.000
#> SRR1454415 2 0.4109 0.4800 0.000 0.648 0.000 0.328 0.024 0.000
#> SRR1419131 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1404293 6 0.3330 0.4027 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1473340 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345563 6 0.0000 0.7475 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 3 0.3309 0.5580 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.4209 0.2759 0.000 0.596 0.020 0.000 0.384 0.000
#> SRR1417088 4 0.1444 0.8748 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1433027 2 0.1564 0.8809 0.000 0.936 0.000 0.040 0.024 0.000
#> SRR662257 4 0.0790 0.8707 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR600417 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR812493 4 0.0260 0.8778 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR612743 3 0.0146 0.9171 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1361345 1 0.2883 0.6947 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR600584 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310520 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334074 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.1387 0.6943 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1433841 5 0.5413 0.6123 0.228 0.000 0.000 0.000 0.580 0.192
#> SRR1366837 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.3531 0.4916 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1459055 6 0.0000 0.7475 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814703 4 0.2378 0.7742 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR661937 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614359 1 0.2001 0.6971 0.912 0.000 0.000 0.000 0.040 0.048
#> SRR1071568 2 0.3309 0.5916 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098998 6 0.3620 0.5953 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1481279 1 0.2730 0.7019 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1315103 5 0.5434 0.6052 0.232 0.000 0.000 0.000 0.576 0.192
#> SRR1099286 1 0.1007 0.7108 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2166570 4 0.1444 0.8472 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR601445 1 0.2730 0.7019 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1439719 4 0.1418 0.8728 0.000 0.032 0.000 0.944 0.024 0.000
#> SRR1377026 4 0.0632 0.8779 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1327386 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR654826 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.4954 0.6059 0.000 0.232 0.000 0.640 0.128 0.000
#> SRR1469345 1 0.2979 0.7031 0.804 0.000 0.004 0.000 0.004 0.188
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662966 5 0.3376 0.6211 0.016 0.000 0.220 0.000 0.764 0.000
#> SRR1339175 1 0.2001 0.6971 0.912 0.000 0.000 0.000 0.040 0.048
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0146 0.9304 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342023 6 0.3737 0.1273 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1335670 1 0.2838 0.7025 0.808 0.000 0.000 0.000 0.004 0.188
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0260 0.9275 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1442822 6 0.0790 0.7661 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1364658 3 0.1644 0.8743 0.028 0.000 0.932 0.000 0.040 0.000
#> SRR1098074 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442778 1 0.2730 0.7019 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1086728 3 0.3747 0.3718 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000 0.000
#> SRR627464 1 0.3912 0.4984 0.732 0.224 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1409193 5 0.4252 0.7917 0.088 0.000 0.000 0.000 0.724 0.188
#> SRR2168286 4 0.0790 0.8707 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR615539 4 0.1204 0.8590 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR663623 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471989 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.3083 0.7793 0.000 0.828 0.000 0.040 0.132 0.000
#> SRR1381934 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471098 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314749 3 0.0146 0.9171 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2166874 5 0.4294 0.5597 0.000 0.248 0.000 0.060 0.692 0.000
#> SRR821302 3 0.5117 0.2812 0.092 0.000 0.548 0.000 0.360 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419784 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441889 1 0.3288 0.4341 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1413940 6 0.0000 0.7475 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324250 4 0.5058 0.5586 0.000 0.292 0.000 0.600 0.108 0.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662474 4 0.0632 0.8779 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1416226 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417404 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR665466 4 0.0632 0.8779 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR658849 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.2605 0.8631 0.000 0.028 0.000 0.864 0.108 0.000
#> SRR1408136 6 0.2454 0.5857 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488429 3 0.2854 0.6663 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087559 5 0.4252 0.7917 0.088 0.000 0.000 0.000 0.724 0.188
#> SRR817004 1 0.5748 0.0924 0.492 0.000 0.000 0.000 0.316 0.192
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604390 3 0.1327 0.8566 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR614936 2 0.3384 0.7594 0.000 0.812 0.000 0.068 0.120 0.000
#> SRR1365938 6 0.3351 0.3952 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1437324 6 0.0000 0.7475 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613414 4 0.4408 0.5016 0.000 0.320 0.000 0.636 0.044 0.000
#> SRR660414 4 0.2823 0.7019 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1452185 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1347020 5 0.3076 0.6014 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1398036 4 0.2135 0.8583 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1436674 1 0.1075 0.7046 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR603750 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608630 4 0.2815 0.8541 0.000 0.032 0.000 0.848 0.120 0.000
#> SRR655625 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR599059 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615189 5 0.4116 0.7786 0.048 0.024 0.000 0.000 0.764 0.164
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1335422 1 0.1444 0.7121 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385300 3 0.0363 0.9126 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR654814 1 0.1075 0.7046 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR658385 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820596 5 0.3989 0.5821 0.044 0.000 0.236 0.000 0.720 0.000
#> SRR1318118 5 0.4313 0.7658 0.084 0.000 0.004 0.000 0.728 0.184
#> SRR1480766 4 0.0632 0.8779 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1406539 5 0.4085 0.7760 0.072 0.000 0.000 0.000 0.736 0.192
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.2883 0.8375 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1448051 1 0.1556 0.6889 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1326752 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809065 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415872 4 0.0937 0.8655 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1415463 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381161 4 0.0260 0.8778 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1442231 5 0.4282 0.7912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.720 0.192
#> SRR1374696 5 0.4516 0.7883 0.068 0.000 0.020 0.000 0.724 0.188
#> SRR1451988 2 0.3578 0.4478 0.000 0.660 0.340 0.000 0.000 0.000
#> SRR660555 1 0.3482 0.3579 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR657801 1 0.3428 0.3846 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR663344 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 4 0.0146 0.8774 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1406176 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498337 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR613066 3 0.4109 0.4836 0.024 0.000 0.648 0.000 0.328 0.000
#> SRR1309490 1 0.3695 0.0525 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR602492 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1447347 3 0.3867 0.1035 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1475546 2 0.2692 0.7846 0.000 0.840 0.000 0.148 0.012 0.000
#> SRR627459 4 0.2823 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1434332 2 0.2176 0.8501 0.000 0.896 0.000 0.080 0.024 0.000
#> SRR1070358 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1345936 4 0.2003 0.8662 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321351 4 0.1444 0.8472 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.1564 0.8809 0.000 0.936 0.000 0.040 0.024 0.000
#> SRR657396 5 0.3797 0.3117 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR660981 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818499 6 0.3789 0.4859 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR819658 2 0.2631 0.7470 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1376316 6 0.1957 0.7821 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1323723 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476719 1 0.3587 0.6842 0.772 0.000 0.000 0.000 0.040 0.188
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352391 5 0.3715 0.6486 0.048 0.000 0.188 0.000 0.764 0.000
#> SRR1498813 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR627437 4 0.5662 0.3880 0.000 0.364 0.000 0.476 0.160 0.000
#> SRR2185097 1 0.3618 0.6987 0.768 0.000 0.000 0.000 0.040 0.192
#> SRR817166 2 0.5307 0.1616 0.000 0.512 0.380 0.000 0.108 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603776 3 0.0146 0.9171 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479640 4 0.0260 0.8778 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR660152 3 0.0937 0.8947 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392502 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359609 6 0.0260 0.7529 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR601925 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.3737 0.3297 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR608542 4 0.2135 0.8583 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR655064 4 0.1910 0.8668 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1432430 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808472 4 0.0790 0.8707 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612755 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365808 6 0.1007 0.7714 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1391724 4 0.3583 0.8479 0.000 0.032 0.040 0.820 0.108 0.000
#> SRR1322373 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627427 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR612887 4 0.1124 0.8694 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008 0.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663112 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346933 5 0.4282 0.7912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.720 0.192
#> SRR1487910 5 0.4282 0.7912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.720 0.192
#> SRR603092 4 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1417680 4 0.0632 0.8779 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1383785 1 0.1930 0.6983 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.048
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466222 3 0.1714 0.8247 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416119 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819318 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608288 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810483 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607839 6 0.3409 0.6755 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1337031 1 0.1075 0.7046 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR601311 2 0.2883 0.7271 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1406685 4 0.2003 0.8662 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1467500 4 0.0790 0.8779 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1308504 1 0.3175 0.4791 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1312865 3 0.3717 0.3502 0.000 0.384 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312522 3 0.0547 0.9079 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1490486 5 0.3659 0.4518 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1325888 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.3869 -0.2579 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1098785 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084766 4 0.1765 0.8761 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.0632 0.9055 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1347795 1 0.3464 0.6899 0.808 0.000 0.000 0.000 0.108 0.084
#> SRR601900 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 4 0.0000 0.8769 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368754 1 0.3989 0.5174 0.720 0.000 0.236 0.000 0.044 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1326249 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614948 6 0.2730 0.7805 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1472952 3 0.0000 0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.3333 0.6902 0.784 0.000 0.000 0.000 0.024 0.192
#> SRR627447 3 0.0937 0.8947 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR612239 4 0.1663 0.8724 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.994 0.969 0.986 0.4793 0.523 0.523
#> 3 3 0.710 0.817 0.882 0.2966 0.860 0.737
#> 4 4 0.718 0.731 0.857 0.1687 0.840 0.616
#> 5 5 0.731 0.797 0.866 0.0726 0.893 0.642
#> 6 6 0.709 0.613 0.750 0.0375 0.972 0.877
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR603858 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR817070 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1486995 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR659037 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR662031 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1081283 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1481036 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.1633 0.968 0.024 0.976
#> SRR600784 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR657611 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1333659 1 0.5946 0.837 0.856 0.144
#> SRR1323896 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1334490 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627445 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1102079 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.3114 0.937 0.056 0.944
#> SRR663573 1 0.6048 0.832 0.852 0.148
#> SRR603188 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627457 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1099546 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1470580 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1444063 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR656934 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.8661 0.591 0.288 0.712
#> SRR1443677 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1338124 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1391376 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1395699 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR658885 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR603620 1 0.8081 0.682 0.752 0.248
#> SRR604677 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR603800 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> SRR602058 2 0.2603 0.949 0.044 0.956
#> SRR817488 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR615129 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR607586 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.1184 0.975 0.016 0.984
#> SRR663038 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1374567 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2184865 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1370216 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR662954 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1375738 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1356577 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1073119 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR663549 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.9686 0.334 0.396 0.604
#> SRR811866 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1477797 1 0.6531 0.806 0.832 0.168
#> SRR1402986 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1419869 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1490700 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR601723 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1384115 1 0.5629 0.851 0.868 0.132
#> SRR1476927 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1387769 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1322595 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1370423 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1314976 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1319560 1 0.9775 0.315 0.588 0.412
#> SRR1352683 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1326384 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1360807 1 0.1633 0.964 0.976 0.024
#> SRR1332544 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR807824 1 0.6343 0.816 0.840 0.160
#> SRR809296 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR657927 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1419131 1 0.3733 0.918 0.928 0.072
#> SRR1404293 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1473340 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1480697 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.5946 0.834 0.144 0.856
#> SRR1417088 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.2043 0.960 0.032 0.968
#> SRR600417 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR812493 1 0.5842 0.842 0.860 0.140
#> SRR612743 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1310520 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1395595 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1334074 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1366837 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603004 1 0.0938 0.974 0.988 0.012
#> SRR814703 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1389084 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1337624 1 0.2236 0.953 0.964 0.036
#> SRR1344400 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2166570 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1460433 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1469345 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662966 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1339175 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1400955 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1098074 1 0.8499 0.637 0.724 0.276
#> SRR1442778 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1086728 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR627464 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1409193 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2168286 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR663623 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1471989 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1468828 2 0.5178 0.869 0.116 0.884
#> SRR1381934 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1471098 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1314749 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2166874 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR821302 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1446546 1 0.5294 0.865 0.880 0.120
#> SRR1419784 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1416226 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1417404 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658849 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1460025 1 0.5842 0.842 0.860 0.140
#> SRR1408136 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1374092 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1488429 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR817004 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR604390 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR614936 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1365938 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR613414 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR660414 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR603750 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR608630 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR655625 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR599059 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR615189 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1084602 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1385300 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR820596 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1318118 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1480766 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.4022 0.911 0.080 0.920
#> SRR1448051 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1326752 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR665217 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661517 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR809065 1 0.4562 0.892 0.904 0.096
#> SRR1415872 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1415463 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1442231 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1374696 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1451988 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1406176 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR656886 1 0.5408 0.861 0.876 0.124
#> SRR1498337 2 0.6343 0.810 0.160 0.840
#> SRR613066 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1447347 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627459 1 0.2603 0.946 0.956 0.044
#> SRR1434332 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1345936 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR657396 1 0.9977 0.123 0.528 0.472
#> SRR660981 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.3879 0.916 0.076 0.924
#> SRR1476719 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1095695 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1498813 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627437 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2185097 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR817166 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603776 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660152 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1392502 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR655064 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1432430 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1414958 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR612755 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1391724 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1322373 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR612887 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR809807 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR663112 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1346933 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1466222 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1416119 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR819318 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR608288 2 0.3431 0.929 0.064 0.936
#> SRR811121 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR810483 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.4431 0.897 0.092 0.908
#> SRR1406685 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1312865 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1312522 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1325888 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1084766 1 0.3733 0.918 0.928 0.072
#> SRR1102804 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1336636 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1347795 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1330989 1 0.4690 0.888 0.900 0.100
#> SRR658445 1 0.8861 0.579 0.696 0.304
#> SRR1368754 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1326249 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1472952 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR627447 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR612239 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR603858 1 0.1529 0.8224 0.960 0.000 0.040
#> SRR817070 2 0.2448 0.9205 0.000 0.924 0.076
#> SRR1486995 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR813043 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.0237 0.9390 0.000 0.996 0.004
#> SRR659037 1 0.5948 0.5895 0.640 0.000 0.360
#> SRR662031 1 0.1289 0.8228 0.968 0.000 0.032
#> SRR1081283 2 0.4605 0.7950 0.000 0.796 0.204
#> SRR1481036 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1434009 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376676 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1396967 2 0.0424 0.9364 0.000 0.992 0.008
#> SRR665429 2 0.0592 0.9377 0.000 0.988 0.012
#> SRR1388025 2 0.9379 0.2421 0.208 0.504 0.288
#> SRR600784 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR657611 1 0.1753 0.8223 0.952 0.000 0.048
#> SRR1333659 1 0.5967 0.5988 0.752 0.216 0.032
#> SRR1323896 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453971 1 0.1031 0.8242 0.976 0.000 0.024
#> SRR1421010 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1334490 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1309468 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1468637 1 0.1163 0.8243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR627445 3 0.5327 0.7406 0.272 0.000 0.728
#> SRR607863 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR1475524 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1405504 2 0.1753 0.9295 0.000 0.952 0.048
#> SRR615695 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR600900 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR601477 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.0747 0.8240 0.984 0.000 0.016
#> SRR1431385 1 0.1031 0.8248 0.976 0.000 0.024
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 1 0.5706 0.6122 0.680 0.000 0.320
#> SRR1357210 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR657659 2 0.5191 0.8032 0.112 0.828 0.060
#> SRR663573 1 0.8573 0.4191 0.524 0.104 0.372
#> SRR603188 2 0.1411 0.9326 0.000 0.964 0.036
#> SRR1471200 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 1 0.0592 0.8252 0.988 0.000 0.012
#> SRR1367654 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488410 1 0.0892 0.8211 0.980 0.000 0.020
#> SRR1457750 1 0.1163 0.8243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1099546 1 0.1163 0.8222 0.972 0.000 0.028
#> SRR604480 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR612791 1 0.1163 0.8222 0.972 0.000 0.028
#> SRR1470580 3 0.3941 0.9280 0.156 0.000 0.844
#> SRR1444063 1 0.1031 0.8242 0.976 0.000 0.024
#> SRR1355578 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1429203 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR599154 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR814244 1 0.1031 0.8242 0.976 0.000 0.024
#> SRR1404123 2 0.2448 0.9205 0.000 0.924 0.076
#> SRR656934 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1339029 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR821525 1 0.9716 0.2022 0.428 0.228 0.344
#> SRR1443677 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1406330 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1338124 1 0.2711 0.8075 0.912 0.000 0.088
#> SRR1391376 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR661842 2 0.6373 0.6572 0.028 0.704 0.268
#> SRR1395699 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1312209 1 0.1964 0.8208 0.944 0.000 0.056
#> SRR1359469 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR658885 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1414578 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR603620 1 0.4618 0.7198 0.840 0.136 0.024
#> SRR604677 1 0.5016 0.7038 0.760 0.000 0.240
#> SRR603800 3 0.5263 0.8602 0.088 0.084 0.828
#> SRR602058 2 0.9240 0.3183 0.244 0.532 0.224
#> SRR817488 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR655601 2 0.2448 0.9205 0.000 0.924 0.076
#> SRR1434821 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR615129 1 0.1163 0.8243 0.972 0.000 0.028
#> SRR607586 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.3993 0.8764 0.052 0.884 0.064
#> SRR663038 2 0.0892 0.9298 0.000 0.980 0.020
#> SRR1489416 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR1479155 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR662162 1 0.1411 0.8234 0.964 0.000 0.036
#> SRR1374567 1 0.2165 0.8199 0.936 0.000 0.064
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 1 0.6026 0.5760 0.624 0.000 0.376
#> SRR2170135 1 0.1529 0.8233 0.960 0.000 0.040
#> SRR615551 2 0.0237 0.9386 0.000 0.996 0.004
#> SRR1335513 2 0.0892 0.9362 0.000 0.980 0.020
#> SRR1370216 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR662954 1 0.2486 0.8186 0.932 0.008 0.060
#> SRR1375738 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1356577 1 0.5882 0.6113 0.652 0.000 0.348
#> SRR1073119 1 0.1529 0.8224 0.960 0.000 0.040
#> SRR663549 1 0.5760 0.6083 0.672 0.000 0.328
#> SRR1478015 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR600632 1 0.7044 0.4013 0.620 0.348 0.032
#> SRR811866 1 0.5706 0.6261 0.680 0.000 0.320
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477797 1 0.7671 0.5101 0.568 0.052 0.380
#> SRR1402986 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR658897 1 0.1031 0.8242 0.976 0.000 0.024
#> SRR1419869 1 0.2066 0.8210 0.940 0.000 0.060
#> SRR1490700 1 0.1964 0.8208 0.944 0.000 0.056
#> SRR601723 1 0.6026 0.5770 0.624 0.000 0.376
#> SRR1384115 1 0.7925 0.5071 0.584 0.072 0.344
#> SRR1476927 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR1387769 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1322595 1 0.1031 0.8242 0.976 0.000 0.024
#> SRR1370423 3 0.3816 0.9289 0.148 0.000 0.852
#> SRR1314976 1 0.5882 0.6113 0.652 0.000 0.348
#> SRR1319560 1 0.5643 0.6103 0.760 0.220 0.020
#> SRR1352683 1 0.5098 0.6828 0.752 0.000 0.248
#> SRR1473800 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1326384 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1360807 1 0.7032 0.5609 0.604 0.028 0.368
#> SRR1332544 1 0.1289 0.8221 0.968 0.000 0.032
#> SRR598695 1 0.1529 0.8159 0.960 0.000 0.040
#> SRR807824 2 0.7360 0.1607 0.440 0.528 0.032
#> SRR809296 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR657927 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1440682 2 0.2448 0.9205 0.000 0.924 0.076
#> SRR1454415 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR1419131 1 0.7032 0.5609 0.604 0.028 0.368
#> SRR1404293 1 0.0747 0.8240 0.984 0.000 0.016
#> SRR1473340 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1345563 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480697 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.4551 0.7906 0.132 0.844 0.024
#> SRR1417088 2 0.2625 0.9166 0.000 0.916 0.084
#> SRR1433027 2 0.2537 0.9187 0.000 0.920 0.080
#> SRR662257 2 0.3129 0.9090 0.008 0.904 0.088
#> SRR600417 2 0.3686 0.8708 0.000 0.860 0.140
#> SRR812493 1 0.7410 0.5242 0.576 0.040 0.384
#> SRR612743 1 0.5650 0.6298 0.688 0.000 0.312
#> SRR1361345 1 0.1753 0.8223 0.952 0.000 0.048
#> SRR600584 2 0.2448 0.9205 0.000 0.924 0.076
#> SRR1310520 1 0.6843 0.6004 0.640 0.028 0.332
#> SRR1395595 3 0.3816 0.9289 0.148 0.000 0.852
#> SRR1334074 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR654838 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1433841 1 0.1163 0.8243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1366837 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1467479 2 0.0592 0.9377 0.000 0.988 0.012
#> SRR1459055 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 3 0.5344 0.8610 0.092 0.084 0.824
#> SRR814703 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR661937 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR614359 1 0.1163 0.8222 0.972 0.000 0.028
#> SRR1071568 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1337624 1 0.4887 0.7466 0.844 0.096 0.060
#> SRR1344400 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0237 0.9386 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098998 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1481279 1 0.1031 0.8218 0.976 0.000 0.024
#> SRR1315103 1 0.1753 0.8223 0.952 0.000 0.048
#> SRR1099286 1 0.0592 0.8252 0.988 0.000 0.012
#> SRR2166570 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR601445 1 0.0892 0.8211 0.980 0.000 0.020
#> SRR1439719 2 0.2537 0.9187 0.000 0.920 0.080
#> SRR1377026 2 0.2537 0.9187 0.000 0.920 0.080
#> SRR1327386 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR654826 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460433 1 0.6726 0.6058 0.644 0.024 0.332
#> SRR1469345 1 0.1643 0.8231 0.956 0.000 0.044
#> SRR1421462 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR662966 1 0.1529 0.8240 0.960 0.000 0.040
#> SRR1339175 1 0.0892 0.8211 0.980 0.000 0.020
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342023 1 0.1031 0.8239 0.976 0.000 0.024
#> SRR1335670 1 0.1753 0.8223 0.952 0.000 0.048
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.1636 0.9217 0.020 0.964 0.016
#> SRR1442822 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1364658 3 0.3941 0.9324 0.156 0.000 0.844
#> SRR1098074 3 0.6737 0.5993 0.040 0.272 0.688
#> SRR1442778 1 0.0892 0.8211 0.980 0.000 0.020
#> SRR1086728 3 0.3816 0.9289 0.148 0.000 0.852
#> SRR627464 1 0.0747 0.8248 0.984 0.000 0.016
#> SRR1409193 1 0.1964 0.8208 0.944 0.000 0.056
#> SRR2168286 1 0.5968 0.5864 0.636 0.000 0.364
#> SRR615539 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR663623 1 0.5733 0.6101 0.676 0.000 0.324
#> SRR1471989 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1468828 2 0.9228 0.2509 0.316 0.508 0.176
#> SRR1381934 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1471098 1 0.5254 0.6685 0.736 0.000 0.264
#> SRR1314749 1 0.3686 0.7811 0.860 0.000 0.140
#> SRR2166874 1 0.2550 0.8185 0.932 0.012 0.056
#> SRR821302 1 0.4002 0.7679 0.840 0.000 0.160
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446546 3 0.5339 0.8466 0.080 0.096 0.824
#> SRR1419784 1 0.5706 0.6122 0.680 0.000 0.320
#> SRR1357233 2 0.0424 0.9376 0.000 0.992 0.008
#> SRR1441889 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1413940 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1324250 2 0.2066 0.9259 0.000 0.940 0.060
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR662474 2 0.2448 0.9205 0.000 0.924 0.076
#> SRR1416226 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1417404 1 0.5882 0.6113 0.652 0.000 0.348
#> SRR665466 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR658849 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1460025 1 0.9118 0.3535 0.496 0.152 0.352
#> SRR1408136 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1489995 2 0.0661 0.9365 0.004 0.988 0.008
#> SRR1374092 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1488429 3 0.3816 0.9289 0.148 0.000 0.852
#> SRR1087559 1 0.1163 0.8243 0.972 0.000 0.028
#> SRR817004 1 0.1031 0.8242 0.976 0.000 0.024
#> SRR1429660 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR604390 3 0.3816 0.9289 0.148 0.000 0.852
#> SRR614936 1 0.3850 0.7958 0.884 0.028 0.088
#> SRR1365938 1 0.1163 0.8243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1437324 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR613414 1 0.6794 0.6076 0.648 0.028 0.324
#> SRR660414 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1452185 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1347020 1 0.1529 0.8224 0.960 0.000 0.040
#> SRR1398036 2 0.2796 0.9120 0.000 0.908 0.092
#> SRR1436674 1 0.0892 0.8211 0.980 0.000 0.020
#> SRR603750 3 0.5497 0.6951 0.292 0.000 0.708
#> SRR608630 1 0.6229 0.6131 0.652 0.008 0.340
#> SRR655625 2 0.3686 0.8708 0.000 0.860 0.140
#> SRR599059 1 0.4379 0.7813 0.868 0.072 0.060
#> SRR615189 1 0.1751 0.8227 0.960 0.012 0.028
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084602 1 0.6527 0.5360 0.588 0.008 0.404
#> SRR1335422 1 0.1031 0.8204 0.976 0.000 0.024
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385300 1 0.2878 0.8088 0.904 0.000 0.096
#> SRR654814 1 0.0892 0.8211 0.980 0.000 0.020
#> SRR658385 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR820596 1 0.1753 0.8220 0.952 0.000 0.048
#> SRR1318118 1 0.2165 0.8192 0.936 0.000 0.064
#> SRR1480766 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR1406539 1 0.1031 0.8242 0.976 0.000 0.024
#> SRR1341833 2 0.0237 0.9386 0.000 0.996 0.004
#> SRR1441826 2 0.9871 -0.1295 0.256 0.376 0.368
#> SRR1448051 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1326752 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR665217 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR819186 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR661517 3 0.3816 0.9360 0.148 0.000 0.852
#> SRR607166 2 0.1919 0.9133 0.024 0.956 0.020
#> SRR809065 1 0.7001 0.5379 0.588 0.024 0.388
#> SRR1415872 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR1415463 3 0.4974 0.8076 0.236 0.000 0.764
#> SRR1381161 2 0.2448 0.9205 0.000 0.924 0.076
#> SRR1442231 1 0.2066 0.8203 0.940 0.000 0.060
#> SRR1374696 1 0.3267 0.7971 0.884 0.000 0.116
#> SRR1451988 3 0.3816 0.9289 0.148 0.000 0.852
#> SRR660555 1 0.1529 0.8159 0.960 0.000 0.040
#> SRR657801 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR663344 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR1406176 1 0.2066 0.8178 0.940 0.000 0.060
#> SRR656886 3 0.5075 0.8762 0.096 0.068 0.836
#> SRR1498337 2 0.9925 -0.0843 0.280 0.384 0.336
#> SRR613066 1 0.1643 0.8231 0.956 0.000 0.044
#> SRR1309490 1 0.1529 0.8159 0.960 0.000 0.040
#> SRR602492 2 0.7272 0.6554 0.096 0.700 0.204
#> SRR1447347 1 0.1964 0.8219 0.944 0.000 0.056
#> SRR1475546 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR627459 1 0.7001 0.5379 0.588 0.024 0.388
#> SRR1434332 2 0.2066 0.9259 0.000 0.940 0.060
#> SRR1070358 2 0.2448 0.9205 0.000 0.924 0.076
#> SRR1345936 1 0.6154 0.5439 0.592 0.000 0.408
#> SRR665658 2 0.1337 0.9276 0.012 0.972 0.016
#> SRR1321351 2 0.2356 0.9220 0.000 0.928 0.072
#> SRR657880 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373903 2 0.2537 0.9187 0.000 0.920 0.080
#> SRR657396 1 0.6217 0.5412 0.712 0.264 0.024
#> SRR660981 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR818499 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR819658 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1323723 2 0.3434 0.8668 0.032 0.904 0.064
#> SRR1476719 1 0.1643 0.8231 0.956 0.000 0.044
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.3816 0.9289 0.148 0.000 0.852
#> SRR1352391 1 0.1529 0.8224 0.960 0.000 0.040
#> SRR1498813 2 0.4615 0.8476 0.020 0.836 0.144
#> SRR627437 1 0.6473 0.6117 0.652 0.016 0.332
#> SRR2185097 1 0.1643 0.8231 0.956 0.000 0.044
#> SRR817166 1 0.6045 0.4877 0.620 0.000 0.380
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR603776 1 0.5650 0.6298 0.688 0.000 0.312
#> SRR1479640 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR660152 1 0.2878 0.8085 0.904 0.000 0.096
#> SRR1074769 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR656153 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR1392502 1 0.5733 0.6112 0.676 0.000 0.324
#> SRR1359609 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR601925 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.1031 0.9353 0.000 0.976 0.024
#> SRR608542 2 0.2711 0.9146 0.000 0.912 0.088
#> SRR655064 1 0.6154 0.5439 0.592 0.000 0.408
#> SRR1432430 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR808472 2 0.2878 0.9088 0.000 0.904 0.096
#> SRR1414958 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR598484 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR612755 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1365808 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1391724 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR1322373 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1489265 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR627427 1 0.1031 0.8210 0.976 0.000 0.024
#> SRR612887 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR809807 3 0.4326 0.9258 0.144 0.012 0.844
#> SRR663112 3 0.3816 0.9289 0.148 0.000 0.852
#> SRR1346933 1 0.1163 0.8243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1487910 1 0.1031 0.8242 0.976 0.000 0.024
#> SRR603092 2 0.3340 0.8897 0.000 0.880 0.120
#> SRR1417680 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR1383785 1 0.1289 0.8221 0.968 0.000 0.032
#> SRR1070015 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466222 3 0.3816 0.9289 0.148 0.000 0.852
#> SRR1416119 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR819318 1 0.5560 0.6332 0.700 0.000 0.300
#> SRR608288 2 0.3237 0.8713 0.056 0.912 0.032
#> SRR811121 3 0.4859 0.9007 0.116 0.044 0.840
#> SRR613138 2 0.0237 0.9386 0.000 0.996 0.004
#> SRR810483 1 0.5810 0.6056 0.664 0.000 0.336
#> SRR607839 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1337031 1 0.0892 0.8211 0.980 0.000 0.020
#> SRR601311 2 0.6807 0.6835 0.172 0.736 0.092
#> SRR1406685 2 0.2448 0.9205 0.000 0.924 0.076
#> SRR1467500 2 0.2537 0.9187 0.000 0.920 0.080
#> SRR1308504 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1312865 3 0.3816 0.9289 0.148 0.000 0.852
#> SRR1312522 1 0.3412 0.7783 0.876 0.000 0.124
#> SRR1490486 2 0.2550 0.8968 0.040 0.936 0.024
#> SRR1325888 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1472885 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1098785 2 0.2261 0.9232 0.000 0.932 0.068
#> SRR1084766 1 0.7099 0.5354 0.588 0.028 0.384
#> SRR1102804 2 0.0237 0.9386 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336636 1 0.5098 0.6906 0.752 0.000 0.248
#> SRR1347795 1 0.1163 0.8222 0.972 0.000 0.028
#> SRR601900 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330989 1 0.6783 0.5361 0.588 0.016 0.396
#> SRR658445 3 0.6521 0.6439 0.040 0.248 0.712
#> SRR1368754 1 0.1163 0.8222 0.972 0.000 0.028
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1326249 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR614948 1 0.1643 0.8144 0.956 0.000 0.044
#> SRR1472952 3 0.3752 0.9423 0.144 0.000 0.856
#> SRR1321528 1 0.0747 0.8240 0.984 0.000 0.016
#> SRR627447 3 0.4002 0.9262 0.160 0.000 0.840
#> SRR612239 1 0.6154 0.5439 0.592 0.000 0.408
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR603858 1 0.5110 0.6383 0.636 0.000 0.012 0.352
#> SRR817070 2 0.3427 0.8325 0.000 0.860 0.028 0.112
#> SRR1486995 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR813043 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656874 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR659037 4 0.4920 0.5311 0.004 0.000 0.368 0.628
#> SRR662031 1 0.2101 0.8426 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR1081283 4 0.5085 0.4702 0.000 0.260 0.032 0.708
#> SRR1481036 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1434009 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.1109 0.8941 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR665429 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1388025 4 0.3215 0.6314 0.000 0.092 0.032 0.876
#> SRR600784 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR657611 1 0.3751 0.7842 0.800 0.000 0.004 0.196
#> SRR1333659 1 0.8064 0.2312 0.428 0.224 0.012 0.336
#> SRR1323896 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1453971 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1365489 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627445 3 0.1022 0.7974 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR607863 2 0.1637 0.8836 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615695 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.3863 0.7953 0.000 0.828 0.028 0.144
#> SRR601477 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1487215 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362713 1 0.2593 0.8345 0.892 0.000 0.004 0.104
#> SRR1431385 1 0.2216 0.8383 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1379089 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1102079 3 0.5112 -0.1264 0.004 0.000 0.560 0.436
#> SRR1357210 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.6447 0.2413 0.068 0.484 0.000 0.448
#> SRR663573 4 0.3335 0.6798 0.000 0.020 0.120 0.860
#> SRR603188 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1471200 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310975 2 0.0469 0.9050 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR627457 1 0.2805 0.8333 0.888 0.000 0.012 0.100
#> SRR1367654 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488410 1 0.1743 0.8446 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1457750 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1099546 1 0.1888 0.8456 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR604480 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1390477 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1458447 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473161 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409813 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR612791 1 0.0469 0.8478 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470580 3 0.3649 0.6198 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1444063 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1355578 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR814244 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1404123 2 0.5404 0.5761 0.000 0.644 0.028 0.328
#> SRR656934 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1339029 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR821525 4 0.3156 0.6485 0.000 0.068 0.048 0.884
#> SRR1443677 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.7045 0.3419 0.148 0.000 0.544 0.308
#> SRR1391376 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR661842 4 0.3587 0.6270 0.000 0.104 0.040 0.856
#> SRR1395699 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1312209 1 0.3893 0.7827 0.796 0.000 0.008 0.196
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0707 0.8232 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 1 0.8050 0.1783 0.404 0.212 0.012 0.372
#> SRR604677 1 0.6537 0.6368 0.636 0.000 0.164 0.200
#> SRR603800 3 0.5964 0.5333 0.000 0.108 0.684 0.208
#> SRR602058 4 0.3342 0.6246 0.000 0.100 0.032 0.868
#> SRR817488 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655601 2 0.5022 0.6685 0.000 0.708 0.028 0.264
#> SRR1434821 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1349166 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615129 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR607586 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 2 0.6163 0.4550 0.060 0.576 0.000 0.364
#> SRR663038 2 0.0779 0.8989 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1489416 2 0.2402 0.8690 0.000 0.912 0.012 0.076
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.1743 0.8446 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1374567 3 0.4874 0.6312 0.180 0.000 0.764 0.056
#> SRR1434048 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2184865 4 0.3402 0.6651 0.004 0.000 0.164 0.832
#> SRR2170135 1 0.2101 0.8427 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR615551 2 0.0469 0.9050 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1335513 2 0.1733 0.8856 0.000 0.948 0.028 0.024
#> SRR1370216 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR662954 1 0.5290 0.5680 0.584 0.000 0.012 0.404
#> SRR1375738 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1356577 4 0.3962 0.6119 0.152 0.000 0.028 0.820
#> SRR1073119 1 0.4054 0.7890 0.796 0.000 0.016 0.188
#> SRR663549 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1478015 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR600632 2 0.8130 -0.0332 0.232 0.392 0.012 0.364
#> SRR811866 4 0.6514 0.5124 0.212 0.000 0.152 0.636
#> SRR1401101 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477797 4 0.1716 0.6853 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1402986 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658897 1 0.3479 0.8157 0.840 0.000 0.012 0.148
#> SRR1419869 3 0.6235 0.1000 0.420 0.000 0.524 0.056
#> SRR1490700 1 0.4353 0.7598 0.756 0.000 0.012 0.232
#> SRR601723 4 0.2999 0.6788 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR1384115 4 0.4513 0.6636 0.000 0.076 0.120 0.804
#> SRR1476927 2 0.2255 0.8735 0.000 0.920 0.012 0.068
#> SRR1387769 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1322595 1 0.4868 0.6883 0.684 0.000 0.012 0.304
#> SRR1370423 3 0.1474 0.7884 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1314976 4 0.2773 0.6569 0.072 0.000 0.028 0.900
#> SRR1319560 4 0.8245 -0.0526 0.340 0.276 0.012 0.372
#> SRR1352683 1 0.6644 0.4742 0.520 0.000 0.088 0.392
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1360807 4 0.1151 0.6772 0.008 0.000 0.024 0.968
#> SRR1332544 1 0.0469 0.8478 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR598695 1 0.1059 0.8485 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR807824 2 0.8191 -0.0306 0.260 0.400 0.012 0.328
#> SRR809296 3 0.0921 0.8253 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR657927 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1440682 2 0.3764 0.7669 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1454415 2 0.1867 0.8776 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1419131 4 0.1151 0.6772 0.008 0.000 0.024 0.968
#> SRR1404293 1 0.2530 0.8352 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1473340 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480697 4 0.4920 0.5306 0.004 0.000 0.368 0.628
#> SRR1321808 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312558 2 0.5844 0.5141 0.048 0.648 0.004 0.300
#> SRR1417088 2 0.5716 0.3866 0.000 0.552 0.028 0.420
#> SRR1433027 2 0.4643 0.6002 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR662257 2 0.5677 0.5315 0.000 0.628 0.040 0.332
#> SRR600417 4 0.4934 0.4852 0.000 0.252 0.028 0.720
#> SRR812493 4 0.1557 0.6845 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR612743 4 0.5436 0.4967 0.024 0.000 0.356 0.620
#> SRR1361345 1 0.3751 0.7842 0.800 0.000 0.004 0.196
#> SRR600584 2 0.4057 0.7893 0.000 0.812 0.028 0.160
#> SRR1310520 4 0.1733 0.6763 0.024 0.000 0.028 0.948
#> SRR1395595 3 0.0000 0.8133 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334074 4 0.4313 0.6134 0.004 0.000 0.260 0.736
#> SRR654838 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376694 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1366837 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1467479 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1459055 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603004 3 0.6102 0.5162 0.000 0.116 0.672 0.212
#> SRR814703 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661937 2 0.1389 0.8899 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR614359 1 0.0469 0.8478 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1071568 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389084 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1337624 1 0.7868 0.2046 0.408 0.176 0.012 0.404
#> SRR1344400 2 0.0469 0.9050 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1414290 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413644 2 0.0469 0.9050 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.2021 0.8430 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR1315103 1 0.3751 0.7842 0.800 0.000 0.004 0.196
#> SRR1099286 1 0.5559 0.6568 0.696 0.000 0.240 0.064
#> SRR2166570 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR601445 1 0.1867 0.8436 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1439719 2 0.5442 0.5606 0.000 0.636 0.028 0.336
#> SRR1377026 2 0.5254 0.6199 0.000 0.672 0.028 0.300
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460433 4 0.1406 0.6771 0.016 0.000 0.024 0.960
#> SRR1469345 1 0.4259 0.7788 0.816 0.000 0.128 0.056
#> SRR1421462 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662966 1 0.5070 0.7164 0.748 0.000 0.192 0.060
#> SRR1339175 1 0.0524 0.8486 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660800 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465543 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1342023 1 0.2401 0.8376 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR1335670 1 0.3710 0.7859 0.804 0.000 0.004 0.192
#> SRR1400955 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1072150 2 0.2149 0.8577 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1098074 3 0.6752 0.3761 0.000 0.280 0.588 0.132
#> SRR1442778 1 0.1557 0.8452 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1086728 3 0.3266 0.6683 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR627464 1 0.6098 0.6696 0.676 0.000 0.200 0.124
#> SRR1409193 1 0.4576 0.7386 0.728 0.000 0.012 0.260
#> SRR2168286 4 0.3539 0.6592 0.004 0.000 0.176 0.820
#> SRR615539 2 0.0921 0.8992 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR663623 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1471989 3 0.0921 0.8251 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1468828 4 0.5355 0.1862 0.000 0.360 0.020 0.620
#> SRR1381934 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1471098 3 0.3732 0.7343 0.092 0.000 0.852 0.056
#> SRR1314749 1 0.6912 0.5739 0.592 0.000 0.216 0.192
#> SRR2166874 1 0.5378 0.4924 0.540 0.000 0.012 0.448
#> SRR821302 3 0.5663 0.4934 0.264 0.000 0.676 0.060
#> SRR1435066 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661601 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446546 3 0.6050 0.5218 0.000 0.112 0.676 0.212
#> SRR1419784 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1357233 2 0.3402 0.8031 0.004 0.832 0.000 0.164
#> SRR1441889 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1442862 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662474 2 0.5078 0.6584 0.000 0.700 0.028 0.272
#> SRR1416226 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1417404 4 0.2915 0.6532 0.080 0.000 0.028 0.892
#> SRR665466 2 0.1716 0.8814 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR658849 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1460025 4 0.4301 0.6648 0.000 0.064 0.120 0.816
#> SRR1408136 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.1743 0.8830 0.004 0.940 0.000 0.056
#> SRR1374092 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1488429 3 0.0000 0.8133 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087559 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR817004 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1429660 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR604390 3 0.0000 0.8133 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614936 4 0.5372 -0.2928 0.444 0.000 0.012 0.544
#> SRR1365938 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1437324 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.1284 0.6775 0.012 0.000 0.024 0.964
#> SRR660414 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.6313 0.6344 0.652 0.000 0.220 0.128
#> SRR1398036 4 0.5768 -0.1192 0.000 0.456 0.028 0.516
#> SRR1436674 1 0.1474 0.8459 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR603750 3 0.0921 0.8005 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR608630 4 0.2300 0.6686 0.048 0.000 0.028 0.924
#> SRR655625 4 0.5105 0.4357 0.000 0.276 0.028 0.696
#> SRR599059 4 0.8147 -0.0508 0.336 0.244 0.012 0.408
#> SRR615189 1 0.4957 0.6691 0.668 0.000 0.012 0.320
#> SRR1466889 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.1743 0.6861 0.004 0.000 0.056 0.940
#> SRR1335422 1 0.0376 0.8482 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1356805 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385300 1 0.6229 0.3071 0.528 0.000 0.416 0.056
#> SRR654814 1 0.0817 0.8486 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR658385 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR820596 1 0.4767 0.7371 0.724 0.000 0.020 0.256
#> SRR1318118 1 0.4019 0.7809 0.792 0.000 0.012 0.196
#> SRR1480766 2 0.2011 0.8726 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1406539 1 0.4212 0.7710 0.772 0.000 0.012 0.216
#> SRR1341833 2 0.0188 0.9067 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441826 4 0.2830 0.6720 0.000 0.040 0.060 0.900
#> SRR1448051 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0707 0.8232 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR665217 3 0.0817 0.8244 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR819186 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661517 3 0.0000 0.8133 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607166 2 0.1474 0.8853 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR809065 4 0.2704 0.6804 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1415872 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415463 3 0.1284 0.8064 0.012 0.000 0.964 0.024
#> SRR1381161 2 0.4361 0.7462 0.000 0.772 0.020 0.208
#> SRR1442231 1 0.5268 0.5792 0.592 0.000 0.012 0.396
#> SRR1374696 1 0.4882 0.7168 0.708 0.000 0.020 0.272
#> SRR1451988 3 0.1389 0.7913 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR660555 1 0.0188 0.8477 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657801 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472462 2 0.1389 0.8896 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1406176 3 0.7388 0.2894 0.192 0.000 0.504 0.304
#> SRR656886 3 0.5530 0.5586 0.000 0.076 0.712 0.212
#> SRR1498337 4 0.1211 0.6810 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR613066 1 0.5672 0.5947 0.668 0.000 0.276 0.056
#> SRR1309490 1 0.0336 0.8482 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR602492 4 0.3638 0.6077 0.000 0.120 0.032 0.848
#> SRR1447347 1 0.6705 0.5548 0.608 0.000 0.244 0.148
#> SRR1475546 2 0.1211 0.8934 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR627459 4 0.1637 0.6859 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1434332 2 0.0336 0.9062 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1070358 2 0.5404 0.5760 0.000 0.644 0.028 0.328
#> SRR1345936 4 0.2999 0.6788 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR665658 2 0.5118 0.7016 0.072 0.752 0.000 0.176
#> SRR1321351 2 0.2949 0.8541 0.000 0.888 0.024 0.088
#> SRR657880 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1373903 2 0.5016 0.5049 0.000 0.600 0.004 0.396
#> SRR657396 4 0.8256 -0.0369 0.332 0.284 0.012 0.372
#> SRR660981 2 0.1118 0.8952 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR818499 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376316 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.3840 0.7934 0.000 0.844 0.052 0.104
#> SRR1476719 1 0.3751 0.7842 0.800 0.000 0.004 0.196
#> SRR1403478 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1095695 3 0.0000 0.8133 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1498813 4 0.5344 0.3732 0.000 0.300 0.032 0.668
#> SRR627437 4 0.2124 0.6880 0.008 0.000 0.068 0.924
#> SRR2185097 1 0.2179 0.8421 0.924 0.000 0.012 0.064
#> SRR817166 3 0.4888 0.0461 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1091670 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603776 4 0.6548 0.5149 0.176 0.000 0.188 0.636
#> SRR1479640 2 0.1474 0.8877 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR660152 3 0.5636 0.5011 0.260 0.000 0.680 0.060
#> SRR1074769 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656153 2 0.1716 0.8814 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1392502 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1359609 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165182 2 0.0336 0.9065 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR608542 2 0.5778 0.2402 0.000 0.500 0.028 0.472
#> SRR655064 4 0.2999 0.6788 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR1432430 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR808472 2 0.5768 0.2937 0.000 0.516 0.028 0.456
#> SRR1414958 3 0.0188 0.8158 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR598484 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR612755 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.4964 0.5215 0.004 0.000 0.380 0.616
#> SRR1322373 3 0.0921 0.8253 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1489265 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359099 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR607279 2 0.0188 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR810461 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627427 1 0.1722 0.8471 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR612887 2 0.1716 0.8814 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR809807 3 0.3908 0.6127 0.000 0.004 0.784 0.212
#> SRR663112 3 0.3649 0.6245 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1346933 1 0.4844 0.6930 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1487910 1 0.2675 0.8345 0.892 0.000 0.008 0.100
#> SRR603092 2 0.5724 0.3799 0.000 0.548 0.028 0.424
#> SRR1417680 2 0.1302 0.8915 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1383785 1 0.0469 0.8478 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1070015 2 0.0188 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466222 3 0.1118 0.7995 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1416119 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR819318 4 0.7844 0.2168 0.308 0.000 0.288 0.404
#> SRR608288 2 0.4017 0.7772 0.000 0.828 0.044 0.128
#> SRR811121 3 0.5184 0.5764 0.000 0.056 0.732 0.212
#> SRR613138 2 0.0469 0.9050 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR810483 4 0.5016 0.5070 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR607839 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0804 0.8486 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR601311 2 0.6296 0.4017 0.064 0.548 0.000 0.388
#> SRR1406685 2 0.4225 0.7673 0.000 0.792 0.024 0.184
#> SRR1467500 2 0.5600 0.4799 0.000 0.596 0.028 0.376
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.0000 0.8133 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312522 3 0.3818 0.7295 0.108 0.000 0.844 0.048
#> SRR1490486 2 0.4372 0.6425 0.000 0.728 0.004 0.268
#> SRR1325888 3 0.0188 0.8158 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.1716 0.8817 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1084766 4 0.1716 0.6862 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1102804 2 0.0469 0.9050 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1336636 3 0.4301 0.6940 0.120 0.000 0.816 0.064
#> SRR1347795 1 0.2021 0.8430 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR601900 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 4 0.2216 0.6863 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR658445 3 0.6621 0.4239 0.000 0.244 0.616 0.140
#> SRR1368754 1 0.4874 0.7299 0.764 0.000 0.180 0.056
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.1022 0.8256 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1321528 1 0.2805 0.8334 0.888 0.000 0.012 0.100
#> SRR627447 3 0.1118 0.8232 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR612239 4 0.2814 0.6786 0.000 0.000 0.132 0.868
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 3 0.0510 0.8884 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR603858 1 0.3876 0.8489 0.776 0.000 0.000 0.192 0.032
#> SRR817070 5 0.2853 0.7966 0.000 0.052 0.000 0.072 0.876
#> SRR1486995 3 0.0404 0.8887 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.3395 0.7974 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR659037 4 0.1043 0.8478 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR662031 1 0.3284 0.8724 0.828 0.000 0.000 0.148 0.024
#> SRR1081283 5 0.4958 0.3905 0.000 0.032 0.000 0.400 0.568
#> SRR1481036 4 0.1478 0.8418 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1434009 2 0.3336 0.8025 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1376676 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.3210 0.8131 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR665429 2 0.3612 0.7667 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1388025 4 0.3876 0.6722 0.000 0.032 0.000 0.776 0.192
#> SRR600784 3 0.0703 0.8864 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR657611 1 0.2813 0.8712 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1333659 1 0.4858 0.8125 0.740 0.044 0.000 0.184 0.032
#> SRR1323896 2 0.3895 0.6985 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1453971 1 0.4074 0.8489 0.772 0.000 0.004 0.188 0.036
#> SRR1421010 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0609 0.8877 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 1 0.4161 0.8359 0.752 0.000 0.000 0.208 0.040
#> SRR1365489 2 0.2280 0.8579 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR627445 3 0.2124 0.8681 0.004 0.000 0.900 0.096 0.000
#> SRR607863 5 0.2110 0.7876 0.000 0.072 0.000 0.016 0.912
#> SRR1475524 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 5 0.3424 0.5812 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR615695 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 5 0.3704 0.7997 0.000 0.088 0.000 0.092 0.820
#> SRR601477 2 0.0162 0.8550 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487215 2 0.2230 0.8585 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1310797 2 0.4161 0.5702 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1362713 1 0.3196 0.8582 0.804 0.000 0.000 0.192 0.004
#> SRR1431385 1 0.1341 0.8954 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.3659 0.7415 0.012 0.000 0.768 0.220 0.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 5 0.4968 0.6008 0.004 0.044 0.000 0.300 0.652
#> SRR663573 4 0.3229 0.7569 0.000 0.000 0.032 0.840 0.128
#> SRR603188 5 0.3074 0.6555 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1471200 2 0.3074 0.8247 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1310975 2 0.0510 0.8473 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR627457 1 0.3018 0.8866 0.872 0.000 0.008 0.084 0.036
#> SRR1367654 2 0.3707 0.7481 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1488410 1 0.1197 0.8961 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1457750 1 0.4161 0.8359 0.752 0.000 0.000 0.208 0.040
#> SRR1099546 1 0.3525 0.8769 0.836 0.000 0.012 0.120 0.032
#> SRR604480 2 0.2648 0.8466 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1390477 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.2605 0.8481 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1473161 2 0.2929 0.8344 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1409813 2 0.2471 0.8526 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR612791 1 0.1082 0.8965 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> SRR1470580 3 0.3553 0.8420 0.016 0.024 0.832 0.128 0.000
#> SRR1444063 1 0.4028 0.8455 0.768 0.000 0.000 0.192 0.040
#> SRR1355578 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.2377 0.8545 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR814244 1 0.4028 0.8455 0.768 0.000 0.000 0.192 0.040
#> SRR1404123 5 0.4441 0.7149 0.000 0.044 0.000 0.236 0.720
#> SRR656934 4 0.1043 0.8482 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1339029 2 0.2377 0.8560 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR821525 4 0.3278 0.7358 0.000 0.000 0.020 0.824 0.156
#> SRR1443677 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.6988 0.3177 0.044 0.532 0.248 0.176 0.000
#> SRR1391376 3 0.0510 0.8884 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR661842 4 0.3984 0.7112 0.000 0.032 0.016 0.800 0.152
#> SRR1395699 3 0.0510 0.8884 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1312209 1 0.2813 0.8712 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.8876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414578 1 0.0162 0.8932 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR603620 1 0.4814 0.8070 0.736 0.036 0.000 0.196 0.032
#> SRR604677 4 0.2199 0.8132 0.060 0.000 0.008 0.916 0.016
#> SRR603800 2 0.6320 0.6354 0.000 0.652 0.152 0.116 0.080
#> SRR602058 4 0.4302 0.5897 0.000 0.032 0.000 0.720 0.248
#> SRR817488 2 0.2329 0.8563 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR655601 5 0.3608 0.7771 0.000 0.040 0.000 0.148 0.812
#> SRR1434821 2 0.3039 0.8278 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1349166 2 0.3752 0.7373 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR615129 1 0.4161 0.8359 0.752 0.000 0.000 0.208 0.040
#> SRR607586 2 0.0609 0.8570 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR602680 2 0.2127 0.8596 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1411070 5 0.5603 0.6361 0.024 0.064 0.000 0.268 0.644
#> SRR663038 2 0.2674 0.8533 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> SRR1489416 5 0.3180 0.7983 0.000 0.068 0.000 0.076 0.856
#> SRR1479155 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.1544 0.8948 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1374567 3 0.2661 0.8689 0.056 0.000 0.888 0.056 0.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.1043 0.8478 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR2170135 1 0.1671 0.8938 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR615551 2 0.0703 0.8431 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1335513 5 0.3452 0.5751 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1370216 3 0.0404 0.8887 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR662954 4 0.2694 0.7777 0.076 0.000 0.000 0.884 0.040
#> SRR1375738 4 0.1478 0.8418 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1356577 4 0.0992 0.8420 0.008 0.000 0.000 0.968 0.024
#> SRR1073119 1 0.3760 0.8528 0.784 0.000 0.000 0.188 0.028
#> SRR663549 4 0.4060 0.3705 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR1478015 2 0.4210 0.5250 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR600632 4 0.6924 0.2140 0.140 0.344 0.000 0.480 0.036
#> SRR811866 4 0.1357 0.8278 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR1401101 2 0.3366 0.7989 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1477797 4 0.2519 0.7968 0.000 0.000 0.016 0.884 0.100
#> SRR1402986 2 0.2773 0.8415 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR658897 1 0.4028 0.8455 0.768 0.000 0.000 0.192 0.040
#> SRR1419869 3 0.3176 0.8472 0.080 0.000 0.856 0.064 0.000
#> SRR1490700 1 0.4021 0.8431 0.764 0.000 0.000 0.200 0.036
#> SRR601723 4 0.0963 0.8477 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1384115 4 0.5778 0.3574 0.000 0.064 0.024 0.608 0.304
#> SRR1476927 5 0.2859 0.7979 0.000 0.068 0.000 0.056 0.876
#> SRR1387769 4 0.1608 0.8379 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1322595 1 0.4028 0.8455 0.768 0.000 0.000 0.192 0.040
#> SRR1370423 3 0.2727 0.8575 0.000 0.016 0.868 0.116 0.000
#> SRR1314976 4 0.0992 0.8420 0.008 0.000 0.000 0.968 0.024
#> SRR1319560 1 0.7317 0.2793 0.432 0.252 0.000 0.284 0.032
#> SRR1352683 4 0.2804 0.7984 0.068 0.000 0.044 0.884 0.004
#> SRR1473800 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 4 0.1410 0.8435 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1360807 4 0.1410 0.8376 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1332544 1 0.1082 0.8965 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> SRR598695 1 0.0703 0.8965 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR807824 2 0.3675 0.7008 0.016 0.828 0.000 0.124 0.032
#> SRR809296 3 0.0000 0.8876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657927 3 0.0162 0.8882 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1440682 5 0.3977 0.7242 0.000 0.032 0.000 0.204 0.764
#> SRR1454415 5 0.1704 0.7811 0.000 0.068 0.000 0.004 0.928
#> SRR1419131 4 0.1478 0.8362 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1404293 1 0.2813 0.8712 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1473340 3 0.1117 0.8929 0.016 0.000 0.964 0.020 0.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.2690 0.8451 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1480697 4 0.1410 0.8431 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1321808 2 0.3003 0.8297 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1382756 2 0.3508 0.7810 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1312558 2 0.3229 0.7136 0.000 0.840 0.000 0.128 0.032
#> SRR1417088 5 0.4221 0.7023 0.000 0.032 0.000 0.236 0.732
#> SRR1433027 5 0.4042 0.7168 0.000 0.032 0.000 0.212 0.756
#> SRR662257 5 0.3365 0.7892 0.000 0.044 0.000 0.120 0.836
#> SRR600417 4 0.4691 0.4938 0.000 0.044 0.000 0.680 0.276
#> SRR812493 4 0.2777 0.7833 0.000 0.000 0.016 0.864 0.120
#> SRR612743 4 0.1830 0.8331 0.040 0.000 0.028 0.932 0.000
#> SRR1361345 1 0.2813 0.8712 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR600584 5 0.3019 0.7933 0.000 0.048 0.000 0.088 0.864
#> SRR1310520 4 0.0880 0.8419 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1395595 3 0.1908 0.8696 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1334074 4 0.1121 0.8473 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.4161 0.8359 0.752 0.000 0.000 0.208 0.040
#> SRR1366837 4 0.1671 0.8358 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1467479 2 0.4307 0.2780 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1459055 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.3242 0.8113 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR603004 2 0.6599 0.6465 0.000 0.632 0.128 0.120 0.120
#> SRR814703 2 0.3730 0.7414 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR661937 5 0.3967 0.7985 0.000 0.108 0.000 0.092 0.800
#> SRR614359 1 0.1082 0.8965 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> SRR1071568 2 0.3796 0.7269 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1389084 3 0.0000 0.8876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337624 4 0.2607 0.8138 0.024 0.032 0.000 0.904 0.040
#> SRR1344400 2 0.2127 0.8621 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1414290 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0703 0.8431 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1098998 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.1341 0.8964 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1315103 1 0.2813 0.8712 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1099286 1 0.3924 0.8631 0.800 0.000 0.012 0.156 0.032
#> SRR2166570 4 0.1043 0.8478 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR601445 1 0.1197 0.8958 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1439719 5 0.3321 0.7764 0.000 0.032 0.000 0.136 0.832
#> SRR1377026 5 0.4062 0.7474 0.000 0.040 0.000 0.196 0.764
#> SRR1327386 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.2074 0.8601 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1460433 4 0.1041 0.8413 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR1469345 1 0.3959 0.8660 0.808 0.000 0.028 0.140 0.024
#> SRR1421462 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662966 1 0.4086 0.8602 0.796 0.000 0.024 0.152 0.028
#> SRR1339175 1 0.1082 0.8965 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> SRR1447736 2 0.1043 0.8609 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1434671 2 0.4088 0.6170 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR660800 2 0.2648 0.8466 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1465543 2 0.0290 0.8544 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1342023 1 0.1544 0.8944 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1335670 1 0.2813 0.8712 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1400955 2 0.3480 0.7852 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1072150 2 0.1082 0.8378 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1442822 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.1216 0.8921 0.020 0.000 0.960 0.020 0.000
#> SRR1098074 2 0.4138 0.8082 0.000 0.808 0.092 0.016 0.084
#> SRR1442778 1 0.1197 0.8961 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1086728 3 0.2660 0.8483 0.000 0.008 0.864 0.128 0.000
#> SRR627464 1 0.4198 0.8577 0.784 0.000 0.020 0.164 0.032
#> SRR1409193 1 0.4428 0.7709 0.700 0.000 0.000 0.268 0.032
#> SRR2168286 4 0.0963 0.8477 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR615539 5 0.2424 0.7390 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR663623 3 0.3932 0.5952 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1471989 3 0.1469 0.8926 0.016 0.000 0.948 0.036 0.000
#> SRR1468828 5 0.4642 0.6001 0.000 0.032 0.000 0.308 0.660
#> SRR1381934 4 0.1197 0.8466 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1471098 3 0.3090 0.8588 0.052 0.000 0.860 0.088 0.000
#> SRR1314749 4 0.2958 0.7950 0.076 0.000 0.020 0.880 0.024
#> SRR2166874 4 0.4514 0.5641 0.228 0.008 0.000 0.728 0.036
#> SRR821302 3 0.2580 0.8656 0.064 0.000 0.892 0.044 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.2074 0.8606 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1446546 2 0.5563 0.6492 0.000 0.696 0.172 0.100 0.032
#> SRR1419784 4 0.4283 0.4276 0.008 0.000 0.348 0.644 0.000
#> SRR1357233 2 0.6350 0.3348 0.012 0.500 0.000 0.120 0.368
#> SRR1441889 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 5 0.2773 0.7026 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1442862 2 0.2648 0.8466 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR662474 5 0.4066 0.7567 0.000 0.044 0.000 0.188 0.768
#> SRR1416226 4 0.1732 0.8333 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1417404 4 0.0992 0.8420 0.008 0.000 0.000 0.968 0.024
#> SRR665466 5 0.2233 0.7638 0.000 0.104 0.000 0.004 0.892
#> SRR658849 3 0.0000 0.8876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460025 4 0.4292 0.7290 0.000 0.032 0.032 0.788 0.148
#> SRR1408136 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.2390 0.8216 0.012 0.912 0.000 0.044 0.032
#> SRR1374092 4 0.1410 0.8434 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1488429 3 0.1908 0.8696 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1087559 1 0.4233 0.8336 0.748 0.000 0.000 0.208 0.044
#> SRR817004 1 0.4028 0.8455 0.768 0.000 0.000 0.192 0.040
#> SRR1429660 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604390 3 0.2020 0.8655 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR614936 4 0.2152 0.8222 0.012 0.032 0.000 0.924 0.032
#> SRR1365938 1 0.4161 0.8359 0.752 0.000 0.000 0.208 0.040
#> SRR1437324 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.2124 0.8223 0.000 0.028 0.000 0.916 0.056
#> SRR660414 4 0.1043 0.8478 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.4082 0.8584 0.792 0.000 0.024 0.160 0.024
#> SRR1398036 5 0.5036 0.3801 0.000 0.036 0.000 0.404 0.560
#> SRR1436674 1 0.0703 0.8956 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR603750 3 0.2127 0.8602 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR608630 4 0.0992 0.8420 0.008 0.000 0.000 0.968 0.024
#> SRR655625 4 0.4996 0.1182 0.000 0.032 0.000 0.548 0.420
#> SRR599059 4 0.5207 0.4353 0.024 0.292 0.000 0.652 0.032
#> SRR615189 1 0.4302 0.8308 0.744 0.000 0.000 0.208 0.048
#> SRR1466889 2 0.0703 0.8579 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1084602 4 0.1469 0.8469 0.000 0.000 0.016 0.948 0.036
#> SRR1335422 1 0.0703 0.8965 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1356805 2 0.0963 0.8608 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1385300 3 0.2580 0.8650 0.064 0.000 0.892 0.044 0.000
#> SRR654814 1 0.0794 0.8963 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR658385 2 0.0290 0.8511 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR820596 1 0.3710 0.8521 0.784 0.000 0.000 0.192 0.024
#> SRR1318118 4 0.3496 0.6626 0.200 0.000 0.000 0.788 0.012
#> SRR1480766 5 0.3234 0.7967 0.000 0.064 0.000 0.084 0.852
#> SRR1406539 1 0.3876 0.8489 0.776 0.000 0.000 0.192 0.032
#> SRR1341833 2 0.2074 0.8610 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1441826 4 0.3011 0.7495 0.000 0.000 0.016 0.844 0.140
#> SRR1448051 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0000 0.8876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0510 0.8884 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR819186 2 0.0162 0.8550 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661517 3 0.0000 0.8876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607166 2 0.0880 0.8387 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR809065 4 0.2535 0.8164 0.000 0.000 0.032 0.892 0.076
#> SRR1415872 5 0.2561 0.7294 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1415463 3 0.1270 0.8873 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1381161 5 0.4462 0.7580 0.000 0.064 0.000 0.196 0.740
#> SRR1442231 1 0.4527 0.7782 0.700 0.000 0.000 0.260 0.040
#> SRR1374696 4 0.2236 0.8034 0.068 0.000 0.000 0.908 0.024
#> SRR1451988 3 0.2230 0.8563 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.1197 0.8618 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1472462 5 0.2286 0.7612 0.000 0.108 0.000 0.004 0.888
#> SRR1406176 3 0.4291 0.7575 0.048 0.004 0.760 0.188 0.000
#> SRR656886 3 0.7076 0.2634 0.000 0.336 0.464 0.164 0.036
#> SRR1498337 4 0.3732 0.6922 0.000 0.032 0.000 0.792 0.176
#> SRR613066 1 0.4280 0.8588 0.792 0.000 0.040 0.140 0.028
#> SRR1309490 1 0.0290 0.8941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR602492 4 0.4498 0.5299 0.000 0.032 0.000 0.688 0.280
#> SRR1447347 1 0.4491 0.8462 0.776 0.000 0.052 0.148 0.024
#> SRR1475546 5 0.3741 0.5269 0.000 0.264 0.000 0.004 0.732
#> SRR627459 4 0.2209 0.8362 0.000 0.000 0.032 0.912 0.056
#> SRR1434332 5 0.2648 0.7170 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1070358 5 0.3995 0.7605 0.000 0.044 0.000 0.180 0.776
#> SRR1345936 4 0.1568 0.8467 0.000 0.000 0.036 0.944 0.020
#> SRR665658 2 0.2807 0.8066 0.020 0.892 0.000 0.056 0.032
#> SRR1321351 5 0.2171 0.7933 0.000 0.064 0.000 0.024 0.912
#> SRR657880 2 0.0162 0.8526 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1373903 5 0.4221 0.6918 0.000 0.032 0.000 0.236 0.732
#> SRR657396 2 0.6487 0.4293 0.180 0.596 0.000 0.192 0.032
#> SRR660981 5 0.2471 0.7352 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR818499 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.3534 0.7776 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1376316 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.2005 0.8081 0.000 0.924 0.004 0.056 0.016
#> SRR1476719 1 0.2813 0.8712 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1403478 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.1671 0.8779 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1352391 1 0.4028 0.8455 0.768 0.000 0.000 0.192 0.040
#> SRR1498813 4 0.5024 0.0408 0.000 0.032 0.000 0.528 0.440
#> SRR627437 4 0.1106 0.8428 0.000 0.012 0.000 0.964 0.024
#> SRR2185097 1 0.2674 0.8776 0.856 0.000 0.004 0.140 0.000
#> SRR817166 3 0.3774 0.6253 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1091670 2 0.2020 0.8603 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR603776 4 0.1270 0.8250 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1479640 5 0.2516 0.7311 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR660152 3 0.2580 0.8656 0.064 0.000 0.892 0.044 0.000
#> SRR1074769 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656153 5 0.4317 0.7911 0.000 0.112 0.000 0.116 0.772
#> SRR1392502 3 0.4278 0.2702 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.2074 0.8605 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2165182 5 0.4297 -0.1467 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR608542 5 0.4384 0.7203 0.000 0.044 0.000 0.228 0.728
#> SRR655064 4 0.1568 0.8467 0.000 0.000 0.036 0.944 0.020
#> SRR1432430 3 0.0703 0.8864 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR808472 5 0.4221 0.6989 0.000 0.032 0.000 0.236 0.732
#> SRR1414958 3 0.0579 0.8919 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR598484 2 0.0290 0.8563 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR612755 3 0.0609 0.8877 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.1121 0.8475 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1322373 3 0.0000 0.8876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.8540 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.2648 0.8466 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR810461 2 0.0703 0.8579 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR627427 1 0.1668 0.8951 0.940 0.000 0.000 0.032 0.028
#> SRR612887 5 0.2136 0.7762 0.000 0.088 0.000 0.008 0.904
#> SRR809807 3 0.5199 0.7310 0.000 0.140 0.720 0.124 0.016
#> SRR663112 3 0.2825 0.8519 0.000 0.016 0.860 0.124 0.000
#> SRR1346933 1 0.4161 0.8359 0.752 0.000 0.000 0.208 0.040
#> SRR1487910 1 0.3093 0.8696 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008
#> SRR603092 5 0.4603 0.6148 0.000 0.032 0.000 0.300 0.668
#> SRR1417680 5 0.2329 0.7455 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1383785 1 0.1243 0.8966 0.960 0.000 0.008 0.028 0.004
#> SRR1070015 2 0.2329 0.8557 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1466222 3 0.2727 0.8575 0.000 0.016 0.868 0.116 0.000
#> SRR1416119 3 0.0000 0.8876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819318 4 0.3506 0.7628 0.064 0.000 0.104 0.832 0.000
#> SRR608288 2 0.2270 0.7911 0.000 0.908 0.004 0.072 0.016
#> SRR811121 3 0.6533 0.1674 0.000 0.404 0.460 0.116 0.020
#> SRR613138 2 0.1478 0.8602 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR810483 4 0.1671 0.8358 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0955 0.8967 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR601311 5 0.5318 0.3345 0.008 0.036 0.000 0.416 0.540
#> SRR1406685 5 0.4035 0.7779 0.000 0.060 0.000 0.156 0.784
#> SRR1467500 5 0.4233 0.7417 0.000 0.044 0.000 0.208 0.748
#> SRR1308504 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.1908 0.8696 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1312522 3 0.3459 0.8365 0.052 0.000 0.832 0.116 0.000
#> SRR1490486 2 0.2824 0.7510 0.000 0.872 0.000 0.096 0.032
#> SRR1325888 3 0.0510 0.8884 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 5 0.2338 0.7588 0.000 0.112 0.000 0.004 0.884
#> SRR1084766 4 0.1981 0.8378 0.000 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR1102804 2 0.0703 0.8431 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1336636 3 0.2230 0.8786 0.044 0.000 0.912 0.044 0.000
#> SRR1347795 1 0.2995 0.8881 0.872 0.000 0.008 0.088 0.032
#> SRR601900 2 0.1544 0.8620 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1330989 4 0.2654 0.8089 0.000 0.000 0.032 0.884 0.084
#> SRR658445 2 0.4223 0.8242 0.000 0.796 0.060 0.016 0.128
#> SRR1368754 1 0.4126 0.8637 0.800 0.000 0.028 0.140 0.032
#> SRR1460001 2 0.1965 0.8614 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1414934 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0510 0.8884 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0510 0.8884 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1321528 1 0.3343 0.8660 0.812 0.000 0.000 0.172 0.016
#> SRR627447 3 0.0880 0.8828 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR612239 4 0.1750 0.8447 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 3 0.0458 0.873758 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR603858 1 0.5378 0.749131 0.552 0.000 0.008 0.100 0.000 0.340
#> SRR817070 5 0.1340 0.802681 0.000 0.040 0.000 0.008 0.948 0.004
#> SRR1486995 3 0.0547 0.873411 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR813043 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR656874 2 0.2623 0.558723 0.000 0.852 0.000 0.000 0.132 0.016
#> SRR659037 4 0.3531 0.714266 0.000 0.000 0.040 0.832 0.056 0.072
#> SRR662031 1 0.4675 0.768257 0.580 0.000 0.000 0.052 0.000 0.368
#> SRR1081283 5 0.2730 0.705249 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1481036 4 0.3297 0.694730 0.000 0.000 0.112 0.820 0.000 0.068
#> SRR1434009 2 0.2404 0.567216 0.000 0.872 0.000 0.000 0.112 0.016
#> SRR1376676 1 0.0291 0.660544 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.1913 0.577055 0.000 0.908 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR665429 2 0.2783 0.549975 0.000 0.836 0.000 0.000 0.148 0.016
#> SRR1388025 4 0.4139 0.493079 0.000 0.000 0.000 0.640 0.336 0.024
#> SRR600784 3 0.0458 0.874080 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR657611 1 0.5054 0.758814 0.572 0.000 0.000 0.092 0.000 0.336
#> SRR1333659 1 0.5684 0.715786 0.504 0.012 0.000 0.100 0.004 0.380
#> SRR1323896 2 0.3156 0.524276 0.000 0.800 0.000 0.000 0.180 0.020
#> SRR1453971 1 0.5176 0.753152 0.548 0.000 0.000 0.100 0.000 0.352
#> SRR1421010 1 0.0291 0.660544 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0363 0.873981 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1309468 1 0.2006 0.688351 0.892 0.000 0.004 0.000 0.000 0.104
#> SRR1468637 1 0.5220 0.739091 0.528 0.000 0.000 0.100 0.000 0.372
#> SRR1365489 2 0.0405 0.584219 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR627445 3 0.1411 0.866376 0.000 0.000 0.936 0.060 0.000 0.004
#> SRR607863 5 0.1967 0.785025 0.000 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012
#> SRR1475524 1 0.0146 0.661223 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.4246 0.245600 0.000 0.580 0.000 0.000 0.400 0.020
#> SRR615695 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR600900 5 0.1563 0.802482 0.000 0.056 0.000 0.012 0.932 0.000
#> SRR601477 2 0.5288 0.056946 0.000 0.476 0.000 0.100 0.000 0.424
#> SRR1487215 2 0.2290 0.572809 0.000 0.892 0.000 0.004 0.020 0.084
#> SRR1310797 2 0.3315 0.511219 0.000 0.780 0.000 0.000 0.200 0.020
#> SRR1362713 1 0.5195 0.745537 0.540 0.000 0.000 0.100 0.000 0.360
#> SRR1431385 1 0.3952 0.773507 0.672 0.000 0.000 0.020 0.000 0.308
#> SRR1379089 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR1102079 3 0.2988 0.800424 0.000 0.000 0.824 0.152 0.000 0.024
#> SRR1357210 1 0.1219 0.669924 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048
#> SRR657659 5 0.5258 0.579606 0.000 0.012 0.036 0.204 0.680 0.068
#> SRR663573 4 0.3288 0.593891 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR603188 2 0.4049 0.363846 0.000 0.648 0.000 0.000 0.332 0.020
#> SRR1471200 2 0.2311 0.570390 0.000 0.880 0.000 0.000 0.104 0.016
#> SRR1310975 2 0.5288 0.056858 0.000 0.476 0.000 0.100 0.000 0.424
#> SRR627457 1 0.4834 0.772499 0.596 0.000 0.004 0.060 0.000 0.340
#> SRR1367654 2 0.2790 0.551487 0.000 0.840 0.000 0.000 0.140 0.020
#> SRR1488410 1 0.3620 0.769441 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1457750 1 0.5220 0.739091 0.528 0.000 0.000 0.100 0.000 0.372
#> SRR1099546 1 0.5050 0.763141 0.568 0.000 0.020 0.044 0.000 0.368
#> SRR604480 2 0.2318 0.588295 0.000 0.892 0.000 0.000 0.064 0.044
#> SRR1390477 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR1458447 2 0.2389 0.587731 0.000 0.888 0.000 0.000 0.060 0.052
#> SRR1473161 2 0.2060 0.576607 0.000 0.900 0.000 0.000 0.084 0.016
#> SRR1409813 2 0.3223 0.573231 0.000 0.836 0.000 0.008 0.052 0.104
#> SRR612791 1 0.4490 0.764839 0.596 0.000 0.008 0.024 0.000 0.372
#> SRR1470580 3 0.2294 0.853296 0.000 0.000 0.892 0.072 0.000 0.036
#> SRR1444063 1 0.5117 0.753904 0.548 0.000 0.000 0.092 0.000 0.360
#> SRR1355578 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.2182 0.577868 0.000 0.904 0.000 0.008 0.020 0.068
#> SRR814244 1 0.5212 0.741541 0.532 0.000 0.000 0.100 0.000 0.368
#> SRR1404123 5 0.2165 0.783815 0.000 0.008 0.000 0.108 0.884 0.000
#> SRR656934 4 0.3663 0.708032 0.000 0.000 0.096 0.816 0.024 0.064
#> SRR1339029 2 0.0865 0.585552 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR821525 4 0.3515 0.512053 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR1443677 1 0.0458 0.669661 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1406330 1 0.0291 0.660544 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.5786 0.582441 0.004 0.104 0.656 0.104 0.000 0.132
#> SRR1391376 3 0.0547 0.873411 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR661842 4 0.3672 0.546880 0.000 0.000 0.000 0.688 0.304 0.008
#> SRR1395699 3 0.0547 0.873411 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1312209 1 0.5133 0.756806 0.564 0.000 0.000 0.100 0.000 0.336
#> SRR1359469 1 0.0146 0.661223 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0806 0.874282 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1414578 1 0.3314 0.747982 0.740 0.000 0.004 0.000 0.000 0.256
#> SRR603620 1 0.6684 0.655452 0.500 0.020 0.036 0.116 0.008 0.320
#> SRR604677 4 0.6152 0.363231 0.132 0.000 0.044 0.528 0.000 0.296
#> SRR603800 2 0.5989 0.162411 0.000 0.556 0.316 0.064 0.012 0.052
#> SRR602058 5 0.4473 -0.065565 0.000 0.000 0.000 0.480 0.492 0.028
#> SRR817488 2 0.3314 0.570622 0.000 0.828 0.000 0.008 0.052 0.112
#> SRR655601 5 0.1333 0.802660 0.000 0.008 0.000 0.048 0.944 0.000
#> SRR1434821 2 0.1462 0.583187 0.000 0.936 0.000 0.000 0.056 0.008
#> SRR1349166 2 0.2945 0.541911 0.000 0.824 0.000 0.000 0.156 0.020
#> SRR615129 1 0.5220 0.739091 0.528 0.000 0.000 0.100 0.000 0.372
#> SRR607586 2 0.4351 0.195696 0.000 0.564 0.000 0.008 0.012 0.416
#> SRR602680 2 0.1245 0.582696 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1411070 5 0.5923 0.589429 0.000 0.080 0.036 0.164 0.660 0.060
#> SRR663038 2 0.1575 0.587401 0.000 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1489416 5 0.1718 0.803600 0.000 0.044 0.000 0.016 0.932 0.008
#> SRR1479155 1 0.0935 0.664320 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR662162 1 0.4343 0.767340 0.592 0.000 0.004 0.020 0.000 0.384
#> SRR1374567 3 0.4050 0.669526 0.024 0.000 0.744 0.024 0.000 0.208
#> SRR1434048 2 0.4955 0.281986 0.000 0.608 0.000 0.096 0.000 0.296
#> SRR2184865 4 0.3196 0.709146 0.000 0.000 0.004 0.824 0.136 0.036
#> SRR2170135 1 0.4665 0.767850 0.588 0.000 0.016 0.024 0.000 0.372
#> SRR615551 2 0.5754 -0.079084 0.000 0.456 0.028 0.072 0.004 0.440
#> SRR1335513 2 0.4165 0.112194 0.000 0.536 0.000 0.000 0.452 0.012
#> SRR1370216 3 0.0363 0.873981 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR662954 4 0.6936 -0.000399 0.232 0.000 0.036 0.400 0.012 0.320
#> SRR1375738 4 0.3252 0.695399 0.000 0.000 0.108 0.824 0.000 0.068
#> SRR1356577 4 0.4579 0.702106 0.004 0.000 0.036 0.744 0.060 0.156
#> SRR1073119 1 0.5215 0.757217 0.568 0.000 0.004 0.096 0.000 0.332
#> SRR663549 4 0.4664 0.292735 0.000 0.000 0.364 0.584 0.000 0.052
#> SRR1478015 2 0.3189 0.520623 0.000 0.796 0.000 0.000 0.184 0.020
#> SRR600632 1 0.8916 0.071295 0.284 0.068 0.036 0.264 0.112 0.236
#> SRR811866 4 0.4431 0.696120 0.016 0.000 0.036 0.764 0.036 0.148
#> SRR1401101 2 0.2250 0.571293 0.000 0.888 0.000 0.000 0.092 0.020
#> SRR1477797 4 0.3244 0.607033 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1402986 2 0.1588 0.583973 0.000 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR658897 1 0.5195 0.745537 0.540 0.000 0.000 0.100 0.000 0.360
#> SRR1419869 3 0.4989 0.473686 0.040 0.000 0.612 0.028 0.000 0.320
#> SRR1490700 1 0.5204 0.743423 0.536 0.000 0.000 0.100 0.000 0.364
#> SRR601723 4 0.3414 0.717035 0.000 0.000 0.036 0.820 0.128 0.016
#> SRR1384115 5 0.5214 0.067742 0.000 0.068 0.000 0.444 0.480 0.008
#> SRR1476927 5 0.1757 0.801602 0.000 0.052 0.000 0.012 0.928 0.008
#> SRR1387769 4 0.3297 0.692678 0.000 0.000 0.112 0.820 0.000 0.068
#> SRR1322595 1 0.5212 0.741541 0.532 0.000 0.000 0.100 0.000 0.368
#> SRR1370423 3 0.1970 0.861764 0.000 0.000 0.912 0.060 0.000 0.028
#> SRR1314976 4 0.4560 0.714113 0.000 0.000 0.036 0.748 0.116 0.100
#> SRR1319560 1 0.7328 0.555895 0.460 0.064 0.036 0.124 0.008 0.308
#> SRR1352683 4 0.7651 0.082247 0.240 0.000 0.168 0.356 0.004 0.232
#> SRR1473800 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1326384 4 0.3252 0.695399 0.000 0.000 0.108 0.824 0.000 0.068
#> SRR1360807 4 0.4359 0.696515 0.000 0.000 0.024 0.744 0.172 0.060
#> SRR1332544 1 0.4426 0.764292 0.596 0.000 0.008 0.020 0.000 0.376
#> SRR598695 1 0.3875 0.761298 0.700 0.000 0.004 0.016 0.000 0.280
#> SRR807824 6 0.6083 0.495438 0.000 0.336 0.036 0.108 0.004 0.516
#> SRR809296 3 0.0547 0.873411 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR657927 3 0.0547 0.873411 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1440682 5 0.2702 0.772335 0.000 0.004 0.000 0.092 0.868 0.036
#> SRR1454415 5 0.1901 0.790655 0.000 0.076 0.000 0.004 0.912 0.008
#> SRR1419131 4 0.4293 0.689007 0.000 0.000 0.016 0.740 0.184 0.060
#> SRR1404293 1 0.4938 0.762645 0.580 0.000 0.000 0.080 0.000 0.340
#> SRR1473340 3 0.1616 0.858954 0.000 0.000 0.932 0.020 0.000 0.048
#> SRR1345563 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.1075 0.585440 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1480697 4 0.3435 0.689616 0.000 0.000 0.136 0.804 0.000 0.060
#> SRR1321808 2 0.1838 0.579662 0.000 0.916 0.000 0.000 0.068 0.016
#> SRR1382756 2 0.2402 0.563147 0.000 0.868 0.000 0.000 0.120 0.012
#> SRR1312558 6 0.5709 0.575636 0.000 0.316 0.036 0.076 0.004 0.568
#> SRR1417088 5 0.2100 0.779374 0.000 0.004 0.000 0.112 0.884 0.000
#> SRR1433027 5 0.2844 0.770467 0.000 0.004 0.004 0.092 0.864 0.036
#> SRR662257 5 0.2171 0.807941 0.000 0.032 0.000 0.040 0.912 0.016
#> SRR600417 5 0.4057 0.178538 0.000 0.008 0.000 0.436 0.556 0.000
#> SRR812493 4 0.3266 0.595991 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR612743 4 0.4576 0.688918 0.020 0.000 0.112 0.744 0.004 0.120
#> SRR1361345 1 0.5087 0.755187 0.560 0.000 0.000 0.092 0.000 0.348
#> SRR600584 5 0.0622 0.804534 0.000 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> SRR1310520 4 0.4581 0.712163 0.000 0.000 0.036 0.744 0.132 0.088
#> SRR1395595 3 0.0858 0.873926 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1334074 4 0.4326 0.712550 0.000 0.000 0.112 0.772 0.060 0.056
#> SRR654838 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR1376694 1 0.3547 0.759158 0.696 0.000 0.004 0.000 0.000 0.300
#> SRR1433841 1 0.5220 0.739091 0.528 0.000 0.000 0.100 0.000 0.372
#> SRR1366837 4 0.3341 0.691738 0.000 0.000 0.116 0.816 0.000 0.068
#> SRR1467479 2 0.3514 0.480198 0.000 0.752 0.000 0.000 0.228 0.020
#> SRR1459055 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.2163 0.573679 0.000 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR603004 2 0.5752 0.175419 0.000 0.580 0.304 0.072 0.012 0.032
#> SRR814703 2 0.2783 0.548239 0.000 0.836 0.000 0.000 0.148 0.016
#> SRR661937 5 0.2063 0.800851 0.000 0.060 0.000 0.008 0.912 0.020
#> SRR614359 1 0.4581 0.764348 0.592 0.000 0.012 0.024 0.000 0.372
#> SRR1071568 2 0.2859 0.542552 0.000 0.828 0.000 0.000 0.156 0.016
#> SRR1389084 3 0.0547 0.873411 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1337624 4 0.7067 0.546031 0.092 0.000 0.036 0.540 0.148 0.184
#> SRR1344400 2 0.3670 0.523726 0.000 0.808 0.000 0.100 0.012 0.080
#> SRR1414290 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR1413644 2 0.5419 0.036798 0.000 0.468 0.000 0.100 0.004 0.428
#> SRR1098998 1 0.0935 0.664320 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR1481279 1 0.4610 0.763204 0.580 0.000 0.012 0.024 0.000 0.384
#> SRR1315103 1 0.5065 0.757673 0.568 0.000 0.000 0.092 0.000 0.340
#> SRR1099286 1 0.5393 0.760035 0.556 0.000 0.024 0.068 0.000 0.352
#> SRR2166570 4 0.3307 0.703098 0.000 0.000 0.096 0.832 0.008 0.064
#> SRR601445 1 0.3446 0.769285 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1439719 5 0.1124 0.804020 0.000 0.008 0.000 0.036 0.956 0.000
#> SRR1377026 5 0.1806 0.790636 0.000 0.004 0.000 0.088 0.908 0.000
#> SRR1327386 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.1219 0.576854 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1460433 4 0.4589 0.712761 0.000 0.000 0.036 0.744 0.128 0.092
#> SRR1469345 1 0.5100 0.759493 0.556 0.000 0.028 0.036 0.000 0.380
#> SRR1421462 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR662966 1 0.5458 0.754801 0.544 0.000 0.024 0.072 0.000 0.360
#> SRR1339175 1 0.4490 0.764839 0.596 0.000 0.008 0.024 0.000 0.372
#> SRR1447736 2 0.4374 0.423400 0.000 0.712 0.000 0.096 0.000 0.192
#> SRR1434671 2 0.3156 0.523903 0.000 0.800 0.000 0.000 0.180 0.020
#> SRR660800 2 0.1856 0.588355 0.000 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR1465543 2 0.4704 0.362673 0.000 0.664 0.000 0.100 0.000 0.236
#> SRR1342023 1 0.4181 0.773764 0.644 0.000 0.000 0.028 0.000 0.328
#> SRR1335670 1 0.4957 0.762699 0.584 0.000 0.000 0.084 0.000 0.332
#> SRR1400955 2 0.2536 0.562955 0.000 0.864 0.000 0.000 0.116 0.020
#> SRR1072150 6 0.5835 0.385551 0.000 0.364 0.036 0.076 0.004 0.520
#> SRR1442822 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.2623 0.789806 0.000 0.000 0.852 0.016 0.000 0.132
#> SRR1098074 2 0.5214 0.430191 0.000 0.716 0.128 0.040 0.020 0.096
#> SRR1442778 1 0.3620 0.769441 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1086728 3 0.2145 0.856718 0.000 0.000 0.900 0.072 0.000 0.028
#> SRR627464 1 0.5600 0.754428 0.544 0.000 0.040 0.064 0.000 0.352
#> SRR1409193 1 0.5691 0.670993 0.468 0.000 0.000 0.164 0.000 0.368
#> SRR2168286 4 0.3743 0.720963 0.000 0.000 0.036 0.808 0.116 0.040
#> SRR615539 5 0.3221 0.700430 0.000 0.188 0.000 0.000 0.792 0.020
#> SRR663623 3 0.4453 0.485417 0.000 0.000 0.624 0.332 0.000 0.044
#> SRR1471989 3 0.0508 0.875051 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1468828 5 0.4644 0.613483 0.000 0.000 0.036 0.196 0.716 0.052
#> SRR1381934 4 0.3307 0.695970 0.000 0.000 0.108 0.820 0.000 0.072
#> SRR1471098 3 0.2188 0.853203 0.020 0.000 0.912 0.036 0.000 0.032
#> SRR1314749 4 0.6497 0.253080 0.176 0.000 0.048 0.480 0.000 0.296
#> SRR2166874 4 0.7204 -0.104749 0.260 0.000 0.036 0.368 0.024 0.312
#> SRR821302 3 0.4613 0.569389 0.032 0.000 0.676 0.028 0.000 0.264
#> SRR1435066 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR661601 2 0.2565 0.561088 0.000 0.872 0.000 0.008 0.016 0.104
#> SRR1446546 2 0.6422 0.107572 0.000 0.536 0.292 0.076 0.012 0.084
#> SRR1419784 4 0.4852 0.066062 0.000 0.000 0.452 0.492 0.000 0.056
#> SRR1357233 2 0.6794 0.103719 0.000 0.444 0.036 0.056 0.380 0.084
#> SRR1441889 1 0.2442 0.705561 0.852 0.000 0.004 0.000 0.000 0.144
#> SRR1413940 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1324250 5 0.3432 0.652294 0.000 0.216 0.000 0.000 0.764 0.020
#> SRR1442862 2 0.1124 0.587243 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR662474 5 0.1812 0.795201 0.000 0.008 0.000 0.080 0.912 0.000
#> SRR1416226 4 0.3341 0.691738 0.000 0.000 0.116 0.816 0.000 0.068
#> SRR1417404 4 0.4659 0.714332 0.004 0.000 0.036 0.748 0.108 0.104
#> SRR665466 5 0.2491 0.762888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.868 0.020
#> SRR658849 3 0.0547 0.873411 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1460025 4 0.4554 0.511130 0.000 0.028 0.000 0.640 0.316 0.016
#> SRR1408136 1 0.0000 0.662341 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.5497 0.133406 0.000 0.512 0.004 0.100 0.004 0.380
#> SRR1374092 4 0.3252 0.695399 0.000 0.000 0.108 0.824 0.000 0.068
#> SRR1488429 3 0.1471 0.866250 0.000 0.000 0.932 0.064 0.000 0.004
#> SRR1087559 1 0.5220 0.739091 0.528 0.000 0.000 0.100 0.000 0.372
#> SRR817004 1 0.5204 0.743934 0.536 0.000 0.000 0.100 0.000 0.364
#> SRR1429660 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR604390 3 0.1858 0.859943 0.000 0.000 0.912 0.076 0.000 0.012
#> SRR614936 4 0.4690 0.711152 0.000 0.000 0.036 0.736 0.116 0.112
#> SRR1365938 1 0.5220 0.739091 0.528 0.000 0.000 0.100 0.000 0.372
#> SRR1437324 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.4531 0.703875 0.000 0.000 0.036 0.744 0.148 0.072
#> SRR660414 4 0.3150 0.697911 0.000 0.000 0.104 0.832 0.000 0.064
#> SRR1452185 1 0.0291 0.660544 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347020 1 0.5692 0.748008 0.536 0.000 0.032 0.084 0.000 0.348
#> SRR1398036 5 0.2595 0.741945 0.000 0.004 0.000 0.160 0.836 0.000
#> SRR1436674 1 0.3728 0.766858 0.652 0.000 0.004 0.000 0.000 0.344
#> SRR603750 3 0.1806 0.854395 0.000 0.000 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR608630 4 0.4657 0.714518 0.004 0.000 0.036 0.748 0.112 0.100
#> SRR655625 5 0.3337 0.606744 0.000 0.000 0.000 0.260 0.736 0.004
#> SRR599059 4 0.8394 0.297872 0.156 0.092 0.036 0.440 0.072 0.204
#> SRR615189 1 0.5220 0.739091 0.528 0.000 0.000 0.100 0.000 0.372
#> SRR1466889 2 0.4419 0.216695 0.000 0.568 0.000 0.008 0.016 0.408
#> SRR1084602 4 0.4031 0.687624 0.000 0.000 0.004 0.748 0.188 0.060
#> SRR1335422 1 0.4199 0.765928 0.620 0.000 0.004 0.016 0.000 0.360
#> SRR1356805 2 0.3930 0.473983 0.000 0.764 0.000 0.092 0.000 0.144
#> SRR1385300 3 0.3657 0.752602 0.036 0.000 0.808 0.028 0.000 0.128
#> SRR654814 1 0.3864 0.767938 0.648 0.000 0.004 0.004 0.000 0.344
#> SRR658385 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR820596 1 0.5750 0.730775 0.532 0.000 0.016 0.128 0.000 0.324
#> SRR1318118 4 0.5583 0.227933 0.156 0.000 0.000 0.508 0.000 0.336
#> SRR1480766 5 0.1230 0.804326 0.000 0.028 0.000 0.008 0.956 0.008
#> SRR1406539 1 0.5087 0.759034 0.560 0.000 0.000 0.092 0.000 0.348
#> SRR1341833 2 0.3268 0.520152 0.000 0.824 0.000 0.100 0.000 0.076
#> SRR1441826 4 0.3534 0.592084 0.000 0.000 0.000 0.716 0.276 0.008
#> SRR1448051 1 0.1010 0.664870 0.960 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036
#> SRR1326752 3 0.0000 0.874577 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0260 0.874452 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR819186 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR661517 3 0.0603 0.874401 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR607166 2 0.5785 -0.054657 0.000 0.464 0.036 0.064 0.004 0.432
#> SRR809065 4 0.3221 0.608245 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1415872 5 0.2981 0.726714 0.000 0.160 0.000 0.000 0.820 0.020
#> SRR1415463 3 0.0790 0.874771 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1381161 5 0.1956 0.794217 0.000 0.008 0.000 0.080 0.908 0.004
#> SRR1442231 1 0.5425 0.717424 0.504 0.000 0.000 0.124 0.000 0.372
#> SRR1374696 4 0.5773 0.417907 0.096 0.000 0.036 0.556 0.000 0.312
#> SRR1451988 3 0.2066 0.858346 0.000 0.000 0.904 0.072 0.000 0.024
#> SRR660555 1 0.3281 0.732055 0.784 0.000 0.004 0.012 0.000 0.200
#> SRR657801 1 0.1219 0.666640 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048
#> SRR663344 2 0.3560 0.439513 0.000 0.732 0.000 0.008 0.004 0.256
#> SRR1472462 5 0.2536 0.759418 0.000 0.116 0.000 0.000 0.864 0.020
#> SRR1406176 3 0.4646 0.671785 0.028 0.000 0.732 0.096 0.000 0.144
#> SRR656886 3 0.6166 0.401293 0.000 0.268 0.576 0.096 0.036 0.024
#> SRR1498337 4 0.3916 0.564548 0.000 0.000 0.000 0.680 0.300 0.020
#> SRR613066 1 0.5623 0.751635 0.540 0.000 0.048 0.056 0.000 0.356
#> SRR1309490 1 0.1957 0.710537 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR602492 5 0.4276 0.202735 0.000 0.000 0.000 0.416 0.564 0.020
#> SRR1447347 1 0.5774 0.744739 0.528 0.000 0.052 0.064 0.000 0.356
#> SRR1475546 5 0.3541 0.615407 0.000 0.232 0.000 0.000 0.748 0.020
#> SRR627459 4 0.3023 0.648074 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR1434332 5 0.3898 0.531260 0.000 0.296 0.000 0.000 0.684 0.020
#> SRR1070358 5 0.1643 0.798504 0.000 0.008 0.000 0.068 0.924 0.000
#> SRR1345936 4 0.2994 0.673702 0.000 0.000 0.000 0.788 0.208 0.004
#> SRR665658 2 0.5748 0.140677 0.000 0.536 0.032 0.076 0.004 0.352
#> SRR1321351 5 0.2056 0.787586 0.000 0.080 0.000 0.004 0.904 0.012
#> SRR657880 2 0.5288 0.056809 0.000 0.476 0.000 0.100 0.000 0.424
#> SRR1373903 5 0.3082 0.757515 0.000 0.004 0.004 0.112 0.844 0.036
#> SRR657396 6 0.7376 -0.154967 0.272 0.084 0.036 0.116 0.008 0.484
#> SRR660981 5 0.2981 0.721738 0.000 0.160 0.000 0.000 0.820 0.020
#> SRR818499 1 0.1411 0.676048 0.936 0.000 0.004 0.000 0.000 0.060
#> SRR819658 2 0.2907 0.544630 0.000 0.828 0.000 0.000 0.152 0.020
#> SRR1376316 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.5223 0.303864 0.000 0.628 0.020 0.088 0.000 0.264
#> SRR1476719 1 0.5054 0.758814 0.572 0.000 0.000 0.092 0.000 0.336
#> SRR1403478 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR1095695 3 0.0713 0.875635 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1352391 1 0.5212 0.741541 0.532 0.000 0.000 0.100 0.000 0.368
#> SRR1498813 5 0.3778 0.566674 0.000 0.000 0.000 0.272 0.708 0.020
#> SRR627437 4 0.4530 0.702155 0.000 0.000 0.036 0.740 0.160 0.064
#> SRR2185097 1 0.4819 0.765305 0.572 0.000 0.016 0.032 0.000 0.380
#> SRR817166 3 0.2915 0.764289 0.000 0.000 0.808 0.184 0.000 0.008
#> SRR1091670 2 0.1411 0.569836 0.000 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR603776 4 0.4653 0.691581 0.020 0.000 0.040 0.748 0.036 0.156
#> SRR1479640 5 0.3374 0.671178 0.000 0.208 0.000 0.000 0.772 0.020
#> SRR660152 3 0.4949 0.492609 0.036 0.000 0.624 0.032 0.000 0.308
#> SRR1074769 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR656153 5 0.2669 0.797850 0.000 0.072 0.000 0.016 0.880 0.032
#> SRR1392502 3 0.4873 0.206540 0.000 0.000 0.520 0.420 0.000 0.060
#> SRR1359609 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.2034 0.566463 0.000 0.912 0.004 0.024 0.000 0.060
#> SRR2165182 2 0.3738 0.435292 0.000 0.704 0.000 0.000 0.280 0.016
#> SRR608542 5 0.2053 0.781771 0.000 0.004 0.000 0.108 0.888 0.000
#> SRR655064 4 0.2912 0.665188 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1432430 3 0.0000 0.874577 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808472 5 0.2214 0.777081 0.000 0.000 0.000 0.096 0.888 0.016
#> SRR1414958 3 0.0363 0.874524 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR598484 2 0.4095 0.458653 0.000 0.748 0.000 0.100 0.000 0.152
#> SRR612755 3 0.0363 0.873981 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1365808 1 0.0146 0.661677 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.3607 0.709166 0.000 0.000 0.048 0.828 0.056 0.068
#> SRR1322373 3 0.0547 0.873411 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1489265 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR1359099 2 0.5290 0.049498 0.000 0.472 0.000 0.100 0.000 0.428
#> SRR607279 2 0.1564 0.588010 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.024
#> SRR810461 2 0.5285 0.063620 0.000 0.480 0.000 0.100 0.000 0.420
#> SRR627427 1 0.3773 0.753920 0.752 0.000 0.000 0.044 0.000 0.204
#> SRR612887 5 0.2214 0.777884 0.000 0.096 0.000 0.000 0.888 0.016
#> SRR809807 3 0.4905 0.663420 0.000 0.156 0.724 0.080 0.012 0.028
#> SRR663112 3 0.2856 0.846960 0.000 0.012 0.876 0.072 0.012 0.028
#> SRR1346933 1 0.5220 0.739091 0.528 0.000 0.000 0.100 0.000 0.372
#> SRR1487910 1 0.5042 0.760725 0.576 0.000 0.000 0.092 0.000 0.332
#> SRR603092 5 0.2302 0.765909 0.000 0.000 0.000 0.120 0.872 0.008
#> SRR1417680 5 0.2981 0.726742 0.000 0.160 0.000 0.000 0.820 0.020
#> SRR1383785 1 0.4313 0.766951 0.604 0.000 0.004 0.020 0.000 0.372
#> SRR1070015 2 0.2563 0.575203 0.000 0.880 0.000 0.008 0.028 0.084
#> SRR1466222 3 0.1908 0.863223 0.000 0.000 0.916 0.056 0.000 0.028
#> SRR1416119 3 0.0547 0.873411 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR819318 4 0.6578 0.388536 0.108 0.000 0.104 0.504 0.000 0.284
#> SRR608288 2 0.5589 0.169100 0.000 0.568 0.036 0.076 0.000 0.320
#> SRR811121 3 0.5769 0.467312 0.000 0.236 0.624 0.084 0.012 0.044
#> SRR613138 2 0.4745 0.387890 0.000 0.676 0.000 0.100 0.004 0.220
#> SRR810483 4 0.3297 0.692678 0.000 0.000 0.112 0.820 0.000 0.068
#> SRR607839 1 0.0146 0.661223 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.4323 0.765270 0.600 0.000 0.004 0.020 0.000 0.376
#> SRR601311 5 0.5442 0.458156 0.000 0.004 0.036 0.272 0.620 0.068
#> SRR1406685 5 0.1297 0.804325 0.000 0.012 0.000 0.040 0.948 0.000
#> SRR1467500 5 0.1970 0.791658 0.000 0.008 0.000 0.092 0.900 0.000
#> SRR1308504 1 0.1531 0.670683 0.928 0.000 0.004 0.000 0.000 0.068
#> SRR1312865 3 0.1806 0.854031 0.000 0.000 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1312522 3 0.2600 0.823741 0.004 0.000 0.876 0.036 0.000 0.084
#> SRR1490486 6 0.5269 0.570631 0.000 0.280 0.036 0.052 0.004 0.628
#> SRR1325888 3 0.0909 0.874024 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1472885 1 0.1010 0.664870 0.960 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036
#> SRR1098785 5 0.2445 0.766288 0.000 0.108 0.000 0.000 0.872 0.020
#> SRR1084766 4 0.3566 0.645071 0.000 0.000 0.000 0.744 0.236 0.020
#> SRR1102804 2 0.5419 0.036798 0.000 0.468 0.000 0.100 0.004 0.428
#> SRR1336636 3 0.2736 0.822591 0.020 0.000 0.876 0.028 0.000 0.076
#> SRR1347795 1 0.4851 0.765064 0.572 0.000 0.012 0.040 0.000 0.376
#> SRR601900 2 0.2790 0.528677 0.000 0.844 0.000 0.024 0.000 0.132
#> SRR1330989 4 0.3244 0.602858 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR658445 2 0.4382 0.478905 0.000 0.776 0.116 0.024 0.016 0.068
#> SRR1368754 1 0.5312 0.758280 0.552 0.000 0.032 0.048 0.000 0.368
#> SRR1460001 2 0.2786 0.544358 0.000 0.860 0.000 0.056 0.000 0.084
#> SRR1414934 1 0.0291 0.660544 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0363 0.873981 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614948 1 0.0291 0.660544 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0363 0.873981 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1321528 1 0.5127 0.753407 0.556 0.000 0.000 0.096 0.000 0.348
#> SRR627447 3 0.0865 0.866410 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR612239 4 0.2912 0.664871 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17723 rows and 374 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.924 0.943 0.975 0.3495 0.642 0.642
#> 3 3 0.783 0.857 0.937 0.7751 0.690 0.535
#> 4 4 0.776 0.809 0.907 0.1881 0.795 0.514
#> 5 5 0.726 0.713 0.857 0.0589 0.912 0.692
#> 6 6 0.664 0.584 0.776 0.0402 0.950 0.793
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660824 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR603858 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR817070 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1486995 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR656874 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR659037 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR662031 1 0.8327 0.690 0.736 0.264
#> SRR1081283 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1481036 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1434009 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR665429 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR600784 2 0.5294 0.848 0.120 0.880
#> SRR657611 1 0.7299 0.770 0.796 0.204
#> SRR1333659 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1323896 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1453971 1 0.9996 0.156 0.512 0.488
#> SRR1421010 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1334490 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1468637 2 0.7299 0.721 0.204 0.796
#> SRR1365489 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR627445 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR615695 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR600900 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR601477 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1487215 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1310797 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1362713 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1102079 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR663573 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR603188 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1471200 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR627457 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1367654 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1457750 2 0.2043 0.954 0.032 0.968
#> SRR1099546 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR604480 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1458447 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1473161 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1409813 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR612791 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1470580 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1444063 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR599154 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR814244 1 0.9580 0.471 0.620 0.380
#> SRR1404123 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR656934 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1339029 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR821525 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1443677 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1338124 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1391376 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661842 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1395699 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1312209 1 0.7453 0.760 0.788 0.212
#> SRR1359469 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR658885 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR604677 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> SRR603800 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR817488 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR655601 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1434821 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1349166 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR615129 1 0.8443 0.678 0.728 0.272
#> SRR607586 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1411070 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR663038 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1489416 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR662162 1 0.0376 0.927 0.996 0.004
#> SRR1374567 2 0.8386 0.600 0.268 0.732
#> SRR1434048 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2184865 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2170135 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR615551 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1335513 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1370216 2 0.3879 0.904 0.076 0.924
#> SRR662954 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1375738 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1356577 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1073119 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR663549 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1478015 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR600632 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR811866 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1401101 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1477797 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1402986 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR658897 1 0.8813 0.631 0.700 0.300
#> SRR1419869 1 0.9710 0.423 0.600 0.400
#> SRR1490700 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR601723 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1384115 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1476927 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1387769 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1322595 2 0.1633 0.963 0.024 0.976
#> SRR1370423 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1314976 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1319560 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1352683 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1326384 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1360807 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1332544 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR807824 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR809296 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR657927 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1404293 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1473340 2 0.9732 0.246 0.404 0.596
#> SRR1345563 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1480697 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1321808 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1382756 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1312558 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1417088 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR662257 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR600417 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR812493 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR612743 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1361345 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1395595 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1334074 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR654838 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.9963 0.239 0.536 0.464
#> SRR1366837 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1467479 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR603004 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661937 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR614359 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1071568 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1389084 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1344400 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1414290 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1099286 1 0.8327 0.690 0.736 0.264
#> SRR2166570 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR601445 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1377026 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR654826 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1460433 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1469345 1 0.6973 0.786 0.812 0.188
#> SRR1421462 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR662966 2 0.8713 0.549 0.292 0.708
#> SRR1339175 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1447736 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR660800 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1465543 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1342023 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.5408 0.842 0.876 0.124
#> SRR1400955 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1364658 1 0.9710 0.423 0.600 0.400
#> SRR1098074 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1086728 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR627464 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1409193 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2168286 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR615539 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR663623 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1471989 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1381934 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1471098 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> SRR1314749 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2166874 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR821302 1 0.9795 0.381 0.584 0.416
#> SRR1435066 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661601 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1446546 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1419784 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1442862 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR662474 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1416226 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1417404 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR665466 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR658849 2 0.0938 0.975 0.012 0.988
#> SRR1460025 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1374092 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1488429 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1087559 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR817004 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR604390 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR614936 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1365938 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR660414 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1452185 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1347020 2 0.4161 0.895 0.084 0.916
#> SRR1398036 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR603750 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR608630 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR655625 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR599059 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR615189 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1466889 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1084602 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1335422 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1385300 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR658385 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR820596 2 0.4815 0.870 0.104 0.896
#> SRR1318118 2 0.4939 0.864 0.108 0.892
#> SRR1480766 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1406539 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR1341833 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1441826 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1326752 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR665217 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR819186 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR661517 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR607166 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR809065 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1415872 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1415463 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1442231 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1374696 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1451988 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1472462 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1406176 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR656886 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR613066 2 0.7602 0.693 0.220 0.780
#> SRR1309490 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1447347 2 0.9775 0.219 0.412 0.588
#> SRR1475546 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR627459 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1434332 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1345936 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR665658 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1321351 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR657880 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1373903 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR657396 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1476719 1 0.7815 0.735 0.768 0.232
#> SRR1403478 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1095695 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1352391 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1498813 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR627437 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2185097 1 0.7376 0.765 0.792 0.208
#> SRR817166 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1091670 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR603776 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1479640 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR660152 2 0.9775 0.219 0.412 0.588
#> SRR1074769 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR656153 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1392502 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR601925 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2165182 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR608542 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR655064 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1432430 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1414958 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR612755 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1391724 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1322373 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1489265 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR607279 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR810461 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR627427 1 0.1414 0.917 0.980 0.020
#> SRR612887 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR809807 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR663112 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1346933 1 0.7376 0.765 0.792 0.208
#> SRR1487910 1 0.7056 0.782 0.808 0.192
#> SRR603092 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1383785 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1070015 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1466222 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1416119 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR819318 2 0.9833 0.178 0.424 0.576
#> SRR608288 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR811121 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR810483 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR601311 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1312865 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1312522 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1325888 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1084766 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1102804 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1336636 2 0.6343 0.791 0.160 0.840
#> SRR1347795 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1330989 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR658445 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1368754 1 0.7453 0.760 0.788 0.212
#> SRR1460001 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1326249 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1472952 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1321528 1 0.7883 0.730 0.764 0.236
#> SRR627447 2 0.1633 0.963 0.024 0.976
#> SRR612239 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660824 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR603858 2 0.5138 0.7151 0.000 0.748 0.252
#> SRR817070 2 0.0747 0.9188 0.000 0.984 0.016
#> SRR1486995 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR813043 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR656874 2 0.1529 0.9096 0.000 0.960 0.040
#> SRR659037 2 0.6168 0.4066 0.000 0.588 0.412
#> SRR662031 1 0.6154 0.2838 0.592 0.000 0.408
#> SRR1081283 2 0.0424 0.9211 0.000 0.992 0.008
#> SRR1481036 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434009 2 0.2796 0.8792 0.000 0.908 0.092
#> SRR1376676 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.6252 0.3198 0.000 0.556 0.444
#> SRR665429 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388025 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR600784 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR657611 1 0.1031 0.8941 0.976 0.024 0.000
#> SRR1333659 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.1289 0.9131 0.000 0.968 0.032
#> SRR1453971 3 0.6235 0.2303 0.436 0.000 0.564
#> SRR1421010 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309468 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 2 0.5058 0.6251 0.244 0.756 0.000
#> SRR1365489 2 0.1964 0.9020 0.000 0.944 0.056
#> SRR627445 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR607863 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.1289 0.9130 0.000 0.968 0.032
#> SRR615695 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR600900 2 0.3816 0.8353 0.000 0.852 0.148
#> SRR601477 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.2878 0.8762 0.000 0.904 0.096
#> SRR1310797 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362713 1 0.1031 0.8944 0.976 0.024 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357210 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR663573 2 0.4399 0.7940 0.000 0.812 0.188
#> SRR603188 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR1471200 2 0.2448 0.8903 0.000 0.924 0.076
#> SRR1310975 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR627457 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367654 2 0.2448 0.8905 0.000 0.924 0.076
#> SRR1488410 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 2 0.4291 0.7313 0.180 0.820 0.000
#> SRR1099546 3 0.4887 0.6734 0.228 0.000 0.772
#> SRR604480 2 0.4399 0.7949 0.000 0.812 0.188
#> SRR1390477 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.4235 0.8082 0.000 0.824 0.176
#> SRR1473161 2 0.3752 0.8378 0.000 0.856 0.144
#> SRR1409813 3 0.4796 0.6810 0.000 0.220 0.780
#> SRR612791 3 0.1289 0.9210 0.032 0.000 0.968
#> SRR1470580 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444063 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR599154 3 0.4002 0.7619 0.000 0.160 0.840
#> SRR814244 1 0.6111 0.4210 0.604 0.396 0.000
#> SRR1404123 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR656934 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339029 2 0.0424 0.9214 0.000 0.992 0.008
#> SRR821525 2 0.1411 0.9114 0.000 0.964 0.036
#> SRR1443677 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391376 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR661842 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR1395699 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312209 1 0.0747 0.8994 0.984 0.016 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414578 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR604677 3 0.0592 0.9383 0.012 0.000 0.988
#> SRR603800 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR602058 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR817488 3 0.5178 0.6182 0.000 0.256 0.744
#> SRR655601 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434821 2 0.4121 0.8165 0.000 0.832 0.168
#> SRR1349166 2 0.1163 0.9148 0.000 0.972 0.028
#> SRR615129 1 0.6280 0.2504 0.540 0.460 0.000
#> SRR607586 2 0.2165 0.8975 0.000 0.936 0.064
#> SRR602680 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR1411070 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR663038 2 0.4931 0.7420 0.000 0.768 0.232
#> SRR1489416 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479155 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.3816 0.7620 0.852 0.000 0.148
#> SRR1374567 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434048 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184865 2 0.6026 0.4910 0.000 0.624 0.376
#> SRR2170135 3 0.5431 0.5907 0.284 0.000 0.716
#> SRR615551 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR1335513 2 0.4842 0.7523 0.000 0.776 0.224
#> SRR1370216 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR662954 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375738 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356577 2 0.1643 0.9078 0.000 0.956 0.044
#> SRR1073119 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR663549 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478015 2 0.0592 0.9202 0.000 0.988 0.012
#> SRR600632 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR811866 2 0.6168 0.4036 0.000 0.588 0.412
#> SRR1401101 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477797 2 0.1411 0.9115 0.000 0.964 0.036
#> SRR1402986 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR658897 1 0.6079 0.4393 0.612 0.388 0.000
#> SRR1419869 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490700 2 0.1031 0.9075 0.024 0.976 0.000
#> SRR601723 2 0.5835 0.5667 0.000 0.660 0.340
#> SRR1384115 2 0.6045 0.4821 0.000 0.620 0.380
#> SRR1476927 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387769 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322595 2 0.5529 0.5222 0.296 0.704 0.000
#> SRR1370423 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314976 2 0.2537 0.8869 0.000 0.920 0.080
#> SRR1319560 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352683 3 0.0237 0.9437 0.000 0.004 0.996
#> SRR1473800 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 3 0.0237 0.9437 0.000 0.004 0.996
#> SRR1360807 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332544 3 0.6307 0.0343 0.488 0.000 0.512
#> SRR598695 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR807824 3 0.5431 0.5642 0.000 0.284 0.716
#> SRR809296 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR657927 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440682 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454415 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419131 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404293 1 0.1753 0.8765 0.952 0.048 0.000
#> SRR1473340 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345563 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.1860 0.9039 0.000 0.948 0.052
#> SRR1480697 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321808 2 0.3412 0.8546 0.000 0.876 0.124
#> SRR1382756 2 0.5760 0.5899 0.000 0.672 0.328
#> SRR1312558 3 0.1163 0.9202 0.000 0.028 0.972
#> SRR1417088 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433027 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR662257 2 0.2796 0.8787 0.000 0.908 0.092
#> SRR600417 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR812493 2 0.0424 0.9211 0.000 0.992 0.008
#> SRR612743 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361345 1 0.0237 0.9066 0.996 0.004 0.000
#> SRR600584 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310520 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395595 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334074 3 0.3551 0.7972 0.000 0.132 0.868
#> SRR654838 3 0.6111 0.2841 0.000 0.396 0.604
#> SRR1376694 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 1 0.6309 0.1273 0.504 0.496 0.000
#> SRR1366837 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467479 2 0.1964 0.9021 0.000 0.944 0.056
#> SRR1459055 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR603004 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR814703 2 0.2448 0.8900 0.000 0.924 0.076
#> SRR661937 2 0.3686 0.8404 0.000 0.860 0.140
#> SRR614359 3 0.1163 0.9244 0.028 0.000 0.972
#> SRR1071568 2 0.4121 0.8164 0.000 0.832 0.168
#> SRR1389084 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337624 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344400 2 0.0592 0.9203 0.000 0.988 0.012
#> SRR1414290 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 3 0.6111 0.3307 0.396 0.000 0.604
#> SRR1315103 1 0.3038 0.8309 0.896 0.104 0.000
#> SRR1099286 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166570 2 0.6299 0.2202 0.000 0.524 0.476
#> SRR601445 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 2 0.0592 0.9201 0.000 0.988 0.012
#> SRR1377026 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.2537 0.8874 0.000 0.920 0.080
#> SRR1460433 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469345 3 0.1529 0.9149 0.040 0.000 0.960
#> SRR1421462 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR662966 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339175 3 0.4796 0.6919 0.220 0.000 0.780
#> SRR1447736 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR660800 2 0.1753 0.9058 0.000 0.952 0.048
#> SRR1465543 3 0.2448 0.8669 0.000 0.076 0.924
#> SRR1342023 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335670 1 0.3267 0.8000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1400955 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098074 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR627464 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409193 2 0.1753 0.8882 0.048 0.952 0.000
#> SRR2168286 2 0.5465 0.6577 0.000 0.712 0.288
#> SRR615539 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR663623 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471989 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468828 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381934 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471098 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314749 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166874 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR821302 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446546 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419784 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357233 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441889 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.2066 0.8998 0.000 0.940 0.060
#> SRR1442862 2 0.4974 0.7365 0.000 0.764 0.236
#> SRR662474 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416226 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417404 2 0.2537 0.8867 0.000 0.920 0.080
#> SRR665466 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR658849 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1460025 2 0.6062 0.4733 0.000 0.616 0.384
#> SRR1408136 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374092 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488429 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087559 2 0.1411 0.8983 0.036 0.964 0.000
#> SRR817004 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.2537 0.8893 0.000 0.920 0.080
#> SRR604390 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR614936 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365938 1 0.6008 0.4759 0.628 0.372 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR613414 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR660414 2 0.6235 0.3423 0.000 0.564 0.436
#> SRR1452185 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398036 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436674 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR608630 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR655625 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR599059 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR615189 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466889 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR1084602 2 0.0892 0.9177 0.000 0.980 0.020
#> SRR1335422 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR1385300 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR654814 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.3192 0.8649 0.000 0.888 0.112
#> SRR820596 3 0.1860 0.9043 0.052 0.000 0.948
#> SRR1318118 1 0.6468 0.1768 0.552 0.004 0.444
#> SRR1480766 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406539 1 0.0237 0.9062 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341833 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441826 2 0.1031 0.9163 0.000 0.976 0.024
#> SRR1448051 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR665217 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR819186 2 0.3192 0.8577 0.000 0.888 0.112
#> SRR661517 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR607166 2 0.0747 0.9177 0.000 0.984 0.016
#> SRR809065 2 0.4931 0.7405 0.000 0.768 0.232
#> SRR1415872 2 0.4842 0.7523 0.000 0.776 0.224
#> SRR1415463 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381161 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442231 2 0.0237 0.9205 0.004 0.996 0.000
#> SRR1374696 2 0.5067 0.8283 0.052 0.832 0.116
#> SRR1451988 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR660555 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472462 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406176 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR656886 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498337 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR613066 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR602492 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447347 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475546 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR627459 2 0.4842 0.7528 0.000 0.776 0.224
#> SRR1434332 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070358 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345936 2 0.5650 0.6171 0.000 0.688 0.312
#> SRR665658 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.0747 0.9188 0.000 0.984 0.016
#> SRR657880 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR1373903 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR657396 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR660981 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR818499 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 3 0.1529 0.9077 0.000 0.040 0.960
#> SRR1476719 1 0.2680 0.8489 0.924 0.008 0.068
#> SRR1403478 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352391 2 0.5431 0.6667 0.000 0.716 0.284
#> SRR1498813 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR627437 2 0.5706 0.6051 0.000 0.680 0.320
#> SRR2185097 3 0.4002 0.7809 0.160 0.000 0.840
#> SRR817166 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091670 2 0.1964 0.9017 0.000 0.944 0.056
#> SRR603776 3 0.6192 0.1635 0.000 0.420 0.580
#> SRR1479640 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR660152 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074769 2 0.0592 0.9202 0.000 0.988 0.012
#> SRR656153 2 0.0592 0.9201 0.000 0.988 0.012
#> SRR1392502 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359609 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.5882 0.5549 0.000 0.652 0.348
#> SRR2165182 2 0.3340 0.8586 0.000 0.880 0.120
#> SRR608542 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR655064 2 0.5058 0.7242 0.000 0.756 0.244
#> SRR1432430 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR808472 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414958 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR598484 2 0.3038 0.8710 0.000 0.896 0.104
#> SRR612755 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365808 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 3 0.1031 0.9244 0.000 0.024 0.976
#> SRR1322373 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489265 2 0.1753 0.9058 0.000 0.952 0.048
#> SRR1359099 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR607279 2 0.1860 0.9038 0.000 0.948 0.052
#> SRR810461 2 0.5178 0.7117 0.000 0.744 0.256
#> SRR627427 3 0.3340 0.8269 0.120 0.000 0.880
#> SRR612887 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR809807 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR663112 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346933 1 0.6204 0.3532 0.576 0.424 0.000
#> SRR1487910 1 0.3267 0.8206 0.884 0.116 0.000
#> SRR603092 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417680 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383785 1 0.6252 0.1804 0.556 0.000 0.444
#> SRR1070015 3 0.4002 0.7619 0.000 0.160 0.840
#> SRR1466222 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416119 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR819318 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR608288 3 0.5216 0.6107 0.000 0.260 0.740
#> SRR811121 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR613138 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR810483 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR607839 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.6235 0.2059 0.564 0.000 0.436
#> SRR601311 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406685 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467500 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308504 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312522 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490486 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR1325888 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084766 2 0.0592 0.9201 0.000 0.988 0.012
#> SRR1102804 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347795 1 0.6215 0.2259 0.572 0.000 0.428
#> SRR601900 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330989 2 0.0892 0.9174 0.000 0.980 0.020
#> SRR658445 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368754 3 0.0237 0.9436 0.004 0.000 0.996
#> SRR1460001 2 0.0000 0.9225 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR614948 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321528 1 0.5988 0.4810 0.632 0.368 0.000
#> SRR627447 3 0.0000 0.9472 0.000 0.000 1.000
#> SRR612239 2 0.5785 0.5799 0.000 0.668 0.332
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660824 3 0.1211 0.92383 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR603858 4 0.4770 0.75739 0.004 0.048 0.168 0.780
#> SRR817070 4 0.4836 0.53576 0.000 0.320 0.008 0.672
#> SRR1486995 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR813043 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656874 2 0.1890 0.87373 0.000 0.936 0.056 0.008
#> SRR659037 4 0.1151 0.87296 0.000 0.008 0.024 0.968
#> SRR662031 1 0.3681 0.75647 0.816 0.000 0.176 0.008
#> SRR1081283 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1481036 3 0.4992 0.00498 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR1434009 2 0.2530 0.84717 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 3 0.4624 0.39027 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR665429 2 0.0469 0.88211 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1388025 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR600784 3 0.0592 0.93451 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR657611 4 0.4661 0.43012 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1333659 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.1305 0.88077 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1453971 1 0.6495 0.36909 0.560 0.084 0.356 0.000
#> SRR1421010 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 3 0.0336 0.93627 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1309468 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 2 0.3649 0.67547 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1365489 2 0.2081 0.86238 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR627445 3 0.0188 0.93621 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR607863 2 0.4679 0.43986 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1475524 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.2816 0.85933 0.000 0.900 0.064 0.036
#> SRR615695 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.2494 0.87431 0.000 0.036 0.048 0.916
#> SRR601477 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487215 2 0.2216 0.86046 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1310797 2 0.0336 0.88271 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1362713 1 0.0469 0.90380 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.1637 0.89678 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1357210 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 2 0.2469 0.84074 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR663573 4 0.1004 0.88393 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR603188 2 0.0657 0.88286 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1471200 2 0.2149 0.86204 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1310975 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627457 3 0.1545 0.92073 0.000 0.008 0.952 0.040
#> SRR1367654 2 0.3392 0.83613 0.000 0.856 0.124 0.020
#> SRR1488410 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 2 0.6077 -0.07899 0.460 0.496 0.000 0.044
#> SRR1099546 3 0.1389 0.90753 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR604480 2 0.2921 0.83148 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1390477 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.2973 0.82807 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1473161 2 0.2760 0.83789 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1409813 2 0.4543 0.60515 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR612791 3 0.1305 0.91791 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR1470580 3 0.0469 0.93539 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1444063 1 0.1118 0.88916 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 3 0.4996 -0.11672 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR814244 1 0.4012 0.74581 0.788 0.204 0.004 0.004
#> SRR1404123 4 0.1792 0.87636 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR656934 4 0.2216 0.83333 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1339029 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.1022 0.88515 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1443677 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 3 0.0779 0.93339 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1391376 3 0.1118 0.92608 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR661842 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1395699 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1312209 4 0.4948 0.17874 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1359469 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1414578 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604677 4 0.2149 0.85102 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR603800 3 0.1211 0.92383 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR602058 4 0.1302 0.88499 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR817488 2 0.4522 0.61206 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR655601 4 0.3311 0.79013 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1434821 2 0.2973 0.82776 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1349166 2 0.1211 0.88012 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR615129 1 0.5607 0.14817 0.496 0.484 0.000 0.020
#> SRR607586 2 0.1557 0.87443 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR602680 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411070 4 0.4697 0.49289 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR663038 2 0.4677 0.75383 0.000 0.768 0.192 0.040
#> SRR1489416 2 0.4916 0.25009 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1479155 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.1807 0.87678 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR1374567 3 0.0188 0.93621 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1434048 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184865 4 0.0927 0.87537 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR2170135 1 0.4188 0.76602 0.812 0.000 0.148 0.040
#> SRR615551 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.5257 0.72328 0.000 0.728 0.212 0.060
#> SRR1370216 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR662954 4 0.1940 0.87145 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1375738 4 0.3444 0.76482 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR1356577 4 0.1388 0.88409 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR1073119 4 0.4877 0.37070 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR663549 3 0.1637 0.91594 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1478015 2 0.1109 0.88265 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR600632 2 0.0469 0.88113 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR811866 4 0.0779 0.87720 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1401101 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477797 4 0.1118 0.88555 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1402986 2 0.0188 0.88440 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR658897 1 0.4083 0.80184 0.832 0.068 0.000 0.100
#> SRR1419869 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490700 4 0.1398 0.88510 0.004 0.040 0.000 0.956
#> SRR601723 4 0.1059 0.87741 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1384115 3 0.5647 0.66508 0.000 0.164 0.720 0.116
#> SRR1476927 2 0.4817 0.35100 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1387769 4 0.4996 0.12111 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR1322595 1 0.5151 0.23223 0.532 0.464 0.000 0.004
#> SRR1370423 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314976 4 0.0921 0.88451 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1319560 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352683 3 0.4382 0.53720 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1473800 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 4 0.2216 0.84033 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1360807 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1332544 3 0.5000 0.00632 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.4103 0.70888 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR809296 3 0.0188 0.93621 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR657927 3 0.1211 0.92383 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1440682 2 0.3801 0.69251 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1454415 2 0.3726 0.70146 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1419131 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1404293 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473340 3 0.1022 0.92691 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1345563 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.1940 0.86648 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1480697 3 0.2281 0.86057 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1321808 2 0.2814 0.83705 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1382756 2 0.4776 0.50561 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1312558 2 0.4222 0.68662 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1417088 4 0.2868 0.82908 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1433027 2 0.4382 0.55877 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR662257 2 0.6084 0.67563 0.000 0.676 0.120 0.204
#> SRR600417 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR812493 4 0.1118 0.88555 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR612743 4 0.2469 0.83769 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1361345 1 0.3528 0.74046 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR600584 4 0.3907 0.70593 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1310520 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1395595 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1334074 4 0.5161 0.09530 0.000 0.004 0.476 0.520
#> SRR654838 2 0.3172 0.81587 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1376694 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.0817 0.87511 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1366837 4 0.4830 0.34730 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1467479 2 0.2861 0.85173 0.000 0.888 0.096 0.016
#> SRR1459055 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603004 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814703 2 0.2216 0.85836 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR661937 2 0.6929 0.04397 0.000 0.452 0.108 0.440
#> SRR614359 3 0.1022 0.92166 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1071568 2 0.3172 0.81363 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1389084 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1337624 2 0.4431 0.55653 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1344400 2 0.1733 0.87791 0.000 0.948 0.028 0.024
#> SRR1414290 2 0.0336 0.88363 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1413644 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098998 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.2868 0.80724 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1315103 1 0.4819 0.46624 0.652 0.004 0.000 0.344
#> SRR1099286 3 0.0188 0.93582 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2166570 4 0.1118 0.86381 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR601445 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.2216 0.86243 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1377026 4 0.4331 0.61355 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1327386 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.2216 0.85969 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1460433 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1469345 3 0.3311 0.77311 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1421462 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.1022 0.92078 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1339175 3 0.1635 0.91072 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR1447736 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434671 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660800 2 0.0921 0.88215 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1465543 2 0.5040 0.52140 0.000 0.628 0.364 0.008
#> SRR1342023 1 0.3400 0.75140 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1335670 1 0.5130 0.47003 0.652 0.000 0.016 0.332
#> SRR1400955 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072150 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098074 3 0.0188 0.93541 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1442778 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.0188 0.93621 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR627464 3 0.1302 0.92282 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1409193 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2168286 4 0.0592 0.87122 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR615539 2 0.0817 0.87753 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR663623 3 0.0921 0.92976 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1471989 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468828 4 0.3172 0.80195 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1381934 4 0.2149 0.85102 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1471098 3 0.0817 0.92644 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1314749 4 0.4679 0.49764 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR2166874 2 0.1792 0.86685 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR821302 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435066 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0188 0.88440 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1446546 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419784 3 0.2704 0.82428 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1357233 2 0.0817 0.87661 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1441889 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.3991 0.82480 0.000 0.832 0.120 0.048
#> SRR1442862 2 0.3444 0.79145 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR662474 4 0.1716 0.87815 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1416226 3 0.2589 0.83661 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1417404 4 0.0817 0.88357 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR665466 2 0.1022 0.87301 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR658849 3 0.1211 0.92383 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1460025 4 0.3895 0.76038 0.000 0.012 0.184 0.804
#> SRR1408136 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374092 4 0.2216 0.84523 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1488429 3 0.0469 0.93534 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1087559 2 0.2010 0.84867 0.060 0.932 0.004 0.004
#> SRR817004 1 0.4406 0.60323 0.700 0.300 0.000 0.000
#> SRR1429660 2 0.1557 0.87354 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR604390 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614936 4 0.1792 0.87558 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1365938 1 0.4994 0.19429 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR1437324 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR660414 4 0.1474 0.85646 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1452185 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398036 4 0.1389 0.88421 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1436674 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.0707 0.92905 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR608630 4 0.0921 0.88451 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR655625 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR599059 4 0.4955 0.20708 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR615189 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466889 2 0.0188 0.88440 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1084602 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1335422 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.0469 0.88301 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1385300 3 0.0817 0.93102 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR654814 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.2466 0.86782 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR820596 4 0.2760 0.82525 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1318118 4 0.1398 0.87206 0.004 0.000 0.040 0.956
#> SRR1480766 2 0.4843 0.33823 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1406539 1 0.2466 0.86472 0.916 0.028 0.056 0.000
#> SRR1341833 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441826 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1448051 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665217 3 0.0592 0.93440 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR819186 2 0.1118 0.87915 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR661517 3 0.0336 0.93502 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR607166 2 0.0469 0.88301 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR809065 4 0.0469 0.87934 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1415872 2 0.7235 0.38802 0.000 0.532 0.180 0.288
#> SRR1415463 3 0.0469 0.93331 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1381161 4 0.2408 0.85445 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1442231 4 0.7387 0.38143 0.256 0.224 0.000 0.520
#> SRR1374696 4 0.1004 0.88332 0.004 0.024 0.000 0.972
#> SRR1451988 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660555 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.0707 0.88105 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1472462 2 0.0921 0.87577 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1406176 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656886 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498337 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR613066 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309490 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1447347 3 0.0817 0.92989 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1475546 2 0.0336 0.88249 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR627459 4 0.1305 0.87487 0.000 0.004 0.036 0.960
#> SRR1434332 2 0.0336 0.88249 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1070358 4 0.1474 0.88316 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1345936 4 0.0779 0.88196 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR665658 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321351 2 0.5399 0.09738 0.000 0.520 0.012 0.468
#> SRR657880 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373903 4 0.5000 0.02036 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR657396 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660981 2 0.0817 0.87741 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR818499 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 3 0.5229 0.08837 0.000 0.428 0.564 0.008
#> SRR1476719 1 0.5691 0.09351 0.508 0.000 0.024 0.468
#> SRR1403478 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352391 4 0.4516 0.66518 0.000 0.012 0.252 0.736
#> SRR1498813 4 0.1302 0.88499 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR627437 4 0.1398 0.87392 0.000 0.004 0.040 0.956
#> SRR2185097 3 0.5915 0.25240 0.400 0.000 0.560 0.040
#> SRR817166 3 0.1211 0.91512 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1091670 2 0.1389 0.87687 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR603776 4 0.1004 0.87324 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR1479640 2 0.0336 0.88249 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR660152 3 0.0188 0.93621 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1074769 2 0.0336 0.88435 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR656153 2 0.3694 0.79768 0.000 0.844 0.032 0.124
#> SRR1392502 3 0.1389 0.90794 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1359609 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 2 0.5298 0.49334 0.000 0.612 0.372 0.016
#> SRR2165182 2 0.4378 0.78420 0.000 0.796 0.164 0.040
#> SRR608542 4 0.2868 0.82855 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR655064 4 0.0469 0.87934 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1432430 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808472 4 0.2345 0.85697 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1414958 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598484 2 0.2011 0.86595 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR612755 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1365808 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.2149 0.85147 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1322373 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1489265 2 0.1302 0.87795 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1359099 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.1211 0.87995 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR810461 2 0.3172 0.81524 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR627427 3 0.1732 0.91932 0.008 0.004 0.948 0.040
#> SRR612887 2 0.0921 0.87509 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR809807 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663112 3 0.1211 0.92383 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1346933 2 0.4981 -0.00783 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1487910 1 0.1635 0.87970 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR603092 4 0.1211 0.88574 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1417680 2 0.0188 0.88325 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1383785 1 0.3907 0.68898 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1070015 2 0.4955 0.34133 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR1466222 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416119 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR819318 3 0.2011 0.90286 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR608288 2 0.5821 0.45866 0.000 0.592 0.368 0.040
#> SRR811121 3 0.1022 0.92838 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR613138 2 0.0188 0.88370 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR810483 3 0.3942 0.67011 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR607839 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.3975 0.65349 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR601311 4 0.1557 0.88266 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1406685 4 0.2345 0.85729 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1467500 4 0.2647 0.84242 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1308504 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.0188 0.93621 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1312522 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490486 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325888 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472885 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084766 4 0.0921 0.88451 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1102804 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1347795 1 0.4040 0.65275 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR601900 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330989 4 0.0817 0.88357 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR658445 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368754 3 0.0000 0.93683 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1460001 2 0.0000 0.88410 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 3 0.0921 0.93011 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR614948 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.0188 0.93698 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1321528 1 0.4574 0.66970 0.756 0.024 0.000 0.220
#> SRR627447 3 0.0817 0.93168 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR612239 4 0.1151 0.87858 0.000 0.008 0.024 0.968
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660824 5 0.2329 0.736073 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR603858 4 0.5361 0.601415 0.000 0.040 0.036 0.672 0.252
#> SRR817070 4 0.5421 0.482702 0.000 0.276 0.000 0.628 0.096
#> SRR1486995 3 0.3424 0.637916 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR813043 2 0.0451 0.846705 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR656874 2 0.3857 0.601573 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR659037 4 0.2124 0.825776 0.000 0.000 0.004 0.900 0.096
#> SRR662031 1 0.3966 0.480781 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1081283 4 0.0703 0.858735 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1481036 4 0.4235 0.362561 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1434009 2 0.0693 0.847682 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1376676 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.4807 0.349664 0.000 0.532 0.448 0.000 0.020
#> SRR665429 2 0.4030 0.524437 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1388025 4 0.0290 0.861713 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR600784 5 0.4256 0.240196 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR657611 4 0.4655 -0.013754 0.476 0.000 0.012 0.512 0.000
#> SRR1333659 2 0.0162 0.846245 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1323896 2 0.2583 0.809625 0.000 0.864 0.132 0.000 0.004
#> SRR1453971 3 0.5030 0.539816 0.220 0.080 0.696 0.000 0.004
#> SRR1421010 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 5 0.4307 0.027269 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1309468 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468637 2 0.4835 0.246897 0.380 0.592 0.000 0.000 0.028
#> SRR1365489 2 0.0771 0.848229 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR627445 3 0.0798 0.766585 0.000 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR607863 2 0.3757 0.704532 0.000 0.772 0.000 0.208 0.020
#> SRR1475524 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.1538 0.847142 0.000 0.948 0.036 0.008 0.008
#> SRR615695 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.4908 0.358770 0.000 0.020 0.416 0.560 0.004
#> SRR601477 2 0.1430 0.841583 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004
#> SRR1487215 2 0.1270 0.842320 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1310797 2 0.3550 0.737553 0.000 0.760 0.236 0.000 0.004
#> SRR1362713 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.0162 0.846245 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1102079 3 0.1205 0.755011 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1357210 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657659 5 0.4757 0.532308 0.000 0.204 0.000 0.080 0.716
#> SRR663573 4 0.0404 0.861607 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR603188 2 0.0807 0.843709 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1471200 2 0.3790 0.693045 0.000 0.724 0.272 0.000 0.004
#> SRR1310975 2 0.1544 0.826254 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR627457 5 0.1043 0.757333 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1367654 2 0.4066 0.630906 0.000 0.672 0.324 0.000 0.004
#> SRR1488410 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.6541 0.341971 0.496 0.352 0.000 0.136 0.016
#> SRR1099546 3 0.3452 0.590879 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR604480 2 0.3430 0.745693 0.000 0.776 0.220 0.000 0.004
#> SRR1390477 2 0.0290 0.846709 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1458447 2 0.3766 0.696459 0.000 0.728 0.268 0.000 0.004
#> SRR1473161 2 0.1251 0.847837 0.000 0.956 0.036 0.000 0.008
#> SRR1409813 2 0.4299 0.514124 0.000 0.608 0.388 0.000 0.004
#> SRR612791 5 0.6239 0.250768 0.404 0.000 0.144 0.000 0.452
#> SRR1470580 3 0.4060 0.426033 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1444063 1 0.0880 0.857440 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 2 0.4440 0.322757 0.000 0.528 0.468 0.000 0.004
#> SRR814244 1 0.3122 0.764623 0.852 0.120 0.024 0.000 0.004
#> SRR1404123 4 0.1124 0.855022 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR656934 4 0.2370 0.824120 0.000 0.000 0.040 0.904 0.056
#> SRR1339029 2 0.0162 0.846245 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR821525 4 0.1197 0.851290 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1443677 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 5 0.3816 0.521170 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1391376 5 0.2773 0.705176 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR661842 4 0.0609 0.860034 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1395699 3 0.4300 0.030532 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1312209 1 0.4452 0.069297 0.500 0.000 0.004 0.496 0.000
#> SRR1359469 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658885 3 0.3242 0.670968 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1414578 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603620 2 0.0162 0.845121 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR604677 4 0.2424 0.801383 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR603800 5 0.1341 0.759764 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR602058 4 0.0000 0.862129 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817488 2 0.3969 0.646738 0.000 0.692 0.304 0.000 0.004
#> SRR655601 4 0.4357 0.700716 0.000 0.128 0.000 0.768 0.104
#> SRR1434821 2 0.4310 0.514860 0.000 0.604 0.392 0.000 0.004
#> SRR1349166 2 0.3521 0.737190 0.000 0.764 0.232 0.000 0.004
#> SRR615129 1 0.5691 0.310587 0.524 0.412 0.000 0.016 0.048
#> SRR607586 2 0.2536 0.810094 0.000 0.868 0.128 0.000 0.004
#> SRR602680 2 0.1831 0.834657 0.000 0.920 0.076 0.000 0.004
#> SRR1411070 4 0.6814 0.235104 0.000 0.272 0.288 0.436 0.004
#> SRR663038 5 0.0671 0.743316 0.000 0.016 0.004 0.000 0.980
#> SRR1489416 2 0.4435 0.506875 0.000 0.648 0.000 0.336 0.016
#> SRR1479155 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662162 1 0.3109 0.691457 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1374567 3 0.0671 0.778108 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1434048 2 0.0404 0.843427 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2184865 5 0.3491 0.549548 0.000 0.000 0.004 0.228 0.768
#> SRR2170135 5 0.2588 0.743855 0.060 0.000 0.048 0.000 0.892
#> SRR615551 2 0.0290 0.846709 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1335513 2 0.4847 0.770773 0.000 0.756 0.144 0.028 0.072
#> SRR1370216 3 0.2690 0.733361 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR662954 4 0.0955 0.857109 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1375738 4 0.4015 0.534504 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1356577 4 0.0609 0.859600 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1073119 3 0.3366 0.578376 0.000 0.000 0.784 0.212 0.004
#> SRR663549 5 0.1671 0.757787 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1478015 2 0.3554 0.752966 0.000 0.776 0.216 0.004 0.004
#> SRR600632 2 0.1697 0.825841 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR811866 4 0.0510 0.860621 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1401101 2 0.0955 0.846604 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1477797 4 0.0290 0.861713 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1402986 2 0.0162 0.846245 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR658897 1 0.5589 0.609424 0.680 0.060 0.000 0.044 0.216
#> SRR1419869 3 0.0867 0.773336 0.008 0.008 0.976 0.000 0.008
#> SRR1490700 4 0.0798 0.858640 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008
#> SRR601723 4 0.0451 0.862195 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1384115 2 0.8284 0.078329 0.000 0.372 0.160 0.192 0.276
#> SRR1476927 2 0.4138 0.615696 0.000 0.708 0.000 0.276 0.016
#> SRR1387769 4 0.4360 0.588308 0.000 0.000 0.300 0.680 0.020
#> SRR1322595 1 0.5080 0.549403 0.656 0.284 0.056 0.000 0.004
#> SRR1370423 3 0.2516 0.746740 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1314976 4 0.0290 0.861859 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1319560 2 0.0162 0.845121 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352683 3 0.3636 0.503475 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1473800 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 4 0.1571 0.843908 0.000 0.000 0.060 0.936 0.004
#> SRR1360807 4 0.0290 0.861859 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1332544 3 0.4249 0.290314 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> SRR598695 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807824 2 0.4321 0.502352 0.000 0.600 0.396 0.000 0.004
#> SRR809296 3 0.1043 0.780970 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR657927 5 0.1851 0.754271 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1440682 2 0.4210 0.677171 0.000 0.740 0.000 0.224 0.036
#> SRR1454415 2 0.3197 0.767689 0.000 0.836 0.000 0.140 0.024
#> SRR1419131 4 0.0162 0.862097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404293 1 0.0510 0.872361 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1473340 5 0.3561 0.596549 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1345563 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.1544 0.826219 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1480697 3 0.1410 0.746183 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1321808 2 0.4029 0.635765 0.000 0.680 0.316 0.000 0.004
#> SRR1382756 2 0.4425 0.702138 0.000 0.716 0.244 0.000 0.040
#> SRR1312558 3 0.4450 -0.217330 0.000 0.488 0.508 0.000 0.004
#> SRR1417088 4 0.1774 0.842137 0.000 0.016 0.000 0.932 0.052
#> SRR1433027 2 0.4866 0.565403 0.000 0.664 0.000 0.284 0.052
#> SRR662257 5 0.2149 0.707583 0.000 0.036 0.000 0.048 0.916
#> SRR600417 4 0.0290 0.862452 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR812493 4 0.0290 0.861713 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR612743 4 0.2471 0.796687 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1361345 1 0.3949 0.515614 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR600584 4 0.3911 0.710147 0.000 0.144 0.000 0.796 0.060
#> SRR1310520 4 0.0510 0.860613 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1395595 3 0.2424 0.751454 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1334074 5 0.5865 0.317325 0.000 0.000 0.116 0.332 0.552
#> SRR654838 2 0.4437 0.343714 0.000 0.532 0.464 0.000 0.004
#> SRR1376694 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433841 2 0.1205 0.833091 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> SRR1366837 4 0.5072 0.580959 0.000 0.000 0.116 0.696 0.188
#> SRR1467479 2 0.1588 0.847505 0.000 0.948 0.028 0.008 0.016
#> SRR1459055 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.0404 0.847133 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR603004 3 0.1041 0.780384 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR814703 2 0.0703 0.841272 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR661937 2 0.6039 0.429255 0.000 0.552 0.000 0.300 0.148
#> SRR614359 3 0.6368 0.194228 0.356 0.000 0.472 0.000 0.172
#> SRR1071568 2 0.2966 0.777899 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1389084 3 0.4114 0.370915 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1337624 2 0.5433 0.510624 0.000 0.620 0.000 0.288 0.092
#> SRR1344400 2 0.4383 0.396720 0.000 0.572 0.000 0.004 0.424
#> SRR1414290 2 0.1357 0.842488 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR1413644 2 0.0865 0.846818 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1098998 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481279 1 0.4192 0.250777 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1315103 1 0.4009 0.550461 0.684 0.000 0.004 0.312 0.000
#> SRR1099286 3 0.2710 0.760303 0.064 0.008 0.892 0.000 0.036
#> SRR2166570 5 0.1725 0.739840 0.000 0.000 0.020 0.044 0.936
#> SRR601445 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439719 4 0.1153 0.857823 0.000 0.024 0.004 0.964 0.008
#> SRR1377026 4 0.3336 0.767738 0.000 0.096 0.000 0.844 0.060
#> SRR1327386 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.1270 0.833576 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1460433 4 0.0703 0.858700 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1469345 1 0.3579 0.617308 0.756 0.000 0.240 0.000 0.004
#> SRR1421462 2 0.0290 0.846709 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR662966 3 0.0932 0.764788 0.000 0.004 0.972 0.020 0.004
#> SRR1339175 5 0.5331 0.554231 0.268 0.000 0.092 0.000 0.640
#> SRR1447736 2 0.0404 0.843427 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1434671 2 0.2674 0.806649 0.000 0.856 0.140 0.000 0.004
#> SRR660800 2 0.1341 0.832185 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1465543 2 0.3779 0.744346 0.000 0.776 0.200 0.000 0.024
#> SRR1342023 1 0.3452 0.663715 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1335670 1 0.4638 0.499572 0.648 0.000 0.028 0.324 0.000
#> SRR1400955 2 0.0162 0.845095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072150 2 0.1282 0.843399 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004
#> SRR1442822 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.3707 0.565773 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1098074 3 0.1628 0.742622 0.000 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR1442778 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086728 3 0.0671 0.777992 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR627464 5 0.0703 0.753655 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1409193 4 0.0404 0.861321 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2168286 5 0.2011 0.703953 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908
#> SRR615539 2 0.0912 0.842768 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR663623 3 0.4560 -0.000536 0.000 0.000 0.508 0.008 0.484
#> SRR1471989 3 0.1608 0.776880 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1468828 4 0.2450 0.820114 0.000 0.052 0.000 0.900 0.048
#> SRR1381934 4 0.3452 0.696333 0.000 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1471098 3 0.0960 0.764860 0.000 0.008 0.972 0.016 0.004
#> SRR1314749 4 0.4305 0.177393 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR2166874 5 0.1485 0.726294 0.000 0.020 0.000 0.032 0.948
#> SRR821302 3 0.1341 0.780124 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1435066 2 0.0162 0.846245 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR661601 2 0.0290 0.847038 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1446546 3 0.1670 0.754646 0.000 0.052 0.936 0.000 0.012
#> SRR1419784 3 0.1544 0.740979 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1357233 2 0.1243 0.847528 0.000 0.960 0.028 0.008 0.004
#> SRR1441889 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.4594 0.568233 0.000 0.620 0.364 0.012 0.004
#> SRR1442862 2 0.2690 0.795331 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR662474 4 0.0771 0.859908 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1416226 3 0.3151 0.663236 0.000 0.000 0.836 0.144 0.020
#> SRR1417404 4 0.0162 0.862010 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR665466 2 0.1774 0.827203 0.000 0.932 0.000 0.016 0.052
#> SRR658849 5 0.1908 0.752720 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1460025 4 0.4015 0.523862 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1408136 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.0609 0.841942 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1374092 4 0.1671 0.836826 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1488429 5 0.4306 0.062998 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1087559 2 0.5503 0.645030 0.164 0.680 0.148 0.004 0.004
#> SRR817004 1 0.3333 0.690155 0.788 0.208 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429660 2 0.3266 0.762998 0.000 0.796 0.200 0.000 0.004
#> SRR604390 3 0.2329 0.756336 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR614936 4 0.1544 0.841071 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1365938 1 0.4489 0.365487 0.572 0.420 0.000 0.000 0.008
#> SRR1437324 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.0290 0.861713 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR660414 5 0.1648 0.741397 0.000 0.000 0.020 0.040 0.940
#> SRR1452185 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.1251 0.780592 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036
#> SRR1398036 4 0.0609 0.859626 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1436674 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603750 3 0.1059 0.762938 0.000 0.008 0.968 0.020 0.004
#> SRR608630 4 0.0794 0.857412 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR655625 4 0.0162 0.862097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR599059 4 0.6598 0.154050 0.000 0.352 0.188 0.456 0.004
#> SRR615189 2 0.0613 0.846832 0.004 0.984 0.008 0.000 0.004
#> SRR1466889 2 0.0290 0.846709 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1084602 4 0.0404 0.861321 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1335422 1 0.0162 0.878966 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356805 2 0.2629 0.807254 0.000 0.860 0.136 0.000 0.004
#> SRR1385300 5 0.4297 0.124931 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR654814 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658385 2 0.2773 0.765326 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR820596 3 0.4451 -0.144979 0.004 0.000 0.504 0.492 0.000
#> SRR1318118 4 0.1043 0.853679 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1480766 2 0.5008 0.536617 0.000 0.644 0.000 0.300 0.056
#> SRR1406539 1 0.4774 0.553803 0.688 0.044 0.264 0.000 0.004
#> SRR1341833 2 0.0566 0.847054 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1441826 4 0.0290 0.861849 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1448051 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326752 3 0.2020 0.767221 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR665217 5 0.4307 0.045518 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR819186 2 0.1270 0.842213 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR661517 3 0.1168 0.779926 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR607166 2 0.1282 0.843437 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004
#> SRR809065 4 0.1965 0.826388 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1415872 2 0.6693 0.597851 0.000 0.608 0.100 0.196 0.096
#> SRR1415463 3 0.0798 0.766585 0.000 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR1381161 4 0.1750 0.845364 0.000 0.028 0.000 0.936 0.036
#> SRR1442231 4 0.7455 0.242332 0.276 0.188 0.000 0.472 0.064
#> SRR1374696 4 0.0290 0.861859 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1451988 3 0.2690 0.734773 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR660555 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657801 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663344 2 0.3430 0.746425 0.000 0.776 0.220 0.000 0.004
#> SRR1472462 2 0.1568 0.834046 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1406176 3 0.2628 0.767530 0.000 0.028 0.884 0.000 0.088
#> SRR656886 3 0.1082 0.779392 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR1498337 4 0.0290 0.861713 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR613066 3 0.2280 0.757843 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1309490 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602492 4 0.0162 0.862097 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447347 3 0.4375 0.223819 0.000 0.000 0.576 0.004 0.420
#> SRR1475546 2 0.0671 0.843329 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR627459 4 0.1965 0.826189 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1434332 2 0.1357 0.832601 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1070358 4 0.2352 0.825915 0.000 0.008 0.092 0.896 0.004
#> SRR1345936 4 0.0510 0.860621 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR665658 2 0.0290 0.844205 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1321351 2 0.5727 0.394310 0.000 0.560 0.000 0.340 0.100
#> SRR657880 2 0.0510 0.842794 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1373903 4 0.5204 0.285117 0.000 0.368 0.000 0.580 0.052
#> SRR657396 2 0.1043 0.836593 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR660981 2 0.2707 0.794526 0.000 0.876 0.000 0.024 0.100
#> SRR818499 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819658 2 0.0000 0.845659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 2 0.5409 0.532802 0.000 0.604 0.316 0.000 0.080
#> SRR1476719 1 0.4935 0.440506 0.616 0.000 0.040 0.344 0.000
#> SRR1403478 2 0.0162 0.846245 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1095695 3 0.2813 0.724459 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1352391 3 0.4283 0.462382 0.000 0.012 0.692 0.292 0.004
#> SRR1498813 4 0.0609 0.860034 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR627437 4 0.2516 0.795489 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR2185097 5 0.1502 0.759786 0.004 0.000 0.056 0.000 0.940
#> SRR817166 3 0.1270 0.750760 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1091670 2 0.0579 0.846848 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR603776 4 0.0404 0.861321 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1479640 2 0.0771 0.841763 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR660152 3 0.1270 0.780475 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1074769 2 0.0609 0.847167 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR656153 2 0.2067 0.824343 0.000 0.920 0.000 0.048 0.032
#> SRR1392502 3 0.2270 0.739099 0.000 0.000 0.904 0.076 0.020
#> SRR1359609 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 3 0.2170 0.701946 0.000 0.088 0.904 0.004 0.004
#> SRR2165182 5 0.1251 0.727111 0.000 0.036 0.000 0.008 0.956
#> SRR608542 4 0.1992 0.835070 0.000 0.044 0.000 0.924 0.032
#> SRR655064 4 0.0703 0.859510 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1432430 3 0.2648 0.737189 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR808472 4 0.2006 0.835064 0.000 0.012 0.000 0.916 0.072
#> SRR1414958 3 0.1341 0.780048 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR598484 2 0.4196 0.578129 0.000 0.640 0.356 0.000 0.004
#> SRR612755 3 0.4262 0.179300 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1365808 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.3336 0.711825 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR1322373 3 0.3395 0.645586 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1489265 2 0.2389 0.816554 0.000 0.880 0.116 0.000 0.004
#> SRR1359099 2 0.0162 0.846245 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR607279 2 0.0880 0.846493 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR810461 2 0.1410 0.839934 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR627427 5 0.1502 0.760134 0.004 0.000 0.056 0.000 0.940
#> SRR612887 2 0.1493 0.835035 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> SRR809807 3 0.1251 0.779960 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036
#> SRR663112 5 0.1732 0.757090 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1346933 1 0.6085 0.369347 0.528 0.372 0.000 0.016 0.084
#> SRR1487910 1 0.0880 0.860765 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR603092 4 0.1205 0.853581 0.000 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1417680 2 0.1830 0.822567 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1383785 3 0.3861 0.564080 0.264 0.008 0.728 0.000 0.000
#> SRR1070015 3 0.4390 -0.005338 0.000 0.428 0.568 0.000 0.004
#> SRR1466222 3 0.1671 0.776176 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1416119 3 0.2929 0.710293 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR819318 5 0.1544 0.759224 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR608288 5 0.4789 0.149024 0.000 0.392 0.024 0.000 0.584
#> SRR811121 5 0.2179 0.744314 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR613138 2 0.2329 0.793322 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR810483 4 0.6630 -0.056989 0.000 0.000 0.376 0.404 0.220
#> SRR607839 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337031 1 0.1544 0.823619 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR601311 4 0.3308 0.781124 0.000 0.020 0.144 0.832 0.004
#> SRR1406685 4 0.1651 0.851002 0.000 0.036 0.012 0.944 0.008
#> SRR1467500 4 0.2236 0.829118 0.000 0.024 0.000 0.908 0.068
#> SRR1308504 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312865 3 0.1965 0.768511 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1312522 3 0.0880 0.780770 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1490486 2 0.0771 0.846995 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1325888 3 0.1544 0.777919 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1472885 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098785 2 0.1043 0.836479 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1084766 4 0.0404 0.861312 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1102804 2 0.0000 0.845659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336636 3 0.2280 0.756962 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1347795 3 0.3583 0.643798 0.192 0.012 0.792 0.000 0.004
#> SRR601900 2 0.3300 0.764164 0.000 0.792 0.204 0.000 0.004
#> SRR1330989 4 0.1043 0.853867 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR658445 3 0.3116 0.731493 0.000 0.076 0.860 0.000 0.064
#> SRR1368754 3 0.2208 0.758232 0.072 0.000 0.908 0.000 0.020
#> SRR1460001 2 0.0000 0.845659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414934 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 5 0.2561 0.722011 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR614948 1 0.0000 0.882006 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.3074 0.695078 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1321528 1 0.4292 0.600381 0.704 0.000 0.000 0.272 0.024
#> SRR627447 5 0.4161 0.352274 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR612239 4 0.0510 0.860621 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660824 6 0.1398 0.74356 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008 0.940
#> SRR603858 4 0.7121 0.22878 0.052 0.020 0.016 0.460 0.120 0.332
#> SRR817070 4 0.5775 0.17917 0.000 0.300 0.004 0.556 0.124 0.016
#> SRR1486995 3 0.2320 0.68632 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.132
#> SRR813043 2 0.1204 0.69622 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR656874 6 0.4408 -0.06850 0.000 0.488 0.000 0.000 0.024 0.488
#> SRR659037 4 0.4254 0.41419 0.000 0.000 0.004 0.624 0.020 0.352
#> SRR662031 3 0.3995 0.15377 0.480 0.000 0.516 0.000 0.004 0.000
#> SRR1081283 4 0.1788 0.71520 0.000 0.004 0.012 0.928 0.052 0.004
#> SRR1481036 4 0.5214 0.42851 0.000 0.000 0.288 0.596 0.112 0.004
#> SRR1434009 2 0.4760 0.59452 0.000 0.668 0.120 0.000 0.212 0.000
#> SRR1376676 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396967 2 0.6464 0.37287 0.000 0.448 0.232 0.028 0.292 0.000
#> SRR665429 6 0.4664 -0.02326 0.000 0.480 0.000 0.004 0.032 0.484
#> SRR1388025 4 0.1888 0.71194 0.000 0.012 0.000 0.916 0.068 0.004
#> SRR600784 6 0.4152 0.13910 0.000 0.000 0.440 0.000 0.012 0.548
#> SRR657611 4 0.4254 0.37354 0.312 0.000 0.000 0.656 0.028 0.004
#> SRR1333659 2 0.1700 0.68100 0.004 0.916 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1323896 2 0.5411 0.58444 0.000 0.616 0.048 0.048 0.284 0.004
#> SRR1453971 3 0.6173 0.38465 0.244 0.056 0.572 0.000 0.124 0.004
#> SRR1421010 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334490 6 0.4453 0.06106 0.000 0.000 0.444 0.000 0.028 0.528
#> SRR1309468 1 0.0914 0.86912 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016 0.000
#> SRR1468637 2 0.5867 -0.01008 0.376 0.508 0.000 0.020 0.084 0.012
#> SRR1365489 2 0.4131 0.64681 0.000 0.744 0.100 0.000 0.156 0.000
#> SRR627445 3 0.2955 0.66813 0.000 0.008 0.816 0.000 0.172 0.004
#> SRR607863 2 0.6270 0.25383 0.000 0.448 0.040 0.132 0.380 0.000
#> SRR1475524 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405504 2 0.5977 0.47861 0.000 0.548 0.024 0.104 0.312 0.012
#> SRR615695 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600900 4 0.7024 0.14857 0.000 0.072 0.204 0.428 0.292 0.004
#> SRR601477 2 0.4313 0.63823 0.000 0.728 0.124 0.000 0.148 0.000
#> SRR1487215 2 0.4881 0.58273 0.000 0.656 0.136 0.000 0.208 0.000
#> SRR1310797 2 0.5300 0.59731 0.000 0.652 0.172 0.020 0.156 0.000
#> SRR1362713 1 0.0713 0.86893 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1431385 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379089 2 0.1387 0.69446 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1102079 3 0.3777 0.62432 0.000 0.000 0.788 0.084 0.124 0.004
#> SRR1357210 1 0.0260 0.87996 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR657659 6 0.4178 0.60444 0.000 0.068 0.000 0.032 0.124 0.776
#> SRR663573 4 0.0858 0.71181 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR603188 2 0.4626 0.56115 0.000 0.652 0.076 0.000 0.272 0.000
#> SRR1471200 2 0.5989 0.43952 0.000 0.480 0.248 0.004 0.268 0.000
#> SRR1310975 2 0.2538 0.65200 0.000 0.860 0.000 0.000 0.124 0.016
#> SRR627457 6 0.1074 0.74572 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028 0.960
#> SRR1367654 3 0.6245 -0.10431 0.000 0.308 0.344 0.004 0.344 0.000
#> SRR1488410 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457750 1 0.7847 -0.44318 0.256 0.252 0.000 0.232 0.256 0.004
#> SRR1099546 3 0.3343 0.62565 0.176 0.000 0.796 0.000 0.024 0.004
#> SRR604480 2 0.5798 0.41644 0.000 0.500 0.264 0.000 0.236 0.000
#> SRR1390477 2 0.1327 0.69479 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1458447 2 0.5643 0.48198 0.000 0.536 0.248 0.000 0.216 0.000
#> SRR1473161 2 0.3387 0.68537 0.000 0.796 0.040 0.000 0.164 0.000
#> SRR1409813 2 0.5800 0.23593 0.000 0.424 0.396 0.000 0.180 0.000
#> SRR612791 6 0.6151 0.30856 0.296 0.000 0.204 0.000 0.016 0.484
#> SRR1470580 3 0.4435 0.50106 0.000 0.004 0.648 0.000 0.040 0.308
#> SRR1444063 1 0.2240 0.83560 0.908 0.016 0.032 0.000 0.044 0.000
#> SRR1355578 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429203 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599154 3 0.5440 0.34320 0.000 0.200 0.576 0.000 0.224 0.000
#> SRR814244 1 0.4749 0.67650 0.760 0.072 0.044 0.012 0.108 0.004
#> SRR1404123 4 0.2617 0.69918 0.000 0.040 0.000 0.876 0.080 0.004
#> SRR656934 4 0.3027 0.65965 0.000 0.000 0.000 0.824 0.028 0.148
#> SRR1339029 2 0.2942 0.68865 0.000 0.836 0.032 0.000 0.132 0.000
#> SRR821525 4 0.1719 0.71221 0.000 0.000 0.000 0.924 0.060 0.016
#> SRR1443677 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406330 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338124 6 0.5301 0.53187 0.000 0.076 0.088 0.000 0.148 0.688
#> SRR1391376 6 0.2624 0.70125 0.000 0.000 0.124 0.000 0.020 0.856
#> SRR661842 4 0.1866 0.71120 0.000 0.008 0.000 0.908 0.084 0.000
#> SRR1395699 3 0.4110 0.37147 0.000 0.000 0.608 0.000 0.016 0.376
#> SRR1312209 4 0.4153 0.27423 0.340 0.000 0.000 0.636 0.024 0.000
#> SRR1359469 1 0.0260 0.88035 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR658885 3 0.2988 0.67584 0.000 0.000 0.828 0.000 0.028 0.144
#> SRR1414578 1 0.0508 0.87810 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR603620 2 0.2402 0.67399 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120 0.000
#> SRR604677 4 0.4482 0.52976 0.012 0.000 0.232 0.700 0.056 0.000
#> SRR603800 6 0.1865 0.73867 0.000 0.000 0.040 0.000 0.040 0.920
#> SRR602058 4 0.1958 0.68397 0.000 0.004 0.000 0.896 0.100 0.000
#> SRR817488 2 0.5267 0.43713 0.000 0.560 0.320 0.000 0.120 0.000
#> SRR655601 4 0.5263 0.50840 0.000 0.144 0.000 0.688 0.112 0.056
#> SRR1434821 2 0.6407 0.33070 0.000 0.408 0.304 0.016 0.272 0.000
#> SRR1349166 2 0.5919 0.38284 0.000 0.464 0.248 0.000 0.288 0.000
#> SRR615129 5 0.7072 0.32185 0.296 0.252 0.000 0.052 0.392 0.008
#> SRR607586 2 0.4923 0.58029 0.000 0.656 0.176 0.000 0.168 0.000
#> SRR602680 2 0.4653 0.62003 0.000 0.684 0.120 0.000 0.196 0.000
#> SRR1411070 4 0.7456 -0.00276 0.000 0.224 0.168 0.416 0.188 0.004
#> SRR663038 6 0.1015 0.74461 0.000 0.012 0.004 0.004 0.012 0.968
#> SRR1489416 2 0.6032 0.27924 0.000 0.492 0.012 0.192 0.304 0.000
#> SRR1479155 1 0.0146 0.88115 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR662162 1 0.2976 0.75667 0.844 0.000 0.124 0.012 0.020 0.000
#> SRR1374567 3 0.2066 0.70655 0.000 0.000 0.904 0.000 0.072 0.024
#> SRR1434048 2 0.0547 0.68821 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2184865 6 0.2432 0.66092 0.000 0.000 0.000 0.100 0.024 0.876
#> SRR2170135 6 0.1167 0.74598 0.020 0.000 0.012 0.000 0.008 0.960
#> SRR615551 2 0.2911 0.68813 0.000 0.832 0.024 0.000 0.144 0.000
#> SRR1335513 2 0.6571 0.45184 0.000 0.500 0.144 0.044 0.300 0.012
#> SRR1370216 3 0.1657 0.71655 0.000 0.000 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR662954 4 0.3468 0.48966 0.000 0.000 0.000 0.712 0.284 0.004
#> SRR1375738 4 0.4408 0.54829 0.000 0.000 0.244 0.692 0.060 0.004
#> SRR1356577 4 0.1141 0.70216 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1073119 4 0.6383 0.20995 0.000 0.000 0.308 0.436 0.236 0.020
#> SRR663549 6 0.0458 0.74965 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1478015 2 0.4813 0.63129 0.000 0.720 0.108 0.032 0.140 0.000
#> SRR600632 2 0.3288 0.48469 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR811866 4 0.2257 0.68378 0.000 0.000 0.008 0.876 0.116 0.000
#> SRR1401101 2 0.3109 0.68767 0.000 0.812 0.004 0.016 0.168 0.000
#> SRR1477797 4 0.0458 0.70909 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1402986 2 0.2775 0.69205 0.000 0.856 0.040 0.000 0.104 0.000
#> SRR658897 1 0.6384 -0.06822 0.440 0.072 0.000 0.040 0.420 0.028
#> SRR1419869 3 0.1219 0.71527 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1490700 4 0.2925 0.68874 0.052 0.000 0.000 0.860 0.080 0.008
#> SRR601723 4 0.1701 0.71255 0.000 0.000 0.000 0.920 0.072 0.008
#> SRR1384115 5 0.6956 -0.18920 0.000 0.128 0.372 0.024 0.420 0.056
#> SRR1476927 2 0.6082 0.31004 0.000 0.496 0.020 0.168 0.316 0.000
#> SRR1387769 4 0.4321 0.59173 0.000 0.000 0.200 0.732 0.048 0.020
#> SRR1322595 1 0.5189 0.50795 0.676 0.200 0.052 0.000 0.072 0.000
#> SRR1370423 3 0.1720 0.72216 0.000 0.000 0.928 0.000 0.032 0.040
#> SRR1314976 4 0.1152 0.71316 0.000 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1319560 2 0.2755 0.66381 0.000 0.844 0.000 0.012 0.140 0.004
#> SRR1352683 4 0.6853 0.28941 0.000 0.016 0.272 0.476 0.192 0.044
#> SRR1473800 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326384 4 0.3168 0.67796 0.000 0.000 0.056 0.828 0.116 0.000
#> SRR1360807 4 0.0790 0.70746 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1332544 3 0.3816 0.48798 0.296 0.000 0.688 0.000 0.016 0.000
#> SRR598695 1 0.0458 0.87801 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR807824 3 0.5820 -0.16753 0.000 0.400 0.416 0.000 0.184 0.000
#> SRR809296 3 0.0146 0.71904 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR657927 6 0.0777 0.74945 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.972
#> SRR1440682 2 0.3700 0.61601 0.000 0.780 0.000 0.068 0.152 0.000
#> SRR1454415 2 0.3731 0.65760 0.000 0.796 0.000 0.072 0.124 0.008
#> SRR1419131 4 0.1075 0.70233 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1404293 1 0.0993 0.86423 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024 0.000
#> SRR1473340 6 0.2744 0.68778 0.000 0.000 0.144 0.000 0.016 0.840
#> SRR1345563 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323382 2 0.4225 0.62593 0.000 0.728 0.040 0.000 0.216 0.016
#> SRR1480697 3 0.6023 0.03977 0.000 0.004 0.472 0.352 0.164 0.008
#> SRR1321808 2 0.6081 0.23654 0.000 0.384 0.340 0.000 0.276 0.000
#> SRR1382756 2 0.5636 0.58568 0.000 0.624 0.188 0.016 0.164 0.008
#> SRR1312558 3 0.5406 0.32644 0.000 0.272 0.568 0.000 0.160 0.000
#> SRR1417088 4 0.4233 0.57111 0.000 0.080 0.000 0.736 0.180 0.004
#> SRR1433027 2 0.5195 0.39575 0.000 0.636 0.000 0.220 0.136 0.008
#> SRR662257 6 0.1949 0.71599 0.000 0.020 0.000 0.020 0.036 0.924
#> SRR600417 4 0.2680 0.69732 0.000 0.032 0.000 0.860 0.108 0.000
#> SRR812493 4 0.1900 0.71159 0.000 0.008 0.000 0.916 0.068 0.008
#> SRR612743 4 0.2279 0.70479 0.000 0.000 0.048 0.900 0.048 0.004
#> SRR1361345 1 0.4807 0.06792 0.484 0.000 0.000 0.464 0.052 0.000
#> SRR600584 4 0.5419 0.37557 0.000 0.188 0.004 0.616 0.188 0.004
#> SRR1310520 4 0.3482 0.46644 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1395595 3 0.2134 0.72157 0.000 0.000 0.904 0.000 0.044 0.052
#> SRR1334074 6 0.4743 0.42194 0.000 0.000 0.044 0.240 0.032 0.684
#> SRR654838 3 0.5234 0.36428 0.000 0.260 0.596 0.000 0.144 0.000
#> SRR1376694 1 0.0551 0.87588 0.984 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004
#> SRR1433841 2 0.3274 0.61437 0.080 0.824 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1366837 4 0.5689 0.50921 0.000 0.000 0.072 0.648 0.124 0.156
#> SRR1467479 2 0.5583 0.34951 0.000 0.480 0.124 0.004 0.392 0.000
#> SRR1459055 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471050 2 0.2070 0.69072 0.000 0.896 0.000 0.012 0.092 0.000
#> SRR603004 3 0.5041 0.51130 0.000 0.092 0.652 0.008 0.244 0.004
#> SRR814703 2 0.3648 0.64873 0.000 0.740 0.016 0.000 0.240 0.004
#> SRR661937 2 0.6811 0.24813 0.000 0.484 0.016 0.184 0.272 0.044
#> SRR614359 3 0.5502 0.47041 0.164 0.000 0.624 0.000 0.020 0.192
#> SRR1071568 2 0.5146 0.58599 0.000 0.640 0.172 0.004 0.184 0.000
#> SRR1389084 3 0.4775 0.40711 0.000 0.000 0.588 0.000 0.064 0.348
#> SRR1337624 5 0.6107 0.38752 0.000 0.316 0.012 0.160 0.504 0.008
#> SRR1344400 6 0.5319 -0.04183 0.000 0.452 0.004 0.000 0.088 0.456
#> SRR1414290 2 0.1934 0.70164 0.000 0.916 0.044 0.000 0.040 0.000
#> SRR1413644 2 0.4675 0.60733 0.000 0.672 0.104 0.000 0.224 0.000
#> SRR1098998 1 0.0363 0.87921 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1481279 1 0.3426 0.64001 0.764 0.000 0.220 0.000 0.012 0.004
#> SRR1315103 1 0.4824 0.17832 0.524 0.000 0.000 0.420 0.056 0.000
#> SRR1099286 3 0.3697 0.68988 0.044 0.000 0.816 0.000 0.100 0.040
#> SRR2166570 6 0.1059 0.74227 0.000 0.000 0.004 0.016 0.016 0.964
#> SRR601445 1 0.0146 0.88115 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1439719 4 0.3567 0.65223 0.000 0.052 0.008 0.804 0.136 0.000
#> SRR1377026 4 0.5602 0.15871 0.000 0.196 0.000 0.540 0.264 0.000
#> SRR1327386 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654826 2 0.1802 0.66574 0.000 0.916 0.000 0.000 0.072 0.012
#> SRR1460433 4 0.1958 0.68104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR1469345 1 0.4324 0.65430 0.752 0.000 0.164 0.000 0.032 0.052
#> SRR1421462 2 0.1471 0.68640 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064 0.000
#> SRR662966 3 0.1398 0.71137 0.000 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR1339175 6 0.3943 0.60012 0.168 0.000 0.040 0.000 0.020 0.772
#> SRR1447736 2 0.2003 0.67338 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1434671 2 0.5126 0.57014 0.000 0.624 0.160 0.000 0.216 0.000
#> SRR660800 2 0.0717 0.68978 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1465543 2 0.3646 0.64883 0.000 0.776 0.172 0.000 0.052 0.000
#> SRR1342023 1 0.2320 0.75437 0.864 0.000 0.000 0.132 0.004 0.000
#> SRR1335670 1 0.5210 0.24225 0.552 0.000 0.020 0.380 0.044 0.004
#> SRR1400955 2 0.2450 0.68773 0.000 0.868 0.000 0.016 0.116 0.000
#> SRR1072150 2 0.1967 0.69928 0.000 0.904 0.012 0.000 0.084 0.000
#> SRR1442822 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364658 3 0.3374 0.60134 0.000 0.000 0.772 0.000 0.020 0.208
#> SRR1098074 3 0.2350 0.70407 0.000 0.020 0.880 0.000 0.100 0.000
#> SRR1442778 1 0.0146 0.88092 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1086728 3 0.3230 0.63527 0.000 0.012 0.776 0.000 0.212 0.000
#> SRR627464 6 0.0891 0.74576 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024 0.968
#> SRR1409193 4 0.2002 0.70916 0.012 0.000 0.000 0.908 0.076 0.004
#> SRR2168286 6 0.1418 0.72775 0.000 0.000 0.000 0.032 0.024 0.944
#> SRR615539 2 0.3858 0.63101 0.000 0.724 0.024 0.004 0.248 0.000
#> SRR663623 6 0.4848 -0.01859 0.000 0.000 0.468 0.012 0.032 0.488
#> SRR1471989 3 0.2356 0.70917 0.000 0.004 0.884 0.000 0.096 0.016
#> SRR1468828 5 0.5539 0.25390 0.000 0.068 0.032 0.312 0.584 0.004
#> SRR1381934 4 0.4573 0.56022 0.000 0.000 0.208 0.688 0.104 0.000
#> SRR1471098 3 0.2884 0.70227 0.000 0.004 0.824 0.000 0.164 0.008
#> SRR1314749 4 0.5156 0.53386 0.000 0.000 0.208 0.656 0.120 0.016
#> SRR2166874 6 0.1863 0.72341 0.000 0.016 0.000 0.004 0.060 0.920
#> SRR821302 3 0.2069 0.71238 0.004 0.000 0.908 0.000 0.068 0.020
#> SRR1435066 2 0.2100 0.69602 0.000 0.884 0.004 0.000 0.112 0.000
#> SRR661601 2 0.2442 0.69273 0.000 0.884 0.048 0.000 0.068 0.000
#> SRR1446546 3 0.2201 0.70840 0.000 0.028 0.896 0.000 0.076 0.000
#> SRR1419784 3 0.6360 0.15712 0.000 0.004 0.460 0.324 0.192 0.020
#> SRR1357233 2 0.4313 0.61753 0.000 0.732 0.000 0.092 0.172 0.004
#> SRR1441889 1 0.0914 0.87033 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016 0.000
#> SRR1413940 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324250 2 0.7178 0.25144 0.000 0.440 0.144 0.132 0.280 0.004
#> SRR1442862 2 0.5565 0.48490 0.000 0.552 0.208 0.000 0.240 0.000
#> SRR662474 4 0.4849 0.48169 0.000 0.036 0.028 0.636 0.300 0.000
#> SRR1416226 3 0.4338 0.54043 0.000 0.000 0.732 0.164 0.100 0.004
#> SRR1417404 4 0.0865 0.70345 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR665466 2 0.2685 0.67341 0.000 0.872 0.000 0.044 0.080 0.004
#> SRR658849 6 0.0972 0.74930 0.000 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> SRR1460025 4 0.6425 0.27239 0.000 0.036 0.252 0.512 0.196 0.004
#> SRR1408136 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489995 2 0.2178 0.65713 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1374092 4 0.3871 0.62465 0.000 0.000 0.084 0.768 0.148 0.000
#> SRR1488429 3 0.3974 0.60689 0.000 0.000 0.728 0.000 0.048 0.224
#> SRR1087559 2 0.8262 0.05559 0.164 0.420 0.112 0.100 0.200 0.004
#> SRR817004 1 0.4188 0.53854 0.712 0.236 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1429660 2 0.4548 0.56305 0.000 0.672 0.248 0.000 0.080 0.000
#> SRR604390 3 0.3749 0.69662 0.000 0.004 0.796 0.004 0.128 0.068
#> SRR614936 4 0.4844 0.04685 0.000 0.032 0.000 0.500 0.456 0.012
#> SRR1365938 1 0.5052 0.08391 0.512 0.420 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1437324 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613414 4 0.2613 0.68462 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140 0.000
#> SRR660414 6 0.1053 0.74124 0.000 0.000 0.004 0.020 0.012 0.964
#> SRR1452185 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347020 3 0.5453 0.60430 0.028 0.020 0.700 0.024 0.176 0.052
#> SRR1398036 4 0.2527 0.69897 0.000 0.032 0.000 0.880 0.084 0.004
#> SRR1436674 1 0.0820 0.87192 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000
#> SRR603750 3 0.2797 0.69261 0.000 0.008 0.844 0.004 0.140 0.004
#> SRR608630 4 0.4041 0.28138 0.000 0.000 0.004 0.584 0.408 0.004
#> SRR655625 4 0.1367 0.71276 0.000 0.012 0.000 0.944 0.044 0.000
#> SRR599059 3 0.7642 -0.21134 0.000 0.228 0.308 0.188 0.276 0.000
#> SRR615189 2 0.3293 0.63268 0.048 0.812 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1466889 2 0.0858 0.69498 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR1084602 4 0.0458 0.71200 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1335422 1 0.1225 0.86003 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR1356805 2 0.3107 0.68144 0.000 0.832 0.116 0.000 0.052 0.000
#> SRR1385300 3 0.6047 0.39816 0.000 0.008 0.488 0.000 0.252 0.252
#> SRR654814 1 0.3315 0.71162 0.804 0.000 0.156 0.000 0.040 0.000
#> SRR658385 2 0.4544 0.40879 0.000 0.668 0.000 0.000 0.076 0.256
#> SRR820596 4 0.6250 0.31589 0.024 0.000 0.288 0.508 0.176 0.004
#> SRR1318118 4 0.1226 0.70973 0.000 0.000 0.004 0.952 0.040 0.004
#> SRR1480766 2 0.5146 0.50678 0.000 0.664 0.004 0.168 0.156 0.008
#> SRR1406539 1 0.4609 0.37245 0.608 0.016 0.352 0.000 0.024 0.000
#> SRR1341833 2 0.2121 0.68711 0.000 0.892 0.000 0.012 0.096 0.000
#> SRR1441826 4 0.1901 0.71167 0.000 0.008 0.000 0.912 0.076 0.004
#> SRR1448051 1 0.1088 0.86561 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016 0.000
#> SRR1326752 3 0.2609 0.71616 0.000 0.000 0.868 0.000 0.096 0.036
#> SRR665217 3 0.4129 0.23502 0.000 0.000 0.564 0.000 0.012 0.424
#> SRR819186 2 0.2488 0.68898 0.000 0.880 0.044 0.000 0.076 0.000
#> SRR661517 3 0.0806 0.71811 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR607166 2 0.3567 0.66788 0.000 0.800 0.100 0.000 0.100 0.000
#> SRR809065 4 0.3247 0.64847 0.000 0.000 0.000 0.808 0.036 0.156
#> SRR1415872 2 0.7533 0.28918 0.000 0.428 0.116 0.144 0.284 0.028
#> SRR1415463 3 0.2275 0.70149 0.000 0.000 0.888 0.008 0.096 0.008
#> SRR1381161 4 0.3822 0.65224 0.000 0.060 0.000 0.788 0.140 0.012
#> SRR1442231 5 0.7143 0.26300 0.092 0.152 0.000 0.364 0.384 0.008
#> SRR1374696 4 0.0458 0.71083 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1451988 3 0.3628 0.66939 0.000 0.004 0.784 0.000 0.168 0.044
#> SRR660555 1 0.0363 0.87921 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR657801 1 0.0508 0.87839 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR663344 2 0.4309 0.63944 0.000 0.724 0.172 0.000 0.104 0.000
#> SRR1472462 2 0.2540 0.69456 0.000 0.872 0.004 0.020 0.104 0.000
#> SRR1406176 3 0.5422 0.50787 0.000 0.096 0.628 0.000 0.244 0.032
#> SRR656886 3 0.2263 0.70214 0.000 0.016 0.884 0.000 0.100 0.000
#> SRR1498337 4 0.1010 0.70861 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR613066 3 0.2066 0.72112 0.000 0.000 0.908 0.000 0.040 0.052
#> SRR1309490 1 0.0146 0.88115 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR602492 4 0.1285 0.71361 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052 0.000
#> SRR1447347 3 0.4783 0.17171 0.000 0.000 0.536 0.008 0.036 0.420
#> SRR1475546 2 0.2669 0.68070 0.000 0.836 0.008 0.000 0.156 0.000
#> SRR627459 4 0.2678 0.70184 0.000 0.000 0.020 0.860 0.116 0.004
#> SRR1434332 2 0.3534 0.61237 0.000 0.740 0.016 0.000 0.244 0.000
#> SRR1070358 4 0.4038 0.66232 0.000 0.036 0.048 0.784 0.132 0.000
#> SRR1345936 4 0.0865 0.70754 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR665658 2 0.1285 0.68505 0.000 0.944 0.004 0.000 0.052 0.000
#> SRR1321351 2 0.5823 0.20312 0.000 0.568 0.004 0.292 0.108 0.028
#> SRR657880 2 0.2003 0.65341 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1373903 4 0.6025 -0.16246 0.000 0.296 0.000 0.464 0.236 0.004
#> SRR657396 2 0.2346 0.65775 0.000 0.868 0.000 0.000 0.124 0.008
#> SRR660981 2 0.3306 0.66189 0.000 0.820 0.004 0.004 0.140 0.032
#> SRR818499 1 0.0146 0.88115 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR819658 2 0.2538 0.68612 0.000 0.860 0.000 0.016 0.124 0.000
#> SRR1376316 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323723 3 0.6232 0.02533 0.000 0.212 0.392 0.000 0.384 0.012
#> SRR1476719 4 0.6594 0.12504 0.340 0.000 0.100 0.472 0.084 0.004
#> SRR1403478 2 0.2312 0.69290 0.000 0.876 0.012 0.000 0.112 0.000
#> SRR1095695 3 0.3876 0.68958 0.000 0.000 0.772 0.000 0.120 0.108
#> SRR1352391 4 0.7402 0.09051 0.000 0.072 0.304 0.372 0.236 0.016
#> SRR1498813 4 0.1610 0.71075 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR627437 4 0.3632 0.67231 0.000 0.004 0.040 0.792 0.160 0.004
#> SRR2185097 6 0.0748 0.74964 0.004 0.000 0.016 0.000 0.004 0.976
#> SRR817166 3 0.3002 0.68876 0.000 0.000 0.848 0.048 0.100 0.004
#> SRR1091670 2 0.0972 0.69102 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028 0.000
#> SRR603776 4 0.1910 0.67875 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1479640 2 0.1951 0.68662 0.000 0.908 0.000 0.016 0.076 0.000
#> SRR660152 3 0.1644 0.71818 0.000 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1074769 2 0.5059 0.55842 0.000 0.628 0.140 0.000 0.232 0.000
#> SRR656153 2 0.4438 0.61331 0.000 0.708 0.000 0.080 0.208 0.004
#> SRR1392502 3 0.3169 0.67372 0.000 0.000 0.848 0.052 0.084 0.016
#> SRR1359609 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601925 3 0.4389 0.60422 0.000 0.076 0.712 0.000 0.208 0.004
#> SRR2165182 6 0.1148 0.73910 0.000 0.016 0.000 0.004 0.020 0.960
#> SRR608542 4 0.4001 0.59258 0.000 0.128 0.000 0.760 0.112 0.000
#> SRR655064 4 0.3352 0.61906 0.000 0.000 0.008 0.776 0.208 0.008
#> SRR1432430 3 0.3707 0.68303 0.000 0.004 0.784 0.000 0.156 0.056
#> SRR808472 4 0.4900 0.15989 0.000 0.040 0.004 0.504 0.448 0.004
#> SRR1414958 3 0.1918 0.71433 0.000 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008
#> SRR598484 2 0.5406 0.48464 0.000 0.568 0.272 0.000 0.160 0.000
#> SRR612755 3 0.3970 0.53456 0.000 0.000 0.692 0.000 0.028 0.280
#> SRR1365808 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391724 4 0.3795 0.64301 0.000 0.000 0.136 0.784 0.076 0.004
#> SRR1322373 3 0.3996 0.66028 0.000 0.000 0.752 0.000 0.080 0.168
#> SRR1489265 2 0.2897 0.69440 0.000 0.852 0.088 0.000 0.060 0.000
#> SRR1359099 2 0.2706 0.69012 0.000 0.852 0.024 0.000 0.124 0.000
#> SRR607279 2 0.2508 0.69316 0.000 0.884 0.016 0.016 0.084 0.000
#> SRR810461 2 0.2420 0.69843 0.000 0.884 0.076 0.000 0.040 0.000
#> SRR627427 6 0.1074 0.74651 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028 0.960
#> SRR612887 2 0.3548 0.64469 0.000 0.812 0.000 0.068 0.112 0.008
#> SRR809807 3 0.1643 0.71507 0.000 0.008 0.924 0.000 0.068 0.000
#> SRR663112 6 0.0820 0.74982 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012 0.972
#> SRR1346933 2 0.6666 -0.19217 0.344 0.432 0.000 0.012 0.184 0.028
#> SRR1487910 1 0.2432 0.79508 0.876 0.000 0.000 0.024 0.100 0.000
#> SRR603092 4 0.2504 0.70699 0.000 0.004 0.028 0.880 0.088 0.000
#> SRR1417680 2 0.1692 0.68598 0.000 0.932 0.000 0.012 0.048 0.008
#> SRR1383785 3 0.4386 0.49601 0.260 0.004 0.684 0.000 0.052 0.000
#> SRR1070015 3 0.5270 0.40003 0.000 0.180 0.604 0.000 0.216 0.000
#> SRR1466222 3 0.1760 0.71925 0.000 0.004 0.928 0.000 0.048 0.020
#> SRR1416119 3 0.2542 0.71569 0.000 0.000 0.876 0.000 0.044 0.080
#> SRR819318 6 0.0862 0.74944 0.000 0.000 0.016 0.008 0.004 0.972
#> SRR608288 6 0.7434 -0.15222 0.000 0.308 0.124 0.000 0.248 0.320
#> SRR811121 6 0.6207 0.00635 0.000 0.028 0.388 0.000 0.148 0.436
#> SRR613138 2 0.4871 0.46520 0.000 0.676 0.008 0.000 0.204 0.112
#> SRR810483 4 0.6915 0.20699 0.000 0.000 0.284 0.460 0.112 0.144
#> SRR607839 1 0.0146 0.88115 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337031 1 0.2159 0.81429 0.904 0.000 0.072 0.000 0.012 0.012
#> SRR601311 4 0.4783 0.59929 0.000 0.044 0.040 0.708 0.204 0.004
#> SRR1406685 4 0.4425 0.60618 0.000 0.104 0.016 0.744 0.136 0.000
#> SRR1467500 4 0.3227 0.68103 0.000 0.052 0.000 0.840 0.096 0.012
#> SRR1308504 1 0.1320 0.85664 0.948 0.000 0.036 0.000 0.016 0.000
#> SRR1312865 3 0.1492 0.71966 0.000 0.000 0.940 0.000 0.036 0.024
#> SRR1312522 3 0.1951 0.71885 0.000 0.000 0.908 0.000 0.076 0.016
#> SRR1490486 2 0.2579 0.68567 0.000 0.872 0.040 0.000 0.088 0.000
#> SRR1325888 3 0.1398 0.72164 0.000 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR1472885 1 0.0363 0.87921 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1098785 2 0.2203 0.67850 0.000 0.896 0.000 0.016 0.084 0.004
#> SRR1084766 4 0.0858 0.70733 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1102804 2 0.1267 0.68928 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1336636 3 0.2230 0.71902 0.000 0.000 0.892 0.000 0.084 0.024
#> SRR1347795 3 0.4865 0.46235 0.264 0.008 0.656 0.000 0.068 0.004
#> SRR601900 2 0.4801 0.59581 0.000 0.668 0.196 0.000 0.136 0.000
#> SRR1330989 4 0.4464 0.38812 0.000 0.020 0.008 0.580 0.392 0.000
#> SRR658445 3 0.4570 0.55386 0.000 0.104 0.704 0.000 0.188 0.004
#> SRR1368754 3 0.5358 0.45944 0.288 0.004 0.612 0.000 0.072 0.024
#> SRR1460001 2 0.3731 0.66884 0.000 0.736 0.000 0.020 0.240 0.004
#> SRR1414934 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326249 6 0.1745 0.73376 0.000 0.000 0.068 0.000 0.012 0.920
#> SRR614948 1 0.0000 0.88181 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472952 3 0.2536 0.69677 0.000 0.000 0.864 0.000 0.020 0.116
#> SRR1321528 1 0.4900 0.42778 0.632 0.000 0.000 0.296 0.056 0.016
#> SRR627447 6 0.3261 0.60977 0.000 0.000 0.204 0.000 0.016 0.780
#> SRR612239 4 0.1387 0.71280 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0