Date: 2019-12-25 22:45:08 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17654 335
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:NMF | 2 | 1.000 | 0.973 | 0.989 | ** | |
| MAD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.966 | 0.986 | ** | |
| SD:skmeans | 2 | 0.994 | 0.957 | 0.983 | ** | |
| CV:skmeans | 2 | 0.994 | 0.956 | 0.983 | ** | |
| ATC:skmeans | 3 | 0.984 | 0.954 | 0.982 | ** | 2 |
| CV:NMF | 2 | 0.969 | 0.950 | 0.980 | ** | |
| SD:kmeans | 3 | 0.968 | 0.947 | 0.977 | ** | 2 |
| ATC:mclust | 2 | 0.965 | 0.951 | 0.974 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 0.954 | 0.940 | 0.970 | ** | |
| MAD:kmeans | 3 | 0.934 | 0.923 | 0.965 | * | 2 |
| MAD:NMF | 3 | 0.927 | 0.918 | 0.967 | * | 2 |
| ATC:kmeans | 3 | 0.926 | 0.932 | 0.972 | * | 2 |
| SD:pam | 2 | 0.919 | 0.928 | 0.971 | * | |
| SD:NMF | 3 | 0.913 | 0.905 | 0.963 | * | |
| CV:pam | 2 | 0.912 | 0.912 | 0.965 | * | |
| MAD:pam | 2 | 0.890 | 0.926 | 0.969 | ||
| SD:mclust | 3 | 0.887 | 0.900 | 0.956 | ||
| MAD:mclust | 2 | 0.674 | 0.903 | 0.950 | ||
| CV:mclust | 3 | 0.671 | 0.773 | 0.897 | ||
| ATC:pam | 2 | 0.545 | 0.881 | 0.923 | ||
| MAD:hclust | 5 | 0.448 | 0.576 | 0.748 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.443 | 0.758 | 0.885 | ||
| CV:hclust | 5 | 0.261 | 0.573 | 0.756 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.253 | 0.626 | 0.775 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.879 0.911 0.965 0.499 0.501 0.501
#> CV:NMF 2 0.969 0.950 0.980 0.496 0.503 0.503
#> MAD:NMF 2 0.920 0.922 0.970 0.500 0.501 0.501
#> ATC:NMF 2 1.000 0.973 0.989 0.420 0.580 0.580
#> SD:skmeans 2 0.994 0.957 0.983 0.498 0.502 0.502
#> CV:skmeans 2 0.994 0.956 0.983 0.496 0.505 0.505
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.966 0.986 0.499 0.501 0.501
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.971 0.989 0.502 0.499 0.499
#> SD:mclust 2 0.661 0.902 0.947 0.479 0.515 0.515
#> CV:mclust 2 0.578 0.865 0.925 0.450 0.546 0.546
#> MAD:mclust 2 0.674 0.903 0.950 0.482 0.515 0.515
#> ATC:mclust 2 0.965 0.951 0.974 0.447 0.548 0.548
#> SD:kmeans 2 0.975 0.957 0.983 0.491 0.509 0.509
#> CV:kmeans 2 0.954 0.940 0.970 0.477 0.520 0.520
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.962 0.985 0.492 0.509 0.509
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.977 0.991 0.501 0.499 0.499
#> SD:pam 2 0.919 0.928 0.971 0.488 0.511 0.511
#> CV:pam 2 0.912 0.912 0.965 0.464 0.539 0.539
#> MAD:pam 2 0.890 0.926 0.969 0.491 0.507 0.507
#> ATC:pam 2 0.545 0.881 0.923 0.470 0.500 0.500
#> SD:hclust 2 0.430 0.814 0.891 0.331 0.665 0.665
#> CV:hclust 2 0.208 0.661 0.821 0.283 0.750 0.750
#> MAD:hclust 2 0.354 0.752 0.867 0.324 0.679 0.679
#> ATC:hclust 2 0.443 0.758 0.885 0.437 0.541 0.541
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.913 0.905 0.963 0.283 0.786 0.602
#> CV:NMF 3 0.867 0.890 0.952 0.309 0.783 0.595
#> MAD:NMF 3 0.927 0.918 0.967 0.285 0.785 0.599
#> ATC:NMF 3 0.869 0.902 0.954 0.552 0.680 0.487
#> SD:skmeans 3 0.881 0.893 0.956 0.316 0.790 0.601
#> CV:skmeans 3 0.863 0.873 0.947 0.322 0.773 0.578
#> MAD:skmeans 3 0.881 0.901 0.958 0.311 0.782 0.590
#> ATC:skmeans 3 0.984 0.954 0.982 0.281 0.807 0.632
#> SD:mclust 3 0.887 0.900 0.956 0.346 0.823 0.663
#> CV:mclust 3 0.671 0.773 0.897 0.475 0.725 0.523
#> MAD:mclust 3 0.787 0.854 0.936 0.346 0.814 0.646
#> ATC:mclust 3 0.618 0.718 0.835 0.383 0.811 0.664
#> SD:kmeans 3 0.968 0.947 0.977 0.279 0.837 0.689
#> CV:kmeans 3 0.807 0.874 0.932 0.311 0.821 0.666
#> MAD:kmeans 3 0.934 0.923 0.965 0.277 0.840 0.695
#> ATC:kmeans 3 0.926 0.932 0.972 0.313 0.721 0.501
#> SD:pam 3 0.831 0.849 0.939 0.292 0.824 0.667
#> CV:pam 3 0.658 0.750 0.887 0.354 0.787 0.621
#> MAD:pam 3 0.776 0.823 0.926 0.291 0.800 0.625
#> ATC:pam 3 0.779 0.863 0.936 0.389 0.687 0.456
#> SD:hclust 3 0.253 0.626 0.775 0.429 0.945 0.918
#> CV:hclust 3 0.121 0.175 0.626 0.578 0.614 0.586
#> MAD:hclust 3 0.188 0.391 0.612 0.641 0.622 0.486
#> ATC:hclust 3 0.372 0.598 0.785 0.418 0.703 0.497
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.644 0.617 0.801 0.1192 0.885 0.714
#> CV:NMF 4 0.617 0.600 0.804 0.1091 0.926 0.802
#> MAD:NMF 4 0.642 0.602 0.759 0.1137 0.797 0.516
#> ATC:NMF 4 0.735 0.759 0.884 0.1308 0.870 0.650
#> SD:skmeans 4 0.848 0.861 0.918 0.1219 0.859 0.625
#> CV:skmeans 4 0.777 0.703 0.853 0.0946 0.887 0.693
#> MAD:skmeans 4 0.773 0.846 0.900 0.1198 0.866 0.640
#> ATC:skmeans 4 0.836 0.723 0.879 0.1033 0.911 0.757
#> SD:mclust 4 0.630 0.530 0.730 0.1408 0.847 0.608
#> CV:mclust 4 0.602 0.620 0.808 0.0828 0.928 0.790
#> MAD:mclust 4 0.657 0.662 0.826 0.1290 0.873 0.660
#> ATC:mclust 4 0.546 0.613 0.764 0.1184 0.794 0.533
#> SD:kmeans 4 0.659 0.653 0.789 0.1312 0.976 0.937
#> CV:kmeans 4 0.719 0.776 0.871 0.1058 0.949 0.867
#> MAD:kmeans 4 0.647 0.650 0.787 0.1343 0.934 0.826
#> ATC:kmeans 4 0.641 0.519 0.697 0.1144 0.865 0.631
#> SD:pam 4 0.800 0.823 0.909 0.1375 0.819 0.568
#> CV:pam 4 0.779 0.780 0.894 0.1452 0.855 0.638
#> MAD:pam 4 0.774 0.841 0.911 0.1288 0.824 0.572
#> ATC:pam 4 0.837 0.855 0.935 0.0945 0.934 0.809
#> SD:hclust 4 0.261 0.539 0.694 0.2491 0.685 0.505
#> CV:hclust 4 0.197 0.547 0.669 0.1785 0.599 0.480
#> MAD:hclust 4 0.260 0.534 0.684 0.1770 0.773 0.547
#> ATC:hclust 4 0.409 0.477 0.715 0.1055 0.853 0.636
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.602 0.539 0.756 0.0634 0.899 0.715
#> CV:NMF 5 0.617 0.507 0.718 0.0546 0.859 0.601
#> MAD:NMF 5 0.610 0.539 0.732 0.0610 0.876 0.639
#> ATC:NMF 5 0.697 0.637 0.800 0.0581 0.871 0.578
#> SD:skmeans 5 0.737 0.731 0.849 0.0796 0.895 0.630
#> CV:skmeans 5 0.690 0.701 0.829 0.0702 0.932 0.771
#> MAD:skmeans 5 0.747 0.750 0.860 0.0846 0.890 0.618
#> ATC:skmeans 5 0.759 0.652 0.787 0.0753 0.884 0.634
#> SD:mclust 5 0.635 0.544 0.734 0.0308 0.862 0.567
#> CV:mclust 5 0.618 0.594 0.748 0.0541 0.947 0.818
#> MAD:mclust 5 0.640 0.525 0.714 0.0262 0.848 0.517
#> ATC:mclust 5 0.581 0.572 0.707 0.1118 0.874 0.591
#> SD:kmeans 5 0.639 0.530 0.724 0.0830 0.836 0.564
#> CV:kmeans 5 0.673 0.645 0.808 0.0795 0.921 0.769
#> MAD:kmeans 5 0.633 0.490 0.722 0.0826 0.839 0.548
#> ATC:kmeans 5 0.721 0.754 0.842 0.0755 0.820 0.440
#> SD:pam 5 0.739 0.701 0.857 0.0572 0.948 0.825
#> CV:pam 5 0.670 0.601 0.799 0.0681 0.914 0.720
#> MAD:pam 5 0.739 0.666 0.833 0.0634 0.949 0.827
#> ATC:pam 5 0.793 0.737 0.848 0.0738 0.941 0.801
#> SD:hclust 5 0.416 0.589 0.738 0.1729 0.928 0.807
#> CV:hclust 5 0.261 0.573 0.756 0.1497 0.921 0.819
#> MAD:hclust 5 0.448 0.576 0.748 0.1165 0.901 0.745
#> ATC:hclust 5 0.436 0.460 0.642 0.0817 0.819 0.514
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.601 0.505 0.703 0.0369 0.924 0.741
#> CV:NMF 6 0.662 0.591 0.756 0.0350 0.890 0.624
#> MAD:NMF 6 0.612 0.507 0.720 0.0425 0.909 0.706
#> ATC:NMF 6 0.732 0.690 0.827 0.0434 0.908 0.631
#> SD:skmeans 6 0.714 0.508 0.745 0.0372 0.900 0.584
#> CV:skmeans 6 0.706 0.617 0.770 0.0513 0.951 0.806
#> MAD:skmeans 6 0.718 0.592 0.740 0.0351 0.921 0.650
#> ATC:skmeans 6 0.851 0.775 0.893 0.0525 0.927 0.702
#> SD:mclust 6 0.663 0.618 0.745 0.0225 0.904 0.675
#> CV:mclust 6 0.693 0.620 0.795 0.0578 0.918 0.693
#> MAD:mclust 6 0.639 0.622 0.746 0.0308 0.891 0.626
#> ATC:mclust 6 0.602 0.391 0.659 0.0433 0.865 0.497
#> SD:kmeans 6 0.664 0.526 0.730 0.0522 0.894 0.596
#> CV:kmeans 6 0.669 0.579 0.770 0.0540 0.925 0.737
#> MAD:kmeans 6 0.667 0.511 0.722 0.0513 0.894 0.593
#> ATC:kmeans 6 0.774 0.662 0.778 0.0423 0.920 0.651
#> SD:pam 6 0.764 0.706 0.849 0.0425 0.941 0.781
#> CV:pam 6 0.693 0.628 0.789 0.0363 0.935 0.750
#> MAD:pam 6 0.762 0.721 0.839 0.0391 0.937 0.765
#> ATC:pam 6 0.779 0.750 0.795 0.0493 0.923 0.700
#> SD:hclust 6 0.524 0.476 0.671 0.0758 0.931 0.797
#> CV:hclust 6 0.329 0.539 0.752 0.0914 0.952 0.877
#> MAD:hclust 6 0.538 0.537 0.749 0.0604 0.930 0.789
#> ATC:hclust 6 0.493 0.455 0.622 0.0427 0.896 0.625
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.430 0.814 0.891 0.3307 0.665 0.665
#> 3 3 0.253 0.626 0.775 0.4295 0.945 0.918
#> 4 4 0.261 0.539 0.694 0.2491 0.685 0.505
#> 5 5 0.416 0.589 0.738 0.1729 0.928 0.807
#> 6 6 0.524 0.476 0.671 0.0758 0.931 0.797
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 1 0.9491 0.347 0.632 0.368
#> SRR1359328 2 0.9000 0.704 0.316 0.684
#> SRR821124 2 0.9970 0.398 0.468 0.532
#> SRR1335188 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> SRR1075825 1 0.3733 0.896 0.928 0.072
#> SRR1321921 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR1466198 2 0.1633 0.759 0.024 0.976
#> SRR1384073 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.7056 0.742 0.808 0.192
#> SRR1076559 1 0.3114 0.899 0.944 0.056
#> SRR1370085 1 0.2423 0.900 0.960 0.040
#> SRR1460363 1 0.2603 0.901 0.956 0.044
#> SRR1480221 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR1476165 1 0.3274 0.896 0.940 0.060
#> SRR1459631 2 0.9608 0.602 0.384 0.616
#> SRR1448098 1 0.2778 0.902 0.952 0.048
#> SRR1321401 1 0.3274 0.901 0.940 0.060
#> SRR807613 1 0.2778 0.903 0.952 0.048
#> SRR808086 2 0.9044 0.694 0.320 0.680
#> SRR613687 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR1471011 1 0.4815 0.863 0.896 0.104
#> SRR1330284 1 0.3733 0.896 0.928 0.072
#> SRR1320624 2 0.9909 0.467 0.444 0.556
#> SRR1459519 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR1091184 2 0.8909 0.698 0.308 0.692
#> SRR1390561 1 0.3584 0.889 0.932 0.068
#> SRR658164 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1087079 1 0.3114 0.901 0.944 0.056
#> SRR814996 2 0.7056 0.765 0.192 0.808
#> SRR1407410 1 0.6048 0.840 0.852 0.148
#> SRR1453392 1 0.7528 0.731 0.784 0.216
#> SRR1445873 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1419985 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR820938 2 0.2423 0.765 0.040 0.960
#> SRR1476844 1 0.3584 0.891 0.932 0.068
#> SRR1403526 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR1413916 1 0.4161 0.891 0.916 0.084
#> SRR1441051 1 0.7056 0.784 0.808 0.192
#> SRR614287 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR1092062 1 0.2948 0.902 0.948 0.052
#> SRR612611 1 0.2778 0.903 0.952 0.048
#> SRR1376356 1 0.4431 0.887 0.908 0.092
#> SRR1405078 2 0.9460 0.648 0.364 0.636
#> SRR1437226 1 0.7299 0.765 0.796 0.204
#> SRR1326078 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.7453 0.758 0.212 0.788
#> SRR1440919 2 0.9710 0.572 0.400 0.600
#> SRR1452824 1 0.4815 0.863 0.896 0.104
#> SRR615754 1 0.3274 0.895 0.940 0.060
#> SRR1341787 1 0.5178 0.869 0.884 0.116
#> SRR614551 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> SRR1380829 2 0.6343 0.775 0.160 0.840
#> SRR1455761 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.8909 0.527 0.692 0.308
#> SRR1376895 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.3431 0.894 0.936 0.064
#> SRR1469258 1 0.3733 0.896 0.928 0.072
#> SRR1409239 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR1480200 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR1418323 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0376 0.747 0.004 0.996
#> SRR821096 1 0.2948 0.902 0.948 0.052
#> SRR613591 1 0.2236 0.904 0.964 0.036
#> SRR1344205 2 0.4939 0.777 0.108 0.892
#> SRR612479 1 0.4022 0.886 0.920 0.080
#> SRR1399950 1 0.6887 0.752 0.816 0.184
#> SRR1336048 2 0.9833 0.541 0.424 0.576
#> SRR1368896 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR1379403 1 0.4298 0.890 0.912 0.088
#> SRR1312464 1 0.1633 0.904 0.976 0.024
#> SRR1096478 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR1459845 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR1348138 2 0.0000 0.744 0.000 1.000
#> SRR811423 1 0.7056 0.742 0.808 0.192
#> SRR615683 1 0.0672 0.903 0.992 0.008
#> SRR1380336 1 0.3114 0.902 0.944 0.056
#> SRR817609 1 0.9000 0.495 0.684 0.316
#> SRR1074550 2 0.2236 0.764 0.036 0.964
#> SRR1499236 1 0.2423 0.904 0.960 0.040
#> SRR656083 1 0.3274 0.895 0.940 0.060
#> SRR817539 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.3879 0.888 0.924 0.076
#> SRR1347190 1 0.3274 0.896 0.940 0.060
#> SRR1355126 1 0.1414 0.907 0.980 0.020
#> SRR615165 2 0.1633 0.759 0.024 0.976
#> SRR1466046 1 0.3733 0.887 0.928 0.072
#> SRR1097055 1 0.3733 0.896 0.928 0.072
#> SRR1312370 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR655325 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR810177 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR815685 1 0.3733 0.896 0.928 0.072
#> SRR817026 2 0.9754 0.567 0.408 0.592
#> SRR1417224 1 0.6048 0.839 0.852 0.148
#> SRR661687 2 0.7453 0.758 0.212 0.788
#> SRR1431804 2 0.9044 0.694 0.320 0.680
#> SRR664072 2 0.1184 0.755 0.016 0.984
#> SRR612923 1 0.5842 0.844 0.860 0.140
#> SRR1315890 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR1347726 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1468360 1 0.5946 0.829 0.856 0.144
#> SRR1404084 1 0.7528 0.707 0.784 0.216
#> SRR615994 2 0.4939 0.777 0.108 0.892
#> SRR1475718 1 0.5178 0.870 0.884 0.116
#> SRR1397200 2 0.8763 0.721 0.296 0.704
#> SRR655519 1 0.2778 0.903 0.952 0.048
#> SRR1311308 2 0.2423 0.765 0.040 0.960
#> SRR1368006 1 0.7139 0.763 0.804 0.196
#> SRR613651 1 0.4298 0.875 0.912 0.088
#> SRR1362621 1 0.9922 -0.103 0.552 0.448
#> SRR1451718 1 0.3733 0.886 0.928 0.072
#> SRR1095334 2 0.4161 0.774 0.084 0.916
#> SRR1079636 1 0.8661 0.597 0.712 0.288
#> SRR1442549 1 0.5842 0.832 0.860 0.140
#> SRR1466421 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR817397 2 0.8713 0.717 0.292 0.708
#> SRR1341809 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR614623 1 0.3733 0.896 0.928 0.072
#> SRR1335005 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR1407065 2 0.8763 0.712 0.296 0.704
#> SRR1404483 1 0.7674 0.717 0.776 0.224
#> SRR1096222 1 0.1184 0.904 0.984 0.016
#> SRR1401793 1 0.3274 0.895 0.940 0.060
#> SRR1408615 2 0.6973 0.766 0.188 0.812
#> SRR1070597 1 0.4298 0.884 0.912 0.088
#> SRR1332381 1 0.4161 0.881 0.916 0.084
#> SRR1457015 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR1386797 1 0.3114 0.899 0.944 0.056
#> SRR1098385 1 0.2043 0.905 0.968 0.032
#> SRR1363947 2 0.1184 0.755 0.016 0.984
#> SRR820350 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR662055 1 0.3431 0.901 0.936 0.064
#> SRR1310455 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR1453639 1 0.8763 0.547 0.704 0.296
#> SRR662617 1 0.2236 0.908 0.964 0.036
#> SRR654778 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR661782 1 0.1414 0.905 0.980 0.020
#> SRR1334396 1 0.8763 0.559 0.704 0.296
#> SRR613867 1 0.5737 0.854 0.864 0.136
#> SRR1479412 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> SRR1331620 1 0.3114 0.897 0.944 0.056
#> SRR1082809 1 0.7056 0.742 0.808 0.192
#> SRR1417178 1 0.7376 0.741 0.792 0.208
#> SRR1335278 1 0.3879 0.887 0.924 0.076
#> SRR665369 1 0.2603 0.907 0.956 0.044
#> SRR657552 1 0.8909 0.537 0.692 0.308
#> SRR812412 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1096500 1 0.7376 0.750 0.792 0.208
#> SRR1347750 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR615153 1 0.5946 0.840 0.856 0.144
#> SRR1434417 1 0.7883 0.695 0.764 0.236
#> SRR1070159 2 0.5059 0.776 0.112 0.888
#> SRR1332508 1 0.2778 0.903 0.952 0.048
#> SRR1082059 1 0.8713 0.538 0.708 0.292
#> SRR1402491 1 0.2236 0.902 0.964 0.036
#> SRR1476595 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR1320987 1 0.3733 0.896 0.928 0.072
#> SRR1086417 1 0.8555 0.567 0.720 0.280
#> SRR1454095 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR614791 1 0.3431 0.901 0.936 0.064
#> SRR821255 1 0.0938 0.905 0.988 0.012
#> SRR820402 2 0.9983 0.333 0.476 0.524
#> SRR1337284 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1333083 2 0.9460 0.648 0.364 0.636
#> SRR1384883 2 0.9087 0.687 0.324 0.676
#> SRR614431 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1481106 1 0.4562 0.884 0.904 0.096
#> SRR1370285 1 0.5408 0.848 0.876 0.124
#> SRR1446673 2 0.5629 0.777 0.132 0.868
#> SRR1318046 1 0.2603 0.903 0.956 0.044
#> SRR1341188 2 0.1184 0.755 0.016 0.984
#> SRR1384941 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR1322864 1 0.2043 0.904 0.968 0.032
#> SRR1476825 2 0.9833 0.541 0.424 0.576
#> SRR1443332 1 0.5294 0.868 0.880 0.120
#> SRR662486 1 0.2948 0.905 0.948 0.052
#> SRR1447019 1 0.5629 0.840 0.868 0.132
#> SRR662942 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR613102 2 0.1184 0.755 0.016 0.984
#> SRR1469880 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR615850 2 0.9460 0.648 0.364 0.636
#> SRR661949 1 0.1414 0.905 0.980 0.020
#> SRR1322227 2 0.9732 0.561 0.404 0.596
#> SRR1441655 1 0.3584 0.892 0.932 0.068
#> SRR613771 1 0.8327 0.630 0.736 0.264
#> SRR1479471 1 0.5408 0.848 0.876 0.124
#> SRR1488918 1 0.3274 0.902 0.940 0.060
#> SRR1414040 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR1079850 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1364914 1 0.3274 0.901 0.940 0.060
#> SRR1408267 1 0.3733 0.896 0.928 0.072
#> SRR1314894 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.8763 0.714 0.296 0.704
#> SRR1395975 1 0.5737 0.836 0.864 0.136
#> SRR1402219 1 0.4022 0.890 0.920 0.080
#> SRR1433623 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR656385 1 0.3431 0.901 0.936 0.064
#> SRR811213 1 0.6148 0.829 0.848 0.152
#> SRR663657 2 0.9129 0.687 0.328 0.672
#> SRR612203 1 0.5408 0.850 0.876 0.124
#> SRR613987 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> SRR613831 2 0.1414 0.757 0.020 0.980
#> SRR1354180 1 0.2603 0.904 0.956 0.044
#> SRR1382912 1 0.2778 0.898 0.952 0.048
#> SRR1475501 1 0.3274 0.893 0.940 0.060
#> SRR1336930 1 0.2948 0.899 0.948 0.052
#> SRR613030 2 0.2423 0.766 0.040 0.960
#> SRR1381459 1 0.4815 0.877 0.896 0.104
#> SRR1402350 1 0.5294 0.851 0.880 0.120
#> SRR1419408 1 0.4022 0.881 0.920 0.080
#> SRR655911 2 0.9998 0.260 0.492 0.508
#> SRR1418243 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR613615 2 0.1184 0.755 0.016 0.984
#> SRR1355284 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> SRR1319395 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0938 0.905 0.988 0.012
#> SRR1465266 1 0.4690 0.871 0.900 0.100
#> SRR614888 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> SRR1431694 1 0.7219 0.757 0.800 0.200
#> SRR614347 2 0.7815 0.750 0.232 0.768
#> SRR1334228 2 0.5629 0.777 0.132 0.868
#> SRR1096007 1 0.2948 0.904 0.948 0.052
#> SRR656349 1 0.9087 0.495 0.676 0.324
#> SRR815422 2 0.8499 0.729 0.276 0.724
#> SRR1360828 1 0.1414 0.906 0.980 0.020
#> SRR1359005 2 0.9833 0.511 0.424 0.576
#> SRR1456652 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR662930 1 0.3114 0.903 0.944 0.056
#> SRR615790 2 0.5059 0.776 0.112 0.888
#> SRR614827 1 0.5842 0.848 0.860 0.140
#> SRR614587 2 0.9087 0.687 0.324 0.676
#> SRR814052 1 0.1843 0.908 0.972 0.028
#> SRR1070086 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR1481440 1 0.8713 0.570 0.708 0.292
#> SRR1339296 2 0.1184 0.755 0.016 0.984
#> SRR1343239 1 0.4562 0.884 0.904 0.096
#> SRR1432802 1 0.3733 0.895 0.928 0.072
#> SRR1416911 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.3431 0.901 0.936 0.064
#> SRR1401185 1 0.6623 0.771 0.828 0.172
#> SRR654993 1 0.2603 0.907 0.956 0.044
#> SRR656397 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR809643 2 0.0672 0.750 0.008 0.992
#> SRR1433819 1 0.1184 0.905 0.984 0.016
#> SRR1375225 1 0.7602 0.726 0.780 0.220
#> SRR1367739 2 0.8661 0.720 0.288 0.712
#> SRR1323336 1 0.4161 0.881 0.916 0.084
#> SRR663224 1 0.9209 0.438 0.664 0.336
#> SRR1442840 1 0.3879 0.884 0.924 0.076
#> SRR1374058 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR656994 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR1469214 1 0.3114 0.902 0.944 0.056
#> SRR1456446 1 0.1843 0.906 0.972 0.028
#> SRR1471879 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR612911 2 0.1633 0.759 0.024 0.976
#> SRR1395720 1 0.3733 0.896 0.928 0.072
#> SRR1413055 1 0.8713 0.577 0.708 0.292
#> SRR656770 1 0.7139 0.762 0.804 0.196
#> SRR812080 2 0.1633 0.759 0.024 0.976
#> SRR1479328 1 0.3274 0.896 0.940 0.060
#> SRR661421 1 0.2948 0.903 0.948 0.052
#> SRR1410286 1 0.3431 0.900 0.936 0.064
#> SRR1487150 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.4298 0.879 0.912 0.088
#> SRR1360607 1 0.1633 0.905 0.976 0.024
#> SRR1333106 1 0.3274 0.901 0.940 0.060
#> SRR1088706 1 0.3733 0.896 0.928 0.072
#> SRR1320053 2 0.2423 0.765 0.040 0.960
#> SRR1350392 1 0.2948 0.903 0.948 0.052
#> SRR1385190 2 0.8661 0.720 0.288 0.712
#> SRR1080093 1 0.2423 0.904 0.960 0.040
#> SRR1318753 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.9000 0.704 0.316 0.684
#> SRR612178 1 0.7056 0.779 0.808 0.192
#> SRR1354423 1 0.4431 0.874 0.908 0.092
#> SRR1072724 1 0.1843 0.907 0.972 0.028
#> SRR1418450 1 0.9795 0.140 0.584 0.416
#> SRR1326427 2 0.0000 0.744 0.000 1.000
#> SRR1437412 1 0.8861 0.548 0.696 0.304
#> SRR1327548 2 0.9933 0.425 0.452 0.548
#> SRR1395891 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR659367 1 0.3431 0.901 0.936 0.064
#> SRR818961 1 0.7883 0.695 0.764 0.236
#> SRR813704 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.3274 0.895 0.940 0.060
#> SRR1476467 1 0.3733 0.891 0.928 0.072
#> SRR1407988 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR1394776 1 0.2603 0.904 0.956 0.044
#> SRR655578 1 0.1414 0.905 0.980 0.020
#> SRR1310645 2 0.9087 0.688 0.324 0.676
#> SRR1345628 1 0.6247 0.813 0.844 0.156
#> SRR1479740 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR1332095 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1444786 1 0.8909 0.518 0.692 0.308
#> SRR1090070 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> SRR662414 1 0.3431 0.900 0.936 0.064
#> SRR661216 1 0.3114 0.901 0.944 0.056
#> SRR656313 1 0.2043 0.905 0.968 0.032
#> SRR615671 1 0.5842 0.844 0.860 0.140
#> SRR1350196 2 0.8813 0.718 0.300 0.700
#> SRR1466580 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1408032 1 0.2423 0.905 0.960 0.040
#> SRR1432913 2 0.9732 0.565 0.404 0.596
#> SRR1360502 1 0.6247 0.809 0.844 0.156
#> SRR1391901 1 0.3431 0.899 0.936 0.064
#> SRR1311131 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR1380636 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1341563 1 0.2603 0.904 0.956 0.044
#> SRR1359410 2 0.9775 0.545 0.412 0.588
#> SRR1473040 2 0.9460 0.648 0.364 0.636
#> SRR1321444 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR1498765 1 0.7139 0.763 0.804 0.196
#> SRR1312622 1 1.0000 -0.259 0.504 0.496
#> SRR615503 1 0.0938 0.905 0.988 0.012
#> SRR1453192 1 0.0938 0.904 0.988 0.012
#> SRR1433107 1 0.5946 0.842 0.856 0.144
#> SRR1075384 1 0.2948 0.896 0.948 0.052
#> SRR1356683 1 0.2043 0.903 0.968 0.032
#> SRR659049 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR1368240 1 0.1184 0.904 0.984 0.016
#> SRR1341739 1 0.0000 0.903 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.6438 0.771 0.164 0.836
#> SRR663428 1 0.1843 0.904 0.972 0.028
#> SRR1341302 1 0.8555 0.611 0.720 0.280
#> SRR1073553 1 0.3274 0.901 0.940 0.060
#> SRR1354093 2 0.3879 0.773 0.076 0.924
#> SRR1406521 2 0.9522 0.608 0.372 0.628
#> SRR1432049 1 0.1633 0.906 0.976 0.024
#> SRR1453504 1 0.3733 0.891 0.928 0.072
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.9054 0.3771 0.360 0.496 0.144
#> SRR1359328 3 0.8259 0.4841 0.152 0.216 0.632
#> SRR821124 2 0.7624 0.5999 0.224 0.672 0.104
#> SRR1335188 1 0.2066 0.7630 0.940 0.060 0.000
#> SRR1075825 1 0.6096 0.6731 0.704 0.280 0.016
#> SRR1321921 1 0.1289 0.7542 0.968 0.032 0.000
#> SRR1466198 3 0.4178 0.6583 0.000 0.172 0.828
#> SRR1384073 1 0.1411 0.7612 0.964 0.036 0.000
#> SRR1312802 1 0.6171 0.5914 0.776 0.080 0.144
#> SRR1076559 1 0.4035 0.7568 0.880 0.080 0.040
#> SRR1370085 1 0.3112 0.7299 0.900 0.096 0.004
#> SRR1460363 1 0.3038 0.7304 0.896 0.104 0.000
#> SRR1480221 1 0.5450 0.7063 0.760 0.228 0.012
#> SRR1476165 1 0.4209 0.7426 0.860 0.120 0.020
#> SRR1459631 2 0.7453 0.5999 0.152 0.700 0.148
#> SRR1448098 1 0.5737 0.6918 0.732 0.256 0.012
#> SRR1321401 1 0.5977 0.7033 0.728 0.252 0.020
#> SRR807613 1 0.5919 0.6810 0.712 0.276 0.012
#> SRR808086 2 0.7944 0.4664 0.132 0.656 0.212
#> SRR613687 1 0.5450 0.7063 0.760 0.228 0.012
#> SRR1471011 1 0.4966 0.7347 0.840 0.100 0.060
#> SRR1330284 1 0.6129 0.6719 0.700 0.284 0.016
#> SRR1320624 2 0.7524 0.6105 0.196 0.688 0.116
#> SRR1459519 1 0.1411 0.7559 0.964 0.036 0.000
#> SRR1091184 3 0.9201 0.0613 0.160 0.352 0.488
#> SRR1390561 1 0.3851 0.7027 0.860 0.136 0.004
#> SRR658164 1 0.0892 0.7542 0.980 0.020 0.000
#> SRR1087079 1 0.6019 0.6727 0.700 0.288 0.012
#> SRR814996 3 0.5831 0.6044 0.128 0.076 0.796
#> SRR1407410 1 0.7220 0.6425 0.660 0.284 0.056
#> SRR1453392 1 0.7610 0.3655 0.536 0.420 0.044
#> SRR1445873 1 0.1289 0.7566 0.968 0.032 0.000
#> SRR1419985 1 0.5450 0.7075 0.760 0.228 0.012
#> SRR820938 3 0.5244 0.6310 0.004 0.240 0.756
#> SRR1476844 1 0.3851 0.7080 0.860 0.136 0.004
#> SRR1403526 1 0.1163 0.7528 0.972 0.028 0.000
#> SRR1413916 1 0.6224 0.6633 0.688 0.296 0.016
#> SRR1441051 1 0.7925 0.5123 0.584 0.344 0.072
#> SRR614287 1 0.5450 0.7063 0.760 0.228 0.012
#> SRR1092062 1 0.5884 0.6839 0.716 0.272 0.012
#> SRR612611 1 0.5919 0.6810 0.712 0.276 0.012
#> SRR1376356 1 0.6208 0.7179 0.752 0.200 0.048
#> SRR1405078 3 0.8868 0.3958 0.196 0.228 0.576
#> SRR1437226 1 0.7824 0.4670 0.564 0.376 0.060
#> SRR1326078 1 0.0747 0.7570 0.984 0.016 0.000
#> SRR1096806 2 0.4755 0.3320 0.008 0.808 0.184
#> SRR1440919 2 0.7493 0.6108 0.168 0.696 0.136
#> SRR1452824 1 0.4966 0.7347 0.840 0.100 0.060
#> SRR615754 1 0.3619 0.7081 0.864 0.136 0.000
#> SRR1341787 1 0.6678 0.6998 0.724 0.216 0.060
#> SRR614551 1 0.2165 0.7632 0.936 0.064 0.000
#> SRR1380829 3 0.7533 0.4163 0.044 0.392 0.564
#> SRR1455761 1 0.0892 0.7543 0.980 0.020 0.000
#> SRR1465189 1 0.7851 0.3027 0.616 0.304 0.080
#> SRR1376895 1 0.0592 0.7554 0.988 0.012 0.000
#> SRR1445002 1 0.3686 0.7064 0.860 0.140 0.000
#> SRR1469258 1 0.6096 0.6731 0.704 0.280 0.016
#> SRR1409239 1 0.1031 0.7591 0.976 0.024 0.000
#> SRR1480200 1 0.1411 0.7531 0.964 0.036 0.000
#> SRR1418323 1 0.0747 0.7576 0.984 0.016 0.000
#> SRR657540 3 0.6280 0.3722 0.000 0.460 0.540
#> SRR821096 1 0.5737 0.6963 0.732 0.256 0.012
#> SRR613591 1 0.5536 0.7067 0.752 0.236 0.012
#> SRR1344205 3 0.4994 0.6641 0.024 0.160 0.816
#> SRR612479 1 0.3918 0.7172 0.868 0.120 0.012
#> SRR1399950 1 0.5526 0.6228 0.792 0.036 0.172
#> SRR1336048 3 0.9330 0.2574 0.236 0.244 0.520
#> SRR1368896 1 0.1411 0.7531 0.964 0.036 0.000
#> SRR1379403 1 0.6357 0.6595 0.684 0.296 0.020
#> SRR1312464 1 0.2356 0.7428 0.928 0.072 0.000
#> SRR1096478 1 0.1753 0.7496 0.952 0.048 0.000
#> SRR1459845 1 0.1031 0.7537 0.976 0.024 0.000
#> SRR1348138 3 0.6225 0.3846 0.000 0.432 0.568
#> SRR811423 1 0.6171 0.5914 0.776 0.080 0.144
#> SRR615683 1 0.1399 0.7554 0.968 0.028 0.004
#> SRR1380336 1 0.5953 0.6747 0.708 0.280 0.012
#> SRR817609 1 0.8266 0.3085 0.624 0.240 0.136
#> SRR1074550 3 0.5070 0.6403 0.004 0.224 0.772
#> SRR1499236 1 0.5848 0.6893 0.720 0.268 0.012
#> SRR656083 1 0.3619 0.7081 0.864 0.136 0.000
#> SRR817539 1 0.1411 0.7603 0.964 0.036 0.000
#> SRR1410801 1 0.3896 0.7170 0.864 0.128 0.008
#> SRR1347190 1 0.4209 0.7426 0.860 0.120 0.020
#> SRR1355126 1 0.2959 0.7639 0.900 0.100 0.000
#> SRR615165 3 0.4346 0.6492 0.000 0.184 0.816
#> SRR1466046 1 0.3851 0.7042 0.860 0.136 0.004
#> SRR1097055 1 0.6129 0.6719 0.700 0.284 0.016
#> SRR1312370 1 0.5072 0.7268 0.792 0.196 0.012
#> SRR655325 1 0.1411 0.7531 0.964 0.036 0.000
#> SRR810177 1 0.5578 0.7035 0.748 0.240 0.012
#> SRR815685 1 0.6129 0.6719 0.700 0.284 0.016
#> SRR817026 2 0.7917 0.5855 0.184 0.664 0.152
#> SRR1417224 1 0.7448 0.5631 0.616 0.332 0.052
#> SRR661687 2 0.4755 0.3320 0.008 0.808 0.184
#> SRR1431804 2 0.7944 0.4664 0.132 0.656 0.212
#> SRR664072 3 0.1643 0.6580 0.000 0.044 0.956
#> SRR612923 1 0.6908 0.6216 0.656 0.308 0.036
#> SRR1315890 1 0.1529 0.7522 0.960 0.040 0.000
#> SRR1347726 1 0.1411 0.7612 0.964 0.036 0.000
#> SRR1500360 1 0.1860 0.7610 0.948 0.052 0.000
#> SRR1468360 1 0.7424 0.4579 0.592 0.364 0.044
#> SRR1404084 1 0.7363 0.5210 0.656 0.280 0.064
#> SRR615994 3 0.4994 0.6641 0.024 0.160 0.816
#> SRR1475718 1 0.6565 0.6965 0.720 0.232 0.048
#> SRR1397200 3 0.7960 0.5142 0.136 0.208 0.656
#> SRR655519 1 0.5953 0.6803 0.708 0.280 0.012
#> SRR1311308 3 0.5244 0.6310 0.004 0.240 0.756
#> SRR1368006 1 0.7400 0.4118 0.552 0.412 0.036
#> SRR613651 1 0.4288 0.7408 0.872 0.060 0.068
#> SRR1362621 2 0.9129 0.4760 0.372 0.480 0.148
#> SRR1451718 1 0.4194 0.7467 0.876 0.064 0.060
#> SRR1095334 3 0.5020 0.6628 0.012 0.192 0.796
#> SRR1079636 1 0.7841 0.1809 0.480 0.468 0.052
#> SRR1442549 1 0.7388 0.4692 0.600 0.356 0.044
#> SRR1466421 1 0.5406 0.7079 0.764 0.224 0.012
#> SRR817397 2 0.5507 0.5050 0.056 0.808 0.136
#> SRR1341809 1 0.5171 0.7223 0.784 0.204 0.012
#> SRR614623 1 0.6129 0.6719 0.700 0.284 0.016
#> SRR1335005 1 0.5450 0.7063 0.760 0.228 0.012
#> SRR1407065 2 0.5442 0.5137 0.056 0.812 0.132
#> SRR1404483 1 0.7777 0.3478 0.532 0.416 0.052
#> SRR1096222 1 0.1860 0.7493 0.948 0.052 0.000
#> SRR1401793 1 0.3742 0.7538 0.892 0.072 0.036
#> SRR1408615 3 0.5915 0.6051 0.128 0.080 0.792
#> SRR1070597 1 0.5455 0.7215 0.776 0.204 0.020
#> SRR1332381 1 0.4790 0.7441 0.848 0.096 0.056
#> SRR1457015 1 0.1163 0.7532 0.972 0.028 0.000
#> SRR1386797 1 0.4035 0.7568 0.880 0.080 0.040
#> SRR1098385 1 0.5450 0.7070 0.760 0.228 0.012
#> SRR1363947 3 0.1643 0.6580 0.000 0.044 0.956
#> SRR820350 1 0.5406 0.7079 0.764 0.224 0.012
#> SRR662055 1 0.6113 0.6574 0.688 0.300 0.012
#> SRR1310455 1 0.1031 0.7591 0.976 0.024 0.000
#> SRR1453639 2 0.8743 0.1324 0.440 0.452 0.108
#> SRR662617 1 0.5335 0.7173 0.760 0.232 0.008
#> SRR654778 1 0.1163 0.7613 0.972 0.028 0.000
#> SRR661782 1 0.4963 0.7276 0.792 0.200 0.008
#> SRR1334396 1 0.7670 0.3233 0.620 0.312 0.068
#> SRR613867 1 0.6651 0.6196 0.640 0.340 0.020
#> SRR1479412 1 0.1129 0.7607 0.976 0.020 0.004
#> SRR1331620 1 0.3752 0.7382 0.884 0.096 0.020
#> SRR1082809 1 0.6968 0.6082 0.732 0.120 0.148
#> SRR1417178 1 0.6927 0.5437 0.700 0.240 0.060
#> SRR1335278 1 0.3965 0.7050 0.860 0.132 0.008
#> SRR665369 1 0.5502 0.7098 0.744 0.248 0.008
#> SRR657552 1 0.8105 0.2317 0.580 0.336 0.084
#> SRR812412 1 0.0592 0.7554 0.988 0.012 0.000
#> SRR1096500 1 0.8039 0.2443 0.508 0.428 0.064
#> SRR1347750 1 0.5122 0.7231 0.788 0.200 0.012
#> SRR615153 1 0.6880 0.6263 0.660 0.304 0.036
#> SRR1434417 1 0.6823 0.4374 0.668 0.296 0.036
#> SRR1070159 3 0.5407 0.6586 0.076 0.104 0.820
#> SRR1332508 1 0.5812 0.6886 0.724 0.264 0.012
#> SRR1082059 1 0.8238 0.3358 0.596 0.300 0.104
#> SRR1402491 1 0.2772 0.7400 0.916 0.080 0.004
#> SRR1476595 1 0.4968 0.7299 0.800 0.188 0.012
#> SRR1320987 1 0.6129 0.6719 0.700 0.284 0.016
#> SRR1086417 1 0.7622 0.3547 0.608 0.332 0.060
#> SRR1454095 1 0.1163 0.7604 0.972 0.028 0.000
#> SRR614791 1 0.6113 0.6574 0.688 0.300 0.012
#> SRR821255 1 0.3038 0.7602 0.896 0.104 0.000
#> SRR820402 2 0.8103 0.5756 0.248 0.632 0.120
#> SRR1337284 1 0.1411 0.7603 0.964 0.036 0.000
#> SRR1333083 3 0.8868 0.3958 0.196 0.228 0.576
#> SRR1384883 2 0.5449 0.5445 0.068 0.816 0.116
#> SRR614431 1 0.0592 0.7554 0.988 0.012 0.000
#> SRR1481106 1 0.6984 0.6282 0.656 0.304 0.040
#> SRR1370285 1 0.5122 0.6304 0.788 0.200 0.012
#> SRR1446673 3 0.5573 0.6577 0.044 0.160 0.796
#> SRR1318046 1 0.5698 0.6957 0.736 0.252 0.012
#> SRR1341188 3 0.1643 0.6580 0.000 0.044 0.956
#> SRR1384941 1 0.1031 0.7556 0.976 0.024 0.000
#> SRR1322864 1 0.5619 0.7007 0.744 0.244 0.012
#> SRR1476825 3 0.9330 0.2574 0.236 0.244 0.520
#> SRR1443332 1 0.7012 0.6236 0.652 0.308 0.040
#> SRR662486 1 0.6053 0.6882 0.720 0.260 0.020
#> SRR1447019 1 0.5318 0.6200 0.780 0.204 0.016
#> SRR662942 1 0.0892 0.7560 0.980 0.020 0.000
#> SRR613102 3 0.2959 0.6609 0.000 0.100 0.900
#> SRR1469880 1 0.0592 0.7554 0.988 0.012 0.000
#> SRR1464977 1 0.1411 0.7612 0.964 0.036 0.000
#> SRR615850 3 0.8868 0.3958 0.196 0.228 0.576
#> SRR661949 1 0.5012 0.7262 0.788 0.204 0.008
#> SRR1322227 3 0.9787 -0.2036 0.240 0.348 0.412
#> SRR1441655 1 0.4489 0.7546 0.856 0.108 0.036
#> SRR613771 1 0.8521 -0.0186 0.468 0.440 0.092
#> SRR1479471 1 0.5122 0.6304 0.788 0.200 0.012
#> SRR1488918 1 0.6062 0.6771 0.708 0.276 0.016
#> SRR1414040 1 0.5072 0.7257 0.792 0.196 0.012
#> SRR1079850 1 0.1860 0.7614 0.948 0.052 0.000
#> SRR663209 1 0.1289 0.7623 0.968 0.032 0.000
#> SRR1364914 1 0.6051 0.6686 0.696 0.292 0.012
#> SRR1408267 1 0.6129 0.6719 0.700 0.284 0.016
#> SRR1314894 1 0.0747 0.7546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1414117 2 0.7757 0.4411 0.112 0.664 0.224
#> SRR1395975 1 0.7291 0.4789 0.604 0.356 0.040
#> SRR1402219 1 0.5817 0.7067 0.744 0.236 0.020
#> SRR1433623 1 0.1860 0.7482 0.948 0.052 0.000
#> SRR656385 1 0.6113 0.6574 0.688 0.300 0.012
#> SRR811213 1 0.7084 0.6058 0.652 0.304 0.044
#> SRR663657 3 0.9642 -0.1321 0.208 0.376 0.416
#> SRR612203 1 0.5402 0.6483 0.792 0.180 0.028
#> SRR613987 1 0.2165 0.7632 0.936 0.064 0.000
#> SRR613831 3 0.4291 0.6492 0.000 0.180 0.820
#> SRR1354180 1 0.5848 0.6843 0.720 0.268 0.012
#> SRR1382912 1 0.3425 0.7193 0.884 0.112 0.004
#> SRR1475501 1 0.3644 0.7102 0.872 0.124 0.004
#> SRR1336930 1 0.3832 0.7376 0.880 0.100 0.020
#> SRR613030 3 0.5443 0.6211 0.004 0.260 0.736
#> SRR1381459 1 0.7124 0.6300 0.656 0.296 0.048
#> SRR1402350 1 0.5566 0.7197 0.812 0.108 0.080
#> SRR1419408 1 0.3983 0.6914 0.852 0.144 0.004
#> SRR655911 2 0.9939 0.3760 0.300 0.388 0.312
#> SRR1418243 1 0.0892 0.7543 0.980 0.020 0.000
#> SRR1322573 1 0.1643 0.7620 0.956 0.044 0.000
#> SRR613615 3 0.3482 0.6593 0.000 0.128 0.872
#> SRR1355284 1 0.1860 0.7583 0.948 0.052 0.000
#> SRR1319395 1 0.0747 0.7570 0.984 0.016 0.000
#> SRR818939 1 0.1753 0.7521 0.952 0.048 0.000
#> SRR1465266 1 0.4679 0.6928 0.832 0.148 0.020
#> SRR614888 1 0.2066 0.7630 0.940 0.060 0.000
#> SRR1431694 1 0.7710 0.3977 0.576 0.368 0.056
#> SRR614347 2 0.4473 0.3688 0.008 0.828 0.164
#> SRR1334228 3 0.5573 0.6577 0.044 0.160 0.796
#> SRR1096007 1 0.5817 0.7123 0.744 0.236 0.020
#> SRR656349 1 0.8280 0.1874 0.564 0.344 0.092
#> SRR815422 2 0.5330 0.4675 0.044 0.812 0.144
#> SRR1360828 1 0.2173 0.7569 0.944 0.048 0.008
#> SRR1359005 2 0.7447 0.6183 0.184 0.696 0.120
#> SRR1456652 1 0.0747 0.7570 0.984 0.016 0.000
#> SRR1391660 1 0.1031 0.7536 0.976 0.024 0.000
#> SRR1441956 1 0.0747 0.7570 0.984 0.016 0.000
#> SRR662930 1 0.6129 0.6698 0.700 0.284 0.016
#> SRR615790 3 0.5407 0.6586 0.076 0.104 0.820
#> SRR614827 1 0.7334 0.5795 0.624 0.328 0.048
#> SRR614587 2 0.5449 0.5445 0.068 0.816 0.116
#> SRR814052 1 0.5020 0.7363 0.796 0.192 0.012
#> SRR1070086 1 0.1163 0.7550 0.972 0.028 0.000
#> SRR1481440 1 0.7770 0.3431 0.628 0.292 0.080
#> SRR1339296 3 0.1643 0.6580 0.000 0.044 0.956
#> SRR1343239 1 0.6984 0.6282 0.656 0.304 0.040
#> SRR1432802 1 0.5731 0.7131 0.752 0.228 0.020
#> SRR1416911 1 0.0747 0.7546 0.984 0.016 0.000
#> SRR1410427 1 0.4723 0.7478 0.824 0.160 0.016
#> SRR1401185 1 0.7327 0.6249 0.708 0.160 0.132
#> SRR654993 1 0.5502 0.7098 0.744 0.248 0.008
#> SRR656397 1 0.1411 0.7531 0.964 0.036 0.000
#> SRR809643 3 0.6291 0.3605 0.000 0.468 0.532
#> SRR1433819 1 0.1453 0.7592 0.968 0.024 0.008
#> SRR1375225 1 0.7372 0.2958 0.520 0.448 0.032
#> SRR1367739 3 0.8298 0.4105 0.220 0.152 0.628
#> SRR1323336 1 0.4742 0.7461 0.848 0.104 0.048
#> SRR663224 1 0.9068 -0.0884 0.444 0.420 0.136
#> SRR1442840 1 0.3918 0.6960 0.856 0.140 0.004
#> SRR1374058 1 0.1163 0.7550 0.972 0.028 0.000
#> SRR656994 1 0.0747 0.7551 0.984 0.016 0.000
#> SRR1469214 1 0.5953 0.6747 0.708 0.280 0.012
#> SRR1456446 1 0.2384 0.7532 0.936 0.056 0.008
#> SRR1471879 1 0.5122 0.7231 0.788 0.200 0.012
#> SRR612911 3 0.4346 0.6492 0.000 0.184 0.816
#> SRR1395720 1 0.6129 0.6719 0.700 0.284 0.016
#> SRR1413055 1 0.7660 0.3045 0.612 0.324 0.064
#> SRR656770 1 0.8239 0.2868 0.532 0.388 0.080
#> SRR812080 3 0.4842 0.6375 0.000 0.224 0.776
#> SRR1479328 1 0.4136 0.7426 0.864 0.116 0.020
#> SRR661421 1 0.6053 0.6850 0.720 0.260 0.020
#> SRR1410286 1 0.6096 0.6772 0.704 0.280 0.016
#> SRR1487150 1 0.0592 0.7554 0.988 0.012 0.000
#> SRR1467035 1 0.4475 0.6971 0.840 0.144 0.016
#> SRR1360607 1 0.5268 0.7190 0.776 0.212 0.012
#> SRR1333106 1 0.6161 0.6757 0.708 0.272 0.020
#> SRR1088706 1 0.6129 0.6719 0.700 0.284 0.016
#> SRR1320053 3 0.5244 0.6310 0.004 0.240 0.756
#> SRR1350392 1 0.5578 0.7069 0.748 0.240 0.012
#> SRR1385190 3 0.8298 0.4105 0.220 0.152 0.628
#> SRR1080093 1 0.5884 0.6816 0.716 0.272 0.012
#> SRR1318753 1 0.1031 0.7540 0.976 0.024 0.000
#> SRR1345369 3 0.8259 0.4841 0.152 0.216 0.632
#> SRR612178 1 0.7248 0.3835 0.536 0.436 0.028
#> SRR1354423 1 0.4514 0.6850 0.832 0.156 0.012
#> SRR1072724 1 0.2680 0.7638 0.924 0.068 0.008
#> SRR1418450 2 0.7718 0.4994 0.320 0.612 0.068
#> SRR1326427 3 0.6225 0.3846 0.000 0.432 0.568
#> SRR1437412 1 0.8175 0.2439 0.576 0.336 0.088
#> SRR1327548 2 0.7762 0.6013 0.212 0.668 0.120
#> SRR1395891 1 0.0747 0.7576 0.984 0.016 0.000
#> SRR659367 1 0.4865 0.7492 0.832 0.136 0.032
#> SRR818961 1 0.6823 0.4374 0.668 0.296 0.036
#> SRR813704 1 0.0892 0.7543 0.980 0.020 0.000
#> SRR613054 1 0.3619 0.7081 0.864 0.136 0.000
#> SRR1476467 1 0.4195 0.7375 0.852 0.136 0.012
#> SRR1407988 1 0.5406 0.7079 0.764 0.224 0.012
#> SRR1394776 1 0.5595 0.7140 0.756 0.228 0.016
#> SRR655578 1 0.5012 0.7262 0.788 0.204 0.008
#> SRR1310645 2 0.5695 0.5457 0.076 0.804 0.120
#> SRR1345628 1 0.5551 0.5902 0.760 0.224 0.016
#> SRR1479740 1 0.0892 0.7555 0.980 0.020 0.000
#> SRR1332095 1 0.1860 0.7610 0.948 0.052 0.000
#> SRR1444786 2 0.8737 0.1781 0.428 0.464 0.108
#> SRR1090070 1 0.1267 0.7609 0.972 0.024 0.004
#> SRR662414 1 0.5842 0.7251 0.768 0.196 0.036
#> SRR661216 1 0.5884 0.6836 0.716 0.272 0.012
#> SRR656313 1 0.5698 0.6996 0.736 0.252 0.012
#> SRR615671 1 0.6897 0.6342 0.668 0.292 0.040
#> SRR1350196 3 0.8042 0.5089 0.136 0.216 0.648
#> SRR1466580 1 0.1031 0.7601 0.976 0.024 0.000
#> SRR1408032 1 0.5812 0.6884 0.724 0.264 0.012
#> SRR1432913 2 0.7319 0.6084 0.164 0.708 0.128
#> SRR1360502 1 0.6585 0.6564 0.736 0.200 0.064
#> SRR1391901 1 0.6027 0.6802 0.712 0.272 0.016
#> SRR1311131 1 0.1163 0.7597 0.972 0.028 0.000
#> SRR1380636 1 0.0892 0.7543 0.980 0.020 0.000
#> SRR1332339 1 0.0747 0.7572 0.984 0.016 0.000
#> SRR1341563 1 0.5639 0.7113 0.752 0.232 0.016
#> SRR1359410 3 0.9816 -0.2273 0.244 0.356 0.400
#> SRR1473040 3 0.8868 0.3958 0.196 0.228 0.576
#> SRR1321444 1 0.0424 0.7564 0.992 0.008 0.000
#> SRR1498765 1 0.7400 0.4118 0.552 0.412 0.036
#> SRR1312622 2 0.7915 0.5764 0.248 0.644 0.108
#> SRR615503 1 0.3116 0.7593 0.892 0.108 0.000
#> SRR1453192 1 0.1753 0.7487 0.952 0.048 0.000
#> SRR1433107 1 0.7491 0.5709 0.620 0.324 0.056
#> SRR1075384 1 0.3425 0.7218 0.884 0.112 0.004
#> SRR1356683 1 0.2682 0.7399 0.920 0.076 0.004
#> SRR659049 1 0.1163 0.7529 0.972 0.028 0.000
#> SRR1368240 1 0.1860 0.7493 0.948 0.052 0.000
#> SRR1341739 1 0.0592 0.7554 0.988 0.012 0.000
#> SRR613249 3 0.5625 0.6240 0.116 0.076 0.808
#> SRR663428 1 0.5450 0.7063 0.760 0.228 0.012
#> SRR1341302 2 0.7752 -0.0823 0.456 0.496 0.048
#> SRR1073553 1 0.5977 0.7033 0.728 0.252 0.020
#> SRR1354093 3 0.4784 0.6595 0.004 0.200 0.796
#> SRR1406521 2 0.6460 0.6001 0.124 0.764 0.112
#> SRR1432049 1 0.2200 0.7539 0.940 0.056 0.004
#> SRR1453504 1 0.4128 0.7369 0.856 0.132 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 2 0.8995 -0.4025 0.192 0.432 0.084 0.292
#> SRR1359328 3 0.7633 0.5357 0.096 0.180 0.624 0.100
#> SRR821124 4 0.6314 0.5973 0.020 0.408 0.028 0.544
#> SRR1335188 2 0.5300 -0.3360 0.408 0.580 0.000 0.012
#> SRR1075825 2 0.2089 0.7047 0.020 0.932 0.000 0.048
#> SRR1321921 1 0.5085 0.7960 0.616 0.376 0.000 0.008
#> SRR1466198 3 0.3695 0.6569 0.000 0.016 0.828 0.156
#> SRR1384073 2 0.5614 -0.2098 0.384 0.592 0.004 0.020
#> SRR1312802 1 0.8016 0.6486 0.528 0.284 0.144 0.044
#> SRR1076559 2 0.6618 -0.0935 0.324 0.600 0.048 0.028
#> SRR1370085 1 0.4963 0.7773 0.696 0.284 0.000 0.020
#> SRR1460363 1 0.5254 0.7840 0.672 0.300 0.000 0.028
#> SRR1480221 2 0.1022 0.6969 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.6322 0.7327 0.564 0.384 0.016 0.036
#> SRR1459631 4 0.7030 0.6673 0.032 0.308 0.072 0.588
#> SRR1448098 2 0.1520 0.7063 0.020 0.956 0.000 0.024
#> SRR1321401 2 0.2907 0.7020 0.064 0.900 0.004 0.032
#> SRR807613 2 0.1820 0.7079 0.020 0.944 0.000 0.036
#> SRR808086 4 0.8217 0.5460 0.168 0.152 0.104 0.576
#> SRR613687 2 0.1022 0.6969 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1471011 2 0.7395 -0.5415 0.432 0.464 0.060 0.044
#> SRR1330284 2 0.2197 0.7040 0.024 0.928 0.000 0.048
#> SRR1320624 4 0.6581 0.6273 0.028 0.376 0.036 0.560
#> SRR1459519 1 0.5217 0.7953 0.608 0.380 0.000 0.012
#> SRR1091184 3 0.8072 0.0979 0.016 0.292 0.464 0.228
#> SRR1390561 1 0.5498 0.7583 0.680 0.272 0.000 0.048
#> SRR658164 1 0.5398 0.7566 0.580 0.404 0.000 0.016
#> SRR1087079 2 0.1545 0.7055 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR814996 3 0.4377 0.6474 0.032 0.124 0.824 0.020
#> SRR1407410 2 0.6518 0.5784 0.156 0.700 0.040 0.104
#> SRR1453392 2 0.4427 0.5210 0.012 0.784 0.012 0.192
#> SRR1445873 1 0.5231 0.7931 0.604 0.384 0.000 0.012
#> SRR1419985 2 0.1022 0.6969 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR820938 3 0.4952 0.6159 0.012 0.020 0.744 0.224
#> SRR1476844 1 0.5574 0.7664 0.668 0.284 0.000 0.048
#> SRR1403526 1 0.5004 0.7848 0.604 0.392 0.000 0.004
#> SRR1413916 2 0.2443 0.7025 0.024 0.916 0.000 0.060
#> SRR1441051 2 0.6058 0.5824 0.084 0.740 0.048 0.128
#> SRR614287 2 0.1022 0.6969 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.1724 0.7057 0.020 0.948 0.000 0.032
#> SRR612611 2 0.1820 0.7079 0.020 0.944 0.000 0.036
#> SRR1376356 2 0.5191 0.6058 0.136 0.784 0.040 0.040
#> SRR1405078 3 0.8258 0.4886 0.144 0.188 0.568 0.100
#> SRR1437226 2 0.6099 0.5477 0.076 0.728 0.040 0.156
#> SRR1326078 1 0.5165 0.6412 0.512 0.484 0.000 0.004
#> SRR1096806 4 0.5490 0.6150 0.020 0.168 0.060 0.752
#> SRR1440919 4 0.6977 0.6643 0.036 0.320 0.060 0.584
#> SRR1452824 2 0.7395 -0.5415 0.432 0.464 0.060 0.044
#> SRR615754 1 0.5085 0.7576 0.708 0.260 0.000 0.032
#> SRR1341787 2 0.6047 0.5726 0.168 0.728 0.052 0.052
#> SRR614551 2 0.5110 -0.1175 0.352 0.636 0.000 0.012
#> SRR1380829 3 0.7940 0.3439 0.068 0.092 0.532 0.308
#> SRR1455761 1 0.4907 0.7561 0.580 0.420 0.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.7777 0.5100 0.548 0.200 0.024 0.228
#> SRR1376895 1 0.4916 0.7532 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.5055 0.7546 0.712 0.256 0.000 0.032
#> SRR1469258 2 0.2089 0.7047 0.020 0.932 0.000 0.048
#> SRR1409239 1 0.5060 0.7656 0.584 0.412 0.004 0.000
#> SRR1480200 1 0.5174 0.7975 0.620 0.368 0.000 0.012
#> SRR1418323 1 0.5165 0.6167 0.512 0.484 0.000 0.004
#> SRR657540 4 0.6635 0.1584 0.164 0.008 0.176 0.652
#> SRR821096 2 0.2123 0.7066 0.032 0.936 0.004 0.028
#> SRR613591 2 0.1452 0.6984 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR1344205 3 0.4807 0.6767 0.024 0.068 0.812 0.096
#> SRR612479 1 0.6160 0.7647 0.612 0.316 0.000 0.072
#> SRR1399950 1 0.7809 0.6172 0.492 0.320 0.172 0.016
#> SRR1336048 3 0.8750 0.4025 0.192 0.200 0.508 0.100
#> SRR1368896 1 0.5174 0.7975 0.620 0.368 0.000 0.012
#> SRR1379403 2 0.2629 0.7020 0.024 0.912 0.004 0.060
#> SRR1312464 1 0.4999 0.7962 0.660 0.328 0.000 0.012
#> SRR1096478 1 0.4837 0.8013 0.648 0.348 0.000 0.004
#> SRR1459845 1 0.4790 0.7907 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR1348138 4 0.6437 0.1284 0.168 0.000 0.184 0.648
#> SRR811423 1 0.8016 0.6486 0.528 0.284 0.144 0.044
#> SRR615683 1 0.5040 0.7994 0.628 0.364 0.000 0.008
#> SRR1380336 2 0.1305 0.7075 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR817609 1 0.8796 0.5125 0.496 0.224 0.096 0.184
#> SRR1074550 3 0.4808 0.6287 0.012 0.020 0.760 0.208
#> SRR1499236 2 0.1520 0.7083 0.020 0.956 0.000 0.024
#> SRR656083 1 0.5113 0.7611 0.704 0.264 0.000 0.032
#> SRR817539 2 0.5440 -0.2184 0.384 0.596 0.000 0.020
#> SRR1410801 1 0.5993 0.7660 0.628 0.308 0.000 0.064
#> SRR1347190 1 0.6322 0.7327 0.564 0.384 0.016 0.036
#> SRR1355126 2 0.5062 0.1856 0.284 0.692 0.000 0.024
#> SRR615165 3 0.4249 0.6390 0.016 0.008 0.800 0.176
#> SRR1466046 1 0.5745 0.7665 0.656 0.288 0.000 0.056
#> SRR1097055 2 0.2197 0.7040 0.024 0.928 0.000 0.048
#> SRR1312370 2 0.2473 0.6744 0.080 0.908 0.000 0.012
#> SRR655325 1 0.5055 0.7969 0.624 0.368 0.000 0.008
#> SRR810177 2 0.1488 0.7025 0.032 0.956 0.000 0.012
#> SRR815685 2 0.2197 0.7040 0.024 0.928 0.000 0.048
#> SRR817026 4 0.7374 0.6355 0.048 0.316 0.072 0.564
#> SRR1417224 2 0.3823 0.6379 0.012 0.852 0.028 0.108
#> SRR661687 4 0.5490 0.6150 0.020 0.168 0.060 0.752
#> SRR1431804 4 0.8217 0.5460 0.168 0.152 0.104 0.576
#> SRR664072 3 0.0707 0.6656 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR612923 2 0.5232 0.6324 0.112 0.776 0.012 0.100
#> SRR1315890 1 0.4973 0.7985 0.644 0.348 0.000 0.008
#> SRR1347726 2 0.5614 -0.2098 0.384 0.592 0.004 0.020
#> SRR1500360 2 0.5040 -0.1672 0.364 0.628 0.000 0.008
#> SRR1468360 2 0.6293 0.4334 0.160 0.692 0.012 0.136
#> SRR1404084 2 0.8557 -0.1318 0.316 0.456 0.056 0.172
#> SRR615994 3 0.4807 0.6767 0.024 0.068 0.812 0.096
#> SRR1475718 2 0.4781 0.6723 0.088 0.816 0.028 0.068
#> SRR1397200 3 0.7318 0.5516 0.084 0.176 0.648 0.092
#> SRR655519 2 0.1510 0.7085 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR1311308 3 0.4952 0.6159 0.012 0.020 0.744 0.224
#> SRR1368006 2 0.4215 0.5548 0.012 0.804 0.012 0.172
#> SRR613651 1 0.7023 0.5997 0.464 0.452 0.060 0.024
#> SRR1362621 4 0.8906 0.3981 0.200 0.320 0.068 0.412
#> SRR1451718 2 0.6880 -0.1796 0.344 0.568 0.064 0.024
#> SRR1095334 3 0.5165 0.6686 0.028 0.052 0.784 0.136
#> SRR1079636 2 0.5734 0.3947 0.040 0.704 0.020 0.236
#> SRR1442549 2 0.6493 0.4185 0.180 0.672 0.012 0.136
#> SRR1466421 2 0.1118 0.6952 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR817397 4 0.5978 0.6813 0.028 0.232 0.044 0.696
#> SRR1341809 2 0.2329 0.6798 0.072 0.916 0.000 0.012
#> SRR614623 2 0.2197 0.7040 0.024 0.928 0.000 0.048
#> SRR1335005 2 0.1022 0.6969 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1407065 4 0.6009 0.6823 0.028 0.236 0.044 0.692
#> SRR1404483 2 0.4652 0.5113 0.012 0.776 0.020 0.192
#> SRR1096222 1 0.5143 0.8000 0.628 0.360 0.000 0.012
#> SRR1401793 1 0.6774 0.6587 0.492 0.440 0.040 0.028
#> SRR1408615 3 0.4281 0.6475 0.028 0.124 0.828 0.020
#> SRR1070597 2 0.5880 0.5168 0.216 0.700 0.008 0.076
#> SRR1332381 2 0.6990 -0.1396 0.344 0.564 0.060 0.032
#> SRR1457015 1 0.4790 0.7916 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.6618 -0.0935 0.324 0.600 0.048 0.028
#> SRR1098385 2 0.1545 0.6970 0.040 0.952 0.000 0.008
#> SRR1363947 3 0.0707 0.6656 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR820350 2 0.1118 0.6952 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR662055 2 0.1576 0.7033 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR1310455 1 0.5060 0.7656 0.584 0.412 0.004 0.000
#> SRR1453639 2 0.8565 -0.1667 0.196 0.496 0.064 0.244
#> SRR662617 2 0.2521 0.6990 0.060 0.916 0.004 0.020
#> SRR654778 1 0.5388 0.6979 0.532 0.456 0.000 0.012
#> SRR661782 2 0.2402 0.6820 0.076 0.912 0.000 0.012
#> SRR1334396 1 0.7604 0.5173 0.564 0.200 0.020 0.216
#> SRR613867 2 0.3399 0.6865 0.032 0.872 0.004 0.092
#> SRR1479412 2 0.5165 -0.5925 0.484 0.512 0.004 0.000
#> SRR1331620 1 0.6164 0.7751 0.592 0.360 0.016 0.032
#> SRR1082809 2 0.8164 -0.3828 0.400 0.412 0.156 0.032
#> SRR1417178 1 0.7596 0.6072 0.552 0.280 0.024 0.144
#> SRR1335278 1 0.5573 0.7653 0.676 0.272 0.000 0.052
#> SRR665369 2 0.2924 0.7022 0.060 0.900 0.004 0.036
#> SRR657552 1 0.8219 0.4161 0.496 0.236 0.032 0.236
#> SRR812412 1 0.4866 0.7742 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.7294 0.2359 0.160 0.616 0.028 0.196
#> SRR1347750 2 0.2198 0.6762 0.072 0.920 0.000 0.008
#> SRR615153 2 0.5400 0.6220 0.120 0.764 0.012 0.104
#> SRR1434417 1 0.6580 0.5698 0.632 0.196 0.000 0.172
#> SRR1070159 3 0.4287 0.6781 0.012 0.080 0.836 0.072
#> SRR1332508 2 0.1510 0.7055 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR1082059 2 0.9110 -0.0120 0.288 0.412 0.084 0.216
#> SRR1402491 1 0.5271 0.7927 0.656 0.320 0.000 0.024
#> SRR1476595 2 0.2345 0.6457 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1320987 2 0.2197 0.7040 0.024 0.928 0.000 0.048
#> SRR1086417 2 0.8661 0.0808 0.280 0.432 0.044 0.244
#> SRR1454095 2 0.5112 -0.4394 0.436 0.560 0.000 0.004
#> SRR614791 2 0.1576 0.7033 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR821255 2 0.4855 0.2816 0.268 0.712 0.000 0.020
#> SRR820402 4 0.7004 0.5139 0.036 0.444 0.044 0.476
#> SRR1337284 2 0.5428 -0.2065 0.380 0.600 0.000 0.020
#> SRR1333083 3 0.8258 0.4886 0.144 0.188 0.568 0.100
#> SRR1384883 4 0.6184 0.6825 0.028 0.260 0.044 0.668
#> SRR614431 1 0.4843 0.7814 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.2652 0.6939 0.004 0.912 0.028 0.056
#> SRR1370285 1 0.5938 0.6926 0.676 0.232 0.000 0.092
#> SRR1446673 3 0.4824 0.6726 0.024 0.080 0.812 0.084
#> SRR1318046 2 0.1733 0.7033 0.028 0.948 0.000 0.024
#> SRR1341188 3 0.0707 0.6656 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1384941 1 0.5125 0.7909 0.604 0.388 0.000 0.008
#> SRR1322864 2 0.1610 0.7028 0.032 0.952 0.000 0.016
#> SRR1476825 3 0.8750 0.4025 0.192 0.200 0.508 0.100
#> SRR1443332 2 0.3250 0.6858 0.016 0.888 0.024 0.072
#> SRR662486 2 0.1697 0.7116 0.016 0.952 0.004 0.028
#> SRR1447019 1 0.5875 0.6836 0.684 0.224 0.000 0.092
#> SRR662942 1 0.4776 0.7945 0.624 0.376 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.2452 0.6654 0.004 0.004 0.908 0.084
#> SRR1469880 1 0.4855 0.7779 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.5428 -0.1913 0.380 0.600 0.000 0.020
#> SRR615850 3 0.8258 0.4886 0.144 0.188 0.568 0.100
#> SRR661949 2 0.2329 0.6850 0.072 0.916 0.000 0.012
#> SRR1322227 3 0.8166 -0.0931 0.016 0.376 0.392 0.216
#> SRR1441655 2 0.6885 -0.1862 0.352 0.564 0.032 0.052
#> SRR613771 2 0.8083 -0.0208 0.172 0.544 0.048 0.236
#> SRR1479471 1 0.5938 0.6926 0.676 0.232 0.000 0.092
#> SRR1488918 2 0.1590 0.7106 0.008 0.956 0.008 0.028
#> SRR1414040 2 0.2342 0.6706 0.080 0.912 0.000 0.008
#> SRR1079850 2 0.4819 -0.0740 0.344 0.652 0.000 0.004
#> SRR663209 2 0.5288 -0.5680 0.472 0.520 0.000 0.008
#> SRR1364914 2 0.1771 0.7104 0.012 0.948 0.004 0.036
#> SRR1408267 2 0.2197 0.7040 0.024 0.928 0.000 0.048
#> SRR1314894 1 0.4843 0.7809 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1414117 4 0.7896 0.5564 0.144 0.148 0.100 0.608
#> SRR1395975 2 0.6333 0.4240 0.176 0.680 0.008 0.136
#> SRR1402219 2 0.4960 0.6296 0.152 0.780 0.008 0.060
#> SRR1433623 1 0.5018 0.7957 0.656 0.332 0.000 0.012
#> SRR656385 2 0.1576 0.7033 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR811213 2 0.4341 0.6793 0.052 0.824 0.008 0.116
#> SRR663657 3 0.9536 -0.0372 0.140 0.196 0.372 0.292
#> SRR612203 1 0.6597 0.7104 0.640 0.256 0.016 0.088
#> SRR613987 2 0.5110 -0.1175 0.352 0.636 0.000 0.012
#> SRR613831 3 0.4151 0.6372 0.016 0.004 0.800 0.180
#> SRR1354180 2 0.1339 0.7091 0.008 0.964 0.004 0.024
#> SRR1382912 1 0.5105 0.7711 0.696 0.276 0.000 0.028
#> SRR1475501 1 0.5256 0.7670 0.692 0.272 0.000 0.036
#> SRR1336930 1 0.6118 0.7794 0.604 0.348 0.016 0.032
#> SRR613030 3 0.5248 0.5983 0.024 0.012 0.716 0.248
#> SRR1381459 2 0.2956 0.7003 0.012 0.904 0.036 0.048
#> SRR1402350 2 0.7430 -0.1068 0.324 0.552 0.084 0.040
#> SRR1419408 1 0.5519 0.7557 0.684 0.264 0.000 0.052
#> SRR655911 2 0.7457 -0.2656 0.000 0.504 0.276 0.220
#> SRR1418243 1 0.4907 0.7561 0.580 0.420 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.5105 -0.4182 0.432 0.564 0.000 0.004
#> SRR613615 3 0.2899 0.6616 0.004 0.004 0.880 0.112
#> SRR1355284 1 0.5352 0.7906 0.596 0.388 0.000 0.016
#> SRR1319395 1 0.5165 0.6412 0.512 0.484 0.000 0.004
#> SRR818939 1 0.4837 0.8016 0.648 0.348 0.000 0.004
#> SRR1465266 1 0.6104 0.7354 0.636 0.296 0.004 0.064
#> SRR614888 2 0.5300 -0.3360 0.408 0.580 0.000 0.012
#> SRR1431694 2 0.7857 0.2772 0.276 0.516 0.020 0.188
#> SRR614347 4 0.5740 0.6320 0.028 0.180 0.056 0.736
#> SRR1334228 3 0.4824 0.6726 0.024 0.080 0.812 0.084
#> SRR1096007 2 0.2706 0.6973 0.064 0.908 0.004 0.024
#> SRR656349 1 0.8192 0.3986 0.500 0.220 0.032 0.248
#> SRR815422 4 0.5633 0.6702 0.024 0.212 0.040 0.724
#> SRR1360828 1 0.5570 0.7739 0.576 0.404 0.004 0.016
#> SRR1359005 4 0.6364 0.6353 0.016 0.372 0.040 0.572
#> SRR1456652 1 0.5165 0.6412 0.512 0.484 0.000 0.004
#> SRR1391660 1 0.4888 0.7654 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.5165 0.6412 0.512 0.484 0.000 0.004
#> SRR662930 2 0.1396 0.7064 0.004 0.960 0.004 0.032
#> SRR615790 3 0.4287 0.6781 0.012 0.080 0.836 0.072
#> SRR614827 2 0.3601 0.6476 0.012 0.864 0.024 0.100
#> SRR614587 4 0.6184 0.6825 0.028 0.260 0.044 0.668
#> SRR814052 2 0.3659 0.6395 0.136 0.840 0.000 0.024
#> SRR1070086 1 0.5150 0.7851 0.596 0.396 0.000 0.008
#> SRR1481440 1 0.7730 0.5226 0.564 0.200 0.028 0.208
#> SRR1339296 3 0.0707 0.6656 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1343239 2 0.2652 0.6939 0.004 0.912 0.028 0.056
#> SRR1432802 2 0.4885 0.6312 0.152 0.784 0.008 0.056
#> SRR1416911 1 0.4933 0.7443 0.568 0.432 0.000 0.000
#> SRR1410427 2 0.6039 0.1100 0.348 0.596 0.000 0.056
#> SRR1401185 2 0.7426 0.3093 0.212 0.612 0.136 0.040
#> SRR654993 2 0.2924 0.7022 0.060 0.900 0.004 0.036
#> SRR656397 1 0.5174 0.7975 0.620 0.368 0.000 0.012
#> SRR809643 4 0.6499 0.1687 0.176 0.004 0.164 0.656
#> SRR1433819 1 0.5277 0.7021 0.532 0.460 0.008 0.000
#> SRR1375225 2 0.4544 0.4599 0.016 0.760 0.004 0.220
#> SRR1367739 3 0.7428 0.4982 0.156 0.120 0.644 0.080
#> SRR1323336 2 0.7197 -0.2283 0.356 0.544 0.044 0.056
#> SRR663224 2 0.6977 0.2189 0.032 0.636 0.100 0.232
#> SRR1442840 1 0.5444 0.7580 0.688 0.264 0.000 0.048
#> SRR1374058 1 0.5125 0.7897 0.604 0.388 0.000 0.008
#> SRR656994 1 0.5279 0.7593 0.588 0.400 0.000 0.012
#> SRR1469214 2 0.1305 0.7075 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR1456446 1 0.5638 0.7829 0.584 0.392 0.004 0.020
#> SRR1471879 2 0.2198 0.6762 0.072 0.920 0.000 0.008
#> SRR612911 3 0.4292 0.6378 0.016 0.008 0.796 0.180
#> SRR1395720 2 0.2197 0.7040 0.024 0.928 0.000 0.048
#> SRR1413055 1 0.7574 0.5125 0.568 0.196 0.020 0.216
#> SRR656770 2 0.7038 0.2849 0.136 0.652 0.036 0.176
#> SRR812080 3 0.4574 0.6276 0.016 0.008 0.768 0.208
#> SRR1479328 1 0.6191 0.7404 0.584 0.368 0.016 0.032
#> SRR661421 2 0.1406 0.7078 0.024 0.960 0.000 0.016
#> SRR1410286 2 0.1796 0.7110 0.016 0.948 0.004 0.032
#> SRR1487150 1 0.4855 0.7781 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.5646 0.7496 0.672 0.272 0.000 0.056
#> SRR1360607 2 0.1940 0.6717 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.1724 0.7087 0.020 0.948 0.000 0.032
#> SRR1088706 2 0.2197 0.7040 0.024 0.928 0.000 0.048
#> SRR1320053 3 0.4952 0.6159 0.012 0.020 0.744 0.224
#> SRR1350392 2 0.2099 0.7036 0.040 0.936 0.004 0.020
#> SRR1385190 3 0.7428 0.4982 0.156 0.120 0.644 0.080
#> SRR1080093 2 0.1109 0.7078 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1318753 1 0.4804 0.7890 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.7633 0.5357 0.096 0.180 0.624 0.100
#> SRR612178 2 0.4193 0.5166 0.016 0.796 0.004 0.184
#> SRR1354423 1 0.6040 0.7407 0.648 0.272 0.000 0.080
#> SRR1072724 1 0.6077 0.5788 0.496 0.460 0.000 0.044
#> SRR1418450 2 0.6314 -0.3049 0.028 0.544 0.020 0.408
#> SRR1326427 4 0.6437 0.1284 0.168 0.000 0.184 0.648
#> SRR1437412 1 0.8511 0.3803 0.456 0.272 0.040 0.232
#> SRR1327548 4 0.7182 0.5800 0.028 0.404 0.068 0.500
#> SRR1395891 1 0.4985 0.6793 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.6296 0.3237 0.280 0.648 0.024 0.048
#> SRR818961 1 0.6580 0.5698 0.632 0.196 0.000 0.172
#> SRR813704 1 0.4817 0.7867 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.5085 0.7576 0.708 0.260 0.000 0.032
#> SRR1476467 2 0.6562 -0.5378 0.464 0.468 0.004 0.064
#> SRR1407988 2 0.1118 0.6952 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.2197 0.6998 0.048 0.928 0.000 0.024
#> SRR655578 2 0.2329 0.6850 0.072 0.916 0.000 0.012
#> SRR1310645 4 0.6021 0.6882 0.028 0.260 0.036 0.676
#> SRR1345628 1 0.6198 0.6660 0.660 0.224 0.000 0.116
#> SRR1479740 1 0.4877 0.7726 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.5040 -0.1672 0.364 0.628 0.000 0.008
#> SRR1444786 2 0.8623 -0.2014 0.196 0.484 0.064 0.256
#> SRR1090070 1 0.5284 0.7459 0.556 0.436 0.004 0.004
#> SRR662414 2 0.5606 0.5535 0.200 0.732 0.024 0.044
#> SRR661216 2 0.1706 0.7061 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR656313 2 0.1406 0.7089 0.024 0.960 0.000 0.016
#> SRR615671 2 0.5862 0.5951 0.148 0.732 0.016 0.104
#> SRR1350196 3 0.7428 0.5451 0.084 0.176 0.640 0.100
#> SRR1466580 2 0.5143 -0.4980 0.456 0.540 0.000 0.004
#> SRR1408032 2 0.1247 0.7077 0.012 0.968 0.004 0.016
#> SRR1432913 4 0.7010 0.6650 0.036 0.328 0.060 0.576
#> SRR1360502 1 0.7862 0.5115 0.452 0.408 0.048 0.092
#> SRR1391901 2 0.1913 0.7058 0.020 0.940 0.000 0.040
#> SRR1311131 1 0.5080 0.7596 0.576 0.420 0.000 0.004
#> SRR1380636 1 0.4776 0.7923 0.624 0.376 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.5508 0.6243 0.508 0.476 0.000 0.016
#> SRR1341563 2 0.2246 0.6969 0.052 0.928 0.004 0.016
#> SRR1359410 3 0.8199 -0.1150 0.016 0.380 0.380 0.224
#> SRR1473040 3 0.8258 0.4886 0.144 0.188 0.568 0.100
#> SRR1321444 1 0.4888 0.7668 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.4215 0.5548 0.012 0.804 0.012 0.172
#> SRR1312622 2 0.7272 -0.5231 0.028 0.456 0.072 0.444
#> SRR615503 2 0.4826 0.2955 0.264 0.716 0.000 0.020
#> SRR1453192 1 0.4661 0.7998 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.3798 0.6448 0.012 0.856 0.032 0.100
#> SRR1075384 1 0.5247 0.7717 0.684 0.284 0.000 0.032
#> SRR1356683 1 0.5108 0.7882 0.672 0.308 0.000 0.020
#> SRR659049 1 0.4905 0.7976 0.632 0.364 0.000 0.004
#> SRR1368240 1 0.5143 0.8000 0.628 0.360 0.000 0.012
#> SRR1341739 1 0.4933 0.7413 0.568 0.432 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.4377 0.6558 0.044 0.092 0.836 0.028
#> SRR663428 2 0.1022 0.6969 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.5488 0.2868 0.028 0.692 0.012 0.268
#> SRR1073553 2 0.2907 0.7020 0.064 0.900 0.004 0.032
#> SRR1354093 3 0.5151 0.6637 0.028 0.044 0.780 0.148
#> SRR1406521 4 0.6554 0.6646 0.032 0.324 0.040 0.604
#> SRR1432049 1 0.5476 0.7832 0.584 0.396 0.000 0.020
#> SRR1453504 1 0.6561 0.5479 0.472 0.460 0.004 0.064
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 4 0.821 0.43270 0.016 0.304 0.060 0.332 0.288
#> SRR1359328 3 0.668 0.63579 0.024 0.048 0.640 0.120 0.168
#> SRR821124 4 0.507 0.58365 0.004 0.372 0.008 0.596 0.020
#> SRR1335188 1 0.631 0.16646 0.452 0.440 0.012 0.004 0.092
#> SRR1075825 2 0.201 0.70919 0.016 0.924 0.000 0.056 0.004
#> SRR1321921 1 0.308 0.79303 0.852 0.116 0.000 0.000 0.032
#> SRR1466198 3 0.334 0.72305 0.000 0.016 0.824 0.156 0.004
#> SRR1384073 2 0.652 0.05302 0.372 0.476 0.012 0.000 0.140
#> SRR1312802 1 0.599 0.66951 0.696 0.048 0.152 0.016 0.088
#> SRR1076559 2 0.740 0.04695 0.348 0.452 0.040 0.012 0.148
#> SRR1370085 1 0.336 0.76278 0.848 0.052 0.000 0.004 0.096
#> SRR1460363 1 0.327 0.76797 0.848 0.056 0.000 0.000 0.096
#> SRR1480221 2 0.144 0.71744 0.020 0.956 0.004 0.004 0.016
#> SRR1476165 1 0.624 0.71381 0.652 0.180 0.012 0.028 0.128
#> SRR1459631 4 0.530 0.68033 0.000 0.280 0.036 0.656 0.028
#> SRR1448098 2 0.139 0.71834 0.012 0.956 0.000 0.024 0.008
#> SRR1321401 2 0.277 0.72095 0.024 0.900 0.004 0.040 0.032
#> SRR807613 2 0.161 0.71544 0.012 0.944 0.000 0.040 0.004
#> SRR808086 4 0.692 0.51449 0.064 0.088 0.052 0.644 0.152
#> SRR613687 2 0.144 0.71744 0.020 0.956 0.004 0.004 0.016
#> SRR1471011 1 0.718 0.59734 0.576 0.248 0.056 0.040 0.080
#> SRR1330284 2 0.207 0.70762 0.016 0.920 0.000 0.060 0.004
#> SRR1320624 4 0.506 0.63168 0.004 0.340 0.012 0.624 0.020
#> SRR1459519 1 0.326 0.79557 0.844 0.124 0.004 0.000 0.028
#> SRR1091184 3 0.743 0.04435 0.016 0.268 0.460 0.236 0.020
#> SRR1390561 1 0.397 0.74155 0.816 0.040 0.000 0.024 0.120
#> SRR658164 1 0.461 0.73389 0.736 0.180 0.000 0.000 0.084
#> SRR1087079 2 0.157 0.70836 0.004 0.944 0.000 0.044 0.008
#> SRR814996 3 0.383 0.71005 0.016 0.072 0.836 0.004 0.072
#> SRR1407410 2 0.652 0.54665 0.068 0.672 0.028 0.108 0.124
#> SRR1453392 2 0.386 0.54399 0.004 0.764 0.004 0.220 0.008
#> SRR1445873 1 0.335 0.79506 0.836 0.132 0.004 0.000 0.028
#> SRR1419985 2 0.176 0.71743 0.020 0.944 0.008 0.004 0.024
#> SRR820938 3 0.448 0.67546 0.000 0.024 0.740 0.216 0.020
#> SRR1476844 1 0.378 0.75055 0.828 0.040 0.000 0.020 0.112
#> SRR1403526 1 0.311 0.78958 0.844 0.132 0.000 0.000 0.024
#> SRR1413916 2 0.227 0.70510 0.016 0.908 0.000 0.072 0.004
#> SRR1441051 2 0.585 0.55893 0.024 0.708 0.032 0.148 0.088
#> SRR614287 2 0.144 0.71744 0.020 0.956 0.004 0.004 0.016
#> SRR1092062 2 0.184 0.71610 0.016 0.936 0.000 0.040 0.008
#> SRR612611 2 0.161 0.71544 0.012 0.944 0.000 0.040 0.004
#> SRR1376356 2 0.557 0.63274 0.096 0.744 0.044 0.028 0.088
#> SRR1405078 3 0.748 0.60252 0.076 0.040 0.584 0.128 0.172
#> SRR1437226 2 0.568 0.53832 0.024 0.712 0.028 0.168 0.068
#> SRR1326078 1 0.544 0.56557 0.612 0.300 0.000 0.000 0.088
#> SRR1096806 4 0.336 0.62480 0.000 0.128 0.012 0.840 0.020
#> SRR1440919 4 0.521 0.67913 0.000 0.292 0.024 0.652 0.032
#> SRR1452824 1 0.718 0.59734 0.576 0.248 0.056 0.040 0.080
#> SRR615754 1 0.369 0.75137 0.824 0.044 0.000 0.008 0.124
#> SRR1341787 2 0.632 0.58783 0.104 0.696 0.052 0.048 0.100
#> SRR614551 2 0.626 0.11926 0.368 0.520 0.012 0.004 0.096
#> SRR1380829 3 0.723 0.32778 0.000 0.068 0.480 0.324 0.128
#> SRR1455761 1 0.304 0.78078 0.836 0.152 0.000 0.000 0.012
#> SRR1465189 1 0.659 0.45828 0.564 0.004 0.020 0.152 0.260
#> SRR1376895 1 0.322 0.77828 0.824 0.160 0.000 0.000 0.016
#> SRR1445002 1 0.379 0.74975 0.816 0.044 0.000 0.008 0.132
#> SRR1469258 2 0.201 0.70919 0.016 0.924 0.000 0.056 0.004
#> SRR1409239 1 0.361 0.77359 0.808 0.164 0.004 0.000 0.024
#> SRR1480200 1 0.290 0.79170 0.868 0.096 0.000 0.000 0.036
#> SRR1418323 1 0.554 0.54086 0.596 0.312 0.000 0.000 0.092
#> SRR657540 4 0.581 0.16594 0.000 0.004 0.084 0.528 0.384
#> SRR821096 2 0.201 0.72220 0.020 0.932 0.004 0.036 0.008
#> SRR613591 2 0.107 0.72044 0.016 0.968 0.000 0.004 0.012
#> SRR1344205 3 0.361 0.74656 0.000 0.012 0.840 0.092 0.056
#> SRR612479 1 0.466 0.74312 0.792 0.052 0.004 0.064 0.088
#> SRR1399950 1 0.590 0.65385 0.684 0.060 0.188 0.008 0.060
#> SRR1336048 3 0.829 0.53104 0.144 0.048 0.508 0.124 0.176
#> SRR1368896 1 0.290 0.79170 0.868 0.096 0.000 0.000 0.036
#> SRR1379403 2 0.233 0.70360 0.016 0.904 0.000 0.076 0.004
#> SRR1312464 1 0.286 0.77784 0.876 0.064 0.000 0.000 0.060
#> SRR1096478 1 0.298 0.79350 0.864 0.096 0.000 0.000 0.040
#> SRR1459845 1 0.236 0.79138 0.888 0.104 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348138 4 0.568 0.13563 0.000 0.000 0.080 0.496 0.424
#> SRR811423 1 0.599 0.66951 0.696 0.048 0.152 0.016 0.088
#> SRR615683 1 0.265 0.78926 0.884 0.084 0.000 0.000 0.032
#> SRR1380336 2 0.157 0.71298 0.008 0.944 0.000 0.044 0.004
#> SRR817609 1 0.743 0.46985 0.564 0.012 0.112 0.128 0.184
#> SRR1074550 3 0.436 0.68958 0.000 0.024 0.756 0.200 0.020
#> SRR1499236 2 0.150 0.71703 0.008 0.952 0.000 0.024 0.016
#> SRR656083 1 0.365 0.75311 0.828 0.044 0.000 0.008 0.120
#> SRR817539 2 0.647 0.02441 0.380 0.476 0.012 0.000 0.132
#> SRR1410801 1 0.406 0.74789 0.824 0.044 0.000 0.056 0.076
#> SRR1347190 1 0.624 0.71381 0.652 0.180 0.012 0.028 0.128
#> SRR1355126 2 0.644 0.22858 0.336 0.544 0.012 0.016 0.092
#> SRR615165 3 0.404 0.71090 0.000 0.004 0.780 0.176 0.040
#> SRR1466046 1 0.414 0.74588 0.816 0.044 0.004 0.028 0.108
#> SRR1097055 2 0.207 0.70762 0.016 0.920 0.000 0.060 0.004
#> SRR1312370 2 0.321 0.70121 0.060 0.872 0.012 0.004 0.052
#> SRR655325 1 0.282 0.79148 0.872 0.096 0.000 0.000 0.032
#> SRR810177 2 0.157 0.72113 0.020 0.952 0.004 0.012 0.012
#> SRR815685 2 0.207 0.70762 0.016 0.920 0.000 0.060 0.004
#> SRR817026 4 0.640 0.65911 0.036 0.260 0.052 0.620 0.032
#> SRR1417224 2 0.371 0.63699 0.004 0.828 0.016 0.128 0.024
#> SRR661687 4 0.336 0.62480 0.000 0.128 0.012 0.840 0.020
#> SRR1431804 4 0.692 0.51449 0.064 0.088 0.052 0.644 0.152
#> SRR664072 3 0.166 0.74538 0.000 0.000 0.940 0.036 0.024
#> SRR612923 2 0.575 0.57231 0.096 0.720 0.012 0.116 0.056
#> SRR1315890 1 0.269 0.78489 0.884 0.076 0.000 0.000 0.040
#> SRR1347726 2 0.652 0.05302 0.372 0.476 0.012 0.000 0.140
#> SRR1500360 2 0.625 -0.00893 0.396 0.488 0.012 0.000 0.104
#> SRR1468360 2 0.700 0.30548 0.052 0.588 0.012 0.164 0.184
#> SRR1404084 1 0.889 0.16288 0.348 0.304 0.044 0.188 0.116
#> SRR615994 3 0.361 0.74656 0.000 0.012 0.840 0.092 0.056
#> SRR1475718 2 0.441 0.68871 0.052 0.820 0.020 0.060 0.048
#> SRR1397200 3 0.630 0.64877 0.016 0.040 0.664 0.116 0.164
#> SRR655519 2 0.124 0.71709 0.008 0.960 0.000 0.028 0.004
#> SRR1311308 3 0.448 0.67546 0.000 0.024 0.740 0.216 0.020
#> SRR1368006 2 0.370 0.57456 0.004 0.784 0.004 0.200 0.008
#> SRR613651 1 0.679 0.63277 0.596 0.252 0.072 0.020 0.060
#> SRR1362621 4 0.852 0.45751 0.184 0.224 0.048 0.452 0.092
#> SRR1451718 2 0.759 -0.07112 0.368 0.416 0.048 0.012 0.156
#> SRR1095334 3 0.438 0.73807 0.000 0.012 0.780 0.140 0.068
#> SRR1079636 2 0.471 0.42105 0.016 0.684 0.004 0.284 0.012
#> SRR1442549 2 0.723 0.26894 0.048 0.568 0.020 0.168 0.196
#> SRR1466421 2 0.185 0.71677 0.024 0.940 0.008 0.004 0.024
#> SRR817397 4 0.335 0.68254 0.000 0.196 0.008 0.796 0.000
#> SRR1341809 2 0.308 0.70450 0.052 0.880 0.012 0.004 0.052
#> SRR614623 2 0.207 0.70762 0.016 0.920 0.000 0.060 0.004
#> SRR1335005 2 0.144 0.71744 0.020 0.956 0.004 0.004 0.016
#> SRR1407065 4 0.339 0.68316 0.000 0.200 0.008 0.792 0.000
#> SRR1404483 2 0.401 0.53509 0.004 0.756 0.008 0.224 0.008
#> SRR1096222 1 0.340 0.79522 0.840 0.116 0.004 0.000 0.040
#> SRR1401793 1 0.621 0.70405 0.664 0.200 0.044 0.020 0.072
#> SRR1408615 3 0.377 0.71004 0.016 0.072 0.840 0.004 0.068
#> SRR1070597 2 0.682 0.49517 0.152 0.632 0.016 0.076 0.124
#> SRR1332381 2 0.783 -0.04977 0.356 0.420 0.048 0.028 0.148
#> SRR1457015 1 0.297 0.79107 0.852 0.128 0.000 0.000 0.020
#> SRR1386797 2 0.740 0.04695 0.348 0.452 0.040 0.012 0.148
#> SRR1098385 2 0.198 0.71837 0.024 0.936 0.008 0.008 0.024
#> SRR1363947 3 0.166 0.74538 0.000 0.000 0.940 0.036 0.024
#> SRR820350 2 0.185 0.71677 0.024 0.940 0.008 0.004 0.024
#> SRR662055 2 0.208 0.70807 0.008 0.920 0.004 0.064 0.004
#> SRR1310455 1 0.361 0.77359 0.808 0.164 0.004 0.000 0.024
#> SRR1453639 2 0.823 -0.34865 0.028 0.372 0.048 0.280 0.272
#> SRR662617 2 0.269 0.71374 0.032 0.904 0.004 0.024 0.036
#> SRR654778 1 0.501 0.72000 0.708 0.220 0.004 0.008 0.060
#> SRR661782 2 0.244 0.71049 0.028 0.908 0.004 0.004 0.056
#> SRR1334396 1 0.641 0.46552 0.572 0.004 0.012 0.152 0.260
#> SRR613867 2 0.312 0.68044 0.016 0.860 0.000 0.108 0.016
#> SRR1479412 1 0.514 0.60691 0.644 0.304 0.012 0.000 0.040
#> SRR1331620 1 0.561 0.75825 0.708 0.152 0.012 0.020 0.108
#> SRR1082809 1 0.795 0.47567 0.496 0.232 0.156 0.020 0.096
#> SRR1417178 1 0.680 0.60204 0.628 0.056 0.020 0.128 0.168
#> SRR1335278 1 0.395 0.74494 0.816 0.044 0.000 0.020 0.120
#> SRR665369 2 0.262 0.71447 0.028 0.904 0.000 0.032 0.036
#> SRR657552 1 0.726 0.35326 0.504 0.028 0.012 0.196 0.260
#> SRR812412 1 0.293 0.78268 0.840 0.152 0.000 0.000 0.008
#> SRR1096500 2 0.715 0.15061 0.020 0.532 0.020 0.232 0.196
#> SRR1347750 2 0.273 0.70645 0.048 0.892 0.008 0.000 0.052
#> SRR615153 2 0.594 0.55298 0.108 0.704 0.012 0.120 0.056
#> SRR1434417 1 0.562 0.54090 0.644 0.004 0.000 0.128 0.224
#> SRR1070159 3 0.433 0.73885 0.012 0.040 0.820 0.064 0.064
#> SRR1332508 2 0.155 0.71575 0.016 0.948 0.000 0.032 0.004
#> SRR1082059 2 0.913 -0.08034 0.260 0.316 0.040 0.228 0.156
#> SRR1402491 1 0.352 0.77483 0.844 0.064 0.000 0.008 0.084
#> SRR1476595 2 0.311 0.68651 0.088 0.868 0.012 0.000 0.032
#> SRR1320987 2 0.207 0.70762 0.016 0.920 0.000 0.060 0.004
#> SRR1086417 2 0.868 -0.06200 0.260 0.348 0.024 0.260 0.108
#> SRR1454095 1 0.609 0.31627 0.496 0.404 0.012 0.000 0.088
#> SRR614791 2 0.208 0.70807 0.008 0.920 0.004 0.064 0.004
#> SRR821255 2 0.593 0.43132 0.256 0.624 0.012 0.004 0.104
#> SRR820402 4 0.554 0.45185 0.012 0.416 0.008 0.536 0.028
#> SRR1337284 2 0.646 0.03582 0.376 0.480 0.012 0.000 0.132
#> SRR1333083 3 0.748 0.60252 0.076 0.040 0.584 0.128 0.172
#> SRR1384883 4 0.364 0.68779 0.000 0.232 0.008 0.760 0.000
#> SRR614431 1 0.256 0.79082 0.872 0.120 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481106 2 0.277 0.68992 0.004 0.892 0.028 0.068 0.008
#> SRR1370285 1 0.452 0.66822 0.768 0.012 0.000 0.072 0.148
#> SRR1446673 3 0.370 0.74246 0.000 0.020 0.840 0.080 0.060
#> SRR1318046 2 0.107 0.72003 0.012 0.968 0.000 0.016 0.004
#> SRR1341188 3 0.166 0.74538 0.000 0.000 0.940 0.036 0.024
#> SRR1384941 1 0.323 0.79191 0.840 0.128 0.000 0.000 0.032
#> SRR1322864 2 0.141 0.72097 0.020 0.956 0.000 0.012 0.012
#> SRR1476825 3 0.829 0.53104 0.144 0.048 0.508 0.124 0.176
#> SRR1443332 2 0.340 0.68377 0.012 0.856 0.012 0.100 0.020
#> SRR662486 2 0.217 0.72178 0.020 0.924 0.008 0.044 0.004
#> SRR1447019 1 0.458 0.66671 0.764 0.012 0.000 0.076 0.148
#> SRR662942 1 0.218 0.79135 0.896 0.100 0.000 0.000 0.004
#> SRR613102 3 0.273 0.74130 0.000 0.004 0.884 0.084 0.028
#> SRR1469880 1 0.266 0.79062 0.864 0.128 0.000 0.000 0.008
#> SRR1464977 2 0.648 0.06904 0.368 0.484 0.012 0.000 0.136
#> SRR615850 3 0.748 0.60252 0.076 0.040 0.584 0.128 0.172
#> SRR661949 2 0.250 0.71156 0.028 0.908 0.004 0.008 0.052
#> SRR1322227 2 0.783 -0.37804 0.000 0.352 0.352 0.224 0.072
#> SRR1441655 2 0.751 -0.13604 0.400 0.416 0.024 0.044 0.116
#> SRR613771 2 0.807 -0.20599 0.036 0.432 0.040 0.268 0.224
#> SRR1479471 1 0.452 0.66822 0.768 0.012 0.000 0.072 0.148
#> SRR1488918 2 0.157 0.71834 0.008 0.948 0.004 0.036 0.004
#> SRR1414040 2 0.266 0.70708 0.044 0.896 0.008 0.000 0.052
#> SRR1079850 2 0.610 0.13607 0.360 0.532 0.012 0.000 0.096
#> SRR663209 1 0.549 0.62029 0.632 0.288 0.012 0.000 0.068
#> SRR1364914 2 0.164 0.71590 0.008 0.940 0.000 0.048 0.004
#> SRR1408267 2 0.207 0.70762 0.016 0.920 0.000 0.060 0.004
#> SRR1314894 1 0.311 0.78627 0.840 0.140 0.000 0.000 0.020
#> SRR1414117 4 0.655 0.52121 0.052 0.084 0.048 0.672 0.144
#> SRR1395975 2 0.712 0.28609 0.048 0.576 0.016 0.168 0.192
#> SRR1402219 2 0.564 0.60417 0.092 0.736 0.016 0.068 0.088
#> SRR1433623 1 0.265 0.77951 0.888 0.064 0.000 0.000 0.048
#> SRR656385 2 0.208 0.70807 0.008 0.920 0.004 0.064 0.004
#> SRR811213 2 0.374 0.66691 0.028 0.824 0.004 0.132 0.012
#> SRR663657 4 0.919 0.03098 0.092 0.140 0.320 0.328 0.120
#> SRR612203 1 0.548 0.68125 0.736 0.028 0.024 0.076 0.136
#> SRR613987 2 0.626 0.11926 0.368 0.520 0.012 0.004 0.096
#> SRR613831 3 0.408 0.70892 0.000 0.004 0.780 0.172 0.044
#> SRR1354180 2 0.133 0.71757 0.008 0.956 0.000 0.032 0.004
#> SRR1382912 1 0.357 0.75866 0.832 0.052 0.000 0.004 0.112
#> SRR1475501 1 0.366 0.75150 0.832 0.044 0.000 0.012 0.112
#> SRR1336930 1 0.497 0.77687 0.764 0.120 0.012 0.020 0.084
#> SRR613030 3 0.498 0.66032 0.000 0.012 0.696 0.240 0.052
#> SRR1381459 2 0.304 0.69839 0.012 0.884 0.036 0.060 0.008
#> SRR1402350 2 0.802 0.01029 0.340 0.424 0.056 0.036 0.144
#> SRR1419408 1 0.377 0.73381 0.824 0.032 0.000 0.020 0.124
#> SRR655911 2 0.687 -0.16989 0.004 0.484 0.268 0.236 0.008
#> SRR1418243 1 0.318 0.77890 0.828 0.156 0.000 0.000 0.016
#> SRR1322573 1 0.615 0.26230 0.476 0.420 0.012 0.000 0.092
#> SRR613615 3 0.311 0.73582 0.000 0.004 0.856 0.112 0.028
#> SRR1355284 1 0.356 0.79487 0.824 0.136 0.000 0.004 0.036
#> SRR1319395 1 0.544 0.56557 0.612 0.300 0.000 0.000 0.088
#> SRR818939 1 0.271 0.78708 0.888 0.072 0.000 0.004 0.036
#> SRR1465266 1 0.527 0.72868 0.744 0.080 0.004 0.048 0.124
#> SRR614888 1 0.631 0.16646 0.452 0.440 0.012 0.004 0.092
#> SRR1431694 2 0.875 -0.14463 0.192 0.368 0.016 0.220 0.204
#> SRR614347 4 0.330 0.63978 0.000 0.140 0.012 0.836 0.012
#> SRR1334228 3 0.370 0.74246 0.000 0.020 0.840 0.080 0.060
#> SRR1096007 2 0.281 0.72063 0.024 0.900 0.008 0.032 0.036
#> SRR656349 1 0.708 0.35290 0.504 0.016 0.012 0.200 0.268
#> SRR815422 4 0.333 0.67289 0.000 0.176 0.008 0.812 0.004
#> SRR1360828 1 0.458 0.78812 0.776 0.144 0.008 0.012 0.060
#> SRR1359005 4 0.439 0.63917 0.000 0.336 0.008 0.652 0.004
#> SRR1456652 1 0.544 0.56557 0.612 0.300 0.000 0.000 0.088
#> SRR1391660 1 0.333 0.78186 0.824 0.152 0.000 0.000 0.024
#> SRR1441956 1 0.544 0.56557 0.612 0.300 0.000 0.000 0.088
#> SRR662930 2 0.193 0.71234 0.008 0.932 0.008 0.048 0.004
#> SRR615790 3 0.433 0.73885 0.012 0.040 0.820 0.064 0.064
#> SRR614827 2 0.357 0.64769 0.004 0.840 0.016 0.116 0.024
#> SRR614587 4 0.364 0.68779 0.000 0.232 0.008 0.760 0.000
#> SRR814052 2 0.416 0.67011 0.072 0.816 0.004 0.020 0.088
#> SRR1070086 1 0.282 0.79321 0.864 0.116 0.000 0.000 0.020
#> SRR1481440 1 0.652 0.47840 0.580 0.004 0.024 0.140 0.252
#> SRR1339296 3 0.166 0.74538 0.000 0.000 0.940 0.036 0.024
#> SRR1343239 2 0.277 0.68992 0.004 0.892 0.028 0.068 0.008
#> SRR1432802 2 0.552 0.61428 0.080 0.744 0.016 0.064 0.096
#> SRR1416911 1 0.366 0.77012 0.800 0.168 0.000 0.000 0.032
#> SRR1410427 2 0.720 0.19826 0.324 0.484 0.004 0.048 0.140
#> SRR1401185 2 0.812 0.27480 0.248 0.488 0.136 0.036 0.092
#> SRR654993 2 0.262 0.71447 0.028 0.904 0.000 0.032 0.036
#> SRR656397 1 0.282 0.79124 0.872 0.096 0.000 0.000 0.032
#> SRR809643 4 0.539 0.18341 0.000 0.000 0.060 0.544 0.396
#> SRR1433819 1 0.508 0.71121 0.696 0.228 0.012 0.000 0.064
#> SRR1375225 2 0.399 0.48247 0.004 0.728 0.000 0.260 0.008
#> SRR1367739 3 0.640 0.58527 0.156 0.024 0.664 0.040 0.116
#> SRR1323336 1 0.776 0.17130 0.404 0.396 0.036 0.048 0.116
#> SRR663224 2 0.623 0.27384 0.008 0.624 0.080 0.252 0.036
#> SRR1442840 1 0.372 0.73603 0.828 0.032 0.000 0.020 0.120
#> SRR1374058 1 0.257 0.79243 0.880 0.104 0.000 0.000 0.016
#> SRR656994 1 0.443 0.74236 0.752 0.172 0.000 0.000 0.076
#> SRR1469214 2 0.157 0.71298 0.008 0.944 0.000 0.044 0.004
#> SRR1456446 1 0.444 0.79042 0.792 0.128 0.008 0.016 0.056
#> SRR1471879 2 0.273 0.70645 0.048 0.892 0.008 0.000 0.052
#> SRR612911 3 0.411 0.70968 0.000 0.004 0.776 0.176 0.044
#> SRR1395720 2 0.207 0.70762 0.016 0.920 0.000 0.060 0.004
#> SRR1413055 1 0.621 0.47096 0.584 0.004 0.004 0.164 0.244
#> SRR656770 2 0.717 0.17047 0.024 0.564 0.032 0.196 0.184
#> SRR812080 3 0.428 0.69416 0.000 0.012 0.756 0.204 0.028
#> SRR1479328 1 0.570 0.74333 0.708 0.144 0.012 0.028 0.108
#> SRR661421 2 0.162 0.71646 0.016 0.948 0.000 0.020 0.016
#> SRR1410286 2 0.181 0.71843 0.008 0.940 0.004 0.036 0.012
#> SRR1487150 1 0.291 0.78611 0.848 0.140 0.000 0.000 0.012
#> SRR1467035 1 0.427 0.74034 0.804 0.044 0.000 0.040 0.112
#> SRR1360607 2 0.279 0.70393 0.068 0.892 0.012 0.004 0.024
#> SRR1333106 2 0.176 0.71207 0.008 0.940 0.000 0.036 0.016
#> SRR1088706 2 0.207 0.70762 0.016 0.920 0.000 0.060 0.004
#> SRR1320053 3 0.448 0.67546 0.000 0.024 0.740 0.216 0.020
#> SRR1350392 2 0.200 0.72248 0.028 0.932 0.000 0.020 0.020
#> SRR1385190 3 0.640 0.58527 0.156 0.024 0.664 0.040 0.116
#> SRR1080093 2 0.170 0.71427 0.008 0.940 0.000 0.044 0.008
#> SRR1318753 1 0.272 0.79046 0.864 0.124 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345369 3 0.668 0.63579 0.024 0.048 0.640 0.120 0.168
#> SRR612178 2 0.400 0.53918 0.008 0.760 0.000 0.216 0.016
#> SRR1354423 1 0.451 0.71635 0.784 0.032 0.000 0.056 0.128
#> SRR1072724 1 0.685 0.47869 0.520 0.312 0.004 0.032 0.132
#> SRR1418450 2 0.470 -0.19804 0.000 0.516 0.004 0.472 0.008
#> SRR1326427 4 0.568 0.13563 0.000 0.000 0.080 0.496 0.424
#> SRR1437412 1 0.787 0.33104 0.496 0.064 0.024 0.204 0.212
#> SRR1327548 4 0.515 0.56760 0.000 0.372 0.032 0.588 0.008
#> SRR1395891 1 0.394 0.71797 0.748 0.232 0.000 0.000 0.020
#> SRR659367 2 0.710 0.44420 0.220 0.588 0.032 0.044 0.116
#> SRR818961 1 0.562 0.54090 0.644 0.004 0.000 0.128 0.224
#> SRR813704 1 0.282 0.78967 0.856 0.132 0.000 0.000 0.012
#> SRR613054 1 0.369 0.75137 0.824 0.044 0.000 0.008 0.124
#> SRR1476467 1 0.657 0.59836 0.596 0.264 0.008 0.072 0.060
#> SRR1407988 2 0.185 0.71677 0.024 0.940 0.008 0.004 0.024
#> SRR1394776 2 0.297 0.71690 0.044 0.892 0.008 0.024 0.032
#> SRR655578 2 0.250 0.71156 0.028 0.908 0.004 0.008 0.052
#> SRR1310645 4 0.358 0.69150 0.000 0.224 0.008 0.768 0.000
#> SRR1345628 1 0.489 0.64311 0.736 0.012 0.000 0.084 0.168
#> SRR1479740 1 0.328 0.78114 0.824 0.160 0.000 0.004 0.012
#> SRR1332095 2 0.625 -0.00893 0.396 0.488 0.012 0.000 0.104
#> SRR1444786 2 0.830 -0.37742 0.028 0.356 0.052 0.288 0.276
#> SRR1090070 1 0.468 0.74883 0.736 0.196 0.008 0.000 0.060
#> SRR662414 2 0.617 0.57664 0.108 0.696 0.028 0.048 0.120
#> SRR661216 2 0.171 0.71342 0.016 0.940 0.000 0.040 0.004
#> SRR656313 2 0.175 0.72134 0.016 0.944 0.004 0.028 0.008
#> SRR615671 2 0.649 0.51813 0.108 0.668 0.016 0.120 0.088
#> SRR1350196 3 0.638 0.64231 0.016 0.040 0.656 0.124 0.164
#> SRR1466580 1 0.592 0.44274 0.548 0.360 0.012 0.000 0.080
#> SRR1408032 2 0.128 0.71730 0.008 0.960 0.000 0.024 0.008
#> SRR1432913 4 0.527 0.68141 0.000 0.280 0.020 0.656 0.044
#> SRR1360502 1 0.784 0.55592 0.536 0.220 0.040 0.096 0.108
#> SRR1391901 2 0.186 0.71170 0.016 0.932 0.000 0.048 0.004
#> SRR1311131 1 0.400 0.77750 0.788 0.164 0.000 0.004 0.044
#> SRR1380636 1 0.236 0.79216 0.888 0.104 0.000 0.000 0.008
#> SRR1332339 1 0.577 0.51546 0.572 0.316 0.000 0.000 0.112
#> SRR1341563 2 0.283 0.71844 0.040 0.900 0.012 0.024 0.024
#> SRR1359410 2 0.785 -0.37813 0.000 0.356 0.340 0.232 0.072
#> SRR1473040 3 0.748 0.60252 0.076 0.040 0.584 0.128 0.172
#> SRR1321444 1 0.357 0.77958 0.816 0.152 0.004 0.000 0.028
#> SRR1498765 2 0.370 0.57456 0.004 0.784 0.004 0.200 0.008
#> SRR1312622 4 0.536 0.43355 0.000 0.432 0.044 0.520 0.004
#> SRR615503 2 0.590 0.44079 0.252 0.628 0.012 0.004 0.104
#> SRR1453192 1 0.239 0.78673 0.900 0.072 0.000 0.000 0.028
#> SRR1433107 2 0.371 0.64536 0.004 0.832 0.020 0.120 0.024
#> SRR1075384 1 0.353 0.75531 0.844 0.040 0.000 0.016 0.100
#> SRR1356683 1 0.292 0.77340 0.872 0.056 0.000 0.000 0.072
#> SRR659049 1 0.246 0.79289 0.888 0.096 0.000 0.000 0.016
#> SRR1368240 1 0.340 0.79522 0.840 0.116 0.004 0.000 0.040
#> SRR1341739 1 0.381 0.76137 0.788 0.176 0.000 0.000 0.036
#> SRR613249 3 0.389 0.72175 0.044 0.032 0.844 0.012 0.068
#> SRR663428 2 0.144 0.71744 0.020 0.956 0.004 0.004 0.016
#> SRR1341302 2 0.435 0.32516 0.004 0.660 0.000 0.328 0.008
#> SRR1073553 2 0.277 0.72095 0.024 0.900 0.004 0.040 0.032
#> SRR1354093 3 0.460 0.73320 0.000 0.016 0.764 0.152 0.068
#> SRR1406521 4 0.427 0.67756 0.000 0.288 0.008 0.696 0.008
#> SRR1432049 1 0.415 0.79158 0.804 0.128 0.004 0.012 0.052
#> SRR1453504 1 0.664 0.61040 0.596 0.256 0.008 0.072 0.068
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.7797 -0.3039 0.000 0.200 0.024 0.324 0.120 0.332
#> SRR1359328 3 0.6730 0.6069 0.012 0.020 0.556 0.096 0.064 0.252
#> SRR821124 4 0.4538 0.5929 0.000 0.336 0.004 0.628 0.016 0.016
#> SRR1335188 1 0.6352 -0.4258 0.424 0.292 0.000 0.004 0.008 0.272
#> SRR1075825 2 0.2158 0.7582 0.016 0.912 0.000 0.056 0.004 0.012
#> SRR1321921 1 0.2424 0.6308 0.900 0.036 0.000 0.000 0.036 0.028
#> SRR1466198 3 0.2921 0.7001 0.000 0.008 0.828 0.156 0.000 0.008
#> SRR1384073 6 0.6200 0.5532 0.332 0.276 0.000 0.000 0.004 0.388
#> SRR1312802 1 0.5949 0.2702 0.640 0.000 0.128 0.008 0.148 0.076
#> SRR1076559 6 0.7142 0.5735 0.308 0.296 0.008 0.004 0.040 0.344
#> SRR1370085 1 0.3197 0.5251 0.804 0.008 0.000 0.000 0.176 0.012
#> SRR1460363 1 0.3407 0.5460 0.800 0.016 0.000 0.000 0.168 0.016
#> SRR1480221 2 0.1257 0.7530 0.020 0.952 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1476165 1 0.6539 0.4395 0.588 0.100 0.004 0.008 0.160 0.140
#> SRR1459631 4 0.4880 0.6736 0.000 0.248 0.028 0.680 0.016 0.028
#> SRR1448098 2 0.1059 0.7626 0.016 0.964 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1321401 2 0.2886 0.7581 0.028 0.876 0.004 0.032 0.000 0.060
#> SRR807613 2 0.1801 0.7628 0.012 0.932 0.000 0.040 0.004 0.012
#> SRR808086 4 0.6326 0.4432 0.016 0.036 0.028 0.612 0.220 0.088
#> SRR613687 2 0.1176 0.7540 0.020 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1471011 1 0.7101 0.2634 0.568 0.120 0.036 0.040 0.040 0.196
#> SRR1330284 2 0.2220 0.7576 0.016 0.908 0.000 0.060 0.004 0.012
#> SRR1320624 4 0.4413 0.6257 0.000 0.304 0.004 0.660 0.016 0.016
#> SRR1459519 1 0.2851 0.6348 0.876 0.040 0.000 0.000 0.044 0.040
#> SRR1091184 3 0.6976 0.0787 0.016 0.256 0.468 0.224 0.020 0.016
#> SRR1390561 1 0.3429 0.3870 0.740 0.004 0.000 0.004 0.252 0.000
#> SRR658164 1 0.4685 0.4835 0.696 0.064 0.000 0.000 0.020 0.220
#> SRR1087079 2 0.1340 0.7599 0.004 0.948 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR814996 3 0.4555 0.6985 0.012 0.028 0.756 0.008 0.036 0.160
#> SRR1407410 2 0.6472 0.4266 0.052 0.612 0.008 0.100 0.036 0.192
#> SRR1453392 2 0.3524 0.5875 0.004 0.756 0.000 0.228 0.008 0.004
#> SRR1445873 1 0.2851 0.6356 0.876 0.044 0.000 0.000 0.040 0.040
#> SRR1419985 2 0.1682 0.7476 0.020 0.928 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR820938 3 0.4098 0.6501 0.000 0.016 0.744 0.212 0.012 0.016
#> SRR1476844 1 0.3329 0.4200 0.756 0.004 0.000 0.004 0.236 0.000
#> SRR1403526 1 0.2467 0.6344 0.896 0.036 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR1413916 2 0.2395 0.7560 0.016 0.896 0.000 0.072 0.004 0.012
#> SRR1441051 2 0.5779 0.5580 0.024 0.672 0.012 0.152 0.024 0.116
#> SRR614287 2 0.1176 0.7540 0.020 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1092062 2 0.2076 0.7629 0.016 0.920 0.000 0.040 0.004 0.020
#> SRR612611 2 0.1801 0.7628 0.012 0.932 0.000 0.040 0.004 0.012
#> SRR1376356 2 0.5552 0.4690 0.080 0.664 0.016 0.024 0.008 0.208
#> SRR1405078 3 0.7514 0.5791 0.056 0.008 0.496 0.108 0.088 0.244
#> SRR1437226 2 0.5593 0.5562 0.024 0.688 0.012 0.160 0.024 0.092
#> SRR1326078 1 0.5431 0.1734 0.592 0.120 0.000 0.000 0.012 0.276
#> SRR1096806 4 0.2407 0.6202 0.000 0.096 0.004 0.884 0.004 0.012
#> SRR1440919 4 0.4699 0.6664 0.000 0.260 0.012 0.680 0.016 0.032
#> SRR1452824 1 0.7101 0.2634 0.568 0.120 0.036 0.040 0.040 0.196
#> SRR615754 1 0.3230 0.4746 0.776 0.000 0.000 0.000 0.212 0.012
#> SRR1341787 2 0.6238 0.3896 0.084 0.616 0.016 0.048 0.016 0.220
#> SRR614551 2 0.6393 -0.5088 0.316 0.400 0.000 0.004 0.008 0.272
#> SRR1380829 3 0.7376 0.3129 0.000 0.032 0.444 0.300 0.120 0.104
#> SRR1455761 1 0.2314 0.6331 0.900 0.056 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1465189 5 0.5882 0.5797 0.412 0.000 0.008 0.060 0.480 0.040
#> SRR1376895 1 0.2683 0.6331 0.880 0.052 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1445002 1 0.3287 0.4671 0.768 0.000 0.000 0.000 0.220 0.012
#> SRR1469258 2 0.2158 0.7582 0.016 0.912 0.000 0.056 0.004 0.012
#> SRR1409239 1 0.3594 0.6200 0.820 0.048 0.000 0.000 0.028 0.104
#> SRR1480200 1 0.2239 0.6245 0.908 0.024 0.000 0.000 0.048 0.020
#> SRR1418323 1 0.5389 0.1560 0.584 0.140 0.000 0.000 0.004 0.272
#> SRR657540 4 0.6829 0.1212 0.000 0.000 0.072 0.428 0.324 0.176
#> SRR821096 2 0.2014 0.7660 0.024 0.924 0.004 0.032 0.000 0.016
#> SRR613591 2 0.1088 0.7577 0.016 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1344205 3 0.3528 0.7237 0.000 0.008 0.836 0.068 0.020 0.068
#> SRR612479 1 0.4661 0.3068 0.704 0.020 0.000 0.036 0.228 0.012
#> SRR1399950 1 0.6089 0.3147 0.644 0.004 0.148 0.012 0.092 0.100
#> SRR1336048 3 0.8350 0.5101 0.132 0.020 0.432 0.104 0.092 0.220
#> SRR1368896 1 0.2239 0.6245 0.908 0.024 0.000 0.000 0.048 0.020
#> SRR1379403 2 0.2451 0.7556 0.016 0.892 0.000 0.076 0.004 0.012
#> SRR1312464 1 0.2799 0.5706 0.852 0.012 0.000 0.000 0.124 0.012
#> SRR1096478 1 0.2663 0.6180 0.880 0.012 0.000 0.000 0.068 0.040
#> SRR1459845 1 0.1710 0.6267 0.936 0.016 0.000 0.000 0.020 0.028
#> SRR1348138 5 0.6837 -0.1696 0.000 0.000 0.068 0.348 0.404 0.180
#> SRR811423 1 0.5949 0.2702 0.640 0.000 0.128 0.008 0.148 0.076
#> SRR615683 1 0.2002 0.5948 0.908 0.012 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR1380336 2 0.1010 0.7624 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR817609 1 0.7026 -0.5271 0.432 0.000 0.088 0.060 0.372 0.048
#> SRR1074550 3 0.3981 0.6640 0.000 0.016 0.760 0.196 0.012 0.016
#> SRR1499236 2 0.1262 0.7640 0.008 0.956 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR656083 1 0.3290 0.4834 0.776 0.000 0.000 0.000 0.208 0.016
#> SRR817539 6 0.6203 0.5407 0.336 0.276 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR1410801 1 0.3948 0.3661 0.752 0.004 0.000 0.020 0.208 0.016
#> SRR1347190 1 0.6539 0.4395 0.588 0.100 0.004 0.008 0.160 0.140
#> SRR1355126 2 0.6931 -0.5168 0.308 0.392 0.000 0.012 0.032 0.256
#> SRR615165 3 0.3740 0.6906 0.000 0.000 0.800 0.136 0.032 0.032
#> SRR1466046 1 0.3734 0.3835 0.736 0.004 0.000 0.008 0.244 0.008
#> SRR1097055 2 0.2220 0.7576 0.016 0.908 0.000 0.060 0.004 0.012
#> SRR1312370 2 0.3107 0.6790 0.052 0.832 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR655325 1 0.2172 0.6256 0.912 0.024 0.000 0.000 0.044 0.020
#> SRR810177 2 0.1837 0.7619 0.020 0.932 0.000 0.012 0.004 0.032
#> SRR815685 2 0.2220 0.7576 0.016 0.908 0.000 0.060 0.004 0.012
#> SRR817026 4 0.5822 0.6451 0.028 0.212 0.032 0.660 0.036 0.032
#> SRR1417224 2 0.3389 0.6958 0.004 0.832 0.016 0.120 0.004 0.024
#> SRR661687 4 0.2407 0.6202 0.000 0.096 0.004 0.884 0.004 0.012
#> SRR1431804 4 0.6326 0.4432 0.016 0.036 0.028 0.612 0.220 0.088
#> SRR664072 3 0.1536 0.7273 0.000 0.000 0.940 0.016 0.004 0.040
#> SRR612923 2 0.5853 0.5145 0.084 0.676 0.000 0.104 0.028 0.108
#> SRR1315890 1 0.2375 0.5938 0.888 0.012 0.000 0.000 0.088 0.012
#> SRR1347726 6 0.6200 0.5532 0.332 0.276 0.000 0.000 0.004 0.388
#> SRR1500360 1 0.6403 -0.5147 0.360 0.296 0.000 0.000 0.012 0.332
#> SRR1468360 2 0.7009 0.1262 0.032 0.504 0.000 0.160 0.056 0.248
#> SRR1404084 1 0.8978 -0.4112 0.300 0.180 0.020 0.196 0.084 0.220
#> SRR615994 3 0.3528 0.7237 0.000 0.008 0.836 0.068 0.020 0.068
#> SRR1475718 2 0.4198 0.6760 0.036 0.772 0.000 0.056 0.000 0.136
#> SRR1397200 3 0.6384 0.6187 0.004 0.016 0.580 0.092 0.064 0.244
#> SRR655519 2 0.1426 0.7640 0.008 0.948 0.000 0.028 0.000 0.016
#> SRR1311308 3 0.4098 0.6501 0.000 0.016 0.744 0.212 0.012 0.016
#> SRR1368006 2 0.3383 0.6192 0.004 0.776 0.000 0.208 0.008 0.004
#> SRR613651 1 0.6750 0.3732 0.604 0.136 0.048 0.020 0.036 0.156
#> SRR1362621 4 0.8496 0.3168 0.148 0.160 0.032 0.440 0.144 0.076
#> SRR1451718 6 0.7212 0.5567 0.308 0.252 0.008 0.004 0.052 0.376
#> SRR1095334 3 0.4174 0.7168 0.000 0.008 0.788 0.116 0.032 0.056
#> SRR1079636 2 0.4525 0.4293 0.016 0.656 0.000 0.304 0.012 0.012
#> SRR1442549 2 0.7155 0.0772 0.028 0.480 0.000 0.164 0.068 0.260
#> SRR1466421 2 0.1765 0.7454 0.024 0.924 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR817397 4 0.2527 0.6815 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.2912 0.6933 0.040 0.844 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR614623 2 0.2220 0.7576 0.016 0.908 0.000 0.060 0.004 0.012
#> SRR1335005 2 0.1257 0.7530 0.020 0.952 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1407065 4 0.2562 0.6829 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1404483 2 0.3576 0.5796 0.004 0.748 0.000 0.236 0.008 0.004
#> SRR1096222 1 0.3787 0.6210 0.812 0.036 0.000 0.000 0.088 0.064
#> SRR1401793 1 0.6105 0.4747 0.652 0.080 0.032 0.008 0.056 0.172
#> SRR1408615 3 0.4486 0.6985 0.012 0.028 0.760 0.008 0.032 0.160
#> SRR1070597 2 0.6758 0.0800 0.104 0.528 0.000 0.076 0.024 0.268
#> SRR1332381 6 0.7802 0.5358 0.304 0.232 0.012 0.028 0.064 0.360
#> SRR1457015 1 0.2100 0.6328 0.916 0.036 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1386797 6 0.7142 0.5735 0.308 0.296 0.008 0.004 0.040 0.344
#> SRR1098385 2 0.2285 0.7430 0.028 0.900 0.000 0.008 0.000 0.064
#> SRR1363947 3 0.1536 0.7273 0.000 0.000 0.940 0.016 0.004 0.040
#> SRR820350 2 0.1765 0.7454 0.024 0.924 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR662055 2 0.1686 0.7591 0.000 0.924 0.000 0.064 0.000 0.012
#> SRR1310455 1 0.3594 0.6200 0.820 0.048 0.000 0.000 0.028 0.104
#> SRR1453639 6 0.7826 -0.2095 0.000 0.256 0.024 0.264 0.112 0.344
#> SRR662617 2 0.2510 0.7453 0.024 0.896 0.000 0.020 0.004 0.056
#> SRR654778 1 0.4865 0.5240 0.720 0.100 0.000 0.004 0.028 0.148
#> SRR661782 2 0.2380 0.7338 0.020 0.892 0.000 0.004 0.004 0.080
#> SRR1334396 5 0.5730 0.5744 0.416 0.000 0.004 0.060 0.484 0.036
#> SRR613867 2 0.3114 0.7376 0.016 0.848 0.000 0.108 0.004 0.024
#> SRR1479412 1 0.5276 0.3439 0.652 0.136 0.000 0.000 0.020 0.192
#> SRR1331620 1 0.5867 0.5195 0.640 0.072 0.004 0.000 0.148 0.136
#> SRR1082809 1 0.7759 0.1755 0.512 0.124 0.136 0.020 0.048 0.160
#> SRR1417178 1 0.6121 -0.2822 0.524 0.020 0.004 0.056 0.356 0.040
#> SRR1335278 1 0.3380 0.3845 0.748 0.004 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR665369 2 0.2259 0.7522 0.024 0.912 0.000 0.024 0.004 0.036
#> SRR657552 5 0.6524 0.6054 0.360 0.012 0.000 0.120 0.464 0.044
#> SRR812412 1 0.2519 0.6354 0.892 0.044 0.000 0.000 0.016 0.048
#> SRR1096500 2 0.6987 0.0746 0.008 0.492 0.004 0.204 0.068 0.224
#> SRR1347750 2 0.2752 0.7009 0.036 0.856 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR615153 2 0.6120 0.4775 0.092 0.656 0.000 0.108 0.036 0.108
#> SRR1434417 1 0.4903 -0.4805 0.476 0.000 0.000 0.060 0.464 0.000
#> SRR1070159 3 0.4752 0.7116 0.000 0.028 0.760 0.068 0.036 0.108
#> SRR1332508 2 0.1749 0.7610 0.016 0.936 0.000 0.032 0.004 0.012
#> SRR1082059 6 0.8903 0.3203 0.204 0.168 0.008 0.236 0.104 0.280
#> SRR1402491 1 0.2920 0.5195 0.820 0.008 0.000 0.000 0.168 0.004
#> SRR1476595 2 0.3155 0.6836 0.068 0.840 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1320987 2 0.2220 0.7576 0.016 0.908 0.000 0.060 0.004 0.012
#> SRR1086417 4 0.8890 -0.3108 0.208 0.224 0.020 0.276 0.060 0.212
#> SRR1454095 1 0.6086 -0.2829 0.472 0.232 0.000 0.000 0.008 0.288
#> SRR614791 2 0.1686 0.7591 0.000 0.924 0.000 0.064 0.000 0.012
#> SRR821255 2 0.6086 -0.3128 0.232 0.472 0.000 0.000 0.008 0.288
#> SRR820402 4 0.5451 0.4638 0.016 0.384 0.004 0.544 0.028 0.024
#> SRR1337284 6 0.6207 0.5434 0.332 0.280 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR1333083 3 0.7514 0.5791 0.056 0.008 0.496 0.108 0.088 0.244
#> SRR1384883 4 0.2823 0.6915 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR614431 1 0.1874 0.6323 0.928 0.028 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1481106 2 0.2316 0.7468 0.004 0.900 0.028 0.064 0.000 0.004
#> SRR1370285 1 0.4277 -0.0132 0.616 0.000 0.000 0.028 0.356 0.000
#> SRR1446673 3 0.3736 0.7212 0.000 0.008 0.820 0.064 0.020 0.088
#> SRR1318046 2 0.1180 0.7626 0.012 0.960 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1341188 3 0.1536 0.7273 0.000 0.000 0.940 0.016 0.004 0.040
#> SRR1384941 1 0.2633 0.6357 0.888 0.040 0.000 0.000 0.028 0.044
#> SRR1322864 2 0.1680 0.7625 0.020 0.940 0.000 0.012 0.004 0.024
#> SRR1476825 3 0.8350 0.5101 0.132 0.020 0.432 0.104 0.092 0.220
#> SRR1443332 2 0.3295 0.7360 0.012 0.844 0.004 0.100 0.004 0.036
#> SRR662486 2 0.2126 0.7679 0.020 0.920 0.004 0.040 0.004 0.012
#> SRR1447019 1 0.4344 -0.0306 0.612 0.000 0.000 0.032 0.356 0.000
#> SRR662942 1 0.1793 0.6233 0.928 0.032 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR613102 3 0.2216 0.7210 0.000 0.000 0.908 0.052 0.016 0.024
#> SRR1469880 1 0.1857 0.6342 0.928 0.032 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR1464977 6 0.6213 0.5538 0.324 0.288 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR615850 3 0.7514 0.5791 0.056 0.008 0.496 0.108 0.088 0.244
#> SRR661949 2 0.2270 0.7360 0.020 0.900 0.000 0.004 0.004 0.072
#> SRR1322227 3 0.7833 -0.2056 0.000 0.316 0.324 0.236 0.036 0.088
#> SRR1441655 1 0.7385 -0.4809 0.380 0.264 0.000 0.044 0.032 0.280
#> SRR613771 2 0.7825 -0.3085 0.016 0.352 0.016 0.256 0.076 0.284
#> SRR1479471 1 0.4277 -0.0132 0.616 0.000 0.000 0.028 0.356 0.000
#> SRR1488918 2 0.1151 0.7664 0.012 0.956 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.2868 0.6950 0.028 0.840 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1079850 2 0.6315 -0.5452 0.328 0.372 0.000 0.000 0.008 0.292
#> SRR663209 1 0.5480 0.3068 0.628 0.172 0.000 0.000 0.020 0.180
#> SRR1364914 2 0.1297 0.7667 0.012 0.948 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.2220 0.7576 0.016 0.908 0.000 0.060 0.004 0.012
#> SRR1314894 1 0.2426 0.6337 0.896 0.044 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1414117 4 0.6129 0.4461 0.012 0.032 0.028 0.628 0.212 0.088
#> SRR1395975 2 0.7096 0.0997 0.028 0.488 0.000 0.164 0.064 0.256
#> SRR1402219 2 0.5801 0.4276 0.064 0.640 0.000 0.068 0.016 0.212
#> SRR1433623 1 0.2213 0.5768 0.888 0.004 0.000 0.000 0.100 0.008
#> SRR656385 2 0.1625 0.7600 0.000 0.928 0.000 0.060 0.000 0.012
#> SRR811213 2 0.3907 0.7003 0.020 0.792 0.004 0.148 0.004 0.032
#> SRR663657 4 0.9002 -0.0648 0.056 0.068 0.296 0.304 0.132 0.144
#> SRR612203 1 0.5472 -0.0134 0.600 0.008 0.012 0.040 0.316 0.024
#> SRR613987 2 0.6393 -0.5088 0.316 0.400 0.000 0.004 0.008 0.272
#> SRR613831 3 0.3745 0.6892 0.000 0.000 0.796 0.144 0.028 0.032
#> SRR1354180 2 0.0993 0.7650 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.3187 0.5088 0.796 0.004 0.000 0.000 0.188 0.012
#> SRR1475501 1 0.3329 0.4264 0.756 0.004 0.000 0.004 0.236 0.000
#> SRR1336930 1 0.4957 0.5432 0.720 0.052 0.004 0.000 0.152 0.072
#> SRR613030 3 0.4797 0.6464 0.000 0.008 0.712 0.200 0.044 0.036
#> SRR1381459 2 0.2965 0.7514 0.016 0.876 0.036 0.060 0.004 0.008
#> SRR1402350 6 0.8169 0.5602 0.280 0.248 0.016 0.048 0.068 0.340
#> SRR1419408 1 0.3337 0.3627 0.736 0.000 0.000 0.004 0.260 0.000
#> SRR655911 2 0.5968 -0.1234 0.000 0.484 0.276 0.236 0.000 0.004
#> SRR1418243 1 0.2583 0.6320 0.884 0.056 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR1322573 1 0.6180 -0.3546 0.444 0.256 0.000 0.000 0.008 0.292
#> SRR613615 3 0.2575 0.7148 0.000 0.000 0.884 0.076 0.020 0.020
#> SRR1355284 1 0.3674 0.6293 0.824 0.056 0.000 0.000 0.064 0.056
#> SRR1319395 1 0.5431 0.1734 0.592 0.120 0.000 0.000 0.012 0.276
#> SRR818939 1 0.2508 0.6026 0.884 0.016 0.000 0.000 0.084 0.016
#> SRR1465266 1 0.5475 0.3255 0.640 0.044 0.000 0.024 0.256 0.036
#> SRR614888 1 0.6352 -0.4258 0.424 0.292 0.000 0.004 0.008 0.272
#> SRR1431694 6 0.8541 0.1088 0.164 0.268 0.000 0.196 0.080 0.292
#> SRR614347 4 0.2165 0.6357 0.000 0.108 0.000 0.884 0.000 0.008
#> SRR1334228 3 0.3736 0.7212 0.000 0.008 0.820 0.064 0.020 0.088
#> SRR1096007 2 0.2961 0.7519 0.028 0.872 0.008 0.024 0.000 0.068
#> SRR656349 5 0.6283 0.6096 0.360 0.000 0.000 0.116 0.472 0.052
#> SRR815422 4 0.2624 0.6719 0.000 0.148 0.000 0.844 0.004 0.004
#> SRR1360828 1 0.4524 0.5972 0.764 0.060 0.004 0.000 0.112 0.060
#> SRR1359005 4 0.3601 0.6374 0.000 0.312 0.000 0.684 0.000 0.004
#> SRR1456652 1 0.5431 0.1734 0.592 0.120 0.000 0.000 0.012 0.276
#> SRR1391660 1 0.2924 0.6309 0.868 0.056 0.000 0.000 0.020 0.056
#> SRR1441956 1 0.5431 0.1734 0.592 0.120 0.000 0.000 0.012 0.276
#> SRR662930 2 0.1723 0.7618 0.004 0.932 0.004 0.048 0.000 0.012
#> SRR615790 3 0.4752 0.7116 0.000 0.028 0.760 0.068 0.036 0.108
#> SRR614827 2 0.3379 0.7057 0.004 0.836 0.016 0.112 0.004 0.028
#> SRR614587 4 0.2823 0.6915 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR814052 2 0.3942 0.6157 0.044 0.784 0.000 0.012 0.008 0.152
#> SRR1070086 1 0.2239 0.6334 0.908 0.020 0.000 0.000 0.024 0.048
#> SRR1481440 5 0.5873 0.5553 0.424 0.000 0.012 0.056 0.472 0.036
#> SRR1339296 3 0.1536 0.7273 0.000 0.000 0.940 0.016 0.004 0.040
#> SRR1343239 2 0.2316 0.7468 0.004 0.900 0.028 0.064 0.000 0.004
#> SRR1432802 2 0.5585 0.4617 0.052 0.652 0.000 0.060 0.016 0.220
#> SRR1416911 1 0.2914 0.6293 0.860 0.048 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR1410427 2 0.7570 -0.4712 0.292 0.368 0.000 0.048 0.044 0.248
#> SRR1401185 2 0.8461 -0.3986 0.252 0.384 0.116 0.040 0.036 0.172
#> SRR654993 2 0.2259 0.7522 0.024 0.912 0.000 0.024 0.004 0.036
#> SRR656397 1 0.2151 0.6232 0.912 0.024 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR809643 4 0.6492 0.1230 0.000 0.000 0.040 0.424 0.364 0.172
#> SRR1433819 1 0.5431 0.4492 0.668 0.104 0.004 0.000 0.044 0.180
#> SRR1375225 2 0.3937 0.5012 0.004 0.700 0.000 0.280 0.008 0.008
#> SRR1367739 3 0.6730 0.5223 0.124 0.004 0.592 0.024 0.140 0.116
#> SRR1323336 1 0.7627 -0.4708 0.380 0.248 0.004 0.048 0.040 0.280
#> SRR663224 2 0.5914 0.3069 0.008 0.608 0.080 0.260 0.016 0.028
#> SRR1442840 1 0.3314 0.3714 0.740 0.000 0.000 0.004 0.256 0.000
#> SRR1374058 1 0.2112 0.6299 0.916 0.020 0.000 0.000 0.028 0.036
#> SRR656994 1 0.4410 0.5094 0.716 0.052 0.000 0.000 0.016 0.216
#> SRR1469214 2 0.1010 0.7624 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.4374 0.5938 0.772 0.052 0.004 0.000 0.120 0.052
#> SRR1471879 2 0.2752 0.7009 0.036 0.856 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR612911 3 0.3850 0.6893 0.000 0.000 0.792 0.140 0.032 0.036
#> SRR1395720 2 0.2220 0.7576 0.016 0.908 0.000 0.060 0.004 0.012
#> SRR1413055 5 0.5498 0.5576 0.432 0.000 0.000 0.080 0.472 0.016
#> SRR656770 2 0.6973 0.1434 0.012 0.532 0.016 0.180 0.056 0.204
#> SRR812080 3 0.4047 0.6701 0.000 0.008 0.756 0.196 0.016 0.024
#> SRR1479328 1 0.6081 0.4578 0.640 0.080 0.004 0.012 0.164 0.100
#> SRR661421 2 0.1406 0.7650 0.008 0.952 0.000 0.016 0.004 0.020
#> SRR1410286 2 0.1838 0.7683 0.012 0.928 0.000 0.040 0.000 0.020
#> SRR1487150 1 0.2291 0.6349 0.904 0.044 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1467035 1 0.4117 0.4178 0.732 0.012 0.000 0.016 0.228 0.012
#> SRR1360607 2 0.2532 0.7200 0.060 0.884 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1333106 2 0.1363 0.7661 0.004 0.952 0.000 0.028 0.004 0.012
#> SRR1088706 2 0.2220 0.7576 0.016 0.908 0.000 0.060 0.004 0.012
#> SRR1320053 3 0.4098 0.6501 0.000 0.016 0.744 0.212 0.012 0.016
#> SRR1350392 2 0.2449 0.7555 0.024 0.896 0.000 0.024 0.000 0.056
#> SRR1385190 3 0.6730 0.5223 0.124 0.004 0.592 0.024 0.140 0.116
#> SRR1080093 2 0.1453 0.7656 0.008 0.944 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR1318753 1 0.2016 0.6321 0.920 0.040 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1345369 3 0.6730 0.6069 0.012 0.020 0.556 0.096 0.064 0.252
#> SRR612178 2 0.3599 0.5980 0.000 0.756 0.000 0.220 0.004 0.020
#> SRR1354423 1 0.4465 0.2012 0.660 0.012 0.000 0.024 0.300 0.004
#> SRR1072724 1 0.6901 -0.0404 0.480 0.168 0.000 0.024 0.044 0.284
#> SRR1418450 4 0.4357 0.2076 0.004 0.488 0.000 0.496 0.008 0.004
#> SRR1326427 5 0.6837 -0.1696 0.000 0.000 0.068 0.348 0.404 0.180
#> SRR1437412 5 0.7375 0.5632 0.356 0.040 0.004 0.140 0.404 0.056
#> SRR1327548 4 0.4499 0.5610 0.000 0.364 0.024 0.604 0.004 0.004
#> SRR1395891 1 0.3675 0.5823 0.804 0.096 0.000 0.000 0.008 0.092
#> SRR659367 2 0.6926 -0.2201 0.148 0.468 0.008 0.032 0.024 0.320
#> SRR818961 1 0.4903 -0.4805 0.476 0.000 0.000 0.060 0.464 0.000
#> SRR813704 1 0.2164 0.6338 0.912 0.044 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR613054 1 0.3230 0.4746 0.776 0.000 0.000 0.000 0.212 0.012
#> SRR1476467 1 0.6952 0.3253 0.568 0.180 0.000 0.056 0.108 0.088
#> SRR1407988 2 0.1765 0.7454 0.024 0.924 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1394776 2 0.2989 0.7393 0.036 0.864 0.000 0.028 0.000 0.072
#> SRR655578 2 0.2270 0.7360 0.020 0.900 0.000 0.004 0.004 0.072
#> SRR1310645 4 0.2762 0.6931 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.4482 -0.1562 0.580 0.000 0.000 0.036 0.384 0.000
#> SRR1479740 1 0.2818 0.6362 0.876 0.048 0.000 0.000 0.024 0.052
#> SRR1332095 1 0.6403 -0.5147 0.360 0.296 0.000 0.000 0.012 0.332
#> SRR1444786 6 0.7807 -0.2158 0.000 0.240 0.024 0.272 0.112 0.352
#> SRR1090070 1 0.5124 0.5212 0.704 0.080 0.004 0.000 0.052 0.160
#> SRR662414 2 0.5858 0.3434 0.076 0.616 0.004 0.036 0.016 0.252
#> SRR661216 2 0.1894 0.7605 0.016 0.928 0.000 0.040 0.004 0.012
#> SRR656313 2 0.2001 0.7657 0.012 0.924 0.000 0.028 0.004 0.032
#> SRR615671 2 0.6439 0.4011 0.092 0.612 0.000 0.108 0.028 0.160
#> SRR1350196 3 0.6464 0.6124 0.004 0.016 0.572 0.100 0.064 0.244
#> SRR1466580 1 0.5812 -0.0757 0.536 0.192 0.000 0.000 0.008 0.264
#> SRR1408032 2 0.1078 0.7632 0.012 0.964 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1432913 4 0.4867 0.6692 0.000 0.240 0.016 0.684 0.016 0.044
#> SRR1360502 1 0.8022 0.2366 0.480 0.136 0.012 0.080 0.168 0.124
#> SRR1391901 2 0.2030 0.7599 0.016 0.920 0.000 0.048 0.004 0.012
#> SRR1311131 1 0.3977 0.6227 0.800 0.068 0.000 0.000 0.044 0.088
#> SRR1380636 1 0.2401 0.6199 0.900 0.024 0.000 0.000 0.048 0.028
#> SRR1332339 1 0.5554 0.0484 0.544 0.144 0.000 0.000 0.004 0.308
#> SRR1341563 2 0.2968 0.7433 0.040 0.872 0.004 0.028 0.000 0.056
#> SRR1359410 2 0.7839 -0.3845 0.000 0.324 0.312 0.240 0.036 0.088
#> SRR1473040 3 0.7514 0.5791 0.056 0.008 0.496 0.108 0.088 0.244
#> SRR1321444 1 0.2836 0.6327 0.872 0.052 0.000 0.000 0.016 0.060
#> SRR1498765 2 0.3383 0.6192 0.004 0.776 0.000 0.208 0.008 0.004
#> SRR1312622 4 0.4687 0.4238 0.000 0.424 0.036 0.536 0.004 0.000
#> SRR615503 2 0.6070 -0.3002 0.228 0.476 0.000 0.000 0.008 0.288
#> SRR1453192 1 0.2094 0.6010 0.908 0.008 0.000 0.000 0.068 0.016
#> SRR1433107 2 0.3308 0.7015 0.004 0.836 0.016 0.120 0.004 0.020
#> SRR1075384 1 0.3248 0.4414 0.768 0.004 0.000 0.000 0.224 0.004
#> SRR1356683 1 0.2944 0.5499 0.832 0.012 0.000 0.000 0.148 0.008
#> SRR659049 1 0.2358 0.6136 0.900 0.016 0.000 0.000 0.056 0.028
#> SRR1368240 1 0.3787 0.6210 0.812 0.036 0.000 0.000 0.088 0.064
#> SRR1341739 1 0.3140 0.6223 0.844 0.056 0.000 0.000 0.008 0.092
#> SRR613249 3 0.4698 0.6987 0.036 0.008 0.760 0.016 0.044 0.136
#> SRR663428 2 0.1176 0.7540 0.020 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1341302 2 0.4223 0.3263 0.004 0.632 0.000 0.348 0.008 0.008
#> SRR1073553 2 0.2886 0.7581 0.028 0.876 0.004 0.032 0.000 0.060
#> SRR1354093 3 0.4336 0.7120 0.000 0.012 0.776 0.128 0.032 0.052
#> SRR1406521 4 0.3699 0.6676 0.004 0.256 0.000 0.728 0.008 0.004
#> SRR1432049 1 0.4209 0.6019 0.780 0.052 0.000 0.000 0.112 0.056
#> SRR1453504 1 0.6972 0.3443 0.568 0.172 0.000 0.056 0.116 0.088
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.975 0.957 0.983 0.4913 0.509 0.509
#> 3 3 0.968 0.947 0.977 0.2787 0.837 0.689
#> 4 4 0.659 0.653 0.789 0.1312 0.976 0.937
#> 5 5 0.639 0.530 0.724 0.0830 0.836 0.564
#> 6 6 0.664 0.526 0.730 0.0522 0.894 0.596
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR814996 2 0.327 0.925 0.060 0.940
#> SRR1407410 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1405078 1 0.985 0.259 0.572 0.428
#> SRR1437226 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1348138 2 0.917 0.499 0.332 0.668
#> SRR811423 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR615165 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR655325 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.730 0.741 0.796 0.204
#> SRR664072 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404084 1 0.671 0.781 0.824 0.176
#> SRR615994 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1442549 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466421 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.118 0.965 0.984 0.016
#> SRR1332381 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.615 0.816 0.152 0.848
#> SRR1098385 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR662617 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR615153 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1434417 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1402491 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.671 0.783 0.176 0.824
#> SRR1320987 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1086417 2 0.886 0.562 0.304 0.696
#> SRR1454095 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR821255 2 0.653 0.794 0.168 0.832
#> SRR820402 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1333083 2 0.969 0.341 0.396 0.604
#> SRR1384883 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR615850 1 0.969 0.352 0.604 0.396
#> SRR661949 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1441655 2 0.662 0.789 0.172 0.828
#> SRR613771 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.552 0.846 0.128 0.872
#> SRR663209 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1433623 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR613831 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.653 0.792 0.832 0.168
#> SRR1419408 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1416911 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.563 0.842 0.132 0.868
#> SRR654993 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.991 0.209 0.556 0.444
#> SRR1323336 1 0.833 0.641 0.736 0.264
#> SRR663224 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR612911 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.946 0.434 0.636 0.364
#> SRR1080093 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1327548 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR818961 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR661216 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR615671 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1350196 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.456 0.882 0.904 0.096
#> SRR1391901 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.958 0.384 0.380 0.620
#> SRR1321444 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.753 0.722 0.216 0.784
#> SRR1453192 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.958 0.384 0.380 0.620
#> SRR663428 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.861 0.605 0.716 0.284
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.5835 0.499 0.000 0.660 0.340
#> SRR1359328 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR821124 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1075825 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1384073 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312802 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370085 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR1448098 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR613687 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.3879 0.818 0.848 0.000 0.152
#> SRR1330284 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.2959 0.880 0.000 0.900 0.100
#> SRR1390561 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087079 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1407410 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.1643 0.931 0.000 0.044 0.956
#> SRR1476844 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.4733 0.752 0.196 0.004 0.800
#> SRR1437226 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326078 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1096806 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1440919 2 0.3551 0.841 0.000 0.868 0.132
#> SRR1452824 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR615754 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.5621 0.567 0.000 0.692 0.308
#> SRR614551 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1455761 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465189 3 0.0237 0.961 0.004 0.000 0.996
#> SRR1376895 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1445002 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR657540 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR821096 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR612479 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336048 3 0.3482 0.836 0.128 0.000 0.872
#> SRR1368896 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0237 0.961 0.004 0.000 0.996
#> SRR811423 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 1 0.6111 0.350 0.604 0.000 0.396
#> SRR1074550 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1499236 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1410801 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1355126 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1466046 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR655325 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1417224 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR661687 2 0.5216 0.655 0.000 0.740 0.260
#> SRR1431804 1 0.6111 0.350 0.604 0.000 0.396
#> SRR664072 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR612923 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1500360 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468360 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 1 0.2261 0.919 0.932 0.000 0.068
#> SRR615994 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1475718 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR655519 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.1411 0.938 0.000 0.036 0.964
#> SRR1368006 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362621 3 0.0424 0.961 0.000 0.008 0.992
#> SRR1451718 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1095334 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1079636 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR614623 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408615 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 2 0.1399 0.946 0.028 0.968 0.004
#> SRR1332381 1 0.1031 0.963 0.976 0.000 0.024
#> SRR1457015 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.1647 0.936 0.036 0.960 0.004
#> SRR1098385 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR820350 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1453639 2 0.1129 0.955 0.020 0.976 0.004
#> SRR662617 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR661782 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1331620 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.2625 0.900 0.916 0.000 0.084
#> SRR1417178 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.3686 0.828 0.860 0.000 0.140
#> SRR812412 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1096500 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1332508 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.5560 0.583 0.000 0.700 0.300
#> SRR1402491 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR1320987 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.6111 0.334 0.396 0.604 0.000
#> SRR1454095 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR614791 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR821255 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR820402 2 0.0592 0.967 0.000 0.988 0.012
#> SRR1337284 2 0.3272 0.856 0.104 0.892 0.004
#> SRR1333083 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1384883 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR614431 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1318046 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1384941 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322864 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.4555 0.749 0.200 0.000 0.800
#> SRR1443332 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1469880 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1464977 1 0.1878 0.931 0.952 0.044 0.004
#> SRR615850 3 0.5098 0.667 0.248 0.000 0.752
#> SRR661949 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.1031 0.948 0.000 0.024 0.976
#> SRR1441655 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR613771 2 0.2625 0.897 0.000 0.916 0.084
#> SRR1479471 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR663209 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1364914 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414117 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1395975 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR612203 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR613831 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1354180 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1381459 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402350 3 0.6126 0.306 0.400 0.000 0.600
#> SRR1419408 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.3941 0.803 0.000 0.156 0.844
#> SRR1418243 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322573 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR613615 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1355284 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR818939 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1431694 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR1334228 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1096007 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 1 0.6126 0.340 0.600 0.000 0.400
#> SRR815422 2 0.4605 0.744 0.000 0.796 0.204
#> SRR1360828 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359005 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1391660 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441956 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR662930 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR614827 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR614587 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR814052 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1481440 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1343239 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1410427 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1401185 2 0.1129 0.955 0.020 0.976 0.004
#> SRR654993 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1433819 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375225 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0237 0.961 0.004 0.000 0.996
#> SRR1323336 1 0.4353 0.776 0.836 0.156 0.008
#> SRR663224 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR656994 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469214 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1395720 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR812080 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1479328 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR661421 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467035 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333106 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1350392 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0237 0.961 0.004 0.000 0.996
#> SRR1080093 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR612178 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418450 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1437412 2 0.5785 0.517 0.000 0.668 0.332
#> SRR1327548 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR1395891 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR659367 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1332095 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444786 2 0.0424 0.971 0.000 0.992 0.008
#> SRR1090070 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR662414 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350196 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1466580 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408032 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360502 1 0.5835 0.486 0.660 0.000 0.340
#> SRR1391901 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311131 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1380636 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1332339 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341563 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.1529 0.943 0.000 0.960 0.040
#> SRR1473040 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1321444 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498765 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR615503 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR1453192 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.6168 0.306 0.000 0.412 0.588
#> SRR1075384 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR613249 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR663428 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0237 0.964 0.000 0.004 0.996
#> SRR1406521 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432049 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1453504 2 0.6057 0.494 0.340 0.656 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 2 0.7098 0.34236 0.000 0.536 0.152 0.312
#> SRR1359328 3 0.1557 0.78415 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR821124 2 0.3975 0.76261 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1335188 1 0.1022 0.72795 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1075825 2 0.3837 0.76704 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1321921 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1466198 3 0.2149 0.79742 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1384073 1 0.7448 -0.11103 0.452 0.372 0.000 0.176
#> SRR1312802 1 0.6430 0.29539 0.596 0.000 0.092 0.312
#> SRR1076559 1 0.5530 0.41124 0.712 0.076 0.000 0.212
#> SRR1370085 1 0.3528 0.71162 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1460363 1 0.3688 0.70344 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1480221 2 0.0188 0.77994 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476165 1 0.4948 0.41499 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1459631 2 0.5756 0.60771 0.000 0.568 0.032 0.400
#> SRR1448098 2 0.1637 0.78752 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1321401 2 0.1118 0.78653 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR807613 2 0.2281 0.78757 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR808086 3 0.1867 0.77709 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR613687 2 0.0336 0.78239 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1471011 1 0.7058 0.04252 0.520 0.000 0.136 0.344
#> SRR1330284 2 0.3837 0.76704 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1320624 2 0.4679 0.69169 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1459519 1 0.2216 0.74527 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1091184 2 0.6464 0.56665 0.000 0.540 0.076 0.384
#> SRR1390561 1 0.4543 0.60778 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR658164 1 0.0336 0.73983 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1087079 2 0.3569 0.77517 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR814996 3 0.1474 0.78570 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1407410 2 0.2647 0.72279 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1453392 2 0.4605 0.70298 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1445873 1 0.1474 0.74779 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1419985 2 0.0817 0.77351 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR820938 3 0.5308 0.57119 0.000 0.036 0.684 0.280
#> SRR1476844 1 0.4543 0.60778 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1403526 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1413916 2 0.4477 0.71917 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1441051 2 0.1302 0.76561 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR614287 2 0.0000 0.78084 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0336 0.77949 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR612611 2 0.3837 0.76704 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1376356 2 0.3266 0.67839 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1405078 3 0.4259 0.62204 0.128 0.000 0.816 0.056
#> SRR1437226 2 0.4967 0.63283 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1326078 1 0.0469 0.73825 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096806 3 0.4898 0.42715 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1440919 2 0.6419 0.53667 0.000 0.512 0.068 0.420
#> SRR1452824 1 0.6309 0.28913 0.588 0.000 0.076 0.336
#> SRR615754 1 0.3801 0.69561 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1341787 2 0.7129 0.30523 0.000 0.560 0.196 0.244
#> SRR614551 2 0.0707 0.77645 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1380829 3 0.3024 0.78676 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1455761 1 0.0817 0.74558 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1465189 3 0.6315 -0.04839 0.064 0.000 0.540 0.396
#> SRR1376895 1 0.0336 0.73983 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1445002 1 0.3942 0.68547 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1469258 2 0.3219 0.78153 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1409239 1 0.2011 0.75018 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1480200 1 0.3024 0.72907 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1418323 1 0.0707 0.73445 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR657540 3 0.3219 0.75631 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR821096 2 0.0188 0.78169 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613591 2 0.0188 0.77994 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1344205 3 0.0000 0.80637 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612479 1 0.4643 0.58294 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1399950 1 0.4534 0.56017 0.800 0.000 0.068 0.132
#> SRR1336048 3 0.4257 0.66177 0.048 0.000 0.812 0.140
#> SRR1368896 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1379403 2 0.4564 0.70734 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1312464 1 0.2760 0.73657 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1096478 1 0.3486 0.71355 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1459845 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1348138 3 0.3688 0.70611 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR811423 1 0.5980 0.43592 0.560 0.000 0.044 0.396
#> SRR615683 1 0.3528 0.71162 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1380336 2 0.3907 0.76558 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR817609 4 0.7837 0.39703 0.296 0.000 0.296 0.408
#> SRR1074550 3 0.3123 0.76324 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1499236 2 0.0188 0.78169 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656083 1 0.3907 0.68801 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR817539 1 0.3024 0.61807 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1410801 1 0.4522 0.61142 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1347190 1 0.3764 0.56787 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1355126 2 0.2741 0.72787 0.012 0.892 0.000 0.096
#> SRR615165 3 0.1211 0.80672 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1466046 1 0.4543 0.60778 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1097055 2 0.2530 0.78693 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1312370 2 0.2814 0.71050 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR655325 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR810177 2 0.0000 0.78084 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815685 2 0.3764 0.76956 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR817026 3 0.4855 0.43274 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1417224 2 0.1389 0.78284 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR661687 2 0.7117 0.43217 0.000 0.448 0.128 0.424
#> SRR1431804 4 0.6686 0.49147 0.200 0.000 0.180 0.620
#> SRR664072 3 0.0000 0.80637 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612923 2 0.3975 0.76261 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1315890 1 0.2149 0.74571 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1347726 1 0.6709 0.18570 0.616 0.212 0.000 0.172
#> SRR1500360 1 0.7068 0.04455 0.548 0.296 0.000 0.156
#> SRR1468360 2 0.2704 0.72321 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1404084 1 0.6852 -0.00130 0.476 0.028 0.044 0.452
#> SRR615994 3 0.0000 0.80637 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.1792 0.78811 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1397200 3 0.0921 0.79810 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR655519 2 0.3873 0.76606 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1311308 3 0.5615 0.45904 0.000 0.032 0.612 0.356
#> SRR1368006 2 0.3942 0.76326 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR613651 1 0.4206 0.63333 0.816 0.000 0.048 0.136
#> SRR1362621 4 0.5384 0.00195 0.000 0.028 0.324 0.648
#> SRR1451718 1 0.7824 0.12633 0.576 0.112 0.064 0.248
#> SRR1095334 3 0.0000 0.80637 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079636 2 0.4454 0.72117 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1442549 2 0.3219 0.68849 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1466421 2 0.0000 0.78084 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817397 2 0.5543 0.59606 0.000 0.556 0.020 0.424
#> SRR1341809 2 0.2281 0.73671 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR614623 2 0.3764 0.76956 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1335005 2 0.0188 0.77994 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1407065 2 0.5628 0.59606 0.000 0.556 0.024 0.420
#> SRR1404483 2 0.4605 0.70122 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1096222 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1401793 1 0.5256 0.50775 0.692 0.000 0.036 0.272
#> SRR1408615 3 0.2469 0.74780 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1070597 2 0.4804 0.61555 0.064 0.776 0.000 0.160
#> SRR1332381 1 0.6734 0.24253 0.628 0.016 0.096 0.260
#> SRR1457015 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1386797 2 0.7606 -0.01942 0.276 0.476 0.000 0.248
#> SRR1098385 2 0.0188 0.78169 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363947 3 0.0921 0.80785 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR820350 2 0.0188 0.77994 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662055 2 0.3837 0.76704 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1310455 1 0.1302 0.72024 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1453639 2 0.5102 0.58527 0.064 0.748 0.000 0.188
#> SRR662617 2 0.0469 0.78295 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR654778 1 0.0921 0.73018 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR661782 2 0.0469 0.77799 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1334396 1 0.4855 0.50729 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR613867 2 0.2345 0.78934 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1479412 1 0.2011 0.69268 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1331620 1 0.3873 0.66854 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1082809 1 0.4820 0.56286 0.772 0.000 0.060 0.168
#> SRR1417178 1 0.4877 0.49710 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1335278 1 0.4543 0.60778 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR665369 2 0.3873 0.76746 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR657552 4 0.6477 0.11116 0.368 0.000 0.080 0.552
#> SRR812412 1 0.0336 0.73983 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1096500 2 0.2647 0.72279 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1347750 2 0.2281 0.73671 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR615153 2 0.4406 0.70187 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1434417 1 0.4643 0.58294 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1070159 3 0.2011 0.77599 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1332508 2 0.2345 0.78746 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1082059 2 0.7613 0.20723 0.016 0.488 0.136 0.360
#> SRR1402491 1 0.3528 0.71162 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1476595 2 0.2704 0.71694 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1320987 2 0.2408 0.78743 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1086417 4 0.7332 0.22616 0.164 0.356 0.000 0.480
#> SRR1454095 1 0.6300 0.13675 0.608 0.308 0.000 0.084
#> SRR614791 2 0.3837 0.76704 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR821255 2 0.5495 0.54268 0.096 0.728 0.000 0.176
#> SRR820402 2 0.5808 0.58121 0.000 0.544 0.032 0.424
#> SRR1337284 2 0.7321 0.03645 0.328 0.500 0.000 0.172
#> SRR1333083 3 0.0817 0.80015 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1384883 2 0.5724 0.58629 0.000 0.548 0.028 0.424
#> SRR614431 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1481106 2 0.4040 0.75767 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1370285 1 0.4585 0.59825 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1446673 3 0.0000 0.80637 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.3837 0.76704 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1341188 3 0.0000 0.80637 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0921 0.74686 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1322864 2 0.0336 0.78239 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1476825 3 0.6398 0.24092 0.080 0.000 0.576 0.344
#> SRR1443332 2 0.0188 0.77994 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662486 2 0.2281 0.78762 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1447019 1 0.4543 0.60778 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR662942 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR613102 3 0.1211 0.80672 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1469880 1 0.0336 0.73983 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1464977 2 0.7451 -0.15605 0.408 0.420 0.000 0.172
#> SRR615850 3 0.4804 0.55640 0.160 0.000 0.776 0.064
#> SRR661949 2 0.0188 0.78189 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322227 3 0.4136 0.72098 0.000 0.016 0.788 0.196
#> SRR1441655 2 0.6731 0.31053 0.148 0.604 0.000 0.248
#> SRR613771 2 0.5924 0.61311 0.000 0.556 0.040 0.404
#> SRR1479471 1 0.4643 0.58294 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1488918 2 0.3907 0.76558 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1414040 2 0.0188 0.77994 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1079850 2 0.2319 0.74817 0.036 0.924 0.000 0.040
#> SRR663209 1 0.0469 0.74560 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1364914 2 0.3873 0.76606 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1408267 2 0.2589 0.78669 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1314894 1 0.0469 0.74497 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414117 4 0.4817 -0.04678 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1395975 2 0.2814 0.72716 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1402219 2 0.2921 0.70632 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1433623 1 0.3528 0.71162 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR656385 2 0.0188 0.77994 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR811213 2 0.3873 0.76651 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR663657 3 0.3837 0.72837 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR612203 1 0.4697 0.56984 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR613987 2 0.2760 0.71413 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR613831 3 0.2149 0.79724 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1354180 2 0.3726 0.77310 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1382912 1 0.4277 0.64967 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1475501 1 0.4543 0.60778 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1336930 1 0.3400 0.72308 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR613030 3 0.3311 0.75072 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1381459 2 0.3569 0.77517 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1402350 3 0.7774 -0.12965 0.292 0.004 0.468 0.236
#> SRR1419408 1 0.4543 0.60778 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR655911 3 0.7065 0.21483 0.000 0.124 0.472 0.404
#> SRR1418243 1 0.0469 0.73825 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322573 1 0.2281 0.68349 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR613615 3 0.1792 0.80137 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1355284 1 0.1302 0.74046 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1319395 1 0.0469 0.73825 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR818939 1 0.3486 0.71355 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1465266 1 0.4661 0.58022 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR614888 1 0.1022 0.72795 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1431694 1 0.4972 0.43086 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR614347 2 0.5724 0.58629 0.000 0.548 0.028 0.424
#> SRR1334228 3 0.0000 0.80637 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.0592 0.77642 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR656349 4 0.7827 0.40909 0.300 0.000 0.288 0.412
#> SRR815422 2 0.7117 0.43217 0.000 0.448 0.128 0.424
#> SRR1360828 1 0.1637 0.74079 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1359005 2 0.4746 0.67628 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1456652 1 0.0469 0.73825 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1391660 1 0.0336 0.73983 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441956 1 0.0469 0.73825 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR662930 2 0.0469 0.78329 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR615790 3 0.2149 0.79724 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR614827 2 0.1022 0.78104 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR614587 2 0.5724 0.58629 0.000 0.548 0.028 0.424
#> SRR814052 2 0.2469 0.73465 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1070086 1 0.1118 0.74676 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1481440 1 0.4697 0.56984 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1339296 3 0.0921 0.80785 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1343239 2 0.4194 0.76417 0.000 0.764 0.008 0.228
#> SRR1432802 2 0.2921 0.70664 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1416911 1 0.0592 0.74588 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1410427 1 0.3172 0.60230 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1401185 2 0.5476 0.53147 0.144 0.736 0.000 0.120
#> SRR654993 2 0.3907 0.76558 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR656397 1 0.3219 0.72357 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR809643 3 0.3400 0.74963 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1433819 1 0.2647 0.66326 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1375225 2 0.3837 0.76704 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1367739 3 0.0817 0.79961 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1323336 1 0.8522 -0.11475 0.456 0.256 0.040 0.248
#> SRR663224 2 0.5172 0.63851 0.000 0.588 0.008 0.404
#> SRR1442840 1 0.4543 0.60778 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1374058 1 0.1118 0.74731 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR656994 1 0.0707 0.74487 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1469214 2 0.3688 0.77188 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1456446 1 0.4040 0.64462 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1471879 2 0.1867 0.75129 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR612911 3 0.2149 0.79724 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1395720 2 0.3837 0.76704 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1413055 1 0.4855 0.50729 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR656770 2 0.2408 0.74660 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR812080 3 0.3311 0.75072 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1479328 1 0.3975 0.52606 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR661421 2 0.0817 0.78428 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1410286 2 0.3837 0.76704 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1487150 1 0.0000 0.74223 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.4543 0.60778 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1360607 2 0.0707 0.77493 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1333106 2 0.3726 0.77430 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1088706 2 0.3764 0.76956 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1320053 3 0.3266 0.75347 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1350392 2 0.0817 0.78542 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1385190 3 0.0921 0.79810 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1080093 2 0.3024 0.78271 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1318753 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1345369 3 0.2814 0.72204 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR612178 2 0.4643 0.69665 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1354423 1 0.4643 0.58294 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1072724 1 0.0336 0.73983 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1418450 2 0.4713 0.68358 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1326427 3 0.2589 0.78875 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1437412 4 0.5751 0.22059 0.000 0.164 0.124 0.712
#> SRR1327548 2 0.5592 0.61422 0.000 0.572 0.024 0.404
#> SRR1395891 1 0.0336 0.73983 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR659367 2 0.3219 0.68849 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR818961 1 0.4643 0.58294 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR813704 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR613054 1 0.3942 0.68547 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1476467 1 0.4543 0.60778 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1407988 2 0.0188 0.77994 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1394776 2 0.1557 0.78838 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR655578 2 0.0469 0.77799 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1310645 2 0.4905 0.67617 0.000 0.632 0.004 0.364
#> SRR1345628 1 0.4830 0.52025 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1479740 1 0.0188 0.74112 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332095 1 0.7295 0.00765 0.524 0.288 0.000 0.188
#> SRR1444786 2 0.4677 0.66185 0.000 0.680 0.004 0.316
#> SRR1090070 1 0.0336 0.73983 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662414 2 0.3266 0.68471 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR661216 2 0.3837 0.76704 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR656313 2 0.0188 0.78169 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615671 2 0.4095 0.66212 0.024 0.804 0.000 0.172
#> SRR1350196 3 0.0817 0.80117 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1466580 1 0.0469 0.73825 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1408032 2 0.0188 0.78169 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432913 2 0.4776 0.66100 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1360502 4 0.7441 0.27040 0.352 0.000 0.180 0.468
#> SRR1391901 2 0.4222 0.74449 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1311131 1 0.0336 0.73983 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1380636 1 0.0336 0.73983 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1332339 1 0.2973 0.62330 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1341563 2 0.0188 0.77994 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359410 2 0.5984 0.61035 0.000 0.580 0.048 0.372
#> SRR1473040 3 0.0921 0.79810 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1321444 1 0.0469 0.74497 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1498765 2 0.4331 0.73523 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1312622 2 0.4889 0.67787 0.000 0.636 0.004 0.360
#> SRR615503 2 0.2973 0.70085 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1453192 1 0.3123 0.72601 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1433107 3 0.7386 0.24542 0.000 0.184 0.496 0.320
#> SRR1075384 1 0.4543 0.60778 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1356683 1 0.3528 0.71162 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR659049 1 0.2081 0.74646 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1368240 1 0.2647 0.74338 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1341739 1 0.0469 0.73825 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR613249 3 0.0707 0.80106 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR663428 2 0.0000 0.78084 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.4222 0.74468 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1073553 2 0.2281 0.78757 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1354093 3 0.2216 0.79625 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1406521 2 0.5724 0.58629 0.000 0.548 0.028 0.424
#> SRR1432049 1 0.1022 0.72835 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1453504 2 0.7423 0.26969 0.292 0.504 0.000 0.204
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 4 0.7561 0.07093 0.000 0.352 0.044 0.360 0.244
#> SRR1359328 3 0.2079 0.80348 0.000 0.000 0.916 0.020 0.064
#> SRR821124 2 0.4201 0.35618 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1335188 5 0.4135 0.57584 0.340 0.000 0.000 0.004 0.656
#> SRR1075825 2 0.3816 0.51694 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1321921 1 0.4126 0.27151 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1466198 3 0.2848 0.77837 0.000 0.000 0.840 0.156 0.004
#> SRR1384073 5 0.6025 0.33712 0.028 0.264 0.000 0.092 0.616
#> SRR1312802 5 0.7686 0.08326 0.336 0.000 0.136 0.104 0.424
#> SRR1076559 5 0.4622 0.45279 0.088 0.036 0.000 0.092 0.784
#> SRR1370085 1 0.2929 0.60774 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1460363 1 0.2605 0.62763 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1480221 2 0.0579 0.69303 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1476165 1 0.5936 0.30365 0.596 0.000 0.012 0.104 0.288
#> SRR1459631 4 0.3519 0.66215 0.000 0.216 0.008 0.776 0.000
#> SRR1448098 2 0.1544 0.68233 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1321401 2 0.0963 0.69152 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR807613 2 0.2230 0.66340 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR808086 3 0.3779 0.74152 0.000 0.000 0.804 0.052 0.144
#> SRR613687 2 0.0510 0.69268 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1471011 5 0.7284 0.16717 0.296 0.000 0.096 0.108 0.500
#> SRR1330284 2 0.4045 0.44758 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1320624 4 0.3949 0.50058 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1459519 1 0.3816 0.43651 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1091184 4 0.5148 0.61374 0.000 0.264 0.060 0.668 0.008
#> SRR1390561 1 0.0324 0.66743 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR658164 5 0.4015 0.57401 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1087079 2 0.3534 0.56973 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR814996 3 0.1282 0.81589 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1407410 2 0.4665 0.56623 0.000 0.740 0.000 0.112 0.148
#> SRR1453392 4 0.4060 0.43789 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1445873 5 0.4300 0.32642 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1419985 2 0.1251 0.68291 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR820938 3 0.4907 0.32292 0.000 0.012 0.512 0.468 0.008
#> SRR1476844 1 0.0510 0.66829 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1403526 1 0.4126 0.27151 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1413916 2 0.4256 0.25496 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1441051 2 0.2661 0.66447 0.000 0.888 0.000 0.056 0.056
#> SRR614287 2 0.0290 0.69239 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092062 2 0.0404 0.69372 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR612611 2 0.3816 0.51914 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1376356 2 0.4583 0.56050 0.000 0.748 0.000 0.112 0.140
#> SRR1405078 3 0.3405 0.76624 0.036 0.000 0.848 0.012 0.104
#> SRR1437226 4 0.6515 0.19252 0.000 0.364 0.000 0.440 0.196
#> SRR1326078 5 0.4030 0.57234 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1096806 4 0.3970 0.36680 0.012 0.004 0.220 0.760 0.004
#> SRR1440919 4 0.3333 0.66600 0.000 0.208 0.004 0.788 0.000
#> SRR1452824 5 0.6933 0.21138 0.308 0.000 0.072 0.096 0.524
#> SRR615754 1 0.2377 0.63905 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1341787 2 0.8223 0.08471 0.000 0.384 0.152 0.188 0.276
#> SRR614551 2 0.1845 0.68084 0.000 0.928 0.000 0.056 0.016
#> SRR1380829 3 0.5477 0.68107 0.000 0.000 0.648 0.220 0.132
#> SRR1455761 5 0.4219 0.48393 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1465189 1 0.6531 0.35228 0.624 0.000 0.136 0.068 0.172
#> SRR1376895 5 0.4126 0.54500 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1445002 1 0.1965 0.65212 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1469258 2 0.3661 0.54787 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1409239 1 0.4114 0.27149 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1480200 1 0.3561 0.51411 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1418323 5 0.4015 0.57376 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR657540 3 0.4402 0.60598 0.000 0.000 0.636 0.352 0.012
#> SRR821096 2 0.0703 0.69202 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR613591 2 0.0579 0.69088 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1344205 3 0.0566 0.82130 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR612479 1 0.1124 0.65483 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1399950 5 0.5628 0.45394 0.164 0.000 0.088 0.048 0.700
#> SRR1336048 3 0.5183 0.67056 0.024 0.000 0.708 0.064 0.204
#> SRR1368896 1 0.4114 0.28206 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1379403 4 0.4297 0.09235 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1312464 1 0.3586 0.50775 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1096478 1 0.2929 0.60788 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1459845 1 0.4138 0.25873 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1348138 3 0.6257 0.61285 0.108 0.000 0.576 0.292 0.024
#> SRR811423 1 0.4687 0.47657 0.756 0.000 0.024 0.052 0.168
#> SRR615683 1 0.3210 0.57761 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1380336 2 0.3949 0.49575 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR817609 1 0.6857 0.31179 0.584 0.000 0.156 0.068 0.192
#> SRR1074550 3 0.4003 0.67652 0.000 0.000 0.704 0.288 0.008
#> SRR1499236 2 0.0290 0.69340 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR656083 1 0.2020 0.65067 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR817539 5 0.3863 0.55026 0.248 0.000 0.000 0.012 0.740
#> SRR1410801 1 0.1043 0.66638 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1347190 5 0.5299 0.39401 0.188 0.000 0.008 0.112 0.692
#> SRR1355126 2 0.3875 0.59280 0.000 0.804 0.000 0.072 0.124
#> SRR615165 3 0.1282 0.81657 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1466046 1 0.0162 0.66672 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1097055 2 0.3274 0.59936 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1312370 2 0.4016 0.59351 0.000 0.796 0.000 0.092 0.112
#> SRR655325 1 0.4126 0.27151 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR810177 2 0.0404 0.69314 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR815685 2 0.3837 0.51200 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR817026 4 0.5922 0.08581 0.056 0.000 0.296 0.608 0.040
#> SRR1417224 2 0.4467 0.56836 0.000 0.752 0.000 0.164 0.084
#> SRR661687 4 0.3565 0.66694 0.000 0.176 0.024 0.800 0.000
#> SRR1431804 4 0.7221 -0.00591 0.380 0.000 0.036 0.404 0.180
#> SRR664072 3 0.0566 0.82130 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR612923 2 0.4192 0.37094 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1315890 1 0.4045 0.33287 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1347726 5 0.5642 0.42181 0.060 0.140 0.000 0.092 0.708
#> SRR1500360 5 0.5380 0.46310 0.072 0.176 0.000 0.040 0.712
#> SRR1468360 2 0.4478 0.57811 0.000 0.756 0.000 0.100 0.144
#> SRR1404084 5 0.6866 0.18965 0.300 0.012 0.020 0.140 0.528
#> SRR615994 3 0.0566 0.82130 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1475718 2 0.2020 0.67792 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1397200 3 0.1205 0.81660 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR655519 2 0.3949 0.48401 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1311308 4 0.4891 0.11666 0.000 0.020 0.364 0.608 0.008
#> SRR1368006 2 0.4101 0.41456 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR613651 5 0.5956 0.46390 0.304 0.000 0.040 0.056 0.600
#> SRR1362621 4 0.6545 0.26478 0.144 0.012 0.060 0.648 0.136
#> SRR1451718 5 0.4814 0.41151 0.048 0.032 0.020 0.116 0.784
#> SRR1095334 3 0.0992 0.81961 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1079636 2 0.4227 0.29119 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1442549 2 0.4946 0.53755 0.000 0.712 0.000 0.120 0.168
#> SRR1466421 2 0.0579 0.69303 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR817397 4 0.3210 0.66380 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1341809 2 0.3590 0.61702 0.000 0.828 0.000 0.080 0.092
#> SRR614623 2 0.3837 0.51200 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1335005 2 0.0579 0.69303 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1407065 4 0.3300 0.66802 0.000 0.204 0.004 0.792 0.000
#> SRR1404483 4 0.4074 0.43395 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1096222 1 0.4074 0.31376 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1401793 5 0.6192 0.28652 0.348 0.000 0.032 0.072 0.548
#> SRR1408615 3 0.3269 0.76976 0.000 0.000 0.848 0.056 0.096
#> SRR1070597 2 0.5822 0.38027 0.004 0.592 0.000 0.112 0.292
#> SRR1332381 5 0.5488 0.39633 0.080 0.020 0.032 0.132 0.736
#> SRR1457015 1 0.4126 0.27151 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1386797 5 0.6178 0.17316 0.000 0.304 0.008 0.132 0.556
#> SRR1098385 2 0.0609 0.69230 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1363947 3 0.0609 0.82105 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR820350 2 0.0290 0.69239 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662055 2 0.3949 0.48059 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1310455 5 0.3999 0.57494 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1453639 2 0.6327 0.30806 0.000 0.536 0.008 0.148 0.308
#> SRR662617 2 0.1484 0.68845 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> SRR654778 5 0.4135 0.57558 0.340 0.000 0.000 0.004 0.656
#> SRR661782 2 0.1484 0.67823 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> SRR1334396 1 0.3437 0.54801 0.832 0.000 0.000 0.048 0.120
#> SRR613867 2 0.2660 0.66967 0.000 0.864 0.000 0.128 0.008
#> SRR1479412 5 0.4348 0.57338 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1331620 5 0.5295 0.02239 0.464 0.000 0.000 0.048 0.488
#> SRR1082809 5 0.5439 0.46095 0.204 0.000 0.044 0.056 0.696
#> SRR1417178 1 0.3681 0.52484 0.808 0.000 0.000 0.044 0.148
#> SRR1335278 1 0.0290 0.66831 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR665369 2 0.3876 0.51888 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR657552 1 0.6410 0.27096 0.552 0.000 0.016 0.144 0.288
#> SRR812412 5 0.4126 0.54500 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1096500 2 0.4617 0.57010 0.000 0.744 0.000 0.108 0.148
#> SRR1347750 2 0.3416 0.62426 0.000 0.840 0.000 0.072 0.088
#> SRR615153 2 0.7000 0.37381 0.112 0.568 0.000 0.224 0.096
#> SRR1434417 1 0.1205 0.65310 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1070159 3 0.3558 0.77096 0.000 0.000 0.828 0.064 0.108
#> SRR1332508 2 0.2966 0.62436 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1082059 4 0.7562 0.16871 0.000 0.272 0.040 0.348 0.340
#> SRR1402491 1 0.2929 0.60774 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1476595 2 0.3888 0.59956 0.000 0.804 0.000 0.076 0.120
#> SRR1320987 2 0.3242 0.60221 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1086417 5 0.8598 -0.05021 0.204 0.176 0.008 0.252 0.360
#> SRR1454095 5 0.5106 0.45932 0.088 0.216 0.000 0.004 0.692
#> SRR614791 2 0.3932 0.48554 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR821255 2 0.5900 0.25326 0.000 0.516 0.000 0.108 0.376
#> SRR820402 4 0.3266 0.66881 0.000 0.200 0.004 0.796 0.000
#> SRR1337284 5 0.5729 0.04383 0.000 0.396 0.000 0.088 0.516
#> SRR1333083 3 0.1205 0.81660 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1384883 4 0.3300 0.66802 0.000 0.204 0.004 0.792 0.000
#> SRR614431 1 0.4101 0.29444 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1481106 2 0.4225 0.43361 0.000 0.632 0.000 0.364 0.004
#> SRR1370285 1 0.0324 0.66535 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1446673 3 0.0404 0.82121 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1318046 2 0.3816 0.51914 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1341188 3 0.0404 0.82121 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1384941 5 0.4256 0.44163 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1322864 2 0.1043 0.68951 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1476825 3 0.7597 0.45448 0.148 0.000 0.500 0.120 0.232
#> SRR1443332 2 0.0898 0.69292 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR662486 2 0.2806 0.64507 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1447019 1 0.1195 0.65481 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR662942 1 0.4060 0.32376 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR613102 3 0.0963 0.81859 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1469880 5 0.4126 0.54500 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1464977 5 0.5978 0.24397 0.012 0.320 0.000 0.096 0.572
#> SRR615850 3 0.4086 0.72909 0.028 0.000 0.796 0.024 0.152
#> SRR661949 2 0.0162 0.69345 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322227 3 0.5551 0.51607 0.000 0.024 0.556 0.388 0.032
#> SRR1441655 5 0.6276 0.08601 0.000 0.312 0.008 0.140 0.540
#> SRR613771 2 0.6357 0.10109 0.000 0.444 0.004 0.412 0.140
#> SRR1479471 1 0.1205 0.65310 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1488918 2 0.4060 0.45579 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1414040 2 0.0451 0.69181 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1079850 2 0.3389 0.60996 0.000 0.836 0.000 0.048 0.116
#> SRR663209 5 0.4264 0.55247 0.376 0.000 0.000 0.004 0.620
#> SRR1364914 2 0.4030 0.46423 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1408267 2 0.3274 0.59912 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1314894 5 0.4201 0.49972 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1414117 4 0.7088 0.09925 0.232 0.000 0.100 0.556 0.112
#> SRR1395975 2 0.4535 0.57800 0.000 0.752 0.000 0.108 0.140
#> SRR1402219 2 0.4493 0.57173 0.000 0.756 0.000 0.108 0.136
#> SRR1433623 1 0.2929 0.60774 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR656385 2 0.0798 0.68928 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR811213 2 0.3857 0.50757 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR663657 4 0.6070 -0.44211 0.000 0.000 0.440 0.440 0.120
#> SRR612203 1 0.1725 0.64091 0.936 0.000 0.000 0.044 0.020
#> SRR613987 2 0.4069 0.60157 0.000 0.792 0.000 0.096 0.112
#> SRR613831 3 0.3391 0.75699 0.000 0.000 0.800 0.188 0.012
#> SRR1354180 2 0.3895 0.51270 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1382912 1 0.1732 0.65715 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1475501 1 0.0324 0.66743 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1336930 1 0.3143 0.58999 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR613030 3 0.4482 0.57306 0.000 0.000 0.612 0.376 0.012
#> SRR1381459 2 0.3508 0.57309 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1402350 5 0.6798 -0.10581 0.032 0.000 0.332 0.136 0.500
#> SRR1419408 1 0.0162 0.66672 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR655911 4 0.4243 0.52089 0.000 0.056 0.168 0.772 0.004
#> SRR1418243 5 0.4030 0.57234 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1322573 5 0.4713 0.55333 0.280 0.000 0.000 0.044 0.676
#> SRR613615 3 0.2068 0.80239 0.000 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR1355284 5 0.4161 0.53751 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1319395 5 0.4030 0.57234 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR818939 1 0.3039 0.59742 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1465266 1 0.1568 0.64591 0.944 0.000 0.000 0.036 0.020
#> SRR614888 5 0.4135 0.57584 0.340 0.000 0.000 0.004 0.656
#> SRR1431694 1 0.3906 0.50267 0.800 0.000 0.000 0.068 0.132
#> SRR614347 4 0.3266 0.66881 0.000 0.200 0.004 0.796 0.000
#> SRR1334228 3 0.0566 0.82110 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1096007 2 0.1331 0.68691 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR656349 1 0.6642 0.35652 0.620 0.000 0.084 0.136 0.160
#> SRR815422 4 0.3565 0.66694 0.000 0.176 0.024 0.800 0.000
#> SRR1360828 5 0.4547 0.53474 0.400 0.000 0.000 0.012 0.588
#> SRR1359005 4 0.3774 0.57085 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1456652 5 0.4030 0.57234 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1391660 5 0.4060 0.56515 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1441956 5 0.4030 0.57234 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR662930 2 0.0794 0.69166 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR615790 3 0.3391 0.75699 0.000 0.000 0.800 0.188 0.012
#> SRR614827 2 0.3535 0.63431 0.000 0.832 0.000 0.088 0.080
#> SRR614587 4 0.3300 0.66802 0.000 0.204 0.004 0.792 0.000
#> SRR814052 2 0.4169 0.59503 0.000 0.784 0.000 0.100 0.116
#> SRR1070086 5 0.4262 0.43215 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1481440 1 0.1725 0.64091 0.936 0.000 0.000 0.044 0.020
#> SRR1339296 3 0.0609 0.82105 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1343239 2 0.4674 0.46630 0.000 0.656 0.024 0.316 0.004
#> SRR1432802 2 0.4827 0.54935 0.000 0.724 0.000 0.116 0.160
#> SRR1416911 5 0.4256 0.44112 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1410427 5 0.4647 0.49727 0.184 0.000 0.000 0.084 0.732
#> SRR1401185 2 0.5470 0.25380 0.000 0.564 0.000 0.072 0.364
#> SRR654993 2 0.4074 0.44745 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR656397 1 0.3274 0.56603 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR809643 3 0.5097 0.53793 0.004 0.000 0.568 0.396 0.032
#> SRR1433819 5 0.4203 0.50354 0.188 0.000 0.000 0.052 0.760
#> SRR1375225 2 0.3983 0.47663 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1367739 3 0.1774 0.81491 0.000 0.000 0.932 0.016 0.052
#> SRR1323336 5 0.5667 0.37984 0.040 0.092 0.020 0.120 0.728
#> SRR663224 4 0.4512 0.58767 0.000 0.300 0.004 0.676 0.020
#> SRR1442840 1 0.0162 0.66672 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374058 5 0.4273 0.41182 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR656994 5 0.4219 0.48359 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1469214 2 0.3730 0.53571 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1456446 1 0.4465 0.18080 0.672 0.000 0.000 0.024 0.304
#> SRR1471879 2 0.1740 0.67360 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR612911 3 0.3462 0.75177 0.000 0.000 0.792 0.196 0.012
#> SRR1395720 2 0.3966 0.47562 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1413055 1 0.3647 0.53358 0.816 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR656770 2 0.4401 0.58864 0.000 0.764 0.000 0.104 0.132
#> SRR812080 3 0.4494 0.56706 0.000 0.000 0.608 0.380 0.012
#> SRR1479328 5 0.4905 0.40175 0.152 0.000 0.004 0.116 0.728
#> SRR661421 2 0.2504 0.67240 0.000 0.896 0.000 0.064 0.040
#> SRR1410286 2 0.3857 0.51011 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1487150 5 0.4150 0.53391 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1467035 1 0.0162 0.66672 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1360607 2 0.1626 0.67728 0.000 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR1333106 2 0.4572 0.56120 0.000 0.684 0.000 0.280 0.036
#> SRR1088706 2 0.3796 0.52175 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1320053 3 0.4339 0.62006 0.000 0.000 0.652 0.336 0.012
#> SRR1350392 2 0.1341 0.68690 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1385190 3 0.1408 0.81520 0.000 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1080093 2 0.2891 0.62777 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1318753 1 0.4126 0.27151 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1345369 3 0.4079 0.72474 0.000 0.008 0.804 0.080 0.108
#> SRR612178 4 0.4015 0.51307 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1354423 1 0.1124 0.65483 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1072724 5 0.4150 0.53447 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1418450 4 0.3752 0.57570 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1326427 3 0.4003 0.69013 0.000 0.000 0.704 0.288 0.008
#> SRR1437412 4 0.7654 0.15716 0.148 0.056 0.024 0.504 0.268
#> SRR1327548 4 0.3487 0.66365 0.000 0.212 0.008 0.780 0.000
#> SRR1395891 5 0.4088 0.55856 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR659367 2 0.5079 0.52460 0.000 0.700 0.000 0.136 0.164
#> SRR818961 1 0.1205 0.65310 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR813704 1 0.4126 0.27151 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR613054 1 0.1965 0.65212 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1476467 1 0.0609 0.66834 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1407988 2 0.0451 0.69180 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1394776 2 0.2230 0.66121 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR655578 2 0.1364 0.68196 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1310645 4 0.3774 0.57013 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1345628 1 0.3216 0.56246 0.848 0.000 0.000 0.044 0.108
#> SRR1479740 5 0.4150 0.53382 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1332095 5 0.5257 0.44984 0.048 0.160 0.000 0.064 0.728
#> SRR1444786 2 0.6660 0.12892 0.000 0.432 0.004 0.368 0.196
#> SRR1090070 5 0.4101 0.55408 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR662414 2 0.4835 0.54559 0.000 0.724 0.000 0.120 0.156
#> SRR661216 2 0.3876 0.50408 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR656313 2 0.0404 0.69314 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR615671 2 0.5093 0.52032 0.000 0.696 0.000 0.124 0.180
#> SRR1350196 3 0.1484 0.81391 0.000 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1466580 5 0.4030 0.57234 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1408032 2 0.0290 0.69340 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1432913 4 0.3790 0.60913 0.000 0.272 0.000 0.724 0.004
#> SRR1360502 1 0.7346 0.21774 0.496 0.000 0.072 0.156 0.276
#> SRR1391901 2 0.3999 0.45860 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1311131 5 0.4045 0.56826 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1380636 5 0.4060 0.56418 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1332339 5 0.4042 0.53170 0.212 0.000 0.000 0.032 0.756
#> SRR1341563 2 0.0992 0.69248 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1359410 4 0.6455 0.51054 0.000 0.276 0.044 0.580 0.100
#> SRR1473040 3 0.1205 0.81660 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1321444 5 0.4242 0.45790 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1498765 2 0.4268 0.24413 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1312622 4 0.4101 0.51380 0.000 0.332 0.000 0.664 0.004
#> SRR615503 2 0.4482 0.55802 0.000 0.752 0.000 0.088 0.160
#> SRR1453192 1 0.3366 0.55194 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1433107 4 0.5779 -0.03584 0.000 0.076 0.428 0.492 0.004
#> SRR1075384 1 0.0404 0.66841 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1356683 1 0.2929 0.60774 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR659049 1 0.4114 0.28226 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1368240 1 0.3999 0.32964 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1341739 5 0.4030 0.57234 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR613249 3 0.0703 0.82094 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR663428 2 0.0290 0.69239 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1341302 2 0.4101 0.41483 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1073553 2 0.2605 0.64697 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1354093 3 0.3728 0.72607 0.000 0.000 0.748 0.244 0.008
#> SRR1406521 4 0.3266 0.66881 0.000 0.200 0.004 0.796 0.000
#> SRR1432049 5 0.4402 0.57100 0.352 0.000 0.000 0.012 0.636
#> SRR1453504 2 0.8367 0.00993 0.152 0.340 0.000 0.228 0.280
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.4949 0.51618 0.000 0.168 0.024 0.068 0.020 0.720
#> SRR1359328 3 0.3121 0.71908 0.000 0.000 0.836 0.004 0.044 0.116
#> SRR821124 2 0.3860 0.20147 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.1897 0.73816 0.908 0.004 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1075825 2 0.3448 0.55583 0.000 0.716 0.000 0.280 0.000 0.004
#> SRR1321921 1 0.2941 0.59746 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1466198 3 0.4118 0.68338 0.000 0.000 0.732 0.220 0.016 0.032
#> SRR1384073 6 0.5642 0.30788 0.404 0.092 0.000 0.004 0.012 0.488
#> SRR1312802 5 0.8070 -0.03951 0.164 0.000 0.192 0.032 0.332 0.280
#> SRR1076559 6 0.5638 0.18289 0.404 0.004 0.000 0.020 0.076 0.496
#> SRR1370085 5 0.3915 0.48497 0.412 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000
#> SRR1460363 5 0.3819 0.55678 0.372 0.000 0.000 0.004 0.624 0.000
#> SRR1480221 2 0.1088 0.67098 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1476165 5 0.6080 0.17187 0.104 0.000 0.004 0.032 0.472 0.388
#> SRR1459631 4 0.1753 0.70975 0.000 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004
#> SRR1448098 2 0.1462 0.68732 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008 0.000
#> SRR1321401 2 0.0632 0.69116 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR807613 2 0.1765 0.67542 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR808086 3 0.4746 0.62053 0.000 0.000 0.676 0.008 0.084 0.232
#> SRR613687 2 0.0665 0.68212 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR1471011 6 0.8014 0.09235 0.204 0.000 0.144 0.032 0.276 0.344
#> SRR1330284 2 0.3727 0.41063 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1320624 4 0.3266 0.53873 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.3409 0.43946 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1091184 4 0.5211 0.57518 0.000 0.244 0.036 0.664 0.020 0.036
#> SRR1390561 5 0.2912 0.71984 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR658164 1 0.1268 0.76111 0.952 0.000 0.000 0.004 0.008 0.036
#> SRR1087079 2 0.3360 0.57735 0.000 0.732 0.000 0.264 0.000 0.004
#> SRR814996 3 0.2136 0.75348 0.000 0.000 0.904 0.000 0.048 0.048
#> SRR1407410 6 0.4494 0.37638 0.000 0.400 0.000 0.016 0.012 0.572
#> SRR1453392 4 0.3390 0.49584 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.1556 0.73426 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1419985 2 0.1895 0.63665 0.000 0.912 0.000 0.000 0.016 0.072
#> SRR820938 4 0.5312 -0.20797 0.000 0.016 0.424 0.512 0.024 0.024
#> SRR1476844 5 0.3023 0.71146 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR1403526 1 0.2969 0.59213 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1413916 4 0.3862 -0.02257 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.3808 0.31884 0.000 0.700 0.000 0.004 0.012 0.284
#> SRR614287 2 0.1320 0.66594 0.000 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR1092062 2 0.0508 0.68039 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR612611 2 0.3446 0.52896 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.4314 -0.24641 0.000 0.500 0.000 0.004 0.012 0.484
#> SRR1405078 3 0.3538 0.72962 0.032 0.000 0.836 0.004 0.064 0.064
#> SRR1437226 6 0.6473 0.20536 0.000 0.280 0.000 0.180 0.048 0.492
#> SRR1326078 1 0.1152 0.75595 0.952 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1096806 4 0.2566 0.56738 0.000 0.000 0.064 0.888 0.020 0.028
#> SRR1440919 4 0.2288 0.70073 0.000 0.072 0.000 0.896 0.004 0.028
#> SRR1452824 6 0.8097 0.08148 0.248 0.000 0.132 0.036 0.276 0.308
#> SRR615754 5 0.3756 0.58744 0.352 0.000 0.000 0.004 0.644 0.000
#> SRR1341787 6 0.4242 0.49770 0.000 0.100 0.060 0.016 0.032 0.792
#> SRR614551 2 0.2449 0.64232 0.000 0.888 0.000 0.020 0.012 0.080
#> SRR1380829 3 0.6760 0.52778 0.000 0.000 0.484 0.152 0.092 0.272
#> SRR1455761 1 0.0865 0.75556 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1465189 5 0.3642 0.55308 0.012 0.000 0.040 0.024 0.828 0.096
#> SRR1376895 1 0.0260 0.76129 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1445002 5 0.3684 0.61524 0.332 0.000 0.000 0.004 0.664 0.000
#> SRR1469258 2 0.3314 0.57979 0.000 0.740 0.000 0.256 0.000 0.004
#> SRR1409239 1 0.2989 0.65132 0.812 0.000 0.000 0.008 0.176 0.004
#> SRR1480200 1 0.3672 0.23861 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1418323 1 0.1493 0.75151 0.936 0.004 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR657540 3 0.5247 0.48326 0.000 0.000 0.524 0.404 0.024 0.048
#> SRR821096 2 0.0837 0.68933 0.000 0.972 0.000 0.020 0.004 0.004
#> SRR613591 2 0.1753 0.65123 0.000 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1344205 3 0.1065 0.76728 0.000 0.000 0.964 0.020 0.008 0.008
#> SRR612479 5 0.3627 0.72529 0.156 0.000 0.000 0.028 0.796 0.020
#> SRR1399950 1 0.7038 0.28527 0.528 0.000 0.132 0.024 0.108 0.208
#> SRR1336048 3 0.4936 0.60660 0.008 0.000 0.680 0.008 0.088 0.216
#> SRR1368896 1 0.2996 0.58588 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1379403 4 0.3817 0.15149 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.3930 0.04564 0.576 0.000 0.000 0.004 0.420 0.000
#> SRR1096478 5 0.3944 0.44781 0.428 0.000 0.000 0.004 0.568 0.000
#> SRR1459845 1 0.2941 0.59779 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1348138 3 0.7101 0.42015 0.000 0.000 0.396 0.288 0.232 0.084
#> SRR811423 5 0.4814 0.58481 0.068 0.000 0.032 0.020 0.744 0.136
#> SRR615683 1 0.3847 -0.10405 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1380336 2 0.3620 0.48116 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR817609 5 0.6546 0.26271 0.032 0.000 0.160 0.024 0.536 0.248
#> SRR1074550 3 0.4983 0.54374 0.000 0.000 0.580 0.360 0.024 0.036
#> SRR1499236 2 0.1049 0.67383 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR656083 5 0.3699 0.60965 0.336 0.000 0.000 0.004 0.660 0.000
#> SRR817539 1 0.2804 0.68386 0.836 0.004 0.000 0.004 0.004 0.152
#> SRR1410801 5 0.3151 0.69959 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR1347190 6 0.5821 0.25778 0.336 0.000 0.004 0.020 0.108 0.532
#> SRR1355126 2 0.4790 0.41869 0.024 0.712 0.000 0.028 0.028 0.208
#> SRR615165 3 0.2459 0.75667 0.000 0.000 0.896 0.052 0.020 0.032
#> SRR1466046 5 0.2854 0.72246 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR1097055 2 0.3012 0.62159 0.000 0.796 0.000 0.196 0.000 0.008
#> SRR1312370 2 0.4275 -0.01172 0.004 0.592 0.000 0.000 0.016 0.388
#> SRR655325 1 0.2969 0.59213 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR810177 2 0.0914 0.67490 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR815685 2 0.3405 0.56325 0.000 0.724 0.000 0.272 0.000 0.004
#> SRR817026 4 0.5148 0.35243 0.000 0.000 0.160 0.696 0.084 0.060
#> SRR1417224 2 0.4983 -0.21489 0.000 0.484 0.000 0.056 0.004 0.456
#> SRR661687 4 0.2002 0.68855 0.000 0.056 0.000 0.916 0.008 0.020
#> SRR1431804 5 0.6351 0.05034 0.016 0.000 0.008 0.172 0.432 0.372
#> SRR664072 3 0.1065 0.76709 0.000 0.000 0.964 0.020 0.008 0.008
#> SRR612923 4 0.4264 -0.16293 0.000 0.492 0.000 0.492 0.000 0.016
#> SRR1315890 1 0.3215 0.56353 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240 0.000
#> SRR1347726 6 0.4622 0.09910 0.484 0.016 0.000 0.004 0.008 0.488
#> SRR1500360 1 0.5262 0.46561 0.692 0.064 0.000 0.020 0.036 0.188
#> SRR1468360 6 0.4246 0.29708 0.000 0.452 0.000 0.016 0.000 0.532
#> SRR1404084 6 0.6338 0.28171 0.136 0.000 0.012 0.044 0.252 0.556
#> SRR615994 3 0.0951 0.76720 0.000 0.000 0.968 0.020 0.008 0.004
#> SRR1475718 2 0.2586 0.68221 0.000 0.880 0.000 0.080 0.008 0.032
#> SRR1397200 3 0.2003 0.75555 0.000 0.000 0.912 0.000 0.044 0.044
#> SRR655519 2 0.3592 0.48584 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1311308 4 0.4774 0.21305 0.000 0.008 0.292 0.652 0.020 0.028
#> SRR1368006 2 0.3747 0.39171 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR613651 1 0.6240 0.46176 0.612 0.000 0.068 0.028 0.084 0.208
#> SRR1362621 4 0.5639 0.27249 0.000 0.000 0.008 0.572 0.184 0.236
#> SRR1451718 6 0.5898 0.35026 0.308 0.004 0.012 0.024 0.084 0.568
#> SRR1095334 3 0.1642 0.76260 0.000 0.000 0.936 0.004 0.032 0.028
#> SRR1079636 2 0.3971 0.23105 0.000 0.548 0.000 0.448 0.000 0.004
#> SRR1442549 6 0.4159 0.39570 0.000 0.396 0.000 0.016 0.000 0.588
#> SRR1466421 2 0.1003 0.67305 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR817397 4 0.1501 0.70925 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.3888 0.23705 0.000 0.672 0.000 0.000 0.016 0.312
#> SRR614623 2 0.3405 0.56325 0.000 0.724 0.000 0.272 0.000 0.004
#> SRR1335005 2 0.1088 0.67098 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1407065 4 0.1501 0.70971 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1404483 4 0.3351 0.51474 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.3161 0.60290 0.776 0.000 0.000 0.008 0.216 0.000
#> SRR1401793 1 0.7379 0.15938 0.444 0.000 0.064 0.032 0.240 0.220
#> SRR1408615 3 0.4227 0.66977 0.000 0.000 0.764 0.020 0.080 0.136
#> SRR1070597 6 0.5203 0.45142 0.044 0.348 0.000 0.024 0.004 0.580
#> SRR1332381 6 0.5791 0.38227 0.280 0.004 0.012 0.024 0.084 0.596
#> SRR1457015 1 0.2969 0.59213 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1386797 6 0.6489 0.52754 0.148 0.192 0.000 0.020 0.060 0.580
#> SRR1098385 2 0.1180 0.68190 0.000 0.960 0.000 0.012 0.016 0.012
#> SRR1363947 3 0.2016 0.76129 0.000 0.000 0.920 0.040 0.016 0.024
#> SRR820350 2 0.1391 0.66308 0.000 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR662055 2 0.3636 0.51150 0.000 0.676 0.000 0.320 0.000 0.004
#> SRR1310455 1 0.1882 0.74636 0.920 0.000 0.000 0.008 0.012 0.060
#> SRR1453639 6 0.4321 0.53610 0.024 0.240 0.000 0.020 0.004 0.712
#> SRR662617 2 0.2320 0.63802 0.000 0.892 0.000 0.024 0.004 0.080
#> SRR654778 1 0.2001 0.73302 0.900 0.004 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR661782 2 0.2163 0.61758 0.000 0.892 0.000 0.000 0.016 0.092
#> SRR1334396 5 0.3640 0.69684 0.108 0.000 0.000 0.028 0.816 0.048
#> SRR613867 2 0.4620 0.49338 0.000 0.692 0.000 0.132 0.000 0.176
#> SRR1479412 1 0.2615 0.71759 0.872 0.004 0.000 0.008 0.012 0.104
#> SRR1331620 1 0.6262 -0.01971 0.408 0.000 0.000 0.008 0.312 0.272
#> SRR1082809 1 0.6099 0.41689 0.608 0.000 0.028 0.024 0.152 0.188
#> SRR1417178 5 0.3525 0.68525 0.096 0.000 0.000 0.020 0.824 0.060
#> SRR1335278 5 0.2941 0.71821 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR665369 2 0.4026 0.48077 0.000 0.636 0.000 0.348 0.000 0.016
#> SRR657552 5 0.4775 0.15718 0.004 0.000 0.004 0.032 0.520 0.440
#> SRR812412 1 0.0508 0.76114 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1096500 6 0.4530 0.35181 0.000 0.420 0.000 0.016 0.012 0.552
#> SRR1347750 2 0.3922 0.20228 0.000 0.664 0.000 0.000 0.016 0.320
#> SRR615153 6 0.7517 0.30577 0.004 0.304 0.000 0.180 0.152 0.360
#> SRR1434417 5 0.3590 0.72436 0.152 0.000 0.000 0.028 0.800 0.020
#> SRR1070159 3 0.4957 0.64451 0.000 0.000 0.700 0.028 0.112 0.160
#> SRR1332508 2 0.2980 0.62490 0.000 0.800 0.000 0.192 0.000 0.008
#> SRR1082059 6 0.6224 0.45648 0.056 0.112 0.020 0.068 0.068 0.676
#> SRR1402491 5 0.3789 0.48239 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1476595 2 0.4266 0.08677 0.008 0.628 0.000 0.000 0.016 0.348
#> SRR1320987 2 0.3109 0.60522 0.000 0.772 0.000 0.224 0.000 0.004
#> SRR1086417 6 0.6541 0.42032 0.068 0.064 0.000 0.080 0.180 0.608
#> SRR1454095 1 0.4320 0.56636 0.764 0.100 0.000 0.004 0.016 0.116
#> SRR614791 2 0.3619 0.51565 0.000 0.680 0.000 0.316 0.000 0.004
#> SRR821255 6 0.5731 0.42093 0.104 0.388 0.000 0.004 0.012 0.492
#> SRR820402 4 0.2069 0.70254 0.000 0.068 0.000 0.908 0.004 0.020
#> SRR1337284 6 0.6109 0.51459 0.264 0.204 0.000 0.008 0.008 0.516
#> SRR1333083 3 0.2201 0.75588 0.000 0.000 0.900 0.000 0.052 0.048
#> SRR1384883 4 0.1501 0.70971 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR614431 1 0.2996 0.58628 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1481106 2 0.3695 0.43784 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1370285 5 0.3178 0.72648 0.176 0.000 0.000 0.016 0.804 0.004
#> SRR1446673 3 0.0922 0.76695 0.000 0.000 0.968 0.024 0.004 0.004
#> SRR1318046 2 0.3446 0.52896 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0993 0.76617 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1384941 1 0.1204 0.74705 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1322864 2 0.0935 0.69105 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1476825 3 0.5951 0.27558 0.004 0.000 0.448 0.008 0.144 0.396
#> SRR1443332 2 0.2102 0.65981 0.000 0.908 0.000 0.012 0.012 0.068
#> SRR662486 2 0.2473 0.65792 0.000 0.856 0.000 0.136 0.000 0.008
#> SRR1447019 5 0.3578 0.72481 0.160 0.000 0.000 0.016 0.796 0.028
#> SRR662942 1 0.3023 0.57977 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR613102 3 0.2326 0.75661 0.000 0.000 0.900 0.060 0.012 0.028
#> SRR1469880 1 0.0436 0.76246 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1464977 6 0.5806 0.47969 0.288 0.156 0.000 0.004 0.008 0.544
#> SRR615850 3 0.4553 0.68233 0.048 0.000 0.764 0.008 0.064 0.116
#> SRR661949 2 0.1155 0.67490 0.000 0.956 0.000 0.004 0.004 0.036
#> SRR1322227 3 0.6425 0.47042 0.000 0.012 0.500 0.320 0.036 0.132
#> SRR1441655 6 0.6298 0.51137 0.180 0.128 0.000 0.020 0.064 0.608
#> SRR613771 6 0.5640 0.38484 0.000 0.228 0.000 0.208 0.004 0.560
#> SRR1479471 5 0.3505 0.72514 0.152 0.000 0.000 0.028 0.804 0.016
#> SRR1488918 2 0.4289 0.33453 0.000 0.556 0.000 0.424 0.000 0.020
#> SRR1414040 2 0.1245 0.66787 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1079850 2 0.3711 0.55277 0.028 0.816 0.000 0.020 0.016 0.120
#> SRR663209 1 0.1642 0.75953 0.936 0.000 0.000 0.004 0.032 0.028
#> SRR1364914 2 0.3727 0.41709 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.3298 0.59397 0.000 0.756 0.000 0.236 0.000 0.008
#> SRR1314894 1 0.0937 0.75394 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1414117 4 0.6326 0.14182 0.000 0.000 0.044 0.520 0.260 0.176
#> SRR1395975 6 0.4258 0.27648 0.000 0.468 0.000 0.016 0.000 0.516
#> SRR1402219 2 0.4579 -0.24655 0.000 0.492 0.000 0.016 0.012 0.480
#> SRR1433623 5 0.3782 0.49086 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR656385 2 0.1895 0.64354 0.000 0.912 0.000 0.000 0.016 0.072
#> SRR811213 2 0.3330 0.55498 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR663657 4 0.7247 -0.31711 0.000 0.004 0.300 0.356 0.076 0.264
#> SRR612203 5 0.3706 0.71766 0.140 0.000 0.000 0.028 0.800 0.032
#> SRR613987 2 0.4958 0.05352 0.004 0.572 0.000 0.024 0.024 0.376
#> SRR613831 3 0.4386 0.67680 0.000 0.000 0.720 0.216 0.024 0.040
#> SRR1354180 2 0.3879 0.55331 0.000 0.688 0.000 0.292 0.000 0.020
#> SRR1382912 5 0.3508 0.66123 0.292 0.000 0.000 0.004 0.704 0.000
#> SRR1475501 5 0.2912 0.71984 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1336930 5 0.4183 0.32520 0.480 0.000 0.000 0.000 0.508 0.012
#> SRR613030 3 0.5364 0.45689 0.000 0.000 0.504 0.416 0.024 0.056
#> SRR1381459 2 0.3534 0.56181 0.000 0.716 0.000 0.276 0.000 0.008
#> SRR1402350 6 0.7267 0.19971 0.148 0.008 0.240 0.024 0.080 0.500
#> SRR1419408 5 0.2823 0.72339 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR655911 4 0.2537 0.64075 0.000 0.032 0.048 0.896 0.004 0.020
#> SRR1418243 1 0.0935 0.76043 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1322573 1 0.4415 0.60211 0.752 0.012 0.000 0.020 0.048 0.168
#> SRR613615 3 0.3700 0.72058 0.000 0.000 0.800 0.140 0.024 0.036
#> SRR1355284 1 0.1719 0.74444 0.924 0.000 0.000 0.000 0.060 0.016
#> SRR1319395 1 0.1082 0.75721 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR818939 5 0.3868 0.26023 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR1465266 5 0.3595 0.72067 0.144 0.000 0.000 0.024 0.804 0.028
#> SRR614888 1 0.1753 0.74037 0.912 0.000 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1431694 5 0.5329 0.40656 0.084 0.000 0.000 0.012 0.556 0.348
#> SRR614347 4 0.2152 0.70078 0.000 0.068 0.000 0.904 0.004 0.024
#> SRR1334228 3 0.1173 0.76661 0.000 0.000 0.960 0.008 0.016 0.016
#> SRR1096007 2 0.1500 0.65745 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR656349 5 0.5443 0.40764 0.036 0.000 0.028 0.036 0.640 0.260
#> SRR815422 4 0.2034 0.68911 0.000 0.060 0.000 0.912 0.004 0.024
#> SRR1360828 1 0.2173 0.74442 0.904 0.000 0.000 0.004 0.028 0.064
#> SRR1359005 4 0.2793 0.63803 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.1152 0.75595 0.952 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1391660 1 0.0891 0.76190 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1441956 1 0.1082 0.75721 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR662930 2 0.1148 0.68828 0.000 0.960 0.000 0.020 0.004 0.016
#> SRR615790 3 0.4489 0.66537 0.000 0.000 0.704 0.232 0.024 0.040
#> SRR614827 2 0.4322 -0.11068 0.000 0.528 0.000 0.020 0.000 0.452
#> SRR614587 4 0.1674 0.70624 0.000 0.068 0.000 0.924 0.004 0.004
#> SRR814052 2 0.4381 -0.14528 0.000 0.524 0.000 0.016 0.004 0.456
#> SRR1070086 1 0.1501 0.73767 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1481440 5 0.3706 0.71791 0.140 0.000 0.000 0.028 0.800 0.032
#> SRR1339296 3 0.1922 0.76177 0.000 0.000 0.924 0.040 0.012 0.024
#> SRR1343239 2 0.4389 0.50033 0.000 0.664 0.012 0.300 0.004 0.020
#> SRR1432802 6 0.4293 0.39186 0.000 0.396 0.000 0.016 0.004 0.584
#> SRR1416911 1 0.1204 0.74686 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1410427 1 0.4082 0.11082 0.560 0.004 0.000 0.004 0.000 0.432
#> SRR1401185 2 0.6531 -0.25942 0.236 0.460 0.000 0.008 0.020 0.276
#> SRR654993 2 0.3872 0.40964 0.000 0.604 0.000 0.392 0.000 0.004
#> SRR656397 5 0.3847 0.38699 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR809643 3 0.5990 0.43517 0.000 0.000 0.468 0.400 0.044 0.088
#> SRR1433819 1 0.5044 0.45562 0.648 0.000 0.000 0.024 0.068 0.260
#> SRR1375225 2 0.3647 0.45917 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.2714 0.75926 0.000 0.000 0.872 0.004 0.064 0.060
#> SRR1323336 6 0.5949 0.39831 0.276 0.024 0.008 0.020 0.076 0.596
#> SRR663224 4 0.6528 0.46599 0.000 0.280 0.012 0.508 0.036 0.164
#> SRR1442840 5 0.2823 0.72339 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1374058 1 0.1644 0.73700 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076 0.000
#> SRR656994 1 0.0632 0.75887 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1469214 2 0.3101 0.59130 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.4936 0.00866 0.540 0.000 0.000 0.016 0.408 0.036
#> SRR1471879 2 0.2704 0.56195 0.000 0.844 0.000 0.000 0.016 0.140
#> SRR612911 3 0.4449 0.67558 0.000 0.000 0.716 0.216 0.024 0.044
#> SRR1395720 2 0.3607 0.47758 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1413055 5 0.3856 0.67720 0.092 0.000 0.000 0.028 0.804 0.076
#> SRR656770 6 0.4262 0.24230 0.000 0.476 0.000 0.016 0.000 0.508
#> SRR812080 3 0.5111 0.44617 0.000 0.000 0.508 0.432 0.024 0.036
#> SRR1479328 6 0.5851 0.33849 0.300 0.000 0.004 0.020 0.124 0.552
#> SRR661421 2 0.3758 0.44135 0.000 0.740 0.000 0.024 0.004 0.232
#> SRR1410286 2 0.3390 0.54769 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0777 0.75920 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1467035 5 0.2854 0.72246 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR1360607 2 0.2454 0.60079 0.000 0.876 0.000 0.004 0.016 0.104
#> SRR1333106 2 0.5468 0.45389 0.000 0.568 0.000 0.244 0.000 0.188
#> SRR1088706 2 0.3426 0.55948 0.000 0.720 0.000 0.276 0.000 0.004
#> SRR1320053 3 0.5040 0.51140 0.000 0.000 0.556 0.384 0.024 0.036
#> SRR1350392 2 0.0806 0.68896 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1385190 3 0.2201 0.75297 0.000 0.000 0.900 0.000 0.048 0.052
#> SRR1080093 2 0.2178 0.65995 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.2912 0.60280 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1345369 3 0.4202 0.53517 0.000 0.000 0.668 0.004 0.028 0.300
#> SRR612178 4 0.4745 0.50662 0.000 0.268 0.000 0.644 0.000 0.088
#> SRR1354423 5 0.3542 0.72560 0.156 0.000 0.000 0.028 0.800 0.016
#> SRR1072724 1 0.0858 0.75836 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1418450 4 0.2730 0.64461 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.5261 0.55128 0.000 0.000 0.568 0.352 0.028 0.052
#> SRR1437412 6 0.4868 0.37629 0.000 0.004 0.008 0.112 0.184 0.692
#> SRR1327548 4 0.1806 0.71055 0.000 0.088 0.000 0.908 0.000 0.004
#> SRR1395891 1 0.0692 0.76179 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR659367 6 0.4026 0.45289 0.000 0.348 0.000 0.016 0.000 0.636
#> SRR818961 5 0.3590 0.72436 0.152 0.000 0.000 0.028 0.800 0.020
#> SRR813704 1 0.2912 0.60280 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR613054 5 0.3684 0.61524 0.332 0.000 0.000 0.004 0.664 0.000
#> SRR1476467 5 0.3360 0.69729 0.264 0.000 0.000 0.004 0.732 0.000
#> SRR1407988 2 0.1320 0.66594 0.000 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR1394776 2 0.1584 0.68377 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008 0.000
#> SRR655578 2 0.2006 0.63045 0.000 0.904 0.000 0.000 0.016 0.080
#> SRR1310645 4 0.2664 0.65249 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1345628 5 0.3641 0.70699 0.120 0.000 0.000 0.028 0.812 0.040
#> SRR1479740 1 0.0692 0.76007 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1332095 1 0.5287 0.43025 0.676 0.052 0.000 0.020 0.036 0.216
#> SRR1444786 6 0.4768 0.51321 0.000 0.176 0.000 0.104 0.016 0.704
#> SRR1090070 1 0.1485 0.76336 0.944 0.000 0.000 0.004 0.028 0.024
#> SRR662414 6 0.4176 0.38280 0.000 0.404 0.000 0.016 0.000 0.580
#> SRR661216 2 0.3464 0.52418 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0146 0.68557 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR615671 6 0.4168 0.38475 0.000 0.400 0.000 0.016 0.000 0.584
#> SRR1350196 3 0.2452 0.74337 0.000 0.000 0.884 0.004 0.028 0.084
#> SRR1466580 1 0.1364 0.75410 0.944 0.004 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1408032 2 0.1194 0.67510 0.000 0.956 0.000 0.004 0.008 0.032
#> SRR1432913 4 0.3807 0.68108 0.000 0.104 0.000 0.800 0.016 0.080
#> SRR1360502 5 0.6526 0.08130 0.068 0.004 0.040 0.032 0.448 0.408
#> SRR1391901 2 0.3758 0.49835 0.000 0.668 0.000 0.324 0.000 0.008
#> SRR1311131 1 0.0935 0.75953 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1380636 1 0.0777 0.76125 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1332339 1 0.3217 0.57759 0.768 0.008 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1341563 2 0.1793 0.67274 0.000 0.928 0.000 0.012 0.012 0.048
#> SRR1359410 4 0.7611 0.20186 0.000 0.212 0.056 0.388 0.048 0.296
#> SRR1473040 3 0.2003 0.75656 0.000 0.000 0.912 0.000 0.044 0.044
#> SRR1321444 1 0.0937 0.75377 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1498765 4 0.3864 -0.05082 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000
#> SRR1312622 4 0.3175 0.57556 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR615503 2 0.4613 -0.19205 0.012 0.524 0.000 0.004 0.012 0.448
#> SRR1453192 1 0.3868 -0.25019 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1433107 4 0.5989 -0.01484 0.000 0.048 0.380 0.508 0.020 0.044
#> SRR1075384 5 0.2969 0.71613 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1356683 5 0.3782 0.49086 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR659049 1 0.2969 0.59203 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1368240 1 0.3708 0.60218 0.752 0.000 0.000 0.008 0.220 0.020
#> SRR1341739 1 0.1010 0.75985 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR613249 3 0.1777 0.76750 0.000 0.000 0.928 0.004 0.044 0.024
#> SRR663428 2 0.1245 0.66787 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1341302 2 0.3789 0.33576 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.2431 0.65829 0.000 0.860 0.000 0.132 0.000 0.008
#> SRR1354093 3 0.4618 0.60537 0.000 0.000 0.632 0.320 0.012 0.036
#> SRR1406521 4 0.1674 0.70731 0.000 0.068 0.000 0.924 0.004 0.004
#> SRR1432049 1 0.2174 0.73381 0.896 0.000 0.000 0.008 0.008 0.088
#> SRR1453504 6 0.7935 0.37273 0.176 0.240 0.000 0.176 0.028 0.380
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.994 0.957 0.983 0.4979 0.502 0.502
#> 3 3 0.881 0.893 0.956 0.3163 0.790 0.601
#> 4 4 0.848 0.861 0.918 0.1219 0.859 0.625
#> 5 5 0.737 0.731 0.849 0.0796 0.895 0.630
#> 6 6 0.714 0.508 0.745 0.0372 0.900 0.584
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.7745 0.696 0.228 0.772
#> SRR613687 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR814996 1 0.9686 0.363 0.604 0.396
#> SRR1407410 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1405078 1 0.7376 0.735 0.792 0.208
#> SRR1437226 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1348138 1 0.3733 0.906 0.928 0.072
#> SRR811423 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR615165 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR664072 2 0.0938 0.976 0.012 0.988
#> SRR612923 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1404084 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR615994 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1442549 2 0.3114 0.931 0.056 0.944
#> SRR1466421 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1408615 1 0.9988 0.103 0.520 0.480
#> SRR1070597 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.9970 0.109 0.468 0.532
#> SRR1098385 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.8443 0.616 0.272 0.728
#> SRR662617 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR615153 1 0.5842 0.830 0.860 0.140
#> SRR1434417 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.6887 0.769 0.184 0.816
#> SRR1402491 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.7815 0.694 0.232 0.768
#> SRR1320987 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1086417 1 0.9944 0.165 0.544 0.456
#> SRR1454095 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.9661 0.358 0.608 0.392
#> SRR820402 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1333083 1 0.9850 0.274 0.572 0.428
#> SRR1384883 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR615850 1 0.0672 0.969 0.992 0.008
#> SRR661949 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.2043 0.946 0.968 0.032
#> SRR613771 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.7883 0.687 0.236 0.764
#> SRR663209 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR613831 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1401185 1 0.8813 0.579 0.700 0.300
#> SRR654993 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.4939 0.871 0.108 0.892
#> SRR1433819 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.4022 0.898 0.920 0.080
#> SRR1323336 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR663224 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1327548 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1350196 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1391901 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1473040 1 0.9710 0.353 0.600 0.400
#> SRR1321444 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.9248 0.480 0.340 0.660
#> SRR1453192 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR613249 1 0.7602 0.717 0.780 0.220
#> SRR663428 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.0000 0.976 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359328 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0237 0.967 0.996 0.000 0.004
#> SRR1459631 3 0.4452 0.734 0.000 0.192 0.808
#> SRR1448098 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.5859 0.467 0.656 0.000 0.344
#> SRR1330284 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.1529 0.924 0.000 0.960 0.040
#> SRR1445873 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.4555 0.726 0.200 0.000 0.800
#> SRR1437226 3 0.6302 0.132 0.000 0.480 0.520
#> SRR1326078 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.2165 0.907 0.936 0.000 0.064
#> SRR615754 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 3 0.4452 0.727 0.000 0.192 0.808
#> SRR614551 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336048 3 0.4235 0.755 0.176 0.000 0.824
#> SRR1368896 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR811423 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 3 0.6244 0.214 0.440 0.000 0.560
#> SRR1074550 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417224 3 0.6126 0.345 0.000 0.400 0.600
#> SRR661687 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431804 3 0.5560 0.555 0.300 0.000 0.700
#> SRR664072 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 1 0.5706 0.519 0.680 0.000 0.320
#> SRR615994 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362621 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.3038 0.855 0.000 0.896 0.104
#> SRR1341809 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 3 0.5988 0.428 0.000 0.368 0.632
#> SRR1404483 2 0.6111 0.333 0.000 0.604 0.396
#> SRR1096222 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.5650 0.549 0.688 0.312 0.000
#> SRR1332381 1 0.3412 0.837 0.876 0.000 0.124
#> SRR1457015 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.1753 0.909 0.048 0.952 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.5216 0.621 0.260 0.740 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.4452 0.732 0.808 0.000 0.192
#> SRR1417178 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.4974 0.676 0.764 0.000 0.236
#> SRR812412 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 1 0.9153 0.202 0.524 0.176 0.300
#> SRR1434417 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 3 0.6487 0.596 0.032 0.268 0.700
#> SRR1402491 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 3 0.6252 0.201 0.444 0.000 0.556
#> SRR1454095 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR821255 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR820402 3 0.3412 0.810 0.000 0.124 0.876
#> SRR1337284 2 0.6180 0.262 0.416 0.584 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384883 3 0.5678 0.541 0.000 0.316 0.684
#> SRR614431 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.4399 0.741 0.188 0.000 0.812
#> SRR1443332 2 0.3816 0.799 0.000 0.852 0.148
#> SRR662486 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.5650 0.551 0.312 0.000 0.688
#> SRR661949 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.6280 0.157 0.540 0.460 0.000
#> SRR613771 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.6126 0.322 0.000 0.600 0.400
#> SRR1402350 3 0.5497 0.569 0.292 0.000 0.708
#> SRR1419408 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR614347 3 0.4555 0.724 0.000 0.200 0.800
#> SRR1334228 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 3 0.6126 0.329 0.400 0.000 0.600
#> SRR815422 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.5363 0.602 0.000 0.724 0.276
#> SRR614587 3 0.5560 0.571 0.000 0.300 0.700
#> SRR814052 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.6126 0.322 0.000 0.600 0.400
#> SRR1432802 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 1 0.9391 0.228 0.496 0.304 0.200
#> SRR654993 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.4931 0.683 0.768 0.000 0.232
#> SRR663224 3 0.4002 0.772 0.000 0.160 0.840
#> SRR1442840 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.6126 0.322 0.000 0.600 0.400
#> SRR812080 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.5098 0.651 0.000 0.752 0.248
#> SRR1354423 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327548 3 0.5621 0.556 0.000 0.308 0.692
#> SRR1395891 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.5098 0.651 0.000 0.752 0.248
#> SRR1345628 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444786 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.5465 0.579 0.000 0.712 0.288
#> SRR1350196 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 3 0.5785 0.509 0.000 0.332 0.668
#> SRR1360502 3 0.5591 0.547 0.304 0.000 0.696
#> SRR1391901 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.6126 0.322 0.000 0.600 0.400
#> SRR615503 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.3116 0.824 0.000 0.108 0.892
#> SRR1075384 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 3 0.4702 0.711 0.000 0.212 0.788
#> SRR1432049 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.5529 0.581 0.704 0.296 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 3 0.4630 0.65126 0.000 0.252 0.732 0.016
#> SRR1359328 3 0.0188 0.90196 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR821124 4 0.0336 0.93129 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1335188 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1075825 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1321921 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0921 0.89190 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1384073 2 0.0592 0.86763 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1312802 3 0.4088 0.70202 0.232 0.004 0.764 0.000
#> SRR1076559 1 0.1716 0.93262 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.2647 0.91462 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1476165 1 0.3494 0.75975 0.824 0.004 0.172 0.000
#> SRR1459631 4 0.2149 0.87553 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1448098 2 0.4643 0.63006 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1321401 2 0.4103 0.77668 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR807613 4 0.2814 0.81402 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR808086 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613687 2 0.2868 0.90623 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1471011 3 0.3710 0.75402 0.192 0.004 0.804 0.000
#> SRR1330284 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1320624 4 0.0188 0.93080 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1459519 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 4 0.4916 0.27023 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1390561 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1087079 4 0.0707 0.92921 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR814996 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.1792 0.91234 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1453392 4 0.0376 0.93010 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1445873 1 0.1474 0.93651 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.2408 0.91850 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR820938 3 0.4830 0.32579 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1476844 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.1474 0.93651 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.0469 0.93143 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1441051 2 0.2589 0.91607 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR614287 2 0.2469 0.91807 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1092062 2 0.2647 0.91462 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR612611 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1376356 2 0.1637 0.91320 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1405078 3 0.2530 0.81724 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1437226 4 0.1297 0.91777 0.000 0.016 0.020 0.964
#> SRR1326078 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1096806 4 0.2814 0.82175 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR1440919 4 0.2081 0.87545 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1452824 3 0.3710 0.75526 0.192 0.004 0.804 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 3 0.5024 0.45144 0.000 0.360 0.632 0.008
#> SRR614551 2 0.3024 0.89797 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1380829 3 0.0336 0.90185 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1455761 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.1743 0.86989 0.056 0.004 0.940 0.000
#> SRR1376895 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1409239 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0336 0.90185 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR821096 2 0.3074 0.89488 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR613591 2 0.2469 0.91807 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1344205 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612479 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.3392 0.88583 0.872 0.056 0.072 0.000
#> SRR1336048 3 0.0376 0.90103 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1368896 1 0.1474 0.93651 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.0469 0.93143 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1312464 1 0.0188 0.93588 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.1389 0.93683 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0188 0.90200 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR811423 1 0.4781 0.45120 0.660 0.004 0.336 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.0336 0.93129 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR817609 3 0.2944 0.81509 0.128 0.004 0.868 0.000
#> SRR1074550 3 0.1637 0.86793 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1499236 2 0.2469 0.91807 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR656083 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.2216 0.91556 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.3024 0.89797 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR615165 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1097055 4 0.1118 0.91814 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1312370 2 0.1637 0.91320 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR655325 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.2647 0.91462 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR815685 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR817026 3 0.0592 0.89691 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1417224 2 0.5446 0.57834 0.000 0.680 0.276 0.044
#> SRR661687 4 0.2081 0.87545 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1431804 3 0.5299 0.37989 0.388 0.004 0.600 0.008
#> SRR664072 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612923 4 0.0336 0.93129 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1315890 1 0.1474 0.93651 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.4948 0.36288 0.560 0.440 0.000 0.000
#> SRR1500360 2 0.2216 0.81754 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.1792 0.91234 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1404084 1 0.5004 0.31817 0.604 0.004 0.392 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.4855 0.49992 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1397200 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 4 0.0469 0.93143 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1311308 3 0.4998 0.01532 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1368006 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR613651 1 0.1209 0.91919 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1362621 3 0.0524 0.90167 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1451718 1 0.5907 0.64581 0.680 0.092 0.228 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079636 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1442549 2 0.1792 0.91234 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1466421 2 0.2647 0.91462 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR817397 4 0.0188 0.92879 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1341809 2 0.1637 0.91320 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR614623 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1335005 2 0.2647 0.91462 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1407065 4 0.1557 0.89951 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1404483 4 0.1576 0.90865 0.000 0.004 0.048 0.948
#> SRR1096222 1 0.0592 0.93682 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0524 0.93083 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1408615 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070597 2 0.3142 0.75044 0.132 0.860 0.000 0.008
#> SRR1332381 1 0.5998 0.62479 0.668 0.092 0.240 0.000
#> SRR1457015 1 0.1474 0.93651 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0895 0.87259 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1098385 2 0.2868 0.90623 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1363947 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.2469 0.91807 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR662055 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1310455 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0469 0.87773 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662617 2 0.2469 0.91806 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR654778 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.2216 0.91837 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1334396 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR613867 4 0.4967 0.00787 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1479412 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0592 0.93675 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.6206 0.28719 0.540 0.056 0.404 0.000
#> SRR1417178 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR665369 4 0.0336 0.93129 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR657552 1 0.5497 0.52496 0.672 0.044 0.284 0.000
#> SRR812412 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.1867 0.91246 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1347750 2 0.1716 0.91413 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR615153 1 0.6970 0.34377 0.576 0.052 0.040 0.332
#> SRR1434417 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332508 4 0.3907 0.65290 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1082059 3 0.5835 0.54017 0.000 0.280 0.656 0.064
#> SRR1402491 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.1716 0.91413 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1320987 4 0.1211 0.91501 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1086417 1 0.7093 -0.09602 0.452 0.004 0.436 0.108
#> SRR1454095 2 0.2216 0.81797 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR614791 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR821255 2 0.0188 0.87656 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR820402 4 0.1211 0.91137 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1337284 2 0.0188 0.87656 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.1716 0.89307 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR614431 1 0.1211 0.93705 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1481106 4 0.0336 0.93129 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1370285 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1341188 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.3219 0.88463 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1476825 3 0.0779 0.89572 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1443332 2 0.3840 0.89664 0.000 0.844 0.052 0.104
#> SRR662486 4 0.3907 0.65290 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1447019 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0188 0.93590 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.0707 0.86470 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.3306 0.77053 0.156 0.004 0.840 0.000
#> SRR661949 2 0.2469 0.91807 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1322227 3 0.0817 0.89444 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1441655 2 0.1557 0.84623 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR613771 3 0.5994 0.66724 0.000 0.152 0.692 0.156
#> SRR1479471 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1488918 4 0.0336 0.93129 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1414040 2 0.2530 0.91722 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1079850 2 0.2868 0.90623 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR663209 1 0.1474 0.93654 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1364914 4 0.0336 0.93129 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1408267 4 0.1118 0.91814 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1314894 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.1674 0.88846 0.012 0.004 0.952 0.032
#> SRR1395975 2 0.3688 0.80013 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1402219 2 0.1792 0.91234 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1433623 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.2408 0.91833 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR811213 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR663657 3 0.0336 0.90185 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR612203 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.3024 0.89797 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR613831 3 0.0336 0.90185 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1354180 4 0.0336 0.93129 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1382912 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0707 0.93691 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0336 0.90185 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1381459 4 0.3545 0.80532 0.000 0.008 0.164 0.828
#> SRR1402350 3 0.1635 0.88013 0.008 0.044 0.948 0.000
#> SRR1419408 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR655911 4 0.2345 0.85916 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1418243 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0336 0.90185 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1355284 1 0.1118 0.93717 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.1302 0.91384 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR614347 4 0.1867 0.88666 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1334228 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.2589 0.91607 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR656349 3 0.5105 0.26328 0.432 0.004 0.564 0.000
#> SRR815422 4 0.2081 0.87545 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1360828 1 0.0336 0.93629 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1359005 4 0.0000 0.92979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.3591 0.87941 0.000 0.824 0.008 0.168
#> SRR615790 3 0.0336 0.90185 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR614827 2 0.3471 0.88157 0.000 0.868 0.072 0.060
#> SRR614587 4 0.1940 0.88321 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR814052 2 0.1792 0.91234 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1070086 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 4 0.3498 0.80951 0.000 0.008 0.160 0.832
#> SRR1432802 2 0.1792 0.91234 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1416911 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.2408 0.90755 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.1940 0.84767 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR654993 4 0.0336 0.93129 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR656397 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0336 0.90185 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1433819 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1375225 4 0.0469 0.93143 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1367739 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.7395 0.23078 0.480 0.176 0.344 0.000
#> SRR663224 3 0.4998 0.01497 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1442840 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1469214 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1456446 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.1792 0.91509 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR612911 3 0.0336 0.90185 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1395720 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1413055 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.5304 0.74032 0.000 0.748 0.104 0.148
#> SRR812080 3 0.1557 0.87117 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1479328 1 0.1637 0.93449 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.2281 0.91764 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1410286 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1487150 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.2216 0.91837 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1333106 4 0.1022 0.92100 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1088706 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1320053 3 0.0707 0.89655 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1350392 2 0.4661 0.62836 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1385190 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080093 4 0.4761 0.27981 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1318753 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0592 0.89815 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR612178 4 0.1635 0.90472 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1354423 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1418450 4 0.0000 0.92979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326427 3 0.0336 0.90185 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1437412 3 0.3037 0.85207 0.000 0.076 0.888 0.036
#> SRR1327548 4 0.2081 0.87612 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1395891 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.1792 0.91234 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR818961 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.2469 0.91807 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1394776 2 0.4948 0.40287 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR655578 2 0.2216 0.91837 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1310645 4 0.0188 0.92879 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1345628 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.1302 0.85210 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1444786 3 0.7135 0.48643 0.000 0.240 0.560 0.200
#> SRR1090070 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.1792 0.91234 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR661216 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR656313 2 0.2814 0.90846 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR615671 2 0.2111 0.89938 0.000 0.932 0.024 0.044
#> SRR1350196 3 0.0188 0.90196 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1466580 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.2530 0.91727 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1432913 4 0.1398 0.91259 0.000 0.004 0.040 0.956
#> SRR1360502 3 0.2714 0.82854 0.112 0.004 0.884 0.000
#> SRR1391901 4 0.0336 0.93061 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1311131 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.2760 0.88827 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.2814 0.90846 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1359410 3 0.1022 0.88955 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1473040 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1498765 4 0.0336 0.93129 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1312622 4 0.1302 0.90945 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR615503 2 0.1637 0.91320 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1453192 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.4830 0.32579 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1075384 1 0.0188 0.93432 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.1389 0.93678 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.93528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.90293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663428 2 0.2469 0.91807 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1341302 4 0.0592 0.93101 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1073553 4 0.3873 0.66052 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1354093 3 0.0336 0.90185 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406521 4 0.1302 0.90891 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1432049 1 0.1557 0.93610 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.5250 0.51275 0.660 0.024 0.000 0.316
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 3 0.5565 0.6720 0.064 0.180 0.700 0.056 0.000
#> SRR1359328 3 0.0955 0.8638 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR821124 4 0.1410 0.8927 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1335188 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075825 4 0.2516 0.8710 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1321921 5 0.3424 0.6781 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR1466198 3 0.1478 0.8566 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1384073 5 0.5320 0.1798 0.060 0.368 0.000 0.000 0.572
#> SRR1312802 1 0.6114 0.0140 0.472 0.000 0.400 0.000 0.128
#> SRR1076559 5 0.1300 0.7652 0.028 0.016 0.000 0.000 0.956
#> SRR1370085 1 0.3774 0.6424 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1460363 1 0.3752 0.6482 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1480221 2 0.1043 0.8751 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1476165 1 0.3291 0.7220 0.848 0.000 0.064 0.000 0.088
#> SRR1459631 4 0.0963 0.8649 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1448098 2 0.2891 0.7633 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1321401 2 0.1792 0.8552 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR807613 2 0.4268 0.1086 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR808086 3 0.0880 0.8636 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR613687 2 0.1410 0.8674 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1471011 3 0.5785 0.2359 0.404 0.000 0.504 0.000 0.092
#> SRR1330284 4 0.1851 0.8929 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1320624 4 0.0794 0.8878 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1459519 5 0.4249 0.2113 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1091184 3 0.4291 0.1966 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1390561 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR658164 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087079 4 0.2471 0.8736 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR814996 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.1809 0.8571 0.060 0.928 0.000 0.012 0.000
#> SRR1453392 4 0.0703 0.8868 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1445873 5 0.3177 0.7095 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1419985 2 0.0609 0.8773 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR820938 3 0.4030 0.4858 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR1476844 1 0.2230 0.7830 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1403526 5 0.3480 0.6673 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1413916 4 0.1478 0.8936 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1441051 2 0.1043 0.8751 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR614287 2 0.0794 0.8773 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1092062 2 0.0963 0.8762 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR612611 4 0.2127 0.8868 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1376356 2 0.0703 0.8706 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.2946 0.7917 0.088 0.000 0.868 0.000 0.044
#> SRR1437226 4 0.2529 0.8507 0.032 0.036 0.024 0.908 0.000
#> SRR1326078 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096806 4 0.2127 0.7952 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1440919 4 0.0880 0.8637 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1452824 3 0.6500 0.0692 0.404 0.000 0.408 0.000 0.188
#> SRR615754 1 0.3707 0.6585 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1341787 3 0.5752 0.4974 0.100 0.280 0.612 0.008 0.000
#> SRR614551 2 0.2304 0.8363 0.008 0.892 0.000 0.100 0.000
#> SRR1380829 3 0.1281 0.8638 0.012 0.000 0.956 0.032 0.000
#> SRR1455761 5 0.2179 0.7632 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1465189 1 0.3932 0.3312 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1376895 5 0.0290 0.7863 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1445002 1 0.3612 0.6757 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1469258 4 0.2605 0.8658 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1409239 5 0.3999 0.4643 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1480200 1 0.4307 0.0864 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1418323 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657540 3 0.1270 0.8599 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR821096 2 0.2280 0.8236 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR613591 2 0.1205 0.8763 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR1344205 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR612479 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1399950 5 0.2228 0.7491 0.048 0.000 0.040 0.000 0.912
#> SRR1336048 3 0.0794 0.8642 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1368896 5 0.3561 0.6526 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1379403 4 0.1197 0.8919 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1312464 1 0.4182 0.4271 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1096478 1 0.4030 0.5435 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1459845 5 0.3508 0.6611 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1348138 3 0.3209 0.7291 0.180 0.000 0.812 0.008 0.000
#> SRR811423 1 0.2470 0.6946 0.884 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR615683 1 0.4030 0.5525 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1380336 4 0.1851 0.8917 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR817609 1 0.4268 0.0153 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1074550 3 0.1608 0.8536 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1499236 2 0.0794 0.8777 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR656083 1 0.3684 0.6630 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR817539 5 0.1197 0.7606 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1410801 1 0.2280 0.7817 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1347190 5 0.1478 0.7679 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1355126 2 0.3243 0.8263 0.012 0.860 0.000 0.092 0.036
#> SRR615165 3 0.0290 0.8656 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1466046 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1097055 4 0.3210 0.8018 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1312370 2 0.1012 0.8681 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> SRR655325 5 0.3480 0.6678 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR810177 2 0.0963 0.8762 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR815685 4 0.2648 0.8625 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR817026 3 0.2830 0.8332 0.044 0.000 0.876 0.080 0.000
#> SRR1417224 2 0.6503 0.1235 0.036 0.480 0.400 0.084 0.000
#> SRR661687 4 0.1121 0.8542 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1431804 1 0.6177 0.2807 0.568 0.000 0.328 0.056 0.048
#> SRR664072 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR612923 4 0.1478 0.8920 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1315890 5 0.3707 0.6145 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1347726 5 0.2863 0.7034 0.060 0.064 0.000 0.000 0.876
#> SRR1500360 5 0.2248 0.7181 0.012 0.088 0.000 0.000 0.900
#> SRR1468360 2 0.1809 0.8571 0.060 0.928 0.000 0.012 0.000
#> SRR1404084 1 0.5849 0.3793 0.596 0.000 0.280 0.004 0.120
#> SRR615994 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.3730 0.5767 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1397200 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR655519 4 0.1965 0.8907 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1311308 3 0.4227 0.3251 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR1368006 4 0.1851 0.8932 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR613651 5 0.5218 0.4140 0.336 0.000 0.060 0.000 0.604
#> SRR1362621 3 0.4404 0.7408 0.152 0.000 0.760 0.088 0.000
#> SRR1451718 5 0.2463 0.7184 0.100 0.008 0.004 0.000 0.888
#> SRR1095334 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1079636 4 0.1608 0.8944 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1442549 2 0.2208 0.8512 0.060 0.916 0.000 0.012 0.012
#> SRR1466421 2 0.0963 0.8762 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR817397 4 0.0290 0.8751 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1341809 2 0.0609 0.8713 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR614623 4 0.2648 0.8625 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1335005 2 0.1043 0.8751 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1407065 4 0.0404 0.8735 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1404483 4 0.0955 0.8874 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000
#> SRR1096222 5 0.3876 0.5497 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1401793 1 0.5095 0.2103 0.560 0.000 0.040 0.000 0.400
#> SRR1408615 3 0.1043 0.8615 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1070597 2 0.6034 0.4977 0.136 0.608 0.000 0.012 0.244
#> SRR1332381 5 0.4135 0.6573 0.108 0.008 0.084 0.000 0.800
#> SRR1457015 5 0.3508 0.6620 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1386797 2 0.4655 0.5252 0.028 0.644 0.000 0.000 0.328
#> SRR1098385 2 0.1544 0.8617 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.0794 0.8773 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR662055 4 0.2020 0.8899 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1310455 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453639 2 0.4828 0.7393 0.064 0.760 0.012 0.012 0.152
#> SRR662617 2 0.2011 0.8559 0.004 0.908 0.000 0.088 0.000
#> SRR654778 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661782 2 0.0510 0.8771 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1334396 1 0.2020 0.7790 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR613867 2 0.3884 0.5904 0.004 0.708 0.000 0.288 0.000
#> SRR1479412 5 0.0404 0.7814 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1331620 1 0.3895 0.5880 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1082809 5 0.5066 0.2641 0.048 0.000 0.344 0.000 0.608
#> SRR1417178 1 0.2020 0.7790 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1335278 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR665369 4 0.2280 0.8779 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR657552 1 0.3421 0.5872 0.816 0.000 0.164 0.004 0.016
#> SRR812412 5 0.2813 0.7375 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1096500 2 0.1809 0.8571 0.060 0.928 0.000 0.012 0.000
#> SRR1347750 2 0.0671 0.8730 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR615153 1 0.3858 0.7041 0.832 0.036 0.000 0.092 0.040
#> SRR1434417 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1070159 3 0.1043 0.8615 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1332508 4 0.4126 0.4940 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1082059 3 0.7853 0.5061 0.080 0.204 0.540 0.132 0.044
#> SRR1402491 1 0.3730 0.6538 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1476595 2 0.0671 0.8730 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1320987 4 0.2891 0.8423 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1086417 1 0.7174 0.1879 0.488 0.000 0.328 0.096 0.088
#> SRR1454095 5 0.1851 0.7264 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR614791 4 0.2074 0.8886 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR821255 2 0.3327 0.7758 0.028 0.828 0.000 0.000 0.144
#> SRR820402 4 0.0703 0.8687 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1337284 5 0.5439 -0.0175 0.060 0.432 0.000 0.000 0.508
#> SRR1333083 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.0510 0.8717 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR614431 5 0.3612 0.6374 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1481106 4 0.1732 0.8934 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1370285 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1446673 3 0.0609 0.8652 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.2127 0.8868 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1341188 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1384941 5 0.3109 0.7162 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1322864 2 0.2329 0.8203 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1476825 3 0.1282 0.8602 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.2612 0.8086 0.000 0.868 0.124 0.008 0.000
#> SRR662486 4 0.4622 0.3158 0.012 0.440 0.000 0.548 0.000
#> SRR1447019 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR662942 5 0.3949 0.5082 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR613102 3 0.0290 0.8656 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1469880 5 0.2127 0.7642 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1464977 2 0.5443 0.2307 0.060 0.504 0.000 0.000 0.436
#> SRR615850 3 0.3281 0.7744 0.092 0.000 0.848 0.000 0.060
#> SRR661949 2 0.1043 0.8755 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1322227 3 0.1544 0.8551 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1441655 5 0.3846 0.6307 0.056 0.144 0.000 0.000 0.800
#> SRR613771 3 0.5601 0.7092 0.060 0.136 0.712 0.092 0.000
#> SRR1479471 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1488918 4 0.1908 0.8903 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1414040 2 0.0794 0.8773 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1079850 2 0.3392 0.8236 0.008 0.852 0.000 0.060 0.080
#> SRR663209 5 0.3508 0.6633 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1364914 4 0.1851 0.8916 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1408267 4 0.2813 0.8497 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1314894 5 0.0510 0.7858 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1414117 3 0.6037 0.1645 0.440 0.000 0.444 0.116 0.000
#> SRR1395975 2 0.2193 0.8564 0.060 0.912 0.000 0.028 0.000
#> SRR1402219 2 0.1809 0.8571 0.060 0.928 0.000 0.012 0.000
#> SRR1433623 1 0.3730 0.6538 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR656385 2 0.0609 0.8773 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR811213 4 0.1908 0.8920 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR663657 3 0.1430 0.8596 0.004 0.000 0.944 0.052 0.000
#> SRR612203 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR613987 2 0.2811 0.8315 0.012 0.876 0.000 0.100 0.012
#> SRR613831 3 0.1270 0.8599 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1354180 4 0.3305 0.7628 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1382912 1 0.3210 0.7254 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1475501 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1336930 1 0.3983 0.5694 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR613030 3 0.1341 0.8589 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1381459 4 0.5447 0.4262 0.000 0.072 0.356 0.572 0.000
#> SRR1402350 3 0.2798 0.8270 0.060 0.008 0.888 0.000 0.044
#> SRR1419408 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR655911 4 0.2377 0.7773 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1418243 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322573 5 0.0404 0.7814 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR613615 3 0.1043 0.8622 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1355284 5 0.3366 0.6833 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1319395 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818939 1 0.3774 0.6424 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1465266 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR614888 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431694 1 0.2300 0.7386 0.904 0.024 0.000 0.000 0.072
#> SRR614347 4 0.0880 0.8637 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1334228 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.0963 0.8762 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR656349 1 0.5192 0.4726 0.656 0.000 0.272 0.004 0.068
#> SRR815422 4 0.1121 0.8542 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1360828 5 0.3774 0.5831 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1359005 4 0.0162 0.8796 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1456652 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391660 5 0.1270 0.7801 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1441956 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662930 2 0.3267 0.8123 0.000 0.844 0.044 0.112 0.000
#> SRR615790 3 0.1197 0.8610 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR614827 2 0.3048 0.8376 0.036 0.880 0.060 0.024 0.000
#> SRR614587 4 0.0609 0.8697 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR814052 2 0.1809 0.8571 0.060 0.928 0.000 0.012 0.000
#> SRR1070086 5 0.3210 0.7062 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1481440 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1339296 3 0.0162 0.8657 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1343239 4 0.5448 0.4597 0.000 0.076 0.340 0.584 0.000
#> SRR1432802 2 0.1809 0.8571 0.060 0.928 0.000 0.012 0.000
#> SRR1416911 5 0.2561 0.7508 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1410427 5 0.1914 0.7426 0.060 0.016 0.000 0.000 0.924
#> SRR1401185 5 0.6308 0.0581 0.000 0.352 0.164 0.000 0.484
#> SRR654993 4 0.1671 0.8930 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR656397 1 0.4101 0.4981 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR809643 3 0.1270 0.8599 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1433819 5 0.0794 0.7735 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1375225 4 0.1851 0.8931 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1367739 3 0.0794 0.8642 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1323336 5 0.2339 0.7400 0.052 0.008 0.028 0.000 0.912
#> SRR663224 3 0.4268 0.2707 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR1442840 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1374058 5 0.3039 0.7220 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR656994 5 0.3039 0.7226 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1469214 4 0.2516 0.8709 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1456446 1 0.2424 0.7770 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1471879 2 0.0324 0.8748 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR612911 3 0.1197 0.8608 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1395720 4 0.2074 0.8886 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1413055 1 0.1965 0.7769 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR656770 2 0.5352 0.6040 0.060 0.688 0.224 0.028 0.000
#> SRR812080 3 0.1608 0.8536 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1479328 5 0.1478 0.7679 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR661421 2 0.2074 0.8612 0.044 0.920 0.000 0.036 0.000
#> SRR1410286 4 0.2280 0.8820 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1487150 5 0.2891 0.7328 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1467035 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1360607 2 0.0510 0.8771 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1333106 4 0.3829 0.7957 0.028 0.196 0.000 0.776 0.000
#> SRR1088706 4 0.2605 0.8653 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1320053 3 0.1410 0.8578 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1350392 2 0.3074 0.7423 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1385190 3 0.0794 0.8642 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.4307 -0.0239 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1318753 5 0.3177 0.7094 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1345369 3 0.1830 0.8482 0.068 0.008 0.924 0.000 0.000
#> SRR612178 4 0.4599 0.2873 0.000 0.384 0.016 0.600 0.000
#> SRR1354423 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1072724 5 0.3242 0.7026 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1418450 4 0.0162 0.8796 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1326427 3 0.1270 0.8599 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1437412 3 0.6339 0.3514 0.396 0.020 0.488 0.096 0.000
#> SRR1327548 4 0.1410 0.8390 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1395891 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659367 2 0.1877 0.8563 0.064 0.924 0.000 0.012 0.000
#> SRR818961 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR813704 5 0.3305 0.6943 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR613054 1 0.3636 0.6716 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1476467 1 0.2561 0.7705 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1407988 2 0.0794 0.8773 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1394776 2 0.4235 0.2186 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR655578 2 0.0404 0.8766 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1310645 4 0.0162 0.8796 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1345628 1 0.2074 0.7809 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1479740 5 0.2966 0.7282 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1332095 5 0.2595 0.7103 0.032 0.080 0.000 0.000 0.888
#> SRR1444786 3 0.6447 0.6407 0.064 0.140 0.632 0.164 0.000
#> SRR1090070 5 0.0290 0.7867 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR662414 2 0.1809 0.8571 0.060 0.928 0.000 0.012 0.000
#> SRR661216 4 0.2074 0.8885 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR656313 2 0.1410 0.8678 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR615671 2 0.2756 0.8364 0.060 0.892 0.036 0.012 0.000
#> SRR1350196 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1466580 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408032 2 0.1043 0.8755 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1432913 4 0.2139 0.8488 0.000 0.052 0.032 0.916 0.000
#> SRR1360502 1 0.4235 0.0745 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR1391901 4 0.2127 0.8857 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1311131 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380636 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332339 5 0.1697 0.7474 0.060 0.008 0.000 0.000 0.932
#> SRR1341563 2 0.1544 0.8617 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1359410 3 0.2144 0.8492 0.000 0.020 0.912 0.068 0.000
#> SRR1473040 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1321444 5 0.3003 0.7248 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1498765 4 0.1608 0.8940 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1312622 4 0.0693 0.8809 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR615503 2 0.1410 0.8608 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.4150 0.4580 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1433107 3 0.4015 0.4940 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1075384 1 0.2179 0.7842 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1356683 1 0.3730 0.6538 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR659049 5 0.3452 0.6737 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1368240 5 0.4300 0.0205 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1341739 5 0.0000 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613249 3 0.0703 0.8649 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR663428 2 0.0794 0.8773 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1341302 4 0.1732 0.8939 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1073553 4 0.4235 0.3807 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1354093 3 0.1121 0.8617 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1406521 4 0.0404 0.8735 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1432049 5 0.2690 0.7439 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1453504 1 0.5869 0.4829 0.596 0.016 0.000 0.304 0.084
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.4757 0.337591 0.000 0.000 0.084 0.280 0.000 0.636
#> SRR1359328 3 0.0603 0.718437 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR821124 2 0.3864 -0.269200 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0363 0.788963 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1075825 2 0.2597 0.338408 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.2996 0.736747 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1466198 3 0.3684 0.645636 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1384073 6 0.3851 0.182171 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1312802 3 0.5888 0.287902 0.032 0.000 0.564 0.108 0.292 0.004
#> SRR1076559 1 0.2780 0.710677 0.868 0.000 0.004 0.096 0.008 0.024
#> SRR1370085 5 0.3126 0.603655 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR1460363 5 0.3101 0.608878 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1480221 2 0.3672 0.324132 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1476165 5 0.4219 0.666383 0.044 0.000 0.016 0.152 0.772 0.016
#> SRR1459631 4 0.3421 0.662318 0.000 0.256 0.008 0.736 0.000 0.000
#> SRR1448098 2 0.2454 0.454182 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1321401 2 0.2996 0.419236 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR807613 2 0.1812 0.494752 0.000 0.912 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR808086 3 0.2118 0.708664 0.000 0.000 0.888 0.104 0.000 0.008
#> SRR613687 2 0.3647 0.332864 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1471011 3 0.6309 0.288432 0.064 0.000 0.548 0.116 0.268 0.004
#> SRR1330284 2 0.3706 0.010122 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR1320624 4 0.3765 0.553641 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.3843 0.294643 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR1091184 3 0.5011 0.488867 0.000 0.072 0.508 0.420 0.000 0.000
#> SRR1390561 5 0.0260 0.777388 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR658164 1 0.0865 0.791815 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1087079 2 0.2912 0.292052 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.720186 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 6 0.0935 0.698213 0.000 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> SRR1453392 4 0.3765 0.555837 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.2996 0.736880 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1419985 2 0.3756 0.269026 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR820938 3 0.4500 0.584849 0.000 0.036 0.572 0.392 0.000 0.000
#> SRR1476844 5 0.0458 0.775871 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1403526 1 0.3101 0.721492 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1413916 2 0.3854 -0.224321 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1441051 6 0.4532 0.049389 0.000 0.468 0.000 0.032 0.000 0.500
#> SRR614287 2 0.3684 0.318222 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1092062 2 0.3647 0.332647 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR612611 2 0.3076 0.262285 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1376356 6 0.2838 0.605433 0.000 0.188 0.000 0.004 0.000 0.808
#> SRR1405078 3 0.0405 0.719924 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1437226 4 0.5055 0.412548 0.000 0.184 0.000 0.652 0.004 0.160
#> SRR1326078 1 0.0363 0.788963 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1096806 4 0.2790 0.656426 0.000 0.132 0.024 0.844 0.000 0.000
#> SRR1440919 4 0.2520 0.665660 0.000 0.152 0.004 0.844 0.000 0.000
#> SRR1452824 3 0.6276 0.306032 0.064 0.000 0.556 0.116 0.260 0.004
#> SRR615754 5 0.3023 0.622749 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR1341787 6 0.5120 0.317297 0.000 0.000 0.280 0.120 0.000 0.600
#> SRR614551 2 0.4052 0.324186 0.000 0.628 0.000 0.016 0.000 0.356
#> SRR1380829 3 0.3898 0.669848 0.000 0.000 0.652 0.336 0.000 0.012
#> SRR1455761 1 0.2178 0.782815 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1465189 5 0.3658 0.543084 0.000 0.000 0.216 0.032 0.752 0.000
#> SRR1376895 1 0.1007 0.792236 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1445002 5 0.2730 0.663341 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1469258 2 0.2762 0.317871 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.3578 0.577874 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1480200 1 0.3857 0.225963 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> SRR1418323 1 0.0547 0.790927 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR657540 3 0.3727 0.634904 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR821096 2 0.3428 0.372630 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR613591 2 0.3782 0.269729 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1344205 3 0.0458 0.722489 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR612479 5 0.0603 0.776144 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000
#> SRR1399950 1 0.5004 0.464818 0.608 0.000 0.320 0.060 0.008 0.004
#> SRR1336048 3 0.0547 0.715603 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.3175 0.710399 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1379403 2 0.3866 -0.278369 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1312464 5 0.3756 0.268349 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1096478 5 0.3390 0.524662 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR1459845 1 0.3175 0.709076 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1348138 3 0.5962 0.442431 0.000 0.000 0.424 0.348 0.228 0.000
#> SRR811423 5 0.4184 0.467569 0.004 0.000 0.296 0.028 0.672 0.000
#> SRR615683 5 0.3672 0.368052 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1380336 2 0.3672 0.037929 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR817609 3 0.4984 -0.049239 0.008 0.000 0.476 0.048 0.468 0.000
#> SRR1074550 3 0.3819 0.642963 0.000 0.004 0.624 0.372 0.000 0.000
#> SRR1499236 2 0.3647 0.332647 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR656083 5 0.2793 0.655494 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR817539 1 0.0622 0.787986 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1410801 5 0.0547 0.775100 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1347190 1 0.4293 0.647783 0.772 0.000 0.008 0.128 0.072 0.020
#> SRR1355126 2 0.5506 0.241881 0.036 0.576 0.000 0.056 0.004 0.328
#> SRR615165 3 0.3023 0.699729 0.000 0.000 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR1466046 5 0.0260 0.777388 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1097055 2 0.0692 0.468801 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1312370 6 0.2883 0.583762 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR655325 1 0.3101 0.721492 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR810177 2 0.3672 0.324132 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR815685 2 0.1141 0.447033 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR817026 3 0.3857 0.343277 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1417224 6 0.5651 0.177607 0.000 0.004 0.280 0.172 0.000 0.544
#> SRR661687 4 0.2520 0.665660 0.000 0.152 0.004 0.844 0.000 0.000
#> SRR1431804 5 0.5204 0.207014 0.012 0.000 0.036 0.432 0.508 0.012
#> SRR664072 3 0.0260 0.721575 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR612923 2 0.3996 -0.287458 0.000 0.512 0.000 0.484 0.000 0.004
#> SRR1315890 1 0.3309 0.680153 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1347726 1 0.3854 0.034963 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1500360 1 0.1511 0.754841 0.940 0.000 0.000 0.044 0.004 0.012
#> SRR1468360 6 0.0632 0.702200 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1404084 5 0.7096 0.360035 0.100 0.000 0.132 0.208 0.528 0.032
#> SRR615994 3 0.0632 0.723308 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.2631 0.446048 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1397200 3 0.0000 0.720186 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655519 2 0.3607 0.082775 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.4878 0.502551 0.000 0.060 0.516 0.424 0.000 0.000
#> SRR1368006 2 0.3756 -0.049196 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR613651 3 0.5964 -0.301934 0.404 0.000 0.404 0.004 0.188 0.000
#> SRR1362621 4 0.5601 -0.269827 0.000 0.000 0.292 0.556 0.144 0.008
#> SRR1451718 1 0.5453 0.552257 0.692 0.000 0.124 0.104 0.008 0.072
#> SRR1095334 3 0.0146 0.720877 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1079636 2 0.3647 0.047669 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1442549 6 0.0363 0.704869 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1466421 2 0.3672 0.324132 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR817397 4 0.3634 0.614230 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> SRR1341809 6 0.3023 0.561970 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR614623 2 0.1141 0.447033 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.3672 0.324132 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1407065 4 0.3592 0.625064 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR1404483 4 0.3756 0.563245 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.3620 0.556081 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1401793 5 0.7201 0.153385 0.232 0.000 0.328 0.076 0.360 0.004
#> SRR1408615 3 0.1931 0.681899 0.008 0.000 0.916 0.068 0.004 0.004
#> SRR1070597 6 0.4106 0.529230 0.188 0.000 0.000 0.000 0.076 0.736
#> SRR1332381 1 0.6315 0.440937 0.604 0.000 0.104 0.128 0.008 0.156
#> SRR1457015 1 0.3101 0.721492 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1386797 2 0.7742 -0.269671 0.256 0.328 0.004 0.120 0.008 0.284
#> SRR1098385 2 0.3647 0.332647 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1363947 3 0.2912 0.703861 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.3684 0.318186 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR662055 2 0.3592 0.089329 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0363 0.788963 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1453639 6 0.2344 0.670568 0.076 0.004 0.000 0.028 0.000 0.892
#> SRR662617 6 0.5724 0.012702 0.000 0.324 0.000 0.184 0.000 0.492
#> SRR654778 1 0.0458 0.790203 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR661782 2 0.3774 0.254312 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1334396 5 0.0790 0.770472 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR613867 6 0.5047 0.310750 0.000 0.136 0.000 0.236 0.000 0.628
#> SRR1479412 1 0.0291 0.779516 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1331620 5 0.4496 0.492612 0.308 0.000 0.004 0.044 0.644 0.000
#> SRR1082809 3 0.5052 0.186437 0.436 0.000 0.504 0.052 0.004 0.004
#> SRR1417178 5 0.0713 0.770511 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1335278 5 0.0363 0.776723 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR665369 2 0.4047 -0.010054 0.000 0.604 0.000 0.384 0.000 0.012
#> SRR657552 5 0.3699 0.681109 0.000 0.000 0.024 0.104 0.812 0.060
#> SRR812412 1 0.2631 0.767012 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1096500 6 0.0806 0.702532 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR1347750 6 0.3428 0.455628 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR615153 5 0.4374 0.559649 0.000 0.000 0.000 0.192 0.712 0.096
#> SRR1434417 5 0.0692 0.775456 0.004 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR1070159 3 0.1812 0.686572 0.008 0.000 0.924 0.060 0.004 0.004
#> SRR1332508 2 0.1498 0.475685 0.000 0.940 0.000 0.032 0.000 0.028
#> SRR1082059 4 0.7931 -0.125504 0.056 0.248 0.072 0.432 0.012 0.180
#> SRR1402491 5 0.3050 0.619305 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR1476595 6 0.3620 0.369791 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1320987 2 0.0713 0.461875 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1086417 4 0.6576 -0.151631 0.064 0.008 0.044 0.440 0.416 0.028
#> SRR1454095 1 0.0405 0.785360 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR614791 2 0.3101 0.257322 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR821255 6 0.4012 0.614552 0.084 0.164 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR820402 4 0.2597 0.668558 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1337284 6 0.3860 0.142855 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1333083 3 0.0260 0.720500 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.3668 0.636044 0.000 0.328 0.004 0.668 0.000 0.000
#> SRR614431 1 0.3244 0.694161 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1481106 2 0.3737 -0.025600 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1370285 5 0.0405 0.777214 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR1446673 3 0.0632 0.723308 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.3076 0.262029 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.1007 0.723825 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.2854 0.751769 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1322864 2 0.3244 0.396354 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1476825 3 0.1074 0.710221 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1443332 2 0.4301 0.252230 0.000 0.584 0.024 0.000 0.000 0.392
#> SRR662486 2 0.3227 0.462157 0.000 0.824 0.000 0.060 0.000 0.116
#> SRR1447019 5 0.0891 0.774538 0.008 0.000 0.000 0.024 0.968 0.000
#> SRR662942 1 0.3409 0.648343 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR613102 3 0.3076 0.697451 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.1910 0.787771 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1464977 6 0.3428 0.509624 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR615850 3 0.0551 0.717644 0.008 0.000 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR661949 2 0.3695 0.313816 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1322227 3 0.4025 0.619761 0.000 0.000 0.576 0.416 0.000 0.008
#> SRR1441655 1 0.6586 0.282572 0.580 0.120 0.004 0.108 0.008 0.180
#> SRR613771 6 0.5375 0.258888 0.000 0.008 0.124 0.276 0.000 0.592
#> SRR1479471 5 0.0692 0.775456 0.004 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR1488918 2 0.3993 -0.058212 0.000 0.592 0.000 0.400 0.000 0.008
#> SRR1414040 2 0.3672 0.324132 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1079850 2 0.4671 0.294146 0.024 0.604 0.000 0.012 0.004 0.356
#> SRR663209 1 0.3244 0.695996 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1364914 2 0.3717 -0.000363 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0937 0.454966 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.1327 0.792142 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1414117 4 0.5328 0.007090 0.000 0.000 0.088 0.536 0.368 0.008
#> SRR1395975 6 0.1556 0.674420 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1402219 6 0.1204 0.693544 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1433623 5 0.3126 0.603388 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR656385 2 0.3765 0.262113 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR811213 2 0.3351 0.146335 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR663657 3 0.4165 0.624563 0.004 0.000 0.568 0.420 0.000 0.008
#> SRR612203 5 0.0777 0.774390 0.004 0.000 0.000 0.024 0.972 0.000
#> SRR613987 2 0.5564 0.202388 0.036 0.556 0.000 0.056 0.004 0.348
#> SRR613831 3 0.3659 0.650138 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.4099 0.025520 0.000 0.612 0.000 0.372 0.000 0.016
#> SRR1382912 5 0.2300 0.705082 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1475501 5 0.0260 0.777388 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1336930 5 0.3672 0.505355 0.304 0.000 0.000 0.008 0.688 0.000
#> SRR613030 3 0.3756 0.630088 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1381459 2 0.5342 -0.053521 0.000 0.560 0.324 0.112 0.000 0.004
#> SRR1402350 3 0.3964 0.618448 0.052 0.000 0.800 0.116 0.008 0.024
#> SRR1419408 5 0.0260 0.777388 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR655911 4 0.3183 0.627299 0.000 0.112 0.060 0.828 0.000 0.000
#> SRR1418243 1 0.0363 0.788963 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1322573 1 0.1429 0.754178 0.940 0.000 0.000 0.052 0.004 0.004
#> SRR613615 3 0.3592 0.661131 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.3136 0.741803 0.768 0.000 0.000 0.004 0.228 0.000
#> SRR1319395 1 0.0363 0.788963 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR818939 5 0.3428 0.511042 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1465266 5 0.0717 0.776117 0.008 0.000 0.000 0.016 0.976 0.000
#> SRR614888 1 0.0790 0.792782 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1431694 5 0.3830 0.424332 0.004 0.000 0.000 0.000 0.620 0.376
#> SRR614347 4 0.2703 0.668938 0.000 0.172 0.004 0.824 0.000 0.000
#> SRR1334228 3 0.0458 0.722489 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.3774 0.252083 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR656349 5 0.4958 0.524850 0.012 0.000 0.096 0.192 0.692 0.008
#> SRR815422 4 0.2520 0.665660 0.000 0.152 0.004 0.844 0.000 0.000
#> SRR1360828 1 0.3351 0.670906 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR1359005 4 0.3747 0.568199 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0363 0.788963 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1391660 1 0.1501 0.791686 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1441956 1 0.0363 0.788963 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR662930 2 0.3756 0.336961 0.000 0.644 0.004 0.000 0.000 0.352
#> SRR615790 3 0.3578 0.663019 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000 0.000
#> SRR614827 6 0.1720 0.693231 0.000 0.040 0.032 0.000 0.000 0.928
#> SRR614587 4 0.3619 0.641866 0.000 0.316 0.004 0.680 0.000 0.000
#> SRR814052 6 0.0790 0.700175 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1070086 1 0.2793 0.757679 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1481440 5 0.0858 0.773253 0.004 0.000 0.000 0.028 0.968 0.000
#> SRR1339296 3 0.2912 0.703861 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.5058 0.027564 0.000 0.600 0.292 0.108 0.000 0.000
#> SRR1432802 6 0.0363 0.704869 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1416911 1 0.2454 0.774887 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1410427 1 0.3409 0.451178 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1401185 1 0.6665 0.106042 0.520 0.176 0.212 0.000 0.000 0.092
#> SRR654993 2 0.3737 -0.021802 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR656397 5 0.3547 0.448091 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000
#> SRR809643 3 0.4002 0.625430 0.000 0.000 0.588 0.404 0.000 0.008
#> SRR1433819 1 0.2153 0.731461 0.900 0.000 0.004 0.084 0.008 0.004
#> SRR1375225 2 0.3717 -0.000747 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0458 0.717090 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.5017 0.579479 0.720 0.000 0.124 0.112 0.008 0.036
#> SRR663224 3 0.5133 0.503985 0.000 0.032 0.480 0.460 0.000 0.028
#> SRR1442840 5 0.0260 0.777388 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1374058 1 0.2793 0.757112 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR656994 1 0.2664 0.765463 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1469214 2 0.1814 0.411019 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1456446 5 0.1267 0.760379 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1471879 6 0.3774 0.239487 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR612911 3 0.3706 0.643952 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR1395720 2 0.3578 0.100038 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR1413055 5 0.1152 0.763754 0.000 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR656770 6 0.1829 0.693960 0.000 0.028 0.036 0.008 0.000 0.928
#> SRR812080 3 0.4066 0.620762 0.000 0.012 0.596 0.392 0.000 0.000
#> SRR1479328 1 0.4130 0.655715 0.780 0.000 0.004 0.128 0.068 0.020
#> SRR661421 6 0.3551 0.540040 0.000 0.168 0.000 0.048 0.000 0.784
#> SRR1410286 2 0.3601 0.153327 0.000 0.684 0.000 0.312 0.000 0.004
#> SRR1487150 1 0.2664 0.765119 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1467035 5 0.0260 0.777388 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1360607 2 0.3747 0.284215 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1333106 2 0.5404 -0.009380 0.000 0.548 0.000 0.140 0.000 0.312
#> SRR1088706 2 0.1444 0.432438 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.3841 0.637287 0.000 0.004 0.616 0.380 0.000 0.000
#> SRR1350392 2 0.3978 0.396851 0.000 0.700 0.000 0.032 0.000 0.268
#> SRR1385190 3 0.0260 0.718752 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.5351 0.385930 0.000 0.588 0.000 0.236 0.000 0.176
#> SRR1318753 1 0.2941 0.743401 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1345369 3 0.3575 0.445851 0.000 0.000 0.708 0.008 0.000 0.284
#> SRR612178 4 0.4943 0.410570 0.000 0.092 0.004 0.632 0.000 0.272
#> SRR1354423 5 0.0508 0.776617 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR1072724 1 0.2883 0.749364 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1418450 4 0.3747 0.568199 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.3695 0.647526 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000 0.000
#> SRR1437412 4 0.5901 0.055323 0.000 0.000 0.008 0.516 0.200 0.276
#> SRR1327548 4 0.3398 0.662941 0.000 0.252 0.008 0.740 0.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.0547 0.790927 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR659367 6 0.0622 0.704274 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000 0.980
#> SRR818961 5 0.0692 0.775456 0.004 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR813704 1 0.3023 0.733127 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR613054 5 0.2793 0.655494 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1476467 5 0.1387 0.756074 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1407988 2 0.3695 0.311693 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1394776 2 0.3658 0.429175 0.000 0.752 0.000 0.032 0.000 0.216
#> SRR655578 2 0.3774 0.262857 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1310645 4 0.3737 0.574083 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1345628 5 0.0777 0.773205 0.004 0.000 0.000 0.024 0.972 0.000
#> SRR1479740 1 0.2730 0.761246 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1332095 1 0.1511 0.754841 0.940 0.000 0.000 0.044 0.004 0.012
#> SRR1444786 6 0.5143 0.285641 0.000 0.004 0.108 0.280 0.000 0.608
#> SRR1090070 1 0.0363 0.788423 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR662414 6 0.0363 0.704869 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR661216 2 0.3101 0.255275 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR656313 2 0.3634 0.336205 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR615671 6 0.0622 0.704773 0.000 0.012 0.008 0.000 0.000 0.980
#> SRR1350196 3 0.0622 0.721327 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1466580 1 0.0363 0.788963 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1408032 2 0.3807 0.324200 0.000 0.628 0.000 0.004 0.000 0.368
#> SRR1432913 4 0.2531 0.655775 0.000 0.128 0.004 0.860 0.000 0.008
#> SRR1360502 5 0.5952 0.289314 0.016 0.000 0.296 0.124 0.552 0.012
#> SRR1391901 2 0.2664 0.327914 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1311131 1 0.0632 0.791513 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1380636 1 0.0632 0.791423 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1332339 1 0.2219 0.703512 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1341563 2 0.3672 0.324152 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1359410 3 0.4681 0.576818 0.000 0.000 0.524 0.432 0.000 0.044
#> SRR1473040 3 0.0260 0.720500 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.2793 0.756799 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1498765 2 0.3854 -0.227846 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1312622 4 0.3881 0.568961 0.000 0.396 0.004 0.600 0.000 0.000
#> SRR615503 6 0.2260 0.646744 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1453192 5 0.3727 0.301142 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR1433107 3 0.5217 0.577016 0.000 0.044 0.548 0.380 0.000 0.028
#> SRR1075384 5 0.0260 0.777388 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1356683 5 0.3101 0.608878 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR659049 1 0.3221 0.702638 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1368240 5 0.3866 -0.004750 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1341739 1 0.0632 0.791424 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR613249 3 0.0146 0.719510 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR663428 2 0.3672 0.324132 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1341302 2 0.3695 0.014886 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.1320 0.487491 0.000 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> SRR1354093 3 0.3647 0.651920 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1406521 4 0.3563 0.630993 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR1432049 1 0.2219 0.780835 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1453504 5 0.5919 0.256974 0.120 0.012 0.000 0.360 0.500 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.919 0.928 0.971 0.4877 0.511 0.511
#> 3 3 0.831 0.849 0.939 0.2916 0.824 0.667
#> 4 4 0.800 0.823 0.909 0.1375 0.819 0.568
#> 5 5 0.739 0.701 0.857 0.0572 0.948 0.825
#> 6 6 0.764 0.706 0.849 0.0425 0.941 0.781
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.1184 0.947 0.984 0.016
#> SRR1075825 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.6148 0.807 0.848 0.152
#> SRR1312802 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.1184 0.947 0.984 0.016
#> SRR1370085 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.4562 0.881 0.096 0.904
#> SRR613687 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR814996 2 0.3584 0.914 0.068 0.932
#> SRR1407410 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1405078 1 0.9896 0.229 0.560 0.440
#> SRR1437226 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0376 0.974 0.004 0.996
#> SRR1455761 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1348138 1 0.9000 0.546 0.684 0.316
#> SRR811423 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR615165 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.1843 0.953 0.028 0.972
#> SRR655325 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.9866 0.273 0.568 0.432
#> SRR664072 2 0.1184 0.963 0.016 0.984
#> SRR612923 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0938 0.950 0.988 0.012
#> SRR1500360 2 0.9963 0.107 0.464 0.536
#> SRR1468360 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1404084 1 0.8555 0.619 0.720 0.280
#> SRR615994 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.1184 0.963 0.016 0.984
#> SRR655519 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0376 0.956 0.996 0.004
#> SRR1095334 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1442549 2 0.1843 0.953 0.028 0.972
#> SRR1466421 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.6048 0.818 0.148 0.852
#> SRR1070597 2 0.8661 0.585 0.288 0.712
#> SRR1332381 1 0.5059 0.854 0.888 0.112
#> SRR1457015 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.8555 0.601 0.280 0.720
#> SRR1098385 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.3114 0.925 0.056 0.944
#> SRR662617 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.8386 0.633 0.732 0.268
#> SRR1417178 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0376 0.956 0.996 0.004
#> SRR812412 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR615153 2 0.1633 0.956 0.024 0.976
#> SRR1434417 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1086417 1 0.9850 0.285 0.572 0.428
#> SRR1454095 2 0.9988 0.061 0.480 0.520
#> SRR614791 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR821255 2 0.2423 0.941 0.040 0.960
#> SRR820402 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.9815 0.304 0.580 0.420
#> SRR1333083 2 0.8763 0.573 0.296 0.704
#> SRR1384883 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.6623 0.783 0.828 0.172
#> SRR615850 1 0.7299 0.737 0.796 0.204
#> SRR661949 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1441655 2 0.8207 0.645 0.256 0.744
#> SRR613771 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.3274 0.921 0.060 0.940
#> SRR663209 1 0.0938 0.950 0.988 0.012
#> SRR1364914 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.1184 0.963 0.016 0.984
#> SRR1395975 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR613831 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.4815 0.863 0.896 0.104
#> SRR1419408 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.9944 0.172 0.544 0.456
#> SRR613615 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.9977 0.117 0.528 0.472
#> SRR1431694 1 0.2603 0.923 0.956 0.044
#> SRR614347 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0938 0.950 0.988 0.012
#> SRR1401185 2 0.8144 0.653 0.252 0.748
#> SRR654993 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.5059 0.863 0.112 0.888
#> SRR1433819 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.7056 0.755 0.808 0.192
#> SRR1323336 1 0.9922 0.214 0.552 0.448
#> SRR663224 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.4562 0.870 0.904 0.096
#> SRR1471879 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.0376 0.956 0.996 0.004
#> SRR1080093 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.5629 0.836 0.132 0.868
#> SRR1437412 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1327548 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.9087 0.509 0.324 0.676
#> SRR1444786 2 0.0376 0.974 0.004 0.996
#> SRR1090070 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1350196 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1391901 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.7139 0.747 0.196 0.804
#> SRR1321444 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.1414 0.960 0.020 0.980
#> SRR1453192 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR613249 1 0.9686 0.366 0.604 0.396
#> SRR663428 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR1453504 2 0.9996 0.025 0.488 0.512
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.5291 0.5878 0.000 0.732 0.268
#> SRR1359328 3 0.2165 0.8373 0.000 0.064 0.936
#> SRR821124 2 0.0747 0.9093 0.000 0.984 0.016
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.5016 0.6577 0.760 0.240 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.1964 0.9121 0.944 0.056 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 3 0.5905 0.5435 0.000 0.352 0.648
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.0237 0.9663 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.1411 0.8978 0.000 0.964 0.036
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.6008 0.5098 0.000 0.372 0.628
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.1289 0.9005 0.000 0.968 0.032
#> SRR814996 3 0.0747 0.8555 0.000 0.016 0.984
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.1411 0.8978 0.000 0.964 0.036
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.5733 0.5855 0.000 0.324 0.676
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.1289 0.9005 0.000 0.968 0.032
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.4235 0.7026 0.176 0.000 0.824
#> SRR1437226 2 0.0424 0.9127 0.000 0.992 0.008
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.1529 0.8949 0.000 0.960 0.040
#> SRR1452824 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0747 0.9069 0.000 0.984 0.016
#> SRR614551 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.0237 0.8607 0.000 0.004 0.996
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.6168 0.3116 0.588 0.000 0.412
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.5859 0.5155 0.656 0.000 0.344
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.1411 0.8978 0.000 0.964 0.036
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR811423 1 0.2165 0.9086 0.936 0.000 0.064
#> SRR615683 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 1 0.3412 0.8449 0.876 0.000 0.124
#> SRR1074550 3 0.0237 0.8607 0.000 0.004 0.996
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.5650 0.6031 0.000 0.312 0.688
#> SRR1417224 2 0.6308 -0.1494 0.000 0.508 0.492
#> SRR661687 2 0.6026 0.3505 0.000 0.624 0.376
#> SRR1431804 1 0.6054 0.7098 0.768 0.052 0.180
#> SRR664072 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0592 0.9119 0.000 0.988 0.012
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.1031 0.9454 0.976 0.024 0.000
#> SRR1500360 2 0.4399 0.6859 0.188 0.812 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 2 0.6308 0.0536 0.492 0.508 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0424 0.9133 0.000 0.992 0.008
#> SRR1397200 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0424 0.9133 0.000 0.992 0.008
#> SRR1311308 3 0.6008 0.5098 0.000 0.372 0.628
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.5178 0.6006 0.000 0.744 0.256
#> SRR1451718 1 0.1031 0.9464 0.976 0.024 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0892 0.9078 0.000 0.980 0.020
#> SRR1442549 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.1411 0.8978 0.000 0.964 0.036
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.4121 0.7523 0.000 0.832 0.168
#> SRR1404483 2 0.5591 0.4923 0.000 0.696 0.304
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 3 0.2356 0.8293 0.000 0.072 0.928
#> SRR1070597 2 0.1411 0.8885 0.036 0.964 0.000
#> SRR1332381 1 0.3879 0.7852 0.848 0.152 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.0424 0.9133 0.000 0.992 0.008
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.6495 0.0982 0.536 0.004 0.460
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0424 0.9133 0.000 0.992 0.008
#> SRR657552 1 0.1163 0.9453 0.972 0.000 0.028
#> SRR812412 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 2 0.1031 0.8974 0.024 0.976 0.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.3879 0.7835 0.000 0.152 0.848
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.0592 0.9119 0.000 0.988 0.012
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 1 0.6527 0.2956 0.588 0.404 0.008
#> SRR1454095 2 0.4555 0.6677 0.200 0.800 0.000
#> SRR614791 2 0.0424 0.9133 0.000 0.992 0.008
#> SRR821255 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR820402 2 0.4062 0.7575 0.000 0.836 0.164
#> SRR1337284 2 0.6308 0.0113 0.492 0.508 0.000
#> SRR1333083 3 0.3816 0.7384 0.148 0.000 0.852
#> SRR1384883 3 0.6008 0.5098 0.000 0.372 0.628
#> SRR614431 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.1964 0.8807 0.000 0.944 0.056
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 1 0.3686 0.8312 0.860 0.000 0.140
#> SRR1443332 2 0.6280 -0.0646 0.000 0.540 0.460
#> SRR662486 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.4974 0.6638 0.764 0.236 0.000
#> SRR615850 3 0.4750 0.6472 0.216 0.000 0.784
#> SRR661949 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.5948 0.5306 0.000 0.360 0.640
#> SRR1441655 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR613771 2 0.6026 0.3640 0.000 0.624 0.376
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.1411 0.8978 0.000 0.964 0.036
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.1163 0.9021 0.000 0.972 0.028
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.5988 0.3943 0.000 0.632 0.368
#> SRR1395975 2 0.0592 0.9114 0.000 0.988 0.012
#> SRR1402219 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.5859 0.5556 0.000 0.344 0.656
#> SRR612203 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.3482 0.7965 0.000 0.128 0.872
#> SRR1381459 2 0.6308 -0.1494 0.000 0.508 0.492
#> SRR1402350 1 0.7515 0.5928 0.680 0.100 0.220
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.3340 0.8018 0.000 0.120 0.880
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.5810 0.4586 0.336 0.664 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 2 0.5216 0.5824 0.260 0.740 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR614347 2 0.4002 0.7635 0.000 0.840 0.160
#> SRR1334228 3 0.0424 0.8591 0.000 0.008 0.992
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 1 0.3941 0.8057 0.844 0.000 0.156
#> SRR815422 2 0.6244 0.1246 0.000 0.560 0.440
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.1411 0.8978 0.000 0.964 0.036
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.6192 0.0974 0.000 0.580 0.420
#> SRR615790 3 0.2165 0.8366 0.000 0.064 0.936
#> SRR614827 2 0.6307 -0.1354 0.000 0.512 0.488
#> SRR614587 3 0.6008 0.5098 0.000 0.372 0.628
#> SRR814052 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 3 0.6267 0.3339 0.000 0.452 0.548
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.4121 0.7298 0.000 0.832 0.168
#> SRR654993 2 0.1411 0.8978 0.000 0.964 0.036
#> SRR656397 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.4099 0.7865 0.008 0.140 0.852
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0892 0.9070 0.000 0.980 0.020
#> SRR1367739 3 0.0237 0.8594 0.004 0.000 0.996
#> SRR1323336 2 0.5810 0.4411 0.336 0.664 0.000
#> SRR663224 3 0.6026 0.5043 0.000 0.376 0.624
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.3482 0.8169 0.872 0.128 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.6308 -0.1494 0.000 0.508 0.492
#> SRR812080 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0424 0.9133 0.000 0.992 0.008
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.1163 0.9021 0.000 0.972 0.028
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0592 0.8586 0.000 0.012 0.988
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.1289 0.8417 0.032 0.000 0.968
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.1753 0.8446 0.000 0.048 0.952
#> SRR612178 2 0.1411 0.8978 0.000 0.964 0.036
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.1411 0.8978 0.000 0.964 0.036
#> SRR1326427 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.4452 0.7175 0.000 0.808 0.192
#> SRR1327548 3 0.6008 0.5098 0.000 0.372 0.628
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.1411 0.8978 0.000 0.964 0.036
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.0592 0.9075 0.012 0.988 0.000
#> SRR1444786 2 0.1163 0.9021 0.000 0.972 0.028
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0424 0.9133 0.000 0.992 0.008
#> SRR656313 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.0747 0.9099 0.000 0.984 0.016
#> SRR1350196 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 2 0.1411 0.8978 0.000 0.964 0.036
#> SRR1360502 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391901 2 0.3340 0.8025 0.000 0.880 0.120
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 3 0.6244 0.3746 0.000 0.440 0.560
#> SRR1473040 3 0.0237 0.8599 0.004 0.000 0.996
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 3 0.6045 0.4929 0.000 0.380 0.620
#> SRR615503 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.6008 0.5098 0.000 0.372 0.628
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.1289 0.9005 0.000 0.968 0.032
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9164 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.8613 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.1529 0.8949 0.000 0.960 0.040
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 2 0.6079 0.3737 0.388 0.612 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 4 0.6473 0.4397 0.000 0.108 0.280 0.612
#> SRR1359328 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821124 4 0.4543 0.6901 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 4 0.4996 0.3173 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.4331 0.7197 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1384073 2 0.3649 0.6643 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.3219 0.8217 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1076559 2 0.6200 0.3592 0.356 0.580 0.064 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.1716 0.9152 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1459631 4 0.0188 0.8026 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1448098 2 0.0188 0.8872 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321401 2 0.1118 0.8644 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR807613 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.6904 0.3774 0.556 0.132 0.312 0.000
#> SRR1330284 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1320624 4 0.1716 0.8296 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 4 0.0188 0.8026 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR814996 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.0188 0.8874 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1453392 4 0.2408 0.8350 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820938 4 0.0336 0.7955 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.2469 0.8352 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1441051 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612611 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1376356 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437226 2 0.4500 0.3832 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 4 0.0000 0.7992 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 4 0.1890 0.8272 0.000 0.056 0.008 0.936
#> SRR1452824 1 0.5821 0.4258 0.592 0.040 0.368 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.5911 0.3592 0.000 0.584 0.372 0.044
#> SRR614551 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380829 4 0.5860 0.2443 0.000 0.040 0.380 0.580
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.1716 0.9152 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 4 0.4907 0.4915 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.4746 0.6019 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR821096 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.1716 0.8934 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR612479 1 0.1022 0.9365 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1399950 1 0.3528 0.7872 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1336048 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.1716 0.8934 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR811423 1 0.0817 0.9416 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR817609 1 0.4431 0.6184 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1074550 4 0.1637 0.7596 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1499236 2 0.0336 0.8848 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR656083 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.1716 0.9152 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615165 3 0.1716 0.8934 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815685 4 0.4697 0.6441 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR817026 4 0.2011 0.7815 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1417224 2 0.4277 0.5953 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR661687 4 0.0000 0.7992 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431804 4 0.2048 0.7861 0.008 0.000 0.064 0.928
#> SRR664072 3 0.1716 0.8934 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR612923 4 0.2814 0.8350 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.1389 0.9120 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1500360 2 0.0188 0.8869 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404084 2 0.5321 0.6262 0.192 0.740 0.064 0.004
#> SRR615994 3 0.1716 0.8934 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1475718 2 0.3649 0.6724 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1397200 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1311308 4 0.0188 0.8026 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1368006 4 0.4916 0.5235 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR613651 1 0.3219 0.8209 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1362621 4 0.1716 0.7895 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1451718 1 0.7126 0.3728 0.552 0.176 0.272 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079636 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1442549 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817397 4 0.1716 0.8296 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1341809 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614623 2 0.3942 0.5828 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1335005 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 4 0.0188 0.8026 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1404483 4 0.1716 0.8296 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.1716 0.9152 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1408615 2 0.4981 0.1902 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1070597 1 0.4800 0.6725 0.760 0.196 0.000 0.044
#> SRR1332381 1 0.4646 0.7791 0.796 0.084 0.120 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0188 0.8871 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.1716 0.8934 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR820350 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662617 4 0.4522 0.6936 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR654778 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.1716 0.9152 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR613867 4 0.3837 0.8029 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1479412 1 0.1716 0.9152 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1331620 1 0.1389 0.9261 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1082809 1 0.6253 0.3146 0.564 0.372 0.064 0.000
#> SRR1417178 1 0.0188 0.9526 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 4 0.3528 0.8217 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR657552 1 0.2048 0.9105 0.928 0.000 0.064 0.008
#> SRR812412 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615153 4 0.5047 0.6830 0.016 0.316 0.000 0.668
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.4981 0.1902 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1332508 2 0.5000 -0.3156 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1082059 2 0.1637 0.8534 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320987 4 0.4697 0.6453 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1086417 2 0.5769 0.6561 0.164 0.744 0.048 0.044
#> SRR1454095 2 0.3400 0.6872 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR614791 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR821255 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820402 4 0.0188 0.8026 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1337284 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.0188 0.8026 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR614431 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 4 0.2011 0.8296 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.1716 0.8934 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1318046 2 0.1211 0.8622 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1341188 3 0.1716 0.8934 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.2589 0.7832 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1443332 2 0.2216 0.8139 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR662486 4 0.3610 0.8182 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1447019 1 0.0188 0.9526 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.1716 0.8934 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.4697 0.4329 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.1022 0.8822 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR661949 2 0.1022 0.8668 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1322227 2 0.3400 0.7289 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1441655 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613771 3 0.6200 0.4298 0.000 0.064 0.580 0.356
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1414040 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1408267 4 0.4624 0.6680 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 4 0.1637 0.7907 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1395975 4 0.3569 0.8201 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1402219 2 0.0921 0.8703 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811213 4 0.4713 0.6409 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR663657 4 0.0000 0.7992 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.1716 0.9152 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613831 3 0.3400 0.8287 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1354180 4 0.3610 0.8181 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613030 4 0.0000 0.7992 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381459 4 0.4072 0.7388 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1402350 1 0.5856 0.1715 0.504 0.032 0.464 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655911 4 0.0817 0.7858 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.6286 0.2842 0.384 0.552 0.064 0.000
#> SRR613615 3 0.2760 0.8635 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.1890 0.9170 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR614888 1 0.4776 0.3742 0.624 0.376 0.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.2174 0.9115 0.928 0.000 0.052 0.020
#> SRR614347 4 0.0469 0.8077 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1334228 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656349 1 0.2149 0.8970 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR815422 4 0.0000 0.7992 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.1474 0.9234 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1359005 4 0.1716 0.8296 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615790 4 0.4382 0.4160 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR614827 2 0.1716 0.8407 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR614587 4 0.0188 0.8026 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR814052 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0188 0.9526 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339296 3 0.1716 0.8934 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1343239 2 0.4454 0.5700 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1432802 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654993 4 0.1792 0.8304 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR656397 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 4 0.0817 0.7873 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1433819 1 0.0188 0.9526 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375225 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1367739 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323336 2 0.0817 0.8723 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR663224 2 0.4624 0.5197 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 4 0.4643 0.6622 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1456446 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612911 3 0.3764 0.8004 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1395720 4 0.4761 0.5863 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1413055 1 0.1474 0.9234 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR656770 3 0.7610 0.0487 0.000 0.400 0.400 0.200
#> SRR812080 3 0.4776 0.5890 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1479328 1 0.1118 0.9342 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR661421 2 0.4500 0.4292 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1410286 2 0.4999 -0.2156 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333106 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1088706 4 0.4643 0.6622 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1320053 4 0.0707 0.7889 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1350392 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.0188 0.8872 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.1661 0.8940 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR612178 4 0.1940 0.8306 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 4 0.1716 0.8296 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1326427 3 0.4103 0.7611 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1437412 4 0.1118 0.8006 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1327548 4 0.0188 0.8026 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659367 4 0.4992 0.3355 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR818961 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310645 4 0.1716 0.8296 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1345628 1 0.1637 0.9180 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.1975 0.8439 0.016 0.936 0.048 0.000
#> SRR1444786 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.3219 0.7177 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR661216 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR656313 2 0.3569 0.6834 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR615671 2 0.4194 0.6235 0.000 0.764 0.008 0.228
#> SRR1350196 3 0.0188 0.8943 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432913 4 0.2814 0.8350 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1360502 1 0.3266 0.8163 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1391901 4 0.3801 0.7786 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.3172 0.7499 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1473040 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 4 0.4643 0.6622 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1312622 4 0.0592 0.8099 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR615503 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 4 0.0804 0.8005 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.8942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.8896 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341302 4 0.3400 0.8283 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1073553 4 0.4679 0.6527 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1354093 3 0.3801 0.7530 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1406521 4 0.1716 0.8296 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9547 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.6140 0.3571 0.596 0.340 0.000 0.064
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 4 0.6194 0.5089 0.000 0.052 0.076 0.616 0.256
#> SRR1359328 5 0.1851 0.6330 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR821124 4 0.3932 0.6012 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 4 0.4304 0.2614 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0963 0.5949 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1384073 2 0.5365 0.5854 0.132 0.664 0.000 0.000 0.204
#> SRR1312802 5 0.5111 -0.1102 0.464 0.000 0.036 0.000 0.500
#> SRR1076559 2 0.7186 0.0949 0.232 0.452 0.028 0.000 0.288
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.4479 0.6499 0.700 0.000 0.036 0.000 0.264
#> SRR1459631 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448098 2 0.0290 0.8567 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1321401 2 0.1732 0.8061 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808086 5 0.3336 0.6160 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR613687 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.5701 0.1018 0.468 0.052 0.012 0.000 0.468
#> SRR1330284 4 0.1121 0.7827 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1320624 4 0.0404 0.7765 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 4 0.5230 0.0305 0.000 0.044 0.452 0.504 0.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.1493 0.8886 0.948 0.000 0.024 0.000 0.028
#> SRR1087079 4 0.2561 0.7590 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR814996 5 0.3707 0.6314 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1407410 2 0.3266 0.7390 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> SRR1453392 4 0.2230 0.7644 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820938 3 0.3508 0.4954 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.0510 0.7786 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612611 4 0.1121 0.7827 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1376356 2 0.0290 0.8573 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1405078 5 0.1544 0.6353 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1437226 2 0.5814 0.2493 0.000 0.576 0.024 0.344 0.056
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 4 0.3143 0.6328 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1440919 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452824 5 0.3578 0.4724 0.204 0.008 0.004 0.000 0.784
#> SRR615754 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 5 0.2820 0.5392 0.000 0.056 0.004 0.056 0.884
#> SRR614551 2 0.2020 0.7947 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1380829 5 0.4256 0.1911 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.5045 0.1760 0.056 0.000 0.636 0.000 0.308
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0162 0.9142 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1469258 4 0.3816 0.5904 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.1121 0.5962 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0703 0.8497 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1344205 3 0.4306 -0.1503 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR612479 1 0.1792 0.8636 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1399950 1 0.3857 0.5983 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1336048 5 0.1041 0.6291 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.1270 0.7829 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.3242 0.3851 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR811423 1 0.4398 0.6687 0.720 0.000 0.040 0.000 0.240
#> SRR615683 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.2561 0.7590 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR817609 1 0.4969 0.4433 0.588 0.000 0.036 0.000 0.376
#> SRR1074550 3 0.1851 0.5910 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1499236 2 0.2522 0.8034 0.000 0.880 0.000 0.012 0.108
#> SRR656083 1 0.0566 0.9086 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR817539 1 0.0992 0.9000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.4197 0.6866 0.728 0.000 0.028 0.000 0.244
#> SRR1355126 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0963 0.5731 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815685 4 0.4045 0.5595 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR817026 4 0.3967 0.5602 0.000 0.000 0.012 0.724 0.264
#> SRR1417224 2 0.6398 0.3385 0.000 0.500 0.000 0.300 0.200
#> SRR661687 4 0.0290 0.7709 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1431804 4 0.5146 0.4976 0.016 0.000 0.036 0.648 0.300
#> SRR664072 3 0.4306 -0.1503 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR612923 4 0.0880 0.7815 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.4821 0.6410 0.716 0.032 0.024 0.000 0.228
#> SRR1500360 2 0.0510 0.8532 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1468360 2 0.3109 0.7407 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1404084 2 0.6373 0.3324 0.092 0.568 0.028 0.004 0.308
#> SRR615994 3 0.4306 -0.1503 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1475718 2 0.4060 0.4228 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1397200 5 0.3707 0.6314 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR655519 4 0.1121 0.7827 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1311308 3 0.4114 0.3966 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1368006 4 0.4294 0.3458 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR613651 1 0.3684 0.6448 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1362621 4 0.3838 0.5560 0.000 0.000 0.004 0.716 0.280
#> SRR1451718 1 0.7234 -0.0876 0.384 0.212 0.028 0.000 0.376
#> SRR1095334 5 0.3707 0.6314 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1079636 4 0.2471 0.7628 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1442549 2 0.3845 0.7158 0.000 0.760 0.012 0.004 0.224
#> SRR1466421 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817397 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614623 2 0.3274 0.6114 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404483 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.3508 0.6837 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1408615 5 0.4400 0.5063 0.000 0.196 0.060 0.000 0.744
#> SRR1070597 1 0.6605 0.4087 0.588 0.160 0.000 0.040 0.212
#> SRR1332381 1 0.5259 0.5466 0.628 0.024 0.028 0.000 0.320
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0324 0.8570 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1098385 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0963 0.5731 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR820350 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.1121 0.7827 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.4000 0.7041 0.000 0.748 0.024 0.000 0.228
#> SRR662617 4 0.3074 0.7111 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0290 0.8573 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334396 1 0.4527 0.6375 0.692 0.000 0.036 0.000 0.272
#> SRR613867 4 0.5210 0.6082 0.000 0.120 0.000 0.680 0.200
#> SRR1479412 1 0.2969 0.8205 0.852 0.000 0.020 0.000 0.128
#> SRR1331620 1 0.2570 0.8512 0.888 0.000 0.028 0.000 0.084
#> SRR1082809 1 0.7756 0.0910 0.452 0.096 0.184 0.000 0.268
#> SRR1417178 1 0.3772 0.7582 0.792 0.000 0.036 0.000 0.172
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 4 0.1121 0.7827 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR657552 1 0.5216 0.4297 0.568 0.000 0.040 0.004 0.388
#> SRR812412 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.3109 0.7407 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1347750 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615153 4 0.4436 0.6827 0.000 0.180 0.024 0.764 0.032
#> SRR1434417 1 0.1668 0.8852 0.940 0.000 0.032 0.000 0.028
#> SRR1070159 5 0.3534 0.6346 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1332508 4 0.4305 0.2468 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1082059 2 0.4801 0.6638 0.000 0.732 0.004 0.092 0.172
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320987 4 0.4015 0.5714 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1086417 2 0.6305 0.5358 0.088 0.640 0.000 0.076 0.196
#> SRR1454095 2 0.2561 0.7174 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000
#> SRR614791 4 0.1121 0.7827 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR821255 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820402 4 0.0671 0.7701 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR1337284 2 0.3109 0.7407 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1333083 5 0.3707 0.6314 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1384883 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 4 0.1270 0.7658 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.4306 -0.1503 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1318046 2 0.1043 0.8387 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1341188 3 0.4306 -0.1503 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476825 5 0.1549 0.6084 0.016 0.000 0.040 0.000 0.944
#> SRR1443332 2 0.0880 0.8413 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR662486 4 0.2471 0.7658 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1447019 1 0.0290 0.9124 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.4300 -0.1178 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.6079 0.4837 0.180 0.604 0.008 0.000 0.208
#> SRR615850 5 0.2735 0.6197 0.036 0.000 0.084 0.000 0.880
#> SRR661949 2 0.2690 0.7436 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1322227 3 0.4413 0.4226 0.000 0.232 0.724 0.044 0.000
#> SRR1441655 2 0.0609 0.8528 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR613771 4 0.4465 0.6017 0.000 0.000 0.060 0.736 0.204
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 4 0.1121 0.7827 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 4 0.1121 0.7827 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1408267 4 0.3983 0.5833 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 4 0.4872 0.5770 0.000 0.000 0.160 0.720 0.120
#> SRR1395975 4 0.5526 0.6258 0.000 0.152 0.000 0.648 0.200
#> SRR1402219 2 0.1544 0.8162 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.2020 0.7947 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR811213 4 0.4060 0.5554 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR663657 4 0.5176 0.2744 0.000 0.000 0.380 0.572 0.048
#> SRR612203 1 0.4479 0.6354 0.700 0.000 0.036 0.000 0.264
#> SRR613987 2 0.1544 0.8205 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR613831 3 0.0963 0.5949 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1354180 4 0.2852 0.7524 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1382912 1 0.0609 0.9062 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.1493 0.8886 0.948 0.000 0.024 0.000 0.028
#> SRR613030 3 0.2669 0.5798 0.000 0.000 0.876 0.104 0.020
#> SRR1381459 4 0.3074 0.6887 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1402350 5 0.4404 0.5374 0.092 0.104 0.016 0.000 0.788
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655911 4 0.4219 0.1531 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.6621 0.0825 0.312 0.448 0.000 0.000 0.240
#> SRR613615 3 0.1117 0.5872 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.2358 0.8425 0.888 0.000 0.008 0.000 0.104
#> SRR614888 1 0.3774 0.5319 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.4315 0.6373 0.700 0.000 0.024 0.000 0.276
#> SRR614347 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334228 5 0.4562 0.5867 0.000 0.000 0.292 0.032 0.676
#> SRR1096007 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656349 1 0.5179 0.5582 0.640 0.000 0.072 0.000 0.288
#> SRR815422 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360828 1 0.1544 0.8749 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1359005 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0404 0.8558 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR615790 3 0.2569 0.5843 0.000 0.000 0.892 0.068 0.040
#> SRR614827 2 0.4370 0.7066 0.000 0.744 0.000 0.056 0.200
#> SRR614587 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814052 2 0.3109 0.7407 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.2136 0.8523 0.904 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR1339296 3 0.4306 -0.1503 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1343239 3 0.6725 0.2485 0.000 0.292 0.420 0.288 0.000
#> SRR1432802 2 0.3109 0.7407 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.3241 0.7877 0.832 0.000 0.024 0.000 0.144
#> SRR1401185 2 0.0510 0.8532 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR654993 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.4338 0.4404 0.000 0.000 0.696 0.280 0.024
#> SRR1433819 1 0.2628 0.8492 0.884 0.000 0.028 0.000 0.088
#> SRR1375225 4 0.2230 0.7713 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1367739 5 0.4045 0.4829 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1323336 2 0.3074 0.6996 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR663224 3 0.6066 0.1109 0.000 0.424 0.456 0.120 0.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 4 0.3999 0.5770 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1456446 1 0.0404 0.9103 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1471879 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0963 0.5949 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1395720 4 0.3366 0.6747 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1413055 1 0.3012 0.8308 0.860 0.000 0.036 0.000 0.104
#> SRR656770 2 0.6588 0.2285 0.000 0.480 0.004 0.316 0.200
#> SRR812080 3 0.1121 0.5962 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1479328 1 0.2795 0.8396 0.872 0.000 0.028 0.000 0.100
#> SRR661421 2 0.6455 0.2631 0.000 0.480 0.000 0.320 0.200
#> SRR1410286 4 0.4015 0.4594 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333106 4 0.5452 0.6317 0.000 0.144 0.000 0.656 0.200
#> SRR1088706 4 0.3999 0.5770 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1320053 3 0.2179 0.5819 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385190 5 0.3586 0.6352 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1080093 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 5 0.3886 0.5514 0.000 0.068 0.084 0.020 0.828
#> SRR612178 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354423 1 0.0324 0.9125 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1072724 1 0.1493 0.8886 0.948 0.000 0.024 0.000 0.028
#> SRR1418450 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0880 0.5941 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1437412 4 0.5889 0.5325 0.000 0.044 0.060 0.632 0.264
#> SRR1327548 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659367 4 0.6498 0.2051 0.000 0.340 0.000 0.460 0.200
#> SRR818961 1 0.0290 0.9124 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0771 0.9045 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1476467 1 0.1211 0.8959 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> SRR1407988 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310645 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.3954 0.7437 0.772 0.000 0.036 0.000 0.192
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.3845 0.6553 0.024 0.768 0.000 0.000 0.208
#> SRR1444786 4 0.5482 0.6293 0.000 0.144 0.000 0.652 0.204
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.6146 0.4241 0.000 0.560 0.000 0.240 0.200
#> SRR661216 4 0.1121 0.7827 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR656313 2 0.3661 0.5576 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR615671 2 0.6991 0.2610 0.000 0.452 0.016 0.300 0.232
#> SRR1350196 5 0.3274 0.5082 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432913 4 0.2127 0.7691 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1360502 1 0.4747 0.5413 0.636 0.000 0.032 0.000 0.332
#> SRR1391901 4 0.3318 0.7296 0.000 0.180 0.012 0.808 0.000
#> SRR1311131 1 0.0290 0.9123 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.3109 0.7190 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1341563 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.1282 0.8301 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1473040 5 0.3707 0.6314 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 4 0.3913 0.6023 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1312622 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615503 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.5858 -0.0133 0.000 0.096 0.456 0.448 0.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.3707 0.2970 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR663428 2 0.0000 0.8597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341302 4 0.2471 0.7633 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1073553 4 0.3999 0.5770 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1354093 3 0.6248 -0.0359 0.000 0.000 0.468 0.148 0.384
#> SRR1406521 4 0.0000 0.7738 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.5319 0.4781 0.652 0.276 0.012 0.060 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.2980 0.58882 0.000 0.012 0.000 0.180 0.000 0.808
#> SRR1359328 3 0.3073 0.62933 0.000 0.000 0.788 0.000 0.008 0.204
#> SRR821124 4 0.3428 0.58149 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0146 0.88379 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075825 4 0.3857 0.26068 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 5 0.0891 0.80176 0.000 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> SRR1384073 6 0.3670 0.64468 0.012 0.284 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1312802 3 0.6665 0.12332 0.312 0.000 0.348 0.000 0.028 0.312
#> SRR1076559 2 0.7629 -0.10366 0.196 0.312 0.208 0.000 0.000 0.284
#> SRR1370085 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.6292 0.16424 0.404 0.000 0.236 0.000 0.012 0.348
#> SRR1459631 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1448098 2 0.0363 0.87659 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.2178 0.75208 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808086 3 0.1714 0.69068 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR613687 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471011 3 0.5958 0.08299 0.376 0.008 0.464 0.000 0.004 0.148
#> SRR1330284 4 0.0260 0.79201 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1320624 4 0.0713 0.78838 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0146 0.88379 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091184 5 0.3835 0.54975 0.000 0.016 0.000 0.300 0.684 0.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.2454 0.79795 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1087079 4 0.2135 0.74511 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0405 0.71957 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1407410 6 0.3828 0.47120 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1453392 4 0.2092 0.74677 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0146 0.88379 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419985 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820938 5 0.1444 0.78753 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.0146 0.79185 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612611 4 0.0260 0.79201 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0291 0.88075 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.1196 0.71380 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1437226 2 0.5952 0.03871 0.000 0.432 0.000 0.340 0.000 0.228
#> SRR1326078 1 0.0363 0.88208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096806 4 0.3499 0.48703 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR1440919 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452824 3 0.1500 0.70499 0.012 0.000 0.936 0.000 0.000 0.052
#> SRR615754 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 3 0.3855 0.58152 0.000 0.004 0.704 0.016 0.000 0.276
#> SRR614551 2 0.2048 0.76306 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.4963 0.55575 0.000 0.000 0.612 0.000 0.288 0.100
#> SRR1455761 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 5 0.5887 0.22379 0.000 0.000 0.252 0.000 0.476 0.272
#> SRR1376895 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0260 0.88271 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469258 4 0.3288 0.55108 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.1714 0.84157 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR657540 5 0.0891 0.80176 0.000 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0547 0.87162 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.3265 0.60636 0.000 0.000 0.748 0.000 0.248 0.004
#> SRR612479 1 0.4329 0.67740 0.736 0.000 0.148 0.000 0.004 0.112
#> SRR1399950 1 0.4851 0.32026 0.536 0.000 0.404 0.000 0.000 0.060
#> SRR1336048 3 0.0937 0.71118 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1368896 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.0363 0.79188 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0363 0.88208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096478 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 5 0.5065 0.32174 0.000 0.000 0.260 0.000 0.616 0.124
#> SRR811423 1 0.6720 0.25714 0.460 0.000 0.224 0.000 0.056 0.260
#> SRR615683 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.2135 0.74511 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR817609 1 0.6678 0.07777 0.384 0.000 0.292 0.000 0.032 0.292
#> SRR1074550 5 0.1088 0.80417 0.000 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> SRR1499236 2 0.2431 0.72690 0.000 0.860 0.000 0.008 0.000 0.132
#> SRR656083 1 0.0865 0.87062 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR817539 1 0.2048 0.82543 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1410801 1 0.1141 0.85915 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1347190 1 0.5617 0.42207 0.532 0.000 0.188 0.000 0.000 0.280
#> SRR1355126 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615165 5 0.0790 0.79535 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.1556 0.82443 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR655325 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815685 4 0.3531 0.55352 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR817026 4 0.5156 0.47400 0.000 0.000 0.260 0.644 0.056 0.040
#> SRR1417224 6 0.5252 0.63698 0.000 0.144 0.000 0.264 0.000 0.592
#> SRR661687 4 0.0260 0.78881 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1431804 4 0.5708 0.40464 0.000 0.000 0.092 0.552 0.032 0.324
#> SRR664072 3 0.3383 0.59129 0.000 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> SRR612923 4 0.0508 0.78778 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1315890 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 6 0.3190 0.44325 0.220 0.008 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1500360 2 0.1957 0.79829 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1468360 6 0.3647 0.59299 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1404084 2 0.6980 0.10346 0.076 0.428 0.252 0.000 0.000 0.244
#> SRR615994 3 0.3265 0.60636 0.000 0.000 0.748 0.000 0.248 0.004
#> SRR1475718 2 0.3765 0.33388 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0405 0.71997 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR655519 4 0.0260 0.79201 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1311308 5 0.2631 0.71146 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR1368006 4 0.3868 0.25336 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR613651 1 0.4403 0.53453 0.648 0.000 0.304 0.000 0.000 0.048
#> SRR1362621 4 0.4913 0.45474 0.000 0.000 0.252 0.636 0.000 0.112
#> SRR1451718 3 0.7689 0.09401 0.220 0.216 0.292 0.000 0.000 0.272
#> SRR1095334 3 0.0405 0.71997 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1079636 4 0.2048 0.74944 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR1442549 6 0.3288 0.64779 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1466421 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817397 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614623 2 0.3101 0.58304 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404483 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.4145 0.61039 0.700 0.000 0.252 0.000 0.000 0.048
#> SRR1408615 3 0.1141 0.70848 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1070597 6 0.5033 0.53785 0.192 0.096 0.000 0.028 0.000 0.684
#> SRR1332381 1 0.4310 0.45247 0.576 0.004 0.016 0.000 0.000 0.404
#> SRR1457015 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.1501 0.83320 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1098385 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363947 5 0.1471 0.77482 0.000 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR820350 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.0260 0.79201 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.1765 0.84198 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1453639 6 0.3050 0.64646 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR662617 4 0.2854 0.63671 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR654778 1 0.1007 0.86992 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR661782 2 0.0146 0.88217 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.6539 0.22772 0.440 0.000 0.236 0.000 0.032 0.292
#> SRR613867 6 0.5016 0.59282 0.000 0.096 0.000 0.312 0.000 0.592
#> SRR1479412 1 0.2889 0.80822 0.848 0.000 0.044 0.000 0.000 0.108
#> SRR1331620 1 0.2703 0.78535 0.824 0.000 0.004 0.000 0.000 0.172
#> SRR1082809 1 0.6560 0.35985 0.544 0.012 0.252 0.000 0.120 0.072
#> SRR1417178 1 0.6327 0.33702 0.500 0.000 0.208 0.000 0.032 0.260
#> SRR1335278 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 4 0.0260 0.79201 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR657552 6 0.4877 0.24231 0.224 0.000 0.060 0.000 0.032 0.684
#> SRR812412 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 6 0.3515 0.62099 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1347750 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615153 4 0.4408 0.37502 0.000 0.044 0.000 0.636 0.000 0.320
#> SRR1434417 1 0.3450 0.74250 0.780 0.000 0.000 0.000 0.032 0.188
#> SRR1070159 3 0.1141 0.70848 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1332508 4 0.3847 0.30713 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.6402 0.38641 0.000 0.572 0.168 0.112 0.000 0.148
#> SRR1402491 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320987 4 0.3499 0.56308 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.6896 0.35213 0.036 0.560 0.188 0.128 0.000 0.088
#> SRR1454095 2 0.2494 0.71371 0.120 0.864 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR614791 4 0.0260 0.79201 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR821255 2 0.0363 0.87784 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR820402 4 0.1765 0.75082 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1337284 6 0.3684 0.57833 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1333083 3 0.1908 0.70019 0.000 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1384883 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 4 0.1501 0.75283 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.3265 0.60636 0.000 0.000 0.748 0.000 0.248 0.004
#> SRR1318046 2 0.1610 0.81036 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.3426 0.58458 0.000 0.000 0.720 0.000 0.276 0.004
#> SRR1384941 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.3629 0.62975 0.012 0.000 0.712 0.000 0.000 0.276
#> SRR1443332 2 0.0363 0.87763 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR662486 4 0.2178 0.74795 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.2815 0.78882 0.848 0.000 0.000 0.000 0.032 0.120
#> SRR662942 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.3872 0.40759 0.000 0.000 0.604 0.000 0.392 0.004
#> SRR1469880 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 6 0.3428 0.63423 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR615850 3 0.3313 0.65733 0.024 0.000 0.808 0.000 0.008 0.160
#> SRR661949 2 0.2664 0.67409 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1322227 5 0.2020 0.74701 0.000 0.096 0.000 0.008 0.896 0.000
#> SRR1441655 2 0.0458 0.87567 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR613771 6 0.3819 0.54140 0.000 0.000 0.008 0.340 0.000 0.652
#> SRR1479471 1 0.2230 0.82386 0.892 0.000 0.000 0.000 0.024 0.084
#> SRR1488918 4 0.0260 0.79201 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0146 0.88386 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364914 4 0.0260 0.79201 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1408267 4 0.3482 0.56755 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 4 0.5524 0.48573 0.000 0.000 0.032 0.616 0.104 0.248
#> SRR1395975 6 0.4932 0.64893 0.000 0.128 0.000 0.228 0.000 0.644
#> SRR1402219 2 0.2311 0.77782 0.000 0.880 0.000 0.104 0.000 0.016
#> SRR1433623 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.2048 0.76306 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR811213 4 0.3659 0.50961 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR663657 4 0.6627 -0.12820 0.000 0.000 0.168 0.404 0.376 0.052
#> SRR612203 1 0.6466 0.27462 0.468 0.000 0.252 0.000 0.032 0.248
#> SRR613987 2 0.1701 0.81594 0.000 0.920 0.000 0.072 0.000 0.008
#> SRR613831 5 0.0891 0.80176 0.000 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> SRR1354180 4 0.2416 0.73311 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0632 0.87804 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1475501 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.1910 0.83164 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR613030 5 0.0937 0.80154 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1381459 4 0.3948 0.58307 0.000 0.188 0.000 0.748 0.000 0.064
#> SRR1402350 3 0.2300 0.66171 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1419408 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655911 4 0.3860 -0.06273 0.000 0.000 0.000 0.528 0.472 0.000
#> SRR1418243 1 0.0363 0.88208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322573 1 0.7001 0.00927 0.396 0.284 0.252 0.000 0.000 0.068
#> SRR613615 5 0.0891 0.80176 0.000 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> SRR1355284 1 0.0146 0.88379 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319395 1 0.0865 0.87290 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR818939 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.5118 0.59186 0.664 0.000 0.208 0.000 0.020 0.108
#> SRR614888 1 0.3634 0.52742 0.696 0.296 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1431694 1 0.3997 0.19676 0.508 0.004 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR614347 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334228 3 0.2879 0.65618 0.000 0.000 0.816 0.004 0.176 0.004
#> SRR1096007 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656349 1 0.6151 0.44077 0.540 0.000 0.092 0.000 0.072 0.296
#> SRR815422 4 0.0146 0.79087 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1360828 1 0.1297 0.86463 0.948 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR1359005 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0363 0.88208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1391660 1 0.0363 0.88208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1441956 1 0.0260 0.88312 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662930 2 0.0547 0.87136 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR615790 5 0.1074 0.80270 0.000 0.000 0.012 0.028 0.960 0.000
#> SRR614827 6 0.4504 0.58312 0.000 0.368 0.000 0.040 0.000 0.592
#> SRR614587 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814052 6 0.3765 0.53953 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1070086 1 0.0260 0.88288 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481440 1 0.3689 0.75843 0.808 0.000 0.036 0.000 0.032 0.124
#> SRR1339296 3 0.3426 0.58458 0.000 0.000 0.720 0.000 0.276 0.004
#> SRR1343239 5 0.5829 0.33817 0.000 0.268 0.000 0.240 0.492 0.000
#> SRR1432802 6 0.3647 0.59112 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1416911 1 0.1387 0.85624 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1410427 1 0.3482 0.59553 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1401185 2 0.1007 0.85435 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR654993 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 5 0.2946 0.68287 0.000 0.000 0.000 0.176 0.812 0.012
#> SRR1433819 1 0.3076 0.73302 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1375225 4 0.1863 0.75890 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.3490 0.58308 0.000 0.000 0.784 0.000 0.176 0.040
#> SRR1323336 2 0.2910 0.75873 0.000 0.852 0.068 0.000 0.000 0.080
#> SRR663224 5 0.4294 0.56026 0.000 0.248 0.000 0.060 0.692 0.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 4 0.3482 0.56755 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.0405 0.88215 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471879 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612911 5 0.0891 0.80176 0.000 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> SRR1395720 4 0.2823 0.63733 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.4377 0.62566 0.660 0.000 0.008 0.000 0.032 0.300
#> SRR656770 6 0.5046 0.65507 0.000 0.144 0.000 0.224 0.000 0.632
#> SRR812080 5 0.0891 0.80176 0.000 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> SRR1479328 1 0.3101 0.72900 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR661421 6 0.5066 0.60075 0.000 0.104 0.000 0.304 0.000 0.592
#> SRR1410286 4 0.3446 0.47726 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333106 6 0.5190 0.58884 0.000 0.128 0.000 0.280 0.000 0.592
#> SRR1088706 4 0.3482 0.56755 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1320053 5 0.0937 0.80154 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0790 0.71399 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1080093 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 6 0.3672 0.23519 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR612178 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354423 1 0.0146 0.88384 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072724 1 0.2219 0.81355 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1418450 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326427 5 0.0000 0.79353 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437412 6 0.2307 0.51296 0.000 0.004 0.000 0.068 0.032 0.896
#> SRR1327548 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.0146 0.88379 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659367 6 0.4829 0.59946 0.000 0.080 0.000 0.308 0.000 0.612
#> SRR818961 1 0.2815 0.78882 0.848 0.000 0.000 0.000 0.032 0.120
#> SRR813704 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.1007 0.86639 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1476467 1 0.1007 0.86678 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1407988 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310645 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.6468 0.27246 0.460 0.000 0.220 0.000 0.032 0.288
#> SRR1479740 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.3830 0.69280 0.020 0.788 0.044 0.000 0.000 0.148
#> SRR1444786 6 0.5173 0.59361 0.000 0.128 0.000 0.276 0.000 0.596
#> SRR1090070 1 0.0363 0.88208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR662414 6 0.5287 0.65508 0.000 0.176 0.000 0.224 0.000 0.600
#> SRR661216 4 0.0260 0.79201 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR656313 2 0.3482 0.45918 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR615671 6 0.4372 0.59084 0.000 0.036 0.004 0.308 0.000 0.652
#> SRR1350196 3 0.3714 0.62040 0.000 0.000 0.760 0.000 0.044 0.196
#> SRR1466580 1 0.0146 0.88379 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408032 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432913 4 0.1957 0.75410 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1360502 1 0.6049 0.34653 0.516 0.000 0.288 0.000 0.020 0.176
#> SRR1391901 4 0.2981 0.70235 0.000 0.160 0.000 0.820 0.020 0.000
#> SRR1311131 1 0.0790 0.87538 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1380636 1 0.0260 0.88320 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1332339 6 0.3717 0.27148 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1341563 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.1590 0.83632 0.000 0.936 0.000 0.008 0.048 0.008
#> SRR1473040 3 0.0405 0.71997 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1321444 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 4 0.3409 0.58392 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1312622 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615503 2 0.0146 0.88197 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1453192 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 5 0.4778 0.60684 0.000 0.044 0.000 0.224 0.692 0.040
#> SRR1075384 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.88457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0713 0.87606 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR613249 5 0.4420 0.32615 0.000 0.000 0.340 0.000 0.620 0.040
#> SRR663428 2 0.0000 0.88398 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341302 4 0.2092 0.74814 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1073553 4 0.3482 0.56755 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.5813 0.32998 0.000 0.000 0.520 0.208 0.268 0.004
#> SRR1406521 4 0.0000 0.79143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432049 1 0.0363 0.88208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1453504 1 0.6445 0.11368 0.476 0.284 0.000 0.036 0.000 0.204
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.661 0.902 0.947 0.4788 0.515 0.515
#> 3 3 0.887 0.900 0.956 0.3456 0.823 0.663
#> 4 4 0.630 0.530 0.730 0.1408 0.847 0.608
#> 5 5 0.635 0.544 0.734 0.0308 0.862 0.567
#> 6 6 0.663 0.618 0.745 0.0225 0.904 0.675
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1359328 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR821124 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1466198 1 0.7376 0.8180 0.792 0.208
#> SRR1384073 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.6048 0.8646 0.852 0.148
#> SRR1076559 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR808086 1 0.6973 0.8372 0.812 0.188
#> SRR613687 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.3733 0.8993 0.928 0.072
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.5629 0.8279 0.132 0.868
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR814996 1 0.7139 0.8306 0.804 0.196
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.9815 0.1750 0.420 0.580
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.7219 0.7211 0.200 0.800
#> SRR1405078 1 0.6148 0.8624 0.848 0.152
#> SRR1437226 2 0.6247 0.7956 0.156 0.844
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.5629 0.8729 0.868 0.132
#> SRR615754 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1341787 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR614551 2 0.3879 0.8947 0.076 0.924
#> SRR1380829 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.5842 0.8689 0.860 0.140
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR657540 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR821096 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1344205 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR612479 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.5629 0.8729 0.868 0.132
#> SRR1336048 1 0.6148 0.8624 0.848 0.152
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1348138 1 0.6148 0.8624 0.848 0.152
#> SRR811423 1 0.5946 0.8668 0.856 0.144
#> SRR615683 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.4022 0.8961 0.920 0.080
#> SRR1074550 2 0.9933 0.0480 0.452 0.548
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.7674 0.6852 0.224 0.776
#> SRR615165 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR817026 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1417224 2 0.3274 0.9111 0.060 0.940
#> SRR661687 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.1414 0.9174 0.980 0.020
#> SRR664072 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR612923 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1404084 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR615994 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1397200 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR655519 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.7815 0.6706 0.232 0.768
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1362621 1 0.7139 0.8306 0.804 0.196
#> SRR1451718 1 0.4161 0.8945 0.916 0.084
#> SRR1095334 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1442549 1 0.8327 0.7452 0.736 0.264
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1408615 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1070597 1 0.6247 0.8601 0.844 0.156
#> SRR1332381 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1363947 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR820350 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1453639 1 0.6801 0.8433 0.820 0.180
#> SRR662617 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.6048 0.8646 0.852 0.148
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR615153 1 0.6973 0.8372 0.812 0.188
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1070159 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1082059 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.4815 0.8631 0.104 0.896
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1086417 1 0.5408 0.8764 0.876 0.124
#> SRR1454095 1 0.3584 0.9008 0.932 0.068
#> SRR614791 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR820402 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.6343 0.8576 0.840 0.160
#> SRR1333083 1 0.6247 0.8600 0.844 0.156
#> SRR1384883 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1446673 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1341188 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.6148 0.8624 0.848 0.152
#> SRR1443332 2 0.4562 0.8725 0.096 0.904
#> SRR662486 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR613102 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR615850 1 0.6148 0.8624 0.848 0.152
#> SRR661949 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1322227 1 0.8207 0.7528 0.744 0.256
#> SRR1441655 1 0.7056 0.8339 0.808 0.192
#> SRR613771 2 0.6438 0.7772 0.164 0.836
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.1414 0.9488 0.020 0.980
#> SRR663209 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1414117 1 0.6247 0.8600 0.844 0.156
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.0376 0.9625 0.004 0.996
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR663657 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR612203 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.9710 0.2483 0.400 0.600
#> SRR613831 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR613030 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.6048 0.8646 0.852 0.148
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR613615 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1334228 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR615790 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR614827 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1339296 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1343239 2 0.4298 0.8817 0.088 0.912
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1401185 1 0.6887 0.8403 0.816 0.184
#> SRR654993 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR809643 1 0.6712 0.8462 0.824 0.176
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.6148 0.8624 0.848 0.152
#> SRR1323336 1 0.2778 0.9084 0.952 0.048
#> SRR663224 2 0.6438 0.7837 0.164 0.836
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR612911 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.4298 0.8818 0.088 0.912
#> SRR812080 1 0.9954 0.2865 0.540 0.460
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1320053 1 0.7453 0.8132 0.788 0.212
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.6148 0.8624 0.848 0.152
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1345369 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR612178 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1326427 1 0.6801 0.8434 0.820 0.180
#> SRR1437412 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1327548 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.6438 0.7832 0.164 0.836
#> SRR818961 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1444786 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0376 0.9625 0.004 0.996
#> SRR661216 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR615671 1 0.7376 0.8185 0.792 0.208
#> SRR1350196 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.2948 0.9067 0.948 0.052
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.9988 -0.0733 0.480 0.520
#> SRR1473040 1 0.6343 0.8574 0.840 0.160
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.2423 0.9307 0.040 0.960
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.9170 0.4488 0.332 0.668
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR613249 1 0.6343 0.8574 0.840 0.160
#> SRR663428 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1354093 1 0.7219 0.8271 0.800 0.200
#> SRR1406521 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9237 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.6343 0.8574 0.840 0.160
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 3 0.6295 0.1031 0.000 0.472 0.528
#> SRR1359328 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0747 0.9300 0.984 0.000 0.016
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.3816 0.7926 0.000 0.148 0.852
#> SRR1384073 1 0.1031 0.9257 0.976 0.000 0.024
#> SRR1312802 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076559 1 0.1860 0.9077 0.948 0.000 0.052
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.6126 0.4013 0.600 0.000 0.400
#> SRR1459631 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 3 0.2625 0.8635 0.084 0.000 0.916
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.2625 0.9030 0.000 0.916 0.084
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 2 0.5560 0.5876 0.000 0.700 0.300
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.1411 0.9475 0.000 0.964 0.036
#> SRR1405078 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437226 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.1031 0.9590 0.000 0.976 0.024
#> SRR1440919 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452824 3 0.0592 0.9266 0.012 0.000 0.988
#> SRR615754 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.6154 0.3111 0.000 0.592 0.408
#> SRR614551 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380829 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR1409239 1 0.4235 0.7839 0.824 0.000 0.176
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0424 0.9331 0.992 0.000 0.008
#> SRR657540 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336048 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR811423 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 3 0.0592 0.9266 0.012 0.000 0.988
#> SRR1074550 3 0.6140 0.2944 0.000 0.404 0.596
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0747 0.9300 0.984 0.000 0.016
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.6140 0.3914 0.596 0.000 0.404
#> SRR1355126 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR615165 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.1647 0.9406 0.036 0.960 0.004
#> SRR655325 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.2959 0.8862 0.000 0.900 0.100
#> SRR661687 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431804 3 0.5835 0.4368 0.340 0.000 0.660
#> SRR664072 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.1031 0.9257 0.976 0.000 0.024
#> SRR1500360 1 0.1031 0.9257 0.976 0.000 0.024
#> SRR1468360 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404084 1 0.5706 0.5743 0.680 0.000 0.320
#> SRR615994 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311308 2 0.3879 0.8248 0.000 0.848 0.152
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 3 0.4062 0.7705 0.164 0.000 0.836
#> SRR1362621 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451718 3 0.3116 0.8383 0.108 0.000 0.892
#> SRR1095334 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 1 0.6066 0.6202 0.728 0.248 0.024
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 3 0.4002 0.7761 0.160 0.000 0.840
#> SRR1408615 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.2056 0.9102 0.952 0.024 0.024
#> SRR1332381 3 0.6267 0.0873 0.452 0.000 0.548
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.8702 0.3987 0.568 0.292 0.140
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0747 0.9300 0.984 0.000 0.016
#> SRR1453639 1 0.7661 0.6161 0.684 0.172 0.144
#> SRR662617 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0237 0.9344 0.996 0.000 0.004
#> SRR661782 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.6045 0.4424 0.620 0.000 0.380
#> SRR613867 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.0747 0.9301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1331620 1 0.5098 0.6927 0.752 0.000 0.248
#> SRR1082809 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417178 1 0.5733 0.5594 0.676 0.000 0.324
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.6302 0.1597 0.520 0.000 0.480
#> SRR812412 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 1 0.1999 0.9125 0.952 0.012 0.036
#> SRR1434417 1 0.0424 0.9327 0.992 0.000 0.008
#> SRR1070159 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.9891 -0.0988 0.352 0.384 0.264
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0475 0.9713 0.004 0.992 0.004
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 1 0.5529 0.6177 0.704 0.000 0.296
#> SRR1454095 1 0.1031 0.9257 0.976 0.000 0.024
#> SRR614791 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR821255 1 0.3722 0.8418 0.888 0.088 0.024
#> SRR820402 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337284 1 0.1620 0.9196 0.964 0.012 0.024
#> SRR1333083 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384883 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443332 2 0.2165 0.9223 0.000 0.936 0.064
#> SRR662486 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.5098 0.6882 0.752 0.000 0.248
#> SRR662942 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.1031 0.9257 0.976 0.000 0.024
#> SRR615850 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR661949 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.5810 0.4686 0.000 0.336 0.664
#> SRR1441655 1 0.1989 0.9094 0.948 0.004 0.048
#> SRR613771 2 0.1289 0.9514 0.000 0.968 0.032
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR663209 1 0.0747 0.9301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.1753 0.8968 0.048 0.000 0.952
#> SRR1395975 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR1402219 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.3267 0.8500 0.884 0.000 0.116
#> SRR613987 2 0.0747 0.9644 0.000 0.984 0.016
#> SRR613831 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.2796 0.8702 0.908 0.000 0.092
#> SRR613030 3 0.0237 0.9318 0.000 0.004 0.996
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402350 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 2 0.2625 0.9028 0.000 0.916 0.084
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.1031 0.9257 0.976 0.000 0.024
#> SRR613615 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.3816 0.8160 0.852 0.000 0.148
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0424 0.9331 0.992 0.000 0.008
#> SRR614888 1 0.1031 0.9257 0.976 0.000 0.024
#> SRR1431694 1 0.0892 0.9280 0.980 0.000 0.020
#> SRR614347 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 3 0.4974 0.6584 0.236 0.000 0.764
#> SRR815422 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360828 1 0.0424 0.9331 0.992 0.000 0.008
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR814052 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.4235 0.7807 0.824 0.000 0.176
#> SRR1339296 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.3686 0.8410 0.000 0.860 0.140
#> SRR1432802 2 0.0237 0.9740 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0747 0.9300 0.984 0.000 0.016
#> SRR1401185 1 0.5111 0.7694 0.808 0.024 0.168
#> SRR654993 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.2448 0.8888 0.924 0.000 0.076
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.6026 0.4594 0.624 0.000 0.376
#> SRR663224 2 0.2261 0.9195 0.000 0.932 0.068
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.0592 0.9317 0.988 0.000 0.012
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.4974 0.7057 0.764 0.000 0.236
#> SRR656770 2 0.2796 0.8943 0.000 0.908 0.092
#> SRR812080 3 0.4452 0.7330 0.000 0.192 0.808
#> SRR1479328 1 0.6095 0.4215 0.608 0.000 0.392
#> SRR661421 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0829 0.9646 0.012 0.984 0.004
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.4235 0.7562 0.000 0.176 0.824
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354423 1 0.0592 0.9308 0.988 0.000 0.012
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 3 0.4233 0.7750 0.160 0.004 0.836
#> SRR1327548 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0424 0.9709 0.000 0.992 0.008
#> SRR818961 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.6062 0.4328 0.616 0.000 0.384
#> SRR1479740 1 0.0237 0.9344 0.996 0.000 0.004
#> SRR1332095 1 0.1031 0.9257 0.976 0.000 0.024
#> SRR1444786 2 0.6488 0.6931 0.084 0.756 0.160
#> SRR1090070 1 0.0237 0.9344 0.996 0.000 0.004
#> SRR662414 2 0.0747 0.9644 0.000 0.984 0.016
#> SRR661216 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.2550 0.9245 0.024 0.936 0.040
#> SRR1350196 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0747 0.9301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360502 3 0.4291 0.7480 0.180 0.000 0.820
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.6204 0.3127 0.576 0.000 0.424
#> SRR1332339 1 0.0592 0.9317 0.988 0.000 0.012
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.4235 0.7958 0.000 0.824 0.176
#> SRR1473040 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR615503 2 0.4033 0.8166 0.136 0.856 0.008
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.3941 0.8201 0.000 0.844 0.156
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0237 0.9344 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.9349 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.9766 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432049 1 0.0592 0.9317 0.988 0.000 0.012
#> SRR1453504 1 0.4121 0.8176 0.868 0.108 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 3 0.4800 0.58961 0.000 0.340 0.656 0.004
#> SRR1359328 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821124 2 0.4916 -0.35255 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1335188 1 0.5630 0.58669 0.548 0.016 0.004 0.432
#> SRR1075825 4 0.4972 0.65827 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1321921 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.3172 0.77595 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1384073 1 0.7346 0.47500 0.456 0.092 0.020 0.432
#> SRR1312802 3 0.2704 0.80936 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1076559 1 0.7055 0.50496 0.472 0.012 0.084 0.432
#> SRR1370085 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 4 0.4999 0.58752 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1476165 1 0.7558 0.44798 0.480 0.000 0.224 0.296
#> SRR1459631 2 0.4916 0.18722 0.000 0.760 0.056 0.184
#> SRR1448098 4 0.4955 0.66552 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1321401 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR807613 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR808086 3 0.0188 0.84660 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR613687 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1471011 3 0.6584 0.53521 0.096 0.000 0.568 0.336
#> SRR1330284 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1320624 2 0.4989 -0.51609 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1459519 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.4636 0.40263 0.000 0.772 0.188 0.040
#> SRR1390561 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658164 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.4543 -0.10079 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR814996 3 0.0188 0.84660 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407410 2 0.1474 0.43052 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1453392 2 0.4454 -0.06755 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1445873 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.4679 -0.20107 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR820938 3 0.4331 0.65666 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR1476844 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403526 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1441051 2 0.1022 0.41044 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR614287 4 0.4972 0.65781 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1092062 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR612611 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1376356 2 0.5923 0.45651 0.000 0.684 0.100 0.216
#> SRR1405078 3 0.1474 0.83976 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1437226 2 0.4955 0.48063 0.000 0.708 0.024 0.268
#> SRR1326078 1 0.1474 0.84123 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1096806 2 0.7050 0.09230 0.000 0.552 0.292 0.156
#> SRR1440919 2 0.4114 0.30408 0.000 0.828 0.060 0.112
#> SRR1452824 3 0.5228 0.63989 0.024 0.000 0.664 0.312
#> SRR615754 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 3 0.6417 0.42188 0.000 0.388 0.540 0.072
#> SRR614551 2 0.4331 0.48093 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1380829 3 0.0188 0.84663 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.2704 0.80936 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1376895 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.4761 0.47480 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1409239 1 0.3224 0.77886 0.864 0.000 0.120 0.016
#> SRR1480200 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.5269 0.60146 0.564 0.004 0.004 0.428
#> SRR657540 3 0.2647 0.80162 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR821096 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR613591 2 0.4103 0.48824 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1344205 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612479 1 0.3172 0.79412 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1399950 3 0.4134 0.70846 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1336048 3 0.1389 0.83989 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1368896 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1312464 1 0.0469 0.85371 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096478 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.1109 0.84545 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR811423 3 0.2704 0.80936 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR615683 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR817609 3 0.2868 0.80331 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1074550 3 0.3942 0.70988 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1499236 2 0.4888 -0.35736 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR656083 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.5260 0.60545 0.568 0.004 0.004 0.424
#> SRR1410801 1 0.1867 0.81559 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1347190 4 0.7517 -0.51014 0.388 0.000 0.184 0.428
#> SRR1355126 2 0.4356 0.47958 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR615165 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097055 2 0.4996 -0.53829 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1312370 2 0.4454 0.48238 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR655325 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR815685 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR817026 3 0.4964 0.69197 0.000 0.256 0.716 0.028
#> SRR1417224 2 0.4364 0.41040 0.000 0.764 0.220 0.016
#> SRR661687 2 0.5724 -0.42984 0.000 0.548 0.028 0.424
#> SRR1431804 3 0.7591 0.45348 0.216 0.016 0.556 0.212
#> SRR664072 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612923 2 0.4933 -0.12491 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1315890 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.5630 0.58669 0.548 0.016 0.004 0.432
#> SRR1500360 1 0.7343 0.46333 0.452 0.100 0.016 0.432
#> SRR1468360 2 0.4164 0.48739 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1404084 4 0.9199 -0.35789 0.276 0.112 0.184 0.428
#> SRR615994 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.2345 0.46499 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1397200 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1311308 3 0.5466 0.35792 0.000 0.436 0.548 0.016
#> SRR1368006 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR613651 4 0.7787 -0.40050 0.244 0.000 0.372 0.384
#> SRR1362621 3 0.6578 0.65211 0.000 0.244 0.620 0.136
#> SRR1451718 3 0.7169 0.42111 0.152 0.000 0.516 0.332
#> SRR1095334 3 0.0188 0.84660 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1079636 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1442549 2 0.5302 0.44471 0.012 0.628 0.004 0.356
#> SRR1466421 4 0.4981 0.64455 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR817397 2 0.4981 -0.49204 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1341809 2 0.4643 0.47260 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR614623 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1335005 4 0.4998 0.59732 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1407065 2 0.4981 -0.49204 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1404483 2 0.3444 0.22618 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1096222 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 4 0.7888 -0.44145 0.344 0.000 0.288 0.368
#> SRR1408615 3 0.0188 0.84660 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1070597 2 0.5821 0.31991 0.024 0.540 0.004 0.432
#> SRR1332381 3 0.7770 0.14532 0.240 0.000 0.396 0.364
#> SRR1457015 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.8361 0.17187 0.068 0.412 0.112 0.408
#> SRR1098385 2 0.3873 0.14816 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1363947 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.4998 -0.55111 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR662055 2 0.3975 0.12212 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1310455 1 0.6770 0.53321 0.496 0.000 0.096 0.408
#> SRR1453639 2 0.5681 0.36356 0.008 0.580 0.016 0.396
#> SRR662617 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR654778 1 0.5375 0.60961 0.572 0.008 0.004 0.416
#> SRR661782 2 0.4994 -0.53559 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1334396 1 0.3105 0.75863 0.856 0.000 0.140 0.004
#> SRR613867 4 0.5000 0.59009 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1479412 1 0.5093 0.67585 0.652 0.008 0.004 0.336
#> SRR1331620 1 0.6788 0.61624 0.592 0.000 0.144 0.264
#> SRR1082809 3 0.4054 0.76639 0.016 0.000 0.796 0.188
#> SRR1417178 1 0.6623 0.63102 0.620 0.000 0.148 0.232
#> SRR1335278 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR657552 4 0.7878 -0.42131 0.324 0.000 0.292 0.384
#> SRR812412 1 0.2125 0.83129 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR1096500 2 0.4304 0.47490 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1347750 2 0.4933 -0.40819 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR615153 2 0.5821 0.31991 0.024 0.540 0.004 0.432
#> SRR1434417 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070159 3 0.0188 0.84660 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332508 4 0.4985 0.64039 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1082059 2 0.7859 0.00350 0.004 0.448 0.252 0.296
#> SRR1402491 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.4608 0.48001 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR1320987 2 0.4761 0.11645 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1086417 2 0.7343 0.24089 0.100 0.452 0.016 0.432
#> SRR1454095 4 0.7870 -0.37867 0.328 0.236 0.004 0.432
#> SRR614791 2 0.3569 0.20178 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR821255 2 0.5260 0.34524 0.004 0.568 0.004 0.424
#> SRR820402 2 0.4888 -0.37135 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1337284 2 0.6200 0.30798 0.036 0.524 0.008 0.432
#> SRR1333083 3 0.0921 0.84462 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1384883 2 0.4981 -0.49204 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR614431 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.3801 0.16490 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1370285 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446673 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.4961 0.66447 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1341188 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1476825 3 0.2647 0.81139 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1443332 2 0.3427 0.44244 0.000 0.860 0.112 0.028
#> SRR662486 2 0.2408 0.46069 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1447019 1 0.3105 0.75863 0.856 0.000 0.140 0.004
#> SRR662942 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.0469 0.85336 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1464977 4 0.7584 -0.49533 0.420 0.136 0.012 0.432
#> SRR615850 3 0.1474 0.83976 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR661949 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1322227 3 0.3569 0.74711 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1441655 2 0.5760 0.31093 0.008 0.544 0.016 0.432
#> SRR613771 2 0.5182 0.27594 0.000 0.684 0.288 0.028
#> SRR1479471 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488918 4 0.4994 0.61442 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1414040 2 0.3764 0.18166 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1079850 2 0.4406 0.48179 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR663209 1 0.7006 0.48209 0.464 0.100 0.004 0.432
#> SRR1364914 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1408267 2 0.4992 0.34959 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1314894 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.5154 0.78619 0.024 0.068 0.788 0.120
#> SRR1395975 2 0.4356 0.47576 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1402219 2 0.4382 0.48024 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1433623 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.2760 0.30378 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR811213 2 0.4790 0.38979 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR663657 3 0.3266 0.77900 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR612203 1 0.3732 0.80343 0.852 0.000 0.056 0.092
#> SRR613987 2 0.4535 0.47803 0.004 0.704 0.000 0.292
#> SRR613831 3 0.0336 0.84625 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1354180 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1382912 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336930 1 0.4088 0.75267 0.820 0.000 0.140 0.040
#> SRR613030 3 0.3074 0.78152 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1381459 2 0.2586 0.45680 0.000 0.912 0.040 0.048
#> SRR1402350 3 0.3172 0.78912 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1419408 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655911 2 0.6425 0.10660 0.000 0.508 0.424 0.068
#> SRR1418243 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.5821 0.57884 0.540 0.024 0.004 0.432
#> SRR613615 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.5950 0.68951 0.696 0.000 0.148 0.156
#> SRR1319395 1 0.2281 0.82129 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR818939 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.5125 0.64769 0.616 0.004 0.004 0.376
#> SRR614888 1 0.6602 0.53076 0.496 0.068 0.004 0.432
#> SRR1431694 1 0.5623 0.59178 0.552 0.004 0.016 0.428
#> SRR614347 2 0.4981 -0.49204 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1334228 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.3569 0.20605 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR656349 3 0.6640 0.44775 0.268 0.000 0.604 0.128
#> SRR815422 2 0.6860 -0.06817 0.000 0.592 0.164 0.244
#> SRR1360828 1 0.5201 0.62729 0.592 0.004 0.004 0.400
#> SRR1359005 2 0.5000 -0.56655 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1456652 1 0.2081 0.82706 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1391660 1 0.0469 0.85382 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1441956 1 0.0707 0.85131 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR662930 2 0.2281 0.33654 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR615790 3 0.3074 0.78132 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR614827 2 0.2578 0.44978 0.000 0.912 0.052 0.036
#> SRR614587 2 0.4977 -0.48610 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR814052 2 0.3942 0.45425 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1070086 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.2647 0.77859 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.4406 0.27766 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1432802 2 0.4277 0.48622 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1416911 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.5516 0.59420 0.556 0.012 0.004 0.428
#> SRR1401185 2 0.5760 0.31333 0.008 0.544 0.016 0.432
#> SRR654993 2 0.4999 -0.56529 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR656397 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.3099 0.81847 0.000 0.104 0.876 0.020
#> SRR1433819 1 0.5716 0.71252 0.700 0.000 0.088 0.212
#> SRR1375225 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1367739 3 0.0921 0.84462 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1323336 4 0.9259 -0.32824 0.220 0.104 0.260 0.416
#> SRR663224 2 0.4122 0.38798 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR1442840 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374058 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 4 0.4955 0.66357 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1456446 1 0.5400 0.59781 0.560 0.008 0.004 0.428
#> SRR1471879 2 0.4999 -0.55862 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR612911 3 0.2011 0.82288 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1395720 4 0.4985 0.63969 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1413055 1 0.2741 0.79622 0.892 0.000 0.096 0.012
#> SRR656770 2 0.3707 0.44381 0.000 0.840 0.132 0.028
#> SRR812080 3 0.3266 0.77146 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1479328 1 0.7314 0.43412 0.424 0.000 0.152 0.424
#> SRR661421 2 0.3801 0.16140 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1410286 2 0.4382 -0.01475 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1487150 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360607 2 0.4406 0.48390 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1333106 2 0.4888 -0.35767 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1088706 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1320053 3 0.3172 0.77595 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1350392 2 0.4356 -0.00582 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1385190 3 0.0817 0.84529 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1080093 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1318753 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612178 2 0.4277 0.01910 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1354423 1 0.0336 0.85283 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1072724 1 0.3649 0.77134 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1418450 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1326427 3 0.0524 0.84647 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1437412 3 0.7966 0.42242 0.008 0.308 0.444 0.240
#> SRR1327548 2 0.6262 0.05358 0.000 0.660 0.132 0.208
#> SRR1395891 1 0.0188 0.85511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR659367 2 0.4406 0.48081 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR818961 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR813704 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.4428 0.72400 0.720 0.000 0.004 0.276
#> SRR1407988 4 0.4999 0.58752 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1394776 2 0.4898 -0.36635 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR655578 4 0.4999 0.58752 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1310645 4 0.4985 0.62701 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1345628 1 0.3208 0.75074 0.848 0.000 0.148 0.004
#> SRR1479740 1 0.4632 0.70277 0.688 0.000 0.004 0.308
#> SRR1332095 1 0.7387 0.47422 0.456 0.088 0.024 0.432
#> SRR1444786 2 0.5148 0.43825 0.004 0.640 0.008 0.348
#> SRR1090070 1 0.1557 0.82767 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR662414 2 0.4222 0.48446 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR661216 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR656313 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR615671 2 0.4608 0.47401 0.000 0.692 0.004 0.304
#> SRR1350196 3 0.0000 0.84687 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466580 1 0.5285 0.66212 0.632 0.012 0.004 0.352
#> SRR1408032 4 0.4967 0.66305 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1432913 2 0.2081 0.35766 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1360502 3 0.7697 0.35883 0.180 0.008 0.476 0.336
#> SRR1391901 2 0.3610 0.20016 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1311131 1 0.5472 0.69853 0.676 0.000 0.044 0.280
#> SRR1380636 1 0.7216 0.52496 0.508 0.000 0.156 0.336
#> SRR1332339 1 0.5097 0.60509 0.568 0.000 0.004 0.428
#> SRR1341563 2 0.3356 0.48455 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1359410 3 0.4356 0.65227 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR1473040 3 0.0817 0.84529 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1321444 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1312622 2 0.4477 -0.07388 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR615503 2 0.4608 0.48001 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR1453192 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.5250 0.37420 0.000 0.440 0.552 0.008
#> SRR1075384 1 0.0188 0.85453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356683 1 0.0000 0.85595 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.1637 0.82375 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1368240 1 0.3157 0.79858 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR1341739 1 0.0469 0.85352 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR613249 3 0.0469 0.84651 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR663428 2 0.4977 -0.50468 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1341302 4 0.4948 0.66613 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1073553 2 0.4989 -0.50346 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1354093 3 0.2281 0.81514 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1406521 2 0.4981 -0.49204 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1432049 1 0.5400 0.59781 0.560 0.008 0.004 0.428
#> SRR1453504 2 0.7051 0.27949 0.104 0.456 0.004 0.436
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 3 0.5532 0.54019 0.000 0.280 0.616 0.000 0.104
#> SRR1359328 3 0.0162 0.81108 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR821124 2 0.3123 0.38451 0.000 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR1335188 5 0.3766 0.72234 0.268 0.004 0.000 0.000 0.728
#> SRR1075825 4 0.4304 0.83250 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.2300 0.78213 0.000 0.072 0.904 0.000 0.024
#> SRR1384073 5 0.4540 0.73553 0.180 0.068 0.004 0.000 0.748
#> SRR1312802 3 0.6150 0.55947 0.000 0.000 0.560 0.204 0.236
#> SRR1076559 5 0.3579 0.73403 0.240 0.000 0.004 0.000 0.756
#> SRR1370085 1 0.0162 0.87776 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460363 1 0.0290 0.87656 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480221 2 0.5065 -0.62026 0.000 0.544 0.000 0.420 0.036
#> SRR1476165 5 0.6439 0.37340 0.436 0.000 0.076 0.036 0.452
#> SRR1459631 2 0.3378 0.52540 0.000 0.864 0.032 0.056 0.048
#> SRR1448098 4 0.4415 0.89449 0.000 0.444 0.000 0.552 0.004
#> SRR1321401 4 0.4622 0.89409 0.000 0.440 0.000 0.548 0.012
#> SRR807613 4 0.4302 0.83994 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR808086 3 0.3123 0.78715 0.000 0.000 0.812 0.184 0.004
#> SRR613687 4 0.5114 0.81989 0.000 0.472 0.000 0.492 0.036
#> SRR1471011 5 0.7484 0.55455 0.176 0.000 0.224 0.092 0.508
#> SRR1330284 4 0.4350 0.91203 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR1320624 2 0.3642 0.27137 0.000 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR1459519 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.3465 0.51557 0.000 0.840 0.052 0.004 0.104
#> SRR1390561 1 0.1704 0.85427 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR658164 1 0.1043 0.86418 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1087079 2 0.2886 0.42623 0.000 0.844 0.000 0.148 0.008
#> SRR814996 3 0.2536 0.79730 0.000 0.000 0.868 0.128 0.004
#> SRR1407410 2 0.0451 0.55190 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1453392 2 0.2848 0.48359 0.000 0.868 0.000 0.104 0.028
#> SRR1445873 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.2377 0.45204 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR820938 3 0.5914 0.25812 0.000 0.408 0.504 0.008 0.080
#> SRR1476844 1 0.0794 0.87514 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1403526 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.4350 0.91203 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR1441051 2 0.0771 0.55304 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR614287 2 0.5100 -0.70855 0.000 0.516 0.000 0.448 0.036
#> SRR1092062 2 0.5114 -0.77792 0.000 0.492 0.000 0.472 0.036
#> SRR612611 4 0.4367 0.91468 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR1376356 2 0.4117 0.47737 0.000 0.788 0.096 0.000 0.116
#> SRR1405078 3 0.5817 0.63755 0.000 0.000 0.612 0.204 0.184
#> SRR1437226 2 0.2490 0.55145 0.000 0.896 0.020 0.004 0.080
#> SRR1326078 1 0.3586 0.55186 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1096806 2 0.6787 0.26513 0.000 0.544 0.280 0.132 0.044
#> SRR1440919 2 0.2673 0.54795 0.000 0.900 0.044 0.020 0.036
#> SRR1452824 5 0.7791 0.33654 0.096 0.000 0.248 0.204 0.452
#> SRR615754 1 0.0609 0.87679 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1341787 3 0.6043 0.43982 0.000 0.320 0.540 0.000 0.140
#> SRR614551 2 0.1768 0.55205 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1380829 3 0.1872 0.81078 0.000 0.000 0.928 0.020 0.052
#> SRR1455761 1 0.0162 0.87791 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465189 3 0.6128 0.56575 0.000 0.000 0.564 0.204 0.232
#> SRR1376895 1 0.0510 0.87489 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1445002 1 0.0404 0.87637 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1469258 2 0.2588 0.53814 0.000 0.892 0.000 0.048 0.060
#> SRR1409239 1 0.2046 0.84512 0.916 0.000 0.016 0.000 0.068
#> SRR1480200 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 5 0.3707 0.70889 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR657540 3 0.2177 0.80073 0.000 0.008 0.908 0.004 0.080
#> SRR821096 2 0.5111 -0.75489 0.000 0.500 0.000 0.464 0.036
#> SRR613591 2 0.1502 0.55019 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1344205 3 0.0000 0.81081 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612479 1 0.4288 0.23181 0.612 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR1399950 5 0.7311 0.01200 0.036 0.000 0.348 0.204 0.412
#> SRR1336048 3 0.5659 0.65906 0.000 0.000 0.632 0.204 0.164
#> SRR1368896 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.4655 0.76015 0.000 0.476 0.000 0.512 0.012
#> SRR1312464 1 0.1851 0.83565 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1096478 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.5086 0.73988 0.000 0.004 0.700 0.200 0.096
#> SRR811423 3 0.6319 0.49411 0.000 0.000 0.524 0.204 0.272
#> SRR615683 1 0.0290 0.87789 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1380336 4 0.4350 0.91203 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR817609 3 0.6925 0.43935 0.024 0.000 0.500 0.204 0.272
#> SRR1074550 3 0.5264 0.57846 0.000 0.256 0.660 0.004 0.080
#> SRR1499236 2 0.3942 0.14083 0.000 0.748 0.000 0.232 0.020
#> SRR656083 1 0.0290 0.87656 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR817539 5 0.3730 0.70550 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1410801 1 0.1012 0.87398 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1347190 5 0.5547 0.68090 0.292 0.000 0.052 0.024 0.632
#> SRR1355126 2 0.2286 0.54180 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR615165 3 0.0162 0.81108 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466046 1 0.1478 0.86057 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1097055 2 0.4561 -0.77771 0.000 0.504 0.000 0.488 0.008
#> SRR1312370 2 0.3579 0.49664 0.000 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR655325 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.5111 -0.75489 0.000 0.500 0.000 0.464 0.036
#> SRR815685 4 0.4367 0.91468 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR817026 3 0.5766 0.61241 0.000 0.164 0.616 0.000 0.220
#> SRR1417224 2 0.3043 0.52785 0.000 0.864 0.024 0.008 0.104
#> SRR661687 2 0.6066 0.22674 0.000 0.548 0.032 0.360 0.060
#> SRR1431804 5 0.7165 0.52952 0.232 0.004 0.260 0.024 0.480
#> SRR664072 3 0.0671 0.81166 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR612923 2 0.2798 0.46091 0.000 0.852 0.000 0.140 0.008
#> SRR1315890 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 5 0.3508 0.72946 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1500360 5 0.4458 0.73785 0.192 0.056 0.004 0.000 0.748
#> SRR1468360 2 0.2473 0.53865 0.000 0.896 0.000 0.032 0.072
#> SRR1404084 5 0.4763 0.74120 0.220 0.024 0.032 0.000 0.724
#> SRR615994 3 0.0000 0.81081 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.1484 0.55585 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR1397200 3 0.0566 0.81162 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR655519 4 0.4549 0.83696 0.000 0.464 0.000 0.528 0.008
#> SRR1311308 2 0.5763 0.32239 0.000 0.600 0.288 0.004 0.108
#> SRR1368006 4 0.4350 0.91203 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR613651 5 0.6477 0.69206 0.232 0.000 0.112 0.052 0.604
#> SRR1362621 3 0.6143 0.33313 0.008 0.100 0.460 0.000 0.432
#> SRR1451718 5 0.7707 0.30038 0.084 0.000 0.264 0.200 0.452
#> SRR1095334 3 0.2583 0.80197 0.000 0.000 0.864 0.132 0.004
#> SRR1079636 4 0.4350 0.91203 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR1442549 5 0.4730 0.14894 0.004 0.464 0.004 0.004 0.524
#> SRR1466421 2 0.5071 -0.63379 0.000 0.540 0.000 0.424 0.036
#> SRR817397 2 0.5492 0.08569 0.000 0.500 0.020 0.452 0.028
#> SRR1341809 2 0.3944 0.41376 0.000 0.788 0.000 0.160 0.052
#> SRR614623 4 0.4367 0.91468 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR1335005 2 0.5065 -0.62026 0.000 0.544 0.000 0.420 0.036
#> SRR1407065 2 0.5785 0.13619 0.000 0.512 0.020 0.420 0.048
#> SRR1404483 2 0.2649 0.54227 0.000 0.900 0.016 0.036 0.048
#> SRR1096222 1 0.0162 0.87850 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401793 5 0.6456 0.45360 0.404 0.000 0.048 0.064 0.484
#> SRR1408615 3 0.2011 0.80492 0.000 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR1070597 5 0.4380 0.57406 0.032 0.260 0.000 0.000 0.708
#> SRR1332381 5 0.6734 0.67281 0.212 0.000 0.160 0.048 0.580
#> SRR1457015 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 5 0.6309 0.46839 0.052 0.148 0.160 0.000 0.640
#> SRR1098385 2 0.1981 0.52789 0.000 0.920 0.000 0.064 0.016
#> SRR1363947 3 0.0162 0.81055 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR820350 2 0.5044 -0.58734 0.000 0.556 0.000 0.408 0.036
#> SRR662055 2 0.1197 0.53289 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1310455 5 0.4800 0.29626 0.476 0.000 0.012 0.004 0.508
#> SRR1453639 5 0.3942 0.48728 0.000 0.260 0.012 0.000 0.728
#> SRR662617 4 0.4747 0.81715 0.000 0.484 0.000 0.500 0.016
#> SRR654778 5 0.3838 0.71310 0.280 0.004 0.000 0.000 0.716
#> SRR661782 2 0.4990 -0.53012 0.000 0.580 0.000 0.384 0.036
#> SRR1334396 1 0.2669 0.83359 0.876 0.000 0.020 0.000 0.104
#> SRR613867 2 0.4278 -0.64269 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1479412 5 0.4045 0.61146 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1331620 1 0.4730 0.04289 0.568 0.000 0.012 0.004 0.416
#> SRR1082809 5 0.7129 -0.08191 0.024 0.000 0.364 0.204 0.408
#> SRR1417178 1 0.4903 0.11399 0.576 0.000 0.016 0.008 0.400
#> SRR1335278 1 0.0963 0.87374 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR665369 4 0.4367 0.91468 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR657552 5 0.5958 0.69000 0.272 0.004 0.084 0.020 0.620
#> SRR812412 1 0.3395 0.63402 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1096500 2 0.2853 0.52275 0.000 0.876 0.000 0.072 0.052
#> SRR1347750 2 0.5154 -0.46364 0.000 0.580 0.000 0.372 0.048
#> SRR615153 5 0.4763 0.60130 0.040 0.224 0.016 0.000 0.720
#> SRR1434417 1 0.1768 0.85276 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1070159 3 0.2763 0.79788 0.000 0.000 0.848 0.148 0.004
#> SRR1332508 4 0.4307 0.80277 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1082059 2 0.7595 -0.22819 0.040 0.328 0.312 0.000 0.320
#> SRR1402491 1 0.1357 0.86256 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1476595 2 0.2843 0.50684 0.000 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR1320987 2 0.3878 0.19722 0.000 0.748 0.000 0.236 0.016
#> SRR1086417 5 0.5313 0.72337 0.156 0.112 0.020 0.000 0.712
#> SRR1454095 5 0.4583 0.71982 0.140 0.112 0.000 0.000 0.748
#> SRR614791 2 0.2012 0.54287 0.000 0.920 0.000 0.060 0.020
#> SRR821255 5 0.4787 0.23695 0.020 0.432 0.000 0.000 0.548
#> SRR820402 2 0.3326 0.49150 0.000 0.824 0.024 0.152 0.000
#> SRR1337284 5 0.4450 0.61533 0.044 0.216 0.004 0.000 0.736
#> SRR1333083 3 0.4836 0.73774 0.000 0.000 0.716 0.188 0.096
#> SRR1384883 2 0.5889 0.14526 0.000 0.512 0.020 0.412 0.056
#> SRR614431 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.2673 0.52930 0.000 0.892 0.008 0.072 0.028
#> SRR1370285 1 0.1704 0.85341 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR1446673 3 0.0162 0.81055 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1318046 4 0.4249 0.90804 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1341188 3 0.0162 0.81108 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1384941 1 0.0162 0.87787 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322864 2 0.5103 -0.72446 0.000 0.512 0.000 0.452 0.036
#> SRR1476825 3 0.6083 0.57871 0.000 0.000 0.572 0.204 0.224
#> SRR1443332 2 0.2193 0.53802 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092
#> SRR662486 2 0.1557 0.55553 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1447019 1 0.1774 0.86322 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> SRR662942 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0162 0.81055 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1469880 1 0.1478 0.85441 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1464977 5 0.4575 0.73555 0.184 0.068 0.004 0.000 0.744
#> SRR615850 3 0.5847 0.63149 0.000 0.000 0.608 0.204 0.188
#> SRR661949 2 0.5049 -0.79437 0.000 0.488 0.000 0.480 0.032
#> SRR1322227 3 0.4269 0.71857 0.000 0.140 0.780 0.004 0.076
#> SRR1441655 5 0.5052 0.69408 0.116 0.144 0.012 0.000 0.728
#> SRR613771 2 0.3575 0.51836 0.000 0.824 0.056 0.000 0.120
#> SRR1479471 1 0.1768 0.85276 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1488918 2 0.4885 -0.55877 0.000 0.572 0.000 0.400 0.028
#> SRR1414040 2 0.1851 0.50099 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1079850 2 0.2574 0.52848 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR663209 5 0.4065 0.72494 0.264 0.016 0.000 0.000 0.720
#> SRR1364914 4 0.4350 0.91203 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR1408267 2 0.3994 0.35620 0.000 0.772 0.000 0.188 0.040
#> SRR1314894 1 0.0162 0.87791 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414117 3 0.6626 0.38618 0.128 0.004 0.572 0.032 0.264
#> SRR1395975 2 0.3075 0.50991 0.000 0.860 0.000 0.092 0.048
#> SRR1402219 2 0.2011 0.54217 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1433623 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0992 0.55153 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR811213 2 0.3003 0.52282 0.000 0.864 0.000 0.092 0.044
#> SRR663657 3 0.3601 0.77076 0.000 0.052 0.820 0.000 0.128
#> SRR612203 1 0.4438 0.33281 0.608 0.000 0.004 0.004 0.384
#> SRR613987 2 0.2806 0.51482 0.000 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR613831 3 0.0613 0.80880 0.000 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR1354180 4 0.4219 0.91358 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1382912 1 0.0510 0.87766 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1475501 1 0.1704 0.85427 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR1336930 1 0.2920 0.77516 0.852 0.000 0.016 0.000 0.132
#> SRR613030 3 0.2349 0.79837 0.000 0.012 0.900 0.004 0.084
#> SRR1381459 2 0.2237 0.53963 0.000 0.904 0.004 0.008 0.084
#> SRR1402350 3 0.5692 0.65631 0.000 0.000 0.628 0.204 0.168
#> SRR1419408 1 0.1478 0.86059 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR655911 2 0.4968 0.43727 0.000 0.732 0.160 0.012 0.096
#> SRR1418243 1 0.1043 0.86329 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1322573 5 0.3480 0.73024 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR613615 3 0.0162 0.81055 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1355284 1 0.4014 0.56260 0.728 0.000 0.016 0.000 0.256
#> SRR1319395 1 0.3684 0.51555 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR818939 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 5 0.4178 0.69744 0.292 0.000 0.008 0.004 0.696
#> SRR614888 5 0.3878 0.73445 0.236 0.016 0.000 0.000 0.748
#> SRR1431694 5 0.3920 0.72088 0.268 0.000 0.004 0.004 0.724
#> SRR614347 2 0.5535 0.15948 0.000 0.524 0.020 0.424 0.032
#> SRR1334228 3 0.0162 0.81055 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1096007 2 0.0609 0.54312 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR656349 3 0.7944 -0.26095 0.316 0.000 0.344 0.076 0.264
#> SRR815422 2 0.5233 0.41937 0.000 0.708 0.052 0.204 0.036
#> SRR1360828 5 0.3990 0.67981 0.308 0.000 0.000 0.004 0.688
#> SRR1359005 2 0.4456 0.02956 0.000 0.660 0.000 0.320 0.020
#> SRR1456652 1 0.3661 0.51942 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1391660 1 0.2561 0.77381 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1441956 1 0.3109 0.67140 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR662930 2 0.1544 0.55065 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR615790 3 0.2289 0.79907 0.000 0.012 0.904 0.004 0.080
#> SRR614827 2 0.2136 0.53907 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR614587 2 0.5925 0.16291 0.000 0.520 0.020 0.400 0.060
#> SRR814052 2 0.3141 0.49683 0.000 0.852 0.000 0.108 0.040
#> SRR1070086 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.2068 0.85134 0.904 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR1339296 3 0.0162 0.81055 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1343239 2 0.3865 0.48737 0.000 0.808 0.092 0.000 0.100
#> SRR1432802 2 0.2588 0.53508 0.000 0.892 0.000 0.048 0.060
#> SRR1416911 1 0.0404 0.87613 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1410427 5 0.3561 0.72592 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1401185 5 0.3927 0.54285 0.004 0.164 0.040 0.000 0.792
#> SRR654993 2 0.4446 -0.48420 0.000 0.592 0.000 0.400 0.008
#> SRR656397 1 0.0162 0.87776 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR809643 3 0.4115 0.75392 0.000 0.016 0.764 0.016 0.204
#> SRR1433819 1 0.4331 0.10378 0.596 0.000 0.004 0.000 0.400
#> SRR1375225 4 0.4437 0.86712 0.000 0.464 0.000 0.532 0.004
#> SRR1367739 3 0.4495 0.75468 0.000 0.000 0.736 0.200 0.064
#> SRR1323336 5 0.5539 0.73577 0.172 0.048 0.076 0.000 0.704
#> SRR663224 2 0.3536 0.51381 0.000 0.840 0.052 0.008 0.100
#> SRR1442840 1 0.1768 0.85276 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1374058 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.1121 0.86227 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1469214 4 0.4425 0.88765 0.000 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR1456446 5 0.3534 0.72694 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1471879 2 0.5028 -0.56336 0.000 0.564 0.000 0.400 0.036
#> SRR612911 3 0.2228 0.80047 0.000 0.012 0.908 0.004 0.076
#> SRR1395720 2 0.4287 -0.71549 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1413055 1 0.2329 0.82917 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR656770 2 0.2936 0.52811 0.000 0.872 0.024 0.008 0.096
#> SRR812080 3 0.3806 0.74858 0.000 0.104 0.812 0.000 0.084
#> SRR1479328 5 0.5445 0.63540 0.328 0.000 0.032 0.028 0.612
#> SRR661421 2 0.2707 0.44565 0.000 0.860 0.000 0.132 0.008
#> SRR1410286 2 0.2612 0.45002 0.000 0.868 0.000 0.124 0.008
#> SRR1487150 1 0.1792 0.83916 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1467035 1 0.1892 0.85848 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR1360607 2 0.3375 0.50835 0.000 0.840 0.000 0.056 0.104
#> SRR1333106 2 0.3461 0.28738 0.000 0.772 0.000 0.224 0.004
#> SRR1088706 4 0.4367 0.91468 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR1320053 3 0.2913 0.78970 0.000 0.040 0.876 0.004 0.080
#> SRR1350392 2 0.2605 0.41726 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1385190 3 0.3977 0.77016 0.000 0.000 0.764 0.204 0.032
#> SRR1080093 4 0.4731 0.86435 0.000 0.456 0.000 0.528 0.016
#> SRR1318753 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.1544 0.80722 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR612178 2 0.2740 0.49402 0.000 0.876 0.000 0.096 0.028
#> SRR1354423 1 0.2179 0.84870 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR1072724 1 0.4015 0.35850 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1418450 2 0.4829 -0.58354 0.000 0.496 0.000 0.484 0.020
#> SRR1326427 3 0.3256 0.80099 0.000 0.004 0.832 0.148 0.016
#> SRR1437412 5 0.7026 0.07198 0.048 0.132 0.336 0.000 0.484
#> SRR1327548 2 0.3454 0.51455 0.000 0.856 0.024 0.076 0.044
#> SRR1395891 1 0.1792 0.83221 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR659367 2 0.2068 0.54154 0.000 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR818961 1 0.1768 0.85276 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR813704 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0703 0.87656 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1476467 1 0.4452 -0.24637 0.500 0.000 0.000 0.004 0.496
#> SRR1407988 2 0.5065 -0.62026 0.000 0.544 0.000 0.420 0.036
#> SRR1394776 2 0.4025 -0.03746 0.000 0.700 0.000 0.292 0.008
#> SRR655578 2 0.5065 -0.62026 0.000 0.544 0.000 0.420 0.036
#> SRR1310645 2 0.5496 -0.30443 0.000 0.476 0.004 0.468 0.052
#> SRR1345628 1 0.2390 0.84262 0.896 0.000 0.020 0.000 0.084
#> SRR1479740 5 0.4410 0.41713 0.440 0.000 0.000 0.004 0.556
#> SRR1332095 5 0.4424 0.73818 0.188 0.056 0.004 0.000 0.752
#> SRR1444786 2 0.4726 0.27547 0.000 0.580 0.020 0.000 0.400
#> SRR1090070 1 0.0807 0.87499 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR662414 2 0.1908 0.54805 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR661216 4 0.4350 0.91203 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR656313 2 0.5112 -0.76658 0.000 0.496 0.000 0.468 0.036
#> SRR615671 2 0.3835 0.43048 0.000 0.732 0.008 0.000 0.260
#> SRR1350196 3 0.0162 0.81108 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466580 5 0.3730 0.70627 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1408032 2 0.5111 -0.75489 0.000 0.500 0.000 0.464 0.036
#> SRR1432913 2 0.2036 0.55310 0.000 0.928 0.008 0.028 0.036
#> SRR1360502 5 0.6371 0.66102 0.200 0.004 0.180 0.016 0.600
#> SRR1391901 2 0.1485 0.54851 0.000 0.948 0.000 0.032 0.020
#> SRR1311131 1 0.4565 0.10018 0.580 0.000 0.012 0.000 0.408
#> SRR1380636 1 0.4649 0.10045 0.580 0.000 0.016 0.000 0.404
#> SRR1332339 5 0.4029 0.68013 0.316 0.000 0.000 0.004 0.680
#> SRR1341563 2 0.1768 0.55205 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1359410 2 0.6028 0.00824 0.000 0.504 0.388 0.004 0.104
#> SRR1473040 3 0.3779 0.77506 0.000 0.000 0.776 0.200 0.024
#> SRR1321444 1 0.0703 0.87495 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1498765 4 0.4979 0.75446 0.000 0.480 0.000 0.492 0.028
#> SRR1312622 2 0.3867 0.45521 0.000 0.804 0.004 0.144 0.048
#> SRR615503 2 0.3209 0.47504 0.000 0.812 0.000 0.008 0.180
#> SRR1453192 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.5963 0.23949 0.000 0.560 0.332 0.008 0.100
#> SRR1075384 1 0.1410 0.85541 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1356683 1 0.0000 0.87842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0566 0.87494 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1368240 1 0.4288 0.20069 0.612 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR1341739 1 0.2329 0.78985 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR613249 3 0.3496 0.77928 0.000 0.000 0.788 0.200 0.012
#> SRR663428 2 0.5151 -0.55414 0.000 0.560 0.000 0.396 0.044
#> SRR1341302 4 0.4350 0.91203 0.000 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR1073553 4 0.4305 0.81643 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1354093 3 0.2077 0.80208 0.000 0.008 0.908 0.000 0.084
#> SRR1406521 2 0.5469 0.15683 0.000 0.524 0.020 0.428 0.028
#> SRR1432049 5 0.3684 0.71276 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1453504 5 0.4315 0.55280 0.024 0.276 0.000 0.000 0.700
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 4 0.5719 0.4393 0.000 0.168 0.372 0.460 0.000 0.000
#> SRR1359328 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821124 2 0.2473 0.7064 0.000 0.856 0.000 0.008 0.136 0.000
#> SRR1335188 6 0.1910 0.7828 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1075825 2 0.4229 0.6711 0.000 0.668 0.000 0.040 0.292 0.000
#> SRR1321921 1 0.0260 0.8737 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466198 3 0.4802 0.2518 0.000 0.056 0.540 0.404 0.000 0.000
#> SRR1384073 6 0.2356 0.7815 0.100 0.004 0.004 0.008 0.000 0.884
#> SRR1312802 5 0.4971 0.7224 0.000 0.000 0.424 0.000 0.508 0.068
#> SRR1076559 6 0.2053 0.7827 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.888
#> SRR1370085 1 0.0146 0.8734 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0458 0.8720 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.2841 0.6996 0.000 0.824 0.000 0.164 0.012 0.000
#> SRR1476165 1 0.6096 0.5685 0.624 0.000 0.060 0.016 0.120 0.180
#> SRR1459631 2 0.4114 0.5563 0.000 0.784 0.124 0.064 0.024 0.004
#> SRR1448098 2 0.4066 0.6836 0.000 0.732 0.000 0.064 0.204 0.000
#> SRR1321401 2 0.3681 0.7002 0.000 0.780 0.000 0.064 0.156 0.000
#> SRR807613 2 0.3739 0.6964 0.000 0.768 0.000 0.056 0.176 0.000
#> SRR808086 3 0.3823 -0.4774 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR613687 2 0.3939 0.6880 0.000 0.752 0.000 0.180 0.068 0.000
#> SRR1471011 5 0.7009 0.4978 0.104 0.000 0.232 0.000 0.460 0.204
#> SRR1330284 2 0.4541 0.6247 0.000 0.596 0.000 0.044 0.360 0.000
#> SRR1320624 2 0.3089 0.6918 0.000 0.800 0.000 0.008 0.188 0.004
#> SRR1459519 1 0.0291 0.8738 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1091184 4 0.5649 0.7240 0.000 0.396 0.152 0.452 0.000 0.000
#> SRR1390561 1 0.3073 0.8102 0.788 0.000 0.000 0.204 0.000 0.008
#> SRR658164 1 0.2340 0.8283 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1087079 2 0.2121 0.7095 0.000 0.892 0.000 0.012 0.096 0.000
#> SRR814996 3 0.3351 -0.0224 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1407410 2 0.0937 0.6847 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.2547 0.6961 0.000 0.880 0.000 0.036 0.080 0.004
#> SRR1445873 1 0.0260 0.8737 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1419985 2 0.1285 0.7108 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR820938 4 0.5907 0.6113 0.000 0.216 0.340 0.444 0.000 0.000
#> SRR1476844 1 0.3046 0.8183 0.800 0.000 0.000 0.188 0.000 0.012
#> SRR1403526 1 0.0260 0.8737 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1413916 2 0.4552 0.6232 0.000 0.592 0.000 0.044 0.364 0.000
#> SRR1441051 2 0.1141 0.6775 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR614287 2 0.3202 0.6977 0.000 0.800 0.000 0.176 0.024 0.000
#> SRR1092062 2 0.3098 0.6986 0.000 0.812 0.000 0.164 0.024 0.000
#> SRR612611 2 0.4482 0.6274 0.000 0.600 0.000 0.040 0.360 0.000
#> SRR1376356 2 0.4947 -0.5685 0.000 0.480 0.064 0.456 0.000 0.000
#> SRR1405078 5 0.5137 0.7184 0.004 0.000 0.416 0.000 0.508 0.072
#> SRR1437226 2 0.3931 0.4391 0.000 0.756 0.044 0.192 0.000 0.008
#> SRR1326078 1 0.3175 0.7265 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1096806 2 0.7334 -0.5213 0.000 0.384 0.264 0.276 0.056 0.020
#> SRR1440919 2 0.5222 0.3178 0.000 0.676 0.076 0.204 0.040 0.004
#> SRR1452824 5 0.6628 0.5720 0.072 0.000 0.256 0.000 0.500 0.172
#> SRR615754 1 0.0291 0.8749 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1341787 4 0.6171 0.5802 0.000 0.224 0.300 0.464 0.000 0.012
#> SRR614551 2 0.1863 0.6366 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.3487 0.5271 0.000 0.000 0.756 0.224 0.020 0.000
#> SRR1455761 1 0.0632 0.8731 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1465189 5 0.5060 0.7200 0.004 0.000 0.428 0.000 0.504 0.064
#> SRR1376895 1 0.1814 0.8538 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1445002 1 0.1082 0.8672 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR1469258 2 0.0260 0.6997 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.1267 0.8653 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1480200 1 0.0146 0.8734 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418323 6 0.1910 0.7828 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR657540 3 0.3774 0.4383 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR821096 2 0.2932 0.6994 0.000 0.820 0.000 0.164 0.016 0.000
#> SRR613591 2 0.0713 0.6889 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612479 1 0.4003 0.8127 0.760 0.000 0.000 0.124 0.000 0.116
#> SRR1399950 5 0.6518 0.5995 0.072 0.000 0.276 0.000 0.508 0.144
#> SRR1336048 5 0.4642 0.6935 0.000 0.000 0.452 0.000 0.508 0.040
#> SRR1368896 1 0.0260 0.8737 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379403 2 0.4709 0.6045 0.000 0.576 0.000 0.036 0.380 0.008
#> SRR1312464 1 0.2212 0.8494 0.880 0.000 0.000 0.008 0.000 0.112
#> SRR1096478 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 5 0.3997 0.6211 0.000 0.000 0.488 0.000 0.508 0.004
#> SRR811423 5 0.5348 0.7218 0.004 0.000 0.392 0.000 0.508 0.096
#> SRR615683 1 0.0520 0.8754 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1380336 2 0.4760 0.6364 0.000 0.604 0.000 0.068 0.328 0.000
#> SRR817609 5 0.5515 0.7212 0.012 0.000 0.396 0.004 0.508 0.080
#> SRR1074550 3 0.5282 -0.0418 0.000 0.100 0.484 0.416 0.000 0.000
#> SRR1499236 2 0.2558 0.7027 0.000 0.840 0.000 0.156 0.004 0.000
#> SRR656083 1 0.1007 0.8653 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR817539 6 0.1910 0.7828 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1410801 1 0.1480 0.8727 0.940 0.000 0.000 0.020 0.000 0.040
#> SRR1347190 6 0.5431 0.5896 0.260 0.000 0.048 0.000 0.068 0.624
#> SRR1355126 2 0.4154 0.4132 0.000 0.744 0.000 0.112 0.000 0.144
#> SRR615165 3 0.0363 0.5611 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.3046 0.8183 0.800 0.000 0.000 0.188 0.000 0.012
#> SRR1097055 2 0.4091 0.6851 0.000 0.720 0.000 0.056 0.224 0.000
#> SRR1312370 2 0.0713 0.7059 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0260 0.8737 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR810177 2 0.2932 0.6994 0.000 0.820 0.000 0.164 0.016 0.000
#> SRR815685 2 0.4482 0.6274 0.000 0.600 0.000 0.040 0.360 0.000
#> SRR817026 3 0.5783 0.1933 0.000 0.036 0.456 0.432 0.000 0.076
#> SRR1417224 2 0.5034 -0.6022 0.000 0.468 0.072 0.460 0.000 0.000
#> SRR661687 2 0.6545 0.4231 0.000 0.600 0.024 0.144 0.132 0.100
#> SRR1431804 6 0.7069 0.3336 0.076 0.000 0.232 0.072 0.084 0.536
#> SRR664072 3 0.0547 0.5388 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR612923 2 0.2473 0.7061 0.000 0.856 0.000 0.008 0.136 0.000
#> SRR1315890 1 0.0405 0.8738 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1347726 6 0.1910 0.7828 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1500360 6 0.2356 0.7815 0.100 0.004 0.004 0.008 0.000 0.884
#> SRR1468360 2 0.0458 0.6946 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1404084 6 0.4116 0.7301 0.120 0.000 0.084 0.020 0.000 0.776
#> SRR615994 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.1610 0.6553 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0363 0.5486 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR655519 2 0.4616 0.6487 0.000 0.624 0.000 0.060 0.316 0.000
#> SRR1311308 4 0.5837 0.7603 0.000 0.340 0.200 0.460 0.000 0.000
#> SRR1368006 2 0.4433 0.6418 0.000 0.616 0.000 0.040 0.344 0.000
#> SRR613651 6 0.6668 0.4567 0.196 0.000 0.104 0.000 0.172 0.528
#> SRR1362621 6 0.5151 0.0170 0.000 0.020 0.428 0.044 0.000 0.508
#> SRR1451718 5 0.6586 0.5936 0.072 0.000 0.280 0.000 0.496 0.152
#> SRR1095334 3 0.3823 -0.4675 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1079636 2 0.4552 0.6232 0.000 0.592 0.000 0.044 0.364 0.000
#> SRR1442549 6 0.3905 0.4445 0.000 0.316 0.000 0.016 0.000 0.668
#> SRR1466421 2 0.2841 0.6996 0.000 0.824 0.000 0.164 0.012 0.000
#> SRR817397 2 0.6280 0.4636 0.000 0.616 0.012 0.128 0.140 0.104
#> SRR1341809 2 0.1082 0.7095 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR614623 2 0.4420 0.6304 0.000 0.604 0.000 0.036 0.360 0.000
#> SRR1335005 2 0.2841 0.6996 0.000 0.824 0.000 0.164 0.012 0.000
#> SRR1407065 2 0.6248 0.4613 0.000 0.620 0.012 0.132 0.132 0.104
#> SRR1404483 2 0.2923 0.6777 0.000 0.868 0.020 0.060 0.052 0.000
#> SRR1096222 1 0.0146 0.8738 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401793 1 0.5816 0.3944 0.540 0.000 0.000 0.008 0.244 0.208
#> SRR1408615 3 0.2048 0.4094 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1070597 6 0.3355 0.7347 0.064 0.100 0.000 0.008 0.000 0.828
#> SRR1332381 6 0.7133 0.2426 0.152 0.000 0.164 0.000 0.228 0.456
#> SRR1457015 1 0.0405 0.8738 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1386797 6 0.6916 0.4339 0.024 0.120 0.156 0.144 0.000 0.556
#> SRR1098385 2 0.0865 0.7058 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.2841 0.6996 0.000 0.824 0.000 0.164 0.012 0.000
#> SRR662055 2 0.1983 0.7010 0.000 0.908 0.000 0.020 0.072 0.000
#> SRR1310455 1 0.3076 0.7488 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1453639 6 0.4176 0.6085 0.008 0.192 0.020 0.028 0.000 0.752
#> SRR662617 2 0.4043 0.6949 0.000 0.756 0.000 0.116 0.128 0.000
#> SRR654778 6 0.1910 0.7828 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR661782 2 0.2841 0.6996 0.000 0.824 0.000 0.164 0.012 0.000
#> SRR1334396 1 0.3046 0.8183 0.800 0.000 0.000 0.188 0.000 0.012
#> SRR613867 2 0.4249 0.6557 0.000 0.640 0.000 0.032 0.328 0.000
#> SRR1479412 6 0.3221 0.6308 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1331620 1 0.3141 0.7809 0.788 0.000 0.000 0.000 0.012 0.200
#> SRR1082809 5 0.5890 0.6797 0.024 0.000 0.348 0.000 0.508 0.120
#> SRR1417178 1 0.3206 0.8398 0.828 0.000 0.000 0.068 0.000 0.104
#> SRR1335278 1 0.2848 0.8268 0.816 0.000 0.000 0.176 0.000 0.008
#> SRR665369 2 0.4470 0.6316 0.000 0.604 0.000 0.040 0.356 0.000
#> SRR657552 6 0.5916 0.6175 0.184 0.000 0.104 0.016 0.056 0.640
#> SRR812412 1 0.3175 0.7310 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1096500 2 0.0146 0.7003 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.2706 0.7009 0.000 0.832 0.000 0.160 0.008 0.000
#> SRR615153 6 0.4140 0.6854 0.024 0.092 0.064 0.020 0.000 0.800
#> SRR1434417 1 0.3201 0.8044 0.780 0.000 0.000 0.208 0.000 0.012
#> SRR1070159 3 0.3852 -0.1172 0.000 0.000 0.664 0.012 0.324 0.000
#> SRR1332508 2 0.3896 0.6979 0.000 0.748 0.000 0.056 0.196 0.000
#> SRR1082059 6 0.7458 -0.0886 0.000 0.212 0.184 0.212 0.000 0.392
#> SRR1402491 1 0.2442 0.8628 0.884 0.000 0.000 0.068 0.000 0.048
#> SRR1476595 2 0.1391 0.6904 0.000 0.944 0.000 0.016 0.000 0.040
#> SRR1320987 2 0.3023 0.7204 0.000 0.836 0.000 0.044 0.120 0.000
#> SRR1086417 6 0.4225 0.7362 0.072 0.056 0.056 0.016 0.000 0.800
#> SRR1454095 6 0.2325 0.7815 0.100 0.008 0.000 0.008 0.000 0.884
#> SRR614791 2 0.2560 0.6933 0.000 0.872 0.000 0.036 0.092 0.000
#> SRR821255 6 0.4167 0.3967 0.008 0.344 0.000 0.012 0.000 0.636
#> SRR820402 2 0.5158 0.5888 0.000 0.732 0.044 0.052 0.124 0.048
#> SRR1337284 6 0.2812 0.7274 0.028 0.104 0.000 0.008 0.000 0.860
#> SRR1333083 5 0.4183 0.6421 0.000 0.000 0.480 0.000 0.508 0.012
#> SRR1384883 2 0.6441 0.4232 0.000 0.596 0.012 0.156 0.132 0.104
#> SRR614431 1 0.0260 0.8737 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481106 2 0.2263 0.6961 0.000 0.900 0.004 0.036 0.060 0.000
#> SRR1370285 1 0.3171 0.8067 0.784 0.000 0.000 0.204 0.000 0.012
#> SRR1446673 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.4384 0.6406 0.000 0.616 0.000 0.036 0.348 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0363 0.8740 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322864 2 0.3210 0.6980 0.000 0.804 0.000 0.168 0.028 0.000
#> SRR1476825 5 0.5050 0.7262 0.000 0.000 0.416 0.000 0.508 0.076
#> SRR1443332 2 0.3851 -0.4173 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR662486 2 0.1075 0.6797 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.3046 0.8183 0.800 0.000 0.000 0.188 0.000 0.012
#> SRR662942 1 0.0260 0.8737 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613102 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.2219 0.8332 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1464977 6 0.2261 0.7823 0.104 0.004 0.000 0.008 0.000 0.884
#> SRR615850 5 0.5232 0.7214 0.008 0.000 0.412 0.000 0.508 0.072
#> SRR661949 2 0.3767 0.6978 0.000 0.780 0.000 0.132 0.088 0.000
#> SRR1322227 3 0.4911 0.1925 0.000 0.064 0.524 0.412 0.000 0.000
#> SRR1441655 6 0.2995 0.7004 0.008 0.128 0.008 0.012 0.000 0.844
#> SRR613771 2 0.5489 -0.6382 0.000 0.448 0.108 0.440 0.004 0.000
#> SRR1479471 1 0.3201 0.8044 0.780 0.000 0.000 0.208 0.000 0.012
#> SRR1488918 2 0.4634 0.6694 0.000 0.656 0.000 0.080 0.264 0.000
#> SRR1414040 2 0.0790 0.7058 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.1196 0.6889 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR663209 6 0.1910 0.7828 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1364914 2 0.4842 0.6349 0.000 0.600 0.000 0.076 0.324 0.000
#> SRR1408267 2 0.1757 0.7187 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076 0.000
#> SRR1314894 1 0.1007 0.8714 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1414117 3 0.5606 -0.1099 0.004 0.000 0.472 0.008 0.096 0.420
#> SRR1395975 2 0.0363 0.6976 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.1720 0.6756 0.000 0.928 0.000 0.040 0.000 0.032
#> SRR1433623 1 0.0146 0.8734 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.1141 0.6775 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR811213 2 0.2020 0.7063 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096 0.000
#> SRR663657 3 0.4588 0.3847 0.000 0.008 0.548 0.420 0.000 0.024
#> SRR612203 1 0.4286 0.7919 0.728 0.000 0.000 0.164 0.000 0.108
#> SRR613987 2 0.5002 0.1407 0.000 0.636 0.000 0.136 0.000 0.228
#> SRR613831 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.4813 0.6401 0.000 0.608 0.000 0.076 0.316 0.000
#> SRR1382912 1 0.1858 0.8607 0.904 0.000 0.000 0.092 0.000 0.004
#> SRR1475501 1 0.3073 0.8102 0.788 0.000 0.000 0.204 0.000 0.008
#> SRR1336930 1 0.2048 0.8463 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR613030 3 0.3774 0.4383 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR1381459 2 0.3672 -0.0849 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR1402350 5 0.5472 0.6984 0.008 0.000 0.384 0.000 0.508 0.100
#> SRR1419408 1 0.3046 0.8183 0.800 0.000 0.000 0.188 0.000 0.012
#> SRR655911 2 0.5883 -0.6756 0.000 0.436 0.172 0.388 0.004 0.000
#> SRR1418243 1 0.2597 0.8068 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1322573 6 0.2053 0.7827 0.108 0.000 0.000 0.004 0.000 0.888
#> SRR613615 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.2597 0.8085 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1319395 1 0.3151 0.7313 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR818939 1 0.0146 0.8734 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1465266 6 0.3806 0.7274 0.164 0.000 0.000 0.068 0.000 0.768
#> SRR614888 6 0.1910 0.7828 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1431694 6 0.2593 0.7661 0.148 0.000 0.000 0.008 0.000 0.844
#> SRR614347 2 0.6414 0.4345 0.000 0.600 0.012 0.144 0.140 0.104
#> SRR1334228 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.0363 0.6976 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR656349 5 0.8347 0.2716 0.272 0.000 0.228 0.112 0.312 0.076
#> SRR815422 2 0.6186 0.4238 0.000 0.652 0.048 0.124 0.104 0.072
#> SRR1360828 6 0.2402 0.7678 0.140 0.000 0.000 0.004 0.000 0.856
#> SRR1359005 2 0.4219 0.6497 0.000 0.720 0.000 0.048 0.224 0.008
#> SRR1456652 1 0.3198 0.7208 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1391660 1 0.2883 0.7787 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1441956 1 0.3126 0.7371 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR662930 2 0.1765 0.6501 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR615790 3 0.3774 0.4383 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR614827 2 0.3717 -0.1635 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR614587 2 0.6410 0.4277 0.000 0.600 0.012 0.152 0.132 0.104
#> SRR814052 2 0.0790 0.7057 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0260 0.8737 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481440 1 0.3014 0.8195 0.804 0.000 0.000 0.184 0.000 0.012
#> SRR1339296 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.5651 -0.5354 0.000 0.492 0.164 0.344 0.000 0.000
#> SRR1432802 2 0.0363 0.6976 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0458 0.8731 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1410427 6 0.1910 0.7828 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1401185 6 0.3373 0.6704 0.008 0.160 0.004 0.020 0.000 0.808
#> SRR654993 2 0.4307 0.6913 0.000 0.704 0.000 0.072 0.224 0.000
#> SRR656397 1 0.0146 0.8734 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.6005 0.3747 0.000 0.000 0.524 0.336 0.080 0.060
#> SRR1433819 1 0.2969 0.7364 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1375225 2 0.4530 0.6279 0.000 0.600 0.000 0.044 0.356 0.000
#> SRR1367739 5 0.4096 0.6339 0.000 0.000 0.484 0.000 0.508 0.008
#> SRR1323336 6 0.4114 0.6979 0.084 0.000 0.128 0.016 0.000 0.772
#> SRR663224 4 0.5527 0.7090 0.000 0.408 0.132 0.460 0.000 0.000
#> SRR1442840 1 0.3171 0.8067 0.784 0.000 0.000 0.204 0.000 0.012
#> SRR1374058 1 0.0260 0.8737 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656994 1 0.2340 0.8285 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1469214 2 0.4736 0.6447 0.000 0.620 0.000 0.072 0.308 0.000
#> SRR1456446 6 0.2404 0.7799 0.112 0.000 0.000 0.016 0.000 0.872
#> SRR1471879 2 0.2805 0.7004 0.000 0.828 0.000 0.160 0.012 0.000
#> SRR612911 3 0.3175 0.5324 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR1395720 2 0.3974 0.6972 0.000 0.728 0.000 0.048 0.224 0.000
#> SRR1413055 1 0.3231 0.8103 0.784 0.000 0.000 0.200 0.000 0.016
#> SRR656770 2 0.4698 -0.5130 0.000 0.504 0.044 0.452 0.000 0.000
#> SRR812080 3 0.4808 0.2552 0.000 0.056 0.536 0.408 0.000 0.000
#> SRR1479328 6 0.5155 0.5576 0.280 0.000 0.000 0.000 0.124 0.596
#> SRR661421 2 0.0692 0.7066 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1410286 2 0.0993 0.7052 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR1487150 1 0.2527 0.8190 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1467035 1 0.2980 0.8172 0.800 0.000 0.000 0.192 0.000 0.008
#> SRR1360607 2 0.0458 0.7006 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.2389 0.7084 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128 0.000
#> SRR1088706 2 0.4408 0.6329 0.000 0.608 0.000 0.036 0.356 0.000
#> SRR1320053 3 0.3907 0.4289 0.000 0.004 0.588 0.408 0.000 0.000
#> SRR1350392 2 0.0935 0.7092 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1385190 5 0.3997 0.6240 0.000 0.000 0.488 0.000 0.508 0.004
#> SRR1080093 2 0.4624 0.6846 0.000 0.688 0.000 0.120 0.192 0.000
#> SRR1318753 1 0.0405 0.8738 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1345369 3 0.3747 0.4531 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR612178 2 0.2560 0.6972 0.000 0.872 0.000 0.036 0.092 0.000
#> SRR1354423 1 0.3104 0.8187 0.800 0.000 0.000 0.184 0.000 0.016
#> SRR1072724 1 0.2996 0.7625 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1418450 2 0.5073 0.5996 0.000 0.596 0.000 0.060 0.328 0.016
#> SRR1326427 3 0.3847 -0.5211 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1437412 6 0.6002 0.1511 0.000 0.048 0.348 0.092 0.000 0.512
#> SRR1327548 2 0.4114 0.5611 0.000 0.784 0.124 0.064 0.024 0.004
#> SRR1395891 1 0.3101 0.7419 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR659367 2 0.4074 0.4201 0.000 0.752 0.000 0.140 0.000 0.108
#> SRR818961 1 0.3201 0.8044 0.780 0.000 0.000 0.208 0.000 0.012
#> SRR813704 1 0.0260 0.8737 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613054 1 0.1267 0.8639 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.3494 0.7236 0.736 0.000 0.000 0.012 0.000 0.252
#> SRR1407988 2 0.2841 0.6996 0.000 0.824 0.000 0.164 0.012 0.000
#> SRR1394776 2 0.1934 0.7197 0.000 0.916 0.000 0.040 0.044 0.000
#> SRR655578 2 0.2841 0.6996 0.000 0.824 0.000 0.164 0.012 0.000
#> SRR1310645 2 0.5697 0.5546 0.000 0.596 0.000 0.060 0.272 0.072
#> SRR1345628 1 0.3046 0.8183 0.800 0.000 0.000 0.188 0.000 0.012
#> SRR1479740 6 0.3866 -0.0617 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1332095 6 0.2356 0.7815 0.100 0.004 0.004 0.008 0.000 0.884
#> SRR1444786 6 0.5691 0.1612 0.000 0.364 0.060 0.048 0.000 0.528
#> SRR1090070 1 0.1267 0.8673 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR662414 2 0.2730 0.5030 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR661216 2 0.4420 0.6304 0.000 0.604 0.000 0.036 0.360 0.000
#> SRR656313 2 0.3730 0.6923 0.000 0.772 0.000 0.168 0.060 0.000
#> SRR615671 2 0.5265 -0.1364 0.000 0.500 0.000 0.100 0.000 0.400
#> SRR1350196 3 0.0000 0.5610 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466580 6 0.2003 0.7806 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1408032 2 0.3679 0.6929 0.000 0.772 0.000 0.176 0.052 0.000
#> SRR1432913 2 0.3810 0.6256 0.000 0.800 0.008 0.104 0.084 0.004
#> SRR1360502 6 0.5946 0.4106 0.068 0.000 0.244 0.012 0.068 0.608
#> SRR1391901 2 0.2747 0.6907 0.000 0.860 0.000 0.044 0.096 0.000
#> SRR1311131 1 0.2823 0.7835 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1380636 1 0.2793 0.7867 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1332339 6 0.2597 0.7438 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1341563 2 0.1075 0.6798 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1359410 4 0.5933 0.7083 0.000 0.252 0.288 0.460 0.000 0.000
#> SRR1473040 5 0.3868 0.6118 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1321444 1 0.1327 0.8676 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1498765 2 0.4420 0.6539 0.000 0.644 0.000 0.048 0.308 0.000
#> SRR1312622 2 0.3800 0.6756 0.000 0.776 0.000 0.060 0.160 0.004
#> SRR615503 2 0.1802 0.6775 0.000 0.916 0.000 0.012 0.000 0.072
#> SRR1453192 1 0.0146 0.8734 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1433107 4 0.5903 0.7606 0.000 0.312 0.228 0.460 0.000 0.000
#> SRR1075384 1 0.2882 0.8256 0.812 0.000 0.000 0.180 0.000 0.008
#> SRR1356683 1 0.0146 0.8734 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0363 0.8743 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1368240 1 0.3271 0.7497 0.760 0.000 0.000 0.008 0.000 0.232
#> SRR1341739 1 0.3050 0.7533 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR613249 5 0.3868 0.6118 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR663428 2 0.2743 0.6999 0.000 0.828 0.000 0.164 0.008 0.000
#> SRR1341302 2 0.4541 0.6247 0.000 0.596 0.000 0.044 0.360 0.000
#> SRR1073553 2 0.3952 0.6920 0.000 0.736 0.000 0.052 0.212 0.000
#> SRR1354093 3 0.3765 0.4429 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1406521 2 0.6349 0.4482 0.000 0.608 0.012 0.136 0.140 0.104
#> SRR1432049 6 0.1910 0.7828 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1453504 6 0.3963 0.7123 0.076 0.132 0.000 0.012 0.000 0.780
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.879 0.911 0.965 0.4987 0.501 0.501
#> 3 3 0.913 0.905 0.963 0.2831 0.786 0.602
#> 4 4 0.644 0.617 0.801 0.1192 0.885 0.714
#> 5 5 0.602 0.539 0.756 0.0634 0.899 0.715
#> 6 6 0.601 0.505 0.703 0.0369 0.924 0.741
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR814996 2 0.7376 0.72747 0.208 0.792
#> SRR1407410 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.1843 0.93739 0.028 0.972
#> SRR612611 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1405078 1 0.8955 0.53121 0.688 0.312
#> SRR1437226 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.5178 0.85001 0.116 0.884
#> SRR1409239 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1348138 2 0.6438 0.78861 0.164 0.836
#> SRR811423 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.3114 0.91223 0.056 0.944
#> SRR615165 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1312370 1 0.9795 0.28478 0.584 0.416
#> SRR655325 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0938 0.95084 0.012 0.988
#> SRR815685 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.6148 0.80131 0.848 0.152
#> SRR664072 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.3879 0.89260 0.076 0.924
#> SRR1404084 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR615994 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1442549 1 0.2948 0.91579 0.948 0.052
#> SRR1466421 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.9710 0.34119 0.400 0.600
#> SRR614623 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.9580 0.38341 0.620 0.380
#> SRR1098385 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1453639 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.2948 0.91595 0.052 0.948
#> SRR1347750 2 0.8555 0.61350 0.280 0.720
#> SRR615153 1 0.9815 0.27337 0.580 0.420
#> SRR1434417 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.9710 0.34119 0.400 0.600
#> SRR1402491 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.9710 0.33057 0.600 0.400
#> SRR1320987 2 0.9209 0.50068 0.336 0.664
#> SRR1086417 1 1.0000 0.00454 0.504 0.496
#> SRR1454095 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.9661 0.35216 0.608 0.392
#> SRR820402 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.0376 0.96080 0.996 0.004
#> SRR1333083 2 0.9686 0.34517 0.396 0.604
#> SRR1384883 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR615850 1 0.0376 0.96074 0.996 0.004
#> SRR661949 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.6712 0.76885 0.824 0.176
#> SRR613771 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1079850 1 0.9833 0.26109 0.576 0.424
#> SRR663209 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.7950 0.68249 0.240 0.760
#> SRR1314894 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.9209 0.50065 0.336 0.664
#> SRR1433623 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.8909 0.55978 0.308 0.692
#> SRR613831 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.2423 0.92744 0.960 0.040
#> SRR1419408 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.2603 0.92332 0.044 0.956
#> SRR1070086 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.8555 0.61359 0.280 0.720
#> SRR1416911 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1401185 1 0.1184 0.95056 0.984 0.016
#> SRR654993 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.7056 0.75153 0.192 0.808
#> SRR1433819 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1367739 2 0.9775 0.30126 0.412 0.588
#> SRR1323336 1 0.5178 0.84585 0.884 0.116
#> SRR663224 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.6247 0.80230 0.156 0.844
#> SRR612911 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1360607 1 0.9909 0.19720 0.556 0.444
#> SRR1333106 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.9661 0.34118 0.608 0.392
#> SRR1080093 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.9866 0.24621 0.432 0.568
#> SRR1327548 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.9286 0.48262 0.344 0.656
#> SRR818961 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1444786 2 1.0000 0.01651 0.496 0.504
#> SRR1090070 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.7950 0.68247 0.240 0.760
#> SRR661216 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR615671 2 0.1184 0.94760 0.016 0.984
#> SRR1350196 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.5946 0.81161 0.856 0.144
#> SRR1391901 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.7815 0.68951 0.232 0.768
#> SRR1321444 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR615503 1 0.9460 0.42296 0.636 0.364
#> SRR1453192 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.7815 0.68972 0.232 0.768
#> SRR663428 2 0.5946 0.81722 0.144 0.856
#> SRR1341302 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.96044 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.0000 0.96426 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 3 0.6235 0.2794 0.000 0.436 0.564
#> SRR1359328 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.3038 0.8536 0.896 0.104 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 3 0.5948 0.4793 0.000 0.360 0.640
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.3816 0.8119 0.852 0.000 0.148
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.4235 0.7694 0.000 0.176 0.824
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.1031 0.9066 0.000 0.024 0.976
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.5882 0.4395 0.348 0.000 0.652
#> SRR1437226 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 3 0.4002 0.7874 0.000 0.160 0.840
#> SRR1452824 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.4887 0.6673 0.000 0.772 0.228
#> SRR614551 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.0747 0.9108 0.016 0.000 0.984
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.5254 0.6338 0.736 0.000 0.264
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR811423 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 1 0.6095 0.3602 0.608 0.000 0.392
#> SRR1074550 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR661687 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431804 3 0.6168 0.2721 0.412 0.000 0.588
#> SRR664072 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0892 0.9516 0.980 0.020 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362621 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.0237 0.9582 0.004 0.996 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.0747 0.9476 0.000 0.984 0.016
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.4605 0.7084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 2 0.5678 0.5386 0.316 0.684 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.1031 0.9365 0.024 0.976 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.6291 0.1365 0.468 0.532 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.1289 0.9428 0.968 0.000 0.032
#> SRR812412 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 1 0.5497 0.5776 0.708 0.292 0.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.8877 0.3388 0.184 0.572 0.244
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.6950 0.0731 0.476 0.508 0.016
#> SRR1454095 1 0.4121 0.7681 0.832 0.168 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR821255 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR820402 3 0.6111 0.3891 0.000 0.396 0.604
#> SRR1337284 2 0.2066 0.8954 0.060 0.940 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384883 3 0.5706 0.5550 0.000 0.320 0.680
#> SRR614431 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 1 0.3686 0.8233 0.860 0.000 0.140
#> SRR1443332 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.6062 0.3870 0.384 0.616 0.000
#> SRR615850 1 0.5363 0.6108 0.724 0.000 0.276
#> SRR661949 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.2878 0.8488 0.000 0.096 0.904
#> SRR1441655 2 0.5178 0.6293 0.256 0.744 0.000
#> SRR613771 3 0.6260 0.2441 0.000 0.448 0.552
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402350 1 0.5621 0.5525 0.692 0.000 0.308
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.0237 0.9198 0.000 0.004 0.996
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR614347 3 0.1753 0.8896 0.000 0.048 0.952
#> SRR1334228 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 1 0.6307 0.0571 0.512 0.000 0.488
#> SRR815422 3 0.0237 0.9198 0.000 0.004 0.996
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR614587 3 0.4121 0.7731 0.000 0.168 0.832
#> SRR814052 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0592 0.9513 0.000 0.988 0.012
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.3267 0.8262 0.116 0.884 0.000
#> SRR654993 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.1289 0.9386 0.968 0.032 0.000
#> SRR663224 2 0.6260 0.1161 0.000 0.552 0.448
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR812080 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 3 0.6033 0.4619 0.336 0.004 0.660
#> SRR1327548 3 0.6204 0.3146 0.000 0.424 0.576
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0424 0.9641 0.992 0.008 0.000
#> SRR1444786 2 0.6487 0.5721 0.268 0.700 0.032
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350196 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 2 0.0237 0.9587 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360502 1 0.6286 0.1422 0.536 0.000 0.464
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.6252 0.1332 0.000 0.556 0.444
#> SRR1473040 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.0592 0.9513 0.000 0.988 0.012
#> SRR615503 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.5810 0.5159 0.000 0.336 0.664
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9623 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.9222 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 3 0.5835 0.5194 0.000 0.340 0.660
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.5650 0.5370 0.688 0.312 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 3 0.5915 0.65535 0.032 0.104 0.744 0.120
#> SRR1359328 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821124 2 0.2281 0.75032 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1335188 1 0.4406 0.55749 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1075825 2 0.0817 0.79194 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1321921 1 0.1022 0.69277 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1466198 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384073 1 0.6926 0.31887 0.496 0.112 0.000 0.392
#> SRR1312802 3 0.4994 -0.02401 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1076559 1 0.4830 0.47072 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1370085 1 0.2921 0.63390 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1460363 1 0.2589 0.65014 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1480221 2 0.3764 0.71632 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1476165 1 0.2345 0.65930 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1459631 2 0.2216 0.75335 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1448098 2 0.0000 0.79692 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0707 0.79718 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR807613 2 0.0000 0.79692 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613687 2 0.0707 0.79732 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1471011 3 0.4697 0.37877 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1330284 2 0.1792 0.76956 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1320624 2 0.3569 0.64481 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1459519 1 0.1389 0.68084 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1091184 2 0.5657 0.42974 0.000 0.644 0.312 0.044
#> SRR1390561 1 0.4761 0.25799 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR658164 1 0.2469 0.67705 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1087079 2 0.0000 0.79692 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.2149 0.78289 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1453392 2 0.1792 0.76978 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1445873 1 0.0336 0.69037 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1419985 2 0.4661 0.59664 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR820938 3 0.0817 0.88235 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1476844 1 0.3528 0.58576 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1403526 1 0.0592 0.68903 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1413916 2 0.3024 0.70376 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1441051 2 0.2760 0.76735 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR614287 2 0.2530 0.77466 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1092062 2 0.2216 0.78151 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR612611 2 0.0817 0.79223 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1376356 2 0.7009 0.35411 0.120 0.488 0.000 0.392
#> SRR1405078 3 0.2530 0.77929 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1437226 2 0.2281 0.75438 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1326078 1 0.4382 0.55899 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1096806 4 0.6276 0.37188 0.008 0.368 0.048 0.576
#> SRR1440919 2 0.4054 0.64094 0.000 0.796 0.016 0.188
#> SRR1452824 1 0.4989 0.15728 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR615754 1 0.2921 0.63390 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1341787 3 0.6196 0.59728 0.020 0.096 0.704 0.180
#> SRR614551 2 0.4522 0.62787 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1380829 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455761 1 0.1867 0.68757 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1465189 1 0.7828 -0.18972 0.412 0.000 0.292 0.296
#> SRR1376895 1 0.2408 0.67886 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1445002 1 0.3024 0.62751 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1469258 2 0.0707 0.79563 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1409239 1 0.0188 0.69100 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480200 1 0.2345 0.65928 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1418323 1 0.4331 0.56618 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR657540 3 0.1474 0.86851 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR821096 2 0.1389 0.79358 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR613591 2 0.0707 0.79732 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1344205 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612479 1 0.4761 0.25498 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1399950 1 0.6776 0.44780 0.608 0.000 0.216 0.176
#> SRR1336048 3 0.0469 0.89338 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1368896 1 0.0592 0.68908 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1379403 2 0.3688 0.63029 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1312464 1 0.2345 0.65926 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1096478 1 0.1792 0.67416 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1459845 1 0.1867 0.67232 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1348138 4 0.5466 -0.10163 0.016 0.000 0.436 0.548
#> SRR811423 1 0.4250 0.49446 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR615683 1 0.3356 0.60221 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1380336 2 0.0592 0.79406 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR817609 3 0.3219 0.70617 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1074550 3 0.0469 0.89385 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1499236 2 0.2149 0.78266 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR656083 1 0.3123 0.62068 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR817539 1 0.4761 0.49131 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1410801 1 0.2281 0.66134 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1347190 1 0.2345 0.67978 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1355126 2 0.5638 0.50850 0.028 0.584 0.000 0.388
#> SRR615165 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.3837 0.54653 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1097055 2 0.0000 0.79692 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.5969 0.47864 0.044 0.564 0.000 0.392
#> SRR655325 1 0.0817 0.69245 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR810177 2 0.2973 0.75931 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR815685 2 0.0921 0.79069 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR817026 3 0.6124 0.49379 0.004 0.068 0.640 0.288
#> SRR1417224 2 0.3286 0.76493 0.000 0.876 0.080 0.044
#> SRR661687 4 0.4992 0.15390 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1431804 4 0.4907 0.33126 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR664072 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612923 2 0.3074 0.69851 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1315890 1 0.1389 0.68110 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1347726 1 0.5465 0.44737 0.588 0.020 0.000 0.392
#> SRR1500360 1 0.6592 0.36138 0.524 0.084 0.000 0.392
#> SRR1468360 2 0.4543 0.62347 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1404084 1 0.3074 0.62926 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR615994 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.2530 0.77404 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1397200 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 2 0.0817 0.79194 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1311308 3 0.5328 0.52144 0.000 0.248 0.704 0.048
#> SRR1368006 2 0.1022 0.78936 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR613651 1 0.5193 0.42338 0.656 0.000 0.324 0.020
#> SRR1362621 4 0.7829 0.53981 0.204 0.160 0.052 0.584
#> SRR1451718 1 0.5138 0.46162 0.600 0.008 0.000 0.392
#> SRR1095334 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079636 2 0.2814 0.71910 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1442549 2 0.6133 0.55358 0.088 0.644 0.000 0.268
#> SRR1466421 2 0.3356 0.74227 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR817397 2 0.4981 0.01049 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1341809 2 0.4356 0.65581 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR614623 2 0.0921 0.79069 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1335005 2 0.3356 0.74224 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1407065 2 0.4941 0.11436 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1404483 2 0.1022 0.78936 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1096222 1 0.1211 0.68580 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1401793 1 0.1151 0.69140 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1408615 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070597 1 0.7854 -0.00149 0.384 0.344 0.000 0.272
#> SRR1332381 1 0.6013 0.49125 0.624 0.000 0.064 0.312
#> SRR1457015 1 0.0336 0.69207 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1386797 4 0.7867 -0.07164 0.292 0.316 0.000 0.392
#> SRR1098385 2 0.3688 0.72202 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1363947 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.4040 0.69303 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR662055 2 0.0817 0.79194 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1310455 1 0.3074 0.65793 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1453639 1 0.6791 0.33754 0.508 0.100 0.000 0.392
#> SRR662617 2 0.0188 0.79740 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR654778 1 0.1557 0.69053 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR661782 2 0.4250 0.67068 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1334396 1 0.4888 0.14353 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR613867 2 0.1022 0.78914 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1479412 1 0.4522 0.54085 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1331620 1 0.1389 0.69238 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1082809 1 0.6878 0.34760 0.556 0.000 0.316 0.128
#> SRR1417178 1 0.3528 0.58601 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1335278 1 0.3610 0.57672 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR665369 2 0.1022 0.78914 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR657552 1 0.3444 0.59727 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR812412 1 0.1940 0.68739 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1096500 2 0.1557 0.79196 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1347750 2 0.4222 0.67391 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR615153 4 0.7597 0.50486 0.224 0.308 0.000 0.468
#> SRR1434417 4 0.4916 0.32424 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1070159 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332508 2 0.0921 0.79646 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1082059 2 0.9892 -0.08236 0.204 0.320 0.252 0.224
#> SRR1402491 1 0.3837 0.54689 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1476595 2 0.4697 0.64068 0.008 0.696 0.000 0.296
#> SRR1320987 2 0.0000 0.79692 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.7401 -0.14282 0.316 0.496 0.000 0.188
#> SRR1454095 1 0.6306 0.39007 0.544 0.064 0.000 0.392
#> SRR614791 2 0.0921 0.79069 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR821255 2 0.7387 0.27239 0.164 0.444 0.000 0.392
#> SRR820402 2 0.4985 -0.00572 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1337284 1 0.7648 0.15730 0.400 0.208 0.000 0.392
#> SRR1333083 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384883 2 0.4994 -0.05268 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR614431 1 0.2011 0.66883 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1481106 2 0.0592 0.79406 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1370285 1 0.4679 0.30492 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1446673 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.0817 0.79194 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1341188 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.1474 0.69091 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1322864 2 0.1211 0.79501 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1476825 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.4711 0.68905 0.000 0.740 0.024 0.236
#> SRR662486 2 0.0469 0.79760 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1447019 1 0.3610 0.57665 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR662942 1 0.1637 0.67694 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR613102 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.1211 0.69266 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1464977 1 0.7543 0.19185 0.420 0.188 0.000 0.392
#> SRR615850 3 0.3569 0.66235 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR661949 2 0.0707 0.79732 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1322227 3 0.0592 0.89068 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1441655 1 0.7566 0.18246 0.416 0.192 0.000 0.392
#> SRR613771 2 0.4094 0.68536 0.000 0.828 0.056 0.116
#> SRR1479471 1 0.5000 -0.17291 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1488918 2 0.0817 0.79194 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1414040 2 0.4134 0.68409 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1079850 2 0.5217 0.54130 0.012 0.608 0.000 0.380
#> SRR663209 1 0.3528 0.59104 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1364914 2 0.0817 0.79194 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1408267 2 0.0336 0.79609 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1314894 1 0.2216 0.68264 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1414117 4 0.7444 0.50354 0.244 0.072 0.076 0.608
#> SRR1395975 2 0.0000 0.79692 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.3311 0.74508 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1433623 1 0.2760 0.64229 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR656385 2 0.3528 0.73284 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR811213 2 0.2011 0.76284 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR663657 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612203 1 0.4916 0.09583 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR613987 2 0.5482 0.54092 0.024 0.608 0.000 0.368
#> SRR613831 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.79692 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.4134 0.49883 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1475501 1 0.4898 0.13089 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1336930 1 0.0469 0.69195 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR613030 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381459 2 0.1406 0.79594 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1402350 3 0.4996 0.62396 0.192 0.000 0.752 0.056
#> SRR1419408 1 0.3569 0.58123 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR655911 2 0.6120 0.35358 0.000 0.628 0.296 0.076
#> SRR1418243 1 0.2921 0.66308 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1322573 1 0.4585 0.53028 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR613615 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.0707 0.69269 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1319395 1 0.4643 0.51825 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR818939 1 0.2530 0.65231 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1465266 4 0.4998 0.16253 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR614888 1 0.2704 0.66954 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1431694 1 0.3975 0.52566 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR614347 4 0.5060 0.31372 0.004 0.412 0.000 0.584
#> SRR1334228 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.3801 0.71491 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR656349 1 0.7613 -0.12354 0.448 0.000 0.212 0.340
#> SRR815422 2 0.4941 0.11455 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1360828 1 0.2589 0.65028 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1359005 2 0.4193 0.53461 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1456652 1 0.4713 0.50365 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1391660 1 0.2408 0.67841 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1441956 1 0.4746 0.49591 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR662930 2 0.2647 0.77105 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR615790 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614827 2 0.1302 0.79436 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR614587 4 0.5000 0.08791 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR814052 2 0.4222 0.67426 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1070086 1 0.1867 0.68757 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1481440 1 0.4643 0.32597 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1339296 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.2973 0.72481 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1432802 2 0.4164 0.68091 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1416911 1 0.0817 0.69260 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1410427 1 0.4040 0.59262 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1401185 1 0.7416 0.22680 0.440 0.168 0.000 0.392
#> SRR654993 2 0.0921 0.79074 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR656397 1 0.2081 0.66710 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR809643 4 0.7177 0.47173 0.232 0.020 0.140 0.608
#> SRR1433819 1 0.2589 0.67528 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1375225 2 0.2216 0.75458 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1367739 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.6343 0.41158 0.556 0.036 0.016 0.392
#> SRR663224 2 0.4049 0.61502 0.000 0.780 0.212 0.008
#> SRR1442840 1 0.4948 0.04800 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1374058 1 0.1637 0.68975 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR656994 1 0.2011 0.68585 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1469214 2 0.0000 0.79692 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.3942 0.52929 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1471879 2 0.4564 0.61915 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR612911 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.79692 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413055 4 0.4972 0.25186 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR656770 2 0.3286 0.76355 0.000 0.876 0.080 0.044
#> SRR812080 3 0.3959 0.76409 0.000 0.068 0.840 0.092
#> SRR1479328 1 0.2647 0.67238 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR661421 2 0.1474 0.79283 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1410286 2 0.0000 0.79692 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0817 0.68951 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1467035 4 0.4992 0.19754 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1360607 2 0.4800 0.60110 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR1333106 2 0.0336 0.79574 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1088706 2 0.1118 0.78779 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1320053 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350392 2 0.0817 0.79755 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1385190 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.79692 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0921 0.69241 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1345369 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612178 2 0.1022 0.78936 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1354423 1 0.4830 0.20225 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1072724 1 0.2216 0.68248 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1418450 2 0.4843 0.23983 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1326427 3 0.4925 0.39156 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1437412 4 0.7989 0.47464 0.304 0.088 0.076 0.532
#> SRR1327548 2 0.3444 0.66267 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1395891 1 0.3172 0.65319 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR659367 2 0.4188 0.69302 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR818961 4 0.4916 0.32424 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR813704 1 0.0336 0.69037 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR613054 1 0.3688 0.57303 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1476467 1 0.3219 0.61381 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1407988 2 0.4222 0.67398 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1394776 2 0.0188 0.79740 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655578 2 0.4382 0.65180 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1310645 2 0.4382 0.47888 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1345628 1 0.4624 0.33516 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1479740 1 0.0921 0.69267 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1332095 1 0.6243 0.39559 0.548 0.060 0.000 0.392
#> SRR1444786 4 0.7663 0.11601 0.212 0.380 0.000 0.408
#> SRR1090070 1 0.2149 0.68357 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR662414 2 0.6791 0.38897 0.100 0.508 0.000 0.392
#> SRR661216 2 0.1211 0.78572 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR656313 2 0.0707 0.79718 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR615671 2 0.5712 0.50812 0.032 0.584 0.000 0.384
#> SRR1350196 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466580 1 0.4522 0.54077 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1408032 2 0.1118 0.79597 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1432913 2 0.2868 0.71608 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1360502 1 0.7377 0.10929 0.520 0.000 0.264 0.216
#> SRR1391901 2 0.1211 0.78592 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1311131 1 0.2868 0.66593 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1380636 1 0.3873 0.60947 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1332339 1 0.4830 0.47072 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1341563 2 0.2408 0.77719 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1359410 3 0.3688 0.64238 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.1792 0.68862 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1498765 2 0.1557 0.77691 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1312622 2 0.2647 0.73025 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR615503 2 0.6791 0.38835 0.100 0.508 0.000 0.392
#> SRR1453192 1 0.1792 0.67405 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1433107 3 0.4585 0.42631 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1075384 1 0.4040 0.51100 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1356683 1 0.2704 0.64488 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR659049 1 0.1474 0.69087 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1368240 1 0.2760 0.64379 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1341739 1 0.3123 0.65563 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR613249 3 0.0000 0.90315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663428 2 0.3528 0.73281 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1341302 2 0.2408 0.74493 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1073553 2 0.0336 0.79745 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1354093 3 0.0469 0.89652 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1406521 4 0.4996 0.12927 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1432049 1 0.1022 0.69134 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1453504 1 0.7060 -0.17682 0.476 0.124 0.000 0.400
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 2 0.8782 -0.2001 0.140 0.348 0.028 0.304 0.180
#> SRR1359328 3 0.1082 0.8331 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR821124 2 0.1270 0.7630 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1335188 5 0.4818 0.0241 0.460 0.000 0.000 0.020 0.520
#> SRR1075825 2 0.1117 0.7656 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1321921 1 0.0451 0.6793 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1466198 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384073 5 0.7275 0.2274 0.304 0.020 0.000 0.308 0.368
#> SRR1312802 3 0.2763 0.7278 0.148 0.000 0.848 0.004 0.000
#> SRR1076559 1 0.6300 0.0636 0.428 0.000 0.000 0.152 0.420
#> SRR1370085 1 0.2233 0.6409 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1460363 1 0.2574 0.6418 0.876 0.000 0.000 0.112 0.012
#> SRR1480221 2 0.3085 0.7336 0.000 0.852 0.000 0.032 0.116
#> SRR1476165 1 0.5979 0.5026 0.588 0.000 0.000 0.192 0.220
#> SRR1459631 2 0.2629 0.7135 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR1448098 2 0.0451 0.7667 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1321401 2 0.1012 0.7660 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR807613 2 0.0693 0.7661 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR808086 3 0.0162 0.8501 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613687 2 0.0693 0.7663 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1471011 3 0.5774 0.4321 0.156 0.000 0.612 0.000 0.232
#> SRR1330284 2 0.1331 0.7609 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1320624 2 0.3838 0.5603 0.000 0.716 0.000 0.280 0.004
#> SRR1459519 1 0.0963 0.6705 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1091184 2 0.5763 0.4881 0.000 0.660 0.224 0.032 0.084
#> SRR1390561 1 0.4291 -0.0727 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR658164 1 0.4402 0.5799 0.740 0.000 0.000 0.204 0.056
#> SRR1087079 2 0.0290 0.7668 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.4766 0.6297 0.000 0.732 0.000 0.136 0.132
#> SRR1453392 2 0.0671 0.7659 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1445873 1 0.1444 0.6733 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR1419985 5 0.5778 -0.1143 0.000 0.452 0.000 0.088 0.460
#> SRR820938 3 0.0162 0.8494 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1476844 1 0.2648 0.6112 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1403526 1 0.0510 0.6756 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1413916 2 0.2488 0.7239 0.000 0.872 0.000 0.124 0.004
#> SRR1441051 2 0.4169 0.6839 0.000 0.784 0.000 0.116 0.100
#> SRR614287 2 0.2813 0.7411 0.000 0.876 0.000 0.040 0.084
#> SRR1092062 2 0.2464 0.7484 0.000 0.888 0.000 0.016 0.096
#> SRR612611 2 0.0451 0.7660 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1376356 5 0.7528 0.2193 0.036 0.324 0.000 0.292 0.348
#> SRR1405078 3 0.1618 0.8222 0.040 0.000 0.944 0.008 0.008
#> SRR1437226 2 0.4291 0.6602 0.000 0.772 0.000 0.136 0.092
#> SRR1326078 1 0.5260 0.4496 0.648 0.000 0.000 0.088 0.264
#> SRR1096806 4 0.4873 0.3489 0.008 0.300 0.032 0.660 0.000
#> SRR1440919 2 0.3509 0.6588 0.000 0.792 0.004 0.196 0.008
#> SRR1452824 3 0.3318 0.6728 0.180 0.000 0.808 0.000 0.012
#> SRR615754 1 0.1892 0.6582 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1341787 3 0.6260 0.4654 0.004 0.016 0.612 0.212 0.156
#> SRR614551 2 0.4547 0.3552 0.000 0.588 0.000 0.012 0.400
#> SRR1380829 3 0.0579 0.8465 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1455761 1 0.1818 0.6775 0.932 0.000 0.000 0.024 0.044
#> SRR1465189 3 0.6598 -0.0967 0.324 0.000 0.448 0.228 0.000
#> SRR1376895 1 0.2770 0.6700 0.880 0.000 0.000 0.044 0.076
#> SRR1445002 1 0.2722 0.6543 0.872 0.000 0.000 0.108 0.020
#> SRR1469258 2 0.1106 0.7671 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1409239 1 0.1907 0.6765 0.928 0.000 0.000 0.044 0.028
#> SRR1480200 1 0.1544 0.6619 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1418323 1 0.3670 0.6434 0.820 0.000 0.000 0.068 0.112
#> SRR657540 3 0.0794 0.8404 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR821096 2 0.2864 0.7268 0.000 0.852 0.000 0.012 0.136
#> SRR613591 2 0.2989 0.7370 0.000 0.868 0.000 0.060 0.072
#> SRR1344205 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612479 4 0.4278 0.3089 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1399950 3 0.5117 0.4730 0.276 0.000 0.652 0.000 0.072
#> SRR1336048 3 0.0290 0.8475 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.1124 0.6767 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1379403 2 0.2439 0.7253 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1312464 1 0.1544 0.6604 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1096478 1 0.3242 0.6536 0.852 0.000 0.000 0.076 0.072
#> SRR1459845 1 0.3888 0.6272 0.800 0.000 0.000 0.136 0.064
#> SRR1348138 4 0.4835 0.0854 0.028 0.000 0.380 0.592 0.000
#> SRR811423 1 0.4251 0.3585 0.624 0.000 0.372 0.004 0.000
#> SRR615683 1 0.3730 0.4315 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR1380336 2 0.0451 0.7666 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR817609 3 0.2020 0.7735 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1074550 3 0.0579 0.8454 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR1499236 2 0.2304 0.7519 0.000 0.908 0.000 0.048 0.044
#> SRR656083 1 0.2233 0.6473 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR817539 1 0.4707 0.5214 0.708 0.000 0.000 0.228 0.064
#> SRR1410801 1 0.1430 0.6695 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1347190 1 0.6218 0.2309 0.488 0.000 0.000 0.148 0.364
#> SRR1355126 5 0.3805 0.4719 0.016 0.192 0.000 0.008 0.784
#> SRR615165 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.4030 0.2950 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1097055 2 0.2843 0.7201 0.000 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR1312370 2 0.6917 0.0320 0.012 0.444 0.000 0.224 0.320
#> SRR655325 1 0.1282 0.6766 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR810177 2 0.2505 0.7488 0.000 0.888 0.000 0.020 0.092
#> SRR815685 2 0.3574 0.6917 0.000 0.804 0.000 0.028 0.168
#> SRR817026 3 0.5294 0.3365 0.008 0.028 0.560 0.400 0.004
#> SRR1417224 2 0.5450 0.6084 0.000 0.712 0.032 0.140 0.116
#> SRR661687 4 0.4161 0.2255 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1431804 1 0.5036 0.1491 0.516 0.000 0.000 0.452 0.032
#> SRR664072 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612923 2 0.3274 0.6559 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1315890 1 0.0703 0.6761 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1347726 1 0.6566 0.1523 0.488 0.004 0.000 0.308 0.200
#> SRR1500360 5 0.3128 0.4655 0.168 0.004 0.000 0.004 0.824
#> SRR1468360 2 0.6781 0.3251 0.036 0.548 0.000 0.256 0.160
#> SRR1404084 1 0.6255 0.3906 0.572 0.000 0.008 0.172 0.248
#> SRR615994 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.4252 0.5678 0.000 0.700 0.000 0.020 0.280
#> SRR1397200 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655519 2 0.0290 0.7662 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1311308 3 0.4888 0.4686 0.000 0.272 0.676 0.048 0.004
#> SRR1368006 2 0.0579 0.7656 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR613651 3 0.4067 0.5086 0.300 0.000 0.692 0.000 0.008
#> SRR1362621 4 0.7417 0.4204 0.144 0.124 0.176 0.552 0.004
#> SRR1451718 1 0.6798 -0.0564 0.400 0.000 0.008 0.200 0.392
#> SRR1095334 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079636 2 0.3163 0.6885 0.000 0.824 0.000 0.164 0.012
#> SRR1442549 4 0.8513 -0.3562 0.248 0.276 0.000 0.296 0.180
#> SRR1466421 2 0.2850 0.7473 0.000 0.872 0.000 0.036 0.092
#> SRR817397 4 0.4452 -0.0927 0.000 0.496 0.000 0.500 0.004
#> SRR1341809 2 0.5642 0.4765 0.000 0.624 0.000 0.136 0.240
#> SRR614623 2 0.3456 0.6805 0.000 0.800 0.000 0.016 0.184
#> SRR1335005 2 0.2236 0.7578 0.000 0.908 0.000 0.024 0.068
#> SRR1407065 2 0.4383 0.2905 0.000 0.572 0.000 0.424 0.004
#> SRR1404483 2 0.0912 0.7649 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1096222 1 0.4168 0.6131 0.764 0.000 0.000 0.052 0.184
#> SRR1401793 1 0.8066 0.1289 0.408 0.000 0.224 0.116 0.252
#> SRR1408615 3 0.0162 0.8501 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070597 1 0.8344 -0.2164 0.380 0.192 0.000 0.232 0.196
#> SRR1332381 1 0.6656 0.0935 0.432 0.000 0.008 0.172 0.388
#> SRR1457015 1 0.0579 0.6781 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1386797 5 0.7261 0.4624 0.136 0.148 0.000 0.156 0.560
#> SRR1098385 2 0.4666 0.3088 0.000 0.572 0.000 0.016 0.412
#> SRR1363947 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.5200 0.4700 0.000 0.628 0.000 0.068 0.304
#> SRR662055 2 0.0912 0.7649 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1310455 1 0.3477 0.6485 0.824 0.000 0.000 0.040 0.136
#> SRR1453639 1 0.7242 0.0600 0.460 0.040 0.000 0.308 0.192
#> SRR662617 2 0.2595 0.7388 0.000 0.888 0.000 0.032 0.080
#> SRR654778 1 0.3736 0.6240 0.808 0.000 0.000 0.052 0.140
#> SRR661782 2 0.4361 0.6654 0.000 0.768 0.000 0.124 0.108
#> SRR1334396 1 0.3913 0.3859 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR613867 2 0.3043 0.7357 0.000 0.864 0.000 0.056 0.080
#> SRR1479412 1 0.4808 0.3492 0.576 0.000 0.000 0.024 0.400
#> SRR1331620 1 0.4630 0.5752 0.736 0.000 0.000 0.176 0.088
#> SRR1082809 3 0.5615 0.2901 0.360 0.000 0.568 0.008 0.064
#> SRR1417178 1 0.3081 0.5966 0.832 0.000 0.000 0.156 0.012
#> SRR1335278 1 0.4201 0.1031 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR665369 2 0.0912 0.7672 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR657552 1 0.3724 0.5812 0.776 0.000 0.000 0.204 0.020
#> SRR812412 1 0.2228 0.6776 0.912 0.000 0.000 0.040 0.048
#> SRR1096500 2 0.5555 0.5059 0.000 0.644 0.000 0.204 0.152
#> SRR1347750 2 0.5556 0.4864 0.000 0.616 0.000 0.108 0.276
#> SRR615153 1 0.6894 -0.2393 0.384 0.344 0.000 0.268 0.004
#> SRR1434417 4 0.4015 0.4572 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1070159 3 0.1197 0.8272 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1332508 2 0.3318 0.6832 0.000 0.800 0.000 0.008 0.192
#> SRR1082059 5 0.8402 0.3832 0.108 0.276 0.028 0.160 0.428
#> SRR1402491 1 0.4287 -0.0801 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR1476595 2 0.4073 0.6828 0.000 0.792 0.000 0.104 0.104
#> SRR1320987 2 0.3582 0.6414 0.000 0.768 0.000 0.008 0.224
#> SRR1086417 5 0.8058 0.2086 0.100 0.256 0.000 0.260 0.384
#> SRR1454095 5 0.4741 0.4654 0.204 0.004 0.000 0.068 0.724
#> SRR614791 2 0.1830 0.7648 0.000 0.932 0.000 0.040 0.028
#> SRR821255 2 0.7905 -0.1725 0.080 0.376 0.000 0.232 0.312
#> SRR820402 2 0.4225 0.4153 0.000 0.632 0.000 0.364 0.004
#> SRR1337284 5 0.7095 0.2851 0.328 0.040 0.000 0.160 0.472
#> SRR1333083 3 0.0290 0.8485 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1384883 2 0.4437 0.1462 0.000 0.532 0.000 0.464 0.004
#> SRR614431 1 0.1792 0.6574 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1481106 2 0.0290 0.7669 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1370285 1 0.4249 0.0679 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.0290 0.7665 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.2782 0.6665 0.880 0.000 0.000 0.072 0.048
#> SRR1322864 2 0.1831 0.7585 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR1476825 3 0.5434 0.3781 0.324 0.000 0.604 0.068 0.004
#> SRR1443332 2 0.4734 0.6893 0.000 0.776 0.052 0.056 0.116
#> SRR662486 2 0.0290 0.7668 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1447019 1 0.2966 0.5800 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR662942 1 0.1701 0.6738 0.936 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR613102 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.4026 0.5981 0.736 0.000 0.000 0.020 0.244
#> SRR1464977 1 0.7323 0.0252 0.444 0.040 0.000 0.308 0.208
#> SRR615850 3 0.5761 0.5113 0.224 0.000 0.664 0.068 0.044
#> SRR661949 2 0.2304 0.7502 0.000 0.908 0.000 0.044 0.048
#> SRR1322227 3 0.3920 0.6493 0.000 0.148 0.804 0.036 0.012
#> SRR1441655 5 0.7630 0.3495 0.268 0.104 0.000 0.152 0.476
#> SRR613771 2 0.6002 0.5333 0.004 0.652 0.020 0.184 0.140
#> SRR1479471 4 0.4235 0.3551 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR1488918 2 0.0807 0.7669 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1414040 2 0.5153 0.1884 0.000 0.524 0.000 0.040 0.436
#> SRR1079850 5 0.3699 0.4681 0.008 0.204 0.000 0.008 0.780
#> SRR663209 1 0.4489 0.0396 0.572 0.000 0.000 0.420 0.008
#> SRR1364914 2 0.0451 0.7666 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1408267 2 0.3419 0.6866 0.000 0.804 0.000 0.016 0.180
#> SRR1314894 1 0.3339 0.6512 0.836 0.000 0.000 0.124 0.040
#> SRR1414117 4 0.5427 0.5043 0.240 0.044 0.040 0.676 0.000
#> SRR1395975 2 0.4454 0.6491 0.000 0.760 0.000 0.112 0.128
#> SRR1402219 2 0.5439 0.3335 0.000 0.560 0.000 0.068 0.372
#> SRR1433623 1 0.1732 0.6567 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR656385 2 0.4069 0.6780 0.000 0.792 0.000 0.096 0.112
#> SRR811213 2 0.1478 0.7579 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR663657 3 0.1059 0.8408 0.000 0.004 0.968 0.008 0.020
#> SRR612203 4 0.4307 0.1621 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR613987 5 0.4975 0.1997 0.016 0.388 0.000 0.012 0.584
#> SRR613831 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.0807 0.7669 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1382912 1 0.3461 0.5339 0.772 0.000 0.000 0.224 0.004
#> SRR1475501 4 0.4278 0.3206 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1336930 1 0.3958 0.6280 0.780 0.000 0.000 0.176 0.044
#> SRR613030 3 0.0162 0.8495 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1381459 2 0.1443 0.7662 0.000 0.948 0.044 0.004 0.004
#> SRR1402350 3 0.7595 0.1487 0.144 0.000 0.460 0.096 0.300
#> SRR1419408 1 0.3707 0.4322 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR655911 2 0.4639 0.3719 0.000 0.632 0.344 0.024 0.000
#> SRR1418243 1 0.3682 0.6457 0.820 0.000 0.000 0.072 0.108
#> SRR1322573 5 0.3554 0.4287 0.216 0.004 0.000 0.004 0.776
#> SRR613615 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.1117 0.6811 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR1319395 1 0.5379 0.4279 0.648 0.000 0.000 0.108 0.244
#> SRR818939 1 0.2020 0.6474 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1465266 4 0.4262 0.3447 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR614888 5 0.4537 0.1209 0.396 0.000 0.000 0.012 0.592
#> SRR1431694 1 0.3884 0.4691 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR614347 4 0.4118 0.3345 0.004 0.336 0.000 0.660 0.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.4665 0.5699 0.000 0.692 0.000 0.048 0.260
#> SRR656349 1 0.6775 0.2147 0.536 0.000 0.176 0.260 0.028
#> SRR815422 2 0.4192 0.3621 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1360828 1 0.4109 0.4425 0.700 0.000 0.000 0.288 0.012
#> SRR1359005 2 0.2439 0.7350 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1456652 1 0.5790 0.0916 0.500 0.000 0.000 0.092 0.408
#> SRR1391660 1 0.2773 0.6624 0.868 0.000 0.000 0.112 0.020
#> SRR1441956 1 0.5512 0.3648 0.620 0.000 0.000 0.104 0.276
#> SRR662930 2 0.2396 0.7566 0.000 0.904 0.004 0.024 0.068
#> SRR615790 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614827 2 0.5074 0.5881 0.000 0.700 0.000 0.168 0.132
#> SRR614587 4 0.4383 0.1378 0.000 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR814052 2 0.6121 0.4730 0.020 0.624 0.000 0.196 0.160
#> SRR1070086 1 0.1740 0.6801 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1481440 4 0.4297 0.2775 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.3521 0.6974 0.000 0.824 0.144 0.008 0.024
#> SRR1432802 2 0.5466 0.5271 0.000 0.656 0.000 0.192 0.152
#> SRR1416911 1 0.2300 0.6735 0.904 0.000 0.000 0.072 0.024
#> SRR1410427 1 0.5660 0.3975 0.612 0.000 0.000 0.264 0.124
#> SRR1401185 5 0.6432 0.3744 0.264 0.020 0.004 0.132 0.580
#> SRR654993 2 0.0451 0.7666 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR656397 1 0.1341 0.6652 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR809643 4 0.6248 0.4935 0.196 0.036 0.124 0.640 0.004
#> SRR1433819 1 0.5865 0.3404 0.552 0.000 0.000 0.116 0.332
#> SRR1375225 2 0.2233 0.7368 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR1367739 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323336 5 0.5957 0.4074 0.212 0.008 0.064 0.048 0.668
#> SRR663224 2 0.5715 0.5049 0.000 0.668 0.224 0.052 0.056
#> SRR1442840 4 0.4256 0.3563 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR1374058 1 0.1597 0.6785 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR656994 1 0.3526 0.6538 0.832 0.000 0.000 0.072 0.096
#> SRR1469214 2 0.1386 0.7654 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> SRR1456446 4 0.4450 0.2268 0.488 0.000 0.000 0.508 0.004
#> SRR1471879 5 0.5911 0.0609 0.000 0.408 0.000 0.104 0.488
#> SRR612911 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395720 2 0.1597 0.7646 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR1413055 1 0.4470 0.2492 0.616 0.000 0.000 0.372 0.012
#> SRR656770 2 0.5304 0.5831 0.000 0.696 0.008 0.168 0.128
#> SRR812080 3 0.2149 0.8031 0.000 0.036 0.916 0.048 0.000
#> SRR1479328 1 0.5149 0.5166 0.680 0.000 0.000 0.216 0.104
#> SRR661421 5 0.5931 -0.0184 0.000 0.436 0.000 0.104 0.460
#> SRR1410286 2 0.0290 0.7667 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1487150 1 0.2871 0.6595 0.872 0.000 0.000 0.088 0.040
#> SRR1467035 4 0.4192 0.4016 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1360607 5 0.6019 0.1485 0.000 0.380 0.000 0.120 0.500
#> SRR1333106 2 0.2535 0.7432 0.000 0.892 0.000 0.032 0.076
#> SRR1088706 2 0.5872 0.4315 0.000 0.600 0.000 0.168 0.232
#> SRR1320053 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350392 2 0.3934 0.5551 0.000 0.716 0.000 0.008 0.276
#> SRR1385190 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.0451 0.7673 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1318753 1 0.0955 0.6794 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1345369 3 0.2983 0.7590 0.000 0.000 0.868 0.076 0.056
#> SRR612178 2 0.3180 0.7359 0.000 0.856 0.000 0.068 0.076
#> SRR1354423 4 0.4126 0.4306 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR1072724 1 0.3291 0.6532 0.848 0.000 0.000 0.088 0.064
#> SRR1418450 2 0.4331 0.3203 0.000 0.596 0.000 0.400 0.004
#> SRR1326427 3 0.4161 0.4379 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1437412 1 0.7663 0.0392 0.404 0.180 0.004 0.352 0.060
#> SRR1327548 2 0.1851 0.7546 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1395891 1 0.2984 0.6624 0.860 0.000 0.000 0.032 0.108
#> SRR659367 2 0.6034 0.5270 0.036 0.656 0.000 0.168 0.140
#> SRR818961 4 0.3983 0.4632 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR813704 1 0.0798 0.6769 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR613054 1 0.3141 0.6239 0.832 0.000 0.000 0.152 0.016
#> SRR1476467 1 0.3003 0.5810 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1407988 2 0.5035 0.5353 0.000 0.672 0.000 0.076 0.252
#> SRR1394776 2 0.1638 0.7656 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR655578 2 0.5660 0.4353 0.000 0.612 0.000 0.124 0.264
#> SRR1310645 2 0.3689 0.6065 0.000 0.740 0.000 0.256 0.004
#> SRR1345628 1 0.3876 0.3962 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR1479740 1 0.3825 0.6320 0.804 0.000 0.000 0.136 0.060
#> SRR1332095 5 0.4467 0.4812 0.164 0.000 0.000 0.084 0.752
#> SRR1444786 4 0.7921 -0.1007 0.176 0.292 0.000 0.420 0.112
#> SRR1090070 1 0.5049 0.4834 0.644 0.000 0.000 0.060 0.296
#> SRR662414 2 0.7991 -0.1536 0.088 0.380 0.000 0.268 0.264
#> SRR661216 2 0.0693 0.7648 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR656313 2 0.0798 0.7656 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR615671 5 0.7997 0.2583 0.128 0.336 0.000 0.156 0.380
#> SRR1350196 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466580 5 0.4680 -0.0253 0.448 0.004 0.000 0.008 0.540
#> SRR1408032 2 0.2669 0.7454 0.000 0.876 0.000 0.020 0.104
#> SRR1432913 2 0.4025 0.5514 0.000 0.700 0.000 0.292 0.008
#> SRR1360502 1 0.7578 0.2570 0.504 0.000 0.148 0.228 0.120
#> SRR1391901 2 0.3319 0.6988 0.000 0.820 0.000 0.020 0.160
#> SRR1311131 1 0.3489 0.6391 0.820 0.000 0.000 0.144 0.036
#> SRR1380636 1 0.3909 0.5805 0.760 0.000 0.000 0.216 0.024
#> SRR1332339 1 0.6044 0.3136 0.576 0.000 0.000 0.236 0.188
#> SRR1341563 2 0.2813 0.7418 0.000 0.868 0.000 0.024 0.108
#> SRR1359410 3 0.6942 0.1100 0.000 0.348 0.492 0.096 0.064
#> SRR1473040 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.1582 0.6769 0.944 0.000 0.000 0.028 0.028
#> SRR1498765 2 0.0798 0.7643 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1312622 2 0.1430 0.7593 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR615503 2 0.7222 0.2577 0.072 0.528 0.000 0.240 0.160
#> SRR1453192 1 0.0609 0.6761 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1433107 3 0.4410 0.0886 0.000 0.440 0.556 0.004 0.000
#> SRR1075384 1 0.3707 0.4487 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1356683 1 0.1792 0.6549 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR659049 1 0.1626 0.6774 0.940 0.000 0.000 0.044 0.016
#> SRR1368240 1 0.5632 0.4760 0.628 0.000 0.000 0.140 0.232
#> SRR1341739 1 0.4325 0.5938 0.756 0.000 0.000 0.064 0.180
#> SRR613249 3 0.0000 0.8512 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663428 2 0.4654 0.4218 0.000 0.628 0.000 0.024 0.348
#> SRR1341302 2 0.1557 0.7575 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR1073553 2 0.2416 0.7468 0.000 0.888 0.000 0.012 0.100
#> SRR1354093 3 0.3210 0.6834 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1406521 4 0.4331 0.2166 0.000 0.400 0.000 0.596 0.004
#> SRR1432049 1 0.6567 0.1418 0.432 0.000 0.000 0.208 0.360
#> SRR1453504 1 0.6100 0.1332 0.564 0.184 0.000 0.252 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.4718 0.520862 0.060 0.264 0.000 0.012 0.000 0.664
#> SRR1359328 3 0.1349 0.819874 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR821124 2 0.2565 0.706720 0.000 0.872 0.000 0.104 0.008 0.016
#> SRR1335188 1 0.7160 -0.005201 0.424 0.000 0.000 0.140 0.284 0.152
#> SRR1075825 2 0.1245 0.714037 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR1321921 1 0.1546 0.702105 0.944 0.000 0.000 0.016 0.020 0.020
#> SRR1466198 3 0.0000 0.849958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384073 6 0.4717 0.285866 0.132 0.008 0.000 0.020 0.104 0.736
#> SRR1312802 3 0.2451 0.760534 0.108 0.000 0.876 0.004 0.004 0.008
#> SRR1076559 5 0.6667 0.248956 0.304 0.000 0.000 0.028 0.340 0.328
#> SRR1370085 1 0.1780 0.696008 0.924 0.000 0.000 0.048 0.028 0.000
#> SRR1460363 1 0.3871 0.668715 0.808 0.000 0.000 0.052 0.088 0.052
#> SRR1480221 2 0.3777 0.656295 0.000 0.776 0.000 0.004 0.164 0.056
#> SRR1476165 1 0.6131 0.369433 0.552 0.000 0.000 0.036 0.204 0.208
#> SRR1459631 2 0.3689 0.627617 0.000 0.772 0.016 0.192 0.020 0.000
#> SRR1448098 2 0.1477 0.718197 0.000 0.940 0.000 0.008 0.048 0.004
#> SRR1321401 2 0.1196 0.710022 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR807613 2 0.1010 0.707719 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR808086 3 0.0551 0.847425 0.000 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR613687 2 0.1367 0.703445 0.000 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1471011 3 0.4263 0.616154 0.132 0.000 0.744 0.004 0.120 0.000
#> SRR1330284 2 0.2034 0.707392 0.000 0.912 0.000 0.060 0.024 0.004
#> SRR1320624 2 0.4428 0.405270 0.000 0.624 0.000 0.340 0.032 0.004
#> SRR1459519 1 0.0725 0.699686 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1091184 2 0.5880 0.483333 0.000 0.624 0.108 0.052 0.208 0.008
#> SRR1390561 1 0.3547 0.435117 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.4697 0.373930 0.568 0.000 0.000 0.012 0.028 0.392
#> SRR1087079 2 0.1757 0.698856 0.000 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR814996 3 0.0000 0.849958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 6 0.4076 0.346442 0.000 0.428 0.000 0.004 0.004 0.564
#> SRR1453392 2 0.1168 0.712270 0.000 0.956 0.000 0.028 0.000 0.016
#> SRR1445873 1 0.1341 0.703320 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1419985 2 0.6623 0.054797 0.000 0.408 0.000 0.032 0.304 0.256
#> SRR820938 3 0.0692 0.840425 0.000 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476844 1 0.1765 0.674107 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0622 0.699767 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1413916 2 0.1967 0.701083 0.000 0.904 0.000 0.084 0.012 0.000
#> SRR1441051 2 0.4506 0.307768 0.000 0.616 0.000 0.004 0.036 0.344
#> SRR614287 2 0.3322 0.656768 0.000 0.832 0.000 0.012 0.052 0.104
#> SRR1092062 2 0.2404 0.708057 0.000 0.884 0.000 0.000 0.080 0.036
#> SRR612611 2 0.0993 0.711638 0.000 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR1376356 6 0.5290 0.454955 0.000 0.196 0.004 0.036 0.092 0.672
#> SRR1405078 3 0.3848 0.749562 0.068 0.000 0.824 0.060 0.028 0.020
#> SRR1437226 6 0.5244 0.296451 0.000 0.436 0.000 0.036 0.032 0.496
#> SRR1326078 1 0.5791 0.496659 0.632 0.000 0.000 0.092 0.188 0.088
#> SRR1096806 4 0.3503 0.440101 0.020 0.180 0.012 0.788 0.000 0.000
#> SRR1440919 2 0.5185 0.381919 0.000 0.580 0.008 0.344 0.060 0.008
#> SRR1452824 3 0.3000 0.693962 0.156 0.000 0.824 0.004 0.016 0.000
#> SRR615754 1 0.1966 0.700767 0.924 0.000 0.000 0.024 0.024 0.028
#> SRR1341787 6 0.5480 0.223600 0.036 0.028 0.276 0.008 0.020 0.632
#> SRR614551 2 0.4956 0.322482 0.004 0.540 0.000 0.008 0.408 0.040
#> SRR1380829 3 0.2258 0.817468 0.000 0.004 0.912 0.020 0.032 0.032
#> SRR1455761 1 0.2274 0.699813 0.908 0.000 0.000 0.028 0.036 0.028
#> SRR1465189 3 0.5867 0.143752 0.316 0.000 0.520 0.152 0.004 0.008
#> SRR1376895 1 0.4402 0.634115 0.768 0.000 0.000 0.100 0.052 0.080
#> SRR1445002 1 0.4303 0.646009 0.772 0.000 0.000 0.040 0.080 0.108
#> SRR1469258 2 0.1890 0.717951 0.000 0.916 0.000 0.024 0.060 0.000
#> SRR1409239 1 0.1590 0.705008 0.936 0.000 0.000 0.008 0.048 0.008
#> SRR1480200 1 0.1411 0.685149 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000
#> SRR1418323 1 0.3465 0.662530 0.828 0.000 0.000 0.020 0.096 0.056
#> SRR657540 3 0.2632 0.757014 0.000 0.004 0.832 0.164 0.000 0.000
#> SRR821096 2 0.3136 0.650655 0.000 0.796 0.000 0.000 0.188 0.016
#> SRR613591 2 0.3244 0.485442 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1344205 3 0.0000 0.849958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612479 4 0.3996 0.296882 0.388 0.000 0.000 0.604 0.004 0.004
#> SRR1399950 3 0.5163 0.554357 0.180 0.000 0.704 0.044 0.052 0.020
#> SRR1336048 3 0.0291 0.848820 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368896 1 0.1053 0.697741 0.964 0.000 0.000 0.020 0.004 0.012
#> SRR1379403 2 0.2056 0.701380 0.000 0.904 0.000 0.080 0.012 0.004
#> SRR1312464 1 0.1296 0.703023 0.952 0.000 0.000 0.012 0.032 0.004
#> SRR1096478 1 0.3745 0.647460 0.792 0.000 0.000 0.016 0.148 0.044
#> SRR1459845 1 0.3225 0.677091 0.828 0.000 0.000 0.092 0.080 0.000
#> SRR1348138 4 0.4504 0.145762 0.040 0.000 0.368 0.592 0.000 0.000
#> SRR811423 1 0.3758 0.455171 0.668 0.000 0.324 0.000 0.000 0.008
#> SRR615683 1 0.3874 0.480308 0.704 0.000 0.000 0.276 0.012 0.008
#> SRR1380336 2 0.1148 0.710501 0.000 0.960 0.000 0.016 0.004 0.020
#> SRR817609 3 0.1285 0.818866 0.052 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074550 3 0.0665 0.846026 0.000 0.008 0.980 0.008 0.000 0.004
#> SRR1499236 2 0.2932 0.617737 0.000 0.820 0.000 0.000 0.016 0.164
#> SRR656083 1 0.2849 0.691901 0.876 0.000 0.000 0.044 0.036 0.044
#> SRR817539 1 0.4884 0.441390 0.608 0.000 0.000 0.008 0.060 0.324
#> SRR1410801 1 0.1452 0.702353 0.948 0.000 0.000 0.020 0.012 0.020
#> SRR1347190 1 0.6619 0.079539 0.432 0.000 0.000 0.036 0.280 0.252
#> SRR1355126 5 0.4013 0.410141 0.008 0.184 0.000 0.012 0.764 0.032
#> SRR615165 3 0.0146 0.849835 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466046 1 0.3489 0.497822 0.708 0.000 0.000 0.288 0.000 0.004
#> SRR1097055 2 0.2692 0.674920 0.000 0.840 0.000 0.012 0.148 0.000
#> SRR1312370 6 0.6028 0.377812 0.000 0.332 0.000 0.088 0.056 0.524
#> SRR655325 1 0.1585 0.700153 0.940 0.000 0.000 0.036 0.012 0.012
#> SRR810177 2 0.2488 0.699242 0.000 0.880 0.000 0.000 0.076 0.044
#> SRR815685 2 0.3987 0.604301 0.000 0.732 0.000 0.040 0.224 0.004
#> SRR817026 3 0.4593 0.375999 0.012 0.016 0.584 0.384 0.004 0.000
#> SRR1417224 2 0.4580 0.011764 0.000 0.552 0.012 0.004 0.012 0.420
#> SRR661687 4 0.3221 0.414445 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1431804 4 0.5969 0.189665 0.368 0.012 0.000 0.504 0.020 0.096
#> SRR664072 3 0.0000 0.849958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612923 2 0.4729 0.318560 0.000 0.544 0.000 0.412 0.004 0.040
#> SRR1315890 1 0.2119 0.698913 0.912 0.000 0.000 0.008 0.036 0.044
#> SRR1347726 6 0.3867 0.250342 0.296 0.000 0.000 0.012 0.004 0.688
#> SRR1500360 5 0.3615 0.474730 0.080 0.016 0.000 0.032 0.836 0.036
#> SRR1468360 6 0.4408 0.236267 0.000 0.468 0.000 0.008 0.012 0.512
#> SRR1404084 5 0.6495 0.219702 0.332 0.000 0.000 0.192 0.440 0.036
#> SRR615994 3 0.0146 0.849384 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.4933 0.462101 0.000 0.616 0.000 0.004 0.300 0.080
#> SRR1397200 3 0.0000 0.849958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655519 2 0.1138 0.711590 0.000 0.960 0.000 0.024 0.004 0.012
#> SRR1311308 3 0.5217 0.296297 0.000 0.348 0.576 0.056 0.016 0.004
#> SRR1368006 2 0.1167 0.713588 0.000 0.960 0.000 0.020 0.012 0.008
#> SRR613651 3 0.4017 0.689938 0.140 0.000 0.788 0.016 0.044 0.012
#> SRR1362621 4 0.7704 0.303693 0.092 0.244 0.160 0.460 0.028 0.016
#> SRR1451718 6 0.6966 -0.112759 0.236 0.000 0.032 0.024 0.256 0.452
#> SRR1095334 3 0.0146 0.849384 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1079636 2 0.3867 0.649914 0.000 0.780 0.000 0.088 0.128 0.004
#> SRR1442549 6 0.5485 0.514442 0.144 0.244 0.000 0.012 0.000 0.600
#> SRR1466421 2 0.3104 0.682498 0.000 0.844 0.000 0.004 0.084 0.068
#> SRR817397 4 0.3847 0.109757 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.5393 -0.061638 0.000 0.496 0.000 0.020 0.064 0.420
#> SRR614623 2 0.3699 0.619442 0.000 0.752 0.000 0.036 0.212 0.000
#> SRR1335005 2 0.3014 0.697546 0.000 0.856 0.000 0.012 0.084 0.048
#> SRR1407065 2 0.3737 0.336721 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1404483 2 0.1457 0.715798 0.000 0.948 0.004 0.016 0.028 0.004
#> SRR1096222 1 0.4207 0.615383 0.732 0.000 0.000 0.048 0.208 0.012
#> SRR1401793 1 0.7486 0.070326 0.424 0.000 0.136 0.176 0.252 0.012
#> SRR1408615 3 0.0363 0.848141 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1070597 6 0.6488 0.330165 0.268 0.100 0.000 0.084 0.008 0.540
#> SRR1332381 6 0.6416 -0.065761 0.288 0.000 0.000 0.032 0.208 0.472
#> SRR1457015 1 0.0692 0.701487 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1386797 5 0.6375 0.266186 0.040 0.092 0.000 0.028 0.540 0.300
#> SRR1098385 2 0.5459 0.366528 0.000 0.536 0.000 0.028 0.372 0.064
#> SRR1363947 3 0.0146 0.849835 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR820350 2 0.5329 0.533365 0.000 0.684 0.000 0.060 0.128 0.128
#> SRR662055 2 0.2147 0.719540 0.000 0.912 0.000 0.032 0.044 0.012
#> SRR1310455 1 0.4164 0.632266 0.772 0.000 0.000 0.024 0.132 0.072
#> SRR1453639 6 0.4289 0.328170 0.264 0.044 0.000 0.004 0.000 0.688
#> SRR662617 2 0.3742 0.579042 0.000 0.772 0.000 0.020 0.020 0.188
#> SRR654778 1 0.6170 0.414278 0.584 0.000 0.000 0.172 0.176 0.068
#> SRR661782 2 0.4015 0.211322 0.000 0.616 0.000 0.000 0.012 0.372
#> SRR1334396 1 0.3198 0.555243 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.5511 0.406858 0.000 0.616 0.000 0.188 0.016 0.180
#> SRR1479412 1 0.5213 0.361375 0.564 0.000 0.000 0.024 0.360 0.052
#> SRR1331620 1 0.5178 0.261284 0.508 0.000 0.000 0.016 0.052 0.424
#> SRR1082809 1 0.6728 0.143115 0.460 0.000 0.372 0.068 0.060 0.040
#> SRR1417178 1 0.3182 0.664676 0.828 0.000 0.000 0.136 0.012 0.024
#> SRR1335278 1 0.3975 0.112250 0.544 0.000 0.000 0.452 0.004 0.000
#> SRR665369 2 0.2675 0.696995 0.000 0.876 0.000 0.076 0.008 0.040
#> SRR657552 1 0.6019 0.254220 0.464 0.000 0.000 0.232 0.004 0.300
#> SRR812412 1 0.2303 0.698566 0.904 0.000 0.000 0.052 0.020 0.024
#> SRR1096500 6 0.3961 0.339762 0.000 0.440 0.000 0.004 0.000 0.556
#> SRR1347750 2 0.5868 -0.158638 0.000 0.428 0.000 0.004 0.168 0.400
#> SRR615153 1 0.7111 -0.203081 0.380 0.136 0.000 0.368 0.004 0.112
#> SRR1434417 4 0.3742 0.371854 0.348 0.000 0.000 0.648 0.004 0.000
#> SRR1070159 3 0.1387 0.818828 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1332508 2 0.3483 0.668345 0.000 0.808 0.000 0.012 0.144 0.036
#> SRR1082059 5 0.7457 0.190044 0.060 0.132 0.008 0.040 0.412 0.348
#> SRR1402491 1 0.3976 0.294274 0.612 0.000 0.000 0.380 0.004 0.004
#> SRR1476595 2 0.4216 0.421460 0.000 0.676 0.000 0.012 0.020 0.292
#> SRR1320987 2 0.3778 0.558251 0.000 0.696 0.000 0.016 0.288 0.000
#> SRR1086417 5 0.7264 0.411726 0.060 0.136 0.000 0.136 0.544 0.124
#> SRR1454095 5 0.7516 0.353579 0.168 0.020 0.000 0.152 0.456 0.204
#> SRR614791 2 0.2685 0.713365 0.000 0.880 0.000 0.068 0.036 0.016
#> SRR821255 6 0.6330 0.414209 0.024 0.340 0.000 0.068 0.052 0.516
#> SRR820402 2 0.3756 0.499733 0.000 0.676 0.000 0.316 0.004 0.004
#> SRR1337284 6 0.7458 0.115325 0.240 0.052 0.000 0.048 0.220 0.440
#> SRR1333083 3 0.1152 0.834736 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> SRR1384883 2 0.4118 0.284421 0.000 0.592 0.000 0.396 0.008 0.004
#> SRR614431 1 0.1471 0.684282 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004 0.000
#> SRR1481106 2 0.0692 0.708699 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1370285 1 0.3464 0.470942 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.849958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.0717 0.711496 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1341188 3 0.0000 0.849958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.3497 0.679252 0.832 0.000 0.000 0.084 0.036 0.048
#> SRR1322864 2 0.2553 0.692099 0.000 0.848 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR1476825 3 0.4376 0.532312 0.212 0.000 0.704 0.000 0.000 0.084
#> SRR1443332 2 0.6227 0.437493 0.000 0.608 0.112 0.004 0.128 0.148
#> SRR662486 2 0.3452 0.605433 0.000 0.792 0.000 0.008 0.024 0.176
#> SRR1447019 1 0.2003 0.660294 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.1942 0.689594 0.916 0.000 0.000 0.064 0.008 0.012
#> SRR613102 3 0.0000 0.849958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.3755 0.633612 0.768 0.000 0.000 0.028 0.192 0.012
#> SRR1464977 6 0.3744 0.306104 0.256 0.016 0.000 0.004 0.000 0.724
#> SRR615850 3 0.5251 0.641039 0.100 0.000 0.732 0.060 0.044 0.064
#> SRR661949 2 0.1897 0.689787 0.000 0.908 0.000 0.004 0.004 0.084
#> SRR1322227 3 0.4909 0.592736 0.000 0.144 0.728 0.008 0.040 0.080
#> SRR1441655 5 0.7018 0.426615 0.176 0.112 0.000 0.028 0.544 0.140
#> SRR613771 2 0.4984 -0.156733 0.000 0.492 0.000 0.068 0.000 0.440
#> SRR1479471 4 0.3862 0.064314 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.1750 0.705321 0.000 0.932 0.000 0.016 0.012 0.040
#> SRR1414040 2 0.5860 0.367895 0.000 0.544 0.000 0.032 0.312 0.112
#> SRR1079850 5 0.4781 0.357699 0.012 0.248 0.000 0.020 0.684 0.036
#> SRR663209 1 0.4546 0.235048 0.580 0.000 0.000 0.388 0.020 0.012
#> SRR1364914 2 0.0837 0.711982 0.000 0.972 0.000 0.020 0.004 0.004
#> SRR1408267 2 0.3514 0.624635 0.000 0.768 0.000 0.020 0.208 0.004
#> SRR1314894 1 0.3139 0.682022 0.852 0.000 0.000 0.080 0.020 0.048
#> SRR1414117 4 0.3839 0.461819 0.160 0.040 0.004 0.784 0.000 0.012
#> SRR1395975 2 0.4665 0.033874 0.000 0.552 0.000 0.024 0.012 0.412
#> SRR1402219 2 0.6882 -0.003654 0.000 0.440 0.000 0.080 0.180 0.300
#> SRR1433623 1 0.0937 0.691409 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.4319 0.327980 0.000 0.648 0.000 0.008 0.024 0.320
#> SRR811213 2 0.2003 0.696835 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR663657 3 0.4381 0.693926 0.000 0.008 0.764 0.064 0.140 0.024
#> SRR612203 4 0.3996 0.063585 0.484 0.000 0.000 0.512 0.004 0.000
#> SRR613987 5 0.4948 -0.022539 0.008 0.416 0.000 0.008 0.536 0.032
#> SRR613831 3 0.0146 0.849835 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1354180 2 0.1605 0.709853 0.000 0.940 0.000 0.012 0.016 0.032
#> SRR1382912 1 0.4638 0.621501 0.740 0.000 0.000 0.136 0.084 0.040
#> SRR1475501 1 0.4088 0.146387 0.556 0.000 0.000 0.436 0.004 0.004
#> SRR1336930 1 0.3372 0.656469 0.796 0.000 0.000 0.020 0.008 0.176
#> SRR613030 3 0.1313 0.833716 0.000 0.016 0.952 0.028 0.000 0.004
#> SRR1381459 2 0.2510 0.692516 0.000 0.884 0.088 0.004 0.008 0.016
#> SRR1402350 3 0.7543 -0.013336 0.108 0.000 0.424 0.028 0.284 0.156
#> SRR1419408 1 0.3043 0.591899 0.792 0.000 0.000 0.200 0.008 0.000
#> SRR655911 2 0.5945 0.187007 0.000 0.512 0.324 0.144 0.000 0.020
#> SRR1418243 1 0.4041 0.645870 0.788 0.000 0.000 0.028 0.108 0.076
#> SRR1322573 5 0.5187 0.382614 0.308 0.008 0.000 0.016 0.612 0.056
#> SRR613615 3 0.0146 0.849835 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1355284 1 0.1630 0.705817 0.940 0.000 0.000 0.024 0.016 0.020
#> SRR1319395 1 0.6037 0.480481 0.616 0.000 0.000 0.128 0.156 0.100
#> SRR818939 1 0.1444 0.680376 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.4694 0.268871 0.596 0.024 0.000 0.364 0.012 0.004
#> SRR614888 5 0.6835 0.134622 0.384 0.008 0.000 0.084 0.412 0.112
#> SRR1431694 1 0.5974 0.273707 0.484 0.000 0.000 0.268 0.004 0.244
#> SRR614347 4 0.3445 0.428721 0.012 0.244 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.849958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.5565 0.396719 0.000 0.588 0.000 0.008 0.204 0.200
#> SRR656349 1 0.7340 0.286325 0.512 0.000 0.156 0.112 0.040 0.180
#> SRR815422 4 0.3851 -0.000673 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR1360828 1 0.4211 0.328087 0.616 0.000 0.000 0.364 0.016 0.004
#> SRR1359005 2 0.2668 0.660736 0.000 0.828 0.000 0.168 0.000 0.004
#> SRR1456652 1 0.7240 -0.117775 0.376 0.000 0.000 0.132 0.328 0.164
#> SRR1391660 1 0.2737 0.690072 0.880 0.000 0.000 0.036 0.024 0.060
#> SRR1441956 1 0.6772 0.268200 0.516 0.000 0.000 0.160 0.204 0.120
#> SRR662930 2 0.3221 0.694507 0.000 0.844 0.004 0.008 0.092 0.052
#> SRR615790 3 0.0405 0.848643 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR614827 2 0.4564 -0.028859 0.000 0.540 0.004 0.004 0.020 0.432
#> SRR614587 4 0.3857 0.065535 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR814052 6 0.5424 0.197278 0.000 0.456 0.000 0.040 0.040 0.464
#> SRR1070086 1 0.3025 0.677687 0.856 0.000 0.000 0.012 0.080 0.052
#> SRR1481440 1 0.3862 0.278257 0.608 0.000 0.000 0.388 0.000 0.004
#> SRR1339296 3 0.0000 0.849958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.2637 0.691547 0.000 0.876 0.088 0.000 0.012 0.024
#> SRR1432802 6 0.4395 0.381656 0.000 0.404 0.000 0.000 0.028 0.568
#> SRR1416911 1 0.3000 0.691475 0.864 0.000 0.000 0.064 0.024 0.048
#> SRR1410427 1 0.4408 0.256696 0.512 0.000 0.000 0.012 0.008 0.468
#> SRR1401185 5 0.7776 0.313949 0.176 0.024 0.000 0.160 0.408 0.232
#> SRR654993 2 0.1552 0.712235 0.000 0.940 0.000 0.036 0.004 0.020
#> SRR656397 1 0.0862 0.697826 0.972 0.000 0.000 0.016 0.008 0.004
#> SRR809643 4 0.5140 0.405445 0.104 0.024 0.144 0.712 0.012 0.004
#> SRR1433819 1 0.6419 0.133864 0.460 0.000 0.000 0.032 0.312 0.196
#> SRR1375225 2 0.1863 0.707535 0.000 0.920 0.000 0.060 0.016 0.004
#> SRR1367739 3 0.0146 0.849835 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323336 5 0.6635 0.463736 0.128 0.020 0.096 0.028 0.628 0.100
#> SRR663224 2 0.4840 0.557600 0.000 0.712 0.148 0.016 0.004 0.120
#> SRR1442840 4 0.4126 0.070953 0.480 0.000 0.000 0.512 0.004 0.004
#> SRR1374058 1 0.2744 0.685767 0.876 0.000 0.000 0.012 0.060 0.052
#> SRR656994 1 0.5105 0.587401 0.712 0.000 0.000 0.092 0.084 0.112
#> SRR1469214 2 0.1232 0.712967 0.000 0.956 0.000 0.024 0.016 0.004
#> SRR1456446 1 0.4789 -0.019593 0.500 0.004 0.000 0.460 0.032 0.004
#> SRR1471879 5 0.7268 -0.134804 0.000 0.272 0.000 0.092 0.320 0.316
#> SRR612911 3 0.0146 0.849835 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1395720 2 0.2604 0.706761 0.000 0.872 0.000 0.028 0.096 0.004
#> SRR1413055 1 0.4074 0.453876 0.656 0.000 0.000 0.324 0.004 0.016
#> SRR656770 2 0.4306 -0.122556 0.000 0.520 0.000 0.004 0.012 0.464
#> SRR812080 3 0.1564 0.819556 0.000 0.040 0.936 0.024 0.000 0.000
#> SRR1479328 1 0.5442 0.307933 0.540 0.000 0.000 0.048 0.040 0.372
#> SRR661421 6 0.7505 0.082230 0.000 0.268 0.000 0.136 0.280 0.316
#> SRR1410286 2 0.1320 0.706880 0.000 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR1487150 1 0.4120 0.651475 0.784 0.000 0.000 0.116 0.060 0.040
#> SRR1467035 4 0.4538 0.095941 0.468 0.012 0.000 0.508 0.004 0.008
#> SRR1360607 2 0.7442 -0.053290 0.000 0.376 0.000 0.148 0.248 0.228
#> SRR1333106 2 0.3699 0.602566 0.000 0.788 0.000 0.040 0.012 0.160
#> SRR1088706 2 0.5408 0.378373 0.000 0.560 0.000 0.124 0.312 0.004
#> SRR1320053 3 0.0146 0.849835 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350392 2 0.5850 0.416967 0.000 0.592 0.000 0.032 0.200 0.176
#> SRR1385190 3 0.0146 0.849835 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1080093 2 0.1245 0.712936 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1318753 1 0.1401 0.703397 0.948 0.000 0.000 0.020 0.028 0.004
#> SRR1345369 3 0.3409 0.556159 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR612178 2 0.5709 0.381477 0.000 0.584 0.000 0.244 0.020 0.152
#> SRR1354423 4 0.3515 0.399021 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.3710 0.638943 0.776 0.000 0.000 0.020 0.020 0.184
#> SRR1418450 2 0.4457 0.148933 0.000 0.544 0.000 0.432 0.008 0.016
#> SRR1326427 3 0.4063 0.373303 0.000 0.004 0.572 0.420 0.000 0.004
#> SRR1437412 6 0.6677 0.390081 0.204 0.192 0.000 0.088 0.000 0.516
#> SRR1327548 2 0.2431 0.684139 0.000 0.860 0.000 0.132 0.000 0.008
#> SRR1395891 1 0.3225 0.676219 0.852 0.000 0.000 0.036 0.064 0.048
#> SRR659367 6 0.5257 0.448389 0.024 0.364 0.000 0.032 0.012 0.568
#> SRR818961 4 0.3954 0.334791 0.372 0.000 0.000 0.620 0.004 0.004
#> SRR813704 1 0.1196 0.695275 0.952 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR613054 1 0.4226 0.643028 0.772 0.000 0.000 0.056 0.040 0.132
#> SRR1476467 1 0.3023 0.633583 0.808 0.000 0.000 0.180 0.004 0.008
#> SRR1407988 2 0.6429 0.337482 0.000 0.560 0.000 0.096 0.148 0.196
#> SRR1394776 2 0.2872 0.688940 0.000 0.836 0.000 0.000 0.140 0.024
#> SRR655578 2 0.6126 0.299876 0.000 0.576 0.000 0.080 0.104 0.240
#> SRR1310645 2 0.3136 0.617948 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004 0.000
#> SRR1345628 1 0.3371 0.519025 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.5147 0.600078 0.704 0.000 0.000 0.132 0.068 0.096
#> SRR1332095 5 0.6656 0.371084 0.124 0.012 0.000 0.136 0.572 0.156
#> SRR1444786 6 0.7612 0.260368 0.076 0.184 0.000 0.228 0.056 0.456
#> SRR1090070 1 0.5591 0.437674 0.604 0.000 0.000 0.028 0.252 0.116
#> SRR662414 6 0.5517 0.492656 0.012 0.292 0.000 0.036 0.052 0.608
#> SRR661216 2 0.1124 0.710795 0.000 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> SRR656313 2 0.1411 0.698278 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR615671 6 0.7600 0.344276 0.048 0.196 0.008 0.152 0.096 0.500
#> SRR1350196 3 0.0291 0.849031 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1466580 1 0.5140 0.327449 0.572 0.008 0.000 0.040 0.364 0.016
#> SRR1408032 2 0.3093 0.682150 0.000 0.852 0.000 0.012 0.060 0.076
#> SRR1432913 4 0.6010 0.177288 0.000 0.360 0.000 0.500 0.096 0.044
#> SRR1360502 1 0.7685 -0.032597 0.408 0.012 0.136 0.112 0.312 0.020
#> SRR1391901 2 0.3505 0.665774 0.000 0.808 0.000 0.048 0.136 0.008
#> SRR1311131 1 0.3889 0.665869 0.808 0.000 0.000 0.060 0.052 0.080
#> SRR1380636 1 0.4090 0.640046 0.784 0.000 0.000 0.048 0.044 0.124
#> SRR1332339 1 0.6764 0.244688 0.484 0.000 0.000 0.116 0.120 0.280
#> SRR1341563 2 0.3485 0.666514 0.000 0.800 0.000 0.004 0.152 0.044
#> SRR1359410 3 0.6399 -0.228815 0.000 0.340 0.384 0.004 0.008 0.264
#> SRR1473040 3 0.0000 0.849958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.3316 0.677497 0.844 0.000 0.000 0.072 0.028 0.056
#> SRR1498765 2 0.1138 0.713677 0.000 0.960 0.000 0.024 0.012 0.004
#> SRR1312622 2 0.1434 0.709710 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012 0.000
#> SRR615503 6 0.5456 0.426479 0.056 0.388 0.000 0.004 0.024 0.528
#> SRR1453192 1 0.0622 0.698985 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1433107 3 0.4517 0.018280 0.000 0.444 0.524 0.000 0.000 0.032
#> SRR1075384 1 0.2941 0.582547 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.1555 0.690080 0.932 0.000 0.000 0.060 0.004 0.004
#> SRR659049 1 0.2137 0.696382 0.912 0.000 0.000 0.028 0.012 0.048
#> SRR1368240 1 0.6032 0.199891 0.476 0.004 0.000 0.136 0.368 0.016
#> SRR1341739 1 0.5926 0.491745 0.632 0.000 0.000 0.116 0.128 0.124
#> SRR613249 3 0.0146 0.849835 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663428 2 0.6788 0.109878 0.000 0.436 0.000 0.060 0.300 0.204
#> SRR1341302 2 0.1930 0.708644 0.000 0.916 0.000 0.048 0.036 0.000
#> SRR1073553 2 0.2108 0.714812 0.000 0.912 0.000 0.016 0.056 0.016
#> SRR1354093 3 0.3309 0.628802 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1406521 4 0.4053 0.342492 0.004 0.360 0.000 0.628 0.004 0.004
#> SRR1432049 5 0.6319 0.346890 0.296 0.008 0.000 0.100 0.536 0.060
#> SRR1453504 1 0.4294 0.486992 0.692 0.060 0.000 0.248 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.208 0.661 0.821 0.2833 0.750 0.750
#> 3 3 0.121 0.175 0.626 0.5776 0.614 0.586
#> 4 4 0.197 0.547 0.669 0.1785 0.599 0.480
#> 5 5 0.261 0.573 0.756 0.1497 0.921 0.819
#> 6 6 0.329 0.539 0.752 0.0914 0.952 0.877
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 1 0.7674 0.5510 0.776 0.224
#> SRR1359328 1 0.7139 0.6949 0.804 0.196
#> SRR821124 1 0.9087 0.4595 0.676 0.324
#> SRR1335188 1 0.0672 0.7628 0.992 0.008
#> SRR1075825 1 0.7528 0.7054 0.784 0.216
#> SRR1321921 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR1466198 2 0.8713 0.7690 0.292 0.708
#> SRR1384073 1 0.3274 0.7694 0.940 0.060
#> SRR1312802 1 0.5294 0.7430 0.880 0.120
#> SRR1076559 1 0.4431 0.7719 0.908 0.092
#> SRR1370085 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR1460363 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR1480221 1 0.6973 0.7271 0.812 0.188
#> SRR1476165 1 0.4815 0.7656 0.896 0.104
#> SRR1459631 1 0.9833 -0.0698 0.576 0.424
#> SRR1448098 1 0.6887 0.7292 0.816 0.184
#> SRR1321401 1 0.7376 0.7117 0.792 0.208
#> SRR807613 1 0.7453 0.7063 0.788 0.212
#> SRR808086 1 0.9881 -0.2096 0.564 0.436
#> SRR613687 1 0.9710 0.1230 0.600 0.400
#> SRR1471011 1 0.7602 0.6825 0.780 0.220
#> SRR1330284 1 0.7674 0.6925 0.776 0.224
#> SRR1320624 1 0.9087 0.4595 0.676 0.324
#> SRR1459519 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR1091184 1 0.9815 -0.0095 0.580 0.420
#> SRR1390561 1 0.1184 0.7535 0.984 0.016
#> SRR658164 1 0.2778 0.7181 0.952 0.048
#> SRR1087079 1 0.7056 0.7231 0.808 0.192
#> SRR814996 2 0.9988 0.5230 0.480 0.520
#> SRR1407410 1 0.6712 0.7430 0.824 0.176
#> SRR1453392 1 0.8207 0.6439 0.744 0.256
#> SRR1445873 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR1419985 1 0.6801 0.7329 0.820 0.180
#> SRR820938 2 0.9580 0.7442 0.380 0.620
#> SRR1476844 1 0.0672 0.7580 0.992 0.008
#> SRR1403526 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR1413916 1 0.8016 0.6649 0.756 0.244
#> SRR1441051 1 0.8327 0.6328 0.736 0.264
#> SRR614287 1 0.6801 0.7329 0.820 0.180
#> SRR1092062 1 0.7056 0.7246 0.808 0.192
#> SRR612611 1 0.7299 0.7138 0.796 0.204
#> SRR1376356 1 0.6531 0.7471 0.832 0.168
#> SRR1405078 1 0.9933 -0.3810 0.548 0.452
#> SRR1437226 1 0.8144 0.6586 0.748 0.252
#> SRR1326078 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.9580 0.7542 0.380 0.620
#> SRR1440919 1 0.9522 0.2536 0.628 0.372
#> SRR1452824 1 0.7674 0.6750 0.776 0.224
#> SRR615754 1 0.2236 0.7313 0.964 0.036
#> SRR1341787 1 0.6712 0.7430 0.824 0.176
#> SRR614551 2 0.9944 0.4547 0.456 0.544
#> SRR1380829 1 0.9522 0.0226 0.628 0.372
#> SRR1455761 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.5629 0.7267 0.868 0.132
#> SRR1376895 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR1469258 1 0.7056 0.7246 0.808 0.192
#> SRR1409239 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR1418323 1 0.0376 0.7572 0.996 0.004
#> SRR657540 2 0.4939 0.5285 0.108 0.892
#> SRR821096 1 0.7453 0.7073 0.788 0.212
#> SRR613591 1 0.9000 0.5093 0.684 0.316
#> SRR1344205 2 0.9286 0.7689 0.344 0.656
#> SRR612479 1 0.2236 0.7545 0.964 0.036
#> SRR1399950 1 0.5294 0.7430 0.880 0.120
#> SRR1336048 1 0.8144 0.5885 0.748 0.252
#> SRR1368896 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR1379403 1 0.8081 0.6598 0.752 0.248
#> SRR1312464 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.1633 0.7637 0.976 0.024
#> SRR1459845 1 0.0376 0.7572 0.996 0.004
#> SRR1348138 2 0.8144 0.6866 0.252 0.748
#> SRR811423 1 0.9358 0.1922 0.648 0.352
#> SRR615683 1 0.2423 0.7292 0.960 0.040
#> SRR1380336 1 0.7376 0.7128 0.792 0.208
#> SRR817609 1 0.5737 0.7216 0.864 0.136
#> SRR1074550 2 0.9608 0.7394 0.384 0.616
#> SRR1499236 1 0.6801 0.7317 0.820 0.180
#> SRR656083 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR817539 1 0.3274 0.7694 0.940 0.060
#> SRR1410801 1 0.1633 0.7637 0.976 0.024
#> SRR1347190 1 0.3879 0.7682 0.924 0.076
#> SRR1355126 1 0.6973 0.7333 0.812 0.188
#> SRR615165 2 0.9775 0.7209 0.412 0.588
#> SRR1466046 1 0.1184 0.7592 0.984 0.016
#> SRR1097055 1 0.7299 0.7136 0.796 0.204
#> SRR1312370 1 0.6343 0.7474 0.840 0.160
#> SRR655325 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR810177 1 0.7056 0.7246 0.808 0.192
#> SRR815685 1 0.7219 0.7204 0.800 0.200
#> SRR817026 1 0.9993 -0.4477 0.516 0.484
#> SRR1417224 1 0.8144 0.6531 0.748 0.252
#> SRR661687 2 0.9608 0.7528 0.384 0.616
#> SRR1431804 1 0.7139 0.7065 0.804 0.196
#> SRR664072 2 0.8955 0.7735 0.312 0.688
#> SRR612923 1 0.2778 0.7698 0.952 0.048
#> SRR1315890 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR1347726 1 0.3274 0.7694 0.940 0.060
#> SRR1500360 1 0.3584 0.7722 0.932 0.068
#> SRR1468360 1 0.4815 0.7680 0.896 0.104
#> SRR1404084 1 0.7139 0.7281 0.804 0.196
#> SRR615994 2 0.8499 0.5897 0.276 0.724
#> SRR1475718 1 0.7056 0.7277 0.808 0.192
#> SRR1397200 2 0.9286 0.7689 0.344 0.656
#> SRR655519 1 0.9323 0.4357 0.652 0.348
#> SRR1311308 2 0.9580 0.7442 0.380 0.620
#> SRR1368006 1 0.8144 0.6519 0.748 0.252
#> SRR613651 1 0.8207 0.3154 0.744 0.256
#> SRR1362621 1 0.9170 0.4226 0.668 0.332
#> SRR1451718 1 0.6343 0.7520 0.840 0.160
#> SRR1095334 2 0.8713 0.7701 0.292 0.708
#> SRR1079636 1 0.8555 0.5967 0.720 0.280
#> SRR1442549 1 0.4690 0.7691 0.900 0.100
#> SRR1466421 1 0.6801 0.7329 0.820 0.180
#> SRR817397 2 0.9996 0.5461 0.488 0.512
#> SRR1341809 1 0.6438 0.7450 0.836 0.164
#> SRR614623 1 0.7219 0.7204 0.800 0.200
#> SRR1335005 1 0.6973 0.7271 0.812 0.188
#> SRR1407065 2 0.9944 0.6422 0.456 0.544
#> SRR1404483 1 0.8144 0.6506 0.748 0.252
#> SRR1096222 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR1401793 1 0.5842 0.7481 0.860 0.140
#> SRR1408615 2 0.9993 0.5081 0.484 0.516
#> SRR1070597 1 0.4298 0.7701 0.912 0.088
#> SRR1332381 1 0.2948 0.7605 0.948 0.052
#> SRR1457015 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR1386797 1 0.6623 0.7455 0.828 0.172
#> SRR1098385 1 0.7299 0.7145 0.796 0.204
#> SRR1363947 2 0.8713 0.7671 0.292 0.708
#> SRR820350 1 0.6801 0.7329 0.820 0.180
#> SRR662055 1 0.8267 0.3058 0.740 0.260
#> SRR1310455 1 0.5059 0.7448 0.888 0.112
#> SRR1453639 1 0.4562 0.7703 0.904 0.096
#> SRR662617 1 0.6887 0.7292 0.816 0.184
#> SRR654778 1 0.1184 0.7637 0.984 0.016
#> SRR661782 1 0.6887 0.7306 0.816 0.184
#> SRR1334396 1 0.5629 0.7267 0.868 0.132
#> SRR613867 1 0.9866 -0.0160 0.568 0.432
#> SRR1479412 1 0.0672 0.7628 0.992 0.008
#> SRR1331620 1 0.3584 0.7647 0.932 0.068
#> SRR1082809 1 0.6531 0.7254 0.832 0.168
#> SRR1417178 1 0.6623 0.7138 0.828 0.172
#> SRR1335278 1 0.1184 0.7592 0.984 0.016
#> SRR665369 1 0.6887 0.7292 0.816 0.184
#> SRR657552 1 0.5629 0.7413 0.868 0.132
#> SRR812412 1 0.0376 0.7572 0.996 0.004
#> SRR1096500 1 0.8016 0.6671 0.756 0.244
#> SRR1347750 1 0.6712 0.7363 0.824 0.176
#> SRR615153 1 0.8327 0.3166 0.736 0.264
#> SRR1434417 1 0.4161 0.7614 0.916 0.084
#> SRR1070159 2 0.9850 0.6732 0.428 0.572
#> SRR1332508 1 0.7139 0.7208 0.804 0.196
#> SRR1082059 1 0.6712 0.7432 0.824 0.176
#> SRR1402491 1 0.0938 0.7568 0.988 0.012
#> SRR1476595 1 0.6887 0.7441 0.816 0.184
#> SRR1320987 1 0.6887 0.7289 0.816 0.184
#> SRR1086417 1 0.8207 0.6312 0.744 0.256
#> SRR1454095 1 0.1184 0.7649 0.984 0.016
#> SRR614791 1 0.8267 0.3058 0.740 0.260
#> SRR821255 1 0.5946 0.7584 0.856 0.144
#> SRR820402 1 0.9000 0.4445 0.684 0.316
#> SRR1337284 1 0.3274 0.7694 0.940 0.060
#> SRR1333083 2 0.9044 0.7748 0.320 0.680
#> SRR1384883 2 1.0000 0.4865 0.496 0.504
#> SRR614431 1 0.0376 0.7572 0.996 0.004
#> SRR1481106 1 0.7674 0.6957 0.776 0.224
#> SRR1370285 1 0.1184 0.7592 0.984 0.016
#> SRR1446673 2 0.8909 0.7721 0.308 0.692
#> SRR1318046 1 0.6887 0.7370 0.816 0.184
#> SRR1341188 2 0.8713 0.7671 0.292 0.708
#> SRR1384941 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR1322864 1 0.6801 0.7317 0.820 0.180
#> SRR1476825 1 0.8081 0.5913 0.752 0.248
#> SRR1443332 1 0.8207 0.6462 0.744 0.256
#> SRR662486 1 0.8861 0.4565 0.696 0.304
#> SRR1447019 1 0.3879 0.7632 0.924 0.076
#> SRR662942 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR613102 2 0.9000 0.7733 0.316 0.684
#> SRR1469880 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.3274 0.7694 0.940 0.060
#> SRR615850 1 0.9933 -0.3810 0.548 0.452
#> SRR661949 1 0.7056 0.7249 0.808 0.192
#> SRR1322227 1 0.9170 0.4497 0.668 0.332
#> SRR1441655 1 0.5842 0.7602 0.860 0.140
#> SRR613771 1 0.4690 0.7687 0.900 0.100
#> SRR1479471 1 0.1184 0.7592 0.984 0.016
#> SRR1488918 1 0.7815 0.6817 0.768 0.232
#> SRR1414040 1 0.7139 0.7220 0.804 0.196
#> SRR1079850 1 0.6343 0.7477 0.840 0.160
#> SRR663209 1 0.0672 0.7597 0.992 0.008
#> SRR1364914 1 0.7883 0.6760 0.764 0.236
#> SRR1408267 1 0.6973 0.7266 0.812 0.188
#> SRR1314894 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR1414117 1 0.9993 -0.4363 0.516 0.484
#> SRR1395975 1 0.4939 0.7681 0.892 0.108
#> SRR1402219 1 0.6343 0.7485 0.840 0.160
#> SRR1433623 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR656385 1 0.8267 0.3058 0.740 0.260
#> SRR811213 1 0.7299 0.7296 0.796 0.204
#> SRR663657 1 0.9427 0.0857 0.640 0.360
#> SRR612203 1 0.8144 0.3254 0.748 0.252
#> SRR613987 2 0.9944 0.4547 0.456 0.544
#> SRR613831 2 0.9552 0.7538 0.376 0.624
#> SRR1354180 1 0.7745 0.6884 0.772 0.228
#> SRR1382912 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR1475501 1 0.1184 0.7535 0.984 0.016
#> SRR1336930 1 0.3584 0.7647 0.932 0.068
#> SRR613030 2 0.8608 0.7110 0.284 0.716
#> SRR1381459 1 0.7219 0.7224 0.800 0.200
#> SRR1402350 1 0.6343 0.7520 0.840 0.160
#> SRR1419408 1 0.1414 0.7564 0.980 0.020
#> SRR655911 2 0.8909 0.5899 0.308 0.692
#> SRR1418243 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.4690 0.7718 0.900 0.100
#> SRR613615 2 0.8443 0.5906 0.272 0.728
#> SRR1355284 1 0.5059 0.7573 0.888 0.112
#> SRR1319395 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR1465266 1 0.3274 0.7682 0.940 0.060
#> SRR614888 1 0.8081 0.3350 0.752 0.248
#> SRR1431694 1 0.4161 0.7704 0.916 0.084
#> SRR614347 2 0.9323 0.6489 0.348 0.652
#> SRR1334228 2 0.9286 0.7689 0.344 0.656
#> SRR1096007 1 0.7815 0.6850 0.768 0.232
#> SRR656349 1 0.5629 0.7267 0.868 0.132
#> SRR815422 2 0.9944 0.6422 0.456 0.544
#> SRR1360828 1 0.1184 0.7639 0.984 0.016
#> SRR1359005 1 0.9358 0.3379 0.648 0.352
#> SRR1456652 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR662930 1 0.8144 0.3645 0.748 0.252
#> SRR615790 2 0.9552 0.6439 0.376 0.624
#> SRR614827 1 0.8661 0.6050 0.712 0.288
#> SRR614587 2 1.0000 0.4865 0.496 0.504
#> SRR814052 1 0.5629 0.7663 0.868 0.132
#> SRR1070086 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR1481440 1 0.5629 0.7267 0.868 0.132
#> SRR1339296 2 0.8713 0.7671 0.292 0.708
#> SRR1343239 1 0.7376 0.7118 0.792 0.208
#> SRR1432802 1 0.6343 0.7485 0.840 0.160
#> SRR1416911 1 0.1843 0.7411 0.972 0.028
#> SRR1410427 1 0.3114 0.7695 0.944 0.056
#> SRR1401185 1 0.6247 0.7547 0.844 0.156
#> SRR654993 1 0.6887 0.7292 0.816 0.184
#> SRR656397 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR809643 2 0.8499 0.6790 0.276 0.724
#> SRR1433819 1 0.2423 0.7520 0.960 0.040
#> SRR1375225 1 0.7453 0.7082 0.788 0.212
#> SRR1367739 1 0.9491 0.1240 0.632 0.368
#> SRR1323336 1 0.6148 0.7559 0.848 0.152
#> SRR663224 2 0.8608 0.7110 0.284 0.716
#> SRR1442840 1 0.1184 0.7592 0.984 0.016
#> SRR1374058 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR656994 1 0.0376 0.7572 0.996 0.004
#> SRR1469214 1 0.7376 0.7128 0.792 0.208
#> SRR1456446 1 0.1184 0.7639 0.984 0.016
#> SRR1471879 1 0.6712 0.7363 0.824 0.176
#> SRR612911 2 0.9775 0.7209 0.412 0.588
#> SRR1395720 1 0.7674 0.6925 0.776 0.224
#> SRR1413055 1 0.5629 0.7267 0.868 0.132
#> SRR656770 1 0.4815 0.7680 0.896 0.104
#> SRR812080 2 0.9552 0.7481 0.376 0.624
#> SRR1479328 1 0.2948 0.7684 0.948 0.052
#> SRR661421 1 0.8713 0.5779 0.708 0.292
#> SRR1410286 1 0.7376 0.7095 0.792 0.208
#> SRR1487150 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.1633 0.7546 0.976 0.024
#> SRR1360607 1 0.6973 0.7285 0.812 0.188
#> SRR1333106 1 0.4939 0.7673 0.892 0.108
#> SRR1088706 1 0.7219 0.7204 0.800 0.200
#> SRR1320053 2 0.9580 0.7442 0.380 0.620
#> SRR1350392 1 0.6801 0.7329 0.820 0.180
#> SRR1385190 1 0.9358 0.1922 0.648 0.352
#> SRR1080093 1 0.7674 0.6911 0.776 0.224
#> SRR1318753 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR1345369 1 0.6712 0.7251 0.824 0.176
#> SRR612178 1 0.9944 -0.0592 0.544 0.456
#> SRR1354423 1 0.0938 0.7568 0.988 0.012
#> SRR1072724 1 0.3879 0.7701 0.924 0.076
#> SRR1418450 1 0.9087 0.4469 0.676 0.324
#> SRR1326427 2 0.8081 0.6793 0.248 0.752
#> SRR1437412 1 0.6801 0.7078 0.820 0.180
#> SRR1327548 1 0.9358 0.3238 0.648 0.352
#> SRR1395891 1 0.0672 0.7557 0.992 0.008
#> SRR659367 1 0.8144 0.3252 0.748 0.252
#> SRR818961 1 0.4161 0.7614 0.916 0.084
#> SRR813704 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.2236 0.7313 0.964 0.036
#> SRR1476467 1 0.1843 0.7675 0.972 0.028
#> SRR1407988 1 0.6973 0.7271 0.812 0.188
#> SRR1394776 1 0.7453 0.7071 0.788 0.212
#> SRR655578 1 0.6801 0.7329 0.820 0.180
#> SRR1310645 1 0.8955 0.4657 0.688 0.312
#> SRR1345628 1 0.4161 0.7614 0.916 0.084
#> SRR1479740 1 0.0672 0.7597 0.992 0.008
#> SRR1332095 1 0.3584 0.7722 0.932 0.068
#> SRR1444786 1 0.4431 0.7699 0.908 0.092
#> SRR1090070 1 0.2423 0.7520 0.960 0.040
#> SRR662414 1 0.4815 0.7693 0.896 0.104
#> SRR661216 1 0.7453 0.7094 0.788 0.212
#> SRR656313 1 0.8661 0.4129 0.712 0.288
#> SRR615671 1 0.9608 0.0659 0.616 0.384
#> SRR1350196 2 0.9286 0.7689 0.344 0.656
#> SRR1466580 1 0.0672 0.7628 0.992 0.008
#> SRR1408032 1 0.7745 0.6884 0.772 0.228
#> SRR1432913 2 0.9323 0.6290 0.348 0.652
#> SRR1360502 1 0.6973 0.7349 0.812 0.188
#> SRR1391901 1 0.8909 0.5270 0.692 0.308
#> SRR1311131 1 0.1843 0.7411 0.972 0.028
#> SRR1380636 1 0.1414 0.7564 0.980 0.020
#> SRR1332339 1 0.3274 0.7697 0.940 0.060
#> SRR1341563 1 0.7528 0.7026 0.784 0.216
#> SRR1359410 1 0.9129 0.4564 0.672 0.328
#> SRR1473040 2 0.9044 0.7748 0.320 0.680
#> SRR1321444 1 0.0376 0.7575 0.996 0.004
#> SRR1498765 1 0.8016 0.6633 0.756 0.244
#> SRR1312622 1 0.8608 0.5900 0.716 0.284
#> SRR615503 1 0.8016 0.5167 0.756 0.244
#> SRR1453192 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR1433107 1 0.8207 0.6471 0.744 0.256
#> SRR1075384 1 0.1184 0.7535 0.984 0.016
#> SRR1356683 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR659049 1 0.1414 0.7624 0.980 0.020
#> SRR1368240 1 0.0672 0.7544 0.992 0.008
#> SRR1341739 1 0.0000 0.7595 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.9850 0.6832 0.428 0.572
#> SRR663428 1 0.7815 0.7038 0.768 0.232
#> SRR1341302 1 0.8016 0.6670 0.756 0.244
#> SRR1073553 1 0.7602 0.7009 0.780 0.220
#> SRR1354093 2 0.8661 0.7684 0.288 0.712
#> SRR1406521 2 0.9954 0.6322 0.460 0.540
#> SRR1432049 1 0.1184 0.7639 0.984 0.016
#> SRR1453504 1 0.1843 0.7675 0.972 0.028
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.8834 0.0540 0.196 0.580 0.224
#> SRR1359328 2 0.5578 0.4162 0.240 0.748 0.012
#> SRR821124 2 0.4925 0.4782 0.076 0.844 0.080
#> SRR1335188 2 0.6140 -0.5275 0.404 0.596 0.000
#> SRR1075825 2 0.1620 0.5001 0.024 0.964 0.012
#> SRR1321921 2 0.6309 -0.7776 0.496 0.504 0.000
#> SRR1466198 2 0.9529 -0.0244 0.356 0.448 0.196
#> SRR1384073 2 0.5016 0.1576 0.240 0.760 0.000
#> SRR1312802 2 0.6647 -0.2232 0.396 0.592 0.012
#> SRR1076559 2 0.5517 0.0714 0.268 0.728 0.004
#> SRR1370085 1 0.6295 0.8208 0.528 0.472 0.000
#> SRR1460363 1 0.6295 0.8208 0.528 0.472 0.000
#> SRR1480221 2 0.0983 0.4860 0.016 0.980 0.004
#> SRR1476165 2 0.6102 -0.1120 0.320 0.672 0.008
#> SRR1459631 2 0.7391 0.4126 0.196 0.696 0.108
#> SRR1448098 2 0.0424 0.4867 0.008 0.992 0.000
#> SRR1321401 2 0.1163 0.4982 0.028 0.972 0.000
#> SRR807613 2 0.1315 0.4980 0.020 0.972 0.008
#> SRR808086 2 0.8016 0.3824 0.260 0.632 0.108
#> SRR613687 2 0.9131 0.0789 0.168 0.520 0.312
#> SRR1471011 2 0.5689 0.4010 0.184 0.780 0.036
#> SRR1330284 2 0.1620 0.5000 0.024 0.964 0.012
#> SRR1320624 2 0.4925 0.4782 0.076 0.844 0.080
#> SRR1459519 2 0.6305 -0.7463 0.484 0.516 0.000
#> SRR1091184 2 0.6719 0.4356 0.160 0.744 0.096
#> SRR1390561 1 0.6509 0.8174 0.524 0.472 0.004
#> SRR658164 1 0.8227 0.6628 0.536 0.384 0.080
#> SRR1087079 2 0.0747 0.4914 0.016 0.984 0.000
#> SRR814996 2 0.8285 0.2887 0.288 0.600 0.112
#> SRR1407410 2 0.2496 0.4677 0.068 0.928 0.004
#> SRR1453392 2 0.2564 0.4995 0.036 0.936 0.028
#> SRR1445873 2 0.6302 -0.7361 0.480 0.520 0.000
#> SRR1419985 2 0.0747 0.4868 0.016 0.984 0.000
#> SRR820938 2 0.9040 0.1345 0.320 0.524 0.156
#> SRR1476844 1 0.6307 0.8085 0.512 0.488 0.000
#> SRR1403526 2 0.6309 -0.7776 0.496 0.504 0.000
#> SRR1413916 2 0.2804 0.5005 0.060 0.924 0.016
#> SRR1441051 2 0.2902 0.5008 0.064 0.920 0.016
#> SRR614287 2 0.0892 0.4817 0.020 0.980 0.000
#> SRR1092062 2 0.0747 0.4919 0.016 0.984 0.000
#> SRR612611 2 0.1015 0.4955 0.012 0.980 0.008
#> SRR1376356 2 0.2537 0.4621 0.080 0.920 0.000
#> SRR1405078 2 0.9173 0.2689 0.304 0.520 0.176
#> SRR1437226 2 0.3528 0.4965 0.092 0.892 0.016
#> SRR1326078 2 0.6299 -0.7291 0.476 0.524 0.000
#> SRR1096806 2 0.9457 -0.0995 0.392 0.428 0.180
#> SRR1440919 2 0.6529 0.4412 0.152 0.756 0.092
#> SRR1452824 2 0.5741 0.4020 0.188 0.776 0.036
#> SRR615754 1 0.7868 0.7353 0.524 0.420 0.056
#> SRR1341787 2 0.2682 0.4673 0.076 0.920 0.004
#> SRR614551 2 0.8550 0.2904 0.176 0.608 0.216
#> SRR1380829 3 0.8173 0.7462 0.264 0.116 0.620
#> SRR1455761 2 0.6302 -0.7361 0.480 0.520 0.000
#> SRR1465189 2 0.8499 -0.2673 0.388 0.516 0.096
#> SRR1376895 2 0.6267 -0.6699 0.452 0.548 0.000
#> SRR1445002 1 0.6286 0.8165 0.536 0.464 0.000
#> SRR1469258 2 0.1525 0.4862 0.032 0.964 0.004
#> SRR1409239 2 0.6299 -0.7477 0.476 0.524 0.000
#> SRR1480200 2 0.6308 -0.7734 0.492 0.508 0.000
#> SRR1418323 2 0.6286 -0.7137 0.464 0.536 0.000
#> SRR657540 3 0.6541 0.5694 0.304 0.024 0.672
#> SRR821096 2 0.1315 0.4982 0.020 0.972 0.008
#> SRR613591 2 0.6208 0.3921 0.076 0.772 0.152
#> SRR1344205 2 0.9335 0.0742 0.324 0.492 0.184
#> SRR612479 2 0.7067 -0.7473 0.468 0.512 0.020
#> SRR1399950 2 0.6647 -0.2232 0.396 0.592 0.012
#> SRR1336048 2 0.6761 0.3919 0.252 0.700 0.048
#> SRR1368896 2 0.6305 -0.7631 0.484 0.516 0.000
#> SRR1379403 2 0.3045 0.4995 0.064 0.916 0.020
#> SRR1312464 2 0.6299 -0.7363 0.476 0.524 0.000
#> SRR1096478 1 0.7186 0.7701 0.500 0.476 0.024
#> SRR1459845 2 0.6309 -0.7841 0.496 0.504 0.000
#> SRR1348138 1 0.9512 -0.5084 0.428 0.188 0.384
#> SRR811423 2 0.8126 0.2553 0.356 0.564 0.080
#> SRR615683 1 0.7397 0.7982 0.484 0.484 0.032
#> SRR1380336 2 0.1525 0.4992 0.032 0.964 0.004
#> SRR817609 2 0.8527 -0.2844 0.400 0.504 0.096
#> SRR1074550 2 0.9062 0.0962 0.336 0.512 0.152
#> SRR1499236 2 0.0592 0.4852 0.012 0.988 0.000
#> SRR656083 1 0.6291 0.8192 0.532 0.468 0.000
#> SRR817539 2 0.5397 0.0112 0.280 0.720 0.000
#> SRR1410801 1 0.7186 0.7701 0.500 0.476 0.024
#> SRR1347190 2 0.6345 -0.4495 0.400 0.596 0.004
#> SRR1355126 2 0.4748 0.4233 0.144 0.832 0.024
#> SRR615165 2 0.9223 0.1025 0.324 0.504 0.172
#> SRR1466046 2 0.6682 -0.7879 0.488 0.504 0.008
#> SRR1097055 2 0.0661 0.4952 0.008 0.988 0.004
#> SRR1312370 2 0.3116 0.4153 0.108 0.892 0.000
#> SRR655325 2 0.6305 -0.7631 0.484 0.516 0.000
#> SRR810177 2 0.0892 0.4926 0.020 0.980 0.000
#> SRR815685 2 0.1711 0.4980 0.032 0.960 0.008
#> SRR817026 2 0.8492 0.3112 0.276 0.592 0.132
#> SRR1417224 2 0.3141 0.4999 0.068 0.912 0.020
#> SRR661687 2 0.9432 -0.0548 0.372 0.448 0.180
#> SRR1431804 2 0.7091 0.2327 0.248 0.688 0.064
#> SRR664072 2 0.9658 -0.0750 0.368 0.420 0.212
#> SRR612923 2 0.5443 0.0392 0.260 0.736 0.004
#> SRR1315890 1 0.6302 0.8195 0.520 0.480 0.000
#> SRR1347726 2 0.5216 0.0989 0.260 0.740 0.000
#> SRR1500360 2 0.5098 0.1117 0.248 0.752 0.000
#> SRR1468360 2 0.4033 0.3870 0.136 0.856 0.008
#> SRR1404084 2 0.3771 0.4643 0.112 0.876 0.012
#> SRR615994 3 0.9083 0.5991 0.280 0.180 0.540
#> SRR1475718 2 0.1129 0.4938 0.020 0.976 0.004
#> SRR1397200 2 0.9350 0.0654 0.328 0.488 0.184
#> SRR655519 2 0.6295 0.4265 0.072 0.764 0.164
#> SRR1311308 2 0.9021 0.1391 0.316 0.528 0.156
#> SRR1368006 2 0.2443 0.5001 0.032 0.940 0.028
#> SRR613651 3 0.8425 0.7489 0.348 0.100 0.552
#> SRR1362621 2 0.6151 0.4515 0.180 0.764 0.056
#> SRR1451718 2 0.3983 0.4243 0.144 0.852 0.004
#> SRR1095334 2 0.9541 -0.0813 0.384 0.424 0.192
#> SRR1079636 2 0.3780 0.4936 0.064 0.892 0.044
#> SRR1442549 2 0.4531 0.3337 0.168 0.824 0.008
#> SRR1466421 2 0.0747 0.4868 0.016 0.984 0.000
#> SRR817397 2 0.8437 0.2560 0.276 0.596 0.128
#> SRR1341809 2 0.1964 0.4723 0.056 0.944 0.000
#> SRR614623 2 0.1711 0.4980 0.032 0.960 0.008
#> SRR1335005 2 0.0661 0.4890 0.008 0.988 0.004
#> SRR1407065 2 0.8752 0.1447 0.320 0.548 0.132
#> SRR1404483 2 0.2564 0.4993 0.036 0.936 0.028
#> SRR1096222 1 0.6307 0.8140 0.512 0.488 0.000
#> SRR1401793 2 0.6625 -0.1079 0.316 0.660 0.024
#> SRR1408615 2 0.8337 0.2947 0.296 0.592 0.112
#> SRR1070597 2 0.4700 0.3033 0.180 0.812 0.008
#> SRR1332381 2 0.6763 -0.5429 0.436 0.552 0.012
#> SRR1457015 2 0.6307 -0.7644 0.488 0.512 0.000
#> SRR1386797 2 0.3192 0.4570 0.112 0.888 0.000
#> SRR1098385 2 0.1399 0.4969 0.028 0.968 0.004
#> SRR1363947 2 0.9556 -0.0484 0.372 0.432 0.196
#> SRR820350 2 0.0747 0.4868 0.016 0.984 0.000
#> SRR662055 3 0.8408 0.7495 0.344 0.100 0.556
#> SRR1310455 2 0.6632 -0.3503 0.392 0.596 0.012
#> SRR1453639 2 0.5072 0.2710 0.196 0.792 0.012
#> SRR662617 2 0.0747 0.4833 0.016 0.984 0.000
#> SRR654778 2 0.6169 -0.3722 0.360 0.636 0.004
#> SRR661782 2 0.1031 0.4844 0.024 0.976 0.000
#> SRR1334396 2 0.8499 -0.2673 0.388 0.516 0.096
#> SRR613867 2 0.9006 0.1048 0.160 0.536 0.304
#> SRR1479412 2 0.6111 -0.5003 0.396 0.604 0.000
#> SRR1331620 2 0.6587 -0.5282 0.424 0.568 0.008
#> SRR1082809 2 0.6313 0.0802 0.308 0.676 0.016
#> SRR1417178 2 0.7797 -0.0736 0.320 0.608 0.072
#> SRR1335278 1 0.6683 0.7911 0.496 0.496 0.008
#> SRR665369 2 0.0424 0.4867 0.008 0.992 0.000
#> SRR657552 2 0.7600 -0.0774 0.328 0.612 0.060
#> SRR812412 2 0.6307 -0.7740 0.488 0.512 0.000
#> SRR1096500 2 0.2902 0.5003 0.064 0.920 0.016
#> SRR1347750 2 0.1289 0.4869 0.032 0.968 0.000
#> SRR615153 3 0.8886 0.7229 0.352 0.132 0.516
#> SRR1434417 2 0.8271 -0.6087 0.444 0.480 0.076
#> SRR1070159 2 0.9074 0.1504 0.328 0.516 0.156
#> SRR1332508 2 0.0892 0.4934 0.020 0.980 0.000
#> SRR1082059 2 0.3340 0.4545 0.120 0.880 0.000
#> SRR1402491 1 0.6521 0.8025 0.504 0.492 0.004
#> SRR1476595 2 0.3532 0.4666 0.108 0.884 0.008
#> SRR1320987 2 0.0892 0.4906 0.020 0.980 0.000
#> SRR1086417 2 0.5407 0.4579 0.156 0.804 0.040
#> SRR1454095 2 0.6140 -0.5192 0.404 0.596 0.000
#> SRR614791 3 0.8408 0.7495 0.344 0.100 0.556
#> SRR821255 2 0.3715 0.4046 0.128 0.868 0.004
#> SRR820402 2 0.6372 0.4522 0.152 0.764 0.084
#> SRR1337284 2 0.4974 0.1687 0.236 0.764 0.000
#> SRR1333083 2 0.9424 0.0146 0.352 0.464 0.184
#> SRR1384883 2 0.8268 0.3031 0.228 0.628 0.144
#> SRR614431 2 0.6309 -0.7841 0.496 0.504 0.000
#> SRR1481106 2 0.1585 0.5003 0.028 0.964 0.008
#> SRR1370285 1 0.6682 0.8048 0.504 0.488 0.008
#> SRR1446673 2 0.9683 -0.0827 0.368 0.416 0.216
#> SRR1318046 2 0.2599 0.4860 0.052 0.932 0.016
#> SRR1341188 2 0.9556 -0.0484 0.372 0.432 0.196
#> SRR1384941 2 0.6305 -0.7631 0.484 0.516 0.000
#> SRR1322864 2 0.0592 0.4852 0.012 0.988 0.000
#> SRR1476825 2 0.7153 0.2354 0.300 0.652 0.048
#> SRR1443332 2 0.3045 0.4998 0.064 0.916 0.020
#> SRR662486 2 0.8220 0.1815 0.152 0.636 0.212
#> SRR1447019 2 0.8132 -0.6063 0.444 0.488 0.068
#> SRR662942 2 0.6309 -0.7928 0.500 0.500 0.000
#> SRR613102 2 0.9702 -0.0795 0.364 0.416 0.220
#> SRR1469880 2 0.6274 -0.6889 0.456 0.544 0.000
#> SRR1464977 2 0.4974 0.1687 0.236 0.764 0.000
#> SRR615850 2 0.9173 0.2689 0.304 0.520 0.176
#> SRR661949 2 0.1525 0.4913 0.032 0.964 0.004
#> SRR1322227 2 0.4489 0.4803 0.108 0.856 0.036
#> SRR1441655 2 0.4409 0.3610 0.172 0.824 0.004
#> SRR613771 2 0.4228 0.3689 0.148 0.844 0.008
#> SRR1479471 1 0.6682 0.8048 0.504 0.488 0.008
#> SRR1488918 2 0.1774 0.4993 0.024 0.960 0.016
#> SRR1414040 2 0.1129 0.4947 0.020 0.976 0.004
#> SRR1079850 2 0.2261 0.4654 0.068 0.932 0.000
#> SRR663209 2 0.6513 -0.7380 0.476 0.520 0.004
#> SRR1364914 2 0.1919 0.4999 0.024 0.956 0.020
#> SRR1408267 2 0.0892 0.4908 0.020 0.980 0.000
#> SRR1314894 2 0.6302 -0.7458 0.480 0.520 0.000
#> SRR1414117 2 0.8349 0.3275 0.264 0.608 0.128
#> SRR1395975 2 0.3755 0.4076 0.120 0.872 0.008
#> SRR1402219 2 0.2165 0.4591 0.064 0.936 0.000
#> SRR1433623 1 0.6302 0.8195 0.520 0.480 0.000
#> SRR656385 3 0.8425 0.7478 0.348 0.100 0.552
#> SRR811213 2 0.3539 0.4807 0.100 0.888 0.012
#> SRR663657 3 0.9281 0.7125 0.340 0.172 0.488
#> SRR612203 3 0.8530 0.7461 0.344 0.108 0.548
#> SRR613987 2 0.8550 0.2904 0.176 0.608 0.216
#> SRR613831 2 0.9385 0.0735 0.328 0.484 0.188
#> SRR1354180 2 0.2031 0.4996 0.032 0.952 0.016
#> SRR1382912 1 0.6291 0.8179 0.532 0.468 0.000
#> SRR1475501 1 0.6521 0.8081 0.504 0.492 0.004
#> SRR1336930 2 0.6587 -0.5282 0.424 0.568 0.008
#> SRR613030 2 0.9895 -0.1693 0.284 0.404 0.312
#> SRR1381459 2 0.2096 0.4956 0.052 0.944 0.004
#> SRR1402350 2 0.3918 0.4372 0.140 0.856 0.004
#> SRR1419408 1 0.6680 0.8110 0.508 0.484 0.008
#> SRR655911 3 0.9268 0.6023 0.300 0.188 0.512
#> SRR1418243 2 0.6299 -0.7291 0.476 0.524 0.000
#> SRR1322573 2 0.5404 0.1169 0.256 0.740 0.004
#> SRR613615 3 0.9106 0.5972 0.284 0.180 0.536
#> SRR1355284 2 0.7015 -0.4288 0.392 0.584 0.024
#> SRR1319395 2 0.6260 -0.6594 0.448 0.552 0.000
#> SRR818939 1 0.6305 0.8185 0.516 0.484 0.000
#> SRR1465266 2 0.6919 -0.6692 0.448 0.536 0.016
#> SRR614888 3 0.8683 0.7295 0.340 0.120 0.540
#> SRR1431694 2 0.4931 0.2394 0.212 0.784 0.004
#> SRR614347 2 0.9746 -0.1684 0.240 0.432 0.328
#> SRR1334228 2 0.9350 0.0654 0.328 0.488 0.184
#> SRR1096007 2 0.2063 0.5015 0.044 0.948 0.008
#> SRR656349 2 0.8499 -0.2673 0.388 0.516 0.096
#> SRR815422 2 0.8690 0.1743 0.308 0.560 0.132
#> SRR1360828 2 0.6386 -0.5792 0.412 0.584 0.004
#> SRR1359005 2 0.5554 0.4657 0.112 0.812 0.076
#> SRR1456652 2 0.6274 -0.6799 0.456 0.544 0.000
#> SRR1391660 2 0.6302 -0.7361 0.480 0.520 0.000
#> SRR1441956 2 0.6274 -0.6799 0.456 0.544 0.000
#> SRR662930 3 0.9159 0.7104 0.328 0.164 0.508
#> SRR615790 2 0.9272 0.1066 0.232 0.528 0.240
#> SRR614827 2 0.4087 0.4954 0.068 0.880 0.052
#> SRR614587 2 0.8268 0.3031 0.228 0.628 0.144
#> SRR814052 2 0.4209 0.4163 0.120 0.860 0.020
#> SRR1070086 2 0.6309 -0.7776 0.496 0.504 0.000
#> SRR1481440 2 0.8499 -0.2673 0.388 0.516 0.096
#> SRR1339296 2 0.9556 -0.0484 0.372 0.432 0.196
#> SRR1343239 2 0.1765 0.4988 0.040 0.956 0.004
#> SRR1432802 2 0.2066 0.4623 0.060 0.940 0.000
#> SRR1416911 2 0.7293 -0.7587 0.476 0.496 0.028
#> SRR1410427 2 0.5291 0.0673 0.268 0.732 0.000
#> SRR1401185 2 0.5493 0.2454 0.232 0.756 0.012
#> SRR654993 2 0.0747 0.4833 0.016 0.984 0.000
#> SRR656397 2 0.6307 -0.7717 0.488 0.512 0.000
#> SRR809643 3 0.8984 0.4971 0.368 0.136 0.496
#> SRR1433819 2 0.6813 -0.6673 0.468 0.520 0.012
#> SRR1375225 2 0.1529 0.5008 0.040 0.960 0.000
#> SRR1367739 2 0.8125 0.2849 0.340 0.576 0.084
#> SRR1323336 2 0.3983 0.4105 0.144 0.852 0.004
#> SRR663224 2 0.9895 -0.1693 0.284 0.404 0.312
#> SRR1442840 1 0.6683 0.7983 0.500 0.492 0.008
#> SRR1374058 1 0.6299 0.8196 0.524 0.476 0.000
#> SRR656994 2 0.6305 -0.7519 0.484 0.516 0.000
#> SRR1469214 2 0.1525 0.4992 0.032 0.964 0.004
#> SRR1456446 2 0.6398 -0.5684 0.416 0.580 0.004
#> SRR1471879 2 0.1411 0.4852 0.036 0.964 0.000
#> SRR612911 2 0.9223 0.1025 0.324 0.504 0.172
#> SRR1395720 2 0.1620 0.5000 0.024 0.964 0.012
#> SRR1413055 2 0.8499 -0.2673 0.388 0.516 0.096
#> SRR656770 2 0.4033 0.3870 0.136 0.856 0.008
#> SRR812080 2 0.9083 0.1286 0.320 0.520 0.160
#> SRR1479328 2 0.6204 -0.5689 0.424 0.576 0.000
#> SRR661421 2 0.5497 0.4489 0.064 0.812 0.124
#> SRR1410286 2 0.1129 0.4969 0.020 0.976 0.004
#> SRR1487150 2 0.6274 -0.6814 0.456 0.544 0.000
#> SRR1467035 1 0.6825 0.8005 0.496 0.492 0.012
#> SRR1360607 2 0.2096 0.4812 0.052 0.944 0.004
#> SRR1333106 2 0.3965 0.3933 0.132 0.860 0.008
#> SRR1088706 2 0.1711 0.4980 0.032 0.960 0.008
#> SRR1320053 2 0.9040 0.1345 0.320 0.524 0.156
#> SRR1350392 2 0.0747 0.4882 0.016 0.984 0.000
#> SRR1385190 2 0.8126 0.2553 0.356 0.564 0.080
#> SRR1080093 2 0.1620 0.4993 0.024 0.964 0.012
#> SRR1318753 2 0.6302 -0.7458 0.480 0.520 0.000
#> SRR1345369 2 0.5122 0.4200 0.200 0.788 0.012
#> SRR612178 2 0.7431 0.3885 0.100 0.688 0.212
#> SRR1354423 2 0.6521 -0.7963 0.496 0.500 0.004
#> SRR1072724 2 0.5024 0.2200 0.220 0.776 0.004
#> SRR1418450 2 0.5538 0.4688 0.116 0.812 0.072
#> SRR1326427 1 0.9425 -0.5112 0.432 0.176 0.392
#> SRR1437412 2 0.7607 0.1111 0.280 0.644 0.076
#> SRR1327548 2 0.5793 0.4615 0.116 0.800 0.084
#> SRR1395891 2 0.6518 -0.7720 0.484 0.512 0.004
#> SRR659367 3 0.8936 0.6960 0.368 0.132 0.500
#> SRR818961 2 0.8271 -0.6087 0.444 0.480 0.076
#> SRR813704 2 0.6308 -0.7683 0.492 0.508 0.000
#> SRR613054 1 0.7868 0.7353 0.524 0.420 0.056
#> SRR1476467 2 0.6148 -0.3963 0.356 0.640 0.004
#> SRR1407988 2 0.0661 0.4890 0.008 0.988 0.004
#> SRR1394776 2 0.1620 0.4992 0.024 0.964 0.012
#> SRR655578 2 0.0892 0.4817 0.020 0.980 0.000
#> SRR1310645 2 0.5375 0.4691 0.128 0.816 0.056
#> SRR1345628 2 0.8271 -0.6087 0.444 0.480 0.076
#> SRR1479740 2 0.6495 -0.7002 0.460 0.536 0.004
#> SRR1332095 2 0.5098 0.1117 0.248 0.752 0.000
#> SRR1444786 2 0.4353 0.3505 0.156 0.836 0.008
#> SRR1090070 1 0.6825 0.7477 0.500 0.488 0.012
#> SRR662414 2 0.4002 0.3606 0.160 0.840 0.000
#> SRR661216 2 0.1751 0.4992 0.028 0.960 0.012
#> SRR656313 2 0.9664 -0.1440 0.224 0.444 0.332
#> SRR615671 2 0.9883 -0.2411 0.264 0.392 0.344
#> SRR1350196 2 0.9350 0.0654 0.328 0.488 0.184
#> SRR1466580 2 0.6168 -0.5525 0.412 0.588 0.000
#> SRR1408032 2 0.2031 0.4996 0.032 0.952 0.016
#> SRR1432913 2 0.9589 -0.1438 0.208 0.448 0.344
#> SRR1360502 2 0.5610 0.3426 0.196 0.776 0.028
#> SRR1391901 2 0.4379 0.4912 0.072 0.868 0.060
#> SRR1311131 2 0.7292 -0.7525 0.472 0.500 0.028
#> SRR1380636 1 0.6676 0.8017 0.516 0.476 0.008
#> SRR1332339 2 0.6527 -0.2058 0.320 0.660 0.020
#> SRR1341563 2 0.1585 0.4993 0.028 0.964 0.008
#> SRR1359410 2 0.4848 0.4831 0.128 0.836 0.036
#> SRR1473040 2 0.9424 0.0146 0.352 0.464 0.184
#> SRR1321444 2 0.6305 -0.7548 0.484 0.516 0.000
#> SRR1498765 2 0.2187 0.4994 0.024 0.948 0.028
#> SRR1312622 2 0.3888 0.4939 0.064 0.888 0.048
#> SRR615503 2 0.9150 -0.0791 0.232 0.544 0.224
#> SRR1453192 1 0.6302 0.8199 0.520 0.480 0.000
#> SRR1433107 2 0.3181 0.4995 0.064 0.912 0.024
#> SRR1075384 1 0.6518 0.8126 0.512 0.484 0.004
#> SRR1356683 1 0.6305 0.8185 0.516 0.484 0.000
#> SRR659049 1 0.7072 0.7758 0.504 0.476 0.020
#> SRR1368240 1 0.6305 0.8155 0.516 0.484 0.000
#> SRR1341739 2 0.6260 -0.6594 0.448 0.552 0.000
#> SRR613249 2 0.9149 0.1289 0.316 0.516 0.168
#> SRR663428 2 0.2743 0.4815 0.020 0.928 0.052
#> SRR1341302 2 0.2947 0.4999 0.060 0.920 0.020
#> SRR1073553 2 0.1647 0.5009 0.036 0.960 0.004
#> SRR1354093 2 0.9544 -0.0891 0.388 0.420 0.192
#> SRR1406521 2 0.8771 0.1427 0.324 0.544 0.132
#> SRR1432049 2 0.6345 -0.5258 0.400 0.596 0.004
#> SRR1453504 2 0.6148 -0.3959 0.356 0.640 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 2 0.7497 0.237959 0.152 0.528 0.012 0.308
#> SRR1359328 2 0.5991 0.516716 0.132 0.712 0.148 0.008
#> SRR821124 2 0.3441 0.553115 0.004 0.840 0.152 0.004
#> SRR1335188 2 0.5000 -0.650898 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.1396 0.681181 0.004 0.960 0.032 0.004
#> SRR1321921 1 0.4643 0.865902 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.5311 0.775806 0.008 0.392 0.596 0.004
#> SRR1384073 2 0.4452 0.400006 0.260 0.732 0.000 0.008
#> SRR1312802 1 0.7352 0.498131 0.436 0.424 0.136 0.004
#> SRR1076559 2 0.5239 0.217114 0.300 0.676 0.020 0.004
#> SRR1370085 1 0.4769 0.848210 0.684 0.308 0.000 0.008
#> SRR1460363 1 0.4769 0.848511 0.684 0.308 0.000 0.008
#> SRR1480221 2 0.0672 0.687750 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR1476165 2 0.5994 -0.215683 0.368 0.588 0.040 0.004
#> SRR1459631 2 0.5250 -0.027043 0.012 0.640 0.344 0.004
#> SRR1448098 2 0.0188 0.685713 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.1256 0.681462 0.008 0.964 0.028 0.000
#> SRR807613 2 0.0817 0.678541 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR808086 2 0.6465 -0.125828 0.076 0.588 0.332 0.004
#> SRR613687 2 0.8069 -0.066603 0.072 0.508 0.092 0.328
#> SRR1471011 2 0.5369 0.572983 0.144 0.744 0.112 0.000
#> SRR1330284 2 0.1305 0.672059 0.004 0.960 0.036 0.000
#> SRR1320624 2 0.3441 0.553115 0.004 0.840 0.152 0.004
#> SRR1459519 1 0.4730 0.858886 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.4630 0.283205 0.016 0.732 0.252 0.000
#> SRR1390561 1 0.4786 0.851359 0.688 0.304 0.004 0.004
#> SRR658164 1 0.5995 0.740248 0.672 0.232 0.000 0.096
#> SRR1087079 2 0.0657 0.685486 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR814996 2 0.5700 -0.476843 0.028 0.560 0.412 0.000
#> SRR1407410 2 0.2408 0.687122 0.060 0.920 0.016 0.004
#> SRR1453392 2 0.1792 0.647594 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1445873 1 0.4761 0.853059 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0469 0.687766 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR820938 3 0.5803 0.707183 0.016 0.472 0.504 0.008
#> SRR1476844 1 0.4543 0.864090 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.4643 0.865902 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.2311 0.648855 0.004 0.916 0.076 0.004
#> SRR1441051 2 0.2271 0.648078 0.008 0.916 0.076 0.000
#> SRR614287 2 0.0657 0.688774 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1092062 2 0.0657 0.685555 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR612611 2 0.0592 0.682059 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1376356 2 0.2179 0.686570 0.064 0.924 0.012 0.000
#> SRR1405078 2 0.8424 -0.255691 0.128 0.484 0.316 0.072
#> SRR1437226 2 0.3144 0.669665 0.044 0.884 0.072 0.000
#> SRR1326078 1 0.4804 0.844414 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.6118 0.653251 0.032 0.348 0.604 0.016
#> SRR1440919 2 0.4690 0.304960 0.008 0.720 0.268 0.004
#> SRR1452824 2 0.5423 0.568017 0.144 0.740 0.116 0.000
#> SRR615754 1 0.5975 0.788880 0.664 0.264 0.004 0.068
#> SRR1341787 2 0.2599 0.686937 0.064 0.912 0.020 0.004
#> SRR614551 2 0.7246 -0.121245 0.020 0.600 0.236 0.144
#> SRR1380829 4 0.4969 0.699430 0.120 0.032 0.048 0.800
#> SRR1455761 1 0.4761 0.853059 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.8170 0.534776 0.460 0.316 0.200 0.024
#> SRR1376895 1 0.4898 0.808112 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.4697 0.840984 0.696 0.296 0.000 0.008
#> SRR1469258 2 0.1151 0.692678 0.024 0.968 0.008 0.000
#> SRR1409239 1 0.4978 0.853412 0.612 0.384 0.000 0.004
#> SRR1480200 1 0.4679 0.866109 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.4817 0.847800 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR657540 4 0.7670 0.430949 0.216 0.000 0.364 0.420
#> SRR821096 2 0.1109 0.680638 0.004 0.968 0.028 0.000
#> SRR613591 2 0.5503 0.547781 0.048 0.764 0.040 0.148
#> SRR1344205 3 0.5443 0.741184 0.008 0.456 0.532 0.004
#> SRR612479 1 0.5717 0.856865 0.608 0.360 0.028 0.004
#> SRR1399950 1 0.7352 0.498131 0.436 0.424 0.136 0.004
#> SRR1336048 2 0.6813 0.411741 0.164 0.632 0.196 0.008
#> SRR1368896 1 0.4713 0.865391 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.2528 0.644004 0.008 0.908 0.080 0.004
#> SRR1312464 1 0.4790 0.851921 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.5542 0.808888 0.660 0.308 0.020 0.012
#> SRR1459845 1 0.4837 0.866599 0.648 0.348 0.000 0.004
#> SRR1348138 3 0.4314 0.021204 0.060 0.064 0.844 0.032
#> SRR811423 2 0.8050 -0.005588 0.264 0.424 0.304 0.008
#> SRR615683 1 0.5617 0.862907 0.632 0.336 0.004 0.028
#> SRR1380336 2 0.1488 0.681580 0.012 0.956 0.032 0.000
#> SRR817609 1 0.8134 0.539273 0.468 0.312 0.196 0.024
#> SRR1074550 3 0.5738 0.735348 0.016 0.420 0.556 0.008
#> SRR1499236 2 0.0524 0.687372 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR656083 1 0.4746 0.845324 0.688 0.304 0.000 0.008
#> SRR817539 2 0.4857 0.174970 0.324 0.668 0.000 0.008
#> SRR1410801 1 0.5542 0.808888 0.660 0.308 0.020 0.012
#> SRR1347190 1 0.5943 0.663105 0.504 0.464 0.028 0.004
#> SRR1355126 2 0.4206 0.640555 0.136 0.816 0.048 0.000
#> SRR615165 3 0.6445 0.719438 0.016 0.468 0.480 0.036
#> SRR1466046 1 0.4990 0.865712 0.640 0.352 0.008 0.000
#> SRR1097055 2 0.0592 0.682909 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1312370 2 0.2469 0.664283 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR655325 1 0.4713 0.865391 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0804 0.685211 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR815685 2 0.1575 0.685975 0.012 0.956 0.028 0.004
#> SRR817026 2 0.6698 -0.309042 0.072 0.540 0.380 0.008
#> SRR1417224 2 0.2708 0.647977 0.016 0.904 0.076 0.004
#> SRR661687 3 0.6229 0.673291 0.032 0.380 0.572 0.016
#> SRR1431804 2 0.6824 0.239174 0.248 0.616 0.128 0.008
#> SRR664072 3 0.6036 0.768041 0.012 0.380 0.580 0.028
#> SRR612923 2 0.5108 0.121356 0.308 0.672 0.020 0.000
#> SRR1315890 1 0.4792 0.849808 0.680 0.312 0.000 0.008
#> SRR1347726 2 0.4769 0.246071 0.308 0.684 0.000 0.008
#> SRR1500360 2 0.4277 0.304245 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.3662 0.623239 0.148 0.836 0.004 0.012
#> SRR1404084 2 0.3439 0.668985 0.084 0.868 0.048 0.000
#> SRR615994 4 0.7273 0.247681 0.004 0.132 0.380 0.484
#> SRR1475718 2 0.0804 0.687877 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1397200 3 0.5548 0.748600 0.012 0.448 0.536 0.004
#> SRR655519 2 0.5531 0.490363 0.016 0.756 0.088 0.140
#> SRR1311308 3 0.5805 0.701464 0.016 0.476 0.500 0.008
#> SRR1368006 2 0.1716 0.652938 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR613651 4 0.4163 0.742116 0.188 0.020 0.000 0.792
#> SRR1362621 2 0.5525 0.477229 0.076 0.728 0.192 0.004
#> SRR1451718 2 0.3781 0.659454 0.124 0.844 0.028 0.004
#> SRR1095334 3 0.5311 0.712477 0.012 0.328 0.652 0.008
#> SRR1079636 2 0.2654 0.616701 0.004 0.888 0.108 0.000
#> SRR1442549 2 0.4301 0.556634 0.192 0.788 0.008 0.012
#> SRR1466421 2 0.0469 0.687766 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR817397 2 0.5931 -0.353287 0.028 0.580 0.384 0.008
#> SRR1341809 2 0.1576 0.689756 0.048 0.948 0.004 0.000
#> SRR614623 2 0.1575 0.685975 0.012 0.956 0.028 0.004
#> SRR1335005 2 0.0376 0.685457 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1407065 2 0.6071 -0.563363 0.028 0.500 0.464 0.008
#> SRR1404483 2 0.1902 0.650173 0.004 0.932 0.064 0.000
#> SRR1096222 1 0.4897 0.859589 0.660 0.332 0.000 0.008
#> SRR1401793 2 0.6101 -0.321382 0.388 0.560 0.052 0.000
#> SRR1408615 2 0.5989 -0.446795 0.044 0.556 0.400 0.000
#> SRR1070597 2 0.4496 0.511921 0.212 0.768 0.008 0.012
#> SRR1332381 1 0.6168 0.668709 0.516 0.444 0.028 0.012
#> SRR1457015 1 0.4697 0.865365 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.3117 0.675649 0.092 0.880 0.028 0.000
#> SRR1098385 2 0.1042 0.681779 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1363947 3 0.5441 0.778429 0.012 0.396 0.588 0.004
#> SRR820350 2 0.0469 0.687766 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.4163 0.742044 0.188 0.020 0.000 0.792
#> SRR1310455 2 0.6392 -0.566007 0.452 0.484 0.064 0.000
#> SRR1453639 2 0.4754 0.473618 0.228 0.748 0.008 0.016
#> SRR662617 2 0.0524 0.687597 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR654778 2 0.5288 -0.578607 0.472 0.520 0.008 0.000
#> SRR661782 2 0.0804 0.688790 0.012 0.980 0.008 0.000
#> SRR1334396 1 0.8170 0.534776 0.460 0.316 0.200 0.024
#> SRR613867 2 0.7971 -0.068422 0.052 0.524 0.116 0.308
#> SRR1479412 2 0.4996 -0.606408 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.5685 0.663247 0.516 0.460 0.024 0.000
#> SRR1082809 2 0.6197 0.043605 0.324 0.604 0.072 0.000
#> SRR1417178 2 0.7463 -0.268078 0.356 0.500 0.132 0.012
#> SRR1335278 1 0.4917 0.866651 0.656 0.336 0.008 0.000
#> SRR665369 2 0.0188 0.685713 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR657552 2 0.7385 -0.262332 0.384 0.496 0.100 0.020
#> SRR812412 1 0.4936 0.861447 0.624 0.372 0.000 0.004
#> SRR1096500 2 0.2443 0.671282 0.024 0.916 0.060 0.000
#> SRR1347750 2 0.1109 0.690869 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR615153 4 0.5730 0.718829 0.200 0.068 0.012 0.720
#> SRR1434417 1 0.6896 0.733393 0.596 0.300 0.084 0.020
#> SRR1070159 3 0.6144 0.658917 0.032 0.452 0.508 0.008
#> SRR1332508 2 0.0657 0.684392 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1082059 2 0.3279 0.672792 0.096 0.872 0.032 0.000
#> SRR1402491 1 0.4781 0.866917 0.660 0.336 0.004 0.000
#> SRR1476595 2 0.3333 0.675365 0.088 0.876 0.032 0.004
#> SRR1320987 2 0.0779 0.689054 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1086417 2 0.4827 0.594116 0.092 0.784 0.124 0.000
#> SRR1454095 2 0.5000 -0.640871 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR614791 4 0.4163 0.742044 0.188 0.020 0.000 0.792
#> SRR821255 2 0.3196 0.640426 0.136 0.856 0.008 0.000
#> SRR820402 2 0.5428 0.449360 0.060 0.736 0.196 0.008
#> SRR1337284 2 0.4422 0.400056 0.256 0.736 0.000 0.008
#> SRR1333083 3 0.5509 0.775820 0.012 0.424 0.560 0.004
#> SRR1384883 2 0.6214 -0.210207 0.016 0.612 0.332 0.040
#> SRR614431 1 0.4837 0.866599 0.648 0.348 0.000 0.004
#> SRR1481106 2 0.1305 0.675278 0.004 0.960 0.036 0.000
#> SRR1370285 1 0.4877 0.864764 0.664 0.328 0.008 0.000
#> SRR1446673 3 0.6024 0.765060 0.012 0.376 0.584 0.028
#> SRR1318046 2 0.2335 0.689874 0.044 0.928 0.020 0.008
#> SRR1341188 3 0.5441 0.778429 0.012 0.396 0.588 0.004
#> SRR1384941 1 0.4713 0.865391 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0524 0.687372 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1476825 2 0.7180 0.256422 0.280 0.568 0.144 0.008
#> SRR1443332 2 0.2457 0.643495 0.008 0.912 0.076 0.004
#> SRR662486 2 0.6942 0.319118 0.104 0.616 0.020 0.260
#> SRR1447019 1 0.6877 0.735371 0.592 0.308 0.080 0.020
#> SRR662942 1 0.4819 0.866507 0.652 0.344 0.000 0.004
#> SRR613102 3 0.6191 0.763640 0.012 0.376 0.576 0.036
#> SRR1469880 1 0.4916 0.806481 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.4452 0.399233 0.260 0.732 0.000 0.008
#> SRR615850 2 0.8424 -0.255691 0.128 0.484 0.316 0.072
#> SRR661949 2 0.1369 0.689108 0.016 0.964 0.016 0.004
#> SRR1322227 2 0.3300 0.514823 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR1441655 2 0.4119 0.568992 0.188 0.796 0.012 0.004
#> SRR613771 2 0.3808 0.605561 0.160 0.824 0.004 0.012
#> SRR1479471 1 0.4877 0.864764 0.664 0.328 0.008 0.000
#> SRR1488918 2 0.1302 0.667075 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1414040 2 0.0804 0.684403 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1079850 2 0.1940 0.687961 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.5070 0.855192 0.620 0.372 0.008 0.000
#> SRR1364914 2 0.1389 0.666135 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1408267 2 0.0927 0.688659 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1314894 1 0.4713 0.862510 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.6605 -0.270318 0.068 0.556 0.368 0.008
#> SRR1395975 2 0.3672 0.636538 0.128 0.848 0.012 0.012
#> SRR1402219 2 0.2164 0.684215 0.068 0.924 0.004 0.004
#> SRR1433623 1 0.4792 0.849808 0.680 0.312 0.000 0.008
#> SRR656385 4 0.4204 0.742273 0.192 0.020 0.000 0.788
#> SRR811213 2 0.3496 0.667538 0.072 0.872 0.052 0.004
#> SRR663657 4 0.7411 0.664230 0.152 0.108 0.092 0.648
#> SRR612203 4 0.4245 0.741787 0.196 0.020 0.000 0.784
#> SRR613987 2 0.7246 -0.121245 0.020 0.600 0.236 0.144
#> SRR613831 3 0.6280 0.742955 0.016 0.452 0.504 0.028
#> SRR1354180 2 0.1722 0.669665 0.008 0.944 0.048 0.000
#> SRR1382912 1 0.4608 0.847715 0.692 0.304 0.000 0.004
#> SRR1475501 1 0.4781 0.866837 0.660 0.336 0.004 0.000
#> SRR1336930 1 0.5685 0.663247 0.516 0.460 0.024 0.000
#> SRR613030 3 0.7805 0.634636 0.008 0.392 0.416 0.184
#> SRR1381459 2 0.1936 0.689362 0.028 0.940 0.032 0.000
#> SRR1402350 2 0.3765 0.665240 0.116 0.848 0.032 0.004
#> SRR1419408 1 0.4857 0.863369 0.668 0.324 0.008 0.000
#> SRR655911 4 0.7665 0.260520 0.016 0.140 0.368 0.476
#> SRR1418243 1 0.4790 0.847913 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.4914 0.155584 0.312 0.676 0.012 0.000
#> SRR613615 4 0.7280 0.240095 0.004 0.132 0.384 0.480
#> SRR1355284 1 0.6275 0.637650 0.484 0.460 0.056 0.000
#> SRR1319395 1 0.4925 0.790591 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.4699 0.858863 0.676 0.320 0.000 0.004
#> SRR1465266 1 0.5781 0.813240 0.576 0.396 0.020 0.008
#> SRR614888 4 0.4935 0.735456 0.200 0.040 0.004 0.756
#> SRR1431694 2 0.4800 0.392266 0.264 0.720 0.008 0.008
#> SRR614347 2 0.8082 -0.532903 0.012 0.424 0.336 0.228
#> SRR1334228 3 0.5553 0.747986 0.012 0.452 0.532 0.004
#> SRR1096007 2 0.1807 0.664901 0.008 0.940 0.052 0.000
#> SRR656349 1 0.8170 0.534776 0.460 0.316 0.200 0.024
#> SRR815422 2 0.5951 -0.497907 0.024 0.536 0.432 0.008
#> SRR1360828 1 0.5147 0.738427 0.536 0.460 0.004 0.000
#> SRR1359005 2 0.3907 0.465411 0.008 0.808 0.180 0.004
#> SRR1456652 1 0.4888 0.813093 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.4761 0.853059 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.4907 0.803574 0.580 0.420 0.000 0.000
#> SRR662930 4 0.5795 0.712798 0.180 0.092 0.008 0.720
#> SRR615790 2 0.7637 -0.447950 0.016 0.520 0.308 0.156
#> SRR614827 2 0.3436 0.635074 0.008 0.876 0.080 0.036
#> SRR614587 2 0.6214 -0.210207 0.016 0.612 0.332 0.040
#> SRR814052 2 0.3610 0.659013 0.112 0.856 0.004 0.028
#> SRR1070086 1 0.4643 0.865902 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.8170 0.534776 0.460 0.316 0.200 0.024
#> SRR1339296 3 0.5441 0.778429 0.012 0.396 0.588 0.004
#> SRR1343239 2 0.1610 0.684906 0.016 0.952 0.032 0.000
#> SRR1432802 2 0.2088 0.684788 0.064 0.928 0.004 0.004
#> SRR1416911 1 0.5573 0.846989 0.604 0.368 0.000 0.028
#> SRR1410427 2 0.4836 0.194969 0.320 0.672 0.000 0.008
#> SRR1401185 2 0.5460 0.292750 0.276 0.684 0.036 0.004
#> SRR654993 2 0.0524 0.687597 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR656397 1 0.4697 0.866135 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.8481 -0.375013 0.268 0.036 0.452 0.244
#> SRR1433819 1 0.5954 0.781661 0.572 0.392 0.028 0.008
#> SRR1375225 2 0.1706 0.681914 0.016 0.948 0.036 0.000
#> SRR1367739 2 0.7730 -0.019610 0.220 0.472 0.304 0.004
#> SRR1323336 2 0.3711 0.636278 0.140 0.836 0.024 0.000
#> SRR663224 3 0.7805 0.634636 0.008 0.392 0.416 0.184
#> SRR1442840 1 0.4917 0.866275 0.656 0.336 0.008 0.000
#> SRR1374058 1 0.4769 0.846419 0.684 0.308 0.000 0.008
#> SRR656994 1 0.4730 0.860908 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.1488 0.681580 0.012 0.956 0.032 0.000
#> SRR1456446 1 0.5277 0.723099 0.532 0.460 0.008 0.000
#> SRR1471879 2 0.1209 0.691718 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR612911 3 0.6445 0.719438 0.016 0.468 0.480 0.036
#> SRR1395720 2 0.1305 0.672059 0.004 0.960 0.036 0.000
#> SRR1413055 1 0.8170 0.534776 0.460 0.316 0.200 0.024
#> SRR656770 2 0.3662 0.623239 0.148 0.836 0.004 0.012
#> SRR812080 3 0.5798 0.715272 0.016 0.464 0.512 0.008
#> SRR1479328 1 0.5653 0.731804 0.532 0.448 0.016 0.004
#> SRR661421 2 0.4958 0.600211 0.032 0.804 0.056 0.108
#> SRR1410286 2 0.0707 0.679377 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1487150 1 0.4916 0.802143 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.5266 0.866450 0.640 0.344 0.008 0.008
#> SRR1360607 2 0.1767 0.693334 0.044 0.944 0.012 0.000
#> SRR1333106 2 0.3612 0.629242 0.144 0.840 0.004 0.012
#> SRR1088706 2 0.1575 0.685975 0.012 0.956 0.028 0.004
#> SRR1320053 3 0.5803 0.707183 0.016 0.472 0.504 0.008
#> SRR1350392 2 0.0524 0.688098 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1385190 2 0.8050 -0.005588 0.264 0.424 0.304 0.008
#> SRR1080093 2 0.1398 0.670499 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR1318753 1 0.4713 0.862510 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.5253 0.599271 0.132 0.768 0.092 0.008
#> SRR612178 2 0.6255 0.256132 0.004 0.680 0.164 0.152
#> SRR1354423 1 0.4837 0.867132 0.648 0.348 0.004 0.000
#> SRR1072724 2 0.4690 0.376154 0.268 0.720 0.004 0.008
#> SRR1418450 2 0.3933 0.472337 0.008 0.792 0.200 0.000
#> SRR1326427 3 0.4157 0.000268 0.064 0.052 0.852 0.032
#> SRR1437412 2 0.7382 0.036959 0.292 0.556 0.136 0.016
#> SRR1327548 2 0.4160 0.443270 0.012 0.792 0.192 0.004
#> SRR1395891 1 0.5040 0.864367 0.628 0.364 0.000 0.008
#> SRR659367 4 0.4808 0.726313 0.236 0.028 0.000 0.736
#> SRR818961 1 0.6896 0.733393 0.596 0.300 0.084 0.020
#> SRR813704 1 0.4679 0.865762 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.5975 0.788880 0.664 0.264 0.004 0.068
#> SRR1476467 2 0.5277 -0.545499 0.460 0.532 0.008 0.000
#> SRR1407988 2 0.0376 0.685457 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1394776 2 0.1452 0.679378 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR655578 2 0.0657 0.688774 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1310645 2 0.3969 0.477669 0.016 0.804 0.180 0.000
#> SRR1345628 1 0.6896 0.733393 0.596 0.300 0.084 0.020
#> SRR1479740 1 0.5138 0.836386 0.600 0.392 0.008 0.000
#> SRR1332095 2 0.4277 0.304245 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.4260 0.559654 0.188 0.792 0.008 0.012
#> SRR1090070 1 0.5835 0.824329 0.608 0.356 0.028 0.008
#> SRR662414 2 0.3636 0.593898 0.172 0.820 0.000 0.008
#> SRR661216 2 0.1296 0.681720 0.004 0.964 0.028 0.004
#> SRR656313 4 0.7466 0.155237 0.136 0.404 0.008 0.452
#> SRR615671 4 0.9149 0.027662 0.148 0.364 0.116 0.372
#> SRR1350196 3 0.5553 0.747986 0.012 0.452 0.532 0.004
#> SRR1466580 1 0.4999 0.664043 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.1722 0.669665 0.008 0.944 0.048 0.000
#> SRR1432913 2 0.8082 -0.500784 0.012 0.440 0.304 0.244
#> SRR1360502 2 0.5497 0.469831 0.196 0.728 0.072 0.004
#> SRR1391901 2 0.3128 0.594174 0.004 0.864 0.128 0.004
#> SRR1311131 1 0.5587 0.844519 0.600 0.372 0.000 0.028
#> SRR1380636 1 0.5304 0.831504 0.672 0.304 0.012 0.012
#> SRR1332339 2 0.5708 -0.355959 0.416 0.556 0.000 0.028
#> SRR1341563 2 0.1452 0.677056 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1359410 2 0.3863 0.541274 0.028 0.828 0.144 0.000
#> SRR1473040 3 0.5509 0.775820 0.012 0.424 0.560 0.004
#> SRR1321444 1 0.4713 0.863278 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.1557 0.660172 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1312622 2 0.2773 0.615652 0.004 0.880 0.116 0.000
#> SRR615503 2 0.7454 0.141100 0.180 0.516 0.004 0.300
#> SRR1453192 1 0.4655 0.850707 0.684 0.312 0.000 0.004
#> SRR1433107 2 0.2658 0.643413 0.012 0.904 0.080 0.004
#> SRR1075384 1 0.4720 0.863703 0.672 0.324 0.004 0.000
#> SRR1356683 1 0.4699 0.858863 0.676 0.320 0.000 0.004
#> SRR659049 1 0.5438 0.812138 0.664 0.308 0.016 0.012
#> SRR1368240 1 0.4877 0.858607 0.664 0.328 0.000 0.008
#> SRR1341739 1 0.4925 0.790591 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR613249 2 0.6389 -0.691823 0.024 0.480 0.472 0.024
#> SRR663428 2 0.2125 0.683236 0.012 0.932 0.004 0.052
#> SRR1341302 2 0.2342 0.651575 0.008 0.912 0.080 0.000
#> SRR1073553 2 0.1545 0.674225 0.008 0.952 0.040 0.000
#> SRR1354093 3 0.5290 0.707864 0.012 0.324 0.656 0.008
#> SRR1406521 2 0.6073 -0.560972 0.028 0.496 0.468 0.008
#> SRR1432049 1 0.5292 0.685125 0.512 0.480 0.008 0.000
#> SRR1453504 2 0.5268 -0.520030 0.452 0.540 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 2 0.6920 0.13905 0.144 0.492 0.012 0.336 0.016
#> SRR1359328 2 0.5790 0.43413 0.128 0.660 0.196 0.012 0.004
#> SRR821124 2 0.2921 0.61257 0.000 0.844 0.148 0.004 0.004
#> SRR1335188 1 0.4801 0.57065 0.584 0.396 0.012 0.000 0.008
#> SRR1075825 2 0.1412 0.71391 0.008 0.952 0.036 0.004 0.000
#> SRR1321921 1 0.3128 0.81685 0.824 0.168 0.004 0.000 0.004
#> SRR1466198 3 0.4647 0.74825 0.000 0.352 0.628 0.004 0.016
#> SRR1384073 2 0.4692 0.52772 0.260 0.704 0.016 0.012 0.008
#> SRR1312802 1 0.7080 0.52923 0.528 0.268 0.156 0.004 0.044
#> SRR1076559 2 0.5538 0.12902 0.372 0.572 0.040 0.004 0.012
#> SRR1370085 1 0.3019 0.78178 0.864 0.108 0.012 0.000 0.016
#> SRR1460363 1 0.3019 0.78165 0.864 0.108 0.012 0.000 0.016
#> SRR1480221 2 0.0451 0.71569 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476165 1 0.6047 0.33780 0.464 0.452 0.068 0.004 0.012
#> SRR1459631 2 0.4763 -0.00155 0.000 0.616 0.360 0.004 0.020
#> SRR1448098 2 0.0290 0.71356 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.1329 0.71338 0.008 0.956 0.032 0.000 0.004
#> SRR807613 2 0.0609 0.71071 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR808086 2 0.6655 -0.19183 0.064 0.532 0.344 0.008 0.052
#> SRR613687 2 0.7222 -0.08337 0.048 0.484 0.112 0.344 0.012
#> SRR1471011 2 0.5274 0.49154 0.160 0.700 0.132 0.000 0.008
#> SRR1330284 2 0.1041 0.70644 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1320624 2 0.2921 0.61257 0.000 0.844 0.148 0.004 0.004
#> SRR1459519 1 0.3160 0.81337 0.808 0.188 0.004 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.4594 0.24615 0.012 0.692 0.280 0.012 0.004
#> SRR1390561 1 0.3010 0.79298 0.860 0.116 0.016 0.000 0.008
#> SRR658164 1 0.4308 0.68580 0.808 0.060 0.008 0.104 0.020
#> SRR1087079 2 0.0693 0.71501 0.008 0.980 0.012 0.000 0.000
#> SRR814996 2 0.4886 -0.49432 0.016 0.512 0.468 0.004 0.000
#> SRR1407410 2 0.2214 0.71044 0.052 0.916 0.028 0.004 0.000
#> SRR1453392 2 0.1478 0.68884 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.3300 0.80831 0.792 0.204 0.004 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0510 0.71537 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR820938 3 0.5347 0.67721 0.004 0.432 0.528 0.008 0.028
#> SRR1476844 1 0.2865 0.80454 0.856 0.132 0.004 0.000 0.008
#> SRR1403526 1 0.3128 0.81685 0.824 0.168 0.004 0.000 0.004
#> SRR1413916 2 0.2237 0.69413 0.008 0.904 0.084 0.004 0.000
#> SRR1441051 2 0.2189 0.69236 0.012 0.904 0.084 0.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0671 0.71597 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092062 2 0.0693 0.71537 0.008 0.980 0.012 0.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0404 0.71208 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.2124 0.70731 0.056 0.916 0.028 0.000 0.000
#> SRR1405078 2 0.7496 -0.40631 0.144 0.424 0.356 0.076 0.000
#> SRR1437226 2 0.3033 0.69131 0.052 0.864 0.084 0.000 0.000
#> SRR1326078 1 0.3398 0.80473 0.780 0.216 0.004 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.5639 0.61953 0.000 0.320 0.596 0.008 0.076
#> SRR1440919 2 0.4244 0.38065 0.000 0.712 0.268 0.004 0.016
#> SRR1452824 2 0.5315 0.48483 0.160 0.696 0.136 0.000 0.008
#> SRR615754 1 0.4312 0.73068 0.820 0.080 0.024 0.056 0.020
#> SRR1341787 2 0.2451 0.70866 0.056 0.904 0.036 0.004 0.000
#> SRR614551 2 0.6605 -0.17581 0.020 0.560 0.264 0.152 0.004
#> SRR1380829 4 0.3309 0.34390 0.016 0.000 0.024 0.852 0.108
#> SRR1455761 1 0.3300 0.80831 0.792 0.204 0.004 0.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.7241 0.28883 0.576 0.068 0.236 0.032 0.088
#> SRR1376895 1 0.4037 0.74715 0.704 0.288 0.004 0.000 0.004
#> SRR1445002 1 0.2859 0.77325 0.876 0.096 0.012 0.000 0.016
#> SRR1469258 2 0.0865 0.72016 0.024 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.3948 0.81652 0.768 0.208 0.012 0.000 0.012
#> SRR1480200 1 0.3242 0.81740 0.816 0.172 0.000 0.000 0.012
#> SRR1418323 1 0.3521 0.80595 0.764 0.232 0.004 0.000 0.000
#> SRR657540 5 0.4010 0.72950 0.000 0.000 0.032 0.208 0.760
#> SRR821096 2 0.0865 0.71289 0.004 0.972 0.024 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.5108 0.54212 0.056 0.744 0.040 0.156 0.004
#> SRR1344205 3 0.4341 0.72097 0.000 0.404 0.592 0.004 0.000
#> SRR612479 1 0.4073 0.81360 0.780 0.184 0.024 0.008 0.004
#> SRR1399950 1 0.7080 0.52923 0.528 0.268 0.156 0.004 0.044
#> SRR1336048 2 0.6682 0.16679 0.184 0.552 0.244 0.012 0.008
#> SRR1368896 1 0.3365 0.81796 0.808 0.180 0.004 0.000 0.008
#> SRR1379403 2 0.2455 0.68849 0.008 0.896 0.088 0.004 0.004
#> SRR1312464 1 0.3554 0.80804 0.776 0.216 0.004 0.000 0.004
#> SRR1096478 1 0.4701 0.67068 0.796 0.088 0.068 0.020 0.028
#> SRR1459845 1 0.2930 0.81518 0.832 0.164 0.004 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.4881 -0.31556 0.020 0.016 0.696 0.008 0.260
#> SRR811423 3 0.7949 0.18981 0.300 0.296 0.348 0.012 0.044
#> SRR615683 1 0.3886 0.81071 0.808 0.152 0.008 0.024 0.008
#> SRR1380336 2 0.1538 0.71477 0.008 0.948 0.036 0.000 0.008
#> SRR817609 1 0.7219 0.29417 0.576 0.072 0.240 0.032 0.080
#> SRR1074550 3 0.5479 0.71424 0.008 0.360 0.588 0.012 0.032
#> SRR1499236 2 0.0566 0.71522 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR656083 1 0.3019 0.78171 0.864 0.108 0.012 0.000 0.016
#> SRR817539 2 0.4891 0.37461 0.340 0.632 0.008 0.012 0.008
#> SRR1410801 1 0.4701 0.67068 0.796 0.088 0.068 0.020 0.028
#> SRR1347190 1 0.5803 0.68075 0.608 0.312 0.048 0.004 0.028
#> SRR1355126 2 0.3911 0.63229 0.144 0.796 0.060 0.000 0.000
#> SRR615165 3 0.5346 0.71141 0.004 0.412 0.544 0.036 0.004
#> SRR1466046 1 0.3544 0.81658 0.812 0.164 0.016 0.000 0.008
#> SRR1097055 2 0.0671 0.71310 0.004 0.980 0.016 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.2462 0.68431 0.112 0.880 0.008 0.000 0.000
#> SRR655325 1 0.3328 0.81778 0.812 0.176 0.004 0.000 0.008
#> SRR810177 2 0.0854 0.71492 0.008 0.976 0.012 0.000 0.004
#> SRR815685 2 0.1630 0.71699 0.016 0.944 0.036 0.004 0.000
#> SRR817026 2 0.6793 -0.35083 0.056 0.488 0.388 0.012 0.056
#> SRR1417224 2 0.2337 0.68522 0.008 0.904 0.080 0.004 0.004
#> SRR661687 3 0.5709 0.64069 0.000 0.356 0.564 0.008 0.072
#> SRR1431804 2 0.7077 -0.01642 0.352 0.456 0.164 0.008 0.020
#> SRR664072 3 0.4558 0.73730 0.000 0.324 0.652 0.024 0.000
#> SRR612923 2 0.4936 0.01648 0.416 0.560 0.016 0.000 0.008
#> SRR1315890 1 0.3010 0.78842 0.860 0.116 0.008 0.000 0.016
#> SRR1347726 2 0.4825 0.42425 0.324 0.648 0.008 0.012 0.008
#> SRR1500360 2 0.4156 0.48868 0.288 0.700 0.008 0.000 0.004
#> SRR1468360 2 0.3730 0.63727 0.156 0.812 0.016 0.012 0.004
#> SRR1404084 2 0.3346 0.67221 0.092 0.844 0.064 0.000 0.000
#> SRR615994 4 0.6230 0.22574 0.000 0.092 0.408 0.484 0.016
#> SRR1475718 2 0.0566 0.71609 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.4460 0.73129 0.004 0.392 0.600 0.004 0.000
#> SRR655519 2 0.4862 0.52474 0.012 0.752 0.088 0.144 0.004
#> SRR1311308 3 0.5241 0.66942 0.004 0.436 0.528 0.004 0.028
#> SRR1368006 2 0.1410 0.69303 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR613651 4 0.1357 0.47644 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004
#> SRR1362621 2 0.5372 0.45096 0.084 0.692 0.208 0.004 0.012
#> SRR1451718 2 0.3496 0.66456 0.124 0.832 0.040 0.004 0.000
#> SRR1095334 3 0.4557 0.65670 0.000 0.264 0.700 0.004 0.032
#> SRR1079636 2 0.2286 0.66227 0.000 0.888 0.108 0.000 0.004
#> SRR1442549 2 0.4284 0.60161 0.192 0.768 0.020 0.012 0.008
#> SRR1466421 2 0.0510 0.71537 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR817397 2 0.5254 -0.21705 0.004 0.560 0.400 0.004 0.032
#> SRR1341809 2 0.1557 0.71382 0.052 0.940 0.008 0.000 0.000
#> SRR614623 2 0.1630 0.71699 0.016 0.944 0.036 0.004 0.000
#> SRR1335005 2 0.0162 0.71367 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.5440 -0.48050 0.000 0.476 0.472 0.004 0.048
#> SRR1404483 2 0.1571 0.68995 0.000 0.936 0.060 0.000 0.004
#> SRR1096222 1 0.3234 0.80474 0.836 0.144 0.008 0.000 0.012
#> SRR1401793 1 0.5690 0.40171 0.492 0.436 0.068 0.000 0.004
#> SRR1408615 2 0.5391 -0.48218 0.024 0.508 0.452 0.004 0.012
#> SRR1070597 2 0.4387 0.57741 0.216 0.748 0.016 0.012 0.008
#> SRR1332381 1 0.5405 0.68870 0.672 0.248 0.060 0.004 0.016
#> SRR1457015 1 0.3280 0.81762 0.812 0.176 0.000 0.000 0.012
#> SRR1386797 2 0.2871 0.68877 0.088 0.872 0.040 0.000 0.000
#> SRR1098385 2 0.0833 0.71319 0.004 0.976 0.016 0.000 0.004
#> SRR1363947 3 0.4135 0.75134 0.000 0.340 0.656 0.004 0.000
#> SRR820350 2 0.0510 0.71537 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.1484 0.47442 0.048 0.000 0.000 0.944 0.008
#> SRR1310455 1 0.5804 0.55887 0.548 0.376 0.064 0.004 0.008
#> SRR1453639 2 0.4705 0.55466 0.232 0.724 0.020 0.012 0.012
#> SRR662617 2 0.0566 0.71510 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR654778 1 0.4607 0.63351 0.616 0.368 0.012 0.000 0.004
#> SRR661782 2 0.0833 0.71656 0.016 0.976 0.004 0.000 0.004
#> SRR1334396 1 0.7241 0.28883 0.576 0.068 0.236 0.032 0.088
#> SRR613867 2 0.7277 -0.06471 0.044 0.500 0.136 0.308 0.012
#> SRR1479412 1 0.4851 0.51350 0.560 0.420 0.012 0.000 0.008
#> SRR1331620 1 0.4782 0.71561 0.668 0.300 0.020 0.004 0.008
#> SRR1082809 2 0.5803 0.09266 0.380 0.540 0.072 0.004 0.004
#> SRR1417178 1 0.7495 0.37534 0.476 0.312 0.156 0.024 0.032
#> SRR1335278 1 0.3154 0.81243 0.836 0.148 0.012 0.000 0.004
#> SRR665369 2 0.0290 0.71356 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR657552 1 0.7289 0.34201 0.492 0.328 0.124 0.024 0.032
#> SRR812412 1 0.3456 0.81603 0.788 0.204 0.004 0.000 0.004
#> SRR1096500 2 0.2144 0.70673 0.020 0.912 0.068 0.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.1116 0.71785 0.028 0.964 0.004 0.000 0.004
#> SRR615153 4 0.3585 0.47689 0.076 0.040 0.016 0.856 0.012
#> SRR1434417 1 0.5594 0.57913 0.736 0.080 0.120 0.024 0.040
#> SRR1070159 3 0.5790 0.66808 0.020 0.404 0.536 0.012 0.028
#> SRR1332508 2 0.0693 0.71429 0.008 0.980 0.012 0.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.3003 0.68456 0.092 0.864 0.044 0.000 0.000
#> SRR1402491 1 0.3154 0.81313 0.836 0.148 0.012 0.000 0.004
#> SRR1476595 2 0.3960 0.64712 0.124 0.816 0.044 0.012 0.004
#> SRR1320987 2 0.0833 0.71765 0.016 0.976 0.004 0.000 0.004
#> SRR1086417 2 0.4627 0.58433 0.100 0.760 0.132 0.000 0.008
#> SRR1454095 1 0.4613 0.54332 0.580 0.408 0.004 0.000 0.008
#> SRR614791 4 0.1484 0.47454 0.048 0.000 0.000 0.944 0.008
#> SRR821255 2 0.2864 0.66677 0.136 0.852 0.012 0.000 0.000
#> SRR820402 2 0.5910 0.35965 0.084 0.676 0.200 0.020 0.020
#> SRR1337284 2 0.4717 0.51975 0.264 0.700 0.016 0.012 0.008
#> SRR1333083 3 0.4389 0.75265 0.004 0.368 0.624 0.004 0.000
#> SRR1384883 2 0.5429 -0.05933 0.000 0.596 0.348 0.036 0.020
#> SRR614431 1 0.3088 0.81552 0.828 0.164 0.004 0.000 0.004
#> SRR1481106 2 0.1205 0.70829 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR1370285 1 0.3067 0.80976 0.844 0.140 0.012 0.000 0.004
#> SRR1446673 3 0.4540 0.73334 0.000 0.320 0.656 0.024 0.000
#> SRR1318046 2 0.2534 0.71015 0.052 0.908 0.020 0.016 0.004
#> SRR1341188 3 0.4135 0.75134 0.000 0.340 0.656 0.004 0.000
#> SRR1384941 1 0.3328 0.81778 0.812 0.176 0.004 0.000 0.008
#> SRR1322864 2 0.0566 0.71522 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR1476825 2 0.6956 0.12971 0.316 0.480 0.184 0.012 0.008
#> SRR1443332 2 0.2116 0.68485 0.008 0.912 0.076 0.004 0.000
#> SRR662486 2 0.6212 0.24863 0.072 0.592 0.028 0.300 0.008
#> SRR1447019 1 0.5746 0.58186 0.724 0.088 0.124 0.024 0.040
#> SRR662942 1 0.3047 0.81473 0.832 0.160 0.004 0.000 0.004
#> SRR613102 3 0.4714 0.73579 0.000 0.324 0.644 0.032 0.000
#> SRR1469880 1 0.4122 0.73896 0.688 0.304 0.004 0.000 0.004
#> SRR1464977 2 0.4741 0.51675 0.268 0.696 0.016 0.012 0.008
#> SRR615850 2 0.7496 -0.40631 0.144 0.424 0.356 0.076 0.000
#> SRR661949 2 0.1334 0.71887 0.020 0.960 0.012 0.004 0.004
#> SRR1322227 2 0.2971 0.57928 0.000 0.836 0.156 0.000 0.008
#> SRR1441655 2 0.3912 0.59863 0.208 0.768 0.020 0.004 0.000
#> SRR613771 2 0.3849 0.62676 0.168 0.800 0.016 0.012 0.004
#> SRR1479471 1 0.3067 0.80976 0.844 0.140 0.012 0.000 0.004
#> SRR1488918 2 0.1043 0.70271 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0613 0.71450 0.004 0.984 0.008 0.000 0.004
#> SRR1079850 2 0.1991 0.70770 0.076 0.916 0.004 0.000 0.004
#> SRR663209 1 0.3578 0.81232 0.784 0.204 0.008 0.000 0.004
#> SRR1364914 2 0.1121 0.70227 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.1074 0.71749 0.016 0.968 0.012 0.000 0.004
#> SRR1314894 1 0.3123 0.81681 0.812 0.184 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414117 2 0.6654 -0.29022 0.048 0.512 0.372 0.012 0.056
#> SRR1395975 2 0.3702 0.65563 0.132 0.828 0.016 0.012 0.012
#> SRR1402219 2 0.2037 0.70522 0.064 0.920 0.012 0.004 0.000
#> SRR1433623 1 0.3010 0.78842 0.860 0.116 0.008 0.000 0.016
#> SRR656385 4 0.1557 0.47837 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR811213 2 0.4176 0.64130 0.104 0.812 0.064 0.012 0.008
#> SRR663657 4 0.4626 0.43589 0.040 0.072 0.092 0.792 0.004
#> SRR612203 4 0.1571 0.47584 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004
#> SRR613987 2 0.6605 -0.17581 0.020 0.560 0.264 0.152 0.004
#> SRR613831 3 0.5318 0.72507 0.004 0.400 0.560 0.024 0.012
#> SRR1354180 2 0.1443 0.70446 0.004 0.948 0.044 0.000 0.004
#> SRR1382912 1 0.2856 0.78094 0.872 0.104 0.008 0.000 0.016
#> SRR1475501 1 0.3129 0.81540 0.832 0.156 0.004 0.000 0.008
#> SRR1336930 1 0.4782 0.71561 0.668 0.300 0.020 0.004 0.008
#> SRR613030 3 0.6863 0.61586 0.004 0.348 0.448 0.192 0.008
#> SRR1381459 2 0.1818 0.71696 0.024 0.932 0.044 0.000 0.000
#> SRR1402350 2 0.3474 0.66971 0.116 0.836 0.044 0.004 0.000
#> SRR1419408 1 0.2911 0.80745 0.852 0.136 0.008 0.000 0.004
#> SRR655911 4 0.6435 0.23918 0.004 0.100 0.392 0.488 0.016
#> SRR1418243 1 0.3366 0.80634 0.784 0.212 0.004 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.4890 0.31915 0.340 0.628 0.024 0.000 0.008
#> SRR613615 4 0.6234 0.22283 0.000 0.092 0.412 0.480 0.016
#> SRR1355284 1 0.6062 0.67998 0.604 0.292 0.072 0.004 0.028
#> SRR1319395 1 0.4081 0.73746 0.696 0.296 0.004 0.000 0.004
#> SRR818939 1 0.3005 0.79550 0.856 0.124 0.008 0.000 0.012
#> SRR1465266 1 0.4475 0.77021 0.716 0.252 0.024 0.004 0.004
#> SRR614888 4 0.2666 0.47872 0.072 0.016 0.004 0.896 0.012
#> SRR1431694 2 0.4682 0.51462 0.276 0.692 0.016 0.008 0.008
#> SRR614347 2 0.7294 -0.47942 0.008 0.400 0.352 0.224 0.016
#> SRR1334228 3 0.4321 0.72928 0.000 0.396 0.600 0.004 0.000
#> SRR1096007 2 0.1788 0.70532 0.008 0.932 0.056 0.000 0.004
#> SRR656349 1 0.7241 0.28883 0.576 0.068 0.236 0.032 0.088
#> SRR815422 2 0.5303 -0.38452 0.000 0.516 0.440 0.004 0.040
#> SRR1360828 1 0.4385 0.72645 0.672 0.312 0.012 0.000 0.004
#> SRR1359005 2 0.3475 0.54441 0.000 0.804 0.180 0.004 0.012
#> SRR1456652 1 0.3992 0.75432 0.712 0.280 0.004 0.000 0.004
#> SRR1391660 1 0.3300 0.80831 0.792 0.204 0.004 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.4037 0.74700 0.704 0.288 0.004 0.000 0.004
#> SRR662930 4 0.3087 0.46967 0.044 0.076 0.004 0.872 0.004
#> SRR615790 2 0.6956 -0.47221 0.016 0.472 0.344 0.160 0.008
#> SRR614827 2 0.3058 0.67430 0.008 0.876 0.076 0.036 0.004
#> SRR614587 2 0.5429 -0.05933 0.000 0.596 0.348 0.036 0.020
#> SRR814052 2 0.3714 0.66676 0.116 0.832 0.004 0.036 0.012
#> SRR1070086 1 0.3128 0.81685 0.824 0.168 0.004 0.000 0.004
#> SRR1481440 1 0.7241 0.28883 0.576 0.068 0.236 0.032 0.088
#> SRR1339296 3 0.4135 0.75134 0.000 0.340 0.656 0.004 0.000
#> SRR1343239 2 0.1444 0.71569 0.012 0.948 0.040 0.000 0.000
#> SRR1432802 2 0.1970 0.70639 0.060 0.924 0.012 0.004 0.000
#> SRR1416911 1 0.4486 0.79123 0.744 0.216 0.008 0.016 0.016
#> SRR1410427 2 0.4891 0.38071 0.340 0.632 0.008 0.012 0.008
#> SRR1401185 2 0.5135 0.39338 0.308 0.644 0.036 0.008 0.004
#> SRR654993 2 0.0566 0.71510 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR656397 1 0.3289 0.81713 0.816 0.172 0.004 0.000 0.008
#> SRR809643 5 0.3123 0.76858 0.004 0.012 0.068 0.040 0.876
#> SRR1433819 1 0.4972 0.74725 0.724 0.196 0.060 0.000 0.020
#> SRR1375225 2 0.1710 0.71477 0.016 0.940 0.040 0.000 0.004
#> SRR1367739 2 0.7868 -0.33922 0.260 0.344 0.344 0.012 0.040
#> SRR1323336 2 0.3452 0.64912 0.148 0.820 0.032 0.000 0.000
#> SRR663224 3 0.6863 0.61586 0.004 0.348 0.448 0.192 0.008
#> SRR1442840 1 0.3154 0.81230 0.836 0.148 0.012 0.000 0.004
#> SRR1374058 1 0.3070 0.78413 0.860 0.112 0.012 0.000 0.016
#> SRR656994 1 0.3317 0.81458 0.804 0.188 0.004 0.000 0.004
#> SRR1469214 2 0.1538 0.71477 0.008 0.948 0.036 0.000 0.008
#> SRR1456446 1 0.4442 0.73101 0.676 0.304 0.016 0.000 0.004
#> SRR1471879 2 0.1202 0.71850 0.032 0.960 0.004 0.000 0.004
#> SRR612911 3 0.5346 0.71141 0.004 0.412 0.544 0.036 0.004
#> SRR1395720 2 0.1041 0.70644 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1413055 1 0.7241 0.28883 0.576 0.068 0.236 0.032 0.088
#> SRR656770 2 0.3730 0.63727 0.156 0.812 0.016 0.012 0.004
#> SRR812080 3 0.5337 0.68666 0.004 0.424 0.536 0.008 0.028
#> SRR1479328 1 0.5261 0.73338 0.656 0.288 0.028 0.004 0.024
#> SRR661421 2 0.4584 0.61862 0.036 0.792 0.064 0.104 0.004
#> SRR1410286 2 0.0510 0.71150 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.4122 0.73373 0.688 0.304 0.004 0.000 0.004
#> SRR1467035 1 0.3560 0.81543 0.816 0.160 0.012 0.004 0.008
#> SRR1360607 2 0.1605 0.71938 0.040 0.944 0.012 0.000 0.004
#> SRR1333106 2 0.3646 0.64412 0.148 0.820 0.016 0.012 0.004
#> SRR1088706 2 0.1630 0.71699 0.016 0.944 0.036 0.004 0.000
#> SRR1320053 3 0.5347 0.67721 0.004 0.432 0.528 0.008 0.028
#> SRR1350392 2 0.0566 0.71631 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.7949 0.18981 0.300 0.296 0.348 0.012 0.044
#> SRR1080093 2 0.1124 0.70511 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR1318753 1 0.3123 0.81681 0.812 0.184 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345369 2 0.5172 0.56420 0.132 0.728 0.124 0.012 0.004
#> SRR612178 2 0.5756 0.32133 0.004 0.660 0.180 0.148 0.008
#> SRR1354423 1 0.3280 0.81700 0.824 0.160 0.012 0.000 0.004
#> SRR1072724 2 0.4607 0.50921 0.280 0.692 0.012 0.008 0.008
#> SRR1418450 2 0.3562 0.54256 0.000 0.788 0.196 0.000 0.016
#> SRR1326427 3 0.4635 -0.33651 0.016 0.008 0.700 0.008 0.268
#> SRR1437412 1 0.7660 0.17706 0.404 0.380 0.156 0.024 0.036
#> SRR1327548 2 0.3718 0.51480 0.000 0.784 0.196 0.004 0.016
#> SRR1395891 1 0.3474 0.81709 0.796 0.192 0.004 0.000 0.008
#> SRR659367 4 0.2575 0.45019 0.100 0.004 0.000 0.884 0.012
#> SRR818961 1 0.5594 0.57913 0.736 0.080 0.120 0.024 0.040
#> SRR813704 1 0.3243 0.81831 0.812 0.180 0.004 0.000 0.004
#> SRR613054 1 0.4312 0.73068 0.820 0.080 0.024 0.056 0.020
#> SRR1476467 1 0.4585 0.57764 0.592 0.396 0.008 0.000 0.004
#> SRR1407988 2 0.0162 0.71367 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.1202 0.71280 0.004 0.960 0.032 0.000 0.004
#> SRR655578 2 0.0671 0.71597 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310645 2 0.3550 0.54777 0.000 0.796 0.184 0.000 0.020
#> SRR1345628 1 0.5649 0.58613 0.732 0.084 0.120 0.024 0.040
#> SRR1479740 1 0.3671 0.80018 0.756 0.236 0.008 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.4156 0.48868 0.288 0.700 0.008 0.000 0.004
#> SRR1444786 2 0.4191 0.60294 0.192 0.772 0.016 0.012 0.008
#> SRR1090070 1 0.4390 0.77055 0.776 0.156 0.052 0.000 0.016
#> SRR662414 2 0.3893 0.63568 0.160 0.804 0.012 0.016 0.008
#> SRR661216 2 0.1412 0.71403 0.008 0.952 0.036 0.004 0.000
#> SRR656313 4 0.5882 0.11753 0.068 0.388 0.004 0.532 0.008
#> SRR615671 4 0.8187 -0.02570 0.104 0.336 0.136 0.404 0.020
#> SRR1350196 3 0.4321 0.72928 0.000 0.396 0.600 0.004 0.000
#> SRR1466580 1 0.4585 0.57784 0.592 0.396 0.004 0.000 0.008
#> SRR1408032 2 0.1443 0.70446 0.004 0.948 0.044 0.000 0.004
#> SRR1432913 2 0.7220 -0.44919 0.008 0.420 0.324 0.236 0.012
#> SRR1360502 2 0.5649 0.38505 0.252 0.636 0.104 0.000 0.008
#> SRR1391901 2 0.3190 0.63224 0.008 0.840 0.140 0.012 0.000
#> SRR1311131 1 0.4516 0.78989 0.740 0.220 0.008 0.016 0.016
#> SRR1380636 1 0.4111 0.77802 0.812 0.128 0.032 0.012 0.016
#> SRR1332339 1 0.5690 0.28237 0.492 0.456 0.012 0.024 0.016
#> SRR1341563 2 0.1285 0.71096 0.004 0.956 0.036 0.000 0.004
#> SRR1359410 2 0.3421 0.58951 0.016 0.816 0.164 0.000 0.004
#> SRR1473040 3 0.4389 0.75265 0.004 0.368 0.624 0.004 0.000
#> SRR1321444 1 0.3123 0.81734 0.812 0.184 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498765 2 0.1270 0.69683 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.2389 0.65802 0.000 0.880 0.116 0.000 0.004
#> SRR615503 2 0.6723 0.08054 0.168 0.472 0.004 0.348 0.008
#> SRR1453192 1 0.3010 0.78788 0.860 0.116 0.008 0.000 0.016
#> SRR1433107 2 0.2337 0.68326 0.008 0.904 0.080 0.004 0.004
#> SRR1075384 1 0.3022 0.80816 0.848 0.136 0.012 0.000 0.004
#> SRR1356683 1 0.3116 0.79519 0.852 0.124 0.012 0.000 0.012
#> SRR659049 1 0.4425 0.68466 0.812 0.084 0.060 0.016 0.028
#> SRR1368240 1 0.3234 0.80515 0.836 0.144 0.008 0.000 0.012
#> SRR1341739 1 0.4081 0.73746 0.696 0.296 0.004 0.000 0.004
#> SRR613249 3 0.5566 0.68797 0.012 0.420 0.532 0.024 0.012
#> SRR663428 2 0.1934 0.70948 0.016 0.928 0.000 0.052 0.004
#> SRR1341302 2 0.2052 0.69300 0.004 0.912 0.080 0.000 0.004
#> SRR1073553 2 0.1569 0.70993 0.008 0.944 0.044 0.000 0.004
#> SRR1354093 3 0.4533 0.65140 0.000 0.260 0.704 0.004 0.032
#> SRR1406521 3 0.5440 0.46143 0.000 0.472 0.476 0.004 0.048
#> SRR1432049 1 0.4553 0.70036 0.652 0.328 0.016 0.000 0.004
#> SRR1453504 1 0.4613 0.55219 0.580 0.408 0.008 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 2 0.7633 0.06293 0.096 0.436 0.052 0.312 0.096 0.008
#> SRR1359328 2 0.6208 0.27315 0.096 0.560 0.276 0.008 0.060 0.000
#> SRR821124 2 0.2805 0.64011 0.000 0.828 0.160 0.000 0.012 0.000
#> SRR1335188 1 0.4397 0.50689 0.632 0.336 0.012 0.000 0.020 0.000
#> SRR1075825 2 0.1488 0.72989 0.008 0.948 0.028 0.008 0.008 0.000
#> SRR1321921 1 0.2679 0.73382 0.864 0.096 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1466198 3 0.4260 0.68109 0.000 0.268 0.692 0.000 0.016 0.024
#> SRR1384073 2 0.5643 0.48948 0.236 0.636 0.036 0.008 0.080 0.004
#> SRR1312802 1 0.7020 -0.30763 0.396 0.204 0.080 0.000 0.320 0.000
#> SRR1076559 2 0.6015 0.13099 0.348 0.512 0.032 0.000 0.104 0.004
#> SRR1370085 1 0.2412 0.64329 0.880 0.028 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1460363 1 0.2487 0.64893 0.876 0.032 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1480221 2 0.0767 0.72854 0.008 0.976 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476165 2 0.6665 -0.24747 0.384 0.392 0.040 0.000 0.180 0.004
#> SRR1459631 2 0.4929 -0.00787 0.000 0.556 0.392 0.000 0.024 0.028
#> SRR1448098 2 0.0260 0.72620 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.1523 0.72859 0.008 0.940 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR807613 2 0.0922 0.72681 0.004 0.968 0.024 0.004 0.000 0.000
#> SRR808086 2 0.6882 -0.20447 0.036 0.476 0.304 0.008 0.160 0.016
#> SRR613687 2 0.6971 -0.12470 0.032 0.448 0.140 0.336 0.044 0.000
#> SRR1471011 2 0.5835 0.44365 0.144 0.640 0.148 0.004 0.064 0.000
#> SRR1330284 2 0.1152 0.72133 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004 0.000
#> SRR1320624 2 0.2805 0.64011 0.000 0.828 0.160 0.000 0.012 0.000
#> SRR1459519 1 0.2740 0.73613 0.852 0.120 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1091184 2 0.5002 0.28807 0.008 0.640 0.292 0.012 0.044 0.004
#> SRR1390561 1 0.2670 0.67176 0.872 0.040 0.004 0.000 0.084 0.000
#> SRR658164 1 0.4218 0.58422 0.804 0.020 0.020 0.076 0.072 0.008
#> SRR1087079 2 0.0717 0.72905 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR814996 3 0.4978 0.57752 0.004 0.388 0.556 0.008 0.044 0.000
#> SRR1407410 2 0.2763 0.71392 0.052 0.884 0.032 0.000 0.028 0.004
#> SRR1453392 2 0.1531 0.71083 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445873 1 0.2744 0.72632 0.840 0.144 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1419985 2 0.0508 0.72818 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR820938 3 0.5957 0.59833 0.004 0.372 0.516 0.012 0.068 0.028
#> SRR1476844 1 0.2511 0.70247 0.880 0.056 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1403526 1 0.2609 0.73492 0.868 0.096 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1413916 2 0.2765 0.70154 0.008 0.876 0.088 0.008 0.016 0.004
#> SRR1441051 2 0.2144 0.71104 0.004 0.896 0.092 0.000 0.004 0.004
#> SRR614287 2 0.0653 0.72854 0.012 0.980 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092062 2 0.0717 0.72880 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0748 0.72635 0.004 0.976 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.2817 0.71171 0.052 0.884 0.036 0.004 0.020 0.004
#> SRR1405078 3 0.7151 0.45153 0.128 0.312 0.460 0.060 0.040 0.000
#> SRR1437226 2 0.3193 0.70935 0.032 0.852 0.088 0.000 0.024 0.004
#> SRR1326078 1 0.2768 0.72250 0.832 0.156 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1096806 3 0.6470 0.52436 0.004 0.260 0.540 0.000 0.108 0.088
#> SRR1440919 2 0.4464 0.40331 0.000 0.672 0.280 0.000 0.032 0.016
#> SRR1452824 2 0.5885 0.43635 0.144 0.636 0.148 0.004 0.068 0.000
#> SRR615754 1 0.3555 0.57538 0.836 0.012 0.008 0.044 0.092 0.008
#> SRR1341787 2 0.2968 0.71142 0.056 0.872 0.040 0.000 0.028 0.004
#> SRR614551 2 0.6922 -0.21208 0.016 0.484 0.296 0.144 0.056 0.004
#> SRR1380829 4 0.4576 0.42097 0.004 0.000 0.016 0.740 0.120 0.120
#> SRR1455761 1 0.2744 0.72632 0.840 0.144 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1465189 5 0.4289 0.57702 0.340 0.004 0.024 0.000 0.632 0.000
#> SRR1376895 1 0.3570 0.65895 0.752 0.228 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR1445002 1 0.2199 0.63346 0.892 0.020 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1469258 2 0.1116 0.73338 0.028 0.960 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409239 1 0.3409 0.73042 0.808 0.144 0.004 0.000 0.044 0.000
#> SRR1480200 1 0.2697 0.73205 0.864 0.092 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1418323 1 0.3139 0.72258 0.812 0.160 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR657540 6 0.3092 0.76568 0.000 0.000 0.012 0.120 0.028 0.840
#> SRR821096 2 0.0972 0.72791 0.008 0.964 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.5240 0.54056 0.048 0.712 0.056 0.156 0.028 0.000
#> SRR1344205 3 0.3489 0.68106 0.000 0.288 0.708 0.000 0.004 0.000
#> SRR612479 1 0.3571 0.72434 0.812 0.124 0.016 0.000 0.048 0.000
#> SRR1399950 1 0.7020 -0.30763 0.396 0.204 0.080 0.000 0.320 0.000
#> SRR1336048 2 0.7270 -0.13908 0.144 0.428 0.304 0.012 0.112 0.000
#> SRR1368896 1 0.2875 0.73286 0.852 0.096 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1379403 2 0.2809 0.69567 0.008 0.868 0.096 0.008 0.020 0.000
#> SRR1312464 1 0.2971 0.72768 0.832 0.144 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1096478 1 0.3756 0.08820 0.644 0.004 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1459845 1 0.2170 0.73485 0.888 0.100 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1348138 3 0.6120 -0.24956 0.008 0.004 0.496 0.000 0.268 0.224
#> SRR811423 5 0.7614 0.23962 0.152 0.236 0.252 0.004 0.356 0.000
#> SRR615683 1 0.3322 0.73137 0.852 0.088 0.012 0.012 0.028 0.008
#> SRR1380336 2 0.1870 0.72689 0.012 0.928 0.044 0.000 0.012 0.004
#> SRR817609 5 0.4563 0.57340 0.340 0.004 0.032 0.000 0.620 0.004
#> SRR1074550 3 0.6543 0.63019 0.008 0.308 0.520 0.012 0.108 0.044
#> SRR1499236 2 0.0653 0.72831 0.012 0.980 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR656083 1 0.2384 0.65695 0.884 0.032 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR817539 2 0.5791 0.36233 0.316 0.568 0.024 0.008 0.080 0.004
#> SRR1410801 1 0.3756 0.08820 0.644 0.004 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1347190 1 0.6149 0.31156 0.548 0.244 0.028 0.000 0.176 0.004
#> SRR1355126 2 0.4239 0.63804 0.132 0.776 0.052 0.004 0.036 0.000
#> SRR615165 3 0.5173 0.67766 0.000 0.292 0.620 0.016 0.068 0.004
#> SRR1466046 1 0.2986 0.73307 0.852 0.104 0.012 0.000 0.032 0.000
#> SRR1097055 2 0.0508 0.72586 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.2900 0.68775 0.112 0.856 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR655325 1 0.2826 0.73159 0.856 0.092 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR810177 2 0.1065 0.72834 0.008 0.964 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR815685 2 0.2006 0.72764 0.016 0.924 0.044 0.004 0.008 0.004
#> SRR817026 2 0.6929 -0.37379 0.028 0.416 0.352 0.004 0.180 0.020
#> SRR1417224 2 0.2274 0.70916 0.008 0.892 0.088 0.000 0.012 0.000
#> SRR661687 3 0.6369 0.54087 0.004 0.296 0.528 0.000 0.092 0.080
#> SRR1431804 2 0.7305 -0.26642 0.240 0.412 0.084 0.004 0.256 0.004
#> SRR664072 3 0.3136 0.64349 0.000 0.188 0.796 0.000 0.016 0.000
#> SRR612923 2 0.4900 0.00766 0.440 0.516 0.028 0.000 0.012 0.004
#> SRR1315890 1 0.2350 0.66810 0.888 0.036 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1347726 2 0.5833 0.40978 0.296 0.580 0.028 0.008 0.084 0.004
#> SRR1500360 2 0.4419 0.46382 0.304 0.656 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1468360 2 0.4522 0.62554 0.112 0.768 0.040 0.004 0.072 0.004
#> SRR1404084 2 0.3955 0.67689 0.076 0.816 0.064 0.008 0.032 0.004
#> SRR615994 3 0.6502 -0.11141 0.000 0.040 0.472 0.372 0.088 0.028
#> SRR1475718 2 0.0767 0.73054 0.008 0.976 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1397200 3 0.3452 0.68098 0.004 0.256 0.736 0.000 0.004 0.000
#> SRR655519 2 0.4968 0.51817 0.004 0.708 0.124 0.140 0.024 0.000
#> SRR1311308 3 0.5851 0.58900 0.004 0.376 0.520 0.012 0.064 0.024
#> SRR1368006 2 0.1674 0.71569 0.004 0.924 0.068 0.000 0.004 0.000
#> SRR613651 4 0.1540 0.64261 0.016 0.000 0.012 0.948 0.012 0.012
#> SRR1362621 2 0.5873 0.45579 0.064 0.652 0.164 0.004 0.108 0.008
#> SRR1451718 2 0.4130 0.66942 0.104 0.800 0.048 0.008 0.036 0.004
#> SRR1095334 3 0.4798 0.61700 0.000 0.180 0.712 0.000 0.072 0.036
#> SRR1079636 2 0.2664 0.66921 0.000 0.848 0.136 0.000 0.016 0.000
#> SRR1442549 2 0.5218 0.57631 0.148 0.712 0.052 0.008 0.076 0.004
#> SRR1466421 2 0.0508 0.72818 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR817397 2 0.5439 -0.16942 0.000 0.504 0.412 0.000 0.052 0.032
#> SRR1341809 2 0.1768 0.72632 0.044 0.932 0.008 0.000 0.012 0.004
#> SRR614623 2 0.2006 0.72764 0.016 0.924 0.044 0.004 0.008 0.004
#> SRR1335005 2 0.0520 0.72703 0.008 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 3 0.5938 0.41169 0.004 0.416 0.468 0.000 0.064 0.048
#> SRR1404483 2 0.1643 0.70911 0.000 0.924 0.068 0.000 0.008 0.000
#> SRR1096222 1 0.2625 0.70825 0.872 0.072 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1401793 1 0.5667 0.25270 0.508 0.396 0.052 0.004 0.040 0.000
#> SRR1408615 3 0.5372 0.56970 0.004 0.388 0.524 0.008 0.076 0.000
#> SRR1070597 2 0.5393 0.55452 0.172 0.688 0.044 0.008 0.084 0.004
#> SRR1332381 1 0.5775 0.24743 0.592 0.200 0.016 0.000 0.188 0.004
#> SRR1457015 1 0.2923 0.73501 0.848 0.100 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1386797 2 0.3538 0.69366 0.072 0.840 0.052 0.004 0.028 0.004
#> SRR1098385 2 0.1036 0.72725 0.004 0.964 0.024 0.000 0.008 0.000
#> SRR1363947 3 0.3103 0.66319 0.000 0.208 0.784 0.000 0.008 0.000
#> SRR820350 2 0.0508 0.72818 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR662055 4 0.1458 0.64073 0.016 0.000 0.000 0.948 0.016 0.020
#> SRR1310455 1 0.5681 0.41875 0.564 0.316 0.080 0.000 0.040 0.000
#> SRR1453639 2 0.5648 0.52752 0.184 0.668 0.048 0.008 0.084 0.008
#> SRR662617 2 0.0653 0.72845 0.012 0.980 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR654778 1 0.4347 0.51686 0.656 0.312 0.020 0.000 0.008 0.004
#> SRR661782 2 0.0870 0.72941 0.012 0.972 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334396 5 0.4289 0.57702 0.340 0.004 0.024 0.000 0.632 0.000
#> SRR613867 2 0.6985 -0.09649 0.028 0.464 0.164 0.300 0.044 0.000
#> SRR1479412 1 0.4559 0.45511 0.600 0.364 0.012 0.000 0.024 0.000
#> SRR1331620 1 0.5205 0.50504 0.644 0.236 0.020 0.000 0.100 0.000
#> SRR1082809 2 0.5975 0.09927 0.372 0.492 0.096 0.000 0.040 0.000
#> SRR1417178 1 0.7016 -0.42114 0.344 0.252 0.064 0.000 0.340 0.000
#> SRR1335278 1 0.2639 0.72999 0.876 0.084 0.008 0.000 0.032 0.000
#> SRR665369 2 0.0260 0.72620 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657552 5 0.6939 0.39907 0.332 0.276 0.032 0.004 0.352 0.004
#> SRR812412 1 0.2744 0.73413 0.840 0.144 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1096500 2 0.2257 0.72265 0.012 0.900 0.076 0.000 0.008 0.004
#> SRR1347750 2 0.1346 0.73217 0.024 0.952 0.008 0.000 0.016 0.000
#> SRR615153 4 0.3254 0.62288 0.040 0.028 0.024 0.868 0.036 0.004
#> SRR1434417 1 0.4056 -0.13191 0.576 0.004 0.004 0.000 0.416 0.000
#> SRR1070159 3 0.6482 0.59619 0.012 0.332 0.496 0.012 0.128 0.020
#> SRR1332508 2 0.0767 0.72824 0.008 0.976 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1082059 2 0.3612 0.69148 0.072 0.836 0.052 0.004 0.032 0.004
#> SRR1402491 1 0.2750 0.72745 0.868 0.080 0.004 0.000 0.048 0.000
#> SRR1476595 2 0.4303 0.64604 0.108 0.784 0.036 0.004 0.064 0.004
#> SRR1320987 2 0.0862 0.73087 0.016 0.972 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1086417 2 0.5064 0.57796 0.088 0.720 0.124 0.004 0.064 0.000
#> SRR1454095 1 0.4411 0.47521 0.612 0.356 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR614791 4 0.1419 0.64318 0.016 0.000 0.004 0.952 0.012 0.016
#> SRR821255 2 0.3551 0.67258 0.128 0.820 0.016 0.004 0.028 0.004
#> SRR820402 2 0.6316 0.34801 0.056 0.620 0.188 0.012 0.108 0.016
#> SRR1337284 2 0.5618 0.48662 0.240 0.636 0.036 0.008 0.076 0.004
#> SRR1333083 3 0.3519 0.67843 0.008 0.232 0.752 0.000 0.008 0.000
#> SRR1384883 2 0.6012 -0.04709 0.004 0.532 0.356 0.036 0.052 0.020
#> SRR614431 1 0.2301 0.73537 0.884 0.096 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1481106 2 0.1524 0.72481 0.000 0.932 0.060 0.000 0.008 0.000
#> SRR1370285 1 0.2294 0.72821 0.896 0.076 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR1446673 3 0.3189 0.63648 0.000 0.184 0.796 0.000 0.020 0.000
#> SRR1318046 2 0.2674 0.72234 0.048 0.892 0.020 0.012 0.028 0.000
#> SRR1341188 3 0.3103 0.66319 0.000 0.208 0.784 0.000 0.008 0.000
#> SRR1384941 1 0.2826 0.73159 0.856 0.092 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1322864 2 0.0653 0.72831 0.012 0.980 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476825 2 0.7482 -0.04478 0.280 0.400 0.196 0.012 0.112 0.000
#> SRR1443332 2 0.2122 0.71047 0.008 0.900 0.084 0.000 0.008 0.000
#> SRR662486 2 0.6331 0.24238 0.048 0.552 0.048 0.300 0.052 0.000
#> SRR1447019 1 0.4088 -0.20107 0.556 0.004 0.004 0.000 0.436 0.000
#> SRR662942 1 0.2333 0.73457 0.884 0.092 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR613102 3 0.3409 0.64260 0.000 0.184 0.788 0.004 0.024 0.000
#> SRR1469880 1 0.3533 0.65848 0.748 0.236 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1464977 2 0.5686 0.47693 0.244 0.628 0.036 0.008 0.080 0.004
#> SRR615850 3 0.7151 0.45153 0.128 0.312 0.460 0.060 0.040 0.000
#> SRR661949 2 0.1437 0.73214 0.016 0.952 0.020 0.004 0.004 0.004
#> SRR1322227 2 0.2989 0.62124 0.000 0.812 0.176 0.000 0.008 0.004
#> SRR1441655 2 0.4581 0.59016 0.208 0.724 0.024 0.008 0.032 0.004
#> SRR613771 2 0.4820 0.60734 0.124 0.748 0.044 0.008 0.072 0.004
#> SRR1479471 1 0.2294 0.72821 0.896 0.076 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR1488918 2 0.1007 0.71963 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0862 0.72718 0.004 0.972 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR1079850 2 0.2265 0.71630 0.076 0.896 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR663209 1 0.2905 0.72829 0.836 0.144 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1364914 2 0.1075 0.71971 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.1262 0.72984 0.016 0.956 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR1314894 1 0.2889 0.73771 0.848 0.108 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1414117 2 0.6917 -0.28586 0.024 0.448 0.320 0.008 0.180 0.020
#> SRR1395975 2 0.4404 0.64366 0.108 0.776 0.044 0.008 0.064 0.000
#> SRR1402219 2 0.2518 0.70979 0.060 0.892 0.008 0.000 0.036 0.004
#> SRR1433623 1 0.2350 0.66810 0.888 0.036 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR656385 4 0.1369 0.64301 0.016 0.000 0.000 0.952 0.016 0.016
#> SRR811213 2 0.4443 0.64068 0.088 0.780 0.056 0.004 0.068 0.004
#> SRR663657 4 0.4525 0.51681 0.008 0.048 0.112 0.776 0.048 0.008
#> SRR612203 4 0.1527 0.64117 0.020 0.000 0.008 0.948 0.012 0.012
#> SRR613987 2 0.6922 -0.21208 0.016 0.484 0.296 0.144 0.056 0.004
#> SRR613831 3 0.5154 0.67407 0.004 0.280 0.636 0.016 0.060 0.004
#> SRR1354180 2 0.1542 0.71969 0.004 0.936 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR1382912 1 0.2361 0.64714 0.884 0.028 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1475501 1 0.2631 0.72760 0.876 0.076 0.004 0.000 0.044 0.000
#> SRR1336930 1 0.5205 0.50504 0.644 0.236 0.020 0.000 0.100 0.000
#> SRR613030 3 0.6990 0.58329 0.000 0.284 0.464 0.172 0.068 0.012
#> SRR1381459 2 0.2259 0.72873 0.024 0.908 0.056 0.004 0.004 0.004
#> SRR1402350 2 0.4076 0.67398 0.100 0.804 0.052 0.008 0.032 0.004
#> SRR1419408 1 0.2322 0.72565 0.896 0.072 0.008 0.000 0.024 0.000
#> SRR655911 3 0.6072 -0.15669 0.000 0.044 0.456 0.420 0.072 0.008
#> SRR1418243 1 0.2730 0.72445 0.836 0.152 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1322573 2 0.5090 0.31037 0.348 0.588 0.028 0.000 0.032 0.004
#> SRR613615 3 0.6496 -0.10119 0.000 0.040 0.476 0.368 0.088 0.028
#> SRR1355284 1 0.6050 0.38037 0.568 0.240 0.044 0.000 0.148 0.000
#> SRR1319395 1 0.3622 0.65100 0.744 0.236 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR818939 1 0.2542 0.67724 0.876 0.044 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1465266 1 0.3963 0.64688 0.756 0.188 0.008 0.000 0.048 0.000
#> SRR614888 4 0.2221 0.63552 0.040 0.008 0.008 0.916 0.024 0.004
#> SRR1431694 2 0.5706 0.49124 0.236 0.632 0.040 0.008 0.080 0.004
#> SRR614347 3 0.7115 0.42263 0.004 0.348 0.372 0.220 0.048 0.008
#> SRR1334228 3 0.3445 0.68241 0.000 0.260 0.732 0.000 0.008 0.000
#> SRR1096007 2 0.1728 0.72365 0.004 0.924 0.064 0.000 0.008 0.000
#> SRR656349 5 0.4289 0.57702 0.340 0.004 0.024 0.000 0.632 0.000
#> SRR815422 2 0.5744 -0.33614 0.004 0.452 0.448 0.000 0.060 0.036
#> SRR1360828 1 0.3959 0.63312 0.724 0.244 0.020 0.000 0.012 0.000
#> SRR1359005 2 0.3625 0.56150 0.004 0.768 0.204 0.000 0.020 0.004
#> SRR1456652 1 0.3516 0.66618 0.760 0.220 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR1391660 1 0.2744 0.72632 0.840 0.144 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1441956 1 0.3570 0.65887 0.752 0.228 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR662930 4 0.2816 0.60028 0.012 0.064 0.016 0.884 0.020 0.004
#> SRR615790 2 0.6977 -0.48158 0.008 0.400 0.376 0.152 0.060 0.004
#> SRR614827 2 0.3116 0.69142 0.008 0.852 0.096 0.036 0.008 0.000
#> SRR614587 2 0.6012 -0.04709 0.004 0.532 0.356 0.036 0.052 0.020
#> SRR814052 2 0.4265 0.67124 0.084 0.804 0.036 0.032 0.040 0.004
#> SRR1070086 1 0.2679 0.73382 0.864 0.096 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1481440 5 0.4289 0.57702 0.340 0.004 0.024 0.000 0.632 0.000
#> SRR1339296 3 0.3103 0.66319 0.000 0.208 0.784 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343239 2 0.1686 0.72923 0.008 0.932 0.052 0.000 0.004 0.004
#> SRR1432802 2 0.2457 0.71113 0.056 0.896 0.008 0.000 0.036 0.004
#> SRR1416911 1 0.4014 0.70271 0.784 0.152 0.004 0.020 0.036 0.004
#> SRR1410427 2 0.5808 0.35498 0.328 0.560 0.028 0.008 0.072 0.004
#> SRR1401185 2 0.4949 0.42576 0.308 0.624 0.036 0.000 0.032 0.000
#> SRR654993 2 0.0653 0.72845 0.012 0.980 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR656397 1 0.2776 0.72905 0.860 0.088 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR809643 6 0.1167 0.79611 0.000 0.012 0.020 0.000 0.008 0.960
#> SRR1433819 1 0.5253 0.46110 0.664 0.140 0.016 0.000 0.176 0.004
#> SRR1375225 2 0.1887 0.72724 0.016 0.924 0.048 0.000 0.012 0.000
#> SRR1367739 5 0.7604 0.07452 0.132 0.260 0.292 0.004 0.312 0.000
#> SRR1323336 2 0.4229 0.65343 0.132 0.784 0.040 0.008 0.032 0.004
#> SRR663224 3 0.6990 0.58329 0.000 0.284 0.464 0.172 0.068 0.012
#> SRR1442840 1 0.2711 0.73008 0.872 0.084 0.008 0.000 0.036 0.000
#> SRR1374058 1 0.2436 0.65151 0.880 0.032 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR656994 1 0.2488 0.73415 0.864 0.124 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1469214 2 0.1870 0.72689 0.012 0.928 0.044 0.000 0.012 0.004
#> SRR1456446 1 0.4158 0.63075 0.720 0.236 0.024 0.000 0.020 0.000
#> SRR1471879 2 0.1313 0.73220 0.028 0.952 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR612911 3 0.5156 0.67823 0.000 0.288 0.624 0.016 0.068 0.004
#> SRR1395720 2 0.1152 0.72133 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413055 5 0.4289 0.57702 0.340 0.004 0.024 0.000 0.632 0.000
#> SRR656770 2 0.4522 0.62554 0.112 0.768 0.040 0.004 0.072 0.004
#> SRR812080 3 0.5997 0.61560 0.004 0.360 0.524 0.012 0.068 0.032
#> SRR1479328 1 0.5771 0.41178 0.588 0.228 0.016 0.000 0.164 0.004
#> SRR661421 2 0.4775 0.60178 0.020 0.748 0.100 0.108 0.024 0.000
#> SRR1410286 2 0.0547 0.72502 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.3755 0.64269 0.732 0.244 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1467035 1 0.2803 0.72554 0.864 0.084 0.004 0.000 0.048 0.000
#> SRR1360607 2 0.1773 0.73294 0.036 0.932 0.016 0.000 0.016 0.000
#> SRR1333106 2 0.4434 0.63281 0.104 0.776 0.040 0.004 0.072 0.004
#> SRR1088706 2 0.2006 0.72764 0.016 0.924 0.044 0.004 0.008 0.004
#> SRR1320053 3 0.5957 0.59833 0.004 0.372 0.516 0.012 0.068 0.028
#> SRR1350392 2 0.0508 0.72894 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385190 5 0.7614 0.23962 0.152 0.236 0.252 0.004 0.356 0.000
#> SRR1080093 2 0.1265 0.72072 0.000 0.948 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR1318753 1 0.2842 0.73733 0.852 0.104 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1345369 2 0.5633 0.51213 0.100 0.664 0.168 0.008 0.060 0.000
#> SRR612178 2 0.5522 0.30231 0.000 0.624 0.208 0.144 0.024 0.000
#> SRR1354423 1 0.2875 0.73534 0.852 0.096 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1072724 2 0.5665 0.48618 0.240 0.632 0.036 0.008 0.080 0.004
#> SRR1418450 2 0.4116 0.55206 0.004 0.748 0.200 0.000 0.032 0.016
#> SRR1326427 3 0.5952 -0.26903 0.004 0.000 0.488 0.000 0.276 0.232
#> SRR1437412 5 0.7160 0.37120 0.268 0.324 0.064 0.000 0.340 0.004
#> SRR1327548 2 0.3837 0.54225 0.004 0.752 0.212 0.000 0.028 0.004
#> SRR1395891 1 0.2709 0.73622 0.848 0.132 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR659367 4 0.3395 0.60289 0.048 0.004 0.024 0.852 0.064 0.008
#> SRR818961 1 0.4056 -0.13191 0.576 0.004 0.004 0.000 0.416 0.000
#> SRR813704 1 0.2822 0.73821 0.852 0.108 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR613054 1 0.3555 0.57538 0.836 0.012 0.008 0.044 0.092 0.008
#> SRR1476467 1 0.4630 0.48094 0.620 0.340 0.020 0.000 0.016 0.004
#> SRR1407988 2 0.0405 0.72684 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.1340 0.72536 0.004 0.948 0.040 0.000 0.008 0.000
#> SRR655578 2 0.0653 0.72854 0.012 0.980 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310645 2 0.4031 0.57058 0.004 0.764 0.180 0.000 0.036 0.016
#> SRR1345628 1 0.4127 -0.08497 0.588 0.008 0.004 0.000 0.400 0.000
#> SRR1479740 1 0.3030 0.71459 0.816 0.168 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1332095 2 0.4419 0.46382 0.304 0.656 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR1444786 2 0.5268 0.57810 0.144 0.708 0.048 0.008 0.088 0.004
#> SRR1090070 1 0.4584 0.54451 0.724 0.100 0.008 0.000 0.164 0.004
#> SRR662414 2 0.4609 0.62878 0.124 0.764 0.032 0.012 0.064 0.004
#> SRR661216 2 0.1667 0.72748 0.008 0.940 0.032 0.008 0.012 0.000
#> SRR656313 4 0.6102 0.13886 0.044 0.356 0.028 0.528 0.040 0.004
#> SRR615671 4 0.7714 -0.01262 0.072 0.300 0.164 0.404 0.060 0.000
#> SRR1350196 3 0.3445 0.68241 0.000 0.260 0.732 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466580 1 0.4274 0.51207 0.636 0.336 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR1408032 2 0.1542 0.71969 0.004 0.936 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR1432913 2 0.7263 -0.45857 0.008 0.356 0.352 0.224 0.052 0.008
#> SRR1360502 2 0.6153 0.40498 0.172 0.616 0.056 0.008 0.144 0.004
#> SRR1391901 2 0.3525 0.65939 0.008 0.816 0.136 0.016 0.024 0.000
#> SRR1311131 1 0.4050 0.70009 0.780 0.156 0.004 0.020 0.036 0.004
#> SRR1380636 1 0.4029 0.59402 0.776 0.056 0.008 0.008 0.152 0.000
#> SRR1332339 1 0.6482 0.22320 0.476 0.380 0.032 0.024 0.080 0.008
#> SRR1341563 2 0.1655 0.72646 0.008 0.932 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR1359410 2 0.3448 0.62082 0.008 0.788 0.188 0.000 0.008 0.008
#> SRR1473040 3 0.3519 0.67843 0.008 0.232 0.752 0.000 0.008 0.000
#> SRR1321444 1 0.2889 0.73765 0.848 0.108 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1498765 2 0.1204 0.71560 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.2653 0.67084 0.000 0.844 0.144 0.000 0.012 0.000
#> SRR615503 2 0.7102 0.04194 0.148 0.436 0.032 0.340 0.040 0.004
#> SRR1453192 1 0.2384 0.65700 0.884 0.032 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1433107 2 0.2326 0.70755 0.008 0.888 0.092 0.000 0.012 0.000
#> SRR1075384 1 0.2585 0.71971 0.880 0.068 0.004 0.000 0.048 0.000
#> SRR1356683 1 0.2660 0.68038 0.868 0.048 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR659049 1 0.3547 0.16270 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR1368240 1 0.2740 0.71008 0.864 0.076 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1341739 1 0.3622 0.65100 0.744 0.236 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR613249 3 0.5561 0.64538 0.012 0.304 0.592 0.012 0.076 0.004
#> SRR663428 2 0.2108 0.72074 0.012 0.916 0.008 0.056 0.004 0.004
#> SRR1341302 2 0.2504 0.69818 0.004 0.876 0.104 0.000 0.012 0.004
#> SRR1073553 2 0.1542 0.72742 0.004 0.936 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR1354093 3 0.4746 0.61578 0.000 0.180 0.716 0.000 0.068 0.036
#> SRR1406521 3 0.5988 0.41505 0.004 0.412 0.468 0.000 0.060 0.056
#> SRR1432049 1 0.4195 0.61053 0.704 0.256 0.024 0.000 0.016 0.000
#> SRR1453504 1 0.4669 0.45918 0.608 0.352 0.020 0.000 0.016 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.954 0.940 0.970 0.4770 0.520 0.520
#> 3 3 0.807 0.874 0.932 0.3111 0.821 0.666
#> 4 4 0.719 0.776 0.871 0.1058 0.949 0.867
#> 5 5 0.673 0.645 0.808 0.0795 0.921 0.769
#> 6 6 0.669 0.579 0.770 0.0540 0.925 0.737
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1359328 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1075825 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1466198 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.8207 0.673 0.744 0.256
#> SRR1312802 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1076559 1 0.4298 0.902 0.912 0.088
#> SRR1370085 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1460363 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1480221 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1459631 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1471011 2 0.9044 0.521 0.320 0.680
#> SRR1330284 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1091184 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR658164 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR814996 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1419985 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1403526 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1413916 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1405078 2 0.7453 0.746 0.212 0.788
#> SRR1437226 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1096806 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.9922 0.222 0.552 0.448
#> SRR615754 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0376 0.974 0.004 0.996
#> SRR1380829 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1455761 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1465189 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1376895 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1445002 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1469258 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1480200 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1418323 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR657540 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR821096 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1344205 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1399950 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1336048 1 0.8909 0.578 0.692 0.308
#> SRR1368896 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1379403 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1096478 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1459845 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1348138 2 0.9881 0.202 0.436 0.564
#> SRR811423 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR615683 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1074550 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR817539 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1410801 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1347190 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1355126 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR615165 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1466046 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1097055 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR655325 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR810177 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR664072 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR612923 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1347726 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1500360 1 0.9552 0.430 0.624 0.376
#> SRR1468360 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1404084 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR615994 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1475718 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1311308 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.9491 0.452 0.632 0.368
#> SRR1095334 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1442549 2 0.9710 0.311 0.400 0.600
#> SRR1466421 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.0376 0.974 0.004 0.996
#> SRR1335005 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1401793 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1408615 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1070597 2 0.9044 0.522 0.320 0.680
#> SRR1332381 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1457015 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1386797 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1310455 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1453639 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> SRR661782 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR613867 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1479412 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1331620 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1082809 1 0.9552 0.427 0.624 0.376
#> SRR1417178 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1335278 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR665369 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR812412 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1096500 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR615153 1 0.8861 0.560 0.696 0.304
#> SRR1434417 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1070159 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1402491 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1476595 2 0.7376 0.724 0.208 0.792
#> SRR1320987 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1086417 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1454095 1 0.1633 0.964 0.976 0.024
#> SRR614791 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR821255 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR820402 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.9833 0.296 0.576 0.424
#> SRR1333083 2 0.6887 0.765 0.184 0.816
#> SRR1384883 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1481106 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1446673 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1322864 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1443332 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1447019 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR662942 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR613102 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1469880 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1464977 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR615850 2 0.9580 0.412 0.380 0.620
#> SRR661949 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1441655 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR613771 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1488918 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR663209 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1364914 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1414117 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1433623 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR656385 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR811213 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR612203 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0376 0.974 0.004 0.996
#> SRR613831 2 0.0672 0.971 0.008 0.992
#> SRR1354180 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1475501 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1336930 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR613030 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1381459 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1402350 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1419408 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR655911 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1418243 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1322573 2 0.6887 0.767 0.184 0.816
#> SRR613615 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1355284 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1319395 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR818939 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1465266 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR614888 1 0.4161 0.887 0.916 0.084
#> SRR1431694 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR614347 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1334228 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR815422 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1359005 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1391660 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1441956 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR662930 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR615790 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR614827 2 0.0376 0.974 0.004 0.996
#> SRR614587 2 0.0376 0.974 0.004 0.996
#> SRR814052 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1481440 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1339296 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1416911 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1410427 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1401185 2 0.0938 0.967 0.012 0.988
#> SRR654993 2 0.0376 0.974 0.004 0.996
#> SRR656397 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR809643 2 0.1843 0.952 0.028 0.972
#> SRR1433819 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1375225 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1367739 2 0.9286 0.464 0.344 0.656
#> SRR1323336 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR663224 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1442840 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1374058 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR656994 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1469214 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1471879 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR612911 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1395720 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR656770 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR661421 2 0.0672 0.971 0.008 0.992
#> SRR1410286 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1467035 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1360607 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.7815 0.712 0.768 0.232
#> SRR1080093 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1345369 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0672 0.971 0.008 0.992
#> SRR1354423 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1072724 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1418450 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1327548 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR659367 1 0.9933 0.170 0.548 0.452
#> SRR818961 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR813704 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR613054 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1407988 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1479740 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1332095 2 0.2948 0.928 0.052 0.948
#> SRR1444786 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR662414 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR615671 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1350196 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1408032 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1360502 2 0.8861 0.555 0.304 0.696
#> SRR1391901 2 0.0376 0.974 0.004 0.996
#> SRR1311131 1 0.0938 0.967 0.988 0.012
#> SRR1380636 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1332339 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1341563 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1498765 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.9000 0.553 0.316 0.684
#> SRR1453192 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1433107 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1356683 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR659049 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1368240 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1341739 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR613249 2 0.6438 0.814 0.164 0.836
#> SRR663428 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> SRR1453504 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.5291 0.6235 0.000 0.732 0.268
#> SRR1359328 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR821124 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.3155 0.9038 0.916 0.040 0.044
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1384073 2 0.3267 0.8715 0.044 0.912 0.044
#> SRR1312802 1 0.1964 0.9291 0.944 0.000 0.056
#> SRR1076559 1 0.7262 0.4445 0.624 0.332 0.044
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.1289 0.9422 0.968 0.000 0.032
#> SRR1459631 2 0.4399 0.7243 0.000 0.812 0.188
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.4002 0.8770 0.000 0.160 0.840
#> SRR613687 2 0.3340 0.8354 0.000 0.880 0.120
#> SRR1471011 3 0.4737 0.8382 0.064 0.084 0.852
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.5785 0.4025 0.000 0.668 0.332
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0892 0.9440 0.980 0.000 0.020
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.3941 0.8770 0.000 0.156 0.844
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.1289 0.9422 0.968 0.000 0.032
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.4121 0.8735 0.000 0.168 0.832
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.1031 0.8430 0.000 0.024 0.976
#> SRR1437226 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326078 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1096806 3 0.4178 0.8702 0.000 0.172 0.828
#> SRR1440919 2 0.0237 0.9454 0.000 0.996 0.004
#> SRR1452824 3 0.4316 0.8117 0.088 0.044 0.868
#> SRR615754 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.1643 0.8555 0.000 0.044 0.956
#> SRR1455761 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1465189 1 0.1529 0.9205 0.960 0.000 0.040
#> SRR1376895 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0237 0.9455 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR657540 3 0.1643 0.8555 0.000 0.044 0.956
#> SRR821096 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.3412 0.8318 0.000 0.876 0.124
#> SRR1344205 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR612479 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.5291 0.6867 0.732 0.000 0.268
#> SRR1336048 3 0.3769 0.7861 0.104 0.016 0.880
#> SRR1368896 1 0.0747 0.9446 0.984 0.000 0.016
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.1411 0.9413 0.964 0.000 0.036
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.4930 0.8107 0.120 0.044 0.836
#> SRR811423 1 0.0237 0.9455 0.996 0.000 0.004
#> SRR615683 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 1 0.4555 0.7344 0.800 0.000 0.200
#> SRR1074550 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1355126 2 0.0424 0.9431 0.000 0.992 0.008
#> SRR615165 3 0.2448 0.8684 0.000 0.076 0.924
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.1529 0.9182 0.000 0.960 0.040
#> SRR655325 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.3816 0.8785 0.000 0.148 0.852
#> SRR1417224 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR661687 2 0.4121 0.7572 0.000 0.832 0.168
#> SRR1431804 1 0.3500 0.8431 0.880 0.004 0.116
#> SRR664072 3 0.1643 0.8555 0.000 0.044 0.956
#> SRR612923 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1500360 2 0.2663 0.8931 0.024 0.932 0.044
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 2 0.3921 0.8354 0.080 0.884 0.036
#> SRR615994 3 0.1643 0.8555 0.000 0.044 0.956
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.4002 0.8770 0.000 0.160 0.840
#> SRR655519 2 0.2711 0.8703 0.000 0.912 0.088
#> SRR1311308 3 0.6307 0.2411 0.000 0.488 0.512
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 1 0.6291 0.2353 0.532 0.000 0.468
#> SRR1362621 2 0.6299 -0.1289 0.000 0.524 0.476
#> SRR1451718 1 0.7674 0.0726 0.484 0.472 0.044
#> SRR1095334 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.1878 0.9114 0.004 0.952 0.044
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.0237 0.9454 0.000 0.996 0.004
#> SRR1341809 2 0.0747 0.9376 0.000 0.984 0.016
#> SRR614623 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.0237 0.9454 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.1529 0.9400 0.960 0.000 0.040
#> SRR1408615 3 0.3941 0.8770 0.000 0.156 0.844
#> SRR1070597 2 0.2918 0.8844 0.032 0.924 0.044
#> SRR1332381 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.1163 0.9284 0.000 0.972 0.028
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR820350 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 3 0.5948 0.4964 0.000 0.360 0.640
#> SRR1310455 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1453639 2 0.1643 0.9147 0.000 0.956 0.044
#> SRR662617 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.5852 0.7125 0.776 0.180 0.044
#> SRR661782 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.3340 0.8354 0.000 0.880 0.120
#> SRR1479412 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1331620 1 0.1289 0.9422 0.968 0.000 0.032
#> SRR1082809 1 0.7250 0.3139 0.572 0.032 0.396
#> SRR1417178 1 0.0237 0.9455 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.4002 0.7981 0.840 0.000 0.160
#> SRR812412 1 0.1289 0.9422 0.968 0.000 0.032
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0592 0.9404 0.000 0.988 0.012
#> SRR615153 3 0.7049 -0.0141 0.452 0.020 0.528
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.1453 0.9258 0.008 0.968 0.024
#> SRR1320987 2 0.0237 0.9456 0.000 0.996 0.004
#> SRR1086417 2 0.1031 0.9312 0.000 0.976 0.024
#> SRR1454095 2 0.6007 0.6475 0.192 0.764 0.044
#> SRR614791 3 0.5948 0.4964 0.000 0.360 0.640
#> SRR821255 2 0.1643 0.9147 0.000 0.956 0.044
#> SRR820402 2 0.2356 0.8834 0.000 0.928 0.072
#> SRR1337284 2 0.3481 0.8625 0.052 0.904 0.044
#> SRR1333083 3 0.4749 0.8714 0.040 0.116 0.844
#> SRR1384883 2 0.1529 0.9154 0.000 0.960 0.040
#> SRR614431 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1384941 1 0.1529 0.9401 0.960 0.000 0.040
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.6111 0.2554 0.396 0.000 0.604
#> SRR1443332 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR662486 2 0.4605 0.7245 0.000 0.796 0.204
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.2537 0.8696 0.000 0.080 0.920
#> SRR1469880 1 0.1289 0.9422 0.968 0.000 0.032
#> SRR1464977 1 0.6585 0.6073 0.712 0.244 0.044
#> SRR615850 3 0.0892 0.8403 0.000 0.020 0.980
#> SRR661949 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 2 0.6111 0.1954 0.000 0.604 0.396
#> SRR1441655 2 0.1643 0.9147 0.000 0.956 0.044
#> SRR613771 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.1031 0.9312 0.000 0.976 0.024
#> SRR663209 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.1163 0.9430 0.972 0.000 0.028
#> SRR1414117 3 0.4504 0.8463 0.000 0.196 0.804
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 3 0.6079 0.4312 0.000 0.388 0.612
#> SRR811213 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.1643 0.8555 0.000 0.044 0.956
#> SRR612203 1 0.5621 0.5902 0.692 0.000 0.308
#> SRR613987 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR613831 3 0.3686 0.8785 0.000 0.140 0.860
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR613030 3 0.1643 0.8555 0.000 0.044 0.956
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402350 3 0.4121 0.8508 0.000 0.168 0.832
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.1643 0.8555 0.000 0.044 0.956
#> SRR1418243 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1322573 2 0.3155 0.8762 0.040 0.916 0.044
#> SRR613615 3 0.1643 0.8555 0.000 0.044 0.956
#> SRR1355284 1 0.1289 0.9422 0.968 0.000 0.032
#> SRR1319395 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR818939 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.6295 0.2995 0.528 0.000 0.472
#> SRR1431694 1 0.1529 0.9400 0.960 0.000 0.040
#> SRR614347 2 0.5650 0.5445 0.000 0.688 0.312
#> SRR1334228 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 1 0.4504 0.7402 0.804 0.000 0.196
#> SRR815422 2 0.2165 0.8917 0.000 0.936 0.064
#> SRR1360828 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1391660 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1441956 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR662930 3 0.6045 0.4496 0.000 0.380 0.620
#> SRR615790 3 0.3192 0.8762 0.000 0.112 0.888
#> SRR614827 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR614587 2 0.3941 0.7758 0.000 0.844 0.156
#> SRR814052 2 0.0592 0.9404 0.000 0.988 0.012
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1343239 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432802 2 0.0592 0.9404 0.000 0.988 0.012
#> SRR1416911 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1410427 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1401185 2 0.1643 0.9147 0.000 0.956 0.044
#> SRR654993 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.2414 0.8525 0.020 0.040 0.940
#> SRR1433819 1 0.0892 0.9440 0.980 0.000 0.020
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.4925 0.8449 0.080 0.076 0.844
#> SRR1323336 2 0.1643 0.9147 0.000 0.956 0.044
#> SRR663224 3 0.6274 0.3258 0.000 0.456 0.544
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.1529 0.9400 0.960 0.000 0.040
#> SRR1471879 2 0.0592 0.9404 0.000 0.988 0.012
#> SRR612911 3 0.2537 0.8696 0.000 0.080 0.920
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR812080 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1479328 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR661421 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0747 0.9376 0.000 0.984 0.016
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.2772 0.8065 0.080 0.004 0.916
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0237 0.9455 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345369 2 0.6274 -0.0641 0.000 0.544 0.456
#> SRR612178 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.1411 0.9410 0.964 0.000 0.036
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.4068 0.8787 0.016 0.120 0.864
#> SRR1437412 2 0.4087 0.8380 0.068 0.880 0.052
#> SRR1327548 2 0.0424 0.9426 0.000 0.992 0.008
#> SRR1395891 1 0.1289 0.9422 0.968 0.000 0.032
#> SRR659367 1 0.6521 0.2002 0.500 0.004 0.496
#> SRR818961 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.1289 0.9419 0.968 0.000 0.032
#> SRR1332095 2 0.1643 0.9147 0.000 0.956 0.044
#> SRR1444786 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0592 0.9404 0.000 0.988 0.012
#> SRR661216 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.3340 0.8354 0.000 0.880 0.120
#> SRR615671 2 0.6192 0.2357 0.000 0.580 0.420
#> SRR1350196 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1466580 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 2 0.6267 0.1208 0.000 0.548 0.452
#> SRR1360502 3 0.4399 0.8145 0.092 0.044 0.864
#> SRR1391901 2 0.0237 0.9454 0.000 0.996 0.004
#> SRR1311131 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1380636 1 0.1163 0.9429 0.972 0.000 0.028
#> SRR1332339 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.4178 0.7494 0.000 0.828 0.172
#> SRR1473040 3 0.3941 0.8770 0.000 0.156 0.844
#> SRR1321444 1 0.0592 0.9449 0.988 0.000 0.012
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.0237 0.9454 0.000 0.996 0.004
#> SRR615503 2 0.4062 0.8010 0.000 0.836 0.164
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.3038 0.8464 0.000 0.896 0.104
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9459 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.1643 0.9389 0.956 0.000 0.044
#> SRR613249 3 0.1411 0.8513 0.000 0.036 0.964
#> SRR663428 2 0.0237 0.9456 0.000 0.996 0.004
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.4062 0.8766 0.000 0.164 0.836
#> SRR1406521 2 0.0237 0.9454 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432049 1 0.1878 0.9367 0.952 0.004 0.044
#> SRR1453504 2 0.3155 0.8754 0.040 0.916 0.044
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 4 0.5321 0.5383 0.000 0.296 0.032 0.672
#> SRR1359328 3 0.3674 0.7671 0.000 0.036 0.848 0.116
#> SRR821124 2 0.0921 0.8912 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1335188 1 0.4998 0.7744 0.784 0.044 0.020 0.152
#> SRR1075825 2 0.0707 0.8931 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1321921 1 0.0000 0.8703 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.1545 0.8469 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR1384073 2 0.7199 0.4645 0.144 0.616 0.024 0.216
#> SRR1312802 1 0.7677 0.3771 0.460 0.000 0.268 0.272
#> SRR1076559 1 0.8124 0.2763 0.476 0.256 0.020 0.248
#> SRR1370085 1 0.1854 0.8610 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR1460363 1 0.2021 0.8586 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR1480221 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.5321 0.7312 0.672 0.000 0.032 0.296
#> SRR1459631 2 0.3323 0.8297 0.000 0.876 0.064 0.060
#> SRR1448098 2 0.0592 0.8937 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1321401 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808086 3 0.1510 0.8512 0.000 0.028 0.956 0.016
#> SRR613687 2 0.4994 -0.1691 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1471011 3 0.5936 0.5259 0.080 0.004 0.684 0.232
#> SRR1330284 2 0.1004 0.8911 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1320624 2 0.1637 0.8764 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1459519 1 0.0000 0.8703 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.3935 0.7930 0.000 0.840 0.100 0.060
#> SRR1390561 1 0.1938 0.8599 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR658164 1 0.3047 0.8568 0.872 0.000 0.012 0.116
#> SRR1087079 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814996 3 0.1837 0.8454 0.000 0.028 0.944 0.028
#> SRR1407410 2 0.2888 0.8275 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1453392 2 0.0707 0.8930 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1445873 1 0.2300 0.8606 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1419985 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820938 3 0.3081 0.7990 0.000 0.064 0.888 0.048
#> SRR1476844 1 0.1256 0.8663 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1403526 1 0.0000 0.8703 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.1824 0.8745 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1441051 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0188 0.8938 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1092062 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0469 0.8941 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1376356 2 0.2048 0.8650 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1405078 3 0.3400 0.6459 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1437226 2 0.1867 0.8679 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1326078 1 0.2376 0.8593 0.916 0.000 0.016 0.068
#> SRR1096806 3 0.3308 0.8058 0.000 0.036 0.872 0.092
#> SRR1440919 2 0.2222 0.8681 0.000 0.924 0.016 0.060
#> SRR1452824 3 0.4364 0.6376 0.016 0.000 0.764 0.220
#> SRR615754 1 0.3161 0.8322 0.864 0.000 0.012 0.124
#> SRR1341787 2 0.6514 0.4738 0.000 0.636 0.212 0.152
#> SRR614551 2 0.0707 0.8930 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1380829 4 0.4382 0.5171 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1455761 1 0.2300 0.8606 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1465189 1 0.6964 0.4944 0.584 0.000 0.228 0.188
#> SRR1376895 1 0.2300 0.8606 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1445002 1 0.1938 0.8602 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1469258 2 0.0469 0.8949 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1409239 1 0.0524 0.8710 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1480200 1 0.0592 0.8694 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1418323 1 0.2706 0.8534 0.900 0.000 0.020 0.080
#> SRR657540 4 0.4817 0.4342 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR821096 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613591 4 0.5143 0.2874 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1344205 3 0.1209 0.8533 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR612479 1 0.2021 0.8606 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR1399950 1 0.7307 0.4392 0.524 0.000 0.284 0.192
#> SRR1336048 3 0.3324 0.7395 0.012 0.000 0.852 0.136
#> SRR1368896 1 0.0672 0.8705 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1379403 2 0.1824 0.8745 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1312464 1 0.2142 0.8624 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR1096478 1 0.2805 0.8437 0.888 0.000 0.012 0.100
#> SRR1459845 1 0.0000 0.8703 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.1598 0.8252 0.020 0.004 0.956 0.020
#> SRR811423 1 0.4163 0.7918 0.792 0.000 0.020 0.188
#> SRR615683 1 0.1938 0.8599 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1380336 2 0.0779 0.8936 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR817609 1 0.7241 0.4204 0.540 0.000 0.264 0.196
#> SRR1074550 3 0.2578 0.8296 0.000 0.036 0.912 0.052
#> SRR1499236 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656083 1 0.1722 0.8623 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR817539 1 0.4204 0.7820 0.788 0.000 0.020 0.192
#> SRR1410801 1 0.3271 0.8276 0.856 0.000 0.012 0.132
#> SRR1347190 1 0.4642 0.7682 0.740 0.000 0.020 0.240
#> SRR1355126 2 0.1824 0.8709 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR615165 3 0.1411 0.8455 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR1466046 1 0.0707 0.8692 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1097055 2 0.0469 0.8941 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1312370 2 0.2867 0.8383 0.000 0.884 0.012 0.104
#> SRR655325 1 0.0000 0.8703 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815685 2 0.1004 0.8911 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR817026 3 0.3404 0.8016 0.000 0.032 0.864 0.104
#> SRR1417224 2 0.1637 0.8708 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR661687 2 0.3245 0.8343 0.000 0.880 0.056 0.064
#> SRR1431804 1 0.7593 0.4047 0.476 0.000 0.236 0.288
#> SRR664072 3 0.1211 0.8231 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR612923 2 0.0592 0.8937 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1315890 1 0.0469 0.8698 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1347726 1 0.5062 0.7414 0.748 0.016 0.024 0.212
#> SRR1500360 2 0.6703 0.5351 0.148 0.672 0.024 0.156
#> SRR1468360 2 0.2888 0.8275 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1404084 2 0.5876 0.6201 0.044 0.692 0.020 0.244
#> SRR615994 4 0.4985 0.3278 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1475718 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.1109 0.8528 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR655519 2 0.4477 0.5051 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1311308 3 0.5883 0.3237 0.000 0.300 0.640 0.060
#> SRR1368006 2 0.0592 0.8940 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR613651 4 0.5700 0.5167 0.164 0.000 0.120 0.716
#> SRR1362621 3 0.6773 0.1844 0.000 0.348 0.544 0.108
#> SRR1451718 1 0.9505 0.0119 0.340 0.108 0.280 0.272
#> SRR1095334 3 0.1022 0.8532 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1079636 2 0.1824 0.8745 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1442549 2 0.4715 0.7285 0.012 0.776 0.024 0.188
#> SRR1466421 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817397 2 0.2048 0.8706 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1341809 2 0.0592 0.8911 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR614623 2 0.0817 0.8921 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1335005 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.2101 0.8703 0.000 0.928 0.012 0.060
#> SRR1404483 2 0.1637 0.8764 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1096222 1 0.1302 0.8659 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1401793 1 0.3108 0.8475 0.872 0.000 0.016 0.112
#> SRR1408615 3 0.1629 0.8467 0.000 0.024 0.952 0.024
#> SRR1070597 2 0.5057 0.7186 0.028 0.768 0.024 0.180
#> SRR1332381 1 0.5583 0.6814 0.648 0.008 0.024 0.320
#> SRR1457015 1 0.0188 0.8706 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1386797 2 0.3755 0.7891 0.008 0.836 0.012 0.144
#> SRR1098385 2 0.0188 0.8945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363947 3 0.1118 0.8519 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.5751 0.6219 0.000 0.124 0.164 0.712
#> SRR1310455 1 0.3392 0.8309 0.856 0.000 0.020 0.124
#> SRR1453639 2 0.4267 0.7434 0.000 0.788 0.024 0.188
#> SRR662617 2 0.0336 0.8944 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR654778 1 0.6648 0.6021 0.672 0.152 0.020 0.156
#> SRR661782 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.3852 0.7940 0.808 0.000 0.012 0.180
#> SRR613867 2 0.5168 -0.2122 0.000 0.500 0.004 0.496
#> SRR1479412 1 0.3606 0.8210 0.840 0.000 0.020 0.140
#> SRR1331620 1 0.4361 0.7995 0.772 0.000 0.020 0.208
#> SRR1082809 1 0.7780 0.1424 0.420 0.004 0.372 0.204
#> SRR1417178 1 0.4253 0.7881 0.776 0.000 0.016 0.208
#> SRR1335278 1 0.1004 0.8679 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR665369 2 0.0592 0.8937 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR657552 1 0.7680 0.2959 0.444 0.000 0.232 0.324
#> SRR812412 1 0.2222 0.8616 0.924 0.000 0.016 0.060
#> SRR1096500 2 0.2888 0.8275 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1347750 2 0.0188 0.8939 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615153 4 0.4995 0.5803 0.068 0.016 0.124 0.792
#> SRR1434417 1 0.3217 0.8264 0.860 0.000 0.012 0.128
#> SRR1070159 3 0.2984 0.8258 0.000 0.028 0.888 0.084
#> SRR1332508 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.2976 0.8250 0.000 0.872 0.008 0.120
#> SRR1402491 1 0.0817 0.8684 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1476595 2 0.2665 0.8465 0.004 0.900 0.008 0.088
#> SRR1320987 2 0.0336 0.8944 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1086417 2 0.3956 0.7923 0.020 0.836 0.012 0.132
#> SRR1454095 2 0.7067 0.4455 0.196 0.628 0.020 0.156
#> SRR614791 4 0.5396 0.6233 0.000 0.104 0.156 0.740
#> SRR821255 2 0.4359 0.7462 0.008 0.796 0.020 0.176
#> SRR820402 2 0.3743 0.7803 0.000 0.824 0.016 0.160
#> SRR1337284 2 0.6848 0.5255 0.116 0.648 0.024 0.212
#> SRR1333083 3 0.1109 0.8528 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1384883 2 0.2222 0.8678 0.000 0.924 0.016 0.060
#> SRR614431 1 0.0707 0.8689 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1481106 2 0.0592 0.8940 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1370285 1 0.1151 0.8671 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1446673 3 0.1356 0.8526 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1318046 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.1209 0.8533 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1384941 1 0.2021 0.8633 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR1322864 2 0.0188 0.8945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476825 3 0.6534 0.4252 0.132 0.000 0.624 0.244
#> SRR1443332 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662486 2 0.5400 0.2586 0.000 0.608 0.020 0.372
#> SRR1447019 1 0.3479 0.8161 0.840 0.000 0.012 0.148
#> SRR662942 1 0.0895 0.8685 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR613102 3 0.1388 0.8512 0.000 0.028 0.960 0.012
#> SRR1469880 1 0.2300 0.8606 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1464977 1 0.7038 0.5609 0.632 0.132 0.024 0.212
#> SRR615850 3 0.4866 0.0352 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR661949 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322227 2 0.6305 0.1298 0.000 0.516 0.424 0.060
#> SRR1441655 2 0.5275 0.6719 0.020 0.732 0.024 0.224
#> SRR613771 2 0.2888 0.8275 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1479471 1 0.1938 0.8599 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1488918 2 0.0592 0.8937 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1414040 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.1909 0.8687 0.004 0.940 0.008 0.048
#> SRR663209 1 0.0707 0.8689 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1364914 2 0.0592 0.8937 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1408267 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.1584 0.8675 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1414117 3 0.4244 0.7335 0.000 0.032 0.800 0.168
#> SRR1395975 2 0.2654 0.8394 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1402219 2 0.1557 0.8724 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1433623 1 0.0921 0.8680 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR656385 4 0.5816 0.6275 0.000 0.144 0.148 0.708
#> SRR811213 2 0.2334 0.8611 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR663657 4 0.4500 0.5034 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR612203 4 0.5123 0.4636 0.232 0.000 0.044 0.724
#> SRR613987 2 0.2546 0.8509 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR613831 3 0.1356 0.8526 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1354180 2 0.0592 0.8937 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1382912 1 0.1938 0.8599 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1475501 1 0.1938 0.8599 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1336930 1 0.3606 0.8240 0.840 0.000 0.020 0.140
#> SRR613030 4 0.4898 0.3899 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1381459 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402350 3 0.4745 0.6392 0.000 0.036 0.756 0.208
#> SRR1419408 1 0.1938 0.8599 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR655911 4 0.5256 0.4362 0.000 0.012 0.392 0.596
#> SRR1418243 1 0.2300 0.8606 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1322573 2 0.6296 0.5967 0.112 0.700 0.020 0.168
#> SRR613615 4 0.4994 0.3008 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1355284 1 0.3836 0.8325 0.816 0.000 0.016 0.168
#> SRR1319395 1 0.2563 0.8564 0.908 0.000 0.020 0.072
#> SRR818939 1 0.1854 0.8610 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR1465266 1 0.3479 0.8238 0.840 0.000 0.012 0.148
#> SRR614888 4 0.5113 0.5124 0.152 0.000 0.088 0.760
#> SRR1431694 1 0.4232 0.7914 0.804 0.004 0.024 0.168
#> SRR614347 4 0.6041 0.5357 0.000 0.332 0.060 0.608
#> SRR1334228 3 0.1209 0.8533 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1096007 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656349 1 0.7231 0.4160 0.540 0.000 0.268 0.192
#> SRR815422 2 0.2443 0.8630 0.000 0.916 0.024 0.060
#> SRR1360828 1 0.2843 0.8509 0.892 0.000 0.020 0.088
#> SRR1359005 2 0.1824 0.8745 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1456652 1 0.2775 0.8520 0.896 0.000 0.020 0.084
#> SRR1391660 1 0.2635 0.8549 0.904 0.000 0.020 0.076
#> SRR1441956 1 0.2635 0.8554 0.904 0.000 0.020 0.076
#> SRR662930 4 0.6675 0.5923 0.000 0.228 0.156 0.616
#> SRR615790 3 0.2313 0.8383 0.000 0.032 0.924 0.044
#> SRR614827 2 0.1557 0.8751 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR614587 2 0.3168 0.8373 0.000 0.884 0.056 0.060
#> SRR814052 2 0.2530 0.8400 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1070086 1 0.0000 0.8703 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.3895 0.7907 0.804 0.000 0.012 0.184
#> SRR1339296 3 0.1209 0.8533 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1343239 2 0.0336 0.8945 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1432802 2 0.2888 0.8275 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1416911 1 0.2222 0.8616 0.924 0.000 0.016 0.060
#> SRR1410427 1 0.5169 0.7367 0.744 0.020 0.024 0.212
#> SRR1401185 2 0.4260 0.7483 0.004 0.796 0.020 0.180
#> SRR654993 2 0.0817 0.8921 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR656397 1 0.0000 0.8703 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 4 0.4699 0.5033 0.004 0.000 0.320 0.676
#> SRR1433819 1 0.3695 0.8377 0.828 0.000 0.016 0.156
#> SRR1375225 2 0.0592 0.8937 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1367739 3 0.1109 0.8252 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1323336 2 0.6821 0.5496 0.032 0.668 0.128 0.172
#> SRR663224 2 0.5454 0.6430 0.000 0.732 0.172 0.096
#> SRR1442840 1 0.1938 0.8599 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1374058 1 0.0000 0.8703 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.2300 0.8606 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1469214 2 0.0524 0.8948 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1456446 1 0.2796 0.8512 0.892 0.000 0.016 0.092
#> SRR1471879 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612911 3 0.1356 0.8526 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1395720 2 0.0817 0.8921 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1413055 1 0.3852 0.7940 0.808 0.000 0.012 0.180
#> SRR656770 2 0.2266 0.8553 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR812080 3 0.2660 0.8264 0.000 0.036 0.908 0.056
#> SRR1479328 1 0.4576 0.7755 0.748 0.000 0.020 0.232
#> SRR661421 2 0.1867 0.8641 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1410286 2 0.0592 0.8937 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1487150 1 0.2300 0.8606 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1467035 1 0.1938 0.8599 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1360607 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.1792 0.8658 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1088706 2 0.0895 0.8924 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1320053 3 0.2578 0.8296 0.000 0.036 0.912 0.052
#> SRR1350392 2 0.0592 0.8937 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1385190 3 0.1716 0.8060 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1080093 2 0.0188 0.8945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318753 1 0.0524 0.8710 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1345369 3 0.5116 0.6484 0.000 0.108 0.764 0.128
#> SRR612178 2 0.1637 0.8764 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1354423 1 0.1938 0.8599 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1072724 1 0.2329 0.8602 0.916 0.000 0.012 0.072
#> SRR1418450 2 0.1824 0.8745 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1326427 3 0.2586 0.8187 0.008 0.012 0.912 0.068
#> SRR1437412 2 0.8194 0.1035 0.048 0.468 0.132 0.352
#> SRR1327548 2 0.2222 0.8681 0.000 0.924 0.016 0.060
#> SRR1395891 1 0.2222 0.8616 0.924 0.000 0.016 0.060
#> SRR659367 4 0.4601 0.5594 0.072 0.016 0.092 0.820
#> SRR818961 1 0.2473 0.8496 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR813704 1 0.0000 0.8703 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.2329 0.8542 0.916 0.000 0.012 0.072
#> SRR1476467 1 0.2662 0.8538 0.900 0.000 0.016 0.084
#> SRR1407988 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0592 0.8937 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR655578 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.1824 0.8745 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1345628 1 0.2741 0.8441 0.892 0.000 0.012 0.096
#> SRR1479740 1 0.1661 0.8655 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1332095 2 0.6147 0.6175 0.100 0.716 0.024 0.160
#> SRR1444786 2 0.3088 0.8242 0.000 0.864 0.008 0.128
#> SRR1090070 1 0.0469 0.8711 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR662414 2 0.3479 0.8001 0.000 0.840 0.012 0.148
#> SRR661216 2 0.0817 0.8921 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR656313 4 0.5143 0.3459 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR615671 4 0.6422 0.5722 0.000 0.280 0.104 0.616
#> SRR1350196 3 0.1488 0.8524 0.000 0.032 0.956 0.012
#> SRR1466580 1 0.2563 0.8564 0.908 0.000 0.020 0.072
#> SRR1408032 2 0.0188 0.8945 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432913 4 0.6477 0.5771 0.000 0.264 0.116 0.620
#> SRR1360502 3 0.5745 0.5032 0.056 0.000 0.656 0.288
#> SRR1391901 2 0.2048 0.8706 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1311131 1 0.3606 0.8363 0.840 0.000 0.020 0.140
#> SRR1380636 1 0.3166 0.8547 0.868 0.000 0.016 0.116
#> SRR1332339 1 0.4947 0.7461 0.752 0.012 0.024 0.212
#> SRR1341563 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.3810 0.8034 0.000 0.848 0.092 0.060
#> SRR1473040 3 0.1209 0.8533 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1321444 1 0.0817 0.8698 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1498765 2 0.0707 0.8930 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1312622 2 0.1970 0.8723 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR615503 4 0.4664 0.5367 0.004 0.248 0.012 0.736
#> SRR1453192 1 0.1854 0.8610 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR1433107 2 0.3168 0.8385 0.000 0.884 0.056 0.060
#> SRR1075384 1 0.1256 0.8663 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1356683 1 0.1854 0.8610 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR659049 1 0.3047 0.8367 0.872 0.000 0.012 0.116
#> SRR1368240 1 0.1489 0.8653 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1341739 1 0.2376 0.8593 0.916 0.000 0.016 0.068
#> SRR613249 3 0.1118 0.8245 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR663428 2 0.0188 0.8938 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341302 2 0.1004 0.8911 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1073553 2 0.0000 0.8945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.1356 0.8515 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1406521 2 0.1970 0.8723 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1432049 1 0.3630 0.8272 0.848 0.004 0.020 0.128
#> SRR1453504 2 0.5239 0.7047 0.064 0.776 0.020 0.140
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 4 0.5604 0.58385 0.000 0.084 0.012 0.636 0.268
#> SRR1359328 3 0.3527 0.69035 0.000 0.000 0.804 0.024 0.172
#> SRR821124 2 0.1579 0.84216 0.000 0.944 0.000 0.032 0.024
#> SRR1335188 5 0.6068 0.18450 0.440 0.092 0.000 0.008 0.460
#> SRR1075825 2 0.0865 0.84709 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1321921 1 0.0609 0.73025 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1466198 3 0.2060 0.80800 0.000 0.008 0.924 0.016 0.052
#> SRR1384073 5 0.6160 0.46809 0.124 0.240 0.000 0.024 0.612
#> SRR1312802 5 0.6971 0.23281 0.196 0.000 0.148 0.080 0.576
#> SRR1076559 5 0.5890 0.40926 0.272 0.072 0.000 0.032 0.624
#> SRR1370085 1 0.2540 0.70114 0.888 0.000 0.000 0.024 0.088
#> SRR1460363 1 0.2795 0.69325 0.872 0.000 0.000 0.028 0.100
#> SRR1480221 2 0.1628 0.84205 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR1476165 5 0.5469 0.24845 0.224 0.000 0.020 0.080 0.676
#> SRR1459631 2 0.4419 0.75844 0.000 0.800 0.040 0.084 0.076
#> SRR1448098 2 0.0000 0.85039 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0880 0.84939 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR807613 2 0.1331 0.84740 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR808086 3 0.1282 0.82064 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR613687 4 0.4709 0.47862 0.000 0.364 0.000 0.612 0.024
#> SRR1471011 3 0.5781 0.17315 0.028 0.000 0.476 0.036 0.460
#> SRR1330284 2 0.1502 0.83781 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1320624 2 0.3120 0.80281 0.000 0.864 0.004 0.084 0.048
#> SRR1459519 1 0.0609 0.73025 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1091184 2 0.4492 0.75570 0.000 0.796 0.044 0.084 0.076
#> SRR1390561 1 0.2628 0.69961 0.884 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR658164 1 0.4693 0.63184 0.700 0.000 0.000 0.056 0.244
#> SRR1087079 2 0.1041 0.84892 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR814996 3 0.0671 0.83009 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1407410 2 0.4442 0.62273 0.000 0.688 0.000 0.028 0.284
#> SRR1453392 2 0.0992 0.84673 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1445873 1 0.3480 0.59406 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1419985 2 0.1628 0.84205 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR820938 3 0.4153 0.73542 0.000 0.064 0.820 0.064 0.052
#> SRR1476844 1 0.0798 0.72841 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1403526 1 0.0609 0.73025 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1413916 2 0.3400 0.79284 0.000 0.848 0.004 0.072 0.076
#> SRR1441051 2 0.1628 0.84205 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR614287 2 0.1628 0.84205 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR1092062 2 0.1357 0.84557 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR612611 2 0.0798 0.84982 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1376356 2 0.3141 0.77588 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1405078 3 0.3914 0.65764 0.000 0.000 0.788 0.164 0.048
#> SRR1437226 2 0.3562 0.74799 0.000 0.788 0.000 0.016 0.196
#> SRR1326078 1 0.3661 0.55824 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1096806 3 0.5212 0.67723 0.000 0.068 0.748 0.088 0.096
#> SRR1440919 2 0.3753 0.78326 0.000 0.832 0.012 0.080 0.076
#> SRR1452824 3 0.4779 0.51967 0.000 0.000 0.628 0.032 0.340
#> SRR615754 1 0.3670 0.66103 0.820 0.000 0.000 0.068 0.112
#> SRR1341787 2 0.6771 0.14742 0.000 0.460 0.140 0.024 0.376
#> SRR614551 2 0.1626 0.84800 0.000 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR1380829 4 0.2770 0.77130 0.000 0.000 0.076 0.880 0.044
#> SRR1455761 1 0.3480 0.59406 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1465189 1 0.7121 0.30082 0.524 0.000 0.096 0.096 0.284
#> SRR1376895 1 0.3480 0.59406 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1445002 1 0.2761 0.69296 0.872 0.000 0.000 0.024 0.104
#> SRR1469258 2 0.1041 0.85010 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1409239 1 0.1544 0.71757 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1480200 1 0.0671 0.73077 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1418323 1 0.3752 0.53608 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR657540 4 0.2516 0.75034 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR821096 2 0.0880 0.84939 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR613591 4 0.5687 0.45863 0.000 0.316 0.000 0.580 0.104
#> SRR1344205 3 0.0324 0.83268 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR612479 1 0.0798 0.72847 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1399950 5 0.7136 0.19725 0.336 0.000 0.132 0.056 0.476
#> SRR1336048 3 0.4024 0.67511 0.000 0.000 0.752 0.028 0.220
#> SRR1368896 1 0.1608 0.71474 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1379403 2 0.3338 0.79481 0.000 0.852 0.004 0.068 0.076
#> SRR1312464 1 0.3366 0.60937 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1096478 1 0.4627 0.57845 0.732 0.000 0.000 0.080 0.188
#> SRR1459845 1 0.0609 0.73025 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1348138 3 0.1117 0.82725 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR811423 1 0.6174 0.36643 0.560 0.000 0.024 0.088 0.328
#> SRR615683 1 0.1018 0.72710 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR1380336 2 0.1430 0.84258 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR817609 1 0.7883 0.13230 0.416 0.000 0.196 0.096 0.292
#> SRR1074550 3 0.4253 0.73091 0.000 0.044 0.812 0.064 0.080
#> SRR1499236 2 0.1484 0.84490 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR656083 1 0.2540 0.70114 0.888 0.000 0.000 0.024 0.088
#> SRR817539 5 0.4815 0.06953 0.456 0.000 0.000 0.020 0.524
#> SRR1410801 1 0.4986 0.53121 0.688 0.000 0.000 0.084 0.228
#> SRR1347190 5 0.5123 0.12725 0.384 0.000 0.000 0.044 0.572
#> SRR1355126 2 0.2136 0.81830 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR615165 3 0.0162 0.83240 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1466046 1 0.0290 0.73050 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1097055 2 0.0566 0.84862 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1312370 2 0.4080 0.66894 0.000 0.728 0.000 0.020 0.252
#> SRR655325 1 0.0609 0.73025 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR810177 2 0.1357 0.84557 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR815685 2 0.1571 0.83619 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR817026 3 0.4386 0.73519 0.000 0.036 0.800 0.096 0.068
#> SRR1417224 2 0.3779 0.72919 0.000 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR661687 2 0.4264 0.76552 0.000 0.808 0.032 0.084 0.076
#> SRR1431804 5 0.6781 0.09906 0.316 0.000 0.072 0.080 0.532
#> SRR664072 3 0.0162 0.83240 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR612923 2 0.1582 0.84600 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR1315890 1 0.0771 0.73052 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1347726 5 0.5005 0.35113 0.340 0.016 0.000 0.020 0.624
#> SRR1500360 5 0.6682 0.47288 0.192 0.328 0.000 0.008 0.472
#> SRR1468360 2 0.4442 0.62273 0.000 0.688 0.000 0.028 0.284
#> SRR1404084 5 0.6719 0.22507 0.068 0.424 0.004 0.052 0.452
#> SRR615994 4 0.3336 0.68908 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR1475718 2 0.0794 0.84990 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1397200 3 0.0451 0.83214 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR655519 2 0.4329 0.50054 0.000 0.672 0.000 0.312 0.016
#> SRR1311308 3 0.6403 0.41201 0.000 0.252 0.604 0.068 0.076
#> SRR1368006 2 0.0671 0.84815 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR613651 4 0.3490 0.73496 0.068 0.000 0.048 0.856 0.028
#> SRR1362621 3 0.7554 0.22395 0.000 0.324 0.448 0.092 0.136
#> SRR1451718 5 0.5516 0.47906 0.116 0.084 0.040 0.020 0.740
#> SRR1095334 3 0.0324 0.83228 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1079636 2 0.3142 0.80036 0.000 0.864 0.004 0.056 0.076
#> SRR1442549 5 0.4942 0.09738 0.000 0.432 0.000 0.028 0.540
#> SRR1466421 2 0.1628 0.84205 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR817397 2 0.3700 0.78337 0.000 0.832 0.008 0.084 0.076
#> SRR1341809 2 0.1697 0.84120 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR614623 2 0.1484 0.84146 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR1335005 2 0.1041 0.84892 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1407065 2 0.4007 0.77508 0.000 0.820 0.020 0.084 0.076
#> SRR1404483 2 0.2536 0.81913 0.000 0.900 0.004 0.052 0.044
#> SRR1096222 1 0.2482 0.70376 0.892 0.000 0.000 0.024 0.084
#> SRR1401793 1 0.4016 0.56713 0.716 0.000 0.000 0.012 0.272
#> SRR1408615 3 0.1168 0.82374 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1070597 5 0.5315 0.12256 0.016 0.432 0.000 0.024 0.528
#> SRR1332381 5 0.3535 0.42425 0.164 0.000 0.000 0.028 0.808
#> SRR1457015 1 0.0609 0.73025 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1386797 2 0.4416 0.43595 0.000 0.632 0.000 0.012 0.356
#> SRR1098385 2 0.0794 0.85013 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1363947 3 0.0324 0.83303 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR820350 2 0.1557 0.84363 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR662055 4 0.2521 0.78759 0.000 0.024 0.068 0.900 0.008
#> SRR1310455 1 0.4182 0.32151 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1453639 5 0.4833 0.17293 0.000 0.412 0.000 0.024 0.564
#> SRR662617 2 0.1331 0.84785 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR654778 1 0.5975 -0.03478 0.496 0.076 0.000 0.012 0.416
#> SRR661782 2 0.1628 0.84205 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR1334396 1 0.5441 0.44769 0.624 0.000 0.000 0.096 0.280
#> SRR613867 4 0.4467 0.50789 0.000 0.344 0.000 0.640 0.016
#> SRR1479412 1 0.4249 0.24231 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1331620 5 0.4972 0.10277 0.336 0.000 0.000 0.044 0.620
#> SRR1082809 5 0.6859 0.37265 0.200 0.012 0.260 0.008 0.520
#> SRR1417178 1 0.5731 0.25121 0.480 0.000 0.000 0.084 0.436
#> SRR1335278 1 0.0162 0.73037 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR665369 2 0.0693 0.84913 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR657552 5 0.7305 0.18445 0.256 0.000 0.132 0.092 0.520
#> SRR812412 1 0.3480 0.59449 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1096500 2 0.4526 0.59775 0.000 0.672 0.000 0.028 0.300
#> SRR1347750 2 0.1357 0.84557 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR615153 4 0.2502 0.78225 0.012 0.008 0.044 0.912 0.024
#> SRR1434417 1 0.4555 0.57870 0.732 0.000 0.000 0.068 0.200
#> SRR1070159 3 0.2580 0.80383 0.000 0.000 0.892 0.064 0.044
#> SRR1332508 2 0.1408 0.84626 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1082059 2 0.3937 0.65764 0.000 0.736 0.004 0.008 0.252
#> SRR1402491 1 0.0162 0.73037 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476595 2 0.3496 0.73083 0.000 0.788 0.000 0.012 0.200
#> SRR1320987 2 0.0703 0.85014 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1086417 2 0.4651 0.55105 0.016 0.680 0.004 0.008 0.292
#> SRR1454095 5 0.6799 0.47983 0.232 0.296 0.000 0.008 0.464
#> SRR614791 4 0.2541 0.78676 0.000 0.020 0.068 0.900 0.012
#> SRR821255 2 0.4798 0.15161 0.000 0.540 0.000 0.020 0.440
#> SRR820402 2 0.4248 0.76066 0.000 0.792 0.008 0.104 0.096
#> SRR1337284 5 0.6027 0.44195 0.092 0.280 0.000 0.024 0.604
#> SRR1333083 3 0.0324 0.83224 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1384883 2 0.4007 0.77508 0.000 0.820 0.020 0.084 0.076
#> SRR614431 1 0.0566 0.73085 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1481106 2 0.0771 0.84740 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1370285 1 0.0162 0.73037 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446673 3 0.0162 0.83240 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1318046 2 0.1251 0.85174 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1341188 3 0.0162 0.83240 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1384941 1 0.3177 0.62906 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1322864 2 0.0880 0.84939 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1476825 5 0.5151 -0.11195 0.000 0.000 0.396 0.044 0.560
#> SRR1443332 2 0.1408 0.84677 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR662486 2 0.6466 0.04306 0.000 0.468 0.008 0.380 0.144
#> SRR1447019 1 0.5167 0.50168 0.664 0.000 0.000 0.088 0.248
#> SRR662942 1 0.0451 0.73083 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR613102 3 0.0162 0.83240 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1469880 1 0.3586 0.57616 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1464977 5 0.6127 0.46198 0.256 0.112 0.000 0.024 0.608
#> SRR615850 3 0.4546 -0.05299 0.000 0.000 0.532 0.460 0.008
#> SRR661949 2 0.1408 0.84645 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1322227 2 0.6711 0.18739 0.000 0.500 0.364 0.068 0.068
#> SRR1441655 5 0.4696 0.30029 0.000 0.360 0.000 0.024 0.616
#> SRR613771 2 0.4442 0.62273 0.000 0.688 0.000 0.028 0.284
#> SRR1479471 1 0.1701 0.72051 0.936 0.000 0.000 0.016 0.048
#> SRR1488918 2 0.0798 0.84865 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1414040 2 0.1282 0.84680 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1079850 2 0.2753 0.78045 0.000 0.856 0.000 0.008 0.136
#> SRR663209 1 0.0290 0.73050 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1364914 2 0.0693 0.84913 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1408267 2 0.0880 0.84939 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1314894 1 0.2966 0.64950 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1414117 3 0.6877 0.54395 0.000 0.080 0.576 0.116 0.228
#> SRR1395975 2 0.4219 0.65465 0.000 0.716 0.000 0.024 0.260
#> SRR1402219 2 0.2674 0.79197 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> SRR1433623 1 0.0290 0.73013 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR656385 4 0.2674 0.78977 0.000 0.032 0.060 0.896 0.012
#> SRR811213 2 0.3577 0.78593 0.000 0.836 0.004 0.084 0.076
#> SRR663657 4 0.2669 0.76816 0.000 0.000 0.104 0.876 0.020
#> SRR612203 4 0.3136 0.70831 0.072 0.000 0.008 0.868 0.052
#> SRR613987 2 0.3456 0.73908 0.000 0.800 0.000 0.016 0.184
#> SRR613831 3 0.0324 0.83183 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1354180 2 0.0162 0.85080 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1382912 1 0.2628 0.69961 0.884 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR1475501 1 0.2628 0.69961 0.884 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR1336930 1 0.4448 0.13100 0.516 0.000 0.000 0.004 0.480
#> SRR613030 4 0.3727 0.67024 0.000 0.000 0.216 0.768 0.016
#> SRR1381459 2 0.1597 0.84546 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR1402350 3 0.4948 0.49896 0.000 0.008 0.612 0.024 0.356
#> SRR1419408 1 0.2769 0.69576 0.876 0.000 0.000 0.032 0.092
#> SRR655911 4 0.2864 0.75213 0.000 0.012 0.136 0.852 0.000
#> SRR1418243 1 0.3480 0.59406 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1322573 5 0.6261 0.37150 0.116 0.396 0.000 0.008 0.480
#> SRR613615 4 0.3895 0.56498 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1355284 5 0.5346 -0.22070 0.452 0.000 0.000 0.052 0.496
#> SRR1319395 1 0.3796 0.52379 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR818939 1 0.2540 0.70114 0.888 0.000 0.000 0.024 0.088
#> SRR1465266 1 0.4955 0.58809 0.680 0.000 0.000 0.072 0.248
#> SRR614888 4 0.3380 0.74750 0.052 0.000 0.032 0.864 0.052
#> SRR1431694 1 0.4948 0.13685 0.536 0.000 0.000 0.028 0.436
#> SRR614347 4 0.3827 0.71146 0.000 0.144 0.024 0.812 0.020
#> SRR1334228 3 0.0324 0.83268 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1096007 2 0.1282 0.84680 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR656349 1 0.7959 0.10530 0.400 0.000 0.216 0.096 0.288
#> SRR815422 2 0.4097 0.77242 0.000 0.816 0.024 0.084 0.076
#> SRR1360828 1 0.4046 0.52233 0.696 0.000 0.000 0.008 0.296
#> SRR1359005 2 0.3400 0.79284 0.000 0.848 0.004 0.072 0.076
#> SRR1456652 1 0.3857 0.50476 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1391660 1 0.3774 0.53011 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1441956 1 0.3876 0.49805 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR662930 4 0.3211 0.78110 0.000 0.064 0.064 0.864 0.008
#> SRR615790 3 0.1845 0.80811 0.000 0.000 0.928 0.056 0.016
#> SRR614827 2 0.3565 0.75476 0.000 0.800 0.000 0.024 0.176
#> SRR614587 2 0.4320 0.76635 0.000 0.804 0.032 0.088 0.076
#> SRR814052 2 0.4301 0.65335 0.000 0.712 0.000 0.028 0.260
#> SRR1070086 1 0.0609 0.73025 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1481440 1 0.5421 0.45523 0.628 0.000 0.000 0.096 0.276
#> SRR1339296 3 0.0162 0.83310 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343239 2 0.1267 0.85019 0.000 0.960 0.004 0.012 0.024
#> SRR1432802 2 0.4442 0.62273 0.000 0.688 0.000 0.028 0.284
#> SRR1416911 1 0.3424 0.60437 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1410427 5 0.5190 0.34944 0.344 0.024 0.000 0.020 0.612
#> SRR1401185 5 0.4655 0.05490 0.000 0.476 0.000 0.012 0.512
#> SRR654993 2 0.1331 0.84408 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR656397 1 0.0609 0.73025 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR809643 4 0.3851 0.74063 0.016 0.000 0.108 0.824 0.052
#> SRR1433819 5 0.5508 -0.27829 0.460 0.000 0.000 0.064 0.476
#> SRR1375225 2 0.0671 0.84816 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1367739 3 0.1774 0.81129 0.000 0.000 0.932 0.016 0.052
#> SRR1323336 2 0.6228 -0.15410 0.040 0.460 0.036 0.008 0.456
#> SRR663224 2 0.4940 0.74329 0.000 0.764 0.068 0.112 0.056
#> SRR1442840 1 0.1800 0.71885 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR1374058 1 0.0609 0.73025 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR656994 1 0.3452 0.59800 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1469214 2 0.1410 0.85109 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1456446 1 0.3779 0.58958 0.752 0.000 0.000 0.012 0.236
#> SRR1471879 2 0.1628 0.84205 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR612911 3 0.0162 0.83240 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1395720 2 0.0955 0.84591 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1413055 1 0.5421 0.45351 0.628 0.000 0.000 0.096 0.276
#> SRR656770 2 0.4197 0.67518 0.000 0.728 0.000 0.028 0.244
#> SRR812080 3 0.4107 0.73755 0.000 0.036 0.820 0.068 0.076
#> SRR1479328 5 0.5295 0.07337 0.408 0.000 0.000 0.052 0.540
#> SRR661421 2 0.3929 0.71582 0.000 0.764 0.000 0.028 0.208
#> SRR1410286 2 0.0865 0.84671 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1487150 1 0.3480 0.59406 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1467035 1 0.2079 0.71363 0.916 0.000 0.000 0.020 0.064
#> SRR1360607 2 0.1430 0.84497 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1333106 2 0.3929 0.71280 0.000 0.764 0.000 0.028 0.208
#> SRR1088706 2 0.1502 0.83804 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1320053 3 0.3883 0.74781 0.000 0.028 0.832 0.064 0.076
#> SRR1350392 2 0.0671 0.84870 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1385190 3 0.3535 0.72033 0.000 0.000 0.808 0.028 0.164
#> SRR1080093 2 0.0290 0.85071 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1318753 1 0.1121 0.72545 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1345369 3 0.4805 0.56024 0.000 0.012 0.688 0.032 0.268
#> SRR612178 2 0.3449 0.79458 0.000 0.844 0.004 0.088 0.064
#> SRR1354423 1 0.1872 0.71840 0.928 0.000 0.000 0.020 0.052
#> SRR1072724 1 0.3086 0.64480 0.816 0.000 0.000 0.004 0.180
#> SRR1418450 2 0.3577 0.78593 0.000 0.836 0.004 0.084 0.076
#> SRR1326427 3 0.3303 0.77630 0.000 0.000 0.848 0.076 0.076
#> SRR1437412 5 0.5866 0.29191 0.012 0.172 0.036 0.088 0.692
#> SRR1327548 2 0.3912 0.77813 0.000 0.824 0.016 0.084 0.076
#> SRR1395891 1 0.3480 0.59449 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR659367 4 0.3270 0.75523 0.020 0.000 0.036 0.864 0.080
#> SRR818961 1 0.3477 0.65967 0.824 0.000 0.000 0.040 0.136
#> SRR813704 1 0.0609 0.73025 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR613054 1 0.3037 0.68792 0.860 0.000 0.000 0.040 0.100
#> SRR1476467 1 0.3636 0.56318 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1407988 2 0.1628 0.84205 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR1394776 2 0.0162 0.85013 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR655578 2 0.1697 0.84070 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR1310645 2 0.3577 0.78593 0.000 0.836 0.004 0.084 0.076
#> SRR1345628 1 0.3958 0.62469 0.780 0.000 0.000 0.044 0.176
#> SRR1479740 1 0.2605 0.66845 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1332095 5 0.6405 0.39369 0.124 0.380 0.000 0.012 0.484
#> SRR1444786 2 0.4445 0.63035 0.000 0.676 0.000 0.024 0.300
#> SRR1090070 1 0.2519 0.71541 0.884 0.000 0.000 0.016 0.100
#> SRR662414 2 0.4761 0.49136 0.000 0.616 0.000 0.028 0.356
#> SRR661216 2 0.1740 0.83789 0.000 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR656313 4 0.3318 0.70527 0.000 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR615671 4 0.4598 0.74019 0.000 0.092 0.032 0.784 0.092
#> SRR1350196 3 0.0451 0.83214 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1466580 1 0.3876 0.49790 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1408032 2 0.0880 0.84939 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1432913 4 0.3675 0.73272 0.000 0.124 0.032 0.828 0.016
#> SRR1360502 5 0.6491 0.00835 0.044 0.004 0.372 0.064 0.516
#> SRR1391901 2 0.3634 0.78676 0.000 0.832 0.004 0.088 0.076
#> SRR1311131 1 0.4467 0.44462 0.640 0.000 0.000 0.016 0.344
#> SRR1380636 1 0.5378 0.42457 0.548 0.000 0.000 0.060 0.392
#> SRR1332339 5 0.4714 0.28816 0.372 0.004 0.000 0.016 0.608
#> SRR1341563 2 0.0880 0.84939 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1359410 2 0.4197 0.78687 0.000 0.816 0.052 0.080 0.052
#> SRR1473040 3 0.0324 0.83224 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1321444 1 0.1608 0.71232 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1498765 2 0.1012 0.84833 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1312622 2 0.3577 0.78593 0.000 0.836 0.004 0.084 0.076
#> SRR615503 4 0.5359 0.53539 0.000 0.080 0.000 0.616 0.304
#> SRR1453192 1 0.2540 0.70114 0.888 0.000 0.000 0.024 0.088
#> SRR1433107 2 0.4087 0.77683 0.000 0.820 0.032 0.080 0.068
#> SRR1075384 1 0.0290 0.73013 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1356683 1 0.2423 0.70508 0.896 0.000 0.000 0.024 0.080
#> SRR659049 1 0.4871 0.54860 0.704 0.000 0.000 0.084 0.212
#> SRR1368240 1 0.2597 0.70057 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092
#> SRR1341739 1 0.3707 0.54749 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR613249 3 0.0324 0.83224 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR663428 2 0.1557 0.84379 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1341302 2 0.1571 0.83619 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1073553 2 0.0794 0.84990 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1354093 3 0.1809 0.81086 0.000 0.000 0.928 0.012 0.060
#> SRR1406521 2 0.3759 0.78113 0.000 0.828 0.008 0.084 0.080
#> SRR1432049 1 0.4654 0.39564 0.632 0.012 0.000 0.008 0.348
#> SRR1453504 2 0.4627 0.09573 0.012 0.544 0.000 0.000 0.444
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.5007 -0.2311 0.000 0.040 0.004 0.472 0.008 0.476
#> SRR1359328 3 0.3636 0.5043 0.000 0.000 0.676 0.000 0.004 0.320
#> SRR821124 2 0.2351 0.7714 0.000 0.900 0.000 0.012 0.036 0.052
#> SRR1335188 6 0.6974 0.1418 0.308 0.096 0.000 0.020 0.100 0.476
#> SRR1075825 2 0.1257 0.7782 0.000 0.952 0.000 0.000 0.020 0.028
#> SRR1321921 1 0.0000 0.7319 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.2301 0.7886 0.000 0.008 0.908 0.016 0.052 0.016
#> SRR1384073 6 0.3158 0.4493 0.064 0.084 0.000 0.000 0.008 0.844
#> SRR1312802 5 0.4936 0.5284 0.044 0.000 0.080 0.008 0.728 0.140
#> SRR1076559 6 0.6880 -0.0248 0.176 0.040 0.000 0.024 0.280 0.480
#> SRR1370085 1 0.2738 0.6133 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176 0.000
#> SRR1460363 1 0.2664 0.6074 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1480221 2 0.2070 0.7590 0.000 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100
#> SRR1476165 5 0.5251 0.4228 0.064 0.000 0.004 0.020 0.608 0.304
#> SRR1459631 2 0.5523 0.6319 0.000 0.696 0.028 0.060 0.144 0.072
#> SRR1448098 2 0.1138 0.7840 0.000 0.960 0.000 0.004 0.012 0.024
#> SRR1321401 2 0.1829 0.7765 0.000 0.920 0.000 0.004 0.012 0.064
#> SRR807613 2 0.1908 0.7636 0.000 0.900 0.000 0.004 0.000 0.096
#> SRR808086 3 0.1793 0.7981 0.000 0.000 0.928 0.004 0.036 0.032
#> SRR613687 4 0.4974 0.3470 0.000 0.380 0.000 0.560 0.012 0.048
#> SRR1471011 6 0.7082 -0.1392 0.028 0.000 0.328 0.020 0.288 0.336
#> SRR1330284 2 0.3039 0.7401 0.000 0.852 0.000 0.008 0.084 0.056
#> SRR1320624 2 0.4214 0.7071 0.000 0.784 0.000 0.060 0.092 0.064
#> SRR1459519 1 0.0363 0.7320 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1091184 2 0.5754 0.6193 0.000 0.680 0.040 0.056 0.148 0.076
#> SRR1390561 1 0.2879 0.6100 0.816 0.000 0.000 0.004 0.176 0.004
#> SRR658164 1 0.5037 0.4680 0.660 0.000 0.000 0.016 0.228 0.096
#> SRR1087079 2 0.1707 0.7790 0.000 0.928 0.000 0.004 0.012 0.056
#> SRR814996 3 0.0622 0.8156 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1407410 6 0.3971 0.1965 0.000 0.448 0.000 0.004 0.000 0.548
#> SRR1453392 2 0.1453 0.7773 0.000 0.944 0.000 0.008 0.040 0.008
#> SRR1445873 1 0.4213 0.6234 0.744 0.000 0.000 0.004 0.092 0.160
#> SRR1419985 2 0.2020 0.7587 0.000 0.896 0.000 0.008 0.000 0.096
#> SRR820938 3 0.5047 0.6777 0.000 0.076 0.748 0.048 0.084 0.044
#> SRR1476844 1 0.1082 0.7198 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.7319 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.4774 0.6627 0.000 0.728 0.000 0.048 0.148 0.076
#> SRR1441051 2 0.2118 0.7541 0.000 0.888 0.000 0.008 0.000 0.104
#> SRR614287 2 0.2163 0.7608 0.000 0.892 0.000 0.008 0.004 0.096
#> SRR1092062 2 0.1841 0.7747 0.000 0.920 0.000 0.008 0.008 0.064
#> SRR612611 2 0.1155 0.7824 0.000 0.956 0.000 0.004 0.004 0.036
#> SRR1376356 2 0.4035 0.5087 0.000 0.700 0.000 0.016 0.012 0.272
#> SRR1405078 3 0.3503 0.6866 0.000 0.000 0.808 0.144 0.016 0.032
#> SRR1437226 2 0.4031 0.6240 0.000 0.736 0.000 0.004 0.048 0.212
#> SRR1326078 1 0.4326 0.6098 0.732 0.000 0.000 0.004 0.096 0.168
#> SRR1096806 3 0.6981 0.4948 0.000 0.120 0.564 0.060 0.180 0.076
#> SRR1440919 2 0.5230 0.6539 0.000 0.712 0.012 0.060 0.136 0.080
#> SRR1452824 3 0.6641 0.0597 0.008 0.000 0.424 0.020 0.280 0.268
#> SRR615754 1 0.3813 0.5137 0.744 0.000 0.000 0.024 0.224 0.008
#> SRR1341787 6 0.4687 0.4776 0.000 0.216 0.076 0.004 0.008 0.696
#> SRR614551 2 0.3142 0.7227 0.000 0.832 0.000 0.024 0.012 0.132
#> SRR1380829 4 0.1719 0.8053 0.000 0.000 0.032 0.932 0.032 0.004
#> SRR1455761 1 0.4082 0.6306 0.756 0.000 0.000 0.004 0.084 0.156
#> SRR1465189 5 0.4220 0.6196 0.228 0.000 0.032 0.012 0.724 0.004
#> SRR1376895 1 0.3820 0.6503 0.780 0.000 0.000 0.004 0.072 0.144
#> SRR1445002 1 0.2823 0.5801 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1469258 2 0.1471 0.7768 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1409239 1 0.1237 0.7279 0.956 0.000 0.000 0.004 0.020 0.020
#> SRR1480200 1 0.0146 0.7312 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1418323 1 0.4710 0.5607 0.684 0.000 0.000 0.004 0.104 0.208
#> SRR657540 4 0.1625 0.8059 0.000 0.000 0.060 0.928 0.012 0.000
#> SRR821096 2 0.1668 0.7772 0.000 0.928 0.000 0.004 0.008 0.060
#> SRR613591 4 0.5829 0.3116 0.000 0.352 0.000 0.516 0.028 0.104
#> SRR1344205 3 0.0146 0.8176 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR612479 1 0.1901 0.7176 0.912 0.000 0.000 0.008 0.076 0.004
#> SRR1399950 5 0.7454 0.3475 0.228 0.000 0.084 0.020 0.416 0.252
#> SRR1336048 3 0.4530 0.6029 0.000 0.000 0.716 0.004 0.136 0.144
#> SRR1368896 1 0.1232 0.7274 0.956 0.000 0.000 0.004 0.024 0.016
#> SRR1379403 2 0.4739 0.6657 0.000 0.732 0.000 0.048 0.144 0.076
#> SRR1312464 1 0.3847 0.6516 0.780 0.000 0.000 0.004 0.080 0.136
#> SRR1096478 5 0.4177 0.2729 0.468 0.000 0.000 0.012 0.520 0.000
#> SRR1459845 1 0.0260 0.7324 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1348138 3 0.2163 0.7877 0.000 0.000 0.892 0.004 0.096 0.008
#> SRR811423 5 0.4495 0.6331 0.212 0.000 0.024 0.012 0.724 0.028
#> SRR615683 1 0.1674 0.7062 0.924 0.000 0.000 0.004 0.068 0.004
#> SRR1380336 2 0.2994 0.7548 0.000 0.852 0.000 0.004 0.080 0.064
#> SRR817609 5 0.4528 0.6164 0.168 0.000 0.084 0.012 0.732 0.004
#> SRR1074550 3 0.5366 0.6475 0.000 0.036 0.712 0.048 0.136 0.068
#> SRR1499236 2 0.1781 0.7745 0.000 0.924 0.000 0.008 0.008 0.060
#> SRR656083 1 0.2562 0.6205 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR817539 6 0.4127 0.1554 0.284 0.000 0.000 0.000 0.036 0.680
#> SRR1410801 5 0.4037 0.4680 0.380 0.000 0.000 0.012 0.608 0.000
#> SRR1347190 5 0.6341 0.3056 0.212 0.000 0.000 0.020 0.432 0.336
#> SRR1355126 2 0.4488 0.5531 0.000 0.736 0.000 0.024 0.072 0.168
#> SRR615165 3 0.0260 0.8178 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466046 1 0.1493 0.7282 0.936 0.000 0.000 0.004 0.056 0.004
#> SRR1097055 2 0.0713 0.7830 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1312370 6 0.4097 0.1322 0.000 0.488 0.000 0.008 0.000 0.504
#> SRR655325 1 0.0000 0.7319 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.1841 0.7747 0.000 0.920 0.000 0.008 0.008 0.064
#> SRR815685 2 0.3138 0.7325 0.000 0.840 0.000 0.004 0.096 0.060
#> SRR817026 3 0.6118 0.6161 0.000 0.076 0.656 0.064 0.144 0.060
#> SRR1417224 2 0.3955 0.1442 0.000 0.560 0.000 0.004 0.000 0.436
#> SRR661687 2 0.5594 0.6276 0.000 0.692 0.032 0.060 0.144 0.072
#> SRR1431804 5 0.4550 0.5701 0.100 0.000 0.008 0.004 0.728 0.160
#> SRR664072 3 0.0260 0.8172 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR612923 2 0.1908 0.7797 0.000 0.924 0.000 0.012 0.020 0.044
#> SRR1315890 1 0.0363 0.7320 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1347726 6 0.3855 0.3362 0.144 0.020 0.000 0.000 0.048 0.788
#> SRR1500360 6 0.7458 0.2850 0.184 0.192 0.000 0.028 0.120 0.476
#> SRR1468360 6 0.3955 0.2285 0.000 0.436 0.000 0.004 0.000 0.560
#> SRR1404084 6 0.7022 0.3492 0.040 0.340 0.000 0.032 0.156 0.432
#> SRR615994 4 0.2848 0.7273 0.000 0.000 0.176 0.816 0.008 0.000
#> SRR1475718 2 0.1349 0.7794 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1397200 3 0.0520 0.8162 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR655519 2 0.4556 0.4687 0.000 0.652 0.000 0.300 0.032 0.016
#> SRR1311308 3 0.7479 0.2970 0.000 0.268 0.460 0.056 0.144 0.072
#> SRR1368006 2 0.1053 0.7814 0.000 0.964 0.000 0.004 0.020 0.012
#> SRR613651 4 0.2133 0.7803 0.020 0.000 0.016 0.912 0.052 0.000
#> SRR1362621 3 0.8520 0.1827 0.000 0.264 0.300 0.080 0.200 0.156
#> SRR1451718 6 0.4604 0.3370 0.024 0.044 0.004 0.012 0.172 0.744
#> SRR1095334 3 0.0665 0.8180 0.000 0.000 0.980 0.004 0.008 0.008
#> SRR1079636 2 0.4402 0.6823 0.000 0.756 0.000 0.032 0.136 0.076
#> SRR1442549 6 0.3329 0.5085 0.000 0.236 0.000 0.004 0.004 0.756
#> SRR1466421 2 0.1970 0.7611 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.092
#> SRR817397 2 0.5228 0.6431 0.000 0.704 0.008 0.060 0.152 0.076
#> SRR1341809 2 0.2257 0.7460 0.000 0.876 0.000 0.008 0.000 0.116
#> SRR614623 2 0.2493 0.7648 0.000 0.884 0.000 0.004 0.036 0.076
#> SRR1335005 2 0.1812 0.7692 0.000 0.912 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1407065 2 0.5238 0.6436 0.000 0.708 0.012 0.060 0.148 0.072
#> SRR1404483 2 0.3104 0.7451 0.000 0.864 0.004 0.032 0.060 0.040
#> SRR1096222 1 0.2454 0.6552 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1401793 1 0.6165 0.3025 0.512 0.000 0.000 0.024 0.196 0.268
#> SRR1408615 3 0.1426 0.8050 0.000 0.000 0.948 0.008 0.028 0.016
#> SRR1070597 6 0.3972 0.5055 0.004 0.244 0.000 0.004 0.024 0.724
#> SRR1332381 6 0.4388 0.0812 0.056 0.000 0.000 0.000 0.276 0.668
#> SRR1457015 1 0.0146 0.7320 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1386797 2 0.6128 -0.2468 0.004 0.424 0.000 0.024 0.124 0.424
#> SRR1098385 2 0.1707 0.7778 0.000 0.928 0.000 0.004 0.012 0.056
#> SRR1363947 3 0.0000 0.8177 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.2020 0.7587 0.000 0.896 0.000 0.008 0.000 0.096
#> SRR662055 4 0.1409 0.8130 0.000 0.008 0.032 0.948 0.012 0.000
#> SRR1310455 1 0.5920 0.1836 0.460 0.000 0.000 0.012 0.148 0.380
#> SRR1453639 6 0.3401 0.5025 0.000 0.204 0.000 0.004 0.016 0.776
#> SRR662617 2 0.1812 0.7706 0.000 0.912 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR654778 6 0.6259 -0.1532 0.424 0.032 0.000 0.016 0.092 0.436
#> SRR661782 2 0.2163 0.7633 0.000 0.892 0.000 0.008 0.004 0.096
#> SRR1334396 5 0.3848 0.5836 0.292 0.000 0.000 0.012 0.692 0.004
#> SRR613867 4 0.5255 0.3743 0.000 0.356 0.000 0.564 0.024 0.056
#> SRR1479412 1 0.5867 0.1182 0.436 0.000 0.000 0.012 0.136 0.416
#> SRR1331620 5 0.5980 0.4650 0.264 0.000 0.000 0.000 0.444 0.292
#> SRR1082809 6 0.7962 -0.0481 0.144 0.020 0.128 0.028 0.244 0.436
#> SRR1417178 5 0.4677 0.6320 0.160 0.000 0.000 0.012 0.712 0.116
#> SRR1335278 1 0.1226 0.7259 0.952 0.000 0.000 0.004 0.040 0.004
#> SRR665369 2 0.0865 0.7826 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR657552 5 0.5322 0.5807 0.112 0.000 0.052 0.012 0.704 0.120
#> SRR812412 1 0.3959 0.6360 0.760 0.000 0.000 0.004 0.064 0.172
#> SRR1096500 6 0.3944 0.2474 0.000 0.428 0.000 0.004 0.000 0.568
#> SRR1347750 2 0.1956 0.7686 0.000 0.908 0.000 0.004 0.008 0.080
#> SRR615153 4 0.1521 0.8102 0.004 0.004 0.024 0.948 0.016 0.004
#> SRR1434417 1 0.4308 -0.1619 0.516 0.000 0.000 0.012 0.468 0.004
#> SRR1070159 3 0.3279 0.7695 0.000 0.000 0.848 0.032 0.060 0.060
#> SRR1332508 2 0.1918 0.7657 0.000 0.904 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR1082059 2 0.5726 0.0318 0.000 0.524 0.000 0.024 0.100 0.352
#> SRR1402491 1 0.0935 0.7236 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR1476595 2 0.4586 0.4716 0.000 0.676 0.000 0.012 0.052 0.260
#> SRR1320987 2 0.1194 0.7826 0.000 0.956 0.000 0.004 0.008 0.032
#> SRR1086417 2 0.6428 0.0496 0.008 0.492 0.000 0.028 0.172 0.300
#> SRR1454095 6 0.7368 0.2476 0.236 0.168 0.000 0.020 0.112 0.464
#> SRR614791 4 0.1434 0.8117 0.000 0.008 0.024 0.948 0.020 0.000
#> SRR821255 6 0.5652 0.3612 0.000 0.372 0.000 0.024 0.088 0.516
#> SRR820402 2 0.5496 0.6180 0.000 0.676 0.008 0.068 0.172 0.076
#> SRR1337284 6 0.3632 0.4853 0.040 0.148 0.000 0.004 0.008 0.800
#> SRR1333083 3 0.0520 0.8162 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1384883 2 0.5273 0.6402 0.000 0.704 0.012 0.060 0.152 0.072
#> SRR614431 1 0.0291 0.7312 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1481106 2 0.0767 0.7830 0.000 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008
#> SRR1370285 1 0.1080 0.7285 0.960 0.000 0.000 0.004 0.032 0.004
#> SRR1446673 3 0.0000 0.8177 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.1511 0.7832 0.000 0.940 0.000 0.004 0.012 0.044
#> SRR1341188 3 0.0000 0.8177 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.2701 0.6941 0.864 0.000 0.000 0.004 0.028 0.104
#> SRR1322864 2 0.1707 0.7778 0.000 0.928 0.000 0.004 0.012 0.056
#> SRR1476825 6 0.5809 0.0186 0.000 0.000 0.272 0.000 0.232 0.496
#> SRR1443332 2 0.1970 0.7611 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.092
#> SRR662486 2 0.6485 0.1210 0.000 0.452 0.000 0.328 0.040 0.180
#> SRR1447019 5 0.3847 0.5172 0.348 0.000 0.000 0.008 0.644 0.000
#> SRR662942 1 0.0692 0.7289 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR613102 3 0.0000 0.8177 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.4573 0.5887 0.712 0.000 0.000 0.008 0.100 0.180
#> SRR1464977 6 0.3419 0.4317 0.096 0.072 0.000 0.000 0.008 0.824
#> SRR615850 3 0.4555 0.0610 0.000 0.000 0.532 0.440 0.012 0.016
#> SRR661949 2 0.2070 0.7623 0.000 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100
#> SRR1322227 2 0.7189 0.1854 0.000 0.468 0.308 0.052 0.108 0.064
#> SRR1441655 6 0.4176 0.4316 0.000 0.112 0.000 0.020 0.096 0.772
#> SRR613771 6 0.3961 0.2184 0.000 0.440 0.000 0.004 0.000 0.556
#> SRR1479471 1 0.2001 0.6897 0.900 0.000 0.000 0.004 0.092 0.004
#> SRR1488918 2 0.0862 0.7832 0.000 0.972 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR1414040 2 0.1555 0.7755 0.000 0.932 0.000 0.004 0.004 0.060
#> SRR1079850 2 0.4478 0.5602 0.000 0.732 0.000 0.016 0.084 0.168
#> SRR663209 1 0.1296 0.7237 0.948 0.000 0.000 0.004 0.044 0.004
#> SRR1364914 2 0.0858 0.7823 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1408267 2 0.1829 0.7765 0.000 0.920 0.000 0.004 0.012 0.064
#> SRR1314894 1 0.2540 0.6974 0.872 0.000 0.000 0.004 0.020 0.104
#> SRR1414117 5 0.7816 -0.2831 0.000 0.100 0.316 0.072 0.396 0.116
#> SRR1395975 2 0.4227 -0.1027 0.000 0.496 0.000 0.004 0.008 0.492
#> SRR1402219 2 0.3276 0.6081 0.000 0.764 0.000 0.004 0.004 0.228
#> SRR1433623 1 0.0632 0.7265 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR656385 4 0.1498 0.8138 0.000 0.012 0.024 0.948 0.012 0.004
#> SRR811213 2 0.4892 0.6557 0.000 0.720 0.000 0.056 0.148 0.076
#> SRR663657 4 0.1391 0.8096 0.000 0.000 0.040 0.944 0.016 0.000
#> SRR612203 4 0.1858 0.7704 0.012 0.000 0.000 0.912 0.076 0.000
#> SRR613987 2 0.5393 0.2056 0.000 0.576 0.000 0.028 0.068 0.328
#> SRR613831 3 0.0520 0.8164 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1354180 2 0.1053 0.7842 0.000 0.964 0.000 0.004 0.012 0.020
#> SRR1382912 1 0.2913 0.6054 0.812 0.000 0.000 0.004 0.180 0.004
#> SRR1475501 1 0.2773 0.6248 0.828 0.000 0.000 0.004 0.164 0.004
#> SRR1336930 1 0.6060 0.0249 0.416 0.000 0.000 0.004 0.216 0.364
#> SRR613030 4 0.4441 0.6703 0.000 0.004 0.172 0.744 0.056 0.024
#> SRR1381459 2 0.2100 0.7541 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 0.112
#> SRR1402350 6 0.5246 -0.1091 0.000 0.000 0.428 0.012 0.064 0.496
#> SRR1419408 1 0.2913 0.6054 0.812 0.000 0.000 0.004 0.180 0.004
#> SRR655911 4 0.1606 0.8062 0.000 0.004 0.056 0.932 0.008 0.000
#> SRR1418243 1 0.4166 0.6239 0.748 0.000 0.000 0.004 0.088 0.160
#> SRR1322573 6 0.7231 0.3378 0.108 0.268 0.000 0.028 0.116 0.480
#> SRR613615 4 0.3298 0.6587 0.000 0.000 0.236 0.756 0.008 0.000
#> SRR1355284 5 0.5423 0.4877 0.240 0.000 0.000 0.000 0.576 0.184
#> SRR1319395 1 0.4875 0.5357 0.668 0.000 0.000 0.008 0.100 0.224
#> SRR818939 1 0.2442 0.6478 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144 0.000
#> SRR1465266 1 0.5383 0.2324 0.532 0.000 0.000 0.020 0.380 0.068
#> SRR614888 4 0.2044 0.7753 0.032 0.000 0.008 0.924 0.020 0.016
#> SRR1431694 6 0.4741 -0.0954 0.420 0.000 0.000 0.004 0.040 0.536
#> SRR614347 4 0.4474 0.6690 0.000 0.152 0.004 0.752 0.060 0.032
#> SRR1334228 3 0.0260 0.8171 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1096007 2 0.1728 0.7757 0.000 0.924 0.000 0.004 0.008 0.064
#> SRR656349 5 0.4766 0.6037 0.164 0.000 0.108 0.012 0.712 0.004
#> SRR815422 2 0.5408 0.6364 0.000 0.700 0.020 0.060 0.148 0.072
#> SRR1360828 1 0.4925 0.5543 0.676 0.000 0.000 0.012 0.108 0.204
#> SRR1359005 2 0.4711 0.6662 0.000 0.736 0.000 0.052 0.140 0.072
#> SRR1456652 1 0.4946 0.5191 0.656 0.000 0.000 0.008 0.100 0.236
#> SRR1391660 1 0.4982 0.5242 0.656 0.000 0.000 0.008 0.108 0.228
#> SRR1441956 1 0.4946 0.5221 0.656 0.000 0.000 0.008 0.100 0.236
#> SRR662930 4 0.1629 0.8118 0.000 0.028 0.024 0.940 0.004 0.004
#> SRR615790 3 0.1605 0.8010 0.000 0.000 0.940 0.032 0.016 0.012
#> SRR614827 2 0.4100 0.3062 0.000 0.600 0.000 0.004 0.008 0.388
#> SRR614587 2 0.5692 0.6292 0.000 0.684 0.032 0.060 0.144 0.080
#> SRR814052 6 0.3971 0.1927 0.000 0.448 0.000 0.004 0.000 0.548
#> SRR1070086 1 0.0000 0.7319 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 5 0.3766 0.5666 0.304 0.000 0.000 0.012 0.684 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.8177 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.2107 0.7810 0.000 0.916 0.016 0.008 0.008 0.052
#> SRR1432802 6 0.3966 0.2120 0.000 0.444 0.000 0.004 0.000 0.552
#> SRR1416911 1 0.3573 0.6615 0.796 0.000 0.000 0.004 0.052 0.148
#> SRR1410427 6 0.3755 0.3512 0.132 0.024 0.000 0.000 0.044 0.800
#> SRR1401185 6 0.5354 0.4741 0.000 0.328 0.000 0.016 0.084 0.572
#> SRR654993 2 0.2007 0.7748 0.000 0.916 0.000 0.004 0.036 0.044
#> SRR656397 1 0.0000 0.7319 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 4 0.4093 0.7094 0.004 0.016 0.028 0.788 0.144 0.020
#> SRR1433819 5 0.5892 0.5080 0.252 0.000 0.000 0.008 0.524 0.216
#> SRR1375225 2 0.0717 0.7821 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1367739 3 0.1663 0.7925 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1323336 6 0.6374 0.3818 0.008 0.336 0.004 0.024 0.140 0.488
#> SRR663224 2 0.5531 0.6675 0.000 0.712 0.044 0.076 0.080 0.088
#> SRR1442840 1 0.2101 0.6865 0.892 0.000 0.000 0.004 0.100 0.004
#> SRR1374058 1 0.0000 0.7319 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.3691 0.6548 0.788 0.000 0.000 0.004 0.060 0.148
#> SRR1469214 2 0.2740 0.7710 0.000 0.864 0.000 0.000 0.060 0.076
#> SRR1456446 1 0.5378 0.4886 0.616 0.000 0.000 0.012 0.136 0.236
#> SRR1471879 2 0.2070 0.7565 0.000 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100
#> SRR612911 3 0.0146 0.8177 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1395720 2 0.1485 0.7773 0.000 0.944 0.000 0.004 0.024 0.028
#> SRR1413055 5 0.3848 0.5836 0.292 0.000 0.000 0.012 0.692 0.004
#> SRR656770 6 0.3991 0.1222 0.000 0.472 0.000 0.004 0.000 0.524
#> SRR812080 3 0.5344 0.6507 0.000 0.028 0.712 0.056 0.136 0.068
#> SRR1479328 5 0.6460 0.2711 0.244 0.000 0.000 0.020 0.384 0.352
#> SRR661421 2 0.4111 0.0944 0.000 0.536 0.000 0.004 0.004 0.456
#> SRR1410286 2 0.1232 0.7796 0.000 0.956 0.000 0.004 0.016 0.024
#> SRR1487150 1 0.4304 0.6162 0.736 0.000 0.000 0.004 0.100 0.160
#> SRR1467035 1 0.2243 0.6879 0.880 0.000 0.000 0.004 0.112 0.004
#> SRR1360607 2 0.2002 0.7711 0.000 0.908 0.000 0.004 0.012 0.076
#> SRR1333106 2 0.3975 0.1055 0.000 0.544 0.000 0.004 0.000 0.452
#> SRR1088706 2 0.3237 0.7300 0.000 0.836 0.000 0.008 0.100 0.056
#> SRR1320053 3 0.5151 0.6625 0.000 0.028 0.728 0.048 0.128 0.068
#> SRR1350392 2 0.0922 0.7847 0.000 0.968 0.000 0.004 0.004 0.024
#> SRR1385190 3 0.3747 0.4038 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1080093 2 0.1340 0.7834 0.000 0.948 0.000 0.004 0.008 0.040
#> SRR1318753 1 0.0551 0.7314 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR1345369 6 0.4465 -0.1250 0.000 0.020 0.472 0.004 0.000 0.504
#> SRR612178 2 0.4455 0.6981 0.000 0.764 0.000 0.052 0.096 0.088
#> SRR1354423 1 0.2149 0.6867 0.888 0.000 0.000 0.004 0.104 0.004
#> SRR1072724 1 0.2489 0.6945 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012 0.128
#> SRR1418450 2 0.4933 0.6509 0.000 0.716 0.000 0.060 0.152 0.072
#> SRR1326427 3 0.5052 0.6650 0.000 0.000 0.688 0.048 0.196 0.068
#> SRR1437412 5 0.4936 0.3483 0.000 0.064 0.000 0.012 0.624 0.300
#> SRR1327548 2 0.5167 0.6505 0.000 0.716 0.012 0.060 0.140 0.072
#> SRR1395891 1 0.3786 0.6438 0.772 0.000 0.000 0.004 0.052 0.172
#> SRR659367 4 0.2189 0.7863 0.004 0.000 0.008 0.912 0.032 0.044
#> SRR818961 1 0.3756 0.3520 0.676 0.000 0.000 0.004 0.316 0.004
#> SRR813704 1 0.0000 0.7319 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.2946 0.6024 0.808 0.000 0.000 0.004 0.184 0.004
#> SRR1476467 1 0.3821 0.6457 0.776 0.000 0.000 0.004 0.064 0.156
#> SRR1407988 2 0.2020 0.7587 0.000 0.896 0.000 0.008 0.000 0.096
#> SRR1394776 2 0.0870 0.7836 0.000 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR655578 2 0.2118 0.7537 0.000 0.888 0.000 0.008 0.000 0.104
#> SRR1310645 2 0.5036 0.6503 0.000 0.716 0.004 0.060 0.148 0.072
#> SRR1345628 1 0.3930 0.2149 0.628 0.000 0.000 0.004 0.364 0.004
#> SRR1479740 1 0.2679 0.7042 0.868 0.000 0.000 0.004 0.032 0.096
#> SRR1332095 6 0.7279 0.3376 0.136 0.224 0.000 0.028 0.116 0.496
#> SRR1444786 6 0.4913 0.2403 0.000 0.392 0.000 0.004 0.056 0.548
#> SRR1090070 1 0.2234 0.6761 0.872 0.000 0.000 0.000 0.124 0.004
#> SRR662414 6 0.3864 0.4000 0.000 0.344 0.000 0.004 0.004 0.648
#> SRR661216 2 0.2822 0.7591 0.000 0.864 0.000 0.004 0.056 0.076
#> SRR656313 4 0.2425 0.7654 0.000 0.100 0.000 0.880 0.008 0.012
#> SRR615671 4 0.4506 0.6833 0.000 0.104 0.008 0.748 0.012 0.128
#> SRR1350196 3 0.0520 0.8162 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1466580 1 0.5250 0.4572 0.612 0.000 0.000 0.008 0.116 0.264
#> SRR1408032 2 0.1668 0.7756 0.000 0.928 0.000 0.004 0.008 0.060
#> SRR1432913 4 0.4207 0.7033 0.000 0.128 0.008 0.780 0.060 0.024
#> SRR1360502 5 0.7146 0.2243 0.036 0.004 0.192 0.024 0.408 0.336
#> SRR1391901 2 0.4764 0.6785 0.000 0.740 0.004 0.044 0.128 0.084
#> SRR1311131 1 0.5836 0.3680 0.556 0.000 0.000 0.016 0.176 0.252
#> SRR1380636 5 0.5670 0.2155 0.440 0.000 0.000 0.012 0.440 0.108
#> SRR1332339 6 0.4051 0.2277 0.224 0.000 0.000 0.004 0.044 0.728
#> SRR1341563 2 0.1829 0.7765 0.000 0.920 0.000 0.004 0.012 0.064
#> SRR1359410 2 0.4676 0.7112 0.000 0.776 0.048 0.048 0.052 0.076
#> SRR1473040 3 0.0520 0.8162 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1321444 1 0.1321 0.7259 0.952 0.000 0.000 0.004 0.024 0.020
#> SRR1498765 2 0.1749 0.7800 0.000 0.932 0.000 0.008 0.024 0.036
#> SRR1312622 2 0.5107 0.6505 0.000 0.716 0.008 0.060 0.144 0.072
#> SRR615503 6 0.5074 -0.1577 0.000 0.056 0.000 0.440 0.008 0.496
#> SRR1453192 1 0.2491 0.6272 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1433107 2 0.4816 0.6863 0.000 0.764 0.040 0.048 0.088 0.060
#> SRR1075384 1 0.0935 0.7235 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR1356683 1 0.2320 0.6593 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132 0.000
#> SRR659049 5 0.4076 0.4433 0.396 0.000 0.000 0.012 0.592 0.000
#> SRR1368240 1 0.2838 0.6285 0.808 0.000 0.000 0.000 0.188 0.004
#> SRR1341739 1 0.4422 0.5967 0.720 0.000 0.000 0.004 0.096 0.180
#> SRR613249 3 0.0363 0.8174 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR663428 2 0.2113 0.7631 0.000 0.896 0.000 0.008 0.004 0.092
#> SRR1341302 2 0.3249 0.7317 0.000 0.836 0.000 0.008 0.096 0.060
#> SRR1073553 2 0.1668 0.7789 0.000 0.928 0.000 0.004 0.008 0.060
#> SRR1354093 3 0.2933 0.7625 0.000 0.000 0.860 0.016 0.092 0.032
#> SRR1406521 2 0.5178 0.6438 0.000 0.708 0.008 0.060 0.152 0.072
#> SRR1432049 1 0.6082 0.3636 0.540 0.020 0.000 0.016 0.116 0.308
#> SRR1453504 6 0.5824 0.2840 0.008 0.420 0.000 0.012 0.100 0.460
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.994 0.956 0.983 0.4957 0.505 0.505
#> 3 3 0.863 0.873 0.947 0.3220 0.773 0.578
#> 4 4 0.777 0.703 0.853 0.0946 0.887 0.693
#> 5 5 0.690 0.701 0.829 0.0702 0.932 0.771
#> 6 6 0.706 0.617 0.770 0.0513 0.951 0.806
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR814996 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1405078 1 0.9754 0.31479 0.592 0.408
#> SRR1437226 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1348138 1 0.3733 0.90836 0.928 0.072
#> SRR811423 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR615165 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR664072 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1404084 1 1.0000 0.00512 0.500 0.500
#> SRR615994 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0672 0.97709 0.008 0.992
#> SRR1079636 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1442549 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.8016 0.67176 0.244 0.756
#> SRR662617 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR615153 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.9933 0.16366 0.452 0.548
#> SRR1320987 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1086417 2 0.9754 0.30208 0.408 0.592
#> SRR1454095 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR821255 2 0.5629 0.83852 0.132 0.868
#> SRR820402 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1333083 2 0.9661 0.34899 0.392 0.608
#> SRR1384883 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR615850 1 0.7219 0.74695 0.800 0.200
#> SRR661949 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.9580 0.39457 0.620 0.380
#> SRR613771 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.0376 0.98086 0.004 0.996
#> SRR663209 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR613831 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1402350 2 0.2236 0.94948 0.036 0.964
#> SRR1419408 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.9044 0.52489 0.320 0.680
#> SRR654993 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.7139 0.74949 0.196 0.804
#> SRR1433819 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.7139 0.75291 0.804 0.196
#> SRR1323336 2 0.9710 0.32491 0.400 0.600
#> SRR663224 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.3733 0.91128 0.072 0.928
#> SRR1437412 1 0.7219 0.74736 0.800 0.200
#> SRR1327548 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR659367 1 0.7299 0.74139 0.796 0.204
#> SRR818961 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.2043 0.94936 0.968 0.032
#> SRR1444786 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1350196 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1391901 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.4431 0.88851 0.092 0.908
#> SRR1321444 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR615503 1 0.9248 0.48987 0.660 0.340
#> SRR1453192 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR613249 1 0.9286 0.47896 0.656 0.344
#> SRR663428 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.98458 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.97894 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.6148 0.81401 0.848 0.152
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 3 0.0747 0.8976 0.000 0.016 0.984
#> SRR1359328 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 2 0.6252 0.2414 0.444 0.556 0.000
#> SRR1312802 1 0.4399 0.7646 0.812 0.000 0.188
#> SRR1076559 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0892 0.9443 0.980 0.000 0.020
#> SRR1459631 3 0.5988 0.4816 0.000 0.368 0.632
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.5650 0.5829 0.000 0.312 0.688
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437226 2 0.0747 0.9293 0.000 0.984 0.016
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.1643 0.8789 0.000 0.044 0.956
#> SRR1440919 3 0.6204 0.3521 0.000 0.424 0.576
#> SRR1452824 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.5859 0.4382 0.000 0.656 0.344
#> SRR614551 2 0.2448 0.8727 0.000 0.924 0.076
#> SRR1380829 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.4346 0.7697 0.816 0.000 0.184
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.2959 0.8460 0.000 0.900 0.100
#> SRR1344205 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.5760 0.5461 0.672 0.000 0.328
#> SRR1336048 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR811423 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 1 0.5968 0.4741 0.636 0.000 0.364
#> SRR1074550 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR661687 3 0.5988 0.4816 0.000 0.368 0.632
#> SRR1431804 1 0.6079 0.4214 0.612 0.000 0.388
#> SRR664072 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.5882 0.4335 0.652 0.348 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 3 0.7975 0.6233 0.204 0.140 0.656
#> SRR615994 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.5591 0.5954 0.000 0.304 0.696
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 1 0.6140 0.3836 0.596 0.000 0.404
#> SRR1362621 3 0.3879 0.7852 0.000 0.152 0.848
#> SRR1451718 1 0.5138 0.6752 0.748 0.000 0.252
#> SRR1095334 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.6008 0.4312 0.372 0.628 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.2448 0.8715 0.000 0.924 0.076
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.4178 0.7481 0.000 0.828 0.172
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 2 0.6095 0.3831 0.392 0.608 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.4750 0.6988 0.216 0.784 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.5968 0.4054 0.636 0.000 0.364
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.5785 0.5383 0.668 0.000 0.332
#> SRR812412 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 3 0.4346 0.7121 0.184 0.000 0.816
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.5591 0.5016 0.000 0.696 0.304
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.2711 0.8533 0.088 0.912 0.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.6798 0.3183 0.400 0.584 0.016
#> SRR1454095 1 0.0592 0.9496 0.988 0.012 0.000
#> SRR614791 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR821255 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR820402 3 0.5706 0.5698 0.000 0.320 0.680
#> SRR1337284 2 0.6095 0.3832 0.392 0.608 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384883 2 0.6305 -0.0808 0.000 0.516 0.484
#> SRR614431 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.5138 0.6210 0.252 0.000 0.748
#> SRR1443332 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR662486 3 0.6062 0.3797 0.000 0.384 0.616
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR661949 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.6111 0.4210 0.000 0.396 0.604
#> SRR1441655 2 0.3921 0.8210 0.016 0.872 0.112
#> SRR613771 2 0.1163 0.9200 0.000 0.972 0.028
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 3 0.1860 0.8713 0.000 0.052 0.948
#> SRR811213 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.5098 0.6796 0.752 0.000 0.248
#> SRR613987 2 0.3551 0.8109 0.000 0.868 0.132
#> SRR613831 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0237 0.9395 0.000 0.996 0.004
#> SRR1402350 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.2356 0.8865 0.928 0.072 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.5560 0.5964 0.700 0.000 0.300
#> SRR1431694 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR614347 3 0.5291 0.6438 0.000 0.268 0.732
#> SRR1334228 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 1 0.6045 0.4395 0.620 0.000 0.380
#> SRR815422 3 0.6062 0.4478 0.000 0.384 0.616
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 3 0.0592 0.9001 0.000 0.012 0.988
#> SRR615790 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR614587 3 0.5968 0.4896 0.000 0.364 0.636
#> SRR814052 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.4178 0.7549 0.172 0.828 0.000
#> SRR654993 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 3 0.9773 0.1631 0.340 0.240 0.420
#> SRR663224 3 0.0592 0.9002 0.000 0.012 0.988
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR812080 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0237 0.9046 0.000 0.004 0.996
#> SRR612178 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 3 0.2846 0.8652 0.020 0.056 0.924
#> SRR1327548 2 0.6192 0.1739 0.000 0.580 0.420
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 1 0.6154 0.3737 0.592 0.000 0.408
#> SRR818961 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.5591 0.5764 0.304 0.696 0.000
#> SRR1444786 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.4452 0.7255 0.000 0.808 0.192
#> SRR661216 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 3 0.1031 0.8921 0.000 0.024 0.976
#> SRR1350196 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 3 0.1163 0.8903 0.000 0.028 0.972
#> SRR1360502 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391901 3 0.6299 0.2060 0.000 0.476 0.524
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 3 0.6111 0.4210 0.000 0.396 0.604
#> SRR1473040 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.3752 0.7882 0.000 0.856 0.144
#> SRR615503 2 0.5371 0.7546 0.048 0.812 0.140
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.6286 0.2382 0.000 0.464 0.536
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9427 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.2625 0.8630 0.000 0.916 0.084
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 2 0.6111 0.3732 0.396 0.604 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 4 0.5576 0.3436 0.000 0.020 0.444 0.536
#> SRR1359328 4 0.1211 0.1438 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR821124 2 0.0817 0.8559 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1335188 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1075825 2 0.0817 0.8564 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1321921 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466198 3 0.5119 0.7672 0.000 0.004 0.556 0.440
#> SRR1384073 4 0.6806 0.4611 0.344 0.112 0.000 0.544
#> SRR1312802 1 0.4761 0.4176 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1076559 1 0.2216 0.8605 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1370085 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1460363 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480221 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1476165 1 0.3266 0.7531 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1459631 2 0.6243 0.2221 0.000 0.548 0.392 0.060
#> SRR1448098 2 0.0188 0.8615 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321401 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR807613 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR808086 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR613687 2 0.5366 0.3034 0.000 0.548 0.440 0.012
#> SRR1471011 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1330284 2 0.0469 0.8598 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1320624 2 0.0921 0.8543 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.7026 0.4847 0.000 0.248 0.572 0.180
#> SRR1390561 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR658164 1 0.1004 0.9226 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1087079 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR814996 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1407410 4 0.4981 0.2436 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1453392 2 0.0188 0.8612 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1445873 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419985 2 0.1022 0.8560 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR820938 3 0.5088 0.7645 0.000 0.004 0.572 0.424
#> SRR1476844 1 0.0188 0.9410 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403526 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1413916 2 0.1022 0.8525 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1441051 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR614287 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1092062 2 0.1389 0.8456 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR612611 2 0.0000 0.8614 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.2973 0.7577 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1405078 3 0.1637 0.5845 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1437226 4 0.5132 0.1581 0.000 0.448 0.004 0.548
#> SRR1326078 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1096806 3 0.5671 0.7457 0.000 0.028 0.572 0.400
#> SRR1440919 2 0.5021 0.6215 0.000 0.756 0.180 0.064
#> SRR1452824 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR615754 1 0.2412 0.8558 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR1341787 4 0.0804 0.2064 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR614551 2 0.4576 0.6150 0.000 0.748 0.232 0.020
#> SRR1380829 3 0.0469 0.5625 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1455761 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465189 1 0.4897 0.4761 0.660 0.000 0.008 0.332
#> SRR1376895 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1445002 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469258 2 0.0188 0.8612 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1409239 1 0.0188 0.9410 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9411 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR657540 3 0.0000 0.5581 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821096 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR613591 4 0.6752 0.3461 0.000 0.092 0.440 0.468
#> SRR1344205 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR612479 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1399950 1 0.4936 0.4621 0.652 0.000 0.008 0.340
#> SRR1336048 4 0.4977 -0.6909 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR1368896 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379403 2 0.1022 0.8525 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1312464 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096478 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1459845 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348138 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR811423 1 0.0707 0.9324 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR615683 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1380336 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR817609 1 0.5403 0.4194 0.628 0.000 0.024 0.348
#> SRR1074550 3 0.5097 0.7652 0.000 0.004 0.568 0.428
#> SRR1499236 2 0.1211 0.8512 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR656083 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR817539 4 0.4994 0.1945 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1410801 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1347190 1 0.1211 0.9131 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1355126 2 0.0927 0.8578 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR615165 3 0.4843 0.7551 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1466046 1 0.0188 0.9410 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097055 2 0.0000 0.8614 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.4992 -0.0907 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR655325 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR810177 2 0.0921 0.8580 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR815685 2 0.0817 0.8559 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR817026 3 0.4277 0.7089 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1417224 4 0.4985 0.2338 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR661687 2 0.6197 0.2123 0.000 0.544 0.400 0.056
#> SRR1431804 1 0.5498 0.3160 0.576 0.000 0.020 0.404
#> SRR664072 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR612923 2 0.1118 0.8505 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1315890 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347726 4 0.4981 0.2363 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1500360 2 0.6114 0.0576 0.428 0.524 0.000 0.048
#> SRR1468360 4 0.4981 0.2436 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1404084 4 0.8356 -0.4913 0.192 0.032 0.352 0.424
#> SRR615994 3 0.0707 0.5656 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1475718 2 0.0592 0.8609 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1397200 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR655519 2 0.4925 0.3348 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR1311308 3 0.6212 0.7243 0.000 0.060 0.560 0.380
#> SRR1368006 2 0.0188 0.8612 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR613651 1 0.5273 0.2581 0.536 0.000 0.456 0.008
#> SRR1362621 3 0.5250 0.7657 0.000 0.008 0.552 0.440
#> SRR1451718 4 0.1389 0.2478 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1095334 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1079636 2 0.0921 0.8543 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1442549 4 0.6881 0.4680 0.340 0.120 0.000 0.540
#> SRR1466421 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR817397 2 0.1302 0.8457 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1341809 2 0.2408 0.7916 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR614623 2 0.0921 0.8556 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1335005 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1407065 2 0.2593 0.7929 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR1404483 2 0.0707 0.8575 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1096222 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1401793 1 0.0469 0.9402 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1408615 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1070597 4 0.6554 0.4159 0.376 0.084 0.000 0.540
#> SRR1332381 4 0.4989 0.2034 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1457015 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386797 2 0.3208 0.7614 0.000 0.848 0.004 0.148
#> SRR1098385 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1363947 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR820350 2 0.1022 0.8560 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR662055 3 0.1004 0.5381 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1310455 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1453639 4 0.7255 0.4373 0.016 0.108 0.336 0.540
#> SRR662617 2 0.0188 0.8615 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR654778 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR661782 2 0.0921 0.8580 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1334396 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR613867 2 0.6384 0.1962 0.000 0.496 0.440 0.064
#> SRR1479412 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1331620 1 0.0336 0.9410 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1082809 1 0.6398 0.2583 0.576 0.000 0.344 0.080
#> SRR1417178 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335278 1 0.0188 0.9410 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR665369 2 0.0188 0.8612 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR657552 4 0.3907 0.2279 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR812412 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096500 4 0.4981 0.2436 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1347750 2 0.1022 0.8560 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR615153 3 0.4228 0.2281 0.232 0.000 0.760 0.008
#> SRR1434417 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1070159 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1332508 2 0.1022 0.8563 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1082059 2 0.6746 0.2281 0.000 0.552 0.108 0.340
#> SRR1402491 1 0.0188 0.9410 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476595 2 0.5152 0.3846 0.020 0.664 0.000 0.316
#> SRR1320987 2 0.0188 0.8615 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1086417 2 0.7379 0.2712 0.244 0.584 0.020 0.152
#> SRR1454095 1 0.3554 0.7381 0.844 0.136 0.000 0.020
#> SRR614791 3 0.1191 0.5352 0.004 0.024 0.968 0.004
#> SRR821255 2 0.5244 0.0395 0.008 0.556 0.000 0.436
#> SRR820402 3 0.4655 0.3026 0.000 0.312 0.684 0.004
#> SRR1337284 4 0.6702 0.4442 0.356 0.100 0.000 0.544
#> SRR1333083 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1384883 2 0.3105 0.7559 0.000 0.856 0.140 0.004
#> SRR614431 1 0.0188 0.9410 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481106 2 0.0188 0.8612 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1370285 1 0.0188 0.9410 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446673 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1318046 2 0.1059 0.8615 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1341188 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1384941 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322864 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1476825 4 0.3239 0.1703 0.052 0.000 0.068 0.880
#> SRR1443332 2 0.0707 0.8603 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR662486 3 0.5691 -0.2992 0.000 0.024 0.508 0.468
#> SRR1447019 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662942 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR613102 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1469880 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1464977 4 0.5650 0.3068 0.432 0.024 0.000 0.544
#> SRR615850 3 0.1211 0.5735 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR661949 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1322227 3 0.6783 0.2764 0.000 0.388 0.512 0.100
#> SRR1441655 4 0.7313 0.4592 0.008 0.148 0.300 0.544
#> SRR613771 4 0.4343 0.4548 0.000 0.264 0.004 0.732
#> SRR1479471 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1488918 2 0.0000 0.8614 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1079850 2 0.0921 0.8591 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR663209 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1364914 2 0.0000 0.8614 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1314894 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414117 3 0.4866 0.7596 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1395975 4 0.4981 0.2436 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1402219 2 0.1716 0.8331 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1433623 1 0.0188 0.9410 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656385 3 0.4238 0.2930 0.000 0.028 0.796 0.176
#> SRR811213 2 0.1940 0.8236 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR663657 3 0.0188 0.5593 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR612203 1 0.5220 0.3189 0.568 0.000 0.424 0.008
#> SRR613987 2 0.5352 0.3616 0.000 0.596 0.388 0.016
#> SRR613831 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1354180 2 0.0188 0.8615 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1382912 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1475501 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1336930 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613030 3 0.0188 0.5605 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1381459 2 0.4507 0.6888 0.000 0.788 0.044 0.168
#> SRR1402350 4 0.1940 0.0695 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1419408 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR655911 3 0.0592 0.5472 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1418243 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1322573 1 0.5152 0.3795 0.664 0.316 0.000 0.020
#> SRR613615 3 0.0592 0.5644 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1355284 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1319395 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR818939 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465266 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR614888 1 0.5268 0.2645 0.540 0.000 0.452 0.008
#> SRR1431694 4 0.5000 0.1565 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR614347 3 0.3528 0.3315 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1334228 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1096007 2 0.0921 0.8580 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR656349 1 0.5414 0.3722 0.604 0.000 0.020 0.376
#> SRR815422 2 0.5476 0.3177 0.000 0.584 0.396 0.020
#> SRR1360828 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1359005 2 0.1022 0.8525 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1456652 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1391660 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1441956 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662930 3 0.1557 0.5085 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR615790 3 0.4948 0.7696 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR614827 4 0.7328 0.4693 0.000 0.200 0.276 0.524
#> SRR614587 2 0.6114 0.1644 0.000 0.524 0.428 0.048
#> SRR814052 4 0.4981 0.2436 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1070086 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481440 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1339296 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1343239 2 0.1820 0.8507 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1432802 4 0.4981 0.2436 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1416911 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410427 4 0.4981 0.2362 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1401185 4 0.7185 0.4727 0.176 0.284 0.000 0.540
#> SRR654993 2 0.1022 0.8525 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR656397 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809643 3 0.0000 0.5581 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433819 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1375225 2 0.0336 0.8605 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1367739 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1323336 4 0.8603 -0.1112 0.156 0.268 0.080 0.496
#> SRR663224 3 0.1004 0.5726 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1442840 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1374058 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656994 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469214 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1456446 1 0.0188 0.9410 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471879 2 0.1022 0.8560 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR612911 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1395720 2 0.0336 0.8605 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1413055 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656770 4 0.5147 0.2502 0.000 0.460 0.004 0.536
#> SRR812080 3 0.5088 0.7645 0.000 0.004 0.572 0.424
#> SRR1479328 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR661421 4 0.7337 0.4550 0.000 0.272 0.204 0.524
#> SRR1410286 2 0.0469 0.8597 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1487150 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1467035 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360607 2 0.1302 0.8485 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1333106 4 0.4981 0.2436 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1088706 2 0.0817 0.8559 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1320053 3 0.5088 0.7645 0.000 0.004 0.572 0.424
#> SRR1350392 2 0.0000 0.8614 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1080093 2 0.0707 0.8604 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1318753 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345369 4 0.0707 0.1805 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR612178 2 0.2216 0.8126 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1354423 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1072724 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418450 2 0.1022 0.8525 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1326427 3 0.4925 0.7663 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1437412 4 0.2861 0.0108 0.016 0.000 0.096 0.888
#> SRR1327548 2 0.4053 0.6289 0.000 0.768 0.228 0.004
#> SRR1395891 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR659367 4 0.5928 0.3262 0.036 0.000 0.456 0.508
#> SRR818961 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR813704 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613054 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1476467 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407988 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1394776 2 0.0000 0.8614 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655578 2 0.1118 0.8537 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1310645 2 0.0921 0.8543 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1345628 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1479740 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332095 2 0.6080 0.4617 0.156 0.684 0.000 0.160
#> SRR1444786 4 0.5147 0.2502 0.000 0.460 0.004 0.536
#> SRR1090070 1 0.0336 0.9410 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662414 4 0.7145 0.4784 0.000 0.252 0.192 0.556
#> SRR661216 2 0.1118 0.8505 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR656313 2 0.5472 0.3023 0.000 0.544 0.440 0.016
#> SRR615671 3 0.5110 -0.0608 0.000 0.012 0.636 0.352
#> SRR1350196 3 0.4994 0.7443 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1466580 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1408032 2 0.0707 0.8604 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1432913 3 0.2647 0.4349 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR1360502 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1391901 2 0.4792 0.5370 0.000 0.680 0.312 0.008
#> SRR1311131 1 0.0524 0.9380 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1380636 1 0.0336 0.9410 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1332339 4 0.5161 0.2029 0.476 0.000 0.004 0.520
#> SRR1341563 2 0.0817 0.8595 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1359410 3 0.7178 0.6201 0.000 0.156 0.520 0.324
#> SRR1473040 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1321444 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498765 2 0.0188 0.8612 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1312622 2 0.1792 0.8300 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR615503 4 0.6018 0.3673 0.008 0.028 0.420 0.544
#> SRR1453192 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1433107 2 0.5696 0.0353 0.000 0.492 0.484 0.024
#> SRR1075384 1 0.0188 0.9410 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356683 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR659049 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368240 1 0.0336 0.9405 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1341739 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR613249 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR663428 2 0.2300 0.8212 0.000 0.920 0.064 0.016
#> SRR1341302 2 0.0592 0.8587 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1073553 2 0.0592 0.8609 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1354093 3 0.4961 0.7701 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1406521 2 0.1792 0.8313 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1432049 1 0.0336 0.9394 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1453504 2 0.5172 0.1450 0.404 0.588 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 5 0.4264 0.2471 0.000 0.000 0.004 0.376 0.620
#> SRR1359328 5 0.4182 0.3490 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR821124 2 0.1943 0.8150 0.000 0.924 0.000 0.056 0.020
#> SRR1335188 1 0.4028 0.7596 0.776 0.000 0.000 0.048 0.176
#> SRR1075825 2 0.1638 0.8083 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR1321921 1 0.0290 0.8711 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466198 3 0.3272 0.6931 0.000 0.060 0.860 0.008 0.072
#> SRR1384073 5 0.2172 0.6937 0.016 0.076 0.000 0.000 0.908
#> SRR1312802 3 0.7563 0.0228 0.348 0.000 0.388 0.212 0.052
#> SRR1076559 1 0.8256 0.3493 0.444 0.020 0.104 0.176 0.256
#> SRR1370085 1 0.1830 0.8615 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1460363 1 0.1956 0.8590 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1480221 2 0.2358 0.8072 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR1476165 1 0.7989 0.4139 0.444 0.000 0.164 0.240 0.152
#> SRR1459631 2 0.6608 0.4196 0.000 0.576 0.272 0.076 0.076
#> SRR1448098 2 0.0865 0.8278 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1321401 2 0.2017 0.8157 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR807613 2 0.1952 0.8203 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR808086 3 0.0912 0.7586 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR613687 4 0.3730 0.5516 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1471011 3 0.3340 0.7010 0.008 0.000 0.852 0.096 0.044
#> SRR1330284 2 0.1768 0.8045 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1320624 2 0.2729 0.7956 0.000 0.884 0.000 0.060 0.056
#> SRR1459519 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.5911 0.3750 0.000 0.276 0.620 0.032 0.072
#> SRR1390561 1 0.1894 0.8604 0.920 0.000 0.000 0.072 0.008
#> SRR658164 1 0.4177 0.8137 0.772 0.000 0.000 0.164 0.064
#> SRR1087079 2 0.1704 0.8242 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR814996 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 5 0.3366 0.6738 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1453392 2 0.0162 0.8258 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445873 1 0.1484 0.8635 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1419985 2 0.2358 0.8072 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR820938 3 0.3543 0.6889 0.000 0.068 0.852 0.024 0.056
#> SRR1476844 1 0.0880 0.8702 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1403526 1 0.0290 0.8711 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1413916 2 0.3055 0.7768 0.000 0.864 0.000 0.064 0.072
#> SRR1441051 2 0.2358 0.8082 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR614287 2 0.2358 0.8072 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR1092062 2 0.2358 0.8054 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR612611 2 0.0955 0.8276 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1376356 2 0.5393 0.5215 0.000 0.652 0.060 0.016 0.272
#> SRR1405078 3 0.4305 -0.2702 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1437226 2 0.7887 -0.1347 0.000 0.420 0.160 0.116 0.304
#> SRR1326078 1 0.2712 0.8381 0.880 0.000 0.000 0.032 0.088
#> SRR1096806 3 0.5465 0.5684 0.000 0.112 0.728 0.088 0.072
#> SRR1440919 2 0.6413 0.4405 0.000 0.588 0.276 0.060 0.076
#> SRR1452824 3 0.2654 0.7192 0.000 0.000 0.884 0.084 0.032
#> SRR615754 1 0.3353 0.7950 0.796 0.000 0.000 0.196 0.008
#> SRR1341787 5 0.3969 0.5088 0.000 0.004 0.304 0.000 0.692
#> SRR614551 2 0.4436 0.6390 0.000 0.736 0.012 0.224 0.028
#> SRR1380829 4 0.2690 0.7066 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1455761 1 0.2408 0.8432 0.892 0.000 0.000 0.016 0.092
#> SRR1465189 1 0.6870 0.3684 0.512 0.000 0.264 0.200 0.024
#> SRR1376895 1 0.2408 0.8432 0.892 0.000 0.000 0.016 0.092
#> SRR1445002 1 0.1956 0.8590 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1469258 2 0.1082 0.8274 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1409239 1 0.0324 0.8720 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1480200 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.2411 0.8395 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR657540 4 0.3480 0.6936 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR821096 2 0.1956 0.8178 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR613591 4 0.3885 0.6241 0.000 0.040 0.000 0.784 0.176
#> SRR1344205 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612479 1 0.1205 0.8697 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1399950 1 0.7617 0.1282 0.420 0.000 0.344 0.152 0.084
#> SRR1336048 3 0.2964 0.6889 0.000 0.000 0.856 0.024 0.120
#> SRR1368896 1 0.1410 0.8628 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1379403 2 0.3119 0.7744 0.000 0.860 0.000 0.068 0.072
#> SRR1312464 1 0.0404 0.8718 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096478 1 0.2971 0.8181 0.836 0.000 0.000 0.156 0.008
#> SRR1459845 1 0.0451 0.8712 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1348138 3 0.0290 0.7645 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR811423 1 0.6012 0.6400 0.648 0.000 0.120 0.200 0.032
#> SRR615683 1 0.1205 0.8683 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1380336 2 0.2286 0.8168 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR817609 1 0.7084 0.1877 0.436 0.000 0.340 0.200 0.024
#> SRR1074550 3 0.3613 0.6819 0.000 0.068 0.844 0.016 0.072
#> SRR1499236 2 0.2304 0.8075 0.000 0.892 0.000 0.008 0.100
#> SRR656083 1 0.1894 0.8604 0.920 0.000 0.000 0.072 0.008
#> SRR817539 5 0.3684 0.4887 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1410801 1 0.3280 0.8033 0.812 0.000 0.000 0.176 0.012
#> SRR1347190 1 0.7180 0.5847 0.560 0.000 0.100 0.188 0.152
#> SRR1355126 2 0.2036 0.8142 0.000 0.920 0.000 0.056 0.024
#> SRR615165 3 0.0880 0.7511 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1466046 1 0.0290 0.8716 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1097055 2 0.0671 0.8262 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1312370 5 0.3809 0.6487 0.000 0.256 0.000 0.008 0.736
#> SRR655325 1 0.0510 0.8705 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR810177 2 0.2249 0.8096 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR815685 2 0.1608 0.8058 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR817026 3 0.4669 0.4335 0.000 0.012 0.692 0.272 0.024
#> SRR1417224 5 0.3838 0.6394 0.000 0.280 0.004 0.000 0.716
#> SRR661687 2 0.6759 0.3811 0.000 0.556 0.284 0.084 0.076
#> SRR1431804 3 0.7126 0.0664 0.360 0.000 0.412 0.204 0.024
#> SRR664072 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612923 2 0.3116 0.7886 0.000 0.860 0.000 0.064 0.076
#> SRR1315890 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 5 0.2929 0.5785 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1500360 2 0.7730 -0.1052 0.288 0.376 0.000 0.056 0.280
#> SRR1468360 5 0.3336 0.6762 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1404084 3 0.7604 0.4549 0.104 0.028 0.568 0.168 0.132
#> SRR615994 4 0.3876 0.6415 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1475718 2 0.1082 0.8281 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1397200 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655519 4 0.4015 0.4490 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1311308 3 0.5104 0.5370 0.000 0.180 0.724 0.024 0.072
#> SRR1368006 2 0.0451 0.8264 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR613651 4 0.2833 0.5885 0.140 0.000 0.004 0.852 0.004
#> SRR1362621 3 0.2784 0.7168 0.000 0.028 0.888 0.012 0.072
#> SRR1451718 5 0.4540 0.5476 0.004 0.000 0.180 0.068 0.748
#> SRR1095334 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079636 2 0.2853 0.7837 0.000 0.876 0.000 0.052 0.072
#> SRR1442549 5 0.2233 0.6955 0.016 0.080 0.000 0.000 0.904
#> SRR1466421 2 0.2358 0.8072 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR817397 2 0.3890 0.7539 0.000 0.828 0.020 0.080 0.072
#> SRR1341809 2 0.3487 0.6952 0.000 0.780 0.000 0.008 0.212
#> SRR614623 2 0.1952 0.8101 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1335005 2 0.2017 0.8173 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR1407065 2 0.5156 0.6810 0.000 0.752 0.100 0.076 0.072
#> SRR1404483 2 0.0854 0.8237 0.000 0.976 0.004 0.008 0.012
#> SRR1096222 1 0.1830 0.8615 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1401793 1 0.1670 0.8627 0.936 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR1408615 3 0.1168 0.7540 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1070597 5 0.3319 0.6274 0.160 0.020 0.000 0.000 0.820
#> SRR1332381 5 0.5546 0.5232 0.116 0.000 0.064 0.100 0.720
#> SRR1457015 1 0.0609 0.8709 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1386797 2 0.7369 0.3884 0.016 0.564 0.144 0.076 0.200
#> SRR1098385 2 0.1894 0.8186 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1363947 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.2358 0.8072 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR662055 4 0.2971 0.7267 0.000 0.008 0.156 0.836 0.000
#> SRR1310455 1 0.3386 0.8084 0.832 0.000 0.000 0.040 0.128
#> SRR1453639 5 0.2804 0.6812 0.000 0.068 0.004 0.044 0.884
#> SRR662617 2 0.1956 0.8198 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR654778 1 0.3437 0.8089 0.832 0.000 0.000 0.048 0.120
#> SRR661782 2 0.2358 0.8072 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR1334396 1 0.3779 0.7785 0.776 0.000 0.000 0.200 0.024
#> SRR613867 4 0.4364 0.6049 0.000 0.216 0.000 0.736 0.048
#> SRR1479412 1 0.4028 0.7607 0.776 0.000 0.000 0.048 0.176
#> SRR1331620 1 0.4971 0.7649 0.708 0.000 0.000 0.176 0.116
#> SRR1082809 3 0.7318 0.2874 0.264 0.000 0.508 0.076 0.152
#> SRR1417178 1 0.4459 0.7646 0.744 0.000 0.004 0.200 0.052
#> SRR1335278 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0955 0.8271 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR657552 3 0.8355 0.1177 0.236 0.000 0.376 0.200 0.188
#> SRR812412 1 0.1851 0.8515 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1096500 5 0.3305 0.6780 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1347750 2 0.2193 0.8103 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092
#> SRR615153 4 0.2284 0.6722 0.056 0.000 0.028 0.912 0.004
#> SRR1434417 1 0.3171 0.8058 0.816 0.000 0.000 0.176 0.008
#> SRR1070159 3 0.0898 0.7587 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1332508 2 0.1965 0.8157 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1082059 3 0.6399 0.3763 0.000 0.284 0.584 0.072 0.060
#> SRR1402491 1 0.0290 0.8716 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476595 2 0.6328 0.3815 0.012 0.576 0.000 0.180 0.232
#> SRR1320987 2 0.0992 0.8277 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1086417 2 0.8819 0.2063 0.140 0.460 0.184 0.132 0.084
#> SRR1454095 1 0.7409 0.1598 0.476 0.212 0.000 0.056 0.256
#> SRR614791 4 0.2074 0.7191 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR821255 5 0.4817 0.5742 0.000 0.264 0.000 0.056 0.680
#> SRR820402 4 0.6919 0.4440 0.000 0.272 0.108 0.548 0.072
#> SRR1337284 5 0.2520 0.6829 0.056 0.048 0.000 0.000 0.896
#> SRR1333083 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384883 2 0.5003 0.6946 0.000 0.764 0.084 0.080 0.072
#> SRR614431 1 0.0162 0.8716 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481106 2 0.0324 0.8260 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1370285 1 0.0162 0.8717 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.1697 0.8159 0.000 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1341188 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.1851 0.8519 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1322864 2 0.1894 0.8186 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1476825 5 0.5310 0.1974 0.024 0.000 0.428 0.016 0.532
#> SRR1443332 2 0.2748 0.8099 0.000 0.880 0.016 0.008 0.096
#> SRR662486 4 0.4315 0.5841 0.000 0.012 0.016 0.728 0.244
#> SRR1447019 1 0.3318 0.8004 0.808 0.000 0.000 0.180 0.012
#> SRR662942 1 0.0865 0.8706 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR613102 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.2540 0.8440 0.888 0.000 0.000 0.024 0.088
#> SRR1464977 5 0.2408 0.6596 0.092 0.016 0.000 0.000 0.892
#> SRR615850 4 0.4150 0.5336 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR661949 2 0.1830 0.8221 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1322227 3 0.5673 0.3319 0.000 0.316 0.600 0.012 0.072
#> SRR1441655 5 0.2929 0.6846 0.000 0.076 0.004 0.044 0.876
#> SRR613771 5 0.4312 0.6681 0.000 0.104 0.124 0.000 0.772
#> SRR1479471 1 0.1408 0.8672 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR1488918 2 0.0865 0.8273 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1414040 2 0.1956 0.8173 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1079850 2 0.3102 0.7912 0.000 0.860 0.000 0.056 0.084
#> SRR663209 1 0.0963 0.8695 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1364914 2 0.0955 0.8271 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1408267 2 0.1697 0.8226 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR1314894 1 0.2020 0.8477 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1414117 3 0.4494 0.6585 0.000 0.020 0.784 0.108 0.088
#> SRR1395975 5 0.3684 0.6445 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1402219 2 0.3093 0.7572 0.000 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR1433623 1 0.0290 0.8716 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR656385 4 0.4207 0.7148 0.000 0.024 0.076 0.808 0.092
#> SRR811213 2 0.4490 0.6921 0.000 0.756 0.004 0.168 0.072
#> SRR663657 4 0.3480 0.6933 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR612203 4 0.2583 0.5892 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR613987 2 0.4909 0.0684 0.000 0.508 0.012 0.472 0.008
#> SRR613831 3 0.0162 0.7651 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1354180 2 0.1571 0.8245 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1382912 1 0.1956 0.8590 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1475501 1 0.1830 0.8615 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1336930 1 0.3061 0.8279 0.844 0.000 0.000 0.020 0.136
#> SRR613030 4 0.3684 0.6682 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1381459 2 0.5660 0.5052 0.000 0.612 0.264 0.000 0.124
#> SRR1402350 3 0.4451 0.4990 0.000 0.000 0.712 0.040 0.248
#> SRR1419408 1 0.1894 0.8605 0.920 0.000 0.000 0.072 0.008
#> SRR655911 4 0.3561 0.6859 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR1418243 1 0.2408 0.8432 0.892 0.000 0.000 0.016 0.092
#> SRR1322573 1 0.8163 -0.0538 0.376 0.332 0.016 0.072 0.204
#> SRR613615 4 0.3949 0.6221 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1355284 1 0.3810 0.7997 0.792 0.000 0.000 0.168 0.040
#> SRR1319395 1 0.3437 0.8075 0.832 0.000 0.000 0.048 0.120
#> SRR818939 1 0.1697 0.8636 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1465266 1 0.3209 0.8032 0.812 0.000 0.000 0.180 0.008
#> SRR614888 4 0.2612 0.6259 0.124 0.000 0.000 0.868 0.008
#> SRR1431694 5 0.4150 0.3927 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR614347 4 0.4617 0.7084 0.000 0.108 0.148 0.744 0.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.2136 0.8118 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR656349 3 0.7121 -0.0369 0.384 0.000 0.392 0.200 0.024
#> SRR815422 2 0.6535 0.4471 0.000 0.596 0.248 0.084 0.072
#> SRR1360828 1 0.1943 0.8562 0.924 0.000 0.000 0.020 0.056
#> SRR1359005 2 0.3055 0.7768 0.000 0.864 0.000 0.064 0.072
#> SRR1456652 1 0.3622 0.7956 0.816 0.000 0.000 0.048 0.136
#> SRR1391660 1 0.2773 0.8310 0.868 0.000 0.000 0.020 0.112
#> SRR1441956 1 0.3622 0.7956 0.816 0.000 0.000 0.048 0.136
#> SRR662930 4 0.4671 0.7115 0.000 0.116 0.144 0.740 0.000
#> SRR615790 3 0.1571 0.7335 0.000 0.004 0.936 0.060 0.000
#> SRR614827 5 0.4918 0.5585 0.000 0.072 0.008 0.204 0.716
#> SRR614587 2 0.6722 0.4186 0.000 0.576 0.256 0.092 0.076
#> SRR814052 5 0.3336 0.6762 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1070086 1 0.0290 0.8711 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481440 1 0.3656 0.7843 0.784 0.000 0.000 0.196 0.020
#> SRR1339296 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.3441 0.7437 0.000 0.824 0.148 0.004 0.024
#> SRR1432802 5 0.3366 0.6738 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1416911 1 0.1965 0.8484 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1410427 5 0.3003 0.5725 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1401185 5 0.2445 0.6946 0.004 0.108 0.000 0.004 0.884
#> SRR654993 2 0.2270 0.8093 0.000 0.904 0.000 0.020 0.076
#> SRR656397 1 0.0162 0.8714 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR809643 4 0.3734 0.6968 0.004 0.000 0.240 0.752 0.004
#> SRR1433819 1 0.5027 0.7624 0.700 0.000 0.000 0.188 0.112
#> SRR1375225 2 0.0671 0.8252 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1367739 3 0.1106 0.7552 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR1323336 3 0.7800 0.4123 0.164 0.104 0.572 0.084 0.076
#> SRR663224 4 0.4812 0.5090 0.000 0.028 0.372 0.600 0.000
#> SRR1442840 1 0.1557 0.8655 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR1374058 1 0.0162 0.8714 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656994 1 0.2189 0.8491 0.904 0.000 0.000 0.012 0.084
#> SRR1469214 2 0.2179 0.8196 0.000 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1456446 1 0.0162 0.8717 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1471879 2 0.2411 0.8051 0.000 0.884 0.000 0.008 0.108
#> SRR612911 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395720 2 0.0566 0.8241 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1413055 1 0.3779 0.7785 0.776 0.000 0.000 0.200 0.024
#> SRR656770 5 0.3890 0.6551 0.000 0.252 0.012 0.000 0.736
#> SRR812080 3 0.3799 0.6748 0.000 0.068 0.836 0.024 0.072
#> SRR1479328 1 0.5444 0.7161 0.660 0.000 0.000 0.180 0.160
#> SRR661421 5 0.4933 0.5642 0.000 0.096 0.000 0.200 0.704
#> SRR1410286 2 0.0955 0.8225 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1487150 1 0.2270 0.8494 0.904 0.000 0.000 0.020 0.076
#> SRR1467035 1 0.1830 0.8615 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1360607 2 0.2462 0.7982 0.000 0.880 0.000 0.008 0.112
#> SRR1333106 5 0.3612 0.6446 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1088706 2 0.1608 0.8058 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1320053 3 0.3605 0.6863 0.000 0.056 0.848 0.024 0.072
#> SRR1350392 2 0.1894 0.8238 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1385190 3 0.2573 0.7052 0.000 0.000 0.880 0.104 0.016
#> SRR1080093 2 0.1704 0.8224 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1318753 1 0.1341 0.8643 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1345369 5 0.3857 0.5054 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR612178 2 0.4796 0.6421 0.000 0.724 0.020 0.216 0.040
#> SRR1354423 1 0.1764 0.8626 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR1072724 1 0.0510 0.8705 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1418450 2 0.3119 0.7744 0.000 0.860 0.000 0.068 0.072
#> SRR1326427 3 0.2236 0.7332 0.000 0.000 0.908 0.024 0.068
#> SRR1437412 3 0.6634 0.1655 0.004 0.000 0.460 0.200 0.336
#> SRR1327548 2 0.6018 0.5465 0.000 0.656 0.208 0.064 0.072
#> SRR1395891 1 0.2411 0.8398 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR659367 4 0.2813 0.6164 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR818961 1 0.2193 0.8535 0.900 0.000 0.000 0.092 0.008
#> SRR813704 1 0.0290 0.8711 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613054 1 0.2304 0.8498 0.892 0.000 0.000 0.100 0.008
#> SRR1476467 1 0.0510 0.8707 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1407988 2 0.2358 0.8072 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR1394776 2 0.1408 0.8261 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR655578 2 0.2411 0.8050 0.000 0.884 0.000 0.008 0.108
#> SRR1310645 2 0.3272 0.7749 0.000 0.860 0.008 0.060 0.072
#> SRR1345628 1 0.2522 0.8459 0.880 0.000 0.000 0.108 0.012
#> SRR1479740 1 0.0510 0.8705 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1332095 5 0.7448 0.2930 0.180 0.332 0.000 0.056 0.432
#> SRR1444786 5 0.3487 0.6283 0.000 0.212 0.008 0.000 0.780
#> SRR1090070 1 0.1484 0.8702 0.944 0.000 0.000 0.048 0.008
#> SRR662414 5 0.4615 0.6768 0.000 0.124 0.040 0.056 0.780
#> SRR661216 2 0.3159 0.7862 0.000 0.856 0.000 0.056 0.088
#> SRR656313 4 0.3838 0.5586 0.000 0.280 0.000 0.716 0.004
#> SRR615671 4 0.4276 0.5832 0.000 0.000 0.032 0.724 0.244
#> SRR1350196 3 0.0162 0.7652 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466580 1 0.3485 0.8045 0.828 0.000 0.000 0.048 0.124
#> SRR1408032 2 0.1894 0.8186 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1432913 4 0.4558 0.7133 0.000 0.088 0.168 0.744 0.000
#> SRR1360502 3 0.3432 0.6760 0.000 0.000 0.828 0.132 0.040
#> SRR1391901 2 0.5867 0.5881 0.000 0.676 0.064 0.188 0.072
#> SRR1311131 1 0.3229 0.8212 0.840 0.000 0.000 0.032 0.128
#> SRR1380636 1 0.4723 0.7949 0.736 0.000 0.000 0.136 0.128
#> SRR1332339 5 0.3551 0.5393 0.220 0.000 0.000 0.008 0.772
#> SRR1341563 2 0.1894 0.8186 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1359410 3 0.3583 0.6054 0.000 0.168 0.808 0.008 0.016
#> SRR1473040 3 0.0000 0.7660 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.0290 0.8711 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1498765 2 0.0771 0.8267 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1312622 2 0.4198 0.7450 0.000 0.816 0.044 0.068 0.072
#> SRR615503 4 0.4276 0.3569 0.004 0.000 0.000 0.616 0.380
#> SRR1453192 1 0.1894 0.8604 0.920 0.000 0.000 0.072 0.008
#> SRR1433107 2 0.6176 0.1361 0.000 0.488 0.416 0.024 0.072
#> SRR1075384 1 0.0290 0.8716 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1356683 1 0.1357 0.8673 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR659049 1 0.3203 0.8088 0.820 0.000 0.000 0.168 0.012
#> SRR1368240 1 0.1956 0.8590 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1341739 1 0.2824 0.8285 0.864 0.000 0.000 0.020 0.116
#> SRR613249 3 0.0324 0.7646 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR663428 2 0.3354 0.7916 0.000 0.844 0.000 0.068 0.088
#> SRR1341302 2 0.1768 0.8045 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1073553 2 0.1408 0.8265 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1354093 3 0.1928 0.7335 0.000 0.004 0.920 0.004 0.072
#> SRR1406521 2 0.4376 0.7341 0.000 0.804 0.044 0.080 0.072
#> SRR1432049 1 0.2962 0.8311 0.868 0.000 0.000 0.048 0.084
#> SRR1453504 2 0.6954 0.0759 0.332 0.456 0.000 0.020 0.192
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.3499 0.44979 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1359328 6 0.3684 0.44779 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR821124 2 0.5373 0.67618 0.000 0.672 0.000 0.088 0.176 0.064
#> SRR1335188 1 0.5128 0.51454 0.652 0.008 0.000 0.000 0.184 0.156
#> SRR1075825 2 0.2896 0.73413 0.000 0.824 0.000 0.000 0.160 0.016
#> SRR1321921 1 0.0260 0.77670 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466198 3 0.2805 0.69305 0.000 0.000 0.828 0.012 0.160 0.000
#> SRR1384073 6 0.1930 0.73255 0.012 0.028 0.000 0.000 0.036 0.924
#> SRR1312802 5 0.6404 0.40532 0.188 0.000 0.256 0.020 0.520 0.016
#> SRR1076559 5 0.6577 0.30391 0.244 0.004 0.048 0.004 0.524 0.176
#> SRR1370085 1 0.2482 0.71844 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148 0.000
#> SRR1460363 1 0.2805 0.68862 0.812 0.000 0.000 0.004 0.184 0.000
#> SRR1480221 2 0.2118 0.74653 0.000 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1476165 5 0.6531 0.42755 0.184 0.000 0.088 0.020 0.588 0.120
#> SRR1459631 5 0.7807 -0.13302 0.000 0.296 0.240 0.108 0.332 0.024
#> SRR1448098 2 0.0951 0.77669 0.000 0.968 0.000 0.004 0.020 0.008
#> SRR1321401 2 0.1225 0.76840 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR807613 2 0.2888 0.76590 0.000 0.852 0.000 0.000 0.056 0.092
#> SRR808086 3 0.1327 0.72440 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR613687 4 0.2048 0.79114 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR1471011 3 0.4078 0.47409 0.000 0.000 0.656 0.000 0.320 0.024
#> SRR1330284 2 0.3622 0.68761 0.000 0.744 0.000 0.004 0.236 0.016
#> SRR1320624 2 0.5536 0.61871 0.000 0.628 0.004 0.088 0.244 0.036
#> SRR1459519 1 0.0291 0.77679 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1091184 3 0.6200 0.46259 0.000 0.084 0.552 0.056 0.296 0.012
#> SRR1390561 1 0.2482 0.71844 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148 0.000
#> SRR658164 1 0.5549 0.52226 0.616 0.000 0.000 0.036 0.248 0.100
#> SRR1087079 2 0.2776 0.77305 0.000 0.860 0.000 0.000 0.088 0.052
#> SRR814996 3 0.0603 0.74633 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1407410 6 0.2558 0.73725 0.000 0.156 0.000 0.000 0.004 0.840
#> SRR1453392 2 0.2500 0.75991 0.000 0.868 0.000 0.012 0.116 0.004
#> SRR1445873 1 0.2571 0.74131 0.876 0.000 0.000 0.000 0.060 0.064
#> SRR1419985 2 0.2118 0.74493 0.000 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR820938 3 0.3621 0.67797 0.000 0.008 0.796 0.048 0.148 0.000
#> SRR1476844 1 0.1444 0.76064 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1403526 1 0.0260 0.77670 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1413916 2 0.5610 0.52212 0.000 0.556 0.004 0.096 0.328 0.016
#> SRR1441051 2 0.2006 0.74806 0.000 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR614287 2 0.2070 0.74843 0.000 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1092062 2 0.1411 0.76053 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR612611 2 0.2956 0.76712 0.000 0.848 0.000 0.000 0.088 0.064
#> SRR1376356 2 0.4483 0.60461 0.000 0.724 0.032 0.000 0.044 0.200
#> SRR1405078 3 0.3995 -0.05586 0.000 0.000 0.516 0.480 0.000 0.004
#> SRR1437226 5 0.7593 -0.04442 0.000 0.288 0.076 0.032 0.392 0.212
#> SRR1326078 1 0.3544 0.68925 0.800 0.000 0.000 0.000 0.120 0.080
#> SRR1096806 3 0.6971 0.34924 0.000 0.088 0.456 0.112 0.328 0.016
#> SRR1440919 5 0.7777 -0.13200 0.000 0.296 0.252 0.092 0.332 0.028
#> SRR1452824 3 0.3445 0.56710 0.000 0.000 0.744 0.000 0.244 0.012
#> SRR615754 1 0.4149 0.59116 0.720 0.000 0.000 0.064 0.216 0.000
#> SRR1341787 6 0.3076 0.62474 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR614551 2 0.4957 0.67114 0.000 0.744 0.020 0.112 0.060 0.064
#> SRR1380829 4 0.1995 0.84569 0.000 0.000 0.036 0.912 0.052 0.000
#> SRR1455761 1 0.3376 0.70279 0.816 0.000 0.000 0.000 0.092 0.092
#> SRR1465189 5 0.6313 0.25472 0.388 0.000 0.108 0.028 0.460 0.016
#> SRR1376895 1 0.3376 0.70279 0.816 0.000 0.000 0.000 0.092 0.092
#> SRR1445002 1 0.2964 0.66836 0.792 0.000 0.000 0.004 0.204 0.000
#> SRR1469258 2 0.1765 0.77468 0.000 0.924 0.000 0.000 0.024 0.052
#> SRR1409239 1 0.0405 0.77737 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1480200 1 0.0260 0.77670 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1418323 1 0.3277 0.70872 0.824 0.000 0.000 0.000 0.084 0.092
#> SRR657540 4 0.0790 0.86208 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR821096 2 0.1082 0.76746 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR613591 4 0.2262 0.84159 0.000 0.036 0.000 0.908 0.020 0.036
#> SRR1344205 3 0.0146 0.75157 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR612479 1 0.1075 0.76808 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1399950 5 0.6627 0.31841 0.264 0.000 0.236 0.008 0.464 0.028
#> SRR1336048 3 0.3865 0.57824 0.000 0.000 0.752 0.000 0.192 0.056
#> SRR1368896 1 0.1983 0.75332 0.908 0.000 0.000 0.000 0.020 0.072
#> SRR1379403 2 0.5570 0.52634 0.000 0.560 0.004 0.092 0.328 0.016
#> SRR1312464 1 0.0914 0.77357 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR1096478 1 0.3840 0.53518 0.696 0.000 0.000 0.020 0.284 0.000
#> SRR1459845 1 0.0622 0.77656 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1348138 3 0.0692 0.74685 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000
#> SRR811423 5 0.5989 0.20581 0.412 0.000 0.084 0.020 0.468 0.016
#> SRR615683 1 0.1219 0.76709 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1380336 2 0.4204 0.65594 0.000 0.692 0.000 0.016 0.272 0.020
#> SRR817609 5 0.6764 0.40154 0.276 0.000 0.220 0.028 0.460 0.016
#> SRR1074550 3 0.4774 0.60229 0.000 0.024 0.688 0.048 0.236 0.004
#> SRR1499236 2 0.1267 0.76254 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR656083 1 0.2703 0.69929 0.824 0.000 0.000 0.004 0.172 0.000
#> SRR817539 6 0.3500 0.55070 0.204 0.000 0.000 0.000 0.028 0.768
#> SRR1410801 1 0.4301 0.29128 0.584 0.000 0.000 0.024 0.392 0.000
#> SRR1347190 5 0.6309 0.39740 0.184 0.000 0.072 0.016 0.604 0.124
#> SRR1355126 2 0.2848 0.68804 0.000 0.828 0.004 0.000 0.160 0.008
#> SRR615165 3 0.0935 0.74577 0.000 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1466046 1 0.1007 0.76965 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1097055 2 0.2685 0.77097 0.000 0.868 0.000 0.000 0.072 0.060
#> SRR1312370 6 0.3405 0.63571 0.000 0.272 0.000 0.000 0.004 0.724
#> SRR655325 1 0.0363 0.77640 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR810177 2 0.1588 0.75784 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR815685 2 0.3516 0.69343 0.000 0.760 0.000 0.004 0.220 0.016
#> SRR817026 3 0.4530 0.60316 0.000 0.000 0.692 0.208 0.100 0.000
#> SRR1417224 6 0.3221 0.71834 0.000 0.220 0.004 0.004 0.000 0.772
#> SRR661687 5 0.7806 -0.15498 0.000 0.308 0.224 0.112 0.332 0.024
#> SRR1431804 5 0.6534 0.40988 0.280 0.000 0.160 0.020 0.512 0.028
#> SRR664072 3 0.0146 0.75157 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR612923 2 0.5986 0.60222 0.000 0.580 0.000 0.096 0.256 0.068
#> SRR1315890 1 0.0146 0.77683 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347726 6 0.2201 0.69203 0.048 0.000 0.000 0.000 0.052 0.900
#> SRR1500360 2 0.7531 -0.05781 0.248 0.364 0.000 0.000 0.204 0.184
#> SRR1468360 6 0.2662 0.73970 0.000 0.152 0.000 0.004 0.004 0.840
#> SRR1404084 5 0.7345 -0.16994 0.024 0.040 0.388 0.028 0.392 0.128
#> SRR615994 4 0.2454 0.79330 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.1524 0.77057 0.000 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR1397200 3 0.0291 0.75071 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR655519 4 0.4455 0.51561 0.000 0.232 0.000 0.688 0.080 0.000
#> SRR1311308 3 0.5703 0.49887 0.000 0.048 0.584 0.056 0.304 0.008
#> SRR1368006 2 0.2002 0.77225 0.000 0.908 0.000 0.004 0.076 0.012
#> SRR613651 4 0.2318 0.80520 0.044 0.000 0.000 0.892 0.064 0.000
#> SRR1362621 3 0.4960 0.61112 0.000 0.040 0.696 0.056 0.204 0.004
#> SRR1451718 6 0.5535 0.38402 0.008 0.000 0.124 0.000 0.320 0.548
#> SRR1095334 3 0.0146 0.75157 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1079636 2 0.5180 0.56474 0.000 0.600 0.004 0.060 0.320 0.016
#> SRR1442549 6 0.2001 0.75349 0.004 0.092 0.000 0.004 0.000 0.900
#> SRR1466421 2 0.2118 0.74640 0.000 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR817397 2 0.6243 0.47275 0.000 0.516 0.028 0.112 0.328 0.016
#> SRR1341809 2 0.2631 0.70050 0.000 0.840 0.000 0.000 0.008 0.152
#> SRR614623 2 0.4335 0.72634 0.000 0.744 0.000 0.024 0.176 0.056
#> SRR1335005 2 0.1398 0.76716 0.000 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR1407065 2 0.7010 0.37629 0.000 0.452 0.096 0.108 0.328 0.016
#> SRR1404483 2 0.3143 0.74509 0.000 0.836 0.004 0.024 0.128 0.008
#> SRR1096222 1 0.2402 0.72418 0.856 0.000 0.000 0.004 0.140 0.000
#> SRR1401793 1 0.2664 0.69411 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1408615 3 0.1753 0.71078 0.000 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1070597 6 0.3246 0.69159 0.108 0.036 0.000 0.004 0.012 0.840
#> SRR1332381 6 0.4827 0.25054 0.020 0.000 0.008 0.012 0.412 0.548
#> SRR1457015 1 0.1297 0.76840 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1386797 2 0.6808 0.31867 0.008 0.528 0.100 0.000 0.216 0.148
#> SRR1098385 2 0.1151 0.76931 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR1363947 3 0.0291 0.75134 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR820350 2 0.2070 0.74613 0.000 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR662055 4 0.0508 0.86372 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.3828 0.66891 0.776 0.000 0.000 0.000 0.124 0.100
#> SRR1453639 6 0.2457 0.73726 0.004 0.044 0.000 0.016 0.036 0.900
#> SRR662617 2 0.2056 0.76318 0.000 0.904 0.000 0.004 0.012 0.080
#> SRR654778 1 0.3920 0.65425 0.764 0.000 0.000 0.000 0.148 0.088
#> SRR661782 2 0.2118 0.74640 0.000 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1334396 1 0.4797 0.03383 0.500 0.000 0.000 0.024 0.460 0.016
#> SRR613867 4 0.1857 0.85123 0.000 0.028 0.000 0.928 0.012 0.032
#> SRR1479412 1 0.5005 0.50473 0.644 0.000 0.000 0.000 0.192 0.164
#> SRR1331620 5 0.5815 0.14640 0.368 0.000 0.000 0.016 0.492 0.124
#> SRR1082809 3 0.6937 0.08206 0.116 0.000 0.424 0.000 0.332 0.128
#> SRR1417178 5 0.5528 0.10435 0.420 0.000 0.008 0.020 0.496 0.056
#> SRR1335278 1 0.0790 0.77221 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR665369 2 0.3138 0.76570 0.000 0.840 0.000 0.004 0.096 0.060
#> SRR657552 5 0.7479 0.40950 0.188 0.000 0.220 0.028 0.460 0.104
#> SRR812412 1 0.2697 0.73204 0.864 0.000 0.000 0.000 0.044 0.092
#> SRR1096500 6 0.2482 0.74031 0.000 0.148 0.000 0.000 0.004 0.848
#> SRR1347750 2 0.1349 0.76102 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR615153 4 0.0777 0.85975 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR1434417 1 0.3855 0.54875 0.704 0.000 0.000 0.024 0.272 0.000
#> SRR1070159 3 0.1141 0.73277 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1332508 2 0.3032 0.76201 0.000 0.840 0.000 0.000 0.056 0.104
#> SRR1082059 3 0.6881 0.24683 0.000 0.276 0.456 0.000 0.184 0.084
#> SRR1402491 1 0.0632 0.77373 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1476595 2 0.5709 0.45318 0.012 0.608 0.000 0.012 0.224 0.144
#> SRR1320987 2 0.0405 0.77538 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1086417 5 0.6789 0.03317 0.024 0.312 0.160 0.008 0.476 0.020
#> SRR1454095 1 0.7398 0.02909 0.400 0.240 0.000 0.000 0.192 0.168
#> SRR614791 4 0.0837 0.86210 0.000 0.004 0.004 0.972 0.020 0.000
#> SRR821255 6 0.5807 0.21902 0.004 0.412 0.000 0.000 0.156 0.428
#> SRR820402 4 0.6388 0.32061 0.000 0.124 0.036 0.524 0.300 0.016
#> SRR1337284 6 0.1857 0.72712 0.028 0.012 0.000 0.000 0.032 0.928
#> SRR1333083 3 0.0146 0.75157 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1384883 2 0.6939 0.38951 0.000 0.460 0.088 0.108 0.328 0.016
#> SRR614431 1 0.0405 0.77695 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1481106 2 0.2420 0.76485 0.000 0.876 0.000 0.008 0.108 0.008
#> SRR1370285 1 0.0790 0.77221 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1446673 3 0.0146 0.75157 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318046 2 0.2911 0.75842 0.000 0.856 0.000 0.036 0.100 0.008
#> SRR1341188 3 0.0146 0.75157 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1384941 1 0.2384 0.74259 0.884 0.000 0.000 0.000 0.032 0.084
#> SRR1322864 2 0.1049 0.77035 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1476825 6 0.6033 0.19052 0.004 0.000 0.352 0.000 0.212 0.432
#> SRR1443332 2 0.3011 0.73902 0.000 0.852 0.036 0.000 0.012 0.100
#> SRR662486 4 0.1644 0.83800 0.000 0.004 0.000 0.920 0.000 0.076
#> SRR1447019 1 0.4261 0.25708 0.572 0.000 0.000 0.020 0.408 0.000
#> SRR662942 1 0.0363 0.77582 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR613102 3 0.0146 0.75157 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469880 1 0.3514 0.69424 0.804 0.000 0.000 0.000 0.108 0.088
#> SRR1464977 6 0.1930 0.72534 0.028 0.012 0.000 0.000 0.036 0.924
#> SRR615850 4 0.3360 0.65855 0.000 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR661949 2 0.2019 0.75937 0.000 0.900 0.000 0.000 0.012 0.088
#> SRR1322227 3 0.5488 0.55371 0.000 0.080 0.636 0.040 0.240 0.004
#> SRR1441655 6 0.2653 0.70692 0.004 0.028 0.000 0.000 0.100 0.868
#> SRR613771 6 0.3268 0.73419 0.000 0.056 0.100 0.004 0.004 0.836
#> SRR1479471 1 0.2100 0.74047 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112 0.000
#> SRR1488918 2 0.3065 0.76715 0.000 0.848 0.000 0.008 0.096 0.048
#> SRR1414040 2 0.1225 0.76840 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR1079850 2 0.2826 0.70384 0.000 0.844 0.000 0.000 0.128 0.028
#> SRR663209 1 0.0937 0.77055 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1364914 2 0.3047 0.76734 0.000 0.848 0.000 0.004 0.084 0.064
#> SRR1408267 2 0.1049 0.77035 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1314894 1 0.2629 0.73379 0.868 0.000 0.000 0.000 0.040 0.092
#> SRR1414117 3 0.6659 0.44671 0.000 0.056 0.496 0.120 0.312 0.016
#> SRR1395975 6 0.3136 0.71440 0.000 0.228 0.000 0.004 0.000 0.768
#> SRR1402219 2 0.2544 0.72725 0.000 0.852 0.000 0.004 0.004 0.140
#> SRR1433623 1 0.0632 0.77391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR656385 4 0.1226 0.85730 0.000 0.004 0.004 0.952 0.000 0.040
#> SRR811213 2 0.6472 0.35215 0.000 0.424 0.004 0.244 0.312 0.016
#> SRR663657 4 0.1075 0.86265 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR612203 4 0.2309 0.80518 0.028 0.000 0.000 0.888 0.084 0.000
#> SRR613987 2 0.6084 0.21990 0.000 0.516 0.016 0.336 0.116 0.016
#> SRR613831 3 0.0725 0.74814 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR1354180 2 0.1340 0.77612 0.000 0.948 0.000 0.004 0.040 0.008
#> SRR1382912 1 0.2668 0.70280 0.828 0.000 0.000 0.004 0.168 0.000
#> SRR1475501 1 0.2402 0.72409 0.856 0.000 0.000 0.004 0.140 0.000
#> SRR1336930 1 0.5320 0.31197 0.576 0.000 0.000 0.000 0.280 0.144
#> SRR613030 4 0.2053 0.81926 0.000 0.000 0.108 0.888 0.004 0.000
#> SRR1381459 3 0.6456 -0.07297 0.000 0.400 0.420 0.000 0.064 0.116
#> SRR1402350 3 0.3834 0.61445 0.000 0.000 0.776 0.000 0.108 0.116
#> SRR1419408 1 0.2558 0.71269 0.840 0.000 0.000 0.004 0.156 0.000
#> SRR655911 4 0.0858 0.86118 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR1418243 1 0.3424 0.69965 0.812 0.000 0.000 0.000 0.096 0.092
#> SRR1322573 1 0.7745 -0.15948 0.296 0.292 0.004 0.000 0.228 0.180
#> SRR613615 4 0.2883 0.73540 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR1355284 5 0.5291 0.00844 0.448 0.000 0.000 0.016 0.476 0.060
#> SRR1319395 1 0.4140 0.63480 0.744 0.000 0.000 0.000 0.152 0.104
#> SRR818939 1 0.2362 0.72678 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136 0.000
#> SRR1465266 1 0.3743 0.58113 0.724 0.000 0.000 0.024 0.252 0.000
#> SRR614888 4 0.1863 0.83315 0.044 0.000 0.000 0.920 0.036 0.000
#> SRR1431694 6 0.3789 0.44617 0.324 0.000 0.000 0.004 0.004 0.668
#> SRR614347 4 0.1245 0.84987 0.000 0.000 0.016 0.952 0.032 0.000
#> SRR1334228 3 0.0146 0.75157 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096007 2 0.1124 0.76802 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR656349 5 0.6763 0.41510 0.260 0.000 0.232 0.028 0.464 0.016
#> SRR815422 5 0.7666 -0.17216 0.000 0.328 0.216 0.112 0.328 0.016
#> SRR1360828 1 0.2846 0.72873 0.856 0.000 0.000 0.000 0.084 0.060
#> SRR1359005 2 0.5610 0.52212 0.000 0.556 0.004 0.096 0.328 0.016
#> SRR1456652 1 0.4295 0.61585 0.728 0.000 0.000 0.000 0.160 0.112
#> SRR1391660 1 0.3424 0.69965 0.812 0.000 0.000 0.000 0.096 0.092
#> SRR1441956 1 0.4295 0.61585 0.728 0.000 0.000 0.000 0.160 0.112
#> SRR662930 4 0.1405 0.86295 0.000 0.024 0.024 0.948 0.004 0.000
#> SRR615790 3 0.1719 0.73545 0.000 0.000 0.924 0.060 0.016 0.000
#> SRR614827 6 0.3597 0.71372 0.000 0.076 0.004 0.104 0.004 0.812
#> SRR614587 5 0.7842 -0.15724 0.000 0.304 0.220 0.120 0.332 0.024
#> SRR814052 6 0.2662 0.73985 0.000 0.152 0.000 0.004 0.004 0.840
#> SRR1070086 1 0.0260 0.77670 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481440 1 0.4372 0.17668 0.544 0.000 0.000 0.024 0.432 0.000
#> SRR1339296 3 0.0146 0.75157 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343239 2 0.6107 0.46996 0.000 0.548 0.288 0.000 0.100 0.064
#> SRR1432802 6 0.2491 0.73708 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1416911 1 0.2826 0.72866 0.856 0.000 0.000 0.000 0.052 0.092
#> SRR1410427 6 0.2433 0.67981 0.072 0.000 0.000 0.000 0.044 0.884
#> SRR1401185 6 0.3454 0.71006 0.004 0.124 0.000 0.000 0.060 0.812
#> SRR654993 2 0.4466 0.72696 0.000 0.736 0.000 0.028 0.176 0.060
#> SRR656397 1 0.0260 0.77670 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR809643 4 0.1642 0.85321 0.004 0.000 0.028 0.936 0.032 0.000
#> SRR1433819 5 0.5832 0.13070 0.372 0.000 0.000 0.020 0.492 0.116
#> SRR1375225 2 0.2454 0.75924 0.000 0.876 0.000 0.004 0.104 0.016
#> SRR1367739 3 0.1957 0.69046 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1323336 3 0.7315 0.22973 0.080 0.148 0.484 0.000 0.248 0.040
#> SRR663224 4 0.4539 0.57264 0.000 0.000 0.216 0.688 0.096 0.000
#> SRR1442840 1 0.2362 0.72662 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136 0.000
#> SRR1374058 1 0.0405 0.77701 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR656994 1 0.3020 0.72262 0.844 0.000 0.000 0.000 0.080 0.076
#> SRR1469214 2 0.3374 0.70557 0.000 0.772 0.000 0.000 0.208 0.020
#> SRR1456446 1 0.0937 0.77447 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1471879 2 0.1908 0.74877 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR612911 3 0.0291 0.75131 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1395720 2 0.2110 0.76751 0.000 0.900 0.000 0.004 0.084 0.012
#> SRR1413055 1 0.4797 0.03383 0.500 0.000 0.000 0.024 0.460 0.016
#> SRR656770 6 0.2986 0.72837 0.000 0.172 0.004 0.004 0.004 0.816
#> SRR812080 3 0.4468 0.61596 0.000 0.008 0.704 0.052 0.232 0.004
#> SRR1479328 5 0.5665 0.22812 0.288 0.000 0.000 0.016 0.564 0.132
#> SRR661421 6 0.3883 0.63348 0.000 0.044 0.000 0.200 0.004 0.752
#> SRR1410286 2 0.2408 0.76230 0.000 0.876 0.000 0.004 0.108 0.012
#> SRR1487150 1 0.2962 0.72447 0.848 0.000 0.000 0.000 0.084 0.068
#> SRR1467035 1 0.2402 0.72409 0.856 0.000 0.000 0.004 0.140 0.000
#> SRR1360607 2 0.1625 0.76059 0.000 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR1333106 6 0.3023 0.72321 0.000 0.180 0.000 0.004 0.008 0.808
#> SRR1088706 2 0.3875 0.66184 0.000 0.716 0.000 0.008 0.260 0.016
#> SRR1320053 3 0.4224 0.63007 0.000 0.004 0.724 0.048 0.220 0.004
#> SRR1350392 2 0.2344 0.77609 0.000 0.892 0.000 0.004 0.076 0.028
#> SRR1385190 3 0.4080 0.49417 0.000 0.000 0.704 0.016 0.264 0.016
#> SRR1080093 2 0.1716 0.77548 0.000 0.932 0.000 0.004 0.028 0.036
#> SRR1318753 1 0.2088 0.75231 0.904 0.000 0.000 0.000 0.028 0.068
#> SRR1345369 6 0.3221 0.60085 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR612178 2 0.7012 0.44003 0.000 0.452 0.024 0.240 0.248 0.036
#> SRR1354423 1 0.2362 0.72662 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136 0.000
#> SRR1072724 1 0.0260 0.77670 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1418450 2 0.5675 0.51517 0.000 0.552 0.004 0.104 0.324 0.016
#> SRR1326427 3 0.3945 0.65054 0.000 0.000 0.748 0.048 0.200 0.004
#> SRR1437412 5 0.7089 0.17251 0.028 0.008 0.232 0.024 0.460 0.248
#> SRR1327548 2 0.7397 0.27396 0.000 0.396 0.152 0.108 0.328 0.016
#> SRR1395891 1 0.3118 0.71668 0.836 0.000 0.000 0.000 0.072 0.092
#> SRR659367 4 0.2070 0.83693 0.000 0.000 0.000 0.908 0.044 0.048
#> SRR818961 1 0.2772 0.69280 0.816 0.000 0.000 0.004 0.180 0.000
#> SRR813704 1 0.0260 0.77670 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613054 1 0.2838 0.68487 0.808 0.000 0.000 0.004 0.188 0.000
#> SRR1476467 1 0.0363 0.77675 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1407988 2 0.1858 0.75097 0.000 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR1394776 2 0.0653 0.77429 0.000 0.980 0.000 0.004 0.012 0.004
#> SRR655578 2 0.2165 0.74408 0.000 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR1310645 2 0.5649 0.51687 0.000 0.552 0.004 0.100 0.328 0.016
#> SRR1345628 1 0.3189 0.63114 0.760 0.000 0.000 0.004 0.236 0.000
#> SRR1479740 1 0.0508 0.77701 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1332095 2 0.7606 -0.12327 0.212 0.344 0.000 0.000 0.204 0.240
#> SRR1444786 6 0.4057 0.67511 0.000 0.108 0.000 0.004 0.124 0.764
#> SRR1090070 1 0.2624 0.71854 0.844 0.000 0.000 0.004 0.148 0.004
#> SRR662414 6 0.2939 0.74710 0.000 0.072 0.060 0.008 0.000 0.860
#> SRR661216 2 0.5286 0.64191 0.000 0.624 0.000 0.040 0.276 0.060
#> SRR656313 4 0.1957 0.79968 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR615671 4 0.2145 0.83710 0.000 0.000 0.028 0.900 0.000 0.072
#> SRR1350196 3 0.0260 0.75078 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466580 1 0.4209 0.62538 0.736 0.000 0.000 0.000 0.160 0.104
#> SRR1408032 2 0.1194 0.77008 0.000 0.956 0.000 0.004 0.008 0.032
#> SRR1432913 4 0.0914 0.85659 0.000 0.000 0.016 0.968 0.016 0.000
#> SRR1360502 3 0.4709 0.31764 0.000 0.000 0.576 0.008 0.380 0.036
#> SRR1391901 2 0.6861 0.39799 0.000 0.444 0.044 0.168 0.328 0.016
#> SRR1311131 1 0.4545 0.59667 0.700 0.000 0.000 0.000 0.176 0.124
#> SRR1380636 1 0.5865 0.09251 0.464 0.000 0.000 0.020 0.400 0.116
#> SRR1332339 6 0.3424 0.62498 0.128 0.000 0.000 0.008 0.048 0.816
#> SRR1341563 2 0.1225 0.76840 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR1359410 3 0.5549 0.59339 0.000 0.112 0.708 0.048 0.068 0.064
#> SRR1473040 3 0.0146 0.75157 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321444 1 0.0622 0.77523 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1498765 2 0.3401 0.76340 0.000 0.824 0.000 0.008 0.104 0.064
#> SRR1312622 2 0.6685 0.43026 0.000 0.488 0.064 0.108 0.324 0.016
#> SRR615503 4 0.2969 0.67495 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1453192 1 0.2595 0.70991 0.836 0.000 0.000 0.004 0.160 0.000
#> SRR1433107 3 0.6910 0.28233 0.000 0.200 0.436 0.052 0.304 0.008
#> SRR1075384 1 0.0865 0.77132 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1356683 1 0.1908 0.74869 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000
#> SRR659049 1 0.4167 0.36047 0.612 0.000 0.000 0.020 0.368 0.000
#> SRR1368240 1 0.2838 0.68487 0.808 0.000 0.000 0.004 0.188 0.000
#> SRR1341739 1 0.3612 0.68689 0.796 0.000 0.000 0.000 0.104 0.100
#> SRR613249 3 0.0405 0.74941 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR663428 2 0.2563 0.75540 0.000 0.880 0.000 0.028 0.008 0.084
#> SRR1341302 2 0.4056 0.65154 0.000 0.696 0.000 0.012 0.276 0.016
#> SRR1073553 2 0.1151 0.77638 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR1354093 3 0.2048 0.71582 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1406521 2 0.6600 0.43874 0.000 0.492 0.056 0.108 0.328 0.016
#> SRR1432049 1 0.3680 0.67203 0.784 0.000 0.000 0.000 0.144 0.072
#> SRR1453504 2 0.7243 -0.03285 0.332 0.392 0.000 0.004 0.132 0.140
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.912 0.912 0.965 0.4639 0.539 0.539
#> 3 3 0.658 0.750 0.887 0.3545 0.787 0.621
#> 4 4 0.779 0.780 0.894 0.1452 0.855 0.638
#> 5 5 0.670 0.601 0.799 0.0681 0.914 0.720
#> 6 6 0.693 0.628 0.789 0.0363 0.935 0.750
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.7883 0.6824 0.764 0.236
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1384073 2 0.5629 0.8375 0.132 0.868
#> SRR1312802 1 0.0672 0.9503 0.992 0.008
#> SRR1076559 2 0.8909 0.5584 0.308 0.692
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0938 0.9469 0.988 0.012
#> SRR1459631 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1471011 2 0.2778 0.9269 0.048 0.952
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR814996 2 0.0376 0.9640 0.004 0.996
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1405078 2 0.7883 0.6894 0.236 0.764
#> SRR1437226 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1452824 2 0.9833 0.2694 0.424 0.576
#> SRR615754 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0376 0.9639 0.004 0.996
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0672 0.9503 0.992 0.008
#> SRR1399950 1 0.0672 0.9503 0.992 0.008
#> SRR1336048 1 0.9983 0.0815 0.524 0.476
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1348138 2 0.9754 0.3088 0.408 0.592
#> SRR811423 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1347190 2 0.9795 0.2947 0.416 0.584
#> SRR1355126 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR615165 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.0376 0.9640 0.004 0.996
#> SRR655325 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.9977 0.1029 0.528 0.472
#> SRR664072 2 0.0376 0.9640 0.004 0.996
#> SRR612923 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.1843 0.9326 0.972 0.028
#> SRR1500360 2 0.4562 0.8783 0.096 0.904
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1404084 2 0.0376 0.9640 0.004 0.996
#> SRR615994 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0672 0.9504 0.992 0.008
#> SRR1362621 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1451718 2 0.5842 0.8289 0.140 0.860
#> SRR1095334 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1442549 2 0.1184 0.9552 0.016 0.984
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1070597 2 0.4022 0.8950 0.080 0.920
#> SRR1332381 1 0.9775 0.2904 0.588 0.412
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0376 0.9639 0.004 0.996
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0938 0.9581 0.012 0.988
#> SRR662617 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR654778 2 0.7376 0.7329 0.208 0.792
#> SRR661782 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.6247 0.7946 0.844 0.156
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1082809 2 0.9170 0.5113 0.332 0.668
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR657552 2 0.9635 0.3671 0.388 0.612
#> SRR812412 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR615153 1 0.9044 0.5401 0.680 0.320
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.1184 0.9548 0.016 0.984
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1086417 2 0.4022 0.8954 0.080 0.920
#> SRR1454095 1 0.9795 0.2992 0.584 0.416
#> SRR614791 2 0.4161 0.8906 0.084 0.916
#> SRR821255 2 0.1184 0.9550 0.016 0.984
#> SRR820402 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1337284 2 0.1843 0.9455 0.028 0.972
#> SRR1333083 2 0.5737 0.8313 0.136 0.864
#> SRR1384883 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.9686 0.3347 0.604 0.396
#> SRR1443332 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.9129 0.5219 0.328 0.672
#> SRR615850 2 0.9983 0.0758 0.476 0.524
#> SRR661949 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1441655 2 0.0938 0.9581 0.012 0.988
#> SRR613771 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.0376 0.9640 0.004 0.996
#> SRR663209 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR613831 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1402350 2 0.1843 0.9441 0.028 0.972
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.3114 0.9200 0.056 0.944
#> SRR613615 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.7815 0.6949 0.768 0.232
#> SRR1431694 2 0.9881 0.2330 0.436 0.564
#> SRR614347 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.4298 0.8735 0.912 0.088
#> SRR815422 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.9393 0.4540 0.644 0.356
#> SRR1401185 2 0.3879 0.9011 0.076 0.924
#> SRR654993 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.0938 0.9582 0.012 0.988
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1367739 2 0.9661 0.3546 0.392 0.608
#> SRR1323336 2 0.0376 0.9640 0.004 0.996
#> SRR663224 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.9977 0.1206 0.528 0.472
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0672 0.9503 0.992 0.008
#> SRR661421 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.9963 0.1247 0.536 0.464
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.4298 0.8852 0.088 0.912
#> SRR1437412 2 0.2236 0.9377 0.036 0.964
#> SRR1327548 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.4431 0.8838 0.092 0.908
#> SRR818961 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.3733 0.9041 0.072 0.928
#> SRR1444786 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR615671 2 0.0672 0.9611 0.008 0.992
#> SRR1350196 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1360502 2 0.9686 0.3537 0.396 0.604
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.0672 0.9612 0.008 0.992
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.0672 0.9610 0.008 0.992
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9565 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.9393 0.4484 0.356 0.644
#> SRR663428 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.9667 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.9209 0.4979 0.664 0.336
#> SRR1453504 2 0.8267 0.6418 0.260 0.740
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.5560 0.65038 0.000 0.700 0.300
#> SRR1359328 3 0.2711 0.74687 0.000 0.088 0.912
#> SRR821124 2 0.0424 0.83342 0.000 0.992 0.008
#> SRR1335188 2 0.6299 0.03062 0.476 0.524 0.000
#> SRR1075825 2 0.2356 0.82354 0.000 0.928 0.072
#> SRR1321921 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.1964 0.75143 0.000 0.056 0.944
#> SRR1384073 2 0.2772 0.77270 0.080 0.916 0.004
#> SRR1312802 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076559 2 0.4834 0.58561 0.204 0.792 0.004
#> SRR1370085 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.1529 0.82972 0.000 0.960 0.040
#> SRR1476165 1 0.0237 0.94957 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459631 2 0.6267 0.27271 0.000 0.548 0.452
#> SRR1448098 2 0.0592 0.83414 0.000 0.988 0.012
#> SRR1321401 2 0.0424 0.83287 0.000 0.992 0.008
#> SRR807613 2 0.0892 0.83332 0.000 0.980 0.020
#> SRR808086 3 0.3340 0.72988 0.000 0.120 0.880
#> SRR613687 2 0.3551 0.80065 0.000 0.868 0.132
#> SRR1471011 2 0.4353 0.69920 0.008 0.836 0.156
#> SRR1330284 2 0.4399 0.77046 0.000 0.812 0.188
#> SRR1320624 2 0.1643 0.83026 0.000 0.956 0.044
#> SRR1459519 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.6267 0.02884 0.000 0.548 0.452
#> SRR1390561 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.1031 0.83399 0.000 0.976 0.024
#> SRR814996 3 0.4110 0.71232 0.004 0.152 0.844
#> SRR1407410 2 0.0424 0.83287 0.000 0.992 0.008
#> SRR1453392 2 0.2165 0.82305 0.000 0.936 0.064
#> SRR1445873 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR820938 2 0.6302 -0.01576 0.000 0.520 0.480
#> SRR1476844 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.4504 0.76688 0.000 0.804 0.196
#> SRR1441051 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR614287 2 0.2959 0.81250 0.000 0.900 0.100
#> SRR1092062 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR612611 2 0.4291 0.77713 0.000 0.820 0.180
#> SRR1376356 2 0.2165 0.82700 0.000 0.936 0.064
#> SRR1405078 3 0.5408 0.70375 0.052 0.136 0.812
#> SRR1437226 2 0.2356 0.79947 0.000 0.928 0.072
#> SRR1326078 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.3816 0.72068 0.000 0.148 0.852
#> SRR1440919 2 0.3686 0.79061 0.000 0.860 0.140
#> SRR1452824 1 0.7677 0.49694 0.660 0.244 0.096
#> SRR615754 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.5178 0.48485 0.000 0.744 0.256
#> SRR614551 2 0.3340 0.80407 0.000 0.880 0.120
#> SRR1380829 2 0.6062 0.21069 0.000 0.616 0.384
#> SRR1455761 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.2261 0.88764 0.932 0.000 0.068
#> SRR1376895 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.4002 0.78999 0.000 0.840 0.160
#> SRR1409239 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0424 0.73164 0.000 0.008 0.992
#> SRR821096 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR613591 2 0.5058 0.69477 0.000 0.756 0.244
#> SRR1344205 3 0.2261 0.75205 0.000 0.068 0.932
#> SRR612479 1 0.1399 0.92521 0.968 0.004 0.028
#> SRR1399950 1 0.0237 0.94930 0.996 0.004 0.000
#> SRR1336048 3 0.6767 0.56537 0.216 0.064 0.720
#> SRR1368896 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.5678 0.48594 0.000 0.684 0.316
#> SRR1312464 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.3141 0.74672 0.020 0.068 0.912
#> SRR811423 1 0.1163 0.92799 0.972 0.000 0.028
#> SRR615683 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.4002 0.78989 0.000 0.840 0.160
#> SRR817609 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074550 3 0.5254 0.61471 0.000 0.264 0.736
#> SRR1499236 2 0.2959 0.81816 0.000 0.900 0.100
#> SRR656083 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.5618 0.60197 0.732 0.260 0.008
#> SRR1355126 2 0.1031 0.83534 0.000 0.976 0.024
#> SRR615165 3 0.2356 0.75179 0.000 0.072 0.928
#> SRR1466046 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1312370 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR655325 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR815685 2 0.0892 0.83343 0.000 0.980 0.020
#> SRR817026 2 0.6274 0.02619 0.000 0.544 0.456
#> SRR1417224 2 0.6045 0.21785 0.000 0.620 0.380
#> SRR661687 3 0.6267 0.06534 0.000 0.452 0.548
#> SRR1431804 1 0.4945 0.79350 0.840 0.056 0.104
#> SRR664072 3 0.0892 0.74079 0.000 0.020 0.980
#> SRR612923 2 0.4504 0.76636 0.000 0.804 0.196
#> SRR1315890 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.5591 0.53994 0.696 0.304 0.000
#> SRR1500360 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468360 2 0.0592 0.83407 0.000 0.988 0.012
#> SRR1404084 2 0.0424 0.83287 0.000 0.992 0.008
#> SRR615994 3 0.0237 0.73108 0.000 0.004 0.996
#> SRR1475718 2 0.1031 0.83398 0.000 0.976 0.024
#> SRR1397200 3 0.2261 0.75205 0.000 0.068 0.932
#> SRR655519 2 0.4452 0.76726 0.000 0.808 0.192
#> SRR1311308 3 0.6295 0.08881 0.000 0.472 0.528
#> SRR1368006 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR613651 1 0.3784 0.81418 0.864 0.004 0.132
#> SRR1362621 2 0.5465 0.51764 0.000 0.712 0.288
#> SRR1451718 2 0.3539 0.74568 0.100 0.888 0.012
#> SRR1095334 3 0.2448 0.75039 0.000 0.076 0.924
#> SRR1079636 2 0.3482 0.80772 0.000 0.872 0.128
#> SRR1442549 2 0.0829 0.83463 0.004 0.984 0.012
#> SRR1466421 2 0.0424 0.83412 0.000 0.992 0.008
#> SRR817397 2 0.5138 0.68945 0.000 0.748 0.252
#> SRR1341809 2 0.3340 0.80407 0.000 0.880 0.120
#> SRR614623 2 0.3340 0.80407 0.000 0.880 0.120
#> SRR1335005 2 0.2261 0.81850 0.000 0.932 0.068
#> SRR1407065 2 0.6168 0.38857 0.000 0.588 0.412
#> SRR1404483 2 0.6225 0.19177 0.000 0.568 0.432
#> SRR1096222 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 3 0.5363 0.60964 0.000 0.276 0.724
#> SRR1070597 2 0.0829 0.83331 0.004 0.984 0.012
#> SRR1332381 1 0.1711 0.91451 0.960 0.032 0.008
#> SRR1457015 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098385 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1363947 3 0.3340 0.73241 0.000 0.120 0.880
#> SRR820350 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR662055 3 0.6235 0.12501 0.000 0.436 0.564
#> SRR1310455 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0592 0.83303 0.000 0.988 0.012
#> SRR662617 2 0.4452 0.76726 0.000 0.808 0.192
#> SRR654778 1 0.9518 -0.10816 0.420 0.392 0.188
#> SRR661782 2 0.3340 0.80407 0.000 0.880 0.120
#> SRR1334396 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.4452 0.76726 0.000 0.808 0.192
#> SRR1479412 1 0.4002 0.77813 0.840 0.160 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 3 0.9956 0.35295 0.336 0.292 0.372
#> SRR1417178 1 0.0424 0.94551 0.992 0.008 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.3879 0.79012 0.000 0.848 0.152
#> SRR657552 1 0.7841 0.33014 0.576 0.064 0.360
#> SRR812412 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1347750 2 0.0424 0.83287 0.000 0.992 0.008
#> SRR615153 2 0.9065 0.22085 0.144 0.492 0.364
#> SRR1434417 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.6274 0.34499 0.000 0.456 0.544
#> SRR1332508 2 0.0424 0.83287 0.000 0.992 0.008
#> SRR1082059 2 0.0424 0.83287 0.000 0.992 0.008
#> SRR1402491 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1320987 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1086417 2 0.3532 0.73689 0.108 0.884 0.008
#> SRR1454095 2 0.2165 0.80247 0.064 0.936 0.000
#> SRR614791 3 0.6291 0.01348 0.000 0.468 0.532
#> SRR821255 2 0.0661 0.83393 0.004 0.988 0.008
#> SRR820402 2 0.6274 0.03906 0.000 0.544 0.456
#> SRR1337284 2 0.1399 0.82069 0.028 0.968 0.004
#> SRR1333083 3 0.3875 0.73499 0.044 0.068 0.888
#> SRR1384883 3 0.6235 0.12501 0.000 0.436 0.564
#> SRR614431 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.3551 0.81034 0.000 0.868 0.132
#> SRR1370285 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.2261 0.75205 0.000 0.068 0.932
#> SRR1318046 2 0.0892 0.83353 0.000 0.980 0.020
#> SRR1341188 3 0.2261 0.75205 0.000 0.068 0.932
#> SRR1384941 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0237 0.83402 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476825 3 0.7054 -0.00388 0.456 0.020 0.524
#> SRR1443332 2 0.3752 0.72188 0.000 0.856 0.144
#> SRR662486 2 0.4504 0.76636 0.000 0.804 0.196
#> SRR1447019 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.2261 0.75205 0.000 0.068 0.932
#> SRR1469880 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.4733 0.61537 0.196 0.800 0.004
#> SRR615850 3 0.1267 0.73084 0.024 0.004 0.972
#> SRR661949 2 0.3412 0.80321 0.000 0.876 0.124
#> SRR1322227 2 0.6026 0.19052 0.000 0.624 0.376
#> SRR1441655 2 0.0000 0.83352 0.000 1.000 0.000
#> SRR613771 3 0.6225 0.25420 0.000 0.432 0.568
#> SRR1479471 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.4555 0.76368 0.000 0.800 0.200
#> SRR1414040 2 0.2625 0.82177 0.000 0.916 0.084
#> SRR1079850 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR663209 1 0.0237 0.94949 0.996 0.000 0.004
#> SRR1364914 2 0.2448 0.82400 0.000 0.924 0.076
#> SRR1408267 2 0.0424 0.83287 0.000 0.992 0.008
#> SRR1314894 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.5733 0.42820 0.000 0.676 0.324
#> SRR1395975 2 0.0592 0.83303 0.000 0.988 0.012
#> SRR1402219 2 0.0592 0.83303 0.000 0.988 0.012
#> SRR1433623 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.5016 0.72370 0.000 0.760 0.240
#> SRR811213 2 0.1643 0.82293 0.000 0.956 0.044
#> SRR663657 3 0.6235 0.12501 0.000 0.436 0.564
#> SRR612203 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.3482 0.80190 0.000 0.872 0.128
#> SRR613831 3 0.1860 0.75044 0.000 0.052 0.948
#> SRR1354180 2 0.3619 0.80481 0.000 0.864 0.136
#> SRR1382912 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.6235 0.12501 0.000 0.436 0.564
#> SRR1381459 3 0.5254 0.53038 0.000 0.264 0.736
#> SRR1402350 3 0.7674 0.22067 0.044 0.476 0.480
#> SRR1419408 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.5859 0.37657 0.000 0.344 0.656
#> SRR1418243 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.1129 0.82668 0.020 0.976 0.004
#> SRR613615 3 0.0237 0.73108 0.000 0.004 0.996
#> SRR1355284 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.9006 0.24155 0.556 0.256 0.188
#> SRR1431694 1 0.6143 0.49864 0.684 0.304 0.012
#> SRR614347 2 0.4605 0.76073 0.000 0.796 0.204
#> SRR1334228 3 0.2261 0.75205 0.000 0.068 0.932
#> SRR1096007 2 0.0424 0.83287 0.000 0.992 0.008
#> SRR656349 1 0.4056 0.83775 0.876 0.032 0.092
#> SRR815422 2 0.6045 0.40845 0.000 0.620 0.380
#> SRR1360828 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.3752 0.79280 0.000 0.856 0.144
#> SRR1456652 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.6309 0.12056 0.000 0.504 0.496
#> SRR615790 3 0.5291 0.52442 0.000 0.268 0.732
#> SRR614827 2 0.5291 0.65666 0.000 0.732 0.268
#> SRR614587 3 0.6235 0.12501 0.000 0.436 0.564
#> SRR814052 2 0.1643 0.82853 0.000 0.956 0.044
#> SRR1070086 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.2261 0.75205 0.000 0.068 0.932
#> SRR1343239 3 0.5621 0.48538 0.000 0.308 0.692
#> SRR1432802 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416911 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.5363 0.56451 0.724 0.276 0.000
#> SRR1401185 2 0.2749 0.80336 0.012 0.924 0.064
#> SRR654993 2 0.4504 0.76487 0.000 0.804 0.196
#> SRR656397 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.6309 0.01712 0.000 0.496 0.504
#> SRR1433819 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.1643 0.83055 0.000 0.956 0.044
#> SRR1367739 3 0.4288 0.72555 0.060 0.068 0.872
#> SRR1323336 2 0.0424 0.83287 0.000 0.992 0.008
#> SRR663224 3 0.6235 0.12501 0.000 0.436 0.564
#> SRR1442840 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.3038 0.81739 0.000 0.896 0.104
#> SRR1456446 1 0.6521 -0.03492 0.500 0.496 0.004
#> SRR1471879 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR612911 3 0.0592 0.73793 0.000 0.012 0.988
#> SRR1395720 2 0.2165 0.82966 0.000 0.936 0.064
#> SRR1413055 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 3 0.4291 0.68773 0.000 0.180 0.820
#> SRR812080 3 0.0424 0.73164 0.000 0.008 0.992
#> SRR1479328 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.4504 0.76487 0.000 0.804 0.196
#> SRR1410286 2 0.3116 0.79864 0.000 0.892 0.108
#> SRR1487150 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333106 2 0.2711 0.81478 0.000 0.912 0.088
#> SRR1088706 2 0.1529 0.83153 0.000 0.960 0.040
#> SRR1320053 3 0.4974 0.64703 0.000 0.236 0.764
#> SRR1350392 2 0.0424 0.83287 0.000 0.992 0.008
#> SRR1385190 3 0.5435 0.66180 0.144 0.048 0.808
#> SRR1080093 2 0.0000 0.83352 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.3551 0.72385 0.000 0.132 0.868
#> SRR612178 2 0.4555 0.76368 0.000 0.800 0.200
#> SRR1354423 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.3482 0.80305 0.000 0.872 0.128
#> SRR1326427 3 0.1860 0.75086 0.000 0.052 0.948
#> SRR1437412 2 0.4228 0.70731 0.008 0.844 0.148
#> SRR1327548 2 0.6295 0.01479 0.000 0.528 0.472
#> SRR1395891 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.9257 0.30819 0.284 0.520 0.196
#> SRR818961 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394776 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR655578 2 0.3192 0.80800 0.000 0.888 0.112
#> SRR1310645 2 0.3038 0.81221 0.000 0.896 0.104
#> SRR1345628 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.0424 0.83287 0.000 0.992 0.008
#> SRR1444786 2 0.4555 0.69594 0.000 0.800 0.200
#> SRR1090070 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.4399 0.77047 0.000 0.812 0.188
#> SRR661216 2 0.4504 0.76636 0.000 0.804 0.196
#> SRR656313 2 0.4555 0.76375 0.000 0.800 0.200
#> SRR615671 2 0.4452 0.76726 0.000 0.808 0.192
#> SRR1350196 3 0.2261 0.75205 0.000 0.068 0.932
#> SRR1466580 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.1031 0.83330 0.000 0.976 0.024
#> SRR1432913 2 0.5291 0.69022 0.000 0.732 0.268
#> SRR1360502 1 0.6082 0.51527 0.692 0.296 0.012
#> SRR1391901 3 0.6280 0.06843 0.000 0.460 0.540
#> SRR1311131 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0424 0.94599 0.992 0.008 0.000
#> SRR1341563 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1359410 2 0.3816 0.71409 0.000 0.852 0.148
#> SRR1473040 3 0.2496 0.75156 0.004 0.068 0.928
#> SRR1321444 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.1031 0.83402 0.000 0.976 0.024
#> SRR1312622 3 0.6308 0.00689 0.000 0.492 0.508
#> SRR615503 2 0.3340 0.80407 0.000 0.880 0.120
#> SRR1453192 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.6026 0.19052 0.000 0.624 0.376
#> SRR1075384 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.95291 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.1267 0.74251 0.004 0.024 0.972
#> SRR663428 2 0.3340 0.80407 0.000 0.880 0.120
#> SRR1341302 2 0.2625 0.81390 0.000 0.916 0.084
#> SRR1073553 2 0.0237 0.83288 0.000 0.996 0.004
#> SRR1354093 3 0.0592 0.73163 0.000 0.012 0.988
#> SRR1406521 2 0.5785 0.44940 0.000 0.668 0.332
#> SRR1432049 1 0.5404 0.61294 0.740 0.256 0.004
#> SRR1453504 2 0.2261 0.79806 0.068 0.932 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 4 0.1978 0.7765 0.000 0.004 0.068 0.928
#> SRR1359328 3 0.0376 0.8891 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR821124 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335188 2 0.4817 0.3573 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.1389 0.8248 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1321921 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466198 3 0.4018 0.7435 0.000 0.004 0.772 0.224
#> SRR1384073 2 0.2781 0.8179 0.012 0.912 0.036 0.040
#> SRR1312802 1 0.2867 0.8581 0.884 0.000 0.104 0.012
#> SRR1076559 2 0.1576 0.8321 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR1370085 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1460363 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0657 0.9500 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1459631 4 0.0592 0.7917 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1448098 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321401 2 0.0592 0.8433 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR807613 2 0.0188 0.8432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR808086 3 0.2266 0.8845 0.000 0.004 0.912 0.084
#> SRR613687 2 0.4916 0.2145 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1471011 2 0.4677 0.6989 0.000 0.776 0.176 0.048
#> SRR1330284 4 0.2281 0.8077 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1320624 2 0.2011 0.7982 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 4 0.4936 0.4016 0.000 0.372 0.004 0.624
#> SRR1390561 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.2773 0.7931 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR814996 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1407410 2 0.2408 0.8248 0.000 0.920 0.036 0.044
#> SRR1453392 2 0.4843 0.1089 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820938 4 0.3626 0.7501 0.000 0.184 0.004 0.812
#> SRR1476844 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403526 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413916 4 0.2149 0.8064 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1441051 2 0.0707 0.8416 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR614287 2 0.2149 0.7930 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1092062 2 0.1118 0.8369 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR612611 4 0.3074 0.7800 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1376356 2 0.7381 0.2460 0.000 0.492 0.180 0.328
#> SRR1405078 3 0.1492 0.9057 0.004 0.004 0.956 0.036
#> SRR1437226 2 0.1474 0.8324 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1326078 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1096806 4 0.3088 0.7763 0.000 0.052 0.060 0.888
#> SRR1440919 4 0.1474 0.8029 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1452824 1 0.7890 0.4114 0.580 0.156 0.208 0.056
#> SRR615754 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341787 2 0.6005 0.1610 0.000 0.500 0.460 0.040
#> SRR614551 2 0.4961 0.2682 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1380829 2 0.5102 0.6607 0.000 0.732 0.048 0.220
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0592 0.9499 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1469258 4 0.4996 0.0284 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657540 4 0.1557 0.7634 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR821096 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613591 2 0.4193 0.6171 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1344205 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR612479 1 0.1302 0.9268 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1399950 1 0.3271 0.8266 0.856 0.000 0.132 0.012
#> SRR1336048 3 0.0376 0.8882 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1368896 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1379403 4 0.4967 0.3237 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1312464 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348138 3 0.1389 0.9038 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR811423 1 0.0469 0.9522 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR615683 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1380336 4 0.3895 0.7874 0.000 0.132 0.036 0.832
#> SRR817609 1 0.0657 0.9501 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1074550 4 0.3048 0.7267 0.000 0.016 0.108 0.876
#> SRR1499236 2 0.5666 0.2808 0.000 0.616 0.036 0.348
#> SRR656083 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0188 0.9574 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1410801 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347190 1 0.5358 0.5958 0.700 0.252 0.000 0.048
#> SRR1355126 2 0.4304 0.6015 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR615165 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1466046 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1097055 2 0.0336 0.8418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1312370 2 0.0188 0.8429 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655325 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR810177 2 0.0921 0.8397 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR815685 2 0.0817 0.8357 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR817026 4 0.5105 0.3598 0.000 0.432 0.004 0.564
#> SRR1417224 2 0.5793 0.2402 0.000 0.580 0.036 0.384
#> SRR661687 4 0.1474 0.7996 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1431804 1 0.5353 0.2705 0.556 0.012 0.000 0.432
#> SRR664072 3 0.1211 0.9059 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR612923 4 0.2149 0.8064 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.6097 0.0371 0.504 0.456 0.036 0.004
#> SRR1500360 2 0.0895 0.8419 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1468360 2 0.1706 0.8308 0.000 0.948 0.036 0.016
#> SRR1404084 2 0.1389 0.8332 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR615994 3 0.3123 0.8209 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1475718 2 0.3837 0.6859 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1397200 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR655519 4 0.2149 0.8064 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1311308 4 0.0779 0.7913 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1368006 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613651 1 0.4790 0.3978 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1362621 4 0.4888 0.3269 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1451718 2 0.3637 0.7879 0.004 0.864 0.080 0.052
#> SRR1095334 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1079636 4 0.4981 0.3310 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1442549 2 0.2739 0.8206 0.000 0.904 0.036 0.060
#> SRR1466421 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817397 4 0.3123 0.7885 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1341809 2 0.4277 0.5385 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR614623 2 0.4746 0.3569 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1335005 2 0.0188 0.8423 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1407065 4 0.1474 0.7996 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1404483 4 0.2831 0.7909 0.000 0.120 0.004 0.876
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0469 0.9522 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1408615 3 0.6071 0.4082 0.000 0.324 0.612 0.064
#> SRR1070597 2 0.2317 0.8211 0.004 0.928 0.036 0.032
#> SRR1332381 1 0.2505 0.8951 0.920 0.004 0.036 0.040
#> SRR1457015 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1386797 2 0.1389 0.8332 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1098385 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363947 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR820350 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.0657 0.7893 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR1310455 1 0.0336 0.9538 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.2099 0.8301 0.004 0.936 0.040 0.020
#> SRR662617 4 0.2530 0.8028 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR654778 4 0.3611 0.7816 0.060 0.080 0.000 0.860
#> SRR661782 2 0.4888 0.2779 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1334396 1 0.0657 0.9522 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR613867 4 0.2494 0.7979 0.000 0.048 0.036 0.916
#> SRR1479412 1 0.3123 0.7844 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 2 0.6676 0.2459 0.404 0.516 0.004 0.076
#> SRR1417178 1 0.1284 0.9321 0.964 0.024 0.000 0.012
#> SRR1335278 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR665369 4 0.2281 0.8073 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR657552 4 0.6944 0.3761 0.152 0.004 0.248 0.596
#> SRR812412 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.1584 0.8321 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1347750 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615153 4 0.2505 0.7878 0.036 0.040 0.004 0.920
#> SRR1434417 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070159 2 0.6844 0.0190 0.000 0.456 0.444 0.100
#> SRR1332508 2 0.1118 0.8369 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1082059 2 0.1389 0.8332 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1402491 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476595 2 0.0707 0.8418 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1320987 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1086417 2 0.1389 0.8332 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1454095 2 0.0188 0.8424 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR614791 4 0.1576 0.7980 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR821255 2 0.1398 0.8372 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR820402 4 0.4936 0.4266 0.000 0.372 0.004 0.624
#> SRR1337284 2 0.2594 0.8249 0.004 0.916 0.036 0.044
#> SRR1333083 3 0.1305 0.9056 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1384883 4 0.1576 0.7980 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR614431 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481106 2 0.4661 0.2742 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1370285 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446673 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1318046 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1384941 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.0657 0.8835 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1443332 2 0.1305 0.8368 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR662486 4 0.1557 0.8014 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1447019 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.3763 0.7919 0.052 0.872 0.036 0.040
#> SRR615850 3 0.1890 0.8944 0.008 0.000 0.936 0.056
#> SRR661949 4 0.4996 0.1045 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1322227 2 0.1824 0.8270 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1441655 2 0.1305 0.8370 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR613771 3 0.3791 0.7289 0.000 0.004 0.796 0.200
#> SRR1479471 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1488918 4 0.2469 0.8041 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1414040 2 0.4933 0.2798 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1079850 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0592 0.9478 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1364914 4 0.4746 0.5503 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1408267 2 0.1118 0.8369 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 4 0.3907 0.6516 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1395975 2 0.2032 0.8248 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR1402219 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433623 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656385 4 0.2589 0.8022 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR811213 2 0.1022 0.8328 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR663657 4 0.0188 0.7816 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR612203 1 0.0188 0.9574 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613987 2 0.4972 0.2381 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR613831 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1354180 2 0.4996 -0.1974 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1382912 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475501 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336930 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR613030 4 0.0188 0.7816 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1381459 4 0.2053 0.8026 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR1402350 3 0.2909 0.8454 0.000 0.020 0.888 0.092
#> SRR1419408 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR655911 4 0.1576 0.7980 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.1388 0.8371 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR613615 3 0.3873 0.7406 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614888 4 0.4804 0.5039 0.276 0.016 0.000 0.708
#> SRR1431694 1 0.4866 0.7664 0.808 0.112 0.036 0.044
#> SRR614347 4 0.2081 0.8068 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1334228 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1096007 2 0.1118 0.8369 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR656349 1 0.2868 0.8320 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR815422 4 0.1474 0.8010 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 4 0.2647 0.8052 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 4 0.3539 0.7580 0.000 0.176 0.004 0.820
#> SRR615790 4 0.1004 0.7871 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR614827 2 0.5847 0.2438 0.000 0.560 0.036 0.404
#> SRR614587 4 0.1576 0.7980 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR814052 2 0.1305 0.8317 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1070086 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1343239 4 0.1545 0.7914 0.000 0.040 0.008 0.952
#> SRR1432802 2 0.1452 0.8310 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1416911 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1410427 1 0.5029 0.7048 0.768 0.180 0.036 0.016
#> SRR1401185 2 0.0188 0.8424 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR654993 4 0.2011 0.8079 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR656397 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR809643 4 0.5269 0.3690 0.004 0.428 0.004 0.564
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.4679 0.2827 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1367739 3 0.2125 0.8901 0.000 0.004 0.920 0.076
#> SRR1323336 2 0.1389 0.8332 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR663224 4 0.3751 0.6975 0.000 0.196 0.004 0.800
#> SRR1442840 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.3074 0.7217 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1456446 1 0.4343 0.6328 0.732 0.264 0.000 0.004
#> SRR1471879 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR612911 3 0.3528 0.7852 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1395720 2 0.4543 0.4804 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1413055 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656770 3 0.6798 0.1417 0.000 0.100 0.504 0.396
#> SRR812080 4 0.4925 0.1052 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661421 4 0.2816 0.8005 0.000 0.064 0.036 0.900
#> SRR1410286 2 0.5000 -0.2495 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333106 4 0.5921 0.3030 0.000 0.448 0.036 0.516
#> SRR1088706 2 0.1474 0.8285 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1320053 4 0.3946 0.6529 0.000 0.020 0.168 0.812
#> SRR1350392 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1385190 3 0.1576 0.9036 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1080093 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.1109 0.8866 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR612178 4 0.2578 0.7996 0.000 0.052 0.036 0.912
#> SRR1354423 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072724 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1418450 4 0.3764 0.7461 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1326427 3 0.4302 0.7466 0.004 0.004 0.756 0.236
#> SRR1437412 2 0.3219 0.7597 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1327548 4 0.3486 0.7559 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659367 4 0.2131 0.7728 0.032 0.000 0.036 0.932
#> SRR818961 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476467 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.8426 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655578 2 0.3873 0.6320 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1310645 4 0.4679 0.5658 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1345628 1 0.0657 0.9522 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.0657 0.8430 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1444786 3 0.5838 0.1240 0.000 0.444 0.524 0.032
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662414 4 0.3616 0.7945 0.000 0.112 0.036 0.852
#> SRR661216 4 0.1557 0.8014 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR656313 4 0.1792 0.8067 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR615671 4 0.2227 0.7916 0.000 0.036 0.036 0.928
#> SRR1350196 3 0.0376 0.8891 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0188 0.8424 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432913 4 0.1940 0.8076 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1360502 1 0.7195 0.5503 0.652 0.172 0.120 0.056
#> SRR1391901 4 0.4428 0.5240 0.000 0.276 0.004 0.720
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.1639 0.9229 0.952 0.008 0.036 0.004
#> SRR1341563 2 0.0188 0.8431 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359410 2 0.1305 0.8368 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1473040 3 0.1305 0.9077 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0336 0.8423 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1312622 4 0.4991 0.4626 0.000 0.388 0.004 0.608
#> SRR615503 2 0.4920 0.4374 0.000 0.628 0.004 0.368
#> SRR1453192 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433107 2 0.2048 0.8147 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1075384 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356683 1 0.0188 0.9590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.1576 0.9036 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR663428 2 0.3649 0.6606 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1341302 4 0.4989 0.2709 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1073553 2 0.1474 0.8360 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1354093 4 0.4933 0.0844 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1406521 4 0.3726 0.7356 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1432049 1 0.4793 0.6733 0.756 0.204 0.000 0.040
#> SRR1453504 2 0.0376 0.8422 0.004 0.992 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 4 0.4273 0.37288 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1359328 3 0.3684 0.58681 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR821124 2 0.0880 0.73363 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1335188 2 0.6398 -0.08527 0.200 0.500 0.000 0.000 0.300
#> SRR1075825 2 0.0703 0.73625 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1321921 1 0.0290 0.85805 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466198 3 0.3305 0.64582 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1384073 5 0.5237 0.22459 0.060 0.304 0.000 0.004 0.632
#> SRR1312802 5 0.5371 -0.01552 0.420 0.000 0.056 0.000 0.524
#> SRR1076559 5 0.5890 0.06174 0.016 0.440 0.036 0.012 0.496
#> SRR1370085 1 0.0404 0.85742 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1460363 1 0.0290 0.85805 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480221 2 0.0162 0.73757 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476165 5 0.5242 -0.07256 0.444 0.000 0.036 0.004 0.516
#> SRR1459631 4 0.1197 0.73476 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0609 0.73701 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808086 3 0.4602 0.55382 0.000 0.000 0.656 0.028 0.316
#> SRR613687 2 0.4306 -0.16161 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1471011 5 0.6776 0.20152 0.004 0.356 0.136 0.020 0.484
#> SRR1330284 4 0.1671 0.73800 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1320624 2 0.2561 0.67593 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1459519 1 0.1792 0.85803 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1091184 2 0.6264 0.07633 0.000 0.452 0.148 0.400 0.000
#> SRR1390561 1 0.0703 0.85544 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR658164 1 0.2020 0.85869 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1087079 2 0.1956 0.72261 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR814996 3 0.0000 0.77554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.4528 0.27694 0.000 0.548 0.000 0.008 0.444
#> SRR1453392 2 0.3837 0.46671 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1445873 1 0.2280 0.84413 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1419985 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820938 4 0.5049 0.59004 0.000 0.148 0.148 0.704 0.000
#> SRR1476844 1 0.0609 0.85642 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1403526 1 0.0290 0.85805 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1413916 4 0.1410 0.73550 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1441051 2 0.0290 0.73659 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614287 2 0.1952 0.70104 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1092062 2 0.0404 0.73515 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR612611 4 0.3242 0.67489 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1376356 4 0.6858 0.27895 0.000 0.340 0.224 0.428 0.008
#> SRR1405078 3 0.4812 0.62986 0.004 0.000 0.736 0.108 0.152
#> SRR1437226 2 0.4677 0.49199 0.000 0.716 0.036 0.012 0.236
#> SRR1326078 1 0.0162 0.85983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096806 4 0.3750 0.55870 0.000 0.012 0.232 0.756 0.000
#> SRR1440919 4 0.1197 0.73476 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1452824 5 0.7508 0.21394 0.184 0.048 0.260 0.012 0.496
#> SRR615754 1 0.0404 0.85742 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1341787 5 0.6842 -0.12564 0.000 0.196 0.352 0.012 0.440
#> SRR614551 4 0.5103 0.19388 0.000 0.452 0.036 0.512 0.000
#> SRR1380829 2 0.7694 0.27933 0.000 0.496 0.212 0.140 0.152
#> SRR1455761 1 0.1478 0.86424 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1465189 1 0.5184 0.33041 0.556 0.000 0.036 0.004 0.404
#> SRR1376895 1 0.1792 0.86084 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1445002 1 0.0963 0.85288 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1469258 2 0.4297 -0.05041 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1409239 1 0.2280 0.84413 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1480200 1 0.0703 0.85544 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1418323 1 0.2377 0.84485 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR657540 4 0.3013 0.63373 0.000 0.000 0.160 0.832 0.008
#> SRR821096 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.4689 0.48964 0.000 0.688 0.000 0.264 0.048
#> SRR1344205 3 0.0963 0.78230 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR612479 1 0.5189 0.39072 0.620 0.000 0.036 0.012 0.332
#> SRR1399950 5 0.5858 -0.06058 0.452 0.000 0.096 0.000 0.452
#> SRR1336048 3 0.4182 0.56232 0.004 0.000 0.644 0.000 0.352
#> SRR1368896 1 0.0703 0.85544 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1379403 2 0.4262 0.20619 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1312464 1 0.1908 0.86246 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1096478 1 0.1851 0.85709 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1459845 1 0.1197 0.86389 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1348138 3 0.3169 0.71593 0.004 0.000 0.840 0.016 0.140
#> SRR811423 1 0.4315 0.64326 0.700 0.000 0.024 0.000 0.276
#> SRR615683 1 0.0404 0.85742 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1380336 4 0.3521 0.71223 0.000 0.140 0.000 0.820 0.040
#> SRR817609 1 0.4576 0.48101 0.608 0.000 0.016 0.000 0.376
#> SRR1074550 4 0.3837 0.45375 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1499236 2 0.5808 0.26299 0.000 0.512 0.000 0.096 0.392
#> SRR656083 1 0.2230 0.84645 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR817539 1 0.3074 0.79843 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1410801 1 0.0794 0.86257 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1347190 5 0.6141 0.06860 0.396 0.032 0.036 0.012 0.524
#> SRR1355126 2 0.4734 0.36981 0.000 0.652 0.036 0.312 0.000
#> SRR615165 3 0.1270 0.77951 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1466046 1 0.1792 0.86157 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1097055 2 0.0404 0.73794 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1312370 2 0.1671 0.70795 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR655325 1 0.0703 0.85544 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR810177 2 0.0290 0.73659 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR815685 2 0.2179 0.69266 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR817026 2 0.7917 0.10827 0.000 0.416 0.136 0.308 0.140
#> SRR1417224 2 0.5450 0.22059 0.000 0.496 0.000 0.060 0.444
#> SRR661687 4 0.1410 0.73550 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1431804 5 0.7446 0.30369 0.304 0.000 0.036 0.260 0.400
#> SRR664072 3 0.0963 0.78230 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR612923 4 0.1792 0.73724 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1315890 1 0.1341 0.86714 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1347726 5 0.4989 0.39388 0.296 0.056 0.000 0.000 0.648
#> SRR1500360 2 0.0693 0.73467 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1468360 2 0.4818 0.23638 0.000 0.520 0.000 0.020 0.460
#> SRR1404084 2 0.5322 0.25186 0.000 0.580 0.036 0.012 0.372
#> SRR615994 3 0.2193 0.75635 0.000 0.000 0.900 0.092 0.008
#> SRR1475718 2 0.3305 0.59026 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.77554 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655519 4 0.1410 0.73550 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1311308 4 0.2886 0.64065 0.000 0.008 0.148 0.844 0.000
#> SRR1368006 2 0.0162 0.73757 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613651 1 0.5099 0.32720 0.612 0.000 0.000 0.336 0.052
#> SRR1362621 4 0.8019 0.00120 0.000 0.332 0.088 0.336 0.244
#> SRR1451718 5 0.6438 0.17300 0.008 0.380 0.100 0.012 0.500
#> SRR1095334 3 0.0794 0.77113 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1079636 4 0.4307 -0.01339 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1442549 5 0.4659 0.33657 0.068 0.168 0.000 0.012 0.752
#> SRR1466421 2 0.0162 0.73757 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR817397 4 0.2516 0.71614 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1341809 2 0.4009 0.37525 0.000 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR614623 2 0.4403 0.01481 0.000 0.560 0.000 0.436 0.004
#> SRR1335005 2 0.0162 0.73757 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407065 4 0.1410 0.73550 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1404483 4 0.3565 0.70033 0.000 0.144 0.040 0.816 0.000
#> SRR1096222 1 0.2280 0.84413 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1401793 1 0.4934 0.43148 0.600 0.000 0.036 0.000 0.364
#> SRR1408615 3 0.6442 0.38278 0.000 0.144 0.544 0.016 0.296
#> SRR1070597 2 0.5048 0.15698 0.032 0.492 0.000 0.000 0.476
#> SRR1332381 5 0.3916 0.40276 0.256 0.000 0.000 0.012 0.732
#> SRR1457015 1 0.0290 0.85805 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1386797 2 0.4857 0.43771 0.000 0.688 0.036 0.012 0.264
#> SRR1098385 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.1121 0.78075 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.1168 0.70721 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1310455 1 0.4442 0.63780 0.676 0.004 0.016 0.000 0.304
#> SRR1453639 2 0.4300 0.22256 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR662617 4 0.3003 0.69545 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR654778 4 0.6313 0.51470 0.144 0.096 0.000 0.656 0.104
#> SRR661782 4 0.4452 0.16018 0.000 0.496 0.000 0.500 0.004
#> SRR1334396 1 0.4835 0.25985 0.592 0.000 0.028 0.000 0.380
#> SRR613867 4 0.4563 0.62187 0.000 0.048 0.000 0.708 0.244
#> SRR1479412 1 0.5496 0.11972 0.476 0.052 0.004 0.000 0.468
#> SRR1331620 1 0.4582 0.26128 0.572 0.000 0.012 0.000 0.416
#> SRR1082809 5 0.8403 0.26812 0.148 0.184 0.184 0.024 0.460
#> SRR1417178 1 0.5088 0.35965 0.572 0.004 0.032 0.000 0.392
#> SRR1335278 1 0.0703 0.85544 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR665369 4 0.1851 0.73678 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR657552 5 0.5168 0.16251 0.076 0.000 0.116 0.060 0.748
#> SRR812412 1 0.2280 0.84413 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1096500 5 0.4297 -0.17564 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1347750 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615153 4 0.2682 0.71692 0.016 0.020 0.032 0.908 0.024
#> SRR1434417 1 0.0963 0.85253 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1070159 3 0.6747 0.37083 0.000 0.120 0.524 0.040 0.316
#> SRR1332508 2 0.0671 0.73591 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1082059 2 0.4071 0.63110 0.000 0.808 0.036 0.028 0.128
#> SRR1402491 1 0.0703 0.85544 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1476595 2 0.1638 0.71068 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR1320987 2 0.0510 0.73663 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1086417 2 0.4735 0.54194 0.000 0.740 0.036 0.028 0.196
#> SRR1454095 2 0.2612 0.63094 0.008 0.868 0.000 0.000 0.124
#> SRR614791 4 0.1569 0.71090 0.000 0.012 0.032 0.948 0.008
#> SRR821255 2 0.3155 0.62393 0.008 0.848 0.000 0.016 0.128
#> SRR820402 4 0.6158 0.02803 0.000 0.416 0.132 0.452 0.000
#> SRR1337284 5 0.4564 0.06581 0.008 0.388 0.000 0.004 0.600
#> SRR1333083 3 0.0794 0.77919 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1384883 4 0.0404 0.71902 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR614431 1 0.1121 0.86423 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1481106 2 0.3424 0.56024 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1370285 1 0.0703 0.86372 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1446673 3 0.0963 0.78230 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0963 0.78230 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1384941 1 0.0703 0.85544 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1322864 2 0.0162 0.73757 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476825 3 0.5171 0.54413 0.076 0.000 0.648 0.000 0.276
#> SRR1443332 2 0.1043 0.72597 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR662486 4 0.1732 0.73732 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1447019 1 0.1608 0.86328 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR662942 1 0.1341 0.86599 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR613102 3 0.0963 0.78230 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1469880 1 0.2280 0.84413 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1464977 5 0.5523 0.22292 0.088 0.320 0.000 0.000 0.592
#> SRR615850 3 0.5192 0.60930 0.004 0.000 0.700 0.164 0.132
#> SRR661949 4 0.4375 0.35085 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004
#> SRR1322227 2 0.4109 0.60773 0.000 0.788 0.148 0.060 0.004
#> SRR1441655 2 0.1364 0.72558 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR613771 3 0.5447 0.35487 0.000 0.000 0.500 0.060 0.440
#> SRR1479471 1 0.1270 0.86337 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1488918 4 0.2561 0.71778 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1414040 4 0.4450 0.16314 0.000 0.488 0.000 0.508 0.004
#> SRR1079850 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.2439 0.84750 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR1364914 4 0.4238 0.45756 0.000 0.368 0.000 0.628 0.004
#> SRR1408267 2 0.0794 0.73595 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1314894 1 0.0510 0.86318 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1414117 4 0.7287 0.15599 0.000 0.208 0.036 0.436 0.320
#> SRR1395975 2 0.4268 0.27784 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1402219 2 0.0510 0.73663 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1433623 1 0.0609 0.85657 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR656385 4 0.3282 0.69581 0.000 0.188 0.000 0.804 0.008
#> SRR811213 2 0.2179 0.69266 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR663657 4 0.1341 0.71361 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR612203 1 0.4157 0.68579 0.716 0.000 0.020 0.000 0.264
#> SRR613987 4 0.5103 0.19388 0.000 0.452 0.036 0.512 0.000
#> SRR613831 3 0.1197 0.78004 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1354180 2 0.4242 0.23703 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1382912 1 0.1043 0.85135 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1475501 1 0.0404 0.85742 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1336930 1 0.2605 0.76369 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR613030 4 0.2605 0.64008 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1381459 4 0.3411 0.70946 0.000 0.072 0.032 0.860 0.036
#> SRR1402350 3 0.6147 0.51254 0.000 0.028 0.576 0.084 0.312
#> SRR1419408 1 0.1270 0.86337 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR655911 4 0.1281 0.71108 0.000 0.012 0.032 0.956 0.000
#> SRR1418243 1 0.1792 0.85803 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1322573 2 0.5712 0.00604 0.012 0.492 0.036 0.008 0.452
#> SRR613615 3 0.3551 0.64923 0.000 0.000 0.772 0.220 0.008
#> SRR1355284 1 0.2930 0.82068 0.832 0.000 0.004 0.000 0.164
#> SRR1319395 1 0.1478 0.86321 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR818939 1 0.0880 0.86672 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1465266 1 0.2488 0.84167 0.872 0.000 0.004 0.000 0.124
#> SRR614888 4 0.5953 0.33877 0.264 0.032 0.000 0.624 0.080
#> SRR1431694 5 0.5519 0.36974 0.332 0.084 0.000 0.000 0.584
#> SRR614347 4 0.1410 0.73550 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1334228 3 0.1043 0.78219 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1096007 2 0.0566 0.73477 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR656349 1 0.5850 0.06116 0.476 0.000 0.096 0.000 0.428
#> SRR815422 4 0.1341 0.73571 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1360828 1 0.2424 0.84319 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1359005 4 0.1965 0.73270 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1456652 1 0.1478 0.86385 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1391660 1 0.2424 0.84295 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1441956 1 0.2230 0.84639 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR662930 4 0.4031 0.68073 0.000 0.160 0.048 0.788 0.004
#> SRR615790 4 0.6892 0.31776 0.000 0.040 0.204 0.548 0.208
#> SRR614827 4 0.5968 0.25380 0.000 0.108 0.000 0.448 0.444
#> SRR614587 4 0.0404 0.71902 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR814052 2 0.4268 0.28205 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1070086 1 0.0290 0.85805 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481440 1 0.2806 0.82900 0.844 0.000 0.004 0.000 0.152
#> SRR1339296 3 0.0963 0.78230 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1343239 4 0.4469 0.63271 0.000 0.096 0.148 0.756 0.000
#> SRR1432802 2 0.4262 0.28439 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1416911 1 0.0963 0.85323 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1410427 5 0.4238 0.40276 0.192 0.052 0.000 0.000 0.756
#> SRR1401185 2 0.3342 0.61342 0.008 0.836 0.000 0.020 0.136
#> SRR654993 4 0.1341 0.73571 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR656397 1 0.0703 0.85544 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR809643 2 0.7016 0.21058 0.000 0.488 0.132 0.332 0.048
#> SRR1433819 1 0.3534 0.72546 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1375225 2 0.3999 0.42500 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1367739 3 0.4152 0.58594 0.000 0.000 0.692 0.012 0.296
#> SRR1323336 2 0.1074 0.72884 0.000 0.968 0.016 0.012 0.004
#> SRR663224 4 0.5433 0.56727 0.000 0.160 0.148 0.684 0.008
#> SRR1442840 1 0.0794 0.86424 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1374058 1 0.2280 0.84733 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR656994 1 0.1121 0.86503 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1469214 2 0.2813 0.65917 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1456446 1 0.5807 0.37652 0.612 0.256 0.000 0.004 0.128
#> SRR1471879 2 0.0162 0.73757 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR612911 3 0.2891 0.70301 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1395720 2 0.4288 0.21591 0.000 0.612 0.000 0.384 0.004
#> SRR1413055 1 0.2891 0.73030 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR656770 5 0.7743 -0.07042 0.000 0.096 0.168 0.296 0.440
#> SRR812080 4 0.4138 0.33066 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1479328 1 0.3910 0.69702 0.720 0.000 0.008 0.000 0.272
#> SRR661421 4 0.4622 0.38577 0.000 0.012 0.000 0.548 0.440
#> SRR1410286 2 0.3966 0.39595 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1487150 1 0.2280 0.84413 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1467035 1 0.2280 0.84413 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1360607 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.5895 0.17326 0.000 0.460 0.000 0.100 0.440
#> SRR1088706 2 0.2329 0.68723 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1320053 4 0.4580 0.33794 0.000 0.008 0.356 0.628 0.008
#> SRR1350392 2 0.0162 0.73757 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1385190 3 0.4029 0.57329 0.000 0.000 0.680 0.004 0.316
#> SRR1080093 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.1043 0.86513 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1345369 3 0.4528 0.38672 0.000 0.000 0.548 0.008 0.444
#> SRR612178 4 0.1410 0.73550 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1354423 1 0.0290 0.86056 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1072724 1 0.0880 0.85488 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1418450 4 0.3003 0.67285 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1326427 3 0.6155 0.50339 0.004 0.000 0.556 0.292 0.148
#> SRR1437412 2 0.4902 0.15873 0.000 0.520 0.008 0.012 0.460
#> SRR1327548 4 0.3655 0.67623 0.000 0.160 0.036 0.804 0.000
#> SRR1395891 1 0.1792 0.85803 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR659367 4 0.2966 0.66205 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR818961 1 0.0880 0.85389 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR813704 1 0.1544 0.86230 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR613054 1 0.0404 0.85742 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1476467 1 0.1732 0.86015 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1407988 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0290 0.73783 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR655578 2 0.3861 0.44214 0.000 0.712 0.000 0.284 0.004
#> SRR1310645 4 0.3966 0.43451 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1345628 1 0.4616 0.44190 0.676 0.000 0.036 0.000 0.288
#> SRR1479740 1 0.2377 0.84921 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1332095 2 0.0833 0.73235 0.004 0.976 0.000 0.004 0.016
#> SRR1444786 2 0.5968 0.11212 0.000 0.452 0.108 0.000 0.440
#> SRR1090070 1 0.1792 0.85803 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR662414 4 0.5092 0.36653 0.000 0.036 0.000 0.524 0.440
#> SRR661216 4 0.1478 0.73731 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR656313 4 0.1956 0.73867 0.000 0.076 0.000 0.916 0.008
#> SRR615671 4 0.3048 0.66391 0.000 0.004 0.000 0.820 0.176
#> SRR1350196 3 0.2966 0.66670 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1466580 1 0.2179 0.84832 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1408032 2 0.0000 0.73790 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432913 4 0.1410 0.73550 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1360502 5 0.7997 0.32793 0.288 0.060 0.088 0.076 0.488
#> SRR1391901 4 0.4417 0.62110 0.000 0.092 0.148 0.760 0.000
#> SRR1311131 1 0.2561 0.83694 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1380636 1 0.1270 0.86477 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1332339 5 0.4074 0.25309 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1341563 2 0.0162 0.73746 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1359410 2 0.2989 0.67751 0.000 0.868 0.000 0.060 0.072
#> SRR1473040 3 0.0963 0.78230 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1321444 1 0.1792 0.85803 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1498765 2 0.0771 0.73718 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1312622 4 0.6257 0.13701 0.000 0.392 0.148 0.460 0.000
#> SRR615503 2 0.6140 0.09390 0.000 0.492 0.000 0.372 0.136
#> SRR1453192 1 0.0290 0.85805 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1433107 2 0.4801 0.55996 0.000 0.728 0.148 0.124 0.000
#> SRR1075384 1 0.0703 0.85544 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1356683 1 0.0703 0.85544 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR659049 1 0.1410 0.86651 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1368240 1 0.2280 0.84413 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1341739 1 0.2127 0.85161 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR613249 3 0.3264 0.70170 0.000 0.000 0.820 0.016 0.164
#> SRR663428 2 0.3231 0.58730 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1341302 2 0.4262 0.20619 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1073553 2 0.1792 0.71679 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1354093 4 0.4138 0.32520 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1406521 4 0.3366 0.62431 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1432049 1 0.6195 0.43293 0.632 0.204 0.000 0.036 0.128
#> SRR1453504 2 0.0898 0.73552 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.3628 0.6117 0.000 0.000 0.004 0.268 0.008 0.720
#> SRR1359328 3 0.3101 0.5579 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR821124 2 0.1082 0.7799 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR1335188 2 0.6899 -0.1732 0.256 0.436 0.000 0.000 0.240 0.068
#> SRR1075825 2 0.0937 0.7798 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0458 0.8537 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1466198 3 0.5277 0.5336 0.000 0.000 0.616 0.156 0.224 0.004
#> SRR1384073 6 0.3222 0.7076 0.036 0.036 0.000 0.004 0.068 0.856
#> SRR1312802 5 0.4540 0.4874 0.264 0.000 0.032 0.000 0.680 0.024
#> SRR1076559 5 0.5725 0.2887 0.008 0.376 0.012 0.012 0.528 0.064
#> SRR1370085 1 0.0632 0.8528 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1460363 1 0.0458 0.8537 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1480221 2 0.0692 0.7801 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1476165 5 0.4797 0.3577 0.364 0.000 0.012 0.008 0.592 0.024
#> SRR1459631 4 0.0458 0.7603 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1448098 2 0.0458 0.7841 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0865 0.7818 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.7832 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808086 3 0.4488 0.2018 0.000 0.000 0.508 0.008 0.468 0.016
#> SRR613687 4 0.3971 0.2701 0.000 0.448 0.000 0.548 0.000 0.004
#> SRR1471011 5 0.5828 0.3427 0.000 0.316 0.104 0.008 0.552 0.020
#> SRR1330284 4 0.1082 0.7634 0.000 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1320624 2 0.2730 0.7158 0.000 0.836 0.000 0.152 0.000 0.012
#> SRR1459519 1 0.1890 0.8517 0.916 0.000 0.000 0.000 0.060 0.024
#> SRR1091184 2 0.6551 0.2347 0.000 0.476 0.020 0.260 0.232 0.012
#> SRR1390561 1 0.1075 0.8483 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR658164 1 0.2197 0.8583 0.900 0.000 0.000 0.000 0.056 0.044
#> SRR1087079 2 0.1970 0.7607 0.000 0.900 0.000 0.092 0.000 0.008
#> SRR814996 3 0.0260 0.7509 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1407410 6 0.3507 0.7216 0.000 0.232 0.000 0.012 0.004 0.752
#> SRR1453392 2 0.3563 0.4657 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.2376 0.8423 0.888 0.000 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR1419985 2 0.0363 0.7826 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR820938 4 0.5874 0.6002 0.000 0.120 0.020 0.608 0.232 0.020
#> SRR1476844 1 0.0790 0.8518 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1403526 1 0.0458 0.8537 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1413916 4 0.0891 0.7600 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR1441051 2 0.0260 0.7824 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR614287 2 0.2250 0.7396 0.000 0.888 0.000 0.092 0.000 0.020
#> SRR1092062 2 0.0260 0.7824 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR612611 4 0.2631 0.7169 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1376356 4 0.6634 0.2460 0.000 0.192 0.340 0.428 0.004 0.036
#> SRR1405078 3 0.3256 0.6682 0.008 0.000 0.840 0.012 0.112 0.028
#> SRR1437226 2 0.4699 0.4862 0.000 0.688 0.012 0.016 0.248 0.036
#> SRR1326078 1 0.0603 0.8555 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1096806 4 0.5171 0.6141 0.000 0.008 0.100 0.692 0.172 0.028
#> SRR1440919 4 0.0820 0.7606 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1452824 5 0.5803 0.1160 0.036 0.024 0.344 0.008 0.560 0.028
#> SRR615754 1 0.0632 0.8528 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1341787 3 0.7122 0.1188 0.000 0.072 0.400 0.012 0.168 0.348
#> SRR614551 4 0.4846 0.2755 0.000 0.416 0.012 0.544 0.012 0.016
#> SRR1380829 2 0.7316 0.1388 0.000 0.428 0.072 0.068 0.348 0.084
#> SRR1455761 1 0.1564 0.8581 0.936 0.000 0.000 0.000 0.040 0.024
#> SRR1465189 5 0.3984 0.3655 0.336 0.000 0.000 0.000 0.648 0.016
#> SRR1376895 1 0.2633 0.8482 0.864 0.000 0.000 0.000 0.032 0.104
#> SRR1445002 1 0.1588 0.8381 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1469258 4 0.4184 0.0686 0.000 0.484 0.000 0.504 0.000 0.012
#> SRR1409239 1 0.2376 0.8423 0.888 0.000 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR1480200 1 0.1444 0.8393 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1418323 1 0.2629 0.8396 0.872 0.000 0.000 0.000 0.068 0.060
#> SRR657540 4 0.5311 0.5982 0.000 0.000 0.028 0.636 0.244 0.092
#> SRR821096 2 0.0363 0.7835 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.3888 0.5518 0.000 0.716 0.000 0.252 0.000 0.032
#> SRR1344205 3 0.0363 0.7557 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR612479 1 0.5929 -0.0723 0.472 0.000 0.012 0.012 0.400 0.104
#> SRR1399950 5 0.5392 0.3369 0.376 0.000 0.084 0.000 0.528 0.012
#> SRR1336048 3 0.3582 0.5673 0.000 0.000 0.732 0.000 0.252 0.016
#> SRR1368896 1 0.1444 0.8393 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1379403 2 0.4025 0.3144 0.000 0.576 0.000 0.416 0.000 0.008
#> SRR1312464 1 0.2197 0.8589 0.900 0.000 0.000 0.000 0.044 0.056
#> SRR1096478 1 0.2179 0.8508 0.900 0.000 0.000 0.000 0.064 0.036
#> SRR1459845 1 0.0891 0.8582 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1348138 3 0.3942 0.4859 0.004 0.000 0.624 0.000 0.368 0.004
#> SRR811423 1 0.4629 0.2601 0.524 0.000 0.000 0.000 0.436 0.040
#> SRR615683 1 0.0632 0.8528 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1380336 4 0.3118 0.7219 0.000 0.092 0.000 0.836 0.000 0.072
#> SRR817609 5 0.4819 0.0586 0.416 0.000 0.000 0.000 0.528 0.056
#> SRR1074550 4 0.5729 0.5049 0.000 0.000 0.144 0.596 0.232 0.028
#> SRR1499236 2 0.4852 -0.1643 0.000 0.492 0.000 0.056 0.000 0.452
#> SRR656083 1 0.2376 0.8423 0.888 0.000 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR817539 1 0.4062 0.7124 0.736 0.000 0.000 0.000 0.068 0.196
#> SRR1410801 1 0.3269 0.6885 0.792 0.000 0.000 0.000 0.184 0.024
#> SRR1347190 5 0.6017 0.4628 0.308 0.068 0.012 0.008 0.568 0.036
#> SRR1355126 2 0.5060 0.2586 0.000 0.592 0.012 0.344 0.044 0.008
#> SRR615165 3 0.3596 0.6553 0.000 0.000 0.748 0.016 0.232 0.004
#> SRR1466046 1 0.1575 0.8576 0.936 0.000 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1097055 2 0.0713 0.7848 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.3081 0.6012 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR655325 1 0.1444 0.8393 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR810177 2 0.0622 0.7815 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR815685 2 0.2494 0.7346 0.000 0.864 0.000 0.120 0.000 0.016
#> SRR817026 2 0.6211 0.1318 0.000 0.428 0.020 0.148 0.400 0.004
#> SRR1417224 6 0.4045 0.5833 0.000 0.336 0.000 0.008 0.008 0.648
#> SRR661687 4 0.0692 0.7601 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000 0.000
#> SRR1431804 5 0.5460 0.4511 0.176 0.000 0.012 0.116 0.668 0.028
#> SRR664072 3 0.0363 0.7557 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR612923 4 0.0790 0.7626 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.1434 0.8603 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR1347726 6 0.3098 0.6686 0.064 0.004 0.000 0.000 0.088 0.844
#> SRR1500360 2 0.1003 0.7805 0.000 0.964 0.000 0.004 0.004 0.028
#> SRR1468360 6 0.3261 0.7362 0.000 0.204 0.000 0.016 0.000 0.780
#> SRR1404084 5 0.5265 0.1437 0.000 0.436 0.012 0.012 0.500 0.040
#> SRR615994 3 0.4489 0.6680 0.000 0.000 0.744 0.044 0.160 0.052
#> SRR1475718 2 0.3688 0.5753 0.000 0.724 0.000 0.256 0.000 0.020
#> SRR1397200 3 0.0146 0.7516 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR655519 4 0.0632 0.7607 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1311308 4 0.4314 0.6446 0.000 0.012 0.020 0.720 0.232 0.016
#> SRR1368006 2 0.0692 0.7801 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR613651 1 0.5431 0.3900 0.612 0.000 0.000 0.268 0.028 0.092
#> SRR1362621 5 0.6838 0.1968 0.000 0.248 0.016 0.292 0.420 0.024
#> SRR1451718 5 0.6118 0.3689 0.012 0.332 0.056 0.008 0.544 0.048
#> SRR1095334 3 0.0508 0.7521 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1079636 4 0.3857 0.0193 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1442549 6 0.3115 0.6901 0.040 0.016 0.000 0.004 0.084 0.856
#> SRR1466421 2 0.0603 0.7815 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR817397 4 0.2163 0.7380 0.000 0.092 0.000 0.892 0.000 0.016
#> SRR1341809 2 0.4135 0.4371 0.000 0.668 0.000 0.300 0.000 0.032
#> SRR614623 2 0.4328 -0.0300 0.000 0.520 0.000 0.460 0.000 0.020
#> SRR1335005 2 0.0692 0.7801 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1407065 4 0.0632 0.7598 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1404483 4 0.3698 0.7401 0.000 0.080 0.004 0.824 0.060 0.032
#> SRR1096222 1 0.2376 0.8423 0.888 0.000 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR1401793 1 0.5019 -0.0610 0.476 0.000 0.012 0.000 0.468 0.044
#> SRR1408615 3 0.4736 0.2409 0.000 0.032 0.528 0.008 0.432 0.000
#> SRR1070597 6 0.3197 0.7388 0.012 0.176 0.000 0.008 0.000 0.804
#> SRR1332381 6 0.5278 0.4623 0.172 0.000 0.000 0.008 0.188 0.632
#> SRR1457015 1 0.0363 0.8550 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1386797 2 0.5106 0.1910 0.000 0.568 0.012 0.012 0.372 0.036
#> SRR1098385 2 0.0363 0.7835 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.3426 0.6638 0.000 0.000 0.764 0.012 0.220 0.004
#> SRR820350 2 0.0363 0.7826 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR662055 4 0.2988 0.7320 0.000 0.000 0.004 0.852 0.060 0.084
#> SRR1310455 1 0.5059 0.6039 0.656 0.008 0.004 0.000 0.232 0.100
#> SRR1453639 6 0.3420 0.7294 0.000 0.240 0.000 0.012 0.000 0.748
#> SRR662617 4 0.2300 0.7239 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR654778 4 0.5731 0.5216 0.152 0.040 0.000 0.680 0.076 0.052
#> SRR661782 4 0.4305 0.2752 0.000 0.436 0.000 0.544 0.000 0.020
#> SRR1334396 5 0.4538 0.4298 0.340 0.000 0.000 0.000 0.612 0.048
#> SRR613867 4 0.4034 0.4263 0.000 0.020 0.000 0.652 0.000 0.328
#> SRR1479412 5 0.5851 0.1369 0.432 0.044 0.000 0.000 0.452 0.072
#> SRR1331620 1 0.5213 -0.0707 0.488 0.000 0.000 0.000 0.420 0.092
#> SRR1082809 5 0.5728 0.3755 0.108 0.084 0.028 0.008 0.700 0.072
#> SRR1417178 5 0.4155 0.3083 0.364 0.000 0.000 0.000 0.616 0.020
#> SRR1335278 1 0.1387 0.8409 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR665369 4 0.1391 0.7634 0.000 0.040 0.000 0.944 0.000 0.016
#> SRR657552 5 0.5756 0.2578 0.040 0.000 0.064 0.032 0.644 0.220
#> SRR812412 1 0.2376 0.8423 0.888 0.000 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR1096500 6 0.3727 0.7360 0.000 0.188 0.000 0.004 0.040 0.768
#> SRR1347750 2 0.0717 0.7841 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR615153 4 0.2796 0.7504 0.008 0.028 0.008 0.884 0.008 0.064
#> SRR1434417 1 0.4012 0.6564 0.748 0.000 0.000 0.000 0.176 0.076
#> SRR1070159 5 0.5029 -0.0217 0.000 0.044 0.240 0.020 0.676 0.020
#> SRR1332508 2 0.1176 0.7822 0.000 0.956 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1082059 2 0.3235 0.7242 0.000 0.852 0.012 0.032 0.088 0.016
#> SRR1402491 1 0.1444 0.8393 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1476595 2 0.1820 0.7694 0.000 0.928 0.000 0.012 0.016 0.044
#> SRR1320987 2 0.0865 0.7800 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.4658 0.4267 0.000 0.660 0.012 0.032 0.288 0.008
#> SRR1454095 2 0.3161 0.6768 0.020 0.852 0.000 0.000 0.068 0.060
#> SRR614791 4 0.3056 0.7357 0.000 0.008 0.004 0.856 0.048 0.084
#> SRR821255 2 0.3441 0.6768 0.016 0.840 0.000 0.008 0.072 0.064
#> SRR820402 2 0.6461 0.1508 0.000 0.460 0.020 0.336 0.172 0.012
#> SRR1337284 6 0.3666 0.7072 0.016 0.092 0.000 0.000 0.080 0.812
#> SRR1333083 3 0.0405 0.7526 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1384883 4 0.0984 0.7586 0.000 0.012 0.000 0.968 0.008 0.012
#> SRR614431 1 0.0806 0.8585 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1481106 2 0.3445 0.5908 0.000 0.744 0.000 0.244 0.000 0.012
#> SRR1370285 1 0.0146 0.8579 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446673 3 0.0622 0.7549 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.7832 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0363 0.7557 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.1444 0.8393 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1322864 2 0.0405 0.7830 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1476825 3 0.4832 0.5891 0.072 0.000 0.712 0.000 0.040 0.176
#> SRR1443332 2 0.1408 0.7765 0.000 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036
#> SRR662486 4 0.1285 0.7624 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004 0.000
#> SRR1447019 1 0.3511 0.6852 0.760 0.000 0.000 0.000 0.216 0.024
#> SRR662942 1 0.1480 0.8604 0.940 0.000 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR613102 3 0.0508 0.7554 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1469880 1 0.2376 0.8423 0.888 0.000 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR1464977 6 0.3118 0.7081 0.048 0.048 0.000 0.000 0.044 0.860
#> SRR615850 3 0.3577 0.6676 0.012 0.000 0.840 0.048 0.064 0.036
#> SRR661949 4 0.4155 0.4339 0.000 0.364 0.000 0.616 0.000 0.020
#> SRR1322227 2 0.5095 0.5745 0.000 0.680 0.020 0.024 0.228 0.048
#> SRR1441655 2 0.1555 0.7693 0.000 0.940 0.000 0.008 0.040 0.012
#> SRR613771 6 0.4223 0.5815 0.000 0.000 0.204 0.076 0.000 0.720
#> SRR1479471 1 0.0972 0.8577 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1488918 4 0.1863 0.7452 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1414040 4 0.4499 0.2674 0.000 0.428 0.000 0.540 0.000 0.032
#> SRR1079850 2 0.0000 0.7832 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.2594 0.8482 0.880 0.000 0.000 0.004 0.056 0.060
#> SRR1364914 4 0.4087 0.5793 0.000 0.276 0.000 0.688 0.000 0.036
#> SRR1408267 2 0.0790 0.7825 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.1168 0.8591 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1414117 5 0.6597 0.0908 0.000 0.176 0.012 0.384 0.404 0.024
#> SRR1395975 6 0.3483 0.7250 0.000 0.236 0.000 0.016 0.000 0.748
#> SRR1402219 2 0.1124 0.7804 0.000 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> SRR1433623 1 0.1007 0.8500 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR656385 4 0.4291 0.7102 0.000 0.152 0.000 0.752 0.016 0.080
#> SRR811213 2 0.2462 0.7270 0.000 0.860 0.000 0.132 0.004 0.004
#> SRR663657 4 0.2247 0.7455 0.000 0.000 0.012 0.904 0.060 0.024
#> SRR612203 1 0.5461 0.2698 0.520 0.000 0.000 0.000 0.344 0.136
#> SRR613987 4 0.4459 0.2656 0.000 0.428 0.012 0.548 0.000 0.012
#> SRR613831 3 0.3596 0.6553 0.000 0.000 0.748 0.016 0.232 0.004
#> SRR1354180 2 0.3797 0.3110 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.1327 0.8422 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1475501 1 0.0547 0.8532 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1336930 1 0.2997 0.7918 0.844 0.000 0.000 0.000 0.060 0.096
#> SRR613030 4 0.3909 0.6448 0.000 0.000 0.020 0.732 0.236 0.012
#> SRR1381459 4 0.3287 0.7442 0.000 0.056 0.004 0.852 0.060 0.028
#> SRR1402350 3 0.4642 0.3081 0.000 0.004 0.560 0.016 0.408 0.012
#> SRR1419408 1 0.0972 0.8577 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR655911 4 0.1985 0.7493 0.000 0.008 0.004 0.916 0.064 0.008
#> SRR1418243 1 0.1890 0.8517 0.916 0.000 0.000 0.000 0.060 0.024
#> SRR1322573 5 0.5774 0.2714 0.016 0.392 0.012 0.012 0.516 0.052
#> SRR613615 3 0.6185 0.5169 0.000 0.000 0.564 0.116 0.248 0.072
#> SRR1355284 1 0.2803 0.8347 0.864 0.000 0.004 0.000 0.084 0.048
#> SRR1319395 1 0.2586 0.8460 0.868 0.000 0.000 0.000 0.032 0.100
#> SRR818939 1 0.1074 0.8616 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR1465266 1 0.2488 0.8407 0.880 0.000 0.000 0.000 0.076 0.044
#> SRR614888 4 0.6145 0.3819 0.240 0.028 0.000 0.596 0.036 0.100
#> SRR1431694 6 0.3113 0.6541 0.100 0.008 0.000 0.000 0.048 0.844
#> SRR614347 4 0.0692 0.7600 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1334228 3 0.0363 0.7557 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.1225 0.7759 0.000 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR656349 5 0.4428 0.4551 0.228 0.000 0.048 0.000 0.708 0.016
#> SRR815422 4 0.1092 0.7604 0.000 0.020 0.000 0.960 0.000 0.020
#> SRR1360828 1 0.2744 0.8383 0.864 0.000 0.000 0.000 0.072 0.064
#> SRR1359005 4 0.1657 0.7545 0.000 0.056 0.000 0.928 0.000 0.016
#> SRR1456652 1 0.2658 0.8461 0.864 0.000 0.000 0.000 0.036 0.100
#> SRR1391660 1 0.2629 0.8426 0.872 0.000 0.000 0.000 0.068 0.060
#> SRR1441956 1 0.2448 0.8453 0.884 0.000 0.000 0.000 0.064 0.052
#> SRR662930 4 0.5174 0.6989 0.000 0.136 0.008 0.712 0.088 0.056
#> SRR615790 5 0.5087 -0.1255 0.000 0.012 0.036 0.408 0.536 0.008
#> SRR614827 6 0.3617 0.6306 0.000 0.020 0.000 0.244 0.000 0.736
#> SRR614587 4 0.0665 0.7583 0.000 0.008 0.000 0.980 0.008 0.004
#> SRR814052 6 0.3290 0.7188 0.000 0.252 0.000 0.004 0.000 0.744
#> SRR1070086 1 0.0547 0.8534 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1481440 1 0.4284 0.6501 0.688 0.000 0.000 0.000 0.256 0.056
#> SRR1339296 3 0.0363 0.7557 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1343239 4 0.5030 0.6595 0.000 0.068 0.020 0.696 0.200 0.016
#> SRR1432802 6 0.3494 0.7180 0.000 0.252 0.000 0.012 0.000 0.736
#> SRR1416911 1 0.1663 0.8339 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1410427 6 0.3358 0.6515 0.052 0.008 0.000 0.000 0.116 0.824
#> SRR1401185 2 0.3546 0.6612 0.016 0.828 0.000 0.004 0.084 0.068
#> SRR654993 4 0.0458 0.7611 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR656397 1 0.1444 0.8393 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR809643 2 0.6432 0.3328 0.000 0.520 0.020 0.228 0.216 0.016
#> SRR1433819 1 0.3354 0.7993 0.812 0.000 0.000 0.000 0.128 0.060
#> SRR1375225 2 0.3563 0.4905 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.3866 0.2213 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1323336 2 0.0912 0.7817 0.000 0.972 0.004 0.008 0.004 0.012
#> SRR663224 4 0.5883 0.5388 0.000 0.172 0.020 0.580 0.224 0.004
#> SRR1442840 1 0.0405 0.8580 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1374058 1 0.2442 0.8434 0.884 0.000 0.000 0.000 0.068 0.048
#> SRR656994 1 0.1856 0.8606 0.920 0.000 0.000 0.000 0.032 0.048
#> SRR1469214 2 0.2669 0.7124 0.000 0.836 0.000 0.156 0.000 0.008
#> SRR1456446 1 0.6177 0.3704 0.584 0.264 0.000 0.024 0.068 0.060
#> SRR1471879 2 0.1168 0.7821 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR612911 3 0.4853 0.5882 0.000 0.000 0.664 0.108 0.224 0.004
#> SRR1395720 2 0.4561 0.0703 0.000 0.536 0.000 0.428 0.000 0.036
#> SRR1413055 1 0.4827 0.4911 0.632 0.000 0.000 0.000 0.276 0.092
#> SRR656770 6 0.4483 0.7040 0.000 0.092 0.020 0.148 0.000 0.740
#> SRR812080 4 0.5999 0.2591 0.000 0.000 0.292 0.472 0.232 0.004
#> SRR1479328 1 0.4491 0.7132 0.724 0.000 0.008 0.004 0.188 0.076
#> SRR661421 6 0.3448 0.6064 0.000 0.004 0.000 0.280 0.000 0.716
#> SRR1410286 2 0.3531 0.4688 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.2376 0.8423 0.888 0.000 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR1467035 1 0.2376 0.8423 0.888 0.000 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR1360607 2 0.0363 0.7835 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1333106 6 0.3734 0.7090 0.000 0.264 0.000 0.020 0.000 0.716
#> SRR1088706 2 0.2389 0.7307 0.000 0.864 0.000 0.128 0.000 0.008
#> SRR1320053 4 0.6369 0.3389 0.000 0.008 0.220 0.504 0.248 0.020
#> SRR1350392 2 0.1320 0.7809 0.000 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> SRR1385190 5 0.3868 -0.2344 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.7832 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.1498 0.8608 0.940 0.000 0.000 0.000 0.028 0.032
#> SRR1345369 6 0.3835 0.4427 0.000 0.000 0.320 0.012 0.000 0.668
#> SRR612178 4 0.0547 0.7601 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1354423 1 0.0146 0.8566 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072724 1 0.0937 0.8526 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1418450 4 0.2831 0.7018 0.000 0.136 0.000 0.840 0.000 0.024
#> SRR1326427 5 0.6104 -0.2946 0.004 0.000 0.336 0.144 0.496 0.020
#> SRR1437412 5 0.4743 0.2720 0.000 0.364 0.000 0.004 0.584 0.048
#> SRR1327548 4 0.4424 0.6935 0.000 0.136 0.008 0.760 0.076 0.020
#> SRR1395891 1 0.1890 0.8517 0.916 0.000 0.000 0.000 0.060 0.024
#> SRR659367 4 0.3596 0.6595 0.008 0.000 0.000 0.760 0.016 0.216
#> SRR818961 1 0.3852 0.6638 0.760 0.000 0.000 0.000 0.176 0.064
#> SRR813704 1 0.1462 0.8564 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> SRR613054 1 0.0632 0.8528 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1476467 1 0.2282 0.8425 0.888 0.000 0.000 0.000 0.024 0.088
#> SRR1407988 2 0.0603 0.7812 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1394776 2 0.0547 0.7834 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR655578 2 0.4078 0.3657 0.000 0.640 0.000 0.340 0.000 0.020
#> SRR1310645 4 0.3936 0.4886 0.000 0.288 0.000 0.688 0.000 0.024
#> SRR1345628 1 0.5340 -0.1487 0.480 0.000 0.012 0.000 0.436 0.072
#> SRR1479740 1 0.3103 0.8392 0.836 0.000 0.000 0.000 0.064 0.100
#> SRR1332095 2 0.1223 0.7794 0.004 0.960 0.000 0.012 0.008 0.016
#> SRR1444786 6 0.3809 0.7110 0.000 0.264 0.008 0.012 0.000 0.716
#> SRR1090070 1 0.1890 0.8517 0.916 0.000 0.000 0.000 0.060 0.024
#> SRR662414 6 0.3766 0.6344 0.000 0.024 0.000 0.256 0.000 0.720
#> SRR661216 4 0.0713 0.7621 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR656313 4 0.2627 0.7506 0.000 0.036 0.000 0.884 0.016 0.064
#> SRR615671 4 0.2584 0.6861 0.000 0.004 0.004 0.848 0.000 0.144
#> SRR1350196 3 0.0790 0.7430 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1466580 1 0.2308 0.8456 0.892 0.000 0.000 0.000 0.068 0.040
#> SRR1408032 2 0.0363 0.7835 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1432913 4 0.0692 0.7600 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1360502 5 0.6953 0.4845 0.244 0.056 0.064 0.056 0.560 0.020
#> SRR1391901 4 0.5164 0.6492 0.000 0.080 0.020 0.700 0.176 0.024
#> SRR1311131 1 0.2605 0.8351 0.864 0.000 0.000 0.000 0.108 0.028
#> SRR1380636 1 0.1863 0.8615 0.920 0.000 0.000 0.000 0.036 0.044
#> SRR1332339 6 0.3013 0.6276 0.088 0.000 0.000 0.000 0.068 0.844
#> SRR1341563 2 0.0146 0.7831 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.2345 0.7547 0.000 0.904 0.000 0.024 0.036 0.036
#> SRR1473040 3 0.0363 0.7557 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.1890 0.8517 0.916 0.000 0.000 0.000 0.060 0.024
#> SRR1498765 2 0.1418 0.7820 0.000 0.944 0.000 0.024 0.000 0.032
#> SRR1312622 2 0.6445 -0.0350 0.000 0.416 0.020 0.360 0.200 0.004
#> SRR615503 2 0.6068 -0.1032 0.000 0.388 0.000 0.268 0.000 0.344
#> SRR1453192 1 0.0458 0.8537 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1433107 2 0.4769 0.5637 0.000 0.704 0.020 0.068 0.204 0.004
#> SRR1075384 1 0.1267 0.8446 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1356683 1 0.1444 0.8393 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR659049 1 0.3727 0.6928 0.748 0.000 0.000 0.000 0.216 0.036
#> SRR1368240 1 0.2376 0.8423 0.888 0.000 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR1341739 1 0.3041 0.8350 0.832 0.000 0.000 0.000 0.040 0.128
#> SRR613249 3 0.3991 0.4320 0.000 0.000 0.524 0.000 0.472 0.004
#> SRR663428 2 0.3345 0.6310 0.000 0.776 0.000 0.204 0.000 0.020
#> SRR1341302 2 0.4212 0.2909 0.000 0.560 0.000 0.424 0.000 0.016
#> SRR1073553 2 0.1958 0.7569 0.000 0.896 0.000 0.100 0.000 0.004
#> SRR1354093 4 0.3672 0.4087 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1406521 4 0.3583 0.6641 0.000 0.180 0.000 0.784 0.012 0.024
#> SRR1432049 1 0.5939 0.5229 0.660 0.168 0.000 0.052 0.068 0.052
#> SRR1453504 2 0.1176 0.7834 0.000 0.956 0.000 0.020 0.000 0.024
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.578 0.865 0.925 0.4495 0.546 0.546
#> 3 3 0.671 0.773 0.897 0.4748 0.725 0.523
#> 4 4 0.602 0.620 0.808 0.0828 0.928 0.790
#> 5 5 0.618 0.594 0.748 0.0541 0.947 0.818
#> 6 6 0.693 0.620 0.795 0.0578 0.918 0.693
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 1 0.8608 0.6749 0.716 0.284
#> SRR1359328 1 0.5059 0.8856 0.888 0.112
#> SRR821124 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.2778 0.9188 0.952 0.048
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1466198 1 0.5737 0.8689 0.864 0.136
#> SRR1384073 1 0.3431 0.9155 0.936 0.064
#> SRR1312802 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.2948 0.9180 0.948 0.052
#> SRR1370085 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1460363 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1459631 2 0.2603 0.8969 0.044 0.956
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR808086 1 0.5059 0.8856 0.888 0.112
#> SRR613687 2 0.7745 0.7077 0.228 0.772
#> SRR1471011 1 0.3879 0.9038 0.924 0.076
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1091184 1 0.9970 0.2561 0.532 0.468
#> SRR1390561 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR658164 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR814996 1 0.5059 0.8856 0.888 0.112
#> SRR1407410 2 0.8813 0.5394 0.300 0.700
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR820938 1 0.6623 0.8375 0.828 0.172
#> SRR1476844 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1403526 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.5059 0.8323 0.112 0.888
#> SRR614287 2 0.1184 0.9114 0.016 0.984
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1376356 1 0.8713 0.6944 0.708 0.292
#> SRR1405078 1 0.4815 0.8913 0.896 0.104
#> SRR1437226 1 0.7883 0.7782 0.764 0.236
#> SRR1326078 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1096806 1 0.9000 0.6131 0.684 0.316
#> SRR1440919 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.4022 0.9021 0.920 0.080
#> SRR615754 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR1341787 1 0.5737 0.8715 0.864 0.136
#> SRR614551 2 0.8555 0.5892 0.280 0.720
#> SRR1380829 1 0.5842 0.8655 0.860 0.140
#> SRR1455761 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1465189 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1445002 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1480200 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1418323 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR657540 1 0.7528 0.7825 0.784 0.216
#> SRR821096 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR613591 1 0.8207 0.7231 0.744 0.256
#> SRR1344205 1 0.5629 0.8721 0.868 0.132
#> SRR612479 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1399950 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.4022 0.9021 0.920 0.080
#> SRR1368896 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1096478 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1459845 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1348138 1 0.4298 0.8986 0.912 0.088
#> SRR811423 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR1074550 1 0.5737 0.8689 0.864 0.136
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR817539 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1410801 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1347190 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1355126 2 0.0672 0.9188 0.008 0.992
#> SRR615165 1 0.5737 0.8689 0.864 0.136
#> SRR1466046 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.5294 0.8273 0.120 0.880
#> SRR655325 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR810177 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR817026 1 0.5842 0.8655 0.860 0.140
#> SRR1417224 2 0.9044 0.4938 0.320 0.680
#> SRR661687 2 0.2423 0.9030 0.040 0.960
#> SRR1431804 1 0.1633 0.9168 0.976 0.024
#> SRR664072 1 0.5629 0.8721 0.868 0.132
#> SRR612923 2 0.0938 0.9168 0.012 0.988
#> SRR1315890 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1347726 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1500360 1 0.3431 0.9155 0.936 0.064
#> SRR1468360 2 0.9129 0.4775 0.328 0.672
#> SRR1404084 1 0.4562 0.9058 0.904 0.096
#> SRR615994 1 0.6247 0.8517 0.844 0.156
#> SRR1475718 2 0.3114 0.8847 0.056 0.944
#> SRR1397200 1 0.5059 0.8856 0.888 0.112
#> SRR655519 2 0.7376 0.7357 0.208 0.792
#> SRR1311308 1 0.7745 0.7700 0.772 0.228
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.1843 0.9135 0.972 0.028
#> SRR1362621 1 0.5946 0.8777 0.856 0.144
#> SRR1451718 1 0.4815 0.9020 0.896 0.104
#> SRR1095334 1 0.5059 0.8856 0.888 0.112
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1442549 1 0.3274 0.9163 0.940 0.060
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1401793 1 0.0376 0.9162 0.996 0.004
#> SRR1408615 1 0.5059 0.8856 0.888 0.112
#> SRR1070597 1 0.3431 0.9154 0.936 0.064
#> SRR1332381 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1457015 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1386797 1 0.7139 0.8310 0.804 0.196
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1363947 1 0.5629 0.8721 0.868 0.132
#> SRR820350 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR662055 1 0.8608 0.6766 0.716 0.284
#> SRR1310455 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1453639 1 0.4939 0.8996 0.892 0.108
#> SRR662617 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.2778 0.9188 0.952 0.048
#> SRR661782 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.7745 0.7077 0.228 0.772
#> SRR1479412 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1331620 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1082809 1 0.4690 0.9032 0.900 0.100
#> SRR1417178 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1335278 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR665369 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1096500 2 0.9993 -0.0611 0.484 0.516
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR615153 1 0.3584 0.9079 0.932 0.068
#> SRR1434417 1 0.1184 0.9203 0.984 0.016
#> SRR1070159 1 0.5059 0.8856 0.888 0.112
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1082059 1 0.7453 0.8071 0.788 0.212
#> SRR1402491 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1476595 1 0.5519 0.8861 0.872 0.128
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1086417 1 0.4690 0.9040 0.900 0.100
#> SRR1454095 1 0.3274 0.9163 0.940 0.060
#> SRR614791 1 0.7528 0.7825 0.784 0.216
#> SRR821255 1 0.7745 0.7895 0.772 0.228
#> SRR820402 1 0.9775 0.4146 0.588 0.412
#> SRR1337284 1 0.3274 0.9163 0.940 0.060
#> SRR1333083 1 0.4939 0.8879 0.892 0.108
#> SRR1384883 2 0.0376 0.9210 0.004 0.996
#> SRR614431 1 0.0938 0.9191 0.988 0.012
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1446673 1 0.5629 0.8721 0.868 0.132
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1341188 1 0.5519 0.8750 0.872 0.128
#> SRR1384941 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.4022 0.9021 0.920 0.080
#> SRR1443332 2 0.8713 0.5584 0.292 0.708
#> SRR662486 1 0.8955 0.6166 0.688 0.312
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR613102 1 0.5629 0.8721 0.868 0.132
#> SRR1469880 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1464977 1 0.2778 0.9188 0.952 0.048
#> SRR615850 1 0.4022 0.9021 0.920 0.080
#> SRR661949 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1322227 1 0.9170 0.6174 0.668 0.332
#> SRR1441655 1 0.4815 0.9018 0.896 0.104
#> SRR613771 1 0.6623 0.8564 0.828 0.172
#> SRR1479471 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.8207 0.6364 0.256 0.744
#> SRR663209 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.3114 0.8837 0.056 0.944
#> SRR1314894 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1414117 1 0.5629 0.8721 0.868 0.132
#> SRR1395975 2 0.5178 0.8310 0.116 0.884
#> SRR1402219 2 0.1184 0.9137 0.016 0.984
#> SRR1433623 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR656385 2 0.9954 0.1275 0.460 0.540
#> SRR811213 2 0.1843 0.9064 0.028 0.972
#> SRR663657 1 0.7376 0.7929 0.792 0.208
#> SRR612203 1 0.1843 0.9135 0.972 0.028
#> SRR613987 2 0.9963 0.0644 0.464 0.536
#> SRR613831 1 0.5629 0.8721 0.868 0.132
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1475501 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1336930 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR613030 1 0.6148 0.8554 0.848 0.152
#> SRR1381459 1 0.9977 0.2252 0.528 0.472
#> SRR1402350 1 0.5059 0.8856 0.888 0.112
#> SRR1419408 1 0.0376 0.9162 0.996 0.004
#> SRR655911 1 0.9754 0.3797 0.592 0.408
#> SRR1418243 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1322573 1 0.3584 0.9144 0.932 0.068
#> SRR613615 1 0.5842 0.8655 0.860 0.140
#> SRR1355284 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1319395 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR818939 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1465266 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR614888 1 0.3431 0.9089 0.936 0.064
#> SRR1431694 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR614347 2 0.8555 0.6199 0.280 0.720
#> SRR1334228 1 0.5842 0.8662 0.860 0.140
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0376 0.9203 0.004 0.996
#> SRR1360828 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1391660 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1441956 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR662930 2 0.8267 0.6579 0.260 0.740
#> SRR615790 1 0.5842 0.8655 0.860 0.140
#> SRR614827 2 0.9000 0.5127 0.316 0.684
#> SRR614587 2 0.4161 0.8715 0.084 0.916
#> SRR814052 2 0.8443 0.6070 0.272 0.728
#> SRR1070086 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR1339296 1 0.5629 0.8721 0.868 0.132
#> SRR1343239 1 0.8443 0.7233 0.728 0.272
#> SRR1432802 2 0.0376 0.9209 0.004 0.996
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1401185 1 0.5178 0.8954 0.884 0.116
#> SRR654993 2 0.0376 0.9203 0.004 0.996
#> SRR656397 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR809643 1 0.5737 0.8695 0.864 0.136
#> SRR1433819 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.4298 0.8986 0.912 0.088
#> SRR1323336 1 0.5294 0.8934 0.880 0.120
#> SRR663224 1 0.7139 0.8099 0.804 0.196
#> SRR1442840 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1374058 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR656994 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.3274 0.9163 0.940 0.060
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR612911 1 0.5737 0.8689 0.864 0.136
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR656770 2 0.9248 0.4435 0.340 0.660
#> SRR812080 1 0.5737 0.8689 0.864 0.136
#> SRR1479328 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR661421 2 0.4815 0.8529 0.104 0.896
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1467035 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1360607 2 0.6247 0.7890 0.156 0.844
#> SRR1333106 2 0.0376 0.9210 0.004 0.996
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1320053 1 0.5737 0.8689 0.864 0.136
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.4161 0.9004 0.916 0.084
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1345369 1 0.5408 0.8788 0.876 0.124
#> SRR612178 2 0.1633 0.9078 0.024 0.976
#> SRR1354423 1 0.0938 0.9191 0.988 0.012
#> SRR1072724 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1326427 1 0.5519 0.8750 0.872 0.128
#> SRR1437412 1 0.4690 0.9036 0.900 0.100
#> SRR1327548 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR659367 1 0.3274 0.9092 0.940 0.060
#> SRR818961 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR813704 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR613054 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1479740 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1332095 1 0.4161 0.9099 0.916 0.084
#> SRR1444786 1 0.8327 0.7420 0.736 0.264
#> SRR1090070 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR662414 2 0.9998 -0.0832 0.492 0.508
#> SRR661216 2 0.0376 0.9203 0.004 0.996
#> SRR656313 2 0.7745 0.7077 0.228 0.772
#> SRR615671 1 0.9522 0.4727 0.628 0.372
#> SRR1350196 1 0.5519 0.8750 0.872 0.128
#> SRR1466580 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.8081 0.6764 0.248 0.752
#> SRR1360502 1 0.3879 0.9038 0.924 0.076
#> SRR1391901 2 0.5737 0.8239 0.136 0.864
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9145 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.1184 0.9204 0.984 0.016
#> SRR1332339 1 0.0672 0.9178 0.992 0.008
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1359410 1 0.7815 0.7740 0.768 0.232
#> SRR1473040 1 0.5059 0.8856 0.888 0.112
#> SRR1321444 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR615503 1 0.4298 0.8999 0.912 0.088
#> SRR1453192 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1433107 2 0.9286 0.4331 0.344 0.656
#> SRR1075384 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1356683 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR659049 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1368240 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR1341739 1 0.1414 0.9215 0.980 0.020
#> SRR613249 1 0.5059 0.8856 0.888 0.112
#> SRR663428 2 0.0672 0.9175 0.008 0.992
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1354093 1 0.5737 0.8689 0.864 0.136
#> SRR1406521 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.3274 0.9163 0.940 0.060
#> SRR1453504 1 0.4690 0.9032 0.900 0.100
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 3 0.4931 0.61808 0.000 0.232 0.768
#> SRR1359328 3 0.0237 0.83166 0.000 0.004 0.996
#> SRR821124 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.5968 0.38175 0.636 0.000 0.364
#> SRR1075825 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0237 0.83166 0.000 0.004 0.996
#> SRR1384073 3 0.4346 0.72391 0.184 0.000 0.816
#> SRR1312802 3 0.0237 0.83179 0.004 0.000 0.996
#> SRR1076559 3 0.6204 0.35578 0.424 0.000 0.576
#> SRR1370085 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 3 0.5706 0.55837 0.320 0.000 0.680
#> SRR1459631 2 0.6286 0.00267 0.000 0.536 0.464
#> SRR1448098 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.6260 0.11013 0.000 0.552 0.448
#> SRR1471011 3 0.0592 0.83088 0.012 0.000 0.988
#> SRR1330284 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.5810 0.50692 0.000 0.336 0.664
#> SRR1390561 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.4452 0.75705 0.808 0.000 0.192
#> SRR1087079 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.5529 0.56150 0.000 0.704 0.296
#> SRR1453392 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.1289 0.82245 0.000 0.032 0.968
#> SRR1476844 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0237 0.88843 0.000 0.996 0.004
#> SRR1441051 2 0.3340 0.79290 0.000 0.880 0.120
#> SRR614287 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 3 0.4555 0.68618 0.000 0.200 0.800
#> SRR1405078 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437226 3 0.5098 0.63724 0.000 0.248 0.752
#> SRR1326078 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.0747 0.82788 0.000 0.016 0.984
#> SRR1440919 2 0.1163 0.87259 0.000 0.972 0.028
#> SRR1452824 3 0.0592 0.83088 0.012 0.000 0.988
#> SRR615754 1 0.4796 0.71953 0.780 0.000 0.220
#> SRR1341787 3 0.1643 0.81550 0.000 0.044 0.956
#> SRR614551 2 0.2066 0.84998 0.000 0.940 0.060
#> SRR1380829 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.0747 0.82916 0.016 0.000 0.984
#> SRR1376895 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0747 0.92840 0.984 0.000 0.016
#> SRR657540 3 0.0237 0.83175 0.000 0.004 0.996
#> SRR821096 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 3 0.5785 0.50882 0.000 0.332 0.668
#> SRR1344205 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.3412 0.84573 0.876 0.000 0.124
#> SRR1399950 3 0.4974 0.65909 0.236 0.000 0.764
#> SRR1336048 3 0.0237 0.83180 0.004 0.000 0.996
#> SRR1368896 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR811423 3 0.0747 0.83005 0.016 0.000 0.984
#> SRR615683 1 0.4750 0.72699 0.784 0.000 0.216
#> SRR1380336 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 3 0.4504 0.70410 0.196 0.000 0.804
#> SRR1074550 3 0.0237 0.83175 0.000 0.004 0.996
#> SRR1499236 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0592 0.93058 0.988 0.000 0.012
#> SRR1410801 1 0.0592 0.93087 0.988 0.000 0.012
#> SRR1347190 3 0.6140 0.39046 0.404 0.000 0.596
#> SRR1355126 2 0.0237 0.88852 0.000 0.996 0.004
#> SRR615165 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.3253 0.83055 0.052 0.912 0.036
#> SRR655325 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0592 0.83006 0.000 0.012 0.988
#> SRR1417224 2 0.5859 0.47961 0.000 0.656 0.344
#> SRR661687 3 0.6299 0.18856 0.000 0.476 0.524
#> SRR1431804 3 0.4555 0.69977 0.200 0.000 0.800
#> SRR664072 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.2448 0.88413 0.924 0.000 0.076
#> SRR1500360 3 0.8556 0.60269 0.232 0.164 0.604
#> SRR1468360 2 0.5404 0.62421 0.004 0.740 0.256
#> SRR1404084 3 0.7366 0.62516 0.260 0.072 0.668
#> SRR615994 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.1411 0.86755 0.000 0.964 0.036
#> SRR1397200 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.6260 0.11201 0.000 0.552 0.448
#> SRR1311308 3 0.2165 0.80641 0.000 0.064 0.936
#> SRR1368006 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 3 0.5835 0.48430 0.340 0.000 0.660
#> SRR1362621 3 0.5060 0.77848 0.100 0.064 0.836
#> SRR1451718 3 0.1289 0.82520 0.032 0.000 0.968
#> SRR1095334 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 3 0.5692 0.64012 0.268 0.008 0.724
#> SRR1466421 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.6126 0.22639 0.000 0.600 0.400
#> SRR1341809 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.5016 0.60904 0.000 0.760 0.240
#> SRR1404483 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.6154 0.28457 0.592 0.000 0.408
#> SRR1408615 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 3 0.9072 0.50111 0.192 0.260 0.548
#> SRR1332381 1 0.6095 0.31023 0.608 0.000 0.392
#> SRR1457015 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 3 0.5178 0.63457 0.000 0.256 0.744
#> SRR1098385 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 3 0.3816 0.74943 0.000 0.148 0.852
#> SRR1310455 1 0.2165 0.89817 0.936 0.000 0.064
#> SRR1453639 3 0.9383 0.15753 0.176 0.364 0.460
#> SRR662617 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.5443 0.62708 0.736 0.004 0.260
#> SRR661782 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 3 0.5926 0.45904 0.356 0.000 0.644
#> SRR613867 3 0.6309 0.09028 0.000 0.496 0.504
#> SRR1479412 1 0.1964 0.90463 0.944 0.000 0.056
#> SRR1331620 1 0.2625 0.88522 0.916 0.000 0.084
#> SRR1082809 3 0.3879 0.74708 0.152 0.000 0.848
#> SRR1417178 1 0.6168 0.24559 0.588 0.000 0.412
#> SRR1335278 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 3 0.4605 0.69705 0.204 0.000 0.796
#> SRR812412 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.6380 0.62875 0.044 0.732 0.224
#> SRR1347750 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 3 0.4293 0.73826 0.164 0.004 0.832
#> SRR1434417 1 0.5016 0.65566 0.760 0.000 0.240
#> SRR1070159 3 0.0237 0.83175 0.000 0.004 0.996
#> SRR1332508 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 3 0.5291 0.61698 0.000 0.268 0.732
#> SRR1402491 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.9484 0.23871 0.264 0.496 0.240
#> SRR1320987 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 3 0.9147 0.49087 0.200 0.260 0.540
#> SRR1454095 3 0.7170 0.49410 0.352 0.036 0.612
#> SRR614791 3 0.3482 0.76514 0.000 0.128 0.872
#> SRR821255 2 0.7372 0.60796 0.128 0.704 0.168
#> SRR820402 3 0.5650 0.55845 0.000 0.312 0.688
#> SRR1337284 3 0.4978 0.69763 0.216 0.004 0.780
#> SRR1333083 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384883 2 0.6225 0.11966 0.000 0.568 0.432
#> SRR614431 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.0424 0.83126 0.008 0.000 0.992
#> SRR1443332 2 0.5098 0.63334 0.000 0.752 0.248
#> SRR662486 3 0.4750 0.68200 0.000 0.216 0.784
#> SRR1447019 1 0.5882 0.48072 0.652 0.000 0.348
#> SRR662942 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 3 0.6079 0.43645 0.388 0.000 0.612
#> SRR615850 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR661949 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.4702 0.66833 0.000 0.212 0.788
#> SRR1441655 3 0.7252 0.67476 0.196 0.100 0.704
#> SRR613771 2 0.7835 0.11099 0.052 0.492 0.456
#> SRR1479471 1 0.0892 0.92636 0.980 0.000 0.020
#> SRR1488918 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.1832 0.86442 0.008 0.956 0.036
#> SRR663209 1 0.1860 0.90778 0.948 0.000 0.052
#> SRR1364914 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0592 0.88412 0.000 0.988 0.012
#> SRR1314894 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.0237 0.83175 0.000 0.004 0.996
#> SRR1395975 2 0.1163 0.87350 0.000 0.972 0.028
#> SRR1402219 2 0.0424 0.88641 0.000 0.992 0.008
#> SRR1433623 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 3 0.6062 0.40613 0.000 0.384 0.616
#> SRR811213 2 0.6008 0.31571 0.000 0.628 0.372
#> SRR663657 3 0.0237 0.83175 0.000 0.004 0.996
#> SRR612203 3 0.5859 0.47895 0.344 0.000 0.656
#> SRR613987 2 0.2537 0.83843 0.000 0.920 0.080
#> SRR613831 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.3686 0.82091 0.860 0.000 0.140
#> SRR613030 3 0.0237 0.83175 0.000 0.004 0.996
#> SRR1381459 2 0.5859 0.47812 0.000 0.656 0.344
#> SRR1402350 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419408 1 0.1289 0.92106 0.968 0.000 0.032
#> SRR655911 3 0.2448 0.80194 0.000 0.076 0.924
#> SRR1418243 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 3 0.8643 0.58224 0.188 0.212 0.600
#> SRR613615 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.2066 0.90463 0.940 0.000 0.060
#> SRR1319395 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.2448 0.89157 0.924 0.000 0.076
#> SRR614888 3 0.5650 0.53661 0.312 0.000 0.688
#> SRR1431694 1 0.2448 0.88774 0.924 0.000 0.076
#> SRR614347 3 0.6045 0.41576 0.000 0.380 0.620
#> SRR1334228 3 0.0424 0.83078 0.000 0.008 0.992
#> SRR1096007 2 0.1031 0.87638 0.000 0.976 0.024
#> SRR656349 3 0.4178 0.72863 0.172 0.000 0.828
#> SRR815422 2 0.6140 0.21339 0.000 0.596 0.404
#> SRR1360828 1 0.1964 0.90393 0.944 0.000 0.056
#> SRR1359005 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 3 0.6111 0.37897 0.000 0.396 0.604
#> SRR615790 3 0.0237 0.83175 0.000 0.004 0.996
#> SRR614827 2 0.5882 0.47199 0.000 0.652 0.348
#> SRR614587 3 0.6267 0.26118 0.000 0.452 0.548
#> SRR814052 2 0.1643 0.86235 0.000 0.956 0.044
#> SRR1070086 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 3 0.6008 0.42434 0.372 0.000 0.628
#> SRR1339296 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 3 0.4062 0.72675 0.000 0.164 0.836
#> SRR1432802 2 0.0592 0.88402 0.000 0.988 0.012
#> SRR1416911 1 0.4291 0.77163 0.820 0.000 0.180
#> SRR1410427 1 0.4346 0.76218 0.816 0.000 0.184
#> SRR1401185 2 0.9331 0.14849 0.176 0.480 0.344
#> SRR654993 2 0.0424 0.88610 0.000 0.992 0.008
#> SRR656397 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0237 0.83175 0.000 0.004 0.996
#> SRR1433819 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 3 0.3713 0.80576 0.076 0.032 0.892
#> SRR663224 3 0.1529 0.81996 0.000 0.040 0.960
#> SRR1442840 1 0.0424 0.93269 0.992 0.000 0.008
#> SRR1374058 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.5016 0.67661 0.760 0.000 0.240
#> SRR1471879 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.2165 0.89899 0.936 0.000 0.064
#> SRR656770 2 0.6026 0.41956 0.000 0.624 0.376
#> SRR812080 3 0.0237 0.83175 0.000 0.004 0.996
#> SRR1479328 1 0.1411 0.91554 0.964 0.000 0.036
#> SRR661421 2 0.2165 0.84354 0.000 0.936 0.064
#> SRR1410286 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0237 0.93443 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360607 2 0.4295 0.77959 0.104 0.864 0.032
#> SRR1333106 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0237 0.83175 0.000 0.004 0.996
#> SRR1350392 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0424 0.83078 0.000 0.008 0.992
#> SRR612178 2 0.1411 0.86678 0.000 0.964 0.036
#> SRR1354423 1 0.1964 0.90678 0.944 0.000 0.056
#> SRR1072724 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.2959 0.80782 0.000 0.900 0.100
#> SRR1326427 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 3 0.1163 0.82662 0.028 0.000 0.972
#> SRR1327548 2 0.2796 0.81410 0.000 0.908 0.092
#> SRR1395891 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 3 0.5760 0.50646 0.328 0.000 0.672
#> SRR818961 1 0.1031 0.92417 0.976 0.000 0.024
#> SRR813704 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.4504 0.75225 0.804 0.000 0.196
#> SRR1476467 1 0.1411 0.91554 0.964 0.000 0.036
#> SRR1407988 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.2261 0.89806 0.932 0.000 0.068
#> SRR1479740 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 3 0.9198 0.45079 0.192 0.280 0.528
#> SRR1444786 2 0.8196 0.33600 0.084 0.560 0.356
#> SRR1090070 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.6026 0.41658 0.000 0.624 0.376
#> SRR661216 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 3 0.6305 0.13220 0.000 0.484 0.516
#> SRR615671 3 0.6168 0.32307 0.000 0.412 0.588
#> SRR1350196 3 0.0237 0.83166 0.000 0.004 0.996
#> SRR1466580 1 0.1163 0.92264 0.972 0.000 0.028
#> SRR1408032 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 3 0.6126 0.37049 0.000 0.400 0.600
#> SRR1360502 3 0.0475 0.83189 0.004 0.004 0.992
#> SRR1391901 2 0.6307 -0.08112 0.000 0.512 0.488
#> SRR1311131 1 0.4178 0.78254 0.828 0.000 0.172
#> SRR1380636 1 0.0424 0.93272 0.992 0.000 0.008
#> SRR1332339 1 0.4931 0.71667 0.768 0.000 0.232
#> SRR1341563 2 0.0424 0.88641 0.000 0.992 0.008
#> SRR1359410 3 0.3752 0.74402 0.000 0.144 0.856
#> SRR1473040 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR615503 3 0.7720 0.64794 0.208 0.120 0.672
#> SRR1453192 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.6280 0.09141 0.000 0.460 0.540
#> SRR1075384 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0424 0.93272 0.992 0.000 0.008
#> SRR1368240 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.93607 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.83191 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.89047 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0237 0.83175 0.000 0.004 0.996
#> SRR1406521 2 0.5859 0.38761 0.000 0.656 0.344
#> SRR1432049 1 0.5070 0.70162 0.772 0.004 0.224
#> SRR1453504 2 0.8659 0.40644 0.176 0.596 0.228
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 3 0.7841 -0.2546 0.000 0.264 0.380 0.356
#> SRR1359328 3 0.0188 0.6818 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR821124 2 0.1867 0.7858 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1335188 1 0.6176 0.3693 0.568 0.008 0.040 0.384
#> SRR1075825 2 0.1389 0.7893 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1321921 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.3024 0.6453 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1384073 3 0.8164 0.1754 0.160 0.040 0.496 0.304
#> SRR1312802 3 0.3278 0.6463 0.020 0.000 0.864 0.116
#> SRR1076559 3 0.7887 0.1218 0.308 0.012 0.476 0.204
#> SRR1370085 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460363 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480221 2 0.0336 0.7937 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1476165 3 0.6937 0.1930 0.344 0.000 0.532 0.124
#> SRR1459631 2 0.6275 0.4522 0.000 0.660 0.204 0.136
#> SRR1448098 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0336 0.7937 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR807613 2 0.1211 0.7894 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR808086 3 0.0188 0.6818 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR613687 4 0.5695 -0.0207 0.000 0.476 0.024 0.500
#> SRR1471011 3 0.4086 0.6081 0.008 0.000 0.776 0.216
#> SRR1330284 2 0.1022 0.7846 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1320624 2 0.2011 0.7670 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1459519 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.7404 -0.0599 0.000 0.348 0.476 0.176
#> SRR1390561 1 0.0469 0.8939 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR658164 1 0.3539 0.7412 0.820 0.000 0.004 0.176
#> SRR1087079 2 0.1302 0.7901 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR814996 3 0.0188 0.6818 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407410 2 0.6476 0.4803 0.000 0.616 0.112 0.272
#> SRR1453392 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.1118 0.7896 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR820938 3 0.4466 0.5892 0.000 0.036 0.784 0.180
#> SRR1476844 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403526 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.3649 0.6746 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1441051 2 0.4927 0.6138 0.000 0.712 0.024 0.264
#> SRR614287 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.1118 0.7903 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR612611 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376356 3 0.6475 0.3397 0.000 0.172 0.644 0.184
#> SRR1405078 3 0.4103 0.5240 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1437226 3 0.7026 0.2360 0.000 0.180 0.572 0.248
#> SRR1326078 1 0.0469 0.8924 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096806 3 0.5161 0.4996 0.000 0.024 0.676 0.300
#> SRR1440919 2 0.4289 0.7141 0.000 0.796 0.032 0.172
#> SRR1452824 3 0.2704 0.6568 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR615754 1 0.3972 0.7035 0.788 0.000 0.008 0.204
#> SRR1341787 3 0.3377 0.6442 0.000 0.012 0.848 0.140
#> SRR614551 2 0.4983 0.6046 0.000 0.704 0.024 0.272
#> SRR1380829 3 0.4972 0.1894 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1455761 1 0.0336 0.8932 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465189 3 0.4655 0.5903 0.088 0.000 0.796 0.116
#> SRR1376895 1 0.0469 0.8924 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1445002 1 0.0376 0.8929 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1469258 2 0.2216 0.7721 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1409239 1 0.0592 0.8907 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.2530 0.8512 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR657540 4 0.4981 -0.0725 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR821096 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613591 4 0.7900 0.2593 0.000 0.300 0.332 0.368
#> SRR1344205 3 0.0188 0.6818 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR612479 1 0.4039 0.8004 0.836 0.000 0.080 0.084
#> SRR1399950 3 0.6617 0.2931 0.280 0.000 0.600 0.120
#> SRR1336048 3 0.0921 0.6819 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1368896 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.3486 0.6899 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1312464 1 0.0707 0.8926 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1096478 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459845 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.1557 0.6809 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR811423 3 0.3850 0.6295 0.044 0.000 0.840 0.116
#> SRR615683 1 0.3870 0.7091 0.788 0.000 0.004 0.208
#> SRR1380336 2 0.0188 0.7927 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR817609 3 0.6259 0.3744 0.232 0.000 0.652 0.116
#> SRR1074550 3 0.3400 0.6201 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1499236 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR817539 1 0.2266 0.8647 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1410801 1 0.1388 0.8841 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1347190 3 0.7253 0.0500 0.428 0.000 0.428 0.144
#> SRR1355126 2 0.3873 0.6783 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR615165 3 0.1302 0.6668 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1466046 1 0.0921 0.8913 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1097055 2 0.1022 0.7915 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1312370 2 0.6288 0.5361 0.032 0.644 0.036 0.288
#> SRR655325 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.1211 0.7896 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR815685 2 0.2469 0.7512 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR817026 3 0.5434 0.5223 0.000 0.052 0.696 0.252
#> SRR1417224 2 0.6477 0.4877 0.000 0.620 0.116 0.264
#> SRR661687 2 0.7210 0.2345 0.000 0.540 0.184 0.276
#> SRR1431804 3 0.5772 0.4742 0.176 0.000 0.708 0.116
#> SRR664072 3 0.0707 0.6774 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR612923 2 0.2699 0.7789 0.000 0.904 0.028 0.068
#> SRR1315890 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.4800 0.7319 0.760 0.000 0.044 0.196
#> SRR1500360 4 0.9322 0.2407 0.168 0.136 0.280 0.416
#> SRR1468360 2 0.5883 0.5261 0.000 0.640 0.060 0.300
#> SRR1404084 3 0.8273 0.1693 0.108 0.076 0.500 0.316
#> SRR615994 3 0.4790 0.2209 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1475718 2 0.4511 0.6278 0.000 0.724 0.008 0.268
#> SRR1397200 3 0.0188 0.6818 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR655519 4 0.5402 -0.0368 0.000 0.472 0.012 0.516
#> SRR1311308 3 0.3925 0.6107 0.000 0.016 0.808 0.176
#> SRR1368006 2 0.0592 0.7892 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR613651 4 0.7563 0.1409 0.236 0.000 0.280 0.484
#> SRR1362621 3 0.6673 0.4678 0.040 0.076 0.668 0.216
#> SRR1451718 3 0.3552 0.6400 0.024 0.000 0.848 0.128
#> SRR1095334 3 0.0707 0.6845 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1079636 2 0.3219 0.7111 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1442549 4 0.8895 0.2033 0.248 0.060 0.272 0.420
#> SRR1466421 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817397 2 0.4914 0.5403 0.000 0.676 0.012 0.312
#> SRR1341809 2 0.1716 0.7825 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR614623 2 0.3123 0.7179 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1335005 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.4194 0.6562 0.000 0.764 0.008 0.228
#> SRR1404483 2 0.2197 0.7850 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR1096222 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401793 1 0.6452 0.4885 0.624 0.000 0.260 0.116
#> SRR1408615 3 0.0188 0.6818 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1070597 4 0.9349 0.3198 0.272 0.176 0.136 0.416
#> SRR1332381 1 0.6968 0.3102 0.552 0.000 0.308 0.140
#> SRR1457015 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 3 0.7432 0.0729 0.000 0.180 0.472 0.348
#> SRR1098385 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0336 0.6814 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR820350 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.6445 0.2492 0.000 0.096 0.304 0.600
#> SRR1310455 1 0.5708 0.6777 0.716 0.000 0.124 0.160
#> SRR1453639 4 0.8993 0.1655 0.132 0.356 0.112 0.400
#> SRR662617 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654778 1 0.6623 0.3278 0.556 0.048 0.020 0.376
#> SRR661782 2 0.2011 0.7751 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1334396 3 0.6840 0.1546 0.372 0.000 0.520 0.108
#> SRR613867 4 0.5771 0.0183 0.000 0.460 0.028 0.512
#> SRR1479412 1 0.2867 0.8495 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR1331620 1 0.5507 0.6757 0.732 0.000 0.156 0.112
#> SRR1082809 3 0.5902 0.4875 0.120 0.000 0.696 0.184
#> SRR1417178 1 0.6729 0.3540 0.572 0.000 0.312 0.116
#> SRR1335278 1 0.0592 0.8935 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR665369 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657552 3 0.5759 0.4644 0.180 0.000 0.708 0.112
#> SRR812412 1 0.0469 0.8924 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096500 2 0.6695 0.4524 0.016 0.596 0.072 0.316
#> SRR1347750 2 0.0921 0.7917 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR615153 4 0.4781 0.1320 0.004 0.000 0.336 0.660
#> SRR1434417 1 0.3463 0.8152 0.864 0.000 0.096 0.040
#> SRR1070159 3 0.2704 0.6597 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1332508 2 0.1389 0.7874 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1082059 3 0.7554 0.0108 0.000 0.212 0.472 0.316
#> SRR1402491 1 0.0707 0.8928 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1476595 2 0.8530 -0.0196 0.132 0.416 0.068 0.384
#> SRR1320987 2 0.1022 0.7910 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1086417 3 0.8952 -0.1182 0.092 0.152 0.388 0.368
#> SRR1454095 4 0.9044 0.2592 0.344 0.088 0.176 0.392
#> SRR614791 4 0.4955 0.1315 0.000 0.008 0.344 0.648
#> SRR821255 2 0.7470 0.2290 0.064 0.500 0.048 0.388
#> SRR820402 4 0.7820 0.1796 0.000 0.256 0.360 0.384
#> SRR1337284 4 0.8870 0.1582 0.192 0.068 0.324 0.416
#> SRR1333083 3 0.0188 0.6834 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1384883 2 0.5252 0.4768 0.000 0.644 0.020 0.336
#> SRR614431 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481106 2 0.3725 0.7058 0.000 0.812 0.008 0.180
#> SRR1370285 1 0.0592 0.8935 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1446673 3 0.0469 0.6806 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1318046 2 0.3032 0.7613 0.000 0.868 0.008 0.124
#> SRR1341188 3 0.0188 0.6818 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1384941 1 0.0469 0.8924 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322864 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.1109 0.6821 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1443332 2 0.6189 0.5203 0.000 0.640 0.092 0.268
#> SRR662486 4 0.7586 0.2127 0.000 0.200 0.364 0.436
#> SRR1447019 1 0.5565 0.5872 0.684 0.000 0.260 0.056
#> SRR662942 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613102 3 0.0817 0.6781 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1469880 1 0.0707 0.8930 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1464977 1 0.7549 0.2704 0.532 0.008 0.200 0.260
#> SRR615850 3 0.3649 0.5313 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR661949 2 0.1474 0.7860 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1322227 3 0.6503 0.3092 0.000 0.196 0.640 0.164
#> SRR1441655 4 0.9368 0.2635 0.140 0.172 0.276 0.412
#> SRR613771 2 0.8401 0.0171 0.028 0.440 0.284 0.248
#> SRR1479471 1 0.0817 0.8921 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1488918 2 0.0817 0.7923 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1414040 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.5209 0.6649 0.020 0.752 0.032 0.196
#> SRR663209 1 0.2593 0.8594 0.904 0.000 0.016 0.080
#> SRR1364914 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.3631 0.7251 0.004 0.824 0.004 0.168
#> SRR1314894 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.4579 0.5672 0.004 0.004 0.720 0.272
#> SRR1395975 2 0.4663 0.6263 0.000 0.716 0.012 0.272
#> SRR1402219 2 0.4576 0.6391 0.000 0.728 0.012 0.260
#> SRR1433623 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656385 4 0.6862 0.3488 0.000 0.176 0.228 0.596
#> SRR811213 2 0.6374 0.4829 0.000 0.592 0.084 0.324
#> SRR663657 4 0.4877 0.0250 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR612203 4 0.7760 0.1474 0.288 0.000 0.276 0.436
#> SRR613987 2 0.5062 0.5976 0.000 0.692 0.024 0.284
#> SRR613831 3 0.0469 0.6806 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1354180 2 0.0188 0.7935 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1382912 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475501 1 0.0469 0.8939 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1336930 1 0.5121 0.7246 0.764 0.000 0.116 0.120
#> SRR613030 3 0.4999 0.1150 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1381459 2 0.6730 0.4276 0.000 0.592 0.132 0.276
#> SRR1402350 3 0.1118 0.6834 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1419408 1 0.1297 0.8887 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR655911 4 0.5894 0.0969 0.000 0.040 0.392 0.568
#> SRR1418243 1 0.0188 0.8936 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322573 4 0.9146 0.2039 0.152 0.120 0.308 0.420
#> SRR613615 3 0.4761 0.2362 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1355284 1 0.4605 0.7676 0.800 0.000 0.092 0.108
#> SRR1319395 1 0.0707 0.8926 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR818939 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465266 1 0.3691 0.8185 0.856 0.000 0.068 0.076
#> SRR614888 4 0.6613 0.2009 0.116 0.000 0.288 0.596
#> SRR1431694 1 0.4775 0.7080 0.740 0.000 0.028 0.232
#> SRR614347 4 0.7392 0.3375 0.000 0.356 0.172 0.472
#> SRR1334228 3 0.0524 0.6815 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1096007 2 0.3873 0.6760 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR656349 3 0.5375 0.5235 0.140 0.000 0.744 0.116
#> SRR815422 2 0.5393 0.5887 0.000 0.688 0.044 0.268
#> SRR1360828 1 0.4037 0.8039 0.824 0.000 0.040 0.136
#> SRR1359005 2 0.3444 0.6927 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1456652 1 0.1716 0.8765 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1391660 1 0.1867 0.8716 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1441956 1 0.0817 0.8919 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR662930 4 0.6515 0.3977 0.000 0.248 0.128 0.624
#> SRR615790 3 0.3528 0.6252 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR614827 2 0.6524 0.4786 0.000 0.616 0.120 0.264
#> SRR614587 2 0.7479 0.0644 0.000 0.504 0.252 0.244
#> SRR814052 2 0.5271 0.5812 0.008 0.676 0.016 0.300
#> SRR1070086 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.6419 0.1457 0.512 0.000 0.420 0.068
#> SRR1339296 3 0.0336 0.6814 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1343239 3 0.6167 0.4038 0.000 0.116 0.664 0.220
#> SRR1432802 2 0.4283 0.6493 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR1416911 1 0.3306 0.7594 0.840 0.000 0.004 0.156
#> SRR1410427 1 0.5787 0.6250 0.680 0.000 0.076 0.244
#> SRR1401185 4 0.8843 0.1424 0.132 0.364 0.096 0.408
#> SRR654993 2 0.2704 0.7349 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR656397 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 4 0.4855 0.0290 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1433819 1 0.0188 0.8941 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375225 2 0.0592 0.7927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1367739 3 0.0188 0.6834 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1323336 3 0.5680 0.3550 0.012 0.012 0.584 0.392
#> SRR663224 3 0.6722 0.2980 0.000 0.184 0.616 0.200
#> SRR1442840 1 0.0707 0.8928 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1374058 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0469 0.8940 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1469214 2 0.0469 0.7943 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1456446 1 0.6106 0.4541 0.604 0.000 0.064 0.332
#> SRR1471879 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0921 0.6768 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1395720 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.3587 0.8237 0.860 0.000 0.088 0.052
#> SRR656770 2 0.7016 0.3912 0.000 0.572 0.176 0.252
#> SRR812080 3 0.3123 0.6399 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1479328 1 0.4898 0.7449 0.780 0.000 0.104 0.116
#> SRR661421 2 0.1209 0.7904 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1410286 2 0.0469 0.7905 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1487150 1 0.0921 0.8910 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1467035 1 0.0817 0.8921 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1360607 2 0.6659 0.5022 0.080 0.632 0.020 0.268
#> SRR1333106 2 0.4008 0.6641 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1088706 2 0.2647 0.7428 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1320053 3 0.3024 0.6452 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1350392 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0469 0.6814 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1080093 2 0.0188 0.7936 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318753 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0657 0.6822 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR612178 2 0.3356 0.6971 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1354423 1 0.1356 0.8874 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1072724 1 0.1489 0.8827 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1418450 2 0.3837 0.6529 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1326427 3 0.1716 0.6814 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1437412 3 0.4375 0.6200 0.032 0.000 0.788 0.180
#> SRR1327548 2 0.5883 0.5485 0.000 0.700 0.128 0.172
#> SRR1395891 1 0.0188 0.8936 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR659367 4 0.7289 0.1792 0.192 0.000 0.280 0.528
#> SRR818961 1 0.1488 0.8866 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR813704 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.3710 0.7220 0.804 0.000 0.004 0.192
#> SRR1476467 1 0.4188 0.7931 0.812 0.000 0.040 0.148
#> SRR1407988 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0592 0.7931 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR655578 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.3172 0.7143 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1345628 1 0.3833 0.8177 0.848 0.000 0.080 0.072
#> SRR1479740 1 0.1302 0.8859 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1332095 4 0.9468 0.2886 0.152 0.204 0.228 0.416
#> SRR1444786 2 0.7674 0.3193 0.044 0.532 0.096 0.328
#> SRR1090070 1 0.0000 0.8936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.6356 0.4476 0.000 0.596 0.084 0.320
#> SRR661216 2 0.3311 0.6999 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR656313 4 0.5768 0.0345 0.000 0.456 0.028 0.516
#> SRR615671 4 0.6883 0.3923 0.000 0.260 0.156 0.584
#> SRR1350196 3 0.0188 0.6818 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466580 1 0.2909 0.8533 0.888 0.000 0.020 0.092
#> SRR1408032 2 0.0000 0.7933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432913 4 0.6465 0.2147 0.000 0.364 0.080 0.556
#> SRR1360502 3 0.4353 0.5901 0.012 0.000 0.756 0.232
#> SRR1391901 2 0.7344 0.0995 0.000 0.512 0.300 0.188
#> SRR1311131 1 0.4214 0.7504 0.780 0.000 0.016 0.204
#> SRR1380636 1 0.2797 0.8567 0.900 0.000 0.032 0.068
#> SRR1332339 1 0.5432 0.6885 0.716 0.000 0.068 0.216
#> SRR1341563 2 0.3975 0.6677 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1359410 3 0.5096 0.5448 0.000 0.084 0.760 0.156
#> SRR1473040 3 0.0188 0.6818 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1321444 1 0.0336 0.8939 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1498765 2 0.0188 0.7938 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312622 2 0.3610 0.6900 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR615503 4 0.6755 0.3612 0.060 0.080 0.176 0.684
#> SRR1453192 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433107 2 0.7414 0.0218 0.000 0.480 0.340 0.180
#> SRR1075384 1 0.0188 0.8941 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356683 1 0.0188 0.8933 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR659049 1 0.0895 0.8865 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1368240 1 0.0592 0.8928 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1341739 1 0.0707 0.8926 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR613249 3 0.0707 0.6804 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR663428 2 0.0469 0.7934 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1341302 2 0.1557 0.7774 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1073553 2 0.2530 0.7598 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1354093 3 0.3356 0.6238 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1406521 2 0.4328 0.6324 0.000 0.748 0.008 0.244
#> SRR1432049 1 0.5613 0.4238 0.592 0.000 0.028 0.380
#> SRR1453504 2 0.8897 -0.0306 0.148 0.420 0.092 0.340
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 4 0.8068 0.26191 0.000 0.240 0.256 0.396 0.108
#> SRR1359328 3 0.0000 0.69199 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821124 2 0.2514 0.74959 0.000 0.896 0.000 0.060 0.044
#> SRR1335188 5 0.4639 0.44353 0.344 0.000 0.024 0.000 0.632
#> SRR1075825 2 0.2536 0.75155 0.000 0.900 0.004 0.052 0.044
#> SRR1321921 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.4717 0.62318 0.000 0.004 0.704 0.244 0.048
#> SRR1384073 5 0.5901 0.44708 0.084 0.028 0.216 0.008 0.664
#> SRR1312802 3 0.5300 0.59988 0.040 0.000 0.700 0.048 0.212
#> SRR1076559 5 0.5150 0.37527 0.076 0.000 0.228 0.008 0.688
#> SRR1370085 1 0.0290 0.86650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1460363 1 0.0290 0.86650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480221 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476165 3 0.7231 0.28205 0.212 0.000 0.508 0.052 0.228
#> SRR1459631 2 0.8102 0.12999 0.000 0.432 0.168 0.180 0.220
#> SRR1448098 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0609 0.76423 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR807613 2 0.0404 0.76339 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR808086 3 0.0000 0.69199 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613687 4 0.6247 0.16112 0.000 0.428 0.000 0.428 0.144
#> SRR1471011 3 0.4794 0.60114 0.020 0.000 0.684 0.020 0.276
#> SRR1330284 2 0.1018 0.75840 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1320624 2 0.3141 0.72251 0.000 0.852 0.000 0.108 0.040
#> SRR1459519 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.7937 0.17496 0.000 0.240 0.424 0.236 0.100
#> SRR1390561 1 0.1251 0.86422 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR658164 1 0.3048 0.72533 0.820 0.000 0.000 0.176 0.004
#> SRR1087079 2 0.1082 0.76360 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR814996 3 0.0000 0.69199 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.6425 0.45474 0.000 0.612 0.044 0.212 0.132
#> SRR1453392 2 0.1012 0.76458 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1445873 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0566 0.76554 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR820938 3 0.6241 0.54761 0.000 0.064 0.616 0.252 0.068
#> SRR1476844 1 0.0404 0.86793 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1403526 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.5577 0.50602 0.000 0.644 0.000 0.172 0.184
#> SRR1441051 2 0.5293 0.52096 0.000 0.692 0.016 0.212 0.080
#> SRR614287 2 0.0880 0.76204 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1092062 2 0.0162 0.76312 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR612611 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376356 3 0.7924 0.31460 0.000 0.160 0.460 0.224 0.156
#> SRR1405078 3 0.4984 0.45044 0.000 0.004 0.588 0.380 0.028
#> SRR1437226 3 0.7168 0.39942 0.000 0.040 0.488 0.196 0.276
#> SRR1326078 1 0.1197 0.85311 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1096806 3 0.7196 0.03742 0.000 0.124 0.428 0.388 0.060
#> SRR1440919 2 0.5615 0.62404 0.000 0.708 0.052 0.140 0.100
#> SRR1452824 3 0.4552 0.62018 0.004 0.000 0.716 0.040 0.240
#> SRR615754 1 0.3880 0.68273 0.772 0.000 0.004 0.204 0.020
#> SRR1341787 3 0.5165 0.63741 0.000 0.012 0.708 0.188 0.092
#> SRR614551 2 0.4589 0.64847 0.000 0.764 0.008 0.104 0.124
#> SRR1380829 4 0.4719 0.29550 0.000 0.000 0.248 0.696 0.056
#> SRR1455761 1 0.0510 0.86537 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1465189 3 0.6357 0.55098 0.080 0.000 0.636 0.088 0.196
#> SRR1376895 1 0.0794 0.86171 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1445002 1 0.2149 0.84256 0.924 0.000 0.028 0.036 0.012
#> SRR1469258 2 0.1981 0.75430 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1409239 1 0.0880 0.85854 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.3508 0.66089 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR657540 4 0.4354 0.38129 0.000 0.004 0.180 0.760 0.056
#> SRR821096 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.8317 -0.24197 0.000 0.384 0.172 0.224 0.220
#> SRR1344205 3 0.0162 0.69154 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR612479 1 0.2866 0.82948 0.884 0.000 0.020 0.020 0.076
#> SRR1399950 3 0.6999 0.35672 0.188 0.000 0.548 0.052 0.212
#> SRR1336048 3 0.0771 0.69026 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1368896 1 0.0290 0.86675 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379403 2 0.5544 0.51662 0.000 0.648 0.000 0.168 0.184
#> SRR1312464 1 0.0703 0.86600 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1096478 1 0.1173 0.86328 0.964 0.000 0.004 0.020 0.012
#> SRR1459845 1 0.0162 0.86662 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348138 3 0.4573 0.65846 0.000 0.000 0.744 0.164 0.092
#> SRR811423 3 0.5984 0.56873 0.076 0.000 0.664 0.064 0.196
#> SRR615683 1 0.4423 0.64231 0.728 0.000 0.004 0.232 0.036
#> SRR1380336 2 0.1012 0.75828 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR817609 3 0.7383 0.35019 0.184 0.000 0.524 0.088 0.204
#> SRR1074550 3 0.5161 0.60514 0.000 0.016 0.672 0.264 0.048
#> SRR1499236 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0162 0.86686 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR817539 1 0.4029 0.54669 0.680 0.000 0.004 0.000 0.316
#> SRR1410801 1 0.3016 0.82573 0.884 0.000 0.032 0.044 0.040
#> SRR1347190 5 0.7453 0.04477 0.224 0.000 0.360 0.040 0.376
#> SRR1355126 2 0.2920 0.71778 0.000 0.852 0.000 0.016 0.132
#> SRR615165 3 0.0703 0.68782 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1466046 1 0.1041 0.86420 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1097055 2 0.0794 0.76448 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1312370 2 0.4639 0.45974 0.000 0.636 0.012 0.008 0.344
#> SRR655325 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0609 0.76119 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR815685 2 0.4073 0.66001 0.000 0.792 0.000 0.104 0.104
#> SRR817026 3 0.6658 0.46254 0.000 0.112 0.596 0.224 0.068
#> SRR1417224 2 0.6297 0.45997 0.000 0.624 0.048 0.220 0.108
#> SRR661687 2 0.8080 0.05084 0.000 0.412 0.124 0.212 0.252
#> SRR1431804 3 0.6583 0.49167 0.120 0.000 0.608 0.064 0.208
#> SRR664072 3 0.0000 0.69199 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612923 2 0.5852 0.50398 0.000 0.600 0.016 0.084 0.300
#> SRR1315890 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 5 0.4585 0.28921 0.396 0.000 0.008 0.004 0.592
#> SRR1500360 5 0.6222 0.44963 0.040 0.200 0.112 0.004 0.644
#> SRR1468360 2 0.6011 0.33561 0.000 0.544 0.008 0.100 0.348
#> SRR1404084 3 0.7110 -0.01317 0.012 0.160 0.412 0.016 0.400
#> SRR615994 4 0.4425 0.17913 0.000 0.000 0.452 0.544 0.004
#> SRR1475718 2 0.4094 0.66852 0.000 0.788 0.000 0.084 0.128
#> SRR1397200 3 0.0000 0.69199 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655519 4 0.6439 0.13503 0.000 0.404 0.000 0.420 0.176
#> SRR1311308 3 0.5994 0.56997 0.000 0.052 0.640 0.240 0.068
#> SRR1368006 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613651 4 0.6992 0.27416 0.216 0.000 0.096 0.572 0.116
#> SRR1362621 3 0.7298 0.41913 0.000 0.060 0.508 0.208 0.224
#> SRR1451718 3 0.5028 0.40701 0.008 0.000 0.552 0.020 0.420
#> SRR1095334 3 0.2077 0.69052 0.000 0.000 0.908 0.084 0.008
#> SRR1079636 2 0.5120 0.56171 0.000 0.696 0.000 0.164 0.140
#> SRR1442549 5 0.5570 0.52260 0.144 0.064 0.068 0.004 0.720
#> SRR1466421 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817397 2 0.6378 0.36298 0.000 0.540 0.004 0.252 0.204
#> SRR1341809 2 0.1792 0.72864 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR614623 2 0.5180 0.58839 0.000 0.684 0.000 0.120 0.196
#> SRR1335005 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.6078 0.48131 0.000 0.592 0.004 0.192 0.212
#> SRR1404483 2 0.3334 0.72959 0.000 0.852 0.004 0.064 0.080
#> SRR1096222 1 0.0162 0.86686 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401793 1 0.6265 0.46951 0.628 0.000 0.212 0.044 0.116
#> SRR1408615 3 0.0000 0.69199 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070597 5 0.6161 0.47869 0.184 0.168 0.016 0.004 0.628
#> SRR1332381 5 0.7350 0.32971 0.288 0.000 0.212 0.044 0.456
#> SRR1457015 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 3 0.7064 0.26656 0.000 0.040 0.440 0.144 0.376
#> SRR1098385 2 0.0880 0.76204 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1363947 3 0.0404 0.69071 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.6586 0.54794 0.000 0.172 0.148 0.616 0.064
#> SRR1310455 5 0.6172 0.35708 0.316 0.000 0.068 0.040 0.576
#> SRR1453639 5 0.5719 0.42142 0.004 0.196 0.048 0.064 0.688
#> SRR662617 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654778 5 0.4737 0.37513 0.380 0.004 0.016 0.000 0.600
#> SRR661782 2 0.0290 0.76418 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1334396 1 0.7749 -0.02059 0.400 0.000 0.340 0.084 0.176
#> SRR613867 4 0.6261 0.21791 0.000 0.396 0.000 0.456 0.148
#> SRR1479412 1 0.4708 0.17853 0.548 0.000 0.016 0.000 0.436
#> SRR1331620 1 0.5842 0.54366 0.664 0.000 0.080 0.044 0.212
#> SRR1082809 5 0.5049 -0.26807 0.004 0.000 0.472 0.024 0.500
#> SRR1417178 1 0.7329 0.14896 0.484 0.000 0.260 0.052 0.204
#> SRR1335278 1 0.0955 0.86577 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR665369 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657552 3 0.6502 0.47086 0.128 0.000 0.604 0.048 0.220
#> SRR812412 1 0.0880 0.86215 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1096500 2 0.6489 0.30781 0.000 0.528 0.032 0.100 0.340
#> SRR1347750 2 0.0510 0.76461 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR615153 4 0.7796 0.48250 0.024 0.120 0.152 0.544 0.160
#> SRR1434417 1 0.3991 0.78459 0.828 0.000 0.040 0.076 0.056
#> SRR1070159 3 0.4431 0.64819 0.000 0.000 0.732 0.216 0.052
#> SRR1332508 2 0.0162 0.76355 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082059 3 0.7959 0.32740 0.000 0.136 0.452 0.212 0.200
#> SRR1402491 1 0.1124 0.86477 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1476595 5 0.5406 0.33566 0.032 0.344 0.016 0.004 0.604
#> SRR1320987 2 0.0963 0.76389 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1086417 5 0.7167 0.23812 0.012 0.208 0.280 0.016 0.484
#> SRR1454095 5 0.5815 0.50660 0.272 0.072 0.028 0.000 0.628
#> SRR614791 4 0.6939 0.53142 0.000 0.156 0.152 0.592 0.100
#> SRR821255 5 0.4927 0.22657 0.000 0.388 0.024 0.004 0.584
#> SRR820402 4 0.7984 0.37410 0.000 0.316 0.168 0.396 0.120
#> SRR1337284 5 0.5886 0.50337 0.080 0.076 0.120 0.012 0.712
#> SRR1333083 3 0.1502 0.69365 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR1384883 2 0.6651 0.29013 0.000 0.500 0.008 0.280 0.212
#> SRR614431 1 0.0162 0.86686 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481106 2 0.4480 0.64887 0.000 0.772 0.008 0.128 0.092
#> SRR1370285 1 0.1041 0.86539 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1446673 3 0.0609 0.68890 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1318046 2 0.4610 0.63600 0.000 0.740 0.000 0.092 0.168
#> SRR1341188 3 0.0000 0.69199 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0703 0.86292 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1322864 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.2249 0.67889 0.000 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR1443332 2 0.7130 0.34395 0.000 0.552 0.104 0.232 0.112
#> SRR662486 4 0.8428 0.43938 0.000 0.212 0.208 0.360 0.220
#> SRR1447019 1 0.5783 0.55607 0.668 0.000 0.216 0.056 0.060
#> SRR662942 1 0.0162 0.86686 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613102 3 0.0510 0.68990 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1469880 1 0.0703 0.86600 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1464977 5 0.4838 0.45159 0.336 0.000 0.028 0.004 0.632
#> SRR615850 3 0.5088 0.49512 0.000 0.000 0.680 0.228 0.092
#> SRR661949 2 0.0510 0.76257 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1322227 3 0.7597 0.33982 0.000 0.164 0.488 0.248 0.100
#> SRR1441655 5 0.5557 0.45661 0.008 0.140 0.132 0.016 0.704
#> SRR613771 5 0.8547 0.03208 0.000 0.244 0.264 0.196 0.296
#> SRR1479471 1 0.1626 0.85959 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044
#> SRR1488918 2 0.0162 0.76312 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414040 2 0.0880 0.76204 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1079850 2 0.4165 0.50539 0.000 0.672 0.008 0.000 0.320
#> SRR663209 1 0.3001 0.77675 0.844 0.000 0.008 0.004 0.144
#> SRR1364914 2 0.0510 0.76420 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1408267 2 0.3395 0.61715 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1314894 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.6819 0.46632 0.000 0.068 0.552 0.280 0.100
#> SRR1395975 2 0.4698 0.51752 0.000 0.664 0.004 0.028 0.304
#> SRR1402219 2 0.4283 0.55055 0.000 0.692 0.004 0.012 0.292
#> SRR1433623 1 0.0162 0.86686 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656385 4 0.6037 0.54586 0.000 0.196 0.080 0.660 0.064
#> SRR811213 2 0.6502 0.40924 0.000 0.536 0.008 0.216 0.240
#> SRR663657 4 0.4546 0.39632 0.000 0.012 0.176 0.756 0.056
#> SRR612203 4 0.6793 0.26047 0.284 0.000 0.124 0.544 0.048
#> SRR613987 2 0.3973 0.68180 0.000 0.792 0.008 0.036 0.164
#> SRR613831 3 0.0703 0.68782 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0162 0.86686 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475501 1 0.1124 0.86476 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1336930 1 0.6344 0.33544 0.552 0.000 0.072 0.044 0.332
#> SRR613030 4 0.4224 0.32193 0.000 0.000 0.216 0.744 0.040
#> SRR1381459 2 0.7394 0.29504 0.000 0.528 0.124 0.224 0.124
#> SRR1402350 3 0.3112 0.68933 0.000 0.000 0.856 0.044 0.100
#> SRR1419408 1 0.2053 0.85666 0.928 0.000 0.016 0.016 0.040
#> SRR655911 4 0.4865 0.43081 0.000 0.040 0.168 0.748 0.044
#> SRR1418243 1 0.0404 0.86626 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322573 5 0.5999 0.42447 0.012 0.184 0.160 0.004 0.640
#> SRR613615 3 0.4306 -0.14863 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR1355284 1 0.5247 0.61923 0.712 0.000 0.044 0.048 0.196
#> SRR1319395 1 0.2605 0.77652 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR818939 1 0.0290 0.86650 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465266 1 0.2266 0.84785 0.912 0.000 0.008 0.016 0.064
#> SRR614888 4 0.7487 0.30298 0.208 0.004 0.124 0.536 0.128
#> SRR1431694 1 0.4347 0.45055 0.636 0.000 0.004 0.004 0.356
#> SRR614347 4 0.5680 0.52466 0.000 0.284 0.092 0.616 0.008
#> SRR1334228 3 0.0609 0.68928 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1096007 2 0.2722 0.72432 0.000 0.872 0.000 0.020 0.108
#> SRR656349 3 0.6671 0.51350 0.104 0.000 0.608 0.088 0.200
#> SRR815422 2 0.7450 0.26100 0.000 0.460 0.052 0.236 0.252
#> SRR1360828 1 0.3196 0.73871 0.804 0.000 0.004 0.000 0.192
#> SRR1359005 2 0.5532 0.53070 0.000 0.648 0.000 0.156 0.196
#> SRR1456652 1 0.3210 0.71317 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1391660 1 0.2561 0.79205 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1441956 1 0.2773 0.76200 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR662930 4 0.6677 0.50111 0.000 0.208 0.044 0.584 0.164
#> SRR615790 3 0.5006 0.60816 0.000 0.008 0.672 0.272 0.048
#> SRR614827 2 0.6635 0.42788 0.000 0.600 0.064 0.216 0.120
#> SRR614587 2 0.8245 -0.01832 0.000 0.392 0.156 0.204 0.248
#> SRR814052 2 0.4403 0.48672 0.000 0.648 0.004 0.008 0.340
#> SRR1070086 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.6803 0.30164 0.544 0.000 0.296 0.088 0.072
#> SRR1339296 3 0.0510 0.68990 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1343239 3 0.6739 0.51070 0.000 0.064 0.576 0.248 0.112
#> SRR1432802 2 0.2886 0.71089 0.000 0.864 0.004 0.016 0.116
#> SRR1416911 1 0.2890 0.74413 0.836 0.000 0.000 0.160 0.004
#> SRR1410427 5 0.4618 0.41076 0.344 0.000 0.016 0.004 0.636
#> SRR1401185 5 0.5505 0.36363 0.004 0.296 0.044 0.020 0.636
#> SRR654993 2 0.4779 0.61405 0.000 0.716 0.000 0.084 0.200
#> SRR656397 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 4 0.6294 0.47687 0.000 0.092 0.188 0.644 0.076
#> SRR1433819 1 0.0880 0.85854 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.1597 0.75302 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR1367739 3 0.0162 0.69337 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323336 5 0.6380 -0.05606 0.000 0.084 0.412 0.028 0.476
#> SRR663224 3 0.7780 0.25593 0.000 0.196 0.452 0.256 0.096
#> SRR1442840 1 0.1205 0.86372 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1374058 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0510 0.86744 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1469214 2 0.1830 0.75295 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1456446 5 0.5482 0.18743 0.448 0.044 0.008 0.000 0.500
#> SRR1471879 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0703 0.68782 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1395720 2 0.0404 0.76440 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1413055 1 0.3738 0.79864 0.844 0.000 0.040 0.052 0.064
#> SRR656770 2 0.7269 0.31847 0.000 0.544 0.132 0.216 0.108
#> SRR812080 3 0.4939 0.61071 0.000 0.008 0.676 0.272 0.044
#> SRR1479328 1 0.5162 0.55107 0.664 0.000 0.044 0.016 0.276
#> SRR661421 2 0.2358 0.74837 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR1410286 2 0.0566 0.76499 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1487150 1 0.0880 0.86478 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1467035 1 0.1357 0.86259 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1360607 2 0.4168 0.55861 0.004 0.704 0.004 0.004 0.284
#> SRR1333106 2 0.4096 0.63244 0.000 0.760 0.000 0.040 0.200
#> SRR1088706 2 0.4588 0.61240 0.000 0.748 0.000 0.116 0.136
#> SRR1320053 3 0.4668 0.61703 0.000 0.000 0.684 0.272 0.044
#> SRR1350392 2 0.0794 0.76281 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1385190 3 0.0290 0.69112 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1080093 2 0.0880 0.76259 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1318753 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0162 0.69197 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR612178 2 0.5602 0.52573 0.000 0.636 0.000 0.148 0.216
#> SRR1354423 1 0.1757 0.85836 0.936 0.000 0.004 0.012 0.048
#> SRR1072724 1 0.1410 0.85627 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1418450 2 0.5577 0.51108 0.000 0.644 0.000 0.172 0.184
#> SRR1326427 3 0.4874 0.57335 0.000 0.000 0.632 0.328 0.040
#> SRR1437412 3 0.5330 0.45584 0.020 0.000 0.564 0.024 0.392
#> SRR1327548 2 0.7144 0.34693 0.000 0.560 0.128 0.208 0.104
#> SRR1395891 1 0.0162 0.86662 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659367 4 0.7122 0.25356 0.264 0.000 0.104 0.536 0.096
#> SRR818961 1 0.1872 0.85514 0.928 0.000 0.000 0.020 0.052
#> SRR813704 1 0.0000 0.86713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.3474 0.69862 0.796 0.000 0.004 0.192 0.008
#> SRR1476467 1 0.4047 0.53455 0.676 0.000 0.004 0.000 0.320
#> SRR1407988 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0162 0.76312 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655578 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.4953 0.58043 0.000 0.712 0.000 0.164 0.124
#> SRR1345628 1 0.4247 0.76366 0.808 0.000 0.036 0.056 0.100
#> SRR1479740 1 0.2648 0.78726 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1332095 5 0.5756 0.42919 0.008 0.200 0.132 0.004 0.656
#> SRR1444786 2 0.7090 0.09961 0.000 0.444 0.044 0.140 0.372
#> SRR1090070 1 0.0404 0.86624 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.6692 0.41254 0.000 0.568 0.040 0.148 0.244
#> SRR661216 2 0.5565 0.53128 0.000 0.640 0.000 0.144 0.216
#> SRR656313 4 0.6203 0.22892 0.000 0.396 0.000 0.464 0.140
#> SRR615671 4 0.7664 0.35795 0.000 0.328 0.056 0.384 0.232
#> SRR1350196 3 0.0000 0.69199 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466580 1 0.4375 0.26606 0.576 0.000 0.004 0.000 0.420
#> SRR1408032 2 0.0000 0.76292 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432913 4 0.6341 0.43493 0.000 0.284 0.028 0.576 0.112
#> SRR1360502 3 0.4902 0.59864 0.020 0.000 0.676 0.024 0.280
#> SRR1391901 2 0.7947 0.16227 0.000 0.440 0.128 0.176 0.256
#> SRR1311131 1 0.4054 0.73075 0.788 0.000 0.000 0.140 0.072
#> SRR1380636 1 0.4719 0.67539 0.756 0.000 0.036 0.040 0.168
#> SRR1332339 1 0.5771 0.12657 0.500 0.000 0.004 0.076 0.420
#> SRR1341563 2 0.2753 0.71851 0.000 0.856 0.000 0.008 0.136
#> SRR1359410 3 0.7170 0.44419 0.000 0.112 0.540 0.248 0.100
#> SRR1473040 3 0.0000 0.69199 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.0404 0.86788 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1498765 2 0.0290 0.76377 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1312622 2 0.5638 0.53003 0.000 0.636 0.000 0.172 0.192
#> SRR615503 4 0.8981 0.17039 0.084 0.196 0.072 0.348 0.300
#> SRR1453192 1 0.1041 0.86137 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1433107 2 0.7959 -0.00316 0.000 0.416 0.256 0.228 0.100
#> SRR1075384 1 0.0404 0.86759 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1356683 1 0.0162 0.86686 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659049 1 0.2515 0.83283 0.908 0.000 0.032 0.040 0.020
#> SRR1368240 1 0.1041 0.86497 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1341739 1 0.1671 0.84071 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR613249 3 0.0324 0.69324 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR663428 2 0.1430 0.76138 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1341302 2 0.2325 0.73418 0.000 0.904 0.000 0.068 0.028
#> SRR1073553 2 0.1043 0.75907 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1354093 3 0.5006 0.60816 0.000 0.008 0.672 0.272 0.048
#> SRR1406521 2 0.6105 0.44737 0.000 0.588 0.004 0.212 0.196
#> SRR1432049 5 0.4863 0.36474 0.384 0.016 0.008 0.000 0.592
#> SRR1453504 5 0.6025 0.24128 0.052 0.392 0.024 0.004 0.528
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 3 0.7743 0.05777 0.000 0.084 0.444 0.220 0.192 0.060
#> SRR1359328 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821124 2 0.3903 0.54926 0.000 0.680 0.000 0.304 0.004 0.012
#> SRR1335188 6 0.1411 0.73248 0.060 0.000 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1075825 2 0.3848 0.58195 0.000 0.692 0.000 0.292 0.004 0.012
#> SRR1321921 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.2212 0.74058 0.000 0.000 0.880 0.112 0.008 0.000
#> SRR1384073 6 0.0696 0.71939 0.004 0.008 0.004 0.004 0.000 0.980
#> SRR1312802 3 0.3648 0.64014 0.000 0.000 0.776 0.012 0.188 0.024
#> SRR1076559 6 0.1624 0.73142 0.044 0.000 0.012 0.008 0.000 0.936
#> SRR1370085 1 0.0260 0.80876 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1460363 1 0.0865 0.80698 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476165 3 0.5959 0.18057 0.044 0.000 0.536 0.012 0.344 0.064
#> SRR1459631 4 0.3809 0.61662 0.000 0.088 0.084 0.808 0.016 0.004
#> SRR1448098 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0260 0.82038 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0146 0.76046 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR613687 4 0.6129 0.53270 0.000 0.308 0.000 0.428 0.260 0.004
#> SRR1471011 3 0.3361 0.72073 0.004 0.000 0.844 0.020 0.068 0.064
#> SRR1330284 2 0.0922 0.80982 0.000 0.968 0.000 0.024 0.004 0.004
#> SRR1320624 2 0.3954 0.27969 0.000 0.620 0.000 0.372 0.004 0.004
#> SRR1459519 1 0.0000 0.80847 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.4408 0.55635 0.000 0.028 0.668 0.292 0.008 0.004
#> SRR1390561 1 0.3330 0.71505 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR658164 1 0.2482 0.70650 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148 0.000
#> SRR1087079 2 0.1267 0.81185 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.4244 0.68879 0.000 0.744 0.000 0.168 0.008 0.080
#> SRR1453392 2 0.0632 0.82013 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.80847 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0458 0.81896 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR820938 3 0.3166 0.69833 0.000 0.008 0.800 0.184 0.008 0.000
#> SRR1476844 1 0.0146 0.80872 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403526 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.3023 0.69632 0.000 0.212 0.000 0.784 0.000 0.004
#> SRR1441051 2 0.2987 0.74007 0.000 0.856 0.000 0.080 0.008 0.056
#> SRR614287 2 0.2260 0.77429 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376356 3 0.5197 0.56658 0.000 0.032 0.680 0.204 0.008 0.076
#> SRR1405078 3 0.3841 0.65797 0.000 0.004 0.800 0.032 0.132 0.032
#> SRR1437226 3 0.5442 0.54064 0.000 0.044 0.660 0.212 0.008 0.076
#> SRR1326078 1 0.2442 0.73666 0.852 0.000 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1096806 3 0.5328 0.50225 0.000 0.020 0.656 0.100 0.216 0.008
#> SRR1440919 2 0.6265 -0.00728 0.000 0.448 0.132 0.388 0.008 0.024
#> SRR1452824 3 0.3105 0.71494 0.004 0.000 0.852 0.012 0.096 0.036
#> SRR615754 1 0.3930 0.51910 0.576 0.000 0.000 0.004 0.420 0.000
#> SRR1341787 3 0.3870 0.70545 0.000 0.020 0.808 0.104 0.008 0.060
#> SRR614551 2 0.4450 0.64840 0.000 0.700 0.012 0.248 0.008 0.032
#> SRR1380829 5 0.5265 0.23431 0.000 0.000 0.404 0.068 0.516 0.012
#> SRR1455761 1 0.0777 0.80358 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1465189 5 0.5033 -0.00965 0.020 0.000 0.472 0.008 0.480 0.020
#> SRR1376895 1 0.2053 0.76542 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR1445002 1 0.1610 0.79784 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1469258 2 0.3104 0.73588 0.000 0.800 0.000 0.184 0.000 0.016
#> SRR1409239 1 0.0146 0.80893 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480200 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418323 6 0.3699 0.45113 0.336 0.000 0.000 0.004 0.000 0.660
#> SRR657540 5 0.5295 0.41068 0.000 0.000 0.292 0.108 0.592 0.008
#> SRR821096 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613591 4 0.8412 0.17543 0.000 0.176 0.252 0.344 0.144 0.084
#> SRR1344205 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612479 1 0.4913 0.62354 0.588 0.000 0.000 0.000 0.332 0.080
#> SRR1399950 3 0.6243 0.27944 0.044 0.000 0.572 0.008 0.220 0.156
#> SRR1336048 3 0.0725 0.75712 0.000 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1368896 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.3023 0.69862 0.000 0.212 0.000 0.784 0.000 0.004
#> SRR1312464 1 0.2482 0.74318 0.848 0.000 0.000 0.004 0.000 0.148
#> SRR1096478 1 0.3050 0.74187 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1459845 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.3580 0.66615 0.000 0.000 0.808 0.036 0.136 0.020
#> SRR811423 3 0.4871 0.43138 0.024 0.000 0.648 0.012 0.292 0.024
#> SRR615683 1 0.3997 0.44827 0.508 0.000 0.000 0.004 0.488 0.000
#> SRR1380336 2 0.0458 0.81293 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR817609 5 0.5222 0.04965 0.032 0.000 0.448 0.008 0.492 0.020
#> SRR1074550 3 0.2592 0.73651 0.000 0.004 0.864 0.116 0.016 0.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.80847 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 6 0.3426 0.56786 0.276 0.000 0.000 0.004 0.000 0.720
#> SRR1410801 1 0.3620 0.67173 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1347190 6 0.6363 0.37682 0.068 0.000 0.268 0.012 0.096 0.556
#> SRR1355126 2 0.3156 0.73611 0.000 0.800 0.000 0.180 0.000 0.020
#> SRR615165 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.3547 0.70679 0.696 0.000 0.000 0.000 0.300 0.004
#> SRR1097055 2 0.0547 0.82005 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.4348 0.55009 0.000 0.676 0.000 0.056 0.000 0.268
#> SRR655325 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815685 2 0.3429 0.47444 0.000 0.740 0.000 0.252 0.004 0.004
#> SRR817026 3 0.4115 0.69854 0.000 0.016 0.784 0.124 0.068 0.008
#> SRR1417224 2 0.5832 0.52433 0.000 0.624 0.084 0.224 0.008 0.060
#> SRR661687 4 0.3858 0.58502 0.000 0.084 0.104 0.796 0.016 0.000
#> SRR1431804 3 0.4751 0.14511 0.000 0.000 0.536 0.012 0.424 0.028
#> SRR664072 3 0.0146 0.75990 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR612923 2 0.4227 -0.07031 0.000 0.496 0.000 0.492 0.004 0.008
#> SRR1315890 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347726 6 0.1714 0.72656 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1500360 6 0.1349 0.71263 0.000 0.056 0.000 0.004 0.000 0.940
#> SRR1468360 2 0.4713 0.64323 0.000 0.692 0.000 0.180 0.004 0.124
#> SRR1404084 3 0.6739 0.30144 0.024 0.040 0.524 0.120 0.008 0.284
#> SRR615994 5 0.4315 0.20574 0.000 0.000 0.488 0.012 0.496 0.004
#> SRR1475718 2 0.3613 0.71271 0.000 0.772 0.000 0.196 0.008 0.024
#> SRR1397200 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655519 4 0.5723 0.56970 0.000 0.224 0.000 0.544 0.228 0.004
#> SRR1311308 3 0.3273 0.69718 0.000 0.008 0.800 0.180 0.008 0.004
#> SRR1368006 2 0.0436 0.81527 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR613651 5 0.1570 0.43467 0.028 0.000 0.016 0.004 0.944 0.008
#> SRR1362621 3 0.4268 0.64654 0.000 0.012 0.732 0.200 0.000 0.056
#> SRR1451718 6 0.5466 -0.04333 0.000 0.004 0.456 0.016 0.064 0.460
#> SRR1095334 3 0.0508 0.76158 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1079636 4 0.4124 0.40271 0.000 0.476 0.000 0.516 0.004 0.004
#> SRR1442549 6 0.0653 0.72002 0.004 0.012 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR1466421 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817397 4 0.2593 0.69654 0.000 0.148 0.000 0.844 0.008 0.000
#> SRR1341809 2 0.0291 0.81952 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR614623 4 0.4024 0.36267 0.000 0.400 0.000 0.592 0.004 0.004
#> SRR1335005 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 4 0.2595 0.70142 0.000 0.160 0.000 0.836 0.004 0.000
#> SRR1404483 2 0.3968 0.69636 0.000 0.752 0.012 0.208 0.008 0.020
#> SRR1096222 1 0.0146 0.80872 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1401793 1 0.6467 0.29893 0.428 0.000 0.140 0.012 0.392 0.028
#> SRR1408615 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070597 6 0.1542 0.71888 0.008 0.052 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1332381 6 0.6061 0.53739 0.096 0.000 0.156 0.012 0.100 0.636
#> SRR1457015 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1386797 3 0.6951 0.20919 0.000 0.076 0.444 0.176 0.004 0.300
#> SRR1098385 2 0.1858 0.79820 0.000 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004
#> SRR1363947 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662055 5 0.6151 0.39562 0.000 0.060 0.200 0.144 0.592 0.004
#> SRR1310455 6 0.3611 0.69086 0.104 0.000 0.000 0.012 0.072 0.812
#> SRR1453639 6 0.1983 0.68710 0.000 0.020 0.000 0.072 0.000 0.908
#> SRR662617 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654778 6 0.1753 0.72951 0.084 0.000 0.000 0.004 0.000 0.912
#> SRR661782 2 0.1765 0.80103 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1334396 5 0.6119 0.00406 0.304 0.000 0.184 0.004 0.496 0.012
#> SRR613867 4 0.6105 0.53690 0.000 0.296 0.000 0.440 0.260 0.004
#> SRR1479412 6 0.2003 0.71846 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1331620 1 0.5450 0.43992 0.576 0.000 0.008 0.004 0.104 0.308
#> SRR1082809 6 0.5681 -0.12116 0.008 0.004 0.424 0.024 0.052 0.488
#> SRR1417178 5 0.6176 -0.29069 0.408 0.000 0.092 0.012 0.456 0.032
#> SRR1335278 1 0.3309 0.71792 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR665369 2 0.0146 0.81785 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR657552 3 0.4906 0.23902 0.012 0.000 0.572 0.008 0.380 0.028
#> SRR812412 1 0.1471 0.78775 0.932 0.000 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1096500 2 0.5051 0.59702 0.000 0.660 0.000 0.140 0.008 0.192
#> SRR1347750 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615153 5 0.4704 0.47487 0.028 0.020 0.108 0.008 0.768 0.068
#> SRR1434417 1 0.3955 0.56206 0.560 0.000 0.004 0.000 0.436 0.000
#> SRR1070159 3 0.2420 0.74034 0.000 0.000 0.876 0.108 0.008 0.008
#> SRR1332508 2 0.0363 0.82085 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1082059 3 0.6601 0.36701 0.000 0.156 0.552 0.204 0.008 0.080
#> SRR1402491 1 0.4402 0.72219 0.716 0.000 0.000 0.000 0.168 0.116
#> SRR1476595 6 0.3241 0.61943 0.000 0.112 0.000 0.064 0.000 0.824
#> SRR1320987 2 0.0865 0.81889 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1086417 6 0.3865 0.64332 0.000 0.072 0.080 0.040 0.000 0.808
#> SRR1454095 6 0.1477 0.71860 0.008 0.048 0.000 0.004 0.000 0.940
#> SRR614791 5 0.5946 0.43634 0.000 0.064 0.276 0.060 0.588 0.012
#> SRR821255 6 0.4030 0.52312 0.000 0.140 0.000 0.104 0.000 0.756
#> SRR820402 4 0.7054 0.01153 0.000 0.072 0.252 0.432 0.240 0.004
#> SRR1337284 6 0.0508 0.71750 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR1333083 3 0.0622 0.76108 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1384883 4 0.2581 0.68451 0.000 0.128 0.000 0.856 0.016 0.000
#> SRR614431 1 0.0146 0.80872 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481106 2 0.3703 0.71032 0.000 0.768 0.004 0.200 0.008 0.020
#> SRR1370285 1 0.3309 0.71757 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.4127 0.42732 0.000 0.400 0.000 0.588 0.004 0.008
#> SRR1341188 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.1152 0.79690 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1322864 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.1425 0.75204 0.008 0.000 0.952 0.012 0.008 0.020
#> SRR1443332 2 0.5050 0.62207 0.000 0.680 0.028 0.224 0.008 0.060
#> SRR662486 4 0.7788 0.06466 0.000 0.088 0.256 0.416 0.188 0.052
#> SRR1447019 1 0.5258 0.46360 0.500 0.000 0.084 0.000 0.412 0.004
#> SRR662942 1 0.0260 0.80876 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.1082 0.79846 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1464977 6 0.1285 0.73247 0.052 0.000 0.000 0.004 0.000 0.944
#> SRR615850 3 0.3648 0.57484 0.000 0.000 0.776 0.012 0.188 0.024
#> SRR661949 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.4643 0.56135 0.000 0.048 0.680 0.256 0.004 0.012
#> SRR1441655 6 0.2060 0.68325 0.000 0.016 0.000 0.084 0.000 0.900
#> SRR613771 3 0.7184 0.18160 0.000 0.244 0.440 0.224 0.008 0.084
#> SRR1479471 1 0.3592 0.67530 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR1488918 2 0.1204 0.81420 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.2118 0.79232 0.000 0.888 0.000 0.104 0.000 0.008
#> SRR1079850 2 0.4174 0.67273 0.000 0.736 0.000 0.092 0.000 0.172
#> SRR663209 1 0.5208 0.45386 0.556 0.000 0.000 0.000 0.108 0.336
#> SRR1364914 2 0.0146 0.81993 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.1950 0.80706 0.000 0.912 0.000 0.064 0.000 0.024
#> SRR1314894 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.4593 0.63975 0.000 0.000 0.728 0.120 0.136 0.016
#> SRR1395975 2 0.3065 0.75823 0.000 0.820 0.000 0.152 0.000 0.028
#> SRR1402219 2 0.3176 0.74950 0.000 0.812 0.000 0.156 0.000 0.032
#> SRR1433623 1 0.0000 0.80847 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 5 0.6038 -0.09363 0.000 0.140 0.020 0.288 0.544 0.008
#> SRR811213 4 0.2872 0.69860 0.000 0.152 0.004 0.832 0.012 0.000
#> SRR663657 5 0.5317 0.41487 0.000 0.000 0.288 0.112 0.592 0.008
#> SRR612203 5 0.2149 0.43254 0.080 0.000 0.016 0.004 0.900 0.000
#> SRR613987 2 0.4177 0.67246 0.000 0.720 0.004 0.232 0.004 0.040
#> SRR613831 3 0.0146 0.76070 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1354180 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0260 0.80876 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1475501 1 0.3330 0.71505 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1336930 6 0.5422 0.02489 0.436 0.000 0.000 0.004 0.100 0.460
#> SRR613030 5 0.5584 0.11146 0.000 0.000 0.432 0.108 0.452 0.008
#> SRR1381459 2 0.6876 0.20333 0.000 0.480 0.228 0.224 0.008 0.060
#> SRR1402350 3 0.1409 0.75776 0.000 0.000 0.948 0.012 0.008 0.032
#> SRR1419408 1 0.3578 0.67974 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR655911 5 0.5447 0.43104 0.000 0.004 0.264 0.152 0.580 0.000
#> SRR1418243 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1322573 6 0.1349 0.71306 0.000 0.056 0.000 0.004 0.000 0.940
#> SRR613615 3 0.3986 -0.15368 0.000 0.000 0.532 0.000 0.464 0.004
#> SRR1355284 1 0.5066 0.64793 0.608 0.000 0.000 0.000 0.276 0.116
#> SRR1319395 1 0.3915 0.28527 0.584 0.000 0.000 0.004 0.000 0.412
#> SRR818939 1 0.0260 0.80876 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1465266 1 0.5147 0.60597 0.568 0.000 0.000 0.000 0.328 0.104
#> SRR614888 5 0.3469 0.43627 0.064 0.004 0.024 0.004 0.844 0.060
#> SRR1431694 6 0.3634 0.39098 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR614347 5 0.5681 -0.04195 0.000 0.104 0.028 0.300 0.568 0.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.2418 0.79667 0.000 0.884 0.000 0.092 0.008 0.016
#> SRR656349 5 0.5032 0.00167 0.020 0.000 0.468 0.008 0.484 0.020
#> SRR815422 4 0.2418 0.65716 0.000 0.092 0.008 0.884 0.016 0.000
#> SRR1360828 6 0.3756 0.27254 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1359005 4 0.3221 0.69860 0.000 0.220 0.000 0.772 0.004 0.004
#> SRR1456652 6 0.3890 0.29950 0.400 0.000 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1391660 1 0.3930 0.29127 0.576 0.000 0.000 0.004 0.000 0.420
#> SRR1441956 1 0.3986 0.12108 0.532 0.000 0.000 0.004 0.000 0.464
#> SRR662930 4 0.5420 0.45906 0.000 0.120 0.008 0.576 0.296 0.000
#> SRR615790 3 0.2451 0.74002 0.000 0.004 0.876 0.108 0.008 0.004
#> SRR614827 2 0.6411 0.37232 0.000 0.544 0.132 0.260 0.008 0.056
#> SRR614587 4 0.4074 0.56590 0.000 0.084 0.116 0.780 0.020 0.000
#> SRR814052 2 0.3626 0.73871 0.000 0.788 0.000 0.144 0.000 0.068
#> SRR1070086 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.5355 0.36746 0.456 0.000 0.092 0.000 0.448 0.004
#> SRR1339296 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.4274 0.59770 0.000 0.020 0.704 0.256 0.008 0.012
#> SRR1432802 2 0.0508 0.82132 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1416911 1 0.2122 0.77091 0.900 0.000 0.000 0.000 0.076 0.024
#> SRR1410427 6 0.1267 0.73189 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1401185 6 0.2070 0.68328 0.000 0.048 0.000 0.044 0.000 0.908
#> SRR654993 4 0.3804 0.34935 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR809643 5 0.5515 0.36988 0.000 0.004 0.328 0.104 0.556 0.008
#> SRR1433819 1 0.0458 0.80529 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1375225 2 0.0653 0.81261 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1367739 3 0.0653 0.75759 0.000 0.000 0.980 0.012 0.004 0.004
#> SRR1323336 6 0.5295 0.11752 0.000 0.016 0.412 0.052 0.004 0.516
#> SRR663224 3 0.4027 0.56897 0.000 0.012 0.672 0.308 0.008 0.000
#> SRR1442840 1 0.3390 0.70708 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1374058 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.2320 0.75499 0.864 0.000 0.000 0.004 0.000 0.132
#> SRR1469214 2 0.1003 0.81384 0.000 0.964 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR1456446 6 0.3089 0.67677 0.188 0.008 0.000 0.004 0.000 0.800
#> SRR1471879 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395720 2 0.0260 0.82038 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.3717 0.63673 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR656770 2 0.6978 0.13147 0.000 0.452 0.256 0.224 0.008 0.060
#> SRR812080 3 0.2643 0.73755 0.000 0.004 0.868 0.108 0.016 0.004
#> SRR1479328 1 0.4892 0.14147 0.500 0.000 0.000 0.000 0.060 0.440
#> SRR661421 2 0.3050 0.69290 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.2219 0.77313 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.2772 0.71919 0.816 0.000 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR1467035 1 0.4253 0.69690 0.672 0.000 0.000 0.000 0.284 0.044
#> SRR1360607 2 0.3672 0.70544 0.000 0.776 0.000 0.056 0.000 0.168
#> SRR1333106 2 0.1701 0.80718 0.000 0.920 0.000 0.072 0.000 0.008
#> SRR1088706 2 0.3905 0.13117 0.000 0.636 0.000 0.356 0.004 0.004
#> SRR1320053 3 0.2551 0.73856 0.000 0.004 0.872 0.108 0.012 0.004
#> SRR1350392 2 0.2300 0.76743 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.1888 0.72068 0.000 0.000 0.916 0.012 0.068 0.004
#> SRR1080093 2 0.1010 0.81810 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1318753 1 0.0000 0.80847 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0622 0.76015 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR612178 4 0.3499 0.64432 0.000 0.264 0.000 0.728 0.004 0.004
#> SRR1354423 1 0.4101 0.68694 0.664 0.000 0.000 0.000 0.308 0.028
#> SRR1072724 1 0.3023 0.68230 0.784 0.000 0.000 0.004 0.000 0.212
#> SRR1418450 4 0.3360 0.66955 0.000 0.264 0.000 0.732 0.000 0.004
#> SRR1326427 3 0.4255 0.57584 0.000 0.000 0.732 0.064 0.196 0.008
#> SRR1437412 3 0.3821 0.71396 0.000 0.000 0.812 0.052 0.084 0.052
#> SRR1327548 4 0.6772 0.20927 0.000 0.324 0.304 0.344 0.012 0.016
#> SRR1395891 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR659367 5 0.4696 0.32052 0.076 0.000 0.020 0.004 0.720 0.180
#> SRR818961 1 0.3684 0.64868 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR813704 1 0.0146 0.80807 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.3684 0.58873 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332 0.000
#> SRR1476467 6 0.3601 0.49590 0.312 0.000 0.000 0.004 0.000 0.684
#> SRR1407988 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310645 4 0.3991 0.40014 0.000 0.472 0.000 0.524 0.000 0.004
#> SRR1345628 1 0.3923 0.59813 0.580 0.000 0.000 0.000 0.416 0.004
#> SRR1479740 1 0.3966 0.25026 0.552 0.000 0.000 0.004 0.000 0.444
#> SRR1332095 6 0.1074 0.71794 0.000 0.028 0.000 0.012 0.000 0.960
#> SRR1444786 2 0.6528 0.40455 0.000 0.544 0.056 0.204 0.008 0.188
#> SRR1090070 1 0.0000 0.80847 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.6261 0.37521 0.000 0.528 0.020 0.212 0.008 0.232
#> SRR661216 4 0.2773 0.70148 0.000 0.164 0.000 0.828 0.004 0.004
#> SRR656313 4 0.6125 0.53327 0.000 0.300 0.000 0.432 0.264 0.004
#> SRR615671 4 0.7384 0.40447 0.000 0.340 0.016 0.352 0.220 0.072
#> SRR1350196 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466580 6 0.2260 0.70748 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1408032 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432913 4 0.5052 0.42588 0.000 0.088 0.004 0.600 0.308 0.000
#> SRR1360502 3 0.3736 0.72064 0.004 0.004 0.828 0.032 0.064 0.068
#> SRR1391901 4 0.3142 0.63988 0.000 0.088 0.044 0.852 0.012 0.004
#> SRR1311131 1 0.4204 0.69420 0.740 0.000 0.000 0.000 0.132 0.128
#> SRR1380636 1 0.2867 0.76036 0.848 0.000 0.000 0.000 0.112 0.040
#> SRR1332339 6 0.4085 0.58108 0.252 0.000 0.000 0.000 0.044 0.704
#> SRR1341563 2 0.2312 0.78615 0.000 0.876 0.000 0.112 0.000 0.012
#> SRR1359410 3 0.4149 0.62155 0.000 0.028 0.728 0.228 0.004 0.012
#> SRR1473040 3 0.0000 0.76069 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.0146 0.80872 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498765 2 0.0000 0.81926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312622 4 0.2838 0.70434 0.000 0.188 0.000 0.808 0.004 0.000
#> SRR615503 6 0.6544 0.41242 0.020 0.048 0.028 0.064 0.268 0.572
#> SRR1453192 1 0.1007 0.80342 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1433107 3 0.6030 0.38562 0.000 0.144 0.564 0.260 0.008 0.024
#> SRR1075384 1 0.0603 0.80918 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1356683 1 0.0146 0.80872 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR659049 1 0.3023 0.74544 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1368240 1 0.3799 0.71538 0.704 0.000 0.000 0.000 0.276 0.020
#> SRR1341739 1 0.3081 0.66552 0.776 0.000 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR613249 3 0.1268 0.74570 0.000 0.000 0.952 0.008 0.036 0.004
#> SRR663428 2 0.2664 0.74545 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.1843 0.75629 0.000 0.912 0.000 0.080 0.004 0.004
#> SRR1073553 2 0.0146 0.81993 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.2500 0.73722 0.000 0.004 0.868 0.116 0.012 0.000
#> SRR1406521 4 0.2778 0.70244 0.000 0.168 0.000 0.824 0.008 0.000
#> SRR1432049 6 0.1923 0.73407 0.064 0.016 0.000 0.004 0.000 0.916
#> SRR1453504 6 0.3314 0.41821 0.000 0.256 0.000 0.004 0.000 0.740
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.969 0.950 0.980 0.4963 0.503 0.503
#> 3 3 0.867 0.890 0.952 0.3094 0.783 0.595
#> 4 4 0.617 0.600 0.804 0.1091 0.926 0.802
#> 5 5 0.617 0.507 0.718 0.0546 0.859 0.601
#> 6 6 0.662 0.591 0.756 0.0350 0.890 0.624
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR814996 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1405078 1 0.9044 0.542 0.680 0.320
#> SRR1437226 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1348138 1 0.9710 0.353 0.600 0.400
#> SRR811423 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR615165 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1312370 1 0.2778 0.928 0.952 0.048
#> SRR655325 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR664072 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1404084 1 0.6887 0.771 0.816 0.184
#> SRR615994 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR613651 2 0.9170 0.492 0.332 0.668
#> SRR1362621 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1442549 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.4939 0.868 0.108 0.892
#> SRR614623 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.9580 0.405 0.620 0.380
#> SRR1098385 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1453639 1 0.4161 0.892 0.916 0.084
#> SRR662617 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.2948 0.934 0.052 0.948
#> SRR1347750 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR615153 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.5946 0.821 0.144 0.856
#> SRR1402491 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.9044 0.542 0.680 0.320
#> SRR1320987 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1086417 2 0.8661 0.585 0.288 0.712
#> SRR1454095 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.9661 0.374 0.608 0.392
#> SRR820402 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1333083 2 0.9833 0.241 0.424 0.576
#> SRR1384883 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR615850 1 0.6801 0.779 0.820 0.180
#> SRR661949 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.8443 0.634 0.728 0.272
#> SRR613771 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1079850 1 0.9922 0.210 0.552 0.448
#> SRR663209 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0376 0.967 0.996 0.004
#> SRR613987 2 0.0672 0.978 0.008 0.992
#> SRR613831 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.9248 0.499 0.660 0.340
#> SRR1419408 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR614888 2 0.9580 0.373 0.380 0.620
#> SRR1431694 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1401185 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR654993 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.6712 0.782 0.824 0.176
#> SRR1323336 1 0.9866 0.261 0.568 0.432
#> SRR663224 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.9661 0.340 0.392 0.608
#> SRR1333106 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.7139 0.756 0.804 0.196
#> SRR1080093 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1437412 1 0.5629 0.838 0.868 0.132
#> SRR1327548 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0376 0.967 0.996 0.004
#> SRR1444786 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1350196 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1391901 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.9358 0.444 0.352 0.648
#> SRR1453192 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.1414 0.966 0.020 0.980
#> SRR663428 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 3 0.5926 0.4390 0.000 0.356 0.644
#> SRR1359328 3 0.0424 0.9115 0.000 0.008 0.992
#> SRR821124 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.3412 0.8331 0.876 0.124 0.000
#> SRR1312802 1 0.0424 0.9635 0.992 0.000 0.008
#> SRR1076559 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 3 0.5216 0.6497 0.000 0.260 0.740
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0424 0.9381 0.000 0.992 0.008
#> SRR807613 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.4002 0.8107 0.000 0.840 0.160
#> SRR1471011 1 0.2066 0.9133 0.940 0.000 0.060
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.5948 0.4063 0.000 0.640 0.360
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.1031 0.9308 0.000 0.976 0.024
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0747 0.9351 0.000 0.984 0.016
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0424 0.9388 0.000 0.992 0.008
#> SRR1376356 2 0.4178 0.7972 0.000 0.828 0.172
#> SRR1405078 3 0.1163 0.8991 0.028 0.000 0.972
#> SRR1437226 2 0.1643 0.9198 0.000 0.956 0.044
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.4346 0.7579 0.000 0.184 0.816
#> SRR1440919 2 0.2066 0.9117 0.000 0.940 0.060
#> SRR1452824 1 0.0424 0.9635 0.992 0.000 0.008
#> SRR615754 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.5254 0.6721 0.000 0.736 0.264
#> SRR614551 2 0.4504 0.7684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1380829 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.5678 0.5250 0.316 0.000 0.684
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.1031 0.9308 0.000 0.976 0.024
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR821096 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.5138 0.6866 0.000 0.748 0.252
#> SRR1344205 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0424 0.9632 0.992 0.000 0.008
#> SRR1336048 1 0.5905 0.4481 0.648 0.000 0.352
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0424 0.9099 0.008 0.000 0.992
#> SRR811423 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 3 0.3816 0.7920 0.148 0.000 0.852
#> SRR1074550 3 0.0424 0.9112 0.000 0.008 0.992
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0424 0.9635 0.992 0.000 0.008
#> SRR1355126 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0237 0.9130 0.000 0.004 0.996
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0424 0.9111 0.000 0.008 0.992
#> SRR1417224 2 0.0424 0.9388 0.000 0.992 0.008
#> SRR661687 3 0.2625 0.8619 0.000 0.084 0.916
#> SRR1431804 1 0.5465 0.5860 0.712 0.000 0.288
#> SRR664072 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.1753 0.9157 0.000 0.952 0.048
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.6192 0.3027 0.580 0.420 0.000
#> SRR1468360 2 0.0983 0.9316 0.016 0.980 0.004
#> SRR1404084 1 0.2625 0.8874 0.916 0.000 0.084
#> SRR615994 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.4235 0.7924 0.000 0.824 0.176
#> SRR1311308 3 0.4702 0.7226 0.000 0.212 0.788
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 3 0.0661 0.9116 0.004 0.008 0.988
#> SRR1362621 3 0.4452 0.7481 0.000 0.192 0.808
#> SRR1451718 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 1 0.1753 0.9226 0.952 0.048 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.1031 0.9298 0.000 0.976 0.024
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.1860 0.9129 0.000 0.948 0.052
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.1031 0.9291 0.000 0.976 0.024
#> SRR1404483 2 0.0237 0.9400 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0424 0.9635 0.992 0.000 0.008
#> SRR1408615 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 2 0.0424 0.9366 0.008 0.992 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.5529 0.5644 0.296 0.704 0.000
#> SRR1098385 2 0.0424 0.9381 0.000 0.992 0.008
#> SRR1363947 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0237 0.9397 0.004 0.996 0.000
#> SRR662617 2 0.0892 0.9330 0.000 0.980 0.020
#> SRR654778 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.1411 0.9237 0.000 0.964 0.036
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.4452 0.7725 0.000 0.808 0.192
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.4291 0.7639 0.820 0.000 0.180
#> SRR812412 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.0661 0.9364 0.004 0.988 0.008
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.1170 0.9275 0.016 0.976 0.008
#> SRR1454095 1 0.1964 0.9165 0.944 0.056 0.000
#> SRR614791 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR821255 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR820402 3 0.6140 0.3702 0.000 0.404 0.596
#> SRR1337284 1 0.6235 0.2034 0.564 0.436 0.000
#> SRR1333083 3 0.1860 0.8799 0.052 0.000 0.948
#> SRR1384883 2 0.6026 0.3522 0.000 0.624 0.376
#> SRR614431 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 1 0.0237 0.9665 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443332 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR662486 2 0.5882 0.5027 0.000 0.652 0.348
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.2356 0.8964 0.928 0.072 0.000
#> SRR615850 3 0.1031 0.9019 0.024 0.000 0.976
#> SRR661949 2 0.0892 0.9330 0.000 0.980 0.020
#> SRR1322227 3 0.6062 0.4167 0.000 0.384 0.616
#> SRR1441655 2 0.0237 0.9397 0.004 0.996 0.000
#> SRR613771 2 0.4605 0.7571 0.000 0.796 0.204
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0424 0.9381 0.000 0.992 0.008
#> SRR663209 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0424 0.9381 0.000 0.992 0.008
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.4452 0.7481 0.000 0.192 0.808
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 3 0.5882 0.4566 0.000 0.348 0.652
#> SRR811213 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR612203 3 0.2301 0.8762 0.060 0.004 0.936
#> SRR613987 2 0.5560 0.5992 0.000 0.700 0.300
#> SRR613831 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR1381459 2 0.4235 0.7923 0.000 0.824 0.176
#> SRR1402350 1 0.6299 0.0886 0.524 0.000 0.476
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0424 0.9631 0.992 0.008 0.000
#> SRR614888 3 0.6398 0.3917 0.372 0.008 0.620
#> SRR1431694 1 0.1529 0.9334 0.960 0.040 0.000
#> SRR614347 3 0.0592 0.9108 0.000 0.012 0.988
#> SRR1334228 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 3 0.2959 0.8429 0.100 0.000 0.900
#> SRR815422 2 0.6180 0.2329 0.000 0.584 0.416
#> SRR1360828 1 0.0592 0.9596 0.988 0.012 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 3 0.6062 0.3642 0.000 0.384 0.616
#> SRR615790 3 0.0237 0.9130 0.000 0.004 0.996
#> SRR614827 2 0.4504 0.7675 0.000 0.804 0.196
#> SRR614587 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR814052 2 0.1525 0.9248 0.004 0.964 0.032
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.3482 0.8475 0.000 0.872 0.128
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.5178 0.6411 0.256 0.744 0.000
#> SRR654993 2 0.3619 0.8364 0.000 0.864 0.136
#> SRR656397 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.1529 0.8928 0.000 0.040 0.960
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.8716 0.2899 0.532 0.348 0.120
#> SRR663224 3 0.0424 0.9123 0.000 0.008 0.992
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.1163 0.9450 0.972 0.028 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.1643 0.9185 0.000 0.956 0.044
#> SRR812080 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.3192 0.8608 0.000 0.888 0.112
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0237 0.9664 0.996 0.004 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0237 0.9400 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.5678 0.5201 0.000 0.316 0.684
#> SRR612178 2 0.3482 0.8461 0.000 0.872 0.128
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 1 0.4346 0.7662 0.816 0.000 0.184
#> SRR1327548 2 0.1529 0.9183 0.000 0.960 0.040
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 3 0.3192 0.8317 0.000 0.112 0.888
#> SRR818961 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.4589 0.7373 0.172 0.820 0.008
#> SRR1444786 2 0.0424 0.9381 0.000 0.992 0.008
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.4452 0.7725 0.000 0.808 0.192
#> SRR661216 2 0.1860 0.9128 0.000 0.948 0.052
#> SRR656313 2 0.1860 0.9131 0.000 0.948 0.052
#> SRR615671 3 0.6126 0.3206 0.000 0.400 0.600
#> SRR1350196 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 3 0.2711 0.8567 0.000 0.088 0.912
#> SRR1360502 3 0.6244 0.2034 0.440 0.000 0.560
#> SRR1391901 2 0.6095 0.3913 0.000 0.608 0.392
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0424 0.9381 0.000 0.992 0.008
#> SRR1359410 3 0.1964 0.8837 0.000 0.056 0.944
#> SRR1473040 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.0592 0.9363 0.000 0.988 0.012
#> SRR615503 2 0.4452 0.7725 0.000 0.808 0.192
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.3038 0.8594 0.000 0.896 0.104
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.1964 0.9098 0.000 0.944 0.056
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9417 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0892 0.9329 0.000 0.980 0.020
#> SRR1432049 1 0.3619 0.8235 0.864 0.136 0.000
#> SRR1453504 1 0.2878 0.8682 0.904 0.096 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 4 0.7960 -0.07315 0.004 0.248 0.368 0.380
#> SRR1359328 3 0.2647 0.72181 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR821124 2 0.1557 0.66894 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1335188 1 0.2216 0.82068 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1075825 2 0.0921 0.68260 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1321921 1 0.0336 0.84123 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466198 3 0.0188 0.79410 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1384073 1 0.6820 0.33362 0.528 0.108 0.000 0.364
#> SRR1312802 1 0.4761 0.44025 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1076559 1 0.2921 0.79371 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1370085 1 0.1302 0.83311 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1460363 1 0.0921 0.83732 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1480221 2 0.1940 0.67155 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1476165 1 0.1022 0.84209 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1459631 2 0.4853 0.42663 0.000 0.744 0.036 0.220
#> SRR1448098 2 0.0921 0.68392 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1321401 2 0.3751 0.57938 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR807613 2 0.0707 0.68529 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR808086 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613687 2 0.1637 0.68177 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1471011 1 0.4678 0.64891 0.744 0.000 0.232 0.024
#> SRR1330284 2 0.2081 0.66801 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1320624 2 0.3975 0.45320 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1459519 1 0.0707 0.83890 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1091184 2 0.5280 0.53085 0.000 0.752 0.124 0.124
#> SRR1390561 1 0.2973 0.78431 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR658164 1 0.4008 0.69946 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1087079 2 0.1022 0.68688 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR814996 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.4679 0.38681 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1453392 2 0.2149 0.66583 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1445873 1 0.0000 0.84115 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.3649 0.57567 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR820938 3 0.0469 0.79036 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1476844 1 0.1389 0.83194 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1403526 1 0.0707 0.84042 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1413916 2 0.4522 0.40957 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1441051 2 0.1637 0.67740 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR614287 2 0.2408 0.65774 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1092062 2 0.2011 0.67332 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR612611 2 0.0188 0.68552 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376356 2 0.6622 0.27654 0.040 0.568 0.028 0.364
#> SRR1405078 3 0.4323 0.62484 0.184 0.000 0.788 0.028
#> SRR1437226 2 0.3168 0.65721 0.000 0.884 0.056 0.060
#> SRR1326078 1 0.2408 0.81481 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1096806 4 0.6242 0.33674 0.020 0.316 0.040 0.624
#> SRR1440919 2 0.5535 0.43116 0.000 0.720 0.088 0.192
#> SRR1452824 1 0.5203 0.45584 0.636 0.000 0.348 0.016
#> SRR615754 1 0.0817 0.84142 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1341787 4 0.8901 0.10144 0.056 0.228 0.352 0.364
#> SRR614551 2 0.3612 0.61416 0.000 0.856 0.100 0.044
#> SRR1380829 3 0.0937 0.78983 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1455761 1 0.1716 0.83103 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1465189 4 0.7916 -0.01479 0.336 0.000 0.312 0.352
#> SRR1376895 1 0.1302 0.83627 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1445002 1 0.1022 0.83646 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1469258 2 0.0188 0.68583 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1409239 1 0.0188 0.84129 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480200 1 0.0469 0.84008 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1418323 1 0.2589 0.80866 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR657540 3 0.4931 0.66973 0.000 0.132 0.776 0.092
#> SRR821096 2 0.0817 0.68774 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR613591 2 0.7309 0.20485 0.004 0.536 0.164 0.296
#> SRR1344205 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612479 1 0.3356 0.76127 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1399950 1 0.5866 0.48370 0.624 0.000 0.324 0.052
#> SRR1336048 3 0.1059 0.78700 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR1368896 1 0.0469 0.84129 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1379403 2 0.4072 0.52197 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1312464 1 0.1118 0.83578 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1096478 1 0.1118 0.83541 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1459845 1 0.1118 0.83541 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1348138 3 0.6265 0.40416 0.072 0.000 0.588 0.340
#> SRR811423 1 0.2335 0.82185 0.920 0.000 0.060 0.020
#> SRR615683 1 0.1474 0.83055 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1380336 2 0.3569 0.58398 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR817609 3 0.0188 0.79368 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1074550 3 0.6215 0.38248 0.000 0.208 0.664 0.128
#> SRR1499236 2 0.3219 0.61315 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR656083 1 0.0469 0.84024 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR817539 1 0.4661 0.56945 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1410801 1 0.1118 0.83541 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1347190 1 0.1902 0.83427 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR1355126 2 0.3448 0.60928 0.000 0.828 0.004 0.168
#> SRR615165 3 0.0188 0.79405 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1466046 1 0.4356 0.64235 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1097055 2 0.2011 0.66915 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1312370 2 0.5728 0.31893 0.036 0.600 0.000 0.364
#> SRR655325 1 0.1867 0.82798 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR810177 2 0.2589 0.67280 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR815685 2 0.3649 0.57972 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR817026 4 0.7368 -0.00156 0.004 0.140 0.396 0.460
#> SRR1417224 2 0.3837 0.55417 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR661687 2 0.6607 -0.13847 0.000 0.516 0.084 0.400
#> SRR1431804 1 0.7297 0.36754 0.536 0.000 0.220 0.244
#> SRR664072 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612923 2 0.2149 0.64456 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1315890 1 0.0592 0.84184 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1347726 1 0.5040 0.53298 0.628 0.008 0.000 0.364
#> SRR1500360 4 0.7156 0.13536 0.328 0.152 0.000 0.520
#> SRR1468360 2 0.5630 0.32359 0.032 0.608 0.000 0.360
#> SRR1404084 1 0.4756 0.72396 0.784 0.072 0.000 0.144
#> SRR615994 3 0.1929 0.77671 0.000 0.024 0.940 0.036
#> SRR1475718 2 0.1545 0.68873 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1397200 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 2 0.2149 0.65421 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1311308 2 0.7003 -0.06048 0.000 0.508 0.368 0.124
#> SRR1368006 2 0.0592 0.68473 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR613651 3 0.5022 0.66659 0.004 0.140 0.776 0.080
#> SRR1362621 4 0.7953 0.39560 0.152 0.204 0.064 0.580
#> SRR1451718 1 0.6249 0.48064 0.584 0.008 0.048 0.360
#> SRR1095334 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079636 2 0.4134 0.50966 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1442549 1 0.5884 0.46945 0.592 0.044 0.000 0.364
#> SRR1466421 2 0.1557 0.67875 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR817397 4 0.4967 0.18023 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1341809 2 0.3764 0.58824 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR614623 2 0.1557 0.66766 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1335005 2 0.0707 0.68529 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1407065 2 0.4989 -0.03584 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1404483 2 0.3626 0.59637 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR1096222 1 0.1389 0.83608 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1401793 1 0.4920 0.50931 0.628 0.000 0.004 0.368
#> SRR1408615 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070597 4 0.6305 -0.16255 0.060 0.424 0.000 0.516
#> SRR1332381 1 0.4697 0.55791 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1457015 1 0.0817 0.83969 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1386797 2 0.8458 -0.12310 0.304 0.356 0.020 0.320
#> SRR1098385 2 0.3448 0.61013 0.000 0.828 0.004 0.168
#> SRR1363947 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.2868 0.64371 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR662055 3 0.5434 0.61078 0.000 0.188 0.728 0.084
#> SRR1310455 1 0.1867 0.82852 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1453639 2 0.7001 0.11926 0.116 0.464 0.000 0.420
#> SRR662617 2 0.0921 0.68481 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR654778 1 0.1474 0.83488 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR661782 2 0.3975 0.53650 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1334396 1 0.2973 0.78406 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR613867 2 0.2921 0.64470 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1479412 1 0.2760 0.80109 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1331620 1 0.2647 0.80646 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1082809 1 0.0707 0.84200 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1417178 1 0.1940 0.82127 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1335278 1 0.2647 0.79896 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR665369 2 0.0336 0.68484 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR657552 3 0.5295 -0.01488 0.488 0.000 0.504 0.008
#> SRR812412 1 0.2149 0.82189 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1096500 2 0.5143 0.35629 0.012 0.628 0.000 0.360
#> SRR1347750 2 0.3610 0.63046 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR615153 3 0.6130 0.63158 0.032 0.152 0.724 0.092
#> SRR1434417 1 0.4040 0.68913 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1070159 3 0.1118 0.78179 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1332508 2 0.2345 0.66030 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1082059 2 0.6110 0.51568 0.016 0.704 0.092 0.188
#> SRR1402491 1 0.2216 0.81426 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1476595 2 0.4004 0.62158 0.024 0.812 0.000 0.164
#> SRR1320987 2 0.0188 0.68507 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1086417 2 0.5163 -0.06786 0.000 0.516 0.004 0.480
#> SRR1454095 1 0.4983 0.63661 0.704 0.024 0.000 0.272
#> SRR614791 3 0.5050 0.65141 0.000 0.152 0.764 0.084
#> SRR821255 2 0.6277 0.25935 0.068 0.572 0.000 0.360
#> SRR820402 4 0.5137 0.18102 0.000 0.452 0.004 0.544
#> SRR1337284 1 0.6993 0.29471 0.512 0.124 0.000 0.364
#> SRR1333083 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.4916 0.22348 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR614431 1 0.0000 0.84115 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0592 0.68626 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1370285 1 0.2760 0.79429 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1446673 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.0188 0.68552 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341188 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.1474 0.83423 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1322864 2 0.3074 0.62250 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1476825 3 0.6069 0.34825 0.356 0.000 0.588 0.056
#> SRR1443332 2 0.1635 0.68350 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR662486 2 0.6332 0.06524 0.000 0.532 0.404 0.064
#> SRR1447019 1 0.2011 0.81947 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR662942 1 0.0592 0.83996 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR613102 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.0469 0.84188 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1464977 1 0.6409 0.40508 0.560 0.076 0.000 0.364
#> SRR615850 3 0.3577 0.66423 0.156 0.000 0.832 0.012
#> SRR661949 2 0.1022 0.68414 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1322227 3 0.7641 -0.16215 0.000 0.324 0.452 0.224
#> SRR1441655 2 0.7498 0.07518 0.160 0.464 0.004 0.372
#> SRR613771 2 0.7666 0.16244 0.056 0.508 0.072 0.364
#> SRR1479471 1 0.3942 0.70159 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1488918 2 0.0188 0.68507 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414040 2 0.2888 0.67164 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1079850 2 0.3945 0.57256 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR663209 1 0.2704 0.79945 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1364914 2 0.0188 0.68507 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408267 2 0.3831 0.57059 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR1314894 1 0.2408 0.81441 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1414117 4 0.7514 0.30532 0.196 0.068 0.112 0.624
#> SRR1395975 2 0.4991 0.46248 0.000 0.608 0.004 0.388
#> SRR1402219 2 0.3668 0.64207 0.000 0.808 0.004 0.188
#> SRR1433623 1 0.1118 0.83541 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR656385 3 0.5454 0.61757 0.000 0.172 0.732 0.096
#> SRR811213 2 0.4804 0.24811 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR663657 3 0.4955 0.66037 0.000 0.144 0.772 0.084
#> SRR612203 3 0.8301 0.31657 0.320 0.060 0.488 0.132
#> SRR613987 2 0.7332 0.29706 0.028 0.608 0.148 0.216
#> SRR613831 3 0.0188 0.79415 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1354180 2 0.3123 0.61608 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1382912 1 0.1557 0.82941 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1475501 1 0.3356 0.75991 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1336930 1 0.2281 0.81839 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR613030 3 0.4364 0.68532 0.000 0.136 0.808 0.056
#> SRR1381459 2 0.6852 0.36211 0.000 0.600 0.208 0.192
#> SRR1402350 3 0.6075 0.44030 0.076 0.000 0.636 0.288
#> SRR1419408 1 0.2149 0.81578 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR655911 3 0.5050 0.65141 0.000 0.152 0.764 0.084
#> SRR1418243 1 0.1940 0.82699 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1322573 1 0.1474 0.83365 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR613615 3 0.0524 0.79314 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1355284 1 0.0188 0.84098 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319395 1 0.2868 0.79575 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR818939 1 0.1211 0.83431 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1465266 1 0.5132 0.36527 0.548 0.004 0.000 0.448
#> SRR614888 3 0.8353 0.44517 0.184 0.152 0.560 0.104
#> SRR1431694 1 0.4855 0.52592 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR614347 2 0.6510 -0.06753 0.000 0.540 0.080 0.380
#> SRR1334228 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.3157 0.66441 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR656349 3 0.4423 0.61167 0.176 0.000 0.788 0.036
#> SRR815422 4 0.4992 0.12206 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1360828 1 0.3400 0.75414 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1359005 2 0.3444 0.59793 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1456652 1 0.3400 0.76224 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1391660 1 0.1211 0.83713 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1441956 1 0.3266 0.77285 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR662930 3 0.5662 0.53396 0.000 0.236 0.692 0.072
#> SRR615790 3 0.0376 0.79373 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR614827 2 0.6971 0.25826 0.000 0.568 0.156 0.276
#> SRR614587 2 0.6529 -0.10611 0.000 0.532 0.080 0.388
#> SRR814052 2 0.5452 0.33700 0.024 0.616 0.000 0.360
#> SRR1070086 1 0.1211 0.83732 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1481440 1 0.4164 0.67031 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1339296 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.3392 0.61806 0.000 0.856 0.124 0.020
#> SRR1432802 2 0.4331 0.47708 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1416911 1 0.2011 0.82520 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1410427 1 0.4679 0.56365 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1401185 1 0.7608 0.07710 0.432 0.204 0.000 0.364
#> SRR654993 2 0.0707 0.68216 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR656397 1 0.0188 0.84095 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809643 4 0.6410 0.08586 0.048 0.024 0.300 0.628
#> SRR1433819 1 0.1118 0.83938 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1375225 2 0.3942 0.54101 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1367739 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.9207 0.04672 0.380 0.080 0.280 0.260
#> SRR663224 3 0.3808 0.67129 0.000 0.176 0.812 0.012
#> SRR1442840 1 0.4382 0.63119 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1374058 1 0.1792 0.82955 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR656994 1 0.2530 0.81040 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1469214 2 0.3172 0.61374 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1456446 1 0.4989 0.31803 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1471879 2 0.3400 0.60917 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR612911 3 0.0188 0.79415 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1395720 2 0.3356 0.60529 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1413055 1 0.3219 0.76869 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR656770 2 0.5233 0.39091 0.000 0.648 0.020 0.332
#> SRR812080 3 0.4609 0.66168 0.000 0.056 0.788 0.156
#> SRR1479328 1 0.1022 0.83866 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR661421 2 0.4040 0.53137 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1410286 2 0.0592 0.68507 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1487150 1 0.2921 0.78243 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1467035 1 0.4992 0.31448 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1360607 2 0.4535 0.54894 0.000 0.704 0.004 0.292
#> SRR1333106 2 0.3311 0.62479 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1088706 2 0.3528 0.59172 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1320053 3 0.0927 0.78742 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR1350392 2 0.0469 0.68510 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1385190 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.3402 0.60824 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR1318753 1 0.0336 0.84139 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345369 3 0.4123 0.61147 0.000 0.008 0.772 0.220
#> SRR612178 2 0.2530 0.63306 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1354423 1 0.4222 0.66229 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1072724 1 0.3219 0.77580 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1418450 4 0.4996 0.09838 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1326427 3 0.5771 0.27909 0.020 0.004 0.504 0.472
#> SRR1437412 3 0.5299 0.31890 0.388 0.004 0.600 0.008
#> SRR1327548 2 0.4800 0.36005 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR1395891 1 0.2647 0.80612 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR659367 3 0.7728 0.25465 0.012 0.160 0.460 0.368
#> SRR818961 1 0.4382 0.63017 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR813704 1 0.0000 0.84115 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0592 0.84082 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1476467 1 0.0592 0.83971 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1407988 2 0.1474 0.67997 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1394776 2 0.3649 0.57782 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR655578 2 0.4164 0.50810 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1310645 2 0.4985 -0.00403 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1345628 1 0.2973 0.78383 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1479740 1 0.0707 0.84208 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1332095 4 0.7284 0.12219 0.172 0.276 0.004 0.548
#> SRR1444786 4 0.5680 -0.14848 0.020 0.408 0.004 0.568
#> SRR1090070 1 0.0817 0.84113 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR662414 2 0.6409 0.23933 0.076 0.560 0.000 0.364
#> SRR661216 2 0.0469 0.68526 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR656313 2 0.1792 0.68077 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR615671 4 0.7830 -0.17918 0.008 0.188 0.400 0.404
#> SRR1350196 3 0.0336 0.79270 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466580 1 0.2011 0.82951 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1408032 2 0.3172 0.62556 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1432913 2 0.6477 0.14653 0.000 0.620 0.116 0.264
#> SRR1360502 3 0.5183 0.26877 0.408 0.000 0.584 0.008
#> SRR1391901 2 0.2408 0.63478 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1311131 1 0.2589 0.80827 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1380636 1 0.3311 0.76964 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1332339 1 0.4889 0.54554 0.636 0.004 0.000 0.360
#> SRR1341563 2 0.3945 0.55740 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR1359410 3 0.3402 0.63169 0.000 0.164 0.832 0.004
#> SRR1473040 3 0.0000 0.79474 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.0336 0.84123 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1498765 2 0.0817 0.68155 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1312622 2 0.4500 0.41770 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR615503 2 0.6757 0.17938 0.100 0.524 0.000 0.376
#> SRR1453192 1 0.0188 0.84098 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433107 2 0.5128 0.57086 0.000 0.760 0.092 0.148
#> SRR1075384 1 0.2216 0.81395 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1356683 1 0.1118 0.83541 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR659049 1 0.0188 0.84098 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368240 1 0.1474 0.83067 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1341739 1 0.1557 0.83367 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR613249 3 0.0188 0.79415 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663428 2 0.1022 0.68414 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1341302 2 0.3907 0.54559 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1073553 2 0.1118 0.68336 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1354093 3 0.5018 0.50735 0.000 0.012 0.656 0.332
#> SRR1406521 4 0.4961 0.18806 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1432049 1 0.4855 0.51855 0.644 0.004 0.000 0.352
#> SRR1453504 1 0.3718 0.69947 0.820 0.168 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 2 0.5267 -0.43931 0.000 0.524 0.048 0.000 0.428
#> SRR1359328 3 0.4126 0.37102 0.000 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR821124 4 0.4798 0.60401 0.000 0.440 0.000 0.540 0.020
#> SRR1335188 1 0.3339 0.78961 0.840 0.048 0.000 0.000 0.112
#> SRR1075825 4 0.4504 0.60964 0.000 0.428 0.000 0.564 0.008
#> SRR1321921 1 0.0290 0.82731 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466198 3 0.0162 0.78972 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1384073 2 0.4528 -0.21746 0.444 0.548 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312802 3 0.3722 0.62075 0.176 0.004 0.796 0.000 0.024
#> SRR1076559 1 0.4642 0.76493 0.780 0.068 0.004 0.024 0.124
#> SRR1370085 1 0.1740 0.81838 0.932 0.012 0.000 0.000 0.056
#> SRR1460363 1 0.2124 0.81729 0.916 0.028 0.000 0.000 0.056
#> SRR1480221 4 0.5048 0.54316 0.000 0.476 0.000 0.492 0.032
#> SRR1476165 1 0.2378 0.82811 0.908 0.016 0.012 0.000 0.064
#> SRR1459631 4 0.5651 0.54310 0.000 0.288 0.008 0.616 0.088
#> SRR1448098 4 0.4273 0.60405 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1321401 4 0.4066 0.57950 0.000 0.324 0.000 0.672 0.004
#> SRR807613 4 0.4448 0.57600 0.000 0.480 0.000 0.516 0.004
#> SRR808086 3 0.0290 0.78993 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR613687 5 0.6542 0.12995 0.000 0.200 0.000 0.372 0.428
#> SRR1471011 3 0.6105 0.31423 0.340 0.004 0.544 0.004 0.108
#> SRR1330284 4 0.4517 0.60873 0.000 0.436 0.000 0.556 0.008
#> SRR1320624 4 0.5006 0.57853 0.000 0.328 0.000 0.624 0.048
#> SRR1459519 1 0.0566 0.82737 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1091184 4 0.6693 0.38087 0.000 0.336 0.212 0.448 0.004
#> SRR1390561 1 0.4652 0.70779 0.736 0.012 0.000 0.048 0.204
#> SRR658164 1 0.3491 0.72735 0.768 0.228 0.000 0.000 0.004
#> SRR1087079 2 0.4448 -0.53836 0.000 0.516 0.000 0.480 0.004
#> SRR814996 3 0.0162 0.79110 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1407410 2 0.0963 0.39709 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1453392 4 0.4273 0.60512 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1445873 1 0.1571 0.82381 0.936 0.004 0.000 0.000 0.060
#> SRR1419985 2 0.5703 -0.38351 0.000 0.508 0.000 0.408 0.084
#> SRR820938 3 0.0162 0.79030 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1476844 1 0.2172 0.81167 0.908 0.016 0.000 0.000 0.076
#> SRR1403526 1 0.0162 0.82704 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1413916 4 0.5064 0.50848 0.000 0.232 0.000 0.680 0.088
#> SRR1441051 4 0.4302 0.57053 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR614287 2 0.4528 -0.47406 0.000 0.548 0.000 0.444 0.008
#> SRR1092062 2 0.4306 -0.55398 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR612611 4 0.4552 0.58709 0.000 0.468 0.000 0.524 0.008
#> SRR1376356 2 0.6541 0.19994 0.036 0.656 0.040 0.172 0.096
#> SRR1405078 5 0.6284 0.44165 0.060 0.044 0.368 0.000 0.528
#> SRR1437226 2 0.7055 0.04142 0.004 0.516 0.236 0.216 0.028
#> SRR1326078 1 0.2722 0.80228 0.872 0.020 0.000 0.000 0.108
#> SRR1096806 4 0.5067 -0.24206 0.000 0.016 0.012 0.536 0.436
#> SRR1440919 4 0.5544 0.56085 0.000 0.288 0.028 0.636 0.048
#> SRR1452824 3 0.4040 0.51235 0.260 0.000 0.724 0.000 0.016
#> SRR615754 1 0.5423 0.55110 0.644 0.112 0.000 0.000 0.244
#> SRR1341787 2 0.4723 -0.25334 0.004 0.532 0.456 0.004 0.004
#> SRR614551 2 0.7817 -0.29599 0.024 0.420 0.052 0.356 0.148
#> SRR1380829 3 0.3305 0.53678 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1455761 1 0.2077 0.81398 0.908 0.008 0.000 0.000 0.084
#> SRR1465189 3 0.7840 0.32282 0.144 0.012 0.516 0.192 0.136
#> SRR1376895 1 0.1831 0.81694 0.920 0.004 0.000 0.000 0.076
#> SRR1445002 1 0.2193 0.81814 0.912 0.028 0.000 0.000 0.060
#> SRR1469258 4 0.4708 0.60458 0.000 0.436 0.000 0.548 0.016
#> SRR1409239 1 0.0162 0.82712 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480200 1 0.0880 0.82494 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1418323 1 0.2300 0.81530 0.904 0.024 0.000 0.000 0.072
#> SRR657540 5 0.5163 0.56214 0.000 0.068 0.296 0.000 0.636
#> SRR821096 4 0.4283 0.59700 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR613591 2 0.4046 0.21341 0.000 0.780 0.008 0.032 0.180
#> SRR1344205 3 0.0162 0.79024 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR612479 1 0.4465 0.70717 0.732 0.012 0.000 0.028 0.228
#> SRR1399950 1 0.6142 0.06399 0.456 0.004 0.428 0.000 0.112
#> SRR1336048 3 0.0162 0.79045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0703 0.82587 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1379403 4 0.4779 0.59720 0.000 0.340 0.000 0.628 0.032
#> SRR1312464 1 0.0807 0.82717 0.976 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096478 1 0.2104 0.82107 0.916 0.024 0.000 0.000 0.060
#> SRR1459845 1 0.1597 0.82777 0.940 0.012 0.000 0.000 0.048
#> SRR1348138 3 0.6626 0.33387 0.024 0.012 0.548 0.100 0.316
#> SRR811423 1 0.4544 0.65992 0.728 0.012 0.228 0.000 0.032
#> SRR615683 1 0.2966 0.75934 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1380336 4 0.4558 0.53850 0.000 0.324 0.000 0.652 0.024
#> SRR817609 3 0.0671 0.78633 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1074550 3 0.2189 0.72629 0.000 0.000 0.904 0.084 0.012
#> SRR1499236 2 0.4359 -0.39592 0.000 0.584 0.000 0.412 0.004
#> SRR656083 1 0.1522 0.82248 0.944 0.012 0.000 0.000 0.044
#> SRR817539 1 0.4489 0.47869 0.572 0.420 0.000 0.000 0.008
#> SRR1410801 1 0.2344 0.81481 0.904 0.032 0.000 0.000 0.064
#> SRR1347190 1 0.3634 0.80295 0.844 0.020 0.008 0.024 0.104
#> SRR1355126 4 0.6524 0.37791 0.036 0.304 0.000 0.552 0.108
#> SRR615165 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.5980 0.57017 0.612 0.012 0.000 0.248 0.128
#> SRR1097055 4 0.4262 0.60795 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1312370 2 0.3203 0.31650 0.020 0.848 0.000 0.124 0.008
#> SRR655325 1 0.1310 0.82819 0.956 0.024 0.000 0.000 0.020
#> SRR810177 4 0.4437 0.58228 0.000 0.464 0.000 0.532 0.004
#> SRR815685 4 0.3790 0.56901 0.000 0.272 0.000 0.724 0.004
#> SRR817026 4 0.7186 -0.45377 0.004 0.012 0.360 0.376 0.248
#> SRR1417224 2 0.2338 0.32347 0.000 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR661687 4 0.6601 -0.20534 0.000 0.044 0.080 0.448 0.428
#> SRR1431804 1 0.7632 0.33994 0.484 0.016 0.216 0.044 0.240
#> SRR664072 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612923 2 0.6356 -0.44168 0.000 0.452 0.000 0.384 0.164
#> SRR1315890 1 0.0566 0.82702 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1347726 1 0.4450 0.36051 0.508 0.488 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500360 1 0.8087 0.07370 0.360 0.212 0.000 0.320 0.108
#> SRR1468360 2 0.0693 0.40970 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000
#> SRR1404084 1 0.4959 0.75693 0.764 0.056 0.004 0.048 0.128
#> SRR615994 5 0.5371 0.38733 0.000 0.056 0.420 0.000 0.524
#> SRR1475718 4 0.4718 0.59199 0.000 0.444 0.000 0.540 0.016
#> SRR1397200 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655519 5 0.6478 0.30606 0.000 0.220 0.000 0.292 0.488
#> SRR1311308 3 0.5065 0.09568 0.000 0.008 0.524 0.448 0.020
#> SRR1368006 4 0.4420 0.60231 0.000 0.448 0.000 0.548 0.004
#> SRR613651 5 0.6445 0.59081 0.020 0.144 0.276 0.000 0.560
#> SRR1362621 4 0.6271 -0.12663 0.064 0.012 0.084 0.668 0.172
#> SRR1451718 1 0.6784 0.57481 0.604 0.224 0.040 0.020 0.112
#> SRR1095334 3 0.0162 0.79098 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1079636 4 0.4420 0.57014 0.000 0.280 0.000 0.692 0.028
#> SRR1442549 2 0.4273 -0.25273 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466421 4 0.4659 0.56021 0.000 0.488 0.000 0.500 0.012
#> SRR817397 4 0.3530 0.23253 0.000 0.012 0.000 0.784 0.204
#> SRR1341809 2 0.4470 -0.30673 0.000 0.616 0.000 0.372 0.012
#> SRR614623 4 0.5811 0.53643 0.000 0.340 0.000 0.552 0.108
#> SRR1335005 4 0.4434 0.59285 0.000 0.460 0.000 0.536 0.004
#> SRR1407065 4 0.5901 0.21054 0.000 0.132 0.000 0.568 0.300
#> SRR1404483 4 0.4218 0.59347 0.000 0.332 0.000 0.660 0.008
#> SRR1096222 1 0.1074 0.82822 0.968 0.012 0.000 0.004 0.016
#> SRR1401793 1 0.6314 0.43341 0.504 0.012 0.000 0.368 0.116
#> SRR1408615 3 0.0510 0.78742 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1070597 2 0.4902 0.22174 0.100 0.724 0.000 0.172 0.004
#> SRR1332381 1 0.5298 0.48001 0.556 0.396 0.004 0.000 0.044
#> SRR1457015 1 0.0324 0.82741 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386797 2 0.8654 0.08811 0.184 0.424 0.036 0.232 0.124
#> SRR1098385 4 0.4613 0.58544 0.000 0.360 0.000 0.620 0.020
#> SRR1363947 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.4546 -0.50179 0.000 0.532 0.000 0.460 0.008
#> SRR662055 5 0.6780 0.64631 0.000 0.148 0.216 0.056 0.580
#> SRR1310455 1 0.2331 0.81344 0.900 0.020 0.000 0.000 0.080
#> SRR1453639 2 0.4009 0.27431 0.160 0.792 0.000 0.040 0.008
#> SRR662617 4 0.4446 0.58196 0.000 0.476 0.000 0.520 0.004
#> SRR654778 1 0.2124 0.81419 0.900 0.004 0.000 0.000 0.096
#> SRR661782 2 0.4047 -0.15495 0.000 0.676 0.000 0.320 0.004
#> SRR1334396 1 0.3446 0.78012 0.828 0.016 0.000 0.012 0.144
#> SRR613867 5 0.5757 0.49583 0.000 0.336 0.000 0.104 0.560
#> SRR1479412 1 0.3339 0.78961 0.840 0.048 0.000 0.000 0.112
#> SRR1331620 1 0.2818 0.79994 0.860 0.128 0.004 0.000 0.008
#> SRR1082809 1 0.3727 0.78853 0.832 0.008 0.008 0.036 0.116
#> SRR1417178 1 0.2550 0.81618 0.892 0.020 0.004 0.000 0.084
#> SRR1335278 1 0.4234 0.74299 0.776 0.012 0.000 0.040 0.172
#> SRR665369 4 0.4538 0.59863 0.000 0.452 0.000 0.540 0.008
#> SRR657552 3 0.6814 0.29934 0.296 0.172 0.508 0.000 0.024
#> SRR812412 1 0.1750 0.82343 0.936 0.028 0.000 0.000 0.036
#> SRR1096500 2 0.1195 0.40237 0.012 0.960 0.000 0.028 0.000
#> SRR1347750 4 0.5185 0.53854 0.000 0.384 0.000 0.568 0.048
#> SRR615153 5 0.6598 0.63328 0.080 0.148 0.148 0.000 0.624
#> SRR1434417 1 0.5704 0.54135 0.592 0.012 0.000 0.072 0.324
#> SRR1070159 3 0.0898 0.78379 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1332508 2 0.4415 -0.46804 0.000 0.552 0.000 0.444 0.004
#> SRR1082059 4 0.8937 0.04587 0.076 0.148 0.228 0.424 0.124
#> SRR1402491 1 0.3541 0.77433 0.824 0.012 0.000 0.020 0.144
#> SRR1476595 2 0.5807 -0.50363 0.020 0.488 0.000 0.444 0.048
#> SRR1320987 4 0.4590 0.60601 0.000 0.420 0.000 0.568 0.012
#> SRR1086417 4 0.3939 0.17434 0.036 0.024 0.000 0.816 0.124
#> SRR1454095 1 0.5055 0.73496 0.756 0.084 0.000 0.052 0.108
#> SRR614791 5 0.6305 0.62742 0.000 0.168 0.244 0.012 0.576
#> SRR821255 2 0.7004 0.06625 0.104 0.568 0.000 0.224 0.104
#> SRR820402 4 0.4550 0.06260 0.000 0.036 0.000 0.688 0.276
#> SRR1337284 2 0.4350 -0.10469 0.408 0.588 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333083 3 0.0290 0.78795 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1384883 4 0.4298 -0.05869 0.000 0.008 0.000 0.640 0.352
#> SRR614431 1 0.0162 0.82751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481106 4 0.4437 0.59132 0.000 0.464 0.000 0.532 0.004
#> SRR1370285 1 0.3429 0.78853 0.848 0.012 0.000 0.040 0.100
#> SRR1446673 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.4440 0.58820 0.000 0.468 0.000 0.528 0.004
#> SRR1341188 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0404 0.82788 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 4 0.4375 0.60281 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004
#> SRR1476825 3 0.6779 0.03801 0.360 0.276 0.364 0.000 0.000
#> SRR1443332 4 0.4746 0.56474 0.000 0.480 0.000 0.504 0.016
#> SRR662486 2 0.5448 -0.19795 0.000 0.600 0.016 0.044 0.340
#> SRR1447019 1 0.2248 0.81215 0.900 0.012 0.000 0.000 0.088
#> SRR662942 1 0.0609 0.82745 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR613102 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.1908 0.81618 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1464977 2 0.4448 -0.31784 0.480 0.516 0.000 0.000 0.004
#> SRR615850 5 0.6994 0.48045 0.032 0.164 0.328 0.000 0.476
#> SRR661949 4 0.4451 0.56070 0.000 0.492 0.000 0.504 0.004
#> SRR1322227 3 0.5087 0.37570 0.000 0.036 0.624 0.332 0.008
#> SRR1441655 2 0.6385 0.30271 0.180 0.640 0.000 0.088 0.092
#> SRR613771 2 0.1200 0.41547 0.012 0.964 0.016 0.000 0.008
#> SRR1479471 1 0.5540 0.62434 0.656 0.012 0.000 0.092 0.240
#> SRR1488918 4 0.4546 0.59287 0.000 0.460 0.000 0.532 0.008
#> SRR1414040 4 0.4958 0.57865 0.000 0.400 0.000 0.568 0.032
#> SRR1079850 4 0.6184 0.41298 0.016 0.316 0.000 0.560 0.108
#> SRR663209 1 0.4076 0.73887 0.768 0.012 0.000 0.020 0.200
#> SRR1364914 4 0.4434 0.59499 0.000 0.460 0.000 0.536 0.004
#> SRR1408267 4 0.3300 0.49559 0.000 0.204 0.000 0.792 0.004
#> SRR1314894 1 0.1549 0.82493 0.944 0.040 0.000 0.000 0.016
#> SRR1414117 4 0.7313 -0.35186 0.124 0.012 0.044 0.448 0.372
#> SRR1395975 2 0.2377 0.35294 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1402219 4 0.4917 0.55350 0.000 0.416 0.000 0.556 0.028
#> SRR1433623 1 0.1522 0.82089 0.944 0.012 0.000 0.000 0.044
#> SRR656385 5 0.6338 0.62909 0.000 0.292 0.172 0.004 0.532
#> SRR811213 4 0.4645 0.48955 0.000 0.204 0.000 0.724 0.072
#> SRR663657 5 0.5396 0.48193 0.000 0.064 0.376 0.000 0.560
#> SRR612203 5 0.6039 0.53649 0.156 0.040 0.144 0.000 0.660
#> SRR613987 5 0.7704 0.30169 0.096 0.128 0.016 0.244 0.516
#> SRR613831 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 4 0.4171 0.61071 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1382912 1 0.2573 0.80300 0.880 0.016 0.000 0.000 0.104
#> SRR1475501 1 0.4967 0.68148 0.708 0.012 0.000 0.060 0.220
#> SRR1336930 1 0.2179 0.80919 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.4756 0.26701 0.000 0.044 0.668 0.000 0.288
#> SRR1381459 2 0.6043 0.15068 0.000 0.572 0.252 0.176 0.000
#> SRR1402350 3 0.2661 0.74031 0.008 0.052 0.896 0.000 0.044
#> SRR1419408 1 0.2305 0.80811 0.896 0.012 0.000 0.000 0.092
#> SRR655911 5 0.6318 0.60002 0.000 0.124 0.288 0.020 0.568
#> SRR1418243 1 0.2408 0.80992 0.892 0.016 0.000 0.000 0.092
#> SRR1322573 1 0.3496 0.79333 0.832 0.004 0.000 0.040 0.124
#> SRR613615 3 0.3838 0.40208 0.000 0.004 0.716 0.000 0.280
#> SRR1355284 1 0.0671 0.82863 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1319395 1 0.3289 0.79018 0.844 0.048 0.000 0.000 0.108
#> SRR818939 1 0.1281 0.82358 0.956 0.012 0.000 0.000 0.032
#> SRR1465266 1 0.6351 0.49022 0.556 0.012 0.000 0.280 0.152
#> SRR614888 5 0.6869 0.62562 0.092 0.192 0.124 0.000 0.592
#> SRR1431694 1 0.6474 0.25465 0.432 0.428 0.000 0.128 0.012
#> SRR614347 5 0.4250 0.57837 0.000 0.084 0.004 0.128 0.784
#> SRR1334228 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 4 0.4893 0.58746 0.000 0.404 0.000 0.568 0.028
#> SRR656349 3 0.4489 0.62796 0.120 0.016 0.780 0.000 0.084
#> SRR815422 4 0.4671 -0.03186 0.000 0.028 0.000 0.640 0.332
#> SRR1360828 1 0.4793 0.74916 0.752 0.012 0.000 0.124 0.112
#> SRR1359005 4 0.4874 0.58941 0.000 0.368 0.000 0.600 0.032
#> SRR1456652 1 0.3442 0.78608 0.836 0.060 0.000 0.000 0.104
#> SRR1391660 1 0.1831 0.81694 0.920 0.004 0.000 0.000 0.076
#> SRR1441956 1 0.3359 0.78826 0.840 0.052 0.000 0.000 0.108
#> SRR662930 5 0.7027 0.64237 0.000 0.212 0.212 0.044 0.532
#> SRR615790 3 0.0162 0.78972 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614827 2 0.2228 0.37034 0.000 0.908 0.012 0.004 0.076
#> SRR614587 5 0.4752 0.29508 0.000 0.020 0.000 0.412 0.568
#> SRR814052 2 0.1059 0.40640 0.008 0.968 0.000 0.020 0.004
#> SRR1070086 1 0.1041 0.82609 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR1481440 1 0.5329 0.66356 0.684 0.012 0.000 0.088 0.216
#> SRR1339296 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.6317 -0.29459 0.000 0.496 0.172 0.332 0.000
#> SRR1432802 2 0.1792 0.35905 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1416911 1 0.1117 0.83039 0.964 0.020 0.000 0.000 0.016
#> SRR1410427 1 0.4390 0.46962 0.568 0.428 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401185 1 0.6547 0.25208 0.492 0.388 0.000 0.056 0.064
#> SRR654993 4 0.5320 0.56972 0.000 0.424 0.000 0.524 0.052
#> SRR656397 1 0.0609 0.82676 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR809643 5 0.4376 0.50925 0.060 0.008 0.036 0.084 0.812
#> SRR1433819 1 0.3018 0.80512 0.860 0.012 0.000 0.012 0.116
#> SRR1375225 4 0.3171 0.47871 0.000 0.176 0.000 0.816 0.008
#> SRR1367739 3 0.0510 0.78754 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1323336 3 0.9078 0.15270 0.264 0.084 0.388 0.140 0.124
#> SRR663224 3 0.5376 0.42167 0.000 0.132 0.708 0.020 0.140
#> SRR1442840 1 0.6705 0.40565 0.504 0.012 0.000 0.204 0.280
#> SRR1374058 1 0.0609 0.82801 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.2473 0.81369 0.896 0.032 0.000 0.000 0.072
#> SRR1469214 4 0.4138 0.60800 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1456446 1 0.7018 0.22513 0.408 0.012 0.000 0.336 0.244
#> SRR1471879 2 0.5171 -0.47517 0.000 0.504 0.000 0.456 0.040
#> SRR612911 3 0.0162 0.79110 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1395720 4 0.4211 0.60701 0.000 0.360 0.000 0.636 0.004
#> SRR1413055 1 0.3888 0.76049 0.796 0.016 0.000 0.020 0.168
#> SRR656770 2 0.1059 0.40896 0.000 0.968 0.008 0.020 0.004
#> SRR812080 3 0.2989 0.70523 0.000 0.000 0.868 0.060 0.072
#> SRR1479328 1 0.2068 0.81552 0.904 0.004 0.000 0.000 0.092
#> SRR661421 2 0.5420 -0.33659 0.000 0.524 0.000 0.060 0.416
#> SRR1410286 4 0.4420 0.60231 0.000 0.448 0.000 0.548 0.004
#> SRR1487150 1 0.4851 0.73487 0.744 0.012 0.000 0.148 0.096
#> SRR1467035 1 0.6980 0.22516 0.408 0.012 0.000 0.352 0.228
#> SRR1360607 4 0.4482 0.54486 0.000 0.348 0.000 0.636 0.016
#> SRR1333106 2 0.2439 0.31274 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1088706 4 0.5418 0.60845 0.000 0.364 0.000 0.568 0.068
#> SRR1320053 3 0.0324 0.79078 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1350392 4 0.4383 0.60985 0.000 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR1385190 3 0.0162 0.79110 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1080093 4 0.4331 0.60865 0.000 0.400 0.000 0.596 0.004
#> SRR1318753 1 0.1043 0.82642 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1345369 2 0.4451 -0.34204 0.004 0.504 0.492 0.000 0.000
#> SRR612178 5 0.5931 0.47712 0.000 0.204 0.000 0.200 0.596
#> SRR1354423 1 0.6641 0.40111 0.500 0.012 0.000 0.176 0.312
#> SRR1072724 1 0.3508 0.70078 0.748 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 4 0.2462 0.27088 0.000 0.008 0.000 0.880 0.112
#> SRR1326427 5 0.7143 -0.00459 0.000 0.012 0.332 0.312 0.344
#> SRR1437412 3 0.5252 0.58201 0.152 0.096 0.724 0.000 0.028
#> SRR1327548 4 0.4923 0.43781 0.000 0.212 0.000 0.700 0.088
#> SRR1395891 1 0.2473 0.81294 0.896 0.032 0.000 0.000 0.072
#> SRR659367 5 0.5399 0.49948 0.000 0.448 0.056 0.000 0.496
#> SRR818961 1 0.6465 0.42946 0.520 0.012 0.000 0.148 0.320
#> SRR813704 1 0.0290 0.82757 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613054 1 0.3442 0.78567 0.836 0.060 0.000 0.000 0.104
#> SRR1476467 1 0.1571 0.81936 0.936 0.004 0.000 0.000 0.060
#> SRR1407988 4 0.4747 0.55309 0.000 0.488 0.000 0.496 0.016
#> SRR1394776 4 0.3388 0.49346 0.000 0.200 0.000 0.792 0.008
#> SRR655578 2 0.3730 -0.06113 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1310645 4 0.4334 0.40387 0.000 0.140 0.000 0.768 0.092
#> SRR1345628 1 0.3759 0.76652 0.812 0.012 0.000 0.028 0.148
#> SRR1479740 1 0.0880 0.82512 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1332095 4 0.8110 -0.18559 0.220 0.316 0.000 0.356 0.108
#> SRR1444786 2 0.4338 0.18313 0.008 0.684 0.000 0.300 0.008
#> SRR1090070 1 0.2011 0.81501 0.908 0.004 0.000 0.000 0.088
#> SRR662414 2 0.0932 0.41321 0.020 0.972 0.004 0.004 0.000
#> SRR661216 4 0.4648 0.58863 0.000 0.464 0.000 0.524 0.012
#> SRR656313 5 0.6596 0.29590 0.000 0.256 0.000 0.280 0.464
#> SRR615671 5 0.6262 0.58943 0.016 0.356 0.104 0.000 0.524
#> SRR1350196 3 0.0794 0.77677 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1466580 1 0.3556 0.79084 0.836 0.012 0.000 0.036 0.116
#> SRR1408032 4 0.4288 0.59795 0.000 0.384 0.000 0.612 0.004
#> SRR1432913 5 0.5833 0.54986 0.000 0.088 0.036 0.216 0.660
#> SRR1360502 3 0.3621 0.59626 0.192 0.000 0.788 0.000 0.020
#> SRR1391901 4 0.5657 0.57424 0.000 0.380 0.004 0.544 0.072
#> SRR1311131 1 0.2595 0.81044 0.888 0.032 0.000 0.000 0.080
#> SRR1380636 1 0.2932 0.80067 0.864 0.104 0.000 0.000 0.032
#> SRR1332339 1 0.4528 0.42405 0.548 0.444 0.000 0.000 0.008
#> SRR1341563 4 0.3551 0.50244 0.000 0.220 0.000 0.772 0.008
#> SRR1359410 3 0.3113 0.68397 0.000 0.048 0.872 0.068 0.012
#> SRR1473040 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.0404 0.82712 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1498765 4 0.4533 0.60102 0.000 0.448 0.000 0.544 0.008
#> SRR1312622 4 0.3106 0.42860 0.000 0.132 0.000 0.844 0.024
#> SRR615503 2 0.4581 -0.28472 0.012 0.624 0.000 0.004 0.360
#> SRR1453192 1 0.0865 0.82598 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1433107 2 0.6552 -0.37427 0.000 0.432 0.172 0.392 0.004
#> SRR1075384 1 0.2864 0.79810 0.872 0.012 0.000 0.012 0.104
#> SRR1356683 1 0.2046 0.81403 0.916 0.016 0.000 0.000 0.068
#> SRR659049 1 0.1568 0.82673 0.944 0.020 0.000 0.000 0.036
#> SRR1368240 1 0.1444 0.82812 0.948 0.012 0.000 0.000 0.040
#> SRR1341739 1 0.1357 0.82322 0.948 0.004 0.000 0.000 0.048
#> SRR613249 3 0.0000 0.79149 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663428 4 0.4829 0.56202 0.000 0.480 0.000 0.500 0.020
#> SRR1341302 4 0.4306 0.60320 0.000 0.328 0.000 0.660 0.012
#> SRR1073553 4 0.4283 0.59913 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1354093 3 0.5904 0.36675 0.000 0.000 0.600 0.196 0.204
#> SRR1406521 4 0.3838 0.10765 0.000 0.004 0.000 0.716 0.280
#> SRR1432049 1 0.6369 0.35471 0.464 0.012 0.000 0.408 0.116
#> SRR1453504 1 0.2813 0.78141 0.868 0.000 0.000 0.108 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 5 0.4446 0.37338 0.000 0.016 0.008 0.000 0.552 0.424
#> SRR1359328 3 0.4297 0.24327 0.000 0.004 0.532 0.000 0.012 0.452
#> SRR821124 2 0.1080 0.79683 0.000 0.960 0.000 0.032 0.004 0.004
#> SRR1335188 1 0.4750 0.62561 0.696 0.000 0.000 0.176 0.008 0.120
#> SRR1075825 2 0.0551 0.79908 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1321921 1 0.0748 0.75458 0.976 0.000 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR1466198 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1384073 6 0.4921 0.36728 0.352 0.056 0.000 0.000 0.008 0.584
#> SRR1312802 3 0.3366 0.73929 0.064 0.000 0.852 0.012 0.044 0.028
#> SRR1076559 1 0.6293 0.56539 0.596 0.000 0.016 0.164 0.052 0.172
#> SRR1370085 1 0.2165 0.72070 0.884 0.000 0.000 0.108 0.000 0.008
#> SRR1460363 1 0.3587 0.70162 0.816 0.000 0.000 0.116 0.024 0.044
#> SRR1480221 2 0.1857 0.78772 0.000 0.924 0.000 0.044 0.004 0.028
#> SRR1476165 1 0.4536 0.70740 0.784 0.000 0.044 0.040 0.052 0.080
#> SRR1459631 2 0.3489 0.51512 0.000 0.708 0.004 0.288 0.000 0.000
#> SRR1448098 2 0.0146 0.79878 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.2618 0.76087 0.000 0.872 0.000 0.052 0.000 0.076
#> SRR807613 2 0.0935 0.79389 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR808086 3 0.0146 0.81362 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR613687 5 0.3923 0.22473 0.000 0.416 0.000 0.000 0.580 0.004
#> SRR1471011 3 0.4692 0.59290 0.176 0.000 0.736 0.036 0.024 0.028
#> SRR1330284 2 0.1010 0.79446 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR1320624 2 0.2454 0.71634 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0458 0.75345 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.3485 0.63301 0.000 0.772 0.204 0.020 0.004 0.000
#> SRR1390561 1 0.3862 0.35724 0.608 0.000 0.000 0.388 0.000 0.004
#> SRR658164 1 0.3748 0.62565 0.748 0.000 0.000 0.012 0.016 0.224
#> SRR1087079 2 0.1644 0.77492 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR814996 3 0.0146 0.81509 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1407410 6 0.4123 0.32123 0.000 0.420 0.000 0.000 0.012 0.568
#> SRR1453392 2 0.0508 0.79879 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1445873 1 0.2609 0.73508 0.868 0.000 0.000 0.096 0.000 0.036
#> SRR1419985 2 0.3929 0.66519 0.000 0.776 0.000 0.144 0.008 0.072
#> SRR820938 3 0.0820 0.81303 0.000 0.012 0.972 0.000 0.016 0.000
#> SRR1476844 1 0.2362 0.70690 0.860 0.000 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR1403526 1 0.0260 0.75405 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.3426 0.54223 0.000 0.720 0.000 0.276 0.004 0.000
#> SRR1441051 2 0.1124 0.79562 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR614287 2 0.1977 0.78701 0.000 0.920 0.000 0.032 0.008 0.040
#> SRR1092062 2 0.1152 0.79094 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR612611 2 0.0653 0.79823 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR1376356 2 0.6485 0.34725 0.036 0.576 0.012 0.164 0.012 0.200
#> SRR1405078 5 0.2795 0.78764 0.044 0.000 0.100 0.000 0.856 0.000
#> SRR1437226 2 0.5957 -0.08812 0.000 0.488 0.028 0.024 0.056 0.404
#> SRR1326078 1 0.4466 0.63839 0.716 0.000 0.000 0.180 0.004 0.100
#> SRR1096806 4 0.4499 0.49614 0.000 0.208 0.020 0.724 0.040 0.008
#> SRR1440919 2 0.2809 0.70651 0.000 0.824 0.004 0.168 0.004 0.000
#> SRR1452824 3 0.2288 0.72784 0.116 0.000 0.876 0.000 0.004 0.004
#> SRR615754 1 0.5147 0.52590 0.652 0.000 0.000 0.040 0.248 0.060
#> SRR1341787 6 0.5292 0.20790 0.004 0.104 0.332 0.000 0.000 0.560
#> SRR614551 2 0.7036 0.39876 0.048 0.588 0.040 0.188 0.048 0.088
#> SRR1380829 3 0.3782 0.26361 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1455761 1 0.3821 0.68337 0.776 0.000 0.000 0.156 0.004 0.064
#> SRR1465189 3 0.7174 0.20186 0.172 0.000 0.492 0.240 0.052 0.044
#> SRR1376895 1 0.3000 0.71844 0.840 0.000 0.000 0.124 0.004 0.032
#> SRR1445002 1 0.4392 0.67412 0.772 0.000 0.008 0.108 0.028 0.084
#> SRR1469258 2 0.2404 0.77303 0.000 0.884 0.000 0.036 0.000 0.080
#> SRR1409239 1 0.0405 0.75450 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1480200 1 0.1141 0.74495 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.2999 0.72076 0.840 0.000 0.000 0.112 0.000 0.048
#> SRR657540 5 0.1895 0.81436 0.000 0.000 0.072 0.016 0.912 0.000
#> SRR821096 2 0.0622 0.79931 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR613591 2 0.6061 0.04965 0.000 0.512 0.004 0.012 0.180 0.292
#> SRR1344205 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR612479 1 0.4101 0.50074 0.664 0.000 0.000 0.308 0.028 0.000
#> SRR1399950 3 0.7027 0.07223 0.336 0.000 0.416 0.168 0.008 0.072
#> SRR1336048 3 0.0508 0.81568 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1368896 1 0.1398 0.74594 0.940 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008
#> SRR1379403 2 0.2006 0.75904 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004 0.000
#> SRR1312464 1 0.1176 0.75861 0.956 0.000 0.000 0.024 0.000 0.020
#> SRR1096478 1 0.3860 0.70849 0.812 0.000 0.008 0.104 0.036 0.040
#> SRR1459845 1 0.2356 0.75132 0.884 0.000 0.000 0.096 0.004 0.016
#> SRR1348138 4 0.3819 0.14296 0.000 0.000 0.372 0.624 0.004 0.000
#> SRR811423 1 0.5808 0.30226 0.532 0.000 0.368 0.024 0.044 0.032
#> SRR615683 1 0.3107 0.71474 0.832 0.000 0.000 0.052 0.116 0.000
#> SRR1380336 2 0.2129 0.77967 0.000 0.904 0.000 0.040 0.000 0.056
#> SRR817609 3 0.2216 0.77955 0.000 0.000 0.908 0.016 0.052 0.024
#> SRR1074550 3 0.2171 0.78536 0.000 0.040 0.912 0.032 0.016 0.000
#> SRR1499236 2 0.2178 0.73376 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR656083 1 0.2916 0.72165 0.860 0.000 0.000 0.096 0.020 0.024
#> SRR817539 6 0.4070 0.19535 0.424 0.004 0.000 0.000 0.004 0.568
#> SRR1410801 1 0.4494 0.68130 0.768 0.000 0.012 0.116 0.032 0.072
#> SRR1347190 1 0.5004 0.69086 0.736 0.000 0.028 0.104 0.028 0.104
#> SRR1355126 2 0.7243 0.13493 0.048 0.412 0.000 0.236 0.024 0.280
#> SRR615165 3 0.0458 0.81563 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1466046 1 0.5699 0.36001 0.588 0.000 0.000 0.236 0.020 0.156
#> SRR1097055 2 0.0291 0.79825 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1312370 2 0.4756 -0.02726 0.040 0.524 0.000 0.000 0.004 0.432
#> SRR655325 1 0.0909 0.75472 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR810177 2 0.0790 0.79457 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR815685 2 0.2994 0.75881 0.000 0.856 0.000 0.060 0.008 0.076
#> SRR817026 3 0.6690 0.45231 0.000 0.032 0.572 0.208 0.080 0.108
#> SRR1417224 2 0.4161 -0.01887 0.000 0.540 0.000 0.000 0.012 0.448
#> SRR661687 4 0.4065 0.50553 0.000 0.300 0.000 0.672 0.028 0.000
#> SRR1431804 4 0.6294 0.32584 0.324 0.000 0.052 0.536 0.048 0.040
#> SRR664072 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR612923 2 0.2222 0.77818 0.000 0.896 0.000 0.084 0.012 0.008
#> SRR1315890 1 0.0632 0.75264 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1347726 6 0.4238 0.24291 0.404 0.008 0.000 0.000 0.008 0.580
#> SRR1500360 6 0.6869 -0.09784 0.320 0.032 0.000 0.228 0.012 0.408
#> SRR1468360 6 0.4370 0.30873 0.008 0.428 0.000 0.000 0.012 0.552
#> SRR1404084 1 0.7136 0.47300 0.544 0.060 0.028 0.212 0.020 0.136
#> SRR615994 5 0.1957 0.80303 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1475718 2 0.0862 0.79958 0.000 0.972 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR1397200 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR655519 2 0.4135 0.29907 0.000 0.584 0.000 0.008 0.404 0.004
#> SRR1311308 3 0.4597 0.24152 0.000 0.376 0.584 0.036 0.004 0.000
#> SRR1368006 2 0.0291 0.79825 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR613651 5 0.1956 0.81808 0.004 0.000 0.080 0.000 0.908 0.008
#> SRR1362621 4 0.8167 0.21202 0.012 0.124 0.244 0.332 0.024 0.264
#> SRR1451718 1 0.7467 0.33290 0.460 0.004 0.112 0.188 0.016 0.220
#> SRR1095334 3 0.0508 0.81567 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1079636 2 0.2257 0.74690 0.000 0.876 0.000 0.116 0.000 0.008
#> SRR1442549 6 0.5352 0.43124 0.312 0.084 0.004 0.000 0.012 0.588
#> SRR1466421 2 0.1297 0.79275 0.000 0.948 0.000 0.012 0.000 0.040
#> SRR817397 4 0.3979 0.22654 0.000 0.456 0.000 0.540 0.000 0.004
#> SRR1341809 2 0.2980 0.67364 0.000 0.800 0.000 0.008 0.000 0.192
#> SRR614623 2 0.2322 0.78036 0.000 0.896 0.000 0.024 0.008 0.072
#> SRR1335005 2 0.0767 0.79973 0.000 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008
#> SRR1407065 4 0.3756 0.37629 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1404483 2 0.3095 0.75292 0.000 0.844 0.000 0.044 0.008 0.104
#> SRR1096222 1 0.1010 0.75415 0.960 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1401793 1 0.6317 0.30479 0.444 0.004 0.000 0.216 0.012 0.324
#> SRR1408615 3 0.0520 0.81127 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1070597 6 0.5794 0.49245 0.248 0.140 0.000 0.008 0.016 0.588
#> SRR1332381 6 0.5240 0.15490 0.404 0.004 0.012 0.012 0.032 0.536
#> SRR1457015 1 0.0881 0.75561 0.972 0.000 0.000 0.008 0.008 0.012
#> SRR1386797 2 0.8096 -0.06820 0.200 0.388 0.012 0.204 0.020 0.176
#> SRR1098385 2 0.2113 0.78759 0.000 0.912 0.000 0.048 0.008 0.032
#> SRR1363947 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR820350 2 0.1563 0.78371 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000 0.056
#> SRR662055 5 0.1812 0.81803 0.000 0.008 0.080 0.000 0.912 0.000
#> SRR1310455 1 0.3220 0.71987 0.832 0.000 0.000 0.108 0.004 0.056
#> SRR1453639 6 0.5306 0.49042 0.240 0.116 0.000 0.000 0.016 0.628
#> SRR662617 2 0.0748 0.79801 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR654778 1 0.4298 0.65133 0.732 0.000 0.000 0.176 0.004 0.088
#> SRR661782 2 0.3056 0.66045 0.000 0.804 0.000 0.008 0.004 0.184
#> SRR1334396 1 0.5356 0.54822 0.656 0.000 0.016 0.240 0.048 0.040
#> SRR613867 5 0.2294 0.77117 0.000 0.072 0.000 0.000 0.892 0.036
#> SRR1479412 1 0.4913 0.61357 0.684 0.000 0.000 0.180 0.012 0.124
#> SRR1331620 1 0.4880 0.52224 0.656 0.000 0.012 0.020 0.032 0.280
#> SRR1082809 1 0.5362 0.57480 0.640 0.000 0.008 0.208 0.008 0.136
#> SRR1417178 1 0.4697 0.68371 0.760 0.000 0.016 0.112 0.048 0.064
#> SRR1335278 1 0.4199 0.22776 0.568 0.000 0.000 0.416 0.016 0.000
#> SRR665369 2 0.0551 0.79837 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR657552 6 0.7322 0.14873 0.232 0.000 0.296 0.028 0.048 0.396
#> SRR812412 1 0.1867 0.74480 0.916 0.000 0.000 0.064 0.000 0.020
#> SRR1096500 6 0.3937 0.31361 0.000 0.424 0.000 0.000 0.004 0.572
#> SRR1347750 2 0.4635 0.61417 0.000 0.712 0.000 0.148 0.008 0.132
#> SRR615153 5 0.1977 0.81027 0.032 0.000 0.040 0.008 0.920 0.000
#> SRR1434417 4 0.4010 0.25131 0.408 0.000 0.000 0.584 0.000 0.008
#> SRR1070159 3 0.1088 0.80649 0.000 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR1332508 2 0.2558 0.70181 0.000 0.840 0.000 0.000 0.004 0.156
#> SRR1082059 3 0.8796 0.08469 0.056 0.236 0.336 0.212 0.036 0.124
#> SRR1402491 1 0.3558 0.60257 0.736 0.000 0.000 0.248 0.016 0.000
#> SRR1476595 2 0.3614 0.72906 0.008 0.832 0.004 0.016 0.052 0.088
#> SRR1320987 2 0.2666 0.76378 0.000 0.872 0.000 0.028 0.008 0.092
#> SRR1086417 6 0.6972 -0.10219 0.016 0.300 0.000 0.272 0.028 0.384
#> SRR1454095 1 0.5658 0.54119 0.620 0.016 0.000 0.196 0.008 0.160
#> SRR614791 5 0.1787 0.82003 0.000 0.004 0.068 0.000 0.920 0.008
#> SRR821255 2 0.6854 0.26093 0.108 0.540 0.000 0.180 0.012 0.160
#> SRR820402 4 0.4335 0.16253 0.000 0.472 0.000 0.508 0.020 0.000
#> SRR1337284 6 0.5503 0.46425 0.300 0.128 0.000 0.000 0.008 0.564
#> SRR1333083 3 0.0937 0.80661 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1384883 4 0.4138 0.42902 0.000 0.368 0.000 0.616 0.012 0.004
#> SRR614431 1 0.0632 0.75272 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0291 0.79843 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1370285 1 0.3046 0.68008 0.800 0.000 0.000 0.188 0.012 0.000
#> SRR1446673 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1318046 2 0.0603 0.79751 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1341188 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1384941 1 0.0508 0.75466 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1322864 2 0.0291 0.79891 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1476825 6 0.6201 0.28387 0.296 0.000 0.260 0.000 0.008 0.436
#> SRR1443332 2 0.1065 0.79748 0.000 0.964 0.008 0.008 0.000 0.020
#> SRR662486 2 0.5666 -0.12206 0.000 0.472 0.000 0.004 0.136 0.388
#> SRR1447019 1 0.3668 0.70987 0.824 0.000 0.012 0.104 0.036 0.024
#> SRR662942 1 0.0547 0.75339 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1469880 1 0.3842 0.68326 0.768 0.000 0.000 0.156 0.000 0.076
#> SRR1464977 6 0.4868 0.36376 0.352 0.052 0.000 0.000 0.008 0.588
#> SRR615850 5 0.2829 0.80723 0.024 0.000 0.096 0.000 0.864 0.016
#> SRR661949 2 0.0692 0.79628 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1322227 3 0.5335 0.51753 0.000 0.164 0.664 0.008 0.016 0.148
#> SRR1441655 6 0.7598 0.15635 0.328 0.172 0.004 0.116 0.012 0.368
#> SRR613771 6 0.4493 0.34364 0.004 0.404 0.004 0.004 0.012 0.572
#> SRR1479471 1 0.4109 0.29113 0.576 0.000 0.000 0.412 0.012 0.000
#> SRR1488918 2 0.0436 0.79914 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1414040 2 0.3158 0.75057 0.000 0.844 0.000 0.084 0.008 0.064
#> SRR1079850 2 0.6284 0.36493 0.012 0.544 0.000 0.236 0.024 0.184
#> SRR663209 4 0.3999 0.02191 0.496 0.000 0.000 0.500 0.000 0.004
#> SRR1364914 2 0.0291 0.79805 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1408267 2 0.3232 0.70665 0.000 0.812 0.000 0.020 0.008 0.160
#> SRR1314894 1 0.1777 0.75142 0.932 0.000 0.000 0.024 0.012 0.032
#> SRR1414117 4 0.6816 0.42671 0.120 0.040 0.020 0.580 0.036 0.204
#> SRR1395975 6 0.4185 0.14895 0.000 0.492 0.000 0.000 0.012 0.496
#> SRR1402219 2 0.3949 0.70247 0.008 0.788 0.000 0.088 0.004 0.112
#> SRR1433623 1 0.1556 0.73537 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR656385 5 0.2113 0.81908 0.000 0.004 0.060 0.000 0.908 0.028
#> SRR811213 2 0.2948 0.67602 0.000 0.804 0.000 0.188 0.008 0.000
#> SRR663657 5 0.1814 0.80932 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR612203 5 0.2152 0.80488 0.036 0.000 0.040 0.012 0.912 0.000
#> SRR613987 5 0.7760 0.30222 0.176 0.060 0.008 0.192 0.480 0.084
#> SRR613831 3 0.0363 0.81572 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1354180 2 0.0909 0.80217 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1382912 1 0.3608 0.56488 0.716 0.000 0.000 0.272 0.000 0.012
#> SRR1475501 1 0.4015 0.33350 0.596 0.000 0.000 0.396 0.004 0.004
#> SRR1336930 1 0.3636 0.64473 0.764 0.000 0.000 0.016 0.012 0.208
#> SRR613030 3 0.3329 0.63429 0.000 0.008 0.768 0.004 0.220 0.000
#> SRR1381459 2 0.5344 0.30570 0.000 0.588 0.172 0.000 0.000 0.240
#> SRR1402350 3 0.1152 0.80073 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1419408 1 0.2442 0.70524 0.852 0.000 0.000 0.144 0.000 0.004
#> SRR655911 5 0.1866 0.81697 0.000 0.008 0.084 0.000 0.908 0.000
#> SRR1418243 1 0.4033 0.67426 0.760 0.000 0.000 0.156 0.004 0.080
#> SRR1322573 1 0.5581 0.59313 0.632 0.008 0.004 0.212 0.012 0.132
#> SRR613615 3 0.2340 0.71926 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1355284 1 0.2127 0.75246 0.920 0.000 0.008 0.016 0.024 0.032
#> SRR1319395 1 0.4593 0.62846 0.704 0.000 0.000 0.180 0.004 0.112
#> SRR818939 1 0.1501 0.73743 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.4653 0.54443 0.664 0.012 0.004 0.288 0.024 0.008
#> SRR614888 5 0.2007 0.80342 0.044 0.000 0.036 0.000 0.916 0.004
#> SRR1431694 1 0.4874 -0.05801 0.484 0.000 0.000 0.024 0.020 0.472
#> SRR614347 5 0.3807 0.65058 0.000 0.052 0.000 0.192 0.756 0.000
#> SRR1334228 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1096007 2 0.1555 0.79704 0.000 0.940 0.000 0.008 0.012 0.040
#> SRR656349 3 0.6956 0.32539 0.220 0.000 0.548 0.108 0.052 0.072
#> SRR815422 4 0.4333 0.40583 0.000 0.376 0.000 0.596 0.028 0.000
#> SRR1360828 1 0.5125 0.57782 0.640 0.004 0.000 0.204 0.000 0.152
#> SRR1359005 2 0.1958 0.76885 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR1456652 1 0.4509 0.63518 0.712 0.000 0.000 0.180 0.004 0.104
#> SRR1391660 1 0.2909 0.71619 0.836 0.000 0.000 0.136 0.000 0.028
#> SRR1441956 1 0.4750 0.61443 0.688 0.000 0.000 0.180 0.004 0.128
#> SRR662930 5 0.2013 0.81964 0.000 0.008 0.076 0.000 0.908 0.008
#> SRR615790 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR614827 6 0.4587 0.23466 0.000 0.456 0.000 0.000 0.036 0.508
#> SRR614587 4 0.4420 0.44513 0.000 0.360 0.000 0.604 0.036 0.000
#> SRR814052 6 0.4165 0.25863 0.000 0.452 0.000 0.000 0.012 0.536
#> SRR1070086 1 0.0790 0.75383 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.5360 0.13811 0.500 0.000 0.008 0.428 0.048 0.016
#> SRR1339296 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1343239 2 0.2870 0.73634 0.000 0.856 0.100 0.000 0.004 0.040
#> SRR1432802 6 0.4184 0.16961 0.000 0.484 0.000 0.000 0.012 0.504
#> SRR1416911 1 0.2239 0.75002 0.908 0.000 0.000 0.048 0.024 0.020
#> SRR1410427 6 0.3937 0.20057 0.424 0.004 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1401185 1 0.5937 0.43848 0.596 0.064 0.000 0.108 0.000 0.232
#> SRR654993 2 0.0767 0.79855 0.000 0.976 0.000 0.012 0.008 0.004
#> SRR656397 1 0.1082 0.74867 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR809643 5 0.4016 0.56348 0.020 0.000 0.004 0.292 0.684 0.000
#> SRR1433819 1 0.5647 0.63730 0.664 0.000 0.016 0.148 0.036 0.136
#> SRR1375225 2 0.4640 0.52985 0.000 0.676 0.000 0.080 0.004 0.240
#> SRR1367739 3 0.0790 0.80576 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1323336 3 0.8529 0.09888 0.240 0.036 0.344 0.208 0.024 0.148
#> SRR663224 3 0.5777 0.35922 0.000 0.272 0.564 0.012 0.148 0.004
#> SRR1442840 4 0.3784 0.43810 0.308 0.000 0.000 0.680 0.012 0.000
#> SRR1374058 1 0.1053 0.75530 0.964 0.000 0.000 0.004 0.012 0.020
#> SRR656994 1 0.3456 0.69810 0.800 0.000 0.000 0.156 0.004 0.040
#> SRR1469214 2 0.0291 0.79895 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1456446 4 0.4411 0.39085 0.340 0.000 0.000 0.628 0.020 0.012
#> SRR1471879 2 0.4409 0.63201 0.000 0.736 0.000 0.136 0.008 0.120
#> SRR612911 3 0.0363 0.81572 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1395720 2 0.2737 0.76628 0.000 0.868 0.000 0.044 0.004 0.084
#> SRR1413055 1 0.5695 0.44691 0.596 0.000 0.012 0.292 0.048 0.052
#> SRR656770 6 0.4172 0.24056 0.000 0.460 0.000 0.000 0.012 0.528
#> SRR812080 3 0.3151 0.73144 0.000 0.064 0.848 0.076 0.012 0.000
#> SRR1479328 1 0.4560 0.69868 0.752 0.000 0.004 0.112 0.028 0.104
#> SRR661421 5 0.6051 0.00741 0.000 0.260 0.000 0.000 0.396 0.344
#> SRR1410286 2 0.0146 0.79878 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.5073 0.59375 0.648 0.000 0.000 0.196 0.004 0.152
#> SRR1467035 4 0.4389 0.08800 0.444 0.000 0.000 0.536 0.008 0.012
#> SRR1360607 2 0.1829 0.78603 0.000 0.920 0.000 0.024 0.000 0.056
#> SRR1333106 2 0.4165 -0.04695 0.000 0.536 0.000 0.000 0.012 0.452
#> SRR1088706 2 0.1644 0.77791 0.000 0.920 0.000 0.076 0.000 0.004
#> SRR1320053 3 0.0993 0.81055 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1350392 2 0.1924 0.79101 0.000 0.920 0.000 0.028 0.004 0.048
#> SRR1385190 3 0.0291 0.81291 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1080093 2 0.0405 0.79819 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1318753 1 0.1850 0.75347 0.924 0.000 0.000 0.052 0.016 0.008
#> SRR1345369 6 0.5522 0.18273 0.004 0.092 0.340 0.000 0.012 0.552
#> SRR612178 2 0.4866 0.12230 0.000 0.508 0.000 0.040 0.444 0.008
#> SRR1354423 4 0.4165 0.45614 0.292 0.000 0.000 0.676 0.028 0.004
#> SRR1072724 1 0.3899 0.34615 0.628 0.000 0.000 0.000 0.008 0.364
#> SRR1418450 2 0.6373 -0.03603 0.000 0.472 0.000 0.288 0.028 0.212
#> SRR1326427 4 0.3989 0.30361 0.000 0.012 0.280 0.696 0.012 0.000
#> SRR1437412 3 0.7350 0.17852 0.180 0.004 0.436 0.032 0.052 0.296
#> SRR1327548 2 0.2340 0.73870 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.2912 0.72145 0.844 0.000 0.000 0.116 0.000 0.040
#> SRR659367 5 0.2462 0.80226 0.008 0.008 0.024 0.000 0.896 0.064
#> SRR818961 4 0.3619 0.43593 0.316 0.000 0.000 0.680 0.000 0.004
#> SRR813704 1 0.0363 0.75513 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.4327 0.67345 0.772 0.000 0.000 0.072 0.048 0.108
#> SRR1476467 1 0.2053 0.72137 0.888 0.000 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR1407988 2 0.2066 0.78113 0.000 0.908 0.000 0.052 0.000 0.040
#> SRR1394776 2 0.5349 0.37558 0.000 0.560 0.000 0.088 0.012 0.340
#> SRR655578 2 0.2848 0.67916 0.000 0.816 0.000 0.008 0.000 0.176
#> SRR1310645 2 0.3360 0.57734 0.000 0.732 0.000 0.264 0.000 0.004
#> SRR1345628 1 0.3547 0.53476 0.696 0.000 0.000 0.300 0.000 0.004
#> SRR1479740 1 0.1700 0.73506 0.916 0.000 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1332095 6 0.7173 -0.03536 0.288 0.052 0.000 0.216 0.020 0.424
#> SRR1444786 6 0.4009 0.37536 0.016 0.168 0.000 0.024 0.016 0.776
#> SRR1090070 1 0.3104 0.73527 0.844 0.000 0.000 0.112 0.020 0.024
#> SRR662414 6 0.4592 0.34056 0.016 0.408 0.000 0.000 0.016 0.560
#> SRR661216 2 0.0964 0.79809 0.000 0.968 0.000 0.012 0.004 0.016
#> SRR656313 5 0.2573 0.73470 0.000 0.112 0.000 0.000 0.864 0.024
#> SRR615671 5 0.2332 0.81252 0.020 0.000 0.036 0.000 0.904 0.040
#> SRR1350196 3 0.0508 0.81555 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1466580 1 0.5088 0.60327 0.672 0.004 0.000 0.196 0.012 0.116
#> SRR1408032 2 0.2134 0.78654 0.000 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1432913 5 0.2401 0.79333 0.000 0.028 0.024 0.048 0.900 0.000
#> SRR1360502 3 0.3306 0.73313 0.076 0.000 0.852 0.012 0.040 0.020
#> SRR1391901 2 0.1503 0.79539 0.000 0.944 0.008 0.032 0.016 0.000
#> SRR1311131 1 0.4431 0.67841 0.756 0.000 0.000 0.140 0.048 0.056
#> SRR1380636 1 0.3819 0.68615 0.788 0.000 0.000 0.032 0.028 0.152
#> SRR1332339 1 0.4161 0.31613 0.608 0.004 0.000 0.000 0.012 0.376
#> SRR1341563 2 0.5028 0.42426 0.000 0.616 0.000 0.056 0.020 0.308
#> SRR1359410 3 0.3833 0.68867 0.000 0.120 0.808 0.012 0.040 0.020
#> SRR1473040 3 0.0458 0.81560 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1321444 1 0.0632 0.75386 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0405 0.79853 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1312622 2 0.4345 0.59335 0.000 0.728 0.000 0.092 0.004 0.176
#> SRR615503 5 0.4835 0.44991 0.012 0.044 0.000 0.000 0.596 0.348
#> SRR1453192 1 0.2001 0.73753 0.912 0.000 0.000 0.068 0.008 0.012
#> SRR1433107 2 0.2890 0.71906 0.000 0.848 0.124 0.000 0.012 0.016
#> SRR1075384 1 0.2562 0.68476 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.2442 0.70170 0.852 0.000 0.000 0.144 0.000 0.004
#> SRR659049 1 0.4038 0.70572 0.804 0.000 0.008 0.088 0.036 0.064
#> SRR1368240 1 0.3024 0.73419 0.856 0.000 0.000 0.088 0.040 0.016
#> SRR1341739 1 0.2398 0.73226 0.876 0.000 0.000 0.104 0.000 0.020
#> SRR613249 3 0.0363 0.81572 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR663428 2 0.1321 0.79855 0.000 0.952 0.000 0.024 0.004 0.020
#> SRR1341302 2 0.1267 0.78768 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0363 0.79814 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1354093 3 0.4376 0.57399 0.000 0.004 0.692 0.248 0.056 0.000
#> SRR1406521 4 0.3930 0.43735 0.000 0.364 0.000 0.628 0.004 0.004
#> SRR1432049 1 0.6841 0.15903 0.360 0.020 0.000 0.248 0.016 0.356
#> SRR1453504 1 0.3513 0.72562 0.840 0.048 0.000 0.056 0.004 0.052
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.354 0.752 0.867 0.3242 0.679 0.679
#> 3 3 0.188 0.391 0.612 0.6409 0.622 0.486
#> 4 4 0.260 0.534 0.684 0.1770 0.773 0.547
#> 5 5 0.448 0.576 0.748 0.1165 0.901 0.745
#> 6 6 0.538 0.537 0.749 0.0604 0.930 0.789
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 1 0.9933 -0.0117 0.548 0.452
#> SRR1359328 2 0.9323 0.6413 0.348 0.652
#> SRR821124 1 0.9983 -0.1570 0.524 0.476
#> SRR1335188 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1075825 1 0.5737 0.8319 0.864 0.136
#> SRR1321921 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.2236 0.7238 0.036 0.964
#> SRR1384073 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.3114 0.8526 0.944 0.056
#> SRR1076559 1 0.1414 0.8674 0.980 0.020
#> SRR1370085 1 0.2236 0.8629 0.964 0.036
#> SRR1460363 1 0.1184 0.8671 0.984 0.016
#> SRR1480221 1 0.3114 0.8651 0.944 0.056
#> SRR1476165 1 0.2603 0.8594 0.956 0.044
#> SRR1459631 2 0.9896 0.4373 0.440 0.560
#> SRR1448098 1 0.3431 0.8652 0.936 0.064
#> SRR1321401 1 0.4431 0.8581 0.908 0.092
#> SRR807613 1 0.4939 0.8497 0.892 0.108
#> SRR808086 2 0.9732 0.5187 0.404 0.596
#> SRR613687 1 0.3114 0.8651 0.944 0.056
#> SRR1471011 1 0.3114 0.8528 0.944 0.056
#> SRR1330284 1 0.5842 0.8293 0.860 0.140
#> SRR1320624 1 0.9996 -0.2105 0.512 0.488
#> SRR1459519 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.9491 0.5871 0.368 0.632
#> SRR1390561 1 0.4431 0.8409 0.908 0.092
#> SRR658164 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1087079 1 0.5294 0.8438 0.880 0.120
#> SRR814996 2 0.8327 0.6921 0.264 0.736
#> SRR1407410 1 0.3879 0.8662 0.924 0.076
#> SRR1453392 1 0.8207 0.6661 0.744 0.256
#> SRR1445873 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1419985 1 0.3114 0.8651 0.944 0.056
#> SRR820938 2 0.5946 0.7396 0.144 0.856
#> SRR1476844 1 0.4562 0.8402 0.904 0.096
#> SRR1403526 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1413916 1 0.6247 0.8176 0.844 0.156
#> SRR1441051 1 0.6801 0.7829 0.820 0.180
#> SRR614287 1 0.3114 0.8651 0.944 0.056
#> SRR1092062 1 0.3879 0.8610 0.924 0.076
#> SRR612611 1 0.4939 0.8497 0.892 0.108
#> SRR1376356 1 0.3431 0.8663 0.936 0.064
#> SRR1405078 2 0.9795 0.5262 0.416 0.584
#> SRR1437226 1 0.7883 0.7065 0.764 0.236
#> SRR1326078 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.8813 0.6680 0.300 0.700
#> SRR1440919 2 0.9896 0.4373 0.440 0.560
#> SRR1452824 1 0.3114 0.8528 0.944 0.056
#> SRR615754 1 0.1843 0.8663 0.972 0.028
#> SRR1341787 1 0.3879 0.8674 0.924 0.076
#> SRR614551 1 0.1633 0.8687 0.976 0.024
#> SRR1380829 2 0.8081 0.7146 0.248 0.752
#> SRR1455761 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.8955 0.5395 0.688 0.312
#> SRR1376895 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.1843 0.8663 0.972 0.028
#> SRR1469258 1 0.5737 0.8319 0.864 0.136
#> SRR1409239 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0376 0.8638 0.996 0.004
#> SRR657540 2 0.0672 0.7052 0.008 0.992
#> SRR821096 1 0.3733 0.8632 0.928 0.072
#> SRR613591 1 0.4022 0.8613 0.920 0.080
#> SRR1344205 2 0.5519 0.7403 0.128 0.872
#> SRR612479 1 0.7299 0.7309 0.796 0.204
#> SRR1399950 1 0.3274 0.8480 0.940 0.060
#> SRR1336048 2 0.9933 0.4417 0.452 0.548
#> SRR1368896 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1379403 1 0.6247 0.8176 0.844 0.156
#> SRR1312464 1 0.1843 0.8663 0.972 0.028
#> SRR1096478 1 0.1184 0.8660 0.984 0.016
#> SRR1459845 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1348138 2 0.0376 0.7022 0.004 0.996
#> SRR811423 1 0.3114 0.8526 0.944 0.056
#> SRR615683 1 0.0938 0.8656 0.988 0.012
#> SRR1380336 1 0.6148 0.8182 0.848 0.152
#> SRR817609 1 0.8608 0.6041 0.716 0.284
#> SRR1074550 2 0.2778 0.7301 0.048 0.952
#> SRR1499236 1 0.4298 0.8583 0.912 0.088
#> SRR656083 1 0.1843 0.8663 0.972 0.028
#> SRR817539 1 0.0376 0.8638 0.996 0.004
#> SRR1410801 1 0.5408 0.8265 0.876 0.124
#> SRR1347190 1 0.2603 0.8594 0.956 0.044
#> SRR1355126 1 0.2778 0.8712 0.952 0.048
#> SRR615165 2 0.2778 0.7312 0.048 0.952
#> SRR1466046 1 0.4690 0.8342 0.900 0.100
#> SRR1097055 1 0.5842 0.8292 0.860 0.140
#> SRR1312370 1 0.3274 0.8654 0.940 0.060
#> SRR655325 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR810177 1 0.3733 0.8620 0.928 0.072
#> SRR815685 1 0.5737 0.8332 0.864 0.136
#> SRR817026 1 1.0000 -0.2732 0.500 0.500
#> SRR1417224 1 0.6247 0.8133 0.844 0.156
#> SRR661687 2 0.8813 0.6680 0.300 0.700
#> SRR1431804 2 0.9732 0.5187 0.404 0.596
#> SRR664072 2 0.3114 0.7333 0.056 0.944
#> SRR612923 1 0.7376 0.7397 0.792 0.208
#> SRR1315890 1 0.0672 0.8655 0.992 0.008
#> SRR1347726 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1468360 1 0.7745 0.7041 0.772 0.228
#> SRR1404084 1 0.8555 0.5704 0.720 0.280
#> SRR615994 2 0.5519 0.7403 0.128 0.872
#> SRR1475718 1 0.3431 0.8663 0.936 0.064
#> SRR1397200 2 0.8555 0.6998 0.280 0.720
#> SRR655519 1 0.5946 0.8266 0.856 0.144
#> SRR1311308 2 0.2948 0.7318 0.052 0.948
#> SRR1368006 1 0.8081 0.6815 0.752 0.248
#> SRR613651 1 0.1843 0.8658 0.972 0.028
#> SRR1362621 1 0.8955 0.4805 0.688 0.312
#> SRR1451718 1 0.2778 0.8664 0.952 0.048
#> SRR1095334 2 0.3733 0.7375 0.072 0.928
#> SRR1079636 1 0.9286 0.4614 0.656 0.344
#> SRR1442549 1 0.7376 0.7372 0.792 0.208
#> SRR1466421 1 0.3114 0.8651 0.944 0.056
#> SRR817397 2 0.9209 0.6326 0.336 0.664
#> SRR1341809 1 0.3274 0.8654 0.940 0.060
#> SRR614623 1 0.5737 0.8332 0.864 0.136
#> SRR1335005 1 0.3114 0.8651 0.944 0.056
#> SRR1407065 2 0.9209 0.6326 0.336 0.664
#> SRR1404483 1 0.8267 0.6586 0.740 0.260
#> SRR1096222 1 0.0376 0.8646 0.996 0.004
#> SRR1401793 1 0.2236 0.8633 0.964 0.036
#> SRR1408615 2 0.8909 0.6599 0.308 0.692
#> SRR1070597 1 0.3431 0.8686 0.936 0.064
#> SRR1332381 1 0.2948 0.8662 0.948 0.052
#> SRR1457015 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.1414 0.8674 0.980 0.020
#> SRR1098385 1 0.3274 0.8645 0.940 0.060
#> SRR1363947 2 0.3114 0.7333 0.056 0.944
#> SRR820350 1 0.3114 0.8651 0.944 0.056
#> SRR662055 1 0.7299 0.7548 0.796 0.204
#> SRR1310455 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1453639 1 0.9732 0.2111 0.596 0.404
#> SRR662617 1 0.3879 0.8633 0.924 0.076
#> SRR654778 1 0.0376 0.8640 0.996 0.004
#> SRR661782 1 0.3274 0.8661 0.940 0.060
#> SRR1334396 1 0.8955 0.5395 0.688 0.312
#> SRR613867 1 0.5629 0.8392 0.868 0.132
#> SRR1479412 1 0.0672 0.8642 0.992 0.008
#> SRR1331620 1 0.1633 0.8652 0.976 0.024
#> SRR1082809 1 0.4161 0.8362 0.916 0.084
#> SRR1417178 1 0.7883 0.6944 0.764 0.236
#> SRR1335278 1 0.4690 0.8355 0.900 0.100
#> SRR665369 1 0.4298 0.8611 0.912 0.088
#> SRR657552 1 0.9686 0.2853 0.604 0.396
#> SRR812412 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1096500 1 0.8555 0.6074 0.720 0.280
#> SRR1347750 1 0.3274 0.8654 0.940 0.060
#> SRR615153 1 0.7376 0.7397 0.792 0.208
#> SRR1434417 1 0.8144 0.6721 0.748 0.252
#> SRR1070159 2 0.5946 0.7374 0.144 0.856
#> SRR1332508 1 0.5178 0.8442 0.884 0.116
#> SRR1082059 1 0.9427 0.3443 0.640 0.360
#> SRR1402491 1 0.3431 0.8572 0.936 0.064
#> SRR1476595 1 0.2778 0.8670 0.952 0.048
#> SRR1320987 1 0.5737 0.8332 0.864 0.136
#> SRR1086417 1 0.8499 0.5907 0.724 0.276
#> SRR1454095 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR614791 1 0.7299 0.7548 0.796 0.204
#> SRR821255 1 0.2423 0.8713 0.960 0.040
#> SRR820402 1 0.9993 -0.1356 0.516 0.484
#> SRR1337284 1 0.0376 0.8638 0.996 0.004
#> SRR1333083 2 0.9795 0.5262 0.416 0.584
#> SRR1384883 2 0.9427 0.6009 0.360 0.640
#> SRR614431 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1481106 1 0.5519 0.8393 0.872 0.128
#> SRR1370285 1 0.7299 0.7391 0.796 0.204
#> SRR1446673 2 0.5408 0.7393 0.124 0.876
#> SRR1318046 1 0.4431 0.8575 0.908 0.092
#> SRR1341188 2 0.3114 0.7333 0.056 0.944
#> SRR1384941 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1322864 1 0.3733 0.8620 0.928 0.072
#> SRR1476825 2 0.9933 0.4417 0.452 0.548
#> SRR1443332 1 0.5178 0.8479 0.884 0.116
#> SRR662486 1 0.6438 0.8131 0.836 0.164
#> SRR1447019 1 0.7299 0.7391 0.796 0.204
#> SRR662942 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.2236 0.7240 0.036 0.964
#> SRR1469880 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR615850 2 0.9795 0.5262 0.416 0.584
#> SRR661949 1 0.3431 0.8646 0.936 0.064
#> SRR1322227 2 0.9491 0.6027 0.368 0.632
#> SRR1441655 1 0.2423 0.8680 0.960 0.040
#> SRR613771 1 0.9460 0.3703 0.636 0.364
#> SRR1479471 1 0.7299 0.7391 0.796 0.204
#> SRR1488918 1 0.4431 0.8599 0.908 0.092
#> SRR1414040 1 0.3114 0.8664 0.944 0.056
#> SRR1079850 1 0.0672 0.8659 0.992 0.008
#> SRR663209 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1364914 1 0.5178 0.8502 0.884 0.116
#> SRR1408267 1 0.5737 0.8332 0.864 0.136
#> SRR1314894 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.9580 0.5695 0.380 0.620
#> SRR1395975 1 0.7376 0.7372 0.792 0.208
#> SRR1402219 1 0.5059 0.8521 0.888 0.112
#> SRR1433623 1 0.0672 0.8655 0.992 0.008
#> SRR656385 1 0.4690 0.8533 0.900 0.100
#> SRR811213 1 0.3114 0.8686 0.944 0.056
#> SRR663657 1 0.9963 -0.1260 0.536 0.464
#> SRR612203 1 0.7453 0.7183 0.788 0.212
#> SRR613987 1 0.1633 0.8687 0.976 0.024
#> SRR613831 2 0.2603 0.7290 0.044 0.956
#> SRR1354180 1 0.4562 0.8582 0.904 0.096
#> SRR1382912 1 0.1843 0.8663 0.972 0.028
#> SRR1475501 1 0.3879 0.8515 0.924 0.076
#> SRR1336930 1 0.1633 0.8652 0.976 0.024
#> SRR613030 2 0.2423 0.7274 0.040 0.960
#> SRR1381459 1 0.6801 0.7975 0.820 0.180
#> SRR1402350 1 0.4815 0.8249 0.896 0.104
#> SRR1419408 1 0.4562 0.8375 0.904 0.096
#> SRR655911 2 0.9933 0.4045 0.452 0.548
#> SRR1418243 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0376 0.8639 0.996 0.004
#> SRR613615 2 0.2236 0.7240 0.036 0.964
#> SRR1355284 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.1633 0.8650 0.976 0.024
#> SRR1465266 1 0.3431 0.8606 0.936 0.064
#> SRR614888 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.8763 0.5534 0.704 0.296
#> SRR614347 2 0.8813 0.6680 0.300 0.700
#> SRR1334228 2 0.5408 0.7393 0.124 0.876
#> SRR1096007 1 0.4161 0.8622 0.916 0.084
#> SRR656349 1 0.9686 0.2853 0.604 0.396
#> SRR815422 2 0.9087 0.6480 0.324 0.676
#> SRR1360828 1 0.2423 0.8622 0.960 0.040
#> SRR1359005 2 0.9993 0.2879 0.484 0.516
#> SRR1456652 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR662930 1 0.4815 0.8530 0.896 0.104
#> SRR615790 2 0.5946 0.7374 0.144 0.856
#> SRR614827 1 0.6247 0.8147 0.844 0.156
#> SRR614587 2 0.9427 0.6009 0.360 0.640
#> SRR814052 1 0.4298 0.8625 0.912 0.088
#> SRR1070086 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.8763 0.5766 0.704 0.296
#> SRR1339296 2 0.3114 0.7333 0.056 0.944
#> SRR1343239 1 0.5519 0.8393 0.872 0.128
#> SRR1432802 1 0.4815 0.8562 0.896 0.104
#> SRR1416911 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.2603 0.8722 0.956 0.044
#> SRR1401185 1 0.4161 0.8427 0.916 0.084
#> SRR654993 1 0.4298 0.8611 0.912 0.088
#> SRR656397 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.1184 0.7113 0.016 0.984
#> SRR1433819 1 0.0672 0.8642 0.992 0.008
#> SRR1375225 1 0.9427 0.3989 0.640 0.360
#> SRR1367739 2 0.9795 0.5205 0.416 0.584
#> SRR1323336 1 0.2423 0.8680 0.960 0.040
#> SRR663224 1 0.7883 0.7065 0.764 0.236
#> SRR1442840 1 0.4562 0.8375 0.904 0.096
#> SRR1374058 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1469214 1 0.6148 0.8182 0.848 0.152
#> SRR1456446 1 0.2236 0.8627 0.964 0.036
#> SRR1471879 1 0.3274 0.8654 0.940 0.060
#> SRR612911 2 0.2778 0.7312 0.048 0.952
#> SRR1395720 1 0.5946 0.8270 0.856 0.144
#> SRR1413055 1 0.9552 0.3627 0.624 0.376
#> SRR656770 1 0.8267 0.6564 0.740 0.260
#> SRR812080 2 0.2948 0.7322 0.052 0.948
#> SRR1479328 1 0.2603 0.8594 0.956 0.044
#> SRR661421 1 0.5946 0.8260 0.856 0.144
#> SRR1410286 1 0.4939 0.8525 0.892 0.108
#> SRR1487150 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.2948 0.8594 0.948 0.052
#> SRR1360607 1 0.2603 0.8679 0.956 0.044
#> SRR1333106 1 0.6148 0.8182 0.848 0.152
#> SRR1088706 1 0.5737 0.8332 0.864 0.136
#> SRR1320053 2 0.2948 0.7318 0.052 0.948
#> SRR1350392 1 0.3274 0.8662 0.940 0.060
#> SRR1385190 2 0.9795 0.5205 0.416 0.584
#> SRR1080093 1 0.5408 0.8398 0.876 0.124
#> SRR1318753 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.9323 0.6413 0.348 0.652
#> SRR612178 1 0.9686 0.2280 0.604 0.396
#> SRR1354423 1 0.6531 0.7763 0.832 0.168
#> SRR1072724 1 0.1184 0.8659 0.984 0.016
#> SRR1418450 1 0.9993 -0.1588 0.516 0.484
#> SRR1326427 2 0.0000 0.6990 0.000 1.000
#> SRR1437412 1 0.9754 0.2430 0.592 0.408
#> SRR1327548 2 0.9710 0.5343 0.400 0.600
#> SRR1395891 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR659367 1 0.4161 0.8662 0.916 0.084
#> SRR818961 1 0.8144 0.6721 0.748 0.252
#> SRR813704 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.1843 0.8663 0.972 0.028
#> SRR1476467 1 0.2778 0.8643 0.952 0.048
#> SRR1407988 1 0.3114 0.8651 0.944 0.056
#> SRR1394776 1 0.4161 0.8632 0.916 0.084
#> SRR655578 1 0.3114 0.8651 0.944 0.056
#> SRR1310645 2 0.9393 0.6101 0.356 0.644
#> SRR1345628 1 0.7528 0.7214 0.784 0.216
#> SRR1479740 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1444786 1 0.9754 0.1922 0.592 0.408
#> SRR1090070 1 0.0376 0.8646 0.996 0.004
#> SRR662414 1 0.4298 0.8644 0.912 0.088
#> SRR661216 1 0.5946 0.8271 0.856 0.144
#> SRR656313 1 0.4161 0.8590 0.916 0.084
#> SRR615671 1 0.7815 0.7039 0.768 0.232
#> SRR1350196 2 0.8955 0.6766 0.312 0.688
#> SRR1466580 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1408032 1 0.4298 0.8611 0.912 0.088
#> SRR1432913 2 0.9944 0.3927 0.456 0.544
#> SRR1360502 1 0.3733 0.8515 0.928 0.072
#> SRR1391901 1 0.5842 0.8292 0.860 0.140
#> SRR1311131 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1341563 1 0.4431 0.8598 0.908 0.092
#> SRR1359410 2 0.9661 0.5676 0.392 0.608
#> SRR1473040 2 0.9795 0.5262 0.416 0.584
#> SRR1321444 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1498765 1 0.8207 0.6668 0.744 0.256
#> SRR1312622 2 0.9933 0.3967 0.452 0.548
#> SRR615503 1 0.2423 0.8713 0.960 0.040
#> SRR1453192 1 0.0672 0.8645 0.992 0.008
#> SRR1433107 1 0.6247 0.8133 0.844 0.156
#> SRR1075384 1 0.3733 0.8548 0.928 0.072
#> SRR1356683 1 0.1633 0.8650 0.976 0.024
#> SRR659049 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0376 0.8646 0.996 0.004
#> SRR1341739 1 0.0000 0.8634 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.7453 0.7182 0.212 0.788
#> SRR663428 1 0.3114 0.8651 0.944 0.056
#> SRR1341302 1 0.9881 0.0883 0.564 0.436
#> SRR1073553 1 0.4431 0.8581 0.908 0.092
#> SRR1354093 2 0.3584 0.7365 0.068 0.932
#> SRR1406521 2 0.9686 0.5337 0.396 0.604
#> SRR1432049 1 0.2043 0.8636 0.968 0.032
#> SRR1453504 1 0.2778 0.8643 0.952 0.048
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.9431 0.04534 0.280 0.500 0.220
#> SRR1359328 3 0.9771 0.59100 0.256 0.308 0.436
#> SRR821124 2 0.9256 -0.12038 0.344 0.488 0.168
#> SRR1335188 2 0.6140 -0.26063 0.404 0.596 0.000
#> SRR1075825 2 0.3181 0.61996 0.064 0.912 0.024
#> SRR1321921 1 0.6280 0.57070 0.540 0.460 0.000
#> SRR1466198 3 0.4295 0.83174 0.032 0.104 0.864
#> SRR1384073 2 0.5785 0.00331 0.332 0.668 0.000
#> SRR1312802 2 0.7493 -0.48216 0.480 0.484 0.036
#> SRR1076559 2 0.5928 0.14900 0.296 0.696 0.008
#> SRR1370085 1 0.6386 0.57309 0.584 0.412 0.004
#> SRR1460363 1 0.6225 0.57550 0.568 0.432 0.000
#> SRR1480221 2 0.1529 0.60769 0.040 0.960 0.000
#> SRR1476165 1 0.7292 0.50980 0.500 0.472 0.028
#> SRR1459631 2 0.9773 -0.27215 0.352 0.412 0.236
#> SRR1448098 2 0.1878 0.61139 0.044 0.952 0.004
#> SRR1321401 2 0.2176 0.62564 0.032 0.948 0.020
#> SRR807613 2 0.2313 0.62479 0.032 0.944 0.024
#> SRR808086 1 0.9889 -0.40237 0.408 0.292 0.300
#> SRR613687 2 0.1529 0.60769 0.040 0.960 0.000
#> SRR1471011 2 0.7641 -0.39015 0.436 0.520 0.044
#> SRR1330284 2 0.3276 0.61908 0.068 0.908 0.024
#> SRR1320624 2 0.9367 -0.14513 0.344 0.476 0.180
#> SRR1459519 1 0.6299 0.55659 0.524 0.476 0.000
#> SRR1091184 3 0.8644 0.38736 0.104 0.400 0.496
#> SRR1390561 1 0.6510 0.53481 0.624 0.364 0.012
#> SRR658164 1 0.6307 0.54122 0.512 0.488 0.000
#> SRR1087079 2 0.2313 0.62473 0.032 0.944 0.024
#> SRR814996 3 0.7159 0.70537 0.052 0.288 0.660
#> SRR1407410 2 0.3587 0.58397 0.088 0.892 0.020
#> SRR1453392 2 0.6004 0.52327 0.156 0.780 0.064
#> SRR1445873 1 0.6299 0.55659 0.524 0.476 0.000
#> SRR1419985 2 0.1529 0.60839 0.040 0.960 0.000
#> SRR820938 3 0.6588 0.80167 0.060 0.208 0.732
#> SRR1476844 1 0.6796 0.53320 0.612 0.368 0.020
#> SRR1403526 1 0.6280 0.57045 0.540 0.460 0.000
#> SRR1413916 2 0.3669 0.61389 0.064 0.896 0.040
#> SRR1441051 2 0.5319 0.58858 0.104 0.824 0.072
#> SRR614287 2 0.1529 0.60769 0.040 0.960 0.000
#> SRR1092062 2 0.1453 0.62214 0.024 0.968 0.008
#> SRR612611 2 0.2313 0.62479 0.032 0.944 0.024
#> SRR1376356 2 0.3459 0.56747 0.096 0.892 0.012
#> SRR1405078 1 0.9901 -0.52042 0.384 0.268 0.348
#> SRR1437226 2 0.6176 0.55159 0.120 0.780 0.100
#> SRR1326078 1 0.6308 0.52919 0.508 0.492 0.000
#> SRR1096806 1 0.9887 -0.51587 0.396 0.268 0.336
#> SRR1440919 2 0.9773 -0.27215 0.352 0.412 0.236
#> SRR1452824 2 0.7641 -0.39015 0.436 0.520 0.044
#> SRR615754 1 0.6180 0.57491 0.584 0.416 0.000
#> SRR1341787 2 0.3966 0.57247 0.100 0.876 0.024
#> SRR614551 2 0.4974 0.30252 0.236 0.764 0.000
#> SRR1380829 3 0.8703 0.67601 0.160 0.256 0.584
#> SRR1455761 1 0.6302 0.55212 0.520 0.480 0.000
#> SRR1465189 1 0.8388 0.31873 0.612 0.248 0.140
#> SRR1376895 1 0.6302 0.55254 0.520 0.480 0.000
#> SRR1445002 1 0.6180 0.57491 0.584 0.416 0.000
#> SRR1469258 2 0.3181 0.61996 0.064 0.912 0.024
#> SRR1409239 1 0.6299 0.56235 0.524 0.476 0.000
#> SRR1480200 1 0.6280 0.57243 0.540 0.460 0.000
#> SRR1418323 2 0.6495 -0.43247 0.460 0.536 0.004
#> SRR657540 3 0.5253 0.75411 0.188 0.020 0.792
#> SRR821096 2 0.1399 0.62242 0.028 0.968 0.004
#> SRR613591 2 0.0983 0.62374 0.016 0.980 0.004
#> SRR1344205 3 0.5467 0.82414 0.032 0.176 0.792
#> SRR612479 1 0.7308 0.43168 0.648 0.296 0.056
#> SRR1399950 2 0.7584 -0.47004 0.472 0.488 0.040
#> SRR1336048 1 0.9925 -0.45221 0.384 0.280 0.336
#> SRR1368896 1 0.6280 0.57243 0.540 0.460 0.000
#> SRR1379403 2 0.3669 0.61389 0.064 0.896 0.040
#> SRR1312464 1 0.6192 0.57287 0.580 0.420 0.000
#> SRR1096478 1 0.6235 0.57739 0.564 0.436 0.000
#> SRR1459845 1 0.6291 0.56716 0.532 0.468 0.000
#> SRR1348138 3 0.4931 0.72092 0.232 0.000 0.768
#> SRR811423 2 0.7493 -0.48216 0.480 0.484 0.036
#> SRR615683 1 0.6267 0.57431 0.548 0.452 0.000
#> SRR1380336 2 0.3141 0.61309 0.068 0.912 0.020
#> SRR817609 1 0.8293 0.33193 0.608 0.272 0.120
#> SRR1074550 3 0.4892 0.83148 0.048 0.112 0.840
#> SRR1499236 2 0.1399 0.62508 0.028 0.968 0.004
#> SRR656083 1 0.6180 0.57491 0.584 0.416 0.000
#> SRR817539 2 0.6209 -0.13710 0.368 0.628 0.004
#> SRR1410801 1 0.7044 0.47318 0.620 0.348 0.032
#> SRR1347190 1 0.7292 0.50980 0.500 0.472 0.028
#> SRR1355126 2 0.5831 0.24134 0.284 0.708 0.008
#> SRR615165 3 0.3682 0.83771 0.008 0.116 0.876
#> SRR1466046 1 0.6777 0.53002 0.616 0.364 0.020
#> SRR1097055 2 0.3310 0.61932 0.064 0.908 0.028
#> SRR1312370 2 0.1989 0.60519 0.048 0.948 0.004
#> SRR655325 1 0.6280 0.57243 0.540 0.460 0.000
#> SRR810177 2 0.1267 0.62092 0.024 0.972 0.004
#> SRR815685 2 0.3213 0.61973 0.060 0.912 0.028
#> SRR817026 2 0.9599 -0.21426 0.388 0.412 0.200
#> SRR1417224 2 0.3713 0.60562 0.076 0.892 0.032
#> SRR661687 1 0.9887 -0.51587 0.396 0.268 0.336
#> SRR1431804 1 0.9889 -0.40237 0.408 0.292 0.300
#> SRR664072 3 0.3989 0.83686 0.012 0.124 0.864
#> SRR612923 2 0.6927 0.47563 0.240 0.700 0.060
#> SRR1315890 1 0.6235 0.57787 0.564 0.436 0.000
#> SRR1347726 2 0.5785 0.00331 0.332 0.668 0.000
#> SRR1500360 2 0.5733 0.03068 0.324 0.676 0.000
#> SRR1468360 2 0.7078 0.48630 0.200 0.712 0.088
#> SRR1404084 2 0.8915 0.08922 0.404 0.472 0.124
#> SRR615994 3 0.5467 0.82414 0.032 0.176 0.792
#> SRR1475718 2 0.2939 0.59299 0.072 0.916 0.012
#> SRR1397200 3 0.9324 0.67944 0.212 0.272 0.516
#> SRR655519 2 0.3148 0.61912 0.048 0.916 0.036
#> SRR1311308 3 0.5357 0.82808 0.064 0.116 0.820
#> SRR1368006 2 0.5816 0.52857 0.156 0.788 0.056
#> SRR613651 1 0.7072 0.52872 0.504 0.476 0.020
#> SRR1362621 2 0.9144 0.10051 0.408 0.448 0.144
#> SRR1451718 2 0.6772 0.11338 0.304 0.664 0.032
#> SRR1095334 3 0.4891 0.83979 0.040 0.124 0.836
#> SRR1079636 2 0.7825 0.43464 0.172 0.672 0.156
#> SRR1442549 2 0.6758 0.49998 0.200 0.728 0.072
#> SRR1466421 2 0.1411 0.60977 0.036 0.964 0.000
#> SRR817397 1 0.9963 -0.48163 0.376 0.308 0.316
#> SRR1341809 2 0.1989 0.60519 0.048 0.948 0.004
#> SRR614623 2 0.3213 0.61973 0.060 0.912 0.028
#> SRR1335005 2 0.1529 0.60769 0.040 0.960 0.000
#> SRR1407065 1 0.9963 -0.48163 0.376 0.308 0.316
#> SRR1404483 2 0.6093 0.52064 0.156 0.776 0.068
#> SRR1096222 1 0.6286 0.56815 0.536 0.464 0.000
#> SRR1401793 1 0.7187 0.51614 0.496 0.480 0.024
#> SRR1408615 3 0.7577 0.65109 0.060 0.324 0.616
#> SRR1070597 2 0.5597 0.42332 0.216 0.764 0.020
#> SRR1332381 2 0.6714 0.13018 0.296 0.672 0.032
#> SRR1457015 1 0.6291 0.56586 0.532 0.468 0.000
#> SRR1386797 2 0.5928 0.14900 0.296 0.696 0.008
#> SRR1098385 2 0.1163 0.61371 0.028 0.972 0.000
#> SRR1363947 3 0.3989 0.83686 0.012 0.124 0.864
#> SRR820350 2 0.1411 0.60977 0.036 0.964 0.000
#> SRR662055 2 0.4665 0.57667 0.100 0.852 0.048
#> SRR1310455 1 0.6299 0.56235 0.524 0.476 0.000
#> SRR1453639 2 0.9073 0.17177 0.272 0.544 0.184
#> SRR662617 2 0.1878 0.61605 0.044 0.952 0.004
#> SRR654778 2 0.6518 -0.51272 0.484 0.512 0.004
#> SRR661782 2 0.1860 0.60687 0.052 0.948 0.000
#> SRR1334396 1 0.8388 0.31873 0.612 0.248 0.140
#> SRR613867 2 0.3141 0.62265 0.068 0.912 0.020
#> SRR1479412 2 0.6587 -0.33913 0.424 0.568 0.008
#> SRR1331620 1 0.6819 0.53591 0.512 0.476 0.012
#> SRR1082809 2 0.8141 -0.44963 0.460 0.472 0.068
#> SRR1417178 1 0.7831 0.37849 0.632 0.280 0.088
#> SRR1335278 1 0.6629 0.53001 0.624 0.360 0.016
#> SRR665369 2 0.2280 0.62010 0.052 0.940 0.008
#> SRR657552 1 0.9191 0.20595 0.536 0.256 0.208
#> SRR812412 1 0.6302 0.55981 0.520 0.480 0.000
#> SRR1096500 2 0.7458 0.46384 0.196 0.692 0.112
#> SRR1347750 2 0.1989 0.60519 0.048 0.948 0.004
#> SRR615153 2 0.6927 0.47563 0.240 0.700 0.060
#> SRR1434417 1 0.7530 0.37878 0.664 0.252 0.084
#> SRR1070159 3 0.6007 0.81574 0.048 0.184 0.768
#> SRR1332508 2 0.2550 0.62365 0.040 0.936 0.024
#> SRR1082059 2 0.9515 0.17336 0.304 0.480 0.216
#> SRR1402491 1 0.6498 0.55507 0.596 0.396 0.008
#> SRR1476595 2 0.2537 0.57401 0.080 0.920 0.000
#> SRR1320987 2 0.3213 0.61973 0.060 0.912 0.028
#> SRR1086417 2 0.8814 0.26202 0.312 0.548 0.140
#> SRR1454095 2 0.6140 -0.25741 0.404 0.596 0.000
#> SRR614791 2 0.4665 0.57667 0.100 0.852 0.048
#> SRR821255 2 0.4931 0.35259 0.212 0.784 0.004
#> SRR820402 2 0.9290 0.13378 0.220 0.524 0.256
#> SRR1337284 2 0.6189 -0.12322 0.364 0.632 0.004
#> SRR1333083 1 0.9901 -0.52042 0.384 0.268 0.348
#> SRR1384883 1 0.9964 -0.46101 0.368 0.336 0.296
#> SRR614431 1 0.6295 0.56366 0.528 0.472 0.000
#> SRR1481106 2 0.2806 0.62274 0.040 0.928 0.032
#> SRR1370285 1 0.7213 0.41859 0.668 0.272 0.060
#> SRR1446673 3 0.5200 0.82324 0.020 0.184 0.796
#> SRR1318046 2 0.1453 0.62582 0.024 0.968 0.008
#> SRR1341188 3 0.3989 0.83686 0.012 0.124 0.864
#> SRR1384941 1 0.6299 0.55679 0.524 0.476 0.000
#> SRR1322864 2 0.1267 0.62092 0.024 0.972 0.004
#> SRR1476825 1 0.9925 -0.45221 0.384 0.280 0.336
#> SRR1443332 2 0.2663 0.62555 0.044 0.932 0.024
#> SRR662486 2 0.3694 0.61147 0.052 0.896 0.052
#> SRR1447019 1 0.7213 0.41859 0.668 0.272 0.060
#> SRR662942 1 0.6295 0.56760 0.528 0.472 0.000
#> SRR613102 3 0.3618 0.83426 0.012 0.104 0.884
#> SRR1469880 1 0.6299 0.56062 0.524 0.476 0.000
#> SRR1464977 2 0.5785 0.00331 0.332 0.668 0.000
#> SRR615850 1 0.9901 -0.52042 0.384 0.268 0.348
#> SRR661949 2 0.1753 0.60860 0.048 0.952 0.000
#> SRR1322227 3 0.8808 0.49841 0.116 0.400 0.484
#> SRR1441655 2 0.6527 0.09726 0.320 0.660 0.020
#> SRR613771 2 0.8668 0.24981 0.304 0.564 0.132
#> SRR1479471 1 0.7213 0.41859 0.668 0.272 0.060
#> SRR1488918 2 0.1878 0.62421 0.044 0.952 0.004
#> SRR1414040 2 0.2400 0.59744 0.064 0.932 0.004
#> SRR1079850 2 0.5431 0.16963 0.284 0.716 0.000
#> SRR663209 2 0.6302 -0.49764 0.480 0.520 0.000
#> SRR1364914 2 0.2743 0.62619 0.052 0.928 0.020
#> SRR1408267 2 0.3213 0.61973 0.060 0.912 0.028
#> SRR1314894 1 0.6302 0.55234 0.520 0.480 0.000
#> SRR1414117 1 0.9899 -0.43395 0.400 0.280 0.320
#> SRR1395975 2 0.6710 0.50267 0.196 0.732 0.072
#> SRR1402219 2 0.4249 0.59238 0.108 0.864 0.028
#> SRR1433623 1 0.6235 0.57787 0.564 0.436 0.000
#> SRR656385 2 0.2152 0.62575 0.036 0.948 0.016
#> SRR811213 2 0.2400 0.58834 0.064 0.932 0.004
#> SRR663657 2 0.9898 0.12009 0.308 0.404 0.288
#> SRR612203 1 0.7022 0.41672 0.684 0.260 0.056
#> SRR613987 2 0.4974 0.30252 0.236 0.764 0.000
#> SRR613831 3 0.3607 0.83683 0.008 0.112 0.880
#> SRR1354180 2 0.2063 0.62475 0.044 0.948 0.008
#> SRR1382912 1 0.6180 0.57491 0.584 0.416 0.000
#> SRR1475501 1 0.6600 0.54507 0.604 0.384 0.012
#> SRR1336930 1 0.6819 0.53795 0.512 0.476 0.012
#> SRR613030 3 0.4371 0.83509 0.032 0.108 0.860
#> SRR1381459 2 0.4097 0.60366 0.060 0.880 0.060
#> SRR1402350 2 0.7728 0.13347 0.276 0.640 0.084
#> SRR1419408 1 0.6667 0.53468 0.616 0.368 0.016
#> SRR655911 2 0.9217 -0.14432 0.164 0.492 0.344
#> SRR1418243 1 0.6308 0.53434 0.508 0.492 0.000
#> SRR1322573 2 0.6468 -0.38618 0.444 0.552 0.004
#> SRR613615 3 0.3618 0.83426 0.012 0.104 0.884
#> SRR1355284 1 0.6299 0.55605 0.524 0.476 0.000
#> SRR1319395 1 0.6308 0.52919 0.508 0.492 0.000
#> SRR818939 1 0.6432 0.57601 0.568 0.428 0.004
#> SRR1465266 1 0.6836 0.54435 0.572 0.412 0.016
#> SRR614888 2 0.6140 -0.26063 0.404 0.596 0.000
#> SRR1431694 2 0.8574 0.18464 0.432 0.472 0.096
#> SRR614347 1 0.9887 -0.51587 0.396 0.268 0.336
#> SRR1334228 3 0.5331 0.82355 0.024 0.184 0.792
#> SRR1096007 2 0.2383 0.62307 0.044 0.940 0.016
#> SRR656349 1 0.9128 0.21186 0.544 0.252 0.204
#> SRR815422 1 0.9934 -0.49903 0.388 0.292 0.320
#> SRR1360828 1 0.6799 0.54114 0.532 0.456 0.012
#> SRR1359005 2 0.9436 -0.15468 0.344 0.468 0.188
#> SRR1456652 1 0.6308 0.52919 0.508 0.492 0.000
#> SRR1391660 1 0.6308 0.53434 0.508 0.492 0.000
#> SRR1441956 1 0.6308 0.52919 0.508 0.492 0.000
#> SRR662930 2 0.2176 0.62579 0.032 0.948 0.020
#> SRR615790 3 0.6007 0.81574 0.048 0.184 0.768
#> SRR614827 2 0.3802 0.60718 0.080 0.888 0.032
#> SRR614587 1 0.9964 -0.46101 0.368 0.336 0.296
#> SRR814052 2 0.3207 0.60781 0.084 0.904 0.012
#> SRR1070086 1 0.6280 0.57047 0.540 0.460 0.000
#> SRR1481440 1 0.8255 0.33466 0.620 0.252 0.128
#> SRR1339296 3 0.3989 0.83686 0.012 0.124 0.864
#> SRR1343239 2 0.2806 0.62274 0.040 0.928 0.032
#> SRR1432802 2 0.3987 0.59535 0.108 0.872 0.020
#> SRR1416911 1 0.6305 0.54671 0.516 0.484 0.000
#> SRR1410427 2 0.6018 0.16163 0.308 0.684 0.008
#> SRR1401185 2 0.7213 0.25813 0.252 0.680 0.068
#> SRR654993 2 0.2280 0.62010 0.052 0.940 0.008
#> SRR656397 1 0.6260 0.57599 0.552 0.448 0.000
#> SRR809643 3 0.5356 0.75103 0.196 0.020 0.784
#> SRR1433819 2 0.6598 -0.33826 0.428 0.564 0.008
#> SRR1375225 2 0.7849 0.31464 0.248 0.648 0.104
#> SRR1367739 3 0.9501 0.43355 0.288 0.224 0.488
#> SRR1323336 2 0.6553 0.08143 0.324 0.656 0.020
#> SRR663224 2 0.6176 0.55159 0.120 0.780 0.100
#> SRR1442840 1 0.6667 0.53468 0.616 0.368 0.016
#> SRR1374058 1 0.6286 0.56940 0.536 0.464 0.000
#> SRR656994 1 0.6295 0.56067 0.528 0.472 0.000
#> SRR1469214 2 0.3141 0.61309 0.068 0.912 0.020
#> SRR1456446 1 0.6793 0.55449 0.536 0.452 0.012
#> SRR1471879 2 0.1989 0.60519 0.048 0.948 0.004
#> SRR612911 3 0.3682 0.83771 0.008 0.116 0.876
#> SRR1395720 2 0.3406 0.61835 0.068 0.904 0.028
#> SRR1413055 1 0.9072 0.23306 0.548 0.260 0.192
#> SRR656770 2 0.7079 0.48865 0.176 0.720 0.104
#> SRR812080 3 0.4749 0.83417 0.040 0.116 0.844
#> SRR1479328 1 0.7292 0.49712 0.500 0.472 0.028
#> SRR661421 2 0.3183 0.61590 0.076 0.908 0.016
#> SRR1410286 2 0.2269 0.62666 0.040 0.944 0.016
#> SRR1487150 1 0.6299 0.56173 0.524 0.476 0.000
#> SRR1467035 1 0.6359 0.56467 0.592 0.404 0.004
#> SRR1360607 2 0.2625 0.57135 0.084 0.916 0.000
#> SRR1333106 2 0.3141 0.61309 0.068 0.912 0.020
#> SRR1088706 2 0.3213 0.61973 0.060 0.912 0.028
#> SRR1320053 3 0.5357 0.82808 0.064 0.116 0.820
#> SRR1350392 2 0.1765 0.60812 0.040 0.956 0.004
#> SRR1385190 3 0.9491 0.42857 0.292 0.220 0.488
#> SRR1080093 2 0.2339 0.62079 0.048 0.940 0.012
#> SRR1318753 1 0.6291 0.56536 0.532 0.468 0.000
#> SRR1345369 3 0.9771 0.59100 0.256 0.308 0.436
#> SRR612178 2 0.8404 0.12055 0.288 0.592 0.120
#> SRR1354423 1 0.6714 0.44779 0.672 0.296 0.032
#> SRR1072724 2 0.6598 -0.31774 0.428 0.564 0.008
#> SRR1418450 2 0.9323 -0.04560 0.312 0.500 0.188
#> SRR1326427 3 0.4796 0.72530 0.220 0.000 0.780
#> SRR1437412 1 0.9376 0.18489 0.512 0.260 0.228
#> SRR1327548 2 0.9941 -0.31130 0.340 0.376 0.284
#> SRR1395891 2 0.6307 -0.50675 0.488 0.512 0.000
#> SRR659367 2 0.4994 0.50970 0.160 0.816 0.024
#> SRR818961 1 0.7530 0.37878 0.664 0.252 0.084
#> SRR813704 1 0.6280 0.57045 0.540 0.460 0.000
#> SRR613054 1 0.6180 0.57491 0.584 0.416 0.000
#> SRR1476467 2 0.7072 -0.40668 0.476 0.504 0.020
#> SRR1407988 2 0.1411 0.60977 0.036 0.964 0.000
#> SRR1394776 2 0.2116 0.61616 0.040 0.948 0.012
#> SRR655578 2 0.1753 0.60324 0.048 0.952 0.000
#> SRR1310645 1 0.9961 -0.46537 0.372 0.332 0.296
#> SRR1345628 1 0.7384 0.40563 0.660 0.272 0.068
#> SRR1479740 1 0.6307 0.54946 0.512 0.488 0.000
#> SRR1332095 2 0.5733 0.03068 0.324 0.676 0.000
#> SRR1444786 2 0.9112 0.16265 0.272 0.540 0.188
#> SRR1090070 1 0.6295 0.55491 0.528 0.472 0.000
#> SRR662414 2 0.4136 0.57309 0.116 0.864 0.020
#> SRR661216 2 0.3237 0.62017 0.056 0.912 0.032
#> SRR656313 2 0.1315 0.62334 0.020 0.972 0.008
#> SRR615671 2 0.7607 0.41157 0.280 0.644 0.076
#> SRR1350196 3 0.9574 0.63458 0.232 0.292 0.476
#> SRR1466580 2 0.6192 -0.31525 0.420 0.580 0.000
#> SRR1408032 2 0.1765 0.62340 0.040 0.956 0.004
#> SRR1432913 2 0.9700 -0.24656 0.348 0.428 0.224
#> SRR1360502 1 0.7585 0.42247 0.484 0.476 0.040
#> SRR1391901 2 0.3310 0.61932 0.064 0.908 0.028
#> SRR1311131 1 0.6299 0.55605 0.524 0.476 0.000
#> SRR1380636 1 0.6299 0.55980 0.524 0.476 0.000
#> SRR1332339 2 0.6307 -0.49632 0.488 0.512 0.000
#> SRR1341563 2 0.2269 0.62299 0.040 0.944 0.016
#> SRR1359410 3 0.8932 0.45087 0.124 0.420 0.456
#> SRR1473040 1 0.9901 -0.52042 0.384 0.268 0.348
#> SRR1321444 1 0.6295 0.56131 0.528 0.472 0.000
#> SRR1498765 2 0.5970 0.52327 0.160 0.780 0.060
#> SRR1312622 2 0.9757 -0.19530 0.324 0.432 0.244
#> SRR615503 2 0.4883 0.36119 0.208 0.788 0.004
#> SRR1453192 1 0.6267 0.57535 0.548 0.452 0.000
#> SRR1433107 2 0.3713 0.60562 0.076 0.892 0.032
#> SRR1075384 1 0.6600 0.54462 0.604 0.384 0.012
#> SRR1356683 1 0.6410 0.57543 0.576 0.420 0.004
#> SRR659049 1 0.6291 0.56733 0.532 0.468 0.000
#> SRR1368240 1 0.6291 0.56516 0.532 0.468 0.000
#> SRR1341739 1 0.6305 0.54671 0.516 0.484 0.000
#> SRR613249 3 0.7345 0.76719 0.108 0.192 0.700
#> SRR663428 2 0.1529 0.60769 0.040 0.960 0.000
#> SRR1341302 2 0.8896 0.15183 0.252 0.568 0.180
#> SRR1073553 2 0.2176 0.62564 0.032 0.948 0.020
#> SRR1354093 3 0.4821 0.83899 0.040 0.120 0.840
#> SRR1406521 2 0.9956 -0.29899 0.328 0.376 0.296
#> SRR1432049 1 0.6641 0.56162 0.544 0.448 0.008
#> SRR1453504 2 0.7069 -0.39512 0.472 0.508 0.020
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 2 0.7947 -0.3271 0.048 0.552 0.144 0.256
#> SRR1359328 3 0.8100 0.1606 0.036 0.328 0.484 0.152
#> SRR821124 2 0.7006 -0.2116 0.036 0.588 0.064 0.312
#> SRR1335188 1 0.5321 0.5328 0.672 0.296 0.000 0.032
#> SRR1075825 2 0.4999 0.7594 0.172 0.772 0.012 0.044
#> SRR1321921 1 0.1970 0.7637 0.932 0.060 0.000 0.008
#> SRR1466198 3 0.3557 0.5899 0.000 0.036 0.856 0.108
#> SRR1384073 1 0.6265 0.1043 0.500 0.444 0.000 0.056
#> SRR1312802 1 0.4802 0.7419 0.816 0.096 0.044 0.044
#> SRR1076559 1 0.6776 0.0875 0.500 0.424 0.012 0.064
#> SRR1370085 1 0.1520 0.7491 0.956 0.020 0.000 0.024
#> SRR1460363 1 0.1820 0.7589 0.944 0.036 0.000 0.020
#> SRR1480221 2 0.3972 0.7500 0.204 0.788 0.000 0.008
#> SRR1476165 1 0.4671 0.7459 0.812 0.120 0.020 0.048
#> SRR1459631 2 0.7345 -0.4535 0.020 0.528 0.104 0.348
#> SRR1448098 2 0.4214 0.7530 0.204 0.780 0.000 0.016
#> SRR1321401 2 0.5298 0.7680 0.196 0.748 0.020 0.036
#> SRR807613 2 0.4871 0.7652 0.188 0.768 0.008 0.036
#> SRR808086 4 0.9180 0.4283 0.132 0.264 0.160 0.444
#> SRR613687 2 0.3972 0.7500 0.204 0.788 0.000 0.008
#> SRR1471011 1 0.5848 0.6709 0.724 0.196 0.040 0.040
#> SRR1330284 2 0.5081 0.7586 0.172 0.768 0.012 0.048
#> SRR1320624 2 0.7148 -0.2489 0.036 0.576 0.072 0.316
#> SRR1459519 1 0.2401 0.7601 0.904 0.092 0.000 0.004
#> SRR1091184 3 0.9180 -0.0208 0.132 0.264 0.444 0.160
#> SRR1390561 1 0.3241 0.6999 0.884 0.040 0.004 0.072
#> SRR658164 1 0.3280 0.7574 0.860 0.124 0.000 0.016
#> SRR1087079 2 0.5096 0.7652 0.176 0.768 0.020 0.036
#> SRR814996 3 0.5081 0.5242 0.012 0.172 0.768 0.048
#> SRR1407410 2 0.5677 0.7252 0.232 0.708 0.016 0.044
#> SRR1453392 2 0.6568 0.6325 0.136 0.696 0.036 0.132
#> SRR1445873 1 0.2401 0.7601 0.904 0.092 0.000 0.004
#> SRR1419985 2 0.4059 0.7526 0.200 0.788 0.000 0.012
#> SRR820938 3 0.5496 0.5059 0.000 0.160 0.732 0.108
#> SRR1476844 1 0.3567 0.7080 0.868 0.052 0.004 0.076
#> SRR1403526 1 0.1970 0.7639 0.932 0.060 0.000 0.008
#> SRR1413916 2 0.5372 0.7530 0.164 0.760 0.020 0.056
#> SRR1441051 2 0.7123 0.7049 0.188 0.656 0.068 0.088
#> SRR614287 2 0.3972 0.7500 0.204 0.788 0.000 0.008
#> SRR1092062 2 0.4381 0.7612 0.200 0.780 0.008 0.012
#> SRR612611 2 0.4871 0.7652 0.188 0.768 0.008 0.036
#> SRR1376356 2 0.5423 0.7154 0.240 0.712 0.008 0.040
#> SRR1405078 3 0.9586 0.0790 0.156 0.308 0.356 0.180
#> SRR1437226 2 0.7418 0.6506 0.176 0.636 0.064 0.124
#> SRR1326078 1 0.4012 0.7038 0.800 0.184 0.000 0.016
#> SRR1096806 4 0.7326 0.5677 0.016 0.408 0.100 0.476
#> SRR1440919 2 0.7345 -0.4535 0.020 0.528 0.104 0.348
#> SRR1452824 1 0.5848 0.6709 0.724 0.196 0.040 0.040
#> SRR615754 1 0.1520 0.7507 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR1341787 2 0.5864 0.7163 0.236 0.696 0.016 0.052
#> SRR614551 2 0.5678 0.1772 0.452 0.524 0.000 0.024
#> SRR1380829 3 0.7962 0.2302 0.040 0.164 0.544 0.252
#> SRR1455761 1 0.2542 0.7618 0.904 0.084 0.000 0.012
#> SRR1465189 1 0.7716 0.3211 0.576 0.124 0.048 0.252
#> SRR1376895 1 0.2676 0.7593 0.896 0.092 0.000 0.012
#> SRR1445002 1 0.1520 0.7507 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR1469258 2 0.4999 0.7594 0.172 0.772 0.012 0.044
#> SRR1409239 1 0.2593 0.7603 0.892 0.104 0.000 0.004
#> SRR1480200 1 0.1635 0.7627 0.948 0.044 0.000 0.008
#> SRR1418323 1 0.5141 0.5990 0.700 0.268 0.000 0.032
#> SRR657540 4 0.5492 0.0439 0.000 0.032 0.328 0.640
#> SRR821096 2 0.4497 0.7626 0.200 0.776 0.008 0.016
#> SRR613591 2 0.4077 0.7660 0.184 0.800 0.004 0.012
#> SRR1344205 3 0.3442 0.6122 0.012 0.084 0.876 0.028
#> SRR612479 1 0.6107 0.5432 0.708 0.100 0.016 0.176
#> SRR1399950 1 0.4946 0.7397 0.808 0.100 0.048 0.044
#> SRR1336048 3 0.9673 0.0636 0.200 0.308 0.336 0.156
#> SRR1368896 1 0.1635 0.7627 0.948 0.044 0.000 0.008
#> SRR1379403 2 0.5372 0.7530 0.164 0.760 0.020 0.056
#> SRR1312464 1 0.1820 0.7544 0.944 0.036 0.000 0.020
#> SRR1096478 1 0.1722 0.7613 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1459845 1 0.1978 0.7640 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR1348138 4 0.5018 0.0401 0.012 0.000 0.332 0.656
#> SRR811423 1 0.4802 0.7419 0.816 0.096 0.044 0.044
#> SRR615683 1 0.2089 0.7628 0.932 0.048 0.000 0.020
#> SRR1380336 2 0.4687 0.7501 0.152 0.796 0.012 0.040
#> SRR817609 1 0.7688 0.3733 0.584 0.140 0.044 0.232
#> SRR1074550 3 0.4286 0.5739 0.000 0.052 0.812 0.136
#> SRR1499236 2 0.4505 0.7662 0.180 0.788 0.008 0.024
#> SRR656083 1 0.1520 0.7507 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR817539 1 0.5989 0.2808 0.556 0.400 0.000 0.044
#> SRR1410801 1 0.5277 0.6166 0.768 0.108 0.008 0.116
#> SRR1347190 1 0.4671 0.7459 0.812 0.120 0.020 0.048
#> SRR1355126 1 0.6688 -0.0920 0.464 0.464 0.008 0.064
#> SRR615165 3 0.2773 0.6042 0.000 0.028 0.900 0.072
#> SRR1466046 1 0.3637 0.7044 0.864 0.052 0.004 0.080
#> SRR1097055 2 0.5202 0.7587 0.176 0.760 0.012 0.052
#> SRR1312370 2 0.4098 0.7488 0.204 0.784 0.000 0.012
#> SRR655325 1 0.1635 0.7627 0.948 0.044 0.000 0.008
#> SRR810177 2 0.4420 0.7588 0.204 0.776 0.008 0.012
#> SRR815685 2 0.5165 0.7585 0.180 0.760 0.012 0.048
#> SRR817026 2 0.8141 -0.4161 0.080 0.500 0.088 0.332
#> SRR1417224 2 0.5589 0.7380 0.152 0.752 0.020 0.076
#> SRR661687 4 0.7326 0.5677 0.016 0.408 0.100 0.476
#> SRR1431804 4 0.9180 0.4283 0.132 0.264 0.160 0.444
#> SRR664072 3 0.0592 0.6034 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR612923 2 0.7299 0.5494 0.256 0.592 0.024 0.128
#> SRR1315890 1 0.1406 0.7580 0.960 0.024 0.000 0.016
#> SRR1347726 1 0.6265 0.1043 0.500 0.444 0.000 0.056
#> SRR1500360 1 0.6016 0.2309 0.544 0.412 0.000 0.044
#> SRR1468360 2 0.5662 0.4478 0.080 0.756 0.028 0.136
#> SRR1404084 1 0.9055 0.0713 0.372 0.328 0.068 0.232
#> SRR615994 3 0.3442 0.6122 0.012 0.084 0.876 0.028
#> SRR1475718 2 0.5013 0.7395 0.228 0.736 0.004 0.032
#> SRR1397200 3 0.7252 0.3112 0.020 0.272 0.584 0.124
#> SRR655519 2 0.5561 0.7594 0.172 0.748 0.024 0.056
#> SRR1311308 3 0.4614 0.5615 0.000 0.064 0.792 0.144
#> SRR1368006 2 0.6390 0.6416 0.136 0.704 0.028 0.132
#> SRR613651 1 0.4365 0.7408 0.812 0.148 0.012 0.028
#> SRR1362621 1 0.9151 -0.0755 0.336 0.324 0.068 0.272
#> SRR1451718 1 0.7619 0.2160 0.508 0.368 0.056 0.068
#> SRR1095334 3 0.3726 0.6074 0.008 0.060 0.864 0.068
#> SRR1079636 2 0.8100 0.4788 0.172 0.560 0.060 0.208
#> SRR1442549 2 0.5439 0.4875 0.092 0.772 0.024 0.112
#> SRR1466421 2 0.3933 0.7525 0.200 0.792 0.000 0.008
#> SRR817397 4 0.7480 0.5497 0.024 0.440 0.096 0.440
#> SRR1341809 2 0.4098 0.7488 0.204 0.784 0.000 0.012
#> SRR614623 2 0.5165 0.7585 0.180 0.760 0.012 0.048
#> SRR1335005 2 0.3972 0.7500 0.204 0.788 0.000 0.008
#> SRR1407065 4 0.7480 0.5497 0.024 0.440 0.096 0.440
#> SRR1404483 2 0.6652 0.6283 0.136 0.692 0.040 0.132
#> SRR1096222 1 0.2198 0.7648 0.920 0.072 0.000 0.008
#> SRR1401793 1 0.4577 0.7348 0.804 0.148 0.016 0.032
#> SRR1408615 3 0.5502 0.4751 0.008 0.212 0.724 0.056
#> SRR1070597 2 0.6557 0.4847 0.328 0.596 0.016 0.060
#> SRR1332381 1 0.7678 0.1679 0.492 0.380 0.048 0.080
#> SRR1457015 1 0.1978 0.7638 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR1386797 1 0.6776 0.0875 0.500 0.424 0.012 0.064
#> SRR1098385 2 0.3852 0.7568 0.192 0.800 0.000 0.008
#> SRR1363947 3 0.0592 0.6034 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR820350 2 0.3933 0.7525 0.200 0.792 0.000 0.008
#> SRR662055 2 0.5849 0.7075 0.144 0.740 0.024 0.092
#> SRR1310455 1 0.2593 0.7603 0.892 0.104 0.000 0.004
#> SRR1453639 2 0.7913 -0.1731 0.068 0.580 0.128 0.224
#> SRR662617 2 0.4276 0.7603 0.192 0.788 0.004 0.016
#> SRR654778 1 0.3632 0.7334 0.832 0.156 0.004 0.008
#> SRR661782 2 0.4361 0.7489 0.208 0.772 0.000 0.020
#> SRR1334396 1 0.7716 0.3211 0.576 0.124 0.048 0.252
#> SRR613867 2 0.5236 0.7614 0.172 0.760 0.012 0.056
#> SRR1479412 1 0.4756 0.6559 0.756 0.216 0.008 0.020
#> SRR1331620 1 0.4001 0.7569 0.840 0.116 0.008 0.036
#> SRR1082809 1 0.6048 0.6979 0.732 0.156 0.068 0.044
#> SRR1417178 1 0.7122 0.4455 0.632 0.140 0.028 0.200
#> SRR1335278 1 0.3382 0.6937 0.876 0.040 0.004 0.080
#> SRR665369 2 0.4680 0.7641 0.192 0.772 0.004 0.032
#> SRR657552 1 0.8511 0.0538 0.448 0.128 0.072 0.352
#> SRR812412 1 0.2737 0.7602 0.888 0.104 0.000 0.008
#> SRR1096500 2 0.6036 0.3676 0.052 0.732 0.056 0.160
#> SRR1347750 2 0.4098 0.7488 0.204 0.784 0.000 0.012
#> SRR615153 2 0.7299 0.5494 0.256 0.592 0.024 0.128
#> SRR1434417 1 0.6541 0.4162 0.648 0.116 0.008 0.228
#> SRR1070159 3 0.3927 0.6043 0.012 0.072 0.856 0.060
#> SRR1332508 2 0.4906 0.7636 0.188 0.768 0.012 0.032
#> SRR1082059 1 0.9549 0.0607 0.392 0.224 0.144 0.240
#> SRR1402491 1 0.2408 0.7271 0.920 0.036 0.000 0.044
#> SRR1476595 2 0.4535 0.7157 0.240 0.744 0.000 0.016
#> SRR1320987 2 0.5165 0.7585 0.180 0.760 0.012 0.048
#> SRR1086417 1 0.8876 -0.1268 0.392 0.364 0.076 0.168
#> SRR1454095 1 0.5389 0.5017 0.660 0.308 0.000 0.032
#> SRR614791 2 0.5849 0.7075 0.144 0.740 0.024 0.092
#> SRR821255 2 0.6020 0.4020 0.376 0.580 0.004 0.040
#> SRR820402 2 0.8642 0.0703 0.128 0.476 0.092 0.304
#> SRR1337284 1 0.6016 0.2453 0.544 0.412 0.000 0.044
#> SRR1333083 3 0.9586 0.0790 0.156 0.308 0.356 0.180
#> SRR1384883 2 0.7587 -0.5884 0.032 0.460 0.092 0.416
#> SRR614431 1 0.2053 0.7634 0.924 0.072 0.000 0.004
#> SRR1481106 2 0.5199 0.7612 0.168 0.768 0.024 0.040
#> SRR1370285 1 0.6060 0.4896 0.700 0.108 0.008 0.184
#> SRR1446673 3 0.2949 0.6109 0.000 0.088 0.888 0.024
#> SRR1318046 2 0.4406 0.7677 0.184 0.788 0.004 0.024
#> SRR1341188 3 0.0592 0.6034 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1384941 1 0.2542 0.7626 0.904 0.084 0.000 0.012
#> SRR1322864 2 0.4420 0.7588 0.204 0.776 0.008 0.012
#> SRR1476825 3 0.9673 0.0636 0.200 0.308 0.336 0.156
#> SRR1443332 2 0.5393 0.7659 0.176 0.752 0.016 0.056
#> SRR662486 2 0.5895 0.7542 0.172 0.732 0.032 0.064
#> SRR1447019 1 0.6060 0.4896 0.700 0.108 0.008 0.184
#> SRR662942 1 0.2048 0.7668 0.928 0.064 0.000 0.008
#> SRR613102 3 0.2413 0.6014 0.000 0.020 0.916 0.064
#> SRR1469880 1 0.2266 0.7621 0.912 0.084 0.000 0.004
#> SRR1464977 1 0.6207 0.0940 0.496 0.452 0.000 0.052
#> SRR615850 3 0.9586 0.0790 0.156 0.308 0.356 0.180
#> SRR661949 2 0.4098 0.7512 0.204 0.784 0.000 0.012
#> SRR1322227 3 0.7521 0.1006 0.008 0.368 0.476 0.148
#> SRR1441655 1 0.6841 0.3066 0.556 0.360 0.020 0.064
#> SRR613771 2 0.7012 -0.0349 0.068 0.644 0.060 0.228
#> SRR1479471 1 0.6060 0.4896 0.700 0.108 0.008 0.184
#> SRR1488918 2 0.4321 0.7669 0.176 0.796 0.004 0.024
#> SRR1414040 2 0.4319 0.7389 0.228 0.760 0.000 0.012
#> SRR1079850 1 0.6005 0.0384 0.500 0.460 0.000 0.040
#> SRR663209 1 0.3636 0.7213 0.820 0.172 0.000 0.008
#> SRR1364914 2 0.4958 0.7669 0.176 0.772 0.012 0.040
#> SRR1408267 2 0.5165 0.7585 0.180 0.760 0.012 0.048
#> SRR1314894 1 0.2334 0.7615 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1414117 4 0.9113 0.4394 0.120 0.260 0.168 0.452
#> SRR1395975 2 0.5377 0.4900 0.088 0.776 0.024 0.112
#> SRR1402219 2 0.5740 0.7210 0.204 0.720 0.016 0.060
#> SRR1433623 1 0.1406 0.7580 0.960 0.024 0.000 0.016
#> SRR656385 2 0.4427 0.7649 0.164 0.800 0.008 0.028
#> SRR811213 2 0.4499 0.7277 0.228 0.756 0.004 0.012
#> SRR663657 1 0.9921 -0.2448 0.312 0.216 0.224 0.248
#> SRR612203 1 0.6236 0.4900 0.692 0.112 0.012 0.184
#> SRR613987 2 0.5678 0.1772 0.452 0.524 0.000 0.024
#> SRR613831 3 0.2670 0.6026 0.000 0.024 0.904 0.072
#> SRR1354180 2 0.4321 0.7669 0.176 0.796 0.004 0.024
#> SRR1382912 1 0.1520 0.7507 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR1475501 1 0.2936 0.7187 0.900 0.040 0.004 0.056
#> SRR1336930 1 0.3763 0.7622 0.856 0.100 0.008 0.036
#> SRR613030 3 0.3793 0.5917 0.000 0.044 0.844 0.112
#> SRR1381459 2 0.5968 0.7441 0.164 0.732 0.036 0.068
#> SRR1402350 1 0.8330 0.1802 0.476 0.340 0.112 0.072
#> SRR1419408 1 0.3222 0.7018 0.884 0.036 0.004 0.076
#> SRR655911 2 0.9072 -0.1903 0.092 0.440 0.260 0.208
#> SRR1418243 1 0.2988 0.7532 0.876 0.112 0.000 0.012
#> SRR1322573 1 0.5200 0.5875 0.704 0.264 0.004 0.028
#> SRR613615 3 0.2413 0.6014 0.000 0.020 0.916 0.064
#> SRR1355284 1 0.2741 0.7603 0.892 0.096 0.000 0.012
#> SRR1319395 1 0.4012 0.7038 0.800 0.184 0.000 0.016
#> SRR818939 1 0.2032 0.7558 0.936 0.036 0.000 0.028
#> SRR1465266 1 0.4043 0.7450 0.848 0.088 0.012 0.052
#> SRR614888 1 0.5321 0.5328 0.672 0.296 0.000 0.032
#> SRR1431694 2 0.8361 -0.0262 0.300 0.464 0.036 0.200
#> SRR614347 4 0.7326 0.5677 0.016 0.408 0.100 0.476
#> SRR1334228 3 0.3051 0.6102 0.000 0.088 0.884 0.028
#> SRR1096007 2 0.5353 0.7628 0.204 0.740 0.016 0.040
#> SRR656349 1 0.8427 0.0584 0.452 0.124 0.068 0.356
#> SRR815422 4 0.7299 0.5580 0.016 0.432 0.096 0.456
#> SRR1360828 1 0.3970 0.7499 0.836 0.124 0.004 0.036
#> SRR1359005 2 0.6829 -0.2534 0.024 0.592 0.068 0.316
#> SRR1456652 1 0.4012 0.7038 0.800 0.184 0.000 0.016
#> SRR1391660 1 0.2988 0.7537 0.876 0.112 0.000 0.012
#> SRR1441956 1 0.4012 0.7038 0.800 0.184 0.000 0.016
#> SRR662930 2 0.4455 0.7647 0.164 0.800 0.012 0.024
#> SRR615790 3 0.3927 0.6043 0.012 0.072 0.856 0.060
#> SRR614827 2 0.5909 0.7377 0.160 0.732 0.024 0.084
#> SRR614587 2 0.7587 -0.5884 0.032 0.460 0.092 0.416
#> SRR814052 2 0.4872 0.7467 0.212 0.752 0.004 0.032
#> SRR1070086 1 0.1890 0.7635 0.936 0.056 0.000 0.008
#> SRR1481440 1 0.7438 0.3523 0.596 0.124 0.036 0.244
#> SRR1339296 3 0.0592 0.6034 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1343239 2 0.5199 0.7612 0.168 0.768 0.024 0.040
#> SRR1432802 2 0.5503 0.7251 0.204 0.728 0.008 0.060
#> SRR1416911 1 0.2987 0.7565 0.880 0.104 0.000 0.016
#> SRR1410427 2 0.6563 0.0924 0.448 0.488 0.008 0.056
#> SRR1401185 1 0.7205 0.1527 0.500 0.404 0.064 0.032
#> SRR654993 2 0.4680 0.7641 0.192 0.772 0.004 0.032
#> SRR656397 1 0.1584 0.7609 0.952 0.036 0.000 0.012
#> SRR809643 4 0.5521 0.0811 0.004 0.032 0.300 0.664
#> SRR1433819 1 0.4822 0.6576 0.756 0.212 0.008 0.024
#> SRR1375225 2 0.6489 0.3593 0.076 0.684 0.036 0.204
#> SRR1367739 3 0.8754 0.2641 0.264 0.116 0.492 0.128
#> SRR1323336 1 0.6815 0.3292 0.564 0.352 0.020 0.064
#> SRR663224 2 0.7418 0.6506 0.176 0.636 0.064 0.124
#> SRR1442840 1 0.3222 0.7018 0.884 0.036 0.004 0.076
#> SRR1374058 1 0.1743 0.7631 0.940 0.056 0.000 0.004
#> SRR656994 1 0.2737 0.7645 0.888 0.104 0.000 0.008
#> SRR1469214 2 0.4687 0.7501 0.152 0.796 0.012 0.040
#> SRR1456446 1 0.3765 0.7549 0.848 0.116 0.004 0.032
#> SRR1471879 2 0.4098 0.7488 0.204 0.784 0.000 0.012
#> SRR612911 3 0.2773 0.6042 0.000 0.028 0.900 0.072
#> SRR1395720 2 0.5196 0.7576 0.172 0.764 0.016 0.048
#> SRR1413055 1 0.8095 0.1390 0.484 0.116 0.052 0.348
#> SRR656770 2 0.6091 0.4381 0.064 0.732 0.052 0.152
#> SRR812080 3 0.3934 0.5868 0.000 0.048 0.836 0.116
#> SRR1479328 1 0.4696 0.7465 0.812 0.116 0.020 0.052
#> SRR661421 2 0.4413 0.7519 0.152 0.808 0.012 0.028
#> SRR1410286 2 0.5116 0.7682 0.180 0.764 0.016 0.040
#> SRR1487150 1 0.2676 0.7631 0.896 0.092 0.000 0.012
#> SRR1467035 1 0.1913 0.7407 0.940 0.020 0.000 0.040
#> SRR1360607 2 0.4485 0.7121 0.248 0.740 0.000 0.012
#> SRR1333106 2 0.4687 0.7501 0.152 0.796 0.012 0.040
#> SRR1088706 2 0.5165 0.7585 0.180 0.760 0.012 0.048
#> SRR1320053 3 0.4614 0.5615 0.000 0.064 0.792 0.144
#> SRR1350392 2 0.4153 0.7503 0.204 0.784 0.004 0.008
#> SRR1385190 3 0.8772 0.2598 0.268 0.116 0.488 0.128
#> SRR1080093 2 0.4827 0.7608 0.164 0.784 0.012 0.040
#> SRR1318753 1 0.1978 0.7642 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR1345369 3 0.8100 0.1606 0.036 0.328 0.484 0.152
#> SRR612178 2 0.6025 0.1054 0.028 0.696 0.048 0.228
#> SRR1354423 1 0.5519 0.5604 0.748 0.100 0.008 0.144
#> SRR1072724 1 0.5827 0.4998 0.632 0.316 0.000 0.052
#> SRR1418450 2 0.7293 -0.1196 0.052 0.584 0.068 0.296
#> SRR1326427 4 0.4605 0.0359 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1437412 1 0.8689 0.0183 0.436 0.132 0.084 0.348
#> SRR1327548 2 0.7767 -0.5180 0.036 0.472 0.104 0.388
#> SRR1395891 1 0.3142 0.7446 0.860 0.132 0.000 0.008
#> SRR659367 2 0.6288 0.6212 0.288 0.640 0.016 0.056
#> SRR818961 1 0.6541 0.4162 0.648 0.116 0.008 0.228
#> SRR813704 1 0.1970 0.7639 0.932 0.060 0.000 0.008
#> SRR613054 1 0.1520 0.7507 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR1476467 1 0.5231 0.7029 0.764 0.168 0.016 0.052
#> SRR1407988 2 0.3933 0.7525 0.200 0.792 0.000 0.008
#> SRR1394776 2 0.4770 0.7590 0.204 0.764 0.012 0.020
#> SRR655578 2 0.4253 0.7461 0.208 0.776 0.000 0.016
#> SRR1310645 2 0.7430 -0.6012 0.024 0.460 0.092 0.424
#> SRR1345628 1 0.6225 0.4696 0.684 0.112 0.008 0.196
#> SRR1479740 1 0.2799 0.7593 0.884 0.108 0.000 0.008
#> SRR1332095 1 0.6016 0.2309 0.544 0.412 0.000 0.044
#> SRR1444786 2 0.7940 -0.1852 0.068 0.576 0.128 0.228
#> SRR1090070 1 0.2988 0.7583 0.876 0.112 0.000 0.012
#> SRR662414 2 0.5819 0.7049 0.240 0.696 0.016 0.048
#> SRR661216 2 0.5196 0.7601 0.172 0.764 0.016 0.048
#> SRR656313 2 0.4709 0.7637 0.200 0.768 0.008 0.024
#> SRR615671 2 0.7806 0.4652 0.280 0.540 0.032 0.148
#> SRR1350196 3 0.7626 0.1998 0.020 0.308 0.528 0.144
#> SRR1466580 1 0.4838 0.6057 0.724 0.252 0.000 0.024
#> SRR1408032 2 0.3990 0.7653 0.176 0.808 0.004 0.012
#> SRR1432913 2 0.7222 -0.4195 0.020 0.544 0.096 0.340
#> SRR1360502 1 0.5549 0.7072 0.760 0.140 0.024 0.076
#> SRR1391901 2 0.5202 0.7587 0.176 0.760 0.012 0.052
#> SRR1311131 1 0.2924 0.7585 0.884 0.100 0.000 0.016
#> SRR1380636 1 0.2473 0.7666 0.908 0.080 0.000 0.012
#> SRR1332339 1 0.4808 0.6488 0.736 0.236 0.000 0.028
#> SRR1341563 2 0.4970 0.7622 0.204 0.756 0.012 0.028
#> SRR1359410 3 0.7661 0.0638 0.012 0.388 0.452 0.148
#> SRR1473040 3 0.9586 0.0790 0.156 0.308 0.356 0.180
#> SRR1321444 1 0.2334 0.7620 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR1498765 2 0.6529 0.6349 0.136 0.696 0.032 0.136
#> SRR1312622 2 0.7783 -0.3649 0.048 0.516 0.096 0.340
#> SRR615503 2 0.6007 0.4142 0.372 0.584 0.004 0.040
#> SRR1453192 1 0.1545 0.7624 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR1433107 2 0.5589 0.7380 0.152 0.752 0.020 0.076
#> SRR1075384 1 0.3025 0.7140 0.896 0.044 0.004 0.056
#> SRR1356683 1 0.1837 0.7524 0.944 0.028 0.000 0.028
#> SRR659049 1 0.2255 0.7658 0.920 0.068 0.000 0.012
#> SRR1368240 1 0.2271 0.7655 0.916 0.076 0.000 0.008
#> SRR1341739 1 0.2988 0.7514 0.876 0.112 0.000 0.012
#> SRR613249 3 0.5630 0.5584 0.080 0.096 0.772 0.052
#> SRR663428 2 0.3972 0.7500 0.204 0.788 0.000 0.008
#> SRR1341302 2 0.7434 0.1417 0.076 0.604 0.068 0.252
#> SRR1073553 2 0.5298 0.7680 0.196 0.748 0.020 0.036
#> SRR1354093 3 0.3862 0.6020 0.004 0.060 0.852 0.084
#> SRR1406521 2 0.8040 -0.4962 0.052 0.456 0.104 0.388
#> SRR1432049 1 0.3610 0.7577 0.856 0.112 0.004 0.028
#> SRR1453504 1 0.5231 0.7017 0.764 0.168 0.016 0.052
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 4 0.6983 0.47791 0.000 0.268 0.056 0.536 0.140
#> SRR1359328 3 0.6986 0.21944 0.024 0.056 0.480 0.388 0.052
#> SRR821124 4 0.5294 0.55682 0.012 0.344 0.020 0.612 0.012
#> SRR1335188 1 0.5503 0.59533 0.644 0.276 0.000 0.020 0.060
#> SRR1075825 2 0.2519 0.75185 0.016 0.884 0.000 0.100 0.000
#> SRR1321921 1 0.2270 0.77510 0.908 0.072 0.000 0.004 0.016
#> SRR1466198 3 0.3407 0.62232 0.000 0.012 0.836 0.132 0.020
#> SRR1384073 2 0.6832 -0.15551 0.420 0.436 0.000 0.052 0.092
#> SRR1312802 1 0.4949 0.72959 0.792 0.056 0.040 0.048 0.064
#> SRR1076559 2 0.6941 -0.12644 0.412 0.436 0.000 0.064 0.088
#> SRR1370085 1 0.2931 0.75032 0.888 0.028 0.000 0.040 0.044
#> SRR1460363 1 0.2529 0.76061 0.908 0.036 0.000 0.024 0.032
#> SRR1480221 2 0.0833 0.76221 0.016 0.976 0.000 0.004 0.004
#> SRR1476165 1 0.4937 0.74909 0.768 0.112 0.004 0.040 0.076
#> SRR1459631 4 0.4916 0.58257 0.000 0.268 0.044 0.680 0.008
#> SRR1448098 2 0.1074 0.76453 0.016 0.968 0.000 0.012 0.004
#> SRR1321401 2 0.2409 0.76774 0.020 0.908 0.000 0.060 0.012
#> SRR807613 2 0.2110 0.76289 0.016 0.912 0.000 0.072 0.000
#> SRR808086 4 0.7212 0.21058 0.056 0.080 0.052 0.592 0.220
#> SRR613687 2 0.0833 0.76221 0.016 0.976 0.000 0.004 0.004
#> SRR1471011 1 0.6099 0.69087 0.692 0.164 0.028 0.060 0.056
#> SRR1330284 2 0.2573 0.75031 0.016 0.880 0.000 0.104 0.000
#> SRR1320624 4 0.5410 0.57860 0.012 0.328 0.024 0.620 0.016
#> SRR1459519 1 0.2408 0.77220 0.892 0.092 0.000 0.000 0.016
#> SRR1091184 3 0.7730 -0.06301 0.016 0.320 0.404 0.228 0.032
#> SRR1390561 1 0.4393 0.68948 0.792 0.020 0.000 0.100 0.088
#> SRR658164 1 0.3827 0.76207 0.820 0.120 0.000 0.012 0.048
#> SRR1087079 2 0.2116 0.76011 0.004 0.912 0.008 0.076 0.000
#> SRR814996 3 0.4987 0.53832 0.012 0.092 0.776 0.044 0.076
#> SRR1407410 2 0.3807 0.71536 0.056 0.844 0.004 0.064 0.032
#> SRR1453392 2 0.4172 0.55096 0.004 0.732 0.012 0.248 0.004
#> SRR1445873 1 0.2408 0.77220 0.892 0.092 0.000 0.000 0.016
#> SRR1419985 2 0.0833 0.76327 0.016 0.976 0.000 0.004 0.004
#> SRR820938 3 0.5337 0.51785 0.000 0.124 0.716 0.136 0.024
#> SRR1476844 1 0.4319 0.69975 0.800 0.024 0.000 0.096 0.080
#> SRR1403526 1 0.2270 0.77518 0.908 0.072 0.000 0.004 0.016
#> SRR1413916 2 0.2722 0.73992 0.008 0.868 0.004 0.120 0.000
#> SRR1441051 2 0.5213 0.64778 0.036 0.760 0.044 0.128 0.032
#> SRR614287 2 0.0833 0.76221 0.016 0.976 0.000 0.004 0.004
#> SRR1092062 2 0.1579 0.76692 0.024 0.944 0.000 0.032 0.000
#> SRR612611 2 0.2110 0.76289 0.016 0.912 0.000 0.072 0.000
#> SRR1376356 2 0.3536 0.72026 0.056 0.860 0.004 0.048 0.032
#> SRR1405078 4 0.8111 -0.03436 0.140 0.040 0.348 0.412 0.060
#> SRR1437226 2 0.5585 0.54871 0.028 0.704 0.036 0.200 0.032
#> SRR1326078 1 0.4496 0.70894 0.756 0.188 0.000 0.020 0.036
#> SRR1096806 4 0.4820 0.47589 0.000 0.156 0.048 0.756 0.040
#> SRR1440919 4 0.4916 0.58257 0.000 0.268 0.044 0.680 0.008
#> SRR1452824 1 0.6099 0.69087 0.692 0.164 0.028 0.060 0.056
#> SRR615754 1 0.2917 0.74916 0.888 0.028 0.000 0.032 0.052
#> SRR1341787 2 0.3916 0.70833 0.060 0.836 0.004 0.072 0.028
#> SRR614551 2 0.5862 0.18930 0.372 0.552 0.000 0.032 0.044
#> SRR1380829 3 0.7430 0.19686 0.004 0.100 0.476 0.324 0.096
#> SRR1455761 1 0.2595 0.77328 0.888 0.080 0.000 0.000 0.032
#> SRR1465189 1 0.6806 0.24658 0.500 0.004 0.008 0.252 0.236
#> SRR1376895 1 0.2881 0.77132 0.876 0.092 0.000 0.008 0.024
#> SRR1445002 1 0.2917 0.74916 0.888 0.028 0.000 0.032 0.052
#> SRR1469258 2 0.2519 0.75185 0.016 0.884 0.000 0.100 0.000
#> SRR1409239 1 0.2802 0.77635 0.876 0.100 0.000 0.016 0.008
#> SRR1480200 1 0.2580 0.77480 0.900 0.064 0.000 0.016 0.020
#> SRR1418323 1 0.5702 0.60628 0.636 0.276 0.000 0.040 0.048
#> SRR657540 5 0.5770 0.88941 0.000 0.000 0.140 0.256 0.604
#> SRR821096 2 0.1725 0.76984 0.020 0.936 0.000 0.044 0.000
#> SRR613591 2 0.1168 0.76692 0.008 0.960 0.000 0.032 0.000
#> SRR1344205 3 0.2804 0.63830 0.004 0.020 0.892 0.068 0.016
#> SRR612479 1 0.5939 0.51040 0.640 0.016 0.000 0.188 0.156
#> SRR1399950 1 0.5161 0.72569 0.780 0.056 0.048 0.052 0.064
#> SRR1336048 4 0.8413 -0.00191 0.188 0.048 0.324 0.384 0.056
#> SRR1368896 1 0.2580 0.77480 0.900 0.064 0.000 0.016 0.020
#> SRR1379403 2 0.2722 0.73992 0.008 0.868 0.004 0.120 0.000
#> SRR1312464 1 0.2937 0.75390 0.888 0.032 0.000 0.036 0.044
#> SRR1096478 1 0.2507 0.76740 0.908 0.044 0.000 0.020 0.028
#> SRR1459845 1 0.2332 0.77655 0.904 0.076 0.000 0.004 0.016
#> SRR1348138 5 0.5327 0.89878 0.000 0.000 0.120 0.216 0.664
#> SRR811423 1 0.4949 0.72959 0.792 0.056 0.040 0.048 0.064
#> SRR615683 1 0.3091 0.76524 0.880 0.044 0.000 0.044 0.032
#> SRR1380336 2 0.2338 0.73708 0.004 0.884 0.000 0.112 0.000
#> SRR817609 1 0.7158 0.30438 0.508 0.016 0.016 0.240 0.220
#> SRR1074550 3 0.4082 0.60212 0.000 0.024 0.792 0.160 0.024
#> SRR1499236 2 0.1557 0.76504 0.008 0.940 0.000 0.052 0.000
#> SRR656083 1 0.2917 0.74916 0.888 0.028 0.000 0.032 0.052
#> SRR817539 1 0.6586 0.30924 0.484 0.392 0.000 0.048 0.076
#> SRR1410801 1 0.4753 0.58103 0.740 0.004 0.000 0.156 0.100
#> SRR1347190 1 0.4937 0.74909 0.768 0.112 0.004 0.040 0.076
#> SRR1355126 2 0.6907 0.06777 0.368 0.480 0.000 0.080 0.072
#> SRR615165 3 0.2995 0.63687 0.000 0.008 0.872 0.088 0.032
#> SRR1466046 1 0.4422 0.69357 0.792 0.024 0.000 0.104 0.080
#> SRR1097055 2 0.2573 0.75119 0.016 0.880 0.000 0.104 0.000
#> SRR1312370 2 0.1200 0.76118 0.016 0.964 0.000 0.012 0.008
#> SRR655325 1 0.2580 0.77480 0.900 0.064 0.000 0.016 0.020
#> SRR810177 2 0.1493 0.76675 0.024 0.948 0.000 0.028 0.000
#> SRR815685 2 0.2616 0.75147 0.020 0.880 0.000 0.100 0.000
#> SRR817026 4 0.6557 0.55876 0.056 0.240 0.044 0.624 0.036
#> SRR1417224 2 0.3286 0.69978 0.004 0.828 0.004 0.156 0.008
#> SRR661687 4 0.4820 0.47589 0.000 0.156 0.048 0.756 0.040
#> SRR1431804 4 0.7212 0.21058 0.056 0.080 0.052 0.592 0.220
#> SRR664072 3 0.0912 0.63093 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR612923 2 0.6558 0.31183 0.140 0.604 0.012 0.220 0.024
#> SRR1315890 1 0.2529 0.76064 0.908 0.036 0.000 0.024 0.032
#> SRR1347726 2 0.6832 -0.15551 0.420 0.436 0.000 0.052 0.092
#> SRR1500360 1 0.6503 0.24767 0.472 0.412 0.000 0.044 0.072
#> SRR1468360 2 0.6069 0.15821 0.020 0.580 0.004 0.320 0.076
#> SRR1404084 1 0.9026 -0.19055 0.312 0.216 0.044 0.304 0.124
#> SRR615994 3 0.2804 0.63830 0.004 0.020 0.892 0.068 0.016
#> SRR1475718 2 0.2654 0.75135 0.044 0.900 0.000 0.040 0.016
#> SRR1397200 3 0.6141 0.34335 0.008 0.052 0.588 0.316 0.036
#> SRR655519 2 0.2570 0.74828 0.004 0.880 0.008 0.108 0.000
#> SRR1311308 3 0.4367 0.58929 0.000 0.028 0.772 0.172 0.028
#> SRR1368006 2 0.4037 0.56594 0.004 0.740 0.008 0.244 0.004
#> SRR613651 1 0.4536 0.75005 0.780 0.132 0.000 0.060 0.028
#> SRR1362621 4 0.8957 0.20103 0.288 0.196 0.044 0.348 0.124
#> SRR1451718 1 0.8068 0.30806 0.436 0.336 0.044 0.068 0.116
#> SRR1095334 3 0.3309 0.64130 0.000 0.016 0.852 0.108 0.024
#> SRR1079636 2 0.5034 0.30762 0.020 0.616 0.016 0.348 0.000
#> SRR1442549 2 0.6239 0.22190 0.032 0.592 0.004 0.292 0.080
#> SRR1466421 2 0.0671 0.76282 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR817397 4 0.5054 0.52841 0.000 0.208 0.044 0.716 0.032
#> SRR1341809 2 0.1200 0.76118 0.016 0.964 0.000 0.012 0.008
#> SRR614623 2 0.2616 0.75147 0.020 0.880 0.000 0.100 0.000
#> SRR1335005 2 0.0833 0.76221 0.016 0.976 0.000 0.004 0.004
#> SRR1407065 4 0.5054 0.52841 0.000 0.208 0.044 0.716 0.032
#> SRR1404483 2 0.4318 0.54002 0.004 0.724 0.012 0.252 0.008
#> SRR1096222 1 0.2444 0.77701 0.904 0.068 0.000 0.012 0.016
#> SRR1401793 1 0.4754 0.74341 0.772 0.132 0.004 0.064 0.028
#> SRR1408615 3 0.5504 0.49609 0.012 0.120 0.732 0.036 0.100
#> SRR1070597 2 0.6616 0.37867 0.224 0.600 0.000 0.108 0.068
#> SRR1332381 1 0.8049 0.26713 0.416 0.348 0.028 0.076 0.132
#> SRR1457015 1 0.2110 0.77411 0.912 0.072 0.000 0.000 0.016
#> SRR1386797 2 0.6941 -0.12644 0.412 0.436 0.000 0.064 0.088
#> SRR1098385 2 0.0404 0.76381 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0912 0.63093 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR820350 2 0.0671 0.76282 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR662055 2 0.3485 0.66712 0.004 0.808 0.008 0.176 0.004
#> SRR1310455 1 0.2802 0.77635 0.876 0.100 0.000 0.016 0.008
#> SRR1453639 4 0.7267 0.49118 0.012 0.324 0.052 0.496 0.116
#> SRR662617 2 0.1854 0.76256 0.020 0.936 0.000 0.036 0.008
#> SRR654778 1 0.3964 0.73832 0.788 0.176 0.000 0.016 0.020
#> SRR661782 2 0.1908 0.75904 0.024 0.936 0.000 0.024 0.016
#> SRR1334396 1 0.6806 0.24658 0.500 0.004 0.008 0.252 0.236
#> SRR613867 2 0.2295 0.74958 0.008 0.900 0.004 0.088 0.000
#> SRR1479412 1 0.4939 0.69918 0.728 0.200 0.004 0.016 0.052
#> SRR1331620 1 0.4395 0.76327 0.800 0.112 0.004 0.028 0.056
#> SRR1082809 1 0.6147 0.69888 0.700 0.140 0.064 0.036 0.060
#> SRR1417178 1 0.6541 0.38434 0.564 0.012 0.004 0.224 0.196
#> SRR1335278 1 0.4406 0.67988 0.788 0.016 0.000 0.100 0.096
#> SRR665369 2 0.2158 0.76391 0.020 0.920 0.000 0.052 0.008
#> SRR657552 1 0.7167 -0.07227 0.364 0.004 0.008 0.336 0.288
#> SRR812412 1 0.2917 0.77478 0.868 0.108 0.000 0.012 0.012
#> SRR1096500 2 0.5973 -0.04142 0.000 0.516 0.008 0.388 0.088
#> SRR1347750 2 0.1200 0.76118 0.016 0.964 0.000 0.012 0.008
#> SRR615153 2 0.6558 0.31183 0.140 0.604 0.012 0.220 0.024
#> SRR1434417 1 0.6192 0.36412 0.572 0.004 0.000 0.236 0.188
#> SRR1070159 3 0.3807 0.61976 0.008 0.036 0.848 0.060 0.048
#> SRR1332508 2 0.2208 0.76190 0.020 0.908 0.000 0.072 0.000
#> SRR1082059 4 0.9121 0.17315 0.288 0.200 0.064 0.336 0.112
#> SRR1402491 1 0.3791 0.72483 0.836 0.024 0.000 0.080 0.060
#> SRR1476595 2 0.2173 0.74287 0.052 0.920 0.000 0.016 0.012
#> SRR1320987 2 0.2616 0.75147 0.020 0.880 0.000 0.100 0.000
#> SRR1086417 2 0.8474 -0.15641 0.296 0.336 0.028 0.272 0.068
#> SRR1454095 1 0.5713 0.53039 0.604 0.316 0.000 0.024 0.056
#> SRR614791 2 0.3485 0.66712 0.004 0.808 0.008 0.176 0.004
#> SRR821255 2 0.5969 0.42921 0.236 0.644 0.000 0.052 0.068
#> SRR820402 4 0.5961 0.23818 0.008 0.464 0.036 0.468 0.024
#> SRR1337284 1 0.6599 0.27476 0.472 0.404 0.000 0.048 0.076
#> SRR1333083 4 0.8111 -0.03436 0.140 0.040 0.348 0.412 0.060
#> SRR1384883 4 0.5159 0.54961 0.000 0.244 0.040 0.688 0.028
#> SRR614431 1 0.2228 0.77617 0.908 0.076 0.000 0.004 0.012
#> SRR1481106 2 0.2407 0.75507 0.004 0.896 0.012 0.088 0.000
#> SRR1370285 1 0.5831 0.44994 0.624 0.004 0.000 0.212 0.160
#> SRR1446673 3 0.2745 0.63928 0.000 0.028 0.896 0.052 0.024
#> SRR1318046 2 0.1408 0.76785 0.008 0.948 0.000 0.044 0.000
#> SRR1341188 3 0.0912 0.63093 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1384941 1 0.2747 0.77438 0.884 0.088 0.000 0.012 0.016
#> SRR1322864 2 0.1493 0.76675 0.024 0.948 0.000 0.028 0.000
#> SRR1476825 4 0.8413 -0.00191 0.188 0.048 0.324 0.384 0.056
#> SRR1443332 2 0.2271 0.75701 0.004 0.904 0.004 0.084 0.004
#> SRR662486 2 0.3269 0.74247 0.016 0.852 0.020 0.112 0.000
#> SRR1447019 1 0.5831 0.44994 0.624 0.004 0.000 0.212 0.160
#> SRR662942 1 0.2736 0.77762 0.892 0.068 0.000 0.024 0.016
#> SRR613102 3 0.2595 0.63213 0.000 0.000 0.888 0.080 0.032
#> SRR1469880 1 0.2390 0.77661 0.896 0.084 0.000 0.000 0.020
#> SRR1464977 2 0.6792 -0.15321 0.420 0.440 0.000 0.052 0.088
#> SRR615850 4 0.8111 -0.03436 0.140 0.040 0.348 0.412 0.060
#> SRR661949 2 0.1617 0.76065 0.020 0.948 0.000 0.020 0.012
#> SRR1322227 3 0.7443 0.02201 0.000 0.288 0.444 0.220 0.048
#> SRR1441655 1 0.7344 0.37803 0.484 0.332 0.008 0.076 0.100
#> SRR613771 4 0.6767 0.48515 0.028 0.352 0.016 0.516 0.088
#> SRR1479471 1 0.5831 0.44994 0.624 0.004 0.000 0.212 0.160
#> SRR1488918 2 0.1597 0.76566 0.012 0.940 0.000 0.048 0.000
#> SRR1414040 2 0.2104 0.75381 0.044 0.924 0.000 0.024 0.008
#> SRR1079850 2 0.6276 -0.07224 0.424 0.476 0.000 0.032 0.068
#> SRR663209 1 0.4072 0.72872 0.776 0.188 0.000 0.016 0.020
#> SRR1364914 2 0.2102 0.76251 0.012 0.916 0.004 0.068 0.000
#> SRR1408267 2 0.2616 0.75147 0.020 0.880 0.000 0.100 0.000
#> SRR1314894 1 0.2635 0.77318 0.888 0.088 0.000 0.008 0.016
#> SRR1414117 4 0.7089 0.19662 0.052 0.076 0.048 0.596 0.228
#> SRR1395975 2 0.6170 0.24460 0.032 0.600 0.004 0.288 0.076
#> SRR1402219 2 0.4497 0.67020 0.044 0.800 0.008 0.108 0.040
#> SRR1433623 1 0.2529 0.76064 0.908 0.036 0.000 0.024 0.032
#> SRR656385 2 0.1731 0.76461 0.004 0.932 0.000 0.060 0.004
#> SRR811213 2 0.1996 0.75402 0.040 0.932 0.004 0.016 0.008
#> SRR663657 4 0.9459 0.17320 0.208 0.172 0.140 0.364 0.116
#> SRR612203 1 0.6117 0.46242 0.616 0.016 0.000 0.208 0.160
#> SRR613987 2 0.5862 0.18930 0.372 0.552 0.000 0.032 0.044
#> SRR613831 3 0.2871 0.63432 0.000 0.004 0.876 0.088 0.032
#> SRR1354180 2 0.1597 0.76568 0.012 0.940 0.000 0.048 0.000
#> SRR1382912 1 0.2917 0.74916 0.888 0.028 0.000 0.032 0.052
#> SRR1475501 1 0.4093 0.71000 0.816 0.024 0.000 0.088 0.072
#> SRR1336930 1 0.4381 0.76856 0.808 0.092 0.004 0.044 0.052
#> SRR613030 3 0.3822 0.62231 0.000 0.012 0.816 0.132 0.040
#> SRR1381459 2 0.3506 0.72993 0.016 0.836 0.024 0.124 0.000
#> SRR1402350 1 0.8697 0.25808 0.392 0.324 0.108 0.080 0.096
#> SRR1419408 1 0.4395 0.68962 0.792 0.020 0.000 0.096 0.092
#> SRR655911 2 0.7252 -0.37552 0.004 0.404 0.220 0.352 0.020
#> SRR1418243 1 0.2984 0.76893 0.860 0.108 0.000 0.000 0.032
#> SRR1322573 1 0.5532 0.60935 0.652 0.272 0.004 0.024 0.048
#> SRR613615 3 0.2595 0.63213 0.000 0.000 0.888 0.080 0.032
#> SRR1355284 1 0.2889 0.77737 0.880 0.084 0.000 0.016 0.020
#> SRR1319395 1 0.4496 0.70894 0.756 0.188 0.000 0.020 0.036
#> SRR818939 1 0.2701 0.75695 0.900 0.032 0.000 0.036 0.032
#> SRR1465266 1 0.5363 0.73077 0.744 0.100 0.004 0.084 0.068
#> SRR614888 1 0.5503 0.59533 0.644 0.276 0.000 0.020 0.060
#> SRR1431694 4 0.8230 0.34513 0.248 0.260 0.016 0.400 0.076
#> SRR614347 4 0.4820 0.47589 0.000 0.156 0.048 0.756 0.040
#> SRR1334228 3 0.2815 0.63826 0.000 0.028 0.892 0.056 0.024
#> SRR1096007 2 0.2302 0.76674 0.020 0.916 0.000 0.048 0.016
#> SRR656349 1 0.7157 -0.06524 0.368 0.004 0.008 0.340 0.280
#> SRR815422 4 0.4858 0.51430 0.000 0.184 0.044 0.740 0.032
#> SRR1360828 1 0.4694 0.75642 0.772 0.132 0.000 0.060 0.036
#> SRR1359005 4 0.4763 0.53594 0.000 0.360 0.020 0.616 0.004
#> SRR1456652 1 0.4496 0.70894 0.756 0.188 0.000 0.020 0.036
#> SRR1391660 1 0.3059 0.76915 0.860 0.108 0.000 0.004 0.028
#> SRR1441956 1 0.4496 0.70894 0.756 0.188 0.000 0.020 0.036
#> SRR662930 2 0.1662 0.76378 0.004 0.936 0.004 0.056 0.000
#> SRR615790 3 0.3807 0.61976 0.008 0.036 0.848 0.060 0.048
#> SRR614827 2 0.3497 0.69694 0.004 0.820 0.004 0.156 0.016
#> SRR614587 4 0.5159 0.54961 0.000 0.244 0.040 0.688 0.028
#> SRR814052 2 0.2984 0.74002 0.040 0.888 0.004 0.048 0.020
#> SRR1070086 1 0.2026 0.77197 0.924 0.056 0.000 0.008 0.012
#> SRR1481440 1 0.6618 0.28314 0.520 0.004 0.004 0.248 0.224
#> SRR1339296 3 0.0912 0.63093 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1343239 2 0.2407 0.75507 0.004 0.896 0.012 0.088 0.000
#> SRR1432802 2 0.4324 0.67771 0.044 0.808 0.004 0.104 0.040
#> SRR1416911 1 0.3395 0.76904 0.848 0.108 0.000 0.016 0.028
#> SRR1410427 2 0.7022 0.14533 0.340 0.492 0.000 0.096 0.072
#> SRR1401185 1 0.7082 0.19579 0.460 0.404 0.060 0.044 0.032
#> SRR654993 2 0.2158 0.76391 0.020 0.920 0.000 0.052 0.008
#> SRR656397 1 0.2693 0.77319 0.896 0.060 0.000 0.016 0.028
#> SRR809643 5 0.5449 0.90001 0.000 0.000 0.104 0.264 0.632
#> SRR1433819 1 0.5016 0.70790 0.736 0.180 0.004 0.024 0.056
#> SRR1375225 2 0.4516 0.09714 0.000 0.576 0.004 0.416 0.004
#> SRR1367739 3 0.8125 0.12377 0.244 0.024 0.480 0.120 0.132
#> SRR1323336 1 0.7325 0.39729 0.492 0.324 0.008 0.076 0.100
#> SRR663224 2 0.5585 0.54871 0.028 0.704 0.036 0.200 0.032
#> SRR1442840 1 0.4395 0.68962 0.792 0.020 0.000 0.096 0.092
#> SRR1374058 1 0.1914 0.77148 0.928 0.056 0.000 0.008 0.008
#> SRR656994 1 0.3317 0.77047 0.848 0.112 0.000 0.008 0.032
#> SRR1469214 2 0.2338 0.73708 0.004 0.884 0.000 0.112 0.000
#> SRR1456446 1 0.4540 0.76211 0.784 0.124 0.000 0.056 0.036
#> SRR1471879 2 0.1200 0.76118 0.016 0.964 0.000 0.012 0.008
#> SRR612911 3 0.2995 0.63687 0.000 0.008 0.872 0.088 0.032
#> SRR1395720 2 0.2625 0.74869 0.016 0.876 0.000 0.108 0.000
#> SRR1413055 1 0.7097 0.01519 0.404 0.004 0.008 0.324 0.260
#> SRR656770 2 0.5905 0.12281 0.004 0.560 0.012 0.356 0.068
#> SRR812080 3 0.3907 0.61785 0.000 0.020 0.812 0.136 0.032
#> SRR1479328 1 0.4868 0.73527 0.780 0.076 0.004 0.064 0.076
#> SRR661421 2 0.2408 0.73959 0.008 0.892 0.004 0.096 0.000
#> SRR1410286 2 0.2179 0.76544 0.008 0.912 0.008 0.072 0.000
#> SRR1487150 1 0.2859 0.77638 0.876 0.096 0.000 0.012 0.016
#> SRR1467035 1 0.3536 0.73433 0.852 0.024 0.000 0.052 0.072
#> SRR1360607 2 0.1924 0.74359 0.064 0.924 0.000 0.004 0.008
#> SRR1333106 2 0.2338 0.73708 0.004 0.884 0.000 0.112 0.000
#> SRR1088706 2 0.2616 0.75147 0.020 0.880 0.000 0.100 0.000
#> SRR1320053 3 0.4367 0.58929 0.000 0.028 0.772 0.172 0.028
#> SRR1350392 2 0.0994 0.76253 0.016 0.972 0.004 0.004 0.004
#> SRR1385190 3 0.8142 0.11924 0.248 0.024 0.476 0.120 0.132
#> SRR1080093 2 0.2068 0.74989 0.004 0.904 0.000 0.092 0.000
#> SRR1318753 1 0.2300 0.77472 0.904 0.072 0.000 0.000 0.024
#> SRR1345369 3 0.6986 0.21944 0.024 0.056 0.480 0.388 0.052
#> SRR612178 4 0.4740 0.32406 0.000 0.468 0.016 0.516 0.000
#> SRR1354423 1 0.5753 0.53612 0.660 0.016 0.000 0.188 0.136
#> SRR1072724 1 0.6381 0.50801 0.560 0.320 0.000 0.060 0.060
#> SRR1418450 4 0.4830 0.41268 0.000 0.420 0.016 0.560 0.004
#> SRR1326427 5 0.5369 0.90819 0.000 0.000 0.124 0.216 0.660
#> SRR1437412 1 0.7269 -0.10974 0.352 0.004 0.012 0.332 0.300
#> SRR1327548 4 0.5228 0.56335 0.000 0.276 0.048 0.660 0.016
#> SRR1395891 1 0.3146 0.76381 0.844 0.128 0.000 0.000 0.028
#> SRR659367 2 0.5211 0.59783 0.124 0.752 0.008 0.072 0.044
#> SRR818961 1 0.6192 0.36412 0.572 0.004 0.000 0.236 0.188
#> SRR813704 1 0.2270 0.77518 0.908 0.072 0.000 0.004 0.016
#> SRR613054 1 0.2917 0.74916 0.888 0.028 0.000 0.032 0.052
#> SRR1476467 1 0.5959 0.68649 0.688 0.156 0.004 0.088 0.064
#> SRR1407988 2 0.0671 0.76282 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394776 2 0.2376 0.76792 0.024 0.916 0.004 0.044 0.012
#> SRR655578 2 0.1612 0.75728 0.024 0.948 0.000 0.016 0.012
#> SRR1310645 4 0.5107 0.55098 0.000 0.236 0.040 0.696 0.028
#> SRR1345628 1 0.5955 0.42433 0.608 0.004 0.000 0.216 0.172
#> SRR1479740 1 0.3069 0.77535 0.864 0.104 0.000 0.016 0.016
#> SRR1332095 1 0.6503 0.24767 0.472 0.412 0.000 0.044 0.072
#> SRR1444786 4 0.7292 0.48935 0.012 0.320 0.052 0.496 0.120
#> SRR1090070 1 0.3241 0.77601 0.856 0.104 0.000 0.012 0.028
#> SRR662414 2 0.4224 0.68751 0.068 0.824 0.008 0.056 0.044
#> SRR661216 2 0.2522 0.74990 0.012 0.880 0.000 0.108 0.000
#> SRR656313 2 0.1800 0.76792 0.020 0.932 0.000 0.048 0.000
#> SRR615671 2 0.7332 0.13137 0.164 0.532 0.016 0.244 0.044
#> SRR1350196 3 0.6376 0.25424 0.008 0.052 0.528 0.372 0.040
#> SRR1466580 1 0.5064 0.64257 0.688 0.248 0.000 0.016 0.048
#> SRR1408032 2 0.1364 0.76507 0.012 0.952 0.000 0.036 0.000
#> SRR1432913 4 0.5005 0.58238 0.000 0.284 0.044 0.664 0.008
#> SRR1360502 1 0.6440 0.67451 0.664 0.140 0.012 0.108 0.076
#> SRR1391901 2 0.2573 0.75119 0.016 0.880 0.000 0.104 0.000
#> SRR1311131 1 0.3038 0.77634 0.872 0.088 0.000 0.016 0.024
#> SRR1380636 1 0.2379 0.77091 0.912 0.048 0.000 0.012 0.028
#> SRR1332339 1 0.5509 0.64120 0.664 0.248 0.000 0.028 0.060
#> SRR1341563 2 0.2816 0.76429 0.028 0.892 0.004 0.064 0.012
#> SRR1359410 3 0.7505 -0.04209 0.000 0.308 0.420 0.224 0.048
#> SRR1473040 4 0.8111 -0.03436 0.140 0.040 0.348 0.412 0.060
#> SRR1321444 1 0.2664 0.77285 0.884 0.092 0.000 0.004 0.020
#> SRR1498765 2 0.4092 0.55547 0.004 0.732 0.008 0.252 0.004
#> SRR1312622 4 0.5383 0.55166 0.000 0.348 0.044 0.596 0.012
#> SRR615503 2 0.5944 0.43543 0.232 0.648 0.000 0.052 0.068
#> SRR1453192 1 0.2249 0.76652 0.920 0.040 0.000 0.020 0.020
#> SRR1433107 2 0.3286 0.69978 0.004 0.828 0.004 0.156 0.008
#> SRR1075384 1 0.3934 0.70771 0.824 0.020 0.000 0.092 0.064
#> SRR1356683 1 0.2861 0.75386 0.892 0.032 0.000 0.036 0.040
#> SRR659049 1 0.2130 0.76919 0.924 0.044 0.000 0.016 0.016
#> SRR1368240 1 0.2541 0.77778 0.900 0.068 0.000 0.012 0.020
#> SRR1341739 1 0.3344 0.76185 0.848 0.112 0.000 0.012 0.028
#> SRR613249 3 0.5154 0.54290 0.060 0.032 0.776 0.048 0.084
#> SRR663428 2 0.0833 0.76221 0.016 0.976 0.000 0.004 0.004
#> SRR1341302 2 0.4892 -0.21263 0.000 0.496 0.016 0.484 0.004
#> SRR1073553 2 0.2409 0.76774 0.020 0.908 0.000 0.060 0.012
#> SRR1354093 3 0.3627 0.63224 0.000 0.016 0.832 0.120 0.032
#> SRR1406521 4 0.5005 0.56179 0.000 0.284 0.044 0.664 0.008
#> SRR1432049 1 0.4405 0.76454 0.792 0.124 0.000 0.048 0.036
#> SRR1453504 1 0.5944 0.68398 0.688 0.160 0.004 0.084 0.064
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 4 0.6985 0.3984 0.000 0.184 0.032 0.548 0.140 0.096
#> SRR1359328 3 0.7055 0.2281 0.020 0.004 0.428 0.364 0.068 0.116
#> SRR821124 4 0.4886 0.5566 0.012 0.280 0.004 0.656 0.040 0.008
#> SRR1335188 1 0.4956 0.5114 0.684 0.124 0.000 0.004 0.180 0.008
#> SRR1075825 2 0.2313 0.7914 0.012 0.884 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR1321921 1 0.1074 0.6471 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1466198 3 0.2714 0.6353 0.000 0.004 0.848 0.136 0.000 0.012
#> SRR1384073 1 0.6908 0.2683 0.456 0.248 0.000 0.024 0.244 0.028
#> SRR1312802 1 0.4216 0.4858 0.764 0.004 0.024 0.016 0.176 0.016
#> SRR1076559 1 0.7102 0.2478 0.444 0.236 0.000 0.020 0.252 0.048
#> SRR1370085 1 0.2260 0.5509 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1460363 1 0.2053 0.5879 0.888 0.004 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1480221 2 0.0767 0.7995 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1476165 1 0.4178 0.5666 0.760 0.028 0.000 0.012 0.180 0.020
#> SRR1459631 4 0.4342 0.5681 0.000 0.212 0.020 0.732 0.024 0.012
#> SRR1448098 2 0.0964 0.8021 0.012 0.968 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1321401 2 0.2133 0.8087 0.016 0.912 0.000 0.052 0.020 0.000
#> SRR807613 2 0.1888 0.8015 0.012 0.916 0.000 0.068 0.004 0.000
#> SRR808086 4 0.7088 0.0370 0.020 0.036 0.032 0.452 0.356 0.104
#> SRR613687 2 0.0767 0.7995 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1471011 1 0.5261 0.5502 0.724 0.060 0.024 0.024 0.148 0.020
#> SRR1330284 2 0.2361 0.7898 0.012 0.880 0.000 0.104 0.004 0.000
#> SRR1320624 4 0.4974 0.5628 0.012 0.264 0.008 0.664 0.044 0.008
#> SRR1459519 1 0.1225 0.6523 0.952 0.012 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1091184 3 0.7064 -0.0415 0.016 0.308 0.404 0.240 0.008 0.024
#> SRR1390561 1 0.3426 0.2661 0.720 0.000 0.000 0.004 0.276 0.000
#> SRR658164 1 0.2781 0.6435 0.872 0.032 0.000 0.008 0.084 0.004
#> SRR1087079 2 0.1732 0.8007 0.000 0.920 0.004 0.072 0.004 0.000
#> SRR814996 3 0.5359 0.5419 0.016 0.028 0.724 0.024 0.100 0.108
#> SRR1407410 2 0.4147 0.7248 0.040 0.800 0.000 0.060 0.088 0.012
#> SRR1453392 2 0.3672 0.5966 0.000 0.712 0.008 0.276 0.000 0.004
#> SRR1445873 1 0.1225 0.6523 0.952 0.012 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1419985 2 0.0881 0.7999 0.012 0.972 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR820938 3 0.4816 0.5160 0.000 0.112 0.712 0.152 0.000 0.024
#> SRR1476844 1 0.3476 0.3101 0.732 0.004 0.000 0.004 0.260 0.000
#> SRR1403526 1 0.1074 0.6474 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1413916 2 0.2377 0.7814 0.004 0.868 0.000 0.124 0.004 0.000
#> SRR1441051 2 0.4912 0.6879 0.024 0.752 0.040 0.128 0.048 0.008
#> SRR614287 2 0.0767 0.7995 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1092062 2 0.1321 0.8051 0.020 0.952 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR612611 2 0.1888 0.8015 0.012 0.916 0.000 0.068 0.004 0.000
#> SRR1376356 2 0.4155 0.7157 0.044 0.800 0.000 0.044 0.096 0.016
#> SRR1405078 4 0.8081 -0.0613 0.128 0.000 0.304 0.372 0.104 0.092
#> SRR1437226 2 0.5357 0.5904 0.016 0.688 0.028 0.204 0.048 0.016
#> SRR1326078 1 0.3408 0.6024 0.800 0.048 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1096806 4 0.3278 0.4822 0.000 0.096 0.020 0.848 0.016 0.020
#> SRR1440919 4 0.4342 0.5681 0.000 0.212 0.020 0.732 0.024 0.012
#> SRR1452824 1 0.5261 0.5502 0.724 0.060 0.024 0.024 0.148 0.020
#> SRR615754 1 0.2378 0.5388 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1341787 2 0.4471 0.7019 0.048 0.780 0.000 0.064 0.092 0.016
#> SRR614551 2 0.6226 -0.1047 0.396 0.424 0.000 0.012 0.160 0.008
#> SRR1380829 3 0.7400 0.1500 0.000 0.048 0.440 0.316 0.104 0.092
#> SRR1455761 1 0.1367 0.6533 0.944 0.012 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1465189 5 0.5292 0.7401 0.360 0.000 0.004 0.024 0.564 0.048
#> SRR1376895 1 0.1625 0.6532 0.928 0.012 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1445002 1 0.2378 0.5388 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1469258 2 0.2313 0.7914 0.012 0.884 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR1409239 1 0.1563 0.6536 0.932 0.012 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1480200 1 0.1462 0.6345 0.936 0.008 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1418323 1 0.5187 0.5096 0.684 0.116 0.000 0.020 0.172 0.008
#> SRR657540 6 0.5020 0.8714 0.000 0.000 0.116 0.172 0.024 0.688
#> SRR821096 2 0.1577 0.8092 0.016 0.940 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR613591 2 0.0858 0.8051 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.3023 0.6476 0.000 0.004 0.868 0.048 0.024 0.056
#> SRR612479 1 0.4442 -0.4565 0.536 0.000 0.000 0.020 0.440 0.004
#> SRR1399950 1 0.4436 0.4924 0.752 0.004 0.032 0.012 0.176 0.024
#> SRR1336048 4 0.8240 -0.0308 0.188 0.004 0.280 0.360 0.088 0.080
#> SRR1368896 1 0.1462 0.6345 0.936 0.008 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1379403 2 0.2377 0.7814 0.004 0.868 0.000 0.124 0.004 0.000
#> SRR1312464 1 0.2573 0.5619 0.856 0.004 0.000 0.008 0.132 0.000
#> SRR1096478 1 0.2006 0.6063 0.892 0.004 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1459845 1 0.0935 0.6430 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1348138 6 0.5961 0.8799 0.000 0.000 0.092 0.140 0.144 0.624
#> SRR811423 1 0.4216 0.4858 0.764 0.004 0.024 0.016 0.176 0.016
#> SRR615683 1 0.2135 0.5804 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1380336 2 0.2048 0.7853 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR817609 5 0.5402 0.7155 0.384 0.008 0.012 0.024 0.548 0.024
#> SRR1074550 3 0.3436 0.6132 0.000 0.012 0.796 0.172 0.000 0.020
#> SRR1499236 2 0.1296 0.8045 0.004 0.948 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR656083 1 0.2340 0.5406 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR817539 1 0.6512 0.3313 0.524 0.212 0.000 0.028 0.220 0.016
#> SRR1410801 1 0.3923 -0.2539 0.620 0.000 0.000 0.008 0.372 0.000
#> SRR1347190 1 0.4178 0.5666 0.760 0.028 0.000 0.012 0.180 0.020
#> SRR1355126 1 0.7197 0.1843 0.416 0.312 0.000 0.036 0.200 0.036
#> SRR615165 3 0.2432 0.6517 0.000 0.008 0.888 0.080 0.000 0.024
#> SRR1466046 1 0.3521 0.2873 0.724 0.004 0.000 0.004 0.268 0.000
#> SRR1097055 2 0.2361 0.7897 0.012 0.880 0.000 0.104 0.004 0.000
#> SRR1312370 2 0.1877 0.7932 0.012 0.932 0.000 0.024 0.024 0.008
#> SRR655325 1 0.1462 0.6345 0.936 0.008 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR810177 2 0.1237 0.8048 0.020 0.956 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR815685 2 0.2405 0.7903 0.016 0.880 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR817026 4 0.5935 0.5374 0.052 0.180 0.028 0.664 0.064 0.012
#> SRR1417224 2 0.3087 0.7409 0.000 0.820 0.004 0.160 0.012 0.004
#> SRR661687 4 0.3278 0.4822 0.000 0.096 0.020 0.848 0.016 0.020
#> SRR1431804 4 0.7088 0.0370 0.020 0.036 0.032 0.452 0.356 0.104
#> SRR664072 3 0.0806 0.6500 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR612923 2 0.6860 0.2686 0.120 0.552 0.000 0.200 0.104 0.024
#> SRR1315890 1 0.1814 0.5896 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1347726 1 0.6908 0.2683 0.456 0.248 0.000 0.024 0.244 0.028
#> SRR1500360 1 0.6390 0.3282 0.512 0.232 0.000 0.008 0.224 0.024
#> SRR1468360 2 0.6505 0.0997 0.028 0.500 0.004 0.344 0.092 0.032
#> SRR1404084 5 0.8523 0.2463 0.296 0.128 0.032 0.220 0.296 0.028
#> SRR615994 3 0.3023 0.6476 0.000 0.004 0.868 0.048 0.024 0.056
#> SRR1475718 2 0.3160 0.7748 0.032 0.864 0.000 0.052 0.044 0.008
#> SRR1397200 3 0.6241 0.3478 0.004 0.004 0.536 0.304 0.044 0.108
#> SRR655519 2 0.2196 0.7891 0.000 0.884 0.004 0.108 0.004 0.000
#> SRR1311308 3 0.3737 0.5975 0.000 0.016 0.772 0.188 0.000 0.024
#> SRR1368006 2 0.3543 0.6102 0.000 0.720 0.004 0.272 0.000 0.004
#> SRR613651 1 0.3493 0.6269 0.832 0.028 0.000 0.016 0.108 0.016
#> SRR1362621 5 0.8626 0.1687 0.264 0.132 0.032 0.256 0.284 0.032
#> SRR1451718 1 0.7292 0.2750 0.476 0.120 0.024 0.016 0.296 0.068
#> SRR1095334 3 0.3116 0.6540 0.000 0.008 0.852 0.096 0.008 0.036
#> SRR1079636 2 0.4492 0.3399 0.016 0.592 0.004 0.380 0.008 0.000
#> SRR1442549 2 0.6666 0.1512 0.040 0.508 0.004 0.316 0.104 0.028
#> SRR1466421 2 0.0767 0.7996 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR817397 4 0.3275 0.5254 0.000 0.148 0.016 0.820 0.004 0.012
#> SRR1341809 2 0.1877 0.7932 0.012 0.932 0.000 0.024 0.024 0.008
#> SRR614623 2 0.2405 0.7903 0.016 0.880 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR1335005 2 0.0767 0.7995 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1407065 4 0.3275 0.5254 0.000 0.148 0.016 0.820 0.004 0.012
#> SRR1404483 2 0.3830 0.5847 0.000 0.704 0.008 0.280 0.004 0.004
#> SRR1096222 1 0.1471 0.6411 0.932 0.004 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1401793 1 0.3874 0.6184 0.816 0.032 0.004 0.024 0.108 0.016
#> SRR1408615 3 0.5826 0.5106 0.016 0.036 0.684 0.024 0.124 0.116
#> SRR1070597 2 0.7387 0.1047 0.268 0.448 0.000 0.096 0.164 0.024
#> SRR1332381 1 0.7228 0.2489 0.452 0.140 0.008 0.024 0.316 0.060
#> SRR1457015 1 0.0993 0.6491 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1386797 1 0.7102 0.2478 0.444 0.236 0.000 0.020 0.252 0.048
#> SRR1098385 2 0.0551 0.8011 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1363947 3 0.0806 0.6500 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR820350 2 0.0767 0.7996 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR662055 2 0.2838 0.7235 0.000 0.808 0.000 0.188 0.000 0.004
#> SRR1310455 1 0.1563 0.6536 0.932 0.012 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1453639 4 0.7442 0.4152 0.020 0.224 0.032 0.512 0.136 0.076
#> SRR662617 2 0.2476 0.7923 0.020 0.900 0.000 0.052 0.020 0.008
#> SRR654778 1 0.3398 0.6151 0.836 0.084 0.000 0.012 0.064 0.004
#> SRR661782 2 0.2176 0.7935 0.024 0.916 0.000 0.036 0.020 0.004
#> SRR1334396 5 0.5292 0.7401 0.360 0.000 0.004 0.024 0.564 0.048
#> SRR613867 2 0.2850 0.7825 0.004 0.864 0.004 0.104 0.016 0.008
#> SRR1479412 1 0.3925 0.5952 0.784 0.088 0.000 0.004 0.120 0.004
#> SRR1331620 1 0.3491 0.6148 0.816 0.020 0.000 0.012 0.140 0.012
#> SRR1082809 1 0.5520 0.5161 0.696 0.040 0.048 0.020 0.176 0.020
#> SRR1417178 5 0.4665 0.6762 0.432 0.004 0.000 0.020 0.536 0.008
#> SRR1335278 1 0.3468 0.2379 0.712 0.000 0.000 0.004 0.284 0.000
#> SRR665369 2 0.2774 0.7935 0.020 0.880 0.000 0.072 0.020 0.008
#> SRR657552 5 0.6048 0.6052 0.240 0.000 0.000 0.096 0.584 0.080
#> SRR812412 1 0.1682 0.6550 0.928 0.020 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1096500 2 0.6084 -0.0487 0.000 0.460 0.004 0.404 0.096 0.036
#> SRR1347750 2 0.1877 0.7932 0.012 0.932 0.000 0.024 0.024 0.008
#> SRR615153 2 0.6860 0.2686 0.120 0.552 0.000 0.200 0.104 0.024
#> SRR1434417 5 0.4310 0.6859 0.440 0.000 0.000 0.020 0.540 0.000
#> SRR1070159 3 0.3941 0.6248 0.008 0.012 0.824 0.064 0.032 0.060
#> SRR1332508 2 0.1923 0.8018 0.016 0.916 0.000 0.064 0.004 0.000
#> SRR1082059 4 0.8804 -0.0421 0.304 0.076 0.040 0.308 0.180 0.092
#> SRR1402491 1 0.2883 0.4435 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1476595 2 0.2669 0.7656 0.056 0.888 0.000 0.012 0.036 0.008
#> SRR1320987 2 0.2405 0.7903 0.016 0.880 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR1086417 1 0.8345 -0.1442 0.316 0.220 0.012 0.264 0.160 0.028
#> SRR1454095 1 0.5267 0.4698 0.648 0.160 0.000 0.004 0.180 0.008
#> SRR614791 2 0.2838 0.7235 0.000 0.808 0.000 0.188 0.000 0.004
#> SRR821255 2 0.6493 0.2856 0.248 0.544 0.000 0.044 0.148 0.016
#> SRR820402 4 0.5086 0.2043 0.008 0.432 0.012 0.520 0.020 0.008
#> SRR1337284 1 0.6627 0.3190 0.512 0.220 0.000 0.028 0.220 0.020
#> SRR1333083 4 0.8081 -0.0613 0.128 0.000 0.304 0.372 0.104 0.092
#> SRR1384883 4 0.3546 0.5464 0.000 0.196 0.016 0.776 0.000 0.012
#> SRR614431 1 0.0858 0.6438 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1481106 2 0.2113 0.7968 0.000 0.896 0.008 0.092 0.004 0.000
#> SRR1370285 1 0.4098 -0.6068 0.496 0.000 0.000 0.008 0.496 0.000
#> SRR1446673 3 0.2842 0.6445 0.000 0.004 0.876 0.032 0.020 0.068
#> SRR1318046 2 0.1082 0.8065 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0806 0.6500 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1384941 1 0.1434 0.6543 0.940 0.012 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1322864 2 0.1237 0.8048 0.020 0.956 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1476825 4 0.8240 -0.0308 0.188 0.004 0.280 0.360 0.088 0.080
#> SRR1443332 2 0.2040 0.7982 0.000 0.904 0.004 0.084 0.004 0.004
#> SRR662486 2 0.2890 0.7848 0.012 0.848 0.016 0.124 0.000 0.000
#> SRR1447019 5 0.4098 0.5754 0.496 0.000 0.000 0.008 0.496 0.000
#> SRR662942 1 0.1462 0.6371 0.936 0.008 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR613102 3 0.2066 0.6492 0.000 0.000 0.904 0.072 0.000 0.024
#> SRR1469880 1 0.1124 0.6501 0.956 0.008 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1464977 1 0.6857 0.2620 0.456 0.248 0.000 0.024 0.248 0.024
#> SRR615850 4 0.8081 -0.0613 0.128 0.000 0.304 0.372 0.104 0.092
#> SRR661949 2 0.2019 0.7940 0.020 0.924 0.000 0.032 0.020 0.004
#> SRR1322227 3 0.7348 0.0308 0.000 0.252 0.416 0.252 0.044 0.036
#> SRR1441655 1 0.6789 0.3030 0.512 0.212 0.004 0.024 0.220 0.028
#> SRR613771 4 0.6977 0.4428 0.020 0.272 0.012 0.516 0.120 0.060
#> SRR1479471 1 0.4098 -0.6068 0.496 0.000 0.000 0.008 0.496 0.000
#> SRR1488918 2 0.2037 0.8033 0.008 0.916 0.000 0.060 0.008 0.008
#> SRR1414040 2 0.2497 0.7838 0.032 0.900 0.000 0.032 0.032 0.004
#> SRR1079850 1 0.6391 0.2560 0.468 0.316 0.000 0.004 0.188 0.024
#> SRR663209 1 0.3616 0.6099 0.824 0.088 0.000 0.012 0.068 0.008
#> SRR1364914 2 0.2520 0.7990 0.008 0.888 0.004 0.084 0.008 0.008
#> SRR1408267 2 0.2405 0.7903 0.016 0.880 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR1314894 1 0.1297 0.6530 0.948 0.012 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1414117 4 0.7024 0.0313 0.016 0.036 0.032 0.468 0.340 0.108
#> SRR1395975 2 0.6619 0.1761 0.040 0.516 0.004 0.312 0.100 0.028
#> SRR1402219 2 0.4916 0.6584 0.044 0.744 0.004 0.124 0.072 0.012
#> SRR1433623 1 0.1814 0.5896 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR656385 2 0.1411 0.8063 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> SRR811213 2 0.2399 0.7836 0.044 0.904 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR663657 4 0.9281 0.0205 0.228 0.084 0.108 0.332 0.152 0.096
#> SRR612203 1 0.4596 -0.5907 0.496 0.004 0.000 0.020 0.476 0.004
#> SRR613987 2 0.6226 -0.1047 0.396 0.424 0.000 0.012 0.160 0.008
#> SRR613831 3 0.2320 0.6511 0.000 0.004 0.892 0.080 0.000 0.024
#> SRR1354180 2 0.2037 0.8037 0.008 0.916 0.000 0.060 0.008 0.008
#> SRR1382912 1 0.2340 0.5406 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1475501 1 0.3126 0.3495 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1336930 1 0.3606 0.5932 0.804 0.020 0.000 0.012 0.152 0.012
#> SRR613030 3 0.3294 0.6367 0.000 0.008 0.828 0.128 0.004 0.032
#> SRR1381459 2 0.3101 0.7748 0.012 0.832 0.020 0.136 0.000 0.000
#> SRR1402350 1 0.8146 0.1923 0.424 0.132 0.080 0.024 0.272 0.068
#> SRR1419408 1 0.3426 0.2667 0.720 0.000 0.000 0.004 0.276 0.000
#> SRR655911 2 0.6318 -0.3073 0.000 0.392 0.216 0.376 0.000 0.016
#> SRR1418243 1 0.1657 0.6537 0.928 0.016 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1322573 1 0.4695 0.5189 0.696 0.132 0.000 0.004 0.168 0.000
#> SRR613615 3 0.2066 0.6492 0.000 0.000 0.904 0.072 0.000 0.024
#> SRR1355284 1 0.2019 0.6487 0.900 0.012 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1319395 1 0.3408 0.6024 0.800 0.048 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR818939 1 0.2302 0.5819 0.872 0.008 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1465266 1 0.4322 0.4725 0.720 0.052 0.000 0.012 0.216 0.000
#> SRR614888 1 0.4956 0.5114 0.684 0.124 0.000 0.004 0.180 0.008
#> SRR1431694 4 0.8242 0.2615 0.228 0.184 0.008 0.380 0.160 0.040
#> SRR614347 4 0.3278 0.4822 0.000 0.096 0.020 0.848 0.016 0.020
#> SRR1334228 3 0.2915 0.6438 0.000 0.004 0.872 0.036 0.020 0.068
#> SRR1096007 2 0.2016 0.8070 0.016 0.920 0.000 0.040 0.024 0.000
#> SRR656349 5 0.6062 0.6114 0.244 0.000 0.000 0.100 0.580 0.076
#> SRR815422 4 0.3199 0.5115 0.000 0.120 0.016 0.840 0.012 0.012
#> SRR1360828 1 0.3483 0.6240 0.820 0.040 0.000 0.020 0.120 0.000
#> SRR1359005 4 0.3703 0.5448 0.000 0.304 0.004 0.688 0.004 0.000
#> SRR1456652 1 0.3408 0.6024 0.800 0.048 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1391660 1 0.1838 0.6547 0.916 0.016 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1441956 1 0.3408 0.6024 0.800 0.048 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR662930 2 0.1285 0.8039 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000 0.000
#> SRR615790 3 0.3941 0.6248 0.008 0.012 0.824 0.064 0.032 0.060
#> SRR614827 2 0.3454 0.7370 0.000 0.804 0.004 0.160 0.024 0.008
#> SRR614587 4 0.3546 0.5464 0.000 0.196 0.016 0.776 0.000 0.012
#> SRR814052 2 0.3515 0.7606 0.032 0.848 0.004 0.064 0.040 0.012
#> SRR1070086 1 0.1010 0.6375 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1481440 5 0.5210 0.7331 0.380 0.000 0.004 0.020 0.552 0.044
#> SRR1339296 3 0.0806 0.6500 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1343239 2 0.2113 0.7968 0.000 0.896 0.008 0.092 0.004 0.000
#> SRR1432802 2 0.4924 0.6631 0.044 0.748 0.004 0.116 0.072 0.016
#> SRR1416911 1 0.2006 0.6536 0.904 0.016 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1410427 1 0.7529 0.0750 0.372 0.336 0.000 0.092 0.176 0.024
#> SRR1401185 1 0.7334 0.1472 0.452 0.320 0.044 0.036 0.132 0.016
#> SRR654993 2 0.2774 0.7935 0.020 0.880 0.000 0.072 0.020 0.008
#> SRR656397 1 0.1643 0.6281 0.924 0.008 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR809643 6 0.4511 0.8848 0.000 0.000 0.068 0.168 0.028 0.736
#> SRR1433819 1 0.4052 0.5945 0.772 0.068 0.000 0.004 0.148 0.008
#> SRR1375225 2 0.3966 0.1684 0.000 0.552 0.000 0.444 0.004 0.000
#> SRR1367739 3 0.7307 0.1374 0.192 0.000 0.444 0.024 0.268 0.072
#> SRR1323336 1 0.6746 0.3165 0.520 0.200 0.004 0.024 0.224 0.028
#> SRR663224 2 0.5357 0.5904 0.016 0.688 0.028 0.204 0.048 0.016
#> SRR1442840 1 0.3426 0.2667 0.720 0.000 0.000 0.004 0.276 0.000
#> SRR1374058 1 0.0935 0.6354 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR656994 1 0.2257 0.6519 0.904 0.028 0.000 0.004 0.060 0.004
#> SRR1469214 2 0.2048 0.7853 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.3344 0.6265 0.828 0.032 0.000 0.020 0.120 0.000
#> SRR1471879 2 0.1877 0.7932 0.012 0.932 0.000 0.024 0.024 0.008
#> SRR612911 3 0.2432 0.6517 0.000 0.008 0.888 0.080 0.000 0.024
#> SRR1395720 2 0.2408 0.7884 0.012 0.876 0.000 0.108 0.004 0.000
#> SRR1413055 5 0.5948 0.6671 0.276 0.000 0.000 0.084 0.572 0.068
#> SRR656770 2 0.6080 0.1074 0.004 0.504 0.008 0.372 0.076 0.036
#> SRR812080 3 0.3201 0.6294 0.000 0.008 0.820 0.148 0.000 0.024
#> SRR1479328 1 0.4458 0.4702 0.724 0.024 0.000 0.016 0.216 0.020
#> SRR661421 2 0.2404 0.7894 0.000 0.880 0.004 0.104 0.008 0.004
#> SRR1410286 2 0.1988 0.8066 0.004 0.912 0.004 0.072 0.008 0.000
#> SRR1487150 1 0.1500 0.6538 0.936 0.012 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1467035 1 0.2730 0.4882 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1360607 2 0.2177 0.7753 0.060 0.908 0.000 0.004 0.024 0.004
#> SRR1333106 2 0.2048 0.7853 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.2405 0.7903 0.016 0.880 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR1320053 3 0.3737 0.5975 0.000 0.016 0.772 0.188 0.000 0.024
#> SRR1350392 2 0.0964 0.8007 0.012 0.968 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1385190 3 0.7325 0.1284 0.196 0.000 0.440 0.024 0.268 0.072
#> SRR1080093 2 0.1765 0.7943 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.1151 0.6498 0.956 0.012 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1345369 3 0.7055 0.2281 0.020 0.004 0.428 0.364 0.068 0.116
#> SRR612178 4 0.4371 0.3597 0.000 0.404 0.008 0.576 0.004 0.008
#> SRR1354423 1 0.4129 -0.4031 0.564 0.000 0.000 0.012 0.424 0.000
#> SRR1072724 1 0.5996 0.4110 0.604 0.172 0.000 0.036 0.180 0.008
#> SRR1418450 4 0.3976 0.3903 0.000 0.380 0.004 0.612 0.004 0.000
#> SRR1326427 6 0.5789 0.8962 0.000 0.000 0.096 0.144 0.116 0.644
#> SRR1437412 5 0.6070 0.5710 0.228 0.000 0.000 0.100 0.588 0.084
#> SRR1327548 4 0.3925 0.5515 0.000 0.220 0.024 0.744 0.004 0.008
#> SRR1395891 1 0.2106 0.6527 0.904 0.032 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR659367 2 0.5768 0.5623 0.120 0.688 0.004 0.084 0.080 0.024
#> SRR818961 5 0.4310 0.6859 0.440 0.000 0.000 0.020 0.540 0.000
#> SRR813704 1 0.1074 0.6474 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR613054 1 0.2378 0.5388 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1476467 1 0.5131 0.4676 0.680 0.104 0.000 0.032 0.184 0.000
#> SRR1407988 2 0.0653 0.8000 0.012 0.980 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1394776 2 0.2276 0.8050 0.020 0.912 0.000 0.040 0.020 0.008
#> SRR655578 2 0.2026 0.7899 0.024 0.924 0.000 0.028 0.020 0.004
#> SRR1310645 4 0.3436 0.5461 0.000 0.176 0.012 0.796 0.004 0.012
#> SRR1345628 5 0.4093 0.6220 0.476 0.000 0.000 0.008 0.516 0.000
#> SRR1479740 1 0.1838 0.6545 0.916 0.016 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1332095 1 0.6390 0.3282 0.512 0.232 0.000 0.008 0.224 0.024
#> SRR1444786 4 0.7465 0.4117 0.020 0.220 0.032 0.512 0.136 0.080
#> SRR1090070 1 0.2264 0.6529 0.888 0.012 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR662414 2 0.4734 0.6868 0.064 0.772 0.004 0.072 0.068 0.020
#> SRR661216 2 0.2308 0.7903 0.008 0.880 0.000 0.108 0.004 0.000
#> SRR656313 2 0.1577 0.8064 0.016 0.940 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR615671 2 0.7431 0.0872 0.144 0.484 0.004 0.224 0.120 0.024
#> SRR1350196 3 0.6416 0.2659 0.004 0.000 0.476 0.352 0.056 0.112
#> SRR1466580 1 0.4533 0.5492 0.732 0.108 0.000 0.004 0.148 0.008
#> SRR1408032 2 0.1847 0.8025 0.008 0.928 0.000 0.048 0.008 0.008
#> SRR1432913 4 0.4423 0.5667 0.000 0.224 0.020 0.720 0.024 0.012
#> SRR1360502 1 0.5784 0.4364 0.648 0.080 0.004 0.052 0.204 0.012
#> SRR1391901 2 0.2361 0.7897 0.012 0.880 0.000 0.104 0.004 0.000
#> SRR1311131 1 0.2214 0.6495 0.888 0.016 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1380636 1 0.1958 0.6233 0.896 0.004 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1332339 1 0.5002 0.5234 0.700 0.112 0.000 0.016 0.164 0.008
#> SRR1341563 2 0.2704 0.8016 0.024 0.888 0.000 0.056 0.024 0.008
#> SRR1359410 3 0.7357 -0.0217 0.000 0.272 0.396 0.256 0.040 0.036
#> SRR1473040 4 0.8081 -0.0613 0.128 0.000 0.304 0.372 0.104 0.092
#> SRR1321444 1 0.1367 0.6537 0.944 0.012 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1498765 2 0.3586 0.5997 0.000 0.712 0.004 0.280 0.000 0.004
#> SRR1312622 4 0.4253 0.5326 0.000 0.304 0.024 0.664 0.000 0.008
#> SRR615503 2 0.6475 0.2930 0.244 0.548 0.000 0.044 0.148 0.016
#> SRR1453192 1 0.1812 0.6160 0.912 0.008 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1433107 2 0.3087 0.7409 0.000 0.820 0.004 0.160 0.012 0.004
#> SRR1075384 1 0.3101 0.3544 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1356683 1 0.2389 0.5727 0.864 0.008 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR659049 1 0.1806 0.6131 0.908 0.004 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1368240 1 0.1588 0.6424 0.924 0.004 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1341739 1 0.2039 0.6472 0.904 0.020 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR613249 3 0.5283 0.5449 0.064 0.004 0.736 0.036 0.072 0.088
#> SRR663428 2 0.0767 0.7995 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1341302 4 0.4114 0.1606 0.000 0.460 0.004 0.532 0.004 0.000
#> SRR1073553 2 0.2133 0.8087 0.016 0.912 0.000 0.052 0.020 0.000
#> SRR1354093 3 0.3283 0.6471 0.000 0.008 0.836 0.108 0.004 0.044
#> SRR1406521 4 0.3570 0.5488 0.000 0.228 0.016 0.752 0.004 0.000
#> SRR1432049 1 0.3170 0.6326 0.840 0.032 0.000 0.016 0.112 0.000
#> SRR1453504 1 0.5102 0.4630 0.680 0.108 0.000 0.028 0.184 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.962 0.985 0.4920 0.509 0.509
#> 3 3 0.934 0.923 0.965 0.2770 0.840 0.695
#> 4 4 0.647 0.650 0.787 0.1343 0.934 0.826
#> 5 5 0.633 0.490 0.722 0.0826 0.839 0.548
#> 6 6 0.667 0.511 0.722 0.0513 0.894 0.593
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR814996 2 0.8763 0.5778 0.296 0.704
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1405078 1 0.9909 0.1988 0.556 0.444
#> SRR1437226 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1348138 2 0.9988 0.0745 0.480 0.520
#> SRR811423 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR615165 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.4815 0.8772 0.896 0.104
#> SRR664072 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1404084 1 0.3431 0.9224 0.936 0.064
#> SRR615994 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1442549 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.0376 0.9800 0.004 0.996
#> SRR1070597 1 0.3114 0.9319 0.944 0.056
#> SRR1332381 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.6887 0.7708 0.184 0.816
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.2423 0.9456 0.040 0.960
#> SRR662617 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR615153 2 0.0672 0.9764 0.008 0.992
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.4022 0.9034 0.080 0.920
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1086417 2 0.8813 0.5721 0.300 0.700
#> SRR1454095 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR821255 2 0.4562 0.8853 0.096 0.904
#> SRR820402 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1333083 2 0.9710 0.3342 0.400 0.600
#> SRR1384883 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR615850 1 0.7453 0.7283 0.788 0.212
#> SRR661949 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1441655 2 0.2778 0.9380 0.048 0.952
#> SRR613771 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.1414 0.9651 0.020 0.980
#> SRR663209 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR613831 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.2043 0.9552 0.968 0.032
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.5946 0.8249 0.144 0.856
#> SRR654993 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.9710 0.3326 0.600 0.400
#> SRR1323336 1 0.5519 0.8473 0.872 0.128
#> SRR663224 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.6343 0.8052 0.840 0.160
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1327548 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1350196 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.0376 0.9818 0.996 0.004
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.9710 0.3342 0.400 0.600
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.5519 0.8465 0.128 0.872
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.9866 0.2396 0.432 0.568
#> SRR663428 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.9835 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.9732 0.3213 0.596 0.404
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.6168 0.3248 0.000 0.588 0.412
#> SRR1359328 3 0.0592 0.9419 0.000 0.012 0.988
#> SRR821124 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1384073 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1312802 1 0.0424 0.9713 0.992 0.000 0.008
#> SRR1076559 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0424 0.9713 0.992 0.000 0.008
#> SRR1459631 2 0.1860 0.9233 0.000 0.948 0.052
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0424 0.9394 0.000 0.008 0.992
#> SRR613687 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.4452 0.7760 0.808 0.000 0.192
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.2261 0.9089 0.000 0.932 0.068
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0237 0.9364 0.000 0.004 0.996
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.4974 0.6931 0.000 0.236 0.764
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0237 0.9616 0.000 0.996 0.004
#> SRR1405078 3 0.4912 0.7281 0.196 0.008 0.796
#> SRR1437226 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326078 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1096806 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1440919 2 0.2356 0.9053 0.000 0.928 0.072
#> SRR1452824 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR615754 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.5016 0.6869 0.000 0.760 0.240
#> SRR614551 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1455761 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1465189 3 0.1289 0.9208 0.032 0.000 0.968
#> SRR1376895 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR657540 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR821096 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR612479 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1336048 3 0.5882 0.4449 0.348 0.000 0.652
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0829 0.9357 0.012 0.004 0.984
#> SRR811423 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 1 0.4974 0.6996 0.764 0.000 0.236
#> SRR1074550 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1355126 2 0.0592 0.9554 0.000 0.988 0.012
#> SRR615165 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0592 0.9554 0.000 0.988 0.012
#> SRR655325 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1417224 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR661687 2 0.5948 0.4499 0.000 0.640 0.360
#> SRR1431804 1 0.6154 0.3319 0.592 0.000 0.408
#> SRR664072 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR612923 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1500360 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 1 0.4702 0.7472 0.788 0.000 0.212
#> SRR615994 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0592 0.9419 0.000 0.012 0.988
#> SRR655519 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.3619 0.8269 0.000 0.136 0.864
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1362621 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1451718 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1095334 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.0237 0.9615 0.000 0.996 0.004
#> SRR614623 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.2066 0.9162 0.000 0.940 0.060
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1408615 3 0.0000 0.9328 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 2 0.3618 0.8423 0.104 0.884 0.012
#> SRR1332381 1 0.3941 0.8237 0.844 0.000 0.156
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.4209 0.8008 0.128 0.856 0.016
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR820350 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1453639 2 0.3375 0.8497 0.100 0.892 0.008
#> SRR662617 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR661782 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1331620 1 0.0424 0.9713 0.992 0.000 0.008
#> SRR1082809 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.4504 0.7504 0.804 0.000 0.196
#> SRR812412 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 2 0.0237 0.9615 0.004 0.996 0.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0424 0.9394 0.000 0.008 0.992
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.5968 0.4583 0.000 0.636 0.364
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0592 0.9554 0.000 0.988 0.012
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.8261 0.2046 0.396 0.524 0.080
#> SRR1454095 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR614791 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR821255 2 0.0747 0.9521 0.000 0.984 0.016
#> SRR820402 2 0.2261 0.9089 0.000 0.932 0.068
#> SRR1337284 2 0.4602 0.7721 0.152 0.832 0.016
#> SRR1333083 3 0.0829 0.9418 0.004 0.012 0.984
#> SRR1384883 2 0.2261 0.9089 0.000 0.932 0.068
#> SRR614431 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1384941 1 0.0237 0.9723 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 1 0.6302 0.0455 0.520 0.000 0.480
#> SRR1443332 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1469880 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1464977 1 0.2152 0.9336 0.948 0.036 0.016
#> SRR615850 3 0.6111 0.3265 0.396 0.000 0.604
#> SRR661949 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.4605 0.7406 0.000 0.204 0.796
#> SRR1441655 2 0.0747 0.9521 0.000 0.984 0.016
#> SRR613771 2 0.3941 0.8126 0.000 0.844 0.156
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0747 0.9521 0.000 0.984 0.016
#> SRR663209 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1414117 3 0.0829 0.9418 0.004 0.012 0.984
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR612203 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0424 0.9585 0.000 0.992 0.008
#> SRR613831 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402350 3 0.6280 0.0707 0.460 0.000 0.540
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.5216 0.6551 0.000 0.260 0.740
#> SRR1418243 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1322573 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR613615 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1355284 1 0.0592 0.9708 0.988 0.000 0.012
#> SRR1319395 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR818939 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1431694 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR614347 2 0.2261 0.9089 0.000 0.932 0.068
#> SRR1334228 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 1 0.6095 0.3586 0.608 0.000 0.392
#> SRR815422 2 0.5465 0.6054 0.000 0.712 0.288
#> SRR1360828 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1391660 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1441956 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR662930 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR614827 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR614587 2 0.2261 0.9089 0.000 0.932 0.068
#> SRR814052 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0237 0.9723 0.996 0.000 0.004
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1343239 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1410427 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1401185 2 0.1337 0.9423 0.012 0.972 0.016
#> SRR654993 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0829 0.9418 0.004 0.012 0.984
#> SRR1433819 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0424 0.9337 0.008 0.000 0.992
#> SRR1323336 1 0.4504 0.7703 0.804 0.000 0.196
#> SRR663224 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0237 0.9723 0.996 0.000 0.004
#> SRR656994 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.0592 0.9710 0.988 0.000 0.012
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR812080 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1479328 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR661421 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0424 0.9585 0.000 0.992 0.008
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0424 0.9337 0.008 0.000 0.992
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR612178 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1437412 2 0.6126 0.3578 0.000 0.600 0.400
#> SRR1327548 2 0.2261 0.9089 0.000 0.932 0.068
#> SRR1395891 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR659367 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0424 0.9718 0.992 0.000 0.008
#> SRR1332095 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1444786 2 0.5098 0.6762 0.000 0.752 0.248
#> SRR1090070 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR662414 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350196 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1466580 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 2 0.0237 0.9619 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360502 1 0.5591 0.5761 0.696 0.000 0.304
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311131 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1380636 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1332339 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.3686 0.8313 0.000 0.860 0.140
#> SRR1473040 3 0.0424 0.9394 0.000 0.008 0.992
#> SRR1321444 1 0.0237 0.9723 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR615503 2 0.0747 0.9521 0.000 0.984 0.016
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.6244 0.2292 0.000 0.440 0.560
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9726 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR613249 3 0.0475 0.9369 0.004 0.004 0.992
#> SRR663428 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0747 0.9439 0.000 0.016 0.984
#> SRR1406521 2 0.2261 0.9089 0.000 0.932 0.068
#> SRR1432049 1 0.0747 0.9701 0.984 0.000 0.016
#> SRR1453504 2 0.6075 0.5245 0.316 0.676 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 4 0.7862 -0.09078 0.000 0.364 0.272 0.364
#> SRR1359328 3 0.2216 0.82600 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR821124 2 0.0817 0.77310 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1335188 1 0.3726 0.66100 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1075825 2 0.0188 0.78235 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321921 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.1733 0.84834 0.000 0.024 0.948 0.028
#> SRR1384073 4 0.6430 0.42756 0.312 0.092 0.000 0.596
#> SRR1312802 1 0.5558 0.49383 0.548 0.000 0.020 0.432
#> SRR1076559 1 0.4941 0.26971 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1370085 1 0.2345 0.73098 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1460363 1 0.2345 0.73098 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1480221 2 0.3837 0.75967 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1476165 1 0.5285 0.47041 0.524 0.000 0.008 0.468
#> SRR1459631 2 0.4352 0.65123 0.000 0.816 0.080 0.104
#> SRR1448098 2 0.3172 0.77891 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1321401 2 0.3610 0.76876 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR807613 2 0.2530 0.78567 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR808086 3 0.2281 0.82784 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR613687 2 0.3649 0.76746 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1471011 4 0.6655 -0.29123 0.440 0.000 0.084 0.476
#> SRR1330284 2 0.0592 0.77645 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1320624 2 0.2345 0.72703 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1459519 1 0.0921 0.74304 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1091184 2 0.4426 0.64427 0.000 0.812 0.092 0.096
#> SRR1390561 1 0.3801 0.67839 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR658164 1 0.3444 0.68675 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1087079 2 0.0817 0.78601 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR814996 3 0.1940 0.83461 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1407410 2 0.4661 0.65122 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1453392 2 0.2345 0.72703 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1445873 1 0.0921 0.74181 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1419985 2 0.3942 0.75354 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR820938 3 0.6055 0.59854 0.000 0.240 0.664 0.096
#> SRR1476844 1 0.3801 0.67839 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1403526 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.1474 0.75896 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1441051 2 0.4103 0.74055 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR614287 2 0.3873 0.75819 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1092062 2 0.3801 0.76148 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR612611 2 0.0000 0.78137 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.4830 0.58582 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1405078 3 0.4920 0.68770 0.088 0.000 0.776 0.136
#> SRR1437226 2 0.3958 0.71618 0.000 0.816 0.024 0.160
#> SRR1326078 1 0.3569 0.67553 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1096806 3 0.5910 0.64670 0.000 0.208 0.688 0.104
#> SRR1440919 2 0.4483 0.64241 0.000 0.808 0.088 0.104
#> SRR1452824 1 0.5776 0.41605 0.504 0.000 0.028 0.468
#> SRR615754 1 0.2704 0.72350 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1341787 4 0.7343 -0.15993 0.000 0.420 0.156 0.424
#> SRR614551 2 0.3837 0.76076 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1380829 3 0.2345 0.84286 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1455761 1 0.2589 0.72002 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1465189 1 0.7923 -0.01083 0.340 0.000 0.336 0.324
#> SRR1376895 1 0.3172 0.70131 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1445002 1 0.2973 0.71697 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1469258 2 0.0707 0.78553 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1409239 1 0.0592 0.74541 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1480200 1 0.1940 0.73499 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1418323 1 0.3726 0.66100 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR657540 3 0.1940 0.84224 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR821096 2 0.3569 0.76987 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR613591 2 0.3907 0.75608 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1344205 3 0.0592 0.85341 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR612479 1 0.3837 0.67611 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1399950 1 0.4543 0.54451 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1336048 3 0.6217 0.49024 0.084 0.000 0.624 0.292
#> SRR1368896 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.2011 0.74115 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1312464 1 0.2081 0.73532 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1096478 1 0.2281 0.73183 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1459845 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.3356 0.78853 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR811423 1 0.4406 0.61252 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR615683 1 0.2345 0.73098 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1380336 2 0.0188 0.78053 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR817609 1 0.7379 0.26543 0.468 0.000 0.168 0.364
#> SRR1074550 3 0.2892 0.83088 0.000 0.036 0.896 0.068
#> SRR1499236 2 0.3801 0.76230 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR656083 1 0.2921 0.71860 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR817539 1 0.4431 0.53732 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1410801 1 0.3610 0.68890 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1347190 1 0.4746 0.47994 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1355126 2 0.4877 0.64857 0.008 0.664 0.000 0.328
#> SRR615165 3 0.0000 0.85394 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.3801 0.67839 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1097055 2 0.1716 0.78758 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1312370 2 0.4804 0.59882 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR655325 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.3801 0.76148 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR815685 2 0.0188 0.78235 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR817026 3 0.5929 0.71224 0.000 0.108 0.688 0.204
#> SRR1417224 2 0.4103 0.74500 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR661687 2 0.5977 0.45890 0.000 0.680 0.216 0.104
#> SRR1431804 4 0.7697 0.00669 0.316 0.000 0.240 0.444
#> SRR664072 3 0.0592 0.85341 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR612923 2 0.0592 0.77679 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1315890 1 0.0817 0.74297 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347726 4 0.4981 0.13439 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1500360 4 0.5643 0.23666 0.428 0.024 0.000 0.548
#> SRR1468360 2 0.4661 0.65122 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1404084 4 0.6357 -0.20923 0.388 0.000 0.068 0.544
#> SRR615994 3 0.0592 0.85341 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1475718 2 0.3074 0.78076 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1397200 3 0.1637 0.84030 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR655519 2 0.0469 0.77795 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1311308 3 0.6194 0.58241 0.000 0.260 0.644 0.096
#> SRR1368006 2 0.0817 0.77310 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR613651 1 0.4477 0.60305 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1362621 3 0.6993 0.54697 0.000 0.132 0.532 0.336
#> SRR1451718 4 0.5859 -0.03914 0.472 0.000 0.032 0.496
#> SRR1095334 3 0.0592 0.85341 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1079636 2 0.1557 0.75657 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1442549 2 0.4866 0.56748 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1466421 2 0.3801 0.76148 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR817397 2 0.3919 0.67520 0.000 0.840 0.056 0.104
#> SRR1341809 2 0.4661 0.65043 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR614623 2 0.0188 0.78235 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335005 2 0.3837 0.75967 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1407065 2 0.4483 0.64241 0.000 0.808 0.088 0.104
#> SRR1404483 2 0.2345 0.72703 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1096222 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.4888 0.53154 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1408615 3 0.3266 0.77250 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1070597 4 0.5378 -0.19922 0.012 0.448 0.000 0.540
#> SRR1332381 4 0.6451 -0.04231 0.456 0.000 0.068 0.476
#> SRR1457015 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 4 0.6339 0.50137 0.196 0.148 0.000 0.656
#> SRR1098385 2 0.3726 0.76447 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1363947 3 0.0000 0.85394 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.3907 0.75608 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR662055 2 0.0336 0.77930 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1310455 1 0.3688 0.66488 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1453639 4 0.5119 -0.21202 0.000 0.440 0.004 0.556
#> SRR662617 2 0.3764 0.76401 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR654778 1 0.3764 0.65751 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR661782 2 0.3942 0.75354 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1334396 1 0.4222 0.63923 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR613867 2 0.2921 0.78499 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1479412 1 0.4072 0.62023 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1331620 1 0.4382 0.67322 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1082809 1 0.4679 0.54964 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1417178 1 0.4250 0.63566 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1335278 1 0.3801 0.67839 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR665369 2 0.0817 0.78560 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR657552 4 0.7021 -0.13180 0.400 0.000 0.120 0.480
#> SRR812412 1 0.3172 0.70126 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1096500 2 0.4661 0.65122 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1347750 2 0.4679 0.64532 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR615153 2 0.5289 0.51615 0.020 0.636 0.000 0.344
#> SRR1434417 1 0.3873 0.67376 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1070159 3 0.2647 0.83061 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1332508 2 0.2216 0.78643 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1082059 4 0.7929 0.13077 0.008 0.308 0.232 0.452
#> SRR1402491 1 0.2469 0.72891 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1476595 2 0.4790 0.60546 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1320987 2 0.2011 0.78717 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1086417 4 0.8287 0.43524 0.184 0.256 0.048 0.512
#> SRR1454095 1 0.6277 -0.18170 0.476 0.056 0.000 0.468
#> SRR614791 2 0.0188 0.78052 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR821255 4 0.5398 -0.04303 0.016 0.404 0.000 0.580
#> SRR820402 2 0.4483 0.64241 0.000 0.808 0.088 0.104
#> SRR1337284 4 0.7034 0.45180 0.220 0.204 0.000 0.576
#> SRR1333083 3 0.1867 0.83789 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1384883 2 0.4483 0.64241 0.000 0.808 0.088 0.104
#> SRR614431 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.1118 0.76744 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1370285 1 0.3837 0.67611 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1446673 3 0.0592 0.85341 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1318046 2 0.0000 0.78137 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0592 0.85341 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1384941 1 0.2345 0.72564 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1322864 2 0.3311 0.77623 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1476825 4 0.7282 0.03574 0.164 0.000 0.336 0.500
#> SRR1443332 2 0.3837 0.75978 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR662486 2 0.2469 0.78574 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1447019 1 0.3837 0.67611 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR662942 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.85394 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.3219 0.69901 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1464977 4 0.6813 0.45215 0.292 0.132 0.000 0.576
#> SRR615850 3 0.6656 0.41100 0.188 0.000 0.624 0.188
#> SRR661949 2 0.3764 0.76401 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1322227 3 0.4844 0.74119 0.000 0.108 0.784 0.108
#> SRR1441655 4 0.5890 0.33284 0.072 0.268 0.000 0.660
#> SRR613771 2 0.6637 0.50821 0.000 0.608 0.132 0.260
#> SRR1479471 1 0.3837 0.67611 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1488918 2 0.0336 0.77935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1414040 2 0.3907 0.75608 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1079850 2 0.5075 0.60806 0.012 0.644 0.000 0.344
#> SRR663209 1 0.3311 0.69523 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1364914 2 0.0336 0.77935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1408267 2 0.1940 0.78731 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1314894 1 0.2345 0.72564 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1414117 3 0.6500 0.57466 0.000 0.092 0.580 0.328
#> SRR1395975 2 0.4661 0.65489 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1402219 2 0.4855 0.57377 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1433623 1 0.2408 0.72993 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR656385 2 0.3907 0.75608 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR811213 2 0.0188 0.78235 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663657 3 0.3479 0.81812 0.000 0.012 0.840 0.148
#> SRR612203 1 0.3975 0.66584 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR613987 2 0.4564 0.67046 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR613831 3 0.1474 0.84931 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1354180 2 0.0707 0.78356 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1382912 1 0.3266 0.70622 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1475501 1 0.3801 0.67839 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1336930 1 0.3123 0.72069 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR613030 3 0.2611 0.83088 0.000 0.008 0.896 0.096
#> SRR1381459 2 0.0592 0.78503 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1402350 4 0.7844 0.12708 0.264 0.000 0.368 0.368
#> SRR1419408 1 0.3837 0.67611 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR655911 3 0.6857 0.34147 0.000 0.404 0.492 0.104
#> SRR1418243 1 0.3444 0.68525 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1322573 1 0.4277 0.60013 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR613615 3 0.0469 0.85342 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1355284 1 0.3486 0.71601 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1319395 1 0.3528 0.67892 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR818939 1 0.2345 0.73098 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1465266 1 0.3975 0.66584 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR614888 1 0.3726 0.66100 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1431694 1 0.4804 0.53742 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR614347 2 0.4483 0.64241 0.000 0.808 0.088 0.104
#> SRR1334228 3 0.0592 0.85341 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1096007 2 0.3907 0.75594 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR656349 1 0.7686 0.18097 0.436 0.000 0.228 0.336
#> SRR815422 2 0.5875 0.48004 0.000 0.692 0.204 0.104
#> SRR1360828 1 0.4008 0.67487 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1359005 2 0.2408 0.72397 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1456652 1 0.3569 0.67553 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1391660 1 0.3266 0.69664 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1441956 1 0.3444 0.68525 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR662930 2 0.3569 0.77003 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR615790 3 0.1474 0.84931 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR614827 2 0.4103 0.74500 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR614587 2 0.4608 0.63278 0.000 0.800 0.096 0.104
#> SRR814052 2 0.4605 0.66545 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1070086 1 0.2530 0.72148 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1481440 1 0.3975 0.66584 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1339296 3 0.0000 0.85394 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.0707 0.77509 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1432802 2 0.4830 0.58582 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1416911 1 0.2149 0.72944 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1410427 1 0.4661 0.45079 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1401185 4 0.6347 -0.01801 0.064 0.412 0.000 0.524
#> SRR654993 2 0.0336 0.77935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR656397 1 0.2011 0.73461 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR809643 3 0.2149 0.83777 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1433819 1 0.4454 0.56337 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1375225 2 0.0188 0.78045 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1367739 3 0.2011 0.83501 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1323336 4 0.5960 0.25274 0.380 0.016 0.020 0.584
#> SRR663224 2 0.3581 0.70359 0.000 0.852 0.032 0.116
#> SRR1442840 1 0.3837 0.67611 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1374058 1 0.2216 0.72830 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR656994 1 0.2647 0.71860 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1469214 2 0.0469 0.78404 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1456446 1 0.4679 0.66478 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1471879 2 0.4406 0.70321 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR612911 3 0.1474 0.84931 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1395720 2 0.0469 0.77795 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1413055 1 0.4222 0.63923 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR656770 2 0.4543 0.67706 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR812080 3 0.3463 0.81340 0.000 0.040 0.864 0.096
#> SRR1479328 1 0.4898 0.38032 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR661421 2 0.3801 0.76527 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1410286 2 0.0188 0.78053 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1487150 1 0.2589 0.72053 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1467035 1 0.3801 0.67839 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1360607 2 0.4134 0.73793 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1333106 2 0.0817 0.78499 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1088706 2 0.0188 0.78235 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1320053 3 0.3215 0.82077 0.000 0.032 0.876 0.092
#> SRR1350392 2 0.3569 0.76986 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1385190 3 0.2011 0.83391 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1080093 2 0.1716 0.78811 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1318753 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.3486 0.74384 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR612178 2 0.2589 0.73196 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1354423 1 0.3837 0.67611 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1072724 1 0.3219 0.69901 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1418450 2 0.2408 0.72397 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1326427 3 0.1637 0.84752 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1437412 4 0.7516 0.02206 0.000 0.264 0.240 0.496
#> SRR1327548 2 0.4483 0.64241 0.000 0.808 0.088 0.104
#> SRR1395891 1 0.3266 0.69664 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR659367 2 0.4866 0.56748 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR818961 1 0.3837 0.67611 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR813704 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.2973 0.71697 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1476467 1 0.3801 0.67839 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1407988 2 0.3907 0.75608 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1394776 2 0.2973 0.78222 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR655578 2 0.3907 0.75608 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1310645 2 0.2408 0.72397 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1345628 1 0.4164 0.64650 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1479740 1 0.3074 0.70553 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1332095 4 0.5565 0.37262 0.344 0.032 0.000 0.624
#> SRR1444786 2 0.7358 0.24046 0.000 0.448 0.160 0.392
#> SRR1090070 1 0.3266 0.69664 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR662414 2 0.4866 0.56748 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR661216 2 0.0000 0.78137 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656313 2 0.3688 0.76608 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR615671 2 0.4955 0.47856 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1350196 3 0.1302 0.84649 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1466580 1 0.3528 0.67898 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1408032 2 0.3764 0.76401 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1432913 2 0.3443 0.72564 0.000 0.848 0.016 0.136
#> SRR1360502 4 0.7475 -0.20449 0.404 0.000 0.176 0.420
#> SRR1391901 2 0.0921 0.77153 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1311131 1 0.3266 0.69664 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1380636 1 0.3266 0.69664 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1332339 1 0.4500 0.51544 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1341563 2 0.3837 0.75978 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1359410 2 0.5783 0.65096 0.000 0.692 0.088 0.220
#> SRR1473040 3 0.1716 0.83942 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1321444 1 0.2345 0.72564 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1498765 2 0.1716 0.75175 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1312622 2 0.2408 0.72397 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR615503 2 0.4907 0.53512 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1453192 1 0.2011 0.73461 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1433107 3 0.6842 0.23580 0.000 0.436 0.464 0.100
#> SRR1075384 1 0.3688 0.68453 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1356683 1 0.2408 0.72993 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR659049 1 0.0000 0.74443 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.2281 0.74477 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1341739 1 0.3444 0.68525 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR613249 3 0.1474 0.84374 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR663428 2 0.3907 0.75608 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1341302 2 0.1118 0.76773 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1073553 2 0.2281 0.78631 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1354093 3 0.1557 0.84842 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1406521 2 0.4483 0.64241 0.000 0.808 0.088 0.104
#> SRR1432049 1 0.3764 0.65771 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1453504 2 0.7159 0.05511 0.188 0.552 0.000 0.260
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 4 0.8058 0.01201 0.000 0.336 0.100 0.344 0.220
#> SRR1359328 3 0.2291 0.79222 0.000 0.000 0.908 0.036 0.056
#> SRR821124 2 0.4192 0.29082 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1335188 5 0.4290 0.55757 0.304 0.000 0.000 0.016 0.680
#> SRR1075825 2 0.3837 0.44110 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1321921 1 0.4268 0.11046 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1466198 3 0.3246 0.76774 0.000 0.000 0.808 0.184 0.008
#> SRR1384073 5 0.5779 0.33364 0.004 0.220 0.000 0.148 0.628
#> SRR1312802 5 0.7072 0.08952 0.400 0.000 0.076 0.088 0.436
#> SRR1076559 5 0.4380 0.44214 0.068 0.012 0.000 0.140 0.780
#> SRR1370085 1 0.3210 0.55751 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1460363 1 0.3109 0.56573 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1480221 2 0.0451 0.65094 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1476165 1 0.6339 0.21789 0.568 0.000 0.020 0.128 0.284
#> SRR1459631 4 0.3809 0.65277 0.000 0.256 0.008 0.736 0.000
#> SRR1448098 2 0.1410 0.63983 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1321401 2 0.0955 0.64930 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR807613 2 0.2389 0.61224 0.000 0.880 0.000 0.116 0.004
#> SRR808086 3 0.3572 0.75707 0.008 0.000 0.840 0.064 0.088
#> SRR613687 2 0.0510 0.65053 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1471011 5 0.7248 0.13780 0.360 0.000 0.064 0.128 0.448
#> SRR1330284 2 0.4060 0.36609 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1320624 4 0.3999 0.53094 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1459519 1 0.4045 0.33736 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1091184 4 0.4885 0.57419 0.000 0.332 0.016 0.636 0.016
#> SRR1390561 1 0.0510 0.64211 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR658164 5 0.3966 0.53737 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR1087079 2 0.3861 0.47481 0.000 0.712 0.000 0.284 0.004
#> SRR814996 3 0.1331 0.80938 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1407410 2 0.5236 0.47230 0.000 0.684 0.000 0.164 0.152
#> SRR1453392 4 0.3999 0.53601 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1445873 5 0.4294 0.23486 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1419985 2 0.0955 0.64279 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR820938 4 0.5826 0.08870 0.000 0.068 0.384 0.536 0.012
#> SRR1476844 1 0.0510 0.64211 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1403526 1 0.4242 0.16939 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1413916 2 0.4283 0.07822 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1441051 2 0.2726 0.61079 0.000 0.884 0.000 0.064 0.052
#> SRR614287 2 0.0290 0.65108 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1092062 2 0.0703 0.65162 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR612611 2 0.3949 0.41221 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1376356 2 0.4835 0.48566 0.000 0.724 0.000 0.156 0.120
#> SRR1405078 3 0.3640 0.74486 0.028 0.000 0.832 0.020 0.120
#> SRR1437226 4 0.6427 0.09738 0.000 0.392 0.004 0.452 0.152
#> SRR1326078 5 0.3913 0.54788 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1096806 4 0.3934 0.30134 0.000 0.008 0.276 0.716 0.000
#> SRR1440919 4 0.3756 0.65658 0.000 0.248 0.008 0.744 0.000
#> SRR1452824 5 0.7156 0.14445 0.364 0.000 0.064 0.116 0.456
#> SRR615754 1 0.2690 0.59541 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1341787 2 0.8138 0.13201 0.000 0.392 0.120 0.248 0.240
#> SRR614551 2 0.1597 0.64533 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR1380829 3 0.4725 0.73792 0.000 0.000 0.720 0.200 0.080
#> SRR1455761 5 0.4201 0.41319 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1465189 1 0.5680 0.39077 0.692 0.000 0.156 0.036 0.116
#> SRR1376895 5 0.3999 0.52873 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1445002 1 0.2230 0.61713 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1469258 2 0.3636 0.48624 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1409239 1 0.4268 0.11100 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1480200 1 0.3752 0.45941 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1418323 5 0.4309 0.55630 0.308 0.000 0.000 0.016 0.676
#> SRR657540 3 0.4193 0.67640 0.000 0.000 0.684 0.304 0.012
#> SRR821096 2 0.0880 0.64802 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR613591 2 0.1082 0.64824 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1344205 3 0.0898 0.81681 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR612479 1 0.0880 0.63117 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1399950 5 0.4813 0.50225 0.180 0.000 0.028 0.048 0.744
#> SRR1336048 3 0.6621 0.56488 0.052 0.000 0.588 0.124 0.236
#> SRR1368896 1 0.4227 0.19036 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1379403 4 0.4305 0.13430 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1312464 1 0.3730 0.46609 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1096478 1 0.3424 0.52795 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1459845 1 0.4249 0.15821 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1348138 3 0.6227 0.61522 0.180 0.000 0.580 0.232 0.008
#> SRR811423 1 0.3561 0.53131 0.844 0.000 0.024 0.032 0.100
#> SRR615683 1 0.3534 0.51426 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1380336 2 0.3966 0.41729 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR817609 1 0.6448 0.34365 0.640 0.000 0.132 0.080 0.148
#> SRR1074550 3 0.4193 0.67435 0.000 0.000 0.684 0.304 0.012
#> SRR1499236 2 0.0404 0.65108 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR656083 1 0.2329 0.61336 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR817539 5 0.3845 0.54043 0.208 0.000 0.000 0.024 0.768
#> SRR1410801 1 0.1341 0.63705 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1347190 5 0.5352 0.40065 0.160 0.000 0.004 0.152 0.684
#> SRR1355126 2 0.3857 0.54196 0.000 0.808 0.000 0.084 0.108
#> SRR615165 3 0.1557 0.81325 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> SRR1466046 1 0.0290 0.64153 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1097055 2 0.3231 0.55735 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1312370 2 0.4630 0.50214 0.000 0.744 0.000 0.140 0.116
#> SRR655325 1 0.4235 0.18029 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR810177 2 0.0510 0.65053 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR815685 2 0.4029 0.42536 0.000 0.680 0.000 0.316 0.004
#> SRR817026 4 0.5732 -0.07097 0.048 0.000 0.356 0.572 0.024
#> SRR1417224 2 0.3980 0.56377 0.000 0.796 0.000 0.128 0.076
#> SRR661687 4 0.4170 0.65481 0.000 0.192 0.048 0.760 0.000
#> SRR1431804 1 0.7471 0.09067 0.440 0.000 0.064 0.328 0.168
#> SRR664072 3 0.0324 0.81585 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR612923 2 0.4227 0.26256 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1315890 1 0.4171 0.25234 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1347726 5 0.5366 0.40475 0.028 0.112 0.000 0.144 0.716
#> SRR1500360 5 0.4692 0.46005 0.036 0.144 0.000 0.052 0.768
#> SRR1468360 2 0.5123 0.48180 0.000 0.696 0.000 0.160 0.144
#> SRR1404084 5 0.7220 0.13433 0.324 0.008 0.028 0.172 0.468
#> SRR615994 3 0.0898 0.81681 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1475718 2 0.1638 0.64424 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1397200 3 0.0609 0.81406 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR655519 2 0.4045 0.37290 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1311308 4 0.5243 0.24050 0.000 0.040 0.328 0.620 0.012
#> SRR1368006 2 0.4088 0.34637 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR613651 5 0.5641 0.49093 0.268 0.000 0.032 0.056 0.644
#> SRR1362621 4 0.6442 0.12583 0.160 0.000 0.084 0.640 0.116
#> SRR1451718 5 0.4742 0.40151 0.052 0.004 0.012 0.188 0.744
#> SRR1095334 3 0.0451 0.81550 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1079636 2 0.4403 0.12822 0.000 0.560 0.000 0.436 0.004
#> SRR1442549 2 0.5642 0.42957 0.000 0.636 0.000 0.184 0.180
#> SRR1466421 2 0.0404 0.65090 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR817397 4 0.3452 0.65783 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1341809 2 0.4020 0.54411 0.000 0.796 0.000 0.108 0.096
#> SRR614623 2 0.4029 0.42536 0.000 0.680 0.000 0.316 0.004
#> SRR1335005 2 0.0451 0.65094 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1407065 4 0.3607 0.65853 0.000 0.244 0.004 0.752 0.000
#> SRR1404483 4 0.4015 0.53349 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1096222 1 0.4262 0.12948 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1401793 5 0.6366 0.26831 0.360 0.000 0.032 0.084 0.524
#> SRR1408615 3 0.4094 0.72159 0.000 0.000 0.788 0.084 0.128
#> SRR1070597 2 0.6287 0.27658 0.000 0.512 0.000 0.176 0.312
#> SRR1332381 5 0.5154 0.39091 0.060 0.008 0.016 0.196 0.720
#> SRR1457015 1 0.4235 0.18175 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1386797 5 0.6497 0.12849 0.000 0.308 0.004 0.188 0.500
#> SRR1098385 2 0.0609 0.65010 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1363947 3 0.1168 0.81597 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR820350 2 0.0451 0.64879 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR662055 2 0.4015 0.38413 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1310455 5 0.3949 0.55667 0.300 0.000 0.000 0.004 0.696
#> SRR1453639 2 0.6758 0.22743 0.000 0.460 0.008 0.208 0.324
#> SRR662617 2 0.1408 0.64116 0.000 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR654778 5 0.4380 0.55728 0.304 0.000 0.000 0.020 0.676
#> SRR661782 2 0.0771 0.64559 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1334396 1 0.2554 0.57344 0.892 0.000 0.000 0.036 0.072
#> SRR613867 2 0.2825 0.61238 0.000 0.860 0.000 0.124 0.016
#> SRR1479412 5 0.4223 0.55537 0.248 0.000 0.000 0.028 0.724
#> SRR1331620 5 0.5984 0.09002 0.416 0.000 0.004 0.096 0.484
#> SRR1082809 5 0.5448 0.45509 0.248 0.000 0.028 0.056 0.668
#> SRR1417178 1 0.2450 0.57565 0.896 0.000 0.000 0.028 0.076
#> SRR1335278 1 0.0609 0.64232 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR665369 2 0.3932 0.42887 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR657552 1 0.7377 0.20693 0.508 0.000 0.084 0.152 0.256
#> SRR812412 5 0.3999 0.52873 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1096500 2 0.5087 0.48636 0.000 0.700 0.000 0.152 0.148
#> SRR1347750 2 0.3970 0.54649 0.000 0.800 0.000 0.104 0.096
#> SRR615153 2 0.8139 0.12561 0.172 0.416 0.000 0.248 0.164
#> SRR1434417 1 0.0880 0.63117 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1070159 3 0.4194 0.75476 0.016 0.000 0.804 0.088 0.092
#> SRR1332508 2 0.3132 0.57583 0.000 0.820 0.000 0.172 0.008
#> SRR1082059 4 0.8320 0.07443 0.008 0.268 0.092 0.320 0.312
#> SRR1402491 1 0.3143 0.56473 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1476595 2 0.4630 0.50150 0.000 0.744 0.000 0.140 0.116
#> SRR1320987 2 0.3398 0.54069 0.000 0.780 0.000 0.216 0.004
#> SRR1086417 5 0.8850 0.05116 0.232 0.172 0.020 0.228 0.348
#> SRR1454095 5 0.5164 0.47392 0.084 0.168 0.000 0.024 0.724
#> SRR614791 2 0.3999 0.39021 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR821255 2 0.6300 0.22965 0.000 0.488 0.000 0.164 0.348
#> SRR820402 4 0.3642 0.66165 0.000 0.232 0.008 0.760 0.000
#> SRR1337284 5 0.6208 -0.00715 0.000 0.376 0.000 0.144 0.480
#> SRR1333083 3 0.1596 0.80832 0.012 0.000 0.948 0.012 0.028
#> SRR1384883 4 0.3700 0.66016 0.000 0.240 0.008 0.752 0.000
#> SRR614431 1 0.4242 0.17116 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1481106 2 0.4359 0.25424 0.000 0.584 0.000 0.412 0.004
#> SRR1370285 1 0.0162 0.63941 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446673 3 0.0609 0.81674 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1318046 2 0.3913 0.42484 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1341188 3 0.0609 0.81674 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1384941 5 0.4219 0.39473 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1322864 2 0.1121 0.64530 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1476825 3 0.8220 0.34989 0.216 0.000 0.392 0.144 0.248
#> SRR1443332 2 0.0798 0.65145 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR662486 2 0.2536 0.60757 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> SRR1447019 1 0.0771 0.63363 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR662942 1 0.4235 0.18232 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR613102 3 0.1557 0.81297 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> SRR1469880 5 0.3966 0.53799 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR1464977 5 0.6035 0.28906 0.004 0.272 0.000 0.144 0.580
#> SRR615850 3 0.4910 0.65709 0.036 0.000 0.724 0.032 0.208
#> SRR661949 2 0.0290 0.65108 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1322227 3 0.6264 0.47755 0.000 0.096 0.552 0.328 0.024
#> SRR1441655 5 0.6530 0.06817 0.000 0.296 0.004 0.200 0.500
#> SRR613771 4 0.6912 0.04737 0.000 0.364 0.028 0.456 0.152
#> SRR1479471 1 0.0880 0.63117 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1488918 2 0.4150 0.32720 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1414040 2 0.0451 0.64879 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1079850 2 0.3159 0.58584 0.000 0.856 0.000 0.056 0.088
#> SRR663209 5 0.4402 0.52580 0.352 0.000 0.000 0.012 0.636
#> SRR1364914 2 0.4126 0.34340 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1408267 2 0.3461 0.53354 0.000 0.772 0.000 0.224 0.004
#> SRR1314894 5 0.4219 0.39473 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1414117 4 0.7404 -0.09772 0.244 0.000 0.192 0.496 0.068
#> SRR1395975 2 0.5273 0.47181 0.000 0.680 0.000 0.164 0.156
#> SRR1402219 2 0.5334 0.45437 0.000 0.672 0.000 0.180 0.148
#> SRR1433623 1 0.3242 0.55466 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR656385 2 0.0451 0.64887 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR811213 2 0.3774 0.45679 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR663657 3 0.5988 0.50678 0.004 0.000 0.480 0.420 0.096
#> SRR612203 1 0.1485 0.61911 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> SRR613987 2 0.4970 0.48047 0.000 0.712 0.000 0.140 0.148
#> SRR613831 3 0.3659 0.74414 0.000 0.000 0.768 0.220 0.012
#> SRR1354180 2 0.3983 0.41566 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1382912 1 0.1908 0.62620 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1475501 1 0.0510 0.64211 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1336930 1 0.2890 0.58944 0.836 0.000 0.000 0.004 0.160
#> SRR613030 3 0.4371 0.62756 0.000 0.000 0.644 0.344 0.012
#> SRR1381459 2 0.3928 0.46193 0.000 0.700 0.000 0.296 0.004
#> SRR1402350 5 0.7232 -0.09109 0.044 0.000 0.328 0.172 0.456
#> SRR1419408 1 0.0324 0.64049 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR655911 4 0.4541 0.53749 0.000 0.084 0.172 0.744 0.000
#> SRR1418243 5 0.3932 0.54532 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1322573 5 0.4394 0.53704 0.220 0.000 0.000 0.048 0.732
#> SRR613615 3 0.1956 0.80740 0.000 0.000 0.916 0.076 0.008
#> SRR1355284 5 0.4331 0.48126 0.400 0.000 0.000 0.004 0.596
#> SRR1319395 5 0.3932 0.54532 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR818939 1 0.3534 0.51267 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1465266 1 0.1195 0.62655 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR614888 5 0.4400 0.55657 0.308 0.000 0.000 0.020 0.672
#> SRR1431694 1 0.4832 0.39690 0.720 0.000 0.000 0.104 0.176
#> SRR614347 4 0.3642 0.66165 0.000 0.232 0.008 0.760 0.000
#> SRR1334228 3 0.0451 0.81580 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1096007 2 0.1124 0.64558 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR656349 1 0.6625 0.33173 0.624 0.000 0.140 0.088 0.148
#> SRR815422 4 0.4204 0.65572 0.000 0.196 0.048 0.756 0.000
#> SRR1360828 5 0.4800 0.51504 0.368 0.000 0.000 0.028 0.604
#> SRR1359005 4 0.3857 0.58778 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1456652 5 0.3913 0.54788 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1391660 5 0.3932 0.54532 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1441956 5 0.3932 0.54532 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR662930 2 0.0880 0.64802 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR615790 3 0.3690 0.74158 0.000 0.000 0.764 0.224 0.012
#> SRR614827 2 0.3526 0.58509 0.000 0.832 0.000 0.096 0.072
#> SRR614587 4 0.3750 0.66160 0.000 0.232 0.012 0.756 0.000
#> SRR814052 2 0.4624 0.51925 0.000 0.744 0.000 0.144 0.112
#> SRR1070086 5 0.4210 0.40600 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1481440 1 0.1485 0.61911 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> SRR1339296 3 0.1168 0.81597 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1343239 2 0.4581 0.32505 0.000 0.624 0.004 0.360 0.012
#> SRR1432802 2 0.5372 0.45395 0.000 0.668 0.000 0.180 0.152
#> SRR1416911 5 0.4249 0.35048 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1410427 5 0.5123 0.45512 0.140 0.004 0.000 0.148 0.708
#> SRR1401185 2 0.5976 0.21550 0.000 0.508 0.000 0.116 0.376
#> SRR654993 2 0.4171 0.31639 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR656397 1 0.3561 0.50341 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR809643 3 0.4251 0.66787 0.000 0.000 0.672 0.316 0.012
#> SRR1433819 5 0.4630 0.49103 0.176 0.000 0.000 0.088 0.736
#> SRR1375225 2 0.4045 0.37459 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1367739 3 0.2502 0.79823 0.012 0.000 0.904 0.024 0.060
#> SRR1323336 5 0.5955 0.36556 0.040 0.072 0.016 0.188 0.684
#> SRR663224 4 0.4722 0.52943 0.000 0.368 0.000 0.608 0.024
#> SRR1442840 1 0.0324 0.64049 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1374058 5 0.4235 0.37663 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR656994 5 0.4201 0.41319 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1469214 2 0.3684 0.47660 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1456446 1 0.4329 0.18679 0.672 0.000 0.000 0.016 0.312
#> SRR1471879 2 0.1942 0.62166 0.000 0.920 0.000 0.068 0.012
#> SRR612911 3 0.3628 0.74707 0.000 0.000 0.772 0.216 0.012
#> SRR1395720 2 0.4030 0.37829 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1413055 1 0.2793 0.55861 0.876 0.000 0.000 0.036 0.088
#> SRR656770 2 0.4671 0.52163 0.000 0.740 0.000 0.144 0.116
#> SRR812080 3 0.4457 0.59639 0.000 0.000 0.620 0.368 0.012
#> SRR1479328 5 0.5221 0.38329 0.128 0.000 0.004 0.172 0.696
#> SRR661421 2 0.2554 0.62245 0.000 0.892 0.000 0.072 0.036
#> SRR1410286 2 0.3983 0.40144 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1487150 5 0.4126 0.47028 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1467035 1 0.0324 0.64049 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1360607 2 0.1774 0.62835 0.000 0.932 0.000 0.052 0.016
#> SRR1333106 2 0.4638 0.42776 0.000 0.648 0.000 0.324 0.028
#> SRR1088706 2 0.4009 0.43166 0.000 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1320053 3 0.4339 0.63649 0.000 0.000 0.652 0.336 0.012
#> SRR1350392 2 0.0609 0.65010 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1385190 3 0.1934 0.80186 0.004 0.000 0.928 0.016 0.052
#> SRR1080093 2 0.3366 0.52227 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1318753 1 0.4278 0.08507 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1345369 3 0.4603 0.68561 0.000 0.016 0.772 0.116 0.096
#> SRR612178 4 0.4161 0.51607 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1354423 1 0.0880 0.63117 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1072724 5 0.4060 0.50551 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1418450 4 0.3857 0.58778 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1326427 3 0.4040 0.70957 0.000 0.000 0.712 0.276 0.012
#> SRR1437412 4 0.8076 0.02008 0.192 0.032 0.064 0.472 0.240
#> SRR1327548 4 0.3756 0.65658 0.000 0.248 0.008 0.744 0.000
#> SRR1395891 5 0.3949 0.54176 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR659367 2 0.5605 0.42844 0.000 0.640 0.000 0.192 0.168
#> SRR818961 1 0.0880 0.63117 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR813704 1 0.4273 0.10034 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR613054 1 0.2230 0.61713 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1476467 1 0.0566 0.64177 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1407988 2 0.0162 0.65012 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394776 2 0.2020 0.62033 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR655578 2 0.0898 0.64480 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1310645 4 0.3774 0.60992 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1345628 1 0.1836 0.60727 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR1479740 5 0.4030 0.51743 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1332095 5 0.4722 0.43667 0.016 0.136 0.000 0.088 0.760
#> SRR1444786 2 0.7624 0.08743 0.000 0.396 0.056 0.328 0.220
#> SRR1090070 5 0.4047 0.54966 0.320 0.000 0.000 0.004 0.676
#> SRR662414 2 0.5510 0.44086 0.000 0.652 0.000 0.184 0.164
#> SRR661216 2 0.3999 0.39176 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR656313 2 0.0510 0.65053 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR615671 2 0.5913 0.40510 0.000 0.616 0.004 0.188 0.192
#> SRR1350196 3 0.0703 0.81417 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1466580 5 0.3895 0.54958 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1408032 2 0.0290 0.65108 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1432913 4 0.4236 0.60016 0.000 0.328 0.004 0.664 0.004
#> SRR1360502 1 0.7584 0.17788 0.488 0.000 0.096 0.168 0.248
#> SRR1391901 2 0.4367 0.31763 0.000 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1311131 5 0.3932 0.54532 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1380636 5 0.3932 0.54532 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1332339 5 0.4186 0.51760 0.184 0.004 0.000 0.044 0.768
#> SRR1341563 2 0.0898 0.65121 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1359410 4 0.6577 0.45254 0.000 0.332 0.072 0.536 0.060
#> SRR1473040 3 0.1356 0.80958 0.004 0.000 0.956 0.012 0.028
#> SRR1321444 5 0.4219 0.39473 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1498765 2 0.4306 -0.04202 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1312622 4 0.3966 0.55889 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR615503 2 0.4964 0.47474 0.000 0.712 0.000 0.156 0.132
#> SRR1453192 1 0.3636 0.48836 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1433107 4 0.6103 0.32628 0.000 0.112 0.308 0.568 0.012
#> SRR1075384 1 0.0703 0.64177 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1356683 1 0.3210 0.55751 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR659049 1 0.4268 0.11155 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1368240 1 0.4448 -0.07925 0.516 0.000 0.000 0.004 0.480
#> SRR1341739 5 0.3932 0.54532 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR613249 3 0.0566 0.81532 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR663428 2 0.0404 0.65116 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1341302 2 0.4126 0.31825 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1073553 2 0.2753 0.59976 0.000 0.856 0.000 0.136 0.008
#> SRR1354093 3 0.3430 0.75021 0.000 0.000 0.776 0.220 0.004
#> SRR1406521 4 0.3671 0.66110 0.000 0.236 0.008 0.756 0.000
#> SRR1432049 5 0.4464 0.55708 0.288 0.000 0.000 0.028 0.684
#> SRR1453504 2 0.8383 0.00430 0.140 0.300 0.000 0.284 0.276
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.4924 0.49906 0.000 0.168 0.032 0.068 0.012 0.720
#> SRR1359328 3 0.3576 0.69967 0.000 0.000 0.800 0.004 0.060 0.136
#> SRR821124 4 0.4126 -0.11378 0.000 0.480 0.000 0.512 0.004 0.004
#> SRR1335188 1 0.1918 0.71512 0.904 0.000 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR1075825 2 0.3758 0.47853 0.000 0.668 0.000 0.324 0.008 0.000
#> SRR1321921 1 0.3126 0.53165 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1466198 3 0.3370 0.69194 0.000 0.000 0.772 0.212 0.004 0.012
#> SRR1384073 6 0.5364 0.24382 0.420 0.084 0.000 0.008 0.000 0.488
#> SRR1312802 6 0.7964 0.19240 0.272 0.000 0.072 0.056 0.288 0.312
#> SRR1076559 6 0.5930 0.12731 0.420 0.000 0.000 0.036 0.092 0.452
#> SRR1370085 5 0.3774 0.52984 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1460363 5 0.3695 0.58116 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1480221 2 0.0363 0.66260 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1476165 5 0.6394 -0.05349 0.092 0.000 0.012 0.048 0.436 0.412
#> SRR1459631 4 0.2062 0.73629 0.000 0.088 0.000 0.900 0.004 0.008
#> SRR1448098 2 0.0713 0.67398 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0665 0.67050 0.000 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR807613 2 0.2009 0.65663 0.000 0.904 0.000 0.084 0.008 0.004
#> SRR808086 3 0.5544 0.52716 0.000 0.000 0.612 0.040 0.088 0.260
#> SRR613687 2 0.0000 0.66709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471011 6 0.7644 0.23014 0.264 0.000 0.064 0.040 0.248 0.384
#> SRR1330284 2 0.4189 0.29394 0.000 0.552 0.000 0.436 0.008 0.004
#> SRR1320624 4 0.2994 0.62400 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1459519 1 0.3563 0.33102 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000
#> SRR1091184 4 0.4675 0.61234 0.000 0.220 0.040 0.708 0.012 0.020
#> SRR1390561 5 0.2730 0.75967 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR658164 1 0.0508 0.74462 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1087079 2 0.3940 0.46891 0.000 0.652 0.000 0.336 0.008 0.004
#> SRR814996 3 0.3038 0.73169 0.000 0.000 0.856 0.012 0.072 0.060
#> SRR1407410 6 0.4218 0.29321 0.000 0.428 0.000 0.016 0.000 0.556
#> SRR1453392 4 0.3192 0.61799 0.000 0.216 0.000 0.776 0.004 0.004
#> SRR1445873 1 0.2340 0.65979 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1419985 2 0.0865 0.65011 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR820938 4 0.4360 0.21305 0.000 0.004 0.336 0.636 0.008 0.016
#> SRR1476844 5 0.2823 0.75677 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1403526 1 0.3151 0.52356 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1413916 4 0.4111 -0.02553 0.000 0.456 0.000 0.536 0.004 0.004
#> SRR1441051 2 0.3189 0.40179 0.000 0.760 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR614287 2 0.0363 0.66401 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1092062 2 0.0291 0.66633 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR612611 2 0.3983 0.45065 0.000 0.640 0.000 0.348 0.008 0.004
#> SRR1376356 2 0.3854 -0.16744 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1405078 3 0.4789 0.68188 0.072 0.000 0.756 0.012 0.080 0.080
#> SRR1437226 6 0.6603 0.17156 0.000 0.276 0.000 0.208 0.048 0.468
#> SRR1326078 1 0.0622 0.74354 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1096806 4 0.2678 0.57982 0.000 0.000 0.116 0.860 0.004 0.020
#> SRR1440919 4 0.2290 0.73537 0.000 0.084 0.000 0.892 0.004 0.020
#> SRR1452824 6 0.7650 0.18171 0.300 0.000 0.060 0.040 0.244 0.356
#> SRR615754 5 0.3578 0.63497 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1341787 6 0.3471 0.50496 0.000 0.120 0.036 0.016 0.004 0.824
#> SRR614551 2 0.2039 0.62773 0.000 0.908 0.000 0.016 0.004 0.072
#> SRR1380829 3 0.6442 0.47243 0.000 0.000 0.520 0.128 0.076 0.276
#> SRR1455761 1 0.1204 0.72898 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1465189 5 0.3411 0.55376 0.012 0.000 0.040 0.028 0.848 0.072
#> SRR1376895 1 0.0806 0.74348 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR1445002 5 0.3390 0.68680 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR1469258 2 0.3634 0.51198 0.000 0.696 0.000 0.296 0.008 0.000
#> SRR1409239 1 0.3023 0.55992 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1480200 1 0.3838 -0.11158 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1418323 1 0.1701 0.72302 0.920 0.000 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR657540 3 0.4490 0.56297 0.000 0.000 0.616 0.348 0.008 0.028
#> SRR821096 2 0.0777 0.67269 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR613591 2 0.1333 0.64836 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1344205 3 0.1262 0.76343 0.000 0.000 0.956 0.016 0.020 0.008
#> SRR612479 5 0.3691 0.75611 0.172 0.000 0.000 0.020 0.784 0.024
#> SRR1399950 1 0.6253 0.38704 0.628 0.000 0.048 0.040 0.132 0.152
#> SRR1336048 3 0.6775 0.43352 0.052 0.000 0.536 0.036 0.124 0.252
#> SRR1368896 1 0.3244 0.49493 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1379403 4 0.3830 0.26762 0.000 0.376 0.000 0.620 0.004 0.000
#> SRR1312464 1 0.3857 -0.17812 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> SRR1096478 5 0.3804 0.49407 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR1459845 1 0.3266 0.48944 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1348138 3 0.6900 0.45195 0.000 0.000 0.436 0.252 0.244 0.068
#> SRR811423 5 0.4121 0.64921 0.080 0.000 0.016 0.024 0.800 0.080
#> SRR615683 1 0.3868 -0.29236 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1380336 2 0.4049 0.35810 0.000 0.580 0.000 0.412 0.004 0.004
#> SRR817609 5 0.6019 0.24321 0.028 0.000 0.064 0.048 0.600 0.260
#> SRR1074550 3 0.4432 0.55601 0.000 0.000 0.616 0.352 0.008 0.024
#> SRR1499236 2 0.0458 0.66439 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR656083 5 0.3409 0.68182 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000
#> SRR817539 1 0.2118 0.70572 0.888 0.000 0.000 0.008 0.000 0.104
#> SRR1410801 5 0.3126 0.73364 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR1347190 6 0.6287 0.26495 0.332 0.000 0.008 0.044 0.108 0.508
#> SRR1355126 2 0.5399 0.32028 0.036 0.688 0.008 0.036 0.032 0.200
#> SRR615165 3 0.1268 0.76287 0.000 0.000 0.952 0.036 0.004 0.008
#> SRR1466046 5 0.2762 0.75876 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1097055 2 0.3245 0.57357 0.000 0.764 0.000 0.228 0.008 0.000
#> SRR1312370 2 0.3841 0.04037 0.000 0.616 0.000 0.004 0.000 0.380
#> SRR655325 1 0.3151 0.52356 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR810177 2 0.0291 0.66633 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR815685 2 0.3774 0.47330 0.000 0.664 0.000 0.328 0.008 0.000
#> SRR817026 4 0.4890 0.32113 0.000 0.000 0.196 0.700 0.048 0.056
#> SRR1417224 2 0.4979 -0.17155 0.000 0.492 0.000 0.056 0.004 0.448
#> SRR661687 4 0.2189 0.71517 0.000 0.052 0.016 0.912 0.004 0.016
#> SRR1431804 5 0.6511 -0.05901 0.028 0.000 0.012 0.148 0.428 0.384
#> SRR664072 3 0.0964 0.76364 0.000 0.000 0.968 0.012 0.016 0.004
#> SRR612923 4 0.4446 -0.02947 0.000 0.444 0.000 0.532 0.004 0.020
#> SRR1315890 1 0.3390 0.43616 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1347726 1 0.4413 -0.07086 0.492 0.012 0.000 0.008 0.000 0.488
#> SRR1500360 1 0.5272 0.45919 0.692 0.064 0.000 0.024 0.032 0.188
#> SRR1468360 6 0.4256 0.24456 0.000 0.464 0.000 0.016 0.000 0.520
#> SRR1404084 6 0.6459 0.34070 0.152 0.000 0.012 0.048 0.240 0.548
#> SRR615994 3 0.1262 0.76343 0.000 0.000 0.956 0.016 0.020 0.008
#> SRR1475718 2 0.2249 0.66748 0.000 0.900 0.000 0.064 0.004 0.032
#> SRR1397200 3 0.2860 0.73726 0.000 0.000 0.868 0.012 0.068 0.052
#> SRR655519 2 0.4056 0.34483 0.000 0.576 0.000 0.416 0.004 0.004
#> SRR1311308 4 0.3970 0.39694 0.000 0.000 0.260 0.712 0.012 0.016
#> SRR1368006 2 0.4222 0.18484 0.000 0.516 0.000 0.472 0.008 0.004
#> SRR613651 1 0.5629 0.47924 0.660 0.000 0.020 0.036 0.092 0.192
#> SRR1362621 4 0.5342 0.23822 0.000 0.000 0.012 0.608 0.116 0.264
#> SRR1451718 6 0.5880 0.28991 0.336 0.000 0.000 0.036 0.100 0.528
#> SRR1095334 3 0.2046 0.75617 0.000 0.000 0.916 0.008 0.044 0.032
#> SRR1079636 2 0.4097 0.11830 0.000 0.500 0.000 0.492 0.008 0.000
#> SRR1442549 6 0.4150 0.36278 0.000 0.392 0.000 0.016 0.000 0.592
#> SRR1466421 2 0.0146 0.66571 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR817397 4 0.1556 0.73567 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.3390 0.26722 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR614623 2 0.3774 0.47330 0.000 0.664 0.000 0.328 0.008 0.000
#> SRR1335005 2 0.0363 0.66260 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1407065 4 0.1897 0.73649 0.000 0.084 0.000 0.908 0.004 0.004
#> SRR1404483 4 0.3052 0.61821 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004 0.000
#> SRR1096222 1 0.3244 0.50278 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1401793 1 0.6753 0.20481 0.504 0.000 0.016 0.044 0.192 0.244
#> SRR1408615 3 0.5383 0.56017 0.000 0.000 0.652 0.040 0.100 0.208
#> SRR1070597 6 0.5213 0.46849 0.076 0.292 0.000 0.020 0.000 0.612
#> SRR1332381 6 0.5850 0.36788 0.280 0.000 0.004 0.040 0.096 0.580
#> SRR1457015 1 0.3175 0.51690 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1386797 6 0.7067 0.48108 0.152 0.176 0.008 0.036 0.072 0.556
#> SRR1098385 2 0.0146 0.66571 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1363947 3 0.0717 0.76389 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR820350 2 0.0632 0.65767 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR662055 2 0.3934 0.40787 0.000 0.616 0.000 0.376 0.008 0.000
#> SRR1310455 1 0.1590 0.73115 0.936 0.000 0.000 0.008 0.008 0.048
#> SRR1453639 6 0.4102 0.52430 0.028 0.208 0.000 0.016 0.004 0.744
#> SRR662617 2 0.2249 0.62732 0.000 0.900 0.000 0.032 0.004 0.064
#> SRR654778 1 0.1918 0.71512 0.904 0.000 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR661782 2 0.1141 0.63662 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1334396 5 0.3564 0.71896 0.120 0.000 0.000 0.024 0.816 0.040
#> SRR613867 2 0.4733 0.37818 0.000 0.668 0.000 0.088 0.004 0.240
#> SRR1479412 1 0.2658 0.69255 0.864 0.000 0.000 0.008 0.016 0.112
#> SRR1331620 1 0.6182 0.07347 0.440 0.000 0.000 0.008 0.304 0.248
#> SRR1082809 1 0.6340 0.32653 0.588 0.000 0.020 0.044 0.164 0.184
#> SRR1417178 5 0.3576 0.68862 0.088 0.000 0.008 0.024 0.832 0.048
#> SRR1335278 5 0.2854 0.75559 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR665369 2 0.4006 0.39411 0.000 0.600 0.000 0.392 0.004 0.004
#> SRR657552 6 0.5203 0.09133 0.008 0.000 0.016 0.036 0.440 0.500
#> SRR812412 1 0.0806 0.74335 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR1096500 6 0.4246 0.26221 0.000 0.452 0.000 0.016 0.000 0.532
#> SRR1347750 2 0.3309 0.29959 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR615153 6 0.7160 0.41481 0.004 0.252 0.000 0.164 0.124 0.456
#> SRR1434417 5 0.3733 0.75380 0.168 0.000 0.000 0.020 0.784 0.028
#> SRR1070159 3 0.5858 0.56380 0.004 0.000 0.624 0.056 0.116 0.200
#> SRR1332508 2 0.3217 0.57670 0.000 0.768 0.000 0.224 0.008 0.000
#> SRR1082059 6 0.6810 0.42222 0.052 0.108 0.044 0.064 0.096 0.636
#> SRR1402491 5 0.3747 0.54973 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1476595 2 0.3634 0.11025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1320987 2 0.3445 0.54680 0.000 0.732 0.000 0.260 0.008 0.000
#> SRR1086417 6 0.6570 0.41341 0.100 0.048 0.008 0.048 0.188 0.608
#> SRR1454095 1 0.3719 0.60623 0.800 0.088 0.000 0.008 0.000 0.104
#> SRR614791 2 0.3887 0.43236 0.000 0.632 0.000 0.360 0.008 0.000
#> SRR821255 6 0.5491 0.43768 0.108 0.356 0.000 0.008 0.000 0.528
#> SRR820402 4 0.2203 0.73641 0.000 0.084 0.000 0.896 0.004 0.016
#> SRR1337284 6 0.5950 0.48977 0.232 0.248 0.000 0.008 0.000 0.512
#> SRR1333083 3 0.2961 0.74385 0.000 0.000 0.860 0.012 0.080 0.048
#> SRR1384883 4 0.1988 0.73337 0.000 0.072 0.008 0.912 0.004 0.004
#> SRR614431 1 0.3266 0.48944 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1481106 2 0.4222 0.20558 0.000 0.516 0.000 0.472 0.008 0.004
#> SRR1370285 5 0.3245 0.76013 0.184 0.000 0.000 0.016 0.796 0.004
#> SRR1446673 3 0.0717 0.76429 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1318046 2 0.3983 0.45065 0.000 0.640 0.000 0.348 0.008 0.004
#> SRR1341188 3 0.0862 0.76429 0.000 0.000 0.972 0.016 0.008 0.004
#> SRR1384941 1 0.1327 0.72442 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1322864 2 0.1124 0.67063 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR1476825 6 0.6960 0.00542 0.036 0.000 0.268 0.016 0.248 0.432
#> SRR1443332 2 0.1124 0.65255 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR662486 2 0.3043 0.63100 0.000 0.832 0.000 0.140 0.008 0.020
#> SRR1447019 5 0.3317 0.75834 0.168 0.000 0.000 0.012 0.804 0.016
#> SRR662942 1 0.3266 0.48944 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR613102 3 0.1116 0.76320 0.000 0.000 0.960 0.028 0.004 0.008
#> SRR1469880 1 0.0260 0.74466 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1464977 6 0.5811 0.46711 0.276 0.184 0.000 0.008 0.000 0.532
#> SRR615850 3 0.5697 0.59267 0.104 0.000 0.668 0.008 0.080 0.140
#> SRR661949 2 0.0603 0.66575 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1322227 3 0.6552 0.41126 0.000 0.064 0.480 0.340 0.008 0.108
#> SRR1441655 6 0.6570 0.47214 0.168 0.096 0.008 0.036 0.076 0.616
#> SRR613771 6 0.5679 0.34047 0.000 0.208 0.000 0.236 0.004 0.552
#> SRR1479471 5 0.3645 0.75768 0.176 0.000 0.000 0.020 0.784 0.020
#> SRR1488918 2 0.4126 0.19728 0.000 0.512 0.000 0.480 0.004 0.004
#> SRR1414040 2 0.0458 0.66166 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1079850 2 0.3381 0.52863 0.032 0.828 0.000 0.024 0.000 0.116
#> SRR663209 1 0.2226 0.73583 0.904 0.000 0.000 0.008 0.028 0.060
#> SRR1364914 2 0.4114 0.24889 0.000 0.532 0.000 0.460 0.004 0.004
#> SRR1408267 2 0.3490 0.54005 0.000 0.724 0.000 0.268 0.008 0.000
#> SRR1314894 1 0.1204 0.72860 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1414117 4 0.6697 0.05781 0.000 0.000 0.084 0.504 0.236 0.176
#> SRR1395975 6 0.4250 0.25286 0.000 0.456 0.000 0.016 0.000 0.528
#> SRR1402219 6 0.4262 0.24048 0.000 0.476 0.000 0.016 0.000 0.508
#> SRR1433623 5 0.3774 0.53241 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR656385 2 0.0937 0.65106 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR811213 2 0.3360 0.55127 0.000 0.732 0.000 0.264 0.000 0.004
#> SRR663657 4 0.7282 -0.33922 0.000 0.004 0.312 0.316 0.076 0.292
#> SRR612203 5 0.3736 0.74908 0.160 0.000 0.000 0.020 0.788 0.032
#> SRR613987 2 0.5886 -0.12325 0.016 0.508 0.008 0.040 0.032 0.396
#> SRR613831 3 0.4012 0.65134 0.000 0.000 0.712 0.256 0.008 0.024
#> SRR1354180 2 0.4079 0.40681 0.000 0.608 0.000 0.380 0.004 0.008
#> SRR1382912 5 0.3221 0.71561 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1475501 5 0.2730 0.75967 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1336930 5 0.3954 0.58418 0.372 0.000 0.000 0.004 0.620 0.004
#> SRR613030 3 0.4720 0.47492 0.000 0.000 0.556 0.404 0.012 0.028
#> SRR1381459 2 0.3925 0.47449 0.000 0.656 0.000 0.332 0.008 0.004
#> SRR1402350 6 0.7640 0.20043 0.152 0.000 0.208 0.044 0.128 0.468
#> SRR1419408 5 0.2730 0.75967 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR655911 4 0.2067 0.67130 0.000 0.016 0.064 0.912 0.004 0.004
#> SRR1418243 1 0.0520 0.74396 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1322573 1 0.4886 0.53750 0.720 0.000 0.008 0.040 0.060 0.172
#> SRR613615 3 0.2095 0.75131 0.000 0.000 0.904 0.076 0.004 0.016
#> SRR1355284 1 0.1327 0.72927 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1319395 1 0.0622 0.74354 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR818939 5 0.3857 0.38604 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1465266 5 0.3687 0.75148 0.164 0.000 0.000 0.016 0.788 0.032
#> SRR614888 1 0.1918 0.71512 0.904 0.000 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR1431694 5 0.5210 0.32182 0.084 0.000 0.000 0.004 0.532 0.380
#> SRR614347 4 0.2179 0.72509 0.000 0.064 0.008 0.908 0.004 0.016
#> SRR1334228 3 0.1269 0.76253 0.000 0.000 0.956 0.012 0.020 0.012
#> SRR1096007 2 0.0865 0.65160 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR656349 5 0.5260 0.31826 0.024 0.000 0.032 0.032 0.648 0.264
#> SRR815422 4 0.2189 0.71517 0.000 0.052 0.016 0.912 0.004 0.016
#> SRR1360828 1 0.2094 0.72375 0.908 0.000 0.000 0.008 0.016 0.068
#> SRR1359005 4 0.2504 0.70277 0.000 0.136 0.000 0.856 0.004 0.004
#> SRR1456652 1 0.0622 0.74354 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1391660 1 0.0260 0.74452 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1441956 1 0.0622 0.74354 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR662930 2 0.0951 0.67182 0.000 0.968 0.000 0.020 0.008 0.004
#> SRR615790 3 0.4034 0.64814 0.000 0.000 0.708 0.260 0.008 0.024
#> SRR614827 2 0.4631 -0.06787 0.000 0.536 0.000 0.032 0.004 0.428
#> SRR614587 4 0.1872 0.72956 0.000 0.064 0.008 0.920 0.004 0.004
#> SRR814052 2 0.4238 -0.09222 0.000 0.540 0.000 0.016 0.000 0.444
#> SRR1070086 1 0.1765 0.70605 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1481440 5 0.3816 0.74776 0.160 0.000 0.000 0.024 0.784 0.032
#> SRR1339296 3 0.0717 0.76389 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1343239 2 0.4814 0.38089 0.000 0.592 0.020 0.364 0.012 0.012
#> SRR1432802 6 0.4192 0.34273 0.000 0.412 0.000 0.016 0.000 0.572
#> SRR1416911 1 0.1387 0.72194 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1410427 1 0.4093 -0.00290 0.516 0.000 0.000 0.008 0.000 0.476
#> SRR1401185 2 0.6329 -0.31299 0.252 0.428 0.000 0.008 0.004 0.308
#> SRR654993 2 0.4117 0.24341 0.000 0.528 0.000 0.464 0.004 0.004
#> SRR656397 5 0.3851 0.40885 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR809643 3 0.5119 0.54385 0.000 0.000 0.576 0.352 0.020 0.052
#> SRR1433819 1 0.5558 0.31577 0.588 0.000 0.000 0.028 0.096 0.288
#> SRR1375225 2 0.4158 0.33797 0.000 0.572 0.000 0.416 0.008 0.004
#> SRR1367739 3 0.3514 0.72953 0.000 0.000 0.824 0.016 0.084 0.076
#> SRR1323336 6 0.6373 0.33988 0.300 0.016 0.008 0.036 0.096 0.544
#> SRR663224 4 0.5685 0.54579 0.000 0.252 0.020 0.604 0.008 0.116
#> SRR1442840 5 0.2697 0.76028 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1374058 1 0.1863 0.69972 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR656994 1 0.1265 0.73651 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044 0.000
#> SRR1469214 2 0.3690 0.49870 0.000 0.684 0.000 0.308 0.008 0.000
#> SRR1456446 1 0.5279 0.18814 0.564 0.000 0.000 0.016 0.348 0.072
#> SRR1471879 2 0.2219 0.54699 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR612911 3 0.4086 0.64928 0.000 0.000 0.708 0.256 0.008 0.028
#> SRR1395720 2 0.4010 0.35474 0.000 0.584 0.000 0.408 0.008 0.000
#> SRR1413055 5 0.3671 0.70255 0.100 0.000 0.000 0.028 0.816 0.056
#> SRR656770 2 0.4566 -0.18838 0.000 0.488 0.000 0.020 0.008 0.484
#> SRR812080 3 0.4662 0.44612 0.000 0.000 0.540 0.424 0.008 0.028
#> SRR1479328 6 0.6170 0.30142 0.324 0.000 0.000 0.044 0.124 0.508
#> SRR661421 2 0.3907 0.34898 0.000 0.704 0.000 0.028 0.000 0.268
#> SRR1410286 2 0.3905 0.44419 0.000 0.636 0.000 0.356 0.004 0.004
#> SRR1487150 1 0.1049 0.74069 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032 0.000
#> SRR1467035 5 0.2697 0.76028 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1360607 2 0.2020 0.58845 0.000 0.896 0.000 0.008 0.000 0.096
#> SRR1333106 2 0.5834 0.32865 0.000 0.496 0.000 0.316 0.004 0.184
#> SRR1088706 2 0.3789 0.46997 0.000 0.660 0.000 0.332 0.008 0.000
#> SRR1320053 3 0.4591 0.52055 0.000 0.000 0.588 0.376 0.012 0.024
#> SRR1350392 2 0.0508 0.66920 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1385190 3 0.3014 0.73530 0.000 0.000 0.860 0.016 0.068 0.056
#> SRR1080093 2 0.2809 0.61167 0.000 0.824 0.000 0.168 0.004 0.004
#> SRR1318753 1 0.3126 0.53076 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1345369 3 0.4648 0.41138 0.000 0.000 0.584 0.004 0.040 0.372
#> SRR612178 4 0.4473 0.54995 0.000 0.252 0.000 0.676 0.000 0.072
#> SRR1354423 5 0.3691 0.75611 0.172 0.000 0.000 0.020 0.784 0.024
#> SRR1072724 1 0.0891 0.74348 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1418450 4 0.2362 0.70413 0.000 0.136 0.000 0.860 0.004 0.000
#> SRR1326427 3 0.4617 0.58250 0.000 0.000 0.624 0.328 0.008 0.040
#> SRR1437412 6 0.5305 0.37162 0.000 0.012 0.012 0.140 0.168 0.668
#> SRR1327548 4 0.1845 0.73446 0.000 0.072 0.008 0.916 0.000 0.004
#> SRR1395891 1 0.0405 0.74473 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR659367 6 0.4039 0.41333 0.000 0.352 0.000 0.016 0.000 0.632
#> SRR818961 5 0.3767 0.75492 0.172 0.000 0.000 0.020 0.780 0.028
#> SRR813704 1 0.3126 0.53076 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR613054 5 0.3371 0.68999 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1476467 5 0.3243 0.75702 0.208 0.000 0.000 0.004 0.780 0.008
#> SRR1407988 2 0.0547 0.66016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1394776 2 0.1411 0.66402 0.000 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR655578 2 0.1387 0.62219 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1310645 4 0.2135 0.71205 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1345628 5 0.3499 0.72857 0.128 0.000 0.000 0.020 0.816 0.036
#> SRR1479740 1 0.0891 0.74255 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024 0.000
#> SRR1332095 1 0.5419 0.40228 0.664 0.048 0.000 0.024 0.040 0.224
#> SRR1444786 6 0.4143 0.52928 0.000 0.172 0.008 0.052 0.008 0.760
#> SRR1090070 1 0.0935 0.74351 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR662414 6 0.4168 0.35627 0.000 0.400 0.000 0.016 0.000 0.584
#> SRR661216 2 0.4046 0.42211 0.000 0.620 0.000 0.368 0.008 0.004
#> SRR656313 2 0.0405 0.66953 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR615671 6 0.4368 0.38709 0.004 0.372 0.000 0.016 0.004 0.604
#> SRR1350196 3 0.2841 0.73673 0.000 0.000 0.864 0.012 0.032 0.092
#> SRR1466580 1 0.1196 0.73559 0.952 0.000 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR1408032 2 0.0260 0.66585 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1432913 4 0.3493 0.68958 0.000 0.148 0.000 0.796 0.000 0.056
#> SRR1360502 5 0.6347 -0.09821 0.060 0.000 0.024 0.052 0.432 0.432
#> SRR1391901 2 0.4026 0.40388 0.000 0.612 0.000 0.376 0.012 0.000
#> SRR1311131 1 0.0363 0.74457 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1380636 1 0.0405 0.74491 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1332339 1 0.3161 0.57766 0.776 0.000 0.000 0.008 0.000 0.216
#> SRR1341563 2 0.1049 0.65153 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1359410 4 0.7098 0.24391 0.000 0.224 0.060 0.436 0.012 0.268
#> SRR1473040 3 0.2916 0.74379 0.000 0.000 0.864 0.012 0.072 0.052
#> SRR1321444 1 0.1141 0.73044 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1498765 4 0.4178 0.08187 0.000 0.428 0.000 0.560 0.008 0.004
#> SRR1312622 4 0.2814 0.67365 0.000 0.172 0.000 0.820 0.008 0.000
#> SRR615503 2 0.4323 -0.21247 0.008 0.508 0.000 0.008 0.000 0.476
#> SRR1453192 5 0.3867 0.32591 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1433107 4 0.5473 0.37263 0.000 0.060 0.288 0.608 0.004 0.040
#> SRR1075384 5 0.3081 0.75106 0.220 0.000 0.000 0.004 0.776 0.000
#> SRR1356683 5 0.3765 0.53937 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR659049 1 0.3076 0.54146 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1368240 1 0.3665 0.53458 0.728 0.000 0.000 0.000 0.252 0.020
#> SRR1341739 1 0.0622 0.74354 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR613249 3 0.1933 0.75750 0.000 0.000 0.920 0.004 0.044 0.032
#> SRR663428 2 0.0363 0.66260 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1341302 2 0.4204 0.25693 0.000 0.540 0.000 0.448 0.008 0.004
#> SRR1073553 2 0.2810 0.62142 0.000 0.832 0.000 0.156 0.008 0.004
#> SRR1354093 3 0.4321 0.62768 0.000 0.000 0.668 0.296 0.016 0.020
#> SRR1406521 4 0.1788 0.73608 0.000 0.076 0.000 0.916 0.004 0.004
#> SRR1432049 1 0.2566 0.69784 0.868 0.000 0.000 0.008 0.012 0.112
#> SRR1453504 6 0.7405 0.36168 0.144 0.144 0.000 0.224 0.020 0.468
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.966 0.986 0.4987 0.501 0.501
#> 3 3 0.881 0.901 0.958 0.3111 0.782 0.590
#> 4 4 0.773 0.846 0.900 0.1198 0.866 0.640
#> 5 5 0.747 0.750 0.860 0.0846 0.890 0.618
#> 6 6 0.718 0.592 0.740 0.0351 0.921 0.650
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR808086 1 0.9881 0.253 0.564 0.436
#> SRR613687 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR814996 1 0.7056 0.763 0.808 0.192
#> SRR1407410 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1405078 1 0.7219 0.751 0.800 0.200
#> SRR1437226 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1348138 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR811423 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR615165 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR664072 2 0.2778 0.944 0.048 0.952
#> SRR612923 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404084 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR615994 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1442549 2 0.0938 0.981 0.012 0.988
#> SRR1466421 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1408615 1 0.7219 0.753 0.800 0.200
#> SRR1070597 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.9815 0.288 0.580 0.420
#> SRR1098385 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.8499 0.609 0.276 0.724
#> SRR662617 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR615153 1 0.1633 0.957 0.976 0.024
#> SRR1434417 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.3431 0.927 0.064 0.936
#> SRR1332508 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.5294 0.860 0.120 0.880
#> SRR1402491 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.7056 0.760 0.192 0.808
#> SRR1320987 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1086417 1 0.9710 0.344 0.600 0.400
#> SRR1454095 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.9608 0.387 0.616 0.384
#> SRR820402 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1333083 1 0.9795 0.312 0.584 0.416
#> SRR1384883 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR615850 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR661949 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.2603 0.937 0.956 0.044
#> SRR613771 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.7815 0.696 0.232 0.768
#> SRR663209 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR613831 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1401185 1 0.6247 0.812 0.844 0.156
#> SRR654993 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.5946 0.827 0.144 0.856
#> SRR1433819 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR663224 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1327548 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1350196 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1391901 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473040 1 0.9686 0.366 0.604 0.396
#> SRR1321444 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.8267 0.646 0.260 0.740
#> SRR1453192 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR613249 1 0.4815 0.873 0.896 0.104
#> SRR663428 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359328 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 3 0.4555 0.746 0.000 0.200 0.800
#> SRR1448098 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.4399 0.762 0.812 0.000 0.188
#> SRR1330284 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.2261 0.864 0.000 0.068 0.932
#> SRR1390561 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.5835 0.463 0.000 0.660 0.340
#> SRR1445873 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.2537 0.856 0.000 0.080 0.920
#> SRR1476844 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.4974 0.687 0.236 0.000 0.764
#> SRR1437226 3 0.6280 0.232 0.000 0.460 0.540
#> SRR1326078 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 3 0.1529 0.882 0.000 0.040 0.960
#> SRR1452824 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 3 0.4931 0.675 0.000 0.232 0.768
#> SRR614551 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.1753 0.870 0.048 0.000 0.952
#> SRR1376895 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336048 3 0.6095 0.393 0.392 0.000 0.608
#> SRR1368896 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR811423 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 1 0.4452 0.756 0.808 0.000 0.192
#> SRR1074550 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417224 3 0.6215 0.288 0.000 0.428 0.572
#> SRR661687 3 0.1163 0.888 0.000 0.028 0.972
#> SRR1431804 3 0.5058 0.649 0.244 0.000 0.756
#> SRR664072 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 1 0.5948 0.431 0.640 0.000 0.360
#> SRR615994 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.0592 0.896 0.000 0.012 0.988
#> SRR1368006 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362621 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 3 0.6079 0.398 0.000 0.388 0.612
#> SRR1341809 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 3 0.4654 0.736 0.000 0.208 0.792
#> SRR1404483 2 0.6180 0.256 0.000 0.584 0.416
#> SRR1096222 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.5706 0.530 0.680 0.320 0.000
#> SRR1332381 1 0.3686 0.826 0.860 0.000 0.140
#> SRR1457015 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.4994 0.749 0.160 0.816 0.024
#> SRR1098385 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.5325 0.637 0.248 0.748 0.004
#> SRR662617 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.5397 0.606 0.720 0.000 0.280
#> SRR812412 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 1 0.7164 0.525 0.680 0.064 0.256
#> SRR1434417 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 3 0.6295 0.719 0.072 0.164 0.764
#> SRR1402491 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 3 0.6286 0.133 0.464 0.000 0.536
#> SRR1454095 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR821255 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR820402 3 0.3267 0.828 0.000 0.116 0.884
#> SRR1337284 2 0.5835 0.474 0.340 0.660 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384883 3 0.4555 0.746 0.000 0.200 0.800
#> SRR614431 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.6140 0.367 0.404 0.000 0.596
#> SRR1443332 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.6140 0.367 0.404 0.000 0.596
#> SRR661949 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.1163 0.889 0.000 0.028 0.972
#> SRR1441655 1 0.6111 0.347 0.604 0.396 0.000
#> SRR613771 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.5016 0.664 0.000 0.760 0.240
#> SRR1402350 3 0.5810 0.481 0.336 0.000 0.664
#> SRR1419408 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.1753 0.877 0.000 0.048 0.952
#> SRR1418243 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR614347 3 0.4235 0.773 0.000 0.176 0.824
#> SRR1334228 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 3 0.6225 0.237 0.432 0.000 0.568
#> SRR815422 3 0.1031 0.890 0.000 0.024 0.976
#> SRR1360828 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.4842 0.690 0.000 0.776 0.224
#> SRR614587 3 0.4555 0.746 0.000 0.200 0.800
#> SRR814052 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.4974 0.671 0.000 0.764 0.236
#> SRR1432802 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.6314 0.340 0.392 0.604 0.004
#> SRR654993 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.4399 0.762 0.812 0.000 0.188
#> SRR663224 3 0.4504 0.751 0.000 0.196 0.804
#> SRR1442840 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.4974 0.671 0.000 0.764 0.236
#> SRR812080 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.4750 0.702 0.000 0.784 0.216
#> SRR1354423 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327548 3 0.4555 0.746 0.000 0.200 0.800
#> SRR1395891 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.5859 0.454 0.000 0.656 0.344
#> SRR1345628 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444786 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.4750 0.702 0.000 0.784 0.216
#> SRR1350196 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 3 0.4504 0.751 0.000 0.196 0.804
#> SRR1360502 3 0.5098 0.643 0.248 0.000 0.752
#> SRR1391901 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 3 0.4121 0.781 0.000 0.168 0.832
#> SRR1473040 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.5948 0.415 0.000 0.640 0.360
#> SRR615503 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.4555 0.746 0.000 0.200 0.800
#> SRR1075384 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 3 0.4121 0.781 0.000 0.168 0.832
#> SRR1432049 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.5138 0.659 0.748 0.252 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 3 0.3831 0.7361 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR1359328 3 0.0469 0.8893 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR821124 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1335188 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1075825 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1321921 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.3400 0.7247 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1384073 2 0.0469 0.8113 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.2976 0.8213 0.872 0.008 0.120 0.000
#> SRR1076559 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.3444 0.8994 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1476165 1 0.1824 0.8820 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1459631 4 0.2760 0.8312 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1448098 2 0.4790 0.6467 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1321401 2 0.3649 0.8871 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR807613 4 0.2149 0.8238 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR808086 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613687 2 0.3528 0.8950 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1471011 1 0.5028 0.2876 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1330284 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1320624 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 4 0.4730 0.4849 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR1390561 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1087079 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR814996 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.2530 0.8941 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1453392 4 0.1576 0.8889 0.000 0.004 0.048 0.948
#> SRR1445873 1 0.1940 0.9227 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.3356 0.9010 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR820938 4 0.4998 0.1413 0.000 0.000 0.488 0.512
#> SRR1476844 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.2011 0.9222 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1441051 2 0.3444 0.8994 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR614287 2 0.3400 0.9006 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1092062 2 0.3444 0.8994 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR612611 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1376356 2 0.2469 0.8945 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1405078 3 0.3873 0.7040 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1437226 4 0.1792 0.8760 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1326078 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1096806 4 0.3569 0.7528 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1440919 4 0.3219 0.7920 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1452824 1 0.5263 0.0937 0.544 0.008 0.448 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 3 0.4973 0.4852 0.000 0.348 0.644 0.008
#> SRR614551 2 0.3907 0.8625 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1380829 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455761 1 0.2281 0.9187 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.2530 0.8294 0.100 0.004 0.896 0.000
#> SRR1376895 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1469258 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR821096 2 0.4072 0.8419 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR613591 2 0.3400 0.9006 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1344205 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612479 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.2593 0.9154 0.892 0.104 0.004 0.000
#> SRR1336048 3 0.2048 0.8553 0.064 0.008 0.928 0.000
#> SRR1368896 1 0.2011 0.9222 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.1389 0.9245 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0376 0.8926 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR811423 1 0.0524 0.9188 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR817609 3 0.4872 0.4891 0.356 0.004 0.640 0.000
#> SRR1074550 3 0.3444 0.7191 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1499236 2 0.3444 0.8995 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR656083 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.2973 0.8928 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.3837 0.8700 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR615165 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1097055 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1312370 2 0.2469 0.8945 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR655325 1 0.2011 0.9222 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.3444 0.8994 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR815685 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR817026 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1417224 2 0.4194 0.7424 0.000 0.800 0.172 0.028
#> SRR661687 4 0.3266 0.7872 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1431804 3 0.5212 0.3451 0.404 0.004 0.588 0.004
#> SRR664072 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612923 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1315890 1 0.1637 0.9239 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.4933 0.4756 0.568 0.432 0.000 0.000
#> SRR1500360 2 0.3219 0.6777 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.2530 0.8941 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1404084 1 0.4889 0.3879 0.636 0.004 0.360 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.4925 0.5389 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1397200 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1311308 4 0.4981 0.2210 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR1368006 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR613651 1 0.0921 0.9248 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1362621 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1451718 1 0.6075 0.7116 0.684 0.148 0.168 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079636 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1442549 2 0.2530 0.8941 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1466421 2 0.3444 0.8994 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR817397 4 0.2081 0.8660 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1341809 2 0.2469 0.8945 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR614623 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1335005 2 0.3444 0.8994 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1407065 4 0.2530 0.8432 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR1404483 4 0.1824 0.8834 0.000 0.004 0.060 0.936
#> SRR1096222 1 0.1389 0.9245 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1408615 3 0.0336 0.8908 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1070597 2 0.2714 0.7145 0.112 0.884 0.000 0.004
#> SRR1332381 1 0.6303 0.6739 0.660 0.148 0.192 0.000
#> SRR1457015 1 0.1557 0.9241 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.1443 0.8091 0.028 0.960 0.004 0.008
#> SRR1098385 2 0.3528 0.8950 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1363947 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.3400 0.9006 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR662055 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1310455 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.1059 0.8267 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR662617 2 0.3219 0.9010 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR654778 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.3311 0.9012 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1334396 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR613867 4 0.4999 -0.2617 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1479412 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0469 0.9237 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.6275 0.6011 0.640 0.104 0.256 0.000
#> SRR1417178 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR665369 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR657552 1 0.5970 0.3371 0.600 0.052 0.348 0.000
#> SRR812412 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.2530 0.8941 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1347750 2 0.2530 0.8955 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR615153 1 0.5415 0.7098 0.768 0.060 0.028 0.144
#> SRR1434417 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332508 4 0.2408 0.8063 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1082059 3 0.3519 0.8102 0.004 0.120 0.856 0.020
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.2530 0.8955 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1320987 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1086417 3 0.5741 0.2225 0.440 0.004 0.536 0.020
#> SRR1454095 2 0.4277 0.4806 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR614791 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR821255 2 0.0188 0.8218 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR820402 4 0.2589 0.8396 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1337284 2 0.0336 0.8146 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.2530 0.8432 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR614431 1 0.1389 0.9245 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1481106 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1370285 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1341188 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.4134 0.8332 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1476825 3 0.4059 0.7451 0.200 0.012 0.788 0.000
#> SRR1443332 2 0.3528 0.8950 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR662486 4 0.2647 0.7842 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1447019 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0336 0.9241 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.0469 0.8113 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.4699 0.5434 0.320 0.004 0.676 0.000
#> SRR661949 2 0.3400 0.9006 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1322227 3 0.3356 0.7304 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1441655 2 0.1771 0.8041 0.036 0.948 0.004 0.012
#> SRR613771 3 0.5902 0.6815 0.000 0.184 0.696 0.120
#> SRR1479471 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1488918 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1414040 2 0.3400 0.9006 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1079850 2 0.3486 0.8974 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR663209 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1364914 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1408267 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1314894 1 0.2345 0.9177 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.0524 0.8916 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1395975 2 0.2530 0.8941 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1402219 2 0.2530 0.8941 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.3400 0.9006 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR811213 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR663657 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR612203 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.3942 0.8587 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR613831 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1354180 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1382912 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0469 0.9237 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1381459 4 0.2048 0.8842 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR1402350 3 0.2949 0.8343 0.024 0.088 0.888 0.000
#> SRR1419408 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR655911 4 0.3266 0.7880 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1418243 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1355284 1 0.0592 0.9242 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.2125 0.8794 0.920 0.076 0.000 0.004
#> SRR614347 4 0.3074 0.8061 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1334228 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.3444 0.8994 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR656349 3 0.5137 0.2371 0.452 0.004 0.544 0.000
#> SRR815422 4 0.3266 0.7872 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1360828 1 0.0707 0.9247 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1359005 4 0.0000 0.9032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.2281 0.9187 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.4134 0.8332 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR615790 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614827 2 0.3674 0.8890 0.000 0.848 0.036 0.116
#> SRR614587 4 0.3074 0.8061 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR814052 2 0.2530 0.8941 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1070086 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 4 0.2048 0.8844 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR1432802 2 0.2530 0.8941 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1416911 1 0.2216 0.9199 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.3356 0.8693 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.1575 0.8225 0.004 0.956 0.028 0.012
#> SRR654993 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR656397 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433819 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1375225 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1367739 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.7103 0.4456 0.544 0.160 0.296 0.000
#> SRR663224 4 0.4661 0.5182 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1442840 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1469214 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1456446 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.2647 0.8973 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR612911 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1395720 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1413055 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.3634 0.8600 0.000 0.856 0.048 0.096
#> SRR812080 3 0.3356 0.7302 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1479328 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.3074 0.9001 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1410286 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1487150 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.3074 0.9008 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1333106 4 0.1118 0.8878 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1088706 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1320053 3 0.3356 0.7302 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1350392 2 0.4277 0.8111 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1385190 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080093 4 0.3688 0.6209 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1318753 1 0.2011 0.9222 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.1474 0.8704 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR612178 4 0.2376 0.8628 0.000 0.068 0.016 0.916
#> SRR1354423 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1418450 4 0.0000 0.9032 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326427 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1437412 3 0.2198 0.8594 0.000 0.072 0.920 0.008
#> SRR1327548 4 0.3172 0.7971 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1395891 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.2530 0.8941 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR818961 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.2011 0.9222 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.3400 0.9006 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1394776 2 0.4994 0.4081 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR655578 2 0.3074 0.9008 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1310645 4 0.1389 0.8875 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1345628 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.3649 0.6019 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1444786 3 0.3725 0.7652 0.000 0.180 0.812 0.008
#> SRR1090070 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.2530 0.8941 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR661216 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR656313 2 0.3569 0.8924 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR615671 2 0.2654 0.8924 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1350196 3 0.0188 0.8926 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1466580 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.3400 0.9006 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1432913 4 0.3024 0.8106 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1360502 3 0.2999 0.8056 0.132 0.004 0.864 0.000
#> SRR1391901 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1311131 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.3486 0.8589 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.3486 0.8974 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1359410 3 0.4605 0.7431 0.000 0.132 0.796 0.072
#> SRR1473040 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.2149 0.9209 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1498765 4 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1312622 4 0.1557 0.8837 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR615503 2 0.2408 0.8931 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.4977 0.0329 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR1075384 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9231 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.2011 0.9222 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0592 0.9246 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.2408 0.9165 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.8937 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663428 2 0.3400 0.9006 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1341302 4 0.0336 0.9038 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1073553 4 0.2408 0.8063 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1354093 3 0.0188 0.8931 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406521 4 0.2530 0.8432 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR1432049 1 0.2216 0.9199 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.5407 0.5196 0.668 0.036 0.000 0.296
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 3 0.5705 0.6710 0.000 0.192 0.684 0.076 0.048
#> SRR1359328 3 0.1012 0.8842 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> SRR821124 4 0.1270 0.8898 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1335188 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1075825 4 0.2561 0.8709 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1321921 5 0.4060 0.6225 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1466198 3 0.2516 0.8272 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1384073 5 0.3561 0.4530 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1312802 1 0.5232 0.5023 0.648 0.000 0.084 0.000 0.268
#> SRR1076559 5 0.1270 0.7716 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1370085 1 0.3003 0.6622 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1460363 1 0.3003 0.6622 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1480221 2 0.1270 0.8829 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1476165 1 0.0955 0.7871 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1459631 4 0.1043 0.8696 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1448098 2 0.2732 0.7959 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1321401 2 0.1410 0.8798 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR807613 4 0.4300 0.2095 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR808086 3 0.0290 0.8910 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR613687 2 0.1341 0.8812 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1471011 1 0.6545 0.2648 0.460 0.000 0.324 0.000 0.216
#> SRR1330284 4 0.1908 0.8901 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1320624 4 0.0404 0.8849 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1459519 1 0.4182 0.1072 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1091184 4 0.3857 0.5230 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658164 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1087079 4 0.2648 0.8668 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR814996 3 0.0290 0.8910 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1407410 2 0.2228 0.8611 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> SRR1453392 4 0.0693 0.8835 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR1445873 5 0.4030 0.6327 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1419985 2 0.0703 0.8869 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR820938 3 0.4171 0.3758 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 5 0.4114 0.5987 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1413916 4 0.1544 0.8927 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1441051 2 0.1043 0.8864 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR614287 2 0.0963 0.8870 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1092062 2 0.1270 0.8829 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR612611 4 0.2329 0.8808 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1376356 2 0.0880 0.8779 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1405078 3 0.3536 0.7228 0.156 0.000 0.812 0.000 0.032
#> SRR1437226 4 0.1173 0.8784 0.000 0.020 0.012 0.964 0.004
#> SRR1326078 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1096806 4 0.1908 0.8170 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1440919 4 0.0880 0.8662 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1452824 1 0.6585 0.2052 0.428 0.000 0.212 0.000 0.360
#> SRR615754 1 0.2377 0.7305 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1341787 3 0.5584 0.5112 0.000 0.292 0.628 0.020 0.060
#> SRR614551 2 0.2536 0.8251 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> SRR1380829 3 0.0671 0.8917 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1455761 5 0.3480 0.7124 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1465189 1 0.4003 0.4802 0.704 0.000 0.288 0.000 0.008
#> SRR1376895 5 0.1671 0.7763 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1445002 1 0.2127 0.7461 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1469258 4 0.2516 0.8733 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1409239 1 0.4304 -0.2283 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1480200 1 0.3837 0.4169 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1418323 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR657540 3 0.1270 0.8846 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR821096 2 0.2516 0.8153 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR613591 2 0.0880 0.8872 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1344205 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR612479 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 5 0.1597 0.7682 0.048 0.000 0.012 0.000 0.940
#> SRR1336048 3 0.1646 0.8723 0.020 0.004 0.944 0.000 0.032
#> SRR1368896 5 0.4114 0.5987 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1379403 4 0.1544 0.8928 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1312464 1 0.3395 0.5832 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1096478 1 0.3336 0.5991 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1459845 5 0.4219 0.5235 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1348138 3 0.3224 0.7754 0.160 0.000 0.824 0.016 0.000
#> SRR811423 1 0.0290 0.7972 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.3109 0.6445 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1380336 4 0.1671 0.8882 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR817609 1 0.4206 0.4852 0.696 0.000 0.288 0.000 0.016
#> SRR1074550 3 0.2690 0.8106 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1499236 2 0.0963 0.8874 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR656083 1 0.2280 0.7372 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR817539 5 0.0794 0.7567 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1410801 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 5 0.1270 0.7716 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1355126 2 0.3754 0.8038 0.000 0.816 0.000 0.100 0.084
#> SRR615165 3 0.0290 0.8921 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 4 0.2732 0.8604 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1312370 2 0.0703 0.8797 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR655325 5 0.4088 0.6113 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR810177 2 0.1270 0.8829 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR815685 4 0.2732 0.8604 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR817026 3 0.1704 0.8814 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004
#> SRR1417224 2 0.4280 0.7640 0.000 0.796 0.076 0.112 0.016
#> SRR661687 4 0.1197 0.8541 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1431804 1 0.5254 0.3834 0.640 0.000 0.300 0.048 0.012
#> SRR664072 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR612923 4 0.1341 0.8880 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1315890 5 0.4235 0.5061 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1347726 5 0.1670 0.7152 0.012 0.052 0.000 0.000 0.936
#> SRR1500360 5 0.1485 0.7519 0.020 0.032 0.000 0.000 0.948
#> SRR1468360 2 0.2228 0.8611 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> SRR1404084 1 0.5150 0.4576 0.652 0.000 0.272 0.000 0.076
#> SRR615994 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475718 2 0.3895 0.5146 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1397200 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655519 4 0.2020 0.8885 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1311308 4 0.4287 0.1006 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR1368006 4 0.2020 0.8889 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR613651 5 0.4610 0.5351 0.388 0.000 0.016 0.000 0.596
#> SRR1362621 3 0.3517 0.8237 0.100 0.000 0.832 0.068 0.000
#> SRR1451718 5 0.0290 0.7451 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1095334 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1079636 4 0.1908 0.8900 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1442549 2 0.2228 0.8611 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> SRR1466421 2 0.1270 0.8829 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR817397 4 0.0404 0.8771 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1341809 2 0.0609 0.8805 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR614623 4 0.2732 0.8604 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1335005 2 0.1270 0.8829 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1407065 4 0.0404 0.8771 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1404483 4 0.0798 0.8848 0.000 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1096222 5 0.4273 0.4455 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR1401793 1 0.4331 0.1644 0.596 0.000 0.004 0.000 0.400
#> SRR1408615 3 0.0703 0.8869 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1070597 2 0.6174 0.3925 0.088 0.560 0.000 0.024 0.328
#> SRR1332381 5 0.0798 0.7403 0.008 0.000 0.016 0.000 0.976
#> SRR1457015 5 0.4161 0.5704 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1386797 2 0.4300 0.2298 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1098385 2 0.1671 0.8698 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1363947 3 0.0162 0.8922 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR820350 2 0.0963 0.8870 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR662055 4 0.2127 0.8866 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1310455 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1453639 2 0.5246 0.6375 0.000 0.664 0.024 0.040 0.272
#> SRR662617 2 0.2020 0.8624 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR654778 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR661782 2 0.0510 0.8862 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.2690 0.8078 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1479412 5 0.1341 0.7733 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1331620 1 0.2648 0.7110 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1082809 5 0.3521 0.5376 0.004 0.000 0.232 0.000 0.764
#> SRR1417178 1 0.0162 0.7998 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335278 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 4 0.2329 0.8647 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR657552 1 0.4555 0.5610 0.732 0.004 0.212 0.000 0.052
#> SRR812412 5 0.3895 0.6660 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1096500 2 0.2228 0.8611 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> SRR1347750 2 0.0671 0.8823 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR615153 1 0.2011 0.7429 0.908 0.004 0.000 0.088 0.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0609 0.8884 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1332508 4 0.3636 0.7243 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1082059 3 0.6738 0.7134 0.052 0.080 0.668 0.088 0.112
#> SRR1402491 1 0.2471 0.7235 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1476595 2 0.0671 0.8823 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1320987 4 0.2732 0.8604 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1086417 1 0.6671 0.2221 0.532 0.000 0.328 0.068 0.072
#> SRR1454095 5 0.1830 0.7555 0.028 0.040 0.000 0.000 0.932
#> SRR614791 4 0.2230 0.8838 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR821255 2 0.3366 0.7203 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR820402 4 0.0510 0.8757 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1337284 5 0.4138 0.1648 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1333083 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1384883 4 0.0404 0.8771 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR614431 5 0.4249 0.4875 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1481106 4 0.1478 0.8910 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318046 4 0.2280 0.8823 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1341188 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1384941 5 0.3949 0.6551 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1322864 2 0.2648 0.8020 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1476825 3 0.4540 0.5661 0.268 0.008 0.700 0.000 0.024
#> SRR1443332 2 0.1845 0.8769 0.000 0.928 0.016 0.056 0.000
#> SRR662486 4 0.4060 0.5647 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662942 5 0.4302 0.3556 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR613102 3 0.0290 0.8921 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1469880 5 0.3707 0.6911 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1464977 5 0.4114 0.1775 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR615850 3 0.4528 0.6625 0.160 0.004 0.756 0.000 0.080
#> SRR661949 2 0.0963 0.8870 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1322227 3 0.2971 0.8074 0.000 0.008 0.836 0.156 0.000
#> SRR1441655 5 0.0963 0.7278 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR613771 3 0.5974 0.6765 0.000 0.176 0.668 0.108 0.048
#> SRR1479471 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 4 0.1732 0.8858 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1414040 2 0.0963 0.8870 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1079850 2 0.3459 0.8114 0.000 0.832 0.000 0.052 0.116
#> SRR663209 5 0.4088 0.6117 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1364914 4 0.1608 0.8897 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1408267 4 0.2732 0.8604 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1314894 5 0.2230 0.7649 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1414117 3 0.5624 0.3486 0.388 0.000 0.532 0.080 0.000
#> SRR1395975 2 0.2304 0.8611 0.000 0.908 0.000 0.044 0.048
#> SRR1402219 2 0.2228 0.8611 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> SRR1433623 1 0.2561 0.7152 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR656385 2 0.0510 0.8862 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR811213 4 0.2605 0.8686 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR663657 3 0.1357 0.8863 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004
#> SRR612203 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.3506 0.8013 0.000 0.824 0.000 0.132 0.044
#> SRR613831 3 0.1121 0.8865 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1354180 4 0.3003 0.7961 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1382912 1 0.1410 0.7759 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1475501 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.2377 0.7327 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR613030 3 0.1410 0.8823 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1381459 4 0.4334 0.7997 0.000 0.080 0.156 0.764 0.000
#> SRR1402350 3 0.2516 0.8060 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1419408 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655911 4 0.1410 0.8440 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1418243 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1322573 5 0.1270 0.7716 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR613615 3 0.1043 0.8874 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1355284 5 0.4242 0.4844 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1319395 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR818939 1 0.3003 0.6622 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1465266 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614888 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1431694 1 0.2036 0.7618 0.920 0.024 0.000 0.000 0.056
#> SRR614347 4 0.0703 0.8716 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1334228 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1096007 2 0.1121 0.8855 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR656349 1 0.3916 0.5442 0.732 0.000 0.256 0.000 0.012
#> SRR815422 4 0.1197 0.8541 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1360828 5 0.4268 0.4523 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR1359005 4 0.0162 0.8827 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1456652 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1391660 5 0.3109 0.7352 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1441956 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR662930 2 0.2424 0.8226 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR615790 3 0.1043 0.8874 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR614827 2 0.2046 0.8618 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> SRR614587 4 0.0609 0.8734 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR814052 2 0.2228 0.8611 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> SRR1070086 5 0.3837 0.6756 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1481440 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0162 0.8922 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1343239 4 0.4210 0.8248 0.000 0.096 0.124 0.780 0.000
#> SRR1432802 2 0.2228 0.8611 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> SRR1416911 5 0.3949 0.6555 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1410427 5 0.0798 0.7474 0.016 0.008 0.000 0.000 0.976
#> SRR1401185 5 0.4744 -0.0777 0.000 0.476 0.016 0.000 0.508
#> SRR654993 4 0.1478 0.8899 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR656397 1 0.3242 0.6189 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR809643 3 0.1197 0.8857 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1433819 5 0.1270 0.7716 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1375225 4 0.1732 0.8917 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1367739 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323336 5 0.1197 0.7697 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR663224 4 0.3969 0.5316 0.000 0.004 0.304 0.692 0.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 5 0.3857 0.6723 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR656994 5 0.3774 0.6836 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1469214 4 0.2690 0.8633 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1456446 1 0.0510 0.7962 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1471879 2 0.0290 0.8850 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR612911 3 0.1121 0.8865 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1395720 4 0.2230 0.8838 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.3138 0.8471 0.000 0.876 0.024 0.052 0.048
#> SRR812080 3 0.2516 0.8294 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1479328 5 0.1341 0.7707 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR661421 2 0.2144 0.8603 0.000 0.912 0.000 0.068 0.020
#> SRR1410286 4 0.2230 0.8843 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1487150 5 0.3895 0.6660 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1467035 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0404 0.8856 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1333106 4 0.2891 0.8203 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1088706 4 0.2648 0.8658 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1320053 3 0.2424 0.8365 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1350392 2 0.2020 0.8545 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1385190 3 0.0290 0.8910 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1080093 2 0.4307 -0.0146 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1318753 5 0.3999 0.6422 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1345369 3 0.1981 0.8638 0.000 0.028 0.924 0.000 0.048
#> SRR612178 2 0.4659 0.1216 0.000 0.496 0.012 0.492 0.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 5 0.3983 0.6466 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR1418450 4 0.0000 0.8813 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.1197 0.8857 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1437412 3 0.6870 0.4974 0.288 0.012 0.556 0.100 0.044
#> SRR1327548 4 0.1121 0.8576 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1395891 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR659367 2 0.2228 0.8611 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> SRR818961 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813704 5 0.4045 0.6277 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR613054 1 0.2127 0.7461 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1476467 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0963 0.8870 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1394776 2 0.3932 0.5062 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR655578 2 0.0404 0.8856 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1310645 4 0.0451 0.8805 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 5 0.3913 0.6624 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1332095 5 0.0794 0.7389 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1444786 3 0.5355 0.7259 0.000 0.152 0.724 0.076 0.048
#> SRR1090070 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR662414 2 0.2228 0.8611 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> SRR661216 4 0.2280 0.8826 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR656313 2 0.1341 0.8818 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR615671 2 0.3005 0.8438 0.000 0.884 0.028 0.040 0.048
#> SRR1350196 3 0.0324 0.8912 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1466580 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1408032 2 0.0963 0.8870 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1432913 4 0.1750 0.8628 0.000 0.036 0.028 0.936 0.000
#> SRR1360502 1 0.4599 0.3208 0.624 0.000 0.356 0.000 0.020
#> SRR1391901 4 0.2424 0.8776 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1311131 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1380636 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1332339 5 0.0912 0.7434 0.016 0.012 0.000 0.000 0.972
#> SRR1341563 2 0.1478 0.8772 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1359410 3 0.4317 0.7472 0.000 0.160 0.764 0.076 0.000
#> SRR1473040 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321444 5 0.3895 0.6660 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1498765 4 0.1341 0.8907 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1312622 4 0.0579 0.8821 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR615503 2 0.1197 0.8733 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1453192 1 0.3424 0.5759 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1433107 3 0.4101 0.4469 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.8017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.2561 0.7152 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR659049 5 0.4088 0.6113 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1368240 1 0.4192 0.0983 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1341739 5 0.1544 0.7775 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR613249 3 0.0162 0.8919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663428 2 0.0963 0.8870 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1341302 4 0.2020 0.8885 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1073553 4 0.3774 0.6856 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1354093 3 0.1121 0.8869 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1406521 4 0.0404 0.8771 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1432049 5 0.3636 0.6984 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1453504 1 0.3720 0.6173 0.760 0.012 0.000 0.228 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.5241 0.31267 0.000 0.160 0.196 0.008 0.000 0.636
#> SRR1359328 3 0.1970 0.75097 0.000 0.028 0.912 0.000 0.000 0.060
#> SRR821124 4 0.2491 0.71199 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0547 0.78975 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1075825 4 0.3982 0.34365 0.000 0.460 0.000 0.536 0.000 0.004
#> SRR1321921 1 0.2823 0.76560 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1466198 3 0.4444 0.74773 0.000 0.108 0.708 0.184 0.000 0.000
#> SRR1384073 6 0.3864 0.12710 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1312802 5 0.7017 0.11310 0.068 0.248 0.300 0.000 0.384 0.000
#> SRR1076559 1 0.3748 0.61472 0.748 0.224 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1370085 5 0.3151 0.60398 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR1460363 5 0.3175 0.59771 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> SRR1480221 2 0.3774 0.62941 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1476165 5 0.4283 0.60436 0.032 0.280 0.000 0.000 0.680 0.008
#> SRR1459631 4 0.0935 0.68798 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR1448098 2 0.5249 0.59082 0.000 0.600 0.000 0.156 0.000 0.244
#> SRR1321401 2 0.4619 0.63084 0.000 0.600 0.000 0.052 0.000 0.348
#> SRR807613 2 0.4835 0.24261 0.000 0.580 0.000 0.352 0.000 0.068
#> SRR808086 3 0.2734 0.74526 0.000 0.148 0.840 0.000 0.008 0.004
#> SRR613687 2 0.3890 0.63223 0.000 0.596 0.000 0.004 0.000 0.400
#> SRR1471011 3 0.7214 0.12310 0.076 0.268 0.380 0.000 0.272 0.004
#> SRR1330284 4 0.3101 0.68636 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1320624 4 0.1075 0.71497 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.3774 0.42287 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1091184 4 0.5528 -0.10517 0.000 0.144 0.348 0.508 0.000 0.000
#> SRR1390561 5 0.0363 0.79182 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR658164 1 0.0790 0.79131 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1087079 4 0.4084 0.47386 0.000 0.400 0.000 0.588 0.000 0.012
#> SRR814996 3 0.0865 0.77307 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 6 0.0603 0.64699 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR1453392 4 0.1075 0.71497 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.2762 0.76989 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1419985 2 0.3862 0.54367 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR820938 3 0.4975 0.63669 0.000 0.092 0.596 0.312 0.000 0.000
#> SRR1476844 5 0.0363 0.79182 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1403526 1 0.2823 0.76454 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1413916 4 0.2730 0.70663 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1441051 6 0.3756 -0.17217 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR614287 2 0.3823 0.60993 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1092062 2 0.3765 0.63082 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR612611 4 0.3830 0.53293 0.000 0.376 0.000 0.620 0.000 0.004
#> SRR1376356 6 0.2793 0.45052 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1405078 3 0.1679 0.76540 0.012 0.036 0.936 0.000 0.016 0.000
#> SRR1437226 4 0.6129 0.38148 0.000 0.292 0.028 0.540 0.008 0.132
#> SRR1326078 1 0.0547 0.78975 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1096806 4 0.3611 0.50306 0.000 0.108 0.096 0.796 0.000 0.000
#> SRR1440919 4 0.2358 0.61854 0.000 0.108 0.016 0.876 0.000 0.000
#> SRR1452824 3 0.7242 0.16577 0.084 0.264 0.392 0.000 0.256 0.004
#> SRR615754 5 0.2969 0.64235 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1341787 6 0.5058 0.39500 0.000 0.200 0.164 0.000 0.000 0.636
#> SRR614551 2 0.3607 0.60591 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1380829 3 0.4302 0.74833 0.000 0.232 0.712 0.048 0.004 0.004
#> SRR1455761 1 0.2454 0.78381 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1465189 5 0.3163 0.64453 0.000 0.040 0.140 0.000 0.820 0.000
#> SRR1376895 1 0.0865 0.79175 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1445002 5 0.2762 0.67171 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1469258 4 0.3961 0.39127 0.000 0.440 0.000 0.556 0.000 0.004
#> SRR1409239 1 0.3221 0.69963 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1480200 1 0.3862 0.20892 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1418323 1 0.0632 0.79057 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR657540 3 0.4486 0.74629 0.000 0.112 0.704 0.184 0.000 0.000
#> SRR821096 2 0.4873 0.62577 0.000 0.600 0.000 0.080 0.000 0.320
#> SRR613591 2 0.3864 0.55127 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1344205 3 0.0000 0.77998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612479 5 0.0725 0.79138 0.012 0.012 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1399950 1 0.4581 0.63312 0.728 0.116 0.144 0.000 0.008 0.004
#> SRR1336048 3 0.1610 0.75870 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.2883 0.75874 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1379403 4 0.2491 0.71252 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1312464 5 0.3765 0.24674 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1096478 5 0.3499 0.47724 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1459845 1 0.2823 0.76432 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1348138 3 0.6092 0.58872 0.000 0.096 0.580 0.084 0.240 0.000
#> SRR811423 5 0.1856 0.76408 0.000 0.048 0.032 0.000 0.920 0.000
#> SRR615683 5 0.3499 0.48316 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1380336 4 0.3240 0.68341 0.000 0.244 0.000 0.752 0.000 0.004
#> SRR817609 5 0.5465 0.39675 0.020 0.108 0.272 0.000 0.600 0.000
#> SRR1074550 3 0.4503 0.74427 0.000 0.108 0.700 0.192 0.000 0.000
#> SRR1499236 2 0.3823 0.60993 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR656083 5 0.2823 0.66373 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR817539 1 0.0725 0.78559 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1410801 5 0.0458 0.79087 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1347190 1 0.3876 0.60061 0.728 0.244 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1355126 2 0.4003 0.47628 0.032 0.716 0.000 0.000 0.004 0.248
#> SRR615165 3 0.2605 0.78004 0.000 0.108 0.864 0.028 0.000 0.000
#> SRR1466046 5 0.0363 0.79182 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1097055 2 0.4018 0.06005 0.000 0.580 0.000 0.412 0.000 0.008
#> SRR1312370 6 0.2793 0.45507 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR655325 1 0.2793 0.76748 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR810177 2 0.3774 0.62941 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR815685 2 0.3961 -0.04298 0.000 0.556 0.000 0.440 0.000 0.004
#> SRR817026 3 0.4238 0.60368 0.000 0.028 0.628 0.344 0.000 0.000
#> SRR1417224 6 0.4540 0.53983 0.000 0.076 0.092 0.072 0.000 0.760
#> SRR661687 4 0.2053 0.63128 0.000 0.108 0.004 0.888 0.000 0.000
#> SRR1431804 5 0.6799 0.25551 0.020 0.300 0.056 0.116 0.504 0.004
#> SRR664072 3 0.0363 0.77789 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR612923 4 0.2416 0.71319 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.2969 0.74767 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1347726 1 0.3810 0.16007 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1500360 1 0.1588 0.74316 0.924 0.072 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468360 6 0.0405 0.64916 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR1404084 5 0.6867 0.31880 0.040 0.296 0.156 0.004 0.484 0.020
#> SRR615994 3 0.0000 0.77998 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.5336 0.57633 0.000 0.592 0.000 0.180 0.000 0.228
#> SRR1397200 3 0.0790 0.77367 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR655519 4 0.3290 0.67770 0.000 0.252 0.000 0.744 0.000 0.004
#> SRR1311308 3 0.5223 0.48109 0.000 0.096 0.508 0.396 0.000 0.000
#> SRR1368006 4 0.2883 0.70075 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR613651 1 0.4818 0.69454 0.720 0.032 0.136 0.000 0.112 0.000
#> SRR1362621 3 0.7105 0.58194 0.000 0.160 0.448 0.256 0.136 0.000
#> SRR1451718 1 0.5330 0.52154 0.648 0.252 0.052 0.000 0.012 0.036
#> SRR1095334 3 0.0458 0.77743 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079636 4 0.3288 0.66775 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1442549 6 0.0291 0.65021 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1466421 2 0.3774 0.62941 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR817397 4 0.0146 0.70045 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1341809 6 0.2912 0.42774 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR614623 2 0.3961 -0.04298 0.000 0.556 0.000 0.440 0.000 0.004
#> SRR1335005 2 0.3774 0.62941 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1407065 4 0.0146 0.70045 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1404483 4 0.1075 0.71497 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.3244 0.69494 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1401793 1 0.7402 0.08847 0.360 0.200 0.116 0.000 0.320 0.004
#> SRR1408615 3 0.3680 0.63804 0.020 0.232 0.744 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070597 6 0.4006 0.52249 0.200 0.000 0.000 0.004 0.052 0.744
#> SRR1332381 1 0.6149 0.43621 0.580 0.256 0.052 0.000 0.012 0.100
#> SRR1457015 1 0.2854 0.76133 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1386797 2 0.5929 -0.13534 0.216 0.532 0.000 0.000 0.012 0.240
#> SRR1098385 2 0.3774 0.62941 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1363947 3 0.2445 0.78101 0.000 0.108 0.872 0.020 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.3823 0.60993 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR662055 4 0.3309 0.65986 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0458 0.78827 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1453639 6 0.3096 0.59596 0.096 0.048 0.004 0.004 0.000 0.848
#> SRR662617 6 0.5705 -0.24146 0.000 0.308 0.000 0.188 0.000 0.504
#> SRR654778 1 0.0632 0.79084 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR661782 2 0.3866 0.52547 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1334396 5 0.0632 0.78479 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR613867 6 0.5012 0.16795 0.000 0.132 0.000 0.236 0.000 0.632
#> SRR1479412 1 0.0000 0.78073 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 5 0.4515 0.52797 0.280 0.064 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR1082809 1 0.4951 0.35169 0.620 0.104 0.276 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417178 5 0.0632 0.78479 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1335278 5 0.0363 0.79182 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR665369 4 0.3342 0.68950 0.000 0.228 0.000 0.760 0.000 0.012
#> SRR657552 5 0.4494 0.64650 0.000 0.080 0.084 0.000 0.764 0.072
#> SRR812412 1 0.2664 0.77664 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1096500 6 0.0291 0.64996 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1347750 6 0.3288 0.28178 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR615153 5 0.2734 0.74005 0.000 0.020 0.000 0.088 0.872 0.020
#> SRR1434417 5 0.0909 0.79020 0.012 0.020 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1070159 3 0.3546 0.67090 0.020 0.180 0.788 0.000 0.008 0.004
#> SRR1332508 2 0.4116 0.04570 0.000 0.572 0.000 0.416 0.000 0.012
#> SRR1082059 2 0.7427 -0.22105 0.032 0.548 0.152 0.084 0.032 0.152
#> SRR1402491 5 0.3023 0.63227 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR1476595 6 0.3446 0.18696 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1320987 2 0.4032 0.03274 0.000 0.572 0.000 0.420 0.000 0.008
#> SRR1086417 2 0.7572 -0.34310 0.032 0.396 0.076 0.128 0.356 0.012
#> SRR1454095 1 0.0603 0.78258 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR614791 4 0.3841 0.52619 0.000 0.380 0.000 0.616 0.000 0.004
#> SRR821255 6 0.3558 0.56256 0.088 0.112 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR820402 4 0.1910 0.63550 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1337284 6 0.3860 0.16173 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1333083 3 0.0865 0.77311 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.0260 0.69915 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR614431 1 0.3023 0.73957 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1481106 4 0.3136 0.69317 0.000 0.228 0.000 0.768 0.000 0.004
#> SRR1370285 5 0.0508 0.79183 0.012 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1446673 3 0.0790 0.78348 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.3830 0.53293 0.000 0.376 0.000 0.620 0.000 0.004
#> SRR1341188 3 0.0713 0.78297 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.2664 0.77664 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1322864 2 0.5058 0.61540 0.000 0.600 0.000 0.108 0.000 0.292
#> SRR1476825 3 0.3798 0.70353 0.000 0.088 0.812 0.000 0.040 0.060
#> SRR1443332 2 0.4051 0.59388 0.000 0.560 0.008 0.000 0.000 0.432
#> SRR662486 2 0.4932 0.18168 0.000 0.556 0.000 0.372 0.000 0.072
#> SRR1447019 5 0.0909 0.79020 0.012 0.020 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR662942 1 0.3126 0.72023 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR613102 3 0.2605 0.78004 0.000 0.108 0.864 0.028 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.2527 0.78136 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1464977 6 0.3659 0.40198 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR615850 3 0.2467 0.74260 0.048 0.036 0.896 0.000 0.020 0.000
#> SRR661949 2 0.3817 0.61314 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1322227 3 0.4951 0.74029 0.000 0.128 0.680 0.180 0.000 0.012
#> SRR1441655 1 0.5936 0.26755 0.516 0.352 0.016 0.000 0.012 0.104
#> SRR613771 6 0.5882 0.17279 0.000 0.112 0.256 0.048 0.000 0.584
#> SRR1479471 5 0.0725 0.79138 0.012 0.012 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1488918 4 0.3103 0.69948 0.000 0.208 0.000 0.784 0.000 0.008
#> SRR1414040 2 0.3823 0.60993 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1079850 2 0.4052 0.60459 0.016 0.628 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR663209 1 0.3050 0.73671 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1364914 4 0.3189 0.68819 0.000 0.236 0.000 0.760 0.000 0.004
#> SRR1408267 2 0.4045 0.00286 0.000 0.564 0.000 0.428 0.000 0.008
#> SRR1314894 1 0.1075 0.79244 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1414117 5 0.7620 -0.25528 0.000 0.148 0.252 0.248 0.348 0.004
#> SRR1395975 6 0.0405 0.64916 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR1402219 6 0.1531 0.61667 0.000 0.068 0.000 0.004 0.000 0.928
#> SRR1433623 5 0.3050 0.62683 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR656385 2 0.3860 0.55204 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR811213 4 0.4238 0.26743 0.000 0.444 0.000 0.540 0.000 0.016
#> SRR663657 3 0.6087 0.68239 0.008 0.260 0.552 0.164 0.008 0.008
#> SRR612203 5 0.0909 0.79020 0.012 0.020 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR613987 2 0.3978 0.44618 0.032 0.700 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR613831 3 0.4361 0.75221 0.000 0.112 0.720 0.168 0.000 0.000
#> SRR1354180 4 0.4134 0.64231 0.000 0.240 0.000 0.708 0.000 0.052
#> SRR1382912 5 0.2527 0.69741 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1475501 5 0.0363 0.79182 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1336930 5 0.3189 0.62931 0.236 0.004 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR613030 3 0.4545 0.74253 0.000 0.112 0.696 0.192 0.000 0.000
#> SRR1381459 4 0.5783 0.51010 0.000 0.260 0.208 0.528 0.000 0.004
#> SRR1402350 3 0.5159 0.55722 0.060 0.268 0.644 0.000 0.012 0.016
#> SRR1419408 5 0.0363 0.79182 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR655911 4 0.2826 0.59095 0.000 0.092 0.052 0.856 0.000 0.000
#> SRR1418243 1 0.0547 0.78975 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1322573 1 0.1843 0.73613 0.912 0.080 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR613615 3 0.4079 0.76225 0.000 0.112 0.752 0.136 0.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.2883 0.75895 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1319395 1 0.0547 0.78975 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR818939 5 0.3409 0.52064 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000
#> SRR1465266 5 0.0909 0.79020 0.012 0.020 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR614888 1 0.0632 0.79084 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1431694 5 0.3565 0.54219 0.004 0.000 0.000 0.000 0.692 0.304
#> SRR614347 4 0.1814 0.64333 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1334228 3 0.0146 0.77934 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.3847 0.56547 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR656349 5 0.4650 0.58839 0.016 0.136 0.112 0.000 0.732 0.004
#> SRR815422 4 0.2445 0.61409 0.000 0.108 0.020 0.872 0.000 0.000
#> SRR1360828 1 0.3050 0.73522 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1359005 4 0.0790 0.71192 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0547 0.78975 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1391660 1 0.2135 0.78855 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1441956 1 0.0547 0.78975 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR662930 2 0.4652 0.63316 0.000 0.600 0.004 0.044 0.000 0.352
#> SRR615790 3 0.4117 0.76141 0.000 0.112 0.748 0.140 0.000 0.000
#> SRR614827 6 0.1155 0.63544 0.000 0.036 0.004 0.004 0.000 0.956
#> SRR614587 4 0.0260 0.69915 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR814052 6 0.0935 0.64010 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000 0.964
#> SRR1070086 1 0.2631 0.77818 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1481440 5 0.0993 0.78910 0.012 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1339296 3 0.2445 0.78101 0.000 0.108 0.872 0.020 0.000 0.000
#> SRR1343239 4 0.5681 0.42529 0.000 0.360 0.144 0.492 0.000 0.004
#> SRR1432802 6 0.0508 0.64894 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR1416911 1 0.2597 0.77975 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1410427 1 0.2793 0.62911 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1401185 1 0.6605 -0.03731 0.512 0.188 0.072 0.000 0.000 0.228
#> SRR654993 4 0.3023 0.69270 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR656397 5 0.3428 0.51158 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR809643 3 0.4425 0.74965 0.000 0.112 0.712 0.176 0.000 0.000
#> SRR1433819 1 0.3370 0.63361 0.772 0.212 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1375225 4 0.3101 0.68636 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.1075 0.77110 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.5022 0.53703 0.664 0.252 0.056 0.000 0.012 0.016
#> SRR663224 4 0.6132 -0.18680 0.000 0.136 0.344 0.488 0.000 0.032
#> SRR1442840 5 0.0363 0.79182 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1374058 1 0.2664 0.77664 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR656994 1 0.2664 0.77664 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1469214 2 0.3998 -0.23315 0.000 0.504 0.000 0.492 0.000 0.004
#> SRR1456446 5 0.1204 0.77488 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1471879 6 0.3634 -0.00247 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR612911 3 0.4328 0.75374 0.000 0.112 0.724 0.164 0.000 0.000
#> SRR1395720 4 0.3290 0.67770 0.000 0.252 0.000 0.744 0.000 0.004
#> SRR1413055 5 0.0777 0.78335 0.000 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR656770 6 0.1059 0.64581 0.000 0.016 0.016 0.004 0.000 0.964
#> SRR812080 3 0.4780 0.72199 0.000 0.112 0.660 0.228 0.000 0.000
#> SRR1479328 1 0.3909 0.60897 0.732 0.236 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR661421 6 0.3377 0.38971 0.000 0.188 0.000 0.028 0.000 0.784
#> SRR1410286 4 0.3512 0.65924 0.000 0.272 0.000 0.720 0.000 0.008
#> SRR1487150 1 0.2664 0.77664 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1467035 5 0.0363 0.79182 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1360607 2 0.3851 0.57539 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1333106 4 0.5254 0.56436 0.000 0.196 0.000 0.608 0.000 0.196
#> SRR1088706 2 0.3975 -0.08976 0.000 0.544 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR1320053 3 0.4545 0.74247 0.000 0.112 0.696 0.192 0.000 0.000
#> SRR1350392 2 0.5303 0.60186 0.000 0.548 0.000 0.120 0.000 0.332
#> SRR1385190 3 0.1007 0.77178 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080093 4 0.5946 -0.04287 0.000 0.336 0.000 0.436 0.000 0.228
#> SRR1318753 1 0.2730 0.77231 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1345369 3 0.3565 0.47921 0.000 0.004 0.692 0.000 0.000 0.304
#> SRR612178 4 0.4603 0.26287 0.000 0.068 0.000 0.644 0.000 0.288
#> SRR1354423 5 0.0622 0.79165 0.012 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1072724 1 0.2697 0.77466 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1418450 4 0.0790 0.71192 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.4513 0.75189 0.000 0.124 0.704 0.172 0.000 0.000
#> SRR1437412 6 0.8859 -0.14228 0.000 0.204 0.128 0.192 0.232 0.244
#> SRR1327548 4 0.1444 0.66724 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.0632 0.79057 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR659367 6 0.0603 0.64998 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR818961 5 0.0909 0.79020 0.012 0.020 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR813704 1 0.2762 0.76989 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR613054 5 0.2762 0.67171 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1476467 5 0.0458 0.79087 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1407988 2 0.3828 0.60504 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1394776 2 0.5586 0.56977 0.000 0.544 0.000 0.196 0.000 0.260
#> SRR655578 2 0.3851 0.57590 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1310645 4 0.0790 0.71192 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1345628 5 0.0632 0.78479 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1479740 1 0.2664 0.77664 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1332095 1 0.1643 0.74353 0.924 0.068 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444786 6 0.6082 0.14261 0.000 0.140 0.248 0.048 0.000 0.564
#> SRR1090070 1 0.0260 0.78518 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR662414 6 0.0508 0.64894 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR661216 4 0.3830 0.53293 0.000 0.376 0.000 0.620 0.000 0.004
#> SRR656313 2 0.3756 0.63200 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR615671 6 0.0551 0.64984 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000 0.984
#> SRR1350196 3 0.0291 0.78037 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466580 1 0.0547 0.78975 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1408032 2 0.4300 0.60124 0.000 0.548 0.000 0.020 0.000 0.432
#> SRR1432913 4 0.2587 0.61554 0.000 0.108 0.020 0.868 0.000 0.004
#> SRR1360502 5 0.6314 0.35666 0.028 0.232 0.196 0.000 0.536 0.008
#> SRR1391901 4 0.3961 0.39180 0.000 0.440 0.000 0.556 0.000 0.004
#> SRR1311131 1 0.0790 0.79131 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1380636 1 0.0790 0.79131 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1332339 1 0.2048 0.71907 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1341563 2 0.3782 0.62657 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1359410 3 0.6179 0.68167 0.000 0.128 0.592 0.188 0.000 0.092
#> SRR1473040 3 0.0865 0.77311 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.2664 0.77664 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1498765 4 0.2527 0.71138 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1312622 4 0.1007 0.71435 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR615503 6 0.2191 0.56475 0.004 0.120 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1453192 5 0.3672 0.35202 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1433107 3 0.5405 0.65146 0.000 0.092 0.592 0.296 0.000 0.020
#> SRR1075384 5 0.0363 0.79182 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1356683 5 0.3050 0.62683 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR659049 1 0.2969 0.74845 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1368240 1 0.3854 0.23354 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR1341739 1 0.0790 0.79131 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR613249 3 0.0790 0.77367 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR663428 2 0.3823 0.60993 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1341302 4 0.3266 0.67128 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.4319 0.09980 0.000 0.576 0.000 0.400 0.000 0.024
#> SRR1354093 3 0.4302 0.75757 0.000 0.116 0.728 0.156 0.000 0.000
#> SRR1406521 4 0.0260 0.69915 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1432049 1 0.2491 0.78253 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1453504 5 0.4344 0.53133 0.044 0.000 0.000 0.304 0.652 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.890 0.926 0.969 0.4911 0.507 0.507
#> 3 3 0.776 0.823 0.926 0.2909 0.800 0.625
#> 4 4 0.774 0.841 0.911 0.1288 0.824 0.572
#> 5 5 0.739 0.666 0.833 0.0634 0.949 0.827
#> 6 6 0.762 0.721 0.839 0.0391 0.937 0.765
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.2603 0.9195 0.956 0.044
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.6438 0.7967 0.836 0.164
#> SRR1312802 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0938 0.9455 0.988 0.012
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.8386 0.6288 0.268 0.732
#> SRR613687 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR814996 2 0.9460 0.4182 0.364 0.636
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1405078 1 0.9850 0.2790 0.572 0.428
#> SRR1437226 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1348138 1 0.9922 0.2046 0.552 0.448
#> SRR811423 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR615165 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.0672 0.9715 0.008 0.992
#> SRR655325 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.9491 0.4376 0.632 0.368
#> SRR664072 2 0.6048 0.8164 0.148 0.852
#> SRR612923 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.1184 0.9426 0.984 0.016
#> SRR1500360 1 0.6801 0.7794 0.820 0.180
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1404084 1 0.4939 0.8605 0.892 0.108
#> SRR615994 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.0672 0.9714 0.008 0.992
#> SRR655519 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1442549 2 0.1843 0.9528 0.028 0.972
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.9710 0.3052 0.400 0.600
#> SRR1070597 2 0.9983 0.0280 0.476 0.524
#> SRR1332381 1 0.2603 0.9195 0.956 0.044
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 1.0000 0.0718 0.504 0.496
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.4815 0.8706 0.104 0.896
#> SRR662617 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.5737 0.8269 0.864 0.136
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0376 0.9513 0.996 0.004
#> SRR812412 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR615153 2 0.3879 0.9036 0.076 0.924
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0938 0.9679 0.012 0.988
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0376 0.9749 0.004 0.996
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1086417 1 0.9754 0.3501 0.592 0.408
#> SRR1454095 1 0.9000 0.5582 0.684 0.316
#> SRR614791 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR821255 2 0.4690 0.8749 0.100 0.900
#> SRR820402 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.9754 0.3552 0.592 0.408
#> SRR1333083 2 0.8763 0.5744 0.296 0.704
#> SRR1384883 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0938 0.9678 0.012 0.988
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.6531 0.7925 0.832 0.168
#> SRR615850 1 0.6048 0.8146 0.852 0.148
#> SRR661949 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1441655 2 0.9323 0.4374 0.348 0.652
#> SRR613771 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.4815 0.8700 0.104 0.896
#> SRR663209 1 0.1184 0.9424 0.984 0.016
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.2948 0.9293 0.052 0.948
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR613831 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.6148 0.8109 0.848 0.152
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.8661 0.6107 0.712 0.288
#> SRR613615 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.8861 0.5813 0.696 0.304
#> SRR1431694 1 0.2236 0.9264 0.964 0.036
#> SRR614347 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0376 0.9749 0.004 0.996
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0376 0.9513 0.996 0.004
#> SRR1401185 2 0.9393 0.4285 0.356 0.644
#> SRR654993 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.6623 0.7828 0.172 0.828
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.7950 0.6901 0.760 0.240
#> SRR1323336 1 0.8608 0.6238 0.716 0.284
#> SRR663224 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.1414 0.9391 0.980 0.020
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.6048 0.8157 0.148 0.852
#> SRR1437412 2 0.0672 0.9714 0.008 0.992
#> SRR1327548 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.9358 0.4851 0.648 0.352
#> SRR1444786 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1350196 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.8763 0.5745 0.296 0.704
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.2778 0.9328 0.048 0.952
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR613249 1 0.9635 0.3904 0.612 0.388
#> SRR663428 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.9783 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9541 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.9909 0.2385 0.556 0.444
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.6126 0.3222 0.000 0.600 0.400
#> SRR1359328 3 0.4178 0.7181 0.000 0.172 0.828
#> SRR821124 2 0.3551 0.7942 0.000 0.868 0.132
#> SRR1335188 1 0.0237 0.9665 0.996 0.004 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.6045 0.3992 0.620 0.380 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.2165 0.9033 0.936 0.064 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 3 0.5733 0.5843 0.000 0.324 0.676
#> SRR1448098 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.4121 0.7558 0.000 0.832 0.168
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.5810 0.5684 0.000 0.336 0.664
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.2165 0.8551 0.000 0.936 0.064
#> SRR814996 3 0.4121 0.7467 0.024 0.108 0.868
#> SRR1407410 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.4178 0.7511 0.000 0.828 0.172
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.5621 0.6039 0.000 0.308 0.692
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.2356 0.8490 0.000 0.928 0.072
#> SRR1441051 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.4121 0.6967 0.168 0.000 0.832
#> SRR1437226 2 0.1411 0.8713 0.000 0.964 0.036
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.4555 0.7139 0.000 0.800 0.200
#> SRR1452824 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.1529 0.8018 0.000 0.040 0.960
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.3619 0.8286 0.864 0.000 0.136
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.5431 0.6225 0.716 0.000 0.284
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.4121 0.7565 0.000 0.832 0.168
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR811423 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0747 0.8860 0.000 0.984 0.016
#> SRR817609 1 0.0424 0.9636 0.992 0.000 0.008
#> SRR1074550 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.4796 0.6921 0.000 0.220 0.780
#> SRR1417224 3 0.6260 0.3296 0.000 0.448 0.552
#> SRR661687 3 0.6260 0.2787 0.000 0.448 0.552
#> SRR1431804 1 0.6351 0.6864 0.760 0.072 0.168
#> SRR664072 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.3619 0.7913 0.000 0.864 0.136
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0892 0.9505 0.980 0.020 0.000
#> SRR1500360 1 0.6309 0.0178 0.504 0.496 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 1 0.6140 0.3126 0.596 0.404 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.5650 0.5992 0.000 0.312 0.688
#> SRR1368006 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362621 3 0.6286 0.2824 0.000 0.464 0.536
#> SRR1451718 1 0.1163 0.9428 0.972 0.028 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.1289 0.8769 0.000 0.968 0.032
#> SRR1442549 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.4399 0.7313 0.000 0.812 0.188
#> SRR1341809 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.5397 0.5823 0.000 0.720 0.280
#> SRR1404483 3 0.6302 0.2248 0.000 0.480 0.520
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 3 0.5588 0.6024 0.004 0.276 0.720
#> SRR1070597 2 0.3941 0.7309 0.156 0.844 0.000
#> SRR1332381 1 0.4002 0.7736 0.840 0.160 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.1643 0.8686 0.000 0.956 0.044
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.1753 0.8670 0.000 0.952 0.048
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.6540 0.2626 0.584 0.008 0.408
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.1289 0.9415 0.968 0.000 0.032
#> SRR812412 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 2 0.2066 0.8404 0.060 0.940 0.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.5431 0.6429 0.000 0.284 0.716
#> SRR1332508 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.0237 0.8922 0.000 0.996 0.004
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.6286 0.1135 0.464 0.536 0.000
#> SRR1454095 2 0.5216 0.5500 0.260 0.740 0.000
#> SRR614791 2 0.1529 0.8677 0.000 0.960 0.040
#> SRR821255 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR820402 2 0.5363 0.5900 0.000 0.724 0.276
#> SRR1337284 2 0.4887 0.5941 0.228 0.772 0.000
#> SRR1333083 3 0.3267 0.7451 0.116 0.000 0.884
#> SRR1384883 3 0.5835 0.5618 0.000 0.340 0.660
#> SRR614431 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.5178 0.6256 0.000 0.744 0.256
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 1 0.0237 0.9672 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443332 2 0.6045 0.1775 0.000 0.620 0.380
#> SRR662486 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.5926 0.4578 0.644 0.356 0.000
#> SRR615850 3 0.5678 0.4491 0.316 0.000 0.684
#> SRR661949 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.5810 0.5684 0.000 0.336 0.664
#> SRR1441655 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR613771 2 0.6308 0.0281 0.000 0.508 0.492
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.3816 0.7777 0.000 0.852 0.148
#> SRR1414040 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.3941 0.7693 0.000 0.844 0.156
#> SRR1408267 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.6305 0.0713 0.000 0.484 0.516
#> SRR1395975 2 0.2448 0.8456 0.000 0.924 0.076
#> SRR1402219 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.5650 0.5992 0.000 0.312 0.688
#> SRR612203 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.1753 0.8674 0.000 0.952 0.048
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.2448 0.7870 0.000 0.076 0.924
#> SRR1381459 3 0.6215 0.3865 0.000 0.428 0.572
#> SRR1402350 1 0.6510 0.6919 0.756 0.156 0.088
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.6225 0.2727 0.432 0.568 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 2 0.6095 0.3529 0.392 0.608 0.000
#> SRR1431694 1 0.0424 0.9625 0.992 0.008 0.000
#> SRR614347 2 0.5465 0.5684 0.000 0.712 0.288
#> SRR1334228 3 0.0237 0.8101 0.000 0.004 0.996
#> SRR1096007 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 1 0.3192 0.8593 0.888 0.000 0.112
#> SRR815422 3 0.6280 0.2567 0.000 0.460 0.540
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.4178 0.7511 0.000 0.828 0.172
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.6026 0.1795 0.000 0.624 0.376
#> SRR615790 3 0.3752 0.7486 0.000 0.144 0.856
#> SRR614827 3 0.6307 0.2192 0.000 0.488 0.512
#> SRR614587 3 0.5810 0.5684 0.000 0.336 0.664
#> SRR814052 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.6260 -0.0901 0.000 0.552 0.448
#> SRR1432802 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.5473 0.7009 0.052 0.808 0.140
#> SRR654993 2 0.4121 0.7558 0.000 0.832 0.168
#> SRR656397 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.1751 0.8020 0.028 0.012 0.960
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.1964 0.8611 0.000 0.944 0.056
#> SRR1367739 3 0.1163 0.7981 0.028 0.000 0.972
#> SRR1323336 2 0.5948 0.3665 0.360 0.640 0.000
#> SRR663224 3 0.5810 0.5684 0.000 0.336 0.664
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.1031 0.9455 0.976 0.024 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 3 0.6291 0.2803 0.000 0.468 0.532
#> SRR812080 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.2165 0.8559 0.000 0.936 0.064
#> SRR1410286 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.3619 0.7901 0.000 0.864 0.136
#> SRR1088706 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.1411 0.8027 0.000 0.036 0.964
#> SRR1350392 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.4002 0.6802 0.160 0.000 0.840
#> SRR1080093 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.1529 0.8010 0.000 0.040 0.960
#> SRR612178 2 0.4178 0.7511 0.000 0.828 0.172
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.4178 0.7511 0.000 0.828 0.172
#> SRR1326427 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.5397 0.5855 0.000 0.720 0.280
#> SRR1327548 3 0.5810 0.5684 0.000 0.336 0.664
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.4504 0.7192 0.000 0.804 0.196
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.3192 0.7749 0.112 0.888 0.000
#> SRR1444786 2 0.3619 0.7901 0.000 0.864 0.136
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.2356 0.8507 0.000 0.928 0.072
#> SRR1350196 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 2 0.4178 0.7511 0.000 0.828 0.172
#> SRR1360502 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391901 2 0.4842 0.6215 0.000 0.776 0.224
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.6299 -0.1802 0.000 0.524 0.476
#> SRR1473040 3 0.1529 0.7946 0.040 0.000 0.960
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 3 0.5810 0.5684 0.000 0.336 0.664
#> SRR615503 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.5810 0.5684 0.000 0.336 0.664
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0592 0.8061 0.012 0.000 0.988
#> SRR663428 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.2165 0.8551 0.000 0.936 0.064
#> SRR1073553 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.5216 0.6203 0.000 0.740 0.260
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 2 0.6286 0.1744 0.464 0.536 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 3 0.6370 0.5485 0.000 0.100 0.620 0.280
#> SRR1359328 3 0.0000 0.8938 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821124 4 0.3688 0.8277 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.4998 -0.2276 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.3486 0.8549 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1384073 2 0.4624 0.4666 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.2469 0.8879 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1076559 1 0.5266 0.7347 0.752 0.140 0.108 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.2469 0.8879 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1459631 4 0.0336 0.8246 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1448098 2 0.0188 0.8927 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321401 2 0.2704 0.7853 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR807613 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.8938 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.3978 0.7961 0.796 0.012 0.192 0.000
#> SRR1330284 4 0.3172 0.8501 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1320624 4 0.1557 0.8475 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 4 0.1118 0.8312 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 4 0.3610 0.8324 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR814996 3 0.0000 0.8938 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453392 4 0.2408 0.8548 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820938 4 0.0000 0.8184 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.3172 0.8501 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1441051 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612611 4 0.3172 0.8501 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1376356 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.0817 0.8802 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1437226 4 0.4697 0.6496 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 4 0.0000 0.8184 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 4 0.1557 0.8475 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1452824 1 0.3726 0.7825 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.4552 0.7286 0.000 0.784 0.172 0.044
#> SRR614551 2 0.0592 0.8864 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1380829 4 0.5228 0.5761 0.000 0.036 0.268 0.696
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.2469 0.8879 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 4 0.3400 0.8435 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1409239 1 0.0188 0.9510 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.3764 0.8299 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR821096 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.2345 0.8985 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR612479 1 0.2149 0.9021 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1399950 1 0.3172 0.8423 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1336048 3 0.0817 0.8802 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.3123 0.8515 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.1474 0.9002 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR811423 1 0.0592 0.9450 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.3610 0.8324 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR817609 1 0.3074 0.8503 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1074550 4 0.1211 0.7993 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1499236 2 0.0469 0.8890 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR656083 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.2469 0.8879 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615165 3 0.2469 0.8969 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815685 4 0.4193 0.7771 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR817026 4 0.3400 0.7375 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1417224 2 0.4331 0.6026 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR661687 4 0.0000 0.8184 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431804 4 0.3818 0.7608 0.048 0.000 0.108 0.844
#> SRR664072 3 0.1557 0.8994 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR612923 4 0.2469 0.8546 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0921 0.9316 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1500360 2 0.2131 0.8497 0.032 0.932 0.036 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404084 1 0.6830 0.2789 0.524 0.368 0.108 0.000
#> SRR615994 3 0.2469 0.8969 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1475718 2 0.3528 0.7128 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1397200 3 0.0000 0.8938 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 4 0.3172 0.8501 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1311308 4 0.0000 0.8184 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368006 4 0.4830 0.6097 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR613651 1 0.2868 0.8650 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1362621 4 0.2469 0.7926 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1451718 1 0.4149 0.8081 0.804 0.028 0.168 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.8938 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079636 4 0.3569 0.8349 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1442549 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817397 4 0.1389 0.8447 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1341809 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614623 2 0.4585 0.3776 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1335005 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 4 0.0336 0.8246 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1404483 4 0.1557 0.8475 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.2469 0.8879 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1408615 2 0.4643 0.5035 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1070597 1 0.4793 0.6763 0.756 0.204 0.000 0.040
#> SRR1332381 1 0.4205 0.8250 0.820 0.056 0.124 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.2469 0.8969 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR820350 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.3172 0.8501 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662617 4 0.4382 0.7387 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR654778 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.2281 0.8964 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR613867 4 0.4356 0.7437 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1479412 1 0.2345 0.8939 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1331620 1 0.2011 0.9073 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1082809 1 0.6903 0.2251 0.508 0.380 0.112 0.000
#> SRR1417178 1 0.0188 0.9509 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 4 0.3311 0.8463 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR657552 1 0.2469 0.8879 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615153 4 0.6499 0.3155 0.016 0.436 0.040 0.508
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.4916 0.3346 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1332508 4 0.4382 0.7459 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1082059 2 0.2888 0.7848 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320987 4 0.4250 0.7696 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1086417 2 0.7591 0.4645 0.224 0.596 0.044 0.136
#> SRR1454095 2 0.3610 0.6711 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR614791 4 0.3172 0.8501 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR821255 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820402 4 0.0336 0.8246 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1337284 2 0.0707 0.8811 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.8938 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.0336 0.8246 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR614431 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 4 0.1557 0.8475 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.2469 0.8969 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1318046 2 0.2921 0.7785 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1341188 3 0.2469 0.8969 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.5000 -0.1286 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1443332 2 0.1716 0.8514 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR662486 4 0.4477 0.7312 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.2469 0.8969 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.4817 0.3486 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.1716 0.8689 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR661949 2 0.1302 0.8679 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1322227 2 0.3172 0.7619 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1441655 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613771 3 0.4916 0.7726 0.000 0.056 0.760 0.184
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 4 0.3172 0.8501 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1414040 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 4 0.3074 0.8527 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1408267 4 0.4193 0.7771 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 4 0.1389 0.8147 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1395975 4 0.4585 0.7022 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1402219 2 0.2530 0.7983 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811213 4 0.4855 0.5957 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR663657 4 0.0188 0.8188 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR612203 1 0.2469 0.8879 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613831 3 0.3172 0.8740 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1354180 4 0.3726 0.8257 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613030 4 0.0000 0.8184 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381459 4 0.3123 0.8292 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1402350 1 0.4516 0.7140 0.736 0.012 0.252 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655911 4 0.2647 0.7151 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.6882 0.1807 0.392 0.500 0.108 0.000
#> SRR613615 3 0.3123 0.8759 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.2124 0.9124 0.924 0.000 0.068 0.008
#> SRR614888 1 0.5016 0.3106 0.600 0.396 0.004 0.000
#> SRR1431694 1 0.2662 0.8962 0.900 0.000 0.084 0.016
#> SRR614347 4 0.0188 0.8216 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1334228 3 0.1474 0.9008 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1096007 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656349 1 0.2589 0.8820 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR815422 4 0.0000 0.8184 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.2408 0.8908 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1359005 4 0.1557 0.8475 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615790 4 0.4072 0.5606 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR614827 2 0.2281 0.8274 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR614587 4 0.0336 0.8246 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR814052 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0188 0.9509 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339296 3 0.2469 0.8969 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1343239 2 0.3764 0.7156 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1432802 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.2578 0.8318 0.036 0.912 0.052 0.000
#> SRR654993 4 0.1557 0.8475 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR656397 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 4 0.2973 0.7385 0.020 0.000 0.096 0.884
#> SRR1433819 1 0.1389 0.9279 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1375225 4 0.3444 0.8412 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1367739 3 0.0000 0.8938 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323336 2 0.2345 0.8151 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR663224 4 0.4998 0.0412 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 4 0.4193 0.7771 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1456446 1 0.1637 0.9200 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612911 3 0.3444 0.8586 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1395720 4 0.3356 0.8456 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1413055 1 0.2011 0.9073 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR656770 2 0.7481 0.2405 0.000 0.488 0.308 0.204
#> SRR812080 3 0.4222 0.7713 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1479328 1 0.1211 0.9318 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR661421 2 0.3024 0.7740 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1410286 4 0.3975 0.7978 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333106 4 0.3610 0.8324 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1088706 4 0.4193 0.7771 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1320053 4 0.0469 0.8128 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1350392 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.8938 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.0469 0.8879 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.2742 0.8927 0.000 0.024 0.900 0.076
#> SRR612178 4 0.1792 0.8489 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 4 0.1557 0.8475 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1326427 3 0.3266 0.8677 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1437412 4 0.2888 0.7749 0.000 0.124 0.004 0.872
#> SRR1327548 4 0.0336 0.8246 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.4877 0.0966 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR818961 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310645 4 0.1557 0.8475 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1345628 1 0.2149 0.9019 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.4055 0.7486 0.060 0.832 0.108 0.000
#> SRR1444786 4 0.4669 0.8259 0.000 0.200 0.036 0.764
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.2469 0.8119 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR661216 4 0.3172 0.8501 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR656313 2 0.3444 0.7238 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR615671 2 0.5705 0.6648 0.000 0.712 0.108 0.180
#> SRR1350196 3 0.0469 0.8963 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0707 0.8832 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1432913 4 0.1792 0.8497 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1360502 1 0.2973 0.8577 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1391901 4 0.3172 0.8500 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.2589 0.8071 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1473040 3 0.0000 0.8938 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 4 0.4072 0.7920 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1312622 4 0.0336 0.8246 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR615503 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 4 0.2530 0.7925 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0188 0.8945 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663428 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341302 4 0.3172 0.8501 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1073553 4 0.4250 0.7701 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1354093 3 0.2868 0.8770 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1406521 4 0.0707 0.8317 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9530 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.7172 0.2449 0.532 0.304 0.000 0.164
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 5 0.7366 -0.1148 0.000 0.084 0.112 0.388 0.416
#> SRR1359328 5 0.3905 0.2965 0.000 0.012 0.232 0.004 0.752
#> SRR821124 4 0.3177 0.7373 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1335188 1 0.0703 0.8800 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1075825 2 0.4294 -0.0818 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1321921 1 0.0324 0.8849 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1466198 3 0.1197 0.6576 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1384073 2 0.6253 0.3325 0.188 0.532 0.000 0.000 0.280
#> SRR1312802 1 0.4291 0.3079 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1076559 5 0.5896 -0.0872 0.448 0.100 0.000 0.000 0.452
#> SRR1370085 1 0.0451 0.8848 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1460363 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.4256 0.3830 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1459631 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.1792 0.7875 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808086 5 0.3816 0.2568 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR613687 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471011 5 0.5224 0.0389 0.428 0.004 0.036 0.000 0.532
#> SRR1330284 4 0.1341 0.7979 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1320624 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091184 4 0.4755 0.5399 0.000 0.060 0.244 0.696 0.000
#> SRR1390561 1 0.0451 0.8848 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR658164 1 0.1851 0.8479 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1087079 4 0.2813 0.7586 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR814996 5 0.4249 0.1519 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1407410 2 0.3452 0.6730 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1453392 4 0.1792 0.7880 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1445873 1 0.0510 0.8832 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1419985 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820938 3 0.4249 0.3050 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1476844 1 0.0290 0.8843 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0324 0.8849 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1413916 4 0.1341 0.7979 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612611 4 0.1341 0.7979 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405078 5 0.3530 0.3304 0.012 0.000 0.204 0.000 0.784
#> SRR1437226 4 0.4697 0.4755 0.000 0.388 0.000 0.592 0.020
#> SRR1326078 1 0.0703 0.8800 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1096806 4 0.3074 0.6351 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1440919 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452824 5 0.4547 0.3682 0.252 0.000 0.044 0.000 0.704
#> SRR615754 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341787 5 0.6326 0.1799 0.000 0.228 0.044 0.112 0.616
#> SRR614551 2 0.1043 0.8224 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1380829 3 0.5264 0.4141 0.000 0.000 0.556 0.052 0.392
#> SRR1455761 1 0.0290 0.8849 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465189 5 0.5968 0.0943 0.108 0.000 0.444 0.000 0.448
#> SRR1376895 1 0.0451 0.8853 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1445002 1 0.0290 0.8843 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1469258 4 0.1792 0.7945 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1409239 1 0.0324 0.8852 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1480200 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0794 0.8794 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR657540 3 0.1544 0.6553 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.3707 0.5036 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR612479 1 0.3934 0.6156 0.716 0.000 0.008 0.000 0.276
#> SRR1399950 1 0.4537 0.3972 0.592 0.000 0.012 0.000 0.396
#> SRR1336048 5 0.1768 0.3759 0.004 0.000 0.072 0.000 0.924
#> SRR1368896 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.1270 0.7979 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1312464 1 0.0703 0.8805 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1096478 1 0.0324 0.8850 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1459845 1 0.0000 0.8852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.3366 0.5568 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR811423 1 0.3949 0.5428 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR615683 1 0.0290 0.8843 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.2852 0.7570 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR817609 1 0.4735 0.2659 0.524 0.000 0.016 0.000 0.460
#> SRR1074550 3 0.3210 0.5731 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1499236 2 0.2153 0.8099 0.000 0.916 0.000 0.044 0.040
#> SRR656083 1 0.0290 0.8843 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.1851 0.8505 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1410801 1 0.0290 0.8853 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1347190 1 0.4045 0.5390 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1355126 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0290 0.6431 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1466046 1 0.0324 0.8850 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1097055 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0324 0.8849 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR810177 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815685 4 0.3857 0.6273 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR817026 4 0.4613 0.3811 0.000 0.000 0.020 0.620 0.360
#> SRR1417224 2 0.6521 0.3540 0.000 0.484 0.000 0.272 0.244
#> SRR661687 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431804 4 0.4894 0.2394 0.024 0.000 0.000 0.520 0.456
#> SRR664072 3 0.3707 0.5036 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR612923 4 0.0703 0.7943 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1315890 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.4687 0.4828 0.636 0.028 0.000 0.000 0.336
#> SRR1500360 2 0.1830 0.7910 0.008 0.924 0.000 0.000 0.068
#> SRR1468360 2 0.3452 0.6730 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1404084 5 0.6233 0.0720 0.396 0.144 0.000 0.000 0.460
#> SRR615994 3 0.3707 0.5036 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1475718 2 0.3366 0.6393 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1397200 5 0.4278 0.1273 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR655519 4 0.1341 0.7979 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1311308 4 0.4256 0.0710 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1368006 4 0.4182 0.4894 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR613651 1 0.4150 0.4321 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1362621 4 0.4088 0.3956 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1451718 1 0.5238 0.1793 0.484 0.044 0.000 0.000 0.472
#> SRR1095334 5 0.4278 0.1273 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1079636 4 0.2690 0.7656 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1442549 2 0.3752 0.6303 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1466421 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817397 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614623 2 0.3752 0.4824 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404483 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.8852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.4150 0.4321 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1408615 5 0.5336 0.2936 0.000 0.252 0.100 0.000 0.648
#> SRR1070597 1 0.6533 0.2293 0.540 0.192 0.000 0.012 0.256
#> SRR1332381 1 0.4065 0.6731 0.720 0.016 0.000 0.000 0.264
#> SRR1457015 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0290 0.6431 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR820350 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.1410 0.7978 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1310455 1 0.0865 0.8806 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1453639 2 0.3857 0.6090 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR662617 4 0.2690 0.7590 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR654778 1 0.0865 0.8806 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR661782 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.4481 0.3955 0.576 0.000 0.008 0.000 0.416
#> SRR613867 4 0.5844 0.5299 0.000 0.156 0.000 0.600 0.244
#> SRR1479412 1 0.3003 0.7707 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1331620 1 0.2471 0.8058 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1082809 5 0.7787 0.3018 0.292 0.200 0.084 0.000 0.424
#> SRR1417178 1 0.3661 0.6090 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1335278 1 0.0324 0.8852 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR665369 4 0.1544 0.7964 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR657552 1 0.4440 0.2697 0.528 0.000 0.004 0.000 0.468
#> SRR812412 1 0.0290 0.8849 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1096500 2 0.3452 0.6730 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1347750 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615153 4 0.6080 0.4547 0.000 0.272 0.000 0.560 0.168
#> SRR1434417 1 0.2017 0.8474 0.912 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1070159 5 0.4638 0.2469 0.000 0.028 0.324 0.000 0.648
#> SRR1332508 4 0.3966 0.5982 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1082059 2 0.4877 0.5406 0.000 0.692 0.000 0.072 0.236
#> SRR1402491 1 0.0451 0.8848 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1476595 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320987 4 0.3949 0.6026 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1086417 2 0.7357 0.0901 0.172 0.488 0.000 0.064 0.276
#> SRR1454095 2 0.3574 0.6181 0.168 0.804 0.000 0.000 0.028
#> SRR614791 4 0.1341 0.7979 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR821255 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820402 4 0.0324 0.7878 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1337284 2 0.3508 0.6674 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1333083 5 0.4278 0.1273 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1384883 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614431 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1481106 4 0.0510 0.7890 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1370285 1 0.0324 0.8850 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1446673 3 0.3707 0.5036 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1318046 2 0.2329 0.7682 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1341188 3 0.3684 0.5072 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1384941 1 0.0324 0.8849 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1322864 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476825 5 0.2300 0.3810 0.052 0.000 0.040 0.000 0.908
#> SRR1443332 2 0.1121 0.8164 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR662486 4 0.3480 0.7152 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1447019 1 0.0693 0.8808 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR662942 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.3661 0.5105 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1469880 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464977 2 0.6262 0.2847 0.164 0.504 0.000 0.000 0.332
#> SRR615850 5 0.4819 0.3072 0.092 0.000 0.192 0.000 0.716
#> SRR661949 2 0.2424 0.7460 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1322227 3 0.5315 0.2790 0.000 0.332 0.600 0.068 0.000
#> SRR1441655 2 0.0162 0.8425 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613771 4 0.5754 0.3901 0.000 0.000 0.136 0.604 0.260
#> SRR1479471 1 0.0798 0.8812 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1488918 4 0.1341 0.7979 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0324 0.8853 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1364914 4 0.1270 0.7979 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1408267 4 0.3837 0.6331 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1314894 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1414117 4 0.5088 0.4838 0.000 0.000 0.252 0.668 0.080
#> SRR1395975 4 0.6442 0.4465 0.000 0.252 0.000 0.504 0.244
#> SRR1402219 2 0.1544 0.7991 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1433623 1 0.0290 0.8843 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0290 0.8405 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR811213 4 0.4182 0.4914 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR663657 4 0.5673 0.3313 0.000 0.000 0.292 0.596 0.112
#> SRR612203 1 0.4375 0.3686 0.576 0.000 0.004 0.000 0.420
#> SRR613987 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613831 3 0.1270 0.6572 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1354180 4 0.3003 0.7513 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1382912 1 0.1557 0.8612 0.940 0.000 0.008 0.000 0.052
#> SRR1475501 1 0.0290 0.8843 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.1478 0.8537 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR613030 3 0.3424 0.5524 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1381459 4 0.1571 0.7871 0.000 0.060 0.004 0.936 0.000
#> SRR1402350 5 0.5172 0.3845 0.204 0.040 0.044 0.000 0.712
#> SRR1419408 1 0.0290 0.8843 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR655911 4 0.3966 0.3829 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1418243 1 0.0703 0.8800 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1322573 5 0.6647 0.2055 0.224 0.384 0.000 0.000 0.392
#> SRR613615 3 0.1043 0.6559 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1355284 1 0.0703 0.8805 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1319395 1 0.0865 0.8806 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR818939 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.3845 0.6812 0.760 0.000 0.004 0.012 0.224
#> SRR614888 1 0.5382 0.2668 0.580 0.352 0.000 0.000 0.068
#> SRR1431694 1 0.3969 0.5991 0.692 0.000 0.004 0.000 0.304
#> SRR614347 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334228 3 0.6152 0.2863 0.000 0.000 0.524 0.152 0.324
#> SRR1096007 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656349 1 0.4565 0.3949 0.580 0.000 0.012 0.000 0.408
#> SRR815422 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360828 1 0.2424 0.8074 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1359005 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0865 0.8806 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1391660 1 0.0794 0.8794 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1441956 1 0.0794 0.8794 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR662930 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615790 3 0.4216 0.5732 0.000 0.000 0.780 0.120 0.100
#> SRR614827 2 0.5091 0.6031 0.000 0.672 0.000 0.084 0.244
#> SRR614587 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814052 2 0.3452 0.6730 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1070086 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481440 1 0.2843 0.7803 0.848 0.000 0.008 0.000 0.144
#> SRR1339296 3 0.3684 0.5072 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1343239 2 0.6707 0.0949 0.000 0.424 0.268 0.308 0.000
#> SRR1432802 2 0.3452 0.6730 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1416911 1 0.0771 0.8820 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1410427 1 0.2516 0.8061 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1401185 2 0.1942 0.7861 0.012 0.920 0.000 0.000 0.068
#> SRR654993 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.5036 0.2164 0.000 0.000 0.560 0.404 0.036
#> SRR1433819 1 0.2773 0.7956 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1375225 4 0.2471 0.7757 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1367739 5 0.4192 0.1768 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1323336 2 0.4047 0.4444 0.004 0.676 0.000 0.000 0.320
#> SRR663224 2 0.6721 0.0359 0.000 0.420 0.276 0.304 0.000
#> SRR1442840 1 0.0324 0.8850 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1374058 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656994 1 0.0324 0.8849 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1469214 4 0.3857 0.6273 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1456446 1 0.2852 0.7678 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1471879 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612911 3 0.1341 0.6573 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1395720 4 0.1608 0.7967 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1413055 1 0.2843 0.7981 0.848 0.000 0.008 0.000 0.144
#> SRR656770 2 0.6831 0.3662 0.000 0.500 0.016 0.240 0.244
#> SRR812080 3 0.2127 0.6401 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1479328 1 0.2605 0.8095 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR661421 2 0.6535 0.3452 0.000 0.480 0.000 0.276 0.244
#> SRR1410286 4 0.2516 0.7678 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1487150 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467035 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333106 4 0.5877 0.5659 0.000 0.160 0.000 0.596 0.244
#> SRR1088706 4 0.3837 0.6329 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1320053 3 0.3424 0.5524 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385190 5 0.4045 0.2263 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1080093 2 0.0609 0.8352 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1318753 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345369 5 0.6056 0.1640 0.000 0.164 0.208 0.012 0.616
#> SRR612178 4 0.0404 0.7860 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1354423 1 0.0693 0.8824 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1072724 1 0.1478 0.8537 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1418450 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.1740 0.6537 0.000 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR1437412 4 0.5669 0.4340 0.000 0.044 0.024 0.576 0.356
#> SRR1327548 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.0703 0.8811 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR659367 2 0.6660 0.1706 0.000 0.432 0.000 0.324 0.244
#> SRR818961 1 0.0693 0.8808 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR813704 1 0.0000 0.8852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0955 0.8752 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1476467 1 0.1341 0.8591 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1407988 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310645 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.4108 0.5965 0.684 0.000 0.008 0.000 0.308
#> SRR1479740 1 0.0451 0.8853 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1332095 2 0.4491 0.3983 0.020 0.652 0.000 0.000 0.328
#> SRR1444786 4 0.6364 0.5428 0.000 0.176 0.012 0.568 0.244
#> SRR1090070 1 0.1043 0.8768 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR662414 2 0.6388 0.3987 0.000 0.516 0.000 0.240 0.244
#> SRR661216 4 0.1341 0.7979 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR656313 2 0.3274 0.6548 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR615671 5 0.7287 -0.0546 0.000 0.328 0.024 0.260 0.388
#> SRR1350196 5 0.4273 -0.1254 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1466580 1 0.0794 0.8794 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1408032 2 0.0703 0.8325 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1432913 4 0.1270 0.7913 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1360502 1 0.4949 0.2826 0.532 0.000 0.020 0.004 0.444
#> SRR1391901 4 0.2471 0.7723 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1311131 1 0.0703 0.8805 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1380636 1 0.0794 0.8794 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1332339 1 0.3636 0.5913 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1341563 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.1357 0.8087 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1473040 5 0.4278 0.1273 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1321444 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498765 4 0.3707 0.6622 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1312622 4 0.0162 0.7859 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR615503 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1433107 4 0.5421 0.4316 0.000 0.096 0.276 0.628 0.000
#> SRR1075384 1 0.0451 0.8848 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1356683 1 0.0290 0.8843 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0162 0.8850 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0324 0.8850 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1341739 1 0.0955 0.8802 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR613249 3 0.3895 0.2308 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR663428 2 0.0000 0.8441 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341302 4 0.1410 0.7980 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1073553 4 0.3816 0.6418 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1354093 3 0.4878 0.5412 0.000 0.000 0.676 0.060 0.264
#> SRR1406521 4 0.0000 0.7873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432049 1 0.0794 0.8794 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1453504 1 0.7182 0.1217 0.496 0.296 0.000 0.152 0.056
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.3425 0.6591 0.000 0.028 0.008 0.164 0.000 0.800
#> SRR1359328 3 0.3727 0.5995 0.000 0.000 0.748 0.000 0.036 0.216
#> SRR821124 4 0.2562 0.7564 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.1765 0.8564 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1075825 2 0.3868 -0.1042 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0146 0.8747 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466198 5 0.2145 0.7171 0.000 0.000 0.072 0.028 0.900 0.000
#> SRR1384073 6 0.2623 0.6799 0.016 0.132 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1312802 1 0.6417 0.4051 0.496 0.000 0.320 0.000 0.080 0.104
#> SRR1076559 1 0.7113 0.3097 0.428 0.100 0.224 0.000 0.000 0.248
#> SRR1370085 1 0.0260 0.8745 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.5811 0.4539 0.512 0.000 0.292 0.000 0.004 0.192
#> SRR1459631 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1448098 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.2320 0.7635 0.000 0.864 0.000 0.132 0.000 0.004
#> SRR807613 2 0.0146 0.8903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR808086 3 0.0547 0.6877 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR613687 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1471011 3 0.5414 -0.0514 0.388 0.004 0.504 0.000 0.000 0.104
#> SRR1330284 4 0.0713 0.8308 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1320624 4 0.0000 0.8264 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 4 0.4774 0.0656 0.000 0.052 0.000 0.528 0.420 0.000
#> SRR1390561 1 0.0820 0.8722 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR658164 1 0.2793 0.7937 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1087079 4 0.2320 0.7834 0.000 0.132 0.000 0.864 0.000 0.004
#> SRR814996 3 0.0909 0.6983 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1407410 6 0.3647 0.5958 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1453392 4 0.1556 0.8112 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0790 0.8718 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1419985 2 0.0146 0.8903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR820938 5 0.2969 0.6569 0.000 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0146 0.8747 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1413916 4 0.0713 0.8308 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0146 0.8903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614287 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0146 0.8903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR612611 4 0.0713 0.8308 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0146 0.8903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405078 3 0.0551 0.6924 0.004 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004
#> SRR1437226 4 0.5701 0.4057 0.000 0.288 0.000 0.544 0.008 0.160
#> SRR1326078 1 0.1387 0.8633 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1096806 4 0.2854 0.6595 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1440919 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1452824 3 0.1845 0.6547 0.008 0.000 0.916 0.000 0.004 0.072
#> SRR615754 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 3 0.5829 0.2399 0.000 0.052 0.548 0.076 0.000 0.324
#> SRR614551 2 0.0790 0.8728 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.3888 0.5442 0.000 0.000 0.672 0.000 0.312 0.016
#> SRR1455761 1 0.0458 0.8745 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1465189 5 0.5230 0.2741 0.004 0.000 0.292 0.000 0.592 0.112
#> SRR1376895 1 0.0146 0.8747 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1445002 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 4 0.1501 0.8176 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0260 0.8753 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480200 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.2416 0.8201 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR657540 5 0.2088 0.7187 0.000 0.000 0.068 0.028 0.904 0.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0146 0.8903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1344205 3 0.3802 0.5602 0.000 0.000 0.676 0.000 0.312 0.012
#> SRR612479 1 0.5610 0.5740 0.612 0.000 0.256 0.000 0.052 0.080
#> SRR1399950 1 0.4847 0.5277 0.588 0.000 0.340 0.000 0.000 0.072
#> SRR1336048 3 0.0547 0.6880 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1368896 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.0632 0.8312 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.1387 0.8643 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1096478 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 5 0.4894 -0.1075 0.000 0.000 0.376 0.000 0.556 0.068
#> SRR811423 1 0.5847 0.5816 0.620 0.000 0.204 0.000 0.080 0.096
#> SRR615683 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.2260 0.7811 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR817609 1 0.6452 0.3961 0.492 0.000 0.320 0.000 0.080 0.108
#> SRR1074550 5 0.2350 0.7284 0.000 0.000 0.036 0.076 0.888 0.000
#> SRR1499236 2 0.2129 0.8243 0.000 0.904 0.000 0.040 0.000 0.056
#> SRR656083 1 0.0692 0.8744 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR817539 1 0.2762 0.7966 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1410801 1 0.1334 0.8633 0.948 0.000 0.000 0.000 0.032 0.020
#> SRR1347190 1 0.5420 0.5754 0.572 0.000 0.172 0.000 0.000 0.256
#> SRR1355126 2 0.1151 0.8665 0.000 0.956 0.012 0.000 0.000 0.032
#> SRR615165 5 0.1814 0.6882 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1466046 1 0.1082 0.8675 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1097055 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.1714 0.8227 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR655325 1 0.0146 0.8747 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR810177 2 0.0146 0.8903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR815685 4 0.3288 0.6465 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR817026 4 0.4840 0.4357 0.000 0.000 0.324 0.616 0.016 0.044
#> SRR1417224 6 0.4836 0.6567 0.000 0.104 0.000 0.228 0.004 0.664
#> SRR661687 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1431804 4 0.6452 0.3416 0.004 0.000 0.264 0.520 0.048 0.164
#> SRR664072 3 0.3802 0.5602 0.000 0.000 0.676 0.000 0.312 0.012
#> SRR612923 4 0.0820 0.8298 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR1315890 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 6 0.2092 0.5645 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1500360 2 0.3023 0.6863 0.000 0.784 0.004 0.000 0.000 0.212
#> SRR1468360 6 0.3330 0.6746 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1404084 1 0.7287 0.1288 0.372 0.148 0.324 0.000 0.000 0.156
#> SRR615994 3 0.3802 0.5602 0.000 0.000 0.676 0.000 0.312 0.012
#> SRR1475718 2 0.3426 0.5592 0.000 0.720 0.000 0.276 0.000 0.004
#> SRR1397200 3 0.1225 0.6992 0.000 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR655519 4 0.0790 0.8308 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1311308 5 0.3727 0.4623 0.000 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1368006 4 0.3774 0.4702 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR613651 1 0.4961 0.5415 0.592 0.000 0.320 0.000 0.000 0.088
#> SRR1362621 4 0.4559 0.4494 0.000 0.000 0.324 0.628 0.004 0.044
#> SRR1451718 1 0.6499 0.4062 0.492 0.048 0.268 0.000 0.000 0.192
#> SRR1095334 3 0.1225 0.6992 0.000 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1079636 4 0.2135 0.7880 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1442549 6 0.2854 0.6919 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1466421 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817397 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614623 2 0.3499 0.4832 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1407065 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1404483 4 0.0405 0.8258 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.4961 0.5415 0.592 0.000 0.320 0.000 0.000 0.088
#> SRR1408615 3 0.1334 0.6709 0.000 0.032 0.948 0.000 0.000 0.020
#> SRR1070597 6 0.3366 0.6599 0.080 0.092 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1332381 1 0.4570 0.6610 0.644 0.012 0.036 0.000 0.000 0.308
#> SRR1457015 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.1951 0.8302 0.000 0.908 0.016 0.000 0.000 0.076
#> SRR1098385 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363947 5 0.2218 0.6771 0.000 0.000 0.104 0.000 0.884 0.012
#> SRR820350 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.0790 0.8303 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.2300 0.8301 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1453639 6 0.2362 0.6888 0.000 0.136 0.004 0.000 0.000 0.860
#> SRR662617 4 0.2491 0.7436 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR654778 1 0.2340 0.8341 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR661782 2 0.0146 0.8903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334396 1 0.6539 0.4276 0.508 0.000 0.284 0.000 0.096 0.112
#> SRR613867 6 0.4686 0.6419 0.000 0.092 0.000 0.248 0.000 0.660
#> SRR1479412 1 0.4062 0.7599 0.736 0.000 0.068 0.000 0.000 0.196
#> SRR1331620 1 0.2768 0.8062 0.832 0.000 0.012 0.000 0.000 0.156
#> SRR1082809 3 0.7705 0.0738 0.272 0.028 0.376 0.000 0.232 0.092
#> SRR1417178 1 0.5203 0.6415 0.680 0.000 0.188 0.000 0.080 0.052
#> SRR1335278 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 4 0.0790 0.8303 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR657552 6 0.6780 0.1671 0.264 0.000 0.148 0.000 0.100 0.488
#> SRR812412 1 0.0146 0.8747 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096500 6 0.3390 0.6683 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1347750 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615153 4 0.5613 0.0239 0.000 0.128 0.004 0.476 0.000 0.392
#> SRR1434417 1 0.3611 0.7832 0.796 0.000 0.000 0.000 0.096 0.108
#> SRR1070159 3 0.1333 0.6709 0.000 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR1332508 4 0.3489 0.6323 0.000 0.288 0.000 0.708 0.000 0.004
#> SRR1082059 2 0.5533 0.5411 0.000 0.656 0.180 0.100 0.000 0.064
#> SRR1402491 1 0.0405 0.8743 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1476595 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1320987 4 0.3426 0.6438 0.000 0.276 0.000 0.720 0.000 0.004
#> SRR1086417 2 0.7712 0.1617 0.160 0.456 0.232 0.080 0.000 0.072
#> SRR1454095 2 0.3426 0.6702 0.124 0.808 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR614791 4 0.0713 0.8308 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR821255 2 0.1863 0.8223 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR820402 4 0.1082 0.8138 0.000 0.004 0.000 0.956 0.040 0.000
#> SRR1337284 6 0.3126 0.6869 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1333083 3 0.1625 0.6957 0.000 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR1384883 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 4 0.1429 0.8125 0.000 0.052 0.000 0.940 0.004 0.004
#> SRR1370285 1 0.0725 0.8727 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1446673 3 0.3802 0.5602 0.000 0.000 0.676 0.000 0.312 0.012
#> SRR1318046 2 0.2092 0.7920 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.3867 0.5458 0.000 0.000 0.660 0.000 0.328 0.012
#> SRR1384941 1 0.0146 0.8747 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322864 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.4328 0.5810 0.100 0.000 0.720 0.000 0.000 0.180
#> SRR1443332 2 0.1003 0.8706 0.000 0.964 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR662486 4 0.3136 0.7106 0.000 0.228 0.000 0.768 0.000 0.004
#> SRR1447019 1 0.2672 0.8201 0.868 0.000 0.000 0.000 0.080 0.052
#> SRR662942 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.3967 0.5088 0.000 0.000 0.632 0.000 0.356 0.012
#> SRR1469880 1 0.0146 0.8747 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464977 6 0.2260 0.6773 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR615850 3 0.3904 0.6430 0.076 0.000 0.800 0.000 0.028 0.096
#> SRR661949 2 0.2135 0.7659 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1322227 5 0.3932 0.5444 0.000 0.248 0.000 0.028 0.720 0.004
#> SRR1441655 2 0.0937 0.8650 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR613771 6 0.4678 0.5960 0.000 0.000 0.068 0.180 0.032 0.720
#> SRR1479471 1 0.2846 0.8162 0.856 0.000 0.000 0.000 0.084 0.060
#> SRR1488918 4 0.0858 0.8306 0.000 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR1414040 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.1411 0.8661 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR1364914 4 0.0713 0.8312 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1408267 4 0.3383 0.6525 0.000 0.268 0.000 0.728 0.000 0.004
#> SRR1314894 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 4 0.5487 0.4743 0.000 0.000 0.048 0.624 0.252 0.076
#> SRR1395975 6 0.4569 0.6931 0.000 0.144 0.000 0.156 0.000 0.700
#> SRR1402219 2 0.1806 0.8162 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0260 0.8884 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR811213 4 0.3659 0.5390 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR663657 4 0.5219 0.3352 0.000 0.000 0.124 0.580 0.296 0.000
#> SRR612203 1 0.6435 0.4291 0.512 0.000 0.296 0.000 0.096 0.096
#> SRR613987 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR613831 5 0.2145 0.7171 0.000 0.000 0.072 0.028 0.900 0.000
#> SRR1354180 4 0.2219 0.7840 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.1168 0.8707 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1475501 1 0.0820 0.8722 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1336930 1 0.1007 0.8654 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR613030 5 0.2178 0.7139 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1381459 4 0.2457 0.7629 0.000 0.036 0.000 0.880 0.000 0.084
#> SRR1402350 3 0.1663 0.6519 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1419408 1 0.0260 0.8745 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR655911 4 0.3868 -0.1848 0.000 0.000 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR1418243 1 0.1387 0.8633 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1322573 2 0.7349 -0.0339 0.200 0.368 0.320 0.004 0.000 0.108
#> SRR613615 5 0.2145 0.7171 0.000 0.000 0.072 0.028 0.900 0.000
#> SRR1355284 1 0.0790 0.8715 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1319395 1 0.1501 0.8620 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR818939 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.5486 0.6201 0.648 0.000 0.208 0.000 0.088 0.056
#> SRR614888 1 0.5659 0.2852 0.528 0.356 0.024 0.000 0.000 0.092
#> SRR1431694 1 0.4161 0.4976 0.612 0.000 0.008 0.000 0.008 0.372
#> SRR614347 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1334228 3 0.4488 0.5803 0.000 0.000 0.704 0.060 0.224 0.012
#> SRR1096007 2 0.0146 0.8903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656349 1 0.6479 0.4943 0.540 0.000 0.240 0.000 0.108 0.112
#> SRR815422 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1360828 1 0.3518 0.7987 0.804 0.000 0.092 0.000 0.000 0.104
#> SRR1359005 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1456652 1 0.1387 0.8633 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1391660 1 0.1387 0.8633 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1441956 1 0.1075 0.8681 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR662930 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR615790 5 0.2679 0.7216 0.000 0.000 0.040 0.096 0.864 0.000
#> SRR614827 6 0.4488 0.6632 0.000 0.280 0.000 0.052 0.004 0.664
#> SRR614587 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR814052 6 0.3547 0.6389 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1070086 1 0.0260 0.8750 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481440 1 0.4533 0.7468 0.760 0.000 0.076 0.000 0.096 0.068
#> SRR1339296 3 0.3867 0.5458 0.000 0.000 0.660 0.000 0.328 0.012
#> SRR1343239 5 0.5853 0.4172 0.000 0.216 0.000 0.268 0.512 0.004
#> SRR1432802 6 0.3428 0.6657 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1416911 1 0.1501 0.8620 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1410427 1 0.3288 0.7131 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1401185 2 0.2062 0.8130 0.000 0.900 0.008 0.004 0.000 0.088
#> SRR654993 4 0.0000 0.8264 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 5 0.3521 0.6861 0.000 0.000 0.008 0.120 0.812 0.060
#> SRR1433819 1 0.3421 0.7557 0.736 0.000 0.008 0.000 0.000 0.256
#> SRR1375225 4 0.2100 0.7959 0.000 0.112 0.000 0.884 0.000 0.004
#> SRR1367739 3 0.3699 0.3369 0.000 0.000 0.660 0.000 0.336 0.004
#> SRR1323336 2 0.4884 0.5104 0.000 0.652 0.220 0.000 0.000 0.128
#> SRR663224 5 0.5242 0.4119 0.000 0.316 0.000 0.104 0.576 0.004
#> SRR1442840 1 0.0820 0.8722 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1374058 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0146 0.8747 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469214 4 0.3288 0.6480 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.3947 0.7645 0.764 0.000 0.136 0.000 0.000 0.100
#> SRR1471879 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612911 5 0.2088 0.7187 0.000 0.000 0.068 0.028 0.904 0.000
#> SRR1395720 4 0.1075 0.8277 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.4742 0.7207 0.704 0.000 0.016 0.000 0.096 0.184
#> SRR656770 6 0.4765 0.6804 0.000 0.152 0.000 0.172 0.000 0.676
#> SRR812080 5 0.2197 0.7248 0.000 0.000 0.056 0.044 0.900 0.000
#> SRR1479328 1 0.3617 0.7553 0.736 0.000 0.020 0.000 0.000 0.244
#> SRR661421 6 0.4663 0.6380 0.000 0.088 0.000 0.252 0.000 0.660
#> SRR1410286 4 0.1814 0.7988 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.1594 0.8630 0.932 0.000 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR1360607 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1333106 6 0.4810 0.6556 0.000 0.120 0.000 0.220 0.000 0.660
#> SRR1088706 4 0.3266 0.6506 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1320053 5 0.2178 0.7139 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1350392 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0603 0.6915 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1080093 2 0.0363 0.8884 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 6 0.4148 0.5282 0.000 0.024 0.192 0.000 0.036 0.748
#> SRR612178 4 0.0291 0.8264 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1354423 1 0.0914 0.8720 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR1072724 1 0.2135 0.8231 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1418450 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1326427 5 0.0858 0.6801 0.000 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1437412 6 0.3214 0.6011 0.000 0.000 0.008 0.068 0.084 0.840
#> SRR1327548 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1395891 1 0.1007 0.8691 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR659367 6 0.4908 0.6709 0.000 0.124 0.004 0.208 0.000 0.664
#> SRR818961 1 0.3055 0.8066 0.840 0.000 0.000 0.000 0.096 0.064
#> SRR813704 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.1088 0.8707 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1476467 1 0.1007 0.8654 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1407988 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.8911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310645 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1345628 1 0.6363 0.5181 0.556 0.000 0.232 0.000 0.096 0.116
#> SRR1479740 1 0.0937 0.8706 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1332095 2 0.5123 0.4816 0.000 0.628 0.184 0.000 0.000 0.188
#> SRR1444786 6 0.5071 0.6868 0.000 0.136 0.024 0.088 0.028 0.724
#> SRR1090070 1 0.1444 0.8631 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR662414 6 0.4594 0.6569 0.000 0.092 0.000 0.232 0.000 0.676
#> SRR661216 4 0.0713 0.8308 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR656313 2 0.3383 0.5716 0.000 0.728 0.000 0.268 0.000 0.004
#> SRR615671 6 0.4125 0.6219 0.000 0.016 0.024 0.244 0.000 0.716
#> SRR1350196 3 0.4516 0.5792 0.000 0.000 0.700 0.000 0.112 0.188
#> SRR1466580 1 0.1075 0.8681 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1408032 2 0.0632 0.8783 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1432913 4 0.1349 0.8227 0.000 0.056 0.000 0.940 0.004 0.000
#> SRR1360502 1 0.5469 0.4456 0.536 0.000 0.356 0.000 0.012 0.096
#> SRR1391901 4 0.2257 0.7875 0.000 0.116 0.000 0.876 0.008 0.000
#> SRR1311131 1 0.1444 0.8645 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1380636 1 0.1075 0.8681 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1332339 6 0.3659 0.2823 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1341563 2 0.0146 0.8903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1359410 2 0.1313 0.8584 0.000 0.952 0.000 0.028 0.016 0.004
#> SRR1473040 3 0.1225 0.6992 0.000 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1321444 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 4 0.3126 0.6747 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1312622 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR615503 2 0.0260 0.8892 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1453192 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 5 0.5932 0.4815 0.000 0.044 0.000 0.256 0.576 0.124
#> SRR1075384 1 0.0622 0.8731 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1356683 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.1082 0.8676 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1341739 1 0.1327 0.8651 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR613249 5 0.3782 0.3403 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR663428 2 0.0146 0.8908 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341302 4 0.0865 0.8309 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1073553 4 0.3360 0.6598 0.000 0.264 0.000 0.732 0.000 0.004
#> SRR1354093 3 0.5137 0.4605 0.000 0.000 0.588 0.072 0.328 0.012
#> SRR1406521 4 0.0146 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1432049 1 0.1910 0.8511 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1453504 6 0.7253 0.2423 0.180 0.284 0.000 0.132 0.000 0.404
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.674 0.903 0.950 0.4824 0.515 0.515
#> 3 3 0.787 0.854 0.936 0.3458 0.814 0.646
#> 4 4 0.657 0.662 0.826 0.1290 0.873 0.660
#> 5 5 0.640 0.525 0.714 0.0262 0.848 0.517
#> 6 6 0.639 0.622 0.746 0.0308 0.891 0.626
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1359328 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR821124 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1466198 1 0.9393 0.5597 0.644 0.356
#> SRR1384073 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0672 0.9251 0.992 0.008
#> SRR1076559 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR808086 1 0.7376 0.7984 0.792 0.208
#> SRR613687 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.5059 0.8551 0.112 0.888
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR814996 1 0.7453 0.7945 0.788 0.212
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.8555 0.5736 0.280 0.720
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.4431 0.8787 0.092 0.908
#> SRR1405078 1 0.5178 0.8703 0.884 0.116
#> SRR1437226 2 0.6623 0.7731 0.172 0.828
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1341787 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR614551 2 0.3584 0.9058 0.068 0.932
#> SRR1380829 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0376 0.9268 0.996 0.004
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR657540 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR821096 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1344205 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR612479 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.5178 0.8703 0.884 0.116
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1348138 1 0.5178 0.8703 0.884 0.116
#> SRR811423 1 0.0376 0.9268 0.996 0.004
#> SRR615683 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.9896 0.0980 0.440 0.560
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.8267 0.6162 0.260 0.740
#> SRR615165 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR817026 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1417224 2 0.1633 0.9491 0.024 0.976
#> SRR661687 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR664072 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR612923 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1404084 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR615994 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1397200 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR655519 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.6712 0.7663 0.176 0.824
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1362621 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1451718 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1095334 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1442549 1 0.9129 0.6227 0.672 0.328
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1408615 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1070597 1 0.5294 0.8679 0.880 0.120
#> SRR1332381 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.7299 0.8022 0.796 0.204
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1363947 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR820350 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1453639 1 0.6712 0.8266 0.824 0.176
#> SRR662617 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.3733 0.8945 0.928 0.072
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR615153 1 0.6343 0.8396 0.840 0.160
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1070159 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1082059 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.3584 0.9062 0.068 0.932
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1086417 1 0.4815 0.8749 0.896 0.104
#> SRR1454095 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR820402 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.5294 0.8679 0.880 0.120
#> SRR1333083 1 0.5408 0.8652 0.876 0.124
#> SRR1384883 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1446673 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1341188 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.5178 0.8703 0.884 0.116
#> SRR1443332 2 0.1633 0.9490 0.024 0.976
#> SRR662486 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR613102 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR615850 1 0.5178 0.8703 0.884 0.116
#> SRR661949 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1322227 1 0.9170 0.6095 0.668 0.332
#> SRR1441655 1 0.6623 0.8301 0.828 0.172
#> SRR613771 2 0.6048 0.8053 0.148 0.852
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.2043 0.9416 0.032 0.968
#> SRR663209 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1414117 1 0.5294 0.8680 0.880 0.120
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.4022 0.8921 0.080 0.920
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR663657 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR612203 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR613987 1 0.9427 0.5472 0.640 0.360
#> SRR613831 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR613030 1 0.8499 0.7080 0.724 0.276
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.2603 0.9086 0.956 0.044
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR613615 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1334228 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR615790 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR614827 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1339296 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1343239 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1401185 1 0.6438 0.8363 0.836 0.164
#> SRR654993 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR809643 1 0.7056 0.8129 0.808 0.192
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.5178 0.8703 0.884 0.116
#> SRR1323336 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR663224 2 0.5629 0.8293 0.132 0.868
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR612911 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0938 0.9595 0.012 0.988
#> SRR812080 2 0.9795 0.1892 0.416 0.584
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1320053 1 0.9635 0.4862 0.612 0.388
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.5178 0.8703 0.884 0.116
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1345369 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR612178 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1326427 1 0.6887 0.8199 0.816 0.184
#> SRR1437412 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1327548 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.6801 0.7603 0.180 0.820
#> SRR818961 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1444786 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.4161 0.8874 0.084 0.916
#> SRR661216 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR615671 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1350196 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.9993 -0.0878 0.484 0.516
#> SRR1473040 1 0.5629 0.8598 0.868 0.132
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.5519 0.8359 0.128 0.872
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.8327 0.6079 0.264 0.736
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR613249 1 0.5178 0.8703 0.884 0.116
#> SRR663428 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1354093 1 0.7602 0.7867 0.780 0.220
#> SRR1406521 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9285 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.5519 0.8626 0.872 0.128
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 3 0.2448 0.8351 0.000 0.076 0.924
#> SRR1359328 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.4002 0.8074 0.840 0.000 0.160
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.2537 0.8268 0.000 0.080 0.920
#> SRR1384073 1 0.4399 0.7790 0.812 0.000 0.188
#> SRR1312802 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076559 1 0.4702 0.7531 0.788 0.000 0.212
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.6286 0.2173 0.536 0.000 0.464
#> SRR1459631 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 3 0.5178 0.6073 0.256 0.000 0.744
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.2448 0.8992 0.000 0.924 0.076
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 2 0.6026 0.4304 0.000 0.624 0.376
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.4062 0.7824 0.000 0.836 0.164
#> SRR1405078 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437226 2 0.0892 0.9481 0.000 0.980 0.020
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0892 0.9500 0.000 0.980 0.020
#> SRR1440919 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452824 3 0.0892 0.8759 0.020 0.000 0.980
#> SRR615754 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 3 0.5291 0.6003 0.000 0.268 0.732
#> SRR614551 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.3412 0.8371 0.876 0.000 0.124
#> SRR657540 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 3 0.0892 0.8759 0.020 0.000 0.980
#> SRR1336048 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR811423 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 3 0.0892 0.8759 0.020 0.000 0.980
#> SRR1074550 3 0.6260 0.1321 0.000 0.448 0.552
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.3340 0.8400 0.880 0.000 0.120
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.6307 0.1342 0.512 0.000 0.488
#> SRR1355126 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.1753 0.9214 0.000 0.952 0.048
#> SRR655325 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.5291 0.6493 0.000 0.732 0.268
#> SRR661687 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431804 3 0.5678 0.4957 0.316 0.000 0.684
#> SRR664072 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.4235 0.7916 0.824 0.000 0.176
#> SRR1500360 1 0.4399 0.7790 0.812 0.000 0.188
#> SRR1468360 2 0.0237 0.9613 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404084 1 0.6260 0.2715 0.552 0.000 0.448
#> SRR615994 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311308 2 0.5591 0.5836 0.000 0.696 0.304
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 3 0.5706 0.4870 0.320 0.000 0.680
#> SRR1362621 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451718 3 0.4291 0.7177 0.180 0.000 0.820
#> SRR1095334 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.9520 -0.1012 0.396 0.416 0.188
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 3 0.5529 0.5354 0.296 0.000 0.704
#> SRR1408615 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.5842 0.7414 0.768 0.036 0.196
#> SRR1332381 3 0.5882 0.4226 0.348 0.000 0.652
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 3 0.7748 0.0360 0.452 0.048 0.500
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.3619 0.8291 0.864 0.000 0.136
#> SRR1453639 3 0.8936 0.2217 0.368 0.132 0.500
#> SRR662617 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.2165 0.8763 0.936 0.000 0.064
#> SRR661782 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.5650 0.5539 0.688 0.000 0.312
#> SRR613867 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.3551 0.8310 0.868 0.000 0.132
#> SRR1331620 1 0.5465 0.6432 0.712 0.000 0.288
#> SRR1082809 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417178 1 0.5058 0.6633 0.756 0.000 0.244
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 3 0.6180 0.2234 0.416 0.000 0.584
#> SRR812412 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 1 0.6387 0.5982 0.680 0.020 0.300
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 3 0.7337 0.4961 0.300 0.056 0.644
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.1170 0.9458 0.008 0.976 0.016
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 1 0.6244 0.2949 0.560 0.000 0.440
#> SRR1454095 1 0.4399 0.7790 0.812 0.000 0.188
#> SRR614791 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR821255 1 0.7368 0.6499 0.696 0.104 0.200
#> SRR820402 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337284 1 0.5406 0.7509 0.780 0.020 0.200
#> SRR1333083 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384883 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443332 2 0.3412 0.8488 0.000 0.876 0.124
#> SRR662486 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0892 0.8987 0.980 0.000 0.020
#> SRR662942 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.4399 0.7790 0.812 0.000 0.188
#> SRR615850 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR661949 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.4002 0.7526 0.000 0.160 0.840
#> SRR1441655 1 0.6018 0.5982 0.684 0.008 0.308
#> SRR613771 2 0.4121 0.7796 0.000 0.832 0.168
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.1129 0.9454 0.004 0.976 0.020
#> SRR663209 1 0.3879 0.8152 0.848 0.000 0.152
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.0592 0.8810 0.012 0.000 0.988
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.3192 0.8495 0.000 0.888 0.112
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0747 0.9021 0.984 0.000 0.016
#> SRR613987 2 0.4346 0.7531 0.000 0.816 0.184
#> SRR613831 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0592 0.9031 0.988 0.000 0.012
#> SRR613030 3 0.0892 0.8746 0.000 0.020 0.980
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402350 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 2 0.4555 0.7520 0.000 0.800 0.200
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.4291 0.7874 0.820 0.000 0.180
#> SRR613615 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0424 0.9051 0.992 0.000 0.008
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.1529 0.8899 0.960 0.000 0.040
#> SRR614888 1 0.4178 0.7958 0.828 0.000 0.172
#> SRR1431694 1 0.3619 0.8292 0.864 0.000 0.136
#> SRR614347 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 3 0.5621 0.5125 0.308 0.000 0.692
#> SRR815422 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360828 1 0.2066 0.8788 0.940 0.000 0.060
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0892 0.8987 0.980 0.000 0.020
#> SRR1339296 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.5291 0.6475 0.000 0.732 0.268
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.4062 0.8036 0.836 0.000 0.164
#> SRR1401185 1 0.6229 0.5362 0.652 0.008 0.340
#> SRR654993 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.4002 0.8102 0.840 0.000 0.160
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.6305 0.1490 0.516 0.000 0.484
#> SRR663224 2 0.2959 0.8755 0.000 0.900 0.100
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.3941 0.8129 0.844 0.000 0.156
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.3752 0.8051 0.856 0.000 0.144
#> SRR656770 2 0.3941 0.8108 0.000 0.844 0.156
#> SRR812080 3 0.4974 0.6402 0.000 0.236 0.764
#> SRR1479328 3 0.5859 0.4320 0.344 0.000 0.656
#> SRR661421 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.2261 0.9006 0.000 0.932 0.068
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.3551 0.7815 0.000 0.132 0.868
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 3 0.5202 0.6596 0.220 0.008 0.772
#> SRR1327548 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.3038 0.8605 0.000 0.896 0.104
#> SRR818961 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.6008 0.4557 0.628 0.000 0.372
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.4504 0.7698 0.804 0.000 0.196
#> SRR1444786 3 0.7749 0.5336 0.076 0.300 0.624
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.3619 0.8188 0.000 0.864 0.136
#> SRR661216 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.5940 0.6786 0.036 0.760 0.204
#> SRR1350196 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.3752 0.8214 0.856 0.000 0.144
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360502 3 0.5465 0.5502 0.288 0.000 0.712
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.6026 0.3935 0.624 0.000 0.376
#> SRR1332339 1 0.4062 0.8046 0.836 0.000 0.164
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 3 0.6299 0.0305 0.000 0.476 0.524
#> SRR1473040 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR615503 2 0.8105 0.4958 0.196 0.648 0.156
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.5859 0.5027 0.000 0.656 0.344
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.8881 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.9646 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432049 1 0.3412 0.8374 0.876 0.000 0.124
#> SRR1453504 1 0.8562 0.5014 0.608 0.184 0.208
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 3 0.5292 0.6016 0.000 0.064 0.728 0.208
#> SRR1359328 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821124 2 0.3024 0.7568 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1335188 1 0.5112 0.6129 0.608 0.000 0.008 0.384
#> SRR1075825 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.4049 0.6620 0.000 0.008 0.780 0.212
#> SRR1384073 1 0.6354 0.5068 0.520 0.000 0.064 0.416
#> SRR1312802 3 0.3486 0.7277 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1076559 1 0.7466 0.4046 0.436 0.000 0.176 0.388
#> SRR1370085 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.2081 0.7973 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1476165 1 0.7883 0.2177 0.384 0.000 0.300 0.316
#> SRR1459631 2 0.5659 0.4309 0.000 0.600 0.032 0.368
#> SRR1448098 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471011 3 0.7355 0.3799 0.172 0.000 0.488 0.340
#> SRR1330284 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.2345 0.7960 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1459519 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 4 0.6684 0.3879 0.000 0.336 0.104 0.560
#> SRR1390561 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.4500 0.5677 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR814996 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407410 4 0.4855 0.3009 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1453392 2 0.4746 0.4797 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1445873 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.4331 0.6193 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR820938 3 0.6446 0.3467 0.000 0.088 0.584 0.328
#> SRR1476844 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441051 4 0.4877 0.2798 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR614287 2 0.0469 0.8114 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1092062 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376356 4 0.4636 0.6400 0.000 0.188 0.040 0.772
#> SRR1405078 3 0.2255 0.7888 0.012 0.000 0.920 0.068
#> SRR1437226 4 0.3444 0.6457 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1326078 1 0.2704 0.8060 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1096806 2 0.7092 0.2856 0.000 0.532 0.320 0.148
#> SRR1440919 2 0.5576 0.2261 0.000 0.536 0.020 0.444
#> SRR1452824 3 0.5220 0.5543 0.016 0.000 0.632 0.352
#> SRR615754 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 3 0.6443 0.2626 0.000 0.072 0.528 0.400
#> SRR614551 4 0.3444 0.6457 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1380829 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.3266 0.7400 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1376895 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 4 0.4500 0.5009 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1409239 1 0.1118 0.8361 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.5112 0.6129 0.608 0.000 0.008 0.384
#> SRR657540 3 0.3355 0.7143 0.000 0.004 0.836 0.160
#> SRR821096 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613591 4 0.4040 0.5966 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1344205 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612479 1 0.3610 0.7658 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1399950 3 0.5596 0.5561 0.036 0.000 0.632 0.332
#> SRR1336048 3 0.2345 0.7767 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1368896 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0817 0.8460 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1096478 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.1637 0.7921 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR811423 3 0.3972 0.7131 0.008 0.000 0.788 0.204
#> SRR615683 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817609 3 0.3945 0.7047 0.004 0.000 0.780 0.216
#> SRR1074550 3 0.5282 0.5386 0.000 0.036 0.688 0.276
#> SRR1499236 2 0.4040 0.6660 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR656083 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.5085 0.6203 0.616 0.000 0.008 0.376
#> SRR1410801 1 0.2345 0.7919 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1347190 1 0.7583 0.3824 0.420 0.000 0.196 0.384
#> SRR1355126 4 0.3400 0.6464 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR615165 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.1022 0.8075 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1312370 4 0.3726 0.6321 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR655325 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817026 3 0.4767 0.6484 0.000 0.020 0.724 0.256
#> SRR1417224 4 0.6770 0.4710 0.000 0.268 0.140 0.592
#> SRR661687 2 0.3443 0.7676 0.000 0.848 0.016 0.136
#> SRR1431804 3 0.7170 0.4560 0.184 0.000 0.548 0.268
#> SRR664072 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612923 2 0.3975 0.6836 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1315890 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.5138 0.6048 0.600 0.000 0.008 0.392
#> SRR1500360 1 0.6024 0.5320 0.540 0.000 0.044 0.416
#> SRR1468360 4 0.3907 0.6120 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1404084 4 0.7818 -0.2210 0.256 0.000 0.356 0.388
#> SRR615994 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475718 4 0.4605 0.4672 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1397200 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.7606 -0.0465 0.000 0.208 0.444 0.348
#> SRR1368006 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613651 4 0.7788 -0.3475 0.376 0.000 0.244 0.380
#> SRR1362621 3 0.4941 0.5252 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1451718 3 0.7181 0.4084 0.152 0.000 0.512 0.336
#> SRR1095334 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442549 4 0.3272 0.6360 0.004 0.128 0.008 0.860
#> SRR1466421 2 0.0817 0.8110 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR817397 2 0.2469 0.7879 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1341809 4 0.4193 0.5838 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR614623 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.2281 0.7959 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1407065 2 0.2469 0.7879 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1404483 2 0.4925 0.3315 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1096222 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.7634 0.3780 0.424 0.000 0.208 0.368
#> SRR1408615 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070597 4 0.1635 0.5284 0.044 0.000 0.008 0.948
#> SRR1332381 3 0.7681 0.2467 0.224 0.000 0.432 0.344
#> SRR1457015 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 4 0.7324 -0.1974 0.140 0.004 0.368 0.488
#> SRR1098385 2 0.4843 0.4167 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1363947 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.2281 0.7936 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR662055 2 0.4790 0.4531 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1310455 1 0.7082 0.5112 0.500 0.000 0.132 0.368
#> SRR1453639 4 0.3380 0.3868 0.008 0.004 0.136 0.852
#> SRR662617 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654778 1 0.5099 0.6170 0.612 0.000 0.008 0.380
#> SRR661782 2 0.3172 0.7547 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1334396 1 0.3400 0.7142 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR613867 2 0.1022 0.8093 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1479412 1 0.4647 0.7009 0.704 0.000 0.008 0.288
#> SRR1331620 1 0.6869 0.5897 0.596 0.000 0.180 0.224
#> SRR1082809 3 0.6089 0.5824 0.080 0.000 0.640 0.280
#> SRR1417178 1 0.7102 0.5464 0.548 0.000 0.164 0.288
#> SRR1335278 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657552 3 0.7790 0.1721 0.252 0.000 0.408 0.340
#> SRR812412 1 0.1211 0.8407 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1096500 4 0.4661 0.4545 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1347750 2 0.3907 0.6915 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR615153 4 0.1284 0.5358 0.024 0.000 0.012 0.964
#> SRR1434417 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0188 0.8043 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332508 2 0.1118 0.8100 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1082059 4 0.4936 -0.0412 0.000 0.008 0.340 0.652
#> SRR1402491 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 4 0.3444 0.6458 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1320987 2 0.4790 0.3503 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1086417 4 0.3105 0.4427 0.120 0.000 0.012 0.868
#> SRR1454095 4 0.5281 -0.3883 0.464 0.000 0.008 0.528
#> SRR614791 2 0.4605 0.5194 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR821255 4 0.0524 0.5552 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR820402 2 0.3791 0.7201 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1337284 4 0.1938 0.5179 0.052 0.000 0.012 0.936
#> SRR1333083 3 0.0817 0.8019 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1384883 2 0.2469 0.7879 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR614431 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.4830 0.4287 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1370285 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0469 0.8117 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1476825 3 0.3266 0.7400 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1443332 4 0.6202 0.4571 0.000 0.312 0.076 0.612
#> SRR662486 4 0.4730 0.4120 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1447019 1 0.2973 0.7527 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 4 0.5288 -0.3903 0.472 0.000 0.008 0.520
#> SRR615850 3 0.2334 0.7829 0.004 0.000 0.908 0.088
#> SRR661949 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.4059 0.6721 0.000 0.012 0.788 0.200
#> SRR1441655 4 0.0469 0.5503 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR613771 4 0.7004 0.4886 0.000 0.220 0.200 0.580
#> SRR1479471 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.1557 0.8040 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1414040 2 0.4830 0.4262 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1079850 4 0.3444 0.6458 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR663209 1 0.5257 0.5306 0.548 0.000 0.008 0.444
#> SRR1364914 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.4972 0.0977 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1314894 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.3266 0.7423 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1395975 4 0.4564 0.4930 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1402219 4 0.3400 0.6465 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1433623 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.4907 0.3546 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR811213 4 0.5000 -0.0457 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR663657 3 0.3257 0.7259 0.000 0.004 0.844 0.152
#> SRR612203 1 0.2329 0.8261 0.916 0.000 0.012 0.072
#> SRR613987 4 0.3356 0.6465 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR613831 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.5731 0.6742 0.712 0.000 0.172 0.116
#> SRR613030 3 0.3591 0.7044 0.000 0.008 0.824 0.168
#> SRR1381459 4 0.4920 0.3941 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR1402350 3 0.3907 0.6894 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1419408 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655911 2 0.7441 0.1876 0.000 0.488 0.320 0.192
#> SRR1418243 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.5125 0.6089 0.604 0.000 0.008 0.388
#> SRR613615 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.6964 0.5694 0.584 0.000 0.188 0.228
#> SRR1319395 1 0.2921 0.7974 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR818939 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.5070 0.6246 0.620 0.000 0.008 0.372
#> SRR614888 1 0.5203 0.5754 0.576 0.000 0.008 0.416
#> SRR1431694 1 0.5099 0.6170 0.612 0.000 0.008 0.380
#> SRR614347 2 0.2530 0.7867 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1334228 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.4877 0.3863 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR656349 3 0.6975 0.4739 0.216 0.000 0.584 0.200
#> SRR815422 2 0.6595 0.4803 0.000 0.628 0.212 0.160
#> SRR1360828 1 0.5055 0.6289 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR1359005 2 0.2149 0.7956 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1456652 1 0.2589 0.8093 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1391660 1 0.0469 0.8491 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1441956 1 0.1022 0.8436 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR662930 2 0.4989 0.1752 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR615790 3 0.3208 0.7235 0.000 0.004 0.848 0.148
#> SRR614827 4 0.5204 0.3599 0.000 0.376 0.012 0.612
#> SRR614587 2 0.2469 0.7879 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR814052 4 0.4713 0.4283 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1070086 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.2814 0.7641 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 4 0.6937 0.3557 0.000 0.344 0.124 0.532
#> SRR1432802 4 0.3942 0.6108 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1416911 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.5112 0.6129 0.608 0.000 0.008 0.384
#> SRR1401185 4 0.1182 0.5377 0.016 0.000 0.016 0.968
#> SRR654993 2 0.2149 0.7968 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR656397 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.2081 0.7812 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1433819 1 0.5058 0.7487 0.768 0.000 0.104 0.128
#> SRR1375225 2 0.0469 0.8112 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1367739 3 0.0707 0.8024 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1323336 4 0.7695 -0.2394 0.220 0.000 0.372 0.408
#> SRR663224 4 0.6845 0.4891 0.000 0.236 0.168 0.596
#> SRR1442840 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0592 0.8109 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1456446 1 0.5112 0.6133 0.608 0.000 0.008 0.384
#> SRR1471879 2 0.2281 0.7942 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR612911 3 0.2011 0.7712 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1395720 2 0.0336 0.8115 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1413055 1 0.2918 0.7768 0.876 0.000 0.116 0.008
#> SRR656770 4 0.6299 0.4361 0.000 0.320 0.080 0.600
#> SRR812080 3 0.4248 0.6495 0.000 0.012 0.768 0.220
#> SRR1479328 1 0.7583 0.3831 0.420 0.000 0.196 0.384
#> SRR661421 2 0.4776 0.4485 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1410286 2 0.4713 0.4881 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1487150 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 4 0.3610 0.6391 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1333106 2 0.2216 0.7933 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1088706 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.3937 0.6834 0.000 0.012 0.800 0.188
#> SRR1350392 2 0.4103 0.6351 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1385190 3 0.0707 0.8024 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1080093 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0188 0.8042 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR612178 2 0.4790 0.4544 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1354423 1 0.0188 0.8500 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072724 1 0.3123 0.7913 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1418450 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437412 3 0.5000 0.4481 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1327548 2 0.6740 0.4602 0.000 0.600 0.144 0.256
#> SRR1395891 1 0.0336 0.8494 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR659367 4 0.3400 0.6464 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR818961 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.4072 0.7328 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1407988 2 0.2149 0.7956 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1394776 2 0.3311 0.7370 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR655578 2 0.2149 0.7956 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1310645 2 0.0592 0.8093 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1345628 1 0.3688 0.6843 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1479740 1 0.4539 0.7131 0.720 0.000 0.008 0.272
#> SRR1332095 1 0.6727 0.4772 0.496 0.000 0.092 0.412
#> SRR1444786 4 0.2773 0.6158 0.000 0.072 0.028 0.900
#> SRR1090070 1 0.0817 0.8421 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR662414 4 0.3486 0.6438 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR661216 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615671 4 0.3672 0.6450 0.000 0.164 0.012 0.824
#> SRR1350196 3 0.0000 0.8045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466580 1 0.4673 0.6987 0.700 0.000 0.008 0.292
#> SRR1408032 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432913 4 0.4989 0.0426 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1360502 3 0.7261 0.3970 0.160 0.000 0.500 0.340
#> SRR1391901 2 0.4830 0.4257 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1311131 1 0.5742 0.6625 0.648 0.000 0.052 0.300
#> SRR1380636 1 0.7330 0.4977 0.508 0.000 0.180 0.312
#> SRR1332339 1 0.5099 0.6170 0.612 0.000 0.008 0.380
#> SRR1341563 4 0.4522 0.4945 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1359410 3 0.5691 0.4739 0.000 0.048 0.648 0.304
#> SRR1473040 3 0.0592 0.8028 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1321444 1 0.0188 0.8506 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498765 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.3649 0.6775 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR615503 4 0.3444 0.6458 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1453192 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.6726 0.2288 0.000 0.100 0.536 0.364
#> SRR1075384 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.8514 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.1474 0.8259 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1368240 1 0.2401 0.8170 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR1341739 1 0.0921 0.8450 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR613249 3 0.0188 0.8043 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663428 2 0.2216 0.7949 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1341302 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.1940 0.7893 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1354093 3 0.1474 0.7859 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1406521 2 0.2530 0.7867 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1432049 1 0.5112 0.6129 0.608 0.000 0.008 0.384
#> SRR1453504 4 0.3703 0.4795 0.140 0.012 0.008 0.840
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 3 0.4496 0.73729 0.000 0.040 0.724 0.232 0.004
#> SRR1359328 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821124 2 0.4397 -0.08887 0.000 0.564 0.000 0.432 0.004
#> SRR1335188 5 0.3707 0.67641 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1075825 2 0.0566 0.57939 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1321921 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.2770 0.78670 0.000 0.004 0.864 0.124 0.008
#> SRR1384073 5 0.4799 0.68595 0.220 0.000 0.008 0.056 0.716
#> SRR1312802 5 0.5245 0.26060 0.000 0.000 0.280 0.080 0.640
#> SRR1076559 5 0.4387 0.68381 0.272 0.000 0.008 0.016 0.704
#> SRR1370085 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.3194 0.54965 0.000 0.832 0.000 0.148 0.020
#> SRR1476165 5 0.5511 0.51467 0.408 0.000 0.032 0.020 0.540
#> SRR1459631 2 0.5087 -0.25462 0.000 0.516 0.012 0.456 0.016
#> SRR1448098 2 0.0162 0.57914 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1321401 2 0.0798 0.58383 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR807613 2 0.0162 0.58074 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR808086 3 0.3966 0.79319 0.000 0.000 0.796 0.072 0.132
#> SRR613687 2 0.1216 0.58016 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1471011 5 0.6074 0.64742 0.288 0.000 0.060 0.048 0.604
#> SRR1330284 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1320624 2 0.3999 0.25028 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 4 0.4539 0.54309 0.000 0.320 0.012 0.660 0.008
#> SRR1390561 1 0.1197 0.86199 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR658164 1 0.1410 0.84959 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1087079 2 0.4210 0.00646 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR814996 3 0.3535 0.80507 0.000 0.000 0.832 0.080 0.088
#> SRR1407410 4 0.4420 0.46704 0.000 0.448 0.000 0.548 0.004
#> SRR1453392 2 0.4735 -0.23288 0.000 0.524 0.000 0.460 0.016
#> SRR1445873 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.4227 -0.05437 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR820938 4 0.6035 0.15921 0.000 0.092 0.352 0.544 0.012
#> SRR1476844 1 0.0510 0.88042 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1403526 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1441051 4 0.4410 0.47927 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR614287 2 0.3106 0.55572 0.000 0.840 0.000 0.140 0.020
#> SRR1092062 2 0.2722 0.57357 0.000 0.872 0.000 0.108 0.020
#> SRR612611 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1376356 4 0.5163 0.48710 0.000 0.224 0.088 0.684 0.004
#> SRR1405078 5 0.5668 -0.15230 0.000 0.000 0.416 0.080 0.504
#> SRR1437226 4 0.5149 0.50596 0.000 0.424 0.004 0.540 0.032
#> SRR1326078 1 0.4126 0.13662 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1096806 4 0.7057 0.25028 0.000 0.192 0.312 0.468 0.028
#> SRR1440919 4 0.4986 0.47057 0.000 0.444 0.012 0.532 0.012
#> SRR1452824 5 0.5938 0.53486 0.096 0.000 0.136 0.080 0.688
#> SRR615754 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 3 0.5443 0.59415 0.000 0.028 0.596 0.348 0.028
#> SRR614551 4 0.4958 0.53194 0.000 0.400 0.000 0.568 0.032
#> SRR1380829 3 0.2770 0.83261 0.000 0.000 0.880 0.044 0.076
#> SRR1455761 1 0.0162 0.88375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465189 5 0.5680 -0.19206 0.000 0.000 0.428 0.080 0.492
#> SRR1376895 1 0.0162 0.88375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1445002 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.5048 -0.34873 0.000 0.492 0.000 0.476 0.032
#> SRR1409239 1 0.0703 0.87541 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1480200 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 5 0.3707 0.67641 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR657540 3 0.2818 0.81774 0.000 0.000 0.856 0.132 0.012
#> SRR821096 2 0.2331 0.58297 0.000 0.900 0.000 0.080 0.020
#> SRR613591 4 0.5028 0.46981 0.000 0.444 0.000 0.524 0.032
#> SRR1344205 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612479 5 0.4304 0.33810 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1399950 5 0.5770 0.44749 0.052 0.000 0.192 0.076 0.680
#> SRR1336048 5 0.5668 -0.15179 0.000 0.000 0.416 0.080 0.504
#> SRR1368896 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.2208 0.56465 0.000 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR1312464 1 0.2020 0.81126 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1096478 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.5470 0.58528 0.000 0.000 0.588 0.080 0.332
#> SRR811423 5 0.5234 0.30850 0.004 0.000 0.260 0.076 0.660
#> SRR615683 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR817609 5 0.6169 0.36679 0.060 0.000 0.240 0.072 0.628
#> SRR1074550 3 0.5115 0.55059 0.000 0.028 0.608 0.352 0.012
#> SRR1499236 2 0.4045 0.19467 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR656083 1 0.0404 0.87955 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR817539 5 0.3752 0.67180 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1410801 1 0.0510 0.88001 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1347190 5 0.5102 0.62558 0.336 0.000 0.036 0.008 0.620
#> SRR1355126 4 0.5735 0.50787 0.000 0.376 0.000 0.532 0.092
#> SRR615165 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.0963 0.87093 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1097055 2 0.2230 0.54382 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1312370 2 0.5042 -0.30532 0.000 0.508 0.000 0.460 0.032
#> SRR655325 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.2669 0.57625 0.000 0.876 0.000 0.104 0.020
#> SRR815685 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR817026 3 0.5629 0.63738 0.000 0.000 0.588 0.312 0.100
#> SRR1417224 4 0.4577 0.53800 0.000 0.296 0.024 0.676 0.004
#> SRR661687 4 0.6392 0.06109 0.000 0.376 0.040 0.512 0.072
#> SRR1431804 5 0.6616 0.59154 0.296 0.000 0.180 0.012 0.512
#> SRR664072 3 0.0609 0.83582 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR612923 2 0.4504 -0.06067 0.000 0.564 0.000 0.428 0.008
#> SRR1315890 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 5 0.4016 0.68145 0.272 0.000 0.000 0.012 0.716
#> SRR1500360 5 0.4347 0.68562 0.256 0.000 0.004 0.024 0.716
#> SRR1468360 4 0.5103 0.45920 0.000 0.452 0.000 0.512 0.036
#> SRR1404084 5 0.4900 0.66838 0.300 0.000 0.028 0.012 0.660
#> SRR615994 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 4 0.4249 0.49072 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1397200 3 0.0510 0.83623 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR655519 2 0.1211 0.57813 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR1311308 4 0.6421 0.37301 0.000 0.204 0.220 0.564 0.012
#> SRR1368006 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR613651 5 0.5055 0.65336 0.308 0.000 0.040 0.008 0.644
#> SRR1362621 5 0.6782 -0.09175 0.004 0.000 0.352 0.228 0.416
#> SRR1451718 5 0.5712 0.48171 0.064 0.000 0.176 0.068 0.692
#> SRR1095334 3 0.3389 0.81056 0.000 0.000 0.836 0.048 0.116
#> SRR1079636 2 0.1012 0.57917 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1442549 5 0.6439 0.02360 0.000 0.236 0.000 0.260 0.504
#> SRR1466421 2 0.3194 0.54965 0.000 0.832 0.000 0.148 0.020
#> SRR817397 2 0.5549 0.09542 0.000 0.480 0.004 0.460 0.056
#> SRR1341809 2 0.4798 -0.19356 0.000 0.540 0.000 0.440 0.020
#> SRR614623 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1335005 2 0.3236 0.54736 0.000 0.828 0.000 0.152 0.020
#> SRR1407065 2 0.5700 0.07559 0.000 0.468 0.004 0.460 0.068
#> SRR1404483 4 0.4877 0.43808 0.000 0.456 0.004 0.524 0.016
#> SRR1096222 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 5 0.5321 0.53705 0.392 0.000 0.028 0.016 0.564
#> SRR1408615 3 0.1845 0.82588 0.000 0.000 0.928 0.056 0.016
#> SRR1070597 5 0.5380 0.51913 0.024 0.164 0.000 0.104 0.708
#> SRR1332381 5 0.5608 0.65719 0.292 0.000 0.056 0.024 0.628
#> SRR1457015 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 5 0.7084 0.36705 0.056 0.000 0.208 0.196 0.540
#> SRR1098385 2 0.4300 -0.24873 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.3476 0.52659 0.000 0.804 0.000 0.176 0.020
#> SRR662055 2 0.4305 -0.29868 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1310455 5 0.4278 0.42987 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1453639 5 0.4834 0.49243 0.000 0.020 0.024 0.268 0.688
#> SRR662617 2 0.0963 0.58996 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR654778 5 0.3707 0.67641 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR661782 2 0.4229 0.36850 0.000 0.704 0.000 0.276 0.020
#> SRR1334396 1 0.2674 0.81433 0.868 0.000 0.012 0.000 0.120
#> SRR613867 2 0.3690 0.47398 0.000 0.764 0.000 0.224 0.012
#> SRR1479412 5 0.4101 0.58413 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1331620 5 0.4560 0.35242 0.484 0.000 0.008 0.000 0.508
#> SRR1082809 5 0.5216 0.32900 0.004 0.000 0.248 0.080 0.668
#> SRR1417178 1 0.4302 -0.24987 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1335278 1 0.0510 0.88184 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR665369 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR657552 5 0.5235 0.65843 0.304 0.000 0.040 0.016 0.640
#> SRR812412 1 0.3452 0.57283 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1096500 2 0.4827 -0.31715 0.000 0.504 0.000 0.476 0.020
#> SRR1347750 2 0.4491 0.24991 0.000 0.652 0.000 0.328 0.020
#> SRR615153 5 0.5896 0.60665 0.080 0.080 0.012 0.116 0.712
#> SRR1434417 1 0.1197 0.86199 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1070159 3 0.3734 0.80258 0.000 0.000 0.812 0.060 0.128
#> SRR1332508 2 0.2179 0.57845 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1082059 3 0.7933 0.20229 0.056 0.008 0.388 0.276 0.272
#> SRR1402491 1 0.1608 0.84015 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1476595 4 0.5733 0.42867 0.000 0.440 0.000 0.476 0.084
#> SRR1320987 2 0.4464 -0.03035 0.000 0.584 0.000 0.408 0.008
#> SRR1086417 5 0.5945 0.65610 0.204 0.004 0.016 0.128 0.648
#> SRR1454095 5 0.5362 0.67435 0.176 0.028 0.004 0.076 0.716
#> SRR614791 2 0.4307 -0.33371 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR821255 5 0.6506 0.10175 0.012 0.164 0.000 0.296 0.528
#> SRR820402 2 0.5257 -0.23010 0.000 0.512 0.016 0.452 0.020
#> SRR1337284 5 0.5504 0.54031 0.032 0.144 0.004 0.104 0.716
#> SRR1333083 3 0.5409 0.58819 0.000 0.000 0.604 0.080 0.316
#> SRR1384883 2 0.5747 0.06824 0.000 0.464 0.004 0.460 0.072
#> SRR614431 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.4591 -0.26777 0.000 0.516 0.004 0.476 0.004
#> SRR1370285 1 0.1197 0.86199 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1446673 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1341188 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.3016 0.56287 0.000 0.848 0.000 0.132 0.020
#> SRR1476825 5 0.5409 0.16999 0.000 0.000 0.316 0.080 0.604
#> SRR1443332 4 0.3876 0.54691 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR662486 4 0.4872 0.48849 0.000 0.436 0.000 0.540 0.024
#> SRR1447019 1 0.1121 0.86841 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR662942 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.0794 0.87463 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1464977 5 0.4830 0.68242 0.208 0.000 0.004 0.072 0.716
#> SRR615850 5 0.5547 0.05178 0.000 0.000 0.356 0.080 0.564
#> SRR661949 2 0.1364 0.58821 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1322227 3 0.4015 0.72730 0.000 0.004 0.724 0.264 0.008
#> SRR1441655 5 0.5291 0.67063 0.164 0.004 0.008 0.116 0.708
#> SRR613771 4 0.5554 0.53201 0.000 0.304 0.044 0.624 0.028
#> SRR1479471 1 0.1197 0.86199 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1488918 2 0.2873 0.55958 0.000 0.856 0.000 0.128 0.016
#> SRR1414040 2 0.4291 -0.23051 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1079850 4 0.5548 0.45512 0.000 0.440 0.000 0.492 0.068
#> SRR663209 5 0.3838 0.67881 0.280 0.000 0.000 0.004 0.716
#> SRR1364914 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1408267 2 0.4268 -0.15078 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.6756 0.30332 0.148 0.000 0.564 0.044 0.244
#> SRR1395975 2 0.4976 -0.31716 0.000 0.504 0.000 0.468 0.028
#> SRR1402219 4 0.5211 0.49026 0.000 0.432 0.000 0.524 0.044
#> SRR1433623 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 4 0.4273 0.46255 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR811213 2 0.4294 -0.22872 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR663657 3 0.4238 0.77417 0.000 0.000 0.756 0.192 0.052
#> SRR612203 5 0.4307 0.21385 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR613987 4 0.5949 0.49228 0.000 0.348 0.000 0.532 0.120
#> SRR613831 3 0.0162 0.83683 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354180 2 0.0404 0.57710 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1382912 1 0.0510 0.88055 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1475501 1 0.1197 0.86199 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1336930 1 0.2773 0.72108 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR613030 3 0.3039 0.81098 0.000 0.000 0.836 0.152 0.012
#> SRR1381459 4 0.4491 0.55342 0.000 0.336 0.004 0.648 0.012
#> SRR1402350 3 0.5896 0.39530 0.008 0.000 0.516 0.080 0.396
#> SRR1419408 1 0.1121 0.86503 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR655911 4 0.6320 0.42741 0.000 0.316 0.132 0.540 0.012
#> SRR1418243 1 0.0510 0.88033 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1322573 5 0.4090 0.68231 0.268 0.000 0.000 0.016 0.716
#> SRR613615 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.3966 0.32482 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1319395 1 0.3932 0.32568 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR818939 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 5 0.3932 0.64199 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR614888 5 0.4157 0.68340 0.264 0.000 0.000 0.020 0.716
#> SRR1431694 5 0.3928 0.66949 0.296 0.000 0.000 0.004 0.700
#> SRR614347 4 0.5752 -0.07619 0.000 0.452 0.012 0.480 0.056
#> SRR1334228 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 4 0.4297 0.42381 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR656349 5 0.7278 0.48439 0.344 0.000 0.212 0.032 0.412
#> SRR815422 4 0.6007 0.26776 0.000 0.420 0.048 0.500 0.032
#> SRR1360828 5 0.3999 0.62338 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1359005 2 0.4668 0.35601 0.000 0.684 0.000 0.272 0.044
#> SRR1456652 1 0.3949 0.29970 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1391660 1 0.2230 0.78841 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1441956 1 0.3395 0.56515 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR662930 4 0.4138 0.53525 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR615790 3 0.2624 0.82190 0.000 0.000 0.872 0.116 0.012
#> SRR614827 4 0.4456 0.55179 0.000 0.320 0.000 0.660 0.020
#> SRR614587 4 0.5747 -0.09179 0.000 0.460 0.004 0.464 0.072
#> SRR814052 2 0.4897 -0.28522 0.000 0.516 0.000 0.460 0.024
#> SRR1070086 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.2280 0.82435 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1339296 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 4 0.4502 0.54576 0.000 0.312 0.012 0.668 0.008
#> SRR1432802 4 0.5049 0.36431 0.000 0.484 0.000 0.484 0.032
#> SRR1416911 1 0.0162 0.88375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410427 5 0.4016 0.68145 0.272 0.000 0.000 0.012 0.716
#> SRR1401185 5 0.4548 0.50804 0.000 0.008 0.028 0.256 0.708
#> SRR654993 2 0.3596 0.49422 0.000 0.776 0.000 0.212 0.012
#> SRR656397 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.4970 0.72853 0.000 0.000 0.712 0.140 0.148
#> SRR1433819 1 0.4744 -0.30498 0.508 0.000 0.016 0.000 0.476
#> SRR1375225 2 0.2069 0.58883 0.000 0.912 0.000 0.076 0.012
#> SRR1367739 3 0.5323 0.62337 0.000 0.000 0.624 0.080 0.296
#> SRR1323336 5 0.5103 0.69126 0.248 0.000 0.040 0.024 0.688
#> SRR663224 4 0.4280 0.54595 0.000 0.312 0.008 0.676 0.004
#> SRR1442840 1 0.1197 0.86199 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1374058 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0404 0.88185 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1469214 2 0.1364 0.57941 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1456446 5 0.4016 0.68149 0.272 0.000 0.000 0.012 0.716
#> SRR1471879 2 0.3621 0.50864 0.000 0.788 0.000 0.192 0.020
#> SRR612911 3 0.2513 0.82267 0.000 0.000 0.876 0.116 0.008
#> SRR1395720 2 0.1544 0.58790 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1413055 1 0.3039 0.72689 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR656770 4 0.4500 0.55081 0.000 0.316 0.004 0.664 0.016
#> SRR812080 3 0.4469 0.71622 0.000 0.016 0.704 0.268 0.012
#> SRR1479328 5 0.5224 0.62921 0.332 0.000 0.028 0.020 0.620
#> SRR661421 2 0.4430 -0.20788 0.000 0.540 0.000 0.456 0.004
#> SRR1410286 2 0.4367 -0.01648 0.000 0.580 0.000 0.416 0.004
#> SRR1487150 1 0.0703 0.87708 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1467035 1 0.2377 0.79487 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1360607 2 0.5295 -0.36695 0.000 0.488 0.000 0.464 0.048
#> SRR1333106 2 0.4225 0.15639 0.000 0.632 0.000 0.364 0.004
#> SRR1088706 2 0.0807 0.57901 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1320053 3 0.3807 0.76251 0.000 0.000 0.748 0.240 0.012
#> SRR1350392 2 0.3913 0.27449 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1385190 3 0.5039 0.69558 0.000 0.000 0.676 0.080 0.244
#> SRR1080093 2 0.0566 0.57939 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1318753 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.2127 0.82615 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR612178 2 0.4546 -0.21069 0.000 0.532 0.000 0.460 0.008
#> SRR1354423 1 0.2280 0.82205 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1072724 1 0.4161 0.12360 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1418450 2 0.3152 0.53958 0.000 0.840 0.000 0.136 0.024
#> SRR1326427 3 0.3262 0.81675 0.000 0.000 0.840 0.036 0.124
#> SRR1437412 5 0.7026 -0.14845 0.008 0.004 0.372 0.224 0.392
#> SRR1327548 2 0.5087 -0.25255 0.000 0.516 0.012 0.456 0.016
#> SRR1395891 1 0.1043 0.86458 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR659367 4 0.5519 0.49526 0.000 0.412 0.000 0.520 0.068
#> SRR818961 1 0.1197 0.86199 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR813704 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0162 0.88322 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476467 5 0.4287 0.41187 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1407988 2 0.3236 0.54674 0.000 0.828 0.000 0.152 0.020
#> SRR1394776 2 0.4045 0.17770 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR655578 2 0.3194 0.54965 0.000 0.832 0.000 0.148 0.020
#> SRR1310645 2 0.4583 0.39596 0.000 0.740 0.004 0.192 0.064
#> SRR1345628 1 0.3238 0.77234 0.836 0.000 0.028 0.000 0.136
#> SRR1479740 5 0.4138 0.56469 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1332095 5 0.4479 0.68753 0.240 0.000 0.004 0.036 0.720
#> SRR1444786 5 0.6259 0.21805 0.000 0.052 0.044 0.424 0.480
#> SRR1090070 1 0.1121 0.86160 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR662414 4 0.5088 0.48700 0.000 0.436 0.000 0.528 0.036
#> SRR661216 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR656313 2 0.1800 0.58560 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> SRR615671 4 0.6068 0.45124 0.000 0.308 0.000 0.544 0.148
#> SRR1350196 3 0.0000 0.83735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466580 5 0.3816 0.66331 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1408032 2 0.2012 0.58542 0.000 0.920 0.000 0.060 0.020
#> SRR1432913 4 0.4945 0.48554 0.000 0.440 0.004 0.536 0.020
#> SRR1360502 5 0.4967 0.67150 0.280 0.000 0.060 0.000 0.660
#> SRR1391901 4 0.4302 0.39425 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1311131 1 0.4283 -0.15714 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1380636 1 0.4297 -0.21963 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1332339 5 0.4135 0.62802 0.340 0.000 0.000 0.004 0.656
#> SRR1341563 4 0.4861 0.49803 0.000 0.428 0.000 0.548 0.024
#> SRR1359410 4 0.5061 -0.18516 0.000 0.016 0.432 0.540 0.012
#> SRR1473040 3 0.5112 0.68117 0.000 0.000 0.664 0.080 0.256
#> SRR1321444 1 0.0404 0.88196 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1498765 2 0.1956 0.55990 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR1312622 2 0.4309 0.24804 0.000 0.676 0.000 0.308 0.016
#> SRR615503 4 0.6032 0.41811 0.000 0.424 0.000 0.460 0.116
#> SRR1453192 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 4 0.6062 0.34634 0.000 0.132 0.256 0.600 0.012
#> SRR1075384 1 0.1121 0.86533 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1356683 1 0.0000 0.88485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0404 0.88114 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1368240 1 0.4283 -0.17799 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1341739 1 0.3143 0.63807 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR613249 3 0.4170 0.78480 0.000 0.000 0.780 0.080 0.140
#> SRR663428 2 0.4054 0.43178 0.000 0.732 0.000 0.248 0.020
#> SRR1341302 2 0.0566 0.57533 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1073553 2 0.1478 0.58213 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1354093 3 0.2723 0.81938 0.000 0.000 0.864 0.124 0.012
#> SRR1406521 4 0.5752 -0.07619 0.000 0.452 0.012 0.480 0.056
#> SRR1432049 5 0.3707 0.67641 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1453504 5 0.5339 0.47889 0.004 0.168 0.004 0.128 0.696
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 3 0.2656 0.49009 0.000 0.120 0.860 NA 0.008 0.000
#> SRR1359328 3 0.3993 0.48313 0.000 0.000 0.592 NA 0.008 0.000
#> SRR821124 2 0.3050 0.76930 0.000 0.764 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1335188 6 0.2135 0.75814 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR1075825 2 0.3795 0.70613 0.000 0.632 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0914 0.52810 0.000 0.016 0.968 NA 0.016 0.000
#> SRR1384073 6 0.2278 0.75803 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.868
#> SRR1312802 5 0.6502 0.71040 0.040 0.000 0.256 NA 0.480 0.224
#> SRR1076559 6 0.2320 0.75664 0.132 0.000 0.000 NA 0.000 0.864
#> SRR1370085 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0363 0.80897 0.988 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> SRR1480221 2 0.1594 0.78404 0.000 0.932 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR1476165 1 0.5983 0.27675 0.512 0.000 0.028 NA 0.128 0.332
#> SRR1459631 2 0.5268 0.66490 0.000 0.692 0.144 NA 0.084 0.000
#> SRR1448098 2 0.2981 0.76551 0.000 0.820 0.000 NA 0.020 0.000
#> SRR1321401 2 0.2384 0.78196 0.000 0.884 0.000 NA 0.032 0.000
#> SRR807613 2 0.2790 0.77859 0.000 0.840 0.000 NA 0.020 0.000
#> SRR808086 3 0.4783 0.07091 0.000 0.000 0.520 NA 0.428 0.000
#> SRR613687 2 0.2506 0.78086 0.000 0.880 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR1471011 5 0.6631 0.35924 0.148 0.000 0.064 NA 0.436 0.352
#> SRR1330284 2 0.3684 0.70012 0.000 0.628 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.3841 0.74708 0.000 0.724 0.000 NA 0.032 0.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.5078 0.30857 0.000 0.316 0.608 NA 0.052 0.000
#> SRR1390561 1 0.4768 0.69799 0.688 0.000 0.000 NA 0.168 0.140
#> SRR658164 1 0.3101 0.68882 0.756 0.000 0.000 NA 0.000 0.244
#> SRR1087079 2 0.3487 0.77568 0.000 0.788 0.000 NA 0.044 0.000
#> SRR814996 3 0.5235 0.14745 0.000 0.000 0.520 NA 0.380 0.000
#> SRR1407410 2 0.2658 0.75244 0.000 0.888 0.052 NA 0.040 0.004
#> SRR1453392 2 0.4046 0.75813 0.000 0.748 0.000 NA 0.084 0.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.1923 0.77916 0.000 0.916 0.000 NA 0.064 0.004
#> SRR820938 3 0.4327 0.41536 0.000 0.204 0.728 NA 0.052 0.000
#> SRR1476844 1 0.4449 0.70753 0.712 0.000 0.000 NA 0.164 0.124
#> SRR1403526 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.3717 0.69371 0.000 0.616 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.2681 0.75275 0.000 0.888 0.048 NA 0.040 0.004
#> SRR614287 2 0.1765 0.78512 0.000 0.924 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR1092062 2 0.1594 0.78481 0.000 0.932 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR612611 2 0.3684 0.70012 0.000 0.628 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.5349 0.05894 0.000 0.476 0.452 NA 0.048 0.004
#> SRR1405078 5 0.5841 0.65994 0.000 0.000 0.300 NA 0.480 0.220
#> SRR1437226 2 0.5191 0.54430 0.000 0.644 0.264 NA 0.012 0.016
#> SRR1326078 1 0.3531 0.58178 0.672 0.000 0.000 NA 0.000 0.328
#> SRR1096806 3 0.5962 0.35451 0.000 0.248 0.588 NA 0.084 0.000
#> SRR1440919 2 0.5876 0.54197 0.000 0.600 0.240 NA 0.084 0.000
#> SRR1452824 5 0.6472 0.46820 0.124 0.000 0.068 NA 0.480 0.328
#> SRR615754 1 0.0547 0.80883 0.980 0.000 0.000 NA 0.020 0.000
#> SRR1341787 3 0.3755 0.44203 0.000 0.168 0.788 NA 0.016 0.016
#> SRR614551 2 0.2655 0.74873 0.000 0.876 0.060 NA 0.000 0.004
#> SRR1380829 3 0.3572 0.50956 0.000 0.000 0.764 NA 0.032 0.000
#> SRR1455761 1 0.1075 0.80329 0.952 0.000 0.000 NA 0.000 0.048
#> SRR1465189 5 0.5673 0.56670 0.000 0.000 0.356 NA 0.480 0.164
#> SRR1376895 1 0.1863 0.78830 0.896 0.000 0.000 NA 0.000 0.104
#> SRR1445002 1 0.1155 0.80831 0.956 0.000 0.000 NA 0.036 0.004
#> SRR1469258 2 0.1285 0.78076 0.000 0.944 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1409239 1 0.1141 0.80250 0.948 0.000 0.000 NA 0.000 0.052
#> SRR1480200 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1418323 6 0.2135 0.75814 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR657540 3 0.0547 0.52800 0.000 0.000 0.980 NA 0.020 0.000
#> SRR821096 2 0.1500 0.78527 0.000 0.936 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR613591 2 0.1349 0.77558 0.000 0.940 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1344205 3 0.3993 0.48313 0.000 0.000 0.592 NA 0.008 0.000
#> SRR612479 1 0.5025 0.60883 0.560 0.000 0.000 NA 0.084 0.356
#> SRR1399950 5 0.6570 0.49018 0.124 0.000 0.080 NA 0.480 0.316
#> SRR1336048 5 0.5787 0.64473 0.000 0.000 0.324 NA 0.480 0.196
#> SRR1368896 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.4419 0.66999 0.000 0.584 0.000 NA 0.032 0.000
#> SRR1312464 1 0.2562 0.75321 0.828 0.000 0.000 NA 0.000 0.172
#> SRR1096478 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.4407 -0.12125 0.000 0.000 0.496 NA 0.480 0.024
#> SRR811423 5 0.6681 0.71205 0.060 0.000 0.228 NA 0.480 0.232
#> SRR615683 1 0.0146 0.80906 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1380336 2 0.4131 0.70456 0.000 0.624 0.000 NA 0.020 0.000
#> SRR817609 5 0.6047 0.63152 0.012 0.000 0.328 NA 0.476 0.184
#> SRR1074550 3 0.2583 0.50419 0.000 0.056 0.884 NA 0.052 0.000
#> SRR1499236 2 0.2002 0.78400 0.000 0.908 0.000 NA 0.076 0.004
#> SRR656083 1 0.1320 0.80304 0.948 0.000 0.000 NA 0.036 0.016
#> SRR817539 6 0.2135 0.75814 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR1410801 1 0.1267 0.80159 0.940 0.000 0.000 NA 0.000 0.060
#> SRR1347190 6 0.5004 0.49606 0.272 0.000 0.008 NA 0.088 0.632
#> SRR1355126 2 0.4359 0.63186 0.000 0.752 0.036 NA 0.000 0.160
#> SRR615165 3 0.3923 0.49166 0.000 0.000 0.620 NA 0.008 0.000
#> SRR1466046 1 0.4558 0.70664 0.700 0.000 0.000 NA 0.168 0.132
#> SRR1097055 2 0.3345 0.76807 0.000 0.776 0.000 NA 0.020 0.000
#> SRR1312370 2 0.1477 0.77939 0.000 0.940 0.000 NA 0.008 0.004
#> SRR655325 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.1594 0.78481 0.000 0.932 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR815685 2 0.3695 0.70001 0.000 0.624 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR817026 3 0.2407 0.47945 0.000 0.008 0.896 NA 0.016 0.072
#> SRR1417224 3 0.5354 0.10501 0.000 0.400 0.524 NA 0.052 0.004
#> SRR661687 2 0.6838 0.43161 0.000 0.456 0.092 NA 0.300 0.000
#> SRR1431804 6 0.6070 0.03742 0.040 0.000 0.212 NA 0.180 0.568
#> SRR664072 3 0.4388 0.47178 0.000 0.000 0.572 NA 0.028 0.000
#> SRR612923 2 0.3163 0.76998 0.000 0.764 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1315890 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1347726 6 0.2278 0.75803 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.868
#> SRR1500360 6 0.2278 0.75803 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.868
#> SRR1468360 2 0.1349 0.77558 0.000 0.940 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1404084 6 0.4373 0.68364 0.120 0.000 0.056 NA 0.048 0.772
#> SRR615994 3 0.3993 0.48313 0.000 0.000 0.592 NA 0.008 0.000
#> SRR1475718 2 0.2815 0.75083 0.000 0.880 0.048 NA 0.048 0.004
#> SRR1397200 3 0.4319 0.47442 0.000 0.000 0.576 NA 0.024 0.000
#> SRR655519 2 0.4039 0.70804 0.000 0.632 0.000 NA 0.016 0.000
#> SRR1311308 3 0.4765 0.38293 0.000 0.248 0.676 NA 0.052 0.000
#> SRR1368006 2 0.3634 0.70829 0.000 0.644 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR613651 6 0.4762 0.59430 0.200 0.000 0.008 NA 0.104 0.688
#> SRR1362621 6 0.4325 -0.12547 0.000 0.000 0.480 NA 0.008 0.504
#> SRR1451718 5 0.6795 0.54713 0.124 0.000 0.116 NA 0.480 0.280
#> SRR1095334 3 0.3979 0.02503 0.000 0.000 0.540 NA 0.456 0.000
#> SRR1079636 2 0.3841 0.69421 0.000 0.616 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR1442549 6 0.3742 0.34287 0.000 0.348 0.000 NA 0.000 0.648
#> SRR1466421 2 0.1594 0.78481 0.000 0.932 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR817397 2 0.6290 0.51758 0.000 0.540 0.060 NA 0.260 0.000
#> SRR1341809 2 0.1760 0.78019 0.000 0.928 0.000 NA 0.020 0.004
#> SRR614623 2 0.3695 0.70001 0.000 0.624 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.1594 0.78404 0.000 0.932 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR1407065 2 0.6277 0.52711 0.000 0.544 0.064 NA 0.260 0.000
#> SRR1404483 2 0.4672 0.70960 0.000 0.744 0.124 NA 0.072 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.5487 0.26088 0.508 0.000 0.000 NA 0.136 0.356
#> SRR1408615 3 0.5640 0.35640 0.000 0.000 0.532 NA 0.200 0.000
#> SRR1070597 6 0.3204 0.68483 0.068 0.092 0.000 NA 0.000 0.836
#> SRR1332381 6 0.6851 0.08746 0.204 0.000 0.076 NA 0.260 0.460
#> SRR1457015 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1386797 6 0.6397 0.37687 0.080 0.028 0.276 NA 0.008 0.568
#> SRR1098385 2 0.1442 0.77552 0.000 0.944 0.000 NA 0.040 0.004
#> SRR1363947 3 0.3756 0.48586 0.000 0.000 0.600 NA 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.1682 0.78429 0.000 0.928 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR662055 2 0.3456 0.77236 0.000 0.788 0.000 NA 0.040 0.000
#> SRR1310455 1 0.3634 0.53238 0.644 0.000 0.000 NA 0.000 0.356
#> SRR1453639 6 0.3296 0.54048 0.000 0.180 0.020 NA 0.000 0.796
#> SRR662617 2 0.2740 0.77930 0.000 0.852 0.000 NA 0.028 0.000
#> SRR654778 6 0.2135 0.75814 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR661782 2 0.1644 0.78400 0.000 0.932 0.000 NA 0.052 0.004
#> SRR1334396 1 0.5522 0.67594 0.648 0.000 0.028 NA 0.168 0.152
#> SRR613867 2 0.3620 0.73424 0.000 0.648 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1479412 6 0.3499 0.49721 0.320 0.000 0.000 NA 0.000 0.680
#> SRR1331620 1 0.4206 0.49577 0.620 0.000 0.000 NA 0.024 0.356
#> SRR1082809 5 0.6548 0.66823 0.052 0.000 0.176 NA 0.476 0.296
#> SRR1417178 1 0.4466 0.65731 0.672 0.000 0.000 NA 0.068 0.260
#> SRR1335278 1 0.3422 0.76568 0.792 0.000 0.000 NA 0.168 0.040
#> SRR665369 2 0.3684 0.70012 0.000 0.628 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR657552 6 0.5798 0.51830 0.140 0.000 0.100 NA 0.116 0.644
#> SRR812412 1 0.3309 0.65664 0.720 0.000 0.000 NA 0.000 0.280
#> SRR1096500 2 0.1152 0.77812 0.000 0.952 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1347750 2 0.1367 0.78505 0.000 0.944 0.000 NA 0.044 0.000
#> SRR615153 6 0.3773 0.69164 0.084 0.048 0.044 NA 0.000 0.820
#> SRR1434417 1 0.4768 0.69799 0.688 0.000 0.000 NA 0.168 0.140
#> SRR1070159 3 0.4649 0.16796 0.000 0.000 0.572 NA 0.380 0.000
#> SRR1332508 2 0.2868 0.78787 0.000 0.840 0.000 NA 0.028 0.000
#> SRR1082059 6 0.5978 -0.00602 0.004 0.084 0.440 NA 0.016 0.444
#> SRR1402491 1 0.3307 0.78526 0.820 0.000 0.000 NA 0.108 0.072
#> SRR1476595 2 0.2066 0.76929 0.000 0.908 0.000 NA 0.000 0.052
#> SRR1320987 2 0.1908 0.79250 0.000 0.900 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR1086417 6 0.5113 0.61848 0.100 0.012 0.124 NA 0.000 0.720
#> SRR1454095 6 0.2278 0.75803 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.868
#> SRR614791 2 0.2912 0.77126 0.000 0.784 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR821255 6 0.4370 0.39892 0.004 0.280 0.000 NA 0.000 0.672
#> SRR820402 2 0.5824 0.62930 0.000 0.640 0.140 NA 0.128 0.000
#> SRR1337284 6 0.2728 0.66708 0.032 0.100 0.000 NA 0.000 0.864
#> SRR1333083 5 0.4856 0.18915 0.000 0.000 0.464 NA 0.480 0.056
#> SRR1384883 2 0.6431 0.48686 0.000 0.520 0.060 NA 0.260 0.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.3314 0.77854 0.000 0.828 0.008 NA 0.052 0.000
#> SRR1370285 1 0.4768 0.69799 0.688 0.000 0.000 NA 0.168 0.140
#> SRR1446673 3 0.3756 0.48586 0.000 0.000 0.600 NA 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.3672 0.70253 0.000 0.632 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.3993 0.48313 0.000 0.000 0.592 NA 0.008 0.000
#> SRR1384941 1 0.0458 0.80782 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.016
#> SRR1322864 2 0.1682 0.78591 0.000 0.928 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR1476825 5 0.5848 0.67965 0.000 0.000 0.296 NA 0.480 0.224
#> SRR1443332 2 0.5359 0.17953 0.000 0.520 0.404 NA 0.052 0.004
#> SRR662486 2 0.1387 0.77755 0.000 0.932 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.4695 0.70453 0.696 0.000 0.000 NA 0.168 0.132
#> SRR662942 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.3756 0.48586 0.000 0.000 0.600 NA 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.2527 0.75583 0.832 0.000 0.000 NA 0.000 0.168
#> SRR1464977 6 0.2278 0.75803 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.868
#> SRR615850 5 0.6204 0.69124 0.016 0.000 0.272 NA 0.480 0.232
#> SRR661949 2 0.2134 0.78362 0.000 0.904 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR1322227 3 0.1549 0.52326 0.000 0.020 0.936 NA 0.044 0.000
#> SRR1441655 6 0.3602 0.68491 0.060 0.068 0.000 NA 0.000 0.828
#> SRR613771 3 0.5328 0.09401 0.000 0.392 0.524 NA 0.016 0.000
#> SRR1479471 1 0.4768 0.69799 0.688 0.000 0.000 NA 0.168 0.140
#> SRR1488918 2 0.3734 0.75211 0.000 0.716 0.000 NA 0.020 0.000
#> SRR1414040 2 0.1863 0.77888 0.000 0.920 0.000 NA 0.060 0.004
#> SRR1079850 2 0.1934 0.77289 0.000 0.916 0.000 NA 0.000 0.040
#> SRR663209 6 0.2135 0.75814 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR1364914 2 0.4131 0.70456 0.000 0.624 0.000 NA 0.020 0.000
#> SRR1408267 2 0.1863 0.78988 0.000 0.896 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.1663 0.79426 0.912 0.000 0.000 NA 0.000 0.088
#> SRR1414117 3 0.5502 -0.08466 0.000 0.000 0.500 NA 0.136 0.364
#> SRR1395975 2 0.1152 0.77812 0.000 0.952 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1402219 2 0.2240 0.76417 0.000 0.904 0.032 NA 0.000 0.008
#> SRR1433623 1 0.0146 0.80780 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.1693 0.77337 0.000 0.932 0.000 NA 0.044 0.004
#> SRR811213 2 0.2838 0.77967 0.000 0.808 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR663657 3 0.1409 0.51383 0.000 0.000 0.948 NA 0.012 0.032
#> SRR612203 1 0.5451 0.60609 0.544 0.000 0.000 NA 0.148 0.308
#> SRR613987 2 0.6254 0.15788 0.000 0.504 0.096 NA 0.004 0.340
#> SRR613831 3 0.3756 0.48586 0.000 0.000 0.600 NA 0.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.4118 0.70440 0.000 0.628 0.000 NA 0.020 0.000
#> SRR1382912 1 0.2558 0.78953 0.868 0.000 0.000 NA 0.104 0.028
#> SRR1475501 1 0.4768 0.69799 0.688 0.000 0.000 NA 0.168 0.140
#> SRR1336930 1 0.2912 0.71823 0.784 0.000 0.000 NA 0.000 0.216
#> SRR613030 3 0.1075 0.52441 0.000 0.000 0.952 NA 0.048 0.000
#> SRR1381459 2 0.4504 0.60880 0.000 0.716 0.212 NA 0.032 0.000
#> SRR1402350 5 0.6324 0.57810 0.040 0.000 0.328 NA 0.480 0.152
#> SRR1419408 1 0.4558 0.70664 0.700 0.000 0.000 NA 0.168 0.132
#> SRR655911 3 0.5385 0.06203 0.000 0.412 0.504 NA 0.064 0.000
#> SRR1418243 1 0.3076 0.69623 0.760 0.000 0.000 NA 0.000 0.240
#> SRR1322573 6 0.2278 0.75803 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.868
#> SRR613615 3 0.3756 0.48586 0.000 0.000 0.600 NA 0.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.3371 0.63515 0.708 0.000 0.000 NA 0.000 0.292
#> SRR1319395 1 0.3499 0.59308 0.680 0.000 0.000 NA 0.000 0.320
#> SRR818939 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1465266 6 0.3608 0.70479 0.148 0.000 0.000 NA 0.064 0.788
#> SRR614888 6 0.2135 0.75814 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR1431694 6 0.2300 0.75015 0.144 0.000 0.000 NA 0.000 0.856
#> SRR614347 2 0.6425 0.49021 0.000 0.524 0.064 NA 0.260 0.000
#> SRR1334228 3 0.3756 0.48586 0.000 0.000 0.600 NA 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.1442 0.77552 0.000 0.944 0.000 NA 0.040 0.004
#> SRR656349 5 0.7544 0.39687 0.228 0.000 0.172 NA 0.356 0.244
#> SRR815422 2 0.6413 0.55471 0.000 0.572 0.152 NA 0.160 0.000
#> SRR1360828 6 0.2340 0.74392 0.148 0.000 0.000 NA 0.000 0.852
#> SRR1359005 2 0.4581 0.71729 0.000 0.672 0.004 NA 0.068 0.000
#> SRR1456652 1 0.3515 0.58761 0.676 0.000 0.000 NA 0.000 0.324
#> SRR1391660 1 0.3101 0.69273 0.756 0.000 0.000 NA 0.000 0.244
#> SRR1441956 1 0.3482 0.59995 0.684 0.000 0.000 NA 0.000 0.316
#> SRR662930 2 0.1624 0.77357 0.000 0.936 0.000 NA 0.040 0.004
#> SRR615790 3 0.0000 0.52635 0.000 0.000 1.000 NA 0.000 0.000
#> SRR614827 2 0.5262 0.29047 0.000 0.564 0.364 NA 0.032 0.004
#> SRR614587 2 0.6425 0.49021 0.000 0.524 0.064 NA 0.260 0.000
#> SRR814052 2 0.1578 0.77973 0.000 0.936 0.000 NA 0.012 0.004
#> SRR1070086 1 0.0146 0.80792 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1481440 1 0.4595 0.70629 0.696 0.000 0.000 NA 0.168 0.136
#> SRR1339296 3 0.3756 0.48586 0.000 0.000 0.600 NA 0.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.5266 0.27334 0.000 0.540 0.384 NA 0.052 0.000
#> SRR1432802 2 0.1707 0.77291 0.000 0.928 0.012 NA 0.000 0.004
#> SRR1416911 1 0.0363 0.80802 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> SRR1410427 6 0.2135 0.75814 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR1401185 6 0.2865 0.61266 0.012 0.140 0.000 NA 0.000 0.840
#> SRR654993 2 0.4022 0.75786 0.000 0.708 0.000 NA 0.040 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.2009 0.47842 0.000 0.000 0.908 NA 0.068 0.024
#> SRR1433819 1 0.4371 0.48282 0.620 0.000 0.000 NA 0.036 0.344
#> SRR1375225 2 0.3684 0.70277 0.000 0.628 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.4473 -0.13775 0.000 0.000 0.492 NA 0.480 0.028
#> SRR1323336 6 0.4239 0.70533 0.128 0.000 0.052 NA 0.032 0.780
#> SRR663224 3 0.5092 0.31175 0.000 0.320 0.604 NA 0.052 0.000
#> SRR1442840 1 0.4768 0.69799 0.688 0.000 0.000 NA 0.168 0.140
#> SRR1374058 1 0.0146 0.80792 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR656994 1 0.1957 0.78399 0.888 0.000 0.000 NA 0.000 0.112
#> SRR1469214 2 0.3993 0.71061 0.000 0.592 0.000 NA 0.008 0.000
#> SRR1456446 6 0.2135 0.75814 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR1471879 2 0.1594 0.78404 0.000 0.932 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR612911 3 0.2092 0.52410 0.000 0.000 0.876 NA 0.000 0.000
#> SRR1395720 2 0.3547 0.73790 0.000 0.696 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR1413055 1 0.5640 0.66237 0.620 0.000 0.020 NA 0.168 0.188
#> SRR656770 2 0.5338 0.16658 0.000 0.508 0.416 NA 0.032 0.000
#> SRR812080 3 0.1682 0.52027 0.000 0.020 0.928 NA 0.052 0.000
#> SRR1479328 6 0.5270 0.44319 0.180 0.000 0.000 NA 0.216 0.604
#> SRR661421 2 0.1152 0.77812 0.000 0.952 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1410286 2 0.2190 0.78565 0.000 0.900 0.000 NA 0.040 0.000
#> SRR1487150 1 0.2260 0.77218 0.860 0.000 0.000 NA 0.000 0.140
#> SRR1467035 1 0.4631 0.70545 0.692 0.000 0.000 NA 0.168 0.140
#> SRR1360607 2 0.1265 0.77910 0.000 0.948 0.000 NA 0.000 0.008
#> SRR1333106 2 0.3288 0.76142 0.000 0.724 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.3672 0.70196 0.000 0.632 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.1500 0.52213 0.000 0.012 0.936 NA 0.052 0.000
#> SRR1350392 2 0.0603 0.78578 0.000 0.980 0.000 NA 0.016 0.000
#> SRR1385190 3 0.4095 -0.06028 0.000 0.000 0.512 NA 0.480 0.008
#> SRR1080093 2 0.3860 0.75465 0.000 0.728 0.000 NA 0.036 0.000
#> SRR1318753 1 0.0146 0.80792 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1345369 3 0.0260 0.52441 0.000 0.000 0.992 NA 0.008 0.000
#> SRR612178 2 0.3334 0.77732 0.000 0.820 0.004 NA 0.052 0.000
#> SRR1354423 1 0.4595 0.70633 0.696 0.000 0.000 NA 0.168 0.136
#> SRR1072724 1 0.3464 0.61113 0.688 0.000 0.000 NA 0.000 0.312
#> SRR1418450 2 0.4541 0.67380 0.000 0.596 0.000 NA 0.044 0.000
#> SRR1326427 3 0.3817 0.07030 0.000 0.000 0.568 NA 0.432 0.000
#> SRR1437412 3 0.4594 0.00768 0.000 0.016 0.536 NA 0.008 0.436
#> SRR1327548 2 0.5349 0.63011 0.000 0.676 0.172 NA 0.084 0.000
#> SRR1395891 1 0.3244 0.67033 0.732 0.000 0.000 NA 0.000 0.268
#> SRR659367 2 0.5477 0.54579 0.000 0.680 0.108 NA 0.008 0.152
#> SRR818961 1 0.4768 0.69799 0.688 0.000 0.000 NA 0.168 0.140
#> SRR813704 1 0.0000 0.80833 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.1779 0.79977 0.920 0.000 0.000 NA 0.064 0.016
#> SRR1476467 1 0.3647 0.52419 0.640 0.000 0.000 NA 0.000 0.360
#> SRR1407988 2 0.1682 0.78429 0.000 0.928 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR1394776 2 0.1429 0.78361 0.000 0.940 0.000 NA 0.004 0.004
#> SRR655578 2 0.1682 0.78429 0.000 0.928 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR1310645 2 0.5616 0.63159 0.000 0.572 0.016 NA 0.128 0.000
#> SRR1345628 1 0.5712 0.65934 0.636 0.000 0.040 NA 0.176 0.144
#> SRR1479740 6 0.3823 0.15937 0.436 0.000 0.000 NA 0.000 0.564
#> SRR1332095 6 0.2278 0.75803 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.868
#> SRR1444786 6 0.6501 0.18528 0.000 0.212 0.224 NA 0.004 0.516
#> SRR1090070 1 0.2378 0.76466 0.848 0.000 0.000 NA 0.000 0.152
#> SRR662414 2 0.3265 0.71111 0.000 0.828 0.112 NA 0.000 0.004
#> SRR661216 2 0.3684 0.70012 0.000 0.628 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR656313 2 0.2265 0.78349 0.000 0.896 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR615671 2 0.6594 0.00846 0.000 0.440 0.112 NA 0.008 0.380
#> SRR1350196 3 0.3993 0.48313 0.000 0.000 0.592 NA 0.008 0.000
#> SRR1466580 6 0.2135 0.75814 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR1408032 2 0.2201 0.78349 0.000 0.900 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR1432913 2 0.5745 0.66710 0.000 0.644 0.132 NA 0.076 0.000
#> SRR1360502 6 0.5186 0.20360 0.036 0.000 0.268 NA 0.060 0.636
#> SRR1391901 2 0.3460 0.77435 0.000 0.796 0.004 NA 0.036 0.000
#> SRR1311131 1 0.3464 0.60438 0.688 0.000 0.000 NA 0.000 0.312
#> SRR1380636 1 0.3499 0.59138 0.680 0.000 0.000 NA 0.000 0.320
#> SRR1332339 6 0.2491 0.72982 0.164 0.000 0.000 NA 0.000 0.836
#> SRR1341563 2 0.1411 0.77498 0.000 0.936 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1359410 3 0.3633 0.46655 0.000 0.124 0.808 NA 0.052 0.000
#> SRR1473040 3 0.4183 -0.07412 0.000 0.000 0.508 NA 0.480 0.012
#> SRR1321444 1 0.1387 0.79864 0.932 0.000 0.000 NA 0.000 0.068
#> SRR1498765 2 0.4234 0.70989 0.000 0.644 0.000 NA 0.032 0.000
#> SRR1312622 2 0.4131 0.73209 0.000 0.688 0.000 NA 0.040 0.000
#> SRR615503 2 0.2629 0.75485 0.000 0.868 0.000 NA 0.000 0.092
#> SRR1453192 1 0.0146 0.80780 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.4584 0.39171 0.000 0.244 0.688 NA 0.052 0.000
#> SRR1075384 1 0.4520 0.70274 0.704 0.000 0.000 NA 0.168 0.128
#> SRR1356683 1 0.0146 0.80780 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0713 0.80803 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.028
#> SRR1368240 1 0.3795 0.51617 0.632 0.000 0.000 NA 0.004 0.364
#> SRR1341739 1 0.3409 0.62431 0.700 0.000 0.000 NA 0.000 0.300
#> SRR613249 3 0.3864 -0.02972 0.000 0.000 0.520 NA 0.480 0.000
#> SRR663428 2 0.2066 0.78347 0.000 0.908 0.000 NA 0.052 0.000
#> SRR1341302 2 0.3684 0.70012 0.000 0.628 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.3141 0.76882 0.000 0.788 0.000 NA 0.012 0.000
#> SRR1354093 3 0.0520 0.52522 0.000 0.000 0.984 NA 0.008 0.000
#> SRR1406521 2 0.6368 0.50270 0.000 0.532 0.064 NA 0.260 0.000
#> SRR1432049 6 0.2135 0.75814 0.128 0.000 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR1453504 6 0.3642 0.65601 0.080 0.116 0.000 NA 0.000 0.800
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.920 0.922 0.970 0.4995 0.501 0.501
#> 3 3 0.927 0.918 0.967 0.2854 0.785 0.599
#> 4 4 0.642 0.602 0.759 0.1137 0.797 0.516
#> 5 5 0.610 0.539 0.732 0.0610 0.876 0.639
#> 6 6 0.612 0.507 0.720 0.0425 0.909 0.706
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.4022 0.88885 0.080 0.920
#> SRR613687 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR814996 1 0.9963 0.13223 0.536 0.464
#> SRR1407410 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1405078 1 0.5408 0.83927 0.876 0.124
#> SRR1437226 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1348138 1 0.9833 0.26089 0.576 0.424
#> SRR811423 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0376 0.96230 0.004 0.996
#> SRR615165 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.9608 0.38598 0.384 0.616
#> SRR655325 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.0376 0.96709 0.996 0.004
#> SRR664072 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1404084 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR615994 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1442549 1 0.5178 0.84872 0.884 0.116
#> SRR1466421 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.7815 0.69300 0.232 0.768
#> SRR614623 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.6148 0.80433 0.152 0.848
#> SRR1070597 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.9248 0.46982 0.660 0.340
#> SRR1098385 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1453639 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1347750 2 0.2778 0.92235 0.048 0.952
#> SRR615153 1 0.8608 0.58920 0.716 0.284
#> SRR1434417 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1082059 2 0.9710 0.34383 0.400 0.600
#> SRR1402491 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.9998 0.00435 0.508 0.492
#> SRR1320987 2 0.7056 0.75303 0.192 0.808
#> SRR1086417 2 0.9998 0.04736 0.492 0.508
#> SRR1454095 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.9608 0.36062 0.616 0.384
#> SRR820402 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.0938 0.95981 0.988 0.012
#> SRR1333083 2 0.9795 0.28040 0.416 0.584
#> SRR1384883 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1476825 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR615850 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR661949 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.7056 0.74558 0.808 0.192
#> SRR613771 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1079850 2 0.9963 0.14897 0.464 0.536
#> SRR663209 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.6531 0.78585 0.168 0.832
#> SRR1314894 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.3274 0.91049 0.060 0.940
#> SRR1433623 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.7674 0.70586 0.224 0.776
#> SRR613831 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.2423 0.92997 0.040 0.960
#> SRR1416911 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1401185 1 0.3274 0.91377 0.940 0.060
#> SRR654993 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.9491 0.41105 0.368 0.632
#> SRR1433819 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1367739 1 0.9491 0.41109 0.632 0.368
#> SRR1323336 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR663224 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.9000 0.54138 0.316 0.684
#> SRR1333106 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1385190 1 0.5737 0.82417 0.864 0.136
#> SRR1080093 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.9661 0.36515 0.392 0.608
#> SRR1327548 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.9087 0.52495 0.324 0.676
#> SRR818961 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1444786 2 1.0000 0.01616 0.500 0.500
#> SRR1090070 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.6247 0.80145 0.156 0.844
#> SRR661216 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR615671 2 0.0672 0.95887 0.008 0.992
#> SRR1350196 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.0672 0.96350 0.992 0.008
#> SRR1391901 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.9754 0.30372 0.408 0.592
#> SRR1321444 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR615503 1 0.9608 0.36042 0.616 0.384
#> SRR1453192 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR613249 1 0.9983 0.08972 0.524 0.476
#> SRR663428 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.96568 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.0000 0.97063 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.6299 0.0597 0.000 0.524 0.476
#> SRR1359328 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.4887 0.6952 0.772 0.228 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 3 0.4178 0.7841 0.000 0.172 0.828
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.1289 0.9447 0.968 0.000 0.032
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 2 0.0747 0.9541 0.000 0.984 0.016
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.4121 0.7870 0.000 0.168 0.832
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0592 0.9300 0.012 0.000 0.988
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.0892 0.9506 0.000 0.980 0.020
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.1753 0.9058 0.000 0.048 0.952
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.6235 0.2389 0.436 0.000 0.564
#> SRR1437226 2 0.0747 0.9543 0.000 0.984 0.016
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 3 0.1163 0.9205 0.000 0.028 0.972
#> SRR1452824 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.3340 0.8418 0.000 0.880 0.120
#> SRR614551 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.3482 0.8241 0.128 0.000 0.872
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336048 1 0.2066 0.9166 0.940 0.000 0.060
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0237 0.9638 0.000 0.996 0.004
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR811423 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 1 0.3038 0.8681 0.896 0.000 0.104
#> SRR1074550 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0424 0.9607 0.000 0.992 0.008
#> SRR661687 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431804 3 0.6079 0.3712 0.388 0.000 0.612
#> SRR664072 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0424 0.9659 0.992 0.008 0.000
#> SRR1500360 1 0.2959 0.8648 0.900 0.100 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.0237 0.9352 0.000 0.004 0.996
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362621 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.0592 0.9554 0.012 0.988 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 3 0.6168 0.3257 0.000 0.412 0.588
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 3 0.4842 0.7128 0.000 0.224 0.776
#> SRR1404483 2 0.1289 0.9399 0.000 0.968 0.032
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 3 0.1289 0.9159 0.032 0.000 0.968
#> SRR1070597 2 0.6295 0.0934 0.472 0.528 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.1860 0.9117 0.052 0.948 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 1 0.6291 0.1214 0.532 0.468 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0237 0.9702 0.996 0.000 0.004
#> SRR613867 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417178 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.0892 0.9559 0.980 0.000 0.020
#> SRR812412 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 1 0.3192 0.8482 0.888 0.112 0.000
#> SRR1434417 1 0.0237 0.9702 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070159 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.9268 0.2792 0.268 0.524 0.208
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 1 0.7726 0.3272 0.572 0.372 0.056
#> SRR1454095 1 0.4887 0.6952 0.772 0.228 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR821255 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR820402 3 0.1753 0.9055 0.000 0.048 0.952
#> SRR1337284 2 0.2356 0.8888 0.072 0.928 0.000
#> SRR1333083 3 0.0237 0.9349 0.004 0.000 0.996
#> SRR1384883 3 0.3752 0.8146 0.000 0.144 0.856
#> SRR614431 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0237 0.9638 0.000 0.996 0.004
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 1 0.1289 0.9450 0.968 0.000 0.032
#> SRR1443332 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.5327 0.6134 0.272 0.728 0.000
#> SRR615850 1 0.0592 0.9632 0.988 0.000 0.012
#> SRR661949 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.4974 0.6906 0.000 0.236 0.764
#> SRR1441655 2 0.5926 0.4403 0.356 0.644 0.000
#> SRR613771 3 0.6111 0.3545 0.000 0.396 0.604
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402350 1 0.4555 0.7350 0.800 0.000 0.200
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.0237 0.9352 0.000 0.004 0.996
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR614347 3 0.0237 0.9352 0.000 0.004 0.996
#> SRR1334228 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 1 0.6260 0.1650 0.552 0.000 0.448
#> SRR815422 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.1411 0.9363 0.000 0.964 0.036
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR614587 3 0.1860 0.9019 0.000 0.052 0.948
#> SRR814052 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.1964 0.9164 0.000 0.944 0.056
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.3686 0.8019 0.140 0.860 0.000
#> SRR654993 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR663224 2 0.6225 0.2134 0.000 0.568 0.432
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR812080 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0592 0.9300 0.012 0.000 0.988
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0424 0.9607 0.000 0.992 0.008
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0237 0.9638 0.000 0.996 0.004
#> SRR1326427 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 3 0.5016 0.6714 0.240 0.000 0.760
#> SRR1327548 3 0.3340 0.8411 0.000 0.120 0.880
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.2796 0.8775 0.000 0.908 0.092
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.2625 0.8836 0.916 0.084 0.000
#> SRR1444786 1 0.9191 0.3095 0.536 0.256 0.208
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350196 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 2 0.2537 0.8908 0.000 0.920 0.080
#> SRR1360502 3 0.6180 0.2946 0.416 0.000 0.584
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 2 0.6225 0.2133 0.000 0.568 0.432
#> SRR1473040 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312622 2 0.2959 0.8678 0.000 0.900 0.100
#> SRR615503 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.5431 0.6087 0.000 0.284 0.716
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.9371 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 3 0.0237 0.9352 0.000 0.004 0.996
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9735 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.4796 0.7049 0.780 0.220 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 3 0.6546 0.56835 0.172 0.192 0.636 0.000
#> SRR1359328 3 0.0188 0.88990 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR821124 2 0.2149 0.83462 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1335188 1 0.2469 0.53970 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1075825 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321921 1 0.4855 0.36904 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1466198 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384073 1 0.2408 0.42692 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1312802 3 0.6143 -0.07020 0.456 0.000 0.496 0.048
#> SRR1076559 1 0.0336 0.51006 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1370085 4 0.4898 0.29813 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1460363 4 0.4977 0.15618 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1480221 2 0.3649 0.79737 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1476165 4 0.4967 0.18883 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1459631 2 0.2216 0.83217 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1448098 2 0.0188 0.86743 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0592 0.86712 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0188 0.86743 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613687 2 0.0817 0.86669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1471011 3 0.5254 0.45409 0.300 0.000 0.672 0.028
#> SRR1330284 2 0.2011 0.83831 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1320624 2 0.3311 0.77835 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1459519 1 0.4972 0.20894 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1091184 2 0.5022 0.60532 0.000 0.708 0.264 0.028
#> SRR1390561 4 0.3266 0.54887 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR658164 1 0.4277 0.51531 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1087079 2 0.0000 0.86729 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0188 0.88990 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1407410 2 0.2216 0.85052 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.1211 0.85653 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1445873 1 0.4933 0.28956 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1419985 2 0.4661 0.67318 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR820938 3 0.2868 0.78513 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1476844 4 0.4605 0.45357 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1403526 1 0.4933 0.28986 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1413916 2 0.2589 0.81824 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1441051 2 0.2921 0.83213 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR614287 2 0.2149 0.85196 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.2469 0.84510 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376356 1 0.4972 -0.33788 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.2888 0.77931 0.124 0.000 0.872 0.004
#> SRR1437226 2 0.1474 0.85171 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1326078 1 0.2011 0.53594 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1096806 4 0.6735 -0.13261 0.000 0.388 0.096 0.516
#> SRR1440919 2 0.2944 0.80872 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1452824 3 0.5478 0.09591 0.444 0.000 0.540 0.016
#> SRR615754 4 0.4916 0.27549 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1341787 3 0.5356 0.68805 0.200 0.072 0.728 0.000
#> SRR614551 2 0.4500 0.70799 0.316 0.684 0.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455761 1 0.4605 0.47273 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1465189 4 0.4656 0.48362 0.056 0.000 0.160 0.784
#> SRR1376895 1 0.4382 0.50570 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1445002 4 0.4907 0.28663 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1469258 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1409239 1 0.4933 0.28542 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1480200 4 0.4981 0.14297 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1418323 1 0.2973 0.54222 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR657540 3 0.2149 0.84918 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR821096 2 0.1302 0.86365 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0707 0.86690 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612479 4 0.3444 0.54721 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1399950 1 0.3108 0.48718 0.872 0.000 0.112 0.016
#> SRR1336048 3 0.1557 0.85474 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1368896 1 0.4948 0.26513 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1379403 2 0.3219 0.78523 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1312464 4 0.4977 0.15913 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1096478 1 0.4985 0.16107 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1459845 1 0.4994 0.10823 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1348138 4 0.4877 -0.27039 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR811423 1 0.7846 0.05141 0.404 0.000 0.296 0.300
#> SRR615683 4 0.4830 0.35596 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1380336 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR817609 3 0.4039 0.72755 0.080 0.000 0.836 0.084
#> SRR1074550 3 0.0895 0.87966 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR1499236 2 0.2469 0.84479 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR656083 4 0.4817 0.36063 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR817539 1 0.1302 0.52580 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1410801 4 0.4981 0.14320 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1347190 1 0.4356 0.50891 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1355126 2 0.4989 0.48357 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466046 4 0.4277 0.50904 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1097055 2 0.0000 0.86729 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.4955 0.53523 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR655325 1 0.4916 0.31156 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR810177 2 0.2760 0.83670 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR817026 3 0.6242 0.58215 0.000 0.080 0.612 0.308
#> SRR1417224 2 0.2816 0.84451 0.036 0.900 0.064 0.000
#> SRR661687 4 0.4999 -0.32266 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1431804 4 0.0524 0.49021 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR664072 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612923 2 0.2868 0.80532 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1315890 1 0.4972 0.20936 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1347726 1 0.0188 0.50330 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.1792 0.45721 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.4277 0.74090 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1404084 4 0.4978 0.37685 0.384 0.000 0.004 0.612
#> SRR615994 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.2647 0.84031 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1311308 3 0.5730 0.41441 0.000 0.344 0.616 0.040
#> SRR1368006 2 0.0469 0.86546 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR613651 1 0.6159 0.44423 0.676 0.000 0.152 0.172
#> SRR1362621 4 0.3984 0.37582 0.000 0.132 0.040 0.828
#> SRR1451718 1 0.0188 0.50330 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079636 2 0.2589 0.81824 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1442549 2 0.3908 0.78932 0.212 0.784 0.000 0.004
#> SRR1466421 2 0.2973 0.82991 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR817397 2 0.4790 0.54767 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1341809 2 0.4331 0.73380 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0336 0.86637 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1335005 2 0.3074 0.82605 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.4661 0.59228 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1404483 2 0.0469 0.86546 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1096222 1 0.4941 0.27806 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1401793 1 0.4978 0.39159 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1408615 3 0.0469 0.88667 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1070597 1 0.6426 0.29483 0.628 0.256 0.000 0.116
#> SRR1332381 1 0.1388 0.51171 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1457015 1 0.4925 0.30098 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1386797 1 0.4008 0.29284 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1098385 2 0.3486 0.80665 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.3837 0.78425 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR662055 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310455 1 0.3801 0.53507 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1453639 1 0.2011 0.44740 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR662617 2 0.0469 0.86754 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR654778 1 0.4585 0.47682 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR661782 2 0.3942 0.77585 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1334396 4 0.3074 0.54783 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR613867 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479412 1 0.2216 0.53750 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1331620 1 0.4790 0.40803 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1082809 1 0.5646 0.33107 0.672 0.000 0.272 0.056
#> SRR1417178 4 0.4605 0.45397 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1335278 4 0.4661 0.43622 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR665369 2 0.0336 0.86638 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR657552 4 0.4776 0.38812 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR812412 1 0.4643 0.46198 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1096500 2 0.1474 0.86201 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.4304 0.73747 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR615153 4 0.4464 0.36071 0.024 0.208 0.000 0.768
#> SRR1434417 4 0.0592 0.49718 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1070159 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332508 2 0.1118 0.86540 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1082059 1 0.7382 0.05450 0.516 0.208 0.276 0.000
#> SRR1402491 4 0.4134 0.52102 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1476595 2 0.4522 0.70134 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.86729 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.7676 -0.02898 0.276 0.460 0.000 0.264
#> SRR1454095 1 0.1389 0.47265 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR821255 1 0.4661 -0.01685 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR820402 2 0.4866 0.51014 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1337284 1 0.2973 0.38875 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384883 2 0.4877 0.50395 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR614431 4 0.4999 0.00881 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1481106 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370285 4 0.3528 0.54654 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1446673 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341188 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.4746 0.42761 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1322864 2 0.1118 0.86518 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.1978 0.83758 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1443332 2 0.4245 0.79223 0.196 0.784 0.020 0.000
#> SRR662486 2 0.0592 0.86712 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1447019 4 0.4500 0.47763 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR662942 1 0.4985 0.16028 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR613102 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.4730 0.43254 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1464977 1 0.2704 0.40844 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.4482 0.58965 0.264 0.000 0.728 0.008
#> SRR661949 2 0.0817 0.86669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.2334 0.82694 0.004 0.088 0.908 0.000
#> SRR1441655 1 0.2408 0.42678 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR613771 2 0.3301 0.81572 0.000 0.876 0.048 0.076
#> SRR1479471 4 0.1940 0.52698 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1488918 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414040 2 0.4072 0.76447 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.4941 0.54724 0.436 0.564 0.000 0.000
#> SRR663209 4 0.4761 0.37877 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1364914 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408267 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314894 1 0.4454 0.49777 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1414117 4 0.4150 0.37712 0.000 0.056 0.120 0.824
#> SRR1395975 2 0.0188 0.86743 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.3219 0.82037 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1433623 4 0.4916 0.27704 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR656385 2 0.3356 0.81388 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR811213 2 0.1716 0.84705 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR663657 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612203 4 0.2973 0.54619 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR613987 2 0.4955 0.52124 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1382912 4 0.4164 0.51599 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1475501 4 0.3024 0.54719 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1336930 1 0.4941 0.27792 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR613030 3 0.0188 0.88959 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1381459 2 0.1209 0.86576 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1402350 3 0.4304 0.58641 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1419408 4 0.4543 0.46912 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR655911 2 0.4419 0.75868 0.000 0.812 0.104 0.084
#> SRR1418243 1 0.3764 0.53668 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1322573 1 0.1637 0.53083 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR613615 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.4830 0.38190 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1319395 1 0.1389 0.52760 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR818939 4 0.4977 0.15918 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1465266 4 0.1557 0.51871 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR614888 1 0.4500 0.48203 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1431694 4 0.4193 0.51495 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR614347 4 0.4941 -0.19236 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1334228 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.3907 0.77916 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR656349 4 0.5839 0.45260 0.104 0.000 0.200 0.696
#> SRR815422 2 0.5271 0.57625 0.000 0.640 0.020 0.340
#> SRR1360828 4 0.4961 0.20266 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR1359005 2 0.3400 0.77159 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1456652 1 0.1118 0.52296 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1391660 1 0.4477 0.49548 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1441956 1 0.1302 0.52619 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR662930 2 0.2530 0.84334 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614827 2 0.1022 0.86575 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR614587 2 0.4967 0.42445 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR814052 2 0.3801 0.78713 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.4643 0.46349 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1481440 4 0.3726 0.54143 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1339296 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.2081 0.84011 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1432802 2 0.4072 0.76474 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.4898 0.33229 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1410427 1 0.2868 0.54183 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1401185 1 0.2589 0.41617 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR654993 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656397 4 0.4992 0.08540 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR809643 4 0.3525 0.40005 0.000 0.040 0.100 0.860
#> SRR1433819 1 0.4134 0.52230 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1375225 2 0.2216 0.83223 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1367739 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.0524 0.50360 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR663224 2 0.2760 0.79240 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1442840 4 0.2814 0.54376 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1374058 1 0.4643 0.46293 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR656994 1 0.4543 0.48532 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1469214 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456446 4 0.4522 0.47348 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1471879 2 0.4500 0.70803 0.316 0.684 0.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395720 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413055 4 0.1302 0.51274 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR656770 2 0.2376 0.85537 0.068 0.916 0.016 0.000
#> SRR812080 3 0.4898 0.75390 0.000 0.104 0.780 0.116
#> SRR1479328 1 0.4040 0.52895 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR661421 2 0.1389 0.86290 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.0336 0.86745 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.4955 0.24952 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1467035 4 0.1792 0.52355 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1360607 2 0.4564 0.69574 0.328 0.672 0.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088706 2 0.0817 0.86214 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1320053 3 0.0188 0.88959 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1350392 2 0.0817 0.86669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.0188 0.86705 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318753 1 0.4843 0.37745 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1345369 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612178 2 0.0592 0.86454 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1354423 4 0.3219 0.54882 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1072724 1 0.4564 0.48176 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1418450 2 0.4277 0.67369 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1326427 3 0.4761 0.61185 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1437412 4 0.4312 0.43255 0.000 0.056 0.132 0.812
#> SRR1327548 2 0.2921 0.80248 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1395891 1 0.4008 0.53003 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR659367 2 0.4406 0.72300 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR818961 4 0.0469 0.49471 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR813704 1 0.4941 0.27763 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR613054 4 0.4564 0.45231 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1476467 4 0.4761 0.39664 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1407988 2 0.3975 0.77417 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0336 0.86790 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR655578 2 0.4072 0.76382 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.3610 0.75408 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1345628 4 0.3649 0.54381 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1479740 1 0.4855 0.36846 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1332095 1 0.0921 0.48735 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1444786 1 0.7900 0.01935 0.372 0.308 0.000 0.320
#> SRR1090070 1 0.4500 0.49186 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR662414 2 0.5000 0.42678 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0592 0.86485 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR656313 2 0.0707 0.86690 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR615671 2 0.4925 0.55971 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1350196 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466580 1 0.2469 0.54063 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1408032 2 0.0817 0.86669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1432913 2 0.2408 0.82662 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1360502 4 0.6936 0.36560 0.144 0.000 0.292 0.564
#> SRR1391901 2 0.0817 0.86226 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1311131 1 0.3975 0.52993 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1380636 1 0.3123 0.54177 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1332339 1 0.0336 0.51009 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1341563 2 0.2408 0.84626 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1359410 3 0.3710 0.71843 0.004 0.192 0.804 0.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.4605 0.47192 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1498765 2 0.1118 0.85784 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1312622 2 0.2589 0.81835 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR615503 1 0.4961 -0.31332 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.4989 0.14399 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1433107 3 0.4624 0.45493 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1075384 4 0.4250 0.51168 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1356683 4 0.4925 0.26551 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR659049 1 0.4730 0.43464 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1368240 4 0.4981 0.13631 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1341739 1 0.3726 0.53647 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR613249 3 0.0000 0.89127 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663428 2 0.3444 0.80910 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.2216 0.83223 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1073553 2 0.0000 0.86729 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.1867 0.85780 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1406521 4 0.5000 -0.33983 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1432049 1 0.4877 0.35143 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1453504 4 0.5151 0.47380 0.140 0.100 0.000 0.760
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 2 0.9244 -0.16801 0.144 0.324 0.060 0.196 0.276
#> SRR1359328 3 0.1041 0.82572 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR821124 2 0.1270 0.79813 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1335188 1 0.6121 0.09320 0.528 0.000 0.000 0.148 0.324
#> SRR1075825 2 0.0898 0.80176 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1321921 1 0.1444 0.63497 0.948 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1466198 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384073 5 0.7154 0.18813 0.328 0.024 0.000 0.220 0.428
#> SRR1312802 3 0.4640 0.26266 0.400 0.000 0.584 0.000 0.016
#> SRR1076559 5 0.4491 0.35240 0.364 0.004 0.000 0.008 0.624
#> SRR1370085 1 0.2966 0.58353 0.848 0.000 0.000 0.136 0.016
#> SRR1460363 1 0.3719 0.59935 0.816 0.000 0.000 0.116 0.068
#> SRR1480221 2 0.2017 0.79371 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR1476165 1 0.5766 0.18249 0.516 0.000 0.000 0.092 0.392
#> SRR1459631 2 0.1965 0.77905 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1448098 2 0.0912 0.80384 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1321401 2 0.0510 0.80258 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR807613 2 0.0162 0.80210 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR808086 3 0.0162 0.84217 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613687 2 0.0579 0.80210 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1471011 3 0.5910 0.26016 0.128 0.000 0.560 0.000 0.312
#> SRR1330284 2 0.1043 0.79817 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1320624 2 0.3707 0.57697 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1459519 1 0.1408 0.63520 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR1091184 2 0.5978 0.54279 0.000 0.644 0.132 0.024 0.200
#> SRR1390561 1 0.4307 -0.21173 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR658164 1 0.5150 0.45654 0.692 0.000 0.000 0.136 0.172
#> SRR1087079 2 0.0290 0.80231 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR814996 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.3681 0.74054 0.000 0.808 0.000 0.044 0.148
#> SRR1453392 2 0.0510 0.80132 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1445873 1 0.1915 0.63867 0.928 0.000 0.000 0.040 0.032
#> SRR1419985 2 0.5703 0.56911 0.000 0.616 0.000 0.140 0.244
#> SRR820938 3 0.0963 0.82007 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1476844 1 0.3086 0.55518 0.816 0.000 0.000 0.180 0.004
#> SRR1403526 1 0.0703 0.63918 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1413916 2 0.1544 0.79069 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1441051 2 0.3359 0.73999 0.000 0.816 0.000 0.020 0.164
#> SRR614287 2 0.1981 0.79612 0.000 0.924 0.000 0.048 0.028
#> SRR1092062 2 0.2230 0.78081 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR612611 2 0.0404 0.80113 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1376356 5 0.7160 -0.02326 0.024 0.360 0.000 0.212 0.404
#> SRR1405078 3 0.2992 0.75843 0.092 0.000 0.872 0.012 0.024
#> SRR1437226 2 0.3449 0.73690 0.000 0.812 0.000 0.024 0.164
#> SRR1326078 1 0.5263 0.35235 0.660 0.000 0.000 0.100 0.240
#> SRR1096806 4 0.5912 0.38870 0.036 0.284 0.064 0.616 0.000
#> SRR1440919 2 0.3239 0.72805 0.000 0.828 0.012 0.156 0.004
#> SRR1452824 3 0.2953 0.70629 0.144 0.000 0.844 0.000 0.012
#> SRR615754 1 0.2513 0.60563 0.876 0.000 0.000 0.116 0.008
#> SRR1341787 3 0.5683 0.52910 0.000 0.024 0.660 0.088 0.228
#> SRR614551 2 0.4546 0.27186 0.000 0.532 0.000 0.008 0.460
#> SRR1380829 3 0.0703 0.83559 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1455761 1 0.1981 0.61826 0.924 0.000 0.000 0.048 0.028
#> SRR1465189 1 0.6793 -0.08857 0.440 0.000 0.300 0.256 0.004
#> SRR1376895 1 0.3844 0.56745 0.804 0.000 0.000 0.132 0.064
#> SRR1445002 1 0.3339 0.61102 0.840 0.000 0.000 0.112 0.048
#> SRR1469258 2 0.1403 0.80290 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024
#> SRR1409239 1 0.2228 0.63870 0.912 0.000 0.000 0.048 0.040
#> SRR1480200 1 0.2179 0.61373 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR1418323 1 0.3723 0.52990 0.804 0.000 0.000 0.044 0.152
#> SRR657540 3 0.2074 0.78893 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR821096 2 0.1544 0.79608 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR613591 2 0.1626 0.79971 0.000 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR1344205 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612479 1 0.4307 -0.22015 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1399950 3 0.6634 0.16452 0.352 0.000 0.516 0.064 0.068
#> SRR1336048 3 0.0963 0.82187 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.2006 0.63837 0.916 0.000 0.000 0.072 0.012
#> SRR1379403 2 0.2074 0.77309 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1312464 1 0.2006 0.62601 0.916 0.000 0.000 0.072 0.012
#> SRR1096478 1 0.4350 0.57405 0.764 0.000 0.000 0.084 0.152
#> SRR1459845 1 0.4864 0.52738 0.720 0.000 0.000 0.164 0.116
#> SRR1348138 4 0.5204 0.15409 0.052 0.000 0.368 0.580 0.000
#> SRR811423 1 0.4628 0.42211 0.688 0.000 0.276 0.004 0.032
#> SRR615683 1 0.4235 0.28326 0.656 0.000 0.000 0.336 0.008
#> SRR1380336 2 0.0290 0.80162 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR817609 3 0.1851 0.77474 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1074550 3 0.0693 0.83612 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1499236 2 0.1485 0.79888 0.000 0.948 0.000 0.032 0.020
#> SRR656083 1 0.2798 0.58762 0.852 0.000 0.000 0.140 0.008
#> SRR817539 1 0.5169 0.39904 0.688 0.000 0.000 0.128 0.184
#> SRR1410801 1 0.1697 0.62990 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1347190 5 0.4397 0.20268 0.432 0.000 0.000 0.004 0.564
#> SRR1355126 5 0.5645 0.46541 0.032 0.176 0.000 0.104 0.688
#> SRR615165 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.4126 0.20203 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1097055 2 0.2249 0.78593 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR1312370 2 0.6540 0.39438 0.008 0.528 0.000 0.248 0.216
#> SRR655325 1 0.2304 0.63690 0.892 0.000 0.000 0.100 0.008
#> SRR810177 2 0.1956 0.79451 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR815685 2 0.2951 0.77137 0.000 0.860 0.000 0.028 0.112
#> SRR817026 3 0.5253 0.32328 0.016 0.024 0.564 0.396 0.000
#> SRR1417224 2 0.5255 0.68272 0.000 0.736 0.044 0.128 0.092
#> SRR661687 4 0.4278 0.07877 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1431804 1 0.6613 0.20265 0.528 0.012 0.008 0.316 0.136
#> SRR664072 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612923 2 0.3231 0.70350 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1315890 1 0.1668 0.64121 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032
#> SRR1347726 1 0.6712 0.08183 0.484 0.008 0.000 0.216 0.292
#> SRR1500360 5 0.4796 0.51333 0.152 0.000 0.000 0.120 0.728
#> SRR1468360 2 0.6732 0.42363 0.028 0.552 0.000 0.216 0.204
#> SRR1404084 1 0.6526 0.11678 0.484 0.000 0.008 0.160 0.348
#> SRR615994 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.3895 0.57185 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1397200 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655519 2 0.0404 0.80113 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1311308 3 0.4708 0.43275 0.000 0.292 0.668 0.040 0.000
#> SRR1368006 2 0.0404 0.80202 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR613651 3 0.5778 0.17059 0.376 0.000 0.528 0.000 0.096
#> SRR1362621 4 0.7209 0.47627 0.192 0.084 0.176 0.548 0.000
#> SRR1451718 5 0.5649 0.32489 0.360 0.004 0.004 0.064 0.568
#> SRR1095334 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079636 2 0.2771 0.75658 0.000 0.860 0.000 0.128 0.012
#> SRR1442549 2 0.8575 -0.24617 0.236 0.296 0.000 0.220 0.248
#> SRR1466421 2 0.2139 0.79736 0.000 0.916 0.000 0.032 0.052
#> SRR817397 2 0.4291 0.15358 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1341809 2 0.5496 0.59346 0.000 0.652 0.000 0.196 0.152
#> SRR614623 2 0.3454 0.74101 0.000 0.816 0.000 0.028 0.156
#> SRR1335005 2 0.1701 0.79991 0.000 0.936 0.000 0.016 0.048
#> SRR1407065 2 0.4088 0.42635 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1404483 2 0.0727 0.80303 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR1096222 1 0.4735 0.41932 0.680 0.000 0.000 0.048 0.272
#> SRR1401793 1 0.7392 -0.03867 0.436 0.000 0.108 0.092 0.364
#> SRR1408615 3 0.0794 0.83390 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1070597 1 0.7819 0.00389 0.452 0.172 0.000 0.264 0.112
#> SRR1332381 5 0.4327 0.35458 0.360 0.000 0.000 0.008 0.632
#> SRR1457015 1 0.0798 0.64127 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1386797 5 0.4634 0.53879 0.136 0.120 0.000 0.000 0.744
#> SRR1098385 2 0.4681 0.67792 0.000 0.728 0.000 0.084 0.188
#> SRR1363947 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.4686 0.69218 0.000 0.736 0.000 0.160 0.104
#> SRR662055 2 0.1310 0.80244 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR1310455 1 0.3488 0.52541 0.808 0.000 0.000 0.024 0.168
#> SRR1453639 1 0.7133 0.02932 0.464 0.028 0.000 0.220 0.288
#> SRR662617 2 0.1403 0.80029 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024
#> SRR654778 1 0.4138 0.57666 0.776 0.000 0.000 0.064 0.160
#> SRR661782 2 0.3169 0.76619 0.000 0.856 0.000 0.084 0.060
#> SRR1334396 1 0.4264 0.23978 0.620 0.000 0.000 0.376 0.004
#> SRR613867 2 0.2344 0.79744 0.000 0.904 0.000 0.064 0.032
#> SRR1479412 1 0.5616 -0.10406 0.512 0.000 0.000 0.076 0.412
#> SRR1331620 1 0.4313 0.48882 0.732 0.000 0.000 0.040 0.228
#> SRR1082809 3 0.6029 0.14426 0.400 0.000 0.512 0.068 0.020
#> SRR1417178 1 0.3496 0.52238 0.788 0.000 0.000 0.200 0.012
#> SRR1335278 1 0.4256 -0.01805 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR665369 2 0.0510 0.80168 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR657552 1 0.3612 0.57121 0.800 0.000 0.000 0.172 0.028
#> SRR812412 1 0.2824 0.62634 0.872 0.000 0.000 0.096 0.032
#> SRR1096500 2 0.4289 0.70276 0.000 0.760 0.000 0.064 0.176
#> SRR1347750 2 0.4953 0.67652 0.000 0.712 0.000 0.124 0.164
#> SRR615153 1 0.6538 -0.10897 0.480 0.248 0.000 0.272 0.000
#> SRR1434417 4 0.4088 0.48387 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1070159 3 0.1908 0.78949 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1332508 2 0.3661 0.62538 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1082059 5 0.5809 0.47566 0.124 0.212 0.016 0.000 0.648
#> SRR1402491 1 0.4268 -0.02706 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1476595 2 0.3967 0.73351 0.000 0.800 0.000 0.108 0.092
#> SRR1320987 2 0.4161 0.61710 0.000 0.704 0.000 0.016 0.280
#> SRR1086417 5 0.7472 0.33579 0.108 0.308 0.000 0.112 0.472
#> SRR1454095 5 0.6627 0.37638 0.216 0.004 0.000 0.300 0.480
#> SRR614791 2 0.1549 0.80090 0.000 0.944 0.000 0.040 0.016
#> SRR821255 2 0.8067 0.01067 0.104 0.384 0.000 0.232 0.280
#> SRR820402 2 0.3857 0.53302 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1337284 1 0.7613 -0.12677 0.404 0.060 0.000 0.332 0.204
#> SRR1333083 3 0.0404 0.83984 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1384883 2 0.4297 0.12548 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR614431 1 0.2233 0.61337 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1481106 2 0.0162 0.80174 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1370285 1 0.4291 -0.08749 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.0290 0.80155 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.3906 0.57205 0.800 0.000 0.000 0.132 0.068
#> SRR1322864 2 0.1410 0.79859 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1476825 3 0.5933 0.07105 0.432 0.000 0.492 0.024 0.052
#> SRR1443332 2 0.3996 0.75998 0.000 0.816 0.052 0.020 0.112
#> SRR662486 2 0.0404 0.80245 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1447019 1 0.3579 0.48100 0.756 0.000 0.000 0.240 0.004
#> SRR662942 1 0.1768 0.62596 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR613102 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.4728 0.42629 0.664 0.000 0.000 0.040 0.296
#> SRR1464977 1 0.7307 -0.01791 0.440 0.036 0.000 0.220 0.304
#> SRR615850 3 0.7657 0.09252 0.292 0.000 0.456 0.156 0.096
#> SRR661949 2 0.0865 0.80165 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1322227 3 0.3794 0.63886 0.000 0.152 0.800 0.000 0.048
#> SRR1441655 5 0.5669 0.44510 0.328 0.076 0.000 0.008 0.588
#> SRR613771 2 0.6092 0.56879 0.000 0.628 0.020 0.192 0.160
#> SRR1479471 4 0.4161 0.45545 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR1488918 2 0.0671 0.80315 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1414040 2 0.5399 0.61408 0.000 0.664 0.000 0.148 0.188
#> SRR1079850 5 0.5704 0.45756 0.028 0.176 0.000 0.116 0.680
#> SRR663209 1 0.4415 0.13880 0.604 0.000 0.000 0.388 0.008
#> SRR1364914 2 0.0404 0.80113 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1408267 2 0.3550 0.72058 0.000 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR1314894 1 0.3946 0.55074 0.800 0.000 0.000 0.120 0.080
#> SRR1414117 4 0.5427 0.52370 0.264 0.032 0.044 0.660 0.000
#> SRR1395975 2 0.4577 0.68838 0.000 0.748 0.000 0.144 0.108
#> SRR1402219 2 0.5240 0.61846 0.000 0.660 0.000 0.096 0.244
#> SRR1433623 1 0.2233 0.61138 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR656385 2 0.3169 0.76619 0.000 0.856 0.000 0.084 0.060
#> SRR811213 2 0.0880 0.79938 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR663657 3 0.3962 0.62803 0.000 0.004 0.744 0.012 0.240
#> SRR612203 4 0.4256 0.39080 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR613987 5 0.5959 0.26886 0.044 0.336 0.000 0.044 0.576
#> SRR613831 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.1012 0.80384 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1382912 1 0.4184 0.40910 0.700 0.000 0.000 0.284 0.016
#> SRR1475501 4 0.4273 0.35453 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1336930 1 0.4469 0.55710 0.756 0.000 0.000 0.096 0.148
#> SRR613030 3 0.0693 0.83650 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1381459 2 0.1095 0.80515 0.000 0.968 0.012 0.008 0.012
#> SRR1402350 5 0.5983 0.14886 0.116 0.000 0.380 0.000 0.504
#> SRR1419408 1 0.4288 0.14940 0.612 0.000 0.000 0.384 0.004
#> SRR655911 2 0.4163 0.61801 0.000 0.740 0.228 0.032 0.000
#> SRR1418243 1 0.3844 0.52900 0.792 0.000 0.000 0.044 0.164
#> SRR1322573 5 0.5158 0.48444 0.224 0.000 0.000 0.100 0.676
#> SRR613615 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.1701 0.62496 0.936 0.000 0.000 0.016 0.048
#> SRR1319395 1 0.5779 0.29914 0.616 0.000 0.000 0.212 0.172
#> SRR818939 1 0.2338 0.60774 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004
#> SRR1465266 4 0.4201 0.44675 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR614888 5 0.5744 0.23948 0.380 0.000 0.000 0.092 0.528
#> SRR1431694 1 0.3837 0.45211 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR614347 4 0.4804 0.38250 0.036 0.328 0.000 0.636 0.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.3607 0.68740 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244
#> SRR656349 1 0.7062 0.28122 0.560 0.000 0.096 0.228 0.116
#> SRR815422 2 0.4227 0.56190 0.000 0.692 0.016 0.292 0.000
#> SRR1360828 1 0.4108 0.34509 0.684 0.000 0.000 0.308 0.008
#> SRR1359005 2 0.2020 0.78020 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1456652 1 0.6569 0.00380 0.472 0.000 0.000 0.256 0.272
#> SRR1391660 1 0.3535 0.57015 0.832 0.000 0.000 0.088 0.080
#> SRR1441956 1 0.5888 0.22506 0.576 0.000 0.000 0.288 0.136
#> SRR662930 2 0.1845 0.79874 0.000 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR615790 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614827 2 0.4996 0.65464 0.000 0.708 0.000 0.128 0.164
#> SRR614587 4 0.4304 -0.02746 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR814052 2 0.6145 0.51840 0.020 0.612 0.000 0.232 0.136
#> SRR1070086 1 0.2536 0.58877 0.868 0.000 0.000 0.004 0.128
#> SRR1481440 4 0.4291 0.31235 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 2 0.2006 0.79018 0.000 0.916 0.072 0.000 0.012
#> SRR1432802 2 0.5792 0.53607 0.000 0.616 0.000 0.192 0.192
#> SRR1416911 1 0.3459 0.60867 0.832 0.000 0.000 0.116 0.052
#> SRR1410427 1 0.5998 0.29445 0.584 0.000 0.000 0.188 0.228
#> SRR1401185 5 0.7215 0.22605 0.300 0.016 0.000 0.336 0.348
#> SRR654993 2 0.0404 0.80113 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR656397 1 0.1768 0.62582 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR809643 4 0.5897 0.50954 0.200 0.024 0.124 0.652 0.000
#> SRR1433819 5 0.4304 0.10829 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1375225 2 0.1544 0.79152 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323336 5 0.5957 0.50754 0.224 0.000 0.060 0.064 0.652
#> SRR663224 2 0.4123 0.72176 0.000 0.796 0.108 0.004 0.092
#> SRR1442840 4 0.4235 0.42094 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR1374058 1 0.2144 0.60913 0.912 0.000 0.000 0.020 0.068
#> SRR656994 1 0.4545 0.55797 0.752 0.000 0.000 0.132 0.116
#> SRR1469214 2 0.0771 0.80256 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1456446 1 0.4440 -0.14698 0.528 0.000 0.000 0.468 0.004
#> SRR1471879 2 0.6345 0.40889 0.000 0.524 0.000 0.224 0.252
#> SRR612911 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395720 2 0.1216 0.80318 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1413055 1 0.4425 0.19237 0.600 0.000 0.000 0.392 0.008
#> SRR656770 2 0.5192 0.63331 0.000 0.696 0.004 0.184 0.116
#> SRR812080 3 0.2793 0.77362 0.000 0.036 0.876 0.088 0.000
#> SRR1479328 1 0.5595 0.34875 0.624 0.000 0.000 0.124 0.252
#> SRR661421 2 0.6402 0.36955 0.000 0.504 0.000 0.208 0.288
#> SRR1410286 2 0.0693 0.80256 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1487150 1 0.3090 0.60753 0.856 0.000 0.000 0.104 0.040
#> SRR1467035 4 0.4350 0.44253 0.408 0.000 0.000 0.588 0.004
#> SRR1360607 2 0.6649 0.23914 0.000 0.448 0.000 0.284 0.268
#> SRR1333106 2 0.1386 0.80260 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> SRR1088706 2 0.5199 0.53688 0.000 0.636 0.000 0.072 0.292
#> SRR1320053 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350392 2 0.3655 0.73337 0.000 0.804 0.000 0.036 0.160
#> SRR1385190 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.0693 0.80330 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1318753 1 0.0865 0.63456 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1345369 3 0.2409 0.78113 0.000 0.000 0.900 0.068 0.032
#> SRR612178 2 0.2260 0.79761 0.000 0.908 0.000 0.064 0.028
#> SRR1354423 4 0.4227 0.40973 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR1072724 1 0.3950 0.55729 0.796 0.000 0.000 0.136 0.068
#> SRR1418450 2 0.4060 0.42554 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1326427 3 0.4273 0.32128 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR1437412 1 0.7766 0.17333 0.492 0.156 0.000 0.168 0.184
#> SRR1327548 2 0.1732 0.79091 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1395891 1 0.3061 0.55910 0.844 0.000 0.000 0.020 0.136
#> SRR659367 2 0.6067 0.57095 0.028 0.644 0.000 0.160 0.168
#> SRR818961 4 0.4088 0.48489 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR813704 1 0.0609 0.63997 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR613054 1 0.3586 0.54972 0.792 0.000 0.000 0.188 0.020
#> SRR1476467 1 0.2966 0.56098 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1407988 2 0.4648 0.69404 0.000 0.740 0.000 0.156 0.104
#> SRR1394776 2 0.1041 0.80522 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR655578 2 0.4901 0.65825 0.000 0.708 0.000 0.196 0.096
#> SRR1310645 2 0.2852 0.72947 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1345628 1 0.4060 0.27907 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1479740 1 0.4836 0.56134 0.716 0.000 0.000 0.188 0.096
#> SRR1332095 5 0.6233 0.41257 0.168 0.000 0.000 0.312 0.520
#> SRR1444786 4 0.7985 -0.07460 0.252 0.304 0.000 0.360 0.084
#> SRR1090070 1 0.4256 0.06255 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR662414 2 0.7928 0.12075 0.096 0.420 0.000 0.240 0.244
#> SRR661216 2 0.0510 0.80082 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR656313 2 0.0451 0.80191 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR615671 2 0.8327 -0.14334 0.140 0.324 0.000 0.308 0.228
#> SRR1350196 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466580 1 0.5672 0.04153 0.544 0.000 0.000 0.088 0.368
#> SRR1408032 2 0.1753 0.80000 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032
#> SRR1432913 2 0.3967 0.60801 0.000 0.724 0.000 0.264 0.012
#> SRR1360502 1 0.8217 0.05681 0.412 0.000 0.184 0.212 0.192
#> SRR1391901 2 0.3413 0.75500 0.000 0.832 0.000 0.044 0.124
#> SRR1311131 1 0.4020 0.53278 0.796 0.000 0.000 0.096 0.108
#> SRR1380636 1 0.4781 0.45651 0.728 0.000 0.000 0.160 0.112
#> SRR1332339 1 0.5993 0.25820 0.584 0.000 0.000 0.232 0.184
#> SRR1341563 2 0.1571 0.79909 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1359410 3 0.5961 0.25424 0.000 0.316 0.552 0.000 0.132
#> SRR1473040 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.2331 0.62377 0.900 0.000 0.000 0.080 0.020
#> SRR1498765 2 0.0609 0.80021 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1312622 2 0.1197 0.79634 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR615503 2 0.6533 0.50829 0.048 0.608 0.000 0.192 0.152
#> SRR1453192 1 0.1408 0.63714 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR1433107 2 0.4306 0.13951 0.000 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR1075384 1 0.4030 0.28428 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1356683 1 0.2127 0.60945 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR659049 1 0.2654 0.60502 0.888 0.000 0.000 0.064 0.048
#> SRR1368240 1 0.6107 0.08306 0.496 0.000 0.000 0.132 0.372
#> SRR1341739 1 0.5177 0.45730 0.688 0.000 0.000 0.180 0.132
#> SRR613249 3 0.0000 0.84343 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663428 2 0.4844 0.66864 0.000 0.720 0.000 0.108 0.172
#> SRR1341302 2 0.1410 0.79331 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1073553 2 0.1892 0.79382 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR1354093 3 0.3109 0.70474 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1406521 4 0.4383 0.18137 0.004 0.424 0.000 0.572 0.000
#> SRR1432049 5 0.6396 0.06225 0.412 0.000 0.000 0.168 0.420
#> SRR1453504 1 0.5827 0.19919 0.596 0.144 0.000 0.260 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.5155 0.47592 0.068 0.232 0.000 0.016 0.016 0.668
#> SRR1359328 3 0.1556 0.81908 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR821124 2 0.2408 0.72371 0.000 0.876 0.000 0.108 0.004 0.012
#> SRR1335188 1 0.7410 -0.00054 0.404 0.000 0.000 0.216 0.200 0.180
#> SRR1075825 2 0.0777 0.74090 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1321921 1 0.2677 0.66422 0.884 0.000 0.000 0.024 0.036 0.056
#> SRR1466198 3 0.0146 0.86207 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1384073 6 0.3707 0.32464 0.064 0.004 0.000 0.024 0.088 0.820
#> SRR1312802 3 0.3642 0.55796 0.236 0.000 0.744 0.000 0.012 0.008
#> SRR1076559 5 0.6547 0.31471 0.232 0.000 0.000 0.028 0.396 0.344
#> SRR1370085 1 0.2220 0.66989 0.908 0.000 0.000 0.044 0.036 0.012
#> SRR1460363 1 0.3634 0.63316 0.808 0.000 0.000 0.020 0.128 0.044
#> SRR1480221 2 0.3000 0.71929 0.000 0.852 0.000 0.008 0.096 0.044
#> SRR1476165 1 0.6000 0.25728 0.528 0.000 0.000 0.016 0.252 0.204
#> SRR1459631 2 0.3381 0.67908 0.000 0.816 0.008 0.144 0.028 0.004
#> SRR1448098 2 0.1092 0.74168 0.000 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR1321401 2 0.0551 0.74008 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR807613 2 0.0508 0.73918 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR808086 3 0.1483 0.84461 0.000 0.000 0.944 0.012 0.008 0.036
#> SRR613687 2 0.0520 0.73917 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1471011 3 0.3864 0.70128 0.092 0.000 0.796 0.016 0.096 0.000
#> SRR1330284 2 0.0891 0.74279 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024 0.000
#> SRR1320624 2 0.4238 0.22574 0.000 0.580 0.000 0.404 0.008 0.008
#> SRR1459519 1 0.0748 0.67339 0.976 0.000 0.000 0.004 0.016 0.004
#> SRR1091184 2 0.5132 0.47683 0.000 0.628 0.048 0.028 0.292 0.004
#> SRR1390561 1 0.3383 0.51098 0.728 0.000 0.000 0.268 0.004 0.000
#> SRR658164 1 0.5025 0.34614 0.548 0.000 0.000 0.016 0.044 0.392
#> SRR1087079 2 0.1168 0.73920 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR814996 3 0.0146 0.86181 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 6 0.4412 0.09988 0.000 0.480 0.000 0.008 0.012 0.500
#> SRR1453392 2 0.0622 0.74059 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1445873 1 0.1575 0.67289 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032 0.000
#> SRR1419985 2 0.7158 -0.02779 0.000 0.396 0.000 0.100 0.204 0.300
#> SRR820938 3 0.2048 0.74937 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476844 1 0.1787 0.66689 0.920 0.000 0.000 0.068 0.004 0.008
#> SRR1403526 1 0.0972 0.67461 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1413916 2 0.1327 0.73488 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.4504 0.36889 0.000 0.628 0.000 0.008 0.032 0.332
#> SRR614287 2 0.2924 0.71235 0.000 0.864 0.000 0.024 0.028 0.084
#> SRR1092062 2 0.1866 0.73875 0.000 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008
#> SRR612611 2 0.0363 0.73781 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1376356 6 0.4925 0.39487 0.004 0.100 0.000 0.056 0.108 0.732
#> SRR1405078 3 0.4724 0.71168 0.044 0.000 0.772 0.076 0.044 0.064
#> SRR1437226 2 0.4832 0.04047 0.000 0.532 0.000 0.016 0.028 0.424
#> SRR1326078 1 0.6688 0.26905 0.528 0.000 0.000 0.128 0.208 0.136
#> SRR1096806 4 0.4523 0.49317 0.044 0.240 0.020 0.696 0.000 0.000
#> SRR1440919 2 0.5209 0.14173 0.000 0.524 0.004 0.408 0.052 0.012
#> SRR1452824 3 0.2964 0.74948 0.100 0.000 0.856 0.020 0.024 0.000
#> SRR615754 1 0.2380 0.67136 0.900 0.000 0.000 0.036 0.016 0.048
#> SRR1341787 6 0.5844 0.24914 0.008 0.040 0.236 0.016 0.068 0.632
#> SRR614551 2 0.4864 0.24465 0.000 0.508 0.000 0.020 0.448 0.024
#> SRR1380829 3 0.3030 0.78771 0.000 0.004 0.856 0.004 0.068 0.068
#> SRR1455761 1 0.2878 0.65554 0.872 0.000 0.000 0.064 0.032 0.032
#> SRR1465189 1 0.5629 0.27053 0.556 0.000 0.308 0.124 0.004 0.008
#> SRR1376895 1 0.5190 0.53221 0.684 0.000 0.000 0.184 0.064 0.068
#> SRR1445002 1 0.3994 0.63901 0.796 0.000 0.000 0.036 0.072 0.096
#> SRR1469258 2 0.2039 0.74004 0.000 0.916 0.000 0.020 0.052 0.012
#> SRR1409239 1 0.2691 0.66752 0.872 0.000 0.000 0.032 0.088 0.008
#> SRR1480200 1 0.1010 0.67178 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR1418323 1 0.4298 0.60334 0.776 0.000 0.000 0.048 0.092 0.084
#> SRR657540 3 0.2969 0.69383 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000 0.000
#> SRR821096 2 0.2538 0.70892 0.000 0.860 0.000 0.000 0.124 0.016
#> SRR613591 2 0.2706 0.66383 0.000 0.832 0.000 0.008 0.000 0.160
#> SRR1344205 3 0.0146 0.86207 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR612479 4 0.3890 0.32911 0.400 0.000 0.000 0.596 0.004 0.000
#> SRR1399950 3 0.6071 0.45578 0.156 0.000 0.636 0.128 0.060 0.020
#> SRR1336048 3 0.0260 0.86173 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368896 1 0.1401 0.67578 0.948 0.000 0.000 0.020 0.004 0.028
#> SRR1379403 2 0.1152 0.73854 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1312464 1 0.1693 0.67227 0.936 0.000 0.000 0.020 0.032 0.012
#> SRR1096478 1 0.3986 0.59080 0.756 0.000 0.000 0.016 0.192 0.036
#> SRR1459845 1 0.3716 0.63371 0.792 0.000 0.000 0.076 0.128 0.004
#> SRR1348138 4 0.4873 0.38438 0.100 0.000 0.268 0.632 0.000 0.000
#> SRR811423 1 0.4159 0.42812 0.672 0.000 0.300 0.000 0.008 0.020
#> SRR615683 1 0.3667 0.52077 0.740 0.000 0.000 0.240 0.012 0.008
#> SRR1380336 2 0.0909 0.73827 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR817609 3 0.1147 0.84673 0.028 0.000 0.960 0.004 0.004 0.004
#> SRR1074550 3 0.1237 0.84982 0.000 0.020 0.956 0.020 0.004 0.000
#> SRR1499236 2 0.2531 0.68786 0.000 0.860 0.000 0.004 0.008 0.128
#> SRR656083 1 0.2563 0.66725 0.892 0.000 0.000 0.028 0.036 0.044
#> SRR817539 1 0.5253 0.35723 0.560 0.000 0.000 0.012 0.076 0.352
#> SRR1410801 1 0.1307 0.67510 0.952 0.000 0.000 0.008 0.008 0.032
#> SRR1347190 1 0.6428 -0.21959 0.372 0.000 0.000 0.016 0.352 0.260
#> SRR1355126 5 0.3820 0.38425 0.000 0.144 0.000 0.004 0.780 0.072
#> SRR615165 3 0.0146 0.86201 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.3309 0.49179 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.2266 0.71839 0.000 0.880 0.000 0.000 0.108 0.012
#> SRR1312370 6 0.5747 0.43315 0.000 0.208 0.000 0.132 0.044 0.616
#> SRR655325 1 0.1851 0.67613 0.928 0.000 0.000 0.024 0.012 0.036
#> SRR810177 2 0.2350 0.73150 0.000 0.888 0.000 0.000 0.076 0.036
#> SRR815685 2 0.3900 0.60107 0.000 0.724 0.000 0.016 0.248 0.012
#> SRR817026 3 0.4927 0.06873 0.044 0.008 0.496 0.452 0.000 0.000
#> SRR1417224 2 0.4440 0.24827 0.000 0.588 0.008 0.008 0.008 0.388
#> SRR661687 4 0.3789 0.43134 0.008 0.332 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1431804 1 0.6465 -0.08465 0.416 0.004 0.004 0.400 0.028 0.148
#> SRR664072 3 0.0000 0.86243 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612923 2 0.4576 0.46630 0.004 0.616 0.000 0.344 0.004 0.032
#> SRR1315890 1 0.2787 0.66114 0.872 0.000 0.000 0.012 0.044 0.072
#> SRR1347726 6 0.3583 0.30522 0.260 0.000 0.000 0.008 0.004 0.728
#> SRR1500360 5 0.4423 0.43769 0.048 0.004 0.000 0.104 0.772 0.072
#> SRR1468360 6 0.4392 0.10772 0.004 0.476 0.000 0.016 0.000 0.504
#> SRR1404084 5 0.6823 0.47107 0.208 0.004 0.004 0.128 0.536 0.120
#> SRR615994 3 0.0146 0.86207 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475718 2 0.5133 0.35178 0.000 0.564 0.000 0.000 0.336 0.100
#> SRR1397200 3 0.0000 0.86243 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655519 2 0.0363 0.73839 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.5069 0.22507 0.000 0.396 0.548 0.024 0.028 0.004
#> SRR1368006 2 0.0603 0.74018 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR613651 3 0.5640 0.47294 0.156 0.000 0.640 0.016 0.172 0.016
#> SRR1362621 4 0.7320 0.43384 0.200 0.176 0.120 0.484 0.020 0.000
#> SRR1451718 6 0.5891 -0.07465 0.140 0.000 0.004 0.012 0.324 0.520
#> SRR1095334 3 0.0405 0.86121 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1079636 2 0.3732 0.65930 0.000 0.780 0.000 0.076 0.144 0.000
#> SRR1442549 6 0.5885 0.47866 0.152 0.232 0.000 0.020 0.008 0.588
#> SRR1466421 2 0.2922 0.72239 0.000 0.864 0.000 0.012 0.056 0.068
#> SRR817397 4 0.3857 0.06085 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1341809 6 0.5195 0.01626 0.000 0.460 0.000 0.032 0.032 0.476
#> SRR614623 2 0.4035 0.57087 0.000 0.700 0.000 0.016 0.272 0.012
#> SRR1335005 2 0.2147 0.73803 0.000 0.912 0.000 0.012 0.044 0.032
#> SRR1407065 2 0.3409 0.54564 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1404483 2 0.0909 0.74117 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR1096222 1 0.4170 0.45415 0.648 0.000 0.000 0.020 0.328 0.004
#> SRR1401793 1 0.7305 -0.14916 0.368 0.000 0.052 0.216 0.340 0.024
#> SRR1408615 3 0.0964 0.85490 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016 0.012
#> SRR1070597 6 0.6121 0.34908 0.244 0.064 0.000 0.080 0.016 0.596
#> SRR1332381 6 0.6238 -0.11591 0.184 0.000 0.004 0.016 0.320 0.476
#> SRR1457015 1 0.1606 0.67105 0.932 0.000 0.000 0.004 0.008 0.056
#> SRR1386797 5 0.5200 0.36415 0.028 0.016 0.004 0.020 0.612 0.320
#> SRR1098385 2 0.5968 0.47039 0.000 0.596 0.000 0.064 0.224 0.116
#> SRR1363947 3 0.0000 0.86243 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.5288 0.57100 0.000 0.688 0.000 0.084 0.076 0.152
#> SRR662055 2 0.1410 0.74269 0.000 0.944 0.000 0.004 0.044 0.008
#> SRR1310455 1 0.4531 0.57131 0.744 0.000 0.000 0.036 0.148 0.072
#> SRR1453639 6 0.4226 0.31575 0.280 0.016 0.000 0.008 0.008 0.688
#> SRR662617 2 0.2996 0.67144 0.000 0.832 0.000 0.016 0.008 0.144
#> SRR654778 1 0.6673 0.24447 0.500 0.000 0.000 0.168 0.252 0.080
#> SRR661782 2 0.3690 0.49104 0.000 0.700 0.000 0.000 0.012 0.288
#> SRR1334396 1 0.2989 0.61359 0.812 0.000 0.000 0.176 0.004 0.008
#> SRR613867 2 0.4651 0.55447 0.000 0.700 0.000 0.124 0.004 0.172
#> SRR1479412 5 0.5023 0.11713 0.416 0.000 0.000 0.020 0.528 0.036
#> SRR1331620 1 0.5438 0.26884 0.500 0.000 0.000 0.016 0.076 0.408
#> SRR1082809 1 0.7415 0.05176 0.424 0.000 0.316 0.144 0.080 0.036
#> SRR1417178 1 0.2262 0.66882 0.896 0.000 0.000 0.080 0.008 0.016
#> SRR1335278 1 0.3854 0.02361 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.2322 0.72698 0.000 0.896 0.000 0.064 0.004 0.036
#> SRR657552 1 0.5570 0.43331 0.564 0.000 0.000 0.172 0.004 0.260
#> SRR812412 1 0.3078 0.65907 0.860 0.000 0.000 0.064 0.028 0.048
#> SRR1096500 2 0.4411 -0.07687 0.000 0.504 0.000 0.012 0.008 0.476
#> SRR1347750 6 0.5744 0.30679 0.000 0.344 0.000 0.024 0.104 0.528
#> SRR615153 1 0.6417 0.08813 0.504 0.132 0.000 0.300 0.000 0.064
#> SRR1434417 4 0.3810 0.26602 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.1082 0.84822 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR1332508 2 0.2933 0.66316 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200 0.000
#> SRR1082059 5 0.6042 0.30300 0.036 0.052 0.012 0.016 0.560 0.324
#> SRR1402491 1 0.3835 0.37575 0.656 0.000 0.000 0.336 0.004 0.004
#> SRR1476595 2 0.3875 0.53811 0.000 0.700 0.000 0.004 0.016 0.280
#> SRR1320987 2 0.3807 0.46569 0.000 0.628 0.000 0.004 0.368 0.000
#> SRR1086417 5 0.6393 0.39821 0.028 0.108 0.004 0.148 0.628 0.084
#> SRR1454095 5 0.7595 0.23109 0.120 0.008 0.000 0.252 0.352 0.268
#> SRR614791 2 0.2362 0.73210 0.000 0.892 0.000 0.016 0.080 0.012
#> SRR821255 6 0.5901 0.44264 0.016 0.180 0.000 0.100 0.060 0.644
#> SRR820402 2 0.3445 0.59402 0.000 0.732 0.000 0.260 0.008 0.000
#> SRR1337284 6 0.7561 0.17909 0.248 0.056 0.000 0.096 0.132 0.468
#> SRR1333083 3 0.1700 0.82506 0.000 0.000 0.916 0.080 0.000 0.004
#> SRR1384883 2 0.3563 0.45001 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR614431 1 0.1801 0.66969 0.924 0.000 0.000 0.056 0.016 0.004
#> SRR1481106 2 0.0146 0.73822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370285 1 0.3482 0.43742 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.86243 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.0717 0.73895 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1341188 3 0.0000 0.86243 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.3777 0.64294 0.804 0.000 0.000 0.108 0.020 0.068
#> SRR1322864 2 0.1814 0.72819 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1476825 3 0.5665 0.21960 0.284 0.000 0.540 0.004 0.000 0.172
#> SRR1443332 2 0.5787 0.52640 0.000 0.648 0.120 0.004 0.072 0.156
#> SRR662486 2 0.2663 0.71417 0.000 0.880 0.000 0.012 0.040 0.068
#> SRR1447019 1 0.2053 0.65153 0.888 0.000 0.000 0.108 0.004 0.000
#> SRR662942 1 0.1483 0.67419 0.944 0.000 0.000 0.036 0.008 0.012
#> SRR613102 3 0.0000 0.86243 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.4906 0.51126 0.684 0.000 0.000 0.064 0.220 0.032
#> SRR1464977 6 0.3866 0.32550 0.248 0.008 0.000 0.008 0.008 0.728
#> SRR615850 3 0.6422 0.51103 0.088 0.000 0.636 0.100 0.060 0.116
#> SRR661949 2 0.1387 0.72763 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1322227 3 0.4729 0.66796 0.000 0.072 0.748 0.004 0.060 0.116
#> SRR1441655 5 0.5706 0.48008 0.128 0.052 0.004 0.008 0.668 0.140
#> SRR613771 2 0.4993 0.02131 0.000 0.516 0.004 0.048 0.004 0.428
#> SRR1479471 1 0.3843 0.09256 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.1806 0.73183 0.000 0.928 0.000 0.020 0.008 0.044
#> SRR1414040 2 0.6650 0.23158 0.000 0.480 0.000 0.056 0.236 0.228
#> SRR1079850 5 0.5168 0.32887 0.004 0.184 0.000 0.060 0.692 0.060
#> SRR663209 1 0.4207 0.41441 0.664 0.000 0.000 0.308 0.016 0.012
#> SRR1364914 2 0.0405 0.73850 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1408267 2 0.3023 0.63762 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1314894 1 0.4056 0.61417 0.780 0.000 0.000 0.124 0.020 0.076
#> SRR1414117 4 0.3853 0.50766 0.272 0.012 0.008 0.708 0.000 0.000
#> SRR1395975 2 0.4234 0.30158 0.000 0.608 0.000 0.016 0.004 0.372
#> SRR1402219 2 0.6717 -0.11610 0.000 0.400 0.000 0.064 0.160 0.376
#> SRR1433623 1 0.1151 0.67185 0.956 0.000 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR656385 2 0.3571 0.56347 0.000 0.744 0.000 0.008 0.008 0.240
#> SRR811213 2 0.1411 0.73925 0.000 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR663657 3 0.6798 0.06301 0.000 0.032 0.436 0.068 0.388 0.076
#> SRR612203 1 0.3881 0.25254 0.600 0.000 0.000 0.396 0.004 0.000
#> SRR613987 5 0.4265 0.08776 0.004 0.384 0.000 0.000 0.596 0.016
#> SRR613831 3 0.0000 0.86243 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.1453 0.73554 0.000 0.944 0.000 0.008 0.008 0.040
#> SRR1382912 1 0.4148 0.62436 0.780 0.000 0.000 0.104 0.088 0.028
#> SRR1475501 1 0.3620 0.36705 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.3702 0.60312 0.760 0.000 0.000 0.024 0.008 0.208
#> SRR613030 3 0.1837 0.83129 0.000 0.044 0.928 0.020 0.004 0.004
#> SRR1381459 2 0.1887 0.74289 0.000 0.932 0.028 0.012 0.016 0.012
#> SRR1402350 5 0.6946 0.23763 0.068 0.000 0.344 0.016 0.440 0.132
#> SRR1419408 1 0.3371 0.56481 0.780 0.000 0.000 0.200 0.016 0.004
#> SRR655911 2 0.3511 0.64579 0.000 0.800 0.148 0.048 0.000 0.004
#> SRR1418243 1 0.4772 0.56500 0.728 0.000 0.000 0.036 0.120 0.116
#> SRR1322573 5 0.5977 0.48395 0.232 0.016 0.000 0.092 0.612 0.048
#> SRR613615 3 0.0000 0.86243 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.2351 0.66616 0.904 0.000 0.000 0.036 0.028 0.032
#> SRR1319395 1 0.6981 0.20909 0.480 0.000 0.000 0.216 0.124 0.180
#> SRR818939 1 0.1411 0.66839 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000
#> SRR1465266 1 0.4426 0.40788 0.664 0.008 0.000 0.296 0.028 0.004
#> SRR614888 5 0.7157 0.21565 0.360 0.008 0.000 0.120 0.392 0.120
#> SRR1431694 1 0.6164 0.27060 0.452 0.000 0.000 0.276 0.008 0.264
#> SRR614347 4 0.3840 0.47634 0.020 0.284 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1334228 3 0.0146 0.86207 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096007 2 0.5228 0.43920 0.000 0.612 0.000 0.000 0.192 0.196
#> SRR656349 1 0.6917 0.39843 0.580 0.000 0.108 0.088 0.064 0.160
#> SRR815422 2 0.3867 0.08872 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1360828 1 0.4434 0.08314 0.544 0.000 0.000 0.428 0.028 0.000
#> SRR1359005 2 0.2219 0.70667 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.7707 -0.25176 0.276 0.000 0.000 0.224 0.276 0.224
#> SRR1391660 1 0.3776 0.62097 0.796 0.000 0.000 0.056 0.016 0.132
#> SRR1441956 1 0.7295 0.08412 0.424 0.000 0.000 0.236 0.168 0.172
#> SRR662930 2 0.3077 0.72237 0.000 0.852 0.000 0.012 0.084 0.052
#> SRR615790 3 0.0363 0.86086 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR614827 2 0.4167 0.36446 0.000 0.636 0.000 0.012 0.008 0.344
#> SRR614587 2 0.3982 0.13426 0.004 0.536 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR814052 2 0.5469 -0.04896 0.004 0.476 0.000 0.072 0.012 0.436
#> SRR1070086 1 0.3982 0.61120 0.784 0.000 0.000 0.016 0.120 0.080
#> SRR1481440 1 0.3584 0.44526 0.688 0.000 0.000 0.308 0.004 0.000
#> SRR1339296 3 0.0146 0.86210 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343239 2 0.1390 0.74152 0.000 0.948 0.032 0.000 0.016 0.004
#> SRR1432802 6 0.4763 0.31770 0.000 0.384 0.000 0.016 0.028 0.572
#> SRR1416911 1 0.2985 0.66672 0.864 0.000 0.000 0.056 0.020 0.060
#> SRR1410427 1 0.4569 0.25175 0.516 0.000 0.000 0.016 0.012 0.456
#> SRR1401185 5 0.7747 0.20685 0.144 0.008 0.000 0.264 0.296 0.288
#> SRR654993 2 0.0993 0.73841 0.000 0.964 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR656397 1 0.0767 0.67281 0.976 0.000 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR809643 4 0.5063 0.48821 0.248 0.008 0.092 0.648 0.000 0.004
#> SRR1433819 5 0.6300 0.24783 0.348 0.000 0.000 0.016 0.420 0.216
#> SRR1375225 2 0.0993 0.74259 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR1367739 3 0.0291 0.86159 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1323336 5 0.5021 0.49809 0.096 0.012 0.040 0.004 0.736 0.112
#> SRR663224 2 0.3606 0.68055 0.000 0.820 0.100 0.008 0.008 0.064
#> SRR1442840 1 0.3996 -0.04463 0.512 0.000 0.000 0.484 0.004 0.000
#> SRR1374058 1 0.3765 0.62500 0.804 0.000 0.000 0.016 0.096 0.084
#> SRR656994 1 0.5682 0.51125 0.648 0.000 0.000 0.136 0.068 0.148
#> SRR1469214 2 0.0632 0.74259 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1456446 4 0.4229 0.24890 0.436 0.000 0.000 0.548 0.016 0.000
#> SRR1471879 6 0.7098 0.26979 0.000 0.220 0.000 0.148 0.168 0.464
#> SRR612911 3 0.0291 0.86129 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1395720 2 0.1923 0.73487 0.000 0.916 0.000 0.004 0.064 0.016
#> SRR1413055 1 0.3596 0.55907 0.748 0.000 0.000 0.232 0.004 0.016
#> SRR656770 2 0.4376 0.25163 0.000 0.592 0.000 0.012 0.012 0.384
#> SRR812080 3 0.1793 0.83350 0.000 0.032 0.928 0.036 0.000 0.004
#> SRR1479328 6 0.5668 -0.05865 0.416 0.000 0.000 0.048 0.052 0.484
#> SRR661421 6 0.7439 0.24399 0.000 0.280 0.000 0.172 0.176 0.372
#> SRR1410286 2 0.1340 0.73839 0.000 0.948 0.000 0.004 0.008 0.040
#> SRR1487150 1 0.4519 0.61286 0.748 0.000 0.000 0.144 0.064 0.044
#> SRR1467035 1 0.4429 0.11784 0.548 0.000 0.000 0.424 0.028 0.000
#> SRR1360607 2 0.7320 -0.02457 0.004 0.408 0.000 0.220 0.108 0.260
#> SRR1333106 2 0.2826 0.69235 0.000 0.856 0.000 0.024 0.008 0.112
#> SRR1088706 2 0.5037 0.33796 0.000 0.540 0.000 0.080 0.380 0.000
#> SRR1320053 3 0.0653 0.85871 0.000 0.012 0.980 0.004 0.000 0.004
#> SRR1350392 2 0.5449 0.51498 0.000 0.652 0.000 0.060 0.080 0.208
#> SRR1385190 3 0.0000 0.86243 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.1500 0.73705 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR1318753 1 0.2116 0.66571 0.916 0.000 0.000 0.036 0.024 0.024
#> SRR1345369 3 0.3464 0.54339 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR612178 2 0.5237 0.45843 0.000 0.616 0.000 0.240 0.004 0.140
#> SRR1354423 4 0.3547 0.44591 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.4634 0.55436 0.688 0.000 0.000 0.040 0.028 0.244
#> SRR1418450 2 0.3833 0.16025 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1326427 4 0.3866 -0.16794 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1437412 6 0.6576 0.31813 0.256 0.120 0.000 0.080 0.008 0.536
#> SRR1327548 2 0.1970 0.72915 0.000 0.900 0.000 0.092 0.000 0.008
#> SRR1395891 1 0.4394 0.59519 0.768 0.000 0.000 0.056 0.108 0.068
#> SRR659367 6 0.4493 0.40010 0.004 0.348 0.000 0.012 0.016 0.620
#> SRR818961 4 0.3817 0.25267 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.1230 0.67207 0.956 0.000 0.000 0.028 0.008 0.008
#> SRR613054 1 0.4252 0.63518 0.776 0.000 0.000 0.056 0.052 0.116
#> SRR1476467 1 0.3000 0.64145 0.824 0.000 0.000 0.156 0.004 0.016
#> SRR1407988 2 0.6522 0.29308 0.000 0.528 0.000 0.164 0.076 0.232
#> SRR1394776 2 0.2644 0.73104 0.000 0.880 0.000 0.008 0.060 0.052
#> SRR655578 2 0.5862 0.35166 0.000 0.580 0.000 0.132 0.036 0.252
#> SRR1310645 2 0.2854 0.65187 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.2941 0.58184 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.6047 0.45668 0.612 0.000 0.000 0.152 0.088 0.148
#> SRR1332095 5 0.7138 0.22592 0.088 0.000 0.000 0.244 0.396 0.272
#> SRR1444786 6 0.7638 0.20849 0.172 0.088 0.000 0.320 0.036 0.384
#> SRR1090070 1 0.5646 0.10343 0.484 0.000 0.000 0.008 0.388 0.120
#> SRR662414 6 0.4922 0.48757 0.008 0.224 0.000 0.056 0.024 0.688
#> SRR661216 2 0.0363 0.73781 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR656313 2 0.1219 0.73418 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR615671 6 0.6578 0.40750 0.036 0.172 0.004 0.152 0.044 0.592
#> SRR1350196 3 0.0632 0.85598 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1466580 1 0.6068 0.24215 0.536 0.004 0.000 0.124 0.304 0.032
#> SRR1408032 2 0.2986 0.70462 0.000 0.852 0.000 0.012 0.032 0.104
#> SRR1432913 4 0.5808 0.20554 0.000 0.392 0.000 0.492 0.076 0.040
#> SRR1360502 5 0.7152 0.22258 0.368 0.008 0.180 0.048 0.384 0.012
#> SRR1391901 2 0.3036 0.70240 0.000 0.840 0.000 0.028 0.124 0.008
#> SRR1311131 1 0.5165 0.54700 0.696 0.000 0.000 0.108 0.052 0.144
#> SRR1380636 1 0.5216 0.51864 0.672 0.000 0.000 0.084 0.044 0.200
#> SRR1332339 1 0.6679 0.20784 0.460 0.000 0.000 0.144 0.076 0.320
#> SRR1341563 2 0.1857 0.74097 0.000 0.924 0.000 0.004 0.044 0.028
#> SRR1359410 2 0.6356 -0.12695 0.000 0.376 0.372 0.008 0.004 0.240
#> SRR1473040 3 0.0146 0.86207 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321444 1 0.4506 0.58449 0.744 0.000 0.000 0.156 0.040 0.060
#> SRR1498765 2 0.0508 0.73980 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1312622 2 0.0603 0.73988 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR615503 6 0.5293 0.18115 0.048 0.448 0.000 0.008 0.012 0.484
#> SRR1453192 1 0.1477 0.67341 0.940 0.000 0.000 0.008 0.004 0.048
#> SRR1433107 2 0.4793 0.21030 0.000 0.528 0.428 0.008 0.000 0.036
#> SRR1075384 1 0.2883 0.57459 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.1370 0.67186 0.948 0.000 0.000 0.036 0.004 0.012
#> SRR659049 1 0.3386 0.64262 0.832 0.000 0.000 0.040 0.024 0.104
#> SRR1368240 5 0.5322 0.20568 0.376 0.000 0.000 0.096 0.524 0.004
#> SRR1341739 1 0.7116 0.17129 0.460 0.000 0.000 0.216 0.140 0.184
#> SRR613249 3 0.0000 0.86243 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663428 2 0.7045 0.15621 0.000 0.460 0.000 0.136 0.152 0.252
#> SRR1341302 2 0.1245 0.73973 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016 0.000
#> SRR1073553 2 0.1218 0.74396 0.000 0.956 0.000 0.004 0.028 0.012
#> SRR1354093 3 0.3841 0.42663 0.000 0.000 0.616 0.380 0.000 0.004
#> SRR1406521 4 0.3620 0.39703 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1432049 5 0.5166 0.41414 0.292 0.004 0.000 0.092 0.608 0.004
#> SRR1453504 1 0.3798 0.55837 0.748 0.032 0.000 0.216 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.443 0.758 0.885 0.4367 0.541 0.541
#> 3 3 0.372 0.598 0.785 0.4177 0.703 0.497
#> 4 4 0.409 0.477 0.715 0.1055 0.853 0.636
#> 5 5 0.436 0.460 0.642 0.0817 0.819 0.514
#> 6 6 0.493 0.455 0.622 0.0427 0.896 0.625
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 1 0.9286 5.04e-01 0.656 0.344
#> SRR1359328 2 0.9635 4.51e-01 0.388 0.612
#> SRR821124 2 0.9983 1.47e-01 0.476 0.524
#> SRR1335188 1 0.0376 8.78e-01 0.996 0.004
#> SRR1075825 2 0.9795 3.76e-01 0.416 0.584
#> SRR1321921 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.2043 8.74e-01 0.968 0.032
#> SRR1076559 1 0.2423 8.72e-01 0.960 0.040
#> SRR1370085 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1480221 1 0.9833 2.66e-01 0.576 0.424
#> SRR1476165 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR1459631 2 0.8267 6.83e-01 0.260 0.740
#> SRR1448098 1 0.9044 5.59e-01 0.680 0.320
#> SRR1321401 1 0.7674 7.14e-01 0.776 0.224
#> SRR807613 1 0.8443 6.46e-01 0.728 0.272
#> SRR808086 2 0.2423 8.23e-01 0.040 0.960
#> SRR613687 1 0.9552 4.24e-01 0.624 0.376
#> SRR1471011 1 0.3584 8.60e-01 0.932 0.068
#> SRR1330284 2 0.9427 5.17e-01 0.360 0.640
#> SRR1320624 2 0.0672 8.27e-01 0.008 0.992
#> SRR1459519 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.6148 7.81e-01 0.152 0.848
#> SRR1390561 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1087079 1 0.8144 6.75e-01 0.748 0.252
#> SRR814996 2 0.5737 7.89e-01 0.136 0.864
#> SRR1407410 1 0.8713 6.08e-01 0.708 0.292
#> SRR1453392 2 0.0376 8.26e-01 0.004 0.996
#> SRR1445873 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1419985 1 0.9087 5.44e-01 0.676 0.324
#> SRR820938 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR1403526 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1413916 1 0.9710 3.58e-01 0.600 0.400
#> SRR1441051 2 0.7056 7.54e-01 0.192 0.808
#> SRR614287 1 0.9635 3.89e-01 0.612 0.388
#> SRR1092062 1 0.4431 8.44e-01 0.908 0.092
#> SRR612611 1 0.8144 6.76e-01 0.748 0.252
#> SRR1376356 1 0.7056 7.51e-01 0.808 0.192
#> SRR1405078 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1437226 1 0.8909 5.82e-01 0.692 0.308
#> SRR1326078 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0672 8.27e-01 0.008 0.992
#> SRR1440919 2 0.8267 6.83e-01 0.260 0.740
#> SRR1452824 1 0.9248 4.89e-01 0.660 0.340
#> SRR615754 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1341787 1 0.8661 6.16e-01 0.712 0.288
#> SRR614551 2 0.9580 4.80e-01 0.380 0.620
#> SRR1380829 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.7299 7.42e-01 0.796 0.204
#> SRR1376895 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1469258 1 0.8499 6.42e-01 0.724 0.276
#> SRR1409239 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR657540 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.9850 3.40e-01 0.428 0.572
#> SRR613591 1 0.9129 5.38e-01 0.672 0.328
#> SRR1344205 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0938 8.78e-01 0.988 0.012
#> SRR1399950 1 0.2778 8.69e-01 0.952 0.048
#> SRR1336048 2 0.2778 8.20e-01 0.048 0.952
#> SRR1368896 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.8443 6.67e-01 0.272 0.728
#> SRR1312464 1 0.2043 8.75e-01 0.968 0.032
#> SRR1096478 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1348138 2 0.1843 8.25e-01 0.028 0.972
#> SRR811423 1 0.5408 8.17e-01 0.876 0.124
#> SRR615683 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.9922 2.63e-01 0.448 0.552
#> SRR817609 1 0.6148 7.98e-01 0.848 0.152
#> SRR1074550 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1499236 1 0.8081 6.80e-01 0.752 0.248
#> SRR656083 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR1347190 1 0.2423 8.72e-01 0.960 0.040
#> SRR1355126 1 0.2603 8.70e-01 0.956 0.044
#> SRR615165 2 0.0376 8.26e-01 0.004 0.996
#> SRR1466046 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR1097055 2 0.9686 4.34e-01 0.396 0.604
#> SRR1312370 1 0.7528 7.23e-01 0.784 0.216
#> SRR655325 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR810177 1 0.4431 8.44e-01 0.908 0.092
#> SRR815685 2 0.9580 4.80e-01 0.380 0.620
#> SRR817026 2 0.0672 8.27e-01 0.008 0.992
#> SRR1417224 2 0.0938 8.27e-01 0.012 0.988
#> SRR661687 2 0.0672 8.27e-01 0.008 0.992
#> SRR1431804 1 0.1414 8.78e-01 0.980 0.020
#> SRR664072 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR612923 1 0.9998 -7.70e-03 0.508 0.492
#> SRR1315890 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR1468360 1 0.8016 6.89e-01 0.756 0.244
#> SRR1404084 1 0.2043 8.75e-01 0.968 0.032
#> SRR615994 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1475718 1 0.7674 7.14e-01 0.776 0.224
#> SRR1397200 2 0.1633 8.25e-01 0.024 0.976
#> SRR655519 2 0.7299 7.43e-01 0.204 0.796
#> SRR1311308 2 0.0376 8.26e-01 0.004 0.996
#> SRR1368006 2 0.0376 8.26e-01 0.004 0.996
#> SRR613651 1 0.2236 8.73e-01 0.964 0.036
#> SRR1362621 2 0.7376 7.40e-01 0.208 0.792
#> SRR1451718 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.5946 7.85e-01 0.144 0.856
#> SRR1079636 1 0.5178 8.26e-01 0.884 0.116
#> SRR1442549 1 0.8016 6.89e-01 0.756 0.244
#> SRR1466421 1 0.9044 5.52e-01 0.680 0.320
#> SRR817397 2 0.9522 4.81e-01 0.372 0.628
#> SRR1341809 1 0.7528 7.23e-01 0.784 0.216
#> SRR614623 2 0.9580 4.80e-01 0.380 0.620
#> SRR1335005 1 0.9850 2.53e-01 0.572 0.428
#> SRR1407065 2 0.6048 7.81e-01 0.148 0.852
#> SRR1404483 2 0.0376 8.26e-01 0.004 0.996
#> SRR1096222 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.3584 8.60e-01 0.932 0.068
#> SRR1408615 2 0.7528 7.34e-01 0.216 0.784
#> SRR1070597 1 0.7376 7.34e-01 0.792 0.208
#> SRR1332381 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.2948 8.67e-01 0.948 0.052
#> SRR1098385 2 0.7056 7.52e-01 0.192 0.808
#> SRR1363947 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR820350 1 0.9087 5.44e-01 0.676 0.324
#> SRR662055 2 0.9608 4.61e-01 0.384 0.616
#> SRR1310455 1 0.1184 8.78e-01 0.984 0.016
#> SRR1453639 1 0.9286 5.03e-01 0.656 0.344
#> SRR662617 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR661782 1 0.0672 8.78e-01 0.992 0.008
#> SRR1334396 1 0.3431 8.61e-01 0.936 0.064
#> SRR613867 1 0.9909 1.95e-01 0.556 0.444
#> SRR1479412 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1082809 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1417178 2 0.0672 8.26e-01 0.008 0.992
#> SRR1335278 1 0.0938 8.78e-01 0.988 0.012
#> SRR665369 1 0.0672 8.78e-01 0.992 0.008
#> SRR657552 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1096500 1 0.8016 6.86e-01 0.756 0.244
#> SRR1347750 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR615153 1 0.9460 4.57e-01 0.636 0.364
#> SRR1434417 1 0.2043 8.75e-01 0.968 0.032
#> SRR1070159 2 0.7528 7.34e-01 0.216 0.784
#> SRR1332508 1 0.5178 8.26e-01 0.884 0.116
#> SRR1082059 1 0.2603 8.70e-01 0.956 0.044
#> SRR1402491 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1320987 1 0.4431 8.44e-01 0.908 0.092
#> SRR1086417 1 0.2603 8.70e-01 0.956 0.044
#> SRR1454095 1 0.1633 8.77e-01 0.976 0.024
#> SRR614791 2 0.7139 7.49e-01 0.196 0.804
#> SRR821255 1 0.4022 8.50e-01 0.920 0.080
#> SRR820402 1 0.7815 7.06e-01 0.768 0.232
#> SRR1337284 1 0.3274 8.62e-01 0.940 0.060
#> SRR1333083 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1384883 2 0.0672 8.27e-01 0.008 0.992
#> SRR614431 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.4939 8.02e-01 0.108 0.892
#> SRR1370285 1 0.0672 8.78e-01 0.992 0.008
#> SRR1446673 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1318046 1 0.9209 5.20e-01 0.664 0.336
#> SRR1341188 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1322864 1 0.9000 5.67e-01 0.684 0.316
#> SRR1476825 2 0.2778 8.20e-01 0.048 0.952
#> SRR1443332 2 0.6531 7.70e-01 0.168 0.832
#> SRR662486 1 0.7745 7.08e-01 0.772 0.228
#> SRR1447019 1 0.0938 8.78e-01 0.988 0.012
#> SRR662942 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR615850 2 0.2236 8.22e-01 0.036 0.964
#> SRR661949 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1322227 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.5294 8.25e-01 0.880 0.120
#> SRR613771 2 0.9710 4.19e-01 0.400 0.600
#> SRR1479471 1 0.0672 8.78e-01 0.992 0.008
#> SRR1488918 2 0.9170 5.71e-01 0.332 0.668
#> SRR1414040 1 0.9000 5.61e-01 0.684 0.316
#> SRR1079850 1 0.5519 8.19e-01 0.872 0.128
#> SRR663209 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.8763 6.30e-01 0.296 0.704
#> SRR1408267 1 0.4431 8.44e-01 0.908 0.092
#> SRR1314894 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1414117 1 0.9552 4.36e-01 0.624 0.376
#> SRR1395975 1 0.9522 4.25e-01 0.628 0.372
#> SRR1402219 1 0.8713 6.13e-01 0.708 0.292
#> SRR1433623 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR656385 1 0.9686 3.59e-01 0.604 0.396
#> SRR811213 1 0.7219 7.42e-01 0.800 0.200
#> SRR663657 1 0.8327 6.63e-01 0.736 0.264
#> SRR612203 1 0.1414 8.77e-01 0.980 0.020
#> SRR613987 2 0.9580 4.80e-01 0.380 0.620
#> SRR613831 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.8763 6.30e-01 0.296 0.704
#> SRR1382912 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR613030 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.8499 6.64e-01 0.276 0.724
#> SRR1402350 1 0.2043 8.75e-01 0.968 0.032
#> SRR1419408 1 0.0938 8.78e-01 0.988 0.012
#> SRR655911 2 0.0672 8.27e-01 0.008 0.992
#> SRR1418243 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.3274 8.63e-01 0.940 0.060
#> SRR613615 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR1319395 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR614888 1 0.3431 8.62e-01 0.936 0.064
#> SRR1431694 1 0.1633 8.76e-01 0.976 0.024
#> SRR614347 2 0.2423 8.23e-01 0.040 0.960
#> SRR1334228 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1096007 1 0.9866 2.37e-01 0.568 0.432
#> SRR656349 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0672 8.27e-01 0.008 0.992
#> SRR1360828 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.7219 7.45e-01 0.200 0.800
#> SRR1456652 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.7056 7.52e-01 0.192 0.808
#> SRR615790 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0672 8.27e-01 0.008 0.992
#> SRR614587 2 0.0672 8.27e-01 0.008 0.992
#> SRR814052 1 0.0938 8.77e-01 0.988 0.012
#> SRR1070086 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.3431 8.61e-01 0.936 0.064
#> SRR1339296 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0376 8.26e-01 0.004 0.996
#> SRR1432802 1 0.8327 6.59e-01 0.736 0.264
#> SRR1416911 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0376 8.78e-01 0.996 0.004
#> SRR1401185 2 0.4690 8.05e-01 0.100 0.900
#> SRR654993 1 0.4690 8.31e-01 0.900 0.100
#> SRR656397 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1375225 1 0.8955 5.75e-01 0.688 0.312
#> SRR1367739 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.2236 8.74e-01 0.964 0.036
#> SRR663224 2 0.6531 7.70e-01 0.168 0.832
#> SRR1442840 1 0.0938 8.78e-01 0.988 0.012
#> SRR1374058 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.9977 1.78e-01 0.472 0.528
#> SRR1456446 1 0.9686 3.70e-01 0.604 0.396
#> SRR1471879 1 0.7139 7.47e-01 0.804 0.196
#> SRR612911 2 0.6048 7.83e-01 0.148 0.852
#> SRR1395720 2 0.8443 6.67e-01 0.272 0.728
#> SRR1413055 1 0.2043 8.75e-01 0.968 0.032
#> SRR656770 2 0.9732 4.12e-01 0.404 0.596
#> SRR812080 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.9661 4.41e-01 0.392 0.608
#> SRR1410286 2 0.8763 6.33e-01 0.296 0.704
#> SRR1487150 1 0.1184 8.78e-01 0.984 0.016
#> SRR1467035 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 1.0000 8.19e-05 0.500 0.500
#> SRR1333106 2 0.9732 4.12e-01 0.404 0.596
#> SRR1088706 1 0.5178 8.26e-01 0.884 0.116
#> SRR1320053 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.7883 7.08e-01 0.236 0.764
#> SRR1385190 2 0.5629 7.91e-01 0.132 0.868
#> SRR1080093 2 0.0376 8.26e-01 0.004 0.996
#> SRR1318753 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.9686 4.31e-01 0.396 0.604
#> SRR612178 2 0.0938 8.27e-01 0.012 0.988
#> SRR1354423 1 0.1633 8.77e-01 0.976 0.024
#> SRR1072724 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1418450 1 0.9635 3.95e-01 0.612 0.388
#> SRR1326427 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1437412 1 0.4022 8.51e-01 0.920 0.080
#> SRR1327548 2 0.0938 8.27e-01 0.012 0.988
#> SRR1395891 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR659367 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.2043 8.75e-01 0.968 0.032
#> SRR813704 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR1407988 2 0.6623 7.67e-01 0.172 0.828
#> SRR1394776 2 0.9460 4.92e-01 0.364 0.636
#> SRR655578 1 0.0672 8.78e-01 0.992 0.008
#> SRR1310645 2 0.0672 8.27e-01 0.008 0.992
#> SRR1345628 1 0.0672 8.78e-01 0.992 0.008
#> SRR1479740 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR1444786 1 0.9286 5.03e-01 0.656 0.344
#> SRR1090070 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR662414 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR661216 1 0.8499 6.39e-01 0.724 0.276
#> SRR656313 1 0.7674 7.12e-01 0.776 0.224
#> SRR615671 1 0.7950 6.90e-01 0.760 0.240
#> SRR1350196 2 0.1414 8.25e-01 0.020 0.980
#> SRR1466580 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.9988 1.35e-01 0.480 0.520
#> SRR1432913 2 0.1843 8.25e-01 0.028 0.972
#> SRR1360502 1 0.7453 7.33e-01 0.788 0.212
#> SRR1391901 2 0.9686 4.34e-01 0.396 0.604
#> SRR1311131 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR1380636 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.1843 8.75e-01 0.972 0.028
#> SRR1341563 2 0.9833 3.53e-01 0.424 0.576
#> SRR1359410 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR1498765 2 0.0376 8.26e-01 0.004 0.996
#> SRR1312622 2 0.5294 7.96e-01 0.120 0.880
#> SRR615503 1 0.0672 8.78e-01 0.992 0.008
#> SRR1453192 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0376 8.26e-01 0.004 0.996
#> SRR1075384 1 0.1843 8.76e-01 0.972 0.028
#> SRR1356683 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.0000 8.25e-01 0.000 1.000
#> SRR663428 1 0.6247 7.87e-01 0.844 0.156
#> SRR1341302 1 0.8955 5.74e-01 0.688 0.312
#> SRR1073553 1 0.7674 7.14e-01 0.776 0.224
#> SRR1354093 2 0.5519 7.93e-01 0.128 0.872
#> SRR1406521 2 0.9922 2.64e-01 0.448 0.552
#> SRR1432049 1 0.0000 8.78e-01 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.9686 3.70e-01 0.604 0.396
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.1753 0.66660 0.048 0.952 0.000
#> SRR1359328 2 0.5363 0.28805 0.000 0.724 0.276
#> SRR821124 2 0.6201 0.53646 0.044 0.748 0.208
#> SRR1335188 1 0.4346 0.74860 0.816 0.184 0.000
#> SRR1075825 2 0.6730 0.40013 0.036 0.680 0.284
#> SRR1321921 1 0.0747 0.77623 0.984 0.016 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.2959 0.78195 0.900 0.100 0.000
#> SRR1312802 1 0.6126 0.47359 0.600 0.400 0.000
#> SRR1076559 1 0.6308 0.22344 0.508 0.492 0.000
#> SRR1370085 1 0.1753 0.78224 0.952 0.048 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.5357 0.64156 0.064 0.820 0.116
#> SRR1476165 1 0.6274 0.33002 0.544 0.456 0.000
#> SRR1459631 2 0.6654 -0.20460 0.008 0.536 0.456
#> SRR1448098 2 0.5944 0.67212 0.152 0.784 0.064
#> SRR1321401 2 0.5247 0.59545 0.224 0.768 0.008
#> SRR807613 2 0.5635 0.64796 0.180 0.784 0.036
#> SRR808086 3 0.5216 0.75937 0.000 0.260 0.740
#> SRR613687 2 0.4556 0.67987 0.080 0.860 0.060
#> SRR1471011 2 0.6598 0.07693 0.428 0.564 0.008
#> SRR1330284 2 0.6603 0.25134 0.020 0.648 0.332
#> SRR1320624 3 0.4346 0.81283 0.000 0.184 0.816
#> SRR1459519 1 0.3551 0.77495 0.868 0.132 0.000
#> SRR1091184 3 0.6359 0.55904 0.004 0.404 0.592
#> SRR1390561 1 0.3482 0.77567 0.872 0.128 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.5171 0.62184 0.204 0.784 0.012
#> SRR814996 3 0.6026 0.60624 0.000 0.376 0.624
#> SRR1407410 2 0.3500 0.66165 0.116 0.880 0.004
#> SRR1453392 3 0.3192 0.82879 0.000 0.112 0.888
#> SRR1445873 1 0.4062 0.76008 0.836 0.164 0.000
#> SRR1419985 2 0.4731 0.67356 0.128 0.840 0.032
#> SRR820938 3 0.0592 0.81741 0.000 0.012 0.988
#> SRR1476844 1 0.6267 0.35297 0.548 0.452 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.6250 0.67353 0.104 0.776 0.120
#> SRR1441051 3 0.6587 0.51508 0.008 0.424 0.568
#> SRR614287 2 0.4475 0.67233 0.072 0.864 0.064
#> SRR1092062 2 0.6026 0.28264 0.376 0.624 0.000
#> SRR612611 2 0.5122 0.62552 0.200 0.788 0.012
#> SRR1376356 2 0.5588 0.52402 0.276 0.720 0.004
#> SRR1405078 3 0.2796 0.82889 0.000 0.092 0.908
#> SRR1437226 2 0.4995 0.66830 0.144 0.824 0.032
#> SRR1326078 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.4504 0.80913 0.000 0.196 0.804
#> SRR1440919 2 0.6654 -0.20460 0.008 0.536 0.456
#> SRR1452824 2 0.8748 0.55466 0.244 0.584 0.172
#> SRR615754 1 0.1964 0.78394 0.944 0.056 0.000
#> SRR1341787 2 0.3573 0.66066 0.120 0.876 0.004
#> SRR614551 2 0.6769 0.28725 0.028 0.652 0.320
#> SRR1380829 3 0.0237 0.81505 0.000 0.004 0.996
#> SRR1455761 1 0.4062 0.76008 0.836 0.164 0.000
#> SRR1465189 2 0.8125 0.37417 0.340 0.576 0.084
#> SRR1376895 1 0.1289 0.78102 0.968 0.032 0.000
#> SRR1445002 1 0.1753 0.78224 0.952 0.048 0.000
#> SRR1469258 2 0.5689 0.64505 0.184 0.780 0.036
#> SRR1409239 1 0.1860 0.78322 0.948 0.052 0.000
#> SRR1480200 1 0.1163 0.77997 0.972 0.028 0.000
#> SRR1418323 1 0.6111 0.47117 0.604 0.396 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.6301 0.42235 0.028 0.712 0.260
#> SRR613591 2 0.4821 0.67686 0.120 0.840 0.040
#> SRR1344205 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.5859 0.58185 0.656 0.344 0.000
#> SRR1399950 1 0.6308 0.21571 0.508 0.492 0.000
#> SRR1336048 3 0.5363 0.74849 0.000 0.276 0.724
#> SRR1368896 1 0.3116 0.78277 0.892 0.108 0.000
#> SRR1379403 2 0.6617 -0.13711 0.008 0.556 0.436
#> SRR1312464 1 0.6267 0.34739 0.548 0.452 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.2711 0.78324 0.912 0.088 0.000
#> SRR1348138 3 0.4062 0.81837 0.000 0.164 0.836
#> SRR811423 1 0.7619 0.29286 0.532 0.424 0.044
#> SRR615683 1 0.3038 0.78254 0.896 0.104 0.000
#> SRR1380336 2 0.6067 0.48001 0.028 0.736 0.236
#> SRR817609 2 0.7104 0.32172 0.360 0.608 0.032
#> SRR1074550 3 0.1163 0.82193 0.000 0.028 0.972
#> SRR1499236 2 0.5012 0.61886 0.204 0.788 0.008
#> SRR656083 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.2537 0.78362 0.920 0.080 0.000
#> SRR1410801 1 0.6267 0.35297 0.548 0.452 0.000
#> SRR1347190 1 0.6308 0.22344 0.508 0.492 0.000
#> SRR1355126 2 0.6286 -0.06281 0.464 0.536 0.000
#> SRR615165 3 0.1964 0.82439 0.000 0.056 0.944
#> SRR1466046 1 0.6252 0.37001 0.556 0.444 0.000
#> SRR1097055 2 0.7039 0.35423 0.040 0.648 0.312
#> SRR1312370 2 0.5138 0.56030 0.252 0.748 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.6026 0.28264 0.376 0.624 0.000
#> SRR815685 2 0.6769 0.28725 0.028 0.652 0.320
#> SRR817026 3 0.4235 0.81553 0.000 0.176 0.824
#> SRR1417224 3 0.3816 0.82406 0.000 0.148 0.852
#> SRR661687 3 0.4504 0.80913 0.000 0.196 0.804
#> SRR1431804 1 0.5760 0.59587 0.672 0.328 0.000
#> SRR664072 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.6245 0.58697 0.060 0.760 0.180
#> SRR1315890 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.2959 0.78195 0.900 0.100 0.000
#> SRR1500360 1 0.5926 0.54720 0.644 0.356 0.000
#> SRR1468360 2 0.4062 0.62632 0.164 0.836 0.000
#> SRR1404084 1 0.6286 0.30628 0.536 0.464 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.5247 0.59545 0.224 0.768 0.008
#> SRR1397200 3 0.4605 0.79450 0.000 0.204 0.796
#> SRR655519 3 0.6451 0.48852 0.004 0.436 0.560
#> SRR1311308 3 0.1964 0.82439 0.000 0.056 0.944
#> SRR1368006 3 0.3192 0.82879 0.000 0.112 0.888
#> SRR613651 1 0.6267 0.33822 0.548 0.452 0.000
#> SRR1362621 3 0.6513 0.40073 0.004 0.476 0.520
#> SRR1451718 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.6095 0.58436 0.000 0.392 0.608
#> SRR1079636 2 0.5859 0.36663 0.344 0.656 0.000
#> SRR1442549 2 0.4062 0.62632 0.164 0.836 0.000
#> SRR1466421 2 0.4609 0.67238 0.128 0.844 0.028
#> SRR817397 2 0.7683 0.27179 0.064 0.608 0.328
#> SRR1341809 2 0.5291 0.54248 0.268 0.732 0.000
#> SRR614623 2 0.6769 0.28725 0.028 0.652 0.320
#> SRR1335005 2 0.5428 0.63906 0.064 0.816 0.120
#> SRR1407065 3 0.6527 0.57792 0.008 0.404 0.588
#> SRR1404483 3 0.3116 0.82901 0.000 0.108 0.892
#> SRR1096222 1 0.0237 0.77198 0.996 0.004 0.000
#> SRR1401793 2 0.6598 0.07693 0.428 0.564 0.008
#> SRR1408615 3 0.6804 0.40317 0.012 0.460 0.528
#> SRR1070597 2 0.5497 0.47955 0.292 0.708 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0424 0.77362 0.992 0.008 0.000
#> SRR1386797 2 0.6302 -0.13437 0.480 0.520 0.000
#> SRR1098385 3 0.6386 0.52653 0.004 0.412 0.584
#> SRR1363947 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.4731 0.67356 0.128 0.840 0.032
#> SRR662055 2 0.6855 0.32873 0.032 0.652 0.316
#> SRR1310455 1 0.4605 0.73679 0.796 0.204 0.000
#> SRR1453639 2 0.1753 0.66654 0.048 0.952 0.000
#> SRR662617 1 0.4121 0.75127 0.832 0.168 0.000
#> SRR654778 1 0.2165 0.78198 0.936 0.064 0.000
#> SRR661782 1 0.4504 0.73619 0.804 0.196 0.000
#> SRR1334396 2 0.6291 -0.09281 0.468 0.532 0.000
#> SRR613867 2 0.4945 0.63578 0.056 0.840 0.104
#> SRR1479412 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 3 0.1289 0.82102 0.000 0.032 0.968
#> SRR1417178 3 0.2448 0.82185 0.000 0.076 0.924
#> SRR1335278 1 0.5178 0.67763 0.744 0.256 0.000
#> SRR665369 1 0.4504 0.73619 0.804 0.196 0.000
#> SRR657552 1 0.2165 0.78184 0.936 0.064 0.000
#> SRR812412 1 0.1031 0.77932 0.976 0.024 0.000
#> SRR1096500 2 0.4834 0.61312 0.204 0.792 0.004
#> SRR1347750 1 0.3340 0.77109 0.880 0.120 0.000
#> SRR615153 2 0.7011 0.64671 0.188 0.720 0.092
#> SRR1434417 1 0.6299 0.28864 0.524 0.476 0.000
#> SRR1070159 3 0.6804 0.40317 0.012 0.460 0.528
#> SRR1332508 2 0.5859 0.36663 0.344 0.656 0.000
#> SRR1082059 2 0.6291 -0.07669 0.468 0.532 0.000
#> SRR1402491 1 0.3412 0.77714 0.876 0.124 0.000
#> SRR1476595 1 0.2625 0.78008 0.916 0.084 0.000
#> SRR1320987 2 0.6026 0.28264 0.376 0.624 0.000
#> SRR1086417 2 0.6286 -0.06281 0.464 0.536 0.000
#> SRR1454095 1 0.5733 0.60725 0.676 0.324 0.000
#> SRR614791 3 0.6476 0.45672 0.004 0.448 0.548
#> SRR821255 1 0.6260 0.32832 0.552 0.448 0.000
#> SRR820402 2 0.6025 0.60026 0.232 0.740 0.028
#> SRR1337284 1 0.5859 0.56582 0.656 0.344 0.000
#> SRR1333083 3 0.2796 0.82889 0.000 0.092 0.908
#> SRR1384883 3 0.3879 0.82192 0.000 0.152 0.848
#> SRR614431 1 0.2537 0.78459 0.920 0.080 0.000
#> SRR1481106 3 0.5902 0.69271 0.004 0.316 0.680
#> SRR1370285 1 0.5621 0.62738 0.692 0.308 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.5036 0.67880 0.120 0.832 0.048
#> SRR1341188 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0592 0.77530 0.988 0.012 0.000
#> SRR1322864 2 0.6062 0.66836 0.160 0.776 0.064
#> SRR1476825 3 0.5363 0.74849 0.000 0.276 0.724
#> SRR1443332 3 0.6126 0.56554 0.000 0.400 0.600
#> SRR662486 2 0.5024 0.59892 0.220 0.776 0.004
#> SRR1447019 1 0.5138 0.68108 0.748 0.252 0.000
#> SRR662942 1 0.1643 0.78345 0.956 0.044 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.3879 0.76498 0.848 0.152 0.000
#> SRR1464977 1 0.2959 0.78195 0.900 0.100 0.000
#> SRR615850 3 0.4931 0.78187 0.000 0.232 0.768
#> SRR661949 1 0.4121 0.75127 0.832 0.168 0.000
#> SRR1322227 3 0.0237 0.81505 0.000 0.004 0.996
#> SRR1441655 2 0.6228 0.27196 0.372 0.624 0.004
#> SRR613771 2 0.5138 0.34256 0.000 0.748 0.252
#> SRR1479471 1 0.5621 0.62738 0.692 0.308 0.000
#> SRR1488918 2 0.6252 0.16415 0.008 0.648 0.344
#> SRR1414040 2 0.4744 0.67045 0.136 0.836 0.028
#> SRR1079850 2 0.6339 0.31149 0.360 0.632 0.008
#> SRR663209 1 0.2165 0.78198 0.936 0.064 0.000
#> SRR1364914 2 0.6498 0.00812 0.008 0.596 0.396
#> SRR1408267 2 0.6026 0.28264 0.376 0.624 0.000
#> SRR1314894 1 0.0592 0.77530 0.988 0.012 0.000
#> SRR1414117 2 0.7843 0.59972 0.192 0.668 0.140
#> SRR1395975 2 0.4458 0.66470 0.080 0.864 0.056
#> SRR1402219 2 0.5692 0.65291 0.176 0.784 0.040
#> SRR1433623 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.5815 0.66741 0.096 0.800 0.104
#> SRR811213 2 0.5902 0.45825 0.316 0.680 0.004
#> SRR663657 2 0.7941 0.53846 0.276 0.628 0.096
#> SRR612203 1 0.6180 0.44073 0.584 0.416 0.000
#> SRR613987 2 0.6769 0.28725 0.028 0.652 0.320
#> SRR613831 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.6483 0.01574 0.008 0.600 0.392
#> SRR1382912 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.3412 0.77656 0.876 0.124 0.000
#> SRR1336930 1 0.6244 0.37944 0.560 0.440 0.000
#> SRR613030 3 0.0592 0.81741 0.000 0.012 0.988
#> SRR1381459 2 0.7389 -0.21856 0.032 0.504 0.464
#> SRR1402350 1 0.5706 0.59384 0.680 0.320 0.000
#> SRR1419408 1 0.5098 0.68529 0.752 0.248 0.000
#> SRR655911 3 0.4504 0.80913 0.000 0.196 0.804
#> SRR1418243 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.6489 -0.03872 0.456 0.540 0.004
#> SRR613615 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.6252 0.37001 0.556 0.444 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.6252 0.37367 0.556 0.444 0.000
#> SRR614888 2 0.6299 -0.10776 0.476 0.524 0.000
#> SRR1431694 1 0.5363 0.67122 0.724 0.276 0.000
#> SRR614347 3 0.5138 0.77990 0.000 0.252 0.748
#> SRR1334228 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.5471 0.63411 0.060 0.812 0.128
#> SRR656349 1 0.0592 0.77488 0.988 0.012 0.000
#> SRR815422 3 0.4504 0.80913 0.000 0.196 0.804
#> SRR1360828 1 0.4346 0.74858 0.816 0.184 0.000
#> SRR1359005 3 0.6518 0.39826 0.004 0.484 0.512
#> SRR1456652 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.4062 0.76008 0.836 0.164 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 3 0.6386 0.52653 0.004 0.412 0.584
#> SRR615790 3 0.1529 0.82357 0.000 0.040 0.960
#> SRR614827 3 0.3752 0.82431 0.000 0.144 0.856
#> SRR614587 3 0.4062 0.81823 0.000 0.164 0.836
#> SRR814052 1 0.4399 0.74129 0.812 0.188 0.000
#> SRR1070086 1 0.1163 0.77806 0.972 0.028 0.000
#> SRR1481440 2 0.6291 -0.09281 0.468 0.532 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 3 0.1964 0.82439 0.000 0.056 0.944
#> SRR1432802 2 0.3752 0.64635 0.144 0.856 0.000
#> SRR1416911 1 0.1860 0.78457 0.948 0.052 0.000
#> SRR1410427 1 0.2959 0.78153 0.900 0.100 0.000
#> SRR1401185 3 0.5815 0.71391 0.004 0.304 0.692
#> SRR654993 1 0.6095 0.44139 0.608 0.392 0.000
#> SRR656397 1 0.0747 0.77623 0.984 0.016 0.000
#> SRR809643 3 0.0237 0.81505 0.000 0.004 0.996
#> SRR1433819 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.5435 0.67257 0.144 0.808 0.048
#> SRR1367739 3 0.1289 0.82102 0.000 0.032 0.968
#> SRR1323336 1 0.6225 0.39061 0.568 0.432 0.000
#> SRR663224 3 0.6095 0.57898 0.000 0.392 0.608
#> SRR1442840 1 0.5098 0.68529 0.752 0.248 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.6523 0.51605 0.048 0.724 0.228
#> SRR1456446 2 0.5663 0.67413 0.096 0.808 0.096
#> SRR1471879 2 0.5431 0.51542 0.284 0.716 0.000
#> SRR612911 3 0.6140 0.56555 0.000 0.404 0.596
#> SRR1395720 2 0.6617 -0.13711 0.008 0.556 0.436
#> SRR1413055 1 0.6299 0.28864 0.524 0.476 0.000
#> SRR656770 2 0.5656 0.32835 0.008 0.728 0.264
#> SRR812080 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.3816 0.75921 0.852 0.148 0.000
#> SRR661421 2 0.5216 0.32953 0.000 0.740 0.260
#> SRR1410286 2 0.6527 -0.02604 0.008 0.588 0.404
#> SRR1487150 1 0.5291 0.67541 0.732 0.268 0.000
#> SRR1467035 1 0.2711 0.78324 0.912 0.088 0.000
#> SRR1360607 2 0.6794 0.58785 0.076 0.728 0.196
#> SRR1333106 2 0.5656 0.32835 0.008 0.728 0.264
#> SRR1088706 2 0.5859 0.36663 0.344 0.656 0.000
#> SRR1320053 3 0.0592 0.81741 0.000 0.012 0.988
#> SRR1350392 2 0.6823 -0.30123 0.012 0.504 0.484
#> SRR1385190 3 0.5968 0.62734 0.000 0.364 0.636
#> SRR1080093 3 0.3879 0.82306 0.000 0.152 0.848
#> SRR1318753 1 0.0747 0.77623 0.984 0.016 0.000
#> SRR1345369 2 0.5254 0.31926 0.000 0.736 0.264
#> SRR612178 3 0.4555 0.80789 0.000 0.200 0.800
#> SRR1354423 1 0.6244 0.38252 0.560 0.440 0.000
#> SRR1072724 1 0.4002 0.76120 0.840 0.160 0.000
#> SRR1418450 2 0.6325 0.68079 0.112 0.772 0.116
#> SRR1326427 3 0.0000 0.81457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 1 0.6307 0.24317 0.512 0.488 0.000
#> SRR1327548 3 0.3879 0.82263 0.000 0.152 0.848
#> SRR1395891 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 1 0.3038 0.77697 0.896 0.104 0.000
#> SRR818961 1 0.6299 0.28864 0.524 0.476 0.000
#> SRR813704 1 0.1163 0.77997 0.972 0.028 0.000
#> SRR613054 1 0.2066 0.78378 0.940 0.060 0.000
#> SRR1476467 1 0.6252 0.37001 0.556 0.444 0.000
#> SRR1407988 3 0.6451 0.50653 0.004 0.436 0.560
#> SRR1394776 2 0.7580 0.31255 0.056 0.604 0.340
#> SRR655578 1 0.4504 0.73619 0.804 0.196 0.000
#> SRR1310645 3 0.4062 0.81823 0.000 0.164 0.836
#> SRR1345628 1 0.5363 0.66288 0.724 0.276 0.000
#> SRR1479740 1 0.2261 0.78621 0.932 0.068 0.000
#> SRR1332095 1 0.5926 0.54720 0.644 0.356 0.000
#> SRR1444786 2 0.1753 0.66654 0.048 0.952 0.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 1 0.3941 0.75522 0.844 0.156 0.000
#> SRR661216 2 0.5348 0.64940 0.176 0.796 0.028
#> SRR656313 2 0.5070 0.59340 0.224 0.772 0.004
#> SRR615671 2 0.4931 0.60684 0.212 0.784 0.004
#> SRR1350196 3 0.4291 0.81305 0.000 0.180 0.820
#> SRR1466580 1 0.3879 0.76498 0.848 0.152 0.000
#> SRR1408032 2 0.5746 0.55461 0.040 0.780 0.180
#> SRR1432913 3 0.5058 0.77958 0.000 0.244 0.756
#> SRR1360502 2 0.7698 0.46662 0.304 0.624 0.072
#> SRR1391901 2 0.7039 0.35423 0.040 0.648 0.312
#> SRR1311131 1 0.6252 0.37001 0.556 0.444 0.000
#> SRR1380636 1 0.0424 0.77389 0.992 0.008 0.000
#> SRR1332339 1 0.5529 0.64016 0.704 0.296 0.000
#> SRR1341563 2 0.6217 0.41182 0.024 0.712 0.264
#> SRR1359410 3 0.0237 0.81505 0.000 0.004 0.996
#> SRR1473040 3 0.2796 0.82889 0.000 0.092 0.908
#> SRR1321444 1 0.6252 0.37001 0.556 0.444 0.000
#> SRR1498765 3 0.2165 0.82766 0.000 0.064 0.936
#> SRR1312622 3 0.5529 0.70389 0.000 0.296 0.704
#> SRR615503 1 0.3941 0.76585 0.844 0.156 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.3267 0.82729 0.000 0.116 0.884
#> SRR1075384 1 0.6280 0.33442 0.540 0.460 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.77044 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0592 0.77575 0.988 0.012 0.000
#> SRR1341739 1 0.3551 0.77755 0.868 0.132 0.000
#> SRR613249 3 0.1411 0.82315 0.000 0.036 0.964
#> SRR663428 2 0.6111 0.24564 0.396 0.604 0.000
#> SRR1341302 2 0.5346 0.66986 0.152 0.808 0.040
#> SRR1073553 2 0.5247 0.59545 0.224 0.768 0.008
#> SRR1354093 3 0.5835 0.64916 0.000 0.340 0.660
#> SRR1406521 2 0.6414 0.47442 0.036 0.716 0.248
#> SRR1432049 1 0.4235 0.75329 0.824 0.176 0.000
#> SRR1453504 2 0.5663 0.67413 0.096 0.808 0.096
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 4 0.6442 5.92e-01 0.000 0.440 0.068 0.492
#> SRR1359328 4 0.7582 7.10e-01 0.000 0.208 0.336 0.456
#> SRR821124 2 0.6188 3.34e-02 0.008 0.648 0.276 0.068
#> SRR1335188 1 0.5106 6.75e-01 0.720 0.240 0.000 0.040
#> SRR1075825 2 0.6405 -3.06e-03 0.004 0.592 0.332 0.072
#> SRR1321921 1 0.1677 7.96e-01 0.948 0.040 0.000 0.012
#> SRR1466198 3 0.4564 5.72e-01 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1384073 1 0.3787 7.77e-01 0.840 0.124 0.000 0.036
#> SRR1312802 1 0.6081 8.97e-02 0.484 0.472 0.000 0.044
#> SRR1076559 2 0.6042 2.79e-01 0.368 0.580 0.000 0.052
#> SRR1370085 1 0.2342 7.91e-01 0.912 0.080 0.000 0.008
#> SRR1460363 1 0.0804 7.88e-01 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1480221 2 0.4624 2.49e-01 0.000 0.784 0.164 0.052
#> SRR1476165 2 0.6130 2.06e-01 0.400 0.548 0.000 0.052
#> SRR1459631 3 0.6514 1.99e-01 0.000 0.408 0.516 0.076
#> SRR1448098 2 0.5450 3.73e-01 0.056 0.784 0.088 0.072
#> SRR1321401 2 0.4068 4.72e-01 0.100 0.844 0.012 0.044
#> SRR807613 2 0.4419 4.36e-01 0.064 0.840 0.040 0.056
#> SRR808086 3 0.6159 5.77e-01 0.000 0.152 0.676 0.172
#> SRR613687 2 0.4743 2.65e-01 0.008 0.804 0.104 0.084
#> SRR1471011 2 0.5921 4.28e-01 0.288 0.652 0.004 0.056
#> SRR1330284 2 0.6596 -9.90e-02 0.004 0.532 0.392 0.072
#> SRR1320624 3 0.2522 6.14e-01 0.000 0.076 0.908 0.016
#> SRR1459519 1 0.4459 7.35e-01 0.780 0.188 0.000 0.032
#> SRR1091184 3 0.7220 4.03e-01 0.000 0.292 0.532 0.176
#> SRR1390561 1 0.4348 7.31e-01 0.780 0.196 0.000 0.024
#> SRR658164 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1087079 2 0.5103 4.22e-01 0.096 0.792 0.020 0.092
#> SRR814996 3 0.7271 4.35e-01 0.000 0.276 0.532 0.192
#> SRR1407410 2 0.6298 -1.90e-02 0.032 0.652 0.040 0.276
#> SRR1453392 3 0.3525 6.41e-01 0.000 0.040 0.860 0.100
#> SRR1445873 1 0.4888 6.97e-01 0.740 0.224 0.000 0.036
#> SRR1419985 2 0.4784 3.35e-01 0.040 0.820 0.064 0.076
#> SRR820938 3 0.4428 6.03e-01 0.000 0.004 0.720 0.276
#> SRR1476844 2 0.6070 1.86e-01 0.404 0.548 0.000 0.048
#> SRR1403526 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1413916 2 0.5423 3.05e-01 0.028 0.756 0.172 0.044
#> SRR1441051 3 0.5473 3.69e-01 0.000 0.324 0.644 0.032
#> SRR614287 2 0.4858 2.50e-01 0.008 0.796 0.112 0.084
#> SRR1092062 2 0.5458 4.99e-01 0.236 0.704 0.000 0.060
#> SRR612611 2 0.4191 4.54e-01 0.088 0.844 0.020 0.048
#> SRR1376356 2 0.5586 4.40e-01 0.160 0.744 0.012 0.084
#> SRR1405078 3 0.3441 6.28e-01 0.000 0.024 0.856 0.120
#> SRR1437226 2 0.4008 3.98e-01 0.044 0.860 0.060 0.036
#> SRR1326078 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1096806 3 0.2845 6.09e-01 0.000 0.076 0.896 0.028
#> SRR1440919 3 0.6514 1.99e-01 0.000 0.408 0.516 0.076
#> SRR1452824 2 0.8282 3.47e-01 0.144 0.572 0.168 0.116
#> SRR615754 1 0.2610 7.90e-01 0.900 0.088 0.000 0.012
#> SRR1341787 2 0.6383 -3.30e-03 0.036 0.648 0.040 0.276
#> SRR614551 2 0.6909 -9.90e-02 0.000 0.520 0.364 0.116
#> SRR1380829 3 0.4456 5.99e-01 0.000 0.004 0.716 0.280
#> SRR1455761 1 0.4888 6.97e-01 0.740 0.224 0.000 0.036
#> SRR1465189 2 0.7624 4.84e-01 0.228 0.604 0.092 0.076
#> SRR1376895 1 0.1938 7.98e-01 0.936 0.052 0.000 0.012
#> SRR1445002 1 0.2342 7.91e-01 0.912 0.080 0.000 0.008
#> SRR1469258 2 0.4890 4.18e-01 0.072 0.816 0.052 0.060
#> SRR1409239 1 0.2662 7.91e-01 0.900 0.084 0.000 0.016
#> SRR1480200 1 0.1854 7.97e-01 0.940 0.048 0.000 0.012
#> SRR1418323 2 0.6149 -6.29e-02 0.472 0.480 0.000 0.048
#> SRR657540 3 0.4585 5.72e-01 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR821096 2 0.6179 1.48e-03 0.004 0.612 0.324 0.060
#> SRR613591 2 0.3918 3.55e-01 0.020 0.860 0.072 0.048
#> SRR1344205 3 0.4564 5.72e-01 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR612479 1 0.6094 2.84e-01 0.536 0.416 0.000 0.048
#> SRR1399950 2 0.6042 2.80e-01 0.368 0.580 0.000 0.052
#> SRR1336048 3 0.5352 4.94e-01 0.000 0.092 0.740 0.168
#> SRR1368896 1 0.4199 7.60e-01 0.804 0.164 0.000 0.032
#> SRR1379403 3 0.6591 1.61e-01 0.000 0.424 0.496 0.080
#> SRR1312464 2 0.6139 1.75e-01 0.404 0.544 0.000 0.052
#> SRR1096478 1 0.0804 7.88e-01 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1459845 1 0.3443 7.74e-01 0.848 0.136 0.000 0.016
#> SRR1348138 3 0.4869 6.21e-01 0.000 0.088 0.780 0.132
#> SRR811423 2 0.7571 6.58e-02 0.424 0.460 0.048 0.068
#> SRR615683 1 0.4004 7.58e-01 0.812 0.164 0.000 0.024
#> SRR1380336 2 0.6078 -2.16e-02 0.000 0.620 0.312 0.068
#> SRR817609 2 0.6873 5.07e-01 0.240 0.644 0.044 0.072
#> SRR1074550 3 0.4744 6.05e-01 0.000 0.012 0.704 0.284
#> SRR1499236 2 0.4994 4.24e-01 0.096 0.796 0.016 0.092
#> SRR656083 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR817539 1 0.3404 7.86e-01 0.864 0.104 0.000 0.032
#> SRR1410801 2 0.6070 1.86e-01 0.404 0.548 0.000 0.048
#> SRR1347190 2 0.6042 2.79e-01 0.368 0.580 0.000 0.052
#> SRR1355126 2 0.6071 3.60e-01 0.324 0.612 0.000 0.064
#> SRR615165 3 0.5282 6.10e-01 0.000 0.036 0.688 0.276
#> SRR1466046 2 0.6016 1.59e-01 0.412 0.544 0.000 0.044
#> SRR1097055 2 0.6505 -2.54e-02 0.008 0.572 0.356 0.064
#> SRR1312370 2 0.5468 4.47e-01 0.140 0.760 0.016 0.084
#> SRR655325 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR810177 2 0.5458 4.99e-01 0.236 0.704 0.000 0.060
#> SRR815685 2 0.6909 -9.90e-02 0.000 0.520 0.364 0.116
#> SRR817026 3 0.2413 6.18e-01 0.000 0.064 0.916 0.020
#> SRR1417224 3 0.2197 6.26e-01 0.000 0.048 0.928 0.024
#> SRR661687 3 0.2845 6.09e-01 0.000 0.076 0.896 0.028
#> SRR1431804 1 0.6119 3.51e-01 0.568 0.384 0.004 0.044
#> SRR664072 3 0.4564 5.72e-01 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR612923 2 0.5874 1.02e-01 0.008 0.688 0.240 0.064
#> SRR1315890 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1347726 1 0.3787 7.77e-01 0.840 0.124 0.000 0.036
#> SRR1500360 1 0.6050 2.43e-01 0.524 0.432 0.000 0.044
#> SRR1468360 2 0.7589 -2.40e-01 0.076 0.480 0.044 0.400
#> SRR1404084 2 0.6111 2.26e-01 0.392 0.556 0.000 0.052
#> SRR615994 3 0.4564 5.72e-01 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1475718 2 0.4068 4.72e-01 0.100 0.844 0.012 0.044
#> SRR1397200 3 0.5772 6.06e-01 0.000 0.116 0.708 0.176
#> SRR655519 3 0.5733 3.42e-01 0.000 0.312 0.640 0.048
#> SRR1311308 3 0.5282 6.10e-01 0.000 0.036 0.688 0.276
#> SRR1368006 3 0.3525 6.41e-01 0.000 0.040 0.860 0.100
#> SRR613651 2 0.6102 1.57e-01 0.420 0.532 0.000 0.048
#> SRR1362621 3 0.6561 3.18e-01 0.000 0.344 0.564 0.092
#> SRR1451718 1 0.0779 7.88e-01 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1095334 3 0.7260 4.20e-01 0.000 0.280 0.532 0.188
#> SRR1079636 2 0.5256 5.21e-01 0.204 0.732 0.000 0.064
#> SRR1442549 2 0.7589 -2.40e-01 0.076 0.480 0.044 0.400
#> SRR1466421 2 0.4710 3.35e-01 0.040 0.824 0.060 0.076
#> SRR817397 2 0.7566 -2.30e-01 0.040 0.484 0.396 0.080
#> SRR1341809 2 0.5681 4.47e-01 0.164 0.740 0.016 0.080
#> SRR614623 2 0.6909 -9.90e-02 0.000 0.520 0.364 0.116
#> SRR1335005 2 0.4669 2.43e-01 0.000 0.780 0.168 0.052
#> SRR1407065 3 0.5669 3.88e-01 0.004 0.260 0.684 0.052
#> SRR1404483 3 0.3587 6.41e-01 0.000 0.040 0.856 0.104
#> SRR1096222 1 0.0937 7.90e-01 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1401793 2 0.5921 4.28e-01 0.288 0.652 0.004 0.056
#> SRR1408615 3 0.7544 2.89e-01 0.000 0.352 0.452 0.196
#> SRR1070597 2 0.8219 5.07e-02 0.184 0.472 0.032 0.312
#> SRR1332381 1 0.0469 7.85e-01 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457015 1 0.1388 7.95e-01 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1386797 2 0.5903 3.45e-01 0.332 0.616 0.000 0.052
#> SRR1098385 3 0.5535 3.89e-01 0.000 0.304 0.656 0.040
#> SRR1363947 3 0.4564 5.72e-01 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR820350 2 0.4784 3.35e-01 0.040 0.820 0.064 0.076
#> SRR662055 2 0.6409 -4.95e-02 0.000 0.560 0.364 0.076
#> SRR1310455 1 0.5172 6.54e-01 0.704 0.260 0.000 0.036
#> SRR1453639 4 0.6609 5.94e-01 0.004 0.440 0.068 0.488
#> SRR662617 1 0.5109 6.86e-01 0.736 0.212 0.000 0.052
#> SRR654778 1 0.2861 7.83e-01 0.888 0.096 0.000 0.016
#> SRR661782 1 0.5417 6.50e-01 0.704 0.240 0.000 0.056
#> SRR1334396 2 0.6071 3.56e-01 0.324 0.612 0.000 0.064
#> SRR613867 2 0.5504 1.51e-01 0.004 0.740 0.160 0.096
#> SRR1479412 1 0.0469 7.85e-01 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1331620 1 0.0779 7.88e-01 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1082809 3 0.4295 6.20e-01 0.000 0.008 0.752 0.240
#> SRR1417178 3 0.4706 6.18e-01 0.000 0.020 0.732 0.248
#> SRR1335278 1 0.5632 4.94e-01 0.624 0.340 0.000 0.036
#> SRR665369 1 0.5417 6.50e-01 0.704 0.240 0.000 0.056
#> SRR657552 1 0.3143 7.81e-01 0.876 0.100 0.000 0.024
#> SRR812412 1 0.1452 7.98e-01 0.956 0.036 0.000 0.008
#> SRR1096500 2 0.6854 2.05e-01 0.100 0.636 0.024 0.240
#> SRR1347750 1 0.4104 7.39e-01 0.808 0.164 0.000 0.028
#> SRR615153 2 0.6458 3.47e-01 0.108 0.712 0.132 0.048
#> SRR1434417 2 0.6079 2.37e-01 0.380 0.568 0.000 0.052
#> SRR1070159 3 0.7544 2.89e-01 0.000 0.352 0.452 0.196
#> SRR1332508 2 0.5256 5.21e-01 0.204 0.732 0.000 0.064
#> SRR1082059 2 0.6089 3.53e-01 0.328 0.608 0.000 0.064
#> SRR1402491 1 0.4267 7.39e-01 0.788 0.188 0.000 0.024
#> SRR1476595 1 0.3447 7.69e-01 0.852 0.128 0.000 0.020
#> SRR1320987 2 0.5458 4.99e-01 0.236 0.704 0.000 0.060
#> SRR1086417 2 0.6071 3.60e-01 0.324 0.612 0.000 0.064
#> SRR1454095 1 0.5989 3.45e-01 0.556 0.400 0.000 0.044
#> SRR614791 3 0.6071 3.46e-01 0.000 0.324 0.612 0.064
#> SRR821255 2 0.6233 7.78e-02 0.444 0.508 0.004 0.044
#> SRR820402 2 0.5140 4.76e-01 0.120 0.792 0.036 0.052
#> SRR1337284 1 0.6282 3.38e-01 0.552 0.392 0.004 0.052
#> SRR1333083 3 0.3441 6.28e-01 0.000 0.024 0.856 0.120
#> SRR1384883 3 0.2996 6.30e-01 0.000 0.064 0.892 0.044
#> SRR614431 1 0.3324 7.77e-01 0.852 0.136 0.000 0.012
#> SRR1481106 3 0.4524 5.06e-01 0.000 0.204 0.768 0.028
#> SRR1370285 1 0.5997 3.86e-01 0.576 0.376 0.000 0.048
#> SRR1446673 3 0.4585 5.72e-01 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1318046 2 0.4071 3.54e-01 0.020 0.852 0.076 0.052
#> SRR1341188 3 0.4585 5.72e-01 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1384941 1 0.1256 7.96e-01 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1322864 2 0.5474 4.22e-01 0.068 0.784 0.076 0.072
#> SRR1476825 3 0.5352 4.94e-01 0.000 0.092 0.740 0.168
#> SRR1443332 3 0.5791 4.28e-01 0.000 0.284 0.656 0.060
#> SRR662486 2 0.4928 4.42e-01 0.108 0.796 0.012 0.084
#> SRR1447019 1 0.5530 5.04e-01 0.632 0.336 0.000 0.032
#> SRR662942 1 0.2329 7.96e-01 0.916 0.072 0.000 0.012
#> SRR613102 3 0.4585 5.72e-01 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1469880 1 0.4745 7.14e-01 0.756 0.208 0.000 0.036
#> SRR1464977 1 0.3787 7.77e-01 0.840 0.124 0.000 0.036
#> SRR615850 3 0.5032 5.45e-01 0.000 0.080 0.764 0.156
#> SRR661949 1 0.5109 6.86e-01 0.736 0.212 0.000 0.052
#> SRR1322227 3 0.4456 5.99e-01 0.000 0.004 0.716 0.280
#> SRR1441655 2 0.6373 4.89e-01 0.248 0.656 0.012 0.084
#> SRR613771 4 0.7609 7.40e-01 0.000 0.224 0.312 0.464
#> SRR1479471 1 0.5997 3.86e-01 0.576 0.376 0.000 0.048
#> SRR1488918 2 0.6745 -2.80e-01 0.000 0.480 0.428 0.092
#> SRR1414040 2 0.4884 3.48e-01 0.048 0.816 0.064 0.072
#> SRR1079850 2 0.6403 5.01e-01 0.236 0.660 0.012 0.092
#> SRR663209 1 0.2861 7.83e-01 0.888 0.096 0.000 0.016
#> SRR1364914 3 0.6214 1.02e-02 0.000 0.468 0.480 0.052
#> SRR1408267 2 0.5458 4.99e-01 0.236 0.704 0.000 0.060
#> SRR1314894 1 0.1256 7.96e-01 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1414117 2 0.7350 2.85e-01 0.108 0.644 0.176 0.072
#> SRR1395975 4 0.7946 5.61e-01 0.040 0.420 0.112 0.428
#> SRR1402219 2 0.5334 3.94e-01 0.072 0.792 0.064 0.072
#> SRR1433623 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR656385 2 0.5988 2.36e-01 0.036 0.736 0.148 0.080
#> SRR811213 2 0.5063 4.75e-01 0.204 0.752 0.012 0.032
#> SRR663657 2 0.7217 4.44e-01 0.160 0.660 0.084 0.096
#> SRR612203 2 0.6060 6.58e-02 0.440 0.516 0.000 0.044
#> SRR613987 2 0.6909 -9.90e-02 0.000 0.520 0.364 0.116
#> SRR613831 3 0.4564 5.72e-01 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1354180 3 0.6277 9.35e-05 0.000 0.468 0.476 0.056
#> SRR1382912 1 0.0804 7.88e-01 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1475501 1 0.4267 7.37e-01 0.788 0.188 0.000 0.024
#> SRR1336930 2 0.6024 1.50e-01 0.416 0.540 0.000 0.044
#> SRR613030 3 0.4428 6.03e-01 0.000 0.004 0.720 0.276
#> SRR1381459 3 0.7693 1.31e-01 0.012 0.388 0.448 0.152
#> SRR1402350 1 0.5742 4.07e-01 0.596 0.368 0.000 0.036
#> SRR1419408 1 0.5511 5.14e-01 0.636 0.332 0.000 0.032
#> SRR655911 3 0.2943 6.08e-01 0.000 0.076 0.892 0.032
#> SRR1418243 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1322573 2 0.5966 3.82e-01 0.316 0.624 0.000 0.060
#> SRR613615 3 0.4564 5.72e-01 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1355284 2 0.6016 1.59e-01 0.412 0.544 0.000 0.044
#> SRR1319395 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR818939 1 0.0657 7.87e-01 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1465266 2 0.6087 1.63e-01 0.412 0.540 0.000 0.048
#> SRR614888 2 0.5990 3.53e-01 0.336 0.608 0.000 0.056
#> SRR1431694 1 0.6477 5.51e-01 0.620 0.264 0.000 0.116
#> SRR614347 3 0.3907 5.76e-01 0.000 0.120 0.836 0.044
#> SRR1334228 3 0.4543 5.75e-01 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1096007 2 0.4893 2.42e-01 0.004 0.772 0.172 0.052
#> SRR656349 1 0.1510 7.91e-01 0.956 0.016 0.000 0.028
#> SRR815422 3 0.2871 6.10e-01 0.000 0.072 0.896 0.032
#> SRR1360828 1 0.4995 6.68e-01 0.720 0.248 0.000 0.032
#> SRR1359005 3 0.5793 2.71e-01 0.000 0.360 0.600 0.040
#> SRR1456652 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1391660 1 0.4888 6.97e-01 0.740 0.224 0.000 0.036
#> SRR1441956 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR662930 3 0.5535 3.89e-01 0.000 0.304 0.656 0.040
#> SRR615790 3 0.4983 6.11e-01 0.000 0.024 0.704 0.272
#> SRR614827 3 0.2089 6.27e-01 0.000 0.048 0.932 0.020
#> SRR614587 3 0.2048 6.21e-01 0.000 0.064 0.928 0.008
#> SRR814052 1 0.5288 6.69e-01 0.720 0.224 0.000 0.056
#> SRR1070086 1 0.1677 7.94e-01 0.948 0.040 0.000 0.012
#> SRR1481440 2 0.6071 3.56e-01 0.324 0.612 0.000 0.064
#> SRR1339296 3 0.4564 5.72e-01 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1343239 3 0.5282 6.10e-01 0.000 0.036 0.688 0.276
#> SRR1432802 2 0.7261 -2.61e-01 0.056 0.520 0.044 0.380
#> SRR1416911 1 0.2949 7.95e-01 0.888 0.088 0.000 0.024
#> SRR1410427 1 0.3764 7.80e-01 0.844 0.116 0.000 0.040
#> SRR1401185 3 0.5070 5.37e-01 0.000 0.192 0.748 0.060
#> SRR654993 1 0.6055 1.74e-01 0.520 0.436 0.000 0.044
#> SRR656397 1 0.1545 7.96e-01 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR809643 3 0.4283 6.07e-01 0.000 0.004 0.740 0.256
#> SRR1433819 1 0.0469 7.85e-01 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1375225 2 0.4247 4.03e-01 0.044 0.844 0.084 0.028
#> SRR1367739 3 0.4295 6.20e-01 0.000 0.008 0.752 0.240
#> SRR1323336 2 0.6376 6.83e-02 0.432 0.504 0.000 0.064
#> SRR663224 3 0.5624 4.38e-01 0.000 0.280 0.668 0.052
#> SRR1442840 1 0.5511 5.14e-01 0.636 0.332 0.000 0.032
#> SRR1374058 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR656994 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1469214 2 0.6127 6.09e-02 0.008 0.644 0.288 0.060
#> SRR1456446 2 0.5510 2.88e-01 0.028 0.760 0.152 0.060
#> SRR1471879 2 0.5494 4.58e-01 0.176 0.744 0.012 0.068
#> SRR612911 3 0.7235 4.08e-01 0.000 0.288 0.532 0.180
#> SRR1395720 3 0.6591 1.61e-01 0.000 0.424 0.496 0.080
#> SRR1413055 2 0.6079 2.37e-01 0.380 0.568 0.000 0.052
#> SRR656770 4 0.7631 7.38e-01 0.000 0.224 0.320 0.456
#> SRR812080 3 0.4522 5.77e-01 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1479328 1 0.4755 7.06e-01 0.760 0.200 0.000 0.040
#> SRR661421 4 0.7689 7.35e-01 0.000 0.236 0.320 0.444
#> SRR1410286 3 0.6392 1.71e-02 0.000 0.452 0.484 0.064
#> SRR1487150 1 0.5698 4.75e-01 0.608 0.356 0.000 0.036
#> SRR1467035 1 0.3443 7.74e-01 0.848 0.136 0.000 0.016
#> SRR1360607 2 0.5204 1.50e-01 0.004 0.712 0.252 0.032
#> SRR1333106 4 0.7631 7.38e-01 0.000 0.224 0.320 0.456
#> SRR1088706 2 0.5256 5.21e-01 0.204 0.732 0.000 0.064
#> SRR1320053 3 0.4428 6.03e-01 0.000 0.004 0.720 0.276
#> SRR1350392 3 0.6179 1.94e-01 0.000 0.392 0.552 0.056
#> SRR1385190 3 0.7128 4.58e-01 0.000 0.260 0.556 0.184
#> SRR1080093 3 0.2443 6.28e-01 0.000 0.060 0.916 0.024
#> SRR1318753 1 0.1677 7.96e-01 0.948 0.040 0.000 0.012
#> SRR1345369 4 0.7576 7.28e-01 0.000 0.212 0.324 0.464
#> SRR612178 3 0.2871 6.09e-01 0.000 0.072 0.896 0.032
#> SRR1354423 2 0.6024 1.52e-01 0.416 0.540 0.000 0.044
#> SRR1072724 1 0.4877 7.16e-01 0.752 0.204 0.000 0.044
#> SRR1418450 2 0.5544 3.13e-01 0.032 0.756 0.160 0.052
#> SRR1326427 3 0.4564 5.75e-01 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1437412 2 0.6692 1.67e-01 0.408 0.520 0.012 0.060
#> SRR1327548 3 0.2197 6.23e-01 0.000 0.048 0.928 0.024
#> SRR1395891 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR659367 1 0.3862 7.54e-01 0.824 0.152 0.000 0.024
#> SRR818961 2 0.6079 2.37e-01 0.380 0.568 0.000 0.052
#> SRR813704 1 0.1854 7.97e-01 0.940 0.048 0.000 0.012
#> SRR613054 1 0.2546 7.90e-01 0.900 0.092 0.000 0.008
#> SRR1476467 2 0.6016 1.59e-01 0.412 0.544 0.000 0.044
#> SRR1407988 3 0.5404 3.46e-01 0.000 0.328 0.644 0.028
#> SRR1394776 2 0.6344 -9.27e-02 0.008 0.552 0.392 0.048
#> SRR655578 1 0.5417 6.50e-01 0.704 0.240 0.000 0.056
#> SRR1310645 3 0.2048 6.21e-01 0.000 0.064 0.928 0.008
#> SRR1345628 1 0.5865 4.68e-01 0.612 0.340 0.000 0.048
#> SRR1479740 1 0.3205 7.92e-01 0.872 0.104 0.000 0.024
#> SRR1332095 1 0.6055 2.30e-01 0.520 0.436 0.000 0.044
#> SRR1444786 4 0.6609 5.94e-01 0.004 0.440 0.068 0.488
#> SRR1090070 1 0.0469 7.85e-01 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR662414 1 0.4877 6.97e-01 0.752 0.204 0.000 0.044
#> SRR661216 2 0.4339 4.32e-01 0.064 0.844 0.040 0.052
#> SRR656313 2 0.4381 4.59e-01 0.108 0.824 0.008 0.060
#> SRR615671 2 0.5348 4.03e-01 0.112 0.772 0.016 0.100
#> SRR1350196 3 0.4206 5.91e-01 0.000 0.048 0.816 0.136
#> SRR1466580 1 0.4745 7.14e-01 0.756 0.208 0.000 0.036
#> SRR1408032 2 0.6027 1.61e-02 0.000 0.664 0.244 0.092
#> SRR1432913 3 0.3501 5.79e-01 0.000 0.132 0.848 0.020
#> SRR1360502 2 0.7451 4.83e-01 0.192 0.632 0.076 0.100
#> SRR1391901 2 0.6505 -2.54e-02 0.008 0.572 0.356 0.064
#> SRR1311131 2 0.6016 1.59e-01 0.412 0.544 0.000 0.044
#> SRR1380636 1 0.0804 7.90e-01 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1332339 1 0.6951 5.55e-01 0.620 0.224 0.012 0.144
#> SRR1341563 2 0.6197 -7.36e-03 0.004 0.608 0.328 0.060
#> SRR1359410 3 0.4456 5.99e-01 0.000 0.004 0.716 0.280
#> SRR1473040 3 0.3441 6.28e-01 0.000 0.024 0.856 0.120
#> SRR1321444 2 0.6016 1.59e-01 0.412 0.544 0.000 0.044
#> SRR1498765 3 0.4004 6.35e-01 0.000 0.024 0.812 0.164
#> SRR1312622 3 0.5148 5.39e-01 0.000 0.208 0.736 0.056
#> SRR615503 1 0.4579 7.32e-01 0.768 0.200 0.000 0.032
#> SRR1453192 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1433107 3 0.3612 6.35e-01 0.000 0.044 0.856 0.100
#> SRR1075384 2 0.6052 1.96e-01 0.396 0.556 0.000 0.048
#> SRR1356683 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR659049 1 0.0592 7.84e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1368240 1 0.1042 7.94e-01 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1341739 1 0.4406 7.38e-01 0.780 0.192 0.000 0.028
#> SRR613249 3 0.4882 6.11e-01 0.000 0.020 0.708 0.272
#> SRR663428 2 0.5366 4.71e-01 0.276 0.684 0.000 0.040
#> SRR1341302 2 0.4345 4.05e-01 0.052 0.840 0.080 0.028
#> SRR1073553 2 0.4068 4.72e-01 0.100 0.844 0.012 0.044
#> SRR1354093 3 0.7201 4.70e-01 0.000 0.268 0.544 0.188
#> SRR1406521 2 0.6295 4.51e-03 0.004 0.616 0.308 0.072
#> SRR1432049 1 0.4900 6.84e-01 0.732 0.236 0.000 0.032
#> SRR1453504 2 0.5510 2.88e-01 0.028 0.760 0.152 0.060
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 5 0.3359 0.66639 0.000 0.084 0.000 0.072 0.844
#> SRR1359328 5 0.4622 0.52902 0.000 0.000 0.040 0.276 0.684
#> SRR821124 4 0.6788 0.26651 0.000 0.300 0.028 0.516 0.156
#> SRR1335188 2 0.4307 -0.35656 0.496 0.504 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 4 0.6367 0.40745 0.000 0.304 0.052 0.572 0.072
#> SRR1321921 1 0.2230 0.75341 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0162 0.77996 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1384073 1 0.4268 0.67356 0.708 0.268 0.000 0.000 0.024
#> SRR1312802 2 0.5088 0.38443 0.256 0.684 0.000 0.028 0.032
#> SRR1076559 2 0.3694 0.57964 0.140 0.820 0.000 0.020 0.020
#> SRR1370085 1 0.3336 0.70529 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0510 0.75152 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 4 0.6408 0.05544 0.000 0.416 0.008 0.444 0.132
#> SRR1476165 2 0.3489 0.57439 0.144 0.820 0.000 0.036 0.000
#> SRR1459631 4 0.5737 0.54261 0.000 0.180 0.116 0.676 0.028
#> SRR1448098 2 0.7016 0.22469 0.024 0.464 0.000 0.316 0.196
#> SRR1321401 2 0.6472 0.38616 0.032 0.596 0.000 0.208 0.164
#> SRR807613 2 0.6881 0.32402 0.024 0.528 0.004 0.268 0.176
#> SRR808086 4 0.5975 0.07126 0.000 0.020 0.352 0.556 0.072
#> SRR613687 2 0.6622 0.09998 0.000 0.416 0.000 0.364 0.220
#> SRR1471011 2 0.3584 0.57695 0.060 0.852 0.000 0.056 0.032
#> SRR1330284 4 0.6561 0.45922 0.000 0.244 0.072 0.596 0.088
#> SRR1320624 4 0.4734 0.12044 0.000 0.000 0.372 0.604 0.024
#> SRR1459519 1 0.4268 0.47278 0.556 0.444 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 4 0.6771 0.33456 0.000 0.104 0.240 0.580 0.076
#> SRR1390561 1 0.4262 0.47417 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0854 0.73631 0.976 0.008 0.000 0.012 0.004
#> SRR1087079 2 0.7072 0.28909 0.040 0.516 0.000 0.228 0.216
#> SRR814996 4 0.6741 0.28428 0.000 0.096 0.272 0.564 0.068
#> SRR1407410 5 0.6242 0.40762 0.008 0.312 0.000 0.136 0.544
#> SRR1453392 3 0.4702 0.32039 0.000 0.000 0.552 0.432 0.016
#> SRR1445873 1 0.4307 0.36332 0.504 0.496 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.7083 0.18011 0.020 0.440 0.000 0.312 0.228
#> SRR820938 3 0.3194 0.75989 0.000 0.000 0.832 0.148 0.020
#> SRR1476844 2 0.2629 0.55031 0.136 0.860 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403526 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.6889 0.03945 0.000 0.428 0.020 0.384 0.168
#> SRR1441051 4 0.6120 0.51491 0.000 0.144 0.204 0.628 0.024
#> SRR614287 2 0.6657 0.06740 0.000 0.400 0.000 0.372 0.228
#> SRR1092062 2 0.4128 0.55116 0.052 0.816 0.000 0.096 0.036
#> SRR612611 2 0.6800 0.34703 0.032 0.540 0.000 0.256 0.172
#> SRR1376356 2 0.7545 0.27714 0.096 0.500 0.000 0.176 0.228
#> SRR1405078 3 0.5541 0.28957 0.000 0.004 0.496 0.444 0.056
#> SRR1437226 2 0.7056 0.27667 0.020 0.496 0.008 0.292 0.184
#> SRR1326078 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 4 0.4735 0.13544 0.000 0.004 0.352 0.624 0.020
#> SRR1440919 4 0.5737 0.54261 0.000 0.180 0.116 0.676 0.028
#> SRR1452824 2 0.5730 0.33462 0.020 0.616 0.004 0.304 0.056
#> SRR615754 1 0.3534 0.68980 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 5 0.6255 0.40034 0.008 0.316 0.000 0.136 0.540
#> SRR614551 4 0.5673 0.44089 0.000 0.276 0.020 0.632 0.072
#> SRR1380829 3 0.2909 0.75590 0.000 0.000 0.848 0.140 0.012
#> SRR1455761 1 0.4307 0.36332 0.504 0.496 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 2 0.4557 0.49677 0.024 0.780 0.008 0.148 0.040
#> SRR1376895 1 0.2732 0.74294 0.840 0.160 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.3336 0.70529 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.6956 0.29303 0.028 0.508 0.000 0.256 0.208
#> SRR1409239 1 0.3452 0.69890 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.2690 0.74387 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 2 0.3970 0.45148 0.224 0.752 0.000 0.024 0.000
#> SRR657540 3 0.0963 0.77874 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR821096 4 0.6178 0.39700 0.000 0.296 0.036 0.588 0.080
#> SRR613591 2 0.6793 0.22987 0.012 0.472 0.000 0.316 0.200
#> SRR1344205 3 0.0162 0.77996 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR612479 2 0.4985 0.26262 0.296 0.660 0.000 0.020 0.024
#> SRR1399950 2 0.4002 0.57738 0.144 0.804 0.000 0.028 0.024
#> SRR1336048 4 0.6513 -0.02135 0.000 0.004 0.344 0.476 0.176
#> SRR1368896 1 0.4171 0.55286 0.604 0.396 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.5682 0.53462 0.000 0.196 0.100 0.676 0.028
#> SRR1312464 2 0.2629 0.55146 0.136 0.860 0.000 0.004 0.000
#> SRR1096478 1 0.0510 0.75152 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.3999 0.61238 0.656 0.344 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 4 0.6025 -0.14469 0.000 0.024 0.416 0.500 0.060
#> SRR811423 2 0.6542 0.37951 0.236 0.596 0.000 0.116 0.052
#> SRR615683 1 0.4161 0.55705 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.6792 0.33188 0.000 0.280 0.036 0.536 0.148
#> SRR817609 2 0.3913 0.54148 0.032 0.824 0.000 0.108 0.036
#> SRR1074550 3 0.3454 0.75232 0.000 0.000 0.816 0.156 0.028
#> SRR1499236 2 0.7073 0.28887 0.040 0.516 0.000 0.224 0.220
#> SRR656083 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.4014 0.68693 0.728 0.256 0.000 0.000 0.016
#> SRR1410801 2 0.2629 0.55031 0.136 0.860 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347190 2 0.3694 0.57964 0.140 0.820 0.000 0.020 0.020
#> SRR1355126 2 0.2899 0.58084 0.076 0.880 0.000 0.036 0.008
#> SRR615165 3 0.3876 0.72572 0.000 0.000 0.776 0.192 0.032
#> SRR1466046 2 0.2516 0.54771 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 4 0.6559 0.42857 0.000 0.284 0.068 0.572 0.076
#> SRR1312370 2 0.7092 0.32363 0.060 0.540 0.000 0.172 0.228
#> SRR655325 1 0.0162 0.74912 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.4128 0.55116 0.052 0.816 0.000 0.096 0.036
#> SRR815685 4 0.5673 0.44089 0.000 0.276 0.020 0.632 0.072
#> SRR817026 4 0.4576 0.10074 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1417224 4 0.4930 -0.04905 0.000 0.000 0.424 0.548 0.028
#> SRR661687 4 0.4735 0.13544 0.000 0.004 0.352 0.624 0.020
#> SRR1431804 2 0.5469 0.14164 0.356 0.588 0.000 0.028 0.028
#> SRR664072 3 0.0290 0.78180 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR612923 4 0.6905 0.20707 0.000 0.328 0.024 0.476 0.172
#> SRR1315890 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.4268 0.67356 0.708 0.268 0.000 0.000 0.024
#> SRR1500360 2 0.4086 0.34350 0.284 0.704 0.000 0.012 0.000
#> SRR1468360 5 0.5112 0.57869 0.008 0.292 0.000 0.048 0.652
#> SRR1404084 2 0.3309 0.58129 0.128 0.836 0.000 0.036 0.000
#> SRR615994 3 0.0162 0.77996 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1475718 2 0.6472 0.38616 0.032 0.596 0.000 0.208 0.164
#> SRR1397200 4 0.5805 -0.09296 0.000 0.016 0.412 0.516 0.056
#> SRR655519 4 0.6091 0.52049 0.000 0.140 0.184 0.644 0.032
#> SRR1311308 3 0.3876 0.72572 0.000 0.000 0.776 0.192 0.032
#> SRR1368006 3 0.4702 0.32039 0.000 0.000 0.552 0.432 0.016
#> SRR613651 2 0.3128 0.54723 0.168 0.824 0.000 0.004 0.004
#> SRR1362621 4 0.6201 0.53045 0.000 0.152 0.144 0.652 0.052
#> SRR1451718 1 0.0880 0.75501 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 4 0.6811 0.30204 0.000 0.100 0.256 0.568 0.076
#> SRR1079636 2 0.4060 0.53166 0.032 0.812 0.000 0.120 0.036
#> SRR1442549 5 0.5112 0.57869 0.008 0.292 0.000 0.048 0.652
#> SRR1466421 2 0.7074 0.18563 0.020 0.444 0.000 0.308 0.228
#> SRR817397 4 0.7579 0.29765 0.024 0.248 0.064 0.528 0.136
#> SRR1341809 2 0.7244 0.32470 0.080 0.536 0.000 0.164 0.220
#> SRR614623 4 0.5673 0.44089 0.000 0.276 0.020 0.632 0.072
#> SRR1335005 4 0.6404 0.07207 0.000 0.408 0.008 0.452 0.132
#> SRR1407065 4 0.6461 0.42152 0.000 0.068 0.228 0.612 0.092
#> SRR1404483 3 0.4696 0.32961 0.000 0.000 0.556 0.428 0.016
#> SRR1096222 1 0.0703 0.75264 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 2 0.3584 0.57695 0.060 0.852 0.000 0.056 0.032
#> SRR1408615 4 0.6945 0.37915 0.000 0.156 0.176 0.584 0.084
#> SRR1070597 5 0.6619 0.39679 0.112 0.320 0.000 0.036 0.532
#> SRR1332381 1 0.0404 0.75019 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.1965 0.75548 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.3387 0.58577 0.100 0.852 0.000 0.020 0.028
#> SRR1098385 4 0.5614 0.50702 0.000 0.136 0.196 0.660 0.008
#> SRR1363947 3 0.0162 0.77996 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR820350 2 0.7083 0.18011 0.020 0.440 0.000 0.312 0.228
#> SRR662055 4 0.6491 0.44104 0.000 0.280 0.072 0.580 0.068
#> SRR1310455 1 0.4562 0.32204 0.500 0.492 0.000 0.000 0.008
#> SRR1453639 5 0.3517 0.67190 0.000 0.100 0.000 0.068 0.832
#> SRR662617 1 0.5880 0.47479 0.568 0.352 0.000 0.040 0.040
#> SRR654778 1 0.4230 0.68282 0.764 0.192 0.000 0.036 0.008
#> SRR661782 1 0.6152 0.42916 0.544 0.360 0.000 0.044 0.052
#> SRR1334396 2 0.2429 0.58111 0.068 0.904 0.000 0.020 0.008
#> SRR613867 4 0.6626 0.09139 0.000 0.352 0.000 0.424 0.224
#> SRR1479412 1 0.0290 0.74931 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0880 0.75501 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 3 0.4477 0.67784 0.000 0.000 0.708 0.252 0.040
#> SRR1417178 3 0.5205 0.59921 0.000 0.008 0.632 0.312 0.048
#> SRR1335278 2 0.4101 0.08018 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 1 0.6152 0.42916 0.544 0.360 0.000 0.044 0.052
#> SRR657552 1 0.4229 0.68597 0.756 0.208 0.000 0.024 0.012
#> SRR812412 1 0.1671 0.75815 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 5 0.6880 0.24534 0.044 0.384 0.000 0.112 0.460
#> SRR1347750 1 0.5050 0.58923 0.652 0.300 0.000 0.036 0.012
#> SRR615153 2 0.7335 0.20835 0.044 0.444 0.004 0.348 0.160
#> SRR1434417 2 0.2681 0.56909 0.108 0.876 0.000 0.004 0.012
#> SRR1070159 4 0.6945 0.37915 0.000 0.156 0.176 0.584 0.084
#> SRR1332508 2 0.4060 0.53166 0.032 0.812 0.000 0.120 0.036
#> SRR1082059 2 0.2960 0.58207 0.080 0.876 0.000 0.036 0.008
#> SRR1402491 1 0.4242 0.49859 0.572 0.428 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.4677 0.64286 0.704 0.252 0.000 0.036 0.008
#> SRR1320987 2 0.4128 0.55116 0.052 0.816 0.000 0.096 0.036
#> SRR1086417 2 0.2899 0.58084 0.076 0.880 0.000 0.036 0.008
#> SRR1454095 2 0.4491 0.24216 0.328 0.652 0.000 0.020 0.000
#> SRR614791 4 0.5632 0.52700 0.000 0.140 0.180 0.668 0.012
#> SRR821255 2 0.6809 0.39674 0.288 0.548 0.000 0.068 0.096
#> SRR820402 2 0.6413 0.39356 0.040 0.600 0.000 0.240 0.120
#> SRR1337284 2 0.6536 0.03519 0.392 0.484 0.000 0.036 0.088
#> SRR1333083 3 0.5541 0.28957 0.000 0.004 0.496 0.444 0.056
#> SRR1384883 4 0.4497 0.00574 0.000 0.000 0.424 0.568 0.008
#> SRR614431 1 0.3983 0.62143 0.660 0.340 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 4 0.5418 0.40132 0.000 0.068 0.256 0.660 0.016
#> SRR1370285 2 0.4774 0.18124 0.328 0.644 0.000 0.016 0.012
#> SRR1446673 3 0.0671 0.78420 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1318046 2 0.6769 0.22343 0.012 0.472 0.000 0.324 0.192
#> SRR1341188 3 0.0671 0.78420 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1384941 1 0.2286 0.75495 0.888 0.108 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322864 2 0.6236 0.33430 0.012 0.568 0.004 0.304 0.112
#> SRR1476825 4 0.6513 -0.02135 0.000 0.004 0.344 0.476 0.176
#> SRR1443332 4 0.5682 0.48858 0.000 0.112 0.212 0.660 0.016
#> SRR662486 2 0.7007 0.30524 0.040 0.528 0.000 0.208 0.224
#> SRR1447019 2 0.4150 0.04237 0.388 0.612 0.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.3177 0.72361 0.792 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0671 0.78420 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1469880 1 0.4297 0.41799 0.528 0.472 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.4268 0.67356 0.708 0.268 0.000 0.000 0.024
#> SRR615850 4 0.6458 -0.08881 0.000 0.004 0.372 0.464 0.160
#> SRR661949 1 0.5880 0.47479 0.568 0.352 0.000 0.040 0.040
#> SRR1322227 3 0.2909 0.75590 0.000 0.000 0.848 0.140 0.012
#> SRR1441655 2 0.3825 0.55852 0.044 0.832 0.000 0.096 0.028
#> SRR613771 5 0.4503 0.55295 0.000 0.000 0.036 0.268 0.696
#> SRR1479471 2 0.4774 0.18124 0.328 0.644 0.000 0.016 0.012
#> SRR1488918 4 0.6933 0.39706 0.000 0.188 0.076 0.580 0.156
#> SRR1414040 2 0.7226 0.19038 0.028 0.436 0.000 0.304 0.232
#> SRR1079850 2 0.3989 0.55296 0.040 0.820 0.000 0.108 0.032
#> SRR663209 1 0.4230 0.68282 0.764 0.192 0.000 0.036 0.008
#> SRR1364914 4 0.6966 0.47017 0.000 0.192 0.116 0.584 0.108
#> SRR1408267 2 0.4128 0.55116 0.052 0.816 0.000 0.096 0.036
#> SRR1314894 1 0.2286 0.75495 0.888 0.108 0.000 0.004 0.000
#> SRR1414117 2 0.7483 0.17012 0.040 0.504 0.032 0.300 0.124
#> SRR1395975 5 0.5310 0.66887 0.008 0.164 0.000 0.132 0.696
#> SRR1402219 2 0.7081 0.24766 0.028 0.480 0.000 0.272 0.220
#> SRR1433623 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 4 0.7275 -0.03637 0.020 0.380 0.008 0.396 0.196
#> SRR811213 2 0.7242 0.39233 0.120 0.560 0.000 0.160 0.160
#> SRR663657 2 0.6282 0.40805 0.048 0.616 0.004 0.256 0.076
#> SRR612203 2 0.3399 0.51156 0.172 0.812 0.000 0.004 0.012
#> SRR613987 4 0.5673 0.44089 0.000 0.276 0.020 0.632 0.072
#> SRR613831 3 0.0510 0.78348 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1354180 4 0.6967 0.46806 0.000 0.192 0.112 0.584 0.112
#> SRR1382912 1 0.0510 0.75152 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.4242 0.49494 0.572 0.428 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 2 0.2561 0.54471 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.3194 0.75989 0.000 0.000 0.832 0.148 0.020
#> SRR1381459 4 0.7601 0.37566 0.000 0.192 0.164 0.512 0.132
#> SRR1402350 2 0.4836 0.05721 0.412 0.568 0.000 0.012 0.008
#> SRR1419408 2 0.4161 0.02583 0.392 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR655911 4 0.4804 0.13998 0.000 0.004 0.348 0.624 0.024
#> SRR1418243 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.3696 0.58291 0.076 0.844 0.000 0.048 0.032
#> SRR613615 3 0.0404 0.78302 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1355284 2 0.2516 0.54771 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0703 0.75272 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 2 0.3320 0.54544 0.152 0.828 0.000 0.012 0.008
#> SRR614888 2 0.3209 0.58749 0.088 0.864 0.000 0.032 0.016
#> SRR1431694 1 0.6437 0.33490 0.472 0.380 0.000 0.008 0.140
#> SRR614347 4 0.5165 0.24165 0.000 0.016 0.304 0.644 0.036
#> SRR1334228 3 0.0290 0.78190 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1096007 4 0.6585 0.05844 0.000 0.408 0.012 0.436 0.144
#> SRR656349 1 0.2429 0.74498 0.900 0.076 0.000 0.020 0.004
#> SRR815422 4 0.4819 0.12800 0.000 0.004 0.352 0.620 0.024
#> SRR1360828 2 0.4304 -0.31824 0.484 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 4 0.6395 0.52417 0.000 0.120 0.168 0.640 0.072
#> SRR1456652 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.4307 0.36332 0.504 0.496 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 4 0.5614 0.50702 0.000 0.136 0.196 0.660 0.008
#> SRR615790 3 0.3977 0.72359 0.000 0.000 0.764 0.204 0.032
#> SRR614827 4 0.4774 -0.04039 0.000 0.000 0.424 0.556 0.020
#> SRR614587 4 0.4537 0.06579 0.000 0.000 0.396 0.592 0.012
#> SRR814052 1 0.6188 0.45482 0.548 0.352 0.000 0.044 0.056
#> SRR1070086 1 0.2377 0.74885 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 2 0.2429 0.58111 0.068 0.904 0.000 0.020 0.008
#> SRR1339296 3 0.0162 0.77996 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1343239 3 0.3876 0.72572 0.000 0.000 0.776 0.192 0.032
#> SRR1432802 5 0.5176 0.57764 0.008 0.280 0.000 0.056 0.656
#> SRR1416911 1 0.3790 0.69351 0.724 0.272 0.000 0.004 0.000
#> SRR1410427 1 0.4243 0.68202 0.712 0.264 0.000 0.000 0.024
#> SRR1401185 4 0.5988 0.33578 0.000 0.056 0.296 0.604 0.044
#> SRR654993 1 0.7813 -0.06125 0.396 0.344 0.000 0.100 0.160
#> SRR656397 1 0.2471 0.74981 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.3359 0.74145 0.000 0.000 0.816 0.164 0.020
#> SRR1433819 1 0.0290 0.74931 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.6420 0.28595 0.008 0.524 0.000 0.308 0.160
#> SRR1367739 3 0.4477 0.67784 0.000 0.000 0.708 0.252 0.040
#> SRR1323336 2 0.3997 0.51607 0.188 0.776 0.000 0.032 0.004
#> SRR663224 4 0.5921 0.48020 0.000 0.116 0.228 0.636 0.020
#> SRR1442840 2 0.4161 0.02583 0.392 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0854 0.73631 0.976 0.008 0.000 0.012 0.004
#> SRR1469214 4 0.6672 0.31925 0.004 0.312 0.024 0.532 0.128
#> SRR1456446 2 0.6596 0.06993 0.004 0.424 0.000 0.392 0.180
#> SRR1471879 2 0.7350 0.33748 0.100 0.536 0.000 0.164 0.200
#> SRR612911 4 0.6749 0.32926 0.000 0.100 0.244 0.580 0.076
#> SRR1395720 4 0.5682 0.53462 0.000 0.196 0.100 0.676 0.028
#> SRR1413055 2 0.2681 0.56909 0.108 0.876 0.000 0.004 0.012
#> SRR656770 5 0.5140 0.54886 0.000 0.016 0.044 0.272 0.668
#> SRR812080 3 0.0703 0.78516 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1479328 1 0.5565 0.51084 0.592 0.344 0.000 0.040 0.024
#> SRR661421 5 0.4550 0.54762 0.000 0.000 0.036 0.276 0.688
#> SRR1410286 4 0.6525 0.48739 0.000 0.192 0.092 0.624 0.092
#> SRR1487150 2 0.4327 0.10652 0.360 0.632 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467035 1 0.3999 0.61238 0.656 0.344 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 4 0.7294 0.14309 0.000 0.364 0.060 0.436 0.140
#> SRR1333106 5 0.5140 0.54886 0.000 0.016 0.044 0.272 0.668
#> SRR1088706 2 0.4060 0.53166 0.032 0.812 0.000 0.120 0.036
#> SRR1320053 3 0.3194 0.75989 0.000 0.000 0.832 0.148 0.020
#> SRR1350392 4 0.5944 0.53179 0.000 0.160 0.124 0.672 0.044
#> SRR1385190 4 0.6765 0.27109 0.000 0.092 0.288 0.552 0.068
#> SRR1080093 4 0.4590 0.01795 0.000 0.000 0.420 0.568 0.012
#> SRR1318753 1 0.2230 0.75341 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 5 0.4599 0.54188 0.000 0.000 0.040 0.272 0.688
#> SRR612178 4 0.4911 0.11726 0.000 0.004 0.356 0.612 0.028
#> SRR1354423 2 0.3111 0.54383 0.144 0.840 0.000 0.004 0.012
#> SRR1072724 1 0.5068 0.53531 0.592 0.364 0.000 0.000 0.044
#> SRR1418450 2 0.6849 0.07799 0.000 0.432 0.016 0.376 0.176
#> SRR1326427 3 0.0671 0.78398 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1437412 2 0.6430 0.42294 0.240 0.608 0.000 0.064 0.088
#> SRR1327548 4 0.4825 -0.01459 0.000 0.000 0.408 0.568 0.024
#> SRR1395891 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659367 1 0.4669 0.62877 0.692 0.272 0.000 0.024 0.012
#> SRR818961 2 0.2681 0.56909 0.108 0.876 0.000 0.004 0.012
#> SRR813704 1 0.2690 0.74387 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.3508 0.69050 0.748 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 2 0.2516 0.54771 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 4 0.6138 0.50994 0.000 0.128 0.196 0.640 0.036
#> SRR1394776 4 0.7034 0.38296 0.004 0.260 0.088 0.556 0.092
#> SRR655578 1 0.6152 0.42916 0.544 0.360 0.000 0.044 0.052
#> SRR1310645 4 0.4537 0.06579 0.000 0.000 0.396 0.592 0.012
#> SRR1345628 2 0.4906 0.07400 0.364 0.608 0.000 0.016 0.012
#> SRR1479740 1 0.3969 0.66945 0.692 0.304 0.000 0.004 0.000
#> SRR1332095 2 0.4063 0.35300 0.280 0.708 0.000 0.012 0.000
#> SRR1444786 5 0.3517 0.67190 0.000 0.100 0.000 0.068 0.832
#> SRR1090070 1 0.0290 0.74931 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR662414 1 0.5717 0.49622 0.584 0.344 0.000 0.040 0.032
#> SRR661216 2 0.6881 0.31978 0.024 0.528 0.004 0.268 0.176
#> SRR656313 2 0.6833 0.34928 0.040 0.556 0.000 0.220 0.184
#> SRR615671 2 0.7318 0.22521 0.052 0.488 0.000 0.208 0.252
#> SRR1350196 4 0.6136 -0.17367 0.000 0.004 0.416 0.468 0.112
#> SRR1466580 1 0.4297 0.41799 0.528 0.472 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 4 0.6714 0.21504 0.000 0.296 0.012 0.496 0.196
#> SRR1432913 4 0.4888 0.25560 0.000 0.016 0.312 0.652 0.020
#> SRR1360502 2 0.4549 0.48873 0.024 0.756 0.000 0.184 0.036
#> SRR1391901 4 0.6559 0.42857 0.000 0.284 0.068 0.572 0.076
#> SRR1311131 2 0.2516 0.54771 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.1043 0.75488 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.6677 0.38726 0.468 0.336 0.000 0.008 0.188
#> SRR1341563 4 0.6161 0.40255 0.000 0.292 0.036 0.592 0.080
#> SRR1359410 3 0.2909 0.75590 0.000 0.000 0.848 0.140 0.012
#> SRR1473040 3 0.5541 0.28957 0.000 0.004 0.496 0.444 0.056
#> SRR1321444 2 0.2516 0.54771 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 3 0.4288 0.55312 0.000 0.000 0.664 0.324 0.012
#> SRR1312622 4 0.5854 0.34308 0.000 0.084 0.324 0.580 0.012
#> SRR615503 1 0.4789 0.54473 0.608 0.368 0.000 0.004 0.020
#> SRR1453192 1 0.0162 0.74912 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.4522 0.29222 0.000 0.000 0.552 0.440 0.008
#> SRR1075384 2 0.2881 0.55734 0.124 0.860 0.000 0.004 0.012
#> SRR1356683 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.74762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.1197 0.75706 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.4383 0.50918 0.572 0.424 0.000 0.004 0.000
#> SRR613249 3 0.3944 0.72774 0.000 0.000 0.768 0.200 0.032
#> SRR663428 2 0.7051 0.41521 0.176 0.576 0.000 0.096 0.152
#> SRR1341302 2 0.6475 0.29750 0.012 0.528 0.000 0.304 0.156
#> SRR1073553 2 0.6472 0.38616 0.032 0.596 0.000 0.208 0.164
#> SRR1354093 4 0.6734 0.24587 0.000 0.092 0.308 0.540 0.060
#> SRR1406521 4 0.6690 0.35122 0.000 0.288 0.036 0.544 0.132
#> SRR1432049 2 0.4306 -0.34272 0.492 0.508 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 2 0.6617 0.06587 0.004 0.420 0.000 0.392 0.184
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.4267 0.719202 0.000 0.312 0.008 0.016 0.004 0.660
#> SRR1359328 6 0.5076 0.676921 0.000 0.132 0.000 0.248 0.000 0.620
#> SRR821124 2 0.6628 0.486884 0.000 0.420 0.000 0.308 0.236 0.036
#> SRR1335188 5 0.4117 -0.113087 0.464 0.004 0.000 0.000 0.528 0.004
#> SRR1075825 4 0.7017 -0.331467 0.000 0.340 0.012 0.352 0.260 0.036
#> SRR1321921 1 0.2234 0.715947 0.872 0.004 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1466198 3 0.2048 0.819173 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1384073 1 0.4299 0.608481 0.696 0.024 0.000 0.000 0.260 0.020
#> SRR1312802 5 0.5870 0.490125 0.120 0.188 0.004 0.000 0.628 0.060
#> SRR1076559 5 0.4057 0.594936 0.092 0.092 0.000 0.000 0.788 0.028
#> SRR1370085 1 0.3215 0.637616 0.756 0.000 0.000 0.000 0.240 0.004
#> SRR1460363 1 0.0692 0.724772 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1480221 2 0.6431 0.631817 0.000 0.448 0.000 0.192 0.328 0.032
#> SRR1476165 5 0.3513 0.623641 0.100 0.056 0.000 0.000 0.824 0.020
#> SRR1459631 4 0.6510 0.278239 0.000 0.260 0.016 0.528 0.160 0.036
#> SRR1448098 2 0.6117 0.638828 0.012 0.488 0.000 0.104 0.372 0.024
#> SRR1321401 5 0.4622 -0.418232 0.016 0.480 0.000 0.008 0.492 0.004
#> SRR807613 2 0.5425 0.570617 0.008 0.496 0.000 0.060 0.424 0.012
#> SRR808086 4 0.6914 0.320551 0.000 0.196 0.192 0.516 0.012 0.084
#> SRR613687 2 0.5961 0.674163 0.000 0.528 0.000 0.132 0.312 0.028
#> SRR1471011 5 0.3508 0.527850 0.020 0.112 0.000 0.008 0.828 0.032
#> SRR1330284 4 0.6790 -0.161681 0.000 0.336 0.008 0.412 0.208 0.036
#> SRR1320624 4 0.2863 0.518929 0.000 0.036 0.088 0.864 0.000 0.012
#> SRR1459519 1 0.3991 0.286766 0.524 0.000 0.000 0.000 0.472 0.004
#> SRR1091184 4 0.8119 0.307120 0.000 0.324 0.172 0.332 0.076 0.096
#> SRR1390561 1 0.3982 0.302137 0.536 0.000 0.000 0.000 0.460 0.004
#> SRR658164 1 0.1624 0.699672 0.936 0.044 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1087079 2 0.5576 0.527764 0.012 0.504 0.000 0.024 0.412 0.048
#> SRR814996 4 0.8172 0.285490 0.000 0.312 0.200 0.320 0.072 0.096
#> SRR1407410 2 0.6296 -0.085052 0.000 0.440 0.000 0.020 0.200 0.340
#> SRR1453392 4 0.4752 0.298995 0.000 0.056 0.236 0.684 0.000 0.024
#> SRR1445873 5 0.4124 -0.153795 0.476 0.004 0.000 0.000 0.516 0.004
#> SRR1419985 2 0.5377 0.656727 0.000 0.584 0.000 0.076 0.316 0.024
#> SRR820938 3 0.4088 0.770889 0.000 0.044 0.744 0.200 0.000 0.012
#> SRR1476844 5 0.2525 0.629827 0.100 0.012 0.000 0.000 0.876 0.012
#> SRR1403526 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.6103 0.649786 0.000 0.452 0.000 0.188 0.348 0.012
#> SRR1441051 4 0.5853 0.469372 0.000 0.168 0.052 0.644 0.124 0.012
#> SRR614287 2 0.5954 0.665844 0.000 0.536 0.000 0.136 0.300 0.028
#> SRR1092062 5 0.3969 0.414148 0.032 0.188 0.000 0.000 0.760 0.020
#> SRR612611 2 0.4983 0.514890 0.008 0.500 0.000 0.032 0.452 0.008
#> SRR1376356 2 0.5703 0.408901 0.052 0.512 0.000 0.008 0.392 0.036
#> SRR1405078 4 0.4941 0.221447 0.000 0.008 0.228 0.660 0.000 0.104
#> SRR1437226 2 0.5210 0.623559 0.008 0.524 0.000 0.072 0.396 0.000
#> SRR1326078 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 4 0.2828 0.521056 0.000 0.040 0.080 0.868 0.000 0.012
#> SRR1440919 4 0.6510 0.278239 0.000 0.260 0.016 0.528 0.160 0.036
#> SRR1452824 5 0.6608 0.003746 0.012 0.180 0.012 0.152 0.584 0.060
#> SRR615754 1 0.3383 0.616796 0.728 0.000 0.000 0.000 0.268 0.004
#> SRR1341787 2 0.6290 -0.081351 0.000 0.444 0.000 0.020 0.200 0.336
#> SRR614551 2 0.7476 0.173020 0.000 0.332 0.008 0.316 0.248 0.096
#> SRR1380829 3 0.5113 0.640336 0.000 0.064 0.680 0.204 0.000 0.052
#> SRR1455761 5 0.4124 -0.153795 0.476 0.004 0.000 0.000 0.516 0.004
#> SRR1465189 5 0.4800 0.408791 0.012 0.104 0.000 0.076 0.752 0.056
#> SRR1376895 1 0.2703 0.692759 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1445002 1 0.3215 0.637616 0.756 0.000 0.000 0.000 0.240 0.004
#> SRR1469258 2 0.5533 0.578633 0.012 0.504 0.000 0.056 0.412 0.016
#> SRR1409239 1 0.3314 0.626228 0.740 0.000 0.000 0.000 0.256 0.004
#> SRR1480200 1 0.2668 0.694762 0.828 0.000 0.000 0.000 0.168 0.004
#> SRR1418323 5 0.3660 0.594085 0.188 0.036 0.000 0.000 0.772 0.004
#> SRR657540 3 0.3206 0.787572 0.000 0.028 0.816 0.152 0.000 0.004
#> SRR821096 2 0.7002 0.349732 0.000 0.360 0.012 0.340 0.252 0.036
#> SRR613591 2 0.5806 0.652810 0.008 0.512 0.000 0.096 0.368 0.016
#> SRR1344205 3 0.2048 0.819173 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR612479 5 0.5747 0.452494 0.152 0.156 0.004 0.000 0.640 0.048
#> SRR1399950 5 0.4433 0.562391 0.072 0.124 0.000 0.000 0.760 0.044
#> SRR1336048 4 0.5921 0.253394 0.000 0.072 0.124 0.616 0.000 0.188
#> SRR1368896 1 0.3930 0.402125 0.576 0.000 0.000 0.000 0.420 0.004
#> SRR1379403 4 0.6531 0.229652 0.000 0.260 0.012 0.516 0.176 0.036
#> SRR1312464 5 0.2213 0.628898 0.100 0.008 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR1096478 1 0.0692 0.724772 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1459845 1 0.3769 0.505017 0.640 0.000 0.000 0.000 0.356 0.004
#> SRR1348138 4 0.6057 0.295967 0.000 0.080 0.192 0.628 0.016 0.084
#> SRR811423 5 0.7004 0.402258 0.112 0.212 0.004 0.040 0.552 0.080
#> SRR615683 1 0.3907 0.422545 0.588 0.000 0.000 0.000 0.408 0.004
#> SRR1380336 2 0.6437 0.394044 0.000 0.416 0.004 0.344 0.220 0.016
#> SRR817609 5 0.4199 0.442323 0.012 0.120 0.000 0.044 0.788 0.036
#> SRR1074550 3 0.4323 0.767377 0.000 0.048 0.744 0.180 0.000 0.028
#> SRR1499236 2 0.5506 0.524849 0.012 0.508 0.000 0.020 0.412 0.048
#> SRR656083 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.3875 0.616654 0.716 0.016 0.000 0.000 0.260 0.008
#> SRR1410801 5 0.2525 0.629827 0.100 0.012 0.000 0.000 0.876 0.012
#> SRR1347190 5 0.4057 0.594936 0.092 0.092 0.000 0.000 0.788 0.028
#> SRR1355126 5 0.3331 0.575198 0.056 0.092 0.000 0.000 0.836 0.016
#> SRR615165 3 0.4857 0.725036 0.000 0.084 0.688 0.208 0.000 0.020
#> SRR1466046 5 0.2149 0.629115 0.104 0.004 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR1097055 4 0.6930 -0.261675 0.000 0.336 0.012 0.376 0.244 0.032
#> SRR1312370 5 0.5699 -0.376575 0.032 0.452 0.000 0.016 0.460 0.040
#> SRR655325 1 0.0291 0.723574 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR810177 5 0.3969 0.414148 0.032 0.188 0.000 0.000 0.760 0.020
#> SRR815685 2 0.7476 0.173020 0.000 0.332 0.008 0.316 0.248 0.096
#> SRR817026 4 0.2790 0.512605 0.000 0.032 0.088 0.868 0.000 0.012
#> SRR1417224 4 0.3441 0.464826 0.000 0.016 0.124 0.820 0.000 0.040
#> SRR661687 4 0.2828 0.521056 0.000 0.040 0.080 0.868 0.000 0.012
#> SRR1431804 5 0.6113 0.342777 0.244 0.144 0.004 0.000 0.568 0.040
#> SRR664072 3 0.2092 0.819787 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR612923 2 0.6441 0.551856 0.000 0.444 0.000 0.276 0.256 0.024
#> SRR1315890 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.4299 0.608481 0.696 0.024 0.000 0.000 0.260 0.020
#> SRR1500360 5 0.3688 0.511978 0.256 0.020 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1468360 6 0.6098 0.597481 0.004 0.284 0.000 0.008 0.208 0.496
#> SRR1404084 5 0.3316 0.621666 0.084 0.056 0.000 0.000 0.840 0.020
#> SRR615994 3 0.2048 0.819173 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1475718 5 0.4622 -0.418232 0.016 0.480 0.000 0.008 0.492 0.004
#> SRR1397200 4 0.6765 0.264802 0.000 0.168 0.220 0.524 0.008 0.080
#> SRR655519 4 0.6175 0.458475 0.000 0.196 0.052 0.612 0.120 0.020
#> SRR1311308 3 0.4857 0.725036 0.000 0.084 0.688 0.208 0.000 0.020
#> SRR1368006 4 0.4752 0.298995 0.000 0.056 0.236 0.684 0.000 0.024
#> SRR613651 5 0.2704 0.625008 0.140 0.016 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1362621 4 0.6918 0.354820 0.000 0.240 0.036 0.532 0.124 0.068
#> SRR1451718 1 0.0935 0.727055 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1095334 4 0.8153 0.299385 0.000 0.316 0.184 0.328 0.072 0.100
#> SRR1079636 5 0.4193 0.344423 0.024 0.220 0.000 0.004 0.732 0.020
#> SRR1442549 6 0.6098 0.597481 0.004 0.284 0.000 0.008 0.208 0.496
#> SRR1466421 2 0.5345 0.654762 0.000 0.584 0.000 0.072 0.320 0.024
#> SRR817397 4 0.6673 -0.060977 0.012 0.324 0.000 0.444 0.192 0.028
#> SRR1341809 5 0.5912 -0.314916 0.048 0.428 0.000 0.016 0.468 0.040
#> SRR614623 2 0.7476 0.173020 0.000 0.332 0.008 0.316 0.248 0.096
#> SRR1335005 2 0.6507 0.627437 0.000 0.440 0.000 0.196 0.328 0.036
#> SRR1407065 4 0.5196 0.512307 0.000 0.204 0.044 0.688 0.048 0.016
#> SRR1404483 4 0.4799 0.286896 0.000 0.056 0.244 0.676 0.000 0.024
#> SRR1096222 1 0.0858 0.724883 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1401793 5 0.3508 0.527850 0.020 0.112 0.000 0.008 0.828 0.032
#> SRR1408615 2 0.8468 -0.223476 0.000 0.328 0.148 0.280 0.132 0.112
#> SRR1070597 6 0.7484 0.441741 0.104 0.260 0.000 0.008 0.256 0.372
#> SRR1332381 1 0.0508 0.723918 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1457015 1 0.2006 0.718675 0.892 0.000 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1386797 5 0.3594 0.579531 0.056 0.100 0.000 0.000 0.820 0.024
#> SRR1098385 4 0.6193 0.472627 0.000 0.172 0.052 0.620 0.132 0.024
#> SRR1363947 3 0.2048 0.819173 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.5377 0.656727 0.000 0.584 0.000 0.076 0.316 0.024
#> SRR662055 4 0.6960 -0.235177 0.000 0.332 0.012 0.384 0.236 0.036
#> SRR1310455 5 0.4222 -0.118616 0.472 0.008 0.000 0.000 0.516 0.004
#> SRR1453639 6 0.4493 0.721786 0.000 0.304 0.004 0.016 0.020 0.656
#> SRR662617 1 0.7254 0.203997 0.384 0.224 0.004 0.000 0.300 0.088
#> SRR654778 1 0.5990 0.485839 0.592 0.184 0.000 0.000 0.176 0.048
#> SRR661782 1 0.7244 0.153609 0.364 0.240 0.004 0.000 0.312 0.080
#> SRR1334396 5 0.2610 0.593523 0.036 0.048 0.000 0.004 0.892 0.020
#> SRR613867 2 0.6186 0.609595 0.000 0.520 0.000 0.196 0.256 0.028
#> SRR1479412 1 0.0405 0.723466 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1331620 1 0.0935 0.727055 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1082809 3 0.6199 0.515534 0.000 0.084 0.544 0.284 0.000 0.088
#> SRR1417178 3 0.6587 0.424317 0.000 0.100 0.484 0.312 0.000 0.104
#> SRR1335278 5 0.3699 0.321607 0.336 0.000 0.000 0.000 0.660 0.004
#> SRR665369 1 0.7244 0.153609 0.364 0.240 0.004 0.000 0.312 0.080
#> SRR657552 1 0.5757 0.520451 0.616 0.136 0.000 0.000 0.204 0.044
#> SRR812412 1 0.1556 0.725121 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1096500 2 0.6748 -0.051355 0.016 0.412 0.000 0.016 0.288 0.268
#> SRR1347750 1 0.6671 0.337055 0.472 0.192 0.000 0.000 0.276 0.060
#> SRR615153 2 0.6703 0.581511 0.012 0.416 0.004 0.160 0.380 0.028
#> SRR1434417 5 0.2257 0.617960 0.060 0.020 0.000 0.000 0.904 0.016
#> SRR1070159 2 0.8468 -0.223476 0.000 0.328 0.148 0.280 0.132 0.112
#> SRR1332508 5 0.4193 0.344423 0.024 0.220 0.000 0.004 0.732 0.020
#> SRR1082059 5 0.3281 0.577562 0.056 0.088 0.000 0.000 0.840 0.016
#> SRR1402491 1 0.3971 0.336299 0.548 0.000 0.000 0.000 0.448 0.004
#> SRR1476595 1 0.6345 0.415503 0.528 0.184 0.000 0.000 0.240 0.048
#> SRR1320987 5 0.3969 0.414148 0.032 0.188 0.000 0.000 0.760 0.020
#> SRR1086417 5 0.3331 0.575198 0.056 0.092 0.000 0.000 0.836 0.016
#> SRR1454095 5 0.4882 0.484361 0.244 0.068 0.000 0.000 0.668 0.020
#> SRR614791 4 0.5963 0.442050 0.000 0.200 0.036 0.624 0.120 0.020
#> SRR821255 5 0.6037 0.422351 0.244 0.208 0.000 0.004 0.532 0.012
#> SRR820402 5 0.5618 -0.370581 0.012 0.404 0.000 0.052 0.508 0.024
#> SRR1337284 5 0.6082 0.167451 0.368 0.116 0.000 0.000 0.480 0.036
#> SRR1333083 4 0.4941 0.221447 0.000 0.008 0.228 0.660 0.000 0.104
#> SRR1384883 4 0.3065 0.472965 0.000 0.028 0.152 0.820 0.000 0.000
#> SRR614431 1 0.3634 0.514175 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1481106 4 0.5056 0.572524 0.000 0.136 0.064 0.728 0.056 0.016
#> SRR1370285 5 0.5725 0.407862 0.200 0.120 0.004 0.000 0.632 0.044
#> SRR1446673 3 0.2320 0.820457 0.000 0.004 0.864 0.132 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.5879 0.655540 0.008 0.504 0.000 0.104 0.368 0.016
#> SRR1341188 3 0.2320 0.820457 0.000 0.004 0.864 0.132 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.2400 0.715713 0.872 0.008 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR1322864 5 0.5977 -0.470760 0.008 0.392 0.000 0.088 0.484 0.028
#> SRR1476825 4 0.5921 0.253394 0.000 0.072 0.124 0.616 0.000 0.188
#> SRR1443332 4 0.6151 0.494521 0.000 0.172 0.060 0.632 0.108 0.028
#> SRR662486 2 0.5310 0.492754 0.012 0.508 0.000 0.012 0.424 0.044
#> SRR1447019 5 0.3892 0.298558 0.352 0.004 0.000 0.000 0.640 0.004
#> SRR662942 1 0.3052 0.664758 0.780 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004
#> SRR613102 3 0.2320 0.820457 0.000 0.004 0.864 0.132 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.4128 0.216503 0.504 0.004 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1464977 1 0.4299 0.608481 0.696 0.024 0.000 0.000 0.260 0.020
#> SRR615850 4 0.5724 0.292163 0.000 0.052 0.144 0.632 0.000 0.172
#> SRR661949 1 0.7254 0.203997 0.384 0.224 0.004 0.000 0.300 0.088
#> SRR1322227 3 0.5140 0.642885 0.000 0.064 0.676 0.208 0.000 0.052
#> SRR1441655 5 0.3922 0.476059 0.024 0.124 0.000 0.024 0.804 0.024
#> SRR613771 6 0.5069 0.694716 0.000 0.144 0.000 0.228 0.000 0.628
#> SRR1479471 5 0.5725 0.407862 0.200 0.120 0.004 0.000 0.632 0.044
#> SRR1488918 4 0.6808 0.000781 0.000 0.364 0.028 0.432 0.144 0.032
#> SRR1414040 2 0.5431 0.650557 0.004 0.584 0.000 0.068 0.320 0.024
#> SRR1079850 5 0.4033 0.458629 0.020 0.128 0.000 0.024 0.796 0.032
#> SRR663209 1 0.5990 0.485839 0.592 0.184 0.000 0.000 0.176 0.048
#> SRR1364914 4 0.6216 0.104738 0.000 0.324 0.016 0.500 0.148 0.012
#> SRR1408267 5 0.3969 0.414148 0.032 0.188 0.000 0.000 0.760 0.020
#> SRR1314894 1 0.2400 0.715713 0.872 0.008 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR1414117 5 0.6922 -0.325472 0.016 0.316 0.000 0.208 0.424 0.036
#> SRR1395975 6 0.6302 0.699089 0.004 0.300 0.000 0.080 0.084 0.532
#> SRR1402219 2 0.5754 0.604915 0.012 0.512 0.000 0.072 0.384 0.020
#> SRR1433623 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.6096 0.646811 0.000 0.528 0.000 0.168 0.276 0.028
#> SRR811213 5 0.5853 -0.251222 0.052 0.420 0.000 0.020 0.480 0.028
#> SRR663657 5 0.6288 0.003426 0.008 0.336 0.016 0.040 0.528 0.072
#> SRR612203 5 0.3068 0.627903 0.124 0.020 0.000 0.000 0.840 0.016
#> SRR613987 2 0.7476 0.173020 0.000 0.332 0.008 0.316 0.248 0.096
#> SRR613831 3 0.2219 0.820890 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1354180 4 0.6216 0.100464 0.000 0.324 0.012 0.500 0.148 0.016
#> SRR1382912 1 0.0692 0.724772 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1475501 1 0.3971 0.332032 0.548 0.000 0.000 0.000 0.448 0.004
#> SRR1336930 5 0.2196 0.629368 0.108 0.004 0.000 0.000 0.884 0.004
#> SRR613030 3 0.4088 0.770889 0.000 0.044 0.744 0.200 0.000 0.012
#> SRR1381459 2 0.8360 -0.141107 0.000 0.348 0.112 0.280 0.144 0.116
#> SRR1402350 5 0.5080 0.249407 0.392 0.048 0.000 0.000 0.544 0.016
#> SRR1419408 5 0.3769 0.283295 0.356 0.000 0.000 0.000 0.640 0.004
#> SRR655911 4 0.2881 0.521325 0.000 0.040 0.084 0.864 0.000 0.012
#> SRR1418243 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 5 0.3529 0.551979 0.028 0.116 0.000 0.000 0.820 0.036
#> SRR613615 3 0.2178 0.821209 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1355284 5 0.2149 0.629115 0.104 0.004 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR1319395 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0858 0.726292 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1465266 5 0.3089 0.627417 0.104 0.028 0.000 0.000 0.848 0.020
#> SRR614888 5 0.2745 0.594030 0.056 0.056 0.000 0.000 0.876 0.012
#> SRR1431694 1 0.6520 0.252393 0.456 0.080 0.000 0.000 0.356 0.108
#> SRR614347 4 0.3392 0.554306 0.000 0.080 0.048 0.844 0.008 0.020
#> SRR1334228 3 0.2092 0.819707 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.6299 0.630001 0.000 0.460 0.000 0.192 0.324 0.024
#> SRR656349 1 0.3246 0.687193 0.844 0.072 0.000 0.000 0.068 0.016
#> SRR815422 4 0.2811 0.518289 0.000 0.036 0.084 0.868 0.000 0.012
#> SRR1360828 5 0.4211 -0.075239 0.456 0.008 0.000 0.000 0.532 0.004
#> SRR1359005 4 0.5465 0.408321 0.000 0.264 0.020 0.624 0.080 0.012
#> SRR1456652 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 5 0.4124 -0.153795 0.476 0.004 0.000 0.000 0.516 0.004
#> SRR1441956 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 4 0.6193 0.472627 0.000 0.172 0.052 0.620 0.132 0.024
#> SRR615790 3 0.4927 0.731757 0.000 0.080 0.700 0.184 0.000 0.036
#> SRR614827 4 0.3372 0.468571 0.000 0.016 0.124 0.824 0.000 0.036
#> SRR614587 4 0.2781 0.500321 0.000 0.024 0.108 0.860 0.000 0.008
#> SRR814052 1 0.7379 0.184653 0.364 0.240 0.004 0.000 0.292 0.100
#> SRR1070086 1 0.2362 0.706341 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004
#> SRR1481440 5 0.2610 0.593523 0.036 0.048 0.000 0.004 0.892 0.020
#> SRR1339296 3 0.2048 0.819173 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.4857 0.725036 0.000 0.084 0.688 0.208 0.000 0.020
#> SRR1432802 6 0.6114 0.546379 0.004 0.320 0.000 0.008 0.192 0.476
#> SRR1416911 1 0.3626 0.613194 0.704 0.004 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR1410427 1 0.4217 0.616107 0.700 0.024 0.000 0.000 0.260 0.016
#> SRR1401185 4 0.5175 0.575567 0.000 0.116 0.068 0.732 0.044 0.040
#> SRR654993 2 0.6938 -0.066855 0.224 0.448 0.004 0.000 0.260 0.064
#> SRR656397 1 0.2340 0.706745 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR809643 3 0.5406 0.601817 0.000 0.068 0.636 0.244 0.000 0.052
#> SRR1433819 1 0.0405 0.723466 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1375225 2 0.5758 0.615750 0.004 0.464 0.000 0.104 0.416 0.012
#> SRR1367739 3 0.6199 0.515534 0.000 0.084 0.544 0.284 0.000 0.088
#> SRR1323336 5 0.3792 0.616761 0.160 0.052 0.000 0.000 0.780 0.008
#> SRR663224 4 0.5966 0.506593 0.000 0.160 0.064 0.648 0.108 0.020
#> SRR1442840 5 0.3769 0.283295 0.356 0.000 0.000 0.000 0.640 0.004
#> SRR1374058 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.1624 0.699672 0.936 0.044 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1469214 2 0.6507 0.456620 0.004 0.404 0.000 0.328 0.248 0.016
#> SRR1456446 2 0.6293 0.660694 0.004 0.468 0.000 0.176 0.332 0.020
#> SRR1471879 5 0.5949 -0.335700 0.072 0.436 0.000 0.016 0.452 0.024
#> SRR612911 4 0.8100 0.311070 0.000 0.324 0.176 0.332 0.072 0.096
#> SRR1395720 4 0.6531 0.229652 0.000 0.260 0.012 0.516 0.176 0.036
#> SRR1413055 5 0.2257 0.617960 0.060 0.020 0.000 0.000 0.904 0.016
#> SRR656770 6 0.5268 0.693417 0.000 0.152 0.000 0.228 0.004 0.616
#> SRR812080 3 0.2402 0.820546 0.000 0.004 0.856 0.140 0.000 0.000
#> SRR1479328 1 0.7123 0.239540 0.404 0.216 0.004 0.000 0.300 0.076
#> SRR661421 6 0.5229 0.687758 0.000 0.156 0.000 0.240 0.000 0.604
#> SRR1410286 4 0.6526 0.149753 0.000 0.308 0.024 0.492 0.156 0.020
#> SRR1487150 5 0.3955 0.359782 0.316 0.012 0.000 0.000 0.668 0.004
#> SRR1467035 1 0.3769 0.505017 0.640 0.000 0.000 0.000 0.356 0.004
#> SRR1360607 2 0.6204 0.562462 0.000 0.436 0.000 0.292 0.264 0.008
#> SRR1333106 6 0.5268 0.693417 0.000 0.152 0.000 0.228 0.004 0.616
#> SRR1088706 5 0.4193 0.344423 0.024 0.220 0.000 0.004 0.732 0.020
#> SRR1320053 3 0.4088 0.770889 0.000 0.044 0.744 0.200 0.000 0.012
#> SRR1350392 4 0.5994 0.305802 0.000 0.244 0.016 0.584 0.136 0.020
#> SRR1385190 4 0.8201 0.277448 0.000 0.292 0.204 0.332 0.072 0.100
#> SRR1080093 4 0.3219 0.491566 0.000 0.028 0.132 0.828 0.000 0.012
#> SRR1318753 1 0.2234 0.715947 0.872 0.004 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1345369 6 0.5047 0.686320 0.000 0.136 0.000 0.236 0.000 0.628
#> SRR612178 4 0.2990 0.515422 0.000 0.036 0.084 0.860 0.000 0.020
#> SRR1354423 5 0.2747 0.626876 0.096 0.020 0.000 0.000 0.868 0.016
#> SRR1072724 1 0.4994 0.433444 0.576 0.036 0.000 0.000 0.364 0.024
#> SRR1418450 2 0.6069 0.658017 0.000 0.456 0.000 0.180 0.352 0.012
#> SRR1326427 3 0.2673 0.821769 0.000 0.012 0.852 0.132 0.000 0.004
#> SRR1437412 5 0.6369 0.352504 0.136 0.260 0.004 0.004 0.548 0.048
#> SRR1327548 4 0.3265 0.476534 0.000 0.016 0.108 0.836 0.000 0.040
#> SRR1395891 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659367 1 0.6409 0.414144 0.528 0.164 0.000 0.000 0.248 0.060
#> SRR818961 5 0.2257 0.617960 0.060 0.020 0.000 0.000 0.904 0.016
#> SRR813704 1 0.2668 0.694762 0.828 0.000 0.000 0.000 0.168 0.004
#> SRR613054 1 0.3360 0.616808 0.732 0.000 0.000 0.000 0.264 0.004
#> SRR1476467 5 0.2149 0.629115 0.104 0.004 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR1407988 4 0.5676 0.456075 0.000 0.204 0.048 0.644 0.096 0.008
#> SRR1394776 4 0.6202 -0.247459 0.004 0.348 0.000 0.440 0.200 0.008
#> SRR655578 1 0.7244 0.153609 0.364 0.240 0.004 0.000 0.312 0.080
#> SRR1310645 4 0.2781 0.500321 0.000 0.024 0.108 0.860 0.000 0.008
#> SRR1345628 5 0.5843 0.327193 0.252 0.108 0.004 0.000 0.596 0.040
#> SRR1479740 1 0.3772 0.578352 0.672 0.004 0.000 0.000 0.320 0.004
#> SRR1332095 5 0.3665 0.519345 0.252 0.020 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1444786 6 0.4493 0.721786 0.000 0.304 0.004 0.016 0.020 0.656
#> SRR1090070 1 0.0508 0.723846 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR662414 1 0.7160 0.228890 0.400 0.216 0.004 0.000 0.300 0.080
#> SRR661216 2 0.5381 0.568580 0.008 0.496 0.000 0.056 0.428 0.012
#> SRR656313 2 0.4807 0.479222 0.012 0.508 0.000 0.012 0.456 0.012
#> SRR615671 2 0.5170 0.515540 0.012 0.572 0.000 0.016 0.364 0.036
#> SRR1350196 4 0.5517 0.284574 0.000 0.036 0.172 0.644 0.000 0.148
#> SRR1466580 1 0.4128 0.216503 0.504 0.004 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1408032 2 0.6355 0.504266 0.000 0.480 0.000 0.276 0.216 0.028
#> SRR1432913 4 0.3540 0.557561 0.000 0.072 0.064 0.836 0.012 0.016
#> SRR1360502 5 0.5091 0.311649 0.012 0.136 0.000 0.088 0.720 0.044
#> SRR1391901 4 0.6930 -0.261675 0.000 0.336 0.012 0.376 0.244 0.032
#> SRR1311131 5 0.2149 0.629115 0.104 0.004 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR1380636 1 0.1082 0.725700 0.956 0.004 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1332339 1 0.6743 0.327012 0.460 0.076 0.000 0.000 0.304 0.160
#> SRR1341563 2 0.6995 0.337038 0.000 0.360 0.012 0.344 0.248 0.036
#> SRR1359410 3 0.5140 0.642885 0.000 0.064 0.676 0.208 0.000 0.052
#> SRR1473040 4 0.4941 0.221447 0.000 0.008 0.228 0.660 0.000 0.104
#> SRR1321444 5 0.2149 0.629115 0.104 0.004 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR1498765 4 0.5347 -0.080899 0.000 0.052 0.360 0.556 0.000 0.032
#> SRR1312622 4 0.5701 0.557067 0.000 0.108 0.148 0.660 0.080 0.004
#> SRR615503 1 0.4500 0.435536 0.592 0.024 0.000 0.000 0.376 0.008
#> SRR1453192 1 0.0291 0.723574 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433107 4 0.3915 0.284660 0.000 0.008 0.284 0.696 0.000 0.012
#> SRR1075384 5 0.2449 0.624949 0.080 0.020 0.000 0.000 0.888 0.012
#> SRR1356683 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0146 0.722368 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.1285 0.726669 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1341739 1 0.4107 0.334723 0.540 0.004 0.000 0.000 0.452 0.004
#> SRR613249 3 0.4908 0.735596 0.000 0.076 0.700 0.188 0.000 0.036
#> SRR663428 5 0.5873 0.024892 0.108 0.356 0.000 0.000 0.508 0.028
#> SRR1341302 2 0.5662 0.601995 0.004 0.460 0.000 0.092 0.432 0.012
#> SRR1073553 5 0.4622 -0.418232 0.016 0.480 0.000 0.008 0.492 0.004
#> SRR1354093 4 0.8168 0.272332 0.000 0.284 0.228 0.328 0.072 0.088
#> SRR1406521 2 0.6659 0.394798 0.000 0.388 0.000 0.344 0.232 0.036
#> SRR1432049 5 0.4217 -0.106227 0.464 0.008 0.000 0.000 0.524 0.004
#> SRR1453504 2 0.6285 0.660497 0.004 0.472 0.000 0.176 0.328 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.977 0.991 0.5013 0.499 0.499
#> 3 3 0.926 0.932 0.972 0.3125 0.721 0.501
#> 4 4 0.641 0.519 0.697 0.1144 0.865 0.631
#> 5 5 0.721 0.754 0.842 0.0755 0.820 0.440
#> 6 6 0.774 0.662 0.778 0.0423 0.920 0.651
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0376 0.9869 0.004 0.996
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.8016 0.6760 0.244 0.756
#> SRR807613 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0376 0.9869 0.004 0.996
#> SRR1471011 2 0.6973 0.7675 0.188 0.812
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR814996 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.9661 0.3527 0.392 0.608
#> SRR820938 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1092062 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR612611 1 0.7745 0.7070 0.772 0.228
#> SRR1376356 1 0.3114 0.9370 0.944 0.056
#> SRR1405078 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1437226 2 0.0376 0.9869 0.004 0.996
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1452824 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.5294 0.8601 0.120 0.880
#> SRR614551 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1465189 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1469258 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.1414 0.9717 0.020 0.980
#> SRR1344205 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1336048 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1348138 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR811423 1 0.9795 0.2857 0.584 0.416
#> SRR615683 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1355126 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR615165 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1312370 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR810177 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR664072 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1468360 1 0.3431 0.9284 0.936 0.064
#> SRR1404084 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR615994 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.2603 0.9472 0.044 0.956
#> SRR1397200 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1442549 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1341809 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1453639 1 0.0672 0.9834 0.992 0.008
#> SRR662617 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR661782 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1082809 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1417178 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR665369 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1096500 1 0.1184 0.9763 0.984 0.016
#> SRR1347750 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR615153 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1332508 1 0.2948 0.9412 0.948 0.052
#> SRR1082059 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1320987 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1086417 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1454095 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR820402 2 0.9977 0.0992 0.472 0.528
#> SRR1337284 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1333083 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1384883 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1476825 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR662486 1 0.3114 0.9370 0.944 0.056
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR615850 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR661949 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.2603 0.9494 0.956 0.044
#> SRR613771 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0376 0.9869 0.004 0.996
#> SRR1079850 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1408267 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1402219 1 0.9775 0.2991 0.588 0.412
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR811213 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR613831 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR814052 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1432802 1 0.1184 0.9763 0.984 0.016
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR654993 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1375225 1 0.6973 0.7689 0.812 0.188
#> SRR1367739 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR663224 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.2778 0.9455 0.952 0.048
#> SRR1471879 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1088706 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1385190 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1437412 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1327548 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR659367 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR655578 1 0.1414 0.9726 0.980 0.020
#> SRR1310645 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.1414 0.9717 0.020 0.980
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR662414 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR656313 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1350196 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1360502 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR615503 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR663428 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1073553 1 0.1184 0.9763 0.984 0.016
#> SRR1354093 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR1453504 2 0.0000 0.9904 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359328 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.4887 0.7186 0.772 0.228 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0424 0.9623 0.000 0.008 0.992
#> SRR613687 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 2 0.4178 0.7751 0.172 0.828 0.000
#> SRR1330284 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 3 0.1163 0.9481 0.000 0.028 0.972
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0424 0.9663 0.992 0.008 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 3 0.4555 0.7598 0.000 0.200 0.800
#> SRR614287 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437226 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 3 0.1753 0.9313 0.000 0.048 0.952
#> SRR1452824 2 0.4654 0.7243 0.000 0.792 0.208
#> SRR615754 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380829 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.6154 0.3203 0.000 0.408 0.592
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.5098 0.6869 0.752 0.248 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336048 3 0.0424 0.9623 0.000 0.008 0.992
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 3 0.6192 0.3155 0.000 0.420 0.580
#> SRR1312464 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0424 0.9623 0.000 0.008 0.992
#> SRR811423 2 0.6126 0.3045 0.400 0.600 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 2 0.6286 0.0933 0.464 0.536 0.000
#> SRR1074550 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR817026 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417224 3 0.0424 0.9622 0.000 0.008 0.992
#> SRR661687 3 0.3116 0.8709 0.000 0.108 0.892
#> SRR1431804 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR664072 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 3 0.6225 0.2734 0.000 0.432 0.568
#> SRR1311308 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368006 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.6079 0.3959 0.612 0.388 0.000
#> SRR1362621 3 0.3116 0.8713 0.000 0.108 0.892
#> SRR1451718 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0892 0.9486 0.000 0.980 0.020
#> SRR1335005 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 2 0.4452 0.7371 0.000 0.808 0.192
#> SRR1404483 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.4605 0.7532 0.796 0.204 0.000
#> SRR1408615 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.5138 0.6806 0.748 0.252 0.000
#> SRR1098385 3 0.0424 0.9622 0.000 0.008 0.992
#> SRR1363947 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.4235 0.7903 0.824 0.176 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417178 3 0.1031 0.9512 0.000 0.024 0.976
#> SRR1335278 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.5760 0.5179 0.328 0.672 0.000
#> SRR615153 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434417 1 0.0237 0.9698 0.996 0.004 0.000
#> SRR1070159 3 0.1289 0.9451 0.000 0.032 0.968
#> SRR1332508 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 1 0.2448 0.9035 0.924 0.076 0.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320987 2 0.6235 0.2164 0.436 0.564 0.000
#> SRR1086417 1 0.0237 0.9698 0.996 0.004 0.000
#> SRR1454095 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR614791 3 0.0892 0.9541 0.000 0.020 0.980
#> SRR821255 2 0.1289 0.9354 0.032 0.968 0.000
#> SRR820402 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337284 2 0.0747 0.9510 0.016 0.984 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384883 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476825 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443332 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR661949 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441655 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR613771 2 0.0237 0.9625 0.000 0.996 0.004
#> SRR1479471 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0237 0.9625 0.000 0.996 0.004
#> SRR1414040 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0237 0.9625 0.000 0.996 0.004
#> SRR1408267 2 0.0747 0.9511 0.016 0.984 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR612203 1 0.0592 0.9628 0.988 0.012 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402350 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.6180 0.3198 0.584 0.416 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.4750 0.7363 0.784 0.216 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.5431 0.6249 0.716 0.284 0.000
#> SRR614888 2 0.3619 0.8199 0.136 0.864 0.000
#> SRR1431694 2 0.3116 0.8560 0.108 0.892 0.000
#> SRR614347 3 0.3412 0.8569 0.000 0.124 0.876
#> SRR1334228 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR815422 3 0.3116 0.8709 0.000 0.108 0.892
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR614827 3 0.0424 0.9622 0.000 0.008 0.992
#> SRR614587 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.4750 0.7363 0.784 0.216 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 3 0.1289 0.9457 0.000 0.032 0.968
#> SRR654993 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR663224 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.5397 0.5880 0.000 0.720 0.280
#> SRR1413055 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.5327 0.6086 0.000 0.728 0.272
#> SRR812080 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.4605 0.7195 0.000 0.796 0.204
#> SRR1410286 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.0237 0.9625 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088706 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.5529 0.5533 0.000 0.704 0.296
#> SRR1385190 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.4842 0.7201 0.000 0.224 0.776
#> SRR612178 3 0.5760 0.5321 0.000 0.328 0.672
#> SRR1354423 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327548 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR818961 1 0.4702 0.7420 0.788 0.212 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.4796 0.7304 0.780 0.220 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.1529 0.9279 0.040 0.960 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350196 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 3 0.1031 0.9512 0.000 0.024 0.976
#> SRR1360502 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391901 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312622 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR615503 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.9668 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9732 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 2 0.1389 0.74121 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1359328 3 0.3447 0.80126 0.000 0.020 0.852 0.128
#> SRR821124 4 0.5000 -0.43528 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1335188 1 0.5277 0.48123 0.532 0.008 0.000 0.460
#> SRR1075825 2 0.4998 0.44092 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1321921 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384073 1 0.1716 0.72606 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1312802 4 0.7559 -0.04812 0.336 0.204 0.000 0.460
#> SRR1076559 1 0.4977 0.49184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1370085 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.3907 0.68118 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1476165 1 0.5147 0.48673 0.536 0.004 0.000 0.460
#> SRR1459631 4 0.5511 -0.45701 0.000 0.016 0.484 0.500
#> SRR1448098 2 0.3486 0.72054 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1321401 2 0.1302 0.75178 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR807613 2 0.3074 0.73195 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR808086 3 0.5069 0.69315 0.000 0.016 0.664 0.320
#> SRR613687 2 0.3172 0.72848 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1471011 4 0.4008 0.22902 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1330284 4 0.5000 -0.43823 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1320624 4 0.5695 -0.44325 0.000 0.024 0.476 0.500
#> SRR1459519 1 0.4961 0.50160 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1091184 2 0.4941 0.51320 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1390561 1 0.4977 0.49184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR658164 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.2647 0.74920 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR814996 3 0.0336 0.83187 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1407410 2 0.1557 0.74198 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1453392 3 0.4605 0.69409 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1445873 1 0.4972 0.49523 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1419985 2 0.0707 0.74962 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR820938 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476844 4 0.7040 -0.24822 0.420 0.120 0.000 0.460
#> SRR1403526 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.4998 0.44032 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1441051 4 0.6482 -0.35797 0.000 0.072 0.424 0.504
#> SRR614287 2 0.2469 0.74893 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1092062 2 0.1211 0.74369 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR612611 2 0.1302 0.75178 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1376356 2 0.0592 0.73943 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1405078 3 0.3074 0.80295 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1437226 2 0.3219 0.72265 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1326078 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.4697 0.67988 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1440919 4 0.6586 -0.34418 0.000 0.080 0.420 0.500
#> SRR1452824 4 0.3893 0.18702 0.000 0.196 0.008 0.796
#> SRR615754 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.74664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614551 4 0.4985 -0.41105 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1380829 3 0.0188 0.83272 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1455761 1 0.2149 0.75235 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1465189 4 0.4274 0.21556 0.000 0.148 0.044 0.808
#> SRR1376895 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.3311 0.72365 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1409239 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.5594 0.46243 0.520 0.020 0.000 0.460
#> SRR657540 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821096 4 0.5000 -0.43823 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR613591 2 0.3123 0.72862 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1344205 3 0.0336 0.83187 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR612479 4 0.7559 -0.04812 0.336 0.204 0.000 0.460
#> SRR1399950 1 0.6005 0.42546 0.500 0.040 0.000 0.460
#> SRR1336048 3 0.5615 0.66624 0.000 0.032 0.612 0.356
#> SRR1368896 1 0.1637 0.76420 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1379403 4 0.7433 -0.08975 0.000 0.208 0.288 0.504
#> SRR1312464 1 0.6452 0.36424 0.472 0.068 0.000 0.460
#> SRR1096478 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.2216 0.75004 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1348138 3 0.5026 0.70309 0.000 0.016 0.672 0.312
#> SRR811423 4 0.6308 0.29012 0.136 0.208 0.000 0.656
#> SRR615683 1 0.3688 0.68815 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1380336 2 0.4543 0.60180 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR817609 4 0.6834 0.24355 0.176 0.224 0.000 0.600
#> SRR1074550 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499236 2 0.1557 0.74368 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR656083 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.5685 0.45558 0.516 0.024 0.000 0.460
#> SRR1347190 1 0.6395 0.37357 0.476 0.064 0.000 0.460
#> SRR1355126 4 0.4800 0.16481 0.004 0.340 0.000 0.656
#> SRR615165 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466046 4 0.6661 -0.34035 0.456 0.084 0.000 0.460
#> SRR1097055 2 0.4998 0.44092 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1312370 2 0.0469 0.74176 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR655325 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.1302 0.74469 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR815685 2 0.4955 0.50449 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR817026 3 0.5138 0.62477 0.000 0.008 0.600 0.392
#> SRR1417224 3 0.5543 0.66853 0.000 0.028 0.612 0.360
#> SRR661687 3 0.6969 0.41528 0.000 0.112 0.448 0.440
#> SRR1431804 1 0.6395 0.37779 0.476 0.064 0.000 0.460
#> SRR664072 3 0.0336 0.83187 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR612923 2 0.4999 0.43768 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1315890 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.1637 0.73008 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.4843 0.54195 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1468360 2 0.1022 0.73926 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1404084 1 0.6077 0.41745 0.496 0.044 0.000 0.460
#> SRR615994 3 0.0336 0.83187 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1475718 2 0.3123 0.72651 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1397200 3 0.0336 0.83187 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR655519 4 0.7456 -0.04143 0.000 0.236 0.256 0.508
#> SRR1311308 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368006 4 0.5511 -0.45701 0.000 0.016 0.484 0.500
#> SRR613651 4 0.7646 0.02779 0.304 0.236 0.000 0.460
#> SRR1362621 4 0.6380 -0.37299 0.000 0.064 0.436 0.500
#> SRR1451718 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.3726 0.77781 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1079636 2 0.3907 0.68263 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1442549 2 0.1389 0.72852 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1466421 2 0.2345 0.75160 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR817397 4 0.5000 -0.44024 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1341809 2 0.0707 0.73723 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR614623 4 0.7417 -0.09384 0.000 0.284 0.208 0.508
#> SRR1335005 4 0.5000 -0.43823 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1407065 2 0.5155 0.45956 0.000 0.528 0.004 0.468
#> SRR1404483 3 0.4072 0.75678 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1096222 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 4 0.7535 -0.03795 0.336 0.200 0.000 0.464
#> SRR1408615 3 0.3024 0.80261 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1070597 2 0.1302 0.73114 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1332381 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 4 0.7256 0.20096 0.204 0.256 0.000 0.540
#> SRR1098385 4 0.5695 -0.44373 0.000 0.024 0.476 0.500
#> SRR1363947 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.2149 0.75398 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR662055 2 0.5000 0.42935 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1310455 1 0.4830 0.55099 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1453639 2 0.1022 0.73926 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR662617 2 0.1118 0.73433 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR654778 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0592 0.73943 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1334396 4 0.7362 -0.12606 0.372 0.164 0.000 0.464
#> SRR613867 2 0.4624 0.59160 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1479412 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 3 0.2469 0.81644 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1417178 3 0.5510 0.48887 0.000 0.016 0.504 0.480
#> SRR1335278 1 0.4977 0.49184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR665369 2 0.0592 0.73943 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR657552 1 0.2011 0.71068 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0921 0.74003 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1347750 2 0.2593 0.66378 0.016 0.904 0.000 0.080
#> SRR615153 4 0.4967 -0.31958 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1434417 4 0.7003 -0.25858 0.424 0.116 0.000 0.460
#> SRR1070159 3 0.5576 0.52219 0.000 0.020 0.536 0.444
#> SRR1332508 2 0.2868 0.73465 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1082059 4 0.7283 0.19546 0.208 0.256 0.000 0.536
#> SRR1402491 1 0.3123 0.71907 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1476595 1 0.1798 0.76612 0.944 0.016 0.000 0.040
#> SRR1320987 4 0.7392 0.23861 0.172 0.356 0.000 0.472
#> SRR1086417 4 0.7620 0.00377 0.316 0.224 0.000 0.460
#> SRR1454095 1 0.5277 0.48123 0.532 0.008 0.000 0.460
#> SRR614791 4 0.5606 -0.45025 0.000 0.020 0.480 0.500
#> SRR821255 2 0.5161 -0.07736 0.004 0.520 0.000 0.476
#> SRR820402 2 0.2530 0.74270 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1337284 2 0.2345 0.65715 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1333083 3 0.0336 0.83187 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1384883 3 0.4193 0.74757 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR614431 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 3 0.4877 0.61869 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR1370285 1 0.4977 0.49184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1446673 3 0.0336 0.83187 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1318046 2 0.3400 0.71904 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1341188 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.4907 0.53242 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1476825 2 0.4605 0.54756 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1443332 3 0.4994 0.50726 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR662486 2 0.0000 0.74664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.4977 0.49184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR662942 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0188 0.83284 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1469880 1 0.4977 0.49184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1464977 1 0.1716 0.72606 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.4910 0.73712 0.000 0.020 0.704 0.276
#> SRR661949 2 0.0469 0.74453 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1322227 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441655 4 0.4961 -0.08490 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR613771 2 0.4193 0.60322 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1479471 1 0.5594 0.46245 0.520 0.020 0.000 0.460
#> SRR1488918 2 0.4804 0.54771 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1414040 2 0.0592 0.75059 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1079850 4 0.4277 0.20494 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR663209 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 4 0.4999 -0.43883 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1408267 2 0.5996 0.04914 0.040 0.512 0.000 0.448
#> SRR1314894 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.4916 0.46244 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1395975 2 0.1716 0.73965 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1402219 2 0.1211 0.75214 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1433623 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.4776 0.54917 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR811213 2 0.3123 0.73009 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR663657 2 0.4730 0.51074 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR612203 4 0.7175 -0.20734 0.404 0.136 0.000 0.460
#> SRR613987 4 0.4790 -0.07202 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR613831 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.4746 0.56538 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1382912 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.5594 0.46245 0.520 0.020 0.000 0.460
#> SRR613030 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381459 2 0.4933 0.51753 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1402350 4 0.7423 -0.19846 0.404 0.168 0.000 0.428
#> SRR1419408 1 0.5685 0.45558 0.516 0.024 0.000 0.460
#> SRR655911 3 0.4585 0.70912 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1418243 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 4 0.6903 0.23518 0.184 0.224 0.000 0.592
#> SRR613615 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355284 4 0.7345 -0.07158 0.348 0.168 0.000 0.484
#> SRR1319395 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 4 0.7412 0.04801 0.296 0.200 0.000 0.504
#> SRR614888 4 0.5900 0.27450 0.076 0.260 0.000 0.664
#> SRR1431694 2 0.3257 0.60201 0.004 0.844 0.000 0.152
#> SRR614347 4 0.6507 -0.33827 0.000 0.076 0.404 0.520
#> SRR1334228 3 0.0336 0.83187 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1096007 2 0.4164 0.66640 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR656349 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815422 3 0.7008 0.42487 0.000 0.116 0.448 0.436
#> SRR1360828 4 0.7175 -0.20750 0.404 0.136 0.000 0.460
#> SRR1359005 4 0.4998 -0.43388 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1456652 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.4977 0.49184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1441956 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 3 0.2760 0.81070 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR615790 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614827 3 0.5906 0.55956 0.000 0.036 0.528 0.436
#> SRR614587 3 0.4193 0.74757 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR814052 2 0.1302 0.73306 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1070086 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 4 0.7408 -0.10609 0.364 0.172 0.000 0.464
#> SRR1339296 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432802 2 0.1211 0.73390 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1416911 1 0.1940 0.75776 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1410427 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 4 0.5510 -0.45320 0.000 0.016 0.480 0.504
#> SRR654993 2 0.0817 0.74913 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR656397 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.1022 0.82949 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1433819 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.2973 0.73218 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1367739 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.6077 0.41769 0.496 0.044 0.000 0.460
#> SRR663224 3 0.5500 0.50709 0.000 0.016 0.520 0.464
#> SRR1442840 1 0.4977 0.49184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1374058 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.4955 0.50407 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1456446 4 0.4697 0.06921 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1471879 2 0.0592 0.73943 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR612911 3 0.3649 0.78019 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1395720 4 0.7486 -0.07063 0.000 0.272 0.228 0.500
#> SRR1413055 1 0.5147 0.48673 0.536 0.004 0.000 0.460
#> SRR656770 2 0.5759 0.53282 0.000 0.668 0.064 0.268
#> SRR812080 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479328 1 0.6211 0.41316 0.488 0.052 0.000 0.460
#> SRR661421 2 0.4999 0.54929 0.000 0.660 0.012 0.328
#> SRR1410286 4 0.5000 -0.44024 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1487150 1 0.4977 0.49184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1467035 1 0.4164 0.64165 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1360607 2 0.2011 0.75337 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1333106 2 0.4193 0.60923 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1088706 2 0.4955 0.33230 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1320053 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350392 4 0.6946 -0.26464 0.000 0.380 0.116 0.504
#> SRR1385190 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080093 3 0.4941 0.57477 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1318753 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.7820 -0.01457 0.000 0.412 0.312 0.276
#> SRR612178 4 0.7778 -0.11173 0.000 0.324 0.256 0.420
#> SRR1354423 4 0.7003 -0.25902 0.424 0.116 0.000 0.460
#> SRR1072724 1 0.2921 0.72718 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1418450 2 0.3266 0.72874 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1326427 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437412 2 0.1389 0.72751 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1327548 3 0.3873 0.77234 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1395891 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659367 1 0.4103 0.47091 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR818961 4 0.7368 -0.13558 0.376 0.164 0.000 0.460
#> SRR813704 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.1302 0.77016 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1476467 4 0.7494 -0.07682 0.352 0.188 0.000 0.460
#> SRR1407988 4 0.5000 -0.43528 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1394776 2 0.4877 0.53716 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR655578 2 0.0921 0.74003 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1310645 3 0.4193 0.74757 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1345628 1 0.4961 0.50332 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1479740 1 0.3123 0.71907 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1332095 4 0.7638 0.01465 0.308 0.232 0.000 0.460
#> SRR1444786 2 0.1022 0.73926 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1090070 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.1389 0.72852 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR661216 2 0.3486 0.72350 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR656313 2 0.0592 0.74888 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR615671 2 0.1118 0.74034 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1350196 3 0.4576 0.76358 0.000 0.020 0.748 0.232
#> SRR1466580 1 0.4977 0.49184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1408032 2 0.3172 0.73368 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1432913 4 0.5604 -0.44625 0.000 0.020 0.476 0.504
#> SRR1360502 4 0.4605 0.08114 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1391901 2 0.4804 0.56097 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1311131 4 0.6755 -0.32022 0.448 0.092 0.000 0.460
#> SRR1380636 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.5355 0.58446 0.736 0.180 0.000 0.084
#> SRR1341563 2 0.5000 0.42345 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1359410 3 0.1211 0.82752 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1473040 3 0.0336 0.83187 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1321444 4 0.6661 -0.33999 0.456 0.084 0.000 0.460
#> SRR1498765 3 0.1867 0.82125 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1312622 3 0.4193 0.74757 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR615503 1 0.5859 0.59632 0.704 0.156 0.000 0.140
#> SRR1453192 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.0188 0.83284 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1075384 1 0.6506 0.35396 0.468 0.072 0.000 0.460
#> SRR1356683 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.78328 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.4977 0.49184 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR613249 3 0.0000 0.83353 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663428 2 0.1211 0.74369 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1341302 2 0.3610 0.70826 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1073553 2 0.2921 0.73333 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1354093 3 0.0336 0.83360 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406521 2 0.5000 0.42345 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1432049 1 0.5277 0.48123 0.532 0.008 0.000 0.460
#> SRR1453504 2 0.4679 0.58101 0.000 0.648 0.000 0.352
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 2 0.2209 0.8022 0.000 0.912 0.000 0.032 0.056
#> SRR1359328 3 0.5927 0.6203 0.000 0.096 0.676 0.172 0.056
#> SRR821124 4 0.2331 0.7870 0.000 0.080 0.000 0.900 0.020
#> SRR1335188 5 0.3427 0.8351 0.192 0.000 0.000 0.012 0.796
#> SRR1075825 4 0.3644 0.7502 0.000 0.080 0.000 0.824 0.096
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384073 1 0.1970 0.8572 0.924 0.060 0.000 0.004 0.012
#> SRR1312802 5 0.3531 0.8412 0.152 0.016 0.000 0.012 0.820
#> SRR1076559 5 0.3398 0.8210 0.216 0.000 0.000 0.004 0.780
#> SRR1370085 1 0.0510 0.9156 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1460363 1 0.0510 0.9156 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1480221 2 0.5932 0.4950 0.000 0.560 0.000 0.308 0.132
#> SRR1476165 5 0.2929 0.8415 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1459631 4 0.3058 0.7760 0.000 0.000 0.096 0.860 0.044
#> SRR1448098 2 0.3752 0.8191 0.000 0.812 0.000 0.124 0.064
#> SRR1321401 2 0.2992 0.8476 0.000 0.868 0.000 0.064 0.068
#> SRR807613 2 0.3579 0.8325 0.000 0.828 0.000 0.100 0.072
#> SRR808086 4 0.4969 0.4589 0.000 0.000 0.376 0.588 0.036
#> SRR613687 2 0.3639 0.8312 0.000 0.824 0.000 0.100 0.076
#> SRR1471011 5 0.2411 0.7328 0.000 0.008 0.000 0.108 0.884
#> SRR1330284 4 0.2580 0.7818 0.000 0.064 0.000 0.892 0.044
#> SRR1320624 4 0.2511 0.7799 0.000 0.004 0.088 0.892 0.016
#> SRR1459519 5 0.3300 0.8280 0.204 0.000 0.000 0.004 0.792
#> SRR1091184 4 0.4781 0.6779 0.000 0.160 0.000 0.728 0.112
#> SRR1390561 5 0.3300 0.8280 0.204 0.000 0.000 0.004 0.792
#> SRR658164 1 0.0290 0.9149 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1087079 2 0.3075 0.8398 0.000 0.860 0.000 0.092 0.048
#> SRR814996 3 0.0290 0.9228 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1407410 2 0.1992 0.8055 0.000 0.924 0.000 0.032 0.044
#> SRR1453392 4 0.3300 0.6911 0.000 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR1445873 5 0.3630 0.8242 0.204 0.000 0.000 0.016 0.780
#> SRR1419985 2 0.2446 0.8529 0.000 0.900 0.000 0.056 0.044
#> SRR820938 3 0.0162 0.9242 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476844 5 0.3399 0.8432 0.172 0.004 0.000 0.012 0.812
#> SRR1403526 1 0.0162 0.9184 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413916 4 0.4212 0.7329 0.000 0.144 0.000 0.776 0.080
#> SRR1441051 4 0.2507 0.7854 0.000 0.016 0.072 0.900 0.012
#> SRR614287 2 0.3159 0.8434 0.000 0.856 0.000 0.088 0.056
#> SRR1092062 2 0.3759 0.8299 0.000 0.816 0.000 0.092 0.092
#> SRR612611 2 0.2992 0.8475 0.000 0.868 0.000 0.068 0.064
#> SRR1376356 2 0.1364 0.8512 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1405078 3 0.4275 0.5451 0.000 0.000 0.696 0.284 0.020
#> SRR1437226 2 0.4317 0.7968 0.000 0.772 0.000 0.116 0.112
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 4 0.3530 0.6885 0.000 0.000 0.204 0.784 0.012
#> SRR1440919 4 0.2921 0.7870 0.000 0.020 0.068 0.884 0.028
#> SRR1452824 5 0.4383 0.0979 0.000 0.004 0.000 0.424 0.572
#> SRR615754 1 0.0609 0.9150 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1341787 2 0.0992 0.8503 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR614551 4 0.3705 0.7523 0.000 0.064 0.000 0.816 0.120
#> SRR1380829 3 0.0671 0.9151 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1455761 1 0.4106 0.5527 0.724 0.000 0.000 0.020 0.256
#> SRR1465189 5 0.4390 0.0747 0.000 0.000 0.004 0.428 0.568
#> SRR1376895 1 0.0162 0.9177 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445002 1 0.0510 0.9156 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1469258 2 0.4444 0.7916 0.000 0.760 0.000 0.136 0.104
#> SRR1409239 1 0.0510 0.9156 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 5 0.3242 0.8422 0.172 0.000 0.000 0.012 0.816
#> SRR657540 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821096 4 0.3464 0.7585 0.000 0.068 0.000 0.836 0.096
#> SRR613591 2 0.3639 0.8312 0.000 0.824 0.000 0.100 0.076
#> SRR1344205 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612479 5 0.3541 0.8393 0.144 0.020 0.000 0.012 0.824
#> SRR1399950 5 0.2966 0.8414 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1336048 4 0.6342 0.5221 0.000 0.080 0.252 0.608 0.060
#> SRR1368896 1 0.4029 0.4269 0.680 0.000 0.000 0.004 0.316
#> SRR1379403 4 0.2730 0.7912 0.000 0.044 0.044 0.896 0.016
#> SRR1312464 5 0.3209 0.8410 0.180 0.000 0.000 0.008 0.812
#> SRR1096478 1 0.0510 0.9156 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1459845 1 0.3727 0.6315 0.768 0.000 0.000 0.016 0.216
#> SRR1348138 4 0.4686 0.4442 0.000 0.000 0.384 0.596 0.020
#> SRR811423 5 0.3171 0.8143 0.084 0.008 0.000 0.044 0.864
#> SRR615683 5 0.4740 0.2943 0.468 0.000 0.000 0.016 0.516
#> SRR1380336 4 0.5295 0.1817 0.000 0.464 0.000 0.488 0.048
#> SRR817609 5 0.2234 0.7855 0.032 0.012 0.000 0.036 0.920
#> SRR1074550 3 0.0162 0.9242 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499236 2 0.0898 0.8460 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR656083 1 0.0162 0.9184 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR817539 1 0.0510 0.9156 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1410801 5 0.3427 0.8376 0.192 0.000 0.000 0.012 0.796
#> SRR1347190 5 0.2813 0.8440 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1355126 5 0.5117 0.4966 0.004 0.204 0.000 0.096 0.696
#> SRR615165 3 0.0162 0.9242 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466046 5 0.2929 0.8413 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1097055 4 0.3800 0.7437 0.000 0.080 0.000 0.812 0.108
#> SRR1312370 2 0.1579 0.8530 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> SRR655325 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.3759 0.8299 0.000 0.816 0.000 0.092 0.092
#> SRR815685 4 0.3791 0.7442 0.000 0.076 0.000 0.812 0.112
#> SRR817026 4 0.3318 0.6983 0.000 0.000 0.192 0.800 0.008
#> SRR1417224 4 0.5006 0.7058 0.000 0.084 0.104 0.760 0.052
#> SRR661687 4 0.3216 0.7720 0.000 0.048 0.068 0.868 0.016
#> SRR1431804 5 0.2930 0.8434 0.164 0.004 0.000 0.000 0.832
#> SRR664072 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612923 4 0.2625 0.7783 0.000 0.108 0.000 0.876 0.016
#> SRR1315890 1 0.0162 0.9184 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347726 1 0.1970 0.8572 0.924 0.060 0.000 0.004 0.012
#> SRR1500360 5 0.4885 0.4900 0.400 0.000 0.000 0.028 0.572
#> SRR1468360 2 0.1992 0.8058 0.000 0.924 0.000 0.032 0.044
#> SRR1404084 5 0.2732 0.8440 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR615994 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.4676 0.7724 0.000 0.740 0.000 0.140 0.120
#> SRR1397200 3 0.0290 0.9222 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR655519 4 0.2504 0.7923 0.000 0.064 0.032 0.900 0.004
#> SRR1311308 3 0.0162 0.9242 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1368006 4 0.2511 0.7799 0.000 0.004 0.088 0.892 0.016
#> SRR613651 5 0.3163 0.7877 0.052 0.036 0.000 0.036 0.876
#> SRR1362621 4 0.3392 0.7805 0.000 0.008 0.080 0.852 0.060
#> SRR1451718 1 0.0290 0.9182 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1095334 3 0.4613 0.2945 0.000 0.000 0.620 0.360 0.020
#> SRR1079636 2 0.5975 0.4191 0.000 0.532 0.000 0.344 0.124
#> SRR1442549 2 0.2074 0.8187 0.000 0.920 0.000 0.036 0.044
#> SRR1466421 2 0.3281 0.8397 0.000 0.848 0.000 0.092 0.060
#> SRR817397 4 0.2249 0.7833 0.000 0.096 0.000 0.896 0.008
#> SRR1341809 2 0.1364 0.8512 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR614623 4 0.3707 0.7597 0.000 0.056 0.008 0.828 0.108
#> SRR1335005 4 0.2962 0.7795 0.000 0.084 0.000 0.868 0.048
#> SRR1407065 4 0.2900 0.7669 0.000 0.108 0.000 0.864 0.028
#> SRR1404483 4 0.4430 0.4767 0.000 0.000 0.360 0.628 0.012
#> SRR1096222 1 0.0510 0.9156 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401793 5 0.2518 0.8160 0.080 0.016 0.000 0.008 0.896
#> SRR1408615 3 0.4477 0.5682 0.000 0.000 0.708 0.252 0.040
#> SRR1070597 2 0.1915 0.8210 0.000 0.928 0.000 0.032 0.040
#> SRR1332381 1 0.0404 0.9169 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 5 0.2589 0.7562 0.008 0.048 0.000 0.044 0.900
#> SRR1098385 4 0.2635 0.7802 0.000 0.008 0.088 0.888 0.016
#> SRR1363947 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.2654 0.8487 0.000 0.884 0.000 0.084 0.032
#> SRR662055 4 0.3464 0.7578 0.000 0.068 0.000 0.836 0.096
#> SRR1310455 5 0.4132 0.7589 0.260 0.000 0.000 0.020 0.720
#> SRR1453639 2 0.2209 0.8022 0.000 0.912 0.000 0.032 0.056
#> SRR662617 2 0.1331 0.8501 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR654778 1 0.0613 0.9118 0.984 0.004 0.000 0.004 0.008
#> SRR661782 2 0.1444 0.8509 0.000 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1334396 5 0.3190 0.8391 0.140 0.008 0.000 0.012 0.840
#> SRR613867 4 0.5271 0.2579 0.000 0.432 0.000 0.520 0.048
#> SRR1479412 1 0.0290 0.9179 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1331620 1 0.0162 0.9184 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1082809 3 0.3812 0.6929 0.000 0.000 0.772 0.204 0.024
#> SRR1417178 4 0.4266 0.7369 0.000 0.000 0.104 0.776 0.120
#> SRR1335278 5 0.3300 0.8280 0.204 0.000 0.000 0.004 0.792
#> SRR665369 2 0.1444 0.8509 0.000 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR657552 1 0.2228 0.8425 0.908 0.076 0.000 0.004 0.012
#> SRR812412 1 0.0162 0.9177 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1096500 2 0.1310 0.8328 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR1347750 2 0.2026 0.8432 0.016 0.928 0.000 0.012 0.044
#> SRR615153 4 0.3692 0.7579 0.000 0.052 0.000 0.812 0.136
#> SRR1434417 5 0.3399 0.8432 0.172 0.004 0.000 0.012 0.812
#> SRR1070159 4 0.5438 0.5955 0.000 0.004 0.260 0.644 0.092
#> SRR1332508 2 0.4428 0.7935 0.000 0.760 0.000 0.144 0.096
#> SRR1082059 5 0.2901 0.7659 0.020 0.048 0.000 0.044 0.888
#> SRR1402491 1 0.4448 -0.1703 0.516 0.000 0.000 0.004 0.480
#> SRR1476595 1 0.2429 0.8377 0.900 0.076 0.000 0.004 0.020
#> SRR1320987 5 0.5848 0.2297 0.012 0.352 0.000 0.076 0.560
#> SRR1086417 5 0.3250 0.7812 0.044 0.044 0.000 0.040 0.872
#> SRR1454095 5 0.3456 0.8310 0.204 0.004 0.000 0.004 0.788
#> SRR614791 4 0.3120 0.7802 0.000 0.004 0.084 0.864 0.048
#> SRR821255 5 0.3074 0.6835 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR820402 2 0.3471 0.8363 0.000 0.836 0.000 0.092 0.072
#> SRR1337284 2 0.1444 0.8474 0.000 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1333083 3 0.0162 0.9233 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1384883 4 0.4046 0.5800 0.000 0.000 0.296 0.696 0.008
#> SRR614431 1 0.0510 0.9156 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481106 4 0.3053 0.7563 0.000 0.008 0.128 0.852 0.012
#> SRR1370285 5 0.3333 0.8262 0.208 0.000 0.000 0.004 0.788
#> SRR1446673 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.4127 0.8033 0.000 0.784 0.000 0.136 0.080
#> SRR1341188 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0162 0.9177 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322864 4 0.4981 0.6412 0.000 0.188 0.000 0.704 0.108
#> SRR1476825 4 0.5389 0.2951 0.000 0.436 0.000 0.508 0.056
#> SRR1443332 4 0.3359 0.7692 0.000 0.000 0.108 0.840 0.052
#> SRR662486 2 0.1364 0.8532 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1447019 5 0.3143 0.8291 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR662942 1 0.0162 0.9177 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 5 0.3530 0.8258 0.204 0.000 0.000 0.012 0.784
#> SRR1464977 1 0.2095 0.8571 0.920 0.060 0.000 0.008 0.012
#> SRR615850 4 0.6845 0.2877 0.000 0.096 0.352 0.496 0.056
#> SRR661949 2 0.1444 0.8509 0.000 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1322227 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441655 5 0.5958 0.2068 0.000 0.288 0.000 0.144 0.568
#> SRR613771 2 0.5320 -0.0583 0.000 0.524 0.000 0.424 0.052
#> SRR1479471 5 0.3074 0.8351 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1488918 4 0.4622 0.6097 0.000 0.264 0.000 0.692 0.044
#> SRR1414040 2 0.2370 0.8532 0.000 0.904 0.000 0.056 0.040
#> SRR1079850 5 0.4017 0.6505 0.000 0.064 0.000 0.148 0.788
#> SRR663209 1 0.0613 0.9118 0.984 0.004 0.000 0.004 0.008
#> SRR1364914 4 0.2361 0.7830 0.000 0.096 0.000 0.892 0.012
#> SRR1408267 2 0.5410 0.4955 0.000 0.584 0.000 0.072 0.344
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 4 0.6778 -0.0504 0.000 0.356 0.000 0.368 0.276
#> SRR1395975 2 0.2067 0.8039 0.000 0.920 0.000 0.032 0.048
#> SRR1402219 2 0.2370 0.8537 0.000 0.904 0.000 0.056 0.040
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 4 0.4227 0.6086 0.000 0.292 0.000 0.692 0.016
#> SRR811213 2 0.3590 0.8384 0.000 0.828 0.000 0.092 0.080
#> SRR663657 2 0.6535 0.4307 0.000 0.480 0.000 0.244 0.276
#> SRR612203 5 0.3211 0.8441 0.164 0.008 0.000 0.004 0.824
#> SRR613987 4 0.4584 0.6532 0.000 0.056 0.000 0.716 0.228
#> SRR613831 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 4 0.5016 0.4653 0.000 0.348 0.000 0.608 0.044
#> SRR1382912 1 0.0510 0.9156 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1475501 1 0.0404 0.9177 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1336930 5 0.3427 0.8359 0.192 0.000 0.000 0.012 0.796
#> SRR613030 3 0.0162 0.9242 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381459 4 0.5102 0.6331 0.000 0.216 0.000 0.684 0.100
#> SRR1402350 5 0.5790 0.6658 0.120 0.148 0.000 0.044 0.688
#> SRR1419408 5 0.3132 0.8429 0.172 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR655911 4 0.4325 0.7100 0.000 0.024 0.168 0.776 0.032
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 5 0.2351 0.7832 0.028 0.020 0.000 0.036 0.916
#> SRR613615 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355284 5 0.2856 0.8266 0.104 0.008 0.000 0.016 0.872
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 5 0.2747 0.8197 0.088 0.012 0.000 0.016 0.884
#> SRR614888 5 0.2853 0.7498 0.004 0.040 0.000 0.076 0.880
#> SRR1431694 2 0.2359 0.8115 0.000 0.904 0.000 0.036 0.060
#> SRR614347 4 0.2341 0.7832 0.000 0.020 0.056 0.912 0.012
#> SRR1334228 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.6004 0.3480 0.000 0.508 0.000 0.372 0.120
#> SRR656349 1 0.0290 0.9149 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR815422 4 0.3553 0.7646 0.000 0.048 0.072 0.852 0.028
#> SRR1360828 5 0.2886 0.8431 0.148 0.008 0.000 0.000 0.844
#> SRR1359005 4 0.2361 0.7830 0.000 0.096 0.000 0.892 0.012
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 5 0.3300 0.8280 0.204 0.000 0.000 0.004 0.792
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 3 0.4014 0.6107 0.000 0.000 0.728 0.256 0.016
#> SRR615790 3 0.0162 0.9242 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614827 4 0.3779 0.7526 0.000 0.040 0.092 0.836 0.032
#> SRR614587 4 0.3928 0.5837 0.000 0.000 0.296 0.700 0.004
#> SRR814052 2 0.1992 0.8203 0.000 0.924 0.000 0.032 0.044
#> SRR1070086 1 0.0510 0.9156 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481440 5 0.3190 0.8391 0.140 0.008 0.000 0.012 0.840
#> SRR1339296 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.0162 0.9242 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432802 2 0.1915 0.8210 0.000 0.928 0.000 0.032 0.040
#> SRR1416911 1 0.4029 0.4255 0.680 0.000 0.000 0.004 0.316
#> SRR1410427 1 0.1179 0.8994 0.964 0.016 0.000 0.004 0.016
#> SRR1401185 4 0.2642 0.7809 0.000 0.004 0.084 0.888 0.024
#> SRR654993 2 0.1012 0.8510 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR656397 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.1270 0.8870 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1433819 1 0.0290 0.9179 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1375225 2 0.3800 0.8259 0.000 0.812 0.000 0.108 0.080
#> SRR1367739 3 0.0162 0.9242 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323336 5 0.3299 0.8141 0.108 0.004 0.000 0.040 0.848
#> SRR663224 4 0.2773 0.7664 0.000 0.000 0.112 0.868 0.020
#> SRR1442840 5 0.3630 0.8237 0.204 0.000 0.000 0.016 0.780
#> SRR1374058 1 0.0290 0.9179 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR656994 1 0.0451 0.9123 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469214 4 0.4573 0.6970 0.000 0.164 0.000 0.744 0.092
#> SRR1456446 5 0.4803 0.5247 0.000 0.184 0.000 0.096 0.720
#> SRR1471879 2 0.1364 0.8512 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR612911 3 0.4354 0.2966 0.000 0.000 0.624 0.368 0.008
#> SRR1395720 4 0.2927 0.7910 0.000 0.048 0.036 0.888 0.028
#> SRR1413055 5 0.3318 0.8366 0.192 0.000 0.000 0.008 0.800
#> SRR656770 2 0.5320 -0.0583 0.000 0.524 0.000 0.424 0.052
#> SRR812080 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479328 5 0.3613 0.8388 0.160 0.016 0.000 0.012 0.812
#> SRR661421 4 0.5246 0.4178 0.000 0.384 0.000 0.564 0.052
#> SRR1410286 4 0.2124 0.7838 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004
#> SRR1487150 5 0.3333 0.8262 0.208 0.000 0.000 0.004 0.788
#> SRR1467035 1 0.4821 -0.1757 0.516 0.000 0.000 0.020 0.464
#> SRR1360607 2 0.2554 0.8515 0.000 0.892 0.000 0.072 0.036
#> SRR1333106 2 0.5329 -0.0796 0.000 0.516 0.000 0.432 0.052
#> SRR1088706 5 0.6344 -0.2262 0.000 0.400 0.000 0.160 0.440
#> SRR1320053 3 0.0162 0.9242 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1350392 4 0.2672 0.7931 0.000 0.064 0.024 0.896 0.016
#> SRR1385190 3 0.0290 0.9228 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1080093 4 0.2646 0.7594 0.000 0.004 0.124 0.868 0.004
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 4 0.6365 0.3019 0.000 0.416 0.048 0.480 0.056
#> SRR612178 4 0.4320 0.7329 0.000 0.132 0.024 0.792 0.052
#> SRR1354423 5 0.3289 0.8434 0.172 0.004 0.000 0.008 0.816
#> SRR1072724 1 0.4585 0.3103 0.628 0.000 0.000 0.020 0.352
#> SRR1418450 2 0.3608 0.8272 0.000 0.824 0.000 0.112 0.064
#> SRR1326427 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437412 2 0.1981 0.8379 0.000 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR1327548 4 0.4588 0.4137 0.000 0.000 0.380 0.604 0.016
#> SRR1395891 1 0.0290 0.9179 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR659367 1 0.3905 0.6517 0.752 0.232 0.000 0.004 0.012
#> SRR818961 5 0.3277 0.8412 0.148 0.008 0.000 0.012 0.832
#> SRR813704 1 0.0162 0.9177 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR613054 1 0.3476 0.7002 0.804 0.000 0.000 0.020 0.176
#> SRR1476467 5 0.3403 0.8427 0.160 0.008 0.000 0.012 0.820
#> SRR1407988 4 0.2351 0.7858 0.000 0.088 0.000 0.896 0.016
#> SRR1394776 4 0.3966 0.7455 0.000 0.132 0.000 0.796 0.072
#> SRR655578 2 0.0865 0.8451 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1310645 4 0.3928 0.5837 0.000 0.000 0.296 0.700 0.004
#> SRR1345628 5 0.3333 0.8262 0.208 0.000 0.000 0.004 0.788
#> SRR1479740 1 0.4443 -0.1309 0.524 0.000 0.000 0.004 0.472
#> SRR1332095 5 0.3191 0.7964 0.052 0.084 0.000 0.004 0.860
#> SRR1444786 2 0.2067 0.8039 0.000 0.920 0.000 0.032 0.048
#> SRR1090070 1 0.0510 0.9156 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR662414 2 0.2352 0.8152 0.008 0.912 0.000 0.032 0.048
#> SRR661216 2 0.3798 0.8164 0.000 0.808 0.000 0.128 0.064
#> SRR656313 2 0.2522 0.8526 0.000 0.896 0.000 0.052 0.052
#> SRR615671 2 0.1992 0.8191 0.000 0.924 0.000 0.032 0.044
#> SRR1350196 4 0.6884 0.0656 0.000 0.092 0.424 0.428 0.056
#> SRR1466580 5 0.3630 0.8242 0.204 0.000 0.000 0.016 0.780
#> SRR1408032 2 0.2411 0.8324 0.000 0.884 0.000 0.108 0.008
#> SRR1432913 4 0.2177 0.7812 0.000 0.008 0.080 0.908 0.004
#> SRR1360502 5 0.6023 0.2995 0.000 0.168 0.000 0.260 0.572
#> SRR1391901 4 0.4624 0.6790 0.000 0.144 0.000 0.744 0.112
#> SRR1311131 5 0.3242 0.8432 0.172 0.000 0.000 0.012 0.816
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.6207 0.4562 0.568 0.244 0.000 0.004 0.184
#> SRR1341563 4 0.2654 0.7809 0.000 0.064 0.000 0.888 0.048
#> SRR1359410 3 0.3305 0.6889 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1473040 3 0.0162 0.9233 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321444 5 0.3280 0.8425 0.176 0.000 0.000 0.012 0.812
#> SRR1498765 3 0.3661 0.5939 0.000 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1312622 4 0.4025 0.5861 0.000 0.000 0.292 0.700 0.008
#> SRR615503 5 0.7260 0.1587 0.276 0.344 0.000 0.020 0.360
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.0000 0.9246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075384 5 0.3280 0.8425 0.176 0.000 0.000 0.012 0.812
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9186 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0671 0.9136 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1341739 5 0.3333 0.8262 0.208 0.000 0.000 0.004 0.788
#> SRR613249 3 0.0162 0.9242 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663428 2 0.2661 0.8521 0.000 0.888 0.000 0.056 0.056
#> SRR1341302 2 0.4704 0.7642 0.000 0.736 0.000 0.152 0.112
#> SRR1073553 2 0.4343 0.7972 0.000 0.768 0.000 0.136 0.096
#> SRR1354093 3 0.0579 0.9182 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1406521 4 0.3535 0.7591 0.000 0.080 0.000 0.832 0.088
#> SRR1432049 5 0.3280 0.8402 0.176 0.000 0.000 0.012 0.812
#> SRR1453504 4 0.5128 0.5011 0.000 0.268 0.000 0.656 0.076
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.3155 0.5613 0.000 0.160 0.000 0.012 0.012 0.816
#> SRR1359328 4 0.7442 0.3006 0.000 0.200 0.232 0.440 0.016 0.112
#> SRR821124 4 0.3089 0.6349 0.000 0.188 0.000 0.800 0.008 0.004
#> SRR1335188 5 0.2201 0.8690 0.076 0.028 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1075825 2 0.4321 0.3648 0.000 0.580 0.000 0.400 0.008 0.012
#> SRR1321921 1 0.0520 0.9350 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466198 3 0.0146 0.9139 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1384073 1 0.2501 0.8454 0.872 0.016 0.000 0.000 0.004 0.108
#> SRR1312802 5 0.2259 0.8567 0.044 0.044 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR1076559 5 0.2949 0.8362 0.140 0.028 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1370085 1 0.1168 0.9292 0.956 0.028 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1460363 1 0.1124 0.9313 0.956 0.036 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1480221 2 0.4403 0.4161 0.000 0.648 0.000 0.048 0.000 0.304
#> SRR1476165 5 0.2122 0.8711 0.076 0.024 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1459631 4 0.2968 0.7103 0.000 0.128 0.000 0.840 0.028 0.004
#> SRR1448098 6 0.4234 0.2165 0.000 0.440 0.000 0.016 0.000 0.544
#> SRR1321401 6 0.4057 0.3483 0.000 0.388 0.000 0.012 0.000 0.600
#> SRR807613 6 0.4250 0.1614 0.000 0.456 0.000 0.016 0.000 0.528
#> SRR808086 4 0.5555 0.5134 0.000 0.116 0.232 0.620 0.032 0.000
#> SRR613687 2 0.4250 0.0863 0.000 0.528 0.000 0.016 0.000 0.456
#> SRR1471011 2 0.4128 -0.0948 0.000 0.500 0.000 0.004 0.492 0.004
#> SRR1330284 4 0.3844 0.4144 0.000 0.312 0.000 0.676 0.008 0.004
#> SRR1320624 4 0.1888 0.7428 0.000 0.068 0.004 0.916 0.012 0.000
#> SRR1459519 5 0.2019 0.8678 0.088 0.012 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1091184 2 0.4882 0.5295 0.000 0.692 0.000 0.180 0.016 0.112
#> SRR1390561 5 0.1757 0.8707 0.076 0.008 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR658164 1 0.0717 0.9248 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1087079 6 0.4238 0.2122 0.000 0.444 0.000 0.016 0.000 0.540
#> SRR814996 3 0.2339 0.8890 0.000 0.072 0.896 0.012 0.020 0.000
#> SRR1407410 6 0.3948 0.5628 0.000 0.272 0.000 0.012 0.012 0.704
#> SRR1453392 4 0.0922 0.7555 0.000 0.004 0.024 0.968 0.004 0.000
#> SRR1445873 5 0.2147 0.8679 0.084 0.020 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1419985 6 0.3690 0.5203 0.000 0.288 0.000 0.012 0.000 0.700
#> SRR820938 3 0.1321 0.9108 0.000 0.024 0.952 0.004 0.020 0.000
#> SRR1476844 5 0.2209 0.8693 0.072 0.024 0.000 0.000 0.900 0.004
#> SRR1403526 1 0.0717 0.9351 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1413916 4 0.4529 -0.0996 0.000 0.460 0.000 0.508 0.000 0.032
#> SRR1441051 4 0.1155 0.7510 0.000 0.036 0.000 0.956 0.004 0.004
#> SRR614287 6 0.4212 0.2622 0.000 0.424 0.000 0.016 0.000 0.560
#> SRR1092062 6 0.3995 0.0746 0.000 0.480 0.000 0.004 0.000 0.516
#> SRR612611 6 0.4047 0.3577 0.000 0.384 0.000 0.012 0.000 0.604
#> SRR1376356 6 0.1787 0.6650 0.000 0.068 0.000 0.008 0.004 0.920
#> SRR1405078 4 0.5191 0.2066 0.000 0.056 0.396 0.532 0.016 0.000
#> SRR1437226 2 0.4253 0.0734 0.000 0.524 0.000 0.016 0.000 0.460
#> SRR1326078 1 0.0520 0.9350 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1096806 4 0.1065 0.7555 0.000 0.008 0.020 0.964 0.008 0.000
#> SRR1440919 4 0.2361 0.7212 0.000 0.104 0.000 0.880 0.012 0.004
#> SRR1452824 2 0.5437 0.2280 0.000 0.508 0.000 0.108 0.380 0.004
#> SRR615754 1 0.1320 0.9264 0.948 0.036 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1341787 6 0.2362 0.6500 0.000 0.136 0.000 0.000 0.004 0.860
#> SRR614551 2 0.4109 0.4548 0.000 0.652 0.000 0.328 0.012 0.008
#> SRR1380829 3 0.2024 0.9017 0.000 0.036 0.920 0.016 0.028 0.000
#> SRR1455761 1 0.4310 0.0567 0.540 0.020 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR1465189 5 0.5395 0.2432 0.000 0.308 0.000 0.124 0.564 0.004
#> SRR1376895 1 0.0717 0.9321 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1445002 1 0.1168 0.9292 0.956 0.028 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1469258 2 0.4049 0.2115 0.000 0.580 0.000 0.004 0.004 0.412
#> SRR1409239 1 0.1245 0.9279 0.952 0.032 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1480200 1 0.0405 0.9345 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1418323 5 0.2554 0.8632 0.076 0.048 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR657540 3 0.0146 0.9139 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR821096 2 0.4267 0.3208 0.000 0.564 0.000 0.420 0.008 0.008
#> SRR613591 6 0.4238 0.2035 0.000 0.444 0.000 0.016 0.000 0.540
#> SRR1344205 3 0.0146 0.9134 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR612479 5 0.2259 0.8497 0.032 0.040 0.000 0.000 0.908 0.020
#> SRR1399950 5 0.2094 0.8720 0.080 0.020 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1336048 4 0.6405 0.5454 0.000 0.200 0.092 0.596 0.020 0.092
#> SRR1368896 5 0.4015 0.5009 0.372 0.012 0.000 0.000 0.616 0.000
#> SRR1379403 4 0.2213 0.7232 0.000 0.100 0.000 0.888 0.008 0.004
#> SRR1312464 5 0.1946 0.8723 0.072 0.012 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1096478 1 0.1320 0.9296 0.948 0.036 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1459845 1 0.3808 0.6391 0.736 0.036 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1348138 4 0.5292 0.5203 0.000 0.088 0.236 0.644 0.032 0.000
#> SRR811423 5 0.2526 0.8183 0.024 0.096 0.000 0.000 0.876 0.004
#> SRR615683 5 0.3816 0.6407 0.296 0.016 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR1380336 4 0.5879 0.3480 0.000 0.180 0.000 0.508 0.008 0.304
#> SRR817609 5 0.3243 0.6935 0.004 0.208 0.000 0.000 0.780 0.008
#> SRR1074550 3 0.1434 0.9098 0.000 0.024 0.948 0.008 0.020 0.000
#> SRR1499236 6 0.2946 0.6259 0.000 0.176 0.000 0.012 0.000 0.812
#> SRR656083 1 0.0717 0.9351 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR817539 1 0.1268 0.9297 0.952 0.036 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1410801 5 0.2122 0.8696 0.076 0.024 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1347190 5 0.2231 0.8697 0.068 0.028 0.000 0.000 0.900 0.004
#> SRR1355126 2 0.4918 0.4454 0.000 0.656 0.000 0.000 0.160 0.184
#> SRR615165 3 0.1908 0.9055 0.000 0.044 0.924 0.012 0.020 0.000
#> SRR1466046 5 0.1845 0.8717 0.072 0.008 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1097055 2 0.4242 0.4065 0.000 0.612 0.000 0.368 0.008 0.012
#> SRR1312370 6 0.2118 0.6582 0.000 0.104 0.000 0.008 0.000 0.888
#> SRR655325 1 0.0260 0.9349 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR810177 6 0.3993 0.0790 0.000 0.476 0.000 0.004 0.000 0.520
#> SRR815685 2 0.4224 0.4606 0.000 0.640 0.000 0.336 0.008 0.016
#> SRR817026 4 0.1167 0.7558 0.000 0.008 0.020 0.960 0.012 0.000
#> SRR1417224 4 0.4022 0.6536 0.000 0.188 0.000 0.756 0.016 0.040
#> SRR661687 4 0.0767 0.7560 0.000 0.012 0.004 0.976 0.008 0.000
#> SRR1431804 5 0.1950 0.8619 0.064 0.024 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR664072 3 0.0146 0.9134 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR612923 4 0.3735 0.5608 0.000 0.224 0.000 0.748 0.008 0.020
#> SRR1315890 1 0.0717 0.9351 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1347726 1 0.2501 0.8454 0.872 0.016 0.000 0.000 0.004 0.108
#> SRR1500360 5 0.5408 0.2928 0.408 0.116 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1468360 6 0.2773 0.5770 0.000 0.152 0.000 0.004 0.008 0.836
#> SRR1404084 5 0.2221 0.8699 0.072 0.032 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR615994 3 0.0146 0.9134 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.4109 0.2193 0.000 0.576 0.000 0.012 0.000 0.412
#> SRR1397200 3 0.1938 0.8943 0.000 0.052 0.920 0.008 0.020 0.000
#> SRR655519 4 0.0767 0.7537 0.000 0.012 0.000 0.976 0.004 0.008
#> SRR1311308 3 0.1666 0.9065 0.000 0.036 0.936 0.008 0.020 0.000
#> SRR1368006 4 0.1657 0.7512 0.000 0.040 0.012 0.936 0.012 0.000
#> SRR613651 5 0.3973 0.5904 0.008 0.296 0.000 0.000 0.684 0.012
#> SRR1362621 4 0.3453 0.6710 0.000 0.180 0.004 0.788 0.028 0.000
#> SRR1451718 1 0.1010 0.9293 0.960 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095334 3 0.5809 0.3445 0.000 0.116 0.532 0.328 0.024 0.000
#> SRR1079636 2 0.4449 0.4408 0.000 0.664 0.000 0.048 0.004 0.284
#> SRR1442549 6 0.2261 0.6105 0.000 0.104 0.000 0.004 0.008 0.884
#> SRR1466421 6 0.4212 0.2606 0.000 0.424 0.000 0.016 0.000 0.560
#> SRR817397 4 0.2308 0.7066 0.000 0.108 0.000 0.880 0.004 0.008
#> SRR1341809 6 0.1862 0.6660 0.004 0.044 0.000 0.008 0.016 0.928
#> SRR614623 2 0.4161 0.3637 0.000 0.608 0.000 0.376 0.012 0.004
#> SRR1335005 4 0.4180 0.3077 0.000 0.348 0.000 0.632 0.008 0.012
#> SRR1407065 4 0.1226 0.7521 0.000 0.040 0.000 0.952 0.004 0.004
#> SRR1404483 4 0.2149 0.7313 0.000 0.004 0.104 0.888 0.004 0.000
#> SRR1096222 1 0.1245 0.9297 0.952 0.032 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401793 5 0.2510 0.8353 0.028 0.080 0.000 0.000 0.884 0.008
#> SRR1408615 3 0.5437 0.6135 0.000 0.136 0.648 0.184 0.032 0.000
#> SRR1070597 6 0.2308 0.6139 0.000 0.108 0.000 0.004 0.008 0.880
#> SRR1332381 1 0.1010 0.9288 0.960 0.036 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457015 1 0.0260 0.9349 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1386797 5 0.4109 0.3805 0.004 0.392 0.000 0.000 0.596 0.008
#> SRR1098385 4 0.1787 0.7401 0.000 0.068 0.000 0.920 0.008 0.004
#> SRR1363947 3 0.0146 0.9139 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR820350 6 0.3998 0.4404 0.000 0.340 0.000 0.016 0.000 0.644
#> SRR662055 2 0.4321 0.3648 0.000 0.580 0.000 0.400 0.008 0.012
#> SRR1310455 5 0.3896 0.7562 0.204 0.052 0.000 0.000 0.744 0.000
#> SRR1453639 6 0.2994 0.5652 0.000 0.164 0.000 0.008 0.008 0.820
#> SRR662617 6 0.2258 0.6639 0.008 0.056 0.000 0.008 0.020 0.908
#> SRR654778 1 0.0909 0.9205 0.968 0.012 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR661782 6 0.2258 0.6639 0.008 0.056 0.000 0.008 0.020 0.908
#> SRR1334396 5 0.2177 0.8616 0.052 0.032 0.000 0.000 0.908 0.008
#> SRR613867 4 0.6035 0.2986 0.000 0.204 0.000 0.472 0.008 0.316
#> SRR1479412 1 0.0972 0.9336 0.964 0.028 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1331620 1 0.0622 0.9352 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1082809 3 0.5260 0.5424 0.000 0.068 0.624 0.276 0.032 0.000
#> SRR1417178 4 0.5249 0.5512 0.000 0.200 0.016 0.648 0.136 0.000
#> SRR1335278 5 0.1757 0.8707 0.076 0.008 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR665369 6 0.2258 0.6639 0.008 0.056 0.000 0.008 0.020 0.908
#> SRR657552 1 0.3630 0.7690 0.796 0.024 0.000 0.000 0.024 0.156
#> SRR812412 1 0.0405 0.9347 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1096500 6 0.0922 0.6616 0.000 0.024 0.000 0.004 0.004 0.968
#> SRR1347750 6 0.2508 0.6594 0.012 0.068 0.000 0.004 0.024 0.892
#> SRR615153 4 0.5720 0.2801 0.000 0.284 0.000 0.552 0.152 0.012
#> SRR1434417 5 0.2209 0.8693 0.072 0.024 0.000 0.000 0.900 0.004
#> SRR1070159 2 0.6346 0.2309 0.000 0.496 0.212 0.260 0.032 0.000
#> SRR1332508 2 0.3872 0.2455 0.000 0.604 0.000 0.004 0.000 0.392
#> SRR1082059 5 0.4268 0.3170 0.004 0.428 0.000 0.000 0.556 0.012
#> SRR1402491 5 0.3784 0.6258 0.308 0.012 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1476595 1 0.4528 0.7166 0.736 0.032 0.000 0.000 0.064 0.168
#> SRR1320987 2 0.5734 0.2807 0.000 0.516 0.000 0.000 0.228 0.256
#> SRR1086417 5 0.4351 0.3379 0.008 0.416 0.000 0.000 0.564 0.012
#> SRR1454095 5 0.2831 0.8401 0.136 0.024 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR614791 4 0.2588 0.7138 0.000 0.124 0.000 0.860 0.012 0.004
#> SRR821255 5 0.4812 0.4557 0.000 0.096 0.000 0.000 0.640 0.264
#> SRR820402 6 0.4175 0.1403 0.000 0.464 0.000 0.012 0.000 0.524
#> SRR1337284 6 0.1588 0.6657 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.924
#> SRR1333083 3 0.0653 0.9094 0.000 0.012 0.980 0.004 0.004 0.000
#> SRR1384883 4 0.1429 0.7506 0.000 0.004 0.052 0.940 0.004 0.000
#> SRR614431 1 0.1320 0.9264 0.948 0.036 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481106 4 0.0767 0.7561 0.000 0.008 0.012 0.976 0.004 0.000
#> SRR1370285 5 0.1812 0.8703 0.080 0.008 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1446673 3 0.0291 0.9139 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1318046 2 0.4205 0.1982 0.000 0.564 0.000 0.016 0.000 0.420
#> SRR1341188 3 0.0291 0.9139 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1384941 1 0.0622 0.9328 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1322864 2 0.4996 0.5231 0.000 0.644 0.000 0.200 0.000 0.156
#> SRR1476825 4 0.6152 0.4436 0.000 0.208 0.004 0.520 0.016 0.252
#> SRR1443332 4 0.3167 0.7222 0.000 0.120 0.012 0.836 0.032 0.000
#> SRR662486 6 0.2703 0.6283 0.000 0.172 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1447019 5 0.1501 0.8713 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR662942 1 0.0717 0.9321 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR613102 3 0.0146 0.9134 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1469880 5 0.2122 0.8695 0.076 0.024 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1464977 1 0.2501 0.8463 0.872 0.016 0.000 0.000 0.004 0.108
#> SRR615850 4 0.6951 0.4717 0.000 0.200 0.132 0.532 0.016 0.120
#> SRR661949 6 0.2258 0.6639 0.008 0.056 0.000 0.008 0.020 0.908
#> SRR1322227 3 0.0405 0.9139 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1441655 2 0.5131 0.4559 0.000 0.652 0.000 0.008 0.180 0.160
#> SRR613771 4 0.6359 0.1925 0.000 0.208 0.000 0.396 0.020 0.376
#> SRR1479471 5 0.2006 0.8713 0.080 0.016 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1488918 4 0.2461 0.7273 0.000 0.044 0.000 0.888 0.004 0.064
#> SRR1414040 6 0.3629 0.5373 0.000 0.276 0.000 0.012 0.000 0.712
#> SRR1079850 2 0.4053 0.4265 0.000 0.676 0.000 0.004 0.300 0.020
#> SRR663209 1 0.1350 0.9133 0.952 0.020 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1364914 4 0.0862 0.7536 0.000 0.016 0.000 0.972 0.004 0.008
#> SRR1408267 2 0.5242 0.1844 0.000 0.516 0.000 0.000 0.100 0.384
#> SRR1314894 1 0.0405 0.9345 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1414117 2 0.7402 0.3272 0.000 0.348 0.000 0.268 0.264 0.120
#> SRR1395975 6 0.3147 0.5629 0.000 0.160 0.000 0.016 0.008 0.816
#> SRR1402219 6 0.3670 0.5278 0.000 0.284 0.000 0.012 0.000 0.704
#> SRR1433623 1 0.0520 0.9350 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR656385 4 0.3596 0.6463 0.000 0.040 0.000 0.784 0.004 0.172
#> SRR811213 6 0.4577 0.2978 0.000 0.400 0.000 0.016 0.016 0.568
#> SRR663657 2 0.4749 0.4588 0.000 0.676 0.000 0.040 0.032 0.252
#> SRR612203 5 0.2302 0.8651 0.060 0.032 0.000 0.000 0.900 0.008
#> SRR613987 2 0.4412 0.5104 0.000 0.688 0.000 0.256 0.048 0.008
#> SRR613831 3 0.0405 0.9139 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1354180 4 0.3457 0.6705 0.000 0.052 0.000 0.808 0.004 0.136
#> SRR1382912 1 0.1124 0.9313 0.956 0.036 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1475501 1 0.1003 0.9312 0.964 0.016 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1336930 5 0.2094 0.8714 0.080 0.020 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR613030 3 0.1515 0.9088 0.000 0.028 0.944 0.008 0.020 0.000
#> SRR1381459 2 0.5063 0.5099 0.000 0.660 0.000 0.184 0.008 0.148
#> SRR1402350 2 0.6611 0.2647 0.068 0.476 0.000 0.000 0.304 0.152
#> SRR1419408 5 0.1757 0.8715 0.076 0.008 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR655911 4 0.1340 0.7514 0.000 0.040 0.008 0.948 0.004 0.000
#> SRR1418243 1 0.0520 0.9350 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1322573 5 0.2257 0.7985 0.000 0.116 0.000 0.000 0.876 0.008
#> SRR613615 3 0.0146 0.9139 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1355284 5 0.2257 0.8519 0.040 0.048 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR1319395 1 0.0405 0.9345 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR818939 1 0.0520 0.9350 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1465266 5 0.2314 0.8476 0.036 0.056 0.000 0.000 0.900 0.008
#> SRR614888 5 0.3725 0.5547 0.000 0.316 0.000 0.000 0.676 0.008
#> SRR1431694 6 0.2723 0.6025 0.000 0.120 0.000 0.004 0.020 0.856
#> SRR614347 4 0.0551 0.7554 0.000 0.008 0.004 0.984 0.004 0.000
#> SRR1334228 3 0.0405 0.9118 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.4517 0.4305 0.000 0.648 0.000 0.060 0.000 0.292
#> SRR656349 1 0.0914 0.9236 0.968 0.016 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR815422 4 0.1080 0.7535 0.000 0.032 0.004 0.960 0.004 0.000
#> SRR1360828 5 0.2285 0.8686 0.064 0.028 0.000 0.000 0.900 0.008
#> SRR1359005 4 0.0862 0.7536 0.000 0.016 0.000 0.972 0.004 0.008
#> SRR1456652 1 0.0520 0.9350 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1391660 5 0.1967 0.8687 0.084 0.012 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1441956 1 0.0622 0.9347 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR662930 3 0.4876 0.6211 0.000 0.060 0.668 0.248 0.024 0.000
#> SRR615790 3 0.1675 0.9063 0.000 0.032 0.936 0.008 0.024 0.000
#> SRR614827 4 0.1429 0.7483 0.000 0.052 0.000 0.940 0.004 0.004
#> SRR614587 4 0.1364 0.7513 0.000 0.004 0.048 0.944 0.004 0.000
#> SRR814052 6 0.2627 0.6234 0.008 0.084 0.000 0.004 0.024 0.880
#> SRR1070086 1 0.1168 0.9292 0.956 0.028 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481440 5 0.2177 0.8616 0.052 0.032 0.000 0.000 0.908 0.008
#> SRR1339296 3 0.0146 0.9139 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.1321 0.9108 0.000 0.024 0.952 0.004 0.020 0.000
#> SRR1432802 6 0.2051 0.6217 0.000 0.096 0.000 0.004 0.004 0.896
#> SRR1416911 5 0.3979 0.5264 0.360 0.012 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1410427 1 0.2698 0.8543 0.872 0.016 0.000 0.000 0.020 0.092
#> SRR1401185 4 0.1410 0.7501 0.000 0.044 0.004 0.944 0.008 0.000
#> SRR654993 6 0.3043 0.6442 0.000 0.140 0.000 0.008 0.020 0.832
#> SRR656397 1 0.0603 0.9334 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR809643 3 0.3087 0.7592 0.000 0.004 0.808 0.176 0.012 0.000
#> SRR1433819 1 0.0891 0.9343 0.968 0.024 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1375225 2 0.4253 0.0774 0.000 0.524 0.000 0.016 0.000 0.460
#> SRR1367739 3 0.1078 0.9128 0.000 0.012 0.964 0.008 0.016 0.000
#> SRR1323336 5 0.4136 0.6502 0.032 0.272 0.000 0.000 0.692 0.004
#> SRR663224 4 0.2747 0.7312 0.000 0.096 0.016 0.868 0.020 0.000
#> SRR1442840 5 0.1951 0.8704 0.076 0.016 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1374058 1 0.0717 0.9351 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR656994 1 0.0717 0.9248 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1469214 2 0.4859 0.4668 0.000 0.584 0.000 0.344 0.000 0.072
#> SRR1456446 5 0.4508 0.4028 0.000 0.316 0.000 0.000 0.632 0.052
#> SRR1471879 6 0.1845 0.6643 0.000 0.072 0.000 0.008 0.004 0.916
#> SRR612911 3 0.5695 0.3772 0.000 0.096 0.548 0.328 0.028 0.000
#> SRR1395720 4 0.2213 0.7232 0.000 0.100 0.000 0.888 0.008 0.004
#> SRR1413055 5 0.1858 0.8712 0.076 0.012 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR656770 4 0.6374 0.1901 0.000 0.212 0.000 0.392 0.020 0.376
#> SRR812080 3 0.0405 0.9139 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1479328 5 0.3597 0.7980 0.068 0.028 0.000 0.000 0.824 0.080
#> SRR661421 4 0.5836 0.5053 0.000 0.192 0.000 0.572 0.020 0.216
#> SRR1410286 4 0.0862 0.7536 0.000 0.016 0.000 0.972 0.004 0.008
#> SRR1487150 5 0.1913 0.8709 0.080 0.012 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1467035 1 0.4639 -0.0201 0.512 0.040 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1360607 6 0.4408 0.5101 0.000 0.244 0.000 0.060 0.004 0.692
#> SRR1333106 4 0.6311 0.2135 0.000 0.196 0.000 0.412 0.020 0.372
#> SRR1088706 2 0.4274 0.4162 0.000 0.676 0.000 0.000 0.048 0.276
#> SRR1320053 3 0.0870 0.9134 0.000 0.012 0.972 0.004 0.012 0.000
#> SRR1350392 4 0.1845 0.7396 0.000 0.072 0.000 0.916 0.008 0.004
#> SRR1385190 3 0.2123 0.8983 0.000 0.052 0.912 0.012 0.024 0.000
#> SRR1080093 4 0.0951 0.7558 0.000 0.008 0.020 0.968 0.004 0.000
#> SRR1318753 1 0.0603 0.9334 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1345369 4 0.6529 0.3771 0.000 0.208 0.016 0.476 0.016 0.284
#> SRR612178 4 0.2715 0.7170 0.000 0.112 0.000 0.860 0.004 0.024
#> SRR1354423 5 0.1946 0.8711 0.072 0.012 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1072724 5 0.4780 0.1444 0.472 0.040 0.000 0.000 0.484 0.004
#> SRR1418450 6 0.4250 0.1614 0.000 0.456 0.000 0.016 0.000 0.528
#> SRR1326427 3 0.0405 0.9139 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1437412 6 0.2044 0.6607 0.004 0.040 0.000 0.008 0.028 0.920
#> SRR1327548 4 0.2900 0.7209 0.000 0.044 0.088 0.860 0.008 0.000
#> SRR1395891 1 0.0717 0.9351 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR659367 1 0.4929 0.3470 0.556 0.028 0.000 0.000 0.024 0.392
#> SRR818961 5 0.2240 0.8636 0.056 0.032 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR813704 1 0.1049 0.9225 0.960 0.008 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR613054 1 0.4165 0.5027 0.672 0.036 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR1476467 5 0.2302 0.8651 0.060 0.032 0.000 0.000 0.900 0.008
#> SRR1407988 4 0.1477 0.7470 0.000 0.048 0.000 0.940 0.008 0.004
#> SRR1394776 4 0.4830 0.0358 0.000 0.412 0.000 0.540 0.008 0.040
#> SRR655578 6 0.2082 0.6647 0.004 0.052 0.000 0.008 0.020 0.916
#> SRR1310645 4 0.1364 0.7513 0.000 0.004 0.048 0.944 0.004 0.000
#> SRR1345628 5 0.1918 0.8689 0.088 0.008 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1479740 5 0.3819 0.6146 0.316 0.012 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1332095 5 0.3050 0.8077 0.016 0.108 0.000 0.000 0.848 0.028
#> SRR1444786 6 0.2994 0.5742 0.000 0.164 0.000 0.008 0.008 0.820
#> SRR1090070 1 0.1124 0.9313 0.956 0.036 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR662414 6 0.2679 0.6216 0.008 0.088 0.000 0.004 0.024 0.876
#> SRR661216 2 0.4246 0.1001 0.000 0.532 0.000 0.016 0.000 0.452
#> SRR656313 6 0.3445 0.5639 0.000 0.244 0.000 0.012 0.000 0.744
#> SRR615671 6 0.2062 0.6223 0.000 0.088 0.000 0.008 0.004 0.900
#> SRR1350196 4 0.6795 0.4754 0.000 0.196 0.148 0.548 0.016 0.092
#> SRR1466580 5 0.2309 0.8671 0.084 0.028 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1408032 6 0.4921 0.4726 0.000 0.216 0.000 0.120 0.004 0.660
#> SRR1432913 4 0.0717 0.7558 0.000 0.016 0.008 0.976 0.000 0.000
#> SRR1360502 2 0.5700 0.3784 0.000 0.552 0.000 0.084 0.328 0.036
#> SRR1391901 2 0.4600 0.5023 0.000 0.648 0.000 0.300 0.012 0.040
#> SRR1311131 5 0.2231 0.8684 0.068 0.028 0.000 0.000 0.900 0.004
#> SRR1380636 1 0.0405 0.9345 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1332339 6 0.6281 0.3052 0.248 0.084 0.000 0.000 0.112 0.556
#> SRR1341563 4 0.3089 0.6428 0.000 0.188 0.000 0.800 0.008 0.004
#> SRR1359410 3 0.4172 0.2163 0.000 0.004 0.564 0.424 0.008 0.000
#> SRR1473040 3 0.0922 0.9066 0.000 0.024 0.968 0.004 0.004 0.000
#> SRR1321444 5 0.2209 0.8693 0.072 0.024 0.000 0.000 0.900 0.004
#> SRR1498765 4 0.4128 0.0170 0.000 0.004 0.492 0.500 0.004 0.000
#> SRR1312622 4 0.1410 0.7520 0.000 0.008 0.044 0.944 0.004 0.000
#> SRR615503 6 0.7326 0.1063 0.276 0.112 0.000 0.000 0.244 0.368
#> SRR1453192 1 0.0260 0.9349 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1433107 3 0.0146 0.9139 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1075384 5 0.2209 0.8693 0.072 0.024 0.000 0.000 0.900 0.004
#> SRR1356683 1 0.0520 0.9350 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR659049 1 0.0520 0.9350 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1368240 1 0.1391 0.9289 0.944 0.040 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1341739 5 0.2070 0.8665 0.092 0.012 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR613249 3 0.1749 0.9049 0.000 0.036 0.932 0.008 0.024 0.000
#> SRR663428 6 0.3559 0.5671 0.000 0.240 0.000 0.012 0.004 0.744
#> SRR1341302 2 0.4178 0.3077 0.000 0.608 0.000 0.020 0.000 0.372
#> SRR1073553 2 0.3907 0.2249 0.000 0.588 0.000 0.004 0.000 0.408
#> SRR1354093 3 0.2889 0.8631 0.000 0.068 0.868 0.048 0.016 0.000
#> SRR1406521 2 0.4385 0.2658 0.000 0.540 0.000 0.440 0.008 0.012
#> SRR1432049 5 0.2856 0.8569 0.076 0.068 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1453504 4 0.5530 0.2901 0.000 0.296 0.000 0.588 0.032 0.084
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.971 0.989 0.5019 0.499 0.499
#> 3 3 0.984 0.954 0.982 0.2815 0.807 0.632
#> 4 4 0.836 0.723 0.879 0.1033 0.911 0.757
#> 5 5 0.759 0.652 0.787 0.0753 0.884 0.634
#> 6 6 0.851 0.775 0.893 0.0525 0.927 0.702
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR808086 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1471011 1 0.9983 0.110 0.524 0.476
#> SRR1330284 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1320624 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814996 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1092062 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0376 0.992 0.004 0.996
#> SRR1376356 1 0.9754 0.327 0.592 0.408
#> SRR1405078 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1437226 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1452824 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614551 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380829 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1465189 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1469258 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1336048 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1348138 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811423 1 0.9087 0.531 0.676 0.324
#> SRR615683 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1355126 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR615165 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1312370 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR810177 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR815685 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR664072 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.7883 0.685 0.236 0.764
#> SRR1404084 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR615994 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1397200 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1442549 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR817397 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341809 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1335005 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407065 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR662055 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1453639 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> SRR662617 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR661782 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1082809 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1417178 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR665369 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1096500 1 0.5294 0.856 0.880 0.120
#> SRR1347750 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR615153 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1332508 1 0.9754 0.327 0.592 0.408
#> SRR1082059 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1320987 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1086417 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1454095 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR820402 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1337284 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1333083 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1384883 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1476825 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR662486 1 0.9248 0.501 0.660 0.340
#> SRR1447019 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR615850 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661949 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.1184 0.967 0.984 0.016
#> SRR613771 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1079850 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1408267 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1402219 2 0.6887 0.769 0.184 0.816
#> SRR1433623 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811213 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR663657 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR613831 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814052 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432802 1 0.2423 0.943 0.960 0.040
#> SRR1416911 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR654993 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.8207 0.649 0.256 0.744
#> SRR1367739 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR663224 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1456446 1 0.5178 0.861 0.884 0.116
#> SRR1471879 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333106 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1088706 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1385190 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1326427 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1437412 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1327548 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR659367 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1394776 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR655578 1 0.9963 0.154 0.536 0.464
#> SRR1310645 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR662414 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR656313 1 0.4690 0.879 0.900 0.100
#> SRR615671 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1350196 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1360502 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1391901 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1359410 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR615503 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR663428 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1073553 1 0.9087 0.532 0.676 0.324
#> SRR1354093 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1453504 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359328 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR821124 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335188 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR613687 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 3 0.3551 0.811 0.132 0.000 0.868
#> SRR1330284 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320624 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 3 0.1643 0.934 0.000 0.044 0.956
#> SRR1441051 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437226 2 0.1964 0.909 0.000 0.944 0.056
#> SRR1326078 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452824 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR614551 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380829 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0237 0.954 0.004 0.996 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336048 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR811423 3 0.6299 0.108 0.476 0.000 0.524
#> SRR615683 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.4555 0.747 0.000 0.800 0.200
#> SRR817609 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074550 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312370 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR817026 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417224 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR661687 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR664072 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311308 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368006 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362621 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079636 3 0.5905 0.453 0.000 0.352 0.648
#> SRR1442549 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335005 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407065 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404483 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098385 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.4654 0.736 0.000 0.792 0.208
#> SRR1479412 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417178 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335278 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332508 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320987 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086417 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454095 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR614791 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR820402 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337284 2 0.6154 0.327 0.408 0.592 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384883 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 3 0.3412 0.843 0.000 0.124 0.876
#> SRR1476825 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443332 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR661949 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.1529 0.949 0.960 0.000 0.040
#> SRR613771 2 0.4555 0.747 0.000 0.800 0.200
#> SRR1479471 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.5905 0.474 0.000 0.648 0.352
#> SRR1414040 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408267 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 3 0.6126 0.312 0.000 0.400 0.600
#> SRR811213 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR612203 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.4555 0.747 0.000 0.800 0.200
#> SRR1382912 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381459 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402350 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.5926 0.422 0.644 0.356 0.000
#> SRR614347 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 3 0.5948 0.427 0.000 0.360 0.640
#> SRR656349 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR815422 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR614827 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR614587 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR654993 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR663224 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 3 0.5560 0.558 0.000 0.300 0.700
#> SRR1456446 1 0.3752 0.814 0.856 0.000 0.144
#> SRR1471879 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.6111 0.365 0.000 0.604 0.396
#> SRR812080 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR661421 3 0.6140 0.301 0.000 0.404 0.596
#> SRR1410286 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.5968 0.446 0.000 0.636 0.364
#> SRR1088706 1 0.3038 0.881 0.896 0.104 0.000
#> SRR1320053 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350392 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.3038 0.867 0.000 0.104 0.896
#> SRR612178 3 0.1753 0.929 0.000 0.048 0.952
#> SRR1354423 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.0237 0.954 0.004 0.996 0.000
#> SRR1327548 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.6079 0.380 0.388 0.612 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394776 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR655578 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350196 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360502 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391901 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311131 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359410 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312622 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR615503 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1359328 3 0.1042 0.8296 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR821124 4 0.4985 0.3511 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1335188 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 4 0.2704 0.5613 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1321921 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384073 1 0.1302 0.9237 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076559 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 4 0.0817 0.4760 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1476165 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1448098 4 0.4955 0.2122 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1321401 2 0.1716 0.8227 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR807613 4 0.4948 0.1733 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR808086 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613687 4 0.4564 0.2966 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1471011 3 0.5376 0.2969 0.016 0.000 0.588 0.396
#> SRR1330284 4 0.4804 0.4496 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1320624 4 0.4996 0.3159 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR1459519 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.4843 0.3067 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1390561 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658164 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.4866 0.3019 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR814996 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.0469 0.8411 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1453392 4 0.4994 0.3254 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1445873 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0921 0.8423 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR820938 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476844 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1403526 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.4990 0.4805 0.000 0.008 0.352 0.640
#> SRR1441051 3 0.4746 0.1728 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR614287 4 0.4998 0.1087 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1092062 2 0.4948 0.4500 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR612611 2 0.1474 0.8305 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1376356 2 0.0817 0.8432 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1405078 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437226 2 0.6323 0.4798 0.000 0.640 0.112 0.248
#> SRR1326078 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.4992 -0.2282 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR1440919 3 0.1557 0.8056 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1452824 3 0.1474 0.8131 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR615754 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR614551 3 0.4830 0.3214 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1380829 3 0.0336 0.8457 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1455761 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.0592 0.8386 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1376895 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.5372 0.4356 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR1409239 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821096 4 0.2011 0.5382 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR613591 4 0.4996 0.1145 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1344205 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612479 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1399950 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336048 3 0.0524 0.8429 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1368896 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.5000 0.2818 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1312464 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096478 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811423 3 0.5130 0.3164 0.332 0.000 0.652 0.016
#> SRR615683 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.5277 0.2243 0.000 0.460 0.008 0.532
#> SRR817609 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1074550 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499236 2 0.0921 0.8423 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR656083 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1347190 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 1 0.5250 0.4076 0.552 0.008 0.000 0.440
#> SRR615165 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1097055 4 0.2081 0.5378 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1312370 2 0.0000 0.8424 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.4948 0.4500 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR815685 4 0.1389 0.5154 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR817026 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417224 3 0.0524 0.8429 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR661687 3 0.4996 -0.2416 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1431804 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664072 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612923 4 0.4972 0.3673 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1315890 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.1302 0.9237 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1404084 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.4961 0.4441 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1397200 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 4 0.4985 0.3511 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1311308 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368006 4 0.4996 0.3159 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR613651 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362621 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1451718 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079636 4 0.0937 0.4886 0.000 0.012 0.012 0.976
#> SRR1442549 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1466421 2 0.4855 0.2729 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR817397 4 0.4972 0.3673 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1341809 2 0.0592 0.8434 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR614623 4 0.1637 0.5232 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1335005 4 0.4972 0.3702 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1407065 3 0.4996 -0.2416 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1404483 3 0.1389 0.8111 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1096222 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0336 0.9559 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1408615 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070597 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1332381 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.4730 0.5475 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1098385 3 0.4989 -0.2060 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR1363947 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.5000 -0.1055 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR662055 4 0.4500 0.5039 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR1310455 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR662617 2 0.0817 0.8432 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR654778 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0817 0.8432 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1334396 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR613867 4 0.5277 0.2243 0.000 0.460 0.008 0.532
#> SRR1479412 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417178 3 0.0921 0.8346 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1335278 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR665369 2 0.0817 0.8432 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR657552 1 0.4193 0.6248 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1347750 2 0.0817 0.8432 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR615153 3 0.0592 0.8386 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1434417 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1070159 3 0.2011 0.7730 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1332508 2 0.4967 0.4399 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1082059 1 0.4866 0.4840 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1402491 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.1211 0.9274 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1320987 1 0.5250 0.4076 0.552 0.008 0.000 0.440
#> SRR1086417 1 0.4855 0.4907 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1454095 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614791 3 0.0469 0.8429 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR821255 1 0.0921 0.9381 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR820402 2 0.3024 0.7607 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1337284 2 0.2011 0.7647 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384883 3 0.1302 0.8140 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR614431 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 3 0.4998 -0.2557 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1370285 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446673 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.2408 0.4603 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1341188 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 4 0.0927 0.4923 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR1476825 3 0.1151 0.8258 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1443332 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662486 2 0.0921 0.8421 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1447019 1 0.0469 0.9540 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR662942 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.1474 0.9159 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.1042 0.8296 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR661949 2 0.0817 0.8432 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1322227 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441655 1 0.5383 0.3748 0.536 0.000 0.012 0.452
#> SRR613771 2 0.5475 0.3421 0.000 0.656 0.036 0.308
#> SRR1479471 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1488918 4 0.5581 0.2478 0.000 0.448 0.020 0.532
#> SRR1414040 2 0.0921 0.8423 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1079850 1 0.5161 0.3488 0.520 0.000 0.004 0.476
#> SRR663209 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 4 0.4977 0.3604 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR1408267 1 0.5250 0.4076 0.552 0.008 0.000 0.440
#> SRR1314894 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 3 0.4985 -0.1698 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR1395975 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1402219 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1433623 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 4 0.7520 0.4064 0.000 0.340 0.196 0.464
#> SRR811213 2 0.0817 0.8432 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR663657 3 0.2814 0.7096 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR612203 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR613987 3 0.4977 0.2051 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR613831 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354180 4 0.5277 0.2243 0.000 0.460 0.008 0.532
#> SRR1382912 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR613030 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381459 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402350 1 0.4855 0.4907 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1419408 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR655911 3 0.4776 0.1455 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1418243 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.1211 0.9364 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR613615 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1319395 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR614888 1 0.4866 0.4964 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1431694 2 0.4621 0.4791 0.284 0.708 0.000 0.008
#> SRR614347 4 0.4989 0.3360 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR1334228 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 4 0.0937 0.4888 0.000 0.012 0.012 0.976
#> SRR656349 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815422 3 0.4996 -0.2416 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1360828 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 4 0.4972 0.3673 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1456652 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614827 3 0.0336 0.8455 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR614587 3 0.3688 0.5775 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR814052 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1070086 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1339296 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432802 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1416911 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654993 2 0.0921 0.8423 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR656397 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 4 0.4998 -0.3278 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1367739 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.1022 0.9370 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR663224 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 4 0.2676 0.5476 0.000 0.012 0.092 0.896
#> SRR1456446 1 0.3497 0.8241 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR1471879 2 0.0817 0.8432 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR612911 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395720 4 0.4996 0.3159 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR1413055 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR656770 2 0.5138 0.2880 0.000 0.600 0.392 0.008
#> SRR812080 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661421 4 0.6817 0.3210 0.000 0.408 0.100 0.492
#> SRR1410286 4 0.4992 0.3345 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR1487150 1 0.0188 0.9575 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467035 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 4 0.4989 0.1981 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1333106 2 0.6994 0.1452 0.000 0.560 0.152 0.288
#> SRR1088706 4 0.5229 -0.1256 0.428 0.008 0.000 0.564
#> SRR1320053 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350392 3 0.2868 0.7004 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1385190 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080093 4 0.4996 0.3159 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR1318753 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.3401 0.6544 0.000 0.152 0.840 0.008
#> SRR612178 4 0.7323 0.4533 0.000 0.164 0.352 0.484
#> SRR1354423 1 0.0469 0.9540 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 4 0.4888 0.2432 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1326427 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437412 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1327548 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.1557 0.7983 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR813704 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1407988 4 0.4985 0.3511 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1394776 3 0.4933 -0.0659 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR655578 2 0.0707 0.8434 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1310645 3 0.4998 -0.2557 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1345628 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1090070 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR661216 4 0.4679 0.2755 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR656313 2 0.1211 0.8365 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR615671 2 0.0336 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1350196 3 0.1042 0.8296 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR1466580 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 4 0.4972 0.2062 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1432913 3 0.5000 -0.2914 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1360502 4 0.4304 0.3358 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1391901 3 0.4855 0.3049 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1311131 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1380636 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.4304 0.6044 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR1341563 3 0.3356 0.6423 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1359410 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1498765 3 0.4193 0.4574 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1312622 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615503 1 0.1302 0.9237 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075384 1 0.0592 0.9521 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1356683 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663428 2 0.0817 0.8432 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1341302 4 0.0817 0.4760 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1073553 2 0.4961 0.4441 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1354093 3 0.0000 0.8510 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406521 4 0.4454 0.5092 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1432049 1 0.0000 0.9591 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 4 0.4948 0.3783 0.000 0.000 0.440 0.560
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1359328 3 0.0955 0.8637 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR821124 4 0.3586 0.6779 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1335188 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1075825 4 0.2592 0.6364 0.000 0.052 0.056 0.892 0.000
#> SRR1321921 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466198 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384073 1 0.2424 0.6959 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1312802 1 0.0609 0.8770 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1076559 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0290 0.8871 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1460363 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 4 0.3913 0.3918 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1476165 1 0.0510 0.8820 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1459631 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1448098 4 0.3561 0.5756 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1321401 2 0.5490 0.6050 0.000 0.592 0.000 0.084 0.324
#> SRR807613 4 0.5409 0.3682 0.000 0.316 0.000 0.604 0.080
#> SRR808086 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613687 4 0.4874 0.4058 0.000 0.328 0.000 0.632 0.040
#> SRR1471011 5 0.7485 0.1324 0.000 0.272 0.216 0.056 0.456
#> SRR1330284 4 0.2230 0.6905 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1320624 4 0.3707 0.6656 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1459519 1 0.1043 0.8579 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1091184 3 0.5654 0.4508 0.000 0.148 0.628 0.224 0.000
#> SRR1390561 1 0.4101 -0.1893 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR658164 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 4 0.6150 0.0475 0.000 0.404 0.000 0.464 0.132
#> SRR814996 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.5106 0.7038 0.000 0.508 0.000 0.036 0.456
#> SRR1453392 4 0.3707 0.6656 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1445873 1 0.1043 0.8572 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1419985 2 0.4235 0.7058 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR820938 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476844 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1403526 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.2561 0.6835 0.000 0.020 0.096 0.884 0.000
#> SRR1441051 4 0.4182 0.4784 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR614287 4 0.5878 0.3256 0.000 0.336 0.000 0.548 0.116
#> SRR1092062 2 0.3676 0.2817 0.004 0.760 0.000 0.232 0.004
#> SRR612611 2 0.5370 0.6326 0.000 0.584 0.000 0.068 0.348
#> SRR1376356 2 0.4268 0.7099 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1405078 3 0.0162 0.8826 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1437226 4 0.7709 -0.0160 0.000 0.372 0.100 0.388 0.140
#> SRR1326078 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 4 0.3857 0.6396 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR1440919 3 0.0880 0.8637 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1452824 3 0.4397 0.3469 0.000 0.000 0.564 0.004 0.432
#> SRR615754 1 0.0162 0.8879 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341787 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR614551 3 0.5928 0.4080 0.000 0.192 0.596 0.212 0.000
#> SRR1380829 3 0.0162 0.8826 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1455761 1 0.0703 0.8759 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1465189 3 0.4268 0.3267 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1376895 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1445002 1 0.0290 0.8871 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469258 2 0.4820 0.2455 0.056 0.700 0.000 0.240 0.004
#> SRR1409239 1 0.0162 0.8873 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480200 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1418323 1 0.0510 0.8838 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR657540 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821096 4 0.3459 0.5954 0.000 0.116 0.052 0.832 0.000
#> SRR613591 4 0.5852 0.3402 0.000 0.328 0.000 0.556 0.116
#> SRR1344205 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612479 5 0.4297 0.6897 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1399950 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336048 3 0.0162 0.8824 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1368896 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379403 4 0.3730 0.6621 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR1312464 1 0.4201 -0.3441 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1096478 1 0.0290 0.8855 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1459845 1 0.0609 0.8824 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1348138 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811423 3 0.4560 0.2215 0.008 0.000 0.508 0.000 0.484
#> SRR615683 1 0.0794 0.8691 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1380336 4 0.3508 0.5605 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR817609 5 0.4637 0.6859 0.452 0.012 0.000 0.000 0.536
#> SRR1074550 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499236 2 0.4375 0.7034 0.000 0.576 0.000 0.004 0.420
#> SRR656083 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1347190 1 0.0290 0.8855 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1355126 2 0.6717 0.0952 0.276 0.488 0.000 0.228 0.008
#> SRR615165 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466046 5 0.4300 0.6806 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1097055 4 0.4412 0.5610 0.000 0.164 0.080 0.756 0.000
#> SRR1312370 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR655325 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR810177 2 0.3905 0.2787 0.012 0.752 0.000 0.232 0.004
#> SRR815685 4 0.4428 0.4487 0.000 0.268 0.032 0.700 0.000
#> SRR817026 3 0.2329 0.7700 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1417224 3 0.2605 0.7420 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR661687 4 0.3857 0.6396 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR1431804 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664072 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612923 4 0.3480 0.6843 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.2424 0.6959 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1500360 1 0.0992 0.8618 0.968 0.024 0.000 0.000 0.008
#> SRR1468360 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1404084 1 0.0798 0.8754 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR615994 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.3607 0.2721 0.000 0.752 0.000 0.244 0.004
#> SRR1397200 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655519 4 0.3661 0.6711 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1311308 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368006 4 0.3707 0.6656 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR613651 1 0.2612 0.7084 0.868 0.124 0.000 0.000 0.008
#> SRR1362621 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451718 1 0.0162 0.8864 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095334 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079636 4 0.4451 0.1693 0.000 0.492 0.000 0.504 0.004
#> SRR1442549 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1466421 2 0.6153 0.0398 0.000 0.484 0.000 0.380 0.136
#> SRR817397 4 0.3534 0.6815 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR1341809 2 0.4538 0.7098 0.000 0.540 0.000 0.008 0.452
#> SRR614623 4 0.4536 0.4781 0.000 0.240 0.048 0.712 0.000
#> SRR1335005 4 0.3074 0.6988 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1407065 4 0.3857 0.6396 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR1404483 3 0.3109 0.6581 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1096222 1 0.0290 0.8855 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1401793 1 0.4522 -0.4650 0.552 0.008 0.000 0.000 0.440
#> SRR1408615 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070597 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1332381 1 0.0324 0.8839 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457015 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1386797 1 0.5901 0.1261 0.548 0.356 0.000 0.088 0.008
#> SRR1098385 4 0.4060 0.5638 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820350 4 0.6272 0.2076 0.000 0.348 0.000 0.492 0.160
#> SRR662055 4 0.2727 0.6853 0.000 0.016 0.116 0.868 0.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR662617 2 0.4268 0.7099 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR654778 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.4268 0.7099 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1334396 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR613867 4 0.3508 0.5605 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1479412 1 0.0162 0.8864 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331620 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417178 3 0.4390 0.3550 0.000 0.000 0.568 0.004 0.428
#> SRR1335278 1 0.3999 -0.0535 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR665369 2 0.4268 0.7099 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR657552 1 0.4268 0.2703 0.648 0.008 0.000 0.000 0.344
#> SRR812412 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1347750 2 0.4268 0.7099 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR615153 5 0.6554 -0.2409 0.000 0.000 0.396 0.200 0.404
#> SRR1434417 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1070159 3 0.1197 0.8457 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1332508 2 0.3762 0.2702 0.004 0.748 0.000 0.244 0.004
#> SRR1082059 2 0.6876 -0.0371 0.364 0.424 0.000 0.200 0.012
#> SRR1402491 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1476595 1 0.2377 0.7028 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1320987 2 0.6731 0.0874 0.280 0.484 0.000 0.228 0.008
#> SRR1086417 2 0.6547 -0.0873 0.416 0.424 0.000 0.152 0.008
#> SRR1454095 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614791 3 0.0404 0.8778 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR821255 1 0.2280 0.7163 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR820402 2 0.6148 0.5398 0.000 0.536 0.000 0.160 0.304
#> SRR1337284 5 0.6990 -0.4539 0.252 0.304 0.000 0.012 0.432
#> SRR1333083 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384883 3 0.3003 0.6775 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR614431 1 0.0404 0.8855 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1481106 4 0.3774 0.6547 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR1370285 1 0.3913 0.0428 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1446673 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.3242 0.5423 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1322864 4 0.3966 0.3778 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1476825 3 0.1485 0.8494 0.000 0.000 0.948 0.032 0.020
#> SRR1443332 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662486 2 0.4359 0.7012 0.000 0.584 0.000 0.004 0.412
#> SRR1447019 1 0.4291 -0.5340 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR662942 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613102 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.1732 0.8045 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1464977 1 0.2471 0.6889 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR615850 3 0.0794 0.8660 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR661949 2 0.4268 0.7099 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1322227 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441655 2 0.7177 0.0423 0.288 0.440 0.000 0.248 0.024
#> SRR613771 2 0.7595 0.3699 0.000 0.352 0.044 0.260 0.344
#> SRR1479471 5 0.4302 0.6761 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1488918 4 0.3508 0.5605 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1414040 2 0.4235 0.7058 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1079850 2 0.7549 0.0589 0.056 0.444 0.000 0.248 0.252
#> SRR663209 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 4 0.3586 0.6779 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1408267 2 0.6648 0.0812 0.288 0.480 0.000 0.228 0.004
#> SRR1314894 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1414117 4 0.4651 0.4593 0.000 0.000 0.020 0.608 0.372
#> SRR1395975 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1402219 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1433623 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656385 4 0.5732 0.6258 0.000 0.192 0.184 0.624 0.000
#> SRR811213 2 0.4510 0.7066 0.000 0.560 0.000 0.008 0.432
#> SRR663657 3 0.1571 0.8317 0.000 0.004 0.936 0.060 0.000
#> SRR612203 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR613987 3 0.6991 0.0377 0.000 0.348 0.380 0.264 0.008
#> SRR613831 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 4 0.3508 0.5605 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1382912 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1336930 5 0.4307 0.6382 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR613030 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381459 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402350 1 0.6060 0.0261 0.476 0.424 0.000 0.092 0.008
#> SRR1419408 5 0.4294 0.6893 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR655911 3 0.4305 -0.1987 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 5 0.4542 0.6884 0.456 0.008 0.000 0.000 0.536
#> SRR613615 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355284 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1319395 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR614888 5 0.6170 0.3389 0.116 0.348 0.000 0.008 0.528
#> SRR1431694 5 0.7322 -0.3444 0.312 0.256 0.000 0.028 0.404
#> SRR614347 4 0.3730 0.6628 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 4 0.3774 0.4213 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815422 4 0.3857 0.6396 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR1360828 1 0.2230 0.7347 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1359005 4 0.3534 0.6815 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0963 0.8622 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1441956 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614827 3 0.2280 0.7736 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR614587 3 0.4297 -0.1328 0.000 0.000 0.528 0.472 0.000
#> SRR814052 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1070086 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1339296 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432802 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1416911 1 0.0510 0.8813 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1410427 1 0.0162 0.8860 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401185 3 0.0162 0.8828 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR654993 2 0.4397 0.7068 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> SRR656397 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR809643 3 0.0162 0.8827 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1433819 1 0.0162 0.8864 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375225 2 0.4047 0.1479 0.000 0.676 0.000 0.320 0.004
#> SRR1367739 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.3421 0.5641 0.788 0.204 0.000 0.000 0.008
#> SRR663224 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442840 1 0.0703 0.8764 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1374058 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 4 0.2228 0.6502 0.000 0.040 0.048 0.912 0.000
#> SRR1456446 5 0.5071 0.6751 0.440 0.000 0.016 0.012 0.532
#> SRR1471879 2 0.4268 0.7099 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR612911 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395720 4 0.3730 0.6636 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR1413055 5 0.4297 0.6884 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR656770 3 0.7292 -0.0891 0.000 0.280 0.440 0.032 0.248
#> SRR812080 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479328 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR661421 4 0.5051 0.5766 0.000 0.236 0.052 0.696 0.016
#> SRR1410286 4 0.3636 0.6736 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1487150 1 0.4060 -0.1440 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1467035 1 0.0510 0.8838 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1360607 4 0.4301 0.5267 0.000 0.260 0.000 0.712 0.028
#> SRR1333106 4 0.8122 0.1215 0.000 0.288 0.132 0.392 0.188
#> SRR1088706 2 0.6755 0.1063 0.208 0.492 0.000 0.288 0.012
#> SRR1320053 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350392 3 0.3661 0.5110 0.000 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080093 4 0.3707 0.6656 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1318753 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345369 3 0.2737 0.7942 0.000 0.052 0.896 0.032 0.020
#> SRR612178 4 0.4766 0.6803 0.000 0.072 0.220 0.708 0.000
#> SRR1354423 1 0.4256 -0.4511 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1072724 1 0.0162 0.8879 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418450 4 0.3305 0.5759 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437412 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1327548 3 0.2377 0.7641 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659367 5 0.6132 -0.6346 0.128 0.428 0.000 0.000 0.444
#> SRR818961 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR813704 1 0.0510 0.8813 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR613054 1 0.0404 0.8855 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1476467 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1407988 4 0.3586 0.6779 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1394776 4 0.3913 0.6184 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000
#> SRR655578 2 0.4528 0.7100 0.000 0.548 0.000 0.008 0.444
#> SRR1310645 4 0.3796 0.6509 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR1345628 1 0.0510 0.8822 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1479740 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1332095 1 0.0324 0.8839 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444786 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1090070 1 0.0162 0.8864 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662414 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR661216 4 0.5203 0.3605 0.000 0.332 0.000 0.608 0.060
#> SRR656313 2 0.4470 0.6797 0.000 0.616 0.000 0.012 0.372
#> SRR615671 2 0.4974 0.7074 0.000 0.508 0.000 0.028 0.464
#> SRR1350196 3 0.1041 0.8623 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1466580 1 0.1544 0.8173 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1408032 4 0.3508 0.5605 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1432913 4 0.3796 0.6509 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR1360502 5 0.7890 0.0212 0.000 0.312 0.124 0.148 0.416
#> SRR1391901 3 0.5909 0.3999 0.000 0.164 0.592 0.244 0.000
#> SRR1311131 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1380636 1 0.0162 0.8878 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332339 1 0.5847 0.1276 0.572 0.080 0.000 0.012 0.336
#> SRR1341563 3 0.4210 0.1231 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR1359410 3 0.2179 0.7827 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1498765 4 0.4300 0.2809 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1312622 3 0.0880 0.8618 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR615503 1 0.2583 0.6950 0.864 0.004 0.000 0.000 0.132
#> SRR1453192 1 0.0290 0.8868 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1433107 3 0.0162 0.8828 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1075384 5 0.4294 0.6949 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1356683 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.8881 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0451 0.8828 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1341739 1 0.1270 0.8377 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR613249 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663428 2 0.4268 0.7099 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1341302 4 0.4304 0.1856 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1073553 2 0.3607 0.2721 0.000 0.752 0.000 0.244 0.004
#> SRR1354093 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406521 4 0.2127 0.6875 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1432049 1 0.0693 0.8752 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1453504 4 0.3612 0.5703 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.0622 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1359328 3 0.2039 0.8714 0.000 0.000 0.904 0.020 0.000 0.076
#> SRR821124 4 0.0632 0.8559 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1335188 1 0.0291 0.9635 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1075825 4 0.1644 0.8067 0.000 0.076 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR1321921 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384073 1 0.0790 0.9474 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1312802 1 0.1444 0.9189 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1076559 1 0.0146 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1370085 1 0.0692 0.9581 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1460363 1 0.0291 0.9620 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480221 2 0.3756 0.3035 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.1152 0.9464 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1459631 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1448098 4 0.1194 0.8309 0.000 0.032 0.000 0.956 0.004 0.008
#> SRR1321401 6 0.4315 0.2812 0.000 0.492 0.000 0.012 0.004 0.492
#> SRR807613 2 0.5752 0.2768 0.000 0.472 0.000 0.372 0.004 0.152
#> SRR808086 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613687 2 0.5430 0.2459 0.000 0.492 0.000 0.400 0.004 0.104
#> SRR1471011 5 0.5342 0.4164 0.000 0.248 0.148 0.004 0.600 0.000
#> SRR1330284 4 0.0603 0.8544 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000 0.000
#> SRR1320624 4 0.0790 0.8557 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.2006 0.8925 0.892 0.004 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1091184 3 0.3371 0.5997 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390561 5 0.3515 0.5263 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR658164 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1087079 2 0.5996 0.2130 0.000 0.500 0.000 0.232 0.008 0.260
#> SRR814996 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 6 0.1218 0.7503 0.000 0.004 0.000 0.028 0.012 0.956
#> SRR1453392 4 0.0790 0.8557 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.2053 0.8853 0.888 0.004 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1419985 6 0.3921 0.6151 0.000 0.308 0.000 0.012 0.004 0.676
#> SRR820938 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476844 5 0.0790 0.8002 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1403526 1 0.0146 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413916 4 0.0520 0.8499 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000
#> SRR1441051 4 0.1814 0.7983 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR614287 4 0.5817 0.1415 0.000 0.236 0.000 0.524 0.004 0.236
#> SRR1092062 2 0.1138 0.6378 0.000 0.960 0.000 0.012 0.004 0.024
#> SRR612611 6 0.4289 0.3929 0.000 0.444 0.000 0.012 0.004 0.540
#> SRR1376356 6 0.2738 0.7325 0.000 0.176 0.000 0.000 0.004 0.820
#> SRR1405078 3 0.0363 0.9297 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1437226 2 0.6856 0.0574 0.000 0.428 0.060 0.180 0.004 0.328
#> SRR1326078 1 0.0146 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1096806 4 0.0790 0.8557 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1440919 3 0.1910 0.8513 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR1452824 5 0.4553 0.3290 0.000 0.032 0.384 0.004 0.580 0.000
#> SRR615754 1 0.0146 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341787 6 0.0622 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR614551 3 0.3835 0.5073 0.000 0.336 0.656 0.004 0.004 0.000
#> SRR1380829 3 0.0146 0.9338 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455761 1 0.1219 0.9393 0.948 0.004 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1465189 5 0.3126 0.5736 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1376895 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1445002 1 0.0508 0.9599 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1469258 2 0.0798 0.6489 0.004 0.976 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1409239 1 0.0405 0.9612 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1480200 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1418323 1 0.1152 0.9461 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821096 4 0.2653 0.7368 0.000 0.144 0.012 0.844 0.000 0.000
#> SRR613591 4 0.5799 0.1555 0.000 0.232 0.000 0.528 0.004 0.236
#> SRR1344205 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612479 5 0.1007 0.7956 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1399950 1 0.0632 0.9583 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1336048 3 0.0146 0.9337 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1379403 4 0.1007 0.8508 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1312464 5 0.3428 0.5571 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1096478 1 0.0508 0.9599 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1459845 1 0.1349 0.9375 0.940 0.004 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1348138 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811423 5 0.2320 0.6962 0.004 0.000 0.132 0.000 0.864 0.000
#> SRR615683 1 0.1204 0.9369 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1380336 4 0.1501 0.8069 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR817609 5 0.0632 0.7875 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1074550 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499236 6 0.4067 0.6377 0.000 0.296 0.000 0.012 0.012 0.680
#> SRR656083 1 0.0146 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR817539 1 0.0291 0.9620 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1410801 5 0.0790 0.8002 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1347190 1 0.1010 0.9510 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1355126 2 0.1844 0.6368 0.048 0.924 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466046 5 0.1007 0.7972 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1097055 4 0.4029 0.5044 0.000 0.292 0.028 0.680 0.000 0.000
#> SRR1312370 6 0.0508 0.7595 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR655325 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR810177 2 0.1138 0.6378 0.000 0.960 0.000 0.012 0.004 0.024
#> SRR815685 4 0.3993 0.0446 0.000 0.476 0.000 0.520 0.004 0.000
#> SRR817026 3 0.3592 0.5004 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1417224 3 0.2948 0.7633 0.000 0.000 0.804 0.188 0.000 0.008
#> SRR661687 4 0.0790 0.8557 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1431804 1 0.0632 0.9583 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR664072 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612923 4 0.0458 0.8551 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0146 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347726 1 0.0935 0.9474 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1500360 1 0.1003 0.9506 0.964 0.016 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1468360 6 0.0622 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1404084 1 0.1297 0.9439 0.948 0.012 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.0363 0.6503 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655519 4 0.0458 0.8551 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1311308 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368006 4 0.0790 0.8557 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR613651 1 0.1970 0.9094 0.912 0.060 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1362621 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451718 1 0.0146 0.9626 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1095334 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079636 2 0.0508 0.6495 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1442549 6 0.0622 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1466421 2 0.5934 0.0257 0.000 0.460 0.000 0.192 0.004 0.344
#> SRR817397 4 0.0458 0.8551 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1341809 6 0.2053 0.7489 0.000 0.108 0.000 0.000 0.004 0.888
#> SRR614623 4 0.4536 0.1942 0.000 0.408 0.028 0.560 0.004 0.000
#> SRR1335005 4 0.0458 0.8551 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1407065 4 0.0713 0.8560 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1404483 3 0.3823 0.2527 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000
#> SRR1096222 1 0.0508 0.9599 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1401793 5 0.3558 0.6632 0.184 0.032 0.000 0.004 0.780 0.000
#> SRR1408615 3 0.0508 0.9252 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR1070597 6 0.0622 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1332381 1 0.0291 0.9620 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457015 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1386797 1 0.4529 0.0687 0.512 0.460 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1098385 4 0.1610 0.8197 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820350 4 0.5987 0.0426 0.000 0.244 0.000 0.480 0.004 0.272
#> SRR662055 4 0.1176 0.8469 0.000 0.024 0.020 0.956 0.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0291 0.9620 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1453639 6 0.0622 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR662617 6 0.2738 0.7325 0.000 0.176 0.000 0.000 0.004 0.820
#> SRR654778 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR661782 6 0.2772 0.7304 0.000 0.180 0.000 0.000 0.004 0.816
#> SRR1334396 5 0.0790 0.8002 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR613867 4 0.2053 0.7839 0.000 0.000 0.004 0.888 0.000 0.108
#> SRR1479412 1 0.0291 0.9620 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417178 5 0.3993 0.3137 0.000 0.000 0.400 0.008 0.592 0.000
#> SRR1335278 5 0.3890 0.3856 0.400 0.004 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR665369 6 0.2738 0.7325 0.000 0.176 0.000 0.000 0.004 0.820
#> SRR657552 1 0.3508 0.5747 0.704 0.000 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR812412 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1096500 6 0.0622 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1347750 6 0.2845 0.7330 0.004 0.172 0.000 0.000 0.004 0.820
#> SRR615153 5 0.5228 0.4527 0.000 0.000 0.196 0.192 0.612 0.000
#> SRR1434417 5 0.0790 0.8002 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1070159 3 0.1080 0.9094 0.000 0.032 0.960 0.004 0.004 0.000
#> SRR1332508 2 0.0363 0.6503 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.4182 0.4142 0.312 0.660 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1402491 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1476595 1 0.0806 0.9541 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1320987 2 0.2212 0.6130 0.112 0.880 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1086417 2 0.4198 0.4096 0.316 0.656 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1454095 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR614791 3 0.0547 0.9252 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR821255 1 0.0547 0.9560 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR820402 6 0.5032 0.2597 0.000 0.464 0.000 0.060 0.004 0.472
#> SRR1337284 6 0.3642 0.4755 0.236 0.000 0.000 0.008 0.012 0.744
#> SRR1333083 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384883 3 0.3717 0.4015 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR614431 1 0.0692 0.9581 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1481106 4 0.0790 0.8557 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1370285 5 0.3838 0.2630 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.3782 0.3565 0.000 0.360 0.000 0.636 0.004 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1322864 2 0.3714 0.4144 0.000 0.656 0.004 0.340 0.000 0.000
#> SRR1476825 3 0.3436 0.7584 0.000 0.000 0.796 0.020 0.012 0.172
#> SRR1443332 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662486 6 0.3619 0.6167 0.000 0.316 0.000 0.000 0.004 0.680
#> SRR1447019 5 0.1910 0.7567 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR662942 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.2520 0.8321 0.844 0.004 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1464977 1 0.0865 0.9441 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR615850 3 0.1461 0.9004 0.000 0.000 0.940 0.016 0.000 0.044
#> SRR661949 6 0.2738 0.7325 0.000 0.176 0.000 0.000 0.004 0.820
#> SRR1322227 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441655 2 0.4184 0.5383 0.188 0.748 0.000 0.040 0.024 0.000
#> SRR613771 6 0.4037 0.4940 0.000 0.000 0.024 0.244 0.012 0.720
#> SRR1479471 5 0.1387 0.7865 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1488918 4 0.0520 0.8512 0.000 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1414040 6 0.3921 0.6151 0.000 0.308 0.000 0.012 0.004 0.676
#> SRR1079850 2 0.3987 0.4659 0.040 0.732 0.000 0.004 0.224 0.000
#> SRR663209 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1364914 4 0.0458 0.8551 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.2146 0.6094 0.116 0.880 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314894 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1414117 5 0.3823 0.1837 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1395975 6 0.0622 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1402219 6 0.0551 0.7605 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008 0.984
#> SRR1433623 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR656385 4 0.2571 0.8030 0.000 0.000 0.060 0.876 0.000 0.064
#> SRR811213 6 0.3370 0.7037 0.000 0.212 0.000 0.012 0.004 0.772
#> SRR663657 3 0.1949 0.8630 0.000 0.088 0.904 0.004 0.000 0.004
#> SRR612203 5 0.0790 0.8002 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR613987 2 0.4997 -0.0250 0.000 0.492 0.456 0.032 0.020 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 4 0.0363 0.8452 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1382912 1 0.0291 0.9620 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475501 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1336930 5 0.2003 0.7523 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381459 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402350 2 0.4131 0.3707 0.356 0.624 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1419408 5 0.1082 0.7911 0.040 0.004 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR655911 4 0.3101 0.6167 0.000 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR1418243 1 0.0146 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322573 5 0.1708 0.7746 0.024 0.040 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355284 5 0.0547 0.7929 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1319395 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR818939 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1465266 5 0.0713 0.7985 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR614888 5 0.1913 0.7366 0.012 0.080 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1431694 6 0.3895 0.4081 0.280 0.000 0.000 0.008 0.012 0.700
#> SRR614347 4 0.0713 0.8560 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.3843 0.1732 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR656349 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR815422 4 0.0790 0.8557 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1360828 1 0.2964 0.7530 0.792 0.004 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1359005 4 0.0458 0.8551 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0146 0.9639 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1391660 1 0.1610 0.9132 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1441956 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR662930 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614827 3 0.2219 0.8248 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR614587 4 0.2730 0.6846 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR814052 6 0.0000 0.7599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070086 1 0.0291 0.9620 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481440 5 0.0790 0.8002 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432802 6 0.0622 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1416911 1 0.0458 0.9623 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1410427 1 0.0291 0.9634 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1401185 3 0.0790 0.9172 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR654993 6 0.3693 0.6503 0.000 0.280 0.000 0.008 0.004 0.708
#> SRR656397 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR809643 3 0.0790 0.9148 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1433819 1 0.0291 0.9620 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375225 2 0.2800 0.6052 0.000 0.860 0.000 0.100 0.004 0.036
#> SRR1367739 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323336 1 0.2945 0.7965 0.824 0.156 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR663224 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442840 1 0.2006 0.8896 0.892 0.004 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1374058 1 0.0146 0.9626 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR656994 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1469214 4 0.1152 0.8307 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> SRR1456446 5 0.0777 0.7957 0.024 0.000 0.000 0.004 0.972 0.000
#> SRR1471879 6 0.2738 0.7325 0.000 0.176 0.000 0.000 0.004 0.820
#> SRR612911 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395720 4 0.1007 0.8509 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1413055 5 0.0937 0.7986 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR656770 6 0.4494 0.2049 0.000 0.000 0.400 0.016 0.012 0.572
#> SRR812080 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479328 1 0.1168 0.9493 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR661421 4 0.2989 0.7120 0.000 0.000 0.008 0.812 0.004 0.176
#> SRR1410286 4 0.0458 0.8551 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1487150 5 0.3765 0.3895 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1467035 1 0.0858 0.9546 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1360607 4 0.2491 0.7269 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1333106 6 0.5658 0.2423 0.000 0.000 0.124 0.332 0.012 0.532
#> SRR1088706 2 0.0653 0.6473 0.004 0.980 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1320053 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350392 4 0.3843 0.1412 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080093 4 0.0790 0.8557 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1318753 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1345369 3 0.3536 0.7439 0.000 0.000 0.784 0.020 0.012 0.184
#> SRR612178 4 0.0909 0.8542 0.000 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1354423 5 0.2969 0.6459 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 4 0.4127 0.3087 0.000 0.364 0.000 0.620 0.004 0.012
#> SRR1326427 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437412 6 0.0146 0.7597 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1327548 3 0.2340 0.8117 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.0146 0.9626 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR659367 6 0.3176 0.6269 0.156 0.032 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR818961 5 0.0790 0.8002 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR813704 1 0.0790 0.9540 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR613054 1 0.0858 0.9546 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1476467 5 0.0790 0.8002 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1407988 4 0.0458 0.8551 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1394776 4 0.1007 0.8482 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR655578 6 0.2632 0.7362 0.000 0.164 0.000 0.000 0.004 0.832
#> SRR1310645 4 0.0790 0.8557 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.1141 0.9383 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1479740 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1332095 1 0.0363 0.9603 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1444786 6 0.0622 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1090070 1 0.0291 0.9620 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR662414 6 0.0146 0.7601 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR661216 2 0.5523 0.3828 0.000 0.548 0.000 0.308 0.004 0.140
#> SRR656313 6 0.4249 0.4489 0.000 0.416 0.000 0.012 0.004 0.568
#> SRR615671 6 0.0622 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1350196 3 0.2039 0.8714 0.000 0.000 0.904 0.020 0.000 0.076
#> SRR1466580 1 0.2191 0.8725 0.876 0.004 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1408032 4 0.1340 0.8248 0.000 0.008 0.000 0.948 0.004 0.040
#> SRR1432913 4 0.0790 0.8557 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1360502 5 0.6049 0.3336 0.000 0.308 0.092 0.060 0.540 0.000
#> SRR1391901 3 0.3748 0.5729 0.000 0.300 0.688 0.012 0.000 0.000
#> SRR1311131 5 0.0713 0.7985 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1380636 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1332339 6 0.3982 0.0953 0.460 0.000 0.000 0.000 0.004 0.536
#> SRR1341563 4 0.3330 0.5584 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR1359410 3 0.3330 0.6182 0.000 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 5 0.0713 0.7985 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1498765 4 0.2260 0.7519 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR1312622 3 0.1075 0.9054 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR615503 1 0.0748 0.9562 0.976 0.004 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1453192 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1433107 3 0.0713 0.9199 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1075384 5 0.0790 0.8002 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1356683 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR659049 1 0.0260 0.9639 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1368240 1 0.0692 0.9562 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1341739 1 0.1267 0.9326 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663428 6 0.3104 0.7131 0.000 0.204 0.000 0.004 0.004 0.788
#> SRR1341302 2 0.0547 0.6503 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0363 0.6503 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.9363 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406521 4 0.0622 0.8525 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000 0.000
#> SRR1432049 1 0.0891 0.9534 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1453504 4 0.0713 0.8428 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.545 0.881 0.923 0.4704 0.500 0.500
#> 3 3 0.779 0.863 0.936 0.3885 0.687 0.456
#> 4 4 0.837 0.855 0.935 0.0945 0.934 0.809
#> 5 5 0.793 0.737 0.848 0.0738 0.941 0.801
#> 6 6 0.779 0.750 0.795 0.0493 0.923 0.700
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.7883 0.831 0.236 0.764
#> SRR1359328 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR821124 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1335188 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1321921 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1476165 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1448098 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1321401 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR807613 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR808086 2 0.2043 0.879 0.032 0.968
#> SRR613687 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1471011 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1330284 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1320624 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1459519 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1390561 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR814996 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1453392 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR820938 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1441051 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR614287 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1092062 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR612611 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1376356 2 0.8909 0.721 0.308 0.692
#> SRR1405078 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1437226 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1326078 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1452824 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR615754 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR614551 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1380829 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1465189 2 0.7745 0.844 0.228 0.772
#> SRR1376895 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.7453 0.861 0.212 0.788
#> SRR1409239 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR821096 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR613591 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1344205 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1336048 2 0.5842 0.880 0.140 0.860
#> SRR1368896 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1312464 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1348138 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR811423 1 0.7299 0.688 0.796 0.204
#> SRR615683 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR817609 1 0.3274 0.891 0.940 0.060
#> SRR1074550 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR656083 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.9661 0.544 0.392 0.608
#> SRR615165 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1312370 1 0.8016 0.638 0.756 0.244
#> SRR655325 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR810177 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR815685 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR817026 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1431804 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR664072 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1315890 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1468360 1 0.8909 0.498 0.692 0.308
#> SRR1404084 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR615994 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1397200 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1311308 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR613651 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1451718 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1079636 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1442549 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR817397 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1341809 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR614623 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1335005 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1407065 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1404483 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR662055 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1310455 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1453639 1 0.8267 0.608 0.740 0.260
#> SRR662617 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR654778 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR661782 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR1334396 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1479412 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1082809 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1417178 2 0.6801 0.874 0.180 0.820
#> SRR1335278 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR665369 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR657552 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1096500 1 0.9795 0.150 0.584 0.416
#> SRR1347750 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR615153 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1434417 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.3114 0.880 0.056 0.944
#> SRR1332508 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1082059 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR1402491 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1320987 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR1086417 1 0.7528 0.686 0.784 0.216
#> SRR1454095 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.2778 0.905 0.952 0.048
#> SRR820402 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1337284 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1333083 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1384883 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.3584 0.884 0.068 0.932
#> SRR1370285 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1341188 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1476825 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1443332 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1447019 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR615850 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR661949 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1322227 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1441655 2 0.7376 0.865 0.208 0.792
#> SRR613771 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1479471 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1414040 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1079850 2 0.8499 0.775 0.276 0.724
#> SRR663209 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1408267 1 0.8499 0.575 0.724 0.276
#> SRR1314894 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1395975 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1402219 2 0.7453 0.860 0.212 0.788
#> SRR1433623 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.6438 0.877 0.164 0.836
#> SRR811213 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR663657 2 0.7219 0.870 0.200 0.800
#> SRR612203 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR613831 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1382912 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.4298 0.886 0.088 0.912
#> SRR1402350 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.8386 0.592 0.732 0.268
#> SRR1431694 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1334228 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR656349 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.3879 0.885 0.076 0.924
#> SRR1360828 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1456652 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR814052 1 0.8267 0.608 0.740 0.260
#> SRR1070086 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1432802 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR1416911 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR654993 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR656397 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1367739 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR663224 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1469214 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1456446 1 0.9998 -0.211 0.508 0.492
#> SRR1471879 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR612911 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1413055 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1410286 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1487150 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1333106 2 0.4431 0.885 0.092 0.908
#> SRR1088706 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1320053 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1385190 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.3584 0.884 0.068 0.932
#> SRR1318753 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1354423 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1326427 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1437412 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR1327548 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR659367 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.6801 0.874 0.180 0.820
#> SRR1394776 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR655578 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1310645 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1090070 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR662414 1 0.0376 0.948 0.996 0.004
#> SRR661216 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR656313 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR615671 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1350196 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1432913 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1360502 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1391901 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1311131 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.7139 0.871 0.196 0.804
#> SRR1359410 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR615503 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR663428 1 0.8327 0.601 0.736 0.264
#> SRR1341302 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1073553 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1354093 2 0.0000 0.873 0.000 1.000
#> SRR1406521 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
#> SRR1432049 1 0.0000 0.952 1.000 0.000
#> SRR1453504 2 0.7299 0.869 0.204 0.796
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359328 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR821124 3 0.6274 0.366 0.000 0.456 0.544
#> SRR1335188 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> SRR1075825 2 0.3412 0.806 0.000 0.876 0.124
#> SRR1321921 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312802 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476165 2 0.5905 0.493 0.352 0.648 0.000
#> SRR1459631 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR1448098 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.2537 0.851 0.000 0.080 0.920
#> SRR613687 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471011 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330284 3 0.6274 0.366 0.000 0.456 0.544
#> SRR1320624 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1459519 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR1390561 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.0424 0.933 0.000 0.992 0.008
#> SRR814996 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR1445873 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.6095 0.318 0.608 0.392 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 3 0.6280 0.356 0.000 0.460 0.540
#> SRR1441051 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR614287 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR1437226 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR1440919 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1452824 2 0.0237 0.936 0.000 0.996 0.004
#> SRR615754 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR614551 3 0.6280 0.356 0.000 0.460 0.540
#> SRR1380829 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 3 0.6489 0.355 0.004 0.456 0.540
#> SRR1376895 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0747 0.969 0.984 0.016 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 3 0.6274 0.366 0.000 0.456 0.544
#> SRR613591 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> SRR1399950 2 0.5905 0.478 0.352 0.648 0.000
#> SRR1336048 3 0.5733 0.627 0.000 0.324 0.676
#> SRR1368896 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1312464 2 0.4750 0.723 0.216 0.784 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR811423 2 0.1129 0.931 0.020 0.976 0.004
#> SRR615683 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 3 0.6274 0.366 0.000 0.456 0.544
#> SRR817609 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1074550 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 2 0.4702 0.726 0.212 0.788 0.000
#> SRR1097055 3 0.6280 0.356 0.000 0.460 0.540
#> SRR1312370 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR815685 3 0.6280 0.356 0.000 0.460 0.540
#> SRR817026 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR1417224 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR661687 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1431804 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> SRR664072 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.2796 0.848 0.000 0.908 0.092
#> SRR1315890 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500360 2 0.5178 0.675 0.256 0.744 0.000
#> SRR1468360 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404084 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1311308 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368006 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR613651 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1362621 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1451718 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 3 0.0237 0.871 0.000 0.004 0.996
#> SRR1079636 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 3 0.6274 0.366 0.000 0.456 0.544
#> SRR1341809 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 3 0.6274 0.366 0.000 0.456 0.544
#> SRR1335005 3 0.6274 0.366 0.000 0.456 0.544
#> SRR1407065 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1404483 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1408615 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070597 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1098385 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR1363947 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 2 0.5785 0.376 0.000 0.668 0.332
#> SRR1310455 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 2 0.4235 0.776 0.176 0.824 0.000
#> SRR613867 2 0.3551 0.795 0.000 0.868 0.132
#> SRR1479412 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417178 3 0.6126 0.489 0.000 0.400 0.600
#> SRR1335278 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.0424 0.976 0.992 0.008 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0892 0.932 0.020 0.980 0.000
#> SRR615153 2 0.5678 0.421 0.000 0.684 0.316
#> SRR1434417 2 0.6140 0.351 0.404 0.596 0.000
#> SRR1070159 3 0.2711 0.833 0.000 0.088 0.912
#> SRR1332508 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.3412 0.841 0.124 0.876 0.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454095 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> SRR614791 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR821255 2 0.0747 0.933 0.016 0.984 0.000
#> SRR820402 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337284 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384883 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 3 0.3752 0.821 0.000 0.144 0.856
#> SRR1370285 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.3816 0.772 0.000 0.852 0.148
#> SRR1476825 2 0.3686 0.784 0.000 0.860 0.140
#> SRR1443332 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR615850 3 0.0237 0.871 0.000 0.004 0.996
#> SRR661949 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441655 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR613771 2 0.5016 0.620 0.000 0.760 0.240
#> SRR1479471 1 0.1031 0.961 0.976 0.024 0.000
#> SRR1488918 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1414040 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1408267 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR656385 3 0.5988 0.554 0.000 0.368 0.632
#> SRR811213 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR663657 2 0.0424 0.933 0.000 0.992 0.008
#> SRR612203 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.5733 0.399 0.000 0.676 0.324
#> SRR1382912 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381459 3 0.4178 0.803 0.000 0.172 0.828
#> SRR1402350 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1419408 2 0.4974 0.691 0.236 0.764 0.000
#> SRR655911 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR1418243 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 2 0.1031 0.929 0.024 0.976 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR614888 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431694 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR614347 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1334228 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR815422 3 0.3879 0.817 0.000 0.152 0.848
#> SRR1360828 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1359005 3 0.6274 0.366 0.000 0.456 0.544
#> SRR1456652 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR662930 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR614827 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR614587 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR814052 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR654993 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR1433819 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR663224 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 3 0.6274 0.366 0.000 0.456 0.544
#> SRR1456446 2 0.0747 0.933 0.016 0.984 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395720 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1413055 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR812080 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 2 0.6225 0.288 0.432 0.568 0.000
#> SRR661421 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1410286 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1487150 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333106 3 0.6026 0.521 0.000 0.376 0.624
#> SRR1088706 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350392 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1385190 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 3 0.3752 0.821 0.000 0.144 0.856
#> SRR1318753 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 3 0.1643 0.863 0.000 0.044 0.956
#> SRR612178 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1354423 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.2448 0.868 0.000 0.924 0.076
#> SRR1326427 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327548 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.5254 0.662 0.264 0.736 0.000
#> SRR818961 2 0.1031 0.929 0.024 0.976 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1407988 3 0.5621 0.644 0.000 0.308 0.692
#> SRR1394776 2 0.6299 -0.159 0.000 0.524 0.476
#> SRR655578 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR1345628 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.0892 0.931 0.020 0.980 0.000
#> SRR1444786 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0592 0.934 0.012 0.988 0.000
#> SRR661216 2 0.3116 0.828 0.000 0.892 0.108
#> SRR656313 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350196 3 0.0892 0.871 0.000 0.020 0.980
#> SRR1466580 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.2261 0.875 0.000 0.932 0.068
#> SRR1432913 3 0.4002 0.812 0.000 0.160 0.840
#> SRR1360502 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391901 3 0.6280 0.356 0.000 0.460 0.540
#> SRR1311131 2 0.5835 0.505 0.340 0.660 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 3 0.6062 0.518 0.000 0.384 0.616
#> SRR1359410 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.6045 0.352 0.620 0.380 0.000
#> SRR1498765 3 0.0424 0.872 0.000 0.008 0.992
#> SRR1312622 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR615503 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.6095 0.318 0.608 0.392 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.985 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.872 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 3 0.6274 0.366 0.000 0.456 0.544
#> SRR1432049 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> SRR1453504 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 2 0.2921 0.808110 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1359328 4 0.3610 0.701663 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR821124 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335188 2 0.0336 0.924430 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.4730 0.367581 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1321921 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312802 2 0.0592 0.918967 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476165 2 0.4679 0.496181 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR1459631 4 0.3444 0.730754 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR1448098 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808086 4 0.4030 0.764610 0.000 0.072 0.092 0.836
#> SRR613687 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471011 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330284 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320624 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 4 0.4323 0.714790 0.000 0.028 0.184 0.788
#> SRR1390561 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.4222 0.644888 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR814996 4 0.4999 0.257897 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR1407410 2 0.4193 0.651005 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1453392 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820938 3 0.3610 0.807610 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1476844 1 0.4830 0.328545 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441051 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614287 2 0.3649 0.737086 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1092062 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405078 4 0.3610 0.701663 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1437226 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452824 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614551 4 0.4072 0.618439 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1380829 3 0.3610 0.807610 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1455761 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 4 0.4343 0.598774 0.004 0.264 0.000 0.732
#> SRR1376895 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0592 0.962849 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821096 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613591 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612479 2 0.0592 0.918967 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1399950 2 0.4679 0.483328 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR1336048 4 0.3610 0.701663 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1368896 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312464 2 0.3764 0.708439 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 4 0.3895 0.724611 0.000 0.012 0.184 0.804
#> SRR811423 2 0.0524 0.922854 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR615683 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817609 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074550 3 0.1940 0.885959 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1499236 2 0.4164 0.657132 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR656083 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 2 0.0592 0.918967 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615165 3 0.1118 0.901636 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1466046 2 0.3726 0.713216 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR1097055 4 0.3975 0.634258 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1312370 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815685 4 0.4193 0.596723 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR817026 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417224 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661687 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431804 2 0.0336 0.924430 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR664072 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612923 2 0.4304 0.581561 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1315890 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500360 2 0.3942 0.676108 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1468360 2 0.3528 0.750310 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1404084 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397200 4 0.4981 0.339193 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR655519 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311308 4 0.4304 0.602084 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1368006 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613651 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362621 4 0.3024 0.741937 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1451718 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095334 4 0.5112 0.506695 0.000 0.008 0.384 0.608
#> SRR1079636 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442549 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817397 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614623 4 0.2216 0.793082 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1335005 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407065 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404483 4 0.3444 0.730754 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR1096222 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 4 0.4418 0.711785 0.000 0.032 0.184 0.784
#> SRR1070597 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098385 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662055 4 0.4817 0.449416 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1310455 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334396 2 0.3356 0.757474 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR613867 4 0.4898 0.250922 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1479412 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 4 0.3444 0.730754 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR1417178 4 0.3172 0.729325 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1335278 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657552 1 0.0336 0.972476 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0188 0.926735 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR615153 2 0.4985 -0.000174 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1434417 2 0.4866 0.354019 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR1070159 4 0.5395 0.658839 0.000 0.084 0.184 0.732
#> SRR1332508 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082059 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.2408 0.836684 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1320987 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086417 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454095 2 0.0336 0.924430 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR614791 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821255 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820402 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337284 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.3444 0.730754 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR614431 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.4624 0.457932 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1476825 4 0.4967 0.132027 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1443332 4 0.3444 0.730754 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR662486 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615850 4 0.3610 0.701663 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR661949 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.0188 0.909814 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1441655 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613771 4 0.5614 0.466630 0.000 0.304 0.044 0.652
#> SRR1479471 1 0.0817 0.952810 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1488918 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079850 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364914 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408267 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395975 2 0.4193 0.651005 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1402219 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 4 0.1637 0.808042 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR811213 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663657 2 0.0188 0.926360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR612203 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354180 4 0.3569 0.661483 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1382912 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.3610 0.807610 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1381459 4 0.0469 0.841588 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1402350 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419408 2 0.3942 0.682011 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR655911 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355284 2 0.0469 0.921822 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431694 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614347 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.0188 0.926630 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656349 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815422 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360828 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 4 0.3444 0.730754 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR615790 3 0.3610 0.807610 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR614827 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614587 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 2 0.0336 0.924239 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.2530 0.867407 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1432802 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401185 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654993 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 4 0.1557 0.818502 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1433819 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.3610 0.807610 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1323336 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663224 4 0.3444 0.730754 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR1442840 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456446 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612911 4 0.3528 0.722694 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1395720 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656770 4 0.2814 0.765833 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR812080 3 0.3528 0.814068 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1479328 2 0.4916 0.299439 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR661421 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410286 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487150 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.4193 0.651005 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1333106 4 0.3486 0.671769 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1088706 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320053 3 0.3610 0.807610 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1350392 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385190 4 0.4356 0.590108 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1080093 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 4 0.3610 0.701663 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR612178 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354423 2 0.0592 0.918967 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.1867 0.866186 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1326427 3 0.3610 0.807610 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1437412 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327548 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659367 2 0.4008 0.664664 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR818961 2 0.0469 0.921798 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 2 0.0336 0.924239 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1407988 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394776 4 0.2704 0.762493 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR655578 2 0.0188 0.926632 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310645 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444786 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661216 2 0.3975 0.637898 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR656313 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615671 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350196 4 0.3610 0.701663 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1466580 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.4643 0.512747 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1432913 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360502 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391901 4 0.4193 0.596723 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1311131 2 0.4624 0.508899 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341563 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359410 4 0.4925 0.252318 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR1473040 3 0.1474 0.882023 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1321444 1 0.4790 0.361518 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR1498765 4 0.2589 0.772603 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1312622 4 0.3444 0.730754 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR615503 2 0.0336 0.924430 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.0000 0.910446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075384 1 0.4830 0.328313 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.982241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.3610 0.807610 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR663428 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354093 4 0.4888 0.462223 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1406521 4 0.0000 0.846566 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432049 2 0.0336 0.924430 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1453504 2 0.0000 0.928948 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 5 0.1408 0.7477 0.000 0.044 0.000 0.008 0.948
#> SRR1359328 5 0.4192 0.3406 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR821124 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335188 2 0.0609 0.6715 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1075825 2 0.4219 0.2755 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1321921 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384073 1 0.1408 0.8167 0.948 0.008 0.000 0.000 0.044
#> SRR1312802 2 0.1121 0.6542 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1076559 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR1370085 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1476165 2 0.4100 0.3998 0.192 0.764 0.000 0.000 0.044
#> SRR1459631 4 0.0510 0.9110 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1448098 2 0.4592 0.6478 0.000 0.644 0.000 0.024 0.332
#> SRR1321401 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR807613 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR808086 4 0.0854 0.9083 0.000 0.012 0.004 0.976 0.008
#> SRR613687 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1471011 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330284 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320624 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.5002 0.6943 0.612 0.344 0.000 0.000 0.044
#> SRR1091184 4 0.4298 0.3241 0.000 0.000 0.008 0.640 0.352
#> SRR1390561 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR658164 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087079 2 0.4599 0.6406 0.000 0.624 0.000 0.020 0.356
#> SRR814996 4 0.4538 0.2278 0.000 0.000 0.452 0.540 0.008
#> SRR1407410 5 0.1485 0.7499 0.000 0.032 0.000 0.020 0.948
#> SRR1453392 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.5030 0.6898 0.604 0.352 0.000 0.000 0.044
#> SRR1419985 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR820938 3 0.0290 0.9718 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1476844 1 0.5151 0.6320 0.560 0.396 0.000 0.000 0.044
#> SRR1403526 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614287 2 0.4402 0.6505 0.000 0.636 0.000 0.012 0.352
#> SRR1092062 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR612611 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1376356 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1405078 4 0.0162 0.9153 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1437226 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1326078 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096806 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440919 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452824 2 0.0609 0.6774 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR615754 1 0.1121 0.8179 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1341787 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR614551 4 0.0912 0.9000 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR1380829 3 0.0290 0.9718 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1455761 1 0.4908 0.7047 0.636 0.320 0.000 0.000 0.044
#> SRR1465189 4 0.1205 0.8866 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1376895 1 0.1121 0.8179 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1445002 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.4015 0.6596 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1409239 1 0.0162 0.8216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480200 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR657540 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821096 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613591 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1344205 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612479 2 0.1121 0.6542 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1399950 2 0.4941 -0.0308 0.328 0.628 0.000 0.000 0.044
#> SRR1336048 4 0.3074 0.6646 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1368896 1 0.4972 0.6981 0.620 0.336 0.000 0.000 0.044
#> SRR1379403 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312464 2 0.3988 0.4031 0.196 0.768 0.000 0.000 0.036
#> SRR1096478 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.1478 0.8086 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 4 0.0510 0.9110 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR811423 2 0.1697 0.6594 0.000 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR615683 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR1380336 5 0.3857 0.5421 0.000 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR817609 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074550 3 0.0290 0.9718 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1499236 5 0.1485 0.7499 0.000 0.032 0.000 0.020 0.948
#> SRR656083 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR1347190 2 0.1121 0.6542 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1355126 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0290 0.9718 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1466046 2 0.3910 0.4096 0.196 0.772 0.000 0.000 0.032
#> SRR1097055 4 0.0912 0.8997 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR1312370 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR655325 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810177 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR815685 4 0.1310 0.8860 0.000 0.020 0.000 0.956 0.024
#> SRR817026 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417224 4 0.0162 0.9144 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661687 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431804 2 0.0510 0.6739 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR664072 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612923 2 0.4150 0.3223 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.1818 0.8129 0.932 0.024 0.000 0.000 0.044
#> SRR1500360 2 0.0963 0.6602 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1468360 5 0.1408 0.7477 0.000 0.044 0.000 0.008 0.948
#> SRR1404084 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1397200 4 0.1557 0.8819 0.000 0.000 0.052 0.940 0.008
#> SRR655519 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311308 4 0.4425 0.3948 0.000 0.000 0.392 0.600 0.008
#> SRR1368006 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613651 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362621 4 0.0290 0.9126 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1451718 1 0.0880 0.8195 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1095334 4 0.4780 0.5968 0.000 0.060 0.016 0.740 0.184
#> SRR1079636 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1442549 5 0.1270 0.7451 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1466421 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR817397 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341809 2 0.4030 0.6589 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR614623 4 0.0579 0.9112 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1335005 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407065 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404483 4 0.0510 0.9110 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 4 0.0798 0.9079 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1070597 5 0.1270 0.7451 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1332381 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098385 4 0.0290 0.9140 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1363947 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.4182 0.6566 0.000 0.644 0.000 0.004 0.352
#> SRR662055 4 0.4060 0.3668 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1310455 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR1453639 5 0.1270 0.7451 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR662617 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR654778 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661782 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1334396 2 0.3804 0.4678 0.160 0.796 0.000 0.000 0.044
#> SRR613867 5 0.2230 0.7164 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1479412 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082809 4 0.0798 0.9079 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1417178 4 0.0798 0.9073 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1335278 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR665369 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR657552 1 0.3177 0.6546 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR812412 1 0.0404 0.8212 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096500 5 0.1270 0.7451 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1347750 5 0.3661 0.2662 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR615153 4 0.3837 0.4819 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1434417 2 0.5113 -0.2162 0.380 0.576 0.000 0.000 0.044
#> SRR1070159 4 0.1200 0.9024 0.000 0.008 0.016 0.964 0.012
#> SRR1332508 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1082059 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402491 1 0.5016 0.6921 0.608 0.348 0.000 0.000 0.044
#> SRR1476595 2 0.2446 0.6604 0.044 0.900 0.000 0.000 0.056
#> SRR1320987 2 0.2891 0.6753 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1086417 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454095 2 0.0880 0.6633 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR614791 4 0.0290 0.9140 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR821255 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820402 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1337284 2 0.0162 0.6827 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333083 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.0510 0.9110 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.5016 0.6921 0.608 0.348 0.000 0.000 0.044
#> SRR1446673 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1341188 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.1121 0.8179 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1322864 2 0.5447 0.5766 0.000 0.572 0.000 0.072 0.356
#> SRR1476825 5 0.4505 0.3856 0.000 0.012 0.000 0.384 0.604
#> SRR1443332 4 0.0798 0.9079 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR662486 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1447019 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR662942 1 0.1121 0.8179 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR613102 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR1464977 1 0.0609 0.8206 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR615850 5 0.4268 0.2419 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR661949 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1322227 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441655 2 0.1608 0.6843 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR613771 5 0.1732 0.7346 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1479471 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR1488918 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1079850 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0963 0.8190 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1364914 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408267 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1314894 1 0.1121 0.8179 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1414117 2 0.3565 0.6723 0.000 0.800 0.000 0.024 0.176
#> SRR1395975 5 0.1992 0.7488 0.000 0.032 0.000 0.044 0.924
#> SRR1402219 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1433623 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656385 4 0.4832 0.5199 0.000 0.200 0.000 0.712 0.088
#> SRR811213 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR663657 2 0.4196 0.6545 0.000 0.640 0.000 0.004 0.356
#> SRR612203 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.3795 0.6701 0.000 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR613831 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 4 0.5707 0.1665 0.000 0.364 0.000 0.544 0.092
#> SRR1382912 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.1121 0.8179 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1336930 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR613030 3 0.0290 0.9718 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1381459 4 0.5188 0.2520 0.000 0.060 0.000 0.612 0.328
#> SRR1402350 2 0.1544 0.6839 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1419408 2 0.3993 0.3684 0.216 0.756 0.000 0.000 0.028
#> SRR655911 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322573 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355284 2 0.0880 0.6636 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1319395 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465266 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614888 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431694 5 0.4201 0.3810 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR614347 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.4196 0.6551 0.000 0.640 0.000 0.004 0.356
#> SRR656349 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815422 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360828 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456652 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR1441956 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662930 4 0.0798 0.9079 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR615790 3 0.0290 0.9718 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR614827 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614587 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814052 5 0.1270 0.7451 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1070086 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 2 0.0290 0.6783 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1339296 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.0290 0.9718 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1432802 5 0.1270 0.7451 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1416911 1 0.4957 0.6999 0.624 0.332 0.000 0.000 0.044
#> SRR1410427 1 0.3995 0.7565 0.776 0.180 0.000 0.000 0.044
#> SRR1401185 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654993 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR656397 1 0.1121 0.8179 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR809643 4 0.0898 0.9041 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR1433819 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1367739 3 0.0290 0.9718 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323336 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663224 4 0.0510 0.9110 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1442840 1 0.4908 0.6894 0.608 0.356 0.000 0.000 0.036
#> SRR1374058 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469214 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR612911 4 0.3013 0.7762 0.000 0.000 0.160 0.832 0.008
#> SRR1395720 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR656770 5 0.1544 0.7388 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR812080 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479328 2 0.3995 0.4282 0.180 0.776 0.000 0.000 0.044
#> SRR661421 5 0.4201 0.3308 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1410286 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR1467035 1 0.4166 0.6971 0.648 0.348 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360607 2 0.4957 0.6291 0.000 0.624 0.000 0.044 0.332
#> SRR1333106 5 0.3336 0.6390 0.000 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1088706 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1320053 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350392 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385190 4 0.4517 0.2786 0.000 0.000 0.436 0.556 0.008
#> SRR1080093 4 0.0162 0.9153 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1318753 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 5 0.3752 0.5600 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR612178 4 0.2732 0.7501 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1354423 2 0.1121 0.6542 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1072724 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR1418450 2 0.6342 0.4092 0.000 0.476 0.000 0.168 0.356
#> SRR1326427 3 0.0000 0.9741 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437412 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1327548 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659367 5 0.4774 0.3686 0.360 0.028 0.000 0.000 0.612
#> SRR818961 2 0.0963 0.6606 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR813704 1 0.1121 0.8179 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR613054 1 0.4957 0.7000 0.624 0.332 0.000 0.000 0.044
#> SRR1476467 2 0.0290 0.6783 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1407988 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394776 4 0.2424 0.7666 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR655578 5 0.1270 0.7451 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1310645 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.4972 0.6981 0.620 0.336 0.000 0.000 0.044
#> SRR1479740 1 0.5002 0.6943 0.612 0.344 0.000 0.000 0.044
#> SRR1332095 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444786 5 0.1270 0.7451 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1090070 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662414 5 0.1270 0.7451 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR661216 2 0.5043 0.6121 0.000 0.600 0.000 0.044 0.356
#> SRR656313 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR615671 5 0.2020 0.6830 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1350196 5 0.4201 0.3308 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1466580 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR1408032 2 0.5069 0.3889 0.000 0.620 0.000 0.328 0.052
#> SRR1432913 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360502 2 0.0000 0.6823 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391901 4 0.1310 0.8860 0.000 0.020 0.000 0.956 0.024
#> SRR1311131 2 0.4891 0.0168 0.316 0.640 0.000 0.000 0.044
#> SRR1380636 1 0.1121 0.8179 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1332339 5 0.4555 0.3653 0.020 0.344 0.000 0.000 0.636
#> SRR1341563 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359410 4 0.3642 0.6657 0.000 0.000 0.232 0.760 0.008
#> SRR1473040 3 0.3796 0.5605 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1321444 1 0.5133 0.6443 0.568 0.388 0.000 0.000 0.044
#> SRR1498765 4 0.1956 0.8538 0.000 0.000 0.076 0.916 0.008
#> SRR1312622 4 0.0510 0.9110 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR615503 2 0.0609 0.6715 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1453192 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.3039 0.7232 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1075384 1 0.5151 0.6320 0.560 0.396 0.000 0.000 0.044
#> SRR1356683 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.8218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.5043 0.6874 0.600 0.356 0.000 0.000 0.044
#> SRR613249 3 0.0290 0.9718 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR663428 2 0.3913 0.6630 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1341302 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1073553 2 0.4045 0.6579 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1354093 4 0.0798 0.9079 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1406521 4 0.0000 0.9162 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432049 2 0.0609 0.6715 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1453504 2 0.3949 0.3998 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.1531 0.7424 0.000 0.068 0.000 0.004 0.000 0.928
#> SRR1359328 6 0.5663 0.3448 0.000 0.000 0.020 0.340 0.104 0.536
#> SRR821124 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335188 2 0.2300 0.5815 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.3864 0.1290 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> SRR1321921 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1466198 3 0.0865 0.9361 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1384073 1 0.1957 0.7100 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1312802 1 0.2762 0.7074 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370085 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1460363 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1480221 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1476165 1 0.3578 0.6837 0.660 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1448098 2 0.4371 0.6760 0.000 0.664 0.000 0.052 0.000 0.284
#> SRR1321401 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR807613 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR808086 4 0.0405 0.9012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR613687 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1471011 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330284 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320624 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459519 1 0.0363 0.7853 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1091184 4 0.5096 0.2148 0.000 0.112 0.000 0.596 0.000 0.292
#> SRR1390561 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658164 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1087079 2 0.3653 0.6998 0.000 0.692 0.000 0.008 0.000 0.300
#> SRR814996 4 0.6034 0.1447 0.000 0.000 0.380 0.476 0.108 0.036
#> SRR1407410 6 0.2257 0.7119 0.000 0.116 0.000 0.008 0.000 0.876
#> SRR1453392 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.3337 0.7313 0.736 0.260 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419985 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR820938 3 0.0935 0.9339 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1476844 1 0.2562 0.7628 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1413916 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441051 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614287 2 0.3634 0.7045 0.000 0.696 0.000 0.008 0.000 0.296
#> SRR1092062 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR612611 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1376356 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1405078 4 0.2308 0.8276 0.000 0.000 0.004 0.880 0.108 0.008
#> SRR1437226 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1326078 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1096806 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440919 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452824 2 0.2573 0.6100 0.112 0.864 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR615754 1 0.2003 0.7057 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1341787 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR614551 4 0.0777 0.8885 0.000 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR1380829 3 0.0935 0.9339 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1455761 1 0.0790 0.7763 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1465189 4 0.1480 0.8604 0.040 0.020 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.2003 0.7057 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1445002 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1469258 2 0.3508 0.7090 0.004 0.704 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1409239 5 0.2416 0.9290 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1480200 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1418323 1 0.3390 0.7154 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0865 0.9361 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR821096 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613591 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1344205 3 0.2706 0.9009 0.000 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR612479 1 0.3076 0.6961 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.3390 0.7154 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336048 4 0.4188 0.7166 0.000 0.096 0.004 0.776 0.108 0.016
#> SRR1368896 1 0.0865 0.7740 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1379403 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.3547 0.6920 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1459845 5 0.3316 0.8976 0.136 0.052 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1348138 4 0.0146 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR811423 1 0.3952 0.5967 0.672 0.308 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0146 0.7881 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1380336 6 0.4291 0.6044 0.000 0.052 0.000 0.268 0.000 0.680
#> SRR817609 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074550 3 0.0790 0.9343 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1499236 6 0.2257 0.7119 0.000 0.116 0.000 0.008 0.000 0.876
#> SRR656083 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR817539 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.3531 0.6555 0.672 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615165 3 0.0865 0.9337 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1466046 1 0.3592 0.6804 0.656 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 4 0.1049 0.8791 0.000 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR1312370 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR655325 5 0.2003 0.9703 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR810177 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR815685 4 0.1434 0.8612 0.000 0.048 0.000 0.940 0.000 0.012
#> SRR817026 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417224 4 0.0790 0.8916 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR661687 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431804 2 0.2260 0.5869 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664072 3 0.2706 0.9009 0.000 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR612923 2 0.3971 0.2245 0.000 0.548 0.000 0.448 0.000 0.004
#> SRR1315890 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1347726 1 0.1958 0.7199 0.896 0.000 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR1500360 2 0.3221 0.3495 0.264 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468360 6 0.1444 0.7414 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1404084 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615994 3 0.2706 0.9009 0.000 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR1475718 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1397200 4 0.4022 0.7647 0.000 0.000 0.064 0.792 0.108 0.036
#> SRR655519 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311308 4 0.4488 0.3012 0.000 0.000 0.420 0.548 0.000 0.032
#> SRR1368006 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613651 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362621 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1451718 1 0.3869 -0.2778 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1095334 4 0.6793 0.3610 0.000 0.088 0.036 0.568 0.108 0.200
#> SRR1079636 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1442549 6 0.1501 0.7404 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1466421 2 0.3409 0.7066 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR817397 4 0.0146 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341809 2 0.3371 0.7093 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR614623 4 0.0260 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1335005 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407065 4 0.0146 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404483 4 0.1010 0.8863 0.000 0.000 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR1096222 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1401793 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 4 0.1793 0.8691 0.000 0.000 0.036 0.928 0.004 0.032
#> SRR1070597 6 0.1501 0.7404 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1332381 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1457015 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1386797 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098385 4 0.0260 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1363947 3 0.0865 0.9361 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR820350 2 0.3409 0.7066 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR662055 4 0.3620 0.3944 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1310455 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453639 6 0.1501 0.7404 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR662617 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR654778 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR661782 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1334396 1 0.3428 0.7118 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613867 6 0.2163 0.7303 0.000 0.016 0.000 0.092 0.000 0.892
#> SRR1479412 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1331620 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1082809 4 0.1225 0.8823 0.000 0.000 0.036 0.952 0.000 0.012
#> SRR1417178 4 0.0260 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1335278 1 0.3330 0.7212 0.716 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR657552 1 0.3602 0.6823 0.796 0.000 0.000 0.000 0.116 0.088
#> SRR812412 5 0.2378 0.9319 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1096500 6 0.2135 0.7015 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1347750 6 0.4178 0.0952 0.020 0.372 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR615153 4 0.3512 0.5433 0.008 0.272 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1434417 1 0.2378 0.7673 0.848 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 4 0.1503 0.8792 0.000 0.008 0.032 0.944 0.000 0.016
#> SRR1332508 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1082059 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402491 1 0.0260 0.7867 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476595 1 0.3934 0.4462 0.676 0.304 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1320987 2 0.3771 0.6714 0.056 0.764 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1086417 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454095 2 0.3864 0.2745 0.480 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614791 4 0.0260 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR821255 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820402 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1337284 2 0.2019 0.6245 0.088 0.900 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1333083 3 0.2752 0.8988 0.000 0.000 0.856 0.000 0.108 0.036
#> SRR1384883 4 0.1010 0.8863 0.000 0.000 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR614431 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1481106 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370285 1 0.0520 0.7888 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446673 3 0.2445 0.8957 0.000 0.000 0.872 0.000 0.108 0.020
#> SRR1318046 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1341188 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.2003 0.7057 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1322864 2 0.4498 0.6454 0.000 0.644 0.000 0.056 0.000 0.300
#> SRR1476825 6 0.3634 0.4105 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1443332 4 0.0363 0.9004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662486 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1447019 1 0.3390 0.7154 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.2003 0.7057 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR613102 3 0.0865 0.9361 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1469880 1 0.3390 0.7154 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 5 0.3499 0.6904 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR615850 6 0.5469 0.2085 0.000 0.000 0.004 0.404 0.108 0.484
#> SRR661949 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1322227 3 0.0865 0.9361 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1441655 2 0.2923 0.6356 0.100 0.848 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR613771 6 0.1807 0.7432 0.000 0.020 0.000 0.060 0.000 0.920
#> SRR1479471 1 0.3371 0.7175 0.708 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 4 0.0146 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414040 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1079850 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663209 1 0.2854 0.5879 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1364914 4 0.0146 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408267 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1314894 1 0.2003 0.7057 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1414117 2 0.3809 0.6550 0.064 0.800 0.000 0.020 0.000 0.116
#> SRR1395975 6 0.1890 0.7438 0.000 0.024 0.000 0.060 0.000 0.916
#> SRR1402219 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1433623 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR656385 4 0.4875 0.3833 0.000 0.260 0.000 0.636 0.000 0.104
#> SRR811213 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR663657 2 0.3528 0.7061 0.000 0.700 0.000 0.004 0.000 0.296
#> SRR612203 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613987 2 0.4056 0.6611 0.056 0.780 0.000 0.028 0.000 0.136
#> SRR613831 3 0.0865 0.9361 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1354180 4 0.5343 -0.0179 0.000 0.408 0.000 0.484 0.000 0.108
#> SRR1382912 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1475501 1 0.2003 0.7057 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0935 0.9339 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1381459 4 0.5461 0.1449 0.000 0.168 0.000 0.560 0.000 0.272
#> SRR1402350 2 0.2745 0.6472 0.068 0.864 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1419408 1 0.3847 0.5034 0.544 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655911 4 0.0146 0.9026 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418243 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1322573 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0865 0.9361 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1355284 1 0.3810 0.5521 0.572 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR818939 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1465266 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614888 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431694 6 0.4637 0.3671 0.064 0.308 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR614347 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334228 3 0.2752 0.8988 0.000 0.000 0.856 0.000 0.108 0.036
#> SRR1096007 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR656349 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR815422 4 0.0146 0.9026 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360828 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 4 0.0146 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456652 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR662930 4 0.1649 0.8707 0.000 0.000 0.036 0.932 0.000 0.032
#> SRR615790 3 0.0935 0.9339 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR614827 4 0.0146 0.9026 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614587 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814052 6 0.1444 0.7414 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1070086 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1481440 2 0.2883 0.4607 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0865 0.9361 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1343239 3 0.0790 0.9343 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1432802 6 0.1501 0.7404 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1416911 1 0.0937 0.7714 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1410427 1 0.1327 0.7537 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1401185 4 0.0146 0.9026 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR654993 2 0.3409 0.7066 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR656397 1 0.2003 0.7057 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR809643 4 0.0909 0.8922 0.000 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1433819 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1375225 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1367739 3 0.0935 0.9339 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1323336 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663224 4 0.0547 0.8967 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1442840 1 0.5624 0.5145 0.524 0.296 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1374058 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR656994 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1469214 4 0.0146 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456446 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR612911 4 0.3139 0.7645 0.000 0.000 0.152 0.816 0.000 0.032
#> SRR1395720 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656770 6 0.1267 0.7351 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR812080 3 0.1010 0.9352 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1479328 1 0.1814 0.7231 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661421 6 0.3659 0.3918 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1410286 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487150 1 0.0260 0.7893 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 5 0.5848 0.2564 0.224 0.296 0.000 0.000 0.480 0.000
#> SRR1360607 2 0.4499 0.6646 0.000 0.652 0.000 0.060 0.000 0.288
#> SRR1333106 6 0.2597 0.6681 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1088706 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1320053 3 0.0777 0.9353 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1350392 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385190 4 0.4529 0.1804 0.000 0.000 0.460 0.508 0.000 0.032
#> SRR1080093 4 0.0146 0.9027 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318753 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1345369 6 0.3023 0.6176 0.000 0.000 0.004 0.212 0.000 0.784
#> SRR612178 4 0.2597 0.7389 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1354423 1 0.3765 0.5906 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.2793 0.7506 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418450 2 0.5562 0.4464 0.000 0.532 0.000 0.168 0.000 0.300
#> SRR1326427 3 0.0146 0.9370 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1437412 2 0.3499 0.6953 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1327548 4 0.0146 0.9026 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1395891 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR659367 6 0.5568 0.3502 0.236 0.000 0.000 0.000 0.212 0.552
#> SRR818961 1 0.3782 0.5794 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.2003 0.7057 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR613054 1 0.0632 0.7803 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1476467 2 0.3175 0.3608 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 4 0.0146 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1394776 4 0.2135 0.7710 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR655578 6 0.2092 0.7055 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1310645 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.0865 0.7740 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1479740 1 0.0363 0.7853 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1332095 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444786 6 0.1501 0.7404 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1090070 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR662414 6 0.1501 0.7404 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR661216 2 0.4309 0.6638 0.000 0.660 0.000 0.044 0.000 0.296
#> SRR656313 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR615671 6 0.2597 0.6303 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1350196 6 0.5391 0.3295 0.000 0.000 0.004 0.356 0.108 0.532
#> SRR1466580 1 0.3390 0.7154 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.4598 0.3522 0.000 0.592 0.000 0.360 0.000 0.048
#> SRR1432913 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360502 2 0.2003 0.6171 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391901 4 0.1434 0.8612 0.000 0.048 0.000 0.940 0.000 0.012
#> SRR1311131 1 0.3390 0.7154 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.2003 0.7057 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1332339 6 0.4045 0.2002 0.428 0.000 0.000 0.000 0.008 0.564
#> SRR1341563 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359410 4 0.3500 0.6990 0.000 0.000 0.204 0.768 0.000 0.028
#> SRR1473040 3 0.5220 0.6187 0.000 0.000 0.656 0.212 0.108 0.024
#> SRR1321444 1 0.3390 0.7154 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 4 0.2134 0.8454 0.000 0.000 0.052 0.904 0.000 0.044
#> SRR1312622 4 0.1010 0.8863 0.000 0.000 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR615503 2 0.2234 0.6064 0.124 0.872 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1453192 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1433107 3 0.4452 0.8037 0.000 0.000 0.760 0.096 0.104 0.040
#> SRR1075384 1 0.0260 0.7894 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR659049 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1368240 5 0.1910 0.9776 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.7889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0935 0.9339 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR663428 2 0.3512 0.7051 0.008 0.720 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1341302 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1073553 2 0.3390 0.7093 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1354093 4 0.3583 0.7895 0.000 0.000 0.040 0.820 0.108 0.032
#> SRR1406521 4 0.0000 0.9033 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432049 2 0.2300 0.5815 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453504 2 0.4273 0.3399 0.024 0.596 0.000 0.380 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.965 0.951 0.974 0.4469 0.548 0.548
#> 3 3 0.618 0.718 0.835 0.3829 0.811 0.664
#> 4 4 0.546 0.613 0.764 0.1184 0.794 0.533
#> 5 5 0.581 0.572 0.707 0.1118 0.874 0.591
#> 6 6 0.602 0.391 0.659 0.0433 0.865 0.497
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1359328 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR821124 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1335188 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1075825 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1321921 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1384073 2 0.1843 0.968 0.028 0.972
#> SRR1312802 1 0.8081 0.686 0.752 0.248
#> SRR1076559 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1480221 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1476165 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1448098 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1321401 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR807613 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR808086 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR613687 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1471011 2 0.9775 0.288 0.412 0.588
#> SRR1330284 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1320624 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1459519 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1390561 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.1843 0.942 0.972 0.028
#> SRR1087079 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR814996 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1407410 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1453392 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1445873 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR820938 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1476844 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1441051 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR614287 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1092062 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR612611 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1376356 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1405078 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1437226 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1326078 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1440919 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1452824 1 0.8955 0.569 0.688 0.312
#> SRR615754 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1341787 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR614551 2 0.1184 0.981 0.016 0.984
#> SRR1380829 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1455761 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.5178 0.863 0.884 0.116
#> SRR1376895 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1469258 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1409239 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR821096 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR613591 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1344205 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR612479 1 0.0376 0.959 0.996 0.004
#> SRR1399950 1 0.5059 0.867 0.888 0.112
#> SRR1336048 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1368896 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1312464 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1348138 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR811423 1 0.5059 0.867 0.888 0.112
#> SRR615683 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR817609 1 0.8661 0.616 0.712 0.288
#> SRR1074550 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1499236 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR656083 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR817539 2 0.4815 0.895 0.104 0.896
#> SRR1410801 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.5059 0.867 0.888 0.112
#> SRR1355126 2 0.2236 0.964 0.036 0.964
#> SRR615165 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1466046 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1097055 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1312370 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR655325 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR810177 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR815685 2 0.1184 0.982 0.016 0.984
#> SRR817026 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1417224 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR661687 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1431804 1 0.9977 0.131 0.528 0.472
#> SRR664072 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR612923 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1315890 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1347726 2 0.2043 0.964 0.032 0.968
#> SRR1500360 1 0.9815 0.284 0.580 0.420
#> SRR1468360 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1404084 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR615994 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1475718 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1397200 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR655519 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1311308 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1368006 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR613651 2 0.2423 0.963 0.040 0.960
#> SRR1362621 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1451718 2 0.3879 0.927 0.076 0.924
#> SRR1095334 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1079636 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1442549 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1466421 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR817397 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1341809 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR614623 2 0.1414 0.978 0.020 0.980
#> SRR1335005 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1407065 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1404483 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1096222 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.5408 0.854 0.876 0.124
#> SRR1408615 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1070597 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1332381 2 0.2948 0.952 0.052 0.948
#> SRR1457015 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1386797 2 0.2948 0.952 0.052 0.948
#> SRR1098385 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1363947 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR820350 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR662055 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1310455 1 0.3584 0.908 0.932 0.068
#> SRR1453639 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR662617 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR654778 2 0.9580 0.383 0.380 0.620
#> SRR661782 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1334396 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1479412 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1082809 1 0.9909 0.229 0.556 0.444
#> SRR1417178 1 0.5059 0.867 0.888 0.112
#> SRR1335278 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR657552 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR812412 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1096500 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1347750 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR615153 2 0.8861 0.565 0.304 0.696
#> SRR1434417 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.1414 0.978 0.020 0.980
#> SRR1332508 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1082059 2 0.2603 0.960 0.044 0.956
#> SRR1402491 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.2423 0.963 0.040 0.960
#> SRR1320987 2 0.2423 0.963 0.040 0.960
#> SRR1086417 2 0.2423 0.963 0.040 0.960
#> SRR1454095 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR821255 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
#> SRR820402 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1337284 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1333083 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1384883 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR614431 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1370285 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1318046 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1341188 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1384941 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1322864 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1476825 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1443332 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR662486 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1447019 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1469880 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR615850 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR661949 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1322227 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1441655 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
#> SRR613771 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1479471 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1414040 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1079850 2 0.3114 0.948 0.056 0.944
#> SRR663209 2 0.9815 0.265 0.420 0.580
#> SRR1364914 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1408267 2 0.1633 0.977 0.024 0.976
#> SRR1314894 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1414117 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1395975 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1402219 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1433623 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR811213 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR663657 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR612203 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR613987 2 0.2423 0.963 0.040 0.960
#> SRR613831 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1354180 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1382912 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1381459 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1402350 2 0.2236 0.964 0.036 0.964
#> SRR1419408 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1418243 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.4690 0.879 0.900 0.100
#> SRR613615 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1355284 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.7815 0.700 0.768 0.232
#> SRR1431694 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR614347 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1334228 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1096007 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR656349 1 0.9552 0.421 0.624 0.376
#> SRR815422 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1360828 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1456652 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR615790 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR614827 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR614587 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR814052 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1070086 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1343239 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1432802 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1416911 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1410427 2 0.2423 0.963 0.040 0.960
#> SRR1401185 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR654993 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR656397 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1433819 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1375225 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1367739 2 0.0938 0.983 0.012 0.988
#> SRR1323336 2 0.3431 0.940 0.064 0.936
#> SRR663224 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1442840 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.6048 0.826 0.852 0.148
#> SRR1469214 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1456446 2 0.6973 0.776 0.188 0.812
#> SRR1471879 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR612911 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1395720 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1413055 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR812080 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1479328 1 0.8144 0.679 0.748 0.252
#> SRR661421 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1410286 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1487150 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1360607 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1333106 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1088706 2 0.2043 0.968 0.032 0.968
#> SRR1320053 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1350392 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1385190 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1080093 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1318753 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR612178 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1354423 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.4161 0.895 0.916 0.084
#> SRR1418450 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1326427 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1437412 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1327548 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1395891 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR659367 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR818961 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1394776 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR655578 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1310645 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1345628 1 0.0376 0.959 0.996 0.004
#> SRR1479740 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1332095 2 0.2423 0.963 0.040 0.960
#> SRR1444786 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1090070 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR662414 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR661216 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR656313 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR615671 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1350196 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1466580 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1432913 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1360502 2 0.2423 0.963 0.040 0.960
#> SRR1391901 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1311131 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1332339 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR1341563 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1359410 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1473040 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1321444 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1312622 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR615503 2 0.1633 0.977 0.024 0.976
#> SRR1453192 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1075384 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.0938 0.983 0.012 0.988
#> SRR663428 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1341302 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1073553 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1354093 2 0.0672 0.984 0.008 0.992
#> SRR1406521 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR1432049 1 0.1184 0.950 0.984 0.016
#> SRR1453504 2 0.2043 0.970 0.032 0.968
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1359328 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR821124 3 0.3619 0.67290 0.000 0.136 0.864
#> SRR1335188 1 0.1031 0.95587 0.976 0.024 0.000
#> SRR1075825 3 0.3482 0.66868 0.000 0.128 0.872
#> SRR1321921 1 0.0000 0.96077 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1384073 3 0.9573 0.12819 0.200 0.364 0.436
#> SRR1312802 1 0.2866 0.89600 0.916 0.008 0.076
#> SRR1076559 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR1370085 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1460363 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1480221 3 0.3752 0.65795 0.000 0.144 0.856
#> SRR1476165 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR1459631 3 0.5098 0.64851 0.000 0.248 0.752
#> SRR1448098 3 0.6154 0.07803 0.000 0.408 0.592
#> SRR1321401 3 0.6252 -0.10314 0.000 0.444 0.556
#> SRR807613 3 0.6225 -0.03839 0.000 0.432 0.568
#> SRR808086 3 0.1529 0.69256 0.000 0.040 0.960
#> SRR613687 3 0.6140 0.09477 0.000 0.404 0.596
#> SRR1471011 1 0.4137 0.86078 0.872 0.032 0.096
#> SRR1330284 3 0.3482 0.66868 0.000 0.128 0.872
#> SRR1320624 3 0.1860 0.69513 0.000 0.052 0.948
#> SRR1459519 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR1091184 3 0.5397 0.64428 0.000 0.280 0.720
#> SRR1390561 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR658164 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR1087079 3 0.5560 0.41730 0.000 0.300 0.700
#> SRR814996 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1407410 2 0.5098 0.90580 0.000 0.752 0.248
#> SRR1453392 3 0.2165 0.68909 0.000 0.064 0.936
#> SRR1445873 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR1419985 2 0.6140 0.64589 0.000 0.596 0.404
#> SRR820938 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1476844 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1403526 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1413916 3 0.5216 0.50664 0.000 0.260 0.740
#> SRR1441051 3 0.3752 0.65876 0.000 0.144 0.856
#> SRR614287 2 0.6244 0.55217 0.000 0.560 0.440
#> SRR1092062 3 0.4062 0.64095 0.000 0.164 0.836
#> SRR612611 2 0.6302 0.41709 0.000 0.520 0.480
#> SRR1376356 2 0.5397 0.86841 0.000 0.720 0.280
#> SRR1405078 3 0.1964 0.69151 0.000 0.056 0.944
#> SRR1437226 3 0.4346 0.61980 0.000 0.184 0.816
#> SRR1326078 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1096806 3 0.3551 0.64197 0.000 0.132 0.868
#> SRR1440919 3 0.1753 0.69918 0.000 0.048 0.952
#> SRR1452824 1 0.3850 0.86861 0.884 0.028 0.088
#> SRR615754 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1341787 3 0.6302 -0.27120 0.000 0.480 0.520
#> SRR614551 3 0.2711 0.69678 0.000 0.088 0.912
#> SRR1380829 3 0.4555 0.62737 0.000 0.200 0.800
#> SRR1455761 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR1465189 1 0.2682 0.89606 0.920 0.004 0.076
#> SRR1376895 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1445002 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1469258 3 0.4399 0.63405 0.000 0.188 0.812
#> SRR1409239 1 0.0592 0.95952 0.988 0.012 0.000
#> SRR1480200 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1418323 1 0.1031 0.95587 0.976 0.024 0.000
#> SRR657540 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR821096 3 0.3267 0.67604 0.000 0.116 0.884
#> SRR613591 3 0.5905 0.28164 0.000 0.352 0.648
#> SRR1344205 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR612479 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1399950 1 0.2384 0.91680 0.936 0.008 0.056
#> SRR1336048 3 0.2625 0.68165 0.000 0.084 0.916
#> SRR1368896 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1379403 3 0.1753 0.69591 0.000 0.048 0.952
#> SRR1312464 1 0.0592 0.96009 0.988 0.012 0.000
#> SRR1096478 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR1459845 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1348138 3 0.4556 0.65640 0.080 0.060 0.860
#> SRR811423 1 0.2774 0.89927 0.920 0.008 0.072
#> SRR615683 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR1380336 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR817609 1 0.3325 0.89096 0.904 0.020 0.076
#> SRR1074550 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1499236 2 0.4974 0.91262 0.000 0.764 0.236
#> SRR656083 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR817539 1 0.8425 0.12054 0.540 0.096 0.364
#> SRR1410801 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1347190 1 0.2703 0.91489 0.928 0.016 0.056
#> SRR1355126 3 0.3715 0.68999 0.004 0.128 0.868
#> SRR615165 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1466046 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1097055 3 0.2878 0.68878 0.000 0.096 0.904
#> SRR1312370 3 0.6291 -0.20861 0.000 0.468 0.532
#> SRR655325 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR810177 3 0.3752 0.65844 0.000 0.144 0.856
#> SRR815685 3 0.2796 0.69335 0.000 0.092 0.908
#> SRR817026 3 0.2261 0.69431 0.000 0.068 0.932
#> SRR1417224 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR661687 3 0.6045 0.06720 0.000 0.380 0.620
#> SRR1431804 1 0.2527 0.92314 0.936 0.020 0.044
#> SRR664072 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR612923 3 0.5529 0.43235 0.000 0.296 0.704
#> SRR1315890 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1347726 3 0.9901 0.13834 0.276 0.328 0.396
#> SRR1500360 1 0.6698 0.52175 0.684 0.036 0.280
#> SRR1468360 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1404084 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR615994 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1475718 3 0.3038 0.68373 0.000 0.104 0.896
#> SRR1397200 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR655519 3 0.4062 0.64197 0.000 0.164 0.836
#> SRR1311308 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1368006 3 0.1643 0.69393 0.000 0.044 0.956
#> SRR613651 3 0.5497 0.61664 0.148 0.048 0.804
#> SRR1362621 3 0.1289 0.69380 0.000 0.032 0.968
#> SRR1451718 3 0.7263 0.33840 0.400 0.032 0.568
#> SRR1095334 3 0.5397 0.64428 0.000 0.280 0.720
#> SRR1079636 3 0.2959 0.68512 0.000 0.100 0.900
#> SRR1442549 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1466421 2 0.6274 0.50706 0.000 0.544 0.456
#> SRR817397 3 0.6140 0.09719 0.000 0.404 0.596
#> SRR1341809 2 0.6235 0.56266 0.000 0.564 0.436
#> SRR614623 3 0.1411 0.69505 0.000 0.036 0.964
#> SRR1335005 3 0.4235 0.62881 0.000 0.176 0.824
#> SRR1407065 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1404483 3 0.1031 0.69595 0.000 0.024 0.976
#> SRR1096222 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR1401793 1 0.2703 0.91489 0.928 0.016 0.056
#> SRR1408615 3 0.4555 0.62737 0.000 0.200 0.800
#> SRR1070597 3 0.6225 -0.03229 0.000 0.432 0.568
#> SRR1332381 3 0.7633 0.56880 0.184 0.132 0.684
#> SRR1457015 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR1386797 3 0.6906 0.43097 0.324 0.032 0.644
#> SRR1098385 3 0.2625 0.69052 0.000 0.084 0.916
#> SRR1363947 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR820350 2 0.5178 0.89774 0.000 0.744 0.256
#> SRR662055 3 0.3412 0.67117 0.000 0.124 0.876
#> SRR1310455 1 0.1482 0.95122 0.968 0.020 0.012
#> SRR1453639 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR662617 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR654778 1 0.6562 0.55479 0.700 0.036 0.264
#> SRR661782 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1334396 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR613867 2 0.5431 0.86294 0.000 0.716 0.284
#> SRR1479412 1 0.1163 0.95412 0.972 0.028 0.000
#> SRR1331620 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR1082809 1 0.6341 0.64856 0.716 0.032 0.252
#> SRR1417178 1 0.3031 0.89437 0.912 0.012 0.076
#> SRR1335278 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR665369 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR657552 3 0.7601 -0.01893 0.044 0.416 0.540
#> SRR812412 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR1096500 2 0.5098 0.90580 0.000 0.752 0.248
#> SRR1347750 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR615153 1 0.4810 0.80743 0.832 0.028 0.140
#> SRR1434417 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1070159 3 0.4605 0.62531 0.000 0.204 0.796
#> SRR1332508 3 0.3340 0.69026 0.000 0.120 0.880
#> SRR1082059 3 0.6960 0.60538 0.152 0.116 0.732
#> SRR1402491 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1476595 3 0.9818 0.14983 0.248 0.344 0.408
#> SRR1320987 3 0.4708 0.67788 0.036 0.120 0.844
#> SRR1086417 3 0.6726 0.62007 0.132 0.120 0.748
#> SRR1454095 1 0.1163 0.95407 0.972 0.028 0.000
#> SRR614791 3 0.0592 0.69316 0.000 0.012 0.988
#> SRR821255 3 0.8556 0.46788 0.232 0.164 0.604
#> SRR820402 3 0.6062 0.17617 0.000 0.384 0.616
#> SRR1337284 3 0.6192 0.02556 0.000 0.420 0.580
#> SRR1333083 3 0.1964 0.69472 0.000 0.056 0.944
#> SRR1384883 3 0.1529 0.69487 0.000 0.040 0.960
#> SRR614431 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1481106 3 0.3879 0.65448 0.000 0.152 0.848
#> SRR1370285 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1446673 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1318046 3 0.4842 0.56760 0.000 0.224 0.776
#> SRR1341188 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1384941 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1322864 3 0.2959 0.68502 0.000 0.100 0.900
#> SRR1476825 3 0.5882 0.31827 0.000 0.348 0.652
#> SRR1443332 3 0.4702 0.64986 0.000 0.212 0.788
#> SRR662486 3 0.6126 0.11175 0.000 0.400 0.600
#> SRR1447019 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR662942 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR613102 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1469880 1 0.0000 0.96077 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 3 0.8271 -0.00553 0.076 0.444 0.480
#> SRR615850 3 0.6126 0.03094 0.000 0.400 0.600
#> SRR661949 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1322227 3 0.4346 0.63326 0.000 0.184 0.816
#> SRR1441655 3 0.4209 0.68108 0.016 0.128 0.856
#> SRR613771 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1479471 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1488918 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1414040 2 0.5138 0.90197 0.000 0.748 0.252
#> SRR1079850 3 0.7788 0.45671 0.284 0.084 0.632
#> SRR663209 1 0.4056 0.86130 0.876 0.032 0.092
#> SRR1364914 2 0.6252 0.54291 0.000 0.556 0.444
#> SRR1408267 3 0.3816 0.67079 0.000 0.148 0.852
#> SRR1314894 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1414117 3 0.6567 0.59160 0.088 0.160 0.752
#> SRR1395975 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1402219 3 0.6140 0.09719 0.000 0.404 0.596
#> SRR1433623 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR656385 2 0.5138 0.90242 0.000 0.748 0.252
#> SRR811213 3 0.5621 0.45808 0.000 0.308 0.692
#> SRR663657 3 0.5431 0.64738 0.000 0.284 0.716
#> SRR612203 1 0.0000 0.96077 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 3 0.5000 0.63879 0.124 0.044 0.832
#> SRR613831 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1354180 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1382912 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR1475501 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR1336930 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR613030 3 0.4291 0.63524 0.000 0.180 0.820
#> SRR1381459 3 0.3412 0.69050 0.000 0.124 0.876
#> SRR1402350 3 0.3816 0.69047 0.000 0.148 0.852
#> SRR1419408 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR655911 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1418243 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1322573 1 0.2703 0.91489 0.928 0.016 0.056
#> SRR613615 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1355284 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1319395 1 0.0237 0.96056 0.996 0.004 0.000
#> SRR818939 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1465266 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR614888 1 0.3910 0.84941 0.876 0.020 0.104
#> SRR1431694 3 0.6235 -0.03046 0.000 0.436 0.564
#> SRR614347 3 0.3752 0.63370 0.000 0.144 0.856
#> SRR1334228 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1096007 3 0.3551 0.66628 0.000 0.132 0.868
#> SRR656349 1 0.2663 0.92283 0.932 0.024 0.044
#> SRR815422 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1360828 1 0.0983 0.95737 0.980 0.016 0.004
#> SRR1359005 3 0.6168 0.05859 0.000 0.412 0.588
#> SRR1456652 1 0.0592 0.95952 0.988 0.012 0.000
#> SRR1391660 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1441956 1 0.0237 0.96056 0.996 0.004 0.000
#> SRR662930 3 0.4346 0.63326 0.000 0.184 0.816
#> SRR615790 3 0.4399 0.63327 0.000 0.188 0.812
#> SRR614827 3 0.5621 0.40407 0.000 0.308 0.692
#> SRR614587 3 0.2165 0.68909 0.000 0.064 0.936
#> SRR814052 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1070086 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1481440 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1339296 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1343239 3 0.4654 0.63702 0.000 0.208 0.792
#> SRR1432802 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1416911 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1410427 3 0.9347 0.25837 0.364 0.172 0.464
#> SRR1401185 3 0.2356 0.69393 0.000 0.072 0.928
#> SRR654993 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR656397 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR809643 3 0.1753 0.69564 0.000 0.048 0.952
#> SRR1433819 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR1375225 3 0.6045 0.18957 0.000 0.380 0.620
#> SRR1367739 3 0.4682 0.64002 0.004 0.192 0.804
#> SRR1323336 3 0.7395 0.37053 0.380 0.040 0.580
#> SRR663224 3 0.1031 0.69584 0.000 0.024 0.976
#> SRR1442840 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1374058 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR656994 1 0.1491 0.95069 0.968 0.016 0.016
#> SRR1469214 3 0.4504 0.60581 0.000 0.196 0.804
#> SRR1456446 1 0.5874 0.69960 0.760 0.032 0.208
#> SRR1471879 2 0.6140 0.64507 0.000 0.596 0.404
#> SRR612911 3 0.5178 0.64434 0.000 0.256 0.744
#> SRR1395720 3 0.2959 0.68443 0.000 0.100 0.900
#> SRR1413055 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR656770 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR812080 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1479328 1 0.1267 0.94779 0.972 0.004 0.024
#> SRR661421 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1410286 2 0.6291 0.47125 0.000 0.532 0.468
#> SRR1487150 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1467035 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR1360607 3 0.6168 0.06238 0.000 0.412 0.588
#> SRR1333106 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1088706 3 0.3573 0.69055 0.004 0.120 0.876
#> SRR1320053 3 0.4291 0.63524 0.000 0.180 0.820
#> SRR1350392 3 0.3686 0.66089 0.000 0.140 0.860
#> SRR1385190 3 0.4883 0.62079 0.004 0.208 0.788
#> SRR1080093 3 0.1753 0.69313 0.000 0.048 0.952
#> SRR1318753 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR1345369 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR612178 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1354423 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1072724 1 0.2176 0.94002 0.948 0.032 0.020
#> SRR1418450 3 0.6215 -0.01423 0.000 0.428 0.572
#> SRR1326427 3 0.4399 0.63848 0.000 0.188 0.812
#> SRR1437412 3 0.6267 -0.03317 0.000 0.452 0.548
#> SRR1327548 3 0.2537 0.68447 0.000 0.080 0.920
#> SRR1395891 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR659367 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR818961 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR813704 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR613054 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR1476467 1 0.0747 0.95972 0.984 0.016 0.000
#> SRR1407988 3 0.4974 0.54861 0.000 0.236 0.764
#> SRR1394776 3 0.4002 0.64467 0.000 0.160 0.840
#> SRR655578 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1310645 3 0.2066 0.69038 0.000 0.060 0.940
#> SRR1345628 1 0.0000 0.96077 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0747 0.95972 0.984 0.016 0.000
#> SRR1332095 1 0.8398 -0.13532 0.476 0.084 0.440
#> SRR1444786 2 0.5968 0.72967 0.000 0.636 0.364
#> SRR1090070 1 0.0747 0.95853 0.984 0.016 0.000
#> SRR662414 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR661216 3 0.4842 0.57249 0.000 0.224 0.776
#> SRR656313 2 0.6291 0.47907 0.000 0.532 0.468
#> SRR615671 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1350196 2 0.4931 0.91756 0.000 0.768 0.232
#> SRR1466580 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR1408032 2 0.5058 0.90903 0.000 0.756 0.244
#> SRR1432913 3 0.3038 0.67357 0.000 0.104 0.896
#> SRR1360502 3 0.6715 0.43134 0.312 0.028 0.660
#> SRR1391901 3 0.2959 0.69369 0.000 0.100 0.900
#> SRR1311131 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1380636 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR1332339 3 0.8909 0.00647 0.124 0.400 0.476
#> SRR1341563 3 0.3116 0.68066 0.000 0.108 0.892
#> SRR1359410 3 0.1643 0.69393 0.000 0.044 0.956
#> SRR1473040 3 0.1643 0.69393 0.000 0.044 0.956
#> SRR1321444 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1498765 3 0.1411 0.69500 0.000 0.036 0.964
#> SRR1312622 3 0.0592 0.69553 0.000 0.012 0.988
#> SRR615503 3 0.8796 0.24799 0.120 0.372 0.508
#> SRR1453192 1 0.0237 0.96075 0.996 0.004 0.000
#> SRR1433107 3 0.3619 0.68106 0.000 0.136 0.864
#> SRR1075384 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR1356683 1 0.0424 0.96011 0.992 0.008 0.000
#> SRR659049 1 0.0237 0.96056 0.996 0.004 0.000
#> SRR1368240 1 0.1411 0.94968 0.964 0.036 0.000
#> SRR1341739 1 0.0424 0.96041 0.992 0.008 0.000
#> SRR613249 3 0.4555 0.62737 0.000 0.200 0.800
#> SRR663428 3 0.6180 0.04400 0.000 0.416 0.584
#> SRR1341302 3 0.3192 0.67740 0.000 0.112 0.888
#> SRR1073553 3 0.3267 0.67541 0.000 0.116 0.884
#> SRR1354093 3 0.4399 0.63113 0.000 0.188 0.812
#> SRR1406521 3 0.3752 0.65795 0.000 0.144 0.856
#> SRR1432049 1 0.2152 0.94031 0.948 0.036 0.016
#> SRR1453504 3 0.7534 0.24236 0.428 0.040 0.532
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359328 2 0.0779 0.71728 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR821124 3 0.6669 0.35330 0.000 0.332 0.564 0.104
#> SRR1335188 1 0.2081 0.84296 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1075825 4 0.7889 0.36575 0.000 0.288 0.348 0.364
#> SRR1321921 1 0.2345 0.86750 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1466198 3 0.1474 0.50514 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1384073 2 0.9221 0.11580 0.264 0.432 0.188 0.116
#> SRR1312802 1 0.3587 0.82620 0.860 0.052 0.000 0.088
#> SRR1076559 1 0.0336 0.86587 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1370085 1 0.0188 0.86624 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1460363 1 0.0188 0.86624 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480221 4 0.7851 0.41349 0.000 0.280 0.324 0.396
#> SRR1476165 1 0.0188 0.86624 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459631 3 0.3308 0.41892 0.000 0.036 0.872 0.092
#> SRR1448098 2 0.5328 0.68818 0.000 0.724 0.212 0.064
#> SRR1321401 2 0.5279 0.67457 0.000 0.716 0.232 0.052
#> SRR807613 2 0.5184 0.69947 0.000 0.736 0.204 0.060
#> SRR808086 3 0.6286 -0.01462 0.000 0.064 0.552 0.384
#> SRR613687 2 0.5466 0.67587 0.000 0.712 0.220 0.068
#> SRR1471011 1 0.7873 0.21981 0.504 0.052 0.096 0.348
#> SRR1330284 3 0.7857 -0.18368 0.000 0.348 0.380 0.272
#> SRR1320624 3 0.7203 0.31698 0.000 0.288 0.536 0.176
#> SRR1459519 1 0.1867 0.87062 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1091184 3 0.5866 -0.14432 0.000 0.052 0.624 0.324
#> SRR1390561 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR658164 1 0.2281 0.83314 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1087079 2 0.5392 0.61444 0.000 0.680 0.280 0.040
#> SRR814996 3 0.2921 0.38527 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1407410 2 0.2197 0.73953 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1453392 3 0.5865 0.40075 0.000 0.340 0.612 0.048
#> SRR1445873 1 0.0817 0.86879 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1419985 2 0.4008 0.74082 0.000 0.820 0.148 0.032
#> SRR820938 3 0.0000 0.51877 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476844 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1403526 1 0.0000 0.86678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413916 2 0.5627 0.64515 0.000 0.692 0.240 0.068
#> SRR1441051 3 0.6503 0.07959 0.000 0.448 0.480 0.072
#> SRR614287 2 0.4589 0.73065 0.000 0.784 0.168 0.048
#> SRR1092062 4 0.7912 0.38880 0.000 0.312 0.328 0.360
#> SRR612611 2 0.4719 0.72414 0.000 0.772 0.180 0.048
#> SRR1376356 2 0.2999 0.74351 0.000 0.864 0.132 0.004
#> SRR1405078 3 0.6280 0.39604 0.000 0.316 0.604 0.080
#> SRR1437226 2 0.7719 0.03500 0.000 0.448 0.284 0.268
#> SRR1326078 1 0.0188 0.86624 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096806 3 0.6042 0.31497 0.000 0.392 0.560 0.048
#> SRR1440919 3 0.6975 0.16941 0.000 0.200 0.584 0.216
#> SRR1452824 1 0.5879 0.70448 0.748 0.052 0.060 0.140
#> SRR615754 1 0.0188 0.86624 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341787 2 0.5298 0.66601 0.000 0.708 0.244 0.048
#> SRR614551 4 0.5716 0.63235 0.000 0.060 0.272 0.668
#> SRR1380829 3 0.4008 0.28613 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1455761 1 0.1792 0.87114 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1465189 1 0.4207 0.83401 0.844 0.052 0.020 0.084
#> SRR1376895 1 0.3837 0.83670 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1445002 1 0.0188 0.86624 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469258 4 0.7803 0.37902 0.000 0.316 0.268 0.416
#> SRR1409239 1 0.0336 0.86617 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480200 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1418323 1 0.1474 0.85526 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR657540 3 0.1022 0.51389 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR821096 4 0.7625 0.48021 0.000 0.208 0.360 0.432
#> SRR613591 2 0.5627 0.64892 0.000 0.692 0.240 0.068
#> SRR1344205 3 0.1474 0.50514 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR612479 1 0.4477 0.80495 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1399950 1 0.2586 0.84222 0.912 0.048 0.000 0.040
#> SRR1336048 3 0.6584 0.36160 0.000 0.336 0.568 0.096
#> SRR1368896 1 0.3311 0.85163 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1379403 3 0.6028 0.40392 0.000 0.280 0.644 0.076
#> SRR1312464 1 0.1940 0.87008 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1096478 1 0.0336 0.86587 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1459845 1 0.0188 0.86624 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348138 3 0.9363 -0.22916 0.180 0.120 0.352 0.348
#> SRR811423 1 0.4798 0.82416 0.768 0.052 0.000 0.180
#> SRR615683 1 0.3024 0.85907 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1380336 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR817609 1 0.4519 0.74665 0.804 0.052 0.004 0.140
#> SRR1074550 3 0.0000 0.51877 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499236 2 0.3355 0.69553 0.000 0.836 0.160 0.004
#> SRR656083 1 0.0000 0.86678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817539 1 0.7151 0.24647 0.532 0.008 0.116 0.344
#> SRR1410801 1 0.3400 0.84957 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1347190 1 0.2578 0.83849 0.912 0.052 0.000 0.036
#> SRR1355126 4 0.5744 0.64209 0.000 0.068 0.256 0.676
#> SRR615165 3 0.0000 0.51877 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1097055 4 0.6446 0.61043 0.000 0.088 0.328 0.584
#> SRR1312370 2 0.4590 0.72335 0.000 0.772 0.192 0.036
#> SRR655325 1 0.2469 0.86803 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR810177 4 0.7778 0.47536 0.000 0.252 0.332 0.416
#> SRR815685 4 0.5966 0.64330 0.000 0.072 0.280 0.648
#> SRR817026 3 0.7283 0.30260 0.000 0.292 0.524 0.184
#> SRR1417224 2 0.0376 0.71803 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR661687 2 0.3873 0.71137 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1431804 1 0.2593 0.82717 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR664072 3 0.1474 0.50514 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR612923 2 0.5590 0.64709 0.000 0.692 0.244 0.064
#> SRR1315890 1 0.0000 0.86678 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347726 2 0.9401 -0.03046 0.344 0.356 0.140 0.160
#> SRR1500360 1 0.4012 0.75430 0.800 0.000 0.016 0.184
#> SRR1468360 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404084 1 0.0469 0.86590 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR615994 3 0.1474 0.50514 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1475718 4 0.7559 0.52166 0.000 0.204 0.336 0.460
#> SRR1397200 3 0.0000 0.51877 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 2 0.5861 0.55660 0.000 0.644 0.296 0.060
#> SRR1311308 3 0.0000 0.51877 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368006 3 0.6158 0.41079 0.000 0.292 0.628 0.080
#> SRR613651 4 0.6759 0.60888 0.044 0.060 0.252 0.644
#> SRR1362621 3 0.6340 -0.09136 0.000 0.064 0.528 0.408
#> SRR1451718 1 0.7829 0.40303 0.588 0.056 0.156 0.200
#> SRR1095334 3 0.5235 0.09224 0.000 0.048 0.716 0.236
#> SRR1079636 4 0.6712 0.58102 0.000 0.104 0.344 0.552
#> SRR1442549 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466421 2 0.4919 0.70819 0.000 0.752 0.200 0.048
#> SRR817397 2 0.4307 0.72666 0.000 0.784 0.192 0.024
#> SRR1341809 2 0.3591 0.73815 0.000 0.824 0.168 0.008
#> SRR614623 4 0.5839 0.62228 0.000 0.060 0.292 0.648
#> SRR1335005 2 0.7254 0.30898 0.000 0.524 0.300 0.176
#> SRR1407065 2 0.0657 0.72241 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1404483 3 0.5810 0.42545 0.000 0.276 0.660 0.064
#> SRR1096222 1 0.0336 0.86587 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1401793 1 0.2844 0.83567 0.900 0.052 0.000 0.048
#> SRR1408615 3 0.4776 -0.00909 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1070597 2 0.4307 0.72760 0.000 0.784 0.192 0.024
#> SRR1332381 4 0.9011 0.33067 0.292 0.068 0.236 0.404
#> SRR1457015 1 0.3219 0.85396 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1386797 4 0.8321 0.37865 0.244 0.052 0.188 0.516
#> SRR1098385 3 0.7077 0.16290 0.000 0.316 0.536 0.148
#> SRR1363947 3 0.1474 0.50514 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR820350 2 0.2480 0.74374 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR662055 4 0.7808 0.41647 0.000 0.252 0.360 0.388
#> SRR1310455 1 0.1792 0.84898 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1453639 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662617 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR654778 1 0.3552 0.79867 0.848 0.000 0.024 0.128
#> SRR661782 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1334396 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR613867 2 0.2704 0.74453 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1479412 1 0.2589 0.82189 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1331620 1 0.2281 0.83357 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1082809 1 0.7866 0.40836 0.576 0.060 0.128 0.236
#> SRR1417178 1 0.4174 0.82000 0.852 0.052 0.060 0.036
#> SRR1335278 1 0.3649 0.84462 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR665369 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR657552 2 0.5825 0.67488 0.020 0.736 0.156 0.088
#> SRR812412 1 0.2281 0.83630 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1096500 2 0.2281 0.74156 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1347750 2 0.0376 0.71863 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR615153 1 0.7176 0.55745 0.664 0.072 0.144 0.120
#> SRR1434417 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1070159 4 0.5889 0.34458 0.008 0.020 0.456 0.516
#> SRR1332508 4 0.7122 0.56636 0.000 0.144 0.340 0.516
#> SRR1082059 4 0.6570 0.61923 0.036 0.060 0.248 0.656
#> SRR1402491 1 0.3311 0.85283 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1476595 2 0.9509 -0.05029 0.332 0.348 0.144 0.176
#> SRR1320987 4 0.6334 0.65163 0.008 0.084 0.260 0.648
#> SRR1086417 4 0.6232 0.63044 0.020 0.060 0.252 0.668
#> SRR1454095 1 0.2530 0.82198 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR614791 3 0.6162 0.11538 0.000 0.076 0.620 0.304
#> SRR821255 1 0.9762 -0.30508 0.320 0.296 0.160 0.224
#> SRR820402 2 0.5394 0.67349 0.000 0.712 0.228 0.060
#> SRR1337284 2 0.4994 0.70471 0.000 0.744 0.208 0.048
#> SRR1333083 3 0.5814 0.42476 0.000 0.300 0.644 0.056
#> SRR1384883 3 0.5836 0.41770 0.000 0.304 0.640 0.056
#> SRR614431 1 0.0188 0.86624 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481106 2 0.6070 0.28441 0.000 0.548 0.404 0.048
#> SRR1370285 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1446673 3 0.1489 0.50957 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR1318046 2 0.7072 0.39592 0.000 0.560 0.268 0.172
#> SRR1341188 3 0.1474 0.50514 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1384941 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1322864 4 0.7761 0.46885 0.000 0.244 0.340 0.416
#> SRR1476825 2 0.5512 0.59576 0.000 0.660 0.300 0.040
#> SRR1443332 3 0.4182 0.32836 0.000 0.024 0.796 0.180
#> SRR662486 2 0.5599 0.59326 0.000 0.664 0.288 0.048
#> SRR1447019 1 0.2408 0.86771 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR662942 1 0.3311 0.85163 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR613102 3 0.1474 0.50514 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1469880 1 0.0336 0.86702 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1464977 2 0.8595 0.31929 0.200 0.524 0.184 0.092
#> SRR615850 2 0.4364 0.70897 0.000 0.764 0.220 0.016
#> SRR661949 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322227 3 0.0000 0.51877 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441655 4 0.5781 0.64457 0.000 0.072 0.252 0.676
#> SRR613771 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479471 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1488918 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414040 2 0.2888 0.74520 0.000 0.872 0.124 0.004
#> SRR1079850 4 0.7173 0.54652 0.104 0.052 0.200 0.644
#> SRR663209 1 0.3231 0.81471 0.868 0.004 0.012 0.116
#> SRR1364914 2 0.3881 0.73534 0.000 0.812 0.172 0.016
#> SRR1408267 4 0.6148 0.64660 0.000 0.084 0.280 0.636
#> SRR1314894 1 0.3873 0.83500 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1414117 2 0.9656 -0.09112 0.264 0.372 0.196 0.168
#> SRR1395975 2 0.0376 0.71886 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1402219 2 0.5257 0.69246 0.000 0.728 0.212 0.060
#> SRR1433623 1 0.3219 0.85396 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR656385 2 0.3117 0.74377 0.000 0.880 0.092 0.028
#> SRR811213 2 0.6655 0.52597 0.000 0.624 0.192 0.184
#> SRR663657 4 0.5453 0.49694 0.000 0.020 0.388 0.592
#> SRR612203 1 0.0817 0.86959 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR613987 4 0.5886 0.62818 0.008 0.052 0.272 0.668
#> SRR613831 3 0.1389 0.50736 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1354180 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1382912 1 0.0336 0.86587 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1475501 1 0.2704 0.86374 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1336930 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR613030 3 0.0188 0.51747 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1381459 3 0.7832 -0.22151 0.000 0.360 0.380 0.260
#> SRR1402350 4 0.5935 0.64796 0.000 0.080 0.256 0.664
#> SRR1419408 1 0.0336 0.86690 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR655911 2 0.0524 0.71869 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1418243 1 0.0336 0.86587 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1322573 1 0.2089 0.84917 0.932 0.048 0.000 0.020
#> SRR613615 3 0.1474 0.50514 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1355284 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1319395 1 0.0817 0.86971 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR818939 1 0.2011 0.86978 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1465266 1 0.2081 0.87077 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR614888 1 0.2973 0.83119 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1431694 2 0.4793 0.71478 0.000 0.756 0.204 0.040
#> SRR614347 3 0.6101 0.31438 0.000 0.388 0.560 0.052
#> SRR1334228 3 0.1938 0.50351 0.000 0.012 0.936 0.052
#> SRR1096007 4 0.7919 0.33602 0.000 0.320 0.328 0.352
#> SRR656349 1 0.2654 0.82682 0.888 0.004 0.000 0.108
#> SRR815422 2 0.0707 0.72662 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1360828 1 0.0592 0.86501 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1359005 2 0.4446 0.72171 0.000 0.776 0.196 0.028
#> SRR1456652 1 0.0336 0.86587 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1391660 1 0.2647 0.86713 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1441956 1 0.1792 0.87123 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR662930 3 0.0524 0.51534 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR615790 3 0.2704 0.39985 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR614827 2 0.4956 0.68335 0.000 0.732 0.232 0.036
#> SRR614587 3 0.6052 0.40546 0.000 0.320 0.616 0.064
#> SRR814052 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070086 1 0.0188 0.86624 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481440 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1339296 3 0.1474 0.50514 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1343239 3 0.1833 0.50752 0.000 0.024 0.944 0.032
#> SRR1432802 2 0.1661 0.73252 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1416911 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1410427 1 0.8271 0.38876 0.572 0.112 0.144 0.172
#> SRR1401185 3 0.7300 0.30185 0.000 0.304 0.516 0.180
#> SRR654993 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656397 1 0.2469 0.86647 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR809643 3 0.7277 0.25431 0.000 0.228 0.540 0.232
#> SRR1433819 1 0.0469 0.86527 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1375225 2 0.5247 0.68139 0.000 0.720 0.228 0.052
#> SRR1367739 3 0.6500 0.09661 0.020 0.048 0.592 0.340
#> SRR1323336 4 0.8444 0.27905 0.368 0.048 0.160 0.424
#> SRR663224 3 0.6220 0.39253 0.000 0.248 0.648 0.104
#> SRR1442840 1 0.0336 0.86690 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1374058 1 0.0336 0.86587 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656994 1 0.2281 0.83314 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1469214 2 0.7417 0.23481 0.000 0.508 0.284 0.208
#> SRR1456446 1 0.6936 0.58522 0.680 0.060 0.132 0.128
#> SRR1471879 2 0.3625 0.73984 0.000 0.828 0.160 0.012
#> SRR612911 3 0.4579 0.19973 0.000 0.032 0.768 0.200
#> SRR1395720 3 0.6783 0.27017 0.000 0.304 0.572 0.124
#> SRR1413055 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR656770 2 0.0524 0.71624 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR812080 3 0.0592 0.51734 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1479328 1 0.4175 0.83914 0.784 0.016 0.000 0.200
#> SRR661421 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1410286 2 0.4323 0.72684 0.000 0.788 0.184 0.028
#> SRR1487150 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1467035 1 0.0336 0.86587 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360607 2 0.4635 0.71038 0.000 0.756 0.216 0.028
#> SRR1333106 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088706 4 0.6022 0.65098 0.000 0.084 0.260 0.656
#> SRR1320053 3 0.0000 0.51877 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350392 2 0.6635 0.26421 0.000 0.524 0.388 0.088
#> SRR1385190 3 0.4551 0.25359 0.004 0.004 0.724 0.268
#> SRR1080093 3 0.6078 0.40714 0.000 0.312 0.620 0.068
#> SRR1318753 1 0.2530 0.86593 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1345369 2 0.0524 0.71869 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR612178 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354423 1 0.3123 0.85712 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1072724 1 0.2647 0.81662 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1418450 2 0.4677 0.72631 0.000 0.776 0.176 0.048
#> SRR1326427 3 0.3271 0.41113 0.000 0.012 0.856 0.132
#> SRR1437412 2 0.5226 0.69339 0.000 0.744 0.180 0.076
#> SRR1327548 3 0.5873 0.27425 0.000 0.416 0.548 0.036
#> SRR1395891 1 0.0336 0.86587 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR659367 2 0.2053 0.73886 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR818961 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR813704 1 0.3873 0.83528 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR613054 1 0.0188 0.86624 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476467 1 0.4008 0.83662 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1407988 2 0.5901 0.58919 0.000 0.652 0.280 0.068
#> SRR1394776 2 0.7188 0.35311 0.000 0.528 0.308 0.164
#> SRR655578 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310645 3 0.5936 0.40814 0.000 0.324 0.620 0.056
#> SRR1345628 1 0.2469 0.86640 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1479740 1 0.3688 0.84087 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1332095 1 0.7829 0.38733 0.584 0.060 0.132 0.224
#> SRR1444786 2 0.3658 0.74278 0.000 0.836 0.144 0.020
#> SRR1090070 1 0.0469 0.86527 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR662414 2 0.0188 0.71654 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661216 2 0.5949 0.56714 0.000 0.644 0.288 0.068
#> SRR656313 2 0.5387 0.64675 0.000 0.696 0.256 0.048
#> SRR615671 2 0.1867 0.73769 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1350196 2 0.0524 0.71869 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1466580 1 0.2216 0.86877 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1408032 2 0.0336 0.72191 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1432913 3 0.6039 0.38428 0.000 0.348 0.596 0.056
#> SRR1360502 1 0.8518 -0.14271 0.400 0.052 0.160 0.388
#> SRR1391901 4 0.6141 0.63650 0.000 0.076 0.300 0.624
#> SRR1311131 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1380636 1 0.3123 0.85623 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1332339 2 0.8624 0.26653 0.200 0.532 0.144 0.124
#> SRR1341563 3 0.7529 0.04640 0.000 0.288 0.488 0.224
#> SRR1359410 3 0.6004 0.42349 0.000 0.276 0.648 0.076
#> SRR1473040 3 0.6052 0.41890 0.000 0.284 0.640 0.076
#> SRR1321444 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1498765 3 0.5781 0.42964 0.000 0.252 0.676 0.072
#> SRR1312622 3 0.5358 0.43406 0.000 0.252 0.700 0.048
#> SRR615503 2 0.9774 -0.09770 0.212 0.360 0.232 0.196
#> SRR1453192 1 0.3400 0.84970 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1433107 3 0.4706 0.46824 0.000 0.248 0.732 0.020
#> SRR1075384 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1356683 1 0.1474 0.87100 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR659049 1 0.2760 0.86280 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1368240 1 0.2647 0.82028 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1341739 1 0.3942 0.83202 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR613249 3 0.3801 0.30436 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR663428 2 0.4951 0.70381 0.000 0.744 0.212 0.044
#> SRR1341302 4 0.7811 0.44955 0.000 0.260 0.336 0.404
#> SRR1073553 4 0.7459 0.53536 0.000 0.188 0.336 0.476
#> SRR1354093 3 0.0188 0.51809 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1406521 3 0.7896 -0.21298 0.000 0.336 0.368 0.296
#> SRR1432049 1 0.2814 0.81041 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1453504 1 0.8850 0.17308 0.504 0.172 0.204 0.120
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 2 0.0162 0.77521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1359328 2 0.2112 0.79207 0.000 0.908 0.004 0.084 0.004
#> SRR821124 3 0.6679 0.52956 0.000 0.080 0.580 0.256 0.084
#> SRR1335188 5 0.4341 0.72991 0.364 0.000 0.008 0.000 0.628
#> SRR1075825 4 0.2973 0.55496 0.000 0.052 0.044 0.884 0.020
#> SRR1321921 1 0.3796 0.42149 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1466198 3 0.2127 0.59004 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1384073 2 0.7882 0.37689 0.152 0.512 0.020 0.100 0.216
#> SRR1312802 1 0.4713 0.49929 0.676 0.000 0.000 0.044 0.280
#> SRR1076559 5 0.3895 0.77976 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1370085 5 0.4161 0.69835 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1460363 5 0.3876 0.77874 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1480221 4 0.2694 0.56492 0.000 0.068 0.032 0.892 0.008
#> SRR1476165 5 0.3999 0.75815 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1459631 4 0.4555 0.21030 0.000 0.008 0.472 0.520 0.000
#> SRR1448098 2 0.4229 0.73491 0.000 0.704 0.020 0.276 0.000
#> SRR1321401 2 0.4182 0.65488 0.000 0.644 0.004 0.352 0.000
#> SRR807613 2 0.4090 0.74482 0.000 0.716 0.016 0.268 0.000
#> SRR808086 3 0.6325 0.42592 0.000 0.008 0.476 0.392 0.124
#> SRR613687 2 0.4418 0.68450 0.000 0.652 0.016 0.332 0.000
#> SRR1471011 5 0.5588 0.46204 0.168 0.000 0.016 0.136 0.680
#> SRR1330284 4 0.4642 0.46618 0.000 0.092 0.084 0.784 0.040
#> SRR1320624 3 0.6715 0.52058 0.000 0.064 0.584 0.236 0.116
#> SRR1459519 1 0.2732 0.68620 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1091184 4 0.4520 0.40198 0.000 0.008 0.340 0.644 0.008
#> SRR1390561 1 0.0404 0.73478 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR658164 5 0.4194 0.75665 0.276 0.000 0.012 0.004 0.708
#> SRR1087079 2 0.4252 0.68838 0.000 0.700 0.020 0.280 0.000
#> SRR814996 4 0.4816 0.17943 0.000 0.008 0.488 0.496 0.008
#> SRR1407410 2 0.2886 0.79456 0.000 0.844 0.008 0.148 0.000
#> SRR1453392 3 0.6714 0.54894 0.000 0.088 0.548 0.300 0.064
#> SRR1445873 1 0.4126 0.15318 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1419985 2 0.3814 0.73933 0.000 0.720 0.004 0.276 0.000
#> SRR820938 3 0.2513 0.58847 0.000 0.008 0.876 0.116 0.000
#> SRR1476844 1 0.0162 0.73075 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403526 5 0.4201 0.68000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1413916 2 0.4807 0.65862 0.000 0.632 0.020 0.340 0.008
#> SRR1441051 3 0.7199 0.48220 0.000 0.160 0.500 0.284 0.056
#> SRR614287 2 0.3819 0.76525 0.000 0.756 0.016 0.228 0.000
#> SRR1092062 4 0.3474 0.56291 0.000 0.148 0.020 0.824 0.008
#> SRR612611 2 0.3715 0.75578 0.000 0.736 0.004 0.260 0.000
#> SRR1376356 2 0.2771 0.79629 0.000 0.860 0.012 0.128 0.000
#> SRR1405078 3 0.6206 0.56000 0.000 0.076 0.632 0.228 0.064
#> SRR1437226 4 0.5351 0.18927 0.000 0.324 0.032 0.620 0.024
#> SRR1326078 5 0.3999 0.76472 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1096806 3 0.6351 0.55324 0.000 0.104 0.624 0.216 0.056
#> SRR1440919 4 0.5571 0.13569 0.000 0.044 0.264 0.652 0.040
#> SRR1452824 1 0.5443 0.42412 0.620 0.000 0.020 0.044 0.316
#> SRR615754 5 0.4088 0.73877 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1341787 2 0.4101 0.67947 0.000 0.664 0.004 0.332 0.000
#> SRR614551 4 0.3639 0.57029 0.000 0.000 0.024 0.792 0.184
#> SRR1380829 3 0.5744 0.28708 0.000 0.000 0.572 0.320 0.108
#> SRR1455761 1 0.3684 0.47145 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1465189 1 0.3771 0.63011 0.804 0.000 0.004 0.036 0.156
#> SRR1376895 1 0.2813 0.65419 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1445002 5 0.4150 0.70415 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1469258 4 0.4530 0.53247 0.000 0.136 0.032 0.780 0.052
#> SRR1409239 5 0.3876 0.77803 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1480200 1 0.0794 0.73572 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1418323 5 0.3949 0.78243 0.300 0.000 0.004 0.000 0.696
#> SRR657540 3 0.2411 0.59104 0.000 0.008 0.884 0.108 0.000
#> SRR821096 4 0.2139 0.57310 0.000 0.032 0.052 0.916 0.000
#> SRR613591 2 0.4602 0.68021 0.000 0.656 0.028 0.316 0.000
#> SRR1344205 3 0.2127 0.59004 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR612479 1 0.1518 0.69367 0.944 0.000 0.004 0.004 0.048
#> SRR1399950 5 0.4905 0.06732 0.476 0.000 0.000 0.024 0.500
#> SRR1336048 3 0.6829 0.52412 0.000 0.088 0.576 0.240 0.096
#> SRR1368896 1 0.2230 0.71201 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1379403 3 0.6712 0.52169 0.000 0.076 0.516 0.344 0.064
#> SRR1312464 1 0.4166 0.25353 0.648 0.000 0.004 0.000 0.348
#> SRR1096478 5 0.3857 0.77871 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR1459845 5 0.4161 0.69826 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1348138 3 0.9037 0.29622 0.156 0.056 0.384 0.248 0.156
#> SRR811423 1 0.3355 0.65094 0.832 0.000 0.000 0.036 0.132
#> SRR615683 1 0.3039 0.63982 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1380336 2 0.1502 0.79203 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR817609 5 0.5435 0.25603 0.404 0.000 0.004 0.052 0.540
#> SRR1074550 3 0.3728 0.44341 0.000 0.008 0.748 0.244 0.000
#> SRR1499236 2 0.3317 0.73572 0.000 0.804 0.004 0.188 0.004
#> SRR656083 5 0.4045 0.75447 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR817539 5 0.6165 0.52413 0.192 0.000 0.016 0.180 0.612
#> SRR1410801 1 0.1043 0.73504 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1347190 5 0.4243 0.66441 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR1355126 4 0.3300 0.56923 0.000 0.000 0.004 0.792 0.204
#> SRR615165 3 0.2929 0.56129 0.000 0.008 0.840 0.152 0.000
#> SRR1466046 1 0.0404 0.73478 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1097055 4 0.2925 0.58189 0.000 0.016 0.036 0.884 0.064
#> SRR1312370 2 0.3488 0.77425 0.000 0.808 0.024 0.168 0.000
#> SRR655325 1 0.4074 0.16095 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR810177 4 0.3265 0.57747 0.000 0.120 0.020 0.848 0.012
#> SRR815685 4 0.3476 0.57443 0.000 0.000 0.020 0.804 0.176
#> SRR817026 3 0.6738 0.51308 0.000 0.060 0.580 0.236 0.124
#> SRR1417224 2 0.2077 0.79131 0.000 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR661687 2 0.5951 0.27902 0.000 0.540 0.352 0.104 0.004
#> SRR1431804 5 0.4604 0.70790 0.292 0.000 0.016 0.012 0.680
#> SRR664072 3 0.2411 0.59104 0.000 0.008 0.884 0.108 0.000
#> SRR612923 2 0.5532 0.65852 0.000 0.644 0.092 0.256 0.008
#> SRR1315890 5 0.3999 0.76513 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1347726 2 0.8178 0.19181 0.176 0.436 0.020 0.088 0.280
#> SRR1500360 5 0.4421 0.72000 0.220 0.000 0.016 0.024 0.740
#> SRR1468360 2 0.0162 0.77521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404084 5 0.3932 0.77198 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR615994 3 0.2127 0.59004 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1475718 4 0.2364 0.59573 0.000 0.064 0.020 0.908 0.008
#> SRR1397200 3 0.2462 0.59046 0.000 0.008 0.880 0.112 0.000
#> SRR655519 2 0.5433 0.57880 0.000 0.596 0.048 0.344 0.012
#> SRR1311308 3 0.3910 0.39544 0.000 0.008 0.720 0.272 0.000
#> SRR1368006 3 0.6196 0.56041 0.000 0.068 0.624 0.244 0.064
#> SRR613651 4 0.4618 0.47760 0.004 0.000 0.016 0.636 0.344
#> SRR1362621 4 0.6478 -0.13093 0.000 0.000 0.368 0.444 0.188
#> SRR1451718 5 0.5397 0.63787 0.212 0.000 0.016 0.088 0.684
#> SRR1095334 4 0.4425 0.34747 0.000 0.008 0.392 0.600 0.000
#> SRR1079636 4 0.2445 0.59566 0.000 0.016 0.020 0.908 0.056
#> SRR1442549 2 0.0162 0.77521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466421 2 0.4009 0.70543 0.000 0.684 0.004 0.312 0.000
#> SRR817397 2 0.5055 0.70156 0.000 0.704 0.096 0.196 0.004
#> SRR1341809 2 0.2669 0.79238 0.000 0.876 0.020 0.104 0.000
#> SRR614623 4 0.3883 0.56494 0.000 0.000 0.036 0.780 0.184
#> SRR1335005 4 0.5979 0.13099 0.000 0.328 0.072 0.576 0.024
#> SRR1407065 2 0.2068 0.79430 0.000 0.904 0.004 0.092 0.000
#> SRR1404483 3 0.6643 0.54260 0.000 0.076 0.540 0.320 0.064
#> SRR1096222 5 0.3857 0.77871 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR1401793 5 0.4948 0.23401 0.436 0.000 0.000 0.028 0.536
#> SRR1408615 4 0.6003 -0.00505 0.000 0.000 0.440 0.448 0.112
#> SRR1070597 2 0.3326 0.78033 0.000 0.824 0.024 0.152 0.000
#> SRR1332381 4 0.6666 0.09032 0.156 0.000 0.016 0.488 0.340
#> SRR1457015 1 0.3143 0.62492 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1386797 5 0.4996 0.17460 0.028 0.000 0.016 0.300 0.656
#> SRR1098385 4 0.5366 0.36446 0.000 0.064 0.172 0.716 0.048
#> SRR1363947 3 0.2127 0.59004 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR820350 2 0.2674 0.79485 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000
#> SRR662055 4 0.2390 0.56947 0.000 0.044 0.044 0.908 0.004
#> SRR1310455 5 0.3861 0.77799 0.284 0.000 0.000 0.004 0.712
#> SRR1453639 2 0.0162 0.77521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662617 2 0.0162 0.77521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR654778 5 0.3944 0.72346 0.224 0.000 0.016 0.004 0.756
#> SRR661782 2 0.0566 0.78521 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1334396 1 0.0162 0.73075 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613867 2 0.1845 0.79653 0.000 0.928 0.016 0.056 0.000
#> SRR1479412 5 0.3910 0.77250 0.272 0.000 0.008 0.000 0.720
#> SRR1331620 5 0.3992 0.77610 0.280 0.000 0.004 0.004 0.712
#> SRR1082809 1 0.6246 0.38223 0.600 0.000 0.028 0.116 0.256
#> SRR1417178 1 0.3920 0.61345 0.804 0.000 0.012 0.036 0.148
#> SRR1335278 1 0.1544 0.73149 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR665369 2 0.0566 0.78521 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR657552 2 0.3787 0.76104 0.000 0.836 0.028 0.048 0.088
#> SRR812412 5 0.4317 0.75714 0.320 0.000 0.008 0.004 0.668
#> SRR1096500 2 0.2233 0.79489 0.000 0.904 0.016 0.080 0.000
#> SRR1347750 2 0.0671 0.78662 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR615153 1 0.5151 0.53382 0.744 0.004 0.028 0.092 0.132
#> SRR1434417 1 0.0162 0.72897 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070159 4 0.6353 0.12609 0.008 0.000 0.388 0.476 0.128
#> SRR1332508 4 0.3833 0.59554 0.000 0.096 0.032 0.832 0.040
#> SRR1082059 4 0.4313 0.52532 0.008 0.000 0.012 0.704 0.276
#> SRR1402491 1 0.2813 0.66959 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1476595 2 0.8123 0.20244 0.168 0.436 0.020 0.084 0.292
#> SRR1320987 4 0.3366 0.56391 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1086417 4 0.4194 0.52901 0.004 0.000 0.012 0.708 0.276
#> SRR1454095 5 0.4220 0.75611 0.300 0.000 0.008 0.004 0.688
#> SRR614791 4 0.5757 -0.18530 0.000 0.012 0.356 0.564 0.068
#> SRR821255 2 0.8930 -0.01168 0.160 0.304 0.024 0.220 0.292
#> SRR820402 2 0.4157 0.74086 0.000 0.716 0.020 0.264 0.000
#> SRR1337284 2 0.3684 0.77076 0.000 0.800 0.024 0.172 0.004
#> SRR1333083 3 0.6226 0.56678 0.000 0.080 0.628 0.232 0.060
#> SRR1384883 3 0.6657 0.54794 0.000 0.084 0.544 0.312 0.060
#> SRR614431 5 0.4219 0.66286 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1481106 2 0.7115 0.21225 0.000 0.444 0.216 0.316 0.024
#> SRR1370285 1 0.0162 0.73262 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446673 3 0.3282 0.52066 0.000 0.008 0.804 0.188 0.000
#> SRR1318046 4 0.4633 0.12097 0.000 0.348 0.016 0.632 0.004
#> SRR1341188 3 0.2605 0.56202 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1384941 1 0.0290 0.73380 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1322864 4 0.2754 0.58721 0.000 0.080 0.032 0.884 0.004
#> SRR1476825 2 0.7336 0.03964 0.000 0.396 0.380 0.180 0.044
#> SRR1443332 4 0.4497 0.26920 0.000 0.008 0.424 0.568 0.000
#> SRR662486 2 0.4182 0.65152 0.000 0.644 0.004 0.352 0.000
#> SRR1447019 1 0.2074 0.71933 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR662942 1 0.2329 0.70663 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR613102 3 0.2127 0.59004 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1469880 5 0.4306 0.45341 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1464977 2 0.6454 0.62171 0.084 0.680 0.028 0.088 0.120
#> SRR615850 2 0.6190 0.37887 0.000 0.536 0.320 0.140 0.004
#> SRR661949 2 0.0162 0.77955 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322227 3 0.2338 0.59006 0.000 0.004 0.884 0.112 0.000
#> SRR1441655 4 0.3456 0.56714 0.000 0.000 0.016 0.800 0.184
#> SRR613771 2 0.0162 0.77521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479471 1 0.0000 0.73107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.1430 0.79172 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1414040 2 0.3521 0.77142 0.000 0.764 0.004 0.232 0.000
#> SRR1079850 4 0.5445 0.41613 0.036 0.000 0.016 0.564 0.384
#> SRR663209 5 0.4359 0.71542 0.288 0.000 0.016 0.004 0.692
#> SRR1364914 2 0.4074 0.76850 0.000 0.772 0.036 0.188 0.004
#> SRR1408267 4 0.2886 0.59373 0.000 0.008 0.000 0.844 0.148
#> SRR1314894 1 0.0963 0.73613 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1414117 3 0.9545 0.11604 0.128 0.276 0.280 0.216 0.100
#> SRR1395975 2 0.0162 0.77521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402219 2 0.4054 0.75453 0.000 0.732 0.020 0.248 0.000
#> SRR1433623 1 0.2732 0.67903 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR656385 2 0.2886 0.78836 0.000 0.844 0.008 0.148 0.000
#> SRR811213 2 0.5802 0.61284 0.000 0.620 0.032 0.288 0.060
#> SRR663657 4 0.4832 0.50662 0.000 0.000 0.176 0.720 0.104
#> SRR612203 1 0.3274 0.60643 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR613987 4 0.3910 0.56186 0.000 0.000 0.032 0.772 0.196
#> SRR613831 3 0.2127 0.59004 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1354180 2 0.0324 0.77733 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1382912 5 0.3895 0.77842 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1475501 1 0.3274 0.60167 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1336930 1 0.0000 0.73107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.3488 0.55572 0.000 0.008 0.804 0.180 0.008
#> SRR1381459 4 0.4194 0.54033 0.000 0.132 0.088 0.780 0.000
#> SRR1402350 4 0.4061 0.56839 0.000 0.012 0.024 0.776 0.188
#> SRR1419408 1 0.4045 0.25104 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR655911 2 0.2077 0.79131 0.000 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR1418243 5 0.3932 0.77591 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1322573 1 0.4789 0.31046 0.584 0.000 0.000 0.024 0.392
#> SRR613615 3 0.2127 0.59004 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1355284 1 0.0162 0.73075 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319395 1 0.4302 -0.37097 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR818939 1 0.4015 0.25882 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1465266 1 0.2136 0.72153 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088
#> SRR614888 5 0.4444 0.69109 0.364 0.000 0.012 0.000 0.624
#> SRR1431694 2 0.4079 0.77307 0.000 0.812 0.028 0.116 0.044
#> SRR614347 3 0.6498 0.53915 0.000 0.104 0.600 0.240 0.056
#> SRR1334228 3 0.2286 0.59036 0.000 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR1096007 4 0.2110 0.57048 0.000 0.072 0.016 0.912 0.000
#> SRR656349 5 0.4231 0.73356 0.232 0.000 0.016 0.012 0.740
#> SRR815422 2 0.2011 0.79306 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1360828 5 0.4375 0.63475 0.420 0.000 0.004 0.000 0.576
#> SRR1359005 2 0.4387 0.75699 0.000 0.744 0.044 0.208 0.004
#> SRR1456652 5 0.3913 0.77776 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1391660 1 0.3395 0.56675 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1441956 1 0.4161 0.03416 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR662930 3 0.4541 0.21013 0.000 0.008 0.608 0.380 0.004
#> SRR615790 3 0.5382 0.34941 0.000 0.000 0.644 0.252 0.104
#> SRR614827 2 0.7083 -0.05718 0.000 0.392 0.360 0.232 0.016
#> SRR614587 3 0.6309 0.56132 0.000 0.084 0.624 0.228 0.064
#> SRR814052 2 0.0162 0.77521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070086 5 0.3932 0.77545 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1481440 1 0.0162 0.72897 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339296 3 0.2127 0.59004 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1343239 3 0.4510 -0.04416 0.000 0.008 0.560 0.432 0.000
#> SRR1432802 2 0.1251 0.79271 0.000 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR1416911 1 0.0290 0.73380 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1410427 5 0.6269 0.56151 0.176 0.024 0.020 0.124 0.656
#> SRR1401185 3 0.6899 0.51194 0.000 0.072 0.568 0.236 0.124
#> SRR654993 2 0.1792 0.79249 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR656397 1 0.3074 0.64458 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR809643 3 0.6626 0.50729 0.000 0.048 0.580 0.248 0.124
#> SRR1433819 5 0.3857 0.77912 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR1375225 2 0.4400 0.66882 0.000 0.672 0.020 0.308 0.000
#> SRR1367739 3 0.7868 0.30169 0.144 0.000 0.472 0.204 0.180
#> SRR1323336 5 0.6123 0.31013 0.108 0.000 0.016 0.300 0.576
#> SRR663224 3 0.6656 0.53721 0.000 0.076 0.536 0.324 0.064
#> SRR1442840 1 0.4304 -0.32803 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1374058 5 0.3913 0.77741 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR656994 5 0.4070 0.74583 0.256 0.000 0.012 0.004 0.728
#> SRR1469214 4 0.4477 0.30281 0.000 0.288 0.016 0.688 0.008
#> SRR1456446 1 0.6410 0.19982 0.488 0.000 0.024 0.096 0.392
#> SRR1471879 2 0.2629 0.79360 0.000 0.860 0.004 0.136 0.000
#> SRR612911 4 0.4489 0.31227 0.000 0.008 0.420 0.572 0.000
#> SRR1395720 4 0.6594 -0.19346 0.000 0.076 0.340 0.528 0.056
#> SRR1413055 1 0.0162 0.73262 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656770 2 0.2179 0.78954 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR812080 3 0.2411 0.59104 0.000 0.008 0.884 0.108 0.000
#> SRR1479328 1 0.3239 0.65848 0.828 0.000 0.004 0.012 0.156
#> SRR661421 2 0.0162 0.77521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410286 2 0.4132 0.76290 0.000 0.760 0.032 0.204 0.004
#> SRR1487150 1 0.0290 0.73132 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1467035 5 0.3949 0.77074 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1360607 2 0.4495 0.73974 0.000 0.768 0.056 0.160 0.016
#> SRR1333106 2 0.1952 0.79148 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1088706 4 0.3074 0.57322 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1320053 3 0.2462 0.59046 0.000 0.008 0.880 0.112 0.000
#> SRR1350392 4 0.7558 -0.06401 0.000 0.356 0.224 0.372 0.048
#> SRR1385190 3 0.6277 0.40828 0.028 0.000 0.604 0.240 0.128
#> SRR1080093 3 0.6404 0.56048 0.000 0.084 0.608 0.244 0.064
#> SRR1318753 1 0.2561 0.69350 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1345369 2 0.2068 0.79117 0.000 0.904 0.000 0.092 0.004
#> SRR612178 2 0.0566 0.78100 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1354423 1 0.1965 0.72047 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1072724 5 0.4305 0.75630 0.296 0.000 0.012 0.004 0.688
#> SRR1418450 2 0.3942 0.76091 0.000 0.748 0.020 0.232 0.000
#> SRR1326427 3 0.4846 0.54922 0.000 0.028 0.760 0.084 0.128
#> SRR1437412 2 0.3980 0.76204 0.000 0.828 0.036 0.060 0.076
#> SRR1327548 3 0.6897 0.49270 0.000 0.192 0.528 0.248 0.032
#> SRR1395891 5 0.3895 0.77842 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR659367 2 0.0992 0.79025 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000
#> SRR818961 1 0.0162 0.72897 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR813704 1 0.1121 0.73525 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR613054 5 0.4126 0.71769 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1476467 1 0.1697 0.70716 0.932 0.000 0.008 0.000 0.060
#> SRR1407988 3 0.7708 0.23958 0.000 0.292 0.400 0.248 0.060
#> SRR1394776 4 0.7978 -0.05240 0.000 0.316 0.244 0.356 0.084
#> SRR655578 2 0.0162 0.77521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310645 3 0.6333 0.56113 0.000 0.084 0.620 0.232 0.064
#> SRR1345628 1 0.2966 0.65775 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1479740 1 0.4449 0.25533 0.636 0.000 0.008 0.004 0.352
#> SRR1332095 5 0.5970 0.57399 0.180 0.004 0.020 0.140 0.656
#> SRR1444786 2 0.3160 0.78862 0.000 0.808 0.004 0.188 0.000
#> SRR1090070 5 0.3857 0.77912 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR662414 2 0.0162 0.77521 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661216 2 0.4517 0.48828 0.000 0.556 0.008 0.436 0.000
#> SRR656313 2 0.4101 0.67809 0.000 0.664 0.004 0.332 0.000
#> SRR615671 2 0.1168 0.79328 0.000 0.960 0.008 0.032 0.000
#> SRR1350196 2 0.2077 0.79131 0.000 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR1466580 1 0.4256 -0.19595 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1408032 2 0.0955 0.79061 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1432913 3 0.6931 0.52338 0.000 0.132 0.540 0.272 0.056
#> SRR1360502 5 0.5979 0.29514 0.104 0.000 0.020 0.260 0.616
#> SRR1391901 4 0.2439 0.58916 0.000 0.000 0.004 0.876 0.120
#> SRR1311131 1 0.0162 0.73075 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380636 1 0.3210 0.62096 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1332339 2 0.6127 0.60699 0.104 0.696 0.024 0.048 0.128
#> SRR1341563 4 0.5988 0.22232 0.000 0.072 0.212 0.656 0.060
#> SRR1359410 3 0.6198 0.56336 0.000 0.076 0.628 0.236 0.060
#> SRR1473040 3 0.6250 0.56493 0.000 0.080 0.624 0.236 0.060
#> SRR1321444 1 0.0290 0.72811 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1498765 3 0.6274 0.56456 0.000 0.080 0.620 0.240 0.060
#> SRR1312622 3 0.6589 0.54458 0.000 0.076 0.544 0.320 0.060
#> SRR615503 4 0.8463 0.05144 0.128 0.336 0.020 0.364 0.152
#> SRR1453192 1 0.2471 0.69638 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1433107 3 0.6100 0.57993 0.000 0.076 0.648 0.212 0.064
#> SRR1075384 1 0.0162 0.72897 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356683 1 0.4227 -0.09253 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR659049 1 0.3816 0.40604 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1368240 5 0.3942 0.76730 0.260 0.000 0.012 0.000 0.728
#> SRR1341739 1 0.0794 0.73577 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR613249 3 0.5687 0.26196 0.000 0.000 0.580 0.316 0.104
#> SRR663428 2 0.3722 0.76947 0.000 0.796 0.024 0.176 0.004
#> SRR1341302 4 0.2784 0.58027 0.000 0.108 0.016 0.872 0.004
#> SRR1073553 4 0.2047 0.59501 0.000 0.040 0.020 0.928 0.012
#> SRR1354093 3 0.3246 0.52817 0.000 0.008 0.808 0.184 0.000
#> SRR1406521 4 0.4404 0.48503 0.000 0.096 0.080 0.796 0.028
#> SRR1432049 5 0.3779 0.74774 0.236 0.000 0.012 0.000 0.752
#> SRR1453504 1 0.7943 0.28020 0.560 0.060 0.128 0.120 0.132
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.3996 0.38828 0.000 0.484 0.000 0.000 0.004 0.512
#> SRR1359328 2 0.3756 -0.12242 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR821124 4 0.6487 -0.00277 0.000 0.344 0.208 0.424 0.008 0.016
#> SRR1335188 1 0.3642 0.67966 0.760 0.000 0.000 0.036 0.204 0.000
#> SRR1075825 2 0.5697 0.27876 0.000 0.548 0.040 0.076 0.000 0.336
#> SRR1321921 5 0.4217 0.35179 0.464 0.000 0.000 0.004 0.524 0.008
#> SRR1466198 3 0.0405 0.55995 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1384073 2 0.6389 0.09969 0.388 0.476 0.008 0.076 0.028 0.024
#> SRR1312802 5 0.5065 0.56494 0.200 0.004 0.000 0.132 0.660 0.004
#> SRR1076559 1 0.2053 0.74715 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108 0.000
#> SRR1370085 1 0.2431 0.72867 0.860 0.000 0.000 0.000 0.132 0.008
#> SRR1460363 1 0.1787 0.74605 0.920 0.000 0.000 0.004 0.068 0.008
#> SRR1480221 2 0.5355 0.30780 0.000 0.568 0.012 0.092 0.000 0.328
#> SRR1476165 1 0.2053 0.74517 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108 0.000
#> SRR1459631 3 0.6845 -0.04574 0.000 0.308 0.360 0.044 0.000 0.288
#> SRR1448098 2 0.1078 0.47456 0.000 0.964 0.008 0.012 0.000 0.016
#> SRR1321401 2 0.2952 0.46143 0.004 0.828 0.008 0.004 0.000 0.156
#> SRR807613 2 0.1701 0.47127 0.000 0.920 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR808086 4 0.6755 0.06415 0.004 0.140 0.244 0.524 0.004 0.084
#> SRR613687 2 0.2581 0.47487 0.000 0.860 0.000 0.020 0.000 0.120
#> SRR1471011 1 0.5641 0.57571 0.628 0.004 0.000 0.236 0.080 0.052
#> SRR1330284 2 0.6289 0.24500 0.000 0.524 0.080 0.096 0.000 0.300
#> SRR1320624 4 0.6323 -0.14377 0.000 0.184 0.360 0.436 0.012 0.008
#> SRR1459519 5 0.4018 0.51235 0.412 0.000 0.000 0.000 0.580 0.008
#> SRR1091184 6 0.7414 -0.26748 0.000 0.184 0.268 0.164 0.000 0.384
#> SRR1390561 5 0.2135 0.78294 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR658164 1 0.3520 0.71161 0.816 0.000 0.000 0.076 0.100 0.008
#> SRR1087079 2 0.3969 0.40898 0.000 0.668 0.020 0.000 0.000 0.312
#> SRR814996 3 0.6769 -0.02028 0.000 0.060 0.452 0.272 0.000 0.216
#> SRR1407410 2 0.1897 0.42723 0.004 0.908 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1453392 3 0.6264 0.26807 0.000 0.200 0.512 0.264 0.012 0.012
#> SRR1445873 1 0.4100 0.16818 0.600 0.000 0.000 0.004 0.388 0.008
#> SRR1419985 2 0.1759 0.46841 0.004 0.924 0.004 0.004 0.000 0.064
#> SRR820938 3 0.0622 0.55969 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000 0.000
#> SRR1476844 5 0.2053 0.78332 0.108 0.000 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR1403526 1 0.3384 0.63902 0.760 0.000 0.000 0.004 0.228 0.008
#> SRR1413916 2 0.1750 0.48096 0.000 0.932 0.012 0.016 0.000 0.040
#> SRR1441051 2 0.6442 -0.11577 0.000 0.456 0.312 0.208 0.012 0.012
#> SRR614287 2 0.2540 0.43164 0.004 0.872 0.000 0.020 0.000 0.104
#> SRR1092062 2 0.5087 0.25667 0.000 0.520 0.020 0.040 0.000 0.420
#> SRR612611 2 0.0798 0.47128 0.004 0.976 0.004 0.004 0.000 0.012
#> SRR1376356 2 0.2804 0.37995 0.004 0.836 0.004 0.004 0.000 0.152
#> SRR1405078 3 0.6376 0.16448 0.000 0.192 0.396 0.392 0.012 0.008
#> SRR1437226 2 0.3331 0.47759 0.004 0.840 0.012 0.056 0.000 0.088
#> SRR1326078 1 0.2212 0.74250 0.880 0.000 0.000 0.000 0.112 0.008
#> SRR1096806 4 0.6616 -0.19580 0.000 0.180 0.392 0.392 0.012 0.024
#> SRR1440919 2 0.6586 0.16005 0.000 0.472 0.152 0.064 0.000 0.312
#> SRR1452824 1 0.6448 0.16034 0.380 0.008 0.000 0.240 0.364 0.008
#> SRR615754 1 0.2631 0.72455 0.840 0.000 0.000 0.000 0.152 0.008
#> SRR1341787 2 0.1812 0.48038 0.004 0.924 0.008 0.004 0.000 0.060
#> SRR614551 4 0.6146 0.38449 0.012 0.048 0.064 0.528 0.004 0.344
#> SRR1380829 3 0.4226 0.18508 0.000 0.004 0.580 0.404 0.000 0.012
#> SRR1455761 1 0.4227 -0.24666 0.496 0.000 0.000 0.004 0.492 0.008
#> SRR1465189 5 0.3477 0.68798 0.056 0.004 0.000 0.132 0.808 0.000
#> SRR1376895 5 0.3163 0.75163 0.212 0.000 0.000 0.004 0.780 0.004
#> SRR1445002 1 0.2553 0.72077 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR1469258 2 0.5038 0.41207 0.004 0.668 0.012 0.096 0.000 0.220
#> SRR1409239 1 0.1643 0.74803 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068 0.000
#> SRR1480200 5 0.2504 0.78149 0.136 0.000 0.000 0.004 0.856 0.004
#> SRR1418323 1 0.2237 0.75040 0.896 0.000 0.000 0.036 0.068 0.000
#> SRR657540 3 0.0146 0.56163 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR821096 2 0.6795 0.05690 0.000 0.416 0.068 0.172 0.000 0.344
#> SRR613591 2 0.2716 0.46356 0.000 0.868 0.008 0.028 0.000 0.096
#> SRR1344205 3 0.0405 0.55995 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR612479 5 0.1788 0.73450 0.028 0.000 0.000 0.040 0.928 0.004
#> SRR1399950 1 0.5256 0.48282 0.580 0.000 0.000 0.132 0.288 0.000
#> SRR1336048 4 0.6513 -0.13006 0.004 0.224 0.344 0.412 0.008 0.008
#> SRR1368896 5 0.3121 0.76642 0.192 0.000 0.000 0.004 0.796 0.008
#> SRR1379403 2 0.7261 -0.28748 0.000 0.332 0.324 0.276 0.012 0.056
#> SRR1312464 5 0.4062 0.28660 0.440 0.000 0.000 0.008 0.552 0.000
#> SRR1096478 1 0.1615 0.74627 0.928 0.000 0.000 0.004 0.064 0.004
#> SRR1459845 1 0.2212 0.73791 0.880 0.000 0.000 0.000 0.112 0.008
#> SRR1348138 4 0.6951 0.12142 0.000 0.156 0.092 0.508 0.232 0.012
#> SRR811423 5 0.3511 0.70465 0.064 0.004 0.000 0.124 0.808 0.000
#> SRR615683 5 0.3878 0.64440 0.320 0.000 0.000 0.004 0.668 0.008
#> SRR1380336 2 0.3854 -0.30257 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR817609 1 0.5761 0.57033 0.604 0.000 0.000 0.160 0.204 0.032
#> SRR1074550 3 0.3020 0.44684 0.000 0.012 0.824 0.156 0.000 0.008
#> SRR1499236 2 0.3819 0.15318 0.000 0.624 0.004 0.000 0.000 0.372
#> SRR656083 1 0.2810 0.72332 0.832 0.000 0.000 0.004 0.156 0.008
#> SRR817539 1 0.4369 0.61961 0.744 0.020 0.000 0.180 0.004 0.052
#> SRR1410801 5 0.2738 0.77376 0.176 0.000 0.000 0.000 0.820 0.004
#> SRR1347190 1 0.4041 0.68049 0.764 0.000 0.000 0.136 0.096 0.004
#> SRR1355126 4 0.5583 0.36354 0.024 0.044 0.008 0.488 0.004 0.432
#> SRR615165 3 0.1313 0.55198 0.000 0.016 0.952 0.028 0.000 0.004
#> SRR1466046 5 0.2053 0.78372 0.108 0.000 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR1097055 6 0.7260 -0.27921 0.004 0.264 0.064 0.300 0.004 0.364
#> SRR1312370 2 0.2573 0.40854 0.000 0.856 0.008 0.004 0.000 0.132
#> SRR655325 5 0.4100 0.50388 0.388 0.000 0.000 0.004 0.600 0.008
#> SRR810177 2 0.5312 0.17601 0.000 0.488 0.020 0.056 0.000 0.436
#> SRR815685 4 0.6220 0.36565 0.004 0.076 0.056 0.504 0.004 0.356
#> SRR817026 4 0.6373 -0.09772 0.004 0.180 0.324 0.472 0.012 0.008
#> SRR1417224 2 0.3890 -0.11809 0.000 0.596 0.000 0.004 0.000 0.400
#> SRR661687 4 0.7593 -0.05363 0.000 0.164 0.244 0.312 0.000 0.280
#> SRR1431804 1 0.4364 0.59095 0.720 0.008 0.000 0.052 0.216 0.004
#> SRR664072 3 0.0551 0.56112 0.000 0.004 0.984 0.008 0.000 0.004
#> SRR612923 2 0.4426 0.45064 0.000 0.768 0.064 0.096 0.000 0.072
#> SRR1315890 1 0.2773 0.72594 0.836 0.000 0.000 0.004 0.152 0.008
#> SRR1347726 1 0.6223 0.26162 0.492 0.364 0.000 0.088 0.048 0.008
#> SRR1500360 1 0.3403 0.69156 0.816 0.004 0.000 0.144 0.024 0.012
#> SRR1468360 6 0.3995 0.39246 0.000 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR1404084 1 0.2266 0.74793 0.880 0.000 0.000 0.012 0.108 0.000
#> SRR615994 3 0.0405 0.55995 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1475718 2 0.5492 0.15887 0.000 0.472 0.020 0.072 0.000 0.436
#> SRR1397200 3 0.0820 0.55910 0.000 0.016 0.972 0.012 0.000 0.000
#> SRR655519 2 0.3789 0.47243 0.000 0.808 0.044 0.040 0.000 0.108
#> SRR1311308 3 0.4426 0.39540 0.000 0.100 0.752 0.124 0.000 0.024
#> SRR1368006 4 0.6392 -0.19203 0.000 0.196 0.388 0.396 0.012 0.008
#> SRR613651 4 0.6171 0.36838 0.212 0.004 0.004 0.484 0.004 0.292
#> SRR1362621 4 0.4189 0.26237 0.004 0.028 0.092 0.792 0.004 0.080
#> SRR1451718 1 0.2810 0.67778 0.832 0.004 0.000 0.156 0.000 0.008
#> SRR1095334 3 0.7374 -0.06750 0.000 0.240 0.340 0.116 0.000 0.304
#> SRR1079636 6 0.6446 -0.30106 0.000 0.208 0.020 0.332 0.004 0.436
#> SRR1442549 6 0.3995 0.39246 0.000 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR1466421 2 0.2292 0.47587 0.004 0.884 0.004 0.004 0.000 0.104
#> SRR817397 2 0.4589 0.41200 0.000 0.752 0.088 0.052 0.000 0.108
#> SRR1341809 2 0.2706 0.37845 0.000 0.832 0.008 0.000 0.000 0.160
#> SRR614623 4 0.6164 0.37154 0.004 0.068 0.060 0.516 0.004 0.348
#> SRR1335005 2 0.4401 0.45003 0.000 0.756 0.028 0.128 0.000 0.088
#> SRR1407065 2 0.3747 -0.11432 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1404483 3 0.6337 0.22704 0.000 0.200 0.460 0.320 0.012 0.008
#> SRR1096222 1 0.1471 0.74675 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR1401793 1 0.5215 0.60151 0.644 0.000 0.000 0.136 0.208 0.012
#> SRR1408615 4 0.6165 0.15320 0.000 0.004 0.332 0.404 0.000 0.260
#> SRR1070597 2 0.2716 0.40059 0.004 0.852 0.008 0.004 0.000 0.132
#> SRR1332381 1 0.6774 0.19816 0.504 0.076 0.004 0.184 0.000 0.232
#> SRR1457015 5 0.3955 0.61370 0.340 0.000 0.000 0.004 0.648 0.008
#> SRR1386797 4 0.6311 0.08263 0.372 0.004 0.000 0.392 0.008 0.224
#> SRR1098385 2 0.7135 0.14671 0.000 0.460 0.140 0.104 0.012 0.284
#> SRR1363947 3 0.0405 0.55995 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR820350 2 0.2386 0.41278 0.004 0.876 0.004 0.004 0.000 0.112
#> SRR662055 2 0.6152 0.21201 0.000 0.504 0.064 0.088 0.000 0.344
#> SRR1310455 1 0.2282 0.74976 0.888 0.000 0.000 0.024 0.088 0.000
#> SRR1453639 6 0.3995 0.39246 0.000 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR662617 6 0.3995 0.39246 0.000 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR654778 1 0.4466 0.66961 0.772 0.040 0.000 0.096 0.084 0.008
#> SRR661782 2 0.3288 0.21688 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1334396 5 0.2006 0.78321 0.104 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004
#> SRR613867 2 0.3966 -0.25426 0.000 0.552 0.000 0.004 0.000 0.444
#> SRR1479412 1 0.1921 0.74678 0.916 0.000 0.000 0.032 0.052 0.000
#> SRR1331620 1 0.2800 0.74814 0.860 0.000 0.000 0.036 0.100 0.004
#> SRR1082809 4 0.5170 -0.10141 0.040 0.008 0.000 0.512 0.428 0.012
#> SRR1417178 5 0.3991 0.64152 0.052 0.004 0.000 0.180 0.760 0.004
#> SRR1335278 5 0.3190 0.75384 0.220 0.000 0.000 0.000 0.772 0.008
#> SRR665369 2 0.3714 0.06383 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004 0.340
#> SRR657552 2 0.5392 0.32012 0.084 0.688 0.000 0.076 0.004 0.148
#> SRR812412 1 0.4132 0.64213 0.728 0.000 0.000 0.044 0.220 0.008
#> SRR1096500 2 0.3161 0.31492 0.000 0.776 0.008 0.000 0.000 0.216
#> SRR1347750 2 0.3699 0.07093 0.000 0.660 0.000 0.000 0.004 0.336
#> SRR615153 5 0.5513 0.61144 0.168 0.024 0.000 0.136 0.660 0.012
#> SRR1434417 5 0.1219 0.76455 0.048 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004
#> SRR1070159 4 0.6827 0.24948 0.032 0.004 0.244 0.420 0.004 0.296
#> SRR1332508 6 0.6601 -0.22504 0.004 0.312 0.032 0.208 0.000 0.444
#> SRR1082059 4 0.5478 0.37371 0.044 0.024 0.004 0.500 0.004 0.424
#> SRR1402491 5 0.2933 0.76508 0.200 0.000 0.000 0.004 0.796 0.000
#> SRR1476595 1 0.6215 0.31235 0.524 0.332 0.000 0.088 0.040 0.016
#> SRR1320987 6 0.6254 -0.37792 0.036 0.100 0.004 0.424 0.004 0.432
#> SRR1086417 4 0.5311 0.37620 0.048 0.012 0.004 0.504 0.004 0.428
#> SRR1454095 1 0.3758 0.67603 0.772 0.000 0.000 0.048 0.176 0.004
#> SRR614791 2 0.7643 -0.14605 0.000 0.328 0.240 0.148 0.004 0.280
#> SRR821255 1 0.6406 0.26186 0.512 0.328 0.000 0.092 0.016 0.052
#> SRR820402 2 0.2163 0.46289 0.000 0.892 0.008 0.004 0.000 0.096
#> SRR1337284 2 0.2655 0.41013 0.004 0.848 0.008 0.000 0.000 0.140
#> SRR1333083 3 0.6376 0.16733 0.000 0.192 0.400 0.388 0.012 0.008
#> SRR1384883 3 0.6346 0.21875 0.000 0.244 0.456 0.284 0.008 0.008
#> SRR614431 1 0.2743 0.70430 0.828 0.000 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR1481106 2 0.5670 0.30897 0.000 0.616 0.260 0.068 0.008 0.048
#> SRR1370285 5 0.1714 0.78287 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1446673 3 0.1218 0.55080 0.000 0.012 0.956 0.028 0.000 0.004
#> SRR1318046 2 0.3263 0.46422 0.000 0.816 0.016 0.016 0.000 0.152
#> SRR1341188 3 0.0508 0.55933 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1384941 5 0.1364 0.76563 0.048 0.000 0.000 0.004 0.944 0.004
#> SRR1322864 2 0.5534 0.14045 0.000 0.464 0.020 0.076 0.000 0.440
#> SRR1476825 2 0.6753 -0.11514 0.016 0.404 0.256 0.308 0.000 0.016
#> SRR1443332 3 0.7425 -0.07903 0.000 0.236 0.344 0.128 0.000 0.292
#> SRR662486 2 0.4108 0.36888 0.004 0.660 0.012 0.004 0.000 0.320
#> SRR1447019 5 0.3672 0.68850 0.304 0.000 0.000 0.000 0.688 0.008
#> SRR662942 5 0.3437 0.73906 0.236 0.000 0.000 0.004 0.752 0.008
#> SRR613102 3 0.0000 0.56046 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.3411 0.61496 0.756 0.000 0.000 0.004 0.232 0.008
#> SRR1464977 2 0.6109 0.25950 0.220 0.600 0.008 0.064 0.000 0.108
#> SRR615850 2 0.7557 -0.11662 0.000 0.360 0.260 0.240 0.004 0.136
#> SRR661949 6 0.3996 0.38498 0.000 0.484 0.000 0.000 0.004 0.512
#> SRR1322227 3 0.0508 0.55777 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1441655 4 0.6003 0.37995 0.052 0.044 0.012 0.516 0.004 0.372
#> SRR613771 6 0.3866 0.38736 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1479471 5 0.1082 0.75939 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004
#> SRR1488918 2 0.3860 -0.31908 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1414040 2 0.1876 0.43626 0.004 0.916 0.004 0.004 0.000 0.072
#> SRR1079850 4 0.6505 0.28117 0.260 0.008 0.000 0.452 0.016 0.264
#> SRR663209 1 0.5746 0.53329 0.640 0.056 0.000 0.092 0.204 0.008
#> SRR1364914 2 0.2624 0.45129 0.000 0.884 0.028 0.020 0.000 0.068
#> SRR1408267 6 0.6261 -0.29298 0.004 0.208 0.004 0.344 0.004 0.436
#> SRR1314894 5 0.1700 0.78009 0.080 0.000 0.000 0.004 0.916 0.000
#> SRR1414117 4 0.8009 0.06342 0.036 0.280 0.152 0.420 0.028 0.084
#> SRR1395975 6 0.4126 0.39039 0.000 0.480 0.000 0.004 0.004 0.512
#> SRR1402219 2 0.1901 0.46653 0.000 0.912 0.008 0.004 0.000 0.076
#> SRR1433623 5 0.3384 0.74382 0.228 0.000 0.000 0.004 0.760 0.008
#> SRR656385 2 0.2809 0.35047 0.000 0.824 0.004 0.004 0.000 0.168
#> SRR811213 2 0.4379 0.42883 0.032 0.776 0.008 0.092 0.000 0.092
#> SRR663657 6 0.6817 -0.39217 0.020 0.036 0.156 0.384 0.000 0.404
#> SRR612203 5 0.3769 0.59670 0.356 0.000 0.000 0.004 0.640 0.000
#> SRR613987 4 0.6152 0.38916 0.032 0.024 0.064 0.528 0.004 0.348
#> SRR613831 3 0.0146 0.56163 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 6 0.3867 0.38158 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1382912 1 0.2213 0.74684 0.888 0.000 0.000 0.004 0.100 0.008
#> SRR1475501 5 0.3910 0.63125 0.328 0.000 0.000 0.004 0.660 0.008
#> SRR1336930 5 0.1268 0.75776 0.036 0.000 0.000 0.008 0.952 0.004
#> SRR613030 3 0.2070 0.52080 0.000 0.012 0.896 0.092 0.000 0.000
#> SRR1381459 2 0.4963 0.25113 0.000 0.536 0.028 0.024 0.000 0.412
#> SRR1402350 4 0.5783 0.36102 0.020 0.052 0.016 0.476 0.004 0.432
#> SRR1419408 1 0.3101 0.61942 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR655911 2 0.3747 -0.11432 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1418243 1 0.2118 0.74517 0.888 0.000 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR1322573 1 0.5421 0.38402 0.528 0.000 0.000 0.132 0.340 0.000
#> SRR613615 3 0.0291 0.56034 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1355284 5 0.1908 0.78244 0.096 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004
#> SRR1319395 1 0.4212 0.20603 0.592 0.000 0.000 0.008 0.392 0.008
#> SRR818939 5 0.4158 0.45950 0.416 0.000 0.000 0.004 0.572 0.008
#> SRR1465266 5 0.2902 0.76594 0.196 0.000 0.000 0.004 0.800 0.000
#> SRR614888 1 0.4433 0.67180 0.724 0.004 0.000 0.112 0.160 0.000
#> SRR1431694 2 0.3331 0.40107 0.008 0.828 0.008 0.028 0.000 0.128
#> SRR614347 4 0.6845 -0.17761 0.000 0.160 0.384 0.396 0.012 0.048
#> SRR1334228 3 0.0665 0.56174 0.000 0.008 0.980 0.004 0.000 0.008
#> SRR1096007 2 0.5328 0.26779 0.000 0.540 0.020 0.064 0.000 0.376
#> SRR656349 1 0.3192 0.72687 0.852 0.008 0.000 0.060 0.072 0.008
#> SRR815422 2 0.4076 -0.10262 0.000 0.592 0.000 0.012 0.000 0.396
#> SRR1360828 1 0.3424 0.68303 0.772 0.000 0.000 0.024 0.204 0.000
#> SRR1359005 2 0.2841 0.46558 0.000 0.872 0.028 0.028 0.000 0.072
#> SRR1456652 1 0.2355 0.74446 0.876 0.000 0.000 0.004 0.112 0.008
#> SRR1391660 5 0.3996 0.58727 0.352 0.000 0.000 0.004 0.636 0.008
#> SRR1441956 5 0.4315 0.32442 0.460 0.000 0.000 0.008 0.524 0.008
#> SRR662930 3 0.4955 0.36274 0.000 0.116 0.712 0.132 0.000 0.040
#> SRR615790 3 0.3996 0.21027 0.000 0.004 0.604 0.388 0.000 0.004
#> SRR614827 3 0.6475 0.14012 0.000 0.376 0.384 0.220 0.012 0.008
#> SRR614587 3 0.6376 0.16448 0.000 0.192 0.396 0.392 0.012 0.008
#> SRR814052 6 0.3995 0.39246 0.000 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR1070086 1 0.1812 0.74661 0.912 0.000 0.000 0.000 0.080 0.008
#> SRR1481440 5 0.1471 0.77296 0.064 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR1339296 3 0.0405 0.55995 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1343239 3 0.4271 0.38984 0.000 0.136 0.768 0.044 0.000 0.052
#> SRR1432802 2 0.3428 0.15811 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1416911 5 0.1226 0.76007 0.040 0.000 0.000 0.004 0.952 0.004
#> SRR1410427 1 0.5721 0.39687 0.596 0.272 0.000 0.100 0.016 0.016
#> SRR1401185 4 0.6543 -0.11705 0.004 0.212 0.336 0.428 0.012 0.008
#> SRR654993 2 0.3607 -0.02020 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR656397 5 0.4144 0.50786 0.408 0.000 0.000 0.004 0.580 0.008
#> SRR809643 4 0.6136 -0.08177 0.000 0.168 0.308 0.504 0.012 0.008
#> SRR1433819 1 0.1858 0.74897 0.912 0.000 0.000 0.012 0.076 0.000
#> SRR1375225 2 0.3328 0.44884 0.000 0.788 0.012 0.008 0.000 0.192
#> SRR1367739 4 0.6224 0.06155 0.000 0.016 0.216 0.524 0.236 0.008
#> SRR1323336 1 0.5242 0.49377 0.636 0.004 0.000 0.236 0.008 0.116
#> SRR663224 3 0.6466 0.19822 0.000 0.200 0.428 0.348 0.012 0.012
#> SRR1442840 1 0.3329 0.64555 0.768 0.000 0.000 0.004 0.220 0.008
#> SRR1374058 1 0.2113 0.74709 0.896 0.000 0.000 0.004 0.092 0.008
#> SRR656994 1 0.3794 0.69179 0.792 0.000 0.000 0.080 0.120 0.008
#> SRR1469214 2 0.3771 0.45368 0.000 0.784 0.020 0.032 0.000 0.164
#> SRR1456446 1 0.6370 0.19916 0.436 0.020 0.000 0.184 0.356 0.004
#> SRR1471879 2 0.2646 0.39392 0.004 0.852 0.004 0.004 0.000 0.136
#> SRR612911 3 0.7129 0.05293 0.000 0.204 0.452 0.128 0.000 0.216
#> SRR1395720 2 0.6792 0.20615 0.000 0.508 0.156 0.116 0.000 0.220
#> SRR1413055 5 0.1700 0.77885 0.080 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR656770 2 0.3756 -0.12242 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR812080 3 0.0146 0.56163 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479328 5 0.3596 0.75558 0.172 0.000 0.000 0.040 0.784 0.004
#> SRR661421 6 0.3996 0.38534 0.000 0.484 0.000 0.004 0.000 0.512
#> SRR1410286 2 0.2094 0.44964 0.000 0.908 0.016 0.008 0.000 0.068
#> SRR1487150 5 0.1082 0.75939 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004
#> SRR1467035 1 0.2062 0.74606 0.900 0.000 0.000 0.004 0.088 0.008
#> SRR1360607 2 0.4464 0.40346 0.000 0.736 0.012 0.116 0.000 0.136
#> SRR1333106 2 0.3756 -0.12242 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1088706 4 0.5567 0.35066 0.008 0.068 0.008 0.476 0.004 0.436
#> SRR1320053 3 0.0520 0.56028 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000 0.000
#> SRR1350392 2 0.4033 0.43457 0.000 0.776 0.088 0.124 0.000 0.012
#> SRR1385190 4 0.6777 0.07359 0.000 0.008 0.288 0.496 0.116 0.092
#> SRR1080093 3 0.6440 0.22555 0.000 0.204 0.452 0.320 0.012 0.012
#> SRR1318753 5 0.4151 0.49686 0.412 0.000 0.000 0.004 0.576 0.008
#> SRR1345369 2 0.3756 -0.12242 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR612178 6 0.3997 0.37747 0.000 0.488 0.000 0.004 0.000 0.508
#> SRR1354423 5 0.2871 0.76745 0.192 0.000 0.000 0.004 0.804 0.000
#> SRR1072724 1 0.4150 0.63163 0.732 0.000 0.000 0.060 0.204 0.004
#> SRR1418450 2 0.0909 0.47200 0.000 0.968 0.012 0.000 0.000 0.020
#> SRR1326427 3 0.4896 0.23565 0.000 0.036 0.508 0.444 0.012 0.000
#> SRR1437412 2 0.5688 0.34692 0.036 0.676 0.020 0.128 0.004 0.136
#> SRR1327548 3 0.6089 0.15703 0.000 0.412 0.432 0.136 0.012 0.008
#> SRR1395891 1 0.1901 0.74622 0.912 0.000 0.000 0.004 0.076 0.008
#> SRR659367 2 0.3716 0.26025 0.000 0.732 0.008 0.012 0.000 0.248
#> SRR818961 5 0.1152 0.76242 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR813704 5 0.3213 0.75943 0.204 0.000 0.000 0.004 0.784 0.008
#> SRR613054 1 0.2513 0.72425 0.852 0.000 0.000 0.000 0.140 0.008
#> SRR1476467 5 0.2563 0.76030 0.076 0.000 0.000 0.040 0.880 0.004
#> SRR1407988 4 0.7405 -0.09999 0.000 0.284 0.296 0.336 0.012 0.072
#> SRR1394776 2 0.5347 0.27891 0.004 0.600 0.080 0.300 0.000 0.016
#> SRR655578 6 0.3995 0.39246 0.000 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR1310645 3 0.6400 0.18608 0.000 0.200 0.412 0.368 0.012 0.008
#> SRR1345628 5 0.3383 0.72177 0.268 0.000 0.000 0.004 0.728 0.000
#> SRR1479740 5 0.4191 0.63970 0.284 0.000 0.000 0.040 0.676 0.000
#> SRR1332095 1 0.5371 0.46723 0.648 0.228 0.000 0.096 0.012 0.016
#> SRR1444786 2 0.1493 0.45408 0.004 0.936 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1090070 1 0.1728 0.74766 0.924 0.000 0.000 0.008 0.064 0.004
#> SRR662414 6 0.3995 0.39246 0.000 0.480 0.000 0.000 0.004 0.516
#> SRR661216 2 0.3925 0.40011 0.004 0.700 0.012 0.004 0.000 0.280
#> SRR656313 2 0.3672 0.43067 0.004 0.744 0.012 0.004 0.000 0.236
#> SRR615671 2 0.3945 -0.05386 0.000 0.612 0.008 0.000 0.000 0.380
#> SRR1350196 2 0.3993 -0.12406 0.000 0.592 0.008 0.000 0.000 0.400
#> SRR1466580 1 0.4118 0.19268 0.592 0.000 0.000 0.004 0.396 0.008
#> SRR1408032 2 0.3843 -0.25698 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1432913 3 0.6637 0.17348 0.000 0.276 0.400 0.300 0.012 0.012
#> SRR1360502 4 0.6439 -0.08037 0.388 0.008 0.000 0.444 0.044 0.116
#> SRR1391901 4 0.6616 0.34518 0.004 0.108 0.064 0.460 0.004 0.360
#> SRR1311131 5 0.1753 0.77998 0.084 0.000 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1380636 5 0.3512 0.72828 0.248 0.000 0.000 0.004 0.740 0.008
#> SRR1332339 2 0.7788 0.17723 0.212 0.464 0.000 0.084 0.092 0.148
#> SRR1341563 2 0.6798 0.18892 0.000 0.516 0.108 0.232 0.004 0.140
#> SRR1359410 3 0.6360 0.16217 0.000 0.188 0.396 0.396 0.012 0.008
#> SRR1473040 3 0.6392 0.16498 0.000 0.196 0.396 0.388 0.012 0.008
#> SRR1321444 5 0.1411 0.77107 0.060 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004
#> SRR1498765 3 0.6302 0.21700 0.000 0.184 0.452 0.344 0.012 0.008
#> SRR1312622 3 0.6019 0.29423 0.000 0.224 0.564 0.188 0.012 0.012
#> SRR615503 2 0.6704 0.22294 0.272 0.492 0.008 0.052 0.000 0.176
#> SRR1453192 5 0.3152 0.76129 0.196 0.000 0.000 0.004 0.792 0.008
#> SRR1433107 3 0.5894 0.28190 0.000 0.176 0.524 0.288 0.000 0.012
#> SRR1075384 5 0.0858 0.74955 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004
#> SRR1356683 5 0.4296 0.37222 0.440 0.000 0.000 0.008 0.544 0.008
#> SRR659049 5 0.3969 0.60397 0.344 0.000 0.000 0.004 0.644 0.008
#> SRR1368240 1 0.2333 0.74847 0.896 0.000 0.000 0.040 0.060 0.004
#> SRR1341739 5 0.1788 0.77827 0.076 0.000 0.000 0.004 0.916 0.004
#> SRR613249 3 0.4578 0.16907 0.000 0.004 0.568 0.396 0.000 0.032
#> SRR663428 2 0.2615 0.40836 0.004 0.852 0.008 0.000 0.000 0.136
#> SRR1341302 2 0.5103 0.20355 0.000 0.504 0.020 0.040 0.000 0.436
#> SRR1073553 2 0.5613 0.12428 0.000 0.452 0.020 0.084 0.000 0.444
#> SRR1354093 3 0.1434 0.55167 0.000 0.024 0.948 0.020 0.000 0.008
#> SRR1406521 2 0.5874 0.33312 0.000 0.576 0.040 0.120 0.000 0.264
#> SRR1432049 1 0.2420 0.73006 0.888 0.000 0.000 0.076 0.032 0.004
#> SRR1453504 5 0.8866 -0.05759 0.060 0.108 0.116 0.240 0.384 0.092
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17654 rows and 335 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.973 0.989 0.4196 0.580 0.580
#> 3 3 0.869 0.902 0.954 0.5525 0.680 0.487
#> 4 4 0.735 0.759 0.884 0.1308 0.870 0.650
#> 5 5 0.697 0.637 0.800 0.0581 0.871 0.578
#> 6 6 0.732 0.690 0.827 0.0434 0.908 0.631
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR660306 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1359328 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR821124 1 0.4939 0.876 0.892 0.108
#> SRR1335188 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1075825 1 0.2948 0.941 0.948 0.052
#> SRR1321921 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1466198 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1384073 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1312802 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1480221 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1459631 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1448098 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1321401 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR807613 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR808086 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR613687 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1330284 2 0.9795 0.303 0.416 0.584
#> SRR1320624 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1091184 2 0.2236 0.948 0.036 0.964
#> SRR1390561 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR658164 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1087079 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR814996 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1407410 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1453392 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1419985 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR820938 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1413916 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1441051 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR614287 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1092062 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR612611 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1376356 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1405078 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1437226 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1326078 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1096806 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1440919 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1452824 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1341787 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR614551 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1380829 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1455761 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1469258 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1409239 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR657540 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR821096 1 0.7883 0.689 0.764 0.236
#> SRR613591 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1344205 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1336048 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1379403 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1348138 2 0.2948 0.933 0.052 0.948
#> SRR811423 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1380336 1 0.6531 0.796 0.832 0.168
#> SRR817609 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1074550 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1499236 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR817539 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1355126 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR615165 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1097055 1 0.4562 0.891 0.904 0.096
#> SRR1312370 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR655325 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR810177 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR815685 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR817026 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR661687 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1431804 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR664072 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR612923 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1315890 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1347726 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1500360 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1468360 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1404084 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR615994 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1475718 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1397200 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR655519 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1311308 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1368006 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1362621 2 0.0672 0.973 0.008 0.992
#> SRR1451718 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1095334 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1079636 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1442549 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1466421 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR817397 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1341809 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR614623 2 0.9000 0.548 0.316 0.684
#> SRR1335005 1 0.0938 0.981 0.988 0.012
#> SRR1407065 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1404483 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1408615 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1070597 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1332381 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1098385 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1363947 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR820350 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR662055 1 0.6247 0.813 0.844 0.156
#> SRR1310455 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1453639 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR662617 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR661782 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR613867 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1479412 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1331620 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1082809 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1417178 2 0.7883 0.696 0.236 0.764
#> SRR1335278 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR665369 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR657552 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR812412 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1096500 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1347750 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR615153 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1070159 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1332508 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1082059 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1402491 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1476595 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1320987 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1086417 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1454095 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR614791 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR820402 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1337284 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1333083 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1384883 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1481106 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1446673 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1318046 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1341188 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1322864 1 0.3584 0.923 0.932 0.068
#> SRR1476825 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1443332 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR662486 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR613102 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1464977 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR615850 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR661949 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1322227 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR613771 1 0.4939 0.878 0.892 0.108
#> SRR1479471 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0376 0.976 0.004 0.996
#> SRR1414040 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1079850 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR663209 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1364914 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1408267 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1314894 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1414117 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1395975 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1402219 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR656385 2 0.2043 0.952 0.032 0.968
#> SRR811213 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR663657 1 0.1633 0.969 0.976 0.024
#> SRR612203 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR613987 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR613831 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1354180 1 0.2043 0.961 0.968 0.032
#> SRR1382912 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1475501 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR613030 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.7376 0.741 0.208 0.792
#> SRR1402350 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR655911 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1418243 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR613615 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR818939 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1431694 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR614347 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1334228 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1096007 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR656349 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR815422 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1360828 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1359005 1 0.9710 0.321 0.600 0.400
#> SRR1456652 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR662930 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR615790 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR614827 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR614587 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR814052 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1339296 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1343239 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1432802 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1416911 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1410427 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1401185 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR654993 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR809643 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1375225 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1367739 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR663224 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR656994 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1469214 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1471879 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR612911 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1395720 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1413055 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR812080 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1479328 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1410286 2 0.0672 0.973 0.008 0.992
#> SRR1487150 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1360607 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1333106 2 0.2948 0.933 0.052 0.948
#> SRR1088706 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1320053 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1350392 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1385190 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1080093 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR612178 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1418450 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1326427 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1437412 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1327548 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR659367 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.9988 0.092 0.480 0.520
#> SRR1394776 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR655578 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1310645 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1444786 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1090070 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR662414 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR661216 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR656313 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR615671 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1350196 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1466580 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1408032 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1432913 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1391901 1 0.8861 0.558 0.696 0.304
#> SRR1311131 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1332339 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1341563 2 0.6531 0.797 0.168 0.832
#> SRR1359410 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1473040 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1498765 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1312622 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR615503 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1453192 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1433107 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR659049 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1368240 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR613249 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR663428 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1341302 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1073553 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1354093 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1406521 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1432049 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1453504 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR660306 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1359328 2 0.4062 0.792 0.000 0.836 0.164
#> SRR821124 3 0.5882 0.493 0.348 0.000 0.652
#> SRR1335188 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075825 3 0.5803 0.658 0.248 0.016 0.736
#> SRR1321921 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384073 2 0.2261 0.890 0.068 0.932 0.000
#> SRR1312802 1 0.0892 0.948 0.980 0.020 0.000
#> SRR1076559 1 0.0424 0.951 0.992 0.008 0.000
#> SRR1370085 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1460363 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR1480221 1 0.5363 0.656 0.724 0.276 0.000
#> SRR1476165 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459631 3 0.0237 0.960 0.000 0.004 0.996
#> SRR1448098 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321401 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR807613 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR808086 3 0.1163 0.941 0.028 0.000 0.972
#> SRR613687 2 0.1643 0.908 0.044 0.956 0.000
#> SRR1471011 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330284 3 0.0892 0.947 0.000 0.020 0.980
#> SRR1320624 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459519 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091184 3 0.0237 0.960 0.000 0.004 0.996
#> SRR1390561 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.5216 0.686 0.740 0.260 0.000
#> SRR1087079 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR814996 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407410 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453392 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445873 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419985 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR820938 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.1163 0.945 0.972 0.028 0.000
#> SRR1413916 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441051 3 0.0237 0.960 0.000 0.004 0.996
#> SRR614287 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1092062 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR612611 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376356 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405078 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437226 2 0.2796 0.869 0.092 0.908 0.000
#> SRR1326078 1 0.1031 0.946 0.976 0.024 0.000
#> SRR1096806 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440919 3 0.0237 0.960 0.000 0.004 0.996
#> SRR1452824 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR615754 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341787 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR614551 1 0.1129 0.940 0.976 0.004 0.020
#> SRR1380829 3 0.0237 0.960 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455761 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465189 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469258 1 0.5733 0.570 0.676 0.324 0.000
#> SRR1409239 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR1480200 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR657540 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR821096 3 0.5588 0.621 0.276 0.004 0.720
#> SRR613591 2 0.3192 0.850 0.112 0.888 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR612479 1 0.1031 0.946 0.976 0.024 0.000
#> SRR1399950 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336048 3 0.0237 0.960 0.004 0.000 0.996
#> SRR1368896 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312464 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096478 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459845 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348138 3 0.5591 0.596 0.304 0.000 0.696
#> SRR811423 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380336 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR817609 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074550 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499236 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR656083 1 0.2711 0.905 0.912 0.088 0.000
#> SRR817539 1 0.3340 0.877 0.880 0.120 0.000
#> SRR1410801 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355126 1 0.1411 0.942 0.964 0.036 0.000
#> SRR615165 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 3 0.6205 0.490 0.336 0.008 0.656
#> SRR1312370 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR655325 1 0.1860 0.931 0.948 0.052 0.000
#> SRR810177 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR815685 1 0.2496 0.898 0.928 0.004 0.068
#> SRR817026 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417224 2 0.3816 0.810 0.000 0.852 0.148
#> SRR661687 2 0.4796 0.727 0.000 0.780 0.220
#> SRR1431804 1 0.3752 0.849 0.856 0.144 0.000
#> SRR664072 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR612923 2 0.3412 0.838 0.124 0.876 0.000
#> SRR1315890 1 0.2878 0.898 0.904 0.096 0.000
#> SRR1347726 2 0.0747 0.929 0.016 0.984 0.000
#> SRR1500360 1 0.1031 0.947 0.976 0.024 0.000
#> SRR1468360 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1404084 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR615994 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475718 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR655519 3 0.3686 0.816 0.000 0.140 0.860
#> SRR1311308 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368006 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR613651 1 0.0892 0.948 0.980 0.020 0.000
#> SRR1362621 3 0.0592 0.954 0.012 0.000 0.988
#> SRR1451718 1 0.4002 0.833 0.840 0.160 0.000
#> SRR1095334 3 0.0237 0.960 0.000 0.004 0.996
#> SRR1079636 1 0.1411 0.942 0.964 0.036 0.000
#> SRR1442549 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1466421 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR817397 2 0.1529 0.911 0.040 0.960 0.000
#> SRR1341809 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR614623 1 0.6169 0.403 0.636 0.004 0.360
#> SRR1335005 2 0.7642 0.596 0.092 0.660 0.248
#> SRR1407065 2 0.1163 0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR1404483 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096222 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401793 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408615 3 0.0237 0.960 0.004 0.000 0.996
#> SRR1070597 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1332381 1 0.4121 0.823 0.832 0.168 0.000
#> SRR1457015 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 1 0.0237 0.951 0.996 0.004 0.000
#> SRR1098385 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363947 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR820350 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR662055 3 0.2152 0.921 0.036 0.016 0.948
#> SRR1310455 1 0.1289 0.943 0.968 0.032 0.000
#> SRR1453639 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR662617 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR654778 1 0.6267 0.220 0.548 0.452 0.000
#> SRR661782 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334396 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1479412 1 0.2625 0.910 0.916 0.084 0.000
#> SRR1331620 1 0.2796 0.901 0.908 0.092 0.000
#> SRR1082809 3 0.2448 0.898 0.076 0.000 0.924
#> SRR1417178 1 0.6008 0.375 0.628 0.000 0.372
#> SRR1335278 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR665369 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR657552 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR812412 1 0.3686 0.854 0.860 0.140 0.000
#> SRR1096500 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347750 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR615153 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 3 0.5098 0.695 0.248 0.000 0.752
#> SRR1332508 2 0.6235 0.177 0.436 0.564 0.000
#> SRR1082059 1 0.1031 0.947 0.976 0.024 0.000
#> SRR1402491 1 0.0747 0.949 0.984 0.016 0.000
#> SRR1476595 2 0.1860 0.903 0.052 0.948 0.000
#> SRR1320987 1 0.2878 0.900 0.904 0.096 0.000
#> SRR1086417 1 0.0747 0.950 0.984 0.016 0.000
#> SRR1454095 1 0.1643 0.937 0.956 0.044 0.000
#> SRR614791 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR821255 1 0.5706 0.574 0.680 0.320 0.000
#> SRR820402 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337284 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333083 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384883 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR614431 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481106 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370285 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318046 2 0.1031 0.923 0.024 0.976 0.000
#> SRR1341188 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384941 1 0.0592 0.950 0.988 0.012 0.000
#> SRR1322864 2 0.5397 0.614 0.000 0.720 0.280
#> SRR1476825 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1443332 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR662486 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447019 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR662942 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469880 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464977 2 0.0747 0.929 0.016 0.984 0.000
#> SRR615850 2 0.4974 0.704 0.000 0.764 0.236
#> SRR661949 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322227 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441655 1 0.2261 0.922 0.932 0.068 0.000
#> SRR613771 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1479471 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414040 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079850 1 0.0237 0.951 0.996 0.004 0.000
#> SRR663209 2 0.3116 0.854 0.108 0.892 0.000
#> SRR1364914 2 0.2537 0.878 0.000 0.920 0.080
#> SRR1408267 1 0.3816 0.847 0.852 0.148 0.000
#> SRR1314894 1 0.2165 0.924 0.936 0.064 0.000
#> SRR1414117 1 0.1031 0.946 0.976 0.024 0.000
#> SRR1395975 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1402219 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433623 1 0.1643 0.937 0.956 0.044 0.000
#> SRR656385 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR811213 2 0.3340 0.842 0.120 0.880 0.000
#> SRR663657 3 0.3484 0.880 0.048 0.048 0.904
#> SRR612203 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR613987 1 0.0237 0.951 0.996 0.004 0.000
#> SRR613831 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354180 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382912 1 0.1529 0.939 0.960 0.040 0.000
#> SRR1475501 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR1336930 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381459 2 0.3816 0.814 0.000 0.852 0.148
#> SRR1402350 1 0.2796 0.903 0.908 0.092 0.000
#> SRR1419408 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR655911 2 0.4002 0.797 0.000 0.840 0.160
#> SRR1418243 1 0.2537 0.911 0.920 0.080 0.000
#> SRR1322573 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR613615 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR818939 1 0.1411 0.941 0.964 0.036 0.000
#> SRR1465266 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431694 2 0.0592 0.932 0.012 0.988 0.000
#> SRR614347 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096007 2 0.6008 0.396 0.372 0.628 0.000
#> SRR656349 1 0.5363 0.659 0.724 0.276 0.000
#> SRR815422 2 0.4121 0.789 0.000 0.832 0.168
#> SRR1360828 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359005 2 0.1529 0.912 0.000 0.960 0.040
#> SRR1456652 1 0.2537 0.911 0.920 0.080 0.000
#> SRR1391660 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.1529 0.939 0.960 0.040 0.000
#> SRR662930 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR615790 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR614827 3 0.5529 0.540 0.000 0.296 0.704
#> SRR614587 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR814052 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1070086 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481440 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343239 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432802 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1416911 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR1410427 2 0.5650 0.534 0.312 0.688 0.000
#> SRR1401185 3 0.0237 0.960 0.004 0.000 0.996
#> SRR654993 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR656397 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433819 1 0.2261 0.920 0.932 0.068 0.000
#> SRR1375225 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367739 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323336 1 0.1411 0.942 0.964 0.036 0.000
#> SRR663224 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442840 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374058 1 0.1643 0.936 0.956 0.044 0.000
#> SRR656994 2 0.6111 0.325 0.396 0.604 0.000
#> SRR1469214 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456446 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR612911 3 0.0237 0.960 0.000 0.004 0.996
#> SRR1395720 3 0.0237 0.960 0.000 0.004 0.996
#> SRR1413055 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0892 0.924 0.000 0.980 0.020
#> SRR812080 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479328 2 0.5678 0.529 0.316 0.684 0.000
#> SRR661421 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410286 2 0.0592 0.930 0.000 0.988 0.012
#> SRR1487150 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.0237 0.951 0.996 0.004 0.000
#> SRR1360607 2 0.0592 0.932 0.012 0.988 0.000
#> SRR1333106 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088706 1 0.1289 0.944 0.968 0.032 0.000
#> SRR1320053 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350392 3 0.3340 0.837 0.000 0.120 0.880
#> SRR1385190 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080093 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318753 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345369 2 0.2448 0.881 0.000 0.924 0.076
#> SRR612178 2 0.2625 0.873 0.000 0.916 0.084
#> SRR1354423 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.2625 0.908 0.916 0.084 0.000
#> SRR1418450 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326427 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437412 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1327548 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395891 1 0.1860 0.931 0.948 0.052 0.000
#> SRR659367 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR818961 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476467 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.6267 0.242 0.000 0.548 0.452
#> SRR1394776 2 0.6854 0.728 0.124 0.740 0.136
#> SRR655578 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310645 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345628 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.2537 0.912 0.920 0.080 0.000
#> SRR1332095 1 0.3482 0.869 0.872 0.128 0.000
#> SRR1444786 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090070 1 0.1163 0.945 0.972 0.028 0.000
#> SRR662414 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR661216 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR656313 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR615671 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1350196 2 0.4291 0.773 0.000 0.820 0.180
#> SRR1466580 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408032 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432913 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360502 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391901 3 0.4068 0.832 0.120 0.016 0.864
#> SRR1311131 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.1529 0.939 0.960 0.040 0.000
#> SRR1332339 2 0.0237 0.935 0.004 0.996 0.000
#> SRR1341563 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359410 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312622 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR615503 1 0.6295 0.159 0.528 0.472 0.000
#> SRR1453192 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR1433107 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.2878 0.898 0.904 0.096 0.000
#> SRR659049 1 0.2066 0.927 0.940 0.060 0.000
#> SRR1368240 1 0.0747 0.950 0.984 0.016 0.000
#> SRR1341739 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR663428 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341302 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073553 2 0.4291 0.766 0.180 0.820 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406521 1 0.7599 0.581 0.656 0.084 0.260
#> SRR1432049 1 0.0424 0.951 0.992 0.008 0.000
#> SRR1453504 1 0.0747 0.948 0.984 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR660306 2 0.0000 0.87279 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359328 2 0.1716 0.85700 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR821124 3 0.5353 0.70009 0.168 0.008 0.752 0.072
#> SRR1335188 1 0.2868 0.81531 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1075825 4 0.1022 0.81743 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1321921 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384073 2 0.3966 0.80517 0.072 0.840 0.000 0.088
#> SRR1312802 1 0.1211 0.84615 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1076559 1 0.3837 0.74893 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1370085 1 0.3024 0.80764 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1460363 1 0.4661 0.58773 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1480221 4 0.0376 0.82671 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1476165 1 0.3837 0.74776 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1459631 3 0.4977 0.30194 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR1448098 2 0.2704 0.84105 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1321401 4 0.4898 0.11686 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR807613 2 0.4643 0.57814 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR808086 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613687 4 0.2760 0.71437 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1471011 1 0.4072 0.72067 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1330284 4 0.2469 0.74712 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1320624 3 0.1022 0.89886 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1459519 1 0.0188 0.86021 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091184 4 0.0336 0.82623 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1390561 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658164 1 0.6635 0.58176 0.620 0.152 0.000 0.228
#> SRR1087079 4 0.4877 0.14711 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR814996 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407410 2 0.1211 0.87275 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1453392 3 0.0921 0.90061 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1445873 1 0.1637 0.84957 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1419985 2 0.4072 0.71659 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR820938 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.3400 0.78189 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1413916 4 0.4800 0.32614 0.000 0.340 0.004 0.656
#> SRR1441051 3 0.4417 0.74310 0.000 0.160 0.796 0.044
#> SRR614287 2 0.3074 0.82113 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1092062 4 0.0592 0.82094 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR612611 2 0.4193 0.69442 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1376356 2 0.1389 0.87107 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1405078 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437226 2 0.3791 0.76635 0.004 0.796 0.000 0.200
#> SRR1326078 1 0.3726 0.75851 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1096806 3 0.0707 0.90262 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1440919 3 0.4994 0.24703 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1452824 1 0.2197 0.83568 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR615754 1 0.2216 0.83759 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1341787 2 0.2469 0.84929 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR614551 4 0.2021 0.81141 0.040 0.000 0.024 0.936
#> SRR1380829 3 0.2469 0.84002 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1455761 1 0.0817 0.85797 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1465189 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.2589 0.82666 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1469258 4 0.0336 0.82472 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1409239 1 0.4585 0.61371 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1480200 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.4356 0.67414 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR657540 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821096 4 0.0376 0.82715 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR613591 2 0.3636 0.79517 0.008 0.820 0.000 0.172
#> SRR1344205 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612479 1 0.1474 0.83468 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1399950 1 0.1474 0.85194 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1336048 3 0.0921 0.89582 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 3 0.3975 0.70095 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1312464 1 0.1637 0.84898 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1096478 1 0.4955 0.38492 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1459845 1 0.4193 0.70341 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1348138 3 0.3975 0.63060 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR811423 1 0.0336 0.85779 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR615683 1 0.0188 0.86021 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380336 2 0.1211 0.87304 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR817609 1 0.2589 0.82624 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1074550 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499236 2 0.2149 0.86037 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR656083 1 0.4706 0.72929 0.748 0.028 0.000 0.224
#> SRR817539 4 0.5155 -0.14604 0.468 0.004 0.000 0.528
#> SRR1410801 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.3907 0.73996 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1355126 4 0.0336 0.82684 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR615165 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 4 0.2081 0.77737 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1312370 2 0.1118 0.87418 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR655325 1 0.0817 0.85375 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR810177 4 0.0592 0.82088 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR815685 4 0.0804 0.82651 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR817026 3 0.0592 0.90299 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1417224 2 0.1637 0.85905 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR661687 2 0.2593 0.82487 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR1431804 1 0.5209 0.73946 0.756 0.104 0.000 0.140
#> SRR664072 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612923 2 0.3501 0.84493 0.044 0.884 0.032 0.040
#> SRR1315890 1 0.5152 0.62215 0.664 0.020 0.000 0.316
#> SRR1347726 2 0.4214 0.66960 0.204 0.780 0.000 0.016
#> SRR1500360 4 0.2081 0.78036 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1468360 2 0.0188 0.87350 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404084 1 0.4697 0.57714 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR615994 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475718 4 0.0817 0.81601 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1397200 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655519 3 0.6134 0.25849 0.000 0.048 0.508 0.444
#> SRR1311308 3 0.0707 0.90435 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1368006 3 0.1902 0.87680 0.000 0.004 0.932 0.064
#> SRR613651 4 0.4999 -0.21419 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1362621 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1451718 4 0.5132 -0.06814 0.448 0.004 0.000 0.548
#> SRR1095334 3 0.4454 0.57235 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1079636 4 0.0000 0.82624 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442549 2 0.0000 0.87279 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466421 2 0.4746 0.53092 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR817397 2 0.2546 0.85980 0.000 0.912 0.028 0.060
#> SRR1341809 2 0.0469 0.87442 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR614623 4 0.3143 0.75003 0.024 0.000 0.100 0.876
#> SRR1335005 4 0.5498 0.43795 0.000 0.048 0.272 0.680
#> SRR1407065 2 0.1635 0.86533 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR1404483 3 0.0469 0.90801 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1096222 1 0.4888 0.46218 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1401793 1 0.3649 0.76584 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1408615 3 0.1022 0.89729 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1070597 2 0.1004 0.87475 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR1332381 4 0.5097 -0.00222 0.428 0.004 0.000 0.568
#> SRR1457015 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386797 4 0.1474 0.81048 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1098385 3 0.4977 0.30295 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR1363947 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820350 2 0.2647 0.84401 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR662055 4 0.0707 0.82320 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1310455 1 0.3486 0.78008 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1453639 2 0.0000 0.87279 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662617 2 0.0188 0.87350 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR654778 1 0.7621 0.30314 0.468 0.296 0.000 0.236
#> SRR661782 2 0.1557 0.86949 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1334396 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613867 2 0.0000 0.87279 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479412 4 0.5158 -0.15028 0.472 0.004 0.000 0.524
#> SRR1331620 1 0.4983 0.68332 0.704 0.024 0.000 0.272
#> SRR1082809 3 0.4382 0.57247 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1417178 1 0.5244 0.26793 0.600 0.000 0.388 0.012
#> SRR1335278 1 0.0188 0.86021 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR665369 2 0.1022 0.87420 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR657552 2 0.0188 0.87248 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR812412 1 0.4673 0.77300 0.792 0.076 0.000 0.132
#> SRR1096500 2 0.0817 0.87408 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1347750 2 0.0188 0.87350 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615153 1 0.0469 0.85623 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1434417 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070159 4 0.5167 -0.14416 0.004 0.000 0.488 0.508
#> SRR1332508 4 0.0000 0.82624 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082059 4 0.0707 0.82509 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1402491 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 2 0.2011 0.85680 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1320987 4 0.0000 0.82624 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086417 4 0.0707 0.82482 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1454095 1 0.3356 0.78843 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR614791 3 0.2011 0.86652 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR821255 2 0.7654 0.10339 0.340 0.440 0.000 0.220
#> SRR820402 2 0.4761 0.50662 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1337284 2 0.1637 0.86877 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1333083 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384883 3 0.0657 0.90688 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR614431 1 0.3528 0.77663 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1481106 3 0.1545 0.88965 0.000 0.008 0.952 0.040
#> SRR1370285 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.0921 0.81379 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1341188 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0817 0.85322 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1322864 4 0.0000 0.82624 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476825 2 0.5272 0.68244 0.084 0.744 0.172 0.000
#> SRR1443332 3 0.4817 0.45765 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR662486 2 0.4222 0.67653 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1447019 1 0.0188 0.86021 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662942 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.2345 0.83412 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1464977 2 0.6466 0.46050 0.288 0.608 0.000 0.104
#> SRR615850 2 0.3311 0.76012 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR661949 2 0.0188 0.87366 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322227 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441655 4 0.0921 0.82257 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR613771 2 0.0336 0.87405 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1479471 1 0.0336 0.85779 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1488918 2 0.0937 0.87448 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1414040 2 0.2469 0.84989 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1079850 4 0.1389 0.81445 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR663209 2 0.4697 0.51362 0.296 0.696 0.000 0.008
#> SRR1364914 2 0.3266 0.83685 0.000 0.876 0.084 0.040
#> SRR1408267 4 0.0000 0.82624 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314894 1 0.1211 0.84617 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1414117 1 0.0336 0.85828 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1395975 2 0.0000 0.87279 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402219 2 0.2345 0.85156 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1433623 1 0.0592 0.85672 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR656385 2 0.3168 0.85122 0.000 0.884 0.060 0.056
#> SRR811213 2 0.2214 0.85738 0.028 0.928 0.000 0.044
#> SRR663657 4 0.1867 0.79695 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR612203 1 0.0707 0.85897 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR613987 4 0.1716 0.80317 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR613831 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.0592 0.87475 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1382912 1 0.4866 0.48452 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1475501 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336930 1 0.0469 0.85683 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381459 4 0.6423 0.51789 0.000 0.156 0.196 0.648
#> SRR1402350 4 0.0921 0.82063 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1419408 1 0.2345 0.83483 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR655911 2 0.2868 0.80730 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1418243 1 0.5149 0.59523 0.648 0.016 0.000 0.336
#> SRR1322573 1 0.1022 0.85625 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR613615 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319395 1 0.0188 0.86032 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR818939 1 0.0524 0.86030 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1465266 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614888 1 0.4543 0.56024 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1431694 2 0.5754 0.45887 0.316 0.636 0.000 0.048
#> SRR614347 3 0.1082 0.89875 0.020 0.004 0.972 0.004
#> SRR1334228 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096007 4 0.0000 0.82624 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656349 1 0.6720 0.50627 0.580 0.120 0.000 0.300
#> SRR815422 2 0.2125 0.84872 0.000 0.920 0.076 0.004
#> SRR1360828 1 0.2345 0.83401 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1359005 2 0.6656 0.58602 0.000 0.624 0.188 0.188
#> SRR1456652 1 0.5311 0.60305 0.648 0.024 0.000 0.328
#> SRR1391660 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.1256 0.85743 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR662930 3 0.4585 0.56087 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR615790 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614827 3 0.4040 0.62951 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR614587 3 0.0524 0.90809 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR814052 2 0.0000 0.87279 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070086 1 0.4431 0.65450 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1481440 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432802 2 0.0469 0.87426 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1416911 1 0.0469 0.85683 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1410427 2 0.6120 0.07182 0.432 0.520 0.000 0.048
#> SRR1401185 3 0.0921 0.89389 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR654993 2 0.1474 0.87047 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR656397 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809643 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433819 1 0.5143 0.35040 0.540 0.004 0.000 0.456
#> SRR1375225 4 0.1389 0.79607 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1367739 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323336 4 0.1792 0.79482 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR663224 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442840 1 0.2973 0.81031 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1374058 1 0.4781 0.60602 0.660 0.004 0.000 0.336
#> SRR656994 1 0.6371 0.25674 0.508 0.428 0.000 0.064
#> SRR1469214 4 0.1118 0.80805 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1456446 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.2408 0.85127 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR612911 4 0.4989 -0.08863 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR1395720 3 0.4977 0.30231 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR1413055 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.0657 0.87502 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR812080 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479328 1 0.4222 0.63499 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR661421 2 0.0000 0.87279 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410286 2 0.4534 0.78034 0.000 0.800 0.132 0.068
#> SRR1487150 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467035 1 0.4804 0.52424 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1360607 2 0.1004 0.86755 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1333106 2 0.0524 0.87461 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1088706 4 0.0188 0.82676 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1320053 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350392 3 0.5697 0.50781 0.000 0.292 0.656 0.052
#> SRR1385190 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080093 3 0.1118 0.89590 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1318753 1 0.0188 0.86021 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345369 2 0.1520 0.87342 0.000 0.956 0.024 0.020
#> SRR612178 2 0.0336 0.87249 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1354423 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072724 1 0.1733 0.85392 0.948 0.024 0.000 0.028
#> SRR1418450 2 0.4134 0.70381 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1326427 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437412 2 0.1211 0.85724 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1327548 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.4920 0.54977 0.628 0.004 0.000 0.368
#> SRR659367 2 0.0469 0.87425 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR818961 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.1940 0.84476 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1476467 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 2 0.6399 0.35775 0.004 0.568 0.364 0.064
#> SRR1394776 2 0.5985 0.40402 0.000 0.596 0.352 0.052
#> SRR655578 2 0.0336 0.87393 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1310645 3 0.0336 0.90962 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1345628 1 0.0188 0.85910 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1479740 1 0.1022 0.85029 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1332095 1 0.5294 0.26229 0.508 0.008 0.000 0.484
#> SRR1444786 2 0.1022 0.87373 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1090070 1 0.4996 0.27462 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR662414 2 0.0188 0.87350 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661216 4 0.3219 0.67329 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR656313 2 0.4585 0.59594 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR615671 2 0.0188 0.87350 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1350196 2 0.1716 0.85769 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1466580 1 0.1557 0.85046 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1408032 2 0.1211 0.87347 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1432913 3 0.1022 0.89852 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1360502 4 0.4907 0.10681 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1391901 4 0.1022 0.81777 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1311131 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380636 1 0.0817 0.85359 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1332339 2 0.1940 0.82596 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1341563 3 0.4277 0.64468 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1359410 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498765 3 0.0469 0.90837 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1312622 3 0.0336 0.90965 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR615503 4 0.4776 0.47895 0.272 0.016 0.000 0.712
#> SRR1453192 1 0.0188 0.85964 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1433107 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075384 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356683 1 0.2578 0.84229 0.912 0.036 0.000 0.052
#> SRR659049 1 0.1174 0.85652 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1368240 4 0.3528 0.64057 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1341739 1 0.0000 0.86011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663428 2 0.2149 0.85993 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1341302 4 0.0592 0.82014 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1073553 4 0.0000 0.82624 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.91226 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406521 4 0.0524 0.82696 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR1432049 4 0.4605 0.33813 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1453504 1 0.1488 0.84129 0.956 0.032 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR660306 2 0.1012 0.66059 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1359328 2 0.3876 0.45255 0.000 0.684 0.316 0.000 0.000
#> SRR821124 4 0.1310 0.64810 0.020 0.000 0.024 0.956 0.000
#> SRR1335188 1 0.0955 0.89180 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1075825 4 0.3730 0.49176 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1321921 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466198 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384073 2 0.3912 0.54129 0.108 0.804 0.000 0.000 0.088
#> SRR1312802 1 0.0865 0.89004 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR1076559 1 0.2136 0.86567 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088
#> SRR1370085 1 0.1965 0.86175 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1460363 1 0.5451 0.43420 0.588 0.064 0.000 0.004 0.344
#> SRR1480221 4 0.4030 0.39907 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1476165 1 0.2753 0.82858 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR1459631 4 0.6584 0.34846 0.000 0.000 0.272 0.468 0.260
#> SRR1448098 4 0.2674 0.61405 0.000 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1321401 4 0.6332 0.47988 0.000 0.212 0.000 0.524 0.264
#> SRR807613 4 0.3134 0.63153 0.000 0.120 0.000 0.848 0.032
#> SRR808086 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613687 4 0.3906 0.64180 0.000 0.084 0.000 0.804 0.112
#> SRR1471011 1 0.3388 0.75528 0.792 0.000 0.000 0.008 0.200
#> SRR1330284 4 0.4347 0.39188 0.000 0.004 0.004 0.636 0.356
#> SRR1320624 4 0.1544 0.64908 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1459519 1 0.0290 0.89500 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1091184 5 0.0992 0.69943 0.000 0.008 0.024 0.000 0.968
#> SRR1390561 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658164 2 0.6805 0.11797 0.344 0.480 0.000 0.024 0.152
#> SRR1087079 5 0.4298 0.33555 0.000 0.352 0.000 0.008 0.640
#> SRR814996 3 0.0162 0.91927 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1407410 2 0.1300 0.66031 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR1453392 4 0.3983 0.39346 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1445873 1 0.0703 0.89250 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1419985 4 0.4495 0.51716 0.000 0.244 0.000 0.712 0.044
#> SRR820938 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476844 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403526 1 0.2707 0.85828 0.888 0.024 0.000 0.008 0.080
#> SRR1413916 4 0.2550 0.64197 0.000 0.084 0.004 0.892 0.020
#> SRR1441051 4 0.2824 0.63889 0.000 0.020 0.116 0.864 0.000
#> SRR614287 4 0.3132 0.59398 0.000 0.172 0.000 0.820 0.008
#> SRR1092062 5 0.1211 0.69993 0.000 0.016 0.000 0.024 0.960
#> SRR612611 4 0.3934 0.44236 0.000 0.276 0.000 0.716 0.008
#> SRR1376356 2 0.4127 0.50961 0.000 0.680 0.000 0.312 0.008
#> SRR1405078 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437226 4 0.3053 0.59705 0.000 0.164 0.000 0.828 0.008
#> SRR1326078 1 0.2011 0.86508 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1096806 4 0.3752 0.54073 0.000 0.016 0.200 0.780 0.004
#> SRR1440919 4 0.6254 0.22570 0.000 0.000 0.152 0.480 0.368
#> SRR1452824 1 0.2871 0.82596 0.876 0.000 0.004 0.088 0.032
#> SRR615754 1 0.2344 0.86687 0.904 0.032 0.000 0.000 0.064
#> SRR1341787 2 0.1478 0.64859 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR614551 5 0.3661 0.46378 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1380829 3 0.4190 0.71566 0.000 0.000 0.768 0.172 0.060
#> SRR1455761 1 0.0404 0.89477 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1465189 1 0.0510 0.89126 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1376895 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445002 1 0.1732 0.87119 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1469258 4 0.4761 0.42278 0.000 0.028 0.000 0.616 0.356
#> SRR1409239 1 0.4437 0.57402 0.664 0.020 0.000 0.000 0.316
#> SRR1480200 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418323 1 0.3963 0.69024 0.732 0.008 0.000 0.004 0.256
#> SRR657540 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821096 4 0.4249 0.22208 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR613591 4 0.3561 0.48842 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1344205 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612479 1 0.2511 0.83140 0.892 0.016 0.000 0.088 0.004
#> SRR1399950 1 0.0992 0.89286 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1336048 3 0.2124 0.83882 0.004 0.096 0.900 0.000 0.000
#> SRR1368896 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379403 4 0.2067 0.65361 0.000 0.000 0.048 0.920 0.032
#> SRR1312464 1 0.0794 0.89267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1096478 5 0.4682 0.34126 0.356 0.024 0.000 0.000 0.620
#> SRR1459845 1 0.3003 0.78265 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1348138 3 0.1410 0.85960 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR811423 1 0.0290 0.89478 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR615683 1 0.0162 0.89500 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380336 2 0.4152 0.50239 0.000 0.692 0.000 0.296 0.012
#> SRR817609 1 0.1908 0.86421 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1074550 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499236 2 0.4054 0.58853 0.000 0.760 0.000 0.204 0.036
#> SRR656083 1 0.4185 0.78475 0.796 0.084 0.000 0.008 0.112
#> SRR817539 5 0.5781 0.40602 0.116 0.308 0.000 0.000 0.576
#> SRR1410801 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347190 1 0.2886 0.81754 0.844 0.000 0.000 0.008 0.148
#> SRR1355126 5 0.1043 0.70110 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR615165 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097055 4 0.4138 0.31529 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1312370 2 0.4307 -0.03632 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR655325 1 0.1764 0.86977 0.928 0.064 0.000 0.000 0.008
#> SRR810177 5 0.1124 0.70185 0.000 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR815685 4 0.4138 0.33448 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR817026 3 0.4090 0.65309 0.016 0.000 0.716 0.268 0.000
#> SRR1417224 2 0.4029 0.47126 0.000 0.680 0.316 0.004 0.000
#> SRR661687 4 0.3554 0.51757 0.000 0.216 0.004 0.776 0.004
#> SRR1431804 1 0.4766 0.70481 0.748 0.020 0.000 0.172 0.060
#> SRR664072 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612923 4 0.2787 0.61028 0.004 0.136 0.000 0.856 0.004
#> SRR1315890 1 0.6204 0.45888 0.580 0.168 0.000 0.008 0.244
#> SRR1347726 2 0.3365 0.57217 0.120 0.836 0.000 0.000 0.044
#> SRR1500360 5 0.1281 0.70608 0.032 0.000 0.000 0.012 0.956
#> SRR1468360 2 0.1012 0.66059 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1404084 1 0.4682 0.32538 0.564 0.000 0.000 0.016 0.420
#> SRR615994 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 5 0.1626 0.69434 0.000 0.016 0.000 0.044 0.940
#> SRR1397200 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655519 4 0.5947 0.60727 0.000 0.056 0.144 0.680 0.120
#> SRR1311308 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368006 4 0.1732 0.64638 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR613651 5 0.4385 0.60788 0.180 0.068 0.000 0.000 0.752
#> SRR1362621 3 0.0404 0.91613 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1451718 5 0.5816 0.44792 0.132 0.280 0.000 0.000 0.588
#> SRR1095334 3 0.2104 0.86584 0.000 0.024 0.916 0.000 0.060
#> SRR1079636 5 0.2516 0.62231 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1442549 2 0.0451 0.65912 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1466421 4 0.3639 0.61710 0.000 0.144 0.000 0.812 0.044
#> SRR817397 4 0.1768 0.63478 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> SRR1341809 2 0.4182 0.44971 0.000 0.644 0.000 0.352 0.004
#> SRR614623 4 0.4437 0.11961 0.000 0.000 0.004 0.532 0.464
#> SRR1335005 4 0.2251 0.65613 0.000 0.008 0.024 0.916 0.052
#> SRR1407065 4 0.4705 -0.13356 0.000 0.484 0.008 0.504 0.004
#> SRR1404483 4 0.3177 0.59473 0.000 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1096222 5 0.4617 0.11079 0.436 0.012 0.000 0.000 0.552
#> SRR1401793 1 0.2230 0.84754 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1408615 3 0.0609 0.90956 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1070597 2 0.1818 0.64624 0.044 0.932 0.000 0.000 0.024
#> SRR1332381 5 0.5025 0.54515 0.084 0.212 0.000 0.004 0.700
#> SRR1457015 1 0.0162 0.89523 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386797 5 0.1282 0.70177 0.004 0.000 0.000 0.044 0.952
#> SRR1098385 4 0.6083 0.39202 0.000 0.000 0.176 0.564 0.260
#> SRR1363947 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820350 4 0.3333 0.55865 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> SRR662055 4 0.4415 0.23184 0.000 0.004 0.000 0.552 0.444
#> SRR1310455 1 0.4203 0.76176 0.780 0.128 0.000 0.000 0.092
#> SRR1453639 2 0.0404 0.65769 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR662617 2 0.4331 0.40485 0.000 0.596 0.000 0.400 0.004
#> SRR654778 2 0.7432 0.08101 0.328 0.432 0.000 0.052 0.188
#> SRR661782 2 0.4527 0.41017 0.000 0.596 0.000 0.392 0.012
#> SRR1334396 1 0.0404 0.89275 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR613867 2 0.4390 0.29412 0.000 0.568 0.000 0.428 0.004
#> SRR1479412 5 0.5235 0.47852 0.280 0.068 0.000 0.004 0.648
#> SRR1331620 1 0.6077 0.47503 0.580 0.260 0.000 0.004 0.156
#> SRR1082809 3 0.4841 0.60263 0.208 0.000 0.708 0.084 0.000
#> SRR1417178 1 0.4668 0.60670 0.724 0.000 0.048 0.220 0.008
#> SRR1335278 1 0.0162 0.89500 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR665369 2 0.4397 0.34250 0.000 0.564 0.000 0.432 0.004
#> SRR657552 2 0.3142 0.64793 0.056 0.868 0.000 0.068 0.008
#> SRR812412 1 0.3666 0.79834 0.824 0.128 0.000 0.008 0.040
#> SRR1096500 2 0.2953 0.62958 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR1347750 2 0.4288 0.42648 0.000 0.612 0.000 0.384 0.004
#> SRR615153 1 0.1492 0.87166 0.948 0.008 0.000 0.040 0.004
#> SRR1434417 1 0.0162 0.89433 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070159 5 0.5036 0.06243 0.000 0.000 0.452 0.032 0.516
#> SRR1332508 5 0.0798 0.70420 0.000 0.008 0.000 0.016 0.976
#> SRR1082059 5 0.1124 0.70311 0.004 0.000 0.000 0.036 0.960
#> SRR1402491 1 0.0162 0.89519 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476595 4 0.6585 -0.31788 0.064 0.440 0.000 0.440 0.056
#> SRR1320987 5 0.1197 0.69799 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1086417 5 0.0798 0.70638 0.008 0.000 0.000 0.016 0.976
#> SRR1454095 1 0.2580 0.85844 0.892 0.000 0.000 0.064 0.044
#> SRR614791 4 0.5405 0.22937 0.000 0.000 0.380 0.556 0.064
#> SRR821255 2 0.8154 0.18785 0.212 0.368 0.000 0.300 0.120
#> SRR820402 4 0.5302 0.22722 0.000 0.344 0.000 0.592 0.064
#> SRR1337284 2 0.2304 0.63774 0.048 0.908 0.000 0.000 0.044
#> SRR1333083 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.2623 0.64244 0.000 0.016 0.096 0.884 0.004
#> SRR614431 1 0.2074 0.85521 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1481106 3 0.4450 -0.03333 0.000 0.004 0.508 0.488 0.000
#> SRR1370285 1 0.0404 0.89481 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1446673 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 4 0.5026 0.39867 0.000 0.040 0.000 0.588 0.372
#> SRR1341188 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322864 5 0.2488 0.63745 0.000 0.004 0.000 0.124 0.872
#> SRR1476825 2 0.4349 0.54343 0.068 0.756 0.176 0.000 0.000
#> SRR1443332 3 0.3731 0.73657 0.000 0.000 0.800 0.040 0.160
#> SRR662486 2 0.5010 0.28123 0.000 0.572 0.000 0.036 0.392
#> SRR1447019 1 0.0162 0.89500 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662942 1 0.0162 0.89500 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR613102 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.1121 0.88632 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1464977 2 0.4123 0.52374 0.108 0.788 0.000 0.000 0.104
#> SRR615850 2 0.4288 0.30472 0.004 0.612 0.384 0.000 0.000
#> SRR661949 2 0.4440 0.25666 0.000 0.528 0.000 0.468 0.004
#> SRR1322227 3 0.0609 0.90996 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1441655 5 0.3913 0.41709 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR613771 2 0.0566 0.65844 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1479471 1 0.0510 0.89350 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1488918 4 0.4430 -0.03771 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004
#> SRR1414040 4 0.4656 -0.11456 0.000 0.480 0.000 0.508 0.012
#> SRR1079850 5 0.4367 0.20575 0.004 0.000 0.000 0.416 0.580
#> SRR663209 1 0.7194 -0.26287 0.388 0.368 0.000 0.220 0.024
#> SRR1364914 4 0.3098 0.61520 0.000 0.148 0.016 0.836 0.000
#> SRR1408267 5 0.0880 0.70351 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1314894 1 0.0671 0.89342 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1414117 1 0.2068 0.84912 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR1395975 2 0.3398 0.58674 0.000 0.780 0.000 0.216 0.004
#> SRR1402219 2 0.3789 0.57735 0.000 0.760 0.000 0.224 0.016
#> SRR1433623 1 0.1285 0.88553 0.956 0.036 0.000 0.004 0.004
#> SRR656385 4 0.4731 0.00556 0.000 0.456 0.016 0.528 0.000
#> SRR811213 4 0.2763 0.60017 0.000 0.148 0.000 0.848 0.004
#> SRR663657 5 0.2233 0.67809 0.000 0.000 0.080 0.016 0.904
#> SRR612203 1 0.0566 0.89505 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR613987 5 0.3861 0.46119 0.004 0.000 0.000 0.284 0.712
#> SRR613831 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 4 0.4299 0.22167 0.000 0.388 0.000 0.608 0.004
#> SRR1382912 5 0.6111 -0.04961 0.444 0.108 0.000 0.004 0.444
#> SRR1475501 1 0.0486 0.89528 0.988 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1336930 1 0.0404 0.89445 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR613030 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381459 5 0.5568 0.17324 0.000 0.076 0.384 0.000 0.540
#> SRR1402350 5 0.0794 0.69994 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1419408 1 0.1341 0.88164 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR655911 2 0.5757 0.25709 0.000 0.496 0.088 0.416 0.000
#> SRR1418243 1 0.4887 0.70652 0.728 0.084 0.000 0.008 0.180
#> SRR1322573 1 0.2624 0.80372 0.872 0.000 0.000 0.116 0.012
#> SRR613615 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.0609 0.88959 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1319395 1 0.0162 0.89523 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR818939 1 0.0981 0.89357 0.972 0.008 0.000 0.008 0.012
#> SRR1465266 1 0.1270 0.86902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR614888 1 0.4313 0.65032 0.732 0.000 0.000 0.040 0.228
#> SRR1431694 2 0.3752 0.54836 0.124 0.812 0.000 0.000 0.064
#> SRR614347 4 0.3308 0.61847 0.004 0.020 0.144 0.832 0.000
#> SRR1334228 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 4 0.4658 0.13447 0.000 0.012 0.000 0.504 0.484
#> SRR656349 2 0.7349 -0.06686 0.324 0.388 0.000 0.028 0.260
#> SRR815422 4 0.4680 -0.01540 0.000 0.448 0.008 0.540 0.004
#> SRR1360828 1 0.1270 0.88443 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1359005 4 0.3152 0.64937 0.000 0.084 0.032 0.868 0.016
#> SRR1456652 1 0.5553 0.62607 0.668 0.136 0.000 0.008 0.188
#> SRR1391660 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441956 1 0.0727 0.89464 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004
#> SRR662930 3 0.4855 0.64023 0.000 0.000 0.720 0.168 0.112
#> SRR615790 3 0.0162 0.91926 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR614827 3 0.2970 0.74133 0.000 0.168 0.828 0.004 0.000
#> SRR614587 4 0.2575 0.63299 0.000 0.012 0.100 0.884 0.004
#> SRR814052 2 0.3969 0.51983 0.000 0.692 0.000 0.304 0.004
#> SRR1070086 1 0.3210 0.75357 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1481440 1 0.0290 0.89327 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1339296 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432802 2 0.1195 0.66054 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1416911 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410427 2 0.4276 0.48547 0.168 0.764 0.000 0.000 0.068
#> SRR1401185 3 0.2408 0.85846 0.016 0.000 0.892 0.092 0.000
#> SRR654993 2 0.4557 0.23695 0.000 0.516 0.000 0.476 0.008
#> SRR656397 1 0.0162 0.89523 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR809643 3 0.1732 0.87502 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1433819 5 0.5731 0.26977 0.364 0.072 0.000 0.008 0.556
#> SRR1375225 4 0.5294 0.40996 0.000 0.056 0.000 0.564 0.380
#> SRR1367739 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323336 5 0.0510 0.70640 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR663224 3 0.3424 0.68437 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1442840 1 0.2011 0.86600 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1374058 1 0.6017 0.45108 0.580 0.120 0.000 0.008 0.292
#> SRR656994 2 0.6573 0.23588 0.340 0.528 0.000 0.048 0.084
#> SRR1469214 4 0.5010 0.32907 0.000 0.036 0.000 0.572 0.392
#> SRR1456446 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471879 2 0.4713 0.25007 0.000 0.544 0.000 0.440 0.016
#> SRR612911 3 0.3003 0.74439 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1395720 4 0.2450 0.65375 0.000 0.000 0.028 0.896 0.076
#> SRR1413055 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656770 2 0.1012 0.65758 0.000 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR812080 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479328 1 0.6350 0.23099 0.540 0.268 0.000 0.188 0.004
#> SRR661421 2 0.2629 0.63223 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR1410286 4 0.3399 0.59818 0.000 0.168 0.020 0.812 0.000
#> SRR1487150 1 0.0162 0.89433 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467035 1 0.4390 0.32970 0.568 0.004 0.000 0.000 0.428
#> SRR1360607 4 0.4414 0.21109 0.004 0.376 0.000 0.616 0.004
#> SRR1333106 2 0.2502 0.65374 0.000 0.904 0.024 0.060 0.012
#> SRR1088706 5 0.1544 0.68559 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1320053 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350392 4 0.4158 0.63405 0.000 0.092 0.124 0.784 0.000
#> SRR1385190 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080093 4 0.3550 0.55019 0.000 0.000 0.236 0.760 0.004
#> SRR1318753 1 0.0162 0.89500 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345369 2 0.2727 0.61680 0.000 0.868 0.116 0.000 0.016
#> SRR612178 2 0.4684 0.26088 0.000 0.536 0.008 0.452 0.004
#> SRR1354423 1 0.0162 0.89500 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072724 1 0.5006 0.51999 0.624 0.328 0.000 0.000 0.048
#> SRR1418450 4 0.3246 0.57246 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008
#> SRR1326427 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437412 2 0.4633 0.47775 0.016 0.632 0.000 0.348 0.004
#> SRR1327548 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.5075 0.51797 0.628 0.044 0.000 0.004 0.324
#> SRR659367 2 0.2305 0.65116 0.000 0.896 0.000 0.092 0.012
#> SRR818961 1 0.0404 0.89275 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR813704 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613054 1 0.1809 0.87773 0.928 0.012 0.000 0.000 0.060
#> SRR1476467 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407988 4 0.0693 0.64756 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR1394776 4 0.0771 0.64505 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR655578 2 0.4288 0.41360 0.000 0.612 0.000 0.384 0.004
#> SRR1310645 4 0.3730 0.49935 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR1345628 1 0.0162 0.89500 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479740 1 0.0703 0.89153 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332095 5 0.5921 0.42999 0.312 0.056 0.000 0.036 0.596
#> SRR1444786 2 0.1800 0.64641 0.020 0.932 0.000 0.000 0.048
#> SRR1090070 5 0.5216 0.52861 0.248 0.080 0.000 0.004 0.668
#> SRR662414 2 0.2583 0.63464 0.000 0.864 0.000 0.132 0.004
#> SRR661216 4 0.5024 0.60664 0.000 0.096 0.000 0.692 0.212
#> SRR656313 4 0.5498 0.31616 0.000 0.340 0.000 0.580 0.080
#> SRR615671 2 0.1605 0.66295 0.012 0.944 0.000 0.040 0.004
#> SRR1350196 2 0.4161 0.30962 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR1466580 1 0.0703 0.89244 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1408032 4 0.3969 0.41210 0.000 0.304 0.000 0.692 0.004
#> SRR1432913 4 0.1701 0.65274 0.000 0.016 0.048 0.936 0.000
#> SRR1360502 5 0.5852 0.41576 0.328 0.000 0.000 0.116 0.556
#> SRR1391901 5 0.4150 0.24316 0.000 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1311131 1 0.0290 0.89367 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1380636 1 0.0932 0.89180 0.972 0.020 0.000 0.004 0.004
#> SRR1332339 2 0.2179 0.62110 0.100 0.896 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341563 4 0.5345 0.43075 0.000 0.000 0.280 0.632 0.088
#> SRR1359410 3 0.4088 0.42008 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.0404 0.89215 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1498765 4 0.4287 0.07315 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR1312622 3 0.4305 -0.02603 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR615503 5 0.4976 0.53404 0.072 0.228 0.000 0.004 0.696
#> SRR1453192 1 0.0771 0.89235 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433107 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075384 1 0.0609 0.88960 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1356683 1 0.3163 0.83274 0.864 0.092 0.000 0.012 0.032
#> SRR659049 1 0.1087 0.89200 0.968 0.016 0.000 0.008 0.008
#> SRR1368240 5 0.1608 0.69534 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1341739 1 0.0000 0.89488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613249 3 0.0162 0.91927 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663428 4 0.3684 0.44717 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1341302 5 0.4306 0.30228 0.000 0.012 0.000 0.328 0.660
#> SRR1073553 5 0.1430 0.69410 0.000 0.004 0.000 0.052 0.944
#> SRR1354093 3 0.0000 0.92165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406521 5 0.4397 0.10175 0.000 0.004 0.000 0.432 0.564
#> SRR1432049 5 0.2753 0.66989 0.136 0.000 0.000 0.008 0.856
#> SRR1453504 4 0.3320 0.53699 0.164 0.012 0.000 0.820 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR660306 6 0.1471 0.80401 0.000 0.000 0.004 0.064 0.000 0.932
#> SRR1359328 6 0.2631 0.71241 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR821124 2 0.0922 0.70641 0.000 0.968 0.000 0.024 0.004 0.004
#> SRR1335188 1 0.0748 0.88273 0.976 0.004 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1075825 2 0.3757 0.71550 0.000 0.780 0.000 0.136 0.084 0.000
#> SRR1321921 1 0.0665 0.88169 0.980 0.000 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1466198 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384073 6 0.1624 0.78761 0.040 0.000 0.000 0.004 0.020 0.936
#> SRR1312802 4 0.4328 0.01591 0.460 0.000 0.000 0.520 0.020 0.000
#> SRR1076559 1 0.3619 0.69304 0.744 0.000 0.000 0.024 0.232 0.000
#> SRR1370085 1 0.1367 0.87600 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR1460363 1 0.4708 0.48477 0.612 0.000 0.000 0.016 0.340 0.032
#> SRR1480221 2 0.2333 0.70839 0.000 0.884 0.000 0.024 0.092 0.000
#> SRR1476165 1 0.4254 0.61855 0.680 0.000 0.000 0.048 0.272 0.000
#> SRR1459631 3 0.3380 0.78521 0.000 0.016 0.832 0.096 0.056 0.000
#> SRR1448098 2 0.4291 0.65079 0.000 0.680 0.000 0.268 0.000 0.052
#> SRR1321401 2 0.7437 0.37149 0.000 0.388 0.000 0.232 0.160 0.220
#> SRR807613 2 0.3905 0.67006 0.000 0.716 0.000 0.256 0.004 0.024
#> SRR808086 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613687 2 0.4341 0.68499 0.000 0.712 0.000 0.228 0.048 0.012
#> SRR1471011 1 0.4408 0.25733 0.560 0.020 0.004 0.000 0.416 0.000
#> SRR1330284 2 0.2752 0.71017 0.000 0.856 0.000 0.036 0.108 0.000
#> SRR1320624 2 0.1364 0.70587 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR1459519 1 0.0291 0.88121 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091184 5 0.1176 0.75779 0.000 0.020 0.024 0.000 0.956 0.000
#> SRR1390561 1 0.0603 0.88033 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR658164 4 0.7137 0.17891 0.240 0.000 0.000 0.444 0.192 0.124
#> SRR1087079 6 0.4478 0.54589 0.000 0.020 0.000 0.024 0.296 0.660
#> SRR814996 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407410 6 0.0984 0.81494 0.000 0.008 0.000 0.012 0.012 0.968
#> SRR1453392 2 0.2312 0.69213 0.000 0.876 0.112 0.012 0.000 0.000
#> SRR1445873 1 0.0653 0.88230 0.980 0.004 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1419985 2 0.5568 0.46077 0.000 0.516 0.000 0.360 0.008 0.116
#> SRR820938 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476844 1 0.2056 0.84539 0.904 0.080 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1403526 1 0.2015 0.86649 0.916 0.000 0.000 0.016 0.056 0.012
#> SRR1413916 2 0.4064 0.58086 0.000 0.624 0.000 0.360 0.000 0.016
#> SRR1441051 2 0.1745 0.71047 0.000 0.924 0.000 0.056 0.000 0.020
#> SRR614287 2 0.4332 0.63537 0.000 0.664 0.000 0.288 0.000 0.048
#> SRR1092062 5 0.2318 0.74381 0.000 0.064 0.000 0.000 0.892 0.044
#> SRR612611 4 0.2152 0.67552 0.000 0.068 0.000 0.904 0.004 0.024
#> SRR1376356 6 0.4129 0.05746 0.000 0.004 0.000 0.496 0.004 0.496
#> SRR1405078 3 0.0291 0.92019 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1437226 2 0.4353 0.54516 0.000 0.588 0.000 0.384 0.000 0.028
#> SRR1326078 1 0.2058 0.85888 0.908 0.000 0.000 0.008 0.072 0.012
#> SRR1096806 4 0.3667 0.61579 0.000 0.080 0.132 0.788 0.000 0.000
#> SRR1440919 2 0.5161 0.62942 0.000 0.660 0.068 0.040 0.232 0.000
#> SRR1452824 1 0.3829 0.65871 0.720 0.260 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR615754 1 0.2000 0.86799 0.916 0.000 0.000 0.004 0.048 0.032
#> SRR1341787 6 0.1442 0.81027 0.000 0.004 0.000 0.012 0.040 0.944
#> SRR614551 5 0.3867 0.01992 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1380829 2 0.4161 0.09209 0.000 0.540 0.448 0.000 0.012 0.000
#> SRR1455761 1 0.0748 0.88100 0.976 0.004 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1465189 1 0.0912 0.87945 0.972 0.008 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1376895 1 0.0837 0.88054 0.972 0.004 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1445002 1 0.1398 0.87155 0.940 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR1469258 2 0.4865 0.68650 0.000 0.676 0.000 0.176 0.144 0.004
#> SRR1409239 1 0.3512 0.66007 0.720 0.000 0.000 0.000 0.272 0.008
#> SRR1480200 1 0.0551 0.88120 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR1418323 1 0.5380 0.48906 0.612 0.268 0.000 0.004 0.104 0.012
#> SRR657540 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR821096 2 0.1910 0.68781 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR613591 2 0.5522 0.50362 0.000 0.536 0.000 0.304 0.000 0.160
#> SRR1344205 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR612479 4 0.4406 0.15786 0.432 0.012 0.000 0.548 0.004 0.004
#> SRR1399950 1 0.3307 0.80716 0.820 0.000 0.000 0.108 0.072 0.000
#> SRR1336048 3 0.3864 0.46570 0.004 0.000 0.648 0.004 0.000 0.344
#> SRR1368896 1 0.0777 0.87971 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1379403 2 0.3373 0.68238 0.000 0.744 0.008 0.248 0.000 0.000
#> SRR1312464 1 0.0692 0.88054 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1096478 5 0.3056 0.66505 0.184 0.000 0.000 0.008 0.804 0.004
#> SRR1459845 1 0.2416 0.80886 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1348138 3 0.1007 0.88465 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR811423 1 0.1152 0.88044 0.964 0.004 0.004 0.016 0.004 0.008
#> SRR615683 1 0.0291 0.88077 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1380336 6 0.3402 0.73652 0.000 0.072 0.000 0.104 0.004 0.820
#> SRR817609 1 0.1588 0.86429 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR1074550 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499236 6 0.3181 0.73719 0.000 0.020 0.000 0.144 0.012 0.824
#> SRR656083 1 0.5027 0.61682 0.660 0.000 0.000 0.108 0.220 0.012
#> SRR817539 5 0.5481 0.13408 0.124 0.000 0.000 0.000 0.440 0.436
#> SRR1410801 1 0.0891 0.87960 0.968 0.008 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347190 1 0.4638 0.54246 0.636 0.000 0.000 0.068 0.296 0.000
#> SRR1355126 5 0.1285 0.76057 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR615165 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466046 1 0.0603 0.88059 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1097055 2 0.1610 0.69586 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1312370 6 0.3886 0.61163 0.000 0.264 0.000 0.028 0.000 0.708
#> SRR655325 1 0.1462 0.87209 0.936 0.000 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR810177 5 0.1501 0.75005 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR815685 2 0.3108 0.70460 0.000 0.828 0.000 0.044 0.128 0.000
#> SRR817026 3 0.3667 0.74832 0.008 0.188 0.780 0.016 0.004 0.004
#> SRR1417224 6 0.2989 0.71010 0.000 0.004 0.176 0.008 0.000 0.812
#> SRR661687 4 0.1901 0.67302 0.000 0.076 0.008 0.912 0.000 0.004
#> SRR1431804 4 0.3920 0.51244 0.216 0.000 0.000 0.736 0.048 0.000
#> SRR664072 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612923 2 0.4219 0.62438 0.000 0.660 0.000 0.304 0.000 0.036
#> SRR1315890 1 0.5719 0.37721 0.548 0.000 0.000 0.068 0.336 0.048
#> SRR1347726 6 0.1950 0.76486 0.064 0.000 0.000 0.000 0.024 0.912
#> SRR1500360 5 0.1500 0.76573 0.012 0.052 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1468360 6 0.0865 0.81280 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1404084 5 0.5046 0.54406 0.192 0.004 0.000 0.152 0.652 0.000
#> SRR615994 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475718 5 0.1524 0.75687 0.000 0.060 0.000 0.008 0.932 0.000
#> SRR1397200 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655519 2 0.4614 0.71745 0.000 0.764 0.068 0.116 0.032 0.020
#> SRR1311308 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368006 2 0.1637 0.70739 0.000 0.932 0.004 0.056 0.004 0.004
#> SRR613651 5 0.2212 0.72178 0.112 0.000 0.000 0.000 0.880 0.008
#> SRR1362621 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1451718 5 0.3876 0.68946 0.092 0.000 0.000 0.032 0.804 0.072
#> SRR1095334 3 0.0865 0.90225 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1079636 5 0.2416 0.66989 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1442549 6 0.0363 0.81454 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1466421 2 0.4347 0.63924 0.000 0.668 0.000 0.288 0.004 0.040
#> SRR817397 4 0.2553 0.61183 0.000 0.144 0.000 0.848 0.000 0.008
#> SRR1341809 6 0.3564 0.59845 0.000 0.012 0.000 0.264 0.000 0.724
#> SRR614623 2 0.2454 0.65738 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1335005 2 0.1643 0.71776 0.000 0.924 0.000 0.068 0.008 0.000
#> SRR1407065 4 0.3213 0.65271 0.000 0.076 0.004 0.836 0.000 0.084
#> SRR1404483 2 0.4845 0.64882 0.000 0.660 0.132 0.208 0.000 0.000
#> SRR1096222 5 0.3240 0.60908 0.244 0.000 0.000 0.000 0.752 0.004
#> SRR1401793 1 0.2848 0.78120 0.816 0.000 0.000 0.008 0.176 0.000
#> SRR1408615 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070597 6 0.0653 0.80986 0.012 0.000 0.000 0.004 0.004 0.980
#> SRR1332381 5 0.2807 0.71940 0.088 0.000 0.000 0.016 0.868 0.028
#> SRR1457015 1 0.0692 0.88076 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1386797 5 0.1674 0.76096 0.004 0.068 0.000 0.004 0.924 0.000
#> SRR1098385 2 0.2088 0.70218 0.000 0.904 0.028 0.000 0.068 0.000
#> SRR1363947 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR820350 2 0.4845 0.61296 0.000 0.628 0.000 0.280 0.000 0.092
#> SRR662055 2 0.4191 0.64253 0.000 0.704 0.000 0.056 0.240 0.000
#> SRR1310455 1 0.2629 0.84542 0.872 0.000 0.000 0.000 0.060 0.068
#> SRR1453639 6 0.0291 0.81380 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR662617 4 0.1049 0.69959 0.000 0.008 0.000 0.960 0.000 0.032
#> SRR654778 4 0.5265 0.41424 0.228 0.000 0.000 0.632 0.128 0.012
#> SRR661782 4 0.2730 0.63829 0.000 0.012 0.000 0.836 0.000 0.152
#> SRR1334396 1 0.1015 0.87929 0.968 0.012 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR613867 6 0.4079 0.64052 0.000 0.084 0.000 0.172 0.000 0.744
#> SRR1479412 5 0.2956 0.69771 0.120 0.000 0.000 0.040 0.840 0.000
#> SRR1331620 1 0.4901 0.70605 0.708 0.000 0.000 0.028 0.120 0.144
#> SRR1082809 3 0.6306 0.21658 0.316 0.240 0.432 0.000 0.004 0.008
#> SRR1417178 2 0.4258 -0.21708 0.492 0.496 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1335278 1 0.0653 0.88042 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR665369 4 0.1434 0.69925 0.000 0.012 0.000 0.940 0.000 0.048
#> SRR657552 4 0.3918 0.62924 0.108 0.000 0.000 0.800 0.044 0.048
#> SRR812412 1 0.3216 0.83935 0.852 0.000 0.000 0.064 0.052 0.032
#> SRR1096500 6 0.2113 0.78471 0.000 0.008 0.000 0.092 0.004 0.896
#> SRR1347750 4 0.1563 0.69749 0.000 0.012 0.000 0.932 0.000 0.056
#> SRR615153 1 0.1723 0.86556 0.932 0.048 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1434417 1 0.1007 0.87954 0.968 0.008 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR1070159 3 0.4838 0.31588 0.000 0.064 0.564 0.000 0.372 0.000
#> SRR1332508 5 0.1471 0.75698 0.000 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR1082059 5 0.1387 0.75609 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1402491 1 0.0837 0.88208 0.972 0.004 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1476595 4 0.2136 0.68030 0.064 0.000 0.000 0.908 0.012 0.016
#> SRR1320987 5 0.1204 0.75987 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1086417 5 0.1010 0.76278 0.000 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1454095 1 0.5067 0.13092 0.496 0.024 0.000 0.452 0.024 0.004
#> SRR614791 2 0.3954 0.46284 0.000 0.620 0.372 0.004 0.004 0.000
#> SRR821255 2 0.8090 0.22331 0.160 0.400 0.000 0.160 0.056 0.224
#> SRR820402 4 0.1767 0.69382 0.000 0.020 0.000 0.932 0.036 0.012
#> SRR1337284 6 0.0984 0.81069 0.012 0.000 0.000 0.008 0.012 0.968
#> SRR1333083 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384883 4 0.3468 0.62139 0.000 0.068 0.128 0.804 0.000 0.000
#> SRR614431 1 0.0858 0.88020 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1481106 2 0.4407 0.59639 0.000 0.664 0.292 0.036 0.000 0.008
#> SRR1370285 1 0.2662 0.80703 0.840 0.000 0.000 0.152 0.004 0.004
#> SRR1446673 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318046 2 0.4451 0.70232 0.000 0.732 0.000 0.092 0.164 0.012
#> SRR1341188 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384941 1 0.0951 0.88186 0.968 0.004 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR1322864 2 0.3923 0.36941 0.000 0.580 0.000 0.000 0.416 0.004
#> SRR1476825 6 0.1485 0.80211 0.024 0.000 0.028 0.004 0.000 0.944
#> SRR1443332 3 0.2376 0.84548 0.000 0.044 0.888 0.000 0.068 0.000
#> SRR662486 5 0.4905 0.04234 0.000 0.000 0.000 0.064 0.528 0.408
#> SRR1447019 1 0.0837 0.88003 0.972 0.000 0.000 0.020 0.004 0.004
#> SRR662942 1 0.0748 0.88139 0.976 0.000 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR613102 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469880 1 0.0912 0.88153 0.972 0.008 0.000 0.004 0.012 0.004
#> SRR1464977 6 0.2389 0.74907 0.060 0.000 0.000 0.000 0.052 0.888
#> SRR615850 3 0.3868 0.01383 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR661949 4 0.0993 0.69854 0.000 0.012 0.000 0.964 0.000 0.024
#> SRR1322227 3 0.1765 0.85208 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441655 2 0.2482 0.64667 0.000 0.848 0.000 0.000 0.148 0.004
#> SRR613771 6 0.0436 0.81423 0.004 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988
#> SRR1479471 1 0.3652 0.54967 0.672 0.000 0.000 0.324 0.000 0.004
#> SRR1488918 4 0.3834 0.60003 0.000 0.116 0.000 0.776 0.000 0.108
#> SRR1414040 4 0.5798 0.13285 0.000 0.144 0.000 0.476 0.008 0.372
#> SRR1079850 2 0.2558 0.64039 0.004 0.840 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR663209 4 0.3441 0.57169 0.188 0.000 0.000 0.784 0.024 0.004
#> SRR1364914 2 0.4527 0.63846 0.000 0.660 0.000 0.272 0.000 0.068
#> SRR1408267 5 0.0858 0.76281 0.000 0.028 0.000 0.004 0.968 0.000
#> SRR1314894 1 0.1074 0.88194 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028
#> SRR1414117 4 0.3817 0.49203 0.252 0.000 0.000 0.720 0.028 0.000
#> SRR1395975 6 0.2531 0.75805 0.000 0.012 0.000 0.132 0.000 0.856
#> SRR1402219 6 0.3752 0.66276 0.000 0.036 0.000 0.200 0.004 0.760
#> SRR1433623 1 0.1218 0.88159 0.956 0.000 0.000 0.012 0.004 0.028
#> SRR656385 6 0.5770 0.07533 0.000 0.152 0.004 0.388 0.000 0.456
#> SRR811213 4 0.1340 0.69146 0.004 0.040 0.000 0.948 0.000 0.008
#> SRR663657 5 0.5355 0.40973 0.012 0.000 0.100 0.304 0.584 0.000
#> SRR612203 1 0.1116 0.87910 0.960 0.000 0.000 0.028 0.008 0.004
#> SRR613987 2 0.3907 0.25604 0.004 0.588 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR613831 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354180 2 0.5974 0.36252 0.000 0.448 0.000 0.276 0.000 0.276
#> SRR1382912 5 0.4985 -0.02671 0.460 0.000 0.000 0.016 0.488 0.036
#> SRR1475501 1 0.0881 0.88245 0.972 0.000 0.000 0.012 0.008 0.008
#> SRR1336930 1 0.1429 0.87245 0.940 0.004 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR613030 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381459 3 0.3984 0.51206 0.000 0.000 0.648 0.000 0.336 0.016
#> SRR1402350 5 0.0508 0.76119 0.004 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1419408 1 0.1261 0.88152 0.956 0.008 0.000 0.004 0.028 0.004
#> SRR655911 4 0.3652 0.53070 0.000 0.000 0.264 0.720 0.000 0.016
#> SRR1418243 1 0.5182 0.51511 0.612 0.000 0.000 0.072 0.296 0.020
#> SRR1322573 1 0.4022 0.60235 0.680 0.300 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR613615 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355284 1 0.2757 0.79477 0.848 0.136 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR1319395 1 0.1116 0.88062 0.960 0.004 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR818939 1 0.2404 0.84554 0.884 0.000 0.000 0.080 0.036 0.000
#> SRR1465266 1 0.1706 0.87339 0.936 0.024 0.000 0.032 0.004 0.004
#> SRR614888 1 0.5043 0.54549 0.644 0.248 0.000 0.004 0.100 0.004
#> SRR1431694 6 0.1321 0.80008 0.024 0.000 0.000 0.004 0.020 0.952
#> SRR614347 2 0.4899 0.65824 0.000 0.684 0.104 0.200 0.004 0.008
#> SRR1334228 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096007 2 0.2632 0.66539 0.000 0.832 0.000 0.000 0.164 0.004
#> SRR656349 4 0.5465 0.36197 0.200 0.000 0.000 0.604 0.188 0.008
#> SRR815422 4 0.3181 0.65914 0.000 0.076 0.044 0.852 0.000 0.028
#> SRR1360828 1 0.0748 0.88240 0.976 0.004 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1359005 2 0.4002 0.69104 0.000 0.740 0.000 0.216 0.012 0.032
#> SRR1456652 1 0.5667 0.50897 0.596 0.000 0.000 0.068 0.276 0.060
#> SRR1391660 1 0.0725 0.88086 0.976 0.012 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1441956 1 0.2744 0.80644 0.840 0.000 0.000 0.144 0.016 0.000
#> SRR662930 2 0.4363 0.51426 0.000 0.636 0.324 0.000 0.040 0.000
#> SRR615790 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR614827 3 0.4004 0.35788 0.000 0.012 0.620 0.000 0.000 0.368
#> SRR614587 4 0.4595 0.49876 0.000 0.168 0.136 0.696 0.000 0.000
#> SRR814052 4 0.3271 0.55688 0.000 0.008 0.000 0.760 0.000 0.232
#> SRR1070086 1 0.2431 0.82203 0.860 0.000 0.000 0.000 0.132 0.008
#> SRR1481440 1 0.1180 0.87876 0.960 0.008 0.000 0.024 0.004 0.004
#> SRR1339296 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343239 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432802 6 0.0858 0.81387 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR1416911 1 0.1080 0.87868 0.960 0.004 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1410427 6 0.1845 0.77450 0.052 0.000 0.000 0.000 0.028 0.920
#> SRR1401185 2 0.5500 -0.02180 0.036 0.492 0.432 0.004 0.004 0.032
#> SRR654993 4 0.1500 0.69833 0.000 0.012 0.000 0.936 0.000 0.052
#> SRR656397 1 0.0551 0.88139 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR809643 3 0.2737 0.80807 0.000 0.160 0.832 0.000 0.004 0.004
#> SRR1433819 5 0.3954 0.63759 0.172 0.000 0.000 0.056 0.764 0.008
#> SRR1375225 2 0.5480 0.65095 0.000 0.612 0.000 0.184 0.192 0.012
#> SRR1367739 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323336 5 0.0951 0.76250 0.008 0.020 0.000 0.004 0.968 0.000
#> SRR663224 3 0.1075 0.89244 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442840 1 0.3062 0.81729 0.836 0.000 0.000 0.052 0.112 0.000
#> SRR1374058 1 0.4594 0.66042 0.696 0.000 0.000 0.020 0.232 0.052
#> SRR656994 4 0.5142 0.43415 0.240 0.000 0.000 0.648 0.092 0.020
#> SRR1469214 2 0.2527 0.70227 0.000 0.880 0.000 0.004 0.084 0.032
#> SRR1456446 1 0.1155 0.87494 0.956 0.036 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1471879 6 0.5451 0.24618 0.000 0.116 0.000 0.352 0.004 0.528
#> SRR612911 3 0.2527 0.77864 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1395720 2 0.3076 0.68627 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1413055 1 0.1147 0.87881 0.960 0.004 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR656770 6 0.1594 0.80415 0.000 0.000 0.052 0.016 0.000 0.932
#> SRR812080 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479328 4 0.2416 0.62428 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR661421 6 0.1148 0.81467 0.000 0.016 0.004 0.020 0.000 0.960
#> SRR1410286 2 0.4491 0.52155 0.000 0.576 0.000 0.388 0.000 0.036
#> SRR1487150 1 0.1363 0.87798 0.952 0.012 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR1467035 5 0.4004 0.34393 0.368 0.000 0.000 0.012 0.620 0.000
#> SRR1360607 2 0.4273 0.61573 0.000 0.716 0.000 0.080 0.000 0.204
#> SRR1333106 6 0.1410 0.80952 0.000 0.008 0.004 0.044 0.000 0.944
#> SRR1088706 5 0.1714 0.74003 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1320053 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350392 2 0.4397 0.68503 0.000 0.720 0.032 0.216 0.000 0.032
#> SRR1385190 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080093 2 0.1296 0.70022 0.000 0.948 0.044 0.004 0.004 0.000
#> SRR1318753 1 0.0405 0.88102 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1345369 6 0.1010 0.80927 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000 0.960
#> SRR612178 4 0.4255 0.52644 0.000 0.068 0.000 0.708 0.000 0.224
#> SRR1354423 1 0.1732 0.86377 0.920 0.000 0.000 0.072 0.004 0.004
#> SRR1072724 6 0.4046 0.29746 0.368 0.000 0.000 0.004 0.008 0.620
#> SRR1418450 4 0.1196 0.69110 0.000 0.040 0.000 0.952 0.000 0.008
#> SRR1326427 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437412 4 0.1911 0.69766 0.036 0.012 0.000 0.928 0.004 0.020
#> SRR1327548 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395891 1 0.4359 0.55935 0.652 0.000 0.000 0.008 0.312 0.028
#> SRR659367 4 0.3756 0.61805 0.012 0.000 0.000 0.788 0.048 0.152
#> SRR818961 1 0.1282 0.87801 0.956 0.012 0.000 0.024 0.004 0.004
#> SRR813704 1 0.0622 0.88090 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR613054 1 0.1536 0.87643 0.940 0.004 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR1476467 1 0.1232 0.87724 0.956 0.016 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1407988 2 0.1624 0.70499 0.000 0.936 0.000 0.040 0.004 0.020
#> SRR1394776 2 0.3922 0.62576 0.000 0.664 0.000 0.320 0.000 0.016
#> SRR655578 4 0.4099 0.28165 0.000 0.016 0.000 0.612 0.000 0.372
#> SRR1310645 2 0.4386 0.64979 0.000 0.708 0.200 0.092 0.000 0.000
#> SRR1345628 1 0.3803 0.67496 0.724 0.000 0.000 0.252 0.020 0.004
#> SRR1479740 1 0.1471 0.86801 0.932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1332095 5 0.6021 0.30365 0.084 0.416 0.000 0.008 0.460 0.032
#> SRR1444786 6 0.0984 0.81069 0.012 0.000 0.000 0.008 0.012 0.968
#> SRR1090070 5 0.2667 0.70369 0.128 0.000 0.000 0.020 0.852 0.000
#> SRR662414 4 0.3866 -0.01399 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR661216 2 0.5841 0.54307 0.000 0.520 0.000 0.324 0.140 0.016
#> SRR656313 4 0.7068 -0.08815 0.000 0.304 0.000 0.412 0.096 0.188
#> SRR615671 6 0.2504 0.76100 0.004 0.000 0.004 0.136 0.000 0.856
#> SRR1350196 6 0.2941 0.67199 0.000 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR1466580 1 0.0603 0.88068 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408032 2 0.5475 0.49948 0.000 0.536 0.000 0.316 0.000 0.148
#> SRR1432913 2 0.3584 0.64457 0.000 0.688 0.004 0.308 0.000 0.000
#> SRR1360502 5 0.6211 0.23292 0.276 0.352 0.000 0.000 0.368 0.004
#> SRR1391901 2 0.4185 0.16509 0.000 0.496 0.000 0.012 0.492 0.000
#> SRR1311131 1 0.2455 0.81859 0.872 0.112 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1380636 1 0.1296 0.88130 0.952 0.000 0.000 0.012 0.004 0.032
#> SRR1332339 6 0.0777 0.80465 0.024 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972
#> SRR1341563 2 0.0653 0.70265 0.000 0.980 0.000 0.004 0.012 0.004
#> SRR1359410 2 0.3578 0.48333 0.000 0.660 0.340 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473040 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321444 1 0.1901 0.84890 0.912 0.076 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1498765 2 0.2491 0.66295 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312622 3 0.1858 0.85279 0.000 0.012 0.912 0.076 0.000 0.000
#> SRR615503 6 0.4948 0.22173 0.076 0.000 0.000 0.000 0.360 0.564
#> SRR1453192 1 0.1116 0.88147 0.960 0.000 0.000 0.008 0.004 0.028
#> SRR1433107 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075384 1 0.1812 0.85727 0.924 0.060 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1356683 1 0.3437 0.82484 0.832 0.000 0.000 0.092 0.052 0.024
#> SRR659049 1 0.2309 0.84747 0.888 0.000 0.000 0.084 0.028 0.000
#> SRR1368240 5 0.1588 0.74236 0.072 0.004 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1341739 1 0.1218 0.87694 0.956 0.028 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR613249 3 0.0146 0.92404 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR663428 4 0.4606 0.11456 0.000 0.344 0.000 0.604 0.000 0.052
#> SRR1341302 5 0.4682 0.00579 0.000 0.396 0.000 0.048 0.556 0.000
#> SRR1073553 5 0.1588 0.74924 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924 0.000
#> SRR1354093 3 0.0000 0.92337 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406521 2 0.3797 0.57632 0.000 0.692 0.000 0.016 0.292 0.000
#> SRR1432049 5 0.1500 0.75515 0.052 0.012 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1453504 2 0.2157 0.69560 0.008 0.904 0.000 0.076 0.004 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0