Date: 2019-12-25 22:49:42 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17437 197
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:kmeans | 4 | 1.000 | 0.955 | 0.982 | ** | 2,3 |
| ATC:skmeans | 3 | 0.989 | 0.943 | 0.978 | ** | 2 |
| CV:kmeans | 2 | 0.927 | 0.926 | 0.969 | * | |
| ATC:pam | 5 | 0.913 | 0.884 | 0.956 | * | 2,3 |
| SD:skmeans | 2 | 0.907 | 0.939 | 0.974 | * | |
| CV:NMF | 2 | 0.905 | 0.940 | 0.974 | * | |
| MAD:skmeans | 2 | 0.897 | 0.938 | 0.974 | ||
| SD:kmeans | 2 | 0.896 | 0.922 | 0.968 | ||
| SD:pam | 3 | 0.889 | 0.902 | 0.962 | ||
| CV:skmeans | 2 | 0.877 | 0.929 | 0.969 | ||
| SD:mclust | 2 | 0.876 | 0.917 | 0.966 | ||
| MAD:pam | 3 | 0.868 | 0.892 | 0.957 | ||
| MAD:mclust | 2 | 0.847 | 0.908 | 0.963 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.837 | 0.917 | 0.963 | ||
| SD:NMF | 2 | 0.828 | 0.899 | 0.958 | ||
| MAD:NMF | 2 | 0.803 | 0.904 | 0.958 | ||
| CV:pam | 2 | 0.797 | 0.886 | 0.950 | ||
| ATC:mclust | 6 | 0.701 | 0.806 | 0.876 | ||
| ATC:NMF | 2 | 0.584 | 0.842 | 0.926 | ||
| CV:mclust | 2 | 0.576 | 0.766 | 0.899 | ||
| ATC:hclust | 3 | 0.506 | 0.748 | 0.867 | ||
| CV:hclust | 3 | 0.391 | 0.674 | 0.849 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.226 | 0.683 | 0.824 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.226 | 0.704 | 0.842 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.828 0.899 0.958 0.485 0.508 0.508
#> CV:NMF 2 0.905 0.940 0.974 0.495 0.503 0.503
#> MAD:NMF 2 0.803 0.904 0.958 0.464 0.537 0.537
#> ATC:NMF 2 0.584 0.842 0.926 0.475 0.524 0.524
#> SD:skmeans 2 0.907 0.939 0.974 0.503 0.497 0.497
#> CV:skmeans 2 0.877 0.929 0.969 0.486 0.510 0.510
#> MAD:skmeans 2 0.897 0.938 0.974 0.503 0.498 0.498
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.990 0.996 0.501 0.500 0.500
#> SD:mclust 2 0.876 0.917 0.966 0.499 0.498 0.498
#> CV:mclust 2 0.576 0.766 0.899 0.493 0.504 0.504
#> MAD:mclust 2 0.847 0.908 0.963 0.500 0.498 0.498
#> ATC:mclust 2 0.377 0.746 0.832 0.426 0.517 0.517
#> SD:kmeans 2 0.896 0.922 0.968 0.499 0.500 0.500
#> CV:kmeans 2 0.927 0.926 0.969 0.419 0.570 0.570
#> MAD:kmeans 2 0.837 0.917 0.963 0.501 0.498 0.498
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.997 0.999 0.499 0.501 0.501
#> SD:pam 2 0.727 0.892 0.948 0.492 0.503 0.503
#> CV:pam 2 0.797 0.886 0.950 0.417 0.578 0.578
#> MAD:pam 2 0.532 0.768 0.900 0.469 0.506 0.506
#> ATC:pam 2 1.000 0.990 0.995 0.503 0.498 0.498
#> SD:hclust 2 0.226 0.704 0.842 0.434 0.504 0.504
#> CV:hclust 2 0.426 0.556 0.740 0.281 0.504 0.504
#> MAD:hclust 2 0.226 0.683 0.824 0.439 0.500 0.500
#> ATC:hclust 2 0.413 0.801 0.867 0.409 0.595 0.595
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.637 0.789 0.886 0.341 0.648 0.415
#> CV:NMF 3 0.399 0.468 0.747 0.303 0.769 0.583
#> MAD:NMF 3 0.589 0.746 0.859 0.410 0.655 0.434
#> ATC:NMF 3 0.515 0.699 0.851 0.366 0.655 0.433
#> SD:skmeans 3 0.705 0.902 0.904 0.296 0.796 0.610
#> CV:skmeans 3 0.594 0.733 0.859 0.297 0.804 0.632
#> MAD:skmeans 3 0.697 0.899 0.891 0.296 0.808 0.630
#> ATC:skmeans 3 0.989 0.943 0.978 0.213 0.884 0.771
#> SD:mclust 3 0.495 0.687 0.815 0.158 0.914 0.831
#> CV:mclust 3 0.395 0.562 0.739 0.222 0.706 0.504
#> MAD:mclust 3 0.576 0.777 0.856 0.143 0.903 0.811
#> ATC:mclust 3 0.631 0.777 0.892 0.262 0.653 0.487
#> SD:kmeans 3 0.628 0.796 0.896 0.275 0.682 0.459
#> CV:kmeans 3 0.772 0.843 0.928 0.478 0.654 0.462
#> MAD:kmeans 3 0.584 0.760 0.881 0.279 0.700 0.472
#> ATC:kmeans 3 1.000 0.962 0.984 0.299 0.658 0.427
#> SD:pam 3 0.889 0.902 0.962 0.205 0.677 0.478
#> CV:pam 3 0.403 0.577 0.805 0.346 0.691 0.523
#> MAD:pam 3 0.868 0.892 0.957 0.277 0.678 0.480
#> ATC:pam 3 0.938 0.910 0.952 0.308 0.699 0.471
#> SD:hclust 3 0.278 0.604 0.718 0.338 0.779 0.599
#> CV:hclust 3 0.391 0.674 0.849 0.680 0.800 0.671
#> MAD:hclust 3 0.270 0.399 0.683 0.328 0.628 0.407
#> ATC:hclust 3 0.506 0.748 0.867 0.472 0.754 0.601
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.817 0.850 0.932 0.0921 0.748 0.428
#> CV:NMF 4 0.604 0.631 0.790 0.1105 0.808 0.551
#> MAD:NMF 4 0.781 0.820 0.911 0.0986 0.720 0.376
#> ATC:NMF 4 0.428 0.443 0.718 0.1237 0.854 0.620
#> SD:skmeans 4 0.677 0.595 0.759 0.1178 0.940 0.832
#> CV:skmeans 4 0.609 0.375 0.637 0.1405 0.858 0.636
#> MAD:skmeans 4 0.686 0.691 0.803 0.1101 0.926 0.792
#> ATC:skmeans 4 0.900 0.869 0.937 0.0851 0.938 0.846
#> SD:mclust 4 0.639 0.825 0.851 0.1979 0.823 0.604
#> CV:mclust 4 0.564 0.666 0.772 0.1727 0.789 0.524
#> MAD:mclust 4 0.560 0.664 0.719 0.1630 0.771 0.526
#> ATC:mclust 4 0.664 0.780 0.881 0.2336 0.695 0.458
#> SD:kmeans 4 0.598 0.735 0.820 0.1220 0.834 0.594
#> CV:kmeans 4 0.585 0.650 0.818 0.1162 0.892 0.731
#> MAD:kmeans 4 0.576 0.737 0.810 0.1216 0.769 0.462
#> ATC:kmeans 4 1.000 0.955 0.982 0.1160 0.740 0.410
#> SD:pam 4 0.796 0.830 0.929 0.1114 0.921 0.813
#> CV:pam 4 0.405 0.489 0.686 0.1824 0.726 0.442
#> MAD:pam 4 0.789 0.855 0.939 0.0907 0.943 0.862
#> ATC:pam 4 0.667 0.775 0.847 0.0867 0.891 0.699
#> SD:hclust 4 0.305 0.532 0.661 0.1153 0.837 0.631
#> CV:hclust 4 0.402 0.584 0.740 0.1039 0.958 0.918
#> MAD:hclust 4 0.335 0.454 0.659 0.1079 0.645 0.361
#> ATC:hclust 4 0.557 0.671 0.804 0.1642 0.819 0.575
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.772 0.741 0.860 0.0648 0.903 0.691
#> CV:NMF 5 0.764 0.775 0.884 0.0686 0.859 0.576
#> MAD:NMF 5 0.719 0.716 0.839 0.0638 0.887 0.644
#> ATC:NMF 5 0.569 0.599 0.778 0.0729 0.858 0.554
#> SD:skmeans 5 0.719 0.686 0.844 0.0850 0.845 0.534
#> CV:skmeans 5 0.618 0.442 0.679 0.0703 0.792 0.425
#> MAD:skmeans 5 0.698 0.687 0.837 0.0901 0.848 0.534
#> ATC:skmeans 5 0.813 0.736 0.861 0.0667 0.966 0.902
#> SD:mclust 5 0.609 0.495 0.763 0.0734 0.794 0.463
#> CV:mclust 5 0.553 0.546 0.706 0.0599 0.814 0.464
#> MAD:mclust 5 0.658 0.712 0.856 0.1094 0.841 0.561
#> ATC:mclust 5 0.623 0.649 0.748 0.1052 0.811 0.519
#> SD:kmeans 5 0.626 0.632 0.777 0.0740 0.919 0.736
#> CV:kmeans 5 0.547 0.439 0.697 0.0799 0.917 0.762
#> MAD:kmeans 5 0.623 0.626 0.786 0.0720 0.905 0.691
#> ATC:kmeans 5 0.695 0.679 0.812 0.0714 0.813 0.445
#> SD:pam 5 0.801 0.815 0.921 0.1301 0.891 0.702
#> CV:pam 5 0.441 0.402 0.622 0.0877 0.821 0.487
#> MAD:pam 5 0.799 0.843 0.934 0.1313 0.887 0.695
#> ATC:pam 5 0.913 0.884 0.956 0.0659 0.894 0.660
#> SD:hclust 5 0.382 0.567 0.702 0.0576 0.944 0.839
#> CV:hclust 5 0.431 0.581 0.775 0.0477 0.960 0.919
#> MAD:hclust 5 0.384 0.561 0.718 0.0644 0.869 0.673
#> ATC:hclust 5 0.557 0.599 0.773 0.0385 0.941 0.805
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.709 0.706 0.833 0.0475 0.918 0.698
#> CV:NMF 6 0.703 0.706 0.826 0.0519 0.939 0.760
#> MAD:NMF 6 0.683 0.668 0.772 0.0477 0.920 0.703
#> ATC:NMF 6 0.567 0.466 0.688 0.0432 0.934 0.735
#> SD:skmeans 6 0.757 0.686 0.831 0.0393 0.933 0.708
#> CV:skmeans 6 0.669 0.627 0.778 0.0442 0.903 0.632
#> MAD:skmeans 6 0.742 0.650 0.805 0.0401 0.933 0.706
#> ATC:skmeans 6 0.763 0.690 0.843 0.0416 0.925 0.776
#> SD:mclust 6 0.667 0.717 0.800 0.0596 0.848 0.514
#> CV:mclust 6 0.604 0.418 0.663 0.0569 0.878 0.562
#> MAD:mclust 6 0.650 0.655 0.774 0.0617 0.898 0.639
#> ATC:mclust 6 0.701 0.806 0.876 0.0310 0.866 0.592
#> SD:kmeans 6 0.691 0.629 0.787 0.0483 0.915 0.678
#> CV:kmeans 6 0.551 0.471 0.685 0.0527 0.874 0.595
#> MAD:kmeans 6 0.695 0.648 0.783 0.0463 0.931 0.724
#> ATC:kmeans 6 0.726 0.709 0.824 0.0455 0.849 0.450
#> SD:pam 6 0.770 0.642 0.839 0.0720 0.950 0.812
#> CV:pam 6 0.478 0.422 0.652 0.0614 0.851 0.516
#> MAD:pam 6 0.788 0.594 0.827 0.0747 0.931 0.755
#> ATC:pam 6 0.857 0.836 0.920 0.0671 0.865 0.520
#> SD:hclust 6 0.481 0.599 0.754 0.0523 0.977 0.924
#> CV:hclust 6 0.447 0.568 0.779 0.0540 0.960 0.917
#> MAD:hclust 6 0.471 0.610 0.757 0.0563 0.975 0.919
#> ATC:hclust 6 0.619 0.676 0.781 0.0613 0.927 0.748
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.226 0.704 0.842 0.4341 0.504 0.504
#> 3 3 0.278 0.604 0.718 0.3378 0.779 0.599
#> 4 4 0.305 0.532 0.661 0.1153 0.837 0.631
#> 5 5 0.382 0.567 0.702 0.0576 0.944 0.839
#> 6 6 0.481 0.599 0.754 0.0523 0.977 0.924
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.6247 0.7815 0.844 0.156
#> SRR1074385 1 0.8861 0.6882 0.696 0.304
#> SRR1374739 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.8267 0.7351 0.740 0.260
#> SRR2167209 2 0.9248 0.4716 0.340 0.660
#> SRR816541 2 0.0672 0.8285 0.008 0.992
#> SRR663645 2 0.6438 0.7785 0.164 0.836
#> SRR1381505 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.1184 0.8299 0.016 0.984
#> SRR1318503 2 0.9635 0.3419 0.388 0.612
#> SRR1341626 2 0.0672 0.8285 0.008 0.992
#> SRR1382440 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.6247 0.7815 0.844 0.156
#> SRR1082080 2 0.0672 0.8285 0.008 0.992
#> SRR1455783 1 0.8499 0.7205 0.724 0.276
#> SRR1447760 2 0.8763 0.5882 0.296 0.704
#> SRR1487784 2 0.0938 0.8295 0.012 0.988
#> SRR1331037 2 0.6973 0.7557 0.188 0.812
#> SRR1095651 1 0.4939 0.7763 0.892 0.108
#> SRR1078066 1 0.8713 0.7027 0.708 0.292
#> SRR1120363 1 0.7815 0.7555 0.768 0.232
#> SRR821231 1 0.6148 0.7811 0.848 0.152
#> SRR1374373 2 0.7219 0.7467 0.200 0.800
#> SRR1324519 2 0.0672 0.8285 0.008 0.992
#> SRR1431121 1 0.7219 0.7709 0.800 0.200
#> SRR1091032 2 0.0938 0.8294 0.012 0.988
#> SRR1365575 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.6438 0.7810 0.836 0.164
#> SRR1310690 2 0.1184 0.8300 0.016 0.984
#> SRR1383037 1 0.0938 0.7526 0.988 0.012
#> SRR1095479 1 0.6801 0.7776 0.820 0.180
#> SRR1070403 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.7453 0.7658 0.788 0.212
#> SRR1072007 2 0.2423 0.8300 0.040 0.960
#> SRR1468787 1 0.9983 0.2533 0.524 0.476
#> SRR1347959 2 0.2236 0.8304 0.036 0.964
#> SRR1338513 1 0.5294 0.7732 0.880 0.120
#> SRR812598 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1446806 2 0.8499 0.6205 0.276 0.724
#> SRR1394275 1 0.9896 0.3960 0.560 0.440
#> SRR1443633 1 0.6343 0.7695 0.840 0.160
#> SRR1087728 1 0.0938 0.7526 0.988 0.012
#> SRR1098192 2 0.1843 0.8306 0.028 0.972
#> SRR1093340 2 0.0672 0.8285 0.008 0.992
#> SRR665405 2 0.7056 0.7531 0.192 0.808
#> SRR657077 2 0.6531 0.7751 0.168 0.832
#> SRR813208 1 0.0938 0.7526 0.988 0.012
#> SRR1416074 2 0.0938 0.8295 0.012 0.988
#> SRR1089688 2 0.5629 0.7998 0.132 0.868
#> SRR1353461 1 0.1184 0.7542 0.984 0.016
#> SRR1466321 2 0.9686 0.3230 0.396 0.604
#> SRR1073021 1 0.9977 0.2698 0.528 0.472
#> SRR1322816 2 0.0672 0.8285 0.008 0.992
#> SRR1457727 1 0.6801 0.7779 0.820 0.180
#> SRR1464226 2 0.4298 0.8214 0.088 0.912
#> SRR1398863 1 0.8861 0.6882 0.696 0.304
#> SRR1455631 2 0.6973 0.7571 0.188 0.812
#> SRR1307808 2 0.5408 0.7901 0.124 0.876
#> SRR1374585 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.4431 0.8186 0.092 0.908
#> SRR1076868 2 0.0938 0.8295 0.012 0.988
#> SRR1335984 2 0.5842 0.7967 0.140 0.860
#> SRR1445939 1 0.9795 0.4611 0.584 0.416
#> SRR1453047 2 0.0938 0.8294 0.012 0.988
#> SRR1339788 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.9944 0.3323 0.544 0.456
#> SRR1092937 1 0.9970 0.2867 0.532 0.468
#> SRR1074090 2 0.0672 0.8285 0.008 0.992
#> SRR1099833 1 0.5294 0.7732 0.880 0.120
#> SRR1093434 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.9248 0.6327 0.660 0.340
#> SRR1480347 2 0.0672 0.8285 0.008 0.992
#> SRR1440787 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.8499 0.6205 0.276 0.724
#> SRR1322730 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.5946 0.7926 0.144 0.856
#> SRR1390456 1 0.0672 0.7508 0.992 0.008
#> SRR1381140 1 0.8813 0.6917 0.700 0.300
#> SRR1388064 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1093577 2 0.9993 -0.0946 0.484 0.516
#> SRR1414161 1 0.9922 0.3722 0.552 0.448
#> SRR1328738 2 0.9977 -0.0343 0.472 0.528
#> SRR1311752 2 0.0672 0.8285 0.008 0.992
#> SRR1445960 2 0.4690 0.8138 0.100 0.900
#> SRR1403412 2 0.5946 0.7926 0.144 0.856
#> SRR2166748 1 0.6973 0.7753 0.812 0.188
#> SRR821666 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.7299 0.7703 0.796 0.204
#> SRR1075174 1 0.9775 0.4724 0.588 0.412
#> SRR1434436 2 0.9775 0.2494 0.412 0.588
#> SRR1389409 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.8144 0.7432 0.748 0.252
#> SRR1376718 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.6247 0.7846 0.156 0.844
#> SRR1361692 1 0.9044 0.6645 0.680 0.320
#> SRR1431493 1 0.6887 0.7770 0.816 0.184
#> SRR1409084 1 0.9000 0.6705 0.684 0.316
#> SRR2166214 2 0.7056 0.7531 0.192 0.808
#> SRR1324102 2 0.1843 0.8306 0.028 0.972
#> SRR1079754 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0938 0.7526 0.988 0.012
#> SRR1076244 2 0.0376 0.8267 0.004 0.996
#> SRR1330901 2 0.5408 0.7901 0.124 0.876
#> SRR1073167 2 0.1843 0.8306 0.028 0.972
#> SRR1357541 1 0.8267 0.7351 0.740 0.260
#> SRR811607 2 0.9710 0.3032 0.400 0.600
#> SRR1468931 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.6247 0.7851 0.156 0.844
#> SRR1309875 2 0.1184 0.8300 0.016 0.984
#> SRR598792 1 0.0376 0.7488 0.996 0.004
#> SRR1088537 2 0.6623 0.7720 0.172 0.828
#> SRR1457682 1 0.9087 0.6582 0.676 0.324
#> SRR1454289 2 0.8555 0.6164 0.280 0.720
#> SRR1069352 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.6531 0.7753 0.168 0.832
#> SRR1091144 2 0.5059 0.8122 0.112 0.888
#> SRR1319118 1 0.6148 0.7813 0.848 0.152
#> SRR1403611 1 0.4939 0.7721 0.892 0.108
#> SRR1397762 1 0.9000 0.6718 0.684 0.316
#> SRR1317387 1 0.4939 0.7763 0.892 0.108
#> SRR1376426 2 0.0938 0.8295 0.012 0.988
#> SRR1097777 1 0.6887 0.7769 0.816 0.184
#> SRR1365743 1 0.1184 0.7542 0.984 0.016
#> SRR1458992 2 0.4690 0.8138 0.100 0.900
#> SRR1089537 2 0.9087 0.5341 0.324 0.676
#> SRR1397744 1 0.7453 0.7673 0.788 0.212
#> SRR1453893 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.9087 0.6587 0.676 0.324
#> SRR1321765 1 0.9754 0.4800 0.592 0.408
#> SRR1440032 2 0.9754 0.2449 0.408 0.592
#> SRR1404507 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.8499 0.6276 0.276 0.724
#> SRR812745 1 0.9710 0.5147 0.600 0.400
#> SRR1417524 1 0.4022 0.7570 0.920 0.080
#> SRR1407334 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.7883 0.7540 0.764 0.236
#> SRR1415938 1 0.7453 0.7658 0.788 0.212
#> SRR1081259 2 0.7219 0.7467 0.200 0.800
#> SRR1436187 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.7299 0.7439 0.204 0.796
#> SRR1095407 2 0.9248 0.4716 0.340 0.660
#> SRR1359694 2 0.9129 0.5171 0.328 0.672
#> SRR656982 2 0.9323 0.4793 0.348 0.652
#> SRR1354338 2 0.7299 0.7404 0.204 0.796
#> SRR1088291 2 0.9833 0.2161 0.424 0.576
#> SRR1080624 1 0.8813 0.6934 0.700 0.300
#> SRR2166708 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.9977 0.2701 0.528 0.472
#> SRR1429912 2 0.3114 0.8261 0.056 0.944
#> SRR1421048 2 0.9170 0.5021 0.332 0.668
#> SRR1434999 1 0.7219 0.7501 0.800 0.200
#> SRR656457 1 0.7219 0.7501 0.800 0.200
#> SRR1098928 1 0.0938 0.7528 0.988 0.012
#> SRR1343967 2 0.0672 0.8285 0.008 0.992
#> SRR1360766 1 0.9732 0.4602 0.596 0.404
#> SRR1464724 2 0.0376 0.8267 0.004 0.996
#> SRR1101542 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.3879 0.7710 0.924 0.076
#> SRR1071519 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.8713 0.7021 0.708 0.292
#> SRR1358645 2 0.9170 0.5038 0.332 0.668
#> SRR819771 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.0376 0.8267 0.004 0.996
#> SRR821050 1 0.7815 0.7567 0.768 0.232
#> SRR1402091 2 0.5629 0.8002 0.132 0.868
#> SRR1322028 2 0.2603 0.8297 0.044 0.956
#> SRR1452556 2 0.0000 0.8244 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.8661 0.5965 0.288 0.712
#> SRR1418302 2 0.1184 0.8300 0.016 0.984
#> SRR1073991 1 0.7219 0.7712 0.800 0.200
#> SRR1085187 2 0.1184 0.8256 0.016 0.984
#> SRR1357618 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1487764 2 0.9983 0.1396 0.476 0.524
#> SRR1075336 1 0.9922 0.3659 0.552 0.448
#> SRR1365471 2 0.0672 0.8285 0.008 0.992
#> SRR1414613 2 0.4431 0.8196 0.092 0.908
#> SRR658719 2 0.7056 0.7527 0.192 0.808
#> SRR1475128 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.4431 0.8186 0.092 0.908
#> SRR1481146 2 0.6973 0.7571 0.188 0.812
#> SRR1465674 1 0.9944 0.3460 0.544 0.456
#> SRR1327303 2 0.5629 0.8002 0.132 0.868
#> SRR1390391 2 0.8861 0.5785 0.304 0.696
#> SRR1326020 2 0.6623 0.7741 0.172 0.828
#> SRR1381953 1 0.7950 0.6939 0.760 0.240
#> SRR1082544 2 0.4431 0.8186 0.092 0.908
#> SRR810761 1 0.8144 0.7418 0.748 0.252
#> SRR1070764 1 0.1184 0.7542 0.984 0.016
#> SRR1415919 1 0.0000 0.7464 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0938 0.8295 0.012 0.988
#> SRR1416773 1 0.9944 0.3460 0.544 0.456
#> SRR1377492 2 0.5737 0.7982 0.136 0.864
#> SRR1334314 2 0.9661 0.3297 0.392 0.608
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 1 0.481 0.421359 0.804 0.008 0.188
#> SRR1074385 1 0.551 0.655733 0.816 0.092 0.092
#> SRR1374739 3 0.540 0.908887 0.280 0.000 0.720
#> SRR1097883 1 0.572 0.623568 0.800 0.068 0.132
#> SRR2167209 1 0.820 0.097685 0.524 0.400 0.076
#> SRR816541 2 0.364 0.748689 0.124 0.872 0.004
#> SRR663645 2 0.601 0.618881 0.332 0.664 0.004
#> SRR1381505 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1416362 2 0.369 0.749644 0.140 0.860 0.000
#> SRR1318503 1 0.619 0.281315 0.632 0.364 0.004
#> SRR1341626 2 0.371 0.749712 0.128 0.868 0.004
#> SRR1382440 3 0.550 0.904819 0.292 0.000 0.708
#> SRR1088413 1 0.481 0.421359 0.804 0.008 0.188
#> SRR1082080 2 0.371 0.749712 0.128 0.868 0.004
#> SRR1455783 1 0.589 0.613359 0.796 0.096 0.108
#> SRR1447760 1 0.767 -0.179537 0.492 0.464 0.044
#> SRR1487784 2 0.369 0.750162 0.140 0.860 0.000
#> SRR1331037 2 0.630 0.520245 0.388 0.608 0.004
#> SRR1095651 3 0.742 0.698773 0.388 0.040 0.572
#> SRR1078066 1 0.557 0.650577 0.812 0.080 0.108
#> SRR1120363 1 0.393 0.596572 0.880 0.028 0.092
#> SRR821231 1 0.638 -0.191982 0.624 0.008 0.368
#> SRR1374373 2 0.634 0.517995 0.400 0.596 0.004
#> SRR1324519 2 0.348 0.750086 0.128 0.872 0.000
#> SRR1431121 1 0.335 0.546139 0.888 0.004 0.108
#> SRR1091032 2 0.382 0.749500 0.148 0.852 0.000
#> SRR1365575 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1072972 1 0.586 0.122657 0.704 0.008 0.288
#> SRR1310690 2 0.355 0.751120 0.132 0.868 0.000
#> SRR1383037 3 0.514 0.896173 0.252 0.000 0.748
#> SRR1095479 1 0.507 0.312670 0.772 0.004 0.224
#> SRR1070403 3 0.540 0.908887 0.280 0.000 0.720
#> SRR1390203 1 0.362 0.560362 0.884 0.012 0.104
#> SRR1072007 2 0.447 0.743933 0.176 0.820 0.004
#> SRR1468787 1 0.642 0.585737 0.728 0.228 0.044
#> SRR1347959 2 0.406 0.747387 0.164 0.836 0.000
#> SRR1338513 3 0.803 0.691769 0.368 0.072 0.560
#> SRR812598 2 0.540 0.659643 0.060 0.816 0.124
#> SRR1446806 2 0.652 0.229449 0.484 0.512 0.004
#> SRR1394275 1 0.617 0.612243 0.740 0.224 0.036
#> SRR1443633 1 0.695 0.423463 0.692 0.056 0.252
#> SRR1087728 3 0.553 0.902562 0.296 0.000 0.704
#> SRR1098192 2 0.388 0.748845 0.152 0.848 0.000
#> SRR1093340 2 0.371 0.749712 0.128 0.868 0.004
#> SRR665405 2 0.714 0.596317 0.328 0.632 0.040
#> SRR657077 2 0.606 0.610765 0.340 0.656 0.004
#> SRR813208 3 0.514 0.896173 0.252 0.000 0.748
#> SRR1416074 2 0.362 0.750145 0.136 0.864 0.000
#> SRR1089688 2 0.584 0.693787 0.252 0.732 0.016
#> SRR1353461 3 0.536 0.894872 0.276 0.000 0.724
#> SRR1466321 1 0.613 0.308068 0.644 0.352 0.004
#> SRR1073021 1 0.638 0.590666 0.732 0.224 0.044
#> SRR1322816 2 0.341 0.749562 0.124 0.876 0.000
#> SRR1457727 1 0.429 0.450863 0.832 0.004 0.164
#> SRR1464226 2 0.489 0.723932 0.228 0.772 0.000
#> SRR1398863 1 0.551 0.655733 0.816 0.092 0.092
#> SRR1455631 2 0.625 0.570192 0.376 0.620 0.004
#> SRR1307808 2 0.559 0.622200 0.304 0.696 0.000
#> SRR1374585 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1072104 2 0.493 0.718851 0.232 0.768 0.000
#> SRR1076868 2 0.362 0.750145 0.136 0.864 0.000
#> SRR1335984 2 0.596 0.634354 0.324 0.672 0.004
#> SRR1445939 1 0.611 0.638188 0.760 0.192 0.048
#> SRR1453047 2 0.382 0.749500 0.148 0.852 0.000
#> SRR1339788 3 0.540 0.908887 0.280 0.000 0.720
#> SRR1084323 1 0.628 0.611635 0.736 0.224 0.040
#> SRR1092937 1 0.640 0.595091 0.724 0.236 0.040
#> SRR1074090 2 0.348 0.750086 0.128 0.872 0.000
#> SRR1099833 3 0.803 0.691769 0.368 0.072 0.560
#> SRR1093434 3 0.536 0.909298 0.276 0.000 0.724
#> SRR1435857 1 0.566 0.671361 0.804 0.128 0.068
#> SRR1480347 2 0.364 0.748689 0.124 0.872 0.004
#> SRR1440787 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1430202 2 0.652 0.229449 0.484 0.512 0.004
#> SRR1322730 2 0.493 0.654191 0.044 0.836 0.120
#> SRR811029 2 0.587 0.645974 0.312 0.684 0.004
#> SRR1390456 3 0.510 0.897336 0.248 0.000 0.752
#> SRR1381140 1 0.582 0.638497 0.800 0.104 0.096
#> SRR1388064 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1093577 1 0.616 0.526466 0.708 0.272 0.020
#> SRR1414161 1 0.625 0.603063 0.732 0.232 0.036
#> SRR1328738 1 0.626 0.505133 0.696 0.284 0.020
#> SRR1311752 2 0.378 0.750281 0.132 0.864 0.004
#> SRR1445960 2 0.540 0.696656 0.256 0.740 0.004
#> SRR1403412 2 0.587 0.645974 0.312 0.684 0.004
#> SRR2166748 1 0.483 0.366651 0.792 0.004 0.204
#> SRR821666 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1330746 3 0.536 0.909298 0.276 0.000 0.724
#> SRR1327872 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1100800 1 0.350 0.539913 0.880 0.004 0.116
#> SRR1075174 1 0.666 0.639500 0.736 0.192 0.072
#> SRR1434436 1 0.623 0.367064 0.652 0.340 0.008
#> SRR1389409 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1085310 1 0.649 0.521381 0.744 0.064 0.192
#> SRR1376718 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR808590 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1084128 2 0.596 0.638823 0.324 0.672 0.004
#> SRR1361692 1 0.516 0.666428 0.832 0.096 0.072
#> SRR1431493 1 0.435 0.405788 0.816 0.000 0.184
#> SRR1409084 1 0.490 0.665247 0.844 0.092 0.064
#> SRR2166214 2 0.714 0.596317 0.328 0.632 0.040
#> SRR1324102 2 0.388 0.748845 0.152 0.848 0.000
#> SRR1079754 2 0.498 0.636995 0.036 0.828 0.136
#> SRR1442127 3 0.553 0.902562 0.296 0.000 0.704
#> SRR1076244 2 0.494 0.670159 0.056 0.840 0.104
#> SRR1330901 2 0.559 0.622200 0.304 0.696 0.000
#> SRR1073167 2 0.388 0.748845 0.152 0.848 0.000
#> SRR1357541 1 0.572 0.623568 0.800 0.068 0.132
#> SRR811607 1 0.627 0.331109 0.644 0.348 0.008
#> SRR1468931 3 0.536 0.909298 0.276 0.000 0.724
#> SRR1474908 2 0.608 0.609802 0.344 0.652 0.004
#> SRR1309875 2 0.355 0.751120 0.132 0.868 0.000
#> SRR598792 3 0.543 0.907662 0.284 0.000 0.716
#> SRR1088537 2 0.608 0.612565 0.344 0.652 0.004
#> SRR1457682 1 0.506 0.668462 0.836 0.100 0.064
#> SRR1454289 2 0.652 0.215811 0.496 0.500 0.004
#> SRR1069352 3 0.546 0.906534 0.288 0.000 0.712
#> SRR1472728 2 0.610 0.608425 0.348 0.648 0.004
#> SRR1091144 2 0.518 0.699232 0.256 0.744 0.000
#> SRR1319118 1 0.458 0.421114 0.812 0.004 0.184
#> SRR1403611 3 0.775 0.764386 0.300 0.076 0.624
#> SRR1397762 1 0.725 0.595106 0.712 0.120 0.168
#> SRR1317387 3 0.742 0.698773 0.388 0.040 0.572
#> SRR1376426 2 0.362 0.750145 0.136 0.864 0.000
#> SRR1097777 1 0.378 0.512022 0.864 0.004 0.132
#> SRR1365743 3 0.536 0.894872 0.276 0.000 0.724
#> SRR1458992 2 0.540 0.696656 0.256 0.740 0.004
#> SRR1089537 2 0.747 0.259310 0.444 0.520 0.036
#> SRR1397744 1 0.462 0.517247 0.836 0.020 0.144
#> SRR1453893 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1098543 1 0.506 0.668793 0.836 0.100 0.064
#> SRR1321765 1 0.679 0.607584 0.740 0.160 0.100
#> SRR1440032 1 0.700 0.258127 0.588 0.388 0.024
#> SRR1404507 2 0.462 0.630586 0.024 0.840 0.136
#> SRR1404856 2 0.765 0.278257 0.440 0.516 0.044
#> SRR812745 1 0.743 0.652773 0.696 0.188 0.116
#> SRR1417524 3 0.731 0.754852 0.340 0.044 0.616
#> SRR1407334 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1453991 1 0.372 0.596253 0.888 0.024 0.088
#> SRR1415938 1 0.362 0.560362 0.884 0.012 0.104
#> SRR1081259 2 0.634 0.517995 0.400 0.596 0.004
#> SRR1436187 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1431948 3 0.465 0.875277 0.208 0.000 0.792
#> SRR1453277 2 0.648 0.519029 0.392 0.600 0.008
#> SRR1095407 1 0.820 0.097685 0.524 0.400 0.076
#> SRR1359694 1 0.648 -0.060378 0.544 0.452 0.004
#> SRR656982 1 0.728 -0.032993 0.512 0.460 0.028
#> SRR1354338 2 0.636 0.514206 0.404 0.592 0.004
#> SRR1088291 1 0.596 0.378707 0.672 0.324 0.004
#> SRR1080624 1 0.491 0.662919 0.844 0.088 0.068
#> SRR2166708 3 0.540 0.908887 0.280 0.000 0.720
#> SRR1393572 1 0.618 0.592619 0.732 0.236 0.032
#> SRR1429912 2 0.475 0.718916 0.216 0.784 0.000
#> SRR1421048 1 0.643 0.060414 0.568 0.428 0.004
#> SRR1434999 1 0.721 0.466709 0.680 0.068 0.252
#> SRR656457 1 0.721 0.466709 0.680 0.068 0.252
#> SRR1098928 3 0.565 0.883885 0.312 0.000 0.688
#> SRR1343967 2 0.378 0.750281 0.132 0.864 0.004
#> SRR1360766 1 0.739 0.626949 0.692 0.208 0.100
#> SRR1464724 2 0.494 0.670159 0.056 0.840 0.104
#> SRR1101542 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1401528 3 0.693 0.629583 0.452 0.016 0.532
#> SRR1071519 3 0.525 0.906228 0.264 0.000 0.736
#> SRR1086070 1 0.550 0.637654 0.816 0.088 0.096
#> SRR1358645 1 0.664 0.000513 0.544 0.448 0.008
#> SRR819771 3 0.550 0.904819 0.292 0.000 0.708
#> SRR1418433 2 0.494 0.670159 0.056 0.840 0.104
#> SRR821050 1 0.393 0.598175 0.880 0.028 0.092
#> SRR1402091 2 0.590 0.641689 0.316 0.680 0.004
#> SRR1322028 2 0.424 0.743854 0.176 0.824 0.000
#> SRR1452556 2 0.369 0.612034 0.000 0.860 0.140
#> SRR1340047 1 0.652 -0.169192 0.504 0.492 0.004
#> SRR1418302 2 0.355 0.751120 0.132 0.868 0.000
#> SRR1073991 1 0.357 0.534286 0.876 0.004 0.120
#> SRR1085187 2 0.728 0.599919 0.148 0.712 0.140
#> SRR1357618 3 0.550 0.904819 0.292 0.000 0.708
#> SRR1487764 2 0.984 0.065323 0.272 0.420 0.308
#> SRR1075336 1 0.583 0.628825 0.764 0.204 0.032
#> SRR1365471 2 0.371 0.749712 0.128 0.868 0.004
#> SRR1414613 2 0.518 0.709702 0.256 0.744 0.000
#> SRR658719 2 0.625 0.556183 0.376 0.620 0.004
#> SRR1475128 3 0.536 0.909298 0.276 0.000 0.724
#> SRR1367630 2 0.493 0.718851 0.232 0.768 0.000
#> SRR1481146 2 0.625 0.570192 0.376 0.620 0.004
#> SRR1465674 1 0.687 0.566139 0.724 0.196 0.080
#> SRR1327303 2 0.590 0.641689 0.316 0.680 0.004
#> SRR1390391 2 0.707 0.301349 0.468 0.512 0.020
#> SRR1326020 2 0.645 0.589826 0.352 0.636 0.012
#> SRR1381953 1 0.900 -0.042177 0.472 0.132 0.396
#> SRR1082544 2 0.506 0.713759 0.244 0.756 0.000
#> SRR810761 1 0.526 0.625742 0.824 0.060 0.116
#> SRR1070764 3 0.536 0.894872 0.276 0.000 0.724
#> SRR1415919 3 0.465 0.875277 0.208 0.000 0.792
#> SRR1490404 2 0.362 0.750145 0.136 0.864 0.000
#> SRR1416773 1 0.687 0.566139 0.724 0.196 0.080
#> SRR1377492 2 0.584 0.690753 0.252 0.732 0.016
#> SRR1334314 1 0.617 0.292561 0.636 0.360 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 1 0.419 0.5776 0.848 0.048 0.076 0.028
#> SRR1074385 1 0.537 0.6987 0.756 0.176 0.024 0.044
#> SRR1374739 3 0.733 0.7299 0.356 0.000 0.480 0.164
#> SRR1097883 1 0.569 0.6445 0.768 0.100 0.052 0.080
#> SRR2167209 2 0.952 -0.0915 0.268 0.316 0.108 0.308
#> SRR816541 2 0.121 0.5598 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR663645 2 0.469 0.6490 0.128 0.792 0.000 0.080
#> SRR1381505 4 0.499 0.9804 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1416362 2 0.100 0.5826 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR1318503 2 0.674 0.1141 0.388 0.516 0.000 0.096
#> SRR1341626 2 0.112 0.5649 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1382440 3 0.738 0.7238 0.364 0.000 0.468 0.168
#> SRR1088413 1 0.419 0.5776 0.848 0.048 0.076 0.028
#> SRR1082080 2 0.112 0.5649 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1455783 1 0.464 0.6815 0.788 0.172 0.012 0.028
#> SRR1447760 2 0.811 0.3432 0.252 0.540 0.052 0.156
#> SRR1487784 2 0.121 0.5822 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR1331037 2 0.489 0.6408 0.168 0.768 0.000 0.064
#> SRR1095651 3 0.762 0.5654 0.280 0.092 0.572 0.056
#> SRR1078066 1 0.641 0.6188 0.716 0.112 0.048 0.124
#> SRR1120363 1 0.326 0.6816 0.872 0.108 0.008 0.012
#> SRR821231 1 0.703 0.1143 0.636 0.064 0.240 0.060
#> SRR1374373 2 0.514 0.6243 0.192 0.744 0.000 0.064
#> SRR1324519 2 0.102 0.5705 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1431121 1 0.273 0.6510 0.904 0.076 0.008 0.012
#> SRR1091032 2 0.128 0.5897 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR1365575 4 0.499 0.9804 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1072972 1 0.604 0.3611 0.732 0.056 0.160 0.052
#> SRR1310690 2 0.112 0.5743 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1383037 3 0.345 0.7263 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1095479 1 0.551 0.4804 0.776 0.064 0.112 0.048
#> SRR1070403 3 0.736 0.7288 0.356 0.000 0.476 0.168
#> SRR1390203 1 0.296 0.6615 0.892 0.084 0.004 0.020
#> SRR1072007 2 0.194 0.6127 0.028 0.940 0.000 0.032
#> SRR1468787 1 0.765 0.4418 0.516 0.332 0.024 0.128
#> SRR1347959 2 0.172 0.6026 0.020 0.948 0.000 0.032
#> SRR1338513 3 0.774 0.5441 0.252 0.108 0.580 0.060
#> SRR812598 2 0.460 -0.4866 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1446806 2 0.587 0.4853 0.256 0.668 0.000 0.076
#> SRR1394275 1 0.655 0.4794 0.564 0.356 0.004 0.076
#> SRR1443633 1 0.634 0.4807 0.720 0.052 0.140 0.088
#> SRR1087728 3 0.622 0.7292 0.344 0.000 0.588 0.068
#> SRR1098192 2 0.139 0.5929 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR1093340 2 0.112 0.5649 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR665405 2 0.663 0.5598 0.104 0.680 0.032 0.184
#> SRR657077 2 0.460 0.6496 0.132 0.796 0.000 0.072
#> SRR813208 3 0.345 0.7263 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1416074 2 0.111 0.5791 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1089688 2 0.440 0.6063 0.048 0.800 0.000 0.152
#> SRR1353461 3 0.404 0.7187 0.160 0.004 0.816 0.020
#> SRR1466321 2 0.677 0.0576 0.408 0.496 0.000 0.096
#> SRR1073021 1 0.763 0.4510 0.520 0.328 0.024 0.128
#> SRR1322816 2 0.121 0.5682 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1457727 1 0.399 0.5918 0.860 0.064 0.032 0.044
#> SRR1464226 2 0.272 0.6389 0.064 0.904 0.000 0.032
#> SRR1398863 1 0.537 0.6987 0.756 0.176 0.024 0.044
#> SRR1455631 2 0.491 0.6461 0.140 0.776 0.000 0.084
#> SRR1307808 2 0.415 0.5910 0.160 0.808 0.000 0.032
#> SRR1374585 4 0.499 0.9804 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1072104 2 0.283 0.6359 0.060 0.900 0.000 0.040
#> SRR1076868 2 0.111 0.5791 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1335984 2 0.432 0.6549 0.116 0.816 0.000 0.068
#> SRR1445939 1 0.674 0.5531 0.592 0.312 0.012 0.084
#> SRR1453047 2 0.128 0.5897 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR1339788 3 0.736 0.7288 0.356 0.000 0.476 0.168
#> SRR1084323 1 0.617 0.4781 0.588 0.348 0.000 0.064
#> SRR1092937 1 0.621 0.4486 0.576 0.360 0.000 0.064
#> SRR1074090 2 0.102 0.5705 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1099833 3 0.774 0.5441 0.252 0.108 0.580 0.060
#> SRR1093434 3 0.731 0.7341 0.348 0.000 0.488 0.164
#> SRR1435857 1 0.592 0.6749 0.684 0.248 0.012 0.056
#> SRR1480347 2 0.121 0.5598 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1440787 4 0.499 0.9804 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1430202 2 0.587 0.4853 0.256 0.668 0.000 0.076
#> SRR1322730 2 0.473 -0.5698 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR811029 2 0.443 0.6516 0.096 0.812 0.000 0.092
#> SRR1390456 3 0.367 0.7289 0.164 0.000 0.824 0.012
#> SRR1381140 1 0.455 0.6886 0.780 0.188 0.004 0.028
#> SRR1388064 2 0.500 -0.9317 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1093577 1 0.676 0.3478 0.520 0.392 0.004 0.084
#> SRR1414161 1 0.658 0.4636 0.556 0.364 0.004 0.076
#> SRR1328738 1 0.679 0.3017 0.504 0.408 0.004 0.084
#> SRR1311752 2 0.121 0.5686 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1445960 2 0.332 0.6472 0.064 0.876 0.000 0.060
#> SRR1403412 2 0.443 0.6516 0.096 0.812 0.000 0.092
#> SRR2166748 1 0.516 0.5318 0.800 0.068 0.084 0.048
#> SRR821666 4 0.499 0.9804 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1330746 3 0.731 0.7341 0.348 0.000 0.488 0.164
#> SRR1327872 2 0.500 -0.9173 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1100800 1 0.322 0.6512 0.888 0.076 0.016 0.020
#> SRR1075174 1 0.711 0.5580 0.580 0.312 0.032 0.076
#> SRR1434436 2 0.670 -0.0495 0.432 0.480 0.000 0.088
#> SRR1389409 4 0.499 0.9804 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1085310 1 0.701 0.5911 0.664 0.148 0.144 0.044
#> SRR1376718 4 0.499 0.9804 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR808590 4 0.499 0.9804 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1084128 2 0.409 0.6536 0.116 0.828 0.000 0.056
#> SRR1361692 1 0.441 0.7021 0.788 0.184 0.004 0.024
#> SRR1431493 1 0.458 0.5558 0.832 0.064 0.060 0.044
#> SRR1409084 1 0.455 0.6988 0.776 0.188 0.000 0.036
#> SRR2166214 2 0.663 0.5598 0.104 0.680 0.032 0.184
#> SRR1324102 2 0.139 0.5929 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR1079754 2 0.489 -0.7260 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1442127 3 0.622 0.7292 0.344 0.000 0.588 0.068
#> SRR1076244 2 0.445 -0.3685 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1330901 2 0.415 0.5910 0.160 0.808 0.000 0.032
#> SRR1073167 2 0.139 0.5929 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR1357541 1 0.575 0.6412 0.764 0.100 0.052 0.084
#> SRR811607 2 0.673 0.0324 0.416 0.492 0.000 0.092
#> SRR1468931 3 0.735 0.7330 0.348 0.000 0.484 0.168
#> SRR1474908 2 0.451 0.6528 0.120 0.804 0.000 0.076
#> SRR1309875 2 0.121 0.5767 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR598792 3 0.673 0.7399 0.344 0.004 0.560 0.092
#> SRR1088537 2 0.441 0.6531 0.128 0.808 0.000 0.064
#> SRR1457682 1 0.463 0.6972 0.768 0.196 0.000 0.036
#> SRR1454289 2 0.605 0.4745 0.256 0.656 0.000 0.088
#> SRR1069352 3 0.740 0.7249 0.360 0.000 0.468 0.172
#> SRR1472728 2 0.444 0.6520 0.136 0.804 0.000 0.060
#> SRR1091144 2 0.422 0.6102 0.072 0.824 0.000 0.104
#> SRR1319118 1 0.412 0.5804 0.852 0.048 0.072 0.028
#> SRR1403611 3 0.701 0.6007 0.172 0.100 0.668 0.060
#> SRR1397762 1 0.766 0.6060 0.600 0.216 0.128 0.056
#> SRR1317387 3 0.762 0.5654 0.280 0.092 0.572 0.056
#> SRR1376426 2 0.111 0.5791 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1097777 1 0.311 0.6318 0.896 0.064 0.020 0.020
#> SRR1365743 3 0.404 0.7187 0.160 0.004 0.816 0.020
#> SRR1458992 2 0.332 0.6472 0.064 0.876 0.000 0.060
#> SRR1089537 2 0.700 0.4764 0.228 0.596 0.004 0.172
#> SRR1397744 1 0.406 0.6349 0.852 0.084 0.024 0.040
#> SRR1453893 4 0.499 0.9804 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1098543 1 0.463 0.6975 0.768 0.196 0.000 0.036
#> SRR1321765 1 0.867 0.4493 0.508 0.136 0.108 0.248
#> SRR1440032 2 0.673 0.0745 0.404 0.512 0.004 0.080
#> SRR1404507 2 0.497 -0.8338 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1404856 2 0.842 0.3433 0.228 0.504 0.052 0.216
#> SRR812745 1 0.753 0.5830 0.564 0.304 0.068 0.064
#> SRR1417524 3 0.747 0.6312 0.268 0.064 0.592 0.076
#> SRR1407334 4 0.499 0.9749 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1453991 1 0.305 0.6817 0.880 0.104 0.004 0.012
#> SRR1415938 1 0.296 0.6615 0.892 0.084 0.004 0.020
#> SRR1081259 2 0.514 0.6243 0.192 0.744 0.000 0.064
#> SRR1436187 4 0.499 0.9804 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1431948 3 0.271 0.7152 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR1453277 2 0.537 0.6368 0.164 0.748 0.004 0.084
#> SRR1095407 2 0.952 -0.0915 0.268 0.316 0.108 0.308
#> SRR1359694 2 0.641 0.3681 0.308 0.600 0.000 0.092
#> SRR656982 2 0.710 0.3374 0.320 0.564 0.016 0.100
#> SRR1354338 2 0.514 0.6320 0.172 0.752 0.000 0.076
#> SRR1088291 2 0.675 -0.0617 0.440 0.468 0.000 0.092
#> SRR1080624 1 0.419 0.7024 0.800 0.172 0.000 0.028
#> SRR2166708 3 0.740 0.7245 0.360 0.000 0.468 0.172
#> SRR1393572 1 0.625 0.4537 0.580 0.352 0.000 0.068
#> SRR1429912 2 0.272 0.6206 0.064 0.904 0.000 0.032
#> SRR1421048 2 0.654 0.3046 0.324 0.580 0.000 0.096
#> SRR1434999 1 0.782 0.2274 0.540 0.024 0.196 0.240
#> SRR656457 1 0.782 0.2274 0.540 0.024 0.196 0.240
#> SRR1098928 3 0.548 0.7081 0.272 0.008 0.688 0.032
#> SRR1343967 2 0.121 0.5686 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1360766 1 0.764 0.5181 0.548 0.316 0.064 0.072
#> SRR1464724 2 0.445 -0.3685 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1101542 4 0.499 0.9758 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1401528 3 0.691 0.4691 0.416 0.036 0.508 0.040
#> SRR1071519 3 0.665 0.7451 0.328 0.000 0.568 0.104
#> SRR1086070 1 0.438 0.6928 0.796 0.172 0.004 0.028
#> SRR1358645 2 0.637 0.3299 0.324 0.592 0.000 0.084
#> SRR819771 3 0.738 0.7238 0.364 0.000 0.468 0.168
#> SRR1418433 2 0.443 -0.3553 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR821050 1 0.326 0.6834 0.872 0.108 0.008 0.012
#> SRR1402091 2 0.420 0.6550 0.108 0.824 0.000 0.068
#> SRR1322028 2 0.203 0.6094 0.028 0.936 0.000 0.036
#> SRR1452556 4 0.499 0.9758 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1340047 2 0.599 0.4368 0.284 0.644 0.000 0.072
#> SRR1418302 2 0.121 0.5767 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1073991 1 0.303 0.6444 0.896 0.072 0.016 0.016
#> SRR1085187 4 0.638 0.7357 0.052 0.464 0.004 0.480
#> SRR1357618 3 0.738 0.7238 0.364 0.000 0.468 0.168
#> SRR1487764 2 0.872 0.2409 0.128 0.488 0.276 0.108
#> SRR1075336 1 0.651 0.5440 0.604 0.312 0.008 0.076
#> SRR1365471 2 0.112 0.5649 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1414613 2 0.330 0.6482 0.076 0.876 0.000 0.048
#> SRR658719 2 0.495 0.6475 0.144 0.772 0.000 0.084
#> SRR1475128 3 0.731 0.7341 0.348 0.000 0.488 0.164
#> SRR1367630 2 0.283 0.6359 0.060 0.900 0.000 0.040
#> SRR1481146 2 0.491 0.6461 0.140 0.776 0.000 0.084
#> SRR1465674 1 0.892 0.4540 0.480 0.168 0.108 0.244
#> SRR1327303 2 0.420 0.6550 0.108 0.824 0.000 0.068
#> SRR1390391 2 0.622 0.4954 0.264 0.648 0.004 0.084
#> SRR1326020 2 0.500 0.6480 0.144 0.776 0.004 0.076
#> SRR1381953 1 0.870 0.0174 0.412 0.184 0.348 0.056
#> SRR1082544 2 0.262 0.6425 0.064 0.908 0.000 0.028
#> SRR810761 1 0.495 0.6706 0.808 0.100 0.048 0.044
#> SRR1070764 3 0.404 0.7187 0.160 0.004 0.816 0.020
#> SRR1415919 3 0.271 0.7152 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR1490404 2 0.111 0.5791 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1416773 1 0.892 0.4540 0.480 0.168 0.108 0.244
#> SRR1377492 2 0.453 0.6020 0.052 0.792 0.000 0.156
#> SRR1334314 2 0.674 0.1018 0.392 0.512 0.000 0.096
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 1 0.391 0.59118 0.844 0.032 0.072 0.016 0.036
#> SRR1074385 1 0.419 0.68692 0.772 0.184 0.032 0.000 0.012
#> SRR1374739 5 0.475 0.82151 0.196 0.000 0.084 0.000 0.720
#> SRR1097883 1 0.580 0.52742 0.708 0.080 0.008 0.060 0.144
#> SRR2167209 4 0.870 -0.01994 0.136 0.236 0.020 0.368 0.240
#> SRR816541 2 0.238 0.62722 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR663645 2 0.350 0.69396 0.100 0.844 0.004 0.048 0.004
#> SRR1381505 4 0.395 0.86677 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1416362 2 0.191 0.65472 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1318503 2 0.549 0.16328 0.376 0.572 0.008 0.036 0.008
#> SRR1341626 2 0.223 0.63730 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1382440 5 0.465 0.82068 0.220 0.000 0.064 0.000 0.716
#> SRR1088413 1 0.391 0.59118 0.844 0.032 0.072 0.016 0.036
#> SRR1082080 2 0.228 0.63444 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1455783 1 0.395 0.67120 0.796 0.168 0.004 0.016 0.016
#> SRR1447760 2 0.740 0.32258 0.168 0.556 0.004 0.132 0.140
#> SRR1487784 2 0.202 0.65458 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1331037 2 0.334 0.67664 0.144 0.832 0.008 0.016 0.000
#> SRR1095651 3 0.578 0.64199 0.180 0.088 0.692 0.012 0.028
#> SRR1078066 1 0.661 0.44567 0.648 0.084 0.012 0.104 0.152
#> SRR1120363 1 0.252 0.66972 0.888 0.096 0.000 0.004 0.012
#> SRR821231 1 0.650 0.14995 0.608 0.048 0.136 0.000 0.208
#> SRR1374373 2 0.373 0.66303 0.180 0.796 0.004 0.016 0.004
#> SRR1324519 2 0.213 0.64444 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1431121 1 0.184 0.64349 0.928 0.056 0.000 0.000 0.016
#> SRR1091032 2 0.236 0.66247 0.012 0.892 0.000 0.096 0.000
#> SRR1365575 4 0.395 0.86677 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1072972 1 0.566 0.35381 0.688 0.044 0.080 0.000 0.188
#> SRR1310690 2 0.207 0.64875 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1383037 3 0.325 0.69044 0.052 0.000 0.848 0.000 0.100
#> SRR1095479 1 0.489 0.45161 0.752 0.048 0.044 0.000 0.156
#> SRR1070403 5 0.455 0.82405 0.200 0.000 0.068 0.000 0.732
#> SRR1390203 1 0.210 0.65480 0.916 0.068 0.004 0.000 0.012
#> SRR1072007 2 0.261 0.67752 0.020 0.888 0.000 0.088 0.004
#> SRR1468787 1 0.735 0.41106 0.480 0.356 0.028 0.080 0.056
#> SRR1347959 2 0.236 0.67142 0.012 0.892 0.000 0.096 0.000
#> SRR1338513 3 0.567 0.64555 0.148 0.108 0.708 0.020 0.016
#> SRR812598 2 0.428 -0.43266 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1446806 2 0.441 0.52522 0.232 0.732 0.012 0.024 0.000
#> SRR1394275 1 0.561 0.42867 0.548 0.400 0.012 0.028 0.012
#> SRR1443633 1 0.579 0.34903 0.636 0.052 0.000 0.044 0.268
#> SRR1087728 3 0.666 0.17759 0.204 0.000 0.492 0.008 0.296
#> SRR1098192 2 0.214 0.66302 0.008 0.904 0.000 0.088 0.000
#> SRR1093340 2 0.223 0.63730 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR665405 2 0.575 0.54250 0.040 0.712 0.016 0.152 0.080
#> SRR657077 2 0.341 0.69436 0.104 0.848 0.004 0.040 0.004
#> SRR813208 3 0.325 0.69044 0.052 0.000 0.848 0.000 0.100
#> SRR1416074 2 0.196 0.65174 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1089688 2 0.392 0.64767 0.028 0.820 0.016 0.128 0.008
#> SRR1353461 3 0.302 0.70615 0.060 0.004 0.872 0.000 0.064
#> SRR1466321 2 0.556 0.08190 0.404 0.544 0.008 0.036 0.008
#> SRR1073021 1 0.735 0.42003 0.484 0.352 0.028 0.080 0.056
#> SRR1322816 2 0.228 0.64088 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1457727 1 0.310 0.57375 0.864 0.044 0.004 0.000 0.088
#> SRR1464226 2 0.332 0.69656 0.056 0.852 0.000 0.088 0.004
#> SRR1398863 1 0.419 0.68692 0.772 0.184 0.032 0.000 0.012
#> SRR1455631 2 0.379 0.68780 0.104 0.832 0.004 0.048 0.012
#> SRR1307808 2 0.476 0.63476 0.168 0.736 0.004 0.092 0.000
#> SRR1374585 4 0.395 0.86677 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1072104 2 0.322 0.69051 0.044 0.856 0.000 0.096 0.004
#> SRR1076868 2 0.196 0.65174 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1335984 2 0.294 0.70139 0.096 0.872 0.008 0.024 0.000
#> SRR1445939 1 0.529 0.52219 0.600 0.356 0.016 0.024 0.004
#> SRR1453047 2 0.236 0.66247 0.012 0.892 0.000 0.096 0.000
#> SRR1339788 5 0.455 0.82405 0.200 0.000 0.068 0.000 0.732
#> SRR1084323 1 0.506 0.45459 0.584 0.380 0.004 0.032 0.000
#> SRR1092937 1 0.510 0.41544 0.568 0.396 0.004 0.032 0.000
#> SRR1074090 2 0.218 0.64272 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1099833 3 0.567 0.64555 0.148 0.108 0.708 0.020 0.016
#> SRR1093434 5 0.492 0.81488 0.192 0.000 0.100 0.000 0.708
#> SRR1435857 1 0.508 0.65190 0.688 0.260 0.020 0.020 0.012
#> SRR1480347 2 0.228 0.63285 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1440787 4 0.395 0.86677 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1430202 2 0.441 0.52522 0.232 0.732 0.012 0.024 0.000
#> SRR1322730 2 0.430 -0.49998 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR811029 2 0.318 0.70073 0.072 0.868 0.012 0.048 0.000
#> SRR1390456 3 0.351 0.67119 0.044 0.000 0.824 0.000 0.132
#> SRR1381140 1 0.402 0.67700 0.780 0.188 0.004 0.020 0.008
#> SRR1388064 4 0.410 0.82906 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1093577 1 0.587 0.32028 0.512 0.424 0.016 0.036 0.012
#> SRR1414161 1 0.562 0.41112 0.540 0.408 0.012 0.028 0.012
#> SRR1328738 1 0.589 0.27291 0.496 0.440 0.016 0.036 0.012
#> SRR1311752 2 0.228 0.64081 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1445960 2 0.215 0.69927 0.044 0.920 0.004 0.032 0.000
#> SRR1403412 2 0.318 0.70073 0.072 0.868 0.012 0.048 0.000
#> SRR2166748 1 0.402 0.52633 0.812 0.048 0.020 0.000 0.120
#> SRR821666 4 0.395 0.86677 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1330746 5 0.492 0.81488 0.192 0.000 0.100 0.000 0.708
#> SRR1327872 4 0.411 0.82310 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1100800 1 0.236 0.64858 0.908 0.064 0.008 0.000 0.020
#> SRR1075174 1 0.597 0.51928 0.572 0.348 0.048 0.024 0.008
#> SRR1434436 2 0.558 -0.00575 0.420 0.528 0.008 0.036 0.008
#> SRR1389409 4 0.395 0.86677 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1085310 1 0.619 0.54621 0.632 0.140 0.204 0.012 0.012
#> SRR1376718 4 0.395 0.86677 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR808590 4 0.395 0.86677 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1084128 2 0.262 0.70035 0.096 0.884 0.000 0.016 0.004
#> SRR1361692 1 0.406 0.68534 0.784 0.180 0.004 0.016 0.016
#> SRR1431493 1 0.407 0.53162 0.824 0.044 0.024 0.008 0.100
#> SRR1409084 1 0.362 0.68591 0.788 0.192 0.000 0.020 0.000
#> SRR2166214 2 0.575 0.54250 0.040 0.712 0.016 0.152 0.080
#> SRR1324102 2 0.214 0.66302 0.008 0.904 0.000 0.088 0.000
#> SRR1079754 4 0.429 0.65050 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1442127 3 0.666 0.17759 0.204 0.000 0.492 0.008 0.296
#> SRR1076244 2 0.422 -0.28647 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1330901 2 0.476 0.63476 0.168 0.736 0.004 0.092 0.000
#> SRR1073167 2 0.214 0.66302 0.008 0.904 0.000 0.088 0.000
#> SRR1357541 1 0.586 0.52198 0.704 0.080 0.008 0.064 0.144
#> SRR811607 2 0.549 0.07860 0.404 0.548 0.008 0.032 0.008
#> SRR1468931 5 0.475 0.82122 0.196 0.000 0.084 0.000 0.720
#> SRR1474908 2 0.301 0.69774 0.100 0.868 0.012 0.020 0.000
#> SRR1309875 2 0.213 0.65091 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR598792 5 0.650 0.47733 0.188 0.004 0.308 0.000 0.500
#> SRR1088537 2 0.284 0.69812 0.108 0.872 0.004 0.012 0.004
#> SRR1457682 1 0.372 0.68412 0.776 0.204 0.000 0.020 0.000
#> SRR1454289 2 0.454 0.52637 0.232 0.728 0.008 0.028 0.004
#> SRR1069352 5 0.477 0.81762 0.224 0.000 0.060 0.004 0.712
#> SRR1472728 2 0.298 0.69719 0.116 0.860 0.000 0.020 0.004
#> SRR1091144 2 0.423 0.66065 0.048 0.788 0.008 0.152 0.004
#> SRR1319118 1 0.380 0.59457 0.848 0.032 0.072 0.012 0.036
#> SRR1403611 3 0.404 0.65852 0.048 0.092 0.828 0.024 0.008
#> SRR1397762 1 0.666 0.54443 0.564 0.224 0.188 0.020 0.004
#> SRR1317387 3 0.578 0.64199 0.180 0.088 0.692 0.012 0.028
#> SRR1376426 2 0.196 0.65174 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1097777 1 0.223 0.62877 0.916 0.048 0.004 0.000 0.032
#> SRR1365743 3 0.302 0.70615 0.060 0.004 0.872 0.000 0.064
#> SRR1458992 2 0.215 0.69927 0.044 0.920 0.004 0.032 0.000
#> SRR1089537 2 0.693 0.49630 0.172 0.624 0.068 0.112 0.024
#> SRR1397744 1 0.315 0.61417 0.864 0.064 0.004 0.000 0.068
#> SRR1453893 4 0.395 0.86677 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1098543 1 0.372 0.68461 0.776 0.204 0.000 0.020 0.000
#> SRR1321765 1 0.856 0.06396 0.372 0.108 0.020 0.224 0.276
#> SRR1440032 2 0.562 0.14309 0.388 0.556 0.012 0.036 0.008
#> SRR1404507 4 0.423 0.74469 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1404856 2 0.777 0.29067 0.140 0.516 0.008 0.196 0.140
#> SRR812745 1 0.665 0.52702 0.536 0.316 0.116 0.028 0.004
#> SRR1417524 3 0.619 0.65709 0.156 0.076 0.680 0.012 0.076
#> SRR1407334 4 0.402 0.85594 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1453991 1 0.217 0.66959 0.904 0.088 0.000 0.004 0.004
#> SRR1415938 1 0.210 0.65480 0.916 0.068 0.004 0.000 0.012
#> SRR1081259 2 0.373 0.66303 0.180 0.796 0.004 0.016 0.004
#> SRR1436187 4 0.395 0.86677 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1431948 3 0.239 0.64500 0.004 0.000 0.880 0.000 0.116
#> SRR1453277 2 0.395 0.67383 0.140 0.808 0.020 0.032 0.000
#> SRR1095407 4 0.870 -0.01994 0.136 0.236 0.020 0.368 0.240
#> SRR1359694 2 0.510 0.41983 0.292 0.660 0.008 0.032 0.008
#> SRR656982 2 0.581 0.38587 0.300 0.620 0.020 0.048 0.012
#> SRR1354338 2 0.395 0.67979 0.136 0.812 0.004 0.036 0.012
#> SRR1088291 2 0.553 -0.03174 0.432 0.520 0.008 0.032 0.008
#> SRR1080624 1 0.344 0.68876 0.808 0.176 0.000 0.004 0.012
#> SRR2166708 5 0.450 0.82184 0.208 0.000 0.060 0.000 0.732
#> SRR1393572 1 0.519 0.43637 0.576 0.388 0.008 0.024 0.004
#> SRR1429912 2 0.337 0.68327 0.056 0.848 0.004 0.092 0.000
#> SRR1421048 2 0.523 0.35872 0.304 0.644 0.008 0.036 0.008
#> SRR1434999 5 0.684 0.23186 0.332 0.012 0.004 0.176 0.476
#> SRR656457 5 0.684 0.23186 0.332 0.012 0.004 0.176 0.476
#> SRR1098928 3 0.476 0.67095 0.152 0.004 0.740 0.000 0.104
#> SRR1343967 2 0.228 0.64081 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1360766 1 0.673 0.47617 0.520 0.356 0.076 0.024 0.024
#> SRR1464724 2 0.422 -0.28647 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1101542 4 0.397 0.86456 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1401528 3 0.554 0.52369 0.324 0.028 0.616 0.008 0.024
#> SRR1071519 5 0.610 0.50519 0.152 0.000 0.308 0.000 0.540
#> SRR1086070 1 0.380 0.68201 0.804 0.164 0.004 0.020 0.008
#> SRR1358645 2 0.516 0.37981 0.304 0.648 0.008 0.032 0.008
#> SRR819771 5 0.465 0.82068 0.220 0.000 0.064 0.000 0.716
#> SRR1418433 2 0.421 -0.27322 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR821050 1 0.252 0.67084 0.888 0.096 0.000 0.004 0.012
#> SRR1402091 2 0.282 0.70191 0.088 0.880 0.008 0.024 0.000
#> SRR1322028 2 0.251 0.67710 0.020 0.888 0.000 0.092 0.000
#> SRR1452556 4 0.397 0.86456 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1340047 2 0.452 0.47290 0.264 0.704 0.008 0.024 0.000
#> SRR1418302 2 0.213 0.65091 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1073991 1 0.223 0.64282 0.916 0.056 0.008 0.000 0.020
#> SRR1085187 4 0.545 0.68808 0.044 0.280 0.016 0.652 0.008
#> SRR1357618 5 0.465 0.82068 0.220 0.000 0.064 0.000 0.716
#> SRR1487764 2 0.727 0.24070 0.076 0.524 0.308 0.068 0.024
#> SRR1075336 1 0.557 0.51538 0.596 0.348 0.020 0.024 0.012
#> SRR1365471 2 0.223 0.63730 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1414613 2 0.327 0.70255 0.068 0.860 0.000 0.064 0.008
#> SRR658719 2 0.353 0.69005 0.120 0.836 0.012 0.032 0.000
#> SRR1475128 5 0.492 0.81488 0.192 0.000 0.100 0.000 0.708
#> SRR1367630 2 0.322 0.69051 0.044 0.856 0.000 0.096 0.004
#> SRR1481146 2 0.379 0.68780 0.104 0.832 0.004 0.048 0.012
#> SRR1465674 1 0.871 0.08525 0.352 0.128 0.020 0.248 0.252
#> SRR1327303 2 0.282 0.70191 0.088 0.880 0.008 0.024 0.000
#> SRR1390391 2 0.476 0.55043 0.256 0.704 0.012 0.020 0.008
#> SRR1326020 2 0.359 0.69214 0.124 0.832 0.016 0.028 0.000
#> SRR1381953 3 0.748 0.13029 0.332 0.216 0.416 0.012 0.024
#> SRR1082544 2 0.307 0.69788 0.052 0.868 0.000 0.076 0.004
#> SRR810761 1 0.468 0.61844 0.772 0.088 0.000 0.024 0.116
#> SRR1070764 3 0.302 0.70615 0.060 0.004 0.872 0.000 0.064
#> SRR1415919 3 0.239 0.64500 0.004 0.000 0.880 0.000 0.116
#> SRR1490404 2 0.196 0.65174 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1416773 1 0.871 0.08525 0.352 0.128 0.020 0.248 0.252
#> SRR1377492 2 0.405 0.64226 0.032 0.812 0.016 0.132 0.008
#> SRR1334314 2 0.550 0.15226 0.380 0.568 0.008 0.036 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 1 0.3303 0.61187 0.852 0.008 0.076 0.012 0.004 0.048
#> SRR1074385 1 0.3393 0.67020 0.824 0.132 0.024 0.008 0.000 0.012
#> SRR1374739 6 0.1682 0.91724 0.052 0.000 0.020 0.000 0.000 0.928
#> SRR1097883 1 0.5008 0.34902 0.644 0.020 0.000 0.000 0.268 0.068
#> SRR2167209 5 0.3808 0.66499 0.008 0.088 0.000 0.112 0.792 0.000
#> SRR816541 2 0.2300 0.64426 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR663645 2 0.3417 0.70159 0.100 0.832 0.000 0.052 0.012 0.004
#> SRR1381505 4 0.2912 0.88420 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.1863 0.67149 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.4845 0.18815 0.392 0.560 0.000 0.032 0.016 0.000
#> SRR1341626 2 0.2178 0.65389 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1382440 6 0.1788 0.90892 0.076 0.000 0.004 0.000 0.004 0.916
#> SRR1088413 1 0.3303 0.61187 0.852 0.008 0.076 0.012 0.004 0.048
#> SRR1082080 2 0.2219 0.65108 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.3257 0.65735 0.816 0.152 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1447760 2 0.6111 0.25888 0.132 0.488 0.000 0.032 0.348 0.000
#> SRR1487784 2 0.1863 0.67165 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.3051 0.67786 0.156 0.824 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1095651 3 0.6919 0.62212 0.108 0.080 0.628 0.052 0.044 0.088
#> SRR1078066 1 0.5288 0.04262 0.536 0.028 0.000 0.000 0.388 0.048
#> SRR1120363 1 0.1801 0.66119 0.932 0.040 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR821231 1 0.5225 0.20844 0.584 0.008 0.092 0.000 0.000 0.316
#> SRR1374373 2 0.3719 0.65499 0.200 0.764 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1324519 2 0.2092 0.66065 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.0862 0.63984 0.972 0.004 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1091032 2 0.2266 0.67904 0.012 0.880 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.2912 0.88420 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.4471 0.39629 0.660 0.008 0.040 0.000 0.000 0.292
#> SRR1310690 2 0.2003 0.66758 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.2894 0.69764 0.036 0.000 0.852 0.000 0.004 0.108
#> SRR1095479 1 0.3488 0.48549 0.744 0.004 0.000 0.000 0.008 0.244
#> SRR1070403 6 0.1285 0.91640 0.052 0.000 0.004 0.000 0.000 0.944
#> SRR1390203 1 0.1312 0.65403 0.956 0.020 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR1072007 2 0.2704 0.69249 0.020 0.868 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR1468787 1 0.7107 0.32374 0.408 0.324 0.000 0.024 0.204 0.040
#> SRR1347959 2 0.2020 0.68593 0.008 0.896 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1338513 3 0.6630 0.61416 0.096 0.096 0.652 0.064 0.044 0.048
#> SRR812598 4 0.3868 0.45859 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR1446806 2 0.4086 0.54303 0.240 0.724 0.004 0.024 0.004 0.004
#> SRR1394275 1 0.4887 0.41952 0.564 0.388 0.000 0.032 0.004 0.012
#> SRR1443633 1 0.5883 0.19755 0.564 0.020 0.000 0.000 0.216 0.200
#> SRR1087728 3 0.6148 0.14837 0.112 0.000 0.452 0.020 0.012 0.404
#> SRR1098192 2 0.2070 0.67908 0.008 0.892 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.2178 0.65389 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR665405 2 0.5219 0.47410 0.008 0.640 0.004 0.116 0.232 0.000
#> SRR657077 2 0.3269 0.70320 0.104 0.840 0.000 0.040 0.012 0.004
#> SRR813208 3 0.2894 0.69764 0.036 0.000 0.852 0.000 0.004 0.108
#> SRR1416074 2 0.1910 0.66883 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.3929 0.64417 0.016 0.780 0.004 0.168 0.028 0.004
#> SRR1353461 3 0.2488 0.71021 0.044 0.000 0.880 0.000 0.000 0.076
#> SRR1466321 2 0.4891 0.10487 0.420 0.532 0.000 0.032 0.016 0.000
#> SRR1073021 1 0.7102 0.32573 0.412 0.320 0.000 0.024 0.204 0.040
#> SRR1322816 2 0.2219 0.65836 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.2213 0.59343 0.888 0.004 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1464226 2 0.3486 0.70359 0.048 0.820 0.000 0.116 0.016 0.000
#> SRR1398863 1 0.3393 0.67020 0.824 0.132 0.024 0.008 0.000 0.012
#> SRR1455631 2 0.4153 0.68786 0.088 0.800 0.004 0.052 0.052 0.004
#> SRR1307808 2 0.4422 0.61622 0.212 0.700 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.2912 0.88420 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.3371 0.69531 0.036 0.828 0.000 0.116 0.020 0.000
#> SRR1076868 2 0.1957 0.66777 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.2668 0.71146 0.096 0.872 0.004 0.024 0.000 0.004
#> SRR1445939 1 0.4450 0.49865 0.620 0.348 0.004 0.024 0.000 0.004
#> SRR1453047 2 0.2266 0.67904 0.012 0.880 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1339788 6 0.1285 0.91640 0.052 0.000 0.004 0.000 0.000 0.944
#> SRR1084323 1 0.4319 0.46878 0.620 0.348 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.4367 0.43020 0.604 0.364 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.2135 0.65902 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.6630 0.61416 0.096 0.096 0.652 0.064 0.044 0.048
#> SRR1093434 6 0.1995 0.91427 0.052 0.000 0.036 0.000 0.000 0.912
#> SRR1435857 1 0.4314 0.64052 0.728 0.220 0.012 0.024 0.000 0.016
#> SRR1480347 2 0.2219 0.64964 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.2912 0.88420 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1430202 2 0.4158 0.52488 0.252 0.712 0.004 0.024 0.004 0.004
#> SRR1322730 4 0.3851 0.52341 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR811029 2 0.2839 0.71310 0.076 0.868 0.004 0.048 0.000 0.004
#> SRR1390456 3 0.3164 0.68207 0.032 0.000 0.824 0.000 0.004 0.140
#> SRR1381140 1 0.3428 0.65514 0.796 0.176 0.000 0.016 0.004 0.008
#> SRR1388064 4 0.3446 0.83887 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.5363 0.33559 0.532 0.400 0.008 0.036 0.020 0.004
#> SRR1414161 1 0.4910 0.39273 0.552 0.400 0.000 0.032 0.004 0.012
#> SRR1328738 1 0.5385 0.29091 0.516 0.416 0.008 0.036 0.020 0.004
#> SRR1311752 2 0.2092 0.65955 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.2074 0.71059 0.048 0.912 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1403412 2 0.2839 0.71310 0.076 0.868 0.004 0.048 0.000 0.004
#> SRR2166748 1 0.2810 0.56238 0.832 0.004 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR821666 4 0.2912 0.88420 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1330746 6 0.1995 0.91427 0.052 0.000 0.036 0.000 0.000 0.912
#> SRR1327872 4 0.3446 0.83867 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.1570 0.64785 0.944 0.016 0.008 0.000 0.004 0.028
#> SRR1075174 1 0.4986 0.49484 0.600 0.340 0.036 0.020 0.000 0.004
#> SRR1434436 2 0.4896 0.00352 0.444 0.508 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1389409 4 0.2912 0.88420 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.6158 0.54271 0.644 0.104 0.172 0.016 0.020 0.044
#> SRR1376718 4 0.2912 0.88420 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.2912 0.88420 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.2526 0.70997 0.096 0.876 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1361692 1 0.3309 0.65063 0.824 0.116 0.004 0.000 0.056 0.000
#> SRR1431493 1 0.3114 0.55358 0.832 0.004 0.004 0.000 0.024 0.136
#> SRR1409084 1 0.3104 0.66981 0.824 0.152 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR2166214 2 0.5219 0.47410 0.008 0.640 0.004 0.116 0.232 0.000
#> SRR1324102 2 0.2070 0.67908 0.008 0.892 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1079754 4 0.3756 0.69859 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.6148 0.14837 0.112 0.000 0.452 0.020 0.012 0.404
#> SRR1076244 2 0.3854 -0.30967 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1330901 2 0.4422 0.61622 0.212 0.700 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.2070 0.67908 0.008 0.892 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.5027 0.33921 0.640 0.020 0.000 0.000 0.272 0.068
#> SRR811607 2 0.4776 0.01113 0.448 0.512 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1468931 6 0.1682 0.91765 0.052 0.000 0.020 0.000 0.000 0.928
#> SRR1474908 2 0.2825 0.70763 0.104 0.864 0.004 0.020 0.004 0.004
#> SRR1309875 2 0.2048 0.66969 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR598792 6 0.5069 0.53615 0.112 0.000 0.256 0.000 0.004 0.628
#> SRR1088537 2 0.2781 0.70781 0.108 0.860 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1457682 1 0.3214 0.66699 0.812 0.164 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR1454289 2 0.3883 0.55136 0.240 0.728 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1069352 6 0.1913 0.89982 0.080 0.000 0.000 0.000 0.012 0.908
#> SRR1472728 2 0.2838 0.70675 0.116 0.852 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1091144 2 0.4477 0.65259 0.032 0.748 0.000 0.144 0.076 0.000
#> SRR1319118 1 0.3249 0.61473 0.856 0.008 0.072 0.012 0.004 0.048
#> SRR1403611 3 0.5008 0.62207 0.004 0.072 0.756 0.084 0.044 0.040
#> SRR1397762 1 0.6880 0.51622 0.552 0.216 0.152 0.024 0.020 0.036
#> SRR1317387 3 0.6919 0.62212 0.108 0.080 0.628 0.052 0.044 0.088
#> SRR1376426 2 0.1957 0.66777 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.1484 0.63391 0.944 0.004 0.004 0.000 0.008 0.040
#> SRR1365743 3 0.2488 0.71021 0.044 0.000 0.880 0.000 0.000 0.076
#> SRR1458992 2 0.2074 0.71059 0.048 0.912 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1089537 2 0.7180 0.46110 0.108 0.580 0.060 0.112 0.128 0.012
#> SRR1397744 1 0.2627 0.62467 0.880 0.024 0.000 0.004 0.008 0.084
#> SRR1453893 4 0.2912 0.88420 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.3214 0.66758 0.812 0.164 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR1321765 5 0.4393 0.75609 0.164 0.052 0.000 0.000 0.748 0.036
#> SRR1440032 2 0.5058 0.16801 0.400 0.540 0.000 0.040 0.020 0.000
#> SRR1404507 4 0.3607 0.77781 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1404856 2 0.6320 0.04998 0.084 0.428 0.000 0.076 0.412 0.000
#> SRR812745 1 0.6677 0.48801 0.520 0.316 0.088 0.028 0.020 0.028
#> SRR1417524 3 0.6712 0.63475 0.124 0.072 0.632 0.040 0.028 0.104
#> SRR1407334 4 0.3309 0.85620 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.1741 0.66292 0.936 0.036 0.000 0.008 0.012 0.008
#> SRR1415938 1 0.1312 0.65403 0.956 0.020 0.000 0.004 0.008 0.012
#> SRR1081259 2 0.3719 0.65499 0.200 0.764 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1436187 4 0.2912 0.88420 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.3100 0.65388 0.004 0.000 0.848 0.028 0.012 0.108
#> SRR1453277 2 0.3913 0.67338 0.144 0.796 0.012 0.032 0.008 0.008
#> SRR1095407 5 0.3808 0.66499 0.008 0.088 0.000 0.112 0.792 0.000
#> SRR1359694 2 0.4585 0.43768 0.304 0.648 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR656982 2 0.5760 0.37839 0.300 0.596 0.012 0.052 0.024 0.016
#> SRR1354338 2 0.4348 0.68407 0.128 0.776 0.004 0.044 0.044 0.004
#> SRR1088291 2 0.5065 -0.04318 0.452 0.492 0.000 0.032 0.024 0.000
#> SRR1080624 1 0.2865 0.67078 0.852 0.120 0.000 0.004 0.020 0.004
#> SRR2166708 6 0.1411 0.91502 0.060 0.000 0.004 0.000 0.000 0.936
#> SRR1393572 1 0.4509 0.47739 0.620 0.344 0.000 0.020 0.016 0.000
#> SRR1429912 2 0.2897 0.69715 0.060 0.852 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.4702 0.37415 0.316 0.632 0.000 0.032 0.020 0.000
#> SRR1434999 5 0.5301 0.56751 0.148 0.000 0.000 0.000 0.584 0.268
#> SRR656457 5 0.5301 0.56751 0.148 0.000 0.000 0.000 0.584 0.268
#> SRR1098928 3 0.5559 0.67503 0.092 0.000 0.684 0.024 0.044 0.156
#> SRR1343967 2 0.2092 0.65955 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.6403 0.48552 0.524 0.336 0.072 0.024 0.012 0.032
#> SRR1464724 2 0.3854 -0.30967 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1101542 4 0.2941 0.88331 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.6144 0.49601 0.292 0.020 0.580 0.028 0.020 0.060
#> SRR1071519 6 0.4399 0.60587 0.056 0.000 0.252 0.000 0.004 0.688
#> SRR1086070 1 0.3098 0.66954 0.832 0.140 0.000 0.016 0.004 0.008
#> SRR1358645 2 0.4468 0.40612 0.316 0.644 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR819771 6 0.1788 0.90892 0.076 0.000 0.004 0.000 0.004 0.916
#> SRR1418433 2 0.3854 -0.30222 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR821050 1 0.1801 0.66199 0.932 0.040 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR1402091 2 0.2476 0.71163 0.092 0.880 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR1322028 2 0.2163 0.69112 0.016 0.892 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.2941 0.88331 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.4191 0.46978 0.284 0.684 0.000 0.024 0.004 0.004
#> SRR1418302 2 0.2048 0.66969 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1073991 1 0.1375 0.64279 0.952 0.008 0.008 0.000 0.004 0.028
#> SRR1085187 4 0.4947 0.46331 0.000 0.120 0.000 0.636 0.244 0.000
#> SRR1357618 6 0.1788 0.90892 0.076 0.000 0.004 0.000 0.004 0.916
#> SRR1487764 2 0.7270 0.20430 0.056 0.504 0.280 0.100 0.036 0.024
#> SRR1075336 1 0.4874 0.52565 0.624 0.324 0.008 0.028 0.012 0.004
#> SRR1365471 2 0.2178 0.65389 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.3055 0.71356 0.072 0.852 0.000 0.068 0.008 0.000
#> SRR658719 2 0.3067 0.70210 0.124 0.840 0.004 0.028 0.000 0.004
#> SRR1475128 6 0.1995 0.91427 0.052 0.000 0.036 0.000 0.000 0.912
#> SRR1367630 2 0.3371 0.69531 0.036 0.828 0.000 0.116 0.020 0.000
#> SRR1481146 2 0.4153 0.68786 0.088 0.800 0.004 0.052 0.052 0.004
#> SRR1465674 5 0.3691 0.76701 0.148 0.060 0.000 0.000 0.788 0.004
#> SRR1327303 2 0.2476 0.71163 0.092 0.880 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR1390391 2 0.4139 0.57094 0.260 0.704 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR1326020 2 0.3277 0.70279 0.124 0.832 0.012 0.028 0.000 0.004
#> SRR1381953 3 0.7129 0.14956 0.328 0.204 0.408 0.024 0.004 0.032
#> SRR1082544 2 0.3191 0.70558 0.044 0.844 0.000 0.096 0.016 0.000
#> SRR810761 1 0.4279 0.51574 0.740 0.024 0.000 0.000 0.192 0.044
#> SRR1070764 3 0.2488 0.71021 0.044 0.000 0.880 0.000 0.000 0.076
#> SRR1415919 3 0.3100 0.65388 0.004 0.000 0.848 0.028 0.012 0.108
#> SRR1490404 2 0.1957 0.66777 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.3691 0.76701 0.148 0.060 0.000 0.000 0.788 0.004
#> SRR1377492 2 0.4072 0.63740 0.016 0.772 0.008 0.172 0.028 0.004
#> SRR1334314 2 0.4853 0.17700 0.396 0.556 0.000 0.032 0.016 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.896 0.922 0.968 0.4989 0.500 0.500
#> 3 3 0.628 0.796 0.896 0.2747 0.682 0.459
#> 4 4 0.598 0.735 0.820 0.1220 0.834 0.594
#> 5 5 0.626 0.632 0.777 0.0740 0.919 0.736
#> 6 6 0.691 0.629 0.787 0.0483 0.915 0.678
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR2167209 2 0.5629 0.8351 0.132 0.868
#> SRR816541 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR821231 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1468787 2 0.9988 0.0734 0.480 0.520
#> SRR1347959 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1446806 2 0.8763 0.5759 0.296 0.704
#> SRR1394275 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR665405 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR657077 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1353461 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.2423 0.9360 0.040 0.960
#> SRR1073021 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.0672 0.9638 0.008 0.992
#> SRR1445939 1 0.6148 0.8099 0.848 0.152
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0376 0.9587 0.996 0.004
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.2236 0.9313 0.964 0.036
#> SRR1093434 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.2603 0.9322 0.044 0.956
#> SRR1322730 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.9710 0.3542 0.600 0.400
#> SRR1328738 2 0.9970 0.1189 0.468 0.532
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1434436 2 0.8661 0.5921 0.288 0.712
#> SRR1389409 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1361692 1 0.9000 0.5536 0.684 0.316
#> SRR1431493 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR2166214 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1330901 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.3114 0.9207 0.056 0.944
#> SRR1468931 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1454289 2 0.2423 0.9351 0.040 0.960
#> SRR1069352 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1319118 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.5294 0.8494 0.880 0.120
#> SRR1397762 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.9635 0.3863 0.612 0.388
#> SRR1397744 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.7745 0.7083 0.772 0.228
#> SRR1404507 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.1414 0.9539 0.020 0.980
#> SRR812745 1 0.8499 0.6361 0.724 0.276
#> SRR1417524 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.9833 0.2472 0.424 0.576
#> SRR1436187 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.2778 0.9285 0.048 0.952
#> SRR1095407 2 0.9393 0.4486 0.356 0.644
#> SRR1359694 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR656982 2 0.1414 0.9539 0.020 0.980
#> SRR1354338 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1088291 1 0.9686 0.3466 0.604 0.396
#> SRR1080624 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1360766 1 0.6438 0.7926 0.836 0.164
#> SRR1464724 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1418302 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1073991 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.8813 0.5765 0.700 0.300
#> SRR1075336 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR658719 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1475128 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1481146 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1465674 1 0.7815 0.6954 0.768 0.232
#> SRR1327303 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1390391 2 0.1843 0.9462 0.028 0.972
#> SRR1326020 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1416773 1 0.8016 0.6760 0.756 0.244
#> SRR1377492 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> SRR1334314 2 0.7950 0.6789 0.240 0.760
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1074385 1 0.0747 0.870 0.984 0.000 0.016
#> SRR1374739 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1097883 1 0.5560 0.563 0.700 0.000 0.300
#> SRR2167209 1 0.0237 0.874 0.996 0.000 0.004
#> SRR816541 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR663645 2 0.6520 0.231 0.488 0.508 0.004
#> SRR1381505 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1318503 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341626 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1382440 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1088413 1 0.5988 0.435 0.632 0.000 0.368
#> SRR1082080 2 0.3192 0.881 0.112 0.888 0.000
#> SRR1455783 1 0.2066 0.842 0.940 0.000 0.060
#> SRR1447760 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR1487784 2 0.3686 0.878 0.140 0.860 0.000
#> SRR1331037 2 0.6008 0.627 0.372 0.628 0.000
#> SRR1095651 3 0.1753 0.921 0.048 0.000 0.952
#> SRR1078066 1 0.4750 0.693 0.784 0.000 0.216
#> SRR1120363 1 0.1529 0.859 0.960 0.000 0.040
#> SRR821231 3 0.2448 0.900 0.076 0.000 0.924
#> SRR1374373 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR1324519 2 0.1529 0.865 0.040 0.960 0.000
#> SRR1431121 1 0.5621 0.547 0.692 0.000 0.308
#> SRR1091032 2 0.3619 0.880 0.136 0.864 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.4555 0.741 0.200 0.000 0.800
#> SRR1310690 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1383037 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1095479 3 0.2066 0.913 0.060 0.000 0.940
#> SRR1070403 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1390203 1 0.0892 0.868 0.980 0.000 0.020
#> SRR1072007 2 0.5690 0.751 0.288 0.708 0.004
#> SRR1468787 1 0.1031 0.867 0.976 0.000 0.024
#> SRR1347959 1 0.6291 -0.197 0.532 0.468 0.000
#> SRR1338513 1 0.3918 0.789 0.856 0.004 0.140
#> SRR812598 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.6215 0.318 0.572 0.000 0.428
#> SRR1087728 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1098192 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1093340 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR665405 1 0.6505 -0.100 0.528 0.468 0.004
#> SRR657077 1 0.6291 -0.197 0.532 0.468 0.000
#> SRR813208 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1416074 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1089688 2 0.2096 0.871 0.052 0.944 0.004
#> SRR1353461 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1466321 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.1643 0.856 0.956 0.000 0.044
#> SRR1322816 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1457727 1 0.6062 0.384 0.616 0.000 0.384
#> SRR1464226 2 0.5656 0.755 0.284 0.712 0.004
#> SRR1398863 1 0.2959 0.807 0.900 0.000 0.100
#> SRR1455631 2 0.6521 0.216 0.492 0.504 0.004
#> SRR1307808 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.4521 0.835 0.180 0.816 0.004
#> SRR1076868 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1335984 1 0.3349 0.767 0.888 0.108 0.004
#> SRR1445939 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1339788 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1084323 1 0.0747 0.870 0.984 0.000 0.016
#> SRR1092937 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1099833 3 0.3764 0.886 0.068 0.040 0.892
#> SRR1093434 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1435857 1 0.1031 0.867 0.976 0.000 0.024
#> SRR1480347 2 0.1411 0.863 0.036 0.964 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.0237 0.853 0.000 0.996 0.004
#> SRR811029 2 0.3619 0.880 0.136 0.864 0.000
#> SRR1390456 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1381140 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR1328738 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1445960 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1403412 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR2166748 1 0.5678 0.534 0.684 0.000 0.316
#> SRR821666 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1327872 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.1411 0.861 0.964 0.000 0.036
#> SRR1075174 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.6260 0.169 0.448 0.000 0.552
#> SRR1376718 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.6295 -0.212 0.528 0.472 0.000
#> SRR1361692 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431493 3 0.2796 0.883 0.092 0.000 0.908
#> SRR1409084 1 0.0237 0.874 0.996 0.000 0.004
#> SRR2166214 2 0.6460 0.384 0.440 0.556 0.004
#> SRR1324102 2 0.5363 0.765 0.276 0.724 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1076244 2 0.0237 0.853 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330901 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR1073167 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1357541 1 0.5650 0.546 0.688 0.000 0.312
#> SRR811607 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1474908 2 0.5760 0.675 0.328 0.672 0.000
#> SRR1309875 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR598792 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1088537 2 0.5497 0.746 0.292 0.708 0.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR1069352 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1472728 2 0.5497 0.746 0.292 0.708 0.000
#> SRR1091144 2 0.4733 0.821 0.196 0.800 0.004
#> SRR1319118 1 0.6062 0.402 0.616 0.000 0.384
#> SRR1403611 3 0.3690 0.862 0.016 0.100 0.884
#> SRR1397762 1 0.5905 0.441 0.648 0.000 0.352
#> SRR1317387 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1097777 1 0.5327 0.600 0.728 0.000 0.272
#> SRR1365743 3 0.2356 0.905 0.072 0.000 0.928
#> SRR1458992 2 0.3686 0.878 0.140 0.860 0.000
#> SRR1089537 1 0.4733 0.684 0.800 0.196 0.004
#> SRR1397744 1 0.3752 0.764 0.856 0.000 0.144
#> SRR1453893 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1321765 1 0.1964 0.848 0.944 0.000 0.056
#> SRR1440032 1 0.0237 0.874 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404507 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.0237 0.874 0.996 0.000 0.004
#> SRR812745 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR1417524 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1407334 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.5560 0.556 0.700 0.000 0.300
#> SRR1081259 1 0.0237 0.874 0.996 0.000 0.004
#> SRR1436187 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1453277 1 0.0237 0.874 0.996 0.000 0.004
#> SRR1095407 1 0.0747 0.872 0.984 0.000 0.016
#> SRR1359694 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR656982 1 0.0237 0.874 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354338 1 0.5138 0.506 0.748 0.252 0.000
#> SRR1088291 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1393572 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.6260 0.460 0.448 0.552 0.000
#> SRR1421048 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR1434999 3 0.2959 0.861 0.100 0.000 0.900
#> SRR656457 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1098928 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1343967 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1360766 1 0.1643 0.856 0.956 0.000 0.044
#> SRR1464724 2 0.0237 0.853 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101542 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.1643 0.926 0.044 0.000 0.956
#> SRR1071519 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1086070 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1358645 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR819771 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1418433 2 0.0237 0.853 0.000 0.996 0.004
#> SRR821050 1 0.1643 0.856 0.956 0.000 0.044
#> SRR1402091 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1322028 2 0.5465 0.751 0.288 0.712 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR1418302 2 0.4555 0.838 0.200 0.800 0.000
#> SRR1073991 3 0.6225 0.186 0.432 0.000 0.568
#> SRR1085187 2 0.0237 0.853 0.000 0.996 0.004
#> SRR1357618 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1487764 1 0.4605 0.727 0.796 0.000 0.204
#> SRR1075336 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1414613 2 0.5178 0.787 0.256 0.744 0.000
#> SRR658719 1 0.6244 -0.100 0.560 0.440 0.000
#> SRR1475128 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1367630 2 0.4521 0.835 0.180 0.816 0.004
#> SRR1481146 2 0.5285 0.772 0.244 0.752 0.004
#> SRR1465674 1 0.1643 0.856 0.956 0.000 0.044
#> SRR1327303 1 0.0237 0.874 0.996 0.004 0.000
#> SRR1390391 1 0.0592 0.869 0.988 0.012 0.000
#> SRR1326020 2 0.6460 0.477 0.440 0.556 0.004
#> SRR1381953 1 0.5785 0.525 0.668 0.000 0.332
#> SRR1082544 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR810761 1 0.5760 0.516 0.672 0.000 0.328
#> SRR1070764 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1415919 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> SRR1490404 2 0.3551 0.882 0.132 0.868 0.000
#> SRR1416773 1 0.1031 0.867 0.976 0.000 0.024
#> SRR1377492 2 0.2096 0.871 0.052 0.944 0.004
#> SRR1334314 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.1356 0.89189 0.032 0.000 0.960 0.008
#> SRR1074385 1 0.1174 0.84549 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1374739 3 0.0188 0.90168 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1097883 1 0.4673 0.77230 0.792 0.000 0.076 0.132
#> SRR2167209 1 0.4831 0.78241 0.752 0.040 0.000 0.208
#> SRR816541 2 0.1867 0.64622 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR663645 2 0.5979 0.63101 0.136 0.692 0.000 0.172
#> SRR1381505 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1416362 2 0.1302 0.67259 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1318503 1 0.2021 0.84693 0.936 0.040 0.000 0.024
#> SRR1341626 2 0.1867 0.64622 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1382440 3 0.0188 0.90168 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088413 1 0.4171 0.77575 0.824 0.000 0.116 0.060
#> SRR1082080 2 0.1867 0.64622 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1455783 1 0.1247 0.84681 0.968 0.016 0.004 0.012
#> SRR1447760 1 0.6660 0.45700 0.592 0.288 0.000 0.120
#> SRR1487784 2 0.0804 0.69718 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1331037 2 0.3881 0.68586 0.172 0.812 0.000 0.016
#> SRR1095651 3 0.5715 0.81436 0.084 0.012 0.732 0.172
#> SRR1078066 1 0.5226 0.74751 0.744 0.000 0.076 0.180
#> SRR1120363 1 0.2888 0.82430 0.872 0.004 0.000 0.124
#> SRR821231 3 0.4462 0.78183 0.164 0.000 0.792 0.044
#> SRR1374373 2 0.5713 0.52208 0.340 0.620 0.000 0.040
#> SRR1324519 2 0.1867 0.64622 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1431121 1 0.4344 0.78494 0.816 0.000 0.076 0.108
#> SRR1091032 2 0.0895 0.70670 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1365575 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1072972 1 0.6334 0.00234 0.484 0.000 0.456 0.060
#> SRR1310690 2 0.0592 0.68887 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1383037 3 0.2469 0.89028 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1095479 3 0.6466 0.50116 0.288 0.000 0.608 0.104
#> SRR1070403 3 0.0188 0.90168 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1390203 1 0.0657 0.84741 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1072007 2 0.4718 0.69248 0.116 0.792 0.000 0.092
#> SRR1468787 1 0.4842 0.78581 0.760 0.048 0.000 0.192
#> SRR1347959 2 0.3810 0.68136 0.188 0.804 0.000 0.008
#> SRR1338513 1 0.9126 0.24434 0.444 0.252 0.104 0.200
#> SRR812598 2 0.4941 -0.58929 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1446806 1 0.1913 0.84119 0.940 0.040 0.000 0.020
#> SRR1394275 1 0.1411 0.84435 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR1443633 1 0.5619 0.71305 0.724 0.000 0.152 0.124
#> SRR1087728 3 0.0921 0.90090 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1098192 2 0.1520 0.71148 0.020 0.956 0.000 0.024
#> SRR1093340 2 0.1867 0.64622 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR665405 2 0.6296 0.60389 0.124 0.652 0.000 0.224
#> SRR657077 2 0.4224 0.70006 0.144 0.812 0.000 0.044
#> SRR813208 3 0.2469 0.89028 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1416074 2 0.1867 0.64622 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1089688 2 0.4608 0.25626 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR1353461 3 0.2281 0.89215 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1466321 1 0.2174 0.84054 0.928 0.052 0.000 0.020
#> SRR1073021 1 0.2999 0.82078 0.864 0.000 0.004 0.132
#> SRR1322816 2 0.1792 0.65015 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1457727 1 0.3505 0.80058 0.864 0.000 0.088 0.048
#> SRR1464226 2 0.4718 0.69248 0.116 0.792 0.000 0.092
#> SRR1398863 1 0.1724 0.84317 0.948 0.020 0.000 0.032
#> SRR1455631 2 0.5875 0.62391 0.104 0.692 0.000 0.204
#> SRR1307808 1 0.5498 0.18729 0.576 0.404 0.000 0.020
#> SRR1374585 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1072104 2 0.4332 0.63515 0.040 0.800 0.000 0.160
#> SRR1076868 2 0.1792 0.65107 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1335984 2 0.5807 0.53055 0.344 0.612 0.000 0.044
#> SRR1445939 1 0.1936 0.84046 0.940 0.032 0.000 0.028
#> SRR1453047 2 0.0657 0.69434 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1339788 3 0.0336 0.90086 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1084323 1 0.1297 0.84484 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR1092937 1 0.1936 0.84048 0.940 0.032 0.000 0.028
#> SRR1074090 2 0.1792 0.65015 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1099833 3 0.6437 0.72433 0.036 0.044 0.648 0.272
#> SRR1093434 3 0.0000 0.90206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0524 0.84653 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1480347 2 0.4697 -0.31634 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1440787 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1430202 1 0.2413 0.83080 0.916 0.064 0.000 0.020
#> SRR1322730 4 0.4898 0.83434 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR811029 2 0.1888 0.71213 0.016 0.940 0.000 0.044
#> SRR1390456 3 0.1867 0.89545 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1381140 1 0.1733 0.84183 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1388064 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1093577 1 0.1004 0.84622 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1414161 1 0.3160 0.79242 0.872 0.108 0.000 0.020
#> SRR1328738 1 0.2675 0.84107 0.908 0.044 0.000 0.048
#> SRR1311752 2 0.1792 0.65015 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1445960 2 0.0188 0.70029 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.2002 0.71079 0.020 0.936 0.000 0.044
#> SRR2166748 1 0.4224 0.78923 0.824 0.000 0.076 0.100
#> SRR821666 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1330746 3 0.0592 0.90194 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1327872 4 0.4776 0.97733 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1100800 1 0.1398 0.84266 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1075174 1 0.2214 0.83842 0.928 0.028 0.000 0.044
#> SRR1434436 1 0.1724 0.84294 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1389409 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1085310 1 0.6850 0.11074 0.516 0.000 0.376 0.108
#> SRR1376718 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR808590 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1084128 2 0.3377 0.70516 0.140 0.848 0.000 0.012
#> SRR1361692 1 0.2844 0.84097 0.900 0.048 0.000 0.052
#> SRR1431493 3 0.5051 0.78227 0.132 0.000 0.768 0.100
#> SRR1409084 1 0.0336 0.84706 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2166214 2 0.5750 0.61757 0.088 0.696 0.000 0.216
#> SRR1324102 2 0.2859 0.71432 0.112 0.880 0.000 0.008
#> SRR1079754 4 0.4888 0.92868 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1442127 3 0.0469 0.90267 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1076244 2 0.4605 0.01278 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1330901 1 0.4284 0.69641 0.780 0.200 0.000 0.020
#> SRR1073167 2 0.0779 0.70429 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1357541 1 0.4805 0.76635 0.784 0.000 0.084 0.132
#> SRR811607 1 0.2174 0.84054 0.928 0.052 0.000 0.020
#> SRR1468931 3 0.0188 0.90168 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1474908 2 0.4244 0.68108 0.160 0.804 0.000 0.036
#> SRR1309875 2 0.0592 0.68784 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR598792 3 0.0469 0.90297 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1088537 2 0.2611 0.71707 0.096 0.896 0.000 0.008
#> SRR1457682 1 0.1174 0.84713 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1454289 1 0.3266 0.79655 0.868 0.108 0.000 0.024
#> SRR1069352 3 0.2473 0.86898 0.012 0.000 0.908 0.080
#> SRR1472728 2 0.2149 0.71850 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.4839 0.62122 0.044 0.756 0.000 0.200
#> SRR1319118 1 0.3962 0.77729 0.832 0.000 0.124 0.044
#> SRR1403611 3 0.5422 0.77738 0.024 0.016 0.704 0.256
#> SRR1397762 1 0.7159 0.38572 0.596 0.024 0.272 0.108
#> SRR1317387 3 0.3862 0.87329 0.024 0.000 0.824 0.152
#> SRR1376426 2 0.1867 0.64622 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1097777 1 0.2919 0.81590 0.896 0.000 0.060 0.044
#> SRR1365743 3 0.5616 0.81270 0.112 0.012 0.748 0.128
#> SRR1458992 2 0.0927 0.70604 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1089537 1 0.6917 0.56432 0.568 0.144 0.000 0.288
#> SRR1397744 1 0.2750 0.83165 0.908 0.004 0.032 0.056
#> SRR1453893 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1098543 1 0.0469 0.84694 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.4212 0.77612 0.772 0.000 0.012 0.216
#> SRR1440032 1 0.3948 0.79512 0.840 0.064 0.000 0.096
#> SRR1404507 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1404856 1 0.4831 0.77921 0.752 0.040 0.000 0.208
#> SRR812745 2 0.6215 0.52166 0.328 0.600 0.000 0.072
#> SRR1417524 3 0.3088 0.88489 0.000 0.008 0.864 0.128
#> SRR1407334 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1453991 1 0.1902 0.84031 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR1415938 1 0.3354 0.80297 0.872 0.000 0.084 0.044
#> SRR1081259 1 0.2214 0.83634 0.928 0.044 0.000 0.028
#> SRR1436187 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1431948 3 0.2149 0.89327 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1453277 2 0.6024 0.36881 0.416 0.540 0.000 0.044
#> SRR1095407 1 0.4745 0.78220 0.756 0.036 0.000 0.208
#> SRR1359694 1 0.4323 0.68112 0.776 0.204 0.000 0.020
#> SRR656982 2 0.7031 0.46237 0.324 0.536 0.000 0.140
#> SRR1354338 2 0.5867 0.61796 0.216 0.688 0.000 0.096
#> SRR1088291 1 0.2919 0.84158 0.896 0.044 0.000 0.060
#> SRR1080624 1 0.1109 0.84588 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR2166708 3 0.0188 0.90168 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1393572 1 0.0657 0.84732 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1429912 2 0.3668 0.68227 0.188 0.808 0.000 0.004
#> SRR1421048 1 0.3706 0.79751 0.848 0.112 0.000 0.040
#> SRR1434999 3 0.6602 0.52880 0.208 0.000 0.628 0.164
#> SRR656457 3 0.3863 0.82598 0.028 0.000 0.828 0.144
#> SRR1098928 3 0.2469 0.89028 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1343967 2 0.1978 0.65344 0.004 0.928 0.000 0.068
#> SRR1360766 1 0.1816 0.84623 0.948 0.024 0.004 0.024
#> SRR1464724 4 0.4713 0.94830 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1101542 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1401528 3 0.4740 0.84616 0.080 0.000 0.788 0.132
#> SRR1071519 3 0.0000 0.90206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.1297 0.84484 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR1358645 2 0.5713 0.52208 0.340 0.620 0.000 0.040
#> SRR819771 3 0.1970 0.88676 0.008 0.000 0.932 0.060
#> SRR1418433 2 0.4262 0.49012 0.008 0.756 0.000 0.236
#> SRR821050 1 0.1902 0.83920 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR1402091 2 0.0804 0.70609 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1322028 2 0.2773 0.71304 0.116 0.880 0.000 0.004
#> SRR1452556 4 0.4790 0.98188 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1340047 2 0.5649 0.51921 0.344 0.620 0.000 0.036
#> SRR1418302 2 0.1913 0.71751 0.040 0.940 0.000 0.020
#> SRR1073991 1 0.4274 0.75798 0.808 0.000 0.148 0.044
#> SRR1085187 4 0.4761 0.91509 0.004 0.332 0.000 0.664
#> SRR1357618 3 0.2676 0.86703 0.012 0.000 0.896 0.092
#> SRR1487764 1 0.9279 0.37774 0.440 0.220 0.128 0.212
#> SRR1075336 1 0.1042 0.84657 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1365471 2 0.1867 0.64622 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1414613 2 0.2466 0.71769 0.096 0.900 0.000 0.004
#> SRR658719 2 0.5472 0.59570 0.280 0.676 0.000 0.044
#> SRR1475128 3 0.0000 0.90206 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.4290 0.63204 0.036 0.800 0.000 0.164
#> SRR1481146 2 0.5397 0.62372 0.068 0.720 0.000 0.212
#> SRR1465674 1 0.4908 0.77730 0.748 0.032 0.004 0.216
#> SRR1327303 2 0.5713 0.52390 0.340 0.620 0.000 0.040
#> SRR1390391 2 0.5807 0.51833 0.344 0.612 0.000 0.044
#> SRR1326020 2 0.5212 0.65542 0.192 0.740 0.000 0.068
#> SRR1381953 1 0.9147 0.19012 0.412 0.252 0.252 0.084
#> SRR1082544 2 0.0707 0.69139 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR810761 1 0.4805 0.76635 0.784 0.000 0.084 0.132
#> SRR1070764 3 0.2281 0.89215 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1415919 3 0.2149 0.89327 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1490404 2 0.1867 0.64622 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1416773 1 0.4692 0.78164 0.756 0.032 0.000 0.212
#> SRR1377492 2 0.4720 0.25556 0.004 0.672 0.000 0.324
#> SRR1334314 1 0.2089 0.84227 0.932 0.048 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.3314 0.7327 0.124 0.000 0.844 0.012 0.020
#> SRR1074385 1 0.1740 0.7609 0.932 0.012 0.000 0.000 0.056
#> SRR1374739 3 0.0000 0.8147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.4972 0.6268 0.736 0.000 0.028 0.060 0.176
#> SRR2167209 5 0.6198 0.1056 0.380 0.052 0.000 0.044 0.524
#> SRR816541 2 0.1270 0.7825 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR663645 2 0.6434 0.2039 0.024 0.512 0.000 0.104 0.360
#> SRR1381505 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1416362 2 0.0963 0.7854 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1318503 1 0.4028 0.6974 0.812 0.076 0.000 0.012 0.100
#> SRR1341626 2 0.1270 0.7825 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1382440 3 0.0162 0.8142 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1088413 1 0.3189 0.7378 0.868 0.000 0.032 0.020 0.080
#> SRR1082080 2 0.1341 0.7808 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1455783 1 0.1408 0.7650 0.948 0.008 0.000 0.000 0.044
#> SRR1447760 5 0.7192 0.2713 0.292 0.316 0.000 0.016 0.376
#> SRR1487784 2 0.0290 0.7881 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1331037 2 0.2116 0.7426 0.076 0.912 0.000 0.008 0.004
#> SRR1095651 3 0.6550 0.5555 0.056 0.004 0.516 0.056 0.368
#> SRR1078066 1 0.5848 0.2538 0.520 0.000 0.016 0.060 0.404
#> SRR1120363 1 0.3375 0.7145 0.840 0.000 0.000 0.056 0.104
#> SRR821231 3 0.5769 0.4108 0.364 0.000 0.564 0.028 0.044
#> SRR1374373 2 0.5907 0.4559 0.176 0.628 0.000 0.008 0.188
#> SRR1324519 2 0.1341 0.7808 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1431121 1 0.4007 0.7060 0.824 0.000 0.032 0.056 0.088
#> SRR1091032 2 0.0162 0.7887 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1072972 1 0.4985 0.6127 0.748 0.000 0.144 0.032 0.076
#> SRR1310690 2 0.1300 0.7860 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1383037 3 0.3601 0.7861 0.000 0.000 0.820 0.052 0.128
#> SRR1095479 3 0.6611 0.3106 0.368 0.000 0.504 0.056 0.072
#> SRR1070403 3 0.0000 0.8147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0693 0.7690 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1072007 2 0.4715 0.5100 0.024 0.668 0.000 0.008 0.300
#> SRR1468787 5 0.5847 0.0262 0.424 0.052 0.000 0.020 0.504
#> SRR1347959 2 0.1197 0.7708 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338513 5 0.7116 0.3344 0.232 0.092 0.040 0.048 0.588
#> SRR812598 4 0.4268 0.3941 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1446806 1 0.3038 0.7396 0.872 0.040 0.000 0.008 0.080
#> SRR1394275 1 0.1740 0.7608 0.932 0.012 0.000 0.000 0.056
#> SRR1443633 1 0.6173 0.4702 0.616 0.000 0.064 0.060 0.260
#> SRR1087728 3 0.1117 0.8146 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1098192 2 0.2798 0.7276 0.000 0.852 0.000 0.008 0.140
#> SRR1093340 2 0.1341 0.7808 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR665405 5 0.6136 0.2310 0.016 0.340 0.000 0.096 0.548
#> SRR657077 2 0.3132 0.7398 0.036 0.864 0.000 0.008 0.092
#> SRR813208 3 0.3647 0.7856 0.000 0.000 0.816 0.052 0.132
#> SRR1416074 2 0.1341 0.7808 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1089688 2 0.6732 0.0168 0.000 0.412 0.000 0.272 0.316
#> SRR1353461 3 0.4203 0.7797 0.016 0.000 0.796 0.056 0.132
#> SRR1466321 1 0.3817 0.7066 0.824 0.056 0.000 0.012 0.108
#> SRR1073021 1 0.4619 0.6261 0.728 0.000 0.004 0.056 0.212
#> SRR1322816 2 0.1197 0.7838 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1457727 1 0.2897 0.7390 0.888 0.000 0.052 0.020 0.040
#> SRR1464226 2 0.4353 0.5078 0.004 0.660 0.000 0.008 0.328
#> SRR1398863 1 0.2466 0.7516 0.900 0.012 0.000 0.012 0.076
#> SRR1455631 5 0.6547 0.1997 0.032 0.388 0.000 0.096 0.484
#> SRR1307808 2 0.4750 0.4567 0.236 0.712 0.000 0.012 0.040
#> SRR1374585 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1072104 2 0.5644 0.3287 0.000 0.576 0.000 0.096 0.328
#> SRR1076868 2 0.1197 0.7826 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1335984 2 0.6038 0.4307 0.216 0.608 0.000 0.008 0.168
#> SRR1445939 1 0.2364 0.7543 0.908 0.020 0.000 0.008 0.064
#> SRR1453047 2 0.0290 0.7884 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1339788 3 0.0981 0.8072 0.008 0.000 0.972 0.008 0.012
#> SRR1084323 1 0.1809 0.7600 0.928 0.012 0.000 0.000 0.060
#> SRR1092937 1 0.3155 0.7281 0.848 0.016 0.000 0.008 0.128
#> SRR1074090 2 0.1341 0.7808 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1099833 5 0.7174 -0.2395 0.076 0.020 0.320 0.064 0.520
#> SRR1093434 3 0.0000 0.8147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0613 0.7687 0.984 0.004 0.000 0.004 0.008
#> SRR1480347 2 0.3074 0.6234 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1440787 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1430202 1 0.3186 0.7353 0.864 0.048 0.000 0.008 0.080
#> SRR1322730 4 0.5565 0.5990 0.000 0.128 0.000 0.632 0.240
#> SRR811029 2 0.3242 0.7069 0.000 0.816 0.000 0.012 0.172
#> SRR1390456 3 0.1893 0.8092 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1381140 1 0.2162 0.7560 0.916 0.012 0.000 0.008 0.064
#> SRR1388064 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1093577 1 0.2351 0.7587 0.896 0.000 0.000 0.016 0.088
#> SRR1414161 1 0.3384 0.7047 0.848 0.088 0.000 0.004 0.060
#> SRR1328738 1 0.5051 0.5600 0.696 0.052 0.000 0.016 0.236
#> SRR1311752 2 0.1270 0.7819 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1445960 2 0.1300 0.7860 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1403412 2 0.2518 0.7668 0.008 0.896 0.000 0.016 0.080
#> SRR2166748 1 0.3826 0.7115 0.836 0.000 0.032 0.052 0.080
#> SRR821666 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1330746 3 0.0162 0.8148 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1327872 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1100800 1 0.0912 0.7654 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1075174 1 0.2644 0.7487 0.888 0.012 0.000 0.012 0.088
#> SRR1434436 1 0.2260 0.7577 0.908 0.028 0.000 0.000 0.064
#> SRR1389409 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1085310 1 0.5516 0.5446 0.696 0.000 0.088 0.032 0.184
#> SRR1376718 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR808590 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1084128 2 0.1280 0.7850 0.024 0.960 0.000 0.008 0.008
#> SRR1361692 1 0.5051 0.5585 0.696 0.052 0.000 0.016 0.236
#> SRR1431493 3 0.6192 0.5593 0.228 0.000 0.632 0.056 0.084
#> SRR1409084 1 0.0807 0.7678 0.976 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR2166214 5 0.6036 0.1676 0.008 0.376 0.000 0.096 0.520
#> SRR1324102 2 0.0609 0.7861 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 4 0.3003 0.8475 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1442127 3 0.1018 0.8156 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR1076244 4 0.6667 0.1803 0.000 0.320 0.000 0.432 0.248
#> SRR1330901 1 0.5447 0.0961 0.512 0.440 0.000 0.012 0.036
#> SRR1073167 2 0.0451 0.7898 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1357541 1 0.5344 0.5793 0.696 0.000 0.032 0.060 0.212
#> SRR811607 1 0.3607 0.7191 0.840 0.056 0.000 0.012 0.092
#> SRR1468931 3 0.0000 0.8147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.4199 0.6871 0.100 0.800 0.000 0.012 0.088
#> SRR1309875 2 0.1300 0.7860 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR598792 3 0.0992 0.8162 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1088537 2 0.0671 0.7871 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457682 1 0.1956 0.7587 0.928 0.008 0.000 0.012 0.052
#> SRR1454289 1 0.4682 0.5012 0.708 0.248 0.000 0.012 0.032
#> SRR1069352 3 0.3034 0.7696 0.020 0.000 0.880 0.040 0.060
#> SRR1472728 2 0.0609 0.7863 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091144 5 0.5818 -0.0248 0.000 0.448 0.000 0.092 0.460
#> SRR1319118 1 0.3466 0.7247 0.856 0.000 0.072 0.024 0.048
#> SRR1403611 3 0.6642 0.4347 0.040 0.004 0.448 0.076 0.432
#> SRR1397762 1 0.5186 0.5868 0.720 0.008 0.044 0.028 0.200
#> SRR1317387 3 0.5745 0.6540 0.020 0.000 0.600 0.064 0.316
#> SRR1376426 2 0.1341 0.7808 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1097777 1 0.2151 0.7557 0.924 0.000 0.016 0.020 0.040
#> SRR1365743 3 0.7057 0.5947 0.156 0.004 0.568 0.064 0.208
#> SRR1458992 2 0.1364 0.7849 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1089537 5 0.5067 0.4309 0.116 0.044 0.000 0.088 0.752
#> SRR1397744 1 0.2344 0.7491 0.904 0.000 0.000 0.032 0.064
#> SRR1453893 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1098543 1 0.0579 0.7690 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1321765 1 0.5601 0.1179 0.476 0.000 0.004 0.060 0.460
#> SRR1440032 1 0.5349 0.1527 0.516 0.036 0.000 0.008 0.440
#> SRR1404507 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1404856 5 0.5768 0.1902 0.348 0.052 0.000 0.024 0.576
#> SRR812745 1 0.6749 0.0546 0.488 0.200 0.000 0.012 0.300
#> SRR1417524 3 0.5665 0.5767 0.012 0.004 0.564 0.048 0.372
#> SRR1407334 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1453991 1 0.2608 0.7477 0.888 0.004 0.000 0.020 0.088
#> SRR1415938 1 0.2515 0.7463 0.908 0.000 0.040 0.020 0.032
#> SRR1081259 1 0.3018 0.7408 0.872 0.036 0.000 0.008 0.084
#> SRR1436187 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1431948 3 0.3459 0.7899 0.000 0.000 0.832 0.052 0.116
#> SRR1453277 2 0.6264 0.3557 0.244 0.572 0.000 0.008 0.176
#> SRR1095407 5 0.6198 0.1056 0.380 0.052 0.000 0.044 0.524
#> SRR1359694 1 0.5598 0.2810 0.588 0.340 0.000 0.012 0.060
#> SRR656982 5 0.5583 0.1944 0.084 0.352 0.000 0.000 0.564
#> SRR1354338 2 0.5485 0.4804 0.084 0.668 0.000 0.016 0.232
#> SRR1088291 1 0.4996 0.5752 0.704 0.052 0.000 0.016 0.228
#> SRR1080624 1 0.1913 0.7585 0.932 0.008 0.000 0.016 0.044
#> SRR2166708 3 0.0290 0.8133 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1393572 1 0.0693 0.7684 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1429912 2 0.2414 0.7310 0.080 0.900 0.000 0.008 0.012
#> SRR1421048 1 0.6315 0.3596 0.588 0.172 0.000 0.016 0.224
#> SRR1434999 3 0.6610 0.3863 0.096 0.000 0.532 0.044 0.328
#> SRR656457 3 0.5493 0.5604 0.032 0.000 0.648 0.044 0.276
#> SRR1098928 3 0.3930 0.7761 0.000 0.000 0.792 0.056 0.152
#> SRR1343967 2 0.1341 0.7808 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1360766 1 0.3007 0.7339 0.864 0.028 0.000 0.004 0.104
#> SRR1464724 4 0.3427 0.8692 0.000 0.108 0.000 0.836 0.056
#> SRR1101542 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1401528 3 0.6939 0.5974 0.148 0.000 0.564 0.064 0.224
#> SRR1071519 3 0.0000 0.8147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.1670 0.7609 0.936 0.012 0.000 0.000 0.052
#> SRR1358645 2 0.4347 0.6321 0.136 0.780 0.000 0.008 0.076
#> SRR819771 3 0.2201 0.7973 0.008 0.000 0.920 0.040 0.032
#> SRR1418433 2 0.6613 0.0908 0.000 0.440 0.000 0.228 0.332
#> SRR821050 1 0.2729 0.7469 0.884 0.004 0.000 0.028 0.084
#> SRR1402091 2 0.1281 0.7864 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR1322028 2 0.0992 0.7825 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008
#> SRR1452556 4 0.2377 0.9183 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1340047 2 0.5174 0.5726 0.168 0.708 0.000 0.008 0.116
#> SRR1418302 2 0.2753 0.7301 0.000 0.856 0.000 0.008 0.136
#> SRR1073991 1 0.3677 0.7031 0.840 0.000 0.096 0.032 0.032
#> SRR1085187 4 0.4114 0.7585 0.000 0.060 0.000 0.776 0.164
#> SRR1357618 3 0.3701 0.7448 0.020 0.000 0.836 0.044 0.100
#> SRR1487764 5 0.4999 0.4083 0.084 0.052 0.068 0.016 0.780
#> SRR1075336 1 0.1809 0.7617 0.928 0.012 0.000 0.000 0.060
#> SRR1365471 2 0.1341 0.7808 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1414613 2 0.0703 0.7845 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR658719 2 0.5523 0.5620 0.124 0.668 0.000 0.008 0.200
#> SRR1475128 3 0.0000 0.8147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.5751 0.2857 0.000 0.552 0.000 0.100 0.348
#> SRR1481146 5 0.5831 0.1266 0.000 0.408 0.000 0.096 0.496
#> SRR1465674 5 0.6039 0.0804 0.392 0.040 0.000 0.044 0.524
#> SRR1327303 2 0.5682 0.5252 0.164 0.656 0.000 0.008 0.172
#> SRR1390391 2 0.6640 0.2117 0.296 0.496 0.000 0.008 0.200
#> SRR1326020 2 0.6178 0.3760 0.132 0.556 0.000 0.008 0.304
#> SRR1381953 1 0.8048 -0.0430 0.408 0.080 0.088 0.048 0.376
#> SRR1082544 2 0.1628 0.7763 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR810761 1 0.5052 0.6237 0.732 0.000 0.032 0.060 0.176
#> SRR1070764 3 0.3459 0.7899 0.000 0.000 0.832 0.052 0.116
#> SRR1415919 3 0.3359 0.7920 0.000 0.000 0.840 0.052 0.108
#> SRR1490404 2 0.1341 0.7808 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1416773 5 0.6046 0.0782 0.396 0.040 0.000 0.044 0.520
#> SRR1377492 5 0.6705 0.0645 0.000 0.364 0.000 0.244 0.392
#> SRR1334314 1 0.3916 0.7021 0.816 0.056 0.000 0.012 0.116
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.3760 0.599208 0.128 0.000 0.800 0.000 0.052 0.020
#> SRR1074385 1 0.0777 0.741372 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1374739 3 0.0260 0.782957 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1097883 1 0.5151 0.183654 0.512 0.000 0.024 0.008 0.432 0.024
#> SRR2167209 5 0.4038 0.683060 0.100 0.020 0.000 0.020 0.804 0.056
#> SRR816541 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR663645 6 0.5688 0.624385 0.012 0.212 0.000 0.084 0.048 0.644
#> SRR1381505 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0291 0.824044 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1318503 1 0.3928 0.647724 0.764 0.052 0.000 0.000 0.176 0.008
#> SRR1341626 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0777 0.779771 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1088413 1 0.4244 0.675037 0.776 0.000 0.024 0.004 0.116 0.080
#> SRR1082080 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.1562 0.741361 0.940 0.000 0.000 0.004 0.032 0.024
#> SRR1447760 5 0.6346 0.337976 0.092 0.284 0.000 0.020 0.552 0.052
#> SRR1487784 2 0.0146 0.823961 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331037 2 0.1219 0.810144 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1095651 6 0.5088 0.028869 0.004 0.000 0.252 0.012 0.084 0.648
#> SRR1078066 5 0.3526 0.642182 0.144 0.000 0.036 0.008 0.808 0.004
#> SRR1120363 1 0.3665 0.617343 0.728 0.000 0.000 0.000 0.252 0.020
#> SRR821231 1 0.6484 0.000721 0.420 0.000 0.408 0.012 0.124 0.036
#> SRR1374373 2 0.6473 0.145544 0.260 0.432 0.000 0.000 0.024 0.284
#> SRR1324519 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.4405 0.596396 0.720 0.000 0.024 0.008 0.224 0.024
#> SRR1091032 2 0.0146 0.824305 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.4327 0.656370 0.776 0.000 0.056 0.008 0.124 0.036
#> SRR1310690 2 0.1007 0.807112 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1383037 3 0.5053 0.682250 0.000 0.000 0.640 0.016 0.080 0.264
#> SRR1095479 1 0.6964 0.035242 0.408 0.000 0.324 0.016 0.216 0.036
#> SRR1070403 3 0.0260 0.782957 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1390203 1 0.0777 0.745712 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1072007 6 0.4652 0.291834 0.024 0.404 0.000 0.000 0.012 0.560
#> SRR1468787 5 0.5095 0.623253 0.188 0.016 0.000 0.020 0.696 0.080
#> SRR1347959 2 0.1155 0.812919 0.036 0.956 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1338513 6 0.2990 0.545931 0.036 0.012 0.004 0.008 0.068 0.872
#> SRR812598 4 0.3854 0.186659 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.2520 0.720780 0.888 0.008 0.000 0.000 0.052 0.052
#> SRR1394275 1 0.0653 0.743389 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR1443633 5 0.5559 0.325774 0.328 0.000 0.068 0.008 0.572 0.024
#> SRR1087728 3 0.1410 0.785254 0.000 0.000 0.944 0.004 0.008 0.044
#> SRR1098192 2 0.3330 0.559557 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1093340 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR665405 6 0.5504 0.600987 0.000 0.092 0.000 0.064 0.188 0.656
#> SRR657077 2 0.3400 0.712442 0.044 0.816 0.000 0.000 0.008 0.132
#> SRR813208 3 0.5053 0.682250 0.000 0.000 0.640 0.016 0.080 0.264
#> SRR1416074 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1089688 6 0.6139 0.586146 0.000 0.224 0.000 0.172 0.044 0.560
#> SRR1353461 3 0.5243 0.683584 0.024 0.000 0.648 0.008 0.068 0.252
#> SRR1466321 1 0.3419 0.671158 0.796 0.024 0.000 0.000 0.172 0.008
#> SRR1073021 1 0.3930 0.369475 0.576 0.000 0.000 0.000 0.420 0.004
#> SRR1322816 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.3499 0.687079 0.828 0.000 0.024 0.012 0.116 0.020
#> SRR1464226 6 0.4443 0.454546 0.024 0.328 0.000 0.000 0.012 0.636
#> SRR1398863 1 0.1686 0.732545 0.932 0.000 0.004 0.004 0.008 0.052
#> SRR1455631 6 0.6234 0.566858 0.012 0.104 0.000 0.080 0.200 0.604
#> SRR1307808 2 0.4089 0.634389 0.168 0.756 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1374585 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1072104 6 0.5287 0.553067 0.000 0.292 0.000 0.076 0.024 0.608
#> SRR1076868 2 0.0405 0.823824 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1335984 2 0.6060 0.238055 0.260 0.492 0.000 0.004 0.004 0.240
#> SRR1445939 1 0.1082 0.737299 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1453047 2 0.0291 0.824044 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1339788 3 0.1245 0.760852 0.000 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> SRR1084323 1 0.0603 0.743671 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1092937 1 0.3013 0.677655 0.832 0.004 0.000 0.000 0.024 0.140
#> SRR1074090 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1099833 6 0.3029 0.471825 0.004 0.004 0.052 0.012 0.060 0.868
#> SRR1093434 3 0.0000 0.784558 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.1155 0.745118 0.956 0.000 0.000 0.004 0.036 0.004
#> SRR1480347 2 0.1075 0.801669 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.2736 0.716425 0.880 0.020 0.000 0.000 0.052 0.048
#> SRR1322730 6 0.4944 0.192557 0.000 0.040 0.000 0.432 0.012 0.516
#> SRR811029 2 0.3808 0.546184 0.012 0.700 0.000 0.000 0.004 0.284
#> SRR1390456 3 0.2618 0.771854 0.000 0.000 0.872 0.000 0.052 0.076
#> SRR1381140 1 0.1010 0.737358 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1388064 4 0.1285 0.939040 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004 0.000
#> SRR1093577 1 0.3812 0.679781 0.772 0.004 0.000 0.000 0.168 0.056
#> SRR1414161 1 0.2504 0.704230 0.892 0.064 0.000 0.004 0.008 0.032
#> SRR1328738 1 0.4739 0.454908 0.624 0.024 0.000 0.000 0.324 0.028
#> SRR1311752 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.1555 0.795064 0.004 0.932 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR1403412 2 0.3421 0.699392 0.028 0.804 0.000 0.004 0.004 0.160
#> SRR2166748 1 0.4421 0.607229 0.728 0.000 0.024 0.012 0.212 0.024
#> SRR821666 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0291 0.785252 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1327872 4 0.1500 0.934691 0.000 0.052 0.000 0.936 0.012 0.000
#> SRR1100800 1 0.2182 0.731835 0.900 0.000 0.000 0.004 0.076 0.020
#> SRR1075174 1 0.1728 0.729400 0.924 0.000 0.000 0.004 0.008 0.064
#> SRR1434436 1 0.1930 0.734509 0.924 0.012 0.000 0.000 0.036 0.028
#> SRR1389409 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.5818 0.450224 0.612 0.000 0.036 0.012 0.096 0.244
#> SRR1376718 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0951 0.819476 0.020 0.968 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1361692 1 0.4919 0.440049 0.616 0.024 0.000 0.000 0.320 0.040
#> SRR1431493 3 0.7068 0.174246 0.232 0.000 0.448 0.012 0.248 0.060
#> SRR1409084 1 0.0858 0.745262 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2166214 6 0.5710 0.605991 0.000 0.112 0.000 0.064 0.188 0.636
#> SRR1324102 2 0.0713 0.818302 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 4 0.1908 0.887010 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004 0.000
#> SRR1442127 3 0.1307 0.786771 0.000 0.000 0.952 0.008 0.008 0.032
#> SRR1076244 6 0.5860 0.429929 0.000 0.144 0.000 0.320 0.016 0.520
#> SRR1330901 2 0.5241 0.200595 0.388 0.528 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1073167 2 0.0291 0.824773 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1357541 5 0.5613 -0.081083 0.456 0.000 0.056 0.008 0.456 0.024
#> SRR811607 1 0.3480 0.684959 0.808 0.044 0.000 0.000 0.140 0.008
#> SRR1468931 3 0.0146 0.783703 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1474908 2 0.4873 0.567705 0.160 0.676 0.000 0.000 0.004 0.160
#> SRR1309875 2 0.1285 0.801350 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR598792 3 0.1793 0.784274 0.000 0.000 0.928 0.004 0.032 0.036
#> SRR1088537 2 0.0692 0.820949 0.020 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457682 1 0.1958 0.725695 0.896 0.004 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1454289 1 0.4651 0.405495 0.652 0.280 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1069352 3 0.3983 0.553468 0.000 0.000 0.720 0.012 0.248 0.020
#> SRR1472728 2 0.0547 0.822773 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091144 6 0.5761 0.614165 0.000 0.140 0.000 0.064 0.160 0.636
#> SRR1319118 1 0.3930 0.670045 0.800 0.000 0.060 0.004 0.112 0.024
#> SRR1403611 6 0.4682 0.138045 0.000 0.000 0.216 0.016 0.072 0.696
#> SRR1397762 1 0.5065 0.484095 0.656 0.000 0.012 0.012 0.064 0.256
#> SRR1317387 6 0.5491 -0.159231 0.000 0.000 0.308 0.016 0.104 0.572
#> SRR1376426 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.2765 0.710435 0.864 0.000 0.004 0.004 0.104 0.024
#> SRR1365743 3 0.7214 0.450747 0.164 0.000 0.424 0.020 0.072 0.320
#> SRR1458992 2 0.2504 0.733324 0.004 0.856 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR1089537 6 0.5055 0.426534 0.008 0.004 0.000 0.064 0.320 0.604
#> SRR1397744 1 0.3262 0.693111 0.820 0.004 0.000 0.008 0.148 0.020
#> SRR1453893 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.1155 0.744931 0.956 0.004 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1321765 5 0.2611 0.678382 0.116 0.000 0.000 0.012 0.864 0.008
#> SRR1440032 6 0.5170 0.275311 0.312 0.008 0.000 0.000 0.088 0.592
#> SRR1404507 4 0.1500 0.934691 0.000 0.052 0.000 0.936 0.012 0.000
#> SRR1404856 5 0.5241 0.557709 0.096 0.020 0.000 0.020 0.692 0.172
#> SRR812745 1 0.5194 0.152004 0.520 0.044 0.000 0.004 0.016 0.416
#> SRR1417524 6 0.5231 -0.060641 0.000 0.008 0.336 0.016 0.052 0.588
#> SRR1407334 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.2805 0.681576 0.812 0.004 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1415938 1 0.3281 0.696911 0.840 0.000 0.024 0.004 0.108 0.024
#> SRR1081259 1 0.2201 0.724711 0.904 0.004 0.000 0.000 0.036 0.056
#> SRR1436187 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.4525 0.711417 0.000 0.000 0.696 0.008 0.068 0.228
#> SRR1453277 2 0.6208 0.204708 0.280 0.472 0.000 0.004 0.008 0.236
#> SRR1095407 5 0.3991 0.684139 0.096 0.020 0.000 0.020 0.808 0.056
#> SRR1359694 1 0.5408 0.132128 0.476 0.428 0.000 0.000 0.088 0.008
#> SRR656982 6 0.5655 0.585326 0.020 0.120 0.000 0.016 0.208 0.636
#> SRR1354338 2 0.6162 0.406097 0.072 0.588 0.000 0.000 0.172 0.168
#> SRR1088291 1 0.4753 0.454682 0.620 0.024 0.000 0.000 0.328 0.028
#> SRR1080624 1 0.2191 0.717888 0.876 0.004 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR2166708 3 0.0547 0.777793 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1393572 1 0.1010 0.744541 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1429912 2 0.1297 0.806364 0.040 0.948 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1421048 1 0.6534 0.060456 0.440 0.232 0.000 0.000 0.296 0.032
#> SRR1434999 5 0.4631 0.237043 0.020 0.000 0.368 0.012 0.596 0.004
#> SRR656457 5 0.4502 0.070630 0.008 0.000 0.428 0.012 0.548 0.004
#> SRR1098928 3 0.5129 0.669553 0.000 0.000 0.624 0.016 0.080 0.280
#> SRR1343967 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.2951 0.674760 0.844 0.004 0.000 0.004 0.020 0.128
#> SRR1464724 4 0.3241 0.813679 0.000 0.044 0.000 0.836 0.012 0.108
#> SRR1101542 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.7057 0.436803 0.136 0.000 0.420 0.020 0.068 0.356
#> SRR1071519 3 0.0405 0.785732 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1086070 1 0.0858 0.740592 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1358645 2 0.4678 0.628584 0.160 0.720 0.000 0.000 0.020 0.100
#> SRR819771 3 0.3296 0.648673 0.000 0.000 0.792 0.012 0.188 0.008
#> SRR1418433 6 0.5675 0.552423 0.000 0.192 0.000 0.216 0.012 0.580
#> SRR821050 1 0.2838 0.688569 0.808 0.000 0.000 0.000 0.188 0.004
#> SRR1402091 2 0.0692 0.816753 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1322028 2 0.0935 0.815337 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1452556 4 0.1141 0.940952 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.5478 0.441940 0.240 0.584 0.000 0.000 0.004 0.172
#> SRR1418302 2 0.3337 0.586919 0.000 0.736 0.000 0.000 0.004 0.260
#> SRR1073991 1 0.4355 0.650602 0.776 0.000 0.064 0.012 0.120 0.028
#> SRR1085187 4 0.4348 0.662494 0.000 0.016 0.000 0.752 0.104 0.128
#> SRR1357618 3 0.4138 0.516897 0.000 0.000 0.692 0.012 0.276 0.020
#> SRR1487764 6 0.4220 0.502950 0.004 0.008 0.012 0.012 0.252 0.712
#> SRR1075336 1 0.1401 0.741052 0.948 0.000 0.000 0.004 0.028 0.020
#> SRR1365471 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0858 0.817510 0.028 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR658719 2 0.5242 0.382470 0.100 0.568 0.000 0.000 0.004 0.328
#> SRR1475128 3 0.0000 0.784558 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 6 0.5366 0.612892 0.000 0.240 0.000 0.076 0.044 0.640
#> SRR1481146 6 0.5935 0.588571 0.000 0.112 0.000 0.076 0.200 0.612
#> SRR1465674 5 0.3931 0.685643 0.096 0.020 0.000 0.020 0.812 0.052
#> SRR1327303 2 0.5794 0.375820 0.212 0.552 0.000 0.004 0.004 0.228
#> SRR1390391 2 0.6383 0.059634 0.360 0.376 0.000 0.004 0.008 0.252
#> SRR1326020 6 0.5844 0.258552 0.148 0.364 0.000 0.004 0.004 0.480
#> SRR1381953 6 0.5966 0.285809 0.248 0.012 0.088 0.016 0.024 0.612
#> SRR1082544 2 0.1918 0.773146 0.000 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088
#> SRR810761 1 0.5606 0.084014 0.480 0.000 0.056 0.008 0.432 0.024
#> SRR1070764 3 0.4716 0.696084 0.000 0.000 0.668 0.008 0.072 0.252
#> SRR1415919 3 0.4500 0.713552 0.000 0.000 0.700 0.008 0.068 0.224
#> SRR1490404 2 0.0363 0.823865 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.3991 0.684139 0.096 0.020 0.000 0.020 0.808 0.056
#> SRR1377492 6 0.6463 0.606922 0.000 0.180 0.000 0.128 0.128 0.564
#> SRR1334314 1 0.4604 0.626062 0.724 0.024 0.000 0.000 0.176 0.076
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.907 0.939 0.974 0.5029 0.497 0.497
#> 3 3 0.705 0.902 0.904 0.2956 0.796 0.610
#> 4 4 0.677 0.595 0.759 0.1178 0.940 0.832
#> 5 5 0.719 0.686 0.844 0.0850 0.845 0.534
#> 6 6 0.757 0.686 0.831 0.0393 0.933 0.708
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR2167209 2 0.7219 0.751 0.200 0.800
#> SRR816541 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.7453 0.723 0.212 0.788
#> SRR1341626 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR821231 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1468787 1 0.9710 0.337 0.600 0.400
#> SRR1347959 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> SRR1394275 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR665405 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR657077 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1353461 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.7056 0.762 0.192 0.808
#> SRR1073021 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1445939 1 0.2236 0.937 0.964 0.036
#> SRR1453047 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.8207 0.659 0.256 0.744
#> SRR1322730 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.9710 0.353 0.600 0.400
#> SRR1328738 1 0.9460 0.431 0.636 0.364
#> SRR1311752 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.0376 0.965 0.996 0.004
#> SRR1389409 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1361692 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR2166214 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1330901 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.8144 0.667 0.252 0.748
#> SRR1468931 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1454289 2 0.9710 0.313 0.400 0.600
#> SRR1069352 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1319118 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.6343 0.803 0.840 0.160
#> SRR1397762 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.9209 0.509 0.664 0.336
#> SRR1397744 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.5519 0.842 0.872 0.128
#> SRR1404507 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.4562 0.883 0.096 0.904
#> SRR812745 1 0.7219 0.749 0.800 0.200
#> SRR1417524 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.4939 0.865 0.892 0.108
#> SRR1436187 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.7139 0.757 0.196 0.804
#> SRR1095407 1 0.9866 0.243 0.568 0.432
#> SRR1359694 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR656982 2 0.1843 0.953 0.028 0.972
#> SRR1354338 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1088291 1 0.7139 0.749 0.804 0.196
#> SRR1080624 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1360766 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1464724 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1418302 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1073991 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.7219 0.743 0.800 0.200
#> SRR1075336 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR658719 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1475128 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1481146 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1465674 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1327303 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1390391 2 0.7219 0.741 0.200 0.800
#> SRR1326020 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR1377492 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR1334314 1 0.0938 0.958 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074385 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR1374739 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 1 0.4291 0.895 0.820 0.000 0.180
#> SRR2167209 1 0.2537 0.838 0.920 0.000 0.080
#> SRR816541 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR663645 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1381505 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318503 1 0.4121 0.824 0.832 0.168 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.6274 0.436 0.544 0.000 0.456
#> SRR1447760 1 0.4605 0.798 0.796 0.204 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078066 1 0.4291 0.895 0.820 0.000 0.180
#> SRR1120363 1 0.4121 0.896 0.832 0.000 0.168
#> SRR821231 3 0.0237 0.965 0.004 0.000 0.996
#> SRR1374373 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.4235 0.895 0.824 0.000 0.176
#> SRR1091032 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1072972 3 0.0237 0.965 0.004 0.000 0.996
#> SRR1310690 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.1031 0.952 0.024 0.000 0.976
#> SRR1070403 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 1 0.4121 0.896 0.832 0.000 0.168
#> SRR1072007 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1468787 1 0.4291 0.895 0.820 0.000 0.180
#> SRR1347959 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338513 3 0.4121 0.794 0.168 0.000 0.832
#> SRR812598 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.4121 0.824 0.832 0.168 0.000
#> SRR1394275 1 0.4346 0.891 0.816 0.000 0.184
#> SRR1443633 1 0.4399 0.890 0.812 0.000 0.188
#> SRR1087728 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR665405 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR657077 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.4121 0.824 0.832 0.168 0.000
#> SRR1073021 1 0.4291 0.895 0.820 0.000 0.180
#> SRR1322816 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.4291 0.893 0.820 0.000 0.180
#> SRR1464226 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1398863 3 0.0592 0.960 0.012 0.000 0.988
#> SRR1455631 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1307808 1 0.4121 0.824 0.832 0.168 0.000
#> SRR1374585 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1072104 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.1337 0.910 0.012 0.972 0.016
#> SRR1445939 1 0.5236 0.819 0.804 0.168 0.028
#> SRR1453047 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 1 0.4346 0.891 0.816 0.000 0.184
#> SRR1092937 3 0.0592 0.960 0.012 0.000 0.988
#> SRR1074090 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.4121 0.794 0.168 0.000 0.832
#> SRR1093434 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.4452 0.888 0.808 0.000 0.192
#> SRR1480347 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1430202 1 0.4121 0.824 0.832 0.168 0.000
#> SRR1322730 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.4682 0.885 0.804 0.004 0.192
#> SRR1388064 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1093577 1 0.6307 0.324 0.512 0.000 0.488
#> SRR1414161 1 0.4399 0.810 0.812 0.188 0.000
#> SRR1328738 1 0.4121 0.896 0.832 0.000 0.168
#> SRR1311752 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166748 1 0.4235 0.895 0.824 0.000 0.176
#> SRR821666 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1100800 1 0.4235 0.895 0.824 0.000 0.176
#> SRR1075174 3 0.0592 0.960 0.012 0.000 0.988
#> SRR1434436 1 0.4121 0.824 0.832 0.168 0.000
#> SRR1389409 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1085310 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376718 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR808590 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.5137 0.856 0.832 0.104 0.064
#> SRR1431493 3 0.0892 0.954 0.020 0.000 0.980
#> SRR1409084 1 0.4235 0.894 0.824 0.000 0.176
#> SRR2166214 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.1289 0.923 0.032 0.968 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1330901 1 0.4291 0.816 0.820 0.180 0.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.4291 0.895 0.820 0.000 0.180
#> SRR811607 1 0.4121 0.824 0.832 0.168 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.4121 0.896 0.832 0.000 0.168
#> SRR1454289 1 0.4399 0.811 0.812 0.188 0.000
#> SRR1069352 3 0.0747 0.957 0.016 0.000 0.984
#> SRR1472728 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1319118 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403611 3 0.4351 0.791 0.168 0.004 0.828
#> SRR1397762 3 0.0592 0.960 0.012 0.000 0.988
#> SRR1317387 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.4842 0.861 0.776 0.000 0.224
#> SRR1365743 3 0.0424 0.963 0.008 0.000 0.992
#> SRR1458992 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089537 3 0.5355 0.763 0.168 0.032 0.800
#> SRR1397744 1 0.4121 0.896 0.832 0.000 0.168
#> SRR1453893 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1098543 1 0.4235 0.894 0.824 0.000 0.176
#> SRR1321765 1 0.4291 0.895 0.820 0.000 0.180
#> SRR1440032 3 0.4531 0.787 0.168 0.008 0.824
#> SRR1404507 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1404856 1 0.0661 0.779 0.988 0.004 0.008
#> SRR812745 3 0.4749 0.740 0.012 0.172 0.816
#> SRR1417524 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407334 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1453991 1 0.4121 0.896 0.832 0.000 0.168
#> SRR1415938 1 0.4654 0.876 0.792 0.000 0.208
#> SRR1081259 1 0.5111 0.820 0.808 0.168 0.024
#> SRR1436187 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 2 0.4033 0.824 0.008 0.856 0.136
#> SRR1095407 1 0.4291 0.895 0.820 0.000 0.180
#> SRR1359694 1 0.4235 0.819 0.824 0.176 0.000
#> SRR656982 2 0.5111 0.884 0.168 0.808 0.024
#> SRR1354338 2 0.0237 0.924 0.004 0.996 0.000
#> SRR1088291 1 0.4178 0.896 0.828 0.000 0.172
#> SRR1080624 1 0.4121 0.896 0.832 0.000 0.168
#> SRR2166708 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.4293 0.896 0.832 0.004 0.164
#> SRR1429912 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421048 1 0.4121 0.824 0.832 0.168 0.000
#> SRR1434999 3 0.1163 0.947 0.028 0.000 0.972
#> SRR656457 3 0.1163 0.947 0.028 0.000 0.972
#> SRR1098928 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360766 3 0.1753 0.919 0.048 0.000 0.952
#> SRR1464724 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1101542 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1401528 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 1 0.4555 0.880 0.800 0.000 0.200
#> SRR1358645 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR819771 3 0.0747 0.957 0.016 0.000 0.984
#> SRR1418433 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR821050 1 0.4235 0.895 0.824 0.000 0.176
#> SRR1402091 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1340047 2 0.0424 0.922 0.008 0.992 0.000
#> SRR1418302 2 0.0747 0.925 0.016 0.984 0.000
#> SRR1073991 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085187 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1357618 3 0.0747 0.957 0.016 0.000 0.984
#> SRR1487764 3 0.0237 0.965 0.000 0.004 0.996
#> SRR1075336 1 0.4178 0.896 0.828 0.000 0.172
#> SRR1365471 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR658719 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1481146 2 0.4121 0.899 0.168 0.832 0.000
#> SRR1465674 1 0.4291 0.895 0.820 0.000 0.180
#> SRR1327303 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390391 2 0.4555 0.715 0.000 0.800 0.200
#> SRR1326020 2 0.4979 0.886 0.168 0.812 0.020
#> SRR1381953 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082544 2 0.0892 0.924 0.020 0.980 0.000
#> SRR810761 1 0.4291 0.895 0.820 0.000 0.180
#> SRR1070764 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.4291 0.895 0.820 0.000 0.180
#> SRR1377492 2 0.4351 0.896 0.168 0.828 0.004
#> SRR1334314 1 0.4121 0.824 0.832 0.168 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074385 3 0.5570 0.1964 0.440 0.000 0.540 0.020
#> SRR1374739 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.4155 0.5580 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR2167209 4 0.6843 0.3299 0.432 0.012 0.068 0.488
#> SRR816541 2 0.4967 0.6839 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR663645 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1318503 1 0.2868 0.5886 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1341626 2 0.4941 0.6859 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1382440 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088413 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.4998 0.6771 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1455783 1 0.4748 0.4963 0.716 0.000 0.268 0.016
#> SRR1447760 4 0.4567 0.3127 0.276 0.008 0.000 0.716
#> SRR1487784 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1331037 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1095651 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078066 4 0.6549 0.3270 0.436 0.000 0.076 0.488
#> SRR1120363 1 0.1488 0.6598 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR821231 3 0.1557 0.8716 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1374373 2 0.5295 0.6702 0.008 0.504 0.000 0.488
#> SRR1324519 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1431121 1 0.0657 0.6710 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1091032 2 0.4998 0.6771 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1365575 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.1867 0.8611 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1310690 2 0.4907 0.6858 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1383037 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095479 3 0.3873 0.7146 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0707 0.6676 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1072007 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 4 0.7039 0.3380 0.416 0.016 0.076 0.492
#> SRR1347959 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1338513 3 0.1637 0.8620 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR812598 2 0.4907 0.6861 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1446806 1 0.4040 0.4603 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1394275 1 0.3447 0.6094 0.852 0.000 0.128 0.020
#> SRR1443633 1 0.4669 0.5298 0.796 0.000 0.100 0.104
#> SRR1087728 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.4008 0.6684 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1093340 2 0.4998 0.6771 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR665405 2 0.4103 0.2960 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR657077 2 0.4996 0.6782 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR813208 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1089688 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353461 3 0.0469 0.8938 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1466321 1 0.2760 0.5939 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1073021 4 0.6557 0.3061 0.448 0.000 0.076 0.476
#> SRR1322816 2 0.4996 0.6780 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1457727 1 0.1635 0.6685 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR1464226 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398863 3 0.4163 0.7444 0.188 0.000 0.792 0.020
#> SRR1455631 2 0.4746 0.0706 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1307808 4 0.5279 -0.0238 0.400 0.012 0.000 0.588
#> SRR1374585 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1335984 2 0.5895 0.6648 0.028 0.544 0.004 0.424
#> SRR1445939 1 0.5670 0.5042 0.720 0.000 0.128 0.152
#> SRR1453047 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1339788 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.3160 0.6256 0.872 0.000 0.108 0.020
#> SRR1092937 3 0.2542 0.8489 0.084 0.000 0.904 0.012
#> SRR1074090 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1099833 3 0.2149 0.8408 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1093434 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.3539 0.5963 0.820 0.000 0.176 0.004
#> SRR1480347 2 0.4998 0.6771 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1440787 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.4356 0.3998 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1322730 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811029 2 0.4830 0.6849 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1390456 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.4706 0.5146 0.732 0.000 0.248 0.020
#> SRR1388064 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.7059 0.0789 0.528 0.000 0.332 0.140
#> SRR1414161 1 0.4830 0.2329 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1328738 1 0.5408 -0.2540 0.500 0.000 0.012 0.488
#> SRR1311752 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1445960 2 0.4948 0.6843 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1403412 2 0.5329 0.6834 0.012 0.568 0.000 0.420
#> SRR2166748 1 0.0469 0.6717 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.1042 0.6710 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1075174 3 0.4245 0.7342 0.196 0.000 0.784 0.020
#> SRR1434436 1 0.4040 0.4597 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1389409 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1361692 1 0.5263 -0.1704 0.544 0.000 0.008 0.448
#> SRR1431493 3 0.2760 0.7886 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1409084 1 0.0592 0.6727 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2166214 2 0.4103 0.2960 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1324102 2 0.4998 0.6771 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1079754 2 0.3400 0.6600 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1442127 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330901 4 0.4998 -0.1354 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1073167 2 0.4998 0.6771 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1357541 1 0.4285 0.5485 0.820 0.000 0.076 0.104
#> SRR811607 1 0.2814 0.6014 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1468931 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.5378 0.6765 0.012 0.540 0.000 0.448
#> SRR1309875 2 0.4907 0.6858 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR598792 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.4998 0.6771 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1457682 1 0.0804 0.6697 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1454289 1 0.4830 0.2314 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1069352 3 0.3895 0.7055 0.184 0.000 0.804 0.012
#> SRR1472728 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1091144 2 0.0921 0.6089 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1319118 3 0.1792 0.8586 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1403611 3 0.3569 0.7305 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1397762 3 0.2081 0.8559 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1317387 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1097777 1 0.4621 0.5004 0.708 0.000 0.284 0.008
#> SRR1365743 3 0.2402 0.8554 0.076 0.000 0.912 0.012
#> SRR1458992 2 0.4941 0.6846 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1089537 2 0.7541 -0.2511 0.000 0.424 0.188 0.388
#> SRR1397744 1 0.0469 0.6717 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0376 0.6711 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1321765 4 0.6549 0.3270 0.436 0.000 0.076 0.488
#> SRR1440032 3 0.4040 0.6645 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404856 4 0.7024 0.2876 0.404 0.104 0.004 0.488
#> SRR812745 3 0.5247 0.6994 0.100 0.000 0.752 0.148
#> SRR1417524 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.2867 0.6052 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR1415938 1 0.4635 0.5109 0.720 0.000 0.268 0.012
#> SRR1081259 1 0.4673 0.3958 0.700 0.000 0.008 0.292
#> SRR1436187 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.7482 0.5657 0.012 0.544 0.164 0.280
#> SRR1095407 4 0.6786 0.3312 0.432 0.008 0.072 0.488
#> SRR1359694 4 0.4998 -0.1388 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR656982 2 0.4776 0.0513 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1354338 4 0.3311 -0.1169 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1088291 1 0.5407 -0.2466 0.504 0.000 0.012 0.484
#> SRR1080624 1 0.1284 0.6636 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR2166708 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0188 0.6709 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1429912 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1421048 4 0.4916 0.2654 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1434999 4 0.7828 0.2285 0.264 0.000 0.340 0.396
#> SRR656457 4 0.7832 0.2256 0.264 0.000 0.344 0.392
#> SRR1098928 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1360766 3 0.4606 0.5877 0.264 0.000 0.724 0.012
#> SRR1464724 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.0469 0.8938 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.4737 0.5108 0.728 0.000 0.252 0.020
#> SRR1358645 2 0.5000 0.6727 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR819771 3 0.2760 0.7886 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1418433 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821050 1 0.1938 0.6488 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1402091 2 0.4977 0.6817 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1322028 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1452556 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340047 4 0.6005 -0.6479 0.040 0.460 0.000 0.500
#> SRR1418302 2 0.4040 0.6690 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1073991 3 0.4955 0.1173 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1085187 2 0.1474 0.5853 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1357618 3 0.5397 0.5817 0.212 0.000 0.720 0.068
#> SRR1487764 3 0.6561 0.3204 0.000 0.092 0.564 0.344
#> SRR1075336 1 0.0707 0.6676 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1365471 2 0.4998 0.6771 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1414613 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR658719 2 0.5392 0.6724 0.012 0.528 0.000 0.460
#> SRR1475128 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481146 2 0.4564 0.1578 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1465674 4 0.6549 0.3270 0.436 0.000 0.076 0.488
#> SRR1327303 2 0.5399 0.6686 0.012 0.520 0.000 0.468
#> SRR1390391 4 0.7886 -0.2166 0.288 0.236 0.008 0.468
#> SRR1326020 2 0.3544 0.5782 0.012 0.852 0.128 0.008
#> SRR1381953 3 0.0188 0.8978 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1082544 2 0.2760 0.6434 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR810761 1 0.4235 0.5531 0.824 0.000 0.084 0.092
#> SRR1070764 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.8998 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.4999 0.6756 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1416773 4 0.6713 0.3312 0.432 0.004 0.076 0.488
#> SRR1377492 2 0.0000 0.6336 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334314 1 0.4134 0.3898 0.740 0.000 0.000 0.260
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.0451 0.89307 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1074385 1 0.2077 0.65590 0.908 0.000 0.084 0.000 0.008
#> SRR1374739 3 0.0451 0.89307 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1097883 5 0.4522 0.08928 0.440 0.000 0.008 0.000 0.552
#> SRR2167209 5 0.0324 0.72312 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR816541 2 0.3508 0.66811 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR663645 4 0.0703 0.88736 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1381505 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1416362 2 0.0703 0.81447 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1318503 5 0.6287 0.35370 0.276 0.196 0.000 0.000 0.528
#> SRR1341626 2 0.3837 0.59595 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1382440 3 0.0451 0.89307 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1088413 3 0.0451 0.89307 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1082080 2 0.1341 0.81872 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1455783 1 0.1648 0.69371 0.940 0.000 0.040 0.000 0.020
#> SRR1447760 5 0.2818 0.64635 0.008 0.128 0.000 0.004 0.860
#> SRR1487784 2 0.0794 0.81568 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1331037 2 0.0404 0.80852 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1095651 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078066 5 0.0579 0.72187 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1120363 1 0.4403 0.23329 0.560 0.004 0.000 0.000 0.436
#> SRR821231 3 0.2136 0.84646 0.088 0.000 0.904 0.000 0.008
#> SRR1374373 2 0.3804 0.71075 0.160 0.796 0.000 0.044 0.000
#> SRR1324519 2 0.2020 0.79630 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1431121 1 0.4009 0.51687 0.684 0.000 0.004 0.000 0.312
#> SRR1091032 2 0.1341 0.81872 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1365575 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1072972 3 0.2193 0.84226 0.092 0.000 0.900 0.000 0.008
#> SRR1310690 2 0.4045 0.51283 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095479 3 0.5067 0.62837 0.172 0.000 0.700 0.000 0.128
#> SRR1070403 3 0.0451 0.89307 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1390203 1 0.1571 0.69289 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR1072007 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1468787 5 0.0579 0.72187 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1347959 2 0.0609 0.81160 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1338513 3 0.0794 0.88100 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR812598 2 0.4126 0.46649 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1446806 1 0.2086 0.65979 0.924 0.048 0.000 0.020 0.008
#> SRR1394275 1 0.0324 0.69269 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1443633 5 0.5470 0.41569 0.268 0.000 0.104 0.000 0.628
#> SRR1087728 3 0.0324 0.89395 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1098192 4 0.4150 0.28742 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1093340 2 0.1341 0.81872 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR665405 4 0.0963 0.85113 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR657077 2 0.1270 0.81247 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.1121 0.82080 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1089688 4 0.0404 0.87804 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466321 5 0.6301 0.30283 0.308 0.180 0.000 0.000 0.512
#> SRR1073021 5 0.0510 0.72269 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1322816 2 0.2891 0.74189 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1457727 1 0.4054 0.61785 0.760 0.000 0.036 0.000 0.204
#> SRR1464226 4 0.0880 0.89003 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1398863 1 0.3857 0.38658 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1455631 4 0.3370 0.76079 0.000 0.028 0.000 0.824 0.148
#> SRR1307808 2 0.2535 0.71503 0.076 0.892 0.000 0.000 0.032
#> SRR1374585 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1072104 4 0.0880 0.89003 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1076868 2 0.1043 0.81982 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1335984 2 0.6694 0.35391 0.276 0.432 0.000 0.292 0.000
#> SRR1445939 1 0.0162 0.69246 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.1121 0.82080 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1339788 3 0.0451 0.89307 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1084323 1 0.0486 0.69395 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1092937 3 0.4066 0.58222 0.324 0.004 0.672 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.1121 0.82080 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1099833 3 0.1792 0.83926 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1093434 3 0.0324 0.89395 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1435857 1 0.4946 0.57747 0.712 0.000 0.168 0.000 0.120
#> SRR1480347 2 0.1341 0.81872 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1440787 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1430202 1 0.1597 0.66777 0.940 0.048 0.000 0.012 0.000
#> SRR1322730 4 0.1121 0.89391 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR811029 4 0.4562 -0.21976 0.008 0.496 0.000 0.496 0.000
#> SRR1390456 3 0.0162 0.89406 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0162 0.69246 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388064 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1093577 5 0.5523 0.42327 0.084 0.004 0.296 0.000 0.616
#> SRR1414161 1 0.0963 0.67970 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 5 0.0510 0.72152 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1311752 2 0.1121 0.82080 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1445960 2 0.3983 0.57058 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1403412 2 0.6386 0.34646 0.172 0.460 0.000 0.368 0.000
#> SRR2166748 1 0.4132 0.57851 0.720 0.000 0.020 0.000 0.260
#> SRR821666 4 0.1478 0.89099 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1330746 3 0.0324 0.89395 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1327872 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1100800 1 0.4016 0.56918 0.716 0.000 0.012 0.000 0.272
#> SRR1075174 1 0.4524 0.42313 0.692 0.008 0.280 0.020 0.000
#> SRR1434436 1 0.1408 0.67854 0.948 0.044 0.000 0.000 0.008
#> SRR1389409 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1085310 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376718 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR808590 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1084128 2 0.0609 0.81160 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1361692 5 0.1764 0.69900 0.064 0.008 0.000 0.000 0.928
#> SRR1431493 3 0.3266 0.72145 0.004 0.000 0.796 0.000 0.200
#> SRR1409084 1 0.4137 0.58759 0.732 0.008 0.012 0.000 0.248
#> SRR2166214 4 0.0963 0.85113 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1324102 2 0.1341 0.81872 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1079754 4 0.3774 0.53655 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1442127 3 0.0324 0.89395 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1076244 4 0.0703 0.88613 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1330901 2 0.4180 0.52863 0.220 0.744 0.000 0.000 0.036
#> SRR1073167 2 0.1410 0.81752 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1357541 5 0.4582 0.15433 0.416 0.000 0.012 0.000 0.572
#> SRR811607 5 0.6798 0.10167 0.340 0.292 0.000 0.000 0.368
#> SRR1468931 3 0.0451 0.89307 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1474908 2 0.6557 0.40704 0.240 0.472 0.000 0.288 0.000
#> SRR1309875 2 0.4210 0.39060 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR598792 3 0.0162 0.89406 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.1270 0.81912 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1457682 1 0.4152 0.52723 0.692 0.012 0.000 0.000 0.296
#> SRR1454289 1 0.4909 0.28199 0.560 0.412 0.000 0.000 0.028
#> SRR1069352 3 0.3300 0.72234 0.004 0.000 0.792 0.000 0.204
#> SRR1472728 2 0.0703 0.81447 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1091144 4 0.0880 0.89003 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1319118 3 0.3756 0.60280 0.248 0.000 0.744 0.000 0.008
#> SRR1403611 3 0.2929 0.74468 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1397762 3 0.3395 0.70631 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR1317387 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.1121 0.82080 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1097777 1 0.3912 0.57452 0.752 0.000 0.228 0.000 0.020
#> SRR1365743 3 0.3534 0.67911 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.4047 0.58318 0.004 0.676 0.000 0.320 0.000
#> SRR1089537 4 0.6392 -0.00743 0.000 0.000 0.168 0.432 0.400
#> SRR1397744 1 0.3895 0.57522 0.728 0.004 0.004 0.000 0.264
#> SRR1453893 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1098543 1 0.3737 0.61259 0.764 0.004 0.008 0.000 0.224
#> SRR1321765 5 0.0579 0.72187 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1440032 3 0.3586 0.65274 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1404507 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1404856 5 0.0290 0.72206 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR812745 3 0.5181 0.40387 0.400 0.016 0.564 0.020 0.000
#> SRR1417524 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407334 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1453991 5 0.4450 -0.05574 0.488 0.004 0.000 0.000 0.508
#> SRR1415938 1 0.4010 0.58915 0.760 0.000 0.208 0.000 0.032
#> SRR1081259 1 0.0290 0.69102 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.7165 0.34471 0.264 0.424 0.020 0.292 0.000
#> SRR1095407 5 0.0324 0.72312 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1359694 2 0.5404 0.35894 0.264 0.636 0.000 0.000 0.100
#> SRR656982 4 0.3992 0.57594 0.000 0.004 0.004 0.712 0.280
#> SRR1354338 2 0.5068 0.64235 0.004 0.708 0.000 0.108 0.180
#> SRR1088291 5 0.0290 0.72310 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1080624 1 0.4371 0.43991 0.644 0.012 0.000 0.000 0.344
#> SRR2166708 3 0.0579 0.89207 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1393572 1 0.3916 0.58052 0.732 0.012 0.000 0.000 0.256
#> SRR1429912 2 0.0880 0.81680 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1421048 5 0.4352 0.55826 0.036 0.244 0.000 0.000 0.720
#> SRR1434999 5 0.3300 0.57093 0.004 0.000 0.204 0.000 0.792
#> SRR656457 5 0.3300 0.57093 0.004 0.000 0.204 0.000 0.792
#> SRR1098928 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.1121 0.82080 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1360766 3 0.5793 0.29537 0.352 0.028 0.580 0.032 0.008
#> SRR1464724 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1101542 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1401528 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.0324 0.89395 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1086070 1 0.0324 0.69372 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1358645 2 0.0609 0.80295 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR819771 3 0.2488 0.80599 0.004 0.000 0.872 0.000 0.124
#> SRR1418433 4 0.0510 0.88114 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR821050 1 0.4449 0.08159 0.512 0.000 0.004 0.000 0.484
#> SRR1402091 2 0.3508 0.66488 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1322028 2 0.1121 0.82080 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1452556 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1340047 2 0.4622 0.55037 0.276 0.684 0.000 0.040 0.000
#> SRR1418302 4 0.4060 0.33497 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1073991 1 0.4779 0.39152 0.588 0.000 0.388 0.000 0.024
#> SRR1085187 4 0.1341 0.89720 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1357618 3 0.3969 0.56692 0.004 0.000 0.692 0.000 0.304
#> SRR1487764 3 0.6222 0.33569 0.000 0.000 0.548 0.236 0.216
#> SRR1075336 1 0.2179 0.68128 0.896 0.000 0.004 0.000 0.100
#> SRR1365471 2 0.1341 0.81872 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1414613 2 0.0290 0.80601 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR658719 2 0.6350 0.48812 0.240 0.524 0.000 0.236 0.000
#> SRR1475128 3 0.0324 0.89395 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1367630 4 0.0880 0.89003 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1481146 4 0.2707 0.81620 0.000 0.024 0.000 0.876 0.100
#> SRR1465674 5 0.0000 0.72377 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327303 2 0.6365 0.48582 0.252 0.520 0.000 0.228 0.000
#> SRR1390391 1 0.5330 0.04727 0.548 0.396 0.000 0.056 0.000
#> SRR1326020 4 0.4935 0.65922 0.168 0.048 0.040 0.744 0.000
#> SRR1381953 3 0.1202 0.87518 0.004 0.004 0.960 0.032 0.000
#> SRR1082544 2 0.4307 0.03710 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR810761 5 0.4781 0.10843 0.428 0.000 0.020 0.000 0.552
#> SRR1070764 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.89389 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.1121 0.82080 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1416773 5 0.0000 0.72377 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377492 4 0.0510 0.88110 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1334314 5 0.6190 0.45328 0.224 0.168 0.000 0.012 0.596
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.1194 0.8393 0.032 0.000 0.956 0.000 0.004 0.008
#> SRR1074385 1 0.4524 0.5827 0.704 0.000 0.092 0.000 0.004 0.200
#> SRR1374739 3 0.0951 0.8424 0.020 0.000 0.968 0.000 0.004 0.008
#> SRR1097883 1 0.4807 0.4703 0.656 0.000 0.076 0.000 0.260 0.008
#> SRR2167209 5 0.0291 0.7771 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR816541 2 0.2527 0.7088 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR663645 4 0.1573 0.8791 0.004 0.004 0.000 0.936 0.004 0.052
#> SRR1381505 4 0.0713 0.9058 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0508 0.8620 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1318503 1 0.7050 0.1485 0.436 0.192 0.000 0.000 0.272 0.100
#> SRR1341626 2 0.3151 0.6023 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.1080 0.8404 0.032 0.000 0.960 0.000 0.004 0.004
#> SRR1088413 3 0.1194 0.8393 0.032 0.000 0.956 0.000 0.004 0.008
#> SRR1082080 2 0.0260 0.8650 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.2651 0.6739 0.872 0.000 0.036 0.000 0.004 0.088
#> SRR1447760 5 0.3813 0.6642 0.032 0.116 0.000 0.004 0.808 0.040
#> SRR1487784 2 0.0508 0.8620 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1331037 2 0.0603 0.8612 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1095651 3 0.1588 0.8435 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1078066 5 0.2666 0.7394 0.092 0.000 0.028 0.000 0.872 0.008
#> SRR1120363 1 0.3017 0.6235 0.816 0.000 0.000 0.000 0.164 0.020
#> SRR821231 3 0.3463 0.6727 0.240 0.000 0.748 0.000 0.004 0.008
#> SRR1374373 2 0.3380 0.5838 0.004 0.748 0.000 0.004 0.000 0.244
#> SRR1324519 2 0.1010 0.8461 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1431121 1 0.2265 0.6694 0.896 0.000 0.024 0.000 0.076 0.004
#> SRR1091032 2 0.0405 0.8643 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1365575 4 0.0713 0.9058 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.3536 0.6565 0.252 0.000 0.736 0.000 0.004 0.008
#> SRR1310690 2 0.4417 0.2577 0.000 0.556 0.000 0.416 0.000 0.028
#> SRR1383037 3 0.1444 0.8445 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1095479 1 0.4593 0.0431 0.512 0.000 0.456 0.000 0.028 0.004
#> SRR1070403 3 0.1194 0.8393 0.032 0.000 0.956 0.000 0.004 0.008
#> SRR1390203 1 0.1714 0.6655 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1072007 4 0.0937 0.9002 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1468787 5 0.1988 0.7576 0.072 0.000 0.004 0.004 0.912 0.008
#> SRR1347959 2 0.0363 0.8580 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1338513 3 0.2346 0.8317 0.004 0.000 0.892 0.016 0.004 0.084
#> SRR812598 2 0.3975 0.1874 0.000 0.544 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR1446806 6 0.3126 0.5069 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1394275 1 0.3076 0.5745 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1443633 1 0.5518 0.0713 0.460 0.000 0.100 0.000 0.432 0.008
#> SRR1087728 3 0.0632 0.8477 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1098192 4 0.3672 0.5295 0.000 0.304 0.000 0.688 0.000 0.008
#> SRR1093340 2 0.0260 0.8650 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR665405 4 0.1933 0.8637 0.004 0.000 0.000 0.920 0.032 0.044
#> SRR657077 2 0.1913 0.8126 0.000 0.908 0.000 0.012 0.000 0.080
#> SRR813208 3 0.1444 0.8445 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1416074 2 0.0405 0.8651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1089688 4 0.0767 0.9018 0.000 0.012 0.000 0.976 0.004 0.008
#> SRR1353461 3 0.1531 0.8450 0.004 0.000 0.928 0.000 0.000 0.068
#> SRR1466321 1 0.6863 0.1747 0.460 0.148 0.000 0.000 0.292 0.100
#> SRR1073021 5 0.3028 0.7233 0.104 0.000 0.040 0.000 0.848 0.008
#> SRR1322816 2 0.1500 0.8283 0.000 0.936 0.000 0.052 0.000 0.012
#> SRR1457727 1 0.1332 0.6844 0.952 0.000 0.028 0.000 0.012 0.008
#> SRR1464226 4 0.1536 0.8846 0.004 0.016 0.000 0.940 0.000 0.040
#> SRR1398863 1 0.5992 0.1670 0.420 0.000 0.240 0.000 0.000 0.340
#> SRR1455631 4 0.3414 0.7829 0.004 0.008 0.000 0.832 0.080 0.076
#> SRR1307808 2 0.2672 0.7830 0.048 0.884 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR1374585 4 0.0713 0.9058 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1072104 4 0.1586 0.8830 0.004 0.012 0.000 0.940 0.004 0.040
#> SRR1076868 2 0.0405 0.8651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1335984 6 0.4059 0.7654 0.004 0.148 0.000 0.088 0.000 0.760
#> SRR1445939 1 0.3828 0.2725 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1453047 2 0.0260 0.8650 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.1268 0.8376 0.036 0.000 0.952 0.000 0.004 0.008
#> SRR1084323 1 0.2664 0.6294 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1092937 3 0.5162 0.5170 0.092 0.004 0.576 0.000 0.000 0.328
#> SRR1074090 2 0.0405 0.8651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1099833 3 0.2408 0.8304 0.004 0.000 0.892 0.024 0.004 0.076
#> SRR1093434 3 0.0653 0.8445 0.012 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004
#> SRR1435857 1 0.3025 0.6478 0.844 0.000 0.120 0.000 0.020 0.016
#> SRR1480347 2 0.0405 0.8651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1440787 4 0.0632 0.9063 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1430202 6 0.3244 0.4834 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1322730 4 0.0363 0.9045 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR811029 6 0.5879 0.4497 0.000 0.220 0.000 0.316 0.000 0.464
#> SRR1390456 3 0.1387 0.8455 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1381140 1 0.3797 0.3162 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1388064 4 0.0547 0.9061 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1093577 5 0.7100 0.0219 0.328 0.000 0.260 0.000 0.340 0.072
#> SRR1414161 1 0.4806 0.3139 0.560 0.060 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1328738 5 0.2030 0.7440 0.064 0.000 0.000 0.000 0.908 0.028
#> SRR1311752 2 0.0405 0.8651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1445960 2 0.5621 -0.1889 0.000 0.460 0.000 0.148 0.000 0.392
#> SRR1403412 6 0.4910 0.7123 0.000 0.192 0.000 0.152 0.000 0.656
#> SRR2166748 1 0.2046 0.6769 0.916 0.000 0.032 0.000 0.044 0.008
#> SRR821666 4 0.0790 0.9038 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0291 0.8461 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327872 4 0.0458 0.9057 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.3095 0.6590 0.856 0.000 0.072 0.000 0.052 0.020
#> SRR1075174 6 0.3259 0.5242 0.216 0.000 0.012 0.000 0.000 0.772
#> SRR1434436 1 0.3804 0.5229 0.656 0.008 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1389409 4 0.0713 0.9058 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.1895 0.8461 0.016 0.000 0.912 0.000 0.000 0.072
#> SRR1376718 4 0.0713 0.9058 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0632 0.9063 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0260 0.8595 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1361692 5 0.4544 0.5604 0.188 0.008 0.000 0.000 0.712 0.092
#> SRR1431493 3 0.4168 0.6966 0.120 0.000 0.760 0.000 0.112 0.008
#> SRR1409084 1 0.1440 0.6785 0.944 0.004 0.004 0.000 0.004 0.044
#> SRR2166214 4 0.1933 0.8637 0.004 0.000 0.000 0.920 0.032 0.044
#> SRR1324102 2 0.0405 0.8643 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1079754 4 0.2969 0.6655 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0291 0.8467 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1076244 4 0.0653 0.9022 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1330901 2 0.3439 0.7248 0.096 0.828 0.000 0.000 0.016 0.060
#> SRR1073167 2 0.0405 0.8651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1357541 1 0.5217 0.3311 0.568 0.000 0.084 0.000 0.340 0.008
#> SRR811607 1 0.6950 0.2023 0.456 0.272 0.000 0.000 0.172 0.100
#> SRR1468931 3 0.1003 0.8416 0.028 0.000 0.964 0.000 0.004 0.004
#> SRR1474908 6 0.3943 0.7662 0.000 0.156 0.000 0.084 0.000 0.760
#> SRR1309875 4 0.4517 0.0826 0.000 0.444 0.000 0.524 0.000 0.032
#> SRR598792 3 0.1003 0.8419 0.028 0.000 0.964 0.000 0.004 0.004
#> SRR1088537 2 0.0520 0.8633 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1457682 1 0.2645 0.6563 0.880 0.008 0.000 0.000 0.056 0.056
#> SRR1454289 1 0.5242 0.1277 0.484 0.444 0.000 0.000 0.016 0.056
#> SRR1069352 3 0.4894 0.5767 0.132 0.000 0.680 0.000 0.180 0.008
#> SRR1472728 2 0.0508 0.8620 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1091144 4 0.1852 0.8719 0.004 0.004 0.000 0.928 0.024 0.040
#> SRR1319118 3 0.3656 0.5886 0.256 0.000 0.728 0.000 0.004 0.012
#> SRR1403611 3 0.3544 0.7749 0.004 0.000 0.816 0.104 0.004 0.072
#> SRR1397762 3 0.4255 0.6908 0.068 0.000 0.708 0.000 0.000 0.224
#> SRR1317387 3 0.1444 0.8445 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1376426 2 0.0405 0.8651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1097777 1 0.2313 0.6689 0.884 0.000 0.100 0.000 0.004 0.012
#> SRR1365743 3 0.3886 0.6761 0.028 0.000 0.708 0.000 0.000 0.264
#> SRR1458992 6 0.5486 0.3976 0.000 0.372 0.000 0.132 0.000 0.496
#> SRR1089537 5 0.6801 0.1561 0.004 0.000 0.160 0.380 0.396 0.060
#> SRR1397744 1 0.0665 0.6846 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR1453893 4 0.0632 0.9063 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0935 0.6866 0.964 0.000 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR1321765 5 0.2794 0.7355 0.104 0.000 0.020 0.004 0.864 0.008
#> SRR1440032 3 0.5327 0.5822 0.004 0.000 0.636 0.228 0.012 0.120
#> SRR1404507 4 0.0547 0.9061 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1404856 5 0.0291 0.7771 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR812745 6 0.3837 0.4915 0.052 0.000 0.196 0.000 0.000 0.752
#> SRR1417524 3 0.1444 0.8445 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1407334 4 0.0547 0.9061 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.4557 0.4755 0.660 0.000 0.000 0.000 0.268 0.072
#> SRR1415938 1 0.1769 0.6810 0.924 0.000 0.060 0.000 0.004 0.012
#> SRR1081259 1 0.3828 0.2722 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1436187 4 0.0713 0.9058 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.1387 0.8452 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1453277 6 0.4113 0.7657 0.004 0.144 0.000 0.084 0.004 0.764
#> SRR1095407 5 0.0291 0.7771 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1359694 2 0.5000 0.5709 0.156 0.704 0.000 0.000 0.040 0.100
#> SRR656982 4 0.4932 -0.0115 0.000 0.000 0.008 0.480 0.468 0.044
#> SRR1354338 2 0.6195 0.4784 0.024 0.608 0.000 0.068 0.220 0.080
#> SRR1088291 5 0.1225 0.7675 0.036 0.000 0.000 0.000 0.952 0.012
#> SRR1080624 1 0.2318 0.6624 0.892 0.000 0.000 0.000 0.064 0.044
#> SRR2166708 3 0.1268 0.8383 0.036 0.000 0.952 0.000 0.004 0.008
#> SRR1393572 1 0.1914 0.6708 0.920 0.008 0.000 0.000 0.016 0.056
#> SRR1429912 2 0.0508 0.8604 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1421048 5 0.6499 0.3344 0.092 0.320 0.000 0.000 0.488 0.100
#> SRR1434999 5 0.4119 0.6509 0.084 0.000 0.148 0.000 0.760 0.008
#> SRR656457 5 0.4155 0.6468 0.084 0.000 0.152 0.000 0.756 0.008
#> SRR1098928 3 0.1444 0.8445 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1343967 2 0.0405 0.8651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1360766 3 0.5547 -0.0626 0.116 0.000 0.456 0.000 0.004 0.424
#> SRR1464724 4 0.0603 0.9053 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> SRR1101542 4 0.0458 0.9057 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.1444 0.8445 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1071519 3 0.1080 0.8404 0.032 0.000 0.960 0.000 0.004 0.004
#> SRR1086070 1 0.3126 0.5635 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1358645 2 0.1843 0.8061 0.004 0.912 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR819771 3 0.3466 0.7430 0.096 0.000 0.816 0.000 0.084 0.004
#> SRR1418433 4 0.0653 0.9022 0.000 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR821050 1 0.3320 0.5804 0.772 0.000 0.000 0.000 0.212 0.016
#> SRR1402091 2 0.4425 0.5701 0.000 0.716 0.000 0.152 0.000 0.132
#> SRR1322028 2 0.0405 0.8651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1452556 4 0.0547 0.9061 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1340047 6 0.3493 0.7112 0.008 0.228 0.000 0.008 0.000 0.756
#> SRR1418302 4 0.4249 0.5370 0.000 0.260 0.000 0.688 0.000 0.052
#> SRR1073991 1 0.3571 0.5828 0.760 0.000 0.216 0.000 0.004 0.020
#> SRR1085187 4 0.1867 0.8749 0.000 0.020 0.000 0.916 0.064 0.000
#> SRR1357618 3 0.4985 0.4778 0.088 0.000 0.636 0.000 0.268 0.008
#> SRR1487764 3 0.6910 0.1360 0.004 0.000 0.436 0.328 0.152 0.080
#> SRR1075336 1 0.4023 0.6240 0.756 0.000 0.000 0.000 0.100 0.144
#> SRR1365471 2 0.0405 0.8643 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1414613 2 0.0363 0.8601 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR658719 6 0.3860 0.7644 0.000 0.164 0.000 0.072 0.000 0.764
#> SRR1475128 3 0.0551 0.8451 0.008 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004
#> SRR1367630 4 0.1371 0.8824 0.004 0.004 0.000 0.948 0.004 0.040
#> SRR1481146 4 0.2421 0.8438 0.004 0.004 0.000 0.896 0.052 0.044
#> SRR1465674 5 0.0291 0.7771 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1327303 6 0.3860 0.7642 0.000 0.164 0.000 0.072 0.000 0.764
#> SRR1390391 6 0.4165 0.7042 0.092 0.108 0.000 0.024 0.000 0.776
#> SRR1326020 6 0.4772 0.5666 0.000 0.020 0.032 0.300 0.004 0.644
#> SRR1381953 3 0.3371 0.6365 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1082544 2 0.4802 0.0817 0.000 0.496 0.000 0.452 0.000 0.052
#> SRR810761 1 0.5155 0.3856 0.596 0.000 0.088 0.000 0.308 0.008
#> SRR1070764 3 0.1387 0.8452 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1415919 3 0.1387 0.8452 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1490404 2 0.0405 0.8651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1416773 5 0.0291 0.7771 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1377492 4 0.0862 0.8973 0.000 0.008 0.000 0.972 0.004 0.016
#> SRR1334314 1 0.7169 0.1214 0.436 0.124 0.000 0.008 0.304 0.128
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.727 0.892 0.948 0.492 0.503 0.503
#> 3 3 0.889 0.902 0.962 0.205 0.677 0.478
#> 4 4 0.796 0.830 0.929 0.111 0.921 0.813
#> 5 5 0.801 0.815 0.921 0.130 0.891 0.702
#> 6 6 0.770 0.642 0.839 0.072 0.950 0.812
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1374739 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR2167209 2 0.7299 0.740 0.204 0.796
#> SRR816541 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.9896 0.158 0.440 0.560
#> SRR1381505 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.8713 0.584 0.292 0.708
#> SRR1341626 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1082080 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1447760 2 0.0938 0.951 0.012 0.988
#> SRR1487784 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0938 0.951 0.012 0.988
#> SRR1095651 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR821231 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1374373 1 0.9209 0.567 0.664 0.336
#> SRR1324519 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1091032 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1072007 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR1468787 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR1347959 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR812598 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.7056 0.787 0.808 0.192
#> SRR1394275 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1443633 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR1093340 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR665405 2 0.4815 0.876 0.104 0.896
#> SRR657077 2 0.3584 0.906 0.068 0.932
#> SRR813208 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR1353461 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1466321 1 0.8327 0.693 0.736 0.264
#> SRR1073021 1 0.6048 0.828 0.852 0.148
#> SRR1322816 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR1398863 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1455631 2 0.4690 0.879 0.100 0.900
#> SRR1307808 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR1374585 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.1843 0.943 0.028 0.972
#> SRR1076868 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1335984 1 0.8955 0.615 0.688 0.312
#> SRR1445939 1 0.1414 0.926 0.980 0.020
#> SRR1453047 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1092937 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1074090 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1093434 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1480347 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1430202 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR1322730 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.1843 0.943 0.028 0.972
#> SRR1390456 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1388064 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1414161 1 0.1843 0.921 0.972 0.028
#> SRR1328738 1 0.8327 0.693 0.736 0.264
#> SRR1311752 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0376 0.954 0.004 0.996
#> SRR2166748 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1075174 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1434436 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR1389409 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1376718 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1361692 1 0.6887 0.795 0.816 0.184
#> SRR1431493 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR2166214 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR1324102 2 0.2043 0.941 0.032 0.968
#> SRR1079754 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0938 0.951 0.012 0.988
#> SRR1330901 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR1073167 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR811607 1 0.8608 0.661 0.716 0.284
#> SRR1468931 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.9000 0.507 0.316 0.684
#> SRR1309875 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1457682 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1454289 2 0.9795 0.250 0.416 0.584
#> SRR1069352 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.2423 0.936 0.040 0.960
#> SRR1319118 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1397762 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1317387 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0376 0.954 0.004 0.996
#> SRR1089537 1 0.4815 0.865 0.896 0.104
#> SRR1397744 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1453893 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1321765 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1440032 1 0.0938 0.930 0.988 0.012
#> SRR1404507 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.7453 0.727 0.212 0.788
#> SRR812745 1 0.3274 0.899 0.940 0.060
#> SRR1417524 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1415938 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1081259 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR1436187 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1453277 1 0.7528 0.759 0.784 0.216
#> SRR1095407 2 0.9866 0.189 0.432 0.568
#> SRR1359694 2 0.4690 0.879 0.100 0.900
#> SRR656982 1 0.8813 0.635 0.700 0.300
#> SRR1354338 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR1088291 1 0.8443 0.681 0.728 0.272
#> SRR1080624 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR2166708 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1429912 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.3114 0.923 0.056 0.944
#> SRR1434999 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1360766 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR1464724 2 0.0938 0.951 0.012 0.988
#> SRR1101542 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1358645 2 0.4815 0.876 0.104 0.896
#> SRR819771 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR821050 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1402091 2 0.0376 0.954 0.004 0.996
#> SRR1322028 2 0.0376 0.954 0.004 0.996
#> SRR1452556 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1340047 1 0.9044 0.602 0.680 0.320
#> SRR1418302 2 0.0672 0.953 0.008 0.992
#> SRR1073991 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.0672 0.952 0.008 0.992
#> SRR1357618 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.8661 0.651 0.712 0.288
#> SRR1075336 1 0.0376 0.935 0.996 0.004
#> SRR1365471 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR658719 1 0.9775 0.384 0.588 0.412
#> SRR1475128 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.1633 0.945 0.024 0.976
#> SRR1481146 2 0.2043 0.941 0.032 0.968
#> SRR1465674 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR1327303 1 0.7883 0.734 0.764 0.236
#> SRR1390391 1 0.7602 0.755 0.780 0.220
#> SRR1326020 1 0.9552 0.479 0.624 0.376
#> SRR1381953 1 0.4690 0.868 0.900 0.100
#> SRR1082544 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.934 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR1416773 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR1377492 2 0.6438 0.798 0.164 0.836
#> SRR1334314 1 0.7056 0.786 0.808 0.192
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.0592 0.9479 0.012 0.000 0.988
#> SRR1074385 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR663645 1 0.4931 0.7126 0.768 0.232 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318503 1 0.3267 0.8510 0.884 0.116 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.3752 0.7946 0.144 0.856 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.1860 0.9057 0.052 0.948 0.000
#> SRR1095651 1 0.0237 0.9497 0.996 0.000 0.004
#> SRR1078066 1 0.0592 0.9443 0.988 0.000 0.012
#> SRR1120363 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR821231 3 0.2448 0.8797 0.076 0.000 0.924
#> SRR1374373 1 0.0237 0.9497 0.996 0.004 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 1 0.2625 0.8775 0.916 0.000 0.084
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 1 0.0592 0.9451 0.988 0.012 0.000
#> SRR1468787 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.4504 0.7027 0.196 0.804 0.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.5254 0.6398 0.736 0.000 0.264
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 1 0.0592 0.9451 0.988 0.012 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR665405 1 0.0592 0.9451 0.988 0.012 0.000
#> SRR657077 1 0.6192 0.3277 0.580 0.420 0.000
#> SRR813208 3 0.0592 0.9479 0.012 0.000 0.988
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089688 1 0.6309 -0.0318 0.504 0.496 0.000
#> SRR1353461 3 0.0424 0.9511 0.008 0.000 0.992
#> SRR1466321 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464226 1 0.0892 0.9404 0.980 0.020 0.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455631 1 0.1031 0.9380 0.976 0.024 0.000
#> SRR1307808 2 0.6286 0.1638 0.464 0.536 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 1 0.2165 0.9058 0.936 0.064 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335984 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR811029 1 0.4452 0.7636 0.808 0.192 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.1411 0.9227 0.036 0.964 0.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.6126 0.3029 0.600 0.000 0.400
#> SRR1409084 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.0747 0.9428 0.984 0.016 0.000
#> SRR1324102 1 0.1289 0.9319 0.968 0.032 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.4654 0.7065 0.208 0.792 0.000
#> SRR1330901 1 0.2066 0.9077 0.940 0.060 0.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR811607 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 2 0.1411 0.9235 0.036 0.964 0.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0237 0.9539 0.004 0.000 0.996
#> SRR1088537 1 0.6260 0.2448 0.552 0.448 0.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.0592 0.9451 0.988 0.012 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091144 1 0.1163 0.9346 0.972 0.028 0.000
#> SRR1319118 1 0.2165 0.9007 0.936 0.000 0.064
#> SRR1403611 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0892 0.9374 0.020 0.980 0.000
#> SRR1089537 1 0.0237 0.9496 0.996 0.004 0.000
#> SRR1397744 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.0237 0.9496 0.996 0.004 0.000
#> SRR812745 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417524 3 0.6307 0.0116 0.488 0.000 0.512
#> SRR1407334 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095407 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 1 0.4750 0.7351 0.784 0.216 0.000
#> SRR656982 1 0.0237 0.9496 0.996 0.004 0.000
#> SRR1354338 1 0.1860 0.9145 0.948 0.052 0.000
#> SRR1088291 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421048 1 0.1289 0.9317 0.968 0.032 0.000
#> SRR1434999 3 0.6008 0.3846 0.372 0.000 0.628
#> SRR656457 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464724 2 0.4178 0.7547 0.172 0.828 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.0237 0.9493 0.996 0.000 0.004
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358645 1 0.0747 0.9428 0.984 0.016 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 1 0.3482 0.8309 0.872 0.128 0.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0237 0.9526 0.004 0.996 0.000
#> SRR1322028 2 0.0237 0.9526 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418302 1 0.6079 0.4052 0.612 0.388 0.000
#> SRR1073991 1 0.5497 0.5851 0.708 0.000 0.292
#> SRR1085187 2 0.4291 0.7426 0.180 0.820 0.000
#> SRR1357618 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487764 1 0.0424 0.9477 0.992 0.000 0.008
#> SRR1075336 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR658719 1 0.4346 0.7726 0.816 0.184 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 1 0.4702 0.7406 0.788 0.212 0.000
#> SRR1481146 1 0.2356 0.8985 0.928 0.072 0.000
#> SRR1465674 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.0424 0.9478 0.992 0.008 0.000
#> SRR1390391 1 0.0424 0.9478 0.992 0.008 0.000
#> SRR1326020 1 0.0237 0.9496 0.996 0.004 0.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.0237 0.9539 0.004 0.000 0.996
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9562 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9560 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 2 0.6180 0.3185 0.416 0.584 0.000
#> SRR1334314 1 0.0000 0.9514 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.0921 0.9133 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663645 1 0.5712 0.5033 0.644 0.048 0.000 0.308
#> SRR1381505 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 1 0.4543 0.5640 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.4697 0.4369 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.4277 0.5369 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1095651 1 0.0707 0.8972 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1078066 1 0.0336 0.9033 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821231 3 0.2149 0.8315 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1374373 1 0.0188 0.9056 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.2081 0.8442 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 1 0.3942 0.6962 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1468787 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.2814 0.7517 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812598 2 0.4543 0.4757 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1446806 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.4164 0.6326 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098192 1 0.4250 0.6454 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665405 1 0.3278 0.8134 0.864 0.020 0.000 0.116
#> SRR657077 2 0.4697 0.3760 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.0707 0.9228 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.7587 0.3213 0.244 0.276 0.000 0.480
#> SRR1353461 3 0.0592 0.9271 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1466321 1 0.3649 0.7307 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464226 1 0.4250 0.6454 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455631 1 0.6407 0.5825 0.648 0.204 0.000 0.148
#> SRR1307808 1 0.4817 0.3266 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072104 1 0.6648 0.5202 0.612 0.248 0.000 0.140
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811029 1 0.4855 0.4013 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388064 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.0188 0.9056 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.1118 0.8705 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.0592 0.8906 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376718 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.2345 0.8362 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.4855 0.2931 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.7008 0.4287 0.564 0.160 0.000 0.276
#> SRR1324102 1 0.4277 0.6396 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1079754 4 0.3074 0.7850 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076244 4 0.4008 0.6847 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1330901 1 0.2081 0.8528 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811607 1 0.3649 0.7307 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.1867 0.8362 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0188 0.9387 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1088537 2 0.4661 0.3974 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.1022 0.8885 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0707 0.8874 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1091144 1 0.2500 0.8584 0.916 0.040 0.000 0.044
#> SRR1319118 1 0.1557 0.8713 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1403611 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.2345 0.7983 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1089537 1 0.1211 0.8843 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1397744 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404507 4 0.0817 0.9179 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1404856 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417524 3 0.4998 -0.0175 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1407334 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453277 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095407 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 1 0.4877 0.3835 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR656982 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354338 1 0.3726 0.7328 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1088291 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 1 0.4008 0.6868 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1434999 3 0.4761 0.3500 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR656457 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464724 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101542 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0188 0.9054 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358645 1 0.3942 0.6962 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418433 1 0.7670 0.0456 0.420 0.216 0.000 0.364
#> SRR821050 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 0.9337 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340047 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418302 2 0.4866 0.2483 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR1073991 1 0.4222 0.6141 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1085187 4 0.1940 0.8453 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1357618 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.0921 0.8928 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1075336 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658719 1 0.4817 0.4301 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367630 1 0.7816 0.1083 0.416 0.300 0.000 0.284
#> SRR1481146 1 0.7738 0.1650 0.436 0.252 0.000 0.312
#> SRR1465674 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390391 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326020 1 0.0336 0.9034 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.0188 0.9387 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9417 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.9075 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 4 0.5646 0.5964 0.056 0.272 0.000 0.672
#> SRR1334314 1 0.3649 0.7307 0.796 0.204 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.0566 0.9455 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1074385 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 5 0.4920 0.4932 0.000 0.048 0.000 0.308 0.644
#> SRR1381505 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 5 0.3895 0.5792 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447760 2 0.4074 0.4312 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.3684 0.5663 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1095651 5 0.0290 0.8745 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1078066 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821231 1 0.0404 0.8945 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1374373 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.3424 0.6565 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072007 5 0.3242 0.7211 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1468787 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347959 2 0.2424 0.7695 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1338513 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812598 2 0.3913 0.4840 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1446806 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394275 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098192 5 0.3534 0.6795 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 5 0.2722 0.8018 0.000 0.020 0.000 0.108 0.872
#> SRR657077 2 0.4045 0.3564 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR813208 3 0.0404 0.9471 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.6535 0.3438 0.000 0.276 0.000 0.480 0.244
#> SRR1353461 3 0.0290 0.9515 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1466321 5 0.3143 0.7321 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1073021 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 5 0.4030 0.3954 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1464226 5 0.3534 0.6795 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1398863 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455631 5 0.5519 0.6042 0.000 0.204 0.000 0.148 0.648
#> SRR1307808 5 0.4088 0.3689 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1374585 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 5 0.5689 0.5550 0.000 0.248 0.000 0.136 0.616
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445939 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084323 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092937 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322730 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811029 5 0.4182 0.4141 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381140 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388064 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414161 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328738 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0963 0.8808 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1403412 2 0.0510 0.8993 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2166748 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075174 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434436 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389409 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376718 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361692 5 0.2983 0.8085 0.040 0.096 0.000 0.000 0.864
#> SRR1431493 1 0.0404 0.8945 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1409084 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166214 5 0.6036 0.4543 0.000 0.160 0.000 0.276 0.564
#> SRR1324102 5 0.3561 0.6746 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1079754 4 0.2648 0.7843 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076244 4 0.3452 0.6855 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1330901 5 0.1544 0.8424 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811607 5 0.3143 0.7321 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.1270 0.8685 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.2424 0.8192 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.4015 0.3782 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1457682 5 0.3561 0.5946 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1454289 5 0.0404 0.8726 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1069352 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0609 0.8967 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1091144 5 0.1741 0.8475 0.000 0.040 0.000 0.024 0.936
#> SRR1319118 1 0.6024 0.4541 0.560 0.000 0.152 0.000 0.288
#> SRR1403611 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397762 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317387 5 0.3796 0.4987 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 5 0.1121 0.8467 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1365743 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458992 2 0.2020 0.8138 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1089537 5 0.0609 0.8686 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1397744 1 0.4201 0.3303 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1453893 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440032 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404507 4 0.0703 0.9142 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1404856 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812745 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417524 3 0.4297 0.0203 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1407334 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.1792 0.8257 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1415938 1 0.3636 0.6144 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1081259 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436187 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095407 1 0.4242 0.1976 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1359694 5 0.4201 0.3968 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR656982 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354338 5 0.3039 0.7529 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1088291 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080624 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393572 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 5 0.3305 0.7137 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1434999 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464724 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101542 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358645 5 0.3242 0.7211 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR819771 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418433 5 0.6582 0.1826 0.000 0.216 0.000 0.344 0.440
#> SRR821050 1 0.0290 0.8960 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 0.9310 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418302 2 0.4192 0.2301 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1073991 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085187 4 0.1732 0.8400 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1357618 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487764 5 0.4210 0.2739 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1075336 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658719 5 0.4138 0.4508 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 5 0.6732 0.1875 0.000 0.300 0.000 0.284 0.416
#> SRR1481146 5 0.6665 0.2291 0.000 0.252 0.000 0.312 0.436
#> SRR1465674 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390391 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326020 5 0.0290 0.8747 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1381953 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.9025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 4 0.4863 0.5987 0.000 0.272 0.000 0.672 0.056
#> SRR1334314 5 0.3143 0.7321 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.2985 0.8638 0.036 0.000 0.844 0.000 0.004 0.116
#> SRR1074385 1 0.0865 0.7248 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097883 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167209 5 0.0363 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR816541 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 1 0.6003 -0.0381 0.496 0.008 0.000 0.224 0.000 0.272
#> SRR1381505 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 1 0.5867 -0.1513 0.420 0.196 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1341626 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.1501 0.6999 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1082080 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.0260 0.7306 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1447760 2 0.3385 0.5087 0.180 0.788 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1487784 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.2726 0.6149 0.112 0.856 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1095651 1 0.1225 0.7209 0.952 0.000 0.012 0.000 0.000 0.036
#> SRR1078066 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120363 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821231 5 0.2034 0.8376 0.060 0.000 0.004 0.000 0.912 0.024
#> SRR1374373 1 0.0790 0.7253 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1324519 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.3717 0.5439 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1365575 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 5 0.4890 0.5898 0.160 0.000 0.000 0.000 0.660 0.180
#> SRR1310690 2 0.3717 0.5439 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1383037 3 0.2416 0.8677 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1095479 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0632 0.7282 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1072007 1 0.5181 0.0302 0.484 0.088 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1468787 1 0.0632 0.7282 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347959 2 0.3717 0.5439 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1338513 6 0.3843 0.0477 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR812598 2 0.5169 0.4474 0.000 0.588 0.000 0.292 0.000 0.120
#> SRR1446806 1 0.0547 0.7291 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1394275 1 0.0632 0.7282 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1443633 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087728 3 0.0146 0.9368 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098192 1 0.5282 0.0279 0.484 0.100 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1093340 2 0.3717 0.5439 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR665405 1 0.5093 0.0461 0.528 0.000 0.000 0.084 0.000 0.388
#> SRR657077 2 0.5587 0.2163 0.140 0.436 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR813208 3 0.3618 0.8086 0.048 0.000 0.776 0.000 0.000 0.176
#> SRR1416074 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 6 0.6280 0.1691 0.012 0.368 0.000 0.228 0.000 0.392
#> SRR1353461 3 0.3098 0.8454 0.024 0.000 0.812 0.000 0.000 0.164
#> SRR1466321 1 0.4871 0.2063 0.580 0.072 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1073021 1 0.0632 0.7282 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1322816 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.4094 0.3625 0.652 0.000 0.000 0.000 0.324 0.024
#> SRR1464226 1 0.5282 0.0279 0.484 0.100 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1398863 1 0.2631 0.5992 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1455631 1 0.6394 -0.0988 0.420 0.080 0.000 0.088 0.000 0.412
#> SRR1307808 2 0.4403 -0.0695 0.468 0.508 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1374585 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 6 0.6162 0.1911 0.344 0.076 0.000 0.076 0.000 0.504
#> SRR1076868 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 1 0.0547 0.7302 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1445939 1 0.0790 0.7253 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1453047 2 0.3717 0.5439 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1339788 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0790 0.7253 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1092937 1 0.0790 0.7253 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1074090 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 6 0.3797 0.0627 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0632 0.7282 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1480347 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.0260 0.7305 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1322730 4 0.0713 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR811029 6 0.5984 0.1935 0.344 0.236 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0790 0.7253 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1388064 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.0632 0.7282 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1414161 1 0.0146 0.7302 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.0000 0.7300 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0146 0.7701 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403412 2 0.3136 0.6769 0.016 0.796 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2166748 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.0260 0.9717 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1100800 1 0.0632 0.7282 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1075174 1 0.2378 0.6449 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1434436 1 0.0937 0.7308 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1389409 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.3756 0.2665 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1376718 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.2664 0.6831 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1361692 1 0.4265 0.4958 0.732 0.024 0.000 0.000 0.036 0.208
#> SRR1431493 5 0.1890 0.8389 0.060 0.000 0.000 0.000 0.916 0.024
#> SRR1409084 1 0.0790 0.7296 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2166214 6 0.5682 0.3421 0.268 0.000 0.000 0.208 0.000 0.524
#> SRR1324102 1 0.5560 -0.0322 0.476 0.140 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1079754 4 0.1714 0.8542 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0146 0.9374 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076244 6 0.6082 0.1034 0.000 0.324 0.000 0.284 0.000 0.392
#> SRR1330901 1 0.1910 0.6577 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.1075 0.7552 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1357541 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811607 1 0.5025 0.0787 0.492 0.072 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.1908 0.7045 0.028 0.916 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1309875 2 0.3717 0.5439 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR598792 3 0.1501 0.8836 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1088537 2 0.5516 0.3264 0.140 0.504 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1457682 1 0.3766 0.4653 0.720 0.000 0.000 0.000 0.256 0.024
#> SRR1454289 1 0.1498 0.7103 0.940 0.028 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1069352 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091144 1 0.4625 0.1489 0.572 0.004 0.000 0.036 0.000 0.388
#> SRR1319118 5 0.5364 0.3600 0.352 0.000 0.060 0.000 0.560 0.028
#> SRR1403611 1 0.3854 0.1182 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1397762 1 0.0363 0.7304 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1317387 1 0.6099 -0.1017 0.376 0.000 0.000 0.000 0.288 0.336
#> SRR1376426 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.1265 0.7117 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR1365743 1 0.2730 0.6055 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1458992 2 0.0146 0.7701 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1089537 1 0.4032 0.1785 0.572 0.000 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1397744 5 0.3765 0.3492 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0458 0.7299 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1321765 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.1765 0.6908 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1404507 4 0.2046 0.8944 0.000 0.060 0.000 0.908 0.000 0.032
#> SRR1404856 1 0.1049 0.7204 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR812745 1 0.0790 0.7253 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1417524 6 0.5750 0.1132 0.380 0.000 0.172 0.000 0.000 0.448
#> SRR1407334 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 5 0.2445 0.7944 0.108 0.000 0.000 0.000 0.872 0.020
#> SRR1415938 5 0.3719 0.6008 0.248 0.000 0.000 0.000 0.728 0.024
#> SRR1081259 1 0.0790 0.7253 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1436187 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.2003 0.8910 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1453277 1 0.0547 0.7293 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1095407 5 0.4136 0.1905 0.428 0.000 0.000 0.000 0.560 0.012
#> SRR1359694 6 0.6081 0.1599 0.340 0.276 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR656982 1 0.1267 0.7038 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1354338 1 0.5232 0.1314 0.536 0.104 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1088291 1 0.0547 0.7306 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1080624 1 0.1245 0.7211 0.952 0.000 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0632 0.7282 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1429912 2 0.3717 0.5439 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1421048 1 0.5316 0.0188 0.480 0.104 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1434999 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656457 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098928 3 0.3198 0.6764 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1343967 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.1610 0.6963 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1464724 4 0.0713 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1101542 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.3860 0.1080 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0865 0.7306 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1358645 1 0.5282 0.0279 0.484 0.100 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR819771 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418433 6 0.3481 0.3860 0.072 0.000 0.000 0.124 0.000 0.804
#> SRR821050 5 0.0260 0.8893 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1402091 2 0.0146 0.7701 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322028 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 0.9766 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.0935 0.7242 0.964 0.004 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1418302 2 0.5629 0.2314 0.148 0.448 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1073991 5 0.0363 0.8884 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1085187 4 0.2760 0.8497 0.052 0.004 0.000 0.868 0.000 0.076
#> SRR1357618 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.6099 -0.1373 0.384 0.000 0.000 0.000 0.316 0.300
#> SRR1075336 1 0.0000 0.7300 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.3717 0.5439 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1414613 2 0.0146 0.7713 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR658719 6 0.5956 0.1730 0.356 0.224 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9383 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 6 0.3259 0.2832 0.000 0.012 0.000 0.216 0.000 0.772
#> SRR1481146 6 0.5479 0.3346 0.064 0.076 0.000 0.212 0.000 0.648
#> SRR1465674 5 0.0363 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1327303 1 0.0865 0.7254 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1390391 1 0.1007 0.7303 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1326020 1 0.1204 0.7197 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1381953 1 0.3823 0.1926 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1082544 2 0.3717 0.5439 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR810761 5 0.0000 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.2416 0.8677 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1415919 3 0.0547 0.9325 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1490404 2 0.0000 0.7723 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.0363 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1377492 6 0.5993 0.1562 0.000 0.376 0.000 0.232 0.000 0.392
#> SRR1334314 1 0.5027 0.0772 0.488 0.072 0.000 0.000 0.000 0.440
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.876 0.917 0.966 0.4992 0.498 0.498
#> 3 3 0.495 0.687 0.815 0.1583 0.914 0.831
#> 4 4 0.639 0.825 0.851 0.1979 0.823 0.604
#> 5 5 0.609 0.495 0.763 0.0734 0.794 0.463
#> 6 6 0.667 0.717 0.800 0.0596 0.848 0.514
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1074385 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1097883 2 0.8763 0.581 0.296 0.704
#> SRR2167209 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR663645 1 0.0672 0.955 0.992 0.008
#> SRR1381505 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1341626 2 0.9896 0.210 0.440 0.560
#> SRR1382440 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1455783 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1447760 1 0.9000 0.546 0.684 0.316
#> SRR1487784 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1120363 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR821231 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1431121 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1365575 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1072972 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1095479 2 0.7376 0.731 0.208 0.792
#> SRR1070403 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1390203 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1072007 1 0.6048 0.812 0.852 0.148
#> SRR1468787 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.9170 0.505 0.332 0.668
#> SRR1446806 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1394275 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1098192 1 0.9710 0.346 0.600 0.400
#> SRR1093340 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR657077 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1089688 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1353461 1 0.0376 0.959 0.996 0.004
#> SRR1466321 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1073021 1 0.0938 0.952 0.988 0.012
#> SRR1322816 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1457727 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1464226 1 0.8713 0.593 0.708 0.292
#> SRR1398863 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1455631 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1374585 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1072104 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1445939 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1084323 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1092937 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1435857 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1440787 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1430202 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1322730 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR811029 2 0.9661 0.356 0.392 0.608
#> SRR1390456 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1381140 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1388064 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1093577 2 0.2236 0.933 0.036 0.964
#> SRR1414161 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1328738 2 0.4161 0.886 0.084 0.916
#> SRR1311752 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR2166748 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR821666 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1327872 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1100800 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1075174 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1434436 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1389409 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.8861 0.570 0.696 0.304
#> SRR1376718 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR808590 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1361692 2 0.7950 0.681 0.240 0.760
#> SRR1431493 1 0.8813 0.578 0.700 0.300
#> SRR1409084 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR2166214 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1079754 1 0.7299 0.737 0.796 0.204
#> SRR1442127 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1076244 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1330901 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1468931 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.1184 0.951 0.016 0.984
#> SRR598792 1 0.9635 0.378 0.612 0.388
#> SRR1088537 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1457682 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1454289 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1069352 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1091144 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1319118 2 0.4939 0.858 0.108 0.892
#> SRR1403611 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1397762 2 0.7376 0.731 0.208 0.792
#> SRR1317387 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1097777 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1365743 1 0.9661 0.368 0.608 0.392
#> SRR1458992 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1397744 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1453893 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1098543 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1404507 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR812745 2 0.7139 0.748 0.196 0.804
#> SRR1417524 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1407334 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1453991 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1415938 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1081259 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1436187 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1095407 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR656982 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1354338 2 0.9491 0.419 0.368 0.632
#> SRR1088291 2 0.9795 0.287 0.416 0.584
#> SRR1080624 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1360766 2 0.3584 0.902 0.068 0.932
#> SRR1464724 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1101542 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.0938 0.952 0.988 0.012
#> SRR1071519 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1086070 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1358645 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1418433 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR821050 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1452556 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1418302 1 0.9661 0.368 0.608 0.392
#> SRR1073991 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1085187 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1075336 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR658719 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1475128 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1367630 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1481146 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1465674 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1327303 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1390391 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1326020 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1082544 1 0.5519 0.835 0.872 0.128
#> SRR810761 1 0.0376 0.959 0.996 0.004
#> SRR1070764 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1377492 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1334314 2 0.0000 0.964 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.1525 0.6349 0.004 0.032 0.964
#> SRR1074385 1 0.0000 0.8504 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 1 0.7384 0.4984 0.660 0.068 0.272
#> SRR2167209 3 0.1411 0.6457 0.000 0.036 0.964
#> SRR816541 1 0.5216 0.8113 0.740 0.260 0.000
#> SRR663645 3 0.9480 -0.2080 0.268 0.236 0.496
#> SRR1381505 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1416362 1 0.4796 0.8078 0.780 0.220 0.000
#> SRR1318503 1 0.0237 0.8498 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341626 1 0.7433 0.5955 0.660 0.072 0.268
#> SRR1382440 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 3 0.1337 0.6465 0.012 0.016 0.972
#> SRR1082080 1 0.6126 0.7334 0.600 0.400 0.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.8504 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 3 0.8050 0.1229 0.436 0.064 0.500
#> SRR1487784 1 0.4062 0.8296 0.836 0.164 0.000
#> SRR1331037 1 0.5431 0.8031 0.716 0.284 0.000
#> SRR1095651 3 0.3267 0.5546 0.000 0.116 0.884
#> SRR1078066 3 0.0892 0.6474 0.000 0.020 0.980
#> SRR1120363 1 0.2066 0.8343 0.940 0.060 0.000
#> SRR821231 1 0.0237 0.8498 0.996 0.004 0.000
#> SRR1374373 1 0.4452 0.8321 0.808 0.192 0.000
#> SRR1324519 1 0.6045 0.7485 0.620 0.380 0.000
#> SRR1431121 1 0.0892 0.8471 0.980 0.020 0.000
#> SRR1091032 1 0.5497 0.7993 0.708 0.292 0.000
#> SRR1365575 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1072972 1 0.0237 0.8498 0.996 0.004 0.000
#> SRR1310690 1 0.7388 0.7766 0.692 0.208 0.100
#> SRR1383037 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 1 0.6496 0.6193 0.736 0.056 0.208
#> SRR1070403 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 1 0.0237 0.8498 0.996 0.004 0.000
#> SRR1072007 1 0.7740 0.1271 0.508 0.048 0.444
#> SRR1468787 3 0.1453 0.6489 0.008 0.024 0.968
#> SRR1347959 1 0.1964 0.8509 0.944 0.056 0.000
#> SRR1338513 3 0.3941 0.5002 0.000 0.156 0.844
#> SRR812598 1 0.7458 0.7079 0.692 0.112 0.196
#> SRR1446806 1 0.0892 0.8517 0.980 0.020 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.8504 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 3 0.2096 0.6194 0.004 0.052 0.944
#> SRR1087728 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 3 0.8055 0.0886 0.440 0.064 0.496
#> SRR1093340 1 0.6126 0.7334 0.600 0.400 0.000
#> SRR665405 3 0.3941 0.5002 0.000 0.156 0.844
#> SRR657077 1 0.5216 0.8144 0.740 0.260 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 1 0.6126 0.7334 0.600 0.400 0.000
#> SRR1089688 3 0.5397 0.0512 0.000 0.280 0.720
#> SRR1353461 3 0.4165 0.5391 0.076 0.048 0.876
#> SRR1466321 1 0.0237 0.8498 0.996 0.004 0.000
#> SRR1073021 3 0.6336 0.4027 0.180 0.064 0.756
#> SRR1322816 1 0.5216 0.8113 0.740 0.260 0.000
#> SRR1457727 1 0.0892 0.8471 0.980 0.020 0.000
#> SRR1464226 3 0.7744 0.1026 0.448 0.048 0.504
#> SRR1398863 1 0.0983 0.8521 0.980 0.016 0.004
#> SRR1455631 3 0.5178 0.1740 0.000 0.256 0.744
#> SRR1307808 1 0.0000 0.8504 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1072104 3 0.7124 -0.1056 0.056 0.272 0.672
#> SRR1076868 1 0.3879 0.8351 0.848 0.152 0.000
#> SRR1335984 1 0.6541 0.8068 0.732 0.212 0.056
#> SRR1445939 1 0.0892 0.8517 0.980 0.020 0.000
#> SRR1453047 1 0.6062 0.7457 0.616 0.384 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.8504 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.3253 0.8482 0.912 0.052 0.036
#> SRR1074090 1 0.6126 0.7334 0.600 0.400 0.000
#> SRR1099833 3 0.3941 0.5002 0.000 0.156 0.844
#> SRR1093434 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.1860 0.8364 0.948 0.052 0.000
#> SRR1480347 1 0.6062 0.7457 0.616 0.384 0.000
#> SRR1440787 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1430202 1 0.0747 0.8517 0.984 0.016 0.000
#> SRR1322730 3 0.5760 -0.2282 0.000 0.328 0.672
#> SRR811029 1 0.6341 0.6581 0.716 0.032 0.252
#> SRR1390456 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.0747 0.8506 0.984 0.016 0.000
#> SRR1388064 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1093577 1 0.1620 0.8474 0.964 0.012 0.024
#> SRR1414161 1 0.0237 0.8508 0.996 0.004 0.000
#> SRR1328738 1 0.5631 0.7631 0.804 0.064 0.132
#> SRR1311752 1 0.6126 0.7334 0.600 0.400 0.000
#> SRR1445960 1 0.5216 0.8113 0.740 0.260 0.000
#> SRR1403412 1 0.6858 0.7325 0.728 0.084 0.188
#> SRR2166748 1 0.1964 0.8360 0.944 0.056 0.000
#> SRR821666 2 0.6299 0.9908 0.000 0.524 0.476
#> SRR1330746 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1100800 1 0.2165 0.8324 0.936 0.064 0.000
#> SRR1075174 1 0.2446 0.8520 0.936 0.052 0.012
#> SRR1434436 1 0.0000 0.8504 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1085310 3 0.7589 0.2181 0.360 0.052 0.588
#> SRR1376718 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR808590 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1084128 1 0.3879 0.8367 0.848 0.152 0.000
#> SRR1361692 1 0.6810 0.6651 0.720 0.068 0.212
#> SRR1431493 3 0.7600 0.2333 0.344 0.056 0.600
#> SRR1409084 1 0.1753 0.8381 0.952 0.048 0.000
#> SRR2166214 3 0.4399 0.4244 0.000 0.188 0.812
#> SRR1324102 1 0.5291 0.8089 0.732 0.268 0.000
#> SRR1079754 3 0.8148 0.2038 0.296 0.100 0.604
#> SRR1442127 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 3 0.4452 0.4111 0.000 0.192 0.808
#> SRR1330901 1 0.0000 0.8504 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 1 0.5327 0.8075 0.728 0.272 0.000
#> SRR1357541 3 0.3148 0.5913 0.036 0.048 0.916
#> SRR811607 1 0.0237 0.8498 0.996 0.004 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 1 0.5178 0.8127 0.744 0.256 0.000
#> SRR1309875 1 0.6783 0.7430 0.736 0.088 0.176
#> SRR598792 3 0.7517 0.2179 0.364 0.048 0.588
#> SRR1088537 1 0.5216 0.8113 0.740 0.260 0.000
#> SRR1457682 1 0.0237 0.8498 0.996 0.004 0.000
#> SRR1454289 1 0.0000 0.8504 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0592 0.6493 0.000 0.012 0.988
#> SRR1472728 1 0.3267 0.8458 0.884 0.116 0.000
#> SRR1091144 3 0.3941 0.5002 0.000 0.156 0.844
#> SRR1319118 1 0.3669 0.8187 0.896 0.064 0.040
#> SRR1403611 3 0.3941 0.5002 0.000 0.156 0.844
#> SRR1397762 1 0.7027 0.5813 0.660 0.044 0.296
#> SRR1317387 3 0.3412 0.5447 0.000 0.124 0.876
#> SRR1376426 1 0.6126 0.7334 0.600 0.400 0.000
#> SRR1097777 1 0.1643 0.8396 0.956 0.044 0.000
#> SRR1365743 3 0.6937 0.2004 0.404 0.020 0.576
#> SRR1458992 1 0.5216 0.8113 0.740 0.260 0.000
#> SRR1089537 3 0.3941 0.5002 0.000 0.156 0.844
#> SRR1397744 1 0.0424 0.8493 0.992 0.008 0.000
#> SRR1453893 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1098543 1 0.0237 0.8498 0.996 0.004 0.000
#> SRR1321765 3 0.1411 0.6457 0.000 0.036 0.964
#> SRR1440032 3 0.6255 0.2100 0.320 0.012 0.668
#> SRR1404507 2 0.6299 0.9898 0.000 0.524 0.476
#> SRR1404856 3 0.1289 0.6468 0.000 0.032 0.968
#> SRR812745 1 0.6625 0.7267 0.736 0.068 0.196
#> SRR1417524 3 0.3816 0.5094 0.000 0.148 0.852
#> SRR1407334 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1453991 1 0.0892 0.8471 0.980 0.020 0.000
#> SRR1415938 1 0.0424 0.8493 0.992 0.008 0.000
#> SRR1081259 1 0.2066 0.8514 0.940 0.060 0.000
#> SRR1436187 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1431948 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 1 0.7252 0.7011 0.704 0.100 0.196
#> SRR1095407 3 0.1411 0.6457 0.000 0.036 0.964
#> SRR1359694 1 0.0237 0.8498 0.996 0.004 0.000
#> SRR656982 3 0.3941 0.5002 0.000 0.156 0.844
#> SRR1354338 1 0.7222 0.6404 0.684 0.072 0.244
#> SRR1088291 1 0.7953 0.3435 0.564 0.068 0.368
#> SRR1080624 1 0.0424 0.8493 0.992 0.008 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.0237 0.8498 0.996 0.004 0.000
#> SRR1429912 1 0.4974 0.8199 0.764 0.236 0.000
#> SRR1421048 1 0.1129 0.8476 0.976 0.020 0.004
#> SRR1434999 3 0.0892 0.6441 0.000 0.020 0.980
#> SRR656457 3 0.0892 0.6441 0.000 0.020 0.980
#> SRR1098928 3 0.0592 0.6493 0.000 0.012 0.988
#> SRR1343967 1 0.6095 0.7390 0.608 0.392 0.000
#> SRR1360766 1 0.6869 0.6106 0.688 0.048 0.264
#> SRR1464724 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1101542 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1401528 3 0.6723 0.3175 0.248 0.048 0.704
#> SRR1071519 3 0.0424 0.6521 0.000 0.008 0.992
#> SRR1086070 1 0.0424 0.8500 0.992 0.008 0.000
#> SRR1358645 1 0.5216 0.8113 0.740 0.260 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 3 0.4452 0.4111 0.000 0.192 0.808
#> SRR821050 1 0.2165 0.8324 0.936 0.064 0.000
#> SRR1402091 1 0.5216 0.8113 0.740 0.260 0.000
#> SRR1322028 1 0.5216 0.8113 0.740 0.260 0.000
#> SRR1452556 2 0.6295 0.9988 0.000 0.528 0.472
#> SRR1340047 1 0.5178 0.8127 0.744 0.256 0.000
#> SRR1418302 1 0.7334 0.4766 0.624 0.048 0.328
#> SRR1073991 1 0.1964 0.8351 0.944 0.056 0.000
#> SRR1085187 3 0.3941 0.5002 0.000 0.156 0.844
#> SRR1357618 3 0.0747 0.6475 0.000 0.016 0.984
#> SRR1487764 3 0.3941 0.5002 0.000 0.156 0.844
#> SRR1075336 1 0.1031 0.8462 0.976 0.024 0.000
#> SRR1365471 1 0.6126 0.7334 0.600 0.400 0.000
#> SRR1414613 1 0.3551 0.8406 0.868 0.132 0.000
#> SRR658719 1 0.6858 0.7325 0.728 0.084 0.188
#> SRR1475128 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 3 0.5397 0.0512 0.000 0.280 0.720
#> SRR1481146 3 0.4062 0.4838 0.000 0.164 0.836
#> SRR1465674 3 0.1411 0.6457 0.000 0.036 0.964
#> SRR1327303 1 0.5138 0.8141 0.748 0.252 0.000
#> SRR1390391 1 0.2625 0.8483 0.916 0.084 0.000
#> SRR1326020 3 0.6685 0.3168 0.244 0.048 0.708
#> SRR1381953 3 0.4602 0.5167 0.016 0.152 0.832
#> SRR1082544 3 0.7534 0.2064 0.368 0.048 0.584
#> SRR810761 3 0.4737 0.5260 0.084 0.064 0.852
#> SRR1070764 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.6547 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 1 0.5591 0.7936 0.696 0.304 0.000
#> SRR1416773 3 0.1411 0.6457 0.000 0.036 0.964
#> SRR1377492 3 0.3941 0.5002 0.000 0.156 0.844
#> SRR1334314 1 0.1182 0.8519 0.976 0.012 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.2868 0.7864 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1074385 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.0336 0.8610 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1097883 3 0.7492 -0.1479 0.388 0.180 0.432 0.000
#> SRR2167209 3 0.3751 0.7952 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR816541 2 0.0779 0.9064 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR663645 3 0.7703 0.4026 0.012 0.268 0.520 0.200
#> SRR1381505 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1416362 2 0.0657 0.9045 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1318503 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.2111 0.8761 0.024 0.932 0.044 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088413 3 0.1305 0.8531 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1082080 2 0.0188 0.9042 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455783 1 0.3649 0.9148 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1447760 3 0.5911 0.6482 0.328 0.044 0.624 0.004
#> SRR1487784 2 0.1004 0.9019 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1331037 2 0.0895 0.9064 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1095651 3 0.0592 0.8599 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1078066 3 0.3751 0.7952 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1120363 1 0.3400 0.9078 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR821231 1 0.3751 0.9166 0.800 0.196 0.004 0.000
#> SRR1374373 2 0.1004 0.9035 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1324519 2 0.0188 0.9060 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.3400 0.9078 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0524 0.9068 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1365575 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1072972 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0895 0.9053 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1383037 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.6750 0.7040 0.612 0.180 0.208 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.6357 0.3372 0.068 0.544 0.388 0.000
#> SRR1468787 3 0.3852 0.8029 0.180 0.012 0.808 0.000
#> SRR1347959 2 0.1398 0.8928 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR1338513 3 0.1022 0.8577 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR812598 2 0.4317 0.7269 0.016 0.784 0.196 0.004
#> SRR1446806 1 0.4193 0.8648 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1443633 3 0.4277 0.8010 0.172 0.024 0.800 0.004
#> SRR1087728 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.5485 0.5468 0.020 0.652 0.320 0.008
#> SRR1093340 2 0.0188 0.9042 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR665405 3 0.1557 0.8517 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR657077 2 0.0895 0.9053 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR813208 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0376 0.9052 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1089688 3 0.4103 0.6633 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1353461 3 0.1888 0.8430 0.044 0.016 0.940 0.000
#> SRR1466321 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1073021 3 0.4375 0.7156 0.032 0.180 0.788 0.000
#> SRR1322816 2 0.0779 0.9064 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1457727 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.5678 0.5491 0.044 0.640 0.316 0.000
#> SRR1398863 1 0.3975 0.8909 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1455631 3 0.3356 0.7646 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1307808 1 0.3649 0.9149 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1072104 3 0.5172 0.6798 0.012 0.032 0.740 0.216
#> SRR1076868 2 0.0779 0.9052 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1335984 2 0.2334 0.8322 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR1445939 1 0.4277 0.8517 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0376 0.9052 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1339788 3 0.0657 0.8610 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR1084323 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.6388 0.7258 0.596 0.328 0.072 0.004
#> SRR1074090 2 0.0376 0.9052 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1099833 3 0.1406 0.8582 0.000 0.016 0.960 0.024
#> SRR1093434 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0376 0.9052 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1440787 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1430202 1 0.4250 0.8564 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.3688 0.7354 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR811029 2 0.4386 0.7313 0.020 0.784 0.192 0.004
#> SRR1390456 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.4250 0.8564 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR1388064 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1093577 1 0.4716 0.8901 0.764 0.196 0.040 0.000
#> SRR1414161 1 0.4304 0.8475 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.6620 0.7035 0.628 0.180 0.192 0.000
#> SRR1311752 2 0.0376 0.9052 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1445960 2 0.0779 0.9064 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1403412 2 0.3972 0.7523 0.016 0.816 0.164 0.004
#> SRR2166748 1 0.3400 0.9078 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1330746 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.2921 0.8255 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1100800 1 0.3400 0.9078 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.5799 0.5807 0.552 0.420 0.024 0.004
#> SRR1434436 1 0.3873 0.8995 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1085310 3 0.4720 0.7061 0.188 0.044 0.768 0.000
#> SRR1376718 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR808590 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1084128 2 0.1209 0.8990 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1361692 1 0.6586 0.7159 0.632 0.184 0.184 0.000
#> SRR1431493 3 0.4423 0.7286 0.168 0.040 0.792 0.000
#> SRR1409084 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR2166214 3 0.1867 0.8447 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1324102 2 0.0524 0.9068 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1079754 3 0.8204 -0.1457 0.012 0.256 0.376 0.356
#> SRR1442127 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076244 4 0.5512 -0.0416 0.000 0.016 0.492 0.492
#> SRR1330901 1 0.3801 0.9052 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0524 0.9068 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1357541 3 0.4277 0.8009 0.172 0.024 0.800 0.004
#> SRR811607 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0895 0.9056 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1309875 2 0.3730 0.7790 0.016 0.836 0.144 0.004
#> SRR598792 3 0.3523 0.7855 0.112 0.032 0.856 0.000
#> SRR1088537 2 0.0895 0.9053 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1457682 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.4304 0.8470 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.3583 0.7987 0.180 0.000 0.816 0.004
#> SRR1472728 2 0.0817 0.9053 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1091144 3 0.1557 0.8517 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1319118 1 0.6655 0.7236 0.624 0.192 0.184 0.000
#> SRR1403611 3 0.1510 0.8573 0.000 0.016 0.956 0.028
#> SRR1397762 1 0.7286 0.2631 0.476 0.132 0.388 0.004
#> SRR1317387 3 0.0592 0.8599 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1376426 2 0.0376 0.9052 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1097777 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1365743 3 0.4786 0.7246 0.108 0.104 0.788 0.000
#> SRR1458992 2 0.0779 0.9064 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1089537 3 0.1584 0.8570 0.012 0.000 0.952 0.036
#> SRR1397744 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1453893 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1098543 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1321765 3 0.3751 0.7952 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1440032 3 0.4419 0.7211 0.012 0.180 0.792 0.016
#> SRR1404507 4 0.0817 0.9378 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1404856 3 0.3751 0.7952 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR812745 2 0.5961 0.6677 0.088 0.688 0.220 0.004
#> SRR1417524 3 0.0592 0.8599 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1407334 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1453991 1 0.3400 0.9078 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.4843 0.6831 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1431948 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.3681 0.7699 0.124 0.848 0.024 0.004
#> SRR1095407 3 0.3751 0.7952 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1359694 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR656982 3 0.1389 0.8541 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1354338 2 0.4756 0.7006 0.072 0.784 0.144 0.000
#> SRR1088291 1 0.7495 0.2536 0.428 0.180 0.392 0.000
#> SRR1080624 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.1022 0.9016 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1421048 1 0.3969 0.9025 0.804 0.180 0.016 0.000
#> SRR1434999 3 0.3751 0.7952 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR656457 3 0.3751 0.7952 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1098928 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0376 0.9052 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1360766 3 0.6281 0.5321 0.128 0.216 0.656 0.000
#> SRR1464724 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1101542 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1401528 3 0.2797 0.8217 0.068 0.032 0.900 0.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.3610 0.9167 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.0895 0.9053 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR819771 3 0.0707 0.8610 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1418433 3 0.3390 0.7976 0.000 0.016 0.852 0.132
#> SRR821050 1 0.3400 0.9078 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0779 0.9064 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1322028 2 0.0817 0.9051 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0469 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1340047 2 0.1004 0.9036 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1418302 2 0.4448 0.7349 0.024 0.784 0.188 0.004
#> SRR1073991 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1085187 3 0.4194 0.7977 0.172 0.000 0.800 0.028
#> SRR1357618 3 0.3583 0.7987 0.180 0.000 0.816 0.004
#> SRR1487764 3 0.0921 0.8586 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1075336 1 0.3569 0.9180 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0188 0.9042 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414613 2 0.1109 0.9015 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR658719 2 0.4217 0.7448 0.020 0.800 0.176 0.004
#> SRR1475128 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367630 3 0.3907 0.6978 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1481146 3 0.1557 0.8517 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1465674 3 0.3751 0.7952 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1327303 2 0.1576 0.8825 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR1390391 2 0.1576 0.8888 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR1326020 3 0.3497 0.7924 0.036 0.104 0.860 0.000
#> SRR1381953 3 0.0592 0.8592 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1082544 3 0.6253 0.4625 0.048 0.308 0.628 0.016
#> SRR810761 3 0.4079 0.7257 0.020 0.180 0.800 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.8611 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0524 0.9062 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1416773 3 0.3751 0.7952 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1377492 3 0.1637 0.8502 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1334314 1 0.4399 0.9008 0.768 0.212 0.020 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.6542 0.9106 0.028 0.412 0.460 0.000 0.100
#> SRR1074385 1 0.2389 0.7988 0.880 0.116 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374739 3 0.6603 0.8243 0.000 0.392 0.396 0.000 0.212
#> SRR1097883 1 0.2433 0.8209 0.908 0.024 0.012 0.000 0.056
#> SRR2167209 5 0.0404 0.7316 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR816541 2 0.4940 0.5201 0.032 0.576 0.392 0.000 0.000
#> SRR663645 2 0.7489 -0.6524 0.016 0.464 0.288 0.204 0.028
#> SRR1381505 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.6420 0.4213 0.204 0.496 0.300 0.000 0.000
#> SRR1318503 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.3309 0.4579 0.036 0.836 0.128 0.000 0.000
#> SRR1382440 5 0.6253 -0.3153 0.000 0.388 0.148 0.000 0.464
#> SRR1088413 3 0.6720 0.8940 0.044 0.416 0.448 0.000 0.092
#> SRR1082080 2 0.4905 0.5072 0.024 0.500 0.476 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.2629 0.7817 0.860 0.136 0.000 0.000 0.004
#> SRR1447760 1 0.6656 0.2988 0.584 0.104 0.064 0.000 0.248
#> SRR1487784 2 0.6463 0.3926 0.228 0.496 0.276 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.5100 0.5160 0.036 0.516 0.448 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1078066 5 0.0609 0.7351 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1120363 1 0.0451 0.8631 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR821231 1 0.2563 0.7606 0.872 0.120 0.000 0.000 0.008
#> SRR1374373 2 0.5274 0.5195 0.056 0.572 0.372 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.4622 0.5130 0.012 0.548 0.440 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.0451 0.8631 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1091032 2 0.5114 0.5105 0.036 0.488 0.476 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.2017 0.8088 0.912 0.080 0.000 0.000 0.008
#> SRR1310690 2 0.4789 0.5189 0.024 0.584 0.392 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1095479 1 0.2629 0.7762 0.880 0.104 0.004 0.000 0.012
#> SRR1070403 3 0.6554 0.8387 0.000 0.392 0.408 0.000 0.200
#> SRR1390203 1 0.0162 0.8631 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072007 2 0.1117 0.3373 0.016 0.964 0.020 0.000 0.000
#> SRR1468787 3 0.7087 0.8025 0.016 0.372 0.380 0.000 0.232
#> SRR1347959 2 0.6195 0.1771 0.368 0.488 0.144 0.000 0.000
#> SRR1338513 2 0.7637 -0.7916 0.000 0.396 0.368 0.152 0.084
#> SRR812598 2 0.0771 0.3408 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.4066 0.5008 0.672 0.324 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394275 1 0.2674 0.7799 0.856 0.140 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443633 5 0.6500 0.5559 0.168 0.120 0.080 0.000 0.632
#> SRR1087728 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1098192 2 0.0609 0.3353 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.4906 0.5063 0.024 0.496 0.480 0.000 0.000
#> SRR665405 2 0.7749 -0.7627 0.000 0.400 0.340 0.176 0.084
#> SRR657077 2 0.5133 0.5207 0.044 0.568 0.388 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1416074 2 0.4906 0.5063 0.024 0.496 0.480 0.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.7553 -0.6513 0.000 0.400 0.272 0.284 0.044
#> SRR1353461 2 0.5844 -0.7240 0.004 0.544 0.360 0.000 0.092
#> SRR1466321 1 0.0162 0.8631 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073021 1 0.5369 0.5450 0.724 0.100 0.040 0.000 0.136
#> SRR1322816 2 0.4789 0.5189 0.024 0.584 0.392 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.0290 0.8633 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1464226 2 0.0609 0.3353 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398863 2 0.4196 0.1843 0.356 0.640 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455631 2 0.7709 -0.7545 0.000 0.400 0.340 0.184 0.076
#> SRR1307808 1 0.0771 0.8583 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374585 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.7519 -0.7089 0.008 0.408 0.340 0.212 0.032
#> SRR1076868 2 0.6396 0.2538 0.324 0.488 0.188 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.4866 0.5190 0.028 0.580 0.392 0.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.4450 0.1175 0.508 0.488 0.000 0.000 0.004
#> SRR1453047 2 0.4906 0.5063 0.024 0.496 0.480 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.6938 0.8053 0.012 0.384 0.392 0.000 0.212
#> SRR1084323 1 0.2233 0.8078 0.892 0.104 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092937 2 0.2112 0.3207 0.084 0.908 0.004 0.000 0.004
#> SRR1074090 2 0.4906 0.5063 0.024 0.496 0.480 0.000 0.000
#> SRR1099833 2 0.7637 -0.7916 0.000 0.396 0.368 0.152 0.084
#> SRR1093434 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1435857 1 0.0290 0.8633 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480347 2 0.4906 0.5063 0.024 0.496 0.480 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.4047 0.5088 0.676 0.320 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322730 4 0.4252 0.3501 0.000 0.340 0.008 0.652 0.000
#> SRR811029 2 0.0898 0.3232 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1381140 1 0.3906 0.5674 0.704 0.292 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388064 4 0.0162 0.8993 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1093577 1 0.0579 0.8608 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1414161 1 0.3196 0.7273 0.804 0.192 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328738 1 0.2054 0.8146 0.916 0.072 0.004 0.000 0.008
#> SRR1311752 2 0.4906 0.5063 0.024 0.496 0.480 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.4789 0.5189 0.024 0.584 0.392 0.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.1012 0.3507 0.020 0.968 0.012 0.000 0.000
#> SRR2166748 1 0.0451 0.8631 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR821666 4 0.0162 0.8993 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1330746 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1327872 4 0.2966 0.6458 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1100800 1 0.0290 0.8633 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1075174 2 0.1892 0.3157 0.080 0.916 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434436 1 0.2583 0.7854 0.864 0.132 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389409 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 2 0.7271 -0.7086 0.176 0.444 0.336 0.000 0.044
#> SRR1376718 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.6218 0.4798 0.148 0.488 0.364 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.2295 0.7978 0.900 0.088 0.004 0.000 0.008
#> SRR1431493 1 0.6910 -0.1985 0.452 0.392 0.048 0.000 0.108
#> SRR1409084 1 0.1251 0.8532 0.956 0.036 0.000 0.000 0.008
#> SRR2166214 2 0.7787 -0.7642 0.000 0.396 0.340 0.176 0.088
#> SRR1324102 2 0.5177 0.5128 0.040 0.488 0.472 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.5839 -0.3211 0.008 0.636 0.164 0.192 0.000
#> SRR1442127 3 0.6229 0.9040 0.000 0.392 0.464 0.000 0.144
#> SRR1076244 4 0.6895 -0.3409 0.000 0.400 0.112 0.444 0.044
#> SRR1330901 1 0.0955 0.8549 0.968 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073167 2 0.5111 0.5133 0.036 0.500 0.464 0.000 0.000
#> SRR1357541 5 0.6687 0.5267 0.220 0.112 0.072 0.000 0.596
#> SRR811607 1 0.0162 0.8631 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468931 3 0.5895 0.9354 0.000 0.396 0.500 0.000 0.104
#> SRR1474908 2 0.5010 0.5202 0.036 0.572 0.392 0.000 0.000
#> SRR1309875 2 0.3151 0.4618 0.020 0.836 0.144 0.000 0.000
#> SRR598792 2 0.7889 -0.6677 0.236 0.416 0.260 0.000 0.088
#> SRR1088537 2 0.5077 0.5204 0.040 0.568 0.392 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.2629 0.7817 0.860 0.136 0.000 0.000 0.004
#> SRR1069352 5 0.4963 0.1872 0.000 0.352 0.040 0.000 0.608
#> SRR1472728 2 0.5019 0.5189 0.032 0.532 0.436 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.7749 -0.7627 0.000 0.400 0.340 0.176 0.084
#> SRR1319118 1 0.2492 0.7996 0.900 0.020 0.008 0.000 0.072
#> SRR1403611 2 0.7637 -0.7916 0.000 0.396 0.368 0.152 0.084
#> SRR1397762 2 0.2674 0.2755 0.084 0.888 0.020 0.000 0.008
#> SRR1317387 3 0.5918 0.9387 0.000 0.396 0.508 0.004 0.092
#> SRR1376426 2 0.4906 0.5063 0.024 0.496 0.480 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.0290 0.8633 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365743 2 0.6032 -0.6772 0.024 0.560 0.344 0.000 0.072
#> SRR1458992 2 0.4789 0.5189 0.024 0.584 0.392 0.000 0.000
#> SRR1089537 2 0.7843 -0.7743 0.000 0.396 0.340 0.160 0.104
#> SRR1397744 1 0.0290 0.8633 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1453893 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0162 0.8631 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321765 5 0.0609 0.7351 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1440032 3 0.7047 0.8775 0.020 0.420 0.436 0.032 0.092
#> SRR1404507 4 0.0992 0.8728 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000
#> SRR1404856 5 0.4818 0.5353 0.000 0.100 0.180 0.000 0.720
#> SRR812745 2 0.0955 0.3303 0.028 0.968 0.004 0.000 0.000
#> SRR1417524 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1407334 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.0290 0.8633 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1415938 1 0.0162 0.8635 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081259 2 0.4802 -0.0765 0.480 0.504 0.012 0.000 0.004
#> SRR1436187 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1453277 2 0.5482 0.4807 0.144 0.652 0.204 0.000 0.000
#> SRR1095407 5 0.0404 0.7316 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1359694 1 0.0162 0.8631 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656982 3 0.7438 0.8089 0.000 0.396 0.400 0.116 0.088
#> SRR1354338 2 0.4062 0.4054 0.196 0.764 0.040 0.000 0.000
#> SRR1088291 1 0.2753 0.7694 0.876 0.104 0.012 0.000 0.008
#> SRR1080624 1 0.0290 0.8633 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2166708 3 0.6603 0.8238 0.000 0.392 0.396 0.000 0.212
#> SRR1393572 1 0.0162 0.8631 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429912 2 0.6287 0.4631 0.184 0.520 0.296 0.000 0.000
#> SRR1421048 1 0.0451 0.8631 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434999 5 0.0609 0.7351 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR656457 5 0.0609 0.7351 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1098928 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1343967 2 0.4906 0.5063 0.024 0.496 0.480 0.000 0.000
#> SRR1360766 2 0.7841 -0.0574 0.292 0.388 0.248 0.000 0.072
#> SRR1464724 4 0.0162 0.8991 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1101542 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 2 0.5924 -0.7164 0.008 0.552 0.348 0.000 0.092
#> SRR1071519 3 0.6774 0.8654 0.012 0.392 0.420 0.000 0.176
#> SRR1086070 1 0.2536 0.7889 0.868 0.128 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358645 2 0.5264 0.5203 0.052 0.556 0.392 0.000 0.000
#> SRR819771 5 0.5576 -0.0882 0.000 0.388 0.076 0.000 0.536
#> SRR1418433 2 0.7810 -0.7460 0.000 0.400 0.316 0.204 0.080
#> SRR821050 1 0.0451 0.8631 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1402091 2 0.4789 0.5189 0.024 0.584 0.392 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.5052 0.5203 0.036 0.552 0.412 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.4940 0.5198 0.032 0.576 0.392 0.000 0.000
#> SRR1418302 2 0.0609 0.3353 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073991 1 0.0290 0.8633 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1085187 5 0.6305 0.1674 0.000 0.104 0.340 0.020 0.536
#> SRR1357618 5 0.0771 0.7347 0.000 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR1487764 3 0.5815 0.9393 0.000 0.396 0.508 0.000 0.096
#> SRR1075336 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.4906 0.5063 0.024 0.496 0.480 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.6336 0.4588 0.172 0.488 0.340 0.000 0.000
#> SRR658719 2 0.0771 0.3339 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000
#> SRR1475128 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1367630 2 0.7467 -0.7206 0.000 0.400 0.340 0.216 0.044
#> SRR1481146 2 0.7787 -0.7642 0.000 0.396 0.340 0.176 0.088
#> SRR1465674 5 0.0404 0.7316 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1327303 2 0.4866 0.5190 0.028 0.580 0.392 0.000 0.000
#> SRR1390391 2 0.4723 0.4695 0.132 0.736 0.132 0.000 0.000
#> SRR1326020 2 0.5899 -0.6541 0.020 0.568 0.344 0.000 0.068
#> SRR1381953 3 0.5799 0.9289 0.000 0.416 0.492 0.000 0.092
#> SRR1082544 2 0.3100 0.1857 0.032 0.880 0.064 0.004 0.020
#> SRR810761 1 0.7136 0.0507 0.508 0.108 0.080 0.000 0.304
#> SRR1070764 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1415919 3 0.5773 0.9411 0.000 0.396 0.512 0.000 0.092
#> SRR1490404 2 0.5944 0.4974 0.108 0.488 0.404 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.0404 0.7316 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1377492 2 0.7770 -0.7685 0.000 0.396 0.344 0.172 0.088
#> SRR1334314 1 0.0162 0.8638 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.3752 0.68112 0.148 0.016 0.796 0.000 0.004 0.036
#> SRR1074385 1 0.2482 0.79315 0.848 0.148 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374739 3 0.0806 0.78360 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1097883 1 0.1444 0.86757 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2167209 5 0.0146 0.82793 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR816541 2 0.2907 0.54994 0.020 0.828 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR663645 2 0.5771 0.19805 0.000 0.508 0.244 0.248 0.000 0.000
#> SRR1381505 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 6 0.4251 0.78865 0.208 0.076 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1318503 1 0.0146 0.88649 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.4507 0.55228 0.196 0.716 0.076 0.000 0.000 0.012
#> SRR1382440 3 0.2214 0.72015 0.000 0.000 0.888 0.000 0.096 0.016
#> SRR1088413 3 0.3407 0.73472 0.088 0.036 0.844 0.004 0.004 0.024
#> SRR1082080 6 0.3455 0.83732 0.056 0.144 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1455783 1 0.1411 0.86907 0.936 0.060 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1447760 1 0.4819 0.57386 0.688 0.020 0.004 0.000 0.228 0.060
#> SRR1487784 6 0.4382 0.77429 0.228 0.076 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1331037 6 0.4831 0.80049 0.164 0.168 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1095651 3 0.0146 0.79476 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1078066 5 0.0922 0.83012 0.004 0.000 0.024 0.000 0.968 0.004
#> SRR1120363 1 0.1204 0.87674 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR821231 1 0.2728 0.83692 0.872 0.040 0.080 0.000 0.000 0.008
#> SRR1374373 2 0.2527 0.61332 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.4403 -0.11671 0.024 0.508 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1431121 1 0.1391 0.87767 0.944 0.000 0.016 0.000 0.000 0.040
#> SRR1091032 6 0.4064 0.67248 0.020 0.336 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1365575 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.2625 0.82974 0.872 0.072 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0363 0.65667 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.1863 0.79731 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1095479 1 0.2432 0.81993 0.876 0.000 0.100 0.000 0.000 0.024
#> SRR1070403 3 0.0914 0.78125 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1390203 1 0.0000 0.88548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.1663 0.67359 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 3 0.6919 0.12875 0.132 0.020 0.452 0.000 0.336 0.060
#> SRR1347959 6 0.5230 0.60560 0.344 0.108 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1338513 3 0.4565 0.73775 0.000 0.152 0.732 0.096 0.000 0.020
#> SRR812598 2 0.2658 0.66741 0.008 0.864 0.112 0.016 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.2520 0.78805 0.844 0.152 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394275 1 0.1411 0.86935 0.936 0.060 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1443633 5 0.5084 0.58339 0.236 0.000 0.028 0.000 0.660 0.076
#> SRR1087728 3 0.0000 0.79365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.3417 0.61964 0.000 0.796 0.160 0.044 0.000 0.000
#> SRR1093340 6 0.3416 0.83800 0.056 0.140 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR665405 3 0.5113 0.64275 0.000 0.168 0.628 0.204 0.000 0.000
#> SRR657077 2 0.2805 0.61560 0.160 0.828 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR813208 3 0.1863 0.79731 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1416074 6 0.3435 0.84040 0.060 0.136 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1089688 3 0.5393 0.57467 0.000 0.168 0.576 0.256 0.000 0.000
#> SRR1353461 3 0.2491 0.79592 0.000 0.020 0.868 0.000 0.000 0.112
#> SRR1466321 1 0.0146 0.88649 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.2002 0.85820 0.908 0.000 0.004 0.000 0.012 0.076
#> SRR1322816 2 0.2869 0.55386 0.020 0.832 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1457727 1 0.0458 0.88395 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.1910 0.66917 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398863 2 0.5662 0.18793 0.428 0.436 0.132 0.000 0.004 0.000
#> SRR1455631 3 0.5316 0.59624 0.000 0.168 0.592 0.240 0.000 0.000
#> SRR1307808 1 0.0935 0.88198 0.964 0.032 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374585 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.6023 0.00454 0.000 0.428 0.284 0.288 0.000 0.000
#> SRR1076868 6 0.4547 0.72386 0.276 0.068 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1335984 2 0.0146 0.65490 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1445939 1 0.3961 0.16615 0.556 0.440 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1453047 6 0.3551 0.83793 0.060 0.148 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1339788 3 0.4377 0.63972 0.088 0.000 0.768 0.000 0.100 0.044
#> SRR1084323 1 0.1958 0.83420 0.896 0.100 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1092937 2 0.4512 0.62638 0.192 0.708 0.096 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074090 6 0.3435 0.84040 0.060 0.136 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1099833 3 0.2218 0.79843 0.000 0.000 0.884 0.012 0.000 0.104
#> SRR1093434 3 0.0260 0.79106 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435857 1 0.1124 0.88389 0.956 0.036 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480347 6 0.3455 0.83791 0.056 0.144 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1440787 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.2520 0.79049 0.844 0.152 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322730 4 0.4831 0.54823 0.000 0.168 0.164 0.668 0.000 0.000
#> SRR811029 2 0.2597 0.63889 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.1327 0.79875 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1381140 1 0.3508 0.56532 0.704 0.292 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388064 4 0.1327 0.87884 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.1675 0.87439 0.936 0.008 0.032 0.000 0.000 0.024
#> SRR1414161 1 0.2738 0.75678 0.820 0.176 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1328738 1 0.1204 0.87674 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1311752 6 0.3435 0.84040 0.060 0.136 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1445960 2 0.2218 0.60465 0.012 0.884 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1403412 2 0.1610 0.67348 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166748 1 0.1007 0.88030 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR821666 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.1556 0.79822 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1327872 4 0.3786 0.71845 0.000 0.168 0.064 0.768 0.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.0363 0.88528 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1075174 2 0.5147 0.60531 0.180 0.640 0.176 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434436 1 0.0858 0.88306 0.968 0.028 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389409 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.4734 0.55316 0.152 0.168 0.680 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376718 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 6 0.4896 0.77345 0.216 0.132 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1361692 1 0.1391 0.87787 0.944 0.000 0.016 0.000 0.000 0.040
#> SRR1431493 1 0.5205 0.34646 0.576 0.000 0.348 0.000 0.032 0.044
#> SRR1409084 1 0.1204 0.87310 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 3 0.5162 0.63357 0.000 0.168 0.620 0.212 0.000 0.000
#> SRR1324102 6 0.4408 0.74272 0.052 0.292 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1079754 2 0.5787 0.28072 0.000 0.528 0.212 0.256 0.000 0.004
#> SRR1442127 3 0.0146 0.79256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076244 3 0.5701 0.66227 0.000 0.168 0.620 0.176 0.000 0.036
#> SRR1330901 1 0.0692 0.88500 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1073167 6 0.4500 0.57452 0.036 0.392 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1357541 5 0.5025 0.55742 0.252 0.000 0.020 0.000 0.652 0.076
#> SRR811607 1 0.0291 0.88649 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468931 3 0.0458 0.78764 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1474908 2 0.2750 0.56936 0.020 0.844 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1309875 2 0.1349 0.67096 0.004 0.940 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.2002 0.78550 0.012 0.076 0.908 0.000 0.000 0.004
#> SRR1088537 2 0.3746 0.45879 0.048 0.760 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1457682 1 0.0146 0.88649 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.0748 0.88449 0.976 0.016 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1069352 5 0.3816 0.60360 0.000 0.000 0.296 0.000 0.688 0.016
#> SRR1472728 2 0.5513 -0.24614 0.132 0.476 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1091144 3 0.5138 0.63817 0.000 0.168 0.624 0.208 0.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.2471 0.86704 0.896 0.040 0.020 0.000 0.000 0.044
#> SRR1403611 3 0.2218 0.79843 0.000 0.000 0.884 0.012 0.000 0.104
#> SRR1397762 2 0.3864 0.50576 0.004 0.648 0.344 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317387 3 0.0146 0.79476 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1376426 6 0.3453 0.84013 0.064 0.132 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1097777 1 0.0713 0.88431 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365743 3 0.2491 0.79592 0.000 0.020 0.868 0.000 0.000 0.112
#> SRR1458992 2 0.2473 0.57586 0.008 0.856 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1089537 3 0.4858 0.68711 0.000 0.020 0.704 0.152 0.124 0.000
#> SRR1397744 1 0.0000 0.88548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0146 0.88649 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 5 0.0291 0.82775 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1440032 3 0.5601 0.42883 0.092 0.304 0.580 0.012 0.000 0.012
#> SRR1404507 4 0.3134 0.76755 0.000 0.168 0.024 0.808 0.000 0.000
#> SRR1404856 5 0.2076 0.80891 0.004 0.020 0.016 0.000 0.920 0.040
#> SRR812745 2 0.2597 0.63889 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417524 3 0.1863 0.80172 0.000 0.000 0.920 0.044 0.000 0.036
#> SRR1407334 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.1007 0.88054 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1415938 1 0.0891 0.88595 0.968 0.024 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.3971 0.18858 0.548 0.448 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436187 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.1863 0.79731 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1453277 2 0.2632 0.63557 0.164 0.832 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095407 5 0.0146 0.82793 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1359694 1 0.0146 0.88649 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656982 3 0.4595 0.70554 0.000 0.168 0.696 0.136 0.000 0.000
#> SRR1354338 2 0.4822 0.30136 0.400 0.548 0.048 0.000 0.000 0.004
#> SRR1088291 1 0.1267 0.87498 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1080624 1 0.0000 0.88548 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.1088 0.77740 0.000 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR1393572 1 0.0146 0.88649 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 1 0.4803 0.45608 0.672 0.108 0.000 0.000 0.004 0.216
#> SRR1421048 1 0.1349 0.87663 0.940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1434999 5 0.0632 0.83044 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR656457 5 0.0632 0.83044 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1098928 3 0.1814 0.79723 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1343967 6 0.3953 0.83009 0.104 0.132 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1360766 2 0.5696 0.44454 0.256 0.524 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464724 4 0.2527 0.78978 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1101542 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.2573 0.79570 0.000 0.024 0.864 0.000 0.000 0.112
#> SRR1071519 3 0.1003 0.78076 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1086070 1 0.2100 0.83167 0.884 0.112 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1358645 2 0.2738 0.60608 0.176 0.820 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR819771 5 0.4152 0.31860 0.000 0.000 0.440 0.000 0.548 0.012
#> SRR1418433 3 0.5221 0.72163 0.000 0.168 0.684 0.100 0.000 0.048
#> SRR821050 1 0.1204 0.87674 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1402091 2 0.2538 0.58511 0.016 0.860 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1322028 6 0.5667 0.49508 0.160 0.368 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1452556 4 0.0000 0.92248 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.3010 0.61993 0.132 0.836 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1418302 2 0.1663 0.67331 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073991 1 0.1528 0.88421 0.944 0.028 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1085187 5 0.4290 0.27965 0.000 0.020 0.364 0.004 0.612 0.000
#> SRR1357618 5 0.1007 0.82579 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1487764 3 0.4473 0.73152 0.000 0.156 0.732 0.100 0.012 0.000
#> SRR1075336 1 0.0146 0.88649 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 6 0.3416 0.83800 0.056 0.140 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1414613 6 0.4745 0.78826 0.204 0.124 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR658719 2 0.2597 0.63889 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475128 3 0.0146 0.79256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367630 3 0.5650 0.42276 0.000 0.168 0.500 0.332 0.000 0.000
#> SRR1481146 3 0.5162 0.63357 0.000 0.168 0.620 0.212 0.000 0.000
#> SRR1465674 5 0.0146 0.82793 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1327303 2 0.2454 0.62011 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390391 2 0.3245 0.63257 0.172 0.800 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326020 3 0.3864 0.26528 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381953 3 0.4427 0.74018 0.000 0.192 0.724 0.012 0.000 0.072
#> SRR1082544 2 0.6024 0.49184 0.212 0.592 0.136 0.060 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.5086 0.49504 0.640 0.000 0.020 0.000 0.264 0.076
#> SRR1070764 3 0.1957 0.79674 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1415919 3 0.1863 0.79731 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1490404 6 0.4111 0.82502 0.144 0.108 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1416773 5 0.0146 0.82793 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1377492 3 0.4767 0.68957 0.000 0.168 0.676 0.156 0.000 0.000
#> SRR1334314 1 0.2094 0.85345 0.908 0.064 0.024 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.828 0.899 0.958 0.4854 0.508 0.508
#> 3 3 0.637 0.789 0.886 0.3411 0.648 0.415
#> 4 4 0.817 0.850 0.932 0.0921 0.748 0.428
#> 5 5 0.772 0.741 0.860 0.0648 0.903 0.691
#> 6 6 0.709 0.706 0.833 0.0475 0.918 0.698
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.1843 0.9188 0.028 0.972
#> SRR1381505 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.6438 0.7993 0.164 0.836
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.0376 0.9644 0.996 0.004
#> SRR1447760 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR821231 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.9754 0.3656 0.408 0.592
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.4562 0.8750 0.904 0.096
#> SRR1072007 2 1.0000 0.0743 0.496 0.504
#> SRR1468787 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.9580 0.3538 0.620 0.380
#> SRR1394275 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR657077 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1089688 1 0.3274 0.9138 0.940 0.060
#> SRR1353461 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.6247 0.8082 0.156 0.844
#> SRR1073021 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.9710 0.3864 0.400 0.600
#> SRR1307808 2 0.7745 0.7202 0.228 0.772
#> SRR1374585 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.7745 0.7213 0.228 0.772
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.8909 0.5937 0.308 0.692
#> SRR1445939 2 0.8861 0.5986 0.304 0.696
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.4161 0.8885 0.916 0.084
#> SRR1092937 1 0.0938 0.9578 0.988 0.012
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1430202 1 0.2043 0.9402 0.968 0.032
#> SRR1322730 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.9754 0.2696 0.592 0.408
#> SRR1388064 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.9686 0.3068 0.604 0.396
#> SRR1328738 1 0.0376 0.9644 0.996 0.004
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.2603 0.9292 0.956 0.044
#> SRR1434436 2 0.5178 0.8481 0.116 0.884
#> SRR1389409 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1361692 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.0376 0.9644 0.996 0.004
#> SRR1324102 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.8555 0.6278 0.280 0.720
#> SRR1330901 2 0.5178 0.8479 0.116 0.884
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.7056 0.7697 0.192 0.808
#> SRR1468931 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1457682 1 0.5059 0.8567 0.888 0.112
#> SRR1454289 2 0.8386 0.6601 0.268 0.732
#> SRR1069352 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1091144 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.3114 0.9176 0.944 0.056
#> SRR1317387 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1397744 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0672 0.9612 0.992 0.008
#> SRR1321765 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1404856 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR812745 2 0.9323 0.5110 0.348 0.652
#> SRR1417524 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.4815 0.8658 0.896 0.104
#> SRR1436187 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1453277 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1095407 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR656982 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1354338 2 0.0376 0.9345 0.004 0.996
#> SRR1088291 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.9209 0.5369 0.336 0.664
#> SRR1421048 1 0.9996 -0.0289 0.512 0.488
#> SRR1434999 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1360766 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1464724 2 0.0376 0.9344 0.004 0.996
#> SRR1101542 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1418433 1 0.8144 0.6516 0.748 0.252
#> SRR821050 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1340047 1 0.9393 0.4184 0.644 0.356
#> SRR1418302 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1073991 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1085187 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1075336 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR658719 2 0.2948 0.9013 0.052 0.948
#> SRR1475128 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1367630 1 0.8861 0.5412 0.696 0.304
#> SRR1481146 2 0.9850 0.3082 0.428 0.572
#> SRR1465674 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.5408 0.8411 0.876 0.124
#> SRR1390391 2 0.4298 0.8724 0.088 0.912
#> SRR1326020 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1377492 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
#> SRR1334314 1 0.0000 0.9675 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074385 1 0.2860 0.8288 0.912 0.004 0.084
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 1 0.4504 0.7013 0.804 0.000 0.196
#> SRR2167209 1 0.4235 0.7274 0.824 0.000 0.176
#> SRR816541 2 0.5178 0.6691 0.256 0.744 0.000
#> SRR663645 2 0.0237 0.8589 0.000 0.996 0.004
#> SRR1381505 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 1 0.2537 0.8497 0.920 0.080 0.000
#> SRR1318503 1 0.0000 0.8590 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 1 0.5098 0.6709 0.752 0.248 0.000
#> SRR1382440 3 0.0592 0.9140 0.012 0.000 0.988
#> SRR1088413 3 0.1529 0.9051 0.040 0.000 0.960
#> SRR1082080 1 0.6244 0.1839 0.560 0.440 0.000
#> SRR1455783 1 0.1643 0.8611 0.956 0.044 0.000
#> SRR1447760 1 0.0000 0.8590 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487784 1 0.2356 0.8535 0.928 0.072 0.000
#> SRR1331037 1 0.2165 0.8570 0.936 0.064 0.000
#> SRR1095651 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078066 3 0.5905 0.5302 0.352 0.000 0.648
#> SRR1120363 1 0.0424 0.8572 0.992 0.000 0.008
#> SRR821231 3 0.1163 0.9095 0.028 0.000 0.972
#> SRR1374373 1 0.2959 0.8377 0.900 0.100 0.000
#> SRR1324519 2 0.6192 0.3289 0.420 0.580 0.000
#> SRR1431121 1 0.2261 0.8231 0.932 0.000 0.068
#> SRR1091032 2 0.6062 0.4266 0.384 0.616 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.2356 0.8933 0.072 0.000 0.928
#> SRR1310690 2 0.4654 0.7289 0.208 0.792 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.3038 0.8699 0.104 0.000 0.896
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 1 0.1031 0.8616 0.976 0.024 0.000
#> SRR1072007 2 0.4232 0.8077 0.044 0.872 0.084
#> SRR1468787 3 0.5733 0.5829 0.324 0.000 0.676
#> SRR1347959 1 0.2066 0.8585 0.940 0.060 0.000
#> SRR1338513 3 0.0424 0.9126 0.000 0.008 0.992
#> SRR812598 2 0.1411 0.8500 0.036 0.964 0.000
#> SRR1446806 1 0.2066 0.8585 0.940 0.060 0.000
#> SRR1394275 1 0.1832 0.8579 0.956 0.008 0.036
#> SRR1443633 3 0.4702 0.7620 0.212 0.000 0.788
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 2 0.1643 0.8468 0.044 0.956 0.000
#> SRR1093340 1 0.4121 0.7754 0.832 0.168 0.000
#> SRR665405 3 0.2878 0.8517 0.000 0.096 0.904
#> SRR657077 2 0.6111 0.3924 0.396 0.604 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 1 0.3267 0.8254 0.884 0.116 0.000
#> SRR1089688 2 0.6302 0.0685 0.000 0.520 0.480
#> SRR1353461 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.0592 0.8609 0.988 0.012 0.000
#> SRR1073021 1 0.4399 0.7124 0.812 0.000 0.188
#> SRR1322816 2 0.3412 0.8049 0.124 0.876 0.000
#> SRR1457727 1 0.0592 0.8559 0.988 0.000 0.012
#> SRR1464226 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398863 3 0.4605 0.7389 0.204 0.000 0.796
#> SRR1455631 2 0.1643 0.8428 0.000 0.956 0.044
#> SRR1307808 1 0.0237 0.8598 0.996 0.004 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076868 1 0.2066 0.8585 0.940 0.060 0.000
#> SRR1335984 2 0.6224 0.6755 0.240 0.728 0.032
#> SRR1445939 1 0.3551 0.8132 0.868 0.132 0.000
#> SRR1453047 1 0.4399 0.7522 0.812 0.188 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 1 0.2301 0.8594 0.936 0.060 0.004
#> SRR1092937 3 0.3769 0.8219 0.104 0.016 0.880
#> SRR1074090 1 0.3816 0.7964 0.852 0.148 0.000
#> SRR1099833 3 0.5178 0.6280 0.000 0.256 0.744
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.5650 0.5098 0.688 0.000 0.312
#> SRR1480347 1 0.5327 0.6239 0.728 0.272 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.1860 0.8600 0.948 0.052 0.000
#> SRR1322730 2 0.0592 0.8562 0.000 0.988 0.012
#> SRR811029 2 0.0424 0.8589 0.008 0.992 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.2066 0.8585 0.940 0.060 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.0592 0.8564 0.988 0.000 0.012
#> SRR1414161 1 0.2066 0.8585 0.940 0.060 0.000
#> SRR1328738 1 0.0000 0.8590 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 1 0.2959 0.8374 0.900 0.100 0.000
#> SRR1445960 2 0.3686 0.7922 0.140 0.860 0.000
#> SRR1403412 2 0.3192 0.8111 0.112 0.888 0.000
#> SRR2166748 3 0.6225 0.3212 0.432 0.000 0.568
#> SRR821666 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.2356 0.8213 0.928 0.000 0.072
#> SRR1075174 3 0.3851 0.7912 0.136 0.004 0.860
#> SRR1434436 1 0.2066 0.8585 0.940 0.060 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.0237 0.9154 0.004 0.000 0.996
#> SRR1376718 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.4291 0.7632 0.820 0.180 0.000
#> SRR1361692 1 0.1163 0.8504 0.972 0.000 0.028
#> SRR1431493 3 0.3038 0.8702 0.104 0.000 0.896
#> SRR1409084 1 0.4139 0.7905 0.860 0.016 0.124
#> SRR2166214 3 0.4235 0.7671 0.000 0.176 0.824
#> SRR1324102 1 0.5254 0.6397 0.736 0.264 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.3941 0.7313 0.000 0.844 0.156
#> SRR1330901 1 0.1163 0.8617 0.972 0.028 0.000
#> SRR1073167 1 0.5988 0.4079 0.632 0.368 0.000
#> SRR1357541 1 0.5926 0.3983 0.644 0.000 0.356
#> SRR811607 1 0.0000 0.8590 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 2 0.6026 0.4502 0.376 0.624 0.000
#> SRR1309875 2 0.3116 0.8135 0.108 0.892 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 1 0.4291 0.7624 0.820 0.180 0.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.8590 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.1643 0.8611 0.956 0.044 0.000
#> SRR1069352 3 0.2448 0.8886 0.076 0.000 0.924
#> SRR1472728 1 0.5058 0.6759 0.756 0.244 0.000
#> SRR1091144 3 0.2050 0.9057 0.028 0.020 0.952
#> SRR1319118 3 0.1860 0.8982 0.052 0.000 0.948
#> SRR1403611 3 0.2356 0.8672 0.000 0.072 0.928
#> SRR1397762 3 0.4618 0.7733 0.136 0.024 0.840
#> SRR1317387 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 1 0.2625 0.8474 0.916 0.084 0.000
#> SRR1097777 1 0.5733 0.5151 0.676 0.000 0.324
#> SRR1365743 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458992 2 0.5560 0.5900 0.300 0.700 0.000
#> SRR1089537 3 0.2096 0.9001 0.052 0.004 0.944
#> SRR1397744 1 0.0000 0.8590 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0237 0.8598 0.996 0.004 0.000
#> SRR1321765 1 0.6079 0.3098 0.612 0.000 0.388
#> SRR1440032 3 0.2200 0.8884 0.004 0.056 0.940
#> SRR1404507 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.4178 0.7325 0.828 0.000 0.172
#> SRR812745 2 0.7372 0.7108 0.128 0.704 0.168
#> SRR1417524 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.8590 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.3752 0.7794 0.856 0.000 0.144
#> SRR1081259 1 0.2066 0.8585 0.940 0.060 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 3 0.5763 0.6266 0.276 0.008 0.716
#> SRR1095407 1 0.4654 0.6839 0.792 0.000 0.208
#> SRR1359694 1 0.0424 0.8604 0.992 0.008 0.000
#> SRR656982 3 0.0592 0.9139 0.012 0.000 0.988
#> SRR1354338 1 0.2537 0.8505 0.920 0.080 0.000
#> SRR1088291 1 0.0424 0.8572 0.992 0.000 0.008
#> SRR1080624 1 0.0000 0.8590 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.8590 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 1 0.1964 0.8593 0.944 0.056 0.000
#> SRR1421048 1 0.0000 0.8590 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434999 3 0.2356 0.8907 0.072 0.000 0.928
#> SRR656457 3 0.2448 0.8886 0.076 0.000 0.924
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 1 0.2878 0.8401 0.904 0.096 0.000
#> SRR1360766 3 0.0747 0.9116 0.016 0.000 0.984
#> SRR1464724 2 0.2448 0.8087 0.000 0.924 0.076
#> SRR1101542 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 1 0.2173 0.8536 0.944 0.008 0.048
#> SRR1358645 1 0.3340 0.8226 0.880 0.120 0.000
#> SRR819771 3 0.2066 0.8963 0.060 0.000 0.940
#> SRR1418433 2 0.5216 0.5939 0.000 0.740 0.260
#> SRR821050 1 0.3752 0.7601 0.856 0.000 0.144
#> SRR1402091 2 0.4702 0.7242 0.212 0.788 0.000
#> SRR1322028 1 0.2066 0.8585 0.940 0.060 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.2537 0.8501 0.920 0.080 0.000
#> SRR1418302 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073991 3 0.5905 0.4893 0.352 0.000 0.648
#> SRR1085187 1 0.6460 0.1263 0.556 0.004 0.440
#> SRR1357618 3 0.2625 0.8837 0.084 0.000 0.916
#> SRR1487764 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075336 1 0.0000 0.8590 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 1 0.5968 0.4198 0.636 0.364 0.000
#> SRR1414613 1 0.2537 0.8498 0.920 0.080 0.000
#> SRR658719 2 0.4033 0.7945 0.136 0.856 0.008
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 2 0.6302 0.0394 0.000 0.520 0.480
#> SRR1481146 2 0.0592 0.8570 0.000 0.988 0.012
#> SRR1465674 1 0.6126 0.2732 0.600 0.000 0.400
#> SRR1327303 1 0.6652 0.7221 0.744 0.084 0.172
#> SRR1390391 2 0.5905 0.5041 0.352 0.648 0.000
#> SRR1326020 3 0.0424 0.9126 0.000 0.008 0.992
#> SRR1381953 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082544 2 0.5926 0.4958 0.356 0.644 0.000
#> SRR810761 3 0.5363 0.6722 0.276 0.000 0.724
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 1 0.2066 0.8585 0.940 0.060 0.000
#> SRR1416773 3 0.5882 0.5400 0.348 0.000 0.652
#> SRR1377492 3 0.1031 0.9037 0.000 0.024 0.976
#> SRR1334314 1 0.0237 0.8582 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.0707 0.8646 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1074385 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.4331 0.5767 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1097883 1 0.0817 0.9044 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0592 0.9082 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0817 0.9448 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR663645 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381505 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.3649 0.7494 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1382440 1 0.0921 0.8999 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1088413 1 0.0817 0.9023 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1082080 2 0.0469 0.9514 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1455783 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 1 0.1637 0.8760 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.2469 0.8139 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.9109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.2469 0.8289 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR821231 3 0.1677 0.8586 0.040 0.012 0.948 0.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.3907 0.6718 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0817 0.9448 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1365575 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072972 3 0.4436 0.6893 0.020 0.216 0.764 0.000
#> SRR1310690 2 0.0817 0.9448 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1383037 3 0.0592 0.8646 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1095479 1 0.0469 0.9079 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1070403 3 0.0592 0.8649 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1390203 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.6705 0.1419 0.012 0.512 0.060 0.416
#> SRR1468787 1 0.0336 0.9105 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338513 3 0.0707 0.8643 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR812598 2 0.4999 0.0779 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1446806 2 0.0188 0.9549 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1394275 2 0.0188 0.9544 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0336 0.9105 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1087728 3 0.1474 0.8544 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1098192 4 0.4262 0.6273 0.000 0.236 0.008 0.756
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665405 4 0.5713 0.4359 0.040 0.000 0.340 0.620
#> SRR657077 2 0.0707 0.9473 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR813208 3 0.1389 0.8555 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.4585 0.5201 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1353461 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.0817 0.9044 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0817 0.9448 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1457727 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464226 4 0.0188 0.9142 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1398863 2 0.4164 0.6457 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1455631 4 0.2593 0.8391 0.104 0.000 0.004 0.892
#> SRR1307808 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072104 4 0.0469 0.9096 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.3402 0.7952 0.000 0.832 0.164 0.004
#> SRR1445939 2 0.0188 0.9549 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 1 0.4072 0.6493 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1084323 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 3 0.5184 0.5767 0.024 0.304 0.672 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.2450 0.8270 0.016 0.000 0.912 0.072
#> SRR1093434 3 0.0592 0.8655 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1435857 2 0.2179 0.8971 0.064 0.924 0.012 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811029 3 0.4609 0.6672 0.000 0.224 0.752 0.024
#> SRR1390456 3 0.1557 0.8513 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1381140 2 0.0188 0.9549 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1388064 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.1211 0.8907 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1414161 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.2530 0.8264 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0707 0.9473 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1403412 2 0.4222 0.6169 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR2166748 1 0.0921 0.9022 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100800 2 0.2868 0.8272 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1075174 3 0.3528 0.7150 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1434436 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085310 3 0.1302 0.8573 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1376718 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.0188 0.9106 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.0188 0.9100 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409084 2 0.0376 0.9526 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2166214 4 0.6492 0.5728 0.220 0.000 0.144 0.636
#> SRR1324102 2 0.0592 0.9495 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1079754 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.1867 0.8677 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1076244 3 0.2345 0.8004 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1330901 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0336 0.9533 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1357541 1 0.0707 0.9065 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR811607 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0592 0.8649 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1474908 2 0.1118 0.9358 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1309875 2 0.1635 0.9253 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR598792 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0336 0.9533 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1457682 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 1 0.0000 0.9109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091144 1 0.2589 0.8179 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1319118 3 0.5649 0.2855 0.392 0.028 0.580 0.000
#> SRR1403611 3 0.0592 0.8646 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1397762 3 0.4348 0.7080 0.024 0.196 0.780 0.000
#> SRR1317387 1 0.2921 0.7971 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 2 0.2999 0.8238 0.004 0.864 0.132 0.000
#> SRR1365743 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.1305 0.9343 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1089537 1 0.0336 0.9088 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1397744 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098543 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.9109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.6426 0.4736 0.620 0.000 0.108 0.272
#> SRR1404507 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404856 1 0.0817 0.9044 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR812745 3 0.3801 0.6828 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1417524 3 0.0592 0.8655 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1407334 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453991 2 0.3528 0.7505 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1415938 2 0.0188 0.9544 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.2466 0.8794 0.004 0.900 0.096 0.000
#> SRR1095407 1 0.0000 0.9109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656982 1 0.0592 0.9077 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1354338 1 0.7269 0.1876 0.456 0.396 0.000 0.148
#> SRR1088291 1 0.0592 0.9082 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1080624 2 0.0336 0.9520 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0707 0.8641 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1393572 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.4382 0.5659 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.9109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.9109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098928 3 0.1211 0.8588 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 3 0.1978 0.8223 0.004 0.068 0.928 0.000
#> SRR1464724 4 0.4564 0.5267 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR1101542 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401528 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.1557 0.8515 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1086070 2 0.0188 0.9549 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1358645 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819771 1 0.0469 0.9079 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1418433 3 0.0188 0.8636 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR821050 1 0.4776 0.4247 0.624 0.376 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0592 0.9496 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 0.9165 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.0921 0.9414 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1418302 3 0.6180 0.5208 0.000 0.296 0.624 0.080
#> SRR1073991 3 0.7781 0.1534 0.248 0.344 0.408 0.000
#> SRR1085187 1 0.0000 0.9109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.9109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487764 3 0.4843 0.3391 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1075336 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0592 0.9495 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658719 3 0.4304 0.6030 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1475128 3 0.0592 0.8655 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1367630 4 0.2222 0.8683 0.016 0.000 0.060 0.924
#> SRR1481146 4 0.2530 0.8324 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1465674 1 0.0000 0.9109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 2 0.0817 0.9442 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1390391 2 0.1022 0.9388 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1326020 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381953 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082544 4 0.4609 0.6440 0.024 0.224 0.000 0.752
#> SRR810761 1 0.0188 0.9110 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.8646 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9562 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.9109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 3 0.6706 0.3846 0.124 0.000 0.588 0.288
#> SRR1334314 2 0.2760 0.8448 0.128 0.872 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.1478 0.71608 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1074385 2 0.0290 0.91970 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.4452 0.17574 0.500 0.000 0.496 0.000 0.004
#> SRR1097883 1 0.0162 0.83247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2167209 1 0.0794 0.82708 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR816541 2 0.0566 0.91833 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR663645 4 0.0404 0.93347 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1381505 4 0.0000 0.93573 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0290 0.91912 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.1018 0.90937 0.016 0.968 0.000 0.000 0.016
#> SRR1341626 2 0.3167 0.76070 0.004 0.820 0.000 0.004 0.172
#> SRR1382440 1 0.4351 0.71248 0.768 0.000 0.132 0.000 0.100
#> SRR1088413 1 0.5148 0.63661 0.688 0.000 0.192 0.000 0.120
#> SRR1082080 2 0.0000 0.91936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 2 0.0324 0.91885 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1447760 1 0.1285 0.82359 0.956 0.004 0.004 0.000 0.036
#> SRR1487784 2 0.0000 0.91936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0162 0.91911 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1095651 5 0.3007 0.65427 0.004 0.000 0.104 0.028 0.864
#> SRR1078066 1 0.0162 0.83285 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.1153 0.82713 0.964 0.024 0.004 0.000 0.008
#> SRR821231 5 0.6167 0.50380 0.020 0.116 0.272 0.000 0.592
#> SRR1374373 2 0.1671 0.87314 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1324519 2 0.0451 0.91835 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1431121 1 0.1885 0.80620 0.932 0.044 0.004 0.000 0.020
#> SRR1091032 2 0.0290 0.91889 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365575 4 0.0162 0.93512 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1072972 2 0.5080 0.40001 0.000 0.628 0.056 0.000 0.316
#> SRR1310690 2 0.0727 0.91636 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1383037 5 0.2773 0.56322 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1095479 5 0.3521 0.67550 0.172 0.012 0.008 0.000 0.808
#> SRR1070403 3 0.1670 0.72433 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012
#> SRR1390203 2 0.0865 0.91368 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1072007 5 0.2769 0.69320 0.020 0.024 0.000 0.064 0.892
#> SRR1468787 1 0.2966 0.73756 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.91936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338513 3 0.1981 0.73011 0.000 0.000 0.920 0.016 0.064
#> SRR812598 2 0.4874 0.31175 0.000 0.600 0.000 0.032 0.368
#> SRR1446806 2 0.1043 0.90608 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1394275 2 0.1341 0.89687 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0703 0.83223 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1087728 3 0.3612 0.70221 0.008 0.000 0.764 0.000 0.228
#> SRR1098192 5 0.3877 0.59204 0.000 0.212 0.000 0.024 0.764
#> SRR1093340 2 0.0290 0.91928 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR665405 4 0.6125 0.61092 0.084 0.000 0.104 0.672 0.140
#> SRR657077 2 0.2605 0.79966 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR813208 5 0.1197 0.65593 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1416074 2 0.0324 0.91885 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1089688 4 0.2753 0.81589 0.000 0.000 0.136 0.856 0.008
#> SRR1353461 3 0.3039 0.71309 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1466321 2 0.0898 0.91130 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> SRR1073021 1 0.2561 0.76751 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0566 0.91748 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1457727 2 0.0740 0.91655 0.008 0.980 0.008 0.000 0.004
#> SRR1464226 5 0.2116 0.67757 0.000 0.004 0.008 0.076 0.912
#> SRR1398863 2 0.3274 0.70869 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR1455631 5 0.4234 0.63855 0.056 0.000 0.000 0.184 0.760
#> SRR1307808 2 0.0162 0.91920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374585 4 0.0404 0.93347 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1072104 5 0.4219 0.33133 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1076868 2 0.0324 0.91903 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335984 3 0.3817 0.52696 0.000 0.252 0.740 0.004 0.004
#> SRR1445939 2 0.0510 0.91734 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0162 0.91920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339788 1 0.4437 0.29362 0.532 0.000 0.464 0.000 0.004
#> SRR1084323 2 0.0404 0.91835 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1092937 5 0.4642 0.47849 0.000 0.308 0.032 0.000 0.660
#> SRR1074090 2 0.0162 0.91911 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1099833 5 0.4258 0.65986 0.000 0.000 0.072 0.160 0.768
#> SRR1093434 3 0.1830 0.73223 0.028 0.000 0.932 0.000 0.040
#> SRR1435857 2 0.4455 0.65902 0.068 0.744 0.188 0.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0162 0.91920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440787 4 0.0162 0.93512 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1430202 2 0.0609 0.91632 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.0162 0.93512 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811029 3 0.7285 0.45439 0.000 0.152 0.516 0.076 0.256
#> SRR1390456 5 0.4616 0.55305 0.036 0.000 0.288 0.000 0.676
#> SRR1381140 2 0.0609 0.91611 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1388064 4 0.0000 0.93573 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 5 0.5163 0.53590 0.296 0.068 0.000 0.000 0.636
#> SRR1414161 2 0.0771 0.91624 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1328738 1 0.1907 0.80461 0.928 0.028 0.000 0.000 0.044
#> SRR1311752 2 0.0000 0.91936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0807 0.91549 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1403412 3 0.5329 0.40466 0.000 0.336 0.596 0.000 0.068
#> SRR2166748 1 0.2312 0.81173 0.912 0.012 0.016 0.000 0.060
#> SRR821666 4 0.0404 0.93347 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1330746 3 0.1106 0.73816 0.012 0.000 0.964 0.000 0.024
#> SRR1327872 4 0.0000 0.93573 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.6519 0.22613 0.436 0.368 0.196 0.000 0.000
#> SRR1075174 3 0.4433 0.68933 0.000 0.060 0.740 0.000 0.200
#> SRR1434436 2 0.0162 0.91920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389409 4 0.0000 0.93573 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 5 0.4539 0.65380 0.036 0.048 0.136 0.000 0.780
#> SRR1376718 4 0.0162 0.93512 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR808590 4 0.0404 0.93347 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1084128 2 0.0162 0.91937 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361692 1 0.4535 0.49898 0.684 0.024 0.000 0.004 0.288
#> SRR1431493 5 0.3928 0.55793 0.296 0.004 0.000 0.000 0.700
#> SRR1409084 2 0.3670 0.76735 0.112 0.820 0.000 0.000 0.068
#> SRR2166214 4 0.6043 0.59331 0.204 0.000 0.076 0.656 0.064
#> SRR1324102 2 0.0703 0.91274 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1079754 4 0.2280 0.83332 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1442127 1 0.2376 0.81018 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1076244 3 0.4925 0.47858 0.000 0.000 0.632 0.324 0.044
#> SRR1330901 2 0.0162 0.91920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073167 2 0.0000 0.91936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.1197 0.82491 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR811607 2 0.0162 0.91920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468931 3 0.1809 0.71962 0.060 0.000 0.928 0.000 0.012
#> SRR1474908 2 0.4510 0.21420 0.000 0.560 0.432 0.000 0.008
#> SRR1309875 2 0.0955 0.91113 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR598792 3 0.3684 0.66932 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1088537 2 0.1197 0.89444 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1457682 2 0.0451 0.91816 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1454289 2 0.0324 0.91977 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1069352 1 0.0992 0.82972 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR1472728 2 0.0566 0.91748 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1091144 1 0.6055 0.62882 0.676 0.000 0.140 0.072 0.112
#> SRR1319118 3 0.3741 0.47059 0.264 0.004 0.732 0.000 0.000
#> SRR1403611 5 0.2329 0.60900 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1397762 5 0.3242 0.64980 0.000 0.116 0.040 0.000 0.844
#> SRR1317387 5 0.3874 0.66406 0.200 0.000 0.016 0.008 0.776
#> SRR1376426 2 0.0162 0.91937 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097777 2 0.5143 0.36370 0.048 0.584 0.368 0.000 0.000
#> SRR1365743 3 0.3366 0.69911 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1458992 2 0.4794 0.09365 0.000 0.520 0.464 0.004 0.012
#> SRR1089537 5 0.6555 0.32672 0.380 0.000 0.044 0.080 0.496
#> SRR1397744 2 0.2012 0.87043 0.060 0.920 0.000 0.000 0.020
#> SRR1453893 4 0.0404 0.93347 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1098543 2 0.0162 0.91920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321765 1 0.1410 0.81845 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1440032 5 0.5258 0.53044 0.064 0.000 0.004 0.296 0.636
#> SRR1404507 4 0.0000 0.93573 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.0324 0.83323 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR812745 5 0.5535 -0.00436 0.000 0.080 0.352 0.000 0.568
#> SRR1417524 3 0.1124 0.73999 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR1407334 4 0.0404 0.93347 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1453991 2 0.4536 0.59732 0.240 0.712 0.000 0.000 0.048
#> SRR1415938 2 0.1965 0.86503 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.0162 0.91911 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.0162 0.93512 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1431948 3 0.4171 0.52924 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1453277 3 0.2522 0.68850 0.024 0.076 0.896 0.000 0.004
#> SRR1095407 1 0.0794 0.82708 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1359694 2 0.0566 0.91738 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR656982 1 0.3684 0.64315 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1354338 1 0.6694 0.21452 0.520 0.292 0.000 0.020 0.168
#> SRR1088291 1 0.0955 0.82592 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1080624 2 0.0671 0.91596 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166708 3 0.1410 0.71878 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.0324 0.91903 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429912 2 0.0162 0.91920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1421048 2 0.3401 0.79495 0.096 0.840 0.000 0.000 0.064
#> SRR1434999 1 0.0566 0.83250 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR656457 1 0.0162 0.83316 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098928 5 0.3684 0.50680 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1343967 2 0.0162 0.91920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360766 3 0.1082 0.72881 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> SRR1464724 4 0.3163 0.78241 0.000 0.000 0.164 0.824 0.012
#> SRR1101542 4 0.0162 0.93512 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1401528 3 0.3508 0.68635 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1071519 3 0.4629 0.67682 0.052 0.000 0.704 0.000 0.244
#> SRR1086070 2 0.1041 0.91142 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1358645 2 0.0162 0.91920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR819771 5 0.4045 0.50311 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1418433 3 0.3906 0.69141 0.000 0.000 0.744 0.016 0.240
#> SRR821050 1 0.2513 0.79018 0.904 0.060 0.016 0.000 0.020
#> SRR1402091 2 0.0807 0.91568 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1322028 2 0.0324 0.91885 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1452556 4 0.0290 0.93431 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1340047 2 0.2280 0.83774 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1418302 2 0.8056 -0.08746 0.000 0.416 0.268 0.184 0.132
#> SRR1073991 3 0.6731 -0.07516 0.372 0.188 0.432 0.000 0.008
#> SRR1085187 1 0.0404 0.83133 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1357618 1 0.1648 0.82246 0.940 0.000 0.040 0.000 0.020
#> SRR1487764 1 0.6132 0.36998 0.564 0.000 0.212 0.000 0.224
#> SRR1075336 2 0.1026 0.91271 0.004 0.968 0.004 0.000 0.024
#> SRR1365471 2 0.0703 0.91271 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1414613 2 0.0000 0.91936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658719 3 0.5964 0.35940 0.000 0.340 0.536 0.000 0.124
#> SRR1475128 3 0.1741 0.73335 0.024 0.000 0.936 0.000 0.040
#> SRR1367630 5 0.4533 0.25206 0.000 0.000 0.008 0.448 0.544
#> SRR1481146 4 0.3214 0.80042 0.120 0.000 0.000 0.844 0.036
#> SRR1465674 1 0.0404 0.83133 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1327303 2 0.4489 0.30391 0.000 0.572 0.420 0.000 0.008
#> SRR1390391 2 0.1571 0.88964 0.000 0.936 0.060 0.000 0.004
#> SRR1326020 3 0.1270 0.74134 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1381953 3 0.1043 0.74132 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1082544 5 0.4572 0.65532 0.180 0.044 0.000 0.020 0.756
#> SRR810761 1 0.0290 0.83294 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.3684 0.66911 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1415919 3 0.4150 0.55481 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1490404 2 0.0162 0.91911 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.0963 0.82404 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1377492 3 0.5104 0.38526 0.044 0.000 0.644 0.304 0.008
#> SRR1334314 5 0.5346 0.15754 0.052 0.452 0.000 0.000 0.496
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 1 0.0972 0.7325 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1074385 2 0.2890 0.8562 0.096 0.864 0.016 0.000 0.004 0.020
#> SRR1374739 1 0.1930 0.7289 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.048
#> SRR1097883 5 0.4152 0.5651 0.304 0.000 0.032 0.000 0.664 0.000
#> SRR2167209 5 0.1176 0.7961 0.020 0.000 0.024 0.000 0.956 0.000
#> SRR816541 2 0.2380 0.8747 0.064 0.900 0.024 0.004 0.004 0.004
#> SRR663645 4 0.0653 0.8883 0.000 0.004 0.012 0.980 0.004 0.000
#> SRR1381505 4 0.0291 0.8927 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1416362 2 0.1124 0.8892 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1318503 2 0.1391 0.8898 0.000 0.944 0.016 0.000 0.040 0.000
#> SRR1341626 2 0.4534 0.7407 0.140 0.736 0.112 0.004 0.004 0.004
#> SRR1382440 1 0.3079 0.6979 0.844 0.000 0.056 0.000 0.096 0.004
#> SRR1088413 1 0.1787 0.7337 0.932 0.000 0.032 0.000 0.016 0.020
#> SRR1082080 2 0.0405 0.8927 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1455783 2 0.2458 0.8713 0.084 0.888 0.016 0.000 0.008 0.004
#> SRR1447760 5 0.1148 0.7913 0.004 0.020 0.016 0.000 0.960 0.000
#> SRR1487784 2 0.0508 0.8928 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1331037 2 0.0798 0.8959 0.004 0.976 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1095651 3 0.3989 0.6787 0.024 0.000 0.768 0.036 0.000 0.172
#> SRR1078066 5 0.3582 0.6538 0.252 0.000 0.016 0.000 0.732 0.000
#> SRR1120363 5 0.4405 0.7023 0.100 0.108 0.032 0.000 0.760 0.000
#> SRR821231 1 0.4640 0.5987 0.732 0.096 0.152 0.000 0.008 0.012
#> SRR1374373 2 0.1663 0.8711 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0665 0.8938 0.000 0.980 0.008 0.004 0.008 0.000
#> SRR1431121 5 0.1413 0.7876 0.004 0.036 0.008 0.000 0.948 0.004
#> SRR1091032 2 0.0458 0.8945 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.0405 0.8926 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1072972 2 0.6230 0.4471 0.148 0.580 0.208 0.000 0.004 0.060
#> SRR1310690 2 0.3000 0.8505 0.096 0.860 0.028 0.004 0.004 0.008
#> SRR1383037 3 0.3789 0.3557 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1095479 3 0.3557 0.6976 0.000 0.008 0.800 0.000 0.148 0.044
#> SRR1070403 1 0.1863 0.7041 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1390203 2 0.3023 0.8204 0.000 0.828 0.000 0.000 0.140 0.032
#> SRR1072007 3 0.3666 0.7200 0.004 0.016 0.840 0.036 0.036 0.068
#> SRR1468787 1 0.1806 0.7189 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088 0.000
#> SRR1347959 2 0.0405 0.8940 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1338513 1 0.3825 0.5643 0.744 0.000 0.004 0.032 0.000 0.220
#> SRR812598 2 0.4422 0.4861 0.000 0.644 0.320 0.028 0.004 0.004
#> SRR1446806 2 0.3000 0.8573 0.000 0.860 0.016 0.000 0.048 0.076
#> SRR1394275 2 0.3208 0.8587 0.088 0.852 0.016 0.000 0.008 0.036
#> SRR1443633 5 0.4428 0.3694 0.388 0.000 0.032 0.000 0.580 0.000
#> SRR1087728 6 0.2471 0.7314 0.052 0.000 0.056 0.000 0.004 0.888
#> SRR1098192 3 0.3178 0.6277 0.000 0.176 0.804 0.016 0.000 0.004
#> SRR1093340 2 0.1180 0.8933 0.008 0.960 0.024 0.000 0.004 0.004
#> SRR665405 5 0.5475 0.3329 0.000 0.000 0.044 0.052 0.564 0.340
#> SRR657077 2 0.4124 0.4693 0.000 0.644 0.332 0.024 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.2538 0.7059 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 0.124
#> SRR1416074 2 0.0508 0.8923 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1089688 4 0.0976 0.8839 0.008 0.000 0.008 0.968 0.000 0.016
#> SRR1353461 6 0.1333 0.7343 0.048 0.000 0.008 0.000 0.000 0.944
#> SRR1466321 2 0.3340 0.7765 0.000 0.784 0.016 0.000 0.196 0.004
#> SRR1073021 1 0.1838 0.7261 0.916 0.000 0.016 0.000 0.068 0.000
#> SRR1322816 2 0.1439 0.8898 0.008 0.952 0.024 0.004 0.004 0.008
#> SRR1457727 2 0.2195 0.8880 0.028 0.912 0.024 0.000 0.036 0.000
#> SRR1464226 3 0.3202 0.6988 0.000 0.000 0.816 0.040 0.000 0.144
#> SRR1398863 2 0.3649 0.7994 0.112 0.800 0.004 0.000 0.000 0.084
#> SRR1455631 3 0.2587 0.7059 0.000 0.000 0.868 0.108 0.020 0.004
#> SRR1307808 2 0.1307 0.8919 0.008 0.952 0.008 0.000 0.032 0.000
#> SRR1374585 4 0.0146 0.8930 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1072104 4 0.4615 0.0897 0.040 0.000 0.424 0.536 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0779 0.8951 0.008 0.976 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1335984 1 0.6822 -0.0312 0.404 0.264 0.028 0.004 0.004 0.296
#> SRR1445939 2 0.1929 0.8883 0.004 0.924 0.008 0.000 0.016 0.048
#> SRR1453047 2 0.0914 0.8948 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016 0.000
#> SRR1339788 1 0.0820 0.7350 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1084323 2 0.2213 0.8758 0.000 0.904 0.004 0.000 0.044 0.048
#> SRR1092937 3 0.4832 0.4386 0.000 0.324 0.612 0.000 0.008 0.056
#> SRR1074090 2 0.1015 0.8907 0.012 0.968 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1099833 3 0.4030 0.6614 0.000 0.000 0.748 0.172 0.000 0.080
#> SRR1093434 1 0.1644 0.7144 0.920 0.000 0.004 0.000 0.000 0.076
#> SRR1435857 1 0.1812 0.7065 0.924 0.060 0.008 0.000 0.004 0.004
#> SRR1480347 2 0.0508 0.8927 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1440787 4 0.0405 0.8926 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1430202 2 0.1552 0.8890 0.004 0.940 0.000 0.000 0.036 0.020
#> SRR1322730 4 0.0146 0.8930 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR811029 6 0.5045 0.5879 0.000 0.132 0.132 0.028 0.004 0.704
#> SRR1390456 3 0.5065 0.4966 0.320 0.000 0.596 0.000 0.008 0.076
#> SRR1381140 2 0.3009 0.8405 0.000 0.844 0.004 0.000 0.040 0.112
#> SRR1388064 4 0.0146 0.8929 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1093577 3 0.4085 0.6700 0.020 0.108 0.780 0.000 0.092 0.000
#> SRR1414161 2 0.3138 0.8206 0.144 0.828 0.016 0.000 0.004 0.008
#> SRR1328738 5 0.2094 0.7822 0.008 0.016 0.068 0.000 0.908 0.000
#> SRR1311752 2 0.0363 0.8924 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1445960 2 0.3214 0.8547 0.076 0.860 0.028 0.008 0.004 0.024
#> SRR1403412 6 0.3409 0.6040 0.000 0.184 0.024 0.000 0.004 0.788
#> SRR2166748 5 0.2401 0.7764 0.000 0.020 0.036 0.000 0.900 0.044
#> SRR821666 4 0.1096 0.8776 0.000 0.008 0.020 0.964 0.004 0.004
#> SRR1330746 1 0.3448 0.5077 0.716 0.000 0.004 0.000 0.000 0.280
#> SRR1327872 4 0.0291 0.8929 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1100800 1 0.1484 0.7220 0.944 0.040 0.004 0.000 0.008 0.004
#> SRR1075174 6 0.1138 0.7312 0.004 0.024 0.012 0.000 0.000 0.960
#> SRR1434436 2 0.0806 0.8931 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR1389409 4 0.0405 0.8926 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1085310 3 0.3427 0.6835 0.156 0.032 0.804 0.000 0.000 0.008
#> SRR1376718 4 0.0405 0.8926 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR808590 4 0.0146 0.8930 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0870 0.8924 0.012 0.972 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1361692 5 0.3241 0.7407 0.000 0.036 0.112 0.000 0.836 0.016
#> SRR1431493 3 0.2773 0.6915 0.008 0.000 0.836 0.000 0.152 0.004
#> SRR1409084 2 0.4926 0.6400 0.000 0.676 0.060 0.000 0.232 0.032
#> SRR2166214 5 0.4456 0.6478 0.000 0.000 0.020 0.096 0.744 0.140
#> SRR1324102 2 0.1268 0.8936 0.008 0.952 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1079754 4 0.3352 0.7100 0.000 0.016 0.180 0.796 0.004 0.004
#> SRR1442127 1 0.5070 0.4077 0.624 0.000 0.072 0.000 0.288 0.016
#> SRR1076244 4 0.3659 0.6471 0.012 0.000 0.012 0.752 0.000 0.224
#> SRR1330901 2 0.1230 0.8924 0.008 0.956 0.008 0.000 0.028 0.000
#> SRR1073167 2 0.0405 0.8936 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357541 1 0.4491 0.2181 0.576 0.000 0.036 0.000 0.388 0.000
#> SRR811607 2 0.1364 0.8869 0.000 0.944 0.004 0.000 0.048 0.004
#> SRR1468931 1 0.1584 0.7234 0.928 0.000 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR1474908 6 0.4526 0.4986 0.000 0.244 0.016 0.000 0.048 0.692
#> SRR1309875 2 0.2316 0.8733 0.000 0.900 0.028 0.004 0.004 0.064
#> SRR598792 6 0.1984 0.7342 0.032 0.000 0.056 0.000 0.000 0.912
#> SRR1088537 2 0.2945 0.8546 0.048 0.860 0.084 0.004 0.004 0.000
#> SRR1457682 2 0.2894 0.8425 0.000 0.852 0.036 0.000 0.108 0.004
#> SRR1454289 2 0.2265 0.8802 0.068 0.900 0.024 0.000 0.008 0.000
#> SRR1069352 1 0.4636 0.0232 0.516 0.000 0.040 0.000 0.444 0.000
#> SRR1472728 2 0.1483 0.8917 0.032 0.948 0.004 0.004 0.008 0.004
#> SRR1091144 1 0.3969 0.6716 0.800 0.000 0.076 0.084 0.040 0.000
#> SRR1319118 1 0.0291 0.7335 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1403611 3 0.3371 0.5812 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1397762 3 0.3472 0.6840 0.000 0.100 0.808 0.000 0.000 0.092
#> SRR1317387 3 0.3582 0.7180 0.008 0.000 0.820 0.008 0.108 0.056
#> SRR1376426 2 0.1363 0.8902 0.028 0.952 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1097777 1 0.5009 0.3298 0.612 0.328 0.028 0.000 0.020 0.012
#> SRR1365743 6 0.1367 0.7357 0.012 0.000 0.044 0.000 0.000 0.944
#> SRR1458992 2 0.5715 0.2454 0.048 0.520 0.032 0.008 0.004 0.388
#> SRR1089537 3 0.6385 0.2336 0.356 0.000 0.472 0.084 0.088 0.000
#> SRR1397744 2 0.3593 0.7791 0.004 0.788 0.044 0.000 0.164 0.000
#> SRR1453893 4 0.0260 0.8925 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1098543 2 0.0862 0.8934 0.004 0.972 0.008 0.000 0.016 0.000
#> SRR1321765 1 0.4432 0.2706 0.600 0.000 0.036 0.000 0.364 0.000
#> SRR1440032 3 0.5921 0.3444 0.300 0.000 0.460 0.240 0.000 0.000
#> SRR1404507 4 0.1194 0.8784 0.000 0.000 0.004 0.956 0.008 0.032
#> SRR1404856 5 0.2191 0.7789 0.120 0.000 0.004 0.000 0.876 0.000
#> SRR812745 6 0.4660 0.3124 0.000 0.060 0.328 0.000 0.000 0.612
#> SRR1417524 1 0.4157 0.1317 0.544 0.000 0.012 0.000 0.000 0.444
#> SRR1407334 4 0.0508 0.8907 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1453991 5 0.2822 0.7168 0.000 0.108 0.040 0.000 0.852 0.000
#> SRR1415938 2 0.4086 0.8086 0.004 0.788 0.024 0.000 0.068 0.116
#> SRR1081259 2 0.1082 0.8904 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436187 4 0.0405 0.8926 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1431948 6 0.2135 0.6947 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1453277 1 0.5478 0.2871 0.580 0.088 0.016 0.000 0.004 0.312
#> SRR1095407 5 0.1908 0.7968 0.056 0.000 0.028 0.000 0.916 0.000
#> SRR1359694 2 0.1232 0.8944 0.004 0.956 0.024 0.000 0.016 0.000
#> SRR656982 1 0.0603 0.7353 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1354338 5 0.3420 0.7260 0.000 0.060 0.108 0.004 0.824 0.004
#> SRR1088291 5 0.3731 0.7814 0.112 0.012 0.064 0.000 0.808 0.004
#> SRR1080624 2 0.3394 0.8394 0.040 0.836 0.032 0.000 0.092 0.000
#> SRR2166708 1 0.4308 0.0352 0.516 0.000 0.004 0.000 0.012 0.468
#> SRR1393572 2 0.1622 0.8927 0.016 0.940 0.028 0.000 0.016 0.000
#> SRR1429912 2 0.0972 0.8910 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028 0.000
#> SRR1421048 2 0.4751 0.6378 0.004 0.672 0.096 0.000 0.228 0.000
#> SRR1434999 5 0.1434 0.7976 0.048 0.000 0.012 0.000 0.940 0.000
#> SRR656457 5 0.3231 0.7223 0.200 0.000 0.016 0.000 0.784 0.000
#> SRR1098928 3 0.4774 0.5904 0.192 0.000 0.672 0.000 0.000 0.136
#> SRR1343967 2 0.0717 0.8932 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016 0.000
#> SRR1360766 1 0.2558 0.6538 0.840 0.000 0.004 0.000 0.000 0.156
#> SRR1464724 4 0.0837 0.8857 0.004 0.000 0.004 0.972 0.000 0.020
#> SRR1101542 4 0.0146 0.8929 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1401528 6 0.3578 0.6719 0.164 0.000 0.052 0.000 0.000 0.784
#> SRR1071519 6 0.4789 0.2840 0.364 0.000 0.044 0.000 0.008 0.584
#> SRR1086070 2 0.3800 0.7757 0.000 0.776 0.008 0.000 0.048 0.168
#> SRR1358645 2 0.1605 0.8866 0.000 0.936 0.016 0.000 0.044 0.004
#> SRR819771 3 0.3202 0.6902 0.024 0.000 0.800 0.000 0.176 0.000
#> SRR1418433 6 0.1461 0.7311 0.000 0.000 0.044 0.016 0.000 0.940
#> SRR821050 5 0.2384 0.7753 0.004 0.044 0.032 0.000 0.904 0.016
#> SRR1402091 2 0.2785 0.8500 0.108 0.864 0.016 0.004 0.004 0.004
#> SRR1322028 2 0.1511 0.8868 0.044 0.940 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1452556 4 0.0405 0.8922 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1340047 2 0.3512 0.6577 0.000 0.720 0.000 0.000 0.008 0.272
#> SRR1418302 4 0.6753 0.1677 0.140 0.340 0.028 0.464 0.004 0.024
#> SRR1073991 1 0.0914 0.7345 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016 0.000
#> SRR1085187 5 0.3557 0.7689 0.140 0.000 0.056 0.004 0.800 0.000
#> SRR1357618 1 0.5312 0.1787 0.524 0.000 0.112 0.000 0.364 0.000
#> SRR1487764 5 0.5357 0.1832 0.008 0.000 0.084 0.000 0.496 0.412
#> SRR1075336 2 0.3604 0.8421 0.020 0.836 0.080 0.000 0.044 0.020
#> SRR1365471 2 0.0632 0.8946 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0837 0.8929 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.004
#> SRR658719 6 0.4005 0.5949 0.004 0.192 0.056 0.000 0.000 0.748
#> SRR1475128 1 0.1957 0.6969 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1367630 4 0.4584 -0.0106 0.000 0.000 0.452 0.512 0.000 0.036
#> SRR1481146 4 0.3193 0.7619 0.000 0.000 0.124 0.824 0.052 0.000
#> SRR1465674 5 0.3104 0.7376 0.184 0.000 0.016 0.000 0.800 0.000
#> SRR1327303 2 0.5428 0.5183 0.296 0.608 0.024 0.004 0.004 0.064
#> SRR1390391 2 0.2246 0.8824 0.024 0.916 0.020 0.004 0.004 0.032
#> SRR1326020 6 0.4315 0.0240 0.488 0.004 0.012 0.000 0.000 0.496
#> SRR1381953 6 0.4157 0.1632 0.444 0.000 0.012 0.000 0.000 0.544
#> SRR1082544 3 0.3299 0.7209 0.000 0.060 0.836 0.012 0.092 0.000
#> SRR810761 5 0.4087 0.5996 0.276 0.000 0.036 0.000 0.688 0.000
#> SRR1070764 6 0.1812 0.7268 0.008 0.000 0.080 0.000 0.000 0.912
#> SRR1415919 6 0.2135 0.6929 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1490404 2 0.0665 0.8950 0.008 0.980 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1416773 5 0.1779 0.7959 0.064 0.000 0.016 0.000 0.920 0.000
#> SRR1377492 1 0.3351 0.6348 0.800 0.000 0.004 0.168 0.000 0.028
#> SRR1334314 3 0.4910 0.4777 0.000 0.292 0.628 0.000 0.072 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.426 0.556 0.740 0.2810 0.504 0.504
#> 3 3 0.391 0.674 0.849 0.6802 0.800 0.671
#> 4 4 0.402 0.584 0.740 0.1039 0.958 0.918
#> 5 5 0.431 0.581 0.775 0.0477 0.960 0.919
#> 6 6 0.447 0.568 0.779 0.0540 0.960 0.917
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.6148 0.3592 0.848 0.152
#> SRR1074385 2 0.9970 0.9499 0.468 0.532
#> SRR1374739 1 0.5842 0.4702 0.860 0.140
#> SRR1097883 1 0.9248 -0.2683 0.660 0.340
#> SRR2167209 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR816541 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR663645 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1381505 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1416362 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1318503 2 0.9954 0.9614 0.460 0.540
#> SRR1341626 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1382440 1 0.0672 0.4909 0.992 0.008
#> SRR1088413 1 0.9977 -0.7927 0.528 0.472
#> SRR1082080 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1455783 2 0.9996 0.9063 0.488 0.512
#> SRR1447760 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1487784 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1331037 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1095651 1 0.4939 0.4846 0.892 0.108
#> SRR1078066 2 0.9933 0.9728 0.452 0.548
#> SRR1120363 2 0.9996 0.9062 0.488 0.512
#> SRR821231 1 0.4431 0.4617 0.908 0.092
#> SRR1374373 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1324519 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1431121 1 0.9393 -0.3328 0.644 0.356
#> SRR1091032 2 0.9996 0.9045 0.488 0.512
#> SRR1365575 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1072972 1 0.3879 0.4707 0.924 0.076
#> SRR1310690 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1383037 1 0.9881 0.3769 0.564 0.436
#> SRR1095479 1 0.3431 0.4691 0.936 0.064
#> SRR1070403 1 0.6247 0.4665 0.844 0.156
#> SRR1390203 1 0.9427 -0.3483 0.640 0.360
#> SRR1072007 2 0.9933 0.9732 0.452 0.548
#> SRR1468787 2 0.9933 0.9728 0.452 0.548
#> SRR1347959 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1338513 1 0.8327 0.2241 0.736 0.264
#> SRR812598 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1446806 2 0.9993 0.9159 0.484 0.516
#> SRR1394275 2 0.9988 0.9245 0.480 0.520
#> SRR1443633 1 0.6048 0.3644 0.852 0.148
#> SRR1087728 1 0.0672 0.4909 0.992 0.008
#> SRR1098192 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1093340 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR665405 1 0.8386 0.0523 0.732 0.268
#> SRR657077 2 0.9933 0.9731 0.452 0.548
#> SRR813208 1 0.9850 0.3796 0.572 0.428
#> SRR1416074 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1089688 2 0.9970 0.9442 0.468 0.532
#> SRR1353461 1 0.9795 0.3830 0.584 0.416
#> SRR1466321 2 1.0000 0.8836 0.496 0.504
#> SRR1073021 2 0.9933 0.9728 0.452 0.548
#> SRR1322816 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1457727 1 0.9944 -0.7396 0.544 0.456
#> SRR1464226 1 0.9044 -0.1672 0.680 0.320
#> SRR1398863 1 0.6531 0.3714 0.832 0.168
#> SRR1455631 2 0.9954 0.9628 0.460 0.540
#> SRR1307808 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1374585 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1072104 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1076868 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1335984 2 0.9998 0.8813 0.492 0.508
#> SRR1445939 1 0.9248 -0.2578 0.660 0.340
#> SRR1453047 2 0.9996 0.9045 0.488 0.512
#> SRR1339788 1 0.4815 0.4416 0.896 0.104
#> SRR1084323 1 0.4161 0.4607 0.916 0.084
#> SRR1092937 1 0.5178 0.4209 0.884 0.116
#> SRR1074090 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1099833 1 0.5178 0.4697 0.884 0.116
#> SRR1093434 1 0.6247 0.4665 0.844 0.156
#> SRR1435857 2 0.9996 0.9063 0.488 0.512
#> SRR1480347 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1440787 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1430202 2 0.9963 0.9549 0.464 0.536
#> SRR1322730 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR811029 1 0.9815 -0.5947 0.580 0.420
#> SRR1390456 1 0.9881 0.3771 0.564 0.436
#> SRR1381140 1 0.9248 -0.2578 0.660 0.340
#> SRR1388064 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1093577 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1414161 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1328738 2 0.9970 0.9518 0.468 0.532
#> SRR1311752 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1445960 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1403412 1 0.9815 -0.5947 0.580 0.420
#> SRR2166748 1 0.3431 0.4691 0.936 0.064
#> SRR821666 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1330746 1 0.6247 0.4665 0.844 0.156
#> SRR1327872 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1100800 2 0.9996 0.9063 0.488 0.512
#> SRR1075174 1 0.9286 -0.2760 0.656 0.344
#> SRR1434436 2 0.9970 0.9494 0.468 0.532
#> SRR1389409 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1085310 1 0.9552 -0.4178 0.624 0.376
#> SRR1376718 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR808590 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1084128 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1361692 1 0.9209 -0.2396 0.664 0.336
#> SRR1431493 1 0.4690 0.4306 0.900 0.100
#> SRR1409084 1 0.9129 -0.2018 0.672 0.328
#> SRR2166214 1 0.8386 0.0523 0.732 0.268
#> SRR1324102 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1079754 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1442127 1 0.0672 0.4909 0.992 0.008
#> SRR1076244 2 0.9988 0.9176 0.480 0.520
#> SRR1330901 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1073167 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1357541 1 0.9393 -0.3398 0.644 0.356
#> SRR811607 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1468931 1 0.3431 0.4888 0.936 0.064
#> SRR1474908 2 0.9993 0.9159 0.484 0.516
#> SRR1309875 2 0.9996 0.9045 0.488 0.512
#> SRR598792 1 0.9000 0.4138 0.684 0.316
#> SRR1088537 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1457682 1 0.9922 -0.7052 0.552 0.448
#> SRR1454289 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1069352 1 0.2948 0.4759 0.948 0.052
#> SRR1472728 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1091144 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1319118 1 0.9358 -0.3204 0.648 0.352
#> SRR1403611 1 0.6048 0.4834 0.852 0.148
#> SRR1397762 1 0.8955 -0.1351 0.688 0.312
#> SRR1317387 1 0.5294 0.4770 0.880 0.120
#> SRR1376426 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1097777 1 0.9970 -0.7801 0.532 0.468
#> SRR1365743 1 0.9881 0.3769 0.564 0.436
#> SRR1458992 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1089537 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1397744 1 0.9993 -0.8260 0.516 0.484
#> SRR1453893 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1098543 1 0.9944 -0.7305 0.544 0.456
#> SRR1321765 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1440032 1 0.9954 -0.7420 0.540 0.460
#> SRR1404507 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1404856 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR812745 1 0.8813 -0.0823 0.700 0.300
#> SRR1417524 1 0.3733 0.4885 0.928 0.072
#> SRR1407334 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1453991 1 1.0000 -0.8644 0.504 0.496
#> SRR1415938 1 0.9427 -0.3483 0.640 0.360
#> SRR1081259 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1436187 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1431948 1 0.9922 0.3724 0.552 0.448
#> SRR1453277 2 0.9933 0.9728 0.452 0.548
#> SRR1095407 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1359694 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR656982 1 0.9732 -0.5140 0.596 0.404
#> SRR1354338 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1088291 2 0.9954 0.9625 0.460 0.540
#> SRR1080624 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR2166708 1 0.6247 0.4665 0.844 0.156
#> SRR1393572 2 0.9944 0.9681 0.456 0.544
#> SRR1429912 2 0.9996 0.9045 0.488 0.512
#> SRR1421048 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1434999 1 0.1184 0.4915 0.984 0.016
#> SRR656457 1 0.2043 0.4842 0.968 0.032
#> SRR1098928 1 0.9286 0.4039 0.656 0.344
#> SRR1343967 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1360766 1 0.9393 -0.3388 0.644 0.356
#> SRR1464724 1 0.9998 -0.8396 0.508 0.492
#> SRR1101542 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1401528 1 0.3431 0.4907 0.936 0.064
#> SRR1071519 1 0.9922 0.3724 0.552 0.448
#> SRR1086070 1 0.6623 0.3388 0.828 0.172
#> SRR1358645 2 0.9996 0.9045 0.488 0.512
#> SRR819771 1 0.0672 0.4909 0.992 0.008
#> SRR1418433 1 0.7745 0.1856 0.772 0.228
#> SRR821050 1 0.9998 -0.8553 0.508 0.492
#> SRR1402091 1 0.9358 -0.2863 0.648 0.352
#> SRR1322028 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1452556 2 0.9988 0.9172 0.480 0.520
#> SRR1340047 2 0.9977 0.9446 0.472 0.528
#> SRR1418302 1 1.0000 -0.8644 0.504 0.496
#> SRR1073991 2 1.0000 0.8888 0.496 0.504
#> SRR1085187 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1357618 1 0.2043 0.4842 0.968 0.032
#> SRR1487764 1 0.0672 0.4909 0.992 0.008
#> SRR1075336 1 0.9775 -0.5652 0.588 0.412
#> SRR1365471 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1414613 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR658719 1 0.3431 0.4919 0.936 0.064
#> SRR1475128 1 0.6148 0.4675 0.848 0.152
#> SRR1367630 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1481146 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1465674 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1327303 1 0.9358 -0.2863 0.648 0.352
#> SRR1390391 2 0.9993 0.9159 0.484 0.516
#> SRR1326020 1 0.9881 -0.6494 0.564 0.436
#> SRR1381953 1 0.8327 0.0684 0.736 0.264
#> SRR1082544 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR810761 1 0.8499 0.0212 0.724 0.276
#> SRR1070764 1 0.9881 0.3769 0.564 0.436
#> SRR1415919 1 0.9922 0.3724 0.552 0.448
#> SRR1490404 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1416773 2 0.9922 0.9786 0.448 0.552
#> SRR1377492 1 0.9996 -0.8249 0.512 0.488
#> SRR1334314 2 0.9993 0.9170 0.484 0.516
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.4235 0.6457 0.176 0.000 0.824
#> SRR1074385 1 0.5058 0.6792 0.756 0.000 0.244
#> SRR1374739 3 0.3686 0.4162 0.000 0.140 0.860
#> SRR1097883 3 0.6204 0.3638 0.424 0.000 0.576
#> SRR2167209 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR816541 1 0.2261 0.8304 0.932 0.000 0.068
#> SRR663645 1 0.1163 0.8469 0.972 0.000 0.028
#> SRR1381505 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 1 0.0424 0.8491 0.992 0.000 0.008
#> SRR1318503 1 0.4399 0.7442 0.812 0.000 0.188
#> SRR1341626 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.5544 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 1 0.6026 0.3953 0.624 0.000 0.376
#> SRR1082080 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.5650 0.5548 0.688 0.000 0.312
#> SRR1447760 1 0.0237 0.8486 0.996 0.000 0.004
#> SRR1487784 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.4660 0.5820 0.072 0.072 0.856
#> SRR1078066 1 0.1860 0.8311 0.948 0.000 0.052
#> SRR1120363 1 0.3686 0.7858 0.860 0.000 0.140
#> SRR821231 3 0.3445 0.6365 0.088 0.016 0.896
#> SRR1374373 1 0.2261 0.8304 0.932 0.000 0.068
#> SRR1324519 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 3 0.6244 0.3023 0.440 0.000 0.560
#> SRR1091032 1 0.4654 0.7210 0.792 0.000 0.208
#> SRR1365575 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.3183 0.6281 0.076 0.016 0.908
#> SRR1310690 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 2 0.4605 0.8749 0.000 0.796 0.204
#> SRR1095479 3 0.2584 0.6239 0.064 0.008 0.928
#> SRR1070403 3 0.4002 0.3837 0.000 0.160 0.840
#> SRR1390203 3 0.6260 0.2788 0.448 0.000 0.552
#> SRR1072007 1 0.1753 0.8404 0.952 0.000 0.048
#> SRR1468787 1 0.1860 0.8334 0.948 0.000 0.052
#> SRR1347959 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338513 3 0.6688 0.5696 0.308 0.028 0.664
#> SRR812598 1 0.0424 0.8495 0.992 0.000 0.008
#> SRR1446806 1 0.5254 0.6480 0.736 0.000 0.264
#> SRR1394275 1 0.5291 0.6384 0.732 0.000 0.268
#> SRR1443633 3 0.4291 0.6182 0.180 0.000 0.820
#> SRR1087728 3 0.0475 0.5578 0.004 0.004 0.992
#> SRR1098192 1 0.1411 0.8437 0.964 0.000 0.036
#> SRR1093340 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR665405 3 0.5785 0.5541 0.332 0.000 0.668
#> SRR657077 1 0.1964 0.8364 0.944 0.000 0.056
#> SRR813208 2 0.5058 0.8640 0.000 0.756 0.244
#> SRR1416074 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 1 0.2066 0.8324 0.940 0.000 0.060
#> SRR1353461 2 0.5178 0.8503 0.000 0.744 0.256
#> SRR1466321 1 0.5216 0.6555 0.740 0.000 0.260
#> SRR1073021 1 0.1860 0.8334 0.948 0.000 0.052
#> SRR1322816 1 0.3340 0.7983 0.880 0.000 0.120
#> SRR1457727 1 0.6095 0.3437 0.608 0.000 0.392
#> SRR1464226 3 0.6126 0.4240 0.400 0.000 0.600
#> SRR1398863 3 0.5062 0.6151 0.184 0.016 0.800
#> SRR1455631 1 0.0892 0.8466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1307808 1 0.0237 0.8486 0.996 0.000 0.004
#> SRR1374585 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 1 0.1031 0.8478 0.976 0.000 0.024
#> SRR1076868 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 1 0.5678 0.5508 0.684 0.000 0.316
#> SRR1445939 3 0.6126 0.4227 0.400 0.000 0.600
#> SRR1453047 1 0.4178 0.7566 0.828 0.000 0.172
#> SRR1339788 3 0.3682 0.6376 0.116 0.008 0.876
#> SRR1084323 3 0.3207 0.6323 0.084 0.012 0.904
#> SRR1092937 3 0.3644 0.6492 0.124 0.004 0.872
#> SRR1074090 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.4256 0.6338 0.096 0.036 0.868
#> SRR1093434 3 0.4002 0.3837 0.000 0.160 0.840
#> SRR1435857 1 0.5733 0.5290 0.676 0.000 0.324
#> SRR1480347 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.4842 0.7004 0.776 0.000 0.224
#> SRR1322730 1 0.1031 0.8473 0.976 0.000 0.024
#> SRR811029 1 0.6192 0.2426 0.580 0.000 0.420
#> SRR1390456 2 0.4974 0.8659 0.000 0.764 0.236
#> SRR1381140 3 0.6126 0.4227 0.400 0.000 0.600
#> SRR1388064 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.0424 0.8492 0.992 0.000 0.008
#> SRR1414161 1 0.4555 0.7261 0.800 0.000 0.200
#> SRR1328738 1 0.4504 0.7372 0.804 0.000 0.196
#> SRR1311752 1 0.0237 0.8486 0.996 0.000 0.004
#> SRR1445960 1 0.4654 0.7230 0.792 0.000 0.208
#> SRR1403412 1 0.6192 0.2426 0.580 0.000 0.420
#> SRR2166748 3 0.2584 0.6239 0.064 0.008 0.928
#> SRR821666 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.4002 0.3837 0.000 0.160 0.840
#> SRR1327872 1 0.0747 0.8485 0.984 0.000 0.016
#> SRR1100800 1 0.5733 0.5290 0.676 0.000 0.324
#> SRR1075174 3 0.6154 0.4031 0.408 0.000 0.592
#> SRR1434436 1 0.5138 0.6648 0.748 0.000 0.252
#> SRR1389409 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.6309 0.1034 0.496 0.000 0.504
#> SRR1376718 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR808590 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.6295 -0.0265 0.528 0.000 0.472
#> SRR1431493 3 0.3192 0.6452 0.112 0.000 0.888
#> SRR1409084 3 0.6140 0.4155 0.404 0.000 0.596
#> SRR2166214 3 0.5785 0.5541 0.332 0.000 0.668
#> SRR1324102 1 0.1289 0.8449 0.968 0.000 0.032
#> SRR1079754 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0475 0.5578 0.004 0.004 0.992
#> SRR1076244 1 0.2796 0.8054 0.908 0.000 0.092
#> SRR1330901 1 0.0237 0.8486 0.996 0.000 0.004
#> SRR1073167 1 0.0424 0.8492 0.992 0.000 0.008
#> SRR1357541 3 0.6286 0.2377 0.464 0.000 0.536
#> SRR811607 1 0.3816 0.7776 0.852 0.000 0.148
#> SRR1468931 3 0.2902 0.5317 0.016 0.064 0.920
#> SRR1474908 1 0.5216 0.6528 0.740 0.000 0.260
#> SRR1309875 1 0.4974 0.6863 0.764 0.000 0.236
#> SRR598792 2 0.6483 0.7024 0.008 0.600 0.392
#> SRR1088537 1 0.0747 0.8484 0.984 0.000 0.016
#> SRR1457682 1 0.6079 0.3635 0.612 0.000 0.388
#> SRR1454289 1 0.0747 0.8486 0.984 0.000 0.016
#> SRR1069352 3 0.1753 0.6069 0.048 0.000 0.952
#> SRR1472728 1 0.0747 0.8486 0.984 0.000 0.016
#> SRR1091144 1 0.0237 0.8490 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319118 3 0.6180 0.3755 0.416 0.000 0.584
#> SRR1403611 3 0.6062 0.4800 0.072 0.148 0.780
#> SRR1397762 3 0.6079 0.4491 0.388 0.000 0.612
#> SRR1317387 3 0.4982 0.6035 0.096 0.064 0.840
#> SRR1376426 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.6062 0.3690 0.616 0.000 0.384
#> SRR1365743 2 0.3619 0.8697 0.000 0.864 0.136
#> SRR1458992 1 0.4654 0.7229 0.792 0.000 0.208
#> SRR1089537 1 0.0592 0.8489 0.988 0.000 0.012
#> SRR1397744 1 0.5882 0.4659 0.652 0.000 0.348
#> SRR1453893 1 0.0237 0.8483 0.996 0.000 0.004
#> SRR1098543 1 0.5968 0.4341 0.636 0.000 0.364
#> SRR1321765 1 0.0747 0.8425 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440032 1 0.5882 0.4647 0.652 0.000 0.348
#> SRR1404507 1 0.0592 0.8492 0.988 0.000 0.012
#> SRR1404856 1 0.0237 0.8488 0.996 0.000 0.004
#> SRR812745 3 0.6026 0.4741 0.376 0.000 0.624
#> SRR1417524 3 0.2998 0.5408 0.016 0.068 0.916
#> SRR1407334 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.5678 0.5395 0.684 0.000 0.316
#> SRR1415938 3 0.6260 0.2788 0.448 0.000 0.552
#> SRR1081259 1 0.1411 0.8437 0.964 0.000 0.036
#> SRR1436187 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 2 0.0000 0.8009 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453277 1 0.5016 0.6808 0.760 0.000 0.240
#> SRR1095407 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 1 0.0592 0.8488 0.988 0.000 0.012
#> SRR656982 1 0.5497 0.4884 0.708 0.000 0.292
#> SRR1354338 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088291 1 0.4796 0.7082 0.780 0.000 0.220
#> SRR1080624 1 0.0892 0.8482 0.980 0.000 0.020
#> SRR2166708 3 0.4002 0.3837 0.000 0.160 0.840
#> SRR1393572 1 0.4121 0.7634 0.832 0.000 0.168
#> SRR1429912 1 0.5016 0.6829 0.760 0.000 0.240
#> SRR1421048 1 0.0237 0.8489 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434999 3 0.0829 0.5549 0.004 0.012 0.984
#> SRR656457 3 0.1163 0.5856 0.028 0.000 0.972
#> SRR1098928 2 0.6280 0.5448 0.000 0.540 0.460
#> SRR1343967 1 0.0237 0.8486 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360766 3 0.6192 0.3641 0.420 0.000 0.580
#> SRR1464724 1 0.3412 0.7703 0.876 0.000 0.124
#> SRR1101542 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.3042 0.5896 0.040 0.040 0.920
#> SRR1071519 2 0.4291 0.8752 0.000 0.820 0.180
#> SRR1086070 3 0.4575 0.6517 0.184 0.004 0.812
#> SRR1358645 1 0.5016 0.6807 0.760 0.000 0.240
#> SRR819771 3 0.0000 0.5544 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 3 0.5327 0.6318 0.272 0.000 0.728
#> SRR821050 1 0.5859 0.4808 0.656 0.000 0.344
#> SRR1402091 3 0.6215 0.3454 0.428 0.000 0.572
#> SRR1322028 1 0.0237 0.8486 0.996 0.000 0.004
#> SRR1452556 1 0.1860 0.8226 0.948 0.000 0.052
#> SRR1340047 1 0.5016 0.6850 0.760 0.000 0.240
#> SRR1418302 1 0.5363 0.6242 0.724 0.000 0.276
#> SRR1073991 1 0.5785 0.5127 0.668 0.000 0.332
#> SRR1085187 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357618 3 0.1163 0.5856 0.028 0.000 0.972
#> SRR1487764 3 0.0475 0.5578 0.004 0.004 0.992
#> SRR1075336 1 0.6252 0.1460 0.556 0.000 0.444
#> SRR1365471 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 1 0.1964 0.8359 0.944 0.000 0.056
#> SRR658719 3 0.2793 0.5721 0.028 0.044 0.928
#> SRR1475128 3 0.4002 0.3850 0.000 0.160 0.840
#> SRR1367630 1 0.1031 0.8478 0.976 0.000 0.024
#> SRR1481146 1 0.0424 0.8485 0.992 0.000 0.008
#> SRR1465674 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 3 0.6215 0.3454 0.428 0.000 0.572
#> SRR1390391 1 0.5254 0.6480 0.736 0.000 0.264
#> SRR1326020 1 0.6286 0.0581 0.536 0.000 0.464
#> SRR1381953 3 0.5678 0.5731 0.316 0.000 0.684
#> SRR1082544 1 0.0237 0.8489 0.996 0.000 0.004
#> SRR810761 3 0.5882 0.5318 0.348 0.000 0.652
#> SRR1070764 2 0.3619 0.8697 0.000 0.864 0.136
#> SRR1415919 2 0.0000 0.8009 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.8482 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 1 0.4002 0.7499 0.840 0.000 0.160
#> SRR1334314 1 0.5529 0.5949 0.704 0.000 0.296
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 1 0.6740 0.22275 0.600 0.144 0.256 0.000
#> SRR1074385 2 0.4635 0.61754 0.268 0.720 0.012 0.000
#> SRR1374739 3 0.4903 0.41803 0.248 0.000 0.724 0.028
#> SRR1097883 1 0.7568 0.38688 0.408 0.400 0.192 0.000
#> SRR2167209 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.1940 0.79996 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR663645 2 0.1474 0.81471 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0592 0.82120 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.3870 0.69990 0.208 0.788 0.004 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.4916 0.60398 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1088413 2 0.6097 0.27676 0.364 0.580 0.056 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 2 0.4917 0.48510 0.336 0.656 0.008 0.000
#> SRR1447760 2 0.0336 0.81999 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0188 0.82001 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0336 0.82029 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1095651 1 0.7042 -0.09680 0.580 0.064 0.320 0.036
#> SRR1078066 2 0.1661 0.79776 0.052 0.944 0.004 0.000
#> SRR1120363 2 0.3597 0.74777 0.148 0.836 0.016 0.000
#> SRR821231 1 0.5292 0.09168 0.728 0.064 0.208 0.000
#> SRR1374373 2 0.1978 0.80367 0.068 0.928 0.004 0.000
#> SRR1324519 2 0.0188 0.82001 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.5498 0.38365 0.576 0.404 0.020 0.000
#> SRR1091032 2 0.3975 0.66570 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.4153 0.15371 0.820 0.048 0.132 0.000
#> SRR1310690 2 0.0188 0.82001 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1383037 4 0.4888 0.82033 0.124 0.000 0.096 0.780
#> SRR1095479 1 0.5123 0.06440 0.724 0.044 0.232 0.000
#> SRR1070403 3 0.5025 0.39883 0.252 0.000 0.716 0.032
#> SRR1390203 1 0.5517 0.36372 0.568 0.412 0.020 0.000
#> SRR1072007 2 0.1557 0.81145 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1468787 2 0.1743 0.80013 0.056 0.940 0.004 0.000
#> SRR1347959 2 0.0188 0.82001 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1338513 1 0.7024 0.40540 0.580 0.268 0.148 0.004
#> SRR812598 2 0.0336 0.82100 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1446806 2 0.4560 0.58246 0.296 0.700 0.004 0.000
#> SRR1394275 2 0.4722 0.56579 0.300 0.692 0.008 0.000
#> SRR1443633 1 0.7191 0.08948 0.500 0.148 0.352 0.000
#> SRR1087728 3 0.4866 0.63077 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1098192 2 0.1118 0.81763 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665405 1 0.6711 0.53392 0.576 0.308 0.116 0.000
#> SRR657077 2 0.2011 0.80175 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR813208 4 0.5624 0.80155 0.148 0.000 0.128 0.724
#> SRR1416074 2 0.0188 0.82001 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.2266 0.79772 0.084 0.912 0.004 0.000
#> SRR1353461 4 0.5576 0.77878 0.184 0.000 0.096 0.720
#> SRR1466321 2 0.4431 0.57591 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1073021 2 0.1661 0.80082 0.052 0.944 0.004 0.000
#> SRR1322816 2 0.2814 0.76222 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1457727 2 0.5969 0.22881 0.392 0.564 0.044 0.000
#> SRR1464226 1 0.5947 0.46164 0.572 0.384 0.044 0.000
#> SRR1398863 1 0.5674 0.30673 0.720 0.148 0.132 0.000
#> SRR1455631 2 0.1022 0.81877 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1307808 2 0.0469 0.82092 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.1389 0.81587 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.5252 0.46468 0.336 0.644 0.020 0.000
#> SRR1445939 1 0.5742 0.48152 0.596 0.368 0.036 0.000
#> SRR1453047 2 0.3649 0.70630 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1339788 1 0.6495 -0.11329 0.560 0.084 0.356 0.000
#> SRR1084323 1 0.5109 0.14672 0.744 0.060 0.196 0.000
#> SRR1092937 1 0.4168 0.30956 0.828 0.092 0.080 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 1 0.5986 0.09708 0.668 0.072 0.256 0.004
#> SRR1093434 3 0.5025 0.39883 0.252 0.000 0.716 0.032
#> SRR1435857 2 0.4973 0.45707 0.348 0.644 0.008 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 2 0.4283 0.63980 0.256 0.740 0.004 0.000
#> SRR1322730 2 0.1302 0.81762 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR811029 2 0.5650 0.11849 0.432 0.544 0.024 0.000
#> SRR1390456 4 0.5496 0.79461 0.108 0.000 0.160 0.732
#> SRR1381140 1 0.5742 0.48152 0.596 0.368 0.036 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 2 0.0592 0.82136 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1414161 2 0.4248 0.67404 0.220 0.768 0.012 0.000
#> SRR1328738 2 0.4248 0.68133 0.220 0.768 0.012 0.000
#> SRR1311752 2 0.0188 0.81980 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.4122 0.67032 0.236 0.760 0.004 0.000
#> SRR1403412 2 0.5650 0.11849 0.432 0.544 0.024 0.000
#> SRR2166748 1 0.5123 0.06440 0.724 0.044 0.232 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.5025 0.39883 0.252 0.000 0.716 0.032
#> SRR1327872 2 0.0921 0.82031 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1100800 2 0.4973 0.45707 0.348 0.644 0.008 0.000
#> SRR1075174 1 0.5496 0.46687 0.604 0.372 0.024 0.000
#> SRR1434436 2 0.4509 0.59470 0.288 0.708 0.004 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.5859 0.18207 0.496 0.472 0.032 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0188 0.82001 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1361692 2 0.7250 -0.11052 0.336 0.504 0.160 0.000
#> SRR1431493 1 0.5757 0.10183 0.684 0.076 0.240 0.000
#> SRR1409084 1 0.5883 0.45497 0.572 0.388 0.040 0.000
#> SRR2166214 1 0.6711 0.53392 0.576 0.308 0.116 0.000
#> SRR1324102 2 0.1022 0.81863 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.4866 0.63077 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1076244 2 0.3048 0.76643 0.108 0.876 0.016 0.000
#> SRR1330901 2 0.0469 0.82092 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0336 0.82087 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1357541 2 0.7393 -0.30906 0.400 0.436 0.164 0.000
#> SRR811607 2 0.3626 0.72399 0.184 0.812 0.004 0.000
#> SRR1468931 1 0.5447 -0.42118 0.528 0.008 0.460 0.004
#> SRR1474908 2 0.4535 0.58751 0.292 0.704 0.004 0.000
#> SRR1309875 2 0.4222 0.62131 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR598792 4 0.6828 0.51292 0.264 0.000 0.148 0.588
#> SRR1088537 2 0.0592 0.82085 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1457682 2 0.5300 0.27024 0.408 0.580 0.012 0.000
#> SRR1454289 2 0.1118 0.81784 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.5917 0.48970 0.444 0.036 0.520 0.000
#> SRR1472728 2 0.1118 0.81784 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.0469 0.82087 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.6543 0.43818 0.544 0.372 0.084 0.000
#> SRR1403611 1 0.7971 -0.15341 0.544 0.064 0.284 0.108
#> SRR1397762 1 0.5793 0.49459 0.600 0.360 0.040 0.000
#> SRR1317387 1 0.7303 -0.02406 0.568 0.084 0.312 0.036
#> SRR1376426 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 2 0.5936 0.26887 0.380 0.576 0.044 0.000
#> SRR1365743 4 0.3447 0.82062 0.128 0.000 0.020 0.852
#> SRR1458992 2 0.4122 0.67074 0.236 0.760 0.004 0.000
#> SRR1089537 2 0.1022 0.81856 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1397744 2 0.5298 0.37683 0.372 0.612 0.016 0.000
#> SRR1453893 2 0.0188 0.81922 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1098543 2 0.5231 0.35490 0.384 0.604 0.012 0.000
#> SRR1321765 2 0.0657 0.81249 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1440032 2 0.5371 0.37070 0.364 0.616 0.020 0.000
#> SRR1404507 2 0.0817 0.82075 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1404856 2 0.0336 0.81962 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.5985 0.51148 0.596 0.352 0.052 0.000
#> SRR1417524 1 0.5655 -0.31252 0.604 0.004 0.368 0.024
#> SRR1407334 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 2 0.5167 0.45537 0.340 0.644 0.016 0.000
#> SRR1415938 1 0.5517 0.36372 0.568 0.412 0.020 0.000
#> SRR1081259 2 0.1118 0.81763 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 4 0.0000 0.76248 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 2 0.4661 0.62486 0.256 0.728 0.016 0.000
#> SRR1095407 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.0817 0.82035 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR656982 2 0.5256 0.41847 0.260 0.700 0.040 0.000
#> SRR1354338 2 0.0188 0.81984 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1088291 2 0.4387 0.65150 0.236 0.752 0.012 0.000
#> SRR1080624 2 0.1022 0.81955 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.5025 0.39883 0.252 0.000 0.716 0.032
#> SRR1393572 2 0.3791 0.71061 0.200 0.796 0.004 0.000
#> SRR1429912 2 0.4277 0.61378 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.0336 0.82074 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1434999 3 0.4746 0.64059 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR656457 3 0.5112 0.62018 0.384 0.008 0.608 0.000
#> SRR1098928 4 0.7410 0.46861 0.256 0.000 0.228 0.516
#> SRR1343967 2 0.0188 0.81980 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.6500 0.42954 0.544 0.376 0.080 0.000
#> SRR1464724 2 0.3612 0.73132 0.100 0.856 0.044 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.4619 -0.03170 0.780 0.016 0.188 0.016
#> SRR1071519 4 0.4605 0.82153 0.108 0.000 0.092 0.800
#> SRR1086070 1 0.4966 0.42490 0.768 0.156 0.076 0.000
#> SRR1358645 2 0.4250 0.61520 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.4916 0.60398 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1418433 1 0.6300 0.50224 0.640 0.252 0.108 0.000
#> SRR821050 2 0.5527 0.39023 0.356 0.616 0.028 0.000
#> SRR1402091 1 0.5860 0.42008 0.580 0.380 0.040 0.000
#> SRR1322028 2 0.0336 0.82065 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.1936 0.78878 0.032 0.940 0.028 0.000
#> SRR1340047 2 0.4482 0.62710 0.264 0.728 0.008 0.000
#> SRR1418302 2 0.4477 0.55145 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR1073991 2 0.5024 0.43310 0.360 0.632 0.008 0.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357618 3 0.5112 0.62018 0.384 0.008 0.608 0.000
#> SRR1487764 3 0.4830 0.63787 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1075336 2 0.5682 0.00908 0.456 0.520 0.024 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.1792 0.80594 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR658719 1 0.4040 -0.13070 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1475128 3 0.5113 0.39047 0.264 0.000 0.704 0.032
#> SRR1367630 2 0.1389 0.81587 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1481146 2 0.0707 0.82027 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1465674 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.5860 0.42008 0.580 0.380 0.040 0.000
#> SRR1390391 2 0.4560 0.58246 0.296 0.700 0.004 0.000
#> SRR1326020 2 0.6010 -0.10126 0.472 0.488 0.040 0.000
#> SRR1381953 1 0.6422 0.46664 0.616 0.280 0.104 0.000
#> SRR1082544 2 0.0336 0.82099 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.7660 0.43820 0.452 0.316 0.232 0.000
#> SRR1070764 4 0.3447 0.82062 0.128 0.000 0.020 0.852
#> SRR1415919 4 0.0000 0.76248 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.0000 0.81903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 2 0.3768 0.69881 0.184 0.808 0.008 0.000
#> SRR1334314 2 0.4978 0.52074 0.324 0.664 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 1 0.7201 0.20082 0.548 0.124 0.000 0.224 0.104
#> SRR1074385 2 0.4102 0.56129 0.300 0.692 0.000 0.004 0.004
#> SRR1374739 4 0.2344 0.72782 0.032 0.000 0.000 0.904 0.064
#> SRR1097883 2 0.7673 -0.41227 0.356 0.384 0.000 0.068 0.192
#> SRR2167209 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.1851 0.77955 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 2 0.1478 0.79591 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0510 0.80664 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.3491 0.66448 0.228 0.768 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 5 0.5379 0.67448 0.164 0.000 0.000 0.168 0.668
#> SRR1088413 2 0.5750 0.16437 0.380 0.552 0.000 0.032 0.036
#> SRR1082080 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 2 0.4362 0.42383 0.360 0.632 0.000 0.004 0.004
#> SRR1447760 2 0.0290 0.80541 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0162 0.80534 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0290 0.80569 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095651 5 0.6787 0.32640 0.352 0.060 0.008 0.064 0.516
#> SRR1078066 2 0.1571 0.78173 0.060 0.936 0.000 0.000 0.004
#> SRR1120363 2 0.3264 0.72038 0.164 0.820 0.000 0.000 0.016
#> SRR821231 1 0.6311 0.08384 0.612 0.056 0.000 0.248 0.084
#> SRR1374373 2 0.1792 0.78357 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0162 0.80534 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.5310 0.44398 0.572 0.380 0.000 0.008 0.040
#> SRR1091032 2 0.3561 0.62628 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.5074 0.18293 0.732 0.040 0.000 0.176 0.052
#> SRR1310690 2 0.0162 0.80534 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.4348 0.79484 0.032 0.000 0.768 0.180 0.020
#> SRR1095479 1 0.5478 -0.23038 0.580 0.036 0.000 0.020 0.364
#> SRR1070403 4 0.0865 0.77541 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR1390203 1 0.5262 0.42659 0.568 0.388 0.000 0.008 0.036
#> SRR1072007 2 0.1341 0.79721 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 2 0.1571 0.78405 0.060 0.936 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347959 2 0.0162 0.80534 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338513 1 0.7539 0.39089 0.484 0.248 0.000 0.188 0.080
#> SRR812598 2 0.0510 0.80620 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446806 2 0.3932 0.52313 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 2 0.4236 0.50422 0.328 0.664 0.000 0.004 0.004
#> SRR1443633 1 0.7617 -0.08432 0.416 0.128 0.000 0.100 0.356
#> SRR1087728 5 0.5728 0.67899 0.176 0.000 0.000 0.200 0.624
#> SRR1098192 2 0.1121 0.80076 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 1 0.6666 0.49592 0.476 0.288 0.000 0.004 0.232
#> SRR657077 2 0.1851 0.78384 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.5337 0.78306 0.040 0.000 0.708 0.192 0.060
#> SRR1416074 2 0.0162 0.80534 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.2179 0.77479 0.100 0.896 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353461 3 0.4810 0.73145 0.084 0.000 0.712 0.204 0.000
#> SRR1466321 2 0.3966 0.50447 0.336 0.664 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 2 0.1571 0.78250 0.060 0.936 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322816 2 0.2648 0.73227 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 2 0.5770 0.13361 0.392 0.540 0.000 0.028 0.040
#> SRR1464226 1 0.6021 0.50371 0.536 0.364 0.000 0.012 0.088
#> SRR1398863 1 0.6023 0.32905 0.656 0.132 0.000 0.176 0.036
#> SRR1455631 2 0.0880 0.80411 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307808 2 0.0510 0.80641 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.1410 0.79734 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.4607 0.38420 0.368 0.616 0.000 0.012 0.004
#> SRR1445939 1 0.5042 0.53509 0.628 0.332 0.000 0.012 0.028
#> SRR1453047 2 0.3336 0.66661 0.228 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 1 0.7151 -0.14309 0.468 0.068 0.000 0.352 0.112
#> SRR1084323 1 0.5554 -0.10107 0.636 0.044 0.000 0.032 0.288
#> SRR1092937 1 0.4465 0.28625 0.800 0.068 0.000 0.076 0.056
#> SRR1074090 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 1 0.7345 -0.00605 0.504 0.064 0.000 0.232 0.200
#> SRR1093434 4 0.0992 0.77289 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> SRR1435857 2 0.4414 0.38381 0.376 0.616 0.000 0.004 0.004
#> SRR1480347 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 2 0.3707 0.59293 0.284 0.716 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.1270 0.80116 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR811029 2 0.4886 -0.03493 0.468 0.512 0.000 0.004 0.016
#> SRR1390456 3 0.4597 0.75264 0.012 0.000 0.704 0.260 0.024
#> SRR1381140 1 0.5042 0.53509 0.628 0.332 0.000 0.012 0.028
#> SRR1388064 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 2 0.0510 0.80668 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414161 2 0.3762 0.63476 0.244 0.748 0.000 0.004 0.004
#> SRR1328738 2 0.3734 0.64609 0.240 0.752 0.000 0.004 0.004
#> SRR1311752 2 0.0162 0.80513 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.3689 0.63028 0.256 0.740 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403412 2 0.4886 -0.03493 0.468 0.512 0.000 0.004 0.016
#> SRR2166748 1 0.5478 -0.23038 0.580 0.036 0.000 0.020 0.364
#> SRR821666 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 4 0.0865 0.77541 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR1327872 2 0.0963 0.80461 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100800 2 0.4414 0.38381 0.376 0.616 0.000 0.004 0.004
#> SRR1075174 1 0.4791 0.52332 0.636 0.336 0.000 0.008 0.020
#> SRR1434436 2 0.3895 0.53760 0.320 0.680 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.5492 0.25622 0.500 0.452 0.000 0.020 0.028
#> SRR1376718 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0162 0.80534 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361692 2 0.6972 -0.14943 0.248 0.496 0.000 0.024 0.232
#> SRR1431493 1 0.6828 -0.11985 0.544 0.060 0.000 0.108 0.288
#> SRR1409084 1 0.5985 0.49703 0.536 0.368 0.000 0.012 0.084
#> SRR2166214 1 0.6666 0.49592 0.476 0.288 0.000 0.004 0.232
#> SRR1324102 2 0.1043 0.80189 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442127 5 0.5728 0.67899 0.176 0.000 0.000 0.200 0.624
#> SRR1076244 2 0.2873 0.73991 0.128 0.856 0.000 0.000 0.016
#> SRR1330901 2 0.0510 0.80641 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0290 0.80614 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 2 0.7519 -0.32775 0.344 0.420 0.000 0.064 0.172
#> SRR811607 2 0.3456 0.68591 0.204 0.788 0.000 0.004 0.004
#> SRR1468931 4 0.4789 0.38709 0.368 0.004 0.000 0.608 0.020
#> SRR1474908 2 0.3913 0.52931 0.324 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309875 2 0.3774 0.56962 0.296 0.704 0.000 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.6491 0.54500 0.176 0.000 0.588 0.028 0.208
#> SRR1088537 2 0.0609 0.80633 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457682 2 0.4843 0.16553 0.428 0.552 0.000 0.004 0.016
#> SRR1454289 2 0.1121 0.80154 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 5 0.6814 0.57454 0.268 0.024 0.000 0.188 0.520
#> SRR1472728 2 0.1121 0.80154 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.0404 0.80635 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.6449 0.49460 0.536 0.340 0.000 0.084 0.040
#> SRR1403611 5 0.7402 0.27269 0.324 0.060 0.064 0.044 0.508
#> SRR1397762 1 0.5903 0.53371 0.568 0.340 0.000 0.016 0.076
#> SRR1317387 5 0.7139 0.32013 0.356 0.080 0.008 0.072 0.484
#> SRR1376426 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 2 0.5696 0.16547 0.388 0.548 0.000 0.028 0.036
#> SRR1365743 3 0.3457 0.79933 0.080 0.000 0.848 0.064 0.008
#> SRR1458992 2 0.3689 0.63000 0.256 0.740 0.000 0.000 0.004
#> SRR1089537 2 0.1043 0.80244 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397744 2 0.4759 0.31365 0.388 0.592 0.000 0.004 0.016
#> SRR1453893 2 0.0162 0.80444 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 2 0.4798 0.26014 0.404 0.576 0.000 0.004 0.016
#> SRR1321765 2 0.0671 0.79820 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440032 2 0.4696 0.25743 0.400 0.584 0.000 0.004 0.012
#> SRR1404507 2 0.0703 0.80640 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404856 2 0.0290 0.80479 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.5975 0.54649 0.564 0.332 0.000 0.012 0.092
#> SRR1417524 4 0.6569 0.12405 0.384 0.000 0.004 0.436 0.176
#> SRR1407334 2 0.0162 0.80526 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 2 0.4567 0.40299 0.356 0.628 0.000 0.004 0.012
#> SRR1415938 1 0.5262 0.42659 0.568 0.388 0.000 0.008 0.036
#> SRR1081259 2 0.1121 0.80076 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0162 0.76218 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.4037 0.57479 0.288 0.704 0.000 0.004 0.004
#> SRR1095407 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.0794 0.80550 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR656982 2 0.4982 0.38215 0.252 0.692 0.000 0.032 0.024
#> SRR1354338 2 0.0162 0.80519 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088291 2 0.3920 0.59918 0.268 0.724 0.000 0.004 0.004
#> SRR1080624 2 0.1043 0.80386 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 4 0.0865 0.77541 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR1393572 2 0.3585 0.67057 0.220 0.772 0.000 0.004 0.004
#> SRR1429912 2 0.3816 0.56054 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.0290 0.80599 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434999 5 0.5974 0.53209 0.132 0.000 0.000 0.320 0.548
#> SRR656457 5 0.5804 0.63140 0.160 0.004 0.000 0.208 0.628
#> SRR1098928 3 0.7525 0.45313 0.104 0.000 0.496 0.256 0.144
#> SRR1343967 2 0.0162 0.80513 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.6394 0.48798 0.536 0.344 0.000 0.084 0.036
#> SRR1464724 2 0.3410 0.70889 0.092 0.840 0.000 0.000 0.068
#> SRR1101542 2 0.0162 0.80526 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.5654 -0.04053 0.664 0.012 0.012 0.240 0.072
#> SRR1071519 3 0.3398 0.78537 0.004 0.000 0.780 0.216 0.000
#> SRR1086070 1 0.5117 0.40556 0.748 0.128 0.000 0.072 0.052
#> SRR1358645 2 0.3816 0.55794 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR819771 5 0.5379 0.67448 0.164 0.000 0.000 0.168 0.668
#> SRR1418433 1 0.6481 0.46109 0.540 0.236 0.000 0.008 0.216
#> SRR821050 2 0.5099 0.32792 0.368 0.596 0.000 0.016 0.020
#> SRR1402091 1 0.5518 0.47574 0.580 0.348 0.000 0.068 0.004
#> SRR1322028 2 0.0290 0.80607 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.1648 0.77127 0.020 0.940 0.000 0.000 0.040
#> SRR1340047 2 0.3906 0.57887 0.292 0.704 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418302 2 0.3949 0.49745 0.332 0.668 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073991 2 0.4449 0.35663 0.388 0.604 0.000 0.004 0.004
#> SRR1085187 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357618 5 0.5804 0.63140 0.160 0.004 0.000 0.208 0.628
#> SRR1487764 5 0.5779 0.67246 0.172 0.000 0.000 0.212 0.616
#> SRR1075336 1 0.4974 0.11241 0.488 0.488 0.000 0.004 0.020
#> SRR1365471 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.1792 0.78472 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR658719 1 0.5525 -0.17011 0.636 0.000 0.000 0.240 0.124
#> SRR1475128 4 0.1605 0.75984 0.040 0.000 0.004 0.944 0.012
#> SRR1367630 2 0.1410 0.79734 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481146 2 0.0703 0.80537 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465674 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.5518 0.47574 0.580 0.348 0.000 0.068 0.004
#> SRR1390391 2 0.3932 0.52313 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326020 1 0.5869 0.18858 0.468 0.460 0.000 0.052 0.020
#> SRR1381953 1 0.6434 0.48259 0.588 0.248 0.000 0.132 0.032
#> SRR1082544 2 0.0290 0.80625 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.7812 0.39749 0.384 0.300 0.000 0.068 0.248
#> SRR1070764 3 0.3457 0.79933 0.080 0.000 0.848 0.064 0.008
#> SRR1415919 3 0.0162 0.76218 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.0000 0.80422 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 2 0.3544 0.66419 0.200 0.788 0.000 0.008 0.004
#> SRR1334314 2 0.4434 0.45863 0.348 0.640 0.000 0.004 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 1 0.6551 0.13569 0.564 0.084 0.000 0.008 0.188 0.156
#> SRR1074385 2 0.3847 0.48557 0.348 0.644 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1374739 6 0.2383 0.79817 0.024 0.000 0.000 0.000 0.096 0.880
#> SRR1097883 1 0.6409 0.42450 0.352 0.336 0.000 0.000 0.300 0.012
#> SRR2167209 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.1957 0.76128 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 2 0.1501 0.78696 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0458 0.80123 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.3383 0.61549 0.268 0.728 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 5 0.2401 0.73248 0.028 0.000 0.000 0.072 0.892 0.008
#> SRR1088413 2 0.5704 0.04761 0.392 0.508 0.000 0.008 0.068 0.024
#> SRR1082080 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 2 0.4032 0.30150 0.420 0.572 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1447760 2 0.0260 0.79973 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0146 0.79960 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0458 0.80164 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095651 4 0.5489 0.79554 0.120 0.044 0.000 0.696 0.116 0.024
#> SRR1078066 2 0.1908 0.77082 0.056 0.916 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1120363 2 0.3269 0.69080 0.184 0.792 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR821231 1 0.6250 0.01821 0.616 0.040 0.000 0.096 0.048 0.200
#> SRR1374373 2 0.1765 0.77379 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0146 0.79960 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.4677 0.51508 0.644 0.308 0.000 0.028 0.012 0.008
#> SRR1091032 2 0.3446 0.56057 0.308 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.4501 0.10191 0.764 0.016 0.000 0.080 0.020 0.120
#> SRR1310690 2 0.0146 0.79960 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.4213 0.79588 0.036 0.000 0.776 0.024 0.016 0.148
#> SRR1095479 1 0.6324 -0.41328 0.428 0.016 0.000 0.404 0.136 0.016
#> SRR1070403 6 0.1092 0.85445 0.020 0.000 0.000 0.000 0.020 0.960
#> SRR1390203 1 0.4495 0.50608 0.648 0.312 0.000 0.028 0.004 0.008
#> SRR1072007 2 0.1387 0.78887 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 2 0.1682 0.78031 0.052 0.928 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1347959 2 0.0146 0.79960 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338513 1 0.7610 0.28258 0.476 0.232 0.004 0.108 0.044 0.136
#> SRR812598 2 0.0790 0.79887 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446806 2 0.3695 0.44415 0.376 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 2 0.3955 0.40651 0.384 0.608 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1443633 5 0.5957 0.06322 0.376 0.092 0.000 0.004 0.496 0.032
#> SRR1087728 5 0.2867 0.76148 0.040 0.000 0.000 0.064 0.872 0.024
#> SRR1098192 2 0.1141 0.79343 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 1 0.7145 0.36731 0.448 0.232 0.000 0.132 0.188 0.000
#> SRR657077 2 0.1765 0.77567 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.5287 0.78645 0.052 0.000 0.712 0.080 0.020 0.136
#> SRR1416074 2 0.0146 0.79960 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.2191 0.76050 0.120 0.876 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353461 3 0.4632 0.75116 0.092 0.000 0.728 0.024 0.000 0.156
#> SRR1466321 2 0.3747 0.39242 0.396 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 2 0.1745 0.77648 0.056 0.924 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1322816 2 0.2664 0.70036 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 2 0.5613 -0.00748 0.412 0.488 0.000 0.004 0.080 0.016
#> SRR1464226 1 0.5893 0.51874 0.556 0.308 0.000 0.096 0.036 0.004
#> SRR1398863 1 0.5693 0.25201 0.684 0.108 0.000 0.064 0.024 0.120
#> SRR1455631 2 0.0865 0.79815 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1307808 2 0.0458 0.80096 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.1444 0.78834 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.4165 0.29199 0.420 0.568 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1445939 1 0.4349 0.54578 0.684 0.264 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1453047 2 0.3288 0.60780 0.276 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 1 0.6830 -0.12830 0.464 0.044 0.000 0.012 0.196 0.284
#> SRR1084323 1 0.5874 -0.31292 0.488 0.020 0.000 0.408 0.060 0.024
#> SRR1092937 1 0.4709 0.21299 0.772 0.048 0.004 0.100 0.028 0.048
#> SRR1074090 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 1 0.7941 -0.18642 0.452 0.056 0.004 0.180 0.128 0.180
#> SRR1093434 6 0.1620 0.84896 0.024 0.000 0.000 0.012 0.024 0.940
#> SRR1435857 2 0.4062 0.24364 0.440 0.552 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 2 0.3547 0.52563 0.332 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.1327 0.79191 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811029 1 0.4374 0.18331 0.532 0.448 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1390456 3 0.4763 0.75303 0.020 0.000 0.704 0.040 0.016 0.220
#> SRR1381140 1 0.4349 0.54578 0.684 0.264 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 2 0.0692 0.80123 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1414161 2 0.3555 0.58747 0.280 0.712 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1328738 2 0.3650 0.60008 0.272 0.716 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1311752 2 0.0146 0.79940 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.3489 0.58829 0.288 0.708 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403412 1 0.4374 0.18331 0.532 0.448 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR2166748 1 0.6324 -0.41328 0.428 0.016 0.000 0.404 0.136 0.016
#> SRR821666 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 6 0.1237 0.85412 0.020 0.000 0.000 0.004 0.020 0.956
#> SRR1327872 2 0.1075 0.79654 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100800 2 0.4062 0.24364 0.440 0.552 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1075174 1 0.4183 0.54650 0.692 0.268 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR1434436 2 0.3695 0.44628 0.376 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.4855 0.36401 0.568 0.388 0.000 0.024 0.012 0.008
#> SRR1376718 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0146 0.79960 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361692 2 0.5902 -0.12546 0.172 0.488 0.000 0.008 0.332 0.000
#> SRR1431493 1 0.5987 -0.19681 0.492 0.044 0.000 0.036 0.400 0.028
#> SRR1409084 1 0.5843 0.52130 0.556 0.312 0.000 0.096 0.032 0.004
#> SRR2166214 1 0.7145 0.36731 0.448 0.232 0.000 0.132 0.188 0.000
#> SRR1324102 2 0.1075 0.79467 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442127 5 0.2867 0.76148 0.040 0.000 0.000 0.064 0.872 0.024
#> SRR1076244 2 0.3091 0.71308 0.148 0.824 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1330901 2 0.0458 0.80096 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0260 0.80052 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 2 0.6369 -0.37684 0.348 0.372 0.000 0.000 0.268 0.012
#> SRR811607 2 0.3373 0.63751 0.248 0.744 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1468931 6 0.5350 0.26542 0.380 0.004 0.000 0.044 0.028 0.544
#> SRR1474908 2 0.3695 0.44374 0.376 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309875 2 0.3634 0.47273 0.356 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.5533 0.46864 0.072 0.000 0.596 0.300 0.016 0.016
#> SRR1088537 2 0.0632 0.80055 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.4264 0.00763 0.500 0.484 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1454289 2 0.1075 0.79606 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 5 0.4314 0.60165 0.156 0.008 0.000 0.032 0.764 0.040
#> SRR1472728 2 0.1075 0.79606 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.0547 0.80088 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.6009 0.48944 0.572 0.288 0.000 0.012 0.084 0.044
#> SRR1403611 4 0.2818 0.69881 0.036 0.044 0.000 0.884 0.028 0.008
#> SRR1397762 1 0.5722 0.52506 0.596 0.280 0.000 0.080 0.036 0.008
#> SRR1317387 4 0.6203 0.75049 0.132 0.072 0.000 0.632 0.140 0.024
#> SRR1376426 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 2 0.5530 0.02508 0.408 0.496 0.000 0.004 0.080 0.012
#> SRR1365743 3 0.3019 0.80469 0.060 0.000 0.864 0.028 0.000 0.048
#> SRR1458992 2 0.3489 0.58811 0.288 0.708 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1089537 2 0.1204 0.79371 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397744 2 0.4450 0.15992 0.448 0.528 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1453893 2 0.0260 0.79951 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 2 0.4260 0.08952 0.472 0.512 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1321765 2 0.1003 0.79265 0.016 0.964 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1440032 2 0.4303 0.09572 0.460 0.524 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1404507 2 0.0937 0.79945 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404856 2 0.0405 0.80060 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR812745 1 0.5873 0.51194 0.580 0.276 0.000 0.100 0.040 0.004
#> SRR1417524 1 0.7561 -0.38498 0.352 0.000 0.016 0.132 0.152 0.348
#> SRR1407334 2 0.0146 0.79956 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 2 0.4334 0.27180 0.408 0.568 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1415938 1 0.4495 0.50608 0.648 0.312 0.000 0.028 0.004 0.008
#> SRR1081259 2 0.1141 0.79343 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0547 0.76340 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.3774 0.51329 0.328 0.664 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1095407 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.0865 0.79914 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656982 2 0.4713 0.36854 0.264 0.672 0.000 0.004 0.044 0.016
#> SRR1354338 2 0.0260 0.80013 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088291 2 0.3766 0.53911 0.304 0.684 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1080624 2 0.1075 0.79725 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 6 0.1092 0.85445 0.020 0.000 0.000 0.000 0.020 0.960
#> SRR1393572 2 0.3606 0.61631 0.264 0.724 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1429912 2 0.3659 0.46144 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.0363 0.80072 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434999 5 0.4002 0.65701 0.020 0.000 0.000 0.048 0.772 0.160
#> SRR656457 5 0.2119 0.74055 0.044 0.000 0.000 0.008 0.912 0.036
#> SRR1098928 3 0.7449 0.49368 0.068 0.000 0.504 0.100 0.112 0.216
#> SRR1343967 2 0.0146 0.79940 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.5980 0.49127 0.572 0.292 0.000 0.012 0.080 0.044
#> SRR1464724 2 0.3709 0.68131 0.100 0.808 0.000 0.076 0.016 0.000
#> SRR1101542 2 0.0146 0.79956 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.5801 -0.04612 0.664 0.008 0.016 0.092 0.044 0.176
#> SRR1071519 3 0.2912 0.77552 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1086070 1 0.5108 0.34794 0.732 0.108 0.000 0.092 0.024 0.044
#> SRR1358645 2 0.3659 0.45844 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819771 5 0.2401 0.73248 0.028 0.000 0.000 0.072 0.892 0.008
#> SRR1418433 1 0.6775 0.31834 0.508 0.180 0.000 0.228 0.080 0.004
#> SRR821050 2 0.4962 0.18422 0.412 0.536 0.000 0.004 0.040 0.008
#> SRR1402091 1 0.4674 0.45171 0.652 0.300 0.000 0.012 0.016 0.020
#> SRR1322028 2 0.0260 0.80041 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.1844 0.75914 0.024 0.924 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1340047 2 0.3699 0.51449 0.336 0.660 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418302 2 0.3737 0.38119 0.392 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073991 2 0.4076 0.21312 0.452 0.540 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357618 5 0.2119 0.74055 0.044 0.000 0.000 0.008 0.912 0.036
#> SRR1487764 5 0.2839 0.76455 0.040 0.000 0.000 0.052 0.876 0.032
#> SRR1075336 1 0.4415 0.27597 0.556 0.420 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.1863 0.77065 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658719 1 0.5397 -0.20855 0.624 0.000 0.000 0.192 0.012 0.172
#> SRR1475128 6 0.2351 0.82785 0.040 0.000 0.008 0.016 0.028 0.908
#> SRR1367630 2 0.1444 0.78834 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481146 2 0.0713 0.79937 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465674 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.4674 0.45171 0.652 0.300 0.000 0.012 0.016 0.020
#> SRR1390391 2 0.3695 0.44415 0.376 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326020 1 0.5469 0.27249 0.508 0.412 0.000 0.008 0.052 0.020
#> SRR1381953 1 0.6258 0.42206 0.620 0.200 0.004 0.024 0.072 0.080
#> SRR1082544 2 0.0363 0.80085 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.7021 0.34469 0.364 0.252 0.000 0.032 0.336 0.016
#> SRR1070764 3 0.3019 0.80469 0.060 0.000 0.864 0.028 0.000 0.048
#> SRR1415919 3 0.0547 0.76340 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.0000 0.79847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 2 0.3578 0.63749 0.220 0.760 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1334314 2 0.4151 0.33105 0.412 0.576 0.000 0.004 0.008 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.927 0.926 0.969 0.4185 0.570 0.570
#> 3 3 0.772 0.843 0.928 0.4780 0.654 0.462
#> 4 4 0.585 0.650 0.818 0.1162 0.892 0.731
#> 5 5 0.547 0.439 0.697 0.0799 0.917 0.762
#> 6 6 0.551 0.471 0.685 0.0527 0.874 0.595
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1074385 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1097883 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR2167209 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1088413 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1455783 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1447760 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1078066 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1120363 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR821231 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.8608 0.654 0.716 0.284
#> SRR1091032 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1390203 2 1.0000 -0.155 0.500 0.500
#> SRR1072007 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1468787 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1446806 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1394275 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.8813 0.630 0.700 0.300
#> SRR657077 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1353461 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1073021 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1457727 2 0.3733 0.905 0.072 0.928
#> SRR1464226 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1398863 1 0.5946 0.809 0.856 0.144
#> SRR1455631 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1445939 1 0.9732 0.430 0.596 0.404
#> SRR1453047 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1435857 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.8763 0.636 0.704 0.296
#> SRR1388064 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1093577 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1414161 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1328738 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1100800 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1075174 1 0.8763 0.636 0.704 0.296
#> SRR1434436 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.9732 0.430 0.596 0.404
#> SRR1376718 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1361692 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1431493 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.9732 0.430 0.596 0.404
#> SRR2166214 1 0.9732 0.430 0.596 0.404
#> SRR1324102 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1330901 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1357541 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR811607 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1468931 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1457682 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1454289 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1069352 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1319118 2 0.9954 0.087 0.460 0.540
#> SRR1403611 1 0.3114 0.887 0.944 0.056
#> SRR1397762 1 0.9710 0.439 0.600 0.400
#> SRR1317387 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1097777 2 0.3431 0.915 0.064 0.936
#> SRR1365743 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1089537 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1397744 2 0.3733 0.905 0.072 0.928
#> SRR1453893 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1098543 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1321765 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1440032 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR812745 1 0.9732 0.430 0.596 0.404
#> SRR1417524 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1453991 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1415938 1 0.7376 0.748 0.792 0.208
#> SRR1081259 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1095407 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1359694 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR656982 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1354338 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1088291 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1080624 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1360766 2 0.0938 0.973 0.012 0.988
#> SRR1464724 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1418433 1 0.4022 0.869 0.920 0.080
#> SRR821050 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1418302 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1073991 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1357618 1 0.0672 0.919 0.992 0.008
#> SRR1487764 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1075336 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR658719 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1475128 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1481146 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1465674 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1327303 2 0.9286 0.436 0.344 0.656
#> SRR1390391 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1326020 2 0.0672 0.977 0.008 0.992
#> SRR1381953 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.8861 0.622 0.696 0.304
#> SRR1070764 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1416773 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR1377492 2 0.8386 0.602 0.268 0.732
#> SRR1334314 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 1 0.1753 0.87386 0.952 0.000 0.048
#> SRR1074385 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1374739 3 0.0424 0.91065 0.008 0.000 0.992
#> SRR1097883 1 0.1163 0.90076 0.972 0.028 0.000
#> SRR2167209 2 0.0747 0.93105 0.016 0.984 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR663645 1 0.6295 0.19694 0.528 0.472 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.6180 0.44370 0.416 0.000 0.584
#> SRR1088413 1 0.1031 0.90011 0.976 0.024 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.5254 0.67123 0.736 0.264 0.000
#> SRR1447760 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.5138 0.71024 0.252 0.000 0.748
#> SRR1078066 1 0.1163 0.90076 0.972 0.028 0.000
#> SRR1120363 1 0.4121 0.78147 0.832 0.168 0.000
#> SRR821231 1 0.1964 0.86500 0.944 0.000 0.056
#> SRR1374373 2 0.0592 0.93423 0.012 0.988 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.0237 0.89075 0.996 0.004 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.0747 0.88717 0.984 0.000 0.016
#> SRR1310690 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0424 0.91159 0.008 0.000 0.992
#> SRR1095479 3 0.6274 0.35966 0.456 0.000 0.544
#> SRR1070403 3 0.0424 0.91065 0.008 0.000 0.992
#> SRR1390203 1 0.1129 0.89897 0.976 0.020 0.004
#> SRR1072007 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468787 2 0.4702 0.71412 0.212 0.788 0.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338513 1 0.1411 0.87711 0.964 0.000 0.036
#> SRR812598 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1394275 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1443633 1 0.1031 0.88236 0.976 0.000 0.024
#> SRR1087728 3 0.0892 0.90972 0.020 0.000 0.980
#> SRR1098192 2 0.2356 0.88242 0.072 0.928 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR665405 1 0.0661 0.89003 0.988 0.004 0.008
#> SRR657077 2 0.4555 0.72179 0.200 0.800 0.000
#> SRR813208 3 0.0424 0.91159 0.008 0.000 0.992
#> SRR1416074 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089688 1 0.6215 0.32450 0.572 0.428 0.000
#> SRR1353461 3 0.0592 0.91146 0.012 0.000 0.988
#> SRR1466321 1 0.4399 0.75946 0.812 0.188 0.000
#> SRR1073021 2 0.4346 0.75410 0.184 0.816 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.1031 0.90011 0.976 0.024 0.000
#> SRR1464226 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1398863 1 0.0747 0.88717 0.984 0.000 0.016
#> SRR1455631 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335984 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1445939 1 0.1129 0.89897 0.976 0.020 0.004
#> SRR1453047 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339788 1 0.4750 0.68448 0.784 0.000 0.216
#> SRR1084323 1 0.0592 0.88676 0.988 0.000 0.012
#> SRR1092937 1 0.1163 0.88193 0.972 0.000 0.028
#> SRR1074090 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.3340 0.83907 0.120 0.000 0.880
#> SRR1093434 3 0.0424 0.91065 0.008 0.000 0.992
#> SRR1435857 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1322730 1 0.6274 0.24769 0.544 0.456 0.000
#> SRR811029 1 0.5497 0.62799 0.708 0.292 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.91101 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.0983 0.89773 0.980 0.016 0.004
#> SRR1388064 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 2 0.6274 0.07690 0.456 0.544 0.000
#> SRR1414161 2 0.4974 0.66362 0.236 0.764 0.000
#> SRR1328738 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403412 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR2166748 1 0.4702 0.62365 0.788 0.000 0.212
#> SRR821666 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0424 0.91065 0.008 0.000 0.992
#> SRR1327872 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.1860 0.88891 0.948 0.052 0.000
#> SRR1075174 1 0.0983 0.89773 0.980 0.016 0.004
#> SRR1434436 1 0.1411 0.89928 0.964 0.036 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.0892 0.89931 0.980 0.020 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361692 2 0.6260 0.09227 0.448 0.552 0.000
#> SRR1431493 3 0.6235 0.40414 0.436 0.000 0.564
#> SRR1409084 1 0.0983 0.89751 0.980 0.016 0.004
#> SRR2166214 1 0.0661 0.89291 0.988 0.008 0.004
#> SRR1324102 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.2165 0.88961 0.064 0.000 0.936
#> SRR1076244 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1330901 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR811607 1 0.2448 0.87063 0.924 0.076 0.000
#> SRR1468931 3 0.0424 0.91065 0.008 0.000 0.992
#> SRR1474908 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1309875 1 0.6302 0.17192 0.520 0.480 0.000
#> SRR598792 3 0.0747 0.91063 0.016 0.000 0.984
#> SRR1088537 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1454289 2 0.1529 0.91183 0.040 0.960 0.000
#> SRR1069352 3 0.3551 0.83574 0.132 0.000 0.868
#> SRR1472728 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.0747 0.93105 0.016 0.984 0.000
#> SRR1319118 1 0.1031 0.88688 0.976 0.000 0.024
#> SRR1403611 3 0.6026 0.52776 0.376 0.000 0.624
#> SRR1397762 1 0.1129 0.89897 0.976 0.020 0.004
#> SRR1317387 3 0.6192 0.44290 0.420 0.000 0.580
#> SRR1376426 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.1163 0.90073 0.972 0.028 0.000
#> SRR1365743 3 0.0424 0.91159 0.008 0.000 0.992
#> SRR1458992 2 0.4121 0.77289 0.168 0.832 0.000
#> SRR1089537 2 0.5988 0.36331 0.368 0.632 0.000
#> SRR1397744 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1321765 2 0.3879 0.79830 0.152 0.848 0.000
#> SRR1440032 1 0.3038 0.84610 0.896 0.104 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 2 0.0747 0.93105 0.016 0.984 0.000
#> SRR812745 1 0.1129 0.89897 0.976 0.020 0.004
#> SRR1417524 3 0.0424 0.91065 0.008 0.000 0.992
#> SRR1407334 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.1860 0.88996 0.948 0.052 0.000
#> SRR1415938 1 0.0983 0.89773 0.980 0.016 0.004
#> SRR1081259 1 0.3340 0.82955 0.880 0.120 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0892 0.90998 0.020 0.000 0.980
#> SRR1453277 1 0.5327 0.64574 0.728 0.272 0.000
#> SRR1095407 2 0.0747 0.93105 0.016 0.984 0.000
#> SRR1359694 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR656982 2 0.6302 0.05147 0.480 0.520 0.000
#> SRR1354338 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088291 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1080624 2 0.4555 0.72179 0.200 0.800 0.000
#> SRR2166708 3 0.0424 0.91065 0.008 0.000 0.992
#> SRR1393572 1 0.4002 0.78743 0.840 0.160 0.000
#> SRR1429912 2 0.3879 0.79474 0.152 0.848 0.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434999 3 0.0747 0.90932 0.016 0.000 0.984
#> SRR656457 1 0.6302 0.00616 0.520 0.000 0.480
#> SRR1098928 3 0.0424 0.91159 0.008 0.000 0.992
#> SRR1343967 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.1129 0.89901 0.976 0.020 0.004
#> SRR1464724 2 0.4346 0.75410 0.184 0.816 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.0592 0.91146 0.012 0.000 0.988
#> SRR1071519 3 0.0424 0.91159 0.008 0.000 0.992
#> SRR1086070 1 0.0892 0.88709 0.980 0.000 0.020
#> SRR1358645 1 0.6267 0.26005 0.548 0.452 0.000
#> SRR819771 3 0.0892 0.90972 0.020 0.000 0.980
#> SRR1418433 1 0.0592 0.88676 0.988 0.000 0.012
#> SRR821050 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1402091 2 0.4504 0.73887 0.196 0.804 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1418302 1 0.6126 0.40354 0.600 0.400 0.000
#> SRR1073991 1 0.1163 0.90073 0.972 0.028 0.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357618 1 0.1031 0.88236 0.976 0.000 0.024
#> SRR1487764 1 0.2625 0.82307 0.916 0.000 0.084
#> SRR1075336 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR658719 3 0.1289 0.90473 0.032 0.000 0.968
#> SRR1475128 3 0.0424 0.91065 0.008 0.000 0.992
#> SRR1367630 2 0.4555 0.72179 0.200 0.800 0.000
#> SRR1481146 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465674 2 0.1163 0.92162 0.028 0.972 0.000
#> SRR1327303 1 0.1711 0.88588 0.960 0.008 0.032
#> SRR1390391 1 0.1289 0.90089 0.968 0.032 0.000
#> SRR1326020 1 0.1182 0.89513 0.976 0.012 0.012
#> SRR1381953 1 0.1753 0.87373 0.952 0.000 0.048
#> SRR1082544 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR810761 1 0.0661 0.89322 0.988 0.008 0.004
#> SRR1070764 3 0.0747 0.91063 0.016 0.000 0.984
#> SRR1415919 3 0.0892 0.90998 0.020 0.000 0.980
#> SRR1490404 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.0000 0.94194 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377492 1 0.1170 0.89195 0.976 0.008 0.016
#> SRR1334314 1 0.3116 0.84235 0.892 0.108 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 1 0.4820 0.44180 0.692 0.000 0.012 0.296
#> SRR1074385 1 0.0592 0.70747 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1374739 3 0.3726 0.78336 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1097883 1 0.3024 0.67184 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR2167209 2 0.5185 0.73690 0.076 0.748 0.000 0.176
#> SRR816541 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR663645 1 0.6926 0.17208 0.496 0.392 0.000 0.112
#> SRR1381505 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1416362 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.4049 0.71998 0.212 0.780 0.000 0.008
#> SRR1341626 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1382440 4 0.5077 0.60178 0.080 0.000 0.160 0.760
#> SRR1088413 1 0.2281 0.68741 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1082080 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.3962 0.64336 0.820 0.152 0.000 0.028
#> SRR1447760 2 0.1489 0.87175 0.004 0.952 0.000 0.044
#> SRR1487784 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1095651 4 0.5431 0.55694 0.064 0.000 0.224 0.712
#> SRR1078066 1 0.4136 0.62023 0.788 0.016 0.000 0.196
#> SRR1120363 1 0.3320 0.68802 0.876 0.068 0.000 0.056
#> SRR821231 1 0.5780 -0.15105 0.496 0.000 0.028 0.476
#> SRR1374373 2 0.5512 0.05353 0.488 0.496 0.000 0.016
#> SRR1324519 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.4454 0.43187 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1091032 2 0.3893 0.73346 0.196 0.796 0.000 0.008
#> SRR1365575 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1072972 1 0.4543 0.39629 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1310690 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0336 0.85628 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1095479 4 0.6282 0.61047 0.160 0.000 0.176 0.664
#> SRR1070403 3 0.3074 0.83134 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1390203 1 0.4331 0.46529 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1072007 2 0.5031 0.71544 0.212 0.740 0.000 0.048
#> SRR1468787 1 0.7145 0.19543 0.508 0.348 0.000 0.144
#> SRR1347959 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1338513 4 0.5311 0.47430 0.328 0.000 0.024 0.648
#> SRR812598 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.1211 0.70526 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1394275 1 0.1302 0.70641 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1443633 1 0.5296 -0.10683 0.500 0.000 0.008 0.492
#> SRR1087728 4 0.4877 0.16636 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1098192 2 0.5026 0.58262 0.312 0.672 0.000 0.016
#> SRR1093340 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR665405 4 0.4697 0.38313 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR657077 2 0.5785 0.56452 0.272 0.664 0.000 0.064
#> SRR813208 3 0.0469 0.85696 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1416074 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1089688 1 0.7006 0.33565 0.536 0.328 0.000 0.136
#> SRR1353461 3 0.0707 0.85306 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1466321 1 0.4344 0.66971 0.816 0.108 0.000 0.076
#> SRR1073021 2 0.6741 0.15376 0.424 0.484 0.000 0.092
#> SRR1322816 2 0.0376 0.88011 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1457727 1 0.1118 0.70711 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1464226 1 0.4356 0.51483 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1398863 1 0.1792 0.69935 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1455631 2 0.5496 0.71146 0.188 0.724 0.000 0.088
#> SRR1307808 2 0.0336 0.88011 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1072104 2 0.5938 0.64866 0.232 0.676 0.000 0.092
#> SRR1076868 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1335984 1 0.1411 0.70977 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR1445939 1 0.4406 0.44945 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1453047 2 0.3893 0.73346 0.196 0.796 0.000 0.008
#> SRR1339788 4 0.6698 0.39874 0.372 0.000 0.096 0.532
#> SRR1084323 4 0.5510 0.15631 0.480 0.000 0.016 0.504
#> SRR1092937 1 0.5459 0.07992 0.552 0.000 0.016 0.432
#> SRR1074090 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1099833 4 0.6337 0.41636 0.072 0.000 0.360 0.568
#> SRR1093434 3 0.3219 0.82419 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1435857 1 0.0817 0.70855 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1480347 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1430202 1 0.0672 0.71000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1322730 1 0.7024 0.27049 0.512 0.360 0.000 0.128
#> SRR811029 1 0.4595 0.62203 0.780 0.176 0.000 0.044
#> SRR1390456 3 0.1716 0.85252 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1381140 1 0.4277 0.46866 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1388064 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1093577 1 0.5496 0.53219 0.704 0.232 0.000 0.064
#> SRR1414161 1 0.5159 0.38775 0.624 0.364 0.000 0.012
#> SRR1328738 1 0.2179 0.70054 0.924 0.012 0.000 0.064
#> SRR1311752 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.4697 0.57267 0.296 0.696 0.000 0.008
#> SRR1403412 1 0.1724 0.71186 0.948 0.020 0.000 0.032
#> SRR2166748 4 0.5864 0.59705 0.264 0.000 0.072 0.664
#> SRR821666 2 0.0921 0.87547 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1330746 3 0.3074 0.83134 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1327872 2 0.5186 0.73800 0.164 0.752 0.000 0.084
#> SRR1100800 1 0.2675 0.69870 0.908 0.044 0.000 0.048
#> SRR1075174 1 0.4193 0.48485 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1434436 1 0.1545 0.70920 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR1389409 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1085310 1 0.4500 0.42787 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1376718 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR808590 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1084128 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.6443 0.17029 0.528 0.400 0.000 0.072
#> SRR1431493 4 0.5771 0.60764 0.144 0.000 0.144 0.712
#> SRR1409084 1 0.4866 0.26417 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR2166214 4 0.4697 0.38313 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1324102 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1442127 4 0.4453 0.49843 0.012 0.000 0.244 0.744
#> SRR1076244 1 0.3554 0.67571 0.844 0.020 0.000 0.136
#> SRR1330901 2 0.0336 0.88011 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.3172 0.64988 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR811607 1 0.2002 0.70381 0.936 0.044 0.000 0.020
#> SRR1468931 3 0.3528 0.81037 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1474908 1 0.1716 0.69976 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1309875 1 0.6296 0.34915 0.548 0.388 0.000 0.064
#> SRR598792 3 0.0817 0.85188 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1088537 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.3569 0.61056 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1454289 2 0.3224 0.81801 0.120 0.864 0.000 0.016
#> SRR1069352 4 0.5022 0.53436 0.044 0.000 0.220 0.736
#> SRR1472728 2 0.2921 0.79398 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.4150 0.80638 0.056 0.824 0.000 0.120
#> SRR1319118 1 0.1792 0.70063 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1403611 4 0.6529 0.40232 0.080 0.000 0.388 0.532
#> SRR1397762 1 0.4679 0.36126 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1317387 4 0.4804 0.60586 0.072 0.000 0.148 0.780
#> SRR1376426 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.0921 0.70607 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1365743 3 0.1118 0.84776 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1458992 1 0.5236 0.23496 0.560 0.432 0.000 0.008
#> SRR1089537 2 0.7688 0.30733 0.284 0.456 0.000 0.260
#> SRR1397744 1 0.2149 0.69133 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1453893 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1098543 1 0.1867 0.69714 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1321765 2 0.7004 0.52182 0.220 0.580 0.000 0.200
#> SRR1440032 1 0.4969 0.63856 0.772 0.088 0.000 0.140
#> SRR1404507 2 0.1302 0.87212 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1404856 2 0.4688 0.78220 0.080 0.792 0.000 0.128
#> SRR812745 1 0.4605 0.39866 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1417524 3 0.4605 0.58483 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1407334 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1453991 1 0.1798 0.70844 0.944 0.016 0.000 0.040
#> SRR1415938 1 0.4564 0.39132 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1081259 1 0.2174 0.70378 0.928 0.052 0.000 0.020
#> SRR1436187 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1431948 3 0.0817 0.85188 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1453277 1 0.3486 0.67372 0.864 0.092 0.000 0.044
#> SRR1095407 2 0.5185 0.73690 0.076 0.748 0.000 0.176
#> SRR1359694 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR656982 1 0.6098 0.47413 0.676 0.200 0.000 0.124
#> SRR1354338 2 0.2197 0.86437 0.024 0.928 0.000 0.048
#> SRR1088291 1 0.2730 0.69211 0.896 0.016 0.000 0.088
#> SRR1080624 2 0.5781 0.38834 0.380 0.584 0.000 0.036
#> SRR2166708 3 0.3074 0.83134 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1393572 1 0.2489 0.69611 0.912 0.068 0.000 0.020
#> SRR1429912 1 0.5408 0.03824 0.500 0.488 0.000 0.012
#> SRR1421048 2 0.0524 0.87970 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1434999 4 0.4661 0.27598 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR656457 4 0.5548 0.54328 0.200 0.000 0.084 0.716
#> SRR1098928 3 0.0336 0.85712 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1343967 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.1302 0.70522 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1464724 2 0.4805 0.75743 0.132 0.784 0.000 0.084
#> SRR1101542 2 0.1118 0.87361 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1401528 3 0.4535 0.50189 0.004 0.000 0.704 0.292
#> SRR1071519 3 0.0000 0.85595 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.4477 0.41769 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1358645 1 0.5920 0.44957 0.612 0.336 0.000 0.052
#> SRR819771 4 0.4776 0.30990 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1418433 4 0.5428 0.37944 0.380 0.000 0.020 0.600
#> SRR821050 1 0.1637 0.70672 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1402091 2 0.5500 0.09737 0.464 0.520 0.000 0.016
#> SRR1322028 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.1211 0.87310 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1340047 1 0.1452 0.70906 0.956 0.008 0.000 0.036
#> SRR1418302 1 0.6197 0.45911 0.604 0.324 0.000 0.072
#> SRR1073991 1 0.1211 0.70696 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1085187 2 0.1302 0.87148 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1357618 4 0.4621 0.56016 0.284 0.000 0.008 0.708
#> SRR1487764 4 0.3335 0.63202 0.120 0.000 0.020 0.860
#> SRR1075336 1 0.1389 0.70383 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1365471 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0657 0.87851 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR658719 3 0.6792 0.00207 0.112 0.000 0.548 0.340
#> SRR1475128 3 0.3074 0.83134 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1367630 2 0.6544 0.52236 0.284 0.604 0.000 0.112
#> SRR1481146 2 0.5351 0.74386 0.152 0.744 0.000 0.104
#> SRR1465674 2 0.6397 0.62310 0.164 0.652 0.000 0.184
#> SRR1327303 1 0.2174 0.69957 0.928 0.000 0.020 0.052
#> SRR1390391 1 0.1716 0.69840 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1326020 1 0.1118 0.70779 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1381953 1 0.2949 0.67952 0.888 0.000 0.024 0.088
#> SRR1082544 2 0.0921 0.87525 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR810761 1 0.4999 -0.07389 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1070764 3 0.0817 0.85188 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1415919 3 0.0817 0.85188 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1490404 2 0.0188 0.88058 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.3587 0.82866 0.040 0.856 0.000 0.104
#> SRR1377492 1 0.4875 0.49124 0.692 0.004 0.008 0.296
#> SRR1334314 1 0.2908 0.70759 0.896 0.040 0.000 0.064
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 1 0.6497 0.1265 0.540 0.000 0.012 0.176 0.272
#> SRR1074385 1 0.1329 0.5900 0.956 0.004 0.000 0.008 0.032
#> SRR1374739 3 0.5301 0.7165 0.000 0.000 0.676 0.176 0.148
#> SRR1097883 1 0.5177 0.5066 0.676 0.000 0.000 0.104 0.220
#> SRR2167209 5 0.7551 0.6279 0.152 0.360 0.000 0.076 0.412
#> SRR816541 2 0.0162 0.7342 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 1 0.7253 -0.2820 0.400 0.220 0.000 0.028 0.352
#> SRR1381505 2 0.2873 0.6690 0.000 0.860 0.000 0.020 0.120
#> SRR1416362 2 0.0324 0.7341 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318503 2 0.5302 0.0605 0.344 0.592 0.000 0.000 0.064
#> SRR1341626 2 0.0000 0.7351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 4 0.4188 0.4951 0.012 0.000 0.080 0.800 0.108
#> SRR1088413 1 0.4113 0.4994 0.740 0.000 0.000 0.028 0.232
#> SRR1082080 2 0.0000 0.7351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.3730 0.5410 0.832 0.104 0.000 0.016 0.048
#> SRR1447760 2 0.3650 0.5722 0.028 0.796 0.000 0.000 0.176
#> SRR1487784 2 0.0000 0.7351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0671 0.7292 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095651 4 0.4922 0.5365 0.028 0.000 0.112 0.756 0.104
#> SRR1078066 1 0.6759 0.0660 0.480 0.044 0.000 0.100 0.376
#> SRR1120363 1 0.4370 0.4943 0.764 0.064 0.000 0.004 0.168
#> SRR821231 4 0.6967 0.2099 0.396 0.000 0.024 0.412 0.168
#> SRR1374373 1 0.5409 0.1843 0.612 0.304 0.000 0.000 0.084
#> SRR1324519 2 0.0000 0.7351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.6263 0.1366 0.532 0.000 0.000 0.276 0.192
#> SRR1091032 2 0.5052 0.1135 0.340 0.612 0.000 0.000 0.048
#> SRR1365575 2 0.2873 0.6690 0.000 0.860 0.000 0.020 0.120
#> SRR1072972 1 0.6545 -0.0189 0.460 0.000 0.000 0.324 0.216
#> SRR1310690 2 0.0162 0.7347 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383037 3 0.0510 0.8113 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1095479 4 0.5565 0.5687 0.056 0.000 0.064 0.700 0.180
#> SRR1070403 3 0.4757 0.7612 0.000 0.000 0.732 0.120 0.148
#> SRR1390203 1 0.6491 0.1235 0.528 0.012 0.000 0.300 0.160
#> SRR1072007 1 0.6738 -0.3489 0.412 0.308 0.000 0.000 0.280
#> SRR1468787 1 0.7152 -0.2258 0.420 0.124 0.000 0.056 0.400
#> SRR1347959 2 0.0671 0.7296 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338513 4 0.6770 0.5396 0.156 0.000 0.032 0.536 0.276
#> SRR812598 2 0.0162 0.7342 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.2819 0.5736 0.884 0.008 0.000 0.032 0.076
#> SRR1394275 1 0.2364 0.5882 0.908 0.008 0.000 0.020 0.064
#> SRR1443633 4 0.6451 0.2407 0.364 0.000 0.000 0.452 0.184
#> SRR1087728 4 0.5260 0.2195 0.000 0.000 0.264 0.648 0.088
#> SRR1098192 2 0.5918 -0.1965 0.440 0.468 0.000 0.004 0.088
#> SRR1093340 2 0.0000 0.7351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 4 0.6303 0.4778 0.204 0.000 0.000 0.528 0.268
#> SRR657077 2 0.6567 -0.0440 0.296 0.528 0.000 0.016 0.160
#> SRR813208 3 0.0510 0.8113 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.7351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 1 0.6885 -0.1223 0.452 0.136 0.000 0.032 0.380
#> SRR1353461 3 0.0693 0.8087 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1466321 1 0.4451 0.5533 0.788 0.048 0.000 0.036 0.128
#> SRR1073021 1 0.6906 -0.1977 0.448 0.176 0.000 0.020 0.356
#> SRR1322816 2 0.1701 0.7047 0.048 0.936 0.000 0.000 0.016
#> SRR1457727 1 0.3276 0.5675 0.836 0.000 0.000 0.032 0.132
#> SRR1464226 1 0.7056 -0.0597 0.408 0.012 0.000 0.308 0.272
#> SRR1398863 1 0.4393 0.4964 0.756 0.000 0.000 0.076 0.168
#> SRR1455631 2 0.7051 -0.3035 0.236 0.428 0.000 0.016 0.320
#> SRR1307808 2 0.3437 0.5748 0.120 0.832 0.000 0.000 0.048
#> SRR1374585 2 0.2722 0.6768 0.000 0.872 0.000 0.020 0.108
#> SRR1072104 2 0.7137 -0.3984 0.308 0.356 0.000 0.012 0.324
#> SRR1076868 2 0.0000 0.7351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 1 0.2390 0.5702 0.896 0.020 0.000 0.000 0.084
#> SRR1445939 1 0.6470 0.0512 0.500 0.004 0.000 0.316 0.180
#> SRR1453047 2 0.5107 0.0805 0.356 0.596 0.000 0.000 0.048
#> SRR1339788 5 0.7776 -0.4077 0.256 0.000 0.060 0.340 0.344
#> SRR1084323 4 0.6531 0.3248 0.336 0.000 0.000 0.456 0.208
#> SRR1092937 1 0.7069 -0.2483 0.368 0.000 0.012 0.364 0.256
#> SRR1074090 2 0.0000 0.7351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 4 0.7081 0.4373 0.060 0.000 0.216 0.544 0.180
#> SRR1093434 3 0.5010 0.7436 0.000 0.000 0.708 0.144 0.148
#> SRR1435857 1 0.2580 0.5821 0.900 0.020 0.000 0.016 0.064
#> SRR1480347 2 0.0000 0.7351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.3061 0.6555 0.000 0.844 0.000 0.020 0.136
#> SRR1430202 1 0.1012 0.5865 0.968 0.020 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322730 1 0.7174 -0.2001 0.420 0.172 0.000 0.036 0.372
#> SRR811029 1 0.3427 0.5422 0.844 0.112 0.000 0.012 0.032
#> SRR1390456 3 0.2139 0.8047 0.000 0.000 0.916 0.032 0.052
#> SRR1381140 1 0.6374 0.0737 0.512 0.000 0.000 0.280 0.208
#> SRR1388064 2 0.2921 0.6657 0.000 0.856 0.000 0.020 0.124
#> SRR1093577 1 0.5312 0.3847 0.684 0.124 0.000 0.004 0.188
#> SRR1414161 1 0.5029 0.2462 0.648 0.292 0.000 0.000 0.060
#> SRR1328738 1 0.3693 0.5180 0.808 0.032 0.000 0.004 0.156
#> SRR1311752 2 0.0162 0.7342 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.5206 -0.0744 0.428 0.528 0.000 0.000 0.044
#> SRR1403412 1 0.2270 0.5882 0.916 0.020 0.000 0.012 0.052
#> SRR2166748 4 0.5467 0.5765 0.104 0.000 0.020 0.692 0.184
#> SRR821666 2 0.2448 0.6877 0.000 0.892 0.000 0.020 0.088
#> SRR1330746 3 0.4757 0.7612 0.000 0.000 0.732 0.120 0.148
#> SRR1327872 2 0.7427 -0.2101 0.248 0.428 0.000 0.040 0.284
#> SRR1100800 1 0.3527 0.5286 0.820 0.028 0.000 0.004 0.148
#> SRR1075174 1 0.6279 0.1131 0.532 0.000 0.000 0.268 0.200
#> SRR1434436 1 0.2395 0.5914 0.912 0.024 0.000 0.016 0.048
#> SRR1389409 2 0.2873 0.6690 0.000 0.860 0.000 0.020 0.120
#> SRR1085310 1 0.6149 0.1254 0.540 0.000 0.000 0.296 0.164
#> SRR1376718 2 0.2873 0.6690 0.000 0.860 0.000 0.020 0.120
#> SRR808590 2 0.2873 0.6690 0.000 0.860 0.000 0.020 0.120
#> SRR1084128 2 0.0451 0.7330 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361692 1 0.6602 -0.1056 0.516 0.224 0.000 0.008 0.252
#> SRR1431493 4 0.5342 0.5553 0.096 0.000 0.060 0.736 0.108
#> SRR1409084 1 0.6695 -0.1797 0.392 0.000 0.000 0.368 0.240
#> SRR2166214 4 0.6303 0.4778 0.204 0.000 0.000 0.528 0.268
#> SRR1324102 2 0.1117 0.7227 0.020 0.964 0.000 0.000 0.016
#> SRR1079754 2 0.0510 0.7302 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1442127 4 0.4195 0.4763 0.008 0.000 0.104 0.796 0.092
#> SRR1076244 1 0.5044 0.3402 0.608 0.004 0.000 0.036 0.352
#> SRR1330901 2 0.2270 0.6675 0.076 0.904 0.000 0.000 0.020
#> SRR1073167 2 0.0451 0.7331 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357541 1 0.5733 0.2989 0.580 0.004 0.000 0.092 0.324
#> SRR811607 1 0.3634 0.5280 0.832 0.076 0.000 0.004 0.088
#> SRR1468931 3 0.5881 0.6715 0.004 0.000 0.620 0.180 0.196
#> SRR1474908 1 0.2935 0.5768 0.876 0.012 0.000 0.024 0.088
#> SRR1309875 1 0.6469 0.1237 0.524 0.348 0.000 0.032 0.096
#> SRR598792 3 0.1485 0.8014 0.000 0.000 0.948 0.032 0.020
#> SRR1088537 2 0.1741 0.7019 0.040 0.936 0.000 0.000 0.024
#> SRR1457682 1 0.6567 0.2607 0.560 0.020 0.000 0.228 0.192
#> SRR1454289 2 0.4967 0.2807 0.244 0.688 0.000 0.004 0.064
#> SRR1069352 4 0.4497 0.4924 0.016 0.000 0.072 0.776 0.136
#> SRR1472728 2 0.4854 0.1928 0.308 0.648 0.000 0.000 0.044
#> SRR1091144 5 0.6307 0.4790 0.120 0.408 0.000 0.008 0.464
#> SRR1319118 1 0.4392 0.5239 0.748 0.000 0.004 0.048 0.200
#> SRR1403611 4 0.6698 0.2928 0.036 0.000 0.368 0.488 0.108
#> SRR1397762 1 0.6781 0.0223 0.476 0.016 0.000 0.332 0.176
#> SRR1317387 4 0.3551 0.5584 0.016 0.000 0.068 0.848 0.068
#> SRR1376426 2 0.0162 0.7339 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097777 1 0.2824 0.5705 0.872 0.000 0.000 0.032 0.096
#> SRR1365743 3 0.1753 0.7965 0.000 0.000 0.936 0.032 0.032
#> SRR1458992 1 0.5156 0.2175 0.620 0.320 0.000 0.000 0.060
#> SRR1089537 5 0.6841 0.4723 0.248 0.156 0.000 0.044 0.552
#> SRR1397744 1 0.3780 0.5616 0.828 0.012 0.000 0.060 0.100
#> SRR1453893 2 0.3236 0.6420 0.000 0.828 0.000 0.020 0.152
#> SRR1098543 1 0.3400 0.5670 0.852 0.016 0.000 0.036 0.096
#> SRR1321765 5 0.8007 0.6193 0.232 0.284 0.000 0.096 0.388
#> SRR1440032 1 0.5329 0.3090 0.608 0.032 0.000 0.020 0.340
#> SRR1404507 2 0.3757 0.5770 0.000 0.772 0.000 0.020 0.208
#> SRR1404856 5 0.6671 0.5440 0.144 0.408 0.000 0.016 0.432
#> SRR812745 1 0.6688 0.0658 0.500 0.016 0.000 0.316 0.168
#> SRR1417524 3 0.5920 0.5881 0.000 0.000 0.580 0.272 0.148
#> SRR1407334 2 0.3319 0.6337 0.000 0.820 0.000 0.020 0.160
#> SRR1453991 1 0.3387 0.5360 0.836 0.032 0.000 0.004 0.128
#> SRR1415938 1 0.6241 0.0428 0.512 0.000 0.000 0.324 0.164
#> SRR1081259 1 0.3956 0.5195 0.808 0.080 0.000 0.004 0.108
#> SRR1436187 2 0.2921 0.6657 0.000 0.856 0.000 0.020 0.124
#> SRR1431948 3 0.1399 0.8028 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1453277 1 0.3840 0.5116 0.808 0.076 0.000 0.000 0.116
#> SRR1095407 5 0.7529 0.6228 0.148 0.364 0.000 0.076 0.412
#> SRR1359694 2 0.2260 0.6784 0.064 0.908 0.000 0.000 0.028
#> SRR656982 1 0.6087 0.1797 0.532 0.064 0.000 0.028 0.376
#> SRR1354338 2 0.4800 0.4255 0.088 0.716 0.000 0.000 0.196
#> SRR1088291 1 0.4066 0.4946 0.768 0.032 0.000 0.004 0.196
#> SRR1080624 1 0.6012 -0.1778 0.484 0.400 0.000 0.000 0.116
#> SRR2166708 3 0.4757 0.7612 0.000 0.000 0.732 0.120 0.148
#> SRR1393572 1 0.3526 0.5238 0.832 0.096 0.000 0.000 0.072
#> SRR1429912 1 0.5411 0.2388 0.624 0.304 0.000 0.008 0.064
#> SRR1421048 2 0.3116 0.6167 0.076 0.860 0.000 0.000 0.064
#> SRR1434999 4 0.5672 0.2833 0.000 0.000 0.188 0.632 0.180
#> SRR656457 4 0.5887 0.3774 0.072 0.000 0.024 0.600 0.304
#> SRR1098928 3 0.0771 0.8128 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1343967 2 0.0162 0.7342 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.3276 0.5554 0.836 0.000 0.000 0.032 0.132
#> SRR1464724 2 0.6939 -0.1159 0.156 0.504 0.000 0.036 0.304
#> SRR1101542 2 0.3513 0.6096 0.000 0.800 0.000 0.020 0.180
#> SRR1401528 3 0.6782 0.0579 0.024 0.000 0.504 0.312 0.160
#> SRR1071519 3 0.0771 0.8128 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1086070 1 0.6579 -0.0297 0.460 0.000 0.000 0.308 0.232
#> SRR1358645 1 0.5937 0.2374 0.604 0.292 0.000 0.024 0.080
#> SRR819771 4 0.4351 0.3816 0.004 0.000 0.244 0.724 0.028
#> SRR1418433 4 0.6352 0.5228 0.172 0.000 0.008 0.552 0.268
#> SRR821050 1 0.2873 0.5873 0.860 0.000 0.000 0.020 0.120
#> SRR1402091 1 0.5960 -0.0837 0.504 0.396 0.000 0.004 0.096
#> SRR1322028 2 0.1740 0.7001 0.056 0.932 0.000 0.000 0.012
#> SRR1452556 2 0.3278 0.6375 0.000 0.824 0.000 0.020 0.156
#> SRR1340047 1 0.1518 0.5910 0.952 0.012 0.000 0.016 0.020
#> SRR1418302 1 0.6389 0.2697 0.584 0.272 0.000 0.036 0.108
#> SRR1073991 1 0.2740 0.5835 0.876 0.000 0.000 0.028 0.096
#> SRR1085187 2 0.3724 0.5753 0.000 0.776 0.000 0.020 0.204
#> SRR1357618 4 0.5629 0.3970 0.100 0.000 0.000 0.588 0.312
#> SRR1487764 4 0.2664 0.5866 0.040 0.000 0.004 0.892 0.064
#> SRR1075336 1 0.2629 0.5609 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR1365471 2 0.0000 0.7351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.2077 0.6771 0.084 0.908 0.000 0.000 0.008
#> SRR658719 4 0.8431 0.3197 0.176 0.000 0.292 0.324 0.208
#> SRR1475128 3 0.4757 0.7612 0.000 0.000 0.732 0.120 0.148
#> SRR1367630 5 0.7419 0.3763 0.320 0.304 0.000 0.028 0.348
#> SRR1481146 2 0.7206 -0.3718 0.252 0.388 0.000 0.020 0.340
#> SRR1465674 5 0.7749 0.6446 0.180 0.324 0.000 0.084 0.412
#> SRR1327303 1 0.3963 0.5500 0.820 0.000 0.032 0.036 0.112
#> SRR1390391 1 0.3107 0.5708 0.868 0.012 0.000 0.032 0.088
#> SRR1326020 1 0.2795 0.5695 0.872 0.000 0.000 0.028 0.100
#> SRR1381953 1 0.5328 0.4736 0.720 0.000 0.036 0.084 0.160
#> SRR1082544 2 0.1893 0.7135 0.024 0.928 0.000 0.000 0.048
#> SRR810761 4 0.6336 0.2973 0.340 0.000 0.000 0.488 0.172
#> SRR1070764 3 0.1485 0.8014 0.000 0.000 0.948 0.032 0.020
#> SRR1415919 3 0.1399 0.8028 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1490404 2 0.0000 0.7351 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.6125 -0.3419 0.104 0.508 0.000 0.008 0.380
#> SRR1377492 1 0.5891 0.1371 0.468 0.000 0.000 0.100 0.432
#> SRR1334314 1 0.4218 0.5611 0.808 0.044 0.000 0.040 0.108
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 1 0.6155 0.0658 0.532 0.000 0.000 0.036 0.160 0.272
#> SRR1074385 1 0.2262 0.5865 0.896 0.008 0.000 0.016 0.000 0.080
#> SRR1374739 3 0.5916 0.3848 0.000 0.000 0.448 0.060 0.432 0.060
#> SRR1097883 1 0.6132 0.3907 0.556 0.000 0.000 0.272 0.068 0.104
#> SRR2167209 4 0.5849 0.5711 0.100 0.172 0.000 0.632 0.096 0.000
#> SRR816541 2 0.0820 0.7593 0.012 0.972 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR663645 4 0.7243 0.5400 0.244 0.152 0.000 0.468 0.012 0.124
#> SRR1381505 2 0.3620 0.6718 0.000 0.804 0.000 0.140 0.020 0.036
#> SRR1416362 2 0.0508 0.7605 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.5641 0.0572 0.340 0.512 0.000 0.144 0.000 0.004
#> SRR1341626 2 0.0146 0.7612 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1382440 5 0.3418 0.5799 0.004 0.000 0.024 0.020 0.824 0.128
#> SRR1088413 1 0.5147 0.5151 0.696 0.000 0.000 0.144 0.048 0.112
#> SRR1082080 2 0.0405 0.7596 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1455783 1 0.4295 0.5824 0.776 0.104 0.000 0.056 0.000 0.064
#> SRR1447760 2 0.4417 0.2560 0.024 0.588 0.000 0.384 0.000 0.004
#> SRR1487784 2 0.0000 0.7613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0909 0.7571 0.020 0.968 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1095651 5 0.6369 0.2085 0.012 0.000 0.052 0.084 0.444 0.408
#> SRR1078066 4 0.5560 0.4293 0.268 0.012 0.000 0.600 0.112 0.008
#> SRR1120363 1 0.4833 0.3589 0.640 0.060 0.000 0.288 0.000 0.012
#> SRR821231 6 0.6224 0.3927 0.360 0.000 0.004 0.020 0.156 0.460
#> SRR1374373 1 0.5318 0.2258 0.588 0.252 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0146 0.7612 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.5089 -0.1757 0.532 0.000 0.000 0.032 0.028 0.408
#> SRR1091032 2 0.5598 0.1507 0.344 0.540 0.000 0.096 0.000 0.020
#> SRR1365575 2 0.3620 0.6718 0.000 0.804 0.000 0.140 0.020 0.036
#> SRR1072972 6 0.4796 0.4254 0.396 0.000 0.000 0.024 0.020 0.560
#> SRR1310690 2 0.0692 0.7592 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0146 0.7279 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1095479 6 0.5859 0.0965 0.052 0.000 0.028 0.024 0.372 0.524
#> SRR1070403 3 0.5799 0.5243 0.000 0.000 0.536 0.060 0.344 0.060
#> SRR1390203 6 0.4548 0.3810 0.464 0.008 0.000 0.008 0.008 0.512
#> SRR1072007 4 0.6282 0.4986 0.292 0.204 0.000 0.480 0.000 0.024
#> SRR1468787 4 0.5708 0.5009 0.240 0.052 0.000 0.620 0.084 0.004
#> SRR1347959 2 0.1176 0.7522 0.024 0.956 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1338513 6 0.5613 0.2545 0.076 0.000 0.008 0.080 0.168 0.668
#> SRR812598 2 0.0622 0.7606 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.2488 0.5453 0.864 0.008 0.000 0.004 0.000 0.124
#> SRR1394275 1 0.2834 0.5651 0.848 0.008 0.000 0.016 0.000 0.128
#> SRR1443633 5 0.6881 -0.0163 0.368 0.000 0.000 0.104 0.400 0.128
#> SRR1087728 5 0.3812 0.5152 0.000 0.000 0.132 0.008 0.788 0.072
#> SRR1098192 2 0.6450 -0.1747 0.384 0.400 0.000 0.184 0.000 0.032
#> SRR1093340 2 0.0000 0.7613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 6 0.6121 0.3636 0.116 0.000 0.000 0.120 0.156 0.608
#> SRR657077 2 0.6756 -0.1272 0.204 0.452 0.000 0.292 0.004 0.048
#> SRR813208 3 0.0748 0.7254 0.000 0.000 0.976 0.004 0.004 0.016
#> SRR1416074 2 0.0000 0.7613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.6914 0.5313 0.244 0.064 0.000 0.508 0.020 0.164
#> SRR1353461 3 0.1151 0.7219 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR1466321 1 0.4957 0.5442 0.712 0.040 0.000 0.128 0.000 0.120
#> SRR1073021 4 0.6285 0.4767 0.252 0.100 0.000 0.572 0.064 0.012
#> SRR1322816 2 0.2480 0.6991 0.104 0.872 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.3776 0.5044 0.792 0.000 0.000 0.036 0.024 0.148
#> SRR1464226 6 0.5528 0.5039 0.268 0.008 0.000 0.100 0.016 0.608
#> SRR1398863 1 0.4360 0.3478 0.672 0.000 0.000 0.024 0.016 0.288
#> SRR1455631 4 0.6471 0.4440 0.144 0.296 0.000 0.508 0.008 0.044
#> SRR1307808 2 0.4218 0.5595 0.112 0.748 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR1374585 2 0.3540 0.6773 0.000 0.812 0.000 0.132 0.020 0.036
#> SRR1072104 4 0.7081 0.5484 0.200 0.216 0.000 0.480 0.008 0.096
#> SRR1076868 2 0.0291 0.7603 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1335984 1 0.2610 0.6116 0.884 0.004 0.000 0.048 0.004 0.060
#> SRR1445939 6 0.4644 0.4528 0.440 0.004 0.000 0.024 0.004 0.528
#> SRR1453047 2 0.6099 0.0658 0.352 0.500 0.000 0.096 0.000 0.052
#> SRR1339788 5 0.7078 0.2932 0.124 0.000 0.016 0.124 0.504 0.232
#> SRR1084323 6 0.6291 0.5006 0.264 0.000 0.016 0.032 0.136 0.552
#> SRR1092937 6 0.4902 0.5214 0.316 0.000 0.004 0.020 0.036 0.624
#> SRR1074090 2 0.0000 0.7613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 6 0.6329 0.0603 0.036 0.000 0.072 0.072 0.216 0.604
#> SRR1093434 3 0.5857 0.4851 0.000 0.000 0.508 0.060 0.372 0.060
#> SRR1435857 1 0.3364 0.5975 0.832 0.012 0.000 0.068 0.000 0.088
#> SRR1480347 2 0.0000 0.7613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.3770 0.6618 0.000 0.788 0.000 0.156 0.020 0.036
#> SRR1430202 1 0.1528 0.6195 0.944 0.012 0.000 0.028 0.000 0.016
#> SRR1322730 4 0.7257 0.5156 0.244 0.096 0.000 0.464 0.016 0.180
#> SRR811029 1 0.3610 0.6002 0.824 0.088 0.000 0.052 0.000 0.036
#> SRR1390456 3 0.3852 0.6823 0.000 0.000 0.804 0.040 0.108 0.048
#> SRR1381140 6 0.4778 0.3972 0.464 0.000 0.000 0.040 0.004 0.492
#> SRR1388064 2 0.3658 0.6709 0.000 0.800 0.000 0.144 0.020 0.036
#> SRR1093577 1 0.5526 0.1719 0.552 0.104 0.000 0.332 0.008 0.004
#> SRR1414161 1 0.4550 0.3806 0.676 0.240 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.3550 0.5053 0.752 0.004 0.000 0.232 0.008 0.004
#> SRR1311752 2 0.0551 0.7596 0.008 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1445960 2 0.5389 -0.0557 0.444 0.456 0.000 0.096 0.000 0.004
#> SRR1403412 1 0.2579 0.6067 0.884 0.008 0.000 0.048 0.000 0.060
#> SRR2166748 6 0.5776 0.1241 0.052 0.000 0.024 0.024 0.364 0.536
#> SRR821666 2 0.3371 0.6898 0.000 0.828 0.000 0.116 0.020 0.036
#> SRR1330746 3 0.5799 0.5243 0.000 0.000 0.536 0.060 0.344 0.060
#> SRR1327872 4 0.7403 0.4587 0.176 0.252 0.000 0.448 0.020 0.104
#> SRR1100800 1 0.3833 0.5484 0.764 0.012 0.000 0.200 0.012 0.012
#> SRR1075174 1 0.4537 -0.3718 0.488 0.000 0.000 0.024 0.004 0.484
#> SRR1434436 1 0.2432 0.5949 0.892 0.016 0.000 0.020 0.000 0.072
#> SRR1389409 2 0.3620 0.6718 0.000 0.804 0.000 0.140 0.020 0.036
#> SRR1085310 1 0.4930 -0.3662 0.480 0.004 0.000 0.024 0.016 0.476
#> SRR1376718 2 0.3620 0.6718 0.000 0.804 0.000 0.140 0.020 0.036
#> SRR808590 2 0.3658 0.6709 0.000 0.800 0.000 0.144 0.020 0.036
#> SRR1084128 2 0.1088 0.7554 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1361692 4 0.6204 0.4237 0.364 0.164 0.000 0.452 0.016 0.004
#> SRR1431493 5 0.5931 0.3927 0.080 0.000 0.008 0.048 0.576 0.288
#> SRR1409084 6 0.5003 0.5332 0.252 0.000 0.000 0.044 0.044 0.660
#> SRR2166214 6 0.6121 0.3636 0.116 0.000 0.000 0.120 0.156 0.608
#> SRR1324102 2 0.2279 0.7272 0.048 0.900 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR1079754 2 0.0891 0.7580 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR1442127 5 0.3277 0.5778 0.004 0.000 0.028 0.012 0.832 0.124
#> SRR1076244 4 0.6627 0.2955 0.364 0.008 0.000 0.384 0.020 0.224
#> SRR1330901 2 0.3214 0.6686 0.080 0.836 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1073167 2 0.1116 0.7554 0.008 0.960 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1357541 4 0.5581 0.0836 0.424 0.000 0.000 0.460 0.108 0.008
#> SRR811607 1 0.3183 0.5747 0.828 0.040 0.000 0.128 0.000 0.004
#> SRR1468931 5 0.6675 -0.3596 0.000 0.000 0.376 0.060 0.404 0.160
#> SRR1474908 1 0.2488 0.5485 0.864 0.008 0.000 0.004 0.000 0.124
#> SRR1309875 1 0.6502 0.2185 0.512 0.284 0.000 0.092 0.000 0.112
#> SRR598792 3 0.1138 0.7203 0.000 0.000 0.960 0.012 0.024 0.004
#> SRR1088537 2 0.2814 0.6985 0.052 0.864 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1457682 1 0.5182 -0.2487 0.484 0.024 0.000 0.040 0.000 0.452
#> SRR1454289 2 0.5605 0.3105 0.212 0.600 0.000 0.172 0.000 0.016
#> SRR1069352 5 0.3433 0.5741 0.004 0.000 0.040 0.024 0.836 0.096
#> SRR1472728 2 0.4727 0.4387 0.224 0.676 0.000 0.096 0.000 0.004
#> SRR1091144 4 0.5126 0.5920 0.068 0.172 0.000 0.708 0.020 0.032
#> SRR1319118 1 0.4889 0.4340 0.684 0.000 0.000 0.056 0.036 0.224
#> SRR1403611 3 0.7373 -0.2592 0.016 0.000 0.328 0.060 0.316 0.280
#> SRR1397762 6 0.4820 0.4710 0.408 0.008 0.000 0.012 0.020 0.552
#> SRR1317387 5 0.5320 0.3907 0.008 0.000 0.016 0.064 0.596 0.316
#> SRR1376426 2 0.0000 0.7613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.3559 0.4972 0.800 0.000 0.000 0.036 0.012 0.152
#> SRR1365743 3 0.1364 0.7167 0.000 0.000 0.952 0.012 0.016 0.020
#> SRR1458992 1 0.5103 0.2922 0.612 0.280 0.000 0.104 0.000 0.004
#> SRR1089537 4 0.5484 0.5568 0.092 0.052 0.000 0.708 0.036 0.112
#> SRR1397744 1 0.3846 0.5037 0.776 0.004 0.000 0.040 0.008 0.172
#> SRR1453893 2 0.4200 0.6201 0.000 0.744 0.000 0.192 0.020 0.044
#> SRR1098543 1 0.2302 0.5480 0.872 0.008 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1321765 4 0.6028 0.5719 0.152 0.120 0.000 0.628 0.096 0.004
#> SRR1440032 4 0.6087 0.3699 0.376 0.020 0.000 0.484 0.012 0.108
#> SRR1404507 2 0.5409 0.3379 0.004 0.572 0.000 0.336 0.020 0.068
#> SRR1404856 4 0.5349 0.5983 0.100 0.192 0.000 0.668 0.036 0.004
#> SRR812745 6 0.4608 0.4390 0.432 0.008 0.000 0.012 0.008 0.540
#> SRR1417524 5 0.6121 -0.2753 0.000 0.000 0.364 0.052 0.488 0.096
#> SRR1407334 2 0.4350 0.6021 0.000 0.728 0.000 0.204 0.020 0.048
#> SRR1453991 1 0.3717 0.5309 0.768 0.012 0.000 0.200 0.004 0.016
#> SRR1415938 6 0.4612 0.4460 0.424 0.000 0.000 0.020 0.012 0.544
#> SRR1081259 1 0.4167 0.5511 0.772 0.056 0.000 0.140 0.000 0.032
#> SRR1436187 2 0.3696 0.6673 0.000 0.796 0.000 0.148 0.020 0.036
#> SRR1431948 3 0.0862 0.7240 0.000 0.000 0.972 0.008 0.016 0.004
#> SRR1453277 1 0.3728 0.5714 0.800 0.056 0.000 0.132 0.004 0.008
#> SRR1095407 4 0.5849 0.5711 0.100 0.172 0.000 0.632 0.096 0.000
#> SRR1359694 2 0.3213 0.6745 0.076 0.836 0.000 0.084 0.000 0.004
#> SRR656982 4 0.6503 0.2384 0.372 0.020 0.000 0.472 0.060 0.076
#> SRR1354338 2 0.5483 0.0217 0.088 0.488 0.000 0.412 0.000 0.012
#> SRR1088291 1 0.4490 0.4891 0.696 0.008 0.000 0.252 0.016 0.028
#> SRR1080624 1 0.6169 -0.1750 0.400 0.336 0.000 0.260 0.000 0.004
#> SRR2166708 3 0.5799 0.5243 0.000 0.000 0.536 0.060 0.344 0.060
#> SRR1393572 1 0.3546 0.5693 0.808 0.056 0.000 0.128 0.000 0.008
#> SRR1429912 1 0.6083 0.3042 0.576 0.244 0.000 0.112 0.000 0.068
#> SRR1421048 2 0.3992 0.5634 0.072 0.748 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1434999 5 0.2865 0.4850 0.000 0.000 0.080 0.020 0.868 0.032
#> SRR656457 5 0.3130 0.5018 0.008 0.000 0.004 0.176 0.808 0.004
#> SRR1098928 3 0.1552 0.7273 0.000 0.000 0.940 0.020 0.036 0.004
#> SRR1343967 2 0.0551 0.7596 0.008 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1360766 1 0.4402 0.5202 0.744 0.000 0.000 0.068 0.024 0.164
#> SRR1464724 4 0.7368 0.2047 0.076 0.348 0.000 0.392 0.028 0.156
#> SRR1101542 2 0.4560 0.5587 0.000 0.696 0.000 0.236 0.020 0.048
#> SRR1401528 6 0.5444 0.1523 0.052 0.000 0.376 0.000 0.036 0.536
#> SRR1071519 3 0.1448 0.7269 0.000 0.000 0.948 0.016 0.024 0.012
#> SRR1086070 6 0.4395 0.4505 0.396 0.000 0.000 0.016 0.008 0.580
#> SRR1358645 1 0.6332 0.2712 0.556 0.228 0.000 0.140 0.000 0.076
#> SRR819771 5 0.4654 0.5105 0.004 0.000 0.172 0.012 0.720 0.092
#> SRR1418433 6 0.6160 0.3378 0.092 0.000 0.020 0.092 0.164 0.632
#> SRR821050 1 0.3605 0.5963 0.804 0.000 0.000 0.108 0.004 0.084
#> SRR1402091 1 0.6418 0.0287 0.440 0.384 0.000 0.064 0.000 0.112
#> SRR1322028 2 0.2651 0.7068 0.088 0.872 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1452556 2 0.4288 0.6083 0.000 0.732 0.000 0.204 0.020 0.044
#> SRR1340047 1 0.2386 0.6003 0.896 0.012 0.000 0.028 0.000 0.064
#> SRR1418302 1 0.6437 0.3233 0.560 0.204 0.000 0.120 0.000 0.116
#> SRR1073991 1 0.3714 0.5248 0.804 0.000 0.000 0.044 0.024 0.128
#> SRR1085187 2 0.4806 0.4484 0.000 0.620 0.000 0.324 0.032 0.024
#> SRR1357618 5 0.4084 0.4724 0.024 0.000 0.000 0.252 0.712 0.012
#> SRR1487764 5 0.5199 0.3642 0.008 0.000 0.012 0.060 0.600 0.320
#> SRR1075336 1 0.3369 0.5953 0.832 0.000 0.000 0.072 0.012 0.084
#> SRR1365471 2 0.0000 0.7613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.3172 0.6473 0.148 0.816 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR658719 6 0.6356 0.3817 0.192 0.000 0.208 0.008 0.040 0.552
#> SRR1475128 3 0.5799 0.5243 0.000 0.000 0.536 0.060 0.344 0.060
#> SRR1367630 4 0.7222 0.5626 0.196 0.196 0.000 0.480 0.012 0.116
#> SRR1481146 4 0.6697 0.5341 0.148 0.236 0.000 0.536 0.016 0.064
#> SRR1465674 4 0.5874 0.5682 0.136 0.128 0.000 0.636 0.100 0.000
#> SRR1327303 1 0.4392 0.4785 0.736 0.000 0.004 0.036 0.028 0.196
#> SRR1390391 1 0.2400 0.5455 0.872 0.008 0.000 0.004 0.000 0.116
#> SRR1326020 1 0.3854 0.5017 0.768 0.000 0.000 0.032 0.016 0.184
#> SRR1381953 1 0.5092 0.3430 0.652 0.000 0.008 0.024 0.052 0.264
#> SRR1082544 2 0.2886 0.6934 0.016 0.836 0.000 0.144 0.000 0.004
#> SRR810761 5 0.6966 -0.1049 0.356 0.000 0.000 0.076 0.376 0.192
#> SRR1070764 3 0.1251 0.7185 0.000 0.000 0.956 0.008 0.024 0.012
#> SRR1415919 3 0.0862 0.7240 0.000 0.000 0.972 0.008 0.016 0.004
#> SRR1490404 2 0.0000 0.7613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 4 0.5523 0.5374 0.076 0.248 0.000 0.624 0.052 0.000
#> SRR1377492 4 0.7044 0.2772 0.300 0.000 0.000 0.372 0.068 0.260
#> SRR1334314 1 0.4657 0.5506 0.736 0.036 0.000 0.140 0.000 0.088
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.877 0.929 0.969 0.4864 0.510 0.510
#> 3 3 0.594 0.733 0.859 0.2974 0.804 0.632
#> 4 4 0.609 0.375 0.637 0.1405 0.858 0.636
#> 5 5 0.618 0.442 0.679 0.0703 0.792 0.425
#> 6 6 0.669 0.627 0.778 0.0442 0.903 0.632
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.722 0.770 0.800 0.200
#> SRR1374739 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.311 0.907 0.944 0.056
#> SRR2167209 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR816541 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1381505 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1341626 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1455783 2 0.689 0.756 0.184 0.816
#> SRR1447760 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1078066 2 0.722 0.743 0.200 0.800
#> SRR1120363 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR821231 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.714 0.773 0.804 0.196
#> SRR1072007 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1468787 2 0.697 0.761 0.188 0.812
#> SRR1347959 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.802 0.710 0.756 0.244
#> SRR1394275 1 0.985 0.324 0.572 0.428
#> SRR1443633 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR657077 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1353461 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1073021 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1322816 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1464226 1 0.722 0.768 0.800 0.200
#> SRR1398863 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1307808 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1076868 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.689 0.767 0.184 0.816
#> SRR1445939 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1435857 2 0.443 0.884 0.092 0.908
#> SRR1480347 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1322730 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1093577 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1414161 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1328738 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1311752 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1100800 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1075174 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1434436 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1389409 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1361692 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1431493 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1076244 1 0.998 0.121 0.524 0.476
#> SRR1330901 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.904 0.569 0.680 0.320
#> SRR811607 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1468931 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.949 0.365 0.368 0.632
#> SRR1309875 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1457682 1 0.971 0.401 0.600 0.400
#> SRR1454289 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1069352 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1319118 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.680 0.791 0.820 0.180
#> SRR1317387 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1089537 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1397744 1 0.781 0.727 0.768 0.232
#> SRR1453893 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.722 0.768 0.800 0.200
#> SRR1321765 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1440032 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1404507 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR812745 1 0.722 0.768 0.800 0.200
#> SRR1417524 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1453991 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1415938 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1436187 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1095407 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1359694 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR656982 2 0.730 0.737 0.204 0.796
#> SRR1354338 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1088291 2 0.358 0.913 0.068 0.932
#> SRR1080624 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2166708 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1429912 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1360766 1 0.358 0.895 0.932 0.068
#> SRR1464724 2 0.141 0.963 0.020 0.980
#> SRR1101542 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1418433 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR821050 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.141 0.963 0.020 0.980
#> SRR1322028 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.141 0.964 0.020 0.980
#> SRR1418302 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1073991 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1357618 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1075336 2 0.961 0.370 0.384 0.616
#> SRR1365471 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR658719 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1475128 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1481146 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1465674 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1327303 1 0.738 0.738 0.792 0.208
#> SRR1390391 1 0.781 0.727 0.768 0.232
#> SRR1326020 1 0.343 0.898 0.936 0.064
#> SRR1381953 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1416773 2 0.000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1377492 1 0.871 0.600 0.708 0.292
#> SRR1334314 2 0.000 0.982 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.2165 0.8630 0.064 0.000 0.936
#> SRR1074385 1 0.3213 0.6542 0.900 0.008 0.092
#> SRR1374739 3 0.0237 0.9026 0.004 0.000 0.996
#> SRR1097883 1 0.4121 0.5692 0.832 0.000 0.168
#> SRR2167209 2 0.1529 0.8169 0.040 0.960 0.000
#> SRR816541 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR663645 2 0.0237 0.8386 0.004 0.996 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1318503 2 0.4555 0.8363 0.200 0.800 0.000
#> SRR1341626 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 3 0.5254 0.6518 0.264 0.000 0.736
#> SRR1082080 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1455783 1 0.3213 0.6749 0.900 0.092 0.008
#> SRR1447760 2 0.0237 0.8384 0.004 0.996 0.000
#> SRR1487784 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1331037 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1095651 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078066 2 0.6349 0.5772 0.080 0.764 0.156
#> SRR1120363 1 0.5216 0.4825 0.740 0.260 0.000
#> SRR821231 3 0.0237 0.9026 0.004 0.000 0.996
#> SRR1374373 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1324519 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1431121 1 0.5785 0.4117 0.668 0.000 0.332
#> SRR1091032 2 0.5291 0.7562 0.268 0.732 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.0424 0.8997 0.008 0.000 0.992
#> SRR1310690 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.3038 0.8121 0.104 0.000 0.896
#> SRR1070403 3 0.0237 0.9026 0.004 0.000 0.996
#> SRR1390203 1 0.5881 0.5451 0.728 0.016 0.256
#> SRR1072007 2 0.0424 0.8364 0.008 0.992 0.000
#> SRR1468787 2 0.4786 0.6756 0.044 0.844 0.112
#> SRR1347959 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1338513 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR812598 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1446806 1 0.3832 0.6496 0.880 0.020 0.100
#> SRR1394275 1 0.0661 0.6714 0.988 0.004 0.008
#> SRR1443633 3 0.1643 0.8799 0.044 0.000 0.956
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1093340 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR665405 3 0.7784 0.1924 0.388 0.056 0.556
#> SRR657077 2 0.0424 0.8419 0.008 0.992 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1089688 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.2261 0.6816 0.932 0.068 0.000
#> SRR1073021 2 0.4291 0.8154 0.180 0.820 0.000
#> SRR1322816 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1457727 3 0.6244 0.2658 0.440 0.000 0.560
#> SRR1464226 1 0.9220 0.3467 0.468 0.156 0.376
#> SRR1398863 3 0.5016 0.6714 0.240 0.000 0.760
#> SRR1455631 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1307808 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1335984 1 0.6673 0.3176 0.636 0.344 0.020
#> SRR1445939 1 0.5835 0.4411 0.660 0.000 0.340
#> SRR1453047 2 0.6180 0.4504 0.416 0.584 0.000
#> SRR1339788 3 0.1753 0.8759 0.048 0.000 0.952
#> SRR1084323 3 0.0237 0.9014 0.004 0.000 0.996
#> SRR1092937 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074090 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1099833 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093434 3 0.0237 0.9026 0.004 0.000 0.996
#> SRR1435857 1 0.0747 0.6762 0.984 0.016 0.000
#> SRR1480347 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.5138 0.5202 0.748 0.252 0.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR811029 1 0.5948 0.3187 0.640 0.360 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.6295 0.1125 0.528 0.000 0.472
#> SRR1388064 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 2 0.5016 0.8153 0.240 0.760 0.000
#> SRR1414161 2 0.5760 0.6682 0.328 0.672 0.000
#> SRR1328738 1 0.5497 0.4146 0.708 0.292 0.000
#> SRR1311752 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1445960 2 0.4504 0.8389 0.196 0.804 0.000
#> SRR1403412 1 0.5733 0.4005 0.676 0.324 0.000
#> SRR2166748 3 0.3879 0.7568 0.152 0.000 0.848
#> SRR821666 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0237 0.9026 0.004 0.000 0.996
#> SRR1327872 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.4796 0.5418 0.780 0.220 0.000
#> SRR1075174 1 0.6295 0.1023 0.528 0.000 0.472
#> SRR1434436 1 0.1860 0.6832 0.948 0.052 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.6244 0.2206 0.560 0.000 0.440
#> SRR1376718 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1361692 2 0.1031 0.8296 0.024 0.976 0.000
#> SRR1431493 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409084 3 0.5835 0.4189 0.340 0.000 0.660
#> SRR2166214 3 0.7784 0.1924 0.388 0.056 0.556
#> SRR1324102 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1079754 2 0.4002 0.8494 0.160 0.840 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 3 0.6468 0.2047 0.004 0.444 0.552
#> SRR1330901 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1073167 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1357541 1 0.8614 0.4793 0.600 0.172 0.228
#> SRR811607 1 0.6307 -0.2412 0.512 0.488 0.000
#> SRR1468931 3 0.0237 0.9026 0.004 0.000 0.996
#> SRR1474908 1 0.1999 0.6798 0.952 0.036 0.012
#> SRR1309875 1 0.5882 0.3458 0.652 0.348 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1457682 1 0.5356 0.6123 0.784 0.020 0.196
#> SRR1454289 2 0.4399 0.8456 0.188 0.812 0.000
#> SRR1069352 3 0.0237 0.9026 0.004 0.000 0.996
#> SRR1472728 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1091144 2 0.0892 0.8298 0.020 0.980 0.000
#> SRR1319118 3 0.3686 0.7895 0.140 0.000 0.860
#> SRR1403611 3 0.0237 0.9014 0.004 0.000 0.996
#> SRR1397762 1 0.6750 0.4576 0.640 0.024 0.336
#> SRR1317387 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1097777 3 0.5810 0.5086 0.336 0.000 0.664
#> SRR1365743 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458992 2 0.4504 0.8389 0.196 0.804 0.000
#> SRR1089537 2 0.1636 0.8197 0.020 0.964 0.016
#> SRR1397744 1 0.4291 0.6101 0.820 0.000 0.180
#> SRR1453893 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.5092 0.6237 0.804 0.020 0.176
#> SRR1321765 2 0.1860 0.8092 0.052 0.948 0.000
#> SRR1440032 2 0.3267 0.7382 0.116 0.884 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 2 0.1411 0.8198 0.036 0.964 0.000
#> SRR812745 1 0.6726 0.4632 0.644 0.024 0.332
#> SRR1417524 3 0.0237 0.9026 0.004 0.000 0.996
#> SRR1407334 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.1163 0.6803 0.972 0.028 0.000
#> SRR1415938 1 0.6154 0.2906 0.592 0.000 0.408
#> SRR1081259 2 0.5291 0.7634 0.268 0.732 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 2 0.6260 0.4122 0.448 0.552 0.000
#> SRR1095407 2 0.1529 0.8169 0.040 0.960 0.000
#> SRR1359694 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR656982 2 0.6148 0.4951 0.028 0.728 0.244
#> SRR1354338 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088291 1 0.4702 0.5610 0.788 0.212 0.000
#> SRR1080624 2 0.4555 0.8420 0.200 0.800 0.000
#> SRR2166708 3 0.0237 0.9026 0.004 0.000 0.996
#> SRR1393572 2 0.5621 0.7064 0.308 0.692 0.000
#> SRR1429912 1 0.6295 -0.0874 0.528 0.472 0.000
#> SRR1421048 2 0.4399 0.8468 0.188 0.812 0.000
#> SRR1434999 3 0.0237 0.9026 0.004 0.000 0.996
#> SRR656457 3 0.1163 0.8895 0.028 0.000 0.972
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1360766 3 0.5216 0.6411 0.260 0.000 0.740
#> SRR1464724 2 0.0747 0.8306 0.000 0.984 0.016
#> SRR1101542 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 3 0.1163 0.8878 0.028 0.000 0.972
#> SRR1358645 1 0.6302 -0.1299 0.520 0.480 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 3 0.3551 0.7809 0.132 0.000 0.868
#> SRR821050 1 0.4346 0.5405 0.816 0.000 0.184
#> SRR1402091 2 0.5061 0.8253 0.208 0.784 0.008
#> SRR1322028 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.6284 0.4297 0.680 0.304 0.016
#> SRR1418302 1 0.5810 0.3740 0.664 0.336 0.000
#> SRR1073991 1 0.6192 0.1491 0.580 0.000 0.420
#> SRR1085187 2 0.0747 0.8321 0.016 0.984 0.000
#> SRR1357618 3 0.1860 0.8742 0.052 0.000 0.948
#> SRR1487764 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075336 1 0.6239 0.6153 0.768 0.160 0.072
#> SRR1365471 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1414613 2 0.4452 0.8420 0.192 0.808 0.000
#> SRR658719 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475128 3 0.0237 0.9026 0.004 0.000 0.996
#> SRR1367630 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481146 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465674 2 0.1643 0.8144 0.044 0.956 0.000
#> SRR1327303 3 0.5881 0.6158 0.256 0.016 0.728
#> SRR1390391 1 0.3637 0.6609 0.892 0.024 0.084
#> SRR1326020 3 0.5420 0.6557 0.240 0.008 0.752
#> SRR1381953 3 0.1163 0.8893 0.028 0.000 0.972
#> SRR1082544 2 0.0237 0.8411 0.004 0.996 0.000
#> SRR810761 3 0.0424 0.9010 0.008 0.000 0.992
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9033 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 2 0.4346 0.8480 0.184 0.816 0.000
#> SRR1416773 2 0.1411 0.8198 0.036 0.964 0.000
#> SRR1377492 3 0.5692 0.5236 0.008 0.268 0.724
#> SRR1334314 1 0.4575 0.6062 0.812 0.184 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.3958 0.759826 0.160 0.000 0.816 0.024
#> SRR1074385 1 0.7293 0.301473 0.524 0.008 0.132 0.336
#> SRR1374739 3 0.1824 0.849805 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1097883 1 0.5417 0.505889 0.676 0.000 0.040 0.284
#> SRR2167209 2 0.5808 0.160899 0.032 0.544 0.000 0.424
#> SRR816541 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR663645 2 0.0657 0.434635 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1381505 2 0.0469 0.441680 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1416362 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1318503 4 0.5407 0.118538 0.012 0.484 0.000 0.504
#> SRR1341626 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1382440 3 0.0921 0.861998 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1088413 4 0.7866 -0.326181 0.328 0.000 0.284 0.388
#> SRR1082080 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1455783 1 0.7467 -0.132659 0.468 0.156 0.004 0.372
#> SRR1447760 2 0.1489 0.429867 0.004 0.952 0.000 0.044
#> SRR1487784 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1331037 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1095651 3 0.1118 0.851326 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1078066 4 0.7997 -0.074403 0.160 0.360 0.024 0.456
#> SRR1120363 4 0.4820 0.037963 0.296 0.012 0.000 0.692
#> SRR821231 3 0.1824 0.849805 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1374373 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1324519 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1431121 1 0.4328 0.633031 0.748 0.000 0.244 0.008
#> SRR1091032 4 0.5600 0.158436 0.020 0.468 0.000 0.512
#> SRR1365575 2 0.0469 0.441680 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1072972 3 0.1792 0.828370 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1310690 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1383037 3 0.0188 0.861240 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1095479 3 0.4406 0.419749 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1070403 3 0.1824 0.849805 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1390203 1 0.4842 0.672692 0.760 0.000 0.192 0.048
#> SRR1072007 2 0.1576 0.422905 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR1468787 2 0.6265 0.123999 0.056 0.500 0.000 0.444
#> SRR1347959 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1338513 3 0.0000 0.861590 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1446806 1 0.4700 0.634048 0.812 0.016 0.064 0.108
#> SRR1394275 1 0.2888 0.601328 0.872 0.004 0.000 0.124
#> SRR1443633 3 0.3587 0.801803 0.104 0.000 0.856 0.040
#> SRR1087728 3 0.0469 0.860201 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1098192 4 0.5935 0.148362 0.036 0.468 0.000 0.496
#> SRR1093340 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR665405 1 0.6969 0.508974 0.564 0.064 0.344 0.028
#> SRR657077 2 0.3074 0.320039 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR813208 3 0.0188 0.861240 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1416074 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1089688 2 0.0000 0.442232 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353461 3 0.0592 0.858482 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1466321 1 0.5471 0.484093 0.684 0.048 0.000 0.268
#> SRR1073021 4 0.5181 0.229235 0.100 0.128 0.004 0.768
#> SRR1322816 2 0.5000 -0.112498 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1457727 1 0.7269 -0.040367 0.456 0.000 0.396 0.148
#> SRR1464226 1 0.7091 0.568842 0.584 0.100 0.296 0.020
#> SRR1398863 3 0.5786 0.532154 0.308 0.000 0.640 0.052
#> SRR1455631 2 0.1792 0.409076 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1307808 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1374585 2 0.0592 0.439945 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1072104 2 0.0000 0.442232 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1335984 4 0.8144 0.327867 0.336 0.220 0.016 0.428
#> SRR1445939 1 0.4877 0.664525 0.752 0.000 0.204 0.044
#> SRR1453047 4 0.6315 0.219609 0.060 0.432 0.000 0.508
#> SRR1339788 3 0.3760 0.778659 0.136 0.000 0.836 0.028
#> SRR1084323 3 0.1792 0.829406 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1092937 3 0.0921 0.854321 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1074090 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1099833 3 0.0188 0.861240 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1093434 3 0.1824 0.849805 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1435857 1 0.4800 0.426756 0.656 0.004 0.000 0.340
#> SRR1480347 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1440787 2 0.0336 0.442180 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1430202 4 0.7567 0.371702 0.276 0.240 0.000 0.484
#> SRR1322730 2 0.0469 0.436499 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR811029 4 0.7890 0.326653 0.308 0.312 0.000 0.380
#> SRR1390456 3 0.0000 0.861590 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.4964 0.625583 0.724 0.000 0.244 0.032
#> SRR1388064 2 0.0188 0.442307 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1093577 4 0.3370 0.294415 0.048 0.080 0.000 0.872
#> SRR1414161 4 0.6367 0.280156 0.068 0.392 0.000 0.540
#> SRR1328738 4 0.3501 0.243759 0.132 0.020 0.000 0.848
#> SRR1311752 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1445960 4 0.4996 0.122668 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1403412 4 0.7832 0.341755 0.344 0.264 0.000 0.392
#> SRR2166748 3 0.4776 0.207117 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR821666 2 0.2345 0.378790 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1330746 3 0.1824 0.849805 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1327872 2 0.0000 0.442232 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100800 4 0.3873 0.141612 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1075174 1 0.5463 0.610869 0.692 0.000 0.256 0.052
#> SRR1434436 1 0.5814 0.353722 0.644 0.056 0.000 0.300
#> SRR1389409 2 0.0469 0.441680 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1085310 1 0.5189 0.508907 0.616 0.000 0.372 0.012
#> SRR1376718 2 0.0469 0.441680 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR808590 2 0.0469 0.441680 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1084128 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1361692 2 0.5558 0.204750 0.028 0.608 0.000 0.364
#> SRR1431493 3 0.0188 0.862020 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1409084 1 0.4916 0.392441 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR2166214 1 0.6969 0.508974 0.564 0.064 0.344 0.028
#> SRR1324102 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1079754 2 0.4994 -0.097110 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1442127 3 0.0336 0.861913 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1076244 2 0.6472 0.152206 0.056 0.664 0.244 0.036
#> SRR1330901 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1073167 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1357541 4 0.8465 -0.283345 0.328 0.060 0.148 0.464
#> SRR811607 4 0.6654 0.350693 0.116 0.296 0.000 0.588
#> SRR1468931 3 0.1824 0.849805 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1474908 1 0.3926 0.581960 0.820 0.016 0.004 0.160
#> SRR1309875 1 0.7520 -0.058422 0.456 0.192 0.000 0.352
#> SRR598792 3 0.0921 0.854795 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1088537 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1457682 1 0.5591 0.674973 0.732 0.004 0.168 0.096
#> SRR1454289 4 0.5607 0.115845 0.020 0.484 0.000 0.496
#> SRR1069352 3 0.1978 0.849112 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1472728 4 0.5409 0.097707 0.012 0.492 0.000 0.496
#> SRR1091144 2 0.4889 0.209512 0.004 0.636 0.000 0.360
#> SRR1319118 3 0.4755 0.700508 0.200 0.000 0.760 0.040
#> SRR1403611 3 0.1474 0.840811 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1397762 1 0.5767 0.620239 0.660 0.000 0.280 0.060
#> SRR1317387 3 0.0592 0.860310 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1376426 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1097777 1 0.6557 -0.145348 0.476 0.000 0.448 0.076
#> SRR1365743 3 0.1118 0.850030 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1458992 4 0.5277 0.174522 0.008 0.460 0.000 0.532
#> SRR1089537 2 0.5060 0.176921 0.000 0.584 0.004 0.412
#> SRR1397744 1 0.4937 0.669732 0.764 0.000 0.172 0.064
#> SRR1453893 2 0.0188 0.442307 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1098543 1 0.5495 0.674141 0.728 0.000 0.176 0.096
#> SRR1321765 2 0.6506 0.113897 0.072 0.472 0.000 0.456
#> SRR1440032 2 0.6160 0.188784 0.072 0.612 0.000 0.316
#> SRR1404507 2 0.0000 0.442232 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404856 2 0.5535 0.167338 0.020 0.560 0.000 0.420
#> SRR812745 1 0.5520 0.649357 0.696 0.000 0.244 0.060
#> SRR1417524 3 0.1824 0.849805 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1407334 2 0.0000 0.442232 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 4 0.5080 -0.177193 0.420 0.004 0.000 0.576
#> SRR1415938 1 0.4250 0.612902 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1081259 4 0.6523 0.309786 0.088 0.348 0.000 0.564
#> SRR1436187 2 0.0336 0.442180 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1431948 3 0.0921 0.854795 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1453277 4 0.6570 0.370942 0.164 0.204 0.000 0.632
#> SRR1095407 2 0.5808 0.160899 0.032 0.544 0.000 0.424
#> SRR1359694 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR656982 2 0.8552 -0.007612 0.052 0.420 0.168 0.360
#> SRR1354338 2 0.1211 0.435007 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1088291 4 0.4401 0.000241 0.272 0.004 0.000 0.724
#> SRR1080624 4 0.5024 0.256466 0.008 0.360 0.000 0.632
#> SRR2166708 3 0.1824 0.849805 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1393572 4 0.6376 0.220995 0.064 0.432 0.000 0.504
#> SRR1429912 4 0.7544 0.300067 0.196 0.352 0.000 0.452
#> SRR1421048 4 0.5163 0.115097 0.004 0.480 0.000 0.516
#> SRR1434999 3 0.1902 0.849832 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR656457 3 0.5857 0.620389 0.108 0.000 0.696 0.196
#> SRR1098928 3 0.0188 0.861240 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1343967 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1360766 3 0.7073 0.435275 0.256 0.000 0.564 0.180
#> SRR1464724 2 0.1362 0.422676 0.020 0.964 0.012 0.004
#> SRR1101542 2 0.0000 0.442232 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.0469 0.859769 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1071519 3 0.0188 0.861240 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1086070 3 0.2647 0.780670 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1358645 4 0.7469 0.285979 0.180 0.368 0.000 0.452
#> SRR819771 3 0.0592 0.860310 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1418433 3 0.4746 0.232792 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR821050 1 0.3356 0.577024 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1402091 4 0.6580 0.232373 0.040 0.424 0.020 0.516
#> SRR1322028 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1452556 2 0.0188 0.442307 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1340047 4 0.7721 0.370508 0.268 0.244 0.004 0.484
#> SRR1418302 1 0.7293 0.052017 0.496 0.164 0.000 0.340
#> SRR1073991 1 0.7494 0.153419 0.484 0.000 0.312 0.204
#> SRR1085187 2 0.5007 0.215089 0.008 0.636 0.000 0.356
#> SRR1357618 3 0.7115 0.201197 0.128 0.000 0.452 0.420
#> SRR1487764 3 0.0592 0.860310 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1075336 4 0.5447 -0.235874 0.460 0.004 0.008 0.528
#> SRR1365471 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1414613 4 0.4998 0.112365 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR658719 3 0.0707 0.856961 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1475128 3 0.1824 0.849805 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1367630 2 0.0000 0.442232 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481146 2 0.2469 0.376552 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1465674 2 0.6120 0.143697 0.048 0.520 0.000 0.432
#> SRR1327303 3 0.7112 0.510012 0.228 0.028 0.624 0.120
#> SRR1390391 1 0.4963 0.628857 0.788 0.012 0.064 0.136
#> SRR1326020 3 0.6673 0.552246 0.236 0.020 0.648 0.096
#> SRR1381953 3 0.3335 0.794609 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR1082544 2 0.2011 0.396703 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR810761 3 0.2861 0.841398 0.096 0.000 0.888 0.016
#> SRR1070764 3 0.0921 0.854795 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1415919 3 0.0921 0.854795 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1490404 2 0.5000 -0.099302 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1416773 2 0.5724 0.166294 0.028 0.548 0.000 0.424
#> SRR1377492 3 0.6581 0.427681 0.036 0.312 0.612 0.040
#> SRR1334314 1 0.6670 0.271093 0.540 0.080 0.004 0.376
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.5208 5.30e-01 0.328 0.000 0.624 0.020 0.028
#> SRR1074385 1 0.6203 5.01e-01 0.676 0.132 0.060 0.124 0.008
#> SRR1374739 3 0.3516 7.50e-01 0.164 0.000 0.812 0.020 0.004
#> SRR1097883 5 0.5741 2.94e-01 0.072 0.000 0.008 0.368 0.552
#> SRR2167209 5 0.1485 6.33e-01 0.000 0.032 0.000 0.020 0.948
#> SRR816541 2 0.0162 7.09e-01 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663645 4 0.6855 1.69e-01 0.000 0.296 0.004 0.420 0.280
#> SRR1381505 2 0.6724 -5.15e-02 0.000 0.392 0.000 0.356 0.252
#> SRR1416362 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.1116 6.97e-01 0.004 0.964 0.000 0.028 0.004
#> SRR1341626 2 0.0162 7.09e-01 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382440 3 0.2420 7.96e-01 0.016 0.000 0.912 0.036 0.036
#> SRR1088413 1 0.6178 -6.24e-03 0.516 0.000 0.076 0.024 0.384
#> SRR1082080 2 0.0451 7.07e-01 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1455783 2 0.6524 -1.31e-01 0.200 0.444 0.000 0.356 0.000
#> SRR1447760 2 0.6673 2.51e-02 0.000 0.424 0.000 0.244 0.332
#> SRR1487784 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.2757 7.64e-01 0.032 0.000 0.888 0.072 0.008
#> SRR1078066 5 0.3056 5.85e-01 0.112 0.000 0.008 0.020 0.860
#> SRR1120363 5 0.6847 4.21e-01 0.060 0.184 0.000 0.176 0.580
#> SRR821231 3 0.3340 7.59e-01 0.156 0.000 0.824 0.016 0.004
#> SRR1374373 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0162 7.09e-01 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431121 4 0.7612 -1.17e-01 0.220 0.000 0.260 0.452 0.068
#> SRR1091032 2 0.2136 6.55e-01 0.008 0.904 0.000 0.088 0.000
#> SRR1365575 2 0.6734 -5.82e-02 0.000 0.388 0.000 0.356 0.256
#> SRR1072972 3 0.2677 7.78e-01 0.112 0.000 0.872 0.016 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0451 8.07e-01 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1095479 3 0.5455 5.29e-01 0.108 0.000 0.688 0.188 0.016
#> SRR1070403 3 0.3516 7.50e-01 0.164 0.000 0.812 0.020 0.004
#> SRR1390203 4 0.6685 -1.16e-01 0.284 0.024 0.160 0.532 0.000
#> SRR1072007 4 0.7270 9.95e-02 0.020 0.336 0.000 0.360 0.284
#> SRR1468787 5 0.1731 6.27e-01 0.040 0.012 0.008 0.000 0.940
#> SRR1347959 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338513 3 0.1549 8.07e-01 0.040 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR812598 2 0.0162 7.09e-01 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446806 1 0.5033 5.08e-01 0.724 0.032 0.036 0.204 0.004
#> SRR1394275 1 0.4952 4.83e-01 0.672 0.052 0.000 0.272 0.004
#> SRR1443633 3 0.5602 6.60e-01 0.120 0.000 0.704 0.040 0.136
#> SRR1087728 3 0.1503 7.98e-01 0.008 0.000 0.952 0.020 0.020
#> SRR1098192 2 0.2251 6.70e-01 0.024 0.916 0.000 0.052 0.008
#> SRR1093340 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 4 0.7271 -2.28e-02 0.192 0.000 0.364 0.408 0.036
#> SRR657077 2 0.6202 1.41e-01 0.000 0.496 0.000 0.356 0.148
#> SRR813208 3 0.0566 8.07e-01 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.6874 1.61e-01 0.004 0.296 0.000 0.412 0.288
#> SRR1353461 3 0.1628 8.02e-01 0.056 0.000 0.936 0.008 0.000
#> SRR1466321 4 0.6850 -1.72e-01 0.276 0.236 0.000 0.476 0.012
#> SRR1073021 5 0.5075 5.29e-01 0.092 0.172 0.004 0.008 0.724
#> SRR1322816 2 0.0898 7.01e-01 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000
#> SRR1457727 1 0.5224 4.45e-01 0.740 0.000 0.104 0.044 0.112
#> SRR1464226 4 0.6427 8.15e-03 0.164 0.004 0.292 0.536 0.004
#> SRR1398863 1 0.4822 2.50e-01 0.616 0.000 0.352 0.032 0.000
#> SRR1455631 4 0.6779 1.69e-01 0.000 0.288 0.000 0.388 0.324
#> SRR1307808 2 0.0162 7.09e-01 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374585 2 0.6709 -3.86e-02 0.000 0.400 0.000 0.352 0.248
#> SRR1072104 4 0.6772 1.20e-01 0.000 0.332 0.000 0.388 0.280
#> SRR1076868 2 0.0451 7.07e-01 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1335984 1 0.5633 4.18e-01 0.664 0.256 0.016 0.036 0.028
#> SRR1445939 1 0.6675 2.79e-01 0.512 0.012 0.204 0.272 0.000
#> SRR1453047 2 0.3282 5.59e-01 0.008 0.804 0.000 0.188 0.000
#> SRR1339788 3 0.5246 5.77e-01 0.288 0.000 0.652 0.020 0.040
#> SRR1084323 3 0.3086 7.49e-01 0.040 0.000 0.864 0.092 0.004
#> SRR1092937 3 0.2325 8.04e-01 0.068 0.000 0.904 0.028 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.0865 8.07e-01 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR1093434 3 0.3476 7.52e-01 0.160 0.000 0.816 0.020 0.004
#> SRR1435857 4 0.7281 -1.70e-01 0.224 0.196 0.000 0.516 0.064
#> SRR1480347 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.6734 -5.82e-02 0.000 0.388 0.000 0.356 0.256
#> SRR1430202 1 0.6324 2.77e-01 0.432 0.412 0.000 0.156 0.000
#> SRR1322730 4 0.6714 1.72e-01 0.000 0.296 0.000 0.424 0.280
#> SRR811029 1 0.5843 3.05e-01 0.508 0.404 0.000 0.084 0.004
#> SRR1390456 3 0.1041 8.09e-01 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1381140 1 0.5314 4.56e-01 0.672 0.000 0.192 0.136 0.000
#> SRR1388064 2 0.6764 -8.82e-02 0.000 0.372 0.000 0.360 0.268
#> SRR1093577 5 0.4403 4.12e-01 0.004 0.340 0.000 0.008 0.648
#> SRR1414161 2 0.2969 6.08e-01 0.128 0.852 0.000 0.020 0.000
#> SRR1328738 5 0.5704 4.73e-01 0.064 0.224 0.000 0.044 0.668
#> SRR1311752 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.1386 6.93e-01 0.016 0.952 0.000 0.032 0.000
#> SRR1403412 1 0.5434 3.79e-01 0.580 0.356 0.000 0.060 0.004
#> SRR2166748 3 0.5916 4.40e-01 0.124 0.000 0.632 0.228 0.016
#> SRR821666 2 0.6134 1.63e-01 0.000 0.516 0.000 0.340 0.144
#> SRR1330746 3 0.3516 7.50e-01 0.164 0.000 0.812 0.020 0.004
#> SRR1327872 4 0.6763 1.34e-01 0.000 0.324 0.000 0.396 0.280
#> SRR1100800 5 0.7041 3.83e-01 0.224 0.136 0.000 0.080 0.560
#> SRR1075174 1 0.5305 4.66e-01 0.680 0.000 0.204 0.112 0.004
#> SRR1434436 1 0.6790 3.04e-01 0.376 0.288 0.000 0.336 0.000
#> SRR1389409 2 0.6724 -5.15e-02 0.000 0.392 0.000 0.356 0.252
#> SRR1085310 3 0.6979 -1.57e-01 0.256 0.000 0.372 0.364 0.008
#> SRR1376718 2 0.6734 -5.82e-02 0.000 0.388 0.000 0.356 0.256
#> SRR808590 2 0.6734 -5.82e-02 0.000 0.388 0.000 0.356 0.256
#> SRR1084128 2 0.0162 7.09e-01 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1361692 5 0.4891 5.16e-01 0.008 0.208 0.000 0.068 0.716
#> SRR1431493 3 0.1041 8.09e-01 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1409084 4 0.6557 -3.38e-02 0.172 0.000 0.404 0.420 0.004
#> SRR2166214 4 0.7267 -2.24e-02 0.192 0.000 0.360 0.412 0.036
#> SRR1324102 2 0.0854 7.04e-01 0.004 0.976 0.000 0.012 0.008
#> SRR1079754 2 0.2193 6.49e-01 0.000 0.900 0.000 0.092 0.008
#> SRR1442127 3 0.1690 8.00e-01 0.008 0.000 0.944 0.024 0.024
#> SRR1076244 4 0.8214 8.77e-03 0.216 0.044 0.044 0.428 0.268
#> SRR1330901 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0740 7.05e-01 0.004 0.980 0.000 0.008 0.008
#> SRR1357541 5 0.5123 4.94e-01 0.188 0.012 0.028 0.040 0.732
#> SRR811607 2 0.5830 4.34e-01 0.112 0.700 0.000 0.084 0.104
#> SRR1468931 3 0.3594 7.45e-01 0.172 0.000 0.804 0.020 0.004
#> SRR1474908 1 0.4898 4.94e-01 0.684 0.068 0.000 0.248 0.000
#> SRR1309875 2 0.6055 -3.33e-03 0.120 0.472 0.000 0.408 0.000
#> SRR598792 3 0.1485 7.96e-01 0.020 0.000 0.948 0.032 0.000
#> SRR1088537 2 0.0693 7.05e-01 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1457682 4 0.7131 -7.82e-02 0.232 0.068 0.160 0.540 0.000
#> SRR1454289 2 0.2104 6.76e-01 0.024 0.924 0.000 0.044 0.008
#> SRR1069352 3 0.3702 7.79e-01 0.092 0.000 0.840 0.036 0.032
#> SRR1472728 2 0.1200 7.00e-01 0.012 0.964 0.000 0.016 0.008
#> SRR1091144 5 0.5309 2.17e-01 0.004 0.056 0.000 0.336 0.604
#> SRR1319118 3 0.5579 3.51e-01 0.408 0.000 0.536 0.020 0.036
#> SRR1403611 3 0.3049 7.55e-01 0.032 0.000 0.872 0.084 0.012
#> SRR1397762 4 0.7298 -2.74e-02 0.204 0.044 0.284 0.468 0.000
#> SRR1317387 3 0.1954 7.93e-01 0.008 0.000 0.932 0.028 0.032
#> SRR1376426 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.4160 4.85e-01 0.780 0.000 0.168 0.044 0.008
#> SRR1365743 3 0.1493 8.00e-01 0.028 0.000 0.948 0.024 0.000
#> SRR1458992 2 0.1907 6.79e-01 0.044 0.928 0.000 0.028 0.000
#> SRR1089537 5 0.4482 2.32e-01 0.000 0.012 0.000 0.376 0.612
#> SRR1397744 1 0.7473 3.74e-01 0.496 0.004 0.132 0.284 0.084
#> SRR1453893 2 0.6779 -1.03e-01 0.000 0.364 0.000 0.360 0.276
#> SRR1098543 4 0.7239 -1.49e-01 0.300 0.064 0.144 0.492 0.000
#> SRR1321765 5 0.2217 6.37e-01 0.024 0.044 0.000 0.012 0.920
#> SRR1440032 4 0.7460 -8.76e-02 0.124 0.084 0.000 0.396 0.396
#> SRR1404507 2 0.6779 -1.03e-01 0.000 0.364 0.000 0.360 0.276
#> SRR1404856 5 0.2761 5.63e-01 0.000 0.024 0.000 0.104 0.872
#> SRR812745 4 0.7349 -6.25e-02 0.260 0.036 0.264 0.440 0.000
#> SRR1417524 3 0.3476 7.52e-01 0.160 0.000 0.816 0.020 0.004
#> SRR1407334 2 0.6779 -1.03e-01 0.000 0.364 0.000 0.360 0.276
#> SRR1453991 5 0.7902 2.62e-01 0.132 0.188 0.000 0.220 0.460
#> SRR1415938 4 0.6758 -9.48e-02 0.292 0.000 0.304 0.404 0.000
#> SRR1081259 2 0.4231 5.56e-01 0.132 0.792 0.000 0.064 0.012
#> SRR1436187 2 0.6754 -7.00e-02 0.000 0.380 0.000 0.356 0.264
#> SRR1431948 3 0.1485 7.96e-01 0.020 0.000 0.948 0.032 0.000
#> SRR1453277 2 0.6613 4.63e-02 0.316 0.532 0.000 0.032 0.120
#> SRR1095407 5 0.1485 6.33e-01 0.000 0.032 0.000 0.020 0.948
#> SRR1359694 2 0.0740 7.05e-01 0.004 0.980 0.000 0.008 0.008
#> SRR656982 5 0.6667 4.20e-01 0.148 0.020 0.160 0.040 0.632
#> SRR1354338 2 0.6722 8.84e-05 0.000 0.416 0.000 0.316 0.268
#> SRR1088291 5 0.6370 4.42e-01 0.236 0.100 0.000 0.052 0.612
#> SRR1080624 2 0.2865 6.15e-01 0.004 0.856 0.000 0.008 0.132
#> SRR2166708 3 0.3516 7.50e-01 0.164 0.000 0.812 0.020 0.004
#> SRR1393572 2 0.2362 6.61e-01 0.024 0.900 0.000 0.076 0.000
#> SRR1429912 2 0.4219 4.52e-01 0.024 0.716 0.000 0.260 0.000
#> SRR1421048 2 0.1270 6.89e-01 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1434999 3 0.3685 7.75e-01 0.112 0.000 0.832 0.040 0.016
#> SRR656457 3 0.6905 1.40e-01 0.128 0.000 0.436 0.036 0.400
#> SRR1098928 3 0.0566 8.07e-01 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.6063 2.75e-01 0.588 0.000 0.296 0.020 0.096
#> SRR1464724 4 0.7290 1.58e-01 0.008 0.292 0.012 0.408 0.280
#> SRR1101542 4 0.6791 6.60e-02 0.000 0.356 0.000 0.360 0.284
#> SRR1401528 3 0.1697 8.02e-01 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> SRR1071519 3 0.0451 8.07e-01 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1086070 3 0.3412 7.33e-01 0.152 0.000 0.820 0.028 0.000
#> SRR1358645 2 0.4892 3.77e-01 0.032 0.656 0.000 0.304 0.008
#> SRR819771 3 0.1772 7.95e-01 0.008 0.000 0.940 0.020 0.032
#> SRR1418433 3 0.5758 3.81e-01 0.132 0.000 0.600 0.268 0.000
#> SRR821050 5 0.6946 -4.61e-02 0.304 0.000 0.004 0.332 0.360
#> SRR1402091 2 0.4450 4.94e-01 0.188 0.756 0.044 0.012 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.6779 -1.03e-01 0.000 0.364 0.000 0.360 0.276
#> SRR1340047 2 0.6300 -2.86e-01 0.424 0.424 0.000 0.152 0.000
#> SRR1418302 4 0.6567 -6.28e-02 0.160 0.372 0.000 0.460 0.008
#> SRR1073991 1 0.5338 3.67e-01 0.704 0.000 0.056 0.040 0.200
#> SRR1085187 5 0.5137 3.74e-01 0.000 0.108 0.000 0.208 0.684
#> SRR1357618 5 0.5409 4.17e-01 0.124 0.000 0.152 0.020 0.704
#> SRR1487764 3 0.1772 7.95e-01 0.008 0.000 0.940 0.020 0.032
#> SRR1075336 1 0.5349 2.65e-01 0.660 0.024 0.004 0.036 0.276
#> SRR1365471 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0898 6.99e-01 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000
#> SRR658719 3 0.2130 7.96e-01 0.080 0.000 0.908 0.012 0.000
#> SRR1475128 3 0.3394 7.57e-01 0.152 0.000 0.824 0.020 0.004
#> SRR1367630 4 0.6763 1.34e-01 0.000 0.324 0.000 0.396 0.280
#> SRR1481146 4 0.6767 1.79e-01 0.000 0.276 0.000 0.388 0.336
#> SRR1465674 5 0.1310 6.35e-01 0.020 0.024 0.000 0.000 0.956
#> SRR1327303 1 0.5396 2.60e-01 0.620 0.024 0.328 0.008 0.020
#> SRR1390391 1 0.5529 4.85e-01 0.640 0.068 0.016 0.276 0.000
#> SRR1326020 1 0.5161 2.41e-01 0.624 0.012 0.336 0.008 0.020
#> SRR1381953 3 0.4609 6.41e-01 0.260 0.000 0.704 0.020 0.016
#> SRR1082544 2 0.5964 2.88e-01 0.000 0.588 0.000 0.232 0.180
#> SRR810761 3 0.5027 7.14e-01 0.072 0.000 0.756 0.052 0.120
#> SRR1070764 3 0.1485 7.96e-01 0.020 0.000 0.948 0.032 0.000
#> SRR1415919 3 0.1485 7.96e-01 0.020 0.000 0.948 0.032 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 7.10e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.2077 6.24e-01 0.000 0.040 0.000 0.040 0.920
#> SRR1377492 3 0.7941 2.21e-01 0.092 0.012 0.480 0.208 0.208
#> SRR1334314 4 0.7357 -8.13e-02 0.136 0.332 0.000 0.460 0.072
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.5186 0.349593 0.368 0.000 0.544 0.004 0.084 0.000
#> SRR1074385 1 0.4883 0.507183 0.748 0.036 0.032 0.008 0.032 0.144
#> SRR1374739 3 0.3017 0.719824 0.164 0.000 0.816 0.000 0.020 0.000
#> SRR1097883 5 0.4152 0.524211 0.028 0.000 0.000 0.008 0.696 0.268
#> SRR2167209 5 0.2398 0.713748 0.000 0.020 0.000 0.104 0.876 0.000
#> SRR816541 2 0.0405 0.878700 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR663645 4 0.2373 0.737238 0.000 0.104 0.000 0.880 0.008 0.008
#> SRR1381505 4 0.3984 0.662283 0.000 0.396 0.000 0.596 0.008 0.000
#> SRR1416362 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.1577 0.857697 0.000 0.940 0.000 0.008 0.016 0.036
#> SRR1341626 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.4179 0.751940 0.032 0.000 0.808 0.040 0.060 0.060
#> SRR1088413 1 0.5572 0.064124 0.500 0.000 0.084 0.008 0.400 0.008
#> SRR1082080 2 0.0603 0.875249 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1455783 6 0.6285 0.155875 0.148 0.360 0.000 0.016 0.012 0.464
#> SRR1447760 2 0.5726 -0.209379 0.000 0.496 0.000 0.316 0.188 0.000
#> SRR1487784 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.3621 0.729834 0.008 0.000 0.804 0.044 0.004 0.140
#> SRR1078066 5 0.0777 0.702768 0.004 0.000 0.000 0.024 0.972 0.000
#> SRR1120363 5 0.5392 0.618521 0.024 0.104 0.000 0.028 0.692 0.152
#> SRR821231 3 0.2945 0.727240 0.156 0.000 0.824 0.000 0.020 0.000
#> SRR1374373 2 0.0665 0.877730 0.008 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1324519 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1431121 6 0.5375 0.543666 0.052 0.000 0.140 0.028 0.072 0.708
#> SRR1091032 2 0.1605 0.857066 0.004 0.936 0.000 0.016 0.000 0.044
#> SRR1365575 4 0.3984 0.662283 0.000 0.396 0.000 0.596 0.008 0.000
#> SRR1072972 3 0.3961 0.710026 0.148 0.000 0.768 0.000 0.004 0.080
#> SRR1310690 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.1010 0.789686 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1095479 3 0.5185 0.390287 0.012 0.000 0.576 0.044 0.012 0.356
#> SRR1070403 3 0.3017 0.719824 0.164 0.000 0.816 0.000 0.020 0.000
#> SRR1390203 6 0.2475 0.578225 0.036 0.012 0.060 0.000 0.000 0.892
#> SRR1072007 4 0.4478 0.729206 0.024 0.296 0.000 0.660 0.020 0.000
#> SRR1468787 5 0.2001 0.711779 0.004 0.004 0.000 0.092 0.900 0.000
#> SRR1347959 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338513 3 0.1511 0.791009 0.032 0.000 0.944 0.012 0.000 0.012
#> SRR812598 2 0.0291 0.878935 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.4811 0.447526 0.668 0.004 0.012 0.032 0.012 0.272
#> SRR1394275 1 0.4769 0.304631 0.564 0.004 0.000 0.024 0.012 0.396
#> SRR1443633 3 0.6191 0.586848 0.116 0.000 0.600 0.028 0.220 0.036
#> SRR1087728 3 0.3557 0.758199 0.012 0.000 0.840 0.036 0.040 0.072
#> SRR1098192 2 0.2631 0.820759 0.016 0.884 0.000 0.020 0.004 0.076
#> SRR1093340 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR665405 6 0.5945 0.539518 0.052 0.000 0.192 0.092 0.024 0.640
#> SRR657077 4 0.3759 0.714417 0.008 0.248 0.000 0.732 0.008 0.004
#> SRR813208 3 0.0865 0.789341 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1416074 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.2323 0.724218 0.000 0.084 0.000 0.892 0.012 0.012
#> SRR1353461 3 0.1930 0.784513 0.048 0.000 0.916 0.000 0.000 0.036
#> SRR1466321 6 0.5606 0.405691 0.172 0.068 0.000 0.020 0.064 0.676
#> SRR1073021 5 0.2558 0.705344 0.040 0.036 0.000 0.024 0.896 0.004
#> SRR1322816 2 0.0779 0.875823 0.008 0.976 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1457727 1 0.4965 0.539822 0.740 0.000 0.040 0.020 0.108 0.092
#> SRR1464226 6 0.3997 0.583461 0.004 0.004 0.148 0.072 0.000 0.772
#> SRR1398863 1 0.4756 0.464775 0.688 0.000 0.236 0.004 0.020 0.052
#> SRR1455631 4 0.3388 0.755017 0.000 0.156 0.000 0.804 0.036 0.004
#> SRR1307808 2 0.0146 0.879108 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374585 4 0.3984 0.662283 0.000 0.396 0.000 0.596 0.008 0.000
#> SRR1072104 4 0.2092 0.750784 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0603 0.875249 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1335984 1 0.4182 0.526224 0.796 0.104 0.000 0.016 0.040 0.044
#> SRR1445939 6 0.5798 0.129844 0.360 0.000 0.092 0.032 0.000 0.516
#> SRR1453047 2 0.3147 0.743650 0.008 0.816 0.000 0.016 0.000 0.160
#> SRR1339788 3 0.5109 0.448154 0.312 0.000 0.592 0.004 0.092 0.000
#> SRR1084323 3 0.3804 0.698333 0.008 0.000 0.768 0.040 0.000 0.184
#> SRR1092937 3 0.2333 0.789930 0.040 0.000 0.896 0.004 0.000 0.060
#> SRR1074090 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.0777 0.790202 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1093434 3 0.3017 0.719824 0.164 0.000 0.816 0.000 0.020 0.000
#> SRR1435857 6 0.5397 0.428273 0.108 0.084 0.000 0.008 0.100 0.700
#> SRR1480347 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.3923 0.689573 0.000 0.372 0.000 0.620 0.008 0.000
#> SRR1430202 1 0.6628 0.246338 0.456 0.324 0.000 0.024 0.016 0.180
#> SRR1322730 4 0.2311 0.737058 0.000 0.104 0.000 0.880 0.000 0.016
#> SRR811029 1 0.6492 0.386491 0.572 0.212 0.000 0.056 0.020 0.140
#> SRR1390456 3 0.0405 0.792380 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381140 1 0.6070 0.283732 0.544 0.000 0.104 0.036 0.008 0.308
#> SRR1388064 4 0.3741 0.739689 0.000 0.320 0.000 0.672 0.008 0.000
#> SRR1093577 5 0.4368 0.544061 0.004 0.248 0.000 0.020 0.704 0.024
#> SRR1414161 2 0.3746 0.682038 0.204 0.764 0.000 0.012 0.004 0.016
#> SRR1328738 5 0.4371 0.667149 0.036 0.084 0.000 0.020 0.788 0.072
#> SRR1311752 2 0.0146 0.879108 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1445960 2 0.1755 0.856849 0.032 0.932 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1403412 1 0.5694 0.467226 0.664 0.144 0.000 0.036 0.020 0.136
#> SRR2166748 3 0.5291 0.254309 0.012 0.000 0.524 0.044 0.012 0.408
#> SRR821666 4 0.3982 0.530054 0.000 0.460 0.000 0.536 0.004 0.000
#> SRR1330746 3 0.3053 0.717348 0.168 0.000 0.812 0.000 0.020 0.000
#> SRR1327872 4 0.2003 0.746310 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1100800 5 0.5595 0.489725 0.212 0.048 0.000 0.008 0.648 0.084
#> SRR1075174 1 0.6174 0.326011 0.564 0.000 0.124 0.036 0.012 0.264
#> SRR1434436 6 0.6392 -0.138448 0.356 0.188 0.000 0.028 0.000 0.428
#> SRR1389409 4 0.3984 0.662283 0.000 0.396 0.000 0.596 0.008 0.000
#> SRR1085310 6 0.4969 0.531173 0.100 0.000 0.240 0.000 0.008 0.652
#> SRR1376718 4 0.3984 0.662283 0.000 0.396 0.000 0.596 0.008 0.000
#> SRR808590 4 0.3984 0.662283 0.000 0.396 0.000 0.596 0.008 0.000
#> SRR1084128 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1361692 5 0.5769 0.584594 0.028 0.156 0.000 0.140 0.652 0.024
#> SRR1431493 3 0.0748 0.792120 0.016 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004
#> SRR1409084 6 0.4481 0.518750 0.008 0.000 0.244 0.048 0.004 0.696
#> SRR2166214 6 0.5945 0.539518 0.052 0.000 0.192 0.092 0.024 0.640
#> SRR1324102 2 0.0862 0.873003 0.004 0.972 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1079754 2 0.1957 0.769249 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.3223 0.770422 0.016 0.000 0.864 0.032 0.044 0.044
#> SRR1076244 4 0.2813 0.592263 0.084 0.004 0.008 0.876 0.012 0.016
#> SRR1330901 2 0.0405 0.877591 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1073167 2 0.0748 0.874265 0.004 0.976 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1357541 5 0.1313 0.688083 0.028 0.000 0.004 0.000 0.952 0.016
#> SRR811607 2 0.5783 0.570663 0.116 0.668 0.000 0.012 0.088 0.116
#> SRR1468931 3 0.3122 0.712406 0.176 0.000 0.804 0.000 0.020 0.000
#> SRR1474908 1 0.4760 0.353218 0.584 0.004 0.000 0.032 0.008 0.372
#> SRR1309875 6 0.4555 0.212656 0.012 0.440 0.000 0.016 0.000 0.532
#> SRR598792 3 0.2933 0.759266 0.008 0.000 0.852 0.032 0.000 0.108
#> SRR1088537 2 0.0748 0.874265 0.004 0.976 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1457682 6 0.2501 0.579657 0.012 0.040 0.048 0.004 0.000 0.896
#> SRR1454289 2 0.2095 0.845236 0.028 0.916 0.000 0.016 0.000 0.040
#> SRR1069352 3 0.4565 0.758901 0.076 0.000 0.780 0.032 0.072 0.040
#> SRR1472728 2 0.1458 0.863611 0.020 0.948 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1091144 4 0.3619 0.495557 0.000 0.024 0.000 0.744 0.232 0.000
#> SRR1319118 3 0.5451 0.115445 0.444 0.000 0.456 0.008 0.092 0.000
#> SRR1403611 3 0.4115 0.695524 0.008 0.000 0.760 0.048 0.008 0.176
#> SRR1397762 6 0.3458 0.593486 0.016 0.012 0.168 0.004 0.000 0.800
#> SRR1317387 3 0.3776 0.746751 0.008 0.000 0.824 0.040 0.052 0.076
#> SRR1376426 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.5482 0.526384 0.712 0.000 0.072 0.036 0.076 0.104
#> SRR1365743 3 0.2149 0.771251 0.004 0.000 0.888 0.004 0.000 0.104
#> SRR1458992 2 0.2349 0.824565 0.080 0.892 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR1089537 4 0.2135 0.571405 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1397744 6 0.6984 0.000467 0.372 0.004 0.068 0.040 0.072 0.444
#> SRR1453893 4 0.3271 0.770206 0.000 0.232 0.000 0.760 0.008 0.000
#> SRR1098543 6 0.3996 0.543390 0.112 0.032 0.064 0.000 0.000 0.792
#> SRR1321765 5 0.2257 0.720214 0.004 0.028 0.000 0.060 0.904 0.004
#> SRR1440032 4 0.3815 0.525639 0.120 0.008 0.000 0.808 0.040 0.024
#> SRR1404507 4 0.2838 0.771888 0.000 0.188 0.000 0.808 0.004 0.000
#> SRR1404856 5 0.3719 0.627354 0.000 0.024 0.000 0.248 0.728 0.000
#> SRR812745 6 0.3525 0.588986 0.032 0.012 0.156 0.000 0.000 0.800
#> SRR1417524 3 0.2869 0.729620 0.148 0.000 0.832 0.000 0.020 0.000
#> SRR1407334 4 0.2805 0.771480 0.000 0.184 0.000 0.812 0.004 0.000
#> SRR1453991 5 0.7091 0.449300 0.112 0.140 0.000 0.028 0.532 0.188
#> SRR1415938 6 0.3996 0.579229 0.080 0.000 0.168 0.000 0.000 0.752
#> SRR1081259 2 0.5350 0.601632 0.144 0.692 0.000 0.048 0.008 0.108
#> SRR1436187 4 0.3887 0.694537 0.000 0.360 0.000 0.632 0.008 0.000
#> SRR1431948 3 0.2933 0.759266 0.008 0.000 0.852 0.032 0.000 0.108
#> SRR1453277 2 0.6682 -0.140120 0.380 0.424 0.000 0.012 0.140 0.044
#> SRR1095407 5 0.2432 0.715232 0.000 0.024 0.000 0.100 0.876 0.000
#> SRR1359694 2 0.0862 0.874069 0.004 0.972 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR656982 5 0.7064 0.326072 0.172 0.004 0.164 0.164 0.496 0.000
#> SRR1354338 2 0.5261 -0.450976 0.000 0.460 0.000 0.444 0.096 0.000
#> SRR1088291 5 0.4081 0.615206 0.152 0.020 0.000 0.012 0.780 0.036
#> SRR1080624 2 0.2510 0.817221 0.004 0.884 0.000 0.016 0.088 0.008
#> SRR2166708 3 0.3017 0.719824 0.164 0.000 0.816 0.000 0.020 0.000
#> SRR1393572 2 0.3732 0.752284 0.052 0.808 0.000 0.004 0.016 0.120
#> SRR1429912 2 0.3812 0.600925 0.012 0.728 0.000 0.012 0.000 0.248
#> SRR1421048 2 0.1949 0.824209 0.000 0.904 0.000 0.004 0.088 0.004
#> SRR1434999 3 0.4046 0.766169 0.084 0.000 0.812 0.032 0.044 0.028
#> SRR656457 5 0.5918 0.174052 0.064 0.000 0.336 0.032 0.548 0.020
#> SRR1098928 3 0.0790 0.789830 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1343967 2 0.0146 0.879108 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360766 1 0.5171 0.408592 0.628 0.000 0.248 0.008 0.116 0.000
#> SRR1464724 4 0.3017 0.748045 0.000 0.132 0.004 0.840 0.008 0.016
#> SRR1101542 4 0.2595 0.767471 0.000 0.160 0.000 0.836 0.004 0.000
#> SRR1401528 3 0.2119 0.782283 0.060 0.000 0.904 0.000 0.000 0.036
#> SRR1071519 3 0.0790 0.789830 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1086070 3 0.4183 0.682769 0.116 0.000 0.752 0.004 0.000 0.128
#> SRR1358645 2 0.4416 0.513531 0.012 0.668 0.000 0.032 0.000 0.288
#> SRR819771 3 0.3752 0.752039 0.012 0.000 0.828 0.036 0.052 0.072
#> SRR1418433 3 0.5168 0.131005 0.008 0.000 0.488 0.064 0.000 0.440
#> SRR821050 5 0.6230 0.048339 0.176 0.000 0.000 0.020 0.416 0.388
#> SRR1402091 2 0.4924 0.546706 0.224 0.680 0.080 0.004 0.008 0.004
#> SRR1322028 2 0.0000 0.879403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.3373 0.767043 0.000 0.248 0.000 0.744 0.008 0.000
#> SRR1340047 1 0.6843 0.263825 0.432 0.276 0.004 0.028 0.008 0.252
#> SRR1418302 6 0.4938 0.352128 0.024 0.344 0.000 0.036 0.000 0.596
#> SRR1073991 1 0.4901 0.429742 0.684 0.000 0.032 0.008 0.236 0.040
#> SRR1085187 5 0.5631 0.211101 0.000 0.168 0.000 0.324 0.508 0.000
#> SRR1357618 5 0.2407 0.653265 0.048 0.000 0.056 0.004 0.892 0.000
#> SRR1487764 3 0.3696 0.753141 0.012 0.000 0.832 0.036 0.052 0.068
#> SRR1075336 1 0.5335 0.481163 0.656 0.000 0.000 0.036 0.204 0.104
#> SRR1365471 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0767 0.875676 0.004 0.976 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR658719 3 0.2003 0.785185 0.044 0.000 0.912 0.000 0.000 0.044
#> SRR1475128 3 0.2869 0.729599 0.148 0.000 0.832 0.000 0.020 0.000
#> SRR1367630 4 0.2243 0.743482 0.000 0.112 0.000 0.880 0.004 0.004
#> SRR1481146 4 0.2932 0.753713 0.000 0.140 0.000 0.836 0.020 0.004
#> SRR1465674 5 0.1829 0.719569 0.000 0.024 0.000 0.056 0.920 0.000
#> SRR1327303 1 0.4669 0.441886 0.684 0.000 0.248 0.008 0.052 0.008
#> SRR1390391 1 0.4761 0.296693 0.528 0.028 0.000 0.012 0.000 0.432
#> SRR1326020 1 0.4492 0.421586 0.680 0.000 0.260 0.008 0.052 0.000
#> SRR1381953 3 0.4555 0.497007 0.328 0.000 0.628 0.008 0.036 0.000
#> SRR1082544 2 0.3329 0.578624 0.000 0.768 0.000 0.220 0.004 0.008
#> SRR810761 3 0.6270 0.601454 0.064 0.000 0.612 0.040 0.212 0.072
#> SRR1070764 3 0.3024 0.755243 0.008 0.000 0.844 0.032 0.000 0.116
#> SRR1415919 3 0.2933 0.759266 0.008 0.000 0.852 0.032 0.000 0.108
#> SRR1490404 2 0.0146 0.879562 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.3336 0.694095 0.000 0.056 0.000 0.132 0.812 0.000
#> SRR1377492 4 0.5571 -0.110817 0.088 0.000 0.424 0.472 0.016 0.000
#> SRR1334314 6 0.4930 0.426244 0.004 0.252 0.000 0.016 0.064 0.664
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.797 0.886 0.950 0.4174 0.578 0.578
#> 3 3 0.403 0.577 0.805 0.3461 0.691 0.523
#> 4 4 0.405 0.489 0.686 0.1824 0.726 0.442
#> 5 5 0.441 0.402 0.622 0.0877 0.821 0.487
#> 6 6 0.478 0.422 0.652 0.0614 0.851 0.516
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.9732 0.37933 0.596 0.404
#> SRR1074385 2 0.1633 0.94292 0.024 0.976
#> SRR1374739 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1097883 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR2167209 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.0376 0.95818 0.004 0.996
#> SRR1381505 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.3431 0.89659 0.936 0.064
#> SRR1088413 2 0.4815 0.86611 0.104 0.896
#> SRR1082080 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1455783 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1447760 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0672 0.90943 0.992 0.008
#> SRR1078066 2 0.0938 0.95241 0.012 0.988
#> SRR1120363 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR821231 1 0.0938 0.90951 0.988 0.012
#> SRR1374373 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1431121 2 0.5294 0.84897 0.120 0.880
#> SRR1091032 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.2778 0.90275 0.952 0.048
#> SRR1310690 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.5842 0.84315 0.860 0.140
#> SRR1070403 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1390203 2 0.1843 0.93950 0.028 0.972
#> SRR1072007 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1468787 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.2603 0.90415 0.956 0.044
#> SRR812598 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1446806 2 0.0376 0.95824 0.004 0.996
#> SRR1394275 2 0.1184 0.94968 0.016 0.984
#> SRR1443633 2 0.7453 0.72294 0.212 0.788
#> SRR1087728 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.5842 0.84750 0.860 0.140
#> SRR657077 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1089688 1 0.8016 0.73975 0.756 0.244
#> SRR1353461 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1073021 2 0.1184 0.94937 0.016 0.984
#> SRR1322816 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1457727 2 0.2948 0.92026 0.052 0.948
#> SRR1464226 2 0.9000 0.47483 0.316 0.684
#> SRR1398863 1 0.9710 0.39080 0.600 0.400
#> SRR1455631 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.2948 0.91864 0.052 0.948
#> SRR1445939 2 0.9983 -0.00221 0.476 0.524
#> SRR1453047 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0672 0.90949 0.992 0.008
#> SRR1084323 1 0.7219 0.78104 0.800 0.200
#> SRR1092937 1 0.1843 0.90822 0.972 0.028
#> SRR1074090 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.2043 0.90721 0.968 0.032
#> SRR1093434 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1435857 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1322730 2 0.9323 0.39360 0.348 0.652
#> SRR811029 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1381140 2 0.9909 0.12708 0.444 0.556
#> SRR1388064 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1093577 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1414161 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1328738 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.7528 0.76964 0.784 0.216
#> SRR821666 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1100800 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1075174 1 0.9977 0.18606 0.528 0.472
#> SRR1434436 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.9998 0.12977 0.508 0.492
#> SRR1376718 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1361692 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1431493 1 0.2603 0.90406 0.956 0.044
#> SRR1409084 1 0.7453 0.77819 0.788 0.212
#> SRR2166214 1 0.6623 0.82038 0.828 0.172
#> SRR1324102 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.1843 0.90770 0.972 0.028
#> SRR1076244 1 0.4298 0.88416 0.912 0.088
#> SRR1330901 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1357541 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR811607 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1468931 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0376 0.95824 0.004 0.996
#> SRR1309875 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1457682 2 0.0376 0.95818 0.004 0.996
#> SRR1454289 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1069352 1 0.0672 0.90949 0.992 0.008
#> SRR1472728 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1319118 1 0.6712 0.80706 0.824 0.176
#> SRR1403611 1 0.5629 0.85390 0.868 0.132
#> SRR1397762 2 0.9977 -0.03487 0.472 0.528
#> SRR1317387 1 0.2778 0.90297 0.952 0.048
#> SRR1376426 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1097777 2 0.8813 0.54995 0.300 0.700
#> SRR1365743 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.8661 0.67410 0.712 0.288
#> SRR1397744 2 0.1184 0.94887 0.016 0.984
#> SRR1453893 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1098543 2 0.0376 0.95818 0.004 0.996
#> SRR1321765 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1440032 2 0.6247 0.78415 0.156 0.844
#> SRR1404507 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR812745 2 0.9909 0.07899 0.444 0.556
#> SRR1417524 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1453991 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1415938 1 0.8207 0.71222 0.744 0.256
#> SRR1081259 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1095407 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1359694 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR656982 2 0.4022 0.89033 0.080 0.920
#> SRR1354338 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1088291 2 0.1414 0.94619 0.020 0.980
#> SRR1080624 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0672 0.90842 0.992 0.008
#> SRR1098928 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1360766 2 0.4298 0.88214 0.088 0.912
#> SRR1464724 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.2948 0.90110 0.948 0.052
#> SRR1358645 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0672 0.90960 0.992 0.008
#> SRR1418433 1 0.4562 0.87786 0.904 0.096
#> SRR821050 2 0.1414 0.94619 0.020 0.980
#> SRR1402091 2 0.3879 0.89437 0.076 0.924
#> SRR1322028 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.3274 0.91011 0.060 0.940
#> SRR1418302 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1073991 2 0.2236 0.93390 0.036 0.964
#> SRR1085187 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1357618 1 0.9427 0.51680 0.640 0.360
#> SRR1487764 1 0.2948 0.90110 0.948 0.052
#> SRR1075336 2 0.2778 0.92232 0.048 0.952
#> SRR1365471 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR658719 1 0.1414 0.90895 0.980 0.020
#> SRR1475128 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.8144 0.61855 0.252 0.748
#> SRR1481146 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1465674 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1327303 2 0.9129 0.49176 0.328 0.672
#> SRR1390391 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1326020 2 0.4815 0.86591 0.104 0.896
#> SRR1381953 1 0.2603 0.90406 0.956 0.044
#> SRR1082544 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR810761 2 0.2778 0.92399 0.048 0.952
#> SRR1070764 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.90873 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1416773 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
#> SRR1377492 1 0.3274 0.89860 0.940 0.060
#> SRR1334314 2 0.0000 0.96089 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 1 0.4834 0.61689 0.792 0.204 0.004
#> SRR1074385 1 0.6140 0.43331 0.596 0.404 0.000
#> SRR1374739 3 0.5560 0.70895 0.300 0.000 0.700
#> SRR1097883 1 0.6204 0.39389 0.576 0.424 0.000
#> SRR2167209 2 0.4842 0.62902 0.224 0.776 0.000
#> SRR816541 2 0.0475 0.83812 0.004 0.992 0.004
#> SRR663645 2 0.6322 0.42727 0.276 0.700 0.024
#> SRR1381505 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1416362 2 0.0000 0.83816 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.0747 0.83615 0.016 0.984 0.000
#> SRR1341626 2 0.0237 0.83774 0.000 0.996 0.004
#> SRR1382440 1 0.6668 0.18811 0.696 0.040 0.264
#> SRR1088413 1 0.4887 0.61382 0.772 0.228 0.000
#> SRR1082080 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1455783 2 0.5138 0.49996 0.252 0.748 0.000
#> SRR1447760 2 0.0848 0.83852 0.008 0.984 0.008
#> SRR1487784 2 0.0747 0.83462 0.000 0.984 0.016
#> SRR1331037 2 0.0475 0.83812 0.004 0.992 0.004
#> SRR1095651 3 0.4931 0.78352 0.232 0.000 0.768
#> SRR1078066 1 0.6398 0.41144 0.580 0.416 0.004
#> SRR1120363 2 0.5760 0.32471 0.328 0.672 0.000
#> SRR821231 1 0.1163 0.42998 0.972 0.000 0.028
#> SRR1374373 2 0.2165 0.81190 0.064 0.936 0.000
#> SRR1324519 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1431121 1 0.4796 0.61680 0.780 0.220 0.000
#> SRR1091032 2 0.0424 0.83781 0.008 0.992 0.000
#> SRR1365575 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1072972 1 0.3941 0.28652 0.844 0.000 0.156
#> SRR1310690 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR1383037 3 0.1964 0.83310 0.056 0.000 0.944
#> SRR1095479 3 0.7059 0.19431 0.460 0.020 0.520
#> SRR1070403 3 0.0892 0.82935 0.020 0.000 0.980
#> SRR1390203 1 0.6309 0.23431 0.504 0.496 0.000
#> SRR1072007 2 0.1411 0.82996 0.036 0.964 0.000
#> SRR1468787 2 0.6260 -0.00518 0.448 0.552 0.000
#> SRR1347959 2 0.0592 0.83710 0.012 0.988 0.000
#> SRR1338513 1 0.4861 0.24056 0.800 0.008 0.192
#> SRR812598 2 0.0747 0.83462 0.000 0.984 0.016
#> SRR1446806 1 0.6095 0.45803 0.608 0.392 0.000
#> SRR1394275 1 0.6026 0.47940 0.624 0.376 0.000
#> SRR1443633 1 0.6292 0.61753 0.740 0.216 0.044
#> SRR1087728 3 0.4931 0.78252 0.232 0.000 0.768
#> SRR1098192 2 0.1289 0.83002 0.032 0.968 0.000
#> SRR1093340 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR665405 1 0.8156 0.45912 0.644 0.196 0.160
#> SRR657077 2 0.5024 0.57634 0.220 0.776 0.004
#> SRR813208 3 0.4002 0.82123 0.160 0.000 0.840
#> SRR1416074 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1089688 2 0.8869 0.13997 0.280 0.560 0.160
#> SRR1353461 3 0.3941 0.82267 0.156 0.000 0.844
#> SRR1466321 2 0.6252 -0.02258 0.444 0.556 0.000
#> SRR1073021 2 0.5291 0.55459 0.268 0.732 0.000
#> SRR1322816 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457727 1 0.5859 0.51990 0.656 0.344 0.000
#> SRR1464226 1 0.7394 0.21685 0.496 0.472 0.032
#> SRR1398863 1 0.5109 0.61951 0.780 0.212 0.008
#> SRR1455631 2 0.3918 0.71265 0.140 0.856 0.004
#> SRR1307808 2 0.1289 0.83001 0.032 0.968 0.000
#> SRR1374585 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1072104 2 0.6516 -0.15231 0.480 0.516 0.004
#> SRR1076868 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1335984 1 0.6140 0.43072 0.596 0.404 0.000
#> SRR1445939 1 0.5455 0.54455 0.776 0.204 0.020
#> SRR1453047 2 0.0424 0.83781 0.008 0.992 0.000
#> SRR1339788 1 0.2537 0.39317 0.920 0.000 0.080
#> SRR1084323 1 0.6126 0.31135 0.712 0.020 0.268
#> SRR1092937 1 0.4654 0.20966 0.792 0.000 0.208
#> SRR1074090 2 0.1129 0.83518 0.004 0.976 0.020
#> SRR1099833 1 0.6505 -0.51216 0.528 0.004 0.468
#> SRR1093434 3 0.5216 0.75013 0.260 0.000 0.740
#> SRR1435857 1 0.6308 0.23255 0.508 0.492 0.000
#> SRR1480347 2 0.0661 0.83778 0.004 0.988 0.008
#> SRR1440787 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1430202 2 0.6307 -0.19147 0.488 0.512 0.000
#> SRR1322730 1 0.8797 0.47156 0.568 0.276 0.156
#> SRR811029 2 0.4002 0.68846 0.160 0.840 0.000
#> SRR1390456 3 0.2537 0.83026 0.080 0.000 0.920
#> SRR1381140 1 0.4654 0.61955 0.792 0.208 0.000
#> SRR1388064 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1093577 2 0.4346 0.65747 0.184 0.816 0.000
#> SRR1414161 2 0.5948 0.32973 0.360 0.640 0.000
#> SRR1328738 1 0.6286 0.30270 0.536 0.464 0.000
#> SRR1311752 2 0.0475 0.83827 0.004 0.992 0.004
#> SRR1445960 2 0.2448 0.79914 0.076 0.924 0.000
#> SRR1403412 2 0.6309 -0.20477 0.496 0.504 0.000
#> SRR2166748 1 0.8296 0.16005 0.508 0.080 0.412
#> SRR821666 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1330746 3 0.2537 0.83356 0.080 0.000 0.920
#> SRR1327872 2 0.1129 0.83585 0.020 0.976 0.004
#> SRR1100800 2 0.6204 0.12204 0.424 0.576 0.000
#> SRR1075174 1 0.2537 0.54110 0.920 0.080 0.000
#> SRR1434436 1 0.6260 0.34436 0.552 0.448 0.000
#> SRR1389409 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1085310 1 0.3619 0.57544 0.864 0.136 0.000
#> SRR1376718 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR808590 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1084128 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1361692 1 0.6280 0.31618 0.540 0.460 0.000
#> SRR1431493 1 0.4453 0.31081 0.836 0.012 0.152
#> SRR1409084 1 0.8311 0.45751 0.628 0.216 0.156
#> SRR2166214 1 0.8361 0.45780 0.624 0.216 0.160
#> SRR1324102 2 0.0892 0.83472 0.020 0.980 0.000
#> SRR1079754 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1442127 1 0.5216 0.14861 0.740 0.000 0.260
#> SRR1076244 1 0.6848 0.32205 0.736 0.100 0.164
#> SRR1330901 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR1073167 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR1357541 1 0.6252 0.34894 0.556 0.444 0.000
#> SRR811607 1 0.6274 0.32449 0.544 0.456 0.000
#> SRR1468931 1 0.5497 0.08386 0.708 0.000 0.292
#> SRR1474908 1 0.6286 0.30898 0.536 0.464 0.000
#> SRR1309875 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR598792 3 0.2356 0.83362 0.072 0.000 0.928
#> SRR1088537 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457682 2 0.6111 0.13615 0.396 0.604 0.000
#> SRR1454289 2 0.1163 0.83312 0.028 0.972 0.000
#> SRR1069352 1 0.5650 0.10488 0.688 0.000 0.312
#> SRR1472728 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR1091144 2 0.5036 0.69716 0.172 0.808 0.020
#> SRR1319118 1 0.1529 0.50096 0.960 0.040 0.000
#> SRR1403611 3 0.7232 0.59707 0.172 0.116 0.712
#> SRR1397762 1 0.7384 0.55115 0.660 0.272 0.068
#> SRR1317387 1 0.6126 -0.21905 0.644 0.004 0.352
#> SRR1376426 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1097777 1 0.4842 0.61758 0.776 0.224 0.000
#> SRR1365743 3 0.4062 0.82074 0.164 0.000 0.836
#> SRR1458992 2 0.1163 0.83191 0.028 0.972 0.000
#> SRR1089537 1 0.9280 0.32201 0.452 0.388 0.160
#> SRR1397744 2 0.6309 -0.24487 0.500 0.500 0.000
#> SRR1453893 2 0.1482 0.83577 0.012 0.968 0.020
#> SRR1098543 1 0.6260 0.34521 0.552 0.448 0.000
#> SRR1321765 2 0.4953 0.68862 0.176 0.808 0.016
#> SRR1440032 2 0.6483 -0.03695 0.452 0.544 0.004
#> SRR1404507 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1404856 2 0.1529 0.82696 0.040 0.960 0.000
#> SRR812745 1 0.7001 0.51054 0.628 0.340 0.032
#> SRR1417524 3 0.6180 0.60916 0.416 0.000 0.584
#> SRR1407334 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1453991 2 0.5291 0.50269 0.268 0.732 0.000
#> SRR1415938 1 0.2496 0.52411 0.928 0.068 0.004
#> SRR1081259 2 0.4702 0.64010 0.212 0.788 0.000
#> SRR1436187 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1431948 3 0.0892 0.82935 0.020 0.000 0.980
#> SRR1453277 1 0.6299 0.27610 0.524 0.476 0.000
#> SRR1095407 2 0.2959 0.77988 0.100 0.900 0.000
#> SRR1359694 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR656982 2 0.6267 0.11221 0.452 0.548 0.000
#> SRR1354338 2 0.1636 0.83402 0.020 0.964 0.016
#> SRR1088291 1 0.6192 0.40202 0.580 0.420 0.000
#> SRR1080624 2 0.1411 0.82839 0.036 0.964 0.000
#> SRR2166708 3 0.0892 0.82935 0.020 0.000 0.980
#> SRR1393572 2 0.6062 0.15887 0.384 0.616 0.000
#> SRR1429912 2 0.1031 0.83341 0.024 0.976 0.000
#> SRR1421048 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR1434999 3 0.6267 0.42992 0.452 0.000 0.548
#> SRR656457 1 0.3983 0.38846 0.852 0.004 0.144
#> SRR1098928 3 0.5254 0.76827 0.264 0.000 0.736
#> SRR1343967 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR1360766 1 0.4931 0.61122 0.768 0.232 0.000
#> SRR1464724 2 0.5200 0.67981 0.184 0.796 0.020
#> SRR1101542 2 0.1315 0.83546 0.008 0.972 0.020
#> SRR1401528 1 0.5138 0.10639 0.748 0.000 0.252
#> SRR1071519 3 0.0892 0.82935 0.020 0.000 0.980
#> SRR1086070 1 0.4002 0.28193 0.840 0.000 0.160
#> SRR1358645 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR819771 3 0.4172 0.81154 0.156 0.004 0.840
#> SRR1418433 1 0.7971 0.16250 0.624 0.096 0.280
#> SRR821050 1 0.6062 0.46427 0.616 0.384 0.000
#> SRR1402091 2 0.5621 0.49163 0.308 0.692 0.000
#> SRR1322028 2 0.1163 0.83152 0.028 0.972 0.000
#> SRR1452556 2 0.1482 0.83535 0.012 0.968 0.020
#> SRR1340047 1 0.5560 0.56637 0.700 0.300 0.000
#> SRR1418302 2 0.2625 0.78913 0.084 0.916 0.000
#> SRR1073991 1 0.5835 0.52559 0.660 0.340 0.000
#> SRR1085187 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1357618 1 0.5267 0.58445 0.816 0.140 0.044
#> SRR1487764 1 0.4555 0.26542 0.800 0.000 0.200
#> SRR1075336 1 0.5650 0.55471 0.688 0.312 0.000
#> SRR1365471 2 0.0892 0.83374 0.000 0.980 0.020
#> SRR1414613 2 0.0424 0.83791 0.008 0.992 0.000
#> SRR658719 1 0.5968 0.05674 0.636 0.000 0.364
#> SRR1475128 3 0.4346 0.81830 0.184 0.000 0.816
#> SRR1367630 2 0.6282 0.30676 0.384 0.612 0.004
#> SRR1481146 2 0.5072 0.66075 0.196 0.792 0.012
#> SRR1465674 2 0.5058 0.59368 0.244 0.756 0.000
#> SRR1327303 1 0.5858 0.61603 0.740 0.240 0.020
#> SRR1390391 1 0.6235 0.37401 0.564 0.436 0.000
#> SRR1326020 1 0.5058 0.60411 0.756 0.244 0.000
#> SRR1381953 1 0.4453 0.30696 0.836 0.012 0.152
#> SRR1082544 2 0.0592 0.83723 0.012 0.988 0.000
#> SRR810761 1 0.7056 0.56142 0.656 0.300 0.044
#> SRR1070764 3 0.4504 0.80500 0.196 0.000 0.804
#> SRR1415919 3 0.0892 0.82935 0.020 0.000 0.980
#> SRR1490404 2 0.0237 0.83821 0.004 0.996 0.000
#> SRR1416773 2 0.0983 0.83766 0.016 0.980 0.004
#> SRR1377492 1 0.7441 0.19634 0.700 0.136 0.164
#> SRR1334314 2 0.5905 0.27846 0.352 0.648 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 1 0.4072 0.5103 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1074385 1 0.3948 0.6650 0.840 0.064 0.000 0.096
#> SRR1374739 4 0.4994 0.2130 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1097883 1 0.3372 0.6508 0.868 0.036 0.000 0.096
#> SRR2167209 1 0.4194 0.4207 0.764 0.228 0.000 0.008
#> SRR816541 2 0.4948 0.5356 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR663645 1 0.6907 0.0252 0.532 0.348 0.000 0.120
#> SRR1381505 2 0.0336 0.6280 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1416362 2 0.4679 0.6034 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.4866 0.5601 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.4804 0.5897 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR1382440 4 0.4286 0.5961 0.136 0.000 0.052 0.812
#> SRR1088413 1 0.3751 0.5577 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1082080 2 0.1118 0.6385 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.6482 0.0444 0.504 0.424 0.000 0.072
#> SRR1447760 2 0.3074 0.6439 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0188 0.6316 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.4679 0.6021 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.6016 0.5347 0.044 0.000 0.544 0.412
#> SRR1078066 1 0.1953 0.6570 0.940 0.044 0.004 0.012
#> SRR1120363 1 0.6586 0.2290 0.544 0.368 0.000 0.088
#> SRR821231 4 0.5151 0.2879 0.464 0.000 0.004 0.532
#> SRR1374373 1 0.5167 -0.4063 0.508 0.488 0.000 0.004
#> SRR1324519 2 0.0188 0.6309 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.3726 0.5372 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1091032 2 0.4817 0.5797 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0336 0.6280 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1072972 4 0.3975 0.5162 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1310690 2 0.4730 0.5977 0.364 0.636 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.4018 0.6609 0.004 0.000 0.772 0.224
#> SRR1095479 3 0.6677 0.5379 0.100 0.000 0.552 0.348
#> SRR1070403 3 0.0336 0.6765 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1390203 1 0.5434 0.6403 0.740 0.128 0.000 0.132
#> SRR1072007 2 0.5296 0.4586 0.492 0.500 0.000 0.008
#> SRR1468787 1 0.2654 0.6173 0.888 0.108 0.000 0.004
#> SRR1347959 2 0.4730 0.5925 0.364 0.636 0.000 0.000
#> SRR1338513 4 0.1661 0.5997 0.052 0.000 0.004 0.944
#> SRR812598 2 0.2814 0.6265 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.3761 0.6654 0.852 0.068 0.000 0.080
#> SRR1394275 1 0.4419 0.6595 0.812 0.084 0.000 0.104
#> SRR1443633 1 0.4775 0.5253 0.740 0.000 0.028 0.232
#> SRR1087728 4 0.4857 0.3709 0.016 0.000 0.284 0.700
#> SRR1098192 2 0.5161 0.4768 0.476 0.520 0.000 0.004
#> SRR1093340 2 0.1302 0.6427 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR665405 4 0.4105 0.5889 0.156 0.032 0.000 0.812
#> SRR657077 1 0.5764 -0.2514 0.520 0.452 0.000 0.028
#> SRR813208 3 0.5386 0.6134 0.024 0.000 0.632 0.344
#> SRR1416074 2 0.0000 0.6304 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.5517 0.5188 0.184 0.092 0.000 0.724
#> SRR1353461 3 0.5291 0.6230 0.024 0.000 0.652 0.324
#> SRR1466321 1 0.3856 0.6250 0.832 0.136 0.000 0.032
#> SRR1073021 1 0.4158 0.4407 0.768 0.224 0.000 0.008
#> SRR1322816 2 0.4948 0.5345 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.3149 0.6509 0.880 0.032 0.000 0.088
#> SRR1464226 4 0.7325 0.2305 0.208 0.264 0.000 0.528
#> SRR1398863 1 0.4134 0.5065 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1455631 2 0.5550 0.4614 0.428 0.552 0.000 0.020
#> SRR1307808 2 0.4996 0.4633 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.0336 0.6280 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1072104 1 0.4323 0.5298 0.776 0.204 0.000 0.020
#> SRR1076868 2 0.0469 0.6347 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1335984 1 0.3894 0.6493 0.844 0.068 0.000 0.088
#> SRR1445939 4 0.6672 0.1507 0.408 0.088 0.000 0.504
#> SRR1453047 2 0.4985 0.5002 0.468 0.532 0.000 0.000
#> SRR1339788 4 0.6192 0.3362 0.436 0.000 0.052 0.512
#> SRR1084323 3 0.7663 0.2018 0.380 0.000 0.408 0.212
#> SRR1092937 4 0.3377 0.5934 0.140 0.000 0.012 0.848
#> SRR1074090 2 0.3610 0.6464 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1099833 4 0.2644 0.5619 0.032 0.000 0.060 0.908
#> SRR1093434 4 0.4999 0.1827 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR1435857 1 0.4150 0.6498 0.824 0.120 0.000 0.056
#> SRR1480347 2 0.3400 0.6418 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0524 0.6277 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1430202 1 0.4758 0.6290 0.780 0.156 0.000 0.064
#> SRR1322730 4 0.5747 0.5214 0.196 0.100 0.000 0.704
#> SRR811029 1 0.6149 -0.2614 0.480 0.472 0.000 0.048
#> SRR1390456 3 0.3486 0.5298 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1381140 1 0.4164 0.5054 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1388064 2 0.1452 0.6274 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR1093577 1 0.5105 -0.2416 0.564 0.432 0.000 0.004
#> SRR1414161 1 0.3837 0.4850 0.776 0.224 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.2675 0.6321 0.892 0.100 0.000 0.008
#> SRR1311752 2 0.4522 0.6179 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR1445960 1 0.4998 -0.4143 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR1403412 1 0.3088 0.6221 0.864 0.128 0.000 0.008
#> SRR2166748 3 0.7050 0.4200 0.292 0.000 0.552 0.156
#> SRR821666 2 0.0524 0.6301 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1330746 3 0.0921 0.6765 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1327872 2 0.5268 0.5202 0.452 0.540 0.000 0.008
#> SRR1100800 1 0.3813 0.6053 0.828 0.148 0.000 0.024
#> SRR1075174 1 0.4916 0.0203 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1434436 1 0.4989 0.6415 0.764 0.164 0.000 0.072
#> SRR1389409 2 0.0336 0.6280 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1085310 1 0.5999 -0.0121 0.552 0.044 0.000 0.404
#> SRR1376718 2 0.0336 0.6280 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR808590 2 0.2412 0.6151 0.084 0.908 0.000 0.008
#> SRR1084128 2 0.1867 0.6469 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.5056 0.6404 0.760 0.164 0.000 0.076
#> SRR1431493 4 0.4543 0.5131 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1409084 4 0.4318 0.5833 0.116 0.068 0.000 0.816
#> SRR2166214 4 0.4459 0.5747 0.188 0.032 0.000 0.780
#> SRR1324102 2 0.4985 0.4969 0.468 0.532 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.2530 0.6246 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1442127 4 0.1936 0.5979 0.028 0.000 0.032 0.940
#> SRR1076244 4 0.3149 0.6082 0.088 0.032 0.000 0.880
#> SRR1330901 2 0.4746 0.5937 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.4941 0.5369 0.436 0.564 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.2319 0.6618 0.924 0.040 0.000 0.036
#> SRR811607 1 0.4071 0.6538 0.832 0.104 0.000 0.064
#> SRR1468931 4 0.4379 0.5462 0.036 0.000 0.172 0.792
#> SRR1474908 1 0.4782 0.6514 0.780 0.152 0.000 0.068
#> SRR1309875 2 0.4761 0.5938 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.2281 0.6866 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1088537 2 0.4713 0.5984 0.360 0.640 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.6404 0.5456 0.644 0.220 0.000 0.136
#> SRR1454289 2 0.5132 0.5152 0.448 0.548 0.000 0.004
#> SRR1069352 4 0.4072 0.5761 0.052 0.000 0.120 0.828
#> SRR1472728 2 0.4713 0.6001 0.360 0.640 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.5345 0.2654 0.428 0.560 0.000 0.012
#> SRR1319118 1 0.4948 -0.0584 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1403611 3 0.7683 0.5278 0.112 0.060 0.592 0.236
#> SRR1397762 4 0.6652 0.2668 0.396 0.088 0.000 0.516
#> SRR1317387 4 0.3547 0.5811 0.072 0.000 0.064 0.864
#> SRR1376426 2 0.0000 0.6304 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.4053 0.5409 0.768 0.004 0.000 0.228
#> SRR1365743 3 0.5311 0.6281 0.024 0.000 0.648 0.328
#> SRR1458992 2 0.4985 0.4968 0.468 0.532 0.000 0.000
#> SRR1089537 4 0.5572 0.5138 0.196 0.088 0.000 0.716
#> SRR1397744 1 0.5875 0.5759 0.684 0.224 0.000 0.092
#> SRR1453893 2 0.0927 0.6265 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1098543 1 0.4362 0.6612 0.816 0.088 0.000 0.096
#> SRR1321765 1 0.5134 0.1890 0.664 0.320 0.012 0.004
#> SRR1440032 1 0.6969 0.4564 0.584 0.224 0.000 0.192
#> SRR1404507 2 0.0524 0.6283 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1404856 2 0.5000 0.4441 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.7216 0.1122 0.448 0.140 0.000 0.412
#> SRR1417524 4 0.4579 0.5027 0.032 0.000 0.200 0.768
#> SRR1407334 2 0.2412 0.6181 0.084 0.908 0.000 0.008
#> SRR1453991 1 0.6074 -0.1109 0.500 0.456 0.000 0.044
#> SRR1415938 1 0.5550 -0.1241 0.552 0.020 0.000 0.428
#> SRR1081259 1 0.5284 0.1108 0.616 0.368 0.000 0.016
#> SRR1436187 2 0.0336 0.6280 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1431948 3 0.0921 0.6802 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1453277 1 0.4072 0.6490 0.828 0.120 0.000 0.052
#> SRR1095407 1 0.5220 -0.2257 0.568 0.424 0.000 0.008
#> SRR1359694 2 0.4730 0.5975 0.364 0.636 0.000 0.000
#> SRR656982 1 0.5883 0.4892 0.700 0.172 0.000 0.128
#> SRR1354338 2 0.4053 0.6356 0.228 0.768 0.000 0.004
#> SRR1088291 1 0.2256 0.6565 0.924 0.056 0.000 0.020
#> SRR1080624 2 0.4994 0.4716 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0469 0.6768 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1393572 1 0.6153 0.3197 0.604 0.328 0.000 0.068
#> SRR1429912 2 0.5165 0.4656 0.484 0.512 0.000 0.004
#> SRR1421048 2 0.4961 0.5258 0.448 0.552 0.000 0.000
#> SRR1434999 4 0.4866 0.3147 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR656457 1 0.6906 -0.2881 0.484 0.000 0.108 0.408
#> SRR1098928 4 0.4356 0.4035 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1343967 2 0.4679 0.6021 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.3908 0.5461 0.784 0.004 0.000 0.212
#> SRR1464724 2 0.4546 0.3701 0.256 0.732 0.000 0.012
#> SRR1101542 2 0.2412 0.6162 0.084 0.908 0.000 0.008
#> SRR1401528 4 0.2021 0.5891 0.040 0.000 0.024 0.936
#> SRR1071519 3 0.1022 0.6780 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1086070 4 0.3649 0.5333 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1358645 2 0.4955 0.5316 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.6186 0.5872 0.064 0.000 0.584 0.352
#> SRR1418433 4 0.3283 0.6193 0.104 0.020 0.004 0.872
#> SRR821050 1 0.3176 0.6616 0.880 0.036 0.000 0.084
#> SRR1402091 1 0.6904 0.1746 0.556 0.312 0.000 0.132
#> SRR1322028 2 0.4925 0.5375 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.2542 0.6118 0.084 0.904 0.000 0.012
#> SRR1340047 1 0.4491 0.6371 0.800 0.060 0.000 0.140
#> SRR1418302 1 0.5842 -0.1903 0.520 0.448 0.000 0.032
#> SRR1073991 1 0.3525 0.6491 0.860 0.040 0.000 0.100
#> SRR1085187 2 0.0188 0.6296 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357618 1 0.5364 0.1765 0.652 0.000 0.028 0.320
#> SRR1487764 4 0.1833 0.6003 0.032 0.000 0.024 0.944
#> SRR1075336 1 0.3399 0.6554 0.868 0.040 0.000 0.092
#> SRR1365471 2 0.1118 0.6413 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.4776 0.5894 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR658719 3 0.7371 0.4178 0.232 0.000 0.524 0.244
#> SRR1475128 3 0.5137 0.3966 0.024 0.000 0.680 0.296
#> SRR1367630 1 0.7005 0.4299 0.572 0.172 0.000 0.256
#> SRR1481146 1 0.5686 0.1919 0.592 0.376 0.000 0.032
#> SRR1465674 1 0.4053 0.4322 0.768 0.228 0.000 0.004
#> SRR1327303 1 0.4319 0.5451 0.760 0.012 0.000 0.228
#> SRR1390391 1 0.4300 0.6606 0.820 0.092 0.000 0.088
#> SRR1326020 1 0.3494 0.5771 0.824 0.004 0.000 0.172
#> SRR1381953 4 0.4277 0.5164 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1082544 2 0.4964 0.5848 0.380 0.616 0.000 0.004
#> SRR810761 1 0.3659 0.6013 0.840 0.000 0.024 0.136
#> SRR1070764 3 0.5587 0.5929 0.028 0.000 0.600 0.372
#> SRR1415919 3 0.0000 0.6760 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.4543 0.6066 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.5099 0.5804 0.380 0.612 0.000 0.008
#> SRR1377492 4 0.3123 0.5759 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1334314 1 0.5195 0.3962 0.692 0.276 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 1 0.3123 0.68208 0.812 0.000 0.000 0.004 0.184
#> SRR1074385 1 0.4658 0.55219 0.556 0.004 0.000 0.008 0.432
#> SRR1374739 3 0.7705 0.13345 0.060 0.000 0.376 0.336 0.228
#> SRR1097883 1 0.5097 0.60252 0.568 0.004 0.000 0.032 0.396
#> SRR2167209 5 0.5934 0.42498 0.112 0.252 0.000 0.016 0.620
#> SRR816541 5 0.4273 -0.00352 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR663645 5 0.7355 0.35029 0.132 0.268 0.000 0.092 0.508
#> SRR1381505 2 0.0324 0.61949 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1416362 2 0.3966 0.48685 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1318503 2 0.4307 0.20004 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1341626 2 0.4304 0.19708 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1382440 4 0.2921 0.57110 0.148 0.000 0.004 0.844 0.004
#> SRR1088413 1 0.3790 0.65085 0.724 0.000 0.000 0.004 0.272
#> SRR1082080 2 0.3039 0.59197 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1455783 5 0.6801 0.34653 0.308 0.316 0.000 0.000 0.376
#> SRR1447760 2 0.2605 0.61732 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1487784 2 0.0794 0.62723 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1331037 2 0.4101 0.48582 0.004 0.664 0.000 0.000 0.332
#> SRR1095651 4 0.4837 -0.28126 0.016 0.000 0.424 0.556 0.004
#> SRR1078066 5 0.5046 -0.01750 0.328 0.020 0.000 0.020 0.632
#> SRR1120363 5 0.6696 0.23894 0.372 0.240 0.000 0.000 0.388
#> SRR821231 1 0.4471 0.62495 0.768 0.000 0.004 0.108 0.120
#> SRR1374373 5 0.4576 0.20689 0.016 0.376 0.000 0.000 0.608
#> SRR1324519 2 0.2230 0.60226 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1431121 1 0.3098 0.68709 0.836 0.000 0.000 0.016 0.148
#> SRR1091032 5 0.4306 -0.20411 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1365575 2 0.0324 0.61949 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1072972 1 0.3210 0.33420 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1310690 2 0.4088 0.43509 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1383037 3 0.5140 0.49768 0.084 0.000 0.664 0.252 0.000
#> SRR1095479 3 0.6680 0.45660 0.188 0.000 0.500 0.300 0.012
#> SRR1070403 3 0.5738 0.52579 0.060 0.000 0.664 0.048 0.228
#> SRR1390203 1 0.4358 0.57780 0.696 0.012 0.000 0.008 0.284
#> SRR1072007 5 0.4613 0.11137 0.004 0.408 0.000 0.008 0.580
#> SRR1468787 5 0.5373 0.11793 0.300 0.044 0.000 0.020 0.636
#> SRR1347959 2 0.4088 0.44454 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1338513 4 0.3336 0.63307 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR812598 2 0.4074 0.39528 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1446806 1 0.4390 0.57653 0.568 0.004 0.000 0.000 0.428
#> SRR1394275 1 0.5355 0.62762 0.604 0.044 0.000 0.012 0.340
#> SRR1443633 1 0.5183 0.62345 0.692 0.000 0.004 0.200 0.104
#> SRR1087728 4 0.3885 0.44522 0.040 0.000 0.176 0.784 0.000
#> SRR1098192 5 0.4219 0.09368 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1093340 2 0.2648 0.62536 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR665405 4 0.5407 0.57747 0.128 0.008 0.000 0.684 0.180
#> SRR657077 5 0.6211 0.25365 0.128 0.368 0.000 0.004 0.500
#> SRR813208 3 0.5668 0.45761 0.172 0.000 0.632 0.196 0.000
#> SRR1416074 2 0.0510 0.62522 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1089688 4 0.4899 0.57383 0.020 0.064 0.000 0.736 0.180
#> SRR1353461 3 0.5638 0.45908 0.172 0.000 0.636 0.192 0.000
#> SRR1466321 5 0.5276 0.20527 0.300 0.056 0.000 0.008 0.636
#> SRR1073021 5 0.5145 0.47868 0.120 0.160 0.000 0.008 0.712
#> SRR1322816 5 0.4273 -0.00202 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR1457727 1 0.4639 0.62107 0.612 0.000 0.000 0.020 0.368
#> SRR1464226 5 0.7722 -0.07214 0.132 0.108 0.000 0.372 0.388
#> SRR1398863 1 0.3282 0.68418 0.804 0.000 0.000 0.008 0.188
#> SRR1455631 2 0.5299 0.20310 0.040 0.520 0.000 0.004 0.436
#> SRR1307808 2 0.4560 0.12125 0.008 0.508 0.000 0.000 0.484
#> SRR1374585 2 0.0451 0.62125 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1072104 5 0.5630 0.39730 0.188 0.144 0.000 0.008 0.660
#> SRR1076868 2 0.0963 0.62970 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1335984 5 0.4367 0.06216 0.372 0.008 0.000 0.000 0.620
#> SRR1445939 1 0.3585 0.58138 0.844 0.016 0.000 0.052 0.088
#> SRR1453047 5 0.4150 0.13934 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1339788 1 0.5493 0.52253 0.672 0.000 0.008 0.196 0.124
#> SRR1084323 1 0.6186 0.01033 0.556 0.000 0.340 0.036 0.068
#> SRR1092937 4 0.4668 0.47596 0.384 0.000 0.008 0.600 0.008
#> SRR1074090 2 0.3612 0.56280 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1099833 4 0.3942 0.63156 0.204 0.004 0.016 0.772 0.004
#> SRR1093434 3 0.7787 0.14081 0.068 0.000 0.376 0.328 0.228
#> SRR1435857 5 0.5341 0.06501 0.356 0.064 0.000 0.000 0.580
#> SRR1480347 2 0.2471 0.62206 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1440787 2 0.0451 0.61886 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1430202 5 0.5779 -0.30640 0.456 0.088 0.000 0.000 0.456
#> SRR1322730 4 0.5559 0.36849 0.008 0.060 0.000 0.572 0.360
#> SRR811029 5 0.6288 0.25080 0.156 0.372 0.000 0.000 0.472
#> SRR1390456 3 0.5506 0.52253 0.060 0.000 0.696 0.048 0.196
#> SRR1381140 1 0.1764 0.63279 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR1388064 2 0.1430 0.61095 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1093577 5 0.4840 0.29026 0.040 0.320 0.000 0.000 0.640
#> SRR1414161 5 0.5123 0.48959 0.160 0.144 0.000 0.000 0.696
#> SRR1328738 5 0.4440 0.02283 0.324 0.012 0.000 0.004 0.660
#> SRR1311752 2 0.3816 0.52400 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1445960 5 0.4354 0.20807 0.008 0.368 0.000 0.000 0.624
#> SRR1403412 5 0.4885 0.24642 0.276 0.056 0.000 0.000 0.668
#> SRR2166748 3 0.6692 0.45896 0.232 0.000 0.496 0.264 0.008
#> SRR821666 2 0.0671 0.62145 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1330746 3 0.5457 0.52747 0.060 0.000 0.680 0.032 0.228
#> SRR1327872 5 0.4425 0.00695 0.000 0.452 0.000 0.004 0.544
#> SRR1100800 5 0.5304 0.22737 0.292 0.080 0.000 0.000 0.628
#> SRR1075174 1 0.2206 0.63944 0.912 0.004 0.000 0.016 0.068
#> SRR1434436 1 0.6170 0.47797 0.492 0.120 0.000 0.004 0.384
#> SRR1389409 2 0.0324 0.61949 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1085310 1 0.4949 0.67115 0.656 0.000 0.000 0.056 0.288
#> SRR1376718 2 0.0324 0.61949 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR808590 2 0.3266 0.50509 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> SRR1084128 2 0.3210 0.59679 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1361692 1 0.6292 0.42415 0.448 0.152 0.000 0.000 0.400
#> SRR1431493 1 0.5215 0.30384 0.592 0.000 0.000 0.352 0.056
#> SRR1409084 4 0.6483 0.50117 0.224 0.024 0.000 0.580 0.172
#> SRR2166214 4 0.5513 0.56751 0.132 0.008 0.000 0.672 0.188
#> SRR1324102 5 0.4262 0.03276 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1079754 2 0.3999 0.42580 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1442127 4 0.1502 0.61743 0.056 0.000 0.004 0.940 0.000
#> SRR1076244 4 0.4368 0.64978 0.184 0.036 0.000 0.764 0.016
#> SRR1330901 2 0.4126 0.42407 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1073167 2 0.4287 0.21313 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1357541 5 0.4934 -0.32702 0.432 0.004 0.000 0.020 0.544
#> SRR811607 5 0.4446 -0.28860 0.400 0.008 0.000 0.000 0.592
#> SRR1468931 4 0.7621 0.21999 0.228 0.000 0.080 0.472 0.220
#> SRR1474908 1 0.5626 0.44825 0.504 0.076 0.000 0.000 0.420
#> SRR1309875 2 0.4443 0.24083 0.004 0.524 0.000 0.000 0.472
#> SRR598792 3 0.5737 0.56815 0.112 0.000 0.680 0.176 0.032
#> SRR1088537 2 0.4030 0.45946 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1457682 1 0.5203 0.42938 0.600 0.032 0.000 0.012 0.356
#> SRR1454289 2 0.4283 0.23665 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1069352 4 0.3993 0.52144 0.216 0.000 0.028 0.756 0.000
#> SRR1472728 2 0.4262 0.32149 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1091144 5 0.5008 0.05482 0.012 0.476 0.000 0.012 0.500
#> SRR1319118 1 0.3846 0.65358 0.800 0.000 0.000 0.056 0.144
#> SRR1403611 3 0.7438 0.35831 0.052 0.028 0.540 0.252 0.128
#> SRR1397762 1 0.6252 0.49693 0.580 0.012 0.000 0.156 0.252
#> SRR1317387 4 0.3459 0.65374 0.116 0.000 0.000 0.832 0.052
#> SRR1376426 2 0.0510 0.62522 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1097777 1 0.3596 0.68631 0.776 0.000 0.000 0.012 0.212
#> SRR1365743 3 0.5087 0.51899 0.292 0.000 0.644 0.064 0.000
#> SRR1458992 5 0.4383 0.07322 0.004 0.424 0.000 0.000 0.572
#> SRR1089537 4 0.4651 0.55857 0.004 0.060 0.000 0.728 0.208
#> SRR1397744 1 0.6373 0.43476 0.572 0.204 0.000 0.012 0.212
#> SRR1453893 2 0.1952 0.60471 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1098543 1 0.4706 0.47725 0.496 0.008 0.000 0.004 0.492
#> SRR1321765 5 0.6314 0.33540 0.068 0.320 0.000 0.048 0.564
#> SRR1440032 5 0.8549 0.06237 0.196 0.240 0.000 0.280 0.284
#> SRR1404507 2 0.2124 0.59319 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1404856 5 0.4912 -0.07155 0.008 0.480 0.000 0.012 0.500
#> SRR812745 1 0.6159 0.50608 0.584 0.020 0.000 0.108 0.288
#> SRR1417524 4 0.4065 0.63194 0.180 0.000 0.048 0.772 0.000
#> SRR1407334 2 0.3123 0.52496 0.000 0.812 0.000 0.004 0.184
#> SRR1453991 5 0.6662 0.25302 0.160 0.372 0.000 0.012 0.456
#> SRR1415938 1 0.4111 0.62385 0.788 0.000 0.000 0.092 0.120
#> SRR1081259 5 0.5814 0.39047 0.128 0.288 0.000 0.000 0.584
#> SRR1436187 2 0.0324 0.61949 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1431948 3 0.2329 0.59039 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1453277 5 0.5114 -0.40754 0.476 0.036 0.000 0.000 0.488
#> SRR1095407 5 0.5061 0.10510 0.020 0.444 0.000 0.008 0.528
#> SRR1359694 2 0.4210 0.38227 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR656982 5 0.6461 0.32531 0.300 0.156 0.000 0.012 0.532
#> SRR1354338 2 0.4114 0.55559 0.016 0.712 0.000 0.000 0.272
#> SRR1088291 5 0.4471 0.10085 0.292 0.004 0.000 0.020 0.684
#> SRR1080624 5 0.4300 -0.06384 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2166708 3 0.5802 0.52423 0.060 0.000 0.660 0.052 0.228
#> SRR1393572 5 0.6657 0.19945 0.372 0.228 0.000 0.000 0.400
#> SRR1429912 5 0.4074 0.19226 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1421048 5 0.4278 -0.00629 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1434999 4 0.6438 0.09985 0.052 0.000 0.240 0.604 0.104
#> SRR656457 1 0.6473 0.53779 0.532 0.000 0.020 0.320 0.128
#> SRR1098928 4 0.3790 0.51809 0.004 0.000 0.272 0.724 0.000
#> SRR1343967 2 0.4015 0.46315 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1360766 1 0.3783 0.66157 0.740 0.000 0.000 0.008 0.252
#> SRR1464724 2 0.4601 0.29402 0.032 0.720 0.000 0.012 0.236
#> SRR1101542 2 0.2179 0.58249 0.000 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1401528 4 0.3521 0.63114 0.232 0.000 0.004 0.764 0.000
#> SRR1071519 3 0.3569 0.58650 0.004 0.000 0.816 0.152 0.028
#> SRR1086070 1 0.3969 0.11262 0.692 0.000 0.000 0.304 0.004
#> SRR1358645 5 0.4415 0.00848 0.004 0.444 0.000 0.000 0.552
#> SRR819771 3 0.5920 0.36594 0.088 0.000 0.464 0.444 0.004
#> SRR1418433 4 0.4826 0.64692 0.156 0.012 0.000 0.744 0.088
#> SRR821050 1 0.4904 0.48301 0.504 0.000 0.000 0.024 0.472
#> SRR1402091 5 0.6052 0.31811 0.180 0.248 0.000 0.000 0.572
#> SRR1322028 2 0.4242 0.30893 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1452556 2 0.2806 0.54695 0.000 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR1340047 1 0.5118 0.50067 0.548 0.040 0.000 0.000 0.412
#> SRR1418302 5 0.6226 0.31141 0.156 0.340 0.000 0.000 0.504
#> SRR1073991 1 0.4706 0.63683 0.632 0.004 0.000 0.020 0.344
#> SRR1085187 2 0.0324 0.62213 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1357618 1 0.6184 0.65054 0.576 0.000 0.004 0.212 0.208
#> SRR1487764 4 0.1831 0.62319 0.076 0.000 0.004 0.920 0.000
#> SRR1075336 1 0.4986 0.52140 0.532 0.012 0.000 0.012 0.444
#> SRR1365471 2 0.2605 0.62671 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1414613 2 0.4114 0.42862 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR658719 3 0.4974 0.37810 0.484 0.000 0.492 0.020 0.004
#> SRR1475128 3 0.8013 0.43107 0.200 0.000 0.440 0.136 0.224
#> SRR1367630 5 0.7426 0.07257 0.088 0.120 0.000 0.344 0.448
#> SRR1481146 5 0.5925 0.39093 0.124 0.288 0.000 0.004 0.584
#> SRR1465674 5 0.5288 0.48259 0.120 0.164 0.000 0.012 0.704
#> SRR1327303 1 0.4843 0.63831 0.676 0.004 0.000 0.044 0.276
#> SRR1390391 1 0.4504 0.55897 0.564 0.008 0.000 0.000 0.428
#> SRR1326020 1 0.4118 0.58188 0.660 0.000 0.000 0.004 0.336
#> SRR1381953 1 0.4403 0.08623 0.608 0.000 0.000 0.384 0.008
#> SRR1082544 2 0.4192 0.38785 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR810761 1 0.5906 0.66102 0.616 0.000 0.004 0.176 0.204
#> SRR1070764 3 0.5235 0.50429 0.312 0.000 0.620 0.068 0.000
#> SRR1415919 3 0.0324 0.58906 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1490404 2 0.3305 0.56612 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1416773 2 0.4299 0.39229 0.000 0.608 0.000 0.004 0.388
#> SRR1377492 4 0.4186 0.63664 0.184 0.004 0.000 0.768 0.044
#> SRR1334314 5 0.6181 0.45603 0.252 0.196 0.000 0.000 0.552
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 1 0.1910 0.62832 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1074385 1 0.3653 0.53350 0.692 0.300 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1374739 5 0.0000 0.84262 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.4086 0.55410 0.676 0.300 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR2167209 2 0.5411 0.36397 0.152 0.560 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.2632 0.45450 0.000 0.832 0.000 0.164 0.000 0.004
#> SRR663645 2 0.4456 0.40121 0.072 0.720 0.000 0.196 0.000 0.012
#> SRR1381505 4 0.0937 0.65853 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.4467 0.04724 0.020 0.496 0.000 0.480 0.000 0.004
#> SRR1318503 2 0.4153 0.46123 0.068 0.752 0.004 0.172 0.000 0.004
#> SRR1341626 2 0.2996 0.40713 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1382440 6 0.5737 0.41445 0.176 0.000 0.204 0.024 0.000 0.596
#> SRR1088413 1 0.3372 0.63495 0.816 0.084 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1082080 4 0.3868 0.28422 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR1455783 2 0.4061 0.39267 0.248 0.708 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1447760 4 0.4062 0.49678 0.024 0.316 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1487784 4 0.3136 0.59274 0.004 0.228 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.4346 0.07241 0.008 0.524 0.004 0.460 0.000 0.004
#> SRR1095651 6 0.4197 0.36586 0.032 0.000 0.284 0.004 0.000 0.680
#> SRR1078066 2 0.4581 0.02979 0.448 0.524 0.004 0.020 0.000 0.004
#> SRR1120363 2 0.3615 0.27950 0.292 0.700 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR821231 1 0.2618 0.63723 0.860 0.000 0.024 0.000 0.000 0.116
#> SRR1374373 2 0.3708 0.50315 0.068 0.800 0.004 0.124 0.000 0.004
#> SRR1324519 4 0.3747 0.45928 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.2469 0.63863 0.896 0.004 0.060 0.012 0.000 0.028
#> SRR1091032 2 0.3654 0.47821 0.060 0.792 0.000 0.144 0.000 0.004
#> SRR1365575 4 0.0937 0.65853 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.4266 0.54647 0.736 0.000 0.060 0.012 0.000 0.192
#> SRR1310690 2 0.3923 0.17910 0.004 0.580 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.3778 0.58300 0.028 0.000 0.784 0.000 0.024 0.164
#> SRR1095479 3 0.5951 -0.03960 0.112 0.000 0.476 0.028 0.000 0.384
#> SRR1070403 5 0.0000 0.84262 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.6216 0.52845 0.572 0.272 0.084 0.020 0.000 0.052
#> SRR1072007 2 0.3492 0.47991 0.032 0.788 0.000 0.176 0.000 0.004
#> SRR1468787 2 0.4760 0.11280 0.436 0.520 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR1347959 2 0.4460 0.17676 0.024 0.568 0.004 0.404 0.000 0.000
#> SRR1338513 6 0.2003 0.57281 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR812598 2 0.3464 0.21095 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.3078 0.64540 0.796 0.192 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1394275 1 0.2971 0.66652 0.832 0.144 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1443633 1 0.5082 0.46996 0.668 0.000 0.224 0.032 0.000 0.076
#> SRR1087728 6 0.4546 0.20275 0.008 0.000 0.444 0.020 0.000 0.528
#> SRR1098192 2 0.2785 0.48536 0.008 0.852 0.004 0.128 0.000 0.008
#> SRR1093340 4 0.3747 0.35157 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR665405 6 0.5407 0.55714 0.036 0.112 0.060 0.076 0.000 0.716
#> SRR657077 2 0.4176 0.40340 0.064 0.716 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.3834 0.57036 0.036 0.000 0.732 0.000 0.000 0.232
#> SRR1416074 4 0.2969 0.59854 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1089688 6 0.5453 0.45152 0.012 0.192 0.000 0.180 0.000 0.616
#> SRR1353461 3 0.4393 0.55731 0.060 0.000 0.708 0.000 0.008 0.224
#> SRR1466321 2 0.3972 0.37277 0.300 0.680 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1073021 2 0.5061 0.48362 0.240 0.636 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR1322816 2 0.2491 0.45273 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.2003 0.66926 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.6290 0.30455 0.068 0.600 0.044 0.056 0.000 0.232
#> SRR1398863 1 0.2243 0.62867 0.880 0.004 0.004 0.000 0.000 0.112
#> SRR1455631 2 0.4260 0.31630 0.024 0.640 0.000 0.332 0.000 0.004
#> SRR1307808 2 0.4571 0.32801 0.048 0.636 0.004 0.312 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.1444 0.66058 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.4278 0.41732 0.076 0.712 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1076868 4 0.3314 0.57818 0.000 0.256 0.004 0.740 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.5073 0.12162 0.376 0.548 0.000 0.004 0.000 0.072
#> SRR1445939 1 0.5634 0.55931 0.680 0.060 0.088 0.020 0.000 0.152
#> SRR1453047 2 0.2146 0.51739 0.044 0.908 0.000 0.044 0.000 0.004
#> SRR1339788 1 0.3653 0.55308 0.748 0.000 0.004 0.000 0.020 0.228
#> SRR1084323 1 0.5304 0.35479 0.604 0.000 0.292 0.020 0.000 0.084
#> SRR1092937 6 0.3583 0.38982 0.260 0.000 0.004 0.008 0.000 0.728
#> SRR1074090 2 0.3995 0.00742 0.000 0.516 0.004 0.480 0.000 0.000
#> SRR1099833 6 0.2282 0.56871 0.088 0.000 0.024 0.000 0.000 0.888
#> SRR1093434 5 0.0000 0.84262 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435857 2 0.3684 0.19747 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480347 4 0.4088 0.48706 0.020 0.308 0.004 0.668 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.1007 0.65804 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.4652 0.27556 0.508 0.460 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1322730 2 0.6035 0.08435 0.012 0.468 0.000 0.176 0.000 0.344
#> SRR811029 2 0.4682 0.44722 0.176 0.696 0.000 0.124 0.000 0.004
#> SRR1390456 5 0.3428 0.50793 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1381140 1 0.4626 0.58853 0.756 0.020 0.080 0.020 0.000 0.124
#> SRR1388064 4 0.1663 0.64514 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1093577 2 0.1349 0.52263 0.056 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414161 2 0.4469 0.49041 0.220 0.700 0.000 0.076 0.000 0.004
#> SRR1328738 2 0.4713 0.16970 0.380 0.580 0.008 0.004 0.000 0.028
#> SRR1311752 2 0.4313 0.01844 0.012 0.504 0.004 0.480 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.3876 0.49399 0.068 0.772 0.000 0.156 0.000 0.004
#> SRR1403412 2 0.3741 0.32561 0.320 0.672 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2166748 3 0.6414 0.07818 0.220 0.000 0.436 0.024 0.000 0.320
#> SRR821666 4 0.1714 0.66164 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1330746 5 0.0000 0.84262 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.3531 0.36713 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1100800 2 0.3862 -0.02243 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.4612 0.58356 0.764 0.028 0.080 0.020 0.000 0.108
#> SRR1434436 1 0.5209 0.50671 0.672 0.184 0.004 0.120 0.000 0.020
#> SRR1389409 4 0.0937 0.65853 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.2331 0.67328 0.888 0.080 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1376718 4 0.0937 0.65853 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.3464 0.41798 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1084128 4 0.3867 0.27650 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.6290 0.23875 0.480 0.300 0.008 0.200 0.000 0.012
#> SRR1431493 1 0.3217 0.55122 0.768 0.008 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1409084 6 0.6326 0.44018 0.124 0.156 0.084 0.020 0.000 0.616
#> SRR2166214 6 0.5904 0.54514 0.084 0.116 0.060 0.060 0.000 0.680
#> SRR1324102 2 0.3087 0.45367 0.012 0.808 0.004 0.176 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.3742 0.15943 0.000 0.648 0.000 0.348 0.000 0.004
#> SRR1442127 6 0.3792 0.55522 0.044 0.000 0.144 0.020 0.000 0.792
#> SRR1076244 6 0.4243 0.58538 0.096 0.028 0.000 0.104 0.000 0.772
#> SRR1330901 2 0.5066 0.16629 0.064 0.496 0.004 0.436 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.3684 0.29819 0.000 0.664 0.004 0.332 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.4082 0.26473 0.560 0.432 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR811607 2 0.3915 -0.01906 0.412 0.584 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468931 5 0.4570 0.48611 0.092 0.000 0.000 0.000 0.680 0.228
#> SRR1474908 1 0.4371 0.41404 0.580 0.392 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1309875 2 0.3887 0.39538 0.020 0.724 0.000 0.248 0.000 0.008
#> SRR598792 3 0.4832 0.38780 0.004 0.000 0.680 0.012 0.232 0.072
#> SRR1088537 2 0.4088 0.13640 0.004 0.556 0.004 0.436 0.000 0.000
#> SRR1457682 2 0.6530 -0.21440 0.376 0.464 0.088 0.020 0.000 0.052
#> SRR1454289 2 0.4506 0.31621 0.032 0.636 0.004 0.324 0.000 0.004
#> SRR1069352 6 0.6127 0.36929 0.196 0.000 0.228 0.032 0.000 0.544
#> SRR1472728 2 0.3693 0.34802 0.008 0.708 0.004 0.280 0.000 0.000
#> SRR1091144 4 0.4531 0.01995 0.032 0.464 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.2053 0.63001 0.888 0.004 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1403611 3 0.6325 0.22681 0.072 0.024 0.492 0.044 0.000 0.368
#> SRR1397762 1 0.6825 0.47589 0.492 0.308 0.084 0.020 0.000 0.096
#> SRR1317387 6 0.3013 0.58585 0.140 0.000 0.024 0.004 0.000 0.832
#> SRR1376426 4 0.2969 0.59854 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.2163 0.64052 0.892 0.016 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1365743 3 0.3895 0.57861 0.052 0.000 0.788 0.008 0.008 0.144
#> SRR1458992 2 0.2558 0.46203 0.004 0.840 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1089537 6 0.5278 0.43028 0.000 0.204 0.000 0.192 0.000 0.604
#> SRR1397744 1 0.4515 0.50027 0.656 0.280 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1453893 4 0.2597 0.59474 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.4532 0.24897 0.500 0.468 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1321765 2 0.6164 0.39688 0.120 0.588 0.048 0.232 0.000 0.012
#> SRR1440032 4 0.7706 -0.15344 0.212 0.244 0.000 0.284 0.000 0.260
#> SRR1404507 4 0.2854 0.54330 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1404856 2 0.4736 0.35198 0.072 0.620 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.6706 0.53721 0.556 0.220 0.088 0.020 0.000 0.116
#> SRR1417524 6 0.3434 0.56323 0.084 0.000 0.040 0.000 0.040 0.836
#> SRR1407334 4 0.3446 0.43028 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1453991 2 0.4360 0.48399 0.184 0.724 0.000 0.088 0.000 0.004
#> SRR1415938 1 0.4204 0.61528 0.800 0.036 0.084 0.020 0.000 0.060
#> SRR1081259 2 0.4070 0.51206 0.120 0.784 0.004 0.076 0.000 0.016
#> SRR1436187 4 0.0937 0.65853 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.2346 0.51355 0.000 0.000 0.868 0.000 0.124 0.008
#> SRR1453277 1 0.3833 0.36148 0.556 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095407 4 0.5520 -0.23539 0.100 0.444 0.000 0.448 0.000 0.008
#> SRR1359694 2 0.3672 0.33439 0.008 0.712 0.004 0.276 0.000 0.000
#> SRR656982 2 0.6695 0.34979 0.280 0.492 0.000 0.124 0.000 0.104
#> SRR1354338 2 0.4887 -0.10615 0.048 0.476 0.000 0.472 0.000 0.004
#> SRR1088291 2 0.3699 0.28660 0.336 0.660 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1080624 2 0.3776 0.43589 0.052 0.760 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2166708 5 0.0000 0.84262 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.4886 -0.14542 0.476 0.484 0.008 0.016 0.000 0.016
#> SRR1429912 2 0.2231 0.52115 0.068 0.900 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1421048 2 0.3662 0.47939 0.044 0.780 0.000 0.172 0.000 0.004
#> SRR1434999 6 0.6090 0.23135 0.000 0.000 0.156 0.020 0.356 0.468
#> SRR656457 1 0.5484 0.48001 0.664 0.004 0.164 0.020 0.008 0.140
#> SRR1098928 6 0.5404 0.14777 0.000 0.000 0.312 0.000 0.140 0.548
#> SRR1343967 2 0.4370 0.11859 0.016 0.536 0.004 0.444 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.3502 0.63368 0.812 0.076 0.004 0.000 0.000 0.108
#> SRR1464724 4 0.3915 0.54138 0.116 0.056 0.004 0.800 0.000 0.024
#> SRR1101542 4 0.2340 0.60843 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR1401528 6 0.2302 0.56738 0.120 0.000 0.000 0.008 0.000 0.872
#> SRR1071519 3 0.4933 0.32322 0.000 0.000 0.624 0.016 0.304 0.056
#> SRR1086070 1 0.5526 0.18249 0.480 0.000 0.076 0.020 0.000 0.424
#> SRR1358645 2 0.2884 0.45394 0.004 0.824 0.000 0.164 0.000 0.008
#> SRR819771 6 0.4856 0.16386 0.016 0.000 0.448 0.028 0.000 0.508
#> SRR1418433 6 0.4150 0.59394 0.060 0.036 0.028 0.068 0.000 0.808
#> SRR821050 1 0.3991 0.55664 0.704 0.272 0.008 0.004 0.000 0.012
#> SRR1402091 2 0.6216 0.43122 0.180 0.592 0.000 0.120 0.000 0.108
#> SRR1322028 2 0.4230 0.25943 0.024 0.612 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.3384 0.52917 0.004 0.228 0.000 0.760 0.000 0.008
#> SRR1340047 1 0.5790 0.45143 0.620 0.240 0.012 0.084 0.000 0.044
#> SRR1418302 2 0.3439 0.49133 0.096 0.828 0.000 0.060 0.000 0.016
#> SRR1073991 1 0.1753 0.66573 0.912 0.084 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1085187 4 0.2597 0.63187 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1357618 1 0.5874 0.49663 0.656 0.080 0.168 0.020 0.000 0.076
#> SRR1487764 6 0.3352 0.55848 0.032 0.000 0.148 0.008 0.000 0.812
#> SRR1075336 1 0.3788 0.55974 0.704 0.280 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1365471 4 0.3717 0.35809 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.4631 0.16994 0.032 0.536 0.000 0.428 0.000 0.004
#> SRR658719 1 0.5804 0.25809 0.528 0.000 0.328 0.020 0.000 0.124
#> SRR1475128 5 0.3521 0.68797 0.040 0.000 0.024 0.000 0.820 0.116
#> SRR1367630 2 0.6514 0.04303 0.032 0.436 0.000 0.216 0.000 0.316
#> SRR1481146 2 0.5073 0.36858 0.080 0.636 0.000 0.268 0.000 0.016
#> SRR1465674 2 0.3932 0.41951 0.248 0.720 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1327303 1 0.4795 0.60284 0.672 0.176 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1390391 1 0.3584 0.52896 0.688 0.308 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326020 1 0.4474 0.60191 0.704 0.188 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1381953 1 0.3727 0.35088 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1082544 2 0.5065 0.23163 0.068 0.532 0.004 0.396 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.3419 0.60432 0.812 0.000 0.104 0.000 0.000 0.084
#> SRR1070764 3 0.3094 0.57923 0.036 0.000 0.824 0.000 0.000 0.140
#> SRR1415919 3 0.3175 0.40686 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1490404 4 0.4343 0.31342 0.020 0.384 0.004 0.592 0.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.5157 0.17355 0.072 0.484 0.004 0.440 0.000 0.000
#> SRR1377492 6 0.2926 0.57309 0.112 0.012 0.000 0.024 0.000 0.852
#> SRR1334314 2 0.3602 0.51151 0.176 0.784 0.000 0.032 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.576 0.766 0.899 0.4927 0.504 0.504
#> 3 3 0.395 0.562 0.739 0.2221 0.706 0.504
#> 4 4 0.564 0.666 0.772 0.1727 0.789 0.524
#> 5 5 0.553 0.546 0.706 0.0599 0.814 0.464
#> 6 6 0.604 0.418 0.663 0.0569 0.878 0.562
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0376 0.87194 0.996 0.004
#> SRR1074385 2 0.0376 0.88161 0.004 0.996
#> SRR1374739 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1097883 2 0.8267 0.56447 0.260 0.740
#> SRR2167209 1 0.0376 0.87194 0.996 0.004
#> SRR816541 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.9129 0.55736 0.328 0.672
#> SRR1381505 2 0.9850 0.35006 0.428 0.572
#> SRR1416362 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.2236 0.85253 0.964 0.036
#> SRR1082080 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1455783 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1447760 2 0.8144 0.66662 0.252 0.748
#> SRR1487784 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1120363 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR821231 1 0.9170 0.54274 0.668 0.332
#> SRR1374373 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.9983 0.25350 0.524 0.476
#> SRR1091032 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.9393 0.51466 0.356 0.644
#> SRR1072972 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1310690 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1390203 2 0.9922 0.00675 0.448 0.552
#> SRR1072007 2 0.2778 0.85527 0.048 0.952
#> SRR1468787 1 0.0938 0.86806 0.988 0.012
#> SRR1347959 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1446806 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1394275 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1443633 1 0.0376 0.87194 0.996 0.004
#> SRR1087728 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR657077 2 0.2778 0.85526 0.048 0.952
#> SRR813208 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.9850 0.35522 0.428 0.572
#> SRR1353461 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1073021 1 0.0938 0.86806 0.988 0.012
#> SRR1322816 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1464226 1 0.2236 0.85256 0.964 0.036
#> SRR1398863 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1455631 1 0.8713 0.48289 0.708 0.292
#> SRR1307808 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.7139 0.73163 0.196 0.804
#> SRR1072104 2 0.8443 0.63967 0.272 0.728
#> SRR1076868 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.2423 0.85561 0.040 0.960
#> SRR1445939 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1453047 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1092937 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1074090 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1435857 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.9522 0.48320 0.372 0.628
#> SRR1430202 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1322730 2 0.9393 0.50860 0.356 0.644
#> SRR811029 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1388064 2 0.8608 0.62425 0.284 0.716
#> SRR1093577 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1414161 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1328738 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.8267 0.56424 0.260 0.740
#> SRR2166748 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.9170 0.55605 0.332 0.668
#> SRR1100800 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1075174 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1434436 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1389409 1 0.9686 0.26920 0.604 0.396
#> SRR1085310 2 0.9922 0.27624 0.448 0.552
#> SRR1376718 2 0.9393 0.51466 0.356 0.644
#> SRR808590 2 0.7528 0.71038 0.216 0.784
#> SRR1084128 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1361692 2 0.8763 0.60532 0.296 0.704
#> SRR1431493 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.1184 0.86602 0.984 0.016
#> SRR2166214 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.5408 0.79763 0.124 0.876
#> SRR1442127 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.7528 0.71178 0.216 0.784
#> SRR1330901 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.3274 0.83332 0.940 0.060
#> SRR811607 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1468931 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.8608 0.51903 0.284 0.716
#> SRR598792 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1457682 2 0.9815 0.11854 0.420 0.580
#> SRR1454289 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1069352 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1091144 1 0.0376 0.87194 0.996 0.004
#> SRR1319118 1 0.0376 0.87194 0.996 0.004
#> SRR1403611 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.0376 0.87181 0.996 0.004
#> SRR1317387 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1097777 2 0.1184 0.87412 0.016 0.984
#> SRR1365743 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1397744 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1453893 2 0.7528 0.71035 0.216 0.784
#> SRR1098543 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1321765 1 0.0672 0.87026 0.992 0.008
#> SRR1440032 2 0.9209 0.54370 0.336 0.664
#> SRR1404507 2 0.7299 0.72339 0.204 0.796
#> SRR1404856 1 0.3733 0.82379 0.928 0.072
#> SRR812745 1 0.9248 0.52865 0.660 0.340
#> SRR1417524 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.6801 0.74739 0.180 0.820
#> SRR1453991 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1415938 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1081259 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1436187 1 0.9710 0.24656 0.600 0.400
#> SRR1431948 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1095407 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR656982 1 0.2603 0.84671 0.956 0.044
#> SRR1354338 2 0.8499 0.63397 0.276 0.724
#> SRR1088291 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1080624 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1360766 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1464724 2 0.8144 0.67256 0.252 0.748
#> SRR1101542 2 0.9983 0.22232 0.476 0.524
#> SRR1401528 1 0.6148 0.75229 0.848 0.152
#> SRR1071519 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1358645 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1418433 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR821050 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1402091 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1322028 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.7376 0.71909 0.208 0.792
#> SRR1340047 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1418302 2 0.1633 0.86870 0.024 0.976
#> SRR1073991 2 0.8016 0.59865 0.244 0.756
#> SRR1085187 1 0.0672 0.87021 0.992 0.008
#> SRR1357618 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1075336 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR658719 1 0.9833 0.39404 0.576 0.424
#> SRR1475128 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.9795 0.38165 0.416 0.584
#> SRR1481146 1 0.2423 0.84526 0.960 0.040
#> SRR1465674 1 0.0376 0.87194 0.996 0.004
#> SRR1327303 1 0.9775 0.41551 0.588 0.412
#> SRR1390391 2 0.7219 0.67506 0.200 0.800
#> SRR1326020 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> SRR1381953 1 0.6801 0.73355 0.820 0.180
#> SRR1082544 2 0.9358 0.51939 0.352 0.648
#> SRR810761 1 0.0672 0.87021 0.992 0.008
#> SRR1070764 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.87294 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
#> SRR1416773 1 0.0672 0.87026 0.992 0.008
#> SRR1377492 1 0.0376 0.87194 0.996 0.004
#> SRR1334314 2 0.0000 0.88427 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.5897 0.65661 0.132 0.076 0.792
#> SRR1074385 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 1 0.9606 0.39831 0.428 0.368 0.204
#> SRR2167209 3 0.6305 0.18847 0.000 0.484 0.516
#> SRR816541 1 0.4121 0.43133 0.832 0.168 0.000
#> SRR663645 2 0.5746 0.56843 0.180 0.780 0.040
#> SRR1381505 2 0.3528 0.64457 0.092 0.892 0.016
#> SRR1416362 1 0.3879 0.42747 0.848 0.152 0.000
#> SRR1318503 1 0.6126 0.57515 0.600 0.400 0.000
#> SRR1341626 1 0.4605 0.46887 0.796 0.204 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 3 0.6867 0.51504 0.040 0.288 0.672
#> SRR1082080 1 0.3941 0.42334 0.844 0.156 0.000
#> SRR1455783 1 0.5733 0.63630 0.676 0.324 0.000
#> SRR1447760 2 0.4920 0.64671 0.108 0.840 0.052
#> SRR1487784 1 0.3816 0.43127 0.852 0.148 0.000
#> SRR1331037 1 0.4750 0.58659 0.784 0.216 0.000
#> SRR1095651 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078066 3 0.4062 0.70532 0.000 0.164 0.836
#> SRR1120363 1 0.6079 0.60452 0.612 0.388 0.000
#> SRR821231 1 0.8316 0.26117 0.496 0.080 0.424
#> SRR1374373 1 0.5760 0.63545 0.672 0.328 0.000
#> SRR1324519 1 0.4062 0.42837 0.836 0.164 0.000
#> SRR1431121 1 0.9772 0.36150 0.440 0.268 0.292
#> SRR1091032 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1365575 2 0.3377 0.64508 0.092 0.896 0.012
#> SRR1072972 1 0.8310 0.26893 0.500 0.080 0.420
#> SRR1310690 1 0.3879 0.43419 0.848 0.152 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 1 0.9399 0.43592 0.500 0.292 0.208
#> SRR1072007 2 0.6205 0.09166 0.336 0.656 0.008
#> SRR1468787 3 0.6651 0.48942 0.024 0.320 0.656
#> SRR1347959 1 0.3752 0.43472 0.856 0.144 0.000
#> SRR1338513 3 0.1643 0.81595 0.000 0.044 0.956
#> SRR812598 1 0.5706 0.50927 0.680 0.320 0.000
#> SRR1446806 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1394275 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1443633 3 0.2486 0.80374 0.008 0.060 0.932
#> SRR1087728 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 1 0.6168 0.58833 0.588 0.412 0.000
#> SRR1093340 1 0.3941 0.42334 0.844 0.156 0.000
#> SRR665405 3 0.3038 0.76067 0.000 0.104 0.896
#> SRR657077 1 0.6282 0.58393 0.612 0.384 0.004
#> SRR813208 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 1 0.3879 0.42755 0.848 0.152 0.000
#> SRR1089688 2 0.4821 0.64401 0.064 0.848 0.088
#> SRR1353461 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1073021 3 0.6168 0.59920 0.036 0.224 0.740
#> SRR1322816 1 0.5859 0.57309 0.656 0.344 0.000
#> SRR1457727 1 0.9457 0.39292 0.500 0.236 0.264
#> SRR1464226 3 0.6522 0.49794 0.032 0.272 0.696
#> SRR1398863 1 0.8316 0.26117 0.496 0.080 0.424
#> SRR1455631 2 0.6696 0.36278 0.020 0.632 0.348
#> SRR1307808 1 0.5859 0.62813 0.656 0.344 0.000
#> SRR1374585 2 0.6688 0.43203 0.408 0.580 0.012
#> SRR1072104 2 0.4575 0.60053 0.160 0.828 0.012
#> SRR1076868 1 0.4702 0.44628 0.788 0.212 0.000
#> SRR1335984 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1445939 1 0.9464 0.40560 0.500 0.248 0.252
#> SRR1453047 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 1 0.8316 0.26117 0.496 0.080 0.424
#> SRR1092937 1 0.8310 0.26893 0.500 0.080 0.420
#> SRR1074090 1 0.3941 0.42334 0.844 0.156 0.000
#> SRR1099833 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093434 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.5926 0.62432 0.644 0.356 0.000
#> SRR1480347 1 0.4452 0.44302 0.808 0.192 0.000
#> SRR1440787 2 0.2446 0.66226 0.052 0.936 0.012
#> SRR1430202 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1322730 2 0.5719 0.59343 0.156 0.792 0.052
#> SRR811029 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.9239 0.35204 0.500 0.172 0.328
#> SRR1388064 2 0.4514 0.63554 0.156 0.832 0.012
#> SRR1093577 1 0.6280 0.51230 0.540 0.460 0.000
#> SRR1414161 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1328738 1 0.5948 0.62224 0.640 0.360 0.000
#> SRR1311752 1 0.3941 0.42334 0.844 0.156 0.000
#> SRR1445960 1 0.6062 0.58558 0.616 0.384 0.000
#> SRR1403412 1 0.6659 0.62700 0.668 0.304 0.028
#> SRR2166748 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR821666 1 0.3941 0.42334 0.844 0.156 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.4563 0.64893 0.112 0.852 0.036
#> SRR1100800 1 0.5560 0.64036 0.700 0.300 0.000
#> SRR1075174 1 0.9452 0.39798 0.500 0.232 0.268
#> SRR1434436 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1389409 2 0.3445 0.64720 0.088 0.896 0.016
#> SRR1085310 2 0.9991 -0.01371 0.312 0.344 0.344
#> SRR1376718 2 0.3459 0.64240 0.096 0.892 0.012
#> SRR808590 2 0.6427 0.49623 0.348 0.640 0.012
#> SRR1084128 1 0.3816 0.46427 0.852 0.148 0.000
#> SRR1361692 2 0.4742 0.65003 0.104 0.848 0.048
#> SRR1431493 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409084 3 0.6301 0.52919 0.028 0.260 0.712
#> SRR2166214 3 0.3267 0.75021 0.000 0.116 0.884
#> SRR1324102 1 0.5650 0.50152 0.688 0.312 0.000
#> SRR1079754 1 0.6396 0.29312 0.664 0.320 0.016
#> SRR1442127 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.6647 -0.12973 0.452 0.540 0.008
#> SRR1330901 1 0.3879 0.45697 0.848 0.152 0.000
#> SRR1073167 1 0.4504 0.45098 0.804 0.196 0.000
#> SRR1357541 3 0.7274 0.20388 0.028 0.452 0.520
#> SRR811607 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1309875 1 0.8726 0.51220 0.564 0.296 0.140
#> SRR598792 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 1 0.5859 0.52980 0.656 0.344 0.000
#> SRR1457682 1 0.9367 0.44033 0.504 0.292 0.204
#> SRR1454289 1 0.5760 0.63511 0.672 0.328 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472728 1 0.5948 0.56395 0.640 0.360 0.000
#> SRR1091144 2 0.6516 -0.11752 0.004 0.516 0.480
#> SRR1319118 3 0.6231 0.63158 0.148 0.080 0.772
#> SRR1403611 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397762 3 0.8810 0.28109 0.172 0.252 0.576
#> SRR1317387 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 1 0.3941 0.42334 0.844 0.156 0.000
#> SRR1097777 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1365743 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458992 1 0.5621 0.63952 0.692 0.308 0.000
#> SRR1089537 3 0.5216 0.61059 0.000 0.260 0.740
#> SRR1397744 1 0.5560 0.64036 0.700 0.300 0.000
#> SRR1453893 2 0.5848 0.54385 0.268 0.720 0.012
#> SRR1098543 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1321765 2 0.6291 -0.06647 0.000 0.532 0.468
#> SRR1440032 2 0.4390 0.61389 0.148 0.840 0.012
#> SRR1404507 2 0.5122 0.51501 0.200 0.788 0.012
#> SRR1404856 2 0.6849 0.19807 0.020 0.600 0.380
#> SRR812745 1 0.9457 0.39955 0.500 0.236 0.264
#> SRR1417524 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407334 2 0.6404 0.47647 0.344 0.644 0.012
#> SRR1453991 1 0.6079 0.60452 0.612 0.388 0.000
#> SRR1415938 1 0.9460 0.41941 0.500 0.260 0.240
#> SRR1081259 1 0.5706 0.63726 0.680 0.320 0.000
#> SRR1436187 2 0.2599 0.66216 0.052 0.932 0.016
#> SRR1431948 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1095407 3 0.6192 0.33845 0.000 0.420 0.580
#> SRR1359694 1 0.3941 0.43672 0.844 0.156 0.000
#> SRR656982 3 0.6744 0.51247 0.032 0.300 0.668
#> SRR1354338 2 0.3845 0.63148 0.116 0.872 0.012
#> SRR1088291 1 0.6008 0.61537 0.628 0.372 0.000
#> SRR1080624 1 0.5678 0.63810 0.684 0.316 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1429912 1 0.5988 0.61871 0.632 0.368 0.000
#> SRR1421048 1 0.6260 0.52900 0.552 0.448 0.000
#> SRR1434999 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR656457 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098928 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 1 0.3941 0.42334 0.844 0.156 0.000
#> SRR1360766 1 0.9419 0.36458 0.496 0.208 0.296
#> SRR1464724 2 0.7199 0.55813 0.204 0.704 0.092
#> SRR1101542 2 0.0829 0.66421 0.004 0.984 0.012
#> SRR1401528 3 0.8039 -0.08016 0.428 0.064 0.508
#> SRR1071519 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 1 0.8316 0.26117 0.496 0.080 0.424
#> SRR1358645 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 3 0.0424 0.83924 0.000 0.008 0.992
#> SRR821050 1 0.5835 0.63109 0.660 0.340 0.000
#> SRR1402091 1 0.9419 0.36609 0.496 0.208 0.296
#> SRR1322028 1 0.5882 0.61686 0.652 0.348 0.000
#> SRR1452556 2 0.5122 0.55904 0.200 0.788 0.012
#> SRR1340047 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1418302 1 0.6082 0.63395 0.692 0.296 0.012
#> SRR1073991 1 0.6964 0.61321 0.684 0.264 0.052
#> SRR1085187 2 0.6308 -0.15882 0.000 0.508 0.492
#> SRR1357618 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487764 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075336 1 0.5529 0.64049 0.704 0.296 0.000
#> SRR1365471 1 0.3941 0.42334 0.844 0.156 0.000
#> SRR1414613 1 0.5882 0.55337 0.652 0.348 0.000
#> SRR658719 1 0.8316 0.26117 0.496 0.080 0.424
#> SRR1475128 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 2 0.3966 0.65122 0.100 0.876 0.024
#> SRR1481146 3 0.5785 0.47411 0.000 0.332 0.668
#> SRR1465674 3 0.6252 0.29281 0.000 0.444 0.556
#> SRR1327303 1 0.8255 0.25181 0.496 0.076 0.428
#> SRR1390391 1 0.5928 0.63669 0.696 0.296 0.008
#> SRR1326020 1 0.9303 0.35701 0.500 0.184 0.316
#> SRR1381953 3 0.8304 -0.00683 0.416 0.080 0.504
#> SRR1082544 2 0.1620 0.66512 0.024 0.964 0.012
#> SRR810761 3 0.6475 0.55002 0.028 0.280 0.692
#> SRR1070764 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.84374 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 1 0.3941 0.42334 0.844 0.156 0.000
#> SRR1416773 2 0.6111 0.19178 0.000 0.604 0.396
#> SRR1377492 3 0.6025 0.63142 0.028 0.232 0.740
#> SRR1334314 1 0.6140 0.59295 0.596 0.404 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 1 0.8203 0.2745 0.464 0.024 0.296 0.216
#> SRR1074385 1 0.1452 0.7418 0.956 0.008 0.000 0.036
#> SRR1374739 3 0.2408 0.8475 0.000 0.036 0.920 0.044
#> SRR1097883 1 0.5859 0.3733 0.588 0.004 0.032 0.376
#> SRR2167209 4 0.3993 0.5959 0.028 0.020 0.104 0.848
#> SRR816541 2 0.1867 0.9192 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR663645 4 0.5451 0.4385 0.464 0.008 0.004 0.524
#> SRR1381505 4 0.5394 0.5734 0.060 0.228 0.000 0.712
#> SRR1416362 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1318503 1 0.1722 0.7354 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR1341626 2 0.6669 0.2742 0.104 0.564 0.000 0.332
#> SRR1382440 3 0.3444 0.8425 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1088413 4 0.7554 0.3221 0.180 0.020 0.232 0.568
#> SRR1082080 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.0895 0.7413 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1447760 4 0.5923 0.6264 0.216 0.100 0.000 0.684
#> SRR1487784 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.3907 0.7342 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.3668 0.8428 0.000 0.004 0.808 0.188
#> SRR1078066 4 0.6296 -0.0497 0.028 0.020 0.400 0.552
#> SRR1120363 1 0.3161 0.6370 0.864 0.012 0.000 0.124
#> SRR821231 1 0.7437 0.4216 0.536 0.004 0.248 0.212
#> SRR1374373 1 0.0779 0.7422 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1324519 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.5740 0.6069 0.700 0.000 0.092 0.208
#> SRR1091032 1 0.1004 0.7410 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1365575 4 0.5354 0.5677 0.056 0.232 0.000 0.712
#> SRR1072972 1 0.7680 0.4665 0.552 0.020 0.232 0.196
#> SRR1310690 2 0.1792 0.9211 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0469 0.8563 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1095479 3 0.4019 0.8377 0.000 0.012 0.792 0.196
#> SRR1070403 3 0.2494 0.8455 0.000 0.036 0.916 0.048
#> SRR1390203 1 0.5978 0.6406 0.732 0.028 0.088 0.152
#> SRR1072007 1 0.5292 -0.3617 0.512 0.008 0.000 0.480
#> SRR1468787 4 0.5079 0.5482 0.048 0.020 0.152 0.780
#> SRR1347959 2 0.1792 0.9211 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1338513 3 0.4775 0.7916 0.028 0.000 0.740 0.232
#> SRR812598 2 0.4277 0.6660 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.0592 0.7439 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0707 0.7431 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1443633 3 0.6502 0.7117 0.084 0.020 0.660 0.236
#> SRR1087728 3 0.0592 0.8596 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1098192 1 0.0937 0.7402 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1093340 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR665405 3 0.4176 0.8338 0.008 0.012 0.800 0.180
#> SRR657077 1 0.2908 0.6914 0.896 0.040 0.000 0.064
#> SRR813208 3 0.0469 0.8563 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1416074 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.5175 0.5947 0.328 0.012 0.004 0.656
#> SRR1353461 3 0.1059 0.8555 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR1466321 1 0.1042 0.7407 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1073021 4 0.6441 0.4047 0.084 0.020 0.228 0.668
#> SRR1322816 1 0.4679 0.2677 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.6540 0.5647 0.648 0.004 0.144 0.204
#> SRR1464226 4 0.7448 0.3921 0.196 0.012 0.228 0.564
#> SRR1398863 1 0.7844 0.4460 0.536 0.024 0.244 0.196
#> SRR1455631 4 0.4362 0.6707 0.136 0.008 0.040 0.816
#> SRR1307808 1 0.3402 0.6388 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR1374585 4 0.5543 0.4050 0.028 0.360 0.000 0.612
#> SRR1072104 4 0.5337 0.5007 0.424 0.012 0.000 0.564
#> SRR1076868 2 0.2773 0.9025 0.072 0.900 0.000 0.028
#> SRR1335984 1 0.1109 0.7425 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1445939 1 0.7343 0.5566 0.612 0.028 0.180 0.180
#> SRR1453047 1 0.1909 0.7373 0.940 0.048 0.004 0.008
#> SRR1339788 3 0.4466 0.8436 0.000 0.036 0.784 0.180
#> SRR1084323 1 0.7848 0.4680 0.544 0.028 0.240 0.188
#> SRR1092937 1 0.7085 0.5064 0.588 0.004 0.216 0.192
#> SRR1074090 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.3768 0.8360 0.000 0.008 0.808 0.184
#> SRR1093434 3 0.2227 0.8518 0.000 0.036 0.928 0.036
#> SRR1435857 1 0.0657 0.7419 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1480347 2 0.1867 0.9192 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.5361 0.5897 0.068 0.208 0.000 0.724
#> SRR1430202 1 0.0592 0.7439 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.5392 0.4461 0.460 0.012 0.000 0.528
#> SRR811029 1 0.1339 0.7426 0.964 0.024 0.008 0.004
#> SRR1390456 3 0.0779 0.8596 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1381140 1 0.7793 0.4802 0.552 0.028 0.236 0.184
#> SRR1388064 4 0.5757 0.5600 0.076 0.240 0.000 0.684
#> SRR1093577 1 0.4594 0.2854 0.712 0.008 0.000 0.280
#> SRR1414161 1 0.0469 0.7440 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.1584 0.7323 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1311752 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1445960 1 0.2530 0.6852 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR1403412 1 0.1510 0.7442 0.956 0.016 0.000 0.028
#> SRR2166748 3 0.4201 0.8359 0.004 0.012 0.788 0.196
#> SRR821666 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.2494 0.8455 0.000 0.036 0.916 0.048
#> SRR1327872 4 0.5189 0.5631 0.372 0.012 0.000 0.616
#> SRR1100800 1 0.1059 0.7417 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1075174 1 0.7158 0.5688 0.632 0.028 0.164 0.176
#> SRR1434436 1 0.0592 0.7439 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.5394 0.5734 0.060 0.228 0.000 0.712
#> SRR1085310 1 0.4471 0.6483 0.768 0.004 0.016 0.212
#> SRR1376718 4 0.5354 0.5677 0.056 0.232 0.000 0.712
#> SRR808590 4 0.5835 0.3920 0.040 0.372 0.000 0.588
#> SRR1084128 2 0.2011 0.9161 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1361692 4 0.4917 0.5996 0.336 0.008 0.000 0.656
#> SRR1431493 3 0.3764 0.8260 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1409084 3 0.6804 0.6383 0.128 0.012 0.632 0.228
#> SRR2166214 3 0.5166 0.7991 0.044 0.012 0.756 0.188
#> SRR1324102 2 0.4018 0.7409 0.224 0.772 0.000 0.004
#> SRR1079754 2 0.7798 -0.0877 0.256 0.408 0.000 0.336
#> SRR1442127 3 0.3400 0.8447 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1076244 1 0.4382 0.3658 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1330901 2 0.2081 0.9107 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.2011 0.9132 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1357541 4 0.4717 0.6206 0.088 0.020 0.076 0.816
#> SRR811607 1 0.0707 0.7431 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.2131 0.8533 0.000 0.036 0.932 0.032
#> SRR1474908 1 0.0469 0.7438 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1309875 1 0.2107 0.7391 0.940 0.024 0.020 0.016
#> SRR598792 3 0.1271 0.8529 0.012 0.012 0.968 0.008
#> SRR1088537 1 0.3893 0.6234 0.796 0.196 0.000 0.008
#> SRR1457682 1 0.5885 0.6474 0.740 0.028 0.088 0.144
#> SRR1454289 1 0.1004 0.7420 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1069352 3 0.4149 0.8471 0.000 0.028 0.804 0.168
#> SRR1472728 1 0.2281 0.6994 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1091144 4 0.3703 0.6176 0.032 0.020 0.080 0.868
#> SRR1319118 1 0.8102 0.3127 0.476 0.020 0.280 0.224
#> SRR1403611 3 0.3895 0.8403 0.000 0.012 0.804 0.184
#> SRR1397762 1 0.7810 0.4536 0.536 0.024 0.260 0.180
#> SRR1317387 3 0.3400 0.8433 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1376426 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.3626 0.6676 0.812 0.004 0.000 0.184
#> SRR1365743 3 0.1516 0.8508 0.016 0.016 0.960 0.008
#> SRR1458992 1 0.0592 0.7439 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1089537 3 0.5387 0.5862 0.016 0.000 0.584 0.400
#> SRR1397744 1 0.0779 0.7426 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1453893 4 0.6970 0.5254 0.168 0.256 0.000 0.576
#> SRR1098543 1 0.0779 0.7426 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1321765 4 0.3761 0.6282 0.044 0.020 0.068 0.868
#> SRR1440032 4 0.5383 0.4598 0.452 0.012 0.000 0.536
#> SRR1404507 4 0.5257 0.4750 0.444 0.008 0.000 0.548
#> SRR1404856 4 0.3560 0.6433 0.048 0.024 0.048 0.880
#> SRR812745 1 0.7478 0.5442 0.596 0.028 0.196 0.180
#> SRR1417524 3 0.1733 0.8602 0.000 0.024 0.948 0.028
#> SRR1407334 4 0.5865 0.4457 0.048 0.340 0.000 0.612
#> SRR1453991 1 0.1042 0.7417 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1415938 1 0.7215 0.5708 0.624 0.028 0.152 0.196
#> SRR1081259 1 0.0469 0.7434 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.5328 0.5865 0.064 0.212 0.000 0.724
#> SRR1431948 3 0.0804 0.8530 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1453277 1 0.0336 0.7428 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1095407 4 0.4169 0.5841 0.028 0.020 0.116 0.836
#> SRR1359694 2 0.1792 0.9211 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR656982 4 0.6441 0.4153 0.080 0.020 0.236 0.664
#> SRR1354338 4 0.4868 0.6195 0.304 0.012 0.000 0.684
#> SRR1088291 1 0.2727 0.6939 0.900 0.012 0.004 0.084
#> SRR1080624 1 0.0937 0.7398 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR2166708 3 0.2494 0.8455 0.000 0.036 0.916 0.048
#> SRR1393572 1 0.0336 0.7428 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1429912 1 0.1209 0.7396 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1421048 4 0.7328 0.4562 0.392 0.156 0.000 0.452
#> SRR1434999 3 0.1629 0.8587 0.000 0.024 0.952 0.024
#> SRR656457 3 0.3862 0.8520 0.000 0.024 0.824 0.152
#> SRR1098928 3 0.0524 0.8595 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1343967 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.7036 0.4903 0.576 0.000 0.212 0.212
#> SRR1464724 4 0.5467 0.5245 0.400 0.008 0.008 0.584
#> SRR1101542 4 0.5383 0.6182 0.100 0.160 0.000 0.740
#> SRR1401528 1 0.6489 0.3368 0.516 0.016 0.428 0.040
#> SRR1071519 3 0.1004 0.8588 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1086070 1 0.7931 0.4484 0.532 0.028 0.244 0.196
#> SRR1358645 1 0.1042 0.7407 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR819771 3 0.1022 0.8657 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1418433 3 0.4240 0.8333 0.004 0.012 0.784 0.200
#> SRR821050 1 0.1970 0.7347 0.932 0.008 0.000 0.060
#> SRR1402091 1 0.7130 0.5242 0.596 0.008 0.200 0.196
#> SRR1322028 1 0.4916 0.0508 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.6516 0.5904 0.308 0.100 0.000 0.592
#> SRR1340047 1 0.0592 0.7439 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1418302 1 0.1843 0.7392 0.948 0.028 0.016 0.008
#> SRR1073991 1 0.4599 0.6531 0.780 0.004 0.032 0.184
#> SRR1085187 4 0.3744 0.6220 0.028 0.028 0.076 0.868
#> SRR1357618 3 0.4267 0.8360 0.000 0.024 0.788 0.188
#> SRR1487764 3 0.3486 0.8411 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1075336 1 0.0672 0.7433 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1365471 2 0.1792 0.9193 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1414613 1 0.4522 0.3651 0.680 0.320 0.000 0.000
#> SRR658719 1 0.7883 0.4192 0.520 0.028 0.292 0.160
#> SRR1475128 3 0.2131 0.8533 0.000 0.036 0.932 0.032
#> SRR1367630 4 0.5279 0.5321 0.400 0.012 0.000 0.588
#> SRR1481146 4 0.4011 0.6573 0.084 0.004 0.068 0.844
#> SRR1465674 4 0.4226 0.5813 0.028 0.020 0.120 0.832
#> SRR1327303 1 0.7479 0.3997 0.524 0.004 0.272 0.200
#> SRR1390391 1 0.2852 0.7271 0.904 0.024 0.008 0.064
#> SRR1326020 1 0.7088 0.5078 0.588 0.004 0.212 0.196
#> SRR1381953 1 0.7510 0.4029 0.524 0.004 0.252 0.220
#> SRR1082544 4 0.5751 0.5912 0.088 0.196 0.004 0.712
#> SRR810761 4 0.6873 0.2183 0.076 0.020 0.320 0.584
#> SRR1070764 3 0.0804 0.8530 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1415919 3 0.0804 0.8530 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1490404 2 0.1716 0.9223 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1416773 4 0.2845 0.6587 0.056 0.004 0.036 0.904
#> SRR1377492 4 0.6313 0.3753 0.060 0.020 0.264 0.656
#> SRR1334314 1 0.1174 0.7345 0.968 0.012 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 1 0.6822 0.558264 0.548 0.004 0.136 0.036 0.276
#> SRR1074385 5 0.4671 0.619307 0.232 0.032 0.000 0.016 0.720
#> SRR1374739 3 0.2660 0.775484 0.128 0.000 0.864 0.008 0.000
#> SRR1097883 1 0.6925 0.309639 0.472 0.032 0.000 0.148 0.348
#> SRR2167209 4 0.4210 0.619708 0.064 0.000 0.140 0.788 0.008
#> SRR816541 2 0.1892 0.894270 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR663645 5 0.5045 0.030207 0.024 0.004 0.000 0.464 0.508
#> SRR1381505 4 0.2929 0.698184 0.000 0.076 0.004 0.876 0.044
#> SRR1416362 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1318503 5 0.2537 0.769737 0.016 0.056 0.000 0.024 0.904
#> SRR1341626 2 0.5613 0.362836 0.000 0.592 0.000 0.308 0.100
#> SRR1382440 1 0.4142 -0.101136 0.684 0.004 0.308 0.004 0.000
#> SRR1088413 1 0.7682 0.431630 0.492 0.000 0.144 0.228 0.136
#> SRR1082080 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1455783 5 0.1186 0.761283 0.008 0.008 0.000 0.020 0.964
#> SRR1447760 4 0.4419 0.654978 0.000 0.020 0.032 0.760 0.188
#> SRR1487784 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1331037 2 0.4047 0.553428 0.000 0.676 0.000 0.004 0.320
#> SRR1095651 1 0.3395 0.072967 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.6831 0.287645 0.448 0.000 0.228 0.316 0.008
#> SRR1120363 5 0.4286 0.745959 0.084 0.020 0.000 0.096 0.800
#> SRR821231 1 0.5767 0.503550 0.620 0.040 0.004 0.036 0.300
#> SRR1374373 5 0.2642 0.764470 0.084 0.024 0.000 0.004 0.888
#> SRR1324519 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1431121 1 0.5976 0.439695 0.568 0.036 0.000 0.052 0.344
#> SRR1091032 5 0.1710 0.755662 0.012 0.020 0.000 0.024 0.944
#> SRR1365575 4 0.2989 0.696835 0.000 0.080 0.004 0.872 0.044
#> SRR1072972 1 0.5381 0.478755 0.596 0.024 0.004 0.020 0.356
#> SRR1310690 2 0.1502 0.910862 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1383037 3 0.4101 0.794841 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.3916 0.086844 0.732 0.012 0.256 0.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.0798 0.707399 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000
#> SRR1390203 5 0.6056 0.007361 0.316 0.020 0.048 0.020 0.596
#> SRR1072007 5 0.4341 0.236224 0.000 0.004 0.000 0.404 0.592
#> SRR1468787 4 0.6869 0.064049 0.348 0.000 0.132 0.484 0.036
#> SRR1347959 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1338513 1 0.5145 0.245990 0.712 0.004 0.212 0.048 0.024
#> SRR812598 2 0.3715 0.662524 0.000 0.736 0.000 0.004 0.260
#> SRR1446806 5 0.1978 0.760407 0.044 0.024 0.000 0.004 0.928
#> SRR1394275 5 0.2390 0.764606 0.060 0.024 0.000 0.008 0.908
#> SRR1443633 1 0.7420 0.419511 0.484 0.000 0.296 0.128 0.092
#> SRR1087728 3 0.4276 0.785540 0.380 0.004 0.616 0.000 0.000
#> SRR1098192 5 0.2758 0.763190 0.012 0.024 0.000 0.076 0.888
#> SRR1093340 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR665405 1 0.3530 0.151797 0.784 0.012 0.204 0.000 0.000
#> SRR657077 5 0.3844 0.612000 0.004 0.028 0.000 0.180 0.788
#> SRR813208 3 0.4126 0.793014 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1089688 4 0.4972 0.051416 0.020 0.004 0.000 0.500 0.476
#> SRR1353461 3 0.4573 0.793827 0.260 0.016 0.708 0.012 0.004
#> SRR1466321 5 0.1413 0.759071 0.012 0.012 0.000 0.020 0.956
#> SRR1073021 4 0.8348 -0.221816 0.260 0.000 0.180 0.368 0.192
#> SRR1322816 5 0.4135 0.440443 0.000 0.340 0.000 0.004 0.656
#> SRR1457727 1 0.5615 0.463172 0.596 0.040 0.000 0.028 0.336
#> SRR1464226 1 0.7403 0.357033 0.540 0.012 0.108 0.248 0.092
#> SRR1398863 1 0.5523 0.467161 0.564 0.032 0.004 0.016 0.384
#> SRR1455631 4 0.5322 0.672317 0.084 0.008 0.036 0.740 0.132
#> SRR1307808 5 0.3814 0.745705 0.064 0.116 0.000 0.004 0.816
#> SRR1374585 4 0.4065 0.546276 0.000 0.264 0.000 0.720 0.016
#> SRR1072104 5 0.4307 -0.025351 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1076868 2 0.1965 0.903648 0.000 0.924 0.000 0.024 0.052
#> SRR1335984 5 0.4644 0.621764 0.236 0.040 0.000 0.008 0.716
#> SRR1445939 1 0.6328 0.413227 0.456 0.020 0.048 0.020 0.456
#> SRR1453047 5 0.2006 0.752547 0.020 0.024 0.000 0.024 0.932
#> SRR1339788 3 0.4235 0.240034 0.424 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.5545 0.470466 0.520 0.020 0.024 0.004 0.432
#> SRR1092937 1 0.5224 0.457863 0.600 0.020 0.004 0.016 0.360
#> SRR1074090 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1099833 1 0.3663 0.162947 0.776 0.000 0.208 0.016 0.000
#> SRR1093434 3 0.1628 0.735823 0.056 0.000 0.936 0.008 0.000
#> SRR1435857 5 0.3135 0.764253 0.088 0.020 0.000 0.024 0.868
#> SRR1480347 2 0.1557 0.910878 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1440787 4 0.2726 0.703310 0.000 0.064 0.000 0.884 0.052
#> SRR1430202 5 0.3170 0.752257 0.124 0.024 0.000 0.004 0.848
#> SRR1322730 5 0.4595 0.000161 0.004 0.004 0.000 0.488 0.504
#> SRR811029 5 0.1913 0.753784 0.020 0.020 0.000 0.024 0.936
#> SRR1390456 3 0.4370 0.801568 0.332 0.004 0.656 0.008 0.000
#> SRR1381140 1 0.5170 0.438128 0.512 0.020 0.012 0.000 0.456
#> SRR1388064 4 0.3975 0.668495 0.000 0.144 0.000 0.792 0.064
#> SRR1093577 5 0.4735 0.496774 0.012 0.020 0.000 0.300 0.668
#> SRR1414161 5 0.3146 0.746999 0.128 0.028 0.000 0.000 0.844
#> SRR1328738 5 0.3701 0.764180 0.088 0.024 0.000 0.048 0.840
#> SRR1311752 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1445960 5 0.3088 0.711380 0.004 0.164 0.000 0.004 0.828
#> SRR1403412 5 0.2700 0.733066 0.088 0.024 0.000 0.004 0.884
#> SRR2166748 1 0.4674 0.095269 0.676 0.024 0.292 0.008 0.000
#> SRR821666 2 0.1341 0.911380 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1330746 3 0.0798 0.707399 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000
#> SRR1327872 4 0.4434 0.135893 0.000 0.004 0.000 0.536 0.460
#> SRR1100800 5 0.3801 0.735728 0.128 0.036 0.000 0.016 0.820
#> SRR1075174 1 0.4824 0.410467 0.512 0.020 0.000 0.000 0.468
#> SRR1434436 5 0.1739 0.761604 0.032 0.024 0.000 0.004 0.940
#> SRR1389409 4 0.2929 0.698184 0.000 0.076 0.004 0.876 0.044
#> SRR1085310 5 0.8156 -0.213285 0.332 0.016 0.088 0.168 0.396
#> SRR1376718 4 0.2894 0.692858 0.000 0.084 0.004 0.876 0.036
#> SRR808590 4 0.5019 0.232631 0.000 0.436 0.000 0.532 0.032
#> SRR1084128 2 0.2074 0.882419 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1361692 4 0.4481 0.241574 0.008 0.000 0.000 0.576 0.416
#> SRR1431493 1 0.4234 0.163904 0.724 0.004 0.252 0.020 0.000
#> SRR1409084 1 0.7140 0.336812 0.596 0.024 0.160 0.164 0.056
#> SRR2166214 1 0.3774 0.166856 0.780 0.012 0.200 0.008 0.000
#> SRR1324102 2 0.4003 0.626341 0.000 0.704 0.000 0.008 0.288
#> SRR1079754 2 0.6308 -0.057105 0.000 0.456 0.000 0.388 0.156
#> SRR1442127 1 0.4081 -0.058698 0.696 0.004 0.296 0.004 0.000
#> SRR1076244 5 0.5200 0.441542 0.068 0.000 0.000 0.304 0.628
#> SRR1330901 2 0.1830 0.903927 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1073167 2 0.1894 0.899834 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1357541 1 0.7624 0.191485 0.388 0.000 0.156 0.376 0.080
#> SRR811607 5 0.3051 0.753262 0.120 0.028 0.000 0.000 0.852
#> SRR1468931 3 0.2605 0.774340 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR1474908 5 0.1492 0.758535 0.040 0.008 0.000 0.004 0.948
#> SRR1309875 5 0.2095 0.749717 0.028 0.020 0.000 0.024 0.928
#> SRR598792 3 0.4040 0.799198 0.260 0.016 0.724 0.000 0.000
#> SRR1088537 5 0.4349 0.680250 0.000 0.176 0.000 0.068 0.756
#> SRR1457682 5 0.5377 0.220030 0.280 0.020 0.020 0.020 0.660
#> SRR1454289 5 0.2653 0.759344 0.096 0.024 0.000 0.000 0.880
#> SRR1069352 1 0.4557 -0.217609 0.552 0.004 0.440 0.004 0.000
#> SRR1472728 5 0.3088 0.705084 0.004 0.164 0.000 0.004 0.828
#> SRR1091144 4 0.4258 0.620534 0.076 0.000 0.128 0.788 0.008
#> SRR1319118 1 0.6640 0.559538 0.556 0.000 0.132 0.036 0.276
#> SRR1403611 1 0.3700 0.066057 0.752 0.008 0.240 0.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.6793 0.476975 0.568 0.024 0.088 0.032 0.288
#> SRR1317387 1 0.3817 0.049829 0.740 0.004 0.252 0.004 0.000
#> SRR1376426 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1097777 1 0.5725 0.396148 0.560 0.040 0.000 0.028 0.372
#> SRR1365743 3 0.4397 0.793586 0.264 0.024 0.708 0.000 0.004
#> SRR1458992 5 0.2228 0.765169 0.040 0.048 0.000 0.000 0.912
#> SRR1089537 1 0.6669 -0.254382 0.460 0.004 0.212 0.324 0.000
#> SRR1397744 5 0.2086 0.759288 0.048 0.008 0.000 0.020 0.924
#> SRR1453893 4 0.5871 0.551784 0.000 0.184 0.000 0.604 0.212
#> SRR1098543 5 0.1772 0.761529 0.032 0.008 0.000 0.020 0.940
#> SRR1321765 4 0.4167 0.623086 0.064 0.000 0.136 0.792 0.008
#> SRR1440032 5 0.4595 0.000161 0.004 0.004 0.000 0.488 0.504
#> SRR1404507 5 0.4291 0.064442 0.000 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR1404856 4 0.3916 0.641506 0.056 0.000 0.116 0.816 0.012
#> SRR812745 1 0.6357 0.490021 0.512 0.024 0.048 0.020 0.396
#> SRR1417524 3 0.3707 0.795601 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1407334 4 0.4960 0.540643 0.000 0.268 0.000 0.668 0.064
#> SRR1453991 5 0.3113 0.772049 0.064 0.024 0.000 0.036 0.876
#> SRR1415938 1 0.6208 0.439646 0.476 0.020 0.040 0.020 0.444
#> SRR1081259 5 0.2669 0.758460 0.104 0.020 0.000 0.000 0.876
#> SRR1436187 4 0.2588 0.703293 0.000 0.060 0.000 0.892 0.048
#> SRR1431948 3 0.4150 0.792769 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1453277 5 0.3953 0.720717 0.144 0.040 0.000 0.012 0.804
#> SRR1095407 4 0.4088 0.619224 0.064 0.000 0.140 0.792 0.004
#> SRR1359694 2 0.1571 0.909624 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR656982 1 0.7557 0.296979 0.456 0.000 0.140 0.312 0.092
#> SRR1354338 4 0.4227 0.238944 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1088291 5 0.4516 0.740871 0.092 0.028 0.000 0.092 0.788
#> SRR1080624 5 0.3539 0.758554 0.092 0.032 0.000 0.028 0.848
#> SRR2166708 3 0.0798 0.707399 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000
#> SRR1393572 5 0.3209 0.744125 0.120 0.028 0.000 0.004 0.848
#> SRR1429912 5 0.2429 0.764616 0.004 0.076 0.000 0.020 0.900
#> SRR1421048 5 0.5396 0.047676 0.000 0.056 0.000 0.444 0.500
#> SRR1434999 3 0.3838 0.797725 0.280 0.004 0.716 0.000 0.000
#> SRR656457 3 0.4302 0.732117 0.344 0.004 0.648 0.004 0.000
#> SRR1098928 3 0.4225 0.796016 0.364 0.004 0.632 0.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1360766 1 0.5931 0.497070 0.604 0.028 0.016 0.036 0.316
#> SRR1464724 5 0.5459 -0.049916 0.060 0.000 0.000 0.468 0.472
#> SRR1101542 4 0.2729 0.711930 0.004 0.028 0.000 0.884 0.084
#> SRR1401528 3 0.7735 -0.224532 0.340 0.024 0.344 0.016 0.276
#> SRR1071519 3 0.3336 0.805342 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.5292 0.461228 0.532 0.020 0.004 0.012 0.432
#> SRR1358645 5 0.1617 0.755706 0.012 0.020 0.000 0.020 0.948
#> SRR819771 3 0.4580 0.685103 0.460 0.004 0.532 0.004 0.000
#> SRR1418433 1 0.3751 0.143370 0.772 0.012 0.212 0.004 0.000
#> SRR821050 5 0.5165 0.591924 0.244 0.032 0.000 0.036 0.688
#> SRR1402091 1 0.5713 0.329017 0.528 0.040 0.004 0.016 0.412
#> SRR1322028 5 0.4101 0.392273 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1452556 4 0.5328 0.385165 0.000 0.064 0.000 0.584 0.352
#> SRR1340047 5 0.3023 0.754547 0.112 0.024 0.000 0.004 0.860
#> SRR1418302 5 0.1913 0.752205 0.020 0.020 0.000 0.024 0.936
#> SRR1073991 1 0.5770 0.351659 0.540 0.040 0.000 0.028 0.392
#> SRR1085187 4 0.4203 0.628218 0.056 0.000 0.132 0.796 0.016
#> SRR1357618 1 0.4507 -0.172419 0.580 0.004 0.412 0.004 0.000
#> SRR1487764 1 0.3762 0.082758 0.748 0.004 0.244 0.004 0.000
#> SRR1075336 5 0.4062 0.702014 0.168 0.028 0.000 0.016 0.788
#> SRR1365471 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1414613 5 0.4059 0.537546 0.004 0.292 0.000 0.004 0.700
#> SRR658719 1 0.6688 0.512692 0.476 0.020 0.096 0.012 0.396
#> SRR1475128 3 0.2886 0.783570 0.148 0.000 0.844 0.008 0.000
#> SRR1367630 4 0.4698 0.084138 0.008 0.004 0.000 0.520 0.468
#> SRR1481146 4 0.5547 0.615936 0.148 0.008 0.060 0.724 0.060
#> SRR1465674 4 0.4830 0.566589 0.120 0.000 0.140 0.736 0.004
#> SRR1327303 1 0.6041 0.500330 0.604 0.040 0.016 0.032 0.308
#> SRR1390391 5 0.2722 0.706004 0.108 0.020 0.000 0.000 0.872
#> SRR1326020 1 0.5720 0.479941 0.604 0.040 0.004 0.028 0.324
#> SRR1381953 1 0.6258 0.520573 0.600 0.028 0.036 0.036 0.300
#> SRR1082544 4 0.2929 0.710576 0.004 0.044 0.000 0.876 0.076
#> SRR810761 1 0.7652 0.340687 0.444 0.000 0.180 0.296 0.080
#> SRR1070764 3 0.4425 0.787184 0.392 0.008 0.600 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.4138 0.792909 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.1270 0.913244 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1416773 4 0.3779 0.667122 0.068 0.000 0.060 0.840 0.032
#> SRR1377492 1 0.7523 0.313480 0.452 0.000 0.168 0.308 0.072
#> SRR1334314 5 0.2642 0.739803 0.008 0.008 0.000 0.104 0.880
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 5 0.5498 0.33932 0.032 0.000 0.092 0.000 0.608 0.268
#> SRR1074385 6 0.4666 0.00549 0.420 0.000 0.000 0.000 0.044 0.536
#> SRR1374739 3 0.4799 -0.02685 0.000 0.000 0.580 0.008 0.368 0.044
#> SRR1097883 6 0.7170 0.28220 0.348 0.000 0.008 0.064 0.224 0.356
#> SRR2167209 4 0.5669 0.26856 0.012 0.000 0.000 0.488 0.388 0.112
#> SRR816541 2 0.1387 0.84802 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 1 0.5000 0.22290 0.524 0.000 0.000 0.416 0.008 0.052
#> SRR1381505 4 0.1780 0.62784 0.012 0.028 0.000 0.932 0.000 0.028
#> SRR1416362 2 0.0458 0.88825 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 1 0.3892 0.50782 0.732 0.236 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1341626 2 0.3740 0.59347 0.032 0.740 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.3862 0.46847 0.000 0.000 0.608 0.000 0.388 0.004
#> SRR1088413 5 0.5949 0.28330 0.072 0.000 0.048 0.016 0.592 0.272
#> SRR1082080 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.0260 0.54614 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1447760 4 0.3616 0.49424 0.232 0.008 0.000 0.748 0.012 0.000
#> SRR1487784 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.4079 0.50909 0.288 0.680 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1095651 3 0.4209 0.49145 0.000 0.000 0.588 0.004 0.396 0.012
#> SRR1078066 5 0.5395 0.39810 0.016 0.000 0.064 0.272 0.628 0.020
#> SRR1120363 1 0.4465 0.44974 0.628 0.000 0.000 0.036 0.004 0.332
#> SRR821231 6 0.5562 0.67372 0.052 0.000 0.052 0.000 0.332 0.564
#> SRR1374373 1 0.3741 0.44332 0.672 0.008 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1324519 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 6 0.6487 0.64339 0.140 0.000 0.044 0.004 0.364 0.448
#> SRR1091032 1 0.0717 0.54758 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1365575 4 0.1829 0.62676 0.008 0.036 0.000 0.928 0.000 0.028
#> SRR1072972 6 0.6201 0.62599 0.112 0.000 0.048 0.000 0.360 0.480
#> SRR1310690 2 0.0363 0.89006 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0820 0.52294 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1095479 3 0.4562 0.48612 0.000 0.000 0.576 0.004 0.388 0.032
#> SRR1070403 5 0.5255 0.14105 0.000 0.000 0.440 0.008 0.480 0.072
#> SRR1390203 1 0.6740 -0.12278 0.496 0.000 0.128 0.000 0.264 0.112
#> SRR1072007 1 0.4587 0.33200 0.596 0.000 0.000 0.356 0.000 0.048
#> SRR1468787 5 0.5513 0.27526 0.036 0.000 0.012 0.340 0.572 0.040
#> SRR1347959 2 0.0508 0.88919 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338513 3 0.5708 0.36214 0.016 0.000 0.488 0.008 0.408 0.080
#> SRR812598 2 0.3620 0.46404 0.352 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.2362 0.48893 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR1394275 1 0.3244 0.47379 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1443633 5 0.5584 0.36694 0.040 0.000 0.160 0.016 0.672 0.112
#> SRR1087728 3 0.2362 0.52127 0.000 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR1098192 1 0.3651 0.51662 0.752 0.008 0.000 0.224 0.000 0.016
#> SRR1093340 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 3 0.4402 0.47442 0.004 0.000 0.564 0.000 0.412 0.020
#> SRR657077 1 0.1294 0.55226 0.956 0.004 0.008 0.024 0.000 0.008
#> SRR813208 3 0.1390 0.52947 0.000 0.004 0.948 0.000 0.032 0.016
#> SRR1416074 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 1 0.5270 0.13724 0.476 0.000 0.000 0.452 0.020 0.052
#> SRR1353461 3 0.1549 0.51567 0.004 0.004 0.944 0.000 0.024 0.024
#> SRR1466321 1 0.0820 0.54707 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1073021 5 0.7094 0.41594 0.048 0.000 0.064 0.280 0.496 0.112
#> SRR1322816 1 0.2915 0.52966 0.808 0.184 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1457727 6 0.5374 0.71280 0.076 0.000 0.032 0.000 0.280 0.612
#> SRR1464226 3 0.6466 0.36114 0.056 0.000 0.476 0.028 0.376 0.064
#> SRR1398863 6 0.5825 0.68956 0.092 0.000 0.044 0.000 0.304 0.560
#> SRR1455631 4 0.6484 0.43117 0.216 0.000 0.224 0.520 0.016 0.024
#> SRR1307808 1 0.4939 0.43437 0.612 0.096 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1374585 4 0.3740 0.55300 0.012 0.200 0.000 0.764 0.000 0.024
#> SRR1072104 1 0.4866 0.19198 0.516 0.000 0.000 0.432 0.004 0.048
#> SRR1076868 2 0.2373 0.82099 0.008 0.880 0.000 0.104 0.000 0.008
#> SRR1335984 6 0.4615 -0.00872 0.424 0.000 0.000 0.000 0.040 0.536
#> SRR1445939 1 0.7010 -0.30461 0.396 0.000 0.120 0.000 0.352 0.132
#> SRR1453047 1 0.0820 0.54707 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1339788 5 0.4554 0.17415 0.000 0.000 0.360 0.004 0.600 0.036
#> SRR1084323 5 0.6972 -0.14694 0.376 0.000 0.080 0.004 0.384 0.156
#> SRR1092937 6 0.6204 0.65956 0.104 0.000 0.056 0.000 0.344 0.496
#> SRR1074090 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.4685 0.45717 0.004 0.000 0.568 0.000 0.388 0.040
#> SRR1093434 5 0.4931 0.11893 0.000 0.000 0.464 0.008 0.484 0.044
#> SRR1435857 1 0.3515 0.44131 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1480347 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.1405 0.63269 0.024 0.024 0.000 0.948 0.000 0.004
#> SRR1430202 1 0.3847 0.31000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1322730 1 0.5004 0.22899 0.516 0.000 0.000 0.420 0.004 0.060
#> SRR811029 1 0.0790 0.54470 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1390456 3 0.2176 0.47143 0.000 0.000 0.896 0.000 0.080 0.024
#> SRR1381140 1 0.7053 -0.38455 0.368 0.000 0.088 0.000 0.356 0.188
#> SRR1388064 4 0.3112 0.63157 0.068 0.096 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.4829 0.41507 0.612 0.000 0.000 0.308 0.000 0.080
#> SRR1414161 1 0.3838 0.31679 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1328738 1 0.4078 0.44477 0.656 0.000 0.000 0.024 0.000 0.320
#> SRR1311752 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 1 0.3884 0.50365 0.724 0.240 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1403412 1 0.2968 0.43530 0.816 0.000 0.000 0.000 0.016 0.168
#> SRR2166748 3 0.4578 0.48151 0.000 0.000 0.568 0.004 0.396 0.032
#> SRR821666 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 5 0.5255 0.14105 0.000 0.000 0.440 0.008 0.480 0.072
#> SRR1327872 1 0.4780 0.11271 0.480 0.000 0.000 0.476 0.004 0.040
#> SRR1100800 1 0.3737 0.38154 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1075174 1 0.6788 -0.38307 0.396 0.000 0.052 0.000 0.340 0.212
#> SRR1434436 1 0.2003 0.50406 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1389409 4 0.1679 0.62720 0.008 0.028 0.000 0.936 0.000 0.028
#> SRR1085310 1 0.6854 -0.09991 0.500 0.000 0.128 0.016 0.280 0.076
#> SRR1376718 4 0.1755 0.62714 0.008 0.032 0.000 0.932 0.000 0.028
#> SRR808590 4 0.4208 0.11913 0.008 0.452 0.000 0.536 0.000 0.004
#> SRR1084128 2 0.3446 0.59284 0.308 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361692 4 0.4886 -0.13415 0.468 0.000 0.000 0.480 0.004 0.048
#> SRR1431493 3 0.5083 0.33726 0.000 0.000 0.472 0.008 0.464 0.056
#> SRR1409084 3 0.6180 0.37721 0.048 0.000 0.480 0.016 0.392 0.064
#> SRR2166214 3 0.4408 0.47149 0.004 0.000 0.560 0.000 0.416 0.020
#> SRR1324102 2 0.3050 0.63768 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.5989 -0.00706 0.248 0.432 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.3881 0.46447 0.000 0.000 0.600 0.000 0.396 0.004
#> SRR1076244 1 0.5394 0.43542 0.588 0.000 0.000 0.308 0.024 0.080
#> SRR1330901 2 0.0632 0.88459 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.1141 0.86305 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 5 0.6519 0.34897 0.092 0.000 0.012 0.244 0.556 0.096
#> SRR811607 1 0.3817 0.34397 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1468931 3 0.4471 -0.03760 0.000 0.000 0.532 0.008 0.444 0.016
#> SRR1474908 1 0.1957 0.50606 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1309875 1 0.1262 0.54004 0.956 0.000 0.008 0.000 0.016 0.020
#> SRR598792 3 0.1148 0.51942 0.000 0.004 0.960 0.000 0.020 0.016
#> SRR1088537 1 0.5008 0.42876 0.612 0.280 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.6219 0.01240 0.564 0.000 0.136 0.004 0.244 0.052
#> SRR1454289 1 0.3634 0.41414 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1069352 5 0.3930 0.03907 0.000 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004
#> SRR1472728 1 0.2312 0.54695 0.876 0.112 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1091144 4 0.5669 0.26856 0.012 0.000 0.000 0.488 0.388 0.112
#> SRR1319118 5 0.5517 0.30690 0.040 0.000 0.076 0.000 0.600 0.284
#> SRR1403611 3 0.4305 0.49704 0.000 0.004 0.600 0.004 0.380 0.012
#> SRR1397762 3 0.6943 0.30965 0.100 0.004 0.436 0.004 0.348 0.108
#> SRR1317387 3 0.3862 0.48860 0.000 0.000 0.608 0.000 0.388 0.004
#> SRR1376426 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 6 0.5288 0.68935 0.164 0.000 0.000 0.000 0.240 0.596
#> SRR1365743 3 0.1546 0.52150 0.004 0.004 0.944 0.000 0.028 0.020
#> SRR1458992 1 0.5227 0.45161 0.612 0.200 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1089537 3 0.7247 0.14885 0.008 0.000 0.432 0.268 0.196 0.096
#> SRR1397744 1 0.1434 0.52986 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1453893 4 0.5497 0.35154 0.268 0.176 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.1327 0.53025 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1321765 4 0.5669 0.26856 0.012 0.000 0.000 0.488 0.388 0.112
#> SRR1440032 1 0.4910 0.21695 0.520 0.000 0.000 0.424 0.004 0.052
#> SRR1404507 1 0.4746 0.21928 0.532 0.004 0.000 0.424 0.000 0.040
#> SRR1404856 4 0.5652 0.28575 0.012 0.000 0.000 0.500 0.376 0.112
#> SRR812745 5 0.7171 0.01772 0.352 0.000 0.188 0.000 0.356 0.104
#> SRR1417524 3 0.4024 0.04505 0.000 0.000 0.592 0.004 0.400 0.004
#> SRR1407334 4 0.4770 0.46081 0.072 0.284 0.000 0.640 0.004 0.000
#> SRR1453991 1 0.3261 0.52241 0.780 0.000 0.000 0.016 0.000 0.204
#> SRR1415938 1 0.6989 -0.30571 0.396 0.000 0.124 0.000 0.356 0.124
#> SRR1081259 1 0.3695 0.40393 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1436187 4 0.1353 0.62893 0.012 0.024 0.000 0.952 0.000 0.012
#> SRR1431948 3 0.0777 0.51826 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1453277 1 0.3847 0.30178 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1095407 4 0.5669 0.26856 0.012 0.000 0.000 0.488 0.388 0.112
#> SRR1359694 2 0.0363 0.89006 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656982 5 0.6475 0.29540 0.084 0.000 0.040 0.056 0.576 0.244
#> SRR1354338 4 0.4886 -0.14382 0.468 0.000 0.000 0.480 0.004 0.048
#> SRR1088291 1 0.4238 0.44079 0.628 0.000 0.000 0.028 0.000 0.344
#> SRR1080624 1 0.3668 0.43146 0.668 0.000 0.000 0.004 0.000 0.328
#> SRR2166708 5 0.5255 0.14105 0.000 0.000 0.440 0.008 0.480 0.072
#> SRR1393572 1 0.3817 0.34621 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1429912 1 0.3261 0.52477 0.780 0.204 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1421048 1 0.5017 0.10182 0.484 0.044 0.000 0.460 0.000 0.012
#> SRR1434999 3 0.3965 0.07088 0.000 0.000 0.616 0.004 0.376 0.004
#> SRR656457 3 0.4117 0.01336 0.000 0.000 0.528 0.004 0.464 0.004
#> SRR1098928 3 0.0935 0.51781 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1343967 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 6 0.5517 0.68367 0.072 0.000 0.036 0.000 0.312 0.580
#> SRR1464724 1 0.5043 0.23665 0.520 0.000 0.000 0.424 0.032 0.024
#> SRR1101542 4 0.2785 0.61201 0.128 0.008 0.000 0.852 0.008 0.004
#> SRR1401528 3 0.6776 0.09539 0.284 0.004 0.464 0.000 0.192 0.056
#> SRR1071519 3 0.1245 0.51147 0.000 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> SRR1086070 1 0.6960 -0.40457 0.364 0.000 0.072 0.000 0.364 0.200
#> SRR1358645 1 0.0820 0.54707 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR819771 3 0.2772 0.53005 0.000 0.000 0.816 0.000 0.180 0.004
#> SRR1418433 3 0.4649 0.47599 0.000 0.000 0.560 0.004 0.400 0.036
#> SRR821050 1 0.5169 0.18596 0.536 0.000 0.000 0.004 0.080 0.380
#> SRR1402091 6 0.5869 0.70513 0.140 0.000 0.036 0.000 0.240 0.584
#> SRR1322028 1 0.4437 0.34762 0.576 0.392 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1452556 4 0.4941 0.20498 0.360 0.064 0.000 0.572 0.000 0.004
#> SRR1340047 1 0.3789 0.34669 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1418302 1 0.0909 0.54512 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR1073991 6 0.5145 0.66659 0.176 0.000 0.000 0.000 0.200 0.624
#> SRR1085187 4 0.5531 0.27152 0.012 0.000 0.004 0.520 0.380 0.084
#> SRR1357618 5 0.4006 0.06795 0.000 0.000 0.392 0.004 0.600 0.004
#> SRR1487764 3 0.3923 0.47510 0.000 0.000 0.580 0.000 0.416 0.004
#> SRR1075336 1 0.4062 0.30401 0.552 0.000 0.000 0.000 0.008 0.440
#> SRR1365471 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 1 0.3650 0.48407 0.708 0.280 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR658719 1 0.7449 -0.37458 0.344 0.004 0.144 0.000 0.340 0.168
#> SRR1475128 3 0.4527 0.03465 0.000 0.000 0.604 0.008 0.360 0.028
#> SRR1367630 1 0.4887 0.11624 0.476 0.000 0.000 0.472 0.004 0.048
#> SRR1481146 4 0.6853 0.28435 0.112 0.000 0.260 0.516 0.096 0.016
#> SRR1465674 4 0.5669 0.26856 0.012 0.000 0.000 0.488 0.388 0.112
#> SRR1327303 6 0.5678 0.64173 0.052 0.000 0.064 0.000 0.320 0.564
#> SRR1390391 1 0.3071 0.42077 0.804 0.000 0.000 0.000 0.016 0.180
#> SRR1326020 6 0.5581 0.71292 0.088 0.000 0.040 0.000 0.268 0.604
#> SRR1381953 6 0.5485 0.66826 0.060 0.000 0.040 0.000 0.328 0.572
#> SRR1082544 4 0.2313 0.62987 0.100 0.012 0.000 0.884 0.004 0.000
#> SRR810761 5 0.5932 0.31766 0.052 0.000 0.176 0.044 0.656 0.072
#> SRR1070764 3 0.1138 0.52903 0.000 0.004 0.960 0.000 0.024 0.012
#> SRR1415919 3 0.0777 0.51826 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1490404 2 0.0260 0.89148 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 4 0.4240 0.59260 0.036 0.000 0.012 0.792 0.068 0.092
#> SRR1377492 5 0.6200 0.42467 0.044 0.000 0.096 0.044 0.624 0.192
#> SRR1334314 1 0.2066 0.56061 0.904 0.000 0.000 0.072 0.000 0.024
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.905 0.940 0.974 0.4947 0.503 0.503
#> 3 3 0.399 0.468 0.747 0.3026 0.769 0.583
#> 4 4 0.604 0.631 0.790 0.1105 0.808 0.551
#> 5 5 0.764 0.775 0.884 0.0686 0.859 0.576
#> 6 6 0.703 0.706 0.826 0.0519 0.939 0.760
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1074385 2 0.0938 0.9734 0.012 0.988
#> SRR1374739 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0938 0.9516 0.988 0.012
#> SRR2167209 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR663645 1 0.9661 0.3783 0.608 0.392
#> SRR1381505 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1455783 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1447760 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1120363 2 0.1184 0.9705 0.016 0.984
#> SRR821231 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0376 0.9576 0.996 0.004
#> SRR1070403 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1390203 2 0.0938 0.9733 0.012 0.988
#> SRR1072007 1 0.9044 0.5507 0.680 0.320
#> SRR1468787 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1446806 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1394275 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR657077 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1089688 1 0.1633 0.9419 0.976 0.024
#> SRR1353461 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1073021 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.0938 0.9734 0.012 0.988
#> SRR1398863 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.1633 0.9643 0.024 0.976
#> SRR1445939 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.6438 0.8018 0.836 0.164
#> SRR1092937 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.1184 0.9485 0.984 0.016
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.5519 0.8561 0.128 0.872
#> SRR1322730 2 0.2236 0.9544 0.036 0.964
#> SRR811029 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1381140 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1093577 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1414161 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1328738 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.8386 0.6483 0.732 0.268
#> SRR1075174 1 0.7376 0.7439 0.792 0.208
#> SRR1434436 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.9998 0.0558 0.508 0.492
#> SRR1376718 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1361692 2 0.8555 0.6108 0.280 0.720
#> SRR1431493 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.8386 0.6498 0.732 0.268
#> SRR2166214 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1076244 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1330901 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1468931 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1457682 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1454289 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1069352 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1091144 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.7376 0.7439 0.792 0.208
#> SRR1397762 2 0.7528 0.7275 0.216 0.784
#> SRR1317387 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1397744 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1098543 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1321765 1 0.5946 0.8259 0.856 0.144
#> SRR1440032 2 0.8207 0.6575 0.256 0.744
#> SRR1404507 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1404856 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR812745 2 0.2948 0.9386 0.052 0.948
#> SRR1417524 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0672 0.9761 0.008 0.992
#> SRR1453991 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1415938 1 0.5946 0.8252 0.856 0.144
#> SRR1081259 2 0.1633 0.9641 0.024 0.976
#> SRR1436187 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.3879 0.9148 0.076 0.924
#> SRR1095407 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR656982 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1354338 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1088291 2 0.6247 0.8185 0.156 0.844
#> SRR1080624 2 0.0376 0.9789 0.004 0.996
#> SRR2166708 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.4939 0.8758 0.108 0.892
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1360766 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1464724 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1101542 2 0.1414 0.9677 0.020 0.980
#> SRR1401528 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1418433 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1402091 1 0.9732 0.3473 0.596 0.404
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1418302 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1073991 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.3431 0.9260 0.064 0.936
#> SRR1357618 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1075336 2 0.7674 0.7186 0.224 0.776
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR658719 1 0.8081 0.6769 0.752 0.248
#> SRR1475128 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.2423 0.9506 0.040 0.960
#> SRR1481146 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1465674 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1390391 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1326020 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9816 0.000 1.000
#> SRR1416773 2 0.4562 0.8921 0.096 0.904
#> SRR1377492 1 0.0000 0.9606 1.000 0.000
#> SRR1334314 2 0.2236 0.9538 0.036 0.964
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.6280 -0.1740 0.460 0.000 0.540
#> SRR1074385 2 0.2096 0.8004 0.004 0.944 0.052
#> SRR1374739 3 0.6308 -0.2440 0.492 0.000 0.508
#> SRR1097883 1 0.6425 0.4591 0.764 0.140 0.096
#> SRR2167209 1 0.3619 0.5565 0.864 0.000 0.136
#> SRR816541 2 0.1163 0.8055 0.000 0.972 0.028
#> SRR663645 3 0.5595 0.4128 0.228 0.016 0.756
#> SRR1381505 2 0.5465 0.6124 0.288 0.712 0.000
#> SRR1416362 2 0.0237 0.8095 0.004 0.996 0.000
#> SRR1318503 2 0.0000 0.8095 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.1163 0.8060 0.028 0.972 0.000
#> SRR1382440 1 0.4796 0.5584 0.780 0.000 0.220
#> SRR1088413 1 0.6386 0.3765 0.584 0.004 0.412
#> SRR1082080 2 0.1529 0.8024 0.040 0.960 0.000
#> SRR1455783 2 0.2448 0.7912 0.000 0.924 0.076
#> SRR1447760 1 0.6483 -0.1056 0.544 0.452 0.004
#> SRR1487784 2 0.0592 0.8090 0.012 0.988 0.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.8095 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.5291 0.3575 0.268 0.000 0.732
#> SRR1078066 1 0.5098 0.5513 0.752 0.000 0.248
#> SRR1120363 2 0.4733 0.6879 0.196 0.800 0.004
#> SRR821231 3 0.6314 -0.0237 0.392 0.004 0.604
#> SRR1374373 2 0.0475 0.8098 0.004 0.992 0.004
#> SRR1324519 2 0.0592 0.8081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1431121 1 0.9309 0.1835 0.520 0.216 0.264
#> SRR1091032 2 0.1753 0.8011 0.000 0.952 0.048
#> SRR1365575 2 0.5291 0.6342 0.268 0.732 0.000
#> SRR1072972 3 0.6309 0.4004 0.128 0.100 0.772
#> SRR1310690 2 0.0000 0.8095 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.2537 0.4315 0.080 0.000 0.920
#> SRR1095479 3 0.5939 0.3868 0.224 0.028 0.748
#> SRR1070403 3 0.6252 -0.1383 0.444 0.000 0.556
#> SRR1390203 2 0.6299 0.2223 0.000 0.524 0.476
#> SRR1072007 3 0.7267 0.4140 0.112 0.180 0.708
#> SRR1468787 1 0.5431 0.5272 0.716 0.000 0.284
#> SRR1347959 2 0.0000 0.8095 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338513 3 0.2537 0.4304 0.080 0.000 0.920
#> SRR812598 2 0.2384 0.8009 0.008 0.936 0.056
#> SRR1446806 2 0.1529 0.8038 0.000 0.960 0.040
#> SRR1394275 2 0.2356 0.7930 0.000 0.928 0.072
#> SRR1443633 1 0.6307 0.2412 0.512 0.000 0.488
#> SRR1087728 3 0.6215 -0.0101 0.428 0.000 0.572
#> SRR1098192 2 0.3941 0.7423 0.156 0.844 0.000
#> SRR1093340 2 0.0892 0.8078 0.020 0.980 0.000
#> SRR665405 3 0.5529 0.3307 0.296 0.000 0.704
#> SRR657077 2 0.5659 0.7201 0.152 0.796 0.052
#> SRR813208 3 0.2959 0.4239 0.100 0.000 0.900
#> SRR1416074 2 0.0892 0.8078 0.020 0.980 0.000
#> SRR1089688 3 0.6676 0.2401 0.476 0.008 0.516
#> SRR1353461 3 0.1163 0.4569 0.028 0.000 0.972
#> SRR1466321 2 0.2625 0.7890 0.000 0.916 0.084
#> SRR1073021 1 0.7039 0.4603 0.648 0.040 0.312
#> SRR1322816 2 0.3116 0.7755 0.000 0.892 0.108
#> SRR1457727 1 0.9266 0.0284 0.424 0.156 0.420
#> SRR1464226 3 0.9374 0.1913 0.192 0.316 0.492
#> SRR1398863 3 0.7651 0.3813 0.124 0.196 0.680
#> SRR1455631 1 0.8434 -0.1187 0.496 0.416 0.088
#> SRR1307808 2 0.0424 0.8093 0.008 0.992 0.000
#> SRR1374585 2 0.4887 0.6753 0.228 0.772 0.000
#> SRR1072104 2 0.7876 0.5163 0.308 0.612 0.080
#> SRR1076868 2 0.1753 0.7997 0.048 0.952 0.000
#> SRR1335984 2 0.4110 0.7342 0.004 0.844 0.152
#> SRR1445939 2 0.6664 0.2421 0.008 0.528 0.464
#> SRR1453047 2 0.2165 0.7972 0.000 0.936 0.064
#> SRR1339788 1 0.6280 0.3064 0.540 0.000 0.460
#> SRR1084323 3 0.7624 0.4061 0.104 0.224 0.672
#> SRR1092937 3 0.2066 0.4420 0.060 0.000 0.940
#> SRR1074090 2 0.0424 0.8086 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099833 3 0.3551 0.4473 0.132 0.000 0.868
#> SRR1093434 3 0.6225 -0.1127 0.432 0.000 0.568
#> SRR1435857 3 0.7419 0.3900 0.088 0.232 0.680
#> SRR1480347 2 0.0592 0.8090 0.012 0.988 0.000
#> SRR1440787 2 0.6879 0.3693 0.428 0.556 0.016
#> SRR1430202 2 0.5443 0.6209 0.004 0.736 0.260
#> SRR1322730 3 0.9633 0.2428 0.300 0.236 0.464
#> SRR811029 2 0.4465 0.7259 0.004 0.820 0.176
#> SRR1390456 3 0.6079 -0.0506 0.388 0.000 0.612
#> SRR1381140 2 0.6267 0.2699 0.000 0.548 0.452
#> SRR1388064 2 0.7213 0.5862 0.272 0.668 0.060
#> SRR1093577 2 0.4062 0.7235 0.164 0.836 0.000
#> SRR1414161 2 0.1289 0.8047 0.000 0.968 0.032
#> SRR1328738 2 0.1411 0.8073 0.036 0.964 0.000
#> SRR1311752 2 0.0892 0.8080 0.020 0.980 0.000
#> SRR1445960 2 0.3340 0.7679 0.000 0.880 0.120
#> SRR1403412 3 0.6299 -0.0863 0.000 0.476 0.524
#> SRR2166748 3 0.5119 0.4254 0.160 0.028 0.812
#> SRR821666 2 0.4452 0.7072 0.192 0.808 0.000
#> SRR1330746 3 0.6204 -0.0954 0.424 0.000 0.576
#> SRR1327872 3 0.9878 0.1754 0.340 0.264 0.396
#> SRR1100800 2 0.7801 0.1365 0.428 0.520 0.052
#> SRR1075174 3 0.6501 0.3484 0.020 0.316 0.664
#> SRR1434436 2 0.2878 0.7823 0.000 0.904 0.096
#> SRR1389409 2 0.5621 0.5874 0.308 0.692 0.000
#> SRR1085310 2 0.6308 0.1912 0.000 0.508 0.492
#> SRR1376718 2 0.5363 0.6255 0.276 0.724 0.000
#> SRR808590 2 0.5158 0.6695 0.232 0.764 0.004
#> SRR1084128 2 0.0592 0.8090 0.012 0.988 0.000
#> SRR1361692 1 0.6057 0.3886 0.760 0.196 0.044
#> SRR1431493 1 0.5706 0.4942 0.680 0.000 0.320
#> SRR1409084 3 0.7988 0.3882 0.200 0.144 0.656
#> SRR2166214 3 0.5706 0.3076 0.320 0.000 0.680
#> SRR1324102 2 0.1163 0.8065 0.028 0.972 0.000
#> SRR1079754 2 0.4110 0.7384 0.152 0.844 0.004
#> SRR1442127 1 0.5291 0.5411 0.732 0.000 0.268
#> SRR1076244 3 0.4654 0.4278 0.208 0.000 0.792
#> SRR1330901 2 0.0237 0.8095 0.004 0.996 0.000
#> SRR1073167 2 0.0424 0.8093 0.008 0.992 0.000
#> SRR1357541 1 0.5285 0.5527 0.752 0.004 0.244
#> SRR811607 2 0.0424 0.8086 0.000 0.992 0.008
#> SRR1468931 3 0.6267 -0.1567 0.452 0.000 0.548
#> SRR1474908 2 0.5835 0.5026 0.000 0.660 0.340
#> SRR1309875 2 0.6565 0.3587 0.008 0.576 0.416
#> SRR598792 3 0.1163 0.4588 0.028 0.000 0.972
#> SRR1088537 2 0.1411 0.8045 0.036 0.964 0.000
#> SRR1457682 2 0.5926 0.4855 0.000 0.644 0.356
#> SRR1454289 2 0.1964 0.7976 0.056 0.944 0.000
#> SRR1069352 1 0.5397 0.5283 0.720 0.000 0.280
#> SRR1472728 2 0.0592 0.8094 0.012 0.988 0.000
#> SRR1091144 1 0.0829 0.5015 0.984 0.004 0.012
#> SRR1319118 3 0.6302 -0.2186 0.480 0.000 0.520
#> SRR1403611 3 0.7067 0.2305 0.468 0.020 0.512
#> SRR1397762 3 0.6745 0.0379 0.012 0.428 0.560
#> SRR1317387 1 0.6168 0.1408 0.588 0.000 0.412
#> SRR1376426 2 0.1411 0.8037 0.036 0.964 0.000
#> SRR1097777 3 0.7263 0.0144 0.372 0.036 0.592
#> SRR1365743 3 0.1411 0.4694 0.000 0.036 0.964
#> SRR1458992 2 0.6291 0.2223 0.000 0.532 0.468
#> SRR1089537 1 0.4235 0.3082 0.824 0.000 0.176
#> SRR1397744 2 0.2537 0.7898 0.000 0.920 0.080
#> SRR1453893 2 0.7918 0.5641 0.256 0.640 0.104
#> SRR1098543 2 0.2356 0.7930 0.000 0.928 0.072
#> SRR1321765 1 0.2926 0.5127 0.924 0.036 0.040
#> SRR1440032 2 0.9914 0.1147 0.328 0.392 0.280
#> SRR1404507 3 0.9812 0.2080 0.340 0.248 0.412
#> SRR1404856 1 0.2165 0.5337 0.936 0.000 0.064
#> SRR812745 2 0.6683 0.1560 0.008 0.496 0.496
#> SRR1417524 3 0.6079 -0.0226 0.388 0.000 0.612
#> SRR1407334 3 0.9895 0.0778 0.272 0.332 0.396
#> SRR1453991 2 0.1529 0.8030 0.000 0.960 0.040
#> SRR1415938 3 0.5678 0.3407 0.000 0.316 0.684
#> SRR1081259 2 0.3112 0.8019 0.028 0.916 0.056
#> SRR1436187 2 0.7178 0.2764 0.464 0.512 0.024
#> SRR1431948 3 0.1643 0.4592 0.044 0.000 0.956
#> SRR1453277 2 0.3784 0.7373 0.132 0.864 0.004
#> SRR1095407 1 0.2356 0.5371 0.928 0.000 0.072
#> SRR1359694 2 0.1529 0.8024 0.040 0.960 0.000
#> SRR656982 1 0.6307 0.2542 0.512 0.000 0.488
#> SRR1354338 2 0.6095 0.4602 0.392 0.608 0.000
#> SRR1088291 2 0.6373 0.5567 0.268 0.704 0.028
#> SRR1080624 2 0.3607 0.7556 0.112 0.880 0.008
#> SRR2166708 3 0.6244 -0.1295 0.440 0.000 0.560
#> SRR1393572 2 0.3045 0.7910 0.020 0.916 0.064
#> SRR1429912 2 0.3551 0.7603 0.000 0.868 0.132
#> SRR1421048 2 0.0237 0.8096 0.004 0.996 0.000
#> SRR1434999 1 0.4931 0.5565 0.768 0.000 0.232
#> SRR656457 1 0.5098 0.5506 0.752 0.000 0.248
#> SRR1098928 3 0.2537 0.4284 0.080 0.000 0.920
#> SRR1343967 2 0.0424 0.8093 0.008 0.992 0.000
#> SRR1360766 1 0.7075 0.2223 0.496 0.020 0.484
#> SRR1464724 3 0.6180 0.3014 0.416 0.000 0.584
#> SRR1101542 1 0.9042 -0.0992 0.500 0.144 0.356
#> SRR1401528 3 0.1620 0.4616 0.024 0.012 0.964
#> SRR1071519 3 0.4842 0.2680 0.224 0.000 0.776
#> SRR1086070 3 0.4999 0.4441 0.028 0.152 0.820
#> SRR1358645 2 0.6587 0.3411 0.008 0.568 0.424
#> SRR819771 1 0.5678 0.4864 0.684 0.000 0.316
#> SRR1418433 3 0.5268 0.4137 0.212 0.012 0.776
#> SRR821050 3 0.6806 0.2798 0.228 0.060 0.712
#> SRR1402091 2 0.9017 0.0885 0.148 0.516 0.336
#> SRR1322028 2 0.0592 0.8081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1452556 3 0.9982 0.0784 0.332 0.308 0.360
#> SRR1340047 2 0.5363 0.6041 0.000 0.724 0.276
#> SRR1418302 2 0.4514 0.7450 0.012 0.832 0.156
#> SRR1073991 3 0.8511 -0.0902 0.428 0.092 0.480
#> SRR1085187 1 0.3412 0.4226 0.876 0.124 0.000
#> SRR1357618 1 0.4842 0.5604 0.776 0.000 0.224
#> SRR1487764 1 0.6244 0.1569 0.560 0.000 0.440
#> SRR1075336 2 0.5263 0.7117 0.116 0.824 0.060
#> SRR1365471 2 0.0892 0.8078 0.020 0.980 0.000
#> SRR1414613 2 0.1964 0.7987 0.000 0.944 0.056
#> SRR658719 3 0.5595 0.4161 0.016 0.228 0.756
#> SRR1475128 3 0.6111 -0.0361 0.396 0.000 0.604
#> SRR1367630 3 0.9974 0.0512 0.308 0.324 0.368
#> SRR1481146 1 0.8025 -0.1078 0.516 0.420 0.064
#> SRR1465674 1 0.3879 0.5608 0.848 0.000 0.152
#> SRR1327303 3 0.7741 0.0215 0.376 0.056 0.568
#> SRR1390391 2 0.4399 0.7116 0.000 0.812 0.188
#> SRR1326020 3 0.7905 0.1003 0.340 0.072 0.588
#> SRR1381953 3 0.6008 0.0144 0.372 0.000 0.628
#> SRR1082544 2 0.6126 0.5226 0.352 0.644 0.004
#> SRR810761 1 0.4235 0.5610 0.824 0.000 0.176
#> SRR1070764 3 0.0475 0.4657 0.004 0.004 0.992
#> SRR1415919 3 0.2711 0.4450 0.088 0.000 0.912
#> SRR1490404 2 0.0000 0.8095 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.5529 0.2640 0.704 0.296 0.000
#> SRR1377492 1 0.6180 0.2396 0.584 0.000 0.416
#> SRR1334314 2 0.5902 0.5439 0.004 0.680 0.316
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 1 0.4830 0.419181 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1074385 2 0.1209 0.893071 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1374739 1 0.4761 0.445012 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1097883 1 0.4869 0.386320 0.708 0.276 0.004 0.012
#> SRR2167209 1 0.2197 0.691363 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR816541 2 0.0188 0.896939 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR663645 4 0.4164 0.378095 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1381505 4 0.4158 0.719577 0.008 0.224 0.000 0.768
#> SRR1416362 2 0.0592 0.896066 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1318503 2 0.0000 0.897148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.1022 0.888996 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1382440 1 0.1820 0.700967 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1088413 1 0.3528 0.616042 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1082080 2 0.0707 0.894377 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1455783 2 0.0779 0.895673 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1447760 1 0.6100 0.396854 0.644 0.084 0.000 0.272
#> SRR1487784 2 0.0469 0.896502 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1331037 2 0.0188 0.897411 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1095651 3 0.6315 0.335873 0.064 0.000 0.540 0.396
#> SRR1078066 1 0.0188 0.707822 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1120363 2 0.4462 0.659835 0.256 0.736 0.004 0.004
#> SRR821231 3 0.4967 -0.130600 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1374373 2 0.0336 0.897437 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1324519 2 0.0336 0.897437 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1431121 2 0.6798 0.532328 0.284 0.620 0.036 0.060
#> SRR1091032 2 0.0524 0.896889 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1365575 4 0.3837 0.720584 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1072972 3 0.6315 0.314888 0.100 0.244 0.652 0.004
#> SRR1310690 2 0.0188 0.897411 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1383037 3 0.4361 0.578085 0.020 0.000 0.772 0.208
#> SRR1095479 3 0.6915 0.507348 0.112 0.016 0.616 0.256
#> SRR1070403 1 0.4981 0.295713 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1390203 2 0.6339 0.552110 0.000 0.656 0.196 0.148
#> SRR1072007 3 0.6160 0.473553 0.004 0.060 0.616 0.320
#> SRR1468787 1 0.1389 0.694724 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1347959 2 0.0336 0.897095 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1338513 3 0.4776 0.553588 0.024 0.000 0.732 0.244
#> SRR812598 2 0.0927 0.897049 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1446806 2 0.0336 0.896905 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1394275 2 0.0895 0.894930 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1443633 1 0.3649 0.603878 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1087728 3 0.6522 0.432271 0.280 0.000 0.608 0.112
#> SRR1098192 2 0.5705 0.335932 0.004 0.628 0.032 0.336
#> SRR1093340 2 0.0469 0.896714 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR665405 3 0.5581 0.341306 0.020 0.000 0.532 0.448
#> SRR657077 4 0.4250 0.653577 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR813208 3 0.5900 0.527164 0.096 0.000 0.684 0.220
#> SRR1416074 2 0.0707 0.894485 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1089688 4 0.2722 0.743328 0.064 0.000 0.032 0.904
#> SRR1353461 3 0.1398 0.524094 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR1466321 2 0.2644 0.861520 0.000 0.908 0.032 0.060
#> SRR1073021 1 0.2255 0.682446 0.920 0.012 0.068 0.000
#> SRR1322816 2 0.2224 0.885035 0.000 0.928 0.040 0.032
#> SRR1457727 2 0.7396 0.224463 0.216 0.516 0.268 0.000
#> SRR1464226 3 0.5754 0.352692 0.016 0.008 0.548 0.428
#> SRR1398863 3 0.5856 0.113730 0.036 0.408 0.556 0.000
#> SRR1455631 4 0.2589 0.756176 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1307808 2 0.0336 0.897002 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1374585 4 0.4103 0.689702 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1072104 4 0.2599 0.783644 0.020 0.064 0.004 0.912
#> SRR1076868 2 0.0779 0.894732 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1335984 2 0.2859 0.829463 0.008 0.880 0.112 0.000
#> SRR1445939 2 0.6445 0.422179 0.000 0.600 0.304 0.096
#> SRR1453047 2 0.2124 0.876767 0.000 0.932 0.028 0.040
#> SRR1339788 1 0.4331 0.537067 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1084323 3 0.5416 0.568254 0.020 0.056 0.756 0.168
#> SRR1092937 3 0.1488 0.531086 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1074090 2 0.0188 0.896939 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1099833 3 0.5097 0.348280 0.004 0.000 0.568 0.428
#> SRR1093434 3 0.4999 -0.230184 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1435857 2 0.5555 0.705868 0.004 0.740 0.140 0.116
#> SRR1480347 2 0.0188 0.897221 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440787 4 0.3693 0.780657 0.072 0.072 0.000 0.856
#> SRR1430202 2 0.2281 0.859348 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1322730 4 0.1661 0.716782 0.004 0.000 0.052 0.944
#> SRR811029 2 0.2021 0.886127 0.000 0.936 0.040 0.024
#> SRR1390456 3 0.5582 0.000584 0.400 0.000 0.576 0.024
#> SRR1381140 2 0.2976 0.840253 0.000 0.872 0.120 0.008
#> SRR1388064 4 0.2198 0.783667 0.008 0.072 0.000 0.920
#> SRR1093577 2 0.4820 0.583163 0.296 0.692 0.000 0.012
#> SRR1414161 2 0.0804 0.897685 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1328738 2 0.1042 0.892932 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1311752 2 0.0469 0.896502 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1445960 2 0.1151 0.896137 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1403412 2 0.4252 0.696836 0.000 0.744 0.252 0.004
#> SRR2166748 3 0.6529 0.533549 0.108 0.012 0.656 0.224
#> SRR821666 4 0.4382 0.642753 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1330746 3 0.4994 -0.199984 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1327872 4 0.1706 0.736283 0.016 0.000 0.036 0.948
#> SRR1100800 2 0.3025 0.854066 0.044 0.896 0.056 0.004
#> SRR1075174 3 0.6202 0.399870 0.000 0.312 0.612 0.076
#> SRR1434436 2 0.1452 0.888723 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1389409 4 0.3870 0.732132 0.004 0.208 0.000 0.788
#> SRR1085310 2 0.5911 0.617335 0.000 0.692 0.196 0.112
#> SRR1376718 4 0.3610 0.737059 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR808590 4 0.3764 0.726206 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1084128 2 0.0707 0.894836 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1361692 1 0.4635 0.500032 0.720 0.012 0.000 0.268
#> SRR1431493 1 0.1510 0.705862 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR1409084 3 0.5717 0.444423 0.028 0.004 0.608 0.360
#> SRR2166214 3 0.5597 0.297496 0.020 0.000 0.516 0.464
#> SRR1324102 2 0.0469 0.896279 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1079754 4 0.4713 0.549409 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1442127 1 0.3144 0.673413 0.884 0.000 0.072 0.044
#> SRR1076244 3 0.4981 0.234543 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1330901 2 0.0336 0.897002 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1073167 2 0.0188 0.897221 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357541 1 0.0188 0.707822 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR811607 2 0.0000 0.897148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 1 0.4967 0.320328 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1474908 2 0.1661 0.883936 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1309875 2 0.6240 0.568537 0.000 0.668 0.176 0.156
#> SRR598792 3 0.2384 0.575594 0.008 0.004 0.916 0.072
#> SRR1088537 2 0.1022 0.890288 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1457682 2 0.5462 0.677943 0.000 0.736 0.112 0.152
#> SRR1454289 2 0.1398 0.884453 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR1069352 1 0.0524 0.708086 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1472728 2 0.0188 0.897221 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091144 1 0.4948 0.059970 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1319118 1 0.4916 0.370579 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1403611 4 0.5420 0.355931 0.044 0.000 0.272 0.684
#> SRR1397762 3 0.6719 0.477645 0.000 0.180 0.616 0.204
#> SRR1317387 4 0.5940 0.616194 0.240 0.000 0.088 0.672
#> SRR1376426 2 0.0921 0.891191 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1097777 2 0.7608 -0.115296 0.200 0.408 0.392 0.000
#> SRR1365743 3 0.3271 0.589306 0.000 0.012 0.856 0.132
#> SRR1458992 2 0.2859 0.849177 0.000 0.880 0.112 0.008
#> SRR1089537 4 0.3768 0.716766 0.184 0.000 0.008 0.808
#> SRR1397744 2 0.1256 0.891809 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1453893 4 0.2805 0.776045 0.000 0.100 0.012 0.888
#> SRR1098543 2 0.0657 0.896303 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1321765 1 0.2412 0.688852 0.908 0.008 0.000 0.084
#> SRR1440032 4 0.3471 0.774666 0.080 0.032 0.012 0.876
#> SRR1404507 4 0.2089 0.738001 0.000 0.020 0.048 0.932
#> SRR1404856 1 0.2469 0.677943 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR812745 3 0.7039 0.417267 0.000 0.256 0.568 0.176
#> SRR1417524 3 0.5004 0.021351 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR1407334 4 0.2125 0.772412 0.004 0.052 0.012 0.932
#> SRR1453991 2 0.1484 0.892170 0.004 0.960 0.016 0.020
#> SRR1415938 3 0.7172 0.240730 0.000 0.376 0.484 0.140
#> SRR1081259 2 0.3424 0.833108 0.012 0.880 0.036 0.072
#> SRR1436187 4 0.3616 0.766895 0.112 0.036 0.000 0.852
#> SRR1431948 3 0.4098 0.581182 0.012 0.000 0.784 0.204
#> SRR1453277 2 0.1575 0.890133 0.012 0.956 0.028 0.004
#> SRR1095407 1 0.2216 0.687219 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1359694 2 0.0336 0.897002 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR656982 1 0.4661 0.474906 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1354338 4 0.4840 0.755646 0.100 0.116 0.000 0.784
#> SRR1088291 2 0.3668 0.756971 0.188 0.808 0.004 0.000
#> SRR1080624 2 0.0376 0.897857 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2166708 1 0.4996 0.250317 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1393572 2 0.1109 0.893436 0.004 0.968 0.028 0.000
#> SRR1429912 2 0.2319 0.872464 0.000 0.924 0.036 0.040
#> SRR1421048 2 0.0524 0.898117 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1434999 1 0.0707 0.707829 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR656457 1 0.0657 0.708443 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1098928 3 0.4656 0.572599 0.056 0.000 0.784 0.160
#> SRR1343967 2 0.0336 0.897095 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1360766 1 0.6215 0.419929 0.600 0.072 0.328 0.000
#> SRR1464724 4 0.3813 0.691742 0.024 0.000 0.148 0.828
#> SRR1101542 4 0.2101 0.755122 0.060 0.000 0.012 0.928
#> SRR1401528 3 0.1743 0.514493 0.056 0.004 0.940 0.000
#> SRR1071519 3 0.3486 0.388507 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1086070 3 0.2382 0.538389 0.004 0.080 0.912 0.004
#> SRR1358645 2 0.7790 -0.073428 0.000 0.420 0.316 0.264
#> SRR819771 1 0.3399 0.642532 0.868 0.000 0.092 0.040
#> SRR1418433 3 0.5548 0.415646 0.024 0.000 0.588 0.388
#> SRR821050 3 0.9160 0.279998 0.236 0.248 0.424 0.092
#> SRR1402091 2 0.5343 0.604261 0.052 0.708 0.240 0.000
#> SRR1322028 2 0.0188 0.896939 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1452556 4 0.1598 0.755896 0.004 0.020 0.020 0.956
#> SRR1340047 2 0.2401 0.866215 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR1418302 2 0.3312 0.839050 0.000 0.876 0.052 0.072
#> SRR1073991 1 0.7862 0.090559 0.388 0.280 0.332 0.000
#> SRR1085187 1 0.5130 0.333959 0.652 0.016 0.000 0.332
#> SRR1357618 1 0.0592 0.708073 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1487764 3 0.7921 0.037236 0.328 0.000 0.348 0.324
#> SRR1075336 2 0.1059 0.895361 0.012 0.972 0.016 0.000
#> SRR1365471 2 0.0469 0.896714 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1414613 2 0.0657 0.896303 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR658719 3 0.4204 0.446323 0.020 0.192 0.788 0.000
#> SRR1475128 3 0.4830 0.025201 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1367630 4 0.1297 0.748592 0.020 0.000 0.016 0.964
#> SRR1481146 4 0.3105 0.745621 0.140 0.000 0.004 0.856
#> SRR1465674 1 0.1637 0.701337 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1327303 3 0.6889 -0.093932 0.396 0.108 0.496 0.000
#> SRR1390391 2 0.1305 0.892366 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1326020 3 0.7015 0.143363 0.264 0.168 0.568 0.000
#> SRR1381953 3 0.4804 0.047621 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1082544 4 0.4953 0.757110 0.120 0.104 0.000 0.776
#> SRR810761 1 0.1389 0.704599 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1070764 3 0.3751 0.584387 0.000 0.004 0.800 0.196
#> SRR1415919 3 0.3831 0.583155 0.004 0.000 0.792 0.204
#> SRR1490404 2 0.0188 0.897221 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1416773 1 0.5203 0.121713 0.576 0.008 0.000 0.416
#> SRR1377492 4 0.7401 0.144384 0.188 0.000 0.316 0.496
#> SRR1334314 2 0.4428 0.770394 0.000 0.808 0.068 0.124
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.1041 0.8428 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR1074385 2 0.1357 0.8932 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.0404 0.8531 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1097883 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167209 5 0.0162 0.9148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR816541 2 0.0162 0.8998 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 4 0.3730 0.6533 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1381505 4 0.1893 0.8600 0.024 0.048 0.000 0.928 0.000
#> SRR1416362 2 0.1410 0.8937 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1318503 2 0.0162 0.8992 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.1831 0.8777 0.004 0.920 0.000 0.076 0.000
#> SRR1382440 5 0.0162 0.9142 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1088413 5 0.3123 0.7764 0.000 0.012 0.160 0.000 0.828
#> SRR1082080 2 0.1518 0.8957 0.004 0.944 0.000 0.048 0.004
#> SRR1455783 2 0.1168 0.8965 0.032 0.960 0.000 0.008 0.000
#> SRR1447760 5 0.1195 0.8939 0.000 0.028 0.000 0.012 0.960
#> SRR1487784 2 0.1043 0.9003 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1331037 2 0.1043 0.9011 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1095651 1 0.6652 -0.0310 0.420 0.000 0.232 0.348 0.000
#> SRR1078066 5 0.0290 0.9140 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1120363 2 0.4940 0.2365 0.020 0.540 0.000 0.004 0.436
#> SRR821231 3 0.0162 0.8558 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.2011 0.8776 0.004 0.908 0.000 0.088 0.000
#> SRR1324519 2 0.2179 0.8686 0.004 0.896 0.000 0.100 0.000
#> SRR1431121 5 0.5107 0.4311 0.064 0.296 0.000 0.000 0.640
#> SRR1091032 2 0.1205 0.8902 0.040 0.956 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365575 4 0.1357 0.8518 0.004 0.048 0.000 0.948 0.000
#> SRR1072972 2 0.6219 -0.0265 0.140 0.440 0.420 0.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0703 0.9026 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1383037 3 0.5555 0.0139 0.452 0.000 0.480 0.068 0.000
#> SRR1095479 1 0.0404 0.7171 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.8568 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.3932 0.5637 0.672 0.328 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 1 0.2769 0.7051 0.888 0.028 0.004 0.076 0.004
#> SRR1468787 5 0.0880 0.9036 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1347959 2 0.1043 0.9006 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1338513 3 0.3906 0.7018 0.084 0.000 0.804 0.112 0.000
#> SRR812598 2 0.2773 0.7842 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1446806 2 0.0324 0.9001 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394275 2 0.1043 0.8888 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 5 0.0912 0.9089 0.012 0.000 0.016 0.000 0.972
#> SRR1087728 1 0.4401 0.4300 0.684 0.000 0.004 0.016 0.296
#> SRR1098192 4 0.6426 0.2168 0.156 0.368 0.000 0.472 0.004
#> SRR1093340 2 0.0794 0.9016 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR665405 1 0.2069 0.6993 0.912 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR657077 4 0.1168 0.8661 0.008 0.032 0.000 0.960 0.000
#> SRR813208 1 0.6296 0.1111 0.456 0.000 0.408 0.132 0.004
#> SRR1416074 2 0.1478 0.8919 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1089688 4 0.2329 0.8506 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1353461 3 0.0162 0.8554 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.3707 0.5799 0.284 0.716 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 5 0.0566 0.9116 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR1322816 2 0.2006 0.8809 0.012 0.916 0.000 0.072 0.000
#> SRR1457727 2 0.4089 0.6749 0.004 0.736 0.244 0.000 0.016
#> SRR1464226 1 0.1341 0.7029 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1398863 3 0.3796 0.4816 0.000 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR1455631 4 0.1831 0.8691 0.076 0.000 0.000 0.920 0.004
#> SRR1307808 2 0.0932 0.9017 0.004 0.972 0.000 0.020 0.004
#> SRR1374585 4 0.1571 0.8440 0.004 0.060 0.000 0.936 0.000
#> SRR1072104 4 0.0566 0.8729 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR1076868 2 0.1285 0.8990 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR1335984 2 0.2605 0.8115 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1445939 2 0.4138 0.3208 0.384 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.2439 0.8296 0.120 0.876 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339788 3 0.1671 0.8100 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1084323 3 0.7217 0.1071 0.320 0.240 0.416 0.024 0.000
#> SRR1092937 3 0.2773 0.7289 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 4 0.4088 0.7830 0.168 0.000 0.056 0.776 0.000
#> SRR1093434 3 0.0000 0.8568 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 2 0.3730 0.5949 0.288 0.712 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0865 0.9017 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> SRR1440787 4 0.0486 0.8728 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR1430202 2 0.0771 0.8982 0.004 0.976 0.020 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.1965 0.8637 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR811029 2 0.1522 0.8986 0.012 0.944 0.000 0.044 0.000
#> SRR1390456 3 0.1124 0.8360 0.004 0.000 0.960 0.036 0.000
#> SRR1381140 2 0.1041 0.8945 0.032 0.964 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388064 4 0.1041 0.8754 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1093577 5 0.2605 0.7468 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1414161 2 0.1978 0.8889 0.004 0.928 0.024 0.044 0.000
#> SRR1328738 2 0.2329 0.8413 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1311752 2 0.1116 0.9011 0.004 0.964 0.000 0.028 0.004
#> SRR1445960 2 0.1444 0.8971 0.012 0.948 0.000 0.040 0.000
#> SRR1403412 2 0.2100 0.8862 0.012 0.924 0.048 0.016 0.000
#> SRR2166748 1 0.0162 0.7169 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR821666 4 0.1892 0.8253 0.004 0.080 0.000 0.916 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.8568 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.1952 0.8640 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1100800 2 0.2349 0.8613 0.012 0.900 0.004 0.000 0.084
#> SRR1075174 2 0.4795 0.5847 0.224 0.704 0.072 0.000 0.000
#> SRR1434436 2 0.1331 0.8934 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR1389409 4 0.1124 0.8620 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR1085310 1 0.4256 0.3296 0.564 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376718 4 0.1195 0.8679 0.012 0.028 0.000 0.960 0.000
#> SRR808590 4 0.0955 0.8654 0.004 0.028 0.000 0.968 0.000
#> SRR1084128 2 0.2338 0.8595 0.004 0.884 0.000 0.112 0.000
#> SRR1361692 5 0.2233 0.8381 0.004 0.000 0.000 0.104 0.892
#> SRR1431493 5 0.1270 0.8869 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1409084 1 0.1043 0.7108 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2166214 1 0.2470 0.6844 0.884 0.000 0.000 0.104 0.012
#> SRR1324102 2 0.1605 0.8964 0.012 0.944 0.000 0.040 0.004
#> SRR1079754 4 0.2011 0.8173 0.004 0.088 0.000 0.908 0.000
#> SRR1442127 5 0.1651 0.8863 0.036 0.000 0.012 0.008 0.944
#> SRR1076244 4 0.4503 0.7619 0.124 0.000 0.120 0.756 0.000
#> SRR1330901 2 0.0727 0.9021 0.004 0.980 0.000 0.012 0.004
#> SRR1073167 2 0.1026 0.9017 0.004 0.968 0.000 0.024 0.004
#> SRR1357541 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811607 2 0.0404 0.9024 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.8568 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.1197 0.8856 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309875 1 0.3752 0.6200 0.708 0.292 0.000 0.000 0.000
#> SRR598792 1 0.4262 0.0911 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.1605 0.8964 0.012 0.944 0.000 0.040 0.004
#> SRR1457682 1 0.3684 0.6297 0.720 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 2 0.2067 0.8888 0.028 0.924 0.000 0.044 0.004
#> SRR1069352 5 0.0693 0.9118 0.012 0.000 0.008 0.000 0.980
#> SRR1472728 2 0.1682 0.8948 0.012 0.940 0.000 0.044 0.004
#> SRR1091144 4 0.3861 0.6354 0.004 0.000 0.000 0.712 0.284
#> SRR1319118 3 0.0162 0.8559 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1403611 4 0.4235 0.4438 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR1397762 1 0.2011 0.7087 0.908 0.088 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317387 5 0.5184 0.5921 0.136 0.000 0.000 0.176 0.688
#> SRR1376426 2 0.2389 0.8560 0.004 0.880 0.000 0.116 0.000
#> SRR1097777 2 0.4360 0.5780 0.020 0.680 0.300 0.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.4096 0.4966 0.724 0.012 0.260 0.004 0.000
#> SRR1458992 2 0.0865 0.9003 0.004 0.972 0.024 0.000 0.000
#> SRR1089537 4 0.4466 0.7496 0.076 0.000 0.000 0.748 0.176
#> SRR1397744 2 0.1197 0.8868 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 4 0.0880 0.8751 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1098543 2 0.0510 0.8973 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 5 0.0162 0.9137 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1440032 4 0.2392 0.8525 0.104 0.004 0.000 0.888 0.004
#> SRR1404507 4 0.1908 0.8640 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1404856 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812745 1 0.3109 0.6733 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417524 3 0.0000 0.8568 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407334 4 0.1341 0.8743 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1453991 2 0.1732 0.8666 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.3774 0.6144 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.3072 0.8389 0.100 0.868 0.012 0.016 0.004
#> SRR1436187 4 0.1116 0.8750 0.028 0.004 0.000 0.964 0.004
#> SRR1431948 1 0.1997 0.7064 0.924 0.000 0.036 0.040 0.000
#> SRR1453277 2 0.1756 0.8966 0.008 0.940 0.016 0.036 0.000
#> SRR1095407 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359694 2 0.1285 0.8990 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR656982 3 0.1121 0.8348 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1354338 4 0.1518 0.8528 0.004 0.048 0.000 0.944 0.004
#> SRR1088291 5 0.3774 0.5010 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1080624 2 0.1116 0.9009 0.004 0.964 0.000 0.004 0.028
#> SRR2166708 3 0.0000 0.8568 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.0880 0.9003 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.2127 0.8415 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.1908 0.8631 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1434999 5 0.0579 0.9132 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR656457 5 0.0290 0.9143 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1098928 3 0.3804 0.6891 0.160 0.000 0.796 0.044 0.000
#> SRR1343967 2 0.0613 0.9019 0.004 0.984 0.000 0.008 0.004
#> SRR1360766 3 0.0880 0.8381 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1464724 4 0.3810 0.8134 0.100 0.000 0.088 0.812 0.000
#> SRR1101542 4 0.2230 0.8534 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1401528 3 0.0290 0.8545 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.1965 0.7950 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1086070 3 0.5599 0.3376 0.092 0.328 0.580 0.000 0.000
#> SRR1358645 1 0.1121 0.7164 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR819771 5 0.0566 0.9112 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR1418433 1 0.1908 0.6763 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR821050 1 0.5832 0.5147 0.624 0.128 0.008 0.000 0.240
#> SRR1402091 3 0.3999 0.4257 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.1478 0.8727 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1340047 2 0.4255 0.7796 0.068 0.800 0.112 0.020 0.000
#> SRR1418302 1 0.4551 0.2933 0.556 0.436 0.000 0.004 0.004
#> SRR1073991 2 0.4628 0.6065 0.004 0.688 0.276 0.000 0.032
#> SRR1085187 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357618 5 0.0162 0.9148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1487764 5 0.5365 0.4674 0.284 0.000 0.000 0.088 0.628
#> SRR1075336 2 0.0613 0.9022 0.004 0.984 0.004 0.000 0.008
#> SRR1365471 2 0.0794 0.9016 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1414613 2 0.1012 0.9014 0.012 0.968 0.000 0.020 0.000
#> SRR658719 3 0.0771 0.8472 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.8568 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 4 0.1831 0.8679 0.076 0.004 0.000 0.920 0.000
#> SRR1481146 4 0.1877 0.8719 0.064 0.000 0.000 0.924 0.012
#> SRR1465674 5 0.0162 0.9148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1327303 3 0.0000 0.8568 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390391 2 0.0451 0.9010 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1326020 3 0.0000 0.8568 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381953 3 0.0000 0.8568 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082544 4 0.4010 0.8191 0.044 0.068 0.000 0.828 0.060
#> SRR810761 5 0.0162 0.9148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1070764 1 0.1121 0.7052 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.2378 0.7005 0.904 0.000 0.048 0.048 0.000
#> SRR1490404 2 0.0510 0.9013 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1416773 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377492 3 0.5516 0.3987 0.096 0.000 0.608 0.296 0.000
#> SRR1334314 1 0.4161 0.4357 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.1453 0.85483 0.008 0.008 0.944 0.000 0.040 0.000
#> SRR1074385 2 0.2699 0.77017 0.020 0.864 0.108 0.000 0.000 0.008
#> SRR1374739 3 0.0547 0.87040 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1097883 5 0.0000 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167209 5 0.0000 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816541 2 0.2501 0.76057 0.108 0.872 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR663645 4 0.4496 0.72816 0.136 0.000 0.000 0.708 0.000 0.156
#> SRR1381505 4 0.1933 0.81974 0.044 0.032 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR1416362 2 0.4056 0.72505 0.088 0.788 0.000 0.096 0.000 0.028
#> SRR1318503 2 0.0653 0.79636 0.012 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1341626 2 0.6018 0.35978 0.300 0.536 0.000 0.128 0.000 0.036
#> SRR1382440 5 0.0858 0.86753 0.028 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004
#> SRR1088413 3 0.4662 0.26552 0.020 0.016 0.560 0.000 0.404 0.000
#> SRR1082080 2 0.2910 0.77367 0.068 0.868 0.000 0.044 0.000 0.020
#> SRR1455783 2 0.2565 0.78096 0.104 0.872 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1447760 5 0.0862 0.86649 0.008 0.016 0.000 0.004 0.972 0.000
#> SRR1487784 2 0.0622 0.80086 0.012 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.1218 0.80142 0.012 0.956 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1095651 6 0.1888 0.75436 0.004 0.000 0.012 0.068 0.000 0.916
#> SRR1078066 5 0.0000 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120363 2 0.5299 0.24653 0.052 0.520 0.000 0.000 0.404 0.024
#> SRR821231 3 0.0520 0.87166 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1374373 2 0.4301 0.73773 0.072 0.768 0.000 0.036 0.000 0.124
#> SRR1324519 2 0.4121 0.71733 0.112 0.784 0.000 0.068 0.000 0.036
#> SRR1431121 5 0.5560 0.03792 0.384 0.140 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1091032 2 0.2135 0.76963 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.2103 0.82697 0.040 0.024 0.000 0.916 0.000 0.020
#> SRR1072972 3 0.4843 0.49945 0.144 0.192 0.664 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.1889 0.79344 0.020 0.920 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR1383037 6 0.4946 0.54722 0.032 0.000 0.292 0.040 0.000 0.636
#> SRR1095479 6 0.2365 0.74998 0.084 0.008 0.000 0.012 0.004 0.892
#> SRR1070403 3 0.0000 0.87606 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.3454 0.76268 0.768 0.208 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1072007 6 0.3291 0.73171 0.060 0.036 0.000 0.056 0.000 0.848
#> SRR1468787 5 0.2762 0.71022 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1347959 2 0.0951 0.80087 0.008 0.968 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1338513 3 0.2767 0.77843 0.004 0.000 0.868 0.056 0.000 0.072
#> SRR812598 2 0.2085 0.79733 0.024 0.912 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR1446806 2 0.0820 0.79508 0.012 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1394275 2 0.1957 0.77068 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 5 0.0405 0.87277 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1087728 5 0.5579 0.46692 0.156 0.000 0.000 0.016 0.600 0.228
#> SRR1098192 2 0.6475 0.10724 0.056 0.420 0.000 0.132 0.000 0.392
#> SRR1093340 2 0.1850 0.79614 0.016 0.924 0.000 0.052 0.000 0.008
#> SRR665405 1 0.4058 0.51939 0.748 0.000 0.000 0.044 0.012 0.196
#> SRR657077 4 0.4784 0.74812 0.120 0.032 0.000 0.724 0.000 0.124
#> SRR813208 6 0.6289 0.29597 0.040 0.000 0.372 0.136 0.000 0.452
#> SRR1416074 2 0.1196 0.80138 0.008 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.2579 0.80074 0.040 0.000 0.000 0.872 0.000 0.088
#> SRR1353461 3 0.1204 0.84252 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1466321 1 0.3221 0.73174 0.736 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 5 0.1605 0.85417 0.012 0.016 0.032 0.000 0.940 0.000
#> SRR1322816 2 0.4549 0.69094 0.164 0.736 0.000 0.068 0.000 0.032
#> SRR1457727 2 0.2632 0.78839 0.008 0.884 0.076 0.000 0.008 0.024
#> SRR1464226 1 0.4524 0.14288 0.560 0.000 0.000 0.036 0.000 0.404
#> SRR1398863 3 0.2482 0.73394 0.000 0.148 0.848 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455631 4 0.3109 0.72158 0.000 0.000 0.000 0.772 0.004 0.224
#> SRR1307808 2 0.1623 0.79765 0.032 0.940 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1374585 4 0.1478 0.82983 0.020 0.032 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR1072104 4 0.3033 0.81681 0.108 0.012 0.000 0.848 0.000 0.032
#> SRR1076868 2 0.2839 0.77607 0.068 0.872 0.000 0.048 0.004 0.008
#> SRR1335984 2 0.4262 0.10582 0.016 0.508 0.476 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445939 2 0.4798 0.38206 0.060 0.564 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1453047 2 0.3854 0.15822 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0865 0.86211 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1084323 6 0.2556 0.72610 0.012 0.052 0.048 0.000 0.000 0.888
#> SRR1092937 6 0.2191 0.73526 0.000 0.004 0.120 0.000 0.000 0.876
#> SRR1074090 2 0.0260 0.79582 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 4 0.4665 0.63290 0.008 0.000 0.068 0.672 0.000 0.252
#> SRR1093434 3 0.0000 0.87606 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.4308 0.70880 0.676 0.280 0.004 0.000 0.000 0.040
#> SRR1480347 2 0.1464 0.79797 0.036 0.944 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1440787 4 0.2224 0.82956 0.064 0.012 0.000 0.904 0.000 0.020
#> SRR1430202 2 0.1555 0.79907 0.008 0.940 0.012 0.000 0.000 0.040
#> SRR1322730 4 0.2129 0.83076 0.040 0.000 0.000 0.904 0.000 0.056
#> SRR811029 2 0.6342 0.31624 0.144 0.476 0.000 0.044 0.000 0.336
#> SRR1390456 3 0.1745 0.82813 0.000 0.000 0.920 0.012 0.000 0.068
#> SRR1381140 2 0.4151 0.59537 0.044 0.692 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1388064 4 0.1116 0.83378 0.004 0.008 0.000 0.960 0.000 0.028
#> SRR1093577 5 0.3805 0.42416 0.004 0.328 0.000 0.000 0.664 0.004
#> SRR1414161 2 0.3215 0.77792 0.060 0.860 0.040 0.032 0.000 0.008
#> SRR1328738 2 0.3626 0.59954 0.004 0.704 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR1311752 2 0.1453 0.79607 0.040 0.944 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1445960 2 0.3904 0.73640 0.132 0.792 0.000 0.044 0.000 0.032
#> SRR1403412 2 0.5521 0.51127 0.084 0.620 0.044 0.000 0.000 0.252
#> SRR2166748 6 0.2948 0.67172 0.188 0.000 0.000 0.000 0.008 0.804
#> SRR821666 4 0.3374 0.79710 0.096 0.036 0.000 0.836 0.000 0.032
#> SRR1330746 3 0.0000 0.87606 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.2745 0.82500 0.068 0.000 0.000 0.864 0.000 0.068
#> SRR1100800 2 0.3541 0.71999 0.032 0.804 0.016 0.000 0.148 0.000
#> SRR1075174 2 0.5287 0.17862 0.076 0.492 0.008 0.000 0.000 0.424
#> SRR1434436 2 0.2547 0.78468 0.112 0.868 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1389409 4 0.1434 0.83187 0.020 0.024 0.000 0.948 0.000 0.008
#> SRR1085310 1 0.3136 0.75589 0.768 0.228 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1376718 4 0.1036 0.83049 0.008 0.024 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR808590 4 0.3369 0.79598 0.108 0.028 0.000 0.832 0.000 0.032
#> SRR1084128 2 0.4556 0.69021 0.120 0.748 0.000 0.096 0.000 0.036
#> SRR1361692 5 0.3795 0.74655 0.024 0.000 0.000 0.044 0.796 0.136
#> SRR1431493 5 0.2748 0.78791 0.000 0.000 0.024 0.000 0.848 0.128
#> SRR1409084 6 0.2872 0.71871 0.140 0.000 0.000 0.024 0.000 0.836
#> SRR2166214 1 0.4239 0.51131 0.740 0.000 0.000 0.052 0.016 0.192
#> SRR1324102 2 0.2941 0.78198 0.060 0.868 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR1079754 4 0.3714 0.79352 0.096 0.048 0.000 0.816 0.000 0.040
#> SRR1442127 5 0.1508 0.85809 0.016 0.000 0.004 0.020 0.948 0.012
#> SRR1076244 6 0.4866 0.29721 0.000 0.000 0.068 0.364 0.000 0.568
#> SRR1330901 2 0.1074 0.79773 0.028 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1073167 2 0.2422 0.78410 0.072 0.892 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR1357541 5 0.0000 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.1007 0.80065 0.004 0.968 0.004 0.016 0.000 0.008
#> SRR1468931 3 0.0146 0.87580 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1474908 2 0.2006 0.78214 0.080 0.904 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1309875 1 0.3364 0.76133 0.780 0.196 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR598792 6 0.2312 0.74127 0.012 0.000 0.112 0.000 0.000 0.876
#> SRR1088537 2 0.3332 0.75769 0.068 0.840 0.000 0.072 0.000 0.020
#> SRR1457682 1 0.3512 0.75795 0.772 0.196 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1454289 2 0.4602 0.69979 0.068 0.748 0.000 0.056 0.000 0.128
#> SRR1069352 5 0.0000 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.3039 0.76938 0.068 0.860 0.000 0.052 0.000 0.020
#> SRR1091144 4 0.3589 0.73625 0.040 0.000 0.000 0.800 0.148 0.012
#> SRR1319118 3 0.0146 0.87580 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403611 6 0.1765 0.74234 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1397762 1 0.3381 0.61759 0.800 0.044 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1317387 5 0.4797 0.50567 0.012 0.000 0.000 0.056 0.640 0.292
#> SRR1376426 2 0.4784 0.66216 0.120 0.724 0.000 0.124 0.000 0.032
#> SRR1097777 2 0.4121 0.69287 0.028 0.768 0.156 0.000 0.000 0.048
#> SRR1365743 6 0.2568 0.75287 0.024 0.004 0.088 0.004 0.000 0.880
#> SRR1458992 2 0.3539 0.63883 0.024 0.756 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089537 4 0.4975 0.68108 0.032 0.000 0.000 0.704 0.124 0.140
#> SRR1397744 2 0.2389 0.78661 0.060 0.888 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1453893 4 0.1542 0.82777 0.004 0.008 0.000 0.936 0.000 0.052
#> SRR1098543 2 0.1176 0.79374 0.024 0.956 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1321765 5 0.1923 0.84475 0.036 0.020 0.000 0.008 0.928 0.008
#> SRR1440032 4 0.5987 0.21997 0.116 0.020 0.000 0.468 0.004 0.392
#> SRR1404507 4 0.3755 0.75303 0.036 0.000 0.000 0.744 0.000 0.220
#> SRR1404856 5 0.0405 0.87267 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR812745 6 0.5172 0.30613 0.268 0.132 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1417524 3 0.0146 0.87517 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1407334 4 0.1649 0.83728 0.016 0.008 0.000 0.936 0.000 0.040
#> SRR1453991 2 0.2732 0.78584 0.056 0.880 0.000 0.000 0.020 0.044
#> SRR1415938 1 0.3394 0.76201 0.776 0.200 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1081259 2 0.5169 0.54508 0.052 0.624 0.000 0.036 0.000 0.288
#> SRR1436187 4 0.2001 0.82288 0.044 0.020 0.000 0.920 0.000 0.016
#> SRR1431948 6 0.2282 0.75976 0.068 0.000 0.012 0.020 0.000 0.900
#> SRR1453277 2 0.4207 0.74997 0.064 0.804 0.080 0.028 0.004 0.020
#> SRR1095407 5 0.0000 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.2755 0.77544 0.068 0.876 0.000 0.040 0.000 0.016
#> SRR656982 3 0.1226 0.85865 0.000 0.004 0.952 0.000 0.040 0.004
#> SRR1354338 4 0.6456 0.60348 0.120 0.040 0.000 0.596 0.048 0.196
#> SRR1088291 5 0.3003 0.67635 0.016 0.172 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1080624 2 0.2257 0.79336 0.060 0.904 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR2166708 3 0.0000 0.87606 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.1938 0.80137 0.004 0.920 0.040 0.000 0.000 0.036
#> SRR1429912 1 0.3647 0.58495 0.640 0.360 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.3933 0.58119 0.036 0.716 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1434999 5 0.0632 0.86893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR656457 5 0.0146 0.87311 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1098928 3 0.2323 0.80490 0.012 0.000 0.892 0.012 0.000 0.084
#> SRR1343967 2 0.0837 0.79944 0.020 0.972 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1360766 3 0.0146 0.87561 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464724 4 0.4584 0.37386 0.000 0.000 0.040 0.556 0.000 0.404
#> SRR1101542 4 0.2277 0.80911 0.032 0.000 0.000 0.892 0.000 0.076
#> SRR1401528 3 0.0146 0.87569 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.0692 0.86771 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1086070 2 0.6108 0.13009 0.032 0.456 0.124 0.000 0.000 0.388
#> SRR1358645 6 0.5921 -0.18017 0.400 0.160 0.000 0.008 0.000 0.432
#> SRR819771 5 0.1421 0.86025 0.028 0.000 0.000 0.000 0.944 0.028
#> SRR1418433 6 0.2404 0.75358 0.080 0.000 0.000 0.036 0.000 0.884
#> SRR821050 5 0.5647 0.31701 0.344 0.052 0.000 0.000 0.548 0.056
#> SRR1402091 3 0.2697 0.67264 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0603 0.79716 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452556 4 0.3206 0.79575 0.028 0.004 0.000 0.816 0.000 0.152
#> SRR1340047 2 0.5766 0.19237 0.024 0.464 0.080 0.004 0.000 0.428
#> SRR1418302 1 0.3756 0.67562 0.788 0.152 0.000 0.048 0.000 0.012
#> SRR1073991 3 0.4266 0.56288 0.012 0.236 0.712 0.000 0.040 0.000
#> SRR1085187 5 0.1471 0.84581 0.004 0.000 0.000 0.064 0.932 0.000
#> SRR1357618 5 0.0000 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487764 5 0.4749 0.65883 0.040 0.000 0.000 0.068 0.720 0.172
#> SRR1075336 2 0.2685 0.78159 0.036 0.880 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR1365471 2 0.0951 0.79959 0.008 0.968 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1414613 2 0.2981 0.77421 0.116 0.848 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR658719 3 0.6965 -0.00728 0.084 0.124 0.440 0.012 0.000 0.340
#> SRR1475128 3 0.0000 0.87606 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 4 0.2563 0.83147 0.072 0.000 0.000 0.876 0.000 0.052
#> SRR1481146 4 0.1952 0.83673 0.052 0.000 0.000 0.920 0.012 0.016
#> SRR1465674 5 0.0000 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327303 3 0.0146 0.87569 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390391 2 0.1994 0.79335 0.040 0.924 0.008 0.020 0.000 0.008
#> SRR1326020 3 0.0000 0.87606 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381953 3 0.0000 0.87606 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082544 4 0.5014 0.72590 0.076 0.076 0.000 0.748 0.028 0.072
#> SRR810761 5 0.0000 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.4206 0.28052 0.624 0.000 0.008 0.012 0.000 0.356
#> SRR1415919 6 0.2478 0.75779 0.076 0.000 0.012 0.024 0.000 0.888
#> SRR1490404 2 0.0508 0.79650 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416773 5 0.0000 0.87365 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377492 3 0.5151 0.43922 0.012 0.000 0.616 0.284 0.000 0.088
#> SRR1334314 1 0.3564 0.72989 0.724 0.264 0.000 0.000 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.226 0.683 0.824 0.4389 0.500 0.500
#> 3 3 0.270 0.399 0.683 0.3282 0.628 0.407
#> 4 4 0.335 0.454 0.659 0.1079 0.645 0.361
#> 5 5 0.384 0.561 0.718 0.0644 0.869 0.673
#> 6 6 0.471 0.610 0.757 0.0563 0.975 0.919
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.4298 0.8168 0.912 0.088
#> SRR1074385 1 0.4939 0.8128 0.892 0.108
#> SRR1374739 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.5737 0.7962 0.864 0.136
#> SRR2167209 2 0.9933 0.2707 0.452 0.548
#> SRR816541 2 0.1843 0.7807 0.028 0.972
#> SRR663645 2 0.8327 0.7121 0.264 0.736
#> SRR1381505 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.4815 0.7905 0.104 0.896
#> SRR1318503 2 0.9977 0.2366 0.472 0.528
#> SRR1341626 2 0.2236 0.7837 0.036 0.964
#> SRR1382440 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.4431 0.8163 0.908 0.092
#> SRR1082080 2 0.1843 0.7806 0.028 0.972
#> SRR1455783 1 0.6623 0.7660 0.828 0.172
#> SRR1447760 2 0.9129 0.6180 0.328 0.672
#> SRR1487784 2 0.4690 0.7909 0.100 0.900
#> SRR1331037 2 0.8499 0.7000 0.276 0.724
#> SRR1095651 1 0.4690 0.8068 0.900 0.100
#> SRR1078066 1 0.7453 0.7228 0.788 0.212
#> SRR1120363 1 0.4562 0.8158 0.904 0.096
#> SRR821231 1 0.1843 0.8076 0.972 0.028
#> SRR1374373 2 0.9129 0.6239 0.328 0.672
#> SRR1324519 2 0.3114 0.7886 0.056 0.944
#> SRR1431121 1 0.3733 0.8166 0.928 0.072
#> SRR1091032 2 0.4298 0.7917 0.088 0.912
#> SRR1365575 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.4161 0.8176 0.916 0.084
#> SRR1310690 2 0.2948 0.7880 0.052 0.948
#> SRR1383037 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.2603 0.8122 0.956 0.044
#> SRR1070403 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.4022 0.8171 0.920 0.080
#> SRR1072007 2 0.6247 0.7807 0.156 0.844
#> SRR1468787 1 0.9970 0.0321 0.532 0.468
#> SRR1347959 2 0.4022 0.7909 0.080 0.920
#> SRR1338513 1 0.5629 0.7920 0.868 0.132
#> SRR812598 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1446806 2 0.9248 0.6027 0.340 0.660
#> SRR1394275 1 0.9661 0.3562 0.608 0.392
#> SRR1443633 1 0.4939 0.8053 0.892 0.108
#> SRR1087728 1 0.0376 0.7989 0.996 0.004
#> SRR1098192 2 0.2423 0.7850 0.040 0.960
#> SRR1093340 2 0.1843 0.7806 0.028 0.972
#> SRR665405 2 0.7528 0.7539 0.216 0.784
#> SRR657077 2 0.8267 0.7156 0.260 0.740
#> SRR813208 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.4690 0.7909 0.100 0.900
#> SRR1089688 2 0.7453 0.7559 0.212 0.788
#> SRR1353461 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 1.0000 0.1401 0.496 0.504
#> SRR1073021 1 0.9963 0.0537 0.536 0.464
#> SRR1322816 2 0.3431 0.7903 0.064 0.936
#> SRR1457727 1 0.3114 0.8150 0.944 0.056
#> SRR1464226 2 0.6623 0.7732 0.172 0.828
#> SRR1398863 1 0.4939 0.8128 0.892 0.108
#> SRR1455631 2 0.8443 0.7028 0.272 0.728
#> SRR1307808 2 0.8608 0.6833 0.284 0.716
#> SRR1374585 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.5946 0.7837 0.144 0.856
#> SRR1076868 2 0.4939 0.7903 0.108 0.892
#> SRR1335984 2 0.8386 0.7120 0.268 0.732
#> SRR1445939 1 0.8813 0.5891 0.700 0.300
#> SRR1453047 2 0.4298 0.7917 0.088 0.912
#> SRR1339788 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.9460 0.4336 0.636 0.364
#> SRR1092937 1 0.9754 0.2920 0.592 0.408
#> SRR1074090 2 0.3114 0.7886 0.056 0.944
#> SRR1099833 1 0.5629 0.7920 0.868 0.132
#> SRR1093434 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.9286 0.4883 0.656 0.344
#> SRR1480347 2 0.1843 0.7806 0.028 0.972
#> SRR1440787 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.9248 0.6027 0.340 0.660
#> SRR1322730 2 0.1184 0.7734 0.016 0.984
#> SRR811029 2 0.6148 0.7818 0.152 0.848
#> SRR1390456 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.5842 0.7927 0.860 0.140
#> SRR1388064 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.9286 0.4851 0.656 0.344
#> SRR1414161 1 0.9732 0.3159 0.596 0.404
#> SRR1328738 1 0.9427 0.4438 0.640 0.360
#> SRR1311752 2 0.1843 0.7806 0.028 0.972
#> SRR1445960 2 0.7299 0.7570 0.204 0.796
#> SRR1403412 2 0.6148 0.7818 0.152 0.848
#> SRR2166748 1 0.2603 0.8122 0.956 0.044
#> SRR821666 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0672 0.7680 0.008 0.992
#> SRR1100800 1 0.3733 0.8168 0.928 0.072
#> SRR1075174 1 0.8813 0.5865 0.700 0.300
#> SRR1434436 2 1.0000 0.1235 0.496 0.504
#> SRR1389409 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.5294 0.8072 0.880 0.120
#> SRR1376718 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.7883 0.7335 0.236 0.764
#> SRR1361692 1 0.7453 0.7300 0.788 0.212
#> SRR1431493 1 0.2423 0.8111 0.960 0.040
#> SRR1409084 1 0.7376 0.7271 0.792 0.208
#> SRR2166214 2 0.7528 0.7539 0.216 0.784
#> SRR1324102 2 0.2423 0.7850 0.040 0.960
#> SRR1079754 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0376 0.7989 0.996 0.004
#> SRR1076244 2 0.1843 0.7788 0.028 0.972
#> SRR1330901 2 0.8608 0.6833 0.284 0.716
#> SRR1073167 2 0.2423 0.7850 0.040 0.960
#> SRR1357541 1 0.5737 0.7962 0.864 0.136
#> SRR811607 2 0.9996 0.1650 0.488 0.512
#> SRR1468931 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.8713 0.6791 0.292 0.708
#> SRR1309875 2 0.3584 0.7902 0.068 0.932
#> SRR598792 1 0.0376 0.7994 0.996 0.004
#> SRR1088537 2 0.8713 0.6771 0.292 0.708
#> SRR1457682 1 0.7528 0.7165 0.784 0.216
#> SRR1454289 2 0.9775 0.4265 0.412 0.588
#> SRR1069352 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.8267 0.7143 0.260 0.740
#> SRR1091144 2 0.6438 0.7759 0.164 0.836
#> SRR1319118 1 0.4022 0.8170 0.920 0.080
#> SRR1403611 1 0.5842 0.7836 0.860 0.140
#> SRR1397762 1 0.7219 0.7402 0.800 0.200
#> SRR1317387 1 0.5294 0.8025 0.880 0.120
#> SRR1376426 2 0.3114 0.7886 0.056 0.944
#> SRR1097777 1 0.3584 0.8162 0.932 0.068
#> SRR1365743 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.7299 0.7570 0.204 0.796
#> SRR1089537 2 0.9866 0.3816 0.432 0.568
#> SRR1397744 1 0.3584 0.8178 0.932 0.068
#> SRR1453893 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.7376 0.7271 0.792 0.208
#> SRR1321765 1 0.9833 0.2699 0.576 0.424
#> SRR1440032 2 0.9922 0.3250 0.448 0.552
#> SRR1404507 2 0.1184 0.7719 0.016 0.984
#> SRR1404856 2 0.9522 0.5278 0.372 0.628
#> SRR812745 1 0.9710 0.3356 0.600 0.400
#> SRR1417524 1 0.6712 0.7590 0.824 0.176
#> SRR1407334 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.4022 0.8175 0.920 0.080
#> SRR1415938 1 0.4022 0.8171 0.920 0.080
#> SRR1081259 2 0.9129 0.6239 0.328 0.672
#> SRR1436187 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.9686 0.4803 0.396 0.604
#> SRR1095407 2 0.9933 0.2707 0.452 0.548
#> SRR1359694 2 0.9909 0.3326 0.444 0.556
#> SRR656982 2 0.9998 0.1503 0.492 0.508
#> SRR1354338 2 0.8555 0.6934 0.280 0.720
#> SRR1088291 1 0.9944 0.0889 0.544 0.456
#> SRR1080624 1 0.5629 0.8034 0.868 0.132
#> SRR2166708 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.9963 0.0458 0.536 0.464
#> SRR1429912 2 0.8386 0.7035 0.268 0.732
#> SRR1421048 2 0.9850 0.3788 0.428 0.572
#> SRR1434999 1 0.6801 0.7527 0.820 0.180
#> SRR656457 1 0.6801 0.7527 0.820 0.180
#> SRR1098928 1 0.4562 0.8070 0.904 0.096
#> SRR1343967 2 0.1843 0.7806 0.028 0.972
#> SRR1360766 1 0.9522 0.4385 0.628 0.372
#> SRR1464724 2 0.1843 0.7788 0.028 0.972
#> SRR1101542 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.4431 0.8157 0.908 0.092
#> SRR1071519 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.5737 0.7951 0.864 0.136
#> SRR1358645 2 0.9970 0.2442 0.468 0.532
#> SRR819771 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.2043 0.7788 0.032 0.968
#> SRR821050 1 0.5178 0.8111 0.884 0.116
#> SRR1402091 2 0.7745 0.7418 0.228 0.772
#> SRR1322028 2 0.5059 0.7915 0.112 0.888
#> SRR1452556 2 0.0000 0.7645 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.9460 0.5536 0.364 0.636
#> SRR1418302 2 0.3584 0.7902 0.068 0.932
#> SRR1073991 1 0.3733 0.8168 0.928 0.072
#> SRR1085187 2 0.1414 0.7730 0.020 0.980
#> SRR1357618 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.9944 0.0921 0.544 0.456
#> SRR1075336 1 0.9170 0.5160 0.668 0.332
#> SRR1365471 2 0.1843 0.7806 0.028 0.972
#> SRR1414613 2 0.7139 0.7617 0.196 0.804
#> SRR658719 2 0.8144 0.7239 0.252 0.748
#> SRR1475128 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.5946 0.7837 0.144 0.856
#> SRR1481146 2 0.8443 0.7028 0.272 0.728
#> SRR1465674 1 0.9866 0.2441 0.568 0.432
#> SRR1327303 2 0.7745 0.7418 0.228 0.772
#> SRR1390391 2 0.9491 0.5560 0.368 0.632
#> SRR1326020 2 0.8386 0.7120 0.268 0.732
#> SRR1381953 1 0.8955 0.5627 0.688 0.312
#> SRR1082544 2 0.5629 0.7866 0.132 0.868
#> SRR810761 1 0.5519 0.8009 0.872 0.128
#> SRR1070764 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.7979 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.4939 0.7903 0.108 0.892
#> SRR1416773 1 0.9866 0.2441 0.568 0.432
#> SRR1377492 2 0.7453 0.7559 0.212 0.788
#> SRR1334314 2 0.9983 0.2199 0.476 0.524
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 1 0.6252 -0.15351 0.556 0.000 0.444
#> SRR1074385 1 0.6247 0.03755 0.620 0.004 0.376
#> SRR1374739 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1097883 1 0.5882 0.06536 0.652 0.000 0.348
#> SRR2167209 1 0.4654 0.35124 0.792 0.208 0.000
#> SRR816541 2 0.5560 0.69339 0.300 0.700 0.000
#> SRR663645 1 0.6476 -0.18848 0.548 0.448 0.004
#> SRR1381505 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.6126 0.59934 0.400 0.600 0.000
#> SRR1318503 1 0.5826 0.42088 0.764 0.204 0.032
#> SRR1341626 2 0.5650 0.69011 0.312 0.688 0.000
#> SRR1382440 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1088413 1 0.6168 -0.05850 0.588 0.000 0.412
#> SRR1082080 2 0.5560 0.69349 0.300 0.700 0.000
#> SRR1455783 1 0.7726 0.11281 0.572 0.056 0.372
#> SRR1447760 1 0.5859 0.11899 0.656 0.344 0.000
#> SRR1487784 2 0.6095 0.61039 0.392 0.608 0.000
#> SRR1331037 1 0.6062 -0.02305 0.616 0.384 0.000
#> SRR1095651 3 0.5363 0.59587 0.276 0.000 0.724
#> SRR1078066 1 0.5465 0.26119 0.712 0.000 0.288
#> SRR1120363 1 0.6398 -0.05035 0.580 0.004 0.416
#> SRR821231 3 0.4796 0.73325 0.220 0.000 0.780
#> SRR1374373 1 0.5785 0.13404 0.668 0.332 0.000
#> SRR1324519 2 0.5882 0.66497 0.348 0.652 0.000
#> SRR1431121 1 0.6252 -0.13117 0.556 0.000 0.444
#> SRR1091032 2 0.6045 0.63296 0.380 0.620 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.6260 -0.16867 0.552 0.000 0.448
#> SRR1310690 2 0.5733 0.68322 0.324 0.676 0.000
#> SRR1383037 3 0.1031 0.80774 0.024 0.000 0.976
#> SRR1095479 3 0.6111 0.51960 0.396 0.000 0.604
#> SRR1070403 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1390203 1 0.6235 -0.11403 0.564 0.000 0.436
#> SRR1072007 2 0.6204 0.54754 0.424 0.576 0.000
#> SRR1468787 1 0.5285 0.47665 0.812 0.148 0.040
#> SRR1347959 2 0.6008 0.63879 0.372 0.628 0.000
#> SRR1338513 3 0.6255 0.51911 0.320 0.012 0.668
#> SRR812598 2 0.1411 0.64692 0.036 0.964 0.000
#> SRR1446806 1 0.6228 0.19778 0.672 0.316 0.012
#> SRR1394275 1 0.6460 0.52523 0.764 0.112 0.124
#> SRR1443633 1 0.6252 -0.17639 0.556 0.000 0.444
#> SRR1087728 3 0.2448 0.81545 0.076 0.000 0.924
#> SRR1098192 2 0.5678 0.68826 0.316 0.684 0.000
#> SRR1093340 2 0.5560 0.69349 0.300 0.700 0.000
#> SRR665405 1 0.6309 -0.34138 0.504 0.496 0.000
#> SRR657077 1 0.6442 -0.16572 0.564 0.432 0.004
#> SRR813208 3 0.1031 0.80774 0.024 0.000 0.976
#> SRR1416074 2 0.6095 0.61039 0.392 0.608 0.000
#> SRR1089688 2 0.6305 0.36457 0.484 0.516 0.000
#> SRR1353461 3 0.1289 0.80642 0.032 0.000 0.968
#> SRR1466321 1 0.5850 0.44129 0.772 0.188 0.040
#> SRR1073021 1 0.5222 0.47973 0.816 0.144 0.040
#> SRR1322816 2 0.5926 0.66115 0.356 0.644 0.000
#> SRR1457727 3 0.6309 0.24632 0.500 0.000 0.500
#> SRR1464226 2 0.6260 0.50419 0.448 0.552 0.000
#> SRR1398863 1 0.6247 0.03755 0.620 0.004 0.376
#> SRR1455631 1 0.6180 -0.12484 0.584 0.416 0.000
#> SRR1307808 1 0.6314 -0.02120 0.604 0.392 0.004
#> SRR1374585 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.6168 0.56847 0.412 0.588 0.000
#> SRR1076868 2 0.6140 0.59293 0.404 0.596 0.000
#> SRR1335984 1 0.6661 -0.07297 0.588 0.400 0.012
#> SRR1445939 1 0.6794 0.46415 0.728 0.076 0.196
#> SRR1453047 2 0.6045 0.63296 0.380 0.620 0.000
#> SRR1339788 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1084323 1 0.6605 0.53372 0.752 0.096 0.152
#> SRR1092937 1 0.6037 0.51807 0.788 0.112 0.100
#> SRR1074090 2 0.5882 0.66497 0.348 0.652 0.000
#> SRR1099833 3 0.6255 0.51911 0.320 0.012 0.668
#> SRR1093434 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1435857 1 0.6699 0.51242 0.744 0.092 0.164
#> SRR1480347 2 0.5560 0.69349 0.300 0.700 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.6228 0.19778 0.672 0.316 0.012
#> SRR1322730 2 0.2625 0.65816 0.084 0.916 0.000
#> SRR811029 2 0.6299 0.45134 0.476 0.524 0.000
#> SRR1390456 3 0.0747 0.80490 0.016 0.000 0.984
#> SRR1381140 1 0.6704 0.04615 0.608 0.016 0.376
#> SRR1388064 2 0.0237 0.63581 0.004 0.996 0.000
#> SRR1093577 1 0.6063 0.53218 0.784 0.084 0.132
#> SRR1414161 1 0.6462 0.51798 0.764 0.120 0.116
#> SRR1328738 1 0.5793 0.53285 0.800 0.084 0.116
#> SRR1311752 2 0.5560 0.69349 0.300 0.700 0.000
#> SRR1445960 1 0.6299 -0.32035 0.524 0.476 0.000
#> SRR1403412 2 0.6299 0.45134 0.476 0.524 0.000
#> SRR2166748 3 0.6111 0.51960 0.396 0.000 0.604
#> SRR821666 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1327872 2 0.1031 0.63630 0.024 0.976 0.000
#> SRR1100800 1 0.6235 -0.12323 0.564 0.000 0.436
#> SRR1075174 1 0.6841 0.46608 0.724 0.076 0.200
#> SRR1434436 1 0.4723 0.45147 0.824 0.160 0.016
#> SRR1389409 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.6373 -0.04236 0.588 0.004 0.408
#> SRR1376718 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.6252 -0.22089 0.556 0.444 0.000
#> SRR1361692 1 0.6053 0.32055 0.720 0.020 0.260
#> SRR1431493 3 0.6168 0.49865 0.412 0.000 0.588
#> SRR1409084 1 0.8019 0.22341 0.576 0.076 0.348
#> SRR2166214 1 0.6309 -0.34138 0.504 0.496 0.000
#> SRR1324102 2 0.5678 0.68826 0.316 0.684 0.000
#> SRR1079754 2 0.0892 0.64216 0.020 0.980 0.000
#> SRR1442127 3 0.2448 0.81545 0.076 0.000 0.924
#> SRR1076244 2 0.3192 0.66051 0.112 0.888 0.000
#> SRR1330901 1 0.6314 -0.02120 0.604 0.392 0.004
#> SRR1073167 2 0.5678 0.68826 0.316 0.684 0.000
#> SRR1357541 1 0.5882 0.06536 0.652 0.000 0.348
#> SRR811607 1 0.5455 0.43984 0.788 0.184 0.028
#> SRR1468931 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1474908 1 0.5948 0.05425 0.640 0.360 0.000
#> SRR1309875 2 0.5882 0.66660 0.348 0.652 0.000
#> SRR598792 3 0.4002 0.78594 0.160 0.000 0.840
#> SRR1088537 1 0.6026 0.00162 0.624 0.376 0.000
#> SRR1457682 1 0.8000 0.23410 0.580 0.076 0.344
#> SRR1454289 1 0.5178 0.31256 0.744 0.256 0.000
#> SRR1069352 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1472728 1 0.6180 -0.13474 0.584 0.416 0.000
#> SRR1091144 2 0.6225 0.52978 0.432 0.568 0.000
#> SRR1319118 1 0.6215 -0.10896 0.572 0.000 0.428
#> SRR1403611 3 0.6402 0.63348 0.200 0.056 0.744
#> SRR1397762 1 0.7141 0.13262 0.600 0.032 0.368
#> SRR1317387 3 0.5733 0.52373 0.324 0.000 0.676
#> SRR1376426 2 0.5882 0.66497 0.348 0.652 0.000
#> SRR1097777 1 0.6274 -0.15729 0.544 0.000 0.456
#> SRR1365743 3 0.1289 0.80642 0.032 0.000 0.968
#> SRR1458992 1 0.6299 -0.32035 0.524 0.476 0.000
#> SRR1089537 1 0.8907 0.21420 0.528 0.332 0.140
#> SRR1397744 1 0.6295 -0.21636 0.528 0.000 0.472
#> SRR1453893 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.7944 0.21808 0.580 0.072 0.348
#> SRR1321765 1 0.4526 0.46759 0.856 0.104 0.040
#> SRR1440032 1 0.6771 0.33852 0.684 0.276 0.040
#> SRR1404507 2 0.1289 0.63446 0.032 0.968 0.000
#> SRR1404856 1 0.5650 0.21914 0.688 0.312 0.000
#> SRR812745 1 0.7228 0.50666 0.708 0.104 0.188
#> SRR1417524 3 0.7208 0.37884 0.340 0.040 0.620
#> SRR1407334 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.6225 -0.10473 0.568 0.000 0.432
#> SRR1415938 1 0.6235 -0.11403 0.564 0.000 0.436
#> SRR1081259 1 0.5785 0.13404 0.668 0.332 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0237 0.79549 0.004 0.000 0.996
#> SRR1453277 1 0.6998 0.28730 0.664 0.292 0.044
#> SRR1095407 1 0.4654 0.35124 0.792 0.208 0.000
#> SRR1359694 1 0.5335 0.36630 0.760 0.232 0.008
#> SRR656982 1 0.5741 0.44306 0.776 0.188 0.036
#> SRR1354338 1 0.6095 -0.06198 0.608 0.392 0.000
#> SRR1088291 1 0.5267 0.48423 0.816 0.140 0.044
#> SRR1080624 1 0.6617 0.05632 0.600 0.012 0.388
#> SRR2166708 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1393572 1 0.6027 0.47960 0.776 0.164 0.060
#> SRR1429912 1 0.6140 -0.07296 0.596 0.404 0.000
#> SRR1421048 1 0.4931 0.35607 0.768 0.232 0.000
#> SRR1434999 1 0.5431 0.23788 0.716 0.000 0.284
#> SRR656457 1 0.5431 0.23788 0.716 0.000 0.284
#> SRR1098928 3 0.5216 0.61315 0.260 0.000 0.740
#> SRR1343967 2 0.5560 0.69349 0.300 0.700 0.000
#> SRR1360766 1 0.6936 0.50775 0.732 0.108 0.160
#> SRR1464724 2 0.3116 0.65956 0.108 0.892 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.6359 0.42012 0.404 0.004 0.592
#> SRR1071519 3 0.2537 0.82347 0.080 0.000 0.920
#> SRR1086070 1 0.6566 0.04231 0.612 0.012 0.376
#> SRR1358645 1 0.4915 0.42196 0.804 0.184 0.012
#> SRR819771 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1418433 2 0.3267 0.65897 0.116 0.884 0.000
#> SRR821050 1 0.6483 0.02460 0.600 0.008 0.392
#> SRR1402091 1 0.6235 -0.20255 0.564 0.436 0.000
#> SRR1322028 2 0.6180 0.58021 0.416 0.584 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.63383 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.6051 0.25351 0.696 0.292 0.012
#> SRR1418302 2 0.5882 0.66660 0.348 0.652 0.000
#> SRR1073991 1 0.6244 -0.13271 0.560 0.000 0.440
#> SRR1085187 2 0.2959 0.62523 0.100 0.900 0.000
#> SRR1357618 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1487764 1 0.9472 0.26549 0.480 0.204 0.316
#> SRR1075336 1 0.6622 0.51268 0.748 0.088 0.164
#> SRR1365471 2 0.5560 0.69349 0.300 0.700 0.000
#> SRR1414613 2 0.6309 0.38781 0.496 0.504 0.000
#> SRR658719 1 0.6154 -0.11641 0.592 0.408 0.000
#> SRR1475128 3 0.2796 0.82621 0.092 0.000 0.908
#> SRR1367630 2 0.6168 0.56847 0.412 0.588 0.000
#> SRR1481146 1 0.6180 -0.12484 0.584 0.416 0.000
#> SRR1465674 1 0.4172 0.46653 0.868 0.104 0.028
#> SRR1327303 1 0.6235 -0.20255 0.564 0.436 0.000
#> SRR1390391 1 0.7741 0.21265 0.608 0.324 0.068
#> SRR1326020 1 0.6798 -0.07151 0.584 0.400 0.016
#> SRR1381953 1 0.8562 0.27075 0.540 0.108 0.352
#> SRR1082544 2 0.6204 0.56716 0.424 0.576 0.000
#> SRR810761 1 0.5926 0.04732 0.644 0.000 0.356
#> SRR1070764 3 0.1289 0.80642 0.032 0.000 0.968
#> SRR1415919 3 0.0237 0.79549 0.004 0.000 0.996
#> SRR1490404 2 0.6140 0.59293 0.404 0.596 0.000
#> SRR1416773 1 0.4172 0.46653 0.868 0.104 0.028
#> SRR1377492 2 0.6305 0.36457 0.484 0.516 0.000
#> SRR1334314 1 0.5891 0.42668 0.764 0.200 0.036
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.7357 0.4026 0.320 0.180 0.500 0.000
#> SRR1074385 3 0.7748 0.3317 0.332 0.244 0.424 0.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.3813 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097883 3 0.7888 0.2212 0.380 0.200 0.412 0.008
#> SRR2167209 1 0.6875 0.5086 0.520 0.368 0.000 0.112
#> SRR816541 2 0.4477 0.3493 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR663645 2 0.3385 0.6499 0.040 0.880 0.008 0.072
#> SRR1381505 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1416362 2 0.3610 0.5397 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1318503 2 0.5072 0.4593 0.208 0.740 0.052 0.000
#> SRR1341626 2 0.4382 0.3788 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1382440 3 0.0188 0.3813 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088413 3 0.7540 0.3834 0.328 0.204 0.468 0.000
#> SRR1082080 2 0.4477 0.3513 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1455783 3 0.7807 0.2858 0.288 0.292 0.420 0.000
#> SRR1447760 2 0.3760 0.5929 0.156 0.828 0.004 0.012
#> SRR1487784 2 0.3688 0.5309 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1331037 2 0.2353 0.6515 0.040 0.928 0.008 0.024
#> SRR1095651 3 0.9412 0.0131 0.328 0.192 0.360 0.120
#> SRR1078066 1 0.8509 0.1830 0.404 0.192 0.364 0.040
#> SRR1120363 3 0.7685 0.3793 0.320 0.204 0.472 0.004
#> SRR821231 3 0.5242 0.4011 0.136 0.056 0.780 0.028
#> SRR1374373 2 0.2520 0.6234 0.088 0.904 0.004 0.004
#> SRR1324519 2 0.4134 0.4532 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1431121 3 0.7340 0.4014 0.324 0.176 0.500 0.000
#> SRR1091032 2 0.4194 0.5107 0.008 0.764 0.000 0.228
#> SRR1365575 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1072972 3 0.7725 0.3647 0.336 0.204 0.456 0.004
#> SRR1310690 2 0.4331 0.4013 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1383037 3 0.6877 0.2388 0.252 0.012 0.616 0.120
#> SRR1095479 3 0.5785 0.4009 0.272 0.064 0.664 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.3813 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390203 3 0.7386 0.3988 0.320 0.184 0.496 0.000
#> SRR1072007 2 0.4617 0.5620 0.032 0.764 0.000 0.204
#> SRR1468787 2 0.6186 0.3579 0.256 0.660 0.076 0.008
#> SRR1347959 2 0.3873 0.5025 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1338513 1 0.9538 -0.0356 0.328 0.228 0.324 0.120
#> SRR812598 4 0.4331 0.8754 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1446806 2 0.3694 0.6110 0.092 0.864 0.028 0.016
#> SRR1394275 2 0.6946 0.1718 0.252 0.580 0.168 0.000
#> SRR1443633 3 0.7462 0.1751 0.320 0.156 0.516 0.008
#> SRR1087728 3 0.5687 0.3273 0.144 0.020 0.748 0.088
#> SRR1098192 2 0.4356 0.3862 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1093340 2 0.4454 0.3572 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR665405 2 0.4586 0.5841 0.068 0.796 0.000 0.136
#> SRR657077 2 0.3189 0.6565 0.048 0.888 0.004 0.060
#> SRR813208 3 0.6877 0.2388 0.252 0.012 0.616 0.120
#> SRR1416074 2 0.3688 0.5309 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1089688 2 0.4197 0.6078 0.036 0.808 0.000 0.156
#> SRR1353461 3 0.6927 0.2349 0.260 0.012 0.608 0.120
#> SRR1466321 2 0.5240 0.4560 0.188 0.740 0.072 0.000
#> SRR1073021 2 0.6247 0.3505 0.256 0.656 0.080 0.008
#> SRR1322816 2 0.4040 0.4700 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1457727 3 0.7031 0.4141 0.288 0.156 0.556 0.000
#> SRR1464226 2 0.4818 0.5844 0.044 0.772 0.004 0.180
#> SRR1398863 3 0.7748 0.3317 0.332 0.244 0.424 0.000
#> SRR1455631 2 0.2892 0.6486 0.068 0.896 0.000 0.036
#> SRR1307808 2 0.4663 0.6413 0.096 0.816 0.016 0.072
#> SRR1374585 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1072104 2 0.4387 0.5501 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR1076868 2 0.3569 0.5434 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1335984 2 0.3170 0.6552 0.044 0.896 0.016 0.044
#> SRR1445939 2 0.7587 -0.0785 0.292 0.476 0.232 0.000
#> SRR1453047 2 0.4194 0.5107 0.008 0.764 0.000 0.228
#> SRR1339788 3 0.0000 0.3813 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084323 2 0.7231 0.1160 0.268 0.540 0.192 0.000
#> SRR1092937 2 0.6704 0.2314 0.264 0.600 0.136 0.000
#> SRR1074090 2 0.4103 0.4591 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1099833 1 0.9538 -0.0356 0.328 0.228 0.324 0.120
#> SRR1093434 3 0.0000 0.3813 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435857 2 0.7390 0.0290 0.284 0.512 0.204 0.000
#> SRR1480347 2 0.4454 0.3572 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1440787 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1430202 2 0.3694 0.6110 0.092 0.864 0.028 0.016
#> SRR1322730 4 0.4800 0.7975 0.004 0.340 0.000 0.656
#> SRR811029 2 0.3196 0.6074 0.008 0.856 0.000 0.136
#> SRR1390456 3 0.6596 0.2371 0.248 0.004 0.628 0.120
#> SRR1381140 3 0.7756 0.3349 0.328 0.248 0.424 0.000
#> SRR1388064 4 0.3801 0.9320 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1093577 2 0.7216 0.0889 0.284 0.536 0.180 0.000
#> SRR1414161 2 0.6810 0.1989 0.248 0.596 0.156 0.000
#> SRR1328738 2 0.7023 0.1497 0.272 0.564 0.164 0.000
#> SRR1311752 2 0.4454 0.3572 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1445960 2 0.1940 0.6388 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1403412 2 0.3196 0.6074 0.008 0.856 0.000 0.136
#> SRR2166748 3 0.5785 0.4002 0.272 0.064 0.664 0.000
#> SRR821666 4 0.3764 0.9340 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1330746 3 0.0000 0.3813 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.4122 0.9223 0.004 0.236 0.000 0.760
#> SRR1100800 3 0.7363 0.3997 0.332 0.176 0.492 0.000
#> SRR1075174 2 0.7693 -0.0525 0.276 0.488 0.232 0.004
#> SRR1434436 2 0.5090 0.4372 0.228 0.728 0.044 0.000
#> SRR1389409 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1085310 3 0.7951 0.2815 0.352 0.248 0.396 0.004
#> SRR1376718 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR808590 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1084128 2 0.3056 0.6570 0.040 0.888 0.000 0.072
#> SRR1361692 2 0.8068 -0.3558 0.340 0.352 0.304 0.004
#> SRR1431493 3 0.5949 0.4029 0.288 0.068 0.644 0.000
#> SRR1409084 3 0.7856 0.2180 0.276 0.336 0.388 0.000
#> SRR2166214 2 0.4586 0.5841 0.068 0.796 0.000 0.136
#> SRR1324102 2 0.4356 0.3862 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1079754 4 0.4134 0.9047 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1442127 3 0.5687 0.3273 0.144 0.020 0.748 0.088
#> SRR1076244 4 0.4950 0.7355 0.004 0.376 0.000 0.620
#> SRR1330901 2 0.4663 0.6413 0.096 0.816 0.016 0.072
#> SRR1073167 2 0.4356 0.3862 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1357541 3 0.7888 0.2212 0.380 0.200 0.412 0.008
#> SRR811607 2 0.5031 0.4514 0.212 0.740 0.048 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.3813 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.2699 0.6434 0.068 0.904 0.000 0.028
#> SRR1309875 2 0.4134 0.4439 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR598792 3 0.4199 0.3931 0.104 0.028 0.840 0.028
#> SRR1088537 2 0.2521 0.6462 0.064 0.912 0.000 0.024
#> SRR1457682 3 0.7860 0.2060 0.276 0.340 0.384 0.000
#> SRR1454289 2 0.4005 0.5400 0.176 0.808 0.008 0.008
#> SRR1069352 3 0.0000 0.3813 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.2411 0.6563 0.040 0.920 0.000 0.040
#> SRR1091144 2 0.4957 0.5586 0.048 0.748 0.000 0.204
#> SRR1319118 3 0.7432 0.3968 0.336 0.184 0.480 0.000
#> SRR1403611 3 0.9553 -0.0151 0.312 0.188 0.356 0.144
#> SRR1397762 3 0.8197 0.1447 0.332 0.324 0.336 0.008
#> SRR1317387 3 0.9474 -0.0111 0.328 0.216 0.340 0.116
#> SRR1376426 2 0.4072 0.4626 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1097777 3 0.7282 0.4058 0.316 0.172 0.512 0.000
#> SRR1365743 3 0.6927 0.2349 0.260 0.012 0.608 0.120
#> SRR1458992 2 0.1940 0.6388 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1089537 2 0.7045 0.4274 0.152 0.672 0.108 0.068
#> SRR1397744 3 0.7205 0.4090 0.304 0.168 0.528 0.000
#> SRR1453893 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1098543 3 0.7862 0.2209 0.280 0.332 0.388 0.000
#> SRR1321765 1 0.8035 0.5946 0.552 0.268 0.084 0.096
#> SRR1440032 2 0.5850 0.5269 0.152 0.744 0.064 0.040
#> SRR1404507 4 0.4252 0.9098 0.004 0.252 0.000 0.744
#> SRR1404856 2 0.5081 0.5532 0.172 0.768 0.012 0.048
#> SRR812745 2 0.7286 0.1796 0.228 0.584 0.176 0.012
#> SRR1417524 3 0.9686 -0.1208 0.284 0.276 0.308 0.132
#> SRR1407334 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1453991 3 0.7410 0.3964 0.328 0.184 0.488 0.000
#> SRR1415938 3 0.7386 0.3988 0.320 0.184 0.496 0.000
#> SRR1081259 2 0.2520 0.6234 0.088 0.904 0.004 0.004
#> SRR1436187 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1431948 3 0.6350 0.2129 0.252 0.000 0.636 0.112
#> SRR1453277 2 0.5043 0.5701 0.112 0.796 0.068 0.024
#> SRR1095407 1 0.6875 0.5086 0.520 0.368 0.000 0.112
#> SRR1359694 2 0.4727 0.5097 0.192 0.772 0.028 0.008
#> SRR656982 2 0.5837 0.4395 0.212 0.708 0.068 0.012
#> SRR1354338 2 0.2522 0.6444 0.076 0.908 0.000 0.016
#> SRR1088291 2 0.6087 0.3596 0.244 0.668 0.084 0.004
#> SRR1080624 3 0.7724 0.3311 0.320 0.244 0.436 0.000
#> SRR2166708 3 0.0188 0.3806 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1393572 2 0.5850 0.3662 0.244 0.676 0.080 0.000
#> SRR1429912 2 0.4292 0.6467 0.088 0.832 0.008 0.072
#> SRR1421048 2 0.4034 0.5262 0.180 0.804 0.012 0.004
#> SRR1434999 1 0.7788 0.3728 0.500 0.092 0.360 0.048
#> SRR656457 1 0.7788 0.3728 0.500 0.092 0.360 0.048
#> SRR1098928 3 0.9398 0.0138 0.320 0.184 0.372 0.124
#> SRR1343967 2 0.4454 0.3572 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1360766 2 0.8203 0.0615 0.260 0.504 0.200 0.036
#> SRR1464724 4 0.4905 0.7608 0.004 0.364 0.000 0.632
#> SRR1101542 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1401528 3 0.9059 0.2045 0.312 0.204 0.404 0.080
#> SRR1071519 3 0.1624 0.3743 0.020 0.000 0.952 0.028
#> SRR1086070 3 0.7748 0.3384 0.332 0.244 0.424 0.000
#> SRR1358645 2 0.4599 0.4752 0.212 0.760 0.028 0.000
#> SRR819771 3 0.0188 0.3813 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418433 4 0.5085 0.7315 0.008 0.376 0.000 0.616
#> SRR821050 3 0.7660 0.3501 0.316 0.232 0.452 0.000
#> SRR1402091 2 0.1767 0.6571 0.012 0.944 0.000 0.044
#> SRR1322028 2 0.3937 0.5617 0.012 0.800 0.000 0.188
#> SRR1452556 4 0.3726 0.9352 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1340047 2 0.4097 0.5928 0.112 0.840 0.032 0.016
#> SRR1418302 2 0.4134 0.4439 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1073991 3 0.7333 0.4014 0.332 0.172 0.496 0.000
#> SRR1085187 4 0.5448 0.7992 0.056 0.244 0.000 0.700
#> SRR1357618 3 0.0188 0.3813 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1487764 2 0.8346 0.1918 0.148 0.568 0.156 0.128
#> SRR1075336 2 0.7389 0.0648 0.272 0.516 0.212 0.000
#> SRR1365471 2 0.4454 0.3572 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1414613 2 0.3999 0.6221 0.036 0.824 0.000 0.140
#> SRR658719 2 0.1911 0.6575 0.020 0.944 0.004 0.032
#> SRR1475128 3 0.0000 0.3813 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.4387 0.5501 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR1481146 2 0.2892 0.6486 0.068 0.896 0.000 0.036
#> SRR1465674 1 0.7791 0.5963 0.572 0.264 0.072 0.092
#> SRR1327303 2 0.1767 0.6571 0.012 0.944 0.000 0.044
#> SRR1390391 2 0.4419 0.5858 0.088 0.828 0.072 0.012
#> SRR1326020 2 0.3283 0.6548 0.044 0.892 0.020 0.044
#> SRR1381953 2 0.9109 -0.1444 0.200 0.448 0.248 0.104
#> SRR1082544 2 0.4332 0.5676 0.032 0.792 0.000 0.176
#> SRR810761 3 0.7827 0.2479 0.388 0.188 0.416 0.008
#> SRR1070764 3 0.6927 0.2349 0.260 0.012 0.608 0.120
#> SRR1415919 3 0.6350 0.2129 0.252 0.000 0.636 0.112
#> SRR1490404 2 0.3569 0.5434 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1416773 1 0.7791 0.5963 0.572 0.264 0.072 0.092
#> SRR1377492 2 0.4197 0.6078 0.036 0.808 0.000 0.156
#> SRR1334314 2 0.5148 0.4529 0.208 0.736 0.056 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 1 0.317 0.6664 0.872 0.084 0.020 0.008 0.016
#> SRR1074385 1 0.347 0.6823 0.832 0.128 0.036 0.004 0.000
#> SRR1374739 5 0.563 0.5807 0.428 0.000 0.076 0.000 0.496
#> SRR1097883 1 0.539 0.5469 0.724 0.092 0.008 0.024 0.152
#> SRR2167209 5 0.792 0.1192 0.108 0.180 0.012 0.204 0.496
#> SRR816541 2 0.351 0.4722 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR663645 2 0.388 0.6934 0.088 0.832 0.004 0.060 0.016
#> SRR1381505 4 0.324 0.9228 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1416362 2 0.288 0.6242 0.004 0.848 0.000 0.144 0.004
#> SRR1318503 2 0.515 0.4292 0.300 0.652 0.004 0.028 0.016
#> SRR1341626 2 0.342 0.4959 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1382440 5 0.573 0.5824 0.428 0.000 0.072 0.004 0.496
#> SRR1088413 1 0.309 0.6797 0.868 0.096 0.024 0.008 0.004
#> SRR1082080 2 0.353 0.4717 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1455783 1 0.360 0.6559 0.784 0.200 0.000 0.016 0.000
#> SRR1447760 2 0.539 0.6295 0.120 0.732 0.000 0.076 0.072
#> SRR1487784 2 0.296 0.6172 0.004 0.840 0.000 0.152 0.004
#> SRR1331037 2 0.263 0.7052 0.084 0.892 0.004 0.012 0.008
#> SRR1095651 3 0.489 0.6098 0.224 0.068 0.704 0.000 0.004
#> SRR1078066 1 0.735 0.0489 0.452 0.104 0.008 0.068 0.368
#> SRR1120363 1 0.270 0.6787 0.880 0.100 0.000 0.012 0.008
#> SRR821231 1 0.566 -0.0644 0.660 0.012 0.124 0.000 0.204
#> SRR1374373 2 0.350 0.6671 0.144 0.828 0.004 0.012 0.012
#> SRR1324519 2 0.327 0.5544 0.000 0.796 0.000 0.200 0.004
#> SRR1431121 1 0.189 0.6644 0.920 0.072 0.000 0.000 0.008
#> SRR1091032 2 0.325 0.6032 0.008 0.820 0.000 0.168 0.004
#> SRR1365575 4 0.324 0.9228 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1072972 1 0.495 0.6290 0.752 0.104 0.124 0.004 0.016
#> SRR1310690 2 0.334 0.5138 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1383037 3 0.444 0.6684 0.156 0.000 0.756 0.000 0.088
#> SRR1095479 1 0.319 0.4012 0.868 0.012 0.060 0.000 0.060
#> SRR1070403 5 0.559 0.5830 0.428 0.000 0.072 0.000 0.500
#> SRR1390203 1 0.189 0.6700 0.916 0.080 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072007 2 0.389 0.6284 0.036 0.792 0.000 0.168 0.004
#> SRR1468787 2 0.578 0.2402 0.364 0.568 0.004 0.036 0.028
#> SRR1347959 2 0.297 0.5962 0.000 0.828 0.000 0.168 0.004
#> SRR1338513 3 0.564 0.5807 0.220 0.108 0.660 0.008 0.004
#> SRR812598 4 0.386 0.8494 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1446806 2 0.362 0.6585 0.156 0.816 0.004 0.016 0.008
#> SRR1394275 2 0.512 -0.1201 0.480 0.492 0.004 0.020 0.004
#> SRR1443633 1 0.630 0.2569 0.608 0.080 0.016 0.024 0.272
#> SRR1087728 3 0.640 0.2259 0.384 0.000 0.444 0.000 0.172
#> SRR1098192 2 0.340 0.5023 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1093340 2 0.351 0.4767 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR665405 2 0.451 0.6050 0.012 0.784 0.004 0.108 0.092
#> SRR657077 2 0.338 0.7018 0.080 0.860 0.004 0.044 0.012
#> SRR813208 3 0.444 0.6684 0.156 0.000 0.756 0.000 0.088
#> SRR1416074 2 0.296 0.6172 0.004 0.840 0.000 0.152 0.004
#> SRR1089688 2 0.408 0.6333 0.012 0.796 0.008 0.160 0.024
#> SRR1353461 3 0.406 0.6757 0.152 0.000 0.784 0.000 0.064
#> SRR1466321 2 0.496 0.4148 0.316 0.648 0.004 0.020 0.012
#> SRR1073021 2 0.580 0.2271 0.368 0.564 0.004 0.036 0.028
#> SRR1322816 2 0.316 0.5690 0.000 0.808 0.000 0.188 0.004
#> SRR1457727 1 0.329 0.6231 0.864 0.068 0.016 0.000 0.052
#> SRR1464226 2 0.371 0.6466 0.044 0.816 0.000 0.136 0.004
#> SRR1398863 1 0.347 0.6823 0.832 0.128 0.036 0.004 0.000
#> SRR1455631 2 0.351 0.7003 0.072 0.860 0.008 0.040 0.020
#> SRR1307808 2 0.399 0.6955 0.128 0.808 0.000 0.052 0.012
#> SRR1374585 4 0.324 0.9228 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1072104 2 0.340 0.6195 0.012 0.812 0.000 0.172 0.004
#> SRR1076868 2 0.283 0.6271 0.004 0.852 0.000 0.140 0.004
#> SRR1335984 2 0.309 0.7024 0.088 0.872 0.004 0.024 0.012
#> SRR1445939 1 0.509 0.4414 0.588 0.380 0.020 0.008 0.004
#> SRR1453047 2 0.325 0.6032 0.008 0.820 0.000 0.168 0.004
#> SRR1339788 5 0.559 0.5830 0.428 0.000 0.072 0.000 0.500
#> SRR1084323 1 0.521 0.2221 0.516 0.452 0.004 0.020 0.008
#> SRR1092937 2 0.531 -0.0293 0.452 0.512 0.004 0.020 0.012
#> SRR1074090 2 0.323 0.5592 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1099833 3 0.564 0.5807 0.220 0.108 0.660 0.008 0.004
#> SRR1093434 5 0.559 0.5830 0.428 0.000 0.072 0.000 0.500
#> SRR1435857 1 0.533 0.3266 0.552 0.408 0.004 0.024 0.012
#> SRR1480347 2 0.351 0.4767 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1440787 4 0.324 0.9228 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1430202 2 0.362 0.6585 0.156 0.816 0.004 0.016 0.008
#> SRR1322730 4 0.410 0.7620 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR811029 2 0.319 0.6667 0.032 0.852 0.004 0.112 0.000
#> SRR1390456 3 0.465 0.6552 0.156 0.000 0.740 0.000 0.104
#> SRR1381140 1 0.333 0.6749 0.820 0.164 0.008 0.008 0.000
#> SRR1388064 4 0.340 0.9171 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1093577 1 0.541 0.2754 0.532 0.428 0.012 0.016 0.012
#> SRR1414161 2 0.511 -0.0619 0.464 0.508 0.004 0.020 0.004
#> SRR1328738 1 0.524 0.1435 0.500 0.468 0.004 0.016 0.012
#> SRR1311752 2 0.351 0.4767 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1445960 2 0.221 0.6889 0.020 0.924 0.004 0.040 0.012
#> SRR1403412 2 0.319 0.6667 0.032 0.852 0.004 0.112 0.000
#> SRR2166748 1 0.305 0.4079 0.876 0.012 0.052 0.000 0.060
#> SRR821666 4 0.327 0.9218 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1330746 5 0.559 0.5830 0.428 0.000 0.072 0.000 0.500
#> SRR1327872 4 0.345 0.9113 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1100800 1 0.193 0.6668 0.920 0.072 0.004 0.004 0.000
#> SRR1075174 1 0.543 0.3986 0.556 0.396 0.036 0.008 0.004
#> SRR1434436 2 0.493 0.4112 0.308 0.656 0.004 0.020 0.012
#> SRR1389409 4 0.324 0.9228 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1085310 1 0.553 0.5685 0.664 0.156 0.176 0.004 0.000
#> SRR1376718 4 0.324 0.9228 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR808590 4 0.324 0.9228 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1084128 2 0.353 0.6995 0.080 0.852 0.004 0.052 0.012
#> SRR1361692 1 0.492 0.5964 0.680 0.268 0.008 0.000 0.044
#> SRR1431493 1 0.277 0.4427 0.892 0.012 0.048 0.000 0.048
#> SRR1409084 1 0.409 0.6361 0.736 0.240 0.000 0.024 0.000
#> SRR2166214 2 0.451 0.6050 0.012 0.784 0.004 0.108 0.092
#> SRR1324102 2 0.340 0.5023 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1079754 4 0.368 0.8844 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1442127 3 0.640 0.2259 0.384 0.000 0.444 0.000 0.172
#> SRR1076244 4 0.422 0.6860 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1330901 2 0.399 0.6955 0.128 0.808 0.000 0.052 0.012
#> SRR1073167 2 0.340 0.5023 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1357541 1 0.539 0.5469 0.724 0.092 0.008 0.024 0.152
#> SRR811607 2 0.505 0.4051 0.316 0.644 0.004 0.024 0.012
#> SRR1468931 5 0.559 0.5830 0.428 0.000 0.072 0.000 0.500
#> SRR1474908 2 0.301 0.7010 0.104 0.868 0.004 0.016 0.008
#> SRR1309875 2 0.330 0.5489 0.004 0.792 0.000 0.204 0.000
#> SRR598792 1 0.585 -0.3233 0.592 0.000 0.144 0.000 0.264
#> SRR1088537 2 0.332 0.6991 0.112 0.852 0.004 0.020 0.012
#> SRR1457682 1 0.411 0.6312 0.732 0.244 0.000 0.024 0.000
#> SRR1454289 2 0.451 0.5502 0.224 0.736 0.004 0.024 0.012
#> SRR1069352 5 0.563 0.5807 0.428 0.000 0.076 0.000 0.496
#> SRR1472728 2 0.304 0.7029 0.084 0.876 0.004 0.024 0.012
#> SRR1091144 2 0.402 0.6114 0.016 0.768 0.000 0.204 0.012
#> SRR1319118 1 0.241 0.6731 0.900 0.080 0.012 0.008 0.000
#> SRR1403611 3 0.367 0.5777 0.068 0.076 0.840 0.016 0.000
#> SRR1397762 1 0.651 0.4913 0.544 0.252 0.192 0.012 0.000
#> SRR1317387 3 0.532 0.5738 0.256 0.084 0.656 0.000 0.004
#> SRR1376426 2 0.323 0.5623 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1097777 1 0.221 0.6577 0.912 0.068 0.004 0.000 0.016
#> SRR1365743 3 0.406 0.6757 0.152 0.000 0.784 0.000 0.064
#> SRR1458992 2 0.221 0.6889 0.020 0.924 0.004 0.040 0.012
#> SRR1089537 2 0.784 0.3324 0.188 0.524 0.168 0.100 0.020
#> SRR1397744 1 0.307 0.6518 0.872 0.084 0.016 0.000 0.028
#> SRR1453893 4 0.324 0.9228 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1098543 1 0.400 0.6368 0.740 0.240 0.000 0.020 0.000
#> SRR1321765 5 0.803 0.1813 0.228 0.116 0.012 0.168 0.476
#> SRR1440032 2 0.520 0.5369 0.252 0.684 0.008 0.044 0.012
#> SRR1404507 4 0.368 0.8922 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1404856 2 0.587 0.5890 0.148 0.696 0.004 0.092 0.060
#> SRR812745 2 0.651 0.1177 0.336 0.532 0.108 0.016 0.008
#> SRR1417524 3 0.653 0.4626 0.180 0.236 0.564 0.000 0.020
#> SRR1407334 4 0.342 0.9151 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1453991 1 0.173 0.6731 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.189 0.6700 0.916 0.080 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081259 2 0.350 0.6671 0.144 0.828 0.004 0.012 0.012
#> SRR1436187 4 0.324 0.9228 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1431948 3 0.402 0.6310 0.104 0.000 0.796 0.000 0.100
#> SRR1453277 2 0.434 0.5954 0.228 0.740 0.004 0.020 0.008
#> SRR1095407 5 0.792 0.1192 0.108 0.180 0.012 0.204 0.496
#> SRR1359694 2 0.486 0.5007 0.264 0.692 0.004 0.028 0.012
#> SRR656982 2 0.556 0.3882 0.304 0.628 0.004 0.040 0.024
#> SRR1354338 2 0.336 0.7037 0.084 0.864 0.008 0.024 0.020
#> SRR1088291 2 0.578 0.2449 0.364 0.568 0.004 0.036 0.028
#> SRR1080624 1 0.272 0.6852 0.852 0.144 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166708 5 0.554 0.5809 0.432 0.000 0.068 0.000 0.500
#> SRR1393572 2 0.520 0.2437 0.384 0.580 0.004 0.020 0.012
#> SRR1429912 2 0.393 0.7018 0.112 0.816 0.000 0.060 0.012
#> SRR1421048 2 0.470 0.5311 0.240 0.716 0.004 0.028 0.012
#> SRR1434999 5 0.573 0.2711 0.264 0.004 0.012 0.084 0.636
#> SRR656457 5 0.573 0.2711 0.264 0.004 0.012 0.084 0.636
#> SRR1098928 3 0.507 0.6159 0.212 0.064 0.708 0.000 0.016
#> SRR1343967 2 0.351 0.4767 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1360766 1 0.583 0.1828 0.472 0.468 0.032 0.012 0.016
#> SRR1464724 4 0.418 0.7216 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1101542 4 0.324 0.9228 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1401528 1 0.638 0.0730 0.484 0.128 0.380 0.004 0.004
#> SRR1071519 5 0.619 0.5073 0.412 0.000 0.136 0.000 0.452
#> SRR1086070 1 0.329 0.6764 0.824 0.160 0.008 0.008 0.000
#> SRR1358645 2 0.491 0.4489 0.288 0.672 0.004 0.024 0.012
#> SRR819771 5 0.573 0.5824 0.428 0.000 0.072 0.004 0.496
#> SRR1418433 4 0.437 0.6819 0.004 0.416 0.000 0.580 0.000
#> SRR821050 1 0.271 0.6856 0.860 0.132 0.000 0.000 0.008
#> SRR1402091 2 0.230 0.6981 0.040 0.920 0.004 0.024 0.012
#> SRR1322028 2 0.307 0.6396 0.012 0.844 0.000 0.140 0.004
#> SRR1452556 4 0.324 0.9228 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1340047 2 0.373 0.6312 0.180 0.796 0.004 0.016 0.004
#> SRR1418302 2 0.330 0.5489 0.004 0.792 0.000 0.204 0.000
#> SRR1073991 1 0.186 0.6638 0.924 0.068 0.004 0.004 0.000
#> SRR1085187 4 0.481 0.7693 0.000 0.208 0.012 0.724 0.056
#> SRR1357618 5 0.573 0.5824 0.428 0.000 0.072 0.004 0.496
#> SRR1487764 2 0.704 0.2921 0.100 0.540 0.300 0.036 0.024
#> SRR1075336 1 0.508 0.3183 0.560 0.412 0.008 0.016 0.004
#> SRR1365471 2 0.351 0.4767 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1414613 2 0.375 0.6809 0.052 0.832 0.004 0.104 0.008
#> SRR658719 2 0.244 0.7026 0.052 0.912 0.008 0.020 0.008
#> SRR1475128 5 0.559 0.5830 0.428 0.000 0.072 0.000 0.500
#> SRR1367630 2 0.340 0.6195 0.012 0.812 0.000 0.172 0.004
#> SRR1481146 2 0.351 0.7003 0.072 0.860 0.008 0.040 0.020
#> SRR1465674 5 0.797 0.1778 0.228 0.112 0.012 0.164 0.484
#> SRR1327303 2 0.230 0.6981 0.040 0.920 0.004 0.024 0.012
#> SRR1390391 2 0.392 0.6083 0.228 0.756 0.004 0.008 0.004
#> SRR1326020 2 0.315 0.7023 0.092 0.868 0.004 0.024 0.012
#> SRR1381953 2 0.735 -0.1485 0.312 0.428 0.232 0.008 0.020
#> SRR1082544 2 0.352 0.6366 0.020 0.820 0.000 0.152 0.008
#> SRR810761 1 0.514 0.5671 0.748 0.088 0.008 0.024 0.132
#> SRR1070764 3 0.406 0.6757 0.152 0.000 0.784 0.000 0.064
#> SRR1415919 3 0.402 0.6310 0.104 0.000 0.796 0.000 0.100
#> SRR1490404 2 0.283 0.6271 0.004 0.852 0.000 0.140 0.004
#> SRR1416773 5 0.797 0.1778 0.228 0.112 0.012 0.164 0.484
#> SRR1377492 2 0.408 0.6333 0.012 0.796 0.008 0.160 0.024
#> SRR1334314 2 0.517 0.4193 0.304 0.648 0.004 0.028 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 1 0.287 0.6844 0.872 0.044 0.068 0.004 0.000 0.012
#> SRR1074385 1 0.277 0.6902 0.876 0.068 0.036 0.000 0.000 0.020
#> SRR1374739 3 0.228 0.8713 0.128 0.000 0.868 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097883 1 0.461 0.5477 0.720 0.028 0.064 0.000 0.188 0.000
#> SRR2167209 5 0.234 0.7544 0.020 0.072 0.000 0.012 0.896 0.000
#> SRR816541 2 0.324 0.5584 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR663645 2 0.390 0.7147 0.104 0.804 0.008 0.068 0.016 0.000
#> SRR1381505 4 0.156 0.8596 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.244 0.6751 0.004 0.852 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.487 0.4049 0.324 0.620 0.012 0.008 0.036 0.000
#> SRR1341626 2 0.310 0.5805 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.257 0.8684 0.136 0.000 0.852 0.000 0.012 0.000
#> SRR1088413 1 0.268 0.6931 0.888 0.048 0.040 0.004 0.000 0.020
#> SRR1082080 2 0.320 0.5615 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.373 0.6743 0.784 0.172 0.028 0.012 0.004 0.000
#> SRR1447760 2 0.491 0.6176 0.112 0.704 0.008 0.012 0.164 0.000
#> SRR1487784 2 0.252 0.6701 0.004 0.844 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.211 0.7137 0.092 0.896 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1095651 6 0.562 0.6465 0.232 0.004 0.092 0.008 0.028 0.636
#> SRR1078066 1 0.642 -0.2320 0.416 0.040 0.156 0.000 0.388 0.000
#> SRR1120363 1 0.261 0.6930 0.888 0.056 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR821231 1 0.523 -0.2663 0.484 0.000 0.432 0.000 0.004 0.080
#> SRR1374373 2 0.338 0.6647 0.168 0.804 0.008 0.008 0.012 0.000
#> SRR1324519 2 0.291 0.6200 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.172 0.6838 0.932 0.032 0.032 0.000 0.004 0.000
#> SRR1091032 2 0.278 0.6613 0.008 0.824 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.156 0.8596 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.431 0.6215 0.772 0.044 0.072 0.000 0.000 0.112
#> SRR1310690 2 0.310 0.5900 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1383037 6 0.336 0.7232 0.052 0.000 0.116 0.000 0.008 0.824
#> SRR1095479 1 0.367 0.3563 0.712 0.000 0.276 0.000 0.004 0.008
#> SRR1070403 3 0.214 0.8721 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.179 0.6883 0.928 0.040 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072007 2 0.393 0.6802 0.036 0.776 0.004 0.168 0.016 0.000
#> SRR1468787 2 0.548 0.1758 0.392 0.516 0.008 0.008 0.076 0.000
#> SRR1347959 2 0.253 0.6552 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1338513 6 0.650 0.6204 0.232 0.036 0.100 0.012 0.032 0.588
#> SRR812598 4 0.317 0.7698 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1446806 2 0.302 0.6616 0.156 0.824 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1394275 1 0.470 0.1426 0.504 0.464 0.004 0.012 0.016 0.000
#> SRR1443633 1 0.614 0.2611 0.552 0.028 0.236 0.000 0.180 0.004
#> SRR1087728 3 0.631 0.1543 0.200 0.000 0.416 0.004 0.012 0.368
#> SRR1098192 2 0.308 0.5855 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.315 0.5692 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR665405 2 0.458 0.6196 0.012 0.740 0.016 0.068 0.164 0.000
#> SRR657077 2 0.335 0.7247 0.096 0.840 0.008 0.044 0.012 0.000
#> SRR813208 6 0.336 0.7232 0.052 0.000 0.116 0.000 0.008 0.824
#> SRR1416074 2 0.252 0.6701 0.004 0.844 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.490 0.6301 0.016 0.724 0.024 0.160 0.076 0.000
#> SRR1353461 6 0.334 0.7246 0.044 0.000 0.104 0.012 0.004 0.836
#> SRR1466321 2 0.477 0.3967 0.332 0.620 0.012 0.008 0.028 0.000
#> SRR1073021 2 0.548 0.1615 0.396 0.512 0.008 0.008 0.076 0.000
#> SRR1322816 2 0.282 0.6312 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.270 0.6444 0.864 0.028 0.104 0.000 0.004 0.000
#> SRR1464226 2 0.397 0.6880 0.044 0.788 0.000 0.140 0.024 0.004
#> SRR1398863 1 0.277 0.6902 0.876 0.068 0.036 0.000 0.000 0.020
#> SRR1455631 2 0.362 0.7182 0.084 0.836 0.012 0.020 0.044 0.004
#> SRR1307808 2 0.377 0.6964 0.124 0.804 0.004 0.052 0.016 0.000
#> SRR1374585 4 0.156 0.8596 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.377 0.6650 0.012 0.784 0.000 0.168 0.032 0.004
#> SRR1076868 2 0.240 0.6775 0.004 0.856 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.271 0.7160 0.096 0.872 0.004 0.016 0.012 0.000
#> SRR1445939 1 0.470 0.4425 0.604 0.360 0.012 0.008 0.008 0.008
#> SRR1453047 2 0.278 0.6613 0.008 0.824 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.214 0.8721 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.476 0.2798 0.548 0.416 0.016 0.012 0.008 0.000
#> SRR1092937 2 0.504 -0.0901 0.476 0.476 0.024 0.012 0.012 0.000
#> SRR1074090 2 0.285 0.6258 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1099833 6 0.650 0.6204 0.232 0.036 0.100 0.012 0.032 0.588
#> SRR1093434 3 0.214 0.8721 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.497 0.3703 0.580 0.368 0.012 0.012 0.028 0.000
#> SRR1480347 2 0.315 0.5692 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.156 0.8596 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1430202 2 0.302 0.6616 0.156 0.824 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1322730 4 0.355 0.6912 0.000 0.300 0.000 0.696 0.004 0.000
#> SRR811029 2 0.278 0.7042 0.032 0.860 0.000 0.104 0.004 0.000
#> SRR1390456 6 0.348 0.7130 0.044 0.000 0.140 0.000 0.008 0.808
#> SRR1381140 1 0.325 0.6874 0.828 0.136 0.020 0.008 0.000 0.008
#> SRR1388064 4 0.245 0.8413 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.503 0.3514 0.580 0.364 0.024 0.008 0.024 0.000
#> SRR1414161 1 0.471 0.0882 0.488 0.480 0.004 0.012 0.016 0.000
#> SRR1328738 1 0.490 0.2114 0.540 0.416 0.012 0.008 0.024 0.000
#> SRR1311752 2 0.315 0.5692 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.195 0.7164 0.020 0.924 0.004 0.044 0.008 0.000
#> SRR1403412 2 0.278 0.7042 0.032 0.860 0.000 0.104 0.004 0.000
#> SRR2166748 1 0.338 0.3792 0.728 0.000 0.268 0.000 0.004 0.000
#> SRR821666 4 0.161 0.8591 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.214 0.8721 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.245 0.8362 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.164 0.6895 0.936 0.036 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075174 1 0.496 0.4074 0.580 0.372 0.008 0.008 0.008 0.024
#> SRR1434436 2 0.444 0.4027 0.328 0.640 0.012 0.012 0.008 0.000
#> SRR1389409 4 0.156 0.8596 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.515 0.5572 0.696 0.084 0.044 0.000 0.004 0.172
#> SRR1376718 4 0.156 0.8596 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.156 0.8596 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.333 0.7235 0.096 0.836 0.008 0.056 0.004 0.000
#> SRR1361692 1 0.471 0.5864 0.684 0.248 0.020 0.000 0.044 0.004
#> SRR1431493 1 0.340 0.4796 0.768 0.000 0.216 0.000 0.004 0.012
#> SRR1409084 1 0.412 0.6569 0.748 0.204 0.020 0.012 0.016 0.000
#> SRR2166214 2 0.458 0.6196 0.012 0.740 0.016 0.068 0.164 0.000
#> SRR1324102 2 0.308 0.5855 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1079754 4 0.294 0.8023 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.631 0.1543 0.200 0.000 0.416 0.004 0.012 0.368
#> SRR1076244 4 0.394 0.5914 0.000 0.348 0.000 0.640 0.012 0.000
#> SRR1330901 2 0.377 0.6964 0.124 0.804 0.004 0.052 0.016 0.000
#> SRR1073167 2 0.308 0.5855 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.461 0.5477 0.720 0.028 0.064 0.000 0.188 0.000
#> SRR811607 2 0.478 0.3918 0.328 0.624 0.012 0.012 0.024 0.000
#> SRR1468931 3 0.214 0.8721 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.247 0.7022 0.104 0.876 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1309875 2 0.302 0.6191 0.000 0.784 0.000 0.212 0.004 0.000
#> SRR598792 3 0.520 0.4866 0.384 0.000 0.520 0.000 0.000 0.096
#> SRR1088537 2 0.335 0.6962 0.136 0.824 0.008 0.020 0.012 0.000
#> SRR1457682 1 0.415 0.6521 0.744 0.208 0.020 0.012 0.016 0.000
#> SRR1454289 2 0.447 0.5410 0.244 0.704 0.012 0.016 0.024 0.000
#> SRR1069352 3 0.268 0.8694 0.132 0.000 0.852 0.000 0.008 0.008
#> SRR1472728 2 0.286 0.7195 0.096 0.864 0.008 0.028 0.004 0.000
#> SRR1091144 2 0.458 0.6484 0.012 0.736 0.004 0.164 0.080 0.004
#> SRR1319118 1 0.228 0.6932 0.908 0.048 0.028 0.004 0.000 0.012
#> SRR1403611 6 0.531 0.6275 0.052 0.056 0.068 0.036 0.036 0.752
#> SRR1397762 1 0.653 0.4878 0.560 0.192 0.044 0.008 0.008 0.188
#> SRR1317387 6 0.626 0.6104 0.264 0.020 0.104 0.008 0.028 0.576
#> SRR1376426 2 0.276 0.6300 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.214 0.6795 0.912 0.032 0.048 0.000 0.004 0.004
#> SRR1365743 6 0.334 0.7246 0.044 0.000 0.104 0.012 0.004 0.836
#> SRR1458992 2 0.195 0.7164 0.020 0.924 0.004 0.044 0.008 0.000
#> SRR1089537 2 0.866 0.2437 0.204 0.428 0.112 0.052 0.112 0.092
#> SRR1397744 1 0.258 0.6739 0.880 0.044 0.072 0.000 0.004 0.000
#> SRR1453893 4 0.156 0.8596 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.401 0.6601 0.756 0.200 0.020 0.012 0.012 0.000
#> SRR1321765 5 0.283 0.8047 0.128 0.016 0.008 0.000 0.848 0.000
#> SRR1440032 2 0.500 0.5192 0.284 0.648 0.012 0.040 0.012 0.004
#> SRR1404507 4 0.293 0.8124 0.000 0.200 0.000 0.796 0.004 0.000
#> SRR1404856 2 0.563 0.5746 0.144 0.652 0.008 0.036 0.160 0.000
#> SRR812745 2 0.656 0.0681 0.352 0.488 0.032 0.008 0.020 0.100
#> SRR1417524 6 0.716 0.4891 0.200 0.164 0.072 0.008 0.028 0.528
#> SRR1407334 4 0.245 0.8416 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.171 0.6915 0.932 0.040 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415938 1 0.179 0.6883 0.928 0.040 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR1081259 2 0.338 0.6647 0.168 0.804 0.008 0.008 0.012 0.000
#> SRR1436187 4 0.156 0.8596 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1431948 6 0.326 0.6582 0.000 0.000 0.136 0.028 0.012 0.824
#> SRR1453277 2 0.361 0.5849 0.248 0.736 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1095407 5 0.234 0.7544 0.020 0.072 0.000 0.012 0.896 0.000
#> SRR1359694 2 0.487 0.4755 0.292 0.648 0.012 0.020 0.028 0.000
#> SRR656982 2 0.537 0.3453 0.328 0.580 0.008 0.012 0.072 0.000
#> SRR1354338 2 0.327 0.7126 0.092 0.848 0.012 0.004 0.040 0.004
#> SRR1088291 2 0.547 0.1922 0.388 0.524 0.012 0.008 0.068 0.000
#> SRR1080624 1 0.260 0.6993 0.872 0.100 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR2166708 3 0.230 0.8578 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.499 0.1787 0.416 0.536 0.012 0.012 0.024 0.000
#> SRR1429912 2 0.369 0.7039 0.108 0.816 0.004 0.052 0.020 0.000
#> SRR1421048 2 0.450 0.5324 0.252 0.696 0.012 0.012 0.028 0.000
#> SRR1434999 5 0.503 0.6120 0.100 0.000 0.304 0.000 0.596 0.000
#> SRR656457 5 0.503 0.6120 0.100 0.000 0.304 0.000 0.596 0.000
#> SRR1098928 6 0.548 0.6499 0.220 0.000 0.108 0.004 0.028 0.640
#> SRR1343967 2 0.315 0.5692 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.587 0.2614 0.500 0.404 0.040 0.004 0.020 0.032
#> SRR1464724 4 0.388 0.6294 0.000 0.332 0.000 0.656 0.012 0.000
#> SRR1101542 4 0.156 0.8596 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.616 0.0603 0.504 0.060 0.048 0.004 0.012 0.372
#> SRR1071519 3 0.380 0.8167 0.136 0.000 0.784 0.000 0.004 0.076
#> SRR1086070 1 0.321 0.6890 0.832 0.132 0.020 0.008 0.000 0.008
#> SRR1358645 2 0.471 0.4363 0.308 0.644 0.016 0.016 0.016 0.000
#> SRR819771 3 0.283 0.8666 0.136 0.000 0.844 0.000 0.012 0.008
#> SRR1418433 4 0.408 0.5872 0.004 0.348 0.000 0.636 0.012 0.000
#> SRR821050 1 0.267 0.7004 0.872 0.092 0.028 0.000 0.008 0.000
#> SRR1402091 2 0.195 0.7213 0.044 0.924 0.004 0.020 0.008 0.000
#> SRR1322028 2 0.300 0.6880 0.016 0.832 0.000 0.144 0.008 0.000
#> SRR1452556 4 0.156 0.8596 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.326 0.6365 0.184 0.796 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1418302 2 0.302 0.6191 0.000 0.784 0.000 0.212 0.004 0.000
#> SRR1073991 1 0.172 0.6869 0.932 0.036 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1085187 4 0.392 0.6388 0.000 0.060 0.000 0.748 0.192 0.000
#> SRR1357618 3 0.283 0.8666 0.136 0.000 0.844 0.000 0.012 0.008
#> SRR1487764 2 0.718 0.2638 0.112 0.504 0.028 0.028 0.044 0.284
#> SRR1075336 1 0.468 0.3764 0.604 0.360 0.008 0.008 0.016 0.004
#> SRR1365471 2 0.315 0.5692 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.350 0.7138 0.068 0.816 0.008 0.108 0.000 0.000
#> SRR658719 2 0.230 0.7239 0.064 0.904 0.012 0.012 0.008 0.000
#> SRR1475128 3 0.214 0.8721 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.377 0.6650 0.012 0.784 0.000 0.168 0.032 0.004
#> SRR1481146 2 0.362 0.7182 0.084 0.836 0.012 0.020 0.044 0.004
#> SRR1465674 5 0.254 0.8088 0.124 0.016 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1327303 2 0.195 0.7213 0.044 0.924 0.004 0.020 0.008 0.000
#> SRR1390391 2 0.351 0.6009 0.248 0.740 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1326020 2 0.276 0.7156 0.100 0.868 0.004 0.016 0.012 0.000
#> SRR1381953 2 0.743 -0.1873 0.332 0.364 0.044 0.004 0.028 0.228
#> SRR1082544 2 0.358 0.6826 0.020 0.812 0.000 0.136 0.028 0.004
#> SRR810761 1 0.437 0.5764 0.748 0.028 0.060 0.000 0.164 0.000
#> SRR1070764 6 0.334 0.7246 0.044 0.000 0.104 0.012 0.004 0.836
#> SRR1415919 6 0.326 0.6582 0.000 0.000 0.136 0.028 0.012 0.824
#> SRR1490404 2 0.240 0.6775 0.004 0.856 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.254 0.8088 0.124 0.016 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1377492 2 0.490 0.6301 0.016 0.724 0.024 0.160 0.076 0.000
#> SRR1334314 2 0.489 0.3965 0.328 0.616 0.012 0.008 0.036 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.837 0.917 0.963 0.5009 0.498 0.498
#> 3 3 0.584 0.760 0.881 0.2788 0.700 0.472
#> 4 4 0.576 0.737 0.810 0.1216 0.769 0.462
#> 5 5 0.623 0.626 0.786 0.0720 0.905 0.691
#> 6 6 0.695 0.648 0.783 0.0463 0.931 0.724
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR2167209 2 0.936 0.412 0.352 0.648
#> SRR816541 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1381505 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1318503 1 0.886 0.614 0.696 0.304
#> SRR1341626 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR821231 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1468787 1 0.985 0.326 0.572 0.428
#> SRR1347959 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.802 0.703 0.756 0.244
#> SRR1394275 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR665405 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR657077 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1353461 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1466321 1 0.973 0.394 0.596 0.404
#> SRR1073021 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1398863 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1307808 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1076868 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1445939 1 0.141 0.927 0.980 0.020
#> SRR1453047 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.494 0.856 0.892 0.108
#> SRR1093434 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1430202 1 0.988 0.306 0.564 0.436
#> SRR1322730 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.730 0.747 0.796 0.204
#> SRR1328738 1 0.949 0.477 0.632 0.368
#> SRR1311752 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.767 0.731 0.776 0.224
#> SRR1389409 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1361692 1 0.494 0.860 0.892 0.108
#> SRR1431493 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR2166214 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1324102 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1330901 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.973 0.259 0.404 0.596
#> SRR1468931 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1457682 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.913 0.547 0.672 0.328
#> SRR1069352 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1319118 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.697 0.767 0.812 0.188
#> SRR1397762 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.714 0.757 0.804 0.196
#> SRR1397744 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.224 0.916 0.964 0.036
#> SRR1404507 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.689 0.755 0.184 0.816
#> SRR812745 1 0.975 0.400 0.592 0.408
#> SRR1417524 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.615 0.817 0.848 0.152
#> SRR1436187 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.689 0.754 0.184 0.816
#> SRR1095407 1 0.955 0.459 0.624 0.376
#> SRR1359694 2 0.295 0.930 0.052 0.948
#> SRR656982 2 0.184 0.956 0.028 0.972
#> SRR1354338 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1088291 1 0.895 0.590 0.688 0.312
#> SRR1080624 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR2166708 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.184 0.956 0.028 0.972
#> SRR1434999 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1360766 1 0.469 0.866 0.900 0.100
#> SRR1464724 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1101542 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR821050 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1418302 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073991 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1357618 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.929 0.528 0.656 0.344
#> SRR1075336 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR658719 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1475128 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1481146 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1465674 1 0.443 0.873 0.908 0.092
#> SRR1327303 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1390391 2 0.615 0.802 0.152 0.848
#> SRR1326020 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1381953 1 0.469 0.866 0.900 0.100
#> SRR1082544 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.000 0.940 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1416773 1 0.443 0.873 0.908 0.092
#> SRR1377492 2 0.000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334314 1 0.814 0.691 0.748 0.252
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074385 1 0.3879 0.7204 0.848 0.000 0.152
#> SRR1374739 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 3 0.5988 0.5296 0.368 0.000 0.632
#> SRR2167209 1 0.0237 0.8680 0.996 0.000 0.004
#> SRR816541 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR663645 1 0.6204 0.0543 0.576 0.424 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.4235 0.8589 0.176 0.824 0.000
#> SRR1318503 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 3 0.5650 0.6214 0.312 0.000 0.688
#> SRR1082080 2 0.4002 0.8659 0.160 0.840 0.000
#> SRR1455783 1 0.5291 0.5165 0.732 0.000 0.268
#> SRR1447760 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.4654 0.8345 0.208 0.792 0.000
#> SRR1331037 1 0.5968 0.2014 0.636 0.364 0.000
#> SRR1095651 3 0.3879 0.7768 0.152 0.000 0.848
#> SRR1078066 3 0.6309 0.1601 0.496 0.000 0.504
#> SRR1120363 1 0.4062 0.7052 0.836 0.000 0.164
#> SRR821231 3 0.1031 0.8624 0.024 0.000 0.976
#> SRR1374373 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.2448 0.8548 0.076 0.924 0.000
#> SRR1431121 3 0.5968 0.5369 0.364 0.000 0.636
#> SRR1091032 2 0.4121 0.8639 0.168 0.832 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.1031 0.8624 0.024 0.000 0.976
#> SRR1310690 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.0237 0.8687 0.004 0.000 0.996
#> SRR1070403 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 1 0.3879 0.7204 0.848 0.000 0.152
#> SRR1072007 2 0.6305 0.3451 0.484 0.516 0.000
#> SRR1468787 1 0.0747 0.8645 0.984 0.000 0.016
#> SRR1347959 1 0.5968 0.2305 0.636 0.364 0.000
#> SRR1338513 1 0.1525 0.8573 0.964 0.004 0.032
#> SRR812598 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 3 0.5733 0.5925 0.324 0.000 0.676
#> SRR1087728 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1093340 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR665405 1 0.5882 0.3071 0.652 0.348 0.000
#> SRR657077 1 0.6225 -0.0284 0.568 0.432 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1089688 2 0.3038 0.8603 0.104 0.896 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.1163 0.8591 0.972 0.000 0.028
#> SRR1322816 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1457727 3 0.5760 0.6004 0.328 0.000 0.672
#> SRR1464226 2 0.6062 0.5870 0.384 0.616 0.000
#> SRR1398863 1 0.3879 0.7204 0.848 0.000 0.152
#> SRR1455631 1 0.6126 0.1478 0.600 0.400 0.000
#> SRR1307808 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.4654 0.8282 0.208 0.792 0.000
#> SRR1076868 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1335984 1 0.3752 0.7126 0.856 0.144 0.000
#> SRR1445939 1 0.0892 0.8619 0.980 0.000 0.020
#> SRR1453047 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 1 0.2356 0.8204 0.928 0.000 0.072
#> SRR1092937 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1099833 3 0.6955 0.4944 0.332 0.032 0.636
#> SRR1093434 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.0892 0.8632 0.980 0.000 0.020
#> SRR1480347 2 0.0592 0.8403 0.012 0.988 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR811029 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.0892 0.8619 0.980 0.000 0.020
#> SRR1388064 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.2261 0.8260 0.932 0.000 0.068
#> SRR1414161 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1445960 2 0.4235 0.8589 0.176 0.824 0.000
#> SRR1403412 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR2166748 3 0.6008 0.5219 0.372 0.000 0.628
#> SRR821666 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.4062 0.7052 0.836 0.000 0.164
#> SRR1075174 1 0.1860 0.8402 0.948 0.000 0.052
#> SRR1434436 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.5431 0.6516 0.284 0.000 0.716
#> SRR1376718 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.6225 -0.0284 0.568 0.432 0.000
#> SRR1361692 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431493 3 0.0747 0.8651 0.016 0.000 0.984
#> SRR1409084 1 0.2356 0.8209 0.928 0.000 0.072
#> SRR2166214 1 0.6235 -0.0131 0.564 0.436 0.000
#> SRR1324102 2 0.5621 0.7138 0.308 0.692 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330901 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1357541 3 0.5948 0.5434 0.360 0.000 0.640
#> SRR811607 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 2 0.6308 0.3068 0.492 0.508 0.000
#> SRR1309875 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 2 0.6180 0.5179 0.416 0.584 0.000
#> SRR1457682 1 0.1163 0.8571 0.972 0.000 0.028
#> SRR1454289 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472728 2 0.6168 0.5270 0.412 0.588 0.000
#> SRR1091144 2 0.4750 0.8203 0.216 0.784 0.000
#> SRR1319118 3 0.5760 0.5971 0.328 0.000 0.672
#> SRR1403611 3 0.4953 0.7052 0.016 0.176 0.808
#> SRR1397762 1 0.6291 -0.0696 0.532 0.000 0.468
#> SRR1317387 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1097777 3 0.6286 0.3171 0.464 0.000 0.536
#> SRR1365743 3 0.4062 0.7669 0.164 0.000 0.836
#> SRR1458992 2 0.4555 0.8411 0.200 0.800 0.000
#> SRR1089537 1 0.3192 0.7795 0.888 0.112 0.000
#> SRR1397744 1 0.5529 0.4570 0.704 0.000 0.296
#> SRR1453893 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.4452 0.6617 0.808 0.000 0.192
#> SRR1321765 1 0.4346 0.6837 0.816 0.000 0.184
#> SRR1440032 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417524 3 0.4452 0.7299 0.192 0.000 0.808
#> SRR1407334 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.2625 0.8095 0.916 0.000 0.084
#> SRR1415938 3 0.5988 0.5325 0.368 0.000 0.632
#> SRR1081259 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095407 1 0.0592 0.8660 0.988 0.000 0.012
#> SRR1359694 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR656982 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354338 1 0.0592 0.8626 0.988 0.012 0.000
#> SRR1088291 1 0.0424 0.8672 0.992 0.000 0.008
#> SRR1080624 1 0.1643 0.8456 0.956 0.000 0.044
#> SRR2166708 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.1031 0.8597 0.976 0.000 0.024
#> SRR1429912 1 0.5560 0.4031 0.700 0.300 0.000
#> SRR1421048 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434999 3 0.3192 0.8072 0.112 0.000 0.888
#> SRR656457 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098928 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1360766 1 0.1031 0.8613 0.976 0.000 0.024
#> SRR1464724 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.1529 0.8556 0.040 0.000 0.960
#> SRR1071519 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 1 0.3879 0.7204 0.848 0.000 0.152
#> SRR1358645 1 0.0592 0.8625 0.988 0.012 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR821050 1 0.1289 0.8566 0.968 0.000 0.032
#> SRR1402091 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1322028 2 0.6192 0.5088 0.420 0.580 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418302 2 0.4750 0.8271 0.216 0.784 0.000
#> SRR1073991 3 0.1529 0.8561 0.040 0.000 0.960
#> SRR1085187 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357618 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487764 1 0.4654 0.6791 0.792 0.000 0.208
#> SRR1075336 1 0.0424 0.8672 0.992 0.000 0.008
#> SRR1365471 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1414613 2 0.5948 0.6311 0.360 0.640 0.000
#> SRR658719 1 0.6079 0.1468 0.612 0.388 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 2 0.4654 0.8282 0.208 0.792 0.000
#> SRR1481146 2 0.6280 0.3741 0.460 0.540 0.000
#> SRR1465674 1 0.0892 0.8632 0.980 0.000 0.020
#> SRR1327303 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390391 1 0.0592 0.8625 0.988 0.012 0.000
#> SRR1326020 2 0.6307 0.3338 0.488 0.512 0.000
#> SRR1381953 1 0.2959 0.8102 0.900 0.000 0.100
#> SRR1082544 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR810761 3 0.5882 0.5618 0.348 0.000 0.652
#> SRR1070764 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.8697 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 2 0.4062 0.8662 0.164 0.836 0.000
#> SRR1416773 1 0.0892 0.8632 0.980 0.000 0.020
#> SRR1377492 2 0.3267 0.8612 0.116 0.884 0.000
#> SRR1334314 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.1890 0.8656 0.056 0.000 0.936 0.008
#> SRR1074385 1 0.1452 0.8389 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1374739 3 0.0336 0.8851 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1097883 1 0.5361 0.7170 0.744 0.000 0.148 0.108
#> SRR2167209 1 0.4956 0.7932 0.756 0.056 0.000 0.188
#> SRR816541 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR663645 2 0.5628 0.6516 0.144 0.724 0.000 0.132
#> SRR1381505 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1416362 2 0.1520 0.6966 0.020 0.956 0.000 0.024
#> SRR1318503 1 0.2021 0.8367 0.932 0.056 0.000 0.012
#> SRR1341626 2 0.2773 0.5917 0.004 0.880 0.000 0.116
#> SRR1382440 3 0.0336 0.8851 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1088413 1 0.5986 0.5175 0.620 0.000 0.320 0.060
#> SRR1082080 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1455783 1 0.2227 0.8345 0.928 0.000 0.036 0.036
#> SRR1447760 1 0.5140 0.7643 0.760 0.144 0.000 0.096
#> SRR1487784 2 0.1256 0.7064 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1331037 2 0.4399 0.6671 0.224 0.760 0.000 0.016
#> SRR1095651 3 0.5567 0.8087 0.088 0.008 0.740 0.164
#> SRR1078066 1 0.5905 0.6939 0.700 0.000 0.144 0.156
#> SRR1120363 1 0.3325 0.8115 0.864 0.000 0.024 0.112
#> SRR821231 3 0.3278 0.8255 0.116 0.000 0.864 0.020
#> SRR1374373 2 0.5535 0.5846 0.304 0.656 0.000 0.040
#> SRR1324519 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1431121 1 0.5293 0.7162 0.748 0.000 0.152 0.100
#> SRR1091032 2 0.0895 0.7057 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1365575 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1072972 3 0.4986 0.6897 0.216 0.000 0.740 0.044
#> SRR1310690 2 0.0336 0.6945 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1383037 3 0.2216 0.8737 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1095479 3 0.4171 0.7988 0.116 0.000 0.824 0.060
#> SRR1070403 3 0.0336 0.8851 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1390203 1 0.1510 0.8397 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1072007 2 0.4127 0.7066 0.124 0.824 0.000 0.052
#> SRR1468787 1 0.5204 0.7917 0.752 0.088 0.000 0.160
#> SRR1347959 2 0.4053 0.6736 0.228 0.768 0.000 0.004
#> SRR1338513 2 0.8894 0.2812 0.296 0.428 0.068 0.208
#> SRR812598 4 0.4925 0.8101 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1446806 1 0.3308 0.8108 0.872 0.092 0.000 0.036
#> SRR1394275 1 0.1305 0.8395 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1443633 1 0.6248 0.6057 0.644 0.000 0.252 0.104
#> SRR1087728 3 0.1557 0.8814 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1098192 2 0.0188 0.6988 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1093340 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR665405 2 0.5875 0.6301 0.104 0.692 0.000 0.204
#> SRR657077 2 0.3647 0.7080 0.152 0.832 0.000 0.016
#> SRR813208 3 0.2216 0.8737 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1416074 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1089688 2 0.3668 0.5464 0.004 0.808 0.000 0.188
#> SRR1353461 3 0.2466 0.8725 0.004 0.000 0.900 0.096
#> SRR1466321 1 0.2610 0.8210 0.900 0.088 0.000 0.012
#> SRR1073021 1 0.3495 0.8097 0.844 0.000 0.016 0.140
#> SRR1322816 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1457727 1 0.4491 0.7577 0.800 0.000 0.140 0.060
#> SRR1464226 2 0.3342 0.7165 0.100 0.868 0.000 0.032
#> SRR1398863 1 0.1639 0.8386 0.952 0.004 0.008 0.036
#> SRR1455631 2 0.5963 0.6310 0.116 0.688 0.000 0.196
#> SRR1307808 1 0.4098 0.7069 0.784 0.204 0.000 0.012
#> SRR1374585 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1072104 2 0.3390 0.6331 0.016 0.852 0.000 0.132
#> SRR1076868 2 0.1576 0.6695 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR1335984 2 0.5489 0.6064 0.296 0.664 0.000 0.040
#> SRR1445939 1 0.2007 0.8385 0.940 0.020 0.004 0.036
#> SRR1453047 2 0.0657 0.6933 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1339788 3 0.0336 0.8851 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1084323 1 0.1452 0.8389 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1092937 1 0.3587 0.8061 0.856 0.104 0.000 0.040
#> SRR1074090 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1099833 3 0.7403 0.6516 0.056 0.084 0.600 0.260
#> SRR1093434 3 0.0000 0.8856 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.1004 0.8420 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1480347 2 0.4866 -0.3871 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1440787 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1430202 1 0.3308 0.8108 0.872 0.092 0.000 0.036
#> SRR1322730 4 0.4697 0.9433 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR811029 2 0.0804 0.7057 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1390456 3 0.2149 0.8743 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1381140 1 0.1584 0.8389 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1388064 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1093577 1 0.0992 0.8428 0.976 0.004 0.008 0.012
#> SRR1414161 1 0.3308 0.7987 0.872 0.092 0.000 0.036
#> SRR1328738 1 0.3505 0.8158 0.864 0.088 0.000 0.048
#> SRR1311752 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1445960 2 0.0469 0.7027 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.2255 0.6692 0.012 0.920 0.000 0.068
#> SRR2166748 1 0.4969 0.7361 0.772 0.000 0.140 0.088
#> SRR821666 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1330746 3 0.0707 0.8858 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1327872 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1100800 1 0.2521 0.8297 0.912 0.000 0.024 0.064
#> SRR1075174 1 0.2099 0.8377 0.936 0.012 0.008 0.044
#> SRR1434436 1 0.2892 0.8248 0.896 0.068 0.000 0.036
#> SRR1389409 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1085310 3 0.6746 0.5920 0.272 0.004 0.604 0.120
#> SRR1376718 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR808590 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1084128 2 0.3450 0.7079 0.156 0.836 0.000 0.008
#> SRR1361692 1 0.3421 0.8168 0.868 0.088 0.000 0.044
#> SRR1431493 3 0.3996 0.8104 0.104 0.000 0.836 0.060
#> SRR1409084 1 0.0672 0.8420 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2166214 2 0.5690 0.6347 0.096 0.708 0.000 0.196
#> SRR1324102 2 0.2408 0.7176 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1079754 4 0.4605 0.9756 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1442127 3 0.0707 0.8858 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1076244 2 0.4985 -0.5292 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1330901 1 0.3764 0.7512 0.816 0.172 0.000 0.012
#> SRR1073167 2 0.0672 0.6981 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1357541 1 0.5361 0.7170 0.744 0.000 0.148 0.108
#> SRR811607 1 0.2610 0.8210 0.900 0.088 0.000 0.012
#> SRR1468931 3 0.0336 0.8851 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1474908 2 0.4406 0.6804 0.192 0.780 0.000 0.028
#> SRR1309875 2 0.2149 0.6174 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR598792 3 0.0000 0.8856 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.2530 0.7167 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.0712 0.8425 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR1454289 1 0.2480 0.8102 0.904 0.088 0.000 0.008
#> SRR1069352 3 0.1978 0.8659 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1472728 2 0.2530 0.7169 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.4012 0.6191 0.016 0.800 0.000 0.184
#> SRR1319118 1 0.5397 0.6768 0.716 0.000 0.220 0.064
#> SRR1403611 3 0.5749 0.7419 0.016 0.040 0.692 0.252
#> SRR1397762 1 0.7339 0.1768 0.524 0.016 0.348 0.112
#> SRR1317387 3 0.3501 0.8606 0.020 0.000 0.848 0.132
#> SRR1376426 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1097777 1 0.4499 0.7674 0.804 0.000 0.124 0.072
#> SRR1365743 3 0.5701 0.7885 0.124 0.008 0.736 0.132
#> SRR1458992 2 0.0707 0.7051 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1089537 1 0.6933 0.6010 0.584 0.172 0.000 0.244
#> SRR1397744 1 0.3320 0.8058 0.876 0.000 0.068 0.056
#> SRR1453893 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1098543 1 0.1406 0.8395 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR1321765 1 0.5371 0.7342 0.732 0.000 0.080 0.188
#> SRR1440032 1 0.4581 0.7845 0.800 0.120 0.000 0.080
#> SRR1404507 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1404856 1 0.5272 0.7885 0.744 0.084 0.000 0.172
#> SRR812745 2 0.5569 0.5888 0.296 0.660 0.000 0.044
#> SRR1417524 3 0.5274 0.8039 0.016 0.064 0.768 0.152
#> SRR1407334 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1453991 1 0.2048 0.8331 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR1415938 1 0.4336 0.7698 0.812 0.000 0.128 0.060
#> SRR1081259 1 0.3525 0.8036 0.860 0.100 0.000 0.040
#> SRR1436187 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1431948 3 0.2216 0.8737 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1453277 2 0.6147 0.4429 0.380 0.564 0.000 0.056
#> SRR1095407 1 0.4880 0.7933 0.760 0.052 0.000 0.188
#> SRR1359694 1 0.3808 0.7479 0.812 0.176 0.000 0.012
#> SRR656982 2 0.6893 0.4954 0.300 0.564 0.000 0.136
#> SRR1354338 2 0.5873 0.6162 0.256 0.668 0.000 0.076
#> SRR1088291 1 0.3894 0.8192 0.844 0.088 0.000 0.068
#> SRR1080624 1 0.1452 0.8398 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR2166708 3 0.0336 0.8851 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1393572 1 0.0188 0.8428 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.4228 0.6661 0.232 0.760 0.000 0.008
#> SRR1421048 1 0.3907 0.7815 0.828 0.140 0.000 0.032
#> SRR1434999 3 0.7098 0.2600 0.312 0.000 0.536 0.152
#> SRR656457 3 0.5483 0.7075 0.128 0.000 0.736 0.136
#> SRR1098928 3 0.2216 0.8737 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1343967 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1360766 1 0.3427 0.8136 0.872 0.088 0.004 0.036
#> SRR1464724 4 0.4564 0.9765 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1101542 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1401528 3 0.5173 0.8187 0.096 0.004 0.768 0.132
#> SRR1071519 3 0.0336 0.8851 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1086070 1 0.1706 0.8381 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1358645 2 0.5489 0.5969 0.296 0.664 0.000 0.040
#> SRR819771 3 0.1389 0.8773 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1418433 2 0.4401 0.3227 0.004 0.724 0.000 0.272
#> SRR821050 1 0.2334 0.8284 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1402091 2 0.0376 0.6970 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1322028 2 0.2973 0.7110 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.4564 0.9856 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1340047 2 0.5557 0.5817 0.308 0.652 0.000 0.040
#> SRR1418302 2 0.1151 0.7098 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1073991 1 0.5980 0.3548 0.560 0.000 0.396 0.044
#> SRR1085187 4 0.4406 0.9477 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1357618 3 0.2053 0.8643 0.004 0.000 0.924 0.072
#> SRR1487764 1 0.9274 0.1490 0.376 0.328 0.104 0.192
#> SRR1075336 1 0.1209 0.8402 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1365471 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1414613 2 0.2944 0.7152 0.128 0.868 0.000 0.004
#> SRR658719 2 0.4904 0.6589 0.216 0.744 0.000 0.040
#> SRR1475128 3 0.0336 0.8859 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367630 2 0.3280 0.6343 0.016 0.860 0.000 0.124
#> SRR1481146 2 0.5486 0.6328 0.080 0.720 0.000 0.200
#> SRR1465674 1 0.5206 0.7862 0.752 0.044 0.012 0.192
#> SRR1327303 2 0.5535 0.5871 0.304 0.656 0.000 0.040
#> SRR1390391 2 0.5599 0.5672 0.316 0.644 0.000 0.040
#> SRR1326020 2 0.4405 0.6905 0.152 0.800 0.000 0.048
#> SRR1381953 2 0.9061 0.0223 0.372 0.376 0.140 0.112
#> SRR1082544 2 0.0336 0.6945 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR810761 1 0.5452 0.7087 0.736 0.000 0.156 0.108
#> SRR1070764 3 0.2216 0.8737 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1415919 3 0.2149 0.8743 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1490404 2 0.2831 0.5875 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR1416773 1 0.4941 0.7904 0.760 0.044 0.004 0.192
#> SRR1377492 2 0.4228 0.5251 0.008 0.760 0.000 0.232
#> SRR1334314 1 0.2676 0.8210 0.896 0.092 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.1934 0.78239 0.052 0.000 0.928 0.004 0.016
#> SRR1074385 1 0.1116 0.74725 0.964 0.004 0.000 0.004 0.028
#> SRR1374739 3 0.0290 0.81163 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1097883 1 0.5923 0.45299 0.616 0.000 0.120 0.012 0.252
#> SRR2167209 5 0.4686 0.19927 0.384 0.020 0.000 0.000 0.596
#> SRR816541 2 0.0963 0.80570 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR663645 2 0.7264 0.17444 0.068 0.464 0.000 0.128 0.340
#> SRR1381505 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1416362 2 0.0451 0.81112 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1318503 1 0.2824 0.71449 0.872 0.032 0.000 0.000 0.096
#> SRR1341626 2 0.0963 0.80570 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1382440 3 0.0162 0.81245 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088413 1 0.5728 0.48527 0.648 0.000 0.196 0.008 0.148
#> SRR1082080 2 0.0963 0.80570 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1455783 1 0.1412 0.74958 0.952 0.004 0.008 0.000 0.036
#> SRR1447760 5 0.6133 0.09531 0.436 0.128 0.000 0.000 0.436
#> SRR1487784 2 0.0833 0.81117 0.016 0.976 0.000 0.004 0.004
#> SRR1331037 2 0.2646 0.74631 0.124 0.868 0.000 0.004 0.004
#> SRR1095651 3 0.6861 0.46806 0.052 0.000 0.496 0.104 0.348
#> SRR1078066 5 0.6208 0.00344 0.396 0.000 0.100 0.012 0.492
#> SRR1120363 1 0.3719 0.63081 0.776 0.000 0.004 0.012 0.208
#> SRR821231 3 0.4220 0.63483 0.200 0.000 0.760 0.008 0.032
#> SRR1374373 2 0.6120 0.43430 0.276 0.568 0.000 0.004 0.152
#> SRR1324519 2 0.0963 0.80570 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1431121 1 0.5577 0.52421 0.672 0.000 0.128 0.012 0.188
#> SRR1091032 2 0.0898 0.81106 0.020 0.972 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365575 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1072972 1 0.5590 0.12384 0.504 0.000 0.436 0.008 0.052
#> SRR1310690 2 0.0451 0.81067 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1383037 3 0.4199 0.75504 0.000 0.000 0.772 0.068 0.160
#> SRR1095479 3 0.5279 0.58492 0.184 0.000 0.700 0.012 0.104
#> SRR1070403 3 0.0162 0.81245 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1390203 1 0.1041 0.74867 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR1072007 2 0.5617 0.61586 0.060 0.676 0.000 0.044 0.220
#> SRR1468787 5 0.4848 0.15621 0.420 0.024 0.000 0.000 0.556
#> SRR1347959 2 0.1704 0.79143 0.068 0.928 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338513 5 0.7663 0.41088 0.188 0.104 0.044 0.096 0.568
#> SRR812598 4 0.3707 0.74305 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1446806 1 0.1901 0.73943 0.932 0.024 0.000 0.004 0.040
#> SRR1394275 1 0.0865 0.74887 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1443633 1 0.6642 0.24593 0.504 0.000 0.180 0.012 0.304
#> SRR1087728 3 0.2376 0.80098 0.000 0.000 0.904 0.052 0.044
#> SRR1098192 2 0.2462 0.76866 0.000 0.880 0.000 0.008 0.112
#> SRR1093340 2 0.0963 0.80570 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR665405 5 0.6791 0.06405 0.040 0.364 0.000 0.112 0.484
#> SRR657077 2 0.3956 0.73511 0.080 0.808 0.000 0.004 0.108
#> SRR813208 3 0.4199 0.75504 0.000 0.000 0.772 0.068 0.160
#> SRR1416074 2 0.0963 0.80570 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1089688 2 0.6289 0.36324 0.000 0.536 0.000 0.236 0.228
#> SRR1353461 3 0.4619 0.75956 0.024 0.000 0.772 0.068 0.136
#> SRR1466321 1 0.2740 0.71451 0.876 0.028 0.000 0.000 0.096
#> SRR1073021 1 0.4757 0.41302 0.628 0.000 0.012 0.012 0.348
#> SRR1322816 2 0.0963 0.80570 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1457727 1 0.4208 0.63479 0.788 0.000 0.148 0.012 0.052
#> SRR1464226 2 0.5065 0.63373 0.028 0.708 0.000 0.044 0.220
#> SRR1398863 1 0.1864 0.73133 0.924 0.004 0.000 0.004 0.068
#> SRR1455631 5 0.7169 0.16539 0.064 0.320 0.000 0.128 0.488
#> SRR1307808 2 0.5143 0.16487 0.428 0.532 0.000 0.000 0.040
#> SRR1374585 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1072104 2 0.5762 0.49527 0.004 0.620 0.000 0.128 0.248
#> SRR1076868 2 0.0671 0.81010 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1335984 2 0.4890 0.62220 0.216 0.708 0.000 0.004 0.072
#> SRR1445939 1 0.1202 0.74630 0.960 0.004 0.000 0.004 0.032
#> SRR1453047 2 0.0451 0.81112 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1339788 3 0.0671 0.80738 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1084323 1 0.1116 0.74725 0.964 0.004 0.000 0.004 0.028
#> SRR1092937 1 0.3299 0.66264 0.828 0.016 0.000 0.004 0.152
#> SRR1074090 2 0.0963 0.80570 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1099833 5 0.7748 -0.10177 0.100 0.012 0.296 0.116 0.476
#> SRR1093434 3 0.0000 0.81307 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0566 0.75164 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1480347 2 0.2813 0.66266 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1440787 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1430202 1 0.1901 0.73943 0.932 0.024 0.000 0.004 0.040
#> SRR1322730 4 0.4376 0.74354 0.000 0.092 0.000 0.764 0.144
#> SRR811029 2 0.2623 0.78055 0.004 0.884 0.000 0.016 0.096
#> SRR1390456 3 0.2946 0.79057 0.000 0.000 0.868 0.044 0.088
#> SRR1381140 1 0.1202 0.74630 0.960 0.004 0.000 0.004 0.032
#> SRR1388064 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1093577 1 0.2424 0.71794 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1414161 1 0.1739 0.73846 0.940 0.032 0.000 0.004 0.024
#> SRR1328738 1 0.4086 0.54390 0.736 0.024 0.000 0.000 0.240
#> SRR1311752 2 0.0880 0.80663 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1445960 2 0.0486 0.81189 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004
#> SRR1403412 2 0.1799 0.80880 0.012 0.940 0.000 0.020 0.028
#> SRR2166748 1 0.5056 0.58348 0.724 0.000 0.100 0.012 0.164
#> SRR821666 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1330746 3 0.0510 0.81382 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1327872 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1100800 1 0.1628 0.73710 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR1075174 1 0.2170 0.71828 0.904 0.004 0.000 0.004 0.088
#> SRR1434436 1 0.1728 0.74235 0.940 0.020 0.000 0.004 0.036
#> SRR1389409 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1085310 3 0.7282 0.19854 0.376 0.000 0.384 0.032 0.208
#> SRR1376718 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR808590 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1084128 2 0.1571 0.79841 0.060 0.936 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361692 1 0.4086 0.55314 0.736 0.024 0.000 0.000 0.240
#> SRR1431493 3 0.5046 0.63762 0.112 0.000 0.728 0.012 0.148
#> SRR1409084 1 0.0162 0.75110 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 5 0.6710 -0.02924 0.032 0.400 0.000 0.112 0.456
#> SRR1324102 2 0.1251 0.80732 0.036 0.956 0.000 0.000 0.008
#> SRR1079754 4 0.2561 0.91172 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1442127 3 0.0771 0.81377 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1076244 4 0.5086 0.67452 0.000 0.144 0.000 0.700 0.156
#> SRR1330901 1 0.3994 0.56394 0.772 0.188 0.000 0.000 0.040
#> SRR1073167 2 0.0486 0.81230 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004
#> SRR1357541 1 0.6233 0.37775 0.568 0.000 0.136 0.012 0.284
#> SRR811607 1 0.2362 0.72720 0.900 0.024 0.000 0.000 0.076
#> SRR1468931 3 0.0162 0.81245 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1474908 2 0.3844 0.68743 0.180 0.788 0.000 0.004 0.028
#> SRR1309875 2 0.0865 0.80786 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR598792 3 0.0579 0.81462 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1088537 2 0.1251 0.80715 0.036 0.956 0.000 0.000 0.008
#> SRR1457682 1 0.1041 0.74712 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR1454289 1 0.2850 0.69630 0.872 0.092 0.000 0.000 0.036
#> SRR1069352 3 0.2864 0.73451 0.000 0.000 0.852 0.012 0.136
#> SRR1472728 2 0.1124 0.80636 0.036 0.960 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091144 2 0.6273 0.10091 0.004 0.440 0.000 0.128 0.428
#> SRR1319118 1 0.4832 0.54950 0.716 0.000 0.216 0.008 0.060
#> SRR1403611 5 0.7290 -0.31792 0.036 0.008 0.396 0.148 0.412
#> SRR1397762 1 0.6063 0.36396 0.624 0.004 0.104 0.020 0.248
#> SRR1317387 3 0.5525 0.62299 0.000 0.000 0.612 0.100 0.288
#> SRR1376426 2 0.0963 0.80570 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1097777 1 0.3773 0.66749 0.824 0.000 0.108 0.008 0.060
#> SRR1365743 3 0.7136 0.55057 0.172 0.000 0.548 0.072 0.208
#> SRR1458992 2 0.0566 0.81232 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1089537 5 0.5772 0.44847 0.152 0.036 0.000 0.128 0.684
#> SRR1397744 1 0.2689 0.72124 0.888 0.000 0.016 0.012 0.084
#> SRR1453893 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1098543 1 0.0566 0.75123 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1321765 5 0.5220 0.03952 0.428 0.000 0.024 0.012 0.536
#> SRR1440032 1 0.5755 -0.07693 0.476 0.020 0.000 0.044 0.460
#> SRR1404507 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1404856 5 0.5382 0.22594 0.380 0.024 0.000 0.024 0.572
#> SRR812745 1 0.6887 -0.16283 0.404 0.308 0.000 0.004 0.284
#> SRR1417524 5 0.6596 -0.23385 0.032 0.008 0.396 0.076 0.488
#> SRR1407334 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1453991 1 0.2612 0.71089 0.868 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR1415938 1 0.3881 0.65692 0.812 0.000 0.128 0.008 0.052
#> SRR1081259 1 0.2582 0.71988 0.892 0.024 0.000 0.004 0.080
#> SRR1436187 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1431948 3 0.3861 0.76992 0.000 0.000 0.804 0.068 0.128
#> SRR1453277 2 0.5000 0.58631 0.240 0.688 0.000 0.004 0.068
#> SRR1095407 5 0.4686 0.19927 0.384 0.020 0.000 0.000 0.596
#> SRR1359694 1 0.4276 0.57555 0.764 0.168 0.000 0.000 0.068
#> SRR656982 5 0.6882 0.12626 0.128 0.340 0.000 0.040 0.492
#> SRR1354338 2 0.6258 0.31118 0.184 0.528 0.000 0.000 0.288
#> SRR1088291 1 0.4243 0.52820 0.712 0.024 0.000 0.000 0.264
#> SRR1080624 1 0.1571 0.73927 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR2166708 3 0.0671 0.80738 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1393572 1 0.0162 0.75110 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.2674 0.74728 0.120 0.868 0.000 0.000 0.012
#> SRR1421048 1 0.4930 0.48119 0.684 0.072 0.000 0.000 0.244
#> SRR1434999 5 0.6528 0.01529 0.136 0.000 0.408 0.012 0.444
#> SRR656457 3 0.4968 0.41792 0.020 0.000 0.612 0.012 0.356
#> SRR1098928 3 0.4349 0.74490 0.000 0.000 0.756 0.068 0.176
#> SRR1343967 2 0.0963 0.80570 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1360766 1 0.2812 0.71252 0.876 0.024 0.000 0.004 0.096
#> SRR1464724 4 0.2249 0.89907 0.000 0.096 0.000 0.896 0.008
#> SRR1101542 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1401528 3 0.6833 0.60045 0.132 0.000 0.584 0.072 0.212
#> SRR1071519 3 0.0000 0.81307 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.1285 0.74807 0.956 0.004 0.000 0.004 0.036
#> SRR1358645 2 0.5047 0.60884 0.208 0.700 0.000 0.004 0.088
#> SRR819771 3 0.2411 0.76626 0.000 0.000 0.884 0.008 0.108
#> SRR1418433 4 0.6669 0.24497 0.004 0.324 0.000 0.460 0.212
#> SRR821050 1 0.2818 0.70793 0.860 0.000 0.004 0.008 0.128
#> SRR1402091 2 0.0451 0.81128 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1322028 2 0.1430 0.79989 0.052 0.944 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452556 4 0.2329 0.93221 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1340047 2 0.4273 0.64650 0.212 0.748 0.000 0.004 0.036
#> SRR1418302 2 0.2464 0.77709 0.004 0.892 0.000 0.012 0.092
#> SRR1073991 1 0.5579 0.34984 0.580 0.000 0.352 0.012 0.056
#> SRR1085187 4 0.3532 0.83994 0.000 0.076 0.000 0.832 0.092
#> SRR1357618 3 0.2953 0.72872 0.000 0.000 0.844 0.012 0.144
#> SRR1487764 5 0.5963 0.43853 0.112 0.036 0.060 0.072 0.720
#> SRR1075336 1 0.0865 0.75158 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1365471 2 0.0963 0.80570 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1414613 2 0.1357 0.80218 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004
#> SRR658719 2 0.3967 0.74383 0.088 0.808 0.000 0.004 0.100
#> SRR1475128 3 0.0290 0.81367 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1367630 2 0.5869 0.46014 0.004 0.600 0.000 0.128 0.268
#> SRR1481146 5 0.6928 0.06437 0.040 0.364 0.000 0.128 0.468
#> SRR1465674 5 0.4897 0.19485 0.384 0.016 0.004 0.004 0.592
#> SRR1327303 2 0.4619 0.63620 0.212 0.728 0.000 0.004 0.056
#> SRR1390391 2 0.5898 0.26887 0.384 0.520 0.000 0.004 0.092
#> SRR1326020 2 0.6134 0.57854 0.120 0.648 0.000 0.044 0.188
#> SRR1381953 5 0.8813 0.30601 0.280 0.136 0.104 0.072 0.408
#> SRR1082544 2 0.2179 0.78122 0.000 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR810761 1 0.6062 0.43015 0.600 0.000 0.132 0.012 0.256
#> SRR1070764 3 0.3861 0.76992 0.000 0.000 0.804 0.068 0.128
#> SRR1415919 3 0.3620 0.77680 0.000 0.000 0.824 0.068 0.108
#> SRR1490404 2 0.0880 0.80663 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1416773 5 0.4875 0.20826 0.376 0.016 0.004 0.004 0.600
#> SRR1377492 2 0.6655 0.05637 0.000 0.404 0.000 0.228 0.368
#> SRR1334314 1 0.3454 0.67310 0.816 0.028 0.000 0.000 0.156
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.1668 0.75159 0.060 0.000 0.928 0.004 0.008 0.000
#> SRR1074385 1 0.0806 0.74947 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1374739 3 0.0146 0.79239 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1097883 1 0.5842 0.34271 0.560 0.000 0.128 0.020 0.288 0.004
#> SRR2167209 5 0.2758 0.75674 0.112 0.012 0.000 0.000 0.860 0.016
#> SRR816541 2 0.0363 0.85478 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR663645 6 0.5877 0.57798 0.012 0.208 0.000 0.048 0.104 0.628
#> SRR1381505 4 0.1082 0.93527 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR1416362 2 0.0146 0.85531 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1318503 1 0.3516 0.68342 0.792 0.024 0.000 0.000 0.172 0.012
#> SRR1341626 2 0.0363 0.85478 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0291 0.79268 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1088413 1 0.6519 0.50784 0.600 0.000 0.120 0.020 0.116 0.144
#> SRR1082080 2 0.0363 0.85478 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.0405 0.75225 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1447760 5 0.4977 0.56624 0.132 0.148 0.000 0.000 0.696 0.024
#> SRR1487784 2 0.0146 0.85531 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.1075 0.83688 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095651 6 0.4165 0.30287 0.000 0.000 0.160 0.000 0.100 0.740
#> SRR1078066 5 0.4422 0.67989 0.176 0.000 0.068 0.020 0.736 0.000
#> SRR1120363 1 0.3705 0.62529 0.740 0.000 0.000 0.020 0.236 0.004
#> SRR821231 3 0.5456 0.32012 0.340 0.000 0.576 0.024 0.044 0.016
#> SRR1374373 2 0.6530 0.13324 0.216 0.452 0.000 0.000 0.036 0.296
#> SRR1324519 2 0.0363 0.85478 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.4996 0.57439 0.700 0.000 0.124 0.020 0.152 0.004
#> SRR1091032 2 0.0291 0.85543 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.1082 0.93527 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR1072972 1 0.5072 0.59610 0.720 0.000 0.156 0.024 0.068 0.032
#> SRR1310690 2 0.1010 0.84702 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1383037 3 0.5357 0.62269 0.000 0.000 0.604 0.020 0.092 0.284
#> SRR1095479 3 0.6216 0.23737 0.328 0.000 0.520 0.024 0.108 0.020
#> SRR1070403 3 0.0146 0.79241 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0603 0.75249 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1072007 6 0.4821 0.29342 0.016 0.416 0.000 0.000 0.028 0.540
#> SRR1468787 5 0.3685 0.72064 0.132 0.012 0.000 0.000 0.800 0.056
#> SRR1347959 2 0.0858 0.84754 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338513 6 0.2455 0.51995 0.012 0.004 0.000 0.000 0.112 0.872
#> SRR812598 4 0.3482 0.53534 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.2407 0.73179 0.892 0.004 0.000 0.000 0.056 0.048
#> SRR1394275 1 0.0603 0.75105 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1443633 5 0.6278 0.29827 0.336 0.000 0.172 0.020 0.468 0.004
#> SRR1087728 3 0.1745 0.78098 0.000 0.000 0.920 0.000 0.012 0.068
#> SRR1098192 2 0.3360 0.61082 0.000 0.732 0.000 0.000 0.004 0.264
#> SRR1093340 2 0.0260 0.85528 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR665405 6 0.5303 0.55526 0.000 0.112 0.000 0.020 0.232 0.636
#> SRR657077 2 0.4355 0.64741 0.048 0.748 0.000 0.004 0.024 0.176
#> SRR813208 3 0.5357 0.62269 0.000 0.000 0.604 0.020 0.092 0.284
#> SRR1416074 2 0.0363 0.85478 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1089688 6 0.6221 0.48211 0.000 0.304 0.000 0.112 0.060 0.524
#> SRR1353461 3 0.5558 0.65299 0.028 0.000 0.640 0.020 0.072 0.240
#> SRR1466321 1 0.3317 0.69233 0.804 0.016 0.000 0.000 0.168 0.012
#> SRR1073021 1 0.4650 0.17856 0.504 0.004 0.004 0.016 0.468 0.004
#> SRR1322816 2 0.0363 0.85478 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.3851 0.67211 0.808 0.000 0.100 0.024 0.064 0.004
#> SRR1464226 6 0.4345 0.39621 0.012 0.372 0.000 0.000 0.012 0.604
#> SRR1398863 1 0.1769 0.73732 0.924 0.000 0.000 0.004 0.012 0.060
#> SRR1455631 6 0.5870 0.53142 0.016 0.108 0.000 0.028 0.240 0.608
#> SRR1307808 2 0.5167 0.43453 0.260 0.628 0.000 0.000 0.100 0.012
#> SRR1374585 4 0.0937 0.93567 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1072104 6 0.5432 0.45896 0.000 0.344 0.000 0.048 0.044 0.564
#> SRR1076868 2 0.0146 0.85531 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.5178 0.53266 0.196 0.644 0.000 0.000 0.008 0.152
#> SRR1445939 1 0.1296 0.74265 0.948 0.004 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1453047 2 0.0146 0.85531 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0405 0.78895 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1084323 1 0.0603 0.75028 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1092937 1 0.3954 0.63632 0.764 0.008 0.000 0.000 0.056 0.172
#> SRR1074090 2 0.0363 0.85478 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1099833 6 0.2151 0.47901 0.008 0.000 0.016 0.000 0.072 0.904
#> SRR1093434 3 0.0000 0.79306 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.1010 0.75282 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR1480347 2 0.1327 0.81447 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.1082 0.93527 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR1430202 1 0.2407 0.73179 0.892 0.004 0.000 0.000 0.056 0.048
#> SRR1322730 4 0.4466 0.14112 0.000 0.016 0.000 0.536 0.008 0.440
#> SRR811029 2 0.3589 0.66701 0.012 0.752 0.000 0.000 0.008 0.228
#> SRR1390456 3 0.3763 0.72596 0.000 0.000 0.788 0.008 0.060 0.144
#> SRR1381140 1 0.1082 0.74432 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1388064 4 0.1226 0.93310 0.000 0.040 0.000 0.952 0.004 0.004
#> SRR1093577 1 0.4383 0.64485 0.716 0.000 0.000 0.000 0.176 0.108
#> SRR1414161 1 0.1788 0.73657 0.928 0.028 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1328738 1 0.5007 0.41515 0.592 0.016 0.000 0.000 0.340 0.052
#> SRR1311752 2 0.0260 0.85528 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.1141 0.83825 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1403412 2 0.2501 0.79163 0.016 0.872 0.000 0.000 0.004 0.108
#> SRR2166748 1 0.4473 0.63828 0.756 0.000 0.092 0.024 0.124 0.004
#> SRR821666 4 0.0937 0.93567 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0551 0.79302 0.000 0.000 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR1327872 4 0.1226 0.93310 0.000 0.040 0.000 0.952 0.004 0.004
#> SRR1100800 1 0.1644 0.74375 0.932 0.000 0.000 0.012 0.052 0.004
#> SRR1075174 1 0.2112 0.72359 0.896 0.000 0.000 0.000 0.016 0.088
#> SRR1434436 1 0.2046 0.74107 0.916 0.008 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1389409 4 0.1082 0.93527 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR1085310 1 0.6745 0.17382 0.444 0.000 0.080 0.012 0.096 0.368
#> SRR1376718 4 0.1082 0.93527 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR808590 4 0.0937 0.93567 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.1621 0.82990 0.048 0.936 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR1361692 1 0.4981 0.43436 0.600 0.016 0.000 0.000 0.332 0.052
#> SRR1431493 3 0.6050 0.39353 0.196 0.000 0.596 0.020 0.168 0.020
#> SRR1409084 1 0.1010 0.75122 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR2166214 6 0.5549 0.55126 0.000 0.132 0.000 0.020 0.244 0.604
#> SRR1324102 2 0.0508 0.85439 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1079754 4 0.1296 0.93080 0.000 0.044 0.000 0.948 0.004 0.004
#> SRR1442127 3 0.1074 0.79173 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1076244 6 0.4872 0.05167 0.000 0.040 0.000 0.452 0.008 0.500
#> SRR1330901 1 0.5146 0.44362 0.636 0.248 0.000 0.000 0.104 0.012
#> SRR1073167 2 0.0436 0.85615 0.004 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1357541 1 0.6229 0.03728 0.456 0.000 0.156 0.020 0.364 0.004
#> SRR811607 1 0.3053 0.70879 0.828 0.024 0.000 0.000 0.144 0.004
#> SRR1468931 3 0.0146 0.79241 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.4041 0.70945 0.112 0.772 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR1309875 2 0.0713 0.84895 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR598792 3 0.1350 0.79191 0.000 0.000 0.952 0.008 0.020 0.020
#> SRR1088537 2 0.0653 0.85406 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1457682 1 0.1471 0.74678 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1454289 1 0.4300 0.60537 0.748 0.152 0.000 0.000 0.088 0.012
#> SRR1069352 3 0.2538 0.70108 0.000 0.000 0.860 0.016 0.124 0.000
#> SRR1472728 2 0.0508 0.85353 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091144 6 0.5683 0.55979 0.000 0.172 0.000 0.020 0.212 0.596
#> SRR1319118 1 0.4304 0.60878 0.752 0.000 0.172 0.020 0.052 0.004
#> SRR1403611 6 0.2966 0.45222 0.000 0.000 0.048 0.008 0.088 0.856
#> SRR1397762 1 0.5401 0.30559 0.528 0.000 0.008 0.004 0.080 0.380
#> SRR1317387 6 0.5121 -0.00664 0.000 0.000 0.272 0.000 0.124 0.604
#> SRR1376426 2 0.0363 0.85478 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.3269 0.70485 0.852 0.000 0.060 0.024 0.060 0.004
#> SRR1365743 6 0.7604 -0.24425 0.236 0.000 0.284 0.016 0.100 0.364
#> SRR1458992 2 0.1663 0.81729 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1089537 6 0.4631 0.39746 0.008 0.008 0.000 0.020 0.364 0.600
#> SRR1397744 1 0.2255 0.73303 0.892 0.000 0.000 0.016 0.088 0.004
#> SRR1453893 4 0.0937 0.93567 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0922 0.75103 0.968 0.000 0.000 0.004 0.024 0.004
#> SRR1321765 5 0.3331 0.72970 0.160 0.000 0.020 0.012 0.808 0.000
#> SRR1440032 6 0.5332 0.36536 0.216 0.012 0.000 0.000 0.144 0.628
#> SRR1404507 4 0.1226 0.93310 0.000 0.040 0.000 0.952 0.004 0.004
#> SRR1404856 5 0.4005 0.67126 0.104 0.012 0.000 0.000 0.780 0.104
#> SRR812745 6 0.5614 0.15563 0.400 0.080 0.000 0.000 0.024 0.496
#> SRR1417524 6 0.4233 0.39509 0.000 0.000 0.168 0.004 0.088 0.740
#> SRR1407334 4 0.0937 0.93567 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.2845 0.70235 0.820 0.000 0.000 0.004 0.172 0.004
#> SRR1415938 1 0.3747 0.67805 0.816 0.000 0.096 0.024 0.060 0.004
#> SRR1081259 1 0.3252 0.69787 0.832 0.008 0.000 0.000 0.048 0.112
#> SRR1436187 4 0.1082 0.93527 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR1431948 3 0.4936 0.67117 0.000 0.000 0.668 0.020 0.076 0.236
#> SRR1453277 2 0.5433 0.47540 0.228 0.612 0.000 0.000 0.012 0.148
#> SRR1095407 5 0.2758 0.75674 0.112 0.012 0.000 0.000 0.860 0.016
#> SRR1359694 1 0.5250 0.44380 0.632 0.244 0.000 0.000 0.108 0.016
#> SRR656982 6 0.5425 0.54309 0.016 0.120 0.000 0.000 0.256 0.608
#> SRR1354338 2 0.6860 0.12246 0.088 0.476 0.000 0.000 0.240 0.196
#> SRR1088291 1 0.5053 0.39000 0.576 0.016 0.000 0.000 0.356 0.052
#> SRR1080624 1 0.2113 0.73672 0.896 0.000 0.000 0.008 0.092 0.004
#> SRR2166708 3 0.0405 0.78895 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1393572 1 0.0777 0.75161 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1429912 2 0.1080 0.84175 0.032 0.960 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1421048 1 0.6220 0.20317 0.488 0.104 0.000 0.000 0.352 0.056
#> SRR1434999 5 0.4702 0.38054 0.028 0.000 0.360 0.016 0.596 0.000
#> SRR656457 5 0.4392 0.06211 0.004 0.000 0.476 0.016 0.504 0.000
#> SRR1098928 3 0.5292 0.58034 0.000 0.000 0.572 0.008 0.096 0.324
#> SRR1343967 2 0.0363 0.85478 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.3159 0.69922 0.832 0.000 0.000 0.000 0.068 0.100
#> SRR1464724 4 0.2398 0.85781 0.000 0.028 0.000 0.888 0.004 0.080
#> SRR1101542 4 0.0937 0.93567 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1401528 6 0.7410 -0.20157 0.216 0.000 0.268 0.012 0.096 0.408
#> SRR1071519 3 0.0146 0.79331 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1086070 1 0.0858 0.74872 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1358645 2 0.5113 0.59309 0.156 0.688 0.000 0.000 0.032 0.124
#> SRR819771 3 0.2981 0.72099 0.000 0.000 0.848 0.016 0.116 0.020
#> SRR1418433 6 0.5515 0.33564 0.004 0.104 0.000 0.328 0.008 0.556
#> SRR821050 1 0.2912 0.70849 0.816 0.000 0.000 0.012 0.172 0.000
#> SRR1402091 2 0.0632 0.85068 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1322028 2 0.0547 0.85115 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0937 0.93567 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.4330 0.68159 0.132 0.744 0.000 0.000 0.008 0.116
#> SRR1418302 2 0.3265 0.64258 0.000 0.748 0.000 0.000 0.004 0.248
#> SRR1073991 1 0.4924 0.50041 0.668 0.000 0.252 0.024 0.052 0.004
#> SRR1085187 4 0.4050 0.73709 0.000 0.016 0.000 0.780 0.104 0.100
#> SRR1357618 3 0.3172 0.66828 0.000 0.000 0.820 0.016 0.152 0.012
#> SRR1487764 6 0.3784 0.45096 0.000 0.000 0.012 0.000 0.308 0.680
#> SRR1075336 1 0.1398 0.75091 0.940 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR1365471 2 0.0363 0.85478 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0692 0.85150 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR658719 2 0.4421 0.60458 0.056 0.684 0.000 0.000 0.004 0.256
#> SRR1475128 3 0.0146 0.79342 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367630 6 0.5456 0.52868 0.000 0.288 0.000 0.048 0.060 0.604
#> SRR1481146 6 0.5612 0.53816 0.000 0.124 0.000 0.024 0.256 0.596
#> SRR1465674 5 0.2665 0.75765 0.104 0.012 0.000 0.000 0.868 0.016
#> SRR1327303 2 0.4546 0.66677 0.132 0.728 0.000 0.000 0.012 0.128
#> SRR1390391 2 0.6122 0.16951 0.384 0.440 0.000 0.000 0.020 0.156
#> SRR1326020 6 0.5315 0.23032 0.072 0.408 0.000 0.000 0.012 0.508
#> SRR1381953 6 0.5178 0.45082 0.132 0.040 0.016 0.008 0.076 0.728
#> SRR1082544 2 0.2909 0.71981 0.000 0.828 0.000 0.004 0.012 0.156
#> SRR810761 1 0.6091 0.25032 0.520 0.000 0.156 0.020 0.300 0.004
#> SRR1070764 3 0.4936 0.67117 0.000 0.000 0.668 0.020 0.076 0.236
#> SRR1415919 3 0.4787 0.68528 0.000 0.000 0.692 0.020 0.076 0.212
#> SRR1490404 2 0.0260 0.85528 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.2665 0.75765 0.104 0.012 0.000 0.000 0.868 0.016
#> SRR1377492 6 0.6660 0.54084 0.000 0.224 0.000 0.096 0.160 0.520
#> SRR1334314 1 0.4742 0.61216 0.704 0.016 0.000 0.000 0.184 0.096
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.897 0.938 0.974 0.5028 0.498 0.498
#> 3 3 0.697 0.899 0.891 0.2961 0.808 0.630
#> 4 4 0.686 0.691 0.803 0.1101 0.926 0.792
#> 5 5 0.698 0.687 0.837 0.0901 0.848 0.534
#> 6 6 0.742 0.650 0.805 0.0401 0.933 0.706
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR2167209 2 0.8267 0.644 0.260 0.740
#> SRR816541 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1318503 1 0.4939 0.867 0.892 0.108
#> SRR1341626 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR821231 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1468787 1 0.9710 0.344 0.600 0.400
#> SRR1347959 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR665405 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR657077 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1353461 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1466321 1 0.9710 0.343 0.600 0.400
#> SRR1073021 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1445939 1 0.0376 0.963 0.996 0.004
#> SRR1453047 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.6048 0.820 0.852 0.148
#> SRR1093434 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.9866 0.230 0.432 0.568
#> SRR1322730 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.7219 0.753 0.800 0.200
#> SRR1328738 1 0.7299 0.743 0.796 0.204
#> SRR1311752 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1361692 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR2166214 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1330901 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.9686 0.338 0.396 0.604
#> SRR1468931 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.9710 0.355 0.600 0.400
#> SRR1069352 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1319118 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.7219 0.753 0.800 0.200
#> SRR1397762 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.7219 0.753 0.800 0.200
#> SRR1397744 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.1633 0.946 0.976 0.024
#> SRR1404507 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR812745 1 0.8081 0.679 0.752 0.248
#> SRR1417524 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.0376 0.963 0.996 0.004
#> SRR1436187 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR1095407 1 0.8207 0.661 0.744 0.256
#> SRR1359694 2 0.7602 0.706 0.220 0.780
#> SRR656982 2 0.0672 0.971 0.008 0.992
#> SRR1354338 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1088291 1 0.7056 0.760 0.808 0.192
#> SRR1080624 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1360766 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1464724 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1418302 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1073991 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.8016 0.682 0.756 0.244
#> SRR1075336 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR658719 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1475128 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1481146 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1465674 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1327303 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1390391 2 0.7745 0.692 0.228 0.772
#> SRR1326020 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1377492 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1334314 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074385 3 0.1031 0.9236 0.024 0.000 0.976
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 1 0.3941 0.9125 0.844 0.000 0.156
#> SRR2167209 1 0.3619 0.9104 0.864 0.000 0.136
#> SRR816541 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR663645 2 0.3784 0.9210 0.132 0.864 0.004
#> SRR1381505 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1416362 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1318503 1 0.3551 0.8501 0.868 0.132 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082080 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1455783 3 0.6126 0.1784 0.400 0.000 0.600
#> SRR1447760 1 0.3941 0.8368 0.844 0.156 0.000
#> SRR1487784 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1331037 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1095651 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078066 1 0.4002 0.9112 0.840 0.000 0.160
#> SRR1120363 1 0.3619 0.9154 0.864 0.000 0.136
#> SRR821231 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374373 2 0.1031 0.9254 0.024 0.976 0.000
#> SRR1324519 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1431121 1 0.3941 0.9125 0.844 0.000 0.156
#> SRR1091032 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1365575 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1072972 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.1753 0.9052 0.048 0.000 0.952
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 1 0.3619 0.9154 0.864 0.000 0.136
#> SRR1072007 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1468787 1 0.6318 0.8542 0.760 0.068 0.172
#> SRR1347959 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1338513 3 0.3784 0.8131 0.132 0.004 0.864
#> SRR812598 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.4418 0.8474 0.848 0.132 0.020
#> SRR1394275 1 0.4235 0.8965 0.824 0.000 0.176
#> SRR1443633 1 0.4178 0.9034 0.828 0.000 0.172
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR665405 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR657077 2 0.0747 0.9375 0.016 0.984 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1089688 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.3551 0.8501 0.868 0.132 0.000
#> SRR1073021 1 0.4002 0.9112 0.840 0.000 0.160
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.3619 0.9154 0.864 0.000 0.136
#> SRR1464226 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1398863 3 0.1031 0.9236 0.024 0.000 0.976
#> SRR1455631 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1307808 1 0.3619 0.8480 0.864 0.136 0.000
#> SRR1374585 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1072104 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1076868 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1335984 2 0.2297 0.9035 0.020 0.944 0.036
#> SRR1445939 1 0.5028 0.8445 0.828 0.132 0.040
#> SRR1453047 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 1 0.3686 0.9150 0.860 0.000 0.140
#> SRR1092937 3 0.1399 0.9199 0.028 0.004 0.968
#> SRR1074090 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1099833 3 0.3784 0.8131 0.132 0.004 0.864
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.4399 0.8943 0.812 0.000 0.188
#> SRR1480347 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1440787 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1430202 1 0.3965 0.8498 0.860 0.132 0.008
#> SRR1322730 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.4178 0.8989 0.828 0.000 0.172
#> SRR1388064 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1093577 3 0.6280 -0.0319 0.460 0.000 0.540
#> SRR1414161 1 0.4235 0.8152 0.824 0.176 0.000
#> SRR1328738 1 0.3619 0.9154 0.864 0.000 0.136
#> SRR1311752 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166748 1 0.3941 0.9125 0.844 0.000 0.156
#> SRR821666 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1100800 1 0.4062 0.9104 0.836 0.000 0.164
#> SRR1075174 3 0.1031 0.9236 0.024 0.000 0.976
#> SRR1434436 1 0.3551 0.8501 0.868 0.132 0.000
#> SRR1389409 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1085310 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376718 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR808590 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1084128 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1361692 1 0.3896 0.9144 0.864 0.008 0.128
#> SRR1431493 3 0.1753 0.9052 0.048 0.000 0.952
#> SRR1409084 1 0.3619 0.9154 0.864 0.000 0.136
#> SRR2166214 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1324102 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1079754 2 0.3412 0.9245 0.124 0.876 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1330901 1 0.3686 0.8455 0.860 0.140 0.000
#> SRR1073167 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1357541 1 0.4002 0.9112 0.840 0.000 0.160
#> SRR811607 1 0.3551 0.8501 0.868 0.132 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 2 0.0592 0.9322 0.012 0.988 0.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457682 1 0.3619 0.9154 0.864 0.000 0.136
#> SRR1454289 1 0.4062 0.8263 0.836 0.164 0.000
#> SRR1069352 3 0.1411 0.9135 0.036 0.000 0.964
#> SRR1472728 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1091144 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1319118 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403611 3 0.4551 0.7954 0.132 0.024 0.844
#> SRR1397762 3 0.0892 0.9257 0.020 0.000 0.980
#> SRR1317387 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1097777 1 0.4750 0.8679 0.784 0.000 0.216
#> SRR1365743 3 0.0892 0.9257 0.020 0.000 0.980
#> SRR1458992 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089537 3 0.5136 0.7779 0.132 0.044 0.824
#> SRR1397744 1 0.3619 0.9154 0.864 0.000 0.136
#> SRR1453893 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1098543 1 0.3686 0.9150 0.860 0.000 0.140
#> SRR1321765 1 0.4002 0.9112 0.840 0.000 0.160
#> SRR1440032 3 0.3551 0.8171 0.132 0.000 0.868
#> SRR1404507 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1404856 1 0.1129 0.8185 0.976 0.004 0.020
#> SRR812745 3 0.4811 0.7636 0.024 0.148 0.828
#> SRR1417524 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407334 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1453991 1 0.3619 0.9154 0.864 0.000 0.136
#> SRR1415938 1 0.4452 0.8855 0.808 0.000 0.192
#> SRR1081259 1 0.7772 0.6948 0.672 0.132 0.196
#> SRR1436187 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 2 0.3116 0.8667 0.000 0.892 0.108
#> SRR1095407 1 0.4002 0.9112 0.840 0.000 0.160
#> SRR1359694 1 0.3551 0.8501 0.868 0.132 0.000
#> SRR656982 2 0.4915 0.9004 0.132 0.832 0.036
#> SRR1354338 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1088291 1 0.3941 0.9125 0.844 0.000 0.156
#> SRR1080624 1 0.3619 0.9154 0.864 0.000 0.136
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.3619 0.9154 0.864 0.000 0.136
#> SRR1429912 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1421048 1 0.3551 0.8501 0.868 0.132 0.000
#> SRR1434999 3 0.5465 0.5273 0.288 0.000 0.712
#> SRR656457 3 0.5465 0.5273 0.288 0.000 0.712
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1360766 3 0.1964 0.8912 0.056 0.000 0.944
#> SRR1464724 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1101542 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1401528 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 1 0.4178 0.8989 0.828 0.000 0.172
#> SRR1358645 2 0.0592 0.9330 0.012 0.988 0.000
#> SRR819771 3 0.1411 0.9135 0.036 0.000 0.964
#> SRR1418433 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR821050 1 0.3941 0.9125 0.844 0.000 0.156
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452556 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1340047 2 0.1031 0.9254 0.024 0.976 0.000
#> SRR1418302 2 0.3038 0.9275 0.104 0.896 0.000
#> SRR1073991 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085187 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1357618 3 0.1411 0.9135 0.036 0.000 0.964
#> SRR1487764 3 0.3038 0.8301 0.000 0.104 0.896
#> SRR1075336 1 0.3816 0.9127 0.852 0.000 0.148
#> SRR1365471 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1414613 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR658719 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1481146 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1465674 1 0.4002 0.9112 0.840 0.000 0.160
#> SRR1327303 2 0.0000 0.9377 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390391 2 0.4654 0.7097 0.000 0.792 0.208
#> SRR1326020 2 0.4677 0.9064 0.132 0.840 0.028
#> SRR1381953 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082544 2 0.2537 0.9313 0.080 0.920 0.000
#> SRR810761 1 0.4002 0.9112 0.840 0.000 0.160
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9372 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 2 0.0237 0.9372 0.004 0.996 0.000
#> SRR1416773 1 0.4002 0.9112 0.840 0.000 0.160
#> SRR1377492 2 0.3551 0.9230 0.132 0.868 0.000
#> SRR1334314 1 0.3918 0.8580 0.868 0.120 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.0707 0.88164 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1074385 3 0.6137 0.07159 0.448 0.000 0.504 0.048
#> SRR1374739 3 0.0336 0.88521 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1097883 1 0.4144 0.60846 0.828 0.000 0.068 0.104
#> SRR2167209 4 0.6163 0.58395 0.364 0.000 0.060 0.576
#> SRR816541 2 0.0592 0.79883 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR663645 2 0.5683 0.68004 0.024 0.596 0.004 0.376
#> SRR1381505 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1416362 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 1 0.3037 0.65911 0.880 0.020 0.000 0.100
#> SRR1341626 2 0.1637 0.79763 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1382440 3 0.0336 0.88521 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1088413 3 0.0336 0.88521 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.4663 0.59175 0.716 0.000 0.272 0.012
#> SRR1447760 4 0.6462 0.53445 0.332 0.088 0.000 0.580
#> SRR1487784 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078066 4 0.6350 0.57998 0.364 0.000 0.072 0.564
#> SRR1120363 1 0.1706 0.70801 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR821231 3 0.1211 0.87642 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1374373 2 0.1545 0.76610 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1324519 2 0.0336 0.79846 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1431121 1 0.1042 0.72328 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1091032 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1072972 3 0.1792 0.86056 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1310690 2 0.1557 0.79804 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1383037 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095479 3 0.3528 0.76571 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1070403 3 0.0336 0.88521 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1390203 1 0.1820 0.73006 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1072007 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1468787 4 0.6369 0.58290 0.352 0.000 0.076 0.572
#> SRR1347959 2 0.0188 0.79560 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1338513 3 0.3123 0.76142 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR812598 2 0.1637 0.79751 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1446806 1 0.5603 0.64201 0.736 0.180 0.012 0.072
#> SRR1394275 1 0.4798 0.66096 0.768 0.000 0.180 0.052
#> SRR1443633 1 0.4791 0.55837 0.784 0.000 0.080 0.136
#> SRR1087728 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.3024 0.77796 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1093340 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665405 4 0.5099 -0.29845 0.000 0.380 0.008 0.612
#> SRR657077 2 0.1118 0.79740 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR813208 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1353461 3 0.0707 0.87983 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1466321 1 0.2805 0.66201 0.888 0.012 0.000 0.100
#> SRR1073021 4 0.6426 0.55241 0.392 0.000 0.072 0.536
#> SRR1322816 2 0.0592 0.79883 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1457727 1 0.2480 0.72795 0.904 0.000 0.088 0.008
#> SRR1464226 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1398863 3 0.4959 0.70275 0.196 0.000 0.752 0.052
#> SRR1455631 4 0.4253 0.19819 0.000 0.208 0.016 0.776
#> SRR1307808 1 0.6446 0.46146 0.584 0.328 0.000 0.088
#> SRR1374585 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1072104 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1076868 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.2911 0.75875 0.016 0.900 0.012 0.072
#> SRR1445939 1 0.5915 0.66676 0.752 0.116 0.080 0.052
#> SRR1453047 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.1022 0.87674 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1084323 1 0.3587 0.71499 0.860 0.000 0.088 0.052
#> SRR1092937 3 0.4123 0.77271 0.136 0.000 0.820 0.044
#> SRR1074090 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.3444 0.72990 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1093434 3 0.0336 0.88521 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1435857 1 0.3852 0.67506 0.800 0.000 0.192 0.008
#> SRR1480347 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1430202 1 0.5683 0.63431 0.728 0.188 0.012 0.072
#> SRR1322730 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR811029 2 0.1716 0.79699 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1390456 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.4959 0.64604 0.752 0.000 0.196 0.052
#> SRR1388064 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1093577 1 0.7246 -0.04679 0.448 0.000 0.408 0.144
#> SRR1414161 1 0.5404 0.58347 0.700 0.248 0.000 0.052
#> SRR1328738 4 0.5212 0.52295 0.420 0.000 0.008 0.572
#> SRR1311752 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0707 0.79907 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1403412 2 0.1004 0.79818 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR2166748 1 0.1004 0.72532 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR821666 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1330746 3 0.0336 0.88521 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1327872 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1100800 1 0.3324 0.70372 0.852 0.000 0.136 0.012
#> SRR1075174 3 0.4959 0.69872 0.196 0.000 0.752 0.052
#> SRR1434436 1 0.5369 0.64723 0.748 0.176 0.008 0.068
#> SRR1389409 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1085310 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR808590 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1084128 2 0.0188 0.79560 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1361692 4 0.5296 0.39044 0.496 0.000 0.008 0.496
#> SRR1431493 3 0.3266 0.74532 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1409084 1 0.0469 0.72704 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2166214 4 0.4817 -0.31484 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1324102 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.4222 0.74249 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1442127 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1330901 1 0.5767 0.54404 0.660 0.280 0.000 0.060
#> SRR1073167 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.4673 0.56445 0.792 0.000 0.076 0.132
#> SRR811607 1 0.2670 0.68549 0.904 0.024 0.000 0.072
#> SRR1468931 3 0.0336 0.88521 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1474908 2 0.2048 0.77400 0.008 0.928 0.000 0.064
#> SRR1309875 2 0.1716 0.79699 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR598792 3 0.0336 0.88521 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.0804 0.72161 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1454289 1 0.4353 0.61465 0.756 0.232 0.000 0.012
#> SRR1069352 3 0.4204 0.70160 0.192 0.000 0.788 0.020
#> SRR1472728 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.4817 0.69425 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1319118 3 0.2216 0.83742 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1403611 3 0.3569 0.71550 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1397762 3 0.1902 0.85492 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1317387 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.4567 0.61012 0.716 0.000 0.276 0.008
#> SRR1365743 3 0.3071 0.83020 0.068 0.000 0.888 0.044
#> SRR1458992 2 0.0707 0.79907 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1089537 4 0.3583 0.41677 0.000 0.004 0.180 0.816
#> SRR1397744 1 0.0336 0.72533 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1453893 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1098543 1 0.0592 0.72983 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1321765 4 0.6407 0.56237 0.384 0.000 0.072 0.544
#> SRR1440032 3 0.3569 0.71550 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1404507 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1404856 4 0.5271 0.57633 0.340 0.000 0.020 0.640
#> SRR812745 3 0.6316 0.65456 0.072 0.160 0.716 0.052
#> SRR1417524 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1453991 1 0.2124 0.69285 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1415938 1 0.4391 0.62607 0.740 0.000 0.252 0.008
#> SRR1081259 1 0.5764 0.65042 0.744 0.164 0.040 0.052
#> SRR1436187 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1431948 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.5154 0.66804 0.012 0.776 0.140 0.072
#> SRR1095407 4 0.6163 0.58395 0.364 0.000 0.060 0.576
#> SRR1359694 1 0.5845 0.55883 0.672 0.252 0.000 0.076
#> SRR656982 4 0.3401 0.32948 0.000 0.152 0.008 0.840
#> SRR1354338 2 0.5250 0.00831 0.008 0.552 0.000 0.440
#> SRR1088291 4 0.5977 0.56071 0.388 0.004 0.036 0.572
#> SRR1080624 1 0.1059 0.71959 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR2166708 3 0.1302 0.87061 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1393572 1 0.0336 0.72533 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1429912 2 0.0336 0.79341 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1421048 4 0.6417 0.50588 0.388 0.072 0.000 0.540
#> SRR1434999 4 0.7348 0.48501 0.240 0.000 0.232 0.528
#> SRR656457 4 0.7390 0.48179 0.252 0.000 0.228 0.520
#> SRR1098928 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 3 0.5416 0.55444 0.260 0.000 0.692 0.048
#> SRR1464724 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1101542 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1401528 3 0.0469 0.88171 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1071519 3 0.0336 0.88521 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1086070 1 0.4959 0.64604 0.752 0.000 0.196 0.052
#> SRR1358645 2 0.1284 0.77462 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR819771 3 0.3219 0.74065 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1418433 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR821050 1 0.2300 0.69381 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1402091 2 0.0592 0.79883 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1322028 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1340047 2 0.2060 0.75297 0.016 0.932 0.000 0.052
#> SRR1418302 2 0.3726 0.76121 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1073991 3 0.4941 0.11241 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1085187 2 0.4804 0.69834 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1357618 3 0.5535 0.59455 0.192 0.000 0.720 0.088
#> SRR1487764 3 0.4998 0.09071 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1075336 1 0.3056 0.72477 0.888 0.000 0.072 0.040
#> SRR1365471 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658719 2 0.1661 0.78044 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR1475128 3 0.0336 0.88521 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1367630 2 0.4776 0.70559 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1481146 4 0.3975 0.12386 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1465674 4 0.6324 0.58398 0.356 0.000 0.072 0.572
#> SRR1327303 2 0.2048 0.76976 0.008 0.928 0.000 0.064
#> SRR1390391 2 0.6400 -0.11871 0.408 0.524 0.000 0.068
#> SRR1326020 2 0.5349 0.71293 0.008 0.644 0.012 0.336
#> SRR1381953 3 0.0336 0.88261 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1082544 2 0.4222 0.73743 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR810761 1 0.4740 0.56060 0.788 0.000 0.080 0.132
#> SRR1070764 3 0.0188 0.88406 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.88493 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.79763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 4 0.6277 0.58394 0.360 0.000 0.068 0.572
#> SRR1377492 2 0.4790 0.70182 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1334314 1 0.4976 0.34541 0.716 0.020 0.004 0.260
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.0898 0.876358 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR1074385 1 0.2806 0.592732 0.844 0.000 0.152 0.000 0.004
#> SRR1374739 3 0.0798 0.877391 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> SRR1097883 5 0.4827 -0.067127 0.476 0.000 0.020 0.000 0.504
#> SRR2167209 5 0.0162 0.736702 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR816541 2 0.3636 0.682324 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR663645 4 0.1461 0.838673 0.028 0.016 0.004 0.952 0.000
#> SRR1381505 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1416362 2 0.0963 0.812375 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1318503 5 0.5843 0.116958 0.388 0.100 0.000 0.000 0.512
#> SRR1341626 2 0.4074 0.532062 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1382440 3 0.0912 0.876417 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR1088413 3 0.0807 0.877274 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012
#> SRR1082080 2 0.2074 0.823940 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1455783 1 0.1549 0.693861 0.944 0.000 0.040 0.000 0.016
#> SRR1447760 5 0.1597 0.707873 0.000 0.048 0.000 0.012 0.940
#> SRR1487784 2 0.0963 0.812375 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1331037 2 0.0963 0.813122 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1095651 3 0.0162 0.878358 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1078066 5 0.1012 0.731818 0.012 0.000 0.020 0.000 0.968
#> SRR1120363 1 0.4446 0.355545 0.592 0.008 0.000 0.000 0.400
#> SRR821231 3 0.1830 0.856863 0.068 0.000 0.924 0.000 0.008
#> SRR1374373 2 0.3704 0.785339 0.092 0.820 0.000 0.088 0.000
#> SRR1324519 2 0.2471 0.808012 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1431121 1 0.4252 0.556648 0.700 0.000 0.020 0.000 0.280
#> SRR1091032 2 0.2074 0.823940 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1365575 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1072972 3 0.1894 0.854278 0.072 0.000 0.920 0.000 0.008
#> SRR1310690 2 0.4150 0.483956 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1383037 3 0.0162 0.878358 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1095479 3 0.4836 0.643267 0.188 0.000 0.716 0.000 0.096
#> SRR1070403 3 0.0798 0.877391 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> SRR1390203 1 0.0865 0.693456 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1072007 4 0.1544 0.900422 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1468787 5 0.1202 0.730033 0.004 0.000 0.032 0.004 0.960
#> SRR1347959 2 0.0290 0.799445 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1338513 3 0.2127 0.811371 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR812598 2 0.4227 0.401621 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1446806 1 0.2844 0.635825 0.880 0.088 0.000 0.020 0.012
#> SRR1394275 1 0.0451 0.691491 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1443633 5 0.6072 0.071625 0.392 0.000 0.124 0.000 0.484
#> SRR1087728 3 0.0000 0.878595 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098192 4 0.3913 0.499016 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1093340 2 0.2074 0.823940 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR665405 4 0.1608 0.816144 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR657077 2 0.1341 0.808426 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR813208 3 0.0162 0.878358 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1416074 2 0.1965 0.826190 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1089688 4 0.0290 0.870707 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1353461 3 0.0703 0.873306 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1466321 5 0.6032 0.076741 0.388 0.120 0.000 0.000 0.492
#> SRR1073021 5 0.1399 0.728408 0.028 0.000 0.020 0.000 0.952
#> SRR1322816 2 0.2773 0.790155 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1457727 1 0.4268 0.642004 0.772 0.000 0.084 0.000 0.144
#> SRR1464226 4 0.1410 0.898836 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1398863 1 0.3999 0.275263 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1455631 4 0.4380 0.588506 0.000 0.020 0.008 0.716 0.256
#> SRR1307808 2 0.3269 0.676377 0.096 0.848 0.000 0.000 0.056
#> SRR1374585 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1072104 4 0.1410 0.898836 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1076868 2 0.1965 0.826190 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1335984 2 0.6627 0.417121 0.244 0.448 0.000 0.308 0.000
#> SRR1445939 1 0.0000 0.691024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.1908 0.825845 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1339788 3 0.1408 0.866075 0.044 0.000 0.948 0.000 0.008
#> SRR1084323 1 0.0579 0.690809 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092937 3 0.4884 0.408415 0.404 0.020 0.572 0.004 0.000
#> SRR1074090 2 0.1965 0.826190 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1099833 3 0.2852 0.751044 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1093434 3 0.0671 0.878202 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1435857 1 0.4872 0.605066 0.720 0.000 0.160 0.000 0.120
#> SRR1480347 2 0.2127 0.823258 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1440787 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1430202 1 0.2747 0.638660 0.884 0.088 0.000 0.016 0.012
#> SRR1322730 4 0.1341 0.899604 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR811029 4 0.4450 -0.166385 0.004 0.488 0.000 0.508 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.878595 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0324 0.690299 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388064 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1093577 5 0.5313 0.279108 0.048 0.000 0.376 0.004 0.572
#> SRR1414161 1 0.0703 0.687019 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 5 0.0290 0.734920 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1311752 2 0.1965 0.826190 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1445960 2 0.3949 0.648105 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1403412 2 0.5302 0.545260 0.064 0.592 0.000 0.344 0.000
#> SRR2166748 1 0.4434 0.610969 0.736 0.000 0.056 0.000 0.208
#> SRR821666 4 0.1851 0.881669 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1330746 3 0.0566 0.878692 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1327872 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1100800 1 0.4599 0.618501 0.744 0.000 0.156 0.000 0.100
#> SRR1075174 1 0.4654 0.261769 0.632 0.008 0.348 0.012 0.000
#> SRR1434436 1 0.2006 0.659608 0.916 0.072 0.000 0.000 0.012
#> SRR1389409 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1085310 3 0.0162 0.878358 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1376718 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR808590 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1084128 2 0.0404 0.801803 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1361692 5 0.2813 0.677120 0.084 0.040 0.000 0.000 0.876
#> SRR1431493 3 0.3550 0.730140 0.020 0.000 0.796 0.000 0.184
#> SRR1409084 1 0.4017 0.599003 0.736 0.012 0.004 0.000 0.248
#> SRR2166214 4 0.1768 0.819973 0.000 0.004 0.000 0.924 0.072
#> SRR1324102 2 0.2074 0.823940 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1079754 4 0.3424 0.671384 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1442127 3 0.0324 0.878861 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1076244 4 0.1043 0.892618 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1330901 2 0.4950 0.199174 0.348 0.612 0.000 0.000 0.040
#> SRR1073167 2 0.2179 0.822110 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1357541 5 0.4815 -0.000645 0.456 0.000 0.020 0.000 0.524
#> SRR811607 1 0.6665 0.184275 0.436 0.252 0.000 0.000 0.312
#> SRR1468931 3 0.0798 0.877391 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> SRR1474908 2 0.6365 0.484831 0.228 0.520 0.000 0.252 0.000
#> SRR1309875 2 0.4268 0.334533 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR598792 3 0.0671 0.878202 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1088537 2 0.2074 0.823940 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1457682 1 0.4016 0.576720 0.716 0.012 0.000 0.000 0.272
#> SRR1454289 1 0.4681 0.505588 0.696 0.252 0.000 0.000 0.052
#> SRR1069352 3 0.3409 0.760614 0.024 0.000 0.816 0.000 0.160
#> SRR1472728 2 0.1043 0.813776 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1091144 4 0.1341 0.897148 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1319118 3 0.4109 0.528015 0.288 0.000 0.700 0.000 0.012
#> SRR1403611 3 0.3074 0.725536 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1397762 3 0.3231 0.742607 0.196 0.000 0.800 0.004 0.000
#> SRR1317387 3 0.0162 0.878358 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1376426 2 0.1965 0.826190 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1097777 1 0.3909 0.600831 0.760 0.000 0.216 0.000 0.024
#> SRR1365743 3 0.3480 0.687387 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.3814 0.678950 0.004 0.720 0.000 0.276 0.000
#> SRR1089537 5 0.6629 0.206187 0.000 0.000 0.232 0.332 0.436
#> SRR1397744 1 0.3534 0.597489 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1453893 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1098543 1 0.3274 0.627758 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1321765 5 0.1216 0.730897 0.020 0.000 0.020 0.000 0.960
#> SRR1440032 3 0.3109 0.723171 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1404507 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1404856 5 0.0162 0.736702 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR812745 3 0.4846 0.555880 0.324 0.020 0.644 0.012 0.000
#> SRR1417524 3 0.0000 0.878595 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407334 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1453991 1 0.4497 0.305076 0.568 0.008 0.000 0.000 0.424
#> SRR1415938 1 0.3910 0.616740 0.772 0.000 0.196 0.000 0.032
#> SRR1081259 1 0.0162 0.691032 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436187 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.878595 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.6958 0.418700 0.244 0.468 0.016 0.272 0.000
#> SRR1095407 5 0.0162 0.736702 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1359694 2 0.6142 -0.134508 0.396 0.472 0.000 0.000 0.132
#> SRR656982 4 0.3534 0.594011 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1354338 2 0.5180 0.508770 0.000 0.624 0.000 0.064 0.312
#> SRR1088291 5 0.0324 0.735687 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR1080624 1 0.4109 0.554218 0.700 0.012 0.000 0.000 0.288
#> SRR2166708 3 0.2612 0.793517 0.124 0.000 0.868 0.000 0.008
#> SRR1393572 1 0.3890 0.596928 0.736 0.012 0.000 0.000 0.252
#> SRR1429912 2 0.1671 0.823288 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1421048 5 0.3400 0.652324 0.036 0.136 0.000 0.000 0.828
#> SRR1434999 5 0.2249 0.685595 0.008 0.000 0.096 0.000 0.896
#> SRR656457 5 0.2358 0.678328 0.008 0.000 0.104 0.000 0.888
#> SRR1098928 3 0.0162 0.878358 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1343967 2 0.1965 0.826190 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1360766 3 0.6462 0.221214 0.356 0.052 0.536 0.048 0.008
#> SRR1464724 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1101542 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1401528 3 0.0609 0.872377 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.0798 0.877391 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> SRR1086070 1 0.0162 0.690906 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.0451 0.797097 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR819771 3 0.2818 0.793536 0.012 0.000 0.856 0.000 0.132
#> SRR1418433 4 0.1043 0.892618 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR821050 1 0.4997 0.319022 0.568 0.008 0.020 0.000 0.404
#> SRR1402091 2 0.3274 0.742878 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1322028 2 0.1908 0.825845 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1452556 4 0.1478 0.901863 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1340047 2 0.4840 0.581344 0.248 0.688 0.000 0.064 0.000
#> SRR1418302 4 0.3480 0.612327 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1073991 1 0.4861 0.290636 0.548 0.000 0.428 0.000 0.024
#> SRR1085187 4 0.1410 0.900974 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1357618 3 0.4339 0.482423 0.012 0.000 0.652 0.000 0.336
#> SRR1487764 3 0.6491 0.154872 0.000 0.000 0.464 0.336 0.200
#> SRR1075336 1 0.2136 0.688745 0.904 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR1365471 2 0.2074 0.823940 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1414613 2 0.0963 0.812375 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR658719 2 0.3930 0.758900 0.056 0.792 0.000 0.152 0.000
#> SRR1475128 3 0.0566 0.878692 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1367630 4 0.1410 0.898836 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1481146 4 0.3343 0.738376 0.000 0.016 0.000 0.812 0.172
#> SRR1465674 5 0.0162 0.736702 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1327303 2 0.5725 0.605020 0.204 0.624 0.000 0.172 0.000
#> SRR1390391 1 0.5588 -0.047360 0.500 0.436 0.004 0.060 0.000
#> SRR1326020 4 0.3484 0.736630 0.144 0.028 0.004 0.824 0.000
#> SRR1381953 3 0.1644 0.855162 0.004 0.008 0.940 0.048 0.000
#> SRR1082544 4 0.4182 0.367362 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR810761 5 0.4894 -0.006646 0.456 0.000 0.024 0.000 0.520
#> SRR1070764 3 0.0000 0.878595 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.878595 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.1965 0.826190 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1416773 5 0.0162 0.736702 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1377492 4 0.0162 0.868743 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1334314 5 0.5554 0.405980 0.264 0.100 0.000 0.004 0.632
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.1957 0.75690 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.5202 0.49484 0.600 0.000 0.140 0.000 0.000 0.260
#> SRR1374739 3 0.1556 0.76574 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.4488 0.56981 0.708 0.000 0.128 0.000 0.164 0.000
#> SRR2167209 5 0.0146 0.78713 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR816541 2 0.2597 0.70139 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR663645 4 0.2454 0.80140 0.016 0.000 0.000 0.876 0.004 0.104
#> SRR1381505 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0603 0.82922 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1318503 1 0.6560 0.22637 0.456 0.092 0.000 0.000 0.352 0.100
#> SRR1341626 2 0.3659 0.41997 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.1910 0.75755 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 3 0.1556 0.76618 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0790 0.84491 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.2794 0.67702 0.860 0.000 0.080 0.000 0.000 0.060
#> SRR1447760 5 0.1478 0.76202 0.020 0.032 0.000 0.000 0.944 0.004
#> SRR1487784 2 0.0603 0.82922 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1331037 2 0.1124 0.82199 0.000 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1095651 3 0.2302 0.75856 0.008 0.000 0.872 0.000 0.000 0.120
#> SRR1078066 5 0.3168 0.72858 0.116 0.000 0.056 0.000 0.828 0.000
#> SRR1120363 1 0.3158 0.66520 0.812 0.004 0.000 0.000 0.164 0.020
#> SRR821231 3 0.3584 0.57560 0.308 0.000 0.688 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374373 2 0.3838 0.56742 0.008 0.732 0.000 0.020 0.000 0.240
#> SRR1324519 2 0.1075 0.83501 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.2822 0.68397 0.868 0.000 0.056 0.000 0.068 0.008
#> SRR1091032 2 0.0935 0.84468 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1365575 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.3528 0.59784 0.296 0.000 0.700 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310690 2 0.4469 0.06196 0.000 0.504 0.000 0.468 0.000 0.028
#> SRR1383037 3 0.2092 0.75990 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1095479 3 0.3991 0.19945 0.472 0.000 0.524 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070403 3 0.1910 0.75755 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.2859 0.64735 0.828 0.000 0.000 0.000 0.016 0.156
#> SRR1072007 4 0.1155 0.90009 0.004 0.036 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1468787 5 0.2309 0.76151 0.084 0.000 0.028 0.000 0.888 0.000
#> SRR1347959 2 0.0891 0.81074 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1338513 3 0.3956 0.71254 0.016 0.000 0.788 0.056 0.004 0.136
#> SRR812598 2 0.3868 0.00419 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1446806 6 0.3674 0.34713 0.268 0.016 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1394275 1 0.3509 0.59431 0.744 0.000 0.016 0.000 0.000 0.240
#> SRR1443633 1 0.5522 0.30725 0.536 0.000 0.160 0.000 0.304 0.000
#> SRR1087728 3 0.1141 0.77108 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1098192 4 0.3244 0.62595 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0790 0.84491 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR665405 4 0.1858 0.84901 0.016 0.000 0.004 0.932 0.024 0.024
#> SRR657077 2 0.2443 0.75378 0.004 0.880 0.000 0.020 0.000 0.096
#> SRR813208 3 0.2048 0.76156 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1416074 2 0.0790 0.84491 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.1457 0.88131 0.004 0.016 0.000 0.948 0.004 0.028
#> SRR1353461 3 0.2446 0.75742 0.012 0.000 0.864 0.000 0.000 0.124
#> SRR1466321 1 0.6362 0.27122 0.484 0.080 0.000 0.000 0.344 0.092
#> SRR1073021 5 0.3563 0.70456 0.132 0.000 0.072 0.000 0.796 0.000
#> SRR1322816 2 0.1411 0.82374 0.000 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR1457727 1 0.1594 0.68713 0.932 0.000 0.052 0.000 0.000 0.016
#> SRR1464226 4 0.0692 0.87711 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1398863 6 0.5993 -0.11854 0.376 0.000 0.232 0.000 0.000 0.392
#> SRR1455631 4 0.4025 0.71483 0.008 0.004 0.012 0.796 0.116 0.064
#> SRR1307808 2 0.3779 0.66930 0.076 0.812 0.000 0.000 0.080 0.032
#> SRR1374585 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1072104 4 0.0964 0.87272 0.012 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR1076868 2 0.0632 0.84330 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1335984 6 0.4136 0.61365 0.000 0.192 0.000 0.076 0.000 0.732
#> SRR1445939 1 0.3756 0.39495 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1453047 2 0.0713 0.84453 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.2631 0.71484 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.3329 0.62162 0.768 0.008 0.000 0.000 0.004 0.220
#> SRR1092937 6 0.5958 -0.14560 0.168 0.008 0.388 0.000 0.000 0.436
#> SRR1074090 2 0.0790 0.84491 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.4772 0.65534 0.016 0.000 0.720 0.124 0.004 0.136
#> SRR1093434 3 0.1204 0.76972 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.3321 0.62616 0.796 0.000 0.180 0.000 0.016 0.008
#> SRR1480347 2 0.0790 0.84491 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1430202 6 0.3819 0.33328 0.280 0.020 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1322730 4 0.0458 0.89474 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR811029 4 0.5982 -0.00134 0.000 0.248 0.000 0.436 0.000 0.316
#> SRR1390456 3 0.2003 0.76239 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1381140 1 0.3737 0.41365 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1388064 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1093577 3 0.6765 -0.05505 0.232 0.000 0.364 0.000 0.360 0.044
#> SRR1414161 1 0.4255 0.41709 0.600 0.016 0.004 0.000 0.000 0.380
#> SRR1328738 5 0.0935 0.77369 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1311752 2 0.0713 0.84453 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.5565 0.06755 0.000 0.508 0.000 0.152 0.000 0.340
#> SRR1403412 6 0.5870 0.37335 0.000 0.276 0.000 0.244 0.000 0.480
#> SRR2166748 1 0.2445 0.68598 0.892 0.000 0.060 0.000 0.040 0.008
#> SRR821666 4 0.1141 0.89081 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.1219 0.77154 0.048 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327872 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.3385 0.64006 0.808 0.000 0.156 0.000 0.016 0.020
#> SRR1075174 6 0.3746 0.41181 0.192 0.000 0.048 0.000 0.000 0.760
#> SRR1434436 1 0.4553 0.45228 0.580 0.032 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR1389409 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.2740 0.76753 0.028 0.000 0.852 0.000 0.000 0.120
#> SRR1376718 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0777 0.81589 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1361692 5 0.4363 0.58986 0.140 0.020 0.000 0.000 0.752 0.088
#> SRR1431493 3 0.4447 0.64176 0.196 0.000 0.704 0.000 0.100 0.000
#> SRR1409084 1 0.2786 0.68571 0.876 0.008 0.004 0.000 0.052 0.060
#> SRR2166214 4 0.1714 0.85297 0.016 0.000 0.000 0.936 0.024 0.024
#> SRR1324102 2 0.0935 0.84468 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1079754 4 0.2416 0.78323 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0632 0.77256 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076244 4 0.0547 0.89623 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1330901 2 0.5352 0.37993 0.264 0.628 0.000 0.000 0.056 0.052
#> SRR1073167 2 0.0865 0.84340 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.5034 0.47564 0.628 0.000 0.132 0.000 0.240 0.000
#> SRR811607 1 0.6668 0.37700 0.524 0.188 0.000 0.000 0.192 0.096
#> SRR1468931 3 0.1863 0.75899 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 6 0.4203 0.60163 0.000 0.216 0.000 0.068 0.000 0.716
#> SRR1309875 4 0.4348 0.23223 0.000 0.416 0.000 0.560 0.000 0.024
#> SRR598792 3 0.1910 0.75755 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0935 0.84468 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1457682 1 0.3492 0.66186 0.816 0.008 0.000 0.000 0.112 0.064
#> SRR1454289 1 0.5024 0.42870 0.648 0.268 0.000 0.000 0.040 0.044
#> SRR1069352 3 0.4046 0.67606 0.168 0.000 0.748 0.000 0.084 0.000
#> SRR1472728 2 0.0603 0.82922 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1091144 4 0.0964 0.87272 0.012 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR1319118 3 0.3899 0.40832 0.364 0.000 0.628 0.000 0.000 0.008
#> SRR1403611 3 0.4810 0.64801 0.016 0.000 0.716 0.136 0.004 0.128
#> SRR1397762 3 0.4202 0.66657 0.064 0.000 0.712 0.000 0.000 0.224
#> SRR1317387 3 0.2302 0.75856 0.008 0.000 0.872 0.000 0.000 0.120
#> SRR1376426 2 0.0790 0.84491 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.2623 0.65551 0.852 0.000 0.132 0.000 0.000 0.016
#> SRR1365743 3 0.4037 0.49109 0.012 0.000 0.608 0.000 0.000 0.380
#> SRR1458992 6 0.5389 0.17044 0.000 0.428 0.000 0.112 0.000 0.460
#> SRR1089537 5 0.7424 0.20931 0.016 0.000 0.252 0.292 0.368 0.072
#> SRR1397744 1 0.1340 0.69633 0.948 0.000 0.008 0.000 0.040 0.004
#> SRR1453893 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.1860 0.69336 0.928 0.004 0.004 0.000 0.036 0.028
#> SRR1321765 5 0.3370 0.71868 0.124 0.000 0.064 0.000 0.812 0.000
#> SRR1440032 3 0.5223 0.59932 0.016 0.000 0.668 0.172 0.004 0.140
#> SRR1404507 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1404856 5 0.0260 0.78822 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR812745 6 0.4052 0.31230 0.020 0.000 0.260 0.012 0.000 0.708
#> SRR1417524 3 0.2191 0.75959 0.004 0.000 0.876 0.000 0.000 0.120
#> SRR1407334 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.4409 0.55142 0.664 0.004 0.000 0.000 0.288 0.044
#> SRR1415938 1 0.2358 0.66649 0.876 0.000 0.108 0.000 0.000 0.016
#> SRR1081259 1 0.3810 0.35876 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1436187 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.2003 0.76195 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1453277 6 0.4037 0.61330 0.000 0.200 0.000 0.064 0.000 0.736
#> SRR1095407 5 0.0146 0.78713 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1359694 2 0.6718 0.10861 0.300 0.476 0.000 0.000 0.124 0.100
#> SRR656982 5 0.5696 0.09856 0.012 0.000 0.004 0.428 0.460 0.096
#> SRR1354338 2 0.6033 0.40646 0.016 0.576 0.000 0.080 0.284 0.044
#> SRR1088291 5 0.0767 0.78514 0.012 0.004 0.000 0.000 0.976 0.008
#> SRR1080624 1 0.2876 0.68543 0.860 0.004 0.000 0.000 0.080 0.056
#> SRR2166708 3 0.3175 0.62658 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.2922 0.68164 0.864 0.012 0.000 0.000 0.056 0.068
#> SRR1429912 2 0.0692 0.84055 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1421048 5 0.5685 0.50368 0.096 0.156 0.000 0.000 0.652 0.096
#> SRR1434999 5 0.4003 0.67550 0.116 0.000 0.124 0.000 0.760 0.000
#> SRR656457 5 0.4043 0.67082 0.116 0.000 0.128 0.000 0.756 0.000
#> SRR1098928 3 0.2048 0.76156 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1343967 2 0.0790 0.84491 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1360766 6 0.5519 0.10279 0.112 0.000 0.432 0.000 0.004 0.452
#> SRR1464724 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1101542 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.2191 0.75987 0.004 0.000 0.876 0.000 0.000 0.120
#> SRR1071519 3 0.1910 0.75755 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.3351 0.54584 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1358645 2 0.2356 0.75125 0.016 0.884 0.000 0.004 0.000 0.096
#> SRR819771 3 0.3675 0.71553 0.124 0.000 0.796 0.000 0.076 0.004
#> SRR1418433 4 0.0363 0.89311 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR821050 1 0.3673 0.63946 0.772 0.004 0.008 0.000 0.196 0.020
#> SRR1402091 2 0.3534 0.69531 0.000 0.800 0.000 0.124 0.000 0.076
#> SRR1322028 2 0.0713 0.84453 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0865 0.90167 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1340047 6 0.3789 0.51855 0.004 0.324 0.000 0.004 0.000 0.668
#> SRR1418302 4 0.3982 0.68005 0.000 0.200 0.000 0.740 0.000 0.060
#> SRR1073991 1 0.3634 0.50896 0.696 0.000 0.296 0.000 0.000 0.008
#> SRR1085187 4 0.1225 0.89707 0.000 0.036 0.000 0.952 0.012 0.000
#> SRR1357618 3 0.4792 0.56061 0.132 0.000 0.668 0.000 0.200 0.000
#> SRR1487764 3 0.6966 0.13465 0.016 0.000 0.416 0.376 0.088 0.104
#> SRR1075336 1 0.3997 0.64632 0.764 0.000 0.004 0.000 0.080 0.152
#> SRR1365471 2 0.0935 0.84468 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1414613 2 0.0692 0.82694 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR658719 6 0.4802 0.32286 0.000 0.404 0.000 0.056 0.000 0.540
#> SRR1475128 3 0.1075 0.77081 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 4 0.0964 0.87272 0.012 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR1481146 4 0.2151 0.82840 0.008 0.000 0.000 0.904 0.072 0.016
#> SRR1465674 5 0.0363 0.78842 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1327303 6 0.3789 0.57363 0.000 0.260 0.000 0.024 0.000 0.716
#> SRR1390391 6 0.4259 0.53570 0.128 0.104 0.000 0.012 0.000 0.756
#> SRR1326020 6 0.4754 0.12546 0.000 0.024 0.016 0.416 0.000 0.544
#> SRR1381953 3 0.3747 0.43190 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1082544 4 0.4482 0.30591 0.000 0.384 0.000 0.580 0.000 0.036
#> SRR810761 1 0.5036 0.48342 0.632 0.000 0.140 0.000 0.228 0.000
#> SRR1070764 3 0.2003 0.76195 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1415919 3 0.2003 0.76195 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1490404 2 0.0790 0.84491 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.0363 0.78842 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1377492 4 0.2182 0.85082 0.004 0.016 0.000 0.904 0.004 0.072
#> SRR1334314 1 0.6781 0.12768 0.416 0.088 0.000 0.008 0.388 0.100
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.532 0.768 0.900 0.4688 0.506 0.506
#> 3 3 0.868 0.892 0.957 0.2766 0.678 0.480
#> 4 4 0.789 0.855 0.939 0.0907 0.943 0.862
#> 5 5 0.799 0.843 0.934 0.1313 0.887 0.695
#> 6 6 0.788 0.594 0.827 0.0747 0.931 0.755
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR2167209 2 0.9922 0.2783 0.448 0.552
#> SRR816541 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.9833 0.2794 0.424 0.576
#> SRR1381505 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1318503 1 0.6973 0.7409 0.812 0.188
#> SRR1341626 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.7674 0.7027 0.224 0.776
#> SRR1487784 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.5629 0.7828 0.132 0.868
#> SRR1095651 1 0.0376 0.8949 0.996 0.004
#> SRR1078066 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR821231 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1374373 1 0.9427 0.4307 0.640 0.360
#> SRR1324519 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.9460 0.5026 0.364 0.636
#> SRR1468787 1 0.8909 0.5474 0.692 0.308
#> SRR1347959 2 0.0672 0.8481 0.008 0.992
#> SRR1338513 1 0.6343 0.7704 0.840 0.160
#> SRR812598 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.8813 0.5626 0.700 0.300
#> SRR1394275 1 0.2778 0.8726 0.952 0.048
#> SRR1443633 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.9427 0.5103 0.360 0.640
#> SRR1093340 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR665405 2 0.9710 0.4210 0.400 0.600
#> SRR657077 2 0.6531 0.7495 0.168 0.832
#> SRR813208 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.8763 0.6123 0.296 0.704
#> SRR1353461 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1466321 1 0.6801 0.7495 0.820 0.180
#> SRR1073021 1 0.6531 0.7641 0.832 0.168
#> SRR1322816 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.9427 0.5103 0.360 0.640
#> SRR1398863 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.9963 0.2217 0.464 0.536
#> SRR1307808 2 0.9460 0.5026 0.364 0.636
#> SRR1374585 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.9393 0.5174 0.356 0.644
#> SRR1076868 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1335984 1 0.9815 0.2496 0.580 0.420
#> SRR1445939 1 0.5737 0.7987 0.864 0.136
#> SRR1453047 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.2236 0.8794 0.964 0.036
#> SRR1074090 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0376 0.8949 0.996 0.004
#> SRR1093434 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.1633 0.8859 0.976 0.024
#> SRR1480347 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1430202 1 0.8813 0.5626 0.700 0.300
#> SRR1322730 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.7815 0.6947 0.232 0.768
#> SRR1390456 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.2778 0.8726 0.952 0.048
#> SRR1388064 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.4022 0.8504 0.920 0.080
#> SRR1328738 1 0.9170 0.4970 0.668 0.332
#> SRR1311752 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0376 0.8495 0.004 0.996
#> SRR1403412 2 0.2236 0.8367 0.036 0.964
#> SRR2166748 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.6048 0.7883 0.852 0.148
#> SRR1389409 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.2043 0.8332 0.032 0.968
#> SRR1361692 1 0.5408 0.8048 0.876 0.124
#> SRR1431493 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR2166214 2 0.9580 0.4684 0.380 0.620
#> SRR1324102 2 0.9358 0.5255 0.352 0.648
#> SRR1079754 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.5946 0.7736 0.144 0.856
#> SRR1330901 2 0.9732 0.4144 0.404 0.596
#> SRR1073167 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR811607 1 0.9170 0.4968 0.668 0.332
#> SRR1468931 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.6887 0.7416 0.184 0.816
#> SRR1309875 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.4431 0.8054 0.092 0.908
#> SRR1457682 1 0.0376 0.8949 0.996 0.004
#> SRR1454289 1 0.9608 0.3567 0.616 0.384
#> SRR1069352 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.9522 0.4858 0.372 0.628
#> SRR1319118 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.2043 0.8815 0.968 0.032
#> SRR1397762 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0672 0.8482 0.008 0.992
#> SRR1089537 1 0.3431 0.8623 0.936 0.064
#> SRR1397744 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.2948 0.8702 0.948 0.052
#> SRR1440032 1 0.3114 0.8677 0.944 0.056
#> SRR1404507 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1404856 1 0.9933 0.1253 0.548 0.452
#> SRR812745 1 0.4022 0.8505 0.920 0.080
#> SRR1417524 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.8813 0.5626 0.700 0.300
#> SRR1436187 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1453277 1 0.9248 0.4791 0.660 0.340
#> SRR1095407 1 0.9922 0.1339 0.552 0.448
#> SRR1359694 2 0.9732 0.3964 0.404 0.596
#> SRR656982 1 0.9286 0.4696 0.656 0.344
#> SRR1354338 2 0.9358 0.5260 0.352 0.648
#> SRR1088291 1 0.8144 0.6485 0.748 0.252
#> SRR1080624 1 0.2603 0.8749 0.956 0.044
#> SRR2166708 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.2778 0.8726 0.952 0.048
#> SRR1429912 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.9754 0.3999 0.408 0.592
#> SRR1434999 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1360766 1 0.8661 0.5833 0.712 0.288
#> SRR1464724 2 0.5294 0.7906 0.120 0.880
#> SRR1101542 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.9754 0.4003 0.408 0.592
#> SRR819771 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.9000 0.5833 0.316 0.684
#> SRR821050 1 0.0938 0.8914 0.988 0.012
#> SRR1402091 2 0.0376 0.8495 0.004 0.996
#> SRR1322028 2 0.0376 0.8495 0.004 0.996
#> SRR1452556 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1340047 1 0.9970 0.0557 0.532 0.468
#> SRR1418302 2 0.6531 0.7574 0.168 0.832
#> SRR1073991 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.6801 0.7427 0.180 0.820
#> SRR1357618 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.9732 0.3002 0.596 0.404
#> SRR1075336 1 0.0376 0.8950 0.996 0.004
#> SRR1365471 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR658719 2 0.9393 0.4696 0.356 0.644
#> SRR1475128 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.6801 0.7416 0.180 0.820
#> SRR1481146 2 0.9393 0.5174 0.356 0.644
#> SRR1465674 1 0.6973 0.7394 0.812 0.188
#> SRR1327303 1 0.9896 0.1688 0.560 0.440
#> SRR1390391 1 0.8813 0.5626 0.700 0.300
#> SRR1326020 2 0.9977 0.1889 0.472 0.528
#> SRR1381953 1 0.8081 0.6431 0.752 0.248
#> SRR1082544 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.8964 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.8507 0.000 1.000
#> SRR1416773 1 0.6438 0.7662 0.836 0.164
#> SRR1377492 2 0.8327 0.6546 0.264 0.736
#> SRR1334314 1 0.3584 0.8595 0.932 0.068
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.1860 0.9107 0.052 0.000 0.948
#> SRR1074385 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR663645 1 0.4504 0.7494 0.804 0.196 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318503 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 1 0.6095 0.3372 0.608 0.392 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.3879 0.7911 0.152 0.848 0.000
#> SRR1095651 1 0.0424 0.9384 0.992 0.000 0.008
#> SRR1078066 1 0.3752 0.8105 0.856 0.000 0.144
#> SRR1120363 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR821231 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374373 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.1964 0.9027 0.944 0.000 0.056
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.5591 0.5772 0.696 0.000 0.304
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.5905 0.4441 0.352 0.000 0.648
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.5254 0.6096 0.264 0.736 0.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.6307 0.0863 0.512 0.000 0.488
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 1 0.0747 0.9330 0.984 0.016 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR665405 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR657077 1 0.6180 0.3261 0.584 0.416 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.6260 0.2232 0.448 0.552 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.1964 0.9027 0.944 0.000 0.056
#> SRR1464226 1 0.0747 0.9330 0.984 0.016 0.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455631 1 0.0424 0.9386 0.992 0.008 0.000
#> SRR1307808 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 1 0.0892 0.9304 0.980 0.020 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335984 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR811029 1 0.4605 0.7405 0.796 0.204 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0747 0.9363 0.016 0.984 0.000
#> SRR1403412 2 0.1964 0.8994 0.056 0.944 0.000
#> SRR2166748 1 0.1964 0.9027 0.944 0.000 0.056
#> SRR821666 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.4399 0.7244 0.188 0.812 0.000
#> SRR1361692 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.6267 0.1657 0.548 0.000 0.452
#> SRR1409084 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324102 1 0.1411 0.9185 0.964 0.036 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.3752 0.7986 0.144 0.856 0.000
#> SRR1330901 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.1753 0.9099 0.952 0.000 0.048
#> SRR811607 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 2 0.3686 0.8063 0.140 0.860 0.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 1 0.6215 0.2919 0.572 0.428 0.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091144 1 0.0747 0.9330 0.984 0.016 0.000
#> SRR1319118 1 0.1411 0.9191 0.964 0.000 0.036
#> SRR1403611 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.1964 0.9027 0.944 0.000 0.056
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.1964 0.9027 0.944 0.000 0.056
#> SRR1458992 2 0.0892 0.9330 0.020 0.980 0.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397744 1 0.1860 0.9058 0.948 0.000 0.052
#> SRR1453893 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417524 1 0.5968 0.4368 0.636 0.000 0.364
#> SRR1407334 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.1964 0.9027 0.944 0.000 0.056
#> SRR1081259 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095407 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 1 0.2537 0.8781 0.920 0.080 0.000
#> SRR656982 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354338 1 0.0747 0.9329 0.984 0.016 0.000
#> SRR1088291 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421048 1 0.0592 0.9360 0.988 0.012 0.000
#> SRR1434999 3 0.5859 0.4500 0.344 0.000 0.656
#> SRR656457 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464724 2 0.3340 0.8277 0.120 0.880 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358645 1 0.0237 0.9407 0.996 0.004 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 1 0.6309 -0.0358 0.504 0.496 0.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0237 0.9474 0.004 0.996 0.000
#> SRR1322028 2 0.0237 0.9474 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418302 1 0.5706 0.5401 0.680 0.320 0.000
#> SRR1073991 3 0.1163 0.9385 0.028 0.000 0.972
#> SRR1085187 2 0.4504 0.7274 0.196 0.804 0.000
#> SRR1357618 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487764 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075336 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR658719 1 0.4504 0.7488 0.804 0.196 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 1 0.4796 0.7214 0.780 0.220 0.000
#> SRR1481146 1 0.1163 0.9250 0.972 0.028 0.000
#> SRR1465674 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390391 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326020 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR810761 1 0.4702 0.7306 0.788 0.000 0.212
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9666 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9507 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 2 0.6045 0.4160 0.380 0.620 0.000
#> SRR1334314 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.1474 0.8853 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663645 1 0.5247 0.7171 0.752 0.148 0.000 0.100
#> SRR1381505 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 1 0.2408 0.8585 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 1 0.4564 0.4892 0.672 0.328 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.4193 0.5689 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1095651 1 0.0336 0.9220 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1078066 1 0.2973 0.8142 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821231 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374373 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.1557 0.8931 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.4431 0.5901 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095479 3 0.4679 0.4254 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 1 0.3024 0.8225 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1468787 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.3444 0.6855 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812598 2 0.4998 0.0287 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1446806 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.4998 0.1119 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098192 1 0.2868 0.8333 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665405 1 0.1209 0.9078 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR657077 1 0.5000 0.0746 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.7890 0.1491 0.336 0.292 0.000 0.372
#> SRR1353461 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466321 1 0.1940 0.8808 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.1557 0.8931 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1464226 1 0.2814 0.8368 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455631 1 0.4285 0.8043 0.820 0.104 0.000 0.076
#> SRR1307808 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072104 1 0.5102 0.7218 0.748 0.188 0.000 0.064
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811029 1 0.4356 0.6224 0.708 0.292 0.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388064 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.2081 0.8312 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.1211 0.8765 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2166748 1 0.1557 0.8931 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376718 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.3528 0.6892 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.0592 0.9186 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.4967 0.1775 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.2924 0.8487 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR1324102 1 0.3649 0.7615 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1079754 4 0.1118 0.8927 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076244 4 0.1716 0.8701 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1330901 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.1389 0.8998 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR811607 1 0.3172 0.8103 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.3024 0.7468 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.4998 -0.0604 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.1867 0.8466 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1091144 1 0.0921 0.9123 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.1118 0.9075 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1403611 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.1557 0.8931 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.1557 0.8931 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1458992 2 0.2973 0.7565 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397744 1 0.1474 0.8957 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404507 4 0.1940 0.8591 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1404856 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417524 1 0.4730 0.4538 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1407334 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.1557 0.8931 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1081259 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453277 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095407 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 1 0.3356 0.7921 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR656982 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354338 1 0.1211 0.9070 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1088291 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 1 0.2469 0.8556 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR1434999 3 0.4643 0.4290 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR656457 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464724 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101542 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358645 1 0.2469 0.8556 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418433 4 0.7159 0.3943 0.272 0.180 0.000 0.548
#> SRR821050 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 0.9157 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340047 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418302 1 0.4866 0.3691 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1073991 3 0.0921 0.9214 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1085187 4 0.2593 0.7993 0.104 0.004 0.000 0.892
#> SRR1357618 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075336 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658719 1 0.4454 0.5953 0.692 0.308 0.000 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367630 1 0.6585 0.4389 0.584 0.312 0.000 0.104
#> SRR1481146 1 0.5582 0.7011 0.728 0.136 0.000 0.136
#> SRR1465674 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390391 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326020 1 0.0336 0.9224 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.3726 0.7385 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9577 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9140 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 4 0.6729 0.4024 0.116 0.312 0.000 0.572
#> SRR1334314 1 0.2408 0.8585 0.896 0.104 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074385 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 5 0.4519 0.7088 0.000 0.148 0.000 0.100 0.752
#> SRR1381505 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 5 0.2074 0.8477 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447760 5 0.3932 0.4732 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.3612 0.5920 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1095651 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821231 1 0.1732 0.8612 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1374373 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.4058 0.7432 0.784 0.000 0.064 0.000 0.152
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 5 0.3210 0.6979 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1072007 5 0.2605 0.8163 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1468787 5 0.0162 0.9069 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1347959 2 0.2966 0.7003 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1338513 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812598 2 0.4305 0.0186 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1446806 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394275 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098192 5 0.2471 0.8255 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 5 0.1041 0.8906 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR657077 2 0.4307 -0.0843 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR813208 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.6796 0.1595 0.000 0.292 0.000 0.372 0.336
#> SRR1353461 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466321 5 0.1671 0.8675 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1073021 5 0.0609 0.8994 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 5 0.4304 0.0272 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1464226 5 0.2424 0.8285 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1398863 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455631 5 0.3691 0.8011 0.000 0.104 0.000 0.076 0.820
#> SRR1307808 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374585 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 5 0.4395 0.7257 0.000 0.188 0.000 0.064 0.748
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445939 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084323 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092937 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322730 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811029 5 0.3752 0.6138 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381140 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388064 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414161 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328738 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.1792 0.8290 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1403412 2 0.1043 0.8677 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2166748 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 5 0.3707 0.5804 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1075174 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434436 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389409 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376718 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.3039 0.7043 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1361692 5 0.1626 0.8810 0.044 0.016 0.000 0.000 0.940
#> SRR1431493 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409084 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166214 5 0.2519 0.8350 0.000 0.016 0.000 0.100 0.884
#> SRR1324102 5 0.3143 0.7592 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1079754 4 0.0963 0.8887 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076244 4 0.1478 0.8669 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1330901 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811607 5 0.2732 0.8049 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.2605 0.7508 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.1043 0.9562 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.4305 -0.0367 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1457682 5 0.3730 0.5741 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1454289 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069352 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.1608 0.8428 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1091144 5 0.0794 0.8957 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1319118 1 0.4666 0.6861 0.732 0.000 0.088 0.000 0.180
#> SRR1403611 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397762 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317387 5 0.3949 0.4804 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 5 0.4150 0.3395 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1365743 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458992 2 0.2561 0.7636 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1089537 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397744 1 0.3366 0.6708 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1453893 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440032 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404507 4 0.1671 0.8569 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1404856 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812745 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417524 5 0.4150 0.4046 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1407334 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.1851 0.8438 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1415938 1 0.3003 0.7287 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1081259 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436187 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095407 1 0.4210 0.2394 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1359694 5 0.2891 0.7842 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR656982 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354338 5 0.1043 0.8917 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1088291 5 0.0404 0.9032 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1080624 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166708 3 0.0609 0.9770 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1393572 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 5 0.2127 0.8452 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1434999 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464724 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101542 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358645 5 0.2127 0.8451 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR819771 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418433 4 0.6166 0.4101 0.000 0.180 0.000 0.548 0.272
#> SRR821050 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 0.9127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418302 5 0.4192 0.3536 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1073991 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085187 4 0.2233 0.7957 0.000 0.004 0.000 0.892 0.104
#> SRR1357618 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487764 5 0.3796 0.5762 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1075336 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658719 5 0.3837 0.5852 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 5 0.5672 0.4493 0.000 0.312 0.000 0.104 0.584
#> SRR1481146 5 0.4808 0.7074 0.000 0.136 0.000 0.136 0.728
#> SRR1465674 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390391 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326020 5 0.0290 0.9054 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1381953 5 0.0000 0.9085 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 4 0.5796 0.4114 0.000 0.312 0.000 0.572 0.116
#> SRR1334314 5 0.2074 0.8477 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.3843 0.7502 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1074385 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1097883 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR2167209 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR816541 2 0.0146 0.8089 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR663645 1 0.4780 -0.3981 0.484 0.004 0.000 0.040 0.000 0.472
#> SRR1381505 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0146 0.8104 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1318503 1 0.4093 0.3503 0.584 0.012 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1341626 2 0.0260 0.8109 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1382440 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1088413 1 0.1367 0.7424 0.944 0.000 0.044 0.000 0.000 0.012
#> SRR1082080 2 0.0260 0.8109 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1455783 1 0.1007 0.7471 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 1 0.3727 0.1949 0.612 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.8096 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.2632 0.6135 0.164 0.832 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095651 1 0.1152 0.7456 0.952 0.000 0.044 0.000 0.000 0.004
#> SRR1078066 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1120363 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR821231 3 0.3847 -0.6961 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1374373 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0146 0.8089 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1431121 5 0.3843 0.7615 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1091032 2 0.3774 0.5823 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1365575 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.6160 -0.5576 0.124 0.000 0.512 0.000 0.320 0.044
#> SRR1310690 2 0.3890 0.5828 0.000 0.596 0.000 0.000 0.400 0.004
#> SRR1383037 3 0.3868 0.7504 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1095479 5 0.3843 0.7615 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1070403 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1390203 1 0.2883 0.5950 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 1 0.4261 0.3385 0.572 0.020 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1468787 1 0.0146 0.7635 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347959 2 0.4403 0.5453 0.028 0.564 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1338513 6 0.3847 0.3752 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR812598 4 0.4544 0.1605 0.000 0.416 0.000 0.548 0.036 0.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1087728 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1098192 1 0.4536 0.3222 0.560 0.028 0.000 0.000 0.408 0.004
#> SRR1093340 2 0.3774 0.5823 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR665405 1 0.4096 -0.3543 0.508 0.000 0.000 0.008 0.000 0.484
#> SRR657077 2 0.5723 0.3302 0.164 0.428 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR813208 3 0.3843 0.7256 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1416074 2 0.0000 0.8096 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 6 0.5430 0.1959 0.012 0.400 0.000 0.084 0.000 0.504
#> SRR1353461 3 0.3868 0.7515 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1466321 1 0.1686 0.7223 0.924 0.012 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1073021 1 0.0547 0.7582 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1322816 2 0.0146 0.8089 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457727 1 0.4878 0.1483 0.516 0.000 0.424 0.000 0.060 0.000
#> SRR1464226 1 0.4468 0.3216 0.560 0.032 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1398863 1 0.1007 0.7440 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1455631 1 0.5827 0.3253 0.604 0.012 0.000 0.024 0.240 0.120
#> SRR1307808 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 5 0.7067 -0.3651 0.276 0.040 0.000 0.016 0.408 0.260
#> SRR1076868 2 0.0260 0.8109 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1335984 1 0.0622 0.7595 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1445939 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.3774 0.5823 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1339788 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1084323 1 0.0937 0.7495 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0146 0.8089 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099833 6 0.4157 0.3817 0.444 0.000 0.012 0.000 0.000 0.544
#> SRR1093434 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1435857 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0260 0.8109 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1440787 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.2562 0.7737 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR811029 5 0.6276 -0.2395 0.360 0.228 0.000 0.000 0.400 0.012
#> SRR1390456 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1381140 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388064 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.1007 0.7471 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.0260 0.8109 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1445960 2 0.0820 0.7963 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1403412 2 0.1225 0.7782 0.036 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2166748 5 0.3843 0.7615 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1327872 4 0.0865 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1100800 1 0.3189 0.5446 0.760 0.000 0.236 0.000 0.004 0.000
#> SRR1075174 1 0.0547 0.7579 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1434436 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.4530 0.1027 0.600 0.000 0.044 0.000 0.000 0.356
#> SRR1376718 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.3521 0.6396 0.156 0.796 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR1361692 1 0.1858 0.7197 0.904 0.004 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1431493 5 0.3843 0.7615 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1409084 1 0.0458 0.7605 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 6 0.5092 0.3885 0.448 0.000 0.000 0.044 0.016 0.492
#> SRR1324102 1 0.4857 0.2829 0.532 0.060 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1079754 4 0.0260 0.9033 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1076244 4 0.5886 0.1369 0.000 0.200 0.000 0.412 0.000 0.388
#> SRR1330901 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0632 0.8069 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1357541 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR811607 1 0.4261 0.3381 0.572 0.020 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1468931 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1474908 2 0.2489 0.6622 0.128 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1309875 2 0.3774 0.5823 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR598792 3 0.4591 0.7171 0.000 0.000 0.552 0.000 0.040 0.408
#> SRR1088537 2 0.5922 0.3009 0.220 0.440 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1457682 1 0.3394 0.5380 0.752 0.000 0.236 0.000 0.012 0.000
#> SRR1454289 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 5 0.4648 0.7497 0.000 0.000 0.408 0.000 0.548 0.044
#> SRR1472728 2 0.0508 0.8036 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091144 6 0.4407 0.3297 0.484 0.024 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1319118 3 0.5631 -0.4952 0.188 0.000 0.528 0.000 0.284 0.000
#> SRR1403611 6 0.3868 0.3176 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1397762 1 0.1007 0.7471 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.6252 -0.2174 0.336 0.000 0.328 0.000 0.004 0.332
#> SRR1376426 2 0.0260 0.8109 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1097777 1 0.3945 0.3653 0.612 0.000 0.380 0.000 0.008 0.000
#> SRR1365743 1 0.2003 0.7206 0.912 0.000 0.044 0.000 0.000 0.044
#> SRR1458992 2 0.0993 0.7900 0.024 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1089537 1 0.3868 -0.3557 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1397744 3 0.5927 -0.5082 0.232 0.000 0.452 0.000 0.316 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.1007 0.7471 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1440032 1 0.2003 0.6587 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1404507 4 0.1863 0.8159 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.1007 0.7470 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR812745 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417524 1 0.5758 -0.3254 0.456 0.000 0.176 0.000 0.000 0.368
#> SRR1407334 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 5 0.5190 0.6657 0.088 0.000 0.452 0.000 0.460 0.000
#> SRR1415938 3 0.5809 -0.5582 0.188 0.000 0.452 0.000 0.360 0.000
#> SRR1081259 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.3868 0.7515 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1453277 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095407 5 0.4620 0.1715 0.368 0.000 0.048 0.000 0.584 0.000
#> SRR1359694 1 0.5123 0.2307 0.508 0.084 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR656982 1 0.0508 0.7610 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1354338 1 0.1408 0.7416 0.944 0.020 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1088291 1 0.0458 0.7612 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.3823 0.7596 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1393572 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.3774 0.5823 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1421048 1 0.4184 0.3409 0.576 0.016 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1434999 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR656457 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1098928 6 0.3266 -0.3820 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1343967 2 0.0260 0.8109 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1360766 1 0.0713 0.7553 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1464724 4 0.2597 0.7694 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1101542 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.4552 0.0804 0.592 0.000 0.044 0.000 0.000 0.364
#> SRR1071519 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1086070 1 0.1007 0.7471 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358645 1 0.4184 0.3405 0.576 0.016 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR819771 5 0.3843 0.7615 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1418433 6 0.5739 0.3141 0.004 0.004 0.000 0.136 0.352 0.504
#> SRR821050 5 0.4648 0.7427 0.044 0.000 0.408 0.000 0.548 0.000
#> SRR1402091 2 0.0363 0.8049 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322028 2 0.0146 0.8089 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452556 4 0.0000 0.9089 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418302 5 0.7314 -0.3469 0.180 0.268 0.000 0.000 0.404 0.148
#> SRR1073991 5 0.3843 0.7615 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1085187 4 0.2653 0.6945 0.144 0.000 0.000 0.844 0.000 0.012
#> SRR1357618 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1487764 1 0.5713 -0.2929 0.476 0.000 0.000 0.000 0.172 0.352
#> SRR1075336 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.3774 0.5823 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1414613 2 0.0363 0.8104 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR658719 5 0.6240 -0.2370 0.368 0.216 0.000 0.000 0.404 0.012
#> SRR1475128 3 0.3843 0.7663 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1367630 6 0.5870 0.3828 0.032 0.024 0.000 0.044 0.408 0.492
#> SRR1481146 6 0.6168 0.3782 0.044 0.032 0.000 0.044 0.408 0.472
#> SRR1465674 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1327303 1 0.0622 0.7595 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1390391 1 0.0000 0.7642 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326020 1 0.1785 0.7335 0.928 0.008 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR1381953 1 0.2003 0.6774 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1082544 2 0.3774 0.5823 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR810761 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1070764 3 0.3868 0.7515 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1415919 3 0.3857 0.7620 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1490404 2 0.0146 0.8104 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1416773 5 0.3774 0.7761 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1377492 6 0.5348 0.1884 0.008 0.404 0.000 0.084 0.000 0.504
#> SRR1334314 1 0.4101 0.3455 0.580 0.012 0.000 0.000 0.408 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.847 0.908 0.963 0.4998 0.498 0.498
#> 3 3 0.576 0.777 0.856 0.1430 0.903 0.811
#> 4 4 0.560 0.664 0.719 0.1630 0.771 0.526
#> 5 5 0.658 0.712 0.856 0.1094 0.841 0.561
#> 6 6 0.650 0.655 0.774 0.0617 0.898 0.639
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1074385 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1097883 2 0.9710 0.3375 0.400 0.600
#> SRR2167209 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR663645 1 0.1633 0.9410 0.976 0.024
#> SRR1381505 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1341626 1 0.8267 0.6542 0.740 0.260
#> SRR1382440 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1455783 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1447760 1 0.8144 0.6681 0.748 0.252
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1120363 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR821231 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1431121 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1365575 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1072972 2 0.0672 0.9505 0.008 0.992
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1095479 2 0.9129 0.5123 0.328 0.672
#> SRR1070403 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1390203 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1072007 1 0.2043 0.9347 0.968 0.032
#> SRR1468787 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.9795 0.2908 0.416 0.584
#> SRR1446806 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1394275 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1098192 1 0.7950 0.6875 0.760 0.240
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR657077 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1089688 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1353461 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1073021 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1457727 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1464226 1 0.8955 0.5553 0.688 0.312
#> SRR1398863 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1455631 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1374585 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1072104 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1445939 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1084323 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1092937 2 0.2236 0.9261 0.036 0.964
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1435857 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1440787 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1430202 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1322730 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR811029 2 0.9998 0.0226 0.492 0.508
#> SRR1390456 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1381140 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1388064 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1093577 2 0.7299 0.7325 0.204 0.796
#> SRR1414161 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1328738 2 0.6973 0.7553 0.188 0.812
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR2166748 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR821666 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1327872 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1100800 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1075174 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1434436 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1389409 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.7219 0.7464 0.800 0.200
#> SRR1376718 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR808590 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1361692 2 0.8016 0.6705 0.244 0.756
#> SRR1431493 1 0.8861 0.5712 0.696 0.304
#> SRR1409084 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR2166214 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1079754 1 0.6801 0.7733 0.820 0.180
#> SRR1442127 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1076244 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1330901 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1468931 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.6343 0.7925 0.160 0.840
#> SRR598792 1 0.9710 0.3428 0.600 0.400
#> SRR1088537 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1457682 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1454289 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1069352 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1091144 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1319118 2 0.6148 0.7984 0.152 0.848
#> SRR1403611 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1397762 2 0.9710 0.3374 0.400 0.600
#> SRR1317387 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1097777 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1365743 1 0.9710 0.3428 0.600 0.400
#> SRR1458992 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1397744 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1453893 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1098543 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1404507 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR812745 2 0.9552 0.4010 0.376 0.624
#> SRR1417524 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1407334 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1453991 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1415938 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1081259 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1436187 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1095407 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR656982 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1354338 2 0.9635 0.3702 0.388 0.612
#> SRR1088291 1 0.9732 0.3312 0.596 0.404
#> SRR1080624 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.1414 0.9404 0.020 0.980
#> SRR1434999 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1360766 2 0.6887 0.7583 0.184 0.816
#> SRR1464724 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1101542 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1086070 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1358645 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1418433 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR821050 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1452556 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1418302 1 0.7674 0.7123 0.776 0.224
#> SRR1073991 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1085187 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1075336 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR658719 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1475128 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1367630 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1481146 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1465674 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1327303 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1390391 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1326020 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1082544 1 0.5519 0.8366 0.872 0.128
#> SRR810761 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1377492 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000
#> SRR1334314 2 0.0000 0.9570 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.0424 0.78934 0.000 0.008 0.992
#> SRR1074385 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 1 0.6836 0.23415 0.572 0.016 0.412
#> SRR2167209 3 0.1267 0.78124 0.004 0.024 0.972
#> SRR816541 1 0.3340 0.87131 0.880 0.120 0.000
#> SRR663645 3 0.9614 -0.19558 0.356 0.208 0.436
#> SRR1381505 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1416362 1 0.4399 0.82290 0.812 0.188 0.000
#> SRR1318503 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 1 0.7001 0.34693 0.588 0.024 0.388
#> SRR1382440 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082080 1 0.5859 0.72148 0.656 0.344 0.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 3 0.6888 0.17333 0.432 0.016 0.552
#> SRR1487784 1 0.3551 0.84920 0.868 0.132 0.000
#> SRR1331037 1 0.3482 0.86922 0.872 0.128 0.000
#> SRR1095651 3 0.2537 0.75482 0.000 0.080 0.920
#> SRR1078066 3 0.1129 0.77972 0.004 0.020 0.976
#> SRR1120363 1 0.1905 0.88118 0.956 0.016 0.028
#> SRR821231 1 0.2301 0.87118 0.936 0.004 0.060
#> SRR1374373 1 0.1999 0.89033 0.952 0.036 0.012
#> SRR1324519 1 0.5810 0.72804 0.664 0.336 0.000
#> SRR1431121 1 0.1399 0.88427 0.968 0.004 0.028
#> SRR1091032 1 0.4702 0.82476 0.788 0.212 0.000
#> SRR1365575 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1072972 1 0.0747 0.89116 0.984 0.000 0.016
#> SRR1310690 1 0.4289 0.84744 0.868 0.040 0.092
#> SRR1383037 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 1 0.6490 0.39414 0.628 0.012 0.360
#> SRR1070403 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 3 0.6388 0.36627 0.284 0.024 0.692
#> SRR1468787 3 0.0661 0.78931 0.004 0.008 0.988
#> SRR1347959 1 0.0747 0.89079 0.984 0.016 0.000
#> SRR1338513 3 0.2959 0.73933 0.000 0.100 0.900
#> SRR812598 1 0.6380 0.67885 0.732 0.044 0.224
#> SRR1446806 1 0.0237 0.89091 0.996 0.004 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 3 0.0983 0.78359 0.004 0.016 0.980
#> SRR1087728 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 3 0.6879 0.26993 0.360 0.024 0.616
#> SRR1093340 1 0.5859 0.72148 0.656 0.344 0.000
#> SRR665405 3 0.3192 0.72557 0.000 0.112 0.888
#> SRR657077 1 0.3551 0.87064 0.868 0.132 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 1 0.5859 0.72148 0.656 0.344 0.000
#> SRR1089688 3 0.5098 0.43679 0.000 0.248 0.752
#> SRR1353461 3 0.2229 0.75227 0.044 0.012 0.944
#> SRR1466321 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 3 0.1905 0.77234 0.028 0.016 0.956
#> SRR1322816 1 0.3340 0.87131 0.880 0.120 0.000
#> SRR1457727 1 0.1267 0.88576 0.972 0.004 0.024
#> SRR1464226 3 0.7043 0.22179 0.400 0.024 0.576
#> SRR1398863 1 0.1031 0.88668 0.976 0.000 0.024
#> SRR1455631 3 0.3619 0.69204 0.000 0.136 0.864
#> SRR1307808 1 0.0237 0.89091 0.996 0.004 0.000
#> SRR1374585 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1072104 3 0.6143 0.36277 0.024 0.256 0.720
#> SRR1076868 1 0.2796 0.87127 0.908 0.092 0.000
#> SRR1335984 1 0.3028 0.88369 0.920 0.048 0.032
#> SRR1445939 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 1 0.5859 0.72148 0.656 0.344 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.1529 0.88473 0.960 0.000 0.040
#> SRR1074090 1 0.5859 0.72148 0.656 0.344 0.000
#> SRR1099833 3 0.2959 0.73933 0.000 0.100 0.900
#> SRR1093434 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.0592 0.88982 0.988 0.012 0.000
#> SRR1480347 1 0.5859 0.72148 0.656 0.344 0.000
#> SRR1440787 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1430202 1 0.0237 0.89091 0.996 0.004 0.000
#> SRR1322730 3 0.5529 0.26708 0.000 0.296 0.704
#> SRR811029 1 0.5953 0.62459 0.708 0.012 0.280
#> SRR1390456 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.0237 0.89081 0.996 0.004 0.000
#> SRR1388064 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1093577 1 0.3272 0.84137 0.892 0.004 0.104
#> SRR1414161 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.3183 0.86170 0.908 0.016 0.076
#> SRR1311752 1 0.5859 0.72148 0.656 0.344 0.000
#> SRR1445960 1 0.3340 0.87131 0.880 0.120 0.000
#> SRR1403412 1 0.3910 0.84308 0.876 0.020 0.104
#> SRR2166748 1 0.1905 0.88118 0.956 0.016 0.028
#> SRR821666 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1330746 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.6079 0.96833 0.000 0.612 0.388
#> SRR1100800 1 0.1774 0.88299 0.960 0.016 0.024
#> SRR1075174 1 0.0829 0.89176 0.984 0.004 0.012
#> SRR1434436 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1085310 3 0.5812 0.41417 0.264 0.012 0.724
#> SRR1376718 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR808590 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1084128 1 0.3267 0.85937 0.884 0.116 0.000
#> SRR1361692 1 0.3610 0.84740 0.888 0.016 0.096
#> SRR1431493 3 0.6143 0.36524 0.304 0.012 0.684
#> SRR1409084 1 0.0592 0.88982 0.988 0.012 0.000
#> SRR2166214 3 0.3038 0.73541 0.000 0.104 0.896
#> SRR1324102 1 0.3482 0.86903 0.872 0.128 0.000
#> SRR1079754 3 0.6936 0.34543 0.284 0.044 0.672
#> SRR1442127 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 3 0.3340 0.71674 0.000 0.120 0.880
#> SRR1330901 1 0.0237 0.89091 0.996 0.004 0.000
#> SRR1073167 1 0.3482 0.86903 0.872 0.128 0.000
#> SRR1357541 3 0.0983 0.78359 0.004 0.016 0.980
#> SRR811607 1 0.0237 0.89091 0.996 0.004 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 1 0.3340 0.87131 0.880 0.120 0.000
#> SRR1309875 1 0.3846 0.84016 0.876 0.016 0.108
#> SRR598792 3 0.6172 0.35582 0.308 0.012 0.680
#> SRR1088537 1 0.3340 0.87131 0.880 0.120 0.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472728 1 0.2066 0.88708 0.940 0.060 0.000
#> SRR1091144 3 0.3192 0.72504 0.000 0.112 0.888
#> SRR1319118 1 0.4068 0.81481 0.864 0.016 0.120
#> SRR1403611 3 0.2959 0.73933 0.000 0.100 0.900
#> SRR1397762 1 0.5529 0.59437 0.704 0.000 0.296
#> SRR1317387 3 0.2711 0.74907 0.000 0.088 0.912
#> SRR1376426 1 0.5859 0.72148 0.656 0.344 0.000
#> SRR1097777 1 0.0424 0.89048 0.992 0.008 0.000
#> SRR1365743 3 0.6095 0.25633 0.392 0.000 0.608
#> SRR1458992 1 0.3340 0.87131 0.880 0.120 0.000
#> SRR1089537 3 0.2959 0.73933 0.000 0.100 0.900
#> SRR1397744 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1098543 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 3 0.1267 0.78124 0.004 0.024 0.972
#> SRR1440032 3 0.3966 0.68477 0.100 0.024 0.876
#> SRR1404507 2 0.6244 0.85976 0.000 0.560 0.440
#> SRR1404856 3 0.0829 0.78809 0.004 0.012 0.984
#> SRR812745 1 0.4453 0.80541 0.836 0.012 0.152
#> SRR1417524 3 0.2796 0.74542 0.000 0.092 0.908
#> SRR1407334 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1453991 1 0.1399 0.88427 0.968 0.004 0.028
#> SRR1415938 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.0747 0.89121 0.984 0.016 0.000
#> SRR1436187 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1431948 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 1 0.4007 0.85503 0.880 0.036 0.084
#> SRR1095407 3 0.1267 0.78124 0.004 0.024 0.972
#> SRR1359694 1 0.0237 0.89091 0.996 0.004 0.000
#> SRR656982 3 0.2878 0.74269 0.000 0.096 0.904
#> SRR1354338 1 0.5536 0.74216 0.776 0.024 0.200
#> SRR1088291 1 0.6955 -0.00144 0.496 0.016 0.488
#> SRR1080624 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.89092 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 1 0.2066 0.88679 0.940 0.060 0.000
#> SRR1421048 1 0.1765 0.88185 0.956 0.004 0.040
#> SRR1434999 3 0.1129 0.77972 0.004 0.020 0.976
#> SRR656457 3 0.1129 0.77972 0.004 0.020 0.976
#> SRR1098928 3 0.1163 0.78298 0.000 0.028 0.972
#> SRR1343967 1 0.5859 0.72148 0.656 0.344 0.000
#> SRR1360766 1 0.4663 0.79625 0.828 0.016 0.156
#> SRR1464724 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1101542 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1401528 3 0.3989 0.64644 0.124 0.012 0.864
#> SRR1071519 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 1 0.0237 0.89081 0.996 0.004 0.000
#> SRR1358645 1 0.2878 0.87880 0.904 0.096 0.000
#> SRR819771 3 0.0237 0.79076 0.000 0.004 0.996
#> SRR1418433 3 0.3340 0.71674 0.000 0.120 0.880
#> SRR821050 1 0.1905 0.88118 0.956 0.016 0.028
#> SRR1402091 1 0.3340 0.87131 0.880 0.120 0.000
#> SRR1322028 1 0.3340 0.87131 0.880 0.120 0.000
#> SRR1452556 2 0.6026 0.99050 0.000 0.624 0.376
#> SRR1340047 1 0.2537 0.88288 0.920 0.080 0.000
#> SRR1418302 1 0.6973 0.26584 0.564 0.020 0.416
#> SRR1073991 1 0.0592 0.88982 0.988 0.012 0.000
#> SRR1085187 3 0.2959 0.73933 0.000 0.100 0.900
#> SRR1357618 3 0.0747 0.78471 0.000 0.016 0.984
#> SRR1487764 3 0.2878 0.74269 0.000 0.096 0.904
#> SRR1075336 1 0.0424 0.89049 0.992 0.008 0.000
#> SRR1365471 1 0.5859 0.72148 0.656 0.344 0.000
#> SRR1414613 1 0.2356 0.87818 0.928 0.072 0.000
#> SRR658719 1 0.3695 0.84662 0.880 0.012 0.108
#> SRR1475128 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 3 0.5178 0.41175 0.000 0.256 0.744
#> SRR1481146 3 0.3038 0.73541 0.000 0.104 0.896
#> SRR1465674 3 0.1267 0.78124 0.004 0.024 0.972
#> SRR1327303 1 0.2711 0.88089 0.912 0.088 0.000
#> SRR1390391 1 0.0829 0.89149 0.984 0.012 0.004
#> SRR1326020 3 0.4821 0.67615 0.088 0.064 0.848
#> SRR1381953 3 0.2774 0.75940 0.008 0.072 0.920
#> SRR1082544 3 0.6482 0.35300 0.296 0.024 0.680
#> SRR810761 3 0.1905 0.77361 0.028 0.016 0.956
#> SRR1070764 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.79199 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 1 0.3619 0.86625 0.864 0.136 0.000
#> SRR1416773 3 0.1267 0.78124 0.004 0.024 0.972
#> SRR1377492 3 0.2959 0.73933 0.000 0.100 0.900
#> SRR1334314 1 0.0747 0.89083 0.984 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.4605 0.68643 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1074385 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1374739 3 0.5970 0.67959 0.052 0.348 0.600 0.000
#> SRR1097883 3 0.4837 -0.54632 0.348 0.004 0.648 0.000
#> SRR2167209 3 0.4866 0.52908 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR816541 2 0.5582 0.80708 0.024 0.576 0.400 0.000
#> SRR663645 3 0.4808 0.36213 0.016 0.020 0.768 0.196
#> SRR1381505 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1416362 2 0.6002 0.79639 0.024 0.564 0.400 0.012
#> SRR1318503 1 0.5016 0.96252 0.600 0.004 0.396 0.000
#> SRR1341626 3 0.6471 -0.63618 0.044 0.440 0.504 0.012
#> SRR1382440 3 0.5587 0.68938 0.028 0.372 0.600 0.000
#> SRR1088413 3 0.5313 0.68992 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1082080 2 0.5279 0.80833 0.000 0.588 0.400 0.012
#> SRR1455783 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1447760 3 0.4936 0.49161 0.372 0.004 0.624 0.000
#> SRR1487784 2 0.6002 0.79639 0.024 0.564 0.400 0.012
#> SRR1331037 2 0.5754 0.80759 0.024 0.572 0.400 0.004
#> SRR1095651 3 0.5339 0.68720 0.000 0.384 0.600 0.016
#> SRR1078066 3 0.4855 0.53151 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1120363 1 0.5004 0.95068 0.604 0.004 0.392 0.000
#> SRR821231 1 0.5526 0.91737 0.564 0.020 0.416 0.000
#> SRR1374373 2 0.5933 0.78772 0.040 0.552 0.408 0.000
#> SRR1324519 2 0.4855 0.80927 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1431121 1 0.4978 0.95395 0.612 0.004 0.384 0.000
#> SRR1091032 2 0.5452 0.80963 0.004 0.584 0.400 0.012
#> SRR1365575 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1072972 1 0.5112 0.92114 0.560 0.004 0.436 0.000
#> SRR1310690 2 0.5837 0.79673 0.036 0.564 0.400 0.000
#> SRR1383037 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1095479 3 0.5859 -0.79640 0.472 0.032 0.496 0.000
#> SRR1070403 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1390203 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1072007 3 0.5719 0.62135 0.036 0.296 0.660 0.008
#> SRR1468787 3 0.5313 0.54810 0.376 0.016 0.608 0.000
#> SRR1347959 2 0.6547 0.76197 0.052 0.536 0.400 0.012
#> SRR1338513 3 0.6595 0.66359 0.000 0.276 0.604 0.120
#> SRR812598 2 0.6015 0.27351 0.028 0.668 0.272 0.032
#> SRR1446806 1 0.5756 0.93786 0.568 0.032 0.400 0.000
#> SRR1394275 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1443633 3 0.4382 0.56240 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1087728 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1098192 2 0.5894 -0.16713 0.036 0.536 0.428 0.000
#> SRR1093340 2 0.5279 0.80833 0.000 0.588 0.400 0.012
#> SRR665405 3 0.6897 0.64507 0.000 0.256 0.584 0.160
#> SRR657077 2 0.5671 0.80418 0.028 0.572 0.400 0.000
#> SRR813208 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1416074 2 0.5279 0.80833 0.000 0.588 0.400 0.012
#> SRR1089688 3 0.7362 0.60076 0.000 0.256 0.524 0.220
#> SRR1353461 3 0.4820 0.67288 0.012 0.296 0.692 0.000
#> SRR1466321 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1073021 3 0.1302 0.36365 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1322816 2 0.5582 0.80708 0.024 0.576 0.400 0.000
#> SRR1457727 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1464226 2 0.5865 -0.11019 0.036 0.552 0.412 0.000
#> SRR1398863 1 0.5933 0.92422 0.552 0.040 0.408 0.000
#> SRR1455631 3 0.7256 0.61447 0.000 0.256 0.540 0.204
#> SRR1307808 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1374585 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1072104 3 0.7336 0.59957 0.000 0.256 0.528 0.216
#> SRR1076868 2 0.5809 0.80219 0.016 0.572 0.400 0.012
#> SRR1335984 2 0.6061 0.78187 0.048 0.552 0.400 0.000
#> SRR1445939 1 0.5915 0.92924 0.560 0.040 0.400 0.000
#> SRR1453047 2 0.5279 0.80833 0.000 0.588 0.400 0.012
#> SRR1339788 3 0.4817 0.69077 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1084323 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1092937 3 0.6252 -0.81380 0.432 0.056 0.512 0.000
#> SRR1074090 2 0.5279 0.80833 0.000 0.588 0.400 0.012
#> SRR1099833 3 0.6660 0.66271 0.000 0.288 0.592 0.120
#> SRR1093434 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1435857 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1480347 2 0.5279 0.80833 0.000 0.588 0.400 0.012
#> SRR1440787 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1430202 1 0.5756 0.93786 0.568 0.032 0.400 0.000
#> SRR1322730 4 0.7039 0.20791 0.000 0.256 0.176 0.568
#> SRR811029 2 0.5453 0.23069 0.036 0.660 0.304 0.000
#> SRR1390456 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1381140 1 0.5872 0.93543 0.576 0.040 0.384 0.000
#> SRR1388064 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1093577 3 0.5168 -0.86207 0.496 0.004 0.500 0.000
#> SRR1414161 1 0.5671 0.94147 0.572 0.028 0.400 0.000
#> SRR1328738 3 0.5070 -0.68764 0.416 0.004 0.580 0.000
#> SRR1311752 2 0.5279 0.80833 0.000 0.588 0.400 0.012
#> SRR1445960 2 0.5582 0.80708 0.024 0.576 0.400 0.000
#> SRR1403412 2 0.4199 0.50760 0.032 0.804 0.164 0.000
#> SRR2166748 1 0.4991 0.95258 0.608 0.004 0.388 0.000
#> SRR821666 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1330746 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1327872 4 0.4516 0.62767 0.000 0.252 0.012 0.736
#> SRR1100800 1 0.4978 0.95395 0.612 0.004 0.384 0.000
#> SRR1075174 1 0.6271 0.83526 0.492 0.056 0.452 0.000
#> SRR1434436 1 0.5487 0.95084 0.580 0.020 0.400 0.000
#> SRR1389409 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1085310 3 0.5927 0.62615 0.076 0.264 0.660 0.000
#> SRR1376718 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR808590 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1084128 2 0.6002 0.79639 0.024 0.564 0.400 0.012
#> SRR1361692 3 0.5143 -0.76341 0.456 0.004 0.540 0.000
#> SRR1431493 3 0.6298 0.60940 0.100 0.268 0.632 0.000
#> SRR1409084 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR2166214 3 0.7005 0.63778 0.000 0.256 0.572 0.172
#> SRR1324102 2 0.5584 0.81019 0.008 0.580 0.400 0.012
#> SRR1079754 3 0.7682 0.46887 0.024 0.380 0.476 0.120
#> SRR1442127 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1076244 3 0.7519 0.55876 0.000 0.256 0.496 0.248
#> SRR1330901 1 0.5161 0.96176 0.592 0.008 0.400 0.000
#> SRR1073167 2 0.5584 0.81019 0.008 0.580 0.400 0.012
#> SRR1357541 3 0.4679 0.55128 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR811607 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1468931 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1474908 2 0.5582 0.80708 0.024 0.576 0.400 0.000
#> SRR1309875 2 0.4289 0.53230 0.032 0.796 0.172 0.000
#> SRR598792 3 0.5392 0.65272 0.040 0.280 0.680 0.000
#> SRR1088537 2 0.5756 0.80067 0.032 0.568 0.400 0.000
#> SRR1457682 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1454289 1 0.5279 0.95857 0.588 0.012 0.400 0.000
#> SRR1069352 3 0.5587 0.54462 0.372 0.028 0.600 0.000
#> SRR1472728 2 0.5756 0.80304 0.032 0.568 0.400 0.000
#> SRR1091144 3 0.6970 0.64028 0.000 0.256 0.576 0.168
#> SRR1319118 3 0.5167 -0.82815 0.488 0.004 0.508 0.000
#> SRR1403611 3 0.6752 0.65733 0.000 0.280 0.588 0.132
#> SRR1397762 3 0.7710 0.35361 0.256 0.296 0.448 0.000
#> SRR1317387 3 0.5244 0.68771 0.000 0.388 0.600 0.012
#> SRR1376426 2 0.5279 0.80833 0.000 0.588 0.400 0.012
#> SRR1097777 1 0.4978 0.95395 0.612 0.004 0.384 0.000
#> SRR1365743 3 0.6100 0.61721 0.072 0.304 0.624 0.000
#> SRR1458992 2 0.5582 0.80708 0.024 0.576 0.400 0.000
#> SRR1089537 3 0.7038 0.65818 0.012 0.256 0.600 0.132
#> SRR1397744 1 0.4978 0.95395 0.612 0.004 0.384 0.000
#> SRR1453893 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1098543 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1321765 3 0.4855 0.53151 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1440032 3 0.5555 0.63350 0.016 0.200 0.732 0.052
#> SRR1404507 4 0.2751 0.85980 0.000 0.040 0.056 0.904
#> SRR1404856 3 0.4855 0.53151 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR812745 2 0.6176 0.00787 0.060 0.572 0.368 0.000
#> SRR1417524 3 0.5339 0.68720 0.000 0.384 0.600 0.016
#> SRR1407334 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1453991 1 0.4978 0.95395 0.612 0.004 0.384 0.000
#> SRR1415938 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1081259 1 0.6758 0.83899 0.504 0.096 0.400 0.000
#> SRR1436187 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1431948 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1453277 2 0.6559 0.67352 0.076 0.468 0.456 0.000
#> SRR1095407 3 0.4866 0.52908 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1359694 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR656982 3 0.6698 0.65685 0.000 0.256 0.604 0.140
#> SRR1354338 3 0.6007 -0.62164 0.056 0.340 0.604 0.000
#> SRR1088291 3 0.3908 -0.16727 0.212 0.004 0.784 0.000
#> SRR1080624 1 0.4991 0.95750 0.608 0.004 0.388 0.000
#> SRR2166708 3 0.5231 0.68892 0.012 0.384 0.604 0.000
#> SRR1393572 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1429912 2 0.6061 0.78824 0.048 0.552 0.400 0.000
#> SRR1421048 1 0.5143 0.84891 0.540 0.004 0.456 0.000
#> SRR1434999 3 0.4855 0.53151 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR656457 3 0.4855 0.53151 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1098928 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1343967 2 0.5279 0.80833 0.000 0.588 0.400 0.012
#> SRR1360766 3 0.1722 0.20179 0.048 0.008 0.944 0.000
#> SRR1464724 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1101542 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1401528 3 0.4594 0.66940 0.008 0.280 0.712 0.000
#> SRR1071519 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1086070 1 0.4978 0.95395 0.612 0.004 0.384 0.000
#> SRR1358645 2 0.5837 0.79673 0.036 0.564 0.400 0.000
#> SRR819771 3 0.6641 0.67770 0.124 0.276 0.600 0.000
#> SRR1418433 3 0.7198 0.61672 0.000 0.256 0.548 0.196
#> SRR821050 1 0.4978 0.95395 0.612 0.004 0.384 0.000
#> SRR1402091 2 0.5582 0.80708 0.024 0.576 0.400 0.000
#> SRR1322028 2 0.5582 0.80708 0.024 0.576 0.400 0.000
#> SRR1452556 4 0.0469 0.94633 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1340047 2 0.5915 0.79238 0.040 0.560 0.400 0.000
#> SRR1418302 2 0.5614 0.14421 0.036 0.628 0.336 0.000
#> SRR1073991 1 0.4991 0.95750 0.608 0.004 0.388 0.000
#> SRR1085187 3 0.6811 0.51046 0.268 0.000 0.588 0.144
#> SRR1357618 3 0.5339 0.53505 0.384 0.016 0.600 0.000
#> SRR1487764 3 0.5510 0.68641 0.000 0.376 0.600 0.024
#> SRR1075336 1 0.5028 0.96434 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1365471 2 0.5279 0.80833 0.000 0.588 0.400 0.012
#> SRR1414613 2 0.6002 0.79639 0.024 0.564 0.400 0.012
#> SRR658719 2 0.4707 0.44671 0.036 0.760 0.204 0.000
#> SRR1475128 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1367630 3 0.7387 0.59694 0.000 0.256 0.520 0.224
#> SRR1481146 3 0.7005 0.63777 0.000 0.256 0.572 0.172
#> SRR1465674 3 0.4866 0.52908 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1327303 2 0.5837 0.79673 0.036 0.564 0.400 0.000
#> SRR1390391 2 0.6340 0.76020 0.064 0.528 0.408 0.000
#> SRR1326020 3 0.5161 0.64961 0.024 0.272 0.700 0.004
#> SRR1381953 3 0.4804 0.68988 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1082544 3 0.6197 0.61262 0.028 0.320 0.624 0.028
#> SRR810761 3 0.1389 0.36897 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1070764 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1415919 3 0.4855 0.68869 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1490404 2 0.5452 0.80978 0.004 0.584 0.400 0.012
#> SRR1416773 3 0.4866 0.52908 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1377492 3 0.7188 0.63516 0.004 0.252 0.568 0.176
#> SRR1334314 1 0.5781 0.80202 0.488 0.028 0.484 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.1412 0.7470 0.036 0.008 0.952 0.000 0.004
#> SRR1074385 1 0.1121 0.8459 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.2127 0.6906 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1097883 1 0.0609 0.8527 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2167209 5 0.1043 0.8598 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR816541 2 0.1121 0.8450 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 3 0.3562 0.7099 0.016 0.000 0.788 0.196 0.000
#> SRR1381505 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.4823 0.6013 0.316 0.644 0.000 0.000 0.040
#> SRR1318503 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 3 0.5246 0.4465 0.052 0.384 0.564 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.3242 0.6250 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1088413 3 0.0854 0.7538 0.008 0.004 0.976 0.000 0.012
#> SRR1082080 2 0.1568 0.8383 0.020 0.944 0.000 0.000 0.036
#> SRR1455783 1 0.1341 0.8341 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 1 0.6140 0.0393 0.504 0.000 0.140 0.000 0.356
#> SRR1487784 2 0.4857 0.5872 0.324 0.636 0.000 0.000 0.040
#> SRR1331037 2 0.1809 0.8495 0.060 0.928 0.000 0.000 0.012
#> SRR1095651 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1078066 5 0.1341 0.8638 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1120363 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821231 1 0.3838 0.5149 0.716 0.004 0.280 0.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.5309 0.6187 0.160 0.676 0.164 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.1281 0.8455 0.032 0.956 0.000 0.000 0.012
#> SRR1431121 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.1741 0.8383 0.024 0.936 0.000 0.000 0.040
#> SRR1365575 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.3715 0.5478 0.736 0.004 0.260 0.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.2149 0.8071 0.036 0.916 0.048 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1095479 1 0.3336 0.5955 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.1908 0.7039 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1390203 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 3 0.4552 0.6404 0.040 0.264 0.696 0.000 0.000
#> SRR1468787 3 0.3496 0.6560 0.012 0.000 0.788 0.000 0.200
#> SRR1347959 2 0.5148 0.3447 0.432 0.528 0.000 0.000 0.040
#> SRR1338513 3 0.2424 0.7362 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR812598 3 0.4990 0.4821 0.036 0.384 0.580 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.3661 0.5009 0.724 0.276 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.1608 0.8203 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 5 0.6191 0.5005 0.164 0.000 0.308 0.000 0.528
#> SRR1087728 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1098192 3 0.5095 0.5083 0.036 0.368 0.592 0.004 0.000
#> SRR1093340 2 0.1741 0.8383 0.024 0.936 0.000 0.000 0.040
#> SRR665405 3 0.3006 0.7276 0.000 0.004 0.836 0.156 0.004
#> SRR657077 2 0.2424 0.8191 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1416074 2 0.1648 0.8372 0.020 0.940 0.000 0.000 0.040
#> SRR1089688 3 0.3231 0.7104 0.000 0.004 0.800 0.196 0.000
#> SRR1353461 3 0.2583 0.7334 0.004 0.132 0.864 0.000 0.000
#> SRR1466321 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.5233 0.4058 0.636 0.000 0.288 0.000 0.076
#> SRR1322816 2 0.1043 0.8434 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464226 3 0.4958 0.5037 0.036 0.372 0.592 0.000 0.000
#> SRR1398863 1 0.6683 0.0188 0.432 0.308 0.260 0.000 0.000
#> SRR1455631 3 0.3205 0.7193 0.000 0.004 0.816 0.176 0.004
#> SRR1307808 1 0.0510 0.8595 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 3 0.3300 0.7052 0.000 0.004 0.792 0.204 0.000
#> SRR1076868 2 0.5173 0.2526 0.460 0.500 0.000 0.000 0.040
#> SRR1335984 2 0.1800 0.8351 0.048 0.932 0.020 0.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.3932 0.3925 0.672 0.328 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.1741 0.8383 0.024 0.936 0.000 0.000 0.040
#> SRR1339788 3 0.2824 0.6846 0.032 0.000 0.872 0.000 0.096
#> SRR1084323 1 0.0794 0.8551 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 3 0.6445 0.2694 0.184 0.360 0.456 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.1741 0.8383 0.024 0.936 0.000 0.000 0.040
#> SRR1099833 3 0.2424 0.7362 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1093434 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435857 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.1741 0.8383 0.024 0.936 0.000 0.000 0.040
#> SRR1440787 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.3774 0.4554 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.4415 -0.0515 0.000 0.004 0.444 0.552 0.000
#> SRR811029 3 0.4969 0.4966 0.036 0.376 0.588 0.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381140 1 0.3612 0.5181 0.732 0.268 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388064 4 0.0162 0.9051 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1093577 1 0.1544 0.8098 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.2773 0.7018 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.0880 0.8442 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.1741 0.8383 0.024 0.936 0.000 0.000 0.040
#> SRR1445960 2 0.1043 0.8434 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403412 3 0.5036 0.4435 0.036 0.404 0.560 0.000 0.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0162 0.9051 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1330746 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1327872 4 0.4009 0.4053 0.000 0.004 0.312 0.684 0.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075174 3 0.5309 0.4824 0.060 0.364 0.576 0.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.1043 0.8472 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.3612 0.6836 0.172 0.028 0.800 0.000 0.000
#> SRR1376718 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.4748 0.6270 0.300 0.660 0.000 0.000 0.040
#> SRR1361692 1 0.0703 0.8499 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.4627 0.0323 0.544 0.000 0.444 0.000 0.012
#> SRR1409084 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 3 0.3128 0.7227 0.000 0.004 0.824 0.168 0.004
#> SRR1324102 2 0.1915 0.8420 0.032 0.928 0.000 0.000 0.040
#> SRR1079754 3 0.5103 0.6775 0.036 0.196 0.720 0.048 0.000
#> SRR1442127 3 0.1544 0.7195 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1076244 3 0.3635 0.6675 0.000 0.004 0.748 0.248 0.000
#> SRR1330901 1 0.0510 0.8595 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.1836 0.8427 0.032 0.932 0.000 0.000 0.036
#> SRR1357541 5 0.6328 0.5341 0.228 0.000 0.244 0.000 0.528
#> SRR811607 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0510 0.7491 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1474908 2 0.1043 0.8434 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309875 3 0.5109 0.3072 0.036 0.460 0.504 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.3999 0.6031 0.240 0.020 0.740 0.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.1410 0.8485 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.0963 0.8497 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.4304 0.1291 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1472728 2 0.1942 0.8477 0.068 0.920 0.000 0.000 0.012
#> SRR1091144 3 0.3001 0.7308 0.000 0.004 0.844 0.144 0.008
#> SRR1319118 1 0.1041 0.8403 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR1403611 3 0.2424 0.7362 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1397762 3 0.5246 0.5141 0.060 0.344 0.596 0.000 0.000
#> SRR1317387 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376426 2 0.1741 0.8383 0.024 0.936 0.000 0.000 0.040
#> SRR1097777 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365743 3 0.3875 0.7039 0.048 0.160 0.792 0.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.1043 0.8434 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089537 3 0.2909 0.7319 0.000 0.000 0.848 0.140 0.012
#> SRR1397744 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 5 0.1270 0.8634 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1440032 3 0.0798 0.7560 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000
#> SRR1404507 4 0.2488 0.7389 0.000 0.004 0.124 0.872 0.000
#> SRR1404856 5 0.3534 0.6812 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR812745 3 0.5119 0.5071 0.048 0.360 0.592 0.000 0.000
#> SRR1417524 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1407334 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.4161 0.2063 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1453277 2 0.5796 0.4930 0.312 0.572 0.116 0.000 0.000
#> SRR1095407 5 0.1043 0.8598 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1359694 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR656982 3 0.1243 0.7549 0.004 0.000 0.960 0.028 0.008
#> SRR1354338 3 0.6593 0.1276 0.212 0.368 0.420 0.000 0.000
#> SRR1088291 1 0.2605 0.7210 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.2305 0.6972 0.012 0.000 0.896 0.000 0.092
#> SRR1393572 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.3774 0.6596 0.296 0.704 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 1 0.0324 0.8620 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1434999 5 0.1341 0.8638 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR656457 5 0.1341 0.8638 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1098928 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343967 2 0.1741 0.8383 0.024 0.936 0.000 0.000 0.040
#> SRR1360766 3 0.6180 0.0994 0.404 0.136 0.460 0.000 0.000
#> SRR1464724 4 0.0324 0.9026 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1101542 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.2660 0.7351 0.008 0.128 0.864 0.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.2597 0.7023 0.024 0.000 0.884 0.000 0.092
#> SRR1086070 1 0.1043 0.8486 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.1908 0.8415 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.4262 0.2881 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1418433 3 0.2806 0.7304 0.000 0.004 0.844 0.152 0.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.1043 0.8434 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.1341 0.8481 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 0.9074 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.1197 0.8445 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418302 3 0.4980 0.4902 0.036 0.380 0.584 0.000 0.000
#> SRR1073991 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085187 3 0.6132 -0.1699 0.000 0.000 0.444 0.128 0.428
#> SRR1357618 5 0.2127 0.8232 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1487764 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1075336 1 0.0162 0.8628 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.1741 0.8383 0.024 0.936 0.000 0.000 0.040
#> SRR1414613 2 0.4708 0.6393 0.292 0.668 0.000 0.000 0.040
#> SRR658719 3 0.5019 0.4609 0.036 0.396 0.568 0.000 0.000
#> SRR1475128 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1367630 3 0.3333 0.7026 0.000 0.004 0.788 0.208 0.000
#> SRR1481146 3 0.3053 0.7244 0.000 0.000 0.828 0.164 0.008
#> SRR1465674 5 0.1043 0.8598 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1327303 2 0.1608 0.8415 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390391 2 0.5793 0.5231 0.292 0.584 0.124 0.000 0.000
#> SRR1326020 3 0.3219 0.7268 0.020 0.136 0.840 0.004 0.000
#> SRR1381953 3 0.0486 0.7538 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1082544 3 0.4820 0.6440 0.056 0.240 0.700 0.004 0.000
#> SRR810761 1 0.5725 0.3735 0.620 0.000 0.224 0.000 0.156
#> SRR1070764 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415919 3 0.0162 0.7532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1490404 2 0.3922 0.7702 0.180 0.780 0.000 0.000 0.040
#> SRR1416773 5 0.1043 0.8598 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1377492 3 0.3001 0.7308 0.000 0.004 0.844 0.144 0.008
#> SRR1334314 1 0.0324 0.8620 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.4063 0.55742 0.208 0.004 0.736 0.000 0.000 0.052
#> SRR1074385 1 0.2070 0.82795 0.908 0.044 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1374739 3 0.1225 0.73946 0.000 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1097883 1 0.2547 0.81787 0.880 0.004 0.036 0.000 0.000 0.080
#> SRR2167209 5 0.0000 0.82233 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816541 6 0.4010 0.24367 0.008 0.408 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR663645 6 0.7459 0.02445 0.060 0.040 0.316 0.180 0.000 0.404
#> SRR1381505 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.3200 0.75459 0.196 0.788 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1318503 1 0.0508 0.85466 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341626 6 0.6163 0.55171 0.136 0.072 0.140 0.020 0.000 0.632
#> SRR1382440 3 0.1480 0.73283 0.000 0.000 0.940 0.000 0.040 0.020
#> SRR1088413 3 0.1788 0.73967 0.040 0.004 0.928 0.000 0.000 0.028
#> SRR1082080 2 0.1829 0.79571 0.056 0.920 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1455783 1 0.1572 0.84352 0.936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1447760 1 0.5542 0.20137 0.528 0.008 0.000 0.000 0.348 0.116
#> SRR1487784 2 0.3612 0.74933 0.200 0.764 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1331037 2 0.4148 0.73496 0.148 0.744 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1095651 3 0.0146 0.75023 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1078066 5 0.1007 0.83343 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1120363 1 0.1501 0.83700 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR821231 1 0.3706 0.71476 0.776 0.016 0.184 0.000 0.000 0.024
#> SRR1374373 6 0.5393 0.48366 0.212 0.144 0.016 0.000 0.000 0.628
#> SRR1324519 2 0.4139 0.27808 0.024 0.640 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1431121 1 0.2058 0.83289 0.908 0.000 0.036 0.000 0.000 0.056
#> SRR1091032 2 0.3755 0.67325 0.036 0.744 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1365575 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.3054 0.80290 0.852 0.036 0.096 0.000 0.000 0.016
#> SRR1310690 6 0.2921 0.56749 0.008 0.156 0.008 0.000 0.000 0.828
#> SRR1383037 3 0.2119 0.74896 0.000 0.060 0.904 0.000 0.000 0.036
#> SRR1095479 1 0.3848 0.66733 0.752 0.004 0.204 0.000 0.000 0.040
#> SRR1070403 3 0.1010 0.73475 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1390203 1 0.0725 0.85400 0.976 0.012 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1072007 6 0.4475 0.58372 0.008 0.064 0.180 0.012 0.000 0.736
#> SRR1468787 3 0.6239 0.13969 0.064 0.004 0.460 0.000 0.396 0.076
#> SRR1347959 2 0.4191 0.65837 0.284 0.676 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1338513 3 0.4572 0.68253 0.000 0.016 0.724 0.092 0.000 0.168
#> SRR812598 6 0.4649 0.60635 0.008 0.068 0.164 0.024 0.000 0.736
#> SRR1446806 1 0.2134 0.82234 0.904 0.052 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1394275 1 0.1418 0.84820 0.944 0.024 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1443633 5 0.6161 0.63499 0.160 0.004 0.128 0.000 0.612 0.096
#> SRR1087728 3 0.0000 0.74930 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098192 6 0.4574 0.55965 0.004 0.040 0.176 0.044 0.000 0.736
#> SRR1093340 2 0.1745 0.79592 0.056 0.924 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR665405 3 0.5509 0.53137 0.000 0.000 0.544 0.164 0.000 0.292
#> SRR657077 6 0.5646 0.33788 0.244 0.220 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR813208 3 0.1930 0.75035 0.000 0.048 0.916 0.000 0.000 0.036
#> SRR1416074 2 0.1471 0.79666 0.064 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1089688 3 0.5825 0.46872 0.000 0.000 0.488 0.224 0.000 0.288
#> SRR1353461 3 0.2795 0.74285 0.000 0.100 0.856 0.000 0.000 0.044
#> SRR1466321 1 0.0458 0.85466 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.3301 0.78195 0.828 0.004 0.000 0.000 0.068 0.100
#> SRR1322816 6 0.4002 0.25599 0.008 0.404 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1457727 1 0.1370 0.84892 0.948 0.012 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464226 6 0.4270 0.60156 0.004 0.060 0.164 0.016 0.000 0.756
#> SRR1398863 1 0.6877 -0.21963 0.420 0.080 0.168 0.000 0.000 0.332
#> SRR1455631 3 0.5509 0.53137 0.000 0.000 0.544 0.164 0.000 0.292
#> SRR1307808 1 0.1408 0.84177 0.944 0.020 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1374585 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 3 0.5748 0.47561 0.000 0.000 0.496 0.196 0.000 0.308
#> SRR1076868 2 0.4219 0.64596 0.304 0.660 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1335984 6 0.2668 0.56006 0.004 0.168 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1445939 1 0.4382 0.54233 0.696 0.076 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1453047 2 0.2058 0.79433 0.056 0.908 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1339788 3 0.2085 0.71912 0.024 0.000 0.912 0.000 0.008 0.056
#> SRR1084323 1 0.1713 0.83803 0.928 0.044 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1092937 6 0.6820 0.31289 0.380 0.084 0.144 0.000 0.000 0.392
#> SRR1074090 2 0.1524 0.79741 0.060 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1099833 3 0.3101 0.74876 0.000 0.060 0.860 0.036 0.000 0.044
#> SRR1093434 3 0.0363 0.74505 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1435857 1 0.0806 0.85534 0.972 0.008 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1480347 2 0.2390 0.78550 0.056 0.888 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1440787 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.2685 0.79036 0.868 0.060 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1322730 4 0.5859 0.19639 0.000 0.000 0.232 0.480 0.000 0.288
#> SRR811029 6 0.4494 0.53581 0.004 0.076 0.224 0.000 0.000 0.696
#> SRR1390456 3 0.1168 0.75253 0.000 0.016 0.956 0.000 0.000 0.028
#> SRR1381140 1 0.3706 0.67490 0.772 0.056 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1388064 4 0.2762 0.72653 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1093577 1 0.1700 0.83546 0.928 0.000 0.048 0.000 0.000 0.024
#> SRR1414161 1 0.2685 0.78842 0.868 0.060 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1328738 1 0.1644 0.83505 0.920 0.004 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1311752 2 0.1524 0.79741 0.060 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1445960 6 0.3861 0.37065 0.008 0.352 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1403412 6 0.4041 0.62067 0.004 0.096 0.136 0.000 0.000 0.764
#> SRR2166748 1 0.2263 0.83385 0.900 0.004 0.036 0.000 0.000 0.060
#> SRR821666 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.1794 0.75139 0.000 0.040 0.924 0.000 0.000 0.036
#> SRR1327872 4 0.5066 0.48512 0.000 0.000 0.116 0.608 0.000 0.276
#> SRR1100800 1 0.0865 0.84903 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1075174 6 0.7045 0.45148 0.272 0.080 0.236 0.000 0.000 0.412
#> SRR1434436 1 0.1492 0.84380 0.940 0.036 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1389409 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.4666 0.59980 0.136 0.036 0.736 0.000 0.000 0.092
#> SRR1376718 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.4363 0.59001 0.324 0.636 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1361692 1 0.1765 0.83960 0.924 0.000 0.024 0.000 0.000 0.052
#> SRR1431493 1 0.5096 0.35268 0.564 0.004 0.368 0.000 0.008 0.056
#> SRR1409084 1 0.1151 0.84861 0.956 0.032 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2166214 3 0.5687 0.53847 0.000 0.000 0.548 0.160 0.008 0.284
#> SRR1324102 2 0.3954 0.69769 0.056 0.740 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1079754 6 0.5534 0.42200 0.004 0.036 0.228 0.096 0.000 0.636
#> SRR1442127 3 0.0260 0.74672 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1076244 3 0.6211 0.53743 0.000 0.048 0.528 0.136 0.000 0.288
#> SRR1330901 1 0.0508 0.85457 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073167 2 0.4305 0.62170 0.056 0.684 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1357541 5 0.5825 0.55178 0.252 0.004 0.044 0.000 0.600 0.100
#> SRR811607 1 0.0363 0.85437 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0891 0.73936 0.008 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024
#> SRR1474908 6 0.3911 0.34146 0.008 0.368 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1309875 6 0.3975 0.61577 0.004 0.112 0.112 0.000 0.000 0.772
#> SRR598792 3 0.2527 0.73545 0.048 0.004 0.884 0.000 0.000 0.064
#> SRR1088537 6 0.4829 0.05792 0.056 0.424 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1457682 1 0.0508 0.85429 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454289 1 0.0547 0.85458 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 5 0.4467 0.52290 0.000 0.000 0.320 0.000 0.632 0.048
#> SRR1472728 2 0.5279 0.35305 0.116 0.548 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1091144 3 0.5454 0.53662 0.000 0.000 0.552 0.156 0.000 0.292
#> SRR1319118 1 0.2886 0.81022 0.860 0.004 0.072 0.000 0.000 0.064
#> SRR1403611 3 0.3101 0.74876 0.000 0.060 0.860 0.036 0.000 0.044
#> SRR1397762 3 0.5390 -0.11532 0.012 0.080 0.508 0.000 0.000 0.400
#> SRR1317387 3 0.0146 0.75023 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1376426 2 0.1524 0.79741 0.060 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1097777 1 0.1269 0.85585 0.956 0.012 0.012 0.000 0.000 0.020
#> SRR1365743 3 0.3469 0.71400 0.000 0.104 0.808 0.000 0.000 0.088
#> SRR1458992 6 0.3887 0.35679 0.008 0.360 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1089537 3 0.4360 0.62767 0.000 0.000 0.724 0.088 0.184 0.004
#> SRR1397744 1 0.0508 0.85429 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1453893 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0508 0.85429 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321765 5 0.0790 0.83252 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1440032 3 0.5856 0.50126 0.116 0.032 0.600 0.008 0.000 0.244
#> SRR1404507 4 0.4127 0.60150 0.000 0.000 0.036 0.680 0.000 0.284
#> SRR1404856 5 0.2308 0.80292 0.012 0.000 0.016 0.000 0.896 0.076
#> SRR812745 6 0.4900 0.48434 0.004 0.080 0.292 0.000 0.000 0.624
#> SRR1417524 3 0.0951 0.75403 0.000 0.020 0.968 0.004 0.000 0.008
#> SRR1407334 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.1082 0.84950 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1415938 1 0.1585 0.84946 0.940 0.012 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081259 1 0.4918 0.44777 0.644 0.124 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1436187 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.2119 0.74896 0.000 0.060 0.904 0.000 0.000 0.036
#> SRR1453277 6 0.5411 0.48219 0.236 0.140 0.012 0.000 0.000 0.612
#> SRR1095407 5 0.0000 0.82233 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359694 1 0.0363 0.85437 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656982 3 0.5820 0.58223 0.008 0.000 0.596 0.104 0.032 0.260
#> SRR1354338 1 0.6023 0.23510 0.552 0.068 0.084 0.000 0.000 0.296
#> SRR1088291 1 0.1843 0.83350 0.912 0.004 0.004 0.000 0.000 0.080
#> SRR1080624 1 0.0508 0.85465 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166708 3 0.1887 0.72599 0.012 0.000 0.924 0.000 0.016 0.048
#> SRR1393572 1 0.0508 0.85429 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429912 1 0.4555 0.00971 0.540 0.424 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1421048 1 0.1531 0.84347 0.928 0.004 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1434999 5 0.1007 0.83343 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR656457 5 0.1007 0.83343 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1098928 3 0.1930 0.75035 0.000 0.048 0.916 0.000 0.000 0.036
#> SRR1343967 2 0.1524 0.79741 0.060 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360766 1 0.7062 -0.16845 0.396 0.076 0.276 0.000 0.000 0.252
#> SRR1464724 4 0.3309 0.65000 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1101542 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.2837 0.74548 0.000 0.088 0.856 0.000 0.000 0.056
#> SRR1071519 3 0.1082 0.73938 0.004 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040
#> SRR1086070 1 0.1575 0.84306 0.936 0.032 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1358645 6 0.5481 0.36863 0.284 0.164 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR819771 3 0.4261 0.07167 0.000 0.000 0.572 0.000 0.408 0.020
#> SRR1418433 3 0.5877 0.56894 0.000 0.052 0.568 0.092 0.000 0.288
#> SRR821050 1 0.1327 0.84153 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1402091 6 0.3934 0.32446 0.008 0.376 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1322028 2 0.5366 0.45136 0.148 0.568 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1452556 4 0.0000 0.86438 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340047 6 0.4775 0.42935 0.084 0.284 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1418302 6 0.3872 0.62086 0.004 0.076 0.144 0.000 0.000 0.776
#> SRR1073991 1 0.1749 0.84817 0.932 0.008 0.036 0.000 0.000 0.024
#> SRR1085187 5 0.5283 0.20265 0.000 0.000 0.356 0.032 0.564 0.048
#> SRR1357618 5 0.1957 0.79625 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1487764 3 0.4971 0.64587 0.000 0.000 0.688 0.072 0.036 0.204
#> SRR1075336 1 0.0508 0.85429 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365471 2 0.1745 0.79592 0.056 0.924 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1414613 2 0.3618 0.75423 0.192 0.768 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR658719 6 0.4527 0.59291 0.008 0.088 0.192 0.000 0.000 0.712
#> SRR1475128 3 0.0146 0.74812 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367630 3 0.6040 0.33645 0.000 0.000 0.420 0.288 0.000 0.292
#> SRR1481146 3 0.6105 0.55309 0.000 0.000 0.552 0.156 0.040 0.252
#> SRR1465674 5 0.0000 0.82233 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327303 6 0.5374 0.41316 0.252 0.168 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1390391 6 0.5916 0.46620 0.272 0.128 0.036 0.000 0.000 0.564
#> SRR1326020 3 0.5097 0.40560 0.000 0.064 0.544 0.008 0.000 0.384
#> SRR1381953 3 0.4943 0.62626 0.000 0.048 0.644 0.028 0.000 0.280
#> SRR1082544 6 0.6932 0.39464 0.164 0.040 0.192 0.060 0.000 0.544
#> SRR810761 1 0.5446 0.58208 0.664 0.004 0.044 0.000 0.188 0.100
#> SRR1070764 3 0.2318 0.74797 0.000 0.064 0.892 0.000 0.000 0.044
#> SRR1415919 3 0.2119 0.74896 0.000 0.060 0.904 0.000 0.000 0.036
#> SRR1490404 2 0.2653 0.78267 0.144 0.844 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1416773 5 0.0000 0.82233 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377492 3 0.5912 0.56863 0.000 0.000 0.572 0.136 0.036 0.256
#> SRR1334314 1 0.1914 0.84108 0.920 0.056 0.016 0.000 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.803 0.904 0.958 0.4636 0.537 0.537
#> 3 3 0.589 0.746 0.859 0.4099 0.655 0.434
#> 4 4 0.781 0.820 0.911 0.0986 0.720 0.376
#> 5 5 0.719 0.716 0.839 0.0638 0.887 0.644
#> 6 6 0.683 0.668 0.772 0.0477 0.920 0.703
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.9552 0.399 0.376 0.624
#> SRR1381505 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1318503 1 0.7602 0.733 0.780 0.220
#> SRR1341626 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1447760 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.7056 0.749 0.192 0.808
#> SRR1095651 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR821231 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1374373 1 0.8443 0.651 0.728 0.272
#> SRR1324519 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0376 0.948 0.004 0.996
#> SRR1383037 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1072007 1 0.7815 0.716 0.768 0.232
#> SRR1468787 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.0938 0.943 0.012 0.988
#> SRR1338513 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.6048 0.823 0.852 0.148
#> SRR1394275 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR657077 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1089688 1 0.7950 0.705 0.760 0.240
#> SRR1353461 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1466321 1 0.8016 0.697 0.756 0.244
#> SRR1073021 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1455631 1 0.9775 0.326 0.588 0.412
#> SRR1307808 1 0.4562 0.876 0.904 0.096
#> SRR1374585 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.9977 0.080 0.472 0.528
#> SRR1076868 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1335984 1 0.9686 0.370 0.604 0.396
#> SRR1445939 1 0.8499 0.644 0.724 0.276
#> SRR1453047 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0376 0.954 0.996 0.004
#> SRR1092937 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.4690 0.872 0.900 0.100
#> SRR1388064 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.5946 0.827 0.856 0.144
#> SRR1328738 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.8499 0.644 0.724 0.276
#> SRR1389409 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1361692 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1330901 1 0.8081 0.691 0.752 0.248
#> SRR1073167 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR811607 1 0.5178 0.857 0.884 0.116
#> SRR1468931 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.2043 0.928 0.032 0.968
#> SRR1309875 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.7056 0.771 0.808 0.192
#> SRR1069352 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1091144 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.1633 0.934 0.024 0.976
#> SRR1089537 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1397744 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1404856 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR812745 2 0.9795 0.283 0.416 0.584
#> SRR1417524 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1081259 1 0.1843 0.935 0.972 0.028
#> SRR1436187 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1453277 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1095407 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.8813 0.574 0.300 0.700
#> SRR656982 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1354338 2 0.8955 0.550 0.312 0.688
#> SRR1088291 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1429912 1 0.7219 0.761 0.800 0.200
#> SRR1421048 1 0.6623 0.795 0.828 0.172
#> SRR1434999 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1360766 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1464724 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.8386 0.633 0.268 0.732
#> SRR819771 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.0938 0.943 0.012 0.988
#> SRR821050 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.8499 0.619 0.276 0.724
#> SRR1452556 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1340047 1 0.7139 0.766 0.804 0.196
#> SRR1418302 2 0.2778 0.913 0.048 0.952
#> SRR1073991 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1085187 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1075336 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0672 0.946 0.008 0.992
#> SRR658719 2 0.3114 0.906 0.056 0.944
#> SRR1475128 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1367630 1 0.8016 0.698 0.756 0.244
#> SRR1481146 1 0.9552 0.426 0.624 0.376
#> SRR1465674 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.7139 0.766 0.804 0.196
#> SRR1390391 2 0.9248 0.488 0.340 0.660
#> SRR1326020 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0938 0.943 0.012 0.988
#> SRR810761 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.1414 0.937 0.020 0.980
#> SRR1416773 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1377492 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
#> SRR1334314 1 0.0000 0.957 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.0237 0.882 0.004 0.000 0.996
#> SRR1074385 1 0.2796 0.813 0.908 0.000 0.092
#> SRR1374739 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 1 0.4555 0.690 0.800 0.000 0.200
#> SRR2167209 1 0.3686 0.762 0.860 0.000 0.140
#> SRR816541 2 0.3816 0.779 0.148 0.852 0.000
#> SRR663645 2 0.0237 0.835 0.004 0.996 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 1 0.2959 0.818 0.900 0.100 0.000
#> SRR1318503 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.6235 0.337 0.436 0.564 0.000
#> SRR1382440 3 0.0592 0.881 0.012 0.000 0.988
#> SRR1088413 3 0.1529 0.873 0.040 0.000 0.960
#> SRR1082080 2 0.6295 0.232 0.472 0.528 0.000
#> SRR1455783 1 0.0592 0.847 0.988 0.012 0.000
#> SRR1447760 1 0.0237 0.846 0.996 0.000 0.004
#> SRR1487784 1 0.2959 0.818 0.900 0.100 0.000
#> SRR1331037 1 0.2878 0.821 0.904 0.096 0.000
#> SRR1095651 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078066 3 0.6235 0.325 0.436 0.000 0.564
#> SRR1120363 1 0.1643 0.830 0.956 0.000 0.044
#> SRR821231 3 0.1289 0.877 0.032 0.000 0.968
#> SRR1374373 1 0.3500 0.807 0.880 0.116 0.004
#> SRR1324519 2 0.6154 0.409 0.408 0.592 0.000
#> SRR1431121 1 0.3038 0.790 0.896 0.000 0.104
#> SRR1091032 2 0.5706 0.582 0.320 0.680 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.2711 0.854 0.088 0.000 0.912
#> SRR1310690 2 0.3116 0.804 0.108 0.892 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.4002 0.802 0.160 0.000 0.840
#> SRR1070403 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.5327 0.568 0.000 0.728 0.272
#> SRR1468787 3 0.6235 0.318 0.436 0.000 0.564
#> SRR1347959 1 0.2796 0.823 0.908 0.092 0.000
#> SRR1338513 3 0.0237 0.881 0.000 0.004 0.996
#> SRR812598 2 0.2066 0.823 0.060 0.940 0.000
#> SRR1446806 1 0.2537 0.830 0.920 0.080 0.000
#> SRR1394275 1 0.1529 0.843 0.960 0.000 0.040
#> SRR1443633 3 0.5926 0.509 0.356 0.000 0.644
#> SRR1087728 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 2 0.1860 0.826 0.052 0.948 0.000
#> SRR1093340 1 0.5882 0.397 0.652 0.348 0.000
#> SRR665405 3 0.2261 0.843 0.000 0.068 0.932
#> SRR657077 2 0.6225 0.345 0.432 0.568 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 1 0.3816 0.773 0.852 0.148 0.000
#> SRR1089688 3 0.6154 0.302 0.000 0.408 0.592
#> SRR1353461 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.4654 0.679 0.792 0.000 0.208
#> SRR1322816 2 0.3412 0.796 0.124 0.876 0.000
#> SRR1457727 1 0.0747 0.843 0.984 0.000 0.016
#> SRR1464226 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398863 3 0.5397 0.609 0.280 0.000 0.720
#> SRR1455631 2 0.5327 0.565 0.000 0.728 0.272
#> SRR1307808 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076868 1 0.2448 0.832 0.924 0.076 0.000
#> SRR1335984 2 0.4634 0.764 0.164 0.824 0.012
#> SRR1445939 1 0.3038 0.815 0.896 0.104 0.000
#> SRR1453047 1 0.5650 0.488 0.688 0.312 0.000
#> SRR1339788 3 0.0747 0.881 0.016 0.000 0.984
#> SRR1084323 1 0.1878 0.842 0.952 0.044 0.004
#> SRR1092937 3 0.6361 0.638 0.232 0.040 0.728
#> SRR1074090 1 0.4796 0.671 0.780 0.220 0.000
#> SRR1099833 3 0.4842 0.665 0.000 0.224 0.776
#> SRR1093434 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.5621 0.498 0.692 0.000 0.308
#> SRR1480347 1 0.6225 0.120 0.568 0.432 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.2063 0.842 0.948 0.044 0.008
#> SRR1322730 2 0.0892 0.828 0.000 0.980 0.020
#> SRR811029 2 0.0237 0.836 0.004 0.996 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 1 0.2796 0.823 0.908 0.092 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.2066 0.824 0.940 0.000 0.060
#> SRR1414161 1 0.2066 0.837 0.940 0.060 0.000
#> SRR1328738 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 1 0.3686 0.782 0.860 0.140 0.000
#> SRR1445960 2 0.3192 0.803 0.112 0.888 0.000
#> SRR1403412 2 0.2878 0.810 0.096 0.904 0.000
#> SRR2166748 1 0.6008 0.338 0.628 0.000 0.372
#> SRR821666 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.4121 0.732 0.832 0.000 0.168
#> SRR1075174 3 0.3038 0.804 0.104 0.000 0.896
#> SRR1434436 1 0.2261 0.835 0.932 0.068 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.4291 0.733 0.820 0.180 0.000
#> SRR1361692 1 0.0892 0.843 0.980 0.000 0.020
#> SRR1431493 3 0.4062 0.798 0.164 0.000 0.836
#> SRR1409084 1 0.3192 0.785 0.888 0.000 0.112
#> SRR2166214 3 0.3879 0.778 0.000 0.152 0.848
#> SRR1324102 2 0.6274 0.281 0.456 0.544 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.4887 0.613 0.000 0.772 0.228
#> SRR1330901 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.5988 0.498 0.368 0.632 0.000
#> SRR1357541 1 0.5926 0.380 0.644 0.000 0.356
#> SRR811607 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 2 0.6274 0.268 0.456 0.544 0.000
#> SRR1309875 2 0.2796 0.811 0.092 0.908 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 1 0.6215 0.144 0.572 0.428 0.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.2796 0.852 0.092 0.000 0.908
#> SRR1472728 1 0.5835 0.425 0.660 0.340 0.000
#> SRR1091144 3 0.3148 0.863 0.048 0.036 0.916
#> SRR1319118 3 0.4002 0.791 0.160 0.000 0.840
#> SRR1403611 3 0.2796 0.821 0.000 0.092 0.908
#> SRR1397762 3 0.2878 0.812 0.096 0.000 0.904
#> SRR1317387 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 1 0.3619 0.786 0.864 0.136 0.000
#> SRR1097777 1 0.5529 0.560 0.704 0.000 0.296
#> SRR1365743 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458992 2 0.5810 0.541 0.336 0.664 0.000
#> SRR1089537 3 0.2066 0.866 0.060 0.000 0.940
#> SRR1397744 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.6062 0.301 0.616 0.000 0.384
#> SRR1440032 3 0.0237 0.882 0.004 0.000 0.996
#> SRR1404507 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.4178 0.727 0.828 0.000 0.172
#> SRR812745 2 0.7979 0.570 0.100 0.628 0.272
#> SRR1417524 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.4796 0.680 0.780 0.000 0.220
#> SRR1081259 1 0.2625 0.828 0.916 0.084 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 3 0.5926 0.438 0.356 0.000 0.644
#> SRR1095407 1 0.4702 0.673 0.788 0.000 0.212
#> SRR1359694 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR656982 3 0.1643 0.873 0.044 0.000 0.956
#> SRR1354338 1 0.2625 0.828 0.916 0.084 0.000
#> SRR1088291 1 0.1643 0.831 0.956 0.000 0.044
#> SRR1080624 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 1 0.1860 0.840 0.948 0.052 0.000
#> SRR1421048 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434999 3 0.2959 0.847 0.100 0.000 0.900
#> SRR656457 3 0.3412 0.832 0.124 0.000 0.876
#> SRR1098928 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 1 0.3752 0.778 0.856 0.144 0.000
#> SRR1360766 3 0.1964 0.862 0.056 0.000 0.944
#> SRR1464724 2 0.2066 0.797 0.000 0.940 0.060
#> SRR1101542 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 1 0.2165 0.832 0.936 0.000 0.064
#> SRR1358645 1 0.3686 0.784 0.860 0.140 0.000
#> SRR819771 3 0.2625 0.855 0.084 0.000 0.916
#> SRR1418433 2 0.5529 0.505 0.000 0.704 0.296
#> SRR821050 1 0.3267 0.781 0.884 0.000 0.116
#> SRR1402091 2 0.3482 0.793 0.128 0.872 0.000
#> SRR1322028 1 0.2625 0.828 0.916 0.084 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.836 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.3038 0.815 0.896 0.104 0.000
#> SRR1418302 2 0.0237 0.836 0.004 0.996 0.000
#> SRR1073991 3 0.6045 0.396 0.380 0.000 0.620
#> SRR1085187 3 0.6952 0.169 0.480 0.016 0.504
#> SRR1357618 3 0.3116 0.842 0.108 0.000 0.892
#> SRR1487764 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075336 1 0.0592 0.844 0.988 0.000 0.012
#> SRR1365471 2 0.6252 0.317 0.444 0.556 0.000
#> SRR1414613 1 0.2959 0.818 0.900 0.100 0.000
#> SRR658719 2 0.3116 0.804 0.108 0.892 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 3 0.6244 0.238 0.000 0.440 0.560
#> SRR1481146 2 0.4291 0.697 0.000 0.820 0.180
#> SRR1465674 1 0.6026 0.324 0.624 0.000 0.376
#> SRR1327303 1 0.3686 0.786 0.860 0.140 0.000
#> SRR1390391 2 0.5882 0.527 0.348 0.652 0.000
#> SRR1326020 3 0.1529 0.861 0.000 0.040 0.960
#> SRR1381953 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082544 2 0.5327 0.660 0.272 0.728 0.000
#> SRR810761 3 0.6244 0.314 0.440 0.000 0.560
#> SRR1070764 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 1 0.2537 0.830 0.920 0.080 0.000
#> SRR1416773 3 0.6095 0.438 0.392 0.000 0.608
#> SRR1377492 3 0.1753 0.856 0.000 0.048 0.952
#> SRR1334314 1 0.0424 0.846 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.1557 0.8742 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1074385 2 0.0188 0.9312 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1374739 1 0.2921 0.8102 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1097883 1 0.1474 0.8709 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.1305 0.8776 0.960 0.036 0.004 0.000
#> SRR816541 2 0.2081 0.8871 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR663645 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381505 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.0469 0.9298 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.5298 0.4012 0.016 0.612 0.000 0.372
#> SRR1382440 1 0.2216 0.8516 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1088413 1 0.1557 0.8688 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1082080 2 0.0707 0.9271 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1455783 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 1 0.2281 0.8403 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.4372 0.6583 0.268 0.000 0.728 0.004
#> SRR1078066 1 0.0188 0.8839 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1120363 1 0.2530 0.8310 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR821231 3 0.3037 0.8499 0.100 0.020 0.880 0.000
#> SRR1374373 2 0.1305 0.9193 0.036 0.960 0.004 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.3907 0.6900 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.1557 0.9075 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1365575 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072972 3 0.4307 0.7632 0.048 0.144 0.808 0.000
#> SRR1310690 2 0.1637 0.9043 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1383037 3 0.1109 0.8846 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1095479 1 0.1389 0.8719 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1070403 3 0.1211 0.8806 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1390203 2 0.0336 0.9306 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1072007 4 0.7046 0.6278 0.060 0.112 0.160 0.668
#> SRR1468787 1 0.0672 0.8852 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338513 3 0.0895 0.8866 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR812598 4 0.4817 0.3076 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1446806 2 0.0804 0.9271 0.012 0.980 0.008 0.000
#> SRR1394275 2 0.1109 0.9207 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR1443633 1 0.0672 0.8852 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1087728 3 0.1474 0.8825 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1098192 4 0.4973 0.6488 0.004 0.204 0.040 0.752
#> SRR1093340 2 0.0524 0.9304 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR665405 4 0.6143 0.1186 0.048 0.000 0.456 0.496
#> SRR657077 2 0.1767 0.9118 0.012 0.944 0.000 0.044
#> SRR813208 3 0.2266 0.8614 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.4720 0.5276 0.004 0.000 0.324 0.672
#> SRR1353461 3 0.0336 0.8857 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1466321 2 0.0336 0.9307 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.1022 0.8800 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.1389 0.9117 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1457727 2 0.0188 0.9312 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1464226 4 0.1398 0.8410 0.004 0.000 0.040 0.956
#> SRR1398863 2 0.4088 0.7125 0.004 0.764 0.232 0.000
#> SRR1455631 4 0.4956 0.6537 0.232 0.000 0.036 0.732
#> SRR1307808 2 0.0188 0.9313 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.0188 0.8596 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1072104 4 0.1909 0.8349 0.008 0.004 0.048 0.940
#> SRR1076868 2 0.0336 0.9307 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.5199 0.6579 0.004 0.720 0.240 0.036
#> SRR1445939 2 0.0524 0.9298 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1453047 2 0.0188 0.9314 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1339788 1 0.2704 0.8238 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1084323 2 0.0188 0.9312 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1092937 2 0.6386 0.2302 0.072 0.552 0.376 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.3913 0.7772 0.028 0.000 0.824 0.148
#> SRR1093434 3 0.1118 0.8867 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1435857 2 0.3893 0.7279 0.196 0.796 0.008 0.000
#> SRR1480347 2 0.0524 0.9304 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1440787 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.0524 0.9293 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1322730 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811029 3 0.4940 0.7277 0.000 0.128 0.776 0.096
#> SRR1390456 3 0.3569 0.7736 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1381140 2 0.0336 0.9306 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1388064 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.1610 0.8758 0.952 0.032 0.016 0.000
#> SRR1414161 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.2408 0.8374 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.1576 0.9130 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1403412 2 0.5222 0.5944 0.000 0.688 0.280 0.032
#> SRR2166748 1 0.2741 0.8396 0.892 0.096 0.012 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330746 3 0.0188 0.8863 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1327872 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100800 2 0.5168 -0.0505 0.492 0.504 0.004 0.000
#> SRR1075174 3 0.2988 0.8076 0.012 0.112 0.876 0.000
#> SRR1434436 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085310 3 0.2266 0.8614 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1376718 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.0336 0.9307 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.1474 0.8706 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.1118 0.8752 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1409084 2 0.2081 0.8772 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR2166214 4 0.7642 0.3967 0.280 0.004 0.220 0.496
#> SRR1324102 2 0.1940 0.8931 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1079754 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.2216 0.8508 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1076244 3 0.3444 0.7457 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1330901 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.1389 0.9127 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1357541 1 0.1398 0.8760 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR811607 2 0.0188 0.9313 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.1022 0.8818 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1474908 2 0.2335 0.9021 0.008 0.928 0.044 0.020
#> SRR1309875 2 0.2908 0.8764 0.000 0.896 0.064 0.040
#> SRR598792 3 0.0469 0.8879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1088537 2 0.2101 0.9007 0.012 0.928 0.000 0.060
#> SRR1457682 2 0.0336 0.9307 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1454289 2 0.0336 0.9307 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1069352 1 0.0592 0.8828 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091144 1 0.3842 0.7677 0.836 0.000 0.036 0.128
#> SRR1319118 1 0.4804 0.7561 0.776 0.064 0.160 0.000
#> SRR1403611 3 0.1004 0.8854 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1397762 3 0.3796 0.8163 0.044 0.100 0.852 0.004
#> SRR1317387 1 0.2216 0.8492 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 2 0.4057 0.7809 0.032 0.816 0.152 0.000
#> SRR1365743 3 0.0000 0.8865 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.2505 0.8970 0.008 0.920 0.052 0.020
#> SRR1089537 1 0.1118 0.8752 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1397744 2 0.0592 0.9288 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098543 2 0.0336 0.9307 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0524 0.8847 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1440032 1 0.5346 0.6429 0.732 0.000 0.076 0.192
#> SRR1404507 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404856 1 0.1211 0.8764 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR812745 3 0.3907 0.7148 0.004 0.180 0.808 0.008
#> SRR1417524 3 0.0895 0.8884 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR1407334 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453991 2 0.4948 0.1601 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR1415938 2 0.2660 0.8833 0.036 0.908 0.056 0.000
#> SRR1081259 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431948 3 0.0469 0.8879 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1453277 2 0.5074 0.6655 0.040 0.724 0.236 0.000
#> SRR1095407 1 0.0188 0.8846 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.0336 0.9307 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR656982 1 0.0921 0.8809 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1354338 1 0.5386 0.4204 0.612 0.368 0.000 0.020
#> SRR1088291 1 0.1302 0.8769 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1080624 2 0.2081 0.8789 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.1902 0.8674 0.064 0.004 0.932 0.000
#> SRR1393572 2 0.0336 0.9307 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0336 0.9307 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1421048 1 0.4992 0.1436 0.524 0.476 0.000 0.000
#> SRR1434999 1 0.0336 0.8836 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR656457 1 0.0336 0.8836 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1098928 3 0.1824 0.8731 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 3 0.3333 0.8081 0.040 0.088 0.872 0.000
#> SRR1464724 4 0.4072 0.6456 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1101542 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401528 3 0.0188 0.8861 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1071519 3 0.2704 0.8384 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1086070 2 0.0672 0.9284 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR1358645 2 0.0188 0.9313 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR819771 1 0.1302 0.8733 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1418433 3 0.0817 0.8803 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR821050 1 0.4699 0.5586 0.676 0.320 0.004 0.000
#> SRR1402091 2 0.0921 0.9230 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 0.8621 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.1452 0.9165 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1418302 3 0.4093 0.7982 0.000 0.072 0.832 0.096
#> SRR1073991 1 0.7717 0.2726 0.448 0.264 0.288 0.000
#> SRR1085187 1 0.0188 0.8839 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357618 1 0.0707 0.8809 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1487764 3 0.4872 0.4716 0.356 0.000 0.640 0.004
#> SRR1075336 2 0.2081 0.8758 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.2197 0.8888 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658719 3 0.5268 0.1489 0.000 0.452 0.540 0.008
#> SRR1475128 3 0.0707 0.8885 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1367630 4 0.3999 0.7513 0.036 0.000 0.140 0.824
#> SRR1481146 4 0.4049 0.6957 0.212 0.000 0.008 0.780
#> SRR1465674 1 0.0188 0.8846 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1327303 2 0.1059 0.9248 0.012 0.972 0.016 0.000
#> SRR1390391 2 0.1822 0.9103 0.008 0.944 0.044 0.004
#> SRR1326020 3 0.0779 0.8814 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1381953 3 0.0188 0.8863 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1082544 4 0.6294 0.6430 0.088 0.192 0.024 0.696
#> SRR810761 1 0.0672 0.8852 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.8865 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.8865 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9316 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 4 0.7798 0.1371 0.248 0.000 0.364 0.388
#> SRR1334314 2 0.3942 0.6992 0.236 0.764 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.2280 0.66033 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR1074385 2 0.0290 0.90069 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.3586 0.67730 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0880 0.81091 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2167209 1 0.1638 0.79912 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR816541 2 0.0510 0.90097 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR663645 4 0.0000 0.90090 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381505 4 0.0162 0.90145 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416362 2 0.0162 0.90127 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.2208 0.86809 0.020 0.908 0.000 0.000 0.072
#> SRR1341626 2 0.4410 0.58417 0.016 0.700 0.000 0.008 0.276
#> SRR1382440 1 0.5450 0.55057 0.648 0.000 0.124 0.000 0.228
#> SRR1088413 1 0.5819 0.48555 0.600 0.000 0.148 0.000 0.252
#> SRR1082080 2 0.0510 0.90097 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1455783 2 0.0290 0.90173 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1447760 1 0.1638 0.79912 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1487784 2 0.0000 0.90164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0290 0.90069 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1095651 5 0.3880 0.62751 0.004 0.000 0.152 0.044 0.800
#> SRR1078066 1 0.0451 0.81669 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1120363 1 0.1299 0.81617 0.960 0.012 0.008 0.000 0.020
#> SRR821231 5 0.6270 0.55772 0.056 0.112 0.192 0.000 0.640
#> SRR1374373 2 0.3508 0.65558 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1324519 2 0.0566 0.89996 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1431121 1 0.2339 0.79817 0.912 0.028 0.008 0.000 0.052
#> SRR1091032 2 0.1410 0.88292 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1365575 4 0.0162 0.90145 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1072972 5 0.6070 0.39961 0.008 0.340 0.108 0.000 0.544
#> SRR1310690 2 0.0566 0.89996 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1383037 5 0.3561 0.44529 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1095479 5 0.2648 0.66774 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR1070403 3 0.2573 0.67438 0.104 0.000 0.880 0.000 0.016
#> SRR1390203 2 0.1243 0.89640 0.004 0.960 0.008 0.000 0.028
#> SRR1072007 5 0.2874 0.68560 0.028 0.012 0.008 0.060 0.892
#> SRR1468787 1 0.2605 0.76629 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.0404 0.90126 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1338513 3 0.4455 0.64774 0.012 0.000 0.776 0.076 0.136
#> SRR812598 2 0.5920 0.36176 0.000 0.580 0.000 0.148 0.272
#> SRR1446806 2 0.2233 0.84867 0.004 0.892 0.104 0.000 0.000
#> SRR1394275 2 0.3010 0.78786 0.004 0.824 0.172 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.1043 0.81574 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1087728 3 0.3565 0.68660 0.024 0.000 0.800 0.000 0.176
#> SRR1098192 5 0.4001 0.57381 0.000 0.208 0.004 0.024 0.764
#> SRR1093340 2 0.1043 0.89223 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR665405 4 0.7498 0.27212 0.080 0.000 0.244 0.492 0.184
#> SRR657077 2 0.2929 0.79557 0.000 0.840 0.000 0.008 0.152
#> SRR813208 5 0.1792 0.64287 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1416074 2 0.0000 0.90164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 4 0.3039 0.72985 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1353461 3 0.2516 0.69445 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1466321 2 0.2927 0.82767 0.060 0.872 0.000 0.000 0.068
#> SRR1073021 1 0.2230 0.78256 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0566 0.89996 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1457727 2 0.0324 0.90196 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1464226 5 0.2283 0.66853 0.000 0.008 0.040 0.036 0.916
#> SRR1398863 2 0.3586 0.65318 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1455631 5 0.4058 0.65619 0.064 0.000 0.000 0.152 0.784
#> SRR1307808 2 0.0162 0.90217 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.0000 0.90090 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 5 0.4060 0.45089 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1076868 2 0.0290 0.90251 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335984 3 0.3689 0.50680 0.000 0.256 0.740 0.004 0.000
#> SRR1445939 2 0.1341 0.88220 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0510 0.90138 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1339788 1 0.3949 0.63060 0.696 0.000 0.300 0.000 0.004
#> SRR1084323 2 0.0566 0.90201 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1092937 5 0.4608 0.43858 0.000 0.336 0.024 0.000 0.640
#> SRR1074090 2 0.0000 0.90164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 5 0.4761 0.62276 0.000 0.000 0.124 0.144 0.732
#> SRR1093434 3 0.3586 0.66965 0.076 0.000 0.828 0.000 0.096
#> SRR1435857 2 0.5122 0.62390 0.136 0.716 0.140 0.000 0.008
#> SRR1480347 2 0.0703 0.89969 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1440787 4 0.0162 0.90145 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1430202 2 0.1704 0.87407 0.004 0.928 0.068 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.0162 0.90145 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811029 3 0.6929 0.50771 0.000 0.056 0.548 0.140 0.256
#> SRR1390456 5 0.4788 0.55906 0.064 0.000 0.240 0.000 0.696
#> SRR1381140 2 0.1043 0.89015 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1388064 4 0.0162 0.90145 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1093577 5 0.4441 0.57783 0.236 0.044 0.000 0.000 0.720
#> SRR1414161 2 0.0703 0.89861 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.1894 0.79188 0.920 0.008 0.000 0.000 0.072
#> SRR1311752 2 0.0404 0.90126 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1445960 2 0.1502 0.88139 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> SRR1403412 3 0.5036 0.42941 0.000 0.320 0.628 0.000 0.052
#> SRR2166748 1 0.2894 0.79527 0.876 0.004 0.036 0.000 0.084
#> SRR821666 4 0.0000 0.90090 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.2153 0.69954 0.044 0.000 0.916 0.000 0.040
#> SRR1327872 4 0.0162 0.90145 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1100800 1 0.4646 0.67153 0.712 0.060 0.228 0.000 0.000
#> SRR1075174 3 0.3794 0.67828 0.000 0.048 0.800 0.000 0.152
#> SRR1434436 2 0.0162 0.90127 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.0162 0.90145 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1085310 5 0.3930 0.62705 0.056 0.000 0.152 0.000 0.792
#> SRR1376718 4 0.0162 0.90145 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR808590 4 0.0000 0.90090 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.0404 0.90126 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1361692 1 0.5246 0.29149 0.564 0.052 0.000 0.000 0.384
#> SRR1431493 5 0.3684 0.53826 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1409084 2 0.4117 0.73713 0.116 0.788 0.000 0.000 0.096
#> SRR2166214 4 0.7206 0.15954 0.368 0.000 0.084 0.452 0.096
#> SRR1324102 2 0.1671 0.87033 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1079754 4 0.0963 0.87511 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1442127 1 0.3090 0.78228 0.860 0.000 0.052 0.000 0.088
#> SRR1076244 4 0.4644 0.08814 0.000 0.000 0.460 0.528 0.012
#> SRR1330901 2 0.0000 0.90164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0609 0.90080 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1357541 1 0.1478 0.80840 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR811607 2 0.0609 0.90130 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1468931 3 0.2068 0.67695 0.092 0.000 0.904 0.000 0.004
#> SRR1474908 2 0.4450 0.06440 0.000 0.508 0.488 0.000 0.004
#> SRR1309875 2 0.2130 0.86359 0.000 0.908 0.080 0.000 0.012
#> SRR598792 3 0.3857 0.59693 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1088537 2 0.2280 0.83246 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1457682 2 0.1282 0.89207 0.004 0.952 0.000 0.000 0.044
#> SRR1454289 2 0.0566 0.90205 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1069352 1 0.1195 0.81475 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR1472728 2 0.0451 0.90080 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1091144 1 0.6911 0.41209 0.560 0.000 0.088 0.096 0.256
#> SRR1319118 1 0.4528 0.35436 0.548 0.008 0.444 0.000 0.000
#> SRR1403611 5 0.3143 0.54261 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1397762 5 0.2859 0.64941 0.000 0.068 0.056 0.000 0.876
#> SRR1317387 5 0.4677 0.66336 0.184 0.000 0.048 0.020 0.748
#> SRR1376426 2 0.0404 0.90126 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1097777 2 0.5855 0.27149 0.108 0.536 0.356 0.000 0.000
#> SRR1365743 3 0.3395 0.66028 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1458992 3 0.4448 0.00787 0.000 0.480 0.516 0.004 0.000
#> SRR1089537 5 0.6115 0.25977 0.400 0.000 0.044 0.044 0.512
#> SRR1397744 2 0.3146 0.81358 0.092 0.856 0.000 0.000 0.052
#> SRR1453893 4 0.0000 0.90090 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 2 0.0703 0.89890 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1321765 1 0.1608 0.80287 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1440032 5 0.5246 0.63932 0.124 0.000 0.004 0.180 0.692
#> SRR1404507 4 0.0566 0.89519 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1404856 1 0.0000 0.81639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812745 5 0.5744 0.01091 0.000 0.092 0.380 0.000 0.528
#> SRR1417524 3 0.2370 0.70279 0.040 0.000 0.904 0.000 0.056
#> SRR1407334 4 0.0162 0.89893 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1453991 2 0.5635 0.11983 0.428 0.496 0.000 0.000 0.076
#> SRR1415938 2 0.4288 0.65298 0.008 0.720 0.256 0.000 0.016
#> SRR1081259 2 0.0324 0.90220 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1436187 4 0.0162 0.90145 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1431948 3 0.4074 0.53401 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1453277 3 0.3226 0.64054 0.060 0.088 0.852 0.000 0.000
#> SRR1095407 1 0.1608 0.79387 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1359694 2 0.1282 0.88972 0.004 0.952 0.000 0.000 0.044
#> SRR656982 1 0.3074 0.73627 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1354338 1 0.6358 0.27519 0.544 0.204 0.000 0.004 0.248
#> SRR1088291 1 0.1892 0.79327 0.916 0.004 0.000 0.000 0.080
#> SRR1080624 2 0.1399 0.89291 0.020 0.952 0.000 0.000 0.028
#> SRR2166708 3 0.2890 0.62563 0.160 0.004 0.836 0.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.0609 0.90025 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1429912 2 0.0609 0.90099 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1421048 2 0.5631 0.51014 0.164 0.636 0.000 0.000 0.200
#> SRR1434999 1 0.1082 0.81424 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR656457 1 0.0703 0.81636 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1098928 5 0.3452 0.55217 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1343967 2 0.0510 0.90138 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1360766 3 0.2616 0.66663 0.076 0.036 0.888 0.000 0.000
#> SRR1464724 4 0.2648 0.77553 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1101542 4 0.0162 0.90145 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1401528 3 0.3816 0.60537 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1071519 3 0.6144 0.46635 0.172 0.000 0.548 0.000 0.280
#> SRR1086070 2 0.1831 0.87306 0.004 0.920 0.076 0.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.0510 0.90098 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR819771 5 0.4029 0.52082 0.316 0.000 0.004 0.000 0.680
#> SRR1418433 3 0.3970 0.65467 0.000 0.000 0.744 0.020 0.236
#> SRR821050 1 0.3213 0.77986 0.872 0.060 0.040 0.000 0.028
#> SRR1402091 2 0.0671 0.89895 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1322028 2 0.0162 0.90178 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452556 4 0.0000 0.90090 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.2648 0.80712 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1418302 3 0.7757 0.37463 0.000 0.220 0.480 0.180 0.120
#> SRR1073991 1 0.5541 0.54255 0.612 0.084 0.300 0.000 0.004
#> SRR1085187 1 0.1399 0.81078 0.952 0.000 0.000 0.020 0.028
#> SRR1357618 1 0.3130 0.76849 0.856 0.000 0.048 0.000 0.096
#> SRR1487764 1 0.6715 0.05593 0.424 0.000 0.288 0.000 0.288
#> SRR1075336 2 0.1444 0.88529 0.040 0.948 0.000 0.000 0.012
#> SRR1365471 2 0.1608 0.87567 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1414613 2 0.0324 0.90200 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR658719 2 0.5192 0.46774 0.000 0.644 0.280 0.000 0.076
#> SRR1475128 3 0.3169 0.68382 0.060 0.000 0.856 0.000 0.084
#> SRR1367630 5 0.5030 0.45967 0.000 0.000 0.044 0.352 0.604
#> SRR1481146 4 0.4258 0.68596 0.160 0.000 0.000 0.768 0.072
#> SRR1465674 1 0.1043 0.80935 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1327303 2 0.3196 0.76423 0.004 0.804 0.192 0.000 0.000
#> SRR1390391 2 0.2890 0.79645 0.000 0.836 0.160 0.004 0.000
#> SRR1326020 3 0.1197 0.70806 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1381953 3 0.1341 0.70839 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1082544 5 0.3734 0.64240 0.168 0.036 0.000 0.000 0.796
#> SRR810761 1 0.0880 0.81538 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.3752 0.62179 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1415919 3 0.4045 0.54863 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1490404 2 0.0000 0.90164 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.1608 0.79541 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1377492 3 0.6647 0.02043 0.232 0.000 0.424 0.344 0.000
#> SRR1334314 5 0.5525 0.47539 0.100 0.288 0.000 0.000 0.612
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 1 0.1049 0.6866 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1074385 2 0.3560 0.7530 0.204 0.772 0.004 0.000 0.008 0.012
#> SRR1374739 1 0.3416 0.6294 0.804 0.000 0.000 0.000 0.140 0.056
#> SRR1097883 5 0.4400 0.4613 0.376 0.000 0.032 0.000 0.592 0.000
#> SRR2167209 5 0.1262 0.7810 0.020 0.000 0.016 0.000 0.956 0.008
#> SRR816541 2 0.3491 0.7840 0.144 0.812 0.008 0.028 0.008 0.000
#> SRR663645 4 0.2600 0.8152 0.124 0.000 0.008 0.860 0.008 0.000
#> SRR1381505 4 0.0748 0.9327 0.000 0.000 0.016 0.976 0.004 0.004
#> SRR1416362 2 0.2094 0.8337 0.004 0.908 0.000 0.000 0.064 0.024
#> SRR1318503 2 0.2733 0.8191 0.000 0.864 0.056 0.000 0.080 0.000
#> SRR1341626 2 0.5956 0.4924 0.196 0.584 0.192 0.020 0.008 0.000
#> SRR1382440 1 0.3777 0.6301 0.776 0.000 0.164 0.000 0.056 0.004
#> SRR1088413 1 0.2176 0.6882 0.896 0.000 0.080 0.000 0.024 0.000
#> SRR1082080 2 0.1003 0.8405 0.000 0.964 0.028 0.004 0.004 0.000
#> SRR1455783 2 0.4027 0.7356 0.224 0.736 0.028 0.000 0.008 0.004
#> SRR1447760 5 0.0976 0.7802 0.008 0.008 0.016 0.000 0.968 0.000
#> SRR1487784 2 0.1109 0.8418 0.004 0.964 0.016 0.000 0.012 0.004
#> SRR1331037 2 0.0984 0.8417 0.012 0.968 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1095651 3 0.4449 0.6378 0.032 0.000 0.740 0.056 0.000 0.172
#> SRR1078066 5 0.3969 0.5597 0.332 0.000 0.016 0.000 0.652 0.000
#> SRR1120363 5 0.3993 0.7436 0.148 0.032 0.040 0.000 0.780 0.000
#> SRR821231 1 0.4571 0.4415 0.636 0.048 0.312 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374373 2 0.2912 0.7406 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.1766 0.8422 0.004 0.940 0.008 0.012 0.016 0.020
#> SRR1431121 5 0.1887 0.7718 0.012 0.028 0.016 0.000 0.932 0.012
#> SRR1091032 2 0.1462 0.8366 0.000 0.936 0.056 0.000 0.008 0.000
#> SRR1365575 4 0.0748 0.9327 0.000 0.000 0.016 0.976 0.004 0.004
#> SRR1072972 3 0.5937 0.1815 0.108 0.404 0.460 0.000 0.000 0.028
#> SRR1310690 2 0.3873 0.7425 0.204 0.760 0.004 0.020 0.008 0.004
#> SRR1383037 3 0.4032 0.2300 0.008 0.000 0.572 0.000 0.000 0.420
#> SRR1095479 3 0.3136 0.6760 0.020 0.000 0.844 0.000 0.108 0.028
#> SRR1070403 1 0.2730 0.5974 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1390203 2 0.4220 0.6814 0.000 0.708 0.008 0.000 0.244 0.040
#> SRR1072007 3 0.3706 0.6848 0.000 0.020 0.832 0.072 0.052 0.024
#> SRR1468787 1 0.2454 0.6225 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1347959 2 0.0858 0.8403 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338513 1 0.6293 0.2327 0.520 0.000 0.052 0.140 0.000 0.288
#> SRR812598 2 0.5219 0.4807 0.004 0.616 0.280 0.092 0.008 0.000
#> SRR1446806 2 0.3633 0.7824 0.000 0.800 0.004 0.000 0.076 0.120
#> SRR1394275 2 0.5159 0.6385 0.268 0.644 0.012 0.000 0.016 0.060
#> SRR1443633 5 0.4449 0.3054 0.440 0.000 0.028 0.000 0.532 0.000
#> SRR1087728 6 0.2594 0.7046 0.056 0.000 0.060 0.000 0.004 0.880
#> SRR1098192 3 0.3361 0.5920 0.000 0.188 0.788 0.020 0.000 0.004
#> SRR1093340 2 0.1590 0.8385 0.000 0.936 0.048 0.008 0.008 0.000
#> SRR665405 5 0.5398 0.2445 0.000 0.000 0.064 0.032 0.580 0.324
#> SRR657077 2 0.4154 0.5274 0.000 0.652 0.324 0.020 0.004 0.000
#> SRR813208 3 0.2278 0.6567 0.004 0.000 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR1416074 2 0.1273 0.8423 0.012 0.960 0.012 0.004 0.008 0.004
#> SRR1089688 4 0.1672 0.8963 0.048 0.000 0.004 0.932 0.000 0.016
#> SRR1353461 6 0.1225 0.7017 0.036 0.000 0.012 0.000 0.000 0.952
#> SRR1466321 2 0.4034 0.5608 0.000 0.648 0.012 0.000 0.336 0.004
#> SRR1073021 1 0.1364 0.6923 0.944 0.004 0.004 0.000 0.048 0.000
#> SRR1322816 2 0.2094 0.8375 0.032 0.924 0.004 0.020 0.008 0.012
#> SRR1457727 2 0.2762 0.8421 0.044 0.888 0.036 0.000 0.016 0.016
#> SRR1464226 3 0.3092 0.6759 0.000 0.016 0.852 0.044 0.000 0.088
#> SRR1398863 2 0.4831 0.6736 0.212 0.680 0.004 0.000 0.004 0.100
#> SRR1455631 3 0.2872 0.6848 0.008 0.000 0.864 0.076 0.052 0.000
#> SRR1307808 2 0.1975 0.8431 0.012 0.928 0.028 0.000 0.020 0.012
#> SRR1374585 4 0.0146 0.9347 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1072104 3 0.4679 0.4484 0.036 0.008 0.588 0.368 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.1396 0.8426 0.008 0.952 0.024 0.004 0.012 0.000
#> SRR1335984 1 0.6451 -0.0315 0.420 0.244 0.004 0.004 0.008 0.320
#> SRR1445939 2 0.3400 0.8323 0.044 0.848 0.024 0.000 0.012 0.072
#> SRR1453047 2 0.0993 0.8408 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012 0.000
#> SRR1339788 1 0.0692 0.6972 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1084323 2 0.3320 0.8152 0.000 0.844 0.032 0.000 0.076 0.048
#> SRR1092937 3 0.4834 0.3917 0.000 0.340 0.596 0.000 0.004 0.060
#> SRR1074090 2 0.1196 0.8369 0.040 0.952 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099833 3 0.4560 0.6265 0.012 0.000 0.724 0.156 0.000 0.108
#> SRR1093434 1 0.1838 0.6779 0.916 0.000 0.016 0.000 0.000 0.068
#> SRR1435857 1 0.2256 0.6502 0.892 0.092 0.004 0.000 0.008 0.004
#> SRR1480347 2 0.0993 0.8390 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012 0.000
#> SRR1440787 4 0.0748 0.9327 0.000 0.000 0.016 0.976 0.004 0.004
#> SRR1430202 2 0.2599 0.8299 0.004 0.888 0.008 0.000 0.048 0.052
#> SRR1322730 4 0.0260 0.9348 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR811029 6 0.6033 0.5476 0.004 0.072 0.152 0.124 0.008 0.640
#> SRR1390456 3 0.4851 0.5078 0.272 0.000 0.632 0.000 0.000 0.096
#> SRR1381140 2 0.3351 0.8074 0.000 0.832 0.016 0.000 0.048 0.104
#> SRR1388064 4 0.0436 0.9343 0.000 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1093577 3 0.4598 0.6252 0.032 0.092 0.740 0.000 0.136 0.000
#> SRR1414161 2 0.3783 0.7042 0.252 0.728 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR1328738 5 0.2138 0.7845 0.052 0.004 0.036 0.000 0.908 0.000
#> SRR1311752 2 0.0767 0.8402 0.000 0.976 0.012 0.000 0.008 0.004
#> SRR1445960 2 0.4410 0.7265 0.212 0.732 0.008 0.024 0.008 0.016
#> SRR1403412 6 0.3818 0.5351 0.016 0.208 0.004 0.004 0.008 0.760
#> SRR2166748 5 0.2383 0.7704 0.016 0.016 0.020 0.000 0.908 0.040
#> SRR821666 4 0.0405 0.9297 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1330746 1 0.4083 0.0451 0.532 0.000 0.008 0.000 0.000 0.460
#> SRR1327872 4 0.0146 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1100800 1 0.1820 0.6760 0.928 0.044 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1075174 6 0.1706 0.6930 0.032 0.024 0.004 0.000 0.004 0.936
#> SRR1434436 2 0.1434 0.8409 0.000 0.948 0.024 0.000 0.020 0.008
#> SRR1389409 4 0.0748 0.9327 0.000 0.000 0.016 0.976 0.004 0.004
#> SRR1085310 3 0.3163 0.6424 0.172 0.008 0.808 0.000 0.000 0.012
#> SRR1376718 4 0.0748 0.9327 0.000 0.000 0.016 0.976 0.004 0.004
#> SRR808590 4 0.0146 0.9339 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.1406 0.8429 0.016 0.952 0.020 0.008 0.004 0.000
#> SRR1361692 5 0.3208 0.7081 0.000 0.076 0.068 0.000 0.844 0.012
#> SRR1431493 3 0.3483 0.6295 0.024 0.000 0.764 0.000 0.212 0.000
#> SRR1409084 2 0.5122 0.6526 0.004 0.676 0.080 0.000 0.212 0.028
#> SRR2166214 5 0.3159 0.6911 0.000 0.000 0.004 0.052 0.836 0.108
#> SRR1324102 2 0.1900 0.8337 0.008 0.916 0.068 0.000 0.008 0.000
#> SRR1079754 4 0.2438 0.8626 0.004 0.020 0.076 0.892 0.008 0.000
#> SRR1442127 1 0.5389 0.4244 0.620 0.000 0.112 0.000 0.248 0.020
#> SRR1076244 4 0.2666 0.8253 0.012 0.000 0.012 0.864 0.000 0.112
#> SRR1330901 2 0.1396 0.8418 0.008 0.952 0.024 0.000 0.012 0.004
#> SRR1073167 2 0.1065 0.8406 0.008 0.964 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR1357541 1 0.4230 0.2461 0.612 0.000 0.024 0.000 0.364 0.000
#> SRR811607 2 0.2493 0.8259 0.000 0.884 0.036 0.000 0.076 0.004
#> SRR1468931 1 0.1956 0.6743 0.908 0.000 0.004 0.000 0.008 0.080
#> SRR1474908 6 0.4884 0.4312 0.000 0.248 0.012 0.000 0.080 0.660
#> SRR1309875 2 0.3535 0.8046 0.004 0.836 0.036 0.020 0.008 0.096
#> SRR598792 6 0.2795 0.6893 0.044 0.000 0.100 0.000 0.000 0.856
#> SRR1088537 2 0.4026 0.7595 0.056 0.768 0.164 0.004 0.008 0.000
#> SRR1457682 2 0.3314 0.7924 0.000 0.820 0.048 0.000 0.128 0.004
#> SRR1454289 2 0.3780 0.7426 0.224 0.744 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR1069352 1 0.4609 0.2079 0.588 0.000 0.048 0.000 0.364 0.000
#> SRR1472728 2 0.2300 0.8290 0.076 0.900 0.008 0.004 0.008 0.004
#> SRR1091144 1 0.4697 0.5865 0.720 0.004 0.192 0.040 0.044 0.000
#> SRR1319118 1 0.0881 0.6928 0.972 0.008 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1403611 3 0.3728 0.4373 0.000 0.000 0.652 0.004 0.000 0.344
#> SRR1397762 3 0.2685 0.6675 0.000 0.072 0.868 0.000 0.000 0.060
#> SRR1317387 3 0.4301 0.6728 0.052 0.000 0.788 0.012 0.100 0.048
#> SRR1376426 2 0.1768 0.8365 0.044 0.932 0.012 0.004 0.008 0.000
#> SRR1097777 1 0.4813 0.4102 0.680 0.248 0.020 0.000 0.008 0.044
#> SRR1365743 6 0.1196 0.6997 0.008 0.000 0.040 0.000 0.000 0.952
#> SRR1458992 2 0.6781 0.2004 0.176 0.440 0.012 0.024 0.008 0.340
#> SRR1089537 1 0.5724 0.0235 0.452 0.000 0.444 0.044 0.060 0.000
#> SRR1397744 2 0.3637 0.7531 0.000 0.780 0.056 0.000 0.164 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 0.9342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 2 0.1124 0.8388 0.000 0.956 0.036 0.000 0.008 0.000
#> SRR1321765 1 0.3817 0.4789 0.720 0.000 0.028 0.000 0.252 0.000
#> SRR1440032 3 0.5661 0.3285 0.320 0.000 0.532 0.140 0.000 0.008
#> SRR1404507 4 0.1672 0.9165 0.000 0.004 0.016 0.940 0.012 0.028
#> SRR1404856 5 0.2706 0.7583 0.160 0.000 0.008 0.000 0.832 0.000
#> SRR812745 6 0.4905 0.3015 0.000 0.076 0.344 0.000 0.000 0.580
#> SRR1417524 6 0.4200 0.3000 0.392 0.000 0.012 0.000 0.004 0.592
#> SRR1407334 4 0.0260 0.9331 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1453991 5 0.2162 0.7228 0.000 0.088 0.012 0.000 0.896 0.004
#> SRR1415938 2 0.6033 0.5847 0.036 0.600 0.024 0.000 0.092 0.248
#> SRR1081259 2 0.2662 0.8160 0.108 0.868 0.012 0.000 0.008 0.004
#> SRR1436187 4 0.0748 0.9327 0.000 0.000 0.016 0.976 0.004 0.004
#> SRR1431948 6 0.3240 0.5729 0.004 0.000 0.244 0.000 0.000 0.752
#> SRR1453277 1 0.6024 -0.0866 0.436 0.156 0.004 0.000 0.008 0.396
#> SRR1095407 5 0.2039 0.7837 0.076 0.000 0.020 0.000 0.904 0.000
#> SRR1359694 2 0.1895 0.8345 0.000 0.912 0.072 0.000 0.016 0.000
#> SRR656982 1 0.0632 0.6973 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1354338 5 0.2728 0.7394 0.000 0.040 0.100 0.000 0.860 0.000
#> SRR1088291 5 0.3499 0.7683 0.132 0.012 0.044 0.000 0.812 0.000
#> SRR1080624 2 0.2806 0.8229 0.012 0.872 0.060 0.000 0.056 0.000
#> SRR2166708 6 0.3967 0.3488 0.356 0.000 0.000 0.000 0.012 0.632
#> SRR1393572 2 0.1624 0.8419 0.012 0.936 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR1429912 2 0.1124 0.8387 0.000 0.956 0.036 0.000 0.008 0.000
#> SRR1421048 2 0.5802 0.3365 0.004 0.508 0.184 0.000 0.304 0.000
#> SRR1434999 5 0.1918 0.7846 0.088 0.000 0.008 0.000 0.904 0.000
#> SRR656457 5 0.3534 0.6435 0.276 0.000 0.008 0.000 0.716 0.000
#> SRR1098928 3 0.4447 0.5780 0.100 0.000 0.704 0.000 0.000 0.196
#> SRR1343967 2 0.1059 0.8398 0.000 0.964 0.016 0.000 0.016 0.004
#> SRR1360766 1 0.3755 0.4872 0.744 0.012 0.004 0.000 0.008 0.232
#> SRR1464724 4 0.0665 0.9305 0.008 0.000 0.004 0.980 0.000 0.008
#> SRR1101542 4 0.0291 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1401528 6 0.3731 0.6914 0.076 0.004 0.116 0.000 0.004 0.800
#> SRR1071519 6 0.5344 0.1632 0.400 0.000 0.056 0.000 0.024 0.520
#> SRR1086070 2 0.4438 0.7422 0.000 0.744 0.024 0.000 0.076 0.156
#> SRR1358645 2 0.2325 0.8322 0.000 0.900 0.048 0.000 0.044 0.008
#> SRR819771 3 0.3854 0.6457 0.092 0.000 0.772 0.000 0.136 0.000
#> SRR1418433 6 0.1950 0.6936 0.000 0.000 0.064 0.024 0.000 0.912
#> SRR821050 5 0.2638 0.7639 0.016 0.036 0.032 0.000 0.896 0.020
#> SRR1402091 2 0.3923 0.7540 0.192 0.768 0.008 0.012 0.008 0.012
#> SRR1322028 2 0.2062 0.8248 0.088 0.900 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1452556 4 0.0146 0.9339 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.4474 0.5847 0.004 0.656 0.004 0.000 0.036 0.300
#> SRR1418302 4 0.7815 0.1991 0.216 0.188 0.060 0.456 0.008 0.072
#> SRR1073991 1 0.0912 0.6926 0.972 0.008 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1085187 5 0.4252 0.7037 0.220 0.000 0.040 0.016 0.724 0.000
#> SRR1357618 1 0.5167 0.4023 0.612 0.000 0.148 0.000 0.240 0.000
#> SRR1487764 6 0.6083 0.2774 0.016 0.000 0.176 0.000 0.328 0.480
#> SRR1075336 2 0.3988 0.8065 0.048 0.816 0.040 0.000 0.076 0.020
#> SRR1365471 2 0.1745 0.8329 0.000 0.920 0.068 0.000 0.012 0.000
#> SRR1414613 2 0.1409 0.8398 0.000 0.948 0.008 0.000 0.032 0.012
#> SRR658719 2 0.5027 0.1030 0.000 0.488 0.060 0.000 0.004 0.448
#> SRR1475128 1 0.3348 0.5619 0.768 0.000 0.016 0.000 0.000 0.216
#> SRR1367630 3 0.5006 0.4094 0.008 0.000 0.548 0.388 0.000 0.056
#> SRR1481146 4 0.3368 0.8054 0.004 0.000 0.088 0.824 0.084 0.000
#> SRR1465674 5 0.3287 0.7141 0.220 0.000 0.012 0.000 0.768 0.000
#> SRR1327303 2 0.5254 0.5834 0.296 0.620 0.008 0.008 0.008 0.060
#> SRR1390391 2 0.4617 0.7534 0.104 0.748 0.008 0.008 0.008 0.124
#> SRR1326020 6 0.4889 0.3202 0.384 0.024 0.004 0.008 0.008 0.572
#> SRR1381953 6 0.2883 0.6035 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1082544 3 0.2826 0.6808 0.000 0.024 0.856 0.008 0.112 0.000
#> SRR810761 5 0.4385 0.2785 0.444 0.000 0.024 0.000 0.532 0.000
#> SRR1070764 6 0.2520 0.6684 0.004 0.000 0.152 0.000 0.000 0.844
#> SRR1415919 6 0.3023 0.6131 0.004 0.000 0.212 0.000 0.000 0.784
#> SRR1490404 2 0.1715 0.8447 0.020 0.940 0.016 0.000 0.016 0.008
#> SRR1416773 5 0.2163 0.7813 0.092 0.000 0.016 0.000 0.892 0.000
#> SRR1377492 1 0.3502 0.5721 0.780 0.000 0.000 0.192 0.008 0.020
#> SRR1334314 3 0.5285 0.4613 0.000 0.260 0.616 0.000 0.112 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.413 0.801 0.867 0.4086 0.595 0.595
#> 3 3 0.506 0.748 0.867 0.4720 0.754 0.601
#> 4 4 0.557 0.671 0.804 0.1642 0.819 0.575
#> 5 5 0.557 0.599 0.773 0.0385 0.941 0.805
#> 6 6 0.619 0.676 0.781 0.0613 0.927 0.748
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.9323 0.2577 0.652 0.348
#> SRR1074385 2 0.9661 0.6156 0.392 0.608
#> SRR1374739 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.2948 0.8976 0.948 0.052
#> SRR2167209 2 0.8443 0.7813 0.272 0.728
#> SRR816541 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR663645 2 0.8499 0.7776 0.276 0.724
#> SRR1381505 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.5946 0.8536 0.144 0.856
#> SRR1318503 2 0.7376 0.8313 0.208 0.792
#> SRR1341626 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1088413 2 0.9977 0.4326 0.472 0.528
#> SRR1082080 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.3274 0.8900 0.940 0.060
#> SRR1447760 2 0.6148 0.8527 0.152 0.848
#> SRR1487784 2 0.5842 0.8531 0.140 0.860
#> SRR1331037 2 0.5842 0.8531 0.140 0.860
#> SRR1095651 1 0.1633 0.9185 0.976 0.024
#> SRR1078066 2 0.9732 0.5939 0.404 0.596
#> SRR1120363 2 0.9661 0.6202 0.392 0.608
#> SRR821231 1 0.0938 0.9243 0.988 0.012
#> SRR1374373 2 0.6801 0.8452 0.180 0.820
#> SRR1324519 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.1414 0.9207 0.980 0.020
#> SRR1091032 2 0.2778 0.8386 0.048 0.952
#> SRR1365575 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.3274 0.8900 0.940 0.060
#> SRR1310690 2 0.6343 0.8514 0.160 0.840
#> SRR1383037 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.1843 0.9165 0.972 0.028
#> SRR1072007 2 0.2778 0.8386 0.048 0.952
#> SRR1468787 2 0.6048 0.8534 0.148 0.852
#> SRR1347959 2 0.7376 0.8313 0.208 0.792
#> SRR1338513 2 0.9209 0.7063 0.336 0.664
#> SRR812598 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1446806 2 0.7745 0.8179 0.228 0.772
#> SRR1394275 2 0.9977 0.4312 0.472 0.528
#> SRR1443633 2 0.9909 0.5044 0.444 0.556
#> SRR1087728 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.4298 0.8484 0.088 0.912
#> SRR1093340 2 0.1843 0.8308 0.028 0.972
#> SRR665405 2 0.8499 0.7772 0.276 0.724
#> SRR657077 2 0.8763 0.7566 0.296 0.704
#> SRR813208 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.1843 0.8308 0.028 0.972
#> SRR1089688 2 0.5408 0.8525 0.124 0.876
#> SRR1353461 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.7139 0.8385 0.196 0.804
#> SRR1073021 2 0.6343 0.8512 0.160 0.840
#> SRR1322816 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.4690 0.8504 0.100 0.900
#> SRR1398863 2 0.9661 0.6156 0.392 0.608
#> SRR1455631 2 0.6048 0.8528 0.148 0.852
#> SRR1307808 2 0.7139 0.8385 0.196 0.804
#> SRR1374585 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.3879 0.8459 0.076 0.924
#> SRR1076868 2 0.2423 0.8361 0.040 0.960
#> SRR1335984 2 0.2948 0.8398 0.052 0.948
#> SRR1445939 2 0.9775 0.5767 0.412 0.588
#> SRR1453047 2 0.2423 0.8361 0.040 0.960
#> SRR1339788 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.1843 0.9165 0.972 0.028
#> SRR1092937 2 0.9635 0.6234 0.388 0.612
#> SRR1074090 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.6801 0.7089 0.820 0.180
#> SRR1093434 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1435857 2 0.8207 0.7957 0.256 0.744
#> SRR1480347 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.7745 0.8179 0.228 0.772
#> SRR1322730 2 0.0672 0.8210 0.008 0.992
#> SRR811029 2 0.6343 0.8514 0.160 0.840
#> SRR1390456 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.5629 0.7950 0.868 0.132
#> SRR1388064 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1093577 2 0.9833 0.5518 0.424 0.576
#> SRR1414161 2 0.9977 0.4312 0.472 0.528
#> SRR1328738 2 0.6438 0.8501 0.164 0.836
#> SRR1311752 2 0.1843 0.8308 0.028 0.972
#> SRR1445960 2 0.2948 0.8398 0.052 0.948
#> SRR1403412 2 0.2948 0.8398 0.052 0.948
#> SRR2166748 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1100800 2 0.9754 0.5844 0.408 0.592
#> SRR1075174 2 0.9732 0.5925 0.404 0.596
#> SRR1434436 2 0.7674 0.8208 0.224 0.776
#> SRR1389409 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.9993 -0.3131 0.516 0.484
#> SRR1376718 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.7950 0.8092 0.240 0.760
#> SRR1361692 2 0.8207 0.7959 0.256 0.744
#> SRR1431493 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1409084 2 0.9393 0.6763 0.356 0.644
#> SRR2166214 2 0.8499 0.7772 0.276 0.724
#> SRR1324102 2 0.4298 0.8484 0.088 0.912
#> SRR1079754 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.1633 0.8294 0.024 0.976
#> SRR1330901 2 0.7139 0.8385 0.196 0.804
#> SRR1073167 2 0.1633 0.8290 0.024 0.976
#> SRR1357541 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.7299 0.8338 0.204 0.796
#> SRR1468931 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.6048 0.8533 0.148 0.852
#> SRR1309875 2 0.2778 0.8386 0.048 0.952
#> SRR598792 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.4298 0.8485 0.088 0.912
#> SRR1457682 2 0.9661 0.6202 0.392 0.608
#> SRR1454289 2 0.7528 0.8270 0.216 0.784
#> SRR1069352 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.6048 0.8536 0.148 0.852
#> SRR1091144 2 0.4431 0.8490 0.092 0.908
#> SRR1319118 1 0.4815 0.8353 0.896 0.104
#> SRR1403611 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.6712 0.7165 0.824 0.176
#> SRR1317387 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.2778 0.9017 0.952 0.048
#> SRR1365743 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.6531 0.8492 0.168 0.832
#> SRR1089537 2 0.9833 0.5518 0.424 0.576
#> SRR1397744 1 0.2603 0.9046 0.956 0.044
#> SRR1453893 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.2778 0.9016 0.952 0.048
#> SRR1321765 2 0.9944 0.4748 0.456 0.544
#> SRR1440032 2 0.7602 0.8243 0.220 0.780
#> SRR1404507 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.6438 0.8501 0.164 0.836
#> SRR812745 2 0.9209 0.7063 0.336 0.664
#> SRR1417524 2 0.7299 0.8345 0.204 0.796
#> SRR1407334 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1453991 2 0.9358 0.6824 0.352 0.648
#> SRR1415938 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.6801 0.8452 0.180 0.820
#> SRR1436187 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.6623 0.8481 0.172 0.828
#> SRR1095407 2 0.6247 0.8526 0.156 0.844
#> SRR1359694 2 0.7376 0.8313 0.208 0.792
#> SRR656982 2 0.6438 0.8501 0.164 0.836
#> SRR1354338 2 0.6048 0.8528 0.148 0.852
#> SRR1088291 2 0.6343 0.8512 0.160 0.840
#> SRR1080624 2 0.9044 0.7264 0.320 0.680
#> SRR2166708 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1393572 2 0.9044 0.7264 0.320 0.680
#> SRR1429912 2 0.2778 0.8386 0.048 0.952
#> SRR1421048 2 0.6148 0.8527 0.152 0.848
#> SRR1434999 2 1.0000 0.3476 0.500 0.500
#> SRR656457 1 1.0000 -0.3639 0.500 0.500
#> SRR1098928 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1360766 2 0.6973 0.8421 0.188 0.812
#> SRR1464724 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.9710 0.0401 0.600 0.400
#> SRR1071519 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.1843 0.9165 0.972 0.028
#> SRR1358645 2 0.7376 0.8313 0.208 0.792
#> SRR819771 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.5408 0.8525 0.124 0.876
#> SRR821050 2 0.8955 0.7365 0.312 0.688
#> SRR1402091 2 0.2236 0.8341 0.036 0.964
#> SRR1322028 2 0.2236 0.8341 0.036 0.964
#> SRR1452556 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.6712 0.8466 0.176 0.824
#> SRR1418302 2 0.6343 0.8514 0.160 0.840
#> SRR1073991 1 0.2423 0.9079 0.960 0.040
#> SRR1085187 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1487764 2 0.6438 0.8511 0.164 0.836
#> SRR1075336 2 0.7139 0.8384 0.196 0.804
#> SRR1365471 2 0.0000 0.8168 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.5842 0.8531 0.140 0.860
#> SRR658719 2 0.9087 0.7229 0.324 0.676
#> SRR1475128 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.6801 0.8464 0.180 0.820
#> SRR1481146 2 0.6048 0.8528 0.148 0.852
#> SRR1465674 2 0.6712 0.8477 0.176 0.824
#> SRR1327303 2 0.6623 0.8481 0.172 0.828
#> SRR1390391 2 0.9983 0.4196 0.476 0.524
#> SRR1326020 2 0.2948 0.8398 0.052 0.948
#> SRR1381953 2 0.6531 0.8491 0.168 0.832
#> SRR1082544 2 0.4298 0.8486 0.088 0.912
#> SRR810761 1 0.3274 0.8900 0.940 0.060
#> SRR1070764 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.9290 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.2778 0.8386 0.048 0.952
#> SRR1416773 2 0.6148 0.8527 0.152 0.848
#> SRR1377492 2 0.4161 0.8482 0.084 0.916
#> SRR1334314 2 0.8861 0.7475 0.304 0.696
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 1 0.6398 0.1518 0.580 0.004 0.416
#> SRR1074385 1 0.3715 0.7549 0.868 0.004 0.128
#> SRR1374739 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 3 0.5070 0.7880 0.224 0.004 0.772
#> SRR2167209 1 0.0237 0.8039 0.996 0.004 0.000
#> SRR816541 2 0.1964 0.8361 0.056 0.944 0.000
#> SRR663645 1 0.3039 0.8113 0.920 0.036 0.044
#> SRR1381505 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1416362 1 0.3686 0.8032 0.860 0.140 0.000
#> SRR1318503 1 0.2165 0.8214 0.936 0.064 0.000
#> SRR1341626 2 0.1964 0.8361 0.056 0.944 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 1 0.4978 0.6568 0.780 0.004 0.216
#> SRR1082080 2 0.1031 0.8552 0.024 0.976 0.000
#> SRR1455783 3 0.5201 0.7766 0.236 0.004 0.760
#> SRR1447760 1 0.3619 0.8063 0.864 0.136 0.000
#> SRR1487784 1 0.4452 0.7669 0.808 0.192 0.000
#> SRR1331037 1 0.4452 0.7669 0.808 0.192 0.000
#> SRR1095651 3 0.2682 0.8779 0.076 0.004 0.920
#> SRR1078066 1 0.4164 0.7466 0.848 0.008 0.144
#> SRR1120363 1 0.3573 0.7566 0.876 0.004 0.120
#> SRR821231 3 0.3038 0.8662 0.104 0.000 0.896
#> SRR1374373 1 0.2796 0.8196 0.908 0.092 0.000
#> SRR1324519 2 0.1643 0.8443 0.044 0.956 0.000
#> SRR1431121 3 0.4834 0.8125 0.204 0.004 0.792
#> SRR1091032 2 0.6305 -0.0411 0.484 0.516 0.000
#> SRR1365575 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1072972 3 0.5201 0.7769 0.236 0.004 0.760
#> SRR1310690 1 0.4002 0.7934 0.840 0.160 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 3 0.4931 0.8056 0.212 0.004 0.784
#> SRR1072007 1 0.6244 0.3011 0.560 0.440 0.000
#> SRR1468787 1 0.3619 0.8069 0.864 0.136 0.000
#> SRR1347959 1 0.2165 0.8214 0.936 0.064 0.000
#> SRR1338513 1 0.3805 0.7879 0.884 0.024 0.092
#> SRR812598 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1446806 1 0.1529 0.8175 0.960 0.040 0.000
#> SRR1394275 1 0.4784 0.6690 0.796 0.004 0.200
#> SRR1443633 1 0.4409 0.7056 0.824 0.004 0.172
#> SRR1087728 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 1 0.5591 0.6228 0.696 0.304 0.000
#> SRR1093340 2 0.6095 0.3027 0.392 0.608 0.000
#> SRR665405 1 0.0475 0.8031 0.992 0.004 0.004
#> SRR657077 1 0.1163 0.8001 0.972 0.000 0.028
#> SRR813208 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 2 0.6140 0.2698 0.404 0.596 0.000
#> SRR1089688 1 0.5138 0.7011 0.748 0.252 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.2448 0.8224 0.924 0.076 0.000
#> SRR1073021 1 0.3267 0.8137 0.884 0.116 0.000
#> SRR1322816 2 0.1643 0.8443 0.044 0.956 0.000
#> SRR1457727 3 0.2261 0.8802 0.068 0.000 0.932
#> SRR1464226 1 0.5363 0.6651 0.724 0.276 0.000
#> SRR1398863 1 0.3715 0.7549 0.868 0.004 0.128
#> SRR1455631 1 0.3551 0.8085 0.868 0.132 0.000
#> SRR1307808 1 0.2448 0.8224 0.924 0.076 0.000
#> SRR1374585 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1072104 1 0.5785 0.5715 0.668 0.332 0.000
#> SRR1076868 2 0.6252 0.1318 0.444 0.556 0.000
#> SRR1335984 1 0.6180 0.3716 0.584 0.416 0.000
#> SRR1445939 1 0.3918 0.7405 0.856 0.004 0.140
#> SRR1453047 2 0.6225 0.1769 0.432 0.568 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 3 0.4931 0.8056 0.212 0.004 0.784
#> SRR1092937 1 0.3340 0.7580 0.880 0.000 0.120
#> SRR1074090 2 0.1031 0.8552 0.024 0.976 0.000
#> SRR1099833 3 0.6314 0.4782 0.392 0.004 0.604
#> SRR1093434 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.1453 0.8132 0.968 0.024 0.008
#> SRR1480347 2 0.0892 0.8565 0.020 0.980 0.000
#> SRR1440787 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1430202 1 0.1529 0.8175 0.960 0.040 0.000
#> SRR1322730 2 0.2711 0.8065 0.088 0.912 0.000
#> SRR811029 1 0.4002 0.7934 0.840 0.160 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 3 0.6282 0.5280 0.384 0.004 0.612
#> SRR1388064 2 0.0892 0.8565 0.020 0.980 0.000
#> SRR1093577 1 0.4110 0.7305 0.844 0.004 0.152
#> SRR1414161 1 0.4784 0.6690 0.796 0.004 0.200
#> SRR1328738 1 0.3267 0.8141 0.884 0.116 0.000
#> SRR1311752 2 0.6140 0.2698 0.404 0.596 0.000
#> SRR1445960 1 0.6180 0.3716 0.584 0.416 0.000
#> SRR1403412 1 0.6225 0.3247 0.568 0.432 0.000
#> SRR2166748 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR821666 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.0892 0.8565 0.020 0.980 0.000
#> SRR1100800 1 0.3851 0.7434 0.860 0.004 0.136
#> SRR1075174 1 0.4033 0.7465 0.856 0.008 0.136
#> SRR1434436 1 0.1643 0.8183 0.956 0.044 0.000
#> SRR1389409 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1085310 1 0.5480 0.5769 0.732 0.004 0.264
#> SRR1376718 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR808590 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1084128 1 0.1832 0.8166 0.956 0.036 0.008
#> SRR1361692 1 0.0983 0.8110 0.980 0.016 0.004
#> SRR1431493 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409084 1 0.2860 0.7749 0.912 0.004 0.084
#> SRR2166214 1 0.0475 0.8031 0.992 0.004 0.004
#> SRR1324102 1 0.5650 0.6103 0.688 0.312 0.000
#> SRR1079754 2 0.0892 0.8564 0.020 0.980 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.4504 0.6826 0.196 0.804 0.000
#> SRR1330901 1 0.2448 0.8224 0.924 0.076 0.000
#> SRR1073167 2 0.6026 0.3475 0.376 0.624 0.000
#> SRR1357541 3 0.2860 0.8747 0.084 0.004 0.912
#> SRR811607 1 0.2261 0.8217 0.932 0.068 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 1 0.3619 0.8055 0.864 0.136 0.000
#> SRR1309875 1 0.6295 0.1934 0.528 0.472 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 1 0.5497 0.6387 0.708 0.292 0.000
#> SRR1457682 1 0.3573 0.7566 0.876 0.004 0.120
#> SRR1454289 1 0.1964 0.8213 0.944 0.056 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472728 1 0.4235 0.7810 0.824 0.176 0.000
#> SRR1091144 1 0.5431 0.6515 0.716 0.284 0.000
#> SRR1319118 3 0.5656 0.7038 0.284 0.004 0.712
#> SRR1403611 3 0.0892 0.8932 0.020 0.000 0.980
#> SRR1397762 3 0.6298 0.4893 0.388 0.004 0.608
#> SRR1317387 3 0.1163 0.8923 0.028 0.000 0.972
#> SRR1376426 2 0.0892 0.8565 0.020 0.980 0.000
#> SRR1097777 3 0.5201 0.7804 0.236 0.004 0.760
#> SRR1365743 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458992 1 0.3267 0.8148 0.884 0.116 0.000
#> SRR1089537 1 0.4110 0.7305 0.844 0.004 0.152
#> SRR1397744 3 0.4978 0.7967 0.216 0.004 0.780
#> SRR1453893 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1098543 3 0.5158 0.7810 0.232 0.004 0.764
#> SRR1321765 1 0.4575 0.6914 0.812 0.004 0.184
#> SRR1440032 1 0.1860 0.8208 0.948 0.052 0.000
#> SRR1404507 2 0.0747 0.8564 0.016 0.984 0.000
#> SRR1404856 1 0.3267 0.8141 0.884 0.116 0.000
#> SRR812745 1 0.3805 0.7879 0.884 0.024 0.092
#> SRR1417524 1 0.2165 0.8223 0.936 0.064 0.000
#> SRR1407334 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1453991 1 0.2772 0.7772 0.916 0.004 0.080
#> SRR1415938 3 0.1765 0.8889 0.040 0.004 0.956
#> SRR1081259 1 0.2796 0.8196 0.908 0.092 0.000
#> SRR1436187 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 1 0.3116 0.8173 0.892 0.108 0.000
#> SRR1095407 1 0.3340 0.8138 0.880 0.120 0.000
#> SRR1359694 1 0.2165 0.8214 0.936 0.064 0.000
#> SRR656982 1 0.3192 0.8147 0.888 0.112 0.000
#> SRR1354338 1 0.3551 0.8085 0.868 0.132 0.000
#> SRR1088291 1 0.3267 0.8137 0.884 0.116 0.000
#> SRR1080624 1 0.2200 0.7918 0.940 0.004 0.056
#> SRR2166708 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.2200 0.7918 0.940 0.004 0.056
#> SRR1429912 1 0.6244 0.3011 0.560 0.440 0.000
#> SRR1421048 1 0.3551 0.8086 0.868 0.132 0.000
#> SRR1434999 1 0.5201 0.6228 0.760 0.004 0.236
#> SRR656457 1 0.5201 0.6228 0.760 0.004 0.236
#> SRR1098928 3 0.1163 0.8923 0.028 0.000 0.972
#> SRR1343967 2 0.0892 0.8565 0.020 0.980 0.000
#> SRR1360766 1 0.2625 0.8212 0.916 0.084 0.000
#> SRR1464724 2 0.0747 0.8564 0.016 0.984 0.000
#> SRR1101542 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1401528 1 0.6148 0.3547 0.640 0.004 0.356
#> SRR1071519 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 3 0.4931 0.8056 0.212 0.004 0.784
#> SRR1358645 1 0.2165 0.8214 0.936 0.064 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 1 0.4605 0.7525 0.796 0.204 0.000
#> SRR821050 1 0.2280 0.7956 0.940 0.008 0.052
#> SRR1402091 2 0.6305 -0.0389 0.484 0.516 0.000
#> SRR1322028 2 0.6305 -0.0389 0.484 0.516 0.000
#> SRR1452556 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1340047 1 0.3038 0.8183 0.896 0.104 0.000
#> SRR1418302 1 0.4002 0.7934 0.840 0.160 0.000
#> SRR1073991 3 0.4575 0.8232 0.184 0.004 0.812
#> SRR1085187 2 0.0237 0.8549 0.004 0.996 0.000
#> SRR1357618 3 0.1529 0.8886 0.040 0.000 0.960
#> SRR1487764 1 0.3879 0.7984 0.848 0.152 0.000
#> SRR1075336 1 0.2448 0.8220 0.924 0.076 0.000
#> SRR1365471 2 0.1031 0.8552 0.024 0.976 0.000
#> SRR1414613 1 0.3879 0.7954 0.848 0.152 0.000
#> SRR658719 1 0.3765 0.7929 0.888 0.028 0.084
#> SRR1475128 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 1 0.3551 0.8103 0.868 0.132 0.000
#> SRR1481146 1 0.3551 0.8085 0.868 0.132 0.000
#> SRR1465674 1 0.2796 0.8203 0.908 0.092 0.000
#> SRR1327303 1 0.2878 0.8186 0.904 0.096 0.000
#> SRR1390391 1 0.4834 0.6624 0.792 0.004 0.204
#> SRR1326020 1 0.6180 0.3716 0.584 0.416 0.000
#> SRR1381953 1 0.3038 0.8165 0.896 0.104 0.000
#> SRR1082544 1 0.5560 0.6292 0.700 0.300 0.000
#> SRR810761 3 0.5158 0.7798 0.232 0.004 0.764
#> SRR1070764 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.8954 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 1 0.6299 0.1784 0.524 0.476 0.000
#> SRR1416773 1 0.3412 0.8116 0.876 0.124 0.000
#> SRR1377492 1 0.5810 0.5625 0.664 0.336 0.000
#> SRR1334314 1 0.3310 0.8008 0.908 0.028 0.064
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 1 0.6506 0.4024 0.628 0.132 0.240 0.000
#> SRR1074385 1 0.4741 0.7311 0.668 0.328 0.004 0.000
#> SRR1374739 3 0.3266 0.8312 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1097883 3 0.4877 0.6695 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR2167209 1 0.3837 0.5842 0.776 0.224 0.000 0.000
#> SRR816541 4 0.2973 0.8378 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR663645 2 0.4955 -0.2935 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1381505 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1416362 2 0.1733 0.7333 0.024 0.948 0.000 0.028
#> SRR1318503 2 0.3356 0.5777 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1341626 4 0.2973 0.8378 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1382440 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.5489 0.7404 0.700 0.240 0.060 0.000
#> SRR1082080 4 0.1389 0.9263 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1455783 3 0.4916 0.6445 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1447760 2 0.0804 0.7315 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1487784 2 0.2402 0.7257 0.012 0.912 0.000 0.076
#> SRR1331037 2 0.2402 0.7257 0.012 0.912 0.000 0.076
#> SRR1095651 3 0.4283 0.8003 0.256 0.004 0.740 0.000
#> SRR1078066 1 0.4837 0.7095 0.648 0.348 0.004 0.000
#> SRR1120363 1 0.5614 0.7215 0.628 0.336 0.036 0.000
#> SRR821231 3 0.4222 0.7911 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1374373 2 0.1637 0.7082 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1324519 4 0.1867 0.9110 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1431121 3 0.4804 0.7010 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1091032 2 0.4830 0.3823 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1365575 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1072972 3 0.4916 0.6449 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1310690 2 0.2670 0.7337 0.040 0.908 0.000 0.052
#> SRR1383037 3 0.0188 0.8092 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1095479 3 0.2921 0.8325 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390203 3 0.4830 0.6918 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1072007 2 0.4522 0.5353 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1468787 2 0.1297 0.7334 0.016 0.964 0.000 0.020
#> SRR1347959 2 0.3356 0.5777 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1338513 1 0.5168 0.4802 0.504 0.492 0.004 0.000
#> SRR812598 4 0.0779 0.9284 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR1446806 2 0.4431 0.2681 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.5090 0.7410 0.728 0.228 0.044 0.000
#> SRR1443633 1 0.4252 0.7455 0.744 0.252 0.004 0.000
#> SRR1087728 3 0.3172 0.8322 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1098192 2 0.3444 0.6770 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1093340 2 0.5000 0.0915 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR665405 1 0.3801 0.5895 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR657077 1 0.4994 0.4827 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.4999 0.1123 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1089688 2 0.3088 0.7047 0.008 0.864 0.000 0.128
#> SRR1353461 3 0.0188 0.8092 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1466321 2 0.2593 0.6784 0.104 0.892 0.000 0.004
#> SRR1073021 2 0.1109 0.7251 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1322816 4 0.1867 0.9110 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1457727 3 0.3942 0.8122 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1464226 2 0.3024 0.6934 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1398863 1 0.4741 0.7311 0.668 0.328 0.004 0.000
#> SRR1455631 2 0.0672 0.7302 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1307808 2 0.2530 0.6823 0.100 0.896 0.000 0.004
#> SRR1374585 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1072104 2 0.3688 0.6590 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1076868 2 0.4948 0.2689 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1335984 2 0.4331 0.5820 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1445939 1 0.4673 0.7457 0.700 0.292 0.008 0.000
#> SRR1453047 2 0.4967 0.2308 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1339788 3 0.3266 0.8312 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1084323 3 0.4830 0.6918 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1092937 1 0.4920 0.6953 0.628 0.368 0.004 0.000
#> SRR1074090 4 0.1557 0.9216 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1099833 1 0.6366 -0.2276 0.512 0.064 0.424 0.000
#> SRR1093434 3 0.3172 0.8322 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1435857 2 0.3801 0.4821 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR1480347 4 0.1302 0.9277 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1440787 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1430202 2 0.4406 0.2820 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.3219 0.8072 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR811029 2 0.2670 0.7337 0.040 0.908 0.000 0.052
#> SRR1390456 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.5452 -0.3392 0.556 0.016 0.428 0.000
#> SRR1388064 4 0.1389 0.9268 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1093577 1 0.4584 0.7439 0.696 0.300 0.004 0.000
#> SRR1414161 1 0.5090 0.7410 0.728 0.228 0.044 0.000
#> SRR1328738 2 0.1305 0.7237 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR1311752 2 0.4999 0.1123 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1445960 2 0.4331 0.5820 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1403412 2 0.4431 0.5570 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR2166748 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1330746 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.1557 0.9232 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1100800 1 0.4535 0.7446 0.704 0.292 0.004 0.000
#> SRR1075174 1 0.4632 0.7417 0.688 0.308 0.004 0.000
#> SRR1434436 2 0.4134 0.3948 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1085310 1 0.6127 0.7080 0.664 0.228 0.108 0.000
#> SRR1376718 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR808590 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1084128 2 0.4454 0.2542 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.4996 0.2448 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR1431493 3 0.0188 0.8088 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1409084 1 0.4920 0.6908 0.628 0.368 0.004 0.000
#> SRR2166214 1 0.3801 0.5895 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.3528 0.6720 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1079754 4 0.1940 0.9074 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1442127 3 0.3172 0.8322 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1076244 4 0.4454 0.5588 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1330901 2 0.2530 0.6823 0.100 0.896 0.000 0.004
#> SRR1073167 4 0.4994 -0.0371 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1357541 3 0.4134 0.7985 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR811607 2 0.3074 0.6133 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.1929 0.7324 0.036 0.940 0.000 0.024
#> SRR1309875 2 0.4661 0.4785 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR598792 3 0.2921 0.8323 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1088537 2 0.3219 0.6858 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1457682 1 0.5614 0.7215 0.628 0.336 0.036 0.000
#> SRR1454289 2 0.2704 0.6484 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.2921 0.8325 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1472728 2 0.2489 0.7314 0.020 0.912 0.000 0.068
#> SRR1091144 2 0.3123 0.6895 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1319118 3 0.5392 0.5607 0.460 0.012 0.528 0.000
#> SRR1403611 3 0.3528 0.8273 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1397762 1 0.6371 -0.2412 0.508 0.064 0.428 0.000
#> SRR1317387 3 0.3688 0.8237 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1376426 4 0.1302 0.9277 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1097777 3 0.4907 0.6560 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1365743 3 0.0188 0.8092 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1458992 2 0.1975 0.7259 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1089537 1 0.4560 0.7451 0.700 0.296 0.004 0.000
#> SRR1397744 3 0.4855 0.6797 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1453893 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1098543 3 0.4898 0.6613 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1321765 1 0.4188 0.7441 0.752 0.244 0.004 0.000
#> SRR1440032 2 0.2814 0.6378 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1404507 4 0.1211 0.9282 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1404856 2 0.1305 0.7237 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR812745 1 0.5168 0.4802 0.504 0.492 0.004 0.000
#> SRR1417524 2 0.3649 0.5394 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1407334 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1453991 1 0.4950 0.6818 0.620 0.376 0.004 0.000
#> SRR1415938 3 0.3764 0.8211 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1081259 2 0.1637 0.7082 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1431948 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.2101 0.7198 0.060 0.928 0.000 0.012
#> SRR1095407 2 0.1109 0.7264 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1359694 2 0.3356 0.5777 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR656982 2 0.1398 0.7214 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR1354338 2 0.0672 0.7302 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1088291 2 0.1109 0.7251 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1080624 1 0.4972 0.5570 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.4972 0.5570 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.4500 0.5405 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1421048 2 0.0524 0.7298 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1434999 1 0.3009 0.5509 0.892 0.056 0.052 0.000
#> SRR656457 1 0.3009 0.5509 0.892 0.056 0.052 0.000
#> SRR1098928 3 0.3688 0.8237 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1343967 4 0.1302 0.9277 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1360766 2 0.2149 0.6891 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1464724 4 0.1211 0.9282 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1101542 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1401528 1 0.6690 0.5726 0.620 0.188 0.192 0.000
#> SRR1071519 3 0.2814 0.8320 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1086070 3 0.4830 0.6918 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1358645 2 0.3356 0.5777 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.2473 0.7235 0.012 0.908 0.000 0.080
#> SRR821050 1 0.4985 0.5334 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.4866 0.3796 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1322028 2 0.4866 0.3796 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1452556 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1340047 2 0.2255 0.7156 0.068 0.920 0.000 0.012
#> SRR1418302 2 0.2670 0.7337 0.040 0.908 0.000 0.052
#> SRR1073991 3 0.4730 0.7185 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1085187 4 0.0336 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1357618 3 0.3801 0.8216 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1487764 2 0.2408 0.7349 0.036 0.920 0.000 0.044
#> SRR1075336 2 0.2469 0.6703 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1365471 4 0.1389 0.9263 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1414613 2 0.1584 0.7325 0.012 0.952 0.000 0.036
#> SRR658719 2 0.5000 -0.4668 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.3198 0.7189 0.080 0.880 0.000 0.040
#> SRR1481146 2 0.0672 0.7302 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1465674 2 0.1792 0.7057 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1327303 2 0.1557 0.7124 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1390391 1 0.5170 0.7399 0.724 0.228 0.048 0.000
#> SRR1326020 2 0.4331 0.5820 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1381953 2 0.2593 0.6864 0.104 0.892 0.000 0.004
#> SRR1082544 2 0.3400 0.6794 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR810761 3 0.4907 0.6546 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.8079 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.4679 0.4706 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1416773 2 0.0779 0.7279 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1377492 2 0.3870 0.6580 0.004 0.788 0.000 0.208
#> SRR1334314 2 0.4955 -0.3136 0.444 0.556 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 1 0.5137 0.4026 0.728 0.076 0.168 0.000 0.028
#> SRR1074385 1 0.3863 0.5573 0.740 0.248 0.000 0.000 0.012
#> SRR1374739 3 0.4016 0.7157 0.272 0.000 0.716 0.000 0.012
#> SRR1097883 1 0.4735 -0.3830 0.524 0.000 0.460 0.000 0.016
#> SRR2167209 5 0.2824 0.9152 0.116 0.020 0.000 0.000 0.864
#> SRR816541 4 0.2719 0.7981 0.000 0.144 0.000 0.852 0.004
#> SRR663645 1 0.4746 0.2239 0.504 0.480 0.000 0.000 0.016
#> SRR1381505 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1416362 2 0.1498 0.7676 0.008 0.952 0.000 0.024 0.016
#> SRR1318503 2 0.3630 0.6058 0.204 0.780 0.000 0.000 0.016
#> SRR1341626 4 0.2719 0.7981 0.000 0.144 0.000 0.852 0.004
#> SRR1382440 3 0.1908 0.6762 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1088413 1 0.3525 0.5434 0.816 0.156 0.024 0.000 0.004
#> SRR1082080 4 0.1270 0.8932 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1455783 1 0.4632 -0.3537 0.540 0.000 0.448 0.000 0.012
#> SRR1447760 2 0.0981 0.7659 0.012 0.972 0.000 0.008 0.008
#> SRR1487784 2 0.2054 0.7614 0.004 0.916 0.000 0.072 0.008
#> SRR1331037 2 0.2054 0.7614 0.004 0.916 0.000 0.072 0.008
#> SRR1095651 3 0.4610 0.6248 0.388 0.000 0.596 0.000 0.016
#> SRR1078066 1 0.4194 0.5441 0.708 0.276 0.004 0.000 0.012
#> SRR1120363 1 0.5031 0.5405 0.684 0.260 0.024 0.000 0.032
#> SRR821231 3 0.4610 0.6155 0.388 0.000 0.596 0.000 0.016
#> SRR1374373 2 0.1830 0.7457 0.068 0.924 0.000 0.000 0.008
#> SRR1324519 4 0.1768 0.8781 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> SRR1431121 3 0.5106 0.4533 0.456 0.000 0.508 0.000 0.036
#> SRR1091032 2 0.4517 0.4001 0.000 0.600 0.000 0.388 0.012
#> SRR1365575 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1072972 1 0.4632 -0.3507 0.540 0.000 0.448 0.000 0.012
#> SRR1310690 2 0.2424 0.7679 0.032 0.908 0.000 0.052 0.008
#> SRR1383037 3 0.2068 0.6779 0.004 0.000 0.904 0.000 0.092
#> SRR1095479 3 0.3779 0.7289 0.236 0.000 0.752 0.000 0.012
#> SRR1070403 3 0.2293 0.6843 0.016 0.000 0.900 0.000 0.084
#> SRR1390203 3 0.5044 0.4394 0.464 0.000 0.504 0.000 0.032
#> SRR1072007 2 0.4232 0.5477 0.000 0.676 0.000 0.312 0.012
#> SRR1468787 2 0.1498 0.7674 0.024 0.952 0.000 0.016 0.008
#> SRR1347959 2 0.3630 0.6058 0.204 0.780 0.000 0.000 0.016
#> SRR1338513 1 0.4489 0.4090 0.572 0.420 0.000 0.000 0.008
#> SRR812598 4 0.1186 0.8918 0.008 0.020 0.000 0.964 0.008
#> SRR1446806 2 0.4437 0.3775 0.316 0.664 0.000 0.000 0.020
#> SRR1394275 1 0.3685 0.5307 0.816 0.148 0.016 0.000 0.020
#> SRR1443633 1 0.3475 0.5463 0.804 0.180 0.004 0.000 0.012
#> SRR1087728 3 0.3967 0.7189 0.264 0.000 0.724 0.000 0.012
#> SRR1098192 2 0.3280 0.7157 0.000 0.812 0.000 0.176 0.012
#> SRR1093340 2 0.4659 0.1098 0.000 0.496 0.000 0.492 0.012
#> SRR665405 5 0.3492 0.9552 0.188 0.016 0.000 0.000 0.796
#> SRR657077 1 0.5360 0.4173 0.556 0.384 0.000 0.000 0.060
#> SRR813208 3 0.1908 0.6762 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1416074 2 0.4659 0.1325 0.000 0.500 0.000 0.488 0.012
#> SRR1089688 2 0.2488 0.7443 0.000 0.872 0.000 0.124 0.004
#> SRR1353461 3 0.1952 0.6811 0.004 0.000 0.912 0.000 0.084
#> SRR1466321 2 0.2908 0.7169 0.108 0.868 0.000 0.008 0.016
#> SRR1073021 2 0.1124 0.7594 0.036 0.960 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322816 4 0.1768 0.8781 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> SRR1457727 3 0.4435 0.6646 0.336 0.000 0.648 0.000 0.016
#> SRR1464226 2 0.2909 0.7305 0.000 0.848 0.000 0.140 0.012
#> SRR1398863 1 0.3863 0.5573 0.740 0.248 0.000 0.000 0.012
#> SRR1455631 2 0.1280 0.7648 0.024 0.960 0.000 0.008 0.008
#> SRR1307808 2 0.2856 0.7202 0.104 0.872 0.000 0.008 0.016
#> SRR1374585 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1072104 2 0.3496 0.6900 0.000 0.788 0.000 0.200 0.012
#> SRR1076868 2 0.4617 0.2873 0.000 0.552 0.000 0.436 0.012
#> SRR1335984 2 0.4086 0.5913 0.000 0.704 0.000 0.284 0.012
#> SRR1445939 1 0.3366 0.5583 0.784 0.212 0.000 0.000 0.004
#> SRR1453047 2 0.4632 0.2511 0.000 0.540 0.000 0.448 0.012
#> SRR1339788 3 0.4016 0.7157 0.272 0.000 0.716 0.000 0.012
#> SRR1084323 3 0.5044 0.4394 0.464 0.000 0.504 0.000 0.032
#> SRR1092937 1 0.4025 0.5445 0.700 0.292 0.000 0.000 0.008
#> SRR1074090 4 0.1410 0.8882 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1099833 1 0.4833 0.0945 0.676 0.024 0.284 0.000 0.016
#> SRR1093434 3 0.3967 0.7189 0.264 0.000 0.724 0.000 0.012
#> SRR1435857 2 0.3750 0.5536 0.232 0.756 0.000 0.000 0.012
#> SRR1480347 4 0.1197 0.8945 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1440787 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1430202 2 0.4419 0.3884 0.312 0.668 0.000 0.000 0.020
#> SRR1322730 4 0.3081 0.7722 0.000 0.156 0.000 0.832 0.012
#> SRR811029 2 0.2424 0.7679 0.032 0.908 0.000 0.052 0.008
#> SRR1390456 3 0.1908 0.6762 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1381140 1 0.4822 -0.0659 0.636 0.004 0.332 0.000 0.028
#> SRR1388064 4 0.1357 0.8934 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR1093577 1 0.3759 0.5566 0.764 0.220 0.000 0.000 0.016
#> SRR1414161 1 0.3685 0.5307 0.816 0.148 0.016 0.000 0.020
#> SRR1328738 2 0.1251 0.7578 0.036 0.956 0.000 0.000 0.008
#> SRR1311752 2 0.4659 0.1325 0.000 0.500 0.000 0.488 0.012
#> SRR1445960 2 0.4086 0.5913 0.000 0.704 0.000 0.284 0.012
#> SRR1403412 2 0.4173 0.5692 0.000 0.688 0.000 0.300 0.012
#> SRR2166748 3 0.1908 0.6762 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR821666 4 0.0912 0.8864 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012
#> SRR1330746 3 0.2293 0.6843 0.016 0.000 0.900 0.000 0.084
#> SRR1327872 4 0.1502 0.8898 0.000 0.056 0.000 0.940 0.004
#> SRR1100800 1 0.3487 0.5571 0.780 0.212 0.000 0.000 0.008
#> SRR1075174 1 0.3720 0.5577 0.760 0.228 0.000 0.000 0.012
#> SRR1434436 2 0.4161 0.4644 0.280 0.704 0.000 0.000 0.016
#> SRR1389409 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1085310 1 0.4275 0.5256 0.776 0.152 0.068 0.000 0.004
#> SRR1376718 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR808590 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1084128 2 0.4511 0.2836 0.356 0.628 0.000 0.000 0.016
#> SRR1361692 2 0.6738 -0.1781 0.256 0.380 0.000 0.000 0.364
#> SRR1431493 3 0.2193 0.6758 0.008 0.000 0.900 0.000 0.092
#> SRR1409084 1 0.4404 0.5303 0.684 0.292 0.000 0.000 0.024
#> SRR2166214 5 0.3492 0.9552 0.188 0.016 0.000 0.000 0.796
#> SRR1324102 2 0.3355 0.7092 0.000 0.804 0.000 0.184 0.012
#> SRR1079754 4 0.1831 0.8724 0.000 0.076 0.000 0.920 0.004
#> SRR1442127 3 0.3967 0.7189 0.264 0.000 0.724 0.000 0.012
#> SRR1076244 4 0.4173 0.5375 0.000 0.300 0.000 0.688 0.012
#> SRR1330901 2 0.2856 0.7202 0.104 0.872 0.000 0.008 0.016
#> SRR1073167 4 0.4653 -0.0610 0.000 0.472 0.000 0.516 0.012
#> SRR1357541 3 0.4639 0.6255 0.368 0.000 0.612 0.000 0.020
#> SRR811607 2 0.3343 0.6480 0.172 0.812 0.000 0.000 0.016
#> SRR1468931 3 0.1908 0.6762 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1474908 2 0.1815 0.7674 0.016 0.940 0.000 0.020 0.024
#> SRR1309875 2 0.4371 0.4960 0.000 0.644 0.000 0.344 0.012
#> SRR598792 3 0.3779 0.7288 0.236 0.000 0.752 0.000 0.012
#> SRR1088537 2 0.3081 0.7242 0.000 0.832 0.000 0.156 0.012
#> SRR1457682 1 0.5031 0.5405 0.684 0.260 0.024 0.000 0.032
#> SRR1454289 2 0.2660 0.6980 0.128 0.864 0.000 0.000 0.008
#> SRR1069352 3 0.3779 0.7289 0.236 0.000 0.752 0.000 0.012
#> SRR1472728 2 0.2331 0.7657 0.016 0.908 0.000 0.068 0.008
#> SRR1091144 2 0.2997 0.7268 0.000 0.840 0.000 0.148 0.012
#> SRR1319118 1 0.4884 -0.2689 0.572 0.004 0.404 0.000 0.020
#> SRR1403611 3 0.4437 0.6919 0.316 0.000 0.664 0.000 0.020
#> SRR1397762 1 0.4854 0.0827 0.672 0.024 0.288 0.000 0.016
#> SRR1317387 3 0.4508 0.6807 0.332 0.000 0.648 0.000 0.020
#> SRR1376426 4 0.1197 0.8945 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1097777 1 0.4976 -0.3960 0.504 0.000 0.468 0.000 0.028
#> SRR1365743 3 0.1952 0.6811 0.004 0.000 0.912 0.000 0.084
#> SRR1458992 2 0.1799 0.7615 0.028 0.940 0.000 0.012 0.020
#> SRR1089537 1 0.3727 0.5571 0.768 0.216 0.000 0.000 0.016
#> SRR1397744 1 0.4744 -0.4081 0.508 0.000 0.476 0.000 0.016
#> SRR1453893 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1098543 1 0.4826 -0.3931 0.508 0.000 0.472 0.000 0.020
#> SRR1321765 1 0.3594 0.5410 0.804 0.172 0.004 0.000 0.020
#> SRR1440032 2 0.2886 0.6788 0.148 0.844 0.000 0.000 0.008
#> SRR1404507 4 0.1121 0.8946 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1404856 2 0.1251 0.7578 0.036 0.956 0.000 0.000 0.008
#> SRR812745 1 0.4489 0.4090 0.572 0.420 0.000 0.000 0.008
#> SRR1417524 2 0.4251 0.5987 0.200 0.756 0.000 0.004 0.040
#> SRR1407334 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1453991 1 0.4445 0.5268 0.676 0.300 0.000 0.000 0.024
#> SRR1415938 3 0.4456 0.6824 0.320 0.000 0.660 0.000 0.020
#> SRR1081259 2 0.1830 0.7457 0.068 0.924 0.000 0.000 0.008
#> SRR1436187 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1431948 3 0.1908 0.6762 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1453277 2 0.1808 0.7573 0.040 0.936 0.000 0.004 0.020
#> SRR1095407 2 0.1960 0.7596 0.048 0.928 0.000 0.004 0.020
#> SRR1359694 2 0.3630 0.6058 0.204 0.780 0.000 0.000 0.016
#> SRR656982 2 0.1331 0.7556 0.040 0.952 0.000 0.000 0.008
#> SRR1354338 2 0.1393 0.7649 0.024 0.956 0.000 0.008 0.012
#> SRR1088291 2 0.1124 0.7594 0.036 0.960 0.000 0.000 0.004
#> SRR1080624 1 0.4494 0.4711 0.608 0.380 0.000 0.000 0.012
#> SRR2166708 3 0.1908 0.6762 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1393572 1 0.4494 0.4711 0.608 0.380 0.000 0.000 0.012
#> SRR1429912 2 0.4213 0.5529 0.000 0.680 0.000 0.308 0.012
#> SRR1421048 2 0.1299 0.7647 0.020 0.960 0.000 0.008 0.012
#> SRR1434999 1 0.4450 0.1818 0.728 0.016 0.020 0.000 0.236
#> SRR656457 1 0.4450 0.1818 0.728 0.016 0.020 0.000 0.236
#> SRR1098928 3 0.4508 0.6807 0.332 0.000 0.648 0.000 0.020
#> SRR1343967 4 0.1197 0.8945 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1360766 2 0.2193 0.7295 0.092 0.900 0.000 0.000 0.008
#> SRR1464724 4 0.1121 0.8946 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1101542 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1401528 1 0.4746 0.4673 0.744 0.120 0.132 0.000 0.004
#> SRR1071519 3 0.3970 0.7300 0.236 0.000 0.744 0.000 0.020
#> SRR1086070 3 0.5044 0.4394 0.464 0.000 0.504 0.000 0.032
#> SRR1358645 2 0.3630 0.6058 0.204 0.780 0.000 0.000 0.016
#> SRR819771 3 0.1908 0.6762 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1418433 2 0.1956 0.7591 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR821050 1 0.4537 0.4439 0.592 0.396 0.000 0.000 0.012
#> SRR1402091 2 0.4537 0.3928 0.000 0.592 0.000 0.396 0.012
#> SRR1322028 2 0.4537 0.3928 0.000 0.592 0.000 0.396 0.012
#> SRR1452556 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1340047 2 0.1960 0.7542 0.048 0.928 0.000 0.004 0.020
#> SRR1418302 2 0.2424 0.7679 0.032 0.908 0.000 0.052 0.008
#> SRR1073991 3 0.4829 0.4486 0.480 0.000 0.500 0.000 0.020
#> SRR1085187 4 0.1012 0.8857 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1357618 3 0.4451 0.6795 0.340 0.000 0.644 0.000 0.016
#> SRR1487764 2 0.2027 0.7687 0.024 0.928 0.000 0.040 0.008
#> SRR1075336 2 0.2513 0.7120 0.116 0.876 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365471 4 0.1270 0.8932 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1414613 2 0.1455 0.7668 0.008 0.952 0.000 0.032 0.008
#> SRR658719 1 0.4597 0.3861 0.564 0.424 0.000 0.000 0.012
#> SRR1475128 3 0.2293 0.6843 0.016 0.000 0.900 0.000 0.084
#> SRR1367630 2 0.2956 0.7590 0.060 0.884 0.000 0.036 0.020
#> SRR1481146 2 0.1393 0.7649 0.024 0.956 0.000 0.008 0.012
#> SRR1465674 2 0.2464 0.7365 0.096 0.888 0.000 0.000 0.016
#> SRR1327303 2 0.1725 0.7513 0.044 0.936 0.000 0.000 0.020
#> SRR1390391 1 0.3775 0.5302 0.812 0.148 0.016 0.000 0.024
#> SRR1326020 2 0.4086 0.5913 0.000 0.704 0.000 0.284 0.012
#> SRR1381953 2 0.2835 0.7232 0.112 0.868 0.000 0.004 0.016
#> SRR1082544 2 0.3242 0.7181 0.000 0.816 0.000 0.172 0.012
#> SRR810761 1 0.4731 -0.3671 0.528 0.000 0.456 0.000 0.016
#> SRR1070764 3 0.1908 0.6762 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1415919 3 0.1908 0.6762 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1490404 2 0.4387 0.4884 0.000 0.640 0.000 0.348 0.012
#> SRR1416773 2 0.1682 0.7614 0.044 0.940 0.000 0.004 0.012
#> SRR1377492 2 0.3630 0.6886 0.000 0.780 0.000 0.204 0.016
#> SRR1334314 1 0.4658 0.2343 0.504 0.484 0.000 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 5 0.450 0.2439 0.412 0.000 0.008 0.000 0.560 0.020
#> SRR1074385 5 0.272 0.7147 0.060 0.048 0.004 0.000 0.880 0.008
#> SRR1374739 1 0.205 0.7109 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.288 0.7651 0.820 0.000 0.012 0.000 0.168 0.000
#> SRR2167209 6 0.135 0.6877 0.000 0.008 0.024 0.000 0.016 0.952
#> SRR816541 4 0.318 0.7640 0.000 0.164 0.016 0.812 0.000 0.008
#> SRR663645 5 0.381 0.5379 0.008 0.256 0.008 0.000 0.724 0.004
#> SRR1381505 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1416362 2 0.323 0.7160 0.000 0.856 0.028 0.024 0.080 0.012
#> SRR1318503 2 0.446 0.3594 0.000 0.580 0.020 0.000 0.392 0.008
#> SRR1341626 4 0.318 0.7640 0.000 0.164 0.016 0.812 0.000 0.008
#> SRR1382440 3 0.291 0.9795 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 5 0.299 0.6609 0.160 0.008 0.004 0.000 0.824 0.004
#> SRR1082080 4 0.179 0.8642 0.000 0.076 0.004 0.916 0.000 0.004
#> SRR1455783 1 0.315 0.7507 0.792 0.000 0.008 0.000 0.196 0.004
#> SRR1447760 2 0.260 0.7166 0.000 0.872 0.016 0.004 0.104 0.004
#> SRR1487784 2 0.325 0.7117 0.000 0.852 0.020 0.064 0.060 0.004
#> SRR1331037 2 0.325 0.7117 0.000 0.852 0.020 0.064 0.060 0.004
#> SRR1095651 1 0.251 0.7729 0.880 0.000 0.052 0.000 0.068 0.000
#> SRR1078066 5 0.438 0.6972 0.088 0.096 0.032 0.000 0.776 0.008
#> SRR1120363 5 0.392 0.6891 0.080 0.072 0.012 0.000 0.812 0.024
#> SRR821231 1 0.275 0.7773 0.864 0.000 0.068 0.000 0.068 0.000
#> SRR1374373 2 0.273 0.6981 0.000 0.840 0.008 0.004 0.148 0.000
#> SRR1324519 4 0.221 0.8468 0.000 0.100 0.008 0.888 0.000 0.004
#> SRR1431121 1 0.352 0.7727 0.820 0.000 0.040 0.000 0.116 0.024
#> SRR1091032 2 0.449 0.4216 0.000 0.616 0.028 0.348 0.000 0.008
#> SRR1365575 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1072972 1 0.304 0.7492 0.792 0.000 0.008 0.000 0.200 0.000
#> SRR1310690 2 0.209 0.7179 0.000 0.904 0.004 0.016 0.076 0.000
#> SRR1383037 3 0.300 0.9746 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.315 0.5344 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.322 0.9411 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.361 0.7715 0.812 0.000 0.040 0.000 0.124 0.024
#> SRR1072007 2 0.417 0.5411 0.000 0.692 0.028 0.272 0.000 0.008
#> SRR1468787 2 0.276 0.7195 0.000 0.872 0.016 0.028 0.084 0.000
#> SRR1347959 2 0.446 0.3594 0.000 0.580 0.020 0.000 0.392 0.008
#> SRR1338513 5 0.394 0.6194 0.044 0.208 0.000 0.000 0.744 0.004
#> SRR812598 4 0.138 0.8629 0.000 0.036 0.008 0.948 0.000 0.008
#> SRR1446806 5 0.465 -0.0976 0.000 0.480 0.020 0.000 0.488 0.012
#> SRR1394275 5 0.399 0.6523 0.176 0.020 0.012 0.000 0.772 0.020
#> SRR1443633 5 0.376 0.6747 0.120 0.020 0.036 0.000 0.812 0.012
#> SRR1087728 1 0.218 0.6982 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.316 0.6545 0.000 0.828 0.028 0.136 0.000 0.008
#> SRR1093340 2 0.469 0.1576 0.000 0.512 0.028 0.452 0.000 0.008
#> SRR665405 6 0.215 0.7416 0.000 0.004 0.000 0.000 0.116 0.880
#> SRR657077 5 0.410 0.5969 0.008 0.160 0.008 0.000 0.768 0.056
#> SRR813208 3 0.291 0.9795 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.469 0.1791 0.000 0.516 0.028 0.448 0.000 0.008
#> SRR1089688 2 0.285 0.6912 0.000 0.868 0.024 0.084 0.024 0.000
#> SRR1353461 3 0.313 0.9578 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.382 0.6359 0.000 0.744 0.016 0.004 0.228 0.008
#> SRR1073021 2 0.242 0.7143 0.000 0.880 0.012 0.008 0.100 0.000
#> SRR1322816 4 0.221 0.8468 0.000 0.100 0.008 0.888 0.000 0.004
#> SRR1457727 1 0.251 0.7649 0.876 0.000 0.088 0.000 0.036 0.000
#> SRR1464226 2 0.264 0.6727 0.000 0.872 0.024 0.096 0.000 0.008
#> SRR1398863 5 0.272 0.7147 0.060 0.048 0.004 0.000 0.880 0.008
#> SRR1455631 2 0.314 0.7067 0.000 0.836 0.032 0.004 0.124 0.004
#> SRR1307808 2 0.379 0.6385 0.000 0.748 0.016 0.004 0.224 0.008
#> SRR1374585 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1072104 2 0.339 0.6389 0.000 0.804 0.028 0.160 0.000 0.008
#> SRR1076868 2 0.461 0.3132 0.000 0.568 0.028 0.396 0.000 0.008
#> SRR1335984 2 0.415 0.5769 0.000 0.716 0.028 0.244 0.004 0.008
#> SRR1445939 5 0.276 0.7037 0.084 0.020 0.008 0.000 0.876 0.012
#> SRR1453047 2 0.464 0.2815 0.000 0.556 0.028 0.408 0.000 0.008
#> SRR1339788 1 0.205 0.7109 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.361 0.7715 0.812 0.000 0.040 0.000 0.124 0.024
#> SRR1092937 5 0.255 0.7080 0.048 0.076 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1074090 4 0.196 0.8602 0.000 0.080 0.008 0.908 0.000 0.004
#> SRR1099833 1 0.411 0.3698 0.596 0.000 0.008 0.000 0.392 0.004
#> SRR1093434 1 0.218 0.6982 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 2 0.397 0.4809 0.000 0.644 0.008 0.000 0.344 0.004
#> SRR1480347 4 0.164 0.8653 0.000 0.076 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1430202 2 0.465 0.0763 0.000 0.484 0.020 0.000 0.484 0.012
#> SRR1322730 4 0.342 0.7461 0.000 0.172 0.024 0.796 0.000 0.008
#> SRR811029 2 0.209 0.7179 0.000 0.904 0.004 0.016 0.076 0.000
#> SRR1390456 3 0.291 0.9795 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.484 0.5249 0.608 0.000 0.036 0.000 0.336 0.020
#> SRR1388064 4 0.179 0.8640 0.000 0.076 0.004 0.916 0.000 0.004
#> SRR1093577 5 0.367 0.6965 0.104 0.048 0.032 0.000 0.816 0.000
#> SRR1414161 5 0.399 0.6523 0.176 0.020 0.012 0.000 0.772 0.020
#> SRR1328738 2 0.239 0.7063 0.000 0.864 0.008 0.000 0.128 0.000
#> SRR1311752 2 0.469 0.1791 0.000 0.516 0.028 0.448 0.000 0.008
#> SRR1445960 2 0.415 0.5769 0.000 0.716 0.028 0.244 0.004 0.008
#> SRR1403412 2 0.425 0.5561 0.000 0.700 0.028 0.260 0.004 0.008
#> SRR2166748 3 0.305 0.9786 0.216 0.000 0.780 0.000 0.004 0.000
#> SRR821666 4 0.217 0.8491 0.000 0.004 0.036 0.916 0.028 0.016
#> SRR1330746 3 0.322 0.9411 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.196 0.8606 0.000 0.080 0.008 0.908 0.000 0.004
#> SRR1100800 5 0.270 0.7031 0.080 0.020 0.008 0.000 0.880 0.012
#> SRR1075174 5 0.300 0.7108 0.072 0.036 0.008 0.000 0.868 0.016
#> SRR1434436 2 0.455 0.1808 0.000 0.520 0.020 0.000 0.452 0.008
#> SRR1389409 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1085310 5 0.341 0.6188 0.212 0.008 0.004 0.000 0.772 0.004
#> SRR1376718 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR808590 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1084128 5 0.450 0.1337 0.004 0.424 0.012 0.000 0.552 0.008
#> SRR1361692 6 0.673 0.1170 0.004 0.256 0.032 0.000 0.296 0.412
#> SRR1431493 3 0.291 0.9752 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409084 5 0.311 0.6957 0.036 0.080 0.012 0.000 0.860 0.012
#> SRR2166214 6 0.215 0.7416 0.000 0.004 0.000 0.000 0.116 0.880
#> SRR1324102 2 0.324 0.6506 0.000 0.820 0.028 0.144 0.000 0.008
#> SRR1079754 4 0.238 0.8422 0.000 0.096 0.012 0.884 0.000 0.008
#> SRR1442127 1 0.218 0.6982 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076244 4 0.438 0.4843 0.000 0.316 0.028 0.648 0.000 0.008
#> SRR1330901 2 0.379 0.6385 0.000 0.748 0.016 0.004 0.224 0.008
#> SRR1073167 2 0.470 0.0809 0.000 0.488 0.028 0.476 0.000 0.008
#> SRR1357541 1 0.256 0.7724 0.876 0.000 0.072 0.000 0.052 0.000
#> SRR811607 2 0.437 0.4347 0.000 0.616 0.020 0.000 0.356 0.008
#> SRR1468931 3 0.291 0.9795 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.337 0.7123 0.000 0.848 0.028 0.016 0.084 0.024
#> SRR1309875 2 0.433 0.4963 0.000 0.660 0.028 0.304 0.000 0.008
#> SRR598792 1 0.297 0.5761 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.295 0.6637 0.000 0.848 0.028 0.116 0.000 0.008
#> SRR1457682 5 0.392 0.6891 0.080 0.072 0.012 0.000 0.812 0.024
#> SRR1454289 2 0.336 0.6414 0.000 0.764 0.008 0.000 0.224 0.004
#> SRR1069352 1 0.315 0.5344 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.312 0.7138 0.000 0.860 0.020 0.052 0.064 0.004
#> SRR1091144 2 0.286 0.6662 0.000 0.856 0.028 0.108 0.000 0.008
#> SRR1319118 1 0.344 0.7028 0.752 0.000 0.008 0.000 0.236 0.004
#> SRR1403611 1 0.164 0.7463 0.920 0.000 0.076 0.000 0.004 0.000
#> SRR1397762 1 0.409 0.3845 0.604 0.000 0.008 0.000 0.384 0.004
#> SRR1317387 1 0.201 0.7514 0.904 0.000 0.080 0.000 0.016 0.000
#> SRR1376426 4 0.164 0.8653 0.000 0.076 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.387 0.7606 0.780 0.000 0.040 0.000 0.160 0.020
#> SRR1365743 3 0.313 0.9578 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.293 0.7116 0.000 0.852 0.020 0.004 0.116 0.008
#> SRR1089537 5 0.360 0.6961 0.104 0.044 0.032 0.000 0.820 0.000
#> SRR1397744 1 0.306 0.7698 0.816 0.000 0.024 0.000 0.160 0.000
#> SRR1453893 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1098543 1 0.334 0.7657 0.800 0.000 0.020 0.000 0.172 0.008
#> SRR1321765 5 0.393 0.6631 0.128 0.016 0.052 0.000 0.796 0.008
#> SRR1440032 2 0.356 0.6108 0.000 0.732 0.008 0.000 0.256 0.004
#> SRR1404507 4 0.164 0.8663 0.000 0.076 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR1404856 2 0.235 0.7080 0.000 0.868 0.008 0.000 0.124 0.000
#> SRR812745 5 0.394 0.6194 0.044 0.208 0.000 0.000 0.744 0.004
#> SRR1417524 2 0.515 0.4860 0.004 0.620 0.028 0.004 0.308 0.036
#> SRR1407334 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1453991 5 0.323 0.6937 0.040 0.084 0.012 0.000 0.852 0.012
#> SRR1415938 1 0.222 0.7422 0.884 0.000 0.104 0.000 0.012 0.000
#> SRR1081259 2 0.273 0.6981 0.000 0.840 0.008 0.004 0.148 0.000
#> SRR1436187 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1431948 3 0.291 0.9795 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.283 0.7037 0.000 0.848 0.016 0.000 0.128 0.008
#> SRR1095407 2 0.364 0.6852 0.000 0.800 0.048 0.000 0.140 0.012
#> SRR1359694 2 0.446 0.3594 0.000 0.580 0.020 0.000 0.392 0.008
#> SRR656982 2 0.235 0.7063 0.000 0.868 0.008 0.000 0.124 0.000
#> SRR1354338 2 0.317 0.7067 0.000 0.836 0.036 0.004 0.120 0.004
#> SRR1088291 2 0.252 0.7156 0.000 0.876 0.012 0.012 0.100 0.000
#> SRR1080624 5 0.273 0.6543 0.004 0.148 0.008 0.000 0.840 0.000
#> SRR2166708 3 0.305 0.9786 0.216 0.000 0.780 0.000 0.004 0.000
#> SRR1393572 5 0.273 0.6543 0.004 0.148 0.008 0.000 0.840 0.000
#> SRR1429912 2 0.415 0.5459 0.000 0.696 0.028 0.268 0.000 0.008
#> SRR1421048 2 0.308 0.7081 0.000 0.844 0.036 0.004 0.112 0.004
#> SRR1434999 5 0.618 0.2655 0.240 0.000 0.020 0.000 0.504 0.236
#> SRR656457 5 0.618 0.2655 0.240 0.000 0.020 0.000 0.504 0.236
#> SRR1098928 1 0.201 0.7514 0.904 0.000 0.080 0.000 0.016 0.000
#> SRR1343967 4 0.164 0.8653 0.000 0.076 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR1360766 2 0.314 0.6719 0.000 0.796 0.016 0.000 0.188 0.000
#> SRR1464724 4 0.164 0.8663 0.000 0.076 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR1101542 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1401528 5 0.407 0.4882 0.308 0.008 0.008 0.000 0.672 0.004
#> SRR1071519 1 0.276 0.6206 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.361 0.7715 0.812 0.000 0.040 0.000 0.124 0.024
#> SRR1358645 2 0.446 0.3594 0.000 0.580 0.020 0.000 0.392 0.008
#> SRR819771 3 0.291 0.9795 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.255 0.7042 0.000 0.896 0.024 0.044 0.032 0.004
#> SRR821050 5 0.292 0.6395 0.004 0.168 0.008 0.000 0.820 0.000
#> SRR1402091 2 0.451 0.3991 0.000 0.608 0.028 0.356 0.000 0.008
#> SRR1322028 2 0.451 0.3991 0.000 0.608 0.028 0.356 0.000 0.008
#> SRR1452556 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1340047 2 0.300 0.6994 0.000 0.832 0.016 0.000 0.144 0.008
#> SRR1418302 2 0.209 0.7179 0.000 0.904 0.004 0.016 0.076 0.000
#> SRR1073991 1 0.271 0.7783 0.848 0.000 0.020 0.000 0.132 0.000
#> SRR1085187 4 0.216 0.8464 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> SRR1357618 1 0.244 0.7515 0.880 0.000 0.088 0.000 0.032 0.000
#> SRR1487764 2 0.221 0.7200 0.000 0.900 0.008 0.016 0.076 0.000
#> SRR1075336 2 0.346 0.6527 0.000 0.768 0.016 0.000 0.212 0.004
#> SRR1365471 4 0.179 0.8642 0.000 0.076 0.004 0.916 0.000 0.004
#> SRR1414613 2 0.293 0.7162 0.000 0.872 0.028 0.028 0.068 0.004
#> SRR658719 5 0.387 0.6036 0.036 0.216 0.000 0.000 0.744 0.004
#> SRR1475128 3 0.322 0.9411 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.305 0.7098 0.000 0.844 0.008 0.012 0.124 0.012
#> SRR1481146 2 0.317 0.7067 0.000 0.836 0.036 0.004 0.120 0.004
#> SRR1465674 2 0.433 0.6183 0.000 0.716 0.092 0.000 0.192 0.000
#> SRR1327303 2 0.287 0.6968 0.000 0.840 0.012 0.000 0.140 0.008
#> SRR1390391 5 0.406 0.6469 0.184 0.020 0.012 0.000 0.764 0.020
#> SRR1326020 2 0.415 0.5769 0.000 0.716 0.028 0.244 0.004 0.008
#> SRR1381953 2 0.365 0.6469 0.000 0.748 0.020 0.004 0.228 0.000
#> SRR1082544 2 0.312 0.6563 0.000 0.832 0.028 0.132 0.000 0.008
#> SRR810761 1 0.306 0.7594 0.804 0.000 0.008 0.000 0.184 0.004
#> SRR1070764 3 0.291 0.9795 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.291 0.9795 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.434 0.4914 0.000 0.656 0.028 0.308 0.000 0.008
#> SRR1416773 2 0.337 0.6906 0.000 0.812 0.044 0.000 0.140 0.004
#> SRR1377492 2 0.385 0.6393 0.000 0.784 0.032 0.164 0.012 0.008
#> SRR1334314 5 0.411 0.5299 0.028 0.280 0.000 0.000 0.688 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.4992 0.501 0.501
#> 3 3 1.000 0.962 0.984 0.2994 0.658 0.427
#> 4 4 1.000 0.955 0.982 0.1160 0.740 0.410
#> 5 5 0.695 0.679 0.812 0.0714 0.813 0.445
#> 6 6 0.726 0.709 0.824 0.0455 0.849 0.450
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0672 0.990 0.992 0.008
#> SRR816541 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR663645 1 0.0938 0.986 0.988 0.012
#> SRR1381505 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821231 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1468787 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657077 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1353461 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1073021 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1445939 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1328738 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434436 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1084128 2 0.4562 0.893 0.096 0.904
#> SRR1361692 1 0.6247 0.815 0.844 0.156
#> SRR1431493 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1330901 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1468931 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1454289 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1069352 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1319118 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1397744 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440032 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR812745 1 0.0376 0.994 0.996 0.004
#> SRR1417524 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1095407 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1359694 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR656982 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1354338 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1088291 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1360766 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1464724 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1418302 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1073991 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487764 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1075336 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR658719 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475128 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1481146 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1465674 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1327303 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1390391 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1326020 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1381953 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1416773 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1377492 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1334314 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.0747 0.969 0.016 0.000 0.984
#> SRR1074385 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR663645 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 1 0.2448 0.921 0.924 0.076 0.000
#> SRR1318503 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455783 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447760 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487784 1 0.2537 0.917 0.920 0.080 0.000
#> SRR1331037 1 0.2448 0.921 0.924 0.076 0.000
#> SRR1095651 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR821231 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374373 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431121 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310690 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072007 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468787 1 0.2448 0.921 0.924 0.076 0.000
#> SRR1347959 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087728 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR665405 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR657077 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089688 1 0.1643 0.951 0.956 0.044 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457727 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464226 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455631 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307808 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.5785 0.498 0.332 0.668 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.2356 0.917 0.072 0.000 0.928
#> SRR1093434 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR811029 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 3 0.3340 0.866 0.120 0.000 0.880
#> SRR1388064 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445960 1 0.2448 0.921 0.924 0.076 0.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166748 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.4399 0.783 0.188 0.000 0.812
#> SRR1376718 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431493 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330901 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357541 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR811607 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 2 0.6140 0.321 0.404 0.596 0.000
#> SRR1457682 3 0.3267 0.871 0.116 0.000 0.884
#> SRR1454289 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472728 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091144 1 0.2448 0.921 0.924 0.076 0.000
#> SRR1319118 3 0.2066 0.928 0.060 0.000 0.940
#> SRR1403611 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397762 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317387 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097777 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365743 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458992 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397744 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417524 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081259 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095407 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR656982 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354338 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088291 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421048 1 0.2356 0.925 0.928 0.072 0.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR656457 3 0.5216 0.670 0.260 0.000 0.740
#> SRR1098928 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464724 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.0747 0.969 0.016 0.000 0.984
#> SRR1071519 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358645 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 1 0.5363 0.627 0.724 0.276 0.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418302 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073991 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357618 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487764 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075336 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414613 1 0.2448 0.921 0.924 0.076 0.000
#> SRR658719 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481146 1 0.2448 0.921 0.924 0.076 0.000
#> SRR1465674 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390391 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326020 1 0.2066 0.936 0.940 0.060 0.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR810761 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 2 0.6295 0.101 0.472 0.528 0.000
#> SRR1334314 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816541 4 0.0336 0.905 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR663645 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381505 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.0469 0.986 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1341626 4 0.0336 0.905 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1382440 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082080 4 0.0336 0.905 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1455783 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095651 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821231 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 4 0.4898 0.392 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1431121 1 0.4888 0.307 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095479 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812598 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093340 4 0.4907 0.382 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR665405 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657077 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416074 4 0.4877 0.410 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1089688 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1073021 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322816 4 0.0469 0.903 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1457727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1307808 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074090 4 0.0336 0.905 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1099833 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093434 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480347 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440787 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.2647 0.848 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR811029 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388064 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1311752 4 0.4907 0.382 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1445960 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166748 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330746 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.4164 0.628 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376718 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084128 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.0469 0.973 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1431493 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442127 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076244 4 0.4585 0.557 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1330901 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 4 0.4898 0.392 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1357541 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR811607 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403611 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1317387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376426 4 0.0336 0.905 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1097777 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365743 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397744 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440032 2 0.0592 0.982 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1404507 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417524 2 0.1474 0.938 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1407334 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.0188 0.992 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1095407 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR656982 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354338 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088291 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343967 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360766 2 0.0188 0.992 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1464724 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101542 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1358645 2 0.0592 0.982 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1418302 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073991 1 0.0336 0.980 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1085187 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357618 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487764 2 0.0188 0.992 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1075336 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1365471 4 0.0336 0.905 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1414613 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658719 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1481146 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465674 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1327303 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1390391 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326020 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381953 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.0336 0.990 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1377492 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334314 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 1 0.0000 0.8676 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.3508 0.6797 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1374739 1 0.4448 -0.1540 0.516 0.000 0.480 0.000 0.004
#> SRR1097883 1 0.0162 0.8676 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2167209 5 0.2020 0.6477 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR816541 2 0.4030 0.1676 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR663645 5 0.3508 0.5532 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1381505 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.3661 0.5292 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1318503 5 0.2471 0.7475 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1341626 2 0.4182 0.0119 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.2230 0.8395 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1082080 2 0.4256 -0.1143 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1455783 1 0.0162 0.8676 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1447760 5 0.4015 0.5725 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1487784 2 0.3424 0.5851 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1331037 2 0.3480 0.5722 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1095651 1 0.0510 0.8642 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1078066 5 0.4045 0.3677 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1120363 1 0.1608 0.8543 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR821231 1 0.4444 0.2275 0.624 0.000 0.364 0.000 0.012
#> SRR1374373 5 0.4227 0.4327 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1324519 2 0.2179 0.6570 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1431121 1 0.1768 0.8076 0.924 0.000 0.072 0.000 0.004
#> SRR1091032 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.0510 0.8642 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1310690 2 0.4287 -0.0587 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1383037 3 0.0162 0.9291 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1095479 3 0.0955 0.9171 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0162 0.8669 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072007 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 2 0.3366 0.5966 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1347959 5 0.3999 0.5826 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1338513 5 0.4101 0.3420 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR812598 4 0.3305 0.7383 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1446806 5 0.3895 0.4466 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1394275 1 0.3857 0.5794 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1443633 1 0.2179 0.8390 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1087728 3 0.0703 0.9202 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.2127 0.6604 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR665405 1 0.3816 0.7186 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR657077 5 0.4192 0.2588 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR813208 3 0.0162 0.9291 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1416074 2 0.2179 0.6570 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1089688 2 0.3636 0.5363 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1353461 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466321 5 0.2471 0.7475 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1073021 5 0.3612 0.6765 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1322816 2 0.3534 0.4113 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1457727 1 0.4443 -0.1205 0.524 0.000 0.472 0.000 0.004
#> SRR1464226 2 0.4060 0.3077 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1398863 1 0.3932 0.5395 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1455631 5 0.3074 0.7336 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1307808 5 0.3177 0.7257 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1374585 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.0162 0.7586 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1445939 1 0.2127 0.8394 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1453047 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.1544 0.8932 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0162 0.8669 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092937 1 0.3857 0.5889 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1074090 2 0.4256 -0.1143 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1099833 1 0.0510 0.8642 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1093434 3 0.1831 0.8861 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR1435857 5 0.2471 0.6869 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1480347 4 0.3895 0.6488 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1440787 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 5 0.2424 0.7472 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1322730 2 0.0963 0.7338 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR811029 5 0.3876 0.6178 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.1121 0.8641 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1388064 4 0.4306 0.2926 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1093577 5 0.4060 0.3618 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1414161 1 0.2127 0.8394 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1328738 5 0.3143 0.7299 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1311752 2 0.2179 0.6570 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1445960 2 0.3039 0.6506 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1403412 2 0.0162 0.7586 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166748 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 4 0.4045 0.6012 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1100800 1 0.2179 0.8390 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1075174 1 0.4114 0.4363 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1434436 5 0.2983 0.7191 0.096 0.040 0.000 0.000 0.864
#> SRR1389409 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.0510 0.8642 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1376718 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 5 0.2424 0.6903 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1361692 5 0.0609 0.6986 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1431493 3 0.0162 0.9291 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1409084 1 0.2230 0.8341 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2166214 5 0.3752 0.3475 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1324102 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 4 0.4161 0.5386 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1442127 3 0.4118 0.5753 0.336 0.000 0.660 0.000 0.004
#> SRR1076244 2 0.2230 0.6511 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1330901 5 0.3452 0.6991 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1073167 2 0.2179 0.6570 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1357541 1 0.0162 0.8669 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR811607 5 0.2471 0.7475 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 5 0.4291 0.3022 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1309875 2 0.0162 0.7586 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR598792 3 0.0162 0.9291 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088537 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.0510 0.8674 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1454289 5 0.2583 0.7472 0.004 0.132 0.000 0.000 0.864
#> SRR1069352 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.4088 0.2845 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1091144 2 0.1478 0.7436 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1319118 1 0.0162 0.8676 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403611 3 0.4339 0.5683 0.336 0.000 0.652 0.000 0.012
#> SRR1397762 1 0.0510 0.8642 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1317387 3 0.4339 0.5680 0.336 0.000 0.652 0.000 0.012
#> SRR1376426 2 0.4291 -0.2049 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.8676 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365743 3 0.0162 0.9291 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1458992 5 0.4101 0.5280 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1089537 5 0.4182 0.2508 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1397744 1 0.0000 0.8676 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.8676 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.2179 0.8390 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1440032 5 0.2612 0.7459 0.008 0.124 0.000 0.000 0.868
#> SRR1404507 4 0.3395 0.7293 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1404856 5 0.3177 0.7277 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR812745 5 0.2488 0.6965 0.124 0.004 0.000 0.000 0.872
#> SRR1417524 5 0.2488 0.7465 0.004 0.124 0.000 0.000 0.872
#> SRR1407334 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.2280 0.8312 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1415938 3 0.0703 0.9202 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1081259 5 0.3305 0.7166 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1436187 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 5 0.2605 0.7453 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1095407 5 0.3949 0.5802 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1359694 5 0.2471 0.7475 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR656982 5 0.4030 0.5639 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1354338 5 0.4114 0.5233 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1088291 5 0.4227 0.4327 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1080624 5 0.4307 -0.0798 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393572 5 0.4150 0.3018 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1429912 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.3109 0.6371 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1434999 1 0.3796 0.7235 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR656457 1 0.2230 0.7958 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1098928 3 0.2470 0.8601 0.104 0.000 0.884 0.000 0.012
#> SRR1343967 4 0.4126 0.5614 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1360766 5 0.3242 0.7203 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1464724 4 0.3983 0.6241 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1101542 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.0510 0.8642 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0162 0.8669 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358645 5 0.2471 0.7475 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR819771 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.2471 0.7026 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR821050 5 0.4088 0.3598 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1402091 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 5 0.3074 0.7322 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1418302 5 0.3876 0.6178 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1073991 1 0.0162 0.8676 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1085187 4 0.0000 0.8550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357618 3 0.4650 0.2509 0.468 0.000 0.520 0.000 0.012
#> SRR1487764 5 0.3242 0.7203 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1075336 5 0.2471 0.7475 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1365471 2 0.4182 0.0119 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1414613 2 0.3636 0.5296 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR658719 5 0.4045 0.3774 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 5 0.2471 0.7472 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1481146 2 0.3074 0.6419 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1465674 5 0.3074 0.7294 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1327303 5 0.3177 0.7257 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1390391 1 0.2179 0.8395 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1326020 2 0.3424 0.5906 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1381953 5 0.3707 0.6569 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1082544 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.8676 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9297 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.7597 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.3039 0.7314 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1377492 2 0.2648 0.6889 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1334314 5 0.4015 0.3935 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 1 0.0713 0.7317 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1074385 6 0.4467 0.5783 0.320 0.000 0.000 0.000 0.048 0.632
#> SRR1374739 1 0.3989 0.4852 0.720 0.000 0.236 0.000 0.000 0.044
#> SRR1097883 1 0.1075 0.7293 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2167209 6 0.4232 0.6067 0.040 0.044 0.000 0.000 0.152 0.764
#> SRR816541 2 0.1765 0.8450 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR663645 6 0.4099 0.7025 0.048 0.000 0.000 0.000 0.244 0.708
#> SRR1381505 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1416362 5 0.3679 0.7134 0.000 0.176 0.000 0.000 0.772 0.052
#> SRR1318503 5 0.3592 0.4846 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1341626 2 0.1814 0.8428 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 6 0.4403 0.3808 0.408 0.000 0.000 0.000 0.028 0.564
#> SRR1082080 2 0.1910 0.8381 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.1075 0.7293 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1447760 5 0.2030 0.7745 0.000 0.028 0.000 0.000 0.908 0.064
#> SRR1487784 5 0.3709 0.6850 0.000 0.204 0.000 0.000 0.756 0.040
#> SRR1331037 5 0.3320 0.6772 0.000 0.212 0.000 0.000 0.772 0.016
#> SRR1095651 1 0.1788 0.7170 0.916 0.004 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1078066 6 0.4579 0.7405 0.092 0.000 0.000 0.004 0.208 0.696
#> SRR1120363 1 0.3782 0.0900 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR821231 1 0.3031 0.6672 0.844 0.000 0.108 0.004 0.000 0.044
#> SRR1374373 5 0.2511 0.7675 0.000 0.056 0.000 0.000 0.880 0.064
#> SRR1324519 2 0.1141 0.8823 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1431121 1 0.1219 0.7284 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048
#> SRR1091032 2 0.2357 0.8690 0.000 0.872 0.000 0.000 0.116 0.012
#> SRR1365575 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.1471 0.7214 0.932 0.000 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1310690 5 0.2623 0.7503 0.000 0.132 0.000 0.000 0.852 0.016
#> SRR1383037 3 0.0777 0.9252 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1095479 3 0.3243 0.7993 0.156 0.000 0.812 0.004 0.000 0.028
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.1327 0.7242 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1072007 2 0.2218 0.8750 0.000 0.884 0.000 0.000 0.104 0.012
#> SRR1468787 5 0.3541 0.6299 0.000 0.260 0.000 0.000 0.728 0.012
#> SRR1347959 5 0.2263 0.7806 0.000 0.048 0.000 0.000 0.896 0.056
#> SRR1338513 6 0.4513 0.7422 0.096 0.000 0.000 0.000 0.212 0.692
#> SRR812598 2 0.3499 0.5611 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1446806 6 0.4367 0.6944 0.068 0.004 0.000 0.000 0.220 0.708
#> SRR1394275 6 0.4064 0.5019 0.360 0.000 0.000 0.000 0.016 0.624
#> SRR1443633 1 0.4331 -0.1067 0.516 0.000 0.000 0.000 0.020 0.464
#> SRR1087728 3 0.2006 0.8839 0.080 0.000 0.904 0.000 0.000 0.016
#> SRR1098192 2 0.2357 0.8690 0.000 0.872 0.000 0.000 0.116 0.012
#> SRR1093340 2 0.1075 0.8825 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR665405 6 0.4552 0.4504 0.232 0.044 0.000 0.000 0.024 0.700
#> SRR657077 6 0.4575 0.7417 0.124 0.000 0.000 0.000 0.180 0.696
#> SRR813208 3 0.0777 0.9252 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1416074 2 0.1141 0.8823 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1089688 5 0.3315 0.6873 0.000 0.200 0.000 0.000 0.780 0.020
#> SRR1353461 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466321 5 0.3198 0.5971 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1073021 5 0.1926 0.7720 0.000 0.020 0.000 0.000 0.912 0.068
#> SRR1322816 2 0.1367 0.8678 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012 0.000
#> SRR1457727 1 0.3062 0.6204 0.816 0.000 0.160 0.000 0.000 0.024
#> SRR1464226 5 0.3027 0.7415 0.000 0.148 0.000 0.000 0.824 0.028
#> SRR1398863 6 0.4532 0.5984 0.308 0.000 0.000 0.000 0.056 0.636
#> SRR1455631 5 0.3189 0.6433 0.000 0.000 0.000 0.004 0.760 0.236
#> SRR1307808 5 0.1863 0.7612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1374585 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.2531 0.8567 0.000 0.856 0.000 0.000 0.132 0.012
#> SRR1076868 2 0.2020 0.8796 0.000 0.896 0.000 0.000 0.096 0.008
#> SRR1335984 2 0.3420 0.7117 0.000 0.748 0.000 0.000 0.240 0.012
#> SRR1445939 6 0.3857 0.2690 0.468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1453047 2 0.1267 0.8821 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1339788 3 0.3483 0.7099 0.236 0.000 0.748 0.000 0.000 0.016
#> SRR1084323 1 0.1204 0.7255 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1092937 6 0.4537 0.6390 0.264 0.000 0.000 0.000 0.072 0.664
#> SRR1074090 2 0.1910 0.8381 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1099833 1 0.2913 0.6666 0.812 0.004 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR1093434 3 0.4424 0.5271 0.324 0.000 0.632 0.000 0.000 0.044
#> SRR1435857 6 0.3898 0.6491 0.020 0.000 0.000 0.000 0.296 0.684
#> SRR1480347 2 0.2912 0.7313 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1430202 5 0.3409 0.5477 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1322730 2 0.1967 0.8804 0.000 0.904 0.000 0.000 0.084 0.012
#> SRR811029 5 0.2826 0.7736 0.000 0.052 0.000 0.000 0.856 0.092
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.3819 0.2446 0.624 0.004 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1388064 2 0.2378 0.8044 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1093577 6 0.4792 0.7407 0.112 0.000 0.000 0.004 0.208 0.676
#> SRR1414161 1 0.3851 -0.0790 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1328738 5 0.1663 0.7621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1311752 2 0.1141 0.8823 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1445960 5 0.3710 0.5846 0.000 0.292 0.000 0.000 0.696 0.012
#> SRR1403412 2 0.2170 0.8764 0.000 0.888 0.000 0.000 0.100 0.012
#> SRR2166748 3 0.0520 0.9282 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR821666 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.2631 0.7761 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.4183 -0.1490 0.508 0.000 0.000 0.000 0.012 0.480
#> SRR1075174 6 0.4427 0.6259 0.284 0.000 0.000 0.000 0.056 0.660
#> SRR1434436 6 0.4010 0.4359 0.008 0.000 0.000 0.000 0.408 0.584
#> SRR1389409 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.2703 0.6639 0.824 0.004 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1376718 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1084128 6 0.3653 0.6106 0.008 0.000 0.000 0.000 0.300 0.692
#> SRR1361692 6 0.3938 0.6086 0.000 0.044 0.000 0.000 0.228 0.728
#> SRR1431493 3 0.1116 0.9223 0.008 0.000 0.960 0.004 0.000 0.028
#> SRR1409084 6 0.3782 0.3999 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR2166214 6 0.4308 0.5969 0.072 0.044 0.000 0.000 0.112 0.772
#> SRR1324102 2 0.2357 0.8690 0.000 0.872 0.000 0.000 0.116 0.012
#> SRR1079754 2 0.2562 0.7851 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1442127 1 0.4888 0.0321 0.536 0.000 0.408 0.004 0.000 0.052
#> SRR1076244 2 0.1434 0.8832 0.000 0.940 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR1330901 5 0.1700 0.7672 0.000 0.004 0.000 0.000 0.916 0.080
#> SRR1073167 2 0.1075 0.8825 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1357541 1 0.0547 0.7333 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR811607 5 0.3371 0.5477 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 5 0.2799 0.7617 0.000 0.076 0.000 0.000 0.860 0.064
#> SRR1309875 2 0.2121 0.8776 0.000 0.892 0.000 0.000 0.096 0.012
#> SRR598792 3 0.1257 0.9185 0.020 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028
#> SRR1088537 2 0.2572 0.8531 0.000 0.852 0.000 0.000 0.136 0.012
#> SRR1457682 1 0.3151 0.4791 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1454289 5 0.3563 0.4893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1069352 3 0.0622 0.9277 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR1472728 5 0.2709 0.7479 0.000 0.132 0.000 0.000 0.848 0.020
#> SRR1091144 5 0.3766 0.5619 0.000 0.304 0.000 0.000 0.684 0.012
#> SRR1319118 1 0.1075 0.7293 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1403611 1 0.5095 -0.0285 0.508 0.004 0.428 0.004 0.000 0.056
#> SRR1397762 1 0.1843 0.7158 0.912 0.004 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR1317387 1 0.5098 -0.0429 0.504 0.004 0.432 0.004 0.000 0.056
#> SRR1376426 2 0.2048 0.8302 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.1075 0.7248 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1365743 3 0.0909 0.9247 0.012 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020
#> SRR1458992 5 0.2328 0.7728 0.000 0.052 0.000 0.000 0.892 0.056
#> SRR1089537 6 0.4742 0.7389 0.124 0.000 0.000 0.004 0.184 0.688
#> SRR1397744 1 0.0363 0.7333 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1453893 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0458 0.7331 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1321765 1 0.4468 -0.1548 0.492 0.000 0.000 0.004 0.020 0.484
#> SRR1440032 5 0.3634 0.4342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1404507 2 0.3464 0.5779 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1404856 5 0.1863 0.7609 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR812745 6 0.3898 0.6535 0.020 0.000 0.000 0.000 0.296 0.684
#> SRR1417524 5 0.3330 0.5717 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1407334 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1453991 6 0.3930 0.4041 0.420 0.000 0.000 0.000 0.004 0.576
#> SRR1415938 3 0.2070 0.8743 0.092 0.000 0.896 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081259 5 0.2100 0.7514 0.000 0.004 0.000 0.000 0.884 0.112
#> SRR1436187 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 5 0.2092 0.7507 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1095407 5 0.2373 0.7666 0.000 0.024 0.000 0.004 0.888 0.084
#> SRR1359694 5 0.3563 0.5011 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR656982 5 0.1700 0.7789 0.000 0.048 0.000 0.000 0.928 0.024
#> SRR1354338 5 0.1434 0.7778 0.000 0.048 0.000 0.000 0.940 0.012
#> SRR1088291 5 0.1829 0.7769 0.000 0.056 0.000 0.000 0.920 0.024
#> SRR1080624 6 0.4628 0.7014 0.204 0.000 0.000 0.000 0.112 0.684
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393572 6 0.4809 0.7380 0.140 0.000 0.000 0.000 0.192 0.668
#> SRR1429912 2 0.2218 0.8750 0.000 0.884 0.000 0.000 0.104 0.012
#> SRR1421048 5 0.3617 0.6528 0.000 0.244 0.000 0.000 0.736 0.020
#> SRR1434999 6 0.4691 0.4015 0.256 0.044 0.000 0.000 0.024 0.676
#> SRR656457 1 0.4444 0.5781 0.696 0.044 0.000 0.004 0.008 0.248
#> SRR1098928 3 0.5095 0.2457 0.428 0.004 0.508 0.004 0.000 0.056
#> SRR1343967 2 0.2491 0.7935 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1360766 5 0.1501 0.7642 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1464724 2 0.2730 0.7622 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1101542 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.1700 0.7212 0.916 0.004 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1071519 3 0.0146 0.9301 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1086070 1 0.1204 0.7261 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1358645 5 0.3782 0.2284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR819771 3 0.0146 0.9297 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418433 5 0.3954 0.4651 0.000 0.352 0.000 0.000 0.636 0.012
#> SRR821050 6 0.4587 0.7428 0.108 0.000 0.000 0.000 0.204 0.688
#> SRR1402091 2 0.2070 0.8787 0.000 0.896 0.000 0.000 0.092 0.012
#> SRR1322028 2 0.2218 0.8750 0.000 0.884 0.000 0.000 0.104 0.012
#> SRR1452556 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1340047 5 0.1910 0.7608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1418302 5 0.2776 0.7730 0.000 0.052 0.000 0.000 0.860 0.088
#> SRR1073991 1 0.0632 0.7304 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1085187 4 0.0260 1.0000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1357618 1 0.4513 0.4484 0.688 0.004 0.248 0.004 0.000 0.056
#> SRR1487764 5 0.1957 0.7518 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1075336 5 0.3446 0.5389 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1365471 2 0.1814 0.8428 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1414613 5 0.3587 0.7067 0.000 0.188 0.000 0.000 0.772 0.040
#> SRR658719 6 0.4396 0.7403 0.088 0.000 0.000 0.000 0.208 0.704
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 5 0.3198 0.6213 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1481146 5 0.3652 0.6244 0.000 0.264 0.000 0.000 0.720 0.016
#> SRR1465674 5 0.2196 0.7593 0.000 0.004 0.000 0.004 0.884 0.108
#> SRR1327303 5 0.1714 0.7620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1390391 1 0.3986 -0.0395 0.532 0.004 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1326020 5 0.3518 0.6365 0.000 0.256 0.000 0.000 0.732 0.012
#> SRR1381953 5 0.2333 0.7650 0.000 0.024 0.000 0.000 0.884 0.092
#> SRR1082544 2 0.2357 0.8690 0.000 0.872 0.000 0.000 0.116 0.012
#> SRR810761 1 0.0458 0.7331 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9305 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.2121 0.8788 0.000 0.892 0.000 0.000 0.096 0.012
#> SRR1416773 5 0.2196 0.7578 0.000 0.004 0.000 0.004 0.884 0.108
#> SRR1377492 5 0.3690 0.5857 0.000 0.288 0.000 0.000 0.700 0.012
#> SRR1334314 6 0.4431 0.7345 0.080 0.000 0.000 0.000 0.228 0.692
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.990 0.996 0.5013 0.500 0.500
#> 3 3 0.989 0.943 0.978 0.2133 0.884 0.771
#> 4 4 0.900 0.869 0.937 0.0851 0.938 0.846
#> 5 5 0.813 0.736 0.861 0.0667 0.966 0.902
#> 6 6 0.763 0.690 0.843 0.0416 0.925 0.776
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR816541 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR663645 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1381505 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1318503 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1341626 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR821231 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1468787 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1347959 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR657077 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR813208 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1353461 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1073021 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1322816 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1398863 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1307808 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1076868 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1445939 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1322730 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1328738 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1311752 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1084128 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1330901 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1468931 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1457682 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1454289 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1069352 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1319118 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1397744 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1440032 2 0.999 0.0641 0.484 0.516
#> SRR1404507 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR812745 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1417524 2 0.781 0.6970 0.232 0.768
#> SRR1407334 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1436187 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1095407 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1359694 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR656982 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1354338 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1088291 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1080624 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR2166708 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1360766 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1464724 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1101542 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR821050 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1418302 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1073991 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1357618 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1487764 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1075336 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1365471 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR658719 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1475128 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1481146 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1465674 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1327303 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1390391 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1326020 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1381953 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1082544 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1416773 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1377492 2 0.000 0.9931 0.000 1.000
#> SRR1334314 1 0.000 1.0000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074385 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR663645 3 0.0237 0.9925 0.004 0.000 0.996
#> SRR1381505 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 1 0.1163 0.9367 0.972 0.028 0.000
#> SRR1318503 1 0.1411 0.9337 0.964 0.036 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455783 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447760 1 0.3816 0.8347 0.852 0.148 0.000
#> SRR1487784 1 0.6045 0.4338 0.620 0.380 0.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078066 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1120363 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR821231 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431121 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072007 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468787 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.3340 0.8318 0.120 0.880 0.000
#> SRR1338513 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443633 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR665405 3 0.0892 0.9772 0.020 0.000 0.980
#> SRR657077 3 0.0237 0.9925 0.004 0.000 0.996
#> SRR813208 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.0237 0.9371 0.996 0.004 0.000
#> SRR1073021 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457727 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464226 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398863 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455631 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1307808 1 0.1163 0.9367 0.972 0.028 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445939 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092937 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414161 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328738 1 0.1529 0.9321 0.960 0.040 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166748 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075174 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434436 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.0892 0.9261 0.980 0.000 0.020
#> SRR1361692 1 0.0237 0.9346 0.996 0.000 0.004
#> SRR1431493 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409084 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166214 3 0.5706 0.5376 0.320 0.000 0.680
#> SRR1324102 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330901 1 0.2448 0.9061 0.924 0.076 0.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357541 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR811607 1 0.0424 0.9375 0.992 0.008 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 1 0.0237 0.9371 0.996 0.004 0.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457682 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454289 2 0.6111 0.2865 0.396 0.604 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319118 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403611 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397762 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317387 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097777 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365743 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458992 1 0.1163 0.9367 0.972 0.028 0.000
#> SRR1089537 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397744 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321765 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440032 2 0.6111 0.3325 0.000 0.604 0.396
#> SRR1404507 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.1163 0.9367 0.972 0.028 0.000
#> SRR812745 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417524 2 0.5111 0.7036 0.024 0.808 0.168
#> SRR1407334 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415938 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081259 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 1 0.0237 0.9371 0.996 0.004 0.000
#> SRR1095407 1 0.3340 0.8657 0.880 0.120 0.000
#> SRR1359694 1 0.6260 0.2367 0.552 0.448 0.000
#> SRR656982 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354338 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088291 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080624 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 3 0.0237 0.9925 0.004 0.000 0.996
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434999 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR656457 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360766 2 0.2066 0.9049 0.060 0.940 0.000
#> SRR1464724 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358645 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR821050 3 0.0237 0.9922 0.004 0.000 0.996
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.0237 0.9371 0.996 0.004 0.000
#> SRR1418302 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073991 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357618 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487764 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075336 1 0.1529 0.9300 0.960 0.040 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414613 1 0.1753 0.9271 0.952 0.048 0.000
#> SRR658719 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 2 0.1031 0.9418 0.024 0.976 0.000
#> SRR1481146 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465674 2 0.6180 0.2208 0.416 0.584 0.000
#> SRR1327303 2 0.6291 0.0546 0.468 0.532 0.000
#> SRR1390391 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326020 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381953 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR810761 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.6302 -0.0154 0.480 0.520 0.000
#> SRR1377492 2 0.0000 0.9651 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334314 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 3 0.0817 0.9434 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1074385 3 0.1302 0.9382 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097883 3 0.1557 0.9336 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2167209 1 0.1557 0.7727 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR816541 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663645 4 0.4356 0.6544 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1381505 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 1 0.2149 0.8021 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1318503 4 0.2814 0.5896 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088413 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 3 0.1557 0.9336 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1447760 1 0.3105 0.7489 0.856 0.140 0.000 0.004
#> SRR1487784 1 0.4981 0.2200 0.536 0.464 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1078066 3 0.5000 -0.2419 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1120363 3 0.2149 0.9192 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR821231 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.0469 0.9558 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 3 0.2216 0.9167 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1095479 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390203 3 0.2216 0.9167 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1072007 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347959 2 0.1807 0.9092 0.052 0.940 0.000 0.008
#> SRR1338513 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR812598 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.2142 0.7611 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR1394275 3 0.2345 0.9113 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1443633 3 0.1557 0.9336 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665405 3 0.3834 0.8137 0.076 0.000 0.848 0.076
#> SRR657077 4 0.4477 0.6589 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR813208 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466321 1 0.0927 0.7985 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1073021 2 0.2281 0.8754 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 3 0.1557 0.9336 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1464226 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398863 3 0.1302 0.9382 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1455631 2 0.5000 0.0975 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1307808 1 0.2149 0.8021 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445939 3 0.2216 0.9167 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0921 0.9426 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1084323 3 0.1940 0.9258 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1092937 3 0.0921 0.9356 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435857 4 0.2408 0.7188 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.0336 0.7903 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1322730 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0469 0.9424 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1381140 3 0.2345 0.9113 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1388064 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 4 0.3219 0.7130 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1414161 3 0.2281 0.9141 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1328738 1 0.2342 0.8041 0.912 0.080 0.000 0.008
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166748 3 0.2216 0.9167 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR821666 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100800 3 0.1557 0.9336 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1075174 3 0.1302 0.9382 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1434436 1 0.1118 0.7857 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1389409 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1376718 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 4 0.4250 0.4234 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1361692 1 0.2443 0.7518 0.916 0.000 0.024 0.060
#> SRR1431493 3 0.0469 0.9424 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1409084 3 0.2216 0.9167 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR2166214 1 0.6326 0.0347 0.556 0.000 0.376 0.068
#> SRR1324102 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330901 1 0.2714 0.7816 0.884 0.112 0.000 0.004
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 3 0.1557 0.9336 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR811607 1 0.2814 0.7410 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474908 1 0.0336 0.7903 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457682 3 0.2216 0.9167 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1454289 4 0.2255 0.6409 0.068 0.012 0.000 0.920
#> SRR1069352 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0336 0.9582 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319118 3 0.0921 0.9426 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1403611 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1397762 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1317387 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 3 0.1716 0.9310 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1365743 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458992 1 0.2480 0.8025 0.904 0.088 0.000 0.008
#> SRR1089537 4 0.4679 0.6591 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1397744 3 0.1557 0.9336 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1453893 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 3 0.1557 0.9336 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1321765 4 0.4624 0.6356 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1440032 4 0.2965 0.6715 0.000 0.036 0.072 0.892
#> SRR1404507 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.2197 0.8039 0.916 0.080 0.000 0.004
#> SRR812745 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1417524 2 0.6941 0.4981 0.124 0.664 0.172 0.040
#> SRR1407334 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 3 0.3873 0.7351 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1415938 3 0.2149 0.9192 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1081259 2 0.1867 0.9002 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1436187 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453277 1 0.0469 0.7897 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1095407 1 0.3217 0.7634 0.860 0.128 0.000 0.012
#> SRR1359694 4 0.3205 0.6002 0.104 0.024 0.000 0.872
#> SRR656982 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354338 2 0.0188 0.9619 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088291 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1080624 4 0.4661 0.6146 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR2166708 3 0.0707 0.9442 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1393572 4 0.2081 0.7113 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.3400 0.7757 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1434999 3 0.1211 0.9325 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR656457 3 0.0188 0.9453 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098928 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 2 0.4193 0.5899 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1464724 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086070 3 0.2216 0.9167 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1358645 1 0.2149 0.7641 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR819771 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1418433 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821050 3 0.3278 0.8772 0.020 0.000 0.864 0.116
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.0336 0.7903 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1418302 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073991 3 0.1557 0.9336 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1085187 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357618 3 0.0707 0.9392 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1487764 2 0.0188 0.9619 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1075336 1 0.4872 0.5920 0.728 0.028 0.000 0.244
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 1 0.2216 0.7995 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR658719 3 0.1716 0.9194 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.2198 0.8848 0.072 0.920 0.000 0.008
#> SRR1481146 2 0.0188 0.9619 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465674 2 0.7530 0.0533 0.212 0.480 0.000 0.308
#> SRR1327303 1 0.4907 0.3483 0.580 0.420 0.000 0.000
#> SRR1390391 3 0.2345 0.9113 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1326020 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381953 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810761 3 0.1474 0.9354 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9460 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.7413 -0.0849 0.352 0.472 0.000 0.176
#> SRR1377492 2 0.0000 0.9649 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334314 4 0.4250 0.7046 0.000 0.000 0.276 0.724
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 1 0.1732 0.7948 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.2074 0.7877 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.2377 0.7781 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR2167209 3 0.4807 -0.0603 0.000 0.000 0.532 0.020 0.448
#> SRR816541 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 3 0.5874 0.1744 0.108 0.000 0.528 0.364 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 5 0.0404 0.7906 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1318503 4 0.2588 0.4627 0.000 0.000 0.060 0.892 0.048
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.2329 0.7798 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1447760 5 0.4112 0.7142 0.000 0.072 0.096 0.020 0.812
#> SRR1487784 5 0.2970 0.6346 0.000 0.168 0.000 0.004 0.828
#> SRR1331037 2 0.0162 0.9637 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095651 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1078066 1 0.5819 -0.1046 0.456 0.000 0.092 0.452 0.000
#> SRR1120363 1 0.4367 0.5610 0.620 0.000 0.372 0.008 0.000
#> SRR821231 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.1410 0.9139 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.4171 0.5376 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.0609 0.8021 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.4210 0.5140 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 2 0.0566 0.9550 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1347959 2 0.3043 0.8305 0.000 0.864 0.000 0.080 0.056
#> SRR1338513 1 0.2573 0.7516 0.880 0.000 0.104 0.016 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446806 3 0.4497 0.2203 0.000 0.000 0.568 0.008 0.424
#> SRR1394275 1 0.4291 0.4205 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.2424 0.7765 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 3 0.4645 0.3021 0.300 0.000 0.672 0.012 0.016
#> SRR657077 3 0.5889 0.1556 0.104 0.000 0.504 0.392 0.000
#> SRR813208 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353461 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466321 5 0.0833 0.7869 0.000 0.004 0.004 0.016 0.976
#> SRR1073021 2 0.4655 0.4944 0.000 0.660 0.024 0.312 0.004
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.2424 0.7765 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398863 1 0.1908 0.7916 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1455631 4 0.6487 0.1015 0.000 0.404 0.160 0.432 0.004
#> SRR1307808 5 0.0693 0.7903 0.000 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1374585 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.4210 0.5140 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 1 0.1732 0.7948 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.4126 0.5590 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 1 0.2172 0.7722 0.908 0.000 0.076 0.016 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 4 0.2592 0.4627 0.056 0.000 0.052 0.892 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 5 0.1082 0.7778 0.000 0.000 0.028 0.008 0.964
#> SRR1322730 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390456 1 0.1764 0.7825 0.928 0.000 0.064 0.008 0.000
#> SRR1381140 1 0.4291 0.4205 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 4 0.3507 0.4203 0.120 0.000 0.052 0.828 0.000
#> SRR1414161 1 0.4242 0.4882 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR1328738 5 0.4372 0.7108 0.000 0.048 0.128 0.032 0.792
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166748 1 0.4210 0.5140 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.2605 0.7690 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.1908 0.7920 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1434436 5 0.2450 0.7544 0.000 0.000 0.028 0.076 0.896
#> SRR1389409 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 3 0.6142 0.1858 0.000 0.000 0.472 0.396 0.132
#> SRR1361692 3 0.4430 0.3712 0.004 0.000 0.720 0.032 0.244
#> SRR1431493 1 0.1877 0.7807 0.924 0.000 0.064 0.012 0.000
#> SRR1409084 1 0.4310 0.5385 0.604 0.000 0.392 0.004 0.000
#> SRR2166214 3 0.5737 0.4586 0.112 0.000 0.652 0.016 0.220
#> SRR1324102 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330901 5 0.1560 0.7882 0.000 0.020 0.004 0.028 0.948
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.2813 0.7581 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR811607 5 0.3779 0.6830 0.000 0.000 0.052 0.144 0.804
#> SRR1468931 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 5 0.1251 0.7743 0.000 0.000 0.036 0.008 0.956
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.4310 0.5385 0.604 0.000 0.392 0.004 0.000
#> SRR1454289 4 0.0880 0.4755 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1069352 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0510 0.9538 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1091144 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.1671 0.7958 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1397762 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1317387 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.3684 0.6699 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0162 0.8063 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1458992 5 0.1405 0.7852 0.000 0.016 0.020 0.008 0.956
#> SRR1089537 1 0.5737 -0.1542 0.460 0.000 0.084 0.456 0.000
#> SRR1397744 1 0.2648 0.7670 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.2773 0.7605 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1321765 4 0.6102 0.0149 0.436 0.000 0.124 0.440 0.000
#> SRR1440032 4 0.0865 0.4827 0.024 0.000 0.004 0.972 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404856 5 0.2731 0.7531 0.000 0.004 0.104 0.016 0.876
#> SRR812745 1 0.2482 0.7617 0.892 0.000 0.084 0.024 0.000
#> SRR1417524 3 0.8201 0.0286 0.216 0.348 0.356 0.028 0.052
#> SRR1407334 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.5601 0.2903 0.480 0.000 0.448 0.072 0.000
#> SRR1415938 1 0.3913 0.6250 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.4132 0.6119 0.000 0.720 0.020 0.260 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 5 0.2130 0.7487 0.000 0.000 0.080 0.012 0.908
#> SRR1095407 5 0.6232 0.5738 0.000 0.108 0.152 0.080 0.660
#> SRR1359694 4 0.2520 0.4640 0.000 0.000 0.056 0.896 0.048
#> SRR656982 2 0.0566 0.9550 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1354338 2 0.2352 0.8672 0.000 0.896 0.092 0.008 0.004
#> SRR1088291 2 0.0807 0.9490 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR1080624 4 0.6261 0.0636 0.356 0.000 0.156 0.488 0.000
#> SRR2166708 1 0.1965 0.7929 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1393572 4 0.2889 0.4625 0.044 0.000 0.084 0.872 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.4776 0.3807 0.000 0.612 0.020 0.364 0.004
#> SRR1434999 1 0.4497 0.2698 0.568 0.000 0.424 0.008 0.000
#> SRR656457 1 0.1408 0.7910 0.948 0.000 0.044 0.008 0.000
#> SRR1098928 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 5 0.4625 0.3449 0.000 0.324 0.020 0.004 0.652
#> SRR1464724 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.4219 0.5077 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1358645 5 0.5480 0.4340 0.000 0.000 0.288 0.096 0.616
#> SRR819771 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1418433 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821050 1 0.5137 0.4524 0.548 0.000 0.416 0.032 0.004
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340047 5 0.1168 0.7760 0.000 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR1418302 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073991 1 0.2230 0.7831 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357618 1 0.2110 0.7748 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1487764 2 0.1285 0.9315 0.000 0.956 0.036 0.004 0.004
#> SRR1075336 5 0.5218 0.3523 0.000 0.004 0.036 0.424 0.536
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 5 0.0798 0.7910 0.000 0.016 0.000 0.008 0.976
#> SRR658719 1 0.4366 0.5463 0.664 0.000 0.320 0.016 0.000
#> SRR1475128 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.4236 0.6252 0.000 0.728 0.248 0.008 0.016
#> SRR1481146 2 0.1518 0.9186 0.000 0.944 0.048 0.004 0.004
#> SRR1465674 4 0.7705 0.1499 0.000 0.256 0.164 0.472 0.108
#> SRR1327303 5 0.2966 0.6026 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1390391 1 0.4300 0.3946 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1326020 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381953 2 0.0771 0.9489 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.2471 0.7751 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.8071 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 2 0.8403 -0.3545 0.000 0.336 0.168 0.284 0.212
#> SRR1377492 2 0.0000 0.9668 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334314 4 0.6433 0.0859 0.268 0.000 0.228 0.504 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.2191 0.7352 0.120 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074385 3 0.2278 0.7283 0.128 0.000 0.868 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374739 3 0.0405 0.8123 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097883 3 0.3023 0.6182 0.212 0.000 0.784 0.000 0.000 0.004
#> SRR2167209 1 0.6276 -0.2731 0.400 0.000 0.000 0.276 0.316 0.008
#> SRR816541 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 1 0.5750 -0.0234 0.580 0.000 0.052 0.000 0.080 0.288
#> SRR1381505 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 4 0.0000 0.8060 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318503 6 0.3219 0.5008 0.028 0.000 0.000 0.012 0.132 0.828
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 3 0.2432 0.7774 0.080 0.000 0.888 0.000 0.024 0.008
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 3 0.2805 0.6573 0.184 0.000 0.812 0.000 0.000 0.004
#> SRR1447760 4 0.4694 0.5216 0.000 0.052 0.000 0.668 0.264 0.016
#> SRR1487784 4 0.2092 0.6604 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.0146 0.9472 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.2069 0.7850 0.068 0.000 0.908 0.000 0.020 0.004
#> SRR1078066 5 0.7059 -0.1518 0.068 0.000 0.336 0.000 0.340 0.256
#> SRR1120363 1 0.4150 0.5843 0.592 0.000 0.392 0.000 0.000 0.016
#> SRR821231 3 0.0146 0.8145 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374373 2 0.2600 0.8291 0.004 0.876 0.000 0.000 0.036 0.084
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.3765 0.5762 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.0551 0.8125 0.008 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004
#> SRR1310690 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.2069 0.7850 0.068 0.000 0.908 0.000 0.020 0.004
#> SRR1095479 3 0.0146 0.8151 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.3706 0.6104 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 2 0.2001 0.8575 0.004 0.900 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR1347959 2 0.3578 0.7206 0.000 0.800 0.000 0.032 0.016 0.152
#> SRR1338513 3 0.4264 0.6280 0.148 0.000 0.752 0.000 0.088 0.012
#> SRR812598 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.5212 -0.0582 0.580 0.000 0.004 0.328 0.084 0.004
#> SRR1394275 1 0.3547 0.6327 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 3 0.3248 0.5936 0.224 0.000 0.768 0.000 0.004 0.004
#> SRR1087728 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 1 0.4981 0.1098 0.668 0.000 0.120 0.004 0.204 0.004
#> SRR657077 1 0.6161 -0.2484 0.484 0.000 0.068 0.000 0.080 0.368
#> SRR813208 3 0.2069 0.7850 0.068 0.000 0.908 0.000 0.020 0.004
#> SRR1416074 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.0520 0.9378 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466321 4 0.1261 0.7970 0.000 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024
#> SRR1073021 2 0.5724 0.1122 0.004 0.540 0.000 0.000 0.256 0.200
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 3 0.3136 0.5911 0.228 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464226 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398863 3 0.2320 0.7238 0.132 0.000 0.864 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455631 5 0.6590 0.1807 0.032 0.224 0.000 0.000 0.380 0.364
#> SRR1307808 4 0.0146 0.8058 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1374585 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.3706 0.6104 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.2146 0.7390 0.116 0.000 0.880 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084323 1 0.3797 0.5444 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 3 0.2449 0.7712 0.080 0.000 0.888 0.000 0.020 0.012
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.2476 0.7628 0.092 0.000 0.880 0.000 0.024 0.004
#> SRR1093434 3 0.0146 0.8146 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435857 6 0.4540 0.5010 0.072 0.000 0.076 0.000 0.092 0.760
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 4 0.0291 0.8064 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.1410 0.8008 0.044 0.000 0.944 0.000 0.008 0.004
#> SRR1381140 1 0.3592 0.6305 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 6 0.6181 0.3512 0.084 0.000 0.152 0.000 0.172 0.592
#> SRR1414161 1 0.3634 0.6245 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 4 0.4579 0.3628 0.000 0.020 0.000 0.564 0.404 0.012
#> SRR1311752 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166748 1 0.3717 0.6059 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100800 3 0.3636 0.3774 0.320 0.000 0.676 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075174 3 0.2520 0.7043 0.152 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434436 4 0.3354 0.7229 0.020 0.000 0.000 0.824 0.028 0.128
#> SRR1389409 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.2237 0.7764 0.080 0.000 0.896 0.000 0.020 0.004
#> SRR1376718 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.5871 -0.2222 0.500 0.000 0.000 0.060 0.060 0.380
#> SRR1361692 1 0.6283 -0.2295 0.460 0.000 0.000 0.064 0.380 0.096
#> SRR1431493 3 0.1542 0.7978 0.052 0.000 0.936 0.000 0.008 0.004
#> SRR1409084 1 0.3890 0.5826 0.596 0.000 0.400 0.000 0.000 0.004
#> SRR2166214 1 0.5652 0.0589 0.632 0.000 0.056 0.080 0.228 0.004
#> SRR1324102 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330901 4 0.0909 0.8011 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR1073167 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 3 0.3769 0.2606 0.356 0.000 0.640 0.000 0.000 0.004
#> SRR811607 4 0.4979 0.4564 0.016 0.000 0.000 0.612 0.056 0.316
#> SRR1468931 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 4 0.0665 0.8047 0.008 0.000 0.000 0.980 0.008 0.004
#> SRR1309875 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.3984 0.5881 0.596 0.000 0.396 0.000 0.000 0.008
#> SRR1454289 6 0.2668 0.5035 0.000 0.000 0.000 0.004 0.168 0.828
#> SRR1069352 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0146 0.9472 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319118 3 0.1753 0.7655 0.084 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403611 3 0.2069 0.7850 0.068 0.000 0.908 0.000 0.020 0.004
#> SRR1397762 3 0.2237 0.7764 0.080 0.000 0.896 0.000 0.020 0.004
#> SRR1317387 3 0.2069 0.7850 0.068 0.000 0.908 0.000 0.020 0.004
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 3 0.3997 -0.2998 0.488 0.000 0.508 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365743 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458992 4 0.0291 0.8066 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1089537 3 0.6591 0.1246 0.088 0.000 0.520 0.000 0.148 0.244
#> SRR1397744 3 0.3426 0.4843 0.276 0.000 0.720 0.000 0.000 0.004
#> SRR1453893 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 3 0.3601 0.3928 0.312 0.000 0.684 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321765 3 0.7297 -0.1480 0.208 0.000 0.412 0.000 0.136 0.244
#> SRR1440032 6 0.2834 0.5269 0.016 0.000 0.008 0.000 0.128 0.848
#> SRR1404507 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404856 4 0.3710 0.5733 0.000 0.000 0.000 0.696 0.292 0.012
#> SRR812745 3 0.4461 0.6441 0.104 0.000 0.764 0.000 0.072 0.060
#> SRR1417524 5 0.8026 0.1749 0.200 0.132 0.180 0.024 0.440 0.024
#> SRR1407334 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.5012 0.6044 0.600 0.000 0.300 0.000 0.000 0.100
#> SRR1415938 1 0.3854 0.4250 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.5343 0.3265 0.004 0.608 0.000 0.000 0.168 0.220
#> SRR1436187 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 4 0.1313 0.7956 0.016 0.000 0.000 0.952 0.028 0.004
#> SRR1095407 5 0.5542 0.0643 0.000 0.076 0.000 0.348 0.548 0.028
#> SRR1359694 6 0.2926 0.5124 0.024 0.000 0.000 0.012 0.112 0.852
#> SRR656982 2 0.2006 0.8498 0.004 0.892 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1354338 2 0.3470 0.6066 0.000 0.740 0.000 0.000 0.248 0.012
#> SRR1088291 2 0.2191 0.8300 0.004 0.876 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1080624 6 0.5450 0.2121 0.276 0.000 0.164 0.000 0.000 0.560
#> SRR2166708 3 0.2454 0.6967 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393572 6 0.1367 0.5551 0.044 0.000 0.012 0.000 0.000 0.944
#> SRR1429912 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.5888 -0.0734 0.004 0.492 0.000 0.000 0.200 0.304
#> SRR1434999 1 0.6115 0.2077 0.424 0.000 0.328 0.000 0.244 0.004
#> SRR656457 3 0.3254 0.6915 0.048 0.000 0.816 0.000 0.136 0.000
#> SRR1098928 3 0.2126 0.7822 0.072 0.000 0.904 0.000 0.020 0.004
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 4 0.3998 0.5717 0.004 0.132 0.000 0.776 0.084 0.004
#> SRR1464724 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.2069 0.7850 0.068 0.000 0.908 0.000 0.020 0.004
#> SRR1071519 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.3695 0.6138 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358645 4 0.7363 0.1622 0.148 0.000 0.000 0.400 0.204 0.248
#> SRR819771 3 0.1923 0.7890 0.064 0.000 0.916 0.000 0.016 0.004
#> SRR1418433 2 0.0508 0.9380 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR821050 1 0.4621 0.6276 0.632 0.000 0.304 0.000 0.000 0.064
#> SRR1402091 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340047 4 0.0622 0.8049 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000
#> SRR1418302 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073991 3 0.2668 0.6823 0.168 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004
#> SRR1085187 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357618 3 0.2069 0.7850 0.068 0.000 0.908 0.000 0.020 0.004
#> SRR1487764 2 0.3616 0.6947 0.024 0.780 0.000 0.000 0.184 0.012
#> SRR1075336 6 0.6349 0.0553 0.004 0.004 0.000 0.296 0.324 0.372
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 4 0.0146 0.8062 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR658719 3 0.4306 0.4251 0.308 0.000 0.656 0.000 0.032 0.004
#> SRR1475128 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.6182 0.0453 0.228 0.528 0.000 0.004 0.220 0.020
#> SRR1481146 2 0.2912 0.7405 0.000 0.816 0.000 0.000 0.172 0.012
#> SRR1465674 5 0.5132 0.3304 0.000 0.120 0.000 0.028 0.680 0.172
#> SRR1327303 4 0.2100 0.6815 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004 0.000
#> SRR1390391 1 0.3714 0.6312 0.656 0.000 0.340 0.000 0.004 0.000
#> SRR1326020 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381953 2 0.2288 0.8327 0.004 0.876 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR1082544 2 0.0146 0.9474 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR810761 3 0.2912 0.6121 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.8155 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.5524 0.3881 0.000 0.148 0.000 0.080 0.668 0.104
#> SRR1377492 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334314 6 0.6783 0.1936 0.172 0.000 0.292 0.000 0.076 0.460
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.990 0.995 0.5028 0.498 0.498
#> 3 3 0.938 0.910 0.952 0.3076 0.699 0.471
#> 4 4 0.667 0.775 0.847 0.0867 0.891 0.699
#> 5 5 0.913 0.884 0.956 0.0659 0.894 0.660
#> 6 6 0.857 0.836 0.920 0.0671 0.865 0.520
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2167209 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR663645 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1381505 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1318503 1 0.8016 0.683 0.756 0.244
#> SRR1341626 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1382440 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1095651 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR821231 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1383037 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1468787 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1347959 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1338513 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1087728 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR665405 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR657077 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR813208 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1089688 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1353461 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.0376 0.993 0.004 0.996
#> SRR1073021 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1464226 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1398863 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1445939 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1339788 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1074090 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR811029 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1390456 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1093577 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1328738 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1445960 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1403412 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2166748 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1084128 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1431493 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2166214 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1330901 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR811607 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1468931 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR598792 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1069352 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1091144 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1319118 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1365743 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1458992 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1397744 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR1404507 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR812745 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1417524 2 0.8144 0.662 0.252 0.748
#> SRR1407334 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1453991 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1415938 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1081259 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1431948 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1453277 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1095407 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1359694 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR656982 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1354338 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1088291 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2166708 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1393572 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1421048 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1434999 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1360766 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1464724 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1358645 1 0.6343 0.811 0.840 0.160
#> SRR819771 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1340047 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1418302 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1073991 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1085187 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1487764 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1075336 1 0.7883 0.696 0.764 0.236
#> SRR1365471 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1414613 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR658719 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1475128 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1481146 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1465674 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1327303 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1390391 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1326020 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1381953 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1070764 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1415919 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1416773 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1377492 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1334314 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1074385 3 0.3551 0.8976 0.132 0.000 0.868
#> SRR1374739 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR2167209 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR663645 1 0.0237 0.9336 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381505 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 1 0.6308 0.0429 0.508 0.492 0.000
#> SRR1318503 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088413 3 0.2625 0.9410 0.084 0.000 0.916
#> SRR1082080 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455783 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1447760 1 0.2261 0.9040 0.932 0.068 0.000
#> SRR1487784 1 0.6305 0.0755 0.516 0.484 0.000
#> SRR1331037 1 0.2625 0.8936 0.916 0.084 0.000
#> SRR1095651 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1078066 1 0.0237 0.9336 0.996 0.000 0.004
#> SRR1120363 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR821231 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374373 1 0.2261 0.9040 0.932 0.068 0.000
#> SRR1324519 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR1431121 3 0.1860 0.9519 0.052 0.000 0.948
#> SRR1091032 2 0.2625 0.9198 0.084 0.916 0.000
#> SRR1365575 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1310690 1 0.2261 0.9040 0.932 0.068 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390203 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1072007 2 0.2261 0.9358 0.068 0.932 0.000
#> SRR1468787 1 0.2625 0.8936 0.916 0.084 0.000
#> SRR1347959 1 0.2066 0.9087 0.940 0.060 0.000
#> SRR1338513 1 0.1529 0.9048 0.960 0.000 0.040
#> SRR812598 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.0237 0.9336 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443633 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098192 2 0.6062 0.3736 0.384 0.616 0.000
#> SRR1093340 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR665405 3 0.5178 0.7268 0.256 0.000 0.744
#> SRR657077 3 0.5835 0.5739 0.340 0.000 0.660
#> SRR813208 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR1089688 1 0.2625 0.8936 0.916 0.084 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466321 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.0892 0.9285 0.980 0.020 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457727 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464226 1 0.2537 0.8964 0.920 0.080 0.000
#> SRR1398863 1 0.1643 0.9011 0.956 0.000 0.044
#> SRR1455631 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307808 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 1 0.6045 0.4111 0.620 0.380 0.000
#> SRR1076868 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR1335984 2 0.2261 0.9358 0.068 0.932 0.000
#> SRR1445939 3 0.5431 0.6823 0.284 0.000 0.716
#> SRR1453047 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084323 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1092937 3 0.2448 0.9463 0.076 0.000 0.924
#> SRR1074090 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1093434 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435857 1 0.0237 0.9336 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480347 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.1860 0.9466 0.052 0.948 0.000
#> SRR811029 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1388064 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.1643 0.9059 0.956 0.000 0.044
#> SRR1414161 3 0.2878 0.9313 0.096 0.000 0.904
#> SRR1328738 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR1445960 1 0.2625 0.8936 0.916 0.084 0.000
#> SRR1403412 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR2166748 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR821666 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.5968 0.3560 0.636 0.000 0.364
#> SRR1075174 1 0.1964 0.8895 0.944 0.000 0.056
#> SRR1434436 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1376718 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.0237 0.9336 0.996 0.000 0.004
#> SRR1361692 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431493 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409084 3 0.2537 0.9439 0.080 0.000 0.920
#> SRR2166214 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.2261 0.9358 0.068 0.932 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.0892 0.9548 0.020 0.980 0.000
#> SRR1330901 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR1357541 3 0.0592 0.9526 0.012 0.000 0.988
#> SRR811607 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474908 1 0.2625 0.8936 0.916 0.084 0.000
#> SRR1309875 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088537 1 0.6062 0.4009 0.616 0.384 0.000
#> SRR1457682 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1454289 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472728 1 0.2261 0.9040 0.932 0.068 0.000
#> SRR1091144 1 0.2625 0.8936 0.916 0.084 0.000
#> SRR1319118 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1403611 3 0.0424 0.9526 0.008 0.000 0.992
#> SRR1397762 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1317387 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097777 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1365743 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458992 1 0.2261 0.9040 0.932 0.068 0.000
#> SRR1089537 1 0.2356 0.8791 0.928 0.000 0.072
#> SRR1397744 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1453893 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1321765 1 0.3340 0.8235 0.880 0.000 0.120
#> SRR1440032 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404856 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.0237 0.9336 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417524 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407334 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 3 0.2711 0.9383 0.088 0.000 0.912
#> SRR1415938 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081259 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436187 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453277 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095407 1 0.2261 0.9040 0.932 0.068 0.000
#> SRR1359694 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR656982 1 0.1031 0.9268 0.976 0.024 0.000
#> SRR1354338 1 0.2261 0.9040 0.932 0.068 0.000
#> SRR1088291 1 0.2261 0.9040 0.932 0.068 0.000
#> SRR1080624 1 0.0237 0.9336 0.996 0.000 0.004
#> SRR2166708 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.0237 0.9336 0.996 0.000 0.004
#> SRR1429912 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR1421048 1 0.2261 0.9040 0.932 0.068 0.000
#> SRR1434999 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR656457 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464724 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101542 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1071519 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086070 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1358645 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 1 0.2625 0.8936 0.916 0.084 0.000
#> SRR821050 1 0.0237 0.9336 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402091 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR1322028 2 0.2261 0.9358 0.068 0.932 0.000
#> SRR1452556 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418302 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073991 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1085187 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357618 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487764 1 0.0237 0.9342 0.996 0.004 0.000
#> SRR1075336 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.9589 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414613 1 0.5254 0.6592 0.736 0.264 0.000
#> SRR658719 1 0.0237 0.9336 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367630 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481146 1 0.2537 0.8964 0.920 0.080 0.000
#> SRR1465674 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.0892 0.9285 0.980 0.020 0.000
#> SRR1390391 3 0.3192 0.9170 0.112 0.000 0.888
#> SRR1326020 1 0.2625 0.8936 0.916 0.084 0.000
#> SRR1381953 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR810761 3 0.2261 0.9508 0.068 0.000 0.932
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9523 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490404 2 0.1964 0.9453 0.056 0.944 0.000
#> SRR1416773 1 0.0000 0.9352 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377492 2 0.6045 0.3828 0.380 0.620 0.000
#> SRR1334314 1 0.0237 0.9336 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0592 0.865 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.4072 0.612 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167209 2 0.4955 0.435 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR816541 4 0.3444 0.871 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR663645 2 0.4941 0.460 0.436 0.564 0.000 0.000
#> SRR1381505 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1416362 2 0.4543 0.145 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1318503 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1341626 4 0.3074 0.873 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1382440 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082080 4 0.3074 0.873 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1455783 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 2 0.0000 0.769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487784 2 0.4522 0.159 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1331037 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1095651 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078066 2 0.4193 0.737 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821231 1 0.4072 0.612 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1374373 2 0.0000 0.769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324519 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1431121 1 0.0817 0.858 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1091032 4 0.4477 0.826 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1365575 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1072972 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310690 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1383037 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1095479 1 0.4072 0.612 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1070403 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 4 0.4431 0.835 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1468787 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1347959 2 0.0000 0.769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338513 2 0.4382 0.700 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR812598 4 0.3074 0.873 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1446806 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.4477 0.369 0.688 0.312 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087728 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1098192 2 0.4999 -0.457 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1093340 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR665405 1 0.4222 0.462 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR657077 1 0.1637 0.828 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR813208 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1416074 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1089688 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1353461 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1466321 2 0.3172 0.800 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1073021 2 0.0000 0.769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322816 4 0.3172 0.873 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1457727 1 0.4072 0.612 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1464226 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1398863 2 0.4406 0.696 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.3123 0.801 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1307808 2 0.3074 0.802 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1072104 2 0.4543 0.136 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1076868 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1335984 4 0.4431 0.835 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1445939 1 0.0592 0.865 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1453047 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1339788 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.3569 0.634 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1074090 4 0.3074 0.873 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1099833 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.4103 0.606 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1435857 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1480347 4 0.3074 0.873 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1440787 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1430202 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1322730 4 0.4304 0.850 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR811029 2 0.3024 0.802 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388064 4 0.3074 0.873 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1093577 1 0.4843 0.107 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1414161 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 2 0.3074 0.802 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1311752 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1445960 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1403412 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR2166748 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR821666 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1330746 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1327872 4 0.3074 0.873 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1100800 1 0.0336 0.870 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1075174 2 0.4382 0.700 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1434436 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1085310 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376718 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR808590 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1084128 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1361692 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1431493 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1409084 1 0.0336 0.870 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2166214 2 0.4972 0.398 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR1324102 4 0.4454 0.831 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1079754 4 0.3074 0.873 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1442127 1 0.4072 0.612 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1076244 4 0.4103 0.859 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1330901 2 0.2814 0.803 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1073167 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1357541 1 0.2973 0.747 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR811607 2 0.3610 0.784 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1474908 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1309875 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR598792 3 0.3311 0.792 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1088537 2 0.4522 0.150 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1457682 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 2 0.3975 0.763 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1472728 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1091144 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1319118 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.3873 0.646 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1397762 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.4072 0.612 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1376426 4 0.3074 0.873 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1097777 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365743 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1458992 2 0.0469 0.762 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1089537 1 0.0592 0.865 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1397744 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1098543 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0592 0.865 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1440032 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1404507 4 0.2542 0.844 0.000 0.084 0.012 0.904
#> SRR1404856 2 0.3074 0.802 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR812745 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1417524 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1407334 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1453991 1 0.0592 0.865 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1415938 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1081259 2 0.3074 0.802 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1436187 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1431948 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1453277 2 0.3074 0.802 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1095407 2 0.0000 0.769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 2 0.4008 0.761 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR656982 2 0.0000 0.769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354338 2 0.0000 0.769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088291 2 0.0000 0.769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.4989 -0.189 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR2166708 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1393572 1 0.4985 -0.175 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1429912 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1421048 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1434999 1 0.0707 0.862 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR656457 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.4072 0.612 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1343967 4 0.3074 0.873 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1360766 2 0.3074 0.802 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1464724 4 0.3074 0.873 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1101542 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1401528 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358645 2 0.4040 0.758 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1418433 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR821050 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1402091 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1322028 4 0.4431 0.835 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1452556 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1340047 2 0.3123 0.801 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1418302 2 0.2345 0.802 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1073991 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085187 4 0.0592 0.803 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1357618 1 0.4040 0.618 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1487764 2 0.2281 0.801 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1075336 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1365471 4 0.3172 0.873 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1414613 2 0.3400 0.530 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR658719 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1475128 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1367630 2 0.3942 0.765 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1481146 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1465674 2 0.3172 0.800 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1327303 2 0.0000 0.769 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390391 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326020 2 0.0592 0.760 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1381953 2 0.3172 0.800 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1082544 4 0.4382 0.843 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR810761 1 0.0000 0.875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1415919 3 0.0592 0.992 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1490404 4 0.4356 0.847 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1416773 2 0.3074 0.802 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1377492 2 0.4817 -0.109 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1334314 2 0.4072 0.755 0.252 0.748 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167209 5 0.3480 0.641 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR816541 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 5 0.2377 0.799 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1381505 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416362 5 0.4283 0.117 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1318503 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082080 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.2813 0.733 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1331037 2 0.2020 0.811 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1095651 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078066 5 0.0510 0.913 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1120363 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821231 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374373 5 0.2690 0.775 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1324519 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091032 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365575 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072972 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310690 5 0.1608 0.871 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1383037 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095479 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072007 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 2 0.4201 0.340 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1347959 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338513 5 0.0510 0.914 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR812598 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446806 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394275 5 0.4249 0.236 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1443633 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087728 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 1 0.4030 0.426 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR657077 1 0.1908 0.868 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR813208 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 5 0.1965 0.849 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1353461 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466321 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073021 5 0.0162 0.921 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1322816 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464226 5 0.2929 0.749 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1398863 5 0.1608 0.868 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1455631 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1307808 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374585 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084323 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092937 1 0.2561 0.787 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1074090 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0609 0.951 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1435857 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430202 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811029 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388064 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 1 0.4278 0.139 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1414161 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.4268 0.235 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1403412 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166748 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075174 5 0.0794 0.905 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1434436 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389409 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085310 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376718 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084128 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361692 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431493 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 5 0.3424 0.651 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR1324102 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442127 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330901 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811607 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 5 0.4262 0.167 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1309875 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.2690 0.766 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.4182 0.359 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1457682 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472728 5 0.1965 0.849 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1091144 2 0.4074 0.442 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1319118 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403611 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397762 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365743 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458992 5 0.0963 0.899 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1089537 1 0.1043 0.927 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1397744 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098543 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440032 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404507 2 0.2127 0.801 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1404856 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812745 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417524 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407334 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1415938 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081259 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436187 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095407 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359694 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656982 5 0.0794 0.906 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1354338 5 0.0703 0.910 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1088291 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080624 5 0.4045 0.440 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2166708 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393572 5 0.4114 0.389 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1429912 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 2 0.4201 0.340 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1434999 1 0.1851 0.869 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR656457 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098928 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464724 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101542 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401528 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358645 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.1043 0.868 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR821050 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340047 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418302 5 0.0609 0.912 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1073991 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085187 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357618 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487764 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075336 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.4262 0.222 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR658719 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481146 2 0.3707 0.596 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1465674 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327303 5 0.0290 0.919 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1390391 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326020 5 0.3837 0.516 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1381953 5 0.0609 0.912 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1082544 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810761 1 0.0000 0.968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377492 2 0.3707 0.584 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1334314 5 0.0000 0.923 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 1 0.1556 0.813 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1074385 1 0.0458 0.821 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1374739 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097883 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167209 1 0.1556 0.792 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR816541 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663645 1 0.0632 0.816 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1381505 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.3853 0.622 0.016 0.680 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1318503 5 0.1204 0.858 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1341626 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 6 0.3905 0.503 0.316 0.000 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1082080 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455783 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447760 5 0.0458 0.859 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1487784 2 0.3534 0.703 0.016 0.740 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1331037 2 0.3528 0.636 0.004 0.700 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1095651 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078066 5 0.3499 0.622 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1120363 1 0.2941 0.718 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR821231 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374373 5 0.1082 0.852 0.004 0.040 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431121 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091032 2 0.0146 0.946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365575 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072972 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310690 5 0.0458 0.860 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095479 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.3695 0.480 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1072007 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468787 5 0.2664 0.754 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1347959 5 0.0363 0.860 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1338513 1 0.3868 -0.212 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR812598 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446806 1 0.0146 0.818 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394275 1 0.0000 0.818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443633 1 0.0865 0.825 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1087728 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.0547 0.936 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1093340 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665405 1 0.0713 0.824 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR657077 1 0.1663 0.803 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR813208 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089688 5 0.2980 0.740 0.008 0.192 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1353461 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466321 5 0.1141 0.858 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1073021 5 0.0547 0.863 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1322816 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457727 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464226 5 0.1075 0.849 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR1398863 1 0.2772 0.673 0.816 0.000 0.000 0.000 0.180 0.004
#> SRR1455631 5 0.1141 0.857 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1307808 5 0.3499 0.425 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1374585 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.2969 0.738 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1076868 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.0865 0.924 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1445939 1 0.1204 0.821 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1453047 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339788 3 0.2562 0.770 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1084323 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092937 6 0.3636 0.514 0.320 0.000 0.000 0.000 0.004 0.676
#> SRR1074090 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099833 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093434 6 0.0260 0.937 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1435857 5 0.3499 0.622 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1480347 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440787 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.3023 0.665 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1322730 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811029 5 0.0000 0.861 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.1327 0.819 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1388064 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093577 5 0.3499 0.622 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1414161 1 0.1204 0.821 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1328738 5 0.0547 0.860 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1311752 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445960 5 0.3747 0.428 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1403412 2 0.0458 0.938 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2166748 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821666 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100800 1 0.0937 0.824 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1075174 1 0.0632 0.814 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1434436 1 0.3244 0.610 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1389409 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085310 6 0.0547 0.928 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1376718 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.1007 0.809 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1361692 1 0.0146 0.818 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431493 3 0.3833 0.171 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1409084 1 0.0937 0.825 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2166214 1 0.1075 0.809 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1324102 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442127 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076244 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330901 5 0.0458 0.859 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1073167 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.3860 0.275 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR811607 1 0.3851 0.203 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 2 0.3509 0.709 0.016 0.744 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1309875 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598792 6 0.3023 0.671 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1088537 5 0.3244 0.669 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR1457682 1 0.2941 0.718 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1454289 5 0.0937 0.859 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472728 5 0.0260 0.860 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1091144 5 0.3330 0.638 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1319118 6 0.1714 0.859 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1403611 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397762 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317387 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.3782 0.420 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1365743 6 0.2941 0.690 0.000 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR1458992 5 0.0713 0.856 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1089537 5 0.4961 0.506 0.320 0.000 0.000 0.000 0.592 0.088
#> SRR1397744 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453893 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098543 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321765 1 0.2941 0.718 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1440032 5 0.1663 0.841 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1404507 2 0.1444 0.889 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1404856 5 0.0790 0.861 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR812745 5 0.3428 0.643 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1417524 5 0.3428 0.643 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1407334 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.0865 0.824 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1415938 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081259 5 0.0547 0.863 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1436187 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 1 0.3244 0.641 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1095407 5 0.0458 0.859 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1359694 5 0.1075 0.859 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR656982 5 0.0000 0.861 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354338 5 0.1082 0.853 0.004 0.040 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1088291 5 0.0000 0.861 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080624 5 0.3499 0.622 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR2166708 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393572 5 0.3499 0.622 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1429912 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421048 5 0.1501 0.833 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1434999 1 0.0790 0.825 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR656457 6 0.2527 0.776 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1098928 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360766 5 0.0458 0.863 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1464724 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101542 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401528 6 0.0547 0.929 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1071519 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086070 1 0.3828 0.345 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1358645 5 0.1141 0.858 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.2178 0.842 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322028 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452556 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340047 5 0.0458 0.859 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1418302 5 0.1225 0.861 0.036 0.012 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR1073991 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085187 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357618 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487764 5 0.0865 0.860 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1075336 5 0.2300 0.802 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1365471 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414613 2 0.3695 0.669 0.016 0.712 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR658719 1 0.2854 0.621 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1475128 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 5 0.1141 0.859 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1481146 5 0.3828 0.298 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1465674 5 0.0632 0.862 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1327303 5 0.0547 0.863 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1390391 1 0.1204 0.821 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1326020 5 0.2597 0.762 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1381953 5 0.1267 0.853 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1082544 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810761 6 0.0000 0.943 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416773 5 0.0363 0.862 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1377492 2 0.1152 0.917 0.004 0.952 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1334314 5 0.3531 0.619 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.377 0.746 0.832 0.426 0.517 0.517
#> 3 3 0.631 0.777 0.892 0.262 0.653 0.487
#> 4 4 0.664 0.780 0.881 0.234 0.695 0.458
#> 5 5 0.623 0.649 0.748 0.105 0.811 0.519
#> 6 6 0.701 0.806 0.876 0.031 0.866 0.592
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 1 0.9909 0.2172 0.556 0.444
#> SRR1074385 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1374739 1 0.4815 0.8225 0.896 0.104
#> SRR1097883 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR2167209 1 0.3733 0.8242 0.928 0.072
#> SRR816541 2 0.0672 0.7725 0.008 0.992
#> SRR663645 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1381505 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1416362 1 0.7883 0.7120 0.764 0.236
#> SRR1318503 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1341626 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1382440 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1088413 1 0.9323 0.5274 0.652 0.348
#> SRR1082080 2 0.0000 0.7720 0.000 1.000
#> SRR1455783 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1447760 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1487784 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1331037 2 0.7883 0.7760 0.236 0.764
#> SRR1095651 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1078066 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1120363 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR821231 1 0.7674 0.7354 0.776 0.224
#> SRR1374373 2 0.8081 0.7735 0.248 0.752
#> SRR1324519 2 0.8144 0.7696 0.252 0.748
#> SRR1431121 1 0.9248 0.5493 0.660 0.340
#> SRR1091032 2 0.0672 0.7746 0.008 0.992
#> SRR1365575 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1072972 1 0.4562 0.8252 0.904 0.096
#> SRR1310690 2 0.2423 0.7768 0.040 0.960
#> SRR1383037 1 0.1414 0.8380 0.980 0.020
#> SRR1095479 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1070403 1 0.2236 0.8383 0.964 0.036
#> SRR1390203 1 0.8955 0.5974 0.688 0.312
#> SRR1072007 2 0.1843 0.7724 0.028 0.972
#> SRR1468787 2 0.7528 0.7795 0.216 0.784
#> SRR1347959 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1338513 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR812598 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1446806 1 0.7299 0.7485 0.796 0.204
#> SRR1394275 1 0.9286 0.5408 0.656 0.344
#> SRR1443633 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1087728 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1098192 2 0.4022 0.7363 0.080 0.920
#> SRR1093340 2 0.0376 0.7741 0.004 0.996
#> SRR665405 1 0.0000 0.8186 1.000 0.000
#> SRR657077 1 0.6801 0.7660 0.820 0.180
#> SRR813208 1 0.1414 0.8380 0.980 0.020
#> SRR1416074 2 0.0672 0.7757 0.008 0.992
#> SRR1089688 2 1.0000 0.1502 0.496 0.504
#> SRR1353461 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1466321 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1073021 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1322816 2 0.0376 0.7741 0.004 0.996
#> SRR1457727 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1464226 2 0.9933 0.3244 0.452 0.548
#> SRR1398863 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1455631 1 0.9775 0.2187 0.588 0.412
#> SRR1307808 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1374585 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1072104 2 0.1414 0.7739 0.020 0.980
#> SRR1076868 2 0.7883 0.7760 0.236 0.764
#> SRR1335984 2 0.0376 0.7741 0.004 0.996
#> SRR1445939 1 0.9635 0.4233 0.612 0.388
#> SRR1453047 2 0.1184 0.7780 0.016 0.984
#> SRR1339788 1 0.9323 0.5324 0.652 0.348
#> SRR1084323 1 0.6531 0.7812 0.832 0.168
#> SRR1092937 1 0.8443 0.6682 0.728 0.272
#> SRR1074090 2 0.0000 0.7720 0.000 1.000
#> SRR1099833 1 0.1414 0.8380 0.980 0.020
#> SRR1093434 1 0.3879 0.8315 0.924 0.076
#> SRR1435857 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1480347 2 0.0000 0.7720 0.000 1.000
#> SRR1440787 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1430202 1 0.9393 0.5125 0.644 0.356
#> SRR1322730 2 0.4298 0.7288 0.088 0.912
#> SRR811029 1 0.9608 0.3678 0.616 0.384
#> SRR1390456 1 0.1414 0.8380 0.980 0.020
#> SRR1381140 1 0.6801 0.7715 0.820 0.180
#> SRR1388064 2 0.2423 0.7687 0.040 0.960
#> SRR1093577 1 0.9393 0.4966 0.644 0.356
#> SRR1414161 2 0.8555 0.7443 0.280 0.720
#> SRR1328738 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1311752 2 0.0376 0.7741 0.004 0.996
#> SRR1445960 2 0.0376 0.7741 0.004 0.996
#> SRR1403412 2 0.2423 0.7687 0.040 0.960
#> SRR2166748 1 0.1184 0.8345 0.984 0.016
#> SRR821666 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1330746 1 0.2043 0.8394 0.968 0.032
#> SRR1327872 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1100800 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1075174 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1434436 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1389409 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1085310 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1376718 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR808590 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1084128 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1361692 1 0.3733 0.8305 0.928 0.072
#> SRR1431493 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1409084 1 0.9850 0.2849 0.572 0.428
#> SRR2166214 1 0.0000 0.8186 1.000 0.000
#> SRR1324102 2 0.0938 0.7746 0.012 0.988
#> SRR1079754 2 0.2603 0.7614 0.044 0.956
#> SRR1442127 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1076244 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1330901 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1073167 2 0.1184 0.7719 0.016 0.984
#> SRR1357541 2 0.8661 0.7331 0.288 0.712
#> SRR811607 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1468931 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1474908 1 0.4161 0.8209 0.916 0.084
#> SRR1309875 2 0.2043 0.7684 0.032 0.968
#> SRR598792 1 0.1843 0.8402 0.972 0.028
#> SRR1088537 2 0.7453 0.7802 0.212 0.788
#> SRR1457682 2 0.9209 0.6358 0.336 0.664
#> SRR1454289 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1069352 1 0.2948 0.8317 0.948 0.052
#> SRR1472728 2 0.7815 0.7770 0.232 0.768
#> SRR1091144 2 0.1843 0.7723 0.028 0.972
#> SRR1319118 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1403611 1 0.1414 0.8380 0.980 0.020
#> SRR1397762 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1317387 1 0.1414 0.8380 0.980 0.020
#> SRR1376426 2 0.0376 0.7741 0.004 0.996
#> SRR1097777 2 0.8443 0.7563 0.272 0.728
#> SRR1365743 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1458992 1 0.9170 0.5428 0.668 0.332
#> SRR1089537 1 0.2043 0.8404 0.968 0.032
#> SRR1397744 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1453893 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1098543 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1321765 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1440032 2 0.8386 0.7649 0.268 0.732
#> SRR1404507 1 0.7376 0.7383 0.792 0.208
#> SRR1404856 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR812745 1 0.7745 0.7199 0.772 0.228
#> SRR1417524 1 0.1843 0.8406 0.972 0.028
#> SRR1407334 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1453991 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1415938 1 0.5178 0.8146 0.884 0.116
#> SRR1081259 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1436187 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1431948 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1453277 1 0.8016 0.6931 0.756 0.244
#> SRR1095407 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1359694 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR656982 2 0.7815 0.7769 0.232 0.768
#> SRR1354338 2 0.6048 0.7718 0.148 0.852
#> SRR1088291 2 0.7453 0.7800 0.212 0.788
#> SRR1080624 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR2166708 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1393572 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1429912 2 0.5842 0.7836 0.140 0.860
#> SRR1421048 1 0.9580 0.4476 0.620 0.380
#> SRR1434999 1 0.1633 0.8400 0.976 0.024
#> SRR656457 1 0.7528 0.7338 0.784 0.216
#> SRR1098928 1 0.1414 0.8380 0.980 0.020
#> SRR1343967 2 0.0000 0.7720 0.000 1.000
#> SRR1360766 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1464724 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1101542 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1401528 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1071519 1 0.2236 0.8383 0.964 0.036
#> SRR1086070 1 0.5946 0.7982 0.856 0.144
#> SRR1358645 2 0.8443 0.7619 0.272 0.728
#> SRR819771 1 0.1414 0.8380 0.980 0.020
#> SRR1418433 1 0.2236 0.8398 0.964 0.036
#> SRR821050 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1402091 2 0.0672 0.7746 0.008 0.992
#> SRR1322028 2 0.6887 0.7822 0.184 0.816
#> SRR1452556 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1340047 1 0.9944 0.1150 0.544 0.456
#> SRR1418302 2 0.8267 0.7661 0.260 0.740
#> SRR1073991 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1085187 2 0.2236 0.7670 0.036 0.964
#> SRR1357618 1 0.1414 0.8380 0.980 0.020
#> SRR1487764 1 0.6712 0.7682 0.824 0.176
#> SRR1075336 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1365471 2 0.0376 0.7725 0.004 0.996
#> SRR1414613 1 0.9983 0.0667 0.524 0.476
#> SRR658719 1 0.6973 0.7584 0.812 0.188
#> SRR1475128 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1367630 1 0.1843 0.8406 0.972 0.028
#> SRR1481146 2 0.2778 0.7641 0.048 0.952
#> SRR1465674 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1327303 2 0.8327 0.7674 0.264 0.736
#> SRR1390391 1 0.5294 0.8106 0.880 0.120
#> SRR1326020 2 0.1184 0.7776 0.016 0.984
#> SRR1381953 2 0.8608 0.7528 0.284 0.716
#> SRR1082544 2 0.2423 0.7687 0.040 0.960
#> SRR810761 1 0.8713 0.6423 0.708 0.292
#> SRR1070764 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1415919 1 0.1633 0.8404 0.976 0.024
#> SRR1490404 2 0.0938 0.7770 0.012 0.988
#> SRR1416773 2 0.8713 0.7471 0.292 0.708
#> SRR1377492 2 0.2603 0.7819 0.044 0.956
#> SRR1334314 2 0.8443 0.7630 0.272 0.728
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 1 0.1163 0.8686 0.972 0.000 0.028
#> SRR1074385 1 0.1989 0.8768 0.948 0.048 0.004
#> SRR1374739 1 0.6548 0.4415 0.616 0.012 0.372
#> SRR1097883 1 0.1163 0.8686 0.972 0.000 0.028
#> SRR2167209 3 0.3590 0.8101 0.076 0.028 0.896
#> SRR816541 1 0.5216 0.6782 0.740 0.260 0.000
#> SRR663645 1 0.1411 0.8783 0.964 0.036 0.000
#> SRR1381505 2 0.5098 0.6786 0.248 0.752 0.000
#> SRR1416362 1 0.6045 0.2832 0.620 0.000 0.380
#> SRR1318503 1 0.0424 0.8786 0.992 0.008 0.000
#> SRR1341626 1 0.5497 0.6262 0.708 0.292 0.000
#> SRR1382440 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1088413 1 0.3375 0.8705 0.908 0.048 0.044
#> SRR1082080 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1455783 1 0.1620 0.8747 0.964 0.012 0.024
#> SRR1447760 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487784 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 1 0.0592 0.8790 0.988 0.012 0.000
#> SRR1095651 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1078066 1 0.0892 0.8796 0.980 0.020 0.000
#> SRR1120363 1 0.1031 0.8698 0.976 0.000 0.024
#> SRR821231 1 0.5940 0.7088 0.760 0.036 0.204
#> SRR1374373 1 0.2356 0.8686 0.928 0.072 0.000
#> SRR1324519 1 0.0237 0.8777 0.996 0.004 0.000
#> SRR1431121 1 0.6260 0.0782 0.552 0.000 0.448
#> SRR1091032 1 0.2796 0.8591 0.908 0.092 0.000
#> SRR1365575 2 0.1399 0.9155 0.028 0.968 0.004
#> SRR1072972 1 0.5635 0.7561 0.784 0.036 0.180
#> SRR1310690 1 0.2711 0.8612 0.912 0.088 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.8452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095479 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1070403 3 0.0424 0.8475 0.008 0.000 0.992
#> SRR1390203 1 0.6180 0.1968 0.584 0.000 0.416
#> SRR1072007 1 0.4887 0.7242 0.772 0.228 0.000
#> SRR1468787 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1347959 1 0.0424 0.8785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1338513 3 0.2229 0.8282 0.012 0.044 0.944
#> SRR812598 1 0.8985 0.2980 0.544 0.292 0.164
#> SRR1446806 3 0.6189 0.4532 0.364 0.004 0.632
#> SRR1394275 1 0.1643 0.8596 0.956 0.000 0.044
#> SRR1443633 1 0.1031 0.8698 0.976 0.000 0.024
#> SRR1087728 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1098192 3 0.9379 0.2226 0.208 0.288 0.504
#> SRR1093340 1 0.2625 0.8632 0.916 0.084 0.000
#> SRR665405 3 0.2050 0.8396 0.020 0.028 0.952
#> SRR657077 1 0.5174 0.7971 0.824 0.048 0.128
#> SRR813208 3 0.0000 0.8452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416074 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1089688 3 0.9262 0.2453 0.324 0.176 0.500
#> SRR1353461 3 0.0424 0.8476 0.008 0.000 0.992
#> SRR1466321 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.1411 0.8784 0.964 0.036 0.000
#> SRR1322816 1 0.3192 0.8474 0.888 0.112 0.000
#> SRR1457727 1 0.4346 0.7059 0.816 0.000 0.184
#> SRR1464226 3 0.8080 0.5038 0.128 0.232 0.640
#> SRR1398863 1 0.1399 0.8800 0.968 0.028 0.004
#> SRR1455631 1 0.8037 0.3835 0.572 0.076 0.352
#> SRR1307808 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.1163 0.9187 0.028 0.972 0.000
#> SRR1072104 1 0.3340 0.8401 0.880 0.120 0.000
#> SRR1076868 1 0.0424 0.8785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1335984 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1445939 1 0.1031 0.8698 0.976 0.000 0.024
#> SRR1453047 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1339788 1 0.4605 0.6789 0.796 0.000 0.204
#> SRR1084323 1 0.6295 0.0115 0.528 0.000 0.472
#> SRR1092937 1 0.3899 0.8614 0.888 0.056 0.056
#> SRR1074090 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1099833 3 0.0000 0.8452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093434 3 0.2711 0.7944 0.088 0.000 0.912
#> SRR1435857 1 0.0747 0.8793 0.984 0.016 0.000
#> SRR1480347 1 0.4750 0.7408 0.784 0.216 0.000
#> SRR1440787 2 0.1163 0.9187 0.028 0.972 0.000
#> SRR1430202 1 0.0237 0.8762 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322730 3 0.7844 0.4806 0.084 0.292 0.624
#> SRR811029 3 0.8556 0.1197 0.416 0.096 0.488
#> SRR1390456 3 0.0000 0.8452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381140 3 0.5958 0.5523 0.300 0.008 0.692
#> SRR1388064 3 0.7844 0.4806 0.084 0.292 0.624
#> SRR1093577 1 0.3310 0.8713 0.908 0.064 0.028
#> SRR1414161 1 0.1031 0.8698 0.976 0.000 0.024
#> SRR1328738 1 0.0237 0.8779 0.996 0.004 0.000
#> SRR1311752 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1445960 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1403412 1 0.5722 0.6206 0.704 0.292 0.004
#> SRR2166748 3 0.2318 0.8370 0.028 0.028 0.944
#> SRR821666 2 0.3816 0.8066 0.148 0.852 0.000
#> SRR1330746 3 0.0424 0.8475 0.008 0.000 0.992
#> SRR1327872 3 0.8013 0.4610 0.092 0.296 0.612
#> SRR1100800 1 0.1031 0.8698 0.976 0.000 0.024
#> SRR1075174 1 0.1031 0.8797 0.976 0.024 0.000
#> SRR1434436 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.1163 0.9187 0.028 0.972 0.000
#> SRR1085310 3 0.0829 0.8454 0.004 0.012 0.984
#> SRR1376718 2 0.1163 0.9187 0.028 0.972 0.000
#> SRR808590 2 0.1163 0.9187 0.028 0.972 0.000
#> SRR1084128 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361692 3 0.2810 0.8299 0.036 0.036 0.928
#> SRR1431493 3 0.0000 0.8452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409084 1 0.1267 0.8718 0.972 0.004 0.024
#> SRR2166214 3 0.2187 0.8384 0.024 0.028 0.948
#> SRR1324102 1 0.4842 0.7292 0.776 0.224 0.000
#> SRR1079754 3 0.7844 0.4806 0.084 0.292 0.624
#> SRR1442127 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1076244 3 0.9927 -0.0309 0.316 0.292 0.392
#> SRR1330901 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 1 0.5497 0.6262 0.708 0.292 0.000
#> SRR1357541 1 0.3038 0.8066 0.896 0.000 0.104
#> SRR811607 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1474908 3 0.3499 0.8128 0.072 0.028 0.900
#> SRR1309875 1 0.5497 0.6262 0.708 0.292 0.000
#> SRR598792 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1088537 1 0.2537 0.8651 0.920 0.080 0.000
#> SRR1457682 1 0.1031 0.8698 0.976 0.000 0.024
#> SRR1454289 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0892 0.8447 0.020 0.000 0.980
#> SRR1472728 1 0.0747 0.8793 0.984 0.016 0.000
#> SRR1091144 1 0.3412 0.8368 0.876 0.124 0.000
#> SRR1319118 1 0.2187 0.8773 0.948 0.028 0.024
#> SRR1403611 3 0.0000 0.8452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397762 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1317387 3 0.0000 0.8452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376426 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1097777 1 0.1163 0.8686 0.972 0.000 0.028
#> SRR1365743 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1458992 1 0.2796 0.8130 0.908 0.000 0.092
#> SRR1089537 3 0.5689 0.6188 0.184 0.036 0.780
#> SRR1397744 1 0.1163 0.8686 0.972 0.000 0.028
#> SRR1453893 2 0.1163 0.9187 0.028 0.972 0.000
#> SRR1098543 1 0.1163 0.8686 0.972 0.000 0.028
#> SRR1321765 1 0.1031 0.8698 0.976 0.000 0.024
#> SRR1440032 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1404507 3 0.4652 0.7670 0.080 0.064 0.856
#> SRR1404856 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.6245 0.7150 0.760 0.060 0.180
#> SRR1417524 3 0.2663 0.8213 0.024 0.044 0.932
#> SRR1407334 3 0.7844 0.4806 0.084 0.292 0.624
#> SRR1453991 1 0.1031 0.8698 0.976 0.000 0.024
#> SRR1415938 3 0.4353 0.7469 0.156 0.008 0.836
#> SRR1081259 1 0.1964 0.8738 0.944 0.056 0.000
#> SRR1436187 2 0.1163 0.9187 0.028 0.972 0.000
#> SRR1431948 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1453277 1 0.5785 0.4660 0.668 0.000 0.332
#> SRR1095407 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 1 0.0237 0.8777 0.996 0.004 0.000
#> SRR656982 1 0.1964 0.8738 0.944 0.056 0.000
#> SRR1354338 1 0.8489 0.4308 0.596 0.268 0.136
#> SRR1088291 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1080624 1 0.0237 0.8762 0.996 0.000 0.004
#> SRR2166708 3 0.1182 0.8452 0.012 0.012 0.976
#> SRR1393572 1 0.0892 0.8716 0.980 0.000 0.020
#> SRR1429912 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1421048 1 0.0747 0.8794 0.984 0.016 0.000
#> SRR1434999 3 0.1877 0.8406 0.032 0.012 0.956
#> SRR656457 1 0.5223 0.7547 0.800 0.024 0.176
#> SRR1098928 3 0.0000 0.8452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343967 1 0.3116 0.8504 0.892 0.108 0.000
#> SRR1360766 1 0.0892 0.8796 0.980 0.020 0.000
#> SRR1464724 1 0.6326 0.5971 0.688 0.292 0.020
#> SRR1101542 2 0.1163 0.9187 0.028 0.972 0.000
#> SRR1401528 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1071519 3 0.1163 0.8393 0.028 0.000 0.972
#> SRR1086070 3 0.5420 0.6398 0.240 0.008 0.752
#> SRR1358645 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.8452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418433 3 0.3484 0.8038 0.048 0.048 0.904
#> SRR821050 1 0.0237 0.8762 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402091 1 0.2959 0.8544 0.900 0.100 0.000
#> SRR1322028 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1452556 2 0.1163 0.9187 0.028 0.972 0.000
#> SRR1340047 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418302 1 0.2537 0.8651 0.920 0.080 0.000
#> SRR1073991 1 0.1289 0.8668 0.968 0.000 0.032
#> SRR1085187 2 0.5591 0.5560 0.304 0.696 0.000
#> SRR1357618 3 0.0000 0.8452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487764 3 0.7491 0.3778 0.324 0.056 0.620
#> SRR1075336 1 0.0747 0.8793 0.984 0.016 0.000
#> SRR1365471 1 0.5397 0.6465 0.720 0.280 0.000
#> SRR1414613 1 0.0000 0.8767 1.000 0.000 0.000
#> SRR658719 1 0.5847 0.7418 0.780 0.048 0.172
#> SRR1475128 3 0.0424 0.8475 0.008 0.000 0.992
#> SRR1367630 3 0.2793 0.8186 0.028 0.044 0.928
#> SRR1481146 1 0.8487 0.4004 0.584 0.292 0.124
#> SRR1465674 1 0.1163 0.8793 0.972 0.028 0.000
#> SRR1327303 1 0.0592 0.8790 0.988 0.012 0.000
#> SRR1390391 3 0.3755 0.7841 0.120 0.008 0.872
#> SRR1326020 1 0.2448 0.8668 0.924 0.076 0.000
#> SRR1381953 1 0.2537 0.8651 0.920 0.080 0.000
#> SRR1082544 1 0.9334 0.2061 0.508 0.292 0.200
#> SRR810761 1 0.2096 0.8576 0.944 0.004 0.052
#> SRR1070764 3 0.0000 0.8452 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415919 3 0.0237 0.8477 0.004 0.000 0.996
#> SRR1490404 1 0.2165 0.8718 0.936 0.064 0.000
#> SRR1416773 1 0.4556 0.8269 0.860 0.060 0.080
#> SRR1377492 1 0.1753 0.8758 0.952 0.048 0.000
#> SRR1334314 1 0.1964 0.8738 0.944 0.056 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074385 1 0.0336 0.8662 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1374739 1 0.4250 0.5635 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1097883 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167209 4 0.4262 0.6732 0.008 0.000 0.236 0.756
#> SRR816541 2 0.1211 0.8506 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR663645 1 0.0937 0.8657 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR1381505 2 0.3893 0.7478 0.008 0.796 0.000 0.196
#> SRR1416362 1 0.6531 0.1288 0.576 0.036 0.028 0.360
#> SRR1318503 1 0.0921 0.8642 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1341626 2 0.1211 0.8506 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088413 1 0.3933 0.6985 0.792 0.008 0.200 0.000
#> SRR1082080 2 0.1389 0.8490 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1455783 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447760 1 0.1211 0.8609 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1487784 1 0.1302 0.8595 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1331037 1 0.3123 0.7927 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR1095651 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.0336 0.8662 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1120363 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821231 3 0.4925 -0.1163 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1374373 2 0.4955 0.0847 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.4606 0.5805 0.264 0.724 0.012 0.000
#> SRR1431121 1 0.3853 0.7215 0.820 0.000 0.160 0.020
#> SRR1091032 2 0.1389 0.8490 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.4053 0.7159 0.000 0.768 0.004 0.228
#> SRR1072972 3 0.3907 0.3672 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1310690 2 0.2011 0.8296 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095479 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.0188 0.9394 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1390203 1 0.4440 0.7075 0.804 0.000 0.136 0.060
#> SRR1072007 2 0.1211 0.8506 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1468787 1 0.3942 0.7111 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1347959 1 0.1389 0.8590 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1338513 3 0.3205 0.7066 0.024 0.104 0.872 0.000
#> SRR812598 2 0.2623 0.8432 0.028 0.908 0.064 0.000
#> SRR1446806 4 0.7204 0.6396 0.332 0.000 0.156 0.512
#> SRR1394275 1 0.0188 0.8628 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443633 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.2845 0.8390 0.028 0.896 0.076 0.000
#> SRR1093340 2 0.1389 0.8490 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR665405 4 0.4262 0.6732 0.008 0.000 0.236 0.756
#> SRR657077 1 0.4095 0.7092 0.792 0.016 0.192 0.000
#> SRR813208 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.4888 0.2182 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1089688 2 0.2830 0.8443 0.040 0.900 0.060 0.000
#> SRR1353461 3 0.0672 0.9266 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1466321 1 0.0336 0.8663 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1073021 1 0.2868 0.8053 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1322816 2 0.1389 0.8490 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1457727 1 0.2973 0.7607 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1464226 2 0.2845 0.8390 0.028 0.896 0.076 0.000
#> SRR1398863 1 0.0336 0.8662 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1455631 2 0.2845 0.8390 0.028 0.896 0.076 0.000
#> SRR1307808 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 2 0.3907 0.7151 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1072104 2 0.1389 0.8490 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1076868 1 0.2921 0.8008 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.4989 -0.0356 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR1445939 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453047 1 0.4916 0.3899 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR1339788 1 0.3400 0.7143 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1084323 1 0.3583 0.7109 0.816 0.000 0.180 0.004
#> SRR1092937 1 0.3300 0.7722 0.848 0.008 0.144 0.000
#> SRR1074090 2 0.1389 0.8490 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1099833 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093434 3 0.1792 0.8186 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1435857 1 0.0336 0.8662 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1480347 2 0.1211 0.8506 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1440787 2 0.3907 0.7151 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1430202 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.2845 0.8390 0.028 0.896 0.076 0.000
#> SRR811029 2 0.2845 0.8390 0.028 0.896 0.076 0.000
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381140 4 0.7269 0.6732 0.296 0.000 0.180 0.524
#> SRR1388064 2 0.2915 0.8365 0.028 0.892 0.080 0.000
#> SRR1093577 1 0.5304 0.6933 0.748 0.104 0.148 0.000
#> SRR1414161 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328738 1 0.2081 0.8416 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.2345 0.8137 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1445960 2 0.3356 0.7216 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1403412 2 0.1211 0.8506 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2166748 4 0.4360 0.6656 0.008 0.000 0.248 0.744
#> SRR821666 2 0.3356 0.7551 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1330746 3 0.0188 0.9394 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1327872 2 0.2809 0.8432 0.028 0.904 0.064 0.004
#> SRR1100800 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075174 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434436 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389409 2 0.3907 0.7151 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1085310 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.3907 0.7151 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR808590 2 0.3907 0.7151 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1084128 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361692 1 0.8963 -0.1509 0.464 0.092 0.240 0.204
#> SRR1431493 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166214 4 0.4262 0.6732 0.008 0.000 0.236 0.756
#> SRR1324102 2 0.1211 0.8506 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1079754 2 0.2845 0.8390 0.028 0.896 0.076 0.000
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.2036 0.8493 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR1330901 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073167 2 0.1211 0.8506 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.1584 0.8443 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR811607 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474908 4 0.4408 0.6728 0.008 0.004 0.232 0.756
#> SRR1309875 2 0.1211 0.8506 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.1716 0.8407 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1457682 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454289 1 0.0336 0.8662 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1069352 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472728 1 0.2973 0.8024 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1091144 2 0.1211 0.8506 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403611 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397762 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317387 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.2760 0.7829 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR1097777 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365743 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458992 1 0.1305 0.8619 0.960 0.036 0.004 0.000
#> SRR1089537 3 0.0672 0.9181 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1397744 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453893 2 0.3907 0.7151 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1098543 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321765 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440032 1 0.3688 0.7416 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR1404507 2 0.3538 0.8155 0.024 0.868 0.096 0.012
#> SRR1404856 1 0.0188 0.8661 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR812745 1 0.6299 0.2319 0.520 0.420 0.060 0.000
#> SRR1417524 2 0.4808 0.6521 0.028 0.736 0.236 0.000
#> SRR1407334 2 0.3030 0.8385 0.028 0.892 0.076 0.004
#> SRR1453991 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415938 4 0.7449 0.5743 0.356 0.000 0.180 0.464
#> SRR1081259 1 0.3311 0.7770 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR1436187 2 0.3907 0.7151 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453277 1 0.3647 0.7914 0.852 0.040 0.108 0.000
#> SRR1095407 1 0.1661 0.8565 0.944 0.052 0.004 0.000
#> SRR1359694 1 0.0707 0.8660 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR656982 1 0.3873 0.7208 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1354338 2 0.2845 0.8390 0.028 0.896 0.076 0.000
#> SRR1088291 1 0.3907 0.7156 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR1080624 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166708 4 0.5288 0.3434 0.008 0.000 0.472 0.520
#> SRR1393572 1 0.0336 0.8662 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1429912 1 0.4304 0.6443 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR1421048 1 0.3708 0.7820 0.832 0.148 0.020 0.000
#> SRR1434999 1 0.7825 -0.3814 0.412 0.000 0.284 0.304
#> SRR656457 1 0.3172 0.7536 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.1211 0.8506 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1360766 1 0.0707 0.8659 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1464724 2 0.1398 0.8510 0.040 0.956 0.004 0.000
#> SRR1101542 2 0.3907 0.7151 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1401528 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.0469 0.9279 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1086070 4 0.7237 0.6735 0.296 0.000 0.176 0.528
#> SRR1358645 1 0.1256 0.8644 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR819771 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.4446 0.7130 0.028 0.776 0.196 0.000
#> SRR821050 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402091 2 0.1389 0.8490 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1322028 1 0.4134 0.6779 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR1452556 2 0.3907 0.7151 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1340047 1 0.0817 0.8648 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1418302 2 0.2814 0.7781 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1073991 1 0.1118 0.8529 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1085187 2 0.3356 0.7542 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1357618 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487764 2 0.2915 0.8365 0.028 0.892 0.080 0.000
#> SRR1075336 1 0.0921 0.8642 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1365471 2 0.1211 0.8506 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1414613 1 0.0817 0.8648 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR658719 1 0.4225 0.7169 0.792 0.024 0.184 0.000
#> SRR1475128 3 0.0188 0.9394 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1367630 2 0.4872 0.6397 0.028 0.728 0.244 0.000
#> SRR1481146 2 0.2845 0.8390 0.028 0.896 0.076 0.000
#> SRR1465674 1 0.2216 0.8370 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1327303 1 0.1118 0.8624 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1390391 4 0.7563 0.6455 0.280 0.000 0.236 0.484
#> SRR1326020 2 0.2530 0.8005 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1381953 2 0.3726 0.6622 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR1082544 2 0.2773 0.8406 0.028 0.900 0.072 0.000
#> SRR810761 1 0.1474 0.8441 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9446 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490404 1 0.4382 0.6286 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR1416773 1 0.5328 0.6638 0.724 0.212 0.064 0.000
#> SRR1377492 1 0.4454 0.6105 0.692 0.308 0.000 0.000
#> SRR1334314 1 0.2722 0.8307 0.904 0.032 0.064 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 1 0.4360 0.2508 0.728 0.008 0.024 0.000 0.240
#> SRR1074385 5 0.5461 0.7394 0.432 0.032 0.016 0.000 0.520
#> SRR1374739 3 0.6296 0.1298 0.180 0.004 0.548 0.000 0.268
#> SRR1097883 5 0.4666 0.7547 0.412 0.016 0.000 0.000 0.572
#> SRR2167209 4 0.2471 0.9734 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR816541 2 0.0290 0.7812 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR663645 1 0.3771 0.6140 0.836 0.072 0.020 0.000 0.072
#> SRR1381505 2 0.4793 0.5973 0.000 0.700 0.000 0.068 0.232
#> SRR1416362 1 0.5865 0.2981 0.592 0.060 0.028 0.320 0.000
#> SRR1318503 5 0.6047 0.7139 0.376 0.124 0.000 0.000 0.500
#> SRR1341626 2 0.0162 0.7808 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382440 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088413 5 0.7654 0.5816 0.244 0.088 0.196 0.000 0.472
#> SRR1082080 2 0.0510 0.7815 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1455783 5 0.4666 0.7547 0.412 0.016 0.000 0.000 0.572
#> SRR1447760 1 0.2068 0.6828 0.904 0.092 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487784 1 0.2286 0.6694 0.888 0.108 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331037 1 0.5790 0.1294 0.500 0.408 0.000 0.000 0.092
#> SRR1095651 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078066 5 0.5103 0.7574 0.404 0.040 0.000 0.000 0.556
#> SRR1120363 1 0.3388 0.4713 0.792 0.008 0.000 0.000 0.200
#> SRR821231 5 0.5965 0.2620 0.088 0.008 0.384 0.000 0.520
#> SRR1374373 2 0.4434 -0.0242 0.004 0.536 0.000 0.000 0.460
#> SRR1324519 1 0.5454 0.1224 0.488 0.452 0.060 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.1571 0.6878 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> SRR1091032 2 0.0703 0.7805 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1365575 2 0.6171 0.3232 0.000 0.472 0.008 0.104 0.416
#> SRR1072972 3 0.2790 0.7689 0.052 0.000 0.880 0.000 0.068
#> SRR1310690 2 0.0794 0.7795 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1383037 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095479 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070403 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390203 1 0.1992 0.6937 0.924 0.000 0.044 0.032 0.000
#> SRR1072007 2 0.0510 0.7815 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1468787 2 0.4430 -0.0102 0.004 0.540 0.000 0.000 0.456
#> SRR1347959 5 0.6364 0.6693 0.312 0.188 0.000 0.000 0.500
#> SRR1338513 3 0.4682 0.2133 0.000 0.356 0.620 0.024 0.000
#> SRR812598 2 0.2747 0.7598 0.000 0.896 0.048 0.020 0.036
#> SRR1446806 1 0.4548 0.5057 0.716 0.000 0.052 0.232 0.000
#> SRR1394275 1 0.0162 0.6998 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1443633 5 0.4604 0.7427 0.428 0.012 0.000 0.000 0.560
#> SRR1087728 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098192 2 0.2304 0.7604 0.000 0.908 0.068 0.020 0.004
#> SRR1093340 2 0.0609 0.7811 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR665405 4 0.2629 0.9730 0.000 0.000 0.136 0.860 0.004
#> SRR657077 2 0.8336 -0.3844 0.312 0.316 0.140 0.000 0.232
#> SRR813208 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.0865 0.7795 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1089688 2 0.2804 0.7454 0.012 0.880 0.092 0.016 0.000
#> SRR1353461 3 0.0880 0.9000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1466321 1 0.1830 0.6948 0.932 0.052 0.000 0.004 0.012
#> SRR1073021 5 0.6383 0.6167 0.228 0.256 0.000 0.000 0.516
#> SRR1322816 2 0.0290 0.7810 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1457727 5 0.5028 0.7460 0.412 0.012 0.016 0.000 0.560
#> SRR1464226 2 0.2561 0.7450 0.000 0.884 0.096 0.020 0.000
#> SRR1398863 5 0.4666 0.7571 0.412 0.016 0.000 0.000 0.572
#> SRR1455631 2 0.2429 0.7631 0.000 0.904 0.068 0.020 0.008
#> SRR1307808 1 0.0566 0.7032 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374585 2 0.5995 0.3168 0.000 0.468 0.000 0.112 0.420
#> SRR1072104 2 0.0609 0.7811 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1076868 1 0.5727 0.2205 0.560 0.340 0.000 0.000 0.100
#> SRR1335984 2 0.1571 0.7622 0.004 0.936 0.000 0.000 0.060
#> SRR1445939 1 0.0404 0.6970 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1453047 2 0.1041 0.7766 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR1339788 5 0.5304 0.7323 0.408 0.008 0.036 0.000 0.548
#> SRR1084323 1 0.1768 0.6815 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR1092937 5 0.7787 0.5901 0.248 0.160 0.124 0.000 0.468
#> SRR1074090 2 0.0510 0.7815 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1099833 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093434 3 0.2488 0.7661 0.000 0.004 0.872 0.000 0.124
#> SRR1435857 5 0.4876 0.7594 0.396 0.028 0.000 0.000 0.576
#> SRR1480347 2 0.0290 0.7796 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440787 2 0.5992 0.3221 0.000 0.472 0.000 0.112 0.416
#> SRR1430202 1 0.0162 0.6993 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322730 2 0.2720 0.7441 0.000 0.880 0.096 0.020 0.004
#> SRR811029 2 0.2550 0.7540 0.000 0.892 0.084 0.020 0.004
#> SRR1390456 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381140 1 0.4619 0.5198 0.720 0.000 0.064 0.216 0.000
#> SRR1388064 2 0.3602 0.7263 0.000 0.840 0.104 0.020 0.036
#> SRR1093577 5 0.7878 0.5059 0.148 0.256 0.124 0.004 0.468
#> SRR1414161 1 0.0404 0.6970 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1328738 1 0.3396 0.6194 0.832 0.136 0.004 0.000 0.028
#> SRR1311752 2 0.0771 0.7806 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1445960 2 0.0794 0.7795 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1403412 2 0.0727 0.7799 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> SRR2166748 4 0.4237 0.8981 0.076 0.000 0.152 0.772 0.000
#> SRR821666 2 0.4527 0.6296 0.000 0.732 0.000 0.064 0.204
#> SRR1330746 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327872 2 0.3022 0.7536 0.000 0.880 0.064 0.020 0.036
#> SRR1100800 5 0.4655 0.6543 0.476 0.012 0.000 0.000 0.512
#> SRR1075174 1 0.3427 0.4000 0.796 0.012 0.000 0.000 0.192
#> SRR1434436 1 0.1195 0.6883 0.960 0.012 0.000 0.000 0.028
#> SRR1389409 2 0.5995 0.3168 0.000 0.468 0.000 0.112 0.420
#> SRR1085310 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376718 2 0.5995 0.3168 0.000 0.468 0.000 0.112 0.420
#> SRR808590 2 0.5995 0.3168 0.000 0.468 0.000 0.112 0.420
#> SRR1084128 1 0.1117 0.6949 0.964 0.020 0.000 0.000 0.016
#> SRR1361692 1 0.7566 0.0128 0.460 0.092 0.144 0.304 0.000
#> SRR1431493 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409084 1 0.1808 0.6772 0.936 0.012 0.008 0.000 0.044
#> SRR2166214 4 0.2629 0.9730 0.000 0.000 0.136 0.860 0.004
#> SRR1324102 2 0.0162 0.7809 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1079754 2 0.3022 0.7525 0.000 0.880 0.064 0.020 0.036
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.1728 0.7730 0.000 0.940 0.036 0.020 0.004
#> SRR1330901 1 0.3970 0.3367 0.752 0.024 0.000 0.000 0.224
#> SRR1073167 2 0.0000 0.7806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.1310 0.6939 0.956 0.000 0.024 0.000 0.020
#> SRR811607 1 0.1018 0.6943 0.968 0.016 0.000 0.000 0.016
#> SRR1468931 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474908 4 0.2471 0.9734 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1309875 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR598792 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088537 2 0.2930 0.6657 0.004 0.832 0.000 0.000 0.164
#> SRR1457682 1 0.0865 0.6936 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1454289 5 0.4736 0.7595 0.404 0.020 0.000 0.000 0.576
#> SRR1069352 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.6762 -0.4227 0.340 0.388 0.000 0.000 0.272
#> SRR1091144 2 0.0609 0.7811 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1319118 5 0.4658 0.7585 0.408 0.016 0.000 0.000 0.576
#> SRR1403611 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397762 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317387 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376426 2 0.1205 0.7730 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> SRR1097777 1 0.0771 0.6957 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1365743 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458992 1 0.3476 0.6695 0.836 0.076 0.000 0.088 0.000
#> SRR1089537 3 0.2464 0.7542 0.016 0.096 0.888 0.000 0.000
#> SRR1397744 5 0.4597 0.7452 0.424 0.012 0.000 0.000 0.564
#> SRR1453893 2 0.5995 0.3168 0.000 0.468 0.000 0.112 0.420
#> SRR1098543 5 0.4641 0.7042 0.456 0.012 0.000 0.000 0.532
#> SRR1321765 5 0.4658 0.7585 0.408 0.016 0.000 0.000 0.576
#> SRR1440032 5 0.6030 0.3787 0.116 0.420 0.000 0.000 0.464
#> SRR1404507 2 0.6349 0.4604 0.004 0.608 0.100 0.252 0.036
#> SRR1404856 1 0.1502 0.6996 0.940 0.056 0.000 0.004 0.000
#> SRR812745 2 0.5101 0.6755 0.072 0.772 0.068 0.012 0.076
#> SRR1417524 2 0.3229 0.7115 0.000 0.840 0.128 0.032 0.000
#> SRR1407334 2 0.3550 0.7298 0.000 0.844 0.100 0.020 0.036
#> SRR1453991 1 0.0955 0.6921 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1415938 1 0.5512 0.3164 0.620 0.000 0.104 0.276 0.000
#> SRR1081259 5 0.6219 0.4716 0.144 0.384 0.000 0.000 0.472
#> SRR1436187 2 0.5995 0.3168 0.000 0.468 0.000 0.112 0.420
#> SRR1431948 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453277 1 0.4716 0.6183 0.772 0.088 0.112 0.028 0.000
#> SRR1095407 1 0.2170 0.6828 0.904 0.088 0.000 0.004 0.004
#> SRR1359694 5 0.5751 0.7322 0.348 0.100 0.000 0.000 0.552
#> SRR656982 2 0.3355 0.6314 0.012 0.804 0.000 0.000 0.184
#> SRR1354338 2 0.2238 0.7640 0.000 0.912 0.064 0.020 0.004
#> SRR1088291 2 0.4942 -0.0167 0.028 0.540 0.000 0.000 0.432
#> SRR1080624 5 0.4658 0.7585 0.408 0.016 0.000 0.000 0.576
#> SRR2166708 1 0.6756 -0.3261 0.372 0.000 0.264 0.364 0.000
#> SRR1393572 5 0.4658 0.7585 0.408 0.016 0.000 0.000 0.576
#> SRR1429912 2 0.4437 -0.0386 0.004 0.532 0.000 0.000 0.464
#> SRR1421048 5 0.6820 0.5407 0.136 0.296 0.040 0.000 0.528
#> SRR1434999 1 0.6194 0.0225 0.500 0.000 0.148 0.352 0.000
#> SRR656457 1 0.4926 0.4236 0.716 0.000 0.152 0.000 0.132
#> SRR1098928 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343967 2 0.0404 0.7813 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1360766 1 0.5991 -0.5768 0.476 0.096 0.000 0.004 0.424
#> SRR1464724 2 0.1525 0.7719 0.000 0.948 0.012 0.004 0.036
#> SRR1101542 2 0.5992 0.3221 0.000 0.472 0.000 0.112 0.416
#> SRR1401528 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071519 3 0.0290 0.9295 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1086070 1 0.5150 0.3788 0.652 0.000 0.076 0.272 0.000
#> SRR1358645 1 0.2354 0.6882 0.904 0.076 0.012 0.000 0.008
#> SRR819771 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.4866 0.6266 0.000 0.732 0.116 0.148 0.004
#> SRR821050 1 0.0771 0.6951 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR1402091 2 0.0510 0.7815 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1322028 2 0.4420 0.0183 0.004 0.548 0.000 0.000 0.448
#> SRR1452556 2 0.5995 0.3168 0.000 0.468 0.000 0.112 0.420
#> SRR1340047 1 0.1952 0.6883 0.912 0.084 0.000 0.004 0.000
#> SRR1418302 2 0.1329 0.7795 0.004 0.956 0.000 0.008 0.032
#> SRR1073991 5 0.4658 0.7585 0.408 0.016 0.000 0.000 0.576
#> SRR1085187 2 0.4619 0.6157 0.000 0.720 0.000 0.064 0.216
#> SRR1357618 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487764 2 0.2664 0.7490 0.000 0.884 0.092 0.020 0.004
#> SRR1075336 5 0.6133 0.7033 0.368 0.136 0.000 0.000 0.496
#> SRR1365471 2 0.0290 0.7807 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1414613 1 0.2069 0.6923 0.912 0.076 0.000 0.012 0.000
#> SRR658719 2 0.6555 0.4764 0.180 0.616 0.144 0.000 0.060
#> SRR1475128 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.4642 0.6354 0.000 0.752 0.140 0.104 0.004
#> SRR1481146 2 0.2012 0.7648 0.000 0.920 0.060 0.020 0.000
#> SRR1465674 5 0.6177 0.6946 0.304 0.164 0.000 0.000 0.532
#> SRR1327303 1 0.2919 0.6583 0.868 0.104 0.000 0.004 0.024
#> SRR1390391 1 0.5136 0.4935 0.692 0.000 0.128 0.180 0.000
#> SRR1326020 2 0.0794 0.7795 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1381953 2 0.2177 0.7498 0.008 0.908 0.000 0.004 0.080
#> SRR1082544 2 0.2103 0.7657 0.000 0.920 0.056 0.020 0.004
#> SRR810761 1 0.4487 0.5034 0.772 0.008 0.096 0.000 0.124
#> SRR1070764 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415919 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490404 2 0.1661 0.7674 0.024 0.940 0.000 0.000 0.036
#> SRR1416773 2 0.5629 0.6286 0.064 0.728 0.056 0.016 0.136
#> SRR1377492 2 0.0898 0.7813 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> SRR1334314 5 0.7870 0.5614 0.240 0.244 0.076 0.004 0.436
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 1 0.3923 0.2135 0.580 0.004 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1074385 5 0.4564 0.7614 0.132 0.140 0.008 0.000 0.720 0.000
#> SRR1374739 3 0.2856 0.7757 0.076 0.000 0.856 0.000 0.068 0.000
#> SRR1097883 5 0.2146 0.9442 0.116 0.004 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2167209 6 0.1007 0.7249 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR816541 2 0.0146 0.8331 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR663645 1 0.3407 0.6779 0.800 0.168 0.016 0.000 0.016 0.000
#> SRR1381505 2 0.3965 0.5152 0.000 0.604 0.008 0.388 0.000 0.000
#> SRR1416362 1 0.3890 0.2612 0.596 0.004 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1318503 2 0.5949 -0.1552 0.220 0.416 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1341626 2 0.0405 0.8336 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1382440 3 0.0146 0.9475 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1088413 2 0.6596 0.4689 0.080 0.524 0.192 0.000 0.204 0.000
#> SRR1082080 2 0.1500 0.8270 0.000 0.936 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR1455783 5 0.2146 0.9442 0.116 0.004 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1447760 1 0.0547 0.8791 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487784 1 0.0632 0.8777 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.2462 0.7921 0.132 0.860 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1095651 3 0.0146 0.9473 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1078066 5 0.3227 0.8924 0.116 0.060 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1120363 1 0.3309 0.6085 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR821231 3 0.4846 0.2816 0.068 0.000 0.576 0.000 0.356 0.000
#> SRR1374373 2 0.1218 0.8357 0.028 0.956 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1324519 2 0.4435 0.5718 0.308 0.648 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1431121 1 0.1977 0.8718 0.920 0.000 0.008 0.000 0.032 0.040
#> SRR1091032 2 0.0146 0.8331 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365575 4 0.0622 0.9876 0.000 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1072972 3 0.1616 0.8743 0.048 0.000 0.932 0.000 0.020 0.000
#> SRR1310690 2 0.0951 0.8353 0.008 0.968 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1383037 3 0.1152 0.9274 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR1095479 3 0.0146 0.9475 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070403 3 0.0260 0.9457 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1390203 1 0.1757 0.8651 0.928 0.000 0.008 0.000 0.012 0.052
#> SRR1072007 2 0.0146 0.8331 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468787 2 0.1693 0.8275 0.044 0.932 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1347959 2 0.3141 0.7771 0.124 0.832 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1338513 2 0.5113 0.4666 0.000 0.572 0.360 0.000 0.040 0.028
#> SRR812598 2 0.5014 0.7382 0.000 0.740 0.076 0.116 0.032 0.036
#> SRR1446806 1 0.2020 0.8301 0.896 0.000 0.000 0.000 0.008 0.096
#> SRR1394275 1 0.1003 0.8840 0.964 0.000 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR1443633 5 0.2191 0.9428 0.120 0.004 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1087728 3 0.0508 0.9477 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1098192 2 0.3772 0.7973 0.000 0.828 0.080 0.020 0.036 0.036
#> SRR1093340 2 0.0146 0.8331 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR665405 6 0.1007 0.7249 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR657077 2 0.4473 0.7734 0.092 0.756 0.124 0.000 0.024 0.004
#> SRR813208 3 0.0508 0.9477 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1416074 2 0.1858 0.8200 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR1089688 2 0.3882 0.8058 0.020 0.828 0.080 0.008 0.032 0.032
#> SRR1353461 3 0.1471 0.9033 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR1466321 1 0.0713 0.8764 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073021 2 0.4640 0.6097 0.108 0.680 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1322816 2 0.1802 0.8212 0.000 0.916 0.000 0.000 0.072 0.012
#> SRR1457727 5 0.2146 0.9442 0.116 0.004 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1464226 2 0.3737 0.8008 0.004 0.832 0.080 0.012 0.036 0.036
#> SRR1398863 5 0.2446 0.9386 0.124 0.012 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1455631 2 0.3438 0.8034 0.004 0.840 0.084 0.000 0.036 0.036
#> SRR1307808 1 0.0146 0.8823 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374585 4 0.0363 0.9958 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1072104 2 0.0291 0.8335 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1076868 2 0.3329 0.7135 0.236 0.756 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1335984 2 0.0725 0.8346 0.012 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1445939 1 0.0937 0.8829 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1453047 2 0.1858 0.8200 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR1339788 5 0.2592 0.9329 0.116 0.004 0.016 0.000 0.864 0.000
#> SRR1084323 1 0.1875 0.8688 0.928 0.000 0.032 0.000 0.020 0.020
#> SRR1092937 2 0.4425 0.7670 0.084 0.756 0.128 0.000 0.032 0.000
#> SRR1074090 2 0.1858 0.8200 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR1099833 3 0.0748 0.9448 0.000 0.000 0.976 0.004 0.004 0.016
#> SRR1093434 3 0.2112 0.8414 0.016 0.000 0.896 0.000 0.088 0.000
#> SRR1435857 5 0.2662 0.9272 0.120 0.024 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1480347 2 0.2114 0.8193 0.000 0.904 0.000 0.008 0.076 0.012
#> SRR1440787 4 0.0632 0.9735 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1430202 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322730 2 0.4453 0.7763 0.000 0.788 0.080 0.060 0.036 0.036
#> SRR811029 2 0.3496 0.8050 0.008 0.840 0.080 0.000 0.036 0.036
#> SRR1390456 3 0.0508 0.9477 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1381140 1 0.2711 0.8072 0.860 0.000 0.012 0.000 0.012 0.116
#> SRR1388064 2 0.5468 0.7180 0.000 0.708 0.088 0.116 0.032 0.056
#> SRR1093577 2 0.4994 0.7404 0.076 0.720 0.120 0.000 0.084 0.000
#> SRR1414161 1 0.0937 0.8829 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1328738 1 0.2003 0.7739 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311752 2 0.1858 0.8200 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR1445960 2 0.0405 0.8343 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403412 2 0.2478 0.8255 0.000 0.904 0.024 0.012 0.028 0.032
#> SRR2166748 6 0.2165 0.7191 0.008 0.000 0.108 0.000 0.000 0.884
#> SRR821666 2 0.3847 0.3687 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR1330746 3 0.0146 0.9475 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327872 2 0.4865 0.7360 0.000 0.740 0.048 0.148 0.032 0.032
#> SRR1100800 5 0.2362 0.9314 0.136 0.004 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1075174 1 0.1398 0.8796 0.940 0.008 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1434436 1 0.0790 0.8849 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1389409 4 0.0363 0.9958 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1085310 3 0.0291 0.9481 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1376718 4 0.0363 0.9958 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR808590 4 0.0363 0.9958 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1084128 1 0.0717 0.8842 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1361692 6 0.6857 0.5432 0.144 0.164 0.124 0.000 0.016 0.552
#> SRR1431493 3 0.0146 0.9475 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409084 1 0.1152 0.8819 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2166214 6 0.1007 0.7249 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1324102 2 0.0146 0.8331 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1079754 2 0.4846 0.7530 0.000 0.756 0.080 0.096 0.032 0.036
#> SRR1442127 3 0.0000 0.9478 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076244 2 0.3491 0.8053 0.000 0.844 0.076 0.016 0.032 0.032
#> SRR1330901 1 0.2487 0.8383 0.876 0.032 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1073167 2 0.0260 0.8339 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1357541 1 0.1387 0.8734 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR811607 1 0.0603 0.8855 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1468931 3 0.0508 0.9477 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1474908 6 0.1152 0.7252 0.004 0.000 0.044 0.000 0.000 0.952
#> SRR1309875 2 0.0436 0.8340 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> SRR598792 3 0.0146 0.9475 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1088537 2 0.0551 0.8351 0.008 0.984 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457682 1 0.1267 0.8778 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1454289 5 0.2302 0.9407 0.120 0.008 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1069352 3 0.0291 0.9457 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1472728 2 0.2400 0.7993 0.116 0.872 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1091144 2 0.0405 0.8340 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1319118 5 0.2146 0.9442 0.116 0.004 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1403611 3 0.0603 0.9456 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1397762 3 0.0146 0.9473 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317387 3 0.0508 0.9477 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1376426 2 0.1946 0.8213 0.004 0.912 0.000 0.000 0.072 0.012
#> SRR1097777 1 0.1267 0.8772 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1365743 3 0.0508 0.9477 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1458992 1 0.0858 0.8681 0.968 0.004 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1089537 3 0.4051 0.5819 0.012 0.184 0.764 0.000 0.024 0.016
#> SRR1397744 5 0.2278 0.9385 0.128 0.004 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1453893 4 0.0363 0.9958 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1098543 5 0.2558 0.9089 0.156 0.004 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1321765 5 0.2146 0.9442 0.116 0.004 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1440032 2 0.2182 0.8198 0.076 0.900 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1404507 6 0.5822 0.4696 0.000 0.148 0.052 0.112 0.024 0.664
#> SRR1404856 1 0.0146 0.8823 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812745 2 0.2937 0.8120 0.056 0.848 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417524 2 0.3820 0.7836 0.004 0.808 0.124 0.004 0.036 0.024
#> SRR1407334 2 0.5913 0.6956 0.000 0.672 0.088 0.120 0.032 0.088
#> SRR1453991 1 0.1141 0.8806 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1415938 6 0.4901 0.3082 0.388 0.000 0.048 0.000 0.008 0.556
#> SRR1081259 2 0.2309 0.8106 0.084 0.888 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1436187 4 0.0363 0.9958 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1431948 3 0.0508 0.9477 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1453277 1 0.1777 0.8624 0.932 0.012 0.032 0.000 0.000 0.024
#> SRR1095407 1 0.0713 0.8755 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359694 5 0.5029 0.5047 0.112 0.276 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR656982 2 0.1858 0.8200 0.076 0.912 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1354338 2 0.3737 0.8008 0.004 0.832 0.080 0.012 0.036 0.036
#> SRR1088291 2 0.1779 0.8224 0.064 0.920 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1080624 5 0.2146 0.9442 0.116 0.004 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR2166708 6 0.4662 0.6458 0.096 0.000 0.236 0.000 0.000 0.668
#> SRR1393572 5 0.2146 0.9442 0.116 0.004 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1429912 2 0.1624 0.8279 0.040 0.936 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1421048 2 0.5158 0.4136 0.084 0.556 0.004 0.000 0.356 0.000
#> SRR1434999 6 0.5122 0.6430 0.208 0.000 0.136 0.000 0.008 0.648
#> SRR656457 1 0.4881 0.5887 0.684 0.008 0.156 0.000 0.152 0.000
#> SRR1098928 3 0.0508 0.9477 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1343967 2 0.1858 0.8200 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR1360766 2 0.3969 0.5861 0.332 0.652 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1464724 2 0.4211 0.7696 0.000 0.792 0.036 0.116 0.028 0.028
#> SRR1101542 4 0.0363 0.9958 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1401528 3 0.0405 0.9480 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1071519 3 0.0547 0.9368 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1086070 1 0.4452 0.4718 0.648 0.000 0.028 0.000 0.012 0.312
#> SRR1358645 1 0.0937 0.8697 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819771 3 0.0146 0.9480 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.7201 0.4088 0.004 0.500 0.092 0.108 0.032 0.264
#> SRR821050 1 0.0713 0.8844 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1402091 2 0.0291 0.8331 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1322028 2 0.1624 0.8279 0.040 0.936 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1452556 4 0.0363 0.9958 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1340047 1 0.0146 0.8823 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418302 2 0.1282 0.8370 0.024 0.956 0.004 0.000 0.012 0.004
#> SRR1073991 5 0.2146 0.9442 0.116 0.004 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1085187 2 0.3854 0.3295 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1357618 3 0.0000 0.9478 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487764 2 0.3579 0.8021 0.004 0.836 0.084 0.004 0.036 0.036
#> SRR1075336 2 0.4136 0.6901 0.192 0.732 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1365471 2 0.0146 0.8338 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1414613 1 0.0260 0.8812 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658719 2 0.4322 0.7760 0.084 0.768 0.124 0.000 0.008 0.016
#> SRR1475128 3 0.0146 0.9475 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367630 2 0.4992 0.7459 0.004 0.736 0.120 0.012 0.036 0.092
#> SRR1481146 2 0.3737 0.8008 0.004 0.832 0.080 0.012 0.036 0.036
#> SRR1465674 2 0.5385 0.0695 0.112 0.468 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR1327303 1 0.1610 0.8198 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390391 1 0.3080 0.7922 0.848 0.000 0.040 0.000 0.012 0.100
#> SRR1326020 2 0.0405 0.8343 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381953 2 0.1080 0.8365 0.032 0.960 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1082544 2 0.3524 0.8024 0.000 0.840 0.080 0.012 0.032 0.036
#> SRR810761 1 0.4296 0.6076 0.700 0.004 0.052 0.000 0.244 0.000
#> SRR1070764 3 0.0508 0.9477 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1415919 3 0.0508 0.9477 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1490404 2 0.1858 0.8200 0.000 0.912 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR1416773 2 0.4300 0.8069 0.076 0.796 0.068 0.000 0.028 0.032
#> SRR1377492 2 0.1918 0.8232 0.088 0.904 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1334314 2 0.4002 0.7814 0.096 0.780 0.112 0.000 0.012 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17437 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.584 0.842 0.926 0.4750 0.524 0.524
#> 3 3 0.515 0.699 0.851 0.3655 0.655 0.433
#> 4 4 0.428 0.443 0.718 0.1237 0.854 0.620
#> 5 5 0.569 0.599 0.778 0.0729 0.858 0.554
#> 6 6 0.567 0.466 0.688 0.0432 0.934 0.735
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1380886 2 0.9209 0.5104 0.336 0.664
#> SRR1074385 1 0.4161 0.8760 0.916 0.084
#> SRR1374739 1 0.9129 0.5441 0.672 0.328
#> SRR1097883 1 0.5408 0.8428 0.876 0.124
#> SRR2167209 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR816541 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR663645 2 0.5519 0.8316 0.128 0.872
#> SRR1381505 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1416362 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1318503 1 0.7815 0.7177 0.768 0.232
#> SRR1341626 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1382440 1 0.0376 0.9173 0.996 0.004
#> SRR1088413 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1082080 1 0.3879 0.8819 0.924 0.076
#> SRR1455783 1 0.3733 0.8845 0.928 0.072
#> SRR1447760 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1487784 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1331037 2 0.6247 0.8048 0.156 0.844
#> SRR1095651 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1078066 1 0.2043 0.9079 0.968 0.032
#> SRR1120363 2 0.7815 0.7089 0.232 0.768
#> SRR821231 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1374373 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1324519 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1431121 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1091032 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1365575 2 0.7139 0.7382 0.196 0.804
#> SRR1072972 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1310690 1 0.0672 0.9166 0.992 0.008
#> SRR1383037 1 0.6623 0.7714 0.828 0.172
#> SRR1095479 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1070403 1 0.0376 0.9173 0.996 0.004
#> SRR1390203 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1072007 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1468787 1 0.1414 0.9125 0.980 0.020
#> SRR1347959 1 0.7674 0.7289 0.776 0.224
#> SRR1338513 1 0.1184 0.9123 0.984 0.016
#> SRR812598 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1446806 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1394275 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1443633 1 0.8955 0.5862 0.688 0.312
#> SRR1087728 2 0.5059 0.8359 0.112 0.888
#> SRR1098192 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1093340 1 0.0376 0.9175 0.996 0.004
#> SRR665405 2 0.0376 0.9090 0.004 0.996
#> SRR657077 1 0.2236 0.9068 0.964 0.036
#> SRR813208 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1416074 2 0.7299 0.7489 0.204 0.796
#> SRR1089688 2 0.0376 0.9090 0.004 0.996
#> SRR1353461 2 0.0376 0.9090 0.004 0.996
#> SRR1466321 2 0.0376 0.9095 0.004 0.996
#> SRR1073021 1 0.1843 0.9094 0.972 0.028
#> SRR1322816 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1457727 1 0.7745 0.7232 0.772 0.228
#> SRR1464226 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1398863 1 0.3879 0.8818 0.924 0.076
#> SRR1455631 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1307808 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1374585 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1072104 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1076868 2 0.6623 0.7872 0.172 0.828
#> SRR1335984 1 0.6712 0.7893 0.824 0.176
#> SRR1445939 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1453047 2 0.6247 0.8054 0.156 0.844
#> SRR1339788 1 0.5629 0.8364 0.868 0.132
#> SRR1084323 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1092937 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1074090 1 0.7528 0.7398 0.784 0.216
#> SRR1099833 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1093434 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1435857 1 0.2043 0.9077 0.968 0.032
#> SRR1480347 1 0.8327 0.6671 0.736 0.264
#> SRR1440787 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1430202 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1322730 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR811029 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1390456 1 0.5059 0.8391 0.888 0.112
#> SRR1381140 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1388064 2 0.0376 0.9090 0.004 0.996
#> SRR1093577 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1414161 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1328738 2 0.0376 0.9095 0.004 0.996
#> SRR1311752 1 0.9815 0.3008 0.580 0.420
#> SRR1445960 1 0.8016 0.7062 0.756 0.244
#> SRR1403412 2 0.9775 0.3118 0.412 0.588
#> SRR2166748 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR821666 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1330746 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1327872 1 0.9970 0.0715 0.532 0.468
#> SRR1100800 2 0.9552 0.4160 0.376 0.624
#> SRR1075174 2 0.9044 0.5490 0.320 0.680
#> SRR1434436 2 0.1184 0.9043 0.016 0.984
#> SRR1389409 1 0.3584 0.8803 0.932 0.068
#> SRR1085310 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1376718 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR808590 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1084128 2 0.3879 0.8706 0.076 0.924
#> SRR1361692 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1431493 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1409084 2 0.5408 0.8353 0.124 0.876
#> SRR2166214 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1324102 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1079754 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1442127 1 0.3274 0.8853 0.940 0.060
#> SRR1076244 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1330901 2 0.7219 0.7528 0.200 0.800
#> SRR1073167 1 0.0376 0.9175 0.996 0.004
#> SRR1357541 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR811607 2 0.0376 0.9095 0.004 0.996
#> SRR1468931 2 0.9000 0.5796 0.316 0.684
#> SRR1474908 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1309875 1 0.0376 0.9177 0.996 0.004
#> SRR598792 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1088537 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1457682 2 0.3584 0.8758 0.068 0.932
#> SRR1454289 1 0.4815 0.8601 0.896 0.104
#> SRR1069352 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1472728 2 0.9209 0.5176 0.336 0.664
#> SRR1091144 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1319118 1 0.2236 0.9057 0.964 0.036
#> SRR1403611 1 0.0376 0.9173 0.996 0.004
#> SRR1397762 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1317387 1 0.0376 0.9173 0.996 0.004
#> SRR1376426 1 0.7453 0.7451 0.788 0.212
#> SRR1097777 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1365743 2 0.9209 0.5417 0.336 0.664
#> SRR1458992 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1089537 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1397744 1 0.9358 0.4976 0.648 0.352
#> SRR1453893 1 0.0376 0.9172 0.996 0.004
#> SRR1098543 1 0.9323 0.5040 0.652 0.348
#> SRR1321765 1 0.6712 0.7893 0.824 0.176
#> SRR1440032 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1404507 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1404856 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR812745 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1417524 1 0.8081 0.6580 0.752 0.248
#> SRR1407334 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1453991 2 0.2423 0.8923 0.040 0.960
#> SRR1415938 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1081259 1 0.0672 0.9166 0.992 0.008
#> SRR1436187 1 0.6801 0.7620 0.820 0.180
#> SRR1431948 1 0.3274 0.8850 0.940 0.060
#> SRR1453277 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1095407 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1359694 1 0.5842 0.8279 0.860 0.140
#> SRR656982 1 0.6343 0.8105 0.840 0.160
#> SRR1354338 1 0.9000 0.5303 0.684 0.316
#> SRR1088291 1 0.2236 0.9057 0.964 0.036
#> SRR1080624 1 0.7056 0.7702 0.808 0.192
#> SRR2166708 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1393572 1 0.2778 0.8994 0.952 0.048
#> SRR1429912 1 0.1843 0.9094 0.972 0.028
#> SRR1421048 1 0.0376 0.9175 0.996 0.004
#> SRR1434999 2 0.0376 0.9090 0.004 0.996
#> SRR656457 2 0.4161 0.8663 0.084 0.916
#> SRR1098928 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1343967 1 0.9775 0.3258 0.588 0.412
#> SRR1360766 2 0.8909 0.5695 0.308 0.692
#> SRR1464724 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1101542 1 0.7528 0.7131 0.784 0.216
#> SRR1401528 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1071519 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1086070 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1358645 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR819771 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1418433 2 0.7219 0.7330 0.200 0.800
#> SRR821050 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1402091 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1322028 1 0.2948 0.8971 0.948 0.052
#> SRR1452556 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1340047 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1418302 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1073991 1 0.2423 0.9037 0.960 0.040
#> SRR1085187 1 0.0672 0.9166 0.992 0.008
#> SRR1357618 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1487764 1 0.0672 0.9159 0.992 0.008
#> SRR1075336 1 0.7602 0.7363 0.780 0.220
#> SRR1365471 1 0.0376 0.9175 0.996 0.004
#> SRR1414613 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR658719 1 0.5178 0.8508 0.884 0.116
#> SRR1475128 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1367630 2 0.9608 0.4154 0.384 0.616
#> SRR1481146 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1465674 1 0.4298 0.8731 0.912 0.088
#> SRR1327303 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1390391 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1326020 1 0.0376 0.9177 0.996 0.004
#> SRR1381953 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR1082544 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000
#> SRR810761 2 0.9754 0.3214 0.408 0.592
#> SRR1070764 1 0.9087 0.4969 0.676 0.324
#> SRR1415919 1 0.7745 0.6885 0.772 0.228
#> SRR1490404 2 0.5842 0.8200 0.140 0.860
#> SRR1416773 2 0.4690 0.8553 0.100 0.900
#> SRR1377492 2 0.0000 0.9108 0.000 1.000
#> SRR1334314 1 0.0376 0.9177 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1380886 1 0.6090 0.58512 0.716 0.264 0.020
#> SRR1074385 1 0.2066 0.81636 0.940 0.000 0.060
#> SRR1374739 3 0.6839 0.42733 0.024 0.352 0.624
#> SRR1097883 1 0.1031 0.82166 0.976 0.000 0.024
#> SRR2167209 2 0.1289 0.82616 0.032 0.968 0.000
#> SRR816541 1 0.5363 0.59662 0.724 0.000 0.276
#> SRR663645 2 0.5643 0.72658 0.220 0.760 0.020
#> SRR1381505 3 0.5948 0.44894 0.360 0.000 0.640
#> SRR1416362 2 0.4605 0.76070 0.204 0.796 0.000
#> SRR1318503 1 0.0848 0.82021 0.984 0.008 0.008
#> SRR1341626 1 0.6008 0.40357 0.628 0.000 0.372
#> SRR1382440 3 0.1289 0.82710 0.032 0.000 0.968
#> SRR1088413 3 0.6079 0.38050 0.388 0.000 0.612
#> SRR1082080 1 0.0592 0.82115 0.988 0.000 0.012
#> SRR1455783 1 0.3192 0.79265 0.888 0.000 0.112
#> SRR1447760 2 0.4702 0.75193 0.212 0.788 0.000
#> SRR1487784 1 0.5621 0.44775 0.692 0.308 0.000
#> SRR1331037 1 0.2165 0.78837 0.936 0.064 0.000
#> SRR1095651 3 0.0747 0.82781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1078066 1 0.4452 0.72401 0.808 0.000 0.192
#> SRR1120363 1 0.1411 0.80609 0.964 0.036 0.000
#> SRR821231 1 0.5988 0.41938 0.632 0.000 0.368
#> SRR1374373 1 0.6008 0.40693 0.628 0.000 0.372
#> SRR1324519 2 0.4887 0.73944 0.228 0.772 0.000
#> SRR1431121 2 0.6126 0.45136 0.400 0.600 0.000
#> SRR1091032 1 0.3816 0.75598 0.852 0.000 0.148
#> SRR1365575 2 0.6026 0.34987 0.000 0.624 0.376
#> SRR1072972 3 0.5760 0.52347 0.328 0.000 0.672
#> SRR1310690 1 0.4796 0.67447 0.780 0.000 0.220
#> SRR1383037 3 0.3619 0.74509 0.000 0.136 0.864
#> SRR1095479 3 0.4504 0.72378 0.196 0.000 0.804
#> SRR1070403 3 0.4452 0.72990 0.192 0.000 0.808
#> SRR1390203 2 0.4002 0.78855 0.160 0.840 0.000
#> SRR1072007 1 0.6308 -0.00161 0.508 0.000 0.492
#> SRR1468787 1 0.2959 0.79990 0.900 0.000 0.100
#> SRR1347959 1 0.0424 0.81785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1338513 3 0.2356 0.79288 0.000 0.072 0.928
#> SRR812598 3 0.4346 0.74198 0.184 0.000 0.816
#> SRR1446806 2 0.2356 0.82703 0.072 0.928 0.000
#> SRR1394275 2 0.4452 0.76846 0.192 0.808 0.000
#> SRR1443633 1 0.1182 0.82096 0.976 0.012 0.012
#> SRR1087728 2 0.5678 0.47630 0.000 0.684 0.316
#> SRR1098192 3 0.0747 0.82743 0.016 0.000 0.984
#> SRR1093340 1 0.2448 0.81138 0.924 0.000 0.076
#> SRR665405 2 0.1643 0.79761 0.000 0.956 0.044
#> SRR657077 1 0.7129 0.30265 0.580 0.028 0.392
#> SRR813208 3 0.0424 0.82635 0.008 0.000 0.992
#> SRR1416074 1 0.1753 0.79959 0.952 0.048 0.000
#> SRR1089688 2 0.2066 0.78700 0.000 0.940 0.060
#> SRR1353461 2 0.1753 0.79527 0.000 0.952 0.048
#> SRR1466321 1 0.4750 0.62106 0.784 0.216 0.000
#> SRR1073021 1 0.1753 0.81931 0.952 0.000 0.048
#> SRR1322816 1 0.4750 0.62066 0.784 0.216 0.000
#> SRR1457727 1 0.0424 0.81785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1464226 3 0.0592 0.82252 0.000 0.012 0.988
#> SRR1398863 1 0.1643 0.82014 0.956 0.000 0.044
#> SRR1455631 3 0.1411 0.82612 0.036 0.000 0.964
#> SRR1307808 1 0.5397 0.50812 0.720 0.280 0.000
#> SRR1374585 3 0.1529 0.82629 0.040 0.000 0.960
#> SRR1072104 1 0.5926 0.43169 0.644 0.000 0.356
#> SRR1076868 1 0.1643 0.80195 0.956 0.044 0.000
#> SRR1335984 1 0.0475 0.81980 0.992 0.004 0.004
#> SRR1445939 2 0.4504 0.76558 0.196 0.804 0.000
#> SRR1453047 1 0.1643 0.80188 0.956 0.044 0.000
#> SRR1339788 1 0.4068 0.78550 0.864 0.016 0.120
#> SRR1084323 2 0.2356 0.82779 0.072 0.928 0.000
#> SRR1092937 3 0.6079 0.38596 0.388 0.000 0.612
#> SRR1074090 1 0.0424 0.81785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1099833 3 0.0592 0.82252 0.000 0.012 0.988
#> SRR1093434 3 0.4974 0.67454 0.236 0.000 0.764
#> SRR1435857 1 0.1964 0.81751 0.944 0.000 0.056
#> SRR1480347 1 0.0424 0.81785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1440787 2 0.0747 0.81200 0.000 0.984 0.016
#> SRR1430202 2 0.5098 0.71661 0.248 0.752 0.000
#> SRR1322730 3 0.1031 0.81813 0.000 0.024 0.976
#> SRR811029 3 0.2152 0.82699 0.036 0.016 0.948
#> SRR1390456 3 0.3482 0.75228 0.000 0.128 0.872
#> SRR1381140 2 0.3038 0.81685 0.104 0.896 0.000
#> SRR1388064 2 0.3686 0.71752 0.000 0.860 0.140
#> SRR1093577 3 0.6307 0.03890 0.488 0.000 0.512
#> SRR1414161 1 0.5706 0.42364 0.680 0.320 0.000
#> SRR1328738 1 0.6330 0.24524 0.600 0.396 0.004
#> SRR1311752 1 0.1163 0.81008 0.972 0.028 0.000
#> SRR1445960 1 0.1015 0.82100 0.980 0.008 0.012
#> SRR1403412 2 0.7778 0.59753 0.264 0.644 0.092
#> SRR2166748 2 0.0424 0.82060 0.008 0.992 0.000
#> SRR821666 1 0.5733 0.49976 0.676 0.000 0.324
#> SRR1330746 3 0.2590 0.81833 0.072 0.004 0.924
#> SRR1327872 3 0.5363 0.57338 0.000 0.276 0.724
#> SRR1100800 1 0.1289 0.80841 0.968 0.032 0.000
#> SRR1075174 1 0.5480 0.56888 0.732 0.264 0.004
#> SRR1434436 1 0.3267 0.74275 0.884 0.116 0.000
#> SRR1389409 3 0.6034 0.72240 0.152 0.068 0.780
#> SRR1085310 3 0.1753 0.82375 0.048 0.000 0.952
#> SRR1376718 3 0.0983 0.82294 0.004 0.016 0.980
#> SRR808590 3 0.0424 0.82635 0.008 0.000 0.992
#> SRR1084128 1 0.3816 0.70902 0.852 0.148 0.000
#> SRR1361692 2 0.0424 0.81517 0.000 0.992 0.008
#> SRR1431493 3 0.4452 0.72848 0.192 0.000 0.808
#> SRR1409084 2 0.5365 0.70857 0.252 0.744 0.004
#> SRR2166214 2 0.0592 0.81371 0.000 0.988 0.012
#> SRR1324102 1 0.4346 0.72003 0.816 0.000 0.184
#> SRR1079754 3 0.0424 0.82635 0.008 0.000 0.992
#> SRR1442127 3 0.1031 0.81957 0.000 0.024 0.976
#> SRR1076244 3 0.1129 0.82852 0.020 0.004 0.976
#> SRR1330901 1 0.1643 0.80195 0.956 0.044 0.000
#> SRR1073167 1 0.3192 0.78755 0.888 0.000 0.112
#> SRR1357541 2 0.6308 0.14899 0.492 0.508 0.000
#> SRR811607 1 0.4062 0.68953 0.836 0.164 0.000
#> SRR1468931 2 0.5591 0.49792 0.000 0.696 0.304
#> SRR1474908 2 0.0892 0.82377 0.020 0.980 0.000
#> SRR1309875 1 0.6140 0.30063 0.596 0.000 0.404
#> SRR598792 3 0.4178 0.75016 0.172 0.000 0.828
#> SRR1088537 1 0.5216 0.62435 0.740 0.000 0.260
#> SRR1457682 1 0.4504 0.65142 0.804 0.196 0.000
#> SRR1454289 1 0.0747 0.82135 0.984 0.000 0.016
#> SRR1069352 3 0.5760 0.51597 0.328 0.000 0.672
#> SRR1472728 1 0.1163 0.81008 0.972 0.028 0.000
#> SRR1091144 3 0.6154 0.32926 0.408 0.000 0.592
#> SRR1319118 1 0.3686 0.77003 0.860 0.000 0.140
#> SRR1403611 3 0.1753 0.80700 0.000 0.048 0.952
#> SRR1397762 3 0.2959 0.80370 0.100 0.000 0.900
#> SRR1317387 3 0.1529 0.81118 0.000 0.040 0.960
#> SRR1376426 1 0.0424 0.81785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1097777 1 0.5621 0.46059 0.692 0.308 0.000
#> SRR1365743 2 0.5929 0.45857 0.004 0.676 0.320
#> SRR1458992 2 0.2261 0.82764 0.068 0.932 0.000
#> SRR1089537 3 0.1163 0.82689 0.028 0.000 0.972
#> SRR1397744 1 0.0424 0.81785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1453893 3 0.1860 0.80576 0.000 0.052 0.948
#> SRR1098543 1 0.0424 0.81785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1321765 1 0.2200 0.81941 0.940 0.004 0.056
#> SRR1440032 3 0.6260 0.20151 0.448 0.000 0.552
#> SRR1404507 2 0.0424 0.81517 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404856 2 0.6215 0.37753 0.428 0.572 0.000
#> SRR812745 3 0.1643 0.82607 0.044 0.000 0.956
#> SRR1417524 3 0.4702 0.66426 0.000 0.212 0.788
#> SRR1407334 2 0.1031 0.80834 0.000 0.976 0.024
#> SRR1453991 1 0.4062 0.69137 0.836 0.164 0.000
#> SRR1415938 2 0.1753 0.82777 0.048 0.952 0.000
#> SRR1081259 1 0.2356 0.81260 0.928 0.000 0.072
#> SRR1436187 3 0.3192 0.76758 0.000 0.112 0.888
#> SRR1431948 3 0.2448 0.79645 0.000 0.076 0.924
#> SRR1453277 2 0.1411 0.82657 0.036 0.964 0.000
#> SRR1095407 2 0.5968 0.50575 0.364 0.636 0.000
#> SRR1359694 1 0.0424 0.82098 0.992 0.000 0.008
#> SRR656982 1 0.4316 0.79736 0.868 0.044 0.088
#> SRR1354338 3 0.5553 0.59071 0.004 0.272 0.724
#> SRR1088291 1 0.1860 0.81906 0.948 0.000 0.052
#> SRR1080624 1 0.0661 0.82057 0.988 0.004 0.008
#> SRR2166708 2 0.0237 0.81671 0.000 0.996 0.004
#> SRR1393572 1 0.1529 0.82033 0.960 0.000 0.040
#> SRR1429912 1 0.1643 0.81992 0.956 0.000 0.044
#> SRR1421048 1 0.2448 0.81145 0.924 0.000 0.076
#> SRR1434999 2 0.1753 0.79636 0.000 0.952 0.048
#> SRR656457 2 0.2810 0.80908 0.036 0.928 0.036
#> SRR1098928 3 0.0592 0.82252 0.000 0.012 0.988
#> SRR1343967 1 0.0424 0.81785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1360766 1 0.2878 0.76960 0.904 0.096 0.000
#> SRR1464724 2 0.1129 0.82294 0.020 0.976 0.004
#> SRR1101542 3 0.3038 0.77101 0.000 0.104 0.896
#> SRR1401528 3 0.0661 0.82647 0.008 0.004 0.988
#> SRR1071519 3 0.4974 0.67401 0.236 0.000 0.764
#> SRR1086070 2 0.2537 0.82499 0.080 0.920 0.000
#> SRR1358645 2 0.4887 0.73836 0.228 0.772 0.000
#> SRR819771 3 0.0661 0.82449 0.004 0.008 0.988
#> SRR1418433 2 0.6140 0.27597 0.000 0.596 0.404
#> SRR821050 1 0.5363 0.51917 0.724 0.276 0.000
#> SRR1402091 1 0.3412 0.77767 0.876 0.000 0.124
#> SRR1322028 1 0.1031 0.82140 0.976 0.000 0.024
#> SRR1452556 3 0.1529 0.81118 0.000 0.040 0.960
#> SRR1340047 2 0.3192 0.81544 0.112 0.888 0.000
#> SRR1418302 3 0.4399 0.73747 0.188 0.000 0.812
#> SRR1073991 1 0.1753 0.81931 0.952 0.000 0.048
#> SRR1085187 1 0.5621 0.57119 0.692 0.000 0.308
#> SRR1357618 3 0.2796 0.80770 0.092 0.000 0.908
#> SRR1487764 3 0.1753 0.80704 0.000 0.048 0.952
#> SRR1075336 1 0.0424 0.81785 0.992 0.008 0.000
#> SRR1365471 1 0.1860 0.81863 0.948 0.000 0.052
#> SRR1414613 1 0.6215 0.08545 0.572 0.428 0.000
#> SRR658719 3 0.8630 0.39003 0.120 0.328 0.552
#> SRR1475128 3 0.0829 0.82765 0.012 0.004 0.984
#> SRR1367630 3 0.6026 0.37743 0.000 0.376 0.624
#> SRR1481146 3 0.0747 0.82721 0.016 0.000 0.984
#> SRR1465674 1 0.2066 0.81885 0.940 0.000 0.060
#> SRR1327303 2 0.5363 0.68073 0.276 0.724 0.000
#> SRR1390391 2 0.1643 0.82754 0.044 0.956 0.000
#> SRR1326020 1 0.5621 0.53133 0.692 0.000 0.308
#> SRR1381953 3 0.4002 0.76195 0.160 0.000 0.840
#> SRR1082544 3 0.1411 0.82645 0.036 0.000 0.964
#> SRR810761 1 0.6714 0.51688 0.672 0.296 0.032
#> SRR1070764 3 0.5810 0.46651 0.000 0.336 0.664
#> SRR1415919 3 0.5397 0.56812 0.000 0.280 0.720
#> SRR1490404 1 0.2066 0.79139 0.940 0.060 0.000
#> SRR1416773 2 0.6590 0.71886 0.112 0.756 0.132
#> SRR1377492 2 0.2261 0.82822 0.068 0.932 0.000
#> SRR1334314 1 0.6280 0.14162 0.540 0.000 0.460
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1380886 4 0.7225 0.18489 0.152 0.352 0.000 0.496
#> SRR1074385 2 0.1610 0.73584 0.000 0.952 0.032 0.016
#> SRR1374739 4 0.3380 0.35304 0.028 0.008 0.088 0.876
#> SRR1097883 2 0.5496 0.35739 0.000 0.604 0.024 0.372
#> SRR2167209 1 0.3324 0.61277 0.852 0.012 0.000 0.136
#> SRR816541 2 0.5352 0.33888 0.000 0.596 0.388 0.016
#> SRR663645 1 0.6591 0.52612 0.668 0.228 0.048 0.056
#> SRR1381505 3 0.7072 0.30438 0.000 0.268 0.560 0.172
#> SRR1416362 1 0.3907 0.62723 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR1318503 2 0.3143 0.71213 0.008 0.888 0.080 0.024
#> SRR1341626 3 0.6222 0.16788 0.000 0.412 0.532 0.056
#> SRR1382440 3 0.4567 0.51115 0.016 0.000 0.740 0.244
#> SRR1088413 3 0.7307 0.12235 0.000 0.156 0.468 0.376
#> SRR1082080 2 0.1762 0.73260 0.004 0.944 0.048 0.004
#> SRR1455783 2 0.2976 0.69879 0.000 0.872 0.120 0.008
#> SRR1447760 1 0.6352 0.47109 0.632 0.108 0.000 0.260
#> SRR1487784 2 0.4193 0.49650 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1331037 2 0.2179 0.72264 0.064 0.924 0.000 0.012
#> SRR1095651 3 0.0672 0.61097 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1078066 4 0.6858 0.35958 0.008 0.188 0.176 0.628
#> SRR1120363 2 0.2400 0.73415 0.028 0.924 0.004 0.044
#> SRR821231 2 0.6822 0.09716 0.000 0.488 0.412 0.100
#> SRR1374373 3 0.6007 0.19776 0.000 0.408 0.548 0.044
#> SRR1324519 1 0.4406 0.57696 0.700 0.300 0.000 0.000
#> SRR1431121 1 0.5645 0.46003 0.604 0.364 0.000 0.032
#> SRR1091032 2 0.4746 0.50963 0.000 0.688 0.304 0.008
#> SRR1365575 1 0.6549 0.18587 0.556 0.000 0.356 0.088
#> SRR1072972 3 0.5218 0.50724 0.000 0.200 0.736 0.064
#> SRR1310690 2 0.4049 0.62062 0.008 0.780 0.212 0.000
#> SRR1383037 3 0.4542 0.56546 0.088 0.000 0.804 0.108
#> SRR1095479 3 0.3453 0.57514 0.000 0.080 0.868 0.052
#> SRR1070403 4 0.5896 -0.05497 0.004 0.032 0.388 0.576
#> SRR1390203 1 0.3217 0.66611 0.860 0.128 0.000 0.012
#> SRR1072007 3 0.7404 0.19267 0.000 0.348 0.476 0.176
#> SRR1468787 4 0.6214 0.19968 0.000 0.360 0.064 0.576
#> SRR1347959 2 0.1191 0.73704 0.004 0.968 0.024 0.004
#> SRR1338513 3 0.6004 0.45068 0.076 0.000 0.648 0.276
#> SRR812598 3 0.3810 0.52828 0.000 0.188 0.804 0.008
#> SRR1446806 1 0.3550 0.66959 0.860 0.096 0.000 0.044
#> SRR1394275 1 0.5762 0.48388 0.608 0.352 0.000 0.040
#> SRR1443633 4 0.5937 0.09099 0.020 0.412 0.012 0.556
#> SRR1087728 4 0.7387 0.14389 0.256 0.000 0.224 0.520
#> SRR1098192 3 0.0927 0.60982 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1093340 2 0.3196 0.68338 0.000 0.856 0.136 0.008
#> SRR665405 1 0.2300 0.63659 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR657077 3 0.7795 0.00269 0.104 0.420 0.440 0.036
#> SRR813208 3 0.1004 0.61205 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1416074 2 0.1489 0.73155 0.044 0.952 0.000 0.004
#> SRR1089688 1 0.6639 0.19157 0.520 0.008 0.064 0.408
#> SRR1353461 1 0.5673 0.41489 0.660 0.000 0.052 0.288
#> SRR1466321 2 0.4018 0.57124 0.224 0.772 0.000 0.004
#> SRR1073021 2 0.5771 0.14604 0.000 0.512 0.028 0.460
#> SRR1322816 2 0.3306 0.65499 0.156 0.840 0.000 0.004
#> SRR1457727 2 0.1356 0.73407 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR1464226 3 0.1209 0.61156 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR1398863 2 0.3105 0.67718 0.000 0.856 0.004 0.140
#> SRR1455631 3 0.3754 0.56604 0.008 0.028 0.852 0.112
#> SRR1307808 2 0.4482 0.49405 0.264 0.728 0.000 0.008
#> SRR1374585 3 0.3286 0.60867 0.000 0.080 0.876 0.044
#> SRR1072104 2 0.5217 0.35288 0.000 0.608 0.380 0.012
#> SRR1076868 2 0.1211 0.73310 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1335984 2 0.5588 0.34697 0.020 0.600 0.004 0.376
#> SRR1445939 1 0.5360 0.32445 0.552 0.436 0.000 0.012
#> SRR1453047 2 0.1722 0.73368 0.048 0.944 0.008 0.000
#> SRR1339788 2 0.6653 0.06271 0.016 0.480 0.048 0.456
#> SRR1084323 1 0.4188 0.65925 0.812 0.148 0.000 0.040
#> SRR1092937 3 0.4964 0.44963 0.000 0.256 0.716 0.028
#> SRR1074090 2 0.0927 0.73624 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1099833 3 0.1867 0.60762 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1093434 4 0.6527 -0.10677 0.000 0.076 0.416 0.508
#> SRR1435857 2 0.2892 0.71731 0.000 0.896 0.036 0.068
#> SRR1480347 2 0.1296 0.73650 0.004 0.964 0.028 0.004
#> SRR1440787 1 0.1767 0.64513 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1430202 1 0.5660 0.41077 0.576 0.396 0.000 0.028
#> SRR1322730 3 0.2831 0.59481 0.004 0.000 0.876 0.120
#> SRR811029 3 0.5266 0.50935 0.020 0.012 0.704 0.264
#> SRR1390456 3 0.5407 0.51775 0.152 0.000 0.740 0.108
#> SRR1381140 1 0.4669 0.63305 0.764 0.200 0.000 0.036
#> SRR1388064 1 0.4669 0.50314 0.780 0.000 0.168 0.052
#> SRR1093577 3 0.6221 0.38620 0.000 0.256 0.644 0.100
#> SRR1414161 2 0.4456 0.47467 0.280 0.716 0.000 0.004
#> SRR1328738 4 0.7477 -0.17496 0.420 0.152 0.004 0.424
#> SRR1311752 2 0.1305 0.73542 0.036 0.960 0.004 0.000
#> SRR1445960 2 0.4323 0.63015 0.028 0.788 0.000 0.184
#> SRR1403412 2 0.8732 -0.16030 0.308 0.360 0.036 0.296
#> SRR2166748 1 0.1822 0.65009 0.944 0.008 0.004 0.044
#> SRR821666 2 0.4283 0.56958 0.004 0.740 0.256 0.000
#> SRR1330746 4 0.5648 -0.11741 0.008 0.012 0.428 0.552
#> SRR1327872 3 0.7451 0.13454 0.172 0.000 0.420 0.408
#> SRR1100800 2 0.5184 0.46799 0.024 0.672 0.000 0.304
#> SRR1075174 4 0.7836 0.10250 0.216 0.368 0.004 0.412
#> SRR1434436 2 0.2011 0.71733 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1389409 3 0.8117 0.32684 0.056 0.220 0.552 0.172
#> SRR1085310 3 0.1059 0.61103 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1376718 3 0.2207 0.60943 0.012 0.004 0.928 0.056
#> SRR808590 3 0.4624 0.44231 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1084128 2 0.4426 0.65372 0.168 0.796 0.032 0.004
#> SRR1361692 1 0.2797 0.63818 0.908 0.008 0.028 0.056
#> SRR1431493 3 0.4766 0.53966 0.020 0.040 0.800 0.140
#> SRR1409084 1 0.4546 0.58607 0.732 0.256 0.012 0.000
#> SRR2166214 1 0.1635 0.64741 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1324102 2 0.5253 0.40961 0.000 0.624 0.360 0.016
#> SRR1079754 3 0.1411 0.61330 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR1442127 4 0.5057 0.07582 0.012 0.000 0.340 0.648
#> SRR1076244 3 0.5060 0.34543 0.000 0.004 0.584 0.412
#> SRR1330901 2 0.1820 0.73145 0.036 0.944 0.000 0.020
#> SRR1073167 2 0.2125 0.72281 0.000 0.920 0.076 0.004
#> SRR1357541 4 0.7784 0.03282 0.292 0.280 0.000 0.428
#> SRR811607 2 0.3432 0.67302 0.140 0.848 0.008 0.004
#> SRR1468931 4 0.7851 -0.00322 0.288 0.000 0.312 0.400
#> SRR1474908 1 0.1975 0.66263 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR1309875 2 0.7932 0.01100 0.060 0.468 0.084 0.388
#> SRR598792 3 0.5995 0.49391 0.000 0.084 0.660 0.256
#> SRR1088537 2 0.5487 0.30737 0.000 0.580 0.400 0.020
#> SRR1457682 2 0.5090 0.44240 0.312 0.672 0.012 0.004
#> SRR1454289 2 0.1724 0.73584 0.000 0.948 0.020 0.032
#> SRR1069352 4 0.6384 0.03828 0.000 0.068 0.400 0.532
#> SRR1472728 2 0.1302 0.73313 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1091144 3 0.6968 0.26478 0.000 0.140 0.552 0.308
#> SRR1319118 2 0.6164 0.43881 0.000 0.644 0.092 0.264
#> SRR1403611 3 0.3342 0.59311 0.032 0.000 0.868 0.100
#> SRR1397762 3 0.2611 0.59024 0.000 0.096 0.896 0.008
#> SRR1317387 3 0.2500 0.60323 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1376426 2 0.0927 0.73650 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1097777 2 0.5793 0.25320 0.360 0.600 0.000 0.040
#> SRR1365743 1 0.7831 -0.02733 0.408 0.000 0.312 0.280
#> SRR1458992 1 0.5719 0.59150 0.712 0.176 0.000 0.112
#> SRR1089537 3 0.4533 0.47952 0.004 0.012 0.752 0.232
#> SRR1397744 2 0.2107 0.73831 0.016 0.940 0.024 0.020
#> SRR1453893 3 0.4542 0.53053 0.020 0.000 0.752 0.228
#> SRR1098543 2 0.1674 0.73737 0.012 0.952 0.032 0.004
#> SRR1321765 4 0.6988 0.23234 0.012 0.332 0.096 0.560
#> SRR1440032 3 0.5624 0.40638 0.000 0.280 0.668 0.052
#> SRR1404507 1 0.1824 0.65459 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1404856 1 0.7485 0.18553 0.440 0.180 0.000 0.380
#> SRR812745 3 0.5500 0.32178 0.004 0.012 0.564 0.420
#> SRR1417524 4 0.6841 -0.12015 0.088 0.004 0.408 0.500
#> SRR1407334 1 0.4529 0.55683 0.776 0.004 0.024 0.196
#> SRR1453991 2 0.7882 -0.09025 0.384 0.444 0.020 0.152
#> SRR1415938 1 0.2363 0.67285 0.920 0.056 0.000 0.024
#> SRR1081259 2 0.3934 0.67162 0.000 0.836 0.048 0.116
#> SRR1436187 3 0.4346 0.57610 0.096 0.004 0.824 0.076
#> SRR1431948 3 0.6509 0.43464 0.140 0.000 0.632 0.228
#> SRR1453277 1 0.3934 0.63628 0.836 0.048 0.000 0.116
#> SRR1095407 4 0.7130 0.00643 0.380 0.096 0.012 0.512
#> SRR1359694 2 0.3142 0.68850 0.000 0.860 0.132 0.008
#> SRR656982 4 0.6322 0.21753 0.004 0.360 0.060 0.576
#> SRR1354338 3 0.7593 0.23027 0.252 0.012 0.540 0.196
#> SRR1088291 2 0.6516 0.37530 0.000 0.592 0.100 0.308
#> SRR1080624 2 0.1151 0.73727 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR2166708 1 0.2334 0.64513 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1393572 2 0.1489 0.73386 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1429912 2 0.1297 0.73622 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR1421048 2 0.5855 0.55276 0.000 0.704 0.160 0.136
#> SRR1434999 1 0.5400 0.29341 0.608 0.000 0.020 0.372
#> SRR656457 4 0.5159 0.21924 0.300 0.008 0.012 0.680
#> SRR1098928 3 0.2081 0.60566 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1343967 2 0.1247 0.73776 0.012 0.968 0.016 0.004
#> SRR1360766 2 0.6483 0.34610 0.092 0.584 0.000 0.324
#> SRR1464724 4 0.6726 -0.08119 0.428 0.068 0.008 0.496
#> SRR1101542 3 0.6039 0.37885 0.056 0.000 0.596 0.348
#> SRR1401528 3 0.4277 0.50406 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1071519 3 0.6149 0.11133 0.000 0.048 0.476 0.476
#> SRR1086070 1 0.1940 0.67346 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1358645 1 0.5449 0.58871 0.720 0.228 0.012 0.040
#> SRR819771 3 0.1489 0.60802 0.004 0.000 0.952 0.044
#> SRR1418433 3 0.7920 0.02001 0.340 0.000 0.344 0.316
#> SRR821050 2 0.5184 0.40561 0.304 0.672 0.000 0.024
#> SRR1402091 2 0.2759 0.71918 0.000 0.904 0.044 0.052
#> SRR1322028 2 0.0804 0.73743 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1452556 4 0.5511 -0.23560 0.016 0.000 0.484 0.500
#> SRR1340047 1 0.6252 0.52370 0.624 0.288 0.000 0.088
#> SRR1418302 3 0.5375 0.56710 0.000 0.140 0.744 0.116
#> SRR1073991 2 0.4567 0.56585 0.000 0.740 0.016 0.244
#> SRR1085187 4 0.6189 0.34511 0.008 0.112 0.192 0.688
#> SRR1357618 3 0.5409 0.10223 0.000 0.012 0.496 0.492
#> SRR1487764 3 0.5358 0.49318 0.048 0.000 0.700 0.252
#> SRR1075336 2 0.2380 0.72661 0.008 0.920 0.008 0.064
#> SRR1365471 2 0.4946 0.55371 0.004 0.720 0.256 0.020
#> SRR1414613 2 0.4655 0.40453 0.312 0.684 0.000 0.004
#> SRR658719 3 0.8212 0.36720 0.148 0.212 0.560 0.080
#> SRR1475128 3 0.5463 0.21468 0.004 0.008 0.504 0.484
#> SRR1367630 3 0.5815 0.38615 0.288 0.000 0.652 0.060
#> SRR1481146 3 0.5393 0.28688 0.008 0.008 0.608 0.376
#> SRR1465674 4 0.6881 0.30471 0.004 0.280 0.128 0.588
#> SRR1327303 1 0.6010 0.16751 0.488 0.472 0.000 0.040
#> SRR1390391 1 0.1151 0.66693 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR1326020 4 0.7779 0.13507 0.044 0.392 0.092 0.472
#> SRR1381953 4 0.6009 -0.02852 0.000 0.048 0.380 0.572
#> SRR1082544 3 0.2680 0.59763 0.004 0.048 0.912 0.036
#> SRR810761 1 0.7533 0.23664 0.500 0.384 0.060 0.056
#> SRR1070764 3 0.7517 0.24054 0.212 0.000 0.484 0.304
#> SRR1415919 3 0.7135 0.34740 0.200 0.000 0.560 0.240
#> SRR1490404 2 0.2699 0.71633 0.068 0.904 0.000 0.028
#> SRR1416773 4 0.6967 0.10523 0.356 0.012 0.088 0.544
#> SRR1377492 4 0.5292 0.31262 0.168 0.088 0.000 0.744
#> SRR1334314 3 0.6207 0.34286 0.008 0.316 0.620 0.056
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1380886 3 0.5119 0.5812 0.024 0.116 0.736 0.000 0.124
#> SRR1074385 2 0.1661 0.7615 0.000 0.940 0.024 0.036 0.000
#> SRR1374739 3 0.4440 0.4141 0.004 0.012 0.660 0.000 0.324
#> SRR1097883 5 0.4434 0.6505 0.000 0.208 0.056 0.000 0.736
#> SRR2167209 1 0.3826 0.5212 0.752 0.008 0.000 0.004 0.236
#> SRR816541 2 0.4403 0.2652 0.000 0.560 0.004 0.436 0.000
#> SRR663645 1 0.5691 0.5615 0.684 0.096 0.000 0.184 0.036
#> SRR1381505 4 0.7029 0.4884 0.000 0.120 0.128 0.584 0.168
#> SRR1416362 1 0.4194 0.6577 0.720 0.260 0.016 0.000 0.004
#> SRR1318503 2 0.3087 0.7229 0.008 0.836 0.000 0.152 0.004
#> SRR1341626 4 0.5081 0.5713 0.000 0.256 0.024 0.684 0.036
#> SRR1382440 3 0.6484 0.1213 0.012 0.004 0.452 0.420 0.112
#> SRR1088413 5 0.7123 0.3146 0.000 0.040 0.264 0.196 0.500
#> SRR1082080 2 0.2536 0.7368 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> SRR1455783 2 0.2953 0.7342 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR1447760 1 0.4585 0.3420 0.628 0.020 0.000 0.000 0.352
#> SRR1487784 2 0.3047 0.6675 0.160 0.832 0.004 0.000 0.004
#> SRR1331037 2 0.1605 0.7446 0.040 0.944 0.012 0.000 0.004
#> SRR1095651 4 0.0579 0.7882 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1078066 5 0.1329 0.7602 0.000 0.032 0.008 0.004 0.956
#> SRR1120363 2 0.2456 0.7422 0.024 0.904 0.008 0.000 0.064
#> SRR821231 2 0.7100 0.2352 0.000 0.488 0.076 0.336 0.100
#> SRR1374373 4 0.4977 0.4932 0.000 0.300 0.012 0.656 0.032
#> SRR1324519 1 0.4081 0.6175 0.696 0.296 0.004 0.000 0.004
#> SRR1431121 1 0.4595 0.6090 0.684 0.284 0.004 0.000 0.028
#> SRR1091032 2 0.4420 0.2263 0.000 0.548 0.000 0.448 0.004
#> SRR1365575 1 0.5672 0.2544 0.576 0.000 0.008 0.344 0.072
#> SRR1072972 4 0.4590 0.7120 0.000 0.088 0.124 0.772 0.016
#> SRR1310690 2 0.3167 0.7112 0.000 0.820 0.004 0.172 0.004
#> SRR1383037 4 0.4063 0.7008 0.084 0.000 0.112 0.800 0.004
#> SRR1095479 4 0.1728 0.7905 0.000 0.020 0.004 0.940 0.036
#> SRR1070403 3 0.1901 0.6922 0.000 0.012 0.928 0.004 0.056
#> SRR1390203 1 0.2907 0.7188 0.864 0.116 0.008 0.000 0.012
#> SRR1072007 4 0.8073 0.2749 0.000 0.216 0.208 0.432 0.144
#> SRR1468787 5 0.4624 0.6461 0.000 0.096 0.164 0.000 0.740
#> SRR1347959 2 0.1831 0.7533 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1338513 3 0.5107 0.4894 0.040 0.000 0.632 0.320 0.008
#> SRR812598 4 0.1831 0.7762 0.000 0.076 0.000 0.920 0.004
#> SRR1446806 1 0.3828 0.7175 0.808 0.120 0.072 0.000 0.000
#> SRR1394275 1 0.5923 0.2832 0.496 0.416 0.080 0.000 0.008
#> SRR1443633 5 0.3030 0.7378 0.004 0.088 0.040 0.000 0.868
#> SRR1087728 3 0.2158 0.7072 0.052 0.000 0.920 0.008 0.020
#> SRR1098192 4 0.0960 0.7883 0.000 0.016 0.008 0.972 0.004
#> SRR1093340 2 0.2891 0.7127 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR665405 1 0.1739 0.6957 0.940 0.000 0.032 0.024 0.004
#> SRR657077 4 0.3466 0.7474 0.048 0.100 0.000 0.844 0.008
#> SRR813208 4 0.1942 0.7711 0.000 0.000 0.068 0.920 0.012
#> SRR1416074 2 0.1124 0.7489 0.036 0.960 0.004 0.000 0.000
#> SRR1089688 3 0.2284 0.6919 0.096 0.004 0.896 0.000 0.004
#> SRR1353461 3 0.3835 0.5223 0.260 0.008 0.732 0.000 0.000
#> SRR1466321 2 0.3333 0.6689 0.164 0.820 0.000 0.008 0.008
#> SRR1073021 5 0.5198 0.6093 0.000 0.164 0.148 0.000 0.688
#> SRR1322816 2 0.2656 0.7178 0.112 0.876 0.004 0.004 0.004
#> SRR1457727 2 0.1960 0.7486 0.004 0.928 0.020 0.000 0.048
#> SRR1464226 4 0.0854 0.7873 0.008 0.000 0.012 0.976 0.004
#> SRR1398863 2 0.4922 0.5398 0.004 0.684 0.256 0.000 0.056
#> SRR1455631 4 0.1830 0.7819 0.008 0.000 0.000 0.924 0.068
#> SRR1307808 2 0.3312 0.6816 0.132 0.840 0.016 0.000 0.012
#> SRR1374585 4 0.1662 0.7856 0.004 0.056 0.004 0.936 0.000
#> SRR1072104 2 0.4562 0.2253 0.000 0.548 0.004 0.444 0.004
#> SRR1076868 2 0.1195 0.7522 0.028 0.960 0.000 0.000 0.012
#> SRR1335984 3 0.5654 0.4348 0.000 0.224 0.628 0.000 0.148
#> SRR1445939 2 0.5081 -0.0721 0.472 0.500 0.020 0.000 0.008
#> SRR1453047 2 0.2234 0.7499 0.036 0.916 0.000 0.044 0.004
#> SRR1339788 3 0.5680 0.4130 0.000 0.140 0.620 0.000 0.240
#> SRR1084323 1 0.4901 0.6965 0.728 0.184 0.080 0.004 0.004
#> SRR1092937 4 0.2179 0.7656 0.000 0.100 0.000 0.896 0.004
#> SRR1074090 2 0.0771 0.7567 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1099833 4 0.1788 0.7754 0.004 0.000 0.056 0.932 0.008
#> SRR1093434 3 0.4313 0.5734 0.000 0.028 0.752 0.012 0.208
#> SRR1435857 2 0.3748 0.7092 0.000 0.832 0.052 0.016 0.100
#> SRR1480347 2 0.2389 0.7413 0.000 0.880 0.000 0.116 0.004
#> SRR1440787 1 0.1074 0.6901 0.968 0.000 0.004 0.012 0.016
#> SRR1430202 1 0.5550 0.1623 0.472 0.468 0.056 0.000 0.004
#> SRR1322730 4 0.3336 0.7106 0.008 0.000 0.144 0.832 0.016
#> SRR811029 4 0.5217 0.4636 0.028 0.020 0.296 0.652 0.004
#> SRR1390456 4 0.4999 0.6355 0.108 0.000 0.148 0.732 0.012
#> SRR1381140 1 0.4337 0.6935 0.744 0.204 0.052 0.000 0.000
#> SRR1388064 1 0.3396 0.6209 0.832 0.000 0.004 0.136 0.028
#> SRR1093577 4 0.3815 0.7482 0.000 0.088 0.008 0.824 0.080
#> SRR1414161 2 0.3211 0.6609 0.164 0.824 0.008 0.000 0.004
#> SRR1328738 5 0.4080 0.5752 0.252 0.020 0.000 0.000 0.728
#> SRR1311752 2 0.1386 0.7569 0.016 0.952 0.000 0.032 0.000
#> SRR1445960 2 0.5701 0.2305 0.044 0.532 0.404 0.000 0.020
#> SRR1403412 3 0.6308 0.3804 0.164 0.224 0.596 0.012 0.004
#> SRR2166748 1 0.1525 0.6826 0.948 0.004 0.000 0.012 0.036
#> SRR821666 2 0.4434 0.4629 0.000 0.640 0.008 0.348 0.004
#> SRR1330746 3 0.1153 0.7025 0.000 0.008 0.964 0.004 0.024
#> SRR1327872 3 0.2325 0.7035 0.068 0.000 0.904 0.028 0.000
#> SRR1100800 2 0.6281 -0.0314 0.008 0.456 0.116 0.000 0.420
#> SRR1075174 3 0.3609 0.6496 0.036 0.112 0.836 0.000 0.016
#> SRR1434436 2 0.1484 0.7440 0.048 0.944 0.008 0.000 0.000
#> SRR1389409 4 0.6223 0.6030 0.068 0.200 0.076 0.652 0.004
#> SRR1085310 4 0.1883 0.7823 0.000 0.012 0.048 0.932 0.008
#> SRR1376718 4 0.1393 0.7878 0.012 0.008 0.024 0.956 0.000
#> SRR808590 3 0.4928 0.3604 0.000 0.008 0.596 0.376 0.020
#> SRR1084128 2 0.4220 0.6910 0.116 0.788 0.000 0.092 0.004
#> SRR1361692 1 0.2946 0.6389 0.868 0.000 0.000 0.088 0.044
#> SRR1431493 4 0.2548 0.7759 0.028 0.004 0.000 0.896 0.072
#> SRR1409084 1 0.4442 0.5984 0.688 0.284 0.000 0.028 0.000
#> SRR2166214 1 0.0693 0.6922 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1324102 4 0.4452 -0.0777 0.000 0.496 0.000 0.500 0.004
#> SRR1079754 4 0.1200 0.7880 0.000 0.012 0.016 0.964 0.008
#> SRR1442127 5 0.5517 0.2676 0.012 0.000 0.372 0.048 0.568
#> SRR1076244 3 0.2179 0.6992 0.000 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR1330901 2 0.2171 0.7438 0.028 0.924 0.016 0.000 0.032
#> SRR1073167 2 0.2284 0.7499 0.000 0.896 0.004 0.096 0.004
#> SRR1357541 5 0.4186 0.7195 0.128 0.064 0.012 0.000 0.796
#> SRR811607 2 0.2630 0.7371 0.080 0.892 0.000 0.016 0.012
#> SRR1468931 3 0.2935 0.7011 0.088 0.000 0.876 0.024 0.012
#> SRR1474908 1 0.3214 0.7028 0.844 0.036 0.120 0.000 0.000
#> SRR1309875 3 0.3141 0.6680 0.040 0.108 0.852 0.000 0.000
#> SRR598792 3 0.4948 0.5455 0.000 0.016 0.676 0.276 0.032
#> SRR1088537 2 0.4583 0.1613 0.000 0.528 0.004 0.464 0.004
#> SRR1457682 2 0.3925 0.6469 0.180 0.784 0.000 0.032 0.004
#> SRR1454289 2 0.2374 0.7543 0.004 0.912 0.004 0.028 0.052
#> SRR1069352 5 0.2341 0.7377 0.000 0.012 0.020 0.056 0.912
#> SRR1472728 2 0.1996 0.7514 0.036 0.928 0.000 0.032 0.004
#> SRR1091144 4 0.6649 0.1810 0.000 0.060 0.068 0.484 0.388
#> SRR1319118 2 0.6853 -0.0708 0.000 0.388 0.360 0.004 0.248
#> SRR1403611 4 0.2740 0.7477 0.028 0.000 0.096 0.876 0.000
#> SRR1397762 4 0.1205 0.7856 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1317387 4 0.3134 0.7644 0.044 0.000 0.024 0.876 0.056
#> SRR1376426 2 0.0740 0.7573 0.000 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1097777 2 0.5385 0.5345 0.164 0.700 0.120 0.000 0.016
#> SRR1365743 3 0.5830 0.4088 0.308 0.016 0.604 0.068 0.004
#> SRR1458992 1 0.6346 0.4129 0.516 0.160 0.320 0.000 0.004
#> SRR1089537 4 0.3160 0.7203 0.000 0.000 0.004 0.808 0.188
#> SRR1397744 2 0.2882 0.7548 0.024 0.888 0.000 0.060 0.028
#> SRR1453893 4 0.4445 0.5359 0.024 0.004 0.272 0.700 0.000
#> SRR1098543 2 0.2166 0.7557 0.004 0.912 0.000 0.072 0.012
#> SRR1321765 5 0.1648 0.7615 0.020 0.040 0.000 0.000 0.940
#> SRR1440032 4 0.4287 0.7121 0.000 0.164 0.024 0.780 0.032
#> SRR1404507 1 0.2770 0.6930 0.864 0.008 0.124 0.004 0.000
#> SRR1404856 5 0.4594 0.5373 0.284 0.036 0.000 0.000 0.680
#> SRR812745 3 0.1740 0.7116 0.012 0.000 0.932 0.056 0.000
#> SRR1417524 3 0.1278 0.7097 0.016 0.000 0.960 0.020 0.004
#> SRR1407334 1 0.4540 0.4378 0.640 0.020 0.340 0.000 0.000
#> SRR1453991 1 0.6394 0.4669 0.584 0.228 0.000 0.020 0.168
#> SRR1415938 1 0.2949 0.7220 0.876 0.068 0.052 0.000 0.004
#> SRR1081259 2 0.4455 0.6561 0.000 0.780 0.112 0.012 0.096
#> SRR1436187 4 0.3914 0.7470 0.096 0.004 0.036 0.832 0.032
#> SRR1431948 3 0.5587 0.5064 0.072 0.000 0.620 0.296 0.012
#> SRR1453277 1 0.5233 0.5192 0.636 0.076 0.288 0.000 0.000
#> SRR1095407 5 0.2798 0.6909 0.140 0.008 0.000 0.000 0.852
#> SRR1359694 2 0.3333 0.6844 0.000 0.788 0.000 0.208 0.004
#> SRR656982 5 0.4577 0.6392 0.000 0.084 0.176 0.000 0.740
#> SRR1354338 4 0.5525 0.4940 0.288 0.000 0.000 0.612 0.100
#> SRR1088291 5 0.5030 0.4410 0.000 0.336 0.008 0.032 0.624
#> SRR1080624 2 0.1186 0.7580 0.000 0.964 0.008 0.008 0.020
#> SRR2166708 1 0.4004 0.6311 0.760 0.016 0.216 0.000 0.008
#> SRR1393572 2 0.2305 0.7514 0.000 0.896 0.000 0.092 0.012
#> SRR1429912 2 0.2087 0.7560 0.000 0.928 0.020 0.020 0.032
#> SRR1421048 2 0.5790 0.2332 0.000 0.532 0.012 0.064 0.392
#> SRR1434999 5 0.4327 0.4018 0.360 0.000 0.000 0.008 0.632
#> SRR656457 5 0.1205 0.7484 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
#> SRR1098928 4 0.2575 0.7530 0.004 0.000 0.100 0.884 0.012
#> SRR1343967 2 0.1628 0.7556 0.008 0.936 0.000 0.056 0.000
#> SRR1360766 3 0.5277 0.4503 0.028 0.276 0.660 0.000 0.036
#> SRR1464724 3 0.2843 0.6799 0.076 0.048 0.876 0.000 0.000
#> SRR1101542 3 0.4754 0.5248 0.024 0.000 0.660 0.308 0.008
#> SRR1401528 3 0.4686 0.3324 0.004 0.000 0.588 0.396 0.012
#> SRR1071519 3 0.5495 0.1918 0.000 0.016 0.540 0.036 0.408
#> SRR1086070 1 0.2411 0.7236 0.884 0.108 0.008 0.000 0.000
#> SRR1358645 1 0.4691 0.6540 0.756 0.164 0.000 0.060 0.020
#> SRR819771 4 0.2568 0.7731 0.016 0.000 0.032 0.904 0.048
#> SRR1418433 3 0.4618 0.5921 0.208 0.000 0.724 0.068 0.000
#> SRR821050 2 0.4434 0.6359 0.156 0.776 0.024 0.000 0.044
#> SRR1402091 2 0.3086 0.7513 0.000 0.876 0.060 0.048 0.016
#> SRR1322028 2 0.1721 0.7589 0.000 0.944 0.020 0.020 0.016
#> SRR1452556 3 0.1124 0.7103 0.004 0.000 0.960 0.036 0.000
#> SRR1340047 2 0.6695 -0.1878 0.368 0.392 0.240 0.000 0.000
#> SRR1418302 4 0.4668 0.5509 0.000 0.044 0.272 0.684 0.000
#> SRR1073991 2 0.6444 0.2109 0.000 0.516 0.188 0.004 0.292
#> SRR1085187 5 0.2027 0.7534 0.000 0.024 0.040 0.008 0.928
#> SRR1357618 5 0.3535 0.6535 0.000 0.000 0.028 0.164 0.808
#> SRR1487764 3 0.6825 0.4147 0.024 0.000 0.512 0.284 0.180
#> SRR1075336 2 0.3425 0.7062 0.004 0.840 0.044 0.000 0.112
#> SRR1365471 2 0.4341 0.3538 0.000 0.592 0.000 0.404 0.004
#> SRR1414613 2 0.3618 0.6172 0.196 0.788 0.012 0.000 0.004
#> SRR658719 4 0.5021 0.6793 0.080 0.184 0.008 0.724 0.004
#> SRR1475128 3 0.2409 0.6918 0.000 0.000 0.900 0.032 0.068
#> SRR1367630 4 0.3754 0.7143 0.164 0.000 0.016 0.804 0.016
#> SRR1481146 4 0.5549 0.1538 0.056 0.000 0.004 0.476 0.464
#> SRR1465674 5 0.1538 0.7605 0.000 0.036 0.008 0.008 0.948
#> SRR1327303 2 0.6132 0.3044 0.252 0.576 0.168 0.000 0.004
#> SRR1390391 1 0.2426 0.7230 0.900 0.064 0.036 0.000 0.000
#> SRR1326020 3 0.2554 0.6798 0.008 0.076 0.896 0.000 0.020
#> SRR1381953 3 0.3106 0.6572 0.000 0.020 0.856 0.008 0.116
#> SRR1082544 4 0.1281 0.7871 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR810761 1 0.6154 0.5047 0.628 0.240 0.000 0.052 0.080
#> SRR1070764 3 0.4548 0.6603 0.128 0.000 0.752 0.120 0.000
#> SRR1415919 3 0.5703 0.6174 0.144 0.000 0.660 0.184 0.012
#> SRR1490404 2 0.2775 0.7272 0.036 0.888 0.068 0.000 0.008
#> SRR1416773 5 0.2516 0.6893 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1377492 3 0.4687 0.5731 0.012 0.052 0.736 0.000 0.200
#> SRR1334314 4 0.2474 0.7687 0.008 0.084 0.000 0.896 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1380886 3 0.6361 4.60e-01 0.028 0.056 0.600 0.000 0.200 0.116
#> SRR1074385 2 0.4937 6.37e-01 0.016 0.716 0.024 0.020 0.024 0.200
#> SRR1374739 3 0.4209 5.12e-01 0.004 0.004 0.700 0.000 0.260 0.032
#> SRR1097883 5 0.6404 2.13e-01 0.000 0.260 0.048 0.000 0.512 0.180
#> SRR2167209 1 0.5193 2.16e-01 0.620 0.000 0.000 0.008 0.112 0.260
#> SRR816541 2 0.6141 1.25e-01 0.000 0.472 0.012 0.376 0.016 0.124
#> SRR663645 6 0.7227 2.39e-01 0.240 0.156 0.004 0.128 0.004 0.468
#> SRR1381505 5 0.7749 2.00e-01 0.000 0.124 0.048 0.280 0.420 0.128
#> SRR1416362 1 0.3682 5.42e-01 0.764 0.200 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR1318503 2 0.3202 6.71e-01 0.008 0.852 0.000 0.044 0.012 0.084
#> SRR1341626 4 0.7332 2.67e-01 0.000 0.200 0.004 0.444 0.196 0.156
#> SRR1382440 3 0.6413 1.67e-01 0.004 0.000 0.452 0.376 0.048 0.120
#> SRR1088413 5 0.6351 4.10e-01 0.000 0.024 0.104 0.100 0.620 0.152
#> SRR1082080 2 0.1970 6.86e-01 0.000 0.912 0.000 0.028 0.000 0.060
#> SRR1455783 2 0.3496 6.84e-01 0.004 0.824 0.008 0.064 0.000 0.100
#> SRR1447760 6 0.6849 1.33e-01 0.368 0.056 0.000 0.004 0.180 0.392
#> SRR1487784 2 0.4317 5.58e-01 0.252 0.688 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1331037 2 0.5522 6.15e-01 0.072 0.680 0.020 0.000 0.052 0.176
#> SRR1095651 4 0.1338 6.87e-01 0.000 0.004 0.004 0.952 0.008 0.032
#> SRR1078066 5 0.3190 4.54e-01 0.000 0.000 0.008 0.000 0.772 0.220
#> SRR1120363 2 0.3621 6.69e-01 0.032 0.824 0.008 0.000 0.028 0.108
#> SRR821231 2 0.6737 3.66e-01 0.000 0.556 0.076 0.192 0.020 0.156
#> SRR1374373 2 0.6935 -7.07e-02 0.000 0.404 0.028 0.348 0.024 0.196
#> SRR1324519 1 0.4423 4.54e-01 0.668 0.272 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1431121 1 0.4125 4.92e-01 0.716 0.244 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1091032 2 0.4469 4.70e-01 0.004 0.668 0.000 0.276 0.000 0.052
#> SRR1365575 1 0.5679 -2.68e-02 0.456 0.000 0.000 0.436 0.024 0.084
#> SRR1072972 4 0.6499 5.06e-01 0.000 0.128 0.060 0.620 0.060 0.132
#> SRR1310690 2 0.7581 1.73e-01 0.032 0.404 0.020 0.288 0.032 0.224
#> SRR1383037 4 0.4271 5.96e-01 0.120 0.000 0.084 0.768 0.000 0.028
#> SRR1095479 4 0.4167 6.14e-01 0.000 0.032 0.012 0.760 0.016 0.180
#> SRR1070403 3 0.1635 6.29e-01 0.004 0.004 0.944 0.008 0.024 0.016
#> SRR1390203 1 0.5202 4.12e-01 0.640 0.216 0.004 0.000 0.004 0.136
#> SRR1072007 5 0.8256 1.85e-01 0.000 0.208 0.060 0.228 0.360 0.144
#> SRR1468787 5 0.3345 5.09e-01 0.000 0.032 0.088 0.004 0.844 0.032
#> SRR1347959 2 0.1218 6.96e-01 0.012 0.956 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1338513 3 0.5661 3.56e-01 0.016 0.000 0.576 0.288 0.004 0.116
#> SRR812598 4 0.3214 6.66e-01 0.000 0.080 0.000 0.836 0.004 0.080
#> SRR1446806 1 0.2332 6.29e-01 0.904 0.036 0.040 0.000 0.000 0.020
#> SRR1394275 1 0.6577 1.66e-01 0.472 0.348 0.068 0.000 0.008 0.104
#> SRR1443633 5 0.3275 5.02e-01 0.000 0.004 0.036 0.000 0.816 0.144
#> SRR1087728 3 0.2236 6.23e-01 0.036 0.000 0.912 0.008 0.008 0.036
#> SRR1098192 4 0.2611 6.75e-01 0.000 0.008 0.004 0.876 0.016 0.096
#> SRR1093340 2 0.3393 6.55e-01 0.000 0.820 0.004 0.108 0.000 0.068
#> SRR665405 1 0.2937 5.82e-01 0.864 0.000 0.020 0.080 0.000 0.036
#> SRR657077 4 0.4730 6.24e-01 0.068 0.128 0.000 0.748 0.008 0.048
#> SRR813208 4 0.1078 6.86e-01 0.000 0.000 0.016 0.964 0.008 0.012
#> SRR1416074 2 0.2893 6.89e-01 0.048 0.864 0.004 0.000 0.004 0.080
#> SRR1089688 3 0.3546 5.98e-01 0.056 0.008 0.808 0.000 0.000 0.128
#> SRR1353461 3 0.4415 4.14e-01 0.300 0.000 0.660 0.016 0.000 0.024
#> SRR1466321 2 0.3917 5.37e-01 0.284 0.692 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1073021 5 0.5324 4.53e-01 0.000 0.080 0.100 0.004 0.700 0.116
#> SRR1322816 2 0.4209 6.45e-01 0.092 0.756 0.004 0.004 0.000 0.144
#> SRR1457727 2 0.2665 6.96e-01 0.000 0.884 0.024 0.000 0.032 0.060
#> SRR1464226 4 0.0551 6.87e-01 0.004 0.000 0.004 0.984 0.000 0.008
#> SRR1398863 2 0.6793 3.71e-01 0.020 0.520 0.252 0.000 0.060 0.148
#> SRR1455631 4 0.3275 6.51e-01 0.012 0.012 0.000 0.828 0.012 0.136
#> SRR1307808 2 0.5210 5.64e-01 0.196 0.672 0.024 0.000 0.004 0.104
#> SRR1374585 4 0.6674 1.90e-01 0.000 0.108 0.096 0.432 0.000 0.364
#> SRR1072104 2 0.5447 2.62e-01 0.004 0.548 0.004 0.340 0.000 0.104
#> SRR1076868 2 0.2177 6.99e-01 0.024 0.908 0.004 0.000 0.004 0.060
#> SRR1335984 3 0.6552 4.18e-01 0.000 0.144 0.556 0.000 0.160 0.140
#> SRR1445939 2 0.6465 2.81e-01 0.260 0.480 0.020 0.000 0.008 0.232
#> SRR1453047 2 0.1844 6.99e-01 0.048 0.924 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1339788 3 0.5870 4.78e-01 0.004 0.152 0.644 0.000 0.092 0.108
#> SRR1084323 1 0.4743 5.89e-01 0.744 0.088 0.080 0.000 0.000 0.088
#> SRR1092937 4 0.3705 6.32e-01 0.000 0.144 0.000 0.792 0.008 0.056
#> SRR1074090 2 0.2919 6.91e-01 0.008 0.860 0.016 0.000 0.012 0.104
#> SRR1099833 4 0.1176 6.86e-01 0.000 0.000 0.020 0.956 0.000 0.024
#> SRR1093434 3 0.4437 5.76e-01 0.000 0.012 0.764 0.016 0.096 0.112
#> SRR1435857 2 0.3605 6.79e-01 0.000 0.824 0.040 0.004 0.028 0.104
#> SRR1480347 2 0.2259 6.93e-01 0.020 0.908 0.000 0.032 0.000 0.040
#> SRR1440787 1 0.2257 5.80e-01 0.900 0.000 0.008 0.012 0.004 0.076
#> SRR1430202 2 0.5895 5.23e-02 0.424 0.452 0.036 0.000 0.000 0.088
#> SRR1322730 4 0.4599 5.26e-01 0.000 0.000 0.140 0.696 0.000 0.164
#> SRR811029 4 0.7431 3.79e-01 0.116 0.032 0.148 0.516 0.008 0.180
#> SRR1390456 4 0.4564 5.82e-01 0.084 0.000 0.128 0.752 0.004 0.032
#> SRR1381140 1 0.3396 6.22e-01 0.840 0.076 0.044 0.000 0.000 0.040
#> SRR1388064 1 0.4131 4.80e-01 0.760 0.000 0.008 0.144 0.000 0.088
#> SRR1093577 4 0.4930 6.09e-01 0.000 0.060 0.000 0.724 0.108 0.108
#> SRR1414161 2 0.4862 5.48e-01 0.244 0.664 0.012 0.000 0.000 0.080
#> SRR1328738 5 0.5431 2.37e-01 0.216 0.000 0.000 0.004 0.596 0.184
#> SRR1311752 2 0.2649 6.93e-01 0.052 0.876 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR1445960 3 0.7055 7.34e-03 0.052 0.372 0.380 0.000 0.016 0.180
#> SRR1403412 3 0.8277 2.62e-01 0.192 0.100 0.428 0.036 0.040 0.204
#> SRR2166748 1 0.3363 5.13e-01 0.816 0.004 0.004 0.012 0.012 0.152
#> SRR821666 4 0.6688 -2.09e-02 0.004 0.376 0.020 0.388 0.008 0.204
#> SRR1330746 3 0.2445 6.27e-01 0.008 0.004 0.904 0.008 0.044 0.032
#> SRR1327872 3 0.4128 5.72e-01 0.028 0.000 0.764 0.044 0.000 0.164
#> SRR1100800 2 0.7699 1.35e-05 0.044 0.364 0.088 0.000 0.160 0.344
#> SRR1075174 3 0.5833 5.51e-01 0.076 0.068 0.688 0.000 0.060 0.108
#> SRR1434436 2 0.3767 6.75e-01 0.096 0.804 0.008 0.000 0.004 0.088
#> SRR1389409 4 0.7306 4.61e-01 0.072 0.180 0.052 0.552 0.016 0.128
#> SRR1085310 4 0.1785 6.89e-01 0.000 0.008 0.016 0.928 0.000 0.048
#> SRR1376718 4 0.2270 6.88e-01 0.004 0.020 0.004 0.900 0.000 0.072
#> SRR808590 3 0.6088 1.81e-01 0.000 0.000 0.464 0.308 0.008 0.220
#> SRR1084128 2 0.4876 5.89e-01 0.220 0.688 0.000 0.044 0.000 0.048
#> SRR1361692 1 0.4450 4.88e-01 0.748 0.004 0.000 0.164 0.028 0.056
#> SRR1431493 4 0.3950 6.41e-01 0.052 0.000 0.000 0.804 0.076 0.068
#> SRR1409084 2 0.6847 2.24e-01 0.236 0.480 0.012 0.036 0.004 0.232
#> SRR2166214 1 0.2177 5.85e-01 0.908 0.000 0.004 0.024 0.004 0.060
#> SRR1324102 4 0.6422 2.39e-01 0.004 0.328 0.000 0.476 0.036 0.156
#> SRR1079754 4 0.3375 6.49e-01 0.000 0.012 0.024 0.808 0.000 0.156
#> SRR1442127 3 0.6228 2.96e-02 0.008 0.000 0.436 0.028 0.412 0.116
#> SRR1076244 3 0.3399 6.13e-01 0.004 0.000 0.828 0.120 0.016 0.032
#> SRR1330901 2 0.2594 6.93e-01 0.008 0.888 0.020 0.000 0.012 0.072
#> SRR1073167 2 0.7544 3.82e-01 0.020 0.484 0.016 0.132 0.116 0.232
#> SRR1357541 6 0.6901 -1.05e-01 0.112 0.092 0.008 0.000 0.376 0.412
#> SRR811607 2 0.3847 6.48e-01 0.100 0.792 0.000 0.004 0.004 0.100
#> SRR1468931 3 0.2113 6.23e-01 0.060 0.000 0.908 0.028 0.000 0.004
#> SRR1474908 1 0.2255 6.17e-01 0.892 0.000 0.080 0.000 0.000 0.028
#> SRR1309875 3 0.6945 4.78e-01 0.100 0.096 0.592 0.008 0.052 0.152
#> SRR598792 3 0.5632 4.32e-01 0.000 0.004 0.592 0.288 0.032 0.084
#> SRR1088537 2 0.6641 3.76e-02 0.000 0.428 0.008 0.372 0.044 0.148
#> SRR1457682 2 0.4153 6.12e-01 0.172 0.752 0.000 0.004 0.004 0.068
#> SRR1454289 2 0.2165 6.97e-01 0.000 0.912 0.008 0.004 0.024 0.052
#> SRR1069352 5 0.5318 3.50e-01 0.000 0.004 0.044 0.040 0.608 0.304
#> SRR1472728 2 0.3732 6.67e-01 0.076 0.780 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1091144 5 0.6358 2.93e-01 0.000 0.028 0.024 0.276 0.544 0.128
#> SRR1319118 3 0.7435 7.59e-02 0.000 0.288 0.348 0.004 0.256 0.104
#> SRR1403611 4 0.1798 6.82e-01 0.020 0.000 0.028 0.932 0.000 0.020
#> SRR1397762 4 0.2422 6.77e-01 0.000 0.024 0.000 0.892 0.012 0.072
#> SRR1317387 4 0.2164 6.77e-01 0.028 0.000 0.000 0.912 0.016 0.044
#> SRR1376426 2 0.2846 6.92e-01 0.004 0.864 0.012 0.000 0.020 0.100
#> SRR1097777 2 0.5254 5.80e-01 0.148 0.692 0.084 0.000 0.000 0.076
#> SRR1365743 1 0.6626 3.84e-02 0.428 0.008 0.392 0.104 0.000 0.068
#> SRR1458992 1 0.6968 2.78e-01 0.444 0.160 0.292 0.000 0.000 0.104
#> SRR1089537 4 0.5575 4.17e-01 0.000 0.004 0.016 0.616 0.144 0.220
#> SRR1397744 2 0.2950 6.81e-01 0.028 0.864 0.000 0.004 0.016 0.088
#> SRR1453893 4 0.6657 1.86e-02 0.008 0.016 0.332 0.372 0.000 0.272
#> SRR1098543 2 0.1945 6.88e-01 0.016 0.920 0.000 0.004 0.004 0.056
#> SRR1321765 5 0.4406 3.56e-01 0.024 0.008 0.004 0.000 0.656 0.308
#> SRR1440032 4 0.7535 4.55e-02 0.000 0.204 0.088 0.356 0.020 0.332
#> SRR1404507 1 0.2199 6.12e-01 0.892 0.000 0.088 0.000 0.000 0.020
#> SRR1404856 5 0.6473 -8.92e-02 0.228 0.024 0.000 0.000 0.404 0.344
#> SRR812745 3 0.2648 6.18e-01 0.008 0.000 0.884 0.040 0.004 0.064
#> SRR1417524 3 0.5398 5.78e-01 0.064 0.000 0.708 0.032 0.140 0.056
#> SRR1407334 1 0.4002 4.43e-01 0.660 0.000 0.320 0.000 0.000 0.020
#> SRR1453991 2 0.6963 -1.37e-01 0.308 0.360 0.000 0.004 0.044 0.284
#> SRR1415938 1 0.4226 5.57e-01 0.780 0.052 0.040 0.000 0.004 0.124
#> SRR1081259 2 0.5576 5.95e-01 0.000 0.676 0.120 0.004 0.084 0.116
#> SRR1436187 4 0.4431 6.23e-01 0.052 0.008 0.032 0.760 0.000 0.148
#> SRR1431948 3 0.5564 4.62e-01 0.052 0.000 0.632 0.248 0.008 0.060
#> SRR1453277 1 0.5866 4.69e-01 0.608 0.020 0.236 0.004 0.012 0.120
#> SRR1095407 5 0.4764 3.21e-01 0.088 0.000 0.000 0.000 0.640 0.272
#> SRR1359694 2 0.3614 6.50e-01 0.008 0.816 0.000 0.076 0.004 0.096
#> SRR656982 5 0.5539 4.33e-01 0.000 0.036 0.128 0.004 0.652 0.180
#> SRR1354338 4 0.5795 3.17e-01 0.272 0.004 0.000 0.588 0.036 0.100
#> SRR1088291 5 0.4914 4.43e-01 0.000 0.136 0.004 0.032 0.720 0.108
#> SRR1080624 2 0.2906 6.74e-01 0.000 0.844 0.016 0.004 0.004 0.132
#> SRR2166708 1 0.4094 5.20e-01 0.708 0.000 0.252 0.004 0.000 0.036
#> SRR1393572 2 0.2288 6.80e-01 0.000 0.876 0.000 0.004 0.004 0.116
#> SRR1429912 2 0.1982 6.90e-01 0.000 0.912 0.016 0.004 0.000 0.068
#> SRR1421048 2 0.5481 5.37e-01 0.000 0.660 0.000 0.052 0.120 0.168
#> SRR1434999 5 0.5964 1.16e-01 0.228 0.000 0.000 0.008 0.508 0.256
#> SRR656457 5 0.1913 5.16e-01 0.012 0.000 0.004 0.004 0.920 0.060
#> SRR1098928 4 0.0972 6.85e-01 0.000 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1343967 2 0.3831 6.79e-01 0.036 0.804 0.000 0.008 0.024 0.128
#> SRR1360766 3 0.5408 4.74e-01 0.040 0.216 0.668 0.000 0.020 0.056
#> SRR1464724 3 0.4760 5.74e-01 0.132 0.008 0.744 0.000 0.044 0.072
#> SRR1101542 3 0.5851 2.71e-01 0.004 0.000 0.516 0.236 0.000 0.244
#> SRR1401528 4 0.5995 1.77e-01 0.004 0.000 0.360 0.512 0.048 0.076
#> SRR1071519 3 0.6202 3.81e-01 0.000 0.008 0.568 0.036 0.224 0.164
#> SRR1086070 1 0.1890 6.14e-01 0.916 0.060 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1358645 1 0.4946 4.91e-01 0.728 0.144 0.000 0.056 0.008 0.064
#> SRR819771 4 0.2882 6.58e-01 0.000 0.000 0.020 0.860 0.020 0.100
#> SRR1418433 3 0.5012 5.25e-01 0.208 0.000 0.684 0.068 0.000 0.040
#> SRR821050 2 0.5728 5.50e-01 0.136 0.660 0.036 0.000 0.020 0.148
#> SRR1402091 2 0.4432 6.58e-01 0.000 0.756 0.056 0.012 0.020 0.156
#> SRR1322028 2 0.1370 6.98e-01 0.000 0.948 0.012 0.000 0.004 0.036
#> SRR1452556 3 0.2907 6.09e-01 0.008 0.000 0.860 0.028 0.004 0.100
#> SRR1340047 1 0.6478 4.49e-01 0.548 0.148 0.212 0.000 0.000 0.092
#> SRR1418302 4 0.6463 3.80e-01 0.000 0.056 0.196 0.520 0.000 0.228
#> SRR1073991 2 0.6953 3.30e-01 0.000 0.492 0.180 0.000 0.136 0.192
#> SRR1085187 5 0.0984 5.31e-01 0.000 0.000 0.012 0.008 0.968 0.012
#> SRR1357618 5 0.3266 4.75e-01 0.000 0.000 0.008 0.132 0.824 0.036
#> SRR1487764 6 0.6795 -1.22e-01 0.008 0.000 0.352 0.192 0.040 0.408
#> SRR1075336 2 0.7005 2.85e-01 0.016 0.456 0.036 0.008 0.300 0.184
#> SRR1365471 2 0.5459 3.06e-01 0.008 0.568 0.000 0.328 0.008 0.088
#> SRR1414613 2 0.4495 5.10e-01 0.284 0.664 0.008 0.000 0.000 0.044
#> SRR658719 4 0.6690 3.79e-01 0.252 0.112 0.008 0.528 0.000 0.100
#> SRR1475128 3 0.2630 6.17e-01 0.004 0.000 0.888 0.024 0.020 0.064
#> SRR1367630 4 0.3957 5.67e-01 0.200 0.000 0.012 0.752 0.000 0.036
#> SRR1481146 6 0.6362 1.31e-01 0.004 0.000 0.012 0.308 0.236 0.440
#> SRR1465674 5 0.0951 5.30e-01 0.000 0.000 0.008 0.004 0.968 0.020
#> SRR1327303 2 0.7292 1.70e-01 0.240 0.420 0.192 0.000 0.000 0.148
#> SRR1390391 1 0.2303 6.27e-01 0.904 0.024 0.020 0.000 0.000 0.052
#> SRR1326020 3 0.4675 5.86e-01 0.020 0.064 0.764 0.000 0.044 0.108
#> SRR1381953 3 0.3281 6.09e-01 0.000 0.012 0.828 0.000 0.124 0.036
#> SRR1082544 4 0.3101 6.70e-01 0.008 0.036 0.004 0.848 0.000 0.104
#> SRR810761 1 0.7233 -7.52e-02 0.348 0.324 0.000 0.016 0.048 0.264
#> SRR1070764 3 0.4629 5.69e-01 0.112 0.000 0.744 0.104 0.000 0.040
#> SRR1415919 3 0.5479 4.98e-01 0.132 0.000 0.644 0.196 0.004 0.024
#> SRR1490404 2 0.6522 5.62e-01 0.056 0.612 0.076 0.000 0.084 0.172
#> SRR1416773 5 0.4812 3.43e-01 0.104 0.000 0.000 0.004 0.668 0.224
#> SRR1377492 3 0.6170 3.71e-01 0.032 0.044 0.556 0.000 0.060 0.308
#> SRR1334314 4 0.3900 6.61e-01 0.020 0.088 0.000 0.808 0.008 0.076
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0